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G A 536.1 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.000689839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.959;QD=26.4738;RBI=0.0265609;REFB=-0.031198;REVB=0.0265519;RO=31;SAF=18;SAR=31;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221682;STB=0.626844;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0202341;OID=.;OPOS=894573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:32:49:49:0.604938:31:18:21:10:31:18:22:10 chr1 897325 . G C 709.14 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.607;QD=63.0344;RBI=0.0760982;REFB=0;REVB=0.029917;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210858;OID=.;OPOS=897325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:19:23:0:0:19:26:0:0 chr1 897564 . T C 123.12 PASS AF=0.923077;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0088999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6402;QD=37.8831;RBI=0.0651682;REFB=0.00920938;REVB=-0.0645577;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00127995;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:10:12:0.923077:6:4:1:0:6:6:1:0 chr1 900505 . G C 590.33 PASS AF=0.484127;AO=60;DP=125;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0175412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.157;QD=18.7407;RBI=0.0523613;REFB=-0.0335087;REVB=0.0493358;RO=62;SAF=33;SAR=27;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135723;STB=0.555122;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0355716;OID=.;OPOS=900505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:62:65:60:61:0.484127:27:33:43:19:27:34:43:22 chr1 900972 . T G 928.11 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0602458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8297;QD=55.4093;RBI=0.0791442;REFB=0.0301924;REVB=-0.0513249;RO=2;SAF=45;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205336;STB=0.510866;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0117521;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:20:45:2:0:20:45:2:0 chr1 901023 . T C 892.39 PASS AF=0.984615;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0779789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4216;QD=54.916;RBI=0.0875685;REFB=-0.0975551;REVB=0.0398438;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125806;STB=0.506022;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0164822;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:65:1:1:58:64:0.984615:21:37:1:0:23:41:1:0 chr1 902128 . C T 117.37 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0751228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0078;QD=21.3395;RBI=0.109905;REFB=-0.0574129;REVB=0.0802224;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0333775;OID=.;OPOS=902128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:5:4:7:6:5:4 chr1 906272 . A C 291.71 PASS AF=0.452055;AO=26;DP=67;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.00757925;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.985;QD=15.9843;RBI=0.00758132;REFB=-0.0123179;REVB=0.000177229;RO=35;SAF=3;SAR=23;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262234;STB=0.632305;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0167253;OID=.;OPOS=906272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:73:35:40:26:33:0.452055:23:3:9:26:29:4:10:30 chr1 909238 . G C 755.09 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.059;QD=54.9153;RBI=0.0560884;REFB=-0.0897837;REVB=0.0374175;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000285276;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:54:54:0.981818:31:23:0:0:31:23:1:0 chr1 909242 . A G 197.85 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=49;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0114005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8611;QD=14.6557;RBI=0.0155355;REFB=-0.0544227;REVB=0.0105537;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14917;STB=0.509486;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0616543;OID=.;OPOS=909242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:29:30:19:24:0.444444:13:6:13:16:14:10:13:17 chr1 909768 . A G 2860.23 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.951;QD=62.8622;RBI=0.0309849;REFB=0;REVB=-0.0290152;RO=0;SAF=74;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21876e-06;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:181:182:1:107:74:0:0:107:75:0:0 chr1 911595 . A C,G 1366.98 PASS AF=0.0490196,0.931373;AO=5,94;DP=101;FAO=5,95;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=5,56;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0153342,0.065375;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.225,91.2854;QD=53.6072;RBI=0.0192922,0.0885366;REFB=0.000848733,-0.0153002;REVB=-0.0117069,-0.0597063;RO=1;SAF=5,55;SAR=0,39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.012002;STB=0.997126,0.512497;STBP=0.016,0.136;TYPE=snp,snp;VARB=0.217695,-0.00239073;OID=.,.;OPOS=911595,911595;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:101:102:1:2:5,94:5,95:0.0490196,0.931373:0,39:5,55:0:1:0,39:5,56:0:2 chr1 914333 . C G 640.11 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0227596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.409;QD=55.6614;RBI=0.0230846;REFB=-0.167753;REVB=0.0038599;RO=0;SAF=7;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555718;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000820476;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:45:46:0:3:43:43:0.934783:36:7:0:0:36:7:2:1 chr1 914852 . G C 1009.9 PASS AF=0.986111;AO=67;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9993;QD=56.1055;RBI=0.166271;REFB=-0.146841;REVB=0.164434;RO=1;SAF=60;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628272;STB=0.503999;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00376537;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:67:71:0.986111:7:60:0:1:9:62:1:0 chr1 914876 . T C 1459.63 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345946;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.5;QD=63.4623;RBI=0.0249258;REFB=0;REVB=0.0246846;RO=0;SAF=73;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75867e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:18:73:0:0:18:74:0:0 chr1 914940 . T C 831.35 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.092518;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3163;QD=55.4233;RBI=0.102657;REFB=0;REVB=0.0444854;RO=0;SAF=11;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177808;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:52:60:1:41:11:0:0:41:19:0:0 chr1 915227 . A G 141.52 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118428;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.529;QD=40.4355;RBI=0.0118473;REFB=-0.0619004;REVB=-0.000326229;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00674234;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr1 916549 . A G 1728.52 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0396492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4815;QD=59.604;RBI=0.0547851;REFB=-0.11842;REVB=-0.0378067;RO=1;SAF=48;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978979;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000608242;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:114:115:0.991379:66:48:1:0:67:48:1:0 chr1 948921 . T C 698.8 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0409547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.166;QD=54.8077;RBI=0.0493268;REFB=-0.0387063;REVB=-0.0274927;RO=1;SAF=36;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128997;STB=0.506847;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00295202;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:14:36:1:0:14:36:1:0 chr1 949608 . G A 538.08 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0338509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.769;QD=26.9039;RBI=0.0355495;REFB=0.00189852;REVB=0.0108576;RO=31;SAF=19;SAR=30;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706071;STB=0.538527;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00104821;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:31:49:49:0.6125:30:19:15:16:30:19:15:16 chr1 949654 . A G 1044.16 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.313;QD=59.6662;RBI=0.0318878;REFB=0;REVB=-0.029628;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88399e-05;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 981931 . A G 759.55 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0699;QD=62.0038;RBI=0.0239642;REFB=-0.0562772;REVB=0.0237691;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319712;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:31:17:0:0:32:17:0:0 chr1 982994 . T C 872.53 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1545;QD=57.2153;RBI=0.116722;REFB=0;REVB=-0.102403;RO=0;SAF=12;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147482;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:49:12:0:0:49:12:0:0 chr1 984302 . T C 504.68 PASS AF=0.411765;AO=55;DP=135;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00578055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.205;QD=14.8435;RBI=0.00993157;REFB=-0.0347905;REVB=-0.00807598;RO=78;SAF=25;SAR=30;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207867;STB=0.509541;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0469136;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:78:80:55:56:0.411765:30:25:37:41:31:25:37:43 chr1 986443 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3374;QD=45.8067;RBI=0.0443462;REFB=0;REVB=0.0114264;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129397;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr1 987200 . C T 1572.94 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.571;QD=59.9216;RBI=0.0124097;REFB=0;REVB=0.00108237;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12646e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr1 990280 . C T 628.13 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0205948;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4506;QD=21.6596;RBI=0.0359111;REFB=-0.021695;REVB=0.0294187;RO=50;SAF=34;SAR=28;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760968;STB=0.529635;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0130445;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:50:54:62:62:0.534483:28:34:32:18:28:34:33:21 chr1 990806 . G A 550.21 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0542915;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.649;QD=53.6792;RBI=0.0664427;REFB=0.005749;REVB=0.0383022;RO=2;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550239;STB=0.542834;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=8.84463e-05;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:41:41:2:3:38:38:0.926829:16:22:0:2:16:22:0:3 chr1 1026707 . C A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.399;QD=60.547;RBI=0.0283978;REFB=0;REVB=0.0280679;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07293e-05;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr1 1147422 . CT TG,TT 171.16 PASS AF=0,0.431818;AO=2,16;DP=43;FAO=0,19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=0,16;FSAR=0,3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0054946,0.00629825;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=159.042,238.072;QD=15.5597;RBI=0.0113563,0.0148412;REFB=-0.0163795,-0.0142781;REVB=-0.00993853,-0.0134385;RO=20;SAF=0,15;SAR=2,1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.640575,0.415997;STB=0.5,0.690797;STBP=1,0.059;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0183038;OID=.,.;OPOS=1147422,1147422;OREF=CT,C;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:44:20:25:2,16:0,19:0,0.431818:2,1:0,15:15:5:0,3:0,16:15:10 chr1 1153113 . G A 459.05 PASS AF=0.472222;AO=41;DP=99;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0365487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.58;QD=17.002;RBI=0.0369876;REFB=-0.0472917;REVB=0.00568099;RO=57;SAF=15;SAR=26;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186291;STB=0.528291;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0499885;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:108:57:57:41:51:0.472222:26:15:31:26:26:25:31:26 chr1 1156131 . T C 216.33 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0279713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.383;QD=29.8388;RBI=0.0412884;REFB=-0.0265237;REVB=-0.0303699;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150775;STB=0.583249;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0148166;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:29:9:9:20:20:0.689655:12:8:6:3:12:8:6:3 chr1 1158562 . AAC A 180.66 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0090335;FXX=0.0925755;HRUN=2;LEN=2;MLLD=113.673;QD=14.7475;RBI=0.0150395;REFB=-0.0449304;REVB=-0.0120242;RO=22;SAF=21;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153403;STB=0.573706;STBP=0.415;TYPE=del;VARB=0.0360155;OID=.;OPOS=1158563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510204:25:51:25:49:24:21:4:18:6:99:22:21:4:16:6 chr1 1158631 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.784;QD=63.8718;RBI=0.0529822;REFB=0;REVB=0.0312638;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111434;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:12:36:0:0:12:36:0:0 chr1 1178245 . C T 745.85 PASS AF=0.553846;AO=71;DP=131;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.0203184;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1555;QD=22.9494;RBI=0.0284729;REFB=-0.0224864;REVB=0.0199467;RO=57;SAF=48;SAR=23;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241365;STB=0.520462;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0205405;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:57:58:71:72:0.553846:23:48:40:17:24:48:41:17 chr1 1178482 . A G 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0454735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.138;QD=16.2755;RBI=0.0465466;REFB=-0.0136525;REVB=-0.00993709;RO=51;SAF=12;SAR=27;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196367;STB=0.61095;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.032445;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:27:12:25:26:27:12:25:26 chr1 1178900 . G A 440.39 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.00190376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.443;QD=16.938;RBI=0.0140084;REFB=-0.0113985;REVB=-0.0138785;RO=56;SAF=17;SAR=31;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942536;STB=0.552326;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0129628;OID=.;OPOS=1178900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:31:17:15:41:31:17:15:41 chr1 1178925 . G A 503.01 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0353728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.604;QD=22.3562;RBI=0.0517488;REFB=-0.0263449;REVB=0.0377717;RO=41;SAF=10;SAR=38;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17568;STB=0.593708;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0243589;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:42:48:48:0.533333:38:10:15:26:38:10:15:27 chr1 1220954 . G A 873.79 PASS AF=0.399177;AO=97;DP=245;FAO=97;FDP=243;FR=.;FRO=146;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=94;FSRR=52;FWDB=0.0170023;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3153;QD=14.3834;RBI=0.0704142;REFB=-0.00402029;REVB=0.0683307;RO=144;SAF=45;SAR=52;SRF=93;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192501;STB=0.606966;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00881198;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:243:144:146:97:97:0.399177:52:45:93:51:52:45:94:52 chr1 1223385 . G C 318.46 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00520702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.245;QD=13.2693;RBI=0.00725413;REFB=-0.0115291;REVB=-0.00505067;RO=60;SAF=16;SAR=20;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168788;STB=0.596278;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0160746;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:20:16:36:24:20:16:36:24 chr1 1226292 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00457615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.778;QD=20.8716;RBI=0.012242;REFB=-0.00407741;REVB=0.0113545;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28595;STB=0.661604;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0037761;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:6:15:8:12:6:15:8:12 chr1 1242468 . G A 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0144418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.927;QD=21.7432;RBI=0.0178824;REFB=-0.0304366;REVB=0.0105458;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0248846;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr1 1242707 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0413468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7811;QD=13.9588;RBI=0.0428151;REFB=-0.0124326;REVB=0.0111165;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00944639;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr1 1244915 . C T 660.02 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0316781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.703;QD=23.3636;RBI=0.0592172;REFB=-0.0148939;REVB=-0.0500318;RO=49;SAF=41;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15689;STB=0.585854;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00754006;OID=.;OPOS=1244915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:64:64:0.566372:23:41:22:27:23:41:22:27 chr1 1246004 . A G 956.07 PASS AF=1;AO=52;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.733;QD=57.9438;RBI=0.039539;REFB=0;REVB=0.0137501;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398087;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:52:66:1:22:30:0:0:31:35:0:0 chr1 1246005 . T G 53.39 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0121805;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.4187;QD=3.236;RBI=0.0411419;REFB=-0.00822056;REVB=0.0392975;RO=56;SAF=3;SAR=7;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328236;STB=0.724415;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00743022;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:7:3:32:24:7:3:32:24 chr1 1254436 . A G 1948.32 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.342;QD=60.885;RBI=0.0178905;REFB=0;REVB=0.0177753;RO=0;SAF=75;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197737;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:128:0:0:123:128:1:48:75:0:0:51:77:0:0 chr1 1254443 . G A,C 1752.22 PASS AF=0.888889,0.0793651;AO=112,10;DP=126;FAO=112,10;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=77,0;FSAR=35,10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00913537,0.0366947;FXX=0.0078734;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=149.34,14.7163;QD=55.6259;RBI=0.0296282,0.0509803;REFB=-0.119389,0.0137328;REVB=0.0281847,-0.0353906;RO=2;SAF=77,0;SAR=35,10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0263533,0;STB=0.517324,0.998106;STBP=0.072,0.139;TYPE=snp,snp;VARB=0.00170921,0.095608;OID=.,.;OPOS=1254443,1254443;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:126:126:2:4:112,10:112,10:0.888889,0.0793651:35,10:77,0:0:2:35,10:77,0:1:3 chr1 1254841 . C G 238.94 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7718;QD=50.3033;RBI=0.0517122;REFB=0;REVB=-0.0312118;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192472;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr1 1255997 . A AG,G 72.26 PASS AF=0.537037,0.0185185;AO=22,2;DP=57;FAO=29,1;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10,1;FSAR=19,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.149376,0.0201853;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=6.68481,27.5251;QD=5.35271;RBI=0.191786,0.0440605;REFB=-0.13741,-0.0563836;REVB=-0.120286,-0.0391649;RO=30;SAF=6,1;SAR=16,1;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.424638,-0.191224;STB=0.611182,0.988251;STBP=0.089,0.467;TYPE=ins,snp;VARB=0.1275,-0.00212635;OID=.,.;OPOS=1255998,1255997;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:57:54:30:24:22,2:29,1:0.537037,0.0185185:16,1:6,1:21:9:19,0:10,1:14:10 chr1 1257332 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0344446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.548;QD=22.8309;RBI=0.0366175;REFB=-0.0374218;REVB=0.0124264;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936203;STB=0.553115;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0305326;OID=.;OPOS=1257332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:13:2:2:8:13:2:2:8 chr1 1258629 . G C 33.3 PASS AF=0.0819672;AO=10;DP=122;FAO=10;FDP=122;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.040178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.7;QD=1.09176;RBI=0.0404427;REFB=-0.002251;REVB=0.00461977;RO=104;SAF=9;SAR=1;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44032;STB=0.872807;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0951847;OID=.;OPOS=1258629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:122:122:104:112:10:10:0.0819672:1:9:57:47:1:9:60:52 chr1 1262966 . C T 407.52 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.241545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4255;QD=56.2095;RBI=0.244168;REFB=0;REVB=0.0356949;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286912;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:19:9:1:0:19:10:0:0 chr1 1263144 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.308;QD=61.684;RBI=0.0519837;REFB=0;REVB=0.0362203;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4858e-05;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr1 1269089 . TCG GTC,TC,TGC 191.57 PASS AF=0,0.851064,0.148936;AO=4,13,4;DP=47;FAO=0,40,7;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,26,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516553,0.936927,0.0533871;FXX=0;HRUN=1,7,1;LEN=3,1,2;MLLD=107.907,5.26972,192.395;QD=16.3035;RBI=0.118806,0.9387,0.112763;REFB=0.0708982,0.178689,0.0630862;REVB=-0.106989,-0.057665,-0.0993247;RO=13;SAF=0,1,0;SAR=4,12,4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.761717,-0.681005,-0.761717;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0380447,0.0832483;OID=.,.,.;OPOS=1269089,1269091,1269090;OREF=TCG,G,CG;OALT=GTC,-,GC;OMAPALT=GTC,TC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:34:47:47:13:0:4,13,4:0,40,7:0,0.851064,0.148936:4,12,4:0,1,0:10:3:0,26,7:0,14,0:0:0 chr1 1269554 . T C 1008.87 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.029;QD=59.345;RBI=0.0571084;REFB=0;REVB=0.0524971;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175725;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:40:27:0:0:41:27:0:0 chr1 1273116 . A G 2970.32 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7917;QD=63.1983;RBI=0.0496681;REFB=0;REVB=-0.0187832;RO=0;SAF=74;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34725e-05;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:188:0:0:185:188:1:111:74:0:0:111:77:0:0 chr1 1277533 . T C 1274.09 PASS AF=0.935484;AO=85;DP=92;FAO=87;FDP=93;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0268782;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6545;QD=54.7998;RBI=0.0313191;REFB=-0.0375541;REVB=0.0160763;RO=6;SAF=36;SAR=49;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329625;STB=0.517785;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000631427;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:92:93:6:6:85:87:0.935484:49:36:1:5:49:38:1:5 chr1 1310074 . C G 725.48 PASS AF=1;AO=24;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682366;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.467;QD=64.487;RBI=0.0947373;REFB=0;REVB=0.0657185;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044257;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:1:0:24:45:1:10:14:1:0:23:22:0:0 chr1 1361555 . T C 108.24 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.105681;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.559;QD=12.3698;RBI=0.111762;REFB=-0.0210875;REVB=-0.0363629;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697263;STB=0.516104;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0386857;OID=.;OPOS=1361555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:13:13:0.371429:5:8:11:9:5:8:13:9 chr1 1361633 . G A 43.19 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0175264;FXX=0.0832639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.809;QD=15.7073;RBI=0.206455;REFB=-0.00834547;REVB=0.20571;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0101232;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr1 1361641 . C T 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.14338e-07;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.856;QD=44.6833;RBI=0.0181119;REFB=0;REVB=-0.0181119;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144517;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 1375810 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.403;QD=37.4885;RBI=0.0510137;REFB=0;REVB=0.0510137;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671639;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 1375947 . T G 770.54 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0281108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.721;QD=55.0385;RBI=0.0389172;REFB=0.0768472;REVB=-0.0269134;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00688609;OID=.;OPOS=1375947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:1:0:25:30:1:0 chr1 1376214 . C G 657.5 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.883;QD=59.7729;RBI=0.0491491;REFB=-0.14151;REVB=0.0409594;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00166587;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:44:43:0.977273:23:21:0:0:23:20:1:0 chr1 1377535 . G A 990.87 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5417;QD=57.4416;RBI=0.0289087;REFB=-0.10494;REVB=0.0259868;RO=1;SAF=9;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496463;STB=0.526308;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00148969;OID=.;OPOS=1377535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:59:9:1:0:59:9:1:0 chr1 1387764 . G A 547.56 PASS AF=0.460317;AO=57;DP=125;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=0.011123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.253;QD=17.3827;RBI=0.0114489;REFB=-0.00275192;REVB=-0.00271207;RO=68;SAF=34;SAR=23;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28906;STB=0.653795;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00160904;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:68:68:57:58:0.460317:23:34:20:48:24:34:20:48 chr1 1390875 . C T 736.1 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0717756;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.905;QD=54.526;RBI=0.0725149;REFB=0.0415913;REVB=-0.0103282;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.513508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000550516;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:52:53:0.981481:35:17:0:0:35:18:1:0 chr1 1394594 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0381246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.413;QD=8.25412;RBI=0.0398747;REFB=-0.0325472;REVB=-0.0116839;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243254;STB=0.657294;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0694668;OID=.;OPOS=1394594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:4:8:5:1:4:8 chr1 1418004 . T C 209.79 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=118;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0137265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8038;QD=7.05158;RBI=0.04227;REFB=-0.0181185;REVB=-0.0399792;RO=87;SAF=24;SAR=7;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413881;STB=0.752773;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00978305;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:87:88:31:31:0.260504:7:24:39:48:7:24:39:49 chr1 1421531 . C A 244.29 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0517444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2781;QD=17.4497;RBI=0.054069;REFB=-0.00111671;REVB=0.0156836;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161362;STB=0.590101;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000416302;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:21:8:12:15:21:8 chr1 1421991 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00556061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.58;QD=21.3532;RBI=0.0220904;REFB=-0.031659;REVB=-0.0213791;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873908;STB=0.549918;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0310344;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:2:11:7:2:2:11:7:2 chr1 1423267 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0166025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.569;QD=16.884;RBI=0.0184278;REFB=-0.0233074;REVB=0.00799621;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106867;STB=0.560899;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0203394;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:13:4:5:10:13:4 chr1 1425700 . T C 145.45 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0876125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0258;QD=16.1609;RBI=0.0922554;REFB=-0.00488224;REVB=0.0288984;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.527743;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00501342;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:9:11:8:8:9:11 chr1 1430943 . T C 196.69 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0398628;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.538;QD=17.4838;RBI=0.0416375;REFB=-0.0217123;REVB=0.0120264;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176008;STB=0.599904;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0207369;OID=.;OPOS=1430943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:17:8:10:10:17:8 chr1 1451380 . T C 663.02 PASS AF=0.9;AO=42;DP=46;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0408431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1394;QD=53.0414;RBI=0.0458927;REFB=0.013991;REVB=-0.0209279;RO=4;SAF=24;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118431;STB=0.520652;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.012345;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:46:50:4:5:42:45:0.9:18:24:2:2:18:27:2:3 chr1 1452551 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0916;QD=39.2066;RBI=0.0402355;REFB=0;REVB=0.0352819;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721675;OID=.;OPOS=1452551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 1452566 . G A 81.33 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10953;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.214;QD=40.6647;RBI=0.126365;REFB=0;REVB=0.0630179;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390755;OID=.;OPOS=1452566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 1452592 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.377;QD=37.4885;RBI=0.030429;REFB=0;REVB=0.00732844;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345565;OID=.;OPOS=1452592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 1452615 . C T 35.28 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0570273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6299;QD=23.5188;RBI=0.0635647;REFB=-0.122447;REVB=0.0280779;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0220581;OID=.;OPOS=1452615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr1 1458255 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8286;QD=60.2304;RBI=0.104028;REFB=0;REVB=-0.0866089;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019382;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 1458954 . C G,T 423.34 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=2,28;DP=30;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541778,0.059059;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.911,155.399;QD=56.4455;RBI=0.139693,0.0654888;REFB=0,0;REVB=-0.128759,-0.0282988;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0178855,0.00150321;OID=.,.;OPOS=1458954,1458954;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:30:30:0:0:2,28:1,29:0.0333333,0.966667:2,12:0,16:0:0:1,13:0,16:0:0 chr1 1479332 . CA C,CG 631.14 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=11,29;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668637,-0.0700554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.9185,71.5552;QD=60.1083;RBI=0.0354917,0.0802362;REFB=0,0;REVB=-0.0348562,0.0391164;RO=0;SAF=0,17;SAR=11,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0606916,0.0251695;OID=.,.;OPOS=1479333,1479333;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:11,29:42:1,41:42:0:0,18:1,23:0:0:6:0:0,17:11,12:0:0 chr1 1510801 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.707;QD=54.5161;RBI=0.0453318;REFB=0;REVB=-0.0404947;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452211;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 1511104 . G C 660.8 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108733;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7;QD=60.073;RBI=0.0140512;REFB=-0.0365566;REVB=-0.00889996;RO=2;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049111;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=1.56025e-05;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:2:1:43:43:0.977273:19:24:1:1:19:24:0:1 chr1 1558792 . T C 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0503194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.65;QD=22.5319;RBI=0.0515245;REFB=-0.0360825;REVB=-0.0110785;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235442;STB=0.63144;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0135081;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:15:19:19:0.558824:12:7:9:4:12:7:10:5 chr1 1562437 . C G 207.46 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0284571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2592;QD=19.7583;RBI=0.0350091;REFB=-0.00282467;REVB=-0.0203919;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210923;STB=0.625791;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00671431;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:9:12:16:4:9:12:17:4 chr1 1588670 . G A 273.43 PASS AF=0.253086;AO=41;DP=165;FAO=41;FDP=162;FR=.;FRO=121;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=73;FSRR=48;FWDB=-0.0498137;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.385;QD=6.75134;RBI=0.0529332;REFB=-0.0127706;REVB=-0.0179028;RO=105;SAF=22;SAR=19;SRF=64;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902094;STB=0.550449;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0276099;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:105:121:41:41:0.253086:19:22:64:41:19:22:73:48 chr1 1588717 . G A 326.12 PASS AF=0.267045;AO=47;DP=176;FAO=47;FDP=176;FR=.;FRO=129;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=73;FSRR=56;FWDB=0.00245576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.984;QD=7.41174;RBI=0.00289216;REFB=-0.00108039;REVB=-0.00152768;RO=129;SAF=23;SAR=24;SRF=73;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944323;STB=0.555961;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00322967;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:129:129:47:47:0.267045:24:23:73:56:24:23:73:56 chr1 1588737 . C T 241.46 PASS AF=0.234568;AO=38;DP=162;FAO=38;FDP=162;FR=.;FRO=124;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=56;FWDB=0.0104999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.951;QD=5.96205;RBI=0.0107949;REFB=-0.00393506;REVB=0.00250616;RO=124;SAF=19;SAR=19;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610112;STB=0.537018;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00457946;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:124:124:38:38:0.234568:19:19:68:56:19:19:68:56 chr1 1588743 . A T 235.93 PASS AF=0.234177;AO=37;DP=158;FAO=37;FDP=158;FR=.;FRO=121;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.0023238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.468;QD=5.97292;RBI=0.00980836;REFB=-0.00541203;REVB=-0.0095291;RO=121;SAF=19;SAR=18;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194404;STB=0.511813;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0218977;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:121:121:37:37:0.234177:18:19:64:57:18:19:64:57 chr1 1588744 . AGCG A 200.6 PASS AF=0.217105;AO=34;DP=155;FAO=33;FDP=152;FR=.;FRO=119;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-9.36686e-05;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.524;QD=5.27894;RBI=0.00730091;REFB=0.000312735;REVB=0.00730031;RO=118;SAF=18;SAR=16;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158016;STB=0.519219;STBP=0.814;TYPE=del;VARB=-0.00267641;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217105:34:155:33:152:119:18:15:62:57:99:118:18:16:61:57 chr1 1599812 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0198465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.184;QD=20.2095;RBI=0.0424843;REFB=-0.0289747;REVB=-0.0375637;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0155712;OID=.;OPOS=1599812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:6:4:5:8:6:4 chr1 1599888 . A G 336.63 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00417819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2212;QD=34.5266;RBI=0.0239842;REFB=0.00373772;REVB=0.0236175;RO=10;SAF=18;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733023;STB=0.52939;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00100475;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:10:11:28:28:0.717949:10:18:5:5:10:18:6:5 chr1 1647814 . T C 673.66 PASS AF=0.345992;AO=82;DP=237;FAO=82;FDP=237;FR=.;FRO=155;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=86;FSRR=69;FWDB=0.0138095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.708;QD=11.3697;RBI=0.0138126;REFB=-0.0133478;REVB=-0.000292741;RO=155;SAF=48;SAR=34;SRF=86;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357595;STB=0.520416;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0287968;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:155:155:82:82:0.345992:34:48:86:69:34:48:86:69 chr1 1647871 . T C 651.95 PASS AF=0.347826;AO=80;DP=228;FAO=80;FDP=230;FR=.;FRO=150;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=0.0123807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0892;QD=11.3382;RBI=0.012409;REFB=-0.0122854;REVB=-0.000837731;RO=148;SAF=40;SAR=40;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153927;STB=0.504347;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0250575;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:230:148:150:80:80:0.347826:40:40:72:76:40:40:74:76 chr1 1647893 . C CTTTCTT 334.83 PASS AF=0.271739;AO=36;DP=199;FAO=50;FDP=184;FR=.;FRO=134;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=-0.00609178;FXX=0.0212755;HRUN=3;LEN=6;MLLD=164.078;QD=7.2789;RBI=0.0397138;REFB=-0.0162963;REVB=-0.0392438;RO=137;SAF=12;SAR=24;SRF=70;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229987;STB=0.561971;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=0.0390775;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271739:36:199:50:184:134:19:31:62:72:99:137:12:24:70:67 chr1 1650787 . T C 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0155894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.594;QD=25.1495;RBI=0.0363913;REFB=-0.0192698;REVB=-0.0328831;RO=21;SAF=22;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168808;STB=0.594518;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0154293;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:5:22:14:7:5:22:14:7 chr1 1650797 . A G 263.49 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0159412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.677;QD=19.5181;RBI=0.0294416;REFB=-0.0241217;REVB=0.0247525;RO=25;SAF=22;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201341;STB=0.606813;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00652571;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:6:22:15:10:6:22:16:10 chr1 1650801 . T C 236.63 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0118931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.071;QD=15.7751;RBI=0.0203538;REFB=-0.0169857;REVB=0.0165177;RO=31;SAF=25;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560621;STB=0.831386;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.013489;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:27:27:0.45:2:25:17:14:2:25:18:15 chr1 1650807 . T C 179.69 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00868212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7596;QD=11.2306;RBI=0.0153841;REFB=-0.0095052;REVB=-0.0127;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189959;STB=0.585729;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0266826;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:41:23:23:0.359375:9:14:27:8:9:14:30:11 chr1 1650832 . A G 445.05 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00253493;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.384;QD=20.0025;RBI=0.0033789;REFB=-0.00500528;REVB=-0.00223408;RO=43;SAF=33;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201189;STB=0.615838;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00775595;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:43:45:44:44:0.494382:11:33:24:19:11:33:25:20 chr1 1650845 . G A 503.24 PASS AF=0.494949;AO=45;DP=95;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0593464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.74;QD=20.3327;RBI=0.0594539;REFB=-0.0209796;REVB=-0.00357364;RO=48;SAF=23;SAR=22;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2047;STB=0.577202;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00744897;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:48:50:45:49:0.494949:22:23:35:13:22:27:35:15 chr1 1654007 . A T 37.35 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.006;QD=24.8997;RBI=0.0320962;REFB=-0.221712;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120923;OID=.;OPOS=1654007;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr1 1654038 . G A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0184858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.072;QD=28.6827;RBI=0.0576868;REFB=-0.00938385;REVB=0.0546447;RO=2;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290717;STB=0.666261;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0118944;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:7:2:2:0:7:2:2:0 chr1 1654058 . C T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0395005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.713;QD=35.4868;RBI=0.0411501;REFB=0.0947661;REVB=0.0115346;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1501;STB=0.583203;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00451548;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:8:5:2:0:8:5:2:0 chr1 1654064 . A T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00283301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.07;QD=35.4875;RBI=0.0388713;REFB=0.0161922;REVB=0.0387679;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1501;STB=0.583203;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00586259;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:8:5:2:0:8:5:2:0 chr1 1654065 . AGCG A 137.36 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0175586;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=310.803;QD=36.6287;RBI=0.0207588;REFB=-0.0090982;REVB=-0.0110736;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.583203;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=0.000857661;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:13:16:13:15:2:5:8:2:0:9:1:5:8:1:0 chr1 1666175 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00189641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.457;QD=8.08881;RBI=0.0301175;REFB=0.00595222;REVB=-0.0300577;RO=21;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377889;STB=0.734989;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0161577;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:21:22:9:9:0.290323:1:8:14:7:1:8:15:7 chr1 1684472 . C T 147.84 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0132224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.962;QD=18.4798;RBI=0.0885734;REFB=-0.00937181;REVB=0.087581;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303438;STB=0.617837;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0238963;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:15:15:17:0.53125:4:11:5:8:6:11:6:9 chr1 1688567 . GC G,GG 41.01 PASS AF=0.193548,0.129032;AO=5,4;DP=31;FAO=6,4;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2,4;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.024728,0.103548;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.96395,24.0063;QD=5.29148;RBI=0.183667,0.175368;REFB=-0.00286459,-0.00437249;REVB=0.181995,0.141534;RO=19;SAF=1,4;SAR=4,0;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.173399,0.717469;STB=0.542719,0.998003;STBP=0.901,0.008;TYPE=del,snp;VARB=-0.0523377,0.0444775;OID=.,.;OPOS=1688568,1688568;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548,0.129032:5,4:31:6,4:31:21:2,4:4,0:6:15:23:19:1,4:4,0:6:13 chr1 1823922 . A G 192.96 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0469462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.116;QD=13.7825;RBI=0.0521899;REFB=-0.0145497;REVB=0.0228;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980956;STB=0.55588;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0263663;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:10:23:14:9:10:23 chr1 1846765 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.482;QD=58.9627;RBI=0.0249085;REFB=0;REVB=0.0214383;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0861e-05;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr1 1849529 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.558;QD=58.599;RBI=0.034505;REFB=0;REVB=0.0287595;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30376e-05;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr1 1854109 . A G 508.4 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0047036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.324;QD=56.4889;RBI=0.0184176;REFB=-0.100024;REVB=-0.0178068;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000647086;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:0:1:18:17:0:1 chr1 1861582 . C T 1418.84 PASS AF=0.935185;AO=101;DP=108;FAO=101;FDP=108;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00680204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.457;QD=52.5495;RBI=0.017421;REFB=0.00786009;REVB=0.0160382;RO=6;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535994;STB=0.532704;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-3.95481e-05;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:108:108:6:7:101:101:0.935185:50:51:0:6:50:51:0:7 chr1 1873514 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4776;QD=61.3352;RBI=0.0635806;REFB=0;REVB=-0.0541873;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103455;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 1873525 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7771;QD=61.3336;RBI=0.127811;REFB=0;REVB=-0.0342851;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222492;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 1875858 . CA GG 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564983;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.275;QD=53.2772;RBI=0.0566605;REFB=0;REVB=0.0042851;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000367976;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 1887019 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.874;QD=51.9164;RBI=0.0180361;REFB=0;REVB=0.0150669;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70436e-05;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr1 1891524 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0253324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.204;QD=18.4436;RBI=0.0269295;REFB=-0.0416823;REVB=0.00913622;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188266;STB=0.607293;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0251272;OID=.;OPOS=1891524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:7:2:5:6:7:2 chr1 1905548 . C T 611.38 PASS AF=0.388889;AO=70;DP=180;FAO=70;FDP=180;FR=.;FRO=110;FSAF=10;FSAR=60;FSRF=31;FSRR=79;FWDB=-0.0182391;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.62;QD=13.5862;RBI=0.0194591;REFB=-0.00995143;REVB=-0.00678198;RO=106;SAF=10;SAR=60;SRF=28;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215029;STB=0.638915;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.016364;OID=.;OPOS=1905548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:106:110:70:70:0.388889:60:10:28:78:60:10:31:79 chr1 1960638 . G C 243.41 PASS AF=0.305556;AO=34;DP=104;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0302881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5811;QD=9.01504;RBI=0.0587629;REFB=-0.0126794;REVB=-0.0503558;RO=67;SAF=9;SAR=25;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16374;STB=0.647572;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0324358;OID=.;OPOS=1960638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:67:75:34:33:0.305556:25:9:26:41:25:8:32:43 chr1 1960674 . C T 1273.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353576;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.395;QD=61.3917;RBI=0.0512862;REFB=0;REVB=0.0371499;RO=0;SAF=25;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301171;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:56:25:0:0:56:27:0:0 chr1 1987993 . T C 574.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.725;QD=60.4715;RBI=0.0435545;REFB=0;REVB=-0.000609149;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100058;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr1 2005740 . T C 386.24 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0607886;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7601;QD=53.2748;RBI=0.0744598;REFB=0.000615914;REVB=0.0430001;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054642;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00152891;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:0:1:8:20:0:1 chr1 2144982 . G T 734.41 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5628;QD=56.4932;RBI=0.108346;REFB=0;REVB=0.0778966;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120685;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:12:38:0:0:13:39:0:0 chr1 2145524 . G A 339.38 PASS AF=0.961538;AO=21;DP=28;FAO=25;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0815663;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.277;QD=52.212;RBI=0.0822814;REFB=-0.146878;REVB=-0.0108248;RO=2;SAF=2;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159697;STB=0.513503;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00229035;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:26:2:1:21:25:0.961538:19:2:1:1:18:7:0:1 chr1 2286920 . C T 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.036087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.547;QD=36.4673;RBI=0.0366799;REFB=-0.0212265;REVB=0.00656796;RO=6;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130914;STB=0.571365;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00356585;OID=.;OPOS=2286920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:11:11:1:5:11:11:1:5 chr1 2288945 . G A 787.15 PASS AF=0.493902;AO=81;DP=164;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00320481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.125;QD=19.1988;RBI=0.00861045;REFB=-0.0325691;REVB=0.00799181;RO=81;SAF=37;SAR=44;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449891;STB=0.531073;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0325864;OID=.;OPOS=2288945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:81:83:81:81:0.493902:44:37:41:40:44:37:43:40 chr1 2340200 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6528;QD=59.3217;RBI=0.0923045;REFB=0;REVB=-0.0908539;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000899801;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr1 2399119 . A G 330.24 PASS AF=0.37;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0135004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.146;QD=13.2094;RBI=0.027498;REFB=-0.00731887;REVB=-0.0239558;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127206;STB=0.58705;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0121428;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:53:63:36:37:0.37:20:16:30:23:21:16:36:27 chr1 2441358 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.529;QD=62.671;RBI=0.0620475;REFB=0;REVB=0.000791012;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108983;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr1 2452569 . T C 1708.06 PASS AF=0.983193;AO=115;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.072957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2449;QD=57.4138;RBI=0.0777288;REFB=-0.127234;REVB=-0.0268148;RO=4;SAF=55;SAR=60;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138899;STB=0.50036;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00580162;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:4:2:115:117:0.983193:60:55:2:2:61:56:1:1 chr1 2488153 . A G 3112.03 PASS AF=0.888446;AO=223;DP=251;FAO=223;FDP=251;FR=.;FRO=28;FSAF=123;FSAR=100;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00370473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.825;QD=49.594;RBI=0.00373983;REFB=-0.00892347;REVB=0.000511138;RO=28;SAF=123;SAR=100;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424757;STB=0.50224;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000140415;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:28:28:223:223:0.888446:100:123:16:12:100:123:16:12 chr1 2488155 . A C 49.6 PASS AF=0.0833333;AO=23;DP=253;FAO=21;FDP=252;FR=.;FRO=231;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=128;FSRR=103;FWDB=-0.158239;FXX=0.00395241;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.5173;QD=0.787315;RBI=0.162139;REFB=-0.0195208;REVB=-0.0353448;RO=230;SAF=12;SAR=11;SRF=127;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362585;STB=0.527889;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.243415;OID=.;OPOS=2488155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:253:252:230:231:23:21:0.0833333:11:12:127:103:10:11:128:103 chr1 2490898 . C A 362.12 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346139;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.415;QD=55.71;RBI=0.0633683;REFB=0;REVB=0.0530794;RO=0;SAF=25;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491865;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:1:25:0:0:1:25:0:0 chr1 2490942 . C A 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7868;QD=63.2735;RBI=0.0974097;REFB=0;REVB=0.0192252;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855308;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr1 2491205 . C T 2197.69 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.335;QD=63.2429;RBI=0.0363927;REFB=0;REVB=0.0195467;RO=0;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41812e-05;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:71:68:0:0:71:68:0:0 chr1 2526746 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.276;QD=56.7059;RBI=0.0263408;REFB=0;REVB=-0.024606;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032784;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:7:21:0:0:7:22:0:0 chr1 2535613 . C A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.563;QD=58.9622;RBI=0.0934524;REFB=0;REVB=0.0825165;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310641;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr1 2541269 . A G 1008.54 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9939;QD=58.4662;RBI=0.0604139;REFB=0;REVB=-0.0202521;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636543;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:69:69:1:48:21:0:0:48:21:0:0 chr1 2573199 . A G 1572.93 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.794;QD=59.921;RBI=0.00927738;REFB=0;REVB=0.00241551;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29497e-06;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:60:44:0:0:61:44:0:0 chr1 2938265 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0159313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.588;QD=22.5856;RBI=0.0164835;REFB=-0.0223146;REVB=0.00423077;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23253;STB=0.63135;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0116595;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:1:5:5:6:1:5 chr1 2938697 . T G 697.56 PASS AF=0.619048;AO=65;DP=105;FAO=65;FDP=105;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0110383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.279;QD=26.5735;RBI=0.0322067;REFB=-0.028766;REVB=0.0302561;RO=40;SAF=39;SAR=26;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743952;STB=0.54031;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.018444;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:40:40:65:65:0.619048:26:39:28:12:26:39:28:12 chr1 2938973 . G A 1752.2 PASS AF=0.476064;AO=179;DP=377;FAO=179;FDP=376;FR=.;FRO=197;FSAF=97;FSAR=82;FSRF=124;FSRR=73;FWDB=0.018778;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.022;QD=18.6405;RBI=0.0199654;REFB=-0.0304573;REVB=0.00678268;RO=194;SAF=97;SAR=82;SRF=121;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786287;STB=0.546546;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0308889;OID=.;OPOS=2938973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:376:194:197:179:179:0.476064:82:97:121:73:82:97:124:73 chr1 2939409 . G T 98.1 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.059592;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.6552;QD=10.3264;RBI=0.0602423;REFB=-0.0437157;REVB=0.00882743;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10609;STB=0.514264;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0779485;OID=.;OPOS=2939409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:35:38:22:25:13:13:0.342105:7:6:8:14:7:6:11:14 chr1 2984087 . C A 738.73 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0819677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.454;QD=51.8407;RBI=0.0925888;REFB=-0.154933;REVB=0.0430577;RO=3;SAF=29;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462903;STB=0.516123;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00134525;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:3:2:54:55:0.964912:25:29:3:0:25:30:2:0 chr1 2985885 . C G 688.68 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5954;QD=62.6072;RBI=0.171167;REFB=0;REVB=-0.070433;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115396;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:35:7:0:0:35:9:0:0 chr1 3301721 . C T 815.32 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0144928;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.502;QD=54.3549;RBI=0.0191545;REFB=-0.13112;REVB=0.0125241;RO=2;SAF=40;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023004;STB=0.512191;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=8.41028e-05;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:60:2:2:58:58:0.966667:18:40:2:0:18:40:2:0 chr1 3312914 . T G 778.67 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.129;QD=63.5651;RBI=0.0305502;REFB=0;REVB=0.0213955;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34215e-05;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:14:31:0:0:16:33:0:0 chr1 3328358 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0463;QD=49.5986;RBI=0.0752147;REFB=0;REVB=-0.0654098;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698375;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr1 3352009 . G A 388.37 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0177243;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.935;QD=18.0638;RBI=0.0202063;REFB=-0.00747006;REVB=-0.00970275;RO=45;SAF=11;SAR=29;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370773;STB=0.524578;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00900129;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:29:11:11:34:29:11:11:35 chr1 3353890 . A G 518.48 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00264015;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.278;QD=18.0342;RBI=0.00474852;REFB=-0.0178334;REVB=-0.00394691;RO=60;SAF=24;SAR=31;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13778;STB=0.576398;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0138501;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:60:55:55:0.478261:31:24:35:25:31:24:35:25 chr1 3353949 . A G 431.28 PASS AF=0.406504;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0338624;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.68;QD=14.0255;RBI=0.042965;REFB=-0.0335137;REVB=-0.0264449;RO=69;SAF=27;SAR=22;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306141;STB=0.511593;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.045761;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:69:73:49:50:0.406504:22:27:36:33:23:27:38:35 chr1 3354595 . T C 278.69 PASS AF=0.343434;AO=33;DP=98;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.030444;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.513;QD=11.2602;RBI=0.0311534;REFB=-0.0040579;REVB=0.00661065;RO=52;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250328;STB=0.555523;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00709169;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:65:33:34:0.343434:17:16:24:28:17:17:27:38 chr1 3354615 . T C 379.6 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0120932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.406;QD=16.6856;RBI=0.0151034;REFB=-0.00837863;REVB=-0.00904806;RO=51;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441311;STB=0.502478;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0113414;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:21:19:24:27:21:19:24:27 chr1 3383898 . A G 553.61 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0164796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.196;QD=18.3013;RBI=0.0176545;REFB=-0.00581081;REVB=-0.00633274;RO=63;SAF=32;SAR=26;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14473;STB=0.580143;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00768681;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:26:32:25:38:26:32:25:38 chr1 3389727 . C T 370.95 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0202536;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.694;QD=22.1463;RBI=0.031181;REFB=-0.0124733;REVB=0.0237075;RO=30;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553399;STB=0.530546;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0107021;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:30:30:37:37:0.552239:16:21:15:15:16:21:15:15 chr1 3394456 . T C 1548.96 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.946;QD=63.8745;RBI=0.012073;REFB=0;REVB=0.0118794;RO=0;SAF=69;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37606e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:28:69:0:0:28:69:0:0 chr1 3395039 . G A 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00314252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.116;QD=12.807;RBI=0.014769;REFB=-0.0132908;REVB=0.0144308;RO=47;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447224;STB=0.525674;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0211332;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:19:10:18:29:19:10:18:29 chr1 3395174 . C A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0506785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.479;QD=16.4544;RBI=0.0512429;REFB=-0.0498014;REVB=0.00758507;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.019834;OID=.;OPOS=3395174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr1 3416376 . GC G,TG 57.94 PASS AF=0.272727,0;AO=17,2;DP=56;FAO=15,0;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=13,0;FSAR=2,0;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.160825,-0.0486753;FXX=0.017854;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=11.7478,29.7654;QD=4.21409;RBI=0.168306,0.0670401;REFB=-0.0890649,-0.0430118;REVB=-0.0496236,0.0460988;RO=34;SAF=13,0;SAR=4,2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0.397213,0;SSEP=0,0;SSSB=0.295802,-0.452169;STB=0.812031,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.113421,0;OID=.,.;OPOS=3416377,3416376;OREF=C,GC;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:56:55:34:40:17,2:15,0:0.272727,0:4,2:13,0:18:16:2,0:13,0:20:20 chr1 3416449 . C A 228.04 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0334112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.746;QD=16.0025;RBI=0.0469499;REFB=-0.0454739;REVB=0.0329845;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919762;STB=0.505197;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0393054;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:9:17:20:11:9:17:20:11 chr1 3418391 . C T 662.89 PASS AF=0.386598;AO=74;DP=193;FAO=75;FDP=194;FR=.;FRO=119;FSAF=56;FSAR=19;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=0.0751982;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4877;QD=13.6677;RBI=0.0753192;REFB=-0.0191178;REVB=0.00426867;RO=115;SAF=55;SAR=19;SRF=73;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140606;STB=0.586314;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0359066;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:115:119:74:75:0.386598:19:55:73:42:19:56:75:44 chr1 3418427 . GGCCCCCCCA GCCCCCCA,GGCCCCACGA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA 407.87 PASS AF=0,0.151515,0.747475,0,0;AO=20,6,14,5,9;DP=115;FAO=0,15,74,0,0;FDP=99;FR=.;FRO=10;FSAF=0,14,25,0,0;FSAR=0,1,49,0,0;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-1.09154,-0.240286,-1.3066,-0.593216,-0.243641;FXX=0.0388312;HRUN=5,7,7,7,7;LEN=2,3,1,2,1;MLLD=7.00123,143.926,6.00059,11.4468,5.31849;QD=16.4797;RBI=1.10029,0.241162,1.31475,0.593337,0.369874;REFB=0.0736408,0.000561905,-0.125801,-0.0369178,-0.19013;REVB=-0.138439,-0.0205322,0.146175,-0.0119934,0.278291;RO=19;SAF=1,6,2,0,0;SAR=19,0,12,5,9;SRF=0;SRR=19;SSEN=0.375,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.30648,0.867641,0.401774,0,0;STB=0.5,0.916055,0.546284,0.5,0.5;STBP=1,0,0.041,1,1;TYPE=del,mnp,del,mnp,snp;VARB=-0.00604678,0.186032,-0.116447,0.011926,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=3418428,3418433,3418429,3418435,3418429;OREF=GC,CCC,C,CA,C;OALT=-,ACG,-,AC,G;OMAPALT=GCCCCCCA,GGCCCCACGA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.151515,0.747475,0,0:20,6,14,5,9:115:0,15,74,0,0:99:10:0,14,25,0,0:0,1,49,0,0:0:10:85:19:1,6,2,0,0:19,0,12,5,9:0:19 chr1 3428160 . T G 330.86 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0327773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5957;QD=15.9448;RBI=0.038676;REFB=-0.00491474;REVB=-0.02053;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15648;STB=0.58775;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0101198;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:17:19:32:15:17:19:32:15 chr1 3428608 . G A 575.16 PASS AF=0.483871;AO=42;DP=126;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0366774;FXX=0.0312476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.026;QD=18.5535;RBI=0.051045;REFB=-0.042705;REVB=0.0355015;RO=45;SAF=37;SAR=5;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751988;STB=0.51704;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0496565;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:45:64:42:60:0.483871:5:37:38:7:18:42:43:21 chr1 3440784 . C T 1317.65 PASS AF=0.475352;AO=134;DP=285;FAO=135;FDP=284;FR=.;FRO=149;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=78;FSRR=71;FWDB=0.00150039;FXX=0.00350865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.228;QD=18.5585;RBI=0.0140192;REFB=-0.0237908;REVB=-0.0139386;RO=147;SAF=75;SAR=59;SRF=77;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344204;STB=0.520929;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0254471;OID=.;OPOS=3440784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:147:149:134:135:0.475352:59:75:77:70:59:76:78:71 chr1 3496479 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.489;QD=57.1758;RBI=0.026007;REFB=0;REVB=-0.0080291;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22832e-05;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 3511934 . A G 1105.01 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.365;QD=59.7304;RBI=0.0544716;REFB=0;REVB=-0.0240868;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208746;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:31:42:0:0:32:42:0:0 chr1 3545612 . A G 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.00482122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.061;QD=17.2889;RBI=0.0101676;REFB=-0.0242424;REVB=-0.00895184;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296785;STB=0.665191;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0150952;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:25:8:17:13:25:8 chr1 3548136 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.549;QD=60.0304;RBI=0.0222025;REFB=0;REVB=0.00746652;RO=0;SAF=55;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8476e-05;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:17:55:0:0:17:55:0:0 chr1 3551792 . G A 246.03 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0117467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1217;QD=15.1406;RBI=0.0197765;REFB=0.00483655;REVB=-0.0159099;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983855;STB=0.555518;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0115229;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:36:28:29:0.446154:14:14:21:14:15:14:21:15 chr1 3607520 . G A 776.67 PASS AF=0.373444;AO=90;DP=241;FAO=90;FDP=241;FR=.;FRO=151;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=75;FSRR=76;FWDB=-0.0119122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.027;QD=12.8908;RBI=0.0177682;REFB=-0.0107807;REVB=0.0131836;RO=150;SAF=38;SAR=52;SRF=75;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867429;STB=0.547103;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0177714;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:150:151:90:90:0.373444:52:38:75:75:52:38:75:76 chr1 3638674 . C T 938.96 PASS AF=0.930556;AO=66;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0512159;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.761;QD=52.1645;RBI=0.058474;REFB=-0.157467;REVB=0.0282158;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149975;STB=0.509572;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00241918;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:1:5:66:67:0.930556:35:31:1:0:36:31:3:2 chr1 3703710 . G A 586.44 PASS AF=0.580645;AO=49;DP=91;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0421664;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5479;QD=25.2231;RBI=0.0851337;REFB=-0.0514788;REVB=0.0739577;RO=39;SAF=21;SAR=28;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270399;STB=0.515195;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0442798;OID=.;OPOS=3703710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:39:39:49:54:0.580645:28:21:18:21:31:23:18:21 chr1 3743319 . G A 346.01 PASS AF=0.468354;AO=30;DP=72;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0198341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.416;QD=17.5193;RBI=0.0377429;REFB=-0.0272313;REVB=0.0321113;RO=42;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544714;STB=0.507726;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.033527;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:42:42:30:37:0.468354:22:8:13:29:26:11:13:29 chr1 3745924 . G A 921.44 PASS AF=0.494624;AO=92;DP=186;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0171518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7475;QD=19.8159;RBI=0.0235802;REFB=-0.0138252;REVB=-0.0161815;RO=94;SAF=36;SAR=56;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124411;STB=0.506848;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0245795;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:94:94:92:92:0.494624:56:36:38:56:56:36:38:56 chr1 3753136 . A T 442.51 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0423342;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.389;QD=14.7502;RBI=0.0428278;REFB=-0.00599735;REVB=-0.00648311;RO=70;SAF=23;SAR=27;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119103;STB=0.5067;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0190201;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:70:70:50:50:0.416667:27:23:33:37:27:23:33:37 chr1 3755675 . T C 279.02 PASS AF=0.491803;AO=31;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0198069;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5232;QD=18.2962;RBI=0.0298196;REFB=-0.0356549;REVB=-0.0222912;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116484;STB=0.557696;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0367827;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:31:31:30:0.491803:14:17:12:17:14:16:13:18 chr1 3759784 . A G 512.42 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.027506;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.728;QD=17.0805;RBI=0.0277722;REFB=-0.0218549;REVB=0.0038363;RO=64;SAF=32;SAR=23;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591055;STB=0.52748;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0258769;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:64:65:55:55:0.458333:23:32:41:23:23:32:41:24 chr1 3761479 . C T 223.45 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0192629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.353;QD=19.0173;RBI=0.0215507;REFB=-6.39376e-05;REVB=-0.00966301;RO=23;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18536;STB=0.590482;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=6.01261e-05;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:25:22:22:0.468085:17:5:9:14:17:5:9:16 chr1 3786189 . G A 1435.01 PASS AF=0.959596;AO=94;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00308334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.681;QD=57.9804;RBI=0.0239915;REFB=-0.103389;REVB=0.0237926;RO=3;SAF=52;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130115;STB=0.50193;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000776036;OID=.;OPOS=3786189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:99:99:3:4:94:95:0.959596:42:52:1:2:43:52:2:2 chr1 3800242 . A G 626.89 PASS AF=0.954545;AO=40;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0316833;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.8;QD=56.99;RBI=0.0531458;REFB=-0.0111819;REVB=0.0426691;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323178;STB=0.507039;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000145319;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:1:2:40:42:0.954545:26:14:1:0:27:15:1:1 chr1 4772053 . T C 292.02 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0828259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.3849;QD=13.9059;RBI=0.108475;REFB=-0.0252718;REVB=-0.0700483;RO=45;SAF=10;SAR=24;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464995;STB=0.571385;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0341745;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:50:34:34:0.404762:24:10:15:30:24:10:20:30 chr1 4772717 . G A 213.09 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0133511;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.842;QD=14.4468;RBI=0.0144032;REFB=-0.0154509;REVB=0.00540363;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329787;STB=0.686136;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0157455;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:9:25:10:15:9:25 chr1 5926507 . T C 205.06 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0116204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.662;QD=15.7738;RBI=0.0154655;REFB=-0.0133415;REVB=-0.0102053;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140847;STB=0.578967;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0187632;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:29:22:23:0.442308:11:11:18:10:12:11:18:11 chr1 5928035 . G A 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00773217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.115;QD=18.7847;RBI=0.0148886;REFB=-0.0382698;REVB=0.0127233;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276684;STB=0.515426;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0404515;OID=.;OPOS=5928035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:14:19:18:15:14:19:18:15 chr1 5935162 . A T 186.73 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0802682;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.656;QD=43.9362;RBI=0.0873649;REFB=0.0426375;REVB=0.034491;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036598;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=5.49789e-05;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:0:1:12:4:0:1 chr1 5937168 . G A 809.27 PASS AF=0.434146;AO=89;DP=205;FAO=89;FDP=205;FR=.;FRO=116;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=52;FWDB=0.0158058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.273;QD=15.7907;RBI=0.0243011;REFB=-0.0237313;REVB=0.0184586;RO=114;SAF=57;SAR=32;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932317;STB=0.552875;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0272981;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:114:116:89:89:0.434146:32:57:63:51:32:57:64:52 chr1 5948677 . G A 594.9 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0103512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.076;QD=25.0483;RBI=0.0106073;REFB=-0.0141421;REVB=0.00231696;RO=41;SAF=31;SAR=23;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689343;STB=0.537673;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0112371;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:23:31:27:14:23:31:27:14 chr1 5987819 . C T 583.23 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0118443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.666;QD=25.3576;RBI=0.016071;REFB=0.00314396;REVB=0.0108623;RO=36;SAF=24;SAR=29;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137257;STB=0.589877;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00181794;OID=.;OPOS=5987819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:39:53:53:0.576087:29:24:23:13:29:24:26:13 chr1 6149053 . C T 385.75 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=12;FWDB=0.0258067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.937;QD=15.5857;RBI=0.0334993;REFB=-0.0242349;REVB=0.0213593;RO=58;SAF=24;SAR=17;SRF=46;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23481;STB=0.630908;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0358978;OID=.;OPOS=6149053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:17:24:46:12:17:24:46:12 chr1 6149122 . G A 405.63 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.036188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.534;QD=17.8297;RBI=0.0373153;REFB=-0.0305807;REVB=0.00910277;RO=47;SAF=21;SAR=21;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233262;STB=0.626317;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0389537;OID=.;OPOS=6149122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:49:42:42:0.461538:21:21:35:12:21:21:36:13 chr1 6158562 . A G 462.82 PASS AF=0.451327;AO=49;DP=111;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00344611;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2494;QD=16.383;RBI=0.00992375;REFB=-0.0195927;REVB=-0.00930619;RO=61;SAF=20;SAR=29;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184606;STB=0.502297;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.025843;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:61:62:49:51:0.451327:29:20:26:35:29:22:27:35 chr1 6162054 . T C 115.08 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00349497;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3196;QD=11.2277;RBI=0.0562227;REFB=-0.025764;REVB=-0.0561139;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175995;STB=0.560351;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0354666;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:24:27:13:14:0.341463:9:4:11:13:9:5:12:15 chr1 6162110 . G A 268.46 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=2.86311e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.258;QD=22.3717;RBI=0.00175238;REFB=-0.000304913;REVB=-0.00175215;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819438;STB=0.532136;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00133073;OID=.;OPOS=6162110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:22:23:0.479167:13:9:11:11:13:10:11:11 chr1 6162407 . A G 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00331328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.043;QD=16.6282;RBI=0.0161286;REFB=-0.0297012;REVB=-0.0157846;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034656;STB=0.519969;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0367592;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:7:7:6:7:7:7 chr1 6184092 . A G 1068.62 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.392;QD=59.3678;RBI=0.0372002;REFB=0;REVB=-0.0187918;RO=0;SAF=55;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133262;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:16:55:0:0:16:56:0:0 chr1 6196869 . A G 223.78 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.108384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1552;QD=19.4593;RBI=0.111884;REFB=0.00482489;REVB=-0.0277656;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177949;STB=0.58688;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00928131;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:7:16:11:11:8:16 chr1 6209363 . T C 65.12 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0545572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.7193;QD=10.0184;RBI=0.0661802;REFB=-0.0193629;REVB=-0.0374609;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586961;STB=0.817647;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0226208;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:15:1:6:3:15:2 chr1 6211183 . G A 477.03 PASS AF=0.527473;AO=40;DP=84;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.113411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8516;QD=20.9683;RBI=0.120947;REFB=-0.0345839;REVB=0.0420229;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124298;STB=0.53332;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0396139;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:91:41:43:40:48:0.527473:18:22:28:13:20:28:28:15 chr1 6257793 . GCCCCCC GCCCCC,GCCCCCT,TGCCCCC 70.36 PASS AF=0.304348,0.217391,0;AO=3,5,2;DP=21;FAO=7,5,0;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2,5,0;FSAR=5,0,0;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0284942,-0.0168809,-0.0360293;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=12.3239,30.1631,19.0545;QD=12.2357;RBI=0.228487,0.147884,0.0547213;REFB=-0.0112308,-0.03292,-0.0286611;REVB=0.226703,0.146918,0.0411863;RO=9;SAF=0,5,0;SAR=3,0,2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0.538462,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.836525,0;STB=0.761457,0.998747,0.5;STBP=0.44,0,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=9.41614e-05,0.037253,0;OID=.,.,.;OPOS=6257794,6257799,6257793;OREF=C,C,GC;OALT=-,T,TG;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCT,TGCCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:23:9:11:3,5,2:7,5,0:0.304348,0.217391,0:3,0,2:0,5,0:0:9:5,0,0:2,5,0:0:11 chr1 6313938 . C T 1337.53 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00356011;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.335;QD=60.7966;RBI=0.00523765;REFB=-0.0297376;REVB=0.00384169;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106453;STB=0.505493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=9.88129e-05;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:1:1:85:87:0.988636:44:41:0:1:45:42:0:1 chr1 6314822 . T C 930.89 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5333;QD=58.1806;RBI=0.0368337;REFB=0;REVB=0.0217655;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524495;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr1 6614535 . G A 563.46 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146628;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3372;QD=60.9142;RBI=0.148517;REFB=0;REVB=0.147791;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156519;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 6635231 . A G 347.2 PASS AF=0.9;AO=26;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00795082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5866;QD=46.2938;RBI=0.0210785;REFB=0.0408851;REVB=0.0195214;RO=4;SAF=12;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710658;STB=0.518505;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0183743;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:4:3:26:27:0.9:14:12:3:1:14:13:2:1 chr1 6635306 . G A 394.49 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0452493;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.057;QD=17.1519;RBI=0.0506444;REFB=-0.00480139;REVB=-0.0227455;RO=51;SAF=28;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200965;STB=0.613082;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00902257;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:51:51:41:41:0.445652:13:28:25:26:13:28:25:26 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 115.45 PASS AF=0.363636;AO=18;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0297942;FXX=0.0517152;HRUN=2;LEN=9;MLLD=282.892;QD=8.3966;RBI=0.0342584;REFB=-0.00843172;REVB=0.0169099;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436414;STB=0.707375;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.0125686;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:18:54:20:55:35:6:14:22:13:99:25:4:14:16:9 chr1 6659505 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0197679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.736;QD=15.7844;RBI=0.0224539;REFB=-0.00582192;REVB=-0.0106493;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195189;STB=0.611503;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.007515;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:4:13:8:6:4:13 chr1 6679954 . C T 999.81 PASS AF=0.494949;AO=98;DP=198;FAO=98;FDP=198;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0702794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7569;QD=20.1982;RBI=0.0708648;REFB=0.00061713;REVB=-0.00909011;RO=98;SAF=38;SAR=60;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104626;STB=0.563159;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000258416;OID=.;OPOS=6679954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:98:100:98:98:0.494949:60:38:49:49:60:38:51:49 chr1 6693097 . A G 157.87 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.043448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.998;QD=12.1436;RBI=0.050893;REFB=0.000714982;REVB=-0.0265022;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118945;STB=0.560018;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00138552;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:33:19:19:0.365385:8:11:14:16:8:11:16:17 chr1 6695244 . A G 44.77 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00630359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9048;QD=7.46139;RBI=0.0394374;REFB=-0.00798503;REVB=-0.0389304;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883077;STB=0.555401;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0151406;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:11:6:3:4:11:6 chr1 6704635 . A G 112.56 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00606334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0673;QD=9.18843;RBI=0.0121853;REFB=-0.0041533;REVB=0.0105697;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100788;STB=0.58128;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0110923;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:35:14:14:0.285714:6:8:16:17:6:8:16:19 chr1 6711146 . T C 171.44 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0254018;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4446;QD=15.9474;RBI=0.0308053;REFB=-0.0346087;REVB=0.0174274;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203;STB=0.554315;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.032796;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:25:18:18:0.418605:7:11:13:9:7:11:13:12 chr1 6947717 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000282283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.032;QD=18.7769;RBI=0.0204642;REFB=-0.000756003;REVB=0.0204622;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105531;STB=0.559224;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00096318;OID=.;OPOS=6947717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:16:10:13:13:16:10:13:13 chr1 7811014 . G A 276.3 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00431783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.225;QD=11.1635;RBI=0.00447358;REFB=-0.00343028;REVB=-0.00117016;RO=66;SAF=21;SAR=12;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160216;STB=0.593163;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00659106;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:12:21:33:33:12:21:33:33 chr1 7870048 . T C 410.2 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0525058;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2234;QD=17.8349;RBI=0.0526684;REFB=0.0032168;REVB=-0.00413633;RO=48;SAF=27;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161147;STB=0.601861;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00731451;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:50:42:42:0.456522:15:27:23:25:15:27:23:27 chr1 7887248 . G A 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.602;QD=62.161;RBI=0.0408871;REFB=0;REVB=0.0132151;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76275e-05;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr1 7887493 . T C 1542.28 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211057;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2111;QD=63.599;RBI=0.0778496;REFB=0;REVB=0.077821;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003867;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:93:97:1:60:33:0:0:63:34:0:0 chr1 7887605 . G A 201.47 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0144965;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.58;QD=17.1467;RBI=0.015872;REFB=-0.0197637;REVB=0.00646302;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668713;STB=0.524393;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0158751;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:26:19:21:0.446809:7:12:13:10:8:13:15:11 chr1 7889941 . C T 483.45 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00308335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.582;QD=19.1466;RBI=0.0249906;REFB=-0.00622877;REVB=0.0247997;RO=49;SAF=31;SAR=19;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643033;STB=0.537335;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00633875;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:51:50:50:0.49505:19:31:27:22:19:31:28:23 chr1 7890053 . G A 117.84 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0601074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7455;QD=12.4042;RBI=0.06108;REFB=-0.0419303;REVB=0.0108567;RO=24;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125904;STB=0.575224;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0662316;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:12:2:5:19:12:2:5:19 chr1 7890055 . T A 107.76 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0386998;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.304;QD=11.0522;RBI=0.0396473;REFB=0.00935847;REVB=0.00861612;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142396;STB=0.58652;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00921084;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:11:2:6:20:11:2:6:20 chr1 7906476 . G T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9306;QD=53.9107;RBI=0.0993803;REFB=0;REVB=-0.099229;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168226;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr1 7909737 . C T 446.06 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0640198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5953;QD=20.7471;RBI=0.0705539;REFB=-0.0289615;REVB=-0.0296533;RO=42;SAF=17;SAR=27;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205261;STB=0.613585;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0177975;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:27:17:26:16:27:17:26:16 chr1 7990367 . G A 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.871;QD=45.7981;RBI=0.0570743;REFB=0;REVB=0.0512195;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571487;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 8031054 . G A 458.92 PASS AF=0.436975;AO=50;DP=118;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00496087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.469;QD=15.4258;RBI=0.089105;REFB=-0.0240609;REVB=0.0889667;RO=67;SAF=31;SAR=19;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102578;STB=0.542407;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0411075;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:67:67:50:52:0.436975:19:31:35:32:21:31:35:32 chr1 8042970 . G T 86.81 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0432928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.008;QD=12.8604;RBI=0.043903;REFB=-0.00539126;REVB=0.00729454;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00867183;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:10:6:4:7:10:6 chr1 8390888 . G A 463.37 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00403978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.342;QD=21.8056;RBI=0.0186655;REFB=-0.0204042;REVB=-0.0182231;RO=40;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760323;STB=0.54191;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0192713;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:22:23:24:16:22:23:24:16 chr1 8412935 . C T 1894.98 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.34;QD=61.1283;RBI=0.0219094;REFB=0;REVB=0.00836617;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61228e-05;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:124:0:0:112:124:1:63:49:0:0:70:54:0:0 chr1 8412989 . A G 1606.92 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.793;QD=60.0717;RBI=0.0177035;REFB=0;REVB=0.00187439;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78422e-05;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr1 8418644 . C A 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0526182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.249;QD=43.6831;RBI=0.0806808;REFB=-0.0331096;REVB=0.0611614;RO=2;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152413;STB=0.583245;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000700442;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:5:15:0:2:5:15:0:2 chr1 8418650 . T C 262.65 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560059;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.464;QD=52.5302;RBI=0.0595981;REFB=0;REVB=0.0203782;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164998;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:21:20:1:7:14:0:0:7:13:0:0 chr1 8421203 . T C 115.17 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0749;QD=41.8801;RBI=0.129497;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00706135;OID=.;OPOS=8421203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr1 8928125 . G T 620.99 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0199329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.793;QD=55.1993;RBI=0.0318582;REFB=-0.099802;REVB=0.024852;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.50955;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00135833;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:1:3:42:42:0.933333:20:22:1:0:20:22:2:1 chr1 9009406 . C T 119.29 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0043468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.004;QD=13.2546;RBI=0.0146764;REFB=-0.00489801;REVB=-0.0140179;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00568818;OID=.;OPOS=9009406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:12:10:8:6:12:10 chr1 9009444 . A C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4071;QD=56.7007;RBI=0.0215395;REFB=0;REVB=-0.011375;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99612e-05;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 9009451 . G C 206.2 PASS AF=0.703704;AO=20;DP=28;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0134116;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6506;QD=30.5477;RBI=0.0360035;REFB=0.0273921;REVB=0.0334123;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907077;STB=0.56072;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0121098;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:8:8:20:19:0.703704:9:11:3:5:8:11:3:5 chr1 9009470 . G C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0152822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.522;QD=21.0139;RBI=0.0168181;REFB=-0.0047965;REVB=-0.00702159;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145526;STB=0.583179;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00346846;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:3:4:4:7:3:4 chr1 9011537 . G A 275.58 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0202047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.982;QD=25.6356;RBI=0.0504342;REFB=-0.0417567;REVB=-0.0462102;RO=18;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146346;STB=0.581421;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0462879;OID=.;OPOS=9011537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:8:17:9:9:8:17:9:9 chr1 9011586 . T G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.131;QD=57.1036;RBI=0.0656133;REFB=0;REVB=0.0554373;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34661e-05;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 9011627 . G A 385.09 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0195929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1584;QD=18.1217;RBI=0.0252788;REFB=-0.0148415;REVB=0.015973;RO=44;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129747;STB=0.577493;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0106255;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:21:19:27:17:21:19:28:17 chr1 9011722 . G T 820.55 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745724;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.74;QD=57.5822;RBI=0.0163459;REFB=0;REVB=0.0145457;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28032e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr1 9017204 . A G 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00132595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.542;QD=24.9291;RBI=0.0186616;REFB=-0.0160688;REVB=-0.0186145;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257164;STB=0.514274;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0128105;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:10:15:12:7:10:15:12:7 chr1 9030964 . C T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0206605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.371;QD=21.4298;RBI=0.0206793;REFB=-0.0187689;REVB=0.000880914;RO=29;SAF=19;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161217;STB=0.588967;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0163992;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:16:19:10:19:16:19:10:19 chr1 9034421 . G A 146.65 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0124435;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.863;QD=10.4753;RBI=0.014592;REFB=-0.00843509;REVB=-0.00762136;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585442;STB=0.506487;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0132858;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:37:19:19:0.339286:6:13:21:12:6:13:25:12 chr1 9039704 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.72;QD=45.8061;RBI=0.0666022;REFB=0;REVB=0.0635063;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117036;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 9129620 . C T 677.97 PASS AF=0.666667;AO=58;DP=87;FAO=58;FDP=87;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0252783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.032;QD=31.1712;RBI=0.0409219;REFB=-0.00104011;REVB=-0.0321809;RO=29;SAF=25;SAR=33;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179302;STB=0.5969;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000720239;OID=.;OPOS=9129620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:29:29:58:58:0.666667:33:25:21:8:33:25:21:8 chr1 9188876 . T C 273.57 PASS AF=0.418919;AO=32;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.034366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0468;QD=14.7874;RBI=0.0347909;REFB=-0.00998702;REVB=-0.00542108;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231081;STB=0.53301;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0121015;OID=.;OPOS=9188876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:32:31:0.418919:19:13:18:24:19:12:19:24 chr1 9307033 . G A 190.94 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0186057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9655;QD=13.3991;RBI=0.040775;REFB=0.0122815;REVB=0.0362826;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212678;STB=0.622923;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0145061;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:6:17:19:15:6:17:19:15 chr1 9307138 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0367025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.469;QD=10.4387;RBI=0.0371817;REFB=0.0101967;REVB=-0.00594976;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621806;STB=0.537134;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.014633;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:5:8:18:9:5:8:18:9 chr1 9323910 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0163737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.372;QD=17.5591;RBI=0.0179082;REFB=-0.00849708;REVB=-0.00725297;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232951;STB=0.637324;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00907468;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:13:5:2:18:13:5:2:19 chr1 9416346 . C T 217.59 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.044812;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.659;QD=19.3411;RBI=0.0459308;REFB=-0.00294799;REVB=-0.0100755;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562738;STB=0.532757;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00341249;OID=.;OPOS=9416346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:23:21:22:0.488889:11:10:10:14:12:10:9:14 chr1 9427869 . G A 1196.99 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0815997;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.506;QD=61.3842;RBI=0.0816085;REFB=0;REVB=0.00120075;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382124;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:79:78:1:40:39:0:0:40:38:0:0 chr1 9670834 . C T 2058.95 PASS AF=0.938356;AO=137;DP=148;FAO=137;FDP=146;FR=.;FRO=9;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0467942;FXX=0.0201329;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.691;QD=56.4096;RBI=0.0486084;REFB=-0.177782;REVB=0.0131558;RO=3;SAF=57;SAR=80;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104812;STB=0.529689;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00405285;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:148:146:3:9:137:137:0.938356:80:57:2:1:80:57:8:1 chr1 9888202 . C T 1034.62 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118791;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6908;QD=59.1214;RBI=0.0166903;REFB=0;REVB=0.011724;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281554;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:66:70:1:28:38:0:0:29:41:0:0 chr1 10218439 . T C 341.0 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.01753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7044;QD=13.3724;RBI=0.0196973;REFB=0.0138268;REVB=-0.00898233;RO=62;SAF=17;SAR=23;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199132;STB=0.612832;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0209516;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:23:17:38:24:23:17:38:24 chr1 10318652 . C G 536.86 PASS AF=0.452381;AO=56;DP=128;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.00933366;FXX=0.023254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.289;QD=17.0431;RBI=0.0215375;REFB=-0.00401166;REVB=-0.01941;RO=69;SAF=32;SAR=24;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190867;STB=0.609557;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00290047;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:69:69:56:57:0.452381:24:32:26:43:24:33:26:43 chr1 10339209 . CAT C 273.82 PASS AF=0.390244;AO=28;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00102266;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.334;QD=13.357;RBI=0.010134;REFB=-0.00801396;REVB=0.0100823;RO=47;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057976;STB=0.555437;STBP=0.449;TYPE=del;VARB=0.0127347;OID=.;OPOS=10339210;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:28:82:32:82:50:17:15:22:28:99:47:14:14:21:26 chr1 10366692 . C G 356.45 PASS AF=0.453488;AO=31;DP=78;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0104013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.739;QD=16.5789;RBI=0.0347296;REFB=-0.0238581;REVB=0.0331355;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563365;STB=0.50605;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0278225;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:40:47:31:39:0.453488:18:13:19:21:22:17:21:26 chr1 10435324 . C A 345.43 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0206241;FXX=0.0563301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.663;QD=20.6228;RBI=0.0227137;REFB=-0.00661621;REVB=0.00951607;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307358;STB=0.508108;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00911697;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:67:29:32:35:35:0.522388:18:17:13:16:18:17:15:17 chr1 10460485 . T C 410.09 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=5;FWDB=-0.0100224;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.187;QD=20.5043;RBI=0.0104962;REFB=-0.0245031;REVB=0.00311784;RO=39;SAF=26;SAR=15;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244635;STB=0.633746;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0238279;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:39:41:41:0.5125:15:26:34:5:15:26:34:5 chr1 10473196 . C T 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0329065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.723;QD=17.4259;RBI=0.0442256;REFB=0.00106174;REVB=-0.0295477;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207579;STB=0.618918;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00110134;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:11:12:6:13:11:12 chr1 10490522 . C T 410.6 PASS AF=0.72549;AO=35;DP=49;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0212115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.843;QD=32.2038;RBI=0.0934726;REFB=-0.0132461;REVB=0.091034;RO=14;SAF=27;SAR=8;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666518;STB=0.530728;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00743642;OID=.;OPOS=10490522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:14:14:35:37:0.72549:8:27:12:2:8:29:12:2 chr1 10511589 . T C 772.58 PASS AF=0.98;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.544;QD=61.8063;RBI=0.0288937;REFB=0.0951991;REVB=-0.00574668;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.51428;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00102424;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:49:49:0.98:32:17:0:0:32:17:1:0 chr1 10521569 . C T 271.1 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00653805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.62;QD=16.9435;RBI=0.0069154;REFB=-0.0114884;REVB=0.00225313;RO=34;SAF=21;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179102;STB=0.583275;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0151322;OID=.;OPOS=10521569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:8:21:19:15:9:21:19:15 chr1 10521649 . C T 285.9 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00504013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.196;QD=23.8247;RBI=0.0409566;REFB=-0.0420632;REVB=0.0406453;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126164;STB=0.55906;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0288719;OID=.;OPOS=10521649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:11:14:9:13:12:14:9:13 chr1 10521697 . C T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00399421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.786;QD=9.47472;RBI=0.023192;REFB=-0.0208234;REVB=-0.0228455;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122057;STB=0.595545;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.050201;OID=.;OPOS=10521697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:7:3:8:12:7:3:9:12 chr1 11007832 . G GC 32.23 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0190866;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.72243;QD=2.26163;RBI=0.12016;REFB=-0.0713782;REVB=-0.118634;RO=42;SAF=3;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320019;STB=0.538409;STBP=0.737;TYPE=ins;VARB=0.0755522;OID=.;OPOS=11007833;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:15:63:15:57:42:5:10:16:26:32:42:3:12:18:24 chr1 11008497 . G C 353.98 PASS AF=0.412371;AO=34;DP=90;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0454459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.382;QD=14.5971;RBI=0.0481661;REFB=-0.0127603;REVB=0.0159577;RO=56;SAF=5;SAR=29;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326003;STB=0.584861;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0166517;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:97:56:57:34:40:0.412371:29:5:20:36:30:10:21:36 chr1 11008695 . T C 453.95 PASS AF=0.54321;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00990485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.199;QD=22.4174;RBI=0.0123726;REFB=-0.0259532;REVB=-0.00741448;RO=36;SAF=26;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222752;STB=0.608647;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0240252;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:37:43:44:0.54321:17:26:12:24:18:26:13:24 chr1 11014118 . C T 234.7 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0372703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3497;QD=18.7759;RBI=0.0412841;REFB=-0.0159708;REVB=0.0177569;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148795;STB=0.595583;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0321642;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:8:15:13:13:8:15:13:14 chr1 11015165 . A G 446.56 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00790439;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.967;QD=13.8467;RBI=0.00934885;REFB=-0.0140306;REVB=0.00499216;RO=78;SAF=28;SAR=23;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120575;STB=0.568114;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0279302;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:78:78:51:51:0.395349:23:28:34:44:23:28:34:44 chr1 11087524 . G A 1305.82 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.101111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.398;QD=60.7359;RBI=0.104791;REFB=-0.000849506;REVB=0.0275296;RO=1;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-8.8971e-05;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:39:46:1:0:39:46:1:0 chr1 11090916 . C A 805.4 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.933;QD=64.432;RBI=0.0739228;REFB=0;REVB=-0.0660651;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.19983e-05;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr1 11132217 . G A 1120.7 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.088;QD=58.984;RBI=0.0229344;REFB=0.0295415;REVB=-0.0196711;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000135062;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:33:41:0:0:34:41:0:1 chr1 11141187 . C G 513.4 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.064719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7997;QD=50.0875;RBI=0.0905706;REFB=-0.0427163;REVB=0.0633601;RO=4;SAF=26;SAR=11;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667942;STB=0.535696;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0365638;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:4:4:37:37:0.902439:11:26:4:0:11:26:4:0 chr1 11205058 . C T 619.26 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00154471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.784;QD=58.9767;RBI=0.0555953;REFB=-0.160336;REVB=-0.0555738;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00340011;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr1 11288758 . G A 905.3 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033292;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.224;QD=58.4064;RBI=0.0642465;REFB=0;REVB=-0.0641602;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127699;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr1 11301714 . A G 1565.09 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.513;QD=63.8814;RBI=0.0429403;REFB=0;REVB=-0.0206485;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117212;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr1 11579470 . G A 327.38 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=0.00432482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.408;QD=11.4869;RBI=0.00581077;REFB=-0.0139883;REVB=-0.00388085;RO=73;SAF=20;SAR=21;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205189;STB=0.616804;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0156724;OID=.;OPOS=11579470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:73:73:41:41:0.359649:21:20:49:24:21:20:49:24 chr1 11589911 . G A 400.02 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00956341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.306;QD=16.6675;RBI=0.017427;REFB=-0.0224388;REVB=0.0145685;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106825;STB=0.505997;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0256995;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:23:19:25:29:23:19:25:29 chr1 11710561 . T G 311.47 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0253836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.197;QD=19.1673;RBI=0.0377849;REFB=-0.0366215;REVB=-0.0279887;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983949;STB=0.553019;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.037474;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:32:32:33:0.507692:19:13:16:15:19:14:17:15 chr1 11728894 . G A 463.12 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00964092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.754;QD=17.4764;RBI=0.0147168;REFB=-0.00483889;REVB=0.0111193;RO=56;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598808;STB=0.53332;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00485871;OID=.;OPOS=11728894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:21:29:29:27:21:29:29:27 chr1 11731399 . G A 230.41 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0116131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6817;QD=12.1266;RBI=0.0168357;REFB=-0.000873256;REVB=0.0121892;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966265;STB=0.548746;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00206977;OID=.;OPOS=11731399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:13:15:21:26:13:15:22:26 chr1 11766424 . C T 141.28 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.074922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2998;QD=21.7349;RBI=0.0926929;REFB=-0.0599193;REVB=0.0545772;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196568;STB=0.594465;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0475575;OID=.;OPOS=11766424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:10:11:15:15:0.576923:10:5:6:4:10:5:6:5 chr1 11810674 . G A 228.95 PASS AF=0.35;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0031021;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.548;QD=11.4473;RBI=0.027166;REFB=-0.0115468;REVB=0.0269883;RO=50;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119033;STB=0.583273;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0280901;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:50:52:28:28:0.35:10:18:27:23:10:18:27:25 chr1 11810691 . C T 355.15 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0112861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.5786;QD=15.6108;RBI=0.0145086;REFB=-0.00763515;REVB=-0.00911713;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687341;STB=0.522023;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00997555;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:52:38:39:0.428571:18:20:20:24:18:21:26:26 chr1 11810765 . T A 1603.81 PASS AF=0.972727;AO=102;DP=107;FAO=107;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.769;QD=58.3205;RBI=0.0516621;REFB=-0.108956;REVB=-0.0326124;RO=1;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998794;STB=0.50495;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=5.84671e-05;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:110:1:1:102:107:0.972727:47:55:0:1:50:57:0:1 chr1 11810844 . A G 211.93 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0405128;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.962;QD=9.97312;RBI=0.0412547;REFB=-0.0148795;REVB=-0.00778854;RO=56;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288653;STB=0.667115;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.026079;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:58:27:27:0.317647:10:17:21:35:10:17:22:36 chr1 11826085 . G A 331.33 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0141917;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7308;QD=22.0887;RBI=0.0567184;REFB=-0.0133915;REVB=0.0549143;RO=23;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161289;STB=0.59994;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0162806;OID=.;OPOS=11826085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:23:26:34:34:0.566667:22:12:13:10:22:12:15:11 chr1 11826629 . C CT 134.88 PASS AF=0.777778;AO=2;DP=20;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0445527;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=157.088;QD=29.9741;RBI=0.0914399;REFB=-0.130295;REVB=-0.0798518;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235288;STB=0.599866;STBP=0.159;TYPE=ins;VARB=0.0280563;OID=.;OPOS=11826630;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:2:20:14:18:4:8:6:4:0:21:18:1:1:13:5 chr1 11826630 . C T 107.31 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0283475;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.064;QD=22.5913;RBI=0.0338325;REFB=-0.0260202;REVB=0.0184678;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191213;STB=0.607311;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00567512;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:6:1:5:7:6:1 chr1 11827304 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.821;QD=40.7591;RBI=0.0432576;REFB=0;REVB=-0.0291891;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000956364;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr1 11828238 . G A 110.21 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00575458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.874;QD=15.7443;RBI=0.143822;REFB=-0.00788988;REVB=0.143707;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0106936;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:6:6:8:7:7:6:8:7 chr1 11828319 . G A 170.47 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0198075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.572;QD=17.0473;RBI=0.019849;REFB=-0.0148596;REVB=0.00128331;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251011;STB=0.652015;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0220309;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:8:10:6:15:8:10:6:16 chr1 11828364 . G A 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0209546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.979;QD=18.9987;RBI=0.0295019;REFB=-0.00855329;REVB=-0.0207669;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00843716;OID=.;OPOS=11828364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:6:11:11:6:6:11 chr1 11831615 . C T 770.05 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246227;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.021;QD=64.1708;RBI=0.0327885;REFB=0;REVB=0.0216519;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125313;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr1 11832311 . G C 264.92 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.060635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7413;QD=18.2705;RBI=0.0729875;REFB=-0.0121613;REVB=0.0406272;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213635;STB=0.619191;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00790285;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:10:19:12:17:10:19 chr1 11835556 . C T 258.41 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0103613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.735;QD=11.746;RBI=0.0145752;REFB=-0.00935974;REVB=-0.0102509;RO=56;SAF=19;SAR=12;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675969;STB=0.511138;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0229773;OID=.;OPOS=11835556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:57:31:31:0.352273:12:19:34:22:12:19:34:23 chr1 11836628 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.619;QD=57.1062;RBI=0.0386752;REFB=0;REVB=0.0149337;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73426e-05;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 11836670 . C A 210.49 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00636507;FXX=0.0869376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.893;QD=20.0466;RBI=0.0169532;REFB=-0.00957556;REVB=0.015713;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176201;STB=0.5999;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0122128;OID=.;OPOS=11836670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:13:9:12:8:13:9 chr1 11836682 . C T 198.5 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0158075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.444;QD=19.3654;RBI=0.022166;REFB=-0.00435108;REVB=0.0155388;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267355;STB=0.515136;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00745619;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:12:9:8:12:12:9 chr1 11838841 . A G 421.71 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.0163176;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.297;QD=17.756;RBI=0.0200188;REFB=-0.0111126;REVB=-0.011597;RO=51;SAF=29;SAR=14;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352962;STB=0.523502;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0113841;OID=.;OPOS=11838841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:52:43:43:0.452632:14:29:36:15:14:29:37:15 chr1 11838848 . G T 530.12 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=92;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00257077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.889;QD=22.8007;RBI=0.00388709;REFB=-0.0144239;REVB=-0.00291558;RO=43;SAF=37;SAR=12;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876183;STB=0.537949;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0148252;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:43:43:49:50:0.537634:12:37:29:14:13:37:29:14 chr1 11839009 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.171538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4399;QD=28.6825;RBI=0.172878;REFB=-0.102867;REVB=-0.0214873;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175672;STB=0.567407;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0399318;OID=.;OPOS=11839009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:1:2:9:9:0.818182:7:2:1:0:7:2:1:1 chr1 11839034 . G A 105.38 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0550411;FXX=0.0666222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3668;QD=30.1074;RBI=0.144942;REFB=-0.0899056;REVB=0.134084;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754271;STB=0.516099;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0291296;OID=.;OPOS=11839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:14:2:3:11:11:0.785714:8:3:1:1:8:3:1:2 chr1 11839923 . C T 281.94 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0039367;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9605;QD=19.444;RBI=0.0330375;REFB=-0.0228526;REVB=0.0328021;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267334;OID=.;OPOS=11839923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:28:30:30:0.517241:15:15:13:13:15:15:14:14 chr1 11839966 . G A 121.52 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.021367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7922;QD=10.802;RBI=0.0233261;REFB=-0.0302165;REVB=0.00935715;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943073;STB=0.566284;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0299437;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:7:8:13:16:7:8:13:17 chr1 11839998 . T C 579.53 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845969;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.975;QD=61.0031;RBI=0.0177339;REFB=0;REVB=0.0155861;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06443e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 11844330 . C T 538.92 PASS AF=0.471074;AO=56;DP=120;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00602786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.912;QD=17.8156;RBI=0.00678823;REFB=-0.0142558;REVB=-0.00312171;RO=62;SAF=32;SAR=24;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985746;STB=0.549139;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0183596;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:62:64:56:57:0.471074:24:32:29:33:25:32:30:34 chr1 11845222 . T C 233.39 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0673473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.517;QD=12.7887;RBI=0.0690461;REFB=-0.0162324;REVB=-0.0152218;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112771;STB=0.56466;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0296455;OID=.;OPOS=11845222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:12:16:21:24:12:16:21:24 chr1 11847449 . G A 269.86 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0142972;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0695;QD=16.6068;RBI=0.0439254;REFB=-0.0101187;REVB=0.0415335;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127108;STB=0.571381;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0118334;OID=.;OPOS=11847449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:16:14:21:14:16:14:21:14 chr1 11848068 . G C 157.68 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0141813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.116;QD=12.6147;RBI=0.0146226;REFB=-0.0150331;REVB=0.00356543;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123489;STB=0.572317;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0324867;OID=.;OPOS=11848068;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:16:16:11:7:16:16 chr1 11849447 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.592;QD=57.1958;RBI=0.011398;REFB=0;REVB=0.0105071;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41403e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr1 11850927 . C T 781.64 PASS AF=0.51634;AO=79;DP=154;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0191681;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.683;QD=20.435;RBI=0.0637517;REFB=-0.0382896;REVB=0.0608018;RO=72;SAF=39;SAR=40;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549284;STB=0.536184;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0321223;OID=.;OPOS=11850927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:72:74:79:79:0.51634:40:39:31:41:40:39:31:43 chr1 11854457 . G A 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.963;QD=57.3809;RBI=0.0364902;REFB=0;REVB=-0.0362154;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20252e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr1 11854476 . T G 329.27 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0293766;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.319;QD=20.5791;RBI=0.0310146;REFB=-0.013181;REVB=0.00994595;RO=27;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742155;STB=0.515616;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0120315;OID=.;OPOS=11854476;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:30:34:34:0.53125:17:17:16:11:17:17:16:14 chr1 11854896 . G A 123.45 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0517301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4181;QD=7.48154;RBI=0.0549355;REFB=-0.00525479;REVB=0.0184907;RO=47;SAF=13;SAR=5;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594144;STB=0.530577;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0159535;OID=.;OPOS=11854896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:48:18:18:0.272727:5:13:32:15:5:13:33:15 chr1 11863057 . G A 362.41 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00580752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.363;QD=13.2996;RBI=0.00784595;REFB=-0.00445165;REVB=-0.00527556;RO=64;SAF=27;SAR=16;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21819;STB=0.614901;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00519208;OID=.;OPOS=11863057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:64:66:43:43:0.394495:16:27:27:37:16:27:29:37 chr1 11884554 . GA G,GG 560.69 PASS AF=0.184211,0.815789;AO=9,28;DP=37;FAO=7,31;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6,21;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121228,-0.0107858;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.226,239.365;QD=59.02;RBI=0.0537926,0.0519873;REFB=0,0;REVB=0.0524088,0.0508562;RO=0;SAF=9,18;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0214223,-0.00405045;OID=.,.;OPOS=11884555,11884555;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.184211,0.815789:9,28:37:7,31:38:0:6,21:1,10:0:0:22:0:9,18:0,10:0:0 chr1 11897082 . C T 280.38 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0614178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4776;QD=10.8886;RBI=0.0923266;REFB=-0.0293063;REVB=0.0689352;RO=65;SAF=28;SAR=8;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353218;STB=0.706607;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0433014;OID=.;OPOS=11897082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:67:36:36:0.349515:8:28:32:33:8:28:33:34 chr1 11898789 . G T 106.52 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0291227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7712;QD=12.1734;RBI=0.0321149;REFB=-0.0145659;REVB=0.0135366;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105266;STB=0.539937;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0307288;OID=.;OPOS=11898789;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:22:13:13:0.371429:9:4:4:14:9:4:8:14 chr1 11899033 . G T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0202482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.935;QD=15.1662;RBI=0.027445;REFB=-0.00804036;REVB=-0.0185267;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345039;STB=0.702404;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00983826;OID=.;OPOS=11899033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:10:10:12:3:10:10 chr1 11907648 . C T 459.18 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.020029;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.516;QD=20.6372;RBI=0.0301942;REFB=-0.0121807;REVB=-0.0225949;RO=43;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140807;STB=0.572695;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0149133;OID=.;OPOS=11907648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:43:44:45:45:0.505618:27:18:24:19:27:18:24:20 chr1 11968230 . T C 169.2 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0331612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.814;QD=12.0854;RBI=0.0333444;REFB=-0.00446224;REVB=-0.00349022;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186929;STB=0.620583;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0075703;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:10:11:23:10:10:11:25:10 chr1 11968259 . A G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.000932474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.315;QD=12.5795;RBI=0.00330237;REFB=-0.0254751;REVB=-0.00316799;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138011;STB=0.596906;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0315419;OID=.;OPOS=11968259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:31:17:17:0.354167:8:9:19:10:8:9:21:10 chr1 11968273 . A G 195.08 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0455198;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9605;QD=15.3;RBI=0.0488555;REFB=-0.0118617;REVB=-0.017743;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904587;STB=0.543439;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0159029;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:29:22:22:0.431373:10:12:19:11:10:12:18:11 chr1 11968316 . T TA 155.98 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00202767;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=294.523;QD=15.2171;RBI=0.00467812;REFB=0.00041706;REVB=-0.00421585;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648571;STB=0.527826;STBP=0.806;TYPE=ins;VARB=-9.06013e-05;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:16:42:17:41:24:10:7:13:11:99:24:9:7:12:12 chr1 11969917 . A G 45.52 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0223251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1923;QD=9.10389;RBI=0.0398906;REFB=-0.0376878;REVB=0.0330582;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343745;STB=0.71926;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0441721;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:8:5:1:6:8:5 chr1 11983068 . C T 42.7 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0486767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4096;QD=8.13285;RBI=0.0866524;REFB=-0.0459138;REVB=0.0716883;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0586921;OID=.;OPOS=11983068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:20:21:14:14:6:7:0.333333:3:3:5:9:3:4:5:9 chr1 11983205 . CAAA CGAA,GAAC 402.97 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=16,2;DP=32;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771931,0.0737139;FXX=0.0937207;HRUN=3,6;LEN=1,4;MLLD=120.088,76.4968;QD=55.5821;RBI=0.0772156,0.0745293;REFB=0,0;REVB=0.00186541,-0.0109942;RO=0;SAF=3,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.78418e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000871298,0.080592;OID=.,.;OPOS=11983206,11983205;OREF=A,CAAA;OALT=G,GAAC;OMAPALT=CGAA,GAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:32:29:0:0:16,2:27,2:0.931034,0.0689655:13,2:3,0:0:0:19,2:8,0:0:0 chr1 12009955 . C T 141.04 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0232276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.745;QD=17.0956;RBI=0.0233284;REFB=-0.0160002;REVB=-0.00216602;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147222;STB=0.577262;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0306921;OID=.;OPOS=12009955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:15:16:0.484848:6:9:7:9:7:9:7:10 chr1 12024235 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00647921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3896;QD=12.9746;RBI=0.0555252;REFB=-0.00798416;REVB=0.0551459;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135483;STB=0.578825;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0109303;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:14:4:4:8:14:4 chr1 12065981 . A G 235.86 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0324835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.151;QD=19.2536;RBI=0.0333336;REFB=-0.0164032;REVB=0.00747977;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659676;STB=0.503728;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0166386;OID=.;OPOS=12065981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:16:10:9:14:16:10 chr1 12081851 . TGGGGC TGGGC,TGGGCG 37.96 PASS AF=0.22449,0;AO=9,3;DP=51;FAO=11,0;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00444929,-0.113793;FXX=0.019996;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.2779,36.4905;QD=3.0989;RBI=0.0339051,0.146512;REFB=-0.0334808,-0.0241386;REVB=0.0336119,-0.0922875;RO=33;SAF=4,3;SAR=5,0;SRF=25;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.34058,0;SSSB=-0.378827,0.443175;STB=0.692831,0.5;STBP=0.192,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0774679,0.0554673;OID=.,.;OPOS=12081852,12081855;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGC,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449,0:9,3:51:11,0:49:38:5,0:6,0:27:11:38:33:4,3:5,0:25:8 chr1 12082926 . A G 315.5 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00447125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.461;QD=22.5355;RBI=0.0352079;REFB=-0.0331843;REVB=-0.0349229;RO=24;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124468;STB=0.568921;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.031052;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:22:10:11:13:22:10:11:13 chr1 12175729 . C T 764.61 PASS AF=0.878788;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0152689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.546;QD=46.3398;RBI=0.0219508;REFB=-0.180128;REVB=0.0157702;RO=2;SAF=29;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221044;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:2:8:58:58:0.878788:29:29:2:0:29:29:4:4 chr1 12186058 . A G 279.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0195842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.836;QD=18.9376;RBI=0.0505053;REFB=-0.0336754;REVB=-0.0465536;RO=28;SAF=22;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163052;STB=0.60306;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0280995;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:8:22:16:12:8:22:16:13 chr1 12198297 . T C 1546.28 PASS AF=0.506757;AO=150;DP=297;FAO=150;FDP=296;FR=.;FRO=146;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=77;FSRR=69;FWDB=-0.0504766;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.466;QD=20.8957;RBI=0.0560418;REFB=-0.0561705;REVB=-0.0243473;RO=143;SAF=76;SAR=74;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158931;STB=0.510228;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0492385;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:143:146:150:150:0.506757:74:76:75:68:74:76:77:69 chr1 12248942 . A G 259.23 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.032694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.399;QD=24.1146;RBI=0.0343648;REFB=-0.0290552;REVB=-0.010585;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142281;STB=0.591639;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0296523;OID=.;OPOS=12248942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:24:24:0.55814:9:15:8:10:9:15:8:11 chr1 12251808 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.339;QD=49.5992;RBI=0.055376;REFB=0;REVB=0.0550934;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285489;OID=.;OPOS=12251808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr1 12252955 . T G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0042492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.76;QD=23.7581;RBI=0.0337807;REFB=-0.0120666;REVB=0.0335124;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655371;STB=0.524253;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00864671;OID=.;OPOS=12252955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:14:12:8:13:14:12:9:13 chr1 12382751 . C T 262.6 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00328308;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.992;QD=14.7946;RBI=0.0231734;REFB=-0.00338668;REVB=-0.0229397;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158898;STB=0.595841;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0116663;OID=.;OPOS=12382751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:41:30:30:0.422535:14:16:15:25:14:16:15:26 chr1 12401868 . A C 164.8 PASS AF=0.328358;AO=20;DP=65;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0251007;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.478;QD=9.83849;RBI=0.026072;REFB=-0.0133646;REVB=-0.00704988;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249174;STB=0.509083;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0367463;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:42:45:20:22:0.328358:9:11:24:18:9:13:26:19 chr1 12628188 . T C 239.4 PASS AF=0.426471;AO=27;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00763242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.273;QD=14.0822;RBI=0.0115486;REFB=-0.021736;REVB=0.00866695;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072935;STB=0.52694;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0356463;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:27:29:0.426471:13:14:17:21:15:14:17:22 chr1 12628459 . G A 144.15 PASS AF=0.276316;AO=20;DP=75;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0888079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1695;QD=7.58698;RBI=0.089165;REFB=-0.0243535;REVB=0.00797274;RO=55;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551027;STB=0.515708;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0702499;OID=.;OPOS=12628459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:55:55:20:21:0.276316:10:10:25:30:11:10:25:30 chr1 12638964 . T C 719.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.039;QD=62.5557;RBI=0.0361481;REFB=0;REVB=-0.00212827;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470061;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr1 12639168 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.004;QD=49.599;RBI=0.00531239;REFB=0;REVB=0.0046239;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101887;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 12639309 . G C 431.11 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0143496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.076;QD=17.0737;RBI=0.0153484;REFB=-0.0185118;REVB=-0.00544624;RO=54;SAF=32;SAR=15;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155435;STB=0.508667;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0203778;OID=.;OPOS=12639309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:15:32:36:18:15:32:36:18 chr1 12677242 . G A 686.2 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=0.00547896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.332;QD=20.3319;RBI=0.0164719;REFB=-0.0119365;REVB=0.015534;RO=66;SAF=35;SAR=33;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136951;STB=0.578291;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0104747;OID=.;OPOS=12677242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:67:68:68:0.503704:33:35:44:22:33:35:45:22 chr1 12779560 . T C 349.16 PASS AF=0.408602;AO=35;DP=90;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0107693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.997;QD=15.0175;RBI=0.0140158;REFB=-0.00240832;REVB=0.00897013;RO=53;SAF=22;SAR=13;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897062;STB=0.553163;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00289493;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:53:55:35:38:0.408602:13:22:29:24:14:24:30:25 chr1 12779618 . T C 438.34 PASS AF=0.42735;AO=48;DP=115;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00965328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.065;QD=14.986;RBI=0.0135338;REFB=-0.0192605;REVB=0.00948569;RO=67;SAF=30;SAR=18;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940702;STB=0.549041;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0253241;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:67:67:48:50:0.42735:18:30:36:31:19:31:36:31 chr1 12785494 . G T 213.78 PASS AF=0.389831;AO=17;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00160307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.047;QD=14.4935;RBI=0.00357396;REFB=-0.0113816;REVB=0.00319427;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179119;STB=0.63426;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0198761;OID=.;OPOS=12785494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:32:17:23:0.389831:10:7:11:7:14:9:20:12 chr1 12799736 . C T 573.26 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00517556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.474;QD=17.7755;RBI=0.0380258;REFB=-0.0272073;REVB=-0.037672;RO=67;SAF=27;SAR=33;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264336;STB=0.515217;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0324405;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:67:69:60:60:0.465116:33:27:32:35:33:27:33:36 chr1 12820870 . T C 224.5 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0061359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.896;QD=15.2202;RBI=0.00673003;REFB=-0.0296957;REVB=0.00276478;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304601;STB=0.508468;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.040695;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:13:13:17:15:13:13:17:16 chr1 12835868 . T C 670.7 PASS AF=0.492647;AO=66;DP=135;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00766605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.632;QD=19.7265;RBI=0.00826059;REFB=-0.0142904;REVB=0.00307718;RO=69;SAF=38;SAR=28;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908349;STB=0.553176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.019457;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:69:69:66:67:0.492647:28:38:33:36:28:39:33:36 chr1 12837634 . T A 689.4 PASS AF=0.441176;AO=73;DP=168;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.00359247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8703;QD=16.2211;RBI=0.0776902;REFB=0.00195849;REVB=-0.0776071;RO=95;SAF=41;SAR=32;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385638;STB=0.508792;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00340042;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:95:95:73:75:0.441176:32:41:53:42:32:43:53:42 chr1 12853403 . A C 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0175276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3827;QD=4.65877;RBI=0.0352755;REFB=-0.0042881;REVB=0.0306128;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329976;STB=0.740567;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0365433;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:33:35:8:8:0.186047:2:6:16:17:2:6:16:19 chr1 12854428 . C T 128.86 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0195204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.084;QD=8.45005;RBI=0.0213214;REFB=0.00061032;REVB=0.00857641;RO=43;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743718;STB=0.544256;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00177325;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:12:6:12:31:12:6:12:31 chr1 12854530 . C G 92.25 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0230314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2491;QD=4.1932;RBI=0.0457625;REFB=-0.00251266;REVB=0.0395444;RO=62;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403366;STB=0.534048;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0128705;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:62:72:16:16:0.181818:8:8:33:29:8:8:33:39 chr1 12854544 . T C 184.28 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0223258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.215;QD=8.19025;RBI=0.0313368;REFB=-0.0128964;REVB=0.0219898;RO=65;SAF=8;SAR=17;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267499;STB=0.660213;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0193317;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:25:25:0.277778:17:8:35:30:17:8:35:30 chr1 12855835 . C G 478.34 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0679;QD=54.6676;RBI=0.121633;REFB=0.00274343;REVB=-0.0489356;RO=2;SAF=11;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776232;STB=0.519988;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00125639;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:2:1:33:34:0.971429:22:11:2:0:22:12:1:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 518.85 PASS AF=0.25,0.75;AO=9,27;DP=36;FAO=9,27;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=8,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377861,-0.0177641;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=70.8751,103.49;QD=57.6505;RBI=0.0382128,0.0184408;REFB=0,0;REVB=0.00569465,-0.00494966;RO=0;SAF=1,12;SAR=8,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00745453,0.00334881;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:61:36:36:0:0:9,27:9,27:0.25,0.75:8,15:1,12:0:0:8,15:1,12:0:0 chr1 12855878 . A C 148.66 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0100861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.356;QD=15.2474;RBI=0.0337363;REFB=-0.0291893;REVB=0.0321933;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754966;STB=0.506571;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0260643;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:21:22:16:17:0.435897:11:5:8:13:11:6:8:14 chr1 12856010 . C G 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0170388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.691;QD=7.11838;RBI=0.0171754;REFB=0.00385009;REVB=-0.00216153;RO=36;SAF=9;SAR=3;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121859;STB=0.585215;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.025908;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:36:38:12:12:0.24:3:9:24:12:3:9:25:13 chr1 12856087 . C T 40.32 PASS AF=0.125;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0387578;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.194;QD=2.52011;RBI=0.0468114;REFB=-0.00623497;REVB=-0.0262514;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220135;STB=0.624688;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0452762;OID=.;OPOS=12856087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:64:43:56:8:8:0.125:3:5:19:24:3:5:27:29 chr1 12856106 . A G 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0518653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.751;QD=3.55368;RBI=0.0563267;REFB=-0.00989303;REVB=-0.02197;RO=49;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342399;STB=0.739279;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0444492;OID=.;OPOS=12856106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:7:2:24:25:7:2:24:25 chr1 12856111 . C T 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0375573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.487;QD=5.80899;RBI=0.0440253;REFB=-0.0109074;REVB=-0.0229712;RO=43;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315319;STB=0.52009;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0442344;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:7:5:19:24:7:5:19:24 chr1 12887549 . T C 2102.5 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1752;QD=62.7611;RBI=0.011478;REFB=0;REVB=-0.00446833;RO=0;SAF=79;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22094e-05;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:54:79:0:0:54:80:0:0 chr1 12888523 . T G 48.62 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0158249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.45;QD=14.9612;RBI=0.078118;REFB=-0.0144925;REVB=0.0764983;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168138;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0303928;OID=.;OPOS=12888523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:6:6:7:0.538462:2:4:5:1:3:4:5:1 chr1 12888601 . G GC 213.77 PASS AF=1;AO=16;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.258613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1031;QD=32.8869;RBI=0.294005;REFB=0;REVB=0.13985;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0241806;OID=.;OPOS=12888602;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:28:26:26:0:7:19:0:0:4:12:4:12:3:9 chr1 12907282 . G C 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0688444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.711;QD=4.10152;RBI=0.0688711;REFB=-0.00509623;REVB=-0.0019195;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185322;STB=0.624707;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00476873;OID=.;OPOS=12907282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:4:4:26:14:4:4:26:14 chr1 12907284 . TG CC 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0163498;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.102;QD=4.1017;RBI=0.0245654;REFB=-0.00111791;REVB=-0.0183342;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185322;STB=0.624707;STBP=0.478;TYPE=mnp;VARB=0.00991344;OID=.;OPOS=12907284;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:4:4:26:14:4:4:26:14 chr1 12907379 . T C 116.2 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00439977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.237;QD=7.4969;RBI=0.0139944;REFB=-0.00573278;REVB=0.0132848;RO=45;SAF=14;SAR=3;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305482;STB=0.689402;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0264405;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:3:14:28:17:3:14:28:17 chr1 12907449 . C G 72.74 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0379455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.978;QD=4.77013;RBI=0.0380897;REFB=-0.0103757;REVB=0.00331131;RO=48;SAF=5;SAR=7;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228813;STB=0.653089;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0570022;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:7:5:29:19:7:5:30:19 chr1 12907496 . T C 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0360187;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.721;QD=7.08572;RBI=0.0362732;REFB=-0.00876942;REVB=-0.00428934;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193791;STB=0.512173;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0286733;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:6:5:16:18:6:5:16:18 chr1 12907507 . CT TC 64.71 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0709571;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=55.1323;QD=6.16271;RBI=0.076562;REFB=-0.0146946;REVB=-0.0287545;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0789549;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:42:42:29:32:10:10:0.238095:5:5:13:16:5:5:16:16 chr1 12907533 . T C 51.28 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0285018;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.618;QD=5.69822;RBI=0.0291327;REFB=0.000947953;REVB=0.00603043;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33089;STB=0.705345;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00781828;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:27:28:8:8:0.222222:6:2:14:13:6:2:14:14 chr1 12907633 . G A 315.13 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.000534108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.373;QD=12.6051;RBI=0.00194911;REFB=-5.32777e-05;REVB=0.0018745;RO=64;SAF=13;SAR=23;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225489;STB=0.629537;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000187686;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:23:13:36:28:23:13:36:28 chr1 12907762 . T C 478.23 PASS AF=0.307692;AO=64;DP=209;FAO=64;FDP=208;FR=.;FRO=144;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.00508012;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.765;QD=9.19673;RBI=0.0160683;REFB=-0.00830778;REVB=-0.0152441;RO=140;SAF=27;SAR=37;SRF=63;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339479;STB=0.520801;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0211378;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:140:144:64:64:0.307692:37:27:63:77:37:27:65:79 chr1 12907777 . T C 677.11 PASS AF=0.382775;AO=80;DP=209;FAO=80;FDP=209;FR=.;FRO=129;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.00641814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0821;QD=12.9591;RBI=0.0299625;REFB=0.00201582;REVB=0.0292671;RO=125;SAF=36;SAR=44;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413399;STB=0.514213;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00317577;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:125:129:80:80:0.382775:44:36:61:64:44:36:61:68 chr1 12907781 . T C 110.52 PASS AF=0.125604;AO=26;DP=207;FAO=26;FDP=207;FR=.;FRO=181;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=-0.00163366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.033;QD=2.13573;RBI=0.0282253;REFB=-0.00468202;REVB=-0.0281779;RO=180;SAF=14;SAR=12;SRF=83;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969139;STB=0.569474;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0271351;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:180:181:26:26:0.125604:12:14:83:97:12:14:83:98 chr1 12907798 . A C 154.68 PASS AF=0.152381;AO=32;DP=206;FAO=32;FDP=210;FR=.;FRO=178;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=79;FSRR=99;FWDB=-0.0290177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.631;QD=2.9463;RBI=0.0310037;REFB=-0.00558203;REVB=-0.010918;RO=174;SAF=18;SAR=14;SRF=77;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152843;STB=0.599585;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0349147;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:210:174:178:32:32:0.152381:14:18:77:97:14:18:79:99 chr1 12907802 . CC TT 171.27 PASS AF=0.162679;AO=34;DP=212;FAO=34;FDP=209;FR=.;FRO=175;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=77;FSRR=98;FWDB=-0.0186329;FXX=0.0141503;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.426;QD=3.2778;RBI=0.0190729;REFB=-0.00146042;REVB=0.00407317;RO=173;SAF=20;SAR=14;SRF=75;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196906;STB=0.622497;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.00797995;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:209:173:175:34:34:0.162679:14:20:75:98:14:20:77:98 chr1 12907837 . C T 488.16 PASS AF=0.31;AO=62;DP=200;FAO=62;FDP=200;FR=.;FRO=138;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=0.000434738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.106;QD=9.7632;RBI=0.013881;REFB=-0.0115256;REVB=-0.0138742;RO=137;SAF=37;SAR=25;SRF=66;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137464;STB=0.577348;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.026098;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:137:138:62:62:0.31:25:37:66:71:25:37:67:71 chr1 12907843 . T G 72.64 PASS AF=0.102041;AO=20;DP=197;FAO=20;FDP=196;FR=.;FRO=176;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=90;FSRR=86;FWDB=-0.00378413;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.288;QD=1.48235;RBI=0.0379436;REFB=-0.00266319;REVB=-0.0377545;RO=176;SAF=10;SAR=10;SRF=90;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137318;STB=0.510194;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0364741;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:197:196:176:176:20:20:0.102041:10:10:90:86:10:10:90:86 chr1 12907848 . G C 54.93 PASS AF=0.0876289;AO=17;DP=193;FAO=17;FDP=194;FR=.;FRO=177;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=89;FSRR=88;FWDB=-0.0316564;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.58;QD=1.13261;RBI=0.043095;REFB=-0.000607992;REVB=-0.0292412;RO=169;SAF=9;SAR=8;SRF=85;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311183;STB=0.524243;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00550141;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:193:194:169:177:17:17:0.0876289:8:9:85:84:8:9:89:88 chr1 12907885 . T C 1006.53 PASS AF=0.502538;AO=100;DP=197;FAO=99;FDP=197;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.0129191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.52;QD=20.4371;RBI=0.0129827;REFB=-0.00446963;REVB=0.00128366;RO=97;SAF=47;SAR=53;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684751;STB=0.532835;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.002805;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:97:98:100:99:0.502538:53:47:53:44:52:47:53:45 chr1 12918891 . A C 129.18 PASS AF=0.2;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=27;FWDB=-0.0226975;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.918;QD=4.69727;RBI=0.0516554;REFB=-0.00331521;REVB=-0.0464015;RO=88;SAF=19;SAR=3;SRF=60;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324472;STB=0.703484;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.023323;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:88:88:22:22:0.2:3:19:60:28:3:19:61:27 chr1 12918963 . G T 463.49 PASS AF=0.324176;AO=59;DP=182;FAO=59;FDP=182;FR=.;FRO=123;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=-0.0105556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.445;QD=10.1867;RBI=0.0283397;REFB=-0.00916402;REVB=-0.0263005;RO=123;SAF=42;SAR=17;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230648;STB=0.633883;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.020049;OID=.;OPOS=12918963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:123:123:59:59:0.324176:17:42:65:58:17:42:65:58 chr1 12919064 . T G 1070.53 PASS AF=0.628378;AO=84;DP=138;FAO=93;FDP=148;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0583052;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.245;QD=28.9333;RBI=0.0585275;REFB=-0.0232862;REVB=0.00509706;RO=53;SAF=32;SAR=52;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170795;STB=0.514385;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0164112;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:148:53:55:84:93:0.628378:52:32:19:34:54:39:21:34 chr1 12919079 . C G 285.08 PASS AF=0.278571;AO=39;DP=140;FAO=39;FDP=140;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.0241049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.709;QD=8.14502;RBI=0.0286644;REFB=-0.0128517;REVB=-0.0155113;RO=100;SAF=20;SAR=19;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149431;STB=0.5839;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.033656;OID=.;OPOS=12919079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:100:101:39:39:0.278571:19:20:39:61:19:20:40:61 chr1 12919111 . G A 246.06 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0347204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3913;QD=9.6492;RBI=0.0369805;REFB=0.00798865;REVB=0.0127298;RO=69;SAF=13;SAR=19;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102329;STB=0.555313;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0158004;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:70:32:32:0.313725:19:13:34:35:19:13:34:36 chr1 12919623 . CC TG 59.21 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0256499;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=2;MLLD=186.497;QD=4.93397;RBI=0.0457034;REFB=-0.00860391;REVB=-0.037827;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194776;STB=0.636075;STBP=0.407;TYPE=mnp;VARB=0.0340623;OID=.;OPOS=12919623;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:48:38:39:9:9:0.1875:5:4:23:15:5:4:24:15 chr1 12919872 . T G 362.43 PASS AF=0.338346;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=133;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=62;FWDB=0.00934122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.913;QD=10.9;RBI=0.0270032;REFB=-0.00930599;REVB=0.025336;RO=86;SAF=17;SAR=28;SRF=26;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094465;STB=0.559594;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0194951;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:88:45:45:0.338346:28:17:26:60:28:17:26:62 chr1 12919891 . G T 374.55 PASS AF=0.343284;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=134;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=-0.0105284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.69;QD=11.1807;RBI=0.0261746;REFB=-0.0113755;REVB=-0.0239638;RO=87;SAF=11;SAR=35;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177938;STB=0.608645;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0224197;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:88:46:46:0.343284:35:11:32:55:35:11:33:55 chr1 12919928 . A G 240.13 PASS AF=0.251799;AO=34;DP=140;FAO=35;FDP=139;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=0.044421;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7846;QD=6.91025;RBI=0.0481685;REFB=0.00222305;REVB=-0.0186273;RO=104;SAF=10;SAR=24;SRF=36;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748345;STB=0.560823;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00419048;OID=.;OPOS=12919928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:104:104:34:35:0.251799:24:10:36:68:25:10:37:67 chr1 12919934 . A G 879.09 PASS AF=0.57971;AO=80;DP=139;FAO=80;FDP=138;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00684298;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0291;QD=25.481;RBI=0.00752728;REFB=0.00830771;REVB=0.00313584;RO=56;SAF=24;SAR=56;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124462;STB=0.562279;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00443182;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:56:58:80:80:0.57971:56:24:25:31:56:24:25:33 chr1 12919963 . T G 177.46 PASS AF=0.208633;AO=29;DP=139;FAO=29;FDP=139;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=70;FWDB=-0.0153231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7996;QD=5.10688;RBI=0.0283867;REFB=-0.00611231;REVB=0.0238957;RO=109;SAF=12;SAR=17;SRF=40;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623049;STB=0.541466;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0225391;OID=.;OPOS=12919963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:109:110:29:29:0.208633:17:12:40:69:17:12:40:70 chr1 12920067 . C G 126.61 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.000721141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.699;QD=6.57725;RBI=0.0204031;REFB=0.00209878;REVB=-0.0203904;RO=58;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053256;STB=0.532544;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00622714;OID=.;OPOS=12920067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:58:19:19:0.246753:11:8:22:36:11:8:22:36 chr1 12921110 . A G 159.85 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00688273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.938;QD=8.52507;RBI=0.020122;REFB=0.000303267;REVB=-0.0189082;RO=52;SAF=17;SAR=5;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17476;STB=0.600516;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00193615;OID=.;OPOS=12921110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:53:22:22:0.293333:5:17:34:18:5:17:35:18 chr1 12921127 . A G 493.94 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0227412;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.486;QD=22.71;RBI=0.027169;REFB=-0.00643875;REVB=0.0148658;RO=41;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112679;STB=0.569249;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00743351;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:40:47:47:0.54023:21:26:28:13:21:26:28:12 chr1 12921132 . A G 208.07 PASS AF=0.3;AO=25;DP=88;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.013615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.683;QD=9.24772;RBI=0.0239573;REFB=-0.006886;REVB=-0.0197125;RO=62;SAF=18;SAR=7;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204176;STB=0.645047;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0130672;OID=.;OPOS=12921132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:62:63:25:27:0.3:7:18:35:27:7:20:35:28 chr1 12921332 . TG CA,CG 138.14 PASS AF=0.263158,0.0701754;AO=15,4;DP=57;FAO=15,4;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10,2;FSAR=5,2;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.012675,-0.0161549;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.149,81.6252;QD=9.69389;RBI=0.0301029,0.0355052;REFB=-0.0150476,-0.0221946;REVB=0.0273044,-0.031617;RO=38;SAF=10,2;SAR=5,2;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.371089,0.176346;STB=0.722612,0.642203;STBP=0.053,0.581;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0426409,0.0264635;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:15,4:15,4:0.263158,0.0701754:5,2:10,2:13:25:5,2:10,2:13:25 chr1 13001312 . C G 959.82 PASS AF=0.669355;AO=81;DP=119;FAO=83;FDP=124;FR=.;FRO=41;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0430746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.047;QD=30.9619;RBI=0.0432917;REFB=-0.0125491;REVB=-0.00432998;RO=37;SAF=39;SAR=42;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144204;STB=0.578449;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00593797;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:124:37:41:81:83:0.669355:42:39:27:10:42:41:30:11 chr1 13052789 . G A 538.91 PASS AF=0.406452;AO=60;DP=153;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=29;FWDB=-0.0182058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3153;QD=13.9074;RBI=0.0336559;REFB=-0.019266;REVB=-0.0283067;RO=92;SAF=31;SAR=29;SRF=63;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182741;STB=0.613968;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0141749;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:92:92:60:63:0.406452:29:31:63:29:32:31:63:29 chr1 13052871 . C T 648.72 PASS AF=0.338983;AO=78;DP=234;FAO=80;FDP=236;FR=.;FRO=156;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=88;FSRR=68;FWDB=0.00966445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.779;QD=10.9952;RBI=0.0147358;REFB=-0.0126877;REVB=-0.0111239;RO=156;SAF=39;SAR=39;SRF=88;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074594;STB=0.542362;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0270559;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:156:156:78:80:0.338983:39:39:88:68:40:40:88:68 chr1 13052907 . T C 3630.5 PASS AF=1;AO=228;DP=230;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403699;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.317;QD=62.8658;RBI=0.0416527;REFB=0;REVB=-0.0102573;RO=0;SAF=121;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27387e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01903e-06;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:231:0:0:228:231:1:107:121:0:0:108:123:0:0 chr1 13183243 . T C 32.89 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0430743;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.011;QD=2.08847;RBI=0.0472798;REFB=-0.00555064;REVB=0.0194931;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211428;STB=0.516083;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.151633;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:64:63:56:56:7:7:0.111111:4:3:25:31:4:3:25:31 chr1 13183439 . T C 1871.46 PASS AF=0.745098;AO=152;DP=204;FAO=152;FDP=204;FR=.;FRO=52;FSAF=60;FSAR=92;FSRF=10;FSRR=42;FWDB=0.00617587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.179;QD=36.6953;RBI=0.0110976;REFB=-0.00146848;REVB=0.00922033;RO=51;SAF=60;SAR=92;SRF=9;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110565;STB=0.555242;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000626722;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:51:52:152:152:0.745098:92:60:9:42:92:60:10:42 chr1 13183511 . T C 558.28 PASS AF=0.296875;AO=76;DP=256;FAO=76;FDP=256;FR=.;FRO=180;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=83;FSRR=97;FWDB=0.0191208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.772;QD=8.72305;RBI=0.0270751;REFB=-0.00790704;REVB=-0.0191691;RO=178;SAF=29;SAR=47;SRF=83;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104843;STB=0.557612;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0201371;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:178:180:76:76:0.296875:47:29:83:95:47:29:83:97 chr1 13183528 . A C 473.4 PASS AF=0.271605;AO=66;DP=239;FAO=66;FDP=243;FR=.;FRO=177;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=80;FSRR=97;FWDB=-0.0346178;FXX=0.00409819;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.028;QD=7.79252;RBI=0.0372625;REFB=-0.00703494;REVB=-0.0137876;RO=172;SAF=29;SAR=37;SRF=78;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175268;STB=0.509279;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0235865;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:243:172:177:66:66:0.271605:37:29:78:94:37:29:80:97 chr1 13183532 . CC TT 466.03 PASS AF=0.275424;AO=65;DP=237;FAO=65;FDP=236;FR=.;FRO=171;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=75;FSRR=96;FWDB=-0.0261377;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.936;QD=7.89876;RBI=0.0261536;REFB=-0.00471854;REVB=-0.000909899;RO=169;SAF=28;SAR=37;SRF=75;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162496;STB=0.505771;STBP=0.93;TYPE=mnp;VARB=0.0168054;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:169:171:65:65:0.275424:37:28:75:94:37:28:75:96 chr1 13183567 . C T 160.86 PASS AF=0.166667;AO=31;DP=186;FAO=31;FDP=186;FR=.;FRO=155;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=-0.0400511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.735;QD=3.45932;RBI=0.0400621;REFB=-0.00945494;REVB=-0.00093541;RO=155;SAF=18;SAR=13;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148424;STB=0.596212;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0457128;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:155:155:31:31:0.166667:13:18:72:83:13:18:72:83 chr1 13183573 . G T 108.98 PASS AF=0.138728;AO=24;DP=172;FAO=24;FDP=173;FR=.;FRO=149;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=74;FWDB=-0.00273602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.52;QD=2.51977;RBI=0.00567191;REFB=-0.00170499;REVB=0.00496837;RO=148;SAF=12;SAR=12;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855121;STB=0.502888;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00794873;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:148:149:24:24:0.138728:12:12:75:73:12:12:75:74 chr1 13219048 . T G 68.0 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0208239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.59;QD=5.3334;RBI=0.0259901;REFB=-0.00462815;REVB=-0.0155515;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265333;STB=0.674343;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0205253;OID=.;OPOS=13219048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:51:39:41:10:10:0.196078:7:3:20:19:7:3:21:20 chr1 13219149 . G A 47.76 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0464742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.007;QD=11.9392;RBI=0.0600912;REFB=-0.0582461;REVB=-0.0380932;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0555664;OID=.;OPOS=13219149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:6:3:2:5:6:3 chr1 13448283 . A G 412.53 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0440695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.633;QD=29.4662;RBI=0.0515295;REFB=-0.0131942;REVB=0.0267052;RO=17;SAF=21;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802667;STB=0.552604;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00867443;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:18:38:38:0.678571:17:21:7:10:17:21:7:11 chr1 13448351 . T C 255.1 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00955841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0384;QD=36.4425;RBI=0.0331384;REFB=-0.00441533;REVB=0.03173;RO=6;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179352;STB=0.509795;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00152517;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:10:12:3:3:10:12:3:3 chr1 13695787 . C G 268.55 PASS AF=0.88;AO=21;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0189405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.328;QD=42.968;RBI=0.0189524;REFB=-0.0887635;REVB=-0.000672763;RO=2;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114826;STB=0.578874;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00289242;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:25:25:2:3:21:22:0.88:7:14:0:2:8:14:0:3 chr1 13695816 . G A 712.62 PASS AF=1;AO=35;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000723385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.627;QD=61.9668;RBI=0.0456213;REFB=0;REVB=0.0456155;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125527;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:35:46:1:13:22:0:1:23:23:0:0 chr1 13695974 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.139;QD=33.4285;RBI=0.113761;REFB=0;REVB=0.0128735;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00713985;OID=.;OPOS=13695974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 13802325 . T C 307.45 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0287277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.336;QD=13.2235;RBI=0.0355652;REFB=-0.0375299;REVB=-0.0209667;RO=58;SAF=24;SAR=11;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379383;STB=0.521727;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0532256;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:11:24:38:20:11:24:38:20 chr1 13802437 . G A 495.06 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=0.00569822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.397;QD=20.6275;RBI=0.0125467;REFB=-0.00407685;REVB=0.0111781;RO=48;SAF=31;SAR=17;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129191;STB=0.571118;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0030526;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:17:31:37:11:17:31:37:11 chr1 13910417 . C T 830.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338748;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=187.283;QD=56.2832;RBI=0.0344995;REFB=0;REVB=0.00653546;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94627e-05;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:58:59:1:42:16:1:0:42:17:0:0 chr1 13940864 . C G 2265.1 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821281;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.333;QD=63.3595;RBI=0.0200687;REFB=0;REVB=0.0183113;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02171e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:141:143:1:70:71:0:0:70:73:0:0 chr1 13944235 . AC ACTT,TT 632.79 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=38,3;DP=42;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21,3;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164077,-0.0296744;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=45.6752,203.549;QD=60.2658;RBI=0.0397098,0.0298243;REFB=0,0;REVB=0.0396759,0.00298653;RO=0;SAF=21,3;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00421362,-0.068277;OID=.,.;OPOS=13944237,13944235;OREF=-,AC;OALT=TT,TT;OMAPALT=ACTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:42:42:0:0:38,3:39,3:0.928571,0.0714286:17,0:21,3:0:0:18,0:21,3:0:0 chr1 14105139 . T A 473.08 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.003456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.589;QD=23.9535;RBI=0.0363282;REFB=-0.0635059;REVB=0.0361634;RO=34;SAF=18;SAR=27;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014464;STB=0.507933;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0426065;OID=.;OPOS=14105139;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:27:18:13:21:27:18:13:21 chr1 14105298 . G A 167.87 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0701377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8579;QD=15.6161;RBI=0.0992258;REFB=0.0150847;REVB=-0.0701887;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215693;STB=0.606289;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0302472;OID=.;OPOS=14105298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:25:18:18:0.418605:5:13:12:11:5:13:14:11 chr1 14106394 . A ACTC 541.83 PASS AF=0.574713;AO=49;DP=90;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00609191;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=3;MLLD=188.691;QD=24.9117;RBI=0.0105048;REFB=-0.0390082;REVB=-0.00855805;RO=40;SAF=30;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174803;STB=0.572064;STBP=0.146;TYPE=ins;VARB=0.0262261;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574713:49:90:50:87:37:30:20:16:21:99:40:30:19:16:24 chr1 14109114 . A G 811.42 PASS AF=0.466667;AO=83;DP=181;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0173901;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3986;QD=18.0315;RBI=0.0174264;REFB=-0.00769995;REVB=0.00112431;RO=95;SAF=45;SAR=38;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255453;STB=0.519942;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00920383;OID=.;OPOS=14109114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:95:96:83:84:0.466667:38:45:49:46:38:46:49:47 chr1 14143003 . A G 1477.68 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.482;QD=62.8799;RBI=0.0167292;REFB=0;REVB=0.0097748;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986758;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:91:94:1:45:46:0:0:46:48:0:0 chr1 14149622 . T C 472.19 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00709767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.623;QD=21.4632;RBI=0.026121;REFB=-0.00594063;REVB=0.0251382;RO=41;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880884;STB=0.558184;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00543285;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:41:42:45:46:0.522727:21:24:26:15:22:24:27:15 chr1 14150709 . C T 2069.33 PASS AF=0.971223;AO=135;DP=140;FAO=135;FDP=139;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0190776;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.74;QD=59.5491;RBI=0.0414057;REFB=-0.0178571;REVB=0.0367488;RO=3;SAF=69;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064301;STB=0.50032;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000255304;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:139:3:4:135:135:0.971223:66:69:2:1:66:69:2:2 chr1 14150714 . G A 1887.3 PASS AF=0.916084;AO=130;DP=143;FAO=131;FDP=143;FR=.;FRO=12;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0407825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9866;QD=52.7916;RBI=0.101536;REFB=-0.129125;REVB=0.0929857;RO=5;SAF=70;SAR=60;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978562;STB=0.523892;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00939528;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:143:143:5:12:130:131:0.916084:60:70:2:3:61:70:3:9 chr1 14150740 . G T 2196.46 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.394;QD=63.2075;RBI=0.0156841;REFB=0;REVB=0.0120644;RO=0;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6274e-06;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:69:70:0:0:69:70:0:0 chr1 14150992 . T C,G 2133.02 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=130,5;DP=135;FAO=132,6;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=82,3;FSAR=50,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198316,-0.0040057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.943,161.532;QD=61.8266;RBI=0.0446317,0.045546;REFB=0,0;REVB=0.0445876,0.0453695;RO=0;SAF=81,2;SAR=49,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00057149,0.00499192;OID=.,.;OPOS=14150992,14150992;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:135:138:0:0:130,5:132,6:0.956522,0.0434783:49,3:81,2:0:0:50,3:82,3:0:0 chr1 14450771 . G A 330.46 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00861583;FXX=0.0086949;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.648;QD=11.5949;RBI=0.0355606;REFB=-0.0188728;REVB=-0.034501;RO=70;SAF=14;SAR=27;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196361;STB=0.601018;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0260692;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:70:73:41:41:0.359649:27:14:36:34:27:14:36:37 chr1 15438990 . G A 1143.7 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0255531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.3826;QD=55.7901;RBI=0.072776;REFB=-0.259075;REVB=0.0681424;RO=4;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037084;STB=0.519603;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00580278;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:82:82:4:4:78:78:0.95122:49:29:0:4:49:29:0:4 chr1 15490865 . T A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.683;QD=60.0304;RBI=0.0684133;REFB=0;REVB=0.0407296;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138227;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr1 15497727 . T C 801.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.012;QD=64.1389;RBI=0.0385734;REFB=0;REVB=0.0240652;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175796;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr1 15615973 . GCCCCCCCA GCCCCACCA,GCCCCCCA,GCCCCCCAC 132.72 PASS AF=0.0512821,0.525641,0;AO=5,26,13;DP=82;FAO=4,41,0;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=4,4,0;FSAR=0,37,0;FSRF=2;FSRR=31;FWDB=-0.0430711,-0.0665081,-0.073037;FXX=0.0487745;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=218.73,6.50186,19.1313;QD=6.80606;RBI=0.0434227,0.0880635,0.148395;REFB=-0.0161275,-0.14398,-0.0656998;REVB=-0.00551522,0.0577222,-0.129177;RO=25;SAF=5,3,0;SAR=0,23,13;SRF=1;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.853653,0.191425,-0.72624;STB=0.999187,0.550585,0.5;STBP=0,0.621,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0310455,0.175124,0.00516712;OID=.,.,.;OPOS=15615978,15615974,15615980;OREF=C,C,CA;OALT=A,-,AC;OMAPALT=GCCCCACCA,GCCCCCCA,GCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0512821,0.525641,0:5,26,13:82:4,41,0:78:33:4,4,0:0,37,0:2:31:84:25:5,3,0:0,23,13:1:24 chr1 15616139 . G A 432.24 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0120865;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3494;QD=17.4643;RBI=0.0326523;REFB=-0.0228885;REVB=0.0303329;RO=53;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14064;STB=0.578316;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0340942;OID=.;OPOS=15616139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:53:46:46:0.464646:21:25:21:32:21:25:21:32 chr1 15708540 . A G 171.15 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0248434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.545;QD=17.5541;RBI=0.0249933;REFB=-0.012426;REVB=-0.00273332;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417766;STB=0.536041;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0190172;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:21:18:18:0.461538:5:13:13:6:5:13:14:7 chr1 15710411 . G C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0354497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8953;QD=14.335;RBI=0.0383111;REFB=-0.0129063;REVB=-0.0145279;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306575;STB=0.517787;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0202654;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:13:13:9:8:13:13 chr1 15714831 . C T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0817365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.7357;QD=28.5375;RBI=0.11042;REFB=0.0412344;REVB=0.0742413;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0118859;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:0:1:6:1:0:1 chr1 15714842 . G C 55.94 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0233023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4838;QD=10.6543;RBI=0.0329791;REFB=-0.131369;REVB=-0.0233372;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594079;STB=0.648251;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.033888;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:10:13:8:8:0.380952:6:2:3:7:6:2:6:7 chr1 15714855 . T C 147.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.014523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8685;QD=18.389;RBI=0.0728178;REFB=-0.0588451;REVB=-0.0713548;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818777;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.091967;OID=.;OPOS=15714855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:9:7:8:7:9:7:9:7 chr1 15754484 . T C 1176.07 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0395353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.445;QD=59.5478;RBI=0.0494143;REFB=-0.0189419;REVB=0.0296434;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-1.31805e-05;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:37:41:0:0:37:41:1:0 chr1 15788630 . G A 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0321415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.842;QD=11.8449;RBI=0.0406426;REFB=-0.0100895;REVB=-0.0248747;RO=45;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436071;STB=0.525145;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.019743;OID=.;OPOS=15788630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:12:14:26:19:12:14:26:19 chr1 15788693 . C T 194.57 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00651207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.449;QD=10.377;RBI=0.0162067;REFB=-0.00134281;REVB=0.0148408;RO=47;SAF=14;SAR=11;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115766;STB=0.554782;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00242162;OID=.;OPOS=15788693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:50:25:25:0.333333:11:14:31:16:11:14:32:18 chr1 15789297 . A C 517.85 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=87;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00997007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.368;QD=23.5385;RBI=0.0191998;REFB=-0.0325814;REVB=-0.0164082;RO=38;SAF=37;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192012;STB=0.60455;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0359081;OID=.;OPOS=15789297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:38:39:48:49:0.556818:11:37:22:16:11:38:23:16 chr1 15808767 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.78;QD=59.5006;RBI=0.0406303;REFB=0;REVB=0.0405344;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45971e-05;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr1 15808872 . G A 460.8 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.047756;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.827;QD=18.0706;RBI=0.0486511;REFB=-0.00711494;REVB=0.00928938;RO=54;SAF=26;SAR=21;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203118;STB=0.50716;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0137125;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:53:47:49:0.480392:21:26:31:23:21:28:31:22 chr1 15809876 . G A 549.1 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0638157;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.354;QD=57.8;RBI=0.069907;REFB=-0.0105497;REVB=0.0285403;RO=1;SAF=6;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718031;STB=0.53844;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-4.99856e-06;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:31:6:1:0:31:6:1:0 chr1 15812432 . A G 1320.9 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.345;QD=62.1599;RBI=0.0272735;REFB=0;REVB=0.0235905;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44057e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:39:45:0:0:39:46:0:0 chr1 15813843 . G A 250.32 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0367155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5366;QD=20.0257;RBI=0.0489455;REFB=-0.0318906;REVB=0.0323672;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268995;STB=0.515139;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0361591;OID=.;OPOS=15813843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:8:18:16:8:8:18 chr1 15832543 . T C 302.04 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0314935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5845;QD=17.7671;RBI=0.0321736;REFB=-0.020531;REVB=-0.00658005;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343732;STB=0.501347;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0231978;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:32:33:0.485294:18:14:15:19:18:15:16:19 chr1 15844615 . A G 659.9 PASS AF=0.571429;AO=61;DP=108;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.004942;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.629;QD=23.5678;RBI=0.017932;REFB=-0.0277691;REVB=0.0172375;RO=46;SAF=26;SAR=35;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160036;STB=0.59542;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0264463;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:46:48:61:64:0.571429:35:26:29:17:37:27:31:17 chr1 15850613 . G A 105.55 PASS AF=0.325;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00124131;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.873;QD=10.5548;RBI=0.00446343;REFB=-0.0141626;REVB=0.00428735;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148748;STB=0.612001;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0211898;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:12:13:0.325:6:6:17:10:7:6:17:10 chr1 15909850 . C G 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00618698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.241;QD=28.0288;RBI=0.053718;REFB=-0.00081401;REVB=0.0533605;RO=16;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478956;STB=0.540605;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00166044;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:27:27:0.613636:10:17:9:7:10:17:9:8 chr1 15986715 . AC A 122.31 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0199332;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.8764;QD=8.43497;RBI=0.0465353;REFB=-0.00619883;REVB=0.04205;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4597;STB=0.738603;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.015182;OID=.;OPOS=15986716;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:21:59:22:58:36:7:15:26:10:99:34:6:15:25:9 chr1 16056364 . G A 596.75 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0409124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.062;QD=23.4018;RBI=0.0411331;REFB=-0.0106507;REVB=-0.00425539;RO=44;SAF=44;SAR=14;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121934;STB=0.566986;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00956223;OID=.;OPOS=16056364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:14:44:28:16:14:44:28:16 chr1 16064411 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00065205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.325;QD=22.7947;RBI=0.0198999;REFB=-0.0255791;REVB=0.0198892;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115354;STB=0.582165;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0162334;OID=.;OPOS=16064411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:21:24:24:0.533333:11:13:13:6:11:13:15:6 chr1 16069644 . C T 346.07 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0188983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.226;QD=19.4971;RBI=0.0198544;REFB=-0.0577474;REVB=0.00608702;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380036;STB=0.521115;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0460028;OID=.;OPOS=16069644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:18:18:16:19:18:18:16:19 chr1 16096934 . C T 119.44 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0588877;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.813;QD=25.1444;RBI=0.0644414;REFB=-0.0404478;REVB=0.0261711;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222789;STB=0.63137;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=1.81066e-08;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:19:4:5:10:11:0.578947:6:4:0:4:7:4:0:5 chr1 16242620 . C A 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0056385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.522;QD=18.7914;RBI=0.00567249;REFB=-0.000168169;REVB=-0.000620028;RO=47;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982118;STB=0.566686;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000184353;OID=.;OPOS=16242620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:49:44:44:0.473118:17:27:24:23:17:27:24:25 chr1 16255644 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0236745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.104;QD=20.8719;RBI=0.0273214;REFB=-0.0226826;REVB=-0.0136373;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106966;STB=0.560128;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0130774;OID=.;OPOS=16255644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:12:8:11:10:12:8 chr1 16256007 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0210896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.297;QD=15.3789;RBI=0.0211245;REFB=-0.00863138;REVB=-0.00121291;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050746;STB=0.529364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0103845;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:4:10:8:4:4:10 chr1 16259813 . A G 331.36 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0579223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9086;QD=21.3781;RBI=0.0594618;REFB=0.00613022;REVB=0.0134428;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639925;STB=0.535352;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.005845;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:16:18:17:11:16:18:17:11 chr1 16260916 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0166683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.179;QD=22.1885;RBI=0.0665892;REFB=-0.0132159;REVB=-0.0644693;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743882;STB=0.541632;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0155699;OID=.;OPOS=16260916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:12:10:13:11:12:10 chr1 16262404 . C T 523.12 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0477529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.8;QD=26.4868;RBI=0.0490483;REFB=-0.0162613;REVB=0.0111981;RO=31;SAF=20;SAR=28;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705751;STB=0.538446;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0109406;OID=.;OPOS=16262404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:28:20:10:21:28:20:10:21 chr1 16269166 . G A 327.61 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0175765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.424;QD=15.2379;RBI=0.0206936;REFB=-0.00486142;REVB=0.0109221;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123645;STB=0.569729;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00747359;OID=.;OPOS=16269166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:18:18:31:19:18:18:31:19 chr1 16272250 . A G 71.87 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00467292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9594;QD=8.4548;RBI=0.010833;REFB=-0.0290227;REVB=-0.00977333;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828821;STB=0.518482;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0326629;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:34:24:24:9:10:0.294118:5:4:9:15:6:4:9:15 chr1 16274769 . C T 439.12 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.016942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.7687;QD=24.7392;RBI=0.0190501;REFB=-0.0146093;REVB=0.00871049;RO=29;SAF=24;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923122;STB=0.550583;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00752426;OID=.;OPOS=16274769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:18:24:13:16:18:24:13:16 chr1 16341649 . C T 1119.32 PASS AF=0.898876;AO=79;DP=89;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0325461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.271;QD=50.3066;RBI=0.0787902;REFB=-0.1747;REVB=0.0717541;RO=7;SAF=51;SAR=28;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821512;STB=0.544311;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00140531;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:7:9:79:80:0.898876:28:51:1:6:29:51:2:7 chr1 16341733 . T C 1358.37 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.549;QD=62.4538;RBI=0.0300094;REFB=0;REVB=0.0188863;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40479e-05;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:49:38:0:0 chr1 16342237 . A G 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.273;QD=57.1719;RBI=0.0173162;REFB=0;REVB=-0.00199595;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34838e-05;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr1 16344360 . A G 3078.06 PASS AF=0.994898;AO=187;DP=189;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=129;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00933383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.516;QD=62.8175;RBI=0.056446;REFB=-0.0957313;REVB=0.0556689;RO=0;SAF=124;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00131288;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:189:196:0:1:187:195:0.994898:63:124:0:0:66:129:0:1 chr1 16344402 . G A 3051.38 PASS AF=1;AO=199;DP=202;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6962;QD=60.1256;RBI=0.122751;REFB=-0.0417239;REVB=0.041579;RO=3;SAF=108;SAR=91;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102912;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:202:203:3:0:199:203:1:91:108:3:0:91:112:0:0 chr1 16344494 . G A 1121.28 PASS AF=0.974359;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1608;QD=57.5018;RBI=0.123342;REFB=-0.197978;REVB=0.120529;RO=2;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262641;STB=0.51351;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00376165;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:78:2:2:74:76:0.974359:35:39:0:2:36:40:0:2 chr1 16344625 . C G 1492.33 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2991;QD=58.5229;RBI=0.0268005;REFB=-0.0962002;REVB=-0.00908613;RO=1;SAF=58;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000502758;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:43:58:1:0:43:58:1:0 chr1 16344664 . G A 1569.04 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=110;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249774;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.421;QD=58.1125;RBI=0.0638265;REFB=-0.140582;REVB=0.0587363;RO=1;SAF=59;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797668;STB=0.504201;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000615207;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:108:1:1:106:107:0.990741:47:59:1:0:48:59:1:0 chr1 16351275 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.65;QD=64.4149;RBI=0.0245806;REFB=0;REVB=-0.00578969;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90175e-05;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr1 16356501 . G A 781.62 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.168145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9724;QD=52.991;RBI=0.168258;REFB=-0.137102;REVB=0.00616687;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.516123;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00604237;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:1:2:56:57:0.966102:27:29:1:0:27:30:2:0 chr1 16358931 . CT C,CC 236.87 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,17;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338315,-0.0263934;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.342,269.434;QD=49.8664;RBI=0.0461355,0.0374177;REFB=0,0;REVB=0.0313673,0.026523;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.53656e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0569386,-0.00159019;OID=.,.;OPOS=16358932,16358932;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,17:19:1,18:19:0:1,3:0,15:0:0:4:0:1,3:1,14:0:0 chr1 16371067 . G T 290.1 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0219214;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.593;QD=13.8143;RBI=0.0235754;REFB=-0.0323507;REVB=0.00867472;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666312;STB=0.564045;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0315751;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:51:33:33:0.392857:19:14:22:23:19:14:27:24 chr1 16373124 . A G 808.02 PASS AF=1;AO=42;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.084;QD=57.7158;RBI=0.102046;REFB=0;REVB=0.0458437;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359557;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:42:56:1:26:16:0:0:28:28:0:0 chr1 16374533 . G C 1058.82 PASS AF=0.873563;AO=75;DP=87;FAO=76;FDP=87;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0128788;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.221;QD=48.6816;RBI=0.01296;REFB=-0.0412229;REVB=-0.00144889;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.584593;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000426063;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:0:11:75:76:0.873563:48:27:0:0:49:27:11:0 chr1 16374994 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120373;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.178;QD=53.2772;RBI=0.0264065;REFB=0;REVB=0.0235033;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62338e-05;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 16376191 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3424;QD=56.7065;RBI=0.0353325;REFB=0;REVB=0.0237437;RO=0;SAF=25;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01406e-05;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:4:25:0:0:4:25:0:0 chr1 16376319 . T C 1341.44 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4203;QD=61.6755;RBI=0.0292592;REFB=0;REVB=0.0193084;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11515e-05;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:42:43:0:0:42:45:0:0 chr1 16378284 . T C,TC 31.54 PASS AF=0,0.1875;AO=2,6;DP=51;FAO=0,9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=0,7;FSAR=0,2;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0263787,0.0827526;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=88.5361,13.4387;QD=2.62814;RBI=0.0443931,0.12768;REFB=-0.00478707,-0.074974;REVB=0.0357059,0.0972323;RO=42;SAF=2,5;SAR=0,1;SRF=18;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.440556,0.465008;STB=0.5,0.791223;STBP=1,0.078;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.158398;OID=.,.;OPOS=16378284,16378285;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:51:48:42:39:2,6:0,9:0,0.1875:0,1:2,5:18:24:0,2:0,7:16:23 chr1 16380196 . T C 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.415;QD=59.4992;RBI=0.0182875;REFB=0;REVB=-0.0122143;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52472e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr1 16380243 . A G 834.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.208;QD=57.5339;RBI=0.0342931;REFB=0;REVB=-0.0339691;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57522e-05;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr1 16380252 . C T 723.32 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8256;QD=56.7307;RBI=0.0486827;REFB=0;REVB=0.0147376;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008463;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr1 16383682 . G C 399.11 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0113953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0577;QD=15.3504;RBI=0.0129638;REFB=-0.0238995;REVB=0.00618124;RO=57;SAF=28;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167789;STB=0.594669;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0188936;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:59:45:45:0.432692:17:28:26:31:17:28:27:32 chr1 16383742 . C G 252.78 PASS AF=0.245399;AO=39;DP=158;FAO=40;FDP=163;FR=.;FRO=123;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.00290767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.031;QD=6.20315;RBI=0.0970127;REFB=-0.0189392;REVB=-0.0969691;RO=119;SAF=20;SAR=19;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207698;STB=0.509198;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0673472;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:163:119:123:39:40:0.245399:19:20:63:56:20:20:63:60 chr1 16384986 . G T 51.05 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0106556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.316;QD=18.562;RBI=0.24042;REFB=-0.0106252;REVB=0.240183;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0123761;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:5:4:6:7:0.636364:1:5:2:3:2:5:2:2 chr1 16384998 . GG CA 52.99 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00073489;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=308.844;QD=21.1977;RBI=0.0175845;REFB=-0.00974679;REVB=0.0175691;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200664;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=mnp;VARB=0.00353415;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:6:7:0.7:1:5:3:0:2:5:3:0 chr1 16385042 . G A 35.09 PASS AF=0.625;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0553639;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.048;QD=17.5439;RBI=0.0818718;REFB=-0.00839944;REVB=0.0603144;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00594723;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr1 16385175 . G A 308.9 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0187423;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.549;QD=28.0816;RBI=0.0682864;REFB=-0.0495218;REVB=0.065664;RO=16;SAF=25;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.581142;STB=0.823865;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0142346;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:27:27:0.613636:2:25:6:10:2:25:7:10 chr1 16385184 . G A 209.65 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0134127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.209;QD=18.6356;RBI=0.0298848;REFB=-0.0118429;REVB=-0.0267058;RO=24;SAF=19;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470956;STB=0.77518;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0231153;OID=.;OPOS=16385184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:2:19:14:10:2:19:14:10 chr1 16386008 . T C 63.5 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0350879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9769;QD=8.75893;RBI=0.131986;REFB=-0.000406403;REVB=0.127236;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442792;STB=0.788843;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00792626;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:20:20:8:9:0.310345:6:2:13:7:7:2:13:7 chr1 16386416 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0121946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.624;QD=10.1697;RBI=0.0177365;REFB=-0.012204;REVB=0.0128793;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.563101;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0170419;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:12:10:4:7:12:10 chr1 16386447 . G C 61.19 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0192729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3472;QD=6.79903;RBI=0.0423502;REFB=-0.0100289;REVB=0.0377106;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940133;STB=0.559863;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0465376;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:16:11:3:6:16:11 chr1 16386495 . C T 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00234546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.251;QD=5.57545;RBI=0.0500356;REFB=-0.0142561;REVB=-0.0499806;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118971;STB=0.578712;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0472309;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:2:5:15:9:2:5:15:9 chr1 16388646 . T C 415.64 PASS AF=0.447619;AO=45;DP=103;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.00985689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.389;QD=15.834;RBI=0.0099047;REFB=-0.0159645;REVB=0.00097202;RO=58;SAF=30;SAR=15;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129093;STB=0.516122;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0215183;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:58:58:45:47:0.447619:15:30:38:20:15:32:38:20 chr1 16532803 . G A 145.15 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0591209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4483;QD=17.5939;RBI=0.0664212;REFB=-0.0169955;REVB=0.0302737;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178829;STB=0.510191;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.022027;OID=.;OPOS=16532803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:13:4:4:12:13:4 chr1 16532848 . A G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0114993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.061;QD=19.7017;RBI=0.0272314;REFB=-0.00175175;REVB=-0.0246844;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274607;STB=0.652029;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0104979;OID=.;OPOS=16532848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:5:12:15:1:5:12:15:1 chr1 16533022 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9025;QD=51.1845;RBI=0.0703335;REFB=0;REVB=0.0703335;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197267;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:20:0:0:0:20:0:0:0 chr1 16534255 . C G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00562505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.537;QD=12.4666;RBI=0.00810206;REFB=0.003764;REVB=-0.00583114;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150203;STB=0.587337;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00608071;OID=.;OPOS=16534255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:7:13:17:16:7:13:17:16 chr1 16534646 . C G 426.66 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=-0.0197896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8519;QD=16.8975;RBI=0.0318105;REFB=-0.00875085;REVB=-0.0249054;RO=54;SAF=18;SAR=28;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328663;STB=0.685971;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0118966;OID=.;OPOS=16534646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:28:18:40:14:28:18:41:14 chr1 16641899 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00612714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.831;QD=11.1312;RBI=0.00968162;REFB=-0.00537979;REVB=-0.00749612;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522173;STB=0.531188;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00883234;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:6:11:6:4:6:11 chr1 16723084 . G A 406.74 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=41;FWDB=-0.0144568;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.536;QD=17.1257;RBI=0.0235434;REFB=-0.00171953;REVB=0.0185821;RO=52;SAF=7;SAR=35;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104157;STB=0.555527;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00251914;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:52:53:42:42:0.442105:35:7:12:40:35:7:12:41 chr1 16731510 . C G 297.64 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0127759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.889;QD=15.8743;RBI=0.0202278;REFB=-0.0284962;REVB=-0.0156824;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150281;STB=0.591983;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0440531;OID=.;OPOS=16731510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:12:21:20:21:12:21:20:22 chr1 16840704 . T C 31.01 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00331003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.23;QD=1.77209;RBI=0.0187374;REFB=-0.00223496;REVB=-0.0184427;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730224;STB=0.557213;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0249955;OID=.;OPOS=16840704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:4:3:31:32:4:3:31:32 chr1 16840730 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00615223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.002;QD=6.48172;RBI=0.00668387;REFB=-0.00274849;REVB=-0.00261229;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297751;STB=0.689757;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00775529;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:3:7:15:18:3:7:15:18 chr1 16858909 . G C 531.28 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.00605339;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.74;QD=15.0718;RBI=0.0296135;REFB=0.00127157;REVB=-0.0289882;RO=83;SAF=30;SAR=28;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897133;STB=0.550351;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00165438;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:28:30:50:33:28:30:50:33 chr1 16860633 . G A 31.87 PASS AF=0.0669856;AO=14;DP=210;FAO=14;FDP=209;FR=.;FRO=195;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=94;FSRR=101;FWDB=0.0355682;FXX=0.00476168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7521;QD=0.610038;RBI=0.0661182;REFB=-0.00970323;REVB=-0.0557361;RO=194;SAF=8;SAR=6;SRF=93;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988303;STB=0.582988;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.142111;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:210:209:194:195:14:14:0.0669856:6:8:93:101:6:8:94:101 chr1 16860652 . A C 161.47 PASS AF=0.151111;AO=34;DP=226;FAO=34;FDP=225;FR=.;FRO=191;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=88;FSRR=103;FWDB=0.0112491;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3378;QD=2.87049;RBI=0.0113815;REFB=0.000980751;REVB=0.0017311;RO=191;SAF=24;SAR=10;SRF=88;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313709;STB=0.707603;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00506217;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:191:191:34:34:0.151111:10:24:88:103:10:24:88:103 chr1 16861772 . A G 171.19 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00517276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.468;QD=7.36304;RBI=0.0389468;REFB=0.00112809;REVB=-0.0386017;RO=67;SAF=14;SAR=10;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362416;STB=0.519464;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00461955;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:67:69:24:24:0.258065:10:14:41:26:10:14:42:27 chr1 16861804 . G A 85.18 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0334764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.565;QD=4.10503;RBI=0.0335692;REFB=-0.0124878;REVB=-0.00249321;RO=67;SAF=10;SAR=5;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373248;STB=0.732537;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0551881;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:83:67:68:15:15:0.180723:5:10:24:43:5:10:25:43 chr1 16861836 . C T 43.33 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=75;FWDB=0.0135764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.182;QD=1.54747;RBI=0.0170279;REFB=-0.00305585;REVB=-0.0102777;RO=100;SAF=4;SAR=7;SRF=26;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14421;STB=0.609486;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0270003;OID=.;OPOS=16861836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:100:101:11:11:0.0982143:7:4:26:74:7:4:26:75 chr1 16861847 . A T 60.25 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=79;FWDB=-0.00995291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.161;QD=2.04252;RBI=0.0357872;REFB=-0.00421649;REVB=-0.0343754;RO=104;SAF=4;SAR=10;SRF=25;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720333;STB=0.551014;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0394216;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:118:118:104:104:14:14:0.118644:10:4:25:79:10:4:25:79 chr1 16861849 . A G 47.43 PASS AF=0.102564;AO=12;DP=117;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=80;FWDB=-0.00126636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.872;QD=1.6215;RBI=0.0468306;REFB=-0.00212591;REVB=-0.0468135;RO=104;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137317;STB=0.602586;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0570649;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:117:117:104:105:12:12:0.102564:8:4:25:79:8:4:25:80 chr1 16862282 . G A 32.96 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0454601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.341;QD=2.99664;RBI=0.0593064;REFB=-0.00943505;REVB=-0.0380872;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139546;STB=0.602822;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0565237;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:2:4:21:17:2:4:21:17 chr1 16862296 . G C 32.57 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0422532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8409;QD=2.83224;RBI=0.0424556;REFB=0.00276227;REVB=0.00414041;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279013;STB=0.70357;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0130074;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:4:2:23:17:4:2:23:17 chr1 16862353 . C T 52.37 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0296158;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0411;QD=2.55475;RBI=0.067326;REFB=-0.00998822;REVB=0.0604624;RO=68;SAF=6;SAR=5;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163831;STB=0.616862;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.128636;OID=.;OPOS=16862353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:82:68:71:11:11:0.134146:5:6:28:40:5:6:29:42 chr1 16862454 . T G 1063.67 PASS AF=0.480176;AO=109;DP=227;FAO=109;FDP=227;FR=.;FRO=118;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.00384219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.31;QD=18.7432;RBI=0.0324871;REFB=-0.00644165;REVB=0.0322591;RO=112;SAF=69;SAR=40;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102066;STB=0.549372;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0175927;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:112:118:109:109:0.480176:40:69:59:53:40:69:64:54 chr1 16862461 . T A 1444.95 PASS AF=0.578947;AO=128;DP=234;FAO=132;FDP=228;FR=.;FRO=96;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=-0.00986749;FXX=0.0338969;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.3;QD=25.35;RBI=0.014063;REFB=-0.0196714;REVB=-0.01002;RO=60;SAF=75;SAR=53;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292176;STB=0.507771;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00555413;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:228:60:96:128:132:0.578947:53:75:38:22:56:76:57:39 chr1 16862472 . G C 77.19 PASS AF=0.0902527;AO=26;DP=278;FAO=25;FDP=277;FR=.;FRO=252;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=141;FSRR=111;FWDB=-0.00446173;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7241;QD=1.11459;RBI=0.0156676;REFB=0.00075204;REVB=-0.0150189;RO=249;SAF=8;SAR=18;SRF=140;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299584;STB=0.711953;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.014778;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:278:277:249:252:26:25:0.0902527:18:8:140:109:17:8:141:111 chr1 16862502 . A G 2672.6 PASS AF=0.648571;AO=223;DP=346;FAO=227;FDP=350;FR=.;FRO=123;FSAF=122;FSAR=105;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=0.00527612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7966;QD=30.544;RBI=0.0219705;REFB=0.00966351;REVB=-0.0213276;RO=123;SAF=120;SAR=103;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152386;STB=0.508326;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0063306;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:350:123:123:223:227:0.648571:103:120:69:54:105:122:69:54 chr1 16862566 . G A 83.23 PASS AF=0.0822281;AO=31;DP=377;FAO=31;FDP=377;FR=.;FRO=346;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=172;FSRR=174;FWDB=-0.0135287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.723;QD=0.883072;RBI=0.0484956;REFB=-0.00339428;REVB=-0.0465704;RO=346;SAF=17;SAR=14;SRF=172;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596062;STB=0.547042;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0399599;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:377:377:346:346:31:31:0.0822281:14:17:172:174:14:17:172:174 chr1 16863304 . T C 110.22 PASS AF=0.142857;AO=20;DP=165;FAO=24;FDP=168;FR=.;FRO=144;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=90;FWDB=-0.00166973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.038;QD=2.62438;RBI=0.00785255;REFB=-0.00290265;REVB=-0.00767297;RO=144;SAF=7;SAR=13;SRF=54;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335225;STB=0.539097;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0129949;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:144:144:20:24:0.142857:13:7:54:90:16:8:54:90 chr1 16863308 . G T 125.58 PASS AF=0.152047;AO=26;DP=172;FAO=26;FDP=171;FR=.;FRO=145;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=90;FWDB=-0.00252939;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1129;QD=2.93748;RBI=0.0261329;REFB=-0.00698192;REVB=0.0260102;RO=144;SAF=8;SAR=18;SRF=55;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104211;STB=0.567514;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0238464;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:144:145:26:26:0.152047:18:8:55:89:18:8:55:90 chr1 16863313 . CA CG,TG 113.1 PASS AF=0.110465,0.0406977;AO=19,7;DP=173;FAO=19,7;FDP=172;FR=.;FRO=146;FSAF=4,3;FSAR=15,4;FSRF=55;FSRR=91;FWDB=0.0072842,0.00996739;FXX=0.00578001;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=229.822,120.946;QD=2.63023;RBI=0.00930787,0.0170274;REFB=0.00146227,0.0040438;REVB=0.00579455,0.0138052;RO=144;SAF=4,3;SAR=15,4;SRF=55;SRR=89;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.244226,0.0443519;STB=0.675885,0.551115;STBP=0.131,0.772;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00567215,-0.0151691;OID=.,.;OPOS=16863314,16863313;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:173:172:144:146:19,7:19,7:0.110465,0.0406977:15,4:4,3:55:89:15,4:4,3:55:91 chr1 16863328 . T G 156.03 PASS AF=0.169492;AO=30;DP=176;FAO=30;FDP=177;FR=.;FRO=147;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=90;FWDB=-0.0300273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.858;QD=3.52619;RBI=0.030569;REFB=-0.00483824;REVB=-0.00572956;RO=146;SAF=8;SAR=22;SRF=56;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169409;STB=0.614708;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0337466;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:146:147:30:30:0.169492:22:8:56:90:22:8:57:90 chr1 16863352 . C T 195.47 PASS AF=0.19883;AO=34;DP=171;FAO=34;FDP=171;FR=.;FRO=137;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=88;FWDB=0.0109352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8186;QD=4.57235;RBI=0.0196863;REFB=-0.0177755;REVB=-0.0163698;RO=136;SAF=11;SAR=23;SRF=48;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420225;STB=0.530547;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.046892;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:136:137:34:34:0.19883:23:11:48:88:23:11:49:88 chr1 16874206 . A C 453.75 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000875308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3214;QD=55.0005;RBI=0.0652164;REFB=0.0642358;REVB=0.0652105;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00199757;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:1:0:20:12:1:0 chr1 16890598 . T A 1060.98 PASS AF=0.578947;AO=99;DP=171;FAO=99;FDP=171;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0153035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.784;QD=24.8183;RBI=0.0166364;REFB=0.0110088;REVB=0.00652478;RO=70;SAF=38;SAR=61;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177406;STB=0.596593;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0052406;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:70:72:99:99:0.578947:61:38:43:27:61:38:44:28 chr1 16890602 . T G 88.88 PASS AF=0.125;AO=21;DP=168;FAO=21;FDP=168;FR=.;FRO=147;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.010551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.498;QD=2.11613;RBI=0.0125763;REFB=-0.00420481;REVB=0.00684389;RO=146;SAF=3;SAR=18;SRF=77;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490867;STB=0.847828;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0491631;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:168:168:146:147:21:21:0.125:18:3:77:69:18:3:78:69 chr1 16890607 . G A 73.61 PASS AF=0.113924;AO=18;DP=157;FAO=18;FDP=158;FR=.;FRO=140;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=75;FSRR=65;FWDB=0.002727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.828;QD=1.8635;RBI=0.0079135;REFB=-0.00160564;REVB=-0.00742879;RO=139;SAF=3;SAR=15;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45317;STB=0.829418;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0193721;OID=.;OPOS=16890607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:157:158:139:140:18:18:0.113924:15:3:74:65:15:3:75:65 chr1 16890639 . C T 398.87 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00823141;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.798;QD=15.3411;RBI=0.0114979;REFB=1.17229e-05;REVB=-0.00802783;RO=59;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934072;STB=0.552406;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-6.63878e-05;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:21:24:26:33:21:24:26:33 chr1 16890644 . C T 178.39 PASS AF=0.252336;AO=25;DP=105;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.00533309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.812;QD=6.66878;RBI=0.00623837;REFB=-0.0139139;REVB=-0.00323657;RO=78;SAF=6;SAR=19;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432491;STB=0.715106;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0602374;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:78:80:25:27:0.252336:19:6:46:32:19:8:47:33 chr1 16890671 . TG CA 562.65 PASS AF=0.7;AO=48;DP=71;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0122386;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.307;QD=32.1514;RBI=0.0131459;REFB=-0.00600293;REVB=0.00479916;RO=21;SAF=22;SAR=26;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636887;STB=0.536827;STBP=0.386;TYPE=mnp;VARB=0.00220163;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:21:21:48:49:0.7:26:22:12:9:27:22:12:9 chr1 16901668 . T C 339.03 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9671;QD=54.244;RBI=0.101401;REFB=0;REVB=-0.0992197;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00287089;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr1 16907328 . G T 2789.3 PASS AF=0.480342;AO=280;DP=585;FAO=281;FDP=585;FR=.;FRO=304;FSAF=142;FSAR=139;FSRF=144;FSRR=160;FWDB=0.00162063;FXX=0.00679106;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.875;QD=19.0722;RBI=0.00818927;REFB=-0.00977544;REVB=-0.00802732;RO=300;SAF=141;SAR=139;SRF=141;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316518;STB=0.516444;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0106059;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:585:585:300:304:280:281:0.480342:139:141:141:159:139:142:144:160 chr1 16907352 . CTGGT C 748.36 PASS AF=0.261283;AO=105;DP=440;FAO=110;FDP=421;FR=.;FRO=311;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=152;FSRR=159;FWDB=0.0115893;FXX=0.0186476;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.898;QD=7.11035;RBI=0.0173066;REFB=-0.00722644;REVB=-0.0128533;RO=322;SAF=45;SAR=60;SRF=162;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946104;STB=0.545767;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=0.0205955;OID=.;OPOS=16907353;OREF=TGGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261283:105:440:110:421:311:47:63:152:159:99:322:45:60:162:160 chr1 16909052 . C T 2373.89 PASS AF=0.99359;AO=137;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.61;QD=60.869;RBI=0.0328604;REFB=0;REVB=0.00255868;RO=0;SAF=75;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028911;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:156:156:0:0:137:155:0.99359:62:75:0:0:62:93:0:0 chr1 16909100 . G C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00427853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.809;QD=10.9409;RBI=0.00996359;REFB=-0.00801951;REVB=-0.00899818;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526767;STB=0.808028;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0170934;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:16:4:8:3:16:4 chr1 16914252 . C T 67.82 PASS AF=0.0760563;AO=27;DP=355;FAO=27;FDP=355;FR=.;FRO=328;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=181;FSRR=147;FWDB=-0.049618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2874;QD=0.764116;RBI=0.0532832;REFB=-0.00358078;REVB=-0.0194204;RO=326;SAF=12;SAR=15;SRF=180;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122068;STB=0.598193;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0452621;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:355:355:326:328:27:27:0.0760563:15:12:180:146:15:12:181:147 chr1 16918424 . G C 2897.14 PASS AF=0.461897;AO=297;DP=649;FAO=297;FDP=643;FR=.;FRO=346;FSAF=156;FSAR=141;FSRF=146;FSRR=200;FWDB=-0.00321751;FXX=0.00924485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.156;QD=18.0227;RBI=0.00709847;REFB=-0.0201498;REVB=0.0063274;RO=344;SAF=156;SAR=141;SRF=146;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980803;STB=0.555406;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0140628;OID=.;OPOS=16918424;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:649:643:344:346:297:297:0.461897:141:156:146:198:141:156:146:200 chr1 16918502 . A G 541.9 PASS AF=0.288973;AO=74;DP=261;FAO=76;FDP=263;FR=.;FRO=187;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=96;FSRR=91;FWDB=0.00721176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.908;QD=8.24174;RBI=0.0264525;REFB=0.00152639;REVB=0.0254505;RO=186;SAF=46;SAR=28;SRF=95;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138058;STB=0.576254;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00357177;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:263:186:187:74:76:0.288973:28:46:95:91:29:47:96:91 chr1 17004770 . G T 248.67 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0109477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.107;QD=18.4202;RBI=0.0128771;REFB=-0.00869854;REVB=0.00677992;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137517;STB=0.573717;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00771239;OID=.;OPOS=17004770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:26:27:0.5:13:13:17:9:14:13:17:10 chr1 17004785 . A C 303.05 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.052392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8142;QD=25.7918;RBI=0.100708;REFB=-0.00659016;REVB=-0.0860074;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14158;STB=0.578547;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00154369;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:10:17:9:11:10:17:9:11 chr1 17004850 . C A 155.36 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0569298;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.5739;QD=16.7958;RBI=0.0711546;REFB=-0.0146378;REVB=-0.0426847;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234864;STB=0.60899;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0207612;OID=.;OPOS=17004850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:12:8:11:6:11:9 chr1 17017717 . C T 61.56 PASS AF=0.155844;AO=11;DP=76;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00342338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.741;QD=3.19809;RBI=0.0175378;REFB=-0.00731218;REVB=-0.0172005;RO=64;SAF=6;SAR=5;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132699;STB=0.614373;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0346791;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:76:77:64:65:11:12:0.155844:5:6:28:36:5:7:29:36 chr1 17017734 . C T 50.69 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00517676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.063;QD=2.85572;RBI=0.00641369;REFB=-0.00374549;REVB=-0.00378637;RO=60;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182518;STB=0.633072;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0251707;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:60:61:10:10:0.140845:4:6:27:33:4:6:27:34 chr1 17022952 . C A 1041.58 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0301059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7891;QD=55.5512;RBI=0.0896854;REFB=-0.121047;REVB=0.0844814;RO=3;SAF=42;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648567;STB=0.503432;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00322437;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:75:75:3:3:72:72:0.96:30:42:2:1:30:42:2:1 chr1 17023110 . G A 257.56 PASS AF=0.27907;AO=36;DP=128;FAO=36;FDP=129;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0377833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5464;QD=7.9862;RBI=0.0399145;REFB=-0.0122673;REVB=0.012868;RO=92;SAF=23;SAR=13;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259088;STB=0.656497;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0354984;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:92:93:36:36:0.27907:13:23:39:53:13:23:39:54 chr1 17023126 . C G 168.81 PASS AF=0.240741;AO=26;DP=108;FAO=26;FDP=108;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00906054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4855;QD=6.25234;RBI=0.0393656;REFB=-0.00149588;REVB=-0.0383087;RO=82;SAF=8;SAR=18;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246939;STB=0.651284;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0139029;OID=.;OPOS=17023126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:82:82:26:26:0.240741:18:8:41:41:18:8:41:41 chr1 17023143 . C T 190.8 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0130405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.392;QD=7.78781;RBI=0.0197702;REFB=-0.0120749;REVB=-0.0148596;RO=72;SAF=14;SAR=12;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148115;STB=0.588718;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0321304;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:72:26:26:0.265306:12:14:30:42:12:14:30:42 chr1 17023182 . C G 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0182658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1471;QD=4.96867;RBI=0.0555392;REFB=0.00261894;REVB=-0.0524497;RO=52;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112332;STB=0.55688;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0180137;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:52:54:14:14:0.205882:6:8:25:27:6:8:27:27 chr1 17023376 . C T 98.94 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=106;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.0470075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.043;QD=3.73345;RBI=0.0480654;REFB=-0.00721592;REVB=0.0100289;RO=86;SAF=8;SAR=10;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079047;STB=0.549303;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0319008;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:106:106:86:88:18:18:0.169811:10:8:33:53:10:8:34:54 chr1 17026087 . G A 81.16 PASS AF=0.213115;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.00943287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.89;QD=5.32185;RBI=0.178379;REFB=-0.00175347;REVB=0.178129;RO=40;SAF=11;SAR=1;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296189;STB=0.679679;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00525567;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:40:48:12:13:0.213115:1:11:32:8:2:11:33:15 chr1 17029257 . T C 154.71 PASS AF=0.183673;AO=27;DP=147;FAO=27;FDP=147;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=78;FWDB=0.00350815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7279;QD=4.20982;RBI=0.029763;REFB=0.00137086;REVB=-0.0295556;RO=120;SAF=8;SAR=19;SRF=42;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078351;STB=0.550367;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00650492;OID=.;OPOS=17029257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:120:120:27:27:0.183673:19:8:42:78:19:8:42:78 chr1 17029462 . A G 202.87 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0935195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2511;QD=7.5138;RBI=0.15783;REFB=-0.0170733;REVB=-0.127139;RO=72;SAF=12;SAR=18;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120744;STB=0.529905;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0391171;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:72:78:30:30:0.277778:18:12:36:36:17:13:37:41 chr1 17030504 . T A 409.07 PASS AF=0.206587;AO=69;DP=338;FAO=69;FDP=334;FR=.;FRO=265;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=130;FSRR=135;FWDB=-0.0148875;FXX=0.0147488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3544;QD=4.899;RBI=0.0150718;REFB=-0.01476;REVB=-0.00234991;RO=264;SAF=33;SAR=36;SRF=129;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133757;STB=0.50977;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0291514;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:334:264:265:69:69:0.206587:36:33:129:135:36:33:130:135 chr1 17030515 . G A 331.25 PASS AF=0.188272;AO=61;DP=324;FAO=61;FDP=324;FR=.;FRO=263;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=127;FSRR=136;FWDB=0.00380555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3544;QD=4.08948;RBI=0.020972;REFB=-0.00529502;REVB=-0.0206239;RO=260;SAF=32;SAR=29;SRF=127;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467049;STB=0.533808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0430609;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:260:263:61:61:0.188272:29:32:127:133:29:32:127:136 chr1 17030518 . CT TG 330.36 PASS AF=0.191693;AO=59;DP=318;FAO=60;FDP=313;FR=.;FRO=253;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=121;FSRR=132;FWDB=-0.0621903;FXX=0.0249213;HRUN=1;LEN=2;MLLD=80.2255;QD=4.22191;RBI=0.0898635;REFB=-0.0116562;REVB=-0.0648677;RO=245;SAF=31;SAR=28;SRF=115;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722713;STB=0.544434;STBP=0.457;TYPE=mnp;VARB=0.0364703;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:313:245:253:59:60:0.191693:28:31:115:130:28:32:121:132 chr1 17030590 . G A 238.25 PASS AF=0.196262;AO=42;DP=214;FAO=42;FDP=214;FR=.;FRO=172;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=82;FSRR=90;FWDB=0.017557;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0743;QD=4.45323;RBI=0.0293572;REFB=-0.00445413;REVB=0.0235286;RO=171;SAF=17;SAR=25;SRF=82;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971798;STB=0.558663;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0194266;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:171:172:42:42:0.196262:25:17:82:89:25:17:82:90 chr1 17033805 . C T 285.67 PASS AF=0.251462;AO=43;DP=171;FAO=43;FDP=171;FR=.;FRO=128;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=77;FSRR=51;FWDB=-0.0070823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.085;QD=6.68242;RBI=0.00923897;REFB=-0.00424144;REVB=-0.00593292;RO=123;SAF=16;SAR=27;SRF=73;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27072;STB=0.667921;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0206237;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:123:128:43:43:0.251462:27:16:73:50:27:16:77:51 chr1 17033854 . C T 557.57 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.0316865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.285;QD=14.6728;RBI=0.0330761;REFB=-0.0113003;REVB=-0.00948653;RO=88;SAF=30;SAR=33;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718667;STB=0.536909;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.012252;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:88:89:63:63:0.414474:33:30:48:40:33:30:48:41 chr1 17034041 . T C 76.55 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00518141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.724;QD=25.5168;RBI=0.00969174;REFB=-0.0436185;REVB=0.0081904;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790568;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0138521;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:4:4:2:1:5:4:2:1 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 168.96 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=79;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0132381;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=8;MLLD=257.208;QD=8.77714;RBI=0.0283982;REFB=-0.0188033;REVB=0.0251239;RO=52;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311252;STB=0.515241;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.0452959;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298701:22:79:23:77:54:11:12:27:27:99:52:10:12:25:27 chr1 17046456 . T C 575.82 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.00422869;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2424;QD=17.9944;RBI=0.0503989;REFB=-0.00273662;REVB=-0.0502212;RO=67;SAF=22;SAR=38;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554877;STB=0.524992;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00448443;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:67:68:60:60:0.46875:38:22:21:46:38:22:22:46 chr1 17052075 . G C 129.82 PASS AF=0.0875233;AO=47;DP=537;FAO=47;FDP=537;FR=.;FRO=490;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=288;FSRR=202;FWDB=-0.00625577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.869;QD=0.966996;RBI=0.00662453;REFB=-0.000876354;REVB=0.0021794;RO=476;SAF=28;SAR=19;SRF=287;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895853;STB=0.507543;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.014366;OID=.;OPOS=17052075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:537:537:476:490:47:47:0.0875233:19:28:287:189:19:28:288:202 chr1 17052116 . CG GC 178.73 PASS AF=0.100179;AO=56;DP=560;FAO=56;FDP=559;FR=.;FRO=503;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=298;FSRR=205;FWDB=0.00172298;FXX=0.003565;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.707;QD=1.27893;RBI=0.0347353;REFB=-0.002524;REVB=-0.0346925;RO=498;SAF=36;SAR=20;SRF=296;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627333;STB=0.54802;STBP=0.456;TYPE=mnp;VARB=0.0242237;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:560:559:498:503:56:56:0.100179:20:36:296:202:20:36:298:205 chr1 17053766 . G A 447.88 PASS AF=0.473684;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0148157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3275;QD=18.858;RBI=0.0186347;REFB=-0.0228745;REVB=0.0113026;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024412;STB=0.51886;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0253712;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:50:44:45:0.473684:20:24:26:24:20:25:26:24 chr1 17053770 . G T 106.18 PASS AF=0.181818;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0365083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7473;QD=4.29006;RBI=0.0561094;REFB=-0.0107867;REVB=-0.0426076;RO=81;SAF=5;SAR=13;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375878;STB=0.741779;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0535862;OID=.;OPOS=17053770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:81:81:18:18:0.181818:13:5:47:34:13:5:47:34 chr1 17053782 . C A,G 838.81 PASS AF=0.316832,0.415842;AO=32,42;DP=101;FAO=32,42;FDP=101;FR=.;FRO=27;FSAF=20,17;FSAR=12,25;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0174909,-0.0339406;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=99.9001,75.8395;QD=33.2201;RBI=0.024004,0.0570823;REFB=0.0113937,-0.0118451;REVB=-0.0164397,-0.0458958;RO=27;SAF=20,17;SAR=12,25;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0600484,-0.109316;STB=0.533312,0.559803;STBP=0.614,0.246;TYPE=snp,snp;VARB=0.0025943,0.0259598;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:101:101:27:27:32,42:32,42:0.316832,0.415842:12,25:20,17:15:12:12,25:20,17:15:12 chr1 17053809 . C T 192.32 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0151305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.863;QD=7.25721;RBI=0.0625935;REFB=-0.0220678;REVB=-0.0607372;RO=78;SAF=17;SAR=11;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193478;STB=0.616025;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.048113;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:11:17:35:43:11:17:35:43 chr1 17053826 . C T 487.45 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0064649;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.295;QD=21.4262;RBI=0.0118986;REFB=-0.0268714;REVB=-0.00998906;RO=44;SAF=17;SAR=30;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650148;STB=0.535965;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0183701;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:30:17:19:25:30:17:19:25 chr1 17053834 . A AC 42.06 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0104733;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=268.698;QD=1.82862;RBI=0.0149136;REFB=-0.00446055;REVB=-0.0106172;RO=76;SAF=6;SAR=9;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102949;STB=0.502259;STBP=0.988;TYPE=ins;VARB=0.0150346;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163043:15:91:15:92:77:6:9:31:46:42:76:6:9:31:45 chr1 17053856 . T G 168.3 PASS AF=0.2875;AO=22;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0164941;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.258;QD=8.41478;RBI=0.0257325;REFB=0.00432491;REVB=0.0197511;RO=58;SAF=6;SAR=16;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210685;STB=0.591097;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00988566;OID=.;OPOS=17053856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:57:22:23:0.2875:16:6:25:33:16:7:24:33 chr1 17053861 . C T 365.38 PASS AF=0.481013;AO=30;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0216478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.651;QD=18.5002;RBI=0.0231104;REFB=-0.00750242;REVB=0.00809118;RO=41;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155742;STB=0.553938;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00983033;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:30:38:0.481013:21:9:18:23:25:13:18:23 chr1 17083778 . C T 90.26 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0727537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.608;QD=4.94553;RBI=0.0779892;REFB=-0.0077793;REVB=-0.0280929;RO=57;SAF=12;SAR=3;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25599;STB=0.661829;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.043366;OID=.;OPOS=17083778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:57:58:15:15:0.205479:3:12:36:21:3:12:37:21 chr1 17083872 . G A 86.75 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0252474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.276;QD=24.7869;RBI=0.05967;REFB=-0.0165576;REVB=-0.0540655;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329371;STB=0.689234;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0108169;OID=.;OPOS=17083872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:3:1:8:2:3:1 chr1 17084086 . A G 40.35 PASS AF=0.0980392;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.00793603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.919;QD=1.58247;RBI=0.0148003;REFB=-0.00154426;REVB=-0.0124927;RO=89;SAF=5;SAR=5;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126965;STB=0.588064;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0145551;OID=.;OPOS=17084086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:102:102:89:92:10:10:0.0980392:5:5:54:35:5:5:55:37 chr1 17084152 . C T 112.1 PASS AF=0.13587;AO=25;DP=184;FAO=25;FDP=184;FR=.;FRO=159;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=87;FSRR=72;FWDB=-0.00258955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.408;QD=2.43684;RBI=0.0323282;REFB=0.000799657;REVB=-0.0322244;RO=159;SAF=17;SAR=8;SRF=87;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174697;STB=0.620339;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00491555;OID=.;OPOS=17084152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:159:159:25:25:0.13587:8:17:87:72:8:17:87:72 chr1 17084510 . G A 214.43 PASS AF=0.211765;AO=35;DP=168;FAO=36;FDP=170;FR=.;FRO=134;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=59;FWDB=0.0652348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4682;QD=5.04531;RBI=0.110504;REFB=-0.00475257;REVB=0.0891944;RO=132;SAF=22;SAR=13;SRF=73;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994929;STB=0.565151;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0211795;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:132:134:35:36:0.211765:13:22:73:59:13:23:75:59 chr1 17084536 . TGGAACA T 58.3 PASS AF=0.184466;AO=18;DP=106;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0121157;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=6;MLLD=307.253;QD=2.26423;RBI=0.0159861;REFB=-0.00405318;REVB=-0.010429;RO=80;SAF=11;SAR=7;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=0.0632473;STB=0.51367;STBP=0.912;TYPE=del;VARB=0.0175573;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184466:18:106:19:103:84:11:8:50:34:58:80:11:7:45:35 chr1 17084968 . G C 237.66 PASS AF=0.314286;AO=24;DP=97;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.000328621;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.944;QD=9.05368;RBI=0.00349224;REFB=-0.0271098;REVB=-0.00347674;RO=72;SAF=16;SAR=8;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744842;STB=0.555811;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.065579;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:105:72:72:24:33:0.314286:8:16:44:28:10:23:45:27 chr1 17085006 . C T 85.13 PASS AF=0.130137;AO=16;DP=147;FAO=19;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=127;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=48;FWDB=-0.0195997;FXX=0.00680226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.429;QD=2.33232;RBI=0.0230876;REFB=-0.00724042;REVB=-0.0122021;RO=101;SAF=7;SAR=9;SRF=67;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280653;STB=0.627548;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0436231;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:147:146:101:127:16:19:0.130137:9:7:67:34:10:9:79:48 chr1 17085427 . T C 127.78 PASS AF=0.156977;AO=26;DP=171;FAO=27;FDP=172;FR=.;FRO=145;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=82;FWDB=-0.0139729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6532;QD=2.97171;RBI=0.0200815;REFB=-0.00456127;REVB=0.014423;RO=140;SAF=8;SAR=18;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173081;STB=0.590095;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0360112;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:140:145:26:27:0.156977:18:8:61:79:18:9:63:82 chr1 17085502 . T C 1375.19 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.764;QD=61.1194;RBI=0.0337013;REFB=0;REVB=0.00459914;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079503;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:90:0:0:82:90:1:44:38:0:0:45:45:0:0 chr1 17085522 . G A 194.67 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0211179;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.649;QD=12.3598;RBI=0.0230763;REFB=0.00133096;REVB=0.00930317;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243314;STB=0.514007;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00186614;OID=.;OPOS=17085522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:39:24:24:0.380952:11:13:22:17:11:13:22:17 chr1 17085834 . G T 667.06 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0238644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.891;QD=58.0049;RBI=0.034919;REFB=-0.0352277;REVB=0.0254916;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.503017;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000315533;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:25:19:1:0:25:19:1:1 chr1 17086052 . T C 62.07 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.3168;QD=35.4685;RBI=0.160852;REFB=0;REVB=0.160852;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118478;OID=.;OPOS=17086052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr1 17086941 . C T 59.24 PASS AF=0.115702;AO=14;DP=121;FAO=14;FDP=121;FR=.;FRO=107;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=0.00423416;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.78;QD=1.95834;RBI=0.0370129;REFB=-0.000359629;REVB=-0.03677;RO=106;SAF=6;SAR=8;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650884;STB=0.541405;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00202823;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:121:121:106:107:14:14:0.115702:8:6:40:66:8:6:41:66 chr1 17087072 . G A 129.88 PASS AF=0.12;AO=33;DP=274;FAO=33;FDP=275;FR=.;FRO=242;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=115;FSRR=127;FWDB=-0.0174487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.558;QD=1.88911;RBI=0.0410152;REFB=-0.00549934;REVB=0.0371186;RO=239;SAF=16;SAR=17;SRF=112;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204247;STB=0.508492;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0271084;OID=.;OPOS=17087072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:275:239:242:33:33:0.12:17:16:112:127:17:16:115:127 chr1 17087262 . C T 140.77 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=58;FWDB=0.115443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7778;QD=6.32682;RBI=0.126927;REFB=-0.00292586;REVB=0.0527569;RO=68;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303809;STB=0.679112;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0145474;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:68:21:21:0.235955:14:7:10:58:14:7:10:58 chr1 17087365 . C G 863.69 PASS AF=0.752577;AO=62;DP=86;FAO=73;FDP=97;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00236627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.7;QD=35.6162;RBI=0.0388522;REFB=-0.0695922;REVB=0.0387801;RO=24;SAF=30;SAR=32;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349417;STB=0.502024;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0247507;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:97:24:24:62:73:0.752577:32:30:10:14:42:31:10:14 chr1 17087459 . A G 220.92 PASS AF=0.244444;AO=33;DP=134;FAO=33;FDP=135;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=0.0290195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.488;QD=6.54562;RBI=0.0306773;REFB=-6.51729e-05;REVB=-0.00994807;RO=94;SAF=17;SAR=16;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100203;STB=0.555422;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000317891;OID=.;OPOS=17087459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:94:102:33:33:0.244444:16:17:56:38:16:17:60:42 chr1 17087465 . G A 123.15 PASS AF=0.17037;AO=23;DP=135;FAO=23;FDP=135;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=-0.0240405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.299;QD=3.64886;RBI=0.024135;REFB=-0.010597;REVB=0.00213354;RO=110;SAF=11;SAR=12;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14351;STB=0.584169;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0525455;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:110:112:23:23:0.17037:12:11:65:45:12:11:65:47 chr1 17087521 . G A 75.19 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=-0.0323381;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7083;QD=2.26127;RBI=0.0439255;REFB=-0.00194588;REVB=-0.0297271;RO=115;SAF=6;SAR=11;SRF=71;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320261;STB=0.721981;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0252109;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:133:115:116:17:17:0.12782:11:6:71:44:11:6:72:44 chr1 17087541 . GGTGCT G 31.64 PASS AF=0.132231;AO=15;DP=124;FAO=16;FDP=121;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=0.0110186;FXX=0.0241916;HRUN=2;LEN=5;MLLD=252.876;QD=1.04595;RBI=0.0168922;REFB=-0.00202805;REVB=-0.0128038;RO=104;SAF=6;SAR=9;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238928;STB=0.6884;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.016799;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132231:15:124:16:121:105:6:10:63:42:31:104:6:9:62:42 chr1 17087582 . G A 110.54 PASS AF=0.193548;AO=15;DP=91;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.0195254;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.611;QD=4.75452;RBI=0.0202632;REFB=-0.00768098;REVB=0.00541801;RO=74;SAF=5;SAR=10;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366149;STB=0.774746;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0190393;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:74:75:15:18:0.193548:10:5:47:27:13:5:48:27 chr1 17185437 . C T 94.94 PASS AF=0.157025;AO=19;DP=119;FAO=19;FDP=121;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0164561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.562;QD=3.13851;RBI=0.0256827;REFB=0.00187668;REVB=-0.0197179;RO=100;SAF=11;SAR=8;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125146;STB=0.582884;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00997508;OID=.;OPOS=17185437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:119:121:100:102:19:19:0.157025:8:11:48:52:8:11:49:53 chr1 17185500 . C T 73.59 PASS AF=0.113924;AO=18;DP=158;FAO=18;FDP=158;FR=.;FRO=140;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=-0.0160414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.898;QD=1.86306;RBI=0.0167549;REFB=-0.00253979;REVB=0.0048371;RO=140;SAF=10;SAR=8;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682324;STB=0.549241;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0190223;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:158:158:140:140:18:18:0.113924:8:10:70:70:8:10:70:70 chr1 17186685 . T C 337.43 PASS AF=0.232456;AO=53;DP=228;FAO=53;FDP=228;FR=.;FRO=175;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=97;FSRR=78;FWDB=0.0660158;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1715;QD=5.91983;RBI=0.0854053;REFB=-0.00441569;REVB=0.0541848;RO=174;SAF=41;SAR=12;SRF=96;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312654;STB=0.690158;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.01433;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:174:175:53:53:0.232456:12:41:96:78:12:41:97:78 chr1 17186719 . T G 641.57 PASS AF=0.304659;AO=85;DP=279;FAO=85;FDP=279;FR=.;FRO=194;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=106;FSRR=88;FWDB=-0.0177121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8653;QD=9.19809;RBI=0.0703289;REFB=0.00147622;REVB=0.068062;RO=194;SAF=55;SAR=30;SRF=106;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12615;STB=0.573304;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00329453;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:194:194:85:85:0.304659:30:55:106:88:30:55:106:88 chr1 17186742 . C T 1974.24 PASS AF=0.656489;AO=171;DP=262;FAO=172;FDP=262;FR=.;FRO=90;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=-0.00662167;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.632;QD=30.1411;RBI=0.00882357;REFB=-0.010138;REVB=0.00583171;RO=90;SAF=87;SAR=84;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065835;STB=0.534243;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00484686;OID=.;OPOS=17186742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:90:90:171:172:0.656489:84:87:55:35:84:88:55:35 chr1 17197563 . G T 182.59 PASS AF=0.196319;AO=32;DP=163;FAO=32;FDP=163;FR=.;FRO=131;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=-0.0599059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0305;QD=4.48083;RBI=0.0860092;REFB=-0.00540832;REVB=-0.061716;RO=130;SAF=17;SAR=15;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497749;STB=0.534283;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0201406;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:130:131:32:32:0.196319:15:17:64:66:15:17:64:67 chr1 17197571 . G A 35.33 PASS AF=0.0742857;AO=13;DP=176;FAO=13;FDP=175;FR=.;FRO=162;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=82;FWDB=-0.0301237;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.94;QD=0.807544;RBI=0.0301274;REFB=-0.00317842;REVB=-0.000468917;RO=162;SAF=8;SAR=5;SRF=80;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134484;STB=0.612503;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0494829;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:176:175:162:162:13:13:0.0742857:5:8:80:82:5:8:80:82 chr1 17197595 . A C 37.66 PASS AF=0.0721649;AO=14;DP=192;FAO=14;FDP=194;FR=.;FRO=180;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=82;FSRR=98;FWDB=-0.00613374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.838;QD=0.776596;RBI=0.059393;REFB=-0.000731029;REVB=-0.0590754;RO=178;SAF=10;SAR=4;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27685;STB=0.734544;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0118287;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:192:194:178:180:14:14:0.0721649:4:10:82:96:4:10:82:98 chr1 17197609 . T C 57.48 PASS AF=0.0878049;AO=17;DP=206;FAO=18;FDP=205;FR=.;FRO=187;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=82;FSRR=105;FWDB=0.00180024;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.987;QD=1.12153;RBI=0.0136061;REFB=0.000690694;REVB=0.0134864;RO=186;SAF=13;SAR=4;SRF=82;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365776;STB=0.798634;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00582139;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:206:205:186:187:17:18:0.0878049:4:13:82:104:4:14:82:105 chr1 17197615 . C A 68.27 PASS AF=0.0956938;AO=20;DP=209;FAO=20;FDP=209;FR=.;FRO=189;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=83;FSRR=106;FWDB=0.00863052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.619;QD=1.30653;RBI=0.011349;REFB=-0.00119333;REVB=0.00736987;RO=188;SAF=16;SAR=4;SRF=83;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42046;STB=0.816021;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0113433;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:209:209:188:189:20:20:0.0956938:4:16:83:105:4:16:83:106 chr1 17197619 . A G 76.01 PASS AF=0.101449;AO=20;DP=208;FAO=21;FDP=207;FR=.;FRO=186;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=107;FWDB=-0.0106635;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.743;QD=1.46884;RBI=0.011733;REFB=-0.0032518;REVB=-0.00489413;RO=187;SAF=15;SAR=5;SRF=80;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3758;STB=0.790209;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0195041;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:208:207:187:186:20:21:0.101449:5:15:80:107:5:16:79:107 chr1 17199074 . T C 142.14 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0295292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.297;QD=14.214;RBI=0.0455719;REFB=-0.0227786;REVB=0.0347105;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195018;STB=0.610992;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0851577;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:4:12:21:3:4:12:21:3 chr1 17199076 . T A 162.4 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00892545;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.103;QD=17.0947;RBI=0.0521734;REFB=-0.0414693;REVB=0.0514042;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114165;STB=0.574495;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0411255;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:18:15:15:0.394737:4:11:14:3:4:11:15:3 chr1 17200217 . G A 34.05 PASS AF=0.0570571;AO=19;DP=329;FAO=19;FDP=333;FR=.;FRO=314;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=161;FSRR=153;FWDB=-0.00847522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5913;QD=0.408975;RBI=0.0792074;REFB=0.00131582;REVB=0.0787526;RO=310;SAF=7;SAR=12;SRF=157;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142178;STB=0.635619;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0131247;OID=.;OPOS=17200217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:329:333:310:314:19:19:0.0570571:12:7:157:153:12:7:161:153 chr1 17200227 . C A 112.91 PASS AF=0.0929648;AO=37;DP=398;FAO=37;FDP=398;FR=.;FRO=361;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=175;FSRR=186;FWDB=-0.0148906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3642;QD=1.1348;RBI=0.0198214;REFB=0.00175585;REVB=-0.0130827;RO=358;SAF=18;SAR=19;SRF=174;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000545106;STB=0.501562;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0167505;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:398:358:361:37:37:0.0929648:19:18:174:184:19:18:175:186 chr1 17200270 . T G 2748.11 PASS AF=0.47449;AO=279;DP=588;FAO=279;FDP=588;FR=.;FRO=309;FSAF=130;FSAR=149;FSRF=168;FSRR=141;FWDB=0.016204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5919;QD=18.6947;RBI=0.0577637;REFB=-0.0272939;REVB=0.0554444;RO=309;SAF=130;SAR=149;SRF=168;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743011;STB=0.540812;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0277957;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:588:588:309:309:279:279:0.47449:149:130:168:141:149:130:168:141 chr1 17200289 . C T 2857.11 PASS AF=0.488449;AO=255;DP=563;FAO=296;FDP=606;FR=.;FRO=310;FSAF=136;FSAR=160;FSRF=173;FSRR=137;FWDB=-0.0340165;FXX=0.00328942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.141;QD=18.8588;RBI=0.142044;REFB=-0.0589568;REVB=0.137911;RO=308;SAF=136;SAR=119;SRF=170;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185662;STB=0.550357;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.061943;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:563:606:308:310:255:296:0.488449:119:136:170:138:160:136:173:137 chr1 17250836 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0383603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.832;QD=7.32769;RBI=0.0708884;REFB=-0.00278937;REVB=-0.0596126;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437903;STB=0.785674;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00910548;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:1:7:12:9:1:7:12:9 chr1 17263290 . G A 303.6 PASS AF=0.277419;AO=43;DP=154;FAO=43;FDP=155;FR=.;FRO=112;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.00888428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.613;QD=7.83489;RBI=0.0195016;REFB=-0.0141898;REVB=-0.0173604;RO=110;SAF=17;SAR=26;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214345;STB=0.619915;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0334148;OID=.;OPOS=17263290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:110:112:43:43:0.277419:26:17:63:47:26:17:63:49 chr1 17264920 . C T 137.62 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0702284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3034;QD=7.24325;RBI=0.0702486;REFB=-0.00597402;REVB=-0.00168267;RO=56;SAF=11;SAR=9;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485701;STB=0.529383;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0074858;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:9:11:33:23:9:11:33:23 chr1 17264939 . T C 120.29 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0184614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.428;QD=6.77688;RBI=0.0416098;REFB=-0.00778768;REVB=-0.0372901;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100321;STB=0.577381;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0256606;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:48:53:18:18:0.253521:9:9:28:20:9:9:32:21 chr1 17267302 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00471296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.71;QD=6.26118;RBI=0.0200817;REFB=-0.00396062;REVB=-0.0195208;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218582;STB=0.639616;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0266607;OID=.;OPOS=17267302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:8:13:3:4:8:13 chr1 17273396 . A G 44.04 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0462919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.957;QD=6.52478;RBI=0.0473139;REFB=-0.00587878;REVB=-0.00978059;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008787;STB=0.516083;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0150248;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:19:20:7:7:0.259259:3:4:11:8:3:4:11:9 chr1 17292566 . A AG 77.19 PASS AF=0.352941;AO=22;DP=56;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00358121;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.0775;QD=6.05421;RBI=0.0609454;REFB=-0.0350915;REVB=-0.06084;RO=33;SAF=19;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483303;STB=0.763033;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.208744;OID=.;OPOS=17292567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:22:56:18:51:33:15:3:16:17:77:33:19:3:16:17 chr1 17380497 . G C,T 1778.7 PASS AF=0.0413223,0.950413;AO=5,115;DP=121;FAO=5,115;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=0,75;FSAR=5,40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507405,0.0609667;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=148.4,197.292;QD=58.8;RBI=0.0536668,0.0616672;REFB=0.126782,0.0370685;REVB=-0.0174793,0.00926866;RO=1;SAF=0,75;SAR=5,40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.011723;STB=0.5,0.506172;STBP=1,0.264;TYPE=snp,snp;VARB=0.189318,-0.000276179;OID=.,.;OPOS=17380497,17380497;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:121:121:1:1:5,115:5,115:0.0413223,0.950413:5,40:0,75:0:1:5,40:0,75:0:1 chr1 17394613 . T C 1034.07 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019652;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.246;QD=59.9464;RBI=0.0504435;REFB=0;REVB=0.046458;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18231e-05;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr1 17394623 . C T 1061.68 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8735;QD=59.8129;RBI=0.0434044;REFB=0;REVB=-0.00467063;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130581;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr1 17395480 . G A 830.35 PASS AF=0.938462;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0255116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.272;QD=51.0983;RBI=0.0702226;REFB=-0.179197;REVB=0.0654245;RO=0;SAF=46;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562478;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0025843;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:64:65:0:4:60:61:0.938462:14:46:0:0:14:47:0:4 chr1 17395521 . G A 1379.79 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.726;QD=61.3238;RBI=0.0683685;REFB=-0.00117953;REVB=0.0645941;RO=0;SAF=60;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=7.22813e-05;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:88:89:0.988889:28:60:0:0:28:61:0:1 chr1 17396703 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.722;QD=63.8718;RBI=0.0215775;REFB=0;REVB=0.00241775;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96646e-05;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr1 17402255 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.796;QD=54.4811;RBI=0.11127;REFB=-0.131827;REVB=0.00570538;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00138229;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr1 17405809 . G A 910.76 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.596;QD=57.8261;RBI=0.0382544;REFB=0;REVB=0.0368664;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66505e-05;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:36:27:0:0 chr1 17550121 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00159343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.664;QD=19.2766;RBI=0.00641421;REFB=-0.00933607;REVB=-0.00621314;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394649;STB=0.521955;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00985984;OID=.;OPOS=17550121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:18:16:17:16:18:16:17:16 chr1 17557133 . A C 200.27 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.000198739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.753;QD=14.0538;RBI=0.00909982;REFB=-0.000896361;REVB=0.00909765;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227826;STB=0.613945;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000934678;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:33:22:24:0.421053:11:11:23:9:12:12:23:10 chr1 17575645 . A C 336.52 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00535923;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3746;QD=14.792;RBI=0.0291235;REFB=-0.0141718;REVB=0.0286261;RO=54;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904869;STB=0.551285;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0225126;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:21:16:28:26:21:16:28:26 chr1 17586134 . A G 760.37 PASS AF=0.503226;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.018547;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0946;QD=19.6225;RBI=0.0199072;REFB=-0.0135473;REVB=-0.00723232;RO=77;SAF=47;SAR=31;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650178;STB=0.535808;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00996537;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:77:77:78:78:0.503226:31:47:41:36:31:47:41:36 chr1 17593316 . G A 493.3 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00484794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.311;QD=25.6262;RBI=0.0126084;REFB=-0.0344399;REVB=0.0116391;RO=31;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912932;STB=0.549894;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0290062;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:25:21:18:13:25:21:18:13 chr1 17657607 . C G 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0276884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7047;QD=17.0586;RBI=0.0323925;REFB=-0.00178256;REVB=-0.0168116;RO=38;SAF=24;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330747;STB=0.68621;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00157807;OID=.;OPOS=17657607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:9:24:15:23:9:24:15:23 chr1 17674537 . C A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.00739089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2418;QD=13.0606;RBI=0.00739093;REFB=-0.00799114;REVB=-2.67575e-05;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150429;STB=0.585305;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0120739;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:9:17:31:9:9:17:31:9 chr1 17718671 . AG A 701.09 PASS AF=1;AO=58;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127872;FXX=0.0605969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.9052;QD=45.2313;RBI=0.19603;REFB=0;REVB=0.148582;RO=2;SAF=26;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=-0.0349076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00531951;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:62:62:62:0:29:33:0:0:12:2:26:32:2:0 chr1 17720545 . C T 207.27 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0445215;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.58;QD=22.4081;RBI=0.0478358;REFB=-0.00949043;REVB=0.0174955;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160139;STB=0.589724;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00468124;OID=.;OPOS=17720545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:11:6:11:9:11:6 chr1 17733267 . ATGT A 1889.9 PASS AF=1;AO=110;DP=129;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134449;FXX=0.053842;HRUN=1;LEN=3;MLLD=161.631;QD=61.46;RBI=0.0145739;REFB=0;REVB=0.00562419;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000118967;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:129:123:123:0:62:61:0:0:10:0:58:52:0:0 chr1 17739586 . G A 273.05 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0365109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8068;QD=12.8493;RBI=0.0386603;REFB=-0.00222268;REVB=0.0127113;RO=52;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210853;STB=0.625105;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00490357;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:53:32:32:0.376471:18:14:33:19:18:14:34:19 chr1 17752141 . TGGGG TGGG,TGGGC,TGGGGC 719.27 PASS AF=0.598131,0,0.383178;AO=41,10,31;DP=109;FAO=64,0,41;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=7,0,3;FSAR=57,0,38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.270956,2.07144,3.02419;FXX=0.0183469;HRUN=4,4,5;LEN=1,1,1;MLLD=12.9963,6.60053,9.94626;QD=26.8886;RBI=0.2727,2.07146,3.02523;REFB=-0.0744227,-0.092466,-0.0675103;REVB=-0.0307914,0.0105256,0.0796796;RO=8;SAF=0,0,0;SAR=41,10,31;SRF=0;SRR=8;SSEN=0.509542,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.508618,0.5,0.512814;STBP=0.633,1,0.614;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.0965975,0.0397991,0.156234;OID=.,.,.;OPOS=17752142,17752145,17752146;OREF=G,G,-;OALT=-,C,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.598131,0,0.383178:41,10,31:109:64,0,41:107:2:7,0,3:57,0,38:0:2:99:8:0,0,0:41,10,31:0:8 chr1 17981184 . A C 421.55 PASS AF=0.569444;AO=39;DP=70;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.01303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.99;QD=23.4192;RBI=0.0201666;REFB=-0.00914724;REVB=-0.0153919;RO=31;SAF=30;SAR=9;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302851;STB=0.523569;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00779332;OID=.;OPOS=17981184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:31:31:39:41:0.569444:9:30:23:8:9:32:23:8 chr1 17982559 . G A 335.82 PASS AF=0.341463;AO=42;DP=123;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=0.0395604;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.445;QD=10.9211;RBI=0.0396829;REFB=-0.00584024;REVB=-0.00311543;RO=81;SAF=29;SAR=13;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782525;STB=0.545234;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0119509;OID=.;OPOS=17982559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:81:42:42:0.341463:13:29:51:30:13:29:51:30 chr1 17991052 . T C 230.56 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000321653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.979;QD=48.5398;RBI=0.0366152;REFB=0;REVB=0.0366137;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233419;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:13:6:0:0 chr1 18023365 . C T 219.88 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=57;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=4;FWDB=0.0184723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.595;QD=14.6589;RBI=0.0260704;REFB=-0.0056951;REVB=0.0183967;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=28;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269016;STB=0.656733;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00487272;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:31:34:24:26:0.433333:7:17:28:3:9:17:30:4 chr1 18023509 . T C 358.09 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0257643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.595;QD=22.3807;RBI=0.0513985;REFB=0.00687804;REVB=-0.0444748;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934321;STB=0.558791;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00796436;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:19:17:16:11:19:17:17:11 chr1 18023690 . A G 251.98 PASS AF=0.483333;AO=26;DP=57;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0178449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.336;QD=16.7986;RBI=0.0178595;REFB=-0.047519;REVB=-0.000721871;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136733;STB=0.550424;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0266929;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:28:31:26:29:0.483333:15:11:16:12:15:14:18:13 chr1 18149510 . G T 651.72 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.966;QD=62.0683;RBI=0.0784345;REFB=0;REVB=0.0764379;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251112;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:19:23:0:0 chr1 18149566 . C A 1183.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047278;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.971;QD=60.7126;RBI=0.0509207;REFB=0;REVB=0.0189131;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39703e-05;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:37:41:0:0 chr1 18152582 . C T 186.93 PASS AF=0.527778;AO=14;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00273923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.905;QD=20.7698;RBI=0.0100783;REFB=-0.00253529;REVB=0.00969891;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371469;STB=0.689481;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0563738;OID=.;OPOS=18152582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:14:19:0.527778:7:7:15:2:10:9:15:2 chr1 18807897 . C G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.815;QD=37.893;RBI=0.0190522;REFB=-0.017017;REVB=0.0107715;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000634264;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr1 18807938 . C A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0156737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.456;QD=13.631;RBI=0.0312401;REFB=-0.0155716;REVB=-0.0270237;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213273;STB=0.588021;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0217898;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:4:4:2:6:4:4:3:6 chr1 18807953 . C A 69.7 PASS AF=0.45;AO=7;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0734484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.318;QD=13.9405;RBI=0.0736399;REFB=0.0210972;REVB=-0.0053066;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00319133;OID=.;OPOS=18807953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:6:10:7:9:0.45:4:3:3:3:6:3:4:6 chr1 18808291 . GC G,GA,TG 347.65 PASS AF=0.192308,0.807692,0;AO=3,21,2;DP=26;FAO=5,21,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16,0;FSAR=2,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739419,0.00107991,0.0264817;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=100.039,116.627,73.4596;QD=53.4848;RBI=0.0763338,0.0781071,0.0660236;REFB=0,0,0;REVB=0.0759749,0.0780996,0.06048;RO=0;SAF=3,16,0;SAR=0,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.78933e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0591634,-0.0215728,0;OID=.,.,.;OPOS=18808292,18808292,18808291;OREF=C,C,GC;OALT=-,A,TG;OMAPALT=G,GA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:26:26:0:0:3,21,2:5,21,0:0.192308,0.807692,0:0,5,2:3,16,0:0:0:2,5,0:3,16,0:0:0 chr1 18808465 . T A 1231.38 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00795527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.847;QD=60.0675;RBI=0.0169365;REFB=0.0189294;REVB=0.0149518;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010407;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-3.50924e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:36:45:1:0:36:45:1:0 chr1 18808526 . A C 1677.32 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.292;QD=60.4438;RBI=0.0318796;REFB=0;REVB=-0.0204261;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70886e-06;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr1 18808711 . G C 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.00695975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.412;QD=19.6902;RBI=0.0167975;REFB=0.00569281;REVB=-0.0152878;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383536;STB=0.712495;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0070311;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:4:21:10:16:4:21 chr1 18809896 . A T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.545;QD=57.1768;RBI=0.0188733;REFB=0;REVB=0.00169465;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93522e-05;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 18809916 . G A 113.79 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0636642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0717;QD=9.89459;RBI=0.0643217;REFB=-0.0066493;REVB=0.00917305;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223777;STB=0.633961;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0174471;OID=.;OPOS=18809916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:20:12:8:6:20:12 chr1 18810344 . G T 764.98 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0521922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.377;QD=51.863;RBI=0.0775177;REFB=-0.128445;REVB=0.0573146;RO=2;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314096;STB=0.524581;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00177702;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:2:3:56:56:0.949153:29:27:0:2:29:27:0:3 chr1 18810484 . G A 238.47 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0675518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.463;QD=20.7362;RBI=0.0977571;REFB=-0.0734555;REVB=0.0706627;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176303;STB=0.577294;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.061172;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:21:23:25:0.543478:16:7:10:10:17:8:10:11 chr1 18810486 . A C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0205069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.552;QD=22.1888;RBI=0.0208344;REFB=-0.0194369;REVB=0.00367936;RO=22;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194607;STB=0.609466;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00847664;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:17:7:11:11:17:7:11:11 chr1 18811668 . T C 102.01 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.413;QD=40.8049;RBI=0.025366;REFB=0;REVB=0.0223711;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178581;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr1 18812176 . G A 348.93 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00800973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.963;QD=15.0078;RBI=0.00806956;REFB=-0.0162783;REVB=-0.00098075;RO=54;SAF=28;SAR=10;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250729;STB=0.64904;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00880458;OID=.;OPOS=18812176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:55:38:38:0.408602:10:28:28:26:10:28:28:27 chr1 18812316 . C T 502.51 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.032034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.483;QD=17.3279;RBI=0.0320584;REFB=-0.00814368;REVB=-0.00125284;RO=62;SAF=29;SAR=25;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896777;STB=0.549788;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00782212;OID=.;OPOS=18812316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:25:29:39:23:25:29:39:23 chr1 19018405 . G A 518.26 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0255731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7604;QD=20.7304;RBI=0.0295003;REFB=0.00365151;REVB=0.0147066;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00503447;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:50:49:50:0.5:25:24:24:26:26:24:24:26 chr1 19018432 . A C 260.48 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00438611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.29;QD=14.4712;RBI=0.00548629;REFB=-0.024319;REVB=0.00329567;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683225;STB=0.51388;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0269614;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:15:14:20:22:15:15:20:22 chr1 19027239 . A G 301.74 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0.0884231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0368;QD=25.145;RBI=0.0918183;REFB=0.00229198;REVB=-0.0247377;RO=20;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264498;STB=0.647807;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.000179893;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:25:2:0:20:25:2:0:21 chr1 19186129 . G C 402.12 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0238798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.795;QD=19.1486;RBI=0.0242401;REFB=-0.0257307;REVB=-0.00416426;RO=41;SAF=13;SAR=27;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32452;STB=0.693056;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.023676;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:43:40:41:0.488095:27:13:28:13:28:13:30:13 chr1 19201956 . A G 797.02 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502712;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8352;QD=56.93;RBI=0.0953411;REFB=0;REVB=-0.0810107;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403349;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:26:30:0:0 chr1 19202896 . G A 534.91 PASS AF=0.597561;AO=37;DP=83;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00724913;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.363;QD=26.0931;RBI=0.00895561;REFB=0.0111362;REVB=0.00525862;RO=29;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106785;STB=0.583299;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00657955;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:29:33:37:49:0.597561:19:18:18:11:28:21:21:12 chr1 19202917 . T C 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.737;QD=58.4153;RBI=0.0695246;REFB=0;REVB=0.013133;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105524;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr1 19202926 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.343;QD=57.1061;RBI=0.0561449;REFB=0;REVB=-0.0346623;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43653e-05;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 19203997 . C G 811.15 PASS AF=0.437811;AO=88;DP=201;FAO=88;FDP=201;FR=.;FRO=113;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=0.00727401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.113;QD=16.1422;RBI=0.00752045;REFB=-0.021671;REVB=0.00190942;RO=112;SAF=49;SAR=39;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332686;STB=0.515573;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0278029;OID=.;OPOS=19203997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:112:113:88:88:0.437811:39:49:66:46:39:49:66:47 chr1 19493520 . T G 267.14 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0295674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.694;QD=18.4235;RBI=0.0306582;REFB=-0.0158057;REVB=0.00810522;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457317;STB=0.517353;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0127783;OID=.;OPOS=19493520;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:16:13:14:14:16:13:14:15 chr1 19595137 . C T 1000.05 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7938;QD=57.9739;RBI=0.0405704;REFB=0;REVB=0.0175191;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204986;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:66:69:1:31:35:0:0:33:36:0:0 chr1 19596124 . C T 1556.43 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102555;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5227;QD=62.886;RBI=0.0126814;REFB=-0.118854;REVB=-0.00745933;RO=1;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093921;STB=0.504949;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000732763;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:50:48:0:1:50:48:0:1 chr1 19596156 . G T 1362.45 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0982564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7158;QD=61.2339;RBI=0.115356;REFB=-0.147412;REVB=0.060438;RO=1;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957343;STB=0.505049;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0235367;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:49:39:0:1:49:39:0:1 chr1 19597420 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.447;QD=53.9112;RBI=0.061154;REFB=0;REVB=0.0562205;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157856;OID=.;OPOS=19597420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr1 19609254 . T C 881.91 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.438;QD=57.8299;RBI=0.101036;REFB=0;REVB=0.100241;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141445;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:20:40:0:0:21:40:0:0 chr1 19611241 . T C 723.62 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0132333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2355;QD=59.071;RBI=0.04568;REFB=-0.0474859;REVB=-0.0437212;RO=2;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245737;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0116965;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:22:25:1:1:22:25:1:1 chr1 19621380 . T C 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00605264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.805;QD=56.8269;RBI=0.0219763;REFB=-0.0197795;REVB=0.0211263;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000833584;OID=.;OPOS=19621380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:38:26:1:0:38:26:1:0 chr1 19638435 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0836423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.335;QD=22.3408;RBI=0.0842668;REFB=-0.0176068;REVB=0.0102398;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312556;STB=0.677205;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0135731;OID=.;OPOS=19638435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:8:6:14:4:8:6 chr1 19726907 . A T 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00459357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.023;QD=17.0877;RBI=0.0254468;REFB=0.00180674;REVB=-0.0250288;RO=28;SAF=5;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393133;STB=0.723942;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00532391;OID=.;OPOS=19726907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:20:5:16:12:20:5:16:12 chr1 19750909 . G T 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0149305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.342;QD=9.6433;RBI=0.0175548;REFB=-0.0108086;REVB=0.00923329;RO=49;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107492;STB=0.563123;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0171874;OID=.;OPOS=19750909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:12:11:28:21:12:11:28:21 chr1 19953118 . G T 1405.35 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2551;QD=62.4599;RBI=0.019906;REFB=0;REVB=-0.0104945;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410184;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:31:58:0:0:32:58:0:0 chr1 20020993 . AC GT 122.93 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00292278;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.453;QD=7.12608;RBI=0.0135569;REFB=-0.00741321;REVB=-0.0132381;RO=51;SAF=8;SAR=10;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126361;STB=0.576838;STBP=0.483;TYPE=mnp;VARB=0.0257214;OID=.;OPOS=20020993;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:10:8:28:23:10:8:28:23 chr1 20097941 . G T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00378356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.056;QD=16.271;RBI=0.00444019;REFB=-0.0269757;REVB=-0.00232378;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230948;STB=0.634721;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.034718;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:12:3:7:11:12:3:7:11 chr1 20141528 . C T 220.35 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0101879;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.542;QD=13.772;RBI=0.0129203;REFB=-0.0198345;REVB=-0.00794605;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365673;STB=0.526972;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0189853;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:38:26:26:0.40625:10:16:24:13:10:16:25:13 chr1 20246876 . C T 379.4 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.013869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.797;QD=16.6767;RBI=0.016241;REFB=-0.0162481;REVB=0.00845107;RO=51;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489143;STB=0.527459;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0254811;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:20:20:28:23:20:20:28:23 chr1 20297752 . A T 116.88 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0639199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6614;QD=12.3033;RBI=0.0764269;REFB=-0.0243849;REVB=-0.0418966;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201609;STB=0.619655;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.035135;OID=.;OPOS=20297752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:11:13:10:4:11:13 chr1 20304962 . C G 526.34 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0175002;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.719;QD=21.4833;RBI=0.018168;REFB=-0.0218008;REVB=-0.00488069;RO=46;SAF=32;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883176;STB=0.561138;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0239693;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:46:48:50:50:0.510204:18:32:25:21:18:32:25:23 chr1 20395497 . G A 105.91 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.000950658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8162;QD=6.6196;RBI=0.00233016;REFB=-0.000252286;REVB=0.00212742;RO=48;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1532;STB=0.593637;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00069849;OID=.;OPOS=20395497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:8:8:18:30:8:8:18:30 chr1 20442054 . T C 384.94 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.000634522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.34;QD=14.8053;RBI=0.0180192;REFB=-0.000217687;REVB=0.018008;RO=59;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11376;STB=0.564431;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000290838;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:59:60:43:44:0.423077:20:23:25:34:20:24:26:34 chr1 20518226 . G A 500.62 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0122723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2147;QD=21.7661;RBI=0.0168555;REFB=-0.00219915;REVB=0.0115543;RO=44;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689103;STB=0.532595;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00440978;OID=.;OPOS=20518226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:44:47:48:0.521739:23:24:19:25:24:24:19:25 chr1 20656824 . A G 525.54 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0239273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6682;QD=17.518;RBI=0.0264275;REFB=-0.0391748;REVB=-0.0112204;RO=64;SAF=30;SAR=26;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193383;STB=0.510749;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0400661;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:26:30:33:31:26:30:33:31 chr1 20662938 . A G 220.39 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0222467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.793;QD=18.3655;RBI=0.0229956;REFB=-0.00902867;REVB=-0.00582097;RO=26;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046551;STB=0.526293;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0142445;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:18:4:4:22:18:4:4:22 chr1 20671961 . G A 169.17 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0138541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.327;QD=12.0832;RBI=0.0183022;REFB=-0.0119728;REVB=-0.0119597;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201634;STB=0.617169;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.013123;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:7:14:17:18:7:14:17:18 chr1 20680718 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0889293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5913;QD=12.8607;RBI=0.100087;REFB=0.00231897;REVB=0.0459244;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196457;STB=0.615099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00809147;OID=.;OPOS=20680718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:1:7:5:2:1:7 chr1 20972048 . G A,C 989.23 PASS AF=0.875,0.0972222;AO=63,7;DP=70;FAO=63,7;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36,7;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00710285,-0.0057726;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.1618,135.3;QD=54.9573;RBI=0.0265283,0.006361;REFB=-0.22282,0.0108966;REVB=-0.0255597,-0.00267197;RO=0;SAF=36,7;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.31521e-08,0;STB=0.517851,0.997762;STBP=0.147,0.008;TYPE=snp,snp;VARB=0.00736458,0.125696;OID=.,.;OPOS=20972048,20972048;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:70:72:0:2:63,7:63,7:0.875,0.0972222:27,0:36,7:0:0:27,0:36,7:0:2 chr1 20972110 . C CA 339.7 PASS AF=0.925;AO=12;DP=80;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.114715;FXX=0.499938;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.2771;QD=33.9699;RBI=0.123142;REFB=-0.00261561;REVB=-0.0447692;RO=66;SAF=12;SAR=0;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.738849;STB=0.714132;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0133175;OID=.;OPOS=20972111;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925:12:80:37:40:3:35:2:0:3:17:66:12:0:26:40 chr1 20972111 . G A,C 1177.82 PASS AF=0.8,0.2;AO=63,14;DP=80;FAO=64,16;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26,13;FSAR=38,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149084,-0.00625227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.4473,94.4623;QD=58.8909;RBI=0.0246428,0.00626202;REFB=0,0;REVB=0.0196215,-0.000349365;RO=1;SAF=26,13;SAR=37,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.012593,0.295994;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00744453,0.0905771;OID=.,.;OPOS=20972111,20972111;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:80:80:1:0:63,14:64,16:0.8,0.2:37,1:26,13:0:1:38,3:26,13:0:0 chr1 20977000 . A C 582.92 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.887;QD=58.2924;RBI=0.0316841;REFB=-0.100224;REVB=0.0261544;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176841;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00367918;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:12:26:1:0:13:26:1:0 chr1 20987873 . G C 1396.05 PASS AF=0.98913;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9153;QD=60.6976;RBI=0.0619135;REFB=-0.0443223;REVB=0.0254362;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00280823;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:92:0:1:87:91:0.98913:37:50:0:0:39:52:0:1 chr1 20998445 . GT GG,G 109.54 PASS AF=0.108911,0.217822;AO=12,29;DP=108;FAO=11,22;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=1,4;FSAR=10,18;FSRF=50;FSRR=18;FWDB=0.0344952,0.0702769;FXX=0.0648088;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=24.0156,11.6383;QD=4.3381;RBI=0.0435248,0.17166;REFB=-0.06167,-0.0981583;REVB=-0.0265423,-0.156615;RO=58;SAF=1,5;SAR=11,24;SRF=48;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.764882,-0.672216;STB=0.947354,0.870681;STBP=0.015,0.001;TYPE=snp,del;VARB=0.0902309,0.0967417;OID=.,.;OPOS=20998446,20998446;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.108911,0.217822:12,29:108:11,22:101:68:1,4:10,18:50:18:63:58:1,5:11,24:48:10 chr1 21011346 . A G 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00722002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.586;QD=16.5618;RBI=0.0144474;REFB=-0.0124722;REVB=-0.012514;RO=30;SAF=20;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121416;STB=0.581865;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0154767;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:7:20:19:11:7:20:19:12 chr1 21011622 . C CGACA 44.53 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0389504;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=211.862;QD=6.85145;RBI=0.0468588;REFB=-0.00450558;REVB=-0.0260502;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335001;STB=0.744008;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.00746421;OID=.;OPOS=21011623;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=CGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:6:26:7:26:19:2:5:12:7:44:19:2:4:12:7 chr1 21024901 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.598;QD=60.2304;RBI=0.0329534;REFB=0;REVB=0.00947735;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102816;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 21031046 . C T 1982.07 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00935923;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.34;QD=61.4595;RBI=0.00963328;REFB=0.0533734;REVB=-0.00228142;RO=0;SAF=83;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505494;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000135444;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:128:128:0.992248:45:83:0:0:45:83:0:1 chr1 21042094 . G A 2103.36 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.693;QD=62.7869;RBI=0.0215529;REFB=0;REVB=0.0132694;RO=0;SAF=70;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81493e-05;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:63:70:0:0:63:71:0:0 chr1 21044161 . A G 191.49 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.881;QD=45.0557;RBI=0.0790587;REFB=0;REVB=-0.0467685;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140964;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:11:6:0:0 chr1 21050958 . C T 1025.63 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000583361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.887;QD=59.4566;RBI=0.074389;REFB=0;REVB=0.0743867;RO=0;SAF=49;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113305;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:19:49:0:0:20:49:0:0 chr1 21167404 . A G 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.943;QD=60.0277;RBI=0.0264111;REFB=0;REVB=-0.0114006;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06797e-05;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr1 21231448 . A G 588.78 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00468498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.858;QD=18.9929;RBI=0.0107977;REFB=-0.0154654;REVB=-0.0097284;RO=62;SAF=41;SAR=20;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223497;STB=0.627966;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0183736;OID=.;OPOS=21231448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:63:61:61:0.491935:20:41:27:35:20:41:27:36 chr1 21795388 . A G 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0234013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.817;QD=15.5561;RBI=0.0250427;REFB=0.00712004;REVB=0.00891722;RO=45;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101262;STB=0.557195;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00852267;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:20:14:23:22:20:14:23:22 chr1 21799924 . G A 375.31 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0232669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.1;QD=13.7729;RBI=0.02536;REFB=-0.00254078;REVB=-0.0100886;RO=65;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160269;STB=0.59051;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00445818;OID=.;OPOS=21799924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:19:25:27:38:19:25:27:38 chr1 21808159 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.015563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4807;QD=20.7543;RBI=0.0242351;REFB=0.00997355;REVB=0.0185778;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320767;STB=0.676293;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0185674;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:4:11:12:0:4:11:12:0 chr1 21808207 . A C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00432048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.259;QD=16.4544;RBI=0.00434424;REFB=0.0048187;REVB=-0.000453772;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42622;STB=0.749247;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00206536;OID=.;OPOS=21808207;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:4:0:4:2:4:0 chr1 21809750 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8957;QD=33.4282;RBI=0.103506;REFB=0;REVB=-0.0048977;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0114446;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 21889635 . T C 854.03 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423173;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.411;QD=57.9;RBI=0.0425021;REFB=0;REVB=0.0039591;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142152;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr1 21894735 . T C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0155873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.667;QD=11.0158;RBI=0.0226988;REFB=-0.00713504;REVB=0.0165006;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274765;STB=0.662034;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00996803;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:9:19:6:8:9:19 chr1 21900171 . A G 405.55 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=82;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0147515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.747;QD=18.0245;RBI=0.0158526;REFB=-0.0177499;REVB=-0.00580481;RO=45;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145337;STB=0.597814;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00665274;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:90:45:48:34:42:0.466667:14:20:20:25:16:26:21:27 chr1 21904267 . A G 540.12 PASS AF=0.475;AO=58;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0134983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6946;QD=18.0041;RBI=0.0144473;REFB=-0.00136596;REVB=0.00514962;RO=61;SAF=39;SAR=19;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342558;STB=0.518512;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00121424;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:63:58:57:0.475:19:39:39:22:19:38:40:23 chr1 21930242 . T C,TC 33.72 PASS AF=0.0714286,0.142857;AO=4,9;DP=44;FAO=3,6;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3,3;FSAR=0,3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0131462,-0.0661015;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=173.394,9.9575;QD=3.21169;RBI=0.0133363,0.081427;REFB=-0.00520277,-0.0859966;REVB=-0.00224393,-0.0475495;RO=29;SAF=4,4;SAR=0,5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.5792,-0.167972;STB=0.996317,0.512778;STBP=0.091,0.928;TYPE=snp,ins;VARB=0.150756,0.122045;OID=.,.;OPOS=21930242,21930243;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:44:42:29:33:4,9:3,6:0.0714286,0.142857:0,5:4,4:17:12:0,3:3,3:17:16 chr1 21943820 . G A 290.72 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=0.0337266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.952;QD=13.0661;RBI=0.0691164;REFB=-0.00288616;REVB=0.0603291;RO=55;SAF=19;SAR=15;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234486;STB=0.632273;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0058062;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:15:19:42:13:15:19:42:13 chr1 22005665 . C T 225.4 PASS AF=0.678571;AO=14;DP=30;FAO=19;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0.0666445;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.67;QD=32.1998;RBI=0.0369109;REFB=-0.0468967;REVB=0.0369109;RO=6;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118449;OID=.;OPOS=22005665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:30:28:6:6:14:19:0.678571:14:0:0:6:19:0:0:6 chr1 22141030 . C T 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0973078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1545;QD=11.5954;RBI=0.0998509;REFB=-0.00509589;REVB=0.0223918;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256805;STB=0.652804;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0100401;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:9:12:4:8:9:12 chr1 22149935 . T C 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0141965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.873;QD=12.0466;RBI=0.0192031;REFB=-0.00773557;REVB=-0.0129313;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125034;STB=0.566968;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0115073;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:53:30:30:0.361446:12:18:36:15:12:18:37:16 chr1 22175463 . C CG,G 60.47 PASS AF=0.314286,0;AO=8,3;DP=40;FAO=11,0;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=10,0;FSAR=1,0;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.197801,-0.0438967;FXX=0.0540395;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=25.6753,135.202;QD=6.9105;RBI=0.21081,0.0455472;REFB=0.029026,0.00320652;REVB=0.0729083,-0.0121501;RO=27;SAF=7,3;SAR=1,0;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.638597,0.656243;STB=0.921618,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0965488,0.0311292;OID=.,.;OPOS=22175464,22175463;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:35:27:24:8,3:11,0:0.314286,0:1,0:7,3:8:19:1,0:10,0:6:18 chr1 22191454 . G A 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.101;QD=60.593;RBI=0.0791084;REFB=0;REVB=0.060419;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399054;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chr1 22199245 . C T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00528859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2315;QD=14.1946;RBI=0.0256529;REFB=0.00201743;REVB=-0.0251019;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787269;STB=0.504581;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00642944;OID=.;OPOS=22199245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:16:6:4:11:16:6 chr1 22206649 . T C 766.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4514;QD=63.8438;RBI=0.0327482;REFB=0;REVB=-0.0327307;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272006;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr1 22206942 . G A 1315.46 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0163354;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.604;QD=59.7935;RBI=0.0394034;REFB=-0.0265537;REVB=0.0358578;RO=2;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210463;STB=0.511109;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000588532;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:2:2:86:86:0.977273:44:42:0:2:44:42:0:2 chr1 22207235 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.307;QD=57.8845;RBI=0.0513683;REFB=0;REVB=-0.0305275;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215761;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr1 22214127 . A G 444.79 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00599278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.529;QD=16.4737;RBI=0.0801841;REFB=-0.0243382;REVB=-0.0799598;RO=55;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193385;STB=0.518252;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0301686;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:55:59:48:49:0.453704:20:28:31:24:20:29:33:26 chr1 22215198 . TG GG,T 30.11 PASS AF=0,0.339623;AO=4,13;DP=50;FAO=0,18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=0,16;FSAR=0,2;FSRF=34;FSRR=1;FWDB=-0.00651899,-0.00629227;FXX=0.0185151;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=223.411,7.83807;QD=2.27233;RBI=0.0301643,0.0368885;REFB=-0.00750955,-0.142229;REVB=0.0294514,-0.0363479;RO=25;SAF=4,13;SAR=0,0;SRF=24;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.497013,0.72624;STB=0.5,0.67554;STBP=1,0.432;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0478934;OID=.,.;OPOS=22215198,22215199;OREF=T,G;OALT=G,-;OMAPALT=GG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:50:53:25:35:4,13:0,18:0,0.339623:0,0:4,13:24:1:0,2:0,16:34:1 chr1 22216574 . C A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00902671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.573;QD=24.293;RBI=0.01435;REFB=-0.0315589;REVB=0.0111553;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739602;STB=0.541135;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.024622;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:3:10:13:6:3:10 chr1 22216604 . C G 92.07 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0435442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6906;QD=18.4146;RBI=0.0593035;REFB=-0.0334368;REVB=0.0402593;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.52936;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0415735;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:2:7:8:3:2:7 chr1 22217108 . G A 1436.48 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000353396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.122;QD=59.8535;RBI=0.0268212;REFB=-0.0254751;REVB=0.0268189;RO=3;SAF=29;SAR=64;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148244;STB=0.504657;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00328391;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:3:2:93:94:0.979167:64:29:1:2:65:29:1:1 chr1 22303524 . G A 55.73 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0596923;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7815;QD=3.01225;RBI=0.0643021;REFB=-0.0196473;REVB=-0.0239079;RO=63;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194302;STB=0.513345;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.100854;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:74:63:63:11:11:0.148649:7:4:22:41:7:4:22:41 chr1 22304428 . CCGG GTGC 65.74 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0279762;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=4;MLLD=215.992;QD=9.73994;RBI=0.0423875;REFB=-0.00702533;REVB=-0.031844;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362611;STB=0.695122;STBP=0.258;TYPE=mnp;VARB=0.00904555;OID=.;OPOS=22304428;OREF=CCGG;OALT=GTGC;OMAPALT=GTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:29:27:15:18:9:9:0.333333:8:1:5:10:8:1:5:13 chr1 22307358 . C G 33.03 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0595616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4075;QD=3.0728;RBI=0.0664064;REFB=0.00227221;REVB=-0.0293636;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153616;STB=0.612518;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0283915;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:17:20:4:2:17:20 chr1 22307538 . C T 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00134469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.14;QD=20.9182;RBI=0.0132802;REFB=-0.00664419;REVB=-0.013212;RO=25;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106162;STB=0.551525;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00490781;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:11:20:13:12:11:20:14:12 chr1 22310190 . T C 109.53 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.049005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4032;QD=8.11361;RBI=0.0925586;REFB=-0.0231281;REVB=-0.0785213;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202447;STB=0.615227;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0802155;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:39:15:15:0.277778:5:10:19:19:5:10:20:19 chr1 22310262 . G C 276.71 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0621966;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7943;QD=11.18;RBI=0.0939135;REFB=-0.0101406;REVB=-0.0703657;RO=65;SAF=14;SAR=19;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165022;STB=0.580636;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0130514;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:65:66:33:33:0.333333:19:14:37:28:19:14:36:30 chr1 22310310 . G C 223.39 PASS AF=0.329412;AO=27;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0141237;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.847;QD=10.5124;RBI=0.0142595;REFB=-0.00614607;REVB=-0.00196342;RO=57;SAF=11;SAR=16;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158092;STB=0.601444;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0113778;OID=.;OPOS=22310310;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:27:28:0.329412:16:11:31:26:17:11:31:26 chr1 22310725 . G C 464.57 PASS AF=0.489362;AO=43;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0192411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0098;QD=19.769;RBI=0.0192555;REFB=-0.0419834;REVB=0.000744545;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147328;STB=0.564063;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0422079;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:48:43:46:0.489362:20:23:33:15:21:25:32:16 chr1 22310824 . T C 330.87 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0214246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.596;QD=15.9454;RBI=0.0232568;REFB=0.00239301;REVB=0.00904796;RO=47;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476527;STB=0.5355;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00346823;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:47:35:36:0.433735:15:20:29:18:16:20:29:18 chr1 22313161 . T C 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0182507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.813;QD=13.2108;RBI=0.0205764;REFB=0.00718763;REVB=-0.00950269;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25965;STB=0.650958;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00842379;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:15:7:8:6:15:7 chr1 22324705 . T C 273.87 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0544435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.149;QD=17.6687;RBI=0.0549459;REFB=-0.0107334;REVB=0.0074134;RO=32;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733154;STB=0.541148;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0129533;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:10:20:19:13:10:20:19:13 chr1 22328228 . C G 247.56 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=-0.0163199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0186;QD=15.2342;RBI=0.0582068;REFB=-0.00989256;REVB=0.0558721;RO=36;SAF=2;SAR=27;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137097;STB=0.57851;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.021687;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:27:2:4:32:27:2:4:32 chr1 22332008 . T C 35.25 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0271801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.267;QD=1.87991;RBI=0.0279222;REFB=0.00135197;REVB=0.00639451;RO=67;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155337;STB=0.618432;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0092377;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:3:5:33:34:3:5:33:34 chr1 22336277 . C G 124.89 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0461715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5378;QD=11.3539;RBI=0.0461841;REFB=-0.0020605;REVB=-0.00107757;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295138;STB=0.676129;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00534796;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:4:11:14:15:4:11:14:15 chr1 22443760 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00879747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.748;QD=11.8818;RBI=0.0140874;REFB=-0.00615575;REVB=-0.0110027;RO=28;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263944;STB=0.658588;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0107165;OID=.;OPOS=22443760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:3:12:17:11:3:12:17:11 chr1 22443887 . G T 668.04 PASS AF=0.630435;AO=57;DP=91;FAO=58;FDP=92;FR=.;FRO=34;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00114946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.148;QD=29.045;RBI=0.00474324;REFB=-0.0115591;REVB=0.00460186;RO=34;SAF=47;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182104;STB=0.587467;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00427418;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:34:34:57:58:0.630435:10:47:22:12:11:47:22:12 chr1 22445991 . C T 633.22 PASS AF=0.417647;AO=71;DP=170;FAO=71;FDP=170;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=-0.0120977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.396;QD=14.8994;RBI=0.0288875;REFB=-0.000378951;REVB=-0.0262323;RO=99;SAF=42;SAR=29;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266369;STB=0.514907;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000524773;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:99:99:71:71:0.417647:29:42:61:38:29:42:61:38 chr1 22835677 . A G 2812.22 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251268;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.477;QD=62.8428;RBI=0.0357782;REFB=0;REVB=0.0254701;RO=0;SAF=101;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24372e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:179:179:1:78:101:0:0:78:101:0:0 chr1 22846709 . G A 1080.1 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.813;QD=60.0054;RBI=0.0367683;REFB=0;REVB=0.0301269;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105186;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:34:35:0:0:35:37:0:0 chr1 22852715 . G C 291.8 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0161622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7262;QD=21.6146;RBI=0.0163829;REFB=0.00505121;REVB=0.00267976;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00364178;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:12:12:15:15:12:12 chr1 22853141 . G A 169.77 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0266846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3033;QD=16.5632;RBI=0.0305332;REFB=-0.0339065;REVB=-0.0148393;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673869;STB=0.536545;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0413367;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:21:23:18:18:0.439024:9:9:9:12:9:9:10:13 chr1 22919904 . C T 907.92 PASS AF=0.497297;AO=86;DP=185;FAO=92;FDP=185;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.0350894;FXX=0.0263144;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.303;QD=19.6307;RBI=0.0394243;REFB=-0.0149506;REVB=0.0179724;RO=93;SAF=42;SAR=44;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665459;STB=0.540582;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0181577;OID=.;OPOS=22919904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:93:93:86:92:0.497297:44:42:52:41:48:44:52:41 chr1 22928813 . A G 191.58 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00599225;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.359;QD=21.2865;RBI=0.00659285;REFB=-0.0249588;REVB=0.00274929;RO=15;SAF=16;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374584;STB=0.537535;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0249329;OID=.;OPOS=22928813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:15:17:19:19:0.527778:3:16:13:2:3:16:15:2 chr1 22928895 . C T 344.81 PASS AF=0.468354;AO=34;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=0.0101374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4968;QD=17.4585;RBI=0.106193;REFB=-0.0257875;REVB=0.105708;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168874;STB=0.633037;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0293072;OID=.;OPOS=22928895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:24:42:34:37:0.468354:16:18:18:6:18:19:32:10 chr1 22965438 . A G 664.45 PASS AF=0.366516;AO=76;DP=224;FAO=81;FDP=221;FR=.;FRO=140;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=82;FSRR=58;FWDB=-0.0205375;FXX=0.0221229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.645;QD=12.0262;RBI=0.0205507;REFB=-0.0222623;REVB=0.000736919;RO=139;SAF=35;SAR=41;SRF=79;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121903;STB=0.550446;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.034523;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:221:139:140:76:81:0.366516:41:35:79:60:40:41:82:58 chr1 22970642 . C T 955.57 PASS AF=0.51087;AO=94;DP=185;FAO=94;FDP=184;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.00111276;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5576;QD=20.7732;RBI=0.00263082;REFB=-0.0129007;REVB=0.00238391;RO=83;SAF=44;SAR=50;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942652;STB=0.569606;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0148588;OID=.;OPOS=22970642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:83:90:94:94:0.51087:50:44:48:35:50:44:55:35 chr1 23208925 . G A 393.1 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00816781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.114;QD=19.6551;RBI=0.00887555;REFB=-0.0312013;REVB=-0.00347308;RO=40;SAF=11;SAR=29;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405;STB=0.724887;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0145035;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:29:11:29:11:29:11:29:11 chr1 23219493 . T C 773.52 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0541187;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8656;QD=55.2516;RBI=0.0678983;REFB=-0.0940565;REVB=0.0410042;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00091675;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:56:1:1:54:55:0.982143:27:27:0:1:28:27:0:1 chr1 23241193 . C T 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0251883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.483;QD=9.41575;RBI=0.0252264;REFB=-0.00337768;REVB=-0.00138657;RO=39;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739009;STB=0.543811;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00634237;OID=.;OPOS=23241193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:9:9:22:17:9:9:22:17 chr1 23280424 . G T 1320.16 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.513;QD=62.1252;RBI=0.0450931;REFB=0;REVB=0.0446139;RO=0;SAF=61;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95426e-05;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:22:61:0:0:23:62:0:0 chr1 23413027 . T C 1321.31 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.463;QD=62.1793;RBI=0.0351615;REFB=0;REVB=-0.0114091;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38786e-05;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:36:49:0:0 chr1 23418153 . C T 1522.85 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00185579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5411;QD=58.5713;RBI=0.0360383;REFB=-0.110592;REVB=-0.0359905;RO=1;SAF=47;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099887;STB=0.505262;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000222173;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:56:47:1:0:56:47:1:0 chr1 23419261 . G A 575.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6753;QD=60.5756;RBI=0.0272529;REFB=0;REVB=0.014663;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596784;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr1 23419374 . G T 1583.52 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160592;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3381;QD=59.7556;RBI=0.0170665;REFB=0;REVB=-0.00577639;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39609e-05;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:50:55:0:0:50:56:0:0 chr1 23419383 . C T 1754.97 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00726436;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.948;QD=59.9991;RBI=0.0576053;REFB=0.0723676;REVB=-0.0571455;RO=1;SAF=59;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798151;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000167221;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:116:116:0.991453:57:59:1:0:57:59:1:0 chr1 23419855 . T C 586.27 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0988621;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.544;QD=58.6273;RBI=0.0995034;REFB=-0.137486;REVB=0.0112791;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0018804;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:0:1:39:39:0.975:18:21:0:0:18:21:1:0 chr1 23688933 . A G 524.32 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031943;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.88;QD=59.9226;RBI=0.0132058;REFB=0;REVB=0.0128136;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21174e-05;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr1 23696152 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.646;QD=50.8361;RBI=0.0185436;REFB=0.0205682;REVB=-0.0119499;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0020905;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:26:25:0.961538:9:17:0:0:9:16:1:0 chr1 23710805 . A G 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0418;QD=60.9704;RBI=0.0472481;REFB=0;REVB=0.00892388;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034752;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr1 23760011 . C G 355.82 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0380989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6019;QD=30.2821;RBI=0.0425739;REFB=-0.0139686;REVB=0.0190002;RO=17;SAF=20;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978844;STB=0.553809;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0127716;OID=.;OPOS=23760011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:10:20:9:8:10:20:9:8 chr1 23885498 . T C 1819.49 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367604;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.22;QD=61.1593;RBI=0.0370898;REFB=0;REVB=0.00493228;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177254;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:53:66:0:0:53:66:0:0 chr1 23885599 . T C 294.84 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0234761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0388;QD=25.0927;RBI=0.0296619;REFB=0.00329452;REVB=0.0181301;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078328;STB=0.534784;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00124037;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:20:26:27:0.574468:13:13:12:8:13:14:12:8 chr1 23965704 . A C 1377.42 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8358;QD=62.6098;RBI=0.0232585;REFB=0;REVB=-0.015958;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141007;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr1 23966894 . T TAAG 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515636;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=3;MLLD=213.691;QD=53.9632;RBI=0.00704997;REFB=0;REVB=-0.0048077;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.30347e-05;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:23:23:0:14:9:0:0:4:0:14:9:0:0 chr1 24018277 . C G 1549.95 PASS AF=0.963964;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.010481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.148;QD=55.8542;RBI=0.0323284;REFB=-0.100741;REVB=0.0305823;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500505;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00285746;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:111:0:4:106:107:0.963964:55:51:0:0:55:52:2:2 chr1 24083494 . C T 263.96 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0598192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8241;QD=15.3022;RBI=0.0703625;REFB=-0.00288739;REVB=0.0370479;RO=39;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192668;STB=0.609678;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00512239;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:22:8:17:22:22:8:17:22 chr1 24121601 . C T 162.66 PASS AF=0.459459;AO=18;DP=39;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.035398;FXX=0.0512689;HRUN=7;LEN=1;MLLD=204.418;QD=17.585;RBI=0.0353985;REFB=-0.0115032;REVB=0.000194201;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103695;STB=0.525395;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00985377;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:20:20:18:17:0.459459:14:4:3:17:14:3:3:17 chr1 24134721 . T C 294.32 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00393088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2431;QD=17.5714;RBI=0.00428541;REFB=-0.0117281;REVB=-0.00170673;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910251;STB=0.550833;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0105898;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:14:18:23:12:14:18:23:12 chr1 24180962 . T C 463.12 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.005776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.124;QD=17.4761;RBI=0.00902166;REFB=-0.00935885;REVB=0.00693024;RO=56;SAF=33;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159225;STB=0.588782;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00902902;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:17:33:28:28:17:33:28:28 chr1 24201162 . G A 146.37 PASS AF=0.432432;AO=13;DP=35;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.01548;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.018;QD=15.8241;RBI=0.0157869;REFB=-0.0521277;REVB=0.0030976;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171926;STB=0.54049;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0622684;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:21:13:16:0.432432:8:5:12:10:8:8:12:9 chr1 24288432 . C T 623.63 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.00983847;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7139;QD=18.0761;RBI=0.0284958;REFB=0.000968118;REVB=-0.0267435;RO=76;SAF=31;SAR=33;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117799;STB=0.558925;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0017238;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:76:74:64:64:0.463768:33:31:46:30:33:31:44:30 chr1 24288476 . T C 544.69 PASS AF=0.479339;AO=37;DP=126;FAO=58;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0112738;FXX=0.0396794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.822;QD=18.0062;RBI=0.0126636;REFB=-0.0199197;REVB=0.00576786;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133479;STB=0.584996;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0229399;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:121:34:63:37:58:0.479339:15:22:15:19:22:36:29:34 chr1 24288529 . TAAAC T 181.06 PASS AF=0.416667;AO=26;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00953245;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=4;MLLD=238.282;QD=10.0588;RBI=0.00980117;REFB=-0.0113737;REVB=-0.00227936;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032044;STB=0.508374;STBP=0.915;TYPE=del;VARB=0.0159086;OID=.;OPOS=24288530;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:26:71:30:72:42:14:16:19:23:99:42:11:15:19:23 chr1 24289057 . G C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0652416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5275;QD=19.9266;RBI=0.065322;REFB=-0.050824;REVB=-0.00323924;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0174702;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:6:2:6:6:7:2 chr1 24392600 . G A 137.14 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.067977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.498;QD=8.70743;RBI=0.0680495;REFB=-0.031808;REVB=0.00314017;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11733;STB=0.575363;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0762573;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:11:8:14:29:11:8:14:30 chr1 24392671 . T C 113.06 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0254347;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4947;QD=9.22943;RBI=0.0337085;REFB=-0.0143705;REVB=-0.022121;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117163;STB=0.58128;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0354046;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:36:35:14:14:0.285714:6:8:17:19:6:8:16:19 chr1 24393563 . C T 747.11 PASS AF=0.459302;AO=79;DP=173;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00156816;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.682;QD=17.3747;RBI=0.0402961;REFB=-0.0178236;REVB=-0.0402656;RO=92;SAF=37;SAR=42;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202135;STB=0.514232;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0220806;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:92:93:79:79:0.459302:42:37:45:47:42:37:46:47 chr1 24394811 . A G 257.71 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00700682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.11;QD=19.8239;RBI=0.0155423;REFB=-0.0312625;REVB=-0.0138732;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105362;STB=0.558697;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0295416;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:9:16:14:13:9:16 chr1 24409165 . C T 762.19 PASS AF=0.465116;AO=64;DP=172;FAO=80;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0579094;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8556;QD=17.7253;RBI=0.0579839;REFB=0.0026548;REVB=-0.00293775;RO=85;SAF=22;SAR=42;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171789;STB=0.500452;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0111446;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:85:86:64:80:0.465116:42:22:43:42:39:41:44:42 chr1 24416059 . T C,G 996.03 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=55,6;DP=62;FAO=69,3;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=33,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963473,-0.0219792;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.2751,72.03;QD=55.3349;RBI=0.108535,0.0357547;REFB=0,0;REVB=0.0499696,0.0282013;RO=1;SAF=31,0;SAR=24,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0192354,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00236793,0.0501567;OID=.,.;OPOS=24416059,24416059;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:62:72:1:0:55,6:69,3:0.958333,0.0416667:24,6:31,0:0:1:33,3:36,0:0:0 chr1 24416070 . G C 375.53 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00958803;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.676;QD=20.577;RBI=0.016143;REFB=-0.0243612;REVB=0.0129872;RO=33;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544298;STB=0.545166;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0114437;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:35:38:38:0.520548:22:16:16:17:22:16:18:17 chr1 24416133 . C T 400.34 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00764964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.411;QD=16.1754;RBI=0.0137581;REFB=-0.0114356;REVB=-0.0114354;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127231;STB=0.575722;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0181574;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:42:42:0.424242:21:21:21:35:21:21:21:36 chr1 24418768 . T C,G 458.22 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=29,2;DP=32;FAO=32,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325542,0.00864189;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.4817,151.573;QD=55.5419;RBI=0.124505,0.0156022;REFB=0,0;REVB=0.120174,-0.0129903;RO=0;SAF=14,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.92057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00563909,0.00866429;OID=.,.;OPOS=24418768,24418768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:32:33:0:0:29,2:32,1:0.969697,0.030303:15,1:14,1:0:0:17,0:15,1:0:0 chr1 24419496 . A G 1171.15 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.093;QD=60.839;RBI=0.0386501;REFB=0;REVB=-0.0094217;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65335e-05;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr1 24421474 . G A 1083.92 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109832;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.412;QD=60.2176;RBI=0.0109842;REFB=0;REVB=0.000147877;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02255e-05;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr1 24421950 . C G 631.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6537;QD=61.6468;RBI=0.0446387;REFB=0;REVB=-0.015147;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035311;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr1 24447468 . G C 455.03 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.081752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0678;QD=25.6356;RBI=0.0865447;REFB=-0.0309015;REVB=0.0284006;RO=28;SAF=17;SAR=26;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187999;STB=0.501028;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0218776;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:26:17:11:17:26:17:11:17 chr1 24448084 . G A 450.08 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00414162;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.573;QD=24.3285;RBI=0.0239186;REFB=-0.019322;REVB=0.0235573;RO=30;SAF=30;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834657;STB=0.540716;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0107928;OID=.;OPOS=24448084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:30:31:43:43:0.581081:13:30:18:12:13:30:19:12 chr1 24460797 . T G 436.8 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00957922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5649;QD=18.7871;RBI=0.0141404;REFB=-0.0331798;REVB=-0.0104014;RO=49;SAF=26;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000907309;STB=0.500505;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0390567;OID=.;OPOS=24460797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:18:26:29:20:18:26:29:20 chr1 24465113 . C T 276.02 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0224797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.438;QD=13.3023;RBI=0.0227601;REFB=-0.0266629;REVB=0.00356134;RO=51;SAF=28;SAR=4;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511596;STB=0.798262;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0303369;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:4:28:25:26:4:28:25:26 chr1 24480905 . C T 318.86 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00245079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.072;QD=26.5713;RBI=0.0100969;REFB=-0.00569156;REVB=-0.0097949;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189094;STB=0.604095;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00431597;OID=.;OPOS=24480905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:14:14:5:15:14:14:5:15 chr1 24690764 . T A,G 1330.35 PASS AF=0.954023,0.045977;AO=82,3;DP=85;FAO=83,4;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2;FSAR=42,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735414,-0.00824171;FXX=0.0224694;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.577,193.711;QD=61.1655;RBI=0.0561483,0.0643579;REFB=0,0;REVB=0.0556646,0.063828;RO=0;SAF=40,2;SAR=42,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00083752,0.0394321;OID=.,.;OPOS=24690764,24690764;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:85:87:0:0:82,3:83,4:0.954023,0.045977:42,1:40,2:0:0:42,2:41,2:0:0 chr1 24718079 . C A 1469.35 PASS AF=1;AO=95;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971185;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2763;QD=59.9733;RBI=0.0109506;REFB=0;REVB=-0.00505912;RO=1;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382241;OID=.;OPOS=24718079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:1:0:95:98:1:41:54:0:1:44:54:0:0 chr1 24859617 . G A 848.14 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373548;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.759;QD=57.5011;RBI=0.0730275;REFB=0;REVB=0.0627506;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116402;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:56:59:1:26:30:0:0:26:33:0:0 chr1 24859665 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=57;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.919;QD=59.8558;RBI=0.0189829;REFB=0;REVB=-0.00369217;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11944e-06;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:57:71:1:30:27:0:0:38:33:0:0 chr1 24861704 . G A 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.268;QD=54.5062;RBI=0.058466;REFB=0;REVB=-0.0103101;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275351;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr1 24987294 . A AT,T 89.08 PASS AF=0.107884,0.0290456;AO=58,10;DP=254;FAO=26,7;FDP=241;FR=.;FRO=208;FSAF=22,7;FSAR=4,0;FSRF=80;FSRR=128;FWDB=-0.147424,-0.158284;FXX=0.0282247;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=100.343,108.136;QD=1.47857;RBI=0.148608,0.159339;REFB=-0.00120808,-0.000875777;REVB=-0.018724,-0.0183034;RO=180;SAF=53,10;SAR=5,0;SRF=47;SRR=133;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.743589,0.63804;STB=0.87655,0.998846;STBP=0,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.157389,0.0144084;OID=.,.;OPOS=24987295,24987294;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:254:241:180:208:58,10:26,7:0.107884,0.0290456:5,0:53,10:47:133:4,0:22,7:80:128 chr1 25291010 . A T 1619.66 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9952;QD=59.9876;RBI=0.00954695;REFB=0;REVB=0.00100758;RO=0;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00451e-05;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:44:64:0:0:44:64:0:0 chr1 25483532 . A G 463.12 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00640955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.436;QD=17.4762;RBI=0.0173903;REFB=-0.0147828;REVB=0.016166;RO=55;SAF=18;SAR=32;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178755;STB=0.59531;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0116811;OID=.;OPOS=25483532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:50:50:0.471698:32:18:30:25:32:18:30:26 chr1 25571794 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAAAG 178.5 PASS AF=0.818182,0.159091;AO=16,6;DP=46;FAO=36,7;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22,7;FSAR=14,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00734638,-0.0136649;FXX=0.0434688;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=5.49239,142.477;QD=16.2274;RBI=0.37993,0.0353888;REFB=-0.0215923,-0.0106646;REVB=0.379859,0.0326441;RO=12;SAF=11,6;SAR=5,0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.154264,0.741484;STB=0.511105,0.5;STBP=0.511,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0364135,0.0706624;OID=.,.;OPOS=25571795,25571803;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.159091:16,6:46:36,7:44:1:22,7:14,0:1:0:42:12:11,6:5,0:6:6 chr1 25634143 . T C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0196295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.567;QD=17.7318;RBI=0.0410647;REFB=-0.00319342;REVB=0.0360693;RO=19;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246942;STB=0.643972;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00509541;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:15:2:5:14:15:2:5:14 chr1 25672845 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0147713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.89;QD=12.7811;RBI=0.0150204;REFB=0.00100288;REVB=0.00272397;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20469;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00193391;OID=.;OPOS=25672845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:4:6:5:8:4:6:6:8 chr1 25889626 . ACCCCCT ACCCCC,ACCCCCC,ACCCCT 56.97 PASS AF=0.266667,0.2,0.133333;AO=3,3,2;DP=15;FAO=4,3,2;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3,1,1;FSAR=1,2,1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00402025,-0.00824358,0.116761;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=1,1,1;MLLD=272.526,274.427,15.9568;QD=15.1931;RBI=0.00536347,0.00862136,0.118204;REFB=0.000922174,-0.0008559,0.0801933;REVB=-0.00355027,-0.00252413,-0.018415;RO=5;SAF=2,1,1;SAR=1,2,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.3;SSSB=0.0671606,-0.247694,-0.0967026;STB=0.562171,0.712925,0.623829;STBP=0.793,0.428,0.784;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00741,-0.0174401,0.0781023;OID=.,.,.;OPOS=25889632,25889632,25889627;OREF=T,T,C;OALT=-,C,-;OMAPALT=ACCCCC,ACCCCCC,ACCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.2,0.133333:3,3,2:15:4,3,2:15:6:3,1,1:1,2,1:4:2:26:5:2,1,1:1,2,1:3:2 chr1 25890189 . A G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0090854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.211;QD=12.5793;RBI=0.117036;REFB=0.0125355;REVB=-0.116682;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222474;STB=0.631417;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00538239;OID=.;OPOS=25890189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:5:12:16:15:5:12:16:15 chr1 26131654 . G A 1399.95 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00471417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.938;QD=61.5363;RBI=0.0352441;REFB=-0.0615091;REVB=0.0349274;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.504586;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00026747;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:0:1:89:90:0.989011:36:53:0:0:36:54:1:0 chr1 26140573 . C A 738.54 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7381;QD=56.8104;RBI=0.0362316;REFB=0;REVB=0.0101781;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523316;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr1 26144674 . G A 230.84 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0130174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.593;QD=17.757;RBI=0.01646;REFB=-0.0190291;REVB=-0.0100738;RO=26;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199118;STB=0.626265;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0226776;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:19:6:11:15:19:6:12:15 chr1 26146884 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.555;QD=33.4285;RBI=0.0671263;REFB=0;REVB=-0.0267878;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132837;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 26158962 . A G 581.6 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.395;QD=58.16;RBI=0.0375087;REFB=-0.0532833;REVB=-0.00384125;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000556064;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:20:18:0:1:20:19:0:1 chr1 26290745 . G C 402.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.561;QD=55.4953;RBI=0.0115029;REFB=0;REVB=0.0111125;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523205;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr1 26357656 . C A 360.76 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=83;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00523228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.65;QD=15.8575;RBI=0.057847;REFB=-0.0157451;REVB=0.0576099;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133266;STB=0.563872;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0252639;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:91:49:49:34:42:0.461538:15:19:28:21:23:19:28:21 chr1 26378002 . C T 122.98 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00823447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.357;QD=16.3977;RBI=0.0158299;REFB=-0.015986;REVB=0.0135196;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403388;STB=0.729431;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0401355;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:13:3:9:5:13:3 chr1 26487940 . A G 197.86 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0164394;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.124;QD=18.8438;RBI=0.0171603;REFB=-0.0492691;REVB=0.00492159;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704921;STB=0.511225;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.044898;OID=.;OPOS=26487940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:22:19:20:0.47619:13:6:7:11:14:6:7:15 chr1 26488019 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00644763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.818;QD=20.2097;RBI=0.0987916;REFB=-0.0320677;REVB=0.098581;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0254845;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:6:4:5:8:6:4 chr1 26504067 . G C 184.57 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.00866138;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.352;QD=17.1695;RBI=0.0095219;REFB=-0.0104166;REVB=0.00395563;RO=23;SAF=16;SAR=3;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517721;STB=0.536196;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0105859;OID=.;OPOS=26504067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:24:19:19:0.44186:3:16:20:3:3:16:21:3 chr1 26582091 . G A 764.91 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.097;QD=56.6601;RBI=0.0155001;REFB=0;REVB=0.0129969;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34826e-05;OID=.;OPOS=26582091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:19:35:0:0 chr1 26608782 . C T 195.37 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465474;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2611;QD=48.8432;RBI=0.0465474;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160792;OID=.;OPOS=26608782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:12:16:1:0:12:0:0:0:16:0:0 chr1 26608814 . A G 272.74 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010627;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.529;QD=51.9499;RBI=0.010627;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=20;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55455e-05;OID=.;OPOS=26608814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:0:20:0:0:0:21:0:0 chr1 26608828 . G A 200.68 PASS AF=0.9375;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521121;FXX=0.407257;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.567;QD=50.1709;RBI=0.0521121;REFB=-0.136046;REVB=0;RO=10;SAF=12;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140511;OID=.;OPOS=26608828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:26:16:10:1:12:15:0.9375:0:12:10:0:0:15:1:0 chr1 26608829 . G A 30.49 PASS AF=0.217391;AO=5;DP=26;FAO=5;FDP=23;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.0374848;FXX=0.148093;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.744;QD=5.30256;RBI=0.0374848;REFB=-0.00476473;REVB=0;RO=18;SAF=5;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0770875;OID=.;OPOS=26608829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:26:23:18:18:5:5:0.217391:0:5:18:0:0:5:18:0 chr1 26608831 . C T 63.31 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=-0.00373405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.019;QD=8.16923;RBI=0.00373405;REFB=-0.0138718;REVB=0;RO=19;SAF=9;SAR=0;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461452;OID=.;OPOS=26608831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:31:19:22:9:9:0.290323:0:9:19:0:0:9:22:0 chr1 26608835 . A T 90.4 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0172007;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1243;QD=12.4683;RBI=0.0172007;REFB=0.00175384;REVB=0;RO=18;SAF=11;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223805;OID=.;OPOS=26608835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:30:29:18:18:11:11:0.37931:0:11:18:0:0:11:18:0 chr1 26608843 . C A 124.01 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=-0.009844;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3121;QD=15.0309;RBI=0.009844;REFB=-0.0121794;REVB=0;RO=17;SAF=14;SAR=0;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136642;OID=.;OPOS=26608843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:0:14:17:0:0:14:19:0 chr1 26608852 . G A 159.71 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=0.0122258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.271;QD=17.7454;RBI=0.0803586;REFB=-0.0414888;REVB=0.0794231;RO=16;SAF=16;SAR=1;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305174;STB=0.686129;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.030498;OID=.;OPOS=26608852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:19:17:17:0.472222:1:16:16:0:1:16:19:0 chr1 26609259 . C T 356.27 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3901;QD=54.8106;RBI=0.0573963;REFB=0;REVB=-0.00512101;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125337;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 26610891 . A C 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.485;QD=63.8677;RBI=0.0591257;REFB=0;REVB=-0.0591108;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217467;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr1 26627478 . T C 160.19 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.37;QD=45.7672;RBI=0.0405987;REFB=0;REVB=0.0112382;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416172;OID=.;OPOS=26627478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr1 26646726 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.83;QD=57.2011;RBI=0.0671379;REFB=0;REVB=0.0295;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833309;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr1 26646730 . A G 418.73 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00686983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.231;QD=54.0302;RBI=0.0337566;REFB=-0.184412;REVB=0.0330501;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000770148;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr1 26648551 . G C 483.56 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00527021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.418;QD=49.5956;RBI=0.010964;REFB=0.026216;REVB=0.00961432;RO=2;SAF=13;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666614;STB=0.514011;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00221321;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:2:4:35:35:0.897436:22:13:2:0:22:13:2:2 chr1 26670312 . C T 210.51 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0443888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8124;QD=12.0288;RBI=0.0518027;REFB=-0.00992164;REVB=0.0267049;RO=44;SAF=19;SAR=7;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174261;STB=0.601183;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0181717;OID=.;OPOS=26670312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:7:19:26:18:7:19:26:18 chr1 26670444 . G T 1463.17 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00470265;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.064;QD=56.2757;RBI=0.0199271;REFB=-0.04421;REVB=0.0193643;RO=3;SAF=51;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884645;STB=0.504665;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.000205158;OID=.;OPOS=26670444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:3:3:101:101:0.971154:50:51:2:1:50:51:2:1 chr1 26670609 . C T 334.48 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0406801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.056;QD=46.1355;RBI=0.0539854;REFB=-0.134186;REVB=0.0354903;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772126;STB=0.559954;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00405407;OID=.;OPOS=26670609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:29:2:3:26:26:0.896552:15:11:2:0:15:11:3:0 chr1 26691174 . C A,G 736.6 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=50,2;DP=52;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124944,0.00751073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.6682,45.652;QD=55.5926;RBI=0.0412473,0.0307358;REFB=0,0;REVB=0.0393094,0.029804;RO=0;SAF=40,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00226991,0.220567;OID=.,.;OPOS=26691174,26691174;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:53:0:0:50,2:51,2:0.962264,0.0377358:10,2:40,0:0:0:11,2:40,0:0:0 chr1 26700795 . T C 627.72 PASS AF=1;AO=33;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.498;QD=61.2414;RBI=0.0563672;REFB=0;REVB=0.00227951;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773245;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:33:41:1:28:5:0:0:32:9:0:0 chr1 26755919 . A G 837.43 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=334.359;QD=55.8289;RBI=0.0214178;REFB=-0.154587;REVB=0.0186036;RO=1;SAF=49;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953447;STB=0.505049;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000174919;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:10:49:1:0:10:49:1:0 chr1 26786627 . G A 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.988;QD=58.1341;RBI=0.0303128;REFB=0;REVB=0.0101268;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181578;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:26:6:0:0:26:6:0:0 chr1 26879376 . T C 208.09 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.158168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8872;QD=41.6171;RBI=0.158202;REFB=-0.00933625;REVB=0.00324796;RO=2;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510627;STB=0.527748;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0161182;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:17:1:0:2:17:1:0:2 chr1 26879920 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.096;QD=59.4356;RBI=0.0165697;REFB=0;REVB=0.011568;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.474e-07;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr1 26885323 . TGGGG TGGG,TGGGC 52.65 PASS AF=0.232558,0;AO=10,3;DP=43;FAO=10,0;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0716969,0.107107;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.4601,21.2669;QD=4.89786;RBI=0.188673,0.229384;REFB=-0.0563062,-0.0331696;REVB=-0.17452,-0.202842;RO=28;SAF=2,1;SAR=8,2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0.404762,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.232416,-0.0273668;STB=0.812141,0.5;STBP=0.063,1;TYPE=del,snp;VARB=0.114028,0.0337164;OID=.,.;OPOS=26885324,26885327;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558,0:10,3:43:10,0:43:33:1,0:9,0:13:20:52:28:2,1:8,2:10:18 chr1 26887592 . T C 218.03 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.17;QD=48.4518;RBI=0.0370338;REFB=0;REVB=0.0370167;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147442;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr1 26900735 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5618;QD=57.5446;RBI=0.0117751;REFB=0;REVB=0.00864246;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57342e-06;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr1 26901319 . G A 637.21 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8641;QD=60.6864;RBI=0.0143456;REFB=0;REVB=-0.00613349;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96965e-05;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:17:19:0:0:22:20:0:0 chr1 27100175 . ACCCCCCG ACCCCCCGC,ACCCCCG,ACCCCCGC 32.96 PASS AF=0.0952381,0,0.047619;AO=10,8,6;DP=68;FAO=6,0,3;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=1,0,1;FSAR=5,0,2;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.230105,0.0430151,-0.105748;FXX=0.0596926;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=15.332,9.42379,20.7367;QD=2.09268;RBI=0.256244,0.119769,0.157506;REFB=-0.0326761,-0.0134708,-0.0250065;REVB=-0.11275,-0.111778,-0.116728;RO=33;SAF=4,2,3;SAR=6,6,3;SRF=12;SRR=21;SSEN=0,0.526316,0;SSEP=0,0.72973,0;SSSB=0.0462953,-0.160465,0.164328;STB=0.768239,0.5,0.591961;STBP=0.231,1,0.708;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0549704,-0.00348283,0.132801;OID=.,.,.;OPOS=27100183,27100176,27100181;OREF=-,C,CG;OALT=C,-,GC;OMAPALT=ACCCCCCGC,ACCCCCG,ACCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0952381,0,0.047619:10,8,6:68:6,0,3:63:54:1,0,1:5,0,2:23:31:16:33:4,2,3:6,6,3:12:21 chr1 27107176 . G A 235.88 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00875028;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.955;QD=10.9711;RBI=0.0553116;REFB=-0.00206775;REVB=-0.0546151;RO=55;SAF=14;SAR=15;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214526;STB=0.632372;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00413806;OID=.;OPOS=27107176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:55:57:29:29:0.337209:15:14:37:18:15:14:39:18 chr1 27210721 . T C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00774106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.144;QD=15.6427;RBI=0.018058;REFB=-0.017485;REVB=-0.0163146;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124427;STB=0.571359;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0286894;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:11:18:10:10:11:18 chr1 27426796 . T C 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3988;QD=60.569;RBI=0.047522;REFB=0;REVB=0.0471092;RO=1;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383425;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:11:31:0:1:12:31:0:0 chr1 27427041 . T C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6518;QD=57.6709;RBI=0.0329565;REFB=0;REVB=-0.0317855;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000772498;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr1 27679797 . A G 309.91 PASS AF=0.37234;AO=36;DP=97;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=0.00508691;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5462;QD=13.1876;RBI=0.00570821;REFB=-0.0049991;REVB=0.0025898;RO=58;SAF=31;SAR=5;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265386;STB=0.702952;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00833748;OID=.;OPOS=27679797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:58:59:36:35:0.37234:5:31:41:17:4:31:41:18 chr1 27679954 . G A 31.17 PASS AF=0.238095;AO=4;DP=21;FAO=5;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0690779;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.092;QD=5.93738;RBI=0.0696195;REFB=-0.0200217;REVB=-0.00866682;RO=10;SAF=1;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457083;STB=0.622157;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0414192;OID=.;OPOS=27679954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:21:21:10:16:4:5:0.238095:3:1:7:3:3:2:9:7 chr1 27680292 . A G 197.03 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0417233;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8536;QD=12.7117;RBI=0.10007;REFB=-0.00652716;REVB=-0.0909566;RO=38;SAF=20;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262571;STB=0.6537;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0117397;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:4:20:25:13:4:20:25:13 chr1 27688633 . G A 273.32 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00531742;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.779;QD=17.3535;RBI=0.00762249;REFB=-0.0210245;REVB=-0.00546144;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734824;STB=0.541199;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0238431;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:33:30:30:0.47619:14:16:15:18:14:16:15:18 chr1 27689476 . A C 270.69 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0252212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.75;QD=21.2306;RBI=0.025255;REFB=-0.025691;REVB=-0.00130495;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233204;STB=0.634154;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.026022;OID=.;OPOS=27689476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:9:18:9:14:9:19:9:14 chr1 27709020 . T C 552.35 PASS AF=0.55914;AO=50;DP=90;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0216047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.296;QD=23.757;RBI=0.0216727;REFB=-0.0191864;REVB=-0.00171503;RO=40;SAF=33;SAR=17;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013599;STB=0.504949;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0202654;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:40:41:50:52:0.55914:17:33:27:13:17:35:28:13 chr1 27875824 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5717;QD=44.6894;RBI=0.0693593;REFB=0;REVB=-0.0425085;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554339;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 27876482 . C A 1316.27 PASS AF=0.949495;AO=93;DP=101;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0121904;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.651;QD=53.1827;RBI=0.0127706;REFB=-0.00164686;REVB=-0.00380558;RO=2;SAF=12;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115633;STB=0.508101;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-5.14569e-05;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:101:99:2:5:93:94:0.949495:81:12:0:2:82:12:1:4 chr1 28020307 . G C 102.64 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0153673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.816;QD=9.33098;RBI=0.0252518;REFB=-0.00558781;REVB=-0.0200375;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265503;STB=0.677706;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0104262;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:31:13:13:0.295455:5:8:11:18:5:8:11:20 chr1 28060574 . A G 144.0 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0452429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.983;QD=15.1574;RBI=0.0537985;REFB=-0.0074587;REVB=0.0291095;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106752;STB=0.561964;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0100011;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:9:13:11:5:9:13 chr1 28149924 . A T 235.79 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0369776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4241;QD=13.4735;RBI=0.0396105;REFB=-0.0145196;REVB=-0.0142003;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133503;STB=0.565172;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0232785;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:42:27:28:0.4:13:14:27:15:13:15:27:15 chr1 28173614 . C G 304.51 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.064088;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.499;QD=22.1459;RBI=0.064088;REFB=-0.0316903;REVB=-3.73512e-06;RO=24;SAF=8;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741839;STB=0.541149;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0178402;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:31:31:0.563636:23:8:8:16:23:8:8:16 chr1 28209305 . A G 726.66 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.443;QD=56.9927;RBI=0.0228863;REFB=0;REVB=0.0224192;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68017e-05;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:19:31:0:1:20:31:0:0 chr1 28209362 . T C 446.54 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0228;QD=57.6175;RBI=0.077228;REFB=0;REVB=-0.0634113;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177689;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr1 28209366 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6258;QD=57.2005;RBI=0.110105;REFB=0;REVB=-0.057627;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00303707;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr1 28268835 . A C 273.4 PASS AF=0.413333;AO=32;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0325226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6569;QD=14.5815;RBI=0.088078;REFB=0.00144533;REVB=-0.0818536;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11377;STB=0.549325;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00531019;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:32:31:0.413333:17:15:25:18:16:15:25:19 chr1 28282292 . T C 690.81 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=153;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00531319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.046;QD=17.9431;RBI=0.00670254;REFB=-0.00302806;REVB=0.00408583;RO=71;SAF=38;SAR=35;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766856;STB=0.518467;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.003647;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:71:81:73:73:0.474026:35:38:43:28:35:38:45:36 chr1 28422847 . C T 1086.57 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.097239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3302;QD=57.1878;RBI=0.116196;REFB=-0.14552;REVB=0.063608;RO=2;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018545;STB=0.509801;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00512534;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:2:2:73:74:0.973684:50:23:0:2:50:24:0:2 chr1 28638859 . A T 401.01 PASS AF=0.38843;AO=46;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=6.29637e-05;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.85;QD=13.2567;RBI=0.0129123;REFB=-0.026009;REVB=-0.0129121;RO=73;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163987;STB=0.580773;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0275721;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:74:46:47:0.38843:24:22:24:49:25:22:25:49 chr1 28733993 . G T 248.05 PASS AF=0.348837;AO=28;DP=84;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0168271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.099;QD=11.5371;RBI=0.0187815;REFB=-0.0133049;REVB=-0.00834224;RO=54;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195558;STB=0.543653;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0244467;OID=.;OPOS=28733993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:54:56:28:30:0.348837:15:13:26:28:17:13:28:28 chr1 28800380 . C A 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0174474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.943;QD=22.6302;RBI=0.0322958;REFB=-0.0420499;REVB=-0.0271774;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125311;STB=0.571312;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0289866;OID=.;OPOS=28800380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:3:5:10:3:3:5 chr1 28843318 . A G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0127045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.673;QD=16.5359;RBI=0.0150588;REFB=-0.0163714;REVB=-0.00808465;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159573;STB=0.591298;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0230979;OID=.;OPOS=28843318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:9:14:8:10:9:14 chr1 28861636 . G A 262.2 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0885604;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4616;QD=23.8365;RBI=0.101429;REFB=-0.0212058;REVB=0.0494453;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.580576;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0148839;OID=.;OPOS=28861636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:20:23:24:0.545455:8:15:9:8:8:16:10:10 chr1 28887860 . G A 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0187454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.5;QD=5.37216;RBI=0.0391318;REFB=0.00811531;REVB=-0.0343497;RO=30;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547317;STB=0.862072;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00810169;OID=.;OPOS=28887860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:1:7:13:17:1:7:13:17 chr1 28921199 . A C 209.44 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0106951;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.854;QD=24.6402;RBI=0.035037;REFB=-0.019409;REVB=0.0333648;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162123;STB=0.590814;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0165194;OID=.;OPOS=28921199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:14:20:20:0.588235:14:6:7:7:14:6:7:7 chr1 29138975 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.665;QD=43.4862;RBI=0.0324547;REFB=0;REVB=0.0324378;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101763;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr1 29189597 . C T 375.19 PASS AF=0.513158;AO=37;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0267025;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.93;QD=19.7466;RBI=0.0276361;REFB=-0.0129956;REVB=-0.00712268;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487071;STB=0.526694;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0108584;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:37:37:39:0.513158:18:19:21:16:19:20:21:16 chr1 29446332 . AT AA,A 377.72 PASS AF=0.0298507,0.955224;AO=5,39;DP=67;FAO=2,64;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=2,38;FSAR=0,26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106467,0.21726;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=12.9453,8.39151;QD=22.5507;RBI=0.151405,0.265485;REFB=-0.0100653,0.00325323;REVB=-0.107648,-0.152579;RO=12;SAF=3,24;SAR=2,15;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.580226,-0.186337;STB=0.5,0.506491;STBP=1,0.553;TYPE=snp,del;VARB=-0.00859055,0.0233969;OID=.,.;OPOS=29446333,29446333;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0298507,0.955224:5,39:67:2,64:67:1:2,38:0,26:1:0:7:12:3,24:2,15:12:0 chr1 29446811 . A G 847.01 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0243866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6178;QD=50.5678;RBI=0.0324376;REFB=-0.0252577;REVB=0.0213891;RO=4;SAF=30;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303931;STB=0.523573;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0212601;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:67:4:5:62:62:0.925373:32:30:3:1:32:30:4:1 chr1 29475341 . C T 395.21 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00411047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.334;QD=22.9106;RBI=0.0171921;REFB=-0.0838382;REVB=0.0166935;RO=30;SAF=25;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1164;STB=0.564169;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0620555;OID=.;OPOS=29475341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:14:25:15:15:14:25:15:15 chr1 29475394 . C G 334.44 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0109016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.519;QD=19.3879;RBI=0.0136226;REFB=-0.0376253;REVB=-0.00816887;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118681;STB=0.535635;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0336491;OID=.;OPOS=29475394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:34:35:35:0.507246:16:19:12:18:16:19:16:18 chr1 29475648 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.136;QD=60.9785;RBI=0.0221493;REFB=0;REVB=0.0220216;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36167e-05;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr1 29529699 . T C 670.04 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3778;QD=62.3295;RBI=0.0722583;REFB=0;REVB=0.0722056;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497268;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr1 29542637 . A G 1135.02 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000997139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.963;QD=60.5345;RBI=0.00520489;REFB=0;REVB=-0.00510849;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88929e-05;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:48:26:0:0:48:27:0:0 chr1 29585099 . T C 595.14 PASS AF=0.526316;AO=58;DP=113;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.022172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.745;QD=20.8822;RBI=0.0334121;REFB=-0.0245242;REVB=-0.0249954;RO=54;SAF=33;SAR=25;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456115;STB=0.503574;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0242339;OID=.;OPOS=29585099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:54:54:58:60:0.526316:25:33:31:23:26:34:31:23 chr1 29606108 . GGC G,GCC 82.75 PASS AF=0.265306,0;AO=15,2;DP=54;FAO=13,0;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=9,0;FSAR=4,0;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.233622,-0.00912131;FXX=0.019996;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=25.414,20.1434;QD=6.75516;RBI=0.259024,0.0526485;REFB=-0.0642723,0.00480899;REVB=-0.111866,-0.0518524;RO=35;SAF=10,1;SAR=5,1;SRF=10;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.422222,0.199524;STB=0.749643,0.5;STBP=0.052,1;TYPE=del,snp;VARB=0.13877,0;OID=.,.;OPOS=29606109,29606109;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306,0:15,2:54:13,0:49:36:9,0:4,0:12:24:83:35:10,1:5,1:10:25 chr1 29630455 . C T 521.62 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00852312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.895;QD=16.9632;RBI=0.0175943;REFB=-0.0108693;REVB=0.015392;RO=67;SAF=22;SAR=34;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199277;STB=0.610975;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0157553;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:67:56:56:0.455285:34:22:40:27:34:22:40:27 chr1 29631909 . A G 1156.91 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295835;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1917;QD=60.8902;RBI=0.0564499;REFB=0;REVB=0.0480771;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346544;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr1 31188901 . A G 671.89 PASS AF=0.592593;AO=64;DP=108;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00456435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.698;QD=24.8849;RBI=0.0056083;REFB=0.0100029;REVB=0.00325878;RO=43;SAF=24;SAR=40;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155466;STB=0.589594;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00489697;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:43:44:64:64:0.592593:40:24:25:18:40:24:26:18 chr1 31346057 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7999;QD=60.978;RBI=0.0824486;REFB=0;REVB=-0.0772992;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132097;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr1 31347320 . G A 1373.12 PASS AF=1;AO=86;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4391;QD=60.3571;RBI=0.0874811;REFB=-0.0159286;REVB=0.0749794;RO=3;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152429;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:91:3:0:86:91:1:38:48:0:3:42:49:0:0 chr1 31349675 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0104025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.592;QD=22.7193;RBI=0.0291908;REFB=-0.0433298;REVB=-0.0272743;RO=9;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247878;STB=0.636211;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0169506;OID=.;OPOS=31349675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:2:12:9:0:2:12:9:0 chr1 31732892 . G A 143.53 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.172896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.456;QD=8.20151;RBI=0.174323;REFB=-0.0071328;REVB=-0.0222585;RO=44;SAF=3;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470141;STB=0.817981;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0075439;OID=.;OPOS=31732892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:44:50:20:20:0.285714:17:3:22:22:17:3:28:22 chr1 31733846 . C T 216.46 PASS AF=0.350649;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0133611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.537;QD=11.2448;RBI=0.0198044;REFB=-0.0129344;REVB=-0.0146184;RO=50;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13218;STB=0.561914;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0168495;OID=.;OPOS=31733846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:50:50:26:27:0.350649:11:15:23:27:12:15:23:27 chr1 31733926 . A G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0225973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.582;QD=20.5426;RBI=0.0331606;REFB=-0.00715187;REVB=0.0242691;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165647;STB=0.593143;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00593408;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:10:15:10:14:10:15 chr1 31740706 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00262164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.272;QD=24.1266;RBI=0.00308891;REFB=-0.0359254;REVB=0.00163352;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524966;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0245794;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:6:5:9:8:6:5 chr1 31769560 . C G 722.26 PASS AF=0.493506;AO=73;DP=152;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00728912;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.381;QD=18.7599;RBI=0.0126705;REFB=-0.0129393;REVB=0.0103639;RO=79;SAF=34;SAR=39;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214924;STB=0.512574;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0122875;OID=.;OPOS=31769560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:79:78:73:76:0.493506:39:34:35:44:41:35:34:44 chr1 31837174 . C G 859.2 PASS AF=0.468085;AO=88;DP=188;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=0.00426342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.812;QD=18.2808;RBI=0.0195952;REFB=-0.00410749;REVB=-0.0191257;RO=98;SAF=58;SAR=30;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898458;STB=0.556522;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00527271;OID=.;OPOS=31837174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:98:100:88:88:0.468085:30:58:56:42:30:58:56:44 chr1 31883295 . T C 1568.49 PASS AF=0.990741;AO=100;DP=101;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.677;QD=58.0922;RBI=0.0744338;REFB=-0.0568616;REVB=0.0671616;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870439;STB=0.504064;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00192332;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:108:1:1:100:107:0.990741:54:46:0:1:61:46:0:1 chr1 31897643 . G A 1587.9 PASS AF=0.555556;AO=150;DP=270;FAO=150;FDP=270;FR=.;FRO=120;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=53;FSRR=67;FWDB=-0.007727;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.635;QD=23.5245;RBI=0.022863;REFB=-0.0158835;REVB=0.0215177;RO=120;SAF=66;SAR=84;SRF=53;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013822;STB=0.500751;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0130537;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:120:120:150:150:0.555556:84:66:53:67:84:66:53:67 chr1 31905889 . A ACAG 434.05 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0471028;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.841;QD=13.564;RBI=0.0471711;REFB=-0.0420568;REVB=0.00253888;RO=81;SAF=16;SAR=34;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274756;STB=0.652112;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.062441;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390625:50:133:50:128:78:16:34:44:34:99:81:16:34:46:35 chr1 31907457 . A G 362.07 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.000242964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8149;QD=15.4073;RBI=0.0239168;REFB=-0.00977137;REVB=-0.0239156;RO=55;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150373;STB=0.584873;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0206891;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:17:22:23:32:17:22:23:32 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 129.64 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0153231;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=11;MLLD=312.261;QD=11.7855;RBI=0.0166177;REFB=-0.00600525;REVB=-0.00643064;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772636;STB=0.555817;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.0131769;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:15:46:15:44:29:8:7:13:16:99:26:8:7:12:14 chr1 31973138 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0249062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.661;QD=12.0841;RBI=0.0249063;REFB=-0.00242088;REVB=6.96295e-05;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105899;STB=0.562422;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00325955;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:14:16:7:9:14:16 chr1 31973348 . A C 185.79 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00977605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.419;QD=13.762;RBI=0.028896;REFB=-0.00728859;REVB=0.0271921;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142987;STB=0.581866;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0157811;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:19:13:12:10:19:13 chr1 31973409 . G A 211.86 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00660012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.377;QD=16.6166;RBI=0.0109065;REFB=-0.0202977;REVB=0.00868281;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482873;STB=0.527374;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0351241;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:12:16:12:11:12:16 chr1 31973440 . G A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00656869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.157;QD=20.0307;RBI=0.0244748;REFB=-0.0300883;REVB=0.0235768;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106564;STB=0.559951;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0255001;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:10:16:12:12:10:16 chr1 32084904 . C T 766.85 PASS AF=0.410377;AO=86;DP=211;FAO=87;FDP=212;FR=.;FRO=125;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=-0.0124926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1128;QD=14.4688;RBI=0.025959;REFB=-0.0154569;REVB=0.0227553;RO=125;SAF=40;SAR=46;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108418;STB=0.563559;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0184642;OID=.;OPOS=32084904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:125:125:86:87:0.410377:46:40:71:54:47:40:71:54 chr1 32092525 . A G 292.25 PASS AF=0.39759;AO=34;DP=85;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0201401;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.154;QD=14.0843;RBI=0.0203938;REFB=-0.0105584;REVB=0.00320664;RO=50;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131525;STB=0.568923;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.016009;OID=.;OPOS=32092525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:50:50:34:33:0.39759:23:11:22:28:22:11:22:28 chr1 32092918 . T TTCC 259.52 PASS AF=0.369048;AO=29;DP=94;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0271617;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=3;MLLD=284.338;QD=12.358;RBI=0.028673;REFB=-0.0124868;REVB=-0.00918606;RO=64;SAF=18;SAR=11;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521303;STB=0.518447;STBP=0.814;TYPE=ins;VARB=0.0227339;OID=.;OPOS=32092919;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=TTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369048:29:94:31:84:53:19:12:31:22:99:64:18:11:37:27 chr1 32096265 . A G 320.58 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0258417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9415;QD=16.2316;RBI=0.0303821;REFB=0.0215624;REVB=-0.0159775;RO=44;SAF=11;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150239;STB=0.584855;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.02806;OID=.;OPOS=32096265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:24:11:20:24:24:11:20:24 chr1 32118159 . ACAAAAAA AAAAAAAA,AAAAAAA,ACAAAAA,ACAACAAC 255.81 PASS AF=0.0322581,0.403226,0.241935,0;AO=7,13,18,3;DP=76;FAO=2,25,15,0;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=0,15,11,0;FSAR=2,10,4,0;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0244686,0.0250211,0.0123437,0.00234587;FXX=0.126743;HRUN=1,1,8,8;LEN=1,1,1,4;MLLD=223.771,223.943,7.2724,138.326;QD=16.5038;RBI=0.0299314,0.0319283,0.0123602,0.00754069;REFB=-0.0317402,-0.0335504,-0.0536195,-0.0124502;REVB=0.0172387,0.0198333,-0.000637418,0.00716651;RO=21;SAF=0,6,13,3;SAR=7,7,5,0;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.761268,-0.164083,0.113565,0.547547;STB=0.995931,0.523346,0.557524,0.5;STBP=0.09,0.729,0.629,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0201033,0.0360978,0.134836,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32118160,32118160,32118161,32118163;OREF=C,C,A,AAAA;OALT=A,-,-,CAAC;OMAPALT=AAAAAAAA,AAAAAAA,ACAAAAA,ACAACAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0322581,0.403226,0.241935,0:7,13,18,3:76:2,25,15,0:62:20:0,15,11,0:2,10,4,0:13:7:99:21:0,6,13,3:7,7,5,0:13:8 chr1 32127953 . G A 324.74 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=37;FWDB=0.0212343;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.003;QD=16.6532;RBI=0.0260244;REFB=-0.00423889;REVB=-0.0150457;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362957;STB=0.704249;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00562845;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:17:18:6:36:17:18:6:37 chr1 32131163 . C G 469.73 PASS AF=0.522727;AO=44;DP=90;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00702937;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.424;QD=21.3512;RBI=0.0147163;REFB=-0.00587057;REVB=0.012929;RO=40;SAF=30;SAR=14;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101457;STB=0.541466;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00573214;OID=.;OPOS=32131163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:40:42:44:46:0.522727:14:30:23:17:15:31:25:17 chr1 32148571 . A G 670.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.619;QD=62.3323;RBI=0.0718451;REFB=0;REVB=0.0371515;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30142e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr1 32150144 . CGGGG CGGG,CGGGC 149.88 PASS AF=0.5,0;AO=19,3;DP=50;FAO=24,0;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=3,0;FSAR=21,0;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0853739,-0.123139;FXX=0.039992;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.3418,16.8479;QD=12.4896;RBI=0.132359,0.123824;REFB=-0.0299505,-0.00207077;REVB=-0.101144,-0.0130062;RO=21;SAF=0,3;SAR=19,0;SRF=4;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.801827,0.734474;STB=0.544405,0.5;STBP=0.701,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0415076,0.0269249;OID=.,.;OPOS=32150145,32150148;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:19,3:50:24,0:48:24:3,0:21,0:4:20:99:21:0,3:19,0:4:17 chr1 32158374 . T C 294.14 PASS AF=0.586957;AO=25;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000279029;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.404;QD=25.5776;RBI=0.0464945;REFB=-0.00329002;REVB=-0.0464937;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893381;STB=0.544654;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00600952;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:19:25:27:0.586957:10:15:10:7:10:17:10:9 chr1 32163574 . CGGGG CGG,CGGG,CGGGC 2023.35 PASS AF=0.868132,0.0879121,0.032967;AO=63,51,8;DP=180;FAO=158,16,6;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=84,15,5;FSAR=74,1,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.228529,0.503337,0.260163;FXX=0.0267365;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=22.0306,15.3128,6.95087;QD=44.4693;RBI=0.23102,0.50753,0.26419;REFB=0.0997031,0.133586,0.0774567;REVB=0.0338299,0.0651021,0.0459527;RO=15;SAF=17,42,5;SAR=46,9,3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0.555556,0.555556,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.239315,-0.0321403,-0.311237;STB=0.506666,0.749581,0.749058;STBP=0.162,0.007,0.062;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0226066,-0.0960217,-0.013344;OID=.,.,.;OPOS=32163575,32163575,32163578;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGG,CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.868132,0.0879121,0.032967:63,51,8:180:158,16,6:182:2:84,15,5:74,1,1:0:2:22:15:17,42,5:46,9,3:13:2 chr1 32164206 . T G 197.27 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0152487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9667;QD=14.888;RBI=0.107028;REFB=-0.0466449;REVB=-0.105936;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324444;STB=0.509083;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0445284;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:23:23:0.433962:15:8:10:19:15:8:10:20 chr1 32280610 . T C 1936.83 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849953;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.339;QD=61.9785;RBI=0.0213882;REFB=0;REVB=-0.0196269;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13809e-05;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:59:64:0:0:59:66:0:0 chr1 32374004 . TCCCCC TACCCC,TCCCC,TCCCCA 94.32 PASS AF=0.037037,0.444444,0.037037;AO=2,18,2;DP=51;FAO=2,24,2;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=2,8,0;FSAR=0,16,2;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0174589,-0.223092,-0.0407334;FXX=0.0181785;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=88.6876,8.72197,21.9107;QD=6.98662;RBI=0.0328867,0.243062,0.076986;REFB=-0.0115852,-0.164942,-0.0932489;REVB=-0.0278698,0.0964832,0.0653271;RO=24;SAF=0,7,0;SAR=2,11,2;SRF=4;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.402062,0;SSSB=-0.376832,0.251398,-0.376832;STB=0.997151,0.562451,0.992235;STBP=0.022,0.46,0.37;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.00381069,0.191674,0.187662;OID=.,.,.;OPOS=32374005,32374005,32374009;OREF=C,C,C;OALT=A,-,A;OMAPALT=TACCCC,TCCCC,TCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.444444,0.037037:2,18,2:51:2,24,2:54:26:2,8,0:0,16,2:6:20:76:24:0,7,0:2,11,2:4:20 chr1 32378581 . C A 310.14 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0590537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3048;QD=28.8506;RBI=0.084538;REFB=0.020087;REVB=-0.0604924;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674114;STB=0.537044;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0143613;OID=.;OPOS=32378581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:16:11:5:11:16:11:5:11 chr1 32544726 . A G 119.51 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000988752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.884;QD=13.6587;RBI=0.0405795;REFB=-0.0163803;REVB=-0.0405674;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775117;STB=0.545388;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.029784;OID=.;OPOS=32544726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:12:9:5:9:12:9 chr1 32672932 . G A 140.68 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0500267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1777;QD=13.0867;RBI=0.0511944;REFB=-0.00540431;REVB=0.0108714;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158577;STB=0.592036;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.017666;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:19:8:7:9:19:8 chr1 32745223 . G C 35.49 PASS AF=0.191489;AO=8;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=38;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0825818;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.0565;QD=3.02063;RBI=0.0955198;REFB=-0.0435108;REVB=-0.048003;RO=25;SAF=0;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.805041;STB=0.92724;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.17341;OID=.;OPOS=32745223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:47:25:38:8:9:0.191489:8:0:19:6:8:1:28:10 chr1 32831583 . C T 82.61 PASS AF=0.275;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00757872;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.349;QD=8.26062;RBI=0.0415142;REFB=-0.0132994;REVB=-0.0408165;RO=26;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513381;STB=0.827292;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0558442;OID=.;OPOS=32831583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:41:40:26:29:11:11:0.275:1:10:15:11:1:10:17:12 chr1 33065947 . G C 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.314;QD=54.7449;RBI=0.0242424;REFB=0.129697;REVB=-0.00976561;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=4.65879e-05;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chr1 33099637 . A G 168.62 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00736779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0696;QD=16.0587;RBI=0.0179538;REFB=-0.0280524;REVB=0.0163723;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829087;STB=0.547567;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0385158;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:14:10:9:9:14:10 chr1 33133968 . T C 555.45 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0107993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.494;QD=50.4955;RBI=0.0147971;REFB=-0.100452;REVB=-0.0101158;RO=4;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050221;STB=0.527384;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00159073;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:44:44:4:4:39:40:0.909091:18:21:1:3:18:22:1:3 chr1 33145939 . GTTTTTTTTT GTTTTTTTTG,GTTTTTTTT 47.85 PASS AF=0.285714,0.428571;AO=3,4;DP=15;FAO=4,6;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3,6;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00197003,0.0101585;FXX=0.0666222;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=156.374,4.50617;QD=13.6717;RBI=0.0326319,0.0142962;REFB=-0.00817305,-0.172324;REVB=-0.0325724,-0.0100592;RO=4;SAF=3,4;SAR=0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.699286,0.5;STBP=0.753,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0128095,0.0756693;OID=.,.;OPOS=33145948,33145940;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTTTTTTG,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.428571:3,4:15:4,6:14:4:3,6:1,0:4:0:27:4:3,4:0,0:4:0 chr1 33149698 . AAG A 100.52 PASS AF=0.270588;AO=22;DP=78;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0331328;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=234.282;QD=4.73053;RBI=0.0331562;REFB=-0.00508694;REVB=-0.00124437;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475553;STB=0.545223;STBP=0.607;TYPE=del;VARB=0.0128263;OID=.;OPOS=33149699;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270588:22:78:23:85:62:9:14:28:34:99:46:9:13:17:29 chr1 33160644 . T G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00746526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.307;QD=14.6525;RBI=0.0163111;REFB=0.0191323;REVB=0.0145024;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290708;STB=0.666254;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0104404;OID=.;OPOS=33160644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:0:5:5:1:0:5 chr1 33160878 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0113651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.148;QD=22.3411;RBI=0.0121804;REFB=-0.00250258;REVB=-0.0043814;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899025;STB=0.505045;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0018331;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:4:14:11:3:4:14:11:3 chr1 33161212 . T C 236.32 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.030944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5575;QD=13.5037;RBI=0.0400245;REFB=-0.0347124;REVB=-0.0253856;RO=40;SAF=22;SAR=6;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872528;STB=0.577289;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0588659;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:42:28:28:0.4:6:22:29:11:6:22:29:13 chr1 33161264 . C T 476.63 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00103192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.562;QD=19.4543;RBI=0.00695411;REFB=-0.0323268;REVB=-0.00687712;RO=51;SAF=32;SAR=15;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358166;STB=0.519932;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.041688;OID=.;OPOS=33161264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:15:32:33:18:15:32:33:18 chr1 33328165 . G A 592.87 PASS AF=0.42;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=-0.00893322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.205;QD=15.81;RBI=0.0125433;REFB=-0.00318874;REVB=0.00880526;RO=85;SAF=37;SAR=26;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899292;STB=0.55539;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00433511;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:85:87:63:63:0.42:26:37:57:28:26:37:59:28 chr1 33360977 . C T 1459.99 PASS AF=0.5;AO=142;DP=286;FAO=144;FDP=288;FR=.;FRO=144;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=76;FSRR=68;FWDB=0.0215259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.459;QD=20.2777;RBI=0.0326205;REFB=-0.0340148;REVB=0.0245098;RO=141;SAF=65;SAR=77;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610488;STB=0.534758;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0335552;OID=.;OPOS=33360977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:288:141:144:142:144:0.5:77:65:74:67:78:66:76:68 chr1 33475721 . G C 48.74 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0381641;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0642;QD=2.00969;RBI=0.041818;REFB=-0.00370931;REVB=0.0170954;RO=86;SAF=5;SAR=6;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686011;STB=0.55047;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0236491;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:97:86:86:11:11:0.113402:6:5:44:42:6:5:44:42 chr1 33475750 . A G 89.05 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=108;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.00552185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.293;QD=3.29817;RBI=0.0173248;REFB=-0.00773078;REVB=-0.0164213;RO=91;SAF=8;SAR=9;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163324;STB=0.510904;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0318685;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:108:108:91:91:17:17:0.157407:9:8:44:47:9:8:44:47 chr1 33475767 . G A 76.13 PASS AF=0.13913;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=115;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.00659267;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.161;QD=2.64813;RBI=0.02624;REFB=-0.00551472;REVB=-0.0253983;RO=98;SAF=7;SAR=9;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656361;STB=0.549556;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0332361;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:116:115:98:99:16:16:0.13913:9:7:48:50:9:7:49:50 chr1 33490073 . CT C 39.73 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0262969;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.59732;QD=4.54045;RBI=0.20355;REFB=-0.058422;REVB=0.201845;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0.417163;SSEP=0;SSSB=-0.0628588;STB=0.523777;STBP=0.861;TYPE=del;VARB=0.120207;OID=.;OPOS=33490074;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:13:35:15:35:20:4:11:6:14:39:18:3:10:5:13 chr1 33646950 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.749;QD=53.2741;RBI=0.135921;REFB=0;REVB=-0.135038;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157941;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr1 33789588 . T C 64.5 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0080984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.577;QD=9.55594;RBI=0.0173174;REFB=-0.0121556;REVB=-0.0153071;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44381;STB=0.770349;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0228517;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:17:18:9:9:0.333333:1:8:10:7:1:8:11:7 chr1 33820033 . C T 232.26 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.023651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.839;QD=23.8219;RBI=0.0253086;REFB=-0.039344;REVB=0.00900855;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140481;STB=0.578383;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0343759;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:7:10:9:13:7:10 chr1 33832730 . G C 1543.24 PASS AF=0.442359;AO=162;DP=373;FAO=165;FDP=373;FR=.;FRO=208;FSAF=102;FSAR=63;FSRF=122;FSRR=86;FWDB=0.00193324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.549;QD=16.5494;RBI=0.0299937;REFB=-0.0157397;REVB=-0.0299314;RO=208;SAF=99;SAR=63;SRF=122;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260264;STB=0.518524;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0171829;OID=.;OPOS=33832730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:208:208:162:165:0.442359:63:99:122:86:63:102:122:86 chr1 33832865 . A G 395.63 PASS AF=0.45098;AO=32;DP=106;FAO=46;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00165642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.375;QD=15.515;RBI=0.00238619;REFB=-0.0191645;REVB=-0.00171761;RO=56;SAF=23;SAR=9;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34691;STB=0.572488;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0187594;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:102:56:56:32:46:0.45098:9:23:23:33:21:25:23:33 chr1 33957130 . C A 164.45 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0194996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.694;QD=13.7044;RBI=0.0195125;REFB=-0.00487555;REVB=-0.00071155;RO=29;SAF=15;SAR=3;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222286;STB=0.64981;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0142194;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:3:15:20:9:3:15:20:10 chr1 33957152 . T G 795.53 PASS AF=1;AO=48;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.623;QD=56.8233;RBI=0.0987963;REFB=0;REVB=0.0978715;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522118;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:48:56:1:14:34:0:0:21:35:0:0 chr1 33960062 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.254;QD=59.1431;RBI=0.0492293;REFB=0;REVB=0.00457497;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127301;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr1 33961722 . C T 683.05 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00882285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.026;QD=55.759;RBI=0.0142036;REFB=-0.192305;REVB=-0.0111311;RO=3;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298742;STB=0.515917;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0109156;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:49:49:3:3:46:46:0.938776:19:27:1:2:19:27:1:2 chr1 33981769 . C T 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00945264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.076;QD=21.6258;RBI=0.0111309;REFB=-0.0101128;REVB=0.0058775;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700925;STB=0.538712;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00988328;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:18:25:19:19:18:25:19:19 chr1 34024928 . T C 357.16 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.000556066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.932;QD=14.7281;RBI=0.0824077;REFB=0.00170428;REVB=-0.0824058;RO=58;SAF=21;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406552;STB=0.523041;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00255231;OID=.;OPOS=34024928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:18:21:29:29:18:21:29:29 chr1 34025030 . A G 286.9 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0138986;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.62;QD=13.1907;RBI=0.0169372;REFB=-0.0044413;REVB=-0.00967983;RO=55;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200499;STB=0.51796;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0068933;OID=.;OPOS=34025030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:55:54:33:33:0.37931:18:15:24:31:18:15:23:31 chr1 34038214 . T C 323.44 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00644131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9933;QD=16.8023;RBI=0.00681346;REFB=-0.0100321;REVB=-0.00222098;RO=41;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106609;STB=0.568587;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0127106;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:24:11:17:24:24:11:18:24 chr1 34071525 . C T 210.91 PASS AF=0.323077;AO=17;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00421323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.431;QD=12.979;RBI=0.0302708;REFB=-0.00983549;REVB=0.0299762;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788689;STB=0.521718;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0395304;OID=.;OPOS=34071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:39:17:21:0.323077:8:9:18:21:12:9:18:21 chr1 34090679 . T C 790.28 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=154;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=59;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=21;FWDB=-0.0101507;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.023;QD=20.3943;RBI=0.0102251;REFB=-0.0222985;REVB=0.00123076;RO=70;SAF=59;SAR=21;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403245;STB=0.51082;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0176364;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:70:75:80:80:0.516129:21:59:49:21:21:59:54:21 chr1 34270498 . G A 1271.68 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0116433;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.524;QD=58.4681;RBI=0.0149207;REFB=-0.0961992;REVB=0.00933055;RO=2;SAF=37;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024913;STB=0.507895;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00241406;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:2:3:84:84:0.965517:47:37:2:0:47:37:2:1 chr1 34285342 . G A 1475.81 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.055794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4405;QD=62.1395;RBI=0.056824;REFB=-0.100981;REVB=0.0107705;RO=1;SAF=36;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129878;STB=0.506848;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00795236;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:58:36:1:0:58:36:1:0 chr1 34285381 . C T 1572.69 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0015953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.796;QD=58.792;RBI=0.0194926;REFB=-0.142087;REVB=0.0194273;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00200617;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:107:0:1:105:106:0.990654:52:53:0:0:52:54:0:1 chr1 34329897 . T C 1202.57 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.778;QD=60.8898;RBI=0.0090356;REFB=0;REVB=-0.00126784;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19677e-06;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:36:40:0:0:38:41:0:0 chr1 34330067 . A C 276.7 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0073713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.504;QD=13.4974;RBI=0.00744023;REFB=-0.0176161;REVB=-0.00101042;RO=49;SAF=19;SAR=13;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432365;STB=0.529535;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.028343;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:13:19:31:18:13:19:32:18 chr1 34578613 . A G 195.52 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00546806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.902;QD=12.6144;RBI=0.0237664;REFB=-0.020236;REVB=0.0231289;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153268;STB=0.60665;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.05167;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:16:8:17:19:16:8:19:19 chr1 34663208 . C G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0095213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.438;QD=9.85697;RBI=0.0095627;REFB=-0.00833494;REVB=0.000888862;RO=40;SAF=16;SAR=4;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188679;STB=0.625948;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0158287;OID=.;OPOS=34663208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:4:16:27:13:4:16:27:14 chr1 34663411 . C G 283.26 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0211643;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.934;QD=17.4316;RBI=0.0457101;REFB=-0.0344094;REVB=0.0405152;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151978;STB=0.523794;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0314501;OID=.;OPOS=34663411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:34:31:31:0.476923:15:16:16:14:15:16:16:18 chr1 34667863 . C A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0517788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.256;QD=20.7547;RBI=0.0529352;REFB=-0.000221116;REVB=0.0110039;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312417;STB=0.651978;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000582634;OID=.;OPOS=34667863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:9:5:9:3:9:6:9:3 chr1 35184033 . C T 171.34 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00507501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.998;QD=12.4612;RBI=0.00946819;REFB=-0.0113652;REVB=-0.00799317;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255701;STB=0.503469;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0225368;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:34:21:21:0.381818:11:10:14:17:11:10:16:18 chr1 35223913 . A C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.309;QD=55.0964;RBI=0.0607284;REFB=0;REVB=0.0241556;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553663;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr1 35251545 . G C 261.17 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0279501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.975;QD=24.8735;RBI=0.071251;REFB=-0.00333234;REVB=0.0655401;RO=18;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169282;STB=0.57426;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00293248;OID=.;OPOS=35251545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:6:17:10:8:7:17:10:8 chr1 35251735 . G C 300.32 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=-0.00237479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.042;QD=11.663;RBI=0.0374097;REFB=-0.0149943;REVB=0.0373343;RO=64;SAF=24;SAR=13;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880096;STB=0.557113;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0303224;OID=.;OPOS=35251735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:66:37:37:0.359223:13:24:46:18:13:24:48:18 chr1 35259961 . A G 661.67 PASS AF=0.45;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.0095359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.762;QD=16.5416;RBI=0.0331171;REFB=-0.0193162;REVB=-0.0317145;RO=86;SAF=32;SAR=40;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133691;STB=0.580088;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0336697;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:86:88:72:72:0.45:40:32:50:36:40:32:52:36 chr1 35260929 . G A 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.034432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.837;QD=19.345;RBI=0.034475;REFB=-0.0161627;REVB=0.00172126;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568055;STB=0.531583;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0182374;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:18:22:20:21:18:22:20:21 chr1 35261044 . CAG C 259.31 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00534793;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.429;QD=16.2067;RBI=0.0185319;REFB=-0.00441583;REVB=0.0177434;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116817;STB=0.514029;STBP=0.848;TYPE=del;VARB=0.00625551;OID=.;OPOS=35261045;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453125:29:64:29:64:35:15:14:19:16:99:34:15:14:18:16 chr1 35261232 . C G 349.62 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0041489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9993;QD=18.8983;RBI=0.01239;REFB=-0.0120622;REVB=-0.0116747;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868232;STB=0.541739;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0183657;OID=.;OPOS=35261232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:16:20:24:13:16:21:24:13 chr1 35321242 . A C 548.65 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0551717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8475;QD=20.7037;RBI=0.0600922;REFB=-0.00978461;REVB=-0.0238149;RO=50;SAF=28;SAR=28;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514474;STB=0.528292;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0159371;OID=.;OPOS=35321242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:28:28:22:28:28:28:22:28 chr1 35562965 . G A 365.02 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0143913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.919;QD=52.1452;RBI=0.0184534;REFB=-0.00335261;REVB=0.0115506;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000384184;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr1 35563206 . C G 501.56 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8259;QD=59.0074;RBI=0.107344;REFB=0;REVB=-0.000356877;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114422;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:26:8:0:0 chr1 36225948 . T C 583.5 PASS AF=0.476562;AO=60;DP=127;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0123533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8809;QD=18.2345;RBI=0.0484392;REFB=-0.00223789;REVB=0.0468375;RO=67;SAF=35;SAR=25;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302238;STB=0.520361;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00230601;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:67:67:60:61:0.476562:25:35:37:30:25:36:37:30 chr1 36228767 . CTTTTTTA CTTTTTA,CTTTTTAT 48.0 PASS AF=0.0978261,0.076087;AO=12,8;DP=102;FAO=9,7;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=5,0;FSAR=4,7;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0520487,-0.0163254;FXX=0.0980296;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=11.347,169.588;QD=2.0869;RBI=0.0576667,0.0163273;REFB=-0.011618,-0.000529665;REVB=0.024827,0.000248895;RO=64;SAF=6,0;SAR=6,8;SRF=30;SRR=34;SSEN=0.456311,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0388666,-0.627026;STB=0.561222,0.99842;STBP=0.733,0.006;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0117331,-0.0310644;OID=.,.;OPOS=36228768,36228773;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=CTTTTTA,CTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0978261,0.076087:12,8:102:9,7:92:76:5,0:4,7:37:39:16:64:6,0:6,8:30:34 chr1 36316571 . A C 563.03 PASS AF=0.483607;AO=58;DP=121;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0130123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.158;QD=18.46;RBI=0.0164023;REFB=-0.00880644;REVB=0.00998572;RO=63;SAF=28;SAR=30;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534186;STB=0.524846;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0071327;OID=.;OPOS=36316571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:63:63:58:59:0.483607:30:28:34:29:30:29:34:29 chr1 36359669 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00982419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.398;QD=18.0872;RBI=0.0101029;REFB=-0.00712419;REVB=-0.00235683;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315047;STB=0.675927;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00686763;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:10:16:7:20:10:16:7:20 chr1 36521687 . G A,GA 36.17 PASS AF=0,0.258065;AO=3,5;DP=33;FAO=0,8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6;FSAR=0,2;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00893614,0.0724116;FXX=0.0312402;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=265.671,12.6872;QD=4.66699;RBI=0.00898828,0.0728007;REFB=-0.00048519,-0.024798;REVB=0.000966735,-0.00751718;RO=24;SAF=1,5;SAR=2,0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0936103,0.697525;STB=0.5,0.737102;STBP=1,0.141;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0441444;OID=.,.;OPOS=36521687,36521688;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:33:31:24:23:3,5:0,8:0,0.258065:2,0:1,5:10:14:0,2:0,6:10:13 chr1 36550658 . C T 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0184717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.35;QD=19.6988;RBI=0.0235834;REFB=-0.0387407;REVB=0.0146619;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0387593;OID=.;OPOS=36550658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:10:6:8:9:10:6 chr1 36553673 . A G 676.45 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.349;QD=60.129;RBI=0.0599357;REFB=-0.144226;REVB=-0.0514178;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00130876;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:28:16:0:0:28:16:0:1 chr1 36556867 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00479136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.143;QD=9.84392;RBI=0.0123154;REFB=-0.00801633;REVB=-0.0113451;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230451;STB=0.640553;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0245968;OID=.;OPOS=36556867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:10:10:7:3:10:10 chr1 36563777 . G A 89.16 PASS AF=0.6;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0459334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6265;QD=17.831;RBI=0.127852;REFB=0.0172451;REVB=0.119316;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089159;STB=0.518487;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000390196;OID=.;OPOS=36563777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:20:7:8:10:12:0.6:2:8:5:2:4:8:5:3 chr1 36563797 . C T 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0187052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8055;QD=16.1163;RBI=0.0728555;REFB=-0.0414103;REVB=0.0704134;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10868;STB=0.562401;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0473606;OID=.;OPOS=36563797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:10:3:4:8:10:3 chr1 36636835 . C T 390.61 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=0.00804364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.202;QD=13.3542;RBI=0.00966996;REFB=-0.00759929;REVB=0.0053673;RO=67;SAF=9;SAR=37;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111523;STB=0.5753;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0202751;OID=.;OPOS=36636835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:71:46:46:0.393162:37:9:18:49:37:9:20:51 chr1 36642420 . T C 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.874;QD=58.5982;RBI=0.0359485;REFB=0;REVB=0.0083393;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15542e-05;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:49:15:0:0:49:15:0:0 chr1 36643685 . C A 285.16 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00574103;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8039;QD=23.2783;RBI=0.0372515;REFB=-0.0339536;REVB=0.0368064;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117931;STB=0.565865;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0239234;OID=.;OPOS=36643685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:10:16:11:12:10:16:11:12 chr1 36643783 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0531114;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.974;QD=17.2298;RBI=0.0545644;REFB=-0.0250869;REVB=0.0125083;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651668;STB=0.538359;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0143813;OID=.;OPOS=36643783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:7:1:1:5:7:1:1:5 chr1 36752433 . C G,T 454.37 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=2,30;DP=32;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018545,0.0106682;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.36869,212.879;QD=55.0753;RBI=0.10862,0.0460356;REFB=0,0;REVB=-0.107025,0.0447825;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.63861e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.110411,0.000672871;OID=.,.;OPOS=36752433,36752433;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:32:33:0:0:2,30:1,32:0.030303,0.969697:2,13:0,17:0:0:1,15:0,17:0:0 chr1 36773405 . T G 1748.0 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.014;QD=60.7999;RBI=0.0607016;REFB=0;REVB=0.054356;RO=0;SAF=74;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1375e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:112:115:1:38:74:0:0:39:76:0:0 chr1 36773576 . T C,TC 40.88 PASS AF=0,0.227273;AO=3,13;DP=69;FAO=0,15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=0,3;FSAR=0,12;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0117633,0.0947048;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=161.376,13.3511;QD=2.47766;RBI=0.0118521,0.113112;REFB=-0.00322864,-0.0957021;REVB=-0.0014489,-0.0618484;RO=53;SAF=1,2;SAR=2,11;SRF=14;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.076129,-0.206395;STB=0.5,0.599855;STBP=1,0.46;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.149309;OID=.,.;OPOS=36773576,36773577;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:69:66:53:51:3,13:0,15:0,0.227273:2,11:1,2:14:39:0,12:0,3:15:36 chr1 36794192 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0864651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2192;QD=33.4285;RBI=0.0907265;REFB=0;REVB=0.0274788;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00522504;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 36927733 . G A 800.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5015;QD=57.1899;RBI=0.0728809;REFB=0;REVB=0.0577138;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110788;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr1 36937059 . A G 1576.73 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.814;QD=59.4993;RBI=0.0191894;REFB=0;REVB=0.0094466;RO=0;SAF=66;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2537e-05;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:38:66:0:0:40:66:0:0 chr1 36937065 . A G 1553.61 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4925;QD=59.1852;RBI=0.0198124;REFB=0;REVB=0.0197775;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220483;OID=.;OPOS=36937065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:100:105:1:40:60:0:0:42:63:0:0 chr1 37307457 . T C 569.96 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0160104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.236;QD=17.4033;RBI=0.0171799;REFB=-0.017909;REVB=0.00623027;RO=71;SAF=33;SAR=27;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000692832;STB=0.500385;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243017;OID=.;OPOS=37307457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:27:33:39:32:27:33:39:32 chr1 37346428 . A G 197.62 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0765407;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7307;QD=12.9589;RBI=0.0829646;REFB=-0.014972;REVB=-0.0320099;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441176;STB=0.515849;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0256557;OID=.;OPOS=37346428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:13:11:15:21:13:11:16:21 chr1 38006359 . A G 481.85 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.3436;QD=58.4055;RBI=0.0303816;REFB=0;REVB=-0.0146212;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119518;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr1 38019747 . C T 87.31 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0330944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.025;QD=13.4329;RBI=0.0512291;REFB=-0.0459092;REVB=0.0391048;RO=15;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407996;STB=0.749422;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0380631;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:10:1:5:10:10:1:5:10 chr1 38077406 . C CAGA 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00179743;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=369.711;QD=12.3961;RBI=0.00179743;REFB=0.00283606;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0031995;OID=.;OPOS=38077407;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:10:5:10:5:5:0:5:0:27:5:5:0:5:0 chr1 38077414 . A C 35.2 PASS AF=0.411765;AO=8;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0290268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.361;QD=8.28259;RBI=0.0290268;REFB=-0.0326357;REVB=0;RO=9;SAF=8;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0491745;OID=.;OPOS=38077414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:17:17:9:10:8:7:0.411765:0:8:9:0:0:7:10:0 chr1 38077415 . CGC CTC,TAG 205.7 PASS AF=0.470588,0.529412;AO=8,9;DP=18;FAO=8,9;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8,9;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.68329e-05,0.0178123;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=86.3438,199.337;QD=48.401;RBI=9.68329e-05,0.0178123;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=8,9;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00714038,-0.0136686;OID=.,.;OPOS=38077416,38077415;OREF=G,CGC;OALT=T,TAG;OMAPALT=CTC,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:18:17:0:0:8,9:8,9:0.470588,0.529412:0,0:8,9:0:0:0,0:8,9:0:0 chr1 38077420 . A C 351.02 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.036581;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5251;QD=52.0035;RBI=0.036581;REFB=-0.0304168;REVB=0;RO=0;SAF=25;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680189;OID=.;OPOS=38077420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:27:0:1:25:26:0.962963:0:25:0:0:0:26:1:0 chr1 38148765 . A C,G 1860.51 PASS AF=0.048,0.952;AO=6,117;DP=124;FAO=6,119;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=2,66;FSAR=4,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936696,0.0290265;FXX=0.00793588;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.786,67.8548;QD=59.5364;RBI=0.0678012,0.036748;REFB=-0.0434027,-0.0584503;REVB=-0.067151,0.0225361;RO=1;SAF=2,66;SAR=4,51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0962265,0.00922126;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.210234,-0.00132942;OID=.,.;OPOS=38148765,38148765;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:124:125:1:0:6,117:6,119:0.048,0.952:4,51:2,66:0:1:4,53:2,66:0:0 chr1 38173982 . TTTTC T,TT,TTT 840.15 PASS AF=0,1,0;AO=11,45,13;DP=71;FAO=0,70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32,0;FSAR=0,38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727371,-0.00838058,-0.00879546;FXX=0.0140825;HRUN=4,4,4;LEN=4,3,2;MLLD=223.406,229.627,223.696;QD=48.0086;RBI=0.00740959,0.00923575,0.0114296;REFB=0,0,0;REVB=0.00141248,-0.00388138,-0.00729905;RO=0;SAF=4,21,6;SAR=7,24,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0296288,-0.000141655,0;OID=.,.,.;OPOS=38173983,38173984,38173985;OREF=TTTC,TTC,TC;OALT=-,-,-;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:11,45,13:71:0,70,0:70:0:0,32,0:0,38,0:0:0:15:0:4,21,6:7,24,7:0:0 chr1 38185169 . G A 601.58 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=108;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0349475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.769;QD=20.5669;RBI=0.0411094;REFB=-0.0357107;REVB=0.0216485;RO=52;SAF=26;SAR=30;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981872;STB=0.523296;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0373107;OID=.;OPOS=38185169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:117:52:54:56:63:0.538462:30:26:30:22:30:33:31:23 chr1 38197170 . C T 749.09 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.00689979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.759;QD=19.8434;RBI=0.0156931;REFB=-0.00716032;REVB=0.0140949;RO=75;SAF=37;SAR=39;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101951;STB=0.556063;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00654089;OID=.;OPOS=38197170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:39:37:45:30:39:37:45:30 chr1 38203661 . T TG 93.01 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0874753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6059;QD=17.7154;RBI=0.116196;REFB=-0.0203358;REVB=0.0764833;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609152;STB=0.870558;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0108612;OID=.;OPOS=38203662;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:11:21:12:21:9:1:11:7:2:58:10:1:10:7:3 chr1 38227086 . A T 166.4 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.43;QD=14.7914;RBI=0.00203453;REFB=0.0394102;REVB=0.00203453;RO=26;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0353392;OID=.;OPOS=38227086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:18:0:0:26:18:0:0:27 chr1 38227268 . G T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00394908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.344;QD=14.0786;RBI=0.0108623;REFB=-0.0251869;REVB=0.010119;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023118;STB=0.513491;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0261675;OID=.;OPOS=38227268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:11:5:4:8:11:5 chr1 38289383 . T C 268.91 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0264891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.549;QD=18.8707;RBI=0.0266442;REFB=-0.010976;REVB=0.00287143;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769295;STB=0.542968;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00903372;OID=.;OPOS=38289383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:14:14:17:12:14:14 chr1 38327982 . G T 504.89 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0828264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5643;QD=14.6344;RBI=0.0981221;REFB=-0.0285351;REVB=0.0526093;RO=81;SAF=42;SAR=14;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259635;STB=0.651581;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0436967;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:82:56:56:0.405797:14:42:43:38:14:42:43:39 chr1 38338795 . A G 255.15 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0445774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.941;QD=22.1873;RBI=0.0461473;REFB=-0.00294252;REVB=0.0119344;RO=22;SAF=6;SAR=18;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140916;STB=0.578066;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00267289;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:18:6:3:19:18:6:3:19 chr1 38411445 . G A 330.95 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.118126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4136;QD=25.4577;RBI=0.123848;REFB=-0.0424445;REVB=0.037209;RO=20;SAF=17;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126399;STB=0.569335;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0388934;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:15:17:7:13:15:17:7:13 chr1 38423853 . G C 1985.28 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364321;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.038;QD=62.0399;RBI=0.0365183;REFB=0;REVB=-0.00250725;RO=0;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157409;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:59:68:0:0:60:68:0:0 chr1 38442547 . G A 414.9 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356553;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3951;QD=57.2281;RBI=0.0456676;REFB=0;REVB=-0.0285347;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85345e-05;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr1 38450367 . A G 671.61 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543659;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.691;QD=61.0554;RBI=0.0590586;REFB=0;REVB=0.0230707;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0094396;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:16:25:0:0:19:25:0:0 chr1 38462897 . G GA 58.77 PASS AF=1;AO=3;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238541;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=324.955;QD=33.5836;RBI=0.0238541;REFB=0;REVB=0;RO=4;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00118717;OID=.;OPOS=38462898;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:7:7:7:0:7:0:0:0:4:4:3:0:4:0 chr1 38462905 . C G 50.09 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.981;QD=33.3911;RBI=0.0713111;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00741128;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 38463504 . C T 297.65 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00368769;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3143;QD=18.0395;RBI=0.0310533;REFB=0.00221051;REVB=0.0308336;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605695;STB=0.533893;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00192527;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:16:18:19:13:16:18 chr1 38862336 . T A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7575;QD=62.9824;RBI=0.0346204;REFB=0;REVB=-0.032072;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043832;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr1 39339449 . C T 264.86 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00972376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.914;QD=10.9219;RBI=0.0471637;REFB=-0.0203698;REVB=-0.0461504;RO=64;SAF=19;SAR=13;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550299;STB=0.527412;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0315416;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:65:32:32:0.329897:13:19:35:29:13:19:36:29 chr1 39340282 . C T 586.57 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0445969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.973;QD=19.7167;RBI=0.0451773;REFB=-0.00727977;REVB=-0.00721843;RO=57;SAF=27;SAR=32;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329329;STB=0.513187;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.01271;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:57:59:59:60:0.504202:32:27:24:33:33:27:25:34 chr1 39352083 . T G 324.59 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=0.0325537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.531;QD=14.5882;RBI=0.0449069;REFB=0.0024706;REVB=0.0309336;RO=50;SAF=24;SAR=12;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16546;STB=0.58924;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00188532;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:53:36:36:0.404494:12:24:40:10:12:24:42:11 chr1 39352271 . G T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0121554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.393;QD=19.1805;RBI=0.0596163;REFB=-0.0167005;REVB=-0.058364;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796854;STB=0.545386;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0102712;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:7:4:6:7:7:4 chr1 39549983 . G A 331.54 PASS AF=0.5;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0177381;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.685;QD=18.945;RBI=0.0332859;REFB=-0.00608128;REVB=0.0281657;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380959;STB=0.514348;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00712278;OID=.;OPOS=39549983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:35:35:0.5:16:19:17:17:16:19:18:17 chr1 39748921 . G A 353.25 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0412577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.517;QD=15.8762;RBI=0.0446818;REFB=-0.000147239;REVB=0.017154;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031556;STB=0.501778;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.000687631;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:20:18:24:27:20:18:24:27 chr1 39797169 . G A 417.12 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=0.00304137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.326;QD=17.201;RBI=0.0286154;REFB=-0.0118463;REVB=0.0284533;RO=54;SAF=30;SAR=13;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989496;STB=0.555136;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0113121;OID=.;OPOS=39797169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:13:30:42:12:13:30:42:12 chr1 39801815 . A C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0429932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.457;QD=11.1311;RBI=0.0455996;REFB=-0.0370256;REVB=-0.0151958;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417314;STB=0.74037;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0612769;OID=.;OPOS=39801815;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:2:15:5:5:2:15 chr1 39806610 . C T 740.7 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.144;QD=56.9766;RBI=0.0139362;REFB=0;REVB=0.0112901;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03554e-05;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr1 39812822 . C A 801.22 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000294792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1972;QD=57.2299;RBI=0.0163782;REFB=0;REVB=-0.0163756;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104342;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr1 39835817 . A G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0277149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2465;QD=8.06775;RBI=0.0300273;REFB=0.00641032;REVB=0.0115552;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412686;STB=0.525382;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.012065;OID=.;OPOS=39835817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:8:4:10:23:8:4:10:23 chr1 39881040 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.722;QD=50.4128;RBI=0.00754101;REFB=0;REVB=-0.00472503;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012428;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr1 39881468 . T A 1173.26 PASS AF=0.48954;AO=117;DP=239;FAO=117;FDP=239;FR=.;FRO=122;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.0109506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.321;QD=19.6362;RBI=0.0111222;REFB=-0.0142075;REVB=0.0019463;RO=122;SAF=57;SAR=60;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042942;STB=0.502361;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0142547;OID=.;OPOS=39881468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:122:122:117:117:0.48954:60:57:60:62:60:57:60:62 chr1 39882001 . C G 240.48 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.035476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.387;QD=21.376;RBI=0.0463665;REFB=-0.0293346;REVB=0.0298547;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143335;STB=0.578024;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0214055;OID=.;OPOS=39882001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:22:23:0.511111:14:8:11:10:15:8:11:11 chr1 39908506 . G A 1425.42 PASS AF=0.989247;AO=87;DP=88;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.862;QD=61.3084;RBI=0.0295758;REFB=-0.0967282;REVB=0.0257705;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000118685;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:93:0:1:87:92:0.989247:36:51:0:0:37:55:1:0 chr1 39914363 . G C 1475.67 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426961;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0335;QD=63.4695;RBI=0.0429196;REFB=0;REVB=0.00437446;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148479;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr1 39988145 . T C 112.24 PASS AF=0.172131;AO=21;DP=121;FAO=21;FDP=122;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0375687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.469;QD=3.67983;RBI=0.0376511;REFB=-0.00892307;REVB=0.00248902;RO=100;SAF=7;SAR=14;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238766;STB=0.659188;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0201637;OID=.;OPOS=39988145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:100:101:21:21:0.172131:14:7:52:48:14:7:53:48 chr1 40098328 . T C 650.06 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.719;QD=60.4709;RBI=0.166602;REFB=0;REVB=-0.00261149;RO=1;SAF=3;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619187;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:39:3:1:0:39:4:0:0 chr1 40145297 . C T 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.0464888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6196;QD=15.1003;RBI=0.0536617;REFB=-0.0176775;REVB=-0.0268024;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210001;STB=0.617561;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0408395;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:5:26:16:8:5:26 chr1 40149642 . G T 870.03 PASS AF=0.478495;AO=86;DP=186;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=0.00168998;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.088;QD=18.7104;RBI=0.00278377;REFB=-0.0286055;REVB=-0.00221209;RO=97;SAF=44;SAR=42;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112936;STB=0.564361;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0300305;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:97:97:86:89:0.478495:42:44:61:36:44:45:61:36 chr1 40229368 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8001;QD=42.1815;RBI=0.0235512;REFB=0;REVB=0.0180248;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193744;OID=.;OPOS=40229368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr1 40230336 . C G 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00092418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.07;QD=8.51178;RBI=0.0220445;REFB=-0.00351672;REVB=-0.0220251;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956655;STB=0.558707;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00935384;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:14:10:5:5:14:10 chr1 40236118 . T C 37.93 PASS AF=0.10989;AO=9;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0554142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0486;QD=1.66727;RBI=0.0637931;REFB=-0.0144794;REVB=-0.0316042;RO=78;SAF=0;SAR=9;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.678157;STB=0.912271;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.13628;OID=.;OPOS=40236118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:91:91:78:81:9:10:0.10989:9:0:48:30:9:1:48:33 chr1 40315888 . A T 427.96 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00828571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.877;QD=19.4527;RBI=0.0393747;REFB=-0.00878525;REVB=-0.038493;RO=44;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956519;STB=0.547813;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00767938;OID=.;OPOS=40315888;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:45:43:43:0.488636:18:25:21:23:18:25:22:23 chr1 40349131 . G A 409.7 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0339795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.847;QD=34.1417;RBI=0.0351895;REFB=-0.0298572;REVB=0.0091487;RO=15;SAF=13;SAR=20;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163204;STB=0.588427;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0195874;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:20:13:2:13:20:13:2:13 chr1 40363054 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2535;QD=61.3361;RBI=0.127893;REFB=0;REVB=0.0787605;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026485;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr1 40533266 . T G 410.73 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.965;QD=56.6525;RBI=0.0214261;REFB=0;REVB=-0.00731773;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146693;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr1 40533287 . T G 288.97 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9396;QD=50.2562;RBI=0.0399538;REFB=0;REVB=0.0399538;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00553392;OID=.;OPOS=40533287;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:21:0:0:0:23:0:0:0 chr1 40533315 . T G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0962666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.119;QD=47.8144;RBI=0.0963938;REFB=-0.00765632;REVB=-0.00495006;RO=1;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225392;STB=0.512183;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.000605222;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:20:1:0:1:20:1:0:1 chr1 40533320 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.111;QD=52.613;RBI=0.04721;REFB=0;REVB=0.0417088;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101177;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chr1 40533326 . T G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.453;QD=51.1828;RBI=0.0429086;REFB=0;REVB=0.00320205;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138661;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr1 40533347 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.101;QD=51.1846;RBI=0.0518613;REFB=0;REVB=0.0359099;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373246;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr1 40537208 . G A 165.03 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00819597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.264;QD=14.0451;RBI=0.0263114;REFB=-0.0254586;REVB=0.0250023;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128473;STB=0.574387;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0242409;OID=.;OPOS=40537208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:11:18:9:9:11:18 chr1 40555274 . C G 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0440305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.345;QD=12.7907;RBI=0.0454582;REFB=-0.00906166;REVB=-0.011303;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749621;STB=0.531205;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00918431;OID=.;OPOS=40555274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:11:11:6:8:12:11 chr1 40737589 . T C 377.77 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0251679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8153;QD=16.7899;RBI=0.0453898;REFB=-0.0177176;REVB=0.0377731;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030503;STB=0.508499;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.048354;OID=.;OPOS=40737589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:50:39:40:0.444444:16:23:28:22:17:23:28:22 chr1 40773149 . T C 359.32 PASS AF=0.387387;AO=44;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0069881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.325;QD=12.9485;RBI=0.013534;REFB=-0.0195018;REVB=0.0115903;RO=66;SAF=24;SAR=20;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162248;STB=0.500425;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0334082;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:68:44:43:0.387387:20:24:37:29:19:24:38:30 chr1 40776752 . C A 235.52 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0124908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.507;QD=40.9596;RBI=0.0200648;REFB=-0.258729;REVB=0.0157027;RO=2;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512216;STB=0.543953;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00999839;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:23:23:2:3:20:20:0.869565:17:3:0:2:17:3:1:2 chr1 40777800 . T G 446.2 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1776;QD=57.5739;RBI=0.0892106;REFB=0;REVB=-0.0866245;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129345;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr1 40840353 . A G 155.43 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0443688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.869;QD=9.41997;RBI=0.0514526;REFB=0.0202793;REVB=-0.0260534;RO=43;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386399;STB=0.738176;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0546897;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:45:21:21:0.318182:6:15:16:27:6:15:16:29 chr1 40881041 . C G 1711.54 PASS AF=0.884058;AO=123;DP=136;FAO=122;FDP=138;FR=.;FRO=16;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0405843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4116;QD=49.6098;RBI=0.0619551;REFB=-0.0652709;REVB=0.0468119;RO=11;SAF=66;SAR=57;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128086;STB=0.512053;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0406329;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:136:138:11:16:123:122:0.884058:57:66:5:6:56:66:7:9 chr1 40923019 . G A 269.06 PASS AF=0.476923;AO=28;DP=62;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0205527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.807;QD=16.5578;RBI=0.0227452;REFB=-0.00102296;REVB=0.00974321;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857841;STB=0.521113;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00299283;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:34:34:28:31:0.476923:14:14:20:14:14:17:20:14 chr1 41013015 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00368184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.396;QD=13.4591;RBI=0.00808654;REFB=0.000574295;REVB=0.00719974;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782403;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:13:13:8:8:13:13 chr1 41204569 . C T 616.43 PASS AF=0.39604;AO=37;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=5;FWDB=0.00308393;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.463;QD=24.4131;RBI=0.0180264;REFB=-0.00468624;REVB=-0.0177607;RO=33;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388355;STB=0.718651;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0146441;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:33:36:37:40:0.39604:22:15:29:4:25:15:31:5 chr1 41454328 . A G 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0159644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.994;QD=18.7956;RBI=0.0177279;REFB=-0.00432818;REVB=-0.00770837;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935086;STB=0.505296;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.005429;OID=.;OPOS=41454328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:12:15:13:10:12:15 chr1 41976017 . C G,T 616.02 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=3,37;DP=40;FAO=3,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222128,-0.0299222;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.886,120.316;QD=60.0994;RBI=0.0381593,0.037185;REFB=0,0;REVB=-0.0310278,0.0220768;RO=0;SAF=2,23;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175686,-0.000200458;OID=.,.;OPOS=41976017,41976017;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:40:41:0:0:3,37:3,38:0.0731707,0.926829:1,14:2,23:0:0:1,15:2,23:0:0 chr1 41976328 . T C 39.48 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350262;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3931;QD=26.3169;RBI=0.109319;REFB=-0.0599791;REVB=-0.103556;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0225865;OID=.;OPOS=41976328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr1 41976584 . G A 623.22 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0451009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.469;QD=24.2026;RBI=0.0471721;REFB=-0.0017073;REVB=0.0138247;RO=42;SAF=32;SAR=28;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289576;STB=0.510413;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00114628;OID=.;OPOS=41976584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:43:60:60:0.582524:28:32:24:18:28:32:24:19 chr1 41978566 . T G 2136.13 PASS AF=1;AO=128;DP=135;FAO=139;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6295;QD=61.4714;RBI=0.0747417;REFB=0;REVB=0.0496054;RO=0;SAF=44;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195912;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:135:139:0:0:128:139:1:84:44:0:0:87:52:0:0 chr1 41978825 . C G 1616.33 PASS AF=0.990991;AO=104;DP=107;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0484325;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.823;QD=58.2462;RBI=0.0617881;REFB=-0.0102646;REVB=0.0383675;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958601;STB=0.50505;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00013299;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:111:1:1:104:110:0.990991:49:55:0:1:49:61:0:1 chr1 41979156 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.598;QD=35.5759;RBI=0.0492465;REFB=0;REVB=0.0420452;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103138;OID=.;OPOS=41979156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 42046812 . C T 119.9 PASS AF=1;AO=5;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017159;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5485;QD=43.5997;RBI=0.017159;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542413;OID=.;OPOS=42046812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:5:11:1:0:5:0:0:0:11:0:0 chr1 42047300 . A T 301.48 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0121979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.969;QD=25.1234;RBI=0.0244285;REFB=-0.0180226;REVB=-0.0211651;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100651;STB=0.55624;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.022048;OID=.;OPOS=42047300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:21:26:27:0.5625:11:15:14:6:11:16:15:6 chr1 42047544 . C CG 42.99 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0210037;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.6341;QD=5.21081;RBI=0.0635803;REFB=-0.0473193;REVB=0.0600109;RO=22;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337888;STB=0.728639;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=0.308167;OID=.;OPOS=42047545;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:33:11:33:22:10:1:16:6:42:22:9:1:16:6 chr1 42048745 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.342;QD=56.9559;RBI=0.0268088;REFB=0;REVB=0.00901669;RO=0;SAF=11;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189325;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:41:11:0:0:41:11:0:0 chr1 42049032 . G A 3881.54 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.558;QD=63.6318;RBI=0.0551061;REFB=0;REVB=0.0178867;RO=0;SAF=144;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.95017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61514e-05;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:243:244:1:99:144:0:0:99:145:0:0 chr1 42049140 . C G 2253.74 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.072;QD=63.4857;RBI=0.073826;REFB=0;REVB=0.0339609;RO=0;SAF=83;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92534e-05;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:59:83:0:0:59:83:0:0 chr1 42050366 . C G,T 1174.92 PASS AF=0.0617284,0.925926;AO=4,74;DP=79;FAO=5,75;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=5,30;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293433,0.0276888;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.173,129.232;QD=58.0206;RBI=0.0478695,0.0391192;REFB=-0.182446,-0.0183378;REVB=-0.0378215,-0.0276341;RO=0;SAF=4,30;SAR=0,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.93382e-08;STB=0.996613,0.505493;STBP=0.062,0.53;TYPE=snp,snp;VARB=0.1197,0.000819233;OID=.,.;OPOS=42050366,42050366;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:79:81:0:1:4,74:5,75:0.0617284,0.925926:0,44:4,30:0:0:0,45:5,30:0:1 chr1 42619139 . A G 1633.05 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744343;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.85;QD=59.9286;RBI=0.0245175;REFB=0;REVB=0.0233603;RO=0;SAF=66;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197068;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:106:109:1:40:66:0:0:42:67:0:0 chr1 42693597 . A G 1658.98 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213515;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.471;QD=60.3266;RBI=0.0200399;REFB=0;REVB=-0.0199259;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279494;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:109:110:1:61:48:0:0:61:49:0:0 chr1 42880516 . T C 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0326525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6095;QD=9.53544;RBI=0.0330042;REFB=-0.00288065;REVB=0.00480536;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255379;STB=0.654912;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00207571;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:12:15:4:8:12:15 chr1 42898843 . A G 303.5 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0211183;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.335;QD=19.5806;RBI=0.0212448;REFB=-0.0158375;REVB=0.00231553;RO=29;SAF=22;SAR=10;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11056;STB=0.566464;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0118042;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:30:32:32:0.516129:10:22:23:6:10:22:24:6 chr1 42915727 . C G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00432137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.447;QD=10.4742;RBI=0.00597008;REFB=-0.0119283;REVB=0.00411918;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335521;STB=0.695458;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0319868;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:12:7:25:12:12:7:25:12 chr1 42925688 . T G 442.76 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0039409;FXX=0.0504159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3326;QD=15.6728;RBI=0.0221833;REFB=-0.0237899;REVB=-0.0218304;RO=60;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131813;STB=0.572786;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0331244;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:113:60:64:49:49:0.433628:22:27:25:35:22:27:27:37 chr1 43034740 . T C 157.78 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00755598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6718;QD=16.6079;RBI=0.0237724;REFB=0.00249006;REVB=0.0225397;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967593;STB=0.571343;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00272199;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:11:6:9:11:11:6:10:11 chr1 43042703 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0134091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.583;QD=12.4132;RBI=0.0555919;REFB=-0.000511037;REVB=-0.0539505;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350515;STB=0.69984;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000105795;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:10:27:9:14:10:27 chr1 43047057 . A G 541.61 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00336554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.607;QD=24.9015;RBI=0.0154275;REFB=-0.0210346;REVB=0.0150559;RO=37;SAF=29;SAR=21;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997471;STB=0.554468;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0168419;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:21:29:26:11:21:29:26:11 chr1 43108188 . G A 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0325776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.436;QD=18.4371;RBI=0.0325801;REFB=-0.00297492;REVB=-0.000403649;RO=29;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226867;STB=0.627262;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0027928;OID=.;OPOS=43108188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:20:9:16:13:20:9:16:13 chr1 43119855 . A C 345.07 PASS AF=0.395833;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00573748;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.53;QD=14.3781;RBI=0.00870584;REFB=-0.0116526;REVB=0.00654775;RO=58;SAF=29;SAR=8;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310728;STB=0.659;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0206988;OID=.;OPOS=43119855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:37:38:0.395833:8:29:31:27:9:29:31:27 chr1 43131653 . G A 662.79 PASS AF=0.492647;AO=65;DP=133;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.00209167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9084;QD=19.4937;RBI=0.0140821;REFB=-0.0119204;REVB=-0.0139259;RO=68;SAF=45;SAR=20;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631923;STB=0.536332;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00765567;OID=.;OPOS=43131653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:68:69:65:67:0.492647:20:45:43:25:21:46:43:26 chr1 43201534 . G A 179.86 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0828317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.247;QD=23.2077;RBI=0.0863848;REFB=-0.0230445;REVB=0.0245202;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240114;STB=0.645013;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0253981;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:9:9:2:10:9:9:2:11 chr1 43212111 . C T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.217;QD=59.015;RBI=0.0276562;REFB=0;REVB=0.0212753;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258584;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr1 43212424 . C CG 484.66 PASS AF=0.841727;AO=25;DP=185;FAO=117;FDP=139;FR=.;FRO=22;FSAF=80;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0019303;FXX=0.214677;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.7742;QD=13.9471;RBI=0.237513;REFB=-0.0600065;REVB=-0.237505;RO=149;SAF=16;SAR=9;SRF=101;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535314;STB=0.516474;STBP=0.407;TYPE=ins;VARB=0.00365396;OID=.;OPOS=43212425;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.841727:25:185:117:139:22:80:37:17:5:16:149:16:9:101:48 chr1 43212430 . GA GC,GG 2624.8 PASS AF=0.0769231,0.862637;AO=7,130;DP=180;FAO=14,157;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10,100;FSAR=4,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14245,0.0764946;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=20.449,36.397;QD=57.6878;RBI=0.146213,0.0892578;REFB=0,0;REVB=-0.0329595,-0.0459948;RO=0;SAF=5,81;SAR=2,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00887601,0.000282749;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.862637:7,130:180:14,157:182:0:10,100:4,57:0:0:38:0:5,81:2,49:0:0 chr1 43212869 . A T 240.89 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=40;FWDB=0.0225804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.266;QD=12.197;RBI=0.0245932;REFB=-0.0236003;REVB=-0.00974418;RO=50;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401573;STB=0.731652;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0526609;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:28:29:0.367089:12:16:10:40:12:17:10:40 chr1 43215571 . A G 1503.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.337;QD=63.3123;RBI=0.0311816;REFB=0;REVB=0.0289141;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131754;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:50:44:0:0:51:44:0:0 chr1 43215930 . C T 377.92 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0186278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.272;QD=24.3822;RBI=0.022895;REFB=-0.0175677;REVB=0.0133111;RO=25;SAF=21;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648629;STB=0.535601;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0122482;OID=.;OPOS=43215930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:16:21:12:13:16:21:12:13 chr1 43305753 . G A 819.08 PASS AF=0.536424;AO=81;DP=154;FAO=81;FDP=151;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.012221;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.378;QD=21.6975;RBI=0.0137364;REFB=0.000948839;REVB=0.00627169;RO=70;SAF=42;SAR=39;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398696;STB=0.521819;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.000713297;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:70:70:81:81:0.536424:39:42:33:37:39:42:33:37 chr1 43309842 . G C 960.73 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014899;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.496;QD=59.1222;RBI=0.0151302;REFB=0;REVB=0.00263482;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49785e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr1 43408966 . G A 315.85 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0188173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.722;QD=15.0406;RBI=0.0212517;REFB=-0.0208105;REVB=-0.00987634;RO=49;SAF=18;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590868;STB=0.533405;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.026727;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:17:18:28:21:17:18:28:21 chr1 43457170 . T C 411.95 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.534;QD=56.8214;RBI=0.0499446;REFB=0;REVB=0.0447133;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489358;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:10:16:0:0:12:17:0:0 chr1 43675467 . G A 805.39 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000743727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0673;QD=55.5439;RBI=0.0981308;REFB=-0.0825867;REVB=0.098128;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00232752;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:33:24:0:0:33:24:0:1 chr1 43771016 . TA GT,T 401.26 PASS AF=0,1;AO=4,24;DP=29;FAO=0,31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123091,-0.0101523;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=6.44535,20.1798;QD=51.7751;RBI=0.0291158,0.0183737;REFB=0,0;REVB=-0.026386,-0.0153141;RO=0;SAF=1,13;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0443162,-0.00056705;OID=.,.;OPOS=43771016,43771017;OREF=TA,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:29:31:0:0:4,24:0,31:0,1:3,11:1,13:0:0:0,17:0,14:0:0 chr1 43779564 . T C 2173.93 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225956;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.821;QD=63.0125;RBI=0.0261768;REFB=0;REVB=0.0132161;RO=0;SAF=71;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25562e-06;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:136:138:1:65:71:0:0:66:72:0:0 chr1 44035352 . C T 145.59 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0109472;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.824;QD=11.1994;RBI=0.0111896;REFB=-0.0344678;REVB=0.00231648;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697184;STB=0.510741;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0539984;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:34:18:18:0.346154:5:13:24:9:5:13:25:9 chr1 44058265 . C A 419.45 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0111176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.737;QD=20.2144;RBI=0.0254254;REFB=-0.0184727;REVB=0.0228659;RO=41;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141563;STB=0.578277;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0176966;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:21:21:27:14:21:21:27:14 chr1 44071221 . G A 176.14 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=1.22495e-05;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.485;QD=11.9418;RBI=0.0201991;REFB=-0.00657904;REVB=0.0201991;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579333;STB=0.546035;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00753487;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:37:22:22:0.372881:8:14:24:11:8:14:26:11 chr1 44072018 . C T 582.27 PASS AF=0.495868;AO=59;DP=120;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0330271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7371;QD=19.2484;RBI=0.058501;REFB=-0.014776;REVB=-0.0482865;RO=60;SAF=34;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551185;STB=0.538449;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0125663;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:60:61:59:60:0.495868:25:34:31:29:25:35:31:30 chr1 44072066 . C T 376.01 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0450879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.065;QD=14.6024;RBI=0.0452195;REFB=-0.00598153;REVB=0.00344833;RO=60;SAF=26;SAR=17;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928535;STB=0.5524;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00795312;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:17:26:31:29:17:26:31:29 chr1 44083507 . T C 531.51 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=96;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.726;QD=21.9181;RBI=0.0221639;REFB=-0.0322303;REVB=0.0221523;RO=46;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204436;STB=0.506697;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0246661;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:46:46:50:51:0.525773:26:24:21:25:27:24:21:25 chr1 44083519 . G A 576.5 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0389918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2716;QD=24.2737;RBI=0.0636009;REFB=0.00878107;REVB=0.0502465;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363246;STB=0.501991;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00698607;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:28:25:20:22:28:25:20:22 chr1 44084739 . C T 176.26 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00177714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3528;QD=29.376;RBI=0.018379;REFB=-0.0328859;REVB=0.0182929;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100709;STB=0.555494;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0144407;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:12:5:1:6:12:5:1:6 chr1 44086831 . C T 253.86 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000984192;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.383;QD=20.723;RBI=0.110096;REFB=-0.0174329;REVB=-0.110091;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167601;STB=0.509426;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0215703;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:14:11:11:13:14:11 chr1 44137257 . C A 937.07 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.866;QD=58.5671;RBI=0.0289156;REFB=0;REVB=0.0278179;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116606;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr1 44395786 . C T 718.62 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.473;QD=62.4885;RBI=0.0338012;REFB=0;REVB=0.00766131;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632699;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:43:46:1:20:23:0:0:21:25:0:0 chr1 44401384 . A G 818.1 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.244;QD=57.4104;RBI=0.0242128;REFB=0;REVB=0.0226297;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30094e-05;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr1 44415415 . C G,T 820.78 PASS AF=0.05,0.933333;AO=3,56;DP=60;FAO=3,56;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=2,29;FSAR=1,27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00798439,0.00595655;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.6966,154.993;QD=54.7189;RBI=0.00842801,0.018111;REFB=-0.0546673,-0.121728;REVB=0.00269832,-0.0171034;RO=0;SAF=2,29;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.59939,0.508472;STBP=0.681,0.514;TYPE=snp,snp;VARB=0.0557503,0.00185627;OID=.,.;OPOS=44415415,44415415;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:60:60:0:1:3,56:3,56:0.05,0.933333:1,27:2,29:0:0:1,27:2,29:1:0 chr1 44457305 . G A 1362.46 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.734;QD=61.234;RBI=0.026894;REFB=-0.0775562;REVB=0.0185721;RO=1;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014141;STB=0.507245;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000689254;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:33:54:0:1:34:54:0:1 chr1 44595047 . T A 273.28 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00832705;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.948;QD=19.5199;RBI=0.0180023;REFB=-0.0169183;REVB=0.0159607;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218663;STB=0.622081;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0146302;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:11:16:10:19:11:16 chr1 44595113 . G C 422.92 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0802075;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8492;QD=21.97;RBI=0.0889801;REFB=-0.0502836;REVB=-0.0385256;RO=30;SAF=18;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473047;STB=0.552214;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0677657;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:30:35:41:42:0.545455:23:18:15:15:24:18:19:16 chr1 44596379 . CCAA C 176.62 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0129055;FXX=0.0721575;HRUN=2;LEN=3;MLLD=225.831;QD=7.84964;RBI=0.0191661;REFB=-0.0160015;REVB=0.0141699;RO=36;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985292;STB=0.63583;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.0270425;OID=.;OPOS=44596380;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:31:84:32:90:58:11:21:32:26:99:36:10:21:15:21 chr1 44680719 . G C 309.36 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00971757;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1564;QD=20.9735;RBI=0.0101573;REFB=0.0111465;REVB=0.00295636;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132486;STB=0.562663;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0114919;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:27:32:32:0.542373:17:15:8:18:17:15:9:18 chr1 44788397 . CA C,CT 486.58 PASS AF=0.147059,0.852941;AO=6,28;DP=34;FAO=5,29;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5,16;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354591,0.0301087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.695,187.296;QD=57.2449;RBI=0.054733,0.0574973;REFB=0,0;REVB=-0.0416936,-0.0489837;RO=0;SAF=6,15;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0349384,0.00831768;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.147059,0.852941:6,28:34:5,29:34:0:5,16:0,13:0:0:23:0:6,15:0,13:0:0 chr1 45187511 . T C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0287479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.743;QD=21.2932;RBI=0.0288953;REFB=-0.0114148;REVB=-0.00291474;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265363;STB=0.646955;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0133395;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:4:21:14:11:4:21 chr1 45196759 . C T 77.2 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0113263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.079;QD=13.4254;RBI=0.0146989;REFB=-0.0121256;REVB=-0.00936878;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341912;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0240719;OID=.;OPOS=45196759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:11:13:10:10:0.434783:6:4:4:7:6:4:6:7 chr1 45196770 . A G 92.25 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00299604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.224;QD=18.451;RBI=0.0142087;REFB=-0.0315358;REVB=-0.0138893;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.031206;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr1 45285638 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00669025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.12;QD=20.3167;RBI=0.0066957;REFB=-0.0101701;REVB=-0.000270105;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327868;STB=0.509081;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00712964;OID=.;OPOS=45285638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:14:5:5:12:14:5:5:13 chr1 45285648 . C T 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0369901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.402;QD=15.1955;RBI=0.0374663;REFB=-0.0128331;REVB=-0.00595473;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948154;STB=0.505487;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0213072;OID=.;OPOS=45285648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:5:13:10:4:5:13 chr1 45285664 . G A 134.36 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0801963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.919;QD=20.6704;RBI=0.0822317;REFB=0.00685581;REVB=-0.0181825;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0121283;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:26:11:11:14:15:0.576923:9:5:4:7:10:5:4:7 chr1 45292866 . G A 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0059401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.873;QD=19.0234;RBI=0.0162137;REFB=-0.00554867;REVB=0.0150864;RO=35;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135192;STB=0.575452;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.005579;OID=.;OPOS=45292866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:23:12:17:18:23:12:17:18 chr1 45469586 . G A 94.54 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0365686;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9794;QD=10.2208;RBI=0.036765;REFB=-0.0178871;REVB=-0.00379481;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137779;STB=0.596253;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0455123;OID=.;OPOS=45469586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:37:26:25:12:12:0.324324:5:7:12:14:5:7:11:14 chr1 45479709 . A G 356.47 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0192999;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.998;QD=16.7749;RBI=0.0193191;REFB=0.000969824;REVB=-0.000861199;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454154;STB=0.538248;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00130487;OID=.;OPOS=45479709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:36:38:0.447059:16:20:24:23:16:22:24:23 chr1 45504720 . G C 250.74 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.605;QD=26.3941;RBI=0.0029856;REFB=-0.0572279;REVB=-0.0029856;RO=15;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0367735;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:23:0:0:15:23:0:0:15 chr1 45671966 . A G 134.66 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0381439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.814;QD=13.1375;RBI=0.0391309;REFB=-0.0106701;REVB=-0.00873338;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173098;STB=0.599883;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0242525;OID=.;OPOS=45671966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:18:7:7:9:18:7 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1398.13 PASS AF=0,0.987952;AO=44,91;DP=162;FAO=0,164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=0,118;FSAR=0,46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0439078,-0.176273;FXX=0.00598767;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=157.818,13.7383;QD=33.6898;RBI=0.0595801,0.224383;REFB=0.0778321,0.0900774;REVB=0.0402727,0.138837;RO=13;SAF=36,69;SAR=8,22;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.353842,0.174876;STB=0.5,0.504201;STBP=1,0.428;TYPE=del,del;VARB=0,0.0294663;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.987952:44,91:162:0,164:166:2:0,118:0,46:2:0:15:13:36,69:8,22:2:11 chr1 45797505 . C G 343.18 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0478247;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.615;QD=18.5504;RBI=0.0594053;REFB=-0.0132233;REVB=-0.0352389;RO=38;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803612;STB=0.544866;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0164409;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:38:36:36:0.486486:14:22:20:18:14:22:20:18 chr1 45805566 . G C 484.08 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.408;QD=58.6769;RBI=0.0365578;REFB=0;REVB=0.0327109;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384823;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:25:33:1:19:6:0:0:27:6:0:0 chr1 45810091 . A G 106.63 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00608842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.839;QD=13.3288;RBI=0.0197787;REFB=-0.0051794;REVB=-0.0188183;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358031;STB=0.689883;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00887032;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:18:19:12:13:0.40625:7:5:14:4:7:6:15:4 chr1 45810923 . G A 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00537207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.106;QD=21.8825;RBI=0.0128884;REFB=0.016245;REVB=-0.0117154;RO=27;SAF=24;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209922;STB=0.501159;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0111237;OID=.;OPOS=45810923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:10:24:19:8:10:24:19:8 chr1 45811094 . A G 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00931389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.314;QD=15.1591;RBI=0.011297;REFB=-0.00245414;REVB=-0.00639334;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290181;STB=0.516758;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00267848;OID=.;OPOS=45811094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:13:9:7:9:13:9 chr1 45864695 . C A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7587;QD=23.2204;RBI=0.00486095;REFB=-0.109447;REVB=-0.00486095;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00866112;OID=.;OPOS=45864695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr1 45973928 . G A 64.06 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0311761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.129;QD=9.49056;RBI=0.0341395;REFB=-0.00689209;REVB=0.0139125;RO=18;SAF=0;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.717036;STB=0.695122;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0165976;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:18:18:8:9:0.333333:8:0:5:13:8:1:5:13 chr1 46073489 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0741045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7307;QD=14.6568;RBI=0.097043;REFB=0.0115335;REVB=0.0626568;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818026;STB=0.547868;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00901682;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:5:12:10:3:5:12 chr1 46078854 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0243858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.69;QD=14.0975;RBI=0.0255596;REFB=-0.0282328;REVB=0.00765677;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396217;STB=0.73261;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0238649;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:7:11:3:10:7:11 chr1 46078884 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0148039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.135;QD=14.65;RBI=0.018062;REFB=-0.0102827;REVB=-0.0103479;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453017;STB=0.753046;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00706706;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:3:11:6:12:3:11:7:12 chr1 46086077 . C T 36.36 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0228258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.384;QD=6.92657;RBI=0.0229662;REFB=-0.00648429;REVB=-0.00253643;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0151986;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:4:2:6:8:4:2:7:8 chr1 46087577 . G A 516.95 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0060388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.908;QD=17.8257;RBI=0.0318476;REFB=-0.0274122;REVB=0.0312698;RO=58;SAF=39;SAR=16;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286347;STB=0.66442;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0288127;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:58:61:55:55:0.474138:16:39:24:34:16:39:25:36 chr1 46094027 . A G 598.6 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=0.0517281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6211;QD=19.7883;RBI=0.0737059;REFB=0.0321472;REVB=-0.0525048;RO=60;SAF=30;SAR=31;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21736;STB=0.619293;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0201685;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:31:30:44:16:31:30:44:16 chr1 46095272 . T C 302.98 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0900441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3974;QD=22.0346;RBI=0.0974534;REFB=-0.0127375;REVB=0.0372725;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270349;STB=0.636704;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0123686;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:24:30:31:0.563636:20:10:16:8:20:11:16:8 chr1 46159001 . G A 334.36 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0302423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.524;QD=19.3834;RBI=0.0334228;REFB=0.000680529;REVB=0.0142298;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090688;STB=0.550385;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00050495;OID=.;OPOS=46159001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:18:17:20:14:18:17:20:14 chr1 46195375 . T C 164.78 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0124534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.68;QD=11.1717;RBI=0.0124555;REFB=-0.00672272;REVB=0.000226113;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553452;STB=0.532227;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0126046;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:18:20:10:11:18:20 chr1 46379518 . A G 1513.27 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0345;QD=59.9316;RBI=0.0448493;REFB=0;REVB=-0.040242;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96811e-05;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:53:47:0:0:53:48:0:0 chr1 46476587 . T G 555.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2826;QD=60.013;RBI=0.0638602;REFB=0;REVB=0.0323613;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143482;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr1 46493460 . T G 441.77 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00399212;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4468;QD=13.2862;RBI=0.0415855;REFB=0.0208861;REVB=0.0413935;RO=82;SAF=36;SAR=15;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225464;STB=0.621235;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0349803;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:82:51:51:0.383459:15:36:42:40:15:36:43:39 chr1 46496709 . A G 724.5 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0485853;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2274;QD=19.0658;RBI=0.048705;REFB=-0.0112916;REVB=0.00341311;RO=76;SAF=47;SAR=28;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212758;STB=0.61424;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0120438;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:76:77:75:75:0.493421:28:47:30:46:28:47:31:46 chr1 46498375 . A G 518.41 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0141869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5797;QD=22.787;RBI=0.0515745;REFB=-0.0401652;REVB=-0.0495849;RO=42;SAF=30;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175156;STB=0.596436;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0282133;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:19:30:17:25:19:30:17:25 chr1 46499884 . T C,TC 39.22 PASS AF=0,0.342105;AO=2,12;DP=41;FAO=0,13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=0,3;FSAR=0,10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0397484,0.19868;FXX=0;HRUN=3,6;LEN=1,1;MLLD=15.8324,7.56829;QD=4.12847;RBI=0.128097,0.209445;REFB=-0.0849883,-0.150042;REVB=-0.121774,-0.0662847;RO=26;SAF=1,3;SAR=1,9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0353747,-0.264332;STB=0.5,0.66011;STBP=1,0.21;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.184476;OID=.,.;OPOS=46499884,46499885;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:41:38:26:25:2,12:0,13:0,0.342105:1,9:1,3:12:14:0,10:0,3:11:14 chr1 46500454 . C G 58.47 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0316271;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.639;QD=12.3099;RBI=0.0369288;REFB=-0.0175761;REVB=-0.0190646;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305926;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0328376;OID=.;OPOS=46500454;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:6:5:6:2:6:5 chr1 46500744 . G C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0147515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.32;QD=15.5772;RBI=0.0155507;REFB=-0.0155941;REVB=-0.00492117;RO=30;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219668;STB=0.625309;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0227672;OID=.;OPOS=46500744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:7:17:15:15:7:17:15:15 chr1 46512289 . T C 234.38 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0413344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4543;QD=13.0211;RBI=0.0418581;REFB=-0.00122313;REVB=0.00660047;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623464;STB=0.535689;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00183718;OID=.;OPOS=46512289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:15:13:23:21:15:13:23:21 chr1 46521517 . G A 367.4 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00180158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.038;QD=22.9623;RBI=0.0286228;REFB=0.000678266;REVB=0.0285661;RO=27;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588241;STB=0.538046;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000350018;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:36:37:0.578125:16:20:17:10:17:20:17:10 chr1 46521559 . A T 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0131514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.06;QD=17.9915;RBI=0.0154198;REFB=-0.00788067;REVB=-0.00805054;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168416;STB=0.509427;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00872577;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:16:14:13:16:16:14 chr1 46655158 . T C 839.55 PASS AF=0.983607;AO=52;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0772634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.832;QD=55.0524;RBI=0.0782711;REFB=0.0167109;REVB=0.0125189;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000164784;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:52:60:0.983607:29:23:1:0:30:30:1:0 chr1 46810530 . A G 358.07 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0521;QD=55.0869;RBI=0.0181038;REFB=0;REVB=0.00539906;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027649;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr1 46871986 . T C 1298.87 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0389;QD=61.8508;RBI=0.0112794;REFB=0;REVB=-0.00080855;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8098e-05;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr1 46972694 . C G,T 1322.62 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=5,80;DP=85;FAO=4,82;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=4,29;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656842,0.000458785;FXX=0.0337041;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.255,226.965;QD=61.517;RBI=0.0189603,0.0157706;REFB=0,0;REVB=0.0177862,0.0157639;RO=0;SAF=4,29;SAR=1,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.51863e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0478477,-0.00201238;OID=.,.;OPOS=46972694,46972694;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:85:86:0:0:5,80:4,82:0.0465116,0.953488:1,51:4,29:0:0:0,53:4,29:0:0 chr1 47048928 . G A 386.88 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0363822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3201;QD=14.0684;RBI=0.038301;REFB=-0.0196017;REVB=-0.0119707;RO=64;SAF=20;SAR=25;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138556;STB=0.582293;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0227787;OID=.;OPOS=47048928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:64:65:45:45:0.409091:25:20:37:27:25:20:38:27 chr1 47059934 . T C 1575.32 PASS AF=0.940171;AO=110;DP=117;FAO=110;FDP=117;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0167309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8531;QD=53.8572;RBI=0.0251279;REFB=-0.00504322;REVB=0.0187481;RO=7;SAF=54;SAR=56;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041492;STB=0.521897;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000950284;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:117:117:7:7:110:110:0.940171:56:54:6:1:56:54:6:1 chr1 47078637 . T C 1589.43 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.069;QD=59.9786;RBI=0.025528;REFB=0;REVB=0.00843046;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8643e-05;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:56:50:0:0:56:50:0:0 chr1 47080679 . G A 237.64 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00817802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.64;QD=18.6383;RBI=0.039078;REFB=-0.0134818;REVB=-0.0382127;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509426;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0128105;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:26:25:25:0.490196:12:13:13:12:12:13:14:12 chr1 47101015 . C A 1777.03 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386243;FXX=0.025208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.79;QD=61.2768;RBI=0.0387715;REFB=0;REVB=-0.0033762;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71472e-05;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:54:62:0:0:54:62:0:0 chr1 47138819 . T G 192.31 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0344254;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1772;QD=29.5854;RBI=0.0344292;REFB=-0.0812045;REVB=-0.000506675;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23525;STB=0.646899;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0252402;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:7:8:18:18:0.692308:7:11:1:6:7:11:1:7 chr1 47139117 . T A 334.39 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00822601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.757;QD=27.2969;RBI=0.023395;REFB=-0.00142676;REVB=0.0219011;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645617;STB=0.541579;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00110972;OID=.;OPOS=47139117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:28:29:0.591837:15:13:11:9:16:13:11:9 chr1 47150104 . T C 432.89 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00445934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.853;QD=16.1829;RBI=0.028901;REFB=-0.0175396;REVB=0.0285549;RO=59;SAF=26;SAR=21;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751245;STB=0.547807;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.022159;OID=.;OPOS=47150104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:59:59:47:48:0.448598:21:26:37:22:22:26:37:22 chr1 47280746 . GAT G 430.12 PASS AF=0.453704;AO=38;DP=99;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=-0.00113712;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.673;QD=15.9303;RBI=0.0328085;REFB=-0.0207225;REVB=0.0327888;RO=59;SAF=22;SAR=16;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150708;STB=0.649702;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0206809;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453704:38:99:49:108:59:22:27:43:16:99:59:22:16:42:17 chr1 47280859 . G A 809.48 PASS AF=0.440415;AO=84;DP=194;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=69;FSRR=39;FWDB=0.00540254;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.844;QD=16.7767;RBI=0.00940725;REFB=-0.0198119;REVB=0.00770123;RO=108;SAF=48;SAR=36;SRF=69;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704699;STB=0.536152;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0270111;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:108:108:84:85:0.440415:36:48:69:39:36:49:69:39 chr1 47280884 . C T 812.09 PASS AF=0.435897;AO=84;DP=196;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=-0.00643811;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.439;QD=16.6583;RBI=0.00710825;REFB=-0.000982107;REVB=-0.00301297;RO=110;SAF=50;SAR=34;SRF=68;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243595;STB=0.51754;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00145171;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:110:110:84:85:0.435897:34:50:68:42:35:50:68:42 chr1 47282772 . C T 249.44 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0129889;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.527;QD=18.4768;RBI=0.0223495;REFB=-0.0159233;REVB=-0.0181876;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175265;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:27:27:27:27:0.5:13:14:14:13:13:14:14:13 chr1 47395833 . C T 315.38 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.015167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.569;QD=23.3613;RBI=0.0158293;REFB=-0.0199733;REVB=0.00453116;RO=22;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691281;STB=0.532703;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0141643;OID=.;OPOS=47395833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:31:32:0.592593:11:20:16:6:11:21:16:6 chr1 47395973 . G A 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.385;QD=61.3741;RBI=0.0277208;REFB=0;REVB=-0.0275033;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65655e-05;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr1 47571902 . C T 678.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.258;QD=61.6471;RBI=0.0268992;REFB=0;REVB=-0.002495;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.775e-05;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:16:28:0:0 chr1 47571905 . C T 496.0 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0156481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4938;QD=48.3905;RBI=0.0830947;REFB=-0.0315095;REVB=0.081608;RO=4;SAF=24;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176009;STB=0.518508;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0322865;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:41:4:5:36:36:0.878049:12:24:3:1:12:24:4:1 chr1 47607281 . C T 448.99 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0179608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.58;QD=19.9549;RBI=0.0180898;REFB=0.013922;REVB=-0.00215668;RO=44;SAF=18;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042787;STB=0.534512;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00641968;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:45:44:45:0.5:26:18:16:28:26:19:16:29 chr1 47607785 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0293334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.978;QD=18.9137;RBI=0.0417815;REFB=-0.0204028;REVB=0.0297531;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190568;STB=0.510631;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0203112;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:12:17:17:11:12:17:17:11 chr1 47607851 . A T 815.44 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0268298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.457;QD=52.6092;RBI=0.0272701;REFB=0.0751567;REVB=-0.00488059;RO=3;SAF=34;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845068;STB=0.504483;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.000636732;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:25:34:2:1:25:34:2:1 chr1 47608983 . G T 205.26 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0122697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5881;QD=14.6611;RBI=0.0123969;REFB=0.0159192;REVB=0.00177105;RO=32;SAF=4;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39735;STB=0.735072;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0141833;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:19:4:16:16:20:4:16:16 chr1 47609489 . T C 1090.62 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.235;QD=59.7601;RBI=0.0621528;REFB=0;REVB=-0.0597423;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110218;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:37:36:0:0 chr1 47610293 . C T 443.61 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.00871352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7454;QD=17.7443;RBI=0.0113423;REFB=0.00331764;REVB=0.00726105;RO=54;SAF=18;SAR=27;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10838;STB=0.553169;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00306094;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:27:18:16:38:27:18:17:38 chr1 47610590 . A C 341.59 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0130414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.031;QD=10.6745;RBI=0.0191834;REFB=-0.0149461;REVB=-0.0140686;RO=85;SAF=15;SAR=28;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261922;STB=0.651093;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0206576;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:85:85:43:43:0.335938:28:15:49:36:28:15:49:36 chr1 47611598 . T C 1225.86 PASS AF=0.562814;AO=109;DP=198;FAO=112;FDP=199;FR=.;FRO=87;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=-0.00712081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1744;QD=24.6404;RBI=0.00855871;REFB=-0.0218343;REVB=-0.00474823;RO=87;SAF=56;SAR=53;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128085;STB=0.570343;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0146816;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:87:87:109:112:0.562814:53:56:31:56:54:58:31:56 chr1 47685455 . T C 561.89 PASS AF=0.975;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335312;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.657;QD=56.1886;RBI=0.05944;REFB=-0.00500552;REVB=0.0490792;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406473;STB=0.518509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000769473;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:1:1:36:39:0.975:11:25:0:1:13:26:0:1 chr1 47717189 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.449;QD=62.3505;RBI=0.00918746;REFB=0;REVB=0.00279816;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43801e-05;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr1 47834209 . G T 251.51 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0235251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9204;QD=20.5313;RBI=0.0284138;REFB=-0.0011567;REVB=-0.0159346;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378335;STB=0.532844;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00123635;OID=.;OPOS=47834209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:10:14:13:11:10:14:13:12 chr1 47842431 . G A 852.08 PASS AF=0.968254;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0231487;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9346;QD=54.1005;RBI=0.0331969;REFB=0.0121392;REVB=0.0237944;RO=2;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362549;STB=0.517851;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00708336;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:59:61:0.968254:25:34:0:2:27:34:0:2 chr1 47842666 . A T 749.24 PASS AF=1;AO=41;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.0832;QD=44.7307;RBI=0.224418;REFB=-0.0554362;REVB=0.0561966;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171499;OID=.;OPOS=47842666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:2:0:41:67:1:23:18:2:0:28:39:0:0 chr1 47883019 . T C 162.37 PASS AF=0.882353;AO=17;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.110122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.067;QD=38.2053;RBI=0.111918;REFB=0.0287923;REVB=0.0199695;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533291;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00352357;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:0:2:17:15:0.882353:16:1:0:0:14:1:0:2 chr1 47883023 . TA T,TG 231.19 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,13;DP=20;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219184,0.0797941;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.1646,58.2026;QD=48.6708;RBI=0.0793701,0.0798215;REFB=0,0;REVB=-0.0762837,-0.00208988;RO=0;SAF=2,0;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00646413,0.00062698;OID=.,.;OPOS=47883024,47883024;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:3,13:20:1,18:19:0:1,1:0,17:0:0:6:0:2,0:1,13:0:0 chr1 47905801 . T C 41.38 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=38;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0383888;FXX=0;HRUN=23;LEN=1;MLLD=153.942;QD=3.76197;RBI=0.0414503;REFB=0.001126;REVB=-0.0156341;RO=32;SAF=0;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599714;STB=0.631227;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00217418;OID=.;OPOS=47905801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:44:32:36:5:8:0.181818:5:0:12:20:6:2:14:22 chr1 47905802 . T C 52.68 PASS AF=0.219512;AO=7;DP=37;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0357177;FXX=0.0238039;HRUN=23;LEN=1;MLLD=136.346;QD=5.13978;RBI=0.0364798;REFB=-0.00569868;REVB=-0.0074177;RO=29;SAF=0;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.666661;STB=0.644386;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0106549;OID=.;OPOS=47905802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:41:29:32:7:9:0.219512:7:0:10:19:7:2:12:20 chr1 47905803 . T C 33.32 PASS AF=0.170732;AO=4;DP=39;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0450483;FXX=0.0465008;HRUN=23;LEN=1;MLLD=139.331;QD=3.2512;RBI=0.0456683;REFB=-0.00210839;REVB=-0.00749932;RO=32;SAF=0;SAR=4;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506075;STB=0.521678;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00694472;OID=.;OPOS=47905803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:41:32:34:4:7:0.170732:4:0:7:25:5:2:9:25 chr1 47906338 . G A 3667.45 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.157;QD=63.2319;RBI=0.0250809;REFB=0;REVB=0.0145578;RO=0;SAF=132;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29621e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:232:0:0:229:232:1:97:132:0:0:99:133:0:0 chr1 48460189 . G A 507.01 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0440082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.841;QD=23.046;RBI=0.0440101;REFB=-0.0315071;REVB=0.000413005;RO=40;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491035;STB=0.527016;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0192941;OID=.;OPOS=48460189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:28:20:19:21:28:20:19:21 chr1 48697733 . T G 1838.94 PASS AF=0.96875;AO=123;DP=128;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00227218;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.416;QD=57.4668;RBI=0.0232954;REFB=-0.119415;REVB=0.0231843;RO=5;SAF=69;SAR=54;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293761;STB=0.506134;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000343681;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:128:128:5:4:123:124:0.96875:54:69:3:2:55:69:3:1 chr1 48713394 . C T 765.84 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00108521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.082;QD=51.9211;RBI=0.0189725;REFB=-0.0613284;REVB=0.0189414;RO=3;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272965;STB=0.514497;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00309761;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:59:3:3:56:56:0.949153:22:34:1:2:22:34:1:2 chr1 48764419 . C T 444.72 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=0.0340176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.079;QD=20.447;RBI=0.034612;REFB=-0.000801369;REVB=0.00638744;RO=43;SAF=12;SAR=32;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742669;STB=0.540966;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00100964;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:32:12:9:34:32:12:9:34 chr1 49113247 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0129801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.514;QD=12.4555;RBI=0.0217389;REFB=-0.0138328;REVB=-0.0174383;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231922;STB=0.632573;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0194922;OID=.;OPOS=49113247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:10:11:25:9:10:11:25:9 chr1 49113319 . T C 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0379536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.237;QD=21.1294;RBI=0.0381661;REFB=-0.0181387;REVB=-0.00402208;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141499;STB=0.579545;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0179775;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:12:9:13:9:12:9 chr1 50461065 . C T 268.18 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0228169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.78;QD=14.1147;RBI=0.0826668;REFB=-0.0127059;REVB=-0.0794556;RO=43;SAF=21;SAR=10;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052208;STB=0.507807;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0231302;OID=.;OPOS=50461065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:45:31:31:0.407895:10:21:31:12:10:21:31:14 chr1 50461279 . T C 490.98 PASS AF=0.5;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00467169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.91;QD=19.254;RBI=0.00514908;REFB=-0.010254;REVB=-0.00216526;RO=50;SAF=28;SAR=23;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814543;STB=0.509876;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0093369;OID=.;OPOS=50461279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:50:51:51:51:0.5:23:28:27:23:23:28:27:24 chr1 50461595 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0146349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.733;QD=16.029;RBI=0.0384377;REFB=-0.0107136;REVB=0.0355426;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146645;STB=0.508299;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0141627;OID=.;OPOS=50461595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:20:10:8:17:20:10 chr1 50461769 . A G 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00150417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.65;QD=12.2755;RBI=0.0346063;REFB=-0.00221806;REVB=0.0345736;RO=31;SAF=3;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452144;STB=0.777425;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0117393;OID=.;OPOS=50461769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:14:3:17:14:14:3:18:14 chr1 50661411 . C T 933.07 PASS AF=0.985714;AO=64;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.193142;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.301;QD=53.3182;RBI=0.19482;REFB=-0.0123331;REVB=0.0255175;RO=4;SAF=9;SAR=55;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125705;STB=0.504423;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000891408;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:70:4:1:64:69:0.985714:55:9:3:1:56:13:0:1 chr1 50666515 . C T 364.6 PASS AF=0.351145;AO=44;DP=125;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0225385;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.487;QD=11.1328;RBI=0.0279338;REFB=-0.0156161;REVB=-0.0165019;RO=81;SAF=28;SAR=16;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164567;STB=0.575439;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0232181;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:81:85:44:46:0.351145:16:28:40:41:18:28:42:43 chr1 51439777 . C T 696.14 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0897293;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0823;QD=23.2046;RBI=0.0902032;REFB=-0.0156804;REVB=0.00923412;RO=51;SAF=27;SAR=40;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720841;STB=0.505544;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0123994;OID=.;OPOS=51439777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:51:53:67:67:0.558333:40:27:21:30:40:27:22:31 chr1 51753722 . G A 747.43 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8329;QD=54.3587;RBI=0.0305521;REFB=-0.0925111;REVB=-0.0152435;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.507934;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0104967;OID=.;OPOS=51753722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:53:54:0.981818:22:31:0:0:23:31:1:0 chr1 51873951 . G A 2018.21 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02019;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.809;QD=62.5803;RBI=0.0203004;REFB=0;REVB=-0.00211428;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09177e-06;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:129:129:1:71:58:0:0:71:58:0:0 chr1 52264064 . A G 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0378791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7599;QD=16.7838;RBI=0.0459589;REFB=0.00173509;REVB=0.0260267;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259938;STB=0.644891;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00229472;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:14:15:8:25:14:15:8:25 chr1 52266242 . G A 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.000340793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.235;QD=16.2647;RBI=0.0241602;REFB=-0.0117753;REVB=-0.0241578;RO=44;SAF=6;SAR=29;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312021;STB=0.678246;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0155375;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:29:6:18:26:29:6:18:26 chr1 52266350 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0339567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.084;QD=18.9995;RBI=0.0346865;REFB=0.00506205;REVB=0.00707796;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118511;STB=0.566855;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0272757;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:4:13:11:6:4:13 chr1 52290984 . T G 366.41 PASS AF=0.415842;AO=39;DP=98;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0562211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8833;QD=14.5114;RBI=0.0669651;REFB=-0.00414495;REVB=0.0363801;RO=59;SAF=25;SAR=14;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248498;STB=0.65326;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0106177;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:59:59:39:42:0.415842:14:25:24:35:14:28:24:35 chr1 52306063 . ATCTTCTTCTTCT ATCTTCTTCT,ATCTTCTTCTTCC 281.9 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=19,3;DP=22;FAO=19,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.094657,0.0918074;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=146.729,50.713;QD=51.2544;RBI=0.114522,0.0932008;REFB=0,0;REVB=0.0644618,0.0160562;RO=0;SAF=7,1;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0102596,-0.00932069;OID=.,.;OPOS=52306064,52306075;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATCTTCTTCT,ATCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.863636,0.136364:19,3:22:19,3:22:0:7,1:12,2:0:0:14:0:7,1:12,2:0:0 chr1 52439128 . G GT 1930.6 PASS AF=0.984496;AO=119;DP=130;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0354002;FXX=0.00769172;HRUN=0;LEN=1;MLLD=199.797;QD=59.8635;RBI=0.0359687;REFB=-0.0552507;REVB=-0.00636994;RO=9;SAF=73;SAR=46;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235923;STB=0.501586;STBP=0.856;TYPE=ins;VARB=0.00104459;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984496:119:130:127:129:2:76:51:1:1:3:9:73:46:4:5 chr1 52903935 . CA AT 72.28 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.111768;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.015;QD=4.13056;RBI=0.113196;REFB=-0.000463547;REVB=-0.0179231;RO=50;SAF=9;SAR=1;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.704596;STB=0.940663;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.0315664;OID=.;OPOS=52903935;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:50:54:10:10:0.142857:1:9:12:38:1:9:14:40 chr1 52991638 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0408128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7676;QD=18.3446;RBI=0.0461006;REFB=-0.00971541;REVB=-0.021438;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221949;STB=0.642682;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0195894;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:12:5:9:8:12:5:10:8 chr1 53072454 . T C 792.09 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0381944;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.122;QD=53.701;RBI=0.0383057;REFB=-0.0811051;REVB=-0.00291696;RO=2;SAF=26;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349001;STB=0.518512;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00019639;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:57:57:0.966102:31:26:2:0:31:26:2:0 chr1 53153432 . T C 466.29 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00983597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.329;QD=19.6333;RBI=0.0142823;REFB=-0.00134922;REVB=0.0103555;RO=49;SAF=26;SAR=20;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145237;STB=0.58064;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00176528;OID=.;OPOS=53153432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:20:26:20:29:20:26:20:29 chr1 53236718 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA 56.03 PASS AF=0,0.393939;AO=7,13;DP=33;FAO=0,13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=0,4;FSAR=0,9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0284864,-0.0736521;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=186.211,10.2825;QD=6.79095;RBI=0.0637199,0.0768096;REFB=0.00262091,-0.128326;REVB=-0.0569978,0.0217967;RO=13;SAF=6,5;SAR=1,8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.157892,-0.325318;STB=0.5,0.797085;STBP=1,0.024;TYPE=del,del;VARB=0,0.146662;OID=.,.;OPOS=53236723,53236719;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.393939:7,13:33:0,13:33:20:0,4:0,9:17:3:57:13:6,5:1,8:10:3 chr1 53250650 . G A 423.58 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00304927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8362;QD=16.1363;RBI=0.0640401;REFB=-0.00594956;REVB=0.0639675;RO=56;SAF=20;SAR=27;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124819;STB=0.579084;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0160296;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:58:47:47:0.447619:27:20:31:25:27:20:33:25 chr1 53320274 . G T 403.63 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=0.0248068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.723;QD=14.9493;RBI=0.0248126;REFB=0.00212238;REVB=0.000539675;RO=62;SAF=22;SAR=24;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252046;STB=0.64058;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00174352;OID=.;OPOS=53320274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:24:22:45:17:24:22:45:17 chr1 53380922 . T G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00467185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.038;QD=22.5345;RBI=0.0140351;REFB=-0.00117974;REVB=0.0132347;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241807;STB=0.63512;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0011843;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:4:11:8:11:4:11 chr1 53535478 . G A 265.22 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0139638;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.398;QD=15.6012;RBI=0.0379298;REFB=-0.0060199;REVB=0.0352659;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000918638;STB=0.510841;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00717396;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:38:29:30:0.441176:16:13:17:21:16:14:17:21 chr1 53537266 . G A 158.78 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0145654;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6823;QD=8.24846;RBI=0.0255146;REFB=-0.0146837;REVB=0.0209487;RO=55;SAF=18;SAR=4;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234237;STB=0.642711;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0496795;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:55:55:22:22:0.285714:4:18:37:18:4:18:37:18 chr1 53544439 . G A 1423.86 PASS AF=0.98913;AO=69;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0457775;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.96;QD=61.9071;RBI=0.0518828;REFB=-0.0596403;REVB=0.0244183;RO=1;SAF=23;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201069;STB=0.505881;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000439543;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:69:91:0.98913:46:23:1:0:49:42:1:0 chr1 53544513 . C T 1152.74 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.091227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9168;QD=56.9252;RBI=0.103204;REFB=-0.129604;REVB=0.0482569;RO=1;SAF=33;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014127;STB=0.503407;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00418787;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:1:3:78:78:0.962963:45:33:1:0:45:33:1:2 chr1 53544597 . T C 1079.27 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.961;QD=59.1379;RBI=0.034802;REFB=0;REVB=0.0341551;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151246;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:29:42:0:0:29:44:0:0 chr1 53553702 . A G 1230.55 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4676;QD=60.768;RBI=0.0322046;REFB=0;REVB=-0.0146978;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153448;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr1 53553754 . T C 821.92 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.632;QD=55.7236;RBI=0.0630552;REFB=0;REVB=-0.00479308;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915902;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:56:59:1:21:35:0:0:21:38:0:0 chr1 53555783 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.247;QD=44.6898;RBI=0.0156355;REFB=0;REVB=0.00392109;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105849;OID=.;OPOS=53555783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr1 53558270 . A G 1341.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569878;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3429;QD=62.3988;RBI=0.0804081;REFB=0;REVB=0.0567262;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8312e-05;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:87:86:1:46:41:0:0:45:41:0:0 chr1 53600078 . A G 401.9 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0241682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.9;QD=21.7241;RBI=0.0379749;REFB=0.00266296;REVB=-0.0292915;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100945;STB=0.54052;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00359096;OID=.;OPOS=53600078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:34:40:40:0.540541:20:20:12:20:20:20:14:20 chr1 53676448 . G A 185.92 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0039624;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.379;QD=18.1383;RBI=0.00912877;REFB=-0.0163563;REVB=-0.00822398;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287215;STB=0.664621;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.015546;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:12:10:14:5:12:10 chr1 53684525 . C G 91.17 PASS AF=0.255319;AO=11;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0109215;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.99;QD=7.75924;RBI=0.0176097;REFB=-0.00685431;REVB=0.0138138;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186484;STB=0.638085;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0192099;OID=.;OPOS=53684525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:47:31:35:11:12:0.255319:6:5:19:12:6:6:24:11 chr1 53716416 . G A 626.83 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00615969;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.881;QD=23.4329;RBI=0.00831974;REFB=-0.0483091;REVB=0.00559252;RO=44;SAF=40;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161327;STB=0.598693;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.029503;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:44:46:61:61:0.570093:21:40:20:24:21:40:20:26 chr1 53732315 . G T 427.7 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.010561;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.939;QD=12.6725;RBI=0.0153063;REFB=-0.00911687;REVB=0.0110792;RO=85;SAF=20;SAR=30;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079714;STB=0.545436;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.013003;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:85:85:50:50:0.37037:30:20:40:45:30:20:40:45 chr1 53792651 . A C 398.32 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0656115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1793;QD=13.0595;RBI=0.0666493;REFB=-0.00984918;REVB=-0.0117157;RO=74;SAF=23;SAR=24;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113397;STB=0.559669;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0093428;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:75:47:47:0.385246:24:23:44:30:24:23:44:31 chr1 53995515 . G A 793.86 PASS AF=0.621053;AO=54;DP=94;FAO=59;FDP=95;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0757905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9458;QD=33.4256;RBI=0.117631;REFB=0.00300687;REVB=0.0899607;RO=10;SAF=29;SAR=25;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048115;STB=0.598463;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0179398;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:10:24:54:59:0.621053:25:29:7:3:27:32:21:3 chr1 54605319 . G GC 448.46 PASS AF=0.865385;AO=26;DP=53;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00743321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.674;QD=34.4968;RBI=0.0446748;REFB=-0.0171535;REVB=-0.0440521;RO=25;SAF=23;SAR=3;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213611;STB=0.503267;STBP=0.931;TYPE=ins;VARB=0.00353688;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.865385:26:53:45:52:7:38:7:6:1:20:25:23:3:19:6 chr1 54605320 . G C 119.44 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=5;FWDB=-0.0173548;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=163.713;QD=8.84706;RBI=0.0410067;REFB=0.00436208;REVB=0.0371533;RO=37;SAF=12;SAR=4;SRF=33;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262843;STB=0.62487;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00255748;OID=.;OPOS=54605320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:38:16:16:0.296296:4:12:33:4:4:12:33:5 chr1 54606804 . C G,T 606.12 PASS AF=0.025,0.975;AO=2,38;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587255,0.00370873;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.9192,237.951;QD=60.6118;RBI=0.0530829,0.0486385;REFB=0,0;REVB=-0.0527571,0.0484969;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129724,5.26675e-05;OID=.,.;OPOS=54606804,54606804;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:40:0:0:2,38:1,39:0.025,0.975:1,15:1,23:0:0:0,16:1,23:0:0 chr1 54607051 . A G 375.38 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.466;QD=55.6123;RBI=0.0274817;REFB=0;REVB=0.022635;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58568e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:16:9:0:0:16:11:0:0 chr1 54637167 . T C,G 695.44 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=42,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012622,-0.116086;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=99.3663,15.694;QD=61.8165;RBI=0.0148997,0.161906;REFB=0,0;REVB=-0.00791747,-0.112862;RO=0;SAF=24,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.94997e-05,0.0707569;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:42,2:43,2:0.955556,0.0444444:18,2:24,0:0:0:18,2:25,0:0:0 chr1 54637417 . G A 1525.65 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.963;QD=59.8294;RBI=0.0421021;REFB=0;REVB=0.0362071;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46122e-05;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:41:61:0:0:41:61:0:0 chr1 54637697 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.012;QD=61.8521;RBI=0.0320183;REFB=0;REVB=0.0164988;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64742e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:40:43:0:0 chr1 54637915 . C T 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6242;QD=47.801;RBI=0.0596671;REFB=0;REVB=0.00545787;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020844;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 54683856 . C G 1181.19 PASS AF=0.987805;AO=74;DP=75;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0699125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7316;QD=57.619;RBI=0.0990626;REFB=-0.143787;REVB=0.070183;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0108861;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:82:0:1:74:81:0.987805:39:35:0:0:43:38:0:1 chr1 54683925 . G A 1193.65 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272317;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.218;QD=61.2129;RBI=0.0498918;REFB=0;REVB=0.0498174;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143207;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr1 54686374 . T C 824.94 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0601179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1896;QD=54.0941;RBI=0.0652809;REFB=0.0753556;REVB=-0.0254446;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349148;STB=0.518512;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0261747;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:26:33:0:2:26:33:0:2 chr1 54686464 . C T 837.15 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151475;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6104;QD=57.7347;RBI=0.0209984;REFB=0;REVB=0.0145426;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178469;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr1 54690867 . G A 258.51 PASS AF=0.372093;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00469553;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.026;QD=12.0238;RBI=0.0245673;REFB=-0.0076656;REVB=-0.0241144;RO=53;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842055;STB=0.542789;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0107624;OID=.;OPOS=54690867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:53:54:31:32:0.372093:14:17:25:28:15:17:25:29 chr1 54690954 . T C 232.67 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0324458;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1158;QD=23.2667;RBI=0.0360761;REFB=-0.0916429;REVB=-0.0157719;RO=17;SAF=3;SAR=19;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212545;STB=0.612786;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0462402;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:22:22:0.55:19:3:5:12:19:3:5:13 chr1 54704510 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.158;QD=33.4285;RBI=0.0212785;REFB=0;REVB=0.00708891;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027248;OID=.;OPOS=54704510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 54704567 . A G 100.41 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4353;QD=40.1653;RBI=0.0247693;REFB=0;REVB=0.00426293;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00727667;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:8:1:0:0:9:1:0:0 chr1 54704629 . C T 301.39 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0135372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.93;QD=25.1161;RBI=0.0430176;REFB=-0.00224592;REVB=-0.0408321;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021696;STB=0.51203;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00141498;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:16:11:8:13:16:11:8:13 chr1 55060251 . C T 435.97 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00413944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.781;QD=15.4324;RBI=0.00871154;REFB=-0.0205544;REVB=0.00766525;RO=64;SAF=34;SAR=15;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614622;STB=0.534533;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0319676;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:15:34:41:23:15:34:41:23 chr1 55064980 . G A 435.77 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0115213;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1802;QD=20.7511;RBI=0.0357858;REFB=-0.0189813;REVB=0.0338804;RO=40;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052202;STB=0.534867;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0227192;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:41:43:43:0.511905:23:20:21:19:23:20:22:19 chr1 55073719 . G A 159.69 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00180724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.574;QD=11.6139;RBI=0.0264993;REFB=-0.00985096;REVB=0.0264376;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328041;STB=0.519065;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0156792;OID=.;OPOS=55073719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:13:22:12:8:13:22 chr1 55075062 . C T 229.63 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0179402;FXX=0.059988;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.3919;QD=19.5428;RBI=0.0190386;REFB=-0.00397763;REVB=0.00637316;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106569;STB=0.555934;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00558304;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:25:21:22:0.468085:12:9:13:11:12:10:14:11 chr1 55075122 . C G 406.82 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00832634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1187;QD=22.9194;RBI=0.0448982;REFB=-0.00316007;REVB=-0.0441194;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286266;STB=0.510242;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00146396;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:39:40:0.56338:19:20:17:14:19:21:17:14 chr1 55076197 . C T 494.3 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0160785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.225;QD=16.2064;RBI=0.0172451;REFB=-0.00598064;REVB=0.00623513;RO=68;SAF=23;SAR=31;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132539;STB=0.574047;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00702088;OID=.;OPOS=55076197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:31:23:38:30:31:23:38:30 chr1 55118566 . C G 1160.56 PASS AF=1;AO=61;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.915;QD=60.2891;RBI=0.0653607;REFB=0;REVB=0.0495829;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204674;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:61:77:1:35:26:0:0:41:36:0:0 chr1 55118837 . AC CA,CC 33.1 PASS AF=0,0.285714;AO=3,3;DP=21;FAO=0,6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=0,3;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00514379,0.000565227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=87.7478,232.097;QD=6.30449;RBI=0.00676337,0.0249567;REFB=-0.0249906,-0.00303489;REVB=0.00439143,0.0249503;RO=13;SAF=0,3;SAR=3,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.64472,0.620235;STB=0.5,0.571195;STBP=1,0.693;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0356665;OID=.,.;OPOS=55118837,55118837;OREF=AC,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:21:21:13:15:3,3:0,6:0,0.285714:3,0:0,3:7:6:0,3:0,3:9:6 chr1 55119144 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.849;QD=63.5824;RBI=0.024544;REFB=0;REVB=0.019982;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111579;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 55119289 . G C 583.67 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3898;QD=59.8631;RBI=0.060672;REFB=0;REVB=0.0606633;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110888;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:8:30:0:0:8:31:0:0 chr1 55119545 . GA CG,G,GG 1319.31 PASS AF=0,0.117647,0.882353;AO=5,14,60;DP=81;FAO=0,10,75;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,35;FSAR=0,0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791444,0.0932325,0.0964625;FXX=0.0229859;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=113.827,166.59,179.618;QD=62.085;RBI=0.079239,0.0932804,0.0968214;REFB=0,0,0;REVB=0.00386969,-0.00298839,0.00832855;RO=1;SAF=5,8,26;SAR=0,6,34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0534678,-0.0178047;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0235649,0.00560565;OID=.,.,.;OPOS=55119545,55119546,55119546;OREF=GA,A,A;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:29:81:85:1:0:5,14,60:0,10,75:0,0.117647,0.882353:0,6,34:5,8,26:1:0:0,0,40:0,10,35:0:0 chr1 55136529 . T C 626.27 PASS AF=0.405714;AO=71;DP=175;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.0200482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1987;QD=14.3148;RBI=0.02905;REFB=-0.0184565;REVB=0.0210232;RO=104;SAF=38;SAR=33;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963872;STB=0.554019;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0254133;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:104:104:71:71:0.405714:33:38:65:39:33:38:65:39 chr1 55139741 . A G 1859.3 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.931;QD=61.4646;RBI=0.0106693;REFB=0;REVB=0.0105971;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91593e-06;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:59:61:0:0:59:62:0:0 chr1 55167773 . T A 2289.06 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144332;FXX=0.0259723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5427;QD=61.0417;RBI=0.0625665;REFB=0;REVB=0.060879;RO=0;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150995;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:147:150:1:77:70:0:0:80:70:0:0 chr1 55182300 . T A 1570.38 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.32047e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3652;QD=59.8241;RBI=0.0278038;REFB=0;REVB=0.0278037;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130362;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:42:62:0:0:43:62:0:0 chr1 55248120 . T C 214.65 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0208119;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.217;QD=17.172;RBI=0.0211689;REFB=0.0094148;REVB=0.00387154;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589451;STB=0.533305;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00886113;OID=.;OPOS=55248120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:9:14:18:9:9:14:18:9 chr1 55251689 . T C 1495.06 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153714;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.226;QD=63.6197;RBI=0.0485585;REFB=0;REVB=0.0460614;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92527e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr1 55266797 . G C 694.74 PASS AF=0.591837;AO=49;DP=95;FAO=58;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0098883;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.7358;QD=28.3569;RBI=0.116098;REFB=-0.0850054;REVB=0.115676;RO=28;SAF=28;SAR=21;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212483;STB=0.573109;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0358912;OID=.;OPOS=55266797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:28:34:49:58:0.591837:21:28:7:21:26:32:12:22 chr1 55273580 . G T 457.87 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00920692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.33;QD=26.1637;RBI=0.0207594;REFB=0.0103485;REVB=-0.0186061;RO=27;SAF=32;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159139;STB=0.587347;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00453604;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:11:32:15:12:11:32:15:12 chr1 55277599 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3797;QD=63.8684;RBI=0.129989;REFB=0;REVB=-0.125713;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145863;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr1 55307501 . A G 211.32 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.016829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4129;QD=16.5744;RBI=0.0250986;REFB=0.0201855;REVB=-0.0186205;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222721;STB=0.634113;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0256749;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:7:15:13:15:7:16:13:15 chr1 55319902 . A G 500.68 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0192947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.265;QD=24.4233;RBI=0.0198374;REFB=-0.0181875;REVB=0.00460872;RO=35;SAF=30;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231444;STB=0.626905;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00703113;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:17:30:12:23:17:30:12:23 chr1 55446697 . G A 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0129492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.613;QD=19.7363;RBI=0.0218254;REFB=-0.0417944;REVB=0.0175689;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012855;STB=0.506326;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0396535;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:37:38:38:0.506667:20:18:17:19:20:18:18:19 chr1 55457710 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.205;QD=59.9376;RBI=0.0317486;REFB=0;REVB=0.00443798;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02635e-05;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr1 55505552 . A ACTG,G 88.11 PASS AF=0.236364,0;AO=13,3;DP=73;FAO=13,0;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=4,0;FSAR=9,0;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0144887,-0.0502827;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=147.972,48.155;QD=6.40794;RBI=0.0173355,0.189354;REFB=-0.0400154,-0.0505168;REVB=-0.00951829,-0.182556;RO=56;SAF=4,0;SAR=9,3;SRF=34;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.362979,-0.504016;STB=0.729391,0.5;STBP=0.092,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.131343,0;OID=.,.;OPOS=55505553,55505552;OREF=-,A;OALT=CTG,G;OMAPALT=ACTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:73:55:56:42:13,3:13,0:0.236364,0:9,3:4,0:34:22:9,0:4,0:26:16 chr1 55505576 . C G 37.48 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0533843;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.071;QD=2.23753;RBI=0.0949149;REFB=-0.00591143;REVB=-0.0784789;RO=56;SAF=1;SAR=7;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499062;STB=0.856767;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.16501;OID=.;OPOS=55505576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:65:67:56:59:8:8:0.119403:7:1:30:26:7:1:30:29 chr1 55505587 . CGG CGC,CG 168.23 PASS AF=0.2,0.25;AO=10,13;DP=61;FAO=12,15;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=0,4;FSAR=12,11;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.070031,-0.0567396;FXX=0.0163908;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=196.039,15.3706;QD=11.2151;RBI=0.0831043,0.0873336;REFB=0.00558666,-0.0434706;REVB=-0.0447437,-0.066391;RO=30;SAF=0,5;SAR=10,8;SRF=25;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.364706;SSSB=-0.836361,-0.493182;STB=0.999333,0.833382;STBP=0,0.011;TYPE=snp,del;VARB=0.0661654,-0.106737;OID=.,.;OPOS=55505589,55505588;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.2,0.25:10,13:61:12,15:60:33:0,4:12,11:27:6:75:30:0,5:10,8:25:5 chr1 55505668 . C T 297.36 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0448646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.987;QD=24.7796;RBI=0.0449345;REFB=-0.0157161;REVB=0.00250538;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138476;STB=0.575981;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0121308;OID=.;OPOS=55505668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:20:21:26:27:0.5625:11:15:8:12:12:15:8:13 chr1 55518467 . A G 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0443135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.725;QD=13.6276;RBI=0.0455923;REFB=-0.00649913;REVB=-0.0107224;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213273;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00449473;OID=.;OPOS=55518467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:9:8:8:0.470588:4:4:2:6:4:4:2:7 chr1 55523033 . A G 1902.34 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0131894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4951;QD=59.9161;RBI=0.0318921;REFB=-0.0472467;REVB=-0.029037;RO=1;SAF=71;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664556;STB=0.501091;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0028843;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:1:2:125:125:0.984252:54:71:1:0:54:71:1:1 chr1 55524197 . A G 1513.4 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.976;QD=59.9367;RBI=0.016712;REFB=0;REVB=-0.0164488;RO=0;SAF=67;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54949e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:32:67:0:0:32:69:0:0 chr1 55524223 . G A 532.35 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.0160923;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.099;QD=16.636;RBI=0.019734;REFB=-0.00256002;REVB=0.0114223;RO=68;SAF=43;SAR=14;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178042;STB=0.591378;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00335864;OID=.;OPOS=55524223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:68:71:57:57:0.445312:14:43:41:27:14:43:44:27 chr1 55524237 . G A 2163.84 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021126;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.576;QD=63.1779;RBI=0.0407712;REFB=0;REVB=0.0407164;RO=0;SAF=92;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32346e-05;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:45:92:0:0:45:92:0:0 chr1 55529187 . G A 1565.08 PASS AF=0.939655;AO=109;DP=118;FAO=109;FDP=116;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0429733;FXX=0.0169477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.741;QD=53.9682;RBI=0.0450924;REFB=-0.0084711;REVB=0.0136609;RO=6;SAF=52;SAR=57;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187677;STB=0.514324;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000326167;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:118:116:6:7:109:109:0.939655:57:52:4:2:57:52:5:2 chr1 55530502 . AAAAAC AA,A 158.36 PASS AF=0.385714,0;AO=15,12;DP=69;FAO=27,0;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15,0;FSAR=12,0;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00142445,-0.0279691;FXX=0.0410903;HRUN=5,5;LEN=4,5;MLLD=140.3,138.012;QD=9.04905;RBI=0.00142883,0.0279775;REFB=-0.00583949,-0.00270753;REVB=0.000111772,-0.000686779;RO=20;SAF=4,11;SAR=11,1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.461365,0.351471;STB=0.545421,0.5;STBP=0.606,1;TYPE=del,del;VARB=0.00941417,0;OID=.,.;OPOS=55530504,55530503;OREF=AAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385714,0:15,12:69:27,0:70:43:15,0:12,0:27:16:99:20:4,11:11,1:15:5 chr1 55533811 . T C 270.96 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00185431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.622;QD=23.5618;RBI=0.00717569;REFB=-0.0304201;REVB=0.00693196;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815517;STB=0.537543;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0297275;OID=.;OPOS=55533811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:15:9:6:15:16:9:6:15 chr1 55541174 . A G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00829315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.422;QD=12.724;RBI=0.017572;REFB=0.0148462;REVB=0.0154919;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3721;STB=0.703956;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0138463;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:8:15:10:25:8:15:11:25 chr1 55638075 . G A 2133.48 PASS AF=0.992754;AO=133;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.174;QD=61.8401;RBI=0.0350653;REFB=-0.0955222;REVB=-0.0332524;RO=0;SAF=80;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000283374;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:133:137:0.992754:53:80:0:0:54:83:1:0 chr1 55691384 . T C 297.39 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0268254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.319;QD=18.3011;RBI=0.0292016;REFB=-0.0110184;REVB=-0.0115382;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140168;STB=0.584475;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0131847;OID=.;OPOS=55691384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:16:15:21:12:17:15:21:12 chr1 55839117 . G T 401.27 PASS AF=0.44;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00320656;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.167;QD=16.0509;RBI=0.0211454;REFB=-0.0117213;REVB=0.0209008;RO=55;SAF=32;SAR=12;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146308;STB=0.589431;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0140853;OID=.;OPOS=55839117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:56:44:44:0.44:12:32:33:22:12:32:33:23 chr1 55864258 . C T 1289.81 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298432;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0811;QD=62.1593;RBI=0.0160376;REFB=0;REVB=-0.0157575;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62996e-05;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr1 56197457 . G A 518.88 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0060741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6915;QD=28.4319;RBI=0.0184505;REFB=-0.00771664;REVB=0.017422;RO=25;SAF=27;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00943916;STB=0.513059;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00614575;OID=.;OPOS=56197457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:26:47:47:0.643836:20:27:14:11:20:27:14:12 chr1 56961955 . T C 388.76 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00857345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.461;QD=16.3687;RBI=0.00861548;REFB=0.000117638;REVB=0.000849932;RO=54;SAF=16;SAR=24;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847694;STB=0.553188;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-9.91171e-05;OID=.;OPOS=56961955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:40:41:0.431579:24:16:26:28:25:16:26:28 chr1 57002627 . C T 598.4 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0041867;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.051;QD=21.1824;RBI=0.00464295;REFB=0.00568095;REVB=0.00200712;RO=53;SAF=38;SAR=22;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189159;STB=0.604044;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00405106;OID=.;OPOS=57002627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:53:53:60:60:0.530973:22:38:22:31:22:38:22:31 chr1 57158051 . G A 538.25 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.0148157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.431;QD=19.2233;RBI=0.0219863;REFB=-0.00799776;REVB=0.0162447;RO=56;SAF=28;SAR=28;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211087;STB=0.616032;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0101408;OID=.;OPOS=57158051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:28:28:15:41:28:28:15:41 chr1 57180867 . A G 1438.4 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.041494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.451;QD=61.8668;RBI=0.0456426;REFB=-0.00696015;REVB=0.019013;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108971;STB=0.505746;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000135252;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:43:49:0:1:43:49:0:1 chr1 57209695 . T C 1455.53 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3914;QD=61.9375;RBI=0.0285426;REFB=-0.0522388;REVB=0.00601587;RO=1;SAF=39;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012001;STB=0.506328;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00200586;OID=.;OPOS=57209695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:54:39:1:0:54:39:1:0 chr1 57221553 . GA G,GT,TG 906.66 PASS AF=1,0,0;AO=9,3,51;DP=67;FAO=67,0,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0,0;FSAR=35,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00039297,-0.0124523,-0.0149521;FXX=0.0147037;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,2;MLLD=22.0821,16.1719,7.91979;QD=54.1288;RBI=0.142032,0.102197,0.0648412;REFB=0,0,0;REVB=-0.142031,-0.101435,-0.0630938;RO=1;SAF=6,0,25;SAR=3,3,26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0684198,-0.727144,-0.0184631;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00177673,0,0;OID=.,.,.;OPOS=57221554,57221554,57221553;OREF=A,A,GA;OALT=-,T,TG;OMAPALT=G,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:9,3,51:67,0,0:1,0,0:3,3,26:6,0,25:1:0:35,0,0:32,0,0:0:0 chr1 57422484 . C T 1989.65 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000564254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.097;QD=62.1766;RBI=0.0123184;REFB=0;REVB=0.0123055;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28867e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:64:64:0:0:64:64:0:0 chr1 58939634 . G A 706.67 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=-0.00928993;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.763;QD=16.726;RBI=0.0228328;REFB=-0.000391444;REVB=0.0208575;RO=93;SAF=33;SAR=43;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165247;STB=0.59175;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000481246;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:93:93:76:76:0.449704:43:33:56:37:43:33:56:37 chr1 59127086 . G A 310.3 PASS AF=0.459459;AO=31;DP=71;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00521972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.322;QD=16.7728;RBI=0.0143269;REFB=-0.00968939;REVB=0.0133422;RO=40;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064906;STB=0.555522;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0104631;OID=.;OPOS=59127086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:40:40:31:34:0.459459:19:12:18:22:22:12:18:22 chr1 59142713 . T C 354.03 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00408795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.7378;QD=13.7486;RBI=0.0311826;REFB=-0.00982974;REVB=0.0309135;RO=58;SAF=21;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590616;STB=0.543669;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0267035;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:58:61:41:42:0.407767:20:21:33:25:21:21:35:26 chr1 59147926 . T C 470.96 PASS AF=0.40458;AO=52;DP=130;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.023708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.508;QD=14.3805;RBI=0.078958;REFB=0.00797327;REVB=0.0753146;RO=74;SAF=36;SAR=16;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252889;STB=0.661439;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00820035;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:74:78:52:53:0.40458:16:36:34:40:16:37:34:44 chr1 59160885 . A G 256.41 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.000597666;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0084;QD=13.4954;RBI=0.0475704;REFB=-0.0102697;REVB=0.0475667;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614589;STB=0.535111;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0409774;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:46:30:30:0.394737:18:12:21:25:18:12:21:25 chr1 59248813 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.278;QD=55.0985;RBI=0.0637952;REFB=0;REVB=0.0626104;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449299;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 59249031 . T G 4626.66 PASS AF=1;AO=278;DP=279;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426777;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.728;QD=63.816;RBI=0.0528906;REFB=0;REVB=0.0312415;RO=0;SAF=150;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42318e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66567e-06;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:279:290:0:0:278:290:1:128:150:0:0:130:160:0:0 chr1 59249347 . G C 5092.54 PASS AF=0.990881;AO=324;DP=327;FAO=326;FDP=329;FR=.;FRO=3;FSAF=172;FSAR=154;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.026262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.803;QD=61.9153;RBI=0.0264183;REFB=-0.169379;REVB=-0.00286876;RO=3;SAF=170;SAR=154;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249112;STB=0.501272;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00016443;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:327:329:3:3:324:326:0.990881:154:170:2:1:154:172:2:1 chr1 59364918 . G A 176.96 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0407835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2314;QD=12.2042;RBI=0.0415787;REFB=-0.0454624;REVB=0.00809275;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133726;STB=0.576856;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0646001;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:12:24:12:10:12:24 chr1 59787350 . T G 472.01 PASS AF=0.49;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00115868;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.302;QD=18.8806;RBI=0.0141564;REFB=-0.00268293;REVB=-0.014109;RO=51;SAF=33;SAR=16;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141892;STB=0.578914;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00261004;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:51:49:49:0.49:16:33:27:24:16:33:27:24 chr1 59844471 . G A 750.14 PASS AF=0.461988;AO=79;DP=173;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0067556;FXX=0.0172404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.86;QD=17.5471;RBI=0.00776945;REFB=0.00153471;REVB=0.00383748;RO=92;SAF=43;SAR=36;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956094;STB=0.55298;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00245881;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:92:92:79:79:0.461988:36:43:41:51:36:43:41:51 chr1 60392236 . G A 368.59 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0180455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.93;QD=19.3993;RBI=0.0216384;REFB=-0.00978348;REVB=-0.0119408;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21417;STB=0.618362;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0119623;OID=.;OPOS=60392236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:19:19:28:10:19:19:28:10 chr1 60466814 . T C 993.1 PASS AF=0.958904;AO=68;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0435283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0169;QD=54.4166;RBI=0.0455062;REFB=-0.108122;REVB=-0.0132705;RO=3;SAF=18;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040317;STB=0.503206;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0039803;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:68:70:0.958904:50:18:2:1:51:19:1:2 chr1 60474375 . C T 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0585639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6872;QD=19.9049;RBI=0.0634444;REFB=0.00479557;REVB=-0.024402;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788707;STB=0.543831;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00876804;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:11:16:15:15:11:16 chr1 60505783 . G C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0129754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3925;QD=15.2675;RBI=0.0129797;REFB=-0.0109809;REVB=0.000337348;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172553;STB=0.598028;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00790063;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:17:9:17:16:17:9:17:16 chr1 60506744 . G A 553.92 PASS AF=0.571429;AO=50;DP=90;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00778681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9758;QD=24.3482;RBI=0.0241656;REFB=-0.0277161;REVB=-0.0228767;RO=40;SAF=39;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251722;STB=0.621068;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.018927;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:39:50:52:0.571429:11:39:21:19:12:40:21:18 chr1 61553934 . T TA 60.02 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0781158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.181;QD=4.28737;RBI=0.102432;REFB=-0.0434945;REVB=0.0662584;RO=39;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208765;STB=0.627044;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=0.0508572;OID=.;OPOS=61553935;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:17:57:18:56:38:5:13:17:21:60:39:5:12:18:21 chr1 61869783 . G A 1712.52 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486609;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5974;QD=60.6202;RBI=0.0502902;REFB=0;REVB=0.0126971;RO=0;SAF=71;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330005;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:41:71:0:0:41:72:0:0 chr1 62232031 . C T 2197.36 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.113;QD=63.2335;RBI=0.0375762;REFB=0;REVB=0.0260208;RO=0;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41485e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:76:63:0:0:76:63:0:0 chr1 62232130 . T C 1568.45 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4324;QD=64.0185;RBI=0.0198094;REFB=0;REVB=0.00338956;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97538e-05;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr1 62318192 . G A 514.9 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.474;QD=58.8459;RBI=0.0571646;REFB=0;REVB=0.000366879;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428727;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr1 62330080 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.247;QD=64.4154;RBI=0.0702103;REFB=0;REVB=0.0326009;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162602;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr1 62456014 . G A 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000989719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.079;QD=13.7268;RBI=0.0154749;REFB=-0.0235853;REVB=-0.0154432;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102778;STB=0.559952;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0324216;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:36:25:25:0.409836:10:15:17:17:10:15:18:18 chr1 62579823 . G A 1664.67 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.388;QD=59.988;RBI=0.114789;REFB=0;REVB=0.114753;RO=1;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629946;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:1:0:106:111:1:41:65:0:1:45:66:0:0 chr1 62579907 . C T 985.57 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288112;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.777;QD=58.8402;RBI=0.0349758;REFB=0;REVB=0.0198297;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44609e-05;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:22:44:0:0:22:45:0:0 chr1 62603421 . C T 2285.64 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.009;QD=63.4899;RBI=0.0199948;REFB=0;REVB=-0.00526265;RO=0;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39045e-06;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:70:74:0:0:70:74:0:0 chr1 62603544 . C T 1520.55 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.111248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7471;QD=61.4364;RBI=0.111553;REFB=-0.0141429;REVB=-0.00824294;RO=1;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106569;STB=0.500945;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000511877;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:44:53:0:1:44:53:1:1 chr1 62644118 . A G 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4923;QD=57.7029;RBI=0.0377932;REFB=0;REVB=0.00847301;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114443;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr1 62672546 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0120083;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.252;QD=22.6785;RBI=0.0148987;REFB=0.0164102;REVB=0.0088188;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721239;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00878636;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:1:4:7:3:1:4 chr1 62673037 . T C 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0132862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.143;QD=16.6184;RBI=0.0138088;REFB=-0.00628383;REVB=-0.00376284;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288886;STB=0.516393;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00842452;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:13:15:13:10:13:15 chr1 62673225 . G A 157.25 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0301359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.098;QD=7.96183;RBI=0.0325914;REFB=0.00373976;REVB=0.0124108;RO=57;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1488;STB=0.588961;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00696901;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:10:12:24:33:10:12:24:33 chr1 62675709 . T C 246.61 PASS AF=0.531915;AO=22;DP=45;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0208314;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7252;QD=20.988;RBI=0.0210627;REFB=-0.0264174;REVB=-0.00311331;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602592;STB=0.530588;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00702594;OID=.;OPOS=62675709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:21:22:22:25:0.531915:10:12:10:11:12:13:10:12 chr1 62675892 . A G 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00728502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1779;QD=20.5997;RBI=0.00728934;REFB=0.00300323;REVB=-0.000250852;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652459;STB=0.536805;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00289867;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:10:9:8:12:10:9 chr1 62676091 . C A 108.85 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0149113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7161;QD=14.5127;RBI=0.0251993;REFB=-0.0214805;REVB=0.0203141;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664552;STB=0.562406;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0355245;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:11:6:6:7:11:6 chr1 62713224 . C G 2225.69 PASS AF=0.95092;AO=152;DP=162;FAO=155;FDP=163;FR=.;FRO=8;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00445931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.541;QD=54.6182;RBI=0.00528974;REFB=-0.0255662;REVB=-0.00284533;RO=10;SAF=66;SAR=86;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280369;STB=0.508845;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00124525;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:162:163:10:8:152:155:0.95092:86:66:2:8:89:66:2:6 chr1 62713246 . G A 601.59 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0161485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3552;QD=15.5248;RBI=0.0230392;REFB=-0.00319795;REVB=0.0164327;RO=88;SAF=28;SAR=39;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265558;STB=0.501483;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00395161;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:88:88:67:67:0.432258:39:28:37:51:39:28:37:51 chr1 62728784 . A G 1320.67 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5089;QD=62.1493;RBI=0.0486509;REFB=0;REVB=-0.0376982;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516389;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr1 62728838 . T C 2061.32 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177469;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0745;QD=61.9945;RBI=0.0428963;REFB=-0.118133;REVB=0.0390531;RO=1;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760456;STB=0.503999;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00056578;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:133:1:1:132:132:0.992481:62:70:0:1:62:70:0:1 chr1 62728861 . T C 2229.99 PASS AF=0.986301;AO=140;DP=143;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00961409;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1976;QD=61.0955;RBI=0.0450328;REFB=-0.0754054;REVB=-0.0439945;RO=2;SAF=70;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500095;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00112234;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:146:2:2:140:144:0.986301:70:70:1:1:73:71:1:1 chr1 62728918 . G A 1967.31 PASS AF=0.984733;AO=127;DP=130;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0178883;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.694;QD=60.0705;RBI=0.0250595;REFB=-0.0963597;REVB=0.0175496;RO=2;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158333;STB=0.508063;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000289782;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:131:2:2:127:129:0.984733:59:68:0:2:61:68:0:2 chr1 62738904 . T C 1915.88 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108898;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.542;QD=61.3082;RBI=0.0534499;REFB=0;REVB=0.0523288;RO=1;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100061;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:1:0:124:125:1:62:62:0:1:63:62:0:0 chr1 62739198 . G A 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6575;QD=62.9785;RBI=0.0881862;REFB=0;REVB=0.0777271;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101617;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr1 62740065 . A G 565.13 PASS AF=1;AO=28;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.22;QD=59.487;RBI=0.0378541;REFB=0;REVB=0.0303293;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6703e-05;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:28:38:1:12:16:0:0:18:20:0:0 chr1 62740446 . T C 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00407787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4114;QD=59.7967;RBI=0.010543;REFB=-0.0986511;REVB=0.00972246;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177216;STB=0.50943;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00234125;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:26:17:0:1:26:17:0:1 chr1 62740449 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.475;QD=62.3498;RBI=0.0385968;REFB=0;REVB=0.00803269;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172515;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 62960101 . A G 206.59 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0139854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0212;QD=13.1166;RBI=0.0188097;REFB=-0.0224784;REVB=0.0125782;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193857;STB=0.599924;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0412353;OID=.;OPOS=62960101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:12:13:26:11:12:13:26:12 chr1 63788872 . CG C 41.27 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0131706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8851;QD=5.89554;RBI=0.0131848;REFB=-0.0409602;REVB=0.000611442;RO=19;SAF=0;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.385417;SSSB=-0.766227;STB=0.88891;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0663539;OID=.;OPOS=63788873;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:28:8:28:20:1:7:14:6:41:19:0:6:13:6 chr1 63881552 . C T 551.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.781;QD=59.6163;RBI=0.0103281;REFB=0;REVB=-0.000614047;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42994e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:10:24:0:0:11:26:0:0 chr1 63991267 . T C 302.36 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00253899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1925;QD=12.2164;RBI=0.0453938;REFB=-0.00490168;REVB=-0.0453228;RO=64;SAF=22;SAR=13;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112814;STB=0.565076;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00923187;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:13:22:34:30:13:22:34:30 chr1 63997633 . A T 746.66 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00779255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.147;QD=20.1801;RBI=0.0232061;REFB=-0.00836926;REVB=-0.0218586;RO=72;SAF=40;SAR=33;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154989;STB=0.587779;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00766759;OID=.;OPOS=63997633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:75:73:73:0.493243:33:40:27:45:33:40:28:47 chr1 63999826 . C T 236.3 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00417912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.36;QD=11.2523;RBI=0.0451178;REFB=-0.01449;REVB=-0.0449238;RO=55;SAF=12;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128622;STB=0.574557;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0289119;OID=.;OPOS=63999826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:17:12:29:26:17:12:29:26 chr1 63999868 . T C 151.78 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00176244;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.873;QD=8.43216;RBI=0.0047707;REFB=-0.00376183;REVB=-0.00443321;RO=51;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398742;STB=0.523787;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00556569;OID=.;OPOS=63999868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:51:51:21:21:0.291667:11:10:26:25:11:10:26:25 chr1 64015217 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5743;QD=62.3507;RBI=0.0387096;REFB=0;REVB=-0.0386645;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283745;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 64021096 . G A 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0364298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0222;QD=16.4507;RBI=0.0385162;REFB=-0.0325697;REVB=-0.0125045;RO=44;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24;STB=0.628501;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.038308;OID=.;OPOS=64021096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:45:36:36:0.444444:14:22:16:28:14:22:17:28 chr1 64038107 . G T 602.96 PASS AF=0.376344;AO=70;DP=186;FAO=70;FDP=186;FR=.;FRO=116;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=-0.00967839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.759;QD=12.9668;RBI=0.0128429;REFB=-0.0128523;REVB=0.00844208;RO=116;SAF=36;SAR=34;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987784;STB=0.555814;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0167457;OID=.;OPOS=64038107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:116:116:70:70:0.376344:34:36:70:46:34:36:70:46 chr1 64114301 . T C 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.01556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.188;QD=21.4298;RBI=0.0163519;REFB=-0.0173053;REVB=0.00502707;RO=28;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176842;STB=0.588967;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00841386;OID=.;OPOS=64114301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:19:16:19:9:19:16:19:10 chr1 64121441 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00952125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.689;QD=10.3792;RBI=0.0100862;REFB=-0.000221299;REVB=-0.00332827;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244812;STB=0.648314;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-5.72828e-06;OID=.;OPOS=64121441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:9:7:6:3:9:7 chr1 64121569 . A C 120.83 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0332217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7341;QD=8.19209;RBI=0.0332444;REFB=-0.0121675;REVB=0.00122915;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344449;STB=0.537804;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.04773;OID=.;OPOS=64121569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:42:17:17:0.288136:9:8:20:20:9:8:22:20 chr1 64121684 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0279198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.138;QD=10.2403;RBI=0.0506452;REFB=-0.013485;REVB=0.0422543;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260924;STB=0.654892;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0284707;OID=.;OPOS=64121684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:14:5:5:5:14:5 chr1 64515379 . C T 331.14 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0217009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4055;QD=18.6559;RBI=0.0813629;REFB=-0.0120131;REVB=0.0784156;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143756;STB=0.578269;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0093922;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:34:35:0.492958:15:19:14:21:15:20:15:21 chr1 64603154 . AG AA,A,GA 59.24 PASS AF=0.06,0.22,0.04;AO=3,7,2;DP=44;FAO=3,11,2;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=0,1,0;FSAR=3,10,2;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0282719,0.165542,0.000470034;FXX=0;HRUN=4,4,2;LEN=1,1,2;MLLD=20.9799,11.4181,172.676;QD=4.73925;RBI=0.0816389,0.171599,0.106477;REFB=-0.0676536,-0.138309,-0.0124943;REVB=0.0765873,-0.0451877,-0.106476;RO=26;SAF=0,1,0;SAR=3,6,2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.564679,-0.464916,-0.476737;STB=0.996416,0.868794,0.994768;STBP=0.075,0.015,0.18;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.128954,0.164146,0.211794;OID=.,.,.;OPOS=64603155,64603155,64603154;OREF=G,G,AG;OALT=A,-,GA;OMAPALT=AA,A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:44:50:26:34:3,7,2:3,11,2:0.06,0.22,0.04:3,6,2:0,1,0:13:13:3,10,2:0,1,0:17:17 chr1 64608329 . G T 564.0 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.99;QD=57.8458;RBI=0.0291914;REFB=-0.14928;REVB=-0.000785872;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00114413;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:38:38:0.974359:24:14:0:0:24:14:0:1 chr1 64624842 . A G 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.396;QD=59.6739;RBI=0.0166725;REFB=0;REVB=0.00143734;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98799e-05;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr1 64643277 . C T 538.88 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00417917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.115;QD=20.5287;RBI=0.0157286;REFB=-0.000690174;REVB=-0.0151632;RO=48;SAF=26;SAR=29;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10155;STB=0.544487;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000688888;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:50:55:55:0.52381:29:26:17:31:29:26:19:31 chr1 65016349 . A T 716.37 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0157656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0031;QD=51.1693;RBI=0.0465441;REFB=-0.0262391;REVB=0.0437927;RO=3;SAF=27;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495172;STB=0.526306;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00562003;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:26:27:3:0:26:27:3:0 chr1 65113530 . T C 873.08 PASS AF=0.421053;AO=96;DP=228;FAO=96;FDP=228;FR=.;FRO=132;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=0.00348737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.898;QD=15.3172;RBI=0.00778844;REFB=0.00358685;REVB=0.00696405;RO=132;SAF=50;SAR=46;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216207;STB=0.512068;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00452745;OID=.;OPOS=65113530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:132:132:96:96:0.421053:46:50:66:66:46:50:66:66 chr1 65113568 . T C 3404.15 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000717488;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3374;QD=62.1763;RBI=0.0212024;REFB=-0.0778963;REVB=0.0211903;RO=1;SAF=103;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190291;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:219:1:0:219:219:1:116:103:1:0:116:103:0:0 chr1 65147002 . C T 544.49 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0114592;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.188;QD=18.4572;RBI=0.0131716;REFB=-0.00394979;REVB=0.00649441;RO=61;SAF=29;SAR=28;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454081;STB=0.525147;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00426918;OID=.;OPOS=65147002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:61:61:57:57:0.483051:28:29:34:27:28:29:34:27 chr1 65158724 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.403;QD=59.8657;RBI=0.00528324;REFB=0;REVB=-0.00500314;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9009e-06;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:46:58:0:0:46:58:0:0 chr1 65311262 . G A 703.39 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00155471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.792;QD=20.9967;RBI=0.00712401;REFB=-0.011413;REVB=0.00695229;RO=64;SAF=49;SAR=20;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160021;STB=0.593192;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.015685;OID=.;OPOS=65311262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:65:69:69:0.514925:20:49:35:29:20:49:35:30 chr1 65523519 . A G 244.8 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00208783;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5794;QD=22.772;RBI=0.0609228;REFB=-0.00888075;REVB=0.060887;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199679;STB=0.504234;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0112904;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:20:23:23:0.534884:14:9:7:11:14:9:8:12 chr1 65614154 . T A 145.03 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00314815;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.648;QD=14.1493;RBI=0.0116911;REFB=-0.0167716;REVB=-0.0112592;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217597;STB=0.526121;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0462676;OID=.;OPOS=65614154;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:25:16:16:0.390244:7:9:13:11:7:9:13:12 chr1 65690461 . G A 1181.0 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.36;QD=60.5639;RBI=0.0153558;REFB=0;REVB=-0.00569423;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128528;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:33:43:0:0:33:45:0:0 chr1 65858151 . C T 1556.29 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00559417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.342;QD=58.728;RBI=0.00684377;REFB=-0.0565292;REVB=0.0039424;RO=1;SAF=63;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111646;STB=0.505881;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00029956;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:42:63:0:1:42:63:0:1 chr1 65860660 . T C 2073.28 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.131;QD=61.8889;RBI=0.0186312;REFB=-0.0482479;REVB=0.00514071;RO=0;SAF=76;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107856;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:133:134:0:0:132:134:1:56:76:0:0:58:76:0:0 chr1 65860687 . A C 1581.94 PASS AF=0.918033;AO=110;DP=120;FAO=112;FDP=122;FR=.;FRO=10;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00744754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6229;QD=51.8668;RBI=0.0226281;REFB=-0.0234128;REVB=0.0213674;RO=10;SAF=55;SAR=55;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630874;STB=0.532781;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0254309;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:120:122:10:10:110:112:0.918033:55:55:9:1:56:56:9:1 chr1 65867519 . G A 1532.43 PASS AF=1;AO=84;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.575;QD=59.5119;RBI=0.0593256;REFB=0;REVB=0.0348058;RO=0;SAF=16;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485475;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:84:103:1:68:16:0:0:76:27:0:0 chr1 65879252 . A G 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7765;QD=64.1473;RBI=0.0880789;REFB=0;REVB=0.000263061;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108926;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 65886398 . T C 1712.71 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.588;QD=60.627;RBI=0.0328539;REFB=0;REVB=0.0292608;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93219e-06;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr1 65886448 . T C 2285.33 PASS AF=0.980769;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000705949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2152;QD=58.5981;RBI=0.0325985;REFB=-0.0147931;REVB=-0.0325908;RO=1;SAF=68;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055639;STB=0.504322;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000185049;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:1:3:153:153:0.980769:85:68:0:1:85:68:2:1 chr1 66036441 . A G 305.82 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3073;QD=53.1853;RBI=0.0258464;REFB=0;REVB=0.00184439;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566665;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr1 66058513 . A G 518.48 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0101612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.755;QD=18.0341;RBI=0.0120272;REFB=0.000939573;REVB=-0.00643449;RO=59;SAF=19;SAR=36;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784445;STB=0.549134;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.000883464;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:60:55:55:0.478261:36:19:25:34:36:19:26:34 chr1 66102257 . G A 226.52 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00998239;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.958;QD=19.6977;RBI=0.0136817;REFB=-0.00357238;REVB=-0.0093563;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130141;STB=0.573702;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00560929;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:12:12:14:8:12:12 chr1 66226961 . T C 601.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.261;QD=60.1601;RBI=0.0177304;REFB=0;REVB=-0.0175996;RO=0;SAF=35;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162511;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:3:35:0:0:3:37:0:0 chr1 66839341 . A G 580.47 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00574759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.532;QD=18.877;RBI=0.0170108;REFB=-0.0102883;REVB=-0.0160104;RO=63;SAF=36;SAR=24;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201868;STB=0.611613;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0134247;OID=.;OPOS=66839341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:24:36:24:39:24:36:24:39 chr1 67094171 . G A 510.06 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0215613;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1822;QD=19.4309;RBI=0.0298751;REFB=-0.0132941;REVB=-0.0206793;RO=53;SAF=23;SAR=30;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880946;STB=0.554711;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0132247;OID=.;OPOS=67094171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:52:53:53:0.504762:30:23:18:35:30:23:17:35 chr1 67147691 . A G 598.06 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00344625;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.835;QD=19.2924;RBI=0.00389067;REFB=-0.00784554;REVB=0.00180574;RO=63;SAF=28;SAR=33;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074128;STB=0.54097;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00835396;OID=.;OPOS=67147691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:124:63:63:61:61:0.491935:33:28:34:29:33:28:34:29 chr1 67209562 . T C 494.17 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.0270817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.149;QD=14.4283;RBI=0.0271651;REFB=-0.0179949;REVB=-0.00212718;RO=81;SAF=27;SAR=28;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114884;STB=0.560383;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0286941;OID=.;OPOS=67209562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:81:82:55:55:0.40146:28:27:31:50:28:27:32:50 chr1 67266756 . T A 1365.75 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243385;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.998;QD=62.7933;RBI=0.00568355;REFB=0;REVB=0.00513606;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69386e-05;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr1 67288045 . C T 219.39 PASS AF=0.36;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00196449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.882;QD=11.7008;RBI=0.0154346;REFB=-0.00291119;REVB=0.015309;RO=35;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923944;STB=0.525154;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00319617;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:48:26:27:0.36:14:12:13:22:14:13:25:23 chr1 67313249 . G A 1877.74 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.323;QD=61.5653;RBI=0.0445728;REFB=0;REVB=-0.0258321;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07924e-05;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:62:58:0:0:63:59:0:0 chr1 67390416 . G C 356.69 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00901664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.7;QD=19.5445;RBI=0.00984193;REFB=0.0063748;REVB=0.00394509;RO=34;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248992;STB=0.613975;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00454659;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:34:36:36:37:0.506849:21:15:24:10:21:16:24:12 chr1 67390468 . C G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00778784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.348;QD=18.6204;RBI=0.00800846;REFB=-0.00871496;REVB=-0.00186682;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174038;STB=0.596282;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00973755;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:9:30:22:15:9:30 chr1 67442275 . C T 341.78 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00616383;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.385;QD=20.714;RBI=0.0116985;REFB=0.00505958;REVB=0.00994297;RO=31;SAF=21;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258361;STB=0.642778;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0034125;OID=.;OPOS=67442275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:35:35:0.530303:14:21:9:22:14:21:9:22 chr1 67452322 . G A 135.28 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0123067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.255;QD=11.5132;RBI=0.0130612;REFB=0.00992289;REVB=-0.00437505;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963427;STB=0.55242;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0146289;OID=.;OPOS=67452322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:31:15:16:0.340426:10:5:12:17:10:6:14:17 chr1 67558739 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.98413e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5625;QD=59.0179;RBI=0.0457102;REFB=0;REVB=-0.0457102;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065045;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 67560956 . C T 2351.95 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.043;QD=61.0896;RBI=0.0752544;REFB=0;REVB=-0.023051;RO=0;SAF=85;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99067e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:69:85:0:0:69:85:0:0 chr1 67568351 . C T 1030.6 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.63862e-05;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.839;QD=59.7451;RBI=0.025846;REFB=0;REVB=0.0258459;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166904;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:31:38:0:0 chr1 67579386 . A G 649.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5776;QD=61.8953;RBI=0.0638911;REFB=0;REVB=0.0443606;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974293;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr1 67635148 . AT A,TA 35.47 PASS AF=0.213115,0;AO=20,3;DP=65;FAO=13,0;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=10,0;FSAR=3,0;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0733595,-0.0122242;FXX=0.061529;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.236,163.52;QD=2.32602;RBI=0.0822916,0.0146911;REFB=-0.103869,-0.00152955;REVB=0.0372867,-0.00814848;RO=35;SAF=14,0;SAR=6,3;SRF=22;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0886397,-0.58608;STB=0.683456,0.5;STBP=0.164,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.17035,0.0562862;OID=.,.;OPOS=67635149,67635148;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:65:61:35:48:20,3:13,0:0.213115,0:6,3:14,0:22:13:3,0:10,0:27:21 chr1 67685387 . T C 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.675;QD=55.6461;RBI=0.0114062;REFB=0;REVB=0.00596845;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28094e-05;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 67724160 . GGA G 105.34 PASS AF=0.65;AO=9;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0640687;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=23.7172;QD=21.0688;RBI=0.133392;REFB=-0.161623;REVB=0.116998;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324128;STB=0.620538;STBP=0.36;TYPE=del;VARB=0.151593;OID=.;OPOS=67724161;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:9:19:13:20:7:11:2:7:0:37:8:7:2:8:0 chr1 67733321 . G A 214.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0192422;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.085;QD=20.4584;RBI=0.0212924;REFB=0.00678463;REVB=-0.00911609;RO=21;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397717;STB=0.725313;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00506803;OID=.;OPOS=67733321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:5:16:7:14:5:16:7:14 chr1 67733346 . G A 787.77 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138503;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.518;QD=57.2925;RBI=0.0151775;REFB=0;REVB=0.00620711;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157461;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 67795319 . T C 590.24 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00411729;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.552;QD=16.864;RBI=0.00917497;REFB=-0.0184032;REVB=0.00819927;RO=79;SAF=23;SAR=39;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225149;STB=0.622301;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0145372;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:79:78:62:62:0.442857:39:23:47:32:39:23:46:32 chr1 68006815 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4092;QD=58.1375;RBI=0.0373339;REFB=0;REVB=0.0300672;RO=0;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1785e-05;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:5:27:0:0:5:27:0:0 chr1 68462247 . A G 731.86 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148823;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.095;QD=63.6399;RBI=0.0194411;REFB=0;REVB=0.012509;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37065e-05;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 68591253 . C T 849.58 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0155703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.608;QD=53.0989;RBI=0.0201848;REFB=0.0646501;REVB=0.0128449;RO=3;SAF=31;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140118;STB=0.50743;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.000374856;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:30:31:2:1:30:31:2:1 chr1 68624878 . C T 627.57 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00834001;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9486;QD=18.7334;RBI=0.00967209;REFB=-0.0098802;REVB=0.00489833;RO=70;SAF=38;SAR=26;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201643;STB=0.511162;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0105272;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:26:38:43:27:26:38:43:27 chr1 70034372 . G A 138.74 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0283574;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.358;QD=8.95086;RBI=0.0284994;REFB=-0.00142258;REVB=0.00284053;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333065;STB=0.519835;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00165142;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:43:43:19:19:0.306452:12:7:17:26:12:7:17:26 chr1 70225923 . G A 1585.12 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163425;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.339;QD=60.3854;RBI=0.0347457;REFB=0;REVB=0.0306625;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221545;OID=.;OPOS=70225923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:104:105:1:47:57:0:0:48:57:0:0 chr1 70304002 . GATTTTTTTCA GATTTTTTCA,GATTTTTTCAT,TGATTTTTTCA 32.64 PASS AF=0.146154,0.0307692,0;AO=40,5,8;DP=134;FAO=19,4,0;FDP=130;FR=.;FRO=107;FSAF=8,4,0;FSAR=11,0,0;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.076141,-0.0525931,-0.0310671;FXX=0.0151504;HRUN=7,7,1;LEN=1,3,3;MLLD=6.85671,101.06,22.6914;QD=1.0043;RBI=0.0765974,0.0547912,0.0330687;REFB=-0.174919,-0.0183945,-0.0859838;REVB=-0.0083492,-0.0153636,-0.0113303;RO=67;SAF=13,5,8;SAR=27,0,0;SRF=29;SRR=38;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.127388,0.564829,0.657906;STB=0.531773,0.997622,0.5;STBP=0.775,0.021,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.190969,0.0159314,0;OID=.,.,.;OPOS=70304004,70304010,70304002;OREF=T,TCA,GAT;OALT=-,CAT,TGA;OMAPALT=GATTTTTTCA,GATTTTTTCAT,TGATTTTTTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:134:130:67:107:40,5,8:19,4,0:0.146154,0.0307692,0:27,0,0:13,5,8:29:38:11,0,0:8,4,0:49:58 chr1 70345344 . A G 1264.32 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0724;QD=61.6742;RBI=0.061595;REFB=0;REVB=0.0502603;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77683e-05;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr1 70460238 . C T 379.27 PASS AF=0.43956;AO=37;DP=88;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0074532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.66;QD=16.6713;RBI=0.0484183;REFB=-0.0110391;REVB=0.0478412;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315289;STB=0.514822;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0108016;OID=.;OPOS=70460238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:49:51:37:40:0.43956:17:20:28:21:17:23:28:23 chr1 70488818 . T G 506.05 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=-0.00612684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.623;QD=16.3242;RBI=0.0140465;REFB=-0.0105651;REVB=-0.0126399;RO=61;SAF=35;SAR=20;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125696;STB=0.55463;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.013811;OID=.;OPOS=70488818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:69:55:55:0.443548:20:35:46:15:20:35:50:19 chr1 70611347 . A G 1345.68 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.153;QD=61.1673;RBI=0.0613665;REFB=0;REVB=0.0612363;RO=2;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589195;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:2:0:81:88:1:38:43:0:2:45:43:0:0 chr1 70646053 . A G 238.83 PASS AF=0.411765;AO=22;DP=62;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=0.0471392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7472;QD=14.0485;RBI=0.0476334;REFB=-0.0221809;REVB=0.00684325;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212543;STB=0.60615;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0205816;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:68:36:40:22:28:0.411765:8:14:29:7:9:19:33:7 chr1 70831841 . C T 321.64 PASS AF=0.507463;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00600482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.628;QD=19.2022;RBI=0.0167172;REFB=-0.0109093;REVB=-0.0156015;RO=33;SAF=23;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308527;STB=0.660453;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00946839;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:32:34:0.507463:9:23:13:20:10:24:13:20 chr1 71331430 . G A 289.27 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0239947;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.131;QD=16.2967;RBI=0.047025;REFB=-0.0337714;REVB=-0.0404426;RO=39;SAF=21;SAR=11;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163561;STB=0.509209;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0378742;OID=.;OPOS=71331430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:11:21:25:14:11:21:25:14 chr1 71331497 . GA G,GG 460.06 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=4,29;DP=33;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386655,0.0341075;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.094,223.888;QD=57.5075;RBI=0.040759,0.0353213;REFB=0,0;REVB=0.0128947,0.0091801;RO=0;SAF=2,21;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,7.4007e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0169943,0.00220644;OID=.,.;OPOS=71331498,71331498;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:4,29:33:1,31:32:0:0,23:1,8:0:0:4:0:2,21:2,8:0:0 chr1 71419499 . C T 824.53 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.374;QD=56.8638;RBI=0.0126438;REFB=0;REVB=0.00190858;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780962;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chr1 72058552 . G A 2337.25 PASS AF=0.993671;AO=155;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0478375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.986;QD=59.171;RBI=0.0967343;REFB=-0.0375581;REVB=-0.0840779;RO=3;SAF=101;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000598752;STB=0.504587;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000485075;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:158:158:3:1:155:157:0.993671:54:101:2:1:54:103:0:1 chr1 74506942 . G A 254.7 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00795201;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.643;QD=12.2745;RBI=0.0123406;REFB=-0.00730887;REVB=0.00943701;RO=53;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600519;STB=0.53463;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0131378;OID=.;OPOS=74506942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:12:18:29:24:12:18:29:24 chr1 74507315 . C T 271.38 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0127313;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1428;QD=12.0614;RBI=0.0257309;REFB=-0.0145071;REVB=-0.0223605;RO=59;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100616;STB=0.565595;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0297867;OID=.;OPOS=74507315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:59:58:32:32:0.355556:19:13:19:40:19:13:18:40 chr1 74575182 . C T 1556.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.822;QD=59.8619;RBI=0.0407132;REFB=0;REVB=0.00414789;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05282e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:35:66:0:0:38:66:0:0 chr1 74648408 . C T 344.34 PASS AF=0.390476;AO=40;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0223475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8564;QD=13.1178;RBI=0.0444537;REFB=0.00309458;REVB=-0.0384282;RO=64;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928875;STB=0.543119;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00591681;OID=.;OPOS=74648408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:40:41:0.390476:16:24:33:31:17:24:33:31 chr1 74665493 . G A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0160798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.893;QD=17.0947;RBI=0.0184018;REFB=-0.0149988;REVB=-0.00894781;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236617;STB=0.631744;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.019026;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:30:11:18:17:30:11 chr1 74671519 . A G 469.07 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00430159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.476;QD=20.3944;RBI=0.00584183;REFB=-0.0194074;REVB=0.00395264;RO=45;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883566;STB=0.543707;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0169001;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:20:26:21:24:20:26:22:24 chr1 74699099 . T G 335.35 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00567603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.584;QD=20.0207;RBI=0.0170632;REFB=-0.0129934;REVB=-0.0160914;RO=32;SAF=25;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230182;STB=0.632215;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0119591;OID=.;OPOS=74699099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:34:35:0.522388:9:25:16:16:9:26:16:16 chr1 74705684 . G C 495.5 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0100908;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.004;QD=17.6964;RBI=0.0191931;REFB=-0.0160298;REVB=0.0163263;RO=58;SAF=19;SAR=34;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891037;STB=0.545826;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0168023;OID=.;OPOS=74705684;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:58:59:53:53:0.473214:34:19:26:32:34:19:26:33 chr1 74941210 . C T 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.466;QD=59.3364;RBI=0.0209797;REFB=0.0621428;REVB=-0.00694067;RO=1;SAF=30;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582595;STB=0.503067;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00017173;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:81:30:0:1:81:30:0:1 chr1 74941293 . G A 1216.54 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787624;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.056;QD=61.597;RBI=0.0789267;REFB=0;REVB=-0.00508994;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56579e-05;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:77:79:1:47:30:0:0:47:32:0:0 chr1 75035240 . C T 1344.35 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.787;QD=61.1069;RBI=0.030829;REFB=-0.123387;REVB=-0.0211673;RO=1;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01373;STB=0.507041;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00018305;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:88:1:1:86:87:0.988636:34:52:0:1:35:52:0:1 chr1 75036812 . C T 2230.86 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-2.33526e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.466;QD=61.5409;RBI=0.0480382;REFB=-0.104891;REVB=0.0480382;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.506249;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000378611;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:145:0:2:142:143:0.986207:78:64:0:0:79:64:0:2 chr1 75037845 . A G 620.43 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9904;QD=60.5299;RBI=0.0183242;REFB=0;REVB=-0.00821581;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00556241;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr1 75038228 . A C 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.641;QD=59.1432;RBI=0.0102521;REFB=0;REVB=-0.00835587;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7193e-05;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:48:18:0:0:48:19:0:0 chr1 75065466 . A G 355.8 PASS AF=0.457831;AO=35;DP=81;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00303038;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.579;QD=17.147;RBI=0.00623425;REFB=-0.0130354;REVB=-0.00544818;RO=46;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127303;STB=0.588192;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0141624;OID=.;OPOS=75065466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:46:45:35:38:0.457831:21:14:13:33:22:16:12:33 chr1 75175886 . T C 1191.41 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.04522e-05;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.331;QD=61.0979;RBI=0.00227159;REFB=0;REVB=0.00227156;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.374e-05;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:34:44:0:0 chr1 75190452 . C T 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.555;QD=59.8532;RBI=0.0570398;REFB=0;REVB=-0.0553248;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.9302e-05;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr1 75214441 . A G 519.86 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.526;QD=59.4124;RBI=0.0259976;REFB=0;REVB=0.0201868;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148501;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:10:25:0:0 chr1 75672376 . A G 2947.0 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509679;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.744;QD=63.3764;RBI=0.0510558;REFB=0;REVB=0.00299498;RO=1;SAF=94;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34732e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:186:1:0:184:186:1:90:94:1:0:90:96:0:0 chr1 75681469 . T TTA 57.35 PASS AF=0.137931;AO=14;DP=123;FAO=16;FDP=116;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.0513035;FXX=0.0169477;HRUN=3;LEN=2;MLLD=30.6382;QD=1.97744;RBI=0.133124;REFB=-0.0314477;REVB=-0.122841;RO=103;SAF=12;SAR=2;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538408;STB=0.895546;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.164577;OID=.;OPOS=75681470;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137931:14:123:16:116:100:14:2:38:62:57:103:12:2:41:62 chr1 75681511 . T C 1628.58 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9467;QD=59.7644;RBI=0.048792;REFB=0;REVB=0.026155;RO=1;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017428;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:1:0:107:109:1:67:40:0:1:69:40:0:0 chr1 75716925 . C T 1621.78 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116257;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1248;QD=58.4423;RBI=0.116556;REFB=0;REVB=0.00834218;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318807;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:110:111:1:52:58:0:0:52:59:0:0 chr1 76257892 . A T 1491.53 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.454;QD=63.4693;RBI=0.0337389;REFB=0;REVB=-0.0276067;RO=0;SAF=63;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8591e-05;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:30:63:0:0:31:63:0:0 chr1 76344705 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.174;QD=58.9619;RBI=0.0433093;REFB=0;REVB=0.000771773;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57491e-05;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:25:39:0:0:26:40:0:0 chr1 76344711 . A T 975.89 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445087;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.685;QD=59.1449;RBI=0.0460492;REFB=0;REVB=0.0118111;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175715;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr1 76397972 . C T 110.19 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.658;QD=40.0697;RBI=0.117837;REFB=0;REVB=0.0230536;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513381;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:8:3:0:0 chr1 77555481 . C T 916.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.365;QD=58.1793;RBI=0.0136008;REFB=0;REVB=0.00818768;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09114e-05;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:18:43:0:0:18:45:0:0 chr1 77558057 . G C 212.74 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0028755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0189;QD=20.2613;RBI=0.00343139;REFB=-0.00803499;REVB=-0.00187241;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427514;STB=0.524115;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0323152;OID=.;OPOS=77558057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:10:11:12:9:10:11 chr1 77634948 . G A 1472.03 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000121032;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.592;QD=63.3131;RBI=0.00233742;REFB=0;REVB=-0.00233429;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105109;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:52:40:0:0:53:40:0:0 chr1 77763542 . G A 2033.76 PASS AF=1;AO=117;DP=122;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.605;QD=62.0996;RBI=0.029302;REFB=0;REVB=0.0269032;RO=0;SAF=52;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389847;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:131:0:0:117:131:1:65:52:0:0:75:56:0:0 chr1 78024284 . T C 726.69 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284985;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.644;QD=56.9956;RBI=0.028502;REFB=0;REVB=0.000446235;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50412e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 1183.7 PASS AF=0.911111;AO=77;DP=94;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00696455;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.362;QD=52.6091;RBI=0.0161568;REFB=-0.0470977;REVB=0.0145786;RO=9;SAF=47;SAR=30;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341158;STB=0.507793;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.00325334;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911111:77:94:82:90:8:48:34:4:4:31:9:47:30:4:5 chr1 78111200 . A T 1160.42 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0165364;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5026;QD=58.0208;RBI=0.0408825;REFB=-0.0260295;REVB=0.0373889;RO=2;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027027;STB=0.514282;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00629826;OID=.;OPOS=78111200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:80:2:2:78:78:0.975:34:44:0:2:34:44:0:2 chr1 78162073 . A G 638.53 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0310321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.273;QD=59.3978;RBI=0.0351578;REFB=-0.0381394;REVB=0.0165252;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00244519;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:0:1:23:19:0:1 chr1 78392121 . T C 462.73 PASS AF=0.318919;AO=60;DP=186;FAO=59;FDP=185;FR=.;FRO=126;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=0.018371;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6138;QD=10.005;RBI=0.0185716;REFB=-0.012881;REVB=0.00272207;RO=124;SAF=33;SAR=27;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058621;STB=0.540572;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.039646;OID=.;OPOS=78392121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:124:126:60:59:0.318919:27:33:62:62:26:33:63:63 chr1 79093818 . A G 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.654;QD=62.9067;RBI=0.00772202;REFB=0;REVB=-0.00729886;RO=0;SAF=30;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.586e-05;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:60:30:0:0:60:30:0:0 chr1 79094081 . T A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00878739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.594;QD=58.8007;RBI=0.00894312;REFB=0.0949035;REVB=0.00166168;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108759;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=5.69414e-06;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:31:43:1:0:31:43:1:0 chr1 79095526 . G A 1986.31 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.761;QD=62.0723;RBI=0.0419513;REFB=0;REVB=0.0146213;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04502e-05;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:69:58:0:0:69:59:0:0 chr1 79095747 . C T 101.54 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0358637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1833;QD=16.924;RBI=0.0437294;REFB=-0.0126236;REVB=-0.0250212;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479185;OID=.;OPOS=79095747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:3:9:9:3:3:9 chr1 79102726 . C T 347.75 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00451496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.276;QD=51.5185;RBI=0.0212285;REFB=-0.128524;REVB=-0.0207429;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545418;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000561788;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:5:21:0:0:5:21:0:1 chr1 79115905 . T C 486.88 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0296277;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6786;QD=18.2011;RBI=0.103116;REFB=-0.018895;REVB=0.0987676;RO=51;SAF=30;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11327;STB=0.553926;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0137529;OID=.;OPOS=79115905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:51:55:52:52:0.485981:22:30:23:28:22:30:26:29 chr1 79128570 . G GT 1721.97 PASS AF=1;AO=134;DP=151;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135222;FXX=0.0275843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.192;QD=48.8503;RBI=0.0176795;REFB=0;REVB=-0.0113892;RO=14;SAF=101;SAR=33;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00010383;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:134:151:141:141:0:107:34:0:0:31:14:101:33:12:2 chr1 79392756 . C A 82.56 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00955251;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.342;QD=10.0067;RBI=0.0204201;REFB=-0.0269208;REVB=-0.0180479;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150529;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0484257;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:33:33:22:22:9:11:0.333333:4:5:15:7:4:7:14:8 chr1 82421596 . C T 573.16 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0338065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.85;QD=55.9177;RBI=0.0389543;REFB=-0.00669093;REVB=0.0193536;RO=2;SAF=33;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133013;STB=0.571389;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000643125;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:6:33:0:2:6:33:0:2 chr1 82457662 . G A 1654.32 PASS AF=0.965812;AO=112;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00109535;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.671;QD=56.5579;RBI=0.0113298;REFB=-0.0629619;REVB=-0.0112767;RO=4;SAF=65;SAR=47;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114139;STB=0.506124;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000769421;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:4:4:112:113:0.965812:47:65:3:1:48:65:3:1 chr1 84335412 . C T 476.25 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0125277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.433;QD=21.8964;RBI=0.0131533;REFB=-0.0166782;REVB=-0.00400811;RO=41;SAF=17;SAR=29;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125764;STB=0.569478;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0154741;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:29:17:21:20:29:17:21:20 chr1 84640691 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.42;QD=60.6103;RBI=0.0424499;REFB=0;REVB=0.0418184;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04805e-05;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 84702322 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTC,TGTTTTTT 108.12 PASS AF=0.362832,0.0619469,0;AO=33,7,6;DP=108;FAO=41,7,0;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=18,7,0;FSAR=23,0,0;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.161777,0.128755,0.00708424;FXX=0.0258598;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.26297,24.7771,79.731;QD=3.82731;RBI=0.2698,0.171642,0.0665979;REFB=-0.187309,-0.0967652,-0.00631395;REVB=-0.215917,-0.113504,-0.06622;RO=52;SAF=11,7,5;SAR=22,0,1;SRF=44;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.511207,0.53753,-0.0273452;STB=0.660609,0.997902,0.5;STBP=0.018,0.039,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.196335,0.0752435,0.0421216;OID=.,.,.;OPOS=84702323,84702329,84702322;OREF=T,T,GT;OALT=-,C,TG;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTC,TGTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:108:113:52:65:33,7,6:41,7,0:0.362832,0.0619469,0:22,0,1:11,7,5:44:8:23,0,0:18,7,0:46:19 chr1 84810815 . A G 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.617;QD=60.6052;RBI=0.0317299;REFB=0;REVB=0.0141564;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167673;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:8:30:0:0:8:30:0:0 chr1 84853957 . A T 1592.41 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0354604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7967;QD=57.3843;RBI=0.0902779;REFB=-0.205886;REVB=0.083022;RO=1;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825505;STB=0.508619;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0082197;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:111:1:2:108:109:0.981982:57:51:0:1:57:52:0:2 chr1 84878228 . C T 134.25 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0173178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.907;QD=16.2721;RBI=0.0191838;REFB=-0.0156281;REVB=0.00825311;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101128;STB=0.565128;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0153149;OID=.;OPOS=84878228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:18:15:15:0.454545:5:10:9:7:5:10:10:8 chr1 85009894 . A G 1415.78 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00208372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.925;QD=59.6119;RBI=0.00216408;REFB=-0.1249;REVB=0.000584241;RO=3;SAF=44;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869003;STB=0.504586;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.000525075;OID=.;OPOS=85009894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:95:95:3:3:92:92:0.968421:48:44:1:2:48:44:1:2 chr1 85016177 . A G 1716.37 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000159275;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.52;QD=60.7566;RBI=0.0152471;REFB=0;REVB=0.0152463;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234774;OID=.;OPOS=85016177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:58:52:0:0:61:52:0:0 chr1 85031630 . G A 4489.57 PASS AF=1;AO=282;DP=282;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.942;QD=63.2334;RBI=0.0247376;REFB=0;REVB=-0.0167724;RO=0;SAF=150;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19043e-05;OID=.;OPOS=85031630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:282:284:0:0:282:284:1:132:150:0:0:132:152:0:0 chr1 85039954 . AG A,AA 936.09 PASS AF=1,0;AO=14,51;DP=65;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643511,-0.11297;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.395,196.624;QD=59.4345;RBI=0.0653144,0.120519;REFB=0,0;REVB=-0.0111764,-0.0419808;RO=0;SAF=6,21;SAR=8,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000228993,0;OID=.,.;OPOS=85039955,85039955;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,51:65:63,0:63:0:27,0:36,0:0:0:5:0:6,21:8,30:0:0 chr1 85039998 . CGCAGCGCCAGCAGCGCCAGCAGCGCC CGCAGCGCCAGCAGCGCC,CGCAGCGCCAGCAGCGCCAGCAGCGCT 75.98 PASS AF=0.466667,0.266667;AO=5,2;DP=13;FAO=7,4;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=3,0;FSAR=4,4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.127498,-0.0241131;FXX=0.062461;HRUN=1,2;LEN=9,1;MLLD=272.433,155.667;QD=20.2617;RBI=0.127612,0.0244155;REFB=-0.0174433,-0.0579468;REVB=-0.00537961,0.0038308;RO=2;SAF=1,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171367,0;STB=0.66626,0.5;STBP=0.263,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00802381,0.0532911;OID=.,.;OPOS=85039999,85040024;OREF=GCAGCGCCA,C;OALT=-,T;OMAPALT=CGCAGCGCCAGCAGCGCC,CGCAGCGCCAGCAGCGCCAGCAGCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0.266667:5,2:13:7,4:15:4:3,0:4,4:0:4:33:2:1,0:4,2:0:2 chr1 85113203 . T C 407.55 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00682659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2892;QD=12.9382;RBI=0.0165528;REFB=-0.00364271;REVB=0.0150795;RO=78;SAF=26;SAR=22;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455112;STB=0.525851;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00817656;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:22:26:39:39:22:26:39:39 chr1 85113229 . A G 386.11 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00717211;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3396;QD=13.7896;RBI=0.00783902;REFB=0.00262507;REVB=0.00316403;RO=66;SAF=26;SAR=19;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984135;STB=0.551398;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00239899;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:66:67:45:45:0.401786:19:26:32:34:19:26:33:34 chr1 85121255 . A G 565.92 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=0.0388891;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.082;QD=12.3026;RBI=0.0390846;REFB=-0.00456221;REVB=-0.00390361;RO=117;SAF=28;SAR=39;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087907;STB=0.555393;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00798308;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:117:117:67:67:0.36413:39:28:58:59:39:28:59:58 chr1 85537655 . C CA 33.14 PASS AF=0.105691;AO=26;DP=125;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=0.00498318;FXX=0.00806387;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.88;QD=1.07774;RBI=0.0322846;REFB=-0.00159916;REVB=-0.0318977;RO=98;SAF=3;SAR=23;SRF=66;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.662364;STB=0.871268;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.105292;OID=.;OPOS=85537656;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.105691:26:125:13:123:110:2:11:66:44:33:98:3:23:66:32 chr1 85589842 . A G 723.61 PASS AF=0.481013;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.016453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.214;QD=18.3192;RBI=0.0433631;REFB=-0.00992054;REVB=0.0401205;RO=82;SAF=46;SAR=30;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663806;STB=0.53671;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0131654;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:82:82:76:76:0.481013:30:46:44:38:30:46:44:38 chr1 85594392 . T C 110.86 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0163584;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2971;QD=13.8578;RBI=0.0280804;REFB=-0.00372584;REVB=0.0228235;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382562;STB=0.672643;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00580071;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:12:13:0.40625:4:8:5:13:5:8:6:13 chr1 85598679 . TA AT,TAA,T 47.91 PASS AF=0,0.393939,0;AO=2,13,4;DP=33;FAO=0,13,0;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=0,3,0;FSAR=0,10,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.168044,0.246286,-0.24138;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=110.59,9.04254,13.0359;QD=5.80775;RBI=0.168764,0.246504,0.241867;REFB=0.000822526,-0.057514,0.056794;REVB=-0.0155706,0.010363,-0.0153413;RO=12;SAF=2,3,2;SAR=0,10,2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.44;SSSB=0.561268,-0.262554,0;STB=0.5,0.734917,0.5;STBP=1,0.048,1;TYPE=mnp,ins,del;VARB=0,0.0835702,0;OID=.,.,.;OPOS=85598679,85598680,85598680;OREF=TA,-,A;OALT=AT,A,-;OMAPALT=AT,TAA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:33:33:12:20:2,13,4:0,13,0:0,0.393939,0:0,10,2:2,3,2:6:6:0,10,0:0,3,0:12:8 chr1 85624549 . C T 1282.87 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.689;QD=61.825;RBI=0.0122674;REFB=0;REVB=-0.000910288;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3979e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr1 85624864 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.789;QD=57.7124;RBI=0.0275531;REFB=0;REVB=0.0253341;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.348e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr1 85648620 . C T 758.16 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120791;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.601;QD=57.2197;RBI=0.121289;REFB=0;REVB=0.0109812;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223736;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr1 85666156 . T G 223.98 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00440255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.731;QD=10.6656;RBI=0.0120191;REFB=-0.00781749;REVB=0.0111837;RO=54;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162261;STB=0.512858;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0104732;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:56:28:28:0.333333:18:10:20:34:18:10:21:35 chr1 85729987 . A G 243.62 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.011818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5005;QD=15.226;RBI=0.0294239;REFB=-0.00454324;REVB=0.0269463;RO=36;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00413594;STB=0.50234;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0104166;OID=.;OPOS=85729987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:11:17:22:14:11:17:22:14 chr1 85733374 . C T 638.76 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0437694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6721;QD=22.4125;RBI=0.0590258;REFB=-0.013995;REVB=-0.0396016;RO=51;SAF=27;SAR=36;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186307;STB=0.510201;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0108387;OID=.;OPOS=85733374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:36:27:23:28:36:27:23:28 chr1 85785751 . T C 2335.69 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.351;QD=61.0639;RBI=0.0296987;REFB=0;REVB=-0.00818602;RO=0;SAF=78;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14256e-05;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:75:78:0:0:75:78:0:0 chr1 85786977 . G A 116.58 PASS AF=0.916667;AO=13;DP=14;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020035;FXX=0.142755;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.11;QD=38.8583;RBI=0.0200362;REFB=-0.0539784;REVB=0.000219238;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000939468;OID=.;OPOS=85786977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:12:0:1:13:11:0.916667:4:9:0:0:2:9:1:0 chr1 85816134 . T C 1305.2 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013862;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4062;QD=62.1524;RBI=0.0354621;REFB=0;REVB=-0.0326405;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169095;OID=.;OPOS=85816134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:45:39:0:0 chr1 86202016 . C T 1501.65 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000639466;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.385;QD=62.5686;RBI=0.0152714;REFB=-0.117546;REVB=-0.015258;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135078;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:0:0:95:96:1:35:60:0:0:35:61:0:0 chr1 86375654 . C G 1417.89 PASS AF=1;AO=81;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.734;QD=63.0172;RBI=0.0229782;REFB=0;REVB=0.00144638;RO=0;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117764;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:81:90:1:27:54:0:0:27:63:0:0 chr1 86487914 . C A 241.3 PASS AF=0.316832;AO=25;DP=95;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0270499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.053;QD=9.5564;RBI=0.0271722;REFB=-0.0122601;REVB=-0.00257451;RO=65;SAF=7;SAR=18;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143564;STB=0.532299;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0260803;OID=.;OPOS=86487914;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:65:69:25:32:0.316832:18:7:25:40:18:14:27:42 chr1 86487981 . G A 1451.57 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.462;QD=63.1117;RBI=0.0342682;REFB=0;REVB=0.0239967;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64474e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:53:38:0:0:54:38:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 877.52 PASS AF=0.807229;AO=67;DP=87;FAO=67;FDP=83;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00355354;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=4;MLLD=259.787;QD=42.2899;RBI=0.0225434;REFB=-0.0388677;REVB=0.0222616;RO=19;SAF=26;SAR=41;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812725;STB=0.547058;STBP=0.093;TYPE=ins;VARB=0.0102843;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.807229:67:87:67:83:16:26:41:10:6:91:19:26:41:11:8 chr1 86488232 . G A 313.08 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0288239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7056;QD=19.5675;RBI=0.0305951;REFB=-0.0176654;REVB=-0.0102588;RO=30;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24511;STB=0.630831;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0205603;OID=.;OPOS=86488232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:9:24:14:16:9:24:15:16 chr1 86512536 . C T 265.38 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00348635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.039;QD=27.2182;RBI=0.00439039;REFB=-0.0451165;REVB=-0.00266851;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110099;STB=0.536882;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0171797;OID=.;OPOS=86512536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:15:23:24:0.615385:15:8:7:7:15:9:7:8 chr1 86557967 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0220803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.692;QD=12.0831;RBI=0.0246488;REFB=-0.00426691;REVB=-0.0109557;RO=35;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325478;STB=0.690238;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00491292;OID=.;OPOS=86557967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:16:5:18:17:16:5:18:17 chr1 86590915 . G A 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.889;QD=58.2364;RBI=0.0241474;REFB=0;REVB=0.018256;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3057e-06;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr1 86591563 . T C 530.02 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0106271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.03;QD=15.036;RBI=0.0210526;REFB=-0.00860293;REVB=0.0181735;RO=82;SAF=39;SAR=19;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212921;STB=0.623719;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0133967;OID=.;OPOS=86591563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:82:83:58:58:0.411348:19:39:39:43:19:39:39:44 chr1 86591837 . G A 147.6 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00739161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.541;QD=21.8661;RBI=0.0509881;REFB=-0.0205652;REVB=0.0504494;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285642;STB=0.504944;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0152003;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:11:11:15:16:0.592593:9:6:4:7:10:6:4:7 chr1 86622060 . C T 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00700678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.78;QD=11.1572;RBI=0.01858;REFB=-0.0138864;REVB=0.0172082;RO=46;SAF=7;SAR=18;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428383;STB=0.74735;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0263518;OID=.;OPOS=86622060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:18:7:31:15:18:7:31:15 chr1 86818572 . T C 268.68 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0161497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.617;QD=16.534;RBI=0.0426711;REFB=-0.0116682;REVB=0.0394969;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578148;STB=0.532446;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0108345;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:12:18:23:12:12:18:23:12 chr1 86820267 . C T 668.19 PASS AF=0.420455;AO=72;DP=173;FAO=74;FDP=176;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.0163728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.124;QD=15.1861;RBI=0.060966;REFB=-0.0150115;REVB=-0.0587264;RO=101;SAF=39;SAR=33;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134379;STB=0.504949;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0201326;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:176:101:102:72:74:0.420455:33:39:56:45:34:40:56:46 chr1 86838158 . C T 1687.38 PASS AF=0.439614;AO=178;DP=412;FAO=182;FDP=414;FR=.;FRO=232;FSAF=140;FSAR=42;FSRF=157;FSRR=75;FWDB=-0.00554075;FXX=0.00480758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.263;QD=16.3032;RBI=0.0263693;REFB=-0.00382982;REVB=-0.0257807;RO=232;SAF=136;SAR=42;SRF=157;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114578;STB=0.567678;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00604956;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:414:232:232:178:182:0.439614:42:136:157:75:42:140:157:75 chr1 86852621 . A G 766.9 PASS AF=0.455056;AO=80;DP=178;FAO=81;FDP=178;FR=.;FRO=97;FSAF=58;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=34;FWDB=0.000597765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.393;QD=17.2337;RBI=0.016514;REFB=-0.0213564;REVB=-0.0165032;RO=97;SAF=58;SAR=22;SRF=63;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088941;STB=0.542935;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0229851;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:97:97:80:81:0.455056:22:58:63:34:23:58:63:34 chr1 86900332 . T C 341.61 PASS AF=0.493151;AO=34;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.016823;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5619;QD=18.7185;RBI=0.0172949;REFB=-0.0404834;REVB=-0.00401243;RO=35;SAF=7;SAR=27;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030838;STB=0.523352;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0260722;OID=.;OPOS=86900332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:37:34:36:0.493151:27:7:8:27:27:9:8:29 chr1 86900372 . C G 411.39 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0105926;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.437;QD=20.83;RBI=0.012124;REFB=-0.0160509;REVB=-0.00589816;RO=38;SAF=14;SAR=26;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597444;STB=0.540429;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0158296;OID=.;OPOS=86900372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:38:38:40:41:0.518987:26:14:11:27:26:15:11:27 chr1 86904588 . C T 190.66 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0146612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.341;QD=15.253;RBI=0.0171777;REFB=-0.00866349;REVB=0.00895118;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189117;STB=0.60859;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00895815;OID=.;OPOS=86904588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:11:9:19:11:11:9:19:11 chr1 86909493 . C T 217.1 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00190701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.622;QD=16.3846;RBI=0.0162692;REFB=-0.0025156;REVB=-0.0161571;RO=27;SAF=5;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425919;STB=0.723623;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00186799;OID=.;OPOS=86909493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:24:25:0.471698:19:5:17:10:19:6:18:10 chr1 86909582 . G A 610.62 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00325884;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.734;QD=19.5399;RBI=0.0033065;REFB=-0.0164441;REVB=0.000559395;RO=62;SAF=20;SAR=42;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255122;STB=0.645079;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0196634;OID=.;OPOS=86909582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:63:62:62:0.496:42:20:37:25:42:20:38:25 chr1 86913265 . C T 298.5 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00624376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1762;QD=11.94;RBI=0.0102868;REFB=-0.00414693;REVB=0.00817521;RO=64;SAF=22;SAR=13;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130233;STB=0.570714;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00939319;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:65:35:35:0.35:13:22:33:31:13:22:34:31 chr1 86920904 . A G 1389.34 PASS AF=0.951923;AO=97;DP=103;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0242124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.643;QD=53.4361;RBI=0.0306592;REFB=-0.0551916;REVB=0.0188081;RO=4;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300856;STB=0.519376;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00150006;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:103:104:4:5:97:99:0.951923:61:36:0:4:62:37:0:5 chr1 86939130 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.578;QD=61.6953;RBI=0.0346252;REFB=0;REVB=0.0342724;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7648e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr1 86947975 . A T 2161.81 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3328;QD=61.7661;RBI=0.066352;REFB=-0.0667907;REVB=0.0300056;RO=2;SAF=66;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122257;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:140:140:2:0:138:140:1:72:66:2:0:72:68:0:0 chr1 86952324 . A G 1945.84 PASS AF=0.923077;AO=132;DP=144;FAO=132;FDP=143;FR=.;FRO=11;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00169874;FXX=0.00694396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2993;QD=54.4291;RBI=0.0472047;REFB=-0.105179;REVB=0.0471741;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520447;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0121314;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:143:0:11:132:132:0.923077:61:71:0:0:61:71:3:8 chr1 86959173 . T C 3752.71 PASS AF=1;AO=237;DP=240;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064735;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.786;QD=63.3369;RBI=0.0207224;REFB=0.0235587;REVB=-0.0196853;RO=0;SAF=142;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15469e-05;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:237:0:0:237:237:1:95:142:0:0:95:142:0:0 chr1 86965419 . T C 306.95 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0062129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.345;QD=11.6934;RBI=0.0272894;REFB=-0.0193001;REVB=-0.0265727;RO=67;SAF=23;SAR=15;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175554;STB=0.60065;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.026775;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:15:23:30:37:15:23:30:37 chr1 87045895 . ATCCTACACCTAC A 50.0 PASS AO=50;DP=87;LEN=12;RO=37;SAF=33;SAR=26;SRF=13;SRR=15;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=87045896;OREF=TCCTACACCTAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:87:37:50:26:33:13:15 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 1006.85 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=59,10;DP=69;FAO=63,6;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=26,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158791,0.0128927;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=249.246,160.452;QD=58.3679;RBI=0.0328602,0.0173378;REFB=0,0;REVB=0.0287689,0.0115921;RO=0;SAF=33,5;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.00382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00139251,0.00254048;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.913043,0.0869565:59,10:69:63,6:69:0:37,1:26,5:0:0:36:0:33,5:26,5:0:0 chr1 87045929 . T TACTCCT 50.0 PASS AO=52;DP=87;LEN=6;RO=35;SAF=33;SAR=26;SRF=13;SRR=15;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=87045929;OREF=-;OALT=TACTCC;OMAPALT=TACTCCT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:87:35:52:26:33:13:15 chr1 87599697 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.079;QD=57.175;RBI=0.0401829;REFB=0;REVB=0.0393657;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156268;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr1 89225976 . T C 279.91 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0159027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2062;QD=15.7696;RBI=0.0577977;REFB=-0.000527268;REVB=0.0555669;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930729;STB=0.541567;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00194351;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:13:18:19:20:14:18:19:20 chr1 89301123 . C T 284.86 PASS AF=0.349515;AO=34;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00409906;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0286;QD=11.0624;RBI=0.0226352;REFB=0.0138124;REVB=-0.022261;RO=69;SAF=13;SAR=21;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456807;STB=0.509599;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0215102;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:67:34:36:0.349515:21:13:29:40:22:14:27:40 chr1 89322982 . G A 754.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.858;QD=56.9278;RBI=0.0279424;REFB=0;REVB=0.021328;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06393e-06;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 89426902 . G A 1947.22 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00906876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.502;QD=60.8506;RBI=0.0150513;REFB=0.0537066;REVB=-0.0120124;RO=1;SAF=68;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069365;STB=0.503649;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000234058;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:125:127:0.992188:57:68:1:0:59:68:1:0 chr1 89474818 . A G 549.72 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=109;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0216213;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.602;QD=20.5502;RBI=0.0239828;REFB=0.00494619;REVB=-0.0103776;RO=50;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319415;STB=0.502193;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00379898;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:50:51:55:56:0.523364:31:24:22:28:31:25:23:28 chr1 89475135 . C T 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00327211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.716;QD=20.646;RBI=0.0038387;REFB=-9.54345e-05;REVB=0.00200721;RO=37;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171083;STB=0.594548;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00016128;OID=.;OPOS=89475135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:18:22:13:24:18:22:13:24 chr1 89479758 . T C 551.32 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=111;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0019665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.95;QD=19.6899;RBI=0.0139295;REFB=-0.0226649;REVB=0.01379;RO=55;SAF=31;SAR=25;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759264;STB=0.546133;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0216732;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:55:55:56:57:0.508929:25:31:35:20:26:31:35:20 chr1 89486037 . C T 316.84 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0539628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8891;QD=20.4413;RBI=0.0637138;REFB=-0.00706694;REVB=0.0338741;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164892;STB=0.591385;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00731935;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:19:14:18:11:19:14:18:11 chr1 89518623 . C T 544.43 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0028061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.767;QD=17.9976;RBI=0.00733648;REFB=-0.00133108;REVB=-0.00677862;RO=63;SAF=31;SAR=26;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416063;STB=0.518791;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00120478;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:57:58:0.479339:26:31:37:26:26:32:37:26 chr1 89521841 . G C 682.09 PASS AF=0.46;AO=68;DP=149;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0102388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.515;QD=18.1891;RBI=0.0102844;REFB=-0.0205404;REVB=0.000967893;RO=79;SAF=37;SAR=31;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749335;STB=0.551062;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0200726;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:79:81:68:69:0.46:31:37:49:30:32:37:51:30 chr1 89522646 . G C 577.83 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.00218936;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.743;QD=16.7487;RBI=0.00967114;REFB=-0.0272044;REVB=-0.00942007;RO=73;SAF=32;SAR=29;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906991;STB=0.555538;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0322104;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:77:61:61:0.442029:29:32:45:28:29:32:48:29 chr1 89579941 . T C 474.26 PASS AF=0.427419;AO=51;DP=122;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0353742;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.872;QD=15.2989;RBI=0.0576382;REFB=-0.0123292;REVB=-0.0455064;RO=70;SAF=29;SAR=22;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00294078;STB=0.504379;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0153754;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:70:71:51:53:0.427419:22:29:40:30:22:31:41:30 chr1 89582690 . G C 708.76 PASS AF=0.408377;AO=78;DP=191;FAO=78;FDP=191;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.025363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.695;QD=14.8431;RBI=0.0259594;REFB=-0.0145174;REVB=-0.00553254;RO=111;SAF=40;SAR=38;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000726841;STB=0.505508;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0193942;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:111:113:78:78:0.408377:38:40:57:54:38:40:59:54 chr1 89582702 . A G 1272.07 PASS AF=0.581633;AO=114;DP=196;FAO=114;FDP=196;FR=.;FRO=82;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0387008;FXX=0.0101005;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2934;QD=25.9606;RBI=0.0474718;REFB=-0.0001672;REVB=-0.0274922;RO=82;SAF=64;SAR=50;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288542;STB=0.525912;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000366246;OID=.;OPOS=89582702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:82:82:114:114:0.581633:50:64:43:39:50:64:41:41 chr1 89637578 . G A 690.31 PASS AF=0.578947;AO=66;DP=114;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0290373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.097;QD=24.2215;RBI=0.0330235;REFB=-0.00544407;REVB=0.0157286;RO=48;SAF=19;SAR=47;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229136;STB=0.512504;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0047949;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:48:48:66:66:0.578947:47:19:15:33:47:19:15:33 chr1 89844035 . T C 786.97 PASS AF=0.471264;AO=82;DP=174;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0208159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.941;QD=18.0913;RBI=0.0264049;REFB=0.00363384;REVB=-0.0162456;RO=90;SAF=38;SAR=44;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241984;STB=0.513639;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00428735;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:90:92:82:82:0.471264:44:38:44:46:44:38:45:47 chr1 89847372 . G T 1018.36 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0405058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.286;QD=56.5756;RBI=0.0427432;REFB=-0.165317;REVB=0.0136479;RO=2;SAF=35;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262456;STB=0.51351;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00112795;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:2:2:69:70:0.972222:34:35:2:0:34:36:2:0 chr1 89847411 . C T 799.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4383;QD=55.1335;RBI=0.0507102;REFB=0;REVB=0.0329937;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173827;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:51:58:0:0:51:58:1:27:24:0:0:28:30:0:0 chr1 89847444 . A G 682.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8774;QD=62.0347;RBI=0.0504882;REFB=0;REVB=-0.00758262;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr1 89849268 . T C 125.52 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0205501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.988;QD=9.65543;RBI=0.0266352;REFB=-0.01096;REVB=0.0169447;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153002;STB=0.581239;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0331503;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:7:9:15:20:7:9:16:20 chr1 89849742 . A T 689.72 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.743;QD=62.7014;RBI=0.0501589;REFB=0;REVB=0.0476501;RO=0;SAF=37;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127149;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:6:37:0:0:7:37:0:0 chr1 90048248 . C T 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0226546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.465;QD=17.9775;RBI=0.0242853;REFB=-0.0197449;REVB=-0.00874917;RO=54;SAF=30;SAR=15;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595142;STB=0.533318;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0214306;OID=.;OPOS=90048248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:15:30:33:21:15:30:33:21 chr1 90171835 . CG GT,TG 1072.86 PASS AF=0.0547945,0.945205;AO=4,67;DP=73;FAO=4,69;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=3,57;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000804681,-0.0117049;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=21.1776,50.71;QD=58.7869;RBI=0.0914295,0.0298583;REFB=0,0;REVB=-0.091426,0.0274684;RO=0;SAF=3,55;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0469349,-0.00403145;OID=.,.;OPOS=90171835,90171835;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:73:73:0:0:4,67:4,69:0.0547945,0.945205:1,12:3,55:0:0:1,12:3,57:0:0 chr1 90178308 . A G 258.42 PASS AF=0.4;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0021242;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0158;QD=13.7823;RBI=0.00266127;REFB=0.000141215;REVB=-0.00160316;RO=46;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18981;STB=0.601741;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000202201;OID=.;OPOS=90178308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:46:45:30:30:0.4:11:19:21:25:11:19:21:24 chr1 90178648 . G A 238.88 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0210671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.389;QD=18.7359;RBI=0.0210672;REFB=-0.0152614;REVB=-7.19812e-05;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207613;STB=0.617065;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0156899;OID=.;OPOS=90178648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:8:17:12:14:8:17:12:14 chr1 90178743 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0594;QD=62.6673;RBI=0.109284;REFB=0;REVB=-0.0495237;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623853;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 90179532 . A G 223.06 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0222301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.485;QD=14.8704;RBI=0.0230561;REFB=-0.0161678;REVB=0.00611622;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232227;STB=0.632327;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0307977;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:8:18:16:18:8:18:16:18 chr1 90486412 . T G 2643.8 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.856;QD=60.777;RBI=0.0286531;REFB=-0.00809601;REVB=0.0133061;RO=1;SAF=83;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531821;STB=0.505555;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=3.05408e-05;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:174:1:2:172:172:0.988506:89:83:0:1:89:83:0:2 chr1 90493026 . G A 410.28 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6495;QD=54.7044;RBI=0.0735643;REFB=0;REVB=-0.0670483;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586202;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:15:14:1:0:15:15:0:0 chr1 91728053 . G A 1244.75 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0097561;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.485;QD=59.2739;RBI=0.0180809;REFB=-0.037277;REVB=0.0152229;RO=2;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00055005;STB=0.50029;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000132931;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:84:2:2:82:82:0.97619:42:40:1:1:42:40:1:1 chr1 91742224 . C T 218.87 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.029379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8613;QD=11.6728;RBI=0.0295234;REFB=0.0164914;REVB=-0.00291691;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256663;STB=0.501483;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0295525;OID=.;OPOS=91742224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:14:13:23:25:14:13:23:25 chr1 91781413 . T G 1591.28 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555778;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.044;QD=60.0484;RBI=0.0628621;REFB=0;REVB=0.0293727;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342972;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr1 91840937 . T C 349.1 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00993348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.89;QD=20.2376;RBI=0.013462;REFB=-0.0130753;REVB=-0.00908585;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165071;STB=0.591784;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0105494;OID=.;OPOS=91840937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:12:24:16:17:12:24:16:17 chr1 91851253 . T C 724.46 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.09;QD=59.1398;RBI=0.0245896;REFB=-0.182236;REVB=0.0172774;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000572778;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:0:2:47:47:0.959184:25:22:0:0:25:22:1:1 chr1 91853111 . A C 3836.71 PASS AF=0.988281;AO=248;DP=257;FAO=253;FDP=256;FR=.;FRO=3;FSAF=150;FSAR=103;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0208846;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.892;QD=59.9486;RBI=0.0220657;REFB=0.0481319;REVB=0.00712239;RO=0;SAF=145;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68071e-08;STB=0.50495;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00298083;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:257:256:0:3:248:253:0.988281:103:145:0:0:103:150:3:0 chr1 91859795 . T C 1623.85 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4269;QD=60.1427;RBI=0.0414439;REFB=0;REVB=0.0244191;RO=0;SAF=38;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215985;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:70:38:0:0:70:38:0:0 chr1 91980447 . A G 315.46 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00174563;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.588;QD=14.5037;RBI=0.0227409;REFB=0.000653846;REVB=-0.0226738;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740007;STB=0.546316;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00062824;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:14:21:34:17:14:21:35:17 chr1 91981364 . GCCCCT GCCCT,GCCCTC,TGCCCT 176.85 PASS AF=0.363636,0.272727,0;AO=11,7,2;DP=33;FAO=12,9,0;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10,9,0;FSAR=2,0,0;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.131689,-0.033188,-0.118648;FXX=0.0294031;HRUN=4,4,1;LEN=1,2,2;MLLD=15.7156,51.1848,13.7043;QD=21.4363;RBI=0.147149,0.037098,0.126893;REFB=-0.0668884,-0.0305022,-0.0201679;REVB=0.0656568,0.0165776,0.0449943;RO=11;SAF=10,7,2;SAR=1,0,0;SRF=1;SRR=10;SSEN=0.418367,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.705139,0.833871,0.767034;STB=0.854706,0.998941,0.5;STBP=0.001,0,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0997394,0.0868071,0;OID=.,.,.;OPOS=91981365,91981368,91981364;OREF=C,CT,GC;OALT=-,TC,TG;OMAPALT=GCCCT,GCCCTC,TGCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:11:12:11,7,2:12,9,0:0.363636,0.272727,0:1,0,0:10,7,2:1:10:2,0,0:10,9,0:1:11 chr1 92108899 . C T 227.56 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00854785;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.414;QD=14.9218;RBI=0.00860861;REFB=-0.00737314;REVB=0.00102101;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132564;STB=0.568847;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0105686;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:37:35:25:26:0.42623:11:14:16:21:11:15:16:19 chr1 92163682 . C G 246.81 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00314868;FXX=0.0609682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.484;QD=12.8212;RBI=0.00486118;REFB=-0.00990439;REVB=0.00370363;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193074;STB=0.649177;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0148136;OID=.;OPOS=92163682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:77:31:48:29:29:0.376623:10:19:14:17:10:19:20:28 chr1 92174260 . A G 1008.88 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.276;QD=59.3459;RBI=0.0257317;REFB=0;REVB=0.00816638;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9156e-05;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:28:39:0:0:28:40:0:0 chr1 92185657 . C T 1328.32 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104589;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.215;QD=61.0721;RBI=0.0106581;REFB=0.0307886;REVB=0.00205064;RO=1;SAF=55;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853734;STB=0.504503;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000125879;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:31:55:1:0:31:55:1:0 chr1 92187618 . G A 681.44 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0146477;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.709;QD=17.9325;RBI=0.0203279;REFB=-0.00507893;REVB=-0.014095;RO=80;SAF=41;SAR=31;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665932;STB=0.536876;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00603801;OID=.;OPOS=92187618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:80:80:72:72:0.473684:31:41:40:40:31:41:40:40 chr1 92262874 . T C 397.74 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00548816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.633;QD=14.2051;RBI=0.0151284;REFB=-0.0125468;REVB=-0.0140978;RO=65;SAF=34;SAR=12;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36514;STB=0.710517;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0252825;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:66:46:46:0.410714:12:34:26:39:12:34:26:40 chr1 92295565 . C T 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00443014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.103;QD=42.7092;RBI=0.00443111;REFB=-0.0816017;REVB=-9.30047e-05;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834716;STB=0.545407;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000986683;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:9:10:2:0:9:10:2:0 chr1 92327045 . G A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0102182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5181;QD=11.7806;RBI=0.0548728;REFB=0.00977045;REVB=-0.053913;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211797;STB=0.614829;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0215033;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:6:10:13:17:6:10:14:17 chr1 92442695 . A C 1366.79 PASS AF=0.957895;AO=90;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0345663;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.36;QD=57.5491;RBI=0.03624;REFB=-0.18106;REVB=0.0108859;RO=2;SAF=43;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215322;STB=0.521734;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00139599;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:95:95:2:4:90:91:0.957895:47:43:2:0:47:44:4:0 chr1 92646021 . G A 221.13 PASS AF=0.470588;AO=20;DP=47;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00311134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.996;QD=17.3434;RBI=0.01637;REFB=-0.0120368;REVB=-0.0160716;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676175;STB=0.538429;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0130091;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:23:27:20:24:0.470588:9:11:11:12:9:15:15:12 chr1 92647223 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.018356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.847;QD=9.11033;RBI=0.0230103;REFB=-0.00823954;REVB=0.0138756;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266321;STB=0.662868;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0228079;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:10:6:5:3:10:6 chr1 92647532 . C A 763.88 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783737;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6755;QD=56.5835;RBI=0.00949617;REFB=0;REVB=0.00536217;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50637e-05;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:36:16:0:0:36:18:0:0 chr1 92889408 . C T 336.0 PASS AF=0.596491;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0504331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2191;QD=23.5786;RBI=0.0506595;REFB=-0.00504599;REVB=-0.00478484;RO=23;SAF=11;SAR=22;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141605;STB=0.572451;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0047299;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:23:33:34:0.596491:22:11:4:19:23:11:4:19 chr1 92946479 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6999;QD=53.2753;RBI=0.0668914;REFB=0;REVB=0.0647062;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177333;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 92974595 . G A 1362.55 PASS AF=0.988764;AO=71;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.161;QD=61.2383;RBI=0.0163134;REFB=-0.0234016;REVB=0.00136415;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00050009;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:71:88:0.988764:38:33:0:0:51:37:0:1 chr1 92979124 . G A 62.65 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.068185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.806;QD=20.8832;RBI=0.106511;REFB=-0.107661;REVB=-0.0818259;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141787;STB=0.5831;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.042569;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:3:1:1:7:3:1 chr1 92979354 . A G 958.5 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.334;QD=57.2236;RBI=0.0239651;REFB=0.0418287;REVB=-0.0202696;RO=1;SAF=11;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851529;STB=0.504503;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000815295;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:55:11:0:1:55:11:0:1 chr1 93073228 . C A 533.42 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0141499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.485;QD=19.9408;RBI=0.0143338;REFB=-0.0222695;REVB=0.00228825;RO=52;SAF=36;SAR=19;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019275;STB=0.510634;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0314622;OID=.;OPOS=93073228;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:19:36:33:19:19:36:33:19 chr1 93089823 . T C 1036.1 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0341034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1115;QD=56.7726;RBI=0.0644951;REFB=-0.064402;REVB=0.054741;RO=3;SAF=44;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243674;STB=0.503473;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00177393;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:3:2:70:71:0.972603:26:44:1:2:27:44:1:1 chr1 93160902 . T C 510.02 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00807445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.482;QD=52.3099;RBI=0.0118273;REFB=-0.0330042;REVB=-0.00864229;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389783;STB=0.530596;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0124798;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:2:3:36:36:0.923077:13:23:2:0:13:23:3:0 chr1 93306317 . G A 544.6 PASS AF=0.47541;AO=55;DP=120;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.0198353;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0891;QD=17.8556;RBI=0.0198354;REFB=-0.0287494;REVB=-6.35681e-05;RO=65;SAF=16;SAR=39;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164702;STB=0.513622;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0378319;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:65:64:55:58:0.47541:39:16:19:46:42:16:19:45 chr1 93307908 . T A 894.29 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00217045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.98;QD=55.0335;RBI=0.00686336;REFB=-0.0267888;REVB=0.00651114;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285993;STB=0.515147;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00151587;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:31:32:2:0:31:32:2:0 chr1 93311661 . T C 425.54 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0295643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6155;QD=15.3347;RBI=0.0534352;REFB=-0.00208617;REVB=0.0445115;RO=62;SAF=23;SAR=25;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209629;STB=0.516328;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0041353;OID=.;OPOS=93311661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:63:48:48:0.432432:25:23:31:31:25:23:32:31 chr1 93311707 . C T 459.27 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0312592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.923;QD=17.3311;RBI=0.0317115;REFB=-0.0223909;REVB=-0.00533708;RO=54;SAF=20;SAR=30;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952249;STB=0.544384;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0370557;OID=.;OPOS=93311707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:56:50:50:0.471698:30:20:27:27:30:20:27:29 chr1 93311708 . G A 537.95 PASS AF=0.52381;AO=54;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0377987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5716;QD=20.4934;RBI=0.0468225;REFB=-0.00599871;REVB=0.0276334;RO=43;SAF=27;SAR=27;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103523;STB=0.543357;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00415969;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:50:54:55:0.52381:27:27:16:27:28:27:20:30 chr1 93312142 . A G 105.76 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0089651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.006;QD=11.4339;RBI=0.0223418;REFB=-0.0130921;REVB=0.0204642;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207314;STB=0.512296;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0232879;OID=.;OPOS=93312142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:7:17:9:4:7:17 chr1 93435259 . A T 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0173856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.393;QD=16.6174;RBI=0.0203876;REFB=-0.00993988;REVB=0.0106489;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193117;STB=0.609046;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0113942;OID=.;OPOS=93435259;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:9:19:11:12:9:19 chr1 93440474 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0197023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.734;QD=14.1955;RBI=0.0244798;REFB=-0.0316929;REVB=0.0145286;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571694;STB=0.533288;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0348979;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:10:12:9:6:10:12 chr1 93493038 . C A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0516077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.731;QD=13.0911;RBI=0.0530625;REFB=-0.00518668;REVB=0.0123401;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498891;STB=0.529366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.008467;OID=.;OPOS=93493038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:7:13:9:4:7:13 chr1 93580581 . G C 1571.95 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.327;QD=59.8838;RBI=0.0508983;REFB=0;REVB=0.050818;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24033e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:45:59:0:0:46:59:0:0 chr1 93581024 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0253122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.836;QD=16.5274;RBI=0.026348;REFB=-0.0104067;REVB=-0.00731537;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353931;STB=0.519984;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0210591;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:14:15:12:13:14:15 chr1 93603183 . C CAT,T 949.86 PASS AF=0.757576,0.242424;AO=48,17;DP=72;FAO=50,16;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28,7;FSAR=22,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342091,-0.0328489;FXX=0.0571347;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=106.395,43.949;QD=57.5674;RBI=0.0433743,0.0952476;REFB=0,0;REVB=0.0266658,-0.0894038;RO=6;SAF=27,7;SAR=21,10;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0937833,-0.272137;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0114416,0.001602;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:66:6:0:48,17:50,16:0.757576,0.242424:21,10:27,7:6:0:22,9:28,7:0:0 chr1 93617546 . T C 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6511;QD=57.1002;RBI=0.0574961;REFB=0;REVB=0.0293577;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844346;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr1 93620191 . C CT 39.2 PASS AF=0.217949;AO=18;DP=84;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0225114;FXX=0.0602337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.0891;QD=2.01025;RBI=0.0849931;REFB=-0.060386;REVB=-0.0819577;RO=66;SAF=12;SAR=6;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230302;STB=0.683909;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=0.117541;OID=.;OPOS=93620192;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217949:18:84:17:78:61:12:5:29:32:39:66:12:6:32:34 chr1 93620393 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.000578338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.165;QD=12.7918;RBI=0.00594979;REFB=-0.00203874;REVB=-0.00592162;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142661;STB=0.594464;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00404746;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:8:14:7:7:8:15 chr1 93646207 . T C 41.06 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.131725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.919;QD=16.4252;RBI=0.140125;REFB=0.0653382;REVB=-0.0477854;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0655097;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:3:1:1:5:3:1 chr1 93672723 . A C 309.9 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00789159;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.749;QD=13.7733;RBI=0.0234246;REFB=-0.00537655;REVB=0.0220553;RO=53;SAF=25;SAR=10;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289743;STB=0.676464;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0121629;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:55:35:35:0.388889:10:25:24:29:10:25:24:31 chr1 93744055 . G A 268.85 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00212067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.573;QD=10.5433;RBI=0.00328743;REFB=-0.00500698;REVB=0.00251195;RO=67;SAF=23;SAR=11;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134446;STB=0.584211;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00887326;OID=.;OPOS=93744055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:68:34:34:0.333333:11:23:38:29:11:23:38:30 chr1 93851295 . T C 309.86 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0431389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.894;QD=18.7793;RBI=0.0448508;REFB=-0.00786044;REVB=0.0122731;RO=32;SAF=9;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223122;STB=0.63406;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0133128;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:24:9:16:16:24:9:17:16 chr1 94037329 . C T 484.79 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0159453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.984;QD=21.0779;RBI=0.02574;REFB=-0.015073;REVB=-0.0202064;RO=45;SAF=15;SAR=32;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581512;STB=0.532211;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0147237;OID=.;OPOS=94037329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:32:15:17:28:32:15:17:28 chr1 94341267 . A G 983.76 PASS AF=0.910256;AO=70;DP=77;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0151606;FXX=0.0370325;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.451;QD=50.4493;RBI=0.0165947;REFB=-0.134442;REVB=0.00674849;RO=7;SAF=42;SAR=28;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553867;STB=0.528099;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00154037;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:77:78:7:7:70:71:0.910256:28:42:2:5:29:42:2:5 chr1 94341984 . AAT A,AAA,ATT 37.62 PASS AF=0.120482,0,0;AO=20,7,7;DP=99;FAO=10,0,0;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=7,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.136246,0.0097897,-0.0131888;FXX=0.0119033;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=19.7901,18.6708,19.1836;QD=1.81301;RBI=0.159217,0.0276779,0.0302422;REFB=-0.0475209,-0.00559454,0.00487604;REVB=-0.0823843,0.0258888,-0.0272149;RO=54;SAF=11,1,7;SAR=9,6,0;SRF=24;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.12697,-0.391081,0.658273;STB=0.640929,0.5,0.5;STBP=0.385,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.134336,0,0;OID=.,.,.;OPOS=94341985,94341986,94341985;OREF=AT,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AAA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.120482,0,0:20,7,7:99:10,0,0:83:73:7,0,0:3,0,0:40:33:39:54:11,1,7:9,6,0:24:30 chr1 94342564 . C A 923.16 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542931;FXX=0.0307645;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.9;QD=58.613;RBI=0.0542931;REFB=0;REVB=-5.9982e-05;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113489;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr1 94343023 . A G 1553.51 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.422;QD=59.1814;RBI=0.0223966;REFB=0;REVB=0.0172381;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73321e-05;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:101:105:1:47:54:0:0:50:55:0:0 chr1 94343233 . T C 1491.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.029;QD=63.4742;RBI=0.0341263;REFB=0;REVB=0.0338064;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53974e-05;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr1 94344716 . C T 727.06 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0368127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.006;QD=52.8769;RBI=0.047587;REFB=-0.168297;REVB=0.0301554;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.516123;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000785383;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:30:23:0:1:30:23:0:2 chr1 94471075 . A G 694.74 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191591;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8688;QD=63.1585;RBI=0.0191606;REFB=0;REVB=0.000235922;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360587;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:22:22:0:0 chr1 94480203 . C CG 33.41 PASS AF=0.0884354;AO=19;DP=147;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=0.0233155;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.1793;QD=0.909232;RBI=0.0353488;REFB=-0.0130643;REVB=-0.0265693;RO=125;SAF=9;SAR=10;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148155;STB=0.545384;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=0.100566;OID=.;OPOS=94480204;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0884354:19:147:13:147:134:8:5:76:58:33:125:9:10:74:51 chr1 94578548 . T C,G 1065.34 PASS AF=0.934211,0.0657895;AO=66,5;DP=71;FAO=71,5;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33,4;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745763,0.000138902;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.9447,149.152;QD=56.0704;RBI=0.0750604,0.0514389;REFB=0,0;REVB=0.00851141,0.0514387;RO=0;SAF=32,4;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.75585e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00654621,0.0740329;OID=.,.;OPOS=94578548,94578548;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:71:76:0:0:66,5:71,5:0.934211,0.0657895:34,1:32,4:0:0:38,1:33,4:0:0 chr1 94639337 . A G 567.44 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308378;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.876;QD=61.345;RBI=0.0309574;REFB=0;REVB=0.0027191;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93291e-06;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:33:37:1:24:9:0:0:24:13:0:0 chr1 94639447 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.193;QD=53.9111;RBI=0.0226736;REFB=0;REVB=0.0219018;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13697e-05;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr1 94930345 . G A 555.43 PASS AF=0.449612;AO=46;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0518972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8331;QD=17.2226;RBI=0.0606437;REFB=-0.0149135;REVB=0.0313742;RO=68;SAF=29;SAR=17;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125932;STB=0.558986;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0387453;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:68:46:58:0.449612:17:29:35:33:22:36:35:33 chr1 95001600 . A C 1266.52 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362673;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.25;QD=61.7812;RBI=0.0423743;REFB=0;REVB=0.021915;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97369e-05;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:31:50:0:0:31:51:0:0 chr1 95330372 . G A 1472.43 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.053;QD=63.3302;RBI=0.0238576;REFB=0;REVB=0.0214286;RO=0;SAF=61;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53252e-05;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:31:61:0:0:32:61:0:0 chr1 95709821 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3804;QD=63.5826;RBI=0.0825555;REFB=0;REVB=0.0658365;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144091;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 95709939 . T G 454.79 PASS AF=0.425;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0311205;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.793;QD=15.1596;RBI=0.032869;REFB=-0.0239846;REVB=-0.0105776;RO=67;SAF=27;SAR=24;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675282;STB=0.5294;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0371357;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:67:69:51:51:0.425:24:27:31:36:24:27:33:36 chr1 97189091 . G A 282.96 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.031105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6073;QD=14.8927;RBI=0.0482825;REFB=-0.00735957;REVB=-0.036928;RO=44;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776835;STB=0.543892;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0147138;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:14:18:28:16:14:18:28:16 chr1 98348885 . G A 2144.55 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842737;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.513;QD=63.0751;RBI=0.0460204;REFB=0;REVB=0.0452422;RO=0;SAF=65;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235933;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:71:65:0:0:71:65:0:0 chr1 99127392 . T C 762.06 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1815;QD=56.4487;RBI=0.0952821;REFB=0;REVB=0.0682691;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311609;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:20:34:0:0 chr1 99225627 . G A 2199.87 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.844;QD=62.4076;RBI=0.0391864;REFB=-0.0645863;REVB=0.00188321;RO=1;SAF=62;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760679;STB=0.503999;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000310611;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:141:1:1:139:140:0.992908:77:62:1:0:78:62:1:0 chr1 100203648 . C T 453.65 PASS AF=0.382353;AO=51;DP=134;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00161289;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3683;QD=13.3427;RBI=0.00432916;REFB=-0.00630746;REVB=-0.00401749;RO=83;SAF=25;SAR=26;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109231;STB=0.551451;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.012594;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:83:84:51:52:0.382353:26:25:49:34:26:26:49:35 chr1 100203693 . G A 616.34 PASS AF=0.408046;AO=71;DP=174;FAO=71;FDP=174;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=0.00244945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7655;QD=14.1687;RBI=0.0161668;REFB=-0.019484;REVB=0.0159801;RO=103;SAF=35;SAR=36;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114904;STB=0.564391;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0170163;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:103:103:71:71:0.408046:36:35:62:41:36:35:62:41 chr1 100336361 . C T 498.08 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00033327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.285;QD=15.2087;RBI=0.0221304;REFB=-0.00383093;REVB=-0.0221279;RO=66;SAF=30;SAR=25;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149757;STB=0.511169;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00515118;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:76:55:55:0.419847:25:30:37:29:25:30:40:36 chr1 100358103 . C T 701.45 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00439551;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.682;QD=18.1018;RBI=0.00614184;REFB=-0.00906634;REVB=-0.00428972;RO=79;SAF=41;SAR=33;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566954;STB=0.538047;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0113713;OID=.;OPOS=100358103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:79:81:74:74:0.477419:33:41:39:40:33:41:39:42 chr1 100598866 . GC AT 1252.78 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773848;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.584;QD=61.8658;RBI=0.0197583;REFB=0;REVB=0.0181798;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.42826e-05;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr1 100672060 . T C 2027.25 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.644;QD=62.3768;RBI=0.0401835;REFB=0;REVB=0.0332584;RO=0;SAF=77;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15489e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65332e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:53:77:0:0:53:77:0:0 chr1 101005855 . T C 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000453064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.789;QD=58.9879;RBI=0.00222055;REFB=-0.0271972;REVB=0.00217384;RO=1;SAF=42;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111331;STB=0.505881;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=1.74247e-06;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:33:42:1:0:33:42:1:0 chr1 101006577 . A G 1152.89 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9218;QD=60.6784;RBI=0.0164396;REFB=0;REVB=0.00935502;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91865e-05;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr1 101007055 . C T 1287.64 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428413;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6926;QD=62.0548;RBI=0.0432965;REFB=0;REVB=-0.00626214;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107105;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr1 101203827 . G A 818.49 PASS AF=0.538462;AO=76;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00488634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.019;QD=22.8948;RBI=0.00679486;REFB=-0.0114478;REVB=0.00472163;RO=66;SAF=29;SAR=47;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379423;STB=0.52313;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00789399;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:66:76:77:0.538462:47:29:28:38:48:29:28:38 chr1 103352451 . A G 351.73 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0106938;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6718;QD=20.0989;RBI=0.0283863;REFB=-0.0249565;REVB=-0.026295;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819927;STB=0.54543;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0172922;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:16:20:22:12:16:20:22:12 chr1 103354115 . T C 640.19 PASS AF=0.481481;AO=64;DP=134;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.032913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4205;QD=18.9685;RBI=0.0329204;REFB=0.0147121;REVB=0.000695781;RO=70;SAF=44;SAR=20;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628382;STB=0.53765;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0149522;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:70:70:64:65:0.481481:20:44:44:26:20:45:44:26 chr1 103354138 . A G 733.16 PASS AF=0.496552;AO=71;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.00703303;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.903;QD=20.225;RBI=0.0230142;REFB=-0.0133364;REVB=0.0219132;RO=73;SAF=47;SAR=24;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454639;STB=0.502645;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0141378;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:73:71:72:0.496552:24:47:48:25:25:47:48:25 chr1 103354428 . A G 541.18 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00761676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.328;QD=16.7809;RBI=0.00920943;REFB=-0.00808575;REVB=0.00517673;RO=70;SAF=25;SAR=33;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246545;STB=0.504773;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00929506;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:71:58:58:0.449612:33:25:30:40:33:25:30:41 chr1 103379918 . G A 359.1 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0528687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7099;QD=17.3059;RBI=0.0638604;REFB=0.00467427;REVB=-0.0358197;RO=45;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213793;STB=0.619463;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00940046;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:16:22:16:29:16:22:16:29 chr1 103444679 . T G 1802.4 PASS AF=0.953125;AO=121;DP=128;FAO=122;FDP=128;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0665807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.04;QD=56.3251;RBI=0.0677045;REFB=-0.0695751;REVB=0.0122848;RO=6;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507955;STB=0.526311;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000850198;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:128:128:6:6:121:122:0.953125:53:68:0:6:54:68:0:6 chr1 103471456 . CCAT C 1665.94 PASS AF=0.653125;AO=180;DP=422;FAO=209;FDP=320;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=202;FSRF=28;FSRR=83;FWDB=-0.143378;FXX=0.439572;HRUN=2;LEN=3;MLLD=212.158;QD=20.8243;RBI=0.143601;REFB=-0.0202436;REVB=0.00800324;RO=2;SAF=72;SAR=108;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130384;STB=0.779884;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0123514;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653125:180:422:209:320:111:7:202:28:83:99:2:72:108:2:0 chr1 104076462 . C T 198.37 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000154634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.821;QD=13.2247;RBI=0.0105698;REFB=0.000216564;REVB=-0.0105687;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209784;STB=0.620587;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000347724;OID=.;OPOS=104076462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:16:8:19:17:16:8:19:17 chr1 104166496 . T C 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000300737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.295;QD=5.21556;RBI=0.00486799;REFB=-0.00265088;REVB=-0.00485869;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4812;STB=0.821684;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0104647;OID=.;OPOS=104166496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:12:9:5:1:12:9 chr1 104166547 . T G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0164656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9762;QD=5.21556;RBI=0.0186447;REFB=0.00383044;REVB=0.00874678;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4812;STB=0.821684;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00499313;OID=.;OPOS=104166547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:12:9:5:1:12:9 chr1 107600869 . G A 559.24 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00875255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.229;QD=20.5226;RBI=0.0106212;REFB=-0.015265;REVB=-0.00601695;RO=50;SAF=35;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099565;STB=0.546677;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0133274;OID=.;OPOS=107600869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:52:57:57:0.522936:22:35:25:25:22:35:27:25 chr1 107979396 . A C 3807.42 PASS AF=0.988189;AO=248;DP=254;FAO=251;FDP=254;FR=.;FRO=3;FSAF=139;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00234328;FXX=0.023076;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.979;QD=59.9594;RBI=0.0352315;REFB=-0.119085;REVB=0.0351535;RO=2;SAF=139;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866473;STB=0.506607;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000344204;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:254:254:2:3:248:251:0.988189:109:139:0:2:112:139:0:3 chr1 108113526 . C G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.054323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.718;QD=8.81114;RBI=0.0543903;REFB=-0.0107622;REVB=-0.00270546;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0245587;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:5:5:4:2:5:6 chr1 108113856 . G A 402.56 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0420507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.09;QD=15.6333;RBI=0.0438531;REFB=-0.0143221;REVB=-0.0124435;RO=58;SAF=15;SAR=30;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693716;STB=0.538989;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0102348;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:30:15:23:35:30:15:23:35 chr1 108113865 . G A 403.71 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00276856;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.629;QD=16.3113;RBI=0.0293939;REFB=0.000377713;REVB=-0.0292633;RO=57;SAF=14;SAR=28;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969202;STB=0.554718;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.000388256;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:28:14:24:33:28:14:24:33 chr1 108115145 . T C 566.09 PASS AF=0.445255;AO=55;DP=130;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0302005;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7725;QD=16.5281;RBI=0.0404791;REFB=-0.00239607;REVB=0.0269534;RO=75;SAF=38;SAR=17;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291615;STB=0.619476;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00375234;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:137:75:76:55:61:0.445255:17:38:31:44:23:38:31:45 chr1 108119007 . G C 72.88 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0435805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.823;QD=9.7176;RBI=0.0442064;REFB=-0.0104783;REVB=0.00741261;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10924;STB=0.535142;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0226111;OID=.;OPOS=108119007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:30:20:20:9:10:0.333333:5:4:7:13:6:4:7:13 chr1 108138961 . T C 467.94 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00459347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.354;QD=20.1266;RBI=0.0196286;REFB=-0.0134655;REVB=0.0190836;RO=45;SAF=15;SAR=31;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513865;STB=0.54356;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0128249;OID=.;OPOS=108138961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:47:46:46:0.494624:31:15:17:28:31:15:19:28 chr1 108313258 . C T 233.16 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0306992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1217;QD=11.5141;RBI=0.0312611;REFB=-0.00429524;REVB=0.00590021;RO=49;SAF=16;SAR=12;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093666;STB=0.545424;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00953706;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:52:28:29:0.358025:12:16:32:17:12:17:34:18 chr1 109010230 . G A 254.26 PASS AF=0.314815;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0104094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7601;QD=9.4169;RBI=0.0163033;REFB=-0.00875565;REVB=-0.0125476;RO=72;SAF=18;SAR=16;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147017;STB=0.59346;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0120884;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:74:34:34:0.314815:16:18:29:43:16:18:29:45 chr1 109013193 . ATTTTTTTTC ATTTTTTCTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT 41.3 PASS AF=0.0576923,0.192308,0;AO=3,14,2;DP=54;FAO=3,10,0;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=0,7,0;FSAR=3,3,0;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0421528,0.132254,-0.0157727;FXX=0.0370302;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=213.404,7.3462,19.2128;QD=3.17731;RBI=0.0448441,0.1346,0.117486;REFB=-0.00509594,-0.0491289,-0.0186004;REVB=-0.0153014,-0.0250194,-0.116423;RO=27;SAF=0,7,2;SAR=3,7,0;SRF=20;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.677413,-0.270869,0.386095;STB=0.997312,0.553378,0.5;STBP=0.019,0.777,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.00879828,0.035609,0.00513064;OID=.,.,.;OPOS=109013200,109013194,109013201;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTTTCTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0576923,0.192308,0:3,14,2:54:3,10,0:52:39:0,7,0:3,3,0:25:14:25:27:0,7,2:3,7,0:20:7 chr1 109173710 . G A 331.05 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0153121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.236;QD=18.6506;RBI=0.0694239;REFB=0.0213812;REVB=-0.0677142;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104636;STB=0.563899;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0444483;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:16:19:23:12:16:19:24:12 chr1 109265029 . G T 2169.39 PASS AF=0.979021;AO=138;DP=145;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00289627;FXX=0.0137922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1754;QD=60.6822;RBI=0.00297627;REFB=-0.102972;REVB=-0.000685422;RO=3;SAF=73;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019134;STB=0.509803;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000696185;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:143:3:3:138:140:0.979021:65:73:3:0:65:75:3:0 chr1 109268573 . T C 417.8 PASS AF=0.411765;AO=47;DP=116;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0408048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2732;QD=14.0437;RBI=0.0446881;REFB=-0.0103963;REVB=0.0182208;RO=66;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424334;STB=0.531173;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0146779;OID=.;OPOS=109268573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:66:70:47:49:0.411765:24:23:35:31:25:24:38:32 chr1 109273456 . A G 151.01 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0343257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.573;QD=12.8522;RBI=0.0450101;REFB=-0.0144274;REVB=0.0291145;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265355;STB=0.638662;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0200987;OID=.;OPOS=109273456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:16:17:0.361702:10:6:18:11:10:7:19:11 chr1 109289353 . C G 33.98 PASS AF=0.210526;AO=4;DP=19;FAO=4;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.12693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2454;QD=7.1534;RBI=0.127163;REFB=-0.0196014;REVB=0.00769544;RO=12;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582086;STB=0.876745;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0432711;OID=.;OPOS=109289353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:19:19:12:13:4:4:0.210526:3:1:10:2:3:1:11:2 chr1 109325118 . G A 593.86 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.00416794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.804;QD=15.5257;RBI=0.0042828;REFB=0.00513277;REVB=-0.000985215;RO=87;SAF=30;SAR=36;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871339;STB=0.548679;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00744094;OID=.;OPOS=109325118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:87:66:66:0.431373:36:30:47:40:36:30:47:40 chr1 109338861 . G C 508.92 PASS AF=0.5;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0219599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.667;QD=20.7721;RBI=0.0269298;REFB=-0.00704827;REVB=0.0155876;RO=48;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00707657;OID=.;OPOS=109338861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:49:49:0.5:25:24:24:24:25:24:24:25 chr1 109351501 . A G 142.08 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0129702;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.348;QD=9.47201;RBI=0.0208481;REFB=-0.0140157;REVB=-0.0163223;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162185;STB=0.595014;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0213373;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:39:41:19:19:0.316667:8:11:17:22:8:11:18:23 chr1 109363232 . T C 194.23 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0180493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.338;QD=8.35394;RBI=0.0221597;REFB=-0.0022693;REVB=-0.012856;RO=67;SAF=15;SAR=11;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484868;STB=0.528945;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0171167;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:67:26:26:0.27957:11:15:36:31:11:15:36:31 chr1 109366286 . C T 495.56 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00599934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7415;QD=21.3143;RBI=0.0363774;REFB=0.0226388;REVB=-0.0358792;RO=45;SAF=19;SAR=29;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166006;STB=0.509164;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0189497;OID=.;OPOS=109366286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:29:19:17:28:29:19:17:28 chr1 109369915 . G T 360.09 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0144398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.082;QD=16.0038;RBI=0.0144418;REFB=-0.00623242;REVB=0.000237178;RO=47;SAF=12;SAR=26;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202567;STB=0.625888;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00459797;OID=.;OPOS=109369915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:47:51:38:39:0.433333:26:12:24:23:26:13:28:23 chr1 109394593 . A C 439.66 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0205287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.982;QD=23.4487;RBI=0.0213629;REFB=-0.0179109;REVB=0.00591148;RO=30;SAF=12;SAR=30;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132028;STB=0.505122;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0102518;OID=.;OPOS=109394593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:32:42:43:0.573333:30:12:9:21:30:13:10:22 chr1 109394609 . T A 417.21 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00880735;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.41;QD=25.2856;RBI=0.0111752;REFB=-0.0110511;REVB=0.00687864;RO=26;SAF=12;SAR=28;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.514591;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00519058;OID=.;OPOS=109394609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:28:12:7:19:28:12:7:19 chr1 109395105 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.741;QD=59.5009;RBI=0.0377234;REFB=0;REVB=0.0155952;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33888e-05;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr1 109461341 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.013833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.711;QD=16.9229;RBI=0.014851;REFB=-0.00305598;REVB=0.00540362;RO=34;SAF=7;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314216;STB=0.677938;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00324223;OID=.;OPOS=109461341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:23:7:18:16:23:7:18:16 chr1 109465165 . ACTT A 419.13 PASS AF=0.417391;AO=46;DP=111;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0048293;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.138;QD=14.5786;RBI=0.0131555;REFB=-0.0117166;REVB=0.0122371;RO=53;SAF=25;SAR=21;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587087;STB=0.509622;STBP=0.865;TYPE=del;VARB=0.013368;OID=.;OPOS=109465166;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.417391:46:111:48:115:67:25:23:36:31:99:53:25:21:32:21 chr1 109466858 . G A 146.01 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0302091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.499;QD=18.2513;RBI=0.0302352;REFB=0.0122495;REVB=-0.00125379;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0194064;OID=.;OPOS=109466858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:15:16:0.5:5:10:10:6:6:10:10:6 chr1 109472773 . G A 804.24 PASS AF=0.519231;AO=80;DP=155;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=-0.00629059;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9907;QD=20.6215;RBI=0.0175308;REFB=-0.0146511;REVB=0.0163633;RO=75;SAF=40;SAR=40;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182757;STB=0.60206;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0128762;OID=.;OPOS=109472773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:75:75:80:81:0.519231:40:40:22:53:40:41:22:53 chr1 109479978 . G T 78.8 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0385441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5475;QD=6.56687;RBI=0.043119;REFB=0.00468672;REVB=-0.0193287;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946932;STB=0.559739;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0143065;OID=.;OPOS=109479978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:6:5:14:23:6:5:14:23 chr1 109486196 . A G 244.68 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00747861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.898;QD=17.4772;RBI=0.012248;REFB=-0.0129785;REVB=0.00969969;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180445;STB=0.599924;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0155812;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:26:27:0.482143:17:9:15:13:18:9:15:14 chr1 109656946 . T C 582.13 PASS AF=0.491803;AO=59;DP=121;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0181637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.351;QD=19.0861;RBI=0.0184549;REFB=-0.0234991;REVB=-0.00326595;RO=62;SAF=32;SAR=27;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510064;STB=0.532514;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0227081;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:62:62:59:60:0.491803:27:32:37:25:28:32:37:25 chr1 109704618 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.838;QD=47.8223;RBI=0.0256356;REFB=0;REVB=-0.0212765;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75214e-05;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 109730809 . T C 291.5 PASS AF=0.377778;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00268144;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.989;QD=12.9556;RBI=0.0161657;REFB=-0.00277485;REVB=0.0159418;RO=54;SAF=23;SAR=10;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381645;STB=0.532905;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00649233;OID=.;OPOS=109730809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:56:33:34:0.377778:10:23:36:18:10:24:37:19 chr1 109735298 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.294;QD=58.0606;RBI=0.00736214;REFB=0;REVB=-0.00163785;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0701e-06;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr1 109735416 . A C 934.53 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.451;QD=58.4084;RBI=0.0481315;REFB=0;REVB=0.0192372;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114483;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:55:64:1:28:27:0:0:35:29:0:0 chr1 109737063 . C T 640.08 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00577004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.325;QD=55.6588;RBI=0.047994;REFB=-0.0878718;REVB=0.0476459;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323448;STB=0.524875;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0032851;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:46:46:1:3:42:43:0.934783:14:28:0:1:14:29:1:2 chr1 109737090 . G A 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.699;QD=62.9778;RBI=0.0183628;REFB=0;REVB=0.0166591;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75839e-05;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr1 109737131 . CT CC,TC 702.23 PASS AF=0.93617,0.0425532;AO=44,2;DP=47;FAO=44,2;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011689,-0.0267493;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=123.947,79.6813;QD=59.7641;RBI=0.0194461,0.0267494;REFB=-0.0764434,-0.0842983;REVB=0.0155408,5.3772e-05;RO=1;SAF=25,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0240823,0.697199;STB=0.512815,0.993266;STBP=0.312,0.227;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00236668,0.0824431;OID=.,.;OPOS=109737132,109737131;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:1:1:44,2:44,2:0.93617,0.0425532:19,0:25,2:0:1:19,0:25,2:0:1 chr1 109737172 . C T 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.539;QD=59.4285;RBI=0.0138527;REFB=0;REVB=0.00928895;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2615e-06;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 109742485 . G A 996.77 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.495;QD=57.7836;RBI=0.0362875;REFB=-0.148559;REVB=0.031662;RO=1;SAF=47;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668555;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:0:68:69:1:21:47:1:0:21:48:0:0 chr1 109745618 . T C 1584.12 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8928;QD=64.0047;RBI=0.0509442;REFB=0;REVB=0.00671376;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107778;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:59:36:0:0:60:39:0:0 chr1 109771063 . T C 1245.03 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121194;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.002;QD=61.483;RBI=0.0946905;REFB=0;REVB=0.0946827;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169927;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr1 109792735 . A ACGC 155.74 PASS AF=1;AO=10;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446759;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.582;QD=44.4967;RBI=0.0470248;REFB=0;REVB=-0.0146762;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000446805;OID=.;OPOS=109792736;OREF=-;OALT=CGC;OMAPALT=ACGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:16:14:14:0:12:2:0:0:4:0:9:1:0:0 chr1 109794252 . T C 1567.7 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2489;QD=63.9878;RBI=0.0471574;REFB=0;REVB=0.0197492;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78441e-05;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr1 109795608 . T C 145.13 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8445;QD=44.6551;RBI=0.039511;REFB=0;REVB=-0.0352593;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00232474;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr1 109806834 . C T 155.33 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188816;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.079;QD=41.4213;RBI=0.0189145;REFB=-0.108247;REVB=0.0011161;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0011529;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:1:0:10:4:1:0 chr1 109807099 . G A 1468.47 PASS AF=0.921053;AO=105;DP=114;FAO=105;FDP=114;FR=.;FRO=9;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0118422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.055;QD=51.5253;RBI=0.0141586;REFB=-0.159946;REVB=0.00776061;RO=8;SAF=54;SAR=51;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521288;STB=0.531792;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00160573;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:114:114:8:9:105:105:0.921053:51:54:1:7:51:54:1:8 chr1 109816176 . A C 204.98 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.04;QD=48.2309;RBI=0.011783;REFB=0;REVB=-0.00823273;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18475e-05;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:11:6:0:0 chr1 109818263 . G A 1495.66 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000939602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.123;QD=62.3193;RBI=0.00560805;REFB=0.0431823;REVB=0.00552878;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998257;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000474898;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:47:48:0:1:47:48:0:1 chr1 109825360 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.388;QD=63.2858;RBI=0.0404838;REFB=0;REVB=0.021932;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133428;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 109836835 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000515477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.382;QD=58.5878;RBI=0.00351744;REFB=0;REVB=0.00347946;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93894e-06;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr1 109836842 . C G 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0488766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1082;QD=10.4709;RBI=0.103702;REFB=0.0005271;REVB=-0.0914612;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299495;STB=0.681497;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00383656;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:12:12:9:3:12:12 chr1 109838918 . C T 1133.57 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153587;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4455;QD=58.8866;RBI=0.0702382;REFB=-0.123294;REVB=0.0685384;RO=1;SAF=53;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884516;STB=0.504586;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00330707;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:22:53:1:0:22:54:1:0 chr1 109839433 . A G 1802.66 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.983;QD=61.1071;RBI=0.00907822;REFB=0;REVB=-0.00841593;RO=0;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35432e-06;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:57:60:0:0:58:60:0:0 chr1 109856306 . G A 541.13 PASS AF=0.398734;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0169198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5373;QD=13.6995;RBI=0.0385589;REFB=-0.023271;REVB=0.0346484;RO=92;SAF=33;SAR=30;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251499;STB=0.517485;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0242672;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:95:63:63:0.398734:30:33:46:46:30:33:47:48 chr1 109856384 . CAA ACA,C 1230.49 PASS AF=0.0235294,0.976471;AO=3,62;DP=82;FAO=2,83;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=2,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10516,0.16315;FXX=0.0229859;HRUN=1,6;LEN=2,2;MLLD=10.2438,29.5181;QD=57.9055;RBI=0.10989,0.163487;REFB=0,0;REVB=-0.0318928,-0.0104989;RO=0;SAF=1,20;SAR=2,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0234391,0.000555366;OID=.,.;OPOS=109856384,109856385;OREF=CA,AA;OALT=AC,-;OMAPALT=ACA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:82:85:0:0:3,62:2,83:0.0235294,0.976471:2,42:1,20:0:0:2,48:0,35:0:0 chr1 109884775 . T G 1840.65 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3253;QD=61.3549;RBI=0.0571471;REFB=0;REVB=0.0551772;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032478;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:61:59:0:0:61:59:0:0 chr1 109897103 . A G 1498.93 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122612;FXX=0.0380916;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6898;QD=59.3637;RBI=0.0744825;REFB=0;REVB=0.0734664;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547716;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:100:101:1:42:58:0:0:43:58:0:0 chr1 109952545 . A G 200.05 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0341327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7712;QD=13.5626;RBI=0.0792096;REFB=-0.0484461;REVB=0.071478;RO=33;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241389;STB=0.640903;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0725603;OID=.;OPOS=109952545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:24:24:0.40678:17:7:17:16:17:7:18:17 chr1 110086451 . GG AG,CA 432.71 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797399,-0.0086922;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=172.155,139.822;QD=55.8333;RBI=0.0236155,0.00955108;REFB=0,0;REVB=0.0222285,-0.00395839;RO=0;SAF=14,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.92057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000518065,0.078478;OID=.,.;OPOS=110086451,110086451;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:15,2:14,0:0:0:15,2:14,0:0:0 chr1 110087405 . T C 629.22 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7373;QD=57.2019;RBI=0.054357;REFB=-0.0244665;REVB=0.0409592;RO=1;SAF=12;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375076;STB=0.538443;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00136204;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:30:12:1:0:30:12:2:0 chr1 110134210 . TA T 753.83 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3097;QD=47.1141;RBI=0.0470551;REFB=0;REVB=-0.0355571;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00125228;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:61:64:64:0:36:28:0:0:14:0:35:26:0:0 chr1 110151395 . G T 490.92 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00629689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.668;QD=14.2295;RBI=0.0192575;REFB=-0.000302494;REVB=-0.0181989;RO=81;SAF=15;SAR=40;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241831;STB=0.638554;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000504393;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:83:55:55:0.398551:40:15:39:42:40:15:40:43 chr1 110162918 . T C 1439.49 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0491278;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9353;QD=61.9134;RBI=0.0697776;REFB=-0.0903987;REVB=0.0495516;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903006;STB=0.504761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00113307;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:52:40:0:1:52:40:0:1 chr1 110163879 . G A 1562.09 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638514;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.845;QD=64.4159;RBI=0.0733631;REFB=0;REVB=0.0361268;RO=0;SAF=20;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57162e-05;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:94:97:1:74:20:0:0:76:21:0:0 chr1 110168275 . TC CC,T,TCC 35.72 PASS AF=0,0,0.326923;AO=5,6,10;DP=54;FAO=0,0,17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=0,0,10;FSAR=0,0,7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0072827,-0.0926438,0.107749;FXX=0.0370302;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,1;MLLD=204.996,11.1377,6.90882;QD=2.7478;RBI=0.00963426,0.0929639,0.108263;REFB=0.000201054,0.0456541,-0.050258;REVB=-0.00630723,0.0077078,-0.0105357;RO=29;SAF=4,4,2;SAR=1,2,8;SRF=21;SRR=8;SSEN=0,0.384615,0;SSEP=0,0.769231,0;SSSB=0.119776,-0.0806768,-0.57498;STB=0.5,0.5,0.508187;STBP=1,1,0.942;TYPE=snp,del,ins;VARB=0,-0.00172013,0.0720709;OID=.,.,.;OPOS=110168275,110168276,110168276;OREF=T,C,-;OALT=C,-,C;OMAPALT=CC,T,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:39:54:52:29:35:5,6,10:0,0,17:0,0,0.326923:1,2,8:4,4,2:21:8:0,0,7:0,0,10:21:14 chr1 110170896 . T C 1176.33 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651535;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3967;QD=61.1079;RBI=0.0342848;REFB=0;REVB=0.03366;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311587;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr1 110201699 . T C 1467.77 PASS AF=0.884298;AO=107;DP=121;FAO=107;FDP=121;FR=.;FRO=14;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0639382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4777;QD=48.5212;RBI=0.0702828;REFB=0.0328624;REVB=-0.0291819;RO=10;SAF=45;SAR=62;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296076;STB=0.526162;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.000685047;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:121:121:10:14:107:107:0.884298:62:45:6:4:62:45:9:5 chr1 110201809 . G T 1542.51 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795613;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.579;QD=59.9031;RBI=0.0305698;REFB=0;REVB=-0.0295163;RO=0;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51907e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:68:35:0:0:68:35:0:0 chr1 110201812 . A G 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.904;QD=59.832;RBI=0.0748969;REFB=0;REVB=0.0518465;RO=0;SAF=36;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234027;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:66:36:0:0:66:36:0:0 chr1 110210780 . C G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0218021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.763;QD=10.1733;RBI=0.0304561;REFB=-0.01191;REVB=-0.021266;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0214588;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr1 110215851 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0220768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.23;QD=16.0288;RBI=0.0495278;REFB=-0.0115125;REVB=-0.0443353;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16114;STB=0.591168;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0118765;OID=.;OPOS=110215851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:13:17:10:15:13:17 chr1 110279701 . C T 197.12 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00517834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.128;QD=18.7738;RBI=0.0542968;REFB=-0.0178649;REVB=-0.0540493;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168539;STB=0.595146;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0309464;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:15:7:10:10:15:7 chr1 110282972 . G T 1041.37 PASS AF=0.925;AO=73;DP=79;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.127858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.798;QD=52.0686;RBI=0.127983;REFB=-0.11496;REVB=0.00567526;RO=2;SAF=24;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377907;STB=0.553557;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00206536;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:79:80:2:6:73:74:0.925:49:24:2:0:49:25:6:0 chr1 110295772 . T C 724.39 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00180447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.484;QD=54.671;RBI=0.0775052;REFB=-0.147605;REVB=0.0774842;RO=1;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000703423;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:16:36:0:1:16:36:0:1 chr1 110300504 . A G 1590.16 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0454729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2702;QD=58.8949;RBI=0.0687909;REFB=0.0381568;REVB=-0.0516179;RO=0;SAF=83;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26112e-08;STB=0.510202;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000793523;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:24:83:0:0:24:83:0:1 chr1 110466466 . T C 519.5 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.152;QD=59.3717;RBI=0.0723212;REFB=0;REVB=-0.0719253;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297799;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr1 110466555 . G A 585.39 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.00615411;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.872;QD=17.7391;RBI=0.00765009;REFB=-0.00873907;REVB=0.00454431;RO=68;SAF=39;SAR=22;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037038;STB=0.519439;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00998629;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:71:61:61:0.462121:22:39:41:27:22:39:43:28 chr1 110466709 . T C 3702.6 PASS AF=0.979424;AO=238;DP=243;FAO=238;FDP=243;FR=.;FRO=5;FSAF=129;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0117328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7968;QD=60.9481;RBI=0.0549307;REFB=0.00617672;REVB=-0.053663;RO=4;SAF=129;SAR=109;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00925425;STB=0.502941;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00106575;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:243:243:4:5:238:238:0.979424:109:129:1:3:109:129:2:3 chr1 110466810 . C A,G 2293.95 PASS AF=0.935065,0.0649351;AO=142,12;DP=154;FAO=144,10;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=75,0;FSAR=69,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338171,-0.0164428;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.8953,166.337;QD=59.5831;RBI=0.0138982,0.0198213;REFB=0,0;REVB=0.0134805,-0.0110687;RO=0;SAF=75,0;SAR=67,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00538621,0.0354691;OID=.,.;OPOS=110466810,110466810;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:154:154:0:0:142,12:144,10:0.935065,0.0649351:67,12:75,0:0:0:69,10:75,0:0:0 chr1 110467745 . A G 1160.26 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722701;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.533;QD=61.0661;RBI=0.0257058;REFB=0;REVB=-0.024669;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51338e-05;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr1 110584378 . G A 742.79 PASS AF=0.503448;AO=72;DP=144;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00967626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.386;QD=20.4908;RBI=0.0106778;REFB=-0.00620327;REVB=0.00451494;RO=69;SAF=36;SAR=36;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644546;STB=0.503496;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00766912;OID=.;OPOS=110584378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:69:72:72:73:0.503448:36:36:34:35:37:36:35:37 chr1 110742085 . T C 613.65 PASS AF=0.443709;AO=66;DP=152;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0152374;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.385;QD=16.2557;RBI=0.0162346;REFB=0.00580231;REVB=0.00560216;RO=84;SAF=44;SAR=22;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232785;STB=0.623066;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00904976;OID=.;OPOS=110742085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:84:84:66:67:0.443709:22:44:37:47:23:44:37:47 chr1 110744181 . C T 205.67 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0173185;FXX=0.101678;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.852;QD=15.5226;RBI=0.0182796;REFB=-0.0118802;REVB=-0.00584917;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363917;STB=0.731585;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0190443;OID=.;OPOS=110744181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:53:27:30:23:23:0.433962:6:17:10:17:6:17:10:20 chr1 110883917 . A G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00332486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.401;QD=9.85697;RBI=0.00402673;REFB=-0.00473443;REVB=0.00227153;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785077;STB=0.546362;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00911776;OID=.;OPOS=110883917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:7:13:24:17:7:13:24:17 chr1 110884839 . AAG AA,A 788.53 PASS AF=1,0;AO=60,10;DP=81;FAO=81,0;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209686,0.0978089;FXX=0.0240935;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=17.3811,6.42867;QD=38.9398;RBI=0.246967,0.126425;REFB=-0.0188352,-0.00298356;REVB=0.130477,-0.0801036;RO=7;SAF=21,0;SAR=39,10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=0.0139369,-0.788545;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00822349,0;OID=.,.;OPOS=110884841,110884840;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:60,10:81:81,0:81:0:24,0:57,0:0:0:13:7:21,0:39,10:2:5 chr1 110949720 . C T 551.45 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.014424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.657;QD=19.5203;RBI=0.0144873;REFB=-0.00615564;REVB=-0.00135335;RO=56;SAF=26;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412725;STB=0.522769;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00441973;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:31:26:23:33:31:26:23:33 chr1 110998854 . G A 365.23 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.00628413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.233;QD=16.054;RBI=0.00753376;REFB=-0.0125377;REVB=-0.00415539;RO=50;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232816;STB=0.616535;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0189547;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:50:52:39:39:0.428571:20:19:36:14:20:19:36:16 chr1 111060669 . T C 1188.57 PASS AF=1;AO=53;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.201;QD=60.9525;RBI=0.0258252;REFB=0;REVB=0.0256899;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98947e-05;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:53:78:1:40:13:0:0:43:35:0:0 chr1 111061011 . C A 612.65 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00818039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.957;QD=18.5652;RBI=0.00910778;REFB=-0.0186493;REVB=0.00400413;RO=69;SAF=38;SAR=25;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159777;STB=0.588549;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0260485;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:25:38:30:39:25:38:30:39 chr1 111061062 . T C 2000.6 PASS AF=0.910828;AO=143;DP=157;FAO=143;FDP=157;FR=.;FRO=14;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00324396;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=349.286;QD=50.9708;RBI=0.0147842;REFB=0.00324524;REVB=-0.0144239;RO=14;SAF=75;SAR=68;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414403;STB=0.502187;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.000318752;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:157:157:14:14:143:143:0.910828:68:75:7:7:68:75:7:7 chr1 111061063 . T C 40.51 PASS AF=0.0822785;AO=15;DP=158;FAO=13;FDP=158;FR=.;FRO=145;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=69;FWDB=-0.00969108;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=333.681;QD=1.0256;RBI=0.0169765;REFB=-0.000651871;REVB=0.0139386;RO=143;SAF=8;SAR=7;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104898;STB=0.513176;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.14747;OID=.;OPOS=111061063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:158:158:143:145:15:13:0.0822785:7:8:75:68:6:7:76:69 chr1 111061653 . A G 1212.75 PASS AF=0.526786;AO=118;DP=225;FAO=118;FDP=224;FR=.;FRO=106;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.0683666;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.157;QD=21.6563;RBI=0.0685317;REFB=-0.0134728;REVB=-0.0047547;RO=104;SAF=71;SAR=47;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113737;STB=0.558097;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.023513;OID=.;OPOS=111061653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:104:106:118:118:0.526786:47:71:49:55:47:71:51:55 chr1 111441829 . C T 675.23 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0552243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4422;QD=27.5603;RBI=0.149225;REFB=0.0423982;REVB=-0.13863;RO=39;SAF=20;SAR=39;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134711;STB=0.573504;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0293243;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:59:59:0.602041:39:20:20:19:39:20:20:19 chr1 111584463 . G GT 238.35 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0454921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0707;QD=7.81486;RBI=0.0649828;REFB=0.00476833;REVB=0.046403;RO=76;SAF=28;SAR=17;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221223;STB=0.622168;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=-0.00797974;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368852:45:121:45:122:77:28:17:33:44:99:76:28:17:32:44 chr1 111584509 . G A 333.87 PASS AF=0.330769;AO=42;DP=128;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0133649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3476;QD=10.2728;RBI=0.044903;REFB=-0.0054799;REVB=0.0428679;RO=85;SAF=24;SAR=18;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156791;STB=0.596253;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00924386;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:85:87:42:43:0.330769:18:24:37:48:18:25:38:49 chr1 111773568 . G A,C 900.21 PASS AF=0.0615385,0.923077;AO=4,58;DP=63;FAO=4,60;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=4,22;FSAR=0,38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0384817,0.0275374;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.896,52.7848;QD=55.3977;RBI=0.0434974,0.0301676;REFB=-0.0247033,-0.10917;REVB=-0.0202775,-0.0123197;RO=1;SAF=4,20;SAR=0,38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0229992;STB=0.5,0.511107;STBP=1,0.279;TYPE=snp,snp;VARB=0.202305,0.0031693;OID=.,.;OPOS=111773568,111773568;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:63:65:1:1:4,58:4,60:0.0615385,0.923077:0,38:4,20:1:0:0,38:4,22:1:0 chr1 111783982 . C A 2268.77 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.172;QD=63.0215;RBI=0.0210302;REFB=0;REVB=-0.020304;RO=0;SAF=80;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08095e-05;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:144:0:0:142:144:1:62:80:0:0:64:80:0:0 chr1 111783996 . A G 2595.53 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815328;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.256;QD=61.7984;RBI=0.0221126;REFB=0;REVB=0.0205546;RO=0;SAF=89;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30692e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:167:168:1:78:89:0:0:79:89:0:0 chr1 111833488 . C CCT 2598.51 PASS AF=0.95082;AO=171;DP=189;FAO=174;FDP=183;FR=.;FRO=9;FSAF=70;FSAR=104;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0115168;FXX=0.0265943;HRUN=2;LEN=2;MLLD=274.168;QD=56.7981;RBI=0.0239185;REFB=-0.0705895;REVB=0.0209633;RO=12;SAF=68;SAR=103;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559036;STB=0.524638;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.000498644;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95082:171:189:174:183:9:70:104:8:1:17:12:68:103:10:2 chr1 111833517 . G A 2960.72 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.813;QD=63.331;RBI=0.0421759;REFB=0;REVB=0.042013;RO=1;SAF=72;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16588e-05;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:1:0:185:187:1:113:72:1:0:114:73:0:0 chr1 112029193 . A G 91.14 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00620409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1912;QD=8.28582;RBI=0.00688038;REFB=-0.0121514;REVB=0.00297472;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104658;STB=0.543789;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0147717;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:44:31:32:12:12:0.272727:8:4:8:23:8:4:9:23 chr1 112033285 . G C 364.04 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0178076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7838;QD=15.8277;RBI=0.0217642;REFB=-0.00782121;REVB=-0.0125127;RO=53;SAF=23;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148576;STB=0.508372;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0100651;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:16:23:32:21:16:23:32:21 chr1 112042632 . A G 369.35 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00301984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0704;QD=16.9816;RBI=0.0558154;REFB=-0.0223252;REVB=0.0557336;RO=48;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116128;STB=0.506514;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0246143;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:24:15:19:29:24:15:19:29 chr1 112251902 . C T 321.3 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0135793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.224;QD=18.9002;RBI=0.0146219;REFB=-0.0114784;REVB=0.0054224;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832532;STB=0.546253;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0106946;OID=.;OPOS=112251902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:14:20:23:11:14:20:23:11 chr1 112269872 . G A 232.92 PASS AF=0.534884;AO=20;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00414902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.665;QD=21.6672;RBI=0.059724;REFB=-0.0132392;REVB=0.0595797;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513173;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0112719;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:20:23:0.534884:11:9:9:11:12:11:9:11 chr1 112298373 . ATTTTTTG ATTTTCTG,ATTTTTG,ATTTTTGT 455.83 PASS AF=0.454545,0.436364,0.0909091;AO=19,13,7;DP=58;FAO=25,24,5;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23,20,5;FSAR=2,4,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0136811,-0.0237685,-0.0592195;FXX=0.0517152;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=165.542,9.91413,8.49796;QD=33.1513;RBI=0.025358,0.253238,0.121827;REFB=-0.0229705,-0.12057,-0.0802305;REVB=0.0213507,0.25212,0.106466;RO=4;SAF=17,13,7;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.447172,0.848349,0.819748;STB=0.599907,0.555506,0.996613;STBP=0.049,0.096,0.062;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0254707,0.111011,0.209153;OID=.,.,.;OPOS=112298378,112298374,112298379;OREF=T,T,TG;OALT=C,-,GT;OMAPALT=ATTTTCTG,ATTTTTG,ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.454545,0.436364,0.0909091:19,13,7:58:25,24,5:55:1:23,20,5:2,4,0:0:1:99:4:17,13,7:2,0,0:0:4 chr1 112298829 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00430508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.19;QD=16.8229;RBI=0.0542713;REFB=-0.043857;REVB=-0.0541002;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0266645;OID=.;OPOS=112298829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:2:3:4:3:2:3 chr1 112308953 . T C 188.96 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0217029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.119;QD=20.9953;RBI=0.0230803;REFB=-0.00268801;REVB=0.00785392;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256157;STB=0.642721;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00222696;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:14:3:9:10:14:3 chr1 112308972 . G A 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0230281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7527;QD=18.3435;RBI=0.0264057;REFB=0.00474559;REVB=-0.0129216;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365362;STB=0.702416;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00168507;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:17:1:7:10:17:1 chr1 112524731 . C A 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00438236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.317;QD=2.50868;RBI=0.0224649;REFB=-0.00960704;REVB=-0.0220333;RO=51;SAF=6;SAR=1;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348873;STB=0.772111;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0603172;OID=.;OPOS=112524731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:1:6:31:20:1:6:31:20 chr1 112539061 . A G 819.98 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00682102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8995;QD=55.5915;RBI=0.104337;REFB=-0.143316;REVB=0.104113;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0075388;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:59:1:1:55:58:0.983051:32:23:0:1:35:23:0:1 chr1 112991698 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.511;QD=51.9157;RBI=0.0670758;REFB=0;REVB=0.0243971;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457268;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 112999227 . G A 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9088;QD=57.1723;RBI=0.0903164;REFB=0;REVB=-0.0618305;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159479;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr1 113000946 . GGTCA G 525.49 PASS AF=0.859649;AO=45;DP=47;FAO=49;FDP=57;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0388937;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=4;MLLD=282.762;QD=36.8764;RBI=0.0515785;REFB=-0.0271379;REVB=0.0338766;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.82;TYPE=del;VARB=0.0044113;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.859649:45:47:49:57:8:28:21:5:3:22:0:27:18:0:0 chr1 113063125 . A G 426.71 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0112221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.143;QD=19.1779;RBI=0.0311741;REFB=-0.0235544;REVB=-0.0290842;RO=44;SAF=31;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114095;STB=0.579925;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0251929;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:46:43:43:0.483146:12:31:27:17:12:31:27:19 chr1 113083439 . C T 95.04 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0137004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5966;QD=11.5205;RBI=0.0449899;REFB=-0.00997301;REVB=-0.0428531;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491281;STB=0.571317;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0428482;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:11:12:0.363636:8:3:5:16:8:4:5:16 chr1 113213982 . TTA T,TT,TTT 240.94 PASS AF=0.619048,0,0;AO=16,7,6;DP=48;FAO=26,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=10,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0712005,-0.0397468,-0.110234;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=20.2858,10.3967,10.0886;QD=22.9463;RBI=0.177377,0.171659,0.111235;REFB=-0.146234,-0.173772,-0.034489;REVB=0.162459,0.166994,0.0148901;RO=14;SAF=5,2,0;SAR=11,5,6;SRF=1;SRR=13;SSEN=0,0.371429,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.26141,0.351044,-0.654484;STB=0.58227,0.5,0.5;STBP=0.21,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.097577,0.0309209,0;OID=.,.,.;OPOS=113213983,113213984,113213984;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048,0,0:16,7,6:48:26,0,0:42:16:10,0,0:16,0,0:3:13:93:14:5,2,0:11,5,6:1:13 chr1 113236681 . C T 366.99 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.000528582;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.002;QD=16.1313;RBI=0.00540321;REFB=-0.0142416;REVB=-0.00537729;RO=52;SAF=27;SAR=12;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226418;STB=0.512764;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0195651;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:52:39:39:0.428571:12:27:35:17:12:27:35:17 chr1 113237171 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00892727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.128;QD=18.251;RBI=0.0109884;REFB=-0.00828696;REVB=0.00640692;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261844;STB=0.646889;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00848778;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:2:13:9:6:2:13 chr1 113239382 . G A 510.58 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00852244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.261;QD=18.3992;RBI=0.0167776;REFB=-0.0187911;REVB=0.0144518;RO=56;SAF=33;SAR=21;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200625;STB=0.606781;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0220492;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:57:54:54:0.486486:21:33:22:34:21:33:23:34 chr1 113241052 . T C 259.37 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00241654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.838;QD=14.4095;RBI=0.00264375;REFB=-0.0128094;REVB=-0.00107225;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211472;STB=0.613185;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0131858;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:42:42:28:30:0.416667:17:11:25:17:18:12:25:17 chr1 113243048 . C T 398.98 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0496501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.276;QD=18.3441;RBI=0.0724043;REFB=-0.0317766;REVB=0.0526996;RO=46;SAF=30;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281747;STB=0.658054;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0301027;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:11:30:21:25:11:30:21:25 chr1 113255389 . C T 866.01 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.752;QD=57.7342;RBI=0.0198261;REFB=0;REVB=0.0180439;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72121e-06;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:32:27:0:1:33:27:0:0 chr1 113657092 . A C 340.99 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.969;QD=54.5584;RBI=0.0276789;REFB=0;REVB=0.017624;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012147;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr1 114228536 . A T 448.22 PASS AF=0.451613;AO=34;DP=97;FAO=42;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0672769;FXX=0.0510152;HRUN=8;LEN=1;MLLD=21.4714;QD=19.2783;RBI=0.0796647;REFB=-0.025139;REVB=-0.0426649;RO=23;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478693;STB=0.503935;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0610544;OID=.;OPOS=114228536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:93:23:32:34:42:0.451613:17:17:13:10:24:18:14:18 chr1 114240319 . T TA 395.93 PASS AF=0.680556;AO=43;DP=75;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0335206;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9366;QD=21.9961;RBI=0.0833794;REFB=0.0326877;REVB=-0.0763445;RO=30;SAF=27;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124681;STB=0.530108;STBP=0.497;TYPE=ins;VARB=-0.0187329;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.680556:43:75:49:72:23:28:21:11:12:99:30:27:16:14:16 chr1 114301256 . TAA ATA,TA,T 509.55 PASS AF=0,0.475862,0.406897;AO=9,38,45;DP=149;FAO=0,69,59;FDP=145;FR=.;FRO=17;FSAF=0,46,19;FSAR=0,23,40;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.071407,0.236029,0.116395;FXX=0.0584378;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=11.7641,5.32438,9.02979;QD=14.0566;RBI=0.200825,0.253593,0.125344;REFB=-0.0178806,0.0850465,0.0422784;REVB=-0.187702,-0.092734,-0.0465108;RO=33;SAF=0,33,12;SAR=9,5,33;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.760783,0.340093,-0.284376;STB=0.5,0.566647,0.507869;STBP=1,0.02,0.798;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,-0.0142691,0.0916957;OID=.,.,.;OPOS=114301256,114301257,114301257;OREF=TA,A,AA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=ATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:75:149:145:33:17:9,38,45:0,69,59:0,0.475862,0.406897:9,5,33:0,33,12:20:13:0,23,40:0,46,19:6:11 chr1 114301335 . C T 1059.92 PASS AF=0.44898;AO=110;DP=246;FAO=110;FDP=245;FR=.;FRO=135;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=-0.00233726;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.947;QD=17.3049;RBI=0.00234933;REFB=-0.0237909;REVB=0.000237799;RO=135;SAF=61;SAR=49;SRF=74;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00643001;STB=0.503564;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0277067;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:135:135:110:110:0.44898:49:61:74:61:49:61:74:61 chr1 114306575 . A T 32.65 PASS AF=0.184211;AO=8;DP=36;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00749831;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=31.5491;QD=3.43676;RBI=0.0137714;REFB=-0.0110764;REVB=0.0115511;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460676;STB=0.590307;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.147214;OID=.;OPOS=114306575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:36:38:27:31:8:7:0.184211:3:5:6:21:4:3:10:21 chr1 114354654 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0557727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3204;QD=10.3915;RBI=0.0613365;REFB=-0.018854;REVB=0.0255259;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.509776;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0255295;OID=.;OPOS=114354654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:9:11:7:7:0.388889:2:5:6:3:2:5:8:3 chr1 114377568 . A G 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.019;QD=60.51;RBI=0.0484845;REFB=-0.0490169;REVB=0.0403238;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00148178;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:28:17:0:1:28:17:0:1 chr1 114401620 . G A 266.53 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0483071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7053;QD=15.9123;RBI=0.0495442;REFB=-0.0146137;REVB=0.0110024;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132281;STB=0.507458;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00995423;OID=.;OPOS=114401620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:18:19:15:15:18:19 chr1 114424601 . C T 279.5 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0143804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8408;QD=48.6086;RBI=0.0355334;REFB=-0.00921089;REVB=0.0324935;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00416566;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:0:1:22:22:0.956522:9:13:0:0:9:13:1:0 chr1 114443899 . G A 487.83 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.031398;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.264;QD=17.7391;RBI=0.040902;REFB=-0.0230996;REVB=-0.0262134;RO=56;SAF=25;SAR=27;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200871;STB=0.618277;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0242231;OID=.;OPOS=114443899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:56:58:52:52:0.472727:27:25:39:17:27:25:41:17 chr1 114448389 . C T 751.2 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0276191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.221;QD=18.898;RBI=0.0276242;REFB=-0.000181206;REVB=0.000535117;RO=80;SAF=40;SAR=38;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000294557;STB=0.503387;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000215356;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:81:78:78:0.490566:38:40:41:39:38:40:41:40 chr1 114449662 . T C 661.61 PASS AF=0.45;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=28;FWDB=0.0108775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.28;QD=16.5403;RBI=0.0136408;REFB=0.00235507;REVB=0.00823112;RO=87;SAF=35;SAR=37;SRF=59;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188817;STB=0.607053;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00264751;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:88:72:72:0.45:37:35:59:28:37:35:60:28 chr1 114505000 . G A 566.2 PASS AF=0.472441;AO=59;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.014216;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7911;QD=17.8331;RBI=0.041455;REFB=0.0110756;REVB=-0.0389412;RO=68;SAF=29;SAR=30;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201843;STB=0.511807;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0154184;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:67:59:60:0.472441:30:29:32:36:30:30:32:35 chr1 114515717 . G A 87.2 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0239999;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.686;QD=16.6098;RBI=0.0285289;REFB=-0.0166195;REVB=0.015424;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.657836;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0131029;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:21:21:7:10:10:11:0.52381:7:3:5:2:7:4:7:3 chr1 114632115 . TAAAAAA AAAAAAT,AAAAATA,TAAAAA,TTAAAAA 405.89 PASS AF=0.00900901,0.027027,0.936937,0;AO=6,5,32,11;DP=99;FAO=1,3,104,0;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=1,3,39,0;FSAR=0,0,65,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.109677,-0.0829372,0.198702,0.177665;FXX=0.0672212;HRUN=6,6,7,7;LEN=7,6,1,1;MLLD=167.633,165.492,6.57271,4.24912;QD=14.6268;RBI=0.112464,0.0877595,0.229516,0.18138;REFB=0.0158646,0.0193201,-0.0272805,-0.139372;REVB=-0.0248837,-0.0286907,-0.11487,0.03652;RO=24;SAF=6,5,2,0;SAR=0,0,30,11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.688518,0.657735,-0.607771,-0.786404;STB=0.994936,0.996656,0.511276,0.5;STBP=0.102,0.041,0.19,1;TYPE=mnp,mnp,del,snp;VARB=0.0433057,0.204366,0.0498005,0;OID=.,.,.,.;OPOS=114632115,114632115,114632116,114632116;OREF=TAAAAAA,TAAAAA,A,A;OALT=AAAAAAT,AAAAAT,-,T;OMAPALT=AAAAAAT,AAAAATA,TAAAAA,TTAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:99:111:24:3:6,5,32,11:1,3,104,0:0.00900901,0.027027,0.936937,0:0,0,30,11:6,5,2,0:13:11:0,0,65,0:1,3,39,0:0:3 chr1 114948281 . A G 997.12 PASS AF=0.878049;AO=72;DP=84;FAO=72;FDP=82;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00823881;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.406;QD=48.64;RBI=0.0173494;REFB=-0.0216552;REVB=0.0152684;RO=10;SAF=31;SAR=41;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624402;STB=0.533187;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00375305;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:82:10:10:72:72:0.878049:41:31:7:3:41:31:7:3 chr1 114948282 . T G 37.49 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00752825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.7676;QD=1.78537;RBI=0.00761799;REFB=-0.00345355;REVB=-0.00116583;RO=75;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278075;STB=0.70725;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00374972;OID=.;OPOS=114948282;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:84:84:75:75:9:9:0.107143:3:6:32:43:3:6:32:43 chr1 115270419 . C T 34.89 PASS AF=0.0628571;AO=11;DP=165;FAO=11;FDP=175;FR=.,HEALED;FRO=164;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=-0.0429131;FXX=0.0056815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.3432;QD=0.797378;RBI=0.127356;REFB=-0.0313545;REVB=-0.119908;RO=99;SAF=10;SAR=1;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474163;STB=0.911148;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.126633;OID=.;OPOS=115270419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:165:175:99:164:11:11:0.0628571:1:10:54:45:1:10:76:88 chr1 115527364 . C T 510.93 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0134357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.528;QD=15.4827;RBI=0.0137692;REFB=-0.00369608;REVB=-0.00301221;RO=75;SAF=31;SAR=25;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888427;STB=0.553552;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0056503;OID=.;OPOS=115527364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:75:76:56:56:0.424242:25:31:35:40:25:31:35:41 chr1 115576023 . A G 1640.59 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.474;QD=60.2053;RBI=0.0318351;REFB=0;REVB=-0.00819952;RO=0;SAF=70;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113493;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:39:70:0:0:39:70:0:0 chr1 115591058 . T C 4561.0 PASS AF=0.983923;AO=276;DP=278;FAO=306;FDP=311;FR=.;FRO=5;FSAF=139;FSAR=167;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00595688;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.383;QD=58.6623;RBI=0.0376406;REFB=-0.152619;REVB=0.0371663;RO=2;SAF=133;SAR=143;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662165;STB=0.508833;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000144451;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:278:311:2:5:276:306:0.983923:143:133:0:2:167:139:5:0 chr1 116149152 . G A 1934.93 PASS AF=0.969697;AO=128;DP=132;FAO=128;FDP=132;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0169738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.018;QD=58.6342;RBI=0.0319966;REFB=-0.107436;REVB=0.0271233;RO=3;SAF=81;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293635;STB=0.520405;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000757193;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:132:132:3:4:128:128:0.969697:47:81:0:3:47:81:0:4 chr1 116234313 . A G 553.48 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0392911;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.744;QD=24.3286;RBI=0.0392918;REFB=-0.0110359;REVB=-0.000236504;RO=40;SAF=27;SAR=24;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162968;STB=0.589183;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00739224;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:40:40:51:51:0.56044:24:27:13:27:24:27:13:27 chr1 116234505 . A G 316.63 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0188135;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.887;QD=17.1148;RBI=0.0189928;REFB=-0.0160799;REVB=0.0026032;RO=40;SAF=8;SAR=25;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410111;STB=0.713574;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0379666;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:40:33:34:0.459459:25:8:26:14:25:9:26:14 chr1 116239633 . T G 634.35 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0304406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6912;QD=18.1243;RBI=0.0727588;REFB=-0.0253835;REVB=0.0660849;RO=75;SAF=31;SAR=34;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928318;STB=0.551497;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0257526;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:75:65:65:0.464286:34:31:43:32:34:31:43:32 chr1 116379441 . TTA T,TAA 41.84 PASS AF=0.122642,0;AO=15,5;DP=116;FAO=13,0;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=10,0;FSAR=3,0;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.17037,-0.0916417;FXX=0.0363603;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.1992,19.2537;QD=1.57873;RBI=0.185358,0.109;REFB=-0.0207411,-0.0148178;REVB=-0.0730198,0.0590144;RO=76;SAF=9,5;SAR=6,0;SRF=33;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.206165,0.542713;STB=0.781936,0.5;STBP=0.047,1;TYPE=del,snp;VARB=0.136042,0;OID=.,.;OPOS=116379442,116379442;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122642,0:15,5:116:13,0:106:93:10,0:3,0:41:52:42:76:9,5:6,0:33:43 chr1 116382318 . A G 2102.11 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7636;QD=62.7496;RBI=0.0335402;REFB=0;REVB=-0.015399;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157249;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:65:69:0:0:65:69:0:0 chr1 116382511 . A T 1156.25 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150124;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9827;QD=58.5443;RBI=0.026134;REFB=0.0349863;REVB=0.021392;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00067364;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:79:1:1:77:78:0.987342:37:40:1:0:38:40:1:0 chr1 116382778 . T C 1220.03 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0319223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8778;QD=58.7965;RBI=0.0658053;REFB=-0.132305;REVB=0.057544;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.510414;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00256989;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:0:2:81:81:0.975904:47:34:0:0:47:34:0:2 chr1 116383300 . T C 175.62 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1559;QD=46.8321;RBI=0.0675851;REFB=0;REVB=-0.0508681;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269391;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 116384090 . G A 503.43 PASS AF=0.505155;AO=41;DP=89;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0273205;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.395;QD=20.7598;RBI=0.0273583;REFB=-0.0115715;REVB=-0.00143842;RO=48;SAF=18;SAR=23;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216974;STB=0.577672;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0116402;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:97:48:48:41:49:0.505155:23:18:32:16:24:25:32:16 chr1 116384534 . C T 556.47 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0186817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.534;QD=18.7047;RBI=0.0201444;REFB=-0.0056723;REVB=-0.00753597;RO=61;SAF=38;SAR=20;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.587598;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00771374;OID=.;OPOS=116384534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:20:38:30:31:20:38:30:31 chr1 116384580 . C T 526.1 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0292576;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3889;QD=18.9586;RBI=0.0494292;REFB=-0.0355935;REVB=0.0398402;RO=56;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13196;STB=0.57652;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0375007;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:56:54:55:0.495495:25:29:22:34:25:30:22:34 chr1 116384773 . A G 266.39 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00349446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3821;QD=13.6611;RBI=0.00404224;REFB=-0.00088996;REVB=0.00203185;RO=47;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285139;STB=0.516232;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00137758;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:12:19:30:17:12:19:30:17 chr1 116385122 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0493172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.669;QD=12.7823;RBI=0.0501544;REFB=-0.00675017;REVB=0.00912542;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286058;STB=0.66637;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0112275;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:11:3:5:5:11:3 chr1 116385171 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.013603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.356;QD=12.8606;RBI=0.0643125;REFB=-0.00446096;REVB=0.0628574;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561098;STB=0.838983;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00310189;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:2:6:1:6:2:6 chr1 116385288 . C T 181.24 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00285816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.518;QD=16.4765;RBI=0.0393218;REFB=-0.0186057;REVB=0.0392178;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458849;STB=0.526288;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0235658;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:12:13:9:10:12:13 chr1 116385309 . C A 316.12 PASS AF=0.56;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0292731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8401;QD=25.2892;RBI=0.0370689;REFB=-0.00576907;REVB=0.0227418;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373912;STB=0.535689;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.005514;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:26:28:0.56:13:13:12:10:15:13:12:10 chr1 116385467 . A G 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0157603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.37;QD=14.4901;RBI=0.0167916;REFB=-0.0051466;REVB=-0.00579406;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365148;STB=0.71216;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00524032;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:5:14:12:18:5:14:12:18 chr1 116386139 . G A 3419.73 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225534;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6391;QD=61.6167;RBI=0.040574;REFB=0;REVB=0.0337283;RO=0;SAF=88;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21979e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633433;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:203:222:0:0:202:222:1:114:88:0:0:131:91:0:0 chr1 116386244 . C T 1505.47 PASS AF=0.523297;AO=146;DP=279;FAO=146;FDP=279;FR=.;FRO=133;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.00705068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.18;QD=21.5838;RBI=0.0113724;REFB=-0.00425109;REVB=-0.00892303;RO=131;SAF=74;SAR=72;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290722;STB=0.519385;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00433767;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:131:133:146:146:0.523297:72:74:62:69:72:74:62:71 chr1 116534852 . C T 930.45 PASS AF=0.419087;AO=101;DP=241;FAO=101;FDP=241;FR=.;FRO=140;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=0.0146343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.941;QD=15.4431;RBI=0.0262913;REFB=-0.0314667;REVB=0.0218419;RO=138;SAF=45;SAR=56;SRF=71;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715774;STB=0.540051;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0420447;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:138:140:101:101:0.419087:56:45:71:67:56:45:72:68 chr1 116569530 . G C 697.48 PASS AF=0.418478;AO=75;DP=183;FAO=77;FDP=184;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.00767118;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5576;QD=15.1625;RBI=0.0245473;REFB=0.0046627;REVB=0.0233179;RO=107;SAF=36;SAR=39;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845425;STB=0.539059;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00244337;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:107:107:75:77:0.418478:39:36:60:47:39:38:60:47 chr1 116605423 . C T 422.96 PASS AF=0.525;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0354604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8488;QD=21.1478;RBI=0.0367899;REFB=0.00961995;REVB=-0.00980066;RO=39;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154034;STB=0.595193;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0107285;OID=.;OPOS=116605423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:38:41:42:0.525:17:24:16:23:17:25:15:23 chr1 116610388 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1533;QD=58.7796;RBI=0.0125288;REFB=0;REVB=-0.0117472;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73415e-05;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 116670774 . A G 365.16 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00979935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.775;QD=18.4892;RBI=0.0114313;REFB=-0.0139317;REVB=0.00588627;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271642;STB=0.522376;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0226623;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:41:37:38:0.481013:16:21:21:18:16:22:22:19 chr1 116769830 . A C 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0144383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7873;QD=19.0775;RBI=0.0260245;REFB=0.0105705;REVB=0.0216521;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290032;STB=0.660774;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0114317;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:13:19:8:23:13:19:8:23 chr1 116948712 . G A 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00891717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.809;QD=16.8941;RBI=0.00949557;REFB=-0.0108372;REVB=0.00326342;RO=37;SAF=22;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125694;STB=0.570812;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0131293;OID=.;OPOS=116948712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:10:22:21:16:10:22:21:16 chr1 117102649 . C T 175.76 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0716909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8089;QD=11.9161;RBI=0.0801363;REFB=-0.0121378;REVB=-0.0358084;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480378;STB=0.527843;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0290239;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:14:8:15:22:14:8:15:22 chr1 117113531 . A C 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00493689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.549;QD=19.3443;RBI=0.0116956;REFB=-0.0497218;REVB=0.0106025;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0429286;OID=.;OPOS=117113531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:11:7:7:11:11:7 chr1 117122130 . T C 343.56 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00549264;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.772;QD=12.0549;RBI=0.0217717;REFB=-0.00141977;REVB=-0.0210675;RO=64;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151809;STB=0.569587;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00224468;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:64:72:42:42:0.368421:17:25:29:35:17:25:35:37 chr1 117122285 . G C 141.89 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0383194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2528;QD=9.61985;RBI=0.0384261;REFB=-0.0410081;REVB=0.00286093;RO=39;SAF=2;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479473;STB=0.801103;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0637169;OID=.;OPOS=117122285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:40:19:19:0.322034:17:2:16:23:17:2:17:23 chr1 117122288 . G C 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.024218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4793;QD=12.5619;RBI=0.0588919;REFB=-0.0338575;REVB=-0.0536819;RO=35;SAF=3;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414711;STB=0.744835;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0709062;OID=.;OPOS=117122288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:19:3:15:20:19:3:15:20 chr1 117142641 . G A 127.38 PASS AF=0.164384;AO=24;DP=146;FAO=24;FDP=146;FR=.;FRO=122;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=43;FWDB=-0.00739565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.328;QD=3.4898;RBI=0.0228799;REFB=-0.000293975;REVB=-0.0216517;RO=120;SAF=14;SAR=10;SRF=77;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783171;STB=0.556175;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00208709;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:120:122:24:24:0.164384:10:14:77:43:10:14:79:43 chr1 117142700 . C A 398.95 PASS AF=0.266055;AO=58;DP=219;FAO=58;FDP=218;FR=.;FRO=160;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=50;FWDB=-0.0247435;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.275;QD=7.32026;RBI=0.0415885;REFB=-0.00584273;REVB=0.033427;RO=159;SAF=34;SAR=24;SRF=109;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131046;STB=0.578675;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0253778;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:159:160:58:58:0.266055:24:34:109:50:24:34:110:50 chr1 117142736 . A G 420.88 PASS AF=0.275229;AO=59;DP=217;FAO=60;FDP=218;FR=.;FRO=158;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=107;FSRR=51;FWDB=-0.0045238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.586;QD=7.72253;RBI=0.0195811;REFB=-0.00739326;REVB=-0.0190514;RO=158;SAF=34;SAR=25;SRF=107;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131349;STB=0.571636;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0126241;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:158:158:59:60:0.275229:25:34:107:51:25:35:107:51 chr1 117142789 . G A 39.85 PASS AF=0.076087;AO=14;DP=184;FAO=14;FDP=184;FR=.;FRO=170;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=103;FSRR=67;FWDB=-0.000340604;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.57;QD=0.86621;RBI=0.000647484;REFB=0.000250079;REVB=-0.000550658;RO=168;SAF=9;SAR=5;SRF=102;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042396;STB=0.536371;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00482235;OID=.;OPOS=117142789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:184:184:168:170:14:14:0.076087:5:9:102:66:5:9:103:67 chr1 117142855 . C T 290.26 PASS AF=0.327731;AO=37;DP=120;FAO=39;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=-0.0729024;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5037;QD=9.75673;RBI=0.0731075;REFB=-0.0319651;REVB=-0.00547202;RO=47;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720684;STB=0.593622;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0658101;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:47:80:37:39:0.327731:17:20:22:25:18:21:54:26 chr1 117142868 . CA TG 220.42 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=117;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.0237083;FXX=0.0427314;HRUN=3;LEN=2;MLLD=134.768;QD=7.87218;RBI=0.0246816;REFB=-0.000175028;REVB=0.00686275;RO=78;SAF=19;SAR=12;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052944;STB=0.541718;STBP=0.619;TYPE=mnp;VARB=-3.41175e-05;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:112:78:81:31:31:0.276786:12:19:51:27:12:19:54:27 chr1 117146504 . G A 31.36 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00219424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.14;QD=1.42547;RBI=0.00922789;REFB=-0.00154087;REVB=0.00896322;RO=80;SAF=3;SAR=5;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128757;STB=0.603188;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.017123;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:8:8:0.0909091:5:3:39:41:5:3:39:41 chr1 117146571 . A G 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0401697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.724;QD=2.64355;RBI=0.0739277;REFB=-0.00936378;REVB=-0.062062;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123517;STB=0.591542;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0449616;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:17:26:3:3:17:26 chr1 117150928 . C T 295.42 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0351383;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.968;QD=17.3777;RBI=0.0379915;REFB=-0.0316227;REVB=0.0144449;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172516;STB=0.617578;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.03385;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:15:16:25:11:16:16:26:10 chr1 117150933 . G A 290.8 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0215109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.753;QD=17.1058;RBI=0.0281482;REFB=-0.0326263;REVB=0.0181549;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133373;STB=0.587634;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0138534;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:36:31:32:0.470588:14:17:24:11:15:17:25:11 chr1 117156418 . G A 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0172681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.268;QD=5.69643;RBI=0.0174566;REFB=-0.0050955;REVB=-0.00255837;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266655;STB=0.669756;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0381754;OID=.;OPOS=117156418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:5:4:22:11:5:4:22:11 chr1 117156459 . C T 153.52 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=0.0881862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3928;QD=7.31024;RBI=0.0882969;REFB=0.00091037;REVB=0.0044189;RO=62;SAF=10;SAR=12;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328678;STB=0.694581;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000133951;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:62:62:22:22:0.261905:12:10:45:17:12:10:45:17 chr1 117156490 . T C 174.06 PASS AF=0.252525;AO=24;DP=92;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.0576456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9274;QD=7.03262;RBI=0.0953347;REFB=-0.012969;REVB=-0.075932;RO=68;SAF=11;SAR=13;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247246;STB=0.661818;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0491838;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:99:68:74:24:25:0.252525:13:11:45:23:14:11:49:25 chr1 117156584 . TG CA 57.33 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0289137;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.543;QD=2.08464;RBI=0.0809731;REFB=-0.0049912;REVB=-0.0756349;RO=60;SAF=6;SAR=7;SRF=46;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388002;STB=0.592094;STBP=0.487;TYPE=mnp;VARB=0.0507615;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:110:60:97:13:13:0.118182:7:6:46:14:7:6:55:42 chr1 117156600 . T C 36.28 PASS AF=0.0877193;AO=10;DP=114;FAO=10;FDP=114;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.0192296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.224;QD=1.27282;RBI=0.0293602;REFB=-0.000474564;REVB=-0.0221866;RO=104;SAF=5;SAR=5;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772133;STB=0.561283;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00458921;OID=.;OPOS=117156600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:114:114:104:104:10:10:0.0877193:5:5:59:45:5:5:59:45 chr1 117249156 . T C 349.2 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00298843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.977;QD=20.2432;RBI=0.0126184;REFB=-0.0185783;REVB=0.0122594;RO=32;SAF=8;SAR=28;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225463;STB=0.636281;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0145463;OID=.;OPOS=117249156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:28:8:14:18:28:8:15:18 chr1 117487710 . AT GA 640.21 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112454;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.071;QD=62.4593;RBI=0.0207443;REFB=0;REVB=0.0174318;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000160788;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr1 117529487 . G C 688.21 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0619106;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1156;QD=16.9928;RBI=0.0625812;REFB=-0.00759344;REVB=-0.00913727;RO=85;SAF=47;SAR=27;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140273;STB=0.582021;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00943827;OID=.;OPOS=117529487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:85:88:74:74:0.45679:27:47:42:43:27:47:43:45 chr1 117552675 . G A 811.85 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=138;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0157692;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.842;QD=23.5318;RBI=0.0408009;REFB=-0.0192705;REVB=-0.0376304;RO=58;SAF=37;SAR=39;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718974;STB=0.537657;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0147072;OID=.;OPOS=117552675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:58:62:76:76:0.550725:39:37:23:35:39:37:25:37 chr1 117554421 . A G 340.25 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00599217;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.711;QD=15.2923;RBI=0.0266585;REFB=-0.021512;REVB=-0.0259763;RO=50;SAF=23;SAR=14;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175422;STB=0.515687;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0357498;OID=.;OPOS=117554421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:50:52:37:37:0.41573:14:23:31:19:14:23:31:21 chr1 117559726 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.004;QD=59.1426;RBI=0.0246162;REFB=0;REVB=-0.0241007;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011343;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr1 117602960 . C A 1533.0 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0733807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3952;QD=56.7778;RBI=0.0912058;REFB=-0.237761;REVB=0.0541642;RO=3;SAF=63;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00366158;STB=0.503875;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00534507;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:3:1:105:107:0.990741:42:63:2:1:43:64:1:0 chr1 117617705 . A G 126.61 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0036713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6892;QD=11.2538;RBI=0.0398458;REFB=-0.0104296;REVB=0.0396763;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129853;STB=0.544851;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0208972;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:30:14:15:0.333333:7:7:19:12:7:8:18:12 chr1 117618067 . C T 94.5 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0475432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.618;QD=21.0008;RBI=0.0872368;REFB=-0.0119466;REVB=-0.073143;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00342868;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:4:3:6:5:4:3 chr1 117715026 . C T 1030.08 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00961038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.685;QD=58.0329;RBI=0.0103278;REFB=-0.103181;REVB=0.00378213;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126076;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000240876;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:33:37:1:0:33:37:1:0 chr1 117785931 . G A 144.23 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0122905;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6667;QD=9.9471;RBI=0.0130927;REFB=-0.00160348;REVB=-0.00451243;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269499;STB=0.653466;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00599446;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:31:39:18:19:0.327586:12:6:18:13:13:6:21:18 chr1 117785979 . T C 744.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5334;QD=63.3598;RBI=0.063651;REFB=0;REVB=0.034728;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421192;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr1 118165973 . C T 500.08 PASS AF=0.385621;AO=59;DP=153;FAO=59;FDP=153;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.00237426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.086;QD=13.0741;RBI=0.0313719;REFB=-0.0023518;REVB=-0.0312819;RO=91;SAF=36;SAR=23;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188296;STB=0.516064;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00225854;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:91:94:59:59:0.385621:23:36:54:37:23:36:55:39 chr1 118166096 . C T 427.22 PASS AF=0.37037;AO=47;DP=134;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.0131096;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.327;QD=12.6582;RBI=0.0201693;REFB=-0.026331;REVB=-0.0153277;RO=85;SAF=38;SAR=9;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319957;STB=0.701807;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0481752;OID=.;OPOS=118166096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:85:85:47:50:0.37037:9:38:49:36:9:41:48:37 chr1 118166639 . T C 41.58 PASS AF=0.0909091;AO=5;DP=55;FAO=5;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0161277;FXX=0.0517152;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7332;QD=3.02391;RBI=0.0446893;REFB=-0.0069497;REVB=-0.0416777;RO=44;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523216;STB=0.863654;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0654422;OID=.;OPOS=118166639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:55:55:44:47:5:5:0.0909091:1:4:13:31:1:4:16:31 chr1 118166750 . A G 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0254054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4889;QD=21.5313;RBI=0.0260704;REFB=-0.010677;REVB=-0.00585093;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155038;STB=0.598373;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00624813;OID=.;OPOS=118166750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:31:37:37:0.544118:17:20:10:19:17:20:10:21 chr1 118166853 . C A 162.8 PASS AF=0.35;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0101179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.311;QD=10.853;RBI=0.0136655;REFB=0.00436063;REVB=-0.00918551;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328137;STB=0.666508;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00984978;OID=.;OPOS=118166853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:39:20:21:0.35:14:6:23:16:14:7:23:16 chr1 118166877 . C T 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00649148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.091;QD=17.8592;RBI=0.0372982;REFB=-0.0117341;REVB=-0.0367289;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400253;STB=0.522375;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0106508;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:16:18:18:19:16:18:18:19 chr1 118167199 . A G 456.85 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00500686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.195;QD=16.765;RBI=0.0221001;REFB=-0.00089951;REVB=0.0215255;RO=59;SAF=27;SAR=23;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128767;STB=0.571713;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000991521;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:23:27:24:35:23:27:24:35 chr1 118167653 . C T 318.8 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0020286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.988;QD=20.9048;RBI=0.00616469;REFB=-0.01823;REVB=-0.00582136;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056437;STB=0.523322;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0098011;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:28:32:33:0.540984:17:15:14:12:17:16:15:13 chr1 118168826 . C T 144.67 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-4.44018e-05;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.767;QD=11.1287;RBI=0.00427615;REFB=-0.00557415;REVB=-0.00427592;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783648;STB=0.545822;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00905671;OID=.;OPOS=118168826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:18:18:0.346154:7:11:23:11:7:11:23:11 chr1 118169650 . A T 301.37 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.000613795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1468;QD=16.7426;RBI=0.00990256;REFB=-0.0193411;REVB=-0.00988352;RO=38;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435141;STB=0.531626;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.018939;OID=.;OPOS=118169650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:15:18:19:19:15:18:19:20 chr1 118449215 . G A 209.59 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0264308;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.132;QD=25.4046;RBI=0.0322379;REFB=-0.0336377;REVB=0.0184579;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343481;STB=0.534919;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0157952;OID=.;OPOS=118449215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:13:19:20:0.606061:10:9:6:8:11:9:7:6 chr1 118483474 . C G 399.16 PASS AF=0.322981;AO=52;DP=166;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=0.00721031;FXX=0.0301187;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.338;QD=9.91704;RBI=0.0173087;REFB=-0.00242774;REVB=0.0157354;RO=109;SAF=29;SAR=23;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178886;STB=0.603128;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00457575;OID=.;OPOS=118483474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:161:109:109:52:52:0.322981:23:29:44:65:23:29:44:65 chr1 118491102 . G A 380.44 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0305125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.286;QD=11.9823;RBI=0.0311343;REFB=-0.0029524;REVB=-0.00619135;RO=81;SAF=27;SAR=19;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118421;STB=0.567706;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00639061;OID=.;OPOS=118491102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:19:27:39:42:19:27:39:42 chr1 118495153 . T G 265.86 PASS AF=0.520833;AO=21;DP=44;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00686843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.997;QD=22.1547;RBI=0.0372341;REFB=-0.00363498;REVB=0.0365951;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163228;STB=0.60598;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00112016;OID=.;OPOS=118495153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:23:23:21:25:0.520833:9:12:17:6:12:13:17:6 chr1 118509278 . G A 588.18 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=29;FWDB=0.00402712;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.946;QD=15.1787;RBI=0.0174575;REFB=-0.00650523;REVB=0.0169867;RO=89;SAF=32;SAR=34;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193999;STB=0.608056;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0057905;OID=.;OPOS=118509278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:89:89:66:66:0.425806:34:32:60:29:34:32:60:29 chr1 118509284 . G T 592.83 PASS AF=0.425926;AO=63;DP=157;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=30;FWDB=-0.00545768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.811;QD=14.6379;RBI=0.0265141;REFB=-0.0151048;REVB=0.0259464;RO=90;SAF=32;SAR=31;SRF=60;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16747;STB=0.60568;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0187106;OID=.;OPOS=118509284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:90:93:63:69:0.425926:31:32:60:30:35:34:63:30 chr1 118516082 . A T 1143.75 PASS AF=0.464;AO=116;DP=250;FAO=116;FDP=250;FR=.;FRO=134;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=69;FSRR=65;FWDB=0.0095447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.26;QD=18.3;RBI=0.00965085;REFB=0.0122134;REVB=0.00142741;RO=134;SAF=59;SAR=57;SRF=69;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00611879;STB=0.50338;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.0130153;OID=.;OPOS=118516082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:134:134:116:116:0.464:57:59:69:65:57:59:69:65 chr1 118530796 . C T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0119214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.128;QD=18.0093;RBI=0.0170627;REFB=-0.000958184;REVB=-0.0122072;RO=38;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239578;STB=0.638302;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000829921;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:34:35:0.479452:12:22:15:23:12:23:15:23 chr1 118537074 . A G 799.99 PASS AF=0.454054;AO=70;DP=173;FAO=84;FDP=185;FR=.;FRO=101;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=0.000640156;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.289;QD=17.2971;RBI=0.0195608;REFB=-0.0142932;REVB=0.0195503;RO=95;SAF=39;SAR=31;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112497;STB=0.527659;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0170374;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:185:95:101:70:84:0.454054:31:39:63:32:34:50:65:36 chr1 118624123 . C T 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0388935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.945;QD=22.4724;RBI=0.038897;REFB=-0.0139724;REVB=-0.000522551;RO=42;SAF=22;SAR=27;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122267;STB=0.572409;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00877561;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:43:49:49:0.532609:27:22:25:17:27:22:26:17 chr1 118629599 . G A 530.31 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00297119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.164;QD=18.1301;RBI=0.00297515;REFB=-0.00580853;REVB=0.000153343;RO=59;SAF=33;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917556;STB=0.559991;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00546467;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:59:61:56:56:0.478632:23:33:29:30:23:33:29:32 chr1 118644430 . A G 268.52 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.000685175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9258;QD=13.9492;RBI=0.0261783;REFB=0.00934549;REVB=-0.0261693;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21474;STB=0.621229;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0221299;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:16:15:13:33:16:15:13:33 chr1 118657950 . G GT 46.8 PASS AF=0.364964;AO=17;DP=170;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.231701;FXX=0.174688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.1255;QD=1.36633;RBI=0.278702;REFB=-0.181556;REVB=-0.154885;RO=149;SAF=5;SAR=12;SRF=64;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172589;STB=0.570735;STBP=0.217;TYPE=ins;VARB=0.162079;OID=.;OPOS=118657951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364964:17:170:50:137:87:28:22:39:48:46:149:5:12:64:85 chr1 118657952 . C T 874.5 PASS AF=0.5;AO=88;DP=176;FAO=88;FDP=176;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.00795595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.456;QD=19.875;RBI=0.0156281;REFB=-0.0033759;REVB=-0.0134515;RO=88;SAF=37;SAR=51;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212809;STB=0.511699;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00482823;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:88:88:88:88:0.5:51:37:35:53:51:37:35:53 chr1 118807059 . T C 385.99 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0181815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.763;QD=14.8457;RBI=0.0183164;REFB=-0.0187959;REVB=-0.00221941;RO=60;SAF=24;SAR=20;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163254;STB=0.591358;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0205247;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:20:24:42:18:20:24:42:18 chr1 119469188 . G T 336.09 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00616476;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.485;QD=17.4591;RBI=0.0063156;REFB=-0.0197208;REVB=-0.00137206;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199345;STB=0.58437;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0232918;OID=.;OPOS=119469188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:41:36:36:0.467532:19:17:28:13:18:18:27:14 chr1 119575818 . C G 728.69 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9343;QD=57.1521;RBI=0.0320179;REFB=0;REVB=-0.0261779;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48608e-05;OID=.;OPOS=119575818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:29:22:0:0 chr1 120057158 . C T 491.12 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00289763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.545;QD=19.8433;RBI=0.004089;REFB=-0.00488803;REVB=0.00288509;RO=50;SAF=21;SAR=27;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578912;STB=0.537468;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0056465;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:51:48:48:0.484848:27:21:25:25:27:21:26:25 chr1 120057246 . C A 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3547;QD=61.6739;RBI=0.0634621;REFB=0;REVB=-0.0510531;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138604;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr1 120267505 . C G 307.27 PASS AF=0.368932;AO=37;DP=105;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0105725;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.455;QD=11.9327;RBI=0.0120042;REFB=-0.0115362;REVB=-0.00568532;RO=62;SAF=20;SAR=17;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268424;STB=0.518775;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0143539;OID=.;OPOS=120267505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:62:65:37:38:0.368932:17:20:32:30:17:21:34:31 chr1 120285546 . G A 2529.44 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.249;QD=61.6936;RBI=0.0149595;REFB=0;REVB=0.0135089;RO=0;SAF=84;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57222e-05;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:80:84:0:0:80:84:0:0 chr1 120291724 . G A 765.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.986;QD=63.7886;RBI=0.0526347;REFB=0;REVB=0.0381784;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365515;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr1 120336785 . C T 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0779595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0583;QD=64.4118;RBI=0.0783086;REFB=0;REVB=-0.00738567;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000628694;OID=.;OPOS=120336785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr1 120378678 . C T 583.48 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0137314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9247;QD=19.2887;RBI=0.0320572;REFB=0.00785844;REVB=0.0289674;RO=60;SAF=33;SAR=27;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015271;STB=0.51213;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00750754;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:61:60:60:0.495868:27:33:34:26:27:33:35:26 chr1 120384205 . A G 457.73 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0274138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1247;QD=20.8061;RBI=0.0305816;REFB=0.00187585;REVB=-0.0135543;RO=43;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405926;STB=0.522453;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00152435;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:22:23:20:23:22:23:20:23 chr1 120436751 . T C 275.1 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0248205;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.929;QD=15.2831;RBI=0.0271402;REFB=-0.00749106;REVB=-0.0109786;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188027;STB=0.625921;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0144961;OID=.;OPOS=120436751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:38:41:31:31:0.430556:19:12:22:16:19:12:25:16 chr1 120437718 . G A 664.44 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8674;QD=61.8083;RBI=0.0570565;REFB=0;REVB=-0.0564496;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393679;OID=.;OPOS=120437718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr1 120437884 . A G 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0146812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1198;QD=15.2292;RBI=0.0367265;REFB=0.0336376;REVB=-0.0336645;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269508;STB=0.655796;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0514735;OID=.;OPOS=120437884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:16:12:13:6:16:12 chr1 120439109 . G C 502.7 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0122951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.516;QD=20.5183;RBI=0.0193161;REFB=-0.00648109;REVB=-0.0148977;RO=48;SAF=23;SAR=26;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142674;STB=0.572304;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00740943;OID=.;OPOS=120439109;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:26:23:15:33:26:23:16:33 chr1 120455441 . A G 726.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.523;QD=56.9525;RBI=0.0344246;REFB=0;REVB=0.0344101;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13513e-05;OID=.;OPOS=120455441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr1 120457501 . C T 376.73 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0142239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6056;QD=18.6041;RBI=0.0228205;REFB=-0.018189;REVB=-0.0178453;RO=41;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028325;STB=0.528736;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0252088;OID=.;OPOS=120457501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:38:39:0.481481:15:23:26:15:16:23:27:15 chr1 120458004 . A T 573.36 PASS AF=0.575472;AO=53;DP=107;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0041146;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.906;QD=21.6363;RBI=0.0347256;REFB=-0.00132577;REVB=0.034481;RO=40;SAF=21;SAR=32;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291366;STB=0.664153;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00490718;OID=.;OPOS=120458004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:40:45:53:61:0.575472:32:21:31:9:40:21:33:12 chr1 120458924 . G A 263.15 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0115518;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.99;QD=20.2419;RBI=0.0460683;REFB=-0.0418294;REVB=0.0445964;RO=23;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899533;STB=0.548351;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0262335;OID=.;OPOS=120458924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:23:24:27:28:0.538462:8:19:14:9:8:20:15:9 chr1 120539331 . C T 1112.27 PASS AF=0.493392;AO=112;DP=227;FAO=112;FDP=227;FR=.;FRO=115;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=74;FWDB=-0.00101754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.117;QD=19.5994;RBI=0.00729177;REFB=-0.0273572;REVB=0.00722042;RO=115;SAF=58;SAR=54;SRF=41;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148285;STB=0.581348;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0244082;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:115:115:112:112:0.493392:54:58:41:74:54:58:41:74 chr1 120611715 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0180515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.254;QD=14.6523;RBI=0.0180515;REFB=-0.0382671;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0360231;OID=.;OPOS=120611715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:0:6:5:0:0:6:5:0 chr1 120611758 . G A 42.21 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0389288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.877;QD=18.7618;RBI=0.0389288;REFB=-0.0278282;REVB=0;RO=3;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013477;OID=.;OPOS=120611758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:0:6:3:0:0:6:3:0 chr1 120611876 . C T 43.57 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00332875;FXX=0.142755;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.136;QD=14.5228;RBI=0.00402309;REFB=-0.028123;REVB=-0.00225936;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283005;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr1 120611964 . G C 72.13 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0130965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.158;QD=20.6077;RBI=0.020324;REFB=-0.0357597;REVB=0.0155418;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.588011;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0333207;OID=.;OPOS=120611964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:14:5:5:7:8:0.571429:4:3:3:2:5:3:3:2 chr1 120612006 . G A 62.16 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9275;QD=35.5218;RBI=0.046512;REFB=0;REVB=0.0240842;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00588289;OID=.;OPOS=120612006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 121116688 . A G 223.27 PASS AF=0.292453;AO=30;DP=106;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-4.12786e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0281;QD=8.42531;RBI=0.0307037;REFB=-0.0158954;REVB=0.0307036;RO=75;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127996;STB=0.563067;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0179549;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:75:30:31:0.292453:14:16:32:43:15:16:32:43 chr1 121116733 . A G 103.9 PASS AF=0.156028;AO=20;DP=142;FAO=22;FDP=141;FR=.;FRO=119;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=0.0274952;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.457;QD=2.94738;RBI=0.0276136;REFB=0.00123064;REVB=0.00255402;RO=122;SAF=11;SAR=9;SRF=48;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196354;STB=0.654365;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00996723;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:122:119:20:22:0.156028:9:11:48:74:9:13:48:71 chr1 142667306 . C T 116.31 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0892951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.529;QD=21.1463;RBI=0.0894075;REFB=-0.0216598;REVB=-0.00448182;RO=9;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801908;STB=0.53516;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0128355;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:21:22:9:9:12:13:0.590909:10:2:1:8:11:2:1:8 chr1 144014051 . G A 376.13 PASS AF=0.314465;AO=50;DP=159;FAO=50;FDP=159;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=0.0466073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.64;QD=9.46249;RBI=0.0466449;REFB=-0.00880962;REVB=-0.00187346;RO=109;SAF=33;SAR=17;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300179;STB=0.673904;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0265588;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:109:109:50:50:0.314465:17:33:44:65:17:33:44:65 chr1 144014068 . T C 682.21 PASS AF=0.559322;AO=65;DP=116;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0324929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.352;QD=23.1257;RBI=0.0330012;REFB=-0.022506;REVB=0.00576933;RO=51;SAF=35;SAR=30;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546394;STB=0.528585;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0154245;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:51:52:65:66:0.559322:30:35:24:27:30:36:25:27 chr1 144534038 . A G 370.52 PASS AF=0.214789;AO=61;DP=283;FAO=61;FDP=284;FR=.;FRO=223;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=142;FSRR=81;FWDB=-0.0206616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.088;QD=5.21858;RBI=0.0412291;REFB=-0.00582463;REVB=-0.0356782;RO=221;SAF=42;SAR=19;SRF=141;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725432;STB=0.545723;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0220287;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:284:221:223:61:61:0.214789:19:42:141:80:19:42:142:81 chr1 144534045 . T C 2331.32 PASS AF=0.664452;AO=199;DP=301;FAO=200;FDP=301;FR=.;FRO=101;FSAF=125;FSAR=75;FSRF=70;FSRR=31;FWDB=0.00865432;FXX=0.00660044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.039;QD=30.981;RBI=0.0363242;REFB=-0.0218976;REVB=0.0352782;RO=100;SAF=124;SAR=75;SRF=69;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449796;STB=0.524661;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0122313;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:100:101:199:200:0.664452:75:124:69:31:75:125:70:31 chr1 144534076 . G A 504.23 PASS AF=0.199541;AO=86;DP=444;FAO=87;FDP=436;FR=.;FRO=349;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=217;FSRR=132;FWDB=0.0045341;FXX=0.0202243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.923;QD=4.62597;RBI=0.00670933;REFB=-0.00203704;REVB=-0.0049454;RO=324;SAF=60;SAR=26;SRF=215;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506019;STB=0.560536;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00489953;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:436:324:349:86:87:0.199541:26:60:215:109:27:60:217:132 chr1 144534082 . TC CT,TT 5228.02 PASS AF=0.187225,0.682819;AO=85,295;DP=467;FAO=85,310;FDP=454;FR=.;FRO=59;FSAF=55,194;FSAR=30,116;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0046146,-0.0191946;FXX=0.0278367;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=217.024,55.5631;QD=46.0619;RBI=0.020864,0.0254067;REFB=0.00191455,0.00655765;REVB=-0.0203473,-0.0166452;RO=55;SAF=55,187;SAR=30,108;SRF=31;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0647162,0.022362;STB=0.538452,0.511284;STBP=0.305,0.308;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0076662,-0.00922343;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:467:454:55:59:85,295:85,310:0.187225,0.682819:30,108:55,187:31:24:30,116:55,194:33:26 chr1 144534084 . C G 177.45 PASS AF=0.113684;AO=43;DP=469;FAO=54;FDP=475;FR=.;FRO=421;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=251;FSRR=170;FWDB=-0.00499624;FXX=0.0145225;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.479;QD=1.49434;RBI=0.0294665;REFB=-0.00122388;REVB=-0.0290399;RO=399;SAF=31;SAR=12;SRF=236;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170182;STB=0.531238;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.044185;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:475:399:421:43:54:0.113684:12:31:236:163:20:34:251:170 chr1 144534092 . G A 4303.89 PASS AF=0.675472;AO=358;DP=535;FAO=358;FDP=530;FR=.;FRO=172;FSAF=205;FSAR=153;FSRF=105;FSRR=67;FWDB=0.00940048;FXX=0.0111938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.278;QD=32.4822;RBI=0.00960377;REFB=-0.011136;REVB=0.00196552;RO=122;SAF=205;SAR=153;SRF=83;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530682;STB=0.51259;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0107227;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:530:122:172:358:358:0.675472:153:205:83:39:153:205:105:67 chr1 144534096 . T C 4700.05 PASS AF=0.690941;AO=386;DP=564;FAO=389;FDP=563;FR=.;FRO=174;FSAF=226;FSAR=163;FSRF=98;FSRR=76;FWDB=0.00775614;FXX=0.00353976;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.802;QD=33.3929;RBI=0.00975934;REFB=-0.00681683;REVB=0.00592343;RO=164;SAF=225;SAR=161;SRF=95;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0020875;STB=0.505626;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00345167;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:563:164:174:386:389:0.690941:161:225:95:69:163:226:98:76 chr1 144534141 . A T 291.51 PASS AF=0.112011;AO=83;DP=742;FAO=83;FDP=741;FR=.;FRO=658;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=361;FSRR=297;FWDB=-0.00200508;FXX=0.0040322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.303;QD=1.5736;RBI=0.00742142;REFB=-0.00208843;REVB=-0.00714543;RO=652;SAF=48;SAR=35;SRF=361;SRR=291;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031451;STB=0.526786;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0146176;OID=.;OPOS=144534141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:742:741:652:658:83:83:0.112011:35:48:361:291:35:48:361:297 chr1 144534186 . TCG T 686.13 PASS AF=0.188596;AO=118;DP=695;FAO=129;FDP=684;FR=.;FRO=555;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=279;FSRR=276;FWDB=-0.0245516;FXX=0.0172411;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.014;QD=4.01243;RBI=0.0288759;REFB=-0.00775313;REVB=-0.0151999;RO=510;SAF=54;SAR=64;SRF=261;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703917;STB=0.530512;STBP=0.439;TYPE=del;VARB=0.0338027;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188596:118:695:129:684:555:60:69:279:276:99:510:54:64:261:249 chr1 144615138 . T G 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0075824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.128;QD=2.28106;RBI=0.0110643;REFB=0.00129219;REVB=-0.00805762;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415072;STB=0.821686;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0213611;OID=.;OPOS=144615138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:1:5:23:25:1:5:23:25 chr1 144617251 . A G 223.52 PASS AF=0.385714;AO=29;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0340061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.502;QD=12.7725;RBI=0.0541676;REFB=-0.0173532;REVB=-0.042163;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105199;STB=0.590101;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0245903;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:43:29:27:0.385714:17:12:13:28:15:12:13:30 chr1 144618123 . C T 56.06 PASS AF=0.0993377;AO=15;DP=151;FAO=15;FDP=151;FR=.;FRO=136;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=-0.00120494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.894;QD=1.48494;RBI=0.0223099;REFB=-0.00440002;REVB=-0.0222774;RO=135;SAF=5;SAR=10;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162884;STB=0.6271;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0437784;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:151:151:135:136:15:15:0.0993377:10:5:63:72:10:5:64:72 chr1 144618144 . A G 1593.75 PASS AF=0.973451;AO=107;DP=109;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0274266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.171;QD=56.4161;RBI=0.0395691;REFB=-0.0940906;REVB=0.0285218;RO=1;SAF=52;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090403;STB=0.504185;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000339264;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:113:1:3:107:110:0.973451:55:52:1:0:56:54:1:2 chr1 144619346 . G A 495.59 PASS AF=0.355932;AO=50;DP=168;FAO=63;FDP=177;FR=.;FRO=114;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=-0.00896513;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.124;QD=11.1997;RBI=0.011184;REFB=-0.0181822;REVB=0.00668637;RO=107;SAF=26;SAR=24;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396381;STB=0.525608;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0364729;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:177:107:114:50:63:0.355932:24:26:56:51:34:29:57:57 chr1 144619354 . C T 597.91 PASS AF=0.362694;AO=70;DP=193;FAO=70;FDP=193;FR=.;FRO=123;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.01466;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.699;QD=12.3919;RBI=0.0297336;REFB=-0.0415488;REVB=-0.0258684;RO=120;SAF=33;SAR=37;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398633;STB=0.505126;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.028201;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:120:123:70:70:0.362694:37:33:57:63:37:33:57:66 chr1 144621555 . A G 34.03 PASS AF=0.0763889;AO=11;DP=147;FAO=11;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=133;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=0.00837145;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0205;QD=0.945372;RBI=0.0632183;REFB=-0.0013634;REVB=-0.0626616;RO=102;SAF=5;SAR=6;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532841;STB=0.579531;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0663747;OID=.;OPOS=144621555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:147:144:102:133:11:11:0.0763889:6:5:51:51:6:5:72:61 chr1 144811823 . A C 52.37 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.031165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2588;QD=6.54609;RBI=0.0683653;REFB=0.0107155;REVB=0.0608487;RO=24;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529007;STB=0.843892;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0258278;OID=.;OPOS=144811823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:1:7:11:13:1:7:11:13 chr1 144811827 . G A 72.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00757942;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9507;QD=7.82458;RBI=0.00764563;REFB=0.00869296;REVB=0.00100406;RO=28;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618273;STB=0.883577;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00650966;OID=.;OPOS=144811827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:28:27:10:10:0.27027:1:9:11:17:1:9:11:16 chr1 144811836 . G A 767.75 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=63;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0163575;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.596;QD=49.5322;RBI=0.054754;REFB=-0.0142494;REVB=0.0522536;RO=5;SAF=32;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247685;STB=0.513168;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00246466;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:63:62:5:5:57:57:0.919355:25:32:2:3:25:32:2:3 chr1 144811924 . T G 3054.83 PASS AF=1;AO=189;DP=197;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190134;FXX=0.0351741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.032;QD=63.6423;RBI=0.0211749;REFB=0;REVB=0.00932019;RO=0;SAF=99;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292307;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:197:192:0:0:189:192:1:90:99:0:0:91:101:0:0 chr1 144852390 . C T 95.97 PASS AF=0.165138;AO=18;DP=110;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00485021;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.335;QD=3.52201;RBI=0.00644707;REFB=-0.00611036;REVB=-0.00424737;RO=92;SAF=8;SAR=10;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566922;STB=0.541876;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0347178;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:110:109:92:91:18:18:0.165138:10:8:45:47:10:8:45:46 chr1 144852450 . G A 50.08 PASS AF=0.108108;AO=13;DP=111;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.00117297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0427;QD=1.80469;RBI=0.053866;REFB=-0.00013144;REVB=0.0538532;RO=98;SAF=7;SAR=6;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158469;STB=0.576452;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00401939;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:111:111:98:99:13:12:0.108108:6:7:40:58:6:6:41:58 chr1 144852476 . TG CA,CG 261.46 PASS AF=0.133333,0.233333;AO=12,22;DP=90;FAO=12,21;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=6,9;FSAR=6,12;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00358675,-0.0152828;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=126.313,107.615;QD=11.6204;RBI=0.0532329,0.0517444;REFB=-0.00953545,-0.0129787;REVB=-0.0531119,-0.049436;RO=54;SAF=6,9;SAR=6,13;SRF=18;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.210853,0.0957065;STB=0.637469,0.572453;STBP=0.321,0.473;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0172235,0.017588;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:90:90:54:57:12,22:12,21:0.133333,0.233333:6,13:6,9:18:36:6,12:6,9:19:38 chr1 144852508 . AAACAT A 40.66 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0111638;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=5;MLLD=275.41;QD=2.46404;RBI=0.0119284;REFB=0.00150328;REVB=-0.0042019;RO=49;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165925;STB=0.590763;STBP=0.503;TYPE=del;VARB=-0.005583;OID=.;OPOS=144852509;OREF=AACAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:12:67:12:66:54:6:6:21:33:40:49:6:6:18:31 chr1 144852518 . C T 68.34 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0191478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4746;QD=4.08005;RBI=0.0201938;REFB=-0.00187933;REVB=-0.00641482;RO=53;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153765;STB=0.596859;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000253564;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:53:55:12:12:0.179104:6:6:20:33:6:6:21:34 chr1 144852522 . C T 68.88 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0091599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.031;QD=4.17465;RBI=0.0112009;REFB=-0.000386437;REVB=-0.00644648;RO=54;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162824;STB=0.605892;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00139769;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:54:54:12:12:0.181818:6:6:20:34:6:6:20:34 chr1 144854180 . T C 474.02 PASS AF=0.207254;AO=80;DP=386;FAO=80;FDP=386;FR=.;FRO=306;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=162;FSRR=144;FWDB=-0.0153212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4364;QD=4.91216;RBI=0.018321;REFB=-0.00789605;REVB=0.0100459;RO=301;SAF=43;SAR=37;SRF=159;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119801;STB=0.50644;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0247618;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:386:301:306:80:80:0.207254:37:43:159:142:37:43:162:144 chr1 144854527 . CA CG,TG 75.97 PASS AF=0.0896552,0.0413793;AO=13,6;DP=147;FAO=13,6;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=1,3;FSAR=12,3;FSRF=41;FSRR=85;FWDB=-0.00293394,-0.00182827;FXX=0.0136045;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=94.6409,132.109;QD=2.09558;RBI=0.00337964,0.0107247;REFB=0.00117712,-4.30476e-05;REVB=-0.00167749,-0.0105677;RO=124;SAF=1,3;SAR=12,3;SRF=40;SRR=84;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.398918,0.169884;STB=0.837943,0.666174;STBP=0.036,0.452;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00528954,0.0125786;OID=.,.;OPOS=144854528,144854527;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:147:145:124:126:13,6:13,6:0.0896552,0.0413793:12,3:1,3:40:84:12,3:1,3:41:85 chr1 144854537 . T C 129.11 PASS AF=0.157576;AO=26;DP=165;FAO=26;FDP=165;FR=.;FRO=139;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=91;FWDB=-0.00730274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.442;QD=3.12987;RBI=0.0300856;REFB=-0.00575844;REVB=-0.0291859;RO=139;SAF=6;SAR=20;SRF=48;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176148;STB=0.618458;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.03731;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:139:139:26:26:0.157576:20:6:48:91:20:6:48:91 chr1 144854581 . T C 222.23 PASS AF=0.171429;AO=42;DP=243;FAO=42;FDP=245;FR=.;FRO=203;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=128;FWDB=0.0500411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0326;QD=3.6282;RBI=0.0547824;REFB=-0.00727472;REVB=-0.0222936;RO=201;SAF=11;SAR=31;SRF=75;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164402;STB=0.603798;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0328548;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:245:201:203:42:42:0.171429:31:11:75:126:31:11:75:128 chr1 144854594 . G T 255.87 PASS AF=0.183594;AO=47;DP=256;FAO=47;FDP=256;FR=.;FRO=209;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=76;FSRR=133;FWDB=-0.0374093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.364;QD=3.99796;RBI=0.0384472;REFB=-0.010676;REVB=-0.00887319;RO=207;SAF=15;SAR=32;SRF=76;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686635;STB=0.540543;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0447255;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:207:209:47:47:0.183594:32:15:76:131:32:15:76:133 chr1 144854597 . T C 537.47 PASS AF=0.391089;AO=44;DP=245;FAO=79;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=122;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=-0.0290614;FXX=0.210929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.053;QD=10.6429;RBI=0.0293375;REFB=-0.0378961;REVB=-0.00401592;RO=110;SAF=15;SAR=29;SRF=40;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03028;STB=0.52313;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0859703;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:202:110:122:44:79:0.391089:29:15:40:70:43:36:51:71 chr1 144855812 . T C 239.9 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0744781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3366;QD=14.3224;RBI=0.0748513;REFB=-0.00870959;REVB=0.00746547;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103392;STB=0.5431;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00907781;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:39:28:28:0.41791:13:15:16:21:13:15:18:21 chr1 144865850 . G T 1118.98 PASS AF=0.401899;AO=127;DP=317;FAO=127;FDP=316;FR=.;FRO=189;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=100;FSRR=89;FWDB=-0.029297;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.88;QD=14.1643;RBI=0.0293594;REFB=-0.00449406;REVB=0.00191385;RO=188;SAF=47;SAR=80;SRF=100;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175398;STB=0.596848;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00565564;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:188:189:127:127:0.401899:80:47:100:88:80:47:100:89 chr1 144866643 . G A 592.36 PASS AF=0.4;AO=68;DP=170;FAO=68;FDP=170;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=38;FWDB=-0.00266282;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.858;QD=13.9378;RBI=0.0050295;REFB=-0.0108824;REVB=0.00426676;RO=102;SAF=33;SAR=35;SRF=64;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151323;STB=0.584917;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0106386;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:102:102:68:68:0.4:35:33:64:38:35:33:64:38 chr1 144866662 . T C 534.26 PASS AF=0.388889;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=-0.00712004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8056;QD=13.1915;RBI=0.0332005;REFB=-0.0118494;REVB=-0.032428;RO=95;SAF=31;SAR=32;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148939;STB=0.587932;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0157188;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:95:99:63:63:0.388889:32:31:60:35:32:31:63:36 chr1 144868170 . C T 389.06 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00965145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.761;QD=18.7499;RBI=0.0109065;REFB=-0.00150769;REVB=-0.00507948;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358805;STB=0.51999;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00167585;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:21:22:22:18:21:22 chr1 144871738 . C A 446.42 PASS AF=0.366197;AO=52;DP=142;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=28;FWDB=0.00369218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.283;QD=12.5754;RBI=0.00843826;REFB=-0.0227594;REVB=0.00758762;RO=90;SAF=23;SAR=29;SRF=62;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270122;STB=0.652752;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0483633;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:90:90:52:52:0.366197:29:23:62:28:29:23:62:28 chr1 144871755 . A T 249.43 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.00925011;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.887;QD=8.98841;RBI=0.0426476;REFB=-0.0133881;REVB=-0.0416323;RO=75;SAF=4;SAR=30;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625533;STB=0.872441;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0656319;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:77:34:34:0.306306:30:4:47:28:30:4:49:28 chr1 144871782 . A G 185.01 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.037957;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.11;QD=8.22274;RBI=0.0408496;REFB=-0.0120151;REVB=-0.0150981;RO=62;SAF=1;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715522;STB=0.943266;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0286302;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:62:65:25:25:0.277778:24:1:33:29:24:1:36:29 chr1 144873887 . C T 1485.12 PASS AF=0.481132;AO=151;DP=318;FAO=153;FDP=318;FR=.;FRO=165;FSAF=109;FSAR=44;FSRF=137;FSRR=28;FWDB=0.00110577;FXX=0.0031347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.316;QD=18.6807;RBI=0.0144669;REFB=-0.0222464;REVB=-0.0144246;RO=163;SAF=107;SAR=44;SRF=136;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155155;STB=0.579682;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0307049;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:163:165:151:153:0.481132:44:107:136:27:44:109:137:28 chr1 144873957 . GCCCCCT GCCCC,GCCCCC,GCCCCT 1065.94 PASS AF=0.0204082,0.358601,0.0466472;AO=44,81,56;DP=349;FAO=7,123,16;FDP=343;FR=.;FRO=197;FSAF=4,55,5;FSAR=3,68,11;FSRF=164;FSRR=33;FWDB=-0.0155562,-0.0195328,-0.0111418;FXX=0.0171915;HRUN=5,1,5;LEN=2,1,1;MLLD=74.4192,72.0144,9.87843;QD=12.4308;RBI=0.0192754,0.0212029,0.183742;REFB=-0.0679794,-0.0588725,-0.12645;REVB=-0.0113819,-0.00824816,-0.183404;RO=133;SAF=10,46,33;SAR=34,35,23;SRF=125;SRR=8;SSEN=0.461538,0,0.461538;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.747598,-0.461223,-0.507513;STB=0.77727,0.728291,0.893915;STBP=0.379,0,0.035;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00686867,0.0443769,0.0859204;OID=.,.,.;OPOS=144873962,144873963,144873958;OREF=CT,T,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCC,GCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0204082,0.358601,0.0466472:44,81,56:349:7,123,16:343:197:4,55,5:3,68,11:164:33:99:133:10,46,33:34,35,23:125:8 chr1 144874760 . T C 821.9 PASS AF=0.546099;AO=77;DP=141;FAO=77;FDP=141;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00700381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.167;QD=23.3164;RBI=0.00934821;REFB=-0.0241728;REVB=0.00619158;RO=64;SAF=36;SAR=41;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104466;STB=0.557091;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0143425;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:64:77:77:0.546099:41:36:38:26:41:36:38:26 chr1 144874815 . T C 303.27 PASS AF=0.268293;AO=44;DP=165;FAO=44;FDP=164;FR=.;FRO=120;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=70;FSRR=50;FWDB=-0.022616;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.317;QD=7.3969;RBI=0.0234108;REFB=-0.00843436;REVB=0.00604836;RO=117;SAF=26;SAR=18;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147792;STB=0.505718;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0216345;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:117:120:44:44:0.268293:18:26:69:48:18:26:70:50 chr1 144875979 . G C 275.94 PASS AF=0.226316;AO=43;DP=190;FAO=43;FDP=190;FR=.;FRO=147;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=74;FSRR=73;FWDB=-0.00470075;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.704;QD=5.80932;RBI=0.0191385;REFB=-0.00425942;REVB=-0.0185523;RO=146;SAF=23;SAR=20;SRF=74;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355946;STB=0.524382;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0149913;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:146:147:43:43:0.226316:20:23:74:72:20:23:74:73 chr1 144877176 . C T 530.77 PASS AF=0.30837;AO=70;DP=227;FAO=70;FDP=227;FR=.;FRO=157;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=81;FSRR=76;FWDB=0.00969609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.193;QD=9.3528;RBI=0.0302493;REFB=9.97446e-05;REVB=-0.0286532;RO=152;SAF=33;SAR=37;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338806;STB=0.530758;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000265797;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:152:157:70:70:0.30837:37:33:76:76:37:33:81:76 chr1 144879264 . A G 1904.52 PASS AF=0.699571;AO=150;DP=223;FAO=163;FDP=233;FR=.;FRO=70;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0156721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.258;QD=32.6955;RBI=0.0387013;REFB=-0.0344954;REVB=0.0353861;RO=61;SAF=77;SAR=73;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238485;STB=0.506459;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.011495;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:233:61:70:150:163:0.699571:73:77:34:27:78:85:35:35 chr1 144879375 . T C 997.18 PASS AF=0.497561;AO=102;DP=205;FAO=102;FDP=205;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=68;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0427715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6972;QD=19.4572;RBI=0.0517521;REFB=-0.0119355;REVB=0.0291356;RO=102;SAF=34;SAR=68;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168998;STB=0.591047;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00967037;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:102:103:102:102:0.497561:68:34:52:50:68:34:52:51 chr1 144882581 . A G 880.09 PASS AF=0.393574;AO=98;DP=249;FAO=98;FDP=249;FR=.;FRO=151;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=0.000769101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5128;QD=14.1379;RBI=0.0193065;REFB=-0.00984938;REVB=-0.0192911;RO=151;SAF=46;SAR=52;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580377;STB=0.532606;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0150485;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:151:151:98:98:0.393574:52:46:79:72:52:46:79:72 chr1 144882823 . C T 619.23 PASS AF=0.406977;AO=70;DP=174;FAO=70;FDP=172;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=75;FWDB=-0.0194509;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.506;QD=14.4007;RBI=0.0203334;REFB=-0.0147579;REVB=-0.00592537;RO=102;SAF=17;SAR=53;SRF=27;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307476;STB=0.517298;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0200378;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:102:102:70:70:0.406977:53:17:27:75:53:17:27:75 chr1 144886197 . A T 563.57 PASS AF=0.403727;AO=65;DP=162;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.0210995;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.658;QD=14.0018;RBI=0.0211035;REFB=-0.0199091;REVB=-0.000407369;RO=96;SAF=19;SAR=46;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316606;STB=0.678543;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0176479;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:96:96:65:65:0.403727:46:19:56:40:46:19:56:40 chr1 144892089 . G T 217.07 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0218445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7982;QD=11.2766;RBI=0.0231441;REFB=-0.00968808;REVB=-0.0076462;RO=47;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183045;STB=0.598775;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0136735;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:50:27:27:0.350649:11:16:20:27:11:16:22:28 chr1 144892149 . G A 324.22 PASS AF=0.366972;AO=39;DP=108;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0168496;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.551;QD=11.8981;RBI=0.020697;REFB=-0.00527252;REVB=-0.012019;RO=64;SAF=25;SAR=14;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15801;STB=0.584646;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00845442;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:64:69:39:40:0.366972:14:25:32:32:14:26:36:33 chr1 144909956 . G A 392.46 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0687396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8185;QD=19.6232;RBI=0.0696504;REFB=-0.0109845;REVB=-0.0112266;RO=40;SAF=13;SAR=26;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884694;STB=0.544032;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00785753;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:39:40:0.5:26:13:10:30:27:13:10:30 chr1 144912153 . A G 3164.17 PASS AF=1;AO=199;DP=201;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169235;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.298;QD=60.5583;RBI=0.0292281;REFB=-0.054193;REVB=0.029179;RO=2;SAF=104;SAR=95;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992018;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030151;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:201:209:2:0:199:209:1:95:104:0:2:103:106:0:0 chr1 144912233 . C T 855.77 PASS AF=0.483333;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0095606;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.503;QD=19.0171;RBI=0.0101695;REFB=0.00345139;REVB=-0.00346617;RO=93;SAF=43;SAR=44;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803674;STB=0.544294;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00417046;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:93:93:87:87:0.483333:44:43:38:55:44:43:38:55 chr1 144915561 . G A 1304.87 PASS AF=0.465278;AO=134;DP=288;FAO=134;FDP=288;FR=.;FRO=154;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=78;FSRR=76;FWDB=-0.0140149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.992;QD=18.1232;RBI=0.0149843;REFB=-0.00679267;REVB=0.00530219;RO=154;SAF=60;SAR=74;SRF=78;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571378;STB=0.531538;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0077311;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:154:154:134:134:0.465278:74:60:78:76:74:60:78:76 chr1 144915623 . AG A,AA 917.55 PASS AF=0.277533,0.189427;AO=62,43;DP=228;FAO=63,43;FDP=227;FR=.;FRO=121;FSAF=33,17;FSAR=30,26;FSRF=69;FSRR=52;FWDB=-0.0109269,0.00300333;FXX=0.00438577;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.391,132.898;QD=16.1683;RBI=0.014046,0.00517171;REFB=-0.00952514,-0.00854979;REVB=-0.00882573,-0.0042103;RO=117;SAF=33,17;SAR=29,26;SRF=65;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0267863,-0.196356;STB=0.530688,0.627679;STBP=0.543,0.056;TYPE=del,snp;VARB=0.0174238,-0.00616797;OID=.,.;OPOS=144915624,144915624;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277533,0.189427:62,43:228:63,43:227:121:33,17:30,26:69:52:99:117:33,17:29,26:65:52 chr1 144916676 . C T 240.99 PASS AF=0.174074;AO=47;DP=270;FAO=47;FDP=270;FR=.;FRO=223;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=101;FSRR=122;FWDB=-0.0497854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.429;QD=3.57028;RBI=0.0617106;REFB=-0.00329939;REVB=-0.0364638;RO=222;SAF=23;SAR=24;SRF=100;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504213;STB=0.530142;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0159356;OID=.;OPOS=144916676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:222:223:47:47:0.174074:24:23:100:122:24:23:101:122 chr1 144916748 . C G 685.37 PASS AF=0.472603;AO=68;DP=144;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0234757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7655;QD=18.7773;RBI=0.0298022;REFB=-0.0283295;REVB=0.0183592;RO=76;SAF=26;SAR=42;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000780559;STB=0.500106;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0310772;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:76:77:68:69:0.472603:42:26:29:47:43:26:29:48 chr1 144917546 . A G 715.12 PASS AF=0.39899;AO=79;DP=197;FAO=79;FDP=198;FR=.;FRO=119;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=-0.00112843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4639;QD=14.4468;RBI=0.0121729;REFB=0.00341742;REVB=-0.0121205;RO=118;SAF=25;SAR=54;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257346;STB=0.64282;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00547781;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:118:119:79:79:0.39899:54:25:65:53:54:25:65:54 chr1 144917827 . CA C 120.73 PASS AF=0.231293;AO=34;DP=148;FAO=34;FDP=147;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=70;FWDB=-0.0356432;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.6351;QD=3.2853;RBI=0.0372428;REFB=-0.000822899;REVB=0.0107977;RO=111;SAF=17;SAR=17;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142328;STB=0.591785;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.00263029;OID=.;OPOS=144917828;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.231293:34:148:34:147:113:17:17:43:70:99:111:17:17:43:68 chr1 144917841 . T C 785.74 PASS AF=0.482353;AO=79;DP=167;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0222545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.713;QD=18.488;RBI=0.0239719;REFB=-0.0138208;REVB=0.0089101;RO=88;SAF=34;SAR=45;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430749;STB=0.527853;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0129227;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:88:88:79:82:0.482353:45:34:34:54:46:36:34:54 chr1 144918957 . T A 415.37 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0204932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.832;QD=15.2429;RBI=0.0274816;REFB=-0.00412975;REVB=0.0183104;RO=62;SAF=14;SAR=33;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294858;STB=0.516567;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00624321;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:33:14:20:42:33:14:20:42 chr1 144921924 . G A 371.1 PASS AF=0.198171;AO=66;DP=328;FAO=65;FDP=328;FR=.;FRO=263;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=162;FSRR=101;FWDB=-0.0216315;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7864;QD=4.52564;RBI=0.0265548;REFB=-0.00773677;REVB=0.0154025;RO=259;SAF=44;SAR=22;SRF=160;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686324;STB=0.539736;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0287625;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:259:263:66:65:0.198171:22:44:160:99:22:43:162:101 chr1 144922187 . G A 350.55 PASS AF=0.204082;AO=60;DP=294;FAO=60;FDP=294;FR=.;FRO=234;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=122;FSRR=112;FWDB=-0.0429668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3868;QD=4.76943;RBI=0.0430562;REFB=-0.00103392;REVB=-0.00277341;RO=230;SAF=27;SAR=33;SRF=121;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976965;STB=0.556707;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00330391;OID=.;OPOS=144922187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:230:234:60:60:0.204082:33:27:121:109:33:27:122:112 chr1 144922523 . C T 244.53 PASS AF=0.21164;AO=40;DP=189;FAO=40;FDP=189;FR=.;FRO=149;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=94;FSRR=55;FWDB=-0.0197965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.313;QD=5.17515;RBI=0.0374006;REFB=-0.00975202;REVB=-0.0317317;RO=149;SAF=18;SAR=22;SRF=94;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228938;STB=0.639934;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0320513;OID=.;OPOS=144922523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:149:149:40:40:0.21164:22:18:94:55:22:18:94:55 chr1 144922583 . G A 623.97 PASS AF=0.403409;AO=70;DP=175;FAO=71;FDP=176;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=0.0293899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5413;QD=14.1811;RBI=0.0384171;REFB=-0.0119766;REVB=-0.0247407;RO=103;SAF=40;SAR=30;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225909;STB=0.51068;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0142501;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:103:105:70:71:0.403409:30:40:61:42:31:40:61:44 chr1 144923728 . GT G 216.45 PASS AF=0.221538;AO=72;DP=328;FAO=72;FDP=325;FR=.;FRO=253;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=117;FSRR=136;FWDB=0.114103;FXX=0.00914606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4811;QD=2.66398;RBI=0.115278;REFB=0.00723849;REVB=-0.0164131;RO=244;SAF=33;SAR=39;SRF=111;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438835;STB=0.503225;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=-0.013549;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221538:72:328:72:325:253:33:39:117:136:99:244:33:39:111:133 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1506.25 PASS AF=1;AO=94;DP=167;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465082;FXX=0.236202;HRUN=1;LEN=14;MLLD=337.779;QD=62.1134;RBI=0.0469679;REFB=0;REVB=0.0065552;RO=50;SAF=32;SAR=62;SRF=42;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000192362;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:167:97:97:0:34:63:0:0:8:50:32:62:42:8 chr1 144930596 . C A 697.83 PASS AF=0.40201;AO=76;DP=201;FAO=80;FDP=199;FR=.,HEALED;FRO=119;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=-0.00711343;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.174;QD=14.0268;RBI=0.00775425;REFB=-0.0152027;REVB=0.00308668;RO=88;SAF=48;SAR=28;SRF=68;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154408;STB=0.520383;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0230682;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:199:88:119:76:80:0.40201:28:48:68:20:31:49:69:50 chr1 144930940 . T C 243.55 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0122711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4813;QD=12.0272;RBI=0.0188441;REFB=-0.0186078;REVB=0.014301;RO=50;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036346;STB=0.527165;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0322112;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:14:16:25:25:14:16:25:26 chr1 144931330 . C T 779.72 PASS AF=0.503356;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00973252;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1894;QD=20.9322;RBI=0.0362283;REFB=-0.00631407;REVB=0.0348965;RO=74;SAF=45;SAR=30;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551455;STB=0.530379;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00555952;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:74:74:75:75:0.503356:30:45:40:34:30:45:40:34 chr1 144931392 . G A 641.06 PASS AF=0.448718;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0194768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2567;QD=16.4375;RBI=0.0277011;REFB=0.00943022;REVB=-0.0196978;RO=85;SAF=38;SAR=32;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166918;STB=0.50203;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00859916;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:86:70:70:0.448718:32:38:46:39:32:38:47:39 chr1 144952207 . C T 31.38 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=83;FSRR=16;FWDB=-0.0275295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8016;QD=1.16216;RBI=0.0350845;REFB=-0.00736993;REVB=-0.0217497;RO=96;SAF=2;SAR=7;SRF=80;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643401;STB=0.927753;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0698314;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:108:108:96:99:9:9:0.0833333:7:2:80:16:7:2:83:16 chr1 144952220 . C T 69.87 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=101;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=12;FWDB=-0.0198317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.639;QD=2.74;RBI=0.0200893;REFB=-0.00504184;REVB=-0.003207;RO=87;SAF=4;SAR=10;SRF=75;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659811;STB=0.900589;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0258644;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:101:102:87:88:14:14:0.137255:10:4:75:12:10:4:76:12 chr1 144994658 . C A 1050.43 PASS AF=0.447059;AO=113;DP=254;FAO=114;FDP=255;FR=.;FRO=141;FSAF=76;FSAR=38;FSRF=94;FSRR=47;FWDB=0.00777464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.102;QD=16.4773;RBI=0.0211765;REFB=-0.0236227;REVB=0.0196977;RO=140;SAF=76;SAR=37;SRF=94;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0268276;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:140:141:113:114:0.447059:37:76:94:46:38:76:94:47 chr1 145014103 . G C 452.07 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00565521;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.331;QD=16.0024;RBI=0.0230566;REFB=-0.0160574;REVB=0.0223523;RO=62;SAF=29;SAR=21;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158673;STB=0.592843;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0233141;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:62:63:50:50:0.442478:21:29:26:36:21:29:26:37 chr1 145014210 . G A 73.8 PASS AF=0.152381;AO=14;DP=114;FAO=16;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.110463;FXX=0.0789404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.1171;QD=2.81148;RBI=0.111962;REFB=-0.0123408;REVB=-0.0182643;RO=51;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607186;STB=0.552316;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0414836;OID=.;OPOS=145014210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:114:105:51:89:14:16:0.152381:7:7:23:28:8:8:39:50 chr1 145014263 . C T 701.46 PASS AF=0.475;AO=66;DP=151;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=63;FWDB=0.0346756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0224;QD=17.5366;RBI=0.0654401;REFB=-0.0517826;REVB=0.0554978;RO=82;SAF=38;SAR=28;SRF=21;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310632;STB=0.631218;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0496611;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:160:82:84:66:76:0.475:28:38:21:61:38:38:21:63 chr1 145018023 . G T 517.61 PASS AF=0.524272;AO=52;DP=102;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0553542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2927;QD=20.1014;RBI=0.0863072;REFB=-0.0113434;REVB=0.0662182;RO=49;SAF=31;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770963;STB=0.530772;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0235771;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:49:49:52:54:0.524272:21:31:25:24:23:31:25:24 chr1 145038889 . G A 34.34 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=77;FWDB=0.00690069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.171;QD=1.14479;RBI=0.0212202;REFB=-0.000818869;REVB=-0.0200668;RO=109;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140107;OID=.;OPOS=145038889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:109:110:10:10:0.0833333:7:3:33:76:7:3:33:77 chr1 145038952 . C T 534.4 PASS AF=0.402597;AO=57;DP=149;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.0037818;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.32;QD=13.8806;RBI=0.0043665;REFB=-0.0119305;REVB=0.00218274;RO=92;SAF=29;SAR=28;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175583;STB=0.572589;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0149656;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:154:92:92:57:62:0.402597:28:29:32:60:33:29:32:60 chr1 145038954 . G T 58.93 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=151;FAO=18;FDP=159;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=84;FWDB=-0.00681704;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.7833;QD=1.48245;RBI=0.0156511;REFB=-0.00809631;REVB=0.0140884;RO=133;SAF=4;SAR=14;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236925;STB=0.68517;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0607785;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:151:159:133:141:18:18:0.113208:14:4:52:81:14:4:57:84 chr1 145039562 . C T 364.33 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0201109;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.384;QD=15.8403;RBI=0.0252827;REFB=-0.0169275;REVB=-0.0153221;RO=52;SAF=12;SAR=27;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188283;STB=0.612843;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0250466;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:53:39:39:0.423913:27:12:25:27:27:12:26:27 chr1 145075683 . C T 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.026517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.959;QD=20.4413;RBI=0.0265228;REFB=-0.0529512;REVB=0.000553792;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106001;STB=0.55875;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0475028;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:22:16:19:16:22:16:19:16 chr1 145075854 . G C 191.45 PASS AF=0.380952;AO=22;DP=61;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0282854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.093;QD=12.1555;RBI=0.0306766;REFB=-0.0178539;REVB=0.0118738;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133856;STB=0.539386;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.030002;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:39:22:24:0.380952:7:15:21:16:9:15:22:17 chr1 145103928 . G A 140.39 PASS AF=0.148718;AO=29;DP=192;FAO=29;FDP=195;FR=.;FRO=166;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=96;FWDB=-0.0295559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.763;QD=2.87979;RBI=0.0330372;REFB=-0.00286787;REVB=-0.0147615;RO=162;SAF=15;SAR=14;SRF=69;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11673;STB=0.580931;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0223386;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:195:162:166:29:29:0.148718:14:15:69:93:14:15:70:96 chr1 145103947 . T C 412.13 PASS AF=0.281553;AO=58;DP=209;FAO=58;FDP=206;FR=.;FRO=148;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=86;FWDB=-0.0221402;FXX=0.0190467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.851;QD=8.00257;RBI=0.022645;REFB=-0.0117265;REVB=-0.00475484;RO=144;SAF=31;SAR=27;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134279;STB=0.582446;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.024568;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:206:144:148:58:58:0.281553:27:31:61:83:27:31:62:86 chr1 145109549 . G T 689.72 PASS AF=0.188148;AO=126;DP=676;FAO=127;FDP=675;FR=.;FRO=548;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=268;FSRR=280;FWDB=-0.0116251;FXX=0.00442471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.498;QD=4.08726;RBI=0.011646;REFB=0.00128087;REVB=-0.000697386;RO=545;SAF=67;SAR=59;SRF=267;SRR=278;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054419;STB=0.544035;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00664928;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:676:675:545:548:126:127:0.188148:59:67:267:278:58:69:268:280 chr1 145109583 . C A 2423.08 PASS AF=0.379032;AO=276;DP=743;FAO=282;FDP=744;FR=.;FRO=462;FSAF=148;FSAR=134;FSRF=208;FSRR=254;FWDB=0.00557667;FXX=0.00799989;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7772;QD=13.0273;RBI=0.060331;REFB=0.001364;REVB=0.0600727;RO=455;SAF=147;SAR=129;SRF=208;SRR=247;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834959;STB=0.546226;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00280442;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:743:744:455:462:276:282:0.379032:129:147:208:247:134:148:208:254 chr1 145109661 . G A 312.59 PASS AF=0.134301;AO=75;DP=555;FAO=74;FDP=551;FR=.;FRO=477;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=207;FSRR=270;FWDB=-0.0218126;FXX=0.0107718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.245;QD=2.26922;RBI=0.0224175;REFB=-0.00239376;REVB=0.00517232;RO=469;SAF=32;SAR=43;SRF=204;SRR=265;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108825;STB=0.513313;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0166706;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:551:469:477:75:74:0.134301:43:32:204:265:43:31:207:270 chr1 145112414 . T C 176.47 PASS AF=0.186047;AO=32;DP=172;FAO=32;FDP=172;FR=.;FRO=140;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=82;FWDB=0.0651478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.112;QD=4.10393;RBI=0.065185;REFB=0.0020657;REVB=0.00220355;RO=140;SAF=16;SAR=16;SRF=58;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110337;STB=0.569725;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00735005;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:140:140:32:32:0.186047:16:16:58:82:16:16:58:82 chr1 145112420 . C T 219.6 PASS AF=0.211429;AO=36;DP=173;FAO=37;FDP=175;FR=.;FRO=138;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=82;FWDB=0.0555539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0262;QD=5.0194;RBI=0.0575009;REFB=-0.0101531;REVB=-0.0148363;RO=135;SAF=17;SAR=19;SRF=53;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102998;STB=0.563862;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.049541;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:135:138:36:37:0.211429:19:17:53:82:19:18:56:82 chr1 145112428 . C T 174.19 PASS AF=0.181818;AO=32;DP=175;FAO=32;FDP=176;FR=.;FRO=144;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=85;FWDB=-0.031607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.515;QD=3.95894;RBI=0.0330143;REFB=-0.000655975;REVB=-0.00953619;RO=143;SAF=16;SAR=16;SRF=58;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121713;STB=0.573819;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00546014;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:143:144:32:32:0.181818:16:16:58:85:16:16:59:85 chr1 145112468 . A C 35.87 PASS AF=0.0759494;AO=12;DP=159;FAO=12;FDP=158;FR=.;FRO=146;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=82;FWDB=0.0147111;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.344;QD=0.90803;RBI=0.0193326;REFB=-0.00225635;REVB=-0.0125432;RO=145;SAF=7;SAR=5;SRF=64;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156762;STB=0.631529;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0298239;OID=.;OPOS=145112468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:159:158:145:146:12:12:0.0759494:5:7:64:81:5:7:64:82 chr1 145112485 . C T 204.52 PASS AF=0.216216;AO=32;DP=147;FAO=32;FDP=148;FR=.;FRO=116;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.0336692;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1323;QD=5.52765;RBI=0.0339787;REFB=0.00381806;REVB=0.00457557;RO=114;SAF=15;SAR=17;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095178;STB=0.557181;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0228616;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:114:116:32:32:0.216216:17:15:45:69:17:15:46:70 chr1 145115810 . A G 2331.81 PASS AF=0.50783;AO=227;DP=447;FAO=227;FDP=447;FR=.;FRO=220;FSAF=111;FSAR=116;FSRF=117;FSRR=103;FWDB=0.00344596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.898;QD=20.8663;RBI=0.00658421;REFB=-0.00841742;REVB=-0.00561046;RO=214;SAF=111;SAR=116;SRF=116;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047144;STB=0.521069;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00706319;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:447:214:220:227:227:0.50783:116:111:116:98:116:111:117:103 chr1 145115820 . T C 570.26 PASS AF=0.218605;AO=93;DP=427;FAO=94;FDP=430;FR=.;FRO=336;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=176;FSRR=160;FWDB=-0.0185721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.512;QD=5.30471;RBI=0.0238688;REFB=-0.000164513;REVB=0.0149933;RO=334;SAF=40;SAR=53;SRF=174;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.568385;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00213969;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:430:334:336:93:94:0.218605:53:40:174:160:53:41:176:160 chr1 145116147 . T TA 162.88 PASS AF=0.210145;AO=47;DP=282;FAO=58;FDP=276;FR=.;FRO=218;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=110;FSRR=108;FWDB=0.0938174;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7593;QD=2.36059;RBI=0.101538;REFB=-0.00307056;REVB=-0.0388364;RO=231;SAF=23;SAR=24;SRF=120;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389006;STB=0.52364;STBP=0.672;TYPE=ins;VARB=0.00704649;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210145:47:282:58:276:218:31:27:110:108:99:231:23:24:120:111 chr1 145116192 . TG T 198.99 PASS AF=0.245902;AO=75;DP=305;FAO=75;FDP=305;FR=.;FRO=230;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=126;FSRR=104;FWDB=0.0731417;FXX=0.00326787;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1341;QD=2.60973;RBI=0.0980384;REFB=0.0221079;REVB=-0.0652826;RO=214;SAF=41;SAR=34;SRF=116;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00580315;STB=0.521047;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=-0.0765588;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245902:75:305:75:305:230:39:36:126:104:99:214:41:34:116:98 chr1 145116310 . TG GT,TT 584.74 PASS AF=0.0564516,0.516129;AO=10,40;DP=112;FAO=7,64;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=1,55;FSAR=6,9;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0189554,0.0252645;FXX=0.0387567;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=21.3806,177.926;QD=18.8627;RBI=0.0271052,0.027341;REFB=0.00926107,-0.0169947;REVB=0.0193748,0.0104517;RO=52;SAF=2,38;SAR=8,2;SRF=36;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.558305,0.548866;STB=0.916754,0.611921;STBP=0.084,0.046;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0163747,0.0308831;OID=.,.;OPOS=145116310,145116311;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:112:124:52:53:10,40:7,64:0.0564516,0.516129:8,2:2,38:36:16:6,9:1,55:38:15 chr1 145116319 . G T 215.9 PASS AF=0.29661;AO=19;DP=102;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=23;FWDB=0.0145592;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.579;QD=7.31869;RBI=0.0203298;REFB=-0.0143515;REVB=0.014189;RO=79;SAF=9;SAR=10;SRF=54;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266505;STB=0.612186;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.031161;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:118:79:83:19:35:0.29661:10:9:54:25:15:20:60:23 chr1 145116327 . G T 781.91 PASS AF=0.572464;AO=57;DP=126;FAO=79;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=0.0149652;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.13;QD=22.6642;RBI=0.033822;REFB=-0.00543764;REVB=0.0303309;RO=40;SAF=23;SAR=34;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275453;STB=0.633475;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.018811;OID=.;OPOS=145116327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:138:40:54:57:79:0.572464:34:23:31:9:44:35:42:12 chr1 145273431 . A G 505.35 PASS AF=0.247588;AO=77;DP=311;FAO=77;FDP=311;FR=.;FRO=234;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=41;FSRR=193;FWDB=-0.0413988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3563;QD=6.49965;RBI=0.0710448;REFB=0.000865399;REVB=-0.0577365;RO=233;SAF=19;SAR=58;SRF=41;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131291;STB=0.578112;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00390821;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:233:234:77:77:0.247588:58:19:41:192:58:19:41:193 chr1 145277376 . A G 33.76 PASS AF=0.0657277;AO=14;DP=213;FAO=14;FDP=213;FR=.;FRO=199;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=98;FSRR=101;FWDB=-0.0164201;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.945;QD=0.633993;RBI=0.017338;REFB=-0.000340821;REVB=-0.00556673;RO=199;SAF=11;SAR=3;SRF=98;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315594;STB=0.777301;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00784956;OID=.;OPOS=145277376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:213:213:199:199:14:14:0.0657277:3:11:98:101:3:11:98:101 chr1 145277384 . T C 38.21 PASS AF=0.0697674;AO=15;DP=214;FAO=15;FDP=215;FR=.;FRO=200;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=98;FSRR=102;FWDB=-0.0202829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.268;QD=0.710956;RBI=0.0226698;REFB=-0.000407606;REVB=0.0101252;RO=199;SAF=12;SAR=3;SRF=97;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343633;STB=0.792058;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0113186;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:214:215:199:200:15:15:0.0697674:3:12:97:102:3:12:98:102 chr1 145277398 . A G 69.52 PASS AF=0.0970874;AO=20;DP=206;FAO=20;FDP=206;FR=.;FRO=186;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=91;FSRR=95;FWDB=0.0017869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.267;QD=1.34996;RBI=0.00966292;REFB=0.000389579;REVB=0.00949627;RO=185;SAF=17;SAR=3;SRF=90;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444764;STB=0.836838;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00302232;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:206:206:185:186:20:20:0.0970874:3:17:90:95:3:17:91:95 chr1 145277402 . A G 91.15 PASS AF=0.113861;AO=23;DP=187;FAO=23;FDP=202;FR=.;FRO=179;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=89;FSRR=90;FWDB=-0.0474064;FXX=0.00980344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.467;QD=1.80494;RBI=0.0488544;REFB=-0.00962673;REVB=-0.0118059;RO=162;SAF=20;SAR=3;SRF=73;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525144;STB=0.850159;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0434137;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:187:202:162:179:23:23:0.113861:3:20:73:89:3:20:89:90 chr1 145277411 . G A 140.75 PASS AF=0.149485;AO=29;DP=194;FAO=29;FDP=194;FR=.;FRO=165;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=0.0121982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.192;QD=2.90205;RBI=0.0130153;REFB=-0.000808977;REVB=-0.00453899;RO=164;SAF=26;SAR=3;SRF=82;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547232;STB=0.870829;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111197;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:164:165:29:29:0.149485:3:26:82:82:3:26:83:82 chr1 145277430 . T C 164.19 PASS AF=0.173184;AO=31;DP=180;FAO=31;FDP=179;FR=.;FRO=148;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=-0.0357342;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.973;QD=3.66897;RBI=0.0407862;REFB=-0.00233906;REVB=0.0196618;RO=147;SAF=28;SAR=3;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577066;STB=0.880306;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0236102;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:147:148:31:31:0.173184:3:28:72:75:3:28:72:76 chr1 145277457 . A G 184.4 PASS AF=0.18232;AO=34;DP=179;FAO=33;FDP=181;FR=.;FRO=148;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=65;FSRR=83;FWDB=-0.0147051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.623;QD=4.07503;RBI=0.05346;REFB=-0.00263016;REVB=-0.0513978;RO=145;SAF=30;SAR=4;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578628;STB=0.900271;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0134038;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:145:148:34:33:0.18232:4:30:65:80:3:30:65:83 chr1 145277469 . G A 195.0 PASS AF=0.186813;AO=32;DP=184;FAO=34;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=146;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=60;FSRR=86;FWDB=-0.030855;FXX=0.010869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.875;QD=4.28574;RBI=0.0552549;REFB=-0.0212487;REVB=-0.0458375;RO=108;SAF=29;SAR=3;SRF=31;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.715167;STB=0.909717;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0510764;OID=.;OPOS=145277469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:108:146:32:34:0.186813:3:29:31:77:3:31:60:86 chr1 145277481 . A G 177.53 PASS AF=0.174603;AO=33;DP=189;FAO=33;FDP=189;FR=.;FRO=156;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=65;FSRR=91;FWDB=-0.0111469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.788;QD=3.75717;RBI=0.0229393;REFB=-0.00417368;REVB=-0.0200489;RO=156;SAF=30;SAR=3;SRF=65;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634675;STB=0.907964;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0365749;OID=.;OPOS=145277481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:156:156:33:33:0.174603:3:30:65:91:3:30:65:91 chr1 145281408 . C T 449.4 PASS AF=0.232026;AO=71;DP=306;FAO=71;FDP=306;FR=.;FRO=235;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=120;FSRR=115;FWDB=-0.0206671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.279;QD=5.87452;RBI=0.0207476;REFB=-0.0133776;REVB=-0.00182595;RO=235;SAF=47;SAR=24;SRF=120;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197637;STB=0.619736;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0420346;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:235:235:71:71:0.232026:24:47:120:115:24:47:120:115 chr1 145281543 . C T 420.24 PASS AF=0.229167;AO=66;DP=288;FAO=66;FDP=288;FR=.;FRO=222;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=89;FSRR=133;FWDB=-0.0161613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.709;QD=5.83668;RBI=0.0264037;REFB=-0.0144064;REVB=-0.0208799;RO=222;SAF=31;SAR=35;SRF=89;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088766;STB=0.553555;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0498979;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:222:222:66:66:0.229167:35:31:89:133:35:31:89:133 chr1 145281613 . C A 336.88 PASS AF=0.247573;AO=51;DP=206;FAO=51;FDP=206;FR=.;FRO=155;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=96;FWDB=0.00167908;FXX=0.00961492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0957;QD=6.54138;RBI=0.00500026;REFB=-0.00706301;REVB=0.00470991;RO=155;SAF=17;SAR=34;SRF=59;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648094;STB=0.538992;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0154781;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:155:155:51:51:0.247573:34:17:59:96:34:17:59:96 chr1 145281633 . C A 304.09 PASS AF=0.231884;AO=48;DP=207;FAO=48;FDP=207;FR=.;FRO=159;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=67;FSRR=92;FWDB=-0.0437181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.47;QD=5.87609;RBI=0.0453425;REFB=-0.00856622;REVB=-0.0120279;RO=159;SAF=20;SAR=28;SRF=67;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061352;STB=0.503721;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0280327;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:159:159:48:48:0.231884:28:20:67:92:28:20:67:92 chr1 145281656 . A T 266.46 PASS AF=0.225806;AO=42;DP=186;FAO=42;FDP=186;FR=.;FRO=144;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.0184915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4044;QD=5.73034;RBI=0.0247154;REFB=-0.00776437;REVB=-0.0163986;RO=144;SAF=19;SAR=23;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127;STB=0.500775;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0218357;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:144:144:42:42:0.225806:23:19:65:79:23:19:65:79 chr1 145284122 . ATATGTGTG A,ATA 57.46 PASS AF=0.5,0.357143;AO=5,2;DP=13;FAO=7,5;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=1,4;FSAR=6,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.037191,0.0170647;FXX=0.0666222;HRUN=1,1;LEN=8,6;MLLD=201.401,47.1913;QD=16.418;RBI=0.0558615,0.026954;REFB=-0.0827731,-0.187383;REVB=0.0416814,0.0208642;RO=4;SAF=0,1;SAR=5,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.804028,-0.532453;STB=0.631145,0.614874;STBP=0.339,0.589;TYPE=del,del;VARB=0.0314533,0.00859494;OID=.,.;OPOS=145284123,145284125;OREF=TATGTGTG,TGTGTG;OALT=-,-;OMAPALT=A,ATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.357143:5,2:13:7,5:14:2:1,4:6,1:1:1:18:4:0,1:5,1:4:0 chr1 145290409 . G A 171.56 PASS AF=0.151639;AO=35;DP=245;FAO=37;FDP=244;FR=.;FRO=207;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=91;FSRR=116;FWDB=-0.0143747;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.843;QD=2.81243;RBI=0.0143777;REFB=-0.0010582;REVB=0.000295633;RO=196;SAF=16;SAR=19;SRF=84;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371218;STB=0.516985;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00567756;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:196:207:35:37:0.151639:19:16:84:112:20:17:91:116 chr1 145290498 . T G 111.23 PASS AF=0.13089;AO=25;DP=192;FAO=25;FDP=191;FR=.;FRO=166;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=83;FSRR=83;FWDB=0.0370381;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.644;QD=2.32942;RBI=0.0381767;REFB=-0.00212942;REVB=0.00925437;RO=164;SAF=8;SAR=17;SRF=82;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229965;STB=0.65901;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0164708;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:164:166:25:25:0.13089:17:8:82:82:17:8:83:83 chr1 145293425 . C A 197.83 PASS AF=0.144295;AO=43;DP=298;FAO=43;FDP=298;FR=.;FRO=255;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=148;FSRR=107;FWDB=0.00262495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.834;QD=2.65542;RBI=0.0200328;REFB=-0.00255749;REVB=0.0198601;RO=251;SAF=26;SAR=17;SRF=145;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035773;STB=0.521504;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0187298;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:251:255:43:43:0.144295:17:26:145:106:17:26:148:107 chr1 145293469 . G C 297.36 PASS AF=0.124183;AO=76;DP=611;FAO=76;FDP=612;FR=.;FRO=536;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=283;FSRR=253;FWDB=-0.00553933;FXX=0.00163129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.668;QD=1.94352;RBI=0.0298198;REFB=-0.000803941;REVB=-0.0293008;RO=529;SAF=50;SAR=26;SRF=276;SRR=253;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17691;STB=0.617007;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00908383;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:611:612:529:536:76:76:0.124183:26:50:276:253:26:50:283:253 chr1 145293490 . G C 243.08 PASS AF=0.105189;AO=75;DP=714;FAO=75;FDP=713;FR=.;FRO=638;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=344;FSRR=294;FWDB=-0.0311424;FXX=0.00140054;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7541;QD=1.36372;RBI=0.0439272;REFB=-0.00139311;REVB=-0.0309799;RO=633;SAF=51;SAR=24;SRF=342;SRR=291;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17908;STB=0.631064;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0157804;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:714:713:633:638:75:75:0.105189:24:51:342:291:24:51:344:294 chr1 145293498 . G C 262.69 PASS AF=0.108911;AO=77;DP=712;FAO=77;FDP=707;FR=.;FRO=630;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=340;FSRR=290;FWDB=-0.0144912;FXX=0.00702237;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.8;QD=1.48622;RBI=0.0342326;REFB=-0.00363718;REVB=0.0310141;RO=611;SAF=49;SAR=28;SRF=332;SRR=279;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119455;STB=0.588554;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0251693;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:712:707:611:630:77:77:0.108911:28:49:332:279:28:49:340:290 chr1 145293510 . C G 285.54 PASS AF=0.113475;AO=80;DP=703;FAO=80;FDP=705;FR=.;FRO=625;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=340;FSRR=285;FWDB=-0.0162154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6812;QD=1.62006;RBI=0.0162325;REFB=-0.00648687;REVB=0.000745846;RO=620;SAF=52;SAR=28;SRF=335;SRR=285;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141633;STB=0.597216;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0646803;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:703:705:620:625:80:80:0.113475:28:52:335:285:28:52:340:285 chr1 145293515 . A G 1369.23 PASS AF=0.279649;AO=191;DP=683;FAO=191;FDP=683;FR=.;FRO=492;FSAF=101;FSAR=90;FSRF=272;FSRR=220;FWDB=-0.00524307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.356;QD=8.01894;RBI=0.00704588;REFB=-0.0114016;REVB=-0.00470688;RO=480;SAF=101;SAR=90;SRF=268;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036537;STB=0.517415;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0292752;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:683:683:480:492:191:191:0.279649:90:101:268:212:90:101:272:220 chr1 145293566 . G A 230.53 PASS AF=0.114754;AO=63;DP=549;FAO=63;FDP=549;FR=.;FRO=486;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=272;FSRR=214;FWDB=-0.0131429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.258;QD=1.67965;RBI=0.0153724;REFB=-0.00177757;REVB=0.00797342;RO=484;SAF=33;SAR=30;SRF=270;SRR=214;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043096;STB=0.531905;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0152305;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:549:549:484:486:63:63:0.114754:30:33:270:214:30:33:272:214 chr1 145296372 . A G 674.82 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233119;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.289;QD=62.7737;RBI=0.0290299;REFB=0;REVB=0.0173;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115664;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr1 145296478 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.23;QD=43.4861;RBI=0.0656973;REFB=0;REVB=-0.0332324;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393551;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr1 145311083 . A C 2351.23 PASS AF=0.62614;AO=194;DP=317;FAO=206;FDP=329;FR=.;FRO=123;FSAF=161;FSAR=45;FSRF=102;FSRR=21;FWDB=0.0196735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.223;QD=28.5864;RBI=0.0442679;REFB=-0.0204817;REVB=0.0396561;RO=123;SAF=161;SAR=33;SRF=102;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000800524;STB=0.526911;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0117865;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:329:123:123:194:206:0.62614:33:161:102:21:45:161:102:21 chr1 145311110 . G C 439.41 PASS AF=0.22291;AO=71;DP=322;FAO=72;FDP=323;FR=.;FRO=251;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=210;FSRR=41;FWDB=0.00228967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.78;QD=5.44162;RBI=0.0134819;REFB=-0.0056186;REVB=0.013286;RO=246;SAF=47;SAR=24;SRF=205;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280322;STB=0.674361;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0152725;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:323:246:251:71:72:0.22291:24:47:205:41:25:47:210:41 chr1 145311828 . C G 718.26 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153437;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.218;QD=61.1284;RBI=0.0218379;REFB=0.107821;REVB=-0.0155391;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00355273;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:0:1:28:18:0:1 chr1 145368461 . A C 822.89 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=169;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0103209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.634;QD=19.3622;RBI=0.0147945;REFB=-0.0196325;REVB=0.0105998;RO=85;SAF=50;SAR=34;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136358;STB=0.578097;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0187049;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:85:86:84:84:0.494118:34:50:38:47:34:50:38:48 chr1 145368518 . C T 74.35 PASS AF=0.0927419;AO=24;DP=248;FAO=23;FDP=248;FR=.;FRO=225;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=115;FSRR=110;FWDB=-0.0348568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6438;QD=1.19921;RBI=0.0473353;REFB=-0.000887843;REVB=-0.0320255;RO=221;SAF=13;SAR=11;SRF=112;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420541;STB=0.509644;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00993882;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:248:248:221:225:24:23:0.0927419:11:13:112:109:11:12:115:110 chr1 145379324 . C A 35.62 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0790392;FXX=0.0571265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.546;QD=4.3176;RBI=0.0802989;REFB=0.00154024;REVB=0.0141673;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261551;STB=0.679407;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0133294;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:35:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:12:15:2:4:12:15 chr1 145397942 . A T 311.04 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357881;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.764;QD=54.093;RBI=0.0358031;REFB=0;REVB=-0.00103736;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372953;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr1 145397947 . A G 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7583;QD=53.8993;RBI=0.0587218;REFB=0;REVB=0.00450625;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135489;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr1 145399229 . C T 669.33 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.108;QD=62.2635;RBI=0.0490244;REFB=0;REVB=0.0386519;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259397;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 145442254 . G C 1412.85 PASS AF=1;AO=85;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.0735;QD=53.8229;RBI=0.0848037;REFB=-0.0658299;REVB=0.00174558;RO=1;SAF=50;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938119;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027524;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:105:1:0:85:105:1:35:50:1:0:33:72:0:0 chr1 145532549 . T C 1683.3 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0079589;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.358;QD=58.5495;RBI=0.00899835;REFB=0.0494653;REVB=-0.00419835;RO=2;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018611;STB=0.509802;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000105363;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:50:63:0:2:50:63:0:2 chr1 145536082 . G A 520.93 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0183226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.267;QD=20.4284;RBI=0.0202104;REFB=-0.0268995;REVB=-0.00852889;RO=49;SAF=32;SAR=20;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547672;STB=0.535491;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0322997;OID=.;OPOS=145536082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:49:52:53:0.519608:20:32:33:16:21:32:33:16 chr1 145542281 . G A 156.45 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0469069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5605;QD=11.1749;RBI=0.0469376;REFB=-0.0177282;REVB=0.00169792;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141633;STB=0.582651;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0427476;OID=.;OPOS=145542281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:19:17:12:8:19:17 chr1 145561594 . C T 56.07 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.00735549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.057;QD=10.6792;RBI=0.00735549;REFB=-0.00725867;REVB=0;RO=12;SAF=8;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125604;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:21:12:13:8:8:0.380952:0:8:12:0:0:8:13:0 chr1 145562293 . G C 120.23 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0287595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8731;QD=14.1446;RBI=0.0301689;REFB=-0.0584694;REVB=0.00911328;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786832;STB=0.504581;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0264009;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:13:7:5:9:13:7 chr1 145562881 . T C 498.06 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0448253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0668;QD=19.7251;RBI=0.0451868;REFB=0.00302905;REVB=0.00570455;RO=50;SAF=16;SAR=35;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196334;STB=0.608903;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00437819;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:35:16:26:24:35:16:26:24 chr1 145586309 . C T 2474.79 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.22;QD=61.4855;RBI=0.0423855;REFB=0;REVB=0.0423275;RO=0;SAF=86;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66587e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:75:86:0:0:75:86:0:0 chr1 145586403 . G T 3071.82 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101338;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.671;QD=63.6646;RBI=0.011685;REFB=0;REVB=0.00581769;RO=0;SAF=113;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47775e-05;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:192:193:1:79:113:0:0:80:113:0:0 chr1 145588905 . G A 207.0 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0652165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2955;QD=24.3524;RBI=0.0793541;REFB=-0.0320951;REVB=0.0452093;RO=14;SAF=16;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221534;STB=0.624862;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0252023;OID=.;OPOS=145588905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:4:16:8:6:4:16:8:6 chr1 146395447 . A G 402.0 PASS AF=0.350365;AO=47;DP=137;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=-0.00126576;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.288;QD=11.7371;RBI=0.0119832;REFB=-0.0189796;REVB=-0.0119162;RO=89;SAF=41;SAR=6;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395677;STB=0.735731;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0334688;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:89:89:47:48:0.350365:6:41:56:33:6:42:56:33 chr1 146466080 . C G 726.78 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608713;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8877;QD=57.0019;RBI=0.0243892;REFB=0;REVB=-0.0236174;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277722;OID=.;OPOS=146466080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr1 146551375 . G T 184.24 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00732849;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.286;QD=11.8866;RBI=0.0282926;REFB=-0.0224854;REVB=-0.0273269;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140073;STB=0.580935;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0190965;OID=.;OPOS=146551375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:39:39:23:23:0.370968:10:13:17:22:10:13:17:22 chr1 146672906 . C T 2204.65 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157789;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.391;QD=63.443;RBI=0.0232848;REFB=0;REVB=-0.0171234;RO=0;SAF=73;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46542e-05;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:66:73:0:0:66:73:0:0 chr1 146714392 . G C,T 918.28 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=29,33;DP=63;FAO=30,35;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20,22;FSAR=10,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137216,0.00114314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.375,130.952;QD=56.5093;RBI=0.00603518,0.0633876;REFB=0,0;REVB=0.00587712,0.0633773;RO=0;SAF=20,20;SAR=9,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.82173e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0150981,-0.000827231;OID=.,.;OPOS=146714392,146714392;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:65:0:0:29,33:30,35:0.461538,0.538462:9,13:20,20:0:0:10,13:20,22:0:0 chr1 146728162 . T TA 723.64 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018593;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.0657;QD=46.6864;RBI=0.170886;REFB=0;REVB=-0.170876;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0031599;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:63:62:62:0:30:32:0:0:13:1:29:32:1:0 chr1 146736092 . C T 157.09 PASS AF=0.435897;AO=15;DP=37;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0121186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.402;QD=16.1118;RBI=0.01742;REFB=-0.0362626;REVB=-0.0125139;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.567489;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0466749;OID=.;OPOS=146736092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:21:22:15:17:0.435897:8:7:12:9:9:8:13:9 chr1 146736137 . A G 298.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0713978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8162;QD=18.6737;RBI=0.0864788;REFB=0.0042671;REVB=0.0487949;RO=32;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260453;STB=0.645655;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00190961;OID=.;OPOS=146736137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:22:10:19:13:22:10:19:13 chr1 146740502 . C G 538.26 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0163512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.776;QD=19.2236;RBI=0.0163693;REFB=-0.0112043;REVB=-0.000769772;RO=56;SAF=37;SAR=19;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701322;STB=0.538821;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0112053;OID=.;OPOS=146740502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:19:37:33:23:19:37:33:23 chr1 146751782 . A C 2351.13 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.221;QD=61.0683;RBI=0.0572215;REFB=0;REVB=0.0570069;RO=0;SAF=99;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64551e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:54:99:0:0:55:99:0:0 chr1 146767149 . G T 1765.95 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.05;QD=60.8948;RBI=0.0230499;REFB=0;REVB=-0.0155236;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25311e-06;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:114:116:1:65:49:0:0:66:50:0:0 chr1 147091490 . T C,TC 37.51 PASS AF=0,0.258065;AO=2,7;DP=32;FAO=0,8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0155611,-0.00421117;FXX=0.0312402;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=50.8753,19.7566;QD=4.84051;RBI=0.0923956,0.228004;REFB=0.0340369,-0.037308;REVB=-0.0910758,-0.227965;RO=21;SAF=1,3;SAR=1,4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.349682,-0.439507;STB=0.5,0.926349;STBP=1,0.05;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00212359;OID=.,.;OPOS=147091490,147091491;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:32:31:21:23:2,7:0,8:0,0.258065:1,4:1,3:17:4:0,7:0,1:19:4 chr1 147091972 . C T 298.97 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0121104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.341;QD=18.6857;RBI=0.0133899;REFB=0.00780208;REVB=0.00571199;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797208;STB=0.550282;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0128478;OID=.;OPOS=147091972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:32:31:32:0.5:11:20:18:14:11:21:18:14 chr1 147119273 . G A 307.89 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=22;FWDB=-0.0154048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.609;QD=10.996;RBI=0.0193724;REFB=-0.00427468;REVB=-0.0117466;RO=68;SAF=24;SAR=15;SRF=48;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109721;STB=0.558838;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00696652;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:73:39:39:0.348214:15:24:48:20:15:24:51:22 chr1 147121977 . C T 1761.64 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00696161;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3052;QD=60.2271;RBI=0.0379036;REFB=-0.115915;REVB=0.0372588;RO=1;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855652;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000943841;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:117:1:1:116:116:0.991453:55:61:0:1:55:61:0:1 chr1 147124310 . T G 936.23 PASS AF=0.587413;AO=84;DP=140;FAO=84;FDP=143;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0283382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7833;QD=26.1883;RBI=0.0288632;REFB=-0.0271387;REVB=0.00548035;RO=55;SAF=42;SAR=42;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596993;STB=0.538452;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0367237;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:55:59:84:84:0.587413:42:42:32:23:42:42:35:24 chr1 147229299 . G A 72.88 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0300559;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2569;QD=18.2193;RBI=0.0876635;REFB=-0.00178513;REVB=-0.0823501;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324128;STB=0.666386;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00396038;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:8:7:9:9:0.5625:2:7:8:0:2:7:7:0 chr1 147735828 . C T 727.08 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1047;QD=57.0262;RBI=0.0932751;REFB=0;REVB=-0.0700298;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149932;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:11:40:0:0:11:40:0:0 chr1 147781062 . A G 1429.04 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.57;QD=62.8147;RBI=0.00922557;REFB=0;REVB=-0.00489473;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11851e-06;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:53:36:0:0:54:37:0:0 chr1 147806756 . G A 898.69 PASS AF=0.512;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=5;FWDB=-0.0093107;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.765;QD=28.758;RBI=0.00985109;REFB=-0.0118077;REVB=-0.00321789;RO=38;SAF=32;SAR=32;SRF=35;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291363;STB=0.644189;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000615547;OID=.;OPOS=147806756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:38:40:64:64:0.512:32:32:35:3:32:32:35:5 chr1 147806874 . G C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.71;QD=61.5363;RBI=0.0268823;REFB=0;REVB=-0.0111474;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53354e-05;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr1 147806880 . T C 994.15 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0180875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6458;QD=56.0082;RBI=0.0284211;REFB=-0.0114968;REVB=0.0219226;RO=2;SAF=27;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337246;STB=0.517236;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000337288;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:2:2:68:69:0.971831:41:27:2:0:41:28:2:0 chr1 147825769 . G A 1156.85 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854563;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.674;QD=60.8869;RBI=0.0144453;REFB=0;REVB=0.0116464;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44362e-05;OID=.;OPOS=147825769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr1 148009349 . A G 115.13 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0159343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.057;QD=10.7098;RBI=0.0403955;REFB=-0.00490473;REVB=0.03712;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364455;STB=0.71311;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0111311;OID=.;OPOS=148009349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:22:7:8:6:22:7 chr1 148009510 . G A 202.69 PASS AF=0.27;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0426088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.842;QD=8.10739;RBI=0.0426909;REFB=-0.000728087;REVB=-0.00264595;RO=72;SAF=8;SAR=19;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362076;STB=0.719956;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000215096;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:72:73:27:27:0.27:19:8:43:29:19:8:44:29 chr1 148341981 . T C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0504971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.704;QD=5.37727;RBI=0.0505786;REFB=0.00128905;REVB=0.00287015;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448574;STB=0.803157;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0111619;OID=.;OPOS=148341981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:12:13:6:1:12:13 chr1 148342488 . T C 405.63 PASS AF=0.231317;AO=64;DP=281;FAO=65;FDP=281;FR=.;FRO=216;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=122;FSRR=94;FWDB=0.0012227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.463;QD=5.77415;RBI=0.00393572;REFB=-0.0124725;REVB=-0.00374097;RO=215;SAF=38;SAR=26;SRF=121;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404142;STB=0.515582;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0242692;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:215:216:64:65:0.231317:26:38:121:94:27:38:122:94 chr1 149211947 . C G 131.3 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0194857;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0763;QD=5.1491;RBI=0.039664;REFB=0.00550824;REVB=-0.0345477;RO=81;SAF=4;SAR=17;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34905;STB=0.715958;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0212319;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:81:81:21:21:0.205882:17:4:35:46:17:4:34:47 chr1 149211962 . T C 167.48 PASS AF=0.22314;AO=27;DP=120;FAO=27;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0351994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.599;QD=5.53666;RBI=0.0352134;REFB=-0.00852826;REVB=-0.000992504;RO=93;SAF=6;SAR=21;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257755;STB=0.666532;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0142896;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:93:94:27:27:0.22314:21:6:37:56:21:6:38:56 chr1 149211967 . G A 206.37 PASS AF=0.240602;AO=31;DP=133;FAO=32;FDP=133;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.0297299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.287;QD=6.20645;RBI=0.0350835;REFB=-0.0147908;REVB=-0.0186275;RO=99;SAF=8;SAR=23;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206721;STB=0.628735;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0224686;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:99:101:31:32:0.240602:23:8:40:59:24:8:40:61 chr1 149211975 . C A 269.65 PASS AF=0.260274;AO=38;DP=146;FAO=38;FDP=146;FR=.;FRO=108;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=67;FWDB=-0.00826937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7625;QD=7.38761;RBI=0.0288269;REFB=0.000602814;REVB=-0.0276153;RO=108;SAF=11;SAR=27;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125978;STB=0.57584;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00256969;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:108:108:38:38:0.260274:27:11:41:67:27:11:41:67 chr1 149211992 . G A 330.4 PASS AF=0.281437;AO=46;DP=166;FAO=47;FDP=167;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=75;FWDB=-0.0193363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.419;QD=7.91374;RBI=0.0211026;REFB=-0.00619459;REVB=0.00845157;RO=112;SAF=16;SAR=30;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471434;STB=0.52717;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0140533;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:112:120:46:47:0.281437:30:16:43:69:31:16:45:75 chr1 149211998 . T G 328.19 PASS AF=0.271676;AO=47;DP=173;FAO=47;FDP=173;FR=.;FRO=126;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=77;FWDB=-0.0419309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2242;QD=7.58812;RBI=0.0452871;REFB=0.00101795;REVB=-0.0171089;RO=121;SAF=16;SAR=31;SRF=44;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311308;STB=0.538322;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00442963;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:121:126:47:47:0.271676:31:16:44:77:31:16:49:77 chr1 149215180 . T C 256.32 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00887042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.976;QD=13.4905;RBI=0.00934861;REFB=-0.0132928;REVB=-0.00295164;RO=46;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175123;STB=0.599933;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0323434;OID=.;OPOS=149215180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:12:18:20:26:12:18:20:26 chr1 149224088 . A G 43.25 PASS AF=0.0855263;AO=13;DP=152;FAO=13;FDP=152;FR=.;FRO=139;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=0.00260019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.654;QD=1.13804;RBI=0.0281657;REFB=-0.00302873;REVB=0.0280454;RO=132;SAF=10;SAR=3;SRF=64;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332247;STB=0.759349;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0515796;OID=.;OPOS=149224088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:152:152:132:139:13:13:0.0855263:3:10:64:68:3:10:68:71 chr1 149224148 . G A 56.2 PASS AF=0.0861244;AO=18;DP=209;FAO=18;FDP=209;FR=.;FRO=191;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=98;FSRR=93;FWDB=-0.00490615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.023;QD=1.07557;RBI=0.01152;REFB=-0.000832371;REVB=0.0104231;RO=191;SAF=11;SAR=7;SRF=98;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11465;STB=0.590344;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00870436;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:209:209:191:191:18:18:0.0861244:7:11:98:93:7:11:98:93 chr1 149286406 . T C 66.45 PASS AF=0.11236;AO=15;DP=171;FAO=20;FDP=178;FR=.;FRO=158;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=101;FWDB=-0.0961212;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0887;QD=1.49326;RBI=0.0961267;REFB=-0.0126163;REVB=0.00102303;RO=156;SAF=3;SAR=12;SRF=56;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217808;STB=0.61577;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.117801;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:171:178:156:158:15:20:0.11236:12:3:56:100:15:5:57:101 chr1 149286469 . C G 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=48;FWDB=-0.0524057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.499;QD=8.70482;RBI=0.0544348;REFB=-0.00426786;REVB=0.0147237;RO=64;SAF=3;SAR=23;SRF=16;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281082;STB=0.672149;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0102228;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:23:3:16:48:23:3:16:48 chr1 149287392 . T G 876.79 PASS AF=0.473404;AO=89;DP=190;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0132026;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.175;QD=18.655;RBI=0.0152072;REFB=-0.00772108;REVB=-0.00754654;RO=97;SAF=38;SAR=51;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256001;STB=0.509377;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00910075;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:97:99:89:89:0.473404:51:38:44:53:51:38:44:55 chr1 149294658 . G A 1116.54 PASS AF=0.657343;AO=73;DP=142;FAO=94;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0313136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.202;QD=31.232;RBI=0.0325379;REFB=-0.0226482;REVB=-0.00884162;RO=46;SAF=28;SAR=45;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147352;STB=0.542318;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0122969;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:46:48:73:94:0.657343:45:28:27:19:49:45:29:19 chr1 149294693 . G C 1097.92 PASS AF=0.641026;AO=97;DP=154;FAO=100;FDP=156;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0222975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.19;QD=28.1518;RBI=0.0249376;REFB=-0.0182018;REVB=-0.0111671;RO=54;SAF=38;SAR=59;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614507;STB=0.543298;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0108929;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:54:56:97:100:0.641026:59:38:26:28:60:40:29:27 chr1 149294742 . C T 159.0 PASS AF=0.19708;AO=27;DP=137;FAO=27;FDP=137;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=-0.0167054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.475;QD=4.64239;RBI=0.0184302;REFB=-0.00756486;REVB=0.00778483;RO=108;SAF=11;SAR=16;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495138;STB=0.521429;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0319196;OID=.;OPOS=149294742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:108:110:27:27:0.19708:16:11:40:68:16:11:42:68 chr1 149294744 . C T 178.52 PASS AF=0.211679;AO=29;DP=137;FAO=29;FDP=137;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.00213984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.113;QD=5.21217;RBI=0.0066693;REFB=-0.00650683;REVB=0.00631669;RO=108;SAF=13;SAR=16;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101763;STB=0.562845;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0265233;OID=.;OPOS=149294744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:108:108:29:29:0.211679:16:13:40:68:16:13:40:68 chr1 149298554 . C A 141.91 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0152468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7747;QD=9.62127;RBI=0.0158546;REFB=0.00374265;REVB=0.00434782;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603248;STB=0.537031;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00197553;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:40:19:19:0.322034:11:8:18:20:11:8:19:21 chr1 149298562 . GC AT 105.12 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.000756013;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.212;QD=6.37089;RBI=0.0274543;REFB=0.00256319;REVB=-0.0274439;RO=47;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311737;STB=0.666465;STBP=0.154;TYPE=mnp;VARB=-0.00674316;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:47:50:16:16:0.242424:6:10:17:30:6:10:20:30 chr1 149298603 . G A 163.91 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00715137;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.876;QD=7.28489;RBI=0.018959;REFB=-0.0186236;REVB=-0.0175586;RO=66;SAF=13;SAR=10;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153243;STB=0.597617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0321256;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:66:67:23:23:0.255556:10:13:29:37:10:13:29:38 chr1 149334339 . G C 1444.17 PASS AF=0.38041;AO=167;DP=440;FAO=167;FDP=439;FR=.;FRO=272;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=137;FSRR=135;FWDB=0.0153159;FXX=0.00227268;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.94;QD=13.1587;RBI=0.0162749;REFB=-0.00306202;REVB=0.0055042;RO=270;SAF=77;SAR=90;SRF=137;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510145;STB=0.526442;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00449118;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:439:270:272:167:167:0.38041:90:77:137:133:90:77:137:135 chr1 149664423 . A G 631.66 PASS AF=0.403315;AO=69;DP=176;FAO=73;FDP=181;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.00136414;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.606;QD=13.9593;RBI=0.0230433;REFB=-0.0102826;REVB=-0.0230029;RO=104;SAF=28;SAR=41;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400534;STB=0.503685;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0153596;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:181:104:108:69:73:0.403315:41:28:46:58:41:32:48:60 chr1 149676401 . A G 318.4 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0108188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.219;QD=18.1942;RBI=0.0109149;REFB=-0.013765;REVB=0.00144549;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101033;STB=0.542348;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0121568;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:36:33:34:0.485714:16:17:23:14:16:18:22:14 chr1 149680227 . A G 1352.69 PASS AF=0.978495;AO=87;DP=90;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0174888;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.56;QD=58.18;RBI=0.0177641;REFB=0.0593723;REVB=0.0031155;RO=3;SAF=46;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873876;STB=0.510202;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000522139;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:93:3:2:87:91:0.978495:41:46:2:1:43:48:2:0 chr1 149684085 . T C 129.82 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0531919;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7658;QD=14.4246;RBI=0.0914437;REFB=0.012262;REVB=-0.0743812;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490867;STB=0.721289;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0318132;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:19:12:13:0.361111:10:2:11:7:10:3:11:8 chr1 149684119 . TA T,TT 1062.29 PASS AF=0.890411,0.109589;AO=64,9;DP=73;FAO=65,8;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26,4;FSAR=39,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341704,0.0174732;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.002,225.954;QD=58.2077;RBI=0.0345787,0.0183707;REFB=0,0;REVB=-0.00529861,-0.0056719;RO=0;SAF=25,5;SAR=39,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.30166e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00129748,0.00933196;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.890411,0.109589:64,9:73:65,8:73:0:26,4:39,4:0:0:23:0:25,5:39,4:0:0 chr1 149684166 . G A 355.08 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0326747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1342;QD=17.1124;RBI=0.0586001;REFB=-0.0466411;REVB=-0.0486449;RO=45;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139931;STB=0.588429;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0535766;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:45:36:38:0.457831:24:12:21:24:26:12:21:24 chr1 149684169 . G A 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0448419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.912;QD=16.633;RBI=0.0474563;REFB=-0.0140064;REVB=-0.015534;RO=46;SAF=11;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193692;STB=0.609313;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0166676;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:26:11:22:24:26:11:22:24 chr1 149684171 . A T 344.33 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0130718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.328;QD=16.3966;RBI=0.017376;REFB=-0.0393195;REVB=0.0114478;RO=46;SAF=11;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172264;STB=0.604592;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0210076;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:47:37:37:0.440476:26:11:21:25:26:11:22:25 chr1 149711815 . G A 51.71 PASS AF=0.0883978;AO=16;DP=181;FAO=16;FDP=181;FR=.;FRO=165;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=96;FSRR=69;FWDB=-0.0122377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.096;QD=1.14285;RBI=0.0135226;REFB=-1.81157e-05;REVB=0.00575329;RO=159;SAF=8;SAR=8;SRF=92;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929399;STB=0.574495;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000242142;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:181:181:159:165:16:16:0.0883978:8:8:92:67:8:8:96:69 chr1 149711845 . C A 65.96 PASS AF=0.10625;AO=16;DP=160;FAO=17;FDP=160;FR=.;FRO=143;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=67;FWDB=-0.00509365;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6085;QD=1.64906;RBI=0.00695177;REFB=-0.00489509;REVB=-0.00473095;RO=143;SAF=6;SAR=10;SRF=76;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186371;STB=0.65821;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0450519;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:160:160:143:143:16:17:0.10625:10:6:76:67:11:6:76:67 chr1 149719835 . T C 30.04 PASS AF=0.0655738;AO=12;DP=183;FAO=12;FDP=183;FR=.;FRO=171;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=106;FSRR=65;FWDB=0.00740669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.755;QD=0.656551;RBI=0.0477623;REFB=-0.00373638;REVB=-0.0471846;RO=171;SAF=3;SAR=9;SRF=106;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377911;STB=0.815;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0537421;OID=.;OPOS=149719835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:183:183:171:171:12:12:0.0655738:9:3:106:65:9:3:106:65 chr1 149876665 . G A 205.8 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00375978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.957;QD=23.5198;RBI=0.0451846;REFB=0.00318333;REVB=0.0450279;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299533;STB=0.516762;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00217467;OID=.;OPOS=149876665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:6:14:10:5:6:14:10:5 chr1 149908108 . A G 187.86 PASS AF=0.40678;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00911909;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2185;QD=12.7364;RBI=0.020873;REFB=0.011803;REVB=-0.0187757;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103708;STB=0.524475;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.015229;OID=.;OPOS=149908108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:35:35:22:24:0.40678:8:14:19:16:10:14:19:16 chr1 149914683 . G A 187.67 PASS AF=1;AO=10;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.6047;QD=46.9174;RBI=0.0997262;REFB=0;REVB=0.0636868;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160792;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:10:16:1:3:7:0:0:5:11:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 183.72 PASS AF=0.28125,0.09375;AO=15,8;DP=67;FAO=18,6;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=8,5;FSAR=10,1;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0292798,-0.0699874;FXX=0.0302984;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=130.477,40.0804;QD=11.4825;RBI=0.0453944,0.0719477;REFB=-0.0477569,-0.0586387;REVB=-0.0346893,-0.0166807;RO=37;SAF=7,6;SAR=8,2;SRF=23;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181331,0.17877;STB=0.62251,0.726412;STBP=0.237,0.326;TYPE=del,snp;VARB=0.105346,0.140514;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125,0.09375:15,8:67:18,6:64:40:8,5:10,1:25:15:99:37:7,6:8,2:23:14 chr1 150199123 . G T 61.45 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.152952;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4383;QD=13.6566;RBI=0.160662;REFB=-0.0375948;REVB=-0.0491736;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295251;STB=0.705344;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0768455;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:18:18:9:10:8:8:0.444444:6:2:5:4:6:2:6:4 chr1 150278741 . G GTC 430.59 PASS AF=0.76;AO=32;DP=51;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00724815;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.037;QD=34.4471;RBI=0.028193;REFB=-0.0398124;REVB=-0.0272454;RO=12;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154197;STB=0.558661;STBP=0.184;TYPE=ins;VARB=0.00768446;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.76:32:51:38:50:12:23:15:10:2:89:12:17:15:10:2 chr1 150526044 . G C 731.98 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0291484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3395;QD=51.3668;RBI=0.0350092;REFB=-0.148343;REVB=-0.0193912;RO=3;SAF=27;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495292;STB=0.526306;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00689137;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:27:27:3:0:27:27:3:0 chr1 150526406 . C T 47.08 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0497533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2192;QD=9.41685;RBI=0.0553895;REFB=-0.0561164;REVB=-0.0243435;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210359;STB=0.666222;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0933315;OID=.;OPOS=150526406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:20:13:13:6:7:0.35:3:3:9:4:4:3:9:4 chr1 150531008 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.059;QD=56.9557;RBI=0.0473953;REFB=0;REVB=0.0429978;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64987e-05;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr1 150531050 . G A 804.58 PASS AF=1;AO=31;DP=59;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302031;FXX=0.0833194;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.276;QD=58.5146;RBI=0.0857716;REFB=0;REVB=0.0802779;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46748e-05;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:55:0:0:31:55:1:6:25:0:0:17:38:0:0 chr1 150531170 . C T 547.55 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1318;QD=57.6365;RBI=0.0392756;REFB=-0.177707;REVB=0.00243819;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00359032;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:0:1:37:37:0.973684:17:20:0:0:17:20:0:1 chr1 150547747 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7028;QD=43.483;RBI=0.0759856;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416853;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr1 150597890 . G A 501.53 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.172;QD=59.004;RBI=0.0225264;REFB=0;REVB=-0.0146682;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33646e-06;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr1 150771703 . T C 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.811;QD=62.0074;RBI=0.030693;REFB=0;REVB=-0.00776374;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56232e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr1 150779755 . C T 2086.45 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00124674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9811;QD=61.8206;RBI=0.00125133;REFB=-0.0852051;REVB=-0.000107079;RO=1;SAF=78;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841252;STB=0.504424;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000710406;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:56:78:0:1:56:78:0:1 chr1 150782797 . C T 825.25 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0631716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7505;QD=54.115;RBI=0.063762;REFB=-0.0387349;REVB=-0.0086569;RO=2;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000524089;STB=0.500278;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0027051;OID=.;OPOS=150782797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:30:29:1:1:30:29:1:1 chr1 150937766 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 2134.94 PASS AF=0,1,0;AO=20,63,80;DP=198;FAO=0,193,0;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=0,125,0;FSAR=0,68,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.451678,0.0529782,-0.391352;FXX=0.0102559;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=12.5092,14.9371,11.0661;QD=44.2474;RBI=0.453092,0.053282,0.392635;REFB=0,0,0;REVB=0.0357613,0.00568142,-0.0317148;RO=2;SAF=10,22,69;SAR=10,41,11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.00960213,0.0343007;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00199678,0;OID=.,.,.;OPOS=150937771,150937767,150937771;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:20,63,80:198:0,193,0:193:0:0,125,0:0,68,0:0:0:11:2:10,22,69:10,41,11:1:1 chr1 150969567 . A G 804.07 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986961;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.973;QD=57.4333;RBI=0.0260047;REFB=0;REVB=0.024059;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8471e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr1 150969992 . T C 303.12 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.693;QD=52.7163;RBI=0.0950748;REFB=0;REVB=0.0698538;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509263;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:23:0:0:20:23:1:6:14:0:0:8:15:0:0 chr1 150970577 . G T 472.38 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7759;QD=57.2587;RBI=0.0471387;REFB=0;REVB=0.0297288;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846901;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:13:18:0:0:13:20:0:0 chr1 150975108 . T C 468.88 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144936;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2559;QD=58.6094;RBI=0.0236804;REFB=0;REVB=0.0187269;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60734e-05;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr1 151006539 . C A 94.58 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0666983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4748;QD=21.018;RBI=0.0794063;REFB=-0.0675708;REVB=0.0430893;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145526;STB=0.583179;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0405805;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:3:4:4:7:3:4 chr1 151019180 . A G 220.54 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0107172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8314;QD=12.0841;RBI=0.0433796;REFB=-0.00742491;REVB=0.0420349;RO=45;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08977;STB=0.559051;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0136177;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:16:11:22:23:16:11:23:23 chr1 151040435 . G A 289.26 PASS AF=0.39759;AO=31;DP=81;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00108322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.756;QD=13.9403;RBI=0.00108472;REFB=-0.0167524;REVB=5.69835e-05;RO=48;SAF=26;SAR=5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450071;STB=0.738301;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0175771;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:48:50:31:33:0.39759:5:26:23:25:6:27:24:26 chr1 151104950 . G A 280.77 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00430625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.404;QD=28.0772;RBI=0.0524767;REFB=-0.0240578;REVB=0.0522997;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183267;STB=0.510113;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0088469;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:11:14:8:7:11:14:8:7 chr1 151105824 . C G 32.13 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0381396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3493;QD=16.0627;RBI=0.0795285;REFB=-0.0276824;REVB=-0.0697865;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00254537;OID=.;OPOS=151105824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr1 151108137 . T G 303.71 PASS AF=0.419753;AO=31;DP=78;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0537425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3451;QD=14.9979;RBI=0.083489;REFB=-0.0176686;REVB=-0.0638918;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283594;STB=0.540457;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0217898;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:45:47:31:34:0.419753:15:16:22:23:15:19:23:24 chr1 151209063 . C T 350.32 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00996958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.474;QD=23.3544;RBI=0.114076;REFB=-0.0198803;REVB=-0.113639;RO=24;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022395;STB=0.521727;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00959752;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:25:35:35:0.583333:15:20:13:11:15:20:13:12 chr1 151239051 . T C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0200555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.626;QD=23.6751;RBI=0.0237337;REFB=-0.0390632;REVB=0.0126911;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244979;STB=0.636238;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0356229;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:4:12:9:12:4:12 chr1 151254041 . T C 541.4 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.000636865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.968;QD=22.3258;RBI=0.0137325;REFB=-0.0176532;REVB=0.0137177;RO=44;SAF=24;SAR=27;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110527;STB=0.548329;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0123025;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:46:51:51:0.525773:27:24:15:29:27:24:17:29 chr1 151262329 . C G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.00411227;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=291.905;QD=13.2308;RBI=0.0400025;REFB=-0.00715517;REVB=0.0397905;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234637;STB=0.634305;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0142749;OID=.;OPOS=151262329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:24:5:6:11:24:5 chr1 151288172 . G A 250.05 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0238277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.625;QD=26.3208;RBI=0.0323025;REFB=-0.0169422;REVB=0.0218103;RO=15;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35924;STB=0.698282;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0221927;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:8:15:2:13:8:15:2:13 chr1 151288391 . A G 1051.79 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.501;QD=59.2559;RBI=0.0109835;REFB=0;REVB=0.00814429;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99266e-05;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:70:71:1:29:41:0:1:30:41:0:0 chr1 151316161 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.817;QD=44.6898;RBI=0.018532;REFB=0;REVB=-0.013949;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06336e-06;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 151372138 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.023;QD=62.3495;RBI=0.0252385;REFB=0;REVB=0.0214114;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42401e-05;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 151381033 . GC G 99.97 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.014037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.8086;QD=12.4958;RBI=0.0196232;REFB=-0.118801;REVB=0.0137125;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0.306667;SSEP=0;SSSB=0.281952;STB=0.660812;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.145938;OID=.;OPOS=151381034;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:17:32:17:32:15:13:4:7:8:60:15:13:4:7:8 chr1 151638440 . C T 433.3 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0143368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0369;QD=20.6335;RBI=0.0265288;REFB=-0.00675529;REVB=-0.0223211;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152119;STB=0.583944;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00680104;OID=.;OPOS=151638440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:22:21:13:28:22:21:13:28 chr1 151675414 . A G 330.18 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7211;QD=50.7975;RBI=0.0176812;REFB=-0.0011446;REVB=0.00687143;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711625;STB=0.53843;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00107271;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:6:19:0:1:6:19:0:1 chr1 151680125 . CTGGGGGGA CGTGGGGGA,CTGGGGG,CTGGGGGA,GCTGGGGGA 33.58 PASS AF=0,0,0.241935,0;AO=4,7,9,8;DP=63;FAO=0,0,15,0;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=0,0,5,0;FSAR=0,0,10,0;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0374601,-0.0345109,-0.0361681,-0.120903;FXX=0.0158705;HRUN=1,6,6,1;LEN=2,2,1,3;MLLD=143.201,150.98,8.01694,21.6795;QD=2.16657;RBI=0.0834981,0.0353143,0.167634,0.157485;REFB=-0.00956344,-0.00873528,-0.103186,-0.068538;REVB=-0.0746236,0.00749025,0.163686,0.100915;RO=24;SAF=0,7,6,1;SAR=4,0,3,7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0.75,0.75,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.677679,0.692512,0.0529808,-0.586131;STB=0.5,0.5,0.680613,0.5;STBP=1,1,0.12,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0.0975684,0,0.110863,0;OID=.,.,.,.;OPOS=151680126,151680132,151680127,151680125;OREF=TG,GA,G,CTG;OALT=GT,-,-,GCT;OMAPALT=CGTGGGGGA,CTGGGGG,CTGGGGGA,GCTGGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:37:63:62:24:47:4,7,9,8:0,0,15,0:0,0,0.241935,0:4,0,3,7:0,7,6,1:15:9:0,0,10,0:0,0,5,0:27:20 chr1 151683758 . G C 73.8 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0295751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.093;QD=9.84062;RBI=0.0402111;REFB=-0.0242581;REVB=0.0272441;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269437;STB=0.662027;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0706248;OID=.;OPOS=151683758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:13:7:6:4:13:7 chr1 151686983 . T A 1212.77 PASS AF=0.932584;AO=81;DP=88;FAO=83;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00115205;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8415;QD=54.5064;RBI=0.024555;REFB=-0.0449531;REVB=-0.024528;RO=6;SAF=37;SAR=44;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708304;STB=0.537491;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0186358;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:88:89:6:6:81:83:0.932584:44:37:6:0:46:37:6:0 chr1 151733335 . T G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0204178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4288;QD=17.8402;RBI=0.0213184;REFB=-0.00364859;REVB=0.00613079;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644073;STB=0.53679;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00244878;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:9:5:6:8:9:5 chr1 151740666 . T C 1068.96 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0457694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.495;QD=52.7883;RBI=0.0471907;REFB=-0.0579286;REVB=-0.0114945;RO=5;SAF=40;SAR=35;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790692;STB=0.502479;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0221148;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:5:6:75:75:0.925926:35:40:3:2:35:40:3:3 chr1 151746235 . C T 655.81 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00581583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.42;QD=22.8107;RBI=0.0133643;REFB=-0.0173646;REVB=-0.0120325;RO=51;SAF=38;SAR=26;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116966;STB=0.564026;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00894299;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:64:64:0.556522:26:38:23:28:26:38:23:28 chr1 151747970 . A G 405.45 PASS AF=0.442105;AO=40;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0550596;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5634;QD=17.0717;RBI=0.0583812;REFB=-0.0215327;REVB=-0.0194114;RO=53;SAF=22;SAR=18;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154883;STB=0.598333;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0226705;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:40:42:0.442105:18:22:37:16:20:22:37:16 chr1 151774297 . CT CC,C 364.86 PASS AF=0,0.6875;AO=3,37;DP=64;FAO=0,44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=0,40;FSAR=0,4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0341598,0.0465818;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.7535,14.4849;QD=22.8039;RBI=0.0827167,0.0978842;REFB=-0.0688714,-0.151609;REVB=0.0753337,0.0860898;RO=23;SAF=3,35;SAR=0,2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0.394231;SSSB=0.512266,0.452228;STB=0.5,0.620625;STBP=1,0.049;TYPE=snp,del;VARB=0,0.113578;OID=.,.;OPOS=151774298,151774298;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6875:3,37:64:0,44:64:20:0,40:0,4:15:5:67:23:3,35:0,2:16:7 chr1 151801951 . G A 294.36 PASS AF=0.492537;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0166019;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4091;QD=17.574;RBI=0.0597993;REFB=-0.0349685;REVB=0.0574486;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156286;STB=0.596717;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0303747;OID=.;OPOS=151801951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:32:34:31:33:0.492537:15:16:11:21:15:18:12:22 chr1 151814234 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1595;QD=61.683;RBI=0.0403912;REFB=0;REVB=0.0290701;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56793e-06;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 151820298 . G C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2781;QD=58.9622;RBI=0.0445438;REFB=0;REVB=0.0441085;RO=0;SAF=49;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340213;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:17:49:0:0:17:49:0:0 chr1 151820324 . T C 882.32 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.234;QD=57.8571;RBI=0.106519;REFB=0;REVB=0.102442;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361836;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:18:41:0:0:19:42:0:0 chr1 151825991 . G T 881.23 PASS AF=0.868421;AO=66;DP=76;FAO=66;FDP=76;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00285197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.641;QD=46.3805;RBI=0.0368165;REFB=-0.0551381;REVB=0.0367059;RO=2;SAF=47;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471629;STB=0.514267;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00097506;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:76:76:2:10:66:66:0.868421:19:47:0:2:19:47:8:2 chr1 151845569 . A G 1171.0 PASS AF=0.963415;AO=60;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0161811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.145;QD=57.122;RBI=0.0186766;REFB=-0.0606899;REVB=0.00932682;RO=0;SAF=59;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46357e-08;STB=0.504625;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00266715;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:0:3:60:79:0.963415:1:59:0:0:19:60:2:1 chr1 151845650 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4391;QD=61.3358;RBI=0.0746898;REFB=0;REVB=0.0169279;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092617;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 151862661 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1441;QD=53.9111;RBI=0.0210736;REFB=0;REVB=-0.0115457;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729279;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 151867560 . G A 1558.08 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085445;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.178;QD=59.3554;RBI=0.00926609;REFB=0;REVB=-0.00358496;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00508e-06;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:41:64:0:0:41:64:0:0 chr1 152079989 . T G 1314.75 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0248099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.399;QD=59.7613;RBI=0.0428014;REFB=-0.177873;REVB=0.0348772;RO=1;SAF=61;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770469;STB=0.508063;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000396542;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:1:2:86:86:0.977273:25:61:1:0:25:61:2:0 chr1 152081921 . G C 1321.25 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8204;QD=62.1766;RBI=0.0420889;REFB=0;REVB=0.0409375;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156097;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:32:50:0:0:34:51:0:0 chr1 152085505 . A C 1402.1 PASS AF=0.97;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0247293;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.621;QD=56.0842;RBI=0.0598836;REFB=-0.113669;REVB=0.054539;RO=3;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299251;STB=0.515786;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00721473;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:100:3:3:97:97:0.97:46:51:0:3:46:51:0:3 chr1 152129087 . T C 601.22 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0534712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.314;QD=58.6553;RBI=0.0693529;REFB=-0.157567;REVB=0.0441663;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00120352;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:30:10:0:0:30:10:0:1 chr1 152129094 . A G 572.44 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.834;QD=60.2571;RBI=0.0686566;REFB=0;REVB=0.0488802;RO=0;SAF=3;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338948;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:35:38:1:32:3:0:0:35:3:0:0 chr1 152129100 . CA TG 145.87 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=-0.0247949;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.282;QD=15.3548;RBI=0.0355591;REFB=-0.0657859;REVB=-0.0254885;RO=22;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290681;STB=0.662186;STBP=0.287;TYPE=mnp;VARB=0.0584518;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:13:3:1:21:13:3:1:21 chr1 152185750 . G A 2198.52 PASS AF=0.980263;AO=140;DP=147;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0882388;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4917;QD=57.8557;RBI=0.0882491;REFB=-0.0757897;REVB=0.00134924;RO=4;SAF=107;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174407;STB=0.506493;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00102848;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:147:152:4:3:140:149:0.980263:33:107:4:0:35:114:3:0 chr1 152190835 . G A 182.5 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00307118;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6837;QD=15.8692;RBI=0.0471565;REFB=-0.00434311;REVB=0.0470563;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157223;STB=0.596806;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00939746;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:27:19:19:0.413043:7:12:20:6:7:12:21:6 chr1 152190859 . T C 381.28 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00462746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.632;QD=13.3782;RBI=0.0149618;REFB=-0.000194234;REVB=-0.0142282;RO=69;SAF=30;SAR=15;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162854;STB=0.59255;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000241504;OID=.;OPOS=152190859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:15:30:36:33:15:30:36:33 chr1 152190945 . C T 1052.53 PASS AF=0.497674;AO=103;DP=211;FAO=107;FDP=215;FR=.;FRO=108;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=0.00383056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.538;QD=19.5819;RBI=0.00492612;REFB=-0.027766;REVB=0.00309733;RO=106;SAF=53;SAR=50;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563347;STB=0.525585;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.027335;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:215:106:108:103:107:0.497674:50:53:61:45:51:56:62:46 chr1 152191442 . CCAGATCCAGAGCCATGTCGG C,CCAGATCCAGAGCCATGTCG 319.22 PASS AF=0.54902,0.176471;AO=27,8;DP=52;FAO=28,9;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=15,9;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.00242827,-0.0757461;FXX=0.0555453;HRUN=2,2;LEN=20,1;MLLD=644.48,23.2959;QD=25.0367;RBI=0.00941872,0.0759668;REFB=-0.0135108,0.0595017;REVB=0.00910032,-0.00578568;RO=10;SAF=15,8;SAR=12,0;SRF=0;SRR=10;SSEN=0.438303,0;SSEP=0,0.425641;SSSB=0.270732,0.851555;STB=0.674887,0.99913;STBP=0.006,0;TYPE=del,del;VARB=0.00815758,-0.192729;OID=.,.;OPOS=152191443,152191461;OREF=CAGATCCAGAGCCATGTCGG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CCAGATCCAGAGCCATGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54902,0.176471:27,8:52:28,9:51:14:15,9:13,0:0:14:66:10:15,8:12,0:0:10 chr1 152191687 . A G 558.89 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-3.35054e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.054;QD=23.287;RBI=0.0206921;REFB=-0.0267142;REVB=-0.0206921;RO=42;SAF=25;SAR=27;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373343;STB=0.501604;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0195829;OID=.;OPOS=152191687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:44:52:52:0.541667:27:25:20:22:27:25:21:23 chr1 152191696 . G C 568.1 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0106231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.282;QD=24.9712;RBI=0.0195795;REFB=-0.0108665;REVB=-0.016447;RO=38;SAF=25;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462599;STB=0.51928;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00687098;OID=.;OPOS=152191696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:39:52:52:0.571429:27:25:16:22:27:25:17:22 chr1 152192555 . T C 546.44 PASS AF=0.595238;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0168612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.349;QD=26.0211;RBI=0.0453215;REFB=-0.0260271;REVB=0.0420683;RO=33;SAF=20;SAR=29;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168112;STB=0.59996;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0203646;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:33:34:49:50:0.595238:29:20:21:12:30:20:22:12 chr1 152192687 . T C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.267;QD=63.4766;RBI=0.0299415;REFB=0;REVB=0.0251028;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62765e-05;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr1 152192978 . T C 2056.75 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0174754;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.179;QD=60.0512;RBI=0.0481488;REFB=-0.103323;REVB=-0.0448655;RO=3;SAF=70;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601707;STB=0.503166;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00041346;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:3:3:134:134:0.978102:64:70:2:1:64:70:2:1 chr1 152193052 . A G 1758.76 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000329827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3257;QD=60.647;RBI=0.0041046;REFB=0;REVB=0.00409132;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494662;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:46:69:0:0:46:70:0:0 chr1 152193162 . C T 543.78 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00239746;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.781;QD=19.7736;RBI=0.011154;REFB=-0.0198439;REVB=-0.0108933;RO=54;SAF=33;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475254;STB=0.526236;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0195049;OID=.;OPOS=152193162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:54:56:56:0.509091:23:33:29:25:23:33:29:25 chr1 152193547 . G A 1828.62 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.025;QD=59.4672;RBI=0.0251408;REFB=-0.119845;REVB=0.0189811;RO=1;SAF=68;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693513;STB=0.507245;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00104687;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:1:2:121:121:0.98374:53:68:1:0:53:68:2:0 chr1 152193605 . C T 1022.35 PASS AF=0.547486;AO=97;DP=179;FAO=98;FDP=179;FR=.;FRO=81;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0132764;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.879;QD=22.8457;RBI=0.0438694;REFB=-0.00139122;REVB=-0.0418122;RO=79;SAF=54;SAR=43;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064103;STB=0.531663;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00109736;OID=.;OPOS=152193605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:79:81:97:98:0.547486:43:54:50:29:43:55:51:30 chr1 152276149 . C T 1192.36 PASS AF=0.564103;AO=108;DP=197;FAO=110;FDP=195;FR=.;FRO=85;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0032582;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.811;QD=24.4587;RBI=0.0517155;REFB=-0.0303473;REVB=-0.0516128;RO=77;SAF=61;SAR=47;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251366;STB=0.531622;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0185679;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:77:85:108:110:0.564103:47:61:41:36:49:61:41:44 chr1 152276459 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0335419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.131;QD=20.838;RBI=0.0381371;REFB=-0.0343989;REVB=0.0181488;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0218236;OID=.;OPOS=152276459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr1 152276659 . TG CC 44.88 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0225924;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.553;QD=7.18046;RBI=0.0235873;REFB=-0.00122085;REVB=-0.00677831;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637242;STB=0.590651;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=0.00344998;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:18:18:6:7:0.28:3:3:10:8:4:3:10:8 chr1 152276671 . C T 152.05 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0386119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.207;QD=17.377;RBI=0.0494591;REFB=-0.00488531;REVB=-0.0309082;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265217;STB=0.543573;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00591397;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:16:17:0.485714:8:8:9:8:9:8:10:8 chr1 152276690 . A G 49.03 PASS AF=0.16;AO=7;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.015416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.32;QD=3.92209;RBI=0.0247104;REFB=-0.00223606;REVB=-0.0193119;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220946;STB=0.605794;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0125221;OID=.;OPOS=152276690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:50:50:39:42:7:8:0.16:5:2:18:21:5:3:21:21 chr1 152276699 . A G 84.06 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00385877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0815;QD=5.89889;RBI=0.0246127;REFB=-0.0218341;REVB=-0.0243083;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577457;STB=0.505426;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.100518;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:57:57:41:44:13:13:0.22807:7:6:17:24:7:6:20:24 chr1 152276772 . C A 1232.28 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.568;QD=60.111;RBI=0.107272;REFB=-0.0925085;REVB=0.101867;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000467046;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:82:0:1:80:81:0.987805:42:38:0:0:43:38:1:0 chr1 152276871 . A G 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.347;QD=59.3167;RBI=0.0275524;REFB=0;REVB=-0.0163641;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.5804e-05;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr1 152276889 . A G,T 786.87 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=52,3;DP=55;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610512,-0.013454;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.85,137.073;QD=56.2049;RBI=0.0135418,0.02583;REFB=0,0;REVB=-0.0120875,-0.0220495;RO=0;SAF=31,1;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.93989e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0040812,0.0672665;OID=.,.;OPOS=152276889,152276889;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:55:56:0:0:52,3:53,3:0.946429,0.0535714:21,2:31,1:0:0:22,2:31,1:0:0 chr1 152277055 . C G 536.88 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0277148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.378;QD=40.5195;RBI=0.0326028;REFB=-0.0662598;REVB=0.0171707;RO=9;SAF=18;SAR=26;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474814;STB=0.525472;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0164079;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:44:44:0.830189:26:18:5:4:26:18:5:4 chr1 152277168 . A G 1085.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965833;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.555;QD=60.3185;RBI=0.0333349;REFB=0;REVB=0.0319051;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236759;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr1 152277345 . C T 446.04 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0727191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9412;QD=18.2056;RBI=0.0727194;REFB=-0.0276052;REVB=0.00018383;RO=53;SAF=29;SAR=16;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136051;STB=0.576124;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0367795;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:16:29:27:26:16:29:27:26 chr1 152277396 . T C 1491.24 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1397;QD=63.4571;RBI=0.0200594;REFB=0;REVB=0.00769405;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018226;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:40:52:0:0:41:53:0:0 chr1 152277554 . G A 410.46 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0438698;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.952;QD=15.9401;RBI=0.0438902;REFB=-0.0338169;REVB=-0.00133712;RO=56;SAF=21;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201607;STB=0.512272;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0440928;OID=.;OPOS=152277554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:56:57:45:46:0.446602:24:21:25:31:24:22:26:31 chr1 152277717 . C A 770.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.33;QD=57.0914;RBI=0.0637482;REFB=0;REVB=0.0357546;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58286e-05;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:21:28:0:0:21:33:0:0 chr1 152278555 . T C 318.64 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0482235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0737;QD=17.2237;RBI=0.0501792;REFB=-0.0291659;REVB=0.0138727;RO=39;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501896;STB=0.537122;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0332589;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:34:35:0.472973:13:21:26:13:14:21:26:13 chr1 152278689 . C A 3873.18 PASS AF=1;AO=213;DP=247;FAO=243;FDP=243;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=152;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047751;FXX=0.0121946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.738;QD=63.756;RBI=0.07944;REFB=0;REVB=0.0634866;RO=0;SAF=128;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232137;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:243:0:0:213:243:1:85:128:0:0:91:152:0:0 chr1 152278814 . C T 124.52 PASS AF=0.108359;AO=35;DP=323;FAO=35;FDP=323;FR=.;FRO=288;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=167;FSRR=121;FWDB=-0.0864129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.214;QD=1.54207;RBI=0.0864205;REFB=-0.00634456;REVB=-0.0011404;RO=285;SAF=23;SAR=12;SRF=164;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105958;STB=0.572911;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0566901;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:285:288:35:35:0.108359:12:23:164:121:12:23:167:121 chr1 152278856 . T G 256.29 PASS AF=0.204651;AO=44;DP=214;FAO=44;FDP=215;FR=.;FRO=171;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=107;FSRR=64;FWDB=-0.00201985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.507;QD=4.76815;RBI=0.0022667;REFB=-0.0127711;REVB=-0.00102866;RO=169;SAF=30;SAR=14;SRF=105;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854166;STB=0.549531;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0477147;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:169:171:44:44:0.204651:14:30:105:64:14:30:107:64 chr1 152279019 . G A 98.3 PASS AF=0.122995;AO=21;DP=181;FAO=23;FDP=187;FR=.;FRO=164;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=104;FSRR=60;FWDB=0.00314326;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.247;QD=2.10276;RBI=0.00447191;REFB=1.53785e-06;REVB=0.00318086;RO=158;SAF=11;SAR=10;SRF=99;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130233;STB=0.562447;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=7.65355e-05;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:181:187:158:164:21:23:0.122995:10:11:99:59:10:13:104:60 chr1 152279729 . C T 2958.0 PASS AF=0.935484;AO=202;DP=217;FAO=203;FDP=217;FR=.;FRO=14;FSAF=101;FSAR=102;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0460767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.117;QD=54.5254;RBI=0.0481959;REFB=-0.109723;REVB=-0.0141343;RO=3;SAF=100;SAR=102;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478311;STB=0.527799;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00300691;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:217:217:3:14:202:203:0.935484:102:100:2:1:102:101:13:1 chr1 152279841 . G C 1918.2 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0056225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.751;QD=60.8953;RBI=0.0641682;REFB=-0.0326592;REVB=0.0639214;RO=1;SAF=76;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621099;STB=0.503267;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000328086;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:126:1:1:124:125:0.992063:48:76:1:0:49:76:1:0 chr1 152279920 . A G 1576.63 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02681;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.567;QD=58.9393;RBI=0.0475665;REFB=0.0327915;REVB=-0.0392912;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771683;STB=0.503999;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-9.30751e-05;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:61:44:0:1:62:44:0:1 chr1 152279964 . C T 685.52 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00331962;FXX=0.0133324;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.571;QD=18.5275;RBI=0.0033769;REFB=0.00101921;REVB=-0.000619337;RO=73;SAF=47;SAR=22;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134496;STB=0.586108;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00106035;OID=.;OPOS=152279964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:79:69:69:0.466216:22:47:40:33:22:47:42:37 chr1 152280032 . T C 3646.47 PASS AF=0.983193;AO=233;DP=237;FAO=234;FDP=238;FR=.;FRO=4;FSAF=146;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0185564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0996;QD=61.2852;RBI=0.0737089;REFB=-0.253183;REVB=0.0713349;RO=4;SAF=145;SAR=88;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021164;STB=0.51111;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0032098;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:237:238:4:4:233:234:0.983193:88:145:0:4:88:146:0:4 chr1 152280170 . C G 2030.53 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738594;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1301;QD=62.4777;RBI=0.0751188;REFB=0;REVB=-0.0136975;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044936;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr1 152280372 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.479;QD=33.4285;RBI=0.0367776;REFB=0;REVB=0.0220234;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041882;OID=.;OPOS=152280372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 152280471 . C G 67.59 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0196248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8915;QD=3.97567;RBI=0.0279531;REFB=0.00505628;REVB=-0.0199058;RO=56;SAF=11;SAR=1;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550722;STB=0.877969;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0274274;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:1:11:30:26:1:11:30:26 chr1 152280687 . CA TG 30.36 PASS AF=0.0585938;AO=15;DP=259;FAO=15;FDP=256;FR=.;FRO=241;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=139;FSRR=102;FWDB=-0.041977;FXX=0.0115826;HRUN=3;LEN=2;MLLD=190.437;QD=0.474363;RBI=0.0464638;REFB=-0.000779439;REVB=-0.0199202;RO=238;SAF=7;SAR=8;SRF=138;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1174;STB=0.60255;STBP=0.431;TYPE=mnp;VARB=0.0239326;OID=.;OPOS=152280687;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:259:256:238:241:15:15:0.0585938:8:7:138:100:8:7:139:102 chr1 152280691 . A T 38.44 PASS AF=0.0651341;AO=17;DP=258;FAO=17;FDP=261;FR=.;FRO=244;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=140;FSRR=104;FWDB=-0.0669692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.885;QD=0.58906;RBI=0.0712838;REFB=-0.00101957;REVB=-0.0244233;RO=238;SAF=9;SAR=8;SRF=136;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459129;STB=0.54177;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0156268;OID=.;OPOS=152280691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:258:261:238:244:17:17:0.0651341:8:9:136:102:8:9:140:104 chr1 152280736 . T C 293.2 PASS AF=0.208511;AO=49;DP=235;FAO=49;FDP=235;FR=.;FRO=186;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=105;FSRR=81;FWDB=-0.0068696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.397;QD=4.9906;RBI=0.0105539;REFB=-0.00879338;REVB=-0.00801205;RO=183;SAF=23;SAR=26;SRF=102;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11237;STB=0.574853;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0329616;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:183:186:49:49:0.208511:26:23:102:81:26:23:105:81 chr1 152280759 . A G 451.94 PASS AF=0.283784;AO=63;DP=221;FAO=63;FDP=222;FR=.;FRO=159;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=96;FSRR=63;FWDB=-0.00401191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.999;QD=8.14307;RBI=0.0217395;REFB=-0.00799339;REVB=-0.0213661;RO=154;SAF=29;SAR=34;SRF=93;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173169;STB=0.601696;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0144132;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:154:159:63:63:0.283784:34:29:93:61:34:29:96:63 chr1 152280782 . A G 2735.61 PASS AF=0.99435;AO=174;DP=179;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130558;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8506;QD=61.8216;RBI=0.050919;REFB=-0.0229096;REVB=-0.0492168;RO=0;SAF=96;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000120728;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:177:0:1:174:176:0.99435:78:96:0:0:78:98:0:1 chr1 152280788 . T G 1176.73 PASS AF=0.641975;AO=93;DP=165;FAO=104;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0209101;FXX=0.0181807;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.709;QD=29.055;RBI=0.0275701;REFB=-0.0414777;REVB=0.0179687;RO=34;SAF=47;SAR=46;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00268849;STB=0.540697;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0136772;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:34:55:93:104:0.641975:46:47:17:17:50:54:35:20 chr1 152280864 . A G 1524.13 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.029;QD=63.5054;RBI=0.0374508;REFB=0;REVB=0.00702419;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94269e-05;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:44:51:0:0:45:51:0:0 chr1 152280900 . T G 361.81 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00180142;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4358;QD=13.1568;RBI=0.0342154;REFB=-0.00676977;REVB=-0.034168;RO=67;SAF=18;SAR=25;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143404;STB=0.581357;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0122288;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:67:67:43:43:0.390909:25:18:37:30:25:18:37:30 chr1 152281007 . AA GG 650.59 PASS AF=0.302817;AO=85;DP=276;FAO=86;FDP=284;FR=.;FRO=198;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=116;FSRR=82;FWDB=-0.0158381;FXX=0.00350865;HRUN=2;LEN=2;MLLD=97.8837;QD=9.16324;RBI=0.0389732;REFB=-0.00666409;REVB=-0.0356099;RO=188;SAF=53;SAR=32;SRF=114;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216127;STB=0.522185;STBP=0.617;TYPE=mnp;VARB=0.0169102;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:284:188:198:85:86:0.302817:32:53:114:74:33:53:116:82 chr1 152281039 . G A 847.22 PASS AF=0.333333;AO=107;DP=321;FAO=107;FDP=321;FR=.;FRO=214;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=121;FSRR=93;FWDB=0.00096646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.378;QD=10.5572;RBI=0.0549175;REFB=-0.010609;REVB=0.054909;RO=214;SAF=64;SAR=43;SRF=121;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392659;STB=0.522476;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0192557;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:214:214:107:107:0.333333:43:64:121:93:43:64:121:93 chr1 152281228 . C G 215.53 PASS AF=0.213018;AO=35;DP=168;FAO=36;FDP=169;FR=.;FRO=133;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=53;FWDB=0.0318462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1892;QD=5.10119;RBI=0.0368493;REFB=-0.0142864;REVB=-0.018539;RO=131;SAF=19;SAR=16;SRF=78;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681296;STB=0.558548;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.070423;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:131:133:35:36:0.213018:16:19:78:53:17:19:80:53 chr1 152281290 . A G 110.12 PASS AF=0.2;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00313779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.637;QD=4.89429;RBI=0.018608;REFB=-0.0119114;REVB=-0.0183415;RO=71;SAF=9;SAR=9;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0366796;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:71:72:18:18:0.2:9:9:36:35:9:9:36:36 chr1 152281304 . A C 89.09 PASS AF=0.197368;AO=14;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0399857;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.381;QD=4.68869;RBI=0.0435221;REFB=-0.00813673;REVB=-0.0171846;RO=59;SAF=7;SAR=7;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105818;STB=0.533289;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0378696;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:76:76:59:61:14:15:0.197368:7:7:30:29:8:7:31:30 chr1 152281317 . G T 239.1 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.026523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.961;QD=14.0649;RBI=0.0419248;REFB=-0.00799441;REVB=0.0324687;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067848;STB=0.514695;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0113518;OID=.;OPOS=152281317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:13:14:21:19:14:14:21:19 chr1 152281479 . G T 2921.83 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.514;QD=63.1747;RBI=0.0328182;REFB=0;REVB=0.0323289;RO=0;SAF=104;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57129e-05;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:81:104:0:0:81:104:0:0 chr1 152281523 . A C 521.68 PASS AF=0.299145;AO=68;DP=230;FAO=70;FDP=234;FR=.;FRO=164;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=107;FSRR=57;FWDB=-0.000994232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5179;QD=8.91752;RBI=0.0487859;REFB=0.00185373;REVB=-0.0487758;RO=162;SAF=40;SAR=28;SRF=107;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922131;STB=0.558919;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0049926;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:234:162:164:68:70:0.299145:28:40:107:55:30:40:107:57 chr1 152281534 . A T 473.25 PASS AF=0.273859;AO=66;DP=241;FAO=66;FDP=241;FR=.;FRO=175;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=116;FSRR=59;FWDB=-0.00334802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.308;QD=7.85484;RBI=0.00885172;REFB=-0.000383207;REVB=-0.00819413;RO=174;SAF=38;SAR=28;SRF=116;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11764;STB=0.566009;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00197156;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:174:175:66:66:0.273859:28:38:116:58:28:38:116:59 chr1 152281690 . C T 1236.76 PASS AF=0.526316;AO=120;DP=228;FAO=120;FDP=228;FR=.;FRO=108;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=-0.00544172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.046;QD=21.6976;RBI=0.00660592;REFB=-0.0171447;REVB=-0.00374511;RO=105;SAF=61;SAR=59;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376893;STB=0.522388;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0177945;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:105:108:120:120:0.526316:59:61:58:47:59:61:60:48 chr1 152281691 . G A 925.2 PASS AF=0.440529;AO=99;DP=225;FAO=100;FDP=227;FR=.;FRO=127;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=0.0193372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.498;QD=16.3031;RBI=0.0193587;REFB=-0.00837074;REVB=0.000910675;RO=126;SAF=54;SAR=45;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029957;STB=0.511416;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00908458;OID=.;OPOS=152281691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:227:126:127:99:100:0.440529:45:54:65:61:46:54:66:61 chr1 152281745 . G T 749.29 PASS AF=0.435484;AO=68;DP=176;FAO=81;FDP=186;FR=.;FRO=105;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=-0.00420094;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.669;QD=16.1138;RBI=0.024774;REFB=-0.0102863;REVB=0.0244153;RO=104;SAF=44;SAR=24;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069318;STB=0.534583;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0129596;OID=.;OPOS=152281745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:186:104:105:68:81:0.435484:24:44:61:43:30:51:60:45 chr1 152281907 . A G 30.56 PASS AF=0.0655738;AO=12;DP=180;FAO=12;FDP=183;FR=.;FRO=171;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=84;FSRR=87;FWDB=-0.0824162;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4871;QD=0.66795;RBI=0.0840184;REFB=-0.00408753;REVB=-0.0163296;RO=160;SAF=4;SAR=8;SRF=76;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155688;STB=0.649195;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.06906;OID=.;OPOS=152281907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:180:183:160:171:12:12:0.0655738:8:4:76:84:8:4:84:87 chr1 152281911 . T C 44.05 PASS AF=0.0793651;AO=15;DP=187;FAO=15;FDP=189;FR=.;FRO=174;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=83;FSRR=91;FWDB=-0.019357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.581;QD=0.93232;RBI=0.0212019;REFB=-0.00475109;REVB=-0.00865018;RO=165;SAF=5;SAR=10;SRF=80;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17585;STB=0.635195;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0458091;OID=.;OPOS=152281911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:187:189:165:174:15:15:0.0793651:10:5:80:85:10:5:83:91 chr1 152281948 . G A 697.85 PASS AF=0.395122;AO=81;DP=207;FAO=81;FDP=205;FR=.;FRO=124;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=76;FWDB=-0.00347242;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.866;QD=13.6166;RBI=0.00352406;REFB=-0.0246731;REVB=-0.000601057;RO=120;SAF=42;SAR=39;SRF=45;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152235;STB=0.579118;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0419857;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:120:124:81:81:0.395122:39:42:45:75:39:42:48:76 chr1 152282092 . T C 72.8 PASS AF=0.0952381;AO=24;DP=227;FAO=22;FDP=231;FR=.;FRO=209;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=110;FSRR=99;FWDB=-0.0527538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4723;QD=1.26059;RBI=0.0652029;REFB=-0.00728106;REVB=-0.0383204;RO=191;SAF=12;SAR=12;SRF=102;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419975;STB=0.564647;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0411148;OID=.;OPOS=152282092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:227:231:191:209:24:22:0.0952381:12:12:102:89:12:10:110:99 chr1 152282101 . T C 95.33 PASS AF=0.111111;AO=26;DP=234;FAO=26;FDP=234;FR=.;FRO=208;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=112;FSRR=96;FWDB=-0.0126301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.661;QD=1.6295;RBI=0.0298669;REFB=0.000185141;REVB=0.0270649;RO=205;SAF=14;SAR=12;SRF=110;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233295;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00403255;OID=.;OPOS=152282101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:234:234:205:208:26:26:0.111111:12:14:110:95:12:14:112:96 chr1 152282104 . C T 94.36 PASS AF=0.108696;AO=26;DP=230;FAO=25;FDP=230;FR=.;FRO=205;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=113;FSRR=92;FWDB=0.00488878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.642;QD=1.64113;RBI=0.00684016;REFB=-0.00126889;REVB=-0.00478409;RO=204;SAF=14;SAR=12;SRF=112;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131681;STB=0.527911;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0079597;OID=.;OPOS=152282104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:230:230:204:205:26:25:0.108696:12:14:112:92:12:13:113:92 chr1 152282111 . T C 107.51 PASS AF=0.119469;AO=27;DP=226;FAO=27;FDP=226;FR=.;FRO=199;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=113;FSRR=86;FWDB=-0.00980325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1483;QD=1.90284;RBI=0.0259224;REFB=-0.00136849;REVB=0.0239972;RO=197;SAF=16;SAR=11;SRF=111;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372679;STB=0.522366;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0199606;OID=.;OPOS=152282111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:197:199:27:27:0.119469:11:16:111:86:11:16:113:86 chr1 152282267 . G A 380.99 PASS AF=0.445652;AO=39;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0263283;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.651;QD=16.5647;RBI=0.0304737;REFB=-0.0155226;REVB=0.0153448;RO=47;SAF=14;SAR=25;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25161;STB=0.640288;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0503942;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:51:39:41:0.445652:25:14:29:18:25:16:33:18 chr1 152282311 . C T 289.43 PASS AF=0.532258;AO=28;DP=60;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-4.99056e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7416;QD=18.673;RBI=0.0639461;REFB=-0.0528787;REVB=-0.0639461;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128361;STB=0.529394;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0917023;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:24:29:28:33:0.532258:16:12:14:10:18:15:15:14 chr1 152282794 . G A 269.46 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=-0.0162268;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.239;QD=16.3307;RBI=0.0195518;REFB=-0.0207166;REVB=0.0109072;RO=36;SAF=3;SAR=27;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290127;STB=0.516382;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0193802;OID=.;OPOS=152282794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:36:30:30:0.454545:27:3:4:32:27:3:4:32 chr1 152282910 . G C 361.84 PASS AF=0.396396;AO=39;DP=103;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0188499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5078;QD=13.0393;RBI=0.0323617;REFB=-0.0443655;REVB=0.0263052;RO=64;SAF=31;SAR=8;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380242;STB=0.68245;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0396532;OID=.;OPOS=152282910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:111:64:67:39:44:0.396396:8:31:31:33:10:34:34:33 chr1 152282917 . G T 681.88 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.00478952;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.941;QD=24.3528;RBI=0.0131854;REFB=-0.0141408;REVB=0.0122847;RO=47;SAF=33;SAR=32;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166967;STB=0.590769;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00588762;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:47:47:65:65:0.580357:32:33:34:13:32:33:34:13 chr1 152282952 . A G 505.48 PASS AF=0.427481;AO=54;DP=125;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0816962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8489;QD=15.4346;RBI=0.0852781;REFB=-0.036905;REVB=-0.0244559;RO=71;SAF=36;SAR=18;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278119;STB=0.647794;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.037074;OID=.;OPOS=152282952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:71:75:54:56:0.427481:18:36:28:43:18:38:32:43 chr1 152283236 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.947;QD=57.5439;RBI=0.0857158;REFB=0;REVB=0.0788703;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342588;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr1 152283283 . C T 287.68 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00747428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5518;QD=18.5601;RBI=0.103119;REFB=-0.065269;REVB=-0.102848;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116484;STB=0.580094;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0351869;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:31:31:31:0.5:14:17:12:17:14:17:12:19 chr1 152283862 . G C 1510.16 PASS AF=0.979798;AO=94;DP=96;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00889893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.924;QD=61.0164;RBI=0.0326755;REFB=0.0390668;REVB=0.0314404;RO=2;SAF=49;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000841791;STB=0.500104;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000488147;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:99:2:2:94:97:0.979798:45:49:1:1:48:49:1:1 chr1 152283975 . A G 2181.55 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.918;QD=62.3301;RBI=0.0508328;REFB=-0.0261694;REVB=0.0455224;RO=1;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748709;STB=0.503936;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000157604;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:63:76:0:1:63:76:0:1 chr1 152284424 . G C 787.36 PASS AF=0.448649;AO=83;DP=185;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=39;FWDB=0.0129145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5489;QD=17.0241;RBI=0.0299894;REFB=-0.00766087;REVB=0.0270662;RO=101;SAF=43;SAR=40;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953129;STB=0.555179;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00645163;OID=.;OPOS=152284424;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:101:102:83:83:0.448649:40:43:62:39:40:43:63:39 chr1 152284441 . G A 906.29 PASS AF=0.468293;AO=94;DP=205;FAO=96;FDP=205;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.0200042;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.678;QD=17.6837;RBI=0.0236777;REFB=-0.0277245;REVB=0.0126674;RO=105;SAF=58;SAR=36;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045484;STB=0.535394;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0309944;OID=.;OPOS=152284441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:105:109:94:96:0.468293:36:58:60:45:37:59:60:49 chr1 152284478 . A G 37.26 PASS AF=0.0688073;AO=15;DP=220;FAO=15;FDP=218;FR=.;FRO=203;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=118;FSRR=85;FWDB=-0.0107809;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6101;QD=0.683618;RBI=0.0337313;REFB=-0.00310702;REVB=-0.0319621;RO=198;SAF=11;SAR=4;SRF=114;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18334;STB=0.654632;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0545399;OID=.;OPOS=152284478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:220:218:198:203:15:15:0.0688073:4:11:114:84:4:11:118:85 chr1 152284497 . A G 45.4 PASS AF=0.0745614;AO=17;DP=228;FAO=17;FDP=228;FR=.;FRO=211;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=124;FSRR=87;FWDB=-0.0334591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2266;QD=0.796406;RBI=0.0355178;REFB=3.40677e-05;REVB=-0.0119166;RO=207;SAF=12;SAR=5;SRF=121;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144949;STB=0.618688;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00405176;OID=.;OPOS=152284497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:228:228:207:211:17:17:0.0745614:5:12:121:86:5:12:124:87 chr1 152284854 . A G 3520.83 PASS AF=1;AO=216;DP=222;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325964;FXX=0.0218331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.381;QD=62.872;RBI=0.0227379;REFB=0;REVB=0.022503;RO=0;SAF=114;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90992e-05;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:224:0:0:216:224:1:102:114:0:0:104:120:0:0 chr1 152285099 . C T 1625.43 PASS AF=1;AO=94;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.233;QD=59.6489;RBI=0.0421882;REFB=0;REVB=0.0280999;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972467;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:94:109:1:39:55:0:0:43:66:0:0 chr1 152285181 . G T 334.06 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0182471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.274;QD=21.9054;RBI=0.0303851;REFB=-0.0539622;REVB=0.024296;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107264;STB=0.564164;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0319981;OID=.;OPOS=152285181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:33:34:0.557377:19:14:15:12:20:14:15:12 chr1 152285930 . G A 3000.24 PASS AF=0.985075;AO=198;DP=202;FAO=198;FDP=201;FR=.;FRO=3;FSAF=118;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000511703;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.831;QD=59.7062;RBI=0.02096;REFB=0.0362526;REVB=-0.0209537;RO=2;SAF=118;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189684;STB=0.501096;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-3.32989e-05;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:202:201:2:3:198:198:0.985075:80:118:1:1:80:118:2:1 chr1 152286002 . T C 1903.67 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328118;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.28;QD=61.9081;RBI=0.0423747;REFB=0;REVB=0.0268143;RO=0;SAF=92;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297161;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:31:92:0:0:31:92:0:0 chr1 152286032 . C T 922.17 PASS AF=0.559748;AO=88;DP=157;FAO=89;FDP=159;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0109897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.508;QD=23.1992;RBI=0.0281777;REFB=-0.043818;REVB=-0.0259462;RO=68;SAF=42;SAR=46;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028981;STB=0.517775;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0309781;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:68:70:88:89:0.559748:46:42:30:38:46:43:31:39 chr1 152286367 . C A 1434.55 PASS AF=0.970588;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0254184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.971;QD=56.2567;RBI=0.0389764;REFB=-0.122917;REVB=0.0295478;RO=3;SAF=53;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690311;STB=0.503596;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.000771573;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:101:102:3:3:97:99:0.970588:44:53:2:1:45:54:2:1 chr1 152382828 . G A 494.74 PASS AF=0.505155;AO=46;DP=95;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0307817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.328;QD=20.4015;RBI=0.0309907;REFB=-0.0453626;REVB=0.00359252;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180508;STB=0.606877;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.04305;OID=.;OPOS=152382828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:49:48:46:49:0.505155:22:24:16:33:23:26:15:33 chr1 152484129 . G A 556.58 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=57;FSRF=12;FSRR=47;FWDB=-0.0029669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.705;QD=19.0282;RBI=0.0153343;REFB=-0.0109544;REVB=0.0150446;RO=57;SAF=1;SAR=57;SRF=12;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.650509;STB=0.876717;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0108515;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:59:58:58:0.495726:57:1:12:45:57:1:12:47 chr1 152487979 . C T 136.98 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0271618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.001;QD=18.2633;RBI=0.0397019;REFB=-0.0228507;REVB=0.0289565;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233716;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:9:6:6:9:9:6 chr1 152488063 . C T 391.61 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0651901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1603;QD=22.0627;RBI=0.0755662;REFB=0.0050918;REVB=0.0382165;RO=32;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1724;STB=0.595137;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00383828;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:24:15:19:13:24:15:19:13 chr1 152488428 . T C 351.81 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00926261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1716;QD=15.636;RBI=0.0149985;REFB=0.00296341;REVB=0.0117966;RO=52;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088906;STB=0.550287;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00406805;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:25:13:22:30:25:13:22:30 chr1 152659487 . TG TC,T 52.24 PASS AF=0,0.205882;AO=6,24;DP=69;FAO=0,14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=0,1;FSAR=0,13;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.270619,-0.14421;FXX=0.0144907;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=73.6142,12.6845;QD=3.07268;RBI=0.280353,0.285155;REFB=-0.0226722,-0.140115;REVB=-0.0732357,-0.246002;RO=32;SAF=6,2;SAR=0,22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727169,-0.455789;STB=0.5,0.860798;STBP=1,0.012;TYPE=snp,del;VARB=0,0.169803;OID=.,.;OPOS=152659488,152659488;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.205882:6,24:69:0,14:68:54:0,1:0,13:21:33:52:32:6,2:0,22:11:21 chr1 152681680 . C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 54.39 PASS AF=0.36;AO=4;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0209453;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=18;MLLD=326.165;QD=8.7025;RBI=0.0238156;REFB=-0.0259018;REVB=0.0113347;RO=15;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360561;STB=0.672571;STBP=0.272;TYPE=ins;VARB=0.0643214;OID=.;OPOS=152681681;OREF=-;OALT=AGCTCTGGGGGCTGCTGT;OMAPALT=CAGCTCTGGGGGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:4:26:9:25:16:4:5:3:13:54:15:2:2:3:12 chr1 152732106 . A T 785.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.505;QD=64.1471;RBI=0.0315901;REFB=0;REVB=0.0135615;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262426;OID=.;OPOS=152732106;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr1 152749091 . C T 309.31 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.010377;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.878;QD=24.7448;RBI=0.0450112;REFB=-0.0123462;REVB=0.0437987;RO=20;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965446;STB=0.553156;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00868685;OID=.;OPOS=152749091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:20:30:30:0.6:14:16:8:12:14:16:8:12 chr1 152883175 . A AG 53.05 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.138758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.9371;QD=14.1456;RBI=0.139234;REFB=-0.123017;REVB=0.011502;RO=8;SAF=0;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.770815;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=ins;VARB=0.12341;OID=.;OPOS=152883176;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:7:15:8:15:7:1:7:3:4:36:8:0:7:4:4 chr1 152944594 . C T 548.78 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00777783;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.854;QD=18.9235;RBI=0.0528545;REFB=-0.0180689;REVB=0.0522791;RO=55;SAF=31;SAR=26;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111545;STB=0.552383;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0192774;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:55:59:57:57:0.491379:26:31:23:32:26:31:26:33 chr1 152957832 . C A 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0100141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.6546;QD=19.016;RBI=0.0583632;REFB=0.00670235;REVB=0.0574977;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180048;STB=0.603622;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.024478;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:5:9:12:3:5:9 chr1 152957887 . G A 134.18 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0107334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.844;QD=16.2639;RBI=0.0126036;REFB=-0.0112602;REVB=0.00660645;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313904;STB=0.695931;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0155294;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:4:11:7:10:4:11:7:11 chr1 152958238 . A G 564.11 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0474968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3361;QD=18.197;RBI=0.0491317;REFB=-0.0185397;REVB=-0.0125689;RO=64;SAF=34;SAR=25;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144776;STB=0.5841;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0264769;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:65:59:59:0.475806:25:34:27:37:25:34:27:38 chr1 152958267 . T C 405.51 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0432979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.758;QD=17.2555;RBI=0.0504442;REFB=-0.0281021;REVB=-0.0258825;RO=50;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688858;STB=0.532857;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.040494;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:51:43:43:0.457447:21:22:22:28:21:22:23:28 chr1 152975495 . G A 263.49 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.023466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.786;QD=17.566;RBI=0.0254506;REFB=-0.0211627;REVB=-0.00985285;RO=31;SAF=5;SAR=24;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361702;STB=0.705721;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0127395;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:24:5:15:16:24:5:15:16 chr1 152975715 . C T 110.68 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0130158;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3104;QD=17.0272;RBI=0.0232716;REFB=-0.0390281;REVB=-0.0192914;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506435;STB=0.543555;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0565898;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:12:13:0.5:4:8:8:5:4:9:8:5 chr1 152975829 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0149292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3875;QD=12.0153;RBI=0.048438;REFB=-0.0195715;REVB=-0.04608;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0267377;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr1 152975941 . C G 179.94 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00507264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.073;QD=17.1372;RBI=0.0123125;REFB=-0.00993069;REVB=0.011219;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117815;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0101274;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:10:8:13:10:10:9:13:10 chr1 152976108 . C T 517.25 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00512088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.149;QD=25.2315;RBI=0.0115156;REFB=-0.00354239;REVB=0.0103143;RO=34;SAF=25;SAR=23;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737903;STB=0.540331;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00177222;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:23:25:21:13:23:25:21:13 chr1 152976114 . G C 539.78 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.003801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8958;QD=25.4013;RBI=0.0829979;REFB=-0.0543129;REVB=-0.0829109;RO=35;SAF=26;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060544;STB=0.533068;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00944447;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:24:26:21:14:24:26:21:14 chr1 152976306 . T G 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0187088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.616;QD=20.2395;RBI=0.0305316;REFB=-0.0180705;REVB=0.0241279;RO=45;SAF=23;SAR=24;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137024;STB=0.589249;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.02166;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:48:47:47:0.494737:24:23:29:16:24:23:32:16 chr1 153004853 . C T 43.64 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0331366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.224;QD=5.63108;RBI=0.125188;REFB=-0.0226187;REVB=-0.120723;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164666;STB=0.635916;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0477176;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:22:24:7:7:0.225806:1:6:17:5:1:6:18:6 chr1 153005156 . C T 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00358792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6117;QD=16.4065;RBI=0.0105672;REFB=0.0265927;REVB=0.0099394;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635824;STB=0.536364;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0256936;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:12:17:11:10:12:17 chr1 153029137 . C T 71.68 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-3.94064e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.362;QD=19.1136;RBI=3.94064e-05;REFB=-0.0101726;REVB=0;RO=6;SAF=9;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00786988;OID=.;OPOS=153029137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:0:9:6:0:0:9:6:0 chr1 153314153 . C A 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0279354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.779;QD=19.7364;RBI=0.0290607;REFB=-0.0196347;REVB=-0.00800851;RO=37;SAF=17;SAR=21;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112266;STB=0.562154;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0214018;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:21:17:12:25:21:17:12:25 chr1 153315579 . A G 479.52 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.00345402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.122;QD=19.9799;RBI=0.00881255;REFB=-0.00331335;REVB=-0.00810745;RO=49;SAF=22;SAR=24;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180508;STB=0.603822;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00348212;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:49:46:47:0.489583:24:22:33:16:25:22:33:16 chr1 153320334 . T C 236.29 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00313404;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.957;QD=17.5031;RBI=0.0105709;REFB=-0.00858768;REVB=-0.0100956;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148161;STB=0.583516;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0075002;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:9:17:14:14:9:17:14:14 chr1 153320372 . T G 288.28 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0421552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1941;QD=19.5446;RBI=0.0425372;REFB=-0.00131418;REVB=-0.00568842;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207205;STB=0.509304;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00300971;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:14:16:15:13:15:16:15:13 chr1 153391729 . G A 293.69 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0315466;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.758;QD=14.6845;RBI=0.0347002;REFB=-0.026567;REVB=-0.0144539;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461028;STB=0.53301;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0408065;OID=.;OPOS=153391729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:47:33:33:0.4125:15:18:22:22:15:18:23:24 chr1 153391786 . T C 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0206441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.961;QD=12.8733;RBI=0.0254229;REFB=-0.00700537;REVB=-0.0148372;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779238;STB=0.545406;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0131344;OID=.;OPOS=153391786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:14:18:12:7:14:18 chr1 153412392 . T G 368.93 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0270519;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.127;QD=18.9195;RBI=0.0293323;REFB=-0.00861675;REVB=-0.0113391;RO=38;SAF=29;SAR=8;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442833;STB=0.50847;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00807502;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:38:40:37:38:0.487179:8:29:31:7:9:29:31:9 chr1 153431406 . C G 1970.7 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0336;QD=62.0692;RBI=0.0604427;REFB=0;REVB=-0.0562005;RO=0;SAF=35;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.53063e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.59056e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:92:35:0:0:92:35:0:0 chr1 153588279 . G A 203.56 PASS AF=0.284211;AO=24;DP=92;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0118532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.903;QD=8.57111;RBI=0.0485318;REFB=-0.00789088;REVB=0.0470621;RO=65;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103064;STB=0.56074;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0151864;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:65:68:24:27:0.284211:12:12:27:38:14:13:27:41 chr1 153600595 . A AC 180.92 PASS AF=0.528571;AO=24;DP=67;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.130106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.1743;QD=10.3385;RBI=0.178448;REFB=0.0534055;REVB=-0.122132;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136168;STB=0.540519;STBP=0.5;TYPE=ins;VARB=-0.0657114;OID=.;OPOS=153600596;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528571:24:67:37:70:33:17:20:18:15:99:38:9:15:19:19 chr1 153604029 . C T 643.34 PASS AF=0.913793;AO=49;DP=55;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0177011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7489;QD=44.3685;RBI=0.0335751;REFB=0.0298718;REVB=0.0285299;RO=5;SAF=24;SAR=25;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885032;STB=0.540968;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0223884;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:58:5:5:49:53:0.913793:25:24:5:0:25:28:5:0 chr1 153676713 . C A 1529.86 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.612;QD=63.7441;RBI=0.0497296;REFB=0;REVB=0.035676;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2398e-06;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr1 153743234 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0507017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.319;QD=21.0649;RBI=0.0507622;REFB=-0.0253086;REVB=-0.00247649;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109969;STB=0.568911;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0140087;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:15:9:6:17:15:9:6:18 chr1 153747909 . AG AA,A 75.47 PASS AF=0.0625,0.3125;AO=2,11;DP=32;FAO=2,10;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2,3;FSAR=0,7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0223901,-0.0859436;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=31.1265,21.3676;QD=9.43388;RBI=0.0621723,0.0900284;REFB=-0.00994321,-0.00938599;REVB=0.0580007,0.0268106;RO=18;SAF=2,4;SAR=0,7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0.539522;SSEP=0,0;SSSB=0.666653,0.170436;STB=0.996827,0.540905;STBP=0.027,0.813;TYPE=snp,del;VARB=0.00782173,0.0201723;OID=.,.;OPOS=153747910,153747910;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.3125:2,11:32:2,10:32:20:2,3:0,7:5:15:61:18:2,4:0,7:4:14 chr1 153906724 . C G 728.05 PASS AF=0.386364;AO=85;DP=219;FAO=85;FDP=220;FR=.;FRO=135;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=58;FWDB=-0.0113713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.024;QD=13.2373;RBI=0.0434765;REFB=-0.018664;REVB=-0.0419631;RO=131;SAF=41;SAR=44;SRF=76;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105239;STB=0.55386;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0328876;OID=.;OPOS=153906724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:131:135:85:85:0.386364:44:41:76:55:44:41:77:58 chr1 153907278 . CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGC 238.38 PASS AF=0.125,0.275,0.25;AO=5,10,7;DP=44;FAO=5,11,10;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=5,2,8;FSAR=0,9,2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0821502,0.00136022,0.014075;FXX=0.0908884;HRUN=2,1,1;LEN=1,9,10;MLLD=16.5359,178.16,183.391;QD=23.8379;RBI=0.127607,0.0181617,0.0373499;REFB=-0.184375,-0.0796472,-0.0711347;REVB=-0.0976467,0.0181107,-0.0345964;RO=11;SAF=5,2,5;SAR=0,8,2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.772858,-0.0940418,0.425288;STB=0.997687,0.678877,0.74022;STBP=0.015,0.185,0.074;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.205897,0.0619519,0.120587;OID=.,.,.;OPOS=153907306,153907279,153907297;OREF=T,CTGCTGCTG,CTGCTGCTGT;OALT=-,-,TTGCTGCTGC;OMAPALT=CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.275,0.25:5,10,7:44:5,11,10:40:14:5,2,8:0,9,2:6:8:99:11:5,2,5:0,8,2:3:8 chr1 153909069 . G C 218.95 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0574097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1927;QD=23.67;RBI=0.0648506;REFB=-0.00519562;REVB=0.0301617;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184479;STB=0.510299;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00264704;OID=.;OPOS=153909069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:8:8:10:11:8:8 chr1 153913699 . T G 259.49 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0189613;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.402;QD=18.5351;RBI=0.0205897;REFB=-0.026414;REVB=-0.00802533;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945711;STB=0.554791;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0183621;OID=.;OPOS=153913699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:28:28:28:0.5:11:17:13:13:11:17:14:14 chr1 153913770 . A G 1341.44 PASS AF=0.977778;AO=84;DP=88;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3416;QD=59.6196;RBI=0.0738879;REFB=-0.0384588;REVB=0.0707475;RO=3;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399722;STB=0.512818;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00756233;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:90:3:2:84:88:0.977778:34:50:0:3:38:50:0:2 chr1 153921765 . GT TG,TT 200.21 PASS AF=0,0.5;AO=2,18;DP=40;FAO=0,21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=0,12;FSAR=0,9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0124986,-0.00740124;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=220.582,235.966;QD=19.0677;RBI=0.0172282,0.00956047;REFB=-0.0195637,-0.0340626;REVB=-0.0118573,0.0060518;RO=19;SAF=2,10;SAR=0,8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.550427,0.121163;STB=0.5,0.547899;STBP=1,0.518;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0203603;OID=.,.;OPOS=153921765,153921765;OREF=GT,G;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:40:42:19:21:2,18:0,21:0,0.5:0,8:2,10:8:11:0,9:0,12:10:11 chr1 153926078 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0571498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.511;QD=14.0965;RBI=0.0586941;REFB=-0.01492;REVB=0.0133752;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0142859;OID=.;OPOS=153926078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:5:9:7:4:5:9 chr1 153932212 . G C 235.06 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0188475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.81;QD=13.243;RBI=0.02591;REFB=-0.017611;REVB=-0.0177793;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873873;STB=0.542683;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.018418;OID=.;OPOS=153932212;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:15:13:23:19:15:13:23:20 chr1 153941514 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00618852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.087;QD=14.7015;RBI=0.0453493;REFB=-0.0267871;REVB=0.0449251;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111711;STB=0.565108;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0294409;OID=.;OPOS=153941514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:8:7:7:5:8:7 chr1 153954254 . A G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0147445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.208;QD=19.0006;RBI=0.0149797;REFB=-0.0170511;REVB=-0.00264378;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31729;STB=0.680634;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0193174;OID=.;OPOS=153954254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:11:6:12:5:11:6 chr1 153994647 . C T 655.5 PASS AF=0.610526;AO=57;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.00520933;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.792;QD=27.6001;RBI=0.00902297;REFB=-0.00821489;REVB=-0.00736728;RO=35;SAF=34;SAR=23;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131093;STB=0.57565;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00454975;OID=.;OPOS=153994647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:35:37:57:58:0.610526:23:34:27:8:23:35:29:8 chr1 154089438 . T C 281.21 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0238406;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5554;QD=10.5127;RBI=0.0242049;REFB=0.0105662;REVB=-0.00418392;RO=68;SAF=20;SAR=16;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377138;STB=0.5243;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0182427;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:68:71:36:36:0.336449:16:20:40:28:16:20:42:29 chr1 154108387 . G A 1239.61 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026404;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.962;QD=61.9805;RBI=0.0316175;REFB=0;REVB=-0.0173923;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108524;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr1 154125236 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0107625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.939;QD=14.742;RBI=0.0227549;REFB=-0.0183403;REVB=0.0200488;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133963;STB=0.576838;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0280739;OID=.;OPOS=154125236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:6:11:19:6:6:11:19:6 chr1 154172001 . G A 278.88 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00218048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.763;QD=13.9438;RBI=0.00965896;REFB=-0.00628095;REVB=-0.00940963;RO=48;SAF=25;SAR=7;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373963;STB=0.71476;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00800979;OID=.;OPOS=154172001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:7:25:22:26:7:25:22:26 chr1 154293675 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00184443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.624;QD=22.5346;RBI=0.0121359;REFB=-0.00267594;REVB=0.0119949;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890192;STB=0.549947;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00197789;OID=.;OPOS=154293675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:8:7:11:8:8:7 chr1 154295592 . C T 274.26 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0446681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.832;QD=12.9063;RBI=0.0492091;REFB=-0.0170636;REVB=-0.0206469;RO=52;SAF=21;SAR=10;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540991;STB=0.502855;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0275815;OID=.;OPOS=154295592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:53:31:32:0.376471:10:21:35:17:11:21:35:18 chr1 154303976 . T C 277.27 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0152032;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.614;QD=13.3625;RBI=0.0303016;REFB=-0.0102549;REVB=0.0262116;RO=50;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103506;STB=0.567344;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0263938;OID=.;OPOS=154303976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:51:32:32:0.385542:22:10:20:30:22:10:21:30 chr1 154310048 . C G 527.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0267023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.107;QD=19.1696;RBI=0.0294887;REFB=-0.0105987;REVB=0.0125128;RO=55;SAF=21;SAR=34;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150409;STB=0.583219;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0136274;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:34:21:30:25:34:21:30:25 chr1 154313689 . G A 224.59 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0162343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.722;QD=16.9498;RBI=0.0342898;REFB=-0.0132505;REVB=0.0302033;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174372;STB=0.605887;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0247344;OID=.;OPOS=154313689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:24:25:0.471698:13:11:18:10:14:11:18:10 chr1 154316434 . C T 84.58 PASS AF=0.323529;AO=9;DP=32;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0274931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.356;QD=9.9511;RBI=0.049544;REFB=-0.0195259;REVB=0.0412158;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072486;STB=0.5434;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0372898;OID=.;OPOS=154316434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:34:23:23:9:11:0.323529:3:6:14:9:5:6:14:9 chr1 154317153 . C T 310.96 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00105477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.01;QD=13.9758;RBI=0.0227219;REFB=-0.0246604;REVB=0.0226974;RO=54;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1436;STB=0.581587;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0377297;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:16:19:22:32:16:19:22:32 chr1 154320942 . A G 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00527454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.299;QD=19.1822;RBI=0.0100274;REFB=-0.0296502;REVB=-0.00852812;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162665;STB=0.595097;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0301683;OID=.;OPOS=154320942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:21:20:28:14:21:20:29:14 chr1 154321557 . GC CG 54.1 PASS AF=0.154545;AO=15;DP=110;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=80;FWDB=0.00628145;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=2;MLLD=67.9846;QD=1.96726;RBI=0.025947;REFB=-0.020726;REVB=0.0251752;RO=81;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19914;STB=0.722993;STBP=0.183;TYPE=mnp;VARB=0.272162;OID=.;OPOS=154321557;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:110:110:81:93:15:17:0.154545:11:4:13:68:11:6:13:80 chr1 154426970 . A C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00712597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.618;QD=7.48171;RBI=0.0133513;REFB=-0.00412341;REVB=0.0112906;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196878;STB=0.620473;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00738334;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:4:6:21:7:4:6:21:7 chr1 154437896 . T C 397.36 PASS AF=0.588235;AO=31;DP=69;FAO=40;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0030194;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.641;QD=23.3741;RBI=0.00312935;REFB=0.00346847;REVB=0.000822213;RO=26;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333794;STB=0.687405;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00702186;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:26:28:31:40:0.588235:21:10:19:7:28:12:21:7 chr1 154438880 . T C 174.32 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=5;FWDB=0.0155982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2242;QD=11.621;RBI=0.0691709;REFB=-0.00553075;REVB=0.0673892;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=33;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414634;STB=0.733167;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0200458;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:11:11:33:5:11:11:33:5 chr1 154474131 . C G 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.307;QD=56.1834;RBI=0.0321394;REFB=0;REVB=-0.0107928;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30947e-05;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 154516477 . G A 496.57 PASS AF=0.566265;AO=45;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00928263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.189;QD=23.9313;RBI=0.0108677;REFB=0.00581154;REVB=0.00565154;RO=34;SAF=35;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135167;STB=0.570859;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00365793;OID=.;OPOS=154516477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:36:45:47:0.566265:10:35:22:12:12:35:22:14 chr1 154516571 . T C 705.19 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.793;QD=62.6831;RBI=0.0128444;REFB=0;REVB=0.0066551;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843257;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:40:45:1:26:14:0:0:29:16:0:0 chr1 154516578 . G A 139.51 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.036954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.756;QD=12.4011;RBI=0.0372495;REFB=-0.0102866;REVB=-0.00468267;RO=29;SAF=2;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459001;STB=0.777366;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0189634;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:14:2:13:16:14:2:13:16 chr1 154556663 . G A 1018.71 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.059645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.943;QD=56.5952;RBI=0.0661574;REFB=-0.171191;REVB=0.0286228;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000633285;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:70:70:0.972222:32:38:0:0:32:38:2:0 chr1 154570351 . G C 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00368719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.32;QD=18.3353;RBI=0.00542093;REFB=-0.00379973;REVB=-0.00397379;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742313;STB=0.541378;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00397837;OID=.;OPOS=154570351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:17:18:22:15:17:18:22:15 chr1 154573967 . T C 718.91 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327048;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.844;QD=61.1837;RBI=0.0328128;REFB=0.00445334;REVB=0.00265997;RO=1;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132465;STB=0.507039;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=3.91784e-05;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:35:11:0:1:35:11:0:1 chr1 154574820 . T C 1190.55 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.138;QD=61.0537;RBI=0.0126548;REFB=0;REVB=-0.00875654;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14734e-07;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:34:44:0:0 chr1 154575040 . C T 1144.44 PASS AF=0.870968;AO=80;DP=93;FAO=81;FDP=93;FR=.;FRO=12;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0136594;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.445;QD=49.2234;RBI=0.0202273;REFB=-0.234144;REVB=0.0149185;RO=4;SAF=35;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510877;STB=0.571411;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0101138;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:93:93:4:12:80:81:0.870968:45:35:4:0:45:36:12:0 chr1 154600372 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.454;QD=51.1815;RBI=0.0185525;REFB=0;REVB=-0.0183472;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37891e-05;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr1 154744807 . C G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.797;QD=59.1423;RBI=0.0294451;REFB=0;REVB=-0.00990352;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153447;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr1 154744852 . A G 393.16 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.624;QD=56.1652;RBI=0.0348871;REFB=0;REVB=-0.0164959;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012085;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 154842026 . G A 192.28 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00226491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.172;QD=23.3072;RBI=0.0572232;REFB=-0.0411555;REVB=0.0571784;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193019;STB=0.59884;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0110948;OID=.;OPOS=154842026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:4:14:13:1:4:15:13:1 chr1 154917314 . G A 1830.21 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0159705;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.746;QD=59.5192;RBI=0.0308193;REFB=-0.0762279;REVB=-0.0263586;RO=2;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016661;STB=0.50877;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-6.45233e-05;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:123:2:2:121:121:0.98374:56:65:0:2:56:65:0:2 chr1 154919080 . C T 993.09 PASS AF=0.948052;AO=67;DP=71;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00037835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.9772;QD=51.589;RBI=0.022772;REFB=0.0350701;REVB=0.0227689;RO=4;SAF=28;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360342;STB=0.517199;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000868075;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:71:77:4:4:67:73:0.948052:39:28:3:1:42:31:3:1 chr1 154987526 . C T 600.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440407;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9648;QD=61.5872;RBI=0.0569018;REFB=0;REVB=0.036031;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272149;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 154988870 . C T 284.83 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0190863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.659;QD=12.9466;RBI=0.0218911;REFB=-0.0243423;REVB=0.0107207;RO=55;SAF=22;SAR=11;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301443;STB=0.517231;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0434211;OID=.;OPOS=154988870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:11:22:38:17:11:22:38:17 chr1 154988957 . A G 526.45 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.474;QD=60.1653;RBI=0.00555873;REFB=0;REVB=0.00555873;RO=0;SAF=0;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1271e-06;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:35:35:1:35:0:0:0:35:0:0:0 chr1 155006091 . A G 756.82 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00549849;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.181;QD=55.0414;RBI=0.0106713;REFB=-0.111457;REVB=0.00914567;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.512191;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-4.8377e-05;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:54:54:0.981818:20:34:0:0:20:34:0:1 chr1 155006999 . C T 823.78 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190414;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5825;QD=57.8088;RBI=0.0327376;REFB=0;REVB=0.0266304;RO=2;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108789;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:2:0:55:57:1:23:32:1:1:24:33:0:0 chr1 155019710 . A C 1018.62 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.326;QD=59.0503;RBI=0.0272002;REFB=0;REVB=-0.00696749;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11117e-05;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:36:31:0:0:37:32:0:0 chr1 155026942 . A C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.993;QD=62.0169;RBI=0.0436226;REFB=0;REVB=0.0291696;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304177;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 155033317 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.348;QD=48.7373;RBI=0.0321682;REFB=0;REVB=-0.0277637;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30832e-05;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr1 155059851 . A G 693.28 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0500182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.427;QD=52.3231;RBI=0.0536269;REFB=-0.0961933;REVB=0.0193396;RO=2;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781827;STB=0.518511;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000630047;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:2:1:50:52:0.981132:11:39:0:2:13:39:0:1 chr1 155106697 . G A 666.97 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00077663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.533;QD=62.044;RBI=0.00929799;REFB=0;REVB=-0.00926549;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36948e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr1 155149718 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.938;QD=59.0186;RBI=0.0183595;REFB=0;REVB=0.00841318;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64553e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 155162067 . C T 470.77 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189685;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.632;QD=58.8468;RBI=0.0286316;REFB=0;REVB=0.0214468;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115887;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:7:24:0:0:7:25:0:0 chr1 155178782 . A T 575.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0277;QD=60.5829;RBI=0.0295549;REFB=0;REVB=0.0286909;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412769;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr1 155186729 . T C 2938.99 PASS AF=0.989474;AO=181;DP=186;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0570337;FXX=0.0155432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3513;QD=61.8735;RBI=0.058302;REFB=0.0246131;REVB=-0.0120948;RO=3;SAF=118;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119486;STB=0.504098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0011158;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:190:3:2:181:188:0.989474:63:118:3:0:67:121:2:0 chr1 155186742 . G A 2846.83 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.21;QD=62.9134;RBI=0.126161;REFB=0;REVB=0.126145;RO=0;SAF=118;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39675e-05;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:181:0:0:178:181:1:60:118:0:0:62:119:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT 186.02 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0162321;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=3;MLLD=161.444;QD=21.2592;RBI=0.0719341;REFB=-0.0249389;REVB=0.0700788;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109669;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=mnp;VARB=0.0317637;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:16:17:0.485714:9:7:9:7:10:7:9:7 chr1 155230131 . C T 112.27 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00207709;FXX=0.0605877;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.784;QD=14.4859;RBI=0.00216924;REFB=-0.0291791;REVB=0.000625558;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.67093;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0166719;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:31:11:15:10:11:0.354839:4:6:5:6:4:7:5:10 chr1 155258752 . G A 193.08 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0170197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2178;QD=14.8519;RBI=0.0256966;REFB=-0.0209597;REVB=0.0192521;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211161;STB=0.629441;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0319529;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:30:21:22:0.423077:14:7:16:14:15:7:16:14 chr1 155258756 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.031099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.613;QD=14.6971;RBI=0.0311006;REFB=-0.0062285;REVB=0.000320198;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144581;STB=0.583252;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00744619;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:14:16:14:7:14:16 chr1 155260383 . G T 115.28 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.00251586;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.518;QD=8.23412;RBI=0.0115274;REFB=-0.0125646;REVB=-0.0112495;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366078;STB=0.714067;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0257254;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:40:40:16:16:0.285714:8:8:8:32:8:8:8:32 chr1 155270058 . A AC 41.74 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0167655;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.9098;QD=3.71042;RBI=0.0168574;REFB=-0.00851519;REVB=0.00175752;RO=33;SAF=13;SAR=0;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.831467;STB=0.82047;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.130169;OID=.;OPOS=155270059;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311111:13:47:14:45:31:11:3:9:22:41:33:13:0:8:25 chr1 155294274 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.951;QD=48.7366;RBI=0.0189278;REFB=0;REVB=0.0182175;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245935;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr1 155296882 . TGGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGGG 222.68 PASS AF=0,0.576923,0,0.423077,0;AO=6,3,4,6,2;DP=26;FAO=0,15,0,11,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0,4,0;FSAR=0,7,0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.273836,-0.114783,-0.459848,-0.190119,-0.305959;FXX=0.0714031;HRUN=5,5,5,5,4;LEN=3,2,2,1,1;MLLD=13.0624,16.7121,6.80977,11.275,18.4758;QD=34.2588;RBI=0.294218,0.151738,0.498493,0.279657,0.312427;REFB=-0.0256602,-0.0726935,0.0195751,-0.060943,0.127873;REVB=-0.107602,-0.0992432,-0.192443,-0.205092,0.0632426;RO=1;SAF=3,2,3,1,0;SAR=3,1,1,5,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.375,0.375,0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.123249,-0.163246,-0.119989,-0.281147,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=0,-0.0120516,0,-0.0285095,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=155296886,155296883,155296887,155296883,155296888;OREF=GGC,GG,GC,G,C;OALT=-,-,-,-,G;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.576923,0,0.423077,0:6,3,4,6,2:26:0,15,0,11,0:26:0:0,8,0,4,0:0,7,0,7,0:0:0:42:1:3,2,3,1,0:3,1,1,5,2:1:0 chr1 155306151 . T C,TACAC 57.79 PASS AF=0.0555556,0.388889;AO=2,4;DP=28;FAO=1,7;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=0,5;FSAR=1,2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0956645,-0.0324653;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=39.3964,108.251;QD=12.8418;RBI=0.105312,0.0472805;REFB=-0.0509072,-0.0528613;REVB=0.0440321,-0.0343722;RO=18;SAF=1,4;SAR=1,0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0547932,0.640576;STB=0.992788,0.510175;STBP=0.25,0.967;TYPE=snp,ins;VARB=0.00447384,0.100538;OID=.,.;OPOS=155306151,155306152;OREF=T,-;OALT=C,ACAC;OMAPALT=C,TACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:28:18:18:10:2,4:1,7:0.0555556,0.388889:1,0:1,4:10:8:1,2:0,5:7:3 chr1 155408635 . T C 746.75 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8282;QD=63.5528;RBI=0.109463;REFB=0;REVB=0.106783;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176168;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr1 155581311 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0147815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.294;QD=11.4396;RBI=0.0152744;REFB=-0.00753529;REVB=-0.00384886;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140406;STB=0.554337;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0121187;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:5:4:4:9:5:4:5:9 chr1 155658085 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00549615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.384;QD=17.1568;RBI=0.0126785;REFB=-0.0138732;REVB=-0.0114253;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286962;STB=0.515905;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0146841;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:8:9:10:9:8:9:10:10 chr1 155735012 . T C 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00241042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.507;QD=14.6965;RBI=0.0041129;REFB=-0.0067589;REVB=-0.00333254;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925042;STB=0.553022;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00939189;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:17:13:11:10:17:13 chr1 155735901 . C T 296.83 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00500643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.198;QD=24.7356;RBI=0.0204225;REFB=-0.0107521;REVB=-0.0197993;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642388;STB=0.548351;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0078038;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:21:27:27:0.5625:10:17:11:9:10:17:11:10 chr1 155755097 . G A 724.22 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00597565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.734;QD=54.6579;RBI=0.0168423;REFB=-0.156284;REVB=-0.0157466;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00149755;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:51:52:0.981132:24:27:0:0:25:27:1:0 chr1 155790441 . T TA 30.96 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0866964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2076;QD=5.38408;RBI=0.100625;REFB=-0.0215991;REVB=0.0510792;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576055;STB=0.865562;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0775661;OID=.;OPOS=155790442;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:6:23:6:23:17:1:5:12:5:30:17:1:5:12:5 chr1 155837865 . G C 712.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916419;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0619;QD=63.2997;RBI=0.0960847;REFB=0;REVB=-0.0288795;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572299;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 155838267 . T C 433.71 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113802;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.251;QD=57.828;RBI=0.0230709;REFB=0;REVB=0.0200688;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282497;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 155880573 . C G 868.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.548;QD=57.8836;RBI=0.0467068;REFB=0;REVB=0.0441564;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87511e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:23:35:0:0:25:35:0:0 chr1 155904177 . T C 1712.71 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.247;QD=60.6271;RBI=0.0369759;REFB=0;REVB=-0.0166507;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32804e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:58:55:0:0:58:55:0:0 chr1 155912486 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3051;QD=51.9145;RBI=0.0923435;REFB=0;REVB=-0.0258753;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182877;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 156044034 . A AT,T 33.13 PASS AF=0.192308,0.0128205;AO=14,9;DP=78;FAO=15,1;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=10,1;FSAR=5,0;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.078132,0.00729896;FXX=0.0370325;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=9.28919,267.481;QD=1.69881;RBI=0.0802498,0.00748791;REFB=-0.0713382,-0.00163308;REVB=0.0183144,-0.00167156;RO=50;SAF=4,6;SAR=10,3;SRF=25;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.273841,0.206327;STB=0.683519,0.991258;STBP=0.118,0.276;TYPE=ins,snp;VARB=0.0949966,0.0245498;OID=.,.;OPOS=156044035,156044034;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:78:78:50:62:14,9:15,1:0.192308,0.0128205:10,3:4,6:25:25:5,0:10,1:27:35 chr1 156146218 . C T 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0981228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.522;QD=15.3774;RBI=0.0987224;REFB=-0.014703;REVB=0.0108646;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208162;STB=0.766867;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0136556;OID=.;OPOS=156146218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:14:12:12:0.461538:11:1:2:9:11:1:5:9 chr1 156202173 . A G 889.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373442;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.767;QD=58.3234;RBI=0.0646801;REFB=0;REVB=0.0528102;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418629;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr1 156206121 . G A 437.4 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0114612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.1;QD=24.2997;RBI=0.011462;REFB=-0.00599242;REVB=0.000138296;RO=29;SAF=28;SAR=14;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194252;STB=0.515782;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0062386;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:30:42:42:0.583333:14:28:20:9:14:28:21:9 chr1 156215899 . G A 971.27 PASS AF=0.492308;AO=96;DP=195;FAO=96;FDP=195;FR=.;FRO=99;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.00876394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1607;QD=19.9235;RBI=0.00913386;REFB=-0.0240636;REVB=-0.0025731;RO=98;SAF=52;SAR=44;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181158;STB=0.512287;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0199577;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:98:99:96:96:0.492308:44:52:55:43:44:52:56:43 chr1 156220056 . T C 211.18 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0217049;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.512;QD=18.7713;RBI=0.0482051;REFB=-0.0126459;REVB=-0.0430422;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304789;STB=0.5254;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0163297;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:7:14:16:7:7:14:17:7 chr1 156233189 . C T 155.93 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0313981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.919;QD=10.9427;RBI=0.0368777;REFB=-0.0206274;REVB=-0.0193422;RO=37;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23078;STB=0.636217;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0380219;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:5:15:21:16:5:15:21:16 chr1 156252385 . T C 328.1 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0109707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.304;QD=20.5064;RBI=0.0124831;REFB=-0.0158063;REVB=-0.00595578;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183714;STB=0.51755;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0120129;OID=.;OPOS=156252385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:30:33:34:0.53125:15:18:17:13:16:18:17:13 chr1 156255456 . G A 101.96 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000997859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.471;QD=29.1317;RBI=0.0372286;REFB=-0.028469;REVB=0.0372152;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119933;STB=0.567442;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0143729;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:2:1:7:4:2:1 chr1 156263940 . T C 217.97 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00929589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2595;QD=15.5689;RBI=0.0105847;REFB=0.00051693;REVB=-0.00506194;RO=30;SAF=19;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220003;STB=0.619108;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00167275;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:6:19:17:13:6:19:18:13 chr1 156264000 . G A 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0136786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.707;QD=16.4157;RBI=0.0270133;REFB=-0.00790943;REVB=0.0232941;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0101503;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:10:6:5:9:10:6 chr1 156264648 . C T 100.56 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0136763;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.974;QD=12.9759;RBI=0.0329245;REFB=-0.00820074;REVB=0.0299497;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128136;STB=0.574357;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0339446;OID=.;OPOS=156264648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:19:19:12:12:0.387097:2:10:17:2:2:10:17:2 chr1 156280969 . G A 88.07 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0160983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5155;QD=14.0919;RBI=0.0368944;REFB=0.0377833;REVB=0.033197;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435331;STB=0.525501;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0243481;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:7:7:5:6:7:7 chr1 156280971 . G A 88.69 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0287036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2639;QD=14.781;RBI=0.0555203;REFB=0.0222412;REVB=0.0475248;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0233645;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:6:7:5:6:6:7 chr1 156347131 . G A 311.54 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.022252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.316;QD=19.1718;RBI=0.0230686;REFB=-0.0145693;REVB=0.0060835;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142511;STB=0.507932;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0165136;OID=.;OPOS=156347131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:15:17:17:16:15:17 chr1 156351699 . G A 696.74 PASS AF=0.431818;AO=75;DP=171;FAO=76;FDP=176;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=-0.000457746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.216;QD=15.8349;RBI=0.00836598;REFB=-0.0354684;REVB=0.00835345;RO=91;SAF=45;SAR=30;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291507;STB=0.510563;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0425648;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:176:91:100:75:76:0.431818:30:45:52:39:31:45:61:39 chr1 156354293 . A G 484.2 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0011953;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.64;QD=16.6967;RBI=0.0115913;REFB=-0.00971474;REVB=-0.0115295;RO=58;SAF=34;SAR=18;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342943;STB=0.531422;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0136715;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:58:63:52:53:0.456897:18:34:36:22:19:34:37:26 chr1 156354367 . A G 260.06 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.000512368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.497;QD=16.7783;RBI=0.0260503;REFB=-0.0336296;REVB=-0.0260453;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111728;STB=0.5626;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0379863;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:11:22:16:13:11:22 chr1 156446903 . T C 162.79 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=0.0253135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1984;QD=13.2888;RBI=0.0263655;REFB=-0.0252829;REVB=0.00737329;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233238;STB=0.633207;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0142813;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:26:5:6:12:26:5 chr1 156450719 . G A 102.93 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0325664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.061;QD=10.557;RBI=0.0455462;REFB=-0.0267522;REVB=0.0318417;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208107;STB=0.604687;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0278854;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:26:13:13:0.333333:7:6:6:16:7:6:8:18 chr1 156450740 . G A 269.23 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0296101;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.268;QD=29.1055;RBI=0.0309575;REFB=0.0118874;REVB=0.00903379;RO=13;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263289;STB=0.646023;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00559466;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:13:24:24:0.648649:18:6:8:5:18:6:8:5 chr1 156499969 . T C 1549.23 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7889;QD=63.8857;RBI=0.0496865;REFB=0;REVB=-0.0239864;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220594;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:46:50:0:0:47:50:0:0 chr1 156518379 . G A 802.92 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.433;QD=64.2334;RBI=0.054531;REFB=0;REVB=0.0533062;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173578;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr1 156526444 . T C 1300.09 PASS AF=1;AO=75;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280418;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.972;QD=61.9091;RBI=0.0571448;REFB=0;REVB=0.0497914;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164325;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:75:84:1:39:36:0:0:43:41:0:0 chr1 156532977 . T C 598.11 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.099578;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6165;QD=61.3446;RBI=0.133903;REFB=0;REVB=-0.0895226;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289374;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:9:30:0:0:9:30:0:0 chr1 156536221 . G C 1274.4 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000127395;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.129;QD=60.6859;RBI=0.0376764;REFB=-0.0078313;REVB=-0.0376762;RO=1;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166127;STB=0.50877;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000481287;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:28:55:0:1:28:55:0:1 chr1 156536251 . T C 1297.02 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163069;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.438;QD=61.7628;RBI=0.0238009;REFB=0;REVB=0.0173369;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298709;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:33:50:0:0:33:51:0:0 chr1 156556321 . G A 479.03 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00240453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5596;QD=54.7465;RBI=0.011809;REFB=-0.180745;REVB=-0.0115617;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00287306;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:13:20:0:1:13:21:0:1 chr1 156561651 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.336;QD=42.1822;RBI=0.0999254;REFB=0;REVB=0.0988371;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834251;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 156563375 . G A 440.31 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0430991;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.15;QD=50.3205;RBI=0.0520374;REFB=-0.045309;REVB=0.029161;RO=3;SAF=24;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175523;STB=0.509428;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00333758;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:35:35:3:3:32:32:0.914286:8:24:2:1:8:24:2:1 chr1 156563726 . A C 1989.6 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1309;QD=62.175;RBI=0.0275428;REFB=0;REVB=-0.0217237;RO=0;SAF=76;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03782e-05;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:52:76:0:0:52:76:0:0 chr1 156563741 . CAAAAAA CAAAAAC,CAAAAA 33.76 PASS AF=0,0.216216;AO=4,31;DP=107;FAO=0,24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=0,18;FSAR=0,6;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0824232,-0.0824156;FXX=0.0430997;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=124.463,6.97095;QD=1.21655;RBI=0.0844779,0.261931;REFB=-0.00654357,-0.145346;REVB=0.0185187,0.248628;RO=49;SAF=1,29;SAR=3,2;SRF=23;SRR=26;SSEN=0,0.328767;SSEP=0,0;SSSB=-0.232107,0.656907;STB=0.5,0.67149;STBP=1,0.074;TYPE=snp,del;VARB=0.164976,0.17627;OID=.,.;OPOS=156563747,156563742;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=CAAAAAC,CAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.216216:4,31:107:0,24:111:87:0,18:0,6:48:39:34:49:1,29:3,2:23:26 chr1 156563813 . G A 1306.03 PASS AF=1;AO=86;DP=96;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745715;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.861;QD=61.4601;RBI=0.077238;REFB=0;REVB=0.0201194;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017736;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:85:0:0:86:85:1:39:47:0:0:29:56:0:0 chr1 156563852 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2804;QD=58.781;RBI=0.0104548;REFB=0;REVB=-0.00512525;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42125e-05;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr1 156565049 . A AAC 460.73 PASS AF=1;AO=25;DP=35;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149331;FXX=0.0588062;HRUN=4;LEN=2;MLLD=267.273;QD=57.591;RBI=0.0390276;REFB=0;REVB=0.0360577;RO=7;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.80738e-05;OID=.;OPOS=156565050;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:35:32:32:0:17:15:0:0:4:7:11:14:4:3 chr1 156595447 . G A 1238.3 PASS AF=0.933333;AO=85;DP=91;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0158402;FXX=0.0109878;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.219;QD=55.0356;RBI=0.0332708;REFB=0.0344619;REVB=0.0292581;RO=5;SAF=81;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283501;STB=0.54053;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000162316;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:91:90:5:6:85:84:0.933333:4:81:5:0:4:80:5:1 chr1 156622158 . G A 524.9 PASS AF=0.519231;AO=53;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0597337;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6458;QD=20.1886;RBI=0.0943759;REFB=-0.0334219;REVB=0.0730663;RO=50;SAF=12;SAR=41;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22894;STB=0.615306;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0370456;OID=.;OPOS=156622158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:53:54:0.519231:41:12:22:28:41:13:22:28 chr1 156627996 . T C 571.22 PASS AF=0.48;AO=59;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0125805;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9462;QD=18.2789;RBI=0.0141284;REFB=-0.0432997;REVB=0.00642997;RO=63;SAF=28;SAR=31;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060654;STB=0.545246;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0391299;OID=.;OPOS=156627996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:65:59:60:0.48:31:28:34:29:32:28:36:29 chr1 156628493 . GC G 43.54 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0709535;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.27759;QD=4.58263;RBI=0.184328;REFB=-0.116725;REVB=0.170124;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0.846154;SSEP=0;SSSB=0.0656314;STB=0.545389;STBP=0.682;TYPE=del;VARB=0.156847;OID=.;OPOS=156628494;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:13:36:14:38:24:8:6:12:12:43:19:7:6:9:10 chr1 156639636 . G A 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0222844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.035;QD=23.9649;RBI=0.0265701;REFB=-0.0207269;REVB=0.0144697;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34444;STB=0.688846;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0142412;OID=.;OPOS=156639636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:1:17:12:11:1:17 chr1 156639753 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.086;QD=55.0987;RBI=0.0239255;REFB=0;REVB=0.0176127;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45029e-06;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 156640156 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123345;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.142;QD=35.5759;RBI=0.0245726;REFB=0;REVB=0.0212526;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35767e-05;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 156640308 . C T 55.53 PASS AF=0.2;AO=8;DP=44;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000632768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.753;QD=4.93577;RBI=0.0137959;REFB=-0.00672632;REVB=-0.0137814;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272014;OID=.;OPOS=156640308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:44:45:29:36:8:9:0.2:5:3:14:15:5:4:16:20 chr1 156640503 . C T 489.27 PASS AF=0.477477;AO=46;DP=105;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.115222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4478;QD=17.6314;RBI=0.141678;REFB=-0.0232335;REVB=0.0824412;RO=59;SAF=16;SAR=30;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166876;STB=0.555342;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0284247;OID=.;OPOS=156640503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:111:59:58:46:53:0.477477:30:16:30:29:32:21:29:29 chr1 156640678 . GG AG,CA 588.51 PASS AF=0.926829,0.0487805;AO=37,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=38,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=79.7565,59.6264;QD=57.4159;RBI=0.0213975,0.0185315;REFB=-0.0376361,0.0140023;REVB=0.0213975,0.0185315;RO=1;SAF=0,0;SAR=37,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00409286,0.0246686;OID=.,.;OPOS=156640678,156640678;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:40:41:1:1:37,2:38,2:0.926829,0.0487805:37,2:0,0:0:1:38,2:0,0:0:1 chr1 156705593 . G C 1410.9 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.58;QD=62.7065;RBI=0.0908396;REFB=0;REVB=0.0157169;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112675;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:44:45:1:0:44:46:0:0 chr1 156713214 . TG T 30.98 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.127527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7012;QD=5.16374;RBI=0.173037;REFB=-0.0616666;REVB=-0.116957;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0.349206;SSEP=0;SSSB=-0.225087;STB=0.584891;STBP=0.591;TYPE=del;VARB=0.0997749;OID=.;OPOS=156713215;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:23:8:24:16:3:5:8:8:30:15:2:4:8:7 chr1 156713512 . C T 698.85 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2092;QD=54.812;RBI=0.0805268;REFB=-0.0472707;REVB=0.0726059;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0111447;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:1:0:25:25:1:0 chr1 156752048 . C G 555.82 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6201;QD=60.0885;RBI=0.0369751;REFB=0;REVB=-0.0358795;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000714191;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr1 156760887 . C A 480.04 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.000525653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.941;QD=18.2873;RBI=0.00534195;REFB=-0.0213843;REVB=-0.00531602;RO=54;SAF=23;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456458;STB=0.525318;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0295594;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:28:23:27:27:28:23:27:27 chr1 156761552 . G C,GC 32.91 PASS AF=0.025,0.2;AO=2,6;DP=41;FAO=1,8;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1,1;FSAR=0,7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00538231,0.0311153;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=164.507,12.3145;QD=3.29136;RBI=0.010338,0.0485501;REFB=0.00331551,-0.0217193;REVB=-0.00882633,-0.0372687;RO=30;SAF=2,0;SAR=0,6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.543853,-0.631573;STB=0.993203,0.732632;STBP=0.256,0.182;TYPE=snp,ins;VARB=0.0427424,-0.0203305;OID=.,.;OPOS=156761552,156761553;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:41:40:30:31:2,6:1,8:0.025,0.2:0,6:2,0:10:20:0,7:1,1:10:21 chr1 156784982 . T C 619.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.025;QD=60.4059;RBI=0.0756282;REFB=0;REVB=-0.00648561;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287949;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:27:14:0:0 chr1 156785617 . G A 871.21 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564366;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.657;QD=58.0809;RBI=0.056843;REFB=0;REVB=0.00678511;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80417e-05;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr1 156846233 . G A 332.78 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=0.0325781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.895;QD=14.0118;RBI=0.0326055;REFB=-0.0187764;REVB=0.00133602;RO=58;SAF=23;SAR=14;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121509;STB=0.568715;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0251488;OID=.;OPOS=156846233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:14:23:42:16:14:23:42:16 chr1 156877457 . T C 682.3 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0521113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4085;QD=52.4842;RBI=0.0522086;REFB=0.0366271;REVB=0.0031864;RO=2;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044017;STB=0.502339;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00968636;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:28:22:1:1:28:22:1:1 chr1 156883546 . A G 202.6 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0214117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8208;QD=10.1298;RBI=0.0293955;REFB=-0.00444404;REVB=0.0201404;RO=54;SAF=14;SAR=12;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198676;STB=0.511619;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00812952;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:12:14:30:24:12:14:30:24 chr1 156902259 . G A 349.21 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0565179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8224;QD=25.3971;RBI=0.0600775;REFB=-0.0367702;REVB=-0.0203724;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391209;STB=0.502145;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0296174;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:16:18:11:10:16:18:11:10 chr1 156907081 . T C 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.023501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.256;QD=13.3357;RBI=0.0237065;REFB=-0.0114663;REVB=-0.00311464;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112654;STB=0.55548;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0189682;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:5:10:13:10:5:10:14:10 chr1 156907115 . T C 132.74 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0721817;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2823;QD=12.3479;RBI=0.0789289;REFB=-0.00801147;REVB=0.0319309;RO=27;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333547;STB=0.612857;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0254273;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:14:16:0.372093:3:11:14:13:5:11:14:13 chr1 157062696 . G T 157.75 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.054594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4476;QD=12.1344;RBI=0.0555035;REFB=-0.00640867;REVB=0.0100067;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155737;STB=0.575139;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0193935;OID=.;OPOS=157062696;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:33:19:19:0.365385:6:13:17:14:6:13:19:14 chr1 157095470 . A G 1493.0 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00201584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.86;QD=58.5491;RBI=0.00286978;REFB=-0.11159;REVB=0.00204256;RO=1;SAF=40;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117123;STB=0.506172;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-6.0375e-05;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:61:40:1:0:61:40:1:0 chr1 157489516 . T G 300.32 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0323424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.02;QD=16.4556;RBI=0.0338546;REFB=-0.0193862;REVB=0.0100055;RO=40;SAF=25;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247533;STB=0.645198;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0302634;OID=.;OPOS=157489516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:7:25:23:17:7:26:23:17 chr1 157508882 . C T 799.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8439;QD=57.1333;RBI=0.0790174;REFB=0;REVB=0.0726213;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716371;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr1 157509025 . C T 1516.05 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00261279;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.235;QD=61.2545;RBI=0.0104154;REFB=0.010788;REVB=0.0100823;RO=2;SAF=48;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193458;STB=0.510202;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=5.12476e-05;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:99:2:2:95:97:0.979798:47:48:2:0:49:48:2:0 chr1 157514097 . A G 1880.45 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0396456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.68;QD=60.6598;RBI=0.0401982;REFB=0.0989758;REVB=-0.00664275;RO=1;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760137;STB=0.503999;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000427552;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:62:61:0:1:62:61:0:1 chr1 157567751 . A G 127.92 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0311474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1157;QD=20.4676;RBI=0.0344633;REFB=-0.0310138;REVB=0.0147499;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129697;STB=0.545388;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0325437;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:11:11:13:14:0.56:4:9:6:5:5:9:6:5 chr1 157668390 . T C 375.25 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0103758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3791;QD=23.8251;RBI=0.0183219;REFB=-0.0463087;REVB=-0.0151009;RO=26;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725052;STB=0.539856;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0328925;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:15:22:13:13:15:22:13:13 chr1 157670290 . C G 309.69 PASS AF=0.406977;AO=36;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00427957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9334;QD=14.4044;RBI=0.0183276;REFB=-0.00624801;REVB=-0.0178209;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00625719;STB=0.525266;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.010318;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:51:36:35:0.406977:14:22:29:18:13:22:30:21 chr1 157771880 . C T 726.26 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.806;QD=53.7971;RBI=0.0237737;REFB=0.0110169;REVB=0.0163913;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.515146;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000623605;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:0:1:51:53:0.981481:35:16:0:0:37:16:1:0 chr1 157802979 . C T 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0122278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.842;QD=12.9211;RBI=0.0133778;REFB=-0.00286861;REVB=-0.00542636;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968991;STB=0.544515;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00452257;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:22:22:0.392857:10:12:21:12:10:12:21:13 chr1 158066834 . A G 244.79 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0403863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0192;QD=23.8816;RBI=0.0404529;REFB=-0.0294574;REVB=0.00231898;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265991;STB=0.514838;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0267852;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:6:12:16:7:6:12 chr1 158323253 . T C 220.11 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.000458107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.663;QD=16.0077;RBI=0.044052;REFB=-0.0174204;REVB=0.0440496;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361436;STB=0.692166;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0135646;OID=.;OPOS=158323253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:15:10:23:6:15:10:23:7 chr1 158324425 . A G 310.42 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0152931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.549;QD=21.4082;RBI=0.0159008;REFB=-0.0123342;REVB=-0.00435376;RO=26;SAF=7;SAR=25;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332632;STB=0.685659;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00787791;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:25:7:15:11:25:7:15:11 chr1 158368309 . T G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00904693;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.969;QD=15.8829;RBI=0.00953028;REFB=0.0198233;REVB=-0.00299654;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228715;STB=0.649727;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0114043;OID=.;OPOS=158368309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:5:5:7:2:5:5:8:2 chr1 158368541 . A G 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0143217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.035;QD=23.6153;RBI=0.024371;REFB=-0.0100397;REVB=-0.0197188;RO=23;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205888;STB=0.501133;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00447135;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:13:20:14:9:13:20:14:9 chr1 158368846 . T C 258.89 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0362962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.206;QD=13.994;RBI=0.0370667;REFB=-0.00772371;REVB=0.00751857;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111124;STB=0.506325;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.013849;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:16:14:21:23:16:14:21:23 chr1 158368964 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0130461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.809;QD=16.8737;RBI=0.0204338;REFB=-0.00869529;REVB=-0.0157271;RO=26;SAF=16;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31416;STB=0.690403;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0242966;OID=.;OPOS=158368964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:19:20:0.434783:3:16:16:10:3:17:16:10 chr1 158368974 . A G 221.7 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00774358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2619;QD=18.4752;RBI=0.0168832;REFB=0.00262669;REVB=-0.0150026;RO=25;SAF=18;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310119;STB=0.671466;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00423319;OID=.;OPOS=158368974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:4:18:14:11:4:18:15:11 chr1 158369064 . A G 175.53 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00272664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.136;QD=13.7671;RBI=0.00536222;REFB=-0.0199529;REVB=0.00461723;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206671;STB=0.609266;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0529212;OID=.;OPOS=158369064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:12:8:18:12:12:8:18:13 chr1 158390252 . T G 639.51 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0326498;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.681;QD=18.8092;RBI=0.0327242;REFB=-0.00145297;REVB=0.00220536;RO=71;SAF=28;SAR=37;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215284;STB=0.511915;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00184425;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:71:71:65:65:0.477941:37:28:29:42:37:28:29:42 chr1 158390501 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0104419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.678;QD=10.0752;RBI=0.0204375;REFB=-0.0174261;REVB=-0.0175687;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267229;STB=0.670704;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0527247;OID=.;OPOS=158390501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:2:11:5:3:2:12 chr1 158436299 . T C 242.36 PASS AF=0.311321;AO=31;DP=104;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=21;FWDB=-0.00580479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.805;QD=9.14548;RBI=0.11452;REFB=-0.00146448;REVB=0.114373;RO=73;SAF=13;SAR=18;SRF=52;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340515;STB=0.673271;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00785269;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:73:73:31:33:0.311321:18:13:52:21:18:15:52:21 chr1 158450238 . G A 514.83 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0222655;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.445;QD=21.677;RBI=0.0234688;REFB=-0.0182063;REVB=0.00741807;RO=45;SAF=23;SAR=26;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217546;STB=0.506256;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0156877;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:46:49:49:0.515789:26:23:20:25:26:23:21:25 chr1 158450314 . A G 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.031336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8915;QD=23.8988;RBI=0.0324941;REFB=0.0206256;REVB=0.00859756;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749014;STB=0.541636;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.016369;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:9:14:14:13:9:14 chr1 158450382 . C T 266.53 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000753564;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.003;QD=19.7431;RBI=0.0173992;REFB=-0.0312203;REVB=-0.0173829;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795805;STB=0.534734;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0262892;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:26:28:28:0.518519:12:16:13:14:12:16:13:13 chr1 158533140 . A G 312.09 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00428563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.947;QD=16.4259;RBI=0.0927134;REFB=0.0365313;REVB=-0.0926143;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426178;STB=0.503104;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0474207;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:42:34:34:0.447368:16:18:21:19:16:18:22:20 chr1 158533224 . A G 317.75 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0216126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7101;QD=15.8875;RBI=0.0354588;REFB=-0.00303176;REVB=0.0281108;RO=45;SAF=11;SAR=23;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240941;STB=0.62246;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00455464;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:45:34:35:0.4375:23:11:25:20:23:12:25:20 chr1 158549264 . G A 333.07 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00622568;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.203;QD=22.5813;RBI=0.00934006;REFB=-0.0275743;REVB=-0.00696259;RO=26;SAF=25;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298717;STB=0.658885;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0160972;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:25:33:34:0.576271:8:25:11:15:8:26:11:14 chr1 158549420 . C T 162.03 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0175877;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.907;QD=10.4536;RBI=0.0497185;REFB=-0.00456341;REVB=-0.0465038;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267017;STB=0.523787;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0157909;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:40:41:21:21:0.33871:10:11:20:20:10:11:20:21 chr1 158549492 . C T 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00163313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.374;QD=15.2438;RBI=0.0198506;REFB=-0.00536351;REVB=0.0197833;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110593;STB=0.562301;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00696117;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:20:16:17:33:20:16:17:33 chr1 158549511 . A G 354.91 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=83;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.014854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.232;QD=16.7018;RBI=0.0149034;REFB=-0.00677456;REVB=-0.00121243;RO=47;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130065;STB=0.586422;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00827906;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:47:47:36:38:0.447059:20:16:15:32:20:18:15:32 chr1 158577167 . A T 315.23 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00996332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.113;QD=24.248;RBI=0.0175195;REFB=-0.0194583;REVB=-0.0144106;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424252;STB=0.523373;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0124823;OID=.;OPOS=158577167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:13:18:11:10:13:18:11:10 chr1 158609433 . G C 460.08 PASS AF=0.370629;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=143;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=-0.00615874;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.024;QD=12.8693;RBI=0.00731297;REFB=-0.00663645;REVB=-0.00394328;RO=90;SAF=38;SAR=15;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120749;STB=0.569044;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0143973;OID=.;OPOS=158609433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:90:90:53:53:0.370629:15:38:56:34:15:38:56:34 chr1 158619724 . CGGGA CGGCA,CGGGC 2595.91 PASS AF=0.0454545,0.948864;AO=7,99;DP=179;FAO=8,167;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=0,55;FSAR=8,112;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0756736,0.00441193;FXX=0.0167588;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=135.267,162.964;QD=58.9979;RBI=0.0781856,0.0349695;REFB=-0.103029,0.0125349;REVB=0.0196593,0.03469;RO=0;SAF=0,43;SAR=7,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.502222;STBP=1,0.591;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00742569,0.00170962;OID=.,.;OPOS=158619727,158619728;OREF=G,A;OALT=C,C;OMAPALT=CGGCA,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.948864:7,99:179:8,167:176:1:0,55:8,112:0:1:13:0:0,43:7,56:0:0 chr1 158647495 . A T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.381;QD=57.8845;RBI=0.00671399;REFB=0;REVB=-0.00599364;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96993e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr1 158655035 . CG C,CA 1884.39 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=18,103;DP=125;FAO=18,108;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=16,36;FSAR=2,72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742298,0.0757731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.1444,92.0146;QD=59.822;RBI=0.0883445,0.0762796;REFB=0,0;REVB=-0.0479028,-0.00877545;RO=0;SAF=16,34;SAR=2,69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0245223,0.00996029;OID=.,.;OPOS=158655036,158655036;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:18,103:125:18,108:126:0:16,36:2,72:0:0:49:0:16,34:2,69:0:0 chr1 158655038 . C A 69.87 PASS AF=0.148148;AO=19;DP=135;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=74;FWDB=0.138767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.415;QD=2.07008;RBI=0.154307;REFB=-0.0496709;REVB=0.067486;RO=116;SAF=17;SAR=2;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.627201;STB=0.920217;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.176161;OID=.;OPOS=158655038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:135:135:116:115:19:20:0.148148:2:17:42:74:2:18:41:74 chr1 158656281 . T C 1653.86 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00220426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.669;QD=58.5438;RBI=0.0146574;REFB=-0.175439;REVB=0.0144907;RO=1;SAF=71;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117202;STB=0.506023;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00035297;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:111:112:0.99115:40:71:0:1:41:71:0:1 chr1 158670030 . TTGGGGGTC TGGGGTC,TTGGGGTC,TTGGGGTCG 73.12 PASS AF=0,0.348485,0.030303;AO=14,11,3;DP=61;FAO=0,23,2;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=0,2,0;FSAR=0,21,2;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.0437357,0.111026,0.0216985;FXX=0.043472;HRUN=2,5,5;LEN=2,1,3;MLLD=20.836,9.37426,21.0901;QD=4.43145;RBI=0.210554,0.137156,0.109112;REFB=-0.00112821,-0.0801168,-0.0330827;REVB=-0.205962,-0.0805288,-0.106933;RO=29;SAF=0,2,0;SAR=14,9,3;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0.3125,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.752667,-0.105913,-0.461911;STB=0.5,0.5999,0.991508;STBP=1,0.434,0.418;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.0794224,0.100038;OID=.,.,.;OPOS=158670031,158670032,158670036;OREF=TG,G,GTC;OALT=-,-,TCG;OMAPALT=TGGGGTC,TTGGGGTC,TTGGGGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.348485,0.030303:14,11,3:61:0,23,2:66:41:0,2,0:0,21,2:6:35:71:29:0,2,0:14,9,3:7:22 chr1 158687493 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00207833;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.026;QD=12.9747;RBI=0.0190804;REFB=-0.00368402;REVB=-0.0189669;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424241;STB=0.749583;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00607511;OID=.;OPOS=158687493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:12:6:9:3:12:6 chr1 158735595 . C T 579.38 PASS AF=0.416107;AO=61;DP=148;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=32;FWDB=-0.0196039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.495;QD=15.5537;RBI=0.0204251;REFB=-0.0043194;REVB=0.00573358;RO=86;SAF=19;SAR=42;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330474;STB=0.680288;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00391233;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:86:87:61:62:0.416107:42:19:54:32:42:20:55:32 chr1 158735691 . T C 494.02 PASS AF=0.373333;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=62;FSRR=32;FWDB=-0.00609715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1945;QD=13.1738;RBI=0.0203123;REFB=-0.00232727;REVB=-0.0193757;RO=92;SAF=24;SAR=32;SRF=61;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252831;STB=0.641743;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00265257;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:92:94:56:56:0.373333:32:24:61:31:32:24:62:32 chr1 158735740 . A G 496.56 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=-0.0335631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4192;QD=15.0471;RBI=0.0754492;REFB=-0.00229567;REVB=-0.0675729;RO=75;SAF=30;SAR=25;SRF=51;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142104;STB=0.577438;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00226339;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:77:55:55:0.416667:25:30:51:24:25:30:52:25 chr1 158735892 . A G 350.33 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0389876;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.018;QD=22.9725;RBI=0.0440066;REFB=-0.00198528;REVB=-0.0204095;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100143;STB=0.555109;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00156951;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:26:35:35:0.57377:17:18:10:16:17:18:10:16 chr1 158736215 . G A 1062.68 PASS AF=1;AO=60;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142558;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7136;QD=59.0379;RBI=0.145507;REFB=0;REVB=-0.0291485;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330127;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:60:72:1:26:34:0:0:28:44:0:0 chr1 158736445 . C T 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00857684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.168;QD=13.3431;RBI=0.00917129;REFB=-0.00500056;REVB=-0.00324814;RO=62;SAF=23;SAR=18;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00381771;STB=0.503329;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00697002;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:63:41:41:0.394231:18:23:35:27:18:23:35:28 chr1 158813819 . A G 1317.82 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.938;QD=62.015;RBI=0.0119024;REFB=0;REVB=0.000450516;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78489e-05;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:38:44:0:0:39:46:0:0 chr1 158815788 . C T 280.29 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0388514;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8132;QD=20.7623;RBI=0.0457751;REFB=-0.0290842;REVB=-0.0242059;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199591;STB=0.519833;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0238698;OID=.;OPOS=158815788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:14:15:13:11:14:15:14:11 chr1 158986477 . G C 190.77 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.121928;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3089;QD=10.4529;RBI=0.125443;REFB=-0.0264486;REVB=-0.0294894;RO=48;SAF=6;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218304;STB=0.63648;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0238993;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:24:25:0.342466:18:6:20:28:19:6:20:28 chr1 158990247 . A G 492.4 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0116358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.269;QD=20.098;RBI=0.014829;REFB=-0.0242047;REVB=0.00919276;RO=49;SAF=29;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142828;STB=0.574473;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0245289;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:19:29:22:27:19:29:23:27 chr1 159002377 . C A 348.89 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00268166;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0476;QD=14.3874;RBI=0.0122733;REFB=-0.0052673;REVB=0.0119767;RO=59;SAF=15;SAR=23;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193795;STB=0.610121;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0120552;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:59:59:38:38:0.391753:23:15:34:25:23:15:34:25 chr1 159002389 . T A 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.010664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.666;QD=14.0942;RBI=0.0126631;REFB=-0.0112801;REVB=0.00682893;RO=60;SAF=17;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168604;STB=0.59986;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0170746;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:25:17:34:26:25:17:35:26 chr1 159024668 . A T 227.88 PASS AF=0.478261;AO=14;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0543697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.219;QD=19.8158;RBI=0.0606548;REFB=-0.0281293;REVB=0.0268876;RO=12;SAF=0;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.808902;STB=0.642724;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0264276;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:12:24:14:22:0.478261:14:0:4:8:15:7:14:10 chr1 159169641 . T C 1175.26 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0628984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.348;QD=59.5067;RBI=0.0632937;REFB=0.111904;REVB=0.00706245;RO=1;SAF=51;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919194;STB=0.504853;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00164301;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:27:51:1:0:27:51:1:0 chr1 159409734 . G T 1245.78 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6382;QD=61.52;RBI=0.120072;REFB=0;REVB=-0.0966478;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128522;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr1 159409857 . A G 282.07 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0570377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8401;QD=22.5653;RBI=0.0571332;REFB=-0.0153943;REVB=0.00330238;RO=24;SAF=20;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702311;STB=0.539388;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00808609;OID=.;OPOS=159409857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:6:20:17:7:6:20:17:7 chr1 159410340 . T A 530.65 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0151067;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.895;QD=21.226;RBI=0.0160848;REFB=-0.0169171;REVB=-0.00552322;RO=46;SAF=29;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314492;STB=0.502856;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0152529;OID=.;OPOS=159410340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:47:53:53:0.53:24:29:25:21:24:29:26:21 chr1 159505101 . G A 199.42 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00420643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.662;QD=15.6411;RBI=0.00827263;REFB=-0.0092577;REVB=-0.00712337;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497246;STB=0.528277;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00890611;OID=.;OPOS=159505101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:21:8:7:15:21:8 chr1 159505297 . C T 363.04 PASS AF=0.475;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00175924;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.272;QD=18.1522;RBI=0.0487554;REFB=-0.00870284;REVB=-0.0487237;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913391;STB=0.541922;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.011397;OID=.;OPOS=159505297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:42:37:38:0.475:22:15:21:21:22:16:21:21 chr1 159505657 . A G 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00282931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.339;QD=26.3409;RBI=0.0123775;REFB=-0.000751524;REVB=0.0120498;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211577;STB=0.618341;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000687011;OID=.;OPOS=159505657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:14:5:6:5:14:5:6:5 chr1 159558258 . A C,G 908.7 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=5,57;DP=62;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225662,-0.00587842;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.4259,116.835;QD=57.6954;RBI=0.0280185,0.0134091;REFB=0,0;REVB=-0.0166073,0.0120519;RO=0;SAF=0,30;SAR=5,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0836825,0.000807483;OID=.,.;OPOS=159558258,159558258;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:62:63:0:0:5,57:1,62:0.015873,0.984127:5,27:0,30:0:0:1,32:0,30:0:0 chr1 159776366 . G A 525.63 PASS AF=0.466667;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0351609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.735;QD=17.5209;RBI=0.0368989;REFB=-0.0121646;REVB=0.0111912;RO=64;SAF=23;SAR=32;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169035;STB=0.597295;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00985689;OID=.;OPOS=159776366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:55:56:0.466667:32:23:38:26:33:23:38:26 chr1 159778910 . G A 650.4 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0158182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.966;QD=21.68;RBI=0.0178681;REFB=-0.0189814;REVB=0.00830973;RO=52;SAF=38;SAR=26;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014233;STB=0.525765;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0157321;OID=.;OPOS=159778910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:55:64:65:0.541667:26:38:30:22:26:39:30:25 chr1 159778983 . T C 1803.42 PASS AF=1;AO=102;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525175;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.773;QD=60.6193;RBI=0.0115782;REFB=0;REVB=0.0103186;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726698;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:102:119:1:45:57:0:0:57:62:0:0 chr1 159785370 . T C 741.49 PASS AF=0.569106;AO=70;DP=125;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0192146;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.907;QD=24.1136;RBI=0.0382688;REFB=-0.00184272;REVB=0.0330953;RO=53;SAF=42;SAR=28;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187043;STB=0.510201;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00120952;OID=.;OPOS=159785370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:53:53:70:70:0.569106:28:42:33:20:28:42:33:20 chr1 159785413 . C T 411.38 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0106545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.04;QD=18.4891;RBI=0.0128132;REFB=-0.0161465;REVB=0.00711745;RO=47;SAF=23;SAR=19;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129491;STB=0.571943;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.017272;OID=.;OPOS=159785413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:19:23:32:15:19:23:32:15 chr1 159785425 . A G 1125.75 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0305966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.513;QD=57.7306;RBI=0.0306829;REFB=-0.0380314;REVB=0.00229996;RO=1;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155115;STB=0.50282;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000272447;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:1:2:76:76:0.974359:30:46:0:1:30:46:1:1 chr1 159824967 . G C 1659.02 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.574;QD=60.3281;RBI=0.0628915;REFB=0;REVB=0.052755;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017257;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr1 159850401 . C G 549.04 PASS AF=0.56044;AO=49;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0144712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.846;QD=24.1337;RBI=0.019995;REFB=-0.0180601;REVB=0.013798;RO=38;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081259;STB=0.504309;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0149551;OID=.;OPOS=159850401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:40:49:51:0.56044:24:25:19:19:25:26:20:20 chr1 159888665 . C A 338.82 PASS AF=0.493333;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0575894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.34;QD=18.0702;RBI=0.0577152;REFB=-0.0288652;REVB=-0.00380957;RO=37;SAF=26;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286207;STB=0.642775;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0284617;OID=.;OPOS=159888665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:37:38:35:37:0.493333:9:26:17:20:10:27:18:20 chr1 159898059 . GCT CTG,GCTG,GGC 190.12 PASS AF=0,0.71875,0.03125;AO=4,12,2;DP=34;FAO=0,23,1;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=0,16,0;FSAR=0,7,1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0924184,0.170485,-0.00729094;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=3,1,2;MLLD=13.998,15.0248,146.222;QD=23.7644;RBI=0.118996,0.175837,0.0262674;REFB=-0.0175052,-0.167014,-0.00130371;REVB=0.0749585,0.0430505,-0.0252353;RO=11;SAF=3,7,0;SAR=1,5,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.408699,0.181486,-0.523246;STB=0.5,0.622643,0.984745;STBP=1,0.033,0.54;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.107961,0.102682,0.10208;OID=.,.,.;OPOS=159898059,159898062,159898060;OREF=GCT,-,CT;OALT=CTG,G,GC;OMAPALT=CTG,GCTG,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:34:32:11:8:4,12,2:0,23,1:0,0.71875,0.03125:1,5,2:3,7,0:4:7:0,7,1:0,16,0:2:6 chr1 159898100 . A G 141.64 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0242438;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.508;QD=12.8766;RBI=0.145824;REFB=-0.00430426;REVB=-0.143795;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774906;STB=0.545398;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0062489;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:16:12:8:8:16:12 chr1 159898497 . GC G 41.39 PASS AF=0.3125;AO=7;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0388873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4447;QD=5.17336;RBI=0.0517419;REFB=-0.0497095;REVB=-0.0341321;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0.306306;SSEP=0;SSSB=0.143116;STB=0.778643;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.0903152;OID=.;OPOS=159898498;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:7:32:10:32:22:8:2:9:13:41:18:4:3:8:10 chr1 159923111 . T G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.974;QD=57.3847;RBI=0.0427928;REFB=0;REVB=0.0388238;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299257;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 160000435 . A T 213.56 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0288025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2185;QD=16.1176;RBI=0.0314018;REFB=-0.008401;REVB=0.0125096;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122249;STB=0.579643;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0129824;OID=.;OPOS=160000435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:29:24:24:0.45283:9:15:14:14:9:15:14:15 chr1 160062472 . C T 109.15 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.105697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8714;QD=8.08529;RBI=0.115445;REFB=-0.00544044;REVB=0.0464295;RO=39;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157277;STB=0.509542;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0157258;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:11:4:10:29:11:4:10:29 chr1 160062727 . A G 751.24 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.00503129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.813;QD=18.899;RBI=0.0543758;REFB=-0.00816093;REVB=-0.0541426;RO=80;SAF=45;SAR=33;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696704;STB=0.534293;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00764114;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:81:78:78:0.490566:33:45:52:28:33:45:52:29 chr1 160124875 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.677;QD=55.0985;RBI=0.00521459;REFB=0;REVB=-0.00309611;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5343e-05;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 160134205 . C T 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0201666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.7;QD=14.1672;RBI=0.0215021;REFB=0.000289039;REVB=-0.00745986;RO=49;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576931;STB=0.532691;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.000483924;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:22:11:14:35:22:11:14:35 chr1 160136350 . G A 1748.1 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.849;QD=60.8035;RBI=0.0509307;REFB=0;REVB=0.0504413;RO=0;SAF=71;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210577;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:43:71:0:0:44:71:0:0 chr1 160141196 . C T 1407.58 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2949;QD=62.5591;RBI=0.0431174;REFB=0;REVB=0.0216471;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217769;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:43:43:0:0:44:46:0:0 chr1 160396221 . T C 275.5 PASS AF=0.535714;AO=21;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00144597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.406;QD=19.6785;RBI=0.0206807;REFB=-0.0114835;REVB=0.0206301;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149496;STB=0.519071;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0155796;OID=.;OPOS=160396221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:25:21:30:0.535714:14:7:8:15:18:12:9:16 chr1 160585554 . C G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.711;QD=64.1517;RBI=0.0588127;REFB=0;REVB=0.0553054;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81351e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr1 160650913 . A G 685.77 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.023552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.122;QD=52.7517;RBI=0.0534444;REFB=-0.176544;REVB=0.047975;RO=1;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254311;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0175524;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:52:1:1:50:51:0.980769:18:32:0:1:19:32:0:1 chr1 160793442 . A G 411.47 PASS AF=0.435185;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0257664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.978;QD=15.2397;RBI=0.0543346;REFB=0.0229109;REVB=-0.0478366;RO=59;SAF=28;SAR=18;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162069;STB=0.515922;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0408466;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:59:61:46:47:0.435185:18:28:35:24:18:29:36:25 chr1 160793560 . A G 184.86 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00919082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.008;QD=12.1219;RBI=0.0104739;REFB=-0.00983734;REVB=0.00502311;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276407;STB=0.659436;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0173966;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:15:8:23:15:15:8:23:15 chr1 160793962 . G C 412.66 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00227644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.421;QD=21.437;RBI=0.038141;REFB=0.00401297;REVB=0.038073;RO=36;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121937;STB=0.56733;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00297403;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:18:23:15:21:18:23:15:21 chr1 160851826 . A T 728.99 PASS AF=0.510638;AO=70;DP=140;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0271494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4731;QD=20.6806;RBI=0.0272561;REFB=-0.0290975;REVB=-0.00240978;RO=69;SAF=30;SAR=40;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584607;STB=0.530762;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0179195;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:69:69:70:72:0.510638:40:30:34:35:41:31:34:35 chr1 160851894 . G A 411.02 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00964183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5459;QD=17.6783;RBI=0.0105326;REFB=-0.0110449;REVB=0.00423926;RO=48;SAF=14;SAR=28;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225058;STB=0.630373;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0137807;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:48:50:42:43:0.462366:28:14:27:21:29:14:28:22 chr1 160920966 . C T 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0216178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.458;QD=19.7627;RBI=0.0230545;REFB=0.00171101;REVB=0.00801121;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230658;STB=0.512813;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00209854;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:20:15:15:18:20:15:15:18 chr1 160971146 . A G 265.4 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00303917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.046;QD=27.2205;RBI=0.111948;REFB=-0.0215775;REVB=-0.111907;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116021;STB=0.56405;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0161148;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:12:12:10:5:12:12:10:5 chr1 160990875 . TC CA 134.28 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00449177;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=99.6616;QD=16.2762;RBI=0.0298224;REFB=-0.00360934;REVB=0.0294822;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60836;STB=0.859014;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00549201;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:2:13:4:13:2:13:4:14 chr1 160990878 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0391336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.962;QD=16.2715;RBI=0.0479961;REFB=-0.0139106;REVB=0.0277883;RO=18;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622227;STB=0.859014;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0134765;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:2:13:4:14:2:13:4:14 chr1 161017556 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0218576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.203;QD=20.4851;RBI=0.0218692;REFB=-0.0457264;REVB=-0.000713479;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203484;STB=0.614308;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0183181;OID=.;OPOS=161017556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:9:2:6:8:9:2 chr1 161019040 . G C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0136066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.199;QD=14.1388;RBI=0.0151532;REFB=-0.0158363;REVB=0.00666929;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121279;STB=0.58683;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0170791;OID=.;OPOS=161019040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:5:8:10:10:5:9:10:10 chr1 161160456 . ATTTT ATTCA,ATTT 441.07 PASS AF=0.283333,0.716667;AO=4,16;DP=61;FAO=17,43;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=14,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149708,0.761284;FXX=0.0163908;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=103.69,8.05657;QD=29.4047;RBI=0.174119,0.903423;REFB=-0.0251844,-0.0543989;REVB=0.0889096,0.486435;RO=23;SAF=0,3;SAR=4,13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0.319444;SSEP=0,0;SSSB=-0.586756,-0.220583;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0512427,-0.000510755;OID=.,.;OPOS=161160459,161160457;OREF=TT,T;OALT=CA,-;OMAPALT=ATTCA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.283333,0.716667:4,16:61:17,43:60:0:3,11:14,32:0:0:99:23:0,3:4,13:8:15 chr1 161163037 . T C 965.55 PASS AF=1;AO=54;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.815;QD=56.7971;RBI=0.0508713;REFB=0;REVB=0.0330907;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182145;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:54:68:1:18:36:0:0:22:46:0:0 chr1 161168004 . C T 548.03 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0230867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.535;QD=23.571;RBI=0.0322816;REFB=-0.0189142;REVB=0.0225634;RO=42;SAF=32;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128013;STB=0.570407;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0190573;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:19:32:20:22:19:32:20:22 chr1 161183516 . C T 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0274978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.217;QD=15.394;RBI=0.027731;REFB=-0.00685575;REVB=-0.00358892;RO=59;SAF=18;SAR=23;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728083;STB=0.541156;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00925467;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:23:18:30:29:23:18:30:29 chr1 161390656 . G A 608.73 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0243197;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3097;QD=20.8113;RBI=0.0332568;REFB=-0.0176387;REVB=0.0226841;RO=56;SAF=27;SAR=34;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190449;STB=0.510478;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0157814;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:34:27:26:30:34:27:26:30 chr1 161391870 . G A,GA,GAA 41.93 PASS AF=0,0.37037,0.037037;AO=2,7,3;DP=28;FAO=0,10,1;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=0,7,1;FSAR=0,3,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0270468,-0.152332,-0.0818307;FXX=0;HRUN=2,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=30.4631,8.30632,12.8666;QD=6.21238;RBI=0.174652,0.223578,0.125263;REFB=-0.0185849,-0.0559178,-0.0286731;REVB=-0.172545,-0.163653,-0.0948396;RO=15;SAF=2,5,2;SAR=0,2,1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.482498,0.0611001,0;STB=0.5,0.509073,0.986207;STBP=1,0.969,0.503;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0491949,0.0100391;OID=.,.,.;OPOS=161391870,161391871,161391871;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:28:27:15:16:2,7,3:0,10,1:0,0.37037,0.037037:0,2,1:2,5,2:10:5:0,3,0:0,7,1:11:5 chr1 161479745 . A G 709.36 PASS AF=0.452381;AO=75;DP=170;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=0.0124593;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.279;QD=16.8894;RBI=0.045578;REFB=-0.0231358;REVB=0.043842;RO=87;SAF=33;SAR=42;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162829;STB=0.594784;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.031122;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:87:92:75:76:0.452381:42:33:53:34:43:33:56:36 chr1 161487863 . C T 1208.02 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0196056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.265;QD=57.5246;RBI=0.0262757;REFB=0.00593097;REVB=-0.0174937;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.508019;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.000100486;OID=.;OPOS=161487863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:0:3:81:81:0.964286:36:45:0:0:36:45:1:2 chr1 161488017 . T C 449.1 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00280657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.3771;QD=48.5516;RBI=0.00629817;REFB=-0.0650754;REVB=0.00563827;RO=3;SAF=14;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901212;STB=0.562462;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00270598;OID=.;OPOS=161488017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:36:37:3:4:33:33:0.891892:19:14:3:0:19:14:4:0 chr1 161493623 . G GA 203.03 PASS AF=0.961538;AO=34;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.149838;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.08849;QD=15.618;RBI=0.170864;REFB=0.106902;REVB=0.0821167;RO=14;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00482005;OID=.;OPOS=161493624;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:34:53:50:52:2:25:25:1:1:5:14:17:17:6:8 chr1 161495040 . C T 780.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.589;QD=63.7064;RBI=0.0233085;REFB=0;REVB=0.0204066;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99425e-05;OID=.;OPOS=161495040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:16:29:0:0:18:31:0:0 chr1 161495338 . C A 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.015365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.556;QD=2.3511;RBI=0.0986134;REFB=-0.00355341;REVB=0.0974091;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097701;STB=0.58637;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0336642;OID=.;OPOS=161495338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:46:47:6:6:0.113208:2:4:27:19:2:4:27:20 chr1 161495477 . A T 479.72 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.00832979;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.034;QD=22.0561;RBI=0.0126046;REFB=0.0187156;REVB=0.0094599;RO=41;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143443;STB=0.578834;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0218674;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:41:41:46:46:0.528736:21:25:29:12:21:25:29:12 chr1 161495571 . G T 64.49 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00543215;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.379;QD=10.3181;RBI=0.00575417;REFB=-0.0221682;REVB=-0.00189794;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482718;STB=0.790672;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0374479;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:25:16:16:9:9:0.36:2:7:5:11:2:7:5:11 chr1 161495885 . T C 384.3 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0658814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6471;QD=48.0368;RBI=0.11219;REFB=-0.101132;REVB=-0.090809;RO=3;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044969;STB=0.524212;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0110989;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:12:17:1:2:12:17:1:2 chr1 161496134 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.583;QD=39.2068;RBI=0.0275577;REFB=0;REVB=0.0133288;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163537;OID=.;OPOS=161496134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 161496178 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.624;QD=39.2067;RBI=0.102039;REFB=0;REVB=0.0960928;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244381;OID=.;OPOS=161496178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 161500130 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.991;QD=59.0144;RBI=0.0684087;REFB=0;REVB=0.0413725;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555867;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr1 161500975 . A G 534.26 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=50;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0296556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1678;QD=41.9029;RBI=0.0862695;REFB=0.000621866;REVB=-0.0810121;RO=7;SAF=18;SAR=25;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115321;STB=0.571787;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00279118;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:51:7:8:43:43:0.843137:25:18:6:1:25:18:7:1 chr1 161514542 . A C 1376.45 PASS AF=0.95098;AO=96;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00549864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=334.847;QD=53.9785;RBI=0.0288107;REFB=0.093213;REVB=-0.0282811;RO=5;SAF=46;SAR=50;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300851;STB=0.515982;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000190473;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:5:5:96:97:0.95098:50:46:4:1:51:46:4:1 chr1 161518214 . T C 84.7 PASS AF=0.122699;AO=20;DP=163;FAO=20;FDP=163;FR=.;FRO=143;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=87;FWDB=-0.0242568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2114;QD=2.07858;RBI=0.0580913;REFB=-0.00187916;REVB=0.0527845;RO=142;SAF=4;SAR=16;SRF=56;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27793;STB=0.699488;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0252511;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:163:163:142:143:20:20:0.122699:16:4:56:86:16:4:56:87 chr1 161518336 . C T 485.87 PASS AF=0.212042;AO=81;DP=384;FAO=81;FDP=382;FR=.;FRO=301;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=148;FSRR=153;FWDB=-0.00577848;FXX=0.0052082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.055;QD=5.08769;RBI=0.0223558;REFB=-0.00671715;REVB=-0.0215961;RO=303;SAF=32;SAR=49;SRF=148;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121634;STB=0.577055;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0399455;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:382:303:301:81:81:0.212042:49:32:148:155:49:32:148:153 chr1 161561151 . G A 255.61 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00405363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.918;QD=15.73;RBI=0.0226166;REFB=0.00596742;REVB=-0.0222503;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476234;STB=0.533454;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0115178;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:16:13:14:21:16:13:14:22 chr1 161565408 . T C 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0361079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4376;QD=11.8137;RBI=0.0362483;REFB=-0.00649211;REVB=-0.00318693;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100301;STB=0.559713;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00919468;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:9:14:9:4:9:14 chr1 161565479 . G A 266.62 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00822327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.465;QD=21.3293;RBI=0.0298613;REFB=-0.0238019;REVB=-0.0287068;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126394;STB=0.579555;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0130536;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:12:13:9:15:12:13:9:16 chr1 161565604 . G A 253.14 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0547931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.367;QD=21.5438;RBI=0.0548488;REFB=-0.0205117;REVB=0.00247185;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15059;STB=0.596932;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.015747;OID=.;OPOS=161565604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:16:8:11:11:16:8:12:11 chr1 161565705 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6038;QD=51.182;RBI=0.164344;REFB=0;REVB=0.158278;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032732;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr1 161565761 . AT A 225.19 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.3662;QD=42.8942;RBI=0.0509009;REFB=0;REVB=0.0493481;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.347639;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00223019;OID=.;OPOS=161565762;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:21:21:0:6:15:0:0:4:0:6:13:0:0 chr1 161574654 . G A 451.67 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.00517531;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.547;QD=14.57;RBI=0.00523296;REFB=-0.000780846;REVB=0.000774682;RO=70;SAF=15;SAR=36;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586299;STB=0.524067;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.000961542;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:70:73:51:51:0.41129:36:15:24:46:36:15:24:49 chr1 161591542 . G A 190.38 PASS AF=0.375;AO=21;DP=61;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0270351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9499;QD=11.899;RBI=0.0390605;REFB=-0.016905;REVB=0.0281928;RO=40;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328992;STB=0.516515;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.116914;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:40:40:21:24:0.375:12:9:16:24:15:9:16:24 chr1 161591548 . C T 180.52 PASS AF=0.370968;AO=18;DP=57;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00382606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.427;QD=11.6467;RBI=0.00552729;REFB=-0.00358416;REVB=-0.00398902;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248301;STB=0.525092;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00679494;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:38:39:18:23:0.370968:11:7:14:24:15:8:15:24 chr1 161600995 . C T 1306.34 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.099701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.212;QD=62.2066;RBI=0.0997011;REFB=0;REVB=0.000110068;RO=0;SAF=20;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11912e-05;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:84:0:0:77:84:1:57:20:0:0:57:27:0:0 chr1 161643269 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0135284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.795;QD=8.73783;RBI=0.0151914;REFB=-0.0259002;REVB=0.00691083;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251243;STB=0.680978;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0343099;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:8:9:0.310345:6:2:9:11:7:2:9:11 chr1 161680258 . G A 747.64 PASS AF=0.510638;AO=71;DP=143;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00143638;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8334;QD=21.2097;RBI=0.00505099;REFB=-0.0108246;REVB=-0.00484245;RO=69;SAF=46;SAR=25;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653581;STB=0.530835;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0113469;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:69:69:71:72:0.510638:25:46:40:29:26:46:40:29 chr1 161681780 . A G 276.03 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0360397;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.381;QD=25.0937;RBI=0.0568822;REFB=0.0013152;REVB=-0.0440083;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333635;STB=0.684073;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00123672;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:19:25:25:0.568182:10:15:3:16:10:15:3:16 chr1 161695639 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.21;QD=51.1846;RBI=0.0622598;REFB=0;REVB=0.0570194;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100664;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 161697072 . G C 252.33 PASS AF=0.316327;AO=30;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0373772;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.436;QD=10.2993;RBI=0.0605477;REFB=-0.00747489;REVB=-0.0476337;RO=68;SAF=11;SAR=19;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160537;STB=0.58339;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0371691;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:67:30:31:0.316327:19:11:34:34:19:12:34:33 chr1 161697149 . G T 299.7 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00498289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.945;QD=10.998;RBI=0.00809148;REFB=-0.00851783;REVB=0.00637517;RO=71;SAF=10;SAR=28;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220439;STB=0.627937;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0242706;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:71:38:38:0.348624:28:10:31:40:28:10:31:40 chr1 161697319 . G A 554.92 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00578974;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.344;QD=19.8186;RBI=0.00678141;REFB=0.00469574;REVB=-0.00353078;RO=52;SAF=28;SAR=28;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504198;STB=0.544415;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00358756;OID=.;OPOS=161697319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:55:56:57:0.508929:28:28:29:23:29:28:32:23 chr1 161705871 . C G 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8007;QD=52.6063;RBI=0.0585147;REFB=0;REVB=-0.0243368;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008018;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 161721707 . C T 240.24 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0404409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6805;QD=16.5684;RBI=0.0581745;REFB=-0.0204656;REVB=-0.0418187;RO=30;SAF=5;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297978;STB=0.664293;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0214187;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:27:27:0.465517:22:5:13:17:22:5:13:18 chr1 161722204 . C T 231.36 PASS AF=0.55;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00771219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.541;QD=23.1359;RBI=0.0625028;REFB=-0.0210107;REVB=-0.0620252;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598506;STB=0.542676;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0124503;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:18:22:22:0.55:14:8:5:12:14:8:5:13 chr1 161748056 . C T 129.95 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0401232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8414;QD=13.3281;RBI=0.104874;REFB=-0.0171245;REVB=-0.0968949;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106613;STB=0.562416;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0113275;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:12:12:6:9:12:12 chr1 161753802 . T C 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00858421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.276;QD=12.4668;RBI=0.0140267;REFB=-0.0127247;REVB=-0.0110932;RO=33;SAF=16;SAR=4;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549986;STB=0.817212;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0191859;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:4:16:9:24:4:16:9:24 chr1 161753841 . G A 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.00439948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.016;QD=11.9915;RBI=0.0129112;REFB=-0.0204293;REVB=0.0121385;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391561;STB=0.725551;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0285907;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:7:11:8:25:7:11:8:25 chr1 161761276 . G C 287.95 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0169099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.397;QD=18.5776;RBI=0.0178416;REFB=-0.022642;REVB=0.00569014;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11796;STB=0.565914;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0166522;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:15:16:12:19:15:16 chr1 161761312 . C T 225.16 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0610643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4525;QD=15.2652;RBI=0.0706123;REFB=-0.00800033;REVB=-0.0354576;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141872;STB=0.58025;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0108798;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:13:20:12:14:13:20 chr1 161928327 . A G 384.11 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00222181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.22;QD=13.718;RBI=0.00652065;REFB=-0.0118838;REVB=-0.00613045;RO=66;SAF=28;SAR=17;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208723;STB=0.622168;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0157298;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:67:45:45:0.401786:17:28:28:38:17:28:28:39 chr1 161953400 . G A 263.5 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0370311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.281;QD=10.755;RBI=0.045617;REFB=-0.0212637;REVB=-0.0266384;RO=66;SAF=14;SAR=18;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107337;STB=0.562461;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0653929;OID=.;OPOS=161953400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:18:14:35:31:18:14:35:31 chr1 161967681 . A G 462.53 PASS AF=0.505376;AO=42;DP=88;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0183687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5088;QD=19.8935;RBI=0.0206708;REFB=-0.0243164;REVB=0.00948011;RO=44;SAF=30;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359028;STB=0.519271;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0385135;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:44:46:42:47:0.505376:12:30:30:14:17:30:31:15 chr1 161993192 . T C 332.43 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00186196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.567;QD=18.7284;RBI=0.0255542;REFB=-0.0425766;REVB=0.0254863;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263904;STB=0.506845;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0323014;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:34:36:34:35:0.492958:17:17:18:16:17:18:19:17 chr1 162335256 . C T 949.33 PASS AF=0.516667;AO=93;DP=181;FAO=93;FDP=180;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=69;FSRF=21;FSRR=66;FWDB=0.00892889;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3764;QD=21.0962;RBI=0.00918403;REFB=-0.0247221;REVB=-0.00214975;RO=85;SAF=24;SAR=69;SRF=19;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402175;STB=0.510636;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0203124;OID=.;OPOS=162335256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:85:87:93:93:0.516667:69:24:19:66:69:24:21:66 chr1 162344069 . G A 504.05 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0174993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.499;QD=15.3908;RBI=0.0177119;REFB=-0.0196303;REVB=0.00273636;RO=75;SAF=30;SAR=26;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433598;STB=0.524295;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0298173;OID=.;OPOS=162344069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:26:30:37:38:26:30:37:38 chr1 162344102 . C T 791.01 PASS AF=0.564885;AO=74;DP=131;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00357106;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.725;QD=24.153;RBI=0.0355341;REFB=-0.0271128;REVB=-0.0353542;RO=56;SAF=32;SAR=42;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109987;STB=0.563799;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.028651;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:56:57:74:74:0.564885:42:32:32:24:42:32:33:24 chr1 162345091 . G A 2552.25 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.71;QD=61.1318;RBI=0.0676797;REFB=-0.0838558;REVB=0.0453743;RO=0;SAF=109;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461903;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:167:167:0:0:165:167:1:56:109:0:0:57:110:0:0 chr1 162467014 . C G 504.69 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0195066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.208;QD=14.6286;RBI=0.0196123;REFB=-0.000538191;REVB=0.00203281;RO=82;SAF=35;SAR=21;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835986;STB=0.547153;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0019797;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:82:56:56:0.405797:21:35:45:37:21:35:45:37 chr1 162467039 . A G 724.69 PASS AF=0.438202;AO=78;DP=178;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.00760861;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.023;QD=16.2852;RBI=0.00972859;REFB=-0.00641167;REVB=0.00606256;RO=100;SAF=54;SAR=24;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166649;STB=0.593195;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00762872;OID=.;OPOS=162467039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:100:100:78:78:0.438202:24:54:54:46:24:54:54:46 chr1 162493009 . C T 439.39 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0331718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.937;QD=19.3138;RBI=0.0342492;REFB=-0.0189763;REVB=-0.00852311;RO=47;SAF=22;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296386;STB=0.516476;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.02398;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:22:22:22:25:22:22:22:25 chr1 162740327 . T C 1619.52 PASS AF=1;AO=111;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194299;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5956;QD=55.8456;RBI=0.0561285;REFB=0;REVB=0.0526582;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619247;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:116:0:0:111:116:1:48:63:0:0:53:63:0:0 chr1 162765475 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.776;QD=54.5176;RBI=0.0468975;REFB=0;REVB=-0.0408133;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149802;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 163172574 . G C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0150321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.972;QD=13.774;RBI=0.0152838;REFB=-0.00837965;REVB=0.00276232;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389229;STB=0.72392;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0108355;OID=.;OPOS=163172574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:6:14:10:21:6:14:10:21 chr1 163297322 . A C 971.08 PASS AF=0.492537;AO=99;DP=201;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.052714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5114;QD=19.3249;RBI=0.0871;REFB=-0.0244297;REVB=0.0693372;RO=102;SAF=49;SAR=50;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950635;STB=0.552254;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0255859;OID=.;OPOS=163297322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:102:102:99:99:0.492537:50:49:61:41:50:49:61:41 chr1 163309219 . A T 375.42 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00987879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.369;QD=12.6193;RBI=0.0177721;REFB=-0.00431169;REVB=0.0147735;RO=73;SAF=24;SAR=21;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288743;STB=0.512354;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00558876;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:74:45:45:0.378151:21:24:37:36:21:24:38:36 chr1 163313539 . C T 1255.42 PASS AF=0.424615;AO=138;DP=321;FAO=138;FDP=325;FR=.;FRO=187;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=100;FSRR=87;FWDB=-0.0246644;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4512;QD=15.4514;RBI=0.0851648;REFB=-0.00559769;REVB=-0.0815151;RO=183;SAF=73;SAR=65;SRF=100;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179943;STB=0.50751;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00865638;OID=.;OPOS=163313539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:325:183:187:138:138:0.424615:65:73:100:83:66:72:100:87 chr1 163479278 . G A 1957.47 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.83;QD=61.171;RBI=0.0162934;REFB=-0.102888;REVB=0.00816965;RO=1;SAF=78;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198985;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:128:128:1:0:127:128:1:49:78:0:1:50:78:0:0 chr1 163893042 . G A 775.84 PASS AF=0.525974;AO=77;DP=150;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0060534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.407;QD=20.1518;RBI=0.0194848;REFB=-0.00386963;REVB=-0.0185207;RO=70;SAF=37;SAR=40;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293119;STB=0.500321;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00371868;OID=.;OPOS=163893042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:70:73:77:81:0.525974:40:37:36:34:40:41:37:36 chr1 164608825 . G A 1929.47 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958344;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.198;QD=60.7708;RBI=0.0229547;REFB=0;REVB=0.0208585;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137642;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:123:127:1:66:57:0:0:66:61:0:0 chr1 165173216 . A G 1194.27 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6698;QD=59.7136;RBI=0.0407431;REFB=-0.0183726;REVB=-0.0358977;RO=0;SAF=77;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22111e-08;STB=0.503184;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000101492;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:78:79:0.9875:1:77:0:0:1:78:1:0 chr1 165218792 . G A 1175.42 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0376199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5286;QD=59.515;RBI=0.0377148;REFB=-0.00375513;REVB=-0.00267414;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010637;STB=0.505617;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000282479;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:44:34:0:1:44:34:0:1 chr1 165377552 . G A 630.02 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0158585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6775;QD=19.2371;RBI=0.0161605;REFB=0.0168565;REVB=-0.0031096;RO=67;SAF=24;SAR=40;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315982;STB=0.517448;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0174934;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:67:64:64:0.48855:40:24:23:44:40:24:23:44 chr1 165389129 . G A 578.65 PASS AF=0.465649;AO=60;DP=130;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=0.000791635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.878;QD=17.6686;RBI=0.0103638;REFB=-0.00843385;REVB=-0.0103335;RO=69;SAF=36;SAR=24;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983265;STB=0.553483;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00999288;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:69:70:60:61:0.465649:24:36:48:21:24:37:49:21 chr1 165398115 . T C 560.33 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0143162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.828;QD=24.1001;RBI=0.020926;REFB=-0.0280728;REVB=-0.0152626;RO=37;SAF=30;SAR=22;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350423;STB=0.517503;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0184173;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:41:52:52:0.55914:22:30:23:14:21:31:26:15 chr1 165601466 . G A 1501.38 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00505157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.929;QD=61.9126;RBI=0.0154145;REFB=-0.129308;REVB=-0.0145632;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000116401;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:97:0:1:95:96:0.989691:48:47:0:0:49:47:1:0 chr1 165630698 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0601;QD=56.9543;RBI=0.0585107;REFB=0;REVB=-0.00705013;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622978;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr1 165652273 . A G 1044.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1281;QD=59.6729;RBI=0.0727699;REFB=0;REVB=-0.0718034;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458147;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr1 165737704 . C G 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00137279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.453;QD=55.464;RBI=0.00773847;REFB=-0.108938;REVB=0.00761573;RO=2;SAF=22;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407079;STB=0.521728;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000687645;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:16:22:2:0:16:22:2:0 chr1 166039898 . C G 3138.97 PASS AF=0.994949;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=122;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000165378;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.607;QD=63.4136;RBI=0.0108387;REFB=-0.0662751;REVB=0.0108375;RO=0;SAF=122;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=8.31649e-05;OID=.;OPOS=166039898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:198:0:1:197:197:0.994949:75:122:0:0:75:122:0:1 chr1 166591271 . T C 944.6 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=195;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.0194205;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1322;QD=19.4762;RBI=0.0288723;REFB=-0.00960411;REVB=0.0213648;RO=99;SAF=30;SAR=64;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220384;STB=0.624542;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0102353;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:99:100:94:94:0.484536:64:30:54:45:64:30:55:45 chr1 166818566 . A G 476.72 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0178506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.715;QD=24.7646;RBI=0.0178533;REFB=-0.0220542;REVB=-0.000308153;RO=32;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896716;STB=0.549111;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0151341;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:25:20:18:14:25:20:18:14 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 218.08 PASS AF=0.318681;AO=25;DP=93;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0157698;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=277.536;QD=9.58608;RBI=0.0162403;REFB=-0.00947381;REVB=0.00388076;RO=64;SAF=13;SAR=12;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514429;STB=0.521262;STBP=0.818;TYPE=ins;VARB=0.0202101;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318681:25:93:29:91:62:15:14:34:28:99:64:13:12:36:28 chr1 166826655 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0136583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.924;QD=11.1851;RBI=0.0140694;REFB=-0.00918356;REVB=0.00337584;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449356;STB=0.526288;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0075271;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:18:17:10:9:18:17 chr1 166826773 . C T 309.69 PASS AF=0.453333;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0696706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.413;QD=16.5169;RBI=0.0697023;REFB=-0.0164938;REVB=-0.00210129;RO=41;SAF=13;SAR=19;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270238;STB=0.629842;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0118915;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:41:41:32:34:0.453333:19:13:28:13:19:15:28:13 chr1 167095163 . G C 2388.47 PASS AF=0.96988;AO=158;DP=163;FAO=161;FDP=166;FR=.;FRO=5;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000754918;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2098;QD=57.5534;RBI=0.027115;REFB=-0.0158725;REVB=0.0271044;RO=5;SAF=77;SAR=81;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00657255;STB=0.503672;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.000964049;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:163:166:5:5:158:161:0.96988:81:77:3:2:84:77:3:2 chr1 167095765 . G A 1572.42 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.089;QD=59.9018;RBI=0.0421708;REFB=0;REVB=0.0406772;RO=0;SAF=69;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43243e-05;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:36:69:0:0:36:69:0:0 chr1 167095881 . G A 1476.56 PASS AF=0.962617;AO=102;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0938858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.064;QD=55.1984;RBI=0.100714;REFB=-0.112249;REVB=0.0364521;RO=3;SAF=37;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017242;STB=0.505696;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00449177;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:3:4:102:103:0.962617:65:37:1:2:66:37:2:2 chr1 167097739 . C A 528.13 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.032;QD=58.6805;RBI=0.0791058;REFB=0;REVB=0.0748531;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888481;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:18:16:0:0:20:16:0:0 chr1 167408565 . G T 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0181111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.577;QD=14.215;RBI=0.0188618;REFB=-0.0146587;REVB=0.0052685;RO=43;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168474;STB=0.596088;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0231332;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:10:20:22:21:10:20:22:21 chr1 167510996 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.46;QD=62.0219;RBI=0.0632313;REFB=0;REVB=0.0512803;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4686e-05;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 167684723 . C G 162.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0254022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3695;QD=10.8527;RBI=0.0263842;REFB=0.00202322;REVB=0.00713131;RO=39;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163619;STB=0.509545;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00345576;OID=.;OPOS=167684723;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:10:11:21:18:10:11:21:18 chr1 167817639 . A G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.106;QD=58.9606;RBI=0.0110939;REFB=0;REVB=-0.00245951;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17754e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr1 167825485 . T C 622.23 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0040962;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.006;QD=15.6536;RBI=0.00584876;REFB=-0.0144;REVB=0.00417483;RO=83;SAF=33;SAR=36;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050908;STB=0.549904;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0164026;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:83:90:69:69:0.433962:36:33:44:39:36:33:51:39 chr1 167825606 . A G 227.01 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.017287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.6867;QD=11.3505;RBI=0.0258707;REFB=0.00774118;REVB=-0.0192472;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431654;STB=0.524982;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0129341;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:14:14:24:28:14:14:24:28 chr1 167906239 . A C 1001.46 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000775887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.967;QD=58.9097;RBI=0.0282131;REFB=0;REVB=0.0282024;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874952;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:23:44:0:0:23:45:0:0 chr1 168511284 . T C 83.46 PASS AF=0.2;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.0202176;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.754;QD=4.76935;RBI=0.0203429;REFB=-0.00626554;REVB=-0.00225436;RO=54;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283803;STB=0.685486;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0420114;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:71:70:54:56:14:14:0.2:7:7:39:15:7:7:41:15 chr1 168513129 . C T 501.45 PASS AF=0.414815;AO=52;DP=130;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=0.0162597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.372;QD=14.8578;RBI=0.0218763;REFB=-0.0206454;REVB=0.0146354;RO=75;SAF=27;SAR=25;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113616;STB=0.539797;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0272934;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:135:75:79:52:56:0.414815:25:27:47:28:25:31:49:30 chr1 168545949 . G A 298.62 PASS AF=0.342342;AO=36;DP=109;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.0179438;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.918;QD=10.761;RBI=0.018974;REFB=-0.0107926;REVB=0.0061668;RO=72;SAF=11;SAR=25;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549157;STB=0.540879;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0188982;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:72:73:36:38:0.342342:25:11:25:47:27:11:25:48 chr1 169101935 . C T 1271.73 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.088;QD=60.5584;RBI=0.0225796;REFB=0;REVB=0.0182663;RO=0;SAF=23;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010306;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:57:23:0:0:58:26:0:0 chr1 169272451 . A T 2052.84 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0801241;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=113.585;QD=59.9371;RBI=0.0805072;REFB=0.00861671;REVB=0.00784437;RO=1;SAF=63;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748544;STB=0.504316;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-9.84784e-05;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:1:3:134:134:0.978102:71:63:1:0:71:63:2:1 chr1 169272453 . G A 2101.59 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292179;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3201;QD=62.7339;RBI=0.0402836;REFB=0;REVB=-0.0277323;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172589;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:70:63:0:0:70:64:0:0 chr1 169345868 . A G 850.08 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.058806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0267;QD=53.9734;RBI=0.0595463;REFB=-0.0129028;REVB=-0.00935996;RO=2;SAF=25;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362622;STB=0.518512;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000694862;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:60:61:0.968254:35:25:2:0:35:26:2:0 chr1 169366516 . G A 3074.34 PASS AF=1;AO=143;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.71;QD=64.0487;RBI=0.0634807;REFB=0;REVB=0.0363849;RO=0;SAF=41;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129774;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:192:0:0:143:192:1:102:41:0:0:113:79:0:0 chr1 169391154 . A G 2153.3 PASS AF=0.954839;AO=148;DP=156;FAO=148;FDP=155;FR=.;FRO=7;FSAF=94;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0251611;FXX=0.00640985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.543;QD=55.569;RBI=0.0251618;REFB=0.0331666;REVB=-0.000174606;RO=6;SAF=94;SAR=54;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369942;STB=0.523674;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000150358;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:156:155:6:7:148:148:0.954839:54:94:1:5:54:94:1:6 chr1 169435027 . C T 1153.5 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4312;QD=60.7103;RBI=0.0113377;REFB=0;REVB=-0.00205576;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46288e-05;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:30:43:0:0:31:45:0:0 chr1 169437392 . A G 491.21 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00827535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.27;QD=17.2356;RBI=0.0218128;REFB=-0.00452735;REVB=0.0201821;RO=60;SAF=28;SAR=25;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048209;STB=0.50681;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00513084;OID=.;OPOS=169437392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:60:61:53:53:0.464912:25:28:32:28:25:28:33:28 chr1 169510139 . G A 894.69 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.521;QD=57.722;RBI=0.0186093;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=60;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329374;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:0:60:0:0:0:62:0:0 chr1 169519049 . T C 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00536265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.72;QD=59.1723;RBI=0.0268886;REFB=-0.0123949;REVB=0.0263484;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975781;STB=0.505153;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000234069;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:48:28:0:1:48:28:0:1 chr1 169519112 . C T 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.345;QD=61.1582;RBI=0.00590688;REFB=0;REVB=0.00525955;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9832e-06;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:59:59:0:0:59:59:0:0 chr1 169529826 . C A 2511.22 PASS AF=1;AO=142;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.452;QD=60.878;RBI=0.0493908;REFB=0;REVB=0.0103651;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47766e-05;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:142:165:1:83:59:0:0:88:77:0:0 chr1 169529973 . C T 2356.73 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=158;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022302;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.63;QD=60.4289;RBI=0.0285796;REFB=-0.0757348;REVB=0.0178723;RO=1;SAF=68;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054371;STB=0.502857;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000125347;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:156:1:1:155:155:0.99359:87:68:0:1:87:68:0:1 chr1 169562904 . C T 1405.13 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0355995;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.395;QD=59.1635;RBI=0.0393601;REFB=-0.101073;REVB=0.0167896;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104175;STB=0.515786;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00231919;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:95:1:3:91:92:0.968421:46:45:1:0:46:46:3:0 chr1 169566313 . C T 1994.09 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202656;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.769;QD=62.3154;RBI=0.0224461;REFB=0;REVB=0.00965062;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25704e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:55:71:0:0:56:72:0:0 chr1 169702705 . G A 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.372;QD=57.3826;RBI=0.0152468;REFB=0;REVB=-0.01294;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114077;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr1 169768033 . T C 715.48 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024445;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.57;QD=57.2384;RBI=0.091267;REFB=0;REVB=0.0879324;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817633;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 169768080 . C A 834.52 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.754;QD=57.5531;RBI=0.0182418;REFB=0;REVB=0.00811646;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90167e-06;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:23:35:0:0 chr1 169795276 . A C 49.26 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7844;QD=32.8433;RBI=0.126034;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102601;OID=.;OPOS=169795276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:0:4:0:0:0:6:0:0 chr1 169821135 . C T 573.63 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.309;QD=60.3822;RBI=0.0296493;REFB=0;REVB=0.00370161;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1213e-05;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:19:19:0:0 chr1 169823718 . T C 1352.88 PASS AF=0.884956;AO=99;DP=115;FAO=100;FDP=113;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0184765;FXX=0.0258598;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.0963;QD=47.8894;RBI=0.0225267;REFB=-0.0761773;REVB=0.012887;RO=8;SAF=45;SAR=54;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596086;STB=0.519141;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0023961;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:115:113:8:13:99:100:0.884956:54:45:7:1:55:45:8:5 chr1 169927228 . T TG 674.17 PASS AF=1;AO=60;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2289;QD=41.4874;RBI=0.211835;REFB=0;REVB=0.178557;RO=7;SAF=47;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00581918;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:67:65:65:0:48:17:0:0:13:7:47:13:3:4 chr1 169951997 . C T 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00486203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.914;QD=17.8518;RBI=0.0079092;REFB=-0.0111103;REVB=0.00623828;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668248;STB=0.537293;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0126613;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:16:20:25:15:16:20:25:15 chr1 170501385 . A C 715.5 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635995;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.673;QD=57.2401;RBI=0.0775113;REFB=0;REVB=0.0443069;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023672;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 170521376 . G A 1989.33 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.768;QD=62.1665;RBI=0.0173588;REFB=0;REVB=0.00824839;RO=0;SAF=74;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32022e-05;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:54:74:0:0:54:74:0:0 chr1 171076935 . C T 669.27 PASS AF=0.442424;AO=73;DP=166;FAO=73;FDP=165;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0225617;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.507;QD=16.2247;RBI=0.0226376;REFB=-0.00704431;REVB=0.00185213;RO=91;SAF=40;SAR=33;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151473;STB=0.503605;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00996746;OID=.;OPOS=171076935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:91:92:73:73:0.442424:33:40:50:41:33:40:51:41 chr1 171083174 . C T 619.78 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=-0.0242333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.416;QD=17.8355;RBI=0.0306783;REFB=-0.000694225;REVB=-0.0188124;RO=74;SAF=33;SAR=31;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156065;STB=0.589247;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000910146;OID=.;OPOS=171083174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:75:64:64:0.460432:31:33:50:24:31:33:51:24 chr1 171107632 . CA C,CC 34.97 PASS AF=0.27907,0.0465116;AO=13,3;DP=44;FAO=12,2;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8,0;FSAR=4,2;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0506085,0.075516;FXX=0.0444346;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.93922,21.5807;QD=3.25318;RBI=0.0510943,0.0757564;REFB=-0.098049,-0.0530827;REVB=0.00702964,0.00603059;RO=22;SAF=10,0;SAR=3,3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00525392,-0.710835;STB=0.607683,0.997425;STBP=0.471,0.026;TYPE=del,snp;VARB=0.0735487,0.0128311;OID=.,.;OPOS=171107633,171107633;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907,0.0465116:13,3:44:12,2:43:29:8,0:4,2:23:6:28:22:10,0:3,3:17:5 chr1 171112490 . C T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0010798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.222;QD=14.3342;RBI=0.0141525;REFB=0.00182446;REVB=-0.0141112;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705817;STB=0.540935;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0032231;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:14:12:9:8:14:12 chr1 171168584 . CA TG 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321422;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=358.326;QD=61.0492;RBI=0.0155673;REFB=0;REVB=-0.0152319;RO=0;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.39447e-06;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:53:25:0:0:53:25:0:0 chr1 171174531 . A G 2107.85 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799347;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.256;QD=62.9208;RBI=0.0196558;REFB=0;REVB=0.017957;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5671e-05;OID=.;OPOS=171174531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:71:61:0:0:72:62:0:0 chr1 171223134 . G A 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6471;QD=63.2772;RBI=0.00861903;REFB=0;REVB=-0.00449913;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152511;OID=.;OPOS=171223134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 171461787 . G A 774.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.66;QD=56.3234;RBI=0.0190459;REFB=0;REVB=0.00209711;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848767;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr1 171509327 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2849;QD=51.1843;RBI=0.0728367;REFB=0;REVB=-0.0239378;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00266444;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr1 171511039 . C G 871.22 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00298144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5395;QD=56.2079;RBI=0.00723958;REFB=-0.0689612;REVB=0.00659717;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00163054;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:1:0:32:29:1:0 chr1 171514731 . C A,G 638.21 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,40;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101419,0.00665664;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.8573,240.772;QD=60.7815;RBI=0.101558,0.0114642;REFB=0,0;REVB=0.00531944,0.00933364;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0559004,-0.00144477;OID=.,.;OPOS=171514731,171514731;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:2,40:2,40:0.047619,0.952381:2,17:0,23:0:0:2,17:0,23:0:0 chr1 171526570 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.149;QD=52.6129;RBI=0.0632457;REFB=0;REVB=0.026747;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148924;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr1 171540480 . C G 206.11 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.00216924;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.461;QD=14.7221;RBI=0.0125742;REFB=-0.0137424;REVB=-0.0123856;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333349;STB=0.720173;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0163456;OID=.;OPOS=171540480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:32:24:24:0.428571:15:9:20:7:15:9:25:7 chr1 171556165 . G C 922.7 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.98;QD=56.7816;RBI=0.0231478;REFB=-0.0764165;REVB=0.010714;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.505881;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00267973;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:21:43:0:0:22:42:1:0 chr1 171558516 . C T 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.774;QD=58.4129;RBI=0.060203;REFB=0;REVB=0.0542469;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115654;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr1 171621525 . C T 195.13 PASS AF=0.418182;AO=19;DP=51;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00883535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.195;QD=14.1914;RBI=0.00889271;REFB=-0.0378488;REVB=0.00100846;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08715;STB=0.578881;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.054468;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:32:32:19:23:0.418182:8:11:21:11:11:12:21:11 chr1 171751236 . T C 1676.13 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347286;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.322;QD=60.4012;RBI=0.0500921;REFB=0;REVB=0.0360991;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405704;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:48:62:0:0:49:62:0:0 chr1 171753039 . A G 557.66 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.212;QD=22.0855;RBI=0.00290374;REFB=-0.0236735;REVB=-0.00131286;RO=44;SAF=15;SAR=40;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295499;STB=0.66403;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0152455;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:46:55:55:0.544554:40:15:27:17:40:15:28:18 chr1 171755170 . G A 234.86 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0132578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.204;QD=15.4006;RBI=0.0146124;REFB=-0.0269656;REVB=-0.00614436;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11893;STB=0.566963;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0437424;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:11:16:24:10:11:16:24:10 chr1 171755182 . G A 282.98 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0291027;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.915;QD=22.1945;RBI=0.0335487;REFB=-0.0144334;REVB=0.0166899;RO=21;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440978;STB=0.522372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0109226;OID=.;OPOS=171755182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:28:29:0.568627:8:20:14:7:8:21:15:7 chr1 171763549 . C T 549.51 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0105184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.577;QD=16.1621;RBI=0.0346907;REFB=0.00463477;REVB=-0.0330576;RO=77;SAF=34;SAR=25;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713924;STB=0.539941;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00583425;OID=.;OPOS=171763549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:77:59:59:0.433824:25:34:39:38:25:34:39:38 chr1 171810960 . A G 492.71 PASS AF=0.489796;AO=49;DP=97;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00759961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.577;QD=20.1105;RBI=0.0213552;REFB=-0.0380283;REVB=-0.0199572;RO=48;SAF=22;SAR=27;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293138;STB=0.530108;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0308929;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:50:49:48:0.489796:27:22:20:28:26:22:20:30 chr1 172356437 . A G 766.48 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.669;QD=55.7441;RBI=0.0251628;REFB=0;REVB=0.00232585;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162028;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:18:35:0:0:18:37:0:0 chr1 172378884 . G GT,T 283.93 PASS AF=0.469799,0;AO=52,6;DP=151;FAO=70,0;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=46,0;FSAR=24,0;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.00407142,-0.00674055;FXX=0.0132442;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.39913,264.308;QD=7.62228;RBI=0.0268612,0.00786721;REFB=-0.035628,0.00215278;REVB=0.0265509,-0.00405684;RO=86;SAF=36,0;SAR=16,6;SRF=57;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.03731,-0.612341;STB=0.521404,0.5;STBP=0.65,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0113835,0;OID=.,.;OPOS=172378885,172378884;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:86:79:52,6:70,0:0.469799,0:16,6:36,0:57:29:24,0:46,0:49:30 chr1 172410967 . G A 328.59 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0585489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2859;QD=14.9361;RBI=0.0692072;REFB=-0.0246051;REVB=-0.0369006;RO=50;SAF=25;SAR=11;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251467;STB=0.652844;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0364697;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:36:37:0.420455:11:25:23:27:11:26:23:28 chr1 172411496 . A G 115.84 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.863;QD=42.122;RBI=0.0420147;REFB=0;REVB=0.0224124;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776715;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 172411768 . T C 294.4 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00162521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2387;QD=18.4;RBI=0.0495702;REFB=-0.00464756;REVB=0.0495436;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127961;STB=0.576423;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00881229;OID=.;OPOS=172411768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:12:20:15:16:12:21:15:16 chr1 172412845 . C A 320.74 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0276175;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.551;QD=21.3824;RBI=0.0281796;REFB=-0.01147;REVB=0.00560019;RO=26;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23091;STB=0.636279;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0056522;OID=.;OPOS=172412845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:22:11:16:10:22:11:17:10 chr1 172412995 . T C 358.32 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0638636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8717;QD=17.0628;RBI=0.0701304;REFB=-0.00227934;REVB=-0.0289778;RO=46;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238191;STB=0.513362;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000981928;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:14:24:28:18:14:24:28:18 chr1 172422209 . C T 586.97 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0326429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0395;QD=18.2006;RBI=0.0351569;REFB=-0.00089325;REVB=0.0130556;RO=68;SAF=29;SAR=32;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459404;STB=0.502548;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.000947631;OID=.;OPOS=172422209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:68:61:61:0.472868:32:29:32:36:32:29:32:36 chr1 172434812 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0253535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.756;QD=24.3828;RBI=0.0350457;REFB=-0.00940458;REVB=0.024195;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134144;STB=0.574412;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00686484;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:7:14:13:13:7:14 chr1 172437592 . G A 1863.81 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.726;QD=61.1084;RBI=0.0294419;REFB=0;REVB=0.00299809;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68094e-05;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:122:0:0:116:122:1:52:64:0:0:56:66:0:0 chr1 172502479 . T C 740.52 PASS AF=0.42328;AO=80;DP=190;FAO=80;FDP=189;FR=.;FRO=109;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.0440064;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1824;QD=15.6723;RBI=0.0964347;REFB=-0.00228735;REVB=-0.0858084;RO=109;SAF=40;SAR=40;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520945;STB=0.529093;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00209357;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:109:109:80:80:0.42328:40:40:60:49:40:40:60:49 chr1 173429995 . G A 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.010911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.075;QD=8.10359;RBI=0.0115583;REFB=-0.00538936;REVB=-0.0038136;RO=50;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119516;STB=0.571359;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0103232;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:10:10:20:30:10:10:20:30 chr1 173457017 . C T 803.65 PASS AF=0.519231;AO=80;DP=155;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00502431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.332;QD=20.6065;RBI=0.00504841;REFB=-0.0112597;REVB=-0.000492763;RO=74;SAF=45;SAR=35;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451008;STB=0.503865;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0096213;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:74:75:80:81:0.519231:35:45:42:32:35:46:42:33 chr1 173474429 . T C 284.16 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0288364;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0255;QD=14.9559;RBI=0.0311449;REFB=0.0120698;REVB=0.0117671;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139747;STB=0.578899;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0162923;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:16:28:16:16:16:28 chr1 173516871 . G C 217.38 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0103038;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.03;QD=15.2548;RBI=0.0147153;REFB=-0.0185842;REVB=0.0105057;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187926;STB=0.607054;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0257772;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:17:8:16:16:17:8:16:16 chr1 173516903 . A G 188.95 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0162917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.637;QD=13.0308;RBI=0.0246417;REFB=-0.00438618;REVB=-0.0184877;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237898;STB=0.513666;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00972941;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:16:19:13:10:16:19 chr1 173878832 . T C 170.3 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0246161;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2542;QD=10.8124;RBI=0.0303532;REFB=-0.00032614;REVB=-0.0177584;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209662;STB=0.615283;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000353517;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:42:41:22:22:0.349206:12:10:27:15:12:10:26:15 chr1 173878862 . T C 178.49 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0173489;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.313;QD=13.2212;RBI=0.0236098;REFB=-0.0309708;REVB=-0.0160137;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199123;STB=0.613772;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0402819;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:32:21:22:0.407407:14:7:17:16:15:7:16:16 chr1 173903737 . G A 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00551584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4128;QD=9.88504;RBI=0.0402806;REFB=0.0128858;REVB=-0.0399011;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222839;STB=0.63144;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0272196;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:7:12:17:22:7:12:17:22 chr1 175049379 . G A 722.78 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0581466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4239;QD=59.0022;RBI=0.0592887;REFB=-0.0428894;REVB=-0.0115809;RO=2;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761039;STB=0.504049;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.013448;OID=.;OPOS=175049379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:19:28:1:1:19:28:1:1 chr1 175087884 . CA CG,TG 1674.57 PASS AF=0.5,0.5;AO=58,61;DP=120;FAO=57,57;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=35,27;FSAR=22,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644025,0.00759553;FXX=0.0499958;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=128.604,106.361;QD=58.7569;RBI=0.00749132,0.00795543;REFB=0,0;REVB=-0.00382663,-0.00236574;RO=0;SAF=36,31;SAR=22,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0110615,0.00495133;OID=.,.;OPOS=175087885,175087884;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:120:114:0:0:58,61:57,57:0.5,0.5:22,30:36,31:0:0:22,30:35,27:0:0 chr1 175092674 . C T 160.5 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=0.00839289;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.416;QD=12.588;RBI=0.0379909;REFB=-0.00631238;REVB=-0.0370522;RO=29;SAF=15;SAR=2;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499713;STB=0.529376;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0244006;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:29:17:17:0.333333:2:15:25:4:2:15:25:4 chr1 175097864 . G A 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0455186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.451;QD=21.2646;RBI=0.048234;REFB=0.00622664;REVB=-0.0159553;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853248;STB=0.548143;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00527893;OID=.;OPOS=175097864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:7:11:14:6:7:11 chr1 175105996 . C T 456.69 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.0243702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3468;QD=15.481;RBI=0.0249328;REFB=-0.00164837;REVB=-0.00526693;RO=67;SAF=29;SAR=22;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294564;STB=0.516496;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00152405;OID=.;OPOS=175105996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:22:29:40:27:22:29:40:27 chr1 175113578 . T C 2424.45 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00578489;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.028;QD=60.6113;RBI=0.0182465;REFB=-0.0864462;REVB=0.0173052;RO=0;SAF=94;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5075e-08;STB=0.503816;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=2.34716e-05;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:0:1:158:159:0.99375:64:94:0:0:65:94:0:1 chr1 175129946 . C T 1957.99 PASS AF=1;AO=124;DP=153;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865224;FXX=0.0373106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.058;QD=60.713;RBI=0.103135;REFB=0;REVB=0.0561314;RO=1;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33715e-05;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:153:129:1:0:124:129:1:71:53:0:1:72:57:0:0 chr1 175299301 . T C 646.51 PASS AF=0.955556;AO=44;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0540629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1741;QD=57.4678;RBI=0.0550975;REFB=0.0440531;REVB=-0.0106267;RO=1;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149167;STB=0.512065;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0220356;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:44:43:0.955556:31:13:0:1:31:12:1:1 chr1 175324651 . A G 1179.12 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016525;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.929;QD=61.2528;RBI=0.0073611;REFB=0;REVB=-0.00717322;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32886e-05;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr1 175348723 . C T 2905.17 PASS AF=0.969231;AO=189;DP=195;FAO=189;FDP=195;FR=.;FRO=6;FSAF=92;FSAR=97;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0200928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3985;QD=59.5933;RBI=0.0438378;REFB=-0.186057;REVB=-0.0389619;RO=4;SAF=92;SAR=97;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00052213;STB=0.505537;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00492874;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:195:195:4:6:189:189:0.969231:97:92:2:2:97:92:4:2 chr1 175355391 . A G 2202.47 PASS AF=0.967742;AO=150;DP=155;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0431792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0678;QD=56.8379;RBI=0.0471073;REFB=-0.128779;REVB=0.0188323;RO=2;SAF=66;SAR=84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141932;STB=0.501309;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00215356;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:155:155:2:5:150:150:0.967742:84:66:2:0:84:66:2:3 chr1 175375469 . C A 2360.0 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.684;QD=63.7838;RBI=0.0101182;REFB=0;REVB=0.00376044;RO=0;SAF=87;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60506e-05;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:148:0:0:146:148:1:59:87:0:0:59:89:0:0 chr1 175375683 . T C 1514.77 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00243088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.173;QD=62.4648;RBI=0.0181133;REFB=0.0395339;REVB=0.0179494;RO=1;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870172;STB=0.504586;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=2.30601e-05;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:54:42:0:1:54:42:0:1 chr1 175375802 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.514;QD=57.0003;RBI=0.0162631;REFB=0;REVB=0.00569394;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66122e-05;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr1 176102974 . T C 427.42 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.000405119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.921;QD=19.21;RBI=0.00467843;REFB=-0.0044921;REVB=-0.00466086;RO=46;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102633;STB=0.510562;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0043001;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:46:42:43:0.483146:26:16:18:28:27:16:18:28 chr1 176103053 . TAC T 218.87 PASS AF=0.385714;AO=25;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0016074;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.58;QD=12.5069;RBI=0.0238712;REFB=-0.0151486;REVB=-0.023817;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036322;STB=0.51063;STBP=0.915;TYPE=del;VARB=0.0233582;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385714:25:71:27:70:43:9:18:15:28:99:41:8:17:13:28 chr1 176118219 . G A 165.7 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00737776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.487;QD=10.8655;RBI=0.0107778;REFB=-0.0128382;REVB=0.00785687;RO=40;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035332;STB=0.557611;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0275371;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:63:61:40:38:14:14:0.229508:8:6:16:24:7:7:16:22 chr1 176129455 . G T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0769188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1318;QD=12.1821;RBI=0.0788614;REFB=-0.00714153;REVB=-0.0173958;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00482501;OID=.;OPOS=176129455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr1 176526147 . G C 328.06 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00574845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0995;QD=15.0831;RBI=0.0319608;REFB=-0.00472127;REVB=-0.0314396;RO=47;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239696;STB=0.5229;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00367338;OID=.;OPOS=176526147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:47:50:36:37:0.425287:20:16:22:25:20:17:21:29 chr1 176863836 . G C 688.23 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1926;QD=53.9791;RBI=0.0563171;REFB=0.0240141;REVB=0.0536805;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00345639;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:20:29:0:0:21:29:0:1 chr1 176863867 . T C 734.2 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0493186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2949;QD=61.1836;RBI=0.0496796;REFB=-0.0317969;REVB=-0.0059783;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00351567;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:16:31:1:0:16:31:1:0 chr1 177908852 . C T 1936.69 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00930576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.377;QD=60.9981;RBI=0.0197519;REFB=-0.10619;REVB=0.0174225;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.504273;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000113916;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:127:0:1:126:126:0.992126:58:68:0:0:58:68:0:1 chr1 177915474 . A C 1392.56 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.012039;FXX=0.0212743;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.759;QD=60.5461;RBI=0.029694;REFB=-0.0500886;REVB=0.027144;RO=2;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220325;STB=0.511625;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000115024;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:92:2:2:90:90:0.978261:42:48:0:2:42:48:0:2 chr1 177929554 . C T 707.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.555;QD=62.8484;RBI=0.0238294;REFB=0;REVB=-0.0128598;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92851e-05;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr1 177929987 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.81;QD=60.8826;RBI=0.00983991;REFB=0;REVB=-0.00857703;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41055e-05;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:41:36:0:0 chr1 177930738 . A G 80.38 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0469845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4177;QD=10.048;RBI=0.0558041;REFB=-0.0260846;REVB=0.0301091;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304965;STB=0.636116;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0557002;OID=.;OPOS=177930738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:32:21:21:10:11:0.34375:7:3:12:9:7:4:12:9 chr1 178063756 . C T 752.35 PASS AF=0.435484;AO=80;DP=185;FAO=81;FDP=186;FR=.;FRO=105;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.0244412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6522;QD=16.1796;RBI=0.0373395;REFB=-0.0173821;REVB=-0.0282289;RO=105;SAF=55;SAR=25;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234948;STB=0.633397;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0256235;OID=.;OPOS=178063756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:105:105:80:81:0.435484:25:55:49:56:25:56:49:56 chr1 178514165 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.202;QD=55.6539;RBI=0.0471131;REFB=0;REVB=0.029978;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46915e-05;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr1 178514560 . A AT,T 365.38 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=27,4;DP=36;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111237,-0.00398171;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=13.6565,122.087;QD=42.9856;RBI=0.11568,0.0255403;REFB=0,0;REVB=-0.0317522,-0.0252281;RO=2;SAF=17,4;SAR=10,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0176938,0.725637;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0161793,-0.0275339;OID=.,.;OPOS=178514561,178514560;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:36:34:2:0:27,4:31,3:0.911765,0.0882353:10,0:17,4:1:1:11,0:20,3:0:0 chr1 178646884 . C T 315.07 PASS AF=0.382353;AO=34;DP=98;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00732297;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.13;QD=12.3557;RBI=0.00882087;REFB=-0.0151727;REVB=0.00491751;RO=61;SAF=13;SAR=21;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124695;STB=0.534936;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0276397;OID=.;OPOS=178646884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:61:63:34:39:0.382353:21:13:30:31:22:17:31:32 chr1 178820159 . C A 1082.33 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513449;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5824;QD=60.1292;RBI=0.066902;REFB=0;REVB=-0.0428903;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456415;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:34:38:0:0 chr1 179065125 . C T 238.63 PASS AF=0.469388;AO=19;DP=46;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=0.0419719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3647;QD=19.4799;RBI=0.052335;REFB=-0.00894101;REVB=0.031262;RO=27;SAF=16;SAR=3;SRF=26;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293726;STB=0.627819;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0129865;OID=.;OPOS=179065125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:27:26:19:23:0.469388:3:16:26:1:3:20:25:1 chr1 179068851 . A G 244.53 PASS AF=0.6875;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00586856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5927;QD=30.5657;RBI=0.0100672;REFB=0.0229277;REVB=-0.00817973;RO=10;SAF=16;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303874;STB=0.670884;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00460167;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:10:10:21:22:0.6875:5:16:3:7:5:17:3:7 chr1 179072728 . T C 455.01 PASS AF=0.454545;AO=49;DP=109;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00632292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.364;QD=16.5457;RBI=0.0118838;REFB=4.36613e-05;REVB=0.010062;RO=60;SAF=29;SAR=20;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075372;STB=0.535041;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-2.11395e-05;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:60:60:49:50:0.454545:20:29:31:29:21:29:31:29 chr1 179310262 . C T 362.04 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0221516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5224;QD=17.8786;RBI=0.0458213;REFB=-0.00398658;REVB=-0.0401111;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358566;STB=0.52474;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00213501;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:14:24:28:14:14:24:29:14 chr1 179312752 . C T 234.17 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0454627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.092;QD=10.7662;RBI=0.0454778;REFB=-0.0232939;REVB=-0.00116892;RO=55;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901559;STB=0.539056;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0407073;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:58:29:29:0.333333:20:9:21:34:20:9:21:37 chr1 179319541 . C G 365.19 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0198159;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.007;QD=12.173;RBI=0.0217485;REFB=-0.019526;REVB=0.00896256;RO=74;SAF=16;SAR=28;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197022;STB=0.62074;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0372454;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:74:76:44:44:0.366667:28:16:40:34:28:16:42:34 chr1 179320578 . A G 498.55 PASS AF=0.573171;AO=44;DP=80;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0135107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.475;QD=24.3196;RBI=0.0292763;REFB=-0.0246812;REVB=0.0259723;RO=35;SAF=23;SAR=21;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10929;STB=0.554017;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0196423;OID=.;OPOS=179320578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:35:35:44:47:0.573171:21:23:23:12:22:25:23:12 chr1 179347832 . T C 323.81 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0208344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.074;QD=14.3915;RBI=0.0233014;REFB=-0.00402872;REVB=-0.0104347;RO=54;SAF=22;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607011;STB=0.534507;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00590836;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:14:22:30:24:14:22:30:24 chr1 179452275 . G A 657.03 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00543138;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0038;QD=26.5464;RBI=0.0310395;REFB=-0.0149218;REVB=-0.0305606;RO=40;SAF=33;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144349;STB=0.513614;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00916741;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:40:41:58:58:0.585859:25:33:22:18:25:33:22:19 chr1 179520151 . C T 1339.55 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.204;QD=62.3045;RBI=0.0104407;REFB=0;REVB=0.00583758;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78507e-06;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:32:54:0:0:32:54:0:0 chr1 179604864 . C T 1437.59 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084177;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.684;QD=63.1909;RBI=0.0290758;REFB=0;REVB=0.0278307;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38152e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr1 179609589 . G T 1503.17 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.775;QD=59.5316;RBI=0.0228802;REFB=0;REVB=-0.0192436;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21701e-05;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:101:0:0:97:101:1:50:47:0:0:50:51:0:0 chr1 179852074 . T C 766.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.142;QD=63.8553;RBI=0.045702;REFB=0;REVB=-0.0149052;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276679;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr1 179858444 . G A 1608.91 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224623;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.069;QD=60.1461;RBI=0.0585842;REFB=0;REVB=0.0541069;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200267;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr1 179876988 . C G,T 2258.03 PASS AF=0.889571,0.0736196;AO=145,12;DP=163;FAO=145,12;FDP=163;FR=.;FRO=6;FSAF=78,9;FSAR=67,3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0108491,0.0667538;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=196.132,24.73;QD=55.4117;RBI=0.0172515,0.068675;REFB=0.0207046,-0.0388678;REVB=0.0134131,-0.0161304;RO=5;SAF=78,9;SAR=67,3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0295074,-0.196058;STB=0.518516,0.624825;STBP=0.027,0.307;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0042893,0.0225453;OID=.,.;OPOS=179876988,179876988;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:163:163:5:6:145,12:145,12:0.889571,0.0736196:67,3:78,9:5:0:67,3:78,9:6:0 chr1 179887125 . G A 876.94 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0366742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9991;QD=54.8085;RBI=0.0401664;REFB=-0.065827;REVB=-0.0163811;RO=2;SAF=26;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349353;STB=0.518513;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000544907;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:36:26:2:0:36:26:2:0 chr1 179989742 . G C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4285;QD=47.8205;RBI=0.0278063;REFB=0;REVB=0.00846106;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044064;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 180145088 . A G 1566.56 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162036;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6103;QD=58.5631;RBI=0.0372803;REFB=-0.115734;REVB=-0.0335747;RO=1;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093969;STB=0.504853;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00126043;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:50:55:0:1:51:55:0:1 chr1 180243524 . A G 481.37 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0254779;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.297;QD=17.1917;RBI=0.0365572;REFB=-0.0289956;REVB=-0.0262165;RO=59;SAF=33;SAR=19;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234385;STB=0.634564;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0180361;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:59:60:52:52:0.464286:19:33:23:36:19:33:23:37 chr1 180854067 . A G 1488.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.537;QD=63.3372;RBI=0.0272379;REFB=0;REVB=0.0216395;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35129e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:89:94:1:46:43:0:0:48:46:0:0 chr1 180885430 . T C 756.84 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495339;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.109;QD=57.1201;RBI=0.00964115;REFB=0;REVB=-0.00827138;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73741e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr1 180897569 . C T 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0189342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.024;QD=11.5765;RBI=0.0324075;REFB=-0.00797308;REVB=0.026301;RO=39;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931316;STB=0.545415;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.013906;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:12:11:22:17:12:11:22:18 chr1 180905694 . C T 357.83 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8126;QD=55.05;RBI=0.0669474;REFB=0;REVB=0.0604218;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174303;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr1 180913597 . A G 722.64 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6641;QD=56.6779;RBI=0.0875457;REFB=0;REVB=-0.0867627;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128413;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:1:0:48:51:1:21:27:1:0:21:30:0:0 chr1 180944532 . T TA,TAA 399.15 PASS AF=0,1;AO=5,26;DP=39;FAO=0,34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111899,-0.0596973;FXX=0.0810592;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=17.646,27.8514;QD=46.9592;RBI=0.12175,0.0652963;REFB=0,0;REVB=-0.0479751,-0.0264544;RO=4;SAF=3,16;SAR=2,10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118169,-0.0353662;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0138337,-0.00150517;OID=.,.;OPOS=180944533,180944533;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,26:39:0,34:34:0:0,20:0,14:0:0:7:4:3,16:2,10:3:1 chr1 180953853 . A G 1157.37 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.814;QD=59.3525;RBI=0.0125154;REFB=-0.0667807;REVB=-0.000529637;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.507934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000459087;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:31:46:0:0:31:46:0:1 chr1 181018236 . A G 757.3 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591517;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.115;QD=64.4511;RBI=0.0128338;REFB=0;REVB=-0.0113893;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.75078e-05;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr1 181024404 . G A 1433.33 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554736;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.709;QD=63.0033;RBI=0.0557316;REFB=0;REVB=0.00535583;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42109e-05;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr1 181058420 . GT G 41.72 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.248936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3719;QD=6.67545;RBI=0.250852;REFB=-0.0779405;REVB=-0.0309437;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347389;STB=0.716372;STBP=0.072;TYPE=del;VARB=0.132831;OID=.;OPOS=181058421;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:11:25:11:25:14:2:9:7:7:41:12:2:9:6:6 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=42;DP=157;LEN=5;RO=115;SAF=23;SAR=21;SRF=53;SRR=60;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:157:115:42:21:23:53:60 chr1 181768186 . T C 406.53 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0151406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7985;QD=20.0754;RBI=0.0153762;REFB=0.00830402;REVB=0.00268109;RO=40;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164696;STB=0.591302;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00822681;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:17:24:16:24:17:24:16:24 chr1 182356399 . A G 1320.86 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8491;QD=62.1582;RBI=0.06329;REFB=0;REVB=0.0219869;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251543;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr1 182369078 . G A 1007.87 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000646119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.579;QD=55.226;RBI=0.0380153;REFB=-0.169714;REVB=0.0380098;RO=2;SAF=43;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214826;STB=0.502273;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000951725;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:27:43:2:0:27:43:2:1 chr1 182369233 . A G 638.79 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0248135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2201;QD=59.4221;RBI=0.0698216;REFB=-0.0989202;REVB=0.0652637;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323448;STB=0.517233;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0037498;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:14:28:0:1:14:28:0:1 chr1 182496829 . A G 1535.05 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00108623;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0703;QD=57.9264;RBI=0.0159931;REFB=-0.0801307;REVB=0.0159561;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825224;STB=0.504273;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00112493;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:103:105:0.990566:46:57:1:0:47:58:1:0 chr1 182551337 . A C 430.33 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00125945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.588;QD=13.2409;RBI=0.0178051;REFB=-0.0182602;REVB=0.0177605;RO=77;SAF=33;SAR=17;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184861;STB=0.609898;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0247747;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:80:50:50:0.384615:17:33:38:39:17:33:39:41 chr1 182568204 . G C 1575.7 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158819;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.177;QD=60.0265;RBI=0.0197066;REFB=0;REVB=0.0116667;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119304;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:56:48:0:0:57:48:0:0 chr1 182569626 . T C,G 691.25 PASS AF=0.921569,0.0784314;AO=44,5;DP=49;FAO=47,4;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=24,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128222,-0.0248464;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.0252,127.59;QD=54.2157;RBI=0.0238601,0.0252443;REFB=0,0;REVB=0.020122,0.00446441;RO=0;SAF=20,1;SAR=24,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00451792,0.211461;OID=.,.;OPOS=182569626,182569626;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:49:51:0:0:44,5:47,4:0.921569,0.0784314:24,4:20,1:0:0:24,4:23,0:0:0 chr1 182778367 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.198;QD=59.8394;RBI=0.0275957;REFB=0;REVB=-0.00694468;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88179e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 182794901 . G GT 70.89 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0253692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.294;QD=9.45193;RBI=0.0879383;REFB=0.00848432;REVB=-0.0841995;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291665;STB=0.666444;STBP=0.239;TYPE=ins;VARB=-0.0167177;OID=.;OPOS=182794902;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:12:30:12:30:18:8:4:16:2:70:18:8:4:16:2 chr1 182798081 . T C 304.8 PASS AF=0.368932;AO=37;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.01048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4738;QD=11.8368;RBI=0.0108072;REFB=-0.0258732;REVB=-0.00263949;RO=65;SAF=15;SAR=22;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00623746;STB=0.503469;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0399144;OID=.;OPOS=182798081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:37:38:0.368932:22:15:26:39:23:15:26:39 chr1 182844020 . C T 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0304528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.457;QD=22.6428;RBI=0.0312916;REFB=-0.0148887;REVB=-0.00719655;RO=34;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176321;STB=0.596969;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0107446;OID=.;OPOS=182844020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:24:18:22:12:24:18:22:12 chr1 182850727 . T C 1964.27 PASS AF=0.970149;AO=126;DP=133;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0149381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6683;QD=58.635;RBI=0.0619015;REFB=-0.0267265;REVB=0.0600721;RO=4;SAF=45;SAR=81;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683046;STB=0.503828;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00940104;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:133:134:4:4:126:130:0.970149:81:45:1:3:82:48:1:3 chr1 182922215 . G T 289.21 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.041672;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.98;QD=21.0331;RBI=0.0518618;REFB=-0.00473633;REVB=0.0308722;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285181;STB=0.6612;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00269148;OID=.;OPOS=182922215;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:25:30:30:0.545455:12:18:22:2:12:18:23:2 chr1 182993025 . C T 2703.82 PASS AF=0.963542;AO=180;DP=191;FAO=185;FDP=192;FR=.;FRO=7;FSAF=126;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0223032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5614;QD=56.3297;RBI=0.0754165;REFB=-0.0260152;REVB=0.0720432;RO=10;SAF=125;SAR=55;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455717;STB=0.510514;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0122585;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:191:192:10:7:180:185:0.963542:55:125:3:7:59:126:3:4 chr1 183072590 . T C 1640.18 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043961;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9141;QD=60.19;RBI=0.0566862;REFB=0;REVB=0.0357877;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258507;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:110:109:1:64:46:0:0:63:46:0:0 chr1 183072701 . C T 365.71 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00529652;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.598;QD=23.9811;RBI=0.014866;REFB=-0.00224687;REVB=-0.0138905;RO=23;SAF=21;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136864;STB=0.5753;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00135608;OID=.;OPOS=183072701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:23:25:36:36:0.590164:15:21:9:14:15:21:10:15 chr1 183085755 . A G 1988.88 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334007;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.634;QD=61.6707;RBI=0.0394209;REFB=-0.097327;REVB=0.0209382;RO=1;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798641;STB=0.504201;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00169849;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:129:1:1:128:128:0.992248:59:69:0:1:59:69:0:1 chr1 183086757 . A C 1568.85 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.7;QD=64.0347;RBI=0.0207216;REFB=0;REVB=-0.00297325;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9567e-05;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:44:53:0:0:44:54:0:0 chr1 183093875 . T C 1733.27 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00723153;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.145;QD=58.2613;RBI=0.0276005;REFB=-0.102725;REVB=0.0266363;RO=3;SAF=37;SAR=79;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176911;STB=0.509315;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000303497;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:120:119:3:3:116:116:0.97479:79:37:0:3:79:37:0:3 chr1 183094547 . T C 1726.62 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.247;QD=60.583;RBI=0.0375541;REFB=0;REVB=0.0358997;RO=0;SAF=72;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35604e-05;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:41:72:0:0:42:72:0:0 chr1 183105534 . T C 127.87 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.118;QD=39.3452;RBI=0.0621478;REFB=-0.106626;REVB=0.0523309;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443841;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr1 183105705 . G A 380.75 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00244533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.071;QD=19.5255;RBI=0.00911643;REFB=-0.0184763;REVB=-0.00878235;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239613;STB=0.513304;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00504659;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:23:16:15:24:23:16:15:24 chr1 183112041 . G C 1573.04 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.597;QD=59.9254;RBI=0.0111303;REFB=0;REVB=0.000928071;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05973e-05;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:52:52:0:0:53:52:0:0 chr1 183112412 . A G 1576.78 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396783;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4903;QD=63.7084;RBI=0.0484189;REFB=0;REVB=0.0277493;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64982e-05;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:1:0:97:99:1:52:45:1:0:52:47:0:0 chr1 183112505 . T C 1244.92 PASS AF=0.834783;AO=95;DP=115;FAO=96;FDP=115;FR=.;FRO=19;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0184632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.997;QD=43.3014;RBI=0.0235613;REFB=-0.164952;REVB=0.0146372;RO=19;SAF=41;SAR=54;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161008;STB=0.583766;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00492003;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:115:115:19:19:95:96:0.834783:54:41:18:1:54:42:18:1 chr1 183112566 . T C 1511.31 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.495;QD=59.854;RBI=0.0103208;REFB=0;REVB=0.00476583;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81396e-06;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:48:53:0:0 chr1 183112764 . A G 1230.78 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154044;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.585;QD=61.539;RBI=0.0197455;REFB=0;REVB=0.0123526;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49047e-06;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:36:43:0:0:37:43:0:0 chr1 183114634 . G A 1431.99 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0023003;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.944;QD=60.9358;RBI=0.0282703;REFB=-0.017507;REVB=-0.0281765;RO=2;SAF=39;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023687;STB=0.512497;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-3.17589e-05;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:2:2:92:92:0.978723:53:39:2:0:53:39:2:0 chr1 183155482 . C A 374.24 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00420904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.706;QD=18.0356;RBI=0.00421237;REFB=-0.0106144;REVB=-0.00016758;RO=43;SAF=22;SAR=17;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130492;STB=0.564463;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0114382;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:17:22:30:13:17:22:30:14 chr1 183184616 . C T 179.61 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0146862;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.667;QD=14.9673;RBI=0.0226981;REFB=-0.00318253;REVB=0.0173066;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27717;STB=0.664278;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0049034;OID=.;OPOS=183184616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:29:19:19:0.395833:10:9:6:22:10:9:6:23 chr1 183187603 . C T 1210.3 PASS AF=0.477444;AO=125;DP=263;FAO=127;FDP=266;FR=.;FRO=139;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=0.0170786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.911;QD=18.2001;RBI=0.0171019;REFB=-0.00631943;REVB=0.00089068;RO=138;SAF=62;SAR=63;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380858;STB=0.504293;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00684457;OID=.;OPOS=183187603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:266:138:139:125:127:0.477444:63:62:69:69:65:62:69:70 chr1 183191324 . C A 1024.07 PASS AF=0.467249;AO=106;DP=223;FAO=107;FDP=229;FR=.;FRO=122;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=73;FSRR=49;FWDB=-0.0337059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5271;QD=17.8877;RBI=0.0348031;REFB=-0.0536365;REVB=-0.00866984;RO=117;SAF=58;SAR=48;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410511;STB=0.525412;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0588344;OID=.;OPOS=183191324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:229:117:122:106:107:0.467249:48:58:69:48:48:59:73:49 chr1 183192304 . T G 503.93 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00470057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3573;QD=17.528;RBI=0.0123359;REFB=-0.010995;REVB=-0.0114053;RO=61;SAF=31;SAR=23;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000296154;STB=0.500165;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0123944;OID=.;OPOS=183192304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:23:31:35:26:23:31:35:26 chr1 183206573 . G A 285.41 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0186549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.635;QD=23.7843;RBI=0.0193544;REFB=-0.00465448;REVB=0.00515645;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244633;STB=0.640277;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00494708;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:13:12:17:5:14:12:17:5 chr1 183212548 . T G 224.13 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0659203;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3496;QD=19.0748;RBI=0.0715682;REFB=0.00796032;REVB=0.027866;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874709;STB=0.549313;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00486828;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:18:7:8:14:18:7 chr1 183486859 . G A 2504.5 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.561;QD=61.4601;RBI=0.0259134;REFB=0;REVB=-0.00649571;RO=0;SAF=71;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273949;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:161:163:1:90:71:0:0:90:73:0:0 chr1 183523071 . A G 2120.97 PASS AF=0.985612;AO=135;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0165261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.379;QD=61.0351;RBI=0.0257546;REFB=-0.0539171;REVB=-0.0197532;RO=2;SAF=58;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161071;STB=0.508473;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000623608;OID=.;OPOS=183523071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:2:2:135:137:0.985612:77:58:2:0:79:58:2:0 chr1 183616926 . T C 2132.52 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00605528;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.281;QD=61.3676;RBI=0.0320291;REFB=-0.0732675;REVB=0.0314515;RO=2;SAF=81;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258028;STB=0.501357;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000994344;OID=.;OPOS=183616926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:139:2:2:137:137:0.985612:56:81:1:1:56:81:1:1 chr1 183617105 . A G 998.08 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00135704;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.357;QD=53.9505;RBI=0.00150895;REFB=0.00268547;REVB=-0.000659832;RO=3;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053407;STB=0.537026;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000192767;OID=.;OPOS=183617105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:74:3:4:69:70:0.945946:25:44:0:3:25:45:0:4 chr1 183881213 . C T 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0218211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.299;QD=21.0139;RBI=0.0314163;REFB=0.0138513;REVB=0.0226014;RO=13;SAF=14;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498111;STB=0.528265;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00984965;OID=.;OPOS=183881213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:2:14:11:2:2:14:11:2 chr1 184020945 . G A 691.8 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=58;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=11;FWDB=0.0192224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.876;QD=21.1236;RBI=0.134011;REFB=-0.0359776;REVB=0.132626;RO=63;SAF=58;SAR=10;SRF=52;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461523;STB=0.525445;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0319996;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:10:58:52:11:10:58:52:11 chr1 184023529 . A C 977.27 PASS AF=0.453744;AO=103;DP=228;FAO=103;FDP=227;FR=.;FRO=124;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=-0.00880961;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.026;QD=17.2205;RBI=0.0150013;REFB=0.00400991;REVB=0.0121421;RO=122;SAF=65;SAR=38;SRF=70;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591469;STB=0.529119;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00474568;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:122:124:103:103:0.453744:38:65:70:52:38:65:72:52 chr1 184588710 . A C 152.53 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0234983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1821;QD=13.5584;RBI=0.0414815;REFB=-0.000943691;REVB=-0.034184;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838336;STB=0.548756;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.000668881;OID=.;OPOS=184588710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:17:11:8:9:17:11 chr1 184660205 . T A 837.48 PASS AF=0.885714;AO=62;DP=72;FAO=62;FDP=70;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0129425;FXX=0.0410903;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.626;QD=47.8562;RBI=0.0144542;REFB=-0.146428;REVB=0.0064355;RO=8;SAF=16;SAR=46;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038092;STB=0.520239;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0008157;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:72:70:8:8:62:62:0.885714:46:16:1:7:46:16:1:7 chr1 184660484 . GTTTTA GTTT,GTTTA 48.74 PASS AF=0.375,0;AO=5,3;DP=24;FAO=9,0;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0908469,-0.0416813;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=27.4343,14.6101;QD=8.12327;RBI=0.0925105,0.139809;REFB=-0.0706082,-0.0503921;REVB=0.0174649,0.133451;RO=13;SAF=5,3;SAR=0,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.671991,0.576447;STB=0.726652,0.5;STBP=0.179,1;TYPE=del,del;VARB=0.159993,0;OID=.,.;OPOS=184660488,184660485;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0:5,3:24:9,0:24:15:8,0:1,0:10:5:47:13:5,3:0,0:9:4 chr1 184662181 . C T 1210.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.36;QD=60.5487;RBI=0.0701549;REFB=0;REVB=0.0698764;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408229;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:80:0:0:74:80:1:33:41:0:0:38:42:0:0 chr1 184663537 . A C 1029.75 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019255;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.48;QD=59.6958;RBI=0.035856;REFB=0;REVB=0.0302472;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06294e-05;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr1 184663581 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.862;QD=52.6132;RBI=0.0434295;REFB=0;REVB=0.0391038;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535437;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 184675814 . G A 2274.25 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.914;QD=63.6155;RBI=0.0318563;REFB=0;REVB=-0.0318322;RO=0;SAF=78;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80781e-05;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:65:78:0:0:65:78:0:0 chr1 184677464 . G A 1682.35 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6286;QD=60.0839;RBI=0.0527772;REFB=0;REVB=-0.0505683;RO=0;SAF=69;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107358;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:42:69:0:0:43:69:0:0 chr1 184706211 . CGTT ACGT,CGT,CGTA 742.41 PASS AF=0,1,0;AO=2,48,4;DP=55;FAO=0,55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0;FSAR=0,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04229,-0.0263107,-0.0544373;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=20.8914,24.1138,6.25565;QD=53.9934;RBI=0.104479,0.0977124,0.135905;REFB=0,0,0;REVB=-0.0955373,-0.0941034,-0.124526;RO=0;SAF=1,18,2;SAR=1,30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.73384e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.00267137,0;OID=.,.,.;OPOS=184706211,184706213,184706214;OREF=CGT,T,T;OALT=ACG,-,A;OMAPALT=ACGT,CGT,CGTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:55:55:0:0:2,48,4:0,55,0:0,1,0:1,30,2:1,18,2:0:0:0,33,0:0,22,0:0:0 chr1 184764067 . C G 244.32 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0201598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.862;QD=13.0303;RBI=0.0205646;REFB=-0.00108037;REVB=-0.00405989;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235913;STB=0.601601;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0012819;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:46:29:29:0.386667:11:18:16:25:11:18:21:25 chr1 184765072 . A G 115.6 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.016786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.132;QD=30.8266;RBI=0.0366731;REFB=0.0239562;REVB=-0.0326059;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206702;STB=0.615195;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0034743;OID=.;OPOS=184765072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:3:0:7:5:3:0 chr1 184777177 . C A 668.95 PASS AF=0.570175;AO=50;DP=114;FAO=65;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0470101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.838;QD=23.4719;RBI=0.0526556;REFB=-0.0597989;REVB=0.0237205;RO=49;SAF=21;SAR=29;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171293;STB=0.53205;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0374166;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:49:50:65:0.570175:29:21:30:19:30:35:30:19 chr1 184787943 . C T 131.58 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0639204;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.242;QD=21.9297;RBI=0.0641579;REFB=-0.0255461;REVB=0.00551505;RO=10;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3915;STB=0.723341;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0306857;OID=.;OPOS=184787943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:10:10:14:14:0.583333:11:3:7:3:11:3:7:3 chr1 184853849 . G A 453.14 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0207971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5299;QD=20.1397;RBI=0.0278133;REFB=-0.00200984;REVB=-0.0184678;RO=43;SAF=12;SAR=32;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235251;STB=0.610303;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00174237;OID=.;OPOS=184853849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:43:45:44:45:0.5:32:12:22:21:32:13:22:23 chr1 184868431 . C T 422.7 PASS AF=0.701754;AO=36;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2612;QD=29.6631;RBI=0.173142;REFB=-0.238609;REVB=0.173142;RO=21;SAF=0;SAR=36;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0601651;OID=.;OPOS=184868431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:57:57:21:17:36:40:0.701754:36:0:0:21:40:0:0:17 chr1 185069561 . A G 302.87 PASS AF=0.563636;AO=29;DP=53;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0293547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.18;QD=22.027;RBI=0.0497663;REFB=-0.0549747;REVB=0.040187;RO=24;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129427;STB=0.559404;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0332176;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:24:24:29:31:0.563636:10:19:19:5:10:21:19:5 chr1 185069843 . T A 235.21 PASS AF=0.388889;AO=22;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00359797;FXX=0.0136968;HRUN=9;LEN=1;MLLD=273.469;QD=13.0672;RBI=0.012275;REFB=0.000918351;REVB=-0.0117358;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904992;STB=0.516117;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00119804;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:17:44:22:28:0.388889:8:14:11:6:12:16:24:20 chr1 185135745 . A G 152.12 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00458042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.547;QD=16.4449;RBI=0.00465482;REFB=-0.0316378;REVB=0.000828908;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513688;STB=0.538417;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0312889;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:16:17:0.459459:8:8:8:10:9:8:8:12 chr1 185137461 . A T 288.01 PASS AF=0.395349;AO=36;DP=89;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0225839;FXX=0.054939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.97;QD=13.3958;RBI=0.0344986;REFB=-0.00720467;REVB=0.0260792;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818675;STB=0.614457;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0138195;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:47:52:36:34:0.395349:14:22:25:22:12:22:24:28 chr1 185137463 . TT AA,TTAA 282.07 PASS AF=0.155556,0.233333;AO=13,13;DP=91;FAO=14,21;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=10,13;FSAR=4,8;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0191231,-0.0172251;FXX=0.0109878;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=56.4244,35.8698;QD=12.5366;RBI=0.0438414,0.0317777;REFB=-0.024172,-0.00745654;REVB=-0.0394509,-0.0267043;RO=55;SAF=10,8;SAR=3,5;SRF=25;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.396584,0.199188;STB=0.719852,0.631258;STBP=0.083,0.169;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0482185,0.00361537;OID=.,.;OPOS=185137463,185137465;OREF=TT,-;OALT=AA,AA;OMAPALT=AA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:91:90:55:55:13,13:14,21:0.155556,0.233333:3,5:10,8:25:30:4,8:10,13:24:31 chr1 185143721 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00188885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.975;QD=22.9819;RBI=0.00449995;REFB=0.0053987;REVB=-0.00408433;RO=22;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758798;STB=0.504234;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00649216;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:7:18:16:6:7:18:16:6 chr1 185171869 . A G 788.09 PASS AF=0.520833;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00867371;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.521;QD=21.8914;RBI=0.0246333;REFB=-0.0107045;REVB=0.0230557;RO=68;SAF=28;SAR=47;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616706;STB=0.538123;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0111446;OID=.;OPOS=185171869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:68:69:75:75:0.520833:47:28:30:38:47:28:31:38 chr1 185240474 . A G 679.72 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0157377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.366;QD=17.208;RBI=0.0204802;REFB=-0.0116428;REVB=0.0131058;RO=84;SAF=42;SAR=31;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073435;STB=0.544106;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.012236;OID=.;OPOS=185240474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:85:73:73:0.462025:31:42:42:42:31:42:42:43 chr1 185704106 . AAT A,AAA 272.39 PASS AF=0.536232,0;AO=9,16;DP=77;FAO=37,0;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=35,0;FSAR=2,0;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0351291,0.0137507;FXX=0.054787;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.7753,15.7937;QD=15.7905;RBI=0.0362783,0.0395505;REFB=-0.033766,0.0269352;REVB=-0.00905894,-0.0370831;RO=45;SAF=9,15;SAR=0,1;SRF=24;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.693522,0.619707;STB=0.860393,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.044205,0;OID=.,.;OPOS=185704107,185704108;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536232,0:9,16:77:37,0:69:32:35,0:2,0:16:16:99:45:9,15:0,1:24:21 chr1 185704110 . TTGGA GATGA,TGA,TTGA,TTGAT 161.45 PASS AF=0,0.347222,0.125,0;AO=4,9,9,6;DP=75;FAO=0,25,9,0;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=0,23,0,0;FSAR=0,2,9,0;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.109218,-0.00738936,0.129055,-0.0794555;FXX=0.0136968;HRUN=4,4,2,2;LEN=3,2,1,2;MLLD=145.051,16.2062,11.6808,51.5274;QD=8.96933;RBI=0.112962,0.0877043,0.181132,0.0798288;REFB=0.00403553,-0.108567,-0.198231,-0.0133251;REVB=-0.0288395,-0.0873925,-0.127096,-0.00771025;RO=41;SAF=4,7,0,6;SAR=0,2,9,0;SRF=35;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.448306,-0.154471,-0.830095,0.539782;STB=0.5,0.656989,0.999243,0.5;STBP=1,0.178,0,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0,0.179166,0.112384,0.024626;OID=.,.,.,.;OPOS=185704110,185704111,185704112,185704113;OREF=TTG,TG,G,GA;OALT=GAT,-,-,AT;OMAPALT=GATGA,TGA,TTGA,TTGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:75:72:41:38:4,9,9,6:0,25,9,0:0,0.347222,0.125,0:0,2,9,0:4,7,0,6:35:6:0,2,9,0:0,23,0,0:31:7 chr1 185984517 . T C 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.445;QD=61.3734;RBI=0.0709741;REFB=0;REVB=-0.00960331;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263982;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr1 186052064 . C A 40.9 PASS AF=0.0758123;AO=25;DP=276;FAO=21;FDP=277;FR=.;FRO=256;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=191;FSRR=65;FWDB=-0.0854509;FXX=0.0142344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2852;QD=0.59065;RBI=0.115995;REFB=-0.0105529;REVB=-0.0784417;RO=238;SAF=8;SAR=17;SRF=189;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548816;STB=0.805455;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.073463;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:276:277:238:256:25:21:0.0758123:17:8:189:49:13:8:191:65 chr1 186141181 . C G 1785.84 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00042777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3404;QD=61.0543;RBI=0.0130453;REFB=0;REVB=0.0130383;RO=0;SAF=74;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35633e-05;OID=.;OPOS=186141181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:115:117:1:41:74:0:0:41:76:0:0 chr1 186277088 . G C 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4735;QD=49.5791;RBI=0.0312155;REFB=0;REVB=-0.0259473;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102661;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr1 186277144 . C A 34.2 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0416017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.401;QD=4.02373;RBI=0.0418461;REFB=-0.00618736;REVB=-0.00451663;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910079;STB=0.564285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0222991;OID=.;OPOS=186277144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:5:1:6:22:5:1:6:22 chr1 186326757 . TA T 365.06 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11721;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6914;QD=32.4501;RBI=0.149233;REFB=0;REVB=0.0923711;RO=2;SAF=11;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778341;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00196744;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:45:45:45:0:16:29:0:0:6:2:11:27:2:0 chr1 186839879 . AAGAGTGC AAGAGTG,AAGTGC 971.94 PASS AF=0.00985222,0.497537;AO=31,69;DP=203;FAO=2,101;FDP=203;FR=.;FRO=100;FSAF=0,42;FSAR=2,59;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.145391,0.00493088;FXX=0.0193227;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=16.4609,238.313;QD=19.1515;RBI=0.331857,0.0227164;REFB=-0.17952,-0.0470558;REVB=-0.298313,-0.0221748;RO=63;SAF=13,21;SAR=18,48;SRF=30;SRR=33;SSEN=0.39666,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0663005,-0.163258;STB=0.994757,0.532485;STBP=0.194,0.348;TYPE=del,del;VARB=0.0478947,0.0444061;OID=.,.;OPOS=186839886,186839880;OREF=C,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AAGAGTG,AAGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00985222,0.497537:31,69:203:2,101:203:100:0,42:2,59:48:52:99:63:13,21:18,48:30:33 chr1 186946722 . T C 1865.35 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012045;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.846;QD=61.6645;RBI=0.0617199;REFB=0;REVB=0.0605332;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28125e-05;OID=.;OPOS=186946722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:121:121:1:57:64:0:0:57:64:0:0 chr1 186946912 . G A 1393.11 PASS AF=0.952381;AO=98;DP=103;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0120833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9324;QD=53.071;RBI=0.0573138;REFB=0.000980118;REVB=-0.0560256;RO=4;SAF=46;SAR=52;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208989;STB=0.516249;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000510772;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:103:105:4:5:98:100:0.952381:52:46:3:1:54:46:4:1 chr1 187610537 . AC AG,GG 1145.5 PASS AF=0.423077,0.576923;AO=32,45;DP=80;FAO=33,45;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=16,25;FSAR=17,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574515,-0.00409123;FXX=0.0249969;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=254.479,263.513;QD=58.7434;RBI=0.0247564,0.0192174;REFB=0,0;REVB=0.0240805,0.0187769;RO=0;SAF=15,25;SAR=17,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.09779e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00271666,-0.00101166;OID=.,.;OPOS=187610538,187610537;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:80:78:0:0:32,45:33,45:0.423077,0.576923:17,20:15,25:0:0:17,20:16,25:0:0 chr1 187610852 . A C,T 822.41 PASS AF=0.440678,0.559322;AO=25,33;DP=58;FAO=26,33;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=10,13;FSAR=16,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290027,0.00559568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.582,180.447;QD=55.7563;RBI=0.0302627,0.0116735;REFB=0,0;REVB=0.00864152,0.0102449;RO=0;SAF=10,13;SAR=15,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.82173e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00454414,-0.00365011;OID=.,.;OPOS=187610852,187610852;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:59:0:0:25,33:26,33:0.440678,0.559322:15,20:10,13:0:0:16,20:10,13:0:0 chr1 192781172 . C G 1997.66 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.39;QD=61.943;RBI=0.00482463;REFB=0;REVB=0.00407726;RO=0;SAF=74;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06961e-06;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:54:74:0:0:54:75:0:0 chr1 192844886 . G A 344.45 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00855508;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.338;QD=49.2067;RBI=0.0310704;REFB=-0.0397482;REVB=-0.0298694;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.531226;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00606183;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:28:1:2:26:26:0.928571:15:11:0:1:15:11:0:2 chr1 193054154 . G A 655.25 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00893685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.709;QD=19.4148;RBI=0.0178387;REFB=-0.0178341;REVB=-0.0154387;RO=67;SAF=32;SAR=34;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750364;STB=0.548373;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0163676;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:69:66:66:0.488889:34:32:38:29:34:32:40:29 chr1 193074651 . T A 609.56 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=53;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.011448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7958;QD=18.0611;RBI=0.0323864;REFB=-0.0139641;REVB=0.0302955;RO=72;SAF=53;SAR=10;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338017;STB=0.690484;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0176709;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:10:53:42:30:10:53:42:30 chr1 193701055 . G C 568.06 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0600077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.933;QD=20.2877;RBI=0.0610619;REFB=-0.0125342;REVB=-0.0112973;RO=53;SAF=19;SAR=39;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117462;STB=0.570454;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0118944;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:54:58:58:0.517857:39:19:24:29:39:19:25:29 chr1 193701480 . G A 405.08 PASS AF=0.340278;AO=49;DP=144;FAO=49;FDP=144;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0176171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.633;QD=11.2522;RBI=0.0189619;REFB=-0.00420285;REVB=0.00701374;RO=94;SAF=21;SAR=28;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943005;STB=0.550877;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0111495;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:94:95:49:49:0.340278:28:21:48:46:28:21:48:47 chr1 193701489 . C T 391.65 PASS AF=0.345324;AO=47;DP=134;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0811912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8252;QD=11.2704;RBI=0.0864636;REFB=-0.0327719;REVB=-0.0297312;RO=87;SAF=21;SAR=26;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539519;STB=0.538077;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0577755;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:87:91:47:48:0.345324:26:21:43:44:26:22:47:44 chr1 194457292 . T C 1476.03 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00392736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.71;QD=57.3216;RBI=0.0357992;REFB=0.0319784;REVB=0.0355831;RO=2;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172453;STB=0.509089;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000179256;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:54:47:0:2:54:47:0:2 chr1 196227526 . A G 2268.75 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000545173;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.275;QD=63.9085;RBI=0.00721664;REFB=0;REVB=-0.00719601;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98381e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:76:66:0:0:76:66:0:0 chr1 196642233 . G A 335.44 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0637065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0762;QD=16.9841;RBI=0.065377;REFB=0.00555213;REVB=0.0146842;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532798;STB=0.52991;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0155531;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:22:14:19:24:22:14:19:24 chr1 196654324 . A C 1773.27 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0338988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0037;QD=58.1399;RBI=0.0504736;REFB=-0.0167764;REVB=-0.037396;RO=3;SAF=50;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117844;STB=0.506207;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=5.87485e-05;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:3:3:119:119:0.97541:69:50:2:1:69:50:2:1 chr1 196659237 . C T 1597.6 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.409;QD=59.7233;RBI=0.0331703;REFB=0;REVB=0.0189267;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104376;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:48:57:0:0:49:58:0:0 chr1 196682947 . G A 498.88 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0179959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9972;QD=16.2239;RBI=0.033932;REFB=-0.0012911;REVB=-0.0287668;RO=62;SAF=19;SAR=36;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431934;STB=0.556446;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00142387;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:68:55:55:0.447154:36:19:24:38:36:19:30:38 chr1 196695742 . A G 956.15 PASS AF=0.508108;AO=93;DP=185;FAO=94;FDP=185;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.00683009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.937;QD=20.6735;RBI=0.0220295;REFB=-0.0236723;REVB=0.0209439;RO=90;SAF=41;SAR=52;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112609;STB=0.566473;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0211899;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:90:91:93:94:0.508108:52:41:51:39:53:41:52:39 chr1 196709774 . G T 923.23 PASS AF=0.575163;AO=88;DP=153;FAO=88;FDP=153;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0328596;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0317;QD=24.1368;RBI=0.0506357;REFB=-0.00665409;REVB=-0.0385256;RO=64;SAF=47;SAR=41;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506255;STB=0.53083;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00622627;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:64:65:88:88:0.575163:41:47:30:34:41:47:30:35 chr1 196712586 . C T 142.41 PASS AF=0.152632;AO=29;DP=191;FAO=29;FDP=190;FR=.;FRO=161;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=102;FSRR=59;FWDB=0.0050595;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8588;QD=2.99819;RBI=0.0313986;REFB=-0.00217274;REVB=-0.0309883;RO=159;SAF=20;SAR=9;SRF=100;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860777;STB=0.553258;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00871192;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:159:161:29:29:0.152632:9:20:100:59:9:20:102:59 chr1 196757392 . C A,T 1530.86 PASS AF=0.037037,0.944444;AO=4,101;DP=107;FAO=4,102;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=4,63;FSAR=0,39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0362545,0.0397494;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=167.282,237.387;QD=56.6984;RBI=0.0365285,0.0417487;REFB=0.00233277,-0.0354595;REVB=0.00446643,0.0127651;RO=2;SAF=4,63;SAR=0,38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.725637,0.00484941;STB=0.995773,0.502392;STBP=0.168,0.776;TYPE=snp,snp;VARB=0.0365745,0.000509076;OID=.,.;OPOS=196757392,196757392;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:107:108:2:2:4,101:4,102:0.037037,0.944444:0,38:4,63:1:1:0,39:4,63:1:1 chr1 196757874 . G A 145.13 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0263483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5586;QD=8.79581;RBI=0.0263686;REFB=0.0119683;REVB=-0.00103348;RO=43;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125915;STB=0.53568;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.025628;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:46:20:20:0.30303:13:7:11:32:13:7:14:32 chr1 196757881 . G T 154.36 PASS AF=0.308824;AO=20;DP=67;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0181602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.851;QD=9.08014;RBI=0.02189;REFB=0.00281405;REVB=-0.0122221;RO=47;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694031;STB=0.562634;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00670363;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:47:47:20:21:0.308824:13:7:14:33:13:8:14:33 chr1 196797238 . C T 61.49 PASS AF=0.113636;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=-0.0207692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2235;QD=1.8632;RBI=0.0328597;REFB=0.0016746;REVB=0.0254636;RO=115;SAF=7;SAR=8;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393574;STB=0.527458;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0150261;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:132:132:115:117:15:15:0.113636:8:7:50:65:8:7:51:66 chr1 196797244 . C G 50.45 PASS AF=0.102941;AO=12;DP=132;FAO=14;FDP=136;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=-0.0363052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.334;QD=1.48379;RBI=0.0440699;REFB=-0.00533507;REVB=-0.0249818;RO=120;SAF=4;SAR=8;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120858;STB=0.505346;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.065646;OID=.;OPOS=196797244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:132:136:120:122:12:14:0.102941:8:4:52:68:8:6:53:69 chr1 196801042 . G T 947.04 PASS AF=0.398524;AO=108;DP=271;FAO=108;FDP=271;FR=.;FRO=163;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=90;FSRR=73;FWDB=0.00662776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.774;QD=13.9785;RBI=0.0153287;REFB=-0.00106859;REVB=-0.0138218;RO=163;SAF=58;SAR=50;SRF=90;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163198;STB=0.509149;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00181831;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:163:163:108:108:0.398524:50:58:90:73:50:58:90:73 chr1 196801078 . A T 917.66 PASS AF=0.398496;AO=105;DP=264;FAO=106;FDP=266;FR=.;FRO=160;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=90;FSRR=70;FWDB=0.0118749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.491;QD=13.7993;RBI=0.0129507;REFB=0.0186476;REVB=0.00516786;RO=159;SAF=56;SAR=49;SRF=90;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353734;STB=0.520681;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0158857;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:159:160:105:106:0.398496:49:56:90:69:50:56:90:70 chr1 196874356 . G T 3393.96 PASS AF=0.982222;AO=220;DP=229;FAO=221;FDP=225;FR=.;FRO=4;FSAF=126;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.01311;FXX=0.0217382;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.277;QD=60.3371;RBI=0.0236164;REFB=-0.0725488;REVB=0.0196434;RO=4;SAF=126;SAR=94;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111943;STB=0.505796;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000117631;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:229:225:4:4:220:221:0.982222:94:126:1:3:95:126:1:3 chr1 196876458 . A G 2247.06 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00917509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.056;QD=62.4182;RBI=0.0251501;REFB=-0.0980437;REVB=0.0234168;RO=0;SAF=82;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21229e-08;STB=0.504064;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000137747;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:0:1:143:143:0.993056:61:82:0:0:61:82:0:1 chr1 196884258 . A T 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0117075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.703;QD=4.72375;RBI=0.0245561;REFB=0.00264477;REVB=-0.0215856;RO=44;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279532;STB=0.518482;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0252034;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:5:5:21:23:5:5:21:23 chr1 196920148 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.581;QD=58.9626;RBI=0.0120225;REFB=0;REVB=-0.0108743;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13244e-06;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:21:45:0:0:21:45:0:0 chr1 196977778 . C T 398.32 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.00712718;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.249;QD=14.2259;RBI=0.0115103;REFB=-0.0106159;REVB=-0.00903827;RO=66;SAF=26;SAR=20;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437222;STB=0.524632;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0139827;OID=.;OPOS=196977778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:66:66:46:46:0.410714:20:26:40:26:20:26:40:26 chr1 197009798 . A G 1609.31 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2316;QD=57.9932;RBI=0.0537746;REFB=0;REVB=0.0132105;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0046253;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:111:0:0:105:111:1:52:53:0:0:58:53:0:0 chr1 197030201 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.745;QD=59.4337;RBI=0.00750654;REFB=0;REVB=0.00565302;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04829e-06;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr1 197031011 . G A 596.94 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=146;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=26;FWDB=-0.0818108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4004;QD=16.3544;RBI=0.122682;REFB=-0.0135086;REVB=-0.0914208;RO=83;SAF=29;SAR=34;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228096;STB=0.626891;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0135818;OID=.;OPOS=197031011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:83:83:63:63:0.431507:34:29:57:26:34:29:57:26 chr1 197031021 . C T 2194.79 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134138;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.846;QD=63.1595;RBI=0.016756;REFB=0;REVB=-0.0100415;RO=0;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807311;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:60:78:0:0:60:79:0:0 chr1 197070776 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00096796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.961;QD=56.7066;RBI=0.0281686;REFB=0;REVB=-0.0281519;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190127;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr1 197070815 . T C 536.83 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257602;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.306;QD=55.059;RBI=0.0519767;REFB=-0.12534;REVB=0.0451441;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389783;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00148448;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:36:37:0.948718:13:23:2:0:14:23:2:0 chr1 197070901 . A G 1381.61 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226373;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0699;QD=62.8006;RBI=0.0252488;REFB=0;REVB=0.0111827;RO=0;SAF=60;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190439;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:26:60:0:0:26:62:0:0 chr1 197091537 . A T 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.182;QD=56.0059;RBI=0.0308949;REFB=-0.0303694;REVB=0.00634931;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00249846;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:26:34:0:1:26:34:0:1 chr1 197112533 . G A 1268.63 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.06;QD=60.411;RBI=0.0185047;REFB=-0.0116408;REVB=0.0110641;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108876;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00028844;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:43:40:0:1:43:40:0:1 chr1 197127491 . A C 1992.87 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443675;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.086;QD=62.2772;RBI=0.0445682;REFB=0;REVB=0.00422402;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183967;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:63:65:0:0:63:65:0:0 chr1 197128726 . G A 1451.75 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0389329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2087;QD=58.0702;RBI=0.0500216;REFB=-0.215098;REVB=0.0314068;RO=3;SAF=58;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342684;STB=0.510002;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00959634;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:100:100:3:5:95:95:0.95:37:58:2:1:37:58:4:1 chr1 197390368 . A G 2197.7 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.954;QD=63.2433;RBI=0.0208341;REFB=0;REVB=-0.0189373;RO=0;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21289e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:76:63:0:0:76:63:0:0 chr1 197742171 . C T 374.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3743;QD=55.4859;RBI=0.0369518;REFB=0;REVB=0.00962628;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499545;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 197872019 . G T 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00551992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.835;QD=19.6904;RBI=0.00734192;REFB=-0.0489506;REVB=0.0048409;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210156;STB=0.624908;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0492192;OID=.;OPOS=197872019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:14:12:17:7:14:12:18:7 chr1 198505830 . C T 247.33 PASS AF=0.352941;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00824157;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8205;QD=11.6392;RBI=0.0677172;REFB=-0.0164393;REVB=-0.0672138;RO=56;SAF=7;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263977;STB=0.624026;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0293402;OID=.;OPOS=198505830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:55:29:30:0.352941:22:7:25:31:22:8:24:31 chr1 199977636 . C A 1818.42 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.188;QD=60.614;RBI=0.0317258;REFB=0;REVB=0.0112511;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13379e-05;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:120:0:0:111:120:1:46:65:0:0:50:70:0:0 chr1 199977724 . G T 1409.47 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4468;QD=61.9548;RBI=0.041415;REFB=0;REVB=0.00316314;RO=0;SAF=61;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219815;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:91:0:0:88:91:1:27:61:0:0:29:62:0:0 chr1 200143281 . C G,T 1020.35 PASS AF=0.1,0.9;AO=8,62;DP=70;FAO=7,63;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=7,39;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126914,-0.00815629;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.536,193.633;QD=58.3055;RBI=0.081118,0.0112359;REFB=0,0;REVB=-0.0801191,-0.00772783;RO=0;SAF=8,38;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0432262,-0.00585088;OID=.,.;OPOS=200143281,200143281;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:70:70:0:0:8,62:7,63:0.1,0.9:0,24:8,38:0:0:0,24:7,39:0:0 chr1 200182799 . G A 569.07 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0118178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.505;QD=21.6788;RBI=0.0392001;REFB=-0.00252613;REVB=0.0373762;RO=48;SAF=33;SAR=24;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577624;STB=0.531661;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00233834;OID=.;OPOS=200182799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:24:33:31:17:24:33:31:17 chr1 200182834 . A G 1589.08 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.752;QD=59.9651;RBI=0.0591384;REFB=0;REVB=0.0188743;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023421;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:45:61:0:0:45:61:0:0 chr1 200183398 . C A 1236.55 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.18;QD=61.064;RBI=0.00899431;REFB=0;REVB=-0.0073973;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396182;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:52:28:0:0:52:29:0:0 chr1 200522566 . G C 704.68 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00415028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.747;QD=18.6669;RBI=0.0128427;REFB=-0.00870461;REVB=-0.0121536;RO=78;SAF=40;SAR=33;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396228;STB=0.521877;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00922421;OID=.;OPOS=200522566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:33:40:46:32:33:40:46:32 chr1 200534248 . C T 556.67 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.343;QD=60.1802;RBI=0.0398465;REFB=0;REVB=-0.0342207;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69643e-05;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr1 200558363 . T C 857.96 PASS AF=0.939394;AO=60;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00752079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.003;QD=51.9974;RBI=0.00912867;REFB=-0.105245;REVB=0.00517401;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185022;STB=0.503971;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00076083;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:1:4:60:62:0.939394:25:35:0:1:27:35:2:2 chr1 200618238 . T C 919.74 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.181;QD=58.3963;RBI=0.0493099;REFB=0;REVB=0.0354721;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39434e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:28:35:0:0 chr1 200635550 . T C 358.12 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.00571697;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.608;QD=21.7044;RBI=0.0641215;REFB=0.0101963;REVB=0.0638661;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181963;STB=0.604785;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.01247;OID=.;OPOS=200635550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:30:35:36:0.545455:14:21:24:6:15:21:24:6 chr1 200635560 . T C 384.89 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.000745013;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.424;QD=22.9786;RBI=0.00439338;REFB=-0.00450632;REVB=-0.00432976;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217472;STB=0.617167;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00277967;OID=.;OPOS=200635560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:29:37:38:0.567164:17:20:24:6:18:20:23:6 chr1 200776641 . C T 303.6 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0348356;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.924;QD=17.1043;RBI=0.0348963;REFB=-0.0194909;REVB=0.00205643;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182474;STB=0.501747;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0251478;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:19:14:15:22:19:14:16:22 chr1 200880978 . C T 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6221;QD=30.7853;RBI=0.0366622;REFB=0.14014;REVB=-0.0170818;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0108811;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr1 200940180 . G A 513.84 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00424091;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.079;QD=17.1278;RBI=0.0167676;REFB=-0.0173014;REVB=-0.0162225;RO=63;SAF=36;SAR=19;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101168;STB=0.558118;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0266594;OID=.;OPOS=200940180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:65:55:55:0.458333:19:36:35:28:19:36:36:29 chr1 200941716 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0279266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.477;QD=13.631;RBI=0.0286612;REFB=0.00472335;REVB=0.00644741;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398438;STB=0.743945;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0151894;OID=.;OPOS=200941716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:5:4:1:7:5:4 chr1 200956288 . A G 395.19 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00188276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.988;QD=15.9671;RBI=0.00914569;REFB=-0.0205133;REVB=-0.00894979;RO=57;SAF=23;SAR=19;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756444;STB=0.542589;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0243877;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:19:23:27:30:19:23:27:30 chr1 200957691 . G C 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00853254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.997;QD=18.8892;RBI=0.0417978;REFB=-0.0317634;REVB=0.0409176;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0111793;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:4:4:3:1:4:4:3:2 chr1 200959302 . G A 319.41 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00694147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.113;QD=21.2942;RBI=0.0083161;REFB=-0.0288191;REVB=-0.00457969;RO=27;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152856;STB=0.501516;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0259707;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:27:32:33:0.55:16:16:14:13:16:17:14:13 chr1 200969921 . G A 114.99 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0121723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.933;QD=19.1657;RBI=0.0522806;REFB=-0.0164185;REVB=-0.0508439;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474842;STB=0.545386;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0205338;OID=.;OPOS=200969921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:7:6:4:6:7:6:4:7 chr1 201009182 . A G 160.49 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00608365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4986;QD=10.5236;RBI=0.0332289;REFB=0.00855997;REVB=-0.0326673;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223114;STB=0.649851;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0205903;OID=.;OPOS=201009182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:39:40:20:21:0.344262:14:6:19:20:15:6:20:20 chr1 201060865 . G A 555.49 PASS AF=0.540816;AO=51;DP=96;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00276797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.363;QD=22.6729;RBI=0.00556322;REFB=-0.0238327;REVB=-0.00482574;RO=43;SAF=30;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453835;STB=0.533321;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0197071;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:43:45:51:53:0.540816:21:30:23:20:21:32:24:21 chr1 201112981 . A G 884.38 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177925;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7429;QD=57.9922;RBI=0.0294047;REFB=0;REVB=0.0234108;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40945e-05;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr1 201115822 . A G 601.75 PASS AF=0.545455;AO=59;DP=109;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0391123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.286;QD=21.8818;RBI=0.0702961;REFB=-0.0314191;REVB=-0.0584104;RO=49;SAF=37;SAR=22;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415136;STB=0.513136;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0252318;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:49:50:59:60:0.545455:22:37:33:16:22:38:33:17 chr1 201122947 . T G 1115.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3358;QD=60.3149;RBI=0.0358465;REFB=0;REVB=-0.00505647;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283283;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr1 201166383 . G A 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0713;QD=61.8502;RBI=0.0237669;REFB=0;REVB=-0.023669;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144347;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr1 201166435 . T C 820.05 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.626;QD=55.5966;RBI=0.0250481;REFB=-0.154211;REVB=-0.012224;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171508;STB=0.509088;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00107429;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:0:1:27:31:0:1 chr1 201175227 . C A 1559.44 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0602062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1188;QD=57.7572;RBI=0.0646048;REFB=-0.0928508;REVB=0.0234306;RO=2;SAF=74;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822841;STB=0.504336;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00123532;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:32:74:1:1:32:74:1:1 chr1 201175274 . A G 542.68 PASS AF=0.457364;AO=53;DP=123;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.000419249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.963;QD=16.8274;RBI=0.0317897;REFB=-0.0371544;REVB=0.0317869;RO=68;SAF=21;SAR=32;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248632;STB=0.626417;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0358393;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:129:68:70:53:59:0.457364:32:21:44:24:35:24:45:25 chr1 201175715 . G T 1012.7 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.468;QD=57.8687;RBI=0.0685346;REFB=-0.162978;REVB=0.067104;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00053325;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:0:1:42:27:0:1 chr1 201176016 . A AG 155.72 PASS AF=1;AO=5;DP=45;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103292;FXX=0.418507;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.0137;QD=24.9145;RBI=0.259326;REFB=0;REVB=-0.237867;RO=40;SAF=2;SAR=3;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00394885;OID=.;OPOS=201176017;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:45:25:25:0:13:12:0:0:4:40:2:3:31:9 chr1 201176018 . A G 658.6 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00975071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.462;QD=59.8723;RBI=0.0102756;REFB=-0.113403;REVB=-0.00324204;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00112228;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:44:43:0.977273:12:32:0:0:12:31:1:0 chr1 201176108 . G A 224.28 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0316456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.564;QD=17.5908;RBI=0.0316774;REFB=-0.025726;REVB=0.00141881;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985021;STB=0.577824;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0231287;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:27:24:24:0.470588:9:15:13:12:9:15:13:14 chr1 201176968 . A G 260.64 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0199813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.45;QD=17.9751;RBI=0.0219093;REFB=-0.013449;REVB=-0.00898689;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190094;STB=0.602768;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0140838;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:28:29:0.5:15:13:19:9:15:14:20:9 chr1 201177246 . T C 285.34 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0152798;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1775;QD=16.0753;RBI=0.0159552;REFB=-0.00563981;REVB=-0.00459309;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234642;STB=0.637312;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00250172;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:38:38:30:31:0.43662:14:16:29:9:15:16:29:9 chr1 201177278 . C T 388.29 PASS AF=0.45098;AO=43;DP=100;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0113324;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3396;QD=15.2269;RBI=0.0252393;REFB=-0.041022;REVB=0.0225522;RO=54;SAF=14;SAR=29;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319245;STB=0.687203;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0270148;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:54:56:43:46:0.45098:29:14:35:19:32:14:36:20 chr1 201177538 . G T 96.49 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0059944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.223;QD=12.0617;RBI=0.0183508;REFB=-0.0108265;REVB=0.0173442;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435346;STB=0.773306;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0126715;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:20:20:11:12:0.375:9:2:11:9:10:2:11:9 chr1 201178819 . G A 56.56 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0155083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.261;QD=14.1407;RBI=0.0168135;REFB=-0.0470387;REVB=0.00649509;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.635829;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0319329;OID=.;OPOS=201178819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:7:8:5:5:0.3125:3:2:5:2:3:2:5:3 chr1 201181217 . A G 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00949747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.189;QD=12.0838;RBI=0.0245711;REFB=-0.0318191;REVB=0.0226613;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036845;STB=0.521712;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0528984;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:8:8:14:16:8:8:14:16 chr1 201181223 . A G 695.81 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.259;QD=60.5054;RBI=0.0372522;REFB=-0.0536752;REVB=0.0294846;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00110981;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:0:1:23:22:0:1 chr1 201181920 . G T 95.52 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=0.0615416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.0571;QD=7.07522;RBI=0.112943;REFB=-0.00457641;REVB=0.0947032;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306127;STB=0.601431;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.138822;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:54:54:34:35:6:9:0.166667:2:4:29:5:2:7:30:5 chr1 201183363 . C T 286.47 PASS AF=0.311475;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00791219;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.421;QD=9.39252;RBI=0.00851771;REFB=-0.00778683;REVB=-0.00315413;RO=84;SAF=26;SAR=12;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212579;STB=0.624592;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0151013;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:84:84:38:38:0.311475:12:26:43:41:12:26:43:41 chr1 201183402 . T C 539.16 PASS AF=0.406452;AO=61;DP=156;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0101802;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.817;QD=13.9138;RBI=0.0292784;REFB=-0.00230365;REVB=-0.0274516;RO=90;SAF=38;SAR=23;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133211;STB=0.572304;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00435454;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:90:92:61:63:0.406452:23:38:45:45:24:39:46:46 chr1 201184195 . T G 227.84 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0105533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.361;QD=13.6022;RBI=0.0118372;REFB=-0.0215048;REVB=-0.00536171;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128181;STB=0.563914;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0217972;OID=.;OPOS=201184195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:27:27:0.402985:14:13:14:25:14:13:15:25 chr1 201184275 . C T 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00312569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.705;QD=19.172;RBI=0.00952152;REFB=0.0087143;REVB=0.00899386;RO=32;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496596;STB=0.527591;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00773564;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:21:12:10:22:21:12:10:22 chr1 201187764 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.904;QD=57.8849;RBI=0.00719254;REFB=0;REVB=0.00354782;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46859e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 201195119 . C T 2622.8 PASS AF=0.927461;AO=177;DP=193;FAO=179;FDP=193;FR=.;FRO=14;FSAF=84;FSAR=95;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0545573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.017;QD=54.3586;RBI=0.0669463;REFB=-0.0816474;REVB=0.0387982;RO=14;SAF=83;SAR=94;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341905;STB=0.517799;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00540462;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:193:193:14:14:177:179:0.927461:94:83:10:4:95:84:10:4 chr1 201197471 . T C 169.09 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0420545;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.754;QD=14.3908;RBI=0.042494;REFB=-0.00518755;REVB=0.00609525;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707777;STB=0.541018;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00927075;OID=.;OPOS=201197471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:11:18:10:8:11:18 chr1 201285759 . A G 2011.16 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.106;QD=61.4094;RBI=0.0179302;REFB=0.185244;REVB=0.011537;RO=0;SAF=68;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98983e-08;STB=0.503999;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=2.21094e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:130:130:0.992366:62:68:0:0:62:68:0:1 chr1 201299263 . A G 1568.41 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.89;QD=64.0168;RBI=0.0244646;REFB=0;REVB=-0.0230215;RO=0;SAF=75;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03192e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:22:75:0:0:23:75:0:0 chr1 201331554 . T G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2067;QD=62.6676;RBI=0.0534496;REFB=0;REVB=0.0113055;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414498;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 201334382 . G A 1219.49 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5834;QD=60.9747;RBI=0.0598995;REFB=0;REVB=-0.0498547;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77869e-05;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:30:47:0:0:30:50:0:0 chr1 201341175 . CAGAAG C 912.84 PASS AF=1;AO=57;DP=68;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455319;FXX=0.114269;HRUN=1;LEN=5;MLLD=224.937;QD=58.8932;RBI=0.121774;REFB=0;REVB=0.112942;RO=0;SAF=49;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000450768;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:68:62:62:0:51:11:0:0:5:0:49:8:0:0 chr1 201383643 . A C 450.84 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444211;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.208;QD=58.173;RBI=0.0769787;REFB=0;REVB=0.0628688;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13492e-05;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr1 201688732 . C T 1324.06 PASS AF=0.473684;AO=135;DP=285;FAO=135;FDP=285;FR=.;FRO=150;FSAF=85;FSAR=50;FSRF=85;FSRR=65;FWDB=-0.0159511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7907;QD=18.5833;RBI=0.0391867;REFB=-0.00179843;REVB=-0.0357933;RO=147;SAF=85;SAR=50;SRF=85;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513549;STB=0.534878;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00236711;OID=.;OPOS=201688732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:147:150:135:135:0.473684:50:85:85:62:50:85:85:65 chr1 201777568 . C G 301.59 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.00879019;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.846;QD=14.3615;RBI=0.0969184;REFB=-0.0109422;REVB=0.096519;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20016;STB=0.618982;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0244285;OID=.;OPOS=201777568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:50:34:34:0.404762:17:17:32:14:17:17:35:15 chr1 201791200 . G A 505.41 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0162188;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.858;QD=22.4625;RBI=0.0332463;REFB=0.0147597;REVB=-0.0290219;RO=42;SAF=29;SAR=19;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122391;STB=0.567137;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0128495;OID=.;OPOS=201791200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:42:42:48:48:0.533333:19:29:31:11:19:29:31:11 chr1 201860626 . A G 708.23 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.058;QD=62.9537;RBI=0.0914344;REFB=0;REVB=0.021525;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599296;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr1 201865763 . A G 739.89 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.2531;QD=61.6575;RBI=0.101387;REFB=0;REVB=0.049156;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177603;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr1 201938995 . C T 418.79 PASS AF=0.585714;AO=37;DP=66;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0255429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.99;QD=23.9307;RBI=0.0259254;REFB=-0.0325119;REVB=0.00443696;RO=29;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822854;STB=0.514279;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0262722;OID=.;OPOS=201938995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:29:29:37:41:0.585714:24:13:13:16:24:17:13:16 chr1 201952574 . T C 524.97 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00839372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.194;QD=24.1367;RBI=0.0174426;REFB=0.00312304;REVB=-0.0152901;RO=38;SAF=32;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190391;STB=0.604607;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00191179;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:17:32:16:22:17:32:16:22 chr1 201970562 . T C 1673.74 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0064155;FXX=0.0169477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.835;QD=57.7151;RBI=0.0112224;REFB=0.023578;REVB=-0.00920782;RO=3;SAF=61;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227762;STB=0.511998;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000256473;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:116:3:3:113:113:0.974138:52:61:3:0:52:61:3:0 chr1 201973565 . G A 1456.83 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282932;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.3;QD=63.3403;RBI=0.0296924;REFB=0;REVB=0.00900752;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71676e-05;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:36:56:0:0:36:56:0:0 chr1 201981862 . TG CC,CG 670.84 PASS AF=0.0222222,0.955556;AO=2,20;DP=47;FAO=1,43;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=0,14;FSAR=1,29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0504397,0.0582708;FXX=0.0425441;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.663,178.246;QD=59.6303;RBI=0.052344,0.0608108;REFB=-0.0985089,-0.0904075;REVB=0.0139904,0.0173915;RO=1;SAF=0,8;SAR=2,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0541413;STB=0.989913,0.517233;STBP=0.496,0.266;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0883555,0.00111749;OID=.,.;OPOS=201981862,201981862;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:45:1:1:2,20:1,43:0.0222222,0.955556:2,12:0,8:1:0:1,29:0,14:1:0 chr1 202092360 . G A 410.15 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00435405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4897;QD=51.2688;RBI=0.00963193;REFB=-0.0239232;REVB=0.00859165;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.508923;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00676303;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:1:2:30:30:0.9375:19:11:0:1:19:11:1:1 chr1 202092415 . A G 516.08 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.6;QD=58.981;RBI=0.0333473;REFB=0;REVB=0.0306867;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1569e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:19:13:0:0:20:15:0:0 chr1 202092580 . T C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.552;QD=56.9966;RBI=0.0746344;REFB=0;REVB=0.0293044;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118533;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 202129826 . T C 2050.26 PASS AF=0.992481;AO=130;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0498033;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.754;QD=61.662;RBI=0.0501144;REFB=-0.0675491;REVB=0.00557517;RO=0;SAF=79;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000156747;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:130:132:0.992481:51:79:0:0:52:80:0:1 chr1 202129895 . G A 829.98 PASS AF=0.397436;AO=91;DP=235;FAO=93;FDP=234;FR=.;FRO=141;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=85;FSRR=56;FWDB=0.0122135;FXX=0.0209196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.545;QD=14.1876;RBI=0.0137308;REFB=-0.0168224;REVB=0.00627407;RO=139;SAF=61;SAR=30;SRF=84;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777226;STB=0.542047;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0264219;OID=.;OPOS=202129895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:139:141:91:93:0.397436:30:61:84:55:31:62:85:56 chr1 202155543 . A C 2171.88 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.113;QD=62.5001;RBI=0.0604635;REFB=0;REVB=0.0339594;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217081;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:139:0:0:128:139:1:67:61:0:0:70:69:0:0 chr1 202156135 . C CCCTCGCTCCTCGCT 246.93 PASS AF=0.379747;AO=14;DP=123;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0512112;FXX=0.336106;HRUN=6;LEN=14;MLLD=316.838;QD=12.503;RBI=0.0514596;REFB=-0.0289091;REVB=0.00505068;RO=79;SAF=6;SAR=8;SRF=56;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348223;STB=0.760685;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0330326;OID=.;OPOS=202156136;OREF=-;OALT=CCTCGCTCCTCGCT;OMAPALT=CCCTCGCTCCTCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379747:14:123:30:79:49:6:24:29:20:99:79:6:8:56:23 chr1 202156628 . A C 801.02 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.43;QD=57.2161;RBI=0.00960679;REFB=0;REVB=2.58644e-05;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54919e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:38:18:0:0 chr1 202183308 . C T 510.07 PASS AF=0.564706;AO=46;DP=83;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0207359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.063;QD=24.0033;RBI=0.0386464;REFB=-0.0401762;REVB=0.0326123;RO=33;SAF=29;SAR=17;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10762;STB=0.563082;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0273194;OID=.;OPOS=202183308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:33:37:46:48:0.564706:17:29:25:8:18:30:28:9 chr1 202200799 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.118293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.649;QD=19.9278;RBI=0.118558;REFB=0.00525511;REVB=-0.00792497;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551717;STB=0.545383;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00602498;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:10:2:1:7:10:2:1:8 chr1 202200812 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.024414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.94;QD=14.1683;RBI=0.0277842;REFB=0.00219543;REVB=-0.0132636;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14509;STB=0.58676;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00426991;OID=.;OPOS=202200812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:2:10:9:1:2:10 chr1 202276494 . C T 400.05 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.052324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.184;QD=15.8437;RBI=0.0541971;REFB=-0.0128536;REVB=0.0141252;RO=54;SAF=32;SAR=12;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312641;STB=0.672958;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0269844;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:57:44:44:0.435644:12:32:23:31:12:32:25:32 chr1 202287206 . T C 521.08 PASS AF=0.471074;AO=49;DP=113;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0107624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.578;QD=17.2257;RBI=0.0218331;REFB=-0.0190338;REVB=-0.0189962;RO=55;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227406;STB=0.510913;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0195274;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:55:64:49:57:0.471074:22:27:29:26:27:30:35:29 chr1 202287537 . G A 151.73 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0353047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.28;QD=15.1728;RBI=0.128022;REFB=-0.0168541;REVB=0.123058;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215761;STB=0.603381;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0175493;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:16:17:0.425:7:9:8:15:8:9:8:15 chr1 202304868 . T C 596.26 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.000158616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.781;QD=23.3827;RBI=0.0417473;REFB=-0.00860715;REVB=0.041747;RO=44;SAF=32;SAR=26;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004995;STB=0.502731;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00539035;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:26:32:24:20:26:32:24:20 chr1 202531741 . C T 780.82 PASS AF=0.520833;AO=66;DP=136;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-8.47304e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.271;QD=21.6894;RBI=0.0251945;REFB=-0.0118904;REVB=0.0251944;RO=69;SAF=37;SAR=29;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362918;STB=0.513605;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0134989;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:144:69:69:66:75:0.520833:29:37:36:33:38:37:36:33 chr1 202565948 . G A 765.71 PASS AF=0.447514;AO=81;DP=181;FAO=81;FDP=181;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.046453;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6805;QD=16.9218;RBI=0.068109;REFB=0.0113389;REVB=0.0498092;RO=100;SAF=38;SAR=43;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079495;STB=0.544117;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0106382;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:100:100:81:81:0.447514:43:38:39:61:43:38:39:61 chr1 202705455 . G C 1549.69 PASS AF=0.963964;AO=105;DP=109;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.111803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0062;QD=55.8446;RBI=0.119006;REFB=-0.196764;REVB=0.0407739;RO=4;SAF=41;SAR=64;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798846;STB=0.504053;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00611864;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:109:111:4:4:105:107:0.963964:64:41:2:2:65:42:2:2 chr1 202715284 . G A 754.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.044;QD=56.9291;RBI=0.031349;REFB=0;REVB=-0.0270946;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7847e-05;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 202718202 . G A 1230.73 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002045;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0377;QD=61.5367;RBI=0.0502003;REFB=0;REVB=-0.0501587;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388221;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr1 202733238 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.808;QD=62.6695;RBI=0.0102858;REFB=0;REVB=-0.00114856;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09188e-05;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 202795262 . G A 77.21 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0179846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.841;QD=13.4272;RBI=0.0903734;REFB=-0.0363515;REVB=0.0885658;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036821;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0473606;OID=.;OPOS=202795262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:7:6:5:5:7:6 chr1 202935911 . T C 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.011362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.405;QD=16.6594;RBI=0.0115979;REFB=0.00633773;REVB=0.00232705;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10358;STB=0.558352;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00772644;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:16:16:17:11:16:16 chr1 203008174 . G C 832.56 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.86;QD=57.4176;RBI=0.0169644;REFB=0;REVB=0.00963095;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97008e-06;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:16:38:0:0:20:38:0:0 chr1 203008286 . C G 1083.0 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0797511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.593;QD=54.8356;RBI=0.0819454;REFB=-0.0736015;REVB=0.018836;RO=4;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524716;STB=0.52777;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00528461;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:79:4:4:75:75:0.949367:34:41:0:4:34:41:0:4 chr1 203028371 . G T 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00370666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.935;QD=13.3122;RBI=0.0209106;REFB=-0.0200603;REVB=-0.0205794;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129855;STB=0.574259;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0524969;OID=.;OPOS=203028371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:10:12:22:11:10:12:22:11 chr1 203040816 . G C 356.72 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.00667259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.413;QD=11.4149;RBI=0.006674;REFB=-0.0153087;REVB=-0.000137196;RO=81;SAF=23;SAR=21;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065387;STB=0.53746;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0289086;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:81:44:44:0.352:21:23:47:34:21:23:47:34 chr1 203053768 . T C 2333.67 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259547;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.661;QD=63.0721;RBI=0.04974;REFB=0;REVB=0.0496722;RO=0;SAF=108;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310126;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:145:148:1:37:108:0:0:40:108:0:0 chr1 203135840 . CTT CT,CTG 2108.34 PASS AF=0.967105,0.0263158;AO=136,10;DP=150;FAO=147,4;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=82,1;FSAR=65,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.037185,-0.0781945;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.632,5.495;QD=55.4826;RBI=0.0765608,0.0798633;REFB=-0.0327858,-0.0326353;REVB=0.0669241,-0.016241;RO=1;SAF=73,7;SAR=63,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00748617,0.126911;STB=0.503816,0.571096;STBP=0.309,0.672;TYPE=del,snp;VARB=-0.00164742,0.0360692;OID=.,.;OPOS=203135841,203135842;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.967105,0.0263158:136,10:150:147,4:152:1:82,1:65,3:0:1:4:1:73,7:63,3:0:1 chr1 203140671 . G A 2050.6 PASS AF=0.944828;AO=134;DP=145;FAO=137;FDP=145;FR=.;FRO=8;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00779067;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.772;QD=56.5683;RBI=0.0399821;REFB=-0.106929;REVB=0.0392158;RO=2;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143995;STB=0.521281;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000951588;OID=.;OPOS=203140671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:145:145:2:8:134:137:0.944828:65:69:0:2:67:70:1:7 chr1 203144833 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.035;QD=50.4133;RBI=0.0546763;REFB=0;REVB=0.0482319;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022328;OID=.;OPOS=203144833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 203148633 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.379;QD=61.6811;RBI=0.0168038;REFB=0;REVB=0.0130959;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86358e-05;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr1 203152801 . T C 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00328701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.399;QD=13.4977;RBI=0.00467654;REFB=-0.00132017;REVB=-0.0033265;RO=48;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293891;STB=0.501677;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00171815;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:18:13:20:28:18:13:20:28 chr1 203278371 . T C 359.37 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0125731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.1179;QD=16.1516;RBI=0.0265871;REFB=-0.00603945;REVB=-0.0234263;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525034;STB=0.532855;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00367296;OID=.;OPOS=203278371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:48:50:38:39:0.438202:17:21:24:24:18:21:24:26 chr1 203309880 . G A 1580.04 PASS AF=0.834532;AO=113;DP=139;FAO=116;FDP=139;FR=.;FRO=23;FSAF=77;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0226778;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.884;QD=45.4688;RBI=0.0297361;REFB=-0.0132547;REVB=-0.0192341;RO=0;SAF=75;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.36255e-08;STB=0.530682;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00172656;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:0:23:113:116:0.834532:38:75:0:0:39:77:19:4 chr1 203309966 . G C 1704.94 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1681;QD=60.3519;RBI=0.0879136;REFB=0;REVB=-0.0173679;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201005;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:0:0:110:113:1:55:55:0:0:55:58:0:0 chr1 203317161 . AC A,AT 330.38 PASS AF=0.2,0.8;AO=5,20;DP=25;FAO=5,20;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5,16;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869135,0.0117768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.462,206.555;QD=52.8601;RBI=0.0664194,0.0440543;REFB=0,0;REVB=0.0658483,0.042451;RO=0;SAF=5,16;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00893279,0.00247219;OID=.,.;OPOS=203317162,203317162;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:5,20:25:5,20:25:0:5,16:0,4:0:0:23:0:5,16:0,4:0:0 chr1 203458278 . C G 431.82 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0446941;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2065;QD=20.3207;RBI=0.0499292;REFB=-0.0372803;REVB=-0.0222566;RO=33;SAF=30;SAR=12;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17618;STB=0.5042;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0164799;OID=.;OPOS=203458278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:33:41:42:42:0.494118:12:30:29:4:12:30:29:12 chr1 203472112 . T C 278.18 PASS AF=0.535714;AO=26;DP=53;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0155373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.512;QD=19.8697;RBI=0.0174908;REFB=-0.00374652;REVB=-0.00803243;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13946;STB=0.582052;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00413994;OID=.;OPOS=203472112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:26:26:26:30:0.535714:10:16:12:14:11:19:12:14 chr1 203652444 . A G 770.53 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0187;QD=55.038;RBI=0.0241042;REFB=0.0296315;REVB=0.0166311;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00257857;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:0:1:33:22:0:1 chr1 203667409 . T C 1590.74 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00451046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.496;QD=58.9162;RBI=0.0284526;REFB=-0.124658;REVB=-0.0280928;RO=1;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109096;STB=0.505746;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-6.88729e-05;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:43:64:0:1:43:64:0:1 chr1 203680141 . G A 412.16 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0167838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.684;QD=21.4109;RBI=0.0335598;REFB=-0.00710222;REVB=0.0290614;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116187;STB=0.557494;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0061939;OID=.;OPOS=203680141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:36:40:41:0.532468:19:21:14:22:20:21:14:22 chr1 203712996 . T C 523.01 PASS AF=0.425373;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=0.0323041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7135;QD=15.6122;RBI=0.0431422;REFB=-0.0097536;REVB=0.0285954;RO=76;SAF=37;SAR=20;SRF=54;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705886;STB=0.533556;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0110905;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:77:57:57:0.425373:20:37:54:22:20:37:54:23 chr1 203713133 . G A 119.4 PASS AF=0.28125;AO=16;DP=63;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0165912;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.074;QD=7.4626;RBI=0.0220865;REFB=-0.021383;REVB=-0.014579;RO=43;SAF=10;SAR=6;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962007;STB=0.542123;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0324867;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:46:16:18:0.28125:6:10:30:13:6:12:33:13 chr1 203766964 . A G 213.51 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.000347313;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.776;QD=14.234;RBI=0.0119262;REFB=-0.00793087;REVB=0.0119212;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202444;STB=0.519984;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0163259;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:35:25:25:0.416667:13:12:17:17:13:12:18:17 chr1 203768328 . T C 329.06 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.000805963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.161;QD=13.4311;RBI=0.00892447;REFB=-0.00182199;REVB=0.00888801;RO=61;SAF=18;SAR=18;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900381;STB=0.513506;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00386529;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:61:61:36:37:0.377551:18:18:30:31:18:19:30:31 chr1 203769532 . G A 97.34 PASS AF=0.4;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0109836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.673;QD=12.9781;RBI=0.0263066;REFB=0.00417717;REVB=-0.0239039;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882068;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00737565;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:17:18:12:12:0.4:6:6:10:7:6:6:10:8 chr1 203787700 . T C 1217.96 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.165;QD=60.8982;RBI=0.028143;REFB=0;REVB=-0.0180153;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17822e-05;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:29:50:0:0:29:51:0:0 chr1 204110334 . A G 854.07 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0609847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5587;QD=56.0048;RBI=0.0733502;REFB=-0.013802;REVB=0.0407569;RO=1;SAF=23;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020075;STB=0.510635;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.001308;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:37:23:1:0:37:23:1:0 chr1 204230581 . G A 1824.91 PASS AF=0.925926;AO=124;DP=134;FAO=125;FDP=135;FR=.;FRO=10;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0231423;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.893;QD=54.0715;RBI=0.0279173;REFB=-0.0707986;REVB=0.0156144;RO=8;SAF=57;SAR=67;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00466133;STB=0.51011;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000851982;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:134:135:8:10:124:125:0.925926:67:57:4:4:67:58:6:4 chr1 204237416 . C T 1862.95 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315773;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.699;QD=61.5851;RBI=0.0404644;REFB=0;REVB=0.025303;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9766e-05;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:118:121:1:68:50:0:0:69:52:0:0 chr1 204242838 . A C 1509.38 PASS AF=1;AO=86;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.6;QD=59.7776;RBI=0.0475683;REFB=0;REVB=0.0396624;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185446;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:86:101:1:31:55:0:0:42:59:0:0 chr1 204379617 . T C 1499.02 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00662187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.882;QD=61.1845;RBI=0.00667882;REFB=0.0243586;REVB=0.000870332;RO=2;SAF=48;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193473;STB=0.510202;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000352639;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:48:48:2:0:48:48:2:0 chr1 204403659 . A G 1179.44 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5385;QD=60.4841;RBI=0.0135743;REFB=0;REVB=-0.00508298;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64428e-05;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:31:45:0:0:31:47:0:0 chr1 204425028 . G A 1044.76 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.364;QD=59.7008;RBI=0.0536432;REFB=0;REVB=0.0506187;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106959;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:39:29:0:0:39:31:0:0 chr1 204436065 . CG C,CA 979.66 PASS AF=0.0144928,0.985507;AO=10,57;DP=69;FAO=1,68;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108777,0.0766729;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.778,117.787;QD=56.7921;RBI=0.117269,0.0932231;REFB=-0.0389296,-0.0364599;REVB=0.0438129,0.0530265;RO=1;SAF=2,29;SAR=8,28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.176689,-0.0159856;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.119429,0.00111886;OID=.,.;OPOS=204436066,204436066;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0144928,0.985507:10,57:69:1,68:69:0:1,32:0,36:0:0:3:1:2,29:8,28:1:0 chr1 204438334 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.977;QD=52.6132;RBI=0.0261827;REFB=0;REVB=-0.0162818;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65152e-05;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 204438643 . G T 994.26 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.45;QD=57.638;RBI=0.0426838;REFB=-0.135014;REVB=0.0173646;RO=1;SAF=43;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108664;STB=0.505745;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000501771;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:25:43:1:0:25:43:1:0 chr1 204501383 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0456574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.845;QD=9.76019;RBI=0.0491834;REFB=-0.0127775;REVB=-0.0182868;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0226618;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:8:4:2:5:8:4 chr1 204531567 . C T 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00162757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.094;QD=16.4159;RBI=0.0355101;REFB=0.00413332;REVB=0.0354728;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180327;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00386771;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:10:6:8:6:10:6 chr1 204531623 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0219872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.658;QD=23.6752;RBI=0.0448762;REFB=-0.0209364;REVB=0.0391208;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143062;STB=0.579975;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00891438;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:8:13:7:9:8:13:7:9 chr1 204587047 . G A 315.6 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0522997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8052;QD=17.5331;RBI=0.0644633;REFB=0.0203395;REVB=0.0376862;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175154;STB=0.597404;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0211182;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:15:19:28:10:15:19:28:10 chr1 204587569 . G C 355.24 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.019768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.501;QD=16.3327;RBI=0.0198139;REFB=-0.024503;REVB=-0.00134912;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976105;STB=0.554857;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0273322;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:20:18:28:21:20:18:28:21 chr1 204588140 . G A 177.91 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00140657;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.212;QD=14.8258;RBI=0.00853427;REFB=-0.0162344;REVB=-0.00841756;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24752;STB=0.649205;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.034358;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:9:10:8:20:9:10:8:21 chr1 204589101 . G A 102.67 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0136293;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.838;QD=14.6664;RBI=0.0225251;REFB=-0.0402882;REVB=0.0179338;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243311;STB=0.650922;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0513091;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:16:9:12:0.428571:6:3:7:5:7:5:11:5 chr1 204589623 . G A 75.16 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0124078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.173;QD=10.3663;RBI=0.114121;REFB=0.0140197;REVB=0.113445;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350904;STB=0.713863;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00372943;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:15:19:9:10:0.344828:2:7:7:8:3:7:7:12 chr1 204590044 . G A 1504.54 PASS AF=0.990385;AO=98;DP=100;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000428333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.918;QD=57.8671;RBI=0.0310279;REFB=-0.0141687;REVB=0.031025;RO=1;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771294;STB=0.503875;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=8.93613e-05;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:104:1:1:98:103:0.990385:61:37:0:1:64:39:0:1 chr1 204590650 . C CT 455.06 PASS AF=0.503759;AO=65;DP=134;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=55;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0048259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8228;QD=13.6861;RBI=0.0882122;REFB=0.0213086;REVB=0.0880801;RO=69;SAF=54;SAR=11;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403678;STB=0.714609;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.0186671;OID=.;OPOS=204590651;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.503759:65:134:67:133:66:55:12:31:35:99:69:54:11:33:36 chr1 204590878 . G T 299.27 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0784055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5849;QD=15.153;RBI=0.117945;REFB=-0.0183837;REVB=0.088111;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155987;STB=0.594298;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0264244;OID=.;OPOS=204590878;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:45:33:34:0.43038:19:14:26:19:20:14:26:19 chr1 204591237 . A G 871.26 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916862;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.548;QD=58.0844;RBI=0.0262901;REFB=0;REVB=0.0246396;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42976e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr1 204966690 . G A 1012.24 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180273;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.016;QD=59.5433;RBI=0.0330353;REFB=0;REVB=0.027683;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41002e-05;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr1 204978533 . A G 359.79 PASS AF=0.552239;AO=35;DP=64;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.014817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.349;QD=21.4799;RBI=0.0155844;REFB=-0.012429;REVB=0.00482988;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774939;STB=0.560194;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00617562;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:29:30:35:37:0.552239:19:16:16:13:21:16:17:13 chr1 204991770 . C T 629.2 PASS AF=0.53913;AO=60;DP=113;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0318205;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0776;QD=21.8851;RBI=0.0384075;REFB=-0.00342563;REVB=-0.0215079;RO=53;SAF=35;SAR=25;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516081;STB=0.521592;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00292043;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:53:53:60:62:0.53913:25:35:34:19:25:37:34:19 chr1 205027737 . G A 3102.9 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.323;QD=63.3246;RBI=0.0544332;REFB=0;REVB=0.0293499;RO=0;SAF=99;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02022e-05;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:177:196:0:0:177:196:1:78:99:0:0:88:108:0:0 chr1 205031116 . C T 2917.53 PASS AF=0.979167;AO=188;DP=192;FAO=188;FDP=192;FR=.;FRO=4;FSAF=104;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0567421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2933;QD=60.7819;RBI=0.0639461;REFB=-0.0885554;REVB=-0.0294861;RO=4;SAF=104;SAR=84;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790076;STB=0.50415;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0112955;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:192:192:4:4:188:188:0.979167:84:104:3:1:84:104:3:1 chr1 205041158 . C T 3738.69 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430796;FXX=0.0124476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.601;QD=62.8351;RBI=0.0894772;REFB=0;REVB=0.0784239;RO=0;SAF=130;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032349;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:238:0:0:234:238:1:104:130:0:0:104:134:0:0 chr1 205052939 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.86083e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.602;QD=61.3348;RBI=0.0297088;REFB=0;REVB=-0.0297087;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41724e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr1 205053219 . C T 876.98 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0168652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.276;QD=54.8115;RBI=0.0206119;REFB=-0.0252874;REVB=0.0118496;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.516661;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000345937;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:33:29:1:0:33:29:2:0 chr1 205056844 . T A,TA,TTA 345.09 PASS AF=0,0,0.870968;AO=3,4,22;DP=34;FAO=0,0,27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0,13;FSAR=0,0,14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.030951,-0.0235342,-0.00918791;FXX=0.0605877;HRUN=5,1,5;LEN=1,1,2;MLLD=281.38,303.579,319.424;QD=44.5278;RBI=0.0326291,0.0259676,0.0142159;REFB=-0.00605036,-0.0109669,-0.0139618;REVB=0.010329,0.0109753,0.0108478;RO=5;SAF=3,3,9;SAR=0,1,13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.743083,0.460738,0.0746254;STB=0.5,0.5,0.562455;STBP=1,1,0.086;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0,0.000304611;OID=.,.,.;OPOS=205056844,205056845,205056845;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:20:34:31:5:4:3,4,22:0,0,27:0,0,0.870968:0,1,13:3,3,9:1:4:0,0,14:0,0,13:0:4 chr1 205113595 . AG CA 451.06 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172745;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=2;MLLD=49.0496;QD=36.8216;RBI=0.261214;REFB=0;REVB=0.195938;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00707487;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:49:0:0:47:49:1:19:28:0:0:19:30:0:0 chr1 205130413 . A G 1150.28 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.353;QD=59.755;RBI=0.0192508;REFB=0;REVB=-0.0129797;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68735e-05;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:34:43:0:0 chr1 205131287 . C T 261.17 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0175184;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.163;QD=24.2944;RBI=0.0325352;REFB=-0.0133155;REVB=0.0274161;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746444;STB=0.553147;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00986785;OID=.;OPOS=205131287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:19:24:24:0.55814:13:11:11:9:13:11:11:8 chr1 205272926 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00200058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.115;QD=11.9197;RBI=0.0267101;REFB=-0.0157029;REVB=-0.0266351;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228386;STB=0.633826;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0141165;OID=.;OPOS=205272926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:8:1:2:5:8:1 chr1 205272983 . C G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.00181602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.367;QD=18.1184;RBI=0.00894519;REFB=-0.0247383;REVB=0.00875891;RO=20;SAF=16;SAR=2;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266649;STB=0.515135;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0235667;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:2:16:18:2:2:16:18:2 chr1 205275421 . A G 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.905;QD=56.9515;RBI=0.0159699;REFB=0;REVB=0.013838;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95077e-05;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 205385411 . A G 363.11 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00585372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.551;QD=15.6174;RBI=0.00693178;REFB=-0.00601832;REVB=0.00371261;RO=53;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895564;STB=0.509995;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0083954;OID=.;OPOS=205385411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:21:18:24:29:21:18:24:30 chr1 205492622 . G A 365.95 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0279532;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.85;QD=18.5293;RBI=0.0306491;REFB=-0.00710492;REVB=0.0125694;RO=41;SAF=29;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391154;STB=0.719227;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00593375;OID=.;OPOS=205492622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:41:41:38:38:0.481013:9:29:15:26:9:29:15:26 chr1 205492756 . A G 196.2 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0212989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5724;QD=18.2513;RBI=0.0360926;REFB=0.00109464;REVB=-0.0291382;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148439;STB=0.584212;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00211972;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:9:14:9:11:9:14 chr1 205501843 . A G 390.2 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0285138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0114;QD=19.0341;RBI=0.0454228;REFB=-0.000780734;REVB=-0.0353582;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191674;STB=0.610578;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000254878;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:21:19:11:30:21:19:11:31 chr1 205564196 . T A 229.83 PASS AF=0.724138;AO=20;DP=28;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0179927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.47;QD=31.7001;RBI=0.0208875;REFB=-0.0193624;REVB=0.010609;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829397;STB=0.534214;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00666266;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:8:8:20:21:0.724138:7:13:4:4:8:13:4:4 chr1 205570406 . T A 563.53 PASS AF=0.491667;AO=58;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00617696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4139;QD=18.7842;RBI=0.0227036;REFB=-0.00544481;REVB=-0.0218471;RO=59;SAF=30;SAR=28;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747453;STB=0.500141;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0112767;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:61:58:59:0.491667:28:30:31:28:29:30:31:30 chr1 205738166 . T C 653.47 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0731495;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.638;QD=59.4068;RBI=0.0769163;REFB=-0.0326713;REVB=0.0237753;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000995927;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:20:22:1:0:20:23:1:0 chr1 205764518 . T C 76.93 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00501586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6294;QD=5.69822;RBI=0.270727;REFB=-0.027271;REVB=-0.27068;RO=27;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381369;STB=0.842816;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0607025;OID=.;OPOS=205764518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:54:54:27:42:12:12:0.222222:2:10:15:12:2:10:16:26 chr1 205779231 . G A 242.39 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0299881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.561;QD=14.9162;RBI=0.0303705;REFB=-0.0201389;REVB=-0.00480407;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519342;STB=0.529391;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0330323;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:23:14:12:16:23:14 chr1 205811828 . A T 780.13 PASS AF=0.510204;AO=75;DP=147;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0175301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6731;QD=21.228;RBI=0.0175897;REFB=0.0148679;REVB=0.00144736;RO=72;SAF=40;SAR=35;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019911;STB=0.510946;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0110802;OID=.;OPOS=205811828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:72:72:75:75:0.510204:35:40:40:32:35:40:40:32 chr1 205814497 . T C 413.95 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00346834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.335;QD=19.0321;RBI=0.0236482;REFB=-0.00290096;REVB=-0.0233925;RO=45;SAF=14;SAR=28;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271238;STB=0.65109;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00431082;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:28:14:28:17:28:14:28:17 chr1 205817018 . T C 148.07 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0270063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.124;QD=17.9477;RBI=0.0352747;REFB=-0.0183012;REVB=0.0226928;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10988;STB=0.545398;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0187455;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:8:8:6:10:8:8:7:10 chr1 205819039 . C T 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00461287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.471;QD=13.4978;RBI=0.0285202;REFB=-0.0129064;REVB=0.0281447;RO=48;SAF=25;SAR=6;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148162;STB=0.58542;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0179423;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:6:25:34:14:6:25:34:14 chr1 205819104 . G A 518.34 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.000204506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.35;QD=21.1567;RBI=0.00642256;REFB=-0.00350393;REVB=0.0064193;RO=47;SAF=38;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258391;STB=0.637524;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.003585;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:49:50:0.510204:11:38:25:22:12:38:25:23 chr1 205892303 . T C 202.21 PASS AF=0.371429;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0359013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1085;QD=11.5547;RBI=0.0784894;REFB=-0.0298849;REVB=0.0697975;RO=44;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00230378;STB=0.519641;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0386833;OID=.;OPOS=205892303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:44:25:26:0.371429:17:8:14:30:17:9:14:30 chr1 206320241 . C T 394.17 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0258192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.501;QD=17.138;RBI=0.0259245;REFB=-0.0107984;REVB=0.00233509;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359569;STB=0.514886;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0129819;OID=.;OPOS=206320241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:50:51:41:41:0.445652:22:19:25:25:22:19:25:26 chr1 206327510 . T C 771.84 PASS AF=0.487805;AO=80;DP=163;FAO=80;FDP=164;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00682009;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.6469;QD=18.8253;RBI=0.0246697;REFB=0.0132582;REVB=-0.0237082;RO=81;SAF=37;SAR=43;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399759;STB=0.525345;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0131435;OID=.;OPOS=206327510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:81:84:80:80:0.487805:43:37:41:40:43:37:43:41 chr1 206328803 . T C 272.93 PASS AF=0.39759;AO=27;DP=76;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00415371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.1747;QD=13.1532;RBI=0.00908305;REFB=-0.0171164;REVB=0.00807765;RO=49;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145361;STB=0.54563;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0317943;OID=.;OPOS=206328803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:49:50:27:33:0.39759:13:14:19:30:18:15:19:31 chr1 206516261 . C T 584.72 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=53;FWDB=0.0228045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4056;QD=17.8541;RBI=0.0672748;REFB=-0.0193577;REVB=0.0632919;RO=69;SAF=28;SAR=33;SRF=17;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21006;STB=0.61851;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0202395;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:70:61:61:0.465649:33:28:17:52:33:28:17:53 chr1 206566195 . C T 47.74 PASS AF=0.0970149;AO=13;DP=133;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=87;FWDB=0.00617848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8819;QD=1.42502;RBI=0.00729285;REFB=-0.00532289;REVB=-0.00387455;RO=120;SAF=7;SAR=6;SRF=34;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311143;STB=0.725466;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0333007;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:133:134:120:121:13:13:0.0970149:6:7:34:86:6:7:34:87 chr1 206566904 . T C 785.82 PASS AF=0.493902;AO=78;DP=161;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0217238;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.162;QD=19.1664;RBI=0.022589;REFB=-0.0118962;REVB=0.00619164;RO=82;SAF=29;SAR=49;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200109;STB=0.593197;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.017;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:82:83:78:81:0.493902:49:29:48:34:49:32:48:35 chr1 206603535 . G A 885.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.547;QD=58.0455;RBI=0.0301651;REFB=0;REVB=0.0219583;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39528e-06;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr1 206635570 . C T 1878.44 PASS AF=0.954545;AO=126;DP=132;FAO=126;FDP=132;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0135726;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.629;QD=56.9223;RBI=0.0136423;REFB=-0.21782;REVB=-0.0013777;RO=1;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081221;STB=0.513459;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000953096;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:132:132:1:6:126:126:0.954545:58:68:0:1:58:68:5:1 chr1 206647742 . A G 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6338;QD=59.8488;RBI=0.0942025;REFB=0;REVB=-0.0941971;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00083963;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr1 206647787 . T C 384.17 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00740669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.511;QD=17.6629;RBI=0.0299358;REFB=-0.00683173;REVB=0.029005;RO=47;SAF=14;SAR=26;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160816;STB=0.590157;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00982351;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:26:14:24:23:26:14:24:23 chr1 206651107 . G A 638.23 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00931602;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.541;QD=18.6344;RBI=0.0121183;REFB=-0.0163142;REVB=0.00775019;RO=70;SAF=39;SAR=26;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501519;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0186763;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:70:72:65:65:0.474453:26:39:42:28:26:39:43:29 chr1 206665052 . C T 243.39 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0100554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0946;QD=18.7223;RBI=0.0195666;REFB=0.00518805;REVB=-0.0167851;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280526;STB=0.632556;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00866278;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:26:26:26:0.5:12:14:5:19:12:14:7:19 chr1 206665837 . G A 596.61 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00747648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.41;QD=25.3878;RBI=0.00837781;REFB=0.0122799;REVB=0.00378021;RO=40;SAF=23;SAR=31;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077763;STB=0.542546;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00634819;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:31:23:21:19:31:23:21:19 chr1 206665896 . C G 230.66 PASS AF=0.315217;AO=28;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00926407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.414;QD=10.0286;RBI=0.0102156;REFB=-0.0108435;REVB=0.00430536;RO=64;SAF=12;SAR=16;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048003;STB=0.543349;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0209336;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:63:28:29:0.315217:16:12:30:34:17:12:30:33 chr1 206758077 . T A 47.62 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0333341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4813;QD=11.9043;RBI=0.0395035;REFB=-0.00868947;REVB=-0.0211981;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0141751;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr1 206773659 . A G 1551.52 PASS AF=1;AO=83;DP=95;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.031;QD=59.1056;RBI=0.10782;REFB=0;REVB=0.104275;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256321;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:95:105:0:0:83:105:1:38:45:0:0:45:60:0:0 chr1 207015957 . T C 650.94 PASS AF=0.478261;AO=64;DP=136;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0493075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0632;QD=18.8678;RBI=0.0505895;REFB=0.00390496;REVB=0.0113164;RO=71;SAF=31;SAR=33;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215111;STB=0.507244;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00312701;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:71:72:64:66:0.478261:33:31:36:35:33:33:37:35 chr1 207109116 . C T 55.0 PASS AF=0.777778;AO=5;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.141116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2421;QD=24.4459;RBI=0.197688;REFB=-0.0599527;REVB=0.138444;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.624651;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0417272;OID=.;OPOS=207109116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:5:7:0.777778:1:4:0:2:3:4:0:2 chr1 207110936 . T C 309.31 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0231576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.882;QD=16.0681;RBI=0.0288603;REFB=-0.00728471;REVB=-0.0172233;RO=43;SAF=9;SAR=25;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370258;STB=0.709093;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00961041;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:25:9:27:16:25:9:27:16 chr1 207132345 . A G 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.000235854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.174;QD=16.4791;RBI=0.0518353;REFB=0.00127242;REVB=-0.0518347;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443661;STB=0.749773;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000480043;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:4:21:7:12:4:21 chr1 207140440 . C T 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.000340899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.031;QD=22.7104;RBI=0.0146379;REFB=-0.0164662;REVB=-0.0146339;RO=39;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161795;STB=0.588748;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0117682;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:41:48:48:0.539326:28:20:24:15:28:20:25:16 chr1 207143422 . A G 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00148024;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.663;QD=18.4951;RBI=0.0363767;REFB=-0.0184876;REVB=-0.0363466;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246227;STB=0.627783;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0070665;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:27:27:27:0.5:16:11:18:8:16:11:18:9 chr1 207195779 . A G 723.84 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0630245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5176;QD=54.6294;RBI=0.118667;REFB=-0.0287306;REVB=0.100547;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229661;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00121391;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:20:32:0:1:20:32:0:1 chr1 207263829 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.95;QD=63.3367;RBI=0.0204734;REFB=0;REVB=0.00324453;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0375e-05;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr1 207268779 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.206;QD=40.7627;RBI=0.105077;REFB=0;REVB=-0.0168542;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150867;OID=.;OPOS=207268779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 207297680 . T C 96.09 PASS AF=0.25;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0121759;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.133;QD=6.86368;RBI=0.0151503;REFB=-0.00364499;REVB=-0.00901559;RO=42;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119716;STB=0.574359;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0133273;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:57:56:42:42:14:14:0.25:9:5:19:23:9:5:19:23 chr1 207646322 . G A 217.55 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0237612;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2559;QD=13.3876;RBI=0.0469034;REFB=0.0026715;REVB=0.0404393;RO=39;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256457;STB=0.646735;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00272204;OID=.;OPOS=207646322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:26:26:0.4:9:17:16:23:9:17:16:23 chr1 207646462 . G A 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0253546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.815;QD=15.4438;RBI=0.0253772;REFB=-0.00315618;REVB=0.0010707;RO=50;SAF=27;SAR=10;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329685;STB=0.682334;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00503292;OID=.;OPOS=207646462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:37:37:0.420455:10:27:21:29:10:27:22:29 chr1 207646898 . T C 343.93 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0272016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.067;QD=16.3775;RBI=0.0295297;REFB=-0.0113462;REVB=-0.0114925;RO=47;SAF=25;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087311;STB=0.549229;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0146183;OID=.;OPOS=207646898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:12:25:28:19:12:25:28:19 chr1 207646923 . G A 536.4 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00420791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.892;QD=18.9877;RBI=0.0121035;REFB=-0.0101822;REVB=0.0113485;RO=56;SAF=41;SAR=15;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151123;STB=0.590221;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0100603;OID=.;OPOS=207646923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:57:56:56:0.495575:15:41:33:23:15:41:33:24 chr1 207653395 . C A 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.813;QD=58.9609;RBI=0.0129243;REFB=0;REVB=0.00814305;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99955e-06;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr1 207679307 . A G 1758.64 PASS AF=0.502924;AO=172;DP=344;FAO=172;FDP=342;FR=.;FRO=170;FSAF=107;FSAR=65;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=0.00440495;FXX=0.00581378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.532;QD=20.5689;RBI=0.0118739;REFB=-0.0149534;REVB=0.0110266;RO=168;SAF=107;SAR=65;SRF=89;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864821;STB=0.544871;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0124481;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:342:168:170:172:172:0.502924:65:107:89:79:65:107:91:79 chr1 207753621 . A G 332.12 PASS AF=0.381443;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0011517;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.752;QD=13.6958;RBI=0.0540952;REFB=-0.0067137;REVB=0.054083;RO=60;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797096;STB=0.553663;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0128722;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:36:37:0.381443:19:17:24:36:19:18:24:36 chr1 207782916 . A T 1507.69 PASS AF=1;AO=82;DP=87;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8281;QD=62.1729;RBI=0.0652488;REFB=0;REVB=0.0651042;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191543;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:97:0:0:82:97:1:41:41:0:0:51:46:0:0 chr1 207782931 . A G 291.2 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.000464187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2605;QD=12.1333;RBI=0.0215044;REFB=-0.0158861;REVB=0.0214994;RO=62;SAF=12;SAR=22;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204389;STB=0.617907;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0259668;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:22:12:33:29:22:12:33:29 chr1 207790088 . C G 1084.06 PASS AF=0.52551;AO=103;DP=196;FAO=103;FDP=196;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=19;FSRR=74;FWDB=0.00680845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.197;QD=22.1236;RBI=0.00997132;REFB=-0.00308296;REVB=-0.00728507;RO=91;SAF=46;SAR=57;SRF=17;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233306;STB=0.619237;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00393617;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:91:93:103:103:0.52551:57:46:17:74:57:46:19:74 chr1 207795320 . A G 784.76 PASS AF=0.421053;AO=87;DP=208;FAO=88;FDP=209;FR=.;FRO=121;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=0.0068802;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1641;QD=15.0193;RBI=0.00702899;REFB=-0.00983786;REVB=0.00143861;RO=119;SAF=42;SAR=45;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475197;STB=0.522816;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0144292;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:119:121:87:88:0.421053:45:42:52:67:46:42:53:68 chr1 207851554 . C T 285.18 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0115245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6825;QD=15.4149;RBI=0.0884461;REFB=0.00189281;REVB=-0.0876921;RO=42;SAF=23;SAR=9;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552495;STB=0.531097;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00244764;OID=.;OPOS=207851554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:9:23:32:10:9:23:32:10 chr1 207851611 . A G 1063.61 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.434;QD=59.922;RBI=0.0483413;REFB=0;REVB=0.0218371;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100616;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:21:48:0:0:21:50:0:0 chr1 207857254 . A G 626.38 PASS AF=0.421687;AO=67;DP=168;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=0.0593153;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2255;QD=15.0935;RBI=0.0594268;REFB=-0.0220169;REVB=0.00363907;RO=96;SAF=30;SAR=37;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130805;STB=0.574884;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0302449;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:96:96:67:70:0.421687:37:30:55:41:39:31:55:41 chr1 207875116 . GAGA G 76.08 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0034414;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=3;MLLD=342.393;QD=10.8683;RBI=0.0143458;REFB=-0.00598735;REVB=0.0139269;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101015;STB=0.571289;STBP=0.559;TYPE=del;VARB=0.0122461;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:28:10:28:18:5:5:11:7:76:15:5:5:9:6 chr1 207881557 . A G 751.79 PASS AF=0.444444;AO=80;DP=180;FAO=80;FDP=180;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.00786438;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.792;QD=16.7064;RBI=0.00907834;REFB=-0.0123389;REVB=-0.00453516;RO=100;SAF=44;SAR=36;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060112;STB=0.533436;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0132876;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:100:100:80:80:0.444444:36:44:49:51:36:44:49:51 chr1 207884105 . C A 620.3 PASS AF=0.503937;AO=62;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0221566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.554;QD=19.537;RBI=0.022955;REFB=-0.023472;REVB=-0.00600127;RO=63;SAF=27;SAR=35;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123921;STB=0.558538;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0247638;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:62:64:0.503937:35:27:36:27:35:29:36:27 chr1 207884107 . G A 641.06 PASS AF=0.515873;AO=64;DP=125;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00553383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.439;QD=20.3511;RBI=0.00853414;REFB=-0.00298468;REVB=0.00649679;RO=61;SAF=29;SAR=35;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106687;STB=0.561658;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00254495;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:61:61:64:65:0.515873:35:29:35:26:36:29:35:26 chr1 207885881 . C T 523.48 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00197436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.362;QD=18.6955;RBI=0.0133692;REFB=0.00318257;REVB=-0.0132226;RO=55;SAF=31;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033262;STB=0.519205;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00325274;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:57:55:55:0.491071:24:31:29:26:24:31:30:27 chr1 207886150 . C T 721.94 PASS AF=0.411458;AO=79;DP=192;FAO=79;FDP=192;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.00288198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.097;QD=15.0405;RBI=0.00577742;REFB=-0.0120862;REVB=-0.00500727;RO=113;SAF=36;SAR=43;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517719;STB=0.52898;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.016625;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:113:113:79:79:0.411458:43:36:46:67:43:36:46:67 chr1 207888739 . G T 652.44 PASS AF=0.371429;AO=77;DP=210;FAO=78;FDP=210;FR=.;FRO=132;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=0.00572947;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.065;QD=12.4275;RBI=0.00813467;REFB=-0.013129;REVB=-0.00577459;RO=132;SAF=42;SAR=35;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927188;STB=0.547903;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0213777;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:132:132:77:78:0.371429:35:42:61:71:36:42:61:71 chr1 207890866 . T C 535.81 PASS AF=0.390533;AO=58;DP=161;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0430867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9781;QD=12.6818;RBI=0.0447562;REFB=-0.0110654;REVB=0.0121102;RO=102;SAF=35;SAR=23;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847032;STB=0.525848;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.025583;OID=.;OPOS=207890866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:169:102:103:58:66:0.390533:23:35:54:48:28:38:55:48 chr1 207941190 . AG A,AT 1063.02 PASS AF=0.22973,0.77027;AO=32,41;DP=74;FAO=17,57;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=15,22;FSAR=2,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147505,0.0166759;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.106,146.447;QD=57.4608;RBI=0.0180801,0.0186225;REFB=0,0;REVB=0.0104553,0.00828926;RO=0;SAF=25,11;SAR=7,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00657306,0.0160167;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.22973,0.77027:32,41:74:17,57:74:0:15,22:2,35:0:0:30:0:25,11:7,30:0:0 chr1 208063067 . G A 161.31 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0175115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8298;QD=18.978;RBI=0.101629;REFB=-0.0255555;REVB=-0.100109;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284482;STB=0.529582;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0317084;OID=.;OPOS=208063067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:8:9:9:7:8:9:10:7 chr1 208199997 . CT C,TC 64.45 PASS AF=0.619048,0.380952;AO=14,4;DP=88;FAO=13,8;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12,8;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.245969,0.113243;FXX=0.46142;HRUN=17,1;LEN=1,2;MLLD=1.50343,18.7361;QD=12.2758;RBI=0.328417,0.137314;REFB=-0.165461,-0.197165;REVB=0.217617,0.0776603;RO=67;SAF=8,3;SAR=6,1;SRF=44;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112488,0.101153;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0715976,0.0118994;OID=.,.;OPOS=208199998,208199997;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:88:21:67:0:14,4:13,8:0.619048,0.380952:6,1:8,3:44:23:1,0:12,8:0:0 chr1 208390086 . G C 522.43 PASS AF=0.505051;AO=33;DP=100;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0136963;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.611;QD=21.1082;RBI=0.0193054;REFB=-0.0239236;REVB=-0.0136054;RO=45;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185653;STB=0.569636;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0278091;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:45:49:33:50:0.505051:16:17:24:21:16:34:27:22 chr1 208391254 . C T 88.81 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0299535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.488;QD=14.8009;RBI=0.0299641;REFB=-0.0202044;REVB=-0.000796463;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0156927;OID=.;OPOS=208391254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:7:6:6:5:7:6 chr1 209782343 . A G 1790.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176069;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.651;QD=61.2169;RBI=0.0181647;REFB=0;REVB=-0.00446688;RO=0;SAF=74;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.75479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22606e-05;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:42:74:0:0:42:75:0:0 chr1 209788703 . T C 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0140967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.308;QD=18.8955;RBI=0.0378321;REFB=-0.000896838;REVB=-0.0351076;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358955;STB=0.51999;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000577878;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:18:23:23:21:18:23:23:21 chr1 209791929 . G T 732.27 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=171;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.00368957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.324;QD=17.129;RBI=0.0178302;REFB=-0.00486551;REVB=-0.0174443;RO=92;SAF=45;SAR=33;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149018;STB=0.579755;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00572418;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:92:93:78:78:0.45614:33:45:39:53:33:45:40:53 chr1 209797198 . A G 274.27 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00350498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.324;QD=12.9066;RBI=0.0507707;REFB=-0.0065278;REVB=-0.0506496;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459798;STB=0.526299;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0136841;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:14:18:32:21:14:18:32:21 chr1 209797253 . T C 257.51 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00563057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.157;QD=13.7341;RBI=0.012078;REFB=-0.0199556;REVB=-0.0106852;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235345;STB=0.513408;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0401144;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:14:16:25:20:14:16:25:20 chr1 209799205 . A G 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.103685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4241;QD=20.2682;RBI=0.109502;REFB=-0.0364889;REVB=-0.0352135;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453469;STB=0.525523;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0269589;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:14:7:8:13:14:7 chr1 209799253 . A G 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.028169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3624;QD=21.746;RBI=0.0314343;REFB=-0.0381504;REVB=-0.0139508;RO=20;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126575;STB=0.57136;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0389968;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:6:16:12:8:6:16:12:8 chr1 209800230 . C T 716.3 PASS AF=0.469136;AO=75;DP=161;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=58;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.00512519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7184;QD=17.6865;RBI=0.00893096;REFB=-0.0149616;REVB=0.00731399;RO=86;SAF=58;SAR=17;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164282;STB=0.582832;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0200202;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:86:86:75:76:0.469136:17:58:55:31:18:58:55:31 chr1 209807815 . T C 314.25 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00281524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6695;QD=17.2192;RBI=0.0167905;REFB=0.00669771;REVB=-0.0165528;RO=38;SAF=22;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158792;STB=0.503519;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00772949;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:12:22:24:14:12:22:25:14 chr1 209823354 . G A 333.93 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0287866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0722;QD=19.9361;RBI=0.0418704;REFB=5.0926e-05;REVB=-0.030405;RO=31;SAF=12;SAR=22;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125108;STB=0.564116;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00051088;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:32:34:35:0.522388:22:12:7:24:22:13:8:24 chr1 209849399 . AG A 518.94 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000727421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.178;QD=57.6595;RBI=0.162646;REFB=0;REVB=0.162645;RO=2;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000704612;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:38:36:36:0:18:18:0:0:4:2:18:13:0:2 chr1 209849406 . T G 678.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.066;QD=61.7202;RBI=0.0843535;REFB=0;REVB=0.0830837;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244945;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:18:23:0:0:20:24:0:0 chr1 209933540 . A G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00479436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.005;QD=21.9526;RBI=0.0253218;REFB=0.00856696;REVB=-0.0248638;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059825;STB=0.533088;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00496064;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:12:13:19:13:12:13 chr1 209936466 . A G 210.87 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00934861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8454;QD=11.8798;RBI=0.038321;REFB=-0.00248328;REVB=0.0371632;RO=45;SAF=18;SAR=7;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294198;STB=0.677648;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00536671;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:45:25:26:0.366197:7:18:21:24:7:19:21:24 chr1 209936673 . C G 392.99 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0250293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7957;QD=17.0865;RBI=0.0256942;REFB=-0.0210615;REVB=0.00580731;RO=51;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604569;STB=0.533882;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0241787;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:21:20:28:23:21:20:28:23 chr1 209936914 . C T 659.04 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00762964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1964;QD=21.6079;RBI=0.0445381;REFB=-0.0351585;REVB=-0.0438797;RO=57;SAF=19;SAR=46;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023869;STB=0.51311;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0317321;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:57:65:65:0.532787:46:19:18:39:46:19:18:39 chr1 209950760 . C G 4092.92 PASS AF=1;AO=261;DP=262;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.381;QD=62.4873;RBI=0.0469318;REFB=0;REVB=0.0376384;RO=0;SAF=144;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88611e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:262:0:0:261:262:1:117:144:0:0:118:144:0:0 chr1 210004199 . C G 1193.85 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233155;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.227;QD=61.2232;RBI=0.0256232;REFB=0;REVB=-0.0106271;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114082;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr1 210006603 . C T 1637.91 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.032688;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.14;QD=57.9792;RBI=0.0342301;REFB=0.025819;REVB=0.0101586;RO=1;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825659;STB=0.500239;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-3.42899e-05;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:1:2:111:111:0.982301:57:54:0:1:57:54:1:1 chr1 210336584 . CTAAT C,CTGTT 686.46 PASS AF=1,0;AO=46,3;DP=54;FAO=48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357941,0.0187159;FXX=0.142832;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=218.269,61.9541;QD=57.2047;RBI=0.0358649,0.0279322;REFB=0,0;REVB=-0.00225325,0.0207345;RO=0;SAF=23,0;SAR=23,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00116632,0;OID=.,.;OPOS=210336585,210336586;OREF=TAAT,AA;OALT=-,GT;OMAPALT=C,CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,3:54:48,0:48:0:24,0:24,0:0:0:4:0:23,0:23,3:0:0 chr1 210337043 . A G 660.41 PASS AF=0.914894;AO=42;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0849365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.136;QD=56.2054;RBI=0.102286;REFB=-0.131315;REVB=0.0569939;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107263;STB=0.504852;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00125211;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:42:43:0.914894:26:16:1:1:26:17:1:1 chr1 210407031 . G T 327.78 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00757027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.775;QD=18.21;RBI=0.0138663;REFB=-0.0451814;REVB=0.0116175;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103191;STB=0.555347;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0557778;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:37:35:35:0.486111:18:17:13:22:18:17:14:23 chr1 210577873 . G C 758.02 PASS AF=0.5;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00667975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.659;QD=19.4364;RBI=0.0223789;REFB=-0.00871841;REVB=-0.0213587;RO=78;SAF=45;SAR=33;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355375;STB=0.519573;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00914877;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:78:78:78:78:0.5:33:45:42:36:33:45:42:36 chr1 210857457 . A G 99.86 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0496024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.081;QD=18.1568;RBI=0.0522364;REFB=0.00349095;REVB=0.016378;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299565;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:10:10:10:10:0.454545:8:2:2:8:8:2:2:8 chr1 211380770 . T C 1955.45 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.073;QD=62.0778;RBI=0.0474953;REFB=0;REVB=0.0435319;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002811;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:117:126:0:0:117:126:1:52:65:0:0:61:65:0:0 chr1 211447625 . G A 627.42 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0151171;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4542;QD=18.7291;RBI=0.0667981;REFB=0.00707333;REVB=-0.065065;RO=68;SAF=27;SAR=37;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966754;STB=0.504068;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00633235;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:70:64:64:0.477612:37:27:28:40:37:27:29:41 chr1 211487415 . C T 165.68 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0874975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.537;QD=14.4073;RBI=0.10218;REFB=0.000912426;REVB=-0.0527725;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309372;STB=0.525097;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00795799;OID=.;OPOS=211487415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:28:18:18:0.391304:11:7:9:16:11:7:12:16 chr1 211533306 . G T 627.67 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0134569;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.759;QD=20.4119;RBI=0.0191424;REFB=-0.00978546;REVB=0.0136141;RO=60;SAF=31;SAR=32;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702921;STB=0.504259;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0103331;OID=.;OPOS=211533306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:60:60:63:63:0.512195:32:31:30:30:32:31:29:31 chr1 211565239 . G A 216.69 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00866998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.009;QD=13.3347;RBI=0.0194665;REFB=-0.00807926;REVB=-0.0174292;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010598;OID=.;OPOS=211565239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:12:14:21:18:12:14:21:18 chr1 211836789 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.306;QD=53.2772;RBI=0.0254948;REFB=0;REVB=-0.00660325;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22492e-05;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 211840498 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.583;QD=57.3854;RBI=0.0204518;REFB=0;REVB=0.0148601;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99016e-06;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr1 211846876 . A G 1556.61 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262281;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1948;QD=64.1903;RBI=0.0262396;REFB=0;REVB=0.000776776;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120346;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:95:97:1:38:57:0:0:40:57:0:0 chr1 211922603 . G A 329.07 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=108;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.00415885;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.659;QD=12.4179;RBI=0.0196829;REFB=-0.00901231;REVB=0.0192385;RO=68;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12299;STB=0.574432;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00850084;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:68:66:39:40:0.377358:21:18:24:44:22:18:22:44 chr1 212273639 . C T 1468.58 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0195872;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.629;QD=61.1907;RBI=0.0237591;REFB=0.0707541;REVB=0.0134475;RO=2;SAF=53;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175547;STB=0.509257;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=3.24523e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:2:2:94:94:0.979167:41:53:2:0:41:53:2:0 chr1 212274413 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.654;QD=62.3509;RBI=0.0495986;REFB=0;REVB=0.018127;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150373;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr1 212276276 . A G 201.53 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00478944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.544;QD=13.8983;RBI=0.00706591;REFB=-0.00965797;REVB=0.00519503;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178525;STB=0.602322;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.016014;OID=.;OPOS=212276276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:16:8:17:17:16:8:17:17 chr1 212515613 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.066912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.421;QD=16.9233;RBI=0.0683402;REFB=0.00298529;REVB=-0.0138984;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683792;STB=0.538436;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00306656;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:18:16:12:18:18:16 chr1 212526288 . C T 331.27 PASS AF=0.381443;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0140571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.134;QD=13.6604;RBI=0.0226074;REFB=-0.000274491;REVB=0.0177057;RO=60;SAF=21;SAR=15;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371803;STB=0.51103;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00036749;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:36:37:0.381443:15:21:33:27:16:21:33:27 chr1 212534377 . T A 237.07 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.0113759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8418;QD=19.7555;RBI=0.0181616;REFB=-0.0155188;REVB=0.0141574;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271914;STB=0.651226;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0178311;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:21:4:10:13:21:4 chr1 212560327 . A G 1017.26 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0749643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7726;QD=58.9714;RBI=0.0921934;REFB=0;REVB=-0.0536655;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148199;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:28:40:0:0:29:40:0:0 chr1 212799039 . G A 167.58 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0082553;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.347;QD=22.3437;RBI=0.0252097;REFB=-0.0396886;REVB=0.0238197;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200337;STB=0.54539;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.026763;OID=.;OPOS=212799039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:4:8:13:14:0.466667:6:7:4:0:7:7:5:3 chr1 212799163 . C A 331.03 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00217418;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.529;QD=11.2212;RBI=0.00226598;REFB=0.00554776;REVB=0.000638425;RO=74;SAF=16;SAR=25;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154753;STB=0.593457;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00875106;OID=.;OPOS=212799163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:74:77:41:41:0.347458:25:16:39:35:25:16:41:36 chr1 212799870 . A G 1569.4 PASS AF=0.990741;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2076;QD=58.126;RBI=0.0418609;REFB=-0.12329;REVB=0.000412546;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088696;STB=0.504504;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00455361;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:108:1:1:104:107:0.990741:53:51:0:1:55:52:0:1 chr1 212799949 . C T 523.54 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00124127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.991;QD=21.1533;RBI=0.00396451;REFB=-0.0143804;REVB=-0.00376518;RO=49;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505261;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0135944;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:49:49:50:0.505051:23:26:26:23:24:26:26:23 chr1 212900487 . A G 378.09 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00594145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.454;QD=18.9047;RBI=0.00804509;REFB=-0.0155282;REVB=0.00542426;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929203;STB=0.551742;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0139791;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:17:22:19:22:17:22:19:22 chr1 213009469 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0224879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.812;QD=12.0237;RBI=0.0297119;REFB=-0.0201373;REVB=0.0194188;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206538;STB=0.511608;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0253662;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:8:4:6:13:8:4:7:13 chr1 213031948 . GC CC,G 199.5 PASS AF=0.434783,0.304348;AO=19,6;DP=46;FAO=20,14;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=11,12;FSAR=9,2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0899441,-0.0731171;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=49.0158,7.57654;QD=17.3474;RBI=0.0955692,0.254112;REFB=-0.00743151,-0.0101061;REVB=-0.0323035,0.243366;RO=8;SAF=11,6;SAR=8,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0.465116;SSEP=0,0.6;SSSB=0.109935,0.773317;STB=0.54995,0.760131;STBP=0.511,0.014;TYPE=snp,del;VARB=0.00178137,0.0276403;OID=.,.;OPOS=213031948,213031949;OREF=G,C;OALT=C,-;OMAPALT=CC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:46:46:8:12:19,6:20,14:0.434783,0.304348:8,0:11,6:3:5:9,2:11,12:5:7 chr1 213068404 . T C 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00127453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.166;QD=17.8264;RBI=0.0509725;REFB=0.00781717;REVB=0.0509566;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211399;STB=0.619973;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00670693;OID=.;OPOS=213068404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:9:2:5:7:9:2 chr1 214492286 . G A 1336.6 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4786;QD=62.1673;RBI=0.0651911;REFB=0;REVB=-0.016823;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525413;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr1 214542819 . T C 556.57 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0136;QD=60.17;RBI=0.059369;REFB=0;REVB=0.0539696;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495635;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr1 214564340 . T C 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000560798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.898;QD=60.8823;RBI=0.000631455;REFB=0;REVB=0.000290243;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12602e-07;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:25:52:0:0:25:52:0:0 chr1 214571251 . A C 181.2 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0568666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.09;QD=16.4729;RBI=0.146243;REFB=-0.039204;REVB=0.134734;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944675;STB=0.510991;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0492687;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:17:19:0.431818:6:11:14:11:8:11:14:11 chr1 214779147 . T C 320.57 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.975;QD=53.429;RBI=0.0608491;REFB=0;REVB=-0.019562;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198999;OID=.;OPOS=214779147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:17:5:0:0:18:6:0:0 chr1 214781971 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.249;QD=50.4133;RBI=0.0544975;REFB=0;REVB=0.0232618;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497754;OID=.;OPOS=214781971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr1 214811244 . C G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2472;QD=59.4339;RBI=0.0210534;REFB=0;REVB=-0.00953105;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334909;OID=.;OPOS=214811244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr1 214814058 . AT A,AG 299.27 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=4,19;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433374,0.0537822;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.3326,113.447;QD=52.0467;RBI=0.043707,0.0726437;REFB=0,0;REVB=-0.00567152,0.0488322;RO=0;SAF=3,5;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.101636,-0.0015769;OID=.,.;OPOS=214814059,214814059;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:4,19:23:1,22:23:0:0,8:1,14:0:0:5:0:3,5:1,14:0:0 chr1 214816224 . G A 1950.89 PASS AF=0.955882;AO=130;DP=136;FAO=130;FDP=136;FR=.;FRO=6;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0237255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.366;QD=57.3792;RBI=0.02486;REFB=-0.183432;REVB=-0.00742433;RO=0;SAF=73;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524996;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00197836;OID=.;OPOS=214816224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:136:136:0:6:130:130:0.955882:57:73:0:0:57:73:0:6 chr1 214818223 . T A 933.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.995;QD=58.3396;RBI=0.0147569;REFB=0;REVB=0.013645;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83742e-05;OID=.;OPOS=214818223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:23:38:0:0:25:39:0:0 chr1 214826196 . G A 673.07 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00017526;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.884;QD=62.6107;RBI=0.00912825;REFB=0;REVB=-0.00912656;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155331;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr1 214830617 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.297;QD=57.0004;RBI=0.0222478;REFB=0;REVB=-0.0222145;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65707e-05;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:14:40:0:0:14:40:0:0 chr1 214837110 . C G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.852;QD=57.7119;RBI=0.00996672;REFB=0;REVB=0.00618273;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97666e-06;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr1 215256779 . GACCCCCCCT CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC,GCACCCCCCT 244.26 PASS AF=0,0.71831,0.0422535,0;AO=10,20,7,4;DP=75;FAO=0,51,3,0;FDP=71;FR=.;FRO=17;FSAF=0,6,1,0;FSAR=0,45,2,0;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0304496,0.0948265,0.0520478,-0.0174831;FXX=0.0405351;HRUN=1,7,7,1;LEN=3,1,2,2;MLLD=29.195,8.23166,14.4497,125.071;QD=13.7611;RBI=0.0317801,0.11734,0.110159,0.0512191;REFB=-0.0641955,-0.106104,-0.0764729,-0.0184471;REVB=-0.00909926,0.0691124,-0.0970878,-0.0481429;RO=21;SAF=1,3,1,1;SAR=9,17,6,3;SRF=2;SRR=19;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0149549,0.106327,0.129686,0.316543;STB=0.5,0.5,0.738066,0.5;STBP=1,1,0.793,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.116329,0.0720337,-0.0615877;OID=.,.,.,.;OPOS=215256779,215256781,215256787,215256780;OREF=GAC,C,CT,AC;OALT=CGA,-,TC,CA;OMAPALT=CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC,GCACCCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:75:71:21:17:10,20,7,4:0,51,3,0:0,0.71831,0.0422535,0:9,17,6,3:1,3,1,1:2:19:0,45,2,0:0,6,1,0:2:15 chr1 215741053 . T G 50.7 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00212455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.841;QD=15.6009;RBI=0.0268018;REFB=-0.00902658;REVB=-0.0267175;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346644;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00854517;OID=.;OPOS=215741053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:12:13:4:6:7:7:0.538462:4:3:4:0:4:3:4:2 chr1 215793834 . G A 379.09 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00570916;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.909;QD=14.8664;RBI=0.0163307;REFB=0.00288155;REVB=0.0153002;RO=58;SAF=25;SAR=17;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134386;STB=0.571787;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00321563;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:59:42:43:0.421569:17:25:27:31:18:25:27:32 chr1 215848062 . C T 446.99 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.063795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4417;QD=18.4327;RBI=0.0675031;REFB=-0.0134166;REVB=-0.0220653;RO=52;SAF=30;SAR=15;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280345;STB=0.515618;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0159464;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:15:30:36:16:15:30:36:16 chr1 215848641 . T C 494.55 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0206581;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.234;QD=18.84;RBI=0.0210771;REFB=-0.0158467;REVB=0.00418159;RO=53;SAF=31;SAR=21;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252233;STB=0.513953;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0117064;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:53:52:52:0.495238:21:31:33:20:21:31:33:20 chr1 215960167 . T G 2072.18 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0298591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.938;QD=60.9464;RBI=0.0300381;REFB=-0.0800869;REVB=0.00327421;RO=1;SAF=57;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826632;STB=0.501122;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.000602823;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:1:2:134:134:0.985294:77:57:1:0:77:57:1:1 chr1 216172380 . A G,T 875.85 PASS AF=0.919355,0.0806452;AO=57,4;DP=61;FAO=57,5;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=27,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994816,0.00160285;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.26,155.354;QD=56.5063;RBI=0.0200711,0.014086;REFB=0,0;REVB=-0.0174322,-0.0139945;RO=0;SAF=30,0;SAR=27,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000311602,0.0288841;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:61:62:0:0:57,4:57,5:0.919355,0.0806452:27,4:30,0:0:0:27,4:30,1:0:0 chr1 216219781 . A G 787.84 PASS AF=0.509554;AO=80;DP=158;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0164006;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5599;QD=20.0724;RBI=0.0415458;REFB=-0.0267072;REVB=0.0381717;RO=77;SAF=55;SAR=25;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138566;STB=0.576399;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0248071;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:77:77:80:80:0.509554:25:55:42:35:25:55:42:35 chr1 216258065 . A G 735.9 PASS AF=0.408163;AO=80;DP=199;FAO=80;FDP=196;FR=.;FRO=116;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=71;FSRR=45;FWDB=0.00167184;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.669;QD=15.0184;RBI=0.0140439;REFB=-0.00558366;REVB=0.0139441;RO=109;SAF=40;SAR=40;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109056;STB=0.56631;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0109342;OID=.;OPOS=216258065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:196:109:116:80:80:0.408163:40:40:66:43:40:40:71:45 chr1 216348764 . C T 769.18 PASS AF=0.462857;AO=79;DP=175;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.01624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3827;QD=17.5812;RBI=0.0328215;REFB=0.0188873;REVB=-0.0285221;RO=95;SAF=28;SAR=51;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122761;STB=0.562022;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0236408;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:95:94:79:81:0.462857:51:28:45:50:52:29:44:50 chr1 216501010 . CAT C,CAC 408.9 PASS AF=0.40404,0.040404;AO=39,4;DP=99;FAO=40,4;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=25,3;FSAR=15,1;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0354577,-0.0063588;FXX=0.009999;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=227.897,77.2999;QD=16.521;RBI=0.0356858,0.050284;REFB=-0.00654248,0.0069742;REVB=-0.00402811,0.0498804;RO=54;SAF=25,3;SAR=14,1;SRF=25;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.186759,0.284959;STB=0.599949,0.767294;STBP=0.099,0.363;TYPE=del,snp;VARB=0.0100527,-0.076356;OID=.,.;OPOS=216501011,216501012;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40404,0.040404:39,4:99:40,4:99:55:25,3:15,1:25:30:99:54:25,3:14,1:25:29 chr1 216592003 . T C 1892.06 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.984;QD=60.546;RBI=0.0189543;REFB=0;REVB=0.0181413;RO=0;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185644;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:125:0:0:115:125:1:73:42:0:0:77:48:0:0 chr1 216595306 . C T 1565.54 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120698;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.22;QD=59.6398;RBI=0.0122367;REFB=0;REVB=-0.0020141;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496406;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:105:0:0:103:105:1:46:57:0:0:46:59:0:0 chr1 216678053 . C A 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0393986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.804;QD=12.3178;RBI=0.0407078;REFB=-0.00212768;REVB=-0.0102409;RO=45;SAF=8;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223121;STB=0.629039;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00327587;OID=.;OPOS=216678053;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:19:8:22:23:19:8:22:23 chr1 216692669 . C T 525.7 PASS AF=0.467742;AO=55;DP=121;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00488795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.904;QD=16.958;RBI=0.00831763;REFB=-0.00098767;REVB=0.00672985;RO=65;SAF=21;SAR=34;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125196;STB=0.546515;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00231867;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:65:66:55:58:0.467742:34:21:33:32:34:24:33:33 chr1 217804325 . G A 1322.71 PASS AF=0.492647;AO=133;DP=270;FAO=134;FDP=272;FR=.;FRO=138;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=59;FSRR=79;FWDB=0.0257479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.281;QD=19.4517;RBI=0.0264293;REFB=-0.00894145;REVB=-0.00596269;RO=137;SAF=63;SAR=70;SRF=59;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399689;STB=0.525512;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00972421;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:272:137:138:133:134:0.492647:70:63:59:78:70:64:59:79 chr1 217856626 . G A 693.87 PASS AF=0.449102;AO=75;DP=167;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0013541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.058;QD=16.6197;RBI=0.0198447;REFB=-0.0189283;REVB=-0.0197985;RO=91;SAF=39;SAR=36;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347362;STB=0.505035;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0207308;OID=.;OPOS=217856626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:91:92:75:75:0.449102:36:39:47:44:36:39:47:45 chr1 217915324 . C T 346.07 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00993614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.707;QD=24.7192;RBI=0.024561;REFB=-0.0471439;REVB=-0.0224614;RO=22;SAF=20;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223229;STB=0.622336;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.031397;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:14:20:6:16:14:20:6:16 chr1 217947738 . G A 350.12 PASS AF=0.385321;AO=40;DP=108;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00539152;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.35;QD=12.8486;RBI=0.00565682;REFB=-0.0135133;REVB=-0.00171203;RO=67;SAF=26;SAR=14;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161782;STB=0.570244;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0191609;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:67:40:42:0.385321:14:26:34:33:16:26:34:33 chr1 218520044 . A T 98.46 PASS AF=0.185185;AO=35;DP=135;FAO=25;FDP=135;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=-0.00726994;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.1825;QD=2.91729;RBI=0.00752981;REFB=-0.018173;REVB=-0.00196114;RO=90;SAF=32;SAR=3;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542786;STB=0.927201;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.188665;OID=.;OPOS=218520044;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:135:135:90:110:35:25:0.185185:3:32:53:37:1:24:64:46 chr1 219383867 . T C 450.97 PASS AF=0.894737;AO=33;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0141868;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.811;QD=47.4708;RBI=0.023556;REFB=-0.200264;REVB=0.0188047;RO=5;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132808;STB=0.555523;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00239813;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:38:38:5:4:33:34:0.894737:15:18:0:5:16:18:0:4 chr1 219383905 . A G 751.65 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00693336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.736;QD=61.3589;RBI=0.0107289;REFB=-0.0481548;REVB=0.00818765;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000245071;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr1 220136115 . A G 1520.72 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550025;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8581;QD=63.3635;RBI=0.0550343;REFB=0;REVB=-0.00187336;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927644;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:50:45:0:0:50:46:0:0 chr1 220197625 . G T 1377.18 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7338;QD=62.599;RBI=0.0152493;REFB=0;REVB=0.0145545;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95478e-05;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr1 220231180 . CT C 205.54 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=70;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.000368919;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.601;QD=12.0905;RBI=0.0130865;REFB=-0.0113868;REVB=-0.0130813;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164695;STB=0.572692;STBP=0.366;TYPE=del;VARB=0.0150423;OID=.;OPOS=220231181;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:24:70:26:68:42:16:10:21:21:99:40:15:9:19:21 chr1 220239448 . T C 228.06 PASS AF=0.55;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.028104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.62;QD=22.8063;RBI=0.0284738;REFB=-0.018191;REVB=-0.00457454;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524977;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0143463;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:16:18:22:22:0.55:11:11:8:8:11:11:8:10 chr1 220344453 . T C 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0231497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1689;QD=17.0997;RBI=0.0234007;REFB=-0.00776495;REVB=-0.00341805;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273362;STB=0.654972;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00891769;OID=.;OPOS=220344453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:3:12:7:7:3:12 chr1 220578892 . AAACACACACACACACACACACACACACAC AAACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACAC 487.85 PASS AF=0.324324,0.405405,0.27027;AO=10,5,7;DP=45;FAO=12,15,10;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12,5,0;FSAR=0,10,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100085,0.00412374,0.001743;FXX=0.229119;HRUN=1,1,3;LEN=5,2,5;MLLD=111.671,78.5772,108.657;QD=52.74;RBI=0.0308321,0.0804096,0.00423007;REFB=0,0,0;REVB=-0.0291625,0.0803038,-0.00385428;RO=0;SAF=10,1,1;SAR=0,4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0177779,0.0678699,0.0267725;OID=.,.,.;OPOS=220578917,220578894,220578893;OREF=CACAC,AC,AACAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.324324,0.405405,0.27027:10,5,7:45:12,15,10:37:0:12,5,0:0,10,10:0:0:99:0:10,1,1:0,4,6:0:0 chr1 220603324 . A G 146.3 PASS AF=0.5;AO=13;DP=30;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00315785;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.755;QD=18.2869;RBI=0.0649513;REFB=-0.0683222;REVB=0.0648745;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528233;STB=0.708714;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0621899;OID=.;OPOS=220603324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:16:16:13:16:0.5:10:3:13:3:10:6:13:3 chr1 220607685 . G A 1086.25 PASS AF=0.986667;AO=66;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212353;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7025;QD=57.9335;RBI=0.0854792;REFB=-0.0147173;REVB=-0.0827995;RO=1;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219643;STB=0.509801;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-9.36534e-05;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:66:74:0.986667:21:45:0:1:25:49:0:1 chr1 220789355 . ATTTTTTT AAATTTTT,AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTAA,ATTTTTTA 843.04 PASS AF=0,0,0.643678,0.149425,0.206897;AO=5,4,11,12,9;DP=88;FAO=0,0,56,13,18;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,24,6,6;FSAR=0,0,32,7,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172887,0.0867637,0.138786,0.120971,0.240861;FXX=0.0113623;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=2,7,2,2,1;MLLD=11.5307,10.6011,14.4953,14.4264,9.49721;QD=38.7606;RBI=0.0346769,0.0880425,0.138794,0.12113,0.241154;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0300598,-0.0149519,0.00148664,0.00619625,0.0118735;RO=1;SAF=0,1,8,8,4;SAR=5,3,3,4,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.767767,-0.272709,-0.052924,-0.0531285,-0.0984833;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,mnp,snp;VARB=0,0,0.0138593,0.0839166,-0.0391881;OID=.,.,.,.,.;OPOS=220789356,220789356,220789356,220789361,220789362;OREF=TT,TTTTTTT,TT,TT,T;OALT=AA,ATTTTTA,-,AA,A;OMAPALT=AAATTTTT,AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTAA,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0,0,0.643678,0.149425,0.206897:5,4,11,12,9:88:0,0,56,13,18:87:0:0,0,24,6,6:0,0,32,7,12:0:0:54:1:0,1,8,8,4:5,3,3,4,5:1:0 chr1 220935081 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0394399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.583;QD=13.0536;RBI=0.0399175;REFB=0.00444274;REVB=-0.00615606;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539318;STB=0.530987;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00662402;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:18:17:10:13:18:17 chr1 220970028 . A G 1428.26 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706968;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7848;QD=62.0985;RBI=0.00749857;REFB=0;REVB=-0.00249964;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831042;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:92:0:0:90:92:1:48:42:0:0:48:44:0:0 chr1 221509332 . G A 656.47 PASS AF=0.536585;AO=61;DP=118;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00399793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.798;QD=21.3488;RBI=0.0148345;REFB=-0.0247323;REVB=0.0142857;RO=57;SAF=37;SAR=24;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922897;STB=0.516942;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.018932;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:57:57:61:66:0.536585:24:37:34:23:29:37:34:23 chr1 221912361 . T C 1106.46 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00503536;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.022;QD=59.0109;RBI=0.0151049;REFB=-0.169304;REVB=0.0142409;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-4.75016e-05;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:42:32:0:0:42:32:0:1 chr1 221912808 . T C 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00438296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=352.976;QD=54.3576;RBI=0.0168971;REFB=0.0246884;REVB=0.0163187;RO=2;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521014;STB=0.502762;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000409448;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:35:25:1:1:35:25:1:1 chr1 222649341 . A C 560.27 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5992;QD=60.5699;RBI=0.271125;REFB=0;REVB=0.270923;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440539;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:32:37:1:16:16:0:0:21:16:0:0 chr1 222721288 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.000223569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.58;QD=10.3901;RBI=0.00269547;REFB=0.00200526;REVB=0.00268618;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.624653;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00309483;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:7:4:4:3:7:4 chr1 222734803 . G C 229.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0156045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.506;QD=14.118;RBI=0.0159537;REFB=0.00333723;REVB=0.00331957;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24025;STB=0.636675;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00795117;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:10:17:15:23:10:17:15:23 chr1 222798106 . G A 1361.94 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902748;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.85;QD=62.6177;RBI=0.0146267;REFB=0;REVB=0.0115084;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34196e-05;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr1 222802006 . A G 958.74 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.633;QD=57.238;RBI=0.0529767;REFB=-0.108508;REVB=0.0443473;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.510201;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000703572;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:42:24:0:0:42:24:1:0 chr1 222802802 . CT CG,GG 723.7 PASS AF=0.893617,0.106383;AO=39,5;DP=48;FAO=42,5;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18,5;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00037899,-0.000266347;FXX=0.020829;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=251.14,235.64;QD=61.5911;RBI=0.00140206,0.00173323;REFB=0,0;REVB=-0.00134986,-0.00171265;RO=0;SAF=15,5;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000676948,0.0344944;OID=.,.;OPOS=222802803,222802802;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:48:47:0:0:39,5:42,5:0.893617,0.106383:24,0:15,5:0:0:24,0:18,5:0:0 chr1 222802925 . G GT 193.84 PASS AF=1;AO=8;DP=55;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388486;FXX=0.264101;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.804;QD=19.8812;RBI=0.0391104;REFB=0;REVB=0.00451724;RO=46;SAF=8;SAR=0;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.72641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00695746;OID=.;OPOS=222802926;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:8:55:39:39:0:12:27:0:0:3:46:8:0:17:29 chr1 222802926 . C A,T 700.1 PASS AF=0.134615,0.865385;AO=8,27;DP=53;FAO=7,45;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7,17;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175126,-0.00456335;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.9978,139.022;QD=53.8535;RBI=0.0322493,0.00627748;REFB=0,0;REVB=-0.02708,0.00431074;RO=0;SAF=8,7;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.105549,0.000379525;OID=.,.;OPOS=222802926,222802926;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:53:52:0:0:8,27:7,45:0.134615,0.865385:0,20:8,7:0:0:0,28:7,17:0:0 chr1 222823529 . A C,T 1101.62 PASS AF=0.826667,0.173333;AO=59,16;DP=75;FAO=62,13;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32,8;FSAR=30,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226337,-2.76358e-05;FXX=0.0259707;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.3994,179.797;QD=58.7532;RBI=0.0238199,0.000535541;REFB=0,0;REVB=0.00742306,0.000534827;RO=0;SAF=29,11;SAR=30,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0436782,0.0273651;OID=.,.;OPOS=222823529,222823529;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:75:75:0:0:59,16:62,13:0.826667,0.173333:30,5:29,11:0:0:30,5:32,8:0:0 chr1 222825403 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2101;QD=56.706;RBI=0.0744596;REFB=0;REVB=-0.0239825;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141095;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 222833598 . A AC 740.2 PASS AF=1;AO=18;DP=134;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.181352;FXX=0.261175;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.921;QD=29.9071;RBI=0.211254;REFB=0;REVB=-0.10835;RO=114;SAF=10;SAR=8;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00182399;OID=.;OPOS=222833599;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:134:99:99:0:63:36:0:0:15:114:10:8:53:61 chr1 222833601 . T C 2072.58 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.282;QD=61.4099;RBI=0.0129871;REFB=-0.0407265;REVB=0.00881477;RO=1;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332927;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:135:1:0:132:135:1:68:64:0:1:69:66:0:0 chr1 222838215 . TC T,TT 321.21 PASS AF=0.08,0.92;AO=5,21;DP=26;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283,0.0269137;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.32,180.855;QD=51.3929;RBI=0.0290581,0.02997;REFB=0,0;REVB=-0.00659414,-0.0131853;RO=0;SAF=4,11;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0256644,0.00480469;OID=.,.;OPOS=222838216,222838216;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.08,0.92:5,21:26:2,23:25:0:1,13:1,10:0:0:7:0:4,11:1,10:0:0 chr1 222886119 . A G 1565.14 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2599;QD=59.6243;RBI=0.085262;REFB=0;REVB=-0.0642738;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000596654;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:43:60:0:0:44:61:0:0 chr1 222919895 . T G 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.337;QD=63.8681;RBI=0.0272284;REFB=0;REVB=0.0266457;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5072e-05;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr1 222923351 . A G 1661.29 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0650857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2896;QD=59.3319;RBI=0.0654106;REFB=0.0804083;REVB=-0.00651122;RO=1;SAF=43;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109124;STB=0.505746;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00212126;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:68:43:1:0:68:43:1:0 chr1 223178561 . A C 754.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.441;QD=56.9298;RBI=0.0316407;REFB=0;REVB=0.0127194;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95006e-05;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr1 223283910 . A G 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00146633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.102;QD=57.4359;RBI=0.0111184;REFB=-0.0113419;REVB=0.0110213;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149999;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000251333;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:31:36:0:1:31:36:0:1 chr1 223441950 . T G 567.57 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0323831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.737;QD=17.0696;RBI=0.0325004;REFB=-0.0162588;REVB=-0.00275847;RO=72;SAF=26;SAR=34;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446622;STB=0.528011;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0187294;OID=.;OPOS=223441950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:73:60:60:0.451128:34:26:28:44:34:26:28:45 chr1 223715248 . GT G 263.45 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0879852;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.1945;QD=11.331;RBI=0.0937751;REFB=0.0381066;REVB=-0.0324403;RO=44;SAF=19;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730026;STB=0.547446;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=-0.034722;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473118:43:94:44:93:49:21:23:19:30:99:44:19:24:16:28 chr1 223717484 . G A 205.13 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0177171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6148;QD=15.7793;RBI=0.0590583;REFB=0.00110927;REVB=0.0563382;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358509;STB=0.702578;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.000344329;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:15:8:21:8:15:8:21:8 chr1 223718651 . G A 538.8 PASS AF=0.52381;AO=40;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0100205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.909;QD=20.5258;RBI=0.0102982;REFB=-0.000170126;REVB=-0.00237542;RO=46;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252584;STB=0.6404;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000246844;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:50:40:55:0.52381:18:22:13:33:22:33:15:35 chr1 223718670 . G A 471.16 PASS AF=0.5;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0117947;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.642;QD=20.4852;RBI=0.0154516;REFB=-0.011358;REVB=-0.00998184;RO=45;SAF=27;SAR=19;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242785;STB=0.638624;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00949925;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:46:46:46:0.5:19:27:14:31:19:27:14:32 chr1 223722780 . G A 361.95 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0128514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.201;QD=17.874;RBI=0.0335462;REFB=-0.0240223;REVB=-0.0309869;RO=43;SAF=25;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123722;STB=0.569321;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0187522;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:13:25:23:20:13:25:23:20 chr1 223813586 . G T 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.141;QD=57.0995;RBI=0.0332886;REFB=0;REVB=0.01342;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231482;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr1 223877789 . T C 1663.09 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0348916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2004;QD=58.3541;RBI=0.0483526;REFB=-0.100723;REVB=0.0334746;RO=1;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811551;STB=0.508332;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00162787;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:114:1:2:111:112:0.982456:58:53:0:1:59:53:0:2 chr1 223877833 . T A 163.01 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0695633;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.491;QD=27.1682;RBI=0.0703273;REFB=0.0028054;REVB=0.0103378;RO=9;SAF=0;SAR=14;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.847444;STB=0.860068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000364422;OID=.;OPOS=223877833;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:25:24:9:8:14:16:0.666667:14:0:7:2:15:1:6:2 chr1 223900408 . C G 787.42 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142093;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.417;QD=57.2671;RBI=0.0323591;REFB=0;REVB=0.0290725;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209184;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr1 223905532 . G A 134.62 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0166194;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.27;QD=24.4756;RBI=0.0197262;REFB=-0.0153452;REVB=-0.0106265;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912885;STB=0.550952;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.025327;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:8:8:14:14:0.636364:3:11:7:1:3:11:7:1 chr1 223933079 . C T 432.28 PASS AF=0.390625;AO=48;DP=126;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.00657518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.193;QD=13.5086;RBI=0.0098882;REFB=0.00233124;REVB=-0.00738535;RO=73;SAF=16;SAR=32;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743461;STB=0.516123;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00356801;OID=.;OPOS=223933079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:73:78:48:50:0.390625:32:16:29:44:32:18:30:48 chr1 223934720 . G A 326.75 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.000592858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.688;QD=15.0231;RBI=0.0341005;REFB=-0.00487778;REVB=-0.0340953;RO=51;SAF=24;SAR=12;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880646;STB=0.549972;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00485378;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:12:24:30:21:12:24:30:21 chr1 223949349 . T C 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0236615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.496;QD=18.7914;RBI=0.0237027;REFB=-0.0127594;REVB=0.00139581;RO=49;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869158;STB=0.548365;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0126987;OID=.;OPOS=223949349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:22:22:29:20:22:22:29:20 chr1 223951841 . T C 515.19 PASS AF=0.510417;AO=47;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00790513;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.407;QD=21.4664;RBI=0.0385172;REFB=-0.0112044;REVB=0.0376973;RO=43;SAF=28;SAR=19;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718851;STB=0.535927;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00864201;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:47:47:49:0.510417:19:28:29:14:19:30:32:15 chr1 223959959 . G A 120.09 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0281591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8127;QD=14.1277;RBI=0.0331229;REFB=-0.0171755;REVB=0.0174411;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726024;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0287972;OID=.;OPOS=223959959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:10:10:8:6:10:10 chr1 223967953 . C T 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0026077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.654;QD=20.9022;RBI=0.0471391;REFB=-0.024286;REVB=-0.0470669;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129236;STB=0.571234;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0265134;OID=.;OPOS=223967953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:13:20:21:7:13:20:21:7 chr1 223980207 . G C 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0229398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.44;QD=21.0066;RBI=0.0320921;REFB=-0.0276891;REVB=-0.0224425;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606299;STB=0.523784;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0211639;OID=.;OPOS=223980207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:19:19:0.527778:11:8:7:7:11:8:8:9 chr1 223989966 . C T 187.5 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00400285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5469;QD=14.1508;RBI=0.0192179;REFB=-0.0148361;REVB=-0.0187964;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104078;STB=0.559388;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0173863;OID=.;OPOS=223989966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:11:20:12:10:11:20 chr1 224492746 . C T 527.09 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4679;QD=56.983;RBI=0.0420886;REFB=-0.195445;REVB=-0.0244135;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0038509;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chr1 224495852 . C T 2101.14 PASS AF=0.992701;AO=133;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1523;QD=61.3471;RBI=0.104181;REFB=-0.0691691;REVB=-0.101438;RO=1;SAF=79;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872076;STB=0.504504;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00124081;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:1:1:133:136:0.992701:54:79:0:1:55:81:0:1 chr1 224505570 . T TAA 639.01 PASS AF=1;AO=48;DP=61;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11759;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=2;MLLD=36.2931;QD=49.1546;RBI=0.153673;REFB=0;REVB=0.0989348;RO=10;SAF=24;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.61208e-05;OID=.;OPOS=224505571;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:61:52:52:0:26:26:0:0:11:10:24:24:6:4 chr1 224517842 . C T 507.09 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.090334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8638;QD=56.3428;RBI=0.107095;REFB=-0.151636;REVB=0.0575253;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00876532;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:13:22:1:0:13:22:1:0 chr1 224575373 . G A 1098.42 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.612;QD=60.1875;RBI=0.0623374;REFB=0;REVB=0.0617603;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120249;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr1 224927010 . T C 39.57 PASS AF=0.137931;AO=6;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=0.00377567;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=146.775;QD=2.72914;RBI=0.00427508;REFB=0.000170548;REVB=-0.00200515;RO=50;SAF=0;SAR=6;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.769974;STB=0.947717;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00279624;OID=.;OPOS=224927010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:58:58:50:50:6:8:0.137931:6:0:41:9:7:1:41:9 chr1 225288534 . A C 420.84 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0171066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.152;QD=49.511;RBI=0.0207258;REFB=-0.106569;REVB=-0.0117014;RO=3;SAF=13;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961756;STB=0.551691;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00109144;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:3:3:31:31:0.911765:18:13:3:0:18:13:3:0 chr1 225328432 . G T 82.89 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0221658;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3401;QD=5.02373;RBI=0.123856;REFB=-0.0206093;REVB=-0.121857;RO=52;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112332;STB=0.571327;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0693542;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:66:66:52:52:14:14:0.212121:6:8:25:27:6:8:25:27 chr1 225490866 . TAA TA,TAT 169.36 PASS AF=0.283333,0.0388889;AO=47,8;DP=182;FAO=51,7;FDP=180;FR=.;FRO=122;FSAF=9,0;FSAR=42,7;FSRF=99;FSRR=23;FWDB=0.124163,0.0135736;FXX=0.0217379;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.1094,225.264;QD=3.76351;RBI=0.231126,0.0831515;REFB=-0.0655206,-0.00563635;REVB=-0.194944,-0.0820362;RO=105;SAF=12,0;SAR=35,8;SRF=88;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.618148,-0.752401;STB=0.885642,0.999336;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0769617,0.172828;OID=.,.;OPOS=225490867,225490868;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333,0.0388889:47,8:182:51,7:180:122:9,0:42,7:99:23:99:105:12,0:35,8:88:17 chr1 225506294 . A G 545.21 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00452861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2687;QD=17.1718;RBI=0.0158473;REFB=0.00842508;REVB=0.0151865;RO=69;SAF=34;SAR=24;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497454;STB=0.527707;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00829605;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:24:34:37:32:24:34:37:32 chr1 225528183 . C A 168.58 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=66;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00694614;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.914;QD=9.77268;RBI=0.0107501;REFB=-0.0104973;REVB=0.00820468;RO=44;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13092;STB=0.559226;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0183816;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:44:46:19:23:0.333333:7:12:23:21:9:14:24:22 chr1 225533684 . A G 377.33 PASS AF=0.318471;AO=50;DP=155;FAO=50;FDP=157;FR=.;FRO=107;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=0.0022417;FXX=0.00632871;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.207;QD=9.61353;RBI=0.0582086;REFB=-0.000288559;REVB=0.0581655;RO=105;SAF=27;SAR=23;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784884;STB=0.50141;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00113319;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:105:107:50:50:0.318471:23:27:56:49:23:27:58:49 chr1 225533731 . T A 869.67 PASS AF=0.593985;AO=79;DP=133;FAO=79;FDP=133;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0186983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.153;QD=26.1554;RBI=0.0187895;REFB=-0.0141108;REVB=-0.00184925;RO=51;SAF=31;SAR=48;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871175;STB=0.552464;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0101964;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:51:54:79:79:0.593985:48:31:26:25:48:31:28:26 chr1 225533931 . A G 79.21 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0603144;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0466;QD=6.46651;RBI=0.0624569;REFB=-0.00199172;REVB=0.0162186;RO=38;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137182;STB=0.587624;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0150584;OID=.;OPOS=225533931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:49:38:38:11:11:0.22449:7:4:18:20:7:4:18:20 chr1 225534219 . T C 490.3 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00609309;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.62;QD=15.4424;RBI=0.038547;REFB=-0.011408;REVB=-0.0380624;RO=71;SAF=32;SAR=22;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102305;STB=0.56568;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0123177;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:71:73:54:54:0.425197:22:32:35:36:22:32:35:38 chr1 225534348 . G A 388.91 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0074667;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.935;QD=16.5494;RBI=0.0309248;REFB=-0.0194366;REVB=-0.0300099;RO=54;SAF=27;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241607;STB=0.644812;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0241397;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:53:40:41:0.43617:13:27:24:30:13:28:23:30 chr1 225541899 . C T 517.94 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00112724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.625;QD=16.4424;RBI=0.00886372;REFB=-0.0203992;REVB=-0.00879175;RO=70;SAF=36;SAR=20;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456922;STB=0.525538;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0259686;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:70:56:56:0.444444:20:36:42:28:20:36:42:28 chr1 225555512 . C T 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.000738686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.61;QD=23.4423;RBI=0.0156815;REFB=-0.025432;REVB=0.0156641;RO=22;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794041;STB=0.504378;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0201286;OID=.;OPOS=225555512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:13:18:13:9:13:18:13:9 chr1 225555602 . T G 389.34 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00251273;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.123;QD=18.54;RBI=0.00280973;REFB=-0.00783135;REVB=0.00125729;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358805;STB=0.526303;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0125751;OID=.;OPOS=225555602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:44:40:40:0.47619:18:22:22:21:18:22:22:22 chr1 225565015 . T C 833.22 PASS AF=0.911765;AO=60;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00622271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1381;QD=49.0131;RBI=0.0273908;REFB=0.00544949;REVB=0.0266746;RO=6;SAF=29;SAR=31;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313458;STB=0.514701;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00733979;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:6:6:60:62:0.911765:31:29:4:2:31:31:4:2 chr1 225565073 . C T 256.78 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00936743;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.562;QD=15.1049;RBI=0.010402;REFB=-0.00136431;REVB=0.00452256;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435988;STB=0.517229;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00237265;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:38:39:29:29:0.426471:15:14:20:18:15:14:20:19 chr1 225569241 . T A,G 2004.28 PASS AF=0.0496454,0.914894;AO=7,128;DP=141;FAO=7,129;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=0,80;FSAR=7,49;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0115861,0.0117084;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=157.174,204.629;QD=56.859;RBI=0.0260992,0.0294213;REFB=0.00257202,-0.0282702;REVB=0.0233865,0.0269912;RO=5;SAF=0,80;SAR=7,48;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0469625;STB=0.5,0.524268;STBP=1,0.008;TYPE=snp,snp;VARB=0.132576,0.000352305;OID=.,.;OPOS=225569241,225569241;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:141:141:5:5:7,128:7,129:0.0496454,0.914894:7,48:0,80:0:5:7,49:0,80:0:5 chr1 225580093 . G C 502.48 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0132675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.548;QD=19.7051;RBI=0.014364;REFB=-0.00733847;REVB=0.00550449;RO=50;SAF=21;SAR=30;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801947;STB=0.538153;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00806518;OID=.;OPOS=225580093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:50:50:51:52:0.509804:30:21:25:25:30:22:25:25 chr1 225590236 . T A 67.91 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0260159;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.733;QD=12.3466;RBI=0.0261737;REFB=-0.00835522;REVB=-0.00286936;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242158;STB=0.643262;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0100288;OID=.;OPOS=225590236;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:4:9:4:5:4:9 chr1 225600169 . C T 228.97 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00755999;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.922;QD=21.2998;RBI=0.0119241;REFB=-0.023729;REVB=-0.00922125;RO=21;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21385;STB=0.62129;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.025433;OID=.;OPOS=225600169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:5:17:12:9:5:17:12:9 chr1 225601647 . C T 214.37 PASS AF=0.525;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00609905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.221;QD=21.4367;RBI=0.0156405;REFB=-0.0189813;REVB=-0.0144023;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14958;STB=0.602317;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0386274;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:19:20:21:0.525:9:11:13:5:10:11:14:5 chr1 225607144 . C T 879.03 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252102;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.739;QD=57.6411;RBI=0.00489978;REFB=0;REVB=-0.00420146;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05973e-06;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:26:33:0:0:28:33:0:0 chr1 225609884 . A G 788.84 PASS AF=0.456989;AO=80;DP=185;FAO=85;FDP=186;FR=.;FRO=101;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.00342119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.947;QD=16.9642;RBI=0.0133025;REFB=-0.0101969;REVB=-0.012855;RO=89;SAF=45;SAR=35;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201828;STB=0.598591;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00936368;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:89:101:80:85:0.456989:35:45:31:58:35:50:41:60 chr1 225611661 . C T 1823.79 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.022;QD=60.2906;RBI=0.0313567;REFB=0.0116627;REVB=-0.00793244;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000136501;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:0:1:118:120:0.991736:58:60:0:0:59:61:0:1 chr1 225675003 . A G 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0325576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.136;QD=14.3244;RBI=0.0326219;REFB=-0.0184579;REVB=0.00204702;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221299;STB=0.616358;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0441868;OID=.;OPOS=225675003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:13:15:12:26:13:15:13:26 chr1 225682560 . G A 123.93 PASS AF=0.466667;AO=15;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0314591;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5151;QD=16.524;RBI=0.0639348;REFB=-0.051461;REVB=-0.0556595;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212664;STB=0.611489;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0235113;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:15:14:0.466667:5:10:7:9:5:9:7:9 chr1 225685473 . T C 234.09 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0118376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.561;QD=10.7628;RBI=0.0684463;REFB=0.0112329;REVB=0.0674149;RO=58;SAF=10;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16385;STB=0.595642;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.020894;OID=.;OPOS=225685473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:19:10:28:30:19:10:28:30 chr1 225706943 . C T 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.0156839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.084;QD=14.051;RBI=0.015687;REFB=-0.0308521;REVB=0.000314731;RO=60;SAF=28;SAR=10;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485089;STB=0.502761;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0514531;OID=.;OPOS=225706943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:10:28:44:16:10:28:44:16 chr1 226016558 . G C 298.13 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0180044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.793;QD=20.921;RBI=0.0234874;REFB=-0.0161998;REVB=-0.0150832;RO=25;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136464;STB=0.587727;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00882288;OID=.;OPOS=226016558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:26:31:31:0.54386:9:22:14:11:9:22:14:12 chr1 226019633 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00387539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9698;QD=13.8993;RBI=0.0152565;REFB=-0.00336321;REVB=0.0147561;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177524;STB=0.510136;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.006781;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:11:13:19:15:11:13:19:15 chr1 226019653 . G A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00426371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.705;QD=26.4613;RBI=0.00489129;REFB=-0.00538405;REVB=-0.00239697;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879023;STB=0.548698;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00380582;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:10:16:9:9:10:16:9:9 chr1 226026406 . A G 227.28 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0268524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.974;QD=24.5703;RBI=0.0273357;REFB=-0.0302483;REVB=-0.00511747;RO=13;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254344;STB=0.603032;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0180492;OID=.;OPOS=226026406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:13:15:21:22:0.594595:17:4:0:13:17:5:1:14 chr1 226027659 . C T 446.71 PASS AF=0.431034;AO=49;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0243376;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.2681;QD=15.4038;RBI=0.0269369;REFB=-0.00262672;REVB=-0.0115446;RO=65;SAF=20;SAR=29;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223726;STB=0.613189;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00341955;OID=.;OPOS=226027659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:66:49:50:0.431034:29:20:41:24:29:21:41:25 chr1 226032229 . C T 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0427245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7555;QD=8.90087;RBI=0.0439513;REFB=-0.00463799;REVB=-0.0103115;RO=39;SAF=17;SAR=1;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480867;STB=0.827218;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0170046;OID=.;OPOS=226032229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:41:18:18:0.305085:1:17:29:10:1:17:29:12 chr1 226033030 . G C 65.34 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0240961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4092;QD=10.8897;RBI=0.0241036;REFB=0.0334908;REVB=0.000601055;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528187;STB=0.826739;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0503015;OID=.;OPOS=226033030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:8:7:8:1:8:7 chr1 226034774 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00375826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.289;QD=15.262;RBI=0.0271925;REFB=-0.0338762;REVB=-0.0269315;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723649;STB=0.542102;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.03653;OID=.;OPOS=226034774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:10:6:4:9:10:6 chr1 226041438 . C T 329.7 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00334207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9584;QD=20.9336;RBI=0.0104395;REFB=-0.0106723;REVB=-0.00989012;RO=29;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645453;STB=0.535658;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0151996;OID=.;OPOS=226041438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:13:21:20:9:13:21:20:9 chr1 226046974 . T C 305.82 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00508825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.441;QD=13.5921;RBI=0.0102486;REFB=-0.00740308;REVB=-0.00889627;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201611;STB=0.512813;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0168135;OID=.;OPOS=226046974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:55:27:35:0.388889:11:16:15:23:19:16:24:31 chr1 226055595 . G A 88.81 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0177997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7262;QD=8.66453;RBI=0.028365;REFB=-0.0246281;REVB=-0.0220849;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206237;STB=0.633582;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0923089;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:41:41:25:29:10:11:0.268293:4:6:19:6:5:6:21:8 chr1 226074569 . T G 179.62 PASS AF=0.387755;AO=20;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0631493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5368;QD=14.6627;RBI=0.0755839;REFB=-0.0548556;REVB=-0.0415343;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701609;STB=0.520526;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0906067;OID=.;OPOS=226074569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:20:19:0.387755:7:13:17:12:7:12:18:12 chr1 226076669 . C T 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00904935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.215;QD=17.5868;RBI=0.00911885;REFB=-0.0213483;REVB=-0.00112374;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0259167;OID=.;OPOS=226076669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:11:17:13:9:11:17 chr1 226474132 . G A 1097.39 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00550999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.96;QD=57.7573;RBI=0.00792934;REFB=0.0269063;REVB=-0.00570215;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129566;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000600597;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:1:1:72:75:0.986842:36:36:1:0:37:38:1:0 chr1 226555302 . A G 471.3 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0385944;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.044;QD=18.1269;RBI=0.0621374;REFB=-0.0164413;REVB=-0.0486983;RO=54;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310598;STB=0.517235;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0194997;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:54:54:50:50:0.480769:22:28:32:22:22:28:32:22 chr1 226570840 . T C 355.99 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0139106;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=178.336;QD=18.0246;RBI=0.0143366;REFB=-0.00613331;REVB=0.00346886;RO=38;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16093;STB=0.589311;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00948702;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:38:41:37:38:0.481013:14:23:17:21:14:24:19:22 chr1 226573364 . A G 556.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.141;QD=60.1642;RBI=0.0549798;REFB=0;REVB=0.0264169;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251595;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr1 226589833 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.013163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.491;QD=18.7441;RBI=0.0265117;REFB=-0.00197627;REVB=-0.0230131;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120201;STB=0.571204;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00117105;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:3:1:1:6:3:1 chr1 226589958 . G A 119.09 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00762063;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.826;QD=12.5362;RBI=0.0123399;REFB=-0.00120364;REVB=-0.00970564;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144899;STB=0.593081;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00218833;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:24:14:14:0.368421:4:10:13:9:4:10:14:10 chr1 226923264 . G A 265.58 PASS AF=0.565217;AO=17;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0502405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3633;QD=23.0935;RBI=0.10132;REFB=-0.0827018;REVB=0.0879863;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190375;STB=0.568909;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0784898;OID=.;OPOS=226923264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:17:26:0.565217:13:4:5:15:21:5:6:14 chr1 226923505 . G T 941.82 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.258;QD=57.0798;RBI=0.0107853;REFB=-0.102805;REVB=0.00274002;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013692;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000240384;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:31:34:1:0:31:34:1:0 chr1 226923938 . A C 491.09 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0268019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.943;QD=19.8418;RBI=0.0279606;REFB=-0.0124985;REVB=-0.00796585;RO=51;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143499;STB=0.57972;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0134616;OID=.;OPOS=226923938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:19:29:23:28:19:29:23:28 chr1 226924875 . ACTGCCGCTG A,GCTCACGCTA 49.91 PASS AF=0.666667,0.166667;AO=5,2;DP=8;FAO=8,2;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6,2;FSAR=2,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0133474,0.00761404;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=179.17,384.374;QD=16.6352;RBI=0.0139384,0.00867213;REFB=-0.0617312,-0.0411499;REVB=-0.00401584,-0.00415117;RO=1;SAF=3,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.169284,0.697199;STB=0.562335,0.992443;STBP=0.557,0.312;TYPE=del,mnp;VARB=0.0446784,0.0337624;OID=.,.;OPOS=226924876,226924875;OREF=CTGCCGCTG,ACTGCCGCTG;OALT=-,GCTCACGCTA;OMAPALT=A,GCTCACGCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:8:12:1:2:5,2:8,2:0.666667,0.166667:2,0:3,2:0:1:2,0:6,2:1:1 chr1 227069677 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.295;QD=59.0187;RBI=0.0280689;REFB=0;REVB=-0.00881089;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25962e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 227071525 . C T 457.05 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0104402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2178;QD=23.1416;RBI=0.0104421;REFB=0.00516263;REVB=-0.000197819;RO=35;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126809;STB=0.569589;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00266376;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:22:22:23:12:22:22:23:12 chr1 227172290 . C T 301.37 PASS AF=0.425;AO=32;DP=78;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00638781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4696;QD=15.0687;RBI=0.00642214;REFB=-0.0108839;REVB=0.000663131;RO=46;SAF=25;SAR=7;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332069;STB=0.672678;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0150532;OID=.;OPOS=227172290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:46:46:32:34:0.425:7:25:23:23:8:26:23:23 chr1 227174210 . T C 579.93 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00472984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.226;QD=20.3483;RBI=0.00645826;REFB=-0.014428;REVB=0.00439747;RO=55;SAF=36;SAR=23;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586721;STB=0.532336;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0173385;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:23:36:30:25:23:36:30:25 chr1 227177731 . A T 470.16 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.00740959;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.08;QD=14.3562;RBI=0.00904636;REFB=-0.0115977;REVB=0.00518986;RO=78;SAF=36;SAR=17;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145347;STB=0.582239;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0139409;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:78:78:53:53:0.40458:17:36:43:35:17:36:43:35 chr1 227178127 . A G 191.24 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00307029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.442;QD=18.6573;RBI=0.00400641;REFB=-0.0161657;REVB=0.00257385;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335535;STB=0.6824;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0122886;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:19:20:0.487805:7:12:5:15:7:13:6:15 chr1 227178948 . G A 659.83 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0403498;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4344;QD=56.1557;RBI=0.0505425;REFB=0.00936224;REVB=-0.0304374;RO=4;SAF=18;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935784;STB=0.536569;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0103406;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:4:3:43:44:0.93617:25:18:4:0:25:19:3:0 chr1 227178962 . T C 228.25 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0237714;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.582;QD=21.2323;RBI=0.0375225;REFB=-0.00443507;REVB=-0.0290321;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454009;STB=0.74702;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0149994;OID=.;OPOS=227178962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:21:22:22:0.511628:17:5:15:5:17:5:15:6 chr1 227182033 . G A 727.43 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.589;QD=57.0531;RBI=0.0666298;REFB=0;REVB=0.0660677;RO=0;SAF=40;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97848e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259329;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:44:51:1:4:40:0:0:8:43:0:0 chr1 227182575 . A G 1377.26 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.015;QD=62.6028;RBI=0.00682748;REFB=0;REVB=-0.00668938;RO=1;SAF=51;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920098;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.142e-05;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:36:51:1:0:36:52:0:0 chr1 227216662 . T C 833.47 PASS AF=0.898551;AO=61;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.000746684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9038;QD=48.3171;RBI=0.0660736;REFB=-0.0742175;REVB=0.0660694;RO=8;SAF=42;SAR=19;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770242;STB=0.528293;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00567893;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:69:69:8:7:61:62:0.898551:19:42:3:5:20:42:3:4 chr1 227216775 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.909;QD=60.0308;RBI=0.0110918;REFB=0;REVB=0.000968877;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23889e-05;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr1 227221123 . G A 323.75 PASS AF=0.557377;AO=32;DP=59;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00358354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.255;QD=21.2295;RBI=0.00361874;REFB=0.000354389;REVB=-0.000503517;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633087;STB=0.523206;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-6.03833e-05;OID=.;OPOS=227221123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:27:32:34:0.557377:13:19:18:9:13:21:18:9 chr1 227681475 . T C 2926.91 PASS AF=0.979381;AO=164;DP=196;FAO=190;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=88;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0401499;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8231;QD=60.3486;RBI=0.0870095;REFB=0.0297308;REVB=0.0771923;RO=3;SAF=63;SAR=101;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139229;STB=0.507246;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000242292;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:196:194:3:3:164:190:0.979381:101:63:0:3:102:88:0:3 chr1 227920165 . G A 418.83 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.00993014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.583;QD=13.0885;RBI=0.0156776;REFB=-0.0072879;REVB=0.0121318;RO=79;SAF=22;SAR=27;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768879;STB=0.543546;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.010357;OID=.;OPOS=227920165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:79:79:49:49:0.382812:27:22:30:49:27:22:30:49 chr1 227935762 . G A 335.26 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00671455;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7475;QD=16.5561;RBI=0.0350494;REFB=-0.00697479;REVB=0.0344002;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550742;STB=0.503095;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00885926;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:21:24:19:17:21:24 chr1 228033197 . A G 1400.97 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218352;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.255;QD=62.9651;RBI=0.0459798;REFB=0;REVB=0.0459279;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308734;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr1 228113163 . A G 211.67 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0376602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.906;QD=12.4512;RBI=0.0531928;REFB=-0.0151997;REVB=-0.0375657;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135598;STB=0.587088;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0303736;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:25:26:0.382353:10:15:20:22:10:16:20:22 chr1 228294567 . C T 703.29 PASS AF=0.544;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.00245676;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.081;QD=22.5052;RBI=0.0061414;REFB=-0.0251637;REVB=-0.0056286;RO=57;SAF=35;SAR=33;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136115;STB=0.574422;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0197314;OID=.;OPOS=228294567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:57:57:68:68:0.544:33:35:20:37:33:35:20:37 chr1 228347352 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00929384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.57;QD=45.8068;RBI=0.0104209;REFB=0;REVB=0.00471376;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49895e-05;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr1 228352160 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.647;QD=40.7624;RBI=0.0446864;REFB=0;REVB=0.0331979;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129917;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 228399482 . C G 748.36 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00919686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.887;QD=49.0726;RBI=0.0201062;REFB=-0.0380629;REVB=0.0178796;RO=2;SAF=39;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014993;STB=0.509275;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00184523;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:61:61:2:5:56:56:0.918033:17:39:1:1:17:39:3:2 chr1 228399766 . T C 520.14 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.871;QD=59.4441;RBI=0.0261797;REFB=0;REVB=0.0250579;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06764e-05;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr1 228402047 . A G 2702.18 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100203;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.411;QD=62.478;RBI=0.0506699;REFB=0;REVB=-0.0496692;RO=0;SAF=100;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273916;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:72:100:0:0:72:101:0:0 chr1 228402121 . A G 2277.39 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0872166;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.2;QD=63.7031;RBI=0.087527;REFB=0;REVB=-0.00736474;RO=0;SAF=84;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95996e-05;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:59:84:0:0:59:84:0:0 chr1 228412227 . T C 154.42 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0442773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0063;QD=10.6498;RBI=0.0562389;REFB=-0.00411745;REVB=-0.0346748;RO=37;SAF=14;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190609;STB=0.622095;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00934967;OID=.;OPOS=228412227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:6:14:20:17:6:14:20:18 chr1 228412308 . G A 285.61 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00961534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.363;QD=15.4382;RBI=0.012104;REFB=-0.0119872;REVB=-0.00735206;RO=41;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335237;STB=0.698874;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00805159;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:10:21:14:27:10:22:14:28 chr1 228431095 . A G 352.65 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.016369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.417;QD=21.0535;RBI=0.0226589;REFB=-0.0151066;REVB=0.0156679;RO=30;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304565;STB=0.527457;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0104289;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:36:36:0.537313:12:24:19:11:12:24:19:12 chr1 228433217 . A G 373.08 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0204345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.479;QD=28.1569;RBI=0.0204558;REFB=-0.0246559;REVB=0.00093388;RO=18;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043436;STB=0.523693;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0116117;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:18:17:10:8:18:17:10:8 chr1 228433346 . C T 411.0 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0100725;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5809;QD=22.8335;RBI=0.0402887;REFB=-0.0354443;REVB=0.0390093;RO=31;SAF=15;SAR=25;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282507;OID=.;OPOS=228433346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:72:31:32:40:40:0.555556:25:15:11:20:25:15:12:20 chr1 228434395 . T C 391.11 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00452675;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.444;QD=14.4856;RBI=0.014851;REFB=-0.0204796;REVB=-0.0141443;RO=60;SAF=24;SAR=21;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151742;STB=0.588197;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0228625;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:60:63:45:45:0.416667:21:24:23:37:21:24:24:39 chr1 228434467 . T C 275.27 PASS AF=0.445946;AO=29;DP=76;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00198616;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.313;QD=14.8793;RBI=0.0125364;REFB=-0.00610083;REVB=0.0123781;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213984;STB=0.575712;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00847525;OID=.;OPOS=228434467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:35:41:29:33:0.445946:11:18:14:21:14:19:18:23 chr1 228437772 . G A 263.36 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0173312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.969;QD=15.0489;RBI=0.135308;REFB=-0.023986;REVB=0.134193;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310095;STB=0.679446;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0275612;OID=.;OPOS=228437772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:40:29:30:0.428571:17:12:29:11:18:12:29:11 chr1 228444565 . T A 782.18 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.212;QD=63.8512;RBI=0.0260039;REFB=0;REVB=0.0212809;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55426e-05;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:29:18:0:0:31:18:0:0 chr1 228451826 . C T 183.45 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0264751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9646;QD=16.3067;RBI=0.0280452;REFB=-0.064041;REVB=-0.00925234;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853572;STB=0.537344;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0774393;OID=.;OPOS=228451826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:19:19:0.422222:10:9:14:11:10:9:14:12 chr1 228452032 . G A 237.04 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00857648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.899;QD=17.8896;RBI=0.0748929;REFB=-0.0288124;REVB=0.0744002;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306291;STB=0.50819;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0220816;OID=.;OPOS=228452032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:14:11:11:16:15:11:11:16 chr1 228456147 . T C 92.73 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0138906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8523;QD=5.37579;RBI=0.0425294;REFB=-0.0148702;REVB=-0.040197;RO=54;SAF=7;SAR=8;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132706;STB=0.583384;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0632075;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:8:7:31:23:8:7:31:23 chr1 228461095 . G A 233.4 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0466155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5249;QD=16.9749;RBI=0.0845866;REFB=-0.00574113;REVB=0.0705825;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116267;STB=0.56541;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0066559;OID=.;OPOS=228461095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:17:12:14:12:17:12 chr1 228461129 . A G 242.93 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00465921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0123;QD=22.5977;RBI=0.059039;REFB=-0.007757;REVB=-0.0588549;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213713;STB=0.619729;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0137421;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:15:8:12:8:15:8:12:8 chr1 228464248 . T G 355.13 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0327771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.463;QD=24.4919;RBI=0.0336754;REFB=-0.0248274;REVB=0.00772605;RO=23;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395863;STB=0.517117;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0203613;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:23:34:35:0.603448:12:22:16:7:12:23:16:7 chr1 228464276 . T C 360.17 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00972937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.07;QD=22.8677;RBI=0.0246052;REFB=-0.0388842;REVB=-0.0225999;RO=26;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562096;STB=0.536566;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0208165;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:36:36:0.571429:12:24:19:7:12:24:20:7 chr1 228468458 . G A 344.69 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0168844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.423;QD=19.1493;RBI=0.0622399;REFB=-0.0160657;REVB=0.0599059;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129496;STB=0.57219;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0120174;OID=.;OPOS=228468458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:13:23:18:18:13:23:18:18 chr1 228475848 . G A 295.6 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.00292918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.19;QD=15.3559;RBI=0.0767679;REFB=-0.00980183;REVB=0.076712;RO=44;SAF=24;SAR=9;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15832;STB=0.588376;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0166692;OID=.;OPOS=228475848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:9:24:37:7:9:24:37:7 chr1 228480282 . A G 339.28 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.0148442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.105;QD=20.5623;RBI=0.0158113;REFB=-0.0223682;REVB=0.00544481;RO=29;SAF=25;SAR=9;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104495;STB=0.562467;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.020843;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:31:34:35:0.530303:9:25:24:5:9:26:26:5 chr1 228482010 . C T 695.07 PASS AF=0.449102;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=-0.00592427;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.917;QD=16.6484;RBI=0.0190425;REFB=-0.0124871;REVB=0.0180975;RO=85;SAF=41;SAR=34;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983208;STB=0.553101;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.012778;OID=.;OPOS=228482010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:85:92:75:75:0.449102:34:41:55:30:34:41:59:33 chr1 228492044 . G A 199.36 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00233574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4379;QD=27.4977;RBI=0.041104;REFB=-0.0135441;REVB=0.0410376;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111712;STB=0.561978;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00815698;OID=.;OPOS=228492044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:4:6:8:11:4:6 chr1 228494790 . G A 497.86 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0247967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.538;QD=19.7173;RBI=0.0250935;REFB=-0.0171137;REVB=-0.00384837;RO=50;SAF=20;SAR=31;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0073501;STB=0.504063;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0217713;OID=.;OPOS=228494790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:31:20:20:30:31:20:20:30 chr1 228503677 . A G 461.73 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0201759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.418;QD=21.4758;RBI=0.0486478;REFB=-0.0297971;REVB=-0.0442666;RO=41;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411449;STB=0.522717;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0276272;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:23:22:22:19:23:22:22:19 chr1 228504472 . T C 502.19 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0314977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6198;QD=22.0743;RBI=0.0317001;REFB=-0.0283156;REVB=0.00357711;RO=43;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423409;STB=0.523355;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0143908;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:20:28:23:20:20:28:23:20 chr1 228504670 . C T 201.29 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0265227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0812;QD=28.7562;RBI=0.0265907;REFB=-0.0514663;REVB=0.00190014;RO=9;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046701;STB=0.525869;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0295706;OID=.;OPOS=228504670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:7:12:5:4:7:12:5:4 chr1 228505668 . C G 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00703956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.704;QD=13.9775;RBI=0.0240881;REFB=-0.00872174;REVB=-0.0230366;RO=53;SAF=27;SAR=8;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774289;STB=0.554762;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0166145;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:8:27:38:15:8:27:38:16 chr1 228505699 . T C 101.12 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00818858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9408;QD=8.60614;RBI=0.0179153;REFB=-0.0203184;REVB=-0.0159344;RO=34;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311419;STB=0.693111;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.059396;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:10:3:16:18:10:3:16:18 chr1 228509427 . A G 515.49 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0694886;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7245;QD=21.7046;RBI=0.0780692;REFB=-0.0496853;REVB=-0.0355828;RO=43;SAF=27;SAR=21;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781296;STB=0.518511;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0466641;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:43:46:48:49:0.515789:21:27:28:15:21:28:28:18 chr1 228520973 . C G 115.36 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0272461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2618;QD=8.23998;RBI=0.0333218;REFB=-0.00961595;REVB=-0.0191831;RO=40;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234618;STB=0.641418;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0251154;OID=.;OPOS=228520973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:6:10:17:23:6:10:17:23 chr1 228524961 . C A 761.27 PASS AF=0.528986;AO=72;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00090007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.091;QD=22.0659;RBI=0.00575246;REFB=-0.0192145;REVB=0.00568161;RO=64;SAF=30;SAR=42;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590598;STB=0.524993;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0168376;OID=.;OPOS=228524961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:64:65:72:73:0.528986:42:30:31:33:42:31:31:34 chr1 228526665 . T C 789.24 PASS AF=0.371542;AO=94;DP=254;FAO=94;FDP=253;FR=.;FRO=159;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=93;FSRR=66;FWDB=0.00856403;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.742;QD=12.4781;RBI=0.0145502;REFB=-0.022019;REVB=-0.0117629;RO=159;SAF=43;SAR=51;SRF=94;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147824;STB=0.579577;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0430817;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:159:159:94:94:0.371542:51:43:94:65:51:43:93:66 chr1 228528563 . C G 365.8 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0050616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.966;QD=18.7589;RBI=0.00619957;REFB=-0.0183979;REVB=-0.00357978;RO=40;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683754;STB=0.538;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0190592;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:15:23:27:13:15:23:27:13 chr1 228547901 . C T 506.59 PASS AF=0.509804;AO=50;DP=100;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0205632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.078;QD=19.8661;RBI=0.0236427;REFB=-0.00583391;REVB=0.0116675;RO=50;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108387;STB=0.55767;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00782905;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:50:50:50:52:0.509804:28:22:28:22:29:23:28:22 chr1 228555653 . TG T 30.27 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0272886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3753;QD=3.10453;RBI=0.0531002;REFB=-0.0352172;REVB=0.0455517;RO=27;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.233645;SSSB=0.583878;STB=0.864258;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.0644887;OID=.;OPOS=228555654;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641:10:38:10:39:29:8:2:7:22:30:27:8:2:7:20 chr1 228558891 . CCGGG CCGG,CCGGC,CGG 484.79 PASS AF=1,0,0;AO=30,2,6;DP=40;FAO=40,0,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,0;FSAR=29,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748459,-0.132373,-0.149504;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=17.2793,5.55283,7.83293;QD=48.4786;RBI=0.0842771,0.147134,0.151964;REFB=-0.0265567,-0.0492228,0.0239825;REVB=-0.0387392,0.0642332,-0.0272335;RO=1;SAF=5,2,4;SAR=25,0,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.384615,0,0.416667;SSSB=0.0182905,0.697199,0.171372;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00432084,0,0;OID=.,.,.;OPOS=228558893,228558895,228558892;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGG,CCGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:30,2,6:40:40,0,0:40:0:11,0,0:29,0,0:0:0:3:1:5,2,4:25,0,2:0:1 chr1 228559994 . C T 450.86 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0354895;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.547;QD=15.9595;RBI=0.036557;REFB=-0.00620576;REVB=-0.00877005;RO=63;SAF=29;SAR=21;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726859;STB=0.540679;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00536185;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:63:63:50:50:0.442478:21:29:32:31:21:29:32:31 chr1 228560034 . C T 352.51 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.028337;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.836;QD=17.8485;RBI=0.0305049;REFB=-0.00916007;REVB=-0.0112943;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121699;STB=0.573731;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00753636;OID=.;OPOS=228560034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:36:37:0.468354:16:20:18:24:16:21:18:24 chr1 228560139 . A G 192.53 PASS AF=0.894737;AO=19;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0185387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.322;QD=40.532;RBI=0.0223095;REFB=-0.00357424;REVB=-0.0124109;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624835;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00128694;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:0:2:19:17:0.894737:5:14:0:0:3:14:0:2 chr1 228560700 . T C 1004.4 PASS AF=0.439834;AO=105;DP=239;FAO=106;FDP=241;FR=.;FRO=135;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=66;FSRR=69;FWDB=-0.0465909;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5907;QD=16.6706;RBI=0.0939009;REFB=0.00327605;REVB=-0.0815271;RO=133;SAF=42;SAR=63;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985544;STB=0.547468;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0050362;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:241:133:135:105:106:0.439834:63:42:66:67:63:43:66:69 chr1 228612838 . G T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.22;QD=62.3479;RBI=0.0159613;REFB=0;REVB=0.000179955;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99558e-05;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 228699477 . T C 211.12 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0563133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7371;QD=15.6386;RBI=0.0617322;REFB=-0.0226016;REVB=-0.0252919;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146536;STB=0.570698;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0365532;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:24:24:0.444444:11:13:20:9:11:13:20:10 chr1 228743499 . C A 2533.3 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=122;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0716737;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.738;QD=61.0435;RBI=0.0717567;REFB=-0.114144;REVB=-0.00345122;RO=1;SAF=122;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038851;STB=0.502041;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000393892;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:166:1:1:165:165:0.993976:43:122:1:0:43:122:1:0 chr1 228783671 . C T 442.03 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.040534;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.183;QD=22.3813;RBI=0.0424519;REFB=0.00778577;REVB=0.012616;RO=35;SAF=25;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00832985;STB=0.513967;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00725493;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:36:43:43:0.544304:18:25:20:15:18:25:22:14 chr1 229386237 . T A 199.12 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0240014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.338;QD=13.4999;RBI=0.0263717;REFB=-0.0300245;REVB=0.0109272;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389248;STB=0.539139;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0494773;OID=.;OPOS=229386237;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:35:23:24:0.40678:9:14:20:11:9:15:24:11 chr1 229460246 . A T 585.84 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0344115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.611;QD=18.3075;RBI=0.0514602;REFB=-0.0243388;REVB=-0.0382623;RO=66;SAF=32;SAR=29;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230927;STB=0.516785;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.024338;OID=.;OPOS=229460246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:66:67:61:61:0.476562:29:32:33:33:29:32:33:34 chr1 229461024 . C T 409.31 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00848521;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.547;QD=15.1597;RBI=0.013567;REFB=0.0106031;REVB=0.010586;RO=57;SAF=17;SAR=29;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208452;STB=0.630378;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0124604;OID=.;OPOS=229461024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:57:62:46:46:0.425926:29:17:33:24:29:17:37:25 chr1 229546425 . C T 527.64 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00352405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.802;QD=22.2163;RBI=0.0178773;REFB=-0.0238171;REVB=-0.0175265;RO=45;SAF=24;SAR=25;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955116;STB=0.556653;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0204788;OID=.;OPOS=229546425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:45:49:50:0.526316:25:24:27:18:26:24:27:18 chr1 229663064 . GAGGAA G 165.33 PASS AF=0.695652;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00722535;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=5;MLLD=197.454;QD=28.7525;RBI=0.0334616;REFB=-0.038826;REVB=0.0326722;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.514268;STBP=0.892;TYPE=del;VARB=0.0208782;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:15:19:16:23:7:4:12:2:5:48:0:4:11:0:0 chr1 229730452 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3874;QD=55.6522;RBI=0.0308597;REFB=0;REVB=0.0289633;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276305;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr1 229738170 . T G 1520.49 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00326071;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.856;QD=62.7006;RBI=0.0234255;REFB=0.0448138;REVB=0.0231974;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111562;STB=0.505881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=6.02379e-06;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:1:1:95:96:0.989691:53:42:1:0:54:42:1:0 chr1 229738235 . C CA 851.69 PASS AF=1;AO=9;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076238;FXX=0.0163908;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.222;QD=56.7797;RBI=0.0762895;REFB=0;REVB=-0.00280457;RO=53;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216258;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.83235e-05;OID=.;OPOS=229738236;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:62:60:60:0:35:25:0:0:5:53:4:5:33:20 chr1 229738236 . G A 667.23 PASS AF=0.84127;AO=53;DP=63;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00324406;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=114.156;QD=42.3639;RBI=0.0073173;REFB=-0.0862805;REVB=-0.00655888;RO=10;SAF=33;SAR=20;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383347;STB=0.520497;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000990367;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:63:63:10:10:53:53:0.84127:20:33:5:5:20:33:5:5 chr1 229772693 . T G 353.94 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.024;QD=54.452;RBI=0.071996;REFB=0;REVB=0.0303588;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043009;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:13:13:0:0 chr1 229790048 . A G 3151.5 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0679;QD=63.9899;RBI=0.0870982;REFB=0;REVB=-0.0865641;RO=0;SAF=87;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293951;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:196:197:1:109:87:0:0:109:88:0:0 chr1 230384937 . T C 366.17 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00383008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.749;QD=21.2272;RBI=0.0070322;REFB=-0.0233683;REVB=0.00589765;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076723;STB=0.54235;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0190336;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:16:21:21:11:16:21:21:11 chr1 230384970 . G A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00547094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.607;QD=16.5617;RBI=0.00549162;REFB=-0.0182204;REVB=0.00047615;RO=30;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205718;STB=0.626276;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0110635;OID=.;OPOS=230384970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:8:19:15:15:8:19:15:16 chr1 230415293 . C T 360.26 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00880403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.073;QD=32.0229;RBI=0.00958004;REFB=-0.0115176;REVB=-0.00377708;RO=15;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206014;STB=0.511271;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0122057;OID=.;OPOS=230415293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:17:13:7:8:17:13:7:8 chr1 230417557 . T C 573.43 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00570559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.669;QD=55.9443;RBI=0.0261104;REFB=-0.0500841;REVB=0.0254794;RO=1;SAF=30;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153742;STB=0.518125;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.000333441;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:1:2:39:39:0.95122:9:30:1:0:9:30:1:1 chr1 230417560 . A G 617.24 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331146;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7029;QD=61.7237;RBI=0.0341958;REFB=0;REVB=0.00853087;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161485;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr1 230461079 . G A 531.75 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0433034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.463;QD=22.8708;RBI=0.0481946;REFB=0.000618127;REVB=0.021155;RO=43;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107314;STB=0.554355;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000333958;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:49:50:0.537634:22:27:29:14:22:28:29:14 chr1 230498061 . C T 220.0 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0114146;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.178;QD=13.5385;RBI=0.0216214;REFB=-0.00537227;REVB=-0.0183628;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179579;STB=0.59148;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00982381;OID=.;OPOS=230498061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:39:26:26:0.4:14:12:23:13:14:12:24:15 chr1 230498094 . A C 251.59 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.02853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6059;QD=20.5379;RBI=0.0286167;REFB=-0.024331;REVB=-0.00222668;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19247;STB=0.593143;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0266927;OID=.;OPOS=230498094;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:14:9:15:10:14:10:15:10 chr1 230829139 . A G 259.66 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00415694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5847;QD=16.7522;RBI=0.0284595;REFB=-0.0141322;REVB=0.0281543;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253269;STB=0.522169;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0162034;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:33:28:29:0.467742:12:16:18:15:12:17:18:15 chr1 230839054 . C CA 47.53 PASS AF=0.5;AO=14;DP=42;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.119786;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.2111;QD=5.00278;RBI=0.120128;REFB=-0.108328;REVB=0.009066;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563079;STB=0.52783;STBP=0.739;TYPE=ins;VARB=0.109884;OID=.;OPOS=230839055;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:42:19:38:19:12:7:11:8:47:25:8:6:13:12 chr1 230841687 . T C 1655.76 PASS AF=0.982609;AO=111;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00585518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7393;QD=57.5918;RBI=0.0400656;REFB=-0.108635;REVB=-0.0396354;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.509802;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00239623;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:0:2:111:113:0.982609:48:63:0:0:50:63:0:2 chr1 230845794 . A G 281.68 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0154464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.22;QD=17.0716;RBI=0.0156205;REFB=-0.000384131;REVB=-0.00232541;RO=32;SAF=24;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436698;STB=0.740579;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000612737;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:35:31:31:0.469697:7:24:10:22:7:24:12:23 chr1 230898494 . C T 627.53 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.0650152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6105;QD=17.3111;RBI=0.0650815;REFB=0.0199789;REVB=-0.0029374;RO=79;SAF=32;SAR=33;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886355;STB=0.545556;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.019793;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:80:65:65:0.448276:33:32:46:33:33:32:46:34 chr1 230974609 . C T 538.76 PASS AF=0.456;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00185119;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.534;QD=17.2402;RBI=0.00204016;REFB=-7.5581e-05;REVB=-0.00085752;RO=69;SAF=34;SAR=23;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749798;STB=0.537343;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000111258;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:69:68:57:57:0.456:23:34:36:33:23:34:36:32 chr1 231042732 . T A 426.0 PASS AF=0.456311;AO=43;DP=100;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.00168769;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.541;QD=16.5438;RBI=0.0212713;REFB=-0.0262795;REVB=0.0212043;RO=57;SAF=32;SAR=11;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761812;STB=0.501424;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.028558;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:57:56:43:47:0.456311:11:32:39:18:15:32:38:18 chr1 231057247 . AC CT,TC 557.83 PASS AF=0,0.495726;AO=5,45;DP=112;FAO=0,58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=0,20;FSAR=0,38;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0192279,-0.0319589;FXX=0.0249979;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=132.359,80.4096;QD=19.0711;RBI=0.0310398,0.0348263;REFB=0.00656775,-0.0205081;REVB=-0.0243671,0.0138384;RO=50;SAF=0,18;SAR=5,27;SRF=31;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.634515,-0.206733;STB=0.5,0.627583;STBP=1,0.006;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0940182,0.0218526;OID=.,.;OPOS=231057247,231057247;OREF=AC,A;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:112:117:50:59:5,45:0,58:0,0.495726:5,27:0,18:31:19:0,38:0,20:35:24 chr1 231161773 . C T 414.94 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0215869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0835;QD=19.2995;RBI=0.022352;REFB=-0.0203929;REVB=-0.00579807;RO=44;SAF=27;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217692;STB=0.621154;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0485914;OID=.;OPOS=231161773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:15:27:18:26:15:27:18:26 chr1 231298898 . C A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0427189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.006;QD=8.69808;RBI=0.0483347;REFB=-0.00132679;REVB=0.0226127;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301111;STB=0.68373;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0028402;OID=.;OPOS=231298898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:4:10:3:4:4:10 chr1 231339713 . C T 1656.27 PASS AF=0.437653;AO=179;DP=409;FAO=179;FDP=409;FR=.;FRO=230;FSAF=108;FSAR=71;FSRF=137;FSRR=93;FWDB=-0.000759881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.93;QD=16.1983;RBI=0.0109092;REFB=-0.00891679;REVB=0.0108828;RO=227;SAF=108;SAR=71;SRF=135;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090889;STB=0.504514;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0110826;OID=.;OPOS=231339713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:409:227:230:179:179:0.437653:71:108:135:92:71:108:137:93 chr1 231401902 . G A 312.46 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00345895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.263;QD=12.1343;RBI=0.0156368;REFB=-0.00799721;REVB=-0.0152494;RO=64;SAF=18;SAR=20;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117571;STB=0.511765;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0123827;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:65:38:38:0.368932:20:18:31:33:20:18:32:33 chr1 231830225 . AGCCCCCA ACGCCCCA,AGCCCCA,AGCCCCAG,CAGCCCCA 31.01 PASS AF=0,0.304348,0,0;AO=3,12,3,3;DP=47;FAO=0,14,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=0,11,0,0;FSAR=0,3,0,0;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.142628,-0.163692,-0.115888,-0.177442;FXX=0.0212721;HRUN=1,5,5,1;LEN=2,1,2,3;MLLD=39.1715,8.61761,18.0644,42.2668;QD=2.69676;RBI=0.152628,0.207127,0.168405,0.1877;REFB=-0.0320107,-0.106199,-0.056699,-0.0103093;REVB=-0.0543388,0.126911,0.12219,-0.0612002;RO=22;SAF=3,9,3,3;SAR=0,3,0,0;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0.386364,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.495784,-0.0336118,0.495784,0.495784;STB=0.5,0.528532,0.5,0.5;STBP=1,0.859,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.109294,0.0250832,0;OID=.,.,.,.;OPOS=231830226,231830227,231830231,231830225;OREF=GC,C,CA,AGC;OALT=CG,-,AG,CAG;OMAPALT=ACGCCCCA,AGCCCCA,AGCCCCAG,CAGCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:47:46:22:32:3,12,3,3:0,14,0,0:0,0.304348,0,0:0,3,0,0:3,9,3,3:17:5:0,3,0,0:0,11,0,0:26:6 chr1 231906589 . C T 211.9 PASS AF=0.36;AO=25;DP=73;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0223005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.515;QD=11.3012;RBI=0.0232805;REFB=-0.0142709;REVB=0.00668362;RO=47;SAF=20;SAR=5;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901605;STB=0.581432;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0113584;OID=.;OPOS=231906589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:47:48:25:27:0.36:5:20:35:12:5:22:35:13 chr1 232534957 . T C 393.14 PASS AF=0.506329;AO=41;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0277296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.213;QD=19.906;RBI=0.0375532;REFB=-0.0347939;REVB=0.0253241;RO=37;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376404;STB=0.505261;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0241019;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:39:41:40:0.506329:25:16:16:21:24:16:16:23 chr1 232574921 . T C 404.5 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0559057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4419;QD=17.0317;RBI=0.0667224;REFB=-0.000577878;REVB=0.0364201;RO=50;SAF=26;SAR=16;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397508;STB=0.541647;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000589452;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:53:42:42:0.442105:16:26:29:21:16:26:29:24 chr1 232650750 . A G 438.77 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0275864;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.63;QD=17.9091;RBI=0.0276256;REFB=-0.0123046;REVB=-0.00147137;RO=51;SAF=27;SAR=19;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236298;STB=0.625931;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0119596;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:52:46:46:0.469388:19:27:17:34:19:27:18:34 chr1 232650867 . C T 282.37 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=68;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00729339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.796;QD=15.6875;RBI=0.036389;REFB=-0.0268119;REVB=-0.0356506;RO=40;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142738;STB=0.605194;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.032436;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:40:40:28:32:0.444444:9:19:22:18:9:23:22:18 chr1 232940863 . G A 541.92 PASS AF=0.357143;AO=66;DP=182;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.0388097;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.343;QD=11.9103;RBI=0.0409535;REFB=-0.00897497;REVB=-0.0130765;RO=116;SAF=38;SAR=28;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104669;STB=0.563087;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0155395;OID=.;OPOS=232940863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:116:117:66:65:0.357143:28:38:56:60:27:38:57:60 chr1 232940953 . T C 383.28 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0187128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.383;QD=12.3639;RBI=0.0226272;REFB=-0.0102343;REVB=-0.012721;RO=76;SAF=24;SAR=22;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669267;STB=0.537799;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0180727;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:76:78:46:46:0.370968:22:24:35:41:22:24:36:42 chr1 232941677 . G T 432.34 PASS AF=0.472727;AO=39;DP=96;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=6;FWDB=0.00785486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3054;QD=15.7213;RBI=0.110414;REFB=0.00461817;REVB=0.110134;RO=53;SAF=30;SAR=9;SRF=48;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227325;STB=0.639955;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00187819;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:110:53:58:39:52:0.472727:9:30:48:5:16:36:52:6 chr1 232942251 . A G 343.17 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00753391;FXX=0.0483793;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.651;QD=23.2656;RBI=0.0119438;REFB=-0.0454577;REVB=-0.00926798;RO=23;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103418;STB=0.552682;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0326825;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:23:25:34:34:0.576271:15:19:16:7:15:19:17:8 chr1 232942546 . A G 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00234113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.531;QD=20.5423;RBI=0.00714103;REFB=0.00698648;REVB=0.00674636;RO=36;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243333;STB=0.634797;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00396963;OID=.;OPOS=232942546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:25:14:23:13:25:14:23:13 chr1 232944007 . T A 46.37 PASS AF=0.116438;AO=18;DP=150;FAO=17;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=129;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=49;FWDB=-0.0580511;FXX=0.0266649;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.1029;QD=1.2703;RBI=0.155404;REFB=-0.0349738;REVB=-0.144154;RO=92;SAF=2;SAR=16;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60271;STB=0.905315;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.256009;OID=.;OPOS=232944007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:150:146:92:129:18:17:0.116438:16:2:55:37:15:2:80:49 chr1 232944569 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0122916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.056;QD=16.4079;RBI=0.0131341;REFB=-0.00384263;REVB=-0.00462833;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165938;STB=0.583256;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00525851;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:10:11:10:18:10:11:11:18 chr1 232945039 . G A 83.53 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00690794;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.271;QD=9.03018;RBI=0.021363;REFB=-0.00306049;REVB=0.0202153;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240053;STB=0.611454;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0177301;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:37:21:26:10:11:0.297297:4:6:8:13:5:6:10:16 chr1 232967889 . T C 969.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.319;QD=57.9035;RBI=0.0380638;REFB=0;REVB=0.0175843;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40042e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:23:43:0:0:23:44:0:0 chr1 233086483 . GCC G,GC,GGC 284.74 PASS AF=0.136364,0.727273,0;AO=7,24,5;DP=44;FAO=6,32,0;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=2,17,0;FSAR=4,15,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0838344,-0.177108,-0.185425;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=13.6954,11.3236,7.73288;QD=25.8856;RBI=0.0932218,0.191127,0.187698;REFB=-0.00764684,-0.0135677,-0.0219395;REVB=-0.0407689,-0.0718498,-0.0291249;RO=5;SAF=3,11,4;SAR=4,13,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.121017,-0.0450504,0.20967;STB=0.66611,0.52151,0.5;STBP=0.321,0.544,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0345822,0.000431865,0;OID=.,.,.;OPOS=233086484,233086484,233086484;OREF=CC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.136364,0.727273,0:7,24,5:44:6,32,0:44:6:2,17,0:4,15,0:4:2:19:5:3,11,4:4,13,1:3:2 chr1 233515071 . C T 283.73 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00951327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.01;QD=23.1619;RBI=0.0382364;REFB=-0.0266563;REVB=0.037034;RO=23;SAF=20;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348293;STB=0.519465;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0231303;OID=.;OPOS=233515071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:6:20:17:6:6:20:17:6 chr1 233515102 . T G 145.5 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00682332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.237;QD=16.1666;RBI=0.0421154;REFB=-0.016344;REVB=-0.041559;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134671;STB=0.576833;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0197302;OID=.;OPOS=233515102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:15:5:6:10:15:5 chr1 233518484 . AT A 37.35 PASS AF=0.301887;AO=20;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.000118982;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.70457;QD=2.81887;RBI=0.178424;REFB=-0.100259;REVB=-0.178424;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405225;STB=0.770314;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.12335;OID=.;OPOS=233518485;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301887:20:53:16:53:37:4:12:24:13:37:30:6:14:21:9 chr1 233520853 . AT TA 64.24 PASS AF=0.118421;AO=7;DP=78;FAO=9;FDP=76;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=54;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00283831;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.7094;QD=3.38094;RBI=0.0941288;REFB=-0.0876498;REVB=0.094086;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37592;STB=0.856269;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.0115249;OID=.;OPOS=233520853;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:78:76:37:54:7:9:0.118421:6:1:15:22:8:1:26:28 chr1 233785786 . A C 2143.41 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0261273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.656;QD=62.1278;RBI=0.0332176;REFB=-0.0602287;REVB=0.0205127;RO=1;SAF=69;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694018;STB=0.503649;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000515338;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:68:69:0:1:68:69:0:1 chr1 234041422 . G C 1313.29 PASS AF=0.927083;AO=88;DP=97;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00618954;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9552;QD=54.7204;RBI=0.0669634;REFB=-0.122593;REVB=0.0666767;RO=9;SAF=49;SAR=39;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794752;STB=0.532703;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0112707;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:97:96:9:7:88:89:0.927083:39:49:9:0:39:50:7:0 chr1 234442257 . A T 2330.92 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.427;QD=60.5433;RBI=0.0197792;REFB=0;REVB=0.019319;RO=0;SAF=70;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012141;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:151:154:1:81:70:0:0:82:72:0:0 chr1 234509259 . G C 906.72 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864546;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.22;QD=58.4982;RBI=0.0512592;REFB=0;REVB=0.0505249;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511953;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr1 234529552 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.441;QD=57.7121;RBI=0.038881;REFB=0;REVB=0.0233183;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106957;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr1 234529570 . G A 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.61;QD=62.6389;RBI=0.0217723;REFB=0;REVB=-0.0115806;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128826;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr1 234546245 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.033;QD=62.3509;RBI=0.0290177;REFB=0;REVB=-0.00662333;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123907;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr1 234569192 . T C 333.1 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0304775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.681;QD=16.4494;RBI=0.0595389;REFB=-0.0122257;REVB=0.0511469;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827571;STB=0.546367;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0209231;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:14:22:31:14:14:22:31:14 chr1 234582651 . T C 438.24 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00143975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.461;QD=19.0539;RBI=0.0129138;REFB=-0.0156142;REVB=0.0128333;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153256;STB=0.565188;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0133605;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:39:48:43:44:0.478261:21:22:13:26:22:22:18:30 chr1 234584231 . C T 359.18 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0422977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8658;QD=28.7346;RBI=0.0424992;REFB=0.0133208;REVB=0.0041341;RO=18;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135042;STB=0.585748;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00443532;OID=.;OPOS=234584231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:18:19:30:31:0.62:10:20:15:3:11:20:16:3 chr1 234606998 . A G 340.68 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.247;QD=54.5083;RBI=0.0722713;REFB=0;REVB=0.00335097;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414462;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr1 235040004 . G A 233.42 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00892205;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.296;QD=15.0595;RBI=0.00936257;REFB=-0.0218881;REVB=-0.0028381;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126032;STB=0.571376;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0254652;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:20:15:15:12:20:15 chr1 235383188 . A G 274.86 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0159826;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.844;QD=16.1681;RBI=0.0179543;REFB=-0.0112205;REVB=0.0081799;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138701;STB=0.566211;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.012943;OID=.;OPOS=235383188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:30:31:0.455882:18:12:20:17:18:13:20:17 chr1 235392546 . T C 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0492495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.507;QD=16.1715;RBI=0.0864388;REFB=0.0238482;REVB=0.0710363;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412697;STB=0.523779;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0203452;OID=.;OPOS=235392546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:13:7:5:11:13:7 chr1 235652513 . T C 1156.27 PASS AF=0.987342;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0857501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5124;QD=58.5454;RBI=0.11856;REFB=-0.082964;REVB=0.0818749;RO=2;SAF=49;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829112;STB=0.509089;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0133053;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:2:1:75:78:0.987342:26:49:1:1:27:51:0:1 chr1 235705001 . G T 336.64 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00125508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9456;QD=14.7974;RBI=0.0331191;REFB=-0.0144325;REVB=-0.0330954;RO=54;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811499;STB=0.545969;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0213147;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:17:20:25:29:17:20:25:29 chr1 235715523 . A G 753.71 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000589138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9084;QD=54.8149;RBI=0.0256972;REFB=-0.0722852;REVB=-0.0256904;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00186931;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:54:54:0.981818:29:25:0:0:29:25:0:1 chr1 236141174 . T C 465.02 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0243944;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.804;QD=21.8831;RBI=0.0321783;REFB=-0.0130533;REVB=-0.0209847;RO=39;SAF=27;SAR=18;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593304;STB=0.537297;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.011224;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:40:45:45:0.529412:18:27:26:13:18:27:27:13 chr1 236175327 . C A 542.37 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0289181;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.851;QD=27.4619;RBI=0.0321411;REFB=-0.0063414;REVB=0.0140284;RO=30;SAF=30;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149924;STB=0.581727;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00585558;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:30:30:49:49:0.620253:19:30:12:18:19:30:12:18 chr1 236175339 . T C 1067.63 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608186;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.949;QD=60.1482;RBI=0.0608715;REFB=0;REVB=0.00253775;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233029;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr1 236187492 . T C 364.5 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0031415;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.01;QD=22.4309;RBI=0.0176735;REFB=-0.0146794;REVB=0.017392;RO=28;SAF=7;SAR=29;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430096;STB=0.740598;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00561294;OID=.;OPOS=236187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:28:28:36:37:0.569231:29:7:19:9:30:7:19:9 chr1 236208773 . C T 190.9 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00423401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.229;QD=11.5698;RBI=0.0242231;REFB=-0.00251408;REVB=-0.0238501;RO=42;SAF=18;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19847;STB=0.615968;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00499169;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:6:18:25:17:6:18:25:17 chr1 236343441 . T G 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00900061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3288;QD=18.4261;RBI=0.0177875;REFB=0.00408897;REVB=0.0153422;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00403047;OID=.;OPOS=236343441;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:28:28:0.5:14:14:13:13:14:14:14:14 chr1 236381825 . G C 832.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0304;QD=57.4049;RBI=0.0970823;REFB=0;REVB=0.0909502;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501396;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr1 236389999 . C T 1237.16 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000305611;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.252;QD=60.3494;RBI=0.00898109;REFB=-0.139631;REVB=-0.00897589;RO=1;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095665;STB=0.505049;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000483312;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:82:1:1:81:81:0.987805:49:32:0:1:49:32:0:1 chr1 236557771 . G A 805.52 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.807;QD=52.8209;RBI=0.0425713;REFB=-0.125116;REVB=0.0387914;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00199191;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:61:0:1:57:60:0.983607:27:30:0:0:30:30:0:1 chr1 236700807 . T A 199.84 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00390995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.345;QD=9.5163;RBI=0.011732;REFB=-0.0187301;REVB=0.0110613;RO=56;SAF=10;SAR=16;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951441;STB=0.545419;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.033717;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:58:26:26:0.309524:16:10:26:30:16:10:26:32 chr1 236700823 . T C 321.56 PASS AF=0.391304;AO=34;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00625359;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.126;QD=13.9807;RBI=0.0159428;REFB=-0.00938559;REVB=-0.0146651;RO=57;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833586;STB=0.53623;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0135702;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:56:34:36:0.391304:21:13:26:31:22:14:25:31 chr1 236700857 . C T 362.6 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00808757;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.009;QD=15.2674;RBI=0.0427877;REFB=-0.0142862;REVB=-0.0420164;RO=55;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114442;STB=0.571391;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.02323;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:56:39:39:0.410526:26:13:24:31:26:13:25:31 chr1 236702209 . CA TG 375.66 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00319089;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.978;QD=13.7859;RBI=0.0225576;REFB=-0.00431723;REVB=-0.0223308;RO=64;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149965;STB=0.513417;STBP=0.829;TYPE=mnp;VARB=0.00708441;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:65:44:44:0.40367:24:20:30:34:24:20:31:34 chr1 236702374 . G A 374.23 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0122247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.934;QD=18.035;RBI=0.0185265;REFB=-0.0135154;REVB=-0.0139207;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552275;STB=0.530848;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00962754;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:44:38:39:0.46988:19:19:24:19:20:19:24:20 chr1 236706780 . C T 655.98 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=157;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0113677;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.735;QD=16.82;RBI=0.0394848;REFB=-0.00228599;REVB=-0.0378131;RO=84;SAF=26;SAR=45;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168949;STB=0.597317;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00294877;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:84:85:71:71:0.455128:45:26:45:39:45:26:46:39 chr1 236706862 . G C 551.17 PASS AF=0.382353;AO=65;DP=170;FAO=65;FDP=170;FR=.;FRO=105;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0183686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4046;QD=12.9687;RBI=0.0237756;REFB=-0.00436929;REVB=0.0150954;RO=104;SAF=28;SAR=37;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758734;STB=0.540134;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00697397;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:104:105:65:65:0.382353:37:28:52:52:37:28:52:53 chr1 236711323 . T C 437.31 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=0.0347017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4044;QD=14.2215;RBI=0.0370548;REFB=-0.0212211;REVB=0.0129942;RO=71;SAF=33;SAR=17;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035492;STB=0.516654;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0323193;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:71:73:50:50:0.406504:17:33:49:22:17:33:50:23 chr1 236714064 . A C 136.48 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00268282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.106;QD=10.918;RBI=0.0221937;REFB=-0.0192655;REVB=0.022031;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235363;STB=0.669835;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0310069;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:34:16:16:0.32:5:11:15:16:5:11:15:19 chr1 236716959 . C T 1140.38 PASS AF=0.515982;AO=113;DP=219;FAO=113;FDP=219;FR=.;FRO=106;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=0.00304689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.601;QD=20.8288;RBI=0.00622877;REFB=-0.00157004;REVB=0.00543268;RO=105;SAF=59;SAR=54;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988414;STB=0.55619;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00148508;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:105:106:113:113:0.515982:54:59:43:62:54:59:43:63 chr1 236717926 . T C 307.28 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00178848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.869;QD=15.5583;RBI=0.0161973;REFB=0.00067346;REVB=0.0160982;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186871;STB=0.59949;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00076658;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:13:21:19:25:13:21:20:25 chr1 236718620 . T C 353.75 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000913738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1775;QD=18.6182;RBI=0.0311544;REFB=-0.00381388;REVB=0.031141;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148467;STB=0.596489;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00441484;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:39:37:37:0.486842:23:14:20:17:23:14:22:17 chr1 236719135 . T C 798.84 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9975;QD=57.06;RBI=0.0666684;REFB=0;REVB=-0.0130572;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000820148;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:14:41:0:0:15:41:0:0 chr1 236719193 . A G 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0626837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.237;QD=14.0772;RBI=0.0636422;REFB=-0.021083;REVB=0.0110037;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663314;STB=0.549921;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0343954;OID=.;OPOS=236719193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:9:3:3:12:9:3:3:13 chr1 236721610 . G A 280.46 PASS AF=0.54717;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0143031;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8273;QD=21.1669;RBI=0.0154456;REFB=-0.00826989;REVB=0.00583005;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523544;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0135413;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:24:27:29:0.54717:14:13:13:14:16:13:12:12 chr1 236721660 . T C 375.37 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.000344935;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.025;QD=18.0901;RBI=0.00588157;REFB=-0.0176259;REVB=-0.00587145;RO=44;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667862;STB=0.503729;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.01994;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:18:21:24:20:18:21:24:20 chr1 236721731 . T C 1471.46 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0539204;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5701;QD=57.144;RBI=0.0592457;REFB=-0.105383;REVB=0.0245489;RO=2;SAF=53;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000913874;STB=0.500482;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00190744;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:103:2:2:101:101:0.980583:48:53:1:1:48:53:1:1 chr1 236724504 . G A 93.15 PASS AF=0.526316;AO=7;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0270263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.637;QD=19.6098;RBI=0.027057;REFB=-0.0152705;REVB=0.00128771;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12173;STB=0.551615;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0128808;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:19:6:7:7:10:0.526316:5:2:1:5:8:2:2:5 chr1 236744712 . C A 160.13 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.118411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.691;QD=14.8955;RBI=0.118414;REFB=-0.021301;REVB=-0.000908765;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130319;STB=0.554315;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.044417;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:25:17:18:0.418605:11:6:11:12:11:7:12:13 chr1 236746443 . C T 179.82 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0134699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.16;QD=9.1047;RBI=0.0135662;REFB=-0.00100059;REVB=-0.0016131;RO=55;SAF=14;SAR=10;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426042;STB=0.525143;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00191738;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:10:14:34:21:10:14:34:21 chr1 236748505 . T C 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.018769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.451;QD=9.74813;RBI=0.0388742;REFB=-0.0123104;REVB=0.034043;RO=45;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548022;STB=0.548346;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0282917;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:51:24:24:0.32:17:7:15:30:17:7:18:33 chr1 236749649 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.011032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2817;QD=16.6187;RBI=0.0202948;REFB=-0.0206468;REVB=-0.0170344;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189338;STB=0.585036;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0142757;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:28:23:23:0.45098:13:10:6:19:13:10:8:20 chr1 236755837 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.683;QD=60.61;RBI=0.0619203;REFB=0;REVB=-0.0247189;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376783;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 236758887 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.128;QD=60.031;RBI=0.0629644;REFB=0;REVB=0.0602294;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52567e-05;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr1 236767330 . A G 1625.81 PASS AF=0.990909;AO=110;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.113;QD=59.1205;RBI=0.0209802;REFB=-0.044149;REVB=-0.00989874;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00051242;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:110:109:0.990909:46:64:0:0:46:63:1:0 chr1 236882303 . T C 1468.08 PASS AF=1;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287853;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.264;QD=63.1434;RBI=0.0379237;REFB=0;REVB=0.0246903;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28681e-05;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:91:93:1:51:40:0:0:53:40:0:0 chr1 236883421 . C T 1008.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.457;QD=59.306;RBI=0.0227303;REFB=0;REVB=-0.0143922;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92852e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr1 236899899 . TCC TC,T 160.75 PASS AF=0.482353,0;AO=35,11;DP=86;FAO=41,0;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18,0;FSAR=23,0;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0621819,-0.0297818;FXX=0.0116266;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.2261,16.3722;QD=7.56461;RBI=0.175875,0.0931807;REFB=-0.0238701,-0.0108186;REVB=-0.164515,-0.0882932;RO=39;SAF=16,2;SAR=19,9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0765887,-0.453651;STB=0.51999,0.5;STBP=0.739,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00354148,0.0389924;OID=.,.;OPOS=236899900,236899900;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482353,0:35,11:86:41,0:85:44:18,0:23,0:21:23:99:39:16,2:19,9:21:18 chr1 236926445 . T C 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.455;QD=60.3732;RBI=0.0198306;REFB=0;REVB=0.0180847;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26276e-05;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr1 237048500 . A G 227.42 PASS AF=0.490909;AO=23;DP=52;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.000198113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.715;QD=16.5395;RBI=0.0808389;REFB=0.00453415;REVB=0.0808387;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153133;STB=0.612816;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00118628;OID=.;OPOS=237048500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:28:28:23:27:0.490909:15:8:14:14:19:8:14:14 chr1 237054569 . A G 530.08 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.00837665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.876;QD=15.0376;RBI=0.00891416;REFB=-0.00669276;REVB=0.0030486;RO=83;SAF=35;SAR=23;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00113564;STB=0.500638;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00837617;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:23:35:50:33:23:35:50:33 chr1 237058744 . C A 494.85 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0283364;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.604;QD=19.4058;RBI=0.063024;REFB=-0.0472996;REVB=0.0562945;RO=46;SAF=26;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884935;STB=0.568813;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0366258;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:46:51:49:51:0.5:23:26:29:17:25:26:33:18 chr1 237058828 . C T 392.85 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.2;QD=56.1208;RBI=0.102615;REFB=0;REVB=0.00397788;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710299;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr1 237061056 . A C 727.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.764;QD=63.2475;RBI=0.0322428;REFB=0;REVB=0.0321081;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38482e-05;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:14:30:0:0:14:32:0:0 chr1 237063482 . A G 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0234379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.673;QD=16.0714;RBI=0.0295559;REFB=-0.00628465;REVB=0.018006;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138253;STB=0.50779;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00685593;OID=.;OPOS=237063482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:21:14:12:17:21:14 chr1 237063504 . A G 287.77 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0387433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9371;QD=18.5658;RBI=0.0439008;REFB=-0.0308645;REVB=0.0206455;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289507;STB=0.516152;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0209443;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:15:16:17:14:15:16:17:14 chr1 237433625 . C T 3175.6 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368702;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.484;QD=64.1536;RBI=0.0397236;REFB=0;REVB=-0.0147835;RO=0;SAF=90;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35426e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23904e-05;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:198:0:0:198:198:1:108:90:0:0:108:90:0:0 chr1 237617757 . C T 470.35 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0156224;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.522;QD=17.1035;RBI=0.0158505;REFB=-0.00882681;REVB=0.00267933;RO=57;SAF=24;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00294789;STB=0.51125;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00841409;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:57:59:51:51:0.463636:27:24:27:30:27:24:29:30 chr1 237711797 . A G 1437.77 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479856;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0772;QD=63.1985;RBI=0.0684771;REFB=0;REVB=0.0488517;RO=0;SAF=69;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03022e-05;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:22:69:0:0:22:69:0:0 chr1 237766753 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0111801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.431;QD=14.2621;RBI=0.0209938;REFB=-0.0315401;REVB=0.0177692;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861018;STB=0.549938;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0421622;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:10:14:8:8:10:14 chr1 237801770 . T C 1572.24 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7389;QD=62.8897;RBI=0.0591857;REFB=-0.0999663;REVB=0.0330114;RO=0;SAF=23;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510202;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000885537;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:0:1:98:99:0.99:75:23:0:0:75:24:1:0 chr1 237814783 . C T 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7878;QD=61.3235;RBI=0.0616306;REFB=0;REVB=-0.0313126;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120696;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr1 237863718 . T G 801.15 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.657;QD=57.2253;RBI=0.0275777;REFB=0;REVB=-0.00141338;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45227e-05;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr1 237881770 . C T 2285.49 PASS AF=0.993421;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00849077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.877;QD=60.1444;RBI=0.0176322;REFB=-0.105079;REVB=-0.0154531;RO=1;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647113;STB=0.503311;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000660113;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:152:1:1:149:151:0.993421:73:76:0:1:75:76:0:1 chr1 237890437 . C T 2092.03 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=141;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0101734;FXX=0.0212751;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.977;QD=60.6386;RBI=0.0207115;REFB=-0.0476602;REVB=0.0180407;RO=3;SAF=67;SAR=68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673264;STB=0.503543;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00180455;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:138:3:3:135:135:0.978261:68:67:1:2:68:67:1:2 chr1 237997087 . A G 859.47 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0548625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7039;QD=54.5697;RBI=0.0756168;REFB=0.103589;REVB=0.0520386;RO=2;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362693;STB=0.519224;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00148986;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:25:36:0:2:25:36:0:2 chr1 240072489 . AT A 32.69 PASS AF=0.259259;AO=18;DP=53;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0437934;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.24086;QD=2.42178;RBI=0.098457;REFB=-0.0879663;REVB=-0.0881812;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191516;STB=0.698636;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=0.152462;OID=.;OPOS=240072490;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:18:53:14:54:40:4:10:22:18:32:28:11:7:12:16 chr1 240073131 . ATACT A 301.11 PASS AF=0.375;AO=28;DP=100;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00486345;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=4;MLLD=225.009;QD=12.546;RBI=0.0126998;REFB=-0.014561;REVB=-0.0117317;RO=54;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23323;STB=0.604111;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=0.0291481;OID=.;OPOS=240073132;OREF=TACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:28:100:36:96:60:18:18:20:40:99:54:14:14:16:38 chr1 240073642 . CA AA,AC,C 380.8 PASS AF=0.00609756,0.170732,0.823171;AO=8,23,51;DP=162;FAO=1,28,135;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,75;FSAR=0,28,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171082,-0.00958882,-0.080467;FXX=0.017963;HRUN=1,1,11;LEN=1,2,1;MLLD=128.93,97.9661,3.40317;QD=9.2878;RBI=0.108524,0.085975,0.41907;REFB=0,0,0;REVB=-0.107167,0.0854386,0.411272;RO=39;SAF=2,0,30;SAR=6,23,21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.245371,-0.813973,0.12134;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,del;VARB=0.0613164,-0.361991,0.0800226;OID=.,.,.;OPOS=240073642,240073642,240073643;OREF=C,CA,A;OALT=A,AC,-;OMAPALT=AA,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:77:162:164:39:0:8,23,51:1,28,135:0.00609756,0.170732,0.823171:6,23,21:2,0,30:17:22:0,28,60:1,0,75:0:0 chr1 240074981 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00398969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6124;QD=10.1692;RBI=0.00407852;REFB=0.0328716;REVB=-0.000846552;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355427;STB=0.714688;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0382381;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:9:13:3:8:9:13 chr1 240076975 . G A 269.86 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0294038;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.216;QD=19.6261;RBI=0.106697;REFB=-0.0366264;REVB=0.102566;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197143;STB=0.612013;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0248953;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:26:27:29:0.527273:16:11:17:10:18:11:16:10 chr1 240077023 . A G 289.15 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00445714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.089;QD=21.0287;RBI=0.00596586;REFB=-0.00242333;REVB=-0.00396553;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223811;STB=0.518784;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00221113;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:12:17:14:11:12:18:14:11 chr1 240256822 . C A 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0515018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.719;QD=31.0673;RBI=0.0541909;REFB=-0.0442193;REVB=0.016859;RO=6;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144697;STB=0.578866;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0100408;OID=.;OPOS=240256822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:16:1:0:6:16:1:0:6 chr1 240497265 . A C 713.15 PASS AF=0.44;AO=77;DP=176;FAO=77;FDP=175;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=0.0310734;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.796;QD=16.3005;RBI=0.0311132;REFB=0.0077406;REVB=-0.0015737;RO=96;SAF=34;SAR=43;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679969;STB=0.536643;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0134334;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:96:98:77:77:0.44:43:34:36:60:43:34:37:61 chr1 241695792 . T C 581.4 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.0313455;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3223;QD=17.2266;RBI=0.0331073;REFB=-0.00935297;REVB=0.0106562;RO=73;SAF=34;SAR=27;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934232;STB=0.509329;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00698785;OID=.;OPOS=241695792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:74:61:61:0.451852:27:34:40:33:27:34:40:34 chr1 241712134 . C T 870.77 PASS AF=0.396825;AO=98;DP=249;FAO=100;FDP=252;FR=.;FRO=152;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=80;FSRR=72;FWDB=-0.00431416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.394;QD=13.8217;RBI=0.00824367;REFB=-0.00999867;REVB=-0.00702467;RO=151;SAF=53;SAR=45;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191254;STB=0.508294;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0127538;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:252:151:152:98:100:0.396825:45:53:79:72:46:54:80:72 chr1 241798631 . C T 404.0 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00854158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.353;QD=19.4696;RBI=0.0152127;REFB=-0.00974936;REVB=-0.0125884;RO=42;SAF=26;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06033;STB=0.533565;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00997022;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:15:26:24:18:15:26:24:18 chr1 242030151 . A G 836.16 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00989032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.651;QD=54.8302;RBI=0.077899;REFB=0.0919947;REVB=0.0772686;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.509431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000431597;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:61:0:1:58:60:0.983607:26:32:0:0:26:34:0:1 chr1 242035382 . C T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0109149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.176;QD=21.0638;RBI=0.0425768;REFB=-0.0114202;REVB=-0.041154;RO=41;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154192;STB=0.585327;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0109169;OID=.;OPOS=242035382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:17:27:18:23:17:27:18:23 chr1 242035388 . AG CC 384.31 PASS AF=0.43617;AO=39;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0100754;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=238.232;QD=16.3536;RBI=0.0159935;REFB=-0.00596429;REVB=0.0124209;RO=53;SAF=18;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106445;STB=0.571394;STBP=0.24;TYPE=mnp;VARB=0.00642177;OID=.;OPOS=242035388;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:39:41:0.43617:21:18:30:23:23:18:30:23 chr1 242042545 . A G 295.19 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0139791;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.615;QD=15.956;RBI=0.0139815;REFB=-0.0075099;REVB=0.000260915;RO=42;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760481;STB=0.525758;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.012838;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:41:33:33:0.445946:23:10:13:29:22:11:12:29 chr1 242045275 . C T 2336.23 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00535978;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.849;QD=60.2897;RBI=0.0100318;REFB=-0.0202191;REVB=0.00847992;RO=1;SAF=86;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549959;STB=0.50289;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000154473;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:155:1:1:153:154:0.993548:67:86:1:0:68:86:1:0 chr1 242045291 . CA C 102.37 PASS AF=0.4;AO=51;DP=131;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0227281;FXX=0.00763301;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.19628;QD=3.14989;RBI=0.18896;REFB=-0.107974;REVB=0.187588;RO=62;SAF=35;SAR=16;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254986;STB=0.523123;STBP=0.643;TYPE=del;VARB=0.114361;OID=.;OPOS=242045292;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:51:131:52:130:78:28:24:39:39:99:62:35:16:27:35 chr1 242053042 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.705;QD=62.3504;RBI=0.0408665;REFB=0;REVB=0.0320039;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138648;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 242222754 . A G 2087.72 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837228;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.475;QD=62.7887;RBI=0.0181475;REFB=0;REVB=0.0161008;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334901;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:63:69:0:0:64:69:0:0 chr1 242253024 . T C 220.27 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.019322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.834;QD=16.0199;RBI=0.0234032;REFB=0.00303345;REVB=0.0132049;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183593;STB=0.604241;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00485346;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:15:15:8:17:15:15 chr1 243329049 . G A 187.47 PASS AF=0.215827;AO=30;DP=139;FAO=30;FDP=139;FR=.;FRO=109;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=37;FWDB=-0.0177395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.991;QD=5.3949;RBI=0.0186423;REFB=-0.00557777;REVB=0.00573123;RO=101;SAF=24;SAR=6;SRF=70;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178861;STB=0.641686;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0192147;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:101:109:30:30:0.215827:6:24:70:31:6:24:72:37 chr1 243329075 . T C 123.56 PASS AF=0.157895;AO=24;DP=151;FAO=24;FDP=152;FR=.;FRO=128;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=83;FSRR=45;FWDB=0.0312538;FXX=0.0129862;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3454;QD=3.25147;RBI=0.0484821;REFB=-0.00765096;REVB=-0.0370637;RO=127;SAF=19;SAR=5;SRF=83;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215961;STB=0.650547;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0525975;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:127:128:24:24:0.157895:5:19:83:44:5:19:83:45 chr1 243329153 . C T 576.86 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.0151867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.382;QD=14.9833;RBI=0.0154086;REFB=-0.0136237;REVB=-0.00260558;RO=87;SAF=34;SAR=31;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650045;STB=0.535546;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0202622;OID=.;OPOS=243329153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:87:89:65:65:0.422078:31:34:51:36:31:34:52:37 chr1 243493907 . A T 704.67 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0687796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.641;QD=18.6666;RBI=0.0688216;REFB=0.00301404;REVB=-0.00240513;RO=77;SAF=36;SAR=37;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359154;STB=0.522964;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00411424;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:78:73:73:0.483444:37:36:35:42:37:36:35:43 chr1 243579112 . G A 751.17 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.122261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7674;QD=61.3197;RBI=0.129081;REFB=-0.134443;REVB=0.0414002;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0130407;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:0:1:46:48:0.979592:31:15:0:0:33:15:0:1 chr1 244219563 . A G 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.685;QD=54.8232;RBI=0.0276851;REFB=-0.0394211;REVB=0.0200227;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000197438;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:16:34:0:0:16:34:0:1 chr1 244627236 . G A 166.35 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.013184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2214;QD=11.4726;RBI=0.0551358;REFB=-0.0149218;REVB=-0.0535364;RO=37;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116487;STB=0.568114;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0286589;OID=.;OPOS=244627236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:6:15:23:14:6:15:23:14 chr1 244773783 . AT AC,TC 513.19 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=33,2;DP=35;FAO=34,1;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519444,0.00468445;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=137.31,103.562;QD=58.6503;RBI=0.0549824,0.00772088;REFB=0,0;REVB=0.0180236,-0.00613743;RO=0;SAF=20,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.82173e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000509383,-0.0253461;OID=.,.;OPOS=244773784,244773783;OREF=T,AT;OALT=C,TC;OMAPALT=AC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:35:0:0:33,2:34,1:0.971429,0.0285714:13,0:20,2:0:0:13,0:21,1:0:0 chr1 244773803 . T C 499.65 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0368873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.739;QD=54.0161;RBI=0.0504242;REFB=-0.0326299;REVB=0.0343791;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.509364;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00120141;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:12:23:0:1:12:23:1:1 chr1 245021488 . G T 428.49 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0153148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.474;QD=14.403;RBI=0.0170502;REFB=0.00446776;REVB=-0.00749423;RO=70;SAF=29;SAR=20;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660431;STB=0.503721;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0103289;OID=.;OPOS=245021488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:70:49:49:0.411765:20:29:41:29:20:29:41:29 chr1 245133623 . T C,TCCTCC 85.16 PASS AF=0,0.526316;AO=2,10;DP=21;FAO=0,10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=0,8;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00471606,-0.0523262;FXX=0.0951928;HRUN=1,2;LEN=1,5;MLLD=161.346,167.305;QD=17.9287;RBI=0.010782,0.0524309;REFB=-0.000937807,-0.00655171;REVB=0.00969588,-0.00331121;RO=9;SAF=2,8;SAR=0,2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502622,0.0276935;STB=0.5,0.516096;STBP=1,0.982;TYPE=snp,ins;VARB=0.150196,0.00605157;OID=.,.;OPOS=245133623,245133624;OREF=T,-;OALT=C,CCTCC;OMAPALT=C,TCCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:21:19:9:9:2,10:0,10:0,0.526316:0,2:2,8:7:2:0,2:0,8:7:2 chr1 245133662 . G C 231.26 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000306814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9972;QD=30.8341;RBI=0.0226672;REFB=-0.0217472;REVB=-0.0226651;RO=9;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00871917;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:7:14:6:3:7:14:6:3 chr1 245530600 . G T 357.72 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0230346;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.343;QD=19.0782;RBI=0.0301482;REFB=-0.0227835;REVB=-0.0194504;RO=35;SAF=26;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129031;STB=0.556347;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0241809;OID=.;OPOS=245530600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:35:38:37:37:0.493333:11:26:20:15:11:26:23:15 chr1 245703990 . G T 596.91 PASS AF=0.435374;AO=51;DP=137;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=0.0230194;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.698;QD=16.2424;RBI=0.0268566;REFB=-0.0213502;REVB=0.0138341;RO=83;SAF=28;SAR=23;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141304;STB=0.522929;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0251827;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:147:83:83:51:64:0.435374:23:28:56:27:24:40:55:28 chr1 245851304 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.323;QD=40.7629;RBI=0.0354878;REFB=0;REVB=-0.00575235;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239154;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 245861571 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0116743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.537;QD=18.0871;RBI=0.016702;REFB=-0.0109583;REVB=-0.0119443;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118443;STB=0.566423;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.014013;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:11:16:12:14:11:16 chr1 246670481 . C G 4187.62 PASS AF=0.992647;AO=267;DP=270;FAO=270;FDP=272;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=163;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0636326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8328;QD=61.5826;RBI=0.0637133;REFB=-0.147745;REVB=0.00320632;RO=1;SAF=106;SAR=161;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295233;STB=0.500796;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000704918;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:270:272:1:2:267:270:0.992647:161:106:0:1:163:107:1:1 chr1 246720798 . G A 853.79 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6231;QD=55.9863;RBI=0.0377253;REFB=0.00492829;REVB=0.00197945;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=6.9898e-05;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:1:0:34:26:1:0 chr1 246755124 . T C 708.42 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3814;QD=62.9704;RBI=0.0524258;REFB=0;REVB=0.00920349;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031203;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:29:14:0:0:29:16:0:0 chr1 246829616 . T C 2024.59 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0239693;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.41;QD=59.9878;RBI=0.0265866;REFB=0.0232251;REVB=0.011503;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504568;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=4.93715e-06;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:135:0:3:132:132:0.977778:61:71:0:0:61:71:1:2 chr1 246939513 . G A 341.82 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.023466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3831;QD=14.0956;RBI=0.073103;REFB=0.00358181;REVB=0.0692344;RO=58;SAF=22;SAR=16;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846406;STB=0.541129;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00519351;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:59:38:38:0.391753:16:22:38:20:16:22:38:21 chr1 246942159 . G A 316.75 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.00860115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.984;QD=12.9286;RBI=0.0427578;REFB=-0.00861564;REVB=-0.0418837;RO=60;SAF=22;SAR=14;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453033;STB=0.53388;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0177556;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:62:36:36:0.367347:14:22:39:21:14:22:41:21 chr1 247150740 . T C 954.86 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1965;QD=57.0063;RBI=0.109062;REFB=0;REVB=0.103104;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354127;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:1:0:64:67:1:26:38:0:1:29:38:0:0 chr1 247151557 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.108162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.7903;QD=28.5351;RBI=0.115194;REFB=-0.0956701;REVB=-0.0396335;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00201882;OID=.;OPOS=247151557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:6:1:0:0:6:1:0:1 chr1 247162657 . TC T,TT 919.68 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=7,57;DP=64;FAO=2,62;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=2,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593957,0.0646806;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.768,227.993;QD=57.4799;RBI=0.0738362,0.0755154;REFB=0,0;REVB=0.0438626,0.0389742;RO=0;SAF=5,23;SAR=2,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0265703,0.000138191;OID=.,.;OPOS=247162658,247162658;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:7,57:64:2,62:64:0:0,28:2,34:0:0:7:0:5,23:2,34:0:0 chr1 247419509 . T C 754.54 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.528;QD=62.8785;RBI=0.0168682;REFB=0;REVB=0.00713513;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194761;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:28:20:0:0 chr1 247419664 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.064;QD=57.2026;RBI=0.0330089;REFB=0;REVB=0.00252988;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110888;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 247582355 . GCA AGC,GC 40.12 PASS AF=0,0.309524;AO=2,14;DP=45;FAO=0,13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=0,3;FSAR=0,10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00801385,-0.0777991;FXX=0.0666519;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=17.1629,11.1195;QD=3.82099;RBI=0.0230827,0.115647;REFB=-0.0606904,-0.101672;REVB=-0.0216469,-0.0855661;RO=25;SAF=2,2;SAR=0,12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.490704,-0.446983;STB=0.5,0.693557;STBP=1,0.115;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.157644;OID=.,.;OPOS=247582355,247582357;OREF=GCA,A;OALT=AGC,-;OMAPALT=AGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:45:42:25:29:2,14:0,13:0,0.309524:0,12:2,2:12:13:0,10:0,3:14:15 chr1 247587531 . A G 436.25 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0609539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.837;QD=54.5307;RBI=0.0691493;REFB=-0.085713;REVB=0.0326534;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00369787;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:31:31:0.96875:5:26:0:0:6:25:1:0 chr1 247614386 . T C 186.68 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00945202;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.151;QD=10.371;RBI=0.0257138;REFB=-0.012889;REVB=0.0239135;RO=48;SAF=14;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754213;STB=0.556425;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0331163;OID=.;OPOS=247614386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:48:48:25:24:0.333333:11:14:30:18:11:13:30:18 chr1 247614407 . G A 136.76 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0234955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.993;QD=8.41586;RBI=0.035311;REFB=-0.0295877;REVB=-0.0263596;RO=45;SAF=10;SAR=9;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087633;STB=0.543185;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0286892;OID=.;OPOS=247614407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:9:10:27:18:9:10:27:19 chr1 247614553 . C T 332.99 PASS AF=0.392157;AO=37;DP=100;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0034675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.588;QD=13.0584;RBI=0.0249039;REFB=-0.00985354;REVB=-0.0246613;RO=60;SAF=25;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089918;STB=0.570448;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0148454;OID=.;OPOS=247614553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:60:62:37:40:0.392157:12:25:36:24:12:28:37:25 chr1 247614617 . C T 307.81 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.0366787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0277;QD=20.8688;RBI=0.0377267;REFB=0.00875715;REVB=0.00883039;RO=27;SAF=27;SAR=5;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128173;STB=0.507095;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00669302;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:5:27:23:4:5:27:23:4 chr1 247614693 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8447;QD=63.5814;RBI=0.020574;REFB=0;REVB=0.0203103;RO=0;SAF=39;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245363;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:8:39:0:0:8:39:0:0 chr1 247615261 . GA G 354.08 PASS AF=0.368932;AO=79;DP=207;FAO=76;FDP=206;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=58;FWDB=0.0598934;FXX=0.00961492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2662;QD=6.87528;RBI=0.184266;REFB=-0.0337201;REVB=-0.17426;RO=121;SAF=38;SAR=41;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957659;STB=0.533972;STBP=0.468;TYPE=del;VARB=0.0497811;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368932:79:207:76:206:130:38:38:72:58:99:121:38:41:69:52 chr1 247654993 . T C 355.15 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0340318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3928;QD=18.2129;RBI=0.035336;REFB=-0.00887936;REVB=-0.00951139;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199464;STB=0.511105;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0183985;OID=.;OPOS=247654993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:22:16:16:24:22:16:16:24 chr1 247655275 . T C 234.97 PASS AF=0.303922;AO=30;DP=100;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0277543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1879;QD=9.21459;RBI=0.0343857;REFB=-0.0048115;REVB=-0.0202997;RO=70;SAF=19;SAR=11;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128205;STB=0.565287;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0155301;OID=.;OPOS=247655275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:70:71:30:31:0.303922:11:19:37:33:12:19:37:34 chr1 247690320 . C T 563.22 PASS AF=0.346535;AO=70;DP=202;FAO=70;FDP=202;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=74;FSRR=58;FWDB=-0.0316189;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5042;QD=11.1529;RBI=0.0614568;REFB=-0.0124026;REVB=-0.0526991;RO=131;SAF=30;SAR=40;SRF=74;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154908;STB=0.585891;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0212832;OID=.;OPOS=247690320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:131:132:70:70:0.346535:40:30:74:57:40:30:74:58 chr1 247695612 . G A 1608.25 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.754;QD=59.0184;RBI=0.0243097;REFB=0.0345491;REVB=0.0146518;RO=1;SAF=52;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904086;STB=0.504761;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000317902;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:56:52:1:0:56:52:1:0 chr1 247695756 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.163;QD=56.1884;RBI=0.0487959;REFB=0;REVB=0.0140298;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214609;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 247752019 . G C 1174.72 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000941498;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0276;QD=61.0242;RBI=0.0134495;REFB=0;REVB=0.0134165;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38834e-05;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:26:50:0:0:26:51:0:0 chr1 247769592 . C T 433.32 PASS AF=0.505495;AO=38;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00689565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.272;QD=19.0471;RBI=0.0146072;REFB=-0.0219999;REVB=0.0128772;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344921;STB=0.538445;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0302369;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:38:46:0.505495:18:20:23:21:18:28:24:21 chr1 247835950 . T C 727.71 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5642;QD=63.2789;RBI=0.0357568;REFB=0;REVB=0.0329922;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348654;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:18:28:0:0 chr1 247921100 . T G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0358;QD=53.9107;RBI=0.031663;REFB=0;REVB=0.0221625;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36779e-06;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 247921352 . C T 719.02 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.91;QD=53.261;RBI=0.0682475;REFB=-0.129236;REVB=0.066259;RO=2;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121106;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:2:0:52:54:1:31:21:1:1:32:22:0:0 chr1 247921717 . C A 1148.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.503;QD=60.4449;RBI=0.0142658;REFB=0;REVB=-0.00140233;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06524e-06;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:39:33:0:0:41:35:0:0 chr1 247921788 . CA CAGT,CAGTGT,GT 130.21 PASS AF=0.222222,0.148148,0.185185;AO=5,4,4;DP=28;FAO=6,4,5;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=2,3,0;FSAR=4,1,5;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.111622,-0.147069,-0.115616;FXX=0.0357015;HRUN=1,1,1;LEN=2,4,2;MLLD=43.0203,51.3404,83.6344;QD=19.2908;RBI=0.112585,0.147276,0.115959;REFB=-0.101336,-0.0890021,-0.0329142;REVB=0.014688,0.00781982,0.00891151;RO=10;SAF=2,3,0;SAR=3,1,4;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.614607,-0.539343,-0.836524;STB=0.837919,0.699294,0.998586;STBP=0.125,0.8,0;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.192292,0.131527,0.0487663;OID=.,.,.;OPOS=247921790,247921790,247921788;OREF=-,-,CA;OALT=GT,GTGT,GT;OMAPALT=CAGT,CAGTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:10:12:5,4,4:6,4,5:0.222222,0.148148,0.185185:3,1,4:2,3,0:10:0:4,1,5:2,3,0:11:1 chr1 247921888 . C T 785.59 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4378;QD=64.1299;RBI=0.0141488;REFB=0;REVB=-0.00827647;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123389;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr1 247978319 . A G 1641.81 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.684;QD=60.2499;RBI=0.031814;REFB=0;REVB=0.0256663;RO=0;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84319e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:44:65:0:0:44:65:0:0 chr1 247978541 . AAGG A 479.37 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815865;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=3;MLLD=267.234;QD=50.4602;RBI=0.00984802;REFB=0;REVB=-0.00551543;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.23203e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:38:38:0:25:13:0:0:8:0:25:13:0:0 chr1 248004296 . A G 199.27 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00038206;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.378;QD=15.0395;RBI=0.0392803;REFB=-0.0187305;REVB=-0.0392785;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12628;STB=0.580689;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0164342;OID=.;OPOS=248004296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:22:23:0.433962:7:15:17:13:7:16:17:13 chr1 248004614 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.024632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.084;QD=17.4272;RBI=0.0273192;REFB=-0.0137205;REVB=0.0118155;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129043;STB=0.57349;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.013297;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:9:14:9:10:9:14 chr1 248004687 . C G 84.48 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0296343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.147;QD=10.5605;RBI=0.0311837;REFB=-0.0267848;REVB=0.0097072;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240053;STB=0.664511;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0482616;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:21:21:10:11:0.34375:4:6:8:13:4:7:8:13 chr1 248004775 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00656776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.301;QD=6.52643;RBI=0.0668832;REFB=-0.0213599;REVB=0.0665599;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357767;STB=0.728523;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0381842;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:8:12:2:5:8:12 chr1 248004848 . G C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00727116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4071;QD=14.1699;RBI=0.0741118;REFB=0.037533;REVB=0.0737543;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19417;STB=0.650827;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0318676;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:2:8:7:4:2:8:7:5 chr1 248004877 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0363531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.869;QD=13.4857;RBI=0.0364669;REFB=-0.0227637;REVB=0.00287848;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0277147;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:7:4:3:6:7:4 chr1 248004884 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.488;QD=51.1836;RBI=0.0401689;REFB=0;REVB=0.0400222;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290312;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 248005213 . G C 43.24 PASS AF=0.2;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0586078;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1708;QD=4.94125;RBI=0.0607338;REFB=0.0114492;REVB=0.0159283;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398833;STB=0.799041;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0178424;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:36:35:26:28:7:7:0.2:6:1:11:15:6:1:13:15 chr1 248023966 . C T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0307392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7263;QD=16.5325;RBI=0.0431313;REFB=0.00722143;REVB=-0.0302558;RO=43;SAF=26;SAR=9;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376324;STB=0.712203;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0111859;OID=.;OPOS=248023966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:9:26:16:27:9:26:16:27 chr1 248028219 . G A 81.49 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0178397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.389;QD=19.1753;RBI=0.0284468;REFB=-0.0101868;REVB=0.0221578;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00437892;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:5:7:8:10:0.588235:4:4:3:2:5:5:5:2 chr1 248039451 . C T 268.97 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.000660815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.916;QD=16.8108;RBI=0.0131777;REFB=-0.00595505;REVB=0.0131612;RO=34;SAF=23;SAR=7;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371739;STB=0.52082;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00732645;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:7:23:27:7:7:23:27:7 chr1 248039713 . A G 373.17 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00179794;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.62;QD=22.6163;RBI=0.0259043;REFB=-0.00220369;REVB=0.0258419;RO=29;SAF=21;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176243;STB=0.597024;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00263974;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:16:21:10:19:16:21:10:19 chr1 248059423 . C T 1646.51 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00521222;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.932;QD=59.3336;RBI=0.0127874;REFB=-0.026031;REVB=0.011677;RO=1;SAF=71;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664015;STB=0.503496;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=8.70593e-05;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:1:1:110:110:0.990991:39:71:1:0:39:71:1:0 chr1 248059456 . G A 2381.83 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0558;QD=63.9418;RBI=0.0454416;REFB=0;REVB=0.0420992;RO=0;SAF=97;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09416e-05;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:51:97:0:0:52:97:0:0 chr1 248059476 . A C 2662.72 PASS AF=0.99422;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0180895;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1334;QD=61.5658;RBI=0.0281446;REFB=-0.0990388;REVB=0.0215613;RO=1;SAF=111;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786621;STB=0.504132;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00053096;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:171:172:0.99422:60:111:0:1:60:112:0:1 chr1 248059703 . T A 944.86 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.568;QD=58.1454;RBI=0.0353141;REFB=0;REVB=-0.0142416;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364851;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:33:32:0:0 chr1 248059712 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.525;QD=57.8823;RBI=0.0575625;REFB=0;REVB=0.0502362;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13977e-05;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:29:29:0:0:31:29:0:0 chr1 248059856 . T C 1357.26 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0653671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2981;QD=61.0005;RBI=0.0751881;REFB=0.00574455;REVB=0.0371535;RO=2;SAF=39;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180469;STB=0.505153;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000544137;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:89:2:1:85:88:0.988764:46:39:1:1:48:40:0:1 chr1 248060029 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.554;QD=58.5876;RBI=0.037249;REFB=0;REVB=0.022643;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122707;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr1 248060230 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138444;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.391;QD=47.8224;RBI=0.00138454;REFB=0;REVB=-1.60502e-05;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85255e-06;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr1 248060246 . TA T 222.41 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.488;QD=44.4825;RBI=0.277414;REFB=0;REVB=-0.275658;RO=1;SAF=15;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0110933;OID=.;OPOS=248060247;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:20:20:0:16:4:0:0:4:1:15:3:1:0 chr1 248060279 . C T 329.24 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074762;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.41;QD=54.8736;RBI=0.0153267;REFB=0;REVB=-0.0133796;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr1 248060380 . C G 739.0 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00808153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6026;QD=54.7404;RBI=0.0206592;REFB=-0.0472181;REVB=0.019013;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00118224;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:1:0 chr1 248084434 . G A 1501.65 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.824;QD=61.2918;RBI=0.026247;REFB=-0.0326212;REVB=0.00250061;RO=2;SAF=62;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615523;STB=0.503246;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00114192;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:34:62:1:1:34:62:1:1 chr1 248084464 . T C 309.86 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=0.0021119;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.102;QD=13.3275;RBI=0.0135127;REFB=-0.00558067;REVB=-0.0133466;RO=55;SAF=22;SAR=13;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117934;STB=0.578329;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00931608;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:55:58:35:35:0.376344:13:22:40:15:13:22:43:15 chr1 248084511 . T C 423.59 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00789405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.619;QD=33.8868;RBI=0.00816497;REFB=-0.00750472;REVB=0.00208582;RO=16;SAF=29;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218816;STB=0.620542;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00383656;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:5:29:10:6:5:29:10:6 chr1 248085108 . C T 739.03 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8219;QD=54.7433;RBI=0.0360398;REFB=-0.0292212;REVB=-0.00511096;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268968;STB=0.51428;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00115689;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:35:17:1:0:36:17:1:0 chr1 248112627 . T C 2239.47 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0267787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.05;QD=59.3237;RBI=0.0347991;REFB=-0.105327;REVB=0.0222233;RO=2;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132078;STB=0.506944;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000678152;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:2:2:149:149:0.986755:71:78:0:2:71:78:0:2 chr1 248112745 . G T 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.443;QD=63.2821;RBI=0.0290278;REFB=0;REVB=5.50724e-05;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73056e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 248112762 . TG CA 526.91 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135228;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.809;QD=58.5455;RBI=0.0197764;REFB=0;REVB=-0.0144305;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.15212e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:19:17:0:0 chr1 248112771 . C T 551.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.425;QD=59.6661;RBI=0.0176874;REFB=0;REVB=0.0169012;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12213e-05;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:18:17:0:0:20:17:0:0 chr1 248112809 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.919;QD=63.87;RBI=0.0182403;REFB=0;REVB=-0.0114508;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.89748e-05;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:31:17:0:0 chr1 248112836 . A G 702.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.846;QD=62.4313;RBI=0.0442328;REFB=0;REVB=0.0440949;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254956;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr1 248113026 . T A 786.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.896;QD=64.2103;RBI=0.0338155;REFB=0;REVB=0.0191895;RO=0;SAF=10;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10664e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:36:10:0:0:38:11:0:0 chr1 248113040 . A G 698.74 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0873733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6422;QD=54.8029;RBI=0.0884338;REFB=-0.140266;REVB=0.0136542;RO=1;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125559;STB=0.506664;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00946765;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:37:13:0:1:37:13:0:1 chr1 248129240 . G A 1507.45 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00230254;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1805;QD=57.9788;RBI=0.0350147;REFB=-0.0868242;REVB=0.0349389;RO=2;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182405;STB=0.504761;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00101738;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:2:1:102:103:0.990385:51:51:0:2:52:51:0:1 chr1 248186049 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0390049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.726;QD=18.2512;RBI=0.0409351;REFB=-0.0172884;REVB=-0.0124219;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171792;STB=0.608563;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0135554;OID=.;OPOS=248186049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:9:6:3:11:9:6:3:12 chr1 248264018 . C T 1704.43 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0219737;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.108;QD=58.7734;RBI=0.0347042;REFB=-0.0329882;REVB=0.0268615;RO=2;SAF=53;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017579;STB=0.509258;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=1.79814e-05;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:116:2:2:114:114:0.982759:61:53:2:0:61:53:2:0 chr1 248343543 . C T 799.52 PASS AF=0.444444;AO=84;DP=190;FAO=84;FDP=189;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.00851284;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8423;QD=16.9211;RBI=0.0216404;REFB=-0.00196454;REVB=0.0198956;RO=105;SAF=45;SAR=39;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689681;STB=0.533073;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00331154;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:105:105:84:84:0.444444:39:45:49:56:39:45:50:55 chr1 248343945 . C G 789.11 PASS AF=0.406393;AO=88;DP=222;FAO=89;FDP=219;FR=.;FRO=130;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=67;FWDB=0.0023421;FXX=0.0179364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3655;QD=14.4129;RBI=0.0436139;REFB=-0.00906731;REVB=0.0435509;RO=132;SAF=41;SAR=47;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00406808;STB=0.507558;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0117888;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:219:132:130:88:89:0.406393:47:41:61:71:47:42:63:67 chr1 248343990 . T C 912.68 PASS AF=0.428571;AO=99;DP=231;FAO=99;FDP=231;FR=.;FRO=132;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=0.0223864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.262;QD=15.8039;RBI=0.0251852;REFB=-0.00995182;REVB=0.0115388;RO=130;SAF=39;SAR=60;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038934;STB=0.526882;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0137557;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:130:132:99:99:0.428571:60:39:56:74:60:39:58:74 chr1 248366702 . G A 952.51 PASS AF=0.505376;AO=92;DP=184;FAO=94;FDP=186;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=0.0120209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.849;QD=20.484;RBI=0.0159811;REFB=-0.0315743;REVB=0.0105306;RO=92;SAF=46;SAR=46;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108856;STB=0.559127;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0245579;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:92:92:92:94:0.505376:46:46:57:35:47:47:57:35 chr1 248366792 . T C 445.5 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0277502;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.467;QD=16.4998;RBI=0.0367008;REFB=-0.0102952;REVB=0.0240182;RO=59;SAF=29;SAR=20;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049536;STB=0.52767;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0160507;OID=.;OPOS=248366792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:20:29:32:27:20:29:32:27 chr1 248402758 . C T 1335.08 PASS AF=1;AO=67;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142604;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.629;QD=61.3829;RBI=0.0303757;REFB=0;REVB=0.0268202;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207035;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:67:87:1:40:27:0:0:50:37:0:0 chr1 248436611 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.579;QD=56.9372;RBI=0.0313532;REFB=0;REVB=0.0291006;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36084e-05;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr1 248436616 . A G 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.783;QD=56.9932;RBI=0.0652961;REFB=0;REVB=0.0645794;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020611;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr1 248436805 . T G 216.95 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.763;QD=48.2106;RBI=0.0407644;REFB=0;REVB=0.0277518;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261878;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr1 248436972 . A G 304.46 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.00377641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.701;QD=10.59;RBI=0.0134787;REFB=-0.0067103;REVB=-0.0129389;RO=74;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140216;STB=0.578814;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0124708;OID=.;OPOS=248436972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:76:39:39:0.33913:20:19:27:47:20:19:28:48 chr1 248457979 . C A 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.975;QD=63.6118;RBI=0.036325;REFB=0;REVB=0.0325542;RO=0;SAF=61;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61528e-05;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:34:61:0:0:34:61:0:0 chr1 248457993 . C G 527.11 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0394081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3479;QD=19.1677;RBI=0.0532988;REFB=0.000229628;REVB=0.0358853;RO=55;SAF=31;SAR=24;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119343;STB=0.565744;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000237034;OID=.;OPOS=248457993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:24:31:38:17:24:31:38:17 chr1 248458676 . T C 1061.36 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0363862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.666;QD=53.74;RBI=0.0443949;REFB=-0.0388915;REVB=0.0254352;RO=5;SAF=36;SAR=38;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135671;STB=0.507185;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00356531;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:79:79:5:5:74:74:0.936709:38:36:3:2:38:36:3:2 chr1 248458689 . A G 1309.93 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=94;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00745434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.93;QD=55.7415;RBI=0.00745686;REFB=-0.0447752;REVB=-0.000193945;RO=6;SAF=42;SAR=46;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274819;STB=0.501453;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00199252;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:94:94:6:6:88:88:0.93617:46:42:3:3:46:42:3:3 chr1 248458717 . C G 1607.59 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00112832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1034;QD=58.994;RBI=0.0465529;REFB=-0.025291;REVB=-0.0465392;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000659182;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:108:108:0.990826:53:55:0:0:53:55:1:0 chr1 248458736 . A G 395.37 PASS AF=0.376;AO=47;DP=125;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0137447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.305;QD=12.6519;RBI=0.0137478;REFB=-0.00242353;REVB=0.000292409;RO=77;SAF=26;SAR=21;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512429;STB=0.533319;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00472265;OID=.;OPOS=248458736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:78:47:47:0.376:21:26:39:38:21:26:39:39 chr1 248458760 . C A 510.1 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.00686126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.872;QD=13.2494;RBI=0.00690099;REFB=-0.00294398;REVB=0.000739412;RO=90;SAF=33;SAR=27;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534263;STB=0.524143;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00688355;OID=.;OPOS=248458760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:90:94:60:60:0.38961:27:33:45:45:27:33:48:46 chr1 248458875 . CT C 361.38 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0086026;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.187;QD=17.2085;RBI=0.0176731;REFB=-0.0202227;REVB=-0.0154381;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387542;STB=0.504502;STBP=0.96;TYPE=del;VARB=0.028074;OID=.;OPOS=248458876;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:38:87:38:84:46:22:16:27:19:99:47:22:16:29:18 chr1 248487016 . C T 359.82 PASS AF=0.433333;AO=37;DP=88;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0149294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.204;QD=15.9922;RBI=0.0183744;REFB=-0.0181008;REVB=0.0107113;RO=47;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240228;STB=0.520537;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0265438;OID=.;OPOS=248487016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:47:51:37:39:0.433333:18:19:23:24:20:19:23:28 chr1 248487300 . C T 1263.23 PASS AF=0.456446;AO=130;DP=287;FAO=131;FDP=287;FR=.;FRO=156;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=55;FSRR=101;FWDB=-0.00942957;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.103;QD=17.606;RBI=0.00989408;REFB=-0.00954946;REVB=0.00299599;RO=156;SAF=61;SAR=69;SRF=56;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110185;STB=0.562278;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00879807;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:156:156:130:131:0.456446:69:61:56:100:70:61:55:101 chr1 248487338 . C A 5005.05 PASS AF=1;AO=316;DP=317;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.174;QD=62.9567;RBI=0.0400323;REFB=0;REVB=0.0349515;RO=0;SAF=158;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63649e-06;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:317:318:0:0:316:318:1:158:158:0:0:159:159:0:0 chr1 248487638 . A G 2901.19 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144094;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.761;QD=63.0694;RBI=0.0260093;REFB=0;REVB=0.021653;RO=0;SAF=95;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59108e-06;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:185:184:0:0:184:184:1:89:95:0:0:89:95:0:0 chr1 248487768 . A G 1621.94 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1398;QD=60.0719;RBI=0.0529833;REFB=0;REVB=-0.0302144;RO=0;SAF=68;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262337;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:40:68:0:0:40:68:0:0 chr1 248512094 . C T 410.61 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00303581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.097;QD=14.6646;RBI=0.0228553;REFB=-0.0119484;REVB=-0.0226528;RO=63;SAF=30;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886349;STB=0.551536;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0148123;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:65:47:47:0.419643:17:30:35:28:17:30:36:29 chr1 248512498 . A G 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0151789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.915;QD=18.7914;RBI=0.0188515;REFB=-0.00874025;REVB=0.0111795;RO=49;SAF=25;SAR=19;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144527;STB=0.580118;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00867736;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:19:25:35:14:19:25:35:14 chr1 248512637 . C T 471.68 PASS AF=0.417323;AO=52;DP=126;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.0116458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.644;QD=14.8561;RBI=0.0206941;REFB=-0.0219299;REVB=-0.0171061;RO=73;SAF=36;SAR=16;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415358;STB=0.52436;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0350811;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:73:74:52:53:0.417323:16:36:48:25:16:37:49:25 chr1 248512749 . G A 315.51 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00661399;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.192;QD=15.9754;RBI=0.0354916;REFB=-0.019524;REVB=0.0348699;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1454;STB=0.593855;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0427325;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:34:35:0.443038:20:14:24:19:21:14:25:19 chr1 248512767 . G T 309.3 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0224078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2114;QD=16.0676;RBI=0.0551348;REFB=-0.0092182;REVB=-0.0503759;RO=43;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271657;STB=0.652878;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0159748;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:22:12:27:16:22:12:27:16 chr1 248512939 . AC A 134.99 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0528438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.482;QD=16.8737;RBI=0.0571238;REFB=-0.00838218;REVB=-0.0216947;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431737;STB=0.744801;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0187494;OID=.;OPOS=248512940;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:15:32:15:32:17:10:5:3:14:99:17:10:5:3:14 chr1 248525638 . CA C 1808.99 PASS AF=0.991803;AO=118;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.223;QD=59.3112;RBI=0.0627603;REFB=-0.0149101;REVB=0.0385526;RO=1;SAF=60;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785058;STB=0.503999;STBP=0.53;TYPE=del;VARB=0.000250351;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991803:118:123:121:122:1:62:59:1:0:6:1:60:58:1:0 chr1 248550976 . T G 1639.55 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.505;QD=60.167;RBI=0.037582;REFB=0;REVB=0.0276695;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85881e-05;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:57:50:0:0:57:52:0:0 chr1 248569369 . A G 1213.04 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.055219;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.989;QD=59.903;RBI=0.0560774;REFB=-0.158647;REVB=0.00977395;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000766982;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:78:80:0.987654:40:38:0:1:40:40:0:1 chr1 248616401 . G A 556.74 PASS AF=0.215278;AO=91;DP=431;FAO=93;FDP=432;FR=.;FRO=339;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=162;FSRR=177;FWDB=0.00148359;FXX=0.00230942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.473;QD=5.15498;RBI=0.00461267;REFB=-0.00411044;REVB=0.00436757;RO=334;SAF=46;SAR=45;SRF=157;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456;STB=0.529985;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0155869;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:432:334:339:91:93:0.215278:45:46:157:177:45:48:162:177 chr1 248616408 . C T 559.88 PASS AF=0.213793;AO=93;DP=435;FAO=93;FDP=435;FR=.;FRO=342;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=167;FSRR=175;FWDB=-0.00340848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3391;QD=5.14836;RBI=0.0551722;REFB=-0.000537259;REVB=-0.0550668;RO=342;SAF=48;SAR=45;SRF=167;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358097;STB=0.521863;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00170845;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:435:342:342:93:93:0.213793:45:48:167:175:45:48:167:175 chr1 248637046 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0132287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.099;QD=7.62903;RBI=0.014411;REFB=-0.0161865;REVB=0.00571645;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530842;STB=0.839068;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0229245;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:11:9:7:1:11:9 chr1 248637362 . C T 244.63 PASS AF=0.197248;AO=43;DP=218;FAO=43;FDP=218;FR=.;FRO=175;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=100;FSRR=75;FWDB=0.00642766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.153;QD=4.48865;RBI=0.0160496;REFB=-0.00684541;REVB=-0.0147063;RO=168;SAF=30;SAR=13;SRF=96;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173886;STB=0.609647;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0276801;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:168:175:43:43:0.197248:13:30:96:72:13:30:100:75 chr1 248637543 . C T 616.1 PASS AF=0.295374;AO=83;DP=281;FAO=83;FDP=281;FR=.;FRO=198;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=125;FSRR=73;FWDB=-0.00394003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.486;QD=8.77014;RBI=0.0148688;REFB=-0.0129292;REVB=0.0143373;RO=194;SAF=47;SAR=36;SRF=121;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714601;STB=0.547227;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0251277;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:194:198:83:83:0.295374:36:47:121:73:36:47:125:73 chr1 248685253 . T C 1721.74 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047173;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.432;QD=60.9465;RBI=0.0349303;REFB=0;REVB=0.0346103;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46364e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:65:47:0:0:65:48:0:0 chr1 248722777 . T A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.035913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.475;QD=10.6346;RBI=0.0425725;REFB=0.00689626;REVB=0.022862;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0142065;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:11:13:8:8:0.380952:4:4:4:7:4:4:6:7 chr1 248737343 . C T 232.42 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0577629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.229;QD=12.5631;RBI=0.0604678;REFB=-0.0322168;REVB=-0.0178831;RO=46;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708433;STB=0.540726;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0404873;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:17:11:21:25:17:11:21:25 chr1 248737348 . G A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.000510501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5809;QD=13.4909;RBI=0.0162863;REFB=0.0269527;REVB=-0.0162783;RO=46;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075779;STB=0.543329;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0400215;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:19:11:20:26:19:11:20:26 chr1 248737595 . A G 91.2 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0549065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.043;QD=17.3708;RBI=0.0559775;REFB=0.00224146;REVB=0.0108973;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190473;STB=0.514259;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00713586;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:9:1:2:8:9:2:2:8 chr1 248789504 . T C 379.61 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371051;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.95;QD=56.238;RBI=0.0468444;REFB=0;REVB=0.0285938;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114302;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr1 248789753 . G C 283.97 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.029002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.76;QD=43.6869;RBI=0.0401703;REFB=0.0403811;REVB=0.0277945;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.516764;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00112011;OID=.;OPOS=248789753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:11:12:2:0:11:12:2:1 chr1 248790075 . A G 62.28 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.121;QD=35.5875;RBI=0.148358;REFB=0;REVB=0.0906619;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409968;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr1 248790167 . A G 340.93 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9741;QD=54.5482;RBI=0.0468073;REFB=0;REVB=0.0306793;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598125;OID=.;OPOS=248790167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:14:9:0:0:16:9:0:0 chr1 248790199 . T C 343.57 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0167087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.554;QD=47.3887;RBI=0.0169613;REFB=-0.081697;REVB=-0.00291635;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579914;STB=0.531227;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00120037;OID=.;OPOS=248790199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:26:27:0.931034:15:11:0:2:15:12:0:2 chr1 248801592 . C T 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.574;QD=39.3195;RBI=0.022945;REFB=-0.165441;REVB=0.0185306;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431971;STB=0.523774;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0057536;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:3:10:1:0:3:10:1:0 chr1 248801602 . T TCA 118.49 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0292127;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.03;QD=33.8553;RBI=0.0840677;REFB=-0.0369552;REVB=0.0788289;RO=2;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089979;STB=0.549921;STBP=0.612;TYPE=ins;VARB=0.00192844;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:11:14:12:14:2:9:3:2:0:10:2:9:2:2:0 chr1 248801610 . GC AT 120.24 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684409;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.633;QD=43.7233;RBI=0.0294289;REFB=0;REVB=0.028622;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000489031;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 248801633 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.988;QD=43.4862;RBI=0.0319691;REFB=0;REVB=-0.0149579;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70864e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T,TCAGCAGG 186.97 PASS AF=0.75,0.25;AO=12,4;DP=16;FAO=12,4;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112472,-0.0288198;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=254.261,61.7438;QD=46.7421;RBI=0.0124323,0.0288814;REFB=0,0;REVB=0.00529738,-0.00188638;RO=0;SAF=2,3;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0106314,-0.0295249;OID=.,.;OPOS=248801945,248801950;OREF=CAGCACG,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TCAGCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:12,4:16:12,4:16:0:2,3:10,1:0:0:21:0:2,3:10,1:0:0 chr1 248813280 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.844;QD=55.0987;RBI=0.031198;REFB=0;REVB=0.00334256;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53881e-05;OID=.;OPOS=248813280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 248813542 . G A 398.1 PASS AF=0.966667;AO=22;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.047762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.268;QD=53.0796;RBI=0.0481635;REFB=0.0427878;REVB=-0.00620631;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00109777;OID=.;OPOS=248813542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:22:29:0.966667:19:3:0:0:23:6:0:1 chr1 248813650 . CAGA C 57.0 PASS AF=0.875;AO=5;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152467;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.643;QD=28.5011;RBI=0.0164831;REFB=0.0150458;REVB=-0.0062635;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=-0.00243524;OID=.;OPOS=248813651;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:5:8:7:8:1:3:4:0:1:6:1:2:3:0:1 chr1 248814080 . A C 660.95 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.013053;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.855;QD=55.079;RBI=0.0176151;REFB=-0.0486107;REVB=0.0118284;RO=3;SAF=16;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387173;STB=0.520949;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00071583;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:48:3:3:44:45:0.9375:28:16:2:1:29:16:2:1 chr1 248814126 . G A 395.63 PASS AF=0.775;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.102543;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.383;QD=39.5625;RBI=0.103212;REFB=-0.0374815;REVB=0.0117329;RO=9;SAF=11;SAR=20;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613819;STB=0.533193;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00526383;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:40:9:9:31:31:0.775:20:11:2:7:20:11:2:7 chr1 248844959 . T C 368.82 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00639921;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.286;QD=19.1597;RBI=0.00799355;REFB=-0.0192166;REVB=0.00479029;RO=39;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966028;STB=0.505374;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0256491;OID=.;OPOS=248844959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:39:38:38:0.493506:23:15:15:24:23:15:15:24 chr1 248845097 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0308044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.858;QD=23.3985;RBI=0.0504981;REFB=0.00663328;REVB=0.0400143;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370397;STB=0.713728;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000917621;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:0:3:2:6:0:3 chr1 248845356 . G T 243.59 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.0195589;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.244;QD=12.4916;RBI=0.0422043;REFB=-0.011293;REVB=-0.0373986;RO=47;SAF=22;SAR=7;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020246;STB=0.536559;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0225523;OID=.;OPOS=248845356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:49:29:29:0.371795:7:22:35:12:7:22:35:14 chr1 248845411 . G A 422.95 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0145628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.312;QD=18.3893;RBI=0.0162082;REFB=-0.0208723;REVB=-0.00711547;RO=48;SAF=28;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167397;STB=0.589431;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.022478;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:49:42:43:0.467391:14:28:24:24:15:28:24:25 chr1 248845458 . C T 395.11 PASS AF=0.526316;AO=38;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0211404;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.689;QD=20.7955;RBI=0.0289502;REFB=-0.0171057;REVB=0.0197786;RO=37;SAF=28;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247543;STB=0.632198;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0162426;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:36:38:40:0.526316:10:28:18:19:11:29:17:19 chr1 248845471 . T C 1159.06 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187233;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.838;QD=60.2108;RBI=0.0298537;REFB=0;REVB=0.0232525;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873107;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:30:46:0:0:31:46:0:0 chr1 248845499 . A G 1061.58 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445503;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.327;QD=59.8075;RBI=0.0591204;REFB=0;REVB=0.0388651;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329083;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr1 249105163 . T C 517.24 PASS AF=0.5;AO=51;DP=104;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0459103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0948;QD=18.8085;RBI=0.0489701;REFB=-0.0467653;REVB=0.0170385;RO=53;SAF=28;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712107;STB=0.527353;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0280139;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:110:53:55:51:55:0.5:23:28:25:28:25:30:27:28 chr1 249141782 . A T 342.2 PASS AF=0.445783;AO=34;DP=80;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0962763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.766;QD=16.4917;RBI=0.0980785;REFB=-0.017496;REVB=-0.0187152;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560665;STB=0.528705;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0170569;OID=.;OPOS=249141782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:45:46:34:37:0.445783:17:17:25:20:18:19:26:20 chr1 249143522 . C A 111.18 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00275353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.462;QD=12.7063;RBI=0.0342147;REFB=-0.015771;REVB=0.0341038;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411017;STB=0.705605;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0132986;OID=.;OPOS=249143522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:13:14:0.4:4:9:6:15:5:9:6:15 chr1 249168107 . G C 331.94 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00963065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1603;QD=21.4156;RBI=0.0439276;REFB=-0.00493638;REVB=0.0428589;RO=28;SAF=21;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23222;STB=0.632105;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00244618;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:28:33:34:0.548387:12:21:10:18:12:22:10:18 chr1 249168436 . G A 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=7;FWDB=-0.0167382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.113;QD=13.9611;RBI=0.0325958;REFB=-0.0157304;REVB=-0.0279699;RO=49;SAF=29;SAR=5;SRF=42;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878231;STB=0.515312;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0228891;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:52:34:34:0.395349:5:29:42:7:5:29:45:7 chr1 249168516 . A G 1012.37 PASS AF=0.974026;AO=69;DP=74;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0226263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2512;QD=52.5908;RBI=0.0386223;REFB=-0.155643;REVB=-0.0313006;RO=5;SAF=34;SAR=35;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391405;STB=0.512497;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0158747;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:77:5:2:69:75:0.974026:35:34:4:1:36:39:2:0 chr1 249208772 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0172095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.306;QD=14.6685;RBI=0.0261327;REFB=-0.0222864;REVB=-0.019666;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668076;STB=0.523861;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0347484;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:10:13:16:16:11:13:16:16 chr1 249211096 . G A 211.7 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0108474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.599;QD=19.6933;RBI=0.0215733;REFB=-0.0169419;REVB=-0.0186478;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148028;STB=0.559943;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0192687;OID=.;OPOS=249211096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:22:21:21:0.488372:12:9:12:8:12:9:12:10 chr1 249211619 . G A 178.19 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00526067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.899;QD=15.8395;RBI=0.0208038;REFB=-0.0135162;REVB=0.0201277;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361876;STB=0.667958;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0208678;OID=.;OPOS=249211619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:25:25:18:20:0.444444:7:11:6:19:9:11:6:19 chr2 224919 . A G 245.27 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.012375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.418;QD=13.258;RBI=0.0129529;REFB=-0.0123069;REVB=-0.0038258;RO=45;SAF=8;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289784;STB=0.666547;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0193306;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:21:8:24:21:21:8:24:21 chr2 242793 . G C 150.27 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.043794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9027;QD=19.3893;RBI=0.0472564;REFB=-0.019278;REVB=-0.0177553;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803505;STB=0.578216;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0168837;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:15:16:16:0.516129:9:7:7:6:9:7:9:6 chr2 242800 . T C 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0281438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.229;QD=16.4138;RBI=0.0314669;REFB=-0.0335914;REVB=0.0140744;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123893;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0485904;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:7:9:6:8:7:9 chr2 243504 . C T 97.23 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0370074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.5353;QD=12.9641;RBI=0.0476919;REFB=-0.0171892;REVB=-0.0300827;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.59984;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0346575;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:6:12:6:6:6:12 chr2 264019 . C A 330.18 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.144222;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.051;QD=19.4226;RBI=0.14429;REFB=-0.00777423;REVB=-0.0044549;RO=33;SAF=11;SAR=23;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209087;STB=0.521727;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00768828;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:33:34:35:0.514706:23:11:10:23:23:12:10:23 chr2 269352 . G A 729.65 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00760993;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.071;QD=20.9972;RBI=0.00761785;REFB=0.00148306;REVB=-0.000347363;RO=67;SAF=35;SAR=36;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391488;STB=0.517823;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00137102;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:67:68:71:71:0.510791:36:35:36:31:36:35:36:32 chr2 272203 . C T 759.82 PASS AF=0.462428;AO=80;DP=173;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0105198;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4981;QD=17.5681;RBI=0.023528;REFB=-0.0142733;REVB=-0.0210452;RO=93;SAF=21;SAR=59;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198661;STB=0.610757;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0186841;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:93:93:80:80:0.462428:59:21:41:52:59:21:41:52 chr2 277003 . A G 223.56 PASS AF=0.325581;AO=27;DP=85;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0684331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.297;QD=10.3981;RBI=0.0684364;REFB=-0.0163142;REVB=0.00067467;RO=58;SAF=14;SAR=13;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186163;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0387703;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:58:58:27:28:0.325581:13:14:31:27:13:15:31:27 chr2 676177 . C G 937.63 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.006;QD=58.6017;RBI=0.0292192;REFB=0;REVB=0.00702247;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19331e-05;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr2 1079320 . C T 689.14 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0102488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3751;QD=22.411;RBI=0.0335954;REFB=0.00252677;REVB=-0.031994;RO=55;SAF=32;SAR=35;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034101;STB=0.51424;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00195075;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:55:56:67:67:0.544715:35:32:24:31:35:32:25:31 chr2 1099076 . TAT CTT,TCT,TTC 974.06 PASS AF=0.0532544,0.461538,0.118343;AO=7,40,10;DP=163;FAO=9,78,20;FDP=169;FR=.;FRO=62;FSAF=6,53,2;FSAR=3,25,18;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0029582,0.00502451,0.00655551;FXX=0.150746;HRUN=11,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=90.135,86.6615,104.203;QD=23.0546;RBI=0.0692828,0.0263249,0.0121411;REFB=-0.0224691,-0.0249322,-0.0268776;REVB=0.0692196,0.0258409,-0.0102191;RO=30;SAF=4,28,1;SAR=3,12,9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0773881,0.0600983,-0.634481;STB=0.607597,0.563587,0.875266;STBP=0.528,0.119,0;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.0302565,0.0175947,0.0227568;OID=.,.,.;OPOS=1099076,1099077,1099077;OREF=TA,A,AT;OALT=CT,C,TC;OMAPALT=CTT,TCT,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:163:169:30:62:7,40,10:9,78,20:0.0532544,0.461538,0.118343:3,12,9:4,28,1:19:11:3,25,18:6,53,2:34:28 chr2 1099079 . T C 98.0 PASS AF=0.12234;AO=23;DP=198;FAO=23;FDP=188;FR=.;FRO=165;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=100;FSRR=65;FWDB=-0.00261888;FXX=0.059997;HRUN=11;LEN=1;MLLD=162.386;QD=2.08519;RBI=0.00270375;REFB=-0.000935766;REVB=-0.00067211;RO=163;SAF=9;SAR=14;SRF=99;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26523;STB=0.682015;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00323329;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:198:188:163:165:23:23:0.12234:14:9:99:64:14:9:100:65 chr2 1271230 . A G 1792.06 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.331;QD=60.7477;RBI=0.0505088;REFB=0;REVB=0.0221568;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484209;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:59:58:0:0:59:59:0:0 chr2 1312289 . G T 737.15 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0241476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7007;QD=19.2718;RBI=0.0272069;REFB=-0.00444067;REVB=-0.0125342;RO=77;SAF=45;SAR=31;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297568;STB=0.516385;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00386995;OID=.;OPOS=1312289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:77:77:76:76:0.496732:31:45:48:29:31:45:48:29 chr2 1320143 . C T 492.61 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0292625;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.845;QD=19.9036;RBI=0.029719;REFB=-0.00417113;REVB=-0.00518898;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157937;STB=0.576006;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00940622;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:49:51:48:48:0.484848:23:25:17:32:23:25:19:32 chr2 1460004 . G T 402.82 PASS AF=0.43617;AO=38;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0227405;FXX=0.0309246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.6932;QD=17.1411;RBI=0.050446;REFB=-0.0199793;REVB=-0.0450297;RO=38;SAF=25;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195354;STB=0.569401;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.021835;OID=.;OPOS=1460004;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:38:51:38:41:0.43617:13:25:17:21:13:28:29:22 chr2 1497803 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.889;QD=60.8833;RBI=0.0194177;REFB=0;REVB=0.00975335;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55371e-06;OID=.;OPOS=1497803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr2 1499899 . C T 1350.54 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.496;QD=60.0239;RBI=0.0259702;REFB=-0.155147;REVB=-0.00429803;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502369;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.000512366;OID=.;OPOS=1499899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:0:2:88:88:0.977778:53:35:0:0:53:35:1:1 chr2 1499927 . A C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.946;QD=60.3767;RBI=0.0272268;REFB=0;REVB=0.0260545;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03391e-05;OID=.;OPOS=1499927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr2 1520676 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7244;QD=57.3851;RBI=0.0293973;REFB=0;REVB=0.0170257;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197981;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 1544617 . G A 476.24 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0319264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.9;QD=21.8958;RBI=0.03376;REFB=-0.00528206;REVB=0.0109747;RO=38;SAF=30;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215998;STB=0.614703;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00543792;OID=.;OPOS=1544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:38:41:46:46:0.528736:16:30:15:23:16:30:17:24 chr2 1637648 . T C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00408201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.558;QD=15.6536;RBI=0.0110824;REFB=0.00149286;REVB=0.0103032;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259037;STB=0.501465;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00162447;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:21:11:9:17:21:11 chr2 1647171 . T C 1606.83 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.79;QD=64.2733;RBI=0.0076492;REFB=0;REVB=-0.00628768;RO=0;SAF=63;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72466e-06;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:37:63:0:0:37:63:0:0 chr2 1652660 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0140514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.107;QD=19.1341;RBI=0.014762;REFB=-0.0470154;REVB=0.00452511;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0232418;OID=.;OPOS=1652660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr2 1652822 . T G 2143.21 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150983;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.678;QD=62.5755;RBI=0.0167756;REFB=0;REVB=0.00731186;RO=0;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397631;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:71:64:0:0:73:64:0:0 chr2 1664654 . A G 2371.79 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839739;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.764;QD=61.2076;RBI=0.0371417;REFB=0;REVB=0.03618;RO=0;SAF=92;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119002;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:154:155:1:62:92:0:0:63:92:0:0 chr2 1795213 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0126704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.046;QD=13.4057;RBI=0.0129286;REFB=-0.00469229;REVB=0.00257094;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205552;STB=0.617149;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00859192;OID=.;OPOS=1795213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:23:11:12:11:23:11 chr2 1795247 . C T 221.56 PASS AF=0.435484;AO=24;DP=59;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00198838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8588;QD=14.294;RBI=0.00227123;REFB=-0.0715944;REVB=-0.00109765;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916862;STB=0.58258;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0553707;OID=.;OPOS=1795247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:35:35:24:27:0.435484:11:13:22:13:14:13:22:13 chr2 1805489 . A G 544.35 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.00536659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.56;QD=17.0109;RBI=0.00908725;REFB=-0.00938356;REVB=0.00733334;RO=69;SAF=28;SAR=30;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06625;STB=0.540599;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.011431;OID=.;OPOS=1805489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:70:58:58:0.453125:30:28:38:31:30:28:39:31 chr2 1926437 . G T 867.05 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00517266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.524;QD=53.3571;RBI=0.022054;REFB=-0.182394;REVB=0.0214389;RO=3;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601309;STB=0.531904;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000920434;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:22:40:0:3:22:40:0:3 chr2 3212704 . C A 65.31 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00517767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.134;QD=10.8848;RBI=0.0127448;REFB=0.00443789;REVB=0.0116457;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129171;STB=0.548284;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00674531;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:8:9:0.375:3:5:11:4:3:6:11:4 chr2 3392075 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0105732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.474;QD=13.5804;RBI=0.0113609;REFB=-0.00730787;REVB=-0.0041566;RO=28;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384081;STB=0.50224;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0140991;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:14:3:5:23:14:3:5:23 chr2 3392295 . A G 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0148103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.908;QD=7.1242;RBI=0.0335127;REFB=-0.0040007;REVB=-0.0300625;RO=41;SAF=11;SAR=3;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192856;STB=0.621073;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00992334;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:3:11:27:14:3:11:27:14 chr2 3392513 . TT CA 151.3 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0177671;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=2;MLLD=149.714;QD=15.5174;RBI=0.0246767;REFB=0.011079;REVB=-0.0171252;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217585;STB=0.628382;STBP=0.243;TYPE=mnp;VARB=0.000546292;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:15:15:0.384615:12:3:8:14:12:3:8:14 chr2 3425514 . G C 498.03 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0430705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5409;QD=19.7241;RBI=0.047931;REFB=0.0036728;REVB=-0.0210313;RO=49;SAF=32;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522945;STB=0.524795;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00429261;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:50:51:51:0.50495:19:32:28:21:19:32:29:21 chr2 3469463 . G C 1227.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.911;QD=61.3567;RBI=0.0510587;REFB=0;REVB=0.0147348;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91547e-05;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr2 3470115 . T C 517.85 PASS AF=0.514019;AO=53;DP=103;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.036892;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.058;QD=19.3588;RBI=0.0538916;REFB=-0.0271768;REVB=-0.0392847;RO=44;SAF=22;SAR=31;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899361;STB=0.57733;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0346349;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:44:52:53:55:0.514019:31:22:23:21:33:22:29:23 chr2 3470124 . G A 511.44 PASS AF=0.52;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0135743;FXX=0.0196059;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.4706;QD=20.4577;RBI=0.0146648;REFB=-0.0496319;REVB=0.00554914;RO=44;SAF=19;SAR=32;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148919;STB=0.58655;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0289389;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:44:48:51:52:0.52:32:19:24:20:32:20:27:21 chr2 3483205 . C T 86.04 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0436045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.787;QD=11.8669;RBI=0.0446089;REFB=-0.0194408;REVB=0.00941296;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.612712;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0298768;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:29:9:18:10:11:0.37931:5:5:5:4:5:6:13:5 chr2 3488502 . A G 550.89 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00168074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.711;QD=17.9152;RBI=0.018346;REFB=-0.0165666;REVB=0.0182689;RO=64;SAF=32;SAR=26;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403779;STB=0.525917;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.015341;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:65:58:58:0.471545:26:32:38:26:26:32:39:26 chr2 3504687 . A G 450.18 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0159676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.267;QD=14.522;RBI=0.0188114;REFB=-0.00756954;REVB=0.00994508;RO=72;SAF=33;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200242;STB=0.616975;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00727544;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:73:51:51:0.41129:18:33:33:39:18:33:33:40 chr2 3605468 . A G 112.94 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.15294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.85;QD=9.41172;RBI=0.153978;REFB=0.00118601;REVB=-0.0178464;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12362;STB=0.583218;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00319186;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:7:7:20:13:7:7:21:13 chr2 3652616 . G C 2077.54 PASS AF=0.992593;AO=130;DP=131;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404233;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.969;QD=61.5568;RBI=0.0573861;REFB=0.0097809;REVB=0.0407323;RO=1;SAF=95;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133831;STB=0.506328;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000260457;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:135:1:1:130:134:0.992593:35:95:0:1:39:95:0:1 chr2 3653844 . T C 759.33 PASS AF=1;AO=42;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.189;QD=57.3076;RBI=0.0648593;REFB=0;REVB=0.0317707;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417772;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:42:53:1:28:14:0:0:30:23:0:0 chr2 3673648 . G A 129.81 PASS AF=0.3;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00413708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8455;QD=8.65423;RBI=0.00659689;REFB=-0.00894424;REVB=-0.00513843;RO=42;SAF=14;SAR=3;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15047;STB=0.603321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0353288;OID=.;OPOS=3673648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:42:42:17:18:0.3:3:14:31:11:3:15:31:11 chr2 3688861 . G A 238.14 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0473963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3485;QD=20.2675;RBI=0.0515548;REFB=-0.0412606;REVB=0.0202853;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190686;STB=0.607902;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0535568;OID=.;OPOS=3688861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:12:12:7:16:12:12 chr2 3691548 . A G 553.79 PASS AF=0.408163;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=-0.0078888;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.972;QD=15.0691;RBI=0.0581929;REFB=-0.00464231;REVB=-0.0576557;RO=86;SAF=35;SAR=25;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742947;STB=0.537178;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0047524;OID=.;OPOS=3691548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:86:87:60:60:0.408163:25:35:56:30:25:35:56:31 chr2 3721729 . A G 634.52 PASS AF=0.528926;AO=63;DP=122;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0551112;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2902;QD=20.9758;RBI=0.066369;REFB=-0.0224739;REVB=0.0369811;RO=56;SAF=40;SAR=23;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00913803;STB=0.504614;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0255643;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:56:57:63:64:0.528926:23:40:35:21:23:41:36:21 chr2 3729254 . C T 250.66 PASS AF=0.48;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.01869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.342;QD=20.053;RBI=0.0224624;REFB=-0.0180349;REVB=-0.0124598;RO=24;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772338;STB=0.546835;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0195035;OID=.;OPOS=3729254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:24:26:24:24:0.48:9:15:13:11:9:15:14:12 chr2 3749151 . GGAA G 465.5 PASS AF=0.528455;AO=70;DP=123;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00251268;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=235.701;QD=15.1381;RBI=0.00650983;REFB=-0.0199474;REVB=-0.00600535;RO=51;SAF=36;SAR=34;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186309;STB=0.565848;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.0179393;OID=.;OPOS=3749152;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528455:70:123:65:123:58:36:29:24:34:99:51:36:34:25:26 chr2 3800383 . C T 446.24 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0154733;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.222;QD=17.4997;RBI=0.0751899;REFB=-0.00161621;REVB=-0.0735805;RO=52;SAF=21;SAR=27;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147793;STB=0.572097;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00397004;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:54:48:48:0.470588:27:21:31:21:27:21:31:23 chr2 4874698 . C A 31.72 PASS AF=0.0943396;AO=4;DP=53;FAO=5;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0053126;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.811;QD=2.39385;RBI=0.00580006;REFB=-0.0078538;REVB=-0.00232744;RO=45;SAF=1;SAR=3;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782432;STB=0.551506;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0739294;OID=.;OPOS=4874698;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:53:53:45:46:4:5:0.0943396:3:1:11:34:4:1:11:35 chr2 4874700 . AAC A,AA,AAA,CAA 551.17 PASS AF=0.948718,0,0.0512821,0;AO=12,11,11,3;DP=48;FAO=37,0,2,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,0,0;FSAR=29,0,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106357,0.100518,0.0957705,-0.264735;FXX=0.133304;HRUN=3,1,1,3;LEN=2,1,1,3;MLLD=146.062,144.968,141.697,20.6427;QD=56.5305;RBI=0.111816,0.102955,0.0965935,0.264735;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0345131,0.0222719,0.0125821,-0.000516187;RO=10;SAF=1,1,4,0;SAR=11,10,7,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.569681,-0.559951,-0.197016,-0.679145;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.00689022,-0.0825408,-0.0246241,0;OID=.,.,.,.;OPOS=4874701,4874702,4874702,4874700;OREF=AC,C,C,AAC;OALT=-,-,A,CAA;OMAPALT=A,AA,AAA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:11:48:39:10:0:12,11,11,3:37,0,2,0:0.948718,0,0.0512821,0:11,10,7,3:1,1,4,0:6:4:29,0,2,0:8,0,0,0:0:0 chr2 6990020 . C T 558.12 PASS AF=0.491525;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0182606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.665;QD=18.9194;RBI=0.0185523;REFB=-0.0150926;REVB=0.00327713;RO=58;SAF=37;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449906;STB=0.530446;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0148695;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:58:60:57:58:0.491525:20:37:35:23:20:38:36:24 chr2 7137067 . A G 1128.6 PASS AF=0.571429;AO=104;DP=184;FAO=104;FDP=182;FR=.;FRO=78;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00119126;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.215;QD=24.8044;RBI=0.0150556;REFB=-0.0180375;REVB=0.0150084;RO=78;SAF=68;SAR=36;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865646;STB=0.547135;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0146831;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:78:78:104:104:0.571429:36:68:43:35:36:68:43:35 chr2 7154632 . T C 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.208;QD=61.3642;RBI=0.0295342;REFB=0;REVB=0.01422;RO=0;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93576e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:50:70:0:0:50:70:0:0 chr2 7208422 . T C 166.74 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00138989;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.72;QD=12.8261;RBI=0.0188288;REFB=-0.00940605;REVB=0.0187774;RO=32;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322183;STB=0.63319;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00945902;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:19:20:0.384615:4:15:17:15:5:15:18:14 chr2 8870862 . T C 839.61 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.678;QD=55.9738;RBI=0.039695;REFB=-0.146708;REVB=0.0387812;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362354;OID=.;OPOS=8870862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:26:34:0:0 chr2 9491017 . C T 1571.98 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9295;QD=59.8849;RBI=0.0645787;REFB=0;REVB=0.0352218;RO=0;SAF=79;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50953e-05;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:25:79:0:0:26:79:0:0 chr2 9755405 . G A 462.33 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0402952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.496;QD=27.1959;RBI=0.0418851;REFB=0.00028907;REVB=0.0114305;RO=25;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1175;STB=0.564003;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.000537981;OID=.;OPOS=9755405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:23:20:16:9:23:20:16:9 chr2 9983686 . G T 1358.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1983;QD=62.4607;RBI=0.0602194;REFB=0;REVB=0.0150886;RO=0;SAF=7;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271189;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:80:7:0:0:80:7:0:0 chr2 9983716 . A C 982.01 PASS AF=0.985507;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.316;QD=56.9279;RBI=0.0312238;REFB=-0.0605724;REVB=0.0260373;RO=0;SAF=2;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.13072e-08;STB=0.599965;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000509731;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:69:0:1:65:68:0.985507:63:2:0:0:66:2:1:0 chr2 10045013 . AC A,AT 2213.73 PASS AF=0.0328947,0.967105;AO=20,101;DP=152;FAO=5,147;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=2,85;FSAR=3,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000368258,-0.00937425;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.251,69.0848;QD=58.2561;RBI=0.00938391,0.0175778;REFB=0,0;REVB=0.00937669,-0.0148695;RO=0;SAF=15,52;SAR=5,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10807e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0205792,0.00250717;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0328947,0.967105:20,101:152:5,147:152:0:2,85:3,62:0:0:7:0:15,52:5,49:0:0 chr2 10045015 . A T 103.89 PASS AF=0.140127;AO=19;DP=154;FAO=22;FDP=157;FR=.;FRO=135;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=58;FWDB=-0.0101205;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=106.482;QD=2.64687;RBI=0.0129089;REFB=-0.00305335;REVB=0.00801344;RO=135;SAF=14;SAR=5;SRF=77;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222512;STB=0.559267;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00566134;OID=.;OPOS=10045015;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:135:135:19:22:0.140127:5:14:77:58:8:14:77:58 chr2 10045024 . G A 2564.2 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.753;QD=61.788;RBI=0.0323023;REFB=0;REVB=0.0254325;RO=0;SAF=97;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0924e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:69:97:0:0:69:97:0:0 chr2 10050947 . T C 701.1 PASS AF=0.449438;AO=60;DP=166;FAO=80;FDP=178;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0410783;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.847;QD=15.7551;RBI=0.0414765;REFB=-0.00445556;REVB=0.00573359;RO=92;SAF=22;SAR=38;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112123;STB=0.524994;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00390543;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:178:92:98:60:80:0.449438:38:22:43:49:38:42:47:51 chr2 10050960 . A G 747.29 PASS AF=0.43956;AO=80;DP=182;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0137569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.7124;QD=16.4239;RBI=0.0217637;REFB=0.00453572;REVB=0.0168644;RO=99;SAF=40;SAR=40;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0118124;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:99:102:80:80:0.43956:40:40:51:48:40:40:51:51 chr2 10053412 . C T 571.66 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00456916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1173;QD=14.658;RBI=0.00521001;REFB=-0.00516198;REVB=-0.00250339;RO=91;SAF=38;SAR=27;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117285;STB=0.565793;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00696659;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:91:91:65:65:0.416667:27:38:43:48:27:38:43:48 chr2 10059770 . G T 257.94 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0082097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2926;QD=18.4246;RBI=0.0142212;REFB=-0.0136226;REVB=0.0116122;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224814;STB=0.624916;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0150076;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:21:7:14:14:21:7 chr2 10059844 . C T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0423862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6103;QD=12.5788;RBI=0.0504364;REFB=3.3603e-05;REVB=-0.0273356;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222474;STB=0.631417;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000192512;OID=.;OPOS=10059844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:5:12:16:15:5:12:16:15 chr2 10094992 . A G 371.66 PASS AF=0.5;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0641076;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.035;QD=18.1296;RBI=0.0652169;REFB=-0.0164197;REVB=-0.0119775;RO=39;SAF=24;SAR=16;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256124;STB=0.655139;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0401102;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:39:41:40:41:0.5:16:24:12:27:16:25:12:29 chr2 10126330 . G A 368.78 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0209265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.669;QD=18.2115;RBI=0.0254696;REFB=-0.00971483;REVB=-0.0145184;RO=40;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679788;STB=0.541812;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0138432;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:40:42:38:39:0.481481:16:22:26:14:16:23:28:14 chr2 10188649 . A T 747.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.789;QD=63.6422;RBI=0.0337458;REFB=0;REVB=0.0026629;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86141e-05;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr2 10262920 . T G 135.03 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0138364;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.827;QD=9.47555;RBI=0.01953;REFB=-0.0275897;REVB=-0.0137832;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301221;STB=0.508762;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0468997;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:39:18:18:0.315789:9:9:18:20:9:9:19:20 chr2 10563236 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.131523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4323;QD=16.1975;RBI=0.131653;REFB=-0.0275783;REVB=0.00584339;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0170294;OID=.;OPOS=10563236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr2 10712278 . C T 1604.36 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.74;QD=59.9761;RBI=0.0557898;REFB=0;REVB=0.0554261;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233826;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:50:57:0:0:50:57:0:0 chr2 10784491 . A G 369.95 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.041557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7433;QD=13.0955;RBI=0.081065;REFB=0.0108817;REVB=0.0696028;RO=67;SAF=26;SAR=18;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673773;STB=0.502081;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.018225;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:67:69:44:44:0.389381:18:26:40:27:18:26:41:28 chr2 10808776 . C A,CAA 2118.19 PASS AF=0.0507246,0.949275;AO=10,123;DP=141;FAO=7,131;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=3,77;FSAR=4,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533492,0.0234583;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=34.2714,146.911;QD=61.3969;RBI=0.0651627,0.0375095;REFB=0,0;REVB=-0.037417,0.029269;RO=4;SAF=6,72;SAR=4,51;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0802204,-0.0101585;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0487788,0.00334919;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:141:138:4:0:10,123:7,131:0.0507246,0.949275:4,51:6,72:3:1:4,54:3,77:0:0 chr2 10908893 . A G 113.04 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.020395;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1124;QD=15.5922;RBI=0.0340528;REFB=-0.00364026;REVB=-0.0272697;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356893;STB=0.706492;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0132099;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:5:11:4:9:5:11 chr2 10928906 . T C 487.03 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228612;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2217;QD=59.0333;RBI=0.0294016;REFB=0;REVB=0.0184882;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53878e-05;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr2 10930903 . T C 749.85 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0370364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.928;QD=51.7138;RBI=0.0399298;REFB=-0.0614361;REVB=0.014923;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000601097;STB=0.509088;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00147178;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:58:2:3:55:55:0.948276:27:28:1:1:27:28:1:2 chr2 10933249 . C T 805.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9367;QD=64.4218;RBI=0.0796488;REFB=0;REVB=0.0620378;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141541;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr2 10942687 . C T 1414.89 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3983;QD=62.8842;RBI=0.0324201;REFB=0;REVB=0.00285131;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197275;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr2 11053020 . A G 762.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.463;QD=56.4614;RBI=0.0394113;REFB=0;REVB=-0.0372652;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96361e-05;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr2 11053740 . C T 662.21 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.0147949;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0262;QD=20.2201;RBI=0.016161;REFB=-0.00941766;REVB=0.006503;RO=66;SAF=47;SAR=19;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489945;STB=0.529823;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00655836;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:66:65:66:66:0.503817:19:47:44:22:19:47:43:22 chr2 11264830 . G A 2070.28 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0695221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6707;QD=60.8906;RBI=0.0738872;REFB=0.0762551;REVB=0.0250197;RO=1;SAF=62;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760521;STB=0.507935;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000625958;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:1:2:134:134:0.985294:72:62:1:0:72:62:2:0 chr2 11323276 . T C 1004.74 PASS AF=0.515957;AO=97;DP=187;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0128351;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.495;QD=21.3774;RBI=0.0287344;REFB=-0.0297252;REVB=0.0257085;RO=89;SAF=33;SAR=64;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161721;STB=0.589571;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0313922;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:89:91:97:97:0.515957:64:33:46:43:64:33:47:44 chr2 11359120 . G T 104.94 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0226051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.264;QD=10.7632;RBI=0.0228533;REFB=-0.0174264;REVB=-0.00335884;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340636;STB=0.719981;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0305051;OID=.;OPOS=11359120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:26:13:13:0.333333:3:10:11:12:3:10:12:14 chr2 11374200 . C G 1177.71 PASS AF=0.539906;AO=115;DP=215;FAO=115;FDP=213;FR=.;FRO=98;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.00537951;FXX=0.0138882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2894;QD=22.1166;RBI=0.00556303;REFB=-0.00940198;REVB=-0.00141708;RO=96;SAF=54;SAR=61;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269092;STB=0.514241;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00559697;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:96:98:115:115:0.539906:61:54:42:54:61:54:43:55 chr2 11696806 . C T 349.16 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0171641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.463;QD=20.2415;RBI=0.0254357;REFB=-0.00176522;REVB=-0.0187715;RO=33;SAF=9;SAR=27;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121167;STB=0.567528;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00238609;OID=.;OPOS=11696806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:27:9:12:21:27:9:12:21 chr2 11702661 . A C 698.11 PASS AF=0.395939;AO=82;DP=196;FAO=78;FDP=197;FR=.;FRO=119;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0159501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3782;QD=14.1748;RBI=0.0931711;REFB=0.00487338;REVB=-0.0917957;RO=110;SAF=53;SAR=29;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155549;STB=0.617513;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00742714;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:110:119:82:78:0.395939:29:53:55:55:26:52:57:62 chr2 11706693 . T C 340.89 PASS AF=0.346774;AO=32;DP=126;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0161861;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.442;QD=10.9965;RBI=0.061116;REFB=-0.00320051;REVB=-0.0589337;RO=61;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135352;STB=0.524364;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0163631;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:61:81:32:43:0.346774:19:13:18:43:27:16:33:48 chr2 11738091 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.165;QD=63.2849;RBI=0.0635979;REFB=0;REVB=0.0265561;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349884;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr2 11752635 . T C 1387.58 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=103;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.044492;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8819;QD=54.9538;RBI=0.0461249;REFB=-0.0816564;REVB=0.0121641;RO=2;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193489;STB=0.510102;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0152218;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:101:2:4:97:97:0.960396:48:49:0:2:48:49:1:3 chr2 11965541 . A G 576.86 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0163235;FXX=0.0517197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9286;QD=20.9766;RBI=0.017293;REFB=-0.0337917;REVB=-0.00570882;RO=44;SAF=27;SAR=31;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870066;STB=0.50189;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0165309;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:110:44:52:58:58:0.527273:31:27:20:24:31:27:24:28 chr2 12864766 . C T 1034.79 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00529379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.848;QD=54.4624;RBI=0.0219297;REFB=-0.217256;REVB=0.0212811;RO=2;SAF=42;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219878;STB=0.522721;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00130053;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:2:4:72:72:0.947368:30:42:2:0:30:42:4:0 chr2 12877501 . G A,GA 2678.1 PASS AF=0.0338983,0.966102;AO=10,153;DP=177;FAO=6,171;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=1,75;FSAR=5,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429034,0.0336164;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=62.7272,83.3021;QD=60.5221;RBI=0.0482242,0.040624;REFB=0,0;REVB=0.0220199,0.0228088;RO=0;SAF=5,67;SAR=5,86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0105256,0.00112751;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:177:177:0:0:10,153:6,171:0.0338983,0.966102:5,86:5,67:0:0:5,96:1,75:0:0 chr2 12882822 . ATC A 2952.14 PASS AF=1;AO=171;DP=193;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100856;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.108;QD=59.6393;RBI=0.0117568;REFB=0;REVB=0.00604166;RO=0;SAF=80;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.83577e-05;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:171:193:198:198:0:102:96:0:0:17:0:80:91:0:0 chr2 14779829 . A G 132.95 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0192047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.776;QD=15.6411;RBI=0.0250878;REFB=-0.00768372;REVB=0.0161424;RO=19;SAF=14;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470496;STB=0.783494;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0216968;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:1:14:13:6:1:14:13:6 chr2 14780038 . T G 627.78 PASS AF=0.40678;AO=68;DP=171;FAO=72;FDP=177;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.0484264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5212;QD=14.187;RBI=0.0788858;REFB=-0.0195486;REVB=0.0622724;RO=103;SAF=23;SAR=45;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174939;STB=0.576663;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0332001;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:177:103:105:68:72:0.40678:45:23:51:52:46:26:51:54 chr2 14780131 . A G 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00158903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.706;QD=10.5621;RBI=0.0048266;REFB=-0.000657763;REVB=-0.00455752;RO=48;SAF=16;SAR=9;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138935;STB=0.588557;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00258599;OID=.;OPOS=14780131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:49:25:25:0.337838:9:16:25:23:9:16:25:24 chr2 15533779 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0451758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5972;QD=53.3629;RBI=0.0482305;REFB=-0.129278;REVB=-0.0168916;RO=1;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238907;STB=0.512812;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0023354;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:10:19:1:0:10:19:1:0 chr2 15542337 . C G 404.02 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0384504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7936;QD=19.4708;RBI=0.0541435;REFB=-0.0102342;REVB=0.0381195;RO=42;SAF=31;SAR=10;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153286;STB=0.585711;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00964766;OID=.;OPOS=15542337;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:10:31:26:16:10:31:26:16 chr2 15555762 . C G 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0740399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9117;QD=18.1936;RBI=0.0758856;REFB=-0.0128922;REVB=0.016635;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024196;STB=0.513506;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0150559;OID=.;OPOS=15555762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:18:16:16:20:18:16:16:20 chr2 15555832 . A G 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0592581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.536;QD=18.2998;RBI=0.0607337;REFB=-0.0136731;REVB=0.0133063;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224885;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0135464;OID=.;OPOS=15555832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:8:15:13:7:8:15 chr2 15601441 . C T 2238.93 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.821;QD=62.6275;RBI=0.0345539;REFB=-0.071385;REVB=0.0277712;RO=1;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621591;STB=0.503267;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000159784;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:1:1:142:142:0.993007:76:66:0:1:76:66:0:1 chr2 15607842 . T C 461.47 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00424816;FXX=0.00840265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.9027;QD=15.643;RBI=0.0601614;REFB=-0.0147748;REVB=0.0600112;RO=64;SAF=29;SAR=22;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021982;STB=0.500846;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0202395;OID=.;OPOS=15607842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:64:67:51:51:0.432203:22:29:35:29:22:29:38:29 chr2 15613460 . T C 206.6 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0434179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3696;QD=11.0187;RBI=0.0469477;REFB=-0.0183343;REVB=-0.0178599;RO=48;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131549;STB=0.584251;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0446841;OID=.;OPOS=15613460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:49:26:26:0.346667:9:17:26:22:9:17:26:23 chr2 15614404 . T C 1690.57 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.744;QD=60.3773;RBI=0.0560034;REFB=0;REVB=0.0259279;RO=0;SAF=37;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3094e-05;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:72:37:0:0:73:39:0:0 chr2 15615910 . A G 434.86 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00720201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.991;QD=15.2582;RBI=0.00894749;REFB=-0.0206345;REVB=0.0053093;RO=64;SAF=19;SAR=29;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123617;STB=0.566133;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0225294;OID=.;OPOS=15615910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:65:48:49:0.429825:29:19:33:31:29:20:34:31 chr2 15618339 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.021;QD=58.061;RBI=0.0231523;REFB=0;REVB=0.0145852;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07912e-05;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr2 15674686 . T C 880.99 PASS AF=0.461538;AO=89;DP=194;FAO=90;FDP=195;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.00975611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.663;QD=18.0715;RBI=0.0167388;REFB=0.00247774;REVB=0.0136017;RO=105;SAF=44;SAR=45;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287375;STB=0.512818;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00214908;OID=.;OPOS=15674686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:105:105:89:90:0.461538:45:44:55:50:45:45:55:50 chr2 15698746 . G C 963.71 PASS AF=0.405204;AO=109;DP=269;FAO=109;FDP=269;FR=.;FRO=160;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=84;FSRR=76;FWDB=0.00573553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.023;QD=14.3303;RBI=0.00576935;REFB=0.00413632;REVB=-0.000623759;RO=160;SAF=38;SAR=71;SRF=84;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192396;STB=0.607925;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00492327;OID=.;OPOS=15698746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:160:160:109:109:0.405204:71:38:84:76:71:38:84:76 chr2 15743344 . T C 540.95 PASS AF=0.398734;AO=62;DP=158;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=0.000577214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6623;QD=13.6948;RBI=0.0417927;REFB=1.31808e-05;REVB=0.0417887;RO=94;SAF=35;SAR=27;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576271;STB=0.524156;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000259567;OID=.;OPOS=15743344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:95:62:63:0.398734:27:35:58:36:27:36:58:37 chr2 15747393 . C T 492.4 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.026813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.452;QD=20.098;RBI=0.0286079;REFB=-0.00841178;REVB=-0.00997378;RO=49;SAF=19;SAR=29;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499974;STB=0.533728;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00989152;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:29:19:22:27:29:19:23:27 chr2 15840623 . A G 1608.61 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132985;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.423;QD=60.135;RBI=0.0144323;REFB=0;REVB=-0.00560738;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53332e-06;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:49:57:0:0:50:57:0:0 chr2 16090820 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0119865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0698;QD=14.0782;RBI=0.0509095;REFB=0.00477617;REVB=-0.0494783;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284721;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00823215;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:10:6:8:4:10:6 chr2 17304295 . A G 1606.65 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0328;QD=60.0616;RBI=0.0340572;REFB=0;REVB=-0.0047565;RO=0;SAF=38;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120287;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:69:38:0:0:69:38:0:0 chr2 17696573 . C T 3259.44 PASS AF=0.960177;AO=216;DP=225;FAO=217;FDP=226;FR=.;FRO=9;FSAF=103;FSAR=114;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00150715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.798;QD=57.6892;RBI=0.0212453;REFB=-0.0461407;REVB=-0.0211917;RO=8;SAF=103;SAR=113;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185876;STB=0.50766;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0036606;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:225:226:8:9:216:217:0.960177:113:103:6:2:114:103:6:3 chr2 17698678 . A G 2397.81 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.087;QD=63.9415;RBI=0.0113973;REFB=0;REVB=0.0109331;RO=0;SAF=72;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19287e-05;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:77:72:0:0:77:73:0:0 chr2 17942775 . T A 1121.71 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100358;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0537;QD=60.6331;RBI=0.0475565;REFB=0;REVB=0.0464856;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647479;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:41:33:0:0 chr2 17947927 . A G 683.44 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=60;FWDB=0.0073894;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4512;QD=16.5682;RBI=0.0135041;REFB=-0.0217575;REVB=0.011303;RO=89;SAF=37;SAR=37;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160623;STB=0.587856;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.030794;OID=.;OPOS=17947927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:89:91:74:74:0.448485:37:37:30:59:37:37:31:60 chr2 17954027 . G A 1396.27 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0371;QD=62.7538;RBI=0.0947756;REFB=0;REVB=-0.077152;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000710203;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr2 17954421 . C G 1701.9 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432691;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8767;QD=60.7821;RBI=0.067064;REFB=0;REVB=0.0512383;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027845;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:112:112:1:54:58:0:0:54:58:0:0 chr2 17961321 . A G 492.67 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.000911111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.821;QD=17.4398;RBI=0.0145511;REFB=-0.00804599;REVB=0.0145226;RO=60;SAF=28;SAR=25;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134055;STB=0.574297;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00836153;OID=.;OPOS=17961321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:25:28:40:20:25:28:40:20 chr2 17962450 . A G 464.48 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0044901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2216;QD=22.1182;RBI=0.0127346;REFB=-0.00637073;REVB=-0.0119167;RO=39;SAF=18;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751257;STB=0.541445;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00526339;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:27:18:19:20:27:18:19:20 chr2 17962518 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000760791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.547;QD=58.5995;RBI=0.0453696;REFB=0;REVB=-0.0453632;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52558e-05;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr2 17963098 . T G 116.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.0747875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6269;QD=11.3305;RBI=0.0908692;REFB=-0.0034307;REVB=-0.0516145;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211217;STB=0.622492;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00723221;OID=.;OPOS=17963098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:4:10:23:4:4:10:23:4 chr2 17998025 . A T 505.18 PASS AF=0.514851;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0169253;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.222;QD=20.0071;RBI=0.0383047;REFB=-0.0197502;REVB=-0.0343625;RO=47;SAF=23;SAR=28;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224005;STB=0.526144;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.020666;OID=.;OPOS=17998025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:49:51:52:0.514851:28:23:20:27:28:24:20:29 chr2 17998095 . C T 231.6 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00438589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.206;QD=12.3522;RBI=0.0102134;REFB=-0.012377;REVB=-0.00922373;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105203;STB=0.561666;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0199324;OID=.;OPOS=17998095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:47:28:28:0.373333:17:11:22:23:17:11:23:24 chr2 17998331 . T C 426.69 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0154205;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.98;QD=18.9639;RBI=0.0162983;REFB=-0.0276126;REVB=0.00527675;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427422;STB=0.523798;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0252006;OID=.;OPOS=17998331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:47:43:43:0.477778:20:23:23:24:20:23:23:24 chr2 18112473 . G A 2701.23 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295848;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4342;QD=62.0973;RBI=0.0983379;REFB=0;REVB=0.0937821;RO=0;SAF=67;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31634e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431138;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:164:174:0:0:162:174:1:95:67:0:0:106:68:0:0 chr2 18113508 . G A 279.82 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.022353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.022;QD=11.9073;RBI=0.023051;REFB=-0.00586741;REVB=-0.00562973;RO=60;SAF=23;SAR=10;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333667;STB=0.687792;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0330229;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:61:33:33:0.351064:10:23:24:36:10:23:25:36 chr2 18113623 . A G 417.87 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00237399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.962;QD=53.9182;RBI=0.0879215;REFB=0.0446945;REVB=0.0878894;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000112465;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr2 20101487 . G A 435.35 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=22;FWDB=0.00723441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.894;QD=13.9312;RBI=0.0404558;REFB=-0.0211153;REVB=0.0398037;RO=74;SAF=32;SAR=18;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903003;STB=0.544467;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0272886;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:75:50:50:0.4:18:32:53:21:18:32:53:22 chr2 20135283 . T C 1945.63 PASS AF=0.963768;AO=124;DP=131;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0191708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6457;QD=56.3951;RBI=0.0228999;REFB=0.00444473;REVB=0.0125255;RO=6;SAF=68;SAR=56;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336197;STB=0.511839;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00312001;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:131:138:6:5:124:133:0.963768:56:68:1:5:63:70:1:4 chr2 20192931 . G A 745.37 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.0428537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.572;QD=20.0099;RBI=0.043492;REFB=-0.0122413;REVB=0.00742392;RO=75;SAF=31;SAR=42;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196085;STB=0.61099;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.016357;OID=.;OPOS=20192931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:75:76:73:73:0.489933:42:31:48:27:42:31:49:27 chr2 20202929 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0204521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5041;QD=18.1535;RBI=0.0242259;REFB=-0.00551759;REVB=0.0129848;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164593;STB=0.584532;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00796776;OID=.;OPOS=20202929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:7:14:12:12:7:14:13:12 chr2 20205680 . C T 1861.19 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0469308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.847;QD=60.5265;RBI=0.0568632;REFB=-0.101787;REVB=0.0321079;RO=1;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760105;STB=0.503999;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00136438;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:62:60:0:1:62:60:0:1 chr2 20205848 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.583;QD=58.419;RBI=0.0152797;REFB=0;REVB=-0.00387868;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31106e-05;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr2 20403794 . A T 1361.61 PASS AF=1;AO=52;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.942;QD=62.6028;RBI=0.0758426;REFB=0;REVB=0.0648655;RO=0;SAF=48;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227936;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:52:87:1:4:48:0:0:36:51:0:0 chr2 20648053 . C T 445.25 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0218414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.297;QD=20.4712;RBI=0.0239861;REFB=-0.0205904;REVB=0.00991412;RO=41;SAF=27;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478009;STB=0.516668;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0103065;OID=.;OPOS=20648053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:43:44:44:0.505747:17:27:23:18:17:27:25:18 chr2 20648211 . G T 237.98 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.243;QD=50.1018;RBI=0.0461575;REFB=0;REVB=0.0415714;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343622;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:7:10:0:0:7:12:0:0 chr2 20680665 . C A 133.46 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00863051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.594;QD=10.2664;RBI=0.0132021;REFB=-0.00739005;REVB=0.0099905;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162099;STB=0.610978;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0136172;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:16:17:0.326923:6:10:17:18:6:11:17:18 chr2 20680693 . G A 119.71 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0766353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1121;QD=9.38913;RBI=0.0767137;REFB=-0.0148372;REVB=-0.0034673;RO=36;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290677;STB=0.675093;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.049496;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:5:10:15:21:5:10:15:21 chr2 20798006 . CT C 1463.6 PASS AF=0.512545;AO=138;DP=283;FAO=143;FDP=279;FR=.;FRO=136;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=-0.000755573;FXX=0.0244747;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.85;QD=20.9836;RBI=0.0172913;REFB=0.00371582;REVB=0.0172748;RO=135;SAF=81;SAR=57;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102927;STB=0.54696;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=-0.00404124;OID=.;OPOS=20798007;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512545:138:283:143:279:136:81:62:64:72:99:135:81:57:64:71 chr2 20817673 . G A 720.79 PASS AF=0.458333;AO=76;DP=167;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=77;FSRR=14;FWDB=0.00625447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.136;QD=17.1616;RBI=0.00706387;REFB=-0.00740105;REVB=0.00328328;RO=82;SAF=54;SAR=22;SRF=68;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145879;STB=0.601254;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00768446;OID=.;OPOS=20817673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:82:91:76:77:0.458333:22:54:68:14:23:54:77:14 chr2 20818454 . T A 354.15 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0170845;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.031;QD=28.91;RBI=0.0203097;REFB=-0.0330358;REVB=-0.010982;RO=19;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152461;STB=0.583729;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0211814;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:14:16:6:13:14:16:6:13 chr2 20818458 . G A 292.11 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00497322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.409;QD=22.9106;RBI=0.0190074;REFB=0.00846211;REVB=-0.0183453;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240761;STB=0.632889;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00423129;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:12:17:6:16:12:17:6:16 chr2 20818764 . C T 269.78 PASS AF=0.392405;AO=24;DP=82;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00558379;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.832;QD=13.6598;RBI=0.0110089;REFB=-0.00858487;REVB=-0.00948773;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156474;STB=0.521605;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0135217;OID=.;OPOS=20818764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:37:48:24:31:0.392405:9:15:28:9:10:21:31:17 chr2 20823724 . T C,G 218.85 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=16,2;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062554,-0.059798;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.214,102.131;QD=48.6334;RBI=0.0735122,0.0744904;REFB=0,0;REVB=0.0386139,0.0444186;RO=0;SAF=8,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00530556,0.0425158;OID=.,.;OPOS=20823724,20823724;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:18:18:0:0:16,2:16,2:0.888889,0.111111:8,2:8,0:0:0:8,2:8,0:0:0 chr2 20824498 . C T 326.26 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000216207;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.152;QD=16.7315;RBI=0.0134502;REFB=0.00397834;REVB=0.0134484;RO=42;SAF=30;SAR=4;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497725;STB=0.760391;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00583234;OID=.;OPOS=20824498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:43:34:35:0.448718:4:30:21:21:5:30:21:22 chr2 20824555 . GCCCCT GCCCTC,GCCCTT 527.15 PASS AF=0,0.533981;AO=8,43;DP=104;FAO=0,55;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=0,27;FSAR=0,28;FSRF=39;FSRR=9;FWDB=-0.268211,-0.0909636;FXX=0.00961446;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=16.4341,32.9262;QD=20.4719;RBI=0.295613,0.0942878;REFB=-0.105033,-0.0842295;REVB=-0.124297,-0.0248158;RO=27;SAF=8,18;SAR=0,25;SRF=21;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.670105,-0.249591;STB=0.5,0.649055;STBP=1,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0960715,0.055235;OID=.,.;OPOS=20824559,20824559;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=GCCCTC,GCCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.533981:8,43:104:0,55:103:48:0,27:0,28:39:9:99:27:8,18:0,25:21:6 chr2 20838222 . C T 436.95 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0910993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5843;QD=16.6459;RBI=0.0925604;REFB=-0.0278455;REVB=0.0163816;RO=56;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098583;STB=0.559975;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.042775;OID=.;OPOS=20838222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:57:48:48:0.457143:20:28:27:29:20:28:27:30 chr2 20838318 . G A 391.83 PASS AF=0.429907;AO=42;DP=103;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0033829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.806;QD=14.6478;RBI=0.0130281;REFB=-0.0066029;REVB=-0.0125812;RO=55;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699977;STB=0.539798;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00691223;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:55:61:42:46:0.429907:17:25:29:26:18:28:33:28 chr2 21225281 . C T 297.81 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00303659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.013;QD=15.8833;RBI=0.0132276;REFB=-0.0178729;REVB=-0.0128743;RO=42;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153808;STB=0.586744;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0251378;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:20:13:23:19:20:13:23:19 chr2 21231524 . G A 613.75 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00280051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.578;QD=26.1172;RBI=0.00963105;REFB=-0.0290587;REVB=0.00921489;RO=39;SAF=23;SAR=32;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108605;STB=0.559136;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0203472;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:32:23:11:28:32:23:11:28 chr2 21232803 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000702429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.87;QD=61.3362;RBI=0.00222416;REFB=0;REVB=-0.00211033;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31466e-06;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 21235475 . T C 2482.59 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0281485;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.24;QD=60.1839;RBI=0.0489279;REFB=-0.0589715;REVB=0.0400201;RO=1;SAF=76;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621998;STB=0.506409;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000445705;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:1:2:162:163:0.987879:86:76:1:0:86:77:2:0 chr2 21237786 . T G 341.54 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=0.0600186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9692;QD=11.8797;RBI=0.0739954;REFB=0.0103589;REVB=0.0432791;RO=73;SAF=15;SAR=27;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312342;STB=0.677925;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0145295;OID=.;OPOS=21237786;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:73:42:42:0.365217:27:15:47:26:27:15:47:26 chr2 21250914 . G A 1268.81 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369947;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.269;QD=61.8933;RBI=0.00956072;REFB=0;REVB=-0.00881596;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33019e-05;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:49:32:0:0:49:33:0:0 chr2 21252534 . G A 260.81 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0394361;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9165;QD=11.9914;RBI=0.0421072;REFB=0.00946652;REVB=0.0147583;RO=55;SAF=16;SAR=15;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155467;STB=0.582038;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.01589;OID=.;OPOS=21252534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:55:56:31:31:0.356322:15:16:36:19:15:16:36:20 chr2 21360583 . A G 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132936;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.586;QD=58.0825;RBI=0.0270929;REFB=0;REVB=0.0236073;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131153;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr2 23865260 . T C 3945.34 PASS AF=1;AO=244;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325692;FXX=0.0120477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.023;QD=64.1519;RBI=0.037862;REFB=0;REVB=0.0193074;RO=0;SAF=149;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.99285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52542e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:246:0:0:244:246:1:95:149:0:0:95:151:0:0 chr2 23865908 . G C 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0421507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0269;QD=17.9554;RBI=0.0552105;REFB=-0.00181145;REVB=-0.0356583;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134542;STB=0.576379;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0133513;OID=.;OPOS=23865908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:12:5:7:9:12:5 chr2 23919375 . C T 993.78 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.229;QD=57.6105;RBI=0.0296344;REFB=-0.0459926;REVB=0.00226991;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00025691;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:0:1:30:38:0:1 chr2 23926659 . T C 1011.7 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497398;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.152;QD=59.5116;RBI=0.0234738;REFB=0;REVB=-0.0229407;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279441;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr2 23973799 . T C 1668.24 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.030232;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0638;QD=59.5798;RBI=0.0577348;REFB=-0.0478683;REVB=-0.0491867;RO=1;SAF=47;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999396;STB=0.505262;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00130316;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:112:1:1:111:111:0.991071:64:47:1:0:64:47:1:0 chr2 24055058 . G C 542.21 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322798;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1336;QD=60.2457;RBI=0.0136429;REFB=0;REVB=0.0132555;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114332;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr2 24108652 . T C 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.226;QD=58.2348;RBI=0.0406522;REFB=0;REVB=0.0374981;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132037;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr2 24223572 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT 98.73 PASS AF=0.177914,0.0613497,0.0122699;AO=36,9,17;DP=165;FAO=29,10,2;FDP=163;FR=.;FRO=122;FSAF=12,9,0;FSAR=17,1,2;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.0761696,-0.049962,-0.03884;FXX=0.0411741;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.88199,19.7025,22.3773;QD=2.42294;RBI=0.132562,0.116226,0.167002;REFB=-0.0638251,-0.0394435,-0.012871;REVB=-0.108494,-0.104939,-0.162423;RO=84;SAF=16,7,0;SAR=20,2,17;SRF=44;SRR=40;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0946328,0.305699,-0.73599;STB=0.550381,0.896437,0.994729;STBP=0.552,0.012,0.182;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00296208,-0.0201428,0.0355574;OID=.,.,.;OPOS=24223573,24223579,24223572;OREF=T,T,AT;OALT=-,A,TA;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:165:163:84:122:36,9,17:29,10,2:0.177914,0.0613497,0.0122699:20,2,17:16,7,0:44:40:17,1,2:12,9,0:58:64 chr2 24369674 . C T 624.02 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249305;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.598;QD=62.4017;RBI=0.0254782;REFB=0;REVB=0.00525445;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50488e-05;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr2 24384424 . T C 556.81 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.274;QD=55.6805;RBI=0.158929;REFB=-0.0791313;REVB=0.0519232;RO=3;SAF=22;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.007402;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:40:3:0:35:40:1:13:22:3:0:15:25:0:0 chr2 24387178 . G GC 539.0 PASS AF=1;AO=45;DP=51;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4542;QD=44.9166;RBI=0.170809;REFB=0;REVB=0.0909875;RO=5;SAF=24;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503503;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00591228;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:51:48:48:0:26:22:0:0:10:5:24:21:4:1 chr2 24390517 . G A 2250.92 PASS AF=0.95092;AO=154;DP=163;FAO=155;FDP=163;FR=.;FRO=8;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0376864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.751;QD=55.2374;RBI=0.0419692;REFB=-0.0286729;REVB=0.0184702;RO=5;SAF=76;SAR=78;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175508;STB=0.518249;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000107159;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:163:163:5:8:154:155:0.95092:78:76:1:4:78:77:1:7 chr2 24402127 . C A,CAA 613.3 PASS AF=0.025,0.975;AO=4,35;DP=46;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985463,-0.00428506;FXX=0.111086;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=31.0395,170.482;QD=61.3304;RBI=0.0365595,0.0277679;REFB=0,0;REVB=-0.0352062,0.0274353;RO=5;SAF=3,12;SAR=1,23;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.386089,-0.160167;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0283679,0.00214814;OID=.,.;OPOS=24402127,24402128;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:46:40:5:0:4,35:1,39:0.025,0.975:1,23:3,12:5:0:1,23:0,16:0:0 chr2 24432835 . T G 354.82 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00327836;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.229;QD=12.3415;RBI=0.0273114;REFB=-0.00478933;REVB=0.0271139;RO=73;SAF=21;SAR=22;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505513;STB=0.524645;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00671443;OID=.;OPOS=24432835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:73:72:43:43:0.373913:22:21:39:34:22:21:38:34 chr2 24587571 . A G 787.52 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258966;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.94;QD=57.2739;RBI=0.0482417;REFB=0;REVB=-0.0407017;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144332;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr2 24905927 . G C 1030.0 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0859288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2312;QD=58.0282;RBI=0.0861999;REFB=-0.12374;REVB=-0.00683161;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00131531;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:45:25:0:0:45:25:1:0 chr2 24974945 . T G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.238;QD=59.8545;RBI=0.0170101;REFB=0;REVB=0.00666667;RO=0;SAF=17;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41413e-05;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:54:17:0:0:54:17:0:0 chr2 24991569 . C G 555.12 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.000178682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.336;QD=22.429;RBI=0.00947882;REFB=-0.00745516;REVB=-0.00947714;RO=47;SAF=29;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131779;STB=0.572562;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00611483;OID=.;OPOS=24991569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:23:29:19:28:23:29:19:28 chr2 25046090 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00764085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.851;QD=17.2299;RBI=0.00820935;REFB=-0.0305588;REVB=-0.0030018;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0239087;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:3:3:2:6:3:3 chr2 25047408 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00537416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.031;QD=14.6657;RBI=0.0132292;REFB=-0.0169074;REVB=-0.0120885;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186732;STB=0.607412;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0208289;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:15:6:7:8:15:6 chr2 25050977 . T C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0169522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.712;QD=14.7347;RBI=0.017068;REFB=-0.0266703;REVB=-0.00198544;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655511;STB=0.537163;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0359078;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:21:15:13:14:21:15 chr2 25064192 . CG CA,GC 637.39 PASS AF=0.481481,0;AO=63,5;DP=135;FAO=65,0;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=36,0;FSAR=29,0;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0109244,-0.0136406;FXX=0.0073524;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=125.06,67.7234;QD=18.8857;RBI=0.0499225,0.144249;REFB=-0.0540447,-0.0618392;REVB=-0.0487126,-0.143603;RO=52;SAF=34,0;SAR=29,5;SRF=28;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00101393,-0.591622;STB=0.572055,0.5;STBP=0.118,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0442579,0.128568;OID=.,.;OPOS=25064193,25064192;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:52:70:63,5:65,0:0.481481,0:29,5:34,0:28:24:29,0:36,0:29:41 chr2 25141538 . A G 197.85 PASS AF=0.387097;AO=26;DP=60;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00477095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5056;QD=12.7646;RBI=0.129684;REFB=-0.0186015;REVB=-0.129597;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587296;STB=0.598849;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.025139;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:34:38:26:24:0.387097:13:13:15:19:10:14:16:22 chr2 25181488 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0461373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6465;QD=25.467;RBI=0.0524533;REFB=-0.0103176;REVB=0.0249539;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157021;STB=0.588061;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00472137;OID=.;OPOS=25181488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:0:3:7:2:0:3 chr2 25194741 . G A 826.22 PASS AF=0.440594;AO=85;DP=200;FAO=89;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=112;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=0.0281086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.341;QD=16.3607;RBI=0.033686;REFB=-0.0556005;REVB=-0.0185649;RO=81;SAF=36;SAR=49;SRF=62;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297168;STB=0.575449;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0536502;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:81:112:85:89:0.440594:49:36:62:19:51:38:63:49 chr2 25314186 . T C 263.06 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0125017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.799;QD=14.4143;RBI=0.0494265;REFB=-0.00601496;REVB=-0.0478193;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932343;STB=0.541566;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00949239;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:30:31:0.424658:17:13:22:20:17:14:22:20 chr2 25359422 . G A 401.57 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.586;QD=55.3887;RBI=0.0136322;REFB=0;REVB=0.00690022;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151545;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:19:10:0:0 chr2 25377176 . T C 729.99 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0527969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.805;QD=53.0903;RBI=0.0645123;REFB=-0.189583;REVB=0.0370719;RO=2;SAF=23;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392157;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00179286;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:55:2:1:53:54:0.981818:30:23:2:0:30:24:1:0 chr2 25469502 . C T 1377.12 PASS AF=0.45768;AO=145;DP=319;FAO=146;FDP=319;FR=.;FRO=173;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=-0.017739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.415;QD=17.2679;RBI=0.0182119;REFB=-0.0219506;REVB=0.00412315;RO=169;SAF=83;SAR=62;SRF=70;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153744;STB=0.58532;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0259499;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:169:173:145:146:0.45768:62:83:70:99:63:83:71:102 chr2 25536827 . G A 392.48 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.015345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.175;QD=19.3816;RBI=0.0160233;REFB=-0.0165072;REVB=0.0046126;RO=38;SAF=12;SAR=28;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19064;STB=0.627902;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0121182;OID=.;OPOS=25536827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:41:40:40:0.493827:28:12:19:19:28:12:22:19 chr2 26149968 . C T 520.24 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160087;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.967;QD=59.4561;RBI=0.0160091;REFB=0;REVB=-0.0001145;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016664;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr2 26321526 . T C 508.35 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.005;QD=56.4837;RBI=0.013363;REFB=-0.0181463;REVB=0.00687712;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000383588;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:1:0:15:20:1:0 chr2 26358110 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6345;QD=55.0986;RBI=0.0395395;REFB=0;REVB=-0.0370369;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537667;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 26399214 . G A 1842.0 PASS AF=0.968504;AO=119;DP=123;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00591453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.189;QD=58.0158;RBI=0.0471628;REFB=-0.139187;REVB=0.0467905;RO=2;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143892;STB=0.501948;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000461044;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:127:2:4:119:123:0.968504:65:54:0:2:69:54:2:2 chr2 26507076 . A T 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000285665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.41;QD=57.5372;RBI=0.036665;REFB=0;REVB=-0.0366639;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20412e-05;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr2 26534801 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.203;QD=54.5176;RBI=0.0505935;REFB=0;REVB=0.0342674;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191776;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr2 26536694 . C T 773.34 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0593607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.36;QD=61.8674;RBI=0.0601973;REFB=-0.183956;REVB=0.0100015;RO=1;SAF=33;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140498;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00265428;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:16:33:1:0:16:33:1:0 chr2 26590084 . T G 563.5 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.04307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7371;QD=16.5736;RBI=0.050571;REFB=0.0269982;REVB=0.0265029;RO=76;SAF=28;SAR=32;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334256;STB=0.518658;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.01811;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:32:28:38:38:32:28:38:38 chr2 26607992 . T C 1483.02 PASS AF=0.971429;AO=101;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0353724;FXX=0.0186898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0566;QD=56.4961;RBI=0.0413612;REFB=-0.0485093;REVB=0.0214369;RO=3;SAF=46;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673656;STB=0.503396;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00198233;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:101:102:0.971429:55:46:1:2:56:46:1:2 chr2 26612465 . G A 297.31 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0173576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.582;QD=11.435;RBI=0.0440731;REFB=-0.00309937;REVB=-0.0405112;RO=67;SAF=19;SAR=18;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940979;STB=0.553962;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00767138;OID=.;OPOS=26612465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:67:37:37:0.355769:18:19:40:27:18:19:40:27 chr2 26613056 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.643;QD=62.3144;RBI=0.0940497;REFB=0;REVB=-0.0918854;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288291;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:31:55:0:0:31:55:0:0 chr2 26613329 . A G 461.29 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0309396;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6259;QD=18.0898;RBI=0.0392859;REFB=-0.0228499;REVB=0.02421;RO=50;SAF=18;SAR=31;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213589;STB=0.614187;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0209661;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:50:53:49:49:0.480392:31:18:30:20:31:18:31:22 chr2 26614583 . T TA,TAA 456.89 PASS AF=1,0;AO=58,17;DP=101;FAO=89,0;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.212225,-0.10953;FXX=0.0111099;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.26925,8.27545;QD=20.5342;RBI=0.280488,0.144397;REFB=-0.00117491,-0.00192535;REVB=-0.183395,-0.0940945;RO=24;SAF=33,11;SAR=25,6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0545552,-0.0219204;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00988803,0;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:58,17:101:89,0:89:0:52,0:37,0:0:0:8:24:33,11:25,6:16:8 chr2 26647277 . T G 703.33 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.867;QD=62.5184;RBI=0.0581706;REFB=0;REVB=0.0525148;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797958;OID=.;OPOS=26647277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:20:25:0:0 chr2 26653457 . G A 591.3 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00796176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.466;QD=20.3896;RBI=0.00867106;REFB=-0.0200988;REVB=-0.00343478;RO=56;SAF=42;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926637;STB=0.551163;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.022481;OID=.;OPOS=26653457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:18:42:34:22:18:42:34:22 chr2 26667130 . A G 140.26 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00597242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.199;QD=10.3897;RBI=0.0257058;REFB=0.000385478;REVB=-0.0250024;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00766519;STB=0.519629;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00120057;OID=.;OPOS=26667130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:36:18:18:0.333333:7:11:21:13:7:11:23:13 chr2 26667615 . T C 1191.57 PASS AF=1;AO=75;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.1352;QD=58.8429;RBI=0.102117;REFB=0;REVB=0.102018;RO=3;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596302;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:3:0:75:81:1:30:45:0:3:33:48:0:0 chr2 26676322 . A G 1012.05 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1263;QD=57.8313;RBI=0.0132578;REFB=-0.0261285;REVB=0.00853025;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000496812;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:32:37:0:1:32:37:0:1 chr2 26693967 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0149808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.518;QD=15.1663;RBI=0.0153705;REFB=-0.0261478;REVB=0.00343951;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820866;STB=0.547465;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0425872;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:11:9:8:7:11:9 chr2 26699126 . C G 2388.82 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000270137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.285;QD=64.1295;RBI=0.119042;REFB=0;REVB=0.119042;RO=0;SAF=95;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182921;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:54:95:0:0:54:95:0:0 chr2 26699855 . G C 1205.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000528737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.468;QD=61.0336;RBI=0.0178983;REFB=0;REVB=-0.0178905;RO=0;SAF=64;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67891e-05;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:14:64:0:0:14:65:0:0 chr2 26700700 . G A 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.495;QD=60.8497;RBI=0.042451;REFB=0;REVB=0.0405093;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55277e-05;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:54:61:0:0:54:61:0:0 chr2 26750769 . G A 250.16 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0718307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7463;QD=26.3324;RBI=0.105747;REFB=-0.00620339;REVB=0.0776071;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024078;STB=0.513357;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00818932;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:16:7:5:10:16:7:5:10 chr2 26798893 . A T 93.19 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0793361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.033;QD=9.55795;RBI=0.0794439;REFB=-0.0206148;REVB=-0.00413756;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932106;STB=0.519618;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0286328;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:24:27:12:12:0.307692:7:5:12:12:7:5:12:15 chr2 26799031 . G A 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0288187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5304;QD=8.80838;RBI=0.0295187;REFB=-0.00497486;REVB=0.00639047;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165502;STB=0.605667;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0194659;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:3:8:5:1:3:8 chr2 26800422 . G A 304.35 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0264418;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.449;QD=14.8462;RBI=0.0365416;REFB=-0.0163001;REVB=-0.0252214;RO=47;SAF=28;SAR=6;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30557;STB=0.67167;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0208319;OID=.;OPOS=26800422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:48:34:34:0.414634:6:28:28:19:6:28:29:19 chr2 26804218 . G A 2606.96 PASS AF=0.994318;AO=164;DP=167;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0539598;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.17;QD=59.2491;RBI=0.0552329;REFB=-0.153407;REVB=0.0117905;RO=2;SAF=91;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128571;STB=0.50303;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00378026;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:176:2:1:164:175:0.994318:73:91:0:2:82:93:0:1 chr2 26804247 . T C 2371.46 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146118;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7671;QD=64.0935;RBI=0.00656018;REFB=0;REVB=0.00639539;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0245e-05;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:148:0:0:147:148:1:80:67:0:0:80:68:0:0 chr2 26818090 . C T 263.9 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0049556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.368;QD=15.2984;RBI=0.0271337;REFB=-0.0389378;REVB=-0.0266773;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202127;STB=0.62061;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0442993;OID=.;OPOS=26818090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:17:12:24:15:18:12:24:15 chr2 26951449 . G A 713.15 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190496;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.908;QD=63.3907;RBI=0.0203733;REFB=0;REVB=-0.00722361;RO=0;SAF=43;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29508e-05;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:1:43:0:0:1:44:0:0 chr2 26951643 . GC CG 113.43 PASS AF=0.340426;AO=17;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.102883;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=72.9154;QD=9.65318;RBI=0.102919;REFB=-0.0169158;REVB=-0.00269018;RO=26;SAF=1;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540032;STB=0.836649;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.239924;OID=.;OPOS=26951643;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:31:17:16:0.340426:16:1:9:17:15:1:11:20 chr2 27169842 . C A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.429;QD=58.6;RBI=0.13694;REFB=0;REVB=0.00422099;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306327;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr2 27246285 . C T 1456.75 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464718;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.392;QD=63.3372;RBI=0.0474436;REFB=0;REVB=-0.00955352;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10679e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr2 27261329 . A G 666.82 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.425;QD=62.0298;RBI=0.0170181;REFB=0;REVB=0.0163976;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01938e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:17:24:0:0:17:26:0:0 chr2 27274120 . G C 430.66 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0237871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.105;QD=20.0305;RBI=0.04619;REFB=-0.0146549;REVB=0.0395941;RO=43;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418944;STB=0.523232;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0142415;OID=.;OPOS=27274120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:22:21:23:20:22:21:23:20 chr2 27290525 . A G 1782.86 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670369;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.815;QD=60.4359;RBI=0.0183491;REFB=0;REVB=-0.0170807;RO=0;SAF=71;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443321;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:116:118:1:45:71:0:0:46:72:0:0 chr2 27303755 . A G 778.15 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.335;QD=63.5223;RBI=0.0277466;REFB=0;REVB=0.0236351;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40086e-05;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr2 27324036 . G A 685.61 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0174854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.518;QD=51.7438;RBI=0.0911857;REFB=-0.112653;REVB=0.0894936;RO=2;SAF=45;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155625;STB=0.571398;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000414745;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:2:2:50:51:0.962264:5:45:0:2:6:45:0:2 chr2 27324724 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.666;QD=57.6807;RBI=0.0319955;REFB=0;REVB=-0.0221919;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77948e-06;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr2 27324751 . G T 374.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3548;QD=55.497;RBI=0.0431463;REFB=0;REVB=-0.0428716;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465153;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr2 27351948 . T G 727.87 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.127;QD=55.9901;RBI=0.0768848;REFB=0;REVB=0.0236865;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184489;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:24:26:0:0:24:28:0:0 chr2 27424636 . G A 375.78 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.133103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7788;QD=14.5933;RBI=0.138068;REFB=-0.0252221;REVB=0.0366922;RO=60;SAF=23;SAR=20;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033095;STB=0.518645;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0432183;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:20:23:34:26:20:23:34:26 chr2 27428295 . A G 1450.9 PASS AF=0.989583;AO=86;DP=87;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0534894;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1073;QD=60.4542;RBI=0.058277;REFB=-0.084081;REVB=0.023132;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00962367;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:96:1:1:86:95:0.989583:41:45:1:0:41:54:1:0 chr2 27435250 . A G 1528.69 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389065;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.581;QD=59.3665;RBI=0.0588506;REFB=0;REVB=0.0587219;RO=0;SAF=73;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149241;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:100:103:1:27:73:0:0:30:73:0:0 chr2 27440784 . C CT 520.4 PASS AF=1;AO=10;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443422;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=102.294;QD=48.409;RBI=0.0545427;REFB=0;REVB=-0.0317596;RO=31;SAF=1;SAR=9;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00532058;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:41:43:43:0:28:15:0:0:4:31:1:9:25:6 chr2 27440785 . C T 366.91 PASS AF=0.697674;AO=29;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0229721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.43;QD=34.1308;RBI=0.027413;REFB=-0.0832097;REVB=0.0149583;RO=12;SAF=25;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439953;STB=0.727982;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144089;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:43:12:13:29:30:0.697674:4:25:3:9:5:25:3:10 chr2 27460968 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00099059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.942;QD=11.8141;RBI=0.0168513;REFB=-0.022781;REVB=0.0168221;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250481;STB=0.646847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0270035;OID=.;OPOS=27460968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:7:16:6:7:7:16 chr2 27462076 . C T 295.93 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00781493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.427;QD=20.4088;RBI=0.00926206;REFB=-0.013011;REVB=0.00497118;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501575;STB=0.535691;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00822021;OID=.;OPOS=27462076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:16:15:11:15:16:15:11:16 chr2 27550967 . A G 142.68 PASS AF=0.294118;AO=19;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00116867;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.234;QD=8.39288;RBI=0.0409026;REFB=-0.00391922;REVB=-0.0408859;RO=48;SAF=5;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403923;STB=0.760613;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0129137;OID=.;OPOS=27550967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:19:20:0.294118:14:5:29:19:15:5:30:18 chr2 27558252 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0763997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.625;QD=14.9798;RBI=0.079587;REFB=-0.0390882;REVB=0.0222973;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376093;STB=0.719196;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00430789;OID=.;OPOS=27558252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:8:3:7:3:8:3 chr2 27590151 . A G 281.84 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00286923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.719;QD=14.6412;RBI=0.0109119;REFB=-0.00580962;REVB=0.0105279;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131266;STB=0.561999;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.011233;OID=.;OPOS=27590151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:31:32:0.415584:19:12:23:22:19:13:23:22 chr2 27599875 . T G 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0215331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.297;QD=10.4727;RBI=0.0223862;REFB=-0.00634873;REVB=-0.00612131;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115607;STB=0.506841;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0130654;OID=.;OPOS=27599875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:12:5:10:25:12:5:10:25 chr2 27658017 . A AC 30.91 PASS AF=0.368421;AO=16;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.284109;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.35592;QD=3.25376;RBI=0.28737;REFB=-0.115926;REVB=0.043167;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145276;STB=0.539942;STBP=0.732;TYPE=ins;VARB=0.13215;OID=.;OPOS=27658018;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:16:39:14:38:24:5:9:10:14:30:20:8:8:7:13 chr2 27666324 . A G 449.4 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0336098;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2192;QD=16.9585;RBI=0.0337935;REFB=-0.0224367;REVB=-0.00351884;RO=56;SAF=23;SAR=26;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114438;STB=0.558687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0204761;OID=.;OPOS=27666324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:57:49:49:0.462264:26:23:33:23:26:23:33:24 chr2 27667297 . A G 361.73 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0341171;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8763;QD=22.9668;RBI=0.0459277;REFB=-0.00627938;REVB=0.030747;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550855;STB=0.523796;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00667812;OID=.;OPOS=27667297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:27:35:36:0.571429:18:17:15:12:18:18:15:12 chr2 27676287 . A T 211.91 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0274384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.487;QD=16.6206;RBI=0.0527828;REFB=-0.00948906;REVB=-0.0450906;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174422;STB=0.599906;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00651255;OID=.;OPOS=27676287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:5:18:18:10:5:18:18:10 chr2 27715207 . T A 743.42 PASS AF=0.496599;AO=71;DP=144;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0310514;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5875;QD=20.2291;RBI=0.0631685;REFB=-0.0366704;REVB=0.0550097;RO=73;SAF=38;SAR=33;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03871;STB=0.517275;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0379503;OID=.;OPOS=27715207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:73:74:71:73:0.496599:33:38:36:37:34:39:37:37 chr2 27730940 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0062342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.164;QD=15.262;RBI=0.0285033;REFB=-0.0273224;REVB=-0.0278132;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599834;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0340179;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:6:10:10:3:6:10 chr2 27801403 . C G 90.17 PASS AF=0.282609;AO=11;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00921539;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1289;QD=7.84088;RBI=0.0219617;REFB=-0.0298244;REVB=-0.0199347;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183129;STB=0.538402;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.093735;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:46:33:33:11:13:0.282609:7:4:17:16:7:6:17:16 chr2 27801418 . C A 80.29 PASS AF=0.25;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00052765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.807;QD=7.29874;RBI=0.0118133;REFB=-0.0146016;REVB=0.0118015;RO=33;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231699;STB=0.593048;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0386643;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:44:33:33:10:11:0.25:7:3:16:17:7:4:16:17 chr2 27801493 . T C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0182299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3216;QD=19.3856;RBI=0.0182309;REFB=-0.0187226;REVB=-0.000187519;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176923;STB=0.588147;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0157547;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:8:12:8:12:8:12:9:12 chr2 27801759 . A G 243.57 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0206396;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.649;QD=22.143;RBI=0.0217699;REFB=0.000103043;REVB=-0.00692363;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389085;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54702e-05;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:21:23:23:0.522727:11:12:9:10:11:12:11:10 chr2 27838058 . C A 254.63 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00537908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.937;QD=10.8353;RBI=0.0208388;REFB=-0.0184495;REVB=-0.0201326;RO=62;SAF=9;SAR=22;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182673;STB=0.60267;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0268876;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:62:63:31:31:0.329787:22:9:27:35:22:9:27:36 chr2 27851918 . G A 307.32 PASS AF=0.583333;AO=26;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.104782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4241;QD=25.6099;RBI=0.115612;REFB=-0.00273996;REVB=0.0488561;RO=21;SAF=21;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206766;STB=0.630697;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00513626;OID=.;OPOS=27851918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:20:26:28:0.583333:5:21:13:8:5:23:12:8 chr2 27873415 . G A 300.56 PASS AF=0.359223;AO=36;DP=102;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0289653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2883;QD=11.6723;RBI=0.0410829;REFB=-0.00367459;REVB=-0.0291345;RO=66;SAF=18;SAR=18;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340677;STB=0.510767;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0085466;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:66:66:36:37:0.359223:18:18:35:31:18:19:35:31 chr2 27887034 . C A 523.31 PASS AF=0.396104;AO=61;DP=154;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.00593407;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.941;QD=13.5924;RBI=0.00982306;REFB=-0.00307206;REVB=0.00782811;RO=89;SAF=28;SAR=33;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119822;STB=0.579412;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00421321;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:89:93:61:61:0.396104:33:28:51:38:33:28:55:38 chr2 28635088 . G T 284.1 PASS AF=0.469697;AO=24;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0252468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.337;QD=17.2183;RBI=0.031122;REFB=-0.0129849;REVB=0.0181983;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311596;STB=0.541639;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0164105;OID=.;OPOS=28635088;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:24:31:0.469697:11:13:20:15:11:20:20:15 chr2 28761981 . G C 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00628946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.211;QD=17.754;RBI=0.00635698;REFB=0.000486205;REVB=0.000924052;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161434;STB=0.597371;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.000968081;OID=.;OPOS=28761981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:11:14:19:7:11:14:20:7 chr2 28814033 . A G 175.49 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0377607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5617;QD=13.7639;RBI=0.038291;REFB=0.00989792;REVB=-0.00635078;RO=30;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253741;STB=0.65917;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0139759;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:5:15:16:14:5:15:16:15 chr2 28814548 . A T 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0206384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.529;QD=19.6657;RBI=0.0206402;REFB=-0.00889794;REVB=0.000276315;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035064;STB=0.512813;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00839612;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:20:14:14:17:20:14:14:18 chr2 28824793 . C G 196.48 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239494;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.626;QD=49.1187;RBI=0.0517197;REFB=0;REVB=0.0516642;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00506769;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 28854958 . C T 452.54 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=152;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0046006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9894;QD=11.9089;RBI=0.0319237;REFB=-0.0418416;REVB=-0.0315905;RO=95;SAF=30;SAR=25;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258378;STB=0.513901;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0431923;OID=.;OPOS=28854958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:95:97:55:55:0.361842:25:30:54:41:25:30:55:42 chr2 28865760 . T C 486.15 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0171435;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.976;QD=19.0646;RBI=0.0172347;REFB=-0.0180477;REVB=0.00177113;RO=51;SAF=27;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276266;STB=0.519714;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0309367;OID=.;OPOS=28865760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:51:50:51:0.5:23:27:26:25:23:28:26:25 chr2 29092679 . T C 696.73 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00907459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.09;QD=52.5837;RBI=0.0228104;REFB=0.0152305;REVB=0.0209276;RO=1;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132664;STB=0.513883;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.000164795;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:35:16:0:1:35:16:0:2 chr2 29092850 . G T 759.32 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0239215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.89;QD=53.2854;RBI=0.0450296;REFB=-0.0872848;REVB=0.03815;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.515146;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000401944;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:23:32:1:0:23:32:2:0 chr2 29129418 . A G 346.83 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0137753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0902;QD=13.3394;RBI=0.0154925;REFB=-0.0168953;REVB=-0.00708933;RO=62;SAF=22;SAR=19;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126116;STB=0.501886;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0295026;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:63:41:41:0.394231:19:22:34:28:19:22:34:29 chr2 29135468 . C G 82.3 PASS AF=0.216667;AO=12;DP=59;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0215778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.975;QD=5.48666;RBI=0.024004;REFB=-0.00747823;REVB=-0.0105161;RO=47;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904079;STB=0.521817;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0251997;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:59:60:47:47:12:13:0.216667:7:5:23:24:7:6:23:24 chr2 29170623 . G T 266.57 PASS AF=0.233333;AO=40;DP=178;FAO=42;FDP=180;FR=.;FRO=138;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=84;FSRR=54;FWDB=-0.0117568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.531;QD=5.92368;RBI=0.0253591;REFB=-0.00708711;REVB=0.0224691;RO=131;SAF=17;SAR=23;SRF=84;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26827;STB=0.618161;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0272954;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:131:138:40:42:0.233333:23:17:84:47:23:19:84:54 chr2 29222070 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00779052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.493;QD=15.0641;RBI=0.0207701;REFB=-0.0278668;REVB=-0.0192537;RO=31;SAF=20;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374823;STB=0.501557;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0336989;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:35:27:27:0.435484:7:20:22:9:7:20:26:9 chr2 29226498 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0775432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7392;QD=17.9559;RBI=0.0797698;REFB=0.00485078;REVB=0.0187158;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311376;STB=0.752309;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0165862;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:17:16:16:0.484848:14:2:5:9:14:2:8:9 chr2 29226512 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0306785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.94;QD=17.1002;RBI=0.0316833;REFB=-0.00178332;REVB=-0.00791563;RO=14;SAF=1;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524293;STB=0.804735;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00165032;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:13:1:6:8:13:1:6:9 chr2 29240060 . A G 1211.47 PASS AF=0.47191;AO=125;DP=265;FAO=126;FDP=267;FR=.;FRO=141;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=-0.0149882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.548;QD=18.1494;RBI=0.0205017;REFB=-0.0280791;REVB=0.0139882;RO=140;SAF=69;SAR=56;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909053;STB=0.549992;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0333049;OID=.;OPOS=29240060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:267:140:141:125:126:0.47191:56:69:64:76:56:70:65:76 chr2 29240673 . G A 651.73 PASS AF=0.394872;AO=72;DP=185;FAO=77;FDP=195;FR=.;FRO=118;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=31;FSRR=87;FWDB=0.001336;FXX=0.00510178;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.179;QD=13.3689;RBI=0.00315743;REFB=-0.0119306;REVB=0.00286085;RO=111;SAF=15;SAR=57;SRF=25;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270207;STB=0.502332;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0178111;OID=.;OPOS=29240673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:195:111:118:72:77:0.394872:57:15:25:86:57:20:31:87 chr2 29240686 . A C 669.81 PASS AF=0.422857;AO=74;DP=175;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=54;FSRF=23;FSRR=78;FWDB=-0.00265431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.616;QD=15.31;RBI=0.00948782;REFB=-0.014986;REVB=-0.00910897;RO=97;SAF=20;SAR=54;SRF=19;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101458;STB=0.532035;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0202746;OID=.;OPOS=29240686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:97:101:74:74:0.422857:54:20:19:78:54:20:23:78 chr2 29240783 . A G 309.03 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0830468;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.761;QD=22.8912;RBI=0.0837549;REFB=0.000174529;REVB=-0.0108683;RO=23;SAF=8;SAR=23;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453605;STB=0.525098;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000240723;OID=.;OPOS=29240783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:23:31:31:0.574074:23:8:7:16:23:8:7:16 chr2 29286509 . T C 439.39 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0628845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8508;QD=19.3137;RBI=0.0637097;REFB=0.00443027;REVB=-0.0102206;RO=47;SAF=13;SAR=31;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712817;STB=0.539738;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00413051;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:31:13:17:30:31:13:17:30 chr2 29287926 . C CGCT 249.52 PASS AF=0.439394;AO=26;DP=71;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0140089;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.12;QD=15.1227;RBI=0.0149594;REFB=-0.0558251;REVB=-0.0052475;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125853;STB=0.521541;STBP=0.775;TYPE=ins;VARB=0.0620605;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439394:26:71:29:66:37:13:16:18:19:99:43:13:13:21:22 chr2 29294095 . G T 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0223464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.293;QD=10.633;RBI=0.0240419;REFB=-0.0140471;REVB=0.00886857;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386833;STB=0.729824;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0214071;OID=.;OPOS=29294095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:10:3:5:3:10:3 chr2 29295016 . A G 322.87 PASS AF=0.62;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0396317;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.188;QD=25.8296;RBI=0.0401202;REFB=-0.00290265;REVB=0.00624173;RO=19;SAF=11;SAR=20;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113413;STB=0.562006;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00206808;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:19:19:31:31:0.62:20:11:4:15:20:11:4:15 chr2 29295389 . G A 152.35 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.00142514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4853;QD=21.0142;RBI=0.00406858;REFB=-0.001271;REVB=-0.00381082;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319734;STB=0.666512;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00169587;OID=.;OPOS=29295389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:13:15:16:0.551724:3:12:13:0:3:13:13:0 chr2 29295676 . G A 366.26 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0263856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8412;QD=21.5445;RBI=0.0408002;REFB=-0.0147116;REVB=0.03112;RO=30;SAF=26;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233138;STB=0.623218;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0102794;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:31:37:37:0.544118:11:26:13:17:11:26:14:17 chr2 29356669 . A G 1578.75 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345321;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.467;QD=59.0188;RBI=0.0358904;REFB=-0.0255708;REVB=-0.00978051;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870753;STB=0.504586;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000923867;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:105:106:0.990654:54:51:0:1:54:52:0:1 chr2 29416025 . C CATTG 439.76 PASS AF=0.335294;AO=51;DP=173;FAO=57;FDP=170;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.00913244;FXX=0.0229872;HRUN=1;LEN=4;MLLD=271.194;QD=10.3472;RBI=0.0114379;REFB=-0.00885713;REVB=-0.00688653;RO=112;SAF=24;SAR=27;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769577;STB=0.514764;STBP=0.798;TYPE=ins;VARB=0.016293;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.335294:51:173:57:170:113:29:28:60:53:99:112:24:27:60:52 chr2 29416366 . G C 654.34 PASS AF=0.571429;AO=63;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0551802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0561;QD=23.3691;RBI=0.0973532;REFB=-0.0266168;REVB=-0.0802046;RO=48;SAF=29;SAR=34;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113474;STB=0.564496;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0238685;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:48:63:64:0.571429:34:29:29:19:35:29:29:19 chr2 29416481 . T C 1038.15 PASS AF=0.664234;AO=84;DP=132;FAO=91;FDP=137;FR=.;FRO=46;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0621496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2182;QD=30.311;RBI=0.0655161;REFB=-0.0375264;REVB=0.0207313;RO=46;SAF=43;SAR=41;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779177;STB=0.538391;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.03662;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:137:46:46:84:91:0.664234:41:43:29:17:44:47:29:17 chr2 29416572 . T C 1094.1 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.037;QD=59.9504;RBI=0.0607535;REFB=0;REVB=0.0603766;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194621;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:28:43:0:0:30:43:0:0 chr2 29430942 . GTC G 341.11 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0247629;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=2;MLLD=292.082;QD=15.1606;RBI=0.0370427;REFB=-0.0158213;REVB=-0.0275492;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141421;STB=0.505615;STBP=0.938;TYPE=del;VARB=0.0240652;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411111:37:91:37:90:53:15:22:21:32:99:51:15:22:20:31 chr2 29444076 . G T 256.54 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00740805;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.979;QD=13.3265;RBI=0.0155487;REFB=-0.00172519;REVB=0.0136706;RO=45;SAF=5;SAR=24;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361113;STB=0.670841;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0027591;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:47:29:30:0.38961:24:5:20:25:24:6:20:27 chr2 29444095 . C T 1079.56 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.63;QD=56.0813;RBI=0.00585283;REFB=-0.0225402;REVB=0.000182018;RO=3;SAF=22;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320775;STB=0.51698;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00128435;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:52:22:2:1:52:22:2:1 chr2 29445458 . G T 47.07 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00186339;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.338;QD=7.84518;RBI=0.0288213;REFB=-0.0210121;REVB=-0.028761;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500367;STB=0.80571;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0690916;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:26:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:13:4:5:2:13:4 chr2 29449819 . C T 423.77 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.016245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.686;QD=21.1885;RBI=0.0164356;REFB=-0.0263015;REVB=0.00249575;RO=37;SAF=25;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161315;STB=0.583094;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0242951;OID=.;OPOS=29449819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:17:25:15:22:17:25:16:22 chr2 29455267 . A G 602.68 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.00145153;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.361;QD=15.5531;RBI=0.00751834;REFB=-0.0281791;REVB=0.00737689;RO=87;SAF=32;SAR=35;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532249;STB=0.526104;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.036549;OID=.;OPOS=29455267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:87:88:67:67:0.432258:35:32:37:50:35:32:38:50 chr2 29543663 . T C 835.15 PASS AF=0.502959;AO=84;DP=168;FAO=85;FDP=169;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0314783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.588;QD=19.7669;RBI=0.0497803;REFB=-0.00616642;REVB=-0.0385641;RO=84;SAF=34;SAR=50;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112524;STB=0.509731;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00862244;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:84:84:84:85:0.502959:50:34:33:51:50:35:33:51 chr2 30381505 . T C 1899.96 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113081;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9018;QD=61.7872;RBI=0.0374444;REFB=0;REVB=0.0374273;RO=0;SAF=76;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.88373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193243;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:47:76:0:0:47:76:0:0 chr2 30862980 . C T 909.98 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.575;QD=57.7762;RBI=0.0789241;REFB=0;REVB=-0.078804;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64254e-06;OID=.;OPOS=30862980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:30:33:0:0 chr2 30863092 . C T 1374.59 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3058;QD=61.7793;RBI=0.0254892;REFB=0;REVB=-0.00477901;RO=1;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024998;OID=.;OPOS=30863092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:1:0:87:89:1:54:33:0:1:56:33:0:0 chr2 30863108 . A G 1330.17 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0211375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3033;QD=59.7831;RBI=0.0325841;REFB=0.0216023;REVB=0.0247978;RO=2;SAF=29;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160582;STB=0.508473;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00240246;OID=.;OPOS=30863108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:58:29:0:2:58:29:0:2 chr2 30863708 . G A 2230.04 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00115747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.026;QD=61.0969;RBI=0.00296888;REFB=-0.00341225;REVB=-0.00273396;RO=3;SAF=70;SAR=73;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199398;STB=0.510488;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-1.35799e-06;OID=.;OPOS=30863708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:146:3:3:143:143:0.979452:73:70:3:0:73:70:3:0 chr2 30976058 . C T 592.32 PASS AF=0.431507;AO=62;DP=145;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0294709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1133;QD=16.228;RBI=0.0378823;REFB=-0.00213749;REVB=-0.023802;RO=82;SAF=30;SAR=32;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208651;STB=0.519472;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00388038;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:82:83:62:63:0.431507:32:30:38:44:32:31:38:45 chr2 30980940 . C T 759.8 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1721;QD=53.319;RBI=0.0598814;REFB=-0.0652073;REVB=0.0524416;RO=1;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011936;STB=0.508823;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00103368;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:1:2:55:55:0.964912:39:16:0:1:39:16:1:1 chr2 31178818 . C T 177.29 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0135002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.633;QD=12.2269;RBI=0.0139144;REFB=-0.00505904;REVB=0.00336982;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230788;STB=0.635053;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00730965;OID=.;OPOS=31178818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:36:22:22:0.37931:15:7:18:16:15:7:19:17 chr2 31414807 . C G 1535.03 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233618;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.962;QD=63.9598;RBI=0.00391551;REFB=0;REVB=-0.00314222;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99312e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:39:57:0:0:39:57:0:0 chr2 31423443 . G A 2901.62 PASS AF=0.989418;AO=186;DP=189;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0288728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.957;QD=61.41;RBI=0.0310049;REFB=-0.0671029;REVB=-0.0112991;RO=3;SAF=85;SAR=101;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637932;STB=0.500427;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00105879;OID=.;OPOS=31423443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:189:189:3:2:186:187:0.989418:101:85:2:1:101:86:1:1 chr2 31451224 . G C 1878.18 PASS AF=0.968992;AO=123;DP=127;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0513631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4832;QD=58.238;RBI=0.0551411;REFB=0.0132631;REVB=0.0200591;RO=2;SAF=49;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321967;STB=0.511252;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-6.81112e-05;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:127:129:2:4:123:125:0.968992:74:49:1:1:75:50:3:1 chr2 31490716 . C G 1032.14 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846213;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0126;QD=59.8344;RBI=0.0850342;REFB=0;REVB=0.0083701;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220255;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr2 31571786 . A G 933.47 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.711;QD=56.574;RBI=0.0148593;REFB=0;REVB=0.00187131;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994242;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:66:0:0:61:66:1:32:29:0:0:32:34:0:0 chr2 31805706 . G C 236.44 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0463029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.185;QD=21.4945;RBI=0.0500345;REFB=-0.0527919;REVB=0.0189602;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371334;STB=0.523789;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0394921;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:19:21:23:23:0.522727:11:12:10:9:11:12:12:9 chr2 31805880 . A AG 309.71 PASS AF=1;AO=34;DP=48;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=8.9369;QD=29.4962;RBI=0.222094;REFB=0;REVB=-0.00261992;RO=14;SAF=20;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00820396;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:48:42:42:0:24:18:0:0:7:14:20:14:9:5 chr2 32342508 . A T 1467.22 PASS AF=0.438692;AO=160;DP=365;FAO=161;FDP=367;FR=.;FRO=206;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=102;FSRR=104;FWDB=-0.0505103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2633;QD=15.9915;RBI=0.0508673;REFB=-0.0139871;REVB=0.00601532;RO=205;SAF=80;SAR=80;SRF=101;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741253;STB=0.504467;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0175676;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:367:205:206:160:161:0.438692:80:80:101:104:80:81:102:104 chr2 32475109 . G A 432.24 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00368557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.607;QD=14.9049;RBI=0.0151792;REFB=-0.0265677;REVB=-0.014725;RO=67;SAF=16;SAR=33;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133741;STB=0.575404;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0327097;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:33:16:30:37:33:16:30:37 chr2 32476390 . T G 379.73 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00255518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.835;QD=22.0131;RBI=0.00420641;REFB=-0.0226857;REVB=-0.0033414;RO=30;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954748;STB=0.545431;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0200907;OID=.;OPOS=32476390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:38:38:0.550725:17:21:13:17:17:21:14:17 chr2 32481795 . T A 323.31 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0162311;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.11;QD=18.7424;RBI=0.0311094;REFB=-0.000877815;REVB=-0.0265395;RO=35;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460628;STB=0.52572;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0108206;OID=.;OPOS=32481795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:12:22:21:14:12:22:21:14 chr2 32667182 . G C 1575.5 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153647;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.709;QD=64.3063;RBI=0.0250811;REFB=0;REVB=0.0198239;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94776e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr2 32690189 . A G 757.78 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=0.00686716;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.892;QD=23.1383;RBI=0.0103389;REFB=-0.0104428;REVB=0.00772886;RO=57;SAF=42;SAR=30;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115832;STB=0.560731;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0107309;OID=.;OPOS=32690189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:57:59:72:72:0.549618:30:42:41:16:30:42:42:17 chr2 32843292 . TTTA ATTT,T,TTTT 392.79 PASS AF=0,0.351351,0.513514;AO=2,7,15;DP=37;FAO=0,13,19;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=0,8,13;FSAR=0,5,6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0207853,0.00827049,0.00757181;FXX=0.0512689;HRUN=4,4,1;LEN=4,3,1;MLLD=27.2481,185.06,193.142;QD=42.4636;RBI=0.0895545,0.0732513,0.0675316;REFB=-0.0526695,-0.0805469,-0.0691546;REVB=0.087109,0.0727829,0.0671058;RO=5;SAF=2,6,9;SAR=0,1,6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.705406,0.518377,0.179999;STB=0.5,0.615207,0.607359;STBP=1,0.159,0.085;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0150193,0.0358341;OID=.,.,.;OPOS=32843292,32843293,32843295;OREF=TTTA,TTA,A;OALT=ATTT,-,T;OMAPALT=ATTT,T,TTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:41:37:37:5:5:2,7,15:0,13,19:0,0.351351,0.513514:0,1,6:2,6,9:1:4:0,5,6:0,8,13:1:4 chr2 32855615 . A G 971.47 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5654;QD=58.8767;RBI=0.0404292;REFB=0;REVB=0.0313283;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011429;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:29:37:0:0 chr2 32983480 . G A 2505.83 PASS AF=0.993902;AO=108;DP=167;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400072;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.916;QD=61.1178;RBI=0.0402481;REFB=-0.14137;REVB=0.00439717;RO=0;SAF=23;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00147729;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:164:0:1:108:163:0.993902:85:23:0:0:85:78:1:0 chr2 33412077 . G A 167.88 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00630178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.402;QD=15.6171;RBI=0.00897465;REFB=-0.00945876;REVB=-0.00638999;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254639;STB=0.514689;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0183286;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:14:4:6:19:14:4:6:19 chr2 33447202 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00689489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.784;QD=13.0537;RBI=0.00893828;REFB=0.00501841;REVB=0.005688;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11407;STB=0.556005;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00737886;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:11:12:14:20:11:12:15:20 chr2 33488419 . G A 2345.3 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797675;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.459;QD=60.9168;RBI=0.0426835;REFB=0;REVB=0.0419315;RO=0;SAF=84;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0252e-05;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:153:154:1:69:84:0:0:70:84:0:0 chr2 33510916 . G T 1627.04 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913744;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.964;QD=60.2608;RBI=0.0448879;REFB=0;REVB=-0.043948;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101952;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:59:49:0:0:59:49:0:0 chr2 33540248 . G A 1880.4 PASS AF=0.992;AO=122;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00553844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7017;QD=60.1729;RBI=0.0171171;REFB=-0.117693;REVB=-0.0161963;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00179071;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:125:0:1:122:124:0.992:56:66:0:0:57:67:0:1 chr2 33557974 . A G 807.79 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0282849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.073;QD=53.8529;RBI=0.0473105;REFB=-0.0629778;REVB=0.0379243;RO=2;SAF=46;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347059;STB=0.516478;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00820007;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:56:58:0.966667:10:46:1:1:11:47:1:1 chr2 33585796 . T C,G 2942.51 PASS AF=0.954082,0.0357143;AO=184,10;DP=197;FAO=187,7;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=98,6;FSAR=89,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0107142,-0.0112013;FXX=0.00507588;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.0663,176.95;QD=60.0513;RBI=0.0336211,0.0137393;REFB=-0.0474324,0.00318188;REVB=0.0318683,0.00795613;RO=2;SAF=96,9;SAR=88,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00981491,-0.0896193;STB=0.50505,0.571243;STBP=0.239,0.663;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00202914,0.12207;OID=.,.;OPOS=33585796,33585796;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:197:196:2:2:184,10:187,7:0.954082,0.0357143:88,1:96,9:2:0:89,1:98,6:2:0 chr2 33752240 . G A 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00653909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.625;QD=15.6683;RBI=0.0177019;REFB=-0.0139686;REVB=-0.0164498;RO=50;SAF=24;SAR=13;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354911;STB=0.519989;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0168498;OID=.;OPOS=33752240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:13:24:34:16:13:24:34:16 chr2 33774761 . T C 645.09 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.000703374;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7782;QD=21.1506;RBI=0.0348769;REFB=0.00648051;REVB=-0.0348698;RO=58;SAF=26;SAR=38;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242817;STB=0.513336;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00625474;OID=.;OPOS=33774761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:58:58:64:64:0.52459:38:26:22:36:38:26:22:36 chr2 33952413 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0737881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6617;QD=23.0933;RBI=0.105493;REFB=-0.00955451;REVB=-0.0753926;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103108;STB=0.558069;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00128069;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:5:7:12:5:5:7 chr2 33952455 . CC AT,CG 333.68 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381094,0.044366;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=36.4815,218.666;QD=53.389;RBI=0.0455406,0.0443661;REFB=0,0;REVB=0.0249324,-9.40177e-05;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0677342,0.00391527;OID=.,.;OPOS=33952455,33952456;OREF=CC,C;OALT=AT,G;OMAPALT=AT,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:2,10:0,13:0:0:2,10:0,13:0:0 chr2 33952621 . G A 360.05 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0134545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.303;QD=22.8604;RBI=0.0218071;REFB=-0.0172809;REVB=0.0171617;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817135;STB=0.503977;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0142142;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:36:36:0.571429:19:17:12:14:19:17:13:14 chr2 36704144 . C T 781.55 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.00296238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.187;QD=21.4123;RBI=0.0686198;REFB=-0.00665654;REVB=-0.0685559;RO=69;SAF=42;SAR=33;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695021;STB=0.543809;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00761465;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:69:71:75:75:0.513699:33:42:44:25:33:42:46:25 chr2 36756288 . T C 1796.43 PASS AF=0.945736;AO=122;DP=129;FAO=122;FDP=129;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00977242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.039;QD=55.7032;RBI=0.0145717;REFB=-0.200648;REVB=0.010809;RO=2;SAF=53;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175867;STB=0.500323;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00179181;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:129:129:2:7:122:122:0.945736:69:53:2:0:69:53:3:4 chr2 36776049 . GT G 364.88 PASS AF=0.552381;AO=59;DP=107;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.120793;FXX=0.0186898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.7077;QD=13.9;RBI=0.120882;REFB=-0.00545127;REVB=0.00462576;RO=42;SAF=38;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115157;STB=0.569206;STBP=0.135;TYPE=del;VARB=0.00279525;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552381:59:107:58:105:47:37:21:23:24:99:42:38:21:21:21 chr2 36776555 . G T 421.18 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.015376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.565;QD=23.3988;RBI=0.0156017;REFB=-0.000688133;REVB=-0.00264465;RO=31;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215142;STB=0.505492;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.000585256;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:31:40:41:0.569444:17:23:17:14:18:23:17:14 chr2 36781401 . T C 628.13 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0257143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.839;QD=22.2347;RBI=0.0542311;REFB=-0.0397211;REVB=0.0477471;RO=51;SAF=19;SAR=43;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181166;STB=0.599595;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0329816;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:51:62:62:0.548673:43:19:26:25:43:19:26:25 chr2 36782886 . G A 880.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.469;QD=57.7212;RBI=0.0323946;REFB=0;REVB=0.0190319;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153002;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:26:35:0:0 chr2 36808732 . T G 814.63 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0683908;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.2055;QD=52.5568;RBI=0.0686687;REFB=0.0924225;REVB=0.0061713;RO=3;SAF=24;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244247;STB=0.512961;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00130633;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:63:62:3:3:59:59:0.951613:35:24:2:1:35:24:2:1 chr2 36810586 . T C 331.55 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00158201;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.706;QD=17.0025;RBI=0.0100028;REFB=-0.0115275;REVB=-0.00987692;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041761;STB=0.530069;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0139384;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:42:42:35:36:0.461538:16:19:21:21:16:20:21:21 chr2 37028486 . T C 706.4 PASS AF=0.552846;AO=67;DP=120;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.022893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0892;QD=22.9725;RBI=0.0244479;REFB=-0.0228595;REVB=-0.00857952;RO=53;SAF=46;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107826;STB=0.56353;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0274013;OID=.;OPOS=37028486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:53:55:67:68:0.552846:21:46:30:23:21:47:31:24 chr2 37035934 . A G 381.53 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0746424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8491;QD=17.1476;RBI=0.074651;REFB=0.00249023;REVB=0.00112809;RO=47;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239343;STB=0.523364;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00197427;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:49:40:40:0.449438:18:22:27:20:18:22:29:20 chr2 37035945 . C A 355.97 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00452146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.494;QD=16.5567;RBI=0.0055042;REFB=-0.00974259;REVB=-0.0031389;RO=48;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779816;STB=0.54375;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0144863;OID=.;OPOS=37035945;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:18:20:29:19:18:20:29:19 chr2 37041439 . C T 517.14 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0326088;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.846;QD=24.9223;RBI=0.0335983;REFB=0.00925369;REVB=0.0080942;RO=33;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564664;STB=0.530108;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00333692;OID=.;OPOS=37041439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:33:35:48:48:0.578313:24:24:19:14:24:24:20:15 chr2 37094945 . A G 632.1 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0163094;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111.368;QD=53.7959;RBI=0.0195739;REFB=-0.131686;REVB=0.0108233;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240734;STB=0.505008;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00490563;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:1:4:43:43:0.914894:19:24:0:1:19:24:2:2 chr2 37306343 . G A 2483.04 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012664;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.259;QD=61.3096;RBI=0.0130456;REFB=0;REVB=0.00313239;RO=0;SAF=103;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34582e-05;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:159:162:1:56:103:0:0:57:105:0:0 chr2 37317869 . C T 1677.37 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.468;QD=60.4458;RBI=0.0484254;REFB=0;REVB=-0.0479184;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92802e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:63:48:0:0:63:48:0:0 chr2 37406644 . A G 1419.14 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03597;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.796;QD=63.0727;RBI=0.0370698;REFB=0;REVB=0.00896283;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021031;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr2 37406679 . GC GA,GG 1276.78 PASS AF=0.0813953,0.895349;AO=7,58;DP=87;FAO=7,77;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5,38;FSAR=2,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169284,0.0190722;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.118,180.653;QD=59.3853;RBI=0.0518753,0.0206303;REFB=0,0;REVB=0.0490355,0.00786506;RO=0;SAF=5,32;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,3.09576e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0132331,-0.00184533;OID=.,.;OPOS=37406680,37406680;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0813953,0.895349:7,58:87:7,77:86:0:5,38:2,39:0:0:25:0:5,32:2,26:0:0 chr2 37438993 . G A 353.96 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0249484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.419;QD=16.089;RBI=0.0548736;REFB=-0.01387;REVB=-0.0488743;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138545;STB=0.507799;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0191344;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:18:20:27:23:18:20:27:23 chr2 37456032 . C T 255.51 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7986;QD=51.1017;RBI=0.109855;REFB=0;REVB=-0.0177482;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00363477;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 37458668 . G A 438.03 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0414319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.246;QD=19.2543;RBI=0.0419044;REFB=-0.00942978;REVB=0.00627511;RO=39;SAF=33;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254377;STB=0.692215;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0285389;OID=.;OPOS=37458668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:47:44:44:0.483516:11:33:19:20:11:33:19:28 chr2 37458711 . G A 423.85 PASS AF=0.525;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0134132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.221;QD=21.1923;RBI=0.0140553;REFB=-0.0361047;REVB=-0.00419988;RO=38;SAF=16;SAR=25;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209153;STB=0.618991;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0220704;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:41:42:0.525:25:16:24:14:26:16:24:14 chr2 37477794 . C A 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.463;QD=57.1932;RBI=0.035553;REFB=0;REVB=-0.0346971;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132874;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr2 37505105 . T G 980.71 PASS AF=0.505263;AO=96;DP=191;FAO=96;FDP=190;FR=.;FRO=94;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0168647;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.399;QD=20.6464;RBI=0.0189965;REFB=-0.0191393;REVB=-0.0087437;RO=92;SAF=63;SAR=33;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146314;STB=0.581298;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0227783;OID=.;OPOS=37505105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:92:94:96:96:0.505263:33:63:46:46:33:63:47:47 chr2 37506939 . A G 565.82 PASS AF=0.483607;AO=57;DP=120;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0157224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.729;QD=18.5514;RBI=0.0195598;REFB=-0.0104306;REVB=0.0116359;RO=63;SAF=34;SAR=23;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070129;STB=0.548483;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0111177;OID=.;OPOS=37506939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:63:63:57:59:0.483607:23:34:42:21:25:34:42:21 chr2 37518045 . G C 412.94 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0603732;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.725;QD=18.5589;RBI=0.0626359;REFB=-0.00679141;REVB=-0.0166834;RO=46;SAF=27;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19875;STB=0.616583;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0119702;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:15:27:20:26:15:27:20:27 chr2 37558980 . A C 923.58 PASS AF=0.445946;AO=99;DP=222;FAO=99;FDP=222;FR=.;FRO=123;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.0190565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2984;QD=16.6411;RBI=0.0217849;REFB=0.00239033;REVB=0.0105562;RO=123;SAF=57;SAR=42;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803953;STB=0.544644;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00264602;OID=.;OPOS=37558980;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:123:123:99:99:0.445946:42:57:61:62:42:57:61:62 chr2 37579937 . C T 502.43 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.00162196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.48;QD=17.3252;RBI=0.00416132;REFB=-0.00476357;REVB=0.00383221;RO=62;SAF=30;SAR=24;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120694;STB=0.566905;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00436844;OID=.;OPOS=37579937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:24:30:42:20:24:30:42:20 chr2 37579971 . C T 612.36 PASS AF=0.457143;AO=62;DP=138;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0128518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9802;QD=17.4961;RBI=0.0221422;REFB=0.0114761;REVB=-0.0180307;RO=75;SAF=38;SAR=24;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133191;STB=0.509801;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00750782;OID=.;OPOS=37579971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:75:76:62:64:0.457143:24:38:45:30:25:39:45:31 chr2 37872508 . G A 641.25 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=133;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0348081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.776;QD=19.1417;RBI=0.0352019;REFB=0.0060593;REVB=-0.00525072;RO=68;SAF=23;SAR=41;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122227;STB=0.5659;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00601348;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:69:64:65:0.485075:41:23:33:35:41:24:34:35 chr2 38179134 . G A 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7953;QD=61.5346;RBI=0.052959;REFB=0;REVB=-0.049896;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226157;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr2 38298150 . A G 790.03 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250659;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.442;QD=64.4925;RBI=0.0250682;REFB=0;REVB=-0.000334949;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78058e-05;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr2 38298203 . C G 791.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202009;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7463;QD=64.5833;RBI=0.0288747;REFB=0;REVB=-0.0206318;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690886;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr2 38302390 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9125;QD=53.9101;RBI=0.0663506;REFB=0;REVB=0.0283448;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214069;OID=.;OPOS=38302390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr2 38604351 . A G 323.44 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0492102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.133;QD=17.0232;RBI=0.115181;REFB=-0.0449302;REVB=-0.104139;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502169;STB=0.519326;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0796925;OID=.;OPOS=38604351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:35:35:0.460526:21:14:14:26:21:14:15:26 chr2 38916970 . A T 787.16 PASS AF=0.519737;AO=79;DP=152;FAO=79;FDP=152;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0073868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.6;QD=20.7146;RBI=0.00743199;REFB=-0.0224754;REVB=-0.000818342;RO=73;SAF=41;SAR=38;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615792;STB=0.533771;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0194164;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:73:73:79:79:0.519737:38:41:43:30:38:41:43:30 chr2 39008949 . G A 359.76 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00964712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5537;QD=19.9866;RBI=0.0241871;REFB=0.0063795;REVB=-0.0221799;RO=35;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481119;STB=0.526697;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00809882;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:20:17:18:17:20:17:18:17 chr2 39025555 . G A 314.34 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.025075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.403;QD=17.2242;RBI=0.0253758;REFB=0.00146485;REVB=0.00389569;RO=38;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381887;STB=0.529839;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00182621;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:21:13:16:22:21:13:17:22 chr2 39050141 . A C 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0179794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.717;QD=4.15556;RBI=0.0321338;REFB=-0.00167355;REVB=-0.026633;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526819;STB=0.856031;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00677243;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:10:17:1:5:10:17 chr2 39082344 . T C 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.242;QD=62.0056;RBI=0.0319614;REFB=0;REVB=0.0262207;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6231e-05;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr2 39212563 . GTTTTTTTTTTT GTTTGTTTTTTTT,GTTTGTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTA 222.15 PASS AF=0.288889,0.111111,0.444444,0.0222222;AO=5,6,10,2;DP=48;FAO=13,5,20,1;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=8,3,7,0;FSAR=5,2,13,1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00299765,-0.00313339,0.0105515,0.0166361;FXX=0.0425441;HRUN=0,0,11,11;LEN=1,2,1,1;MLLD=292.693,290.141,4.49877,10.7714;QD=19.7468;RBI=0.0253413,0.0171587,0.459868,0.138754;REFB=-0.00431197,-0.00516106,0.0447138,-0.0235049;REVB=0.0251634,0.0168702,0.459746,0.137753;RO=13;SAF=4,3,3,1;SAR=1,3,7,1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.393238,0.0414775,-0.168206,0.0390695;STB=0.575112,0.639509,0.614057,0.994285;STBP=0.426,0.538,0.052,0.148;TYPE=ins,ins,del,snp;VARB=-0.00222829,0.0116842,0.0148176,-0.08496;OID=.,.,.,.;OPOS=39212567,39212566,39212564,39212574;OREF=-,-,T,T;OALT=G,TG,-,A;OMAPALT=GTTTGTTTTTTTT,GTTTGTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.288889,0.111111,0.444444,0.0222222:5,6,10,2:48:13,5,20,1:45:6:8,3,7,0:5,2,13,1:5:1:63:13:4,3,3,1:1,3,7,1:6:7 chr2 39477170 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.05;QD=61.684;RBI=0.0352845;REFB=0;REVB=0.0283054;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39031e-05;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr2 39507417 . T A 323.28 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.139;QD=53.8793;RBI=0.0381221;REFB=0;REVB=0.031685;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628458;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 39536608 . A G 300.26 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0755498;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4152;QD=19.0641;RBI=0.0755747;REFB=-0.0257655;REVB=-0.00194311;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306998;STB=0.510632;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0355229;OID=.;OPOS=39536608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:31:32:0.507937:12:19:20:11:12:20:20:11 chr2 39583446 . A G 1400.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373258;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2571;QD=62.9306;RBI=0.0436428;REFB=0;REVB=0.0226158;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379784;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:31:58:0:0:31:58:0:0 chr2 40403104 . A G 258.1 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0321503;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.002;QD=15.8832;RBI=0.0405159;REFB=-0.0128638;REVB=0.0246556;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101772;STB=0.546635;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0126988;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:12:17:24:11:12:17:24:12 chr2 42396722 . A C,G 768.44 PASS AF=0.0545455,0.945455;AO=3,52;DP=55;FAO=3,52;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=3,49;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361308,0.0449722;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=139.93,172.769;QD=55.8869;RBI=0.078543,0.0884441;REFB=0,0;REVB=-0.0697393,-0.0761569;RO=0;SAF=3,49;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0853273,0.000578771;OID=.,.;OPOS=42396722,42396722;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:55:55:0:0:3,52:3,52:0.0545455,0.945455:0,3:3,49:0:0:0,3:3,49:0:0 chr2 42510018 . A G 1958.24 PASS AF=0.956204;AO=131;DP=136;FAO=131;FDP=137;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.11926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4238;QD=57.1749;RBI=0.134535;REFB=-0.0550268;REVB=-0.0622633;RO=5;SAF=68;SAR=63;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222845;STB=0.508141;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000862413;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:136:137:5:6:131:131:0.956204:63:68:1:4:63:68:2:4 chr2 42515388 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.53;QD=61.8525;RBI=0.0110336;REFB=0;REVB=-0.00418682;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16983e-05;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr2 42560975 . A G 1116.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544738;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7182;QD=60.3586;RBI=0.0613292;REFB=0;REVB=0.0281757;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581331;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:38:36:0:0 chr2 42990101 . G C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.965;QD=61.8522;RBI=0.0255826;REFB=0;REVB=0.018994;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05485e-05;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr2 42990336 . T G 1086.0 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388304;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.763;QD=60.3331;RBI=0.0469227;REFB=0;REVB=0.0263427;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51313e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr2 42990522 . C T 1231.67 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3256;QD=60.0817;RBI=0.108311;REFB=-0.06159;REVB=0.0347548;RO=1;SAF=50;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937721;STB=0.504949;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000666187;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:31:50:1:0:31:50:1:0 chr2 43015704 . T A 159.59 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00182113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.788;QD=11.399;RBI=0.0171759;REFB=-0.0165268;REVB=0.0170791;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0342258;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:10:10:18:18:10:10:18:18 chr2 43015719 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.19;QD=56.9381;RBI=0.0355746;REFB=0;REVB=0.0355439;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46045e-05;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr2 43015757 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.29;QD=62.35;RBI=0.0353486;REFB=0;REVB=-0.0127163;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66868e-05;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr2 43452183 . A G 103.26 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00691655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.989;QD=18.7741;RBI=0.0595199;REFB=-0.034664;REVB=-0.0591166;RO=8;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551717;STB=0.52627;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0220744;OID=.;OPOS=43452183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:8:10:12:12:0.545455:2:10:7:1:2:10:8:2 chr2 43458354 . AGGGC AGGC,AGGG,AGGGT 396.54 PASS AF=0.321429,0.107143,0.392857;AO=14,7,19;DP=58;FAO=18,6,22;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=18,4,14;FSAR=0,2,8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0533262,0.00505882,0.00814839;FXX=0.0344768;HRUN=3,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=14.8272,121.998,130.702;QD=28.3245;RBI=0.125158,0.00592463,0.0431899;REFB=-0.044124,-0.0151211,-0.0223379;REVB=-0.113229,-0.00308375,0.0424143;RO=11;SAF=14,6,12;SAR=0,1,7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0.469521,0,0;SSEP=0.472222,0,0;SSSB=0.843713,0.583505,0.236486;STB=0.999205,0.768453,0.63624;STBP=0,0.131,0.034;TYPE=del,del,snp;VARB=0.173693,-0.00141596,0.0374906;OID=.,.,.;OPOS=43458355,43458358,43458358;OREF=G,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=AGGC,AGGG,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.321429,0.107143,0.392857:14,7,19:58:18,6,22:56:10:18,4,14:0,2,8:2:8:99:11:14,6,12:0,1,7:3:8 chr2 43793725 . G A 205.99 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0165143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.438;QD=16.8152;RBI=0.0424837;REFB=0.00546668;REVB=-0.0391426;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231369;STB=0.506816;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0073365;OID=.;OPOS=43793725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:10:11:13:13:10:11:15:13 chr2 43797619 . C T 448.96 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=139;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0164208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.905;QD=12.9197;RBI=0.0165006;REFB=-0.00848412;REVB=-0.00162158;RO=87;SAF=33;SAR=19;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563673;STB=0.53209;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0137008;OID=.;OPOS=43797619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:87:52:52:0.374101:19:33:51:36:19:33:51:36 chr2 43801712 . A G 153.34 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0443484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6188;QD=13.9395;RBI=0.0484377;REFB=0.00136019;REVB=-0.0194791;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212121;STB=0.624125;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00118077;OID=.;OPOS=43801712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:13:14:12:5:13:14 chr2 43804229 . T C 217.93 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00407534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2504;QD=15.5666;RBI=0.114271;REFB=-0.0381961;REVB=-0.114198;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209765;STB=0.62379;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0427882;OID=.;OPOS=43804229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:25:25:0.446429:11:14:23:7:11:14:24:7 chr2 43937743 . T A 35.61 PASS AF=0.112903;AO=5;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00386635;FXX=0.0312451;HRUN=24;LEN=1;MLLD=150.583;QD=2.29758;RBI=0.0183402;REFB=0.00127217;REVB=-0.017928;RO=53;SAF=1;SAR=4;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238658;STB=0.790269;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00792711;OID=.;OPOS=43937743;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:62:62:53:55:5:7:0.112903:4:1:21:32:6:1:23:32 chr2 44019930 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.03802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.538;QD=22.9154;RBI=0.039691;REFB=0.0129046;REVB=0.0113952;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350345;STB=0.699568;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00428865;OID=.;OPOS=44019930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:0:4:3:6:0:4 chr2 44021826 . T A 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0232471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.21;QD=18.6166;RBI=0.0234437;REFB=-0.0115119;REVB=-0.00303019;RO=45;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915682;STB=0.551066;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0119207;OID=.;OPOS=44021826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:24:17:23:22:24:17:23:22 chr2 44036922 . T C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0471288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.444;QD=11.7808;RBI=0.0479637;REFB=-0.00649551;REVB=-0.0089102;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672479;STB=0.530687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00780408;OID=.;OPOS=44036922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:10:6:13:17:10:6:13:18 chr2 44040401 . G C 512.07 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.010034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.075;QD=19.6949;RBI=0.0103405;REFB=-0.0255081;REVB=0.00249904;RO=51;SAF=28;SAR=25;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223934;STB=0.623071;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0183947;OID=.;OPOS=44040401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:25:28:14:37:25:28:14:37 chr2 44065787 . C T 34.23 PASS AF=0.0681818;AO=12;DP=158;FAO=12;FDP=176;FR=.;FRO=164;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=136;FWDB=-0.0977628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.283;QD=0.778056;RBI=0.0981097;REFB=-0.00237088;REVB=-0.00824294;RO=146;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.788488;STB=0.947436;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0290727;OID=.;OPOS=44065787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:158:176:146:164:12:12:0.0681818:2:10:10:136:2:10:28:136 chr2 44066174 . T G 1346.74 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4398;QD=60.5278;RBI=0.146319;REFB=0;REVB=0.135782;RO=0;SAF=51;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908898;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:66:89:0:0:64:89:1:13:51:0:0:23:66:0:0 chr2 44071743 . A G 763.5 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.793;QD=63.6252;RBI=0.0180941;REFB=0;REVB=-3.58852e-05;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18811e-05;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr2 44100924 . A T 47.47 PASS AF=0.0808824;AO=15;DP=140;FAO=11;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=121;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=77;FWDB=-0.110012;FXX=0.0285694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2341;QD=1.39614;RBI=0.111223;REFB=-0.00739323;REVB=-0.0163709;RO=111;SAF=11;SAR=4;SRF=38;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453724;STB=0.803539;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.138518;OID=.;OPOS=44100924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:140:136:111:121:15:11:0.0808824:4:11:38:73:3:8:44:77 chr2 44101538 . C T 1925.98 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.321;QD=61.1423;RBI=0.0167147;REFB=0;REVB=-0.00240602;RO=0;SAF=81;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.64996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91773e-06;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:126:0:0:120:126:1:39:81:0:0:41:85:0:0 chr2 44104925 . T C 883.34 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.945;QD=57.9241;RBI=0.103759;REFB=0;REVB=0.0726911;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448326;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:56:61:1:36:20:0:0:37:24:0:0 chr2 44116883 . A AG 58.57 PASS AF=0.264706;AO=23;DP=102;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=13;FWDB=-0.0146552;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.6069;QD=2.29681;RBI=0.0243662;REFB=-0.0109652;REVB=-0.0194663;RO=71;SAF=11;SAR=12;SRF=62;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506753;STB=0.767484;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.173126;OID=.;OPOS=44116884;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:23:102:27:102:75:12:15:62:13:58:71:11:12:62:9 chr2 44201376 . T C 1400.63 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00424239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.275;QD=61.566;RBI=0.00429639;REFB=-0.111309;REVB=0.000679019;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885968;STB=0.504672;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-2.52926e-05;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:53:37:0:1:53:37:0:1 chr2 44471409 . T G 1575.22 PASS AF=0.495327;AO=158;DP=321;FAO=159;FDP=321;FR=.;FRO=162;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=101;FSRR=61;FWDB=-0.0254054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4738;QD=19.629;RBI=0.0388128;REFB=-0.0222615;REVB=-0.0293428;RO=162;SAF=72;SAR=86;SRF=101;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153882;STB=0.585472;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0328619;OID=.;OPOS=44471409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:162:162:158:159:0.495327:86:72:101:61:87:72:101:61 chr2 44502788 . A C 1476.01 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=2.56316e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.303;QD=57.3209;RBI=0.00532792;REFB=-0.0758626;REVB=0.00532786;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921191;STB=0.509613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000274475;OID=.;OPOS=44502788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:50:51:1:0:50:51:2:0 chr2 44547574 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.669;QD=61.5361;RBI=0.0279763;REFB=0;REVB=0.0279199;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41047e-05;OID=.;OPOS=44547574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr2 44776680 . TC CT,TT 43.73 PASS AF=0.0888889,0.111111;AO=4,3;DP=44;FAO=4,5;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3,2;FSAR=1,3;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0365213,0.00399323;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=2,1;MLLD=30.3411,232.314;QD=3.88683;RBI=0.0370011,0.00763698;REFB=-0.00142704,-0.00278732;REVB=-0.00593931,-0.00650981;RO=34;SAF=3,0;SAR=1,3;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.27944,-0.529115;STB=0.729593,0.587882;STBP=0.437,0.723;TYPE=mnp,snp;VARB=0.074061,0.0278404;OID=.,.;OPOS=44776680,44776681;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:44:45:34:36:4,3:4,5:0.0888889,0.111111:1,3:3,0:17:17:1,3:3,2:18:18 chr2 45149003 . C T 261.65 PASS AF=0.422535;AO=28;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00998709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.24;QD=14.7407;RBI=0.0244279;REFB=0.000201952;REVB=0.022293;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165883;STB=0.59149;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000318389;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:28:30:0.422535:14:14:27:14:15:15:27:14 chr2 45149373 . G T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0646416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7666;QD=14.0967;RBI=0.0743629;REFB=-0.0287997;REVB=-0.0367603;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326299;STB=0.689811;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.020681;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:4:10:4:7:4:10 chr2 45171842 . A G 1354.0 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.385;QD=62.253;RBI=0.0381078;REFB=0;REVB=0.0374166;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09387e-05;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:37:49:0:0:38:49:0:0 chr2 46313481 . C T 429.05 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00633929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.433;QD=15.7451;RBI=0.00808063;REFB=-0.0134348;REVB=-0.00501098;RO=61;SAF=35;SAR=13;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242929;STB=0.636842;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.014103;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:13:35:31:30:13:35:31:30 chr2 46707851 . G A 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0284645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.823;QD=16.7242;RBI=0.0376878;REFB=-0.0440726;REVB=0.0247009;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965432;STB=0.555485;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0629217;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:9:10:10:6:9:10 chr2 46799852 . G T 872.53 PASS AF=0.511765;AO=87;DP=168;FAO=87;FDP=170;FR=.;FRO=83;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.0412487;FXX=0.0116272;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5631;QD=20.5301;RBI=0.125777;REFB=0.0118287;REVB=-0.118821;RO=80;SAF=54;SAR=33;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305222;STB=0.52783;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0111;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:80:83:87:87:0.511765:33:54:47:33:33:54:47:36 chr2 46839477 . T C 1059.01 PASS AF=0.410526;AO=115;DP=284;FAO=117;FDP=285;FR=.;FRO=168;FSAF=28;FSAR=89;FSRF=42;FSRR=126;FWDB=0.0135457;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9172;QD=14.8633;RBI=0.0137546;REFB=-0.00328534;REVB=0.0023878;RO=168;SAF=28;SAR=87;SRF=42;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933613;STB=0.50857;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00470852;OID=.;OPOS=46839477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:168:168:115:117:0.410526:87:28:42:126:89:28:42:126 chr2 46986416 . A G 326.22 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00447011;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.493;QD=12.0823;RBI=0.00848493;REFB=-0.00432764;REVB=0.00721194;RO=62;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251283;STB=0.512076;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0077197;OID=.;OPOS=46986416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:62:68:40:40:0.37037:21:19:28:34:21:19:31:37 chr2 46987300 . T G 638.47 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9131;QD=59.3927;RBI=0.0516821;REFB=0.0729049;REVB=0.0255588;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00944331;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:0:1:24:18:0:1 chr2 46987935 . T G 387.02 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00387758;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.007;QD=23.4555;RBI=0.00658864;REFB=-0.00922537;REVB=0.00532678;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617418;STB=0.533963;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00638545;OID=.;OPOS=46987935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:28:38:38:0.575758:22:16:14:14:22:16:14:14 chr2 46988275 . G A 106.46 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0110359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.572;QD=11.5087;RBI=0.0119348;REFB=-0.00200575;REVB=-0.00454395;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240226;STB=0.669303;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00533297;OID=.;OPOS=46988275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:23:24:12:13:0.351351:5:7:18:5:6:7:19:5 chr2 46989869 . T G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00728799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.503;QD=11.8415;RBI=0.00763617;REFB=-0.0032841;REVB=-0.00227953;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157156;STB=0.59116;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00454013;OID=.;OPOS=46989869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:8:15:20:19:8:15:20:19 chr2 47045309 . C T 234.14 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0510192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4035;QD=18.7309;RBI=0.0761248;REFB=-0.0241317;REVB=0.056498;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272353;STB=0.659667;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0348992;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:12:11:20:6:12:11:21:6 chr2 47045321 . A G 295.09 PASS AF=0.55102;AO=20;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0103299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0185;QD=24.0893;RBI=0.0115853;REFB=-0.0316822;REVB=0.00524511;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138568;STB=0.52868;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0326885;OID=.;OPOS=47045321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:22:20:27:0.55102:13:7:10:10:14:13:12:10 chr2 47201797 . A T 1040.75 PASS AF=0.899083;AO=64;DP=107;FAO=98;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.200435;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=16.5766;QD=38.1926;RBI=0.200655;REFB=-0.0877046;REVB=0.00937986;RO=16;SAF=27;SAR=37;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123182;STB=0.502369;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0442297;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:107:109:16:6:64:98:0.899083:37:27:12:4:53:45:3:3 chr2 47251469 . G C 1514.96 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0477629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9898;QD=62.4726;RBI=0.0496502;REFB=-0.158683;REVB=-0.0135591;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00109646;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:42:54:0:0:42:54:0:1 chr2 47274443 . G T 197.44 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0103181;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.532;QD=12.9469;RBI=0.029168;REFB=-0.00372747;REVB=0.027282;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114959;STB=0.565932;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00759998;OID=.;OPOS=47274443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:37:24:24:0.393443:11:13:16:21:11:13:16:21 chr2 47278901 . G A 1114.22 PASS AF=0.55914;AO=102;DP=184;FAO=104;FDP=186;FR=.;FRO=82;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=0.0199295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.74;QD=23.9618;RBI=0.0234051;REFB=-0.0212879;REVB=0.0122725;RO=81;SAF=53;SAR=49;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140883;STB=0.582085;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0190216;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:81:82:102:104:0.55914:49:53:28:53:49:55:28:54 chr2 47301029 . A G 151.87 PASS AF=0.291667;AO=20;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00902649;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.188;QD=8.43703;RBI=0.0116923;REFB=-0.00638854;REVB=0.00743178;RO=48;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095068;STB=0.55125;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0164572;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:51:20:21:0.291667:8:12:25:23:8:13:28:23 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 213.11 PASS AF=0.0724638,0.318841;AO=6,20;DP=72;FAO=5,22;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=2,15;FSAR=3,7;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=0.00257324,-0.0197658;FXX=0.0142837;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=192.864,184.029;QD=12.3542;RBI=0.025745,0.0336093;REFB=-0.00647144,-0.00525624;REVB=-0.0256161,-0.0271827;RO=45;SAF=2,14;SAR=4,6;SRF=35;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.501458,-0.115005;STB=0.813084,0.583264;STBP=0.342,0.42;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00344085,0.00833178;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:72:69:45:42:6,20:5,22:0.0724638,0.318841:4,6:2,14:35:10:3,7:2,15:33:9 chr2 47378611 . T C 378.97 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0136428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8203;QD=16.6582;RBI=0.042481;REFB=-0.00211281;REVB=0.0402307;RO=50;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352144;STB=0.525921;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00484371;OID=.;OPOS=47378611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:23:17:23:27:23:17:24:27 chr2 47596853 . C CG 71.59 PASS AF=0.365854;AO=13;DP=43;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0393833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.1231;QD=6.98457;RBI=0.123472;REFB=-0.0296001;REVB=-0.117023;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751011;STB=0.515131;STBP=0.883;TYPE=ins;VARB=0.0087132;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854:13:43:15:41:26:9:6:15:11:71:29:8:5:16:13 chr2 47601106 . T C 379.41 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0235583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.457;QD=19.2108;RBI=0.0262326;REFB=0.00042234;REVB=-0.0115393;RO=40;SAF=26;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169453;STB=0.509429;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.000271018;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:13:26:26:14:13:26:26:14 chr2 47604176 . C T 136.86 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0231986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2962;QD=18.2485;RBI=0.0393073;REFB=0.0137947;REVB=-0.0317315;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0234114;OID=.;OPOS=47604176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:8:7:6:9:8:7 chr2 47739551 . A G 1165.79 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000710244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.515;QD=59.7839;RBI=0.0242746;REFB=0;REVB=0.0242642;RO=1;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82549e-05;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:1:0:75:78:1:26:49:0:1:27:51:0:0 chr2 47905390 . C A 236.3 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0244235;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.393;QD=15.2448;RBI=0.0351784;REFB=-0.00661922;REVB=-0.0253183;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634844;STB=0.544978;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0131102;OID=.;OPOS=47905390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:34:35:27:27:0.435484:11:16:18:16:11:16:18:17 chr2 48010488 . G A 404.89 PASS AF=0.837838;AO=30;DP=36;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0547543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.012;QD=43.772;RBI=0.0567847;REFB=-0.0535536;REVB=0.0150487;RO=6;SAF=12;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135069;STB=0.573664;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00506138;OID=.;OPOS=48010488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:37:6:6:30:31:0.837838:18:12:5:1:19:12:5:1 chr2 48756682 . C G 886.48 PASS AF=0.540373;AO=83;DP=158;FAO=87;FDP=161;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0358633;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6963;QD=22.0243;RBI=0.0713774;REFB=-0.0371109;REVB=0.0617135;RO=74;SAF=41;SAR=42;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111405;STB=0.549333;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0361508;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:74:74:83:87:0.540373:42:41:27:47:46:41:27:47 chr2 48808594 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00321549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.357;QD=18.0814;RBI=0.0165521;REFB=-0.00835081;REVB=-0.0162368;RO=47;SAF=28;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215435;STB=0.620709;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0106791;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:13:28:22:25:13:28:22:25 chr2 48809593 . G T 497.2 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00982925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.29;QD=18.7623;RBI=0.0106102;REFB=-0.0192461;REVB=0.00399533;RO=53;SAF=20;SAR=32;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216559;STB=0.612724;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0200172;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:53:53:52:53:0.5:32:20:33:20:32:21:33:20 chr2 48822381 . G A 184.98 PASS AF=0.463415;AO=16;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0052616;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.792;QD=18.0468;RBI=0.0158937;REFB=-0.0128596;REVB=-0.0149975;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477744;STB=0.745582;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0149304;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:22:16:19:0.463415:3:13:9:15:4:15:8:14 chr2 48825650 . C G 397.8 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313814;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6379;QD=56.8287;RBI=0.0332884;REFB=0;REVB=0.0111053;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69395e-05;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 48898798 . T A 2384.29 PASS AF=0.969697;AO=160;DP=165;FAO=160;FDP=165;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0118475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4643;QD=57.801;RBI=0.0578744;REFB=-0.0195613;REVB=-0.0566487;RO=4;SAF=78;SAR=82;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110262;STB=0.502653;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00139307;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:165:165:4:5:160:160:0.969697:82:78:1:3:82:78:2:3 chr2 48915281 . G T 251.9 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00921004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7892;QD=27.2322;RBI=0.0213512;REFB=-0.00322118;REVB=0.0192626;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236474;STB=0.630375;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00316603;OID=.;OPOS=48915281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:13:10:11:3:13:10:11:3 chr2 48915871 . A G 364.42 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.017287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3371;QD=18.4515;RBI=0.0258803;REFB=-0.0114107;REVB=0.0192601;RO=41;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401094;STB=0.522376;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0204032;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:16:22:22:19:16:22:22:19 chr2 48921375 . T C 325.8 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0329864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.334;QD=14.8091;RBI=0.0436291;REFB=-0.0142094;REVB=0.0285551;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520861;STB=0.534072;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0186019;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:52:36:36:0.409091:18:18:27:22:18:18:29:23 chr2 48948856 . A G 98.45 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0144184;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2158;QD=6.25106;RBI=0.0196443;REFB=-0.00402382;REVB=-0.013342;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122823;STB=0.592233;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0157843;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:65:63:46:48:15:15:0.238095:6:9:23:23:6:9:23:25 chr2 49003458 . C T 473.73 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.301;QD=57.4223;RBI=0.0725095;REFB=0;REVB=0.0147733;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206147;OID=.;OPOS=49003458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:21:12:0:0 chr2 49189921 . C T 536.05 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0110673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.116;QD=20.2282;RBI=0.0112199;REFB=-0.0151302;REVB=-0.00184448;RO=51;SAF=36;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443376;STB=0.524459;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0162713;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:19:36:31:20:19:36:31:20 chr2 49191041 . C T 242.84 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.038177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.955;QD=22.5896;RBI=0.038315;REFB=-0.00566527;REVB=0.00324835;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960076;STB=0.553706;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00648695;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:9:11:10:13:9:11 chr2 51254901 . G A 704.31 PASS AF=0.483444;AO=72;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=60;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=20;FWDB=0.0182637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2337;QD=18.6571;RBI=0.0373675;REFB=-0.00725923;REVB=0.0326001;RO=79;SAF=59;SAR=13;SRF=59;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106522;STB=0.563442;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00815643;OID=.;OPOS=51254901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:78:72:73:0.483444:13:59:59:20:13:60:58:20 chr2 53992593 . A T 1018.78 PASS AF=0.551136;AO=97;DP=176;FAO=97;FDP=176;FR=.;FRO=79;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00554798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.247;QD=23.154;RBI=0.0133656;REFB=-0.020208;REVB=-0.0121597;RO=78;SAF=63;SAR=34;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159626;STB=0.58474;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0180622;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:78:79:97:97:0.551136:34:63:36:42:34:63:37:42 chr2 54115904 . A G 1183.54 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.361;QD=59.9261;RBI=0.0145464;REFB=0;REVB=-0.00630425;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69857e-05;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:77:79:1:36:41:0:0:38:41:0:0 chr2 54120025 . A T 2243.46 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00386786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.305;QD=61.8885;RBI=0.0100151;REFB=-0.0852024;REVB=-0.00923808;RO=2;SAF=78;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144045;STB=0.507575;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-2.22403e-05;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:2:2:143:143:0.986207:65:78:0:2:65:78:0:2 chr2 54120820 . G A 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.861;QD=60.972;RBI=0.0785998;REFB=0;REVB=-0.0774209;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569727;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr2 54125495 . T C 506.05 PASS AF=0.652174;AO=44;DP=71;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00757967;FXX=0.054787;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7536;QD=29.3361;RBI=0.0170395;REFB=-0.0257358;REVB=-0.0152608;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562471;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00114887;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:0:24:44:45:0.652174:29:15:0:0:30:15:12:12 chr2 54127041 . C T 2515.23 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0510044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3069;QD=60.2449;RBI=0.053769;REFB=0.059397;REVB=-0.0170193;RO=1;SAF=115;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412053;STB=0.502786;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00456984;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:1:2:165:165:0.988024:50:115:1:0:50:115:1:1 chr2 54482964 . C T 958.58 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.059;QD=57.2289;RBI=0.0256869;REFB=-0.045195;REVB=0.00498008;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.506022;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000166084;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:41:25:0:0:41:25:0:1 chr2 54756740 . C T 195.89 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146365;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.534;QD=48.9712;RBI=0.0241974;REFB=0;REVB=0.0192688;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152964;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 54858511 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.346;QD=60.9765;RBI=0.0507836;REFB=0;REVB=0.0249656;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002992;OID=.;OPOS=54858511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr2 54886347 . G A 1387.44 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0118694;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9661;QD=54.948;RBI=0.0600586;REFB=-0.116869;REVB=0.058874;RO=3;SAF=51;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270793;STB=0.50891;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00245679;OID=.;OPOS=54886347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:102:101:3:4:97:97:0.960396:46:51:3:0:46:51:3:1 chr2 55040426 . A G 1172.13 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7644;QD=60.8899;RBI=0.0338231;REFB=0;REVB=0.0333071;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168622;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:43:33:0:0:43:34:0:0 chr2 55155551 . C T 421.42 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0230985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.038;QD=23.4125;RBI=0.0231175;REFB=-0.0301745;REVB=-0.000937196;RO=30;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13018;STB=0.564072;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0230642;OID=.;OPOS=55155551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:31:41:41:0.569444:22:19:19:11:22:19:19:12 chr2 55186394 . A C 200.08 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0151387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101;QD=13.5647;RBI=0.0151785;REFB=-0.0273119;REVB=0.00109934;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144336;STB=0.582025;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0320028;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:25:10:10:14:25:10 chr2 55404794 . G A 468.49 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0338271;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.35;QD=15.4873;RBI=0.035653;REFB=-0.00650217;REVB=-0.0112633;RO=69;SAF=25;SAR=27;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173309;STB=0.509713;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00962853;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:69:69:52:52:0.429752:27:25:32:37:27:25:32:37 chr2 55407754 . C T 673.53 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307866;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.978;QD=53.8827;RBI=0.0474271;REFB=-0.124369;REVB=0.0360765;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00119151;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:48:49:0.98:17:31:0:0:17:32:1:0 chr2 55449464 . T C 165.83 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00676891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.56;QD=7.99178;RBI=0.00955343;REFB=-0.015431;REVB=-0.00674165;RO=60;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612485;STB=0.503669;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.044631;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:12:11:29:31:12:11:29:31 chr2 55470115 . C T 172.75 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00464407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8107;QD=9.46592;RBI=0.038504;REFB=-0.0159854;REVB=-0.0382229;RO=50;SAF=6;SAR=17;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20906;STB=0.624375;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0329586;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:17:6:21:29:17:6:21:29 chr2 55490819 . G T 378.96 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0314682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0465;QD=33.6855;RBI=0.0591237;REFB=0.0143111;REVB=0.0500537;RO=14;SAF=22;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177822;STB=0.597378;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00386593;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:9:22:6:8:9:22:6:8 chr2 55516723 . C T 785.45 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.851;QD=64.1183;RBI=0.0175443;REFB=0;REVB=-0.0171906;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19085e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr2 55522422 . A G 2046.43 PASS AF=0.992481;AO=129;DP=131;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151564;FXX=0.0220572;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.322;QD=61.5467;RBI=0.0151698;REFB=-0.120891;REVB=0.000636721;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00056172;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:133:0:1:129:132:0.992481:57:72:0:0:57:75:1:0 chr2 55805440 . T C 580.2 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820408;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0838;QD=61.0731;RBI=0.082841;REFB=0;REVB=0.0114862;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110192;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr2 55873592 . G A 224.12 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0314271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.096;QD=16.6016;RBI=0.0317824;REFB=-0.00356892;REVB=0.00473869;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205148;STB=0.591329;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00573148;OID=.;OPOS=55873592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:24:25:0.462963:13:11:7:21:14:11:8:21 chr2 56420006 . A T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0364166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.866;QD=14.0438;RBI=0.0732149;REFB=-0.0510987;REVB=0.0635157;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0432642;OID=.;OPOS=56420006;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr2 56420296 . C T 448.76 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00899408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.735;QD=18.8951;RBI=0.011069;REFB=-0.0410577;REVB=-0.00645209;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636383;STB=0.535395;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0368665;OID=.;OPOS=56420296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:24:21:20:30:24:21:20:30 chr2 58388696 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.203;QD=62.6711;RBI=0.0249478;REFB=0;REVB=0.0195475;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97783e-05;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 60614572 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.809;QD=63.5826;RBI=0.017462;REFB=0;REVB=-0.0165687;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02198e-05;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr2 60614577 . A G 705.91 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.706;QD=62.7475;RBI=0.0456053;REFB=0;REVB=-0.0129281;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88333e-05;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr2 60686683 . T C 556.46 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00974644;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.825;QD=15.4573;RBI=0.00977342;REFB=-0.0208474;REVB=0.000725708;RO=83;SAF=34;SAR=26;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025066;STB=0.509921;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0292504;OID=.;OPOS=60686683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:83:84:60:60:0.416667:26:34:49:34:26:34:49:35 chr2 60687959 . A G 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.468;QD=58.9599;RBI=0.0114796;REFB=0;REVB=0.00329267;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51054e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr2 60867976 . C T 298.76 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00659789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1828;QD=18.6727;RBI=0.0252954;REFB=-0.00844996;REVB=0.0244198;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574181;STB=0.53198;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0110253;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:18:14:12:20:18:14:12:20 chr2 61304271 . A G 246.72 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.032059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4602;QD=17.9431;RBI=0.0320782;REFB=0.0119472;REVB=0.00111029;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483609;STB=0.527067;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0113161;OID=.;OPOS=61304271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:17:10:9:19:17:10:9:19 chr2 61315632 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 346.89 PASS AF=0.692308,0;AO=46,8;DP=99;FAO=63,0;FDP=91;FR=.;FRO=28;FSAF=35,0;FSAR=28,0;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0102511,-0.0295196;FXX=0.0520779;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.4234,14.66;QD=15.2477;RBI=0.110535,0.0740028;REFB=-0.0857181,-0.0174609;REVB=0.110058,-0.0678603;RO=33;SAF=31,1;SAR=15,7;SRF=9;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.307153,-0.276303;STB=0.582498,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.105299,-0.0157639;OID=.,.;OPOS=61315633,61315637;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308,0:46,8:99:63,0:91:28:35,0:28,0:8:20:99:33:31,1:15,7:9:24 chr2 61385100 . G A 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0128121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2511;QD=14.85;RBI=0.0404368;REFB=0.00906031;REVB=0.0383534;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870443;STB=0.550405;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0211138;OID=.;OPOS=61385100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:16:13:7:12:16:13 chr2 61385105 . G C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00108866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.47;QD=16.9415;RBI=0.0192003;REFB=-0.0169765;REVB=0.0191694;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439071;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0195611;OID=.;OPOS=61385105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:14:10:8:11:14:10 chr2 61389737 . T G 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0225536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3675;QD=15.418;RBI=0.0360562;REFB=0.00672223;REVB=0.0281315;RO=37;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464335;STB=0.526297;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0075154;OID=.;OPOS=61389737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:20:9:13:24:20:9:13:24 chr2 61415492 . A G 223.5 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00991062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.733;QD=14.9002;RBI=0.0280533;REFB=-0.0106782;REVB=0.0262444;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502282;STB=0.528476;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0121065;OID=.;OPOS=61415492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:20:14:12:14:20:14 chr2 61450454 . A G 463.85 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0111437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.3633;QD=16.4196;RBI=0.0148697;REFB=-0.0104273;REVB=-0.00984503;RO=61;SAF=20;SAR=31;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672728;STB=0.542677;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00995161;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:62:51:51:0.451327:31:20:28:33:31:20:29:33 chr2 61522123 . T C 1116.59 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4227;QD=60.3562;RBI=0.0685819;REFB=0;REVB=0.0395324;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801051;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr2 61575308 . A G 1341.9 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545053;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.987;QD=62.4141;RBI=0.0681099;REFB=0;REVB=-0.0408428;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64477e-05;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:38:46:0:0:38:48:0:0 chr2 61577435 . T C 236.14 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00104266;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.54;QD=17.4922;RBI=0.0389367;REFB=-0.0237946;REVB=0.0389228;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101043;STB=0.556775;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0257193;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:12:16:12:14:12:16 chr2 62066927 . A G 1025.95 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9099;QD=59.4752;RBI=0.0237275;REFB=0;REVB=0.0084894;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117162;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr2 62081012 . A C 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.181;QD=62.0041;RBI=0.0160788;REFB=0;REVB=0.00263352;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9551e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr2 62112222 . G GGA 84.06 PASS AF=0.482759;AO=5;DP=34;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.190763;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=15.4766;QD=11.5946;RBI=0.190909;REFB=0.0396768;REVB=-0.00746494;RO=22;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04484;STB=0.51513;STBP=0.882;TYPE=ins;VARB=-0.0523891;OID=.;OPOS=62112223;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:5:34:14:29:15:6:8:6:9:83:22:2:3:8:14 chr2 62450631 . A G 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0285971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5651;QD=14.6472;RBI=0.0633257;REFB=0.000936384;REVB=0.0565008;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160055;STB=0.590166;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.000246936;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:14:18:32:13:14:18:32:13 chr2 62450743 . T C 625.63 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=0.00122191;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.004;QD=15.9397;RBI=0.0215595;REFB=0.00158501;REVB=0.0215249;RO=88;SAF=37;SAR=32;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671698;STB=0.537403;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00191621;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:88:69:69:0.43949:32:37:53:35:32:37:53:35 chr2 62451422 . A G 259.1 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=3.33729e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.562;QD=24.1025;RBI=0.0453945;REFB=-0.0213931;REVB=0.0453944;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357459;STB=0.50199;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0229419;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:11:8:10:14:11:8 chr2 62718333 . C T 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00880755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.693;QD=17.0338;RBI=0.0117522;REFB=-0.0233736;REVB=-0.00778085;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176923;STB=0.5999;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0308984;OID=.;OPOS=62718333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:18:4:6:12:18:4 chr2 62729674 . T C 367.45 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0168687;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.315;QD=16.3309;RBI=0.0349223;REFB=-0.01188;REVB=0.030578;RO=51;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303883;STB=0.50171;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0171782;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:19:20:26:25:19:20:26:25 chr2 62733189 . C T 2265.94 PASS AF=0.412439;AO=252;DP=609;FAO=252;FDP=611;FR=.;FRO=359;FSAF=119;FSAR=133;FSRF=181;FSRR=178;FWDB=-0.0122462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.682;QD=14.8343;RBI=0.0158192;REFB=-0.0245744;REVB=-0.0100139;RO=349;SAF=119;SAR=133;SRF=175;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305514;STB=0.518793;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0355012;OID=.;OPOS=62733189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:609:611:349:359:252:252:0.412439:133:119:175:174:133:119:181:178 chr2 62733253 . C T 1350.34 PASS AF=0.423295;AO=148;DP=353;FAO=149;FDP=352;FR=.;FRO=203;FSAF=42;FSAR=107;FSRF=73;FSRR=130;FWDB=0.0358681;FXX=0.00564956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.486;QD=15.3448;RBI=0.042033;REFB=-0.0251827;REVB=0.0219147;RO=193;SAF=42;SAR=106;SRF=68;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822879;STB=0.552803;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0273142;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:352:193:203:148:149:0.423295:106:42:68:125:107:42:73:130 chr2 62738931 . G C 345.63 PASS AF=0.375;AO=41;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0242882;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4341;QD=12.3439;RBI=0.0660647;REFB=-0.0035935;REVB=-0.061438;RO=65;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784042;STB=0.520912;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00367255;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:70:41:42:0.375:21:20:27:38:22:20:31:39 chr2 63849491 . T C 456.36 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.00150571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.106;QD=13.9345;RBI=0.00284239;REFB=-0.0126087;REVB=0.00241081;RO=79;SAF=30;SAR=22;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208211;STB=0.617347;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0173951;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:79:52:52:0.396947:22:30:30:49:22:30:30:49 chr2 64069732 . G A,GA 209.45 PASS AF=0.789474,0.157895;AO=14,5;DP=20;FAO=15,3;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457602,-0.00145648;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=54.7579,109.872;QD=44.0942;RBI=0.0484609,0.00328975;REFB=0.0494553,-0.0140068;REVB=0.0159518,-0.00294977;RO=1;SAF=10,0;SAR=4,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.100543,0;STB=0.545392,0.5;STBP=0.287,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00384545,0.036841;OID=.,.;OPOS=64069732,64069733;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:20:19:1:1:14,5:15,3:0.789474,0.157895:4,5:10,0:0:1:5,3:10,0:0:1 chr2 64327544 . G T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.428;QD=60.716;RBI=0.0195382;REFB=0;REVB=-0.0173041;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86651e-05;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr2 64327592 . T A,C 1388.27 PASS AF=0.0549451,0.945055;AO=5,85;DP=90;FAO=5,86;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=3,48;FSAR=2,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584011,0.00329215;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.739,69.5078;QD=61.0228;RBI=0.023459,0.0810852;REFB=0,0;REVB=-0.0227204,0.0810183;RO=0;SAF=3,47;SAR=2,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.83693e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0749546,-0.0192673;OID=.,.;OPOS=64327592,64327592;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:90:91:0:0:5,85:5,86:0.0549451,0.945055:2,38:3,47:0:0:2,38:3,48:0:0 chr2 64858885 . C T 557.84 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0233675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.871;QD=17.2973;RBI=0.0240047;REFB=-0.00833867;REVB=-0.00549423;RO=70;SAF=32;SAR=27;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124397;STB=0.569163;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0131632;OID=.;OPOS=64858885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:27:32:29:41:27:32:29:41 chr2 64860029 . CTTCAAA C 190.65 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701103;FXX=0.210416;HRUN=2;LEN=6;MLLD=289.099;QD=50.8407;RBI=0.0713237;REFB=0;REVB=0.0131001;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.53957e-05;OID=.;OPOS=64860030;OREF=TTCAAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:18:15:15:0:3:12:0:0:3:0:3:12:0:0 chr2 64861275 . TAAAAAT AAAAAAT,TAAAA,TAAAAT,TAAAATT 363.86 PASS AF=0,0.505747,0,0;AO=5,23,10,5;DP=82;FAO=0,44,0,0;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=0,18,0,0;FSAR=0,26,0,0;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.179497,-0.0425688,0.0285274,0.071843;FXX=0.0543419;HRUN=3,5,5,5;LEN=1,2,1,1;MLLD=23.4083,23.7356,12.0793,14.3529;QD=16.729;RBI=0.182903,0.0963291,0.145587,0.0933606;REFB=0.122488,-0.0885946,-0.0976723,-0.0118417;REVB=-0.0351336,-0.086413,-0.142765,-0.059622;RO=32;SAF=4,2,8,4;SAR=1,21,2,1;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.331143,-0.591234,0.357337,0.331143;STB=0.5,0.585301,0.5,0.5;STBP=1,0.136,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.0899065,0.0572609,0;OID=.,.,.,.;OPOS=64861275,64861280,64861276,64861280;OREF=T,AT,A,A;OALT=A,-,-,T;OMAPALT=AAAAAAT,TAAAA,TAAAAT,TAAAATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:82:87:32:43:5,23,10,5:0,44,0,0:0,0.505747,0,0:1,21,2,1:4,2,8,4:17:15:0,26,0,0:0,18,0,0:25:18 chr2 65044680 . C T 1194.01 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.226;QD=60.456;RBI=0.0269309;REFB=0;REVB=0.0031689;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44369e-05;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr2 65217089 . G C 213.47 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=56;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0149518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.525;QD=14.7221;RBI=0.0293007;REFB=-0.0277731;REVB=0.0251987;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219509;STB=0.616346;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.038219;OID=.;OPOS=65217089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:33:33:23:25:0.431034:14:9:20:13:15:10:20:13 chr2 65296593 . A AG 39.0 PASS AF=0.203125;AO=12;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0269574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.6107;QD=2.43727;RBI=0.0270181;REFB=-0.0340724;REVB=0.00181005;RO=52;SAF=12;SAR=0;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696822;STB=0.834509;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.136568;OID=.;OPOS=65296594;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203125:12:64:13:64:51:12:1:33:18:38:52:12:0:33:19 chr2 65299164 . G C 100.86 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0878191;FXX=0.0666445;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.7965;QD=14.409;RBI=0.114482;REFB=-0.10056;REVB=0.0734437;RO=13;SAF=10;SAR=0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.819321;STB=0.894759;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0793438;OID=.;OPOS=65299164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:28:13:15:10:11:0.392857:0:10:4:9:1:10:4:11 chr2 65311555 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.555;QD=56.1911;RBI=0.0518023;REFB=0;REVB=-0.0163962;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146262;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr2 65495887 . G A 518.11 PASS AF=0.344086;AO=62;DP=186;FAO=64;FDP=186;FR=.;FRO=122;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=76;FSRR=46;FWDB=-0.0230556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.983;QD=11.142;RBI=0.03624;REFB=-0.0069172;REVB=0.0279604;RO=121;SAF=36;SAR=26;SRF=75;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046845;STB=0.540677;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0170603;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:121:122:62:64:0.344086:26:36:75:46:28:36:76:46 chr2 65496018 . C G 439.13 PASS AF=0.478723;AO=43;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0173441;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.317;QD=18.6862;RBI=0.0173651;REFB=-0.0215863;REVB=0.000852782;RO=49;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126787;STB=0.579364;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0184933;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:43:45:0.478723:25:18:27:22:27:18:27:22 chr2 65496144 . A G 334.8 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00725659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1069;QD=14.3999;RBI=0.00962162;REFB=-0.00761671;REVB=0.00631803;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992433;STB=0.514381;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00839776;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:56:37:37:0.397849:15:22:32:21:15:22:32:24 chr2 65496187 . G A 168.68 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0493353;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.465;QD=8.54079;RBI=0.0494458;REFB=-0.0125644;REVB=-0.00330302;RO=49;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225457;STB=0.608701;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0209184;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:49:56:23:23:0.291139:7:16:25:24:7:16:31:25 chr2 65497571 . C A 169.32 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0621383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.907;QD=16.5191;RBI=0.0630027;REFB=-0.00164144;REVB=-0.0104006;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219509;STB=0.606631;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00156259;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:10:8:5:17:10:8:6:17 chr2 65540905 . C G 641.28 PASS AF=0.598039;AO=59;DP=100;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00415333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.432;QD=25.1484;RBI=0.00434889;REFB=-0.00714109;REVB=0.00128948;RO=41;SAF=34;SAR=25;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449129;STB=0.524984;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00453362;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:41:41:59:61:0.598039:25:34:26:15:26:35:26:15 chr2 65561392 . C T 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00675436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.759;QD=6.01505;RBI=0.00708265;REFB=-0.0113303;REVB=-0.00213132;RO=44;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149422;STB=0.509419;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0391079;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:9:4:14:30:9:4:14:30 chr2 67630980 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0360445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.218;QD=16.172;RBI=0.0369401;REFB=-0.0190526;REVB=-0.0080849;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11895;STB=0.568875;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0255549;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:7:13:12:4:7:13 chr2 67631831 . G A 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0670125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.317;QD=30.5519;RBI=0.0738359;REFB=-0.00869347;REVB=0.0310012;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200424;STB=0.610984;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00340241;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:12:6:5:2:12:6:5:2 chr2 67632125 . C T 314.32 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0544832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6463;QD=17.2232;RBI=0.0554798;REFB=-0.01013;REVB=0.0104685;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088934;STB=0.54981;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0105181;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:16:18:17:22:16:18:17:22 chr2 68270068 . A G 454.06 PASS AF=0.398496;AO=51;DP=132;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=0.0154014;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.454;QD=13.6558;RBI=0.0162396;REFB=-0.00300646;REVB=0.00515001;RO=77;SAF=32;SAR=19;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555054;STB=0.545603;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00595845;OID=.;OPOS=68270068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:77:80:51:53:0.398496:19:32:52:25:21:32:54:26 chr2 68273159 . T C 308.56 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0249434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.535;QD=18.4215;RBI=0.0452845;REFB=-0.0252694;REVB=0.0377956;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162371;STB=0.597426;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0269606;OID=.;OPOS=68273159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:14:19:13:20:14:19:13:21 chr2 68385097 . AGG A,AG,GGG 313.29 PASS AF=0,0.369565,0.347826;AO=6,10,15;DP=45;FAO=0,17,16;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,6;FSAR=0,17,10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0401565,0.0753928,-0.0372465;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,1;MLLD=26.8083,16.2169,85.5181;QD=27.2428;RBI=0.0684454,0.131612,0.0402203;REFB=-0.0144502,-0.0270153,0.0080735;REVB=-0.0554276,-0.107878,-0.015178;RO=13;SAF=0,0,6;SAR=6,10,9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0.364486,0.364486,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.778902,-0.819321,-0.235988;STB=0.5,0.999176,0.640851;STBP=1,0,0.114;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.197705,-0.0287792;OID=.,.,.;OPOS=68385098,68385098,68385097;OREF=GG,G,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=A,AG,GGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:45:46:13:13:6,10,15:0,17,16:0,0.369565,0.347826:6,10,9:0,0,6:9:4:0,17,10:0,0,6:9:4 chr2 68388823 . A G 584.71 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00418309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0815;QD=17.8538;RBI=0.0308047;REFB=0.00272191;REVB=-0.0305193;RO=68;SAF=32;SAR=29;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750181;STB=0.548258;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00403884;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:70:61:61:0.465649:29:32:41:27:29:32:43:27 chr2 68407926 . A G 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0230586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.475;QD=28.9132;RBI=0.0325469;REFB=0.00674294;REVB=-0.0229696;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342387;STB=0.501885;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00403408;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:14:12:7:8:14:12:7:8 chr2 68415767 . G A 488.94 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0322588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.235;QD=15.646;RBI=0.0323026;REFB=0.0019247;REVB=-0.00168115;RO=71;SAF=23;SAR=31;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970647;STB=0.554376;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00321862;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:31:23:37:34:31:23:37:34 chr2 68511584 . A G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00649283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.512;QD=23.4331;RBI=0.0102312;REFB=-0.0303107;REVB=0.00790699;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149289;STB=0.583264;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0248868;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:8:12:10:14:8:12 chr2 68607947 . G T 871.59 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.742;QD=56.2318;RBI=0.019013;REFB=-0.155321;REVB=0.0110322;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122616;STB=0.506491;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000426981;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:38:23:0:1:38:23:0:1 chr2 68622914 . G A 740.9 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.533;QD=63.0556;RBI=0.0554114;REFB=0;REVB=0.00723648;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230493;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:28:19:0:0 chr2 69002760 . C T 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00358536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.296;QD=22.3897;RBI=0.0684142;REFB=-0.0126427;REVB=-0.0683202;RO=23;SAF=27;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591411;STB=0.562461;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00813707;OID=.;OPOS=69002760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:26:34:34:0.566667:7:27:17:6:7:27:18:8 chr2 69040500 . G A 2456.95 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.603;QD=61.4237;RBI=0.0165838;REFB=0;REVB=0.0152191;RO=0;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04266e-06;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:88:71:0:0:89:71:0:0 chr2 69049939 . G T 634.08 PASS AF=0.901961;AO=47;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000774553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.596;QD=49.7314;RBI=0.0299963;REFB=-0.0786221;REVB=0.0299863;RO=1;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375754;STB=0.505718;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00284209;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:1:3:47:46:0.901961:12:35:0:1:12:34:2:1 chr2 69173570 . C T 681.75 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0405952;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.777;QD=20.977;RBI=0.0406611;REFB=-0.0133645;REVB=-0.00231475;RO=62;SAF=26;SAR=41;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114399;STB=0.567154;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0131589;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:62:63:67:67:0.515385:41:26:32:30:41:26:33:30 chr2 69204629 . T C 1923.62 PASS AF=0.962406;AO=128;DP=133;FAO=128;FDP=133;FR=.;FRO=5;FSAF=79;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0207771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.316;QD=57.8531;RBI=0.0516339;REFB=-0.0234885;REVB=0.0472692;RO=1;SAF=79;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597794;STB=0.500683;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000334827;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:133:133:1:5:128:128:0.962406:49:79:1:0:49:79:3:2 chr2 69204671 . A T 2344.37 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279253;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.145;QD=63.7923;RBI=0.0345717;REFB=0;REVB=0.0203809;RO=0;SAF=81;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362103;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:0:0:145:147:1:64:81:0:0:65:82:0:0 chr2 69300243 . G A 1607.97 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000167384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.75;QD=59.0081;RBI=0.0154124;REFB=-0.036363;REVB=0.0154115;RO=1;SAF=59;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797772;STB=0.504201;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=1.20955e-05;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:49:59:1:0:49:59:1:0 chr2 69614161 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.679;QD=43.4814;RBI=0.0499275;REFB=0;REVB=-0.0116066;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235637;OID=.;OPOS=69614161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr2 69698158 . G A,T 755.56 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=43,4;DP=47;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150909,-0.0327555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.237,36.6701;QD=61.6782;RBI=0.0159991,0.0354753;REFB=0,0;REVB=0.00531378,-0.0136223;RO=0;SAF=23,2;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.19688e-05,0.0269271;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:49:0:0:43,4:48,1:0.979592,0.0204082:20,2:23,2:0:0:23,1:25,0:0:0 chr2 69709919 . A G 1788.79 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.394;QD=60.6369;RBI=0.0458599;REFB=0;REVB=0.0413075;RO=0;SAF=40;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86239e-05;OID=.;OPOS=69709919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:118:0:0:111:118:1:71:40:0:0:76:42:0:0 chr2 69741801 . C T 1116.12 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.95;QD=60.331;RBI=0.00863661;REFB=0;REVB=-0.00684058;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57512e-05;OID=.;OPOS=69741801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:26:46:0:0:26:48:0:0 chr2 69741854 . T G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.207;QD=60.8835;RBI=0.0363079;REFB=0;REVB=0.00565409;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66164e-05;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr2 70015181 . C T 839.91 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299144;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.875;QD=57.9247;RBI=0.0344409;REFB=0;REVB=0.0170678;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159711;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr2 70162534 . T G 500.26 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.00923911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6244;QD=19.4276;RBI=0.0371707;REFB=0.012228;REVB=0.0360042;RO=51;SAF=23;SAR=29;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118846;STB=0.565477;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.009283;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:29:23:16:35:29:23:16:35 chr2 70168022 . G A 363.16 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0116372;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.224;QD=19.8994;RBI=0.0298727;REFB=-0.0168171;REVB=0.0275128;RO=35;SAF=5;SAR=32;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226251;STB=0.64232;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0110623;OID=.;OPOS=70168022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:36:37:37:0.506849:32:5:10:25:32:5:11:25 chr2 70182805 . T C 232.43 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00311071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.541;QD=12.5635;RBI=0.00939187;REFB=-0.00599305;REVB=-0.00886176;RO=45;SAF=6;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435811;STB=0.746728;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0208341;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:46:28:28:0.378378:22:6:27:18:22:6:27:19 chr2 70188676 . T C 33.95 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00548911;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3222;QD=15.09;RBI=0.0581479;REFB=0.00412242;REVB=-0.0578883;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0200742;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr2 70189331 . GACACACACAC G 48.53 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=11;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00275151;FXX=0.408905;HRUN=1;LEN=10;MLLD=316.836;QD=14.9316;RBI=0.0217172;REFB=-0.0155259;REVB=0.0215422;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.809724;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=0.0253288;OID=.;OPOS=70189332;OREF=ACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:4:11:6:13:7:1:5:5:2:48:0:0:4:0:0 chr2 70191360 . C T 215.94 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0152126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.665;QD=15.1534;RBI=0.0217731;REFB=-0.0264658;REVB=-0.0155771;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289126;STB=0.50485;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0272159;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:8:17:21:10:8:17:22:10 chr2 70524577 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00884648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.141;QD=14.6572;RBI=0.00971001;REFB=0.000680685;REVB=-0.00400302;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305281;STB=0.676358;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00058906;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:12:5:8:5:12:5 chr2 70528827 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00350442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.807;QD=8.25419;RBI=0.0821466;REFB=-0.018532;REVB=0.0820718;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329965;STB=0.713469;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0241245;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:7:5:1:5:7:5 chr2 70677994 . G A 904.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.288;QD=58.3338;RBI=0.077074;REFB=0;REVB=0.0279142;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120365;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:23:36:0:0:23:39:0:0 chr2 71004488 . CTTTT CTTT,CTTTC 307.09 PASS AF=0.153846,0.807692;AO=3,19;DP=26;FAO=4,21;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=3,12;FSAR=1,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116797,0.030759;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=22.8369,38.9493;QD=47.2444;RBI=0.0963576,0.105902;REFB=-0.114514,-0.0863254;REVB=-0.0956471,-0.101337;RO=1;SAF=3,11;SAR=0,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0399998;STB=0.571096,0.519981;STBP=0.672,0.515;TYPE=del,snp;VARB=-0.0301118,-0.00403609;OID=.,.;OPOS=71004489,71004492;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.807692:3,19:26:4,21:26:1:3,12:1,9:1:0:18:1:3,11:0,8:1:0 chr2 71004494 . A C,T 348.91 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=5,21;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227957,0.00312008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.386,193.469;QD=53.6789;RBI=0.0128754,0.0236091;REFB=0,0;REVB=0.012672,0.023402;RO=0;SAF=4,12;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00618589,0.0184687;OID=.,.;OPOS=71004494,71004494;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:26:26:0:0:5,21:2,24:0.0769231,0.923077:1,9:4,12:0:0:1,9:1,15:0:0 chr2 71012604 . G A 2316.35 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7009;QD=60.9566;RBI=0.0262019;REFB=0;REVB=-0.000931457;RO=0;SAF=83;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015092;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:68:83:0:0:68:84:0:0 chr2 71012734 . C G 654.88 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174247;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2285;QD=62.3699;RBI=0.0290993;REFB=0;REVB=0.0233056;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84116e-05;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr2 71036482 . T C 226.27 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0378621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0629;QD=13.5087;RBI=0.0393083;REFB=-0.0269146;REVB=-0.0105643;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108227;STB=0.570739;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0295341;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:40:26:27:0.402985:11:15:19:21:11:16:19:21 chr2 71058230 . T A 440.54 PASS AF=0.420168;AO=49;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0399234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.491;QD=14.8082;RBI=0.03994;REFB=-0.00852823;REVB=0.00115008;RO=69;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082263;STB=0.539173;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0109529;OID=.;OPOS=71058230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:49:50:0.420168:28:21:35:34:28:22:35:34 chr2 71058306 . T C 254.39 PASS AF=0.384615;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0495545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.946;QD=13.0456;RBI=0.0529043;REFB=-0.0198346;REVB=-0.018526;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950174;STB=0.544012;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0247256;OID=.;OPOS=71058306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:29:30:0.384615:14:15:29:19:14:16:29:19 chr2 71058835 . A G 399.16 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0212471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0922;QD=15.3523;RBI=0.0729361;REFB=0.00344174;REVB=-0.0697728;RO=58;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113141;STB=0.568336;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00167327;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:19:26:27:31:19:26:27:32 chr2 71058906 . G T 393.59 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0221772;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.253;QD=12.2995;RBI=0.0402728;REFB=-0.011896;REVB=-0.0336165;RO=81;SAF=31;SAR=16;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189921;STB=0.608633;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0194412;OID=.;OPOS=71058906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:81:47:47:0.367188:16:31:40:41:16:31:40:41 chr2 71060037 . A G 298.07 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0259977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5469;QD=20.9168;RBI=0.0508796;REFB=-0.0374661;REVB=0.0437361;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836201;STB=0.553158;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0251492;OID=.;OPOS=71060037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:13:18:17:8:13:18:18:8 chr2 71061001 . T A 634.67 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00724824;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.682;QD=22.8708;RBI=0.00725377;REFB=-0.035726;REVB=0.000283117;RO=49;SAF=31;SAR=31;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246953;STB=0.513509;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0274664;OID=.;OPOS=71061001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:49:49:62:62:0.558559:31:31:26:23:31:31:26:23 chr2 71061051 . C T 507.84 PASS AF=0.6;AO=37;DP=71;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0238008;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.594;QD=25.3917;RBI=0.0349252;REFB=-0.0142898;REVB=0.0255595;RO=25;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246178;STB=0.512495;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00946106;OID=.;OPOS=71061051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:80:25:32:37:48:0.6:19:18:13:12:24:24:15:17 chr2 71062833 . G GC 531.27 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503974;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4355;QD=46.1975;RBI=0.136797;REFB=0;REVB=0.127176;RO=11;SAF=20;SAR=24;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00435718;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:55:46:46:0:20:26:0:0:10:11:20:24:7:4 chr2 71160222 . C G 1636.04 PASS AF=0.957627;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0166914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1418;QD=55.4589;RBI=0.0314249;REFB=-0.20605;REVB=0.0266256;RO=2;SAF=34;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118687;STB=0.504971;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00595177;OID=.;OPOS=71160222;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:118:118:2:5:113:113:0.957627:79:34:0:2:79:34:2:3 chr2 71163086 . T C 676.66 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.057171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.289;QD=60.1473;RBI=0.097992;REFB=-0.0576437;REVB=0.0795859;RO=1;SAF=31;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149167;STB=0.507933;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00170696;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:13:31:1:0:13:31:1:0 chr2 71163110 . CT CC,CG 700.91 PASS AF=0.843137,0.156863;AO=37,7;DP=52;FAO=43,8;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27,5;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182692,-0.0216625;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.343,89.8037;QD=54.9732;RBI=0.0907769,0.0307843;REFB=0,0;REVB=-0.0889195,0.0218726;RO=0;SAF=26,5;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00069415,-0.00126076;OID=.,.;OPOS=71163111,71163111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.843137,0.156863:37,7:52:43,8:51:0:27,5:16,3:0:0:31:0:26,5:11,2:0:0 chr2 71163112 . G C 43.68 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0138459;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=63.8833;QD=3.17678;RBI=0.026931;REFB=-0.00370398;REVB=0.0230992;RO=47;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467913;STB=0.817488;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.139772;OID=.;OPOS=71163112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:55:55:47:47:8:8:0.145455:6:2:31:16:6:2:31:16 chr2 71170807 . C T 229.16 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.092;QD=48.2447;RBI=0.112449;REFB=0;REVB=-0.00183231;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237544;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:16:2:0:0:16:3:0:0 chr2 71190384 . C G,T 740.0 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,46;DP=48;FAO=4,44;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=4,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118809,0.0970465;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.53,69.2465;QD=61.6664;RBI=0.0469108,0.0970695;REFB=0,0;REVB=-0.0453814,0.0021152;RO=0;SAF=0,25;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.85991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.116417,0.00272486;OID=.,.;OPOS=71190384,71190384;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:48:48:0:0:2,46:4,44:0.0833333,0.916667:2,21:0,25:0:0:4,19:0,25:0:0 chr2 71211989 . A G 142.16 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0400993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.596;QD=15.3687;RBI=0.0426239;REFB=-0.00571034;REVB=0.0144511;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478393;STB=0.502759;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0137193;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:4:17:13:3:4:17 chr2 71305456 . C T 649.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.302;QD=61.8801;RBI=0.0399265;REFB=0;REVB=0.00896555;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76207e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:14:24:0:0:14:28:0:0 chr2 71351403 . C A 447.11 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0196714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.334;QD=15.5516;RBI=0.0298578;REFB=-0.000161705;REVB=-0.0224616;RO=65;SAF=26;SAR=24;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186679;STB=0.510456;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000158613;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:24:26:35:30:24:26:35:30 chr2 71360282 . G A 243.8 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.021329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2686;QD=18.7535;RBI=0.0406502;REFB=-0.00484514;REVB=-0.0346051;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00424348;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:13:13:14:12:13:13 chr2 71365659 . GA G,GC 36.44 PASS AF=0.114754,0.0819672;AO=16,3;DP=65;FAO=7,5;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=3,0;FSAR=4,5;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.173321,-0.0294318;FXX=0.061529;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.77713,53.6657;QD=2.38982;RBI=0.174564,0.0405709;REFB=-0.0756107,-0.0145569;REVB=0.0207992,-0.0279244;RO=35;SAF=9,0;SAR=7,3;SRF=5;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.475418,-0.407054;STB=0.632094,0.99705;STBP=0.555,0.087;TYPE=del,snp;VARB=0.156172,-0.0627735;OID=.,.;OPOS=71365660,71365660;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.114754,0.0819672:16,3:65:7,5:61:49:3,0:4,5:14:35:16:35:9,0:7,3:5:30 chr2 71415479 . T C 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0977968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6985;QD=39.3196;RBI=0.0978408;REFB=-0.0699607;REVB=-0.00293541;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00198133;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:10:3:0:0:10:3:0:1 chr2 71417065 . G T 1415.25 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.122;QD=62.9002;RBI=0.0220606;REFB=0;REVB=0.00277295;RO=0;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51002e-05;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:32:58:0:0:32:58:0:0 chr2 71615571 . C T 1067.75 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1983;QD=59.3196;RBI=0.0866698;REFB=0;REVB=-0.0127592;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104727;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:37:33:0:0:37:35:0:0 chr2 71654175 . G A 2474.62 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.284;QD=61.4813;RBI=0.0232342;REFB=0;REVB=0.0231866;RO=0;SAF=73;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85738e-05;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:88:73:0:0:88:73:0:0 chr2 71658557 . G A 532.78 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0662999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5516;QD=15.0078;RBI=0.0723436;REFB=-0.0121318;REVB=-0.0289469;RO=81;SAF=29;SAR=30;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237505;STB=0.508472;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0172293;OID=.;OPOS=71658557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:81:83:59:59:0.415493:30:29:40:41:30:29:42:41 chr2 71762232 . C T 361.36 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0237983;FXX=0.042851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.9726;QD=21.5737;RBI=0.0637189;REFB=-0.00234055;REVB=0.0591078;RO=31;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148704;STB=0.582045;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00104785;OID=.;OPOS=71762232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:18:18:10:21:18:18:10:21 chr2 71780215 . T C 730.56 PASS AF=0.579832;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0187782;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.987;QD=24.5566;RBI=0.0188343;REFB=-0.0182483;REVB=0.00145185;RO=48;SAF=27;SAR=42;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036203;STB=0.529893;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0181142;OID=.;OPOS=71780215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:48:50:69:69:0.579832:42:27:21:27:42:27:23:27 chr2 71795152 . A T 1471.81 PASS AF=0.646154;AO=126;DP=195;FAO=126;FDP=195;FR=.;FRO=69;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.0128847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5658;QD=30.191;RBI=0.0246837;REFB=-0.0199906;REVB=0.0210539;RO=69;SAF=77;SAR=49;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228975;STB=0.62321;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00772638;OID=.;OPOS=71795152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:69:69:126:126:0.646154:49:77:18:51:49:77:18:51 chr2 71838597 . C A 432.9 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.00788905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.287;QD=16.1833;RBI=0.0130472;REFB=-0.0155062;REVB=0.010392;RO=59;SAF=28;SAR=20;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801649;STB=0.544697;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0218469;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:20:28:39:20:20:28:39:20 chr2 72356449 . G T 316.56 PASS AF=0.53125;AO=30;DP=61;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00265486;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.925;QD=19.785;RBI=0.00267866;REFB=-0.00608003;REVB=-0.000356301;RO=26;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528766;STB=0.541006;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00646896;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:26:30:30:34:0.53125:18:12:12:14:21:13:14:16 chr2 72356627 . T G 182.37 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00663084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.4763;QD=13.5087;RBI=0.0354831;REFB=-0.0160734;REVB=0.034858;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962466;STB=0.526857;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0244291;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:31:32:21:22:0.407407:14:7:13:18:14:8:13:19 chr2 72356746 . GA G,GG 224.09 PASS AF=0.342857,0.342857;AO=11,17;DP=73;FAO=24,24;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=12,12;FSAR=12,12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.364335,-0.143809;FXX=0.0540468;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=4.71801,18.4685;QD=12.8053;RBI=0.533867,0.259806;REFB=-0.236695,-0.112535;REVB=0.390223,0.216375;RO=20;SAF=5,8;SAR=6,9;SRF=1;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.488496,0.422277;STB=0.630333,0.630333;STBP=0.069,0.069;TYPE=del,snp;VARB=0.105066,0.0939694;OID=.,.;OPOS=72356747,72356747;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.342857,0.342857:11,17:73:24,24:70:22:12,12:12,12:5:17:94:20:5,8:6,9:1:19 chr2 72692272 . A AAG 1612.98 PASS AF=1;AO=104;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201522;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=2;MLLD=212.997;QD=59.7399;RBI=0.050716;REFB=0;REVB=0.0465403;RO=4;SAF=65;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.53562e-05;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:110:108:108:0:65:43:0:0:9:4:65:39:1:3 chr2 73137102 . AG AA,AGA,GA 125.3 PASS AF=0.0652174,0.478261,0.0652174;AO=3,5,15;DP=48;FAO=3,22,3;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=0,6,2;FSAR=3,16,1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00978238,0.0648662,0.00428778;FXX=0.09802;HRUN=1,3,16;LEN=1,1,2;MLLD=164.917,10.2076,28.8398;QD=10.896;RBI=0.0100334,0.191203,0.00450187;REFB=-0.0153952,-0.143296,-0.0189656;REVB=-0.00223037,0.179863,-0.00137178;RO=16;SAF=0,3,2;SAR=3,2,13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.687676,-0.107678,-0.558685;STB=0.997151,0.685539,0.5;STBP=0.03,0.013,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0115191,0.137371,0.0180281;OID=.,.,.;OPOS=73137103,73137104,73137102;OREF=G,-,AG;OALT=A,A,GA;OMAPALT=AA,AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:48:46:16:18:3,5,15:3,22,3:0.0652174,0.478261,0.0652174:3,2,13:0,3,2:11:5:3,16,1:0,6,2:12:6 chr2 73137112 . G A,GA 51.3 PASS AF=0,0.358491;AO=3,10;DP=56;FAO=0,19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=0,2;FSAR=0,17;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00552164,0.0458647;FXX=0.086192;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=201.618,9.77718;QD=3.87192;RBI=0.00831233,0.134442;REFB=-0.00373735,-0.15316;REVB=0.0062134,-0.126377;RO=42;SAF=1,1;SAR=2,9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.316828,-0.651836;STB=0.5,0.897826;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.1267;OID=.,.;OPOS=73137112,73137113;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:56:53:42:34:3,10:0,19:0,0.358491:2,9:1,1:28:14:0,17:0,2:25:9 chr2 73226090 . G A 328.77 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.013431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5111;QD=18.2648;RBI=0.0192348;REFB=-0.00387641;REVB=-0.013769;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742313;STB=0.541378;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00508956;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:17:18:22:15:17:18:22:15 chr2 73339708 . G A 568.22 PASS AF=0.577778;AO=51;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.011063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.8343;QD=25.2544;RBI=0.0201782;REFB=-0.0015034;REVB=0.0168751;RO=38;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212859;STB=0.61107;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000631529;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:51:52:0.577778:26:25:29:9:26:26:29:9 chr2 73475048 . A G 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=-0.0116071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.378;QD=16.5769;RBI=0.0443275;REFB=0.00880513;REVB=0.0427809;RO=38;SAF=24;SAR=8;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128247;STB=0.571388;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.010855;OID=.;OPOS=73475048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:8:24:32:6:8:24:32:6 chr2 73492614 . A T 356.54 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0184264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.985;QD=19.2724;RBI=0.0193876;REFB=-0.018943;REVB=0.0060291;RO=35;SAF=12;SAR=25;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316465;STB=0.675581;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0056768;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:37:37:37:0.5:25:12:24:11:25:12:25:12 chr2 73518867 . G A 239.57 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0269359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.849;QD=16.5218;RBI=0.0276289;REFB=-0.0325171;REVB=0.00614907;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451952;STB=0.515993;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0568226;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:27:27:0.465517:14:13:13:17:14:13:14:17 chr2 73675227 . T TCTC 477.19 PASS AF=0.438017;AO=50;DP=131;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=55;FWDB=-0.00725457;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.819;QD=15.775;RBI=0.00725495;REFB=-0.0282412;REVB=-7.49492e-05;RO=78;SAF=11;SAR=39;SRF=18;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166828;STB=0.542842;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.0335675;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438017:50:131:53:121:68:13:40:13:55:99:78:11:39:18:60 chr2 73675669 . T G 39.34 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0811874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8741;QD=13.1136;RBI=0.100376;REFB=0.0270407;REVB=0.059025;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370384;STB=0.713771;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0493821;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:4:1:0:6:4:2:0:6 chr2 73675844 . C T 227.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0346823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.33;QD=22.7872;RBI=0.0364115;REFB=-0.0321091;REVB=-0.0110877;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201628;STB=0.612799;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0371675;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:7:11:8:14:7:11 chr2 73716810 . G A 277.56 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00983883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0325;QD=16.0904;RBI=0.0143354;REFB=-0.0236676;REVB=0.010426;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326188;STB=0.683603;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0256221;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:10:21:13:25:10:21:13:25 chr2 73717103 . G C 110.85 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0010511;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.973;QD=14.3034;RBI=0.0181833;REFB=-0.0272403;REVB=-0.0181529;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.522354;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0245802;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:19:18:13:13:0.419355:7:6:10:9:7:6:9:9 chr2 73927931 . A G 412.09 PASS AF=0.47191;AO=39;DP=87;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0443317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.461;QD=18.5209;RBI=0.0445996;REFB=-0.0152728;REVB=-0.00488103;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109571;STB=0.514341;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0186161;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:46:47:39:42:0.47191:22:17:20:26:23:19:20:27 chr2 73928098 . C G 378.07 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.000177971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.214;QD=18.9036;RBI=0.0274841;REFB=-0.0326568;REVB=0.0274835;RO=41;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242588;STB=0.513507;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0305124;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:21:18:20:21:21:18:20:21 chr2 73957124 . A G 149.63 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0347462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.901;QD=11.9707;RBI=0.0431112;REFB=0.00813172;REVB=-0.0255202;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182311;STB=0.607351;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0101017;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:14:19:7:10:14:19 chr2 74007136 . T C 322.14 PASS AF=0.37;AO=36;DP=99;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0422615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.313;QD=12.8856;RBI=0.0469706;REFB=-0.0120396;REVB=-0.0204988;RO=62;SAF=12;SAR=24;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173844;STB=0.582019;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0189274;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:62:63:36:37:0.37:24:12:30:32:24:13:30:33 chr2 74135797 . T C 372.27 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00241261;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.649;QD=19.5931;RBI=0.00786285;REFB=-0.00787136;REVB=0.00748356;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059929;STB=0.527844;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00784169;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:38:38:38:0.5:14:24:21:16:14:24:22:16 chr2 74135898 . A G 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0131949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.414;QD=18.6747;RBI=0.0221376;REFB=-0.0124457;REVB=-0.0177756;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139532;STB=0.577773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0133194;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:14:18:13:19:14:18:13:19 chr2 74185876 . A T 151.84 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00748991;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.852;QD=12.3949;RBI=0.0135211;REFB=-0.00325345;REVB=-0.011257;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281768;STB=0.524971;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00626538;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:32:17:17:0.346939:7:10:19:12:7:10:20:12 chr2 74334462 . G A 3098.18 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171866;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.37;QD=61.35;RBI=0.0322298;REFB=-0.122321;REVB=-0.027265;RO=0;SAF=112;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69553e-05;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:202:0:0:201:202:1:89:112:0:0:89:113:0:0 chr2 74362090 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.029;QD=48.7372;RBI=0.0323635;REFB=0;REVB=-0.00444673;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512363;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 557.42 PASS AF=0.849057;AO=45;DP=53;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00229738;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.019;QD=42.0694;RBI=0.0181692;REFB=-0.0505177;REVB=0.0180234;RO=8;SAF=19;SAR=26;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931522;STB=0.549893;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=0.00855928;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.849057:45:53:45:53:8:19:26:6:2:47:8:19:26:6:2 chr2 74451994 . T C 47.5 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0032685;FXX=0.0517152;HRUN=7;LEN=1;MLLD=15.5428;QD=3.45424;RBI=0.0990792;REFB=-0.0499215;REVB=-0.0990253;RO=26;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57891;STB=0.860112;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0688011;OID=.;OPOS=74451994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:52:55:26:46:9:9:0.163636:8:1:15:11:8:1:23:23 chr2 74460685 . C T 200.99 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00239374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4371;QD=11.8231;RBI=0.00466255;REFB=-0.0232391;REVB=0.00400117;RO=42;SAF=7;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326136;STB=0.682835;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.031221;OID=.;OPOS=74460685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:18:7:24:18:18:7:24:19 chr2 74641624 . G C 511.8 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0291455;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2546;QD=23.8048;RBI=0.047297;REFB=0.00653761;REVB=-0.0372498;RO=39;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144132;STB=0.514085;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00450696;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:39:38:48:48:0.55814:25:23:18:21:25:23:17:21 chr2 74682512 . C T 404.0 PASS AF=0.555556;AO=38;DP=70;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0350973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.633;QD=22.4446;RBI=0.0353533;REFB=-0.00550377;REVB=-0.00424665;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877452;STB=0.548135;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00331926;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:32:32:38:40:0.555556:21:17:11:21:22:18:11:21 chr2 74687542 . GCCCCCCCTCA GCCCCCCCCAC,GCCCCCCCCCA 316.11 PASS AF=0,0.369863;AO=5,8;DP=75;FAO=0,27;FDP=73;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=39;FSAF=0,16;FSAR=0,11;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0165236,0.0342831;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=151.956,177.164;QD=17.3211;RBI=0.0306341,0.0417014;REFB=0.00242081,0.0021899;REVB=0.0257958,0.0237419;RO=19;SAF=5,4;SAR=0,4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.682683,-0.0296329;STB=0.5,0.529943;STBP=1,0.702;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00517484;OID=.,.;OPOS=74687550,74687550;OREF=TCA,T;OALT=CAC,C;OMAPALT=GCCCCCCCCAC,GCCCCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.369863:5,8:75:0,27:73:39:0,16:0,11:25:14:99:19:5,4:0,4:10:9 chr2 74690039 . G A 1421.19 PASS AF=0.509091;AO=135;DP=275;FAO=140;FDP=275;FR=.;FRO=135;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=89;FSRR=46;FWDB=0.0102404;FXX=0.0178565;HRUN=7;LEN=1;MLLD=226.596;QD=20.6718;RBI=0.0158547;REFB=-0.0261331;REVB=-0.012104;RO=115;SAF=62;SAR=73;SRF=79;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190576;STB=0.58818;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0159662;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:115:135:135:140:0.509091:73:62:79:36:73:67:89:46 chr2 74690378 . C T 205.39 PASS AF=0.42;AO=19;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0270229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7413;QD=16.4314;RBI=0.0272618;REFB=0.0242396;REVB=-0.00360113;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112264;STB=0.584331;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0186019;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:19:21:0.42:6:13:17:12:6:15:17:12 chr2 74699778 . C A 294.49 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0114449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.676;QD=17.5817;RBI=0.0125425;REFB=-0.015257;REVB=-0.00513114;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166017;STB=0.582896;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.012868;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:17:14:22:13:17:15:22:13 chr2 74710491 . C T 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0124654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.148;QD=21.2634;RBI=0.0307236;REFB=-0.015619;REVB=-0.0280812;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422861;STB=0.523786;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0230835;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:9:9:11:9:9:9 chr2 74725144 . T C 1232.78 PASS AF=0.976744;AO=77;DP=81;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0349283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6432;QD=57.3386;RBI=0.0959847;REFB=-0.11849;REVB=0.089404;RO=2;SAF=52;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953909;STB=0.50397;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0167284;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:86:2:2:77:84:0.976744:25:52:1:1:29:55:1:1 chr2 74725178 . G A 460.19 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0669512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8909;QD=18.7833;RBI=0.0731309;REFB=-0.003795;REVB=-0.0294222;RO=52;SAF=33;SAR=12;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211467;STB=0.621895;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00420758;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:45:46:0.469388:12:33:28:24:12:34:28:24 chr2 74746322 . A T 468.06 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.000515705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.949;QD=22.8324;RBI=0.0304162;REFB=-0.0253942;REVB=-0.0304118;RO=37;SAF=17;SAR=28;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472641;STB=0.525966;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0160728;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:28:17:12:25:28:17:12:25 chr2 74756176 . G C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0047953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.154;QD=9.49165;RBI=0.010196;REFB=-0.000381793;REVB=-0.008998;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000637791;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:9:9:4:5:9:9 chr2 74758666 . G A 662.78 PASS AF=0.468966;AO=67;DP=146;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0208826;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5126;QD=18.2837;RBI=0.0245702;REFB=-0.00980538;REVB=-0.0129464;RO=76;SAF=36;SAR=31;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208214;STB=0.501628;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0137437;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:76:77:67:68:0.468966:31:36:41:35:32:36:41:36 chr2 74763258 . C G 850.9 PASS AF=0.58209;AO=78;DP=134;FAO=78;FDP=134;FR=.;FRO=56;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0200423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4641;QD=25.3999;RBI=0.0216086;REFB=0.0196763;REVB=0.00807702;RO=56;SAF=52;SAR=26;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136501;STB=0.574448;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0147969;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:56:56:78:78:0.58209:26:52:28:28:26:52:28:28 chr2 75124037 . C T 1543.56 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474163;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8048;QD=59.944;RBI=0.0267627;REFB=0;REVB=-0.0263393;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151943;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:46:56:0:0:46:57:0:0 chr2 75185856 . G T 312.0 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0132906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.66;QD=13.8668;RBI=0.0167903;REFB=-0.0157541;REVB=-0.0102604;RO=51;SAF=24;SAR=10;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485652;STB=0.509139;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0211005;OID=.;OPOS=75185856;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:55:34:35:0.388889:10:24:34:17:11:24:37:18 chr2 75744918 . T C 150.93 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0191211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.366;QD=12.5775;RBI=0.0192345;REFB=-0.00535883;REVB=-0.00208577;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899355;STB=0.575596;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0125863;OID=.;OPOS=75744918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:28:31:16:17:0.354167:7:9:18:10:8:9:20:11 chr2 79109771 . A G 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0531354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.64;QD=16.1044;RBI=0.0553623;REFB=-0.0151271;REVB=0.015544;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343904;STB=0.693309;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0361578;OID=.;OPOS=79109771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:3:19:9:8:3:19 chr2 79254261 . T C 2132.31 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00447931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4964;QD=61.3615;RBI=0.0045655;REFB=0.0592215;REVB=0.000882912;RO=2;SAF=80;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163859;STB=0.504273;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000110017;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:2:1:137:138:0.992806:57:80:0:2:58:80:0:1 chr2 79255325 . G C 185.44 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.012981;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.286;QD=12.1603;RBI=0.0738165;REFB=-0.0215667;REVB=-0.0726661;RO=38;SAF=18;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23445;STB=0.637038;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0236347;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:38:23:23:0.377049:5:18:23:15:5:18:23:15 chr2 79312414 . G A 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00115234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.071;QD=28.7488;RBI=0.0148872;REFB=-0.0180949;REVB=-0.0148426;RO=19;SAF=9;SAR=21;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313675;STB=0.51723;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00575628;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:21:9:5:14:21:9:5:14 chr2 79350347 . A G 632.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7214;QD=61.67;RBI=0.0255943;REFB=0;REVB=0.0207735;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451081;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr2 79385786 . TG CA 138.83 PASS AF=0.157303;AO=28;DP=179;FAO=28;FDP=178;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=90;FSRR=60;FWDB=-0.0124773;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.884;QD=3.1198;RBI=0.015528;REFB=0.00208384;REVB=-0.00924321;RO=149;SAF=14;SAR=14;SRF=89;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125256;STB=0.584211;STBP=0.347;TYPE=mnp;VARB=-0.0119184;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:149:150:28:28:0.157303:14:14:89:60:14:14:90:60 chr2 79385823 . T G 74.69 PASS AF=0.117647;AO=17;DP=169;FAO=20;FDP=170;FR=.;FRO=150;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=85;FSRR=65;FWDB=-0.0123005;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.011;QD=1.75734;RBI=0.0146709;REFB=-0.00408238;REVB=-0.00799574;RO=148;SAF=9;SAR=8;SRF=85;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547519;STB=0.514884;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0358291;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:169:170:148:150:17:20:0.117647:8:9:85:63:9:11:85:65 chr2 79385856 . C T 576.82 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0233623;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3651;QD=16.4806;RBI=0.0302063;REFB=0.00578051;REVB=-0.0191474;RO=77;SAF=35;SAR=26;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549521;STB=0.538449;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0103402;OID=.;OPOS=79385856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:79:61:61:0.435714:26:35:40:37:26:35:40:39 chr2 79385857 . G T 46.7 PASS AF=0.0942029;AO=13;DP=137;FAO=13;FDP=138;FR=.;FRO=125;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=-0.00974518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.088;QD=1.35353;RBI=0.0186404;REFB=-0.00533434;REVB=-0.0158902;RO=124;SAF=6;SAR=7;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101794;STB=0.574167;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0307501;OID=.;OPOS=79385857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:137:138:124:125:13:13:0.0942029:7:6:68:56:7:6:68:57 chr2 80101321 . T C,G 1822.0 PASS AF=0.0413223,0.958678;AO=5,114;DP=119;FAO=5,116;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=5,103;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0790753,-0.0620411;FXX=0.00819605;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.5277,62.0609;QD=60.2314;RBI=0.0790905,0.0688095;REFB=0,0;REVB=0.00155467,0.02976;RO=0;SAF=5,102;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.13964,0.000415605;OID=.,.;OPOS=80101321,80101321;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:119:121:0:0:5,114:5,116:0.0413223,0.958678:0,12:5,102:0:0:0,13:5,103:0:0 chr2 80529956 . T C 290.7 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0216398;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.453;QD=14.0096;RBI=0.0244787;REFB=-0.0183666;REVB=-0.0114422;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909373;STB=0.557968;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0256275;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:14:19:24:25:14:19:24:26 chr2 83042810 . GGAAC G 126.1 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0123556;FXX=0.0844951;HRUN=2;LEN=4;MLLD=293.036;QD=7.76022;RBI=0.012635;REFB=0.000255737;REVB=0.00264235;RO=37;SAF=2;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553569;STB=0.859696;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=-0.000524803;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353846:23:69:23:65:42:2:21:22:20:99:37:2:21:17:20 chr2 83046489 . CC AT 197.5 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0364174;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.264;QD=7.18178;RBI=0.0388859;REFB=-0.00453312;REVB=-0.013634;RO=78;SAF=12;SAR=17;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903952;STB=0.550441;STBP=0.553;TYPE=mnp;VARB=0.0108273;OID=.;OPOS=83046489;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:78:81:29:29:0.263636:17:12:38:40:17:12:39:42 chr2 84756049 . G A 2855.74 PASS AF=0.989189;AO=182;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215256;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.87;QD=61.7458;RBI=0.0341528;REFB=-0.0589396;REVB=0.0265153;RO=1;SAF=90;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514702;STB=0.500089;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000700376;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:1:2:182:183:0.989189:92:90:0:1:93:90:1:1 chr2 84771480 . G A 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.727;QD=59.9954;RBI=0.0302898;REFB=0;REVB=-0.0140407;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109654;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:56:50:0:0:56:50:0:0 chr2 84771567 . C T 1107.21 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107317;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.163;QD=59.051;RBI=0.0108274;REFB=0.0957573;REVB=-0.00143673;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000300408;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:43:31:0:0:43:31:1:0 chr2 84800605 . C A 1083.85 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159523;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.561;QD=60.214;RBI=0.0174444;REFB=0;REVB=0.00705912;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32852e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:25:46:0:0:26:46:0:0 chr2 84897517 . A G 357.47 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00181915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.845;QD=49.3064;RBI=0.0704647;REFB=-0.114184;REVB=0.0704412;RO=2;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294963;STB=0.512811;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00183538;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:26:27:0.931034:8:18:1:1:9:18:1:1 chr2 85282879 . A G 279.97 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0459803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.479;QD=14.1758;RBI=0.053459;REFB=-0.00238117;REVB=0.0272704;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186842;STB=0.611871;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00201784;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:19:13:27:19:19:13:28:19 chr2 85283329 . CTT C,CCT 201.86 PASS AF=0.422222,0.0444444;AO=15,2;DP=42;FAO=19,2;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14,1;FSAR=5,1;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0169916,0.0717471;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=209.68,37.9378;QD=17.9432;RBI=0.025559,0.0828209;REFB=-0.0108191,-0.0003695;REVB=-0.0190931,-0.0413721;RO=24;SAF=10,1;SAR=5,1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.224101,0.0390199;STB=0.668248,0.538082;STBP=0.066,0.864;TYPE=del,snp;VARB=0.0141666,0.0574296;OID=.,.;OPOS=85283330,85283330;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222,0.0444444:15,2:42:19,2:45:24:14,1:5,1:11:13:99:24:10,1:5,1:11:13 chr2 85283395 . C T 142.58 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0125064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0716;QD=14.258;RBI=0.0219857;REFB=0.00453645;REVB=0.0180821;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217597;STB=0.512642;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0196781;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:13:11:7:9:13:11 chr2 85546615 . C T 751.16 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.092;QD=56.6909;RBI=0.0139673;REFB=0;REVB=0.000405597;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07054e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:49:53:1:29:20:0:0:32:21:0:0 chr2 85549527 . T C 591.16 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.64;QD=56.3004;RBI=0.0279022;REFB=-0.0867039;REVB=0.0218316;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00113456;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:0:2:40:40:0.952381:24:16:0:0:24:16:0:2 chr2 85549547 . C T 671.89 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0202347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.62;QD=52.6975;RBI=0.024575;REFB=-0.00550782;REVB=0.013946;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.50202;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000214866;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:27:22:0:1:27:22:1:1 chr2 85553784 . C T 1172.91 PASS AF=1;AO=63;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9852;QD=60.9304;RBI=0.163372;REFB=0;REVB=0.162833;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014732;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:63:77:1:23:40:0:0:33:44:0:0 chr2 85554080 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.654;QD=40.7629;RBI=0.0359177;REFB=0;REVB=0.00485959;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266147;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 85573033 . G A 1301.83 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1789;QD=59.1739;RBI=0.0634903;REFB=-0.00681698;REVB=0.0585374;RO=2;SAF=47;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233037;STB=0.501339;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00146942;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:85:86:0.977273:38:47:1:1:38:48:1:1 chr2 85573049 . G A 511.9 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.01412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.96;QD=24.0893;RBI=0.0170139;REFB=-0.00561907;REVB=0.00949211;RO=37;SAF=28;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128326;STB=0.507039;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00462695;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:20:28:21:16:20:28:21:16 chr2 85622059 . T C 167.74 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000536752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0087;QD=15.6037;RBI=0.0129228;REFB=-0.00756858;REVB=-0.0129117;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454262;STB=0.502615;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00374412;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:14:11:8:10:14:11 chr2 85781318 . T G 344.59 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249445;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.708;QD=55.1349;RBI=0.0280679;REFB=0;REVB=0.0128679;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8049e-05;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr2 85894308 . G T 362.47 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0212207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.679;QD=27.8821;RBI=0.0212851;REFB=-0.0110585;REVB=-0.00165464;RO=17;SAF=12;SAR=22;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00562412;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:17:18:34:34:0.653846:22:12:6:11:22:12:7:11 chr2 85895338 . T G 1280.46 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.782;QD=61.7088;RBI=0.0275857;REFB=0;REVB=0.0270407;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72636e-05;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:51:30:0:0:52:31:0:0 chr2 85924729 . C T 1905.09 PASS AF=0.962121;AO=127;DP=132;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0268442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.434;QD=57.7299;RBI=0.0284763;REFB=-0.104126;REVB=0.00950205;RO=5;SAF=66;SAR=61;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005785;STB=0.503047;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000432151;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:132:132:5:5:127:127:0.962121:61:66:3:2:61:66:3:2 chr2 85925529 . A G 646.73 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=0.0604446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.127;QD=35.4374;RBI=0.137346;REFB=-0.030776;REVB=-0.12333;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.623334;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00262399;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:0:19:54:54:0.739726:25:29:0:0:25:29:19:0 chr2 85925756 . C G 789.15 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0404472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1554;QD=50.9129;RBI=0.040509;REFB=-0.0712174;REVB=-0.00223596;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.50337;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0022944;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:0:4:58:58:0.935484:26:32:0:0:26:32:2:2 chr2 85925848 . C G 1337.27 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.096;QD=61.4838;RBI=0.0636477;REFB=0;REVB=0.0167462;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122035;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:81:87:1:43:38:0:0:43:44:0:0 chr2 86259443 . C T 136.19 PASS AF=0.454545;AO=16;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0125474;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.698;QD=16.5075;RBI=0.0128248;REFB=-0.0203515;REVB=0.0026531;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10988;STB=0.57821;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0182181;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:18:16:15:0.454545:8:8:10:6:8:7:11:7 chr2 86272758 . G A 154.88 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00884593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.501;QD=9.24632;RBI=0.0179742;REFB=-0.00177883;REVB=-0.0156468;RO=46;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140723;STB=0.508313;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00288523;OID=.;OPOS=86272758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:13:8:17:29:13:8:17:29 chr2 86315741 . C T 425.76 PASS AF=0.46;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0137282;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.081;QD=17.0304;RBI=0.0169769;REFB=0.00361073;REVB=-0.00998766;RO=52;SAF=27;SAR=19;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226565;STB=0.615699;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00509856;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:52:54:46:46:0.46:19:27:18:34:19:27:20:34 chr2 86317037 . G C 491.13 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00943511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.043;QD=19.8435;RBI=0.00948009;REFB=-0.00729629;REVB=-0.000922442;RO=48;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504427;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00778622;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:51:48:48:0.484848:23:25:25:23:23:25:27:24 chr2 86344237 . A G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00235959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.391;QD=15.6254;RBI=0.0138044;REFB=-0.00860694;REVB=-0.0136012;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169309;STB=0.596906;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00627035;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:16:7:8:9:16:7 chr2 86363074 . A G 431.01 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0412423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5978;QD=17.5922;RBI=0.0560074;REFB=-0.0314953;REVB=-0.0378933;RO=54;SAF=25;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310749;STB=0.517396;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.037647;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:19:25:29:25:19:25:29:25 chr2 86364653 . A G 431.76 PASS AF=0.723404;AO=33;DP=46;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00983947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.961;QD=36.7458;RBI=0.0212607;REFB=-0.0360389;REVB=0.0188468;RO=13;SAF=10;SAR=23;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254697;STB=0.639914;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0167045;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:13:13:33:34:0.723404:23:10:10:3:24:10:10:3 chr2 86371883 . T C 260.71 PASS AF=0.571429;AO=25;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00651219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.647;QD=24.829;RBI=0.0617038;REFB=-0.028142;REVB=-0.0613592;RO=17;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219344;STB=0.521208;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0145155;OID=.;OPOS=86371883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:25:24:0.571429:8:17:12:5:7:17:12:6 chr2 86406556 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00985432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.054;QD=15.6509;RBI=0.0125262;REFB=-0.010551;REVB=0.00773297;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238612;STB=0.637413;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0123033;OID=.;OPOS=86406556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:13:8:10:6:13:8 chr2 86433240 . C T 370.7 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00281543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.398;QD=17.2418;RBI=0.00302148;REFB=-0.00321108;REVB=-0.00109667;RO=44;SAF=29;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237326;STB=0.65463;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00285323;OID=.;OPOS=86433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:44:47:39:39:0.453488:10:29:23:21:10:29:23:24 chr2 86683642 . A G 559.58 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8139;QD=58.9035;RBI=0.133419;REFB=0;REVB=0.0519236;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300119;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:24:12:0:0:25:13:0:0 chr2 86691250 . G A 4014.35 PASS AF=1;AO=258;DP=261;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117998;FXX=0.00766254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.88;QD=61.9977;RBI=0.0278723;REFB=-0.0469151;REVB=0.0252513;RO=0;SAF=142;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30769e-06;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:261:259:0:0:258:259:1:116:142:0:0:117:142:0:0 chr2 86979093 . G A 2241.7 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00168789;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3361;QD=62.7048;RBI=0.044049;REFB=-0.0862463;REVB=0.0440167;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000828647;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:143:0:1:141:142:0.993007:67:74:0:0:68:74:0:1 chr2 87015633 . T TGA 750.89 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0152258;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.801;QD=51.7855;RBI=0.0360903;REFB=-0.0571322;REVB=0.0327213;RO=3;SAF=27;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165073;STB=0.508153;STBP=0.733;TYPE=ins;VARB=0.00466238;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948276:54:58:55:58:3:28:27:2:1:11:3:27:27:2:1 chr2 87042751 . G A 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0154849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.688;QD=16.0281;RBI=0.0160711;REFB=-0.009763;REVB=-0.00430126;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208404;STB=0.608609;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0166102;OID=.;OPOS=87042751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:10:15:11:18:10:15:12:18 chr2 87069379 . G A 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0721234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8166;QD=14.6988;RBI=0.0742007;REFB=0.00244411;REVB=0.0174343;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173698;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00688973;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:9:6:7:5:9:6 chr2 87073852 . C T 481.34 PASS AF=0.371622;AO=54;DP=148;FAO=55;FDP=148;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0293007;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9117;QD=13.0092;RBI=0.0294429;REFB=-0.0110332;REVB=0.00289055;RO=93;SAF=17;SAR=37;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255141;STB=0.648937;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0226516;OID=.;OPOS=87073852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:93:93:54:55:0.371622:37:17:50:43:38:17:50:43 chr2 88037276 . C T 41.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.110087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.981;QD=16.4491;RBI=0.117128;REFB=-0.0329162;REVB=-0.039999;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176198;OID=.;OPOS=88037276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr2 88315954 . C A 410.22 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0225553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.5;QD=51.2771;RBI=0.0284953;REFB=-0.0436866;REVB=0.0174137;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522712;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000209595;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:0:2:30:30:0.9375:23:7:0:0:23:7:1:1 chr2 88315993 . A G 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.73;QD=58.5689;RBI=0.118565;REFB=0;REVB=0.0568286;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299481;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr2 88387402 . GC AG,GA,GG 691.45 PASS AF=0.06,0.9,0.04;AO=3,45,2;DP=51;FAO=3,45,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,2;FSAR=3,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779953,-0.00976997,-0.028957;FXX=0.019604;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=55.1288,86.0774,120.711;QD=55.3158;RBI=0.0117161,0.0150159,0.0298942;REFB=0,0,0;REVB=0.00874265,-0.0114029,-0.00742666;RO=0;SAF=0,37,2;SAR=3,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.30556e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=-0.00723509,0.00115853,0.0550615;OID=.,.,.;OPOS=88387402,88387403,88387403;OREF=GC,C,C;OALT=AG,A,G;OMAPALT=AG,GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:50:0:0:3,45,2:3,45,2:0.06,0.9,0.04:3,8,0:0,37,2:0:0:3,8,0:0,37,2:0:0 chr2 88407959 . T C 726.98 PASS AF=0.542636;AO=68;DP=135;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00649647;FXX=0.0444412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5564;QD=22.542;RBI=0.0145362;REFB=-0.0254721;REVB=0.0130038;RO=56;SAF=41;SAR=27;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086863;STB=0.551431;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0252056;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:129:56:59:68:70:0.542636:27:41:28:28:29:41:28:31 chr2 88411605 . A T 405.01 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00222572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5785;QD=12.7563;RBI=0.0145092;REFB=-0.0116499;REVB=0.0143374;RO=76;SAF=25;SAR=23;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631543;STB=0.522546;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0157484;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:79:48:48:0.377953:23:25:44:32:23:25:44:35 chr2 88472791 . G A 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.583;QD=59.9242;RBI=0.0377557;REFB=0;REVB=-0.00990852;RO=0;SAF=75;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28033e-05;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:30:75:0:0:30:75:0:0 chr2 88482258 . G A 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.000898953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.576;QD=17.064;RBI=0.00654193;REFB=-0.0053203;REVB=0.00647987;RO=31;SAF=24;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332682;STB=0.690487;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00504237;OID=.;OPOS=88482258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:4:24:19:12:4:24:19:12 chr2 88913273 . G C 1880.0 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.434;QD=60.6451;RBI=0.030078;REFB=-0.0450522;REVB=0.0278287;RO=1;SAF=79;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597614;STB=0.503105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000439054;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:1:1:122:123:0.991935:43:79:1:0:43:80:1:0 chr2 89513004 . A G 401.64 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0284234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.73;QD=13.5005;RBI=0.0345462;REFB=-0.00679013;REVB=0.0196355;RO=72;SAF=21;SAR=26;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115941;STB=0.565593;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0142435;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:72:47:47:0.394958:26:21:40:32:26:21:40:32 chr2 90121675 . T C 141.9 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.816;QD=43.6615;RBI=0.0548958;REFB=0;REVB=0.0470255;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323513;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr2 90121845 . A G 32.1 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0325332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.357;QD=2.56837;RBI=0.0332024;REFB=-0.00256172;REVB=0.00663235;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0242199;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:3:3:22:22:3:3:22:22 chr2 90121849 . A G 38.41 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0341821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.032;QD=2.84535;RBI=0.036042;REFB=-0.00612246;REVB=0.0114285;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975219;STB=0.571225;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0370807;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:4:3:24:23:4:3:24:23 chr2 90121926 . G T 67.66 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.000632718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1501;QD=3.18378;RBI=0.0469648;REFB=0.00124273;REVB=0.0469605;RO=71;SAF=4;SAR=9;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219879;STB=0.645053;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00838717;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:71:72:13:13:0.152941:9:4:34:37:9:4:34:38 chr2 90121985 . A G 73.17 PASS AF=0.138889;AO=15;DP=109;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0317098;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.861;QD=2.70993;RBI=0.0440917;REFB=-0.000263091;REVB=-0.030636;RO=93;SAF=4;SAR=11;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219572;STB=0.653837;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00174412;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:109:108:93:93:15:15:0.138889:11:4:40:53:11:4:40:53 chr2 90139116 . G A 355.21 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.000510663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.793;QD=14.6477;RBI=0.0524032;REFB=-0.0153398;REVB=-0.0524007;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276841;STB=0.502644;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0197687;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:58:38:39:0.402062:20:18:28:28:20:19:28:30 chr2 90259760 . A T 51.18 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.000257745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2888;QD=2.92484;RBI=0.0342102;REFB=-0.00245146;REVB=0.0342092;RO=60;SAF=8;SAR=2;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299355;STB=0.714759;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0251429;OID=.;OPOS=90259760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:2:8:35:25:2:8:35:25 chr2 90259776 . G A 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00730952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.564;QD=2.49569;RBI=0.0271354;REFB=3.7373e-05;REVB=-0.0261323;RO=67;SAF=8;SAR=2;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296898;STB=0.718084;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00320006;OID=.;OPOS=90259776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:67:67:10:10:0.12987:2:8:39:28:2:8:39:28 chr2 95537572 . C T 162.41 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0178689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.635;QD=12.9928;RBI=0.0184173;REFB=-0.0319192;REVB=0.00446078;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609951;STB=0.535674;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0489709;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:16:16:10:8:16:16 chr2 95537622 . A G 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00620244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5361;QD=10.4354;RBI=0.0287595;REFB=-0.0104722;REVB=-0.0280827;RO=33;SAF=12;SAR=3;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237938;STB=0.644947;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0207197;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:3:12:21:12:3:12:21:12 chr2 95542363 . C G 88.84 PASS AF=0.181818;AO=15;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0232767;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.229;QD=4.03839;RBI=0.0477759;REFB=-0.00232428;REVB=-0.0417221;RO=73;SAF=9;SAR=6;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319424;STB=0.51737;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00806469;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:88:88:73:72:15:16:0.181818:6:9:42:31:7:9:42:30 chr2 95542376 . GC TT 112.76 PASS AF=0.19;AO=20;DP=102;FAO=19;FDP=100;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.00169505;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.158;QD=4.51035;RBI=0.0136527;REFB=-0.00925717;REVB=-0.0135471;RO=78;SAF=13;SAR=7;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129329;STB=0.529381;STBP=0.789;TYPE=mnp;VARB=0.0307483;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:78:81:20:19:0.19:7:13:43:35:8:11:44:37 chr2 95542385 . C T 370.34 PASS AF=0.396396;AO=43;DP=110;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0247808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5473;QD=13.3455;RBI=0.0293937;REFB=0.0177831;REVB=0.0158082;RO=67;SAF=28;SAR=15;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175573;STB=0.589184;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0233807;OID=.;OPOS=95542385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:67:67:43:44:0.396396:15:28:33:34:16:28:33:34 chr2 95542415 . CA CG,TG 106.35 PASS AF=0.0884956,0.0973451;AO=10,11;DP=114;FAO=10,11;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=6,6;FSAR=4,5;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0124655,0.00672368;FXX=0.00877116;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.347,124.085;QD=3.76452;RBI=0.0124771,0.0116842;REFB=0.00120987,0.00272497;REVB=-0.000537115,0.00955582;RO=92;SAF=6,6;SAR=4,5;SRF=49;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0796755,0.0153914;STB=0.561628,0.511524;STBP=0.686,0.957;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0234813,-0.0365396;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:114:113:92:92:10,11:10,11:0.0884956,0.0973451:4,5:6,6:49:43:4,5:6,6:49:43 chr2 95542419 . G A 131.78 PASS AF=0.194915;AO=21;DP=116;FAO=23;FDP=118;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.048345;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2748;QD=4.46715;RBI=0.0516384;REFB=-0.00168903;REVB=-0.0181462;RO=94;SAF=12;SAR=9;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506749;STB=0.52308;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00430048;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:94:95:21:23:0.194915:9:12:50:44:10:13:51:44 chr2 95542476 . C T 137.56 PASS AF=0.201754;AO=21;DP=113;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0669653;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.839;QD=4.82672;RBI=0.0712115;REFB=-0.00597859;REVB=-0.0242223;RO=91;SAF=13;SAR=8;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10456;STB=0.594211;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0295848;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:91:91:21:23:0.201754:8:13:49:42:8:15:49:42 chr2 95542482 . C A 43.17 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.00606762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.682;QD=1.54181;RBI=0.00616024;REFB=-0.00213792;REVB=0.00106421;RO=101;SAF=8;SAR=3;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223946;STB=0.674368;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00676179;OID=.;OPOS=95542482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:101:101:11:11:0.0982143:3:8:55:46:3:8:55:46 chr2 95542485 . A C 37.54 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.0105089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.491;QD=1.34057;RBI=0.0118425;REFB=-0.0133482;REVB=0.00545952;RO=98;SAF=8;SAR=4;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131781;STB=0.60851;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.150717;OID=.;OPOS=95542485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:112:112:98:100:12:12:0.107143:4:8:55:43:4:8:55:45 chr2 95847040 . TGCG T 449.79 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307516;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.612;QD=58.0377;RBI=0.0390908;REFB=0;REVB=0.0389697;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000133763;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:31:31:31:0:12:19:0:0:4:0:9:19:0:0 chr2 95848354 . G A 940.12 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00165787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6814;QD=56.9767;RBI=0.0490535;REFB=-0.104358;REVB=-0.0490254;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000805438;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:35:29:0:0:35:30:1:0 chr2 95947085 . A G 1659.53 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.684;QD=60.3467;RBI=0.0451379;REFB=0;REVB=-0.0436736;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49372e-05;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:60:50:0:0:60:50:0:0 chr2 96195319 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0462622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.326;QD=18.767;RBI=0.0566863;REFB=0.00582235;REVB=0.0327589;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0110908;OID=.;OPOS=96195319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:1:2:4:2:1:2 chr2 96195632 . T C,G 2160.45 PASS AF=0.947368,0.0328947;AO=140,6;DP=152;FAO=144,5;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=88,3;FSAR=56,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0147261,-0.00965807;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=146.752,19.1608;QD=56.8539;RBI=0.0256188,0.0097235;REFB=-0.0446419,-0.0150019;REVB=0.0209635,-0.00112613;RO=4;SAF=87,2;SAR=53,4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00722537,-0.279564;STB=0.501193,0.526212;STBP=0.92,0.986;TYPE=snp,snp;VARB=0.00110644,0.0565118;OID=.,.;OPOS=96195632,96195632;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:152:152:4:3:140,6:144,5:0.947368,0.0328947:53,4:87,2:3:1:56,2:88,3:2:1 chr2 96195730 . C T 468.05 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0784951;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.001;QD=19.7071;RBI=0.0882602;REFB=-0.0101437;REVB=-0.0403534;RO=49;SAF=22;SAR=24;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863147;STB=0.547924;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00641175;OID=.;OPOS=96195730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:49:49:46:46:0.484211:24:22:28:21:24:22:28:21 chr2 96196322 . A G 577.74 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0180473;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.664;QD=23.1095;RBI=0.020362;REFB=-0.00326037;REVB=-0.00942908;RO=41;SAF=25;SAR=31;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699337;STB=0.543649;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00430027;OID=.;OPOS=96196322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:44:56:56:0.56:31:25:22:19:31:25:24:20 chr2 96217197 . C G 328.79 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.000158869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.97;QD=13.8436;RBI=0.00595701;REFB=-0.0106434;REVB=-0.00595489;RO=58;SAF=19;SAR=17;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120788;STB=0.560408;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0183691;OID=.;OPOS=96217197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:36:37:0.389474:17:19:37:21:17:20:37:21 chr2 96217234 . C G 387.84 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0119074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.904;QD=15.9934;RBI=0.0137654;REFB=-0.0327391;REVB=-0.00690643;RO=54;SAF=15;SAR=26;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157985;STB=0.579836;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0335478;OID=.;OPOS=96217234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:54:56:41:41:0.42268:26:15:28:26:26:15:28:28 chr2 96514607 . TAAAAAAAAA ATAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAATAAAAAA,TAATAATAAT 190.33 PASS AF=0,0.75,0.183333,0.0666667;AO=4,15,5,3;DP=62;FAO=0,45,11,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,8,4;FSAR=0,26,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.217472,-0.414735,-0.0420403,-0.0401212;FXX=0.0908953;HRUN=1,11,11,11;LEN=2,1,1,7;MLLD=11.7383,3.47599,178.124,182.878;QD=12.6885;RBI=0.217907,0.43156,0.0421698,0.0406287;REFB=-0.227258,-0.401525,-0.0454745,-0.048682;REVB=-0.0137563,0.119328,-0.00330232,0.00640173;RO=15;SAF=0,8,3,3;SAR=4,7,2,0;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.59478,0.289734,0.441171,0.741484;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0.0361693,0.0473602,0.0332922,0.0430724;OID=.,.,.,.;OPOS=96514607,96514608,96514610,96514610;OREF=TA,A,A,AAAAAAA;OALT=AT,-,T,TAATAAT;OMAPALT=ATAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAATAAAAAA,TAATAATAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:59:62:60:15:0:4,15,5,3:0,45,11,4:0,0.75,0.183333,0.0666667:4,7,2,0:0,8,3,3:3:12:0,26,3,0:0,19,8,4:0:0 chr2 96517518 . A G 63.28 PASS AF=0.125;AO=14;DP=119;FAO=15;FDP=120;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0364663;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.025;QD=2.1094;RBI=0.0392646;REFB=-0.00681194;REVB=0.0145574;RO=103;SAF=5;SAR=9;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193077;STB=0.673803;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.079337;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:119:120:103:105:14:15:0.125:9:5:53:50:10:5:56:49 chr2 96517882 . G A 249.57 PASS AF=0.223464;AO=40;DP=179;FAO=40;FDP=179;FR=.;FRO=139;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=66;FWDB=-0.0411121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.539;QD=5.57693;RBI=0.0414824;REFB=-0.00110991;REVB=0.00553012;RO=137;SAF=19;SAR=21;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639902;STB=0.538893;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00192711;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:137:139:40:40:0.223464:21:19:72:65:21:19:73:66 chr2 96517885 . G A 493.46 PASS AF=0.346591;AO=61;DP=176;FAO=61;FDP=176;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.0134349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.967;QD=11.215;RBI=0.0226568;REFB=-0.00619562;REVB=-0.0182438;RO=112;SAF=26;SAR=35;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144022;STB=0.584822;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.016401;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:112:115:61:61:0.346591:35:26:62:50:35:26:64:51 chr2 96521297 . T C 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00550129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.755;QD=10.3895;RBI=0.00948391;REFB=0.0101484;REVB=0.0077253;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.017852;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:4:7:6:1:4:7 chr2 96521481 . C T 54.81 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0059035;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.325;QD=2.7751;RBI=0.0335313;REFB=-0.0115;REVB=-0.0330075;RO=67;SAF=10;SAR=1;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586201;STB=0.910423;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0146775;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:79:67:68:11:11:0.139241:1:10:29:38:1:10:29:39 chr2 96521486 . G A 47.73 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0112936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.072;QD=2.19463;RBI=0.0264409;REFB=-0.00794325;REVB=-0.0239076;RO=70;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612935;STB=0.910234;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0304121;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:87:87:70:76:11:11:0.126437:1:10:27:43:1:10:33:43 chr2 96521512 . A C 166.75 PASS AF=0.198582;AO=28;DP=141;FAO=28;FDP=141;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.033214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8665;QD=4.73045;RBI=0.0414785;REFB=0.000505986;REVB=0.0248454;RO=113;SAF=19;SAR=9;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227192;STB=0.64346;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00245393;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:113:113:28:28:0.198582:9:19:57:56:9:19:57:56 chr2 96521548 . G A 93.63 PASS AF=0.126437;AO=22;DP=174;FAO=22;FDP=174;FR=.;FRO=152;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=76;FWDB=-0.00485952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.694;QD=2.15237;RBI=0.0117567;REFB=-0.00435047;REVB=-0.0107054;RO=152;SAF=12;SAR=10;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569043;STB=0.539713;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0374501;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:174:174:152:152:22:22:0.126437:10:12:76:76:10:12:76:76 chr2 96521556 . T C 75.65 PASS AF=0.108108;AO=20;DP=185;FAO=20;FDP=185;FR=.;FRO=165;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=81;FSRR=84;FWDB=0.00391418;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.076;QD=1.63567;RBI=0.0226017;REFB=-0.00330125;REVB=-0.0222602;RO=165;SAF=12;SAR=8;SRF=81;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133258;STB=0.597305;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0290541;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:185:185:165:165:20:20:0.108108:8:12:81:84:8:12:81:84 chr2 96521563 . G A 37.86 PASS AF=0.0725389;AO=14;DP=192;FAO=14;FDP=193;FR=.;FRO=179;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=88;FSRR=91;FWDB=0.0052583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.552;QD=0.784713;RBI=0.0139511;REFB=-0.000236332;REVB=-0.0129222;RO=178;SAF=7;SAR=7;SRF=88;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00619382;STB=0.507761;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0206234;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:192:193:178:179:14:14:0.0725389:7:7:88:90:7:7:88:91 chr2 96521607 . GGT CAC 44.93 PASS AF=0.073913;AO=17;DP=231;FAO=17;FDP=230;FR=.;FRO=213;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=108;FSRR=105;FWDB=-0.000734639;FXX=0.0170933;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.674;QD=0.781359;RBI=0.00557067;REFB=-6.41324e-05;REVB=0.00552202;RO=209;SAF=8;SAR=9;SRF=105;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355966;STB=0.533703;STBP=0.805;TYPE=mnp;VARB=-0.00779563;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:231:230:209:213:17:17:0.073913:9:8:105:104:9:8:108:105 chr2 96523096 . T C 1325.19 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00265458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.729;QD=60.9281;RBI=0.0213675;REFB=-0.018776;REVB=0.0212019;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=4.92572e-05;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:0:1:85:86:0.988506:36:49:0:0:37:49:0:1 chr2 96525643 . T C 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.014874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.264;QD=1.9632;RBI=0.0149063;REFB=-0.00324172;REVB=0.000979727;RO=72;SAF=5;SAR=4;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495776;STB=0.537107;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0316774;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:4:5:37:35:4:5:37:35 chr2 96525652 . T C 84.56 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0158455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.587;QD=3.97916;RBI=0.0198658;REFB=-0.00473553;REVB=-0.0119821;RO=70;SAF=9;SAR=6;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108708;STB=0.571333;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0242087;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:70:70:15:15:0.176471:6:9:36:34:6:9:36:34 chr2 96525718 . G T 65.31 PASS AF=0.112676;AO=16;DP=140;FAO=16;FDP=142;FR=.;FRO=126;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=51;FWDB=-0.00567267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.163;QD=1.83978;RBI=0.00612851;REFB=0.00174752;REVB=-0.00231937;RO=112;SAF=9;SAR=7;SRF=71;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920873;STB=0.529693;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0091128;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:140:142:112:126:16:16:0.112676:7:9:71:41:7:9:75:51 chr2 96525723 . C T 58.58 PASS AF=0.106383;AO=14;DP=140;FAO=15;FDP=141;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=51;FWDB=0.00515866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.603;QD=1.66177;RBI=0.0158891;REFB=0.00233001;REVB=-0.0150284;RO=125;SAF=7;SAR=7;SRF=75;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120459;STB=0.555908;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.06012;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:140:141:125:126:14:15:0.106383:7:7:75:50:7:8:75:51 chr2 96525736 . T C 48.77 PASS AF=0.0909091;AO=14;DP=154;FAO=14;FDP=154;FR=.;FRO=140;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=81;FSRR=59;FWDB=0.0102521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.248;QD=1.26665;RBI=0.0103564;REFB=-0.00119598;REVB=-0.00146597;RO=137;SAF=8;SAR=6;SRF=78;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249277;STB=0.506632;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0108322;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:154:154:137:140:14:14:0.0909091:6:8:78:59:6:8:81:59 chr2 96525750 . T A 39.42 PASS AF=0.0787879;AO=13;DP=165;FAO=13;FDP=165;FR=.;FRO=152;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=0.00424608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1325;QD=0.95574;RBI=0.0349987;REFB=-0.00123678;REVB=-0.0347402;RO=151;SAF=7;SAR=6;SRF=84;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202649;STB=0.513138;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0161109;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:165:165:151:152:13:13:0.0787879:6:7:84:67:6:7:84:68 chr2 96525755 . A T 31.55 PASS AF=0.0691824;AO=11;DP=160;FAO=11;FDP=159;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=83;FSRR=65;FWDB=-0.0325717;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.671;QD=0.793623;RBI=0.0338859;REFB=-0.00209937;REVB=-0.00934541;RO=143;SAF=6;SAR=5;SRF=83;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386704;STB=0.514425;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0291446;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:160:159:143:148:11:11:0.0691824:5:6:83:60:5:6:83:65 chr2 96548068 . C T 1677.28 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.04;QD=60.4425;RBI=0.0557373;REFB=0;REVB=-0.00530172;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0835e-05;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr2 96563206 . A T 347.97 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.071;QD=51.5509;RBI=0.0427798;REFB=-0.121429;REVB=0.0198103;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00199447;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:14:12:0:0:14:12:1:0 chr2 96581940 . G A 385.94 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0648641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.968;QD=14.8439;RBI=0.0648646;REFB=-0.0024156;REVB=-0.000260602;RO=59;SAF=25;SAR=18;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408244;STB=0.524182;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00323055;OID=.;OPOS=96581940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:59:60:43:44:0.423077:18:25:32:27:18:26:33:27 chr2 96583735 . A C 630.47 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0350153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.24;QD=57.3155;RBI=0.079587;REFB=-0.0893974;REVB=0.0714704;RO=2;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107263;STB=0.505718;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00360845;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:44:2:2:42:42:0.954545:16:26:1:1:16:26:1:1 chr2 96587496 . C T 755.77 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138142;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.674;QD=57.0388;RBI=0.0165657;REFB=0;REVB=0.00914271;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192056;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr2 96593000 . A G 114.56 PASS AF=0.123894;AO=28;DP=229;FAO=28;FDP=226;FR=.;FRO=198;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=120;FSRR=78;FWDB=-0.0305907;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.627;QD=2.02756;RBI=0.0442957;REFB=-0.00262259;REVB=0.0320362;RO=198;SAF=5;SAR=23;SRF=120;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513062;STB=0.85036;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0693451;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:226:198:198:28:28:0.123894:23:5:120:78:23:5:120:78 chr2 96593016 . C A 222.88 PASS AF=0.167939;AO=44;DP=263;FAO=44;FDP=262;FR=.;FRO=218;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=133;FSRR=85;FWDB=-0.0661614;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6633;QD=3.40273;RBI=0.102489;REFB=-0.0153075;REVB=-0.0782725;RO=212;SAF=12;SAR=32;SRF=130;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424178;STB=0.767589;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0742;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:212:218:44:44:0.167939:32:12:130:82:32:12:133:85 chr2 96593025 . C T 244.52 PASS AF=0.174074;AO=47;DP=270;FAO=47;FDP=270;FR=.;FRO=223;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=136;FSRR=87;FWDB=-0.0523416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.261;QD=3.62248;RBI=0.0554281;REFB=-0.00164391;REVB=-0.0182383;RO=223;SAF=13;SAR=34;SRF=136;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416446;STB=0.762961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0203627;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:223:223:47:47:0.174074:34:13:136:87:34:13:136:87 chr2 96593100 . G A 95.73 PASS AF=0.113122;AO=25;DP=220;FAO=25;FDP=221;FR=.;FRO=196;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=119;FSRR=77;FWDB=-0.0230044;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0982;QD=1.7326;RBI=0.0261072;REFB=-0.00419983;REVB=-0.0123444;RO=194;SAF=9;SAR=16;SRF=118;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300276;STB=0.709722;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0332433;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:220:221:194:196:25:25:0.113122:16:9:118:76:16:9:119:77 chr2 96593108 . T G 176.7 PASS AF=0.166667;AO=34;DP=204;FAO=34;FDP=204;FR=.;FRO=170;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=110;FSRR=60;FWDB=0.0387984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4141;QD=3.46468;RBI=0.051527;REFB=0.00117837;REVB=0.0339074;RO=169;SAF=11;SAR=23;SRF=109;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396451;STB=0.752841;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00524506;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:169:170:34:34:0.166667:23:11:109:60:23:11:110:60 chr2 96593118 . T A 161.13 PASS AF=0.166667;AO=31;DP=187;FAO=31;FDP=186;FR=.;FRO=155;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=98;FSRR=57;FWDB=0.000969072;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9177;QD=3.46524;RBI=0.013261;REFB=0.000106357;REVB=0.0132255;RO=155;SAF=9;SAR=22;SRF=98;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420436;STB=0.767867;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000493979;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:155:155:31:31:0.166667:22:9:98:57:22:9:98:57 chr2 96594902 . ATTTG ATTG,ATTTGA 35.83 PASS AF=0,0.147287;AO=16,20;DP=128;FAO=0,19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=0,15;FSAR=0,4;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=-0.361014,0.1196;FXX=0.00769172;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.0419,17.628;QD=1.11098;RBI=0.361037,0.152746;REFB=-0.0280638,0.00803679;REVB=0.00404725,-0.0950104;RO=85;SAF=16,16;SAR=0,4;SRF=28;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.772673,0.556509;STB=0.5,0.796793;STBP=1,0.009;TYPE=del,ins;VARB=0,-0.030275;OID=.,.;OPOS=96594903,96594907;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=ATTG,ATTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.147287:16,20:128:0,19:129:110:0,15:0,4:48:62:36:85:16,16:0,4:28:57 chr2 96594958 . G A 132.6 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0211689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2608;QD=9.14484;RBI=0.0360041;REFB=-0.00813248;REVB=-0.0291234;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025682;STB=0.508023;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.022076;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:7:11:23:16:7:11:24:16 chr2 96594966 . T G 340.56 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0682822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0575;QD=23.4866;RBI=0.101531;REFB=0.00474656;REVB=0.0751401;RO=23;SAF=24;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183573;STB=0.594536;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.000519653;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:10:24:11:12:10:24:12:12 chr2 96595032 . A T 495.11 PASS AF=0.792453;AO=40;DP=51;FAO=42;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0484034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.575;QD=37.3669;RBI=0.04962;REFB=-0.0083878;REVB=0.0109203;RO=11;SAF=27;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966809;STB=0.541527;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00348022;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:51:53:11:11:40:42:0.792453:13:27:5:6:15:27:5:6 chr2 96595037 . TAATC T 57.99 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=5.88512e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=245.688;QD=4.54791;RBI=0.0155494;REFB=-0.0208602;REVB=-0.0155493;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259548;STB=0.571792;STBP=0.599;TYPE=del;VARB=0.0509793;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902:12:51:13:51:38:9:4:23:15:57:34:8:4:22:12 chr2 96601236 . G A 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0179066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.092;QD=3.11682;RBI=0.0355807;REFB=-0.00560368;REVB=-0.0307464;RO=44;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281264;STB=0.713567;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0395835;OID=.;OPOS=96601236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:6:1:14:30:6:1:14:30 chr2 96601240 . G A 226.6 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0216759;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.541;QD=18.128;RBI=0.0300933;REFB=-0.0532603;REVB=0.0208748;RO=24;SAF=4;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375342;STB=0.701562;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0219372;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:26:24:24:0.48:20:4:12:12:20:4:12:14 chr2 96601345 . T C 332.24 PASS AF=0.448718;AO=29;DP=92;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.012818;FXX=0.152157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.233;QD=17.0377;RBI=0.027324;REFB=-0.00407801;REVB=0.0241309;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139034;STB=0.591875;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00692513;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:78:28:43:29:35:0.448718:17:12:16:12:22:13:23:20 chr2 96601364 . C T 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00683776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.017;QD=15.603;RBI=0.0147145;REFB=0.00672567;REVB=-0.0130293;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194254;STB=0.609424;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0124177;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:17:13:24:14:17:13:24:14 chr2 96604591 . A G 2270.78 PASS AF=0.593123;AO=207;DP=351;FAO=207;FDP=349;FR=.;FRO=142;FSAF=124;FSAR=83;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=0.0249161;FXX=0.00852249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.005;QD=26.0262;RBI=0.0269468;REFB=-0.0250313;REVB=0.0102625;RO=140;SAF=124;SAR=83;SRF=73;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059533;STB=0.535466;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0134399;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:349:140:142:207:207:0.593123:83:124:73:67:83:124:73:69 chr2 96604606 . C A 159.47 PASS AF=0.118841;AO=41;DP=345;FAO=41;FDP=345;FR=.;FRO=304;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=178;FSRR=126;FWDB=-0.0257106;FXX=0.00289009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.942;QD=1.84894;RBI=0.0295741;REFB=0.000303802;REVB=-0.0146148;RO=304;SAF=22;SAR=19;SRF=178;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624707;STB=0.543613;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00257212;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:304:304:41:41:0.118841:19:22:178:126:19:22:178:126 chr2 96604632 . A T 1606.75 PASS AF=0.516234;AO=159;DP=308;FAO=159;FDP=308;FR=.;FRO=149;FSAF=92;FSAR=67;FSRF=81;FSRR=68;FWDB=-0.0218933;FXX=0.00323614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0264;QD=20.8669;RBI=0.0230165;REFB=-0.016379;REVB=0.00710211;RO=149;SAF=92;SAR=67;SRF=81;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315704;STB=0.517261;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0192902;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:149:149:159:159:0.516234:67:92:81:68:67:92:81:68 chr2 96604730 . T C 113.19 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0116551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.607;QD=6.75764;RBI=0.0182792;REFB=-0.0144487;REVB=-0.0140815;RO=48;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132219;STB=0.566293;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0520073;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:48:50:17:17:0.253731:7:10:23:25:7:10:25:25 chr2 96606944 . C T 180.23 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.043894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0629;QD=16.0205;RBI=0.0590733;REFB=-0.00156917;REVB=-0.0395343;RO=25;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253405;STB=0.617539;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00122734;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:13:6:3:22:13:6:4:22 chr2 96610399 . C A 209.3 PASS AF=0.220779;AO=33;DP=159;FAO=34;FDP=154;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=-0.00130425;FXX=0.0374977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.822;QD=5.43626;RBI=0.00334347;REFB=0.000149851;REVB=-0.0030786;RO=125;SAF=8;SAR=25;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304585;STB=0.681337;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00037025;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:154:125:120:33:34:0.220779:25:8:58:67:25:9:58:62 chr2 96610410 . T A 155.6 PASS AF=0.186207;AO=27;DP=145;FAO=27;FDP=145;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.00638612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.45;QD=4.29229;RBI=0.00839653;REFB=0.00237546;REVB=0.00545153;RO=117;SAF=6;SAR=21;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322316;STB=0.705819;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00293743;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:117:118:27:27:0.186207:21:6:53:64:21:6:53:65 chr2 96610413 . C T 115.8 PASS AF=0.189781;AO=33;DP=144;FAO=26;FDP=137;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.00694029;FXX=0.0486077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.588;QD=3.38097;RBI=0.019054;REFB=-0.0102307;REVB=0.0177451;RO=110;SAF=8;SAR=25;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28188;STB=0.879767;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0640925;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:137:110:111:33:26:0.189781:25:8:49:61:24:2:50:61 chr2 96610420 . G T 194.02 PASS AF=0.221429;AO=29;DP=138;FAO=31;FDP=140;FR=.;FRO=109;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=0.0342885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.294;QD=5.54337;RBI=0.0353356;REFB=-0.000432986;REVB=0.00853846;RO=109;SAF=5;SAR=24;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410623;STB=0.735128;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00151443;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:109:109:29:31:0.221429:24:5:50:59:25:6:50:59 chr2 96610455 . C A 55.48 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.00506856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.89;QD=2.26441;RBI=0.0051822;REFB=-0.00248631;REVB=-0.00107927;RO=78;SAF=2;SAR=10;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358394;STB=0.873749;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0109165;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:93:98:78:86:12:12:0.122449:10:2:33:45:11:1:37:49 chr2 96610899 . T C 1328.6 PASS AF=0.545455;AO=126;DP=232;FAO=126;FDP=231;FR=.;FRO=105;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.0141076;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2009;QD=23.006;RBI=0.015592;REFB=-0.0286803;REVB=0.00663976;RO=101;SAF=56;SAR=70;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659347;STB=0.536226;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0228422;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:101:105:126:126:0.545455:70:56:53:48:70:56:55:50 chr2 96610921 . T G 1457.54 PASS AF=0.56962;AO=134;DP=236;FAO=135;FDP=237;FR=.;FRO=102;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.0211949;FXX=0.00836785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.669;QD=24.5998;RBI=0.0211966;REFB=-0.00428583;REVB=0.000266828;RO=102;SAF=60;SAR=74;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496282;STB=0.528298;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00473026;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:102:102:134:135:0.56962:74:60:52:50:75:60:52:50 chr2 96610923 . C G 172.97 PASS AF=0.151899;AO=36;DP=238;FAO=36;FDP=237;FR=.;FRO=201;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=91;FSRR=110;FWDB=-0.0408294;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.416;QD=2.91924;RBI=0.052041;REFB=-0.00526898;REVB=-0.032268;RO=199;SAF=22;SAR=14;SRF=90;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202401;STB=0.632874;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0153674;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:199:201:36:36:0.151899:14:22:90:109:14:22:91:110 chr2 96616485 . C G 71.01 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0123188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8739;QD=3.68883;RBI=0.0695975;REFB=0.00723307;REVB=0.0684986;RO=64;SAF=6;SAR=7;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125661;STB=0.583207;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00763976;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:64:64:13:13:0.168831:7:6:36:28:7:6:36:28 chr2 96616506 . GC CA 60.78 PASS AF=0.162162;AO=11;DP=73;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0351877;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.735;QD=3.28515;RBI=0.0583212;REFB=-0.00454764;REVB=-0.0465101;RO=60;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170158;STB=0.583195;STBP=0.559;TYPE=mnp;VARB=0.0298218;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:73:74:60:62:11:12:0.162162:7:4:30:30:7:5:32:30 chr2 96616532 . T G 67.41 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00626486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.679;QD=4.21307;RBI=0.0135824;REFB=0.000533966;REVB=-0.0120513;RO=49;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109005;STB=0.62875;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.000492248;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:68:64:49:52:11:11:0.171875:7:4:22:27:7:4:27:25 chr2 96617090 . A G 118.38 PASS AF=0.174603;AO=22;DP=126;FAO=22;FDP=126;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=0.00736638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.669;QD=3.75819;RBI=0.00798539;REFB=7.51191e-05;REVB=-0.00308267;RO=103;SAF=17;SAR=5;SRF=37;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499596;STB=0.819013;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00114354;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:103:104:22:22:0.174603:5:17:37:66:5:17:37:67 chr2 96617106 . A C 129.58 PASS AF=0.169014;AO=24;DP=142;FAO=24;FDP=142;FR=.;FRO=118;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=76;FWDB=0.0162576;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.647;QD=3.65017;RBI=0.0265398;REFB=-0.00698565;REVB=-0.0209774;RO=118;SAF=17;SAR=7;SRF=42;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429162;STB=0.773368;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0469076;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:118:118:24:24:0.169014:7:17:42:76:7:17:42:76 chr2 96617111 . G A 136.07 PASS AF=0.170068;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=147;FR=.;FRO=122;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=79;FWDB=-0.0762458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9404;QD=3.70254;RBI=0.0777433;REFB=0.00124117;REVB=-0.0151855;RO=120;SAF=17;SAR=8;SRF=42;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403687;STB=0.754792;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00934146;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:120:122:25:25:0.170068:8:17:42:78:8:17:43:79 chr2 96617113 . G A 136.28 PASS AF=0.170068;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=147;FR=.;FRO=122;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=79;FWDB=-0.00636306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.117;QD=3.70838;RBI=0.02277;REFB=-0.00836263;REVB=-0.0218629;RO=121;SAF=17;SAR=8;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397766;STB=0.754792;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.030928;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:121:122:25:25:0.170068:8:17:43:78:8:17:43:79 chr2 96617125 . T C 117.77 PASS AF=0.154362;AO=23;DP=149;FAO=23;FDP=149;FR=.;FRO=126;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=82;FWDB=-0.0234848;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8988;QD=3.1615;RBI=0.0246684;REFB=-0.0032773;REVB=0.00754927;RO=126;SAF=16;SAR=7;SRF=44;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420439;STB=0.772023;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.019154;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:126:126:23:23:0.154362:7:16:44:82:7:16:44:82 chr2 96617132 . T C 104.71 PASS AF=0.144737;AO=22;DP=153;FAO=22;FDP=152;FR=.;FRO=130;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=83;FWDB=0.00291846;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.707;QD=2.75556;RBI=0.0255458;REFB=-0.00315742;REVB=-0.0253785;RO=130;SAF=15;SAR=7;SRF=47;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389583;STB=0.756515;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0183216;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:130:130:22:22:0.144737:7:15:47:83:7:15:47:83 chr2 96617155 . A G 90.82 PASS AF=0.127273;AO=21;DP=165;FAO=21;FDP=165;FR=.;FRO=144;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=83;FWDB=0.0130992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.804;QD=2.20161;RBI=0.0372457;REFB=-0.00254242;REVB=0.0348662;RO=142;SAF=12;SAR=9;SRF=59;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193562;STB=0.626799;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0391985;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:165:165:142:144:21:21:0.127273:9:12:59:83:9:12:61:83 chr2 96619687 . CT CG,TG 165.52 PASS AF=0.265306,0.122449;AO=13,6;DP=50;FAO=13,6;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6,1;FSAR=7,5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00198116,-0.0216186;FXX=0.019996;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=176.585,241.208;QD=13.512;RBI=0.0263026,0.0360557;REFB=-0.0108131,-0.0074921;REVB=0.0262279,0.0288557;RO=30;SAF=6,1;SAR=7,5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00593855,-0.39016;STB=0.503592,0.780226;STBP=0.975,0.199;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0149702,0.0215535;OID=.,.;OPOS=96619688,96619687;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:13,6:13,6:0.265306,0.122449:7,5:6,1:14:16:7,5:6,1:14:16 chr2 96619713 . C A 49.93 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0654919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7791;QD=3.32854;RBI=0.0787182;REFB=-0.00142993;REVB=0.0436735;RO=51;SAF=1;SAR=8;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502889;STB=0.85863;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00710935;OID=.;OPOS=96619713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:8:1:25:26:8:1:25:26 chr2 96619734 . CA TA,TG 262.81 PASS AF=0.333333,0.166667;AO=20,10;DP=61;FAO=20,10;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=6,5;FSAR=14,5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0133937,0.0184891;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=57.3615,80.9402;QD=17.5205;RBI=0.0189898,0.0322972;REFB=-0.00395239,0.000569258;REVB=-0.0134619,-0.0264814;RO=30;SAF=6,5;SAR=14,5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.253784,-0.0396755;STB=0.646906,0.52495;STBP=0.091,0.892;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0279623,-0.00187879;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:30:20,10:20,10:0.333333,0.166667:14,5:6,5:16:14:14,5:6,5:16:14 chr2 96626292 . C T 346.9 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.009;QD=51.3931;RBI=0.0334454;REFB=0.118581;REVB=0.0126565;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000784295;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:9:16:1:0:9:17:1:0 chr2 96789787 . T C 705.78 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158674;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.081;QD=56.4624;RBI=0.0555805;REFB=0;REVB=0.0532674;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324934;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:21:27:0:0:23:27:0:0 chr2 96795608 . T G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7412;QD=58.5857;RBI=0.0773754;REFB=0;REVB=-0.0646308;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193426;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr2 96795714 . G A 801.53 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.045;QD=57.252;RBI=0.0258303;REFB=0;REVB=0.0247603;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89317e-05;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:24:32:0:0 chr2 96795857 . T C 939.72 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.192;QD=56.9528;RBI=0.0600176;REFB=-0.114712;REVB=0.040644;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.505616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00249021;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:0:1:64:65:0.984848:43:21:0:0:44:21:0:1 chr2 96809331 . T C 1459.6 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0267816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.274;QD=57.2393;RBI=0.0333788;REFB=-0.0394974;REVB=0.019922;RO=2;SAF=72;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012995;STB=0.506848;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00333345;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:28:72:2:0:28:72:2:0 chr2 96917438 . TC CT 48.46 PASS AF=0.4;AO=7;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0144067;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=25.6255;QD=7.75378;RBI=0.0172516;REFB=-0.0832604;REVB=0.00949022;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369272;STB=0.834255;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=0.0547112;OID=.;OPOS=96917438;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:25:25:12:15:7:10:0.4:1:6:7:5:1:9:7:8 chr2 96917588 . T G 1084.34 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.698;QD=58.6129;RBI=0.0256207;REFB=-0.0874318;REVB=-0.0024015;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150114;STB=0.50769;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000930583;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:41:31:1:0:41:32:1:0 chr2 96944553 . G A 267.38 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000306005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2646;QD=42.7801;RBI=0.00050085;REFB=-0.0843788;REVB=-0.000396499;RO=3;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173683;STB=0.509425;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0124108;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:9:13:2:1:9:13:2:1 chr2 97166204 . A G 817.49 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.406;QD=57.368;RBI=0.0461491;REFB=0;REVB=-0.00127762;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88427e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr2 97217274 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 202.03 PASS AF=0.391304,0.0608696;AO=51,8;DP=122;FAO=45,7;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=7,7;FSAR=38,0;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0771534,-0.0234092;FXX=0.0573723;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.39478,181.44;QD=7.02717;RBI=0.0828617,0.0319774;REFB=-0.102728,-0.0076251;REVB=-0.0302227,-0.0217845;RO=47;SAF=9,8;SAR=42,0;SRF=16;SRR=31;SSEN=0.5625,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.206502,0.735292;STB=0.676066,0.998777;STBP=0.01,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.131451,0.0831308;OID=.,.;OPOS=97217275,97217279;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0.0608696:51,8:122:45,7:115:63:7,7:38,0:23:40:99:47:9,8:42,0:16:31 chr2 97351840 . A G 329.83 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00118285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7763;QD=15.706;RBI=0.00271358;REFB=0.00639297;REVB=-0.00244221;RO=46;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.551695;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00752174;OID=.;OPOS=97351840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:36:36:0.428571:24:12:20:26:24:12:20:28 chr2 97493877 . T C 454.32 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0262071;FXX=0.0161277;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3264;QD=14.8956;RBI=0.0277913;REFB=-0.00736051;REVB=-0.00924924;RO=62;SAF=25;SAR=26;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379723;STB=0.517988;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0123141;OID=.;OPOS=97493877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:62:71:51:51:0.418033:26:25:28:34:26:25:37:34 chr2 97527011 . C T 232.05 PASS AF=0.444444;AO=25;DP=58;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00757286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.328;QD=14.7334;RBI=0.0145385;REFB=1.69666e-06;REVB=0.0124104;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287168;STB=0.54357;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00610284;OID=.;OPOS=97527011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:32:35:25:28:0.444444:11:14:17:15:15:13:19:16 chr2 97559759 . G A 607.77 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.376;QD=60.7767;RBI=0.0536985;REFB=0;REVB=0.0442572;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739421;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr2 97613616 . T C 128.98 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0158813;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.65;QD=19.8424;RBI=0.0193623;REFB=0.0040961;REVB=-0.0110762;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191154;STB=0.608543;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0044606;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:4:8:6:8:4:8 chr2 97617140 . T C 152.82 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0136501;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9165;QD=13.0061;RBI=0.148525;REFB=0.0032938;REVB=-0.147896;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199556;STB=0.554311;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0147859;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:30:17:17:0.361702:6:11:17:10:6:11:17:13 chr2 97643663 . T TTCA 47.88 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.022534;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=3;MLLD=215.249;QD=8.70515;RBI=0.0293347;REFB=-0.0240675;REVB=-0.0187815;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450375;STB=0.538348;STBP=0.856;TYPE=ins;VARB=0.0477136;OID=.;OPOS=97643664;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:29:7:22:15:5:2:10:5:47:22:5:2:15:7 chr2 97820478 . G A 46.62 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.039712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0863;QD=3.45325;RBI=0.0667389;REFB=0.00601592;REVB=-0.053638;RO=44;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205412;STB=0.624688;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0330421;OID=.;OPOS=97820478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:52:54:44:46:8:8:0.148148:5:3:24:20:5:3:24:22 chr2 97820489 . C G 49.58 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=49;FAO=8;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000532741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.702;QD=4.13198;RBI=0.0141366;REFB=-0.0143467;REVB=-0.0141266;RO=36;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151814;STB=0.604998;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0588927;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:48:36:40:7:8:0.166667:4:3:20:16:5:3:20:20 chr2 97820493 . T C 49.07 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0521053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.509;QD=4.08947;RBI=0.0560476;REFB=-0.0158946;REVB=-0.0206489;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153051;STB=0.604998;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0637105;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:5:3:20:20:5:3:20:20 chr2 97827839 . G A 169.07 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0292935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6922;QD=12.0761;RBI=0.0362181;REFB=-0.00857256;REVB=0.0212988;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190771;STB=0.60196;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0195375;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:8:13:15:19:8:13:16:19 chr2 97828982 . C T 60.51 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0283448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.45;QD=16.1372;RBI=0.0292828;REFB=0.00123432;REVB=0.00735213;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392868;STB=0.776953;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00287699;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:14:15:6:7:8:8:0.533333:1:7:3:3:1:7:3:4 chr2 97833342 . G A 378.92 PASS AF=0.603175;AO=37;DP=62;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0200564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.642;QD=24.0585;RBI=0.0285855;REFB=-0.0136349;REVB=-0.0203684;RO=24;SAF=18;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110509;STB=0.571392;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00550699;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:24:25:37:38:0.603175:19:18:8:16:19:19:8:17 chr2 97833361 . A G 107.43 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0281647;FXX=0.173044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.226;QD=9.99314;RBI=0.0283846;REFB=-0.00330688;REVB=0.00352581;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177174;STB=0.618199;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00795479;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:43:24:30:13:13:0.302326:6:7:9:15:6:7:11:19 chr2 97833466 . C T 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0311546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5448;QD=15.6443;RBI=0.0327194;REFB=-0.0175663;REVB=0.00999741;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.673091;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.029093;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:29:22:22:0.431373:15:7:17:11:15:7:18:11 chr2 97852956 . C T 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0408023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.06;QD=11.4387;RBI=0.0452259;REFB=-0.0235262;REVB=-0.0195077;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177174;STB=0.604781;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0287891;OID=.;OPOS=97852956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:9:15:6:7:9:15 chr2 97854867 . G A 487.07 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00119156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.576;QD=27.0593;RBI=0.0253534;REFB=-0.00414155;REVB=-0.0253254;RO=27;SAF=18;SAR=27;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483103;STB=0.526304;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00204136;OID=.;OPOS=97854867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:27:18:9:18:27:18:9:18 chr2 97858622 . C A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0353038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8665;QD=2.28056;RBI=0.0974517;REFB=-0.00195326;REVB=-0.0908321;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570882;STB=0.9081;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00147268;OID=.;OPOS=97858622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:50:54:44:48:6:6:0.111111:1:5:13:31:1:5:13:35 chr2 97858628 . T C 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0153352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.536;QD=2.42276;RBI=0.0159723;REFB=-0.000832576;REVB=-0.00446617;RO=46;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579195;STB=0.903244;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0139063;OID=.;OPOS=97858628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:1:5:13:33:1:5:13:33 chr2 97858632 . A G 31.8 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00813035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.27;QD=2.4941;RBI=0.0225666;REFB=-0.00121027;REVB=0.0210511;RO=45;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575141;STB=0.900618;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00910596;OID=.;OPOS=97858632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:1:5:13:32:1:5:13:32 chr2 97858634 . A T 39.79 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00992539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8481;QD=3.06039;RBI=0.0213995;REFB=-0.00903152;REVB=0.0189585;RO=44;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.641214;STB=0.918031;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0148253;OID=.;OPOS=97858634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:44:45:7:7:0.134615:1:6:11:33:1:6:12:33 chr2 97858649 . G T 54.14 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00593625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.372;QD=3.93766;RBI=0.0170927;REFB=-0.00323644;REVB=-0.0160287;RO=42;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531904;STB=0.859007;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00384648;OID=.;OPOS=97858649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:42:46:9:9:0.163636:2:7:13:29:2:7:13:33 chr2 97858652 . TG CA 53.25 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00486919;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.33;QD=3.80372;RBI=0.0112863;REFB=-0.00482612;REVB=-0.010182;RO=45;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590005;STB=0.862375;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.0187139;OID=.;OPOS=97858652;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:45:47:9:9:0.160714:2:7:11:34:2:7:13:34 chr2 97860471 . C T 891.87 PASS AF=0.550336;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00113688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.598;QD=23.9429;RBI=0.0349832;REFB=0.0185308;REVB=-0.0349647;RO=66;SAF=36;SAR=46;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625702;STB=0.537692;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00988853;OID=.;OPOS=97860471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:66:67:82:82:0.550336:46:36:34:32:46:36:35:32 chr2 97873515 . C T 62.47 PASS AF=0.153846;AO=11;DP=77;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=-0.0119448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8947;QD=3.20348;RBI=0.0509574;REFB=-0.00243394;REVB=-0.0495377;RO=65;SAF=8;SAR=3;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297092;STB=0.544483;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0110641;OID=.;OPOS=97873515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:78:65:66:11:12:0.153846:3:8:46:19:4:8:47:19 chr2 97877292 . C A 206.85 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0069416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.785;QD=17.2371;RBI=0.0114488;REFB=0.000531422;REVB=-0.00910432;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159191;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.000938507;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:15:12:9:12:15:12 chr2 97877399 . T C 565.87 PASS AF=0.451128;AO=58;DP=131;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0351676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.01;QD=17.0187;RBI=0.0354255;REFB=-0.0144767;REVB=-0.00426719;RO=71;SAF=34;SAR=24;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372614;STB=0.51984;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0184495;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:71:73:58:60:0.451128:24:34:39:32:25:35:40:33 chr2 97884763 . T C 125.55 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0172012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.623;QD=11.4139;RBI=0.0333214;REFB=-0.0214732;REVB=0.0285383;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160888;STB=0.557299;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0390672;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:29:14:15:0.340909:4:10:17:12:5:10:17:12 chr2 98128172 . C A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0350395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3474;QD=19.3703;RBI=0.0384813;REFB=-0.021119;REVB=-0.0159075;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137869;STB=0.578413;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0145496;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:7:8:6:10:7:8 chr2 98128194 . GGT CAC 203.96 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00124892;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=3;MLLD=167.311;QD=21.4695;RBI=0.00205726;REFB=0.0123943;REVB=-0.00163479;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228507;STB=0.629079;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=-0.0092656;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:8:10:6:14:8:10 chr2 98128256 . C T 181.5 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0411742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.227;QD=24.2005;RBI=0.0421615;REFB=0.00195068;REVB=-0.0090708;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297871;STB=0.666481;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.000711764;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:3:9:6:12:3:9 chr2 98128258 . G C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.024181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.18;QD=24.2041;RBI=0.0268485;REFB=-0.0133048;REVB=0.0116671;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297871;STB=0.666481;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0156236;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:3:9:6:12:3:9 chr2 98128313 . G A 59.63 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00775916;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.656;QD=26.5017;RBI=0.0402742;REFB=0.0341207;REVB=-0.0395197;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223089;STB=0.631145;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0156141;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:1:1:1:6:1:1 chr2 98158418 . G A 151.97 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0364471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9907;QD=13.2145;RBI=0.0365534;REFB=0.00747006;REVB=-0.00278513;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121422;STB=0.584423;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00926183;OID=.;OPOS=98158418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:5:11:17:12:5:12:17:12 chr2 98166021 . T C 1240.82 PASS AF=0.290378;AO=169;DP=579;FAO=169;FDP=582;FR=.;FRO=413;FSAF=99;FSAR=70;FSRF=254;FSRR=159;FWDB=0.0131157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.525;QD=8.52799;RBI=0.0152206;REFB=-0.00892436;REVB=-0.00772315;RO=409;SAF=99;SAR=70;SRF=252;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384676;STB=0.521515;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0209583;OID=.;OPOS=98166021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:579:582:409:413:169:169:0.290378:70:99:252:157:70:99:254:159 chr2 98167835 . T G 724.66 PASS AF=0.411168;AO=79;DP=195;FAO=81;FDP=197;FR=.;FRO=116;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=-0.0265216;FXX=0.0198995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.673;QD=14.7139;RBI=0.0269774;REFB=-0.0230677;REVB=-0.00493788;RO=113;SAF=44;SAR=35;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194822;STB=0.525615;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0304217;OID=.;OPOS=98167835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:113:116:79:81:0.411168:35:44:65:48:37:44:68:48 chr2 98177121 . A G 406.6 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0109818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.84;QD=12.8061;RBI=0.0119855;REFB=-0.00687237;REVB=0.00480135;RO=79;SAF=22;SAR=26;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175907;STB=0.599699;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0120168;OID=.;OPOS=98177121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:79:48:48:0.377953:26:22:49:30:26:22:49:30 chr2 98201561 . T C 490.08 PASS AF=0.466667;AO=39;DP=109;FAO=49;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00704339;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.76;QD=18.6695;RBI=0.00805932;REFB=-0.0284625;REVB=-0.00391706;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323793;STB=0.643696;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0274803;OID=.;OPOS=98201561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:105:40:49:39:49:0.466667:24:15:30:10:32:17:31:18 chr2 98206050 . C T 108.74 PASS AF=0.128866;AO=25;DP=194;FAO=25;FDP=194;FR=.;FRO=169;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=100;FWDB=-0.00252535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.043;QD=2.24203;RBI=0.0203387;REFB=-0.000652321;REVB=0.0201813;RO=169;SAF=17;SAR=8;SRF=69;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333066;STB=0.727244;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0043365;OID=.;OPOS=98206050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:169:169:25:25:0.128866:8:17:69:100:8:17:69:100 chr2 98206060 . C T 169.12 PASS AF=0.160377;AO=34;DP=213;FAO=34;FDP=212;FR=.;FRO=178;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=101;FWDB=-0.00375267;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.584;QD=3.19092;RBI=0.00556348;REFB=0.000509759;REVB=-0.00410729;RO=177;SAF=24;SAR=10;SRF=77;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343426;STB=0.724966;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00506293;OID=.;OPOS=98206060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:177:178:34:34:0.160377:10:24:77:100:10:24:77:101 chr2 98273661 . A G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0231289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.609;QD=5.37729;RBI=0.0254685;REFB=-0.0271516;REVB=-0.0106631;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39289;STB=0.781688;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0646304;OID=.;OPOS=98273661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:6:1:10:14:6:1:11:14 chr2 98274527 . G C 241.55 PASS AF=0.482143;AO=21;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=2;FWDB=-0.0269267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.1345;QD=17.2533;RBI=0.0561871;REFB=-0.0567449;REVB=0.0493147;RO=28;SAF=15;SAR=6;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309973;STB=0.683122;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0560548;OID=.;OPOS=98274527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:21:27:0.482143:6:15:26:2:10:17:27:2 chr2 98543946 . G A 596.04 PASS AF=0.434211;AO=64;DP=150;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0325014;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1066;QD=15.6851;RBI=0.0446902;REFB=-0.018309;REVB=-0.0306736;RO=82;SAF=30;SAR=34;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192192;STB=0.519225;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0218183;OID=.;OPOS=98543946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:82:86:64:66:0.434211:34:30:40:42:36:30:42:44 chr2 98709684 . T C 523.89 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0122011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9652;QD=29.5148;RBI=0.0357787;REFB=0.0194298;REVB=0.033634;RO=24;SAF=33;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849095;STB=0.546187;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0106697;OID=.;OPOS=98709684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:24:47:47:0.661972:14:33:14:10:14:33:14:10 chr2 98795792 . C G 364.36 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00812584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3206;QD=18.4487;RBI=0.0577483;REFB=-0.0200184;REVB=0.0571737;RO=41;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115072;STB=0.564281;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.018028;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:14:24:21:20:14:24:21:20 chr2 98844674 . C G 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2191;QD=62.7606;RBI=0.0356822;REFB=0;REVB=0.0278839;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19535e-05;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr2 98853173 . G A 2034.62 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0547874;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4159;QD=61.6553;RBI=0.0574353;REFB=-0.087843;REVB=0.0172379;RO=1;SAF=66;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714697;STB=0.503759;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000986763;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:132:1:1:131:131:0.992424:65:66:1:0:65:66:1:0 chr2 98928494 . G A 884.47 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0292;QD=57.998;RBI=0.0694173;REFB=0;REVB=0.0390457;RO=0;SAF=50;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910724;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:11:50:0:0:11:50:0:0 chr2 98994641 . G A 1859.36 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.265;QD=61.4665;RBI=0.0335114;REFB=0;REVB=0.0334378;RO=0;SAF=87;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06022e-05;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:34:87:0:0:34:87:0:0 chr2 99149946 . G A 1175.87 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.971;QD=59.5376;RBI=0.0328309;REFB=-0.0390567;REVB=0.00908741;RO=1;SAF=21;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219995;STB=0.511625;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=6.70301e-05;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:56:21:1:0:57:21:1:0 chr2 99172244 . A C,G 264.91 PASS AF=0.190476,0.809524;AO=3,17;DP=20;FAO=4,17;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4,3;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428217,0.0123119;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.569,55.977;QD=50.4587;RBI=0.0522954,0.020807;REFB=0,0;REVB=-0.0300185,-0.0167734;RO=0;SAF=3,3;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.53656e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0804939,0.00261366;OID=.,.;OPOS=99172244,99172244;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:20:21:0:0:3,17:4,17:0.190476,0.809524:0,14:3,3:0:0:0,14:4,3:0:0 chr2 99193496 . C T 2867.3 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.478;QD=62.6731;RBI=0.0884949;REFB=0;REVB=0.022109;RO=0;SAF=76;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206567;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:181:183:1:105:76:0:0:106:77:0:0 chr2 99219071 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.561;QD=55.6561;RBI=0.0710251;REFB=0;REVB=0.0600896;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390696;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr2 99226173 . T A 657.65 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.261;QD=61.1763;RBI=0.0084889;REFB=0;REVB=-0.00757333;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681506;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:13:28:0:0:14:29:0:0 chr2 99279812 . C A 972.57 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2935;QD=58.9434;RBI=0.0707777;REFB=0;REVB=-0.0704705;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433878;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr2 99438345 . C T 299.54 PASS AF=0.351064;AO=20;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=59;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0244216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.378;QD=12.7462;RBI=0.0244271;REFB=-0.0161065;REVB=-0.000518252;RO=49;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215076;STB=0.521755;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0327797;OID=.;OPOS=99438345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:59:20:33:0.351064:15:5:20:29:19:14:27:32 chr2 99438521 . T C 142.84 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00298302;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2262;QD=19.7025;RBI=0.0797938;REFB=-0.0423896;REVB=-0.0797381;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232012;STB=0.642646;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0397911;OID=.;OPOS=99438521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:14:14:14:15:0.517241:3:11:8:6:3:12:8:6 chr2 99804642 . T C 369.69 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0105858;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.896;QD=19.2045;RBI=0.0552306;REFB=-0.000149271;REVB=0.0542067;RO=39;SAF=12;SAR=26;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278696;STB=0.655379;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000752387;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:26:12:24:15:26:12:24:15 chr2 99980763 . GAAAAAG GAAAAGA,GGAAAAG 33.56 PASS AF=0.125,0;AO=7,7;DP=74;FAO=9,0;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0849468,-0.0251959;FXX=0.0769132;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=80.2131,22.4845;QD=1.8646;RBI=0.0902966,0.0277032;REFB=-0.00215894,-0.015984;REVB=-0.030619,-0.0115169;RO=34;SAF=5,7;SAR=2,0;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.386084,0.729906;STB=0.64119,0.5;STBP=0.379,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.221888,0;OID=.,.;OPOS=99980768,99980764;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GAAAAGA,GGAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125,0:7,7:74:9,0:72:63:6,0:3,0:32:31:35:34:5,7:2,0:13:21 chr2 99995804 . T C 368.04 PASS AF=0.385965;AO=43;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0252508;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.243;QD=12.9138;RBI=0.0259609;REFB=-0.0113657;REVB=-0.00603012;RO=69;SAF=26;SAR=17;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199088;STB=0.621867;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0178153;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:43:44:0.385965:17:26:29:40:17:27:29:41 chr2 100019496 . A G 240.74 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.00139475;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.203;QD=16.8938;RBI=0.0278904;REFB=-0.011585;REVB=-0.0278555;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292909;STB=0.652962;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0105536;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:30:30:26:27:0.473684:12:14:25:5:12:15:25:5 chr2 100022420 . A G 514.03 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00731804;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1409;QD=19.3974;RBI=0.0363197;REFB=-0.0233216;REVB=0.0355748;RO=52;SAF=24;SAR=30;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066709;STB=0.536828;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0236364;OID=.;OPOS=100022420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:52:52:54:54:0.509434:30:24:27:25:30:24:27:25 chr2 100022564 . A G 101.42 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0592915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3605;QD=8.63126;RBI=0.0610066;REFB=0.0159271;REVB=0.014364;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168215;STB=0.601859;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0363146;OID=.;OPOS=100022564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:7:6:11:23:7:6:11:23 chr2 100029254 . C T 235.55 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.011239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9194;QD=11.6323;RBI=0.0206632;REFB=-0.0126711;REVB=-0.0173393;RO=48;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638837;STB=0.54797;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0200421;OID=.;OPOS=100029254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:52:29:29:0.358025:15:14:26:22:15:14:29:23 chr2 100055506 . A G 258.04 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0336474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.551;QD=17.4941;RBI=0.0343191;REFB=-0.0320412;REVB=-0.00675668;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584039;STB=0.542758;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0311521;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:28:29:0.491525:11:17:20:10:12:17:20:10 chr2 100058870 . C T 504.77 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00835643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9029;QD=16.1525;RBI=0.032777;REFB=0.014299;REVB=-0.0316939;RO=70;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660472;STB=0.503691;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0311288;OID=.;OPOS=100058870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:24:31:39:31:24:31:39:31 chr2 100343557 . C T 769.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.644;QD=56.9697;RBI=0.0400326;REFB=0;REVB=0.039505;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119244;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr2 100897573 . G A 1142.94 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188562;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.992;QD=59.3737;RBI=0.0246781;REFB=-0.0151421;REVB=0.0159202;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129584;STB=0.506327;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000230927;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:73:76:0.987013:36:37:0:1:39:37:0:1 chr2 100915772 . A G 746.68 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8333;QD=63.5475;RBI=0.0455405;REFB=0;REVB=-0.0177257;RO=0;SAF=5;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302622;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:42:5:0:0:42:5:0:0 chr2 100916306 . A G 1502.3 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00405909;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.181;QD=62.5956;RBI=0.0133717;REFB=0.0835684;REVB=-0.0127407;RO=1;SAF=64;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735249;STB=0.503875;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=4.76747e-05;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:96:1:1:95:95:0.989583:31:64:1:0:31:64:1:0 chr2 100916315 . A G 1399.92 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137761;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.657;QD=62.2185;RBI=0.0667819;REFB=0;REVB=0.0653455;RO=0;SAF=64;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430333;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:86:90:1:22:64:0:0:24:66:0:0 chr2 100917109 . C T 3001.73 PASS AF=0.961905;AO=202;DP=210;FAO=202;FDP=210;FR=.;FRO=8;FSAF=116;FSAR=86;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00405089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.698;QD=57.1759;RBI=0.0123867;REFB=-0.0869799;REVB=0.0117056;RO=6;SAF=116;SAR=86;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519208;STB=0.506859;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00126614;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:210:210:6:8:202:202:0.961905:86:116:4:2:86:116:6:2 chr2 101010082 . G C 1829.18 PASS AF=0.98374;AO=119;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00235158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.913;QD=59.4854;RBI=0.0100052;REFB=-0.0202159;REVB=0.0097249;RO=1;SAF=79;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117256;STB=0.502737;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=3.38604e-05;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:1:2:119:121:0.98374:40:79:0:1:42:79:1:1 chr2 101031561 . G T 1376.67 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.187;QD=62.5759;RBI=0.0276037;REFB=0;REVB=0.0267686;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012854;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr2 101086966 . C T 397.65 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.00501248;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3278;QD=17.6735;RBI=0.0923153;REFB=-0.0084938;REVB=0.0921791;RO=49;SAF=28;SAR=13;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10925;STB=0.560756;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0121317;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:13:28:38:11:13:28:38:11 chr2 101096960 . C T 1586.45 PASS AF=0.990741;AO=104;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000866947;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.491;QD=58.7575;RBI=0.0582961;REFB=-0.126999;REVB=0.0582897;RO=1;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855017;STB=0.504424;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000340119;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:108:1:1:104:107:0.990741:55:49:0:1:56:51:0:1 chr2 101186088 . C T 625.25 PASS AF=0.520661;AO=61;DP=118;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0495703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.284;QD=20.6695;RBI=0.051784;REFB=0.000115735;REVB=0.0149789;RO=57;SAF=18;SAR=43;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157086;STB=0.577238;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.000352405;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:57:58:61:63:0.520661:43:18:26:31:43:20:27:31 chr2 101192883 . G A 136.63 PASS AF=0.170068;AO=25;DP=148;FAO=25;FDP=147;FR=.;FRO=122;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.042526;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.085;QD=3.71784;RBI=0.0438342;REFB=-0.00189029;REVB=0.0106289;RO=122;SAF=12;SAR=13;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163725;STB=0.503814;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00919818;OID=.;OPOS=101192883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:122:122:25:25:0.170068:13:12:57:65:13:12:58:64 chr2 101591304 . A G 1517.64 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8691;QD=62.5832;RBI=0.0475591;REFB=-0.0829824;REVB=0.00559817;RO=1;SAF=45;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020913;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:97:1:0:96:97:1:51:45:1:0:51:46:0:0 chr2 101606798 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.102995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3854;QD=14.6969;RBI=0.103749;REFB=0.0186004;REVB=0.0124842;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395583;STB=0.522705;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0226278;OID=.;OPOS=101606798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:14:16:12:9:14:16 chr2 101609827 . C T 1050.91 PASS AF=0.448413;AO=113;DP=253;FAO=113;FDP=252;FR=.;FRO=139;FSAF=70;FSAR=43;FSRF=74;FSRR=65;FWDB=0.00355831;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.935;QD=16.6811;RBI=0.0107616;REFB=-0.00866505;REVB=-0.0101563;RO=135;SAF=70;SAR=43;SRF=70;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102294;STB=0.549729;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00934924;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:135:139:113:113:0.448413:43:70:70:65:43:70:74:65 chr2 101612568 . C T 155.0 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0195308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.236;QD=22.9625;RBI=0.0268866;REFB=-0.0053308;REVB=-0.0184781;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20758;STB=0.616296;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00109627;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:8:3:9:7:8:3 chr2 101612615 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0216792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.937;QD=13.9591;RBI=0.039578;REFB=-0.0172435;REVB=-0.0331123;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.574264;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0224419;OID=.;OPOS=101612615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:5:2:3:4:5:2 chr2 101624471 . T C 109.04 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0127043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.927;QD=16.1534;RBI=0.0473615;REFB=-0.0274683;REVB=-0.0456258;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270556;STB=0.629024;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0286558;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:7:5:10:4:7:6:10:4 chr2 101638888 . A G 481.9 PASS AF=0.5;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.00858938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.501;QD=20.5062;RBI=0.00877972;REFB=-0.0111622;REVB=0.00181822;RO=47;SAF=25;SAR=21;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18917;STB=0.608252;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00830985;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:46:47:0.5:21:25:35:12:22:25:35:12 chr2 101644855 . G A 174.91 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00700819;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.569;QD=19.9892;RBI=0.00702612;REFB=-0.0174597;REVB=0.000501763;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122757;STB=0.569501;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0185242;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:8:9:7:11:8:9 chr2 101644858 . C T 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0414695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.692;QD=15.1643;RBI=0.0414752;REFB=-0.0163961;REVB=-0.000685637;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243281;STB=0.640267;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0053576;OID=.;OPOS=101644858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:13:7:9:6:13:7 chr2 101654015 . G A 549.66 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=91;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.022782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.392;QD=23.8982;RBI=0.024781;REFB=-0.0157492;REVB=0.00975086;RO=40;SAF=31;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199314;STB=0.617185;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0116835;OID=.;OPOS=101654015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:40:41:50:51:0.554348:19:31:15:25:19:32:15:26 chr2 101656726 . T C 960.52 PASS AF=0.461187;AO=101;DP=220;FAO=101;FDP=219;FR=.;FRO=118;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=-0.00307642;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.678;QD=17.5437;RBI=0.0222952;REFB=-0.0166214;REVB=-0.0220819;RO=117;SAF=61;SAR=40;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315057;STB=0.520191;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.015923;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:117:118:101:101:0.461187:40:61:67:50:40:61:67:51 chr2 101869588 . G T 188.53 PASS AF=0.615385;AO=10;DP=36;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.00262794;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.982;QD=19.3363;RBI=0.077475;REFB=-0.0155823;REVB=0.0774304;RO=4;SAF=10;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666553;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0166484;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:4:15:10:24:0.615385:0:10:4:0:9:15:15:0 chr2 101898412 . G C 955.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.13;QD=58.7809;RBI=0.0522841;REFB=0;REVB=-0.0146124;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19975e-05;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:30:35:0:0 chr2 102019058 . T C 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00711462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.185;QD=14.8588;RBI=0.0255298;REFB=-0.00992452;REVB=0.0245184;RO=44;SAF=10;SAR=23;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377855;STB=0.702168;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00781772;OID=.;OPOS=102019058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:46:33:33:0.417722:23:10:30:14:23:10:30:16 chr2 102038849 . T A 1093.46 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163825;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.18;QD=59.9154;RBI=0.0831562;REFB=0;REVB=0.0815265;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490346;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:27:44:0:0:28:45:0:0 chr2 102038936 . T G 308.72 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.014016;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.942;QD=15.0595;RBI=0.0142012;REFB=-0.00022688;REVB=-0.00228594;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827146;STB=0.502182;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.000659312;OID=.;OPOS=102038936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:82:37:48:34:34:0.414634:15:19:21:16:15:19:27:21 chr2 102067083 . T C 2382.19 PASS AF=0.981595;AO=159;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0217537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.26;QD=58.4587;RBI=0.0217538;REFB=-0.176328;REVB=6.4943e-05;RO=4;SAF=69;SAR=90;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206731;STB=0.508107;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000882543;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:163:163:4:3:159:160:0.981595:90:69:0:4:91:69:0:3 chr2 102957716 . C T 838.33 PASS AF=0.5;AO=85;DP=170;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.00452605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.356;QD=19.7254;RBI=0.00510489;REFB=-0.0135167;REVB=-0.00236109;RO=85;SAF=44;SAR=41;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536556;STB=0.529503;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0138634;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:85:85:85:85:0.5:41:44:49:36:41:44:49:36 chr2 102959796 . A T 1020.62 PASS AF=0.5;AO=92;DP=202;FAO=106;FDP=212;FR=.;FRO=106;FSAF=77;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=39;FWDB=-0.00365755;FXX=0.0185177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.896;QD=19.2569;RBI=0.0188952;REFB=-0.00974557;REVB=0.0185378;RO=106;SAF=69;SAR=23;SRF=68;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1292;STB=0.5563;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0109737;OID=.;OPOS=102959796;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:212:106:106:92:106:0.5:23:69:68:38:29:77:67:39 chr2 103001402 . C T 242.81 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.033808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.47;QD=23.1242;RBI=0.0351857;REFB=-0.0244592;REVB=-0.00974954;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900794;STB=0.530759;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0263912;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:15:19:22:23:0.547619:12:10:5:10:13:10:7:12 chr2 103149100 . G A 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00987304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.447;QD=13.9652;RBI=0.0103917;REFB=-0.0146396;REVB=0.00324209;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111124;STB=0.506325;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0201341;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:23:21:14:16:23:21 chr2 103334969 . G A 700.05 PASS AF=0.390476;AO=81;DP=211;FAO=82;FDP=210;FR=.;FRO=128;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=75;FSRR=53;FWDB=-0.0133148;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0672;QD=13.3343;RBI=0.0216541;REFB=-0.0171033;REVB=0.0170768;RO=125;SAF=58;SAR=23;SRF=73;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160421;STB=0.592628;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0275086;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:125:128:81:82:0.390476:23:58:73:52:23:59:75:53 chr2 103431404 . T C 2201.96 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0685702;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7687;QD=59.1129;RBI=0.0798778;REFB=-0.00114873;REVB=0.0409706;RO=0;SAF=65;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00316e-08;STB=0.507575;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00105318;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:149:0:2:146:147:0.986577:81:65:0:0:82:65:2:0 chr2 104995800 . C T 648.76 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.0289466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.203;QD=18.536;RBI=0.0291216;REFB=-0.0155296;REVB=-0.0031877;RO=74;SAF=44;SAR=22;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473981;STB=0.526308;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0145426;OID=.;OPOS=104995800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:22:44:46:28:22:44:46:28 chr2 105665808 . C T 419.47 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0526875;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.432;QD=22.674;RBI=0.0553211;REFB=-0.0142386;REVB=-0.0168659;RO=33;SAF=11;SAR=30;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351154;STB=0.519364;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0102557;OID=.;OPOS=105665808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:30:11:10:23:30:11:10:23 chr2 105705507 . C T 139.29 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=50;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00341361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8747;QD=10.3176;RBI=0.125862;REFB=-0.0484387;REVB=0.125816;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349378;STB=0.592493;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0991896;OID=.;OPOS=105705507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:35:36:15:18:0.333333:6:9:22:13:9:9:23:13 chr2 105707766 . G A 442.45 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00541238;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4239;QD=16.2367;RBI=0.00813702;REFB=-0.0138036;REVB=0.00607596;RO=60;SAF=29;SAR=19;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660032;STB=0.531987;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0187355;OID=.;OPOS=105707766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:48:49:0.449541:19:29:40:20:19:30:40:20 chr2 105709023 . T C 1328.15 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310827;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5605;QD=61.0642;RBI=0.0433433;REFB=-0.128269;REVB=0.0302078;RO=1;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141395;STB=0.507461;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000881257;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:33:53:0:1:33:53:0:1 chr2 105713697 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00698795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.123;QD=12.6194;RBI=0.0155401;REFB=-0.0130535;REVB=-0.0138803;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136208;STB=0.530839;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0181254;OID=.;OPOS=105713697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:38:23:24:0.387097:15:8:8:26:16:8:11:27 chr2 105883624 . TTTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA T 50.0 PASS AO=49;DP=116;LEN=28;RO=67;SAF=31;SAR=31;SRF=31;SRR=23;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=105883625;OREF=TTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:116:67:49:31:31:31:23 chr2 105883657 . A T 32.46 PASS AF=0.1;AO=6;DP=69;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0203631;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.494;QD=1.85499;RBI=0.0209527;REFB=-0.00083489;REVB=-0.00493546;RO=63;SAF=0;SAR=6;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527716;STB=0.745126;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.029532;OID=.;OPOS=105883657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:69:70:63:63:6:7:0.1:6:0:22:41:6:1:22:41 chr2 105915128 . G A 1176.43 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00959038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7019;QD=58.0953;RBI=0.0502324;REFB=-0.163733;REVB=0.0493084;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.511361;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00387746;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:1:2:79:79:0.975309:43:36:0:1:43:36:0:2 chr2 105924510 . A G 1572.91 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.973;QD=59.9203;RBI=0.118035;REFB=0;REVB=-0.11803;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256182;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:42:62:0:0:43:62:0:0 chr2 105953938 . G GC 1338.27 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=94;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183642;FXX=0.0222198;HRUN=0;LEN=1;MLLD=154.24;QD=60.8306;RBI=0.0366015;REFB=-0.0389455;REVB=0.0316611;RO=7;SAF=53;SAR=32;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139463;STB=0.507461;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=0.000126404;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988636:85:94:87:88:1:54:33:0:1:4:7:53:32:5:2 chr2 106510455 . GCACACACACACACACACACACTA GCACACACACACACACAC,GCACACACACACACACACACACAC,GCACACACACACACACACACACACTA,GCACACACACACACACACTA 1645.69 PASS AF=0.638655,0.0252101,0.336134,0;AO=51,7,28,18;DP=136;FAO=76,3,40,0;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0,21,0;FSAR=38,3,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432853,0.0629162,0.062595,0.00711433;FXX=0.070307;HRUN=1,1,0,1;LEN=6,2,2,4;MLLD=253.291,51.6083,48.5602,125.826;QD=55.3175;RBI=0.0754663,0.104438,0.066476,0.00925387;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0618186,0.0833597,0.0223812,-0.00591781;RO=2;SAF=32,3,14,8;SAR=19,4,14,10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.00965178,-0.0278747,0,-0.0102827;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,ins,del;VARB=0.0161219,0.0916933,0.136637,0;OID=.,.,.,.;OPOS=106510473,106510477,106510456,106510456;OREF=ACACTA,TA,-,CACA;OALT=-,AC,CA,-;OMAPALT=GCACACACACACACACAC,GCACACACACACACACACACACAC,GCACACACACACACACACACACACTA,GCACACACACACACACACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.638655,0.0252101,0.336134,0:51,7,28,18:136:76,3,40,0:119:0:38,0,21,0:38,3,19,0:0:0:99:2:32,3,14,8:19,4,14,10:1:1 chr2 106710108 . C T 1273.04 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.626;QD=60.6212;RBI=0.0310107;REFB=0;REVB=0.0275555;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50654e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:38:45:0:0:38:46:0:0 chr2 106742139 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.103;QD=54.5176;RBI=0.0427592;REFB=0;REVB=0.0211864;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403022;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr2 107073469 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4796;QD=43.486;RBI=0.00602845;REFB=0;REVB=0.00503041;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57102e-05;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr2 107073501 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.708;QD=42.1826;RBI=0.0605183;REFB=0;REVB=-0.00576542;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064761;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 107084739 . A G 543.29 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.00202725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.608;QD=18.4166;RBI=0.0222909;REFB=-0.0317264;REVB=0.0221986;RO=61;SAF=27;SAR=30;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169036;STB=0.593414;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0318599;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:30:27:40:21:30:27:40:21 chr2 107107511 . C T 196.9 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=0.00222921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.344;QD=12.9113;RBI=0.0230453;REFB=-0.00324813;REVB=-0.0229373;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364491;STB=0.703988;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0035529;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:5:32:13:11:5:32 chr2 107107567 . G C 676.53 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00197727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3031;QD=60.1361;RBI=0.0451055;REFB=-0.00431502;REVB=-0.0450621;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000392096;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chr2 108507143 . C CT,T 49.2 PASS AF=0.25,0.125;AO=4,4;DP=31;FAO=8,4;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6,4;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0398741,-0.00678826;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=7.64012,271.129;QD=6.15006;RBI=0.0398905,0.0116613;REFB=-0.186733,-0.0110701;REVB=-0.00114092,0.0094819;RO=22;SAF=3,4;SAR=1,0;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199848,0.61016;STB=0.624665,0.996679;STBP=0.478,0.082;TYPE=ins,snp;VARB=0.124221,0.0498393;OID=.,.;OPOS=108507144,108507143;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:32:22:20:4,4:8,4:0.25,0.125:1,0:3,4:13:9:2,0:6,4:12:8 chr2 108863767 . A C 1586.43 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01962;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9232;QD=59.8654;RBI=0.019645;REFB=0;REVB=0.000992448;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129629;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:107:106:1:45:62:0:0:44:62:0:0 chr2 108875198 . G A 379.89 PASS AF=0.326389;AO=47;DP=140;FAO=47;FDP=144;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=0.0071285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.352;QD=10.5524;RBI=0.0186228;REFB=-0.00716595;REVB=-0.0172045;RO=93;SAF=26;SAR=21;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448303;STB=0.50943;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0137151;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:93:97:47:47:0.326389:21:26:55:38:21:26:55:42 chr2 108875244 . T C 367.03 PASS AF=0.319444;AO=46;DP=142;FAO=46;FDP=144;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=-0.0148369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.603;QD=10.1954;RBI=0.0193562;REFB=-0.00744919;REVB=0.012431;RO=96;SAF=23;SAR=23;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121952;STB=0.569415;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0181487;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:96:98:46:46:0.319444:23:23:58:38:23:23:59:39 chr2 108875471 . G T 780.5 PASS AF=0.423469;AO=83;DP=196;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=-0.0256664;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0961;QD=15.9286;RBI=0.068165;REFB=0.00155069;REVB=-0.0631482;RO=113;SAF=51;SAR=32;SRF=48;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196179;STB=0.609585;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00220226;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:113:113:83:83:0.423469:32:51:48:65:32:51:48:65 chr2 108877062 . T A 583.5 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.00424777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.435;QD=16.0965;RBI=0.0184005;REFB=-0.004099;REVB=-0.0179035;RO=83;SAF=45;SAR=17;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159031;STB=0.589489;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00567217;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:83:62:62:0.427586:17:45:49:34:17:45:49:34 chr2 109099572 . C G 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307475;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.777;QD=56.2293;RBI=0.00316608;REFB=0;REVB=0.000754949;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62303e-06;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr2 109106381 . A G 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000346678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.421;QD=59.7164;RBI=0.0053207;REFB=-0.00240153;REVB=-0.00530939;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=1.68018e-05;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:38:40:1:0:39:40:1:0 chr2 109371654 . G A 247.51 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0164672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.381;QD=11.512;RBI=0.0238832;REFB=-0.0160509;REVB=-0.0172985;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108261;STB=0.556377;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0156168;OID=.;OPOS=109371654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:56:30:30:0.348837:14:16:24:31:14:16:25:31 chr2 109389463 . G A 1179.26 PASS AF=0.952381;AO=81;DP=83;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00448947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0761;QD=56.155;RBI=0.00784145;REFB=-0.0157503;REVB=-0.00642907;RO=2;SAF=41;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022536;STB=0.500595;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00696862;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:84:2:4:81:80:0.952381:40:41:2:0:39:41:2:2 chr2 109429146 . T A 784.73 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035431;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2394;QD=64.06;RBI=0.0494883;REFB=0;REVB=-0.0345505;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00071656;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr2 109510937 . G A 2380.49 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1012;QD=63.9057;RBI=0.00623663;REFB=0;REVB=-0.00411162;RO=0;SAF=54;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40246e-05;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:94:54:0:0:94:55:0:0 chr2 109512234 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.347;QD=51.1802;RBI=0.111423;REFB=0;REVB=-0.111306;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491763;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 109513601 . A G 2235.89 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.939;QD=63.4295;RBI=0.0315705;REFB=0;REVB=0.0315211;RO=0;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.953e-05;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:68:72:0:0:68:73:0:0 chr2 109513654 . G A 1661.25 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000782364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.94;QD=59.3304;RBI=0.0259465;REFB=-0.12351;REVB=0.0259347;RO=1;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840273;STB=0.504424;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00106696;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:56:55:0:1:56:55:0:1 chr2 109526969 . G A 1489.8 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0327598;FXX=0.029997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.42;QD=61.4351;RBI=0.0343444;REFB=0.152386;REVB=0.0103119;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206026;STB=0.510414;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.002789;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:2:2:93:95:0.979381:45:48:0:2:47:48:0:2 chr2 109527373 . A G 785.04 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0965;QD=64.0852;RBI=0.0427237;REFB=0;REVB=0.0385647;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126181;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr2 109745176 . G A 1053.17 PASS AF=0.925;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0231555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.767;QD=52.6583;RBI=0.0268827;REFB=-0.0261628;REVB=0.0136565;RO=6;SAF=36;SAR=38;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725806;STB=0.538451;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000581487;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:80:80:6:6:74:74:0.925:38:36:6:0:38:36:6:0 chr2 110373197 . G A 444.39 PASS AF=0.453782;AO=43;DP=107;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0162548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9851;QD=14.9374;RBI=0.0640704;REFB=-0.0441544;REVB=-0.0619742;RO=64;SAF=27;SAR=16;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722861;STB=0.504503;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0637525;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:119:64:65:43:54:0.453782:16:27:36:28:22:32:38:27 chr2 110373938 . T G 294.49 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0222375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.527;QD=28.047;RBI=0.0333352;REFB=-0.0293863;REVB=0.024834;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342074;STB=0.518854;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0138193;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:15:11:6:10:15:11:6:10 chr2 110374215 . T C 184.79 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0559175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.168;QD=18.953;RBI=0.110748;REFB=0.0226987;REVB=0.0955943;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292454;STB=0.643282;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0181781;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:6:12:7:13:7:12:7:13 chr2 110375025 . C T 296.35 PASS AF=0.452055;AO=31;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00343248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9;QD=16.2383;RBI=0.0221472;REFB=-0.00769806;REVB=-0.0218796;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109642;STB=0.574247;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00389585;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:40:31:33:0.452055:14:17:25:13:16:17:26:14 chr2 110827570 . G C 209.91 PASS AF=0.36;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0357266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8362;QD=11.1951;RBI=0.0391142;REFB=-0.00354011;REVB=0.0159226;RO=49;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168447;STB=0.613953;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00992362;OID=.;OPOS=110827570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:48:26:27:0.36:14:12:30:19:15:12:30:18 chr2 110855123 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.393;QD=56.9569;RBI=0.0165971;REFB=0;REVB=0.00391642;RO=0;SAF=50;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14963e-05;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:2:50:0:0:2:50:0:0 chr2 110922703 . C T 394.48 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00334221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.919;QD=19.9735;RBI=0.0137275;REFB=-0.0482901;REVB=-0.0133144;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023126;STB=0.506326;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0440437;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:39:40:40:0.506329:20:20:20:18:20:20:20:19 chr2 111425237 . G C 425.49 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=110;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.00124237;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7156;QD=15.7589;RBI=0.0224751;REFB=-0.000113673;REVB=0.0224408;RO=60;SAF=30;SAR=17;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127354;STB=0.502533;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00113494;OID=.;OPOS=111425237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:60:60:47:48:0.444444:17:30:39:21:17:31:39:21 chr2 111850515 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.387;QD=62.9829;RBI=0.0573367;REFB=0;REVB=-0.0573193;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170474;OID=.;OPOS=111850515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr2 111907691 . T C 597.13 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00399793;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9676;QD=17.8247;RBI=0.0411213;REFB=-0.00545323;REVB=-0.0409265;RO=71;SAF=39;SAR=23;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121061;STB=0.564069;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00479138;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:71:72:62:62:0.462687:23:39:36:35:23:39:37:35 chr2 111908262 . G A 667.41 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0233231;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.214;QD=20.6949;RBI=0.0234219;REFB=-0.0106819;REVB=0.00214948;RO=62;SAF=33;SAR=33;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852569;STB=0.542623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0116981;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:62:63:66:66:0.511628:33:33:37:25:33:33:37:26 chr2 112524547 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00707233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.595;QD=6.9292;RBI=0.0488017;REFB=-0.00794733;REVB=0.0482865;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619041;STB=0.889351;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00736989;OID=.;OPOS=112524547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:5:1:11:3:5:1:12:3 chr2 112605302 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.584;QD=51.1846;RBI=0.0325283;REFB=0;REVB=0.0163098;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128331;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr2 112608423 . C T 42.8 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0438963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.571;QD=5.18844;RBI=0.0464109;REFB=-0.00062823;REVB=-0.0150695;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348364;STB=0.504412;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.000996616;OID=.;OPOS=112608423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:25:26:7:7:0.212121:4:3:10:15:4:3:11:15 chr2 112615933 . T C 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0389119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1811;QD=3.06115;RBI=0.040627;REFB=0.00484719;REVB=0.0116797;RO=61;SAF=3;SAR=8;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38253;STB=0.757844;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0280024;OID=.;OPOS=112615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:61:63:11:11:0.148649:8:3:36:25:8:3:37:26 chr2 112687947 . G A 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00978862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.931;QD=16.6319;RBI=0.0179007;REFB=-0.0168704;REVB=-0.0149873;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693838;STB=0.538984;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0148278;OID=.;OPOS=112687947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:15:19:20:21:15:19:20:21 chr2 112751928 . G A 357.2 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=83;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00211365;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.31;QD=16.8096;RBI=0.027657;REFB=-0.0121324;REVB=0.0275761;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229749;STB=0.624937;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0139303;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:47:47:36:38:0.447059:19:17:33:14:20:18:33:14 chr2 112754828 . G T 275.65 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00610834;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.68;QD=12.8211;RBI=0.017284;REFB=-0.0093811;REVB=-0.0161686;RO=54;SAF=21;SAR=11;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356074;STB=0.533697;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0156839;OID=.;OPOS=112754828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:54:54:32:32:0.372093:11:21:37:17:11:21:38:16 chr2 112755001 . A G 132.53 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0120372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.088;QD=16.064;RBI=0.0130407;REFB=-0.0121315;REVB=0.00501653;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545398;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00994852;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:14:17:14:16:0.484848:8:6:6:8:8:8:7:10 chr2 112765973 . A G 236.48 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.000596549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4058;QD=13.5134;RBI=0.011653;REFB=-0.000561446;REVB=0.0116377;RO=42;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172437;STB=0.59884;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000896573;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:19:9:20:22:19:9:20:22 chr2 112832535 . CAAT C 165.74 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=95;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00525899;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=291.057;QD=6.90566;RBI=0.00681828;REFB=-0.00886583;REVB=0.00433958;RO=61;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009066;STB=0.51041;STBP=0.878;TYPE=del;VARB=0.0194755;OID=.;OPOS=112832536;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:31:95:32:96:64:16:16:33:31:99:61:16:15:31:30 chr2 112922603 . C T 252.82 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0403856;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.2039;QD=19.829;RBI=0.0407309;REFB=-0.0397568;REVB=-0.00529243;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225993;STB=0.503244;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0168463;OID=.;OPOS=112922603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:17:22:17:27:0.529412:7:10:14:3:10:17:14:8 chr2 113289032 . A G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0137078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4576;QD=15.0175;RBI=0.0179717;REFB=0.0122857;REVB=-0.0116223;RO=40;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997944;STB=0.556662;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0144621;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:20:10:17:23:20:10:17:23 chr2 113300001 . TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 62.92 PASS AF=0.242424;AO=15;DP=69;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0156827;FXX=0.043472;HRUN=2;LEN=25;MLLD=355.14;QD=3.81347;RBI=0.0157914;REFB=-0.00914918;REVB=-0.00184966;RO=44;SAF=12;SAR=3;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493669;STB=0.560264;STBP=0.674;TYPE=del;VARB=0.0393977;OID=.;OPOS=113300002;OREF=TCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:15:69:16:66:50:13:3:38:12:62:44:12:3:34:10 chr2 113308516 . T A 471.84 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00390365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7559;QD=20.9708;RBI=0.0412826;REFB=-0.00352325;REVB=0.0410976;RO=43;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069732;STB=0.532804;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00552917;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:46:46:0.511111:22:24:19:24:22:24:20:24 chr2 113309473 . C T 249.91 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.032874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.338;QD=16.6604;RBI=0.032929;REFB=-0.014794;REVB=0.00190196;RO=32;SAF=7;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285127;STB=0.64092;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00973823;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:20:7:17:15:20:8:17:15 chr2 113332421 . T C 155.4 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00847119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.698;QD=15.1607;RBI=0.0414137;REFB=-0.00968476;REVB=0.040538;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194869;STB=0.612768;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0136842;OID=.;OPOS=113332421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:13:11:11:6:13:11 chr2 113344047 . T C 410.9 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.353;QD=56.676;RBI=0.0350974;REFB=0;REVB=-0.0350974;RO=0;SAF=0;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443035;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:29:0:0:0:29:0:0:0 chr2 113346413 . C G 450.06 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0294584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.596;QD=20.4571;RBI=0.0295201;REFB=-0.00268382;REVB=-0.00190741;RO=43;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00875884;STB=0.501812;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00255304;OID=.;OPOS=113346413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:43:44:45:0.511364:18:26:25:18:19:26:25:18 chr2 113404708 . G A 146.62 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0112597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.636;QD=10.4729;RBI=0.0488102;REFB=0.0137406;REVB=0.0474937;RO=37;SAF=16;SAR=3;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300566;STB=0.680631;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0160039;OID=.;OPOS=113404708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:3:16:24:13:3:16:24:13 chr2 113479614 . G A 263.69 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00184649;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.8;QD=14.6495;RBI=0.0445308;REFB=-0.041942;REVB=0.0444925;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268955;STB=0.527759;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0467912;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:42:30:30:0.416667:15:15:19:17:15:15:23:19 chr2 113482779 . A C 708.44 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.927;QD=62.9723;RBI=0.0643353;REFB=0;REVB=-0.0642807;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172811;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr2 113483863 . A G 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.013381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8539;QD=12.7391;RBI=0.0149678;REFB=-0.0179377;REVB=-0.00670703;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165192;OID=.;OPOS=113483863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:5:5:4:4:5:5 chr2 113484319 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.085;QD=57.2026;RBI=0.0326217;REFB=0;REVB=0.0171495;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3908e-05;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr2 113498566 . A G 545.81 PASS AF=0.536842;AO=50;DP=94;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0943041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.128;QD=22.9816;RBI=0.0946067;REFB=-0.01513;REVB=0.00756077;RO=44;SAF=16;SAR=34;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182937;STB=0.592555;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0159328;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:44:44:50:51:0.536842:34:16:23:21:34:17:23:21 chr2 113513825 . T C 1738.2 PASS AF=0.991453;AO=112;DP=113;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00267799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7422;QD=59.4257;RBI=0.0589414;REFB=-0.0700844;REVB=0.0588805;RO=0;SAF=72;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64229e-08;STB=0.503355;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00102232;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:117:0:1:112:116:0.991453:40:72:0:0:42:74:1:0 chr2 113671378 . G T 789.82 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0238487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1702;QD=51.7912;RBI=0.0297998;REFB=-0.0304396;REVB=0.0178681;RO=3;SAF=33;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848441;STB=0.504903;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0268983;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:57:58:0.95082:24:33:2:1:25:33:2:1 chr2 113671410 . A G 753.65 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3281;QD=61.5227;RBI=0.0515835;REFB=-0.134439;REVB=0.0185769;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00140828;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr2 113763575 . A G 1482.96 PASS AF=1;AO=77;DP=107;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319686;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.049;QD=57.5907;RBI=0.075146;REFB=0;REVB=0.0680069;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114103;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:107:103:0:0:77:103:1:29:48:0:0:45:58:0:0 chr2 113789316 . C T 905.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276182;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.478;QD=58.4377;RBI=0.027686;REFB=0;REVB=0.00193671;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013426;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr2 113831945 . T C 557.62 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114228;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.924;QD=58.6969;RBI=0.022132;REFB=0;REVB=0.0189563;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48512e-05;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:38:1:0:37:38:1:17:20:1:0:17:21:0:0 chr2 113832312 . T C 503.97 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=0.00532667;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3265;QD=17.3783;RBI=0.0280093;REFB=-0.00790688;REVB=-0.0274981;RO=62;SAF=33;SAR=21;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119886;STB=0.566367;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00709184;OID=.;OPOS=113832312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:62:62:54:54:0.465517:21:33:45:17:21:33:45:17 chr2 113832333 . C A 1698.56 PASS AF=0.983193;AO=111;DP=113;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0249285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.869;QD=57.0944;RBI=0.0372558;REFB=-0.133724;REVB=0.0276869;RO=2;SAF=73;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243273;STB=0.512818;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0016956;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:119:2:2:111:117:0.983193:38:73:0:2:38:79:0:2 chr2 113875565 . A G 333.29 PASS AF=0.278107;AO=47;DP=169;FAO=47;FDP=169;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=-0.0161084;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.196;QD=7.88844;RBI=0.0335774;REFB=-0.00911408;REVB=-0.0294612;RO=122;SAF=30;SAR=17;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113266;STB=0.567049;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0216694;OID=.;OPOS=113875565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:122:122:47:47:0.278107:17:30:67:55:17:30:67:55 chr2 113875584 . G C 389.65 PASS AF=0.294444;AO=53;DP=181;FAO=53;FDP=180;FR=.;FRO=127;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=72;FSRR=55;FWDB=-0.0505211;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.547;QD=8.65888;RBI=0.0507344;REFB=0.00440924;REVB=0.00464662;RO=127;SAF=34;SAR=19;SRF=72;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944603;STB=0.555387;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0116776;OID=.;OPOS=113875584;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:127:127:53:53:0.294444:19:34:72:55:19:34:72:55 chr2 113875631 . T C 288.7 PASS AF=0.271605;AO=30;DP=160;FAO=44;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.00506582;FXX=0.00613459;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.5242;QD=7.12838;RBI=0.152309;REFB=0.0182766;REVB=-0.152224;RO=76;SAF=21;SAR=9;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127088;STB=0.583295;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0579833;OID=.;OPOS=113875631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:76:118:30:44:0.271605:9:21:46:30:16:28:62:56 chr2 113877713 . A C 285.1 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0440422;FXX=0.0714201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0017;QD=14.6203;RBI=0.0474016;REFB=-0.00994003;REVB=0.017527;RO=43;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247773;STB=0.608374;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00943067;OID=.;OPOS=113877713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:43:46:31:32:0.410256:10:21:19:24:11:21:22:24 chr2 113887207 . T C 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0647674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.064;QD=12.5642;RBI=0.0680484;REFB=-0.00115661;REVB=0.020875;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141624;STB=0.581025;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0017592;OID=.;OPOS=113887207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:14:14:29:17:14:14:29:17 chr2 113890304 . T C 329.49 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00790595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.354;QD=12.4336;RBI=0.0313687;REFB=-0.0110166;REVB=-0.0303561;RO=66;SAF=25;SAR=15;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123163;STB=0.570353;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.014141;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:15:25:34:32:15:25:34:32 chr2 113955074 . G A 331.26 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0285666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.252;QD=13.9476;RBI=0.0353106;REFB=-0.0276646;REVB=-0.0207553;RO=58;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448332;STB=0.517509;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0421595;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:58:58:36:37:0.389474:19:17:25:33:20:17:25:33 chr2 113956371 . G C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0211888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.861;QD=17.1002;RBI=0.0438527;REFB=-0.0408625;REVB=-0.0383939;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390763;STB=0.729344;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0398754;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:2:12:8:7:2:12:8:7 chr2 113975066 . T G 285.04 PASS AF=0.563636;AO=22;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0483327;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.5867;QD=20.7304;RBI=0.0587313;REFB=-0.0352108;REVB=-0.0333664;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812719;STB=0.507038;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0306097;OID=.;OPOS=113975066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:18:24:22:31:0.563636:10:12:8:10:15:16:12:12 chr2 114220055 . T C 1045.17 PASS AF=0.412811;AO=111;DP=275;FAO=116;FDP=281;FR=.;FRO=165;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=86;FSRR=79;FWDB=0.0182783;FXX=0.00706689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.919;QD=14.8779;RBI=0.036659;REFB=-0.0172694;REVB=0.0317771;RO=163;SAF=60;SAR=51;SRF=86;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013816;STB=0.502737;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0301259;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:281:163:165:111:116:0.412811:51:60:86:77:55:61:86:79 chr2 114256840 . C T 189.98 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.162498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6385;QD=21.7118;RBI=0.168657;REFB=0.00319517;REVB=0.0451594;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591671;STB=0.533298;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00369945;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:7:9:12:7:7:9 chr2 114256859 . C T 63.37 PASS AF=0.409091;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.114248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.771;QD=11.5225;RBI=0.114531;REFB=-0.0101571;REVB=0.00803994;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734487;STB=0.517204;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0264873;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:22:22:11:13:7:9:0.409091:6:1:2:9:6:3:4:9 chr2 114391721 . T C 453.68 PASS AF=0.432203;AO=49;DP=117;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0216071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.044;QD=15.3791;RBI=0.0216428;REFB=-0.0033762;REVB=0.00124239;RO=65;SAF=20;SAR=29;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249038;STB=0.522813;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00444275;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:65:67:49:51:0.432203:29:20:25:40:30:21:25:42 chr2 114392716 . C T 330.92 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00606609;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.055;QD=23.637;RBI=0.050393;REFB=-0.0214148;REVB=-0.0500266;RO=20;SAF=22;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505627;STB=0.564063;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0137042;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:20:23:33:33:0.589286:11:22:12:8:11:22:12:11 chr2 114763169 . C G 398.22 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0461399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.557;QD=13.0562;RBI=0.0486297;REFB=-0.00683928;REVB=-0.0153609;RO=73;SAF=19;SAR=28;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140353;STB=0.587786;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00576877;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:75:47:47:0.385246:28:19:39:34:28:19:41:34 chr2 116099725 . A T 903.71 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4093;QD=56.4818;RBI=0.0234697;REFB=0.057755;REVB=-0.0201094;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0129537;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:31:31:0:1:31:32:0:1 chr2 116510817 . G C 1152.9 PASS AF=0.424658;AO=124;DP=292;FAO=124;FDP=292;FR=.;FRO=168;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=87;FSRR=81;FWDB=-0.0162328;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.395;QD=15.7931;RBI=0.020819;REFB=-0.0178123;REVB=-0.0130357;RO=167;SAF=69;SAR=55;SRF=86;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430699;STB=0.522374;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0290166;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:167:168:124:124:0.424658:55:69:86:81:55:69:87:81 chr2 116525960 . G A 1683.47 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00133296;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.586;QD=59.592;RBI=0.0114947;REFB=-0.117593;REVB=0.0114172;RO=0;SAF=74;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73037e-08;STB=0.506492;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000932195;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:113:0:1:112:112:0.99115:38:74:0:0:38:74:0:1 chr2 118575157 . CAAG C 75.15 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0112757;FXX=0.104145;HRUN=2;LEN=3;MLLD=159.834;QD=6.99032;RBI=0.0160285;REFB=-0.0124078;REVB=-0.0113917;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146705;STB=0.561714;STBP=0.629;TYPE=del;VARB=0.0159442;OID=.;OPOS=118575158;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581:14:45:14:43:29:5:9:8:21:75:25:5:9:6:19 chr2 118575215 . C G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0315801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.745;QD=22.3978;RBI=0.0345539;REFB=0.00572611;REVB=-0.014024;RO=19;SAF=5;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365926;STB=0.7064;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00568727;OID=.;OPOS=118575215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:17:5:12:7:17:5:12:7 chr2 118583940 . C T 474.04 PASS AF=0.382979;AO=52;DP=140;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=-0.00355083;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.014;QD=13.448;RBI=0.00761979;REFB=-0.00904182;REVB=0.00674187;RO=84;SAF=27;SAR=25;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122829;STB=0.57775;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0138473;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:84:87:52:54:0.382979:25:27:53:31:26:28:56:31 chr2 118589808 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.323;QD=50.4134;RBI=0.0208015;REFB=0;REVB=-0.0184824;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68739e-05;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr2 118731573 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00488514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.455;QD=18.0355;RBI=0.00680337;REFB=-0.002736;REVB=0.00473512;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262375;STB=0.514912;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00347924;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:14:13:10:12:14:13 chr2 118771566 . C A 1315.56 PASS AF=0.427729;AO=137;DP=327;FAO=145;FDP=339;FR=.;FRO=194;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=99;FSRR=95;FWDB=0.0671236;FXX=0.00294109;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.8402;QD=15.5228;RBI=0.0970896;REFB=-0.0127433;REVB=0.0701484;RO=190;SAF=74;SAR=63;SRF=98;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254991;STB=0.515858;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0205098;OID=.;OPOS=118771566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:339:190:194:137:145:0.427729:63:74:98:92:67:78:99:95 chr2 118774082 . T C 768.8 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4479;QD=56.9483;RBI=0.0514138;REFB=0;REVB=0.0388007;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449314;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr2 118774177 . A AC 472.12 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114137;FXX=0.020404;HRUN=0;LEN=1;MLLD=14.3195;QD=39.3433;RBI=0.175136;REFB=0;REVB=0.132835;RO=44;SAF=5;SAR=0;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00691737;OID=.;OPOS=118774178;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:48:48:0:34:14:0:0:3:44:5:0:29:15 chr2 118774178 . G C 665.1 PASS AF=0.918367;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.137901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.7505;QD=54.2938;RBI=0.137903;REFB=-0.0898332;REVB=0.000815621;RO=4;SAF=29;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060519;STB=0.531236;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0186319;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:49:49:4:4:44:45:0.918367:15:29:4:0:15:30:4:0 chr2 118866033 . G A,GA 116.88 PASS AF=0,0.428571;AO=3,11;DP=40;FAO=0,15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0458129,0.0713464;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=27.2059,20.3152;QD=13.3576;RBI=0.103208,0.0783922;REFB=-0.0173383,-0.0449755;REVB=-0.0924831,-0.0324813;RO=25;SAF=1,4;SAR=2,7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.158188,-0.136125;STB=0.5,0.599863;STBP=1,0.359;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0593766;OID=.,.;OPOS=118866033,118866034;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:40:35:25:20:3,11:0,15:0,0.428571:2,7:1,4:12:13:0,10:0,5:10:10 chr2 119604255 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00205394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2927;QD=9.44478;RBI=0.0211494;REFB=-0.0239476;REVB=0.0210494;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415714;STB=0.749521;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00964013;OID=.;OPOS=119604255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:1:5:9:0:1:5:10:0 chr2 119915249 . T C 328.39 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0240717;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.45;QD=11.2268;RBI=0.0348566;REFB=-0.0165694;REVB=-0.0252098;RO=76;SAF=13;SAR=28;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216005;STB=0.624609;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0352633;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:76:76:41:41:0.350427:28:13:38:38:28:13:38:38 chr2 119927405 . G C 174.76 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00582776;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.886;QD=26.8863;RBI=0.00928036;REFB=-0.0142943;REVB=0.00722235;RO=10;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211248;STB=0.590794;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00735729;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:10:9:17:17:0.653846:4:13:5:5:4:13:5:4 chr2 119927411 . G T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0573511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4188;QD=25.2542;RBI=0.0799498;REFB=0.0158319;REVB=0.0557029;RO=9;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235576;STB=0.618896;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0057504;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:9:10:17:17:0.62963:4:13:4:5:4:13:5:5 chr2 119988565 . G A 728.54 PASS AF=0.510791;AO=70;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00560628;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.654;QD=20.9652;RBI=0.00665756;REFB=-0.0178553;REVB=-0.00359065;RO=66;SAF=37;SAR=33;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149619;STB=0.50438;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.025541;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:68:70:71:0.510791:33:37:36:30:33:38:37:31 chr2 120005569 . C T 519.37 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0134962;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.031;QD=19.4156;RBI=0.014118;REFB=-0.0195081;REVB=0.00414378;RO=54;SAF=26;SAR=28;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0162293;OID=.;OPOS=120005569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:54:53:54:54:0.504673:28:26:26:28:28:26:25:28 chr2 120021785 . T C 1453.15 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2584;QD=63.1805;RBI=0.0293395;REFB=0;REVB=0.0219532;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06907e-06;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr2 120060082 . T C 335.27 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0816309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8173;QD=15.4149;RBI=0.103797;REFB=0.0189262;REVB=0.0641108;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315225;STB=0.511282;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0218262;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:50:36:37:0.425287:22:14:18:32:23:14:18:32 chr2 120078778 . T C 1005.32 PASS AF=0.373041;AO=118;DP=320;FAO=119;FDP=319;FR=.;FRO=200;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=99;FSRR=101;FWDB=0.0249419;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.094;QD=12.6058;RBI=0.0273932;REFB=-0.0187349;REVB=0.0113266;RO=200;SAF=70;SAR=48;SRF=99;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110585;STB=0.559066;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0323143;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:200:200:118:119:0.373041:48:70:99:101:49:70:99:101 chr2 120125029 . A G 272.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.722;QD=51.8894;RBI=0.078046;REFB=0;REVB=0.0750732;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221313;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr2 120125053 . C G 96.3 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00406065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.621;QD=14.2662;RBI=0.150803;REFB=-0.0104915;REVB=0.150748;RO=14;SAF=10;SAR=0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.763428;STB=0.588073;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.015062;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:25:27:14:15:10:12:0.444444:0:10:10:4:2:10:11:4 chr2 120125058 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0147197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0229;QD=12.8686;RBI=0.0490148;REFB=0.0121177;REVB=0.0467523;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104637;STB=0.562378;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0204151;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:2:9:12:4:2:9:12:4 chr2 120194651 . A AGTGTGC 947.18 PASS AF=0.956522;AO=64;DP=82;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0363617;FXX=0.054787;HRUN=0;LEN=6;MLLD=326.346;QD=54.9089;RBI=0.0369911;REFB=-0.0496374;REVB=-0.00679485;RO=16;SAF=6;SAR=58;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317396;STB=0.588205;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00124659;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:64:82:66:69:3:7:59:3:0:9:16:6:58:8:8 chr2 120199140 . A G 414.77 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467199;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.646;QD=57.2096;RBI=0.046737;REFB=0;REVB=-0.00126401;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158396;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr2 120303820 . A T 255.67 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.000713247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8856;QD=22.7264;RBI=0.0100856;REFB=0.00839899;REVB=0.0100604;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375293;STB=0.520941;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0056403;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:15:9:7:14:15:9:7:14 chr2 120369300 . T C,G 905.82 PASS AF=0.938462,0.0461538;AO=61,3;DP=65;FAO=61,3;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25,3;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119571,0.0360378;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=163.84,21.1838;QD=55.7429;RBI=0.013598,0.0468712;REFB=0.0454124,0.0589971;REVB=0.00647564,0.0299698;RO=1;SAF=25,3;SAR=36,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0129329,0.727144;STB=0.506847,0.994936;STBP=0.526,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000348579,0.0101727;OID=.,.;OPOS=120369300,120369300;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:65:1:1:61,3:61,3:0.938462,0.0461538:36,0:25,3:0:1:36,0:25,3:0:1 chr2 120388412 . G A 1988.71 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220699;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5762;QD=61.6654;RBI=0.0474031;REFB=0;REVB=-0.041952;RO=0;SAF=66;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405362;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:128:129:1:62:66:0:0:62:67:0:0 chr2 120409616 . G T 372.37 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00438388;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.809;QD=17.3197;RBI=0.00439653;REFB=-0.00567581;REVB=0.000333251;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892296;STB=0.536015;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00685313;OID=.;OPOS=120409616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:21:18:26:21:20:19:26:21 chr2 120438523 . A G 1400.51 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.167;QD=61.5608;RBI=0.0156455;REFB=-0.0586735;REVB=0.0104867;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000164977;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:58:32:0:0:58:32:0:1 chr2 120438696 . A G 1373.48 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0498647;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.8;QD=61.7293;RBI=0.0520965;REFB=0.0503941;REVB=-0.015085;RO=1;SAF=46;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101908;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00128912;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:89:1:1:88:88:0.988764:42:46:1:0:42:46:1:0 chr2 120439230 . C G 740.65 PASS AF=1;AO=41;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.1109;QD=55.8978;RBI=0.17215;REFB=0;REVB=-0.171057;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155046;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:41:53:1:19:22:0:0:22:31:0:0 chr2 120439459 . C A 710.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201721;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.237;QD=56.8193;RBI=0.0248499;REFB=0;REVB=0.0145122;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638033;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr2 120704166 . G T 498.77 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000809701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.282;QD=58.6792;RBI=0.00425146;REFB=0;REVB=-0.00417364;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12878e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:21:13:0:0 chr2 120830815 . A G 526.86 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.072;QD=58.5402;RBI=0.0593129;REFB=0;REVB=0.0401031;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033144;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:29:36:1:15:14:0:0:22:14:0:0 chr2 120885310 . G A 1396.93 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.26;QD=62.7835;RBI=0.0240631;REFB=0;REVB=0.00779755;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55764e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:52:35:0:0:53:36:0:0 chr2 120980428 . G C 1464.0 PASS AF=0.921053;AO=105;DP=114;FAO=105;FDP=114;FR=.;FRO=9;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.050688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6832;QD=51.3683;RBI=0.0537215;REFB=-0.0253952;REVB=-0.0177969;RO=7;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631175;STB=0.542048;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0166584;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:114:114:7:9:105:105:0.921053:49:56:0:7:49:56:0:9 chr2 121106850 . C T 542.32 PASS AF=0.5;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0314595;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.833;QD=19.3684;RBI=0.0320066;REFB=-0.0180411;REVB=-0.0058927;RO=55;SAF=20;SAR=36;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141509;STB=0.574441;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0139241;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:55:56:56:56:0.5:36:20:28:27:36:20:28:28 chr2 121726447 . G A 620.96 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0602154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.8;QD=55.1967;RBI=0.0637903;REFB=-0.0948269;REVB=0.0210551;RO=3;SAF=14;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905096;STB=0.548364;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0120274;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:28:14:3:0:28:14:3:0 chr2 121948239 . A C 42.25 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00423663;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=150.652;QD=18.7776;RBI=0.0143171;REFB=-0.106565;REVB=-0.0136759;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.614989;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00258789;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:1:2:2:4:1:2 chr2 121948262 . A G 137.99 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.703;QD=39.4267;RBI=0.0388203;REFB=-0.210635;REVB=0.0307359;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00400256;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:0:1:13:13:0.928571:6:7:0:0:6:7:1:0 chr2 121980405 . TC T 143.98 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0130366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.689;QD=11.2926;RBI=0.0549919;REFB=-0.0310661;REVB=-0.0534243;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197112;STB=0.521258;STBP=0.828;TYPE=del;VARB=0.0339109;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:22:51:23:51:28:14:9:16:12:99:28:13:9:16:12 chr2 121989489 . G A 437.91 PASS AF=0.401575;AO=50;DP=125;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0987191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2867;QD=13.7925;RBI=0.0995877;REFB=0.0143523;REVB=0.0131249;RO=75;SAF=23;SAR=27;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778375;STB=0.552895;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0177122;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:75:76:50:51:0.401575:27:23:40:35:28:23:41:35 chr2 122288507 . G A 594.86 PASS AF=0.425676;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0141745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.262;QD=16.0774;RBI=0.0304391;REFB=-0.00325389;REVB=-0.0269374;RO=84;SAF=33;SAR=30;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145392;STB=0.577441;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00323723;OID=.;OPOS=122288507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:84:85:63:63:0.425676:30:33:32:52:30:33:33:52 chr2 122484976 . G A 210.66 PASS AF=0.412698;AO=23;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0147474;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.888;QD=13.3756;RBI=0.017667;REFB=-0.00843381;REVB=-0.00972802;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191781;STB=0.622777;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0162513;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:37:23:26:0.412698:13:10:20:12:16:10:22:15 chr2 124626984 . A G 429.86 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00755403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.201;QD=16.6934;RBI=0.00780604;REFB=0.00218963;REVB=-0.00196744;RO=55;SAF=26;SAR=21;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280874;STB=0.519924;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00243501;OID=.;OPOS=124626984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:47:47:0.456311:21:26:32:23:21:26:33:23 chr2 125192068 . T C 390.37 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00868788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.606;QD=19.0426;RBI=0.0400813;REFB=-0.0101299;REVB=0.0391284;RO=42;SAF=28;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358727;STB=0.51999;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0132421;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:12:28:28:14:12:28:28:14 chr2 125746817 . A G 277.57 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0223088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.04;QD=16.0909;RBI=0.0363248;REFB=-0.000607557;REVB=0.0286672;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197078;STB=0.611197;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000912299;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:11:20:17:21:11:20:17:21 chr2 127816695 . C T 67.74 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0114555;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0479;QD=11.7807;RBI=0.0753272;REFB=-0.0174612;REVB=0.074451;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208265;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0338224;OID=.;OPOS=127816695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:13:14:9:9:0.391304:6:3:7:6:6:3:8:6 chr2 127821207 . G A 357.85 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0192924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.331;QD=19.6081;RBI=0.0385329;REFB=-0.0063979;REVB=0.0333555;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630911;STB=0.53371;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0083362;OID=.;OPOS=127821207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:36:36:37:0.506849:17:19:15:18:17:20:17:19 chr2 127826533 . A G 266.42 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.010414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.133;QD=24.2202;RBI=0.0146869;REFB=-0.0186764;REVB=0.0103563;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879069;STB=0.555511;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0143784;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:14:10:10:9:15:10:10:9 chr2 128065066 . CT AC,C,TC 124.46 PASS AF=0,0.486486,0.121622;AO=4,27,8;DP=86;FAO=0,36,9;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=0,14,0;FSAR=0,22,9;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0334807,-0.183789,-0.00796609;FXX=0.16852;HRUN=1,7,1;LEN=2,1,2;MLLD=106.94,6.8338,25.2636;QD=6.72752;RBI=0.0338884,0.183807,0.0239902;REFB=-0.00655348,-0.143835,-0.0602322;REVB=0.00524085,-0.00259943,-0.022629;RO=24;SAF=0,16,1;SAR=4,11,7;SRF=3;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.522273,0.380988,0;STB=0.5,0.588739,0.998128;STBP=1,0.159,0.068;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.172659,-0.0485622;OID=.,.,.;OPOS=128065066,128065067,128065066;OREF=CT,T,CT;OALT=AC,-,TC;OMAPALT=AC,C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:86:74:24:29:4,27,8:0,36,9:0,0.486486,0.121622:4,11,7:0,16,1:3:21:0,22,9:0,14,0:6:23 chr2 128065075 . TAAAAAAG ATAAAAAG,TAAAAAG,TAAAAAGA,TATAAAAG 293.59 PASS AF=0.0111111,0.677778,0.0222222,0.0111111;AO=8,30,4,3;DP=85;FAO=1,61,2,1;FDP=90;FR=.;FRO=25;FSAF=0,23,1,0;FSAR=1,38,1,1;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0829624,-0.073108,-0.162226,-0.0415607;FXX=0.0109878;HRUN=1,6,6,6;LEN=2,1,2,1;MLLD=17.1075,8.99261,9.69418,176.067;QD=13.0483;RBI=0.0829911,0.145988,0.171963,0.0437214;REFB=-0.0318744,-0.0256825,-0.0907472,-0.000572896;REVB=0.00218477,0.126364,0.0570429,-0.0135745;RO=27;SAF=0,9,1,2;SAR=8,21,3,1;SRF=5;SRR=22;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.456311,0,0;SSSB=-0.662567,0.123564,0.109048,0.513152;STB=0.985018,0.543293,0.738899,0.985018;STBP=0.508,0.217,0.699,0.508;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=-0.0126041,0.0896026,-0.150286,0.0944766;OID=.,.,.,.;OPOS=128065075,128065076,128065081,128065077;OREF=TA,A,AG,A;OALT=AT,-,GA,T;OMAPALT=ATAAAAAG,TAAAAAG,TAAAAAGA,TATAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:85:90:27:25:8,30,4,3:1,61,2,1:0.0111111,0.677778,0.0222222,0.0111111:8,21,3,1:0,9,1,2:5:22:1,38,1,1:0,23,1,0:6:19 chr2 128176040 . A T 251.67 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0136582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0974;QD=12.4279;RBI=0.0307151;REFB=0.00590299;REVB=-0.0275113;RO=51;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21025;STB=0.62036;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00935711;OID=.;OPOS=128176040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:17:13:32:19:17:13:32:19 chr2 128186487 . G GC 39.14 PASS AF=0.183673;AO=11;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00104584;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=159.046;QD=3.19537;RBI=0.0274283;REFB=-0.00153805;REVB=-0.0274083;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388813;STB=0.657182;STBP=0.33;TYPE=ins;VARB=0.11874;OID=.;OPOS=128186488;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183673:11:49:9:49:40:3:6:21:19:39:37:5:6:18:19 chr2 128229855 . G T 788.45 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011454;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5403;QD=64.363;RBI=0.0255674;REFB=0;REVB=-0.0228582;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256231;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:16:32:0:0:16:33:0:0 chr2 128238682 . T C 68.94 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=93;FAO=16;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.061928;FXX=0.0103082;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.1799;QD=2.8726;RBI=0.0796628;REFB=-0.0202529;REVB=-0.0501107;RO=54;SAF=12;SAR=3;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301251;STB=0.773221;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.122605;OID=.;OPOS=128238682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:93:96:54:77:15:16:0.166667:3:12:32:22:3:13:39:38 chr2 128345989 . C T 274.01 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0220619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.442;QD=22.3682;RBI=0.0226503;REFB=-0.0235212;REVB=-0.0051292;RO=23;SAF=21;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456631;STB=0.761309;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.024592;OID=.;OPOS=128345989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:25:26:0.530612:4:21:9:14:4:22:9:14 chr2 128381717 . G A 1266.25 PASS AF=0.622222;AO=112;DP=180;FAO=112;FDP=180;FR=.;FRO=68;FSAF=70;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.00903913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.891;QD=28.139;RBI=0.0155793;REFB=-0.0138406;REVB=0.0126889;RO=68;SAF=70;SAR=42;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388334;STB=0.520954;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0101339;OID=.;OPOS=128381717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:68:68:112:112:0.622222:42:70:46:22:42:70:46:22 chr2 128381836 . G A 1494.81 PASS AF=0.51049;AO=146;DP=286;FAO=146;FDP=286;FR=.;FRO=140;FSAF=89;FSAR=57;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=0.00502352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.288;QD=20.9065;RBI=0.0201899;REFB=-0.0383344;REVB=0.019555;RO=139;SAF=89;SAR=57;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904031;STB=0.547969;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0365178;OID=.;OPOS=128381836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:139:140:146:146:0.51049:57:89:71:68:57:89:72:68 chr2 128385386 . G A 224.8 PASS AF=0.490566;AO=20;DP=49;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00101328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.552;QD=16.9662;RBI=0.010433;REFB=-0.034267;REVB=0.0103837;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259445;STB=0.587722;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0274553;OID=.;OPOS=128385386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:25:27:20:26:0.490566:11:9:18:7:11:15:20:7 chr2 128385983 . G A 444.58 PASS AF=0.626866;AO=40;DP=65;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.114045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.469;QD=26.5422;RBI=0.115097;REFB=-0.0283228;REVB=0.015521;RO=24;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523291;STB=0.526303;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.019761;OID=.;OPOS=128385983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:24:25:40:42:0.626866:18:22:15:9:18:24:16:9 chr2 128390835 . CGGGG CGGG,CGGGC 235.98 PASS AF=0.788732,0;AO=36,3;DP=70;FAO=56,0;FDP=71;FR=.;FRO=15;FSAF=43,0;FSAR=13,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0595116,0.0842329;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=8.13557,9.47536;QD=13.2949;RBI=0.0877689,0.130004;REFB=-0.117768,-0.102122;REVB=-0.0645116,-0.099025;RO=16;SAF=30,0;SAR=6,3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0.418605,0;SSEP=0,0;SSSB=0.133153,-0.687676;STB=0.547203,0.5;STBP=0.187,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0777092,0;OID=.,.;OPOS=128390836,128390839;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.788732,0:36,3:70:56,0:71:15:43,0:13,0:9:6:41:16:30,0:6,3:11:5 chr2 128393800 . T C 622.36 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.017654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9872;QD=18.1712;RBI=0.0218781;REFB=-0.0186473;REVB=-0.0129224;RO=72;SAF=21;SAR=43;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22447;STB=0.621672;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0205358;OID=.;OPOS=128393800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:72:73:64:64:0.467153:43:21:40:32:43:21:40:33 chr2 128394758 . T C 443.07 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00310296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.125;QD=35.4456;RBI=0.018816;REFB=-0.00463444;REVB=0.0185584;RO=15;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183871;STB=0.599943;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00123736;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:21:14:11:4:21:14:11:4 chr2 128394877 . C T 211.77 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0182408;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=224.552;QD=19.6993;RBI=0.0264161;REFB=-0.0120847;REVB=0.0191072;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238914;STB=0.513501;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00981938;OID=.;OPOS=128394877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:12:10:9:12:12:10 chr2 128394955 . A G 248.72 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0543383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3113;QD=25.5095;RBI=0.0607682;REFB=-0.0507693;REVB=0.0272053;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185012;STB=0.602561;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0276679;OID=.;OPOS=128394955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:5:11:10:13:5:11 chr2 128396037 . C CAACA 532.18 PASS AF=0.531915;AO=42;DP=101;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00426955;FXX=0.059994;HRUN=2;LEN=4;MLLD=217.656;QD=22.6458;RBI=0.00711483;REFB=-0.0241871;REVB=0.00569137;RO=55;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106278;STB=0.531902;STBP=0.536;TYPE=ins;VARB=0.0211639;OID=.;OPOS=128396038;OREF=-;OALT=AACA;OMAPALT=CAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.531915:42:101:50:94:44:25:25:19:25:99:55:22:20:23:32 chr2 128400608 . C T 152.77 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0538137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9919;QD=8.7299;RBI=0.0646604;REFB=-0.0130336;REVB=-0.0358477;RO=49;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639676;STB=0.538007;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0185023;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:10:11:23:26:10:11:23:26 chr2 128401091 . A G 309.81 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0103368;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.626;QD=16.0941;RBI=0.0106707;REFB=-0.00984687;REVB=0.00264836;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152942;STB=0.587203;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00934081;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:43:33:34:0.441558:16:17:16:28:16:18:16:27 chr2 128460956 . G A 366.26 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.623;QD=54.2612;RBI=0.015511;REFB=0;REVB=-0.0058797;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5506e-05;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:14:13:0:0 chr2 128495645 . G A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0537805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.763;QD=19.5771;RBI=0.0540135;REFB=-0.0083929;REVB=0.00501218;RO=31;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164812;STB=0.59178;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00826102;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:12:21:14:17:12:21:14:17 chr2 128608184 . C T 632.03 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.644;QD=61.6618;RBI=0.0147928;REFB=0;REVB=-0.00192486;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25897e-05;OID=.;OPOS=128608184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr2 128849114 . T C 1392.91 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.539;QD=62.6025;RBI=0.07773;REFB=0;REVB=0.0135769;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51904e-05;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:55:32:0:0:55:34:0:0 chr2 128870808 . T C 595.09 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023645;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.146;QD=56.6755;RBI=0.0504743;REFB=-0.0321573;REVB=0.0445934;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302369;STB=0.506326;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000563798;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:1:2:40:40:0.952381:15:25:0:1:15:25:1:1 chr2 128878014 . G A 816.28 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0769992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2129;QD=55.3413;RBI=0.0946488;REFB=0.0263205;REVB=-0.0550411;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00550327;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:35:22:1:0:36:22:1:0 chr2 128934400 . T C 296.36 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.031969;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.195;QD=17.9611;RBI=0.0376462;REFB=-0.0184397;REVB=0.0198802;RO=35;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278616;STB=0.653044;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0218391;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:34:31:32:0.484848:22:9:20:15:23:9:19:15 chr2 128939817 . G A 596.27 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=146;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0148436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6198;QD=16.3361;RBI=0.0531237;REFB=-0.020061;REVB=0.0510078;RO=83;SAF=40;SAR=23;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159393;STB=0.589257;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.026578;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:83:83:63:63:0.431507:23:40:40:43:23:40:40:43 chr2 129023201 . G T 32.24 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0281737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.595;QD=1.19416;RBI=0.0284473;REFB=0.000495607;REVB=-0.00393592;RO=95;SAF=7;SAR=2;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324558;STB=0.757373;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00822312;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:108:95:99:9:9:0.0833333:2:7:47:48:2:7:50:49 chr2 129023282 . G C 210.95 PASS AF=0.409836;AO=21;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.100996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4204;QD=13.8326;RBI=0.105646;REFB=-0.0336341;REVB=0.0309987;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233991;STB=0.543589;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0473986;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:21:36:21:25:0.409836:15:6:2:19:15:10:17:19 chr2 129075797 . A C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0160087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.124;QD=11.0198;RBI=0.0250321;REFB=0.0243481;REVB=0.0192439;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12327;STB=0.576643;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0250443;OID=.;OPOS=129075797;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:6:2:1:5:6:2 chr2 129075877 . G T 72.64 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.008319;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.485;QD=7.45055;RBI=0.00848915;REFB=-0.00396059;REVB=-0.00169113;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134889;STB=0.615166;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0176261;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:41:39:26:29:10:10:0.25641:5:5:16:10:5:5:19:10 chr2 129075961 . T C 181.68 PASS AF=0.85;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0283721;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8892;QD=36.3355;RBI=0.0297308;REFB=-0.177535;REVB=0.0088848;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697671;STB=0.571347;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0105157;OID=.;OPOS=129075961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:22:20:4:3:16:17:0.85:7:9:3:1:8:9:3:0 chr2 130738163 . G A 225.7 PASS AF=0.433333;AO=23;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0031031;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.143;QD=15.0469;RBI=0.00584974;REFB=-0.00911923;REVB=0.00495885;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641436;STB=0.533308;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0130376;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:34:23:26:0.433333:12:11:17:19:13:13:15:19 chr2 130738329 . C A 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0434936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2652;QD=15.5764;RBI=0.116049;REFB=0.0197149;REVB=0.10759;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221081;STB=0.638174;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0211896;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:18:6:13:16:18:6:14:16 chr2 130739164 . A G 284.07 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0103642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.022;QD=12.7673;RBI=0.0114543;REFB=-0.00438237;REVB=0.00487696;RO=56;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500054;STB=0.528671;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00853897;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:15:18:28:28:15:18:28:28 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 313.54 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=19,2;DP=22;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225776,0.0300041;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=223.059,367.172;QD=52.256;RBI=0.0499092,0.0455533;REFB=0,0;REVB=0.0445104,-0.0342761;RO=0;SAF=5,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00672012,0.0391218;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333:19,2:22:22,2:24:0:6,0:16,2:0:0:9:0:5,0:14,2:0:0 chr2 130739646 . TTAAC T 298.88 PASS AF=0.828571;AO=28;DP=37;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0201623;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=4;MLLD=279.04;QD=34.1581;RBI=0.0227545;REFB=-0.0686129;REVB=0.0105475;RO=8;SAF=17;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454197;STB=0.508398;STBP=0.848;TYPE=del;VARB=0.0148945;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828571:28:37:29:35:6:18:11:4:2:23:8:17:11:4:4 chr2 130739802 . A G 315.54 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0555528;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3434;QD=22.5383;RBI=0.0571664;REFB=-0.0232558;REVB=0.0134864;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139719;STB=0.576877;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0131589;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:17:15:7:17:17:15:7:17 chr2 130739891 . T A 259.56 PASS AF=0.336842;AO=27;DP=92;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00193964;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.972;QD=10.929;RBI=0.00777082;REFB=-0.00844203;REVB=-0.00752486;RO=65;SAF=12;SAR=15;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205775;STB=0.536466;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0163305;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:65:63:27:32:0.336842:15:12:30:35:15:17:30:33 chr2 130740230 . C T 294.03 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=95;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0155583;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.262;QD=12.512;RBI=0.0303468;REFB=0.00104237;REVB=-0.0260551;RO=59;SAF=11;SAR=23;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299021;STB=0.657053;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00268085;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:59:59:34:35:0.37234:23:11:35:24:23:12:35:24 chr2 130832531 . A G 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00852553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.069;QD=5.71697;RBI=0.0152899;REFB=-0.0176849;REVB=0.0126923;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311843;STB=0.699534;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0330698;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:18:10:5:3:18:10 chr2 130866805 . C G 194.55 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0118741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3796;QD=10.3762;RBI=0.0172222;REFB=-0.00451332;REVB=0.0124744;RO=50;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236217;STB=0.513801;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00723001;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:15:10:21:29:15:10:21:29 chr2 130897234 . C T 483.58 PASS AF=0.818182;AO=35;DP=43;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0644408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.204;QD=43.9616;RBI=0.0645695;REFB=-0.026884;REVB=0.0040749;RO=7;SAF=15;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00539603;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:44:7:8:35:36:0.818182:20:15:3:4:20:16:4:4 chr2 130897620 . A G 54.7 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=58;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0363793;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3403;QD=3.64667;RBI=0.0381435;REFB=-0.0187033;REVB=-0.0114665;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317031;STB=0.583171;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0720766;OID=.;OPOS=130897620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:58:60:50:50:8:10:0.166667:3:5:30:20:5:5:30:20 chr2 130900188 . A G 422.71 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.000566783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.214;QD=21.6772;RBI=0.00172172;REFB=-0.00421256;REVB=-0.00162575;RO=35;SAF=24;SAR=18;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254903;STB=0.633032;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00274516;OID=.;OPOS=130900188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:18:24:9:26:18:24:10:26 chr2 130902067 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0263425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.686;QD=25.4944;RBI=0.0282951;REFB=-0.00260318;REVB=-0.0103288;RO=7;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219157;STB=0.620546;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000179519;OID=.;OPOS=130902067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:11:3:0:7:11:3:0:7 chr2 130902194 . C T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0107191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.523;QD=30.8214;RBI=0.0153649;REFB=-0.0153781;REVB=0.0110083;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17961;STB=0.59984;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00430646;OID=.;OPOS=130902194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:6:6:0:3:6:6:0:3 chr2 130925088 . C T 1288.48 PASS AF=0.679012;AO=110;DP=163;FAO=110;FDP=162;FR=.;FRO=52;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.015364;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7506;QD=31.8142;RBI=0.0337691;REFB=-0.0185106;REVB=-0.0300715;RO=48;SAF=54;SAR=56;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302825;STB=0.527979;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00935227;OID=.;OPOS=130925088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:48:52:110:110:0.679012:56:54:21:27:56:54:21:31 chr2 130939348 . G A 244.5 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0644842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.701;QD=30.5622;RBI=0.072788;REFB=-0.0257292;REVB=0.0337622;RO=10;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263654;STB=0.645823;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0035486;OID=.;OPOS=130939348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:16:6:7:3:16:6:7:3 chr2 130949411 . G T 323.12 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.548;QD=53.8531;RBI=0.0607084;REFB=0;REVB=0.054086;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265318;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:21:24:1:19:2:0:0:22:2:0:0 chr2 130949491 . G A 288.52 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.0222923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6972;QD=13.7388;RBI=0.0383616;REFB=0.0162202;REVB=-0.0312197;RO=51;SAF=5;SAR=28;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180333;STB=0.604246;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0239533;OID=.;OPOS=130949491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:28:5:13:38:28:5:13:38 chr2 130951548 . G A 1444.76 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.635;QD=60.8318;RBI=0.0283628;REFB=-0.0871113;REVB=0.0258646;RO=2;SAF=70;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134401;STB=0.507092;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00128337;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:23:70:1:1:23:70:1:1 chr2 130951566 . G A 1418.92 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6619;QD=62.3701;RBI=0.0529552;REFB=0;REVB=0.0528464;RO=0;SAF=70;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233043;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:0:0:89:91:1:19:70:0:0:20:71:0:0 chr2 130951581 . A G 527.45 PASS AF=0.524272;AO=52;DP=101;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=7;FWDB=0.0124763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.995;QD=20.4835;RBI=0.0210635;REFB=-0.0438014;REVB=0.0169709;RO=48;SAF=38;SAR=14;SRF=41;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147952;STB=0.586078;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0348127;OID=.;OPOS=130951581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:48:49:52:54:0.524272:14:38:41:7:15:39:42:7 chr2 130951584 . T C 557.79 PASS AF=0.53211;AO=48;DP=98;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=8;FWDB=-0.00406718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7946;QD=20.4694;RBI=0.120498;REFB=-0.0431073;REVB=0.12043;RO=48;SAF=42;SAR=6;SRF=42;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.566017;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0430564;OID=.;OPOS=130951584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:109:48:51:48:58:0.53211:6:42:42:6:15:43:43:8 chr2 130951754 . G T 713.57 PASS AF=0.460606;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.0280228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0554;QD=17.2988;RBI=0.0981571;REFB=-0.00849438;REVB=0.094072;RO=87;SAF=31;SAR=45;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17158;STB=0.595004;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0155087;OID=.;OPOS=130951754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:89:76:76:0.460606:45:31:51:36:45:31:52:37 chr2 130951949 . G A 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0214219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3003;QD=21.6121;RBI=0.0262357;REFB=-0.0143273;REVB=-0.0151465;RO=23;SAF=3;SAR=21;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522881;STB=0.798368;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0195781;OID=.;OPOS=130951949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:21:3:14:9:21:3:14:9 chr2 130952718 . G A 30.01 PASS AF=0.068323;AO=11;DP=161;FAO=11;FDP=161;FR=.;FRO=150;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=-0.0519581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.847;QD=0.745601;RBI=0.0551903;REFB=-4.67492e-05;REVB=-0.0186098;RO=146;SAF=1;SAR=10;SRF=69;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436604;STB=0.884187;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000212455;OID=.;OPOS=130952718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:161:161:146:150:11:11:0.068323:10:1:69:77:10:1:69:81 chr2 130952725 . C T 30.12 PASS AF=0.0722892;AO=10;DP=164;FAO=12;FDP=166;FR=.;FRO=154;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=82;FWDB=0.00557304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.153;QD=0.725695;RBI=0.0315527;REFB=-0.00135684;REVB=-0.0310566;RO=151;SAF=3;SAR=7;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173429;STB=0.627881;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0249238;OID=.;OPOS=130952725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:164:166:151:154:10:12:0.0722892:7:3:70:81:8:4:72:82 chr2 131031142 . T G 914.03 PASS AF=0.655738;AO=80;DP=123;FAO=80;FDP=122;FR=.;FRO=42;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0160151;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9992;QD=29.9681;RBI=0.0391453;REFB=0.000423194;REVB=0.0357194;RO=41;SAF=48;SAR=32;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253842;STB=0.518639;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.000215251;OID=.;OPOS=131031142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:41:42:80:80:0.655738:32:48:23:18:32:48:23:19 chr2 131033040 . C T 2416.67 PASS AF=0.615607;AO=210;DP=342;FAO=213;FDP=346;FR=.;FRO=133;FSAF=112;FSAR=101;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=-0.00827535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.677;QD=27.9384;RBI=0.00843265;REFB=-0.00404984;REVB=-0.00162117;RO=130;SAF=111;SAR=99;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391125;STB=0.50019;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00236468;OID=.;OPOS=131033040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:346:130:133:210:213:0.615607:99:111:68:62:101:112:70:63 chr2 131036000 . C T 1274.96 PASS AF=0.587629;AO=114;DP=195;FAO=114;FDP=194;FR=.;FRO=80;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0361236;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.13;QD=26.2878;RBI=0.0397479;REFB=-0.00858191;REVB=-0.0165825;RO=80;SAF=53;SAR=61;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020986;STB=0.511376;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00646846;OID=.;OPOS=131036000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:80:80:114:114:0.587629:61:53:35:45:61:53:35:45 chr2 131037784 . T C 778.67 PASS AF=0.496894;AO=80;DP=162;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00705127;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.203;QD=19.3459;RBI=0.00930118;REFB=-0.00736291;REVB=0.0060656;RO=80;SAF=30;SAR=50;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150676;STB=0.580266;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00562997;OID=.;OPOS=131037784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:80:81:80:80:0.496894:50:30:43:37:50:30:43:38 chr2 131037817 . A C 842.79 PASS AF=0.525;AO=84;DP=161;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0781169;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4109;QD=21.0696;RBI=0.0796628;REFB=-0.0249529;REVB=0.0156177;RO=71;SAF=30;SAR=54;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154312;STB=0.583313;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.022935;OID=.;OPOS=131037817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:71:76:84:84:0.525:54:30:38:33:54:30:40:36 chr2 131037849 . G A 899.98 PASS AF=0.6;AO=81;DP=135;FAO=81;FDP=135;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00307004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.35;QD=26.6661;RBI=0.0126842;REFB=0.00376326;REVB=-0.012307;RO=54;SAF=25;SAR=56;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125869;STB=0.56851;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00183552;OID=.;OPOS=131037849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:54:54:81:81:0.6:56:25:25:29:56:25:25:29 chr2 131094709 . C T 425.46 PASS AF=0.32;AO=55;DP=172;FAO=56;FDP=175;FR=.;FRO=119;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.0192711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.257;QD=9.72492;RBI=0.0261033;REFB=-0.00215542;REVB=0.017607;RO=116;SAF=42;SAR=13;SRF=69;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232505;STB=0.638923;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00629512;OID=.;OPOS=131094709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:175:116:119:55:56:0.32:13:42:69:47:13:43:71:48 chr2 131097236 . G A 351.1 PASS AF=0.335878;AO=43;DP=129;FAO=44;FDP=131;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0252224;FXX=0.0150365;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.045;QD=10.7207;RBI=0.0320674;REFB=-0.00936294;REVB=0.0198028;RO=84;SAF=18;SAR=25;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121093;STB=0.579755;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0203916;OID=.;OPOS=131097236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:84:87:43:44:0.335878:25:18:44:40:26:18:46:41 chr2 131127678 . A G 349.21 PASS AF=0.272222;AO=49;DP=181;FAO=49;FDP=180;FR=.;FRO=131;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=70;FSRR=61;FWDB=0.01737;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.581;QD=7.7601;RBI=0.0179263;REFB=-0.00208492;REVB=-0.00443108;RO=130;SAF=17;SAR=32;SRF=70;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236948;STB=0.637744;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00319449;OID=.;OPOS=131127678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:130:131:49:49:0.272222:32:17:70:60:32:17:70:61 chr2 131128207 . G A 455.79 PASS AF=0.283186;AO=63;DP=225;FAO=64;FDP=226;FR=.;FRO=162;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=95;FSRR=67;FWDB=0.0368488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6843;QD=8.06707;RBI=0.0413779;REFB=-0.00422612;REVB=0.0188228;RO=162;SAF=27;SAR=36;SRF=95;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191627;STB=0.616463;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0152343;OID=.;OPOS=131128207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:162:162:63:64:0.283186:36:27:95:67:37:27:95:67 chr2 131258139 . G A 175.88 PASS AF=0.227642;AO=28;DP=123;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.0549905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6847;QD=5.71969;RBI=0.105204;REFB=-0.0072124;REVB=-0.0896884;RO=95;SAF=14;SAR=14;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126274;STB=0.577182;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0200501;OID=.;OPOS=131258139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:95:95:28:28:0.227642:14:14:57:38:14:14:57:38 chr2 131266530 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.819;QD=59.8387;RBI=0.06459;REFB=0;REVB=0.0405501;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274026;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr2 131414158 . C A 162.47 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0220835;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.557;QD=7.22094;RBI=0.0270297;REFB=-0.00706442;REVB=-0.015586;RO=67;SAF=12;SAR=11;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130885;STB=0.578881;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0256494;OID=.;OPOS=131414158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:67:67:23:23:0.255556:11:12:42:25:11:12:42:25 chr2 131414176 . C T 412.27 PASS AF=0.44;AO=41;DP=98;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0532876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9855;QD=16.4909;RBI=0.143513;REFB=-0.00960959;REVB=-0.133254;RO=55;SAF=30;SAR=11;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175197;STB=0.599952;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0132216;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:55:56:41:44:0.44:11:30:32:23:12:32:32:24 chr2 131487673 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000704517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.783;QD=58.4197;RBI=0.0202483;REFB=0;REVB=-0.020236;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64423e-05;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr2 131520663 . T C 1469.19 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.286;QD=62.5189;RBI=0.0153801;REFB=0;REVB=0.0116574;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97551e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:91:94:1:41:50:0:0:42:52:0:0 chr2 131523273 . G T 260.88 PASS AF=0.6;AO=18;DP=38;FAO=24;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0128808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.985;QD=26.0879;RBI=0.0204696;REFB=0.00358501;REVB=0.0159088;RO=12;SAF=15;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25575;STB=0.551904;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00204736;OID=.;OPOS=131523273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:12:16:18:24:0.6:3:15:7:5:9:15:8:8 chr2 131524745 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0175624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.024;QD=19.6925;RBI=0.025737;REFB=-0.0210028;REVB=0.0188136;RO=23;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224666;STB=0.608002;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0150834;OID=.;OPOS=131524745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:25:26:26:0.509804:17:9:14:9:17:9:14:11 chr2 131672950 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0472828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.347;QD=15.293;RBI=0.0580652;REFB=-0.048745;REVB=0.0337031;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.615147;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0368927;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:4:5:6:2:4:5:7:2 chr2 131673702 . G A 88.26 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0264965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.469;QD=14.71;RBI=0.0329832;REFB=-0.0105648;REVB=-0.0196425;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0197113;OID=.;OPOS=131673702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:12:13:10:11:0.458333:4:6:5:7:4:7:6:7 chr2 131674285 . A G 445.61 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0127476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.529;QD=18.1882;RBI=0.0129571;REFB=-0.0158716;REVB=-0.00232033;RO=53;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928888;STB=0.551811;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.023766;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:23:22:31:22:23:22:31:22 chr2 131688587 . G A 144.75 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00543186;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.112;QD=22.2684;RBI=0.0158446;REFB=0.000513498;REVB=-0.0148844;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167708;STB=0.595605;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00108567;OID=.;OPOS=131688587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:26:11:11:15:15:0.576923:3:12:7:4:3:12:7:4 chr2 131688783 . G A 147.13 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-3.53421e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.904;QD=14.3544;RBI=0.0124358;REFB=-0.0160349;REVB=0.0124358;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760933;STB=0.548137;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0282714;OID=.;OPOS=131688783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:24:16:17:0.414634:7:9:14:8:7:10:16:8 chr2 132129706 . A G 35.64 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0260247;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0981;QD=1.2398;RBI=0.0757565;REFB=-0.00159616;REVB=0.0711461;RO=106;SAF=3;SAR=7;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219549;STB=0.681048;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0254324;OID=.;OPOS=132129706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:115:106:105:10:10:0.0869565:7:3:52:54:7:3:52:53 chr2 132129717 . T G 95.99 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=133;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.00669817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0464;QD=2.8868;RBI=0.0875977;REFB=-0.00697258;REVB=0.0873412;RO=112;SAF=6;SAR=14;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237473;STB=0.663906;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0430557;OID=.;OPOS=132129717;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:133:133:112:113:20:20:0.150376:14:6:54:58:14:6:55:58 chr2 132129774 . C T 417.74 PASS AF=0.280952;AO=59;DP=210;FAO=59;FDP=210;FR=.;FRO=151;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.0378968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.473;QD=7.95692;RBI=0.0462176;REFB=-0.00374145;REVB=-0.0264556;RO=151;SAF=20;SAR=39;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143109;STB=0.584439;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00757996;OID=.;OPOS=132129774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:151:151:59:59:0.280952:39:20:68:83:39:20:68:83 chr2 132129810 . A C 677.96 PASS AF=0.369863;AO=81;DP=220;FAO=81;FDP=219;FR=.;FRO=138;FSAF=22;FSAR=59;FSRF=59;FSRR=79;FWDB=0.00793218;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.794;QD=12.3829;RBI=0.022404;REFB=-0.0171468;REVB=-0.0209528;RO=138;SAF=22;SAR=59;SRF=59;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195516;STB=0.611487;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0334972;OID=.;OPOS=132129810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:138:138:81:81:0.369863:59:22:59:79:59:22:59:79 chr2 132129841 . C A 735.3 PASS AF=0.395349;AO=88;DP=215;FAO=85;FDP=215;FR=.;FRO=130;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=-0.00183934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.194;QD=13.6801;RBI=0.0112159;REFB=0.00209119;REVB=0.0110641;RO=127;SAF=24;SAR=64;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191073;STB=0.596166;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00386677;OID=.;OPOS=132129841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:127:130:88:85:0.395349:64:24:55:72:61:24:55:75 chr2 132129844 . G A 731.89 PASS AF=0.401914;AO=84;DP=210;FAO=84;FDP=209;FR=.;FRO=125;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=-0.00810636;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.323;QD=14.0075;RBI=0.00897923;REFB=-0.00597314;REVB=0.00386181;RO=119;SAF=24;SAR=60;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167562;STB=0.588213;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.010752;OID=.;OPOS=132129844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:119:125:84:84:0.401914:60:24:51:68:60:24:52:73 chr2 132137239 . C T 2002.2 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00976638;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.775;QD=61.6063;RBI=0.038334;REFB=-0.0398807;REVB=0.037069;RO=1;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087192;STB=0.504586;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=2.71965e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:1:1:129:129:0.992308:54:75:0:1:54:75:0:1 chr2 132140090 . A C 2318.44 PASS AF=0.975309;AO=157;DP=162;FAO=158;FDP=162;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.011566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0678;QD=57.2455;RBI=0.137334;REFB=-0.218927;REVB=0.136846;RO=4;SAF=91;SAR=66;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279575;STB=0.501752;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00646032;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:162:162:4:4:157:158:0.975309:66:91:0:4:68:90:2:2 chr2 132140200 . C A 2910.4 PASS AF=0.970149;AO=195;DP=204;FAO=195;FDP=201;FR=.;FRO=6;FSAF=81;FSAR=114;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00286095;FXX=0.0147052;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.578;QD=57.9183;RBI=0.00837972;REFB=-0.00809803;REVB=0.00787622;RO=5;SAF=81;SAR=114;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000753755;STB=0.502598;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=9.53534e-05;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:204:201:5:6:195:195:0.970149:114:81:2:3:114:81:3:3 chr2 132141767 . A G 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.106;QD=58.226;RBI=0.0241076;REFB=0.0262272;REVB=0.0209023;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000228843;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:34:37:0:0:34:37:1:0 chr2 132200256 . T C 59.15 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0138881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.639;QD=5.258;RBI=0.0782053;REFB=-0.00963761;REVB=-0.0769623;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101175;STB=0.566355;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0270031;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:4:5:17:19:4:5:17:19 chr2 132200307 . G A 254.15 PASS AF=0.375;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0066998;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.645;QD=12.7074;RBI=0.0241774;REFB=-0.0208568;REVB=0.0232306;RO=50;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135304;STB=0.563409;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0235101;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:29:30:0.375:11:18:25:25:12:18:25:25 chr2 132200345 . C T 367.93 PASS AF=0.4;AO=43;DP=109;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0110372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.244;QD=13.3792;RBI=0.0349078;REFB=-0.0381969;REVB=-0.033117;RO=65;SAF=24;SAR=19;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211268;STB=0.513836;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0598003;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:65:66:43:44:0.4:19:24:35:30:19:25:36:30 chr2 132200529 . A G 345.36 PASS AF=0.45122;AO=38;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.125451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5984;QD=16.847;RBI=0.132021;REFB=-0.0255197;REVB=-0.0411293;RO=42;SAF=9;SAR=29;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610488;STB=0.585552;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0283957;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:45:38:37:0.45122:29:9:12:30:29:8:15:30 chr2 132201288 . A G 61.69 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0165561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.353;QD=3.08455;RBI=0.0171575;REFB=-0.00138769;REVB=-0.00450263;RO=67;SAF=7;SAR=5;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946468;STB=0.571011;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00719253;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:67:68:12:12:0.15:5:7:34:33:5:7:34:34 chr2 132201468 . G A 431.24 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0103736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0585;QD=17.7832;RBI=0.0267506;REFB=0.00124282;REVB=-0.0246573;RO=50;SAF=34;SAR=10;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317267;STB=0.686412;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00237348;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:53:44:44:0.453608:10:34:24:26:10:34:25:28 chr2 132201582 . A G 566.24 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00795712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8563;QD=24.6193;RBI=0.0643782;REFB=-0.0178476;REVB=-0.0638845;RO=39;SAF=33;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995985;STB=0.561005;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0141818;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:52:52:0.565217:19:33:20:19:19:33:20:20 chr2 132201663 . T C 444.31 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00757185;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.533;QD=22.7852;RBI=0.0240261;REFB=-0.0281497;REVB=-0.0228018;RO=35;SAF=25;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00832985;STB=0.504585;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0259702;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:35:43:43:0.551282:18:25:20:15:18:25:20:15 chr2 132201718 . T C 335.87 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.000668371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.915;QD=22.3915;RBI=0.0083596;REFB=5.50444e-05;REVB=-0.00833284;RO=25;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279969;STB=0.521726;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-8.52937e-05;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:34:34:0.566667:12:22:17:8:12:22:18:8 chr2 132201736 . C G 230.1 PASS AF=0.430769;AO=30;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0163247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7468;QD=14.1601;RBI=0.0178483;REFB=-0.0422441;REVB=-0.00721591;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148096;STB=0.611038;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0838872;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:37:30:28:0.430769:12:18:26:9:12:16:28:9 chr2 132201862 . C G 534.4 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.00537807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.243;QD=16.194;RBI=0.0063113;REFB=-0.00758941;REVB=-0.00330286;RO=73;SAF=30;SAR=28;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720106;STB=0.543532;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00787852;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:74:58:58:0.439394:28:30:43:30:28:30:44:30 chr2 132201889 . C A 535.02 PASS AF=0.471074;AO=54;DP=119;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0139541;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5725;QD=17.6866;RBI=0.0349771;REFB=-0.0175811;REVB=0.0320731;RO=63;SAF=29;SAR=25;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128482;STB=0.505665;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.015536;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:63:64:54:57:0.471074:25:29:33:30:27:30:33:31 chr2 132201930 . T C 328.96 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0405577;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1996;QD=15.3006;RBI=0.0411844;REFB=-0.00116563;REVB=0.00715733;RO=49;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124633;STB=0.501991;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00209974;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:21:15:21:28:21:15:21:29 chr2 132229720 . T C 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0260947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.719;QD=6.9514;RBI=0.0282506;REFB=-0.00416491;REVB=0.010824;RO=45;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32531;STB=0.685337;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0163998;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:46:16:16:0.258065:7:9:13:32:7:9:14:32 chr2 132237927 . C A 53.05 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0957545;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5079;QD=2.02081;RBI=0.0958404;REFB=0.00739914;REVB=-0.00405576;RO=93;SAF=3;SAR=9;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246376;STB=0.683613;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0137521;OID=.;OPOS=132237927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:106:105:93:93:12:12:0.114286:9:3:41:52:9:3:41:52 chr2 132248379 . T G 385.31 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0193992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7431;QD=17.9212;RBI=0.0547357;REFB=-0.00776546;REVB=-0.0511827;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113472;STB=0.555792;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0134096;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:22:18:15:30:22:18:16:30 chr2 132248584 . T C 364.6 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0208034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7328;QD=52.086;RBI=0.0242536;REFB=0.0206028;REVB=0.0124681;RO=1;SAF=6;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713041;STB=0.538432;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00950562;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:21:6:1:0:21:6:1:0 chr2 132266142 . G C 797.24 PASS AF=0.496933;AO=81;DP=169;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0156726;FXX=0.0355009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.816;QD=19.5642;RBI=0.0157191;REFB=-0.0115004;REVB=0.00120839;RO=80;SAF=39;SAR=42;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392929;STB=0.521576;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0124212;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:163:80:82:81:81:0.496933:42:39:42:38:42:39:43:39 chr2 132274474 . G A 345.62 PASS AF=0.352;AO=43;DP=124;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0155008;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.186;QD=11.0598;RBI=0.0163127;REFB=-0.0231161;REVB=0.00508238;RO=79;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656406;STB=0.53746;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0416528;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:79:81:43:44:0.352:22:21:34:45:23:21:34:47 chr2 132275343 . G T 394.05 PASS AF=0.471264;AO=39;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00318086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3767;QD=18.1174;RBI=0.0619542;REFB=0.00234084;REVB=0.0618725;RO=43;SAF=31;SAR=8;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154431;STB=0.615323;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00326209;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:46:39:41:0.471264:8:31:29:14:9:32:28:18 chr2 132275396 . T C 350.11 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00350891;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.401;QD=15.0586;RBI=0.00935187;REFB=-0.0118151;REVB=-0.00866862;RO=55;SAF=28;SAR=10;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279282;STB=0.659143;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0128486;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:55:55:38:38:0.408602:10:28:27:28:10:28:27:28 chr2 132277686 . C T 117.35 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0286137;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8476;QD=11.1766;RBI=0.028841;REFB=-0.00826697;REVB=0.00361377;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592259;STB=0.550286;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0166051;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:28:14:14:0.333333:5:9:16:11:5:9:16:12 chr2 132277962 . T C 298.32 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0935556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6301;QD=13.5599;RBI=0.0935586;REFB=-0.00648829;REVB=0.000749146;RO=54;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150295;STB=0.585318;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00914766;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:18:16:18:36:18:16:18:36 chr2 132277984 . G A 275.47 PASS AF=0.415584;AO=30;DP=75;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0664645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.957;QD=14.3103;RBI=0.066636;REFB=-0.00644522;REVB=0.00477853;RO=45;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16747;STB=0.593514;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0133228;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:45:45:30:32:0.415584:16:14:14:31:17:15:14:31 chr2 132286046 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00171838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.532;QD=5.44259;RBI=0.0207651;REFB=-0.00658717;REVB=-0.0206939;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581081;STB=0.538334;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0317867;OID=.;OPOS=132286046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:11:9:3:3:11:9 chr2 132286061 . A G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0170527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4234;QD=5.95729;RBI=0.0171168;REFB=-0.00487557;REVB=-0.00148077;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227371;OID=.;OPOS=132286061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:9:9:3:3:9:9 chr2 132287820 . TGGGC TGGC,TGGGT 523.28 PASS AF=0.227273,0.590909;AO=7,36;DP=63;FAO=15,39;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=5,25;FSAR=10,14;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0221645,0.0111413;FXX=0.0294074;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=14.6413,152.332;QD=31.7142;RBI=0.0762704,0.0155254;REFB=-0.162337,-0.0254266;REVB=-0.0729788,0.0108125;RO=11;SAF=1,24;SAR=6,12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0.588832,0;SSEP=0.239875,0;SSSB=-0.634566,-0.0759837;STB=0.714013,0.550537;STBP=0.018,0.236;TYPE=del,snp;VARB=0.127388,0.0275093;OID=.,.;OPOS=132287821,132287824;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.227273,0.590909:7,36:63:15,39:66:12:5,25:10,14:10:2:77:11:1,24:6,12:9:2 chr2 132290441 . G A 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0291904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.366;QD=2.09277;RBI=0.0297084;REFB=0.00149902;REVB=-0.00552351;RO=69;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335632;STB=0.741445;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0118316;OID=.;OPOS=132290441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:3:6:26:43:3:6:26:43 chr2 132909843 . T C 433.94 PASS AF=0.350649;AO=54;DP=154;FAO=54;FDP=154;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00577164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.43;QD=11.2711;RBI=0.00881433;REFB=0.000988933;REVB=0.00666188;RO=100;SAF=32;SAR=22;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836727;STB=0.547927;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0021464;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:100:100:54:54:0.350649:22:32:52:48:22:32:52:48 chr2 133010783 . A T 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0151471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.143;QD=2.66497;RBI=0.0269997;REFB=-0.00751459;REVB=-0.0223506;RO=61;SAF=7;SAR=3;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165301;STB=0.543389;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0342865;OID=.;OPOS=133010783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:61:64:10:10:0.135135:3:7:42:19:3:7:42:22 chr2 133010796 . C T 47.97 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0267943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.486;QD=2.4921;RBI=0.0273044;REFB=-0.00886355;REVB=0.00525289;RO=67;SAF=7;SAR=3;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795855;STB=0.557403;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0912838;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:77:77:67:67:10:10:0.12987:3:7:43:24:3:7:43:24 chr2 133010802 . T C 57.03 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.00933676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.044;QD=3.12502;RBI=0.0140045;REFB=-0.000371686;REVB=0.010438;RO=62;SAF=8;SAR=3;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116763;STB=0.58124;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00328037;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:62:62:11:11:0.150685:3:8:40:22:3:8:40:22 chr2 133010834 . TG CA 70.55 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0303737;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.014;QD=3.61807;RBI=0.0305242;REFB=-0.00838925;REVB=-0.00302733;RO=65;SAF=9;SAR=4;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649245;STB=0.543555;STBP=0.739;TYPE=mnp;VARB=0.0362528;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:65:65:13:13:0.166667:4:9:42:23:4:9:42:23 chr2 133010838 . G C 70.55 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0309228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.191;QD=3.61791;RBI=0.0343994;REFB=-0.00176438;REVB=0.0150698;RO=63;SAF=9;SAR=4;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367139;STB=0.543555;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0394001;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:63:65:13:13:0.166667:4:9:42:21:4:9:42:23 chr2 133010847 . CA TG 71.99 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0364084;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.749;QD=3.78903;RBI=0.0428178;REFB=-0.0046786;REVB=-0.0225342;RO=63;SAF=9;SAR=4;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800171;STB=0.553446;STBP=0.716;TYPE=mnp;VARB=0.0240344;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:78:76:63:63:13:13:0.171053:4:9:40:23:4:9:40:23 chr2 133011929 . C T 69.84 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00121013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7438;QD=6.6513;RBI=0.0462585;REFB=-0.0236656;REVB=-0.0462427;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212959;STB=0.63608;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0656834;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:15:17:7:3:15:17 chr2 133011933 . G A 69.18 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0149576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6748;QD=6.14908;RBI=0.0250982;REFB=0.00901558;REVB=0.0201542;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139174;STB=0.567431;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0571627;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:33:35:10:10:0.222222:6:4:17:16:6:4:17:18 chr2 133011947 . C G 63.29 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0420637;FXX=0.086192;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9586;QD=4.77644;RBI=0.0495112;REFB=0.00537836;REVB=0.0261153;RO=40;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697118;STB=0.585595;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0705402;OID=.;OPOS=133011947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:58:53:40:43:10:10:0.188679:7:3:14:26:7:3:17:26 chr2 133011948 . G A 134.06 PASS AF=0.218182;AO=9;DP=52;FAO=12;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.000538445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0266;QD=9.75004;RBI=0.00966902;REFB=-0.0177791;REVB=-0.00965401;RO=25;SAF=0;SAR=9;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.679295;STB=0.599854;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.16105;OID=.;OPOS=133011948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:52:55:25:32:9:12:0.218182:9:0:3:22:9:3:5:27 chr2 133011953 . T C 75.79 PASS AF=0.206897;AO=13;DP=55;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0416703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1316;QD=5.227;RBI=0.0722167;REFB=0.00521709;REVB=-0.0589817;RO=42;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16129;STB=0.575637;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0245245;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:55:58:42:46:13:12:0.206897:7:6:14:28:7:5:15:31 chr2 133011994 . T C 53.09 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=57;FWDB=-0.0133256;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.656;QD=2.46934;RBI=0.0220275;REFB=-0.00612605;REVB=-0.0175397;RO=73;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170206;STB=0.624192;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0365629;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:87:86:73:75:11:11:0.127907:7:4:18:55:7:4:18:57 chr2 133012005 . C T 110.56 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=-0.00389004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.712;QD=4.96886;RBI=0.00449859;REFB=-0.00813071;REVB=-0.00225939;RO=70;SAF=4;SAR=14;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126588;STB=0.5908;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0400969;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:71:18:18:0.202247:14:4:21:49:14:4:22:49 chr2 133012007 . T C 99.05 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=55;FWDB=-0.0250961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.946;QD=4.21484;RBI=0.0591052;REFB=-0.00219347;REVB=-0.0535127;RO=75;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182117;STB=0.610619;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0156015;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:75:77:17:17:0.180851:10:7:21:54:10:7:22:55 chr2 133012012 . C A 108.86 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0104457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.995;QD=4.68224;RBI=0.0798668;REFB=-0.00373559;REVB=0.0791807;RO=75;SAF=1;SAR=17;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556773;STB=0.879303;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0300506;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:75:75:18:18:0.193548:17:1:27:48:17:1:27:48 chr2 133012019 . A C 56.17 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=59;FWDB=-0.0160437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.203;QD=2.3403;RBI=0.0318247;REFB=-0.000388539;REVB=-0.0274847;RO=84;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507422;STB=0.535942;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0122444;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:84:84:12:12:0.125:8:4:25:59:8:4:25:59 chr2 133012022 . G A 107.27 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.0225127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.371;QD=4.42349;RBI=0.0325206;REFB=-0.00641715;REVB=-0.0234686;RO=79;SAF=5;SAR=13;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584268;STB=0.537888;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0289427;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:79:79:18:18:0.185567:13:5:25:54:13:5:25:54 chr2 133012034 . C G 285.01 PASS AF=0.224719;AO=22;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00177771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.988;QD=12.8095;RBI=0.0912311;REFB=-0.0133888;REVB=0.0912138;RO=46;SAF=5;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275165;STB=0.738853;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.140306;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:49:22:20:0.224719:17:5:20:26:17:3:20:29 chr2 133012061 . C T 64.55 PASS AF=0.138298;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.00892788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.263;QD=2.74665;RBI=0.0138858;REFB=-0.00594085;REVB=-0.0106352;RO=79;SAF=3;SAR=10;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18189;STB=0.621041;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0338904;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:94:79:81:13:13:0.138298:10:3:28:51:10:3:28:53 chr2 133012078 . C T 71.98 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0523155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8159;QD=2.99912;RBI=0.0784683;REFB=-0.00491592;REVB=-0.0584839;RO=82;SAF=3;SAR=11;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193832;STB=0.635981;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0355376;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:96:96:82:82:14:14:0.145833:11:3:28:54:11:3:28:54 chr2 133012079 . G A 149.16 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0174929;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.367;QD=6.15087;RBI=0.0576908;REFB=-0.00570906;REVB=0.0549748;RO=74;SAF=3;SAR=19;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393516;STB=0.756886;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0364073;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:74:75:22:22:0.226804:19:3:28:46:19:3:29:46 chr2 133012080 . A AC 195.3 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=95;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.032305;FXX=0.0842017;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0791;QD=8.97929;RBI=0.0414391;REFB=0.0502214;REVB=0.0259535;RO=59;SAF=5;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424389;STB=0.722838;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=-0.0727631;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390805:33:95:34:87:53:5:29:22:31:99:59:5:28:27:32 chr2 133012099 . G A 145.21 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00364176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.338;QD=5.80841;RBI=0.0351008;REFB=-0.00549214;REVB=-0.0349113;RO=78;SAF=4;SAR=18;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394366;STB=0.74975;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0337151;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:78:22:22:0.22:18:4:36:42:18:4:36:42 chr2 133012111 . T C 42.19 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0128472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.231;QD=1.77654;RBI=0.016733;REFB=0.000401924;REVB=-0.0107211;RO=80;SAF=2;SAR=8;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283497;STB=0.726778;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00882661;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:80:85:10:10:0.105263:8:2:33:47:8:2:36:49 chr2 133012126 . A C 95.97 PASS AF=0.184783;AO=15;DP=91;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0198155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.628;QD=4.17272;RBI=0.0217021;REFB=-0.00548129;REVB=-0.00885021;RO=75;SAF=6;SAR=9;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173495;STB=0.501318;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188709;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:91:92:75:75:15:17:0.184783:9:6:31:44:10:7:31:44 chr2 133012130 . C T 44.41 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.014316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.502;QD=2.09002;RBI=0.0143168;REFB=0.00081869;REVB=0.000151312;RO=74;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184183;STB=0.642384;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00807404;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:85:85:74:75:10:10:0.117647:7:3:33:41:7:3:34:41 chr2 133012147 . A G 67.02 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00890674;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.228;QD=3.88543;RBI=0.0115226;REFB=-0.000330299;REVB=-0.00731032;RO=57;SAF=3;SAR=9;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331292;STB=0.721423;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=2.01898e-05;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:57:57:12:12:0.173913:9:3:29:28:9:3:29:28 chr2 133012170 . CC AA 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00307212;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=135.601;QD=6.25201;RBI=0.00520709;REFB=-0.00278454;REVB=-0.00420427;RO=39;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328879;STB=0.710721;STBP=0.143;TYPE=mnp;VARB=0.00537439;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:8:3:21:18:8:3:21:18 chr2 133012182 . C T 77.44 PASS AF=0.22449;AO=9;DP=46;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0334938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.003;QD=6.32194;RBI=0.0336755;REFB=-0.0150072;REVB=-0.0034934;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35558;STB=0.701913;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0394736;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:46:49:36:38:9:11:0.22449:7:2:18:18:8:3:20:18 chr2 133012250 . T C 46.05 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=67;FWDB=-0.0088622;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.043;QD=1.75417;RBI=0.0438716;REFB=-0.00496542;REVB=-0.0429672;RO=92;SAF=3;SAR=8;SRF=27;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303193;STB=0.516099;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0590493;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:105:92:94:11:11:0.104762:8:3:27:65:8:3:27:67 chr2 133012267 . T C 779.76 PASS AF=0.645455;AO=67;DP=105;FAO=71;FDP=110;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0567801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.851;QD=28.3549;RBI=0.0571233;REFB=-0.0229013;REVB=0.00625189;RO=37;SAF=16;SAR=51;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138124;STB=0.568434;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0111453;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:37:39:67:71:0.645455:51:16:15:22:53:18:16:23 chr2 133012274 . T C 747.35 PASS AF=0.621622;AO=67;DP=110;FAO=69;FDP=111;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0119845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.459;QD=26.9316;RBI=0.0151864;REFB=-0.0155759;REVB=0.00932731;RO=42;SAF=15;SAR=52;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184532;STB=0.593906;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0118164;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:42:42:67:69:0.621622:52:15:18:24:53:16:18:24 chr2 133012309 . A G 857.09 PASS AF=0.690909;AO=72;DP=107;FAO=76;FDP=110;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.000722958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.306;QD=31.1668;RBI=0.00176008;REFB=-0.0234657;REVB=-0.00160475;RO=32;SAF=19;SAR=53;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119489;STB=0.538726;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0185447;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:32:34:72:76:0.690909:53:19:14:18:53:23:14:20 chr2 133012349 . AT AC,GA 31.64 PASS AF=0.171429,0;AO=6,2;DP=37;FAO=6,0;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2,0;FSAR=4,0;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00456041,-0.00901289;FXX=0.0540395;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=128.996,261.956;QD=3.61561;RBI=0.00777537,0.00907968;REFB=-0.00422359,0.00159526;REVB=-0.00629754,-0.00109928;RO=29;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=9;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.031286,-0.391533;STB=0.521668,0.5;STBP=0.954,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0768417,0;OID=.,.;OPOS=133012350,133012349;OREF=T,AT;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:37:35:29:29:6,2:6,0:0.171429,0:4,2:2,0:9:20:4,0:2,0:9:20 chr2 133012369 . A G 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.012918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7223;QD=5.69578;RBI=0.0734938;REFB=-0.0176762;REVB=-0.0723496;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248376;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0559828;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:5:4:14:19:5:4:14:19 chr2 133012401 . G A 91.0 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0250913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.632;QD=6.06689;RBI=0.0258821;REFB=-0.00189468;REVB=-0.00634861;RO=45;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18076;STB=0.619551;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0162967;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:45:46:14:14:0.233333:6:8:19:26:6:8:19:27 chr2 133012414 . G A 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00635597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.743;QD=9.40176;RBI=0.0150262;REFB=-0.0100738;REVB=-0.0136158;RO=43;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940756;STB=0.555501;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.028796;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:10:10:18:25:10:10:18:25 chr2 133012432 . G C 35.12 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0247254;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.653;QD=1.84853;RBI=0.0316716;REFB=0.00141973;REVB=-0.0197925;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146605;STB=0.6123;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0120094;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:5:3:34:34:5:3:34:34 chr2 133012439 . A AGAAC,C 210.47 PASS AF=0.181818,0.121212;AO=16,12;DP=99;FAO=18,12;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=13,12;FSAR=5,0;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00567906,-0.0252183;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=233.421,79.1062;QD=8.50362;RBI=0.0209443,0.0281548;REFB=-0.00229191,-0.00349082;REVB=-0.0201596,-0.0125193;RO=68;SAF=12,12;SAR=4,0;SRF=33;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.342308,0.705881;STB=0.688526,0.999054;STBP=0.086,0;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0121662,-0.0167373;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:69:16,12:18,12:0.181818,0.121212:4,0:12,12:33:35:5,0:13,12:34:35 chr2 133012457 . C T 58.08 PASS AF=0.0795455;AO=21;DP=263;FAO=21;FDP=264;FR=.;FRO=243;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=116;FSRR=127;FWDB=0.00620759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.498;QD=0.879924;RBI=0.0196753;REFB=-0.00267814;REVB=-0.0186704;RO=240;SAF=12;SAR=9;SRF=114;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11027;STB=0.586125;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0182055;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:263:264:240:243:21:21:0.0795455:9:12:114:126:9:12:116:127 chr2 133012458 . GT AC 2461.79 PASS AF=0.746212;AO=194;DP=264;FAO=197;FDP=264;FR=.;FRO=67;FSAF=93;FSAR=104;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0079077;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.816;QD=37.2998;RBI=0.0138083;REFB=-0.0254704;REVB=0.0113198;RO=67;SAF=93;SAR=101;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207408;STB=0.512788;STBP=0.478;TYPE=mnp;VARB=0.00462861;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:67:67:194:197:0.746212:101:93:35:32:104:93:35:32 chr2 133012465 . C T 44.13 PASS AF=0.0652174;AO=20;DP=322;FAO=21;FDP=322;FR=.;FRO=301;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=139;FSRR=162;FWDB=0.0505533;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.893;QD=0.548258;RBI=0.0538758;REFB=-0.000248012;REVB=-0.018627;RO=301;SAF=11;SAR=9;SRF=139;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932535;STB=0.601488;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0136277;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:322:322:301:301:20:21:0.0652174:9:11:139:162:9:12:139:162 chr2 133012504 . A G 3900.66 PASS AF=0.803815;AO=294;DP=367;FAO=295;FDP=367;FR=.;FRO=72;FSAF=147;FSAR=148;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0127645;FXX=0.00541991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.444;QD=42.514;RBI=0.0151244;REFB=-0.0153415;REVB=-0.00811255;RO=72;SAF=146;SAR=148;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115792;STB=0.505782;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00278404;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:72:72:294:295:0.803815:148:146:38:34:148:147:38:34 chr2 133012508 . TG CA,CG 4145.43 PASS AF=0.0527778,0.808333;AO=15,282;DP=353;FAO=19,291;FDP=360;FR=.;FRO=50;FSAF=12,150;FSAR=7,141;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0128553,0.00948706;FXX=0.019073;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.507,169.225;QD=46.0604;RBI=0.0167215,0.0532809;REFB=0.000685142,0.00261333;REVB=0.0106934,0.0524294;RO=50;SAF=12,147;SAR=3,135;SRF=23;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.434835,0.0174885;STB=0.624677,0.508136;STBP=0.223,0.482;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00215256,-0.000796754;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:353:360:50:50:15,282:19,291:0.0527778,0.808333:3,135:12,147:23:27:7,141:12,150:23:27 chr2 133012516 . T G 3531.08 PASS AF=0.781671;AO=255;DP=332;FAO=290;FDP=371;FR=.;FRO=81;FSAF=148;FSAR=142;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0293536;FXX=0.0026881;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.6028;QD=38.071;RBI=0.0448006;REFB=-0.0511283;REVB=0.0338446;RO=76;SAF=140;SAR=115;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989968;STB=0.504482;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.010693;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:371:76:81:255:290:0.781671:115:140:40:36:142:148:43:38 chr2 133012517 . T G 48.12 PASS AF=0.077957;AO=31;DP=369;FAO=29;FDP=372;FR=.;FRO=343;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=184;FSRR=159;FWDB=-0.0193865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.8611;QD=0.51741;RBI=0.0513807;REFB=-0.00571245;REVB=-0.047583;RO=338;SAF=7;SAR=24;SRF=183;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365156;STB=0.768148;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.234559;OID=.;OPOS=133012517;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:369:372:338:343:31:29:0.077957:24:7:183:155:22:7:184:159 chr2 133012523 . A G 4035.63 PASS AF=0.816216;AO=302;DP=370;FAO=302;FDP=370;FR=.;FRO=68;FSAF=155;FSAR=147;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00464827;FXX=0.00269535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.686;QD=43.6284;RBI=0.0147977;REFB=-0.017671;REVB=0.0140487;RO=68;SAF=155;SAR=147;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000507701;STB=0.500269;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00120717;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:68:68:302:302:0.816216:147:155:35:33:147:155:35:33 chr2 133012542 . T C 4245.68 PASS AF=0.858333;AO=305;DP=360;FAO=309;FDP=360;FR=.;FRO=51;FSAF=163;FSAR=146;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00835091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.348;QD=47.1742;RBI=0.0119637;REFB=-0.00938844;REVB=-0.00856689;RO=50;SAF=161;SAR=144;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181473;STB=0.50808;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0010976;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:360:50:51:305:309:0.858333:144:161:23:27:146:163:24:27 chr2 133012571 . T C 4261.56 PASS AF=0.868195;AO=300;DP=348;FAO=303;FDP=349;FR=.;FRO=46;FSAF=169;FSAR=134;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0170427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.455;QD=48.8432;RBI=0.017806;REFB=-0.0109296;REVB=0.00515749;RO=47;SAF=167;SAR=133;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284658;STB=0.516365;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00116583;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:349:47:46:300:303:0.868195:133:167:21:26:134:169:20:26 chr2 133012612 . T C 1919.72 PASS AF=0.815642;AO=130;DP=163;FAO=146;FDP=179;FR=.;FRO=33;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0436094;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.42;QD=42.8987;RBI=0.0448132;REFB=-0.00707462;REVB=-0.0103172;RO=33;SAF=48;SAR=82;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100703;STB=0.504529;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00136283;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:179:33:33:130:146:0.815642:82:48:13:20:85:61:13:20 chr2 133012633 . A G 150.43 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00872052;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.935;QD=16.7147;RBI=0.0107984;REFB=-0.0030145;REVB=0.00636854;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463469;STB=0.529329;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0203715;OID=.;OPOS=133012633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:36:36:18:18:7:7:0.194444:4:3:7:11:4:3:7:11 chr2 133012642 . TT CC 127.07 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0264356;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=269.27;QD=11.2953;RBI=0.0370768;REFB=-0.0096727;REVB=0.0259971;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650601;STB=0.547109;STBP=0.669;TYPE=mnp;VARB=0.0205829;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:9:6:10:19:9:6:10:20 chr2 133012655 . A G 533.68 PASS AF=0.64;AO=47;DP=76;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00709436;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.729;QD=28.4631;RBI=0.0136758;REFB=-0.0072798;REVB=0.0116918;RO=27;SAF=11;SAR=36;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118133;STB=0.554598;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00258883;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:27:27:47:48:0.64:36:11:10:17:36:12:10:17 chr2 133012674 . A G 1029.98 PASS AF=0.902439;AO=73;DP=82;FAO=74;FDP=82;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00532997;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.963;QD=50.2429;RBI=0.0159997;REFB=-0.0621064;REVB=-0.0150858;RO=8;SAF=28;SAR=45;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168529;STB=0.50035;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00838703;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:8:8:73:74:0.902439:45:28:3:5:46:28:3:5 chr2 133012680 . A G 834.09 PASS AF=0.767442;AO=65;DP=86;FAO=66;FDP=86;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.028971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4497;QD=38.7949;RBI=0.0557664;REFB=0.0228029;REVB=-0.0476505;RO=20;SAF=26;SAR=39;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452654;STB=0.521685;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0087063;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:20:20:65:66:0.767442:39:26:10:10:39:27:10:10 chr2 133012688 . A G 787.1 PASS AF=0.765432;AO=62;DP=81;FAO=62;FDP=81;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0122881;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.173;QD=38.869;RBI=0.0212138;REFB=0.00365255;REVB=0.0172925;RO=19;SAF=24;SAR=38;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631457;STB=0.533873;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000177105;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:19:19:62:62:0.765432:38:24:10:9:38:24:10:9 chr2 133012691 . T C 1043.76 PASS AF=0.882353;AO=75;DP=85;FAO=75;FDP=85;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0114254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.43;QD=49.1179;RBI=0.0116442;REFB=-0.0570377;REVB=-0.00224658;RO=9;SAF=30;SAR=45;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780632;STB=0.536222;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00203292;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:85:85:9:10:75:75:0.882353:45:30:7:2:45:30:7:3 chr2 133012712 . T C 1350.62 PASS AF=0.919192;AO=90;DP=98;FAO=91;FDP=99;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.029208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4936;QD=54.5705;RBI=0.0472381;REFB=-0.0303544;REVB=0.037126;RO=8;SAF=37;SAR=53;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257933;STB=0.513981;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00122901;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:98:99:8:8:90:91:0.919192:53:37:2:6:53:38:2:6 chr2 133012716 . A G 1136.32 PASS AF=0.868687;AO=86;DP=103;FAO=86;FDP=99;FR=.;FRO=13;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0225869;FXX=0.0388312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.96;QD=45.9119;RBI=0.0232957;REFB=-0.0110004;REVB=-0.0057029;RO=13;SAF=36;SAR=50;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864976;STB=0.504591;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00195532;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:103:99:13:13:86:86:0.868687:50:36:5:8:50:36:5:8 chr2 133012797 . C CCG 193.86 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00144326;FXX=0.214235;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.523;QD=23.4985;RBI=0.0431237;REFB=-0.0212327;REVB=0.0430995;RO=44;SAF=7;SAR=11;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385734;STB=0.526852;STBP=0.785;TYPE=ins;VARB=0.0447745;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:18:62:18:33:15:7:11:5:10:99:44:7:11:32:12 chr2 133012798 . TAAACT CGTCTT,TCTTGC,TGAACT 254.97 PASS AF=0.0909091,0.545455,0.0606061;AO=3,18,2;DP=39;FAO=3,18,2;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=2,7,1;FSAR=1,11,1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00168365,0.00701651,0.00675397;FXX=0.153807;HRUN=1,3,3;LEN=5,5,1;MLLD=141.169,193.169,72.5188;QD=30.9053;RBI=0.00373783,0.0100871,0.032563;REFB=0.0189076,0.0148381,0.0570767;REVB=0.00333717,0.00724696,0.0318549;RO=10;SAF=2,7,1;SAR=1,11,1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.477992,0.132283,0.33927;STB=0.816578,0.573199,0.748125;STBP=0.409,0.338,0.697;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.00450317,-0.0021934,0.0263804;OID=.,.,.;OPOS=133012798,133012799,133012799;OREF=TAAAC,AAACT,A;OALT=CGTCT,CTTGC,G;OMAPALT=CGTCTT,TCTTGC,TGAACT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:39:33:10:10:3,18,2:3,18,2:0.0909091,0.545455,0.0606061:1,11,1:2,7,1:2:8:1,11,1:2,7,1:2:8 chr2 133012807 . A G 231.95 PASS AF=0.575;AO=21;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0283404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.144;QD=23.195;RBI=0.032207;REFB=-0.0168711;REVB=0.0153007;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137421;STB=0.52836;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0204575;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:21:23:0.575:12:9:7:10:12:11:7:10 chr2 133012832 . T C 291.52 PASS AF=0.577778;AO=27;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00242507;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5458;QD=25.9129;RBI=0.00299467;REFB=0.0117913;REVB=-0.00175702;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848886;STB=0.539762;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.018914;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:27:26:0.577778:14:13:7:12:14:12:7:12 chr2 133012839 . T C 324.08 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.011759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.834;QD=28.8072;RBI=0.0283469;REFB=-0.0112123;REVB=0.0257929;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434396;STB=0.502391;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00413383;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:15:13:8:9:15:13:8:9 chr2 133012901 . T C 139.0 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00706679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.405;QD=15.4441;RBI=0.0161639;REFB=-0.00822482;REVB=-0.0145372;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251865;STB=0.610967;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0136229;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:11:4:10:10:11:5:10:10 chr2 133012903 . T C 57.76 PASS AF=0.236842;AO=7;DP=37;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0536694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1241;QD=6.07965;RBI=0.0537743;REFB=-0.00174434;REVB=-0.00335807;RO=29;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245282;STB=0.617913;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0133632;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:37:38:29:29:7:9:0.236842:5:2:14:15:6:3:14:15 chr2 133012923 . A T 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0248563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.858;QD=4.16604;RBI=0.024879;REFB=-0.00252977;REVB=0.0010611;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404998;STB=0.7711;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.010613;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:5:2:21:12:5:2:21:12 chr2 133012945 . T C 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0192327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.065;QD=3.43654;RBI=0.0193441;REFB=-0.0187333;REVB=0.00207255;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527972;STB=0.865037;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0437612;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:5:1:21:12:5:1:21:12 chr2 133012982 . GT AC 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0048957;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.967;QD=5.00556;RBI=0.0163573;REFB=0.00700081;REVB=-0.0156075;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439403;STB=0.781819;STBP=0.158;TYPE=mnp;VARB=-0.0267845;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:16:6:4:2:16:6 chr2 133013144 . A G 279.49 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0651;QD=22.8153;RBI=0.0439503;REFB=-0.0257126;REVB=-0.0368838;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692378;STB=0.568698;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0344932;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:23:26:26:0.530612:14:12:11:9:14:12:14:9 chr2 133013145 . C T 97.08 PASS AF=0.254545;AO=13;DP=54;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00289977;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.625;QD=7.06044;RBI=0.0356459;REFB=-0.0059069;REVB=-0.0355278;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299526;STB=0.527234;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0210719;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:54:55:37:41:13:14:0.254545:7:6:18:19:7:7:22:19 chr2 133013165 . G T 67.51 PASS AF=0.181818;AO=11;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00714093;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.777;QD=4.09137;RBI=0.00842032;REFB=-0.00488189;REVB=-0.00446194;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147648;STB=0.568413;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0359539;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:66:66:52:54:11:12:0.181818:4:7:27:25:5:7:27:27 chr2 133013175 . T G 777.72 PASS AF=0.880597;AO=59;DP=67;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00371977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4283;QD=46.4308;RBI=0.0385887;REFB=0.00717781;REVB=0.038409;RO=6;SAF=28;SAR=31;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333641;STB=0.53285;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00211733;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:6:8:59:59:0.880597:31:28:4:2:31:28:6:2 chr2 133013183 . A G 423.28 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0238247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.664;QD=23.8468;RBI=0.0247174;REFB=-0.00706514;REVB=0.00658263;RO=29;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146674;STB=0.515499;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00740233;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:30:41:41:0.577465:22:19:14:15:22:19:15:15 chr2 133013189 . A G 340.81 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00341132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8823;QD=18.4221;RBI=0.0233051;REFB=0.013644;REVB=0.0230541;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630911;STB=0.567975;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.012625;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:38:36:36:0.486486:17:19:15:18:17:19:15:23 chr2 133013201 . C G 821.46 PASS AF=0.863014;AO=60;DP=70;FAO=63;FDP=73;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=3.90232e-05;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.213;QD=45.0115;RBI=0.0115383;REFB=-0.0416009;REVB=0.0115383;RO=10;SAF=27;SAR=33;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135103;STB=0.50769;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00442208;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:70:73:10:10:60:63:0.863014:33:27:5:5:35:28:5:5 chr2 133013224 . A C,T 779.46 PASS AF=0.615385,0.205128;AO=46,16;DP=78;FAO=48,16;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=20,8;FSAR=28,8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0351558,0.00798273;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.3148,125.301;QD=39.9723;RBI=0.045663,0.0223203;REFB=-0.0105715,-0.0284923;REVB=0.0291407,0.020844;RO=15;SAF=18,8;SAR=28,8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0975868,-0.08522;STB=0.535504,0.533292;STBP=0.35,0.719;TYPE=snp,snp;VARB=0.00923909,-0.0431639;OID=.,.;OPOS=133013224,133013224;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:78:78:15:14:46,16:48,16:0.615385,0.205128:28,8:18,8:9:6:28,8:20,8:8:6 chr2 133013250 . C T 85.81 PASS AF=0.185185;AO=12;DP=78;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00529718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2391;QD=4.23743;RBI=0.008312;REFB=-0.000786854;REVB=-0.00640541;RO=66;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113609;STB=0.600196;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0240404;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:78:81:66:66:12:15:0.185185:6:6:27:39:7:8:27:39 chr2 133013266 . T G 268.67 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0180888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.056;QD=13.9567;RBI=0.0223719;REFB=-0.00409755;REVB=-0.0131642;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249193;STB=0.502957;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00179364;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:46:30:31:0.402597:17:13:21:25:17:14:21:25 chr2 133013270 . A G 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00130813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.232;QD=9.29733;RBI=0.018885;REFB=-0.00490509;REVB=-0.0188397;RO=51;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405067;STB=0.50239;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00547266;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:13:10:22:29:13:10:22:29 chr2 133013286 . AG CA 103.12 PASS AF=0.22;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0219646;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.078;QD=8.24941;RBI=0.0223721;REFB=-0.000740908;REVB=-0.00425031;RO=36;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418083;STB=0.768702;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=-0.0011074;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:51:50:36:36:11:11:0.22:9:2:18:18:9:2:18:18 chr2 133013318 . A G 286.28 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.014854;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.735;QD=23.3696;RBI=0.0422093;REFB=0.0014829;REVB=-0.0395093;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373912;STB=0.530589;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00081506;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:13:13:10:12:13:13:10:13 chr2 133013324 . C A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.028776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.046;QD=10.9727;RBI=0.031149;REFB=0.00304871;REVB=0.0119248;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34452;STB=0.703963;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0144632;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:5:10:11:20:5:10:11:20 chr2 133013327 . G T 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0293681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.795;QD=10.6984;RBI=0.0326854;REFB=-0.0158209;REVB=-0.0143475;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326627;STB=0.694192;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0205859;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:5:10:12:20:5:10:12:20 chr2 133013332 . T C 48.51 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.033261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7801;QD=3.88111;RBI=0.0368201;REFB=0.00244866;REVB=0.0157933;RO=42;SAF=1;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541995;STB=0.874064;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00957585;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:7:1:24:18:7:1:24:18 chr2 133013343 . T C 41.35 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0409548;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.49;QD=3.59584;RBI=0.0432366;REFB=0.0144483;REVB=0.0138604;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525292;STB=0.866455;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0436183;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:46:39:39:7:7:0.152174:6:1:23:16:6:1:23:16 chr2 133013351 . G A 126.17 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0122871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0123;QD=10.9716;RBI=0.0329703;REFB=0.0109751;REVB=0.0305952;RO=31;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450524;STB=0.770264;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0426858;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:3:12:13:18:3:12:13:18 chr2 133013378 . A G 264.21 PASS AF=0.510204;AO=22;DP=46;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0430764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.413;QD=21.5685;RBI=0.0440502;REFB=-0.0296701;REVB=0.00921104;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509796;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0281062;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:24:24:22:25:0.510204:11:11:12:12:12:13:12:12 chr2 133013388 . C T 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00305189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.496;QD=2.70715;RBI=0.0340762;REFB=-0.00726506;REVB=-0.0339393;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465008;STB=0.843481;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0695636;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:5:1:24:18:5:1:24:18 chr2 133013418 . A G 210.01 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0229794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.963;QD=21.5395;RBI=0.0229818;REFB=-0.00348313;REVB=0.000337386;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523046;STB=0.518779;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0122093;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:9:11:11:7:9:12:11:7 chr2 133013449 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0222395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1306;QD=17.0994;RBI=0.0234777;REFB=0.0118675;REVB=-0.00752399;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.519971;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0119866;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:6:8:7:7:6:8:8:7 chr2 133013461 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0298357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.416;QD=13.5044;RBI=0.0307611;REFB=0.0050602;REVB=0.00748833;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256974;STB=0.650908;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0438225;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:7:10:4:8:7:10 chr2 133013475 . A G 168.77 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00157911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2855;QD=24.1101;RBI=0.0198974;REFB=-0.0555624;REVB=0.0198346;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112978;STB=0.506322;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.037278;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:6:5:8:9:6:5 chr2 133013513 . A C 102.87 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0571343;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7376;QD=24.2043;RBI=0.0593761;REFB=-0.0598013;REVB=0.0161615;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.039917;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:17:17:3:4:9:9:0.529412:6:3:1:2:6:3:2:2 chr2 133013556 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0135603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.081;QD=9.56963;RBI=0.0218505;REFB=-0.00603818;REVB=0.0171337;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0113096;OID=.;OPOS=133013556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:5:10:6:2:5:10 chr2 133013567 . T C 80.53 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00246061;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.42;QD=15.3383;RBI=0.0215627;REFB=-0.00548308;REVB=-0.0214219;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684722;STB=0.515122;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00672653;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:12:11:10:10:0.47619:8:2:3:9:8:2:2:9 chr2 133013590 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.385;QD=49.5992;RBI=0.0388386;REFB=0;REVB=0.0207947;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426865;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr2 133013680 . G A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00617361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0863;QD=16.7846;RBI=0.031757;REFB=-0.0218189;REVB=-0.0311511;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125231;STB=0.570421;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0197807;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:18:15:17:12:18:15 chr2 133013687 . T C 89.06 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0150516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.622;QD=5.74609;RBI=0.0151402;REFB=-0.00747026;REVB=0.00163561;RO=47;SAF=3;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425749;STB=0.774249;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0168649;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:47:48:14:14:0.225806:11:3:26:21:11:3:27:21 chr2 133013695 . CA CG,TG 214.86 PASS AF=0.220339,0.220339;AO=13,13;DP=62;FAO=13,13;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8,2;FSAR=5,11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00109041,0.0157856;FXX=0.0483793;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=124.008,157.711;QD=14.5667;RBI=0.0115507,0.0579124;REFB=-0.00753004,-0.0150235;REVB=-0.0114991,-0.0557195;RO=33;SAF=8,2;SAR=5,11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.154589,-0.44761;STB=0.594448,0.779045;STBP=0.429,0.029;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000399187,0.039154;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:62:59:33:33:13,13:13,13:0.220339,0.220339:5,11:8,2:16:17:5,11:8,2:16:17 chr2 133013704 . G A 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0257209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.278;QD=6.50666;RBI=0.0377662;REFB=-0.0173181;REVB=-0.0276536;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225008;STB=0.638529;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0557751;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:6:9:19:27:6:9:19:27 chr2 133013756 . G A 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0263736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.514;QD=6.88062;RBI=0.038459;REFB=-0.000694666;REVB=-0.0279916;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207852;STB=0.630014;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00198031;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:5:7:16:23:5:7:16:23 chr2 133014592 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00523413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.029;QD=8.69791;RBI=0.0243376;REFB=-0.00507752;REVB=-0.0237681;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226678;STB=0.639616;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0114733;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:9:5:4:3:9:5 chr2 133014602 . G C 142.63 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0108368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.548;QD=22.8214;RBI=0.0132479;REFB=-0.0606528;REVB=-0.00762042;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164712;STB=0.592472;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00873279;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:7:3:8:7:7:3 chr2 133014612 . A C 146.54 PASS AF=0.615385;AO=14;DP=24;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00826685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.269;QD=22.5448;RBI=0.0265253;REFB=-0.0323952;REVB=0.0252042;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105825;STB=0.554389;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0256784;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:26:9:10:14:16:0.615385:5:9:7:2:7:9:7:3 chr2 133014619 . C T 53.16 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0221815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4676;QD=7.59388;RBI=0.147967;REFB=-0.00923661;REVB=0.146295;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306884;STB=0.519183;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.064063;OID=.;OPOS=133014619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:13:7:3:5:13:7 chr2 133014640 . C T 42.42 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0131479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.898;QD=5.65589;RBI=0.0134208;REFB=-0.00217394;REVB=-0.00269273;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450375;STB=0.555391;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00410519;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:30:22:23:7:7:0.233333:2:5:15:7:2:5:15:8 chr2 133014651 . A AC 94.4 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00449701;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6135;QD=13.4854;RBI=0.0322296;REFB=-0.0574854;REVB=0.0319143;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510156;STB=0.513496;STBP=0.908;TYPE=ins;VARB=0.0399219;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:14:30:15:28:13:10:5:9:4:73:15:10:4:10:5 chr2 133036630 . A G 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0082142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7377;QD=5.9927;RBI=0.0675396;REFB=-0.0131938;REVB=0.0670383;RO=36;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567746;STB=0.872967;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0619518;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:9:1:19:17:9:1:19:17 chr2 133036632 . G A 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.009612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.224;QD=7.48132;RBI=0.0220728;REFB=0.00371016;REVB=-0.01987;RO=36;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345842;STB=0.717016;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0333309;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:9:3:19:17:9:3:19:17 chr2 133036650 . T G 192.69 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00398564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8104;QD=13.7637;RBI=0.0243741;REFB=-0.0250537;REVB=0.024046;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117241;STB=0.557226;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0471859;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:13:19:11:12:14:19 chr2 133036661 . A AT 178.56 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0186003;FXX=0.0188644;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.1215;QD=13.7356;RBI=0.0279959;REFB=0.00701417;REVB=0.0209236;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917798;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=ins;VARB=-0.0068308;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403846:21:55:21:52:31:10:11:15:16:99:33:10:11:16:17 chr2 133036666 . AC A 191.15 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0362752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.558;QD=14.1595;RBI=0.0523272;REFB=0.0191476;REVB=-0.0377127;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147628;STB=0.503223;STBP=0.957;TYPE=del;VARB=-0.00995354;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:22:55:23:54:31:12:11:16:15:99:32:12:10:17:15 chr2 133036669 . G T 197.76 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00838719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.257;QD=14.6489;RBI=0.039278;REFB=-0.0137798;REVB=-0.038372;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565179;STB=0.503223;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0202125;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:16:15:11:12:16:15 chr2 133036693 . T G 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00680273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.682;QD=16.4055;RBI=0.0318533;REFB=-0.0200085;REVB=0.0311184;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187613;STB=0.51055;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0125533;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:21:16:14:17:21:16 chr2 133036697 . A G 280.23 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0170776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.729;QD=16.7301;RBI=0.0185829;REFB=-0.00507822;REVB=-0.00732652;RO=36;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338644;STB=0.519012;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00793079;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:14:17:21:15:14:17:21:15 chr2 133036704 . T C 225.74 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.000329231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.352;QD=13.2789;RBI=0.00596478;REFB=-0.00555911;REVB=-0.00595569;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771181;STB=0.555272;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00531648;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:41:26:27:0.397059:12:14:25:16:13:14:25:16 chr2 133036714 . A G 213.3 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0129829;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.722;QD=12.3651;RBI=0.0554636;REFB=-0.0116936;REVB=-0.0539227;RO=43;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469818;STB=0.527006;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0664889;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:43:26:26:0.376812:12:14:25:18:12:14:25:18 chr2 133036716 . G T 203.48 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000371776;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.366;QD=11.9692;RBI=0.0467223;REFB=-0.0151424;REVB=-0.0467208;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782858;STB=0.524184;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0205575;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:43:25:25:0.367647:12:13:22:15:12:13:24:19 chr2 133036742 . T C 140.59 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0330768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5038;QD=9.37281;RBI=0.0349795;REFB=-0.0125687;REVB=0.0113794;RO=40;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192254;STB=0.607359;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0146311;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:6:13:21:19:6:13:22:19 chr2 133036757 . A G 95.9 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.050483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.697;QD=6.85031;RBI=0.0505399;REFB=-0.0143576;REVB=-0.00239731;RO=41;SAF=11;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359004;STB=0.732978;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.085569;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:56:56:41:42:14:14:0.25:3:11:21:20:3:11:21:21 chr2 133037226 . T C 67.54 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00937538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.182;QD=12.2791;RBI=0.0108532;REFB=0.0109047;REVB=-0.00546754;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.631314;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00877283;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:22:11:13:9:9:0.409091:4:5:8:3:4:5:10:3 chr2 133037311 . C A 253.21 PASS AF=0.519231;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0152588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.989;QD=19.4775;RBI=0.0154495;REFB=-0.00765671;REVB=0.00241988;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111642;STB=0.535636;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.011726;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:25:27:0.519231:9:16:13:12:11:16:13:12 chr2 133037397 . C T 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0147729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.71;QD=24.1553;RBI=0.016968;REFB=-0.0134955;REVB=-0.00834706;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12456;STB=0.568583;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.013772;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:7:14:15:15:7:14 chr2 133037538 . A C 507.31 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0211602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.483;QD=41.4132;RBI=0.023953;REFB=-0.000733174;REVB=0.0112246;RO=10;SAF=1;SAR=37;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486344;STB=0.766635;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00109656;OID=.;OPOS=133037538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:10:11:38:38:0.77551:37:1:3:7:37:1:3:8 chr2 133037558 . T TTTTAA 549.66 PASS AF=0.906977;AO=35;DP=45;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0299463;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=250.763;QD=51.1308;RBI=0.0321414;REFB=-0.0089466;REVB=-0.0116745;RO=9;SAF=1;SAR=34;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384567;STB=0.649474;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=0.00172182;OID=.;OPOS=133037559;OREF=-;OALT=TTTAA;OMAPALT=TTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.906977:35:45:39:43:4:1:38:1:3:17:9:1:34:2:7 chr2 133037568 . T C 631.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4851;QD=61.656;RBI=0.0558902;REFB=0;REVB=0.0184702;RO=0;SAF=2;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614545;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:39:2:0:0:39:2:0:0 chr2 133037592 . CTA C 269.82 PASS AF=0.954545;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193772;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.588;QD=49.0573;RBI=0.0237325;REFB=-0.0355565;REVB=0.0137024;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666462;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.00298127;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954545:19:21:21:22:1:1:20:1:0:6:0:0:19:0:0 chr2 133037783 . G T 386.65 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00526596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.433;QD=20.8999;RBI=0.0108936;REFB=-0.0434814;REVB=-0.0095362;RO=35;SAF=23;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209206;STB=0.61559;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0265302;OID=.;OPOS=133037783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:16:23:12:23:16:23:12:23 chr2 133037812 . A G 990.76 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629618;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.744;QD=58.2798;RBI=0.072381;REFB=0;REVB=-0.0357045;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895328;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:38:28:0:0:38:30:0:0 chr2 133038166 . T C 34.43 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0237486;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8219;QD=3.82576;RBI=0.0542467;REFB=0.00670782;REVB=0.048772;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200694;STB=0.641031;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0173076;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:37:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:15:15:2:4:15:15 chr2 133038179 . AG CT 70.81 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0224679;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.601;QD=6.74358;RBI=0.0224841;REFB=-0.000572999;REVB=-0.000854126;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375095;STB=0.523762;STBP=0.882;TYPE=mnp;VARB=0.00166953;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:17:15:5:5:17:15 chr2 133038188 . T C 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0159038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2516;QD=8.11426;RBI=0.0532012;REFB=-0.00553757;REVB=-0.0507684;RO=39;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159259;STB=0.597269;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00696843;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:5:10:21:18:5:10:21:18 chr2 133038228 . C T 87.56 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.016645;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.193;QD=5.47251;RBI=0.0304068;REFB=-0.00224664;REVB=-0.0254464;RO=51;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167717;STB=0.613472;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00757864;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:65:64:51:50:14:14:0.21875:5:9:26:25:5:9:25:25 chr2 133038234 . C T 77.88 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.000633415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.685;QD=4.79244;RBI=0.00441053;REFB=-0.0197482;REVB=-0.00436481;RO=52;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144473;STB=0.593157;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0479134;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:52:52:13:13:0.2:5:8:26:26:5:8:26:26 chr2 133038264 . G A 58.42 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0376676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0946;QD=3.96069;RBI=0.0463371;REFB=0.00241219;REVB=0.0269866;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263091;STB=0.677838;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00857439;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:3:7:24:25:3:7:24:25 chr2 133038275 . C T 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0169945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.558;QD=3.4485;RBI=0.0222266;REFB=-0.00211159;REVB=0.0143252;RO=46;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177713;STB=0.624688;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00906271;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:3:5:22:24:3:5:22:24 chr2 133038280 . A C 40.71 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0160731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.321;QD=3.46477;RBI=0.027311;REFB=-0.0316065;REVB=-0.0220805;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170555;STB=0.581586;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.03683;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:47:35:40:7:7:0.148936:3:4:15:20:3:4:19:21 chr2 133038365 . G T 78.43 PASS AF=0.22;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00110263;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2016;QD=6.27451;RBI=0.0273356;REFB=0.0184507;REVB=0.0273134;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271609;STB=0.505485;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0112191;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:51:50:37:39:11:11:0.22:6:5:16:21:6:5:18:21 chr2 133038366 . C T 386.71 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0110839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2976;QD=30.3299;RBI=0.0115469;REFB=-0.00817034;REVB=0.00323711;RO=16;SAF=15;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417232;STB=0.522714;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0101128;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:20:15:8:8:20:15:8:8 chr2 133038378 . A G 102.1 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=47;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00209875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.819;QD=8.33479;RBI=0.00252442;REFB=-0.00338851;REVB=-0.00140284;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187159;STB=0.550948;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.010016;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:33:35:12:14:0.285714:5:7:14:19:7:7:15:20 chr2 133038383 . GC AT 103.01 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.013009;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.678;QD=8.5839;RBI=0.0134014;REFB=-0.0102006;REVB=-0.00321914;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222674;STB=0.653857;STBP=0.226;TYPE=mnp;VARB=0.028619;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:33:35:13:13:0.270833:5:8:14:19:5:8:14:21 chr2 133038400 . GA G 87.96 PASS AF=0.413043;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0763448;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.2119;QD=7.64897;RBI=0.132778;REFB=0.0438574;REVB=-0.108634;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712159;STB=0.504582;STBP=0.96;TYPE=del;VARB=-0.067975;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:17:46:19:46:27:9:10:13:14:87:25:7:10:12:13 chr2 133038421 . G C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0176329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.147;QD=13.7741;RBI=0.0296523;REFB=-0.00952417;REVB=-0.0238399;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509175;STB=0.529382;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0202649;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:17:14:10:10:17:14 chr2 133038491 . T C 188.62 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00937038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.215;QD=9.0903;RBI=0.0113864;REFB=-0.0105648;REVB=-0.00646885;RO=58;SAF=10;SAR=15;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178847;STB=0.605685;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0247529;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:15:10:32:26:15:10:32:26 chr2 133038501 . G A 135.2 PASS AF=0.25;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0242779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.429;QD=6.76017;RBI=0.0289899;REFB=-0.00473646;REVB=-0.0158429;RO=57;SAF=9;SAR=11;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15614;STB=0.611003;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0161186;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:57:60:20:20:0.25:11:9:33:24:11:9:36:24 chr2 133038515 . A G 100.74 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00750008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.062;QD=4.4772;RBI=0.0443338;REFB=-0.00249413;REVB=0.0436947;RO=72;SAF=7;SAR=10;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128728;STB=0.577336;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0170629;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:72:73:17:17:0.188889:10:7:37:35:10:7:37:36 chr2 133038530 . A G 116.92 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0089783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.161;QD=4.82143;RBI=0.0117742;REFB=-0.00318178;REVB=0.00761718;RO=78;SAF=7;SAR=12;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214075;STB=0.636221;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0117173;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:78:19:19:0.195876:12:7:42:36:12:7:42:36 chr2 133038543 . A G 85.47 PASS AF=0.15534;AO=15;DP=104;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0345188;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.256;QD=3.31934;RBI=0.0351261;REFB=-0.0109801;REVB=-0.00650347;RO=88;SAF=6;SAR=9;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125631;STB=0.611107;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0438744;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:104:103:88:87:15:16:0.15534:9:6:44:44:10:6:44:43 chr2 133038569 . T C 64.87 PASS AF=0.12844;AO=14;DP=109;FAO=14;FDP=109;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0201965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.821;QD=2.38056;RBI=0.0417631;REFB=-0.00380201;REVB=-0.0365549;RO=94;SAF=7;SAR=7;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013147;STB=0.504581;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0358603;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:109:109:94:95:14:14:0.12844:7:7:46:48:7:7:47:48 chr2 133038580 . C T 65.29 PASS AF=0.12844;AO=14;DP=109;FAO=14;FDP=109;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00308947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.406;QD=2.396;RBI=0.0122193;REFB=-0.0044805;REVB=-0.0118223;RO=93;SAF=7;SAR=7;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664989;STB=0.513742;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0220971;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:109:109:93:95:14:14:0.12844:7:7:47:46:7:7:49:46 chr2 133038625 . G A 72.01 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.00794553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.678;QD=3.00023;RBI=0.0440308;REFB=-0.00650728;REVB=-0.043308;RO=82;SAF=8;SAR=6;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11927;STB=0.581486;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0398443;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:96:96:82:82:14:14:0.145833:6:8:39:43:6:8:39:43 chr2 133038681 . T C 30.5 PASS AF=0.0789474;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=114;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=86;FWDB=-0.0174627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.18;QD=1.07001;RBI=0.0180183;REFB=-0.00395436;REVB=-0.00443979;RO=105;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457843;STB=0.823726;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0426828;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:114:105:105:9:9:0.0789474:4:5:19:86:4:5:19:86 chr2 133038686 . A G 697.3 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=61;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0142776;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.406;QD=24.9034;RBI=0.0193377;REFB=-0.0169203;REVB=0.0130421;RO=44;SAF=5;SAR=61;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472313;STB=0.759097;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00770918;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:44:46:66:66:0.589286:61:5:18:26:61:5:18:28 chr2 133038693 . A T 563.82 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=56;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0130053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.908;QD=21.0774;RBI=0.0131145;REFB=0.0117597;REVB=-0.00168934;RO=49;SAF=1;SAR=56;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.759093;STB=0.938544;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0072377;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:57:57:0.53271:56:1:21:28:56:1:22:28 chr2 133038724 . T C 233.42 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0460952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.26;QD=16.976;RBI=0.0472282;REFB=-0.0354156;REVB=-0.0102828;RO=26;SAF=1;SAR=25;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.744941;STB=0.923603;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0490128;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:29:26:26:0.472727:25:1:17:9:25:1:17:12 chr2 133038728 . CTA CGA,GGA,GGC 354.95 PASS AF=0.703704,0.185185,0.111111;AO=19,4,3;DP=29;FAO=19,5,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3,1;FSAR=9,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783849,0.0507349,0.0177745;FXX=0.0689417;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,3;MLLD=70.9667,58.0107,85.3367;QD=52.5846;RBI=0.0794164,0.0507352,0.0316192;REFB=0,0,0;REVB=0.0127585,-0.000191268,-0.0261503;RO=0;SAF=10,3,1;SAR=9,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.33753e-08,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.00829509,-0.018646,0.0258882;OID=.,.,.;OPOS=133038729,133038728,133038728;OREF=T,CT,CTA;OALT=G,GG,GGC;OMAPALT=CGA,GGA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:29:27:0:0:19,4,3:19,5,3:0.703704,0.185185,0.111111:9,1,2:10,3,1:0:0:9,2,2:10,3,1:0:0 chr2 133038744 . ATA ACA,GCG 37.19 PASS AF=0.25,0.125;AO=4,2;DP=17;FAO=4,2;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3,1;FSAR=1,1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0282677,-0.0267759;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=89.9945,201.831;QD=9.29645;RBI=0.0316252,0.0378064;REFB=0.00682317,-0.0103023;REVB=0.0141804,0.0266904;RO=10;SAF=3,1;SAR=1,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.282644,0;STB=0.691294,0.5;STBP=0.445,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0353572,0.00711995;OID=.,.;OPOS=133038745,133038744;OREF=T,ATA;OALT=C,GCG;OMAPALT=ACA,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:17:16:10:10:4,2:4,2:0.25,0.125:1,1:3,1:5:5:1,1:3,1:5:5 chr2 133038886 . A G 175.41 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.369;QD=46.7754;RBI=0.114154;REFB=0;REVB=-0.113839;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000924026;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr2 133039014 . A G 48.92 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0131004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.713;QD=3.99328;RBI=0.0240417;REFB=-0.00410183;REVB=-0.0201589;RO=41;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327506;STB=0.713849;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0221326;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:49:41:41:8:8:0.163265:4:4:31:10:4:4:31:10 chr2 133039048 . A G 58.96 PASS AF=0.1875;AO=10;DP=49;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0152601;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.284;QD=4.91335;RBI=0.0172753;REFB=-0.00770446;REVB=0.00809721;RO=38;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471287;STB=0.713878;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0244133;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:48:38:39:10:9:0.1875:7:3:27:11:5:4:28:11 chr2 133039061 . A G 41.05 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0233355;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2677;QD=3.42054;RBI=0.0322744;REFB=-0.00913996;REVB=-0.0222956;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303667;STB=0.708049;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0217942;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:48:48:41:41:7:7:0.145833:4:3:28:13:4:3:28:13 chr2 133039063 . T C 40.37 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0335427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.812;QD=3.29591;RBI=0.0348604;REFB=-0.00112696;REVB=0.00949401;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303667;STB=0.696127;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0126979;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:41:42:7:7:0.142857:4:3:28:13:4:3:28:14 chr2 133039074 . AT GC 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00215063;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.187;QD=3.4594;RBI=0.0424551;REFB=-0.00554825;REVB=-0.0424006;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233668;STB=0.662287;STBP=0.425;TYPE=mnp;VARB=0.0157776;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:25:15:4:3:25:15 chr2 133039090 . T C 59.14 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0212188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.51;QD=5.25701;RBI=0.0253393;REFB=-0.0158217;REVB=-0.0138507;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178715;STB=0.615148;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0411078;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:4:5:25:11:4:5:25:11 chr2 133039143 . C T 68.89 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00356723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8169;QD=7.06592;RBI=0.0112925;REFB=-0.0199821;REVB=0.0107142;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346902;STB=0.510617;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0883013;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:38:39:28:29:10:10:0.25641:4:6:16:12:4:6:17:12 chr2 133039156 . TG CA,CG 210.05 PASS AF=0.282609,0.195652;AO=13,9;DP=47;FAO=13,9;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7,8;FSAR=6,1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0114496,-0.0225114;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=168.395,128.129;QD=18.2651;RBI=0.0132211,0.0274822;REFB=-0.0157036,-0.00974227;REVB=-0.006611,-0.0157643;RO=24;SAF=7,8;SAR=6,1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0494956,0.459965;STB=0.529367,0.7992;STBP=0.809,0.085;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0271949,-0.00601892;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:13,9:13,9:0.282609,0.195652:6,1:7,8:14:10:6,1:7,8:14:10 chr2 133039164 . C T 136.94 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00203653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.091;QD=11.1791;RBI=0.0049699;REFB=-0.0203306;REVB=0.00453348;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190328;STB=0.612112;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0296624;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:22:11:8:8:22:11 chr2 133039166 . T C 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0480859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0244;QD=5.42447;RBI=0.160026;REFB=0.0104371;REVB=-0.152631;RO=39;SAF=9;SAR=1;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519607;STB=0.856327;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0692945;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:39:40:10:10:0.2:1:9:21:18:1:9:21:19 chr2 133039171 . C G 57.81 PASS AF=0.183673;AO=8;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.020996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.676;QD=4.7189;RBI=0.0600432;REFB=-0.0113239;REVB=0.0562526;RO=40;SAF=8;SAR=0;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.689739;STB=0.845694;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0244996;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:49:40:40:8:9:0.183673:0:8:21:19:1:8:21:19 chr2 133039176 . A G 58.32 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0036538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.392;QD=4.76059;RBI=0.0130701;REFB=0.000710693;REVB=-0.012549;RO=40;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502699;STB=0.845694;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00225675;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:1:8:21:19:1:8:21:19 chr2 133039217 . G GT 47.57 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=48;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0882152;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.163;QD=4.13681;RBI=0.170805;REFB=0.0269125;REVB=-0.146261;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10078;STB=0.515901;STBP=0.885;TYPE=ins;VARB=-0.0783646;OID=.;OPOS=133039218;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:6:48:14:46:32:8:6:19:13:47:41:3:3:24:17 chr2 133039221 . C T 112.52 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0465481;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7309;QD=9.57653;RBI=0.0465751;REFB=-0.00336629;REVB=0.0015838;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881337;STB=0.553116;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0101041;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:19:14:7:7:19:14 chr2 133281214 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.297;QD=57.5448;RBI=0.0686415;REFB=0;REVB=0.0391991;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06752e-05;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr2 133538651 . C T 483.46 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.000867366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.473;QD=17.5804;RBI=0.0165215;REFB=-0.00640157;REVB=-0.0164987;RO=57;SAF=30;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114155;STB=0.559049;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00826616;OID=.;OPOS=133538651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:57:58:52:52:0.472727:22:30:26:31:22:30:27:31 chr2 133539566 . G A 850.07 PASS AF=0.548611;AO=79;DP=144;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.00605487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.049;QD=23.613;RBI=0.00824634;REFB=-0.0198979;REVB=0.00559828;RO=65;SAF=36;SAR=43;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986886;STB=0.553833;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0152483;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:65:65:79:79:0.548611:43:36:22:43:43:36:22:43 chr2 133540634 . G C 392.38 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.108444;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4575;QD=13.5302;RBI=0.109241;REFB=-0.00398911;REVB=0.013169;RO=70;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069532;STB=0.539274;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00357011;OID=.;OPOS=133540634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:46:46:0.396552:26:20:26:44:26:20:26:44 chr2 133541422 . T A 1045.11 PASS AF=0.518135;AO=100;DP=195;FAO=100;FDP=193;FR=.;FRO=93;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=58;FWDB=0.0109159;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.348;QD=21.6603;RBI=0.0302425;REFB=0.00341332;REVB=-0.0282038;RO=92;SAF=52;SAR=48;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121771;STB=0.568938;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00269797;OID=.;OPOS=133541422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:193:92:93:100:100:0.518135:48:52:35:57:48:52:35:58 chr2 133541444 . T C 2511.17 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037013;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.481;QD=61.6239;RBI=0.00803189;REFB=0;REVB=-0.00712823;RO=0;SAF=78;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74467e-05;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:161:163:1:83:78:0:0:84:79:0:0 chr2 133541454 . A G 2283.55 PASS AF=0.987013;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0069503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.436;QD=59.313;RBI=0.00807297;REFB=-0.0381521;REVB=-0.00410685;RO=1;SAF=80;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590876;STB=0.500343;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=5.1923e-05;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:154:1:2:150:152:0.987013:70:80:1:0:72:80:1:1 chr2 133541575 . C T 943.85 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.062172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.133;QD=55.5204;RBI=0.0693231;REFB=-0.0671635;REVB=0.0306648;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.517852;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00244792;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:1:2:66:66:0.970588:27:39:0:1:27:39:0:2 chr2 133541792 . G C 517.9 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=139;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.029625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3775;QD=14.9037;RBI=0.0752136;REFB=-0.0197139;REVB=0.0691336;RO=82;SAF=22;SAR=35;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184335;STB=0.603718;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0263374;OID=.;OPOS=133541792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:82:82:57:57:0.410072:35:22:46:36:35:22:46:36 chr2 133542014 . T C 1983.46 PASS AF=1;AO=96;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468923;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1691;QD=61.9832;RBI=0.113407;REFB=0;REVB=0.103258;RO=0;SAF=74;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868143;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:96:128:1:22:74:0:0:47:81:0:0 chr2 133542545 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.5;QD=58.1407;RBI=0.0578613;REFB=0;REVB=-0.0533913;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000575589;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr2 133554288 . A G 996.47 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2989;QD=58.6157;RBI=0.137019;REFB=0;REVB=-0.00253678;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130424;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:40:27:1:0:40:28:0:0 chr2 134884700 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.46;QD=63.8711;RBI=0.0134047;REFB=0;REVB=0.00149333;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32702e-05;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr2 135710322 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3937;QD=61.336;RBI=0.0945173;REFB=0;REVB=-0.0240082;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943195;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr2 135711516 . C T 78.72 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.7308;QD=34.9844;RBI=0.176759;REFB=0;REVB=0.102998;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240763;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:6:9:1:2:4:0:0:4:5:0:0 chr2 135711657 . G A 706.7 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.212;QD=62.8177;RBI=0.0565998;REFB=0;REVB=0.0319848;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83775e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:24:18:0:0:25:20:0:0 chr2 135740863 . C A 800.69 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.883;QD=57.192;RBI=0.0426464;REFB=0;REVB=-0.00392234;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.80853e-05;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:42:13:0:0:43:13:0:0 chr2 135744007 . T C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7282;QD=51.1783;RBI=0.0604269;REFB=0;REVB=0.0506405;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508248;OID=.;OPOS=135744007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr2 135744416 . C G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7749;QD=51.1827;RBI=0.0652462;REFB=0;REVB=0.0623341;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217705;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr2 135745545 . C T 740.19 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3653;QD=56.9373;RBI=0.0595937;REFB=0;REVB=0.0228008;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506602;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr2 135745722 . A G 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00580123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.572;QD=57.3928;RBI=0.0254442;REFB=0.0624678;REVB=-0.024774;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.509086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00075399;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:37:37:0.973684:10:27:0:0:10:27:1:0 chr2 135893372 . A G 595.99 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0335389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.711;QD=51.8251;RBI=0.0458315;REFB=-0.120271;REVB=0.0312357;RO=3;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076479;STB=0.510912;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00268938;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:46:46:3:4:41:42:0.913043:25:16:1:2:26:16:2:2 chr2 135911422 . T C 1290.9 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0229944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6173;QD=59.3518;RBI=0.0427028;REFB=-0.0795532;REVB=0.0359832;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501799;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00123653;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:0:2:84:85:0.977011:49:35:0:0:49:36:1:1 chr2 136262011 . A G 202.75 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00927776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.378;QD=13.0804;RBI=0.00975138;REFB=-0.0236432;REVB=0.00300209;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460265;STB=0.536394;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0325215;OID=.;OPOS=136262011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:10:14:20:17:10:15:20:17 chr2 136393658 . A G 1116.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.475;QD=60.3309;RBI=0.0601251;REFB=0;REVB=0.0261671;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210669;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:35:36:0:0:35:39:0:0 chr2 136396234 . A G 182.28 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00807814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.199;QD=11.5731;RBI=0.00809602;REFB=0.000516798;REVB=0.000537778;RO=34;SAF=16;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134425;STB=0.56784;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00126728;OID=.;OPOS=136396234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:40:22:23:0.365079:6:16:21:13:7:16:24:16 chr2 136396300 . T C 837.0 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016651;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8743;QD=57.7238;RBI=0.0223837;REFB=0;REVB=0.0149591;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133049;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr2 136407479 . A G 1346.9 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154558;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.521;QD=62.6464;RBI=0.0172615;REFB=0;REVB=-0.00768619;RO=0;SAF=63;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97705e-06;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:21:63:0:0:22:64:0:0 chr2 136511817 . A G 517.55 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.00478673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6656;QD=22.7495;RBI=0.00942008;REFB=-0.0185157;REVB=-0.00811327;RO=42;SAF=39;SAR=10;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130457;STB=0.507184;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0211346;OID=.;OPOS=136511817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:10:39:33:9:10:39:33:9 chr2 136537941 . C G 288.62 PASS AF=0.492308;AO=30;DP=62;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0253338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.554;QD=17.7614;RBI=0.0262937;REFB=-0.011245;REVB=0.0070398;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506845;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0130528;OID=.;OPOS=136537941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:30:33:30:32:0.492308:14:16:16:14:14:18:19:14 chr2 136546110 . A G 204.41 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0318614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.134;QD=12.5793;RBI=0.0427538;REFB=-0.00170462;REVB=0.0285085;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216507;STB=0.607276;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00395693;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:40:24:25:0.384615:9:15:17:23:10:15:17:23 chr2 136555659 . T C 1094.71 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.356;QD=59.984;RBI=0.0462452;REFB=0;REVB=0.0442666;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94511e-05;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr2 136561557 . G A 375.3 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=-0.00466145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0021;QD=13.7725;RBI=0.01346;REFB=-0.000535448;REVB=-0.0126271;RO=65;SAF=23;SAR=21;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215746;STB=0.620988;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000591798;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:21:23:47:18:21:23:47:18 chr2 136575199 . G T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0261384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.603;QD=23.0942;RBI=0.0821099;REFB=0.0314965;REVB=0.0778385;RO=11;SAF=16;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391966;STB=0.768801;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0138629;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:1:16:8:3:1:16:8:4 chr2 136575534 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.918;QD=47.8218;RBI=0.0300339;REFB=0;REVB=0.0107892;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137626;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr2 136590746 . C T 651.98 PASS AF=0.60396;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0181923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9155;QD=25.8209;RBI=0.033338;REFB=0.000505157;REVB=0.0279367;RO=40;SAF=31;SAR=30;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133221;STB=0.572377;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.000141942;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:40:40:61:61:0.60396:30:31:13:27:30:31:13:27 chr2 136594158 . G A 342.07 PASS AF=0.335938;AO=42;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0063184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.122;QD=10.6898;RBI=0.00691331;REFB=-0.0163426;REVB=-0.00280565;RO=85;SAF=20;SAR=22;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207652;STB=0.503815;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0320152;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:85:85:42:43:0.335938:22:20:42:43:22:21:42:43 chr2 136700927 . T C 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00106109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.68;QD=19.9672;RBI=0.00347319;REFB=-0.0130797;REVB=0.00330713;RO=26;SAF=21;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178571;STB=0.599927;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00855589;OID=.;OPOS=136700927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:8:21:14:12:8:21:14:12 chr2 136743080 . G C 160.6 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0359491;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.285;QD=8.68118;RBI=0.036438;REFB=-0.0161416;REVB=-0.00594894;RO=52;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278354;STB=0.663325;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0312124;OID=.;OPOS=136743080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:10:12:16:36:10:12:16:36 chr2 137917922 . T A 545.62 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0275825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.909;QD=21.1892;RBI=0.0276032;REFB=-0.0101289;REVB=-0.00106708;RO=47;SAF=16;SAR=39;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109023;STB=0.55644;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00973103;OID=.;OPOS=137917922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:48:55:55:0.533981:39:16:19:28:39:16:19:29 chr2 137928506 . G A 737.85 PASS AF=0.569106;AO=70;DP=123;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00572049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.752;QD=23.995;RBI=0.0063676;REFB=0.000291849;REVB=0.00279685;RO=53;SAF=32;SAR=38;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944509;STB=0.551449;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.000182037;OID=.;OPOS=137928506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:53:70:70:0.569106:38:32:18:35:38:32:18:35 chr2 138030234 . C T 620.96 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0432907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.797;QD=15.6217;RBI=0.0439532;REFB=-0.0175663;REVB=-0.00760207;RO=89;SAF=30;SAR=39;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803797;STB=0.507244;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0204998;OID=.;OPOS=138030234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:90:69:69:0.433962:39:30:38:51:39:30:38:52 chr2 138237038 . C T 252.17 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0695805;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6866;QD=13.6306;RBI=0.0870917;REFB=-0.00126052;REVB=-0.0523787;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665137;STB=0.539901;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00083267;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:29:30:0.405405:13:16:21:22:13:17:22:22 chr2 138375972 . A T 436.34 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0420989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6574;QD=15.4456;RBI=0.0499082;REFB=-0.0157465;REVB=0.026805;RO=62;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135493;STB=0.567061;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0154899;OID=.;OPOS=138375972;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:64:49:49:0.433628:28:21:35:27:28:21:35:29 chr2 138420996 . A G 558.12 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.00395535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.77;QD=18.9194;RBI=0.0306459;REFB=-0.0161821;REVB=0.0303895;RO=60;SAF=29;SAR=29;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138169;STB=0.576245;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0238372;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:29:29:39:21:29:29:39:21 chr2 138773229 . G A 425.07 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.000289977;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.473;QD=18.4811;RBI=0.0540506;REFB=-0.00625986;REVB=-0.0540498;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265336;STB=0.514804;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00801183;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:19:24:26:23:19:24:26:23 chr2 139045855 . C T 275.77 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0515706;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.278;QD=12.9774;RBI=0.051671;REFB=-0.0156926;REVB=0.00321818;RO=53;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442999;STB=0.52537;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.019553;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:53:32:32:0.376471:17:15:27:26:17:15:27:26 chr2 139045929 . C T 306.1 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0177011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6007;QD=15.3047;RBI=0.0232765;REFB=-0.0116639;REVB=-0.0151151;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960207;STB=0.55422;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0119406;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:18:16:26:20:18:16:26:20 chr2 139045972 . T C 1043.76 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.48;QD=59.6434;RBI=0.0424196;REFB=0;REVB=-0.00818516;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020943;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr2 139045987 . C T 389.07 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0161779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.833;QD=18.7505;RBI=0.0348678;REFB=-0.0136544;REVB=-0.0308875;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789999;STB=0.544007;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0112029;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:23:20:22:18:23:20 chr2 139326879 . G C 505.24 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00983379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.15;QD=19.8133;RBI=0.0372627;REFB=-0.0189047;REVB=-0.0359417;RO=48;SAF=30;SAR=22;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432099;STB=0.511623;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0204719;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:50:52:52:0.509804:22:30:30:18:22:30:30:20 chr2 139621308 . C T 765.05 PASS AF=0.551471;AO=70;DP=133;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00709249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0987;QD=22.5013;RBI=0.0256644;REFB=-0.0416334;REVB=-0.0246649;RO=57;SAF=38;SAR=32;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299222;STB=0.519749;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0371857;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:57:61:70:75:0.551471:32:38:33:24:34:41:36:25 chr2 139621319 . A ATCT,T 902.29 PASS AF=0.672269,0.0336134;AO=72,7;DP=122;FAO=80,4;FDP=119;FR=.;FRO=35;FSAF=44,4;FSAR=36,0;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00169209,-0.0301324;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=162.456,75.8125;QD=30.3291;RBI=0.00245733,0.0310511;REFB=-0.0255225,-0.0367568;REVB=-0.00178194,-0.00749728;RO=38;SAF=41,5;SAR=31,2;SRF=22;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0062009,0.175318;STB=0.506595,0.996937;STBP=0.83,0.058;TYPE=ins,snp;VARB=0.00923439,-0.00759965;OID=.,.;OPOS=139621320,139621319;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:38:35:72,7:80,4:0.672269,0.0336134:31,2:41,5:22:16:36,0:44,4:20:15 chr2 139621325 . AG AA,TT 1495.26 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=96,6;DP=105;FAO=96,6;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=43,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309331,-0.00245592;FXX=0.0285687;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.7138,164.788;QD=58.6378;RBI=0.0387306,0.00334448;REFB=0,0;REVB=-0.0233067,0.00227025;RO=0;SAF=53,0;SAR=43,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00295671,-0.0177564;OID=.,.;OPOS=139621326,139621325;OREF=G,AG;OALT=A,TT;OMAPALT=AA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:105:102:0:0:96,6:96,6:0.941176,0.0588235:43,6:53,0:0:0:43,6:53,0:0:0 chr2 140979107 . C T 624.33 PASS AF=0.367347;AO=67;DP=196;FAO=72;FDP=196;FR=.;FRO=124;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.00251404;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.766;QD=12.7415;RBI=0.0488931;REFB=-0.0113386;REVB=-0.0488284;RO=96;SAF=32;SAR=35;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110638;STB=0.537928;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0205839;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:96:124:67:72:0.367347:35:32:56:40:38:34:66:58 chr2 141032088 . C T 403.62 PASS AF=0.335616;AO=49;DP=146;FAO=49;FDP=146;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.0194542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.997;QD=11.0581;RBI=0.0234287;REFB=-0.00996033;REVB=-0.0130551;RO=96;SAF=18;SAR=31;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721364;STB=0.538717;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0181908;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:96:97:49:49:0.335616:31:18:41:55:31:18:41:56 chr2 141260668 . A G 1577.24 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00597098;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8961;QD=57.8803;RBI=0.030653;REFB=0.0219156;REVB=0.0300658;RO=1;SAF=50;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939812;STB=0.509802;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00030445;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:1:2:107:107:0.981651:57:50:1:0:57:50:2:0 chr2 141571329 . T C 1901.26 PASS AF=1;AO=116;DP=121;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239291;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.733;QD=61.331;RBI=0.0331636;REFB=0;REVB=0.0229613;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1722e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:124:0:0:116:124:1:56:60:0:0:60:64:0:0 chr2 141707868 . G T 986.33 PASS AF=0.497512;AO=100;DP=200;FAO=100;FDP=201;FR=.;FRO=101;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=-0.0415847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.756;QD=19.6285;RBI=0.0439959;REFB=-0.011989;REVB=-0.014365;RO=99;SAF=49;SAR=51;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114152;STB=0.567047;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0156567;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:99:101:100:100:0.497512:51:49:61:38:51:49:63:38 chr2 141709419 . T G 340.79 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00902534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4738;QD=12.8598;RBI=0.00904995;REFB=-0.0234971;REVB=-0.000667011;RO=63;SAF=25;SAR=16;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939793;STB=0.545001;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0356213;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:65:41:41:0.386792:16:25:33:30:16:25:35:30 chr2 141751592 . G A 1613.4 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.214;QD=59.7556;RBI=0.0351854;REFB=0;REVB=0.0236743;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10842e-05;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:50:57:0:0:50:58:0:0 chr2 141816621 . A G 1165.8 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.629;QD=59.0277;RBI=0.038136;REFB=0.0744559;REVB=0.0315892;RO=2;SAF=47;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197128;STB=0.505153;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000108657;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:2:1:77:78:0.987342:30:47:2:0:30:48:1:0 chr2 142871296 . C T 572.55 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0193852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.463;QD=17.7533;RBI=0.0202892;REFB=-0.00167666;REVB=0.00598871;RO=68;SAF=39;SAR=21;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177092;STB=0.595148;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00169918;OID=.;OPOS=142871296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:69:60:60:0.465116:21:39:32:36:21:39:33:36 chr2 143798189 . A G 523.59 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0109279;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.384;QD=15.5138;RBI=0.0235221;REFB=-0.00452878;REVB=-0.0208295;RO=76;SAF=36;SAR=21;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566398;STB=0.540969;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00448794;OID=.;OPOS=143798189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:76:78:57:57:0.422222:21:36:44:32:21:36:44:34 chr2 143849094 . G A 1262.87 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7509;QD=61.6036;RBI=0.0168019;REFB=0;REVB=0.0121482;RO=0;SAF=56;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148025;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:26:56:0:0:26:56:0:0 chr2 144899559 . C A 1801.83 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0665325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3634;QD=60.061;RBI=0.0899137;REFB=0.0850556;REVB=-0.0604806;RO=1;SAF=56;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840652;STB=0.504424;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00148991;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:63:56:1:0:63:56:1:0 chr2 145146084 . AAT A,AA,AAA 48.16 PASS AF=0.179487,0.205128,0.025641;AO=6,6,8;DP=50;FAO=7,8,1;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3,4,0;FSAR=4,4,1;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.143594,-0.0169194,0.105536;FXX=0.0930016;HRUN=8,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=10.8475,7.20915,7.38444;QD=4.9392;RBI=0.149961,0.0992743,0.118077;REFB=-0.0863184,-0.149241,-0.0864274;REVB=0.0432297,0.0978219,0.0529573;RO=24;SAF=5,1,0;SAR=1,5,8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.258062,-0.555674,-0.781508;STB=0.571225,0.516089,0.990172;STBP=0.716,0.934,0.456;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0495438,0.0749564,-0.0930876;OID=.,.,.;OPOS=145146085,145146086,145146086;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179487,0.205128,0.025641:6,6,8:50:7,8,1:39:23:3,4,0:4,4,1:12:11:25:24:5,1,0:1,5,8:16:8 chr2 149449185 . G A 414.1 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0158852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.401;QD=15.0583;RBI=0.0175907;REFB=-0.00867001;REVB=-0.00755596;RO=62;SAF=19;SAR=28;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657695;STB=0.532896;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0114322;OID=.;OPOS=149449185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:28:19:29:33:28:19:29:34 chr2 149791530 . G A 528.76 PASS AF=0.478632;AO=46;DP=107;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0170842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.94;QD=18.0773;RBI=0.0245694;REFB=-0.0437736;REVB=0.0176574;RO=61;SAF=17;SAR=29;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192757;STB=0.548429;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0431984;OID=.;OPOS=149791530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:117:61:61:46:56:0.478632:29:17:34:27:30:26:34:27 chr2 150432976 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.333;QD=63.2868;RBI=0.0274437;REFB=0;REVB=0.0193546;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09604e-05;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr2 151219315 . C T 1479.22 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427782;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.207;QD=63.6223;RBI=0.043459;REFB=0;REVB=0.00766259;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116819;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr2 152118271 . G A 869.41 PASS AF=0.554795;AO=81;DP=146;FAO=81;FDP=146;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0020751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.04;QD=23.8193;RBI=0.00357882;REFB=-0.0334487;REVB=0.0029158;RO=63;SAF=40;SAR=41;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622211;STB=0.533539;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0337628;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:63:65:81:81:0.554795:41:40:36:27:41:40:37:28 chr2 152118275 . A G 857.16 PASS AF=0.558621;AO=80;DP=143;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0706331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5951;QD=23.6459;RBI=0.0741569;REFB=0.00841095;REVB=-0.0225879;RO=63;SAF=39;SAR=41;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676925;STB=0.53717;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00609061;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:63:64:80:81:0.558621:41:39:36:27:41:40:37:27 chr2 152138522 . T C 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00954735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.563;QD=19.0784;RBI=0.0260077;REFB=-0.0153185;REVB=0.0241919;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152087;STB=0.508469;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.015676;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:17:14:15:17:17:14 chr2 152139416 . G A 1261.26 PASS AF=0.423313;AO=137;DP=325;FAO=138;FDP=326;FR=.;FRO=188;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=115;FSRR=73;FWDB=0.0152404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.146;QD=15.4755;RBI=0.0289669;REFB=-0.0134918;REVB=0.0246336;RO=187;SAF=76;SAR=61;SRF=115;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637676;STB=0.535783;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0189112;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:326:187:188:137:138:0.423313:61:76:115:72:62:76:115:73 chr2 152228757 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.014879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.877;QD=12.4824;RBI=0.0196868;REFB=-0.0037995;REVB=-0.0128913;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179646;STB=0.51062;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00593818;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:14:5:3:9:14:5 chr2 152266473 . T C 176.23 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0220778;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.25;QD=11.948;RBI=0.0227777;REFB=-0.0151987;REVB=0.00560308;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244156;STB=0.643745;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0267007;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:37:21:22:0.372881:14:7:18:14:15:7:20:17 chr2 152311570 . G A 956.45 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.993;QD=57.9665;RBI=0.0349766;REFB=0;REVB=0.0287346;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338355;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:25:41:0:0 chr2 152314385 . G A 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0107906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.741;QD=14.7342;RBI=0.013552;REFB=-0.0165794;REVB=-0.0081987;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192223;STB=0.609671;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0204815;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:19:8:17:19:19:8:17:19 chr2 152320118 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.185;QD=57.106;RBI=0.0142383;REFB=0;REVB=-0.0108086;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12685e-06;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr2 152322095 . A T 130.47 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6581;QD=43.4887;RBI=0.220493;REFB=0;REVB=0.215032;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00769752;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:2:9:0:0:3:9:0:0 chr2 152331418 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.388;QD=57.8844;RBI=0.0153093;REFB=0;REVB=0.00177996;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11145e-05;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr2 152346979 . T C 342.66 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.0070271;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.034;QD=15.7545;RBI=0.0129178;REFB=-0.00708993;REVB=-0.0108392;RO=49;SAF=22;SAR=15;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343073;STB=0.695607;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0150863;OID=.;OPOS=152346979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:50:37:37:0.425287:15:22:12:37:15:22:12:38 chr2 152352843 . C G 2785.67 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000895183;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.189;QD=62.5993;RBI=0.0101526;REFB=0;REVB=-0.0101131;RO=0;SAF=89;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70556e-05;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:176:178:1:87:89:0:0:88:90:0:0 chr2 152387553 . T C 2834.1 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142986;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.933;QD=62.2879;RBI=0.0292652;REFB=-0.0782374;REVB=0.0255344;RO=0;SAF=96;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78428e-05;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:182:182:0:0:181:182:1:85:96:0:0:85:97:0:0 chr2 152417125 . T C 686.13 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=148;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0142662;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.609;QD=18.6702;RBI=0.0381132;REFB=-0.00654766;REVB=0.0353425;RO=73;SAF=29;SAR=40;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171861;STB=0.522292;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00682029;OID=.;OPOS=152417125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:73:78:69:69:0.469388:40:29:32:41:40:29:36:42 chr2 152422076 . C G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1842;QD=57.1051;RBI=0.0561052;REFB=0;REVB=-0.0557062;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208317;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr2 152422087 . A G 135.78 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.00828934;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.517;QD=9.69822;RBI=0.010891;REFB=-0.00904239;REVB=0.00706406;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260534;STB=0.5999;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0344485;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:38:17:18:0.321429:11:6:6:30:12:6:8:30 chr2 152476028 . C G 393.39 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00726192;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.976;QD=16.7399;RBI=0.0312292;REFB=-0.0114653;REVB=0.0303731;RO=53;SAF=26;SAR=15;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495804;STB=0.527796;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0155793;OID=.;OPOS=152476028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:53:41:41:0.43617:15:26:36:17:15:26:36:17 chr2 152490219 . A G 2758.79 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.034;QD=62.3455;RBI=0.0307345;REFB=0;REVB=0.0306553;RO=0;SAF=97;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125584;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:177:0:0:172:177:1:75:97:0:0:78:99:0:0 chr2 152490458 . A G 3184.43 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.588;QD=61.8336;RBI=0.0296343;REFB=0;REVB=0.0282533;RO=0;SAF=109;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04624e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52355e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:206:0:0:205:206:1:96:109:0:0:96:110:0:0 chr2 152496526 . A G 339.67 PASS AF=0.390476;AO=39;DP=104;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0813453;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9597;QD=12.9397;RBI=0.0816377;REFB=0.00416172;REVB=-0.00690351;RO=64;SAF=18;SAR=21;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075886;STB=0.52645;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00812895;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:64:64:39:41:0.390476:21:18:34:30:21:20:34:30 chr2 152500449 . C G 708.06 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.0407711;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7491;QD=17.5916;RBI=0.0519312;REFB=0.01137;REVB=-0.0321647;RO=86;SAF=36;SAR=39;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256263;STB=0.514197;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0103229;OID=.;OPOS=152500449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:86:75:75:0.465839:39:36:39:47:39:36:39:47 chr2 152521096 . C T 277.91 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0431073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4159;QD=13.7238;RBI=0.0434183;REFB=-0.00544754;REVB=-0.00518705;RO=50;SAF=12;SAR=19;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268403;STB=0.664553;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00746276;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:49:31:32:0.395062:19:12:32:18:20:12:32:17 chr2 152527572 . C T 990.92 PASS AF=0.468468;AO=103;DP=221;FAO=104;FDP=222;FR=.;FRO=118;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=53;FWDB=0.0401453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.162;QD=17.8544;RBI=0.0412751;REFB=-0.0146565;REVB=0.00959112;RO=118;SAF=51;SAR=52;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537958;STB=0.527022;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0163966;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:118:118:103:104:0.468468:52:51:65:53:52:52:65:53 chr2 152527608 . C T 870.62 PASS AF=0.463542;AO=89;DP=187;FAO=89;FDP=192;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.0218151;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.397;QD=18.1378;RBI=0.0309455;REFB=-0.00246221;REVB=-0.0219483;RO=93;SAF=45;SAR=44;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079693;STB=0.530859;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00263614;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:192:93:103:89:89:0.463542:44:45:55:38:44:45:58:45 chr2 152531077 . A G 590.67 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.022433;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.491;QD=20.0228;RBI=0.0228386;REFB=-0.0242642;REVB=-0.00428533;RO=58;SAF=36;SAR=24;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286168;STB=0.515784;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0204263;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:58:60:60:0.508475:24:36:33:25:24:36:33:25 chr2 152536498 . T A 619.1 PASS AF=0.380952;AO=71;DP=188;FAO=72;FDP=189;FR=.;FRO=117;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=0.0197019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8394;QD=13.1026;RBI=0.0234124;REFB=-0.00721139;REVB=0.012648;RO=117;SAF=42;SAR=29;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596014;STB=0.528294;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0101477;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:117:117:71:72:0.380952:29:42:63:54:30:42:63:54 chr2 152573981 . A G 770.98 PASS AF=0.513158;AO=78;DP=152;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00553548;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.291;QD=20.2889;RBI=0.0117392;REFB=-0.00560447;REVB=-0.0103522;RO=74;SAF=42;SAR=36;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461343;STB=0.525348;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00420736;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:74:78:78:0.513158:36:42:36:38:36:42:36:38 chr2 152698480 . C T 867.45 PASS AF=0.505814;AO=87;DP=173;FAO=87;FDP=172;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.00539572;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.036;QD=20.1733;RBI=0.00884284;REFB=-0.000211333;REVB=-0.00700585;RO=85;SAF=42;SAR=45;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064106;STB=0.535203;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000173063;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:85:85:87:87:0.505814:45:42:35:50:45:42:35:50 chr2 152988610 . C CT,T 926.85 PASS AF=0.985075,0.0149254;AO=58,6;DP=67;FAO=66,1;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569647,-0.0799071;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.4308,9.03705;QD=55.3344;RBI=0.065502,0.0905407;REFB=0,0;REVB=-0.0323347,-0.0425733;RO=1;SAF=27,3;SAR=31,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0171508,-0.123249;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00280291,0.000701774;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:67:67:1:0:58,6:66,1:0.985075,0.0149254:31,3:27,3:1:0:33,1:33,0:0:0 chr2 153004816 . TAAAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAGAG 136.05 PASS AF=0.847826,0.130435,0.0217391;AO=13,5,2;DP=51;FAO=39,6,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,1;FSAR=34,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.318167,0.112932,0.0858179;FXX=0.061212;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=4.56628,12.6942,187.613;QD=11.8303;RBI=0.323016,0.131217,0.085857;REFB=0.125268,0.133228,0.011713;REVB=0.0557632,-0.0668152,-0.00259044;RO=12;SAF=1,0,2;SAR=12,5,0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.419925,-0.682698,0.630414;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0527428,0.066055,0.0751318;OID=.,.,.;OPOS=153004817,153004827,153004826;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,G;OMAPALT=TAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.847826,0.130435,0.0217391:13,5,2:51:39,6,1:46:0:5,0,1:34,6,0:0:0:19:12:1,0,2:12,5,0:4:8 chr2 153378459 . T C 1590.15 PASS AF=0.981982;AO=107;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0808418;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.712;QD=57.3028;RBI=0.0818363;REFB=-0.084512;REVB=-0.0127191;RO=1;SAF=49;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958792;STB=0.509614;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000280948;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:107:109:0.981982:58:49:1:0:58:51:2:0 chr2 153405594 . G A 1495.65 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.426;QD=62.3188;RBI=0.0151355;REFB=-0.0436565;REVB=-0.00742612;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000379197;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:46:49:0:0:46:49:1:0 chr2 153476066 . G A,GCCA 220.44 PASS AF=0.157895,0.842105;AO=3,5;DP=31;FAO=3,16;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=57.6093,230.208;QD=46.4088;RBI=0.031956,0.00356371;REFB=0,0;REVB=-0.031956,-0.00356371;RO=22;SAF=0,0;SAR=3,5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.508608,-0.616241;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0307875,0.0196801;OID=.,.;OPOS=153476066,153476067;OREF=G,-;OALT=A,CCA;OMAPALT=A,GCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:31:19:22:0:3,5:3,16:0.157895,0.842105:3,5:0,0:6:16:3,16:0,0:0:0 chr2 153476069 . C A 79.42 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.876;QD=15.8831;RBI=0.00912025;REFB=-0.024702;REVB=-0.00912025;RO=10;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0198766;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:10:0:0:10:10:0:0:10 chr2 153476072 . T C 64.5 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.418;QD=14.3328;RBI=0.0140608;REFB=-0.0479266;REVB=0.0140608;RO=9;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.103321;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:18:18:9:9:9:9:0.5:9:0:0:9:9:0:0:9 chr2 153476078 . A T 30.92 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.982;QD=8.83405;RBI=0.00302873;REFB=-0.00548205;REVB=-0.00302873;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0548997;OID=.;OPOS=153476078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:9:9:5:5:0.357143:5:0:0:9:5:0:0:9 chr2 153511027 . T C 1748.57 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386006;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.047;QD=60.82;RBI=0.0647356;REFB=0;REVB=0.0519682;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168916;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:62:53:0:0:62:53:0:0 chr2 153533998 . G A,GA 72.27 PASS AF=0,0.182609;AO=7,22;DP=120;FAO=0,21;FDP=115;FR=.;FRO=94;FSAF=0,15;FSAR=0,6;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0046622,-0.129297;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.725,16.9695;QD=2.51363;RBI=0.0126147,0.151494;REFB=-8.97644e-05,-0.049218;REVB=-0.0117215,-0.0789481;RO=91;SAF=6,15;SAR=1,7;SRF=48;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.366272,0.202928;STB=0.5,0.649718;STBP=1,0.146;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.156984;OID=.,.;OPOS=153533998,153533999;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:120:115:91:94:7,22:0,21:0,0.182609:1,7:6,15:48:43:0,6:0,15:51:43 chr2 153577013 . G A 1171.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.245;QD=60.8797;RBI=0.0352896;REFB=0;REVB=0.00216492;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76747e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr2 155265623 . G A 1141.02 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324077;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.601;QD=59.2737;RBI=0.0324274;REFB=0;REVB=0.00112983;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158965;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:72:77:1:42:30:0:0:43:34:0:0 chr2 155307336 . G C 2248.46 PASS AF=1;AO=145;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173243;FXX=0.0324654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.67;QD=60.3613;RBI=0.0191935;REFB=0;REVB=-0.00826191;RO=0;SAF=88;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160808;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:145:149:1:57:88:0:0:61:88:0:0 chr2 157189011 . G C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.081;QD=61.3338;RBI=0.0523744;REFB=0;REVB=0.00667661;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293786;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr2 157257361 . G A 1377.16 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.703;QD=62.5982;RBI=0.0644991;REFB=0;REVB=-0.0535828;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72908e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr2 157406249 . G A 1482.5 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0226051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4468;QD=61.134;RBI=0.0268141;REFB=-0.103793;REVB=0.0144224;RO=2;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206061;STB=0.510867;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0012452;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:45:50:0:2:45:50:0:2 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 739.74 PASS AF=0.636364,0.363636;AO=30,12;DP=55;FAO=35,20;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15,15;FSAR=20,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039474,0.0741856;FXX=0.0517152;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=190.145,220.207;QD=53.7992;RBI=0.0439329,0.0742735;REFB=0,0;REVB=0.0192847,-0.00361116;RO=0;SAF=13,9;SAR=17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.010368,0.016329;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.636364,0.363636:30,12:55:35,20:55:0:15,15:20,5:0:0:99:0:13,9:17,3:0:0 chr2 158155480 . A G 82.95 PASS AF=0.202899;AO=13;DP=68;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0251881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.891;QD=4.80895;RBI=0.0577025;REFB=-0.0145348;REVB=-0.0519147;RO=55;SAF=11;SAR=2;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518268;STB=0.780389;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0685026;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:68:69:55:55:13:14:0.202899:2:11:24:31:3:11:24:31 chr2 158155576 . G A 742.46 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111668;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.751;QD=56.0351;RBI=0.00396387;REFB=0;REVB=-0.00380333;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000942031;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:45:53:1:25:20:0:0:33:20:0:0 chr2 158157361 . C T 3998.85 PASS AF=1;AO=256;DP=266;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438541;FXX=0.041197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.706;QD=62.4821;RBI=0.00601709;REFB=-0.00710435;REVB=0.0041199;RO=1;SAF=139;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179071;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:266:256:1:0:256:256:1:117:139:0:1:117:139:0:0 chr2 158290914 . G C 343.37 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0241621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.335;QD=13.8734;RBI=0.028301;REFB=-0.0144326;REVB=-0.0147357;RO=61;SAF=20;SAR=18;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337592;STB=0.519221;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0228131;OID=.;OPOS=158290914;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:18:20:34:27:18:20:34:27 chr2 158386938 . C T 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.808;QD=59.1355;RBI=0.051569;REFB=0;REVB=-0.0502753;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74409e-05;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr2 158626980 . C T 1654.1 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.401;QD=60.1492;RBI=0.0133178;REFB=0;REVB=0.0121007;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98571e-05;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:60:48:0:0:62:48:0:0 chr2 158636910 . G A 771.96 PASS AF=0.5;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00370899;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.648;QD=19.5433;RBI=0.0148849;REFB=-0.0178801;REVB=0.0144154;RO=78;SAF=42;SAR=37;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029487;STB=0.519105;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0167675;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:78:79:79:79:0.5:37:42:44:34:37:42:45:34 chr2 159166069 . T C 923.37 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5024;QD=56.8227;RBI=0.0635351;REFB=-0.0627733;REVB=0.0542206;RO=1;SAF=15;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304355;STB=0.516124;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.002061;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:48:15:1:0:49:15:1:0 chr2 159537868 . A G 637.66 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152409;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.385;QD=62.2109;RBI=0.0384837;REFB=0;REVB=0.0353371;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601318;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr2 159663599 . T C 1065.77 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230023;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.453;QD=60.0435;RBI=0.0302368;REFB=0;REVB=-0.0196255;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153303;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr2 160019863 . A G 629.15 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0234501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5199;QD=57.1957;RBI=0.0314801;REFB=0.0554341;REVB=-0.0210021;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203384;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00558887;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:20:22:1:1:20:22:1:1 chr2 160035207 . T C 1581.66 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329376;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.137;QD=63.9056;RBI=0.0347316;REFB=0;REVB=0.0110183;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768992;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:51:48:0:0 chr2 160136337 . G A 754.15 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.318;QD=61.5636;RBI=0.0486347;REFB=-0.17551;REVB=0.0413507;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00131593;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:19:29:1:0:19:29:1:0 chr2 160182302 . C T 352.54 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0425022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2191;QD=21.0471;RBI=0.0507804;REFB=-0.0238841;REVB=-0.0277888;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904525;STB=0.550014;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.03009;OID=.;OPOS=160182302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:17:19:13:18:17:19:13:18 chr2 160193992 . C T 489.96 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00816598;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.673;QD=16.7509;RBI=0.0118622;REFB=-0.00497168;REVB=-0.00860404;RO=61;SAF=32;SAR=21;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00279888;STB=0.514567;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0060975;OID=.;OPOS=160193992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:61:64:53:53:0.452991:21:32:37:24:21:32:37:27 chr2 160604452 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.76;QD=62.35;RBI=0.0378714;REFB=0;REVB=0.0323845;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120621;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr2 160605267 . CT C,CC 1250.03 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=18,63;DP=81;FAO=2,80;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=2,41;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235744,-0.000587584;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=302.008,313.422;QD=60.9772;RBI=0.0307901,0.0332271;REFB=0,0;REVB=0.0306997,0.0332219;RO=0;SAF=2,41;SAR=16,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0279222,0.00134208;OID=.,.;OPOS=160605268,160605268;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:18,63:81:2,80:82:0:2,41:0,39:0:0:5:0:2,41:16,22:0:0 chr2 160673526 . A G,T 634.42 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=40,2;DP=42;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422261,-0.0315532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.3843,198.518;QD=60.4214;RBI=0.0488221,0.0316225;REFB=0,0;REVB=0.0245063,-0.0020917;RO=0;SAF=27,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0068864,0.20986;OID=.,.;OPOS=160673526,160673526;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:42:42:0:0:40,2:39,3:0.928571,0.0714286:13,2:27,0:0:0:12,3:27,0:0:0 chr2 160676427 . C A 859.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.703;QD=57.2762;RBI=0.00981863;REFB=0;REVB=0.00239416;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223564;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr2 160710922 . T C 3168.31 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.494;QD=63.6847;RBI=0.0353551;REFB=0;REVB=0.0350582;RO=1;SAF=118;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34055e-05;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:1:0:198:199:1:80:118:0:1:81:118:0:0 chr2 160729005 . C T 1098.55 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6099;QD=60.1944;RBI=0.0737758;REFB=0;REVB=0.00597812;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000552837;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:72:73:1:44:28:1:0:44:29:0:0 chr2 160808075 . C T 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.668;QD=56.4166;RBI=0.0128604;REFB=-0.00910414;REVB=-0.00568393;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129354;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000184186;OID=.;OPOS=160808075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:0:1:36:26:0:1 chr2 160833188 . A G 938.57 PASS AF=0.482587;AO=92;DP=197;FAO=97;FDP=201;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=64;FSAR=33;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=0.00330038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.357;QD=18.678;RBI=0.0243846;REFB=-0.0177265;REVB=-0.0241603;RO=84;SAF=59;SAR=33;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148824;STB=0.546332;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0208783;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:201:84:104:92:97:0.482587:33:59:40:44:33:64:60:44 chr2 160885418 . G C 272.0 PASS AF=0.370787;AO=31;DP=87;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0314443;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.961;QD=12.2249;RBI=0.0316927;REFB=-0.0112588;REVB=-0.00396036;RO=54;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231343;STB=0.505152;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0163051;OID=.;OPOS=160885418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:54:56:31:33:0.370787:15:16:29:25:15:18:31:25 chr2 160885442 . T C 142.29 PASS AF=0.289474;AO=15;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.045997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3764;QD=7.48873;RBI=0.0462659;REFB=-0.0358105;REVB=-0.00498095;RO=54;SAF=2;SAR=13;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532932;STB=0.590826;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.10147;OID=.;OPOS=160885442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:15:22:0.289474:13:2:29:25:13:9:29:25 chr2 160901517 . A G 346.83 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0283144;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.581;QD=16.7149;RBI=0.0283181;REFB=0.0305863;REVB=0.000460924;RO=46;SAF=3;SAR=34;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611494;STB=0.852049;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0371525;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:34:3:25:21:34:3:25:21 chr2 160983060 . G C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0018976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.637;QD=17.8403;RBI=0.0047504;REFB=-0.0226836;REVB=-0.00435493;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14117;STB=0.581274;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0220797;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:8:6:4:10:8:6 chr2 160994348 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.012747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.563;QD=22.7197;RBI=0.0373912;REFB=-0.00251027;REVB=-0.0351514;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643851;STB=0.536371;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00204175;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:4:5:9:5:4:5 chr2 161029218 . G A 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0525634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.744;QD=21.8351;RBI=0.0533618;REFB=-0.0141356;REVB=-0.00919665;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232775;STB=0.630437;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0267649;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:9:16:9:15:9:16:9:15 chr2 161174693 . C T 344.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0216637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.717;QD=16.381;RBI=0.0233901;REFB=0.00270248;REVB=-0.00881931;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142996;STB=0.580601;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00279478;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:24:13:23:24:24:13:23:24 chr2 164145582 . C A 92.8 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0219646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.672;QD=15.4671;RBI=0.0261555;REFB=-0.0243468;REVB=-0.0142009;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0239058;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:22:24:12:12:10:12:0.5:6:4:7:5:6:6:7:5 chr2 164465716 . G A 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.024562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.488;QD=17.0318;RBI=0.0249985;REFB=-0.0139522;REVB=0.00465149;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509423;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.015521;OID=.;OPOS=164465716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:6:12:14:7:6:12:15:7 chr2 165353712 . C T 791.42 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=-0.00184255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9552;QD=22.9396;RBI=0.0642245;REFB=-0.00196113;REVB=-0.0641981;RO=63;SAF=43;SAR=32;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137146;STB=0.574754;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00106498;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:63:75:75:0.543478:32:43:46:17:32:43:46:17 chr2 165424837 . A G 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0414873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1784;QD=15.6489;RBI=0.0437969;REFB=0.00277038;REVB=0.0140347;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204325;STB=0.618888;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0015317;OID=.;OPOS=165424837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:12:9:4:12:12:9 chr2 165476253 . A T 1211.8 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0263899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0294;QD=59.8419;RBI=0.0400801;REFB=-0.162806;REVB=0.030166;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00173557;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:42:38:0:0:42:38:0:1 chr2 165698547 . G A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00427374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.244;QD=12.9223;RBI=0.00429961;REFB=6.76787e-05;REVB=-0.000471015;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119332;STB=0.506874;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.000142199;OID=.;OPOS=165698547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:5:17:26:8:5:17:26:8 chr2 165987772 . T G 763.33 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=58;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0267613;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9059;QD=20.4921;RBI=0.0301515;REFB=-0.0194382;REVB=0.0138905;RO=74;SAF=58;SAR=16;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203361;STB=0.610637;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0209987;OID=.;OPOS=165987772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:74:75:74:74:0.496644:16:58:45:29:16:58:46:29 chr2 165996107 . T A 1802.31 PASS AF=0.983607;AO=116;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0874199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.353;QD=59.0923;RBI=0.0926522;REFB=-0.153114;REVB=0.0306952;RO=3;SAF=58;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239273;STB=0.507935;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00116858;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:122:3:2:116:120:0.983607:58:58:3:0:58:62:2:0 chr2 166003479 . G A 116.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0491557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1273;QD=11.331;RBI=0.049258;REFB=-0.0250106;REVB=0.00317263;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126888;STB=0.585247;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0183779;OID=.;OPOS=166003479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:7:7:16:10:7:7:17:10 chr2 166170127 . T C 2843.7 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7595;QD=62.8443;RBI=0.0278457;REFB=0;REVB=0.02266;RO=0;SAF=103;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107859;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:78:103:0:0:78:103:0:0 chr2 166248047 . G A 1717.18 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114619;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6571;QD=60.7852;RBI=0.0123148;REFB=0;REVB=-0.0045034;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94537e-06;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr2 166535918 . C T 1719.25 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0338141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.23;QD=58.7779;RBI=0.0506059;REFB=-0.0325162;REVB=0.0376505;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.507245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000171542;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:0:2:115:115:0.982906:47:68:0:0:47:68:2:0 chr2 166605010 . A T 1020.51 PASS AF=1;AO=55;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.977;QD=58.3147;RBI=0.0560666;REFB=0;REVB=0.0249509;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166993;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:0:0:55:70:1:35:20:0:0:37:33:0:0 chr2 166618262 . C T 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.385;QD=61.0465;RBI=0.0231992;REFB=0;REVB=0.0222234;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27271e-05;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr2 166626972 . A AT,T 34.37 PASS AF=0.216216,0.0540541;AO=5,2;DP=35;FAO=8,2;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3,2;FSAR=5,0;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00798711,-0.00130638;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=12.1475,115.381;QD=3.71603;RBI=0.0845738,0.00414053;REFB=-0.0557215,0.000314902;REVB=-0.0841958,0.00392905;RO=27;SAF=2,1;SAR=3,1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.306254,-0.159394;STB=0.737733,0.992841;STBP=0.185,0.349;TYPE=ins,snp;VARB=0.12377,0.00166737;OID=.,.;OPOS=166626973,166626972;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:35:37:27:27:5,2:8,2:0.216216,0.0540541:3,1:2,1:18:9:5,0:3,2:19:8 chr2 166770120 . A G 528.64 PASS AF=0.43609;AO=57;DP=131;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0427197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4807;QD=15.899;RBI=0.0458751;REFB=0.0069348;REVB=0.0167199;RO=74;SAF=29;SAR=28;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732109;STB=0.531727;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00404127;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:74:75:57:58:0.43609:28:29:43:31:28:30:43:32 chr2 166773971 . G A 200.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0705597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4444;QD=12.3203;RBI=0.0717788;REFB=-0.000298078;REVB=0.0131727;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143786;STB=0.582554;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000409246;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:23:17:14:11:23:17 chr2 166788336 . T C 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.82;QD=62.4648;RBI=0.0322118;REFB=0;REVB=0.0321483;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60053e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr2 166797646 . C T 542.5 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0173382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.249;QD=21.485;RBI=0.0400272;REFB=-0.0160432;REVB=-0.0360772;RO=46;SAF=20;SAR=34;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378451;STB=0.516751;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0111856;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:54:54:0.534653:34:20:19:27:34:20:19:28 chr2 166892788 . C T 564.17 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00675276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.62;QD=18.1991;RBI=0.020396;REFB=-0.0294235;REVB=-0.0192457;RO=65;SAF=31;SAR=28;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416232;STB=0.523069;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0332586;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:28:31:37:28:28:31:37:28 chr2 166897864 . A G 525.07 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0109233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7309;QD=15.9113;RBI=0.0497644;REFB=-0.0113084;REVB=0.0485507;RO=74;SAF=23;SAR=34;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301234;STB=0.51359;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0144456;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:74:75:57:57:0.431818:34:23:32:42:34:23:32:43 chr2 166903445 . T C 501.8 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0191561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.433;QD=18.5853;RBI=0.027307;REFB=0.0182737;REVB=-0.0194606;RO=55;SAF=25;SAR=28;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344079;STB=0.519055;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.019008;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:28:25:28:27:28:25:28:27 chr2 166908489 . GT G 54.34 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.108449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.7278;QD=7.76279;RBI=0.10893;REFB=-0.0537991;REVB=0.0102155;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.352547;SSSB=-0.0484;STB=0.689235;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.0844724;OID=.;OPOS=166908490;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:9:27:10:28:18:2:8:8:10:54:16:3:6:6:10 chr2 167055393 . T C 724.03 PASS AF=0.484076;AO=75;DP=156;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0123585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.148;QD=18.4467;RBI=0.0153715;REFB=-0.00700172;REVB=0.00914066;RO=80;SAF=23;SAR=52;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158925;STB=0.579233;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00731767;OID=.;OPOS=167055393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:80:81:75:76:0.484076:52:23:37:43:52:24:37:44 chr2 167099158 . A G 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.576;QD=60.6462;RBI=0.0240715;REFB=0;REVB=0.0147286;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44731e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:53:60:0:0:53:60:0:0 chr2 167138275 . T C 626.05 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0226822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9244;QD=16.4749;RBI=0.0361249;REFB=-0.000660602;REVB=0.0281163;RO=83;SAF=43;SAR=25;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116982;STB=0.568945;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00105134;OID=.;OPOS=167138275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:83:84:68:68:0.447368:25:43:43:40:25:43:43:41 chr2 167144974 . A T 468.2 PASS AF=0.45614;AO=50;DP=112;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00341808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2291;QD=16.4281;RBI=0.00481832;REFB=-0.0271801;REVB=0.00339602;RO=61;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351675;STB=0.524682;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0399948;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:61:62:50:52:0.45614:22:28:32:29:22:30:33:29 chr2 167144995 . T C 599.83 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0340726;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.276;QD=18.1767;RBI=0.0374399;REFB=-0.0127128;REVB=0.0155179;RO=70;SAF=38;SAR=24;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967626;STB=0.553751;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0145751;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:24:38:36:34:24:38:36:34 chr2 167145142 . A G 274.67 PASS AF=0.366667;AO=31;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.041618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.078;QD=12.2077;RBI=0.0421895;REFB=-0.0149244;REVB=-0.00692112;RO=58;SAF=10;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208257;STB=0.583282;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0244957;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:58:57:31:33:0.366667:21:10:29:29:21:12:28:29 chr2 167163043 . T C 356.8 PASS AF=0.428571;AO=37;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.035142;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7877;QD=15.6833;RBI=0.0539045;REFB=-0.00945223;REVB=0.0408747;RO=52;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900357;STB=0.532978;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0233081;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:52:37:39:0.428571:16:21:25:27:18:21:25:27 chr2 167168093 . C T 593.34 PASS AF=0.402367;AO=67;DP=168;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=35;FWDB=-0.00738028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.708;QD=14.0435;RBI=0.00821598;REFB=-0.0102014;REVB=0.00361023;RO=101;SAF=33;SAR=34;SRF=66;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172025;STB=0.599972;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0173458;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:101:101:67:68:0.402367:34:33:66:35:35:33:66:35 chr2 167279922 . C A 902.26 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9045;QD=58.2104;RBI=0.068096;REFB=0;REVB=-0.0576612;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00093538;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr2 167334085 . G T 2114.05 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.57;QD=61.7242;RBI=0.0116906;REFB=0.0121469;REVB=0.00268027;RO=0;SAF=80;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78419e-08;STB=0.504424;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=5.85416e-05;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:137:0:1:135:136:0.992701:55:80:0:0:56:80:0:1 chr2 168099738 . T C 452.22 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0508374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1035;QD=24.7794;RBI=0.0577785;REFB=-0.0150092;REVB=0.0274575;RO=29;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21541;STB=0.61113;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0105532;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:30:43:43:0.589041:26:17:20:9:26:17:20:10 chr2 168100443 . C A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00959525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.056;QD=18.0355;RBI=0.0167578;REFB=-0.0100569;REVB=0.0137388;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426842;STB=0.740537;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00918189;OID=.;OPOS=168100443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:21:6:15:7:21:6 chr2 168101142 . T G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0051074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.689;QD=16.5359;RBI=0.0221609;REFB=0.000474495;REVB=-0.0215643;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845838;STB=0.526731;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.000560614;OID=.;OPOS=168101142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:18:18:0.439024:11:7:10:11:11:7:10:13 chr2 168103129 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00300794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.622;QD=14.7015;RBI=0.0801041;REFB=0.0100325;REVB=-0.0800477;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0150876;OID=.;OPOS=168103129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:9:6:5:7:9:6 chr2 168103701 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00931618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.93;QD=14.9786;RBI=0.0251772;REFB=-0.0154118;REVB=-0.0233902;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0294629;OID=.;OPOS=168103701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:8:3:6:4:8:3 chr2 168103732 . G T 98.59 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00338625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.55;QD=14.0838;RBI=0.00338626;REFB=0.00966124;REVB=8.78217e-06;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173698;STB=0.617454;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00883165;OID=.;OPOS=168103732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:12:12:0.428571:5:7:6:9:5:7:6:10 chr2 168108357 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0135417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1525;QD=24.0268;RBI=0.0478629;REFB=-0.0121332;REVB=-0.0459073;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467187;STB=0.526278;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00472692;OID=.;OPOS=168108357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:4:4:6:8:4:4 chr2 168115325 . A G 417.79 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0217213;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.45;QD=19.6609;RBI=0.0217377;REFB=-0.0118511;REVB=-0.000844683;RO=44;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256737;STB=0.519321;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0131579;OID=.;OPOS=168115325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:43:42:42:0.494118:25:17:19:25:25:17:19:24 chr2 169707428 . C T 447.88 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=20;FWDB=-0.0433449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9107;QD=14.2183;RBI=0.0612216;REFB=-0.00996429;REVB=-0.0432354;RO=72;SAF=29;SAR=22;SRF=52;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168141;STB=0.602702;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0118847;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:75:51:51:0.404762:22:29:52:20:22:29:55:20 chr2 169707455 . T C 877.21 PASS AF=0.547771;AO=85;DP=156;FAO=86;FDP=157;FR=.;FRO=71;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0293186;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.023;QD=22.3494;RBI=0.0294267;REFB=-0.0301496;REVB=0.00251996;RO=71;SAF=60;SAR=25;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146124;STB=0.58171;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0220858;OID=.;OPOS=169707455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:71:71:85:86:0.547771:25:60:39:32:25:61:39:32 chr2 169721377 . G A 998.03 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00645517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9454;QD=53.9477;RBI=0.00919533;REFB=0.0305913;REVB=0.00654865;RO=3;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388128;STB=0.51351;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0277208;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:3:4:70:70:0.945946:35:35:0:3:35:35:1:3 chr2 169758024 . A T 667.97 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00432177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.975;QD=19.5028;RBI=0.0132989;REFB=-0.0112056;REVB=-0.0125771;RO=70;SAF=31;SAR=36;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213727;STB=0.511808;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0152837;OID=.;OPOS=169758024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:36:31:34:36:36:31:34:36 chr2 169764120 . A G 475.58 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=85;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00704438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5615;QD=21.8657;RBI=0.00908892;REFB=0.0247675;REVB=0.00574327;RO=40;SAF=31;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130176;STB=0.57076;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0162122;OID=.;OPOS=169764120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:40:41:45:46:0.528736:14:31:22:18:14:32:23:18 chr2 169764176 . G C 520.4 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0104031;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.809;QD=16.6528;RBI=0.0423384;REFB=-0.0160396;REVB=-0.0410404;RO=68;SAF=33;SAR=23;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013915;STB=0.511107;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0221052;OID=.;OPOS=169764176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:69:56:56:0.448:23:33:41:27:23:33:42:27 chr2 169764238 . CA AC,C,GC 836.59 PASS AF=0,0.902655,0.0973451;AO=4,26,8;DP=106;FAO=0,102,11;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=0,70,1;FSAR=0,32,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104209,0.965613,0.0980617;FXX=0.00877116;HRUN=2,5,2;LEN=2,1,2;MLLD=152.169,10.0245,106.466;QD=29.6136;RBI=0.108477,0.969468,0.0987193;REFB=-0.133545,-0.0285331,-0.129054;REVB=-0.03013,0.0863695,-0.0113755;RO=59;SAF=0,8,1;SAR=4,18,7;SRF=56;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.830757,-0.670405,-0.819794;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0869956,0.0197045,0.0800903;OID=.,.,.;OPOS=169764238,169764239,169764238;OREF=CA,A,CA;OALT=AC,-,GC;OMAPALT=AC,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:36:106:113:59:0:4,26,8:0,102,11:0,0.902655,0.0973451:4,18,7:0,8,1:56:3:0,32,10:0,70,1:0:0 chr2 169789016 . T C 335.34 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0269046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.596;QD=16.9792;RBI=0.0317344;REFB=0.00487126;REVB=0.0168289;RO=42;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570549;STB=0.523156;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0046566;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:14:22:28:14:14:22:28:15 chr2 169826877 . C T 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.485;QD=63.2785;RBI=0.0324338;REFB=0;REVB=-0.0320034;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142574;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr2 169830328 . A G 1738.04 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.907;QD=60.4537;RBI=0.0577729;REFB=0;REVB=-0.012759;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209198;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:50:64:0:0:51:64:0:0 chr2 169952233 . T C 783.94 PASS AF=0.552239;AO=74;DP=133;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00637394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.228;QD=23.4011;RBI=0.00963236;REFB=-0.016357;REVB=-0.00722186;RO=58;SAF=40;SAR=34;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795386;STB=0.542098;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0154952;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:58:60:74:74:0.552239:34:40:37:21:34:40:38:22 chr2 169995159 . C G 766.26 PASS AF=0.496855;AO=79;DP=159;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.0168487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.07;QD=19.2769;RBI=0.0252929;REFB=-0.0151456;REVB=-0.0188641;RO=80;SAF=26;SAR=53;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340444;STB=0.518771;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0143391;OID=.;OPOS=169995159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:80:79:79:0.496855:53:26:29:51:53:26:29:51 chr2 169997051 . G A 115.33 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.05919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1254;QD=10.9835;RBI=0.0634579;REFB=0.0037966;REVB=-0.0228788;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323715;STB=0.52551;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00900151;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:28:14:14:0.333333:9:5:10:16:9:5:11:17 chr2 170003432 . T G 608.25 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00391539;FXX=0.00662208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.2481;QD=16.22;RBI=0.0113644;REFB=-0.00859323;REVB=0.0106686;RO=83;SAF=27;SAR=39;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121894;STB=0.571407;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0106088;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:84:66:66:0.44:39:27:44:39:39:27:45:39 chr2 170010985 . T C 469.91 PASS AF=0.553191;AO=18;DP=97;FAO=52;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0148737;FXX=0.0408122;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.614;QD=19.996;RBI=0.0240245;REFB=-0.0248764;REVB=0.0188667;RO=34;SAF=1;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.722378;STB=0.549801;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0677861;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:34:42:18:52:0.553191:17:1:22:12:17:35:24:18 chr2 170025083 . A G 892.02 PASS AF=0.557823;AO=82;DP=147;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0594774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4911;QD=24.2726;RBI=0.0601792;REFB=-0.0438016;REVB=0.00916399;RO=65;SAF=47;SAR=35;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662157;STB=0.536143;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0372708;OID=.;OPOS=170025083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:65:65:82:82:0.557823:35:47:32:33:35:47:32:33 chr2 170025180 . C T 719.67 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0370956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4291;QD=23.2152;RBI=0.0496208;REFB=-0.0104629;REVB=-0.0329567;RO=55;SAF=40;SAR=29;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581571;STB=0.531805;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00605781;OID=.;OPOS=170025180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:55:69:69:0.556452:29:40:28:27:29:40:28:27 chr2 170053505 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000372437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.015;QD=19.4668;RBI=0.0185877;REFB=-0.0143889;REVB=-0.018584;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769398;STB=0.543439;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.016869;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:10:14:11:11:10:14 chr2 170092395 . A G 570.61 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0408809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2859;QD=16.6602;RBI=0.0667103;REFB=-0.0177903;REVB=0.0527164;RO=73;SAF=27;SAR=34;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045289;STB=0.534577;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0358751;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:76:61:61:0.445255:34:27:29:44:34:27:29:47 chr2 170099473 . T C 202.92 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.013786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9945;QD=12.298;RBI=0.0172048;REFB=-0.0222432;REVB=0.0102934;RO=41;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190548;STB=0.610165;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0368997;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:8:17:21:20:8:17:21:20 chr2 170103336 . T C 938.98 PASS AF=0.5;AO=93;DP=186;FAO=93;FDP=186;FR=.;FRO=93;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0185581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.304;QD=20.1931;RBI=0.019425;REFB=-0.0150636;REVB=-0.00573834;RO=92;SAF=56;SAR=37;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844731;STB=0.549463;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0163208;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:92:93:93:93:0.5:37:56:47:45:37:56:47:46 chr2 170103351 . G T 922.04 PASS AF=0.469697;AO=92;DP=197;FAO=93;FDP=198;FR=.;FRO=105;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=-0.0144671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9493;QD=18.6271;RBI=0.0240513;REFB=-0.0316778;REVB=0.0192137;RO=104;SAF=55;SAR=37;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207584;STB=0.511673;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0356317;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:104:105:92:93:0.469697:37:55:60:44:37:56:61:44 chr2 170115588 . T C 592.88 PASS AF=0.550459;AO=59;DP=109;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0344816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.887;QD=21.7571;RBI=0.0375093;REFB=0.000545107;REVB=-0.0147636;RO=49;SAF=34;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105852;STB=0.560842;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.000592505;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:49:49:59:60:0.550459:25:34:22:27:25:35:22:27 chr2 170129528 . G A 1736.48 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0454;QD=58.8636;RBI=0.0409915;REFB=-0.0296455;REVB=-0.0392368;RO=2;SAF=62;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111502;STB=0.500587;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00250278;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:54:62:1:1:54:62:1:1 chr2 170150671 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0377889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.944;QD=16.8843;RBI=0.0383554;REFB=-0.0067977;REVB=0.00656817;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13486;STB=0.577671;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0108954;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:8:9:10:5:8:9 chr2 170175334 . T C 454.7 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00289366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.868;QD=15.1567;RBI=0.00827464;REFB=-0.000435254;REVB=-0.00775218;RO=69;SAF=23;SAR=28;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873078;STB=0.549;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000504607;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:28:23:37:32:28:23:37:32 chr2 170177382 . G A 277.94 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0719847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.468;QD=13.7255;RBI=0.0723664;REFB=-0.00426102;REVB=-0.00742262;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779734;STB=0.543183;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0147211;OID=.;OPOS=170177382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:49:32:32:0.395062:16:16:27:20:16:16:28:21 chr2 170218847 . C G 444.63 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.771;QD=57.371;RBI=0.0366008;REFB=0;REVB=0.0362324;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100556;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr2 170403030 . T C 497.7 PASS AF=0.5;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.021013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.605;QD=19.1421;RBI=0.0220391;REFB=-0.00641859;REVB=0.00664674;RO=52;SAF=25;SAR=26;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203453;STB=0.606757;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00751816;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:52:51:52:0.5:26:25:14:38:27:25:14:38 chr2 170411693 . T C 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0018019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.696;QD=15.3041;RBI=0.00206655;REFB=0.00089849;REVB=0.00101183;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167381;STB=0.509085;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00111208;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:39:30:30:0.434783:12:18:21:15:12:18:24:15 chr2 170441001 . G A 227.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0140262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.009;QD=21.1274;RBI=0.014308;REFB=-0.0102475;REVB=-0.00282571;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299565;STB=0.667901;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0190929;OID=.;OPOS=170441001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:6:15:8:14:6:15 chr2 170493103 . T A 406.83 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.022489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.228;QD=20.0904;RBI=0.0225257;REFB=-0.0113281;REVB=-0.00128449;RO=40;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583783;STB=0.532332;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00800279;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:18:23:25:15:18:23:25:15 chr2 170605981 . C T 1325.19 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393745;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2021;QD=62.3619;RBI=0.0453383;REFB=0;REVB=0.0224769;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561732;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:30:55:0:0:30:55:0:0 chr2 170672843 . G A 392.85 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4027;QD=56.1214;RBI=0.0158039;REFB=0;REVB=0.000468241;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136623;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr2 170762566 . A T 317.59 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0623538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9129;QD=15.492;RBI=0.0702675;REFB=-0.0154266;REVB=-0.0323963;RO=46;SAF=23;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121143;STB=0.575802;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0197556;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:35:35:0.426829:12:23:25:21:12:23:25:22 chr2 170780657 . C T 195.37 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0601761;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0957;QD=13.2453;RBI=0.0614026;REFB=-0.00368091;REVB=-0.012211;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376383;STB=0.524475;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00643218;OID=.;OPOS=170780657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:23:24:0.40678:10:13:18:16:10:14:19:16 chr2 170789504 . C T 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0484464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6739;QD=25.4292;RBI=0.0490283;REFB=0.0142734;REVB=-0.00753143;RO=15;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139797;STB=0.577707;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0108741;OID=.;OPOS=170789504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:9:13:6:9:9:13:6:9 chr2 170917648 . A G 161.6 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0104581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6646;QD=11.9706;RBI=0.0328767;REFB=-0.00884738;REVB=0.031169;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150203;STB=0.597601;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0355871;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:13:7:16:17:13:7:17:17 chr2 170938564 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0123064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.958;QD=14.6656;RBI=0.017542;REFB=-0.00649149;REVB=0.0125009;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151309;STB=0.588114;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00885406;OID=.;OPOS=170938564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:11:10:5:10:11:10 chr2 170938659 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0387564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.218;QD=19.343;RBI=0.0428604;REFB=0.00186875;REVB=-0.0183019;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00395393;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:9:9:8:10:9:9 chr2 170976590 . A G,T 385.14 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464866,0.00567188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.559,90.587;QD=55.0196;RBI=0.0471569,0.0133036;REFB=0,0;REVB=0.00792214,-0.0120339;RO=0;SAF=11,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00222044,0.0839215;OID=.,.;OPOS=170976590,170976590;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:15,0:11,2:0:0:15,0:11,2:0:0 chr2 171073887 . G A 466.4 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0264952;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.771;QD=16.5096;RBI=0.0264963;REFB=0.000776371;REVB=-0.00023145;RO=60;SAF=31;SAR=20;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247646;STB=0.50635;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00162783;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:60:62:51:51:0.451327:20:31:35:25:20:31:37:25 chr2 171225841 . A G 650.49 PASS AF=0.507812;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0304707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.952;QD=20.3277;RBI=0.0405101;REFB=-0.00811811;REVB=0.0266946;RO=62;SAF=37;SAR=27;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155814;STB=0.584589;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00584256;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:62:63:64:65:0.507812:27:37:25:37:27:38:26:37 chr2 171260787 . G A 275.1 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=6;FWDB=-0.0135935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7202;QD=15.4986;RBI=0.0376547;REFB=-0.0016177;REVB=-0.0351154;RO=40;SAF=24;SAR=7;SRF=34;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116965;STB=0.565421;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000576947;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:7:24:34:6:7:24:34:6 chr2 171260820 . T C 287.43 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.0170403;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5097;QD=18.2492;RBI=0.0208582;REFB=-0.00531176;REVB=0.0120288;RO=33;SAF=22;SAR=9;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169205;STB=0.61135;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00516573;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:32:31:31:0.492063:9:22:28:5:9:22:28:4 chr2 171355198 . A G 252.79 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000862394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.811;QD=21.0657;RBI=0.0108179;REFB=0.000631585;REVB=-0.0107834;RO=23;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163084;STB=0.609991;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000524914;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:19:5:8:15:19:5:9:15 chr2 171356274 . G A 608.61 PASS AF=0.46875;AO=68;DP=147;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0108291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.9555;QD=15.2153;RBI=0.0436817;REFB=-0.0188737;REVB=-0.0423181;RO=79;SAF=31;SAR=37;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158136;STB=0.586644;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0383779;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:160:79:85:68:75:0.46875:37:31:49:30:44:31:49:36 chr2 171570151 . C T 361.9 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.05132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8386;QD=23.3485;RBI=0.0572144;REFB=-0.0147819;REVB=-0.0252933;RO=25;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261118;STB=0.649045;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0113111;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:20:16:20:5:20:16:21:5 chr2 171570488 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.342;QD=42.1826;RBI=0.0272347;REFB=0;REVB=0.0158451;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81917e-05;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr2 171572940 . G A 178.22 PASS AF=0.612903;AO=16;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0256776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.874;QD=22.9967;RBI=0.0267265;REFB=-0.0471492;REVB=-0.0074139;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172863;STB=0.554738;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0240006;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:31:12:12:16:19:0.612903:9:7:8:4:9:10:8:4 chr2 171649402 . C T 300.01 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0196537;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.703;QD=15.7898;RBI=0.0469869;REFB=-0.0118372;REVB=-0.0426791;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188837;STB=0.609864;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0157509;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:43:33:33:0.434211:18:15:26:14:18:15:28:15 chr2 171678625 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.04377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.548;QD=11.4397;RBI=0.0443695;REFB=-0.0426158;REVB=-0.00726875;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278721;STB=0.685308;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.036419;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:6:3:8:5:6:3:9:5 chr2 171702585 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0371382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.735;QD=19.1803;RBI=0.042434;REFB=0.00258025;REVB=-0.0205281;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.624791;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0047665;OID=.;OPOS=171702585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:6:5:3:10:6:5 chr2 171786386 . C T 349.88 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0722601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6538;QD=27.9904;RBI=0.073761;REFB=-0.0362207;REVB=0.0148041;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226825;STB=0.624591;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0279031;OID=.;OPOS=171786386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:13:17:5:15:13:17:5:15 chr2 171822466 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00943134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.337;QD=53.9332;RBI=0.0492303;REFB=-0.0679091;REVB=0.0483185;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000381734;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:0:1:17:13:0:1 chr2 171822576 . C T 309.51 PASS AF=0.421687;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0578344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5302;QD=14.916;RBI=0.132129;REFB=-0.00477362;REVB=0.118799;RO=47;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902518;STB=0.552337;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00865178;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:47:48:33:35:0.421687:21:12:21:26:22:13:22:26 chr2 171850329 . T G 378.69 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0058512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.457;QD=17.4112;RBI=0.0408936;REFB=-0.0134322;REVB=-0.0404729;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114366;STB=0.574676;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0188556;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:39:40:0.45977:19:20:29:17:20:20:30:17 chr2 171854232 . TA T 101.68 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.10691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.9444;QD=10.4283;RBI=0.121751;REFB=-0.0493728;REVB=-0.0582543;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321187;STB=0.732139;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0520988;OID=.;OPOS=171854233;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:17:39:18:39:21:5:13:15:6:99:20:6:11:14:6 chr2 171916495 . C A 250.17 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0666917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8866;QD=16.9608;RBI=0.0678412;REFB=-0.0238056;REVB=0.0124359;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766364;STB=0.523793;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.027351;OID=.;OPOS=171916495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:31:27:28:0.474576:13:14:18:12:13:15:18:13 chr2 172174150 . AA GC 293.59 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000122297;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.804;QD=53.3807;RBI=0.00891359;REFB=0;REVB=0.00891275;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.49964e-05;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr2 172180771 . A G 1703.91 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.389;QD=60.3155;RBI=0.0312763;REFB=0;REVB=0.0122475;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60814e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:52:59:0:0:54:59:0:0 chr2 172216969 . T C 239.54 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00334628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9021;QD=21.7763;RBI=0.0403602;REFB=0.00201507;REVB=0.0402212;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597035;STB=0.518502;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.000771458;OID=.;OPOS=172216969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:14:8:9:12:14:9:9:12 chr2 172291616 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.608;QD=60.7162;RBI=0.00533131;REFB=0;REVB=0.00310648;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68396e-06;OID=.;OPOS=172291616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr2 172309651 . T A 545.53 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0077561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.033;QD=17.1821;RBI=0.0182829;REFB=0.000796063;REVB=0.0165561;RO=69;SAF=24;SAR=34;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523574;STB=0.529103;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.000754373;OID=.;OPOS=172309651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:34:24:25:44:34:24:25:44 chr2 172329458 . G T 364.43 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0205269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.227;QD=23.8968;RBI=0.092986;REFB=-0.0229077;REVB=-0.090692;RO=25;SAF=11;SAR=25;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799273;STB=0.544016;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0119026;OID=.;OPOS=172329458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:25:11:10:15:25:11:10:15 chr2 172330393 . A G 365.46 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00952925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7453;QD=18.7413;RBI=0.0107048;REFB=0.00178228;REVB=0.00487712;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10988;STB=0.577041;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00252226;OID=.;OPOS=172330393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:40:38:38:0.487179:18:20:24:13:18:20:27:13 chr2 172378818 . A G 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2175;QD=57.6721;RBI=0.0765925;REFB=0;REVB=0.014216;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678715;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr2 172379781 . G A 705.01 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0265946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.561;QD=58.7507;RBI=0.0399436;REFB=-0.0550879;REVB=0.029803;RO=1;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140367;STB=0.5147;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00171931;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:33:13:0:1:33:13:0:2 chr2 172411273 . G A 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6082;QD=55.6356;RBI=0.0475736;REFB=0;REVB=-0.0346068;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104807;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr2 172709215 . G C 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.23;QD=56.6989;RBI=0.0803842;REFB=0;REVB=-0.00279064;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126137;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr2 172725301 . A G 1004.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.327;QD=59.0875;RBI=0.0389057;REFB=0;REVB=-0.019447;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48225e-05;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr2 172964638 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.777;QD=47.8224;RBI=0.00893632;REFB=0;REVB=0.00511053;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68292e-06;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 172966250 . T C 253.79 PASS AF=0.291667;AO=34;DP=121;FAO=35;FDP=120;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.010713;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.442;QD=8.45976;RBI=0.0238718;REFB=-0.00136176;REVB=0.0213329;RO=85;SAF=24;SAR=10;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366191;STB=0.720915;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00464104;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:85:85:34:35:0.291667:10:24:34:51:10:25:34:51 chr2 173339808 . G A 492.21 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00478159;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.892;QD=17.2705;RBI=0.00482102;REFB=-0.00635076;REVB=0.000615378;RO=61;SAF=12;SAR=41;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199457;STB=0.611895;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00647217;OID=.;OPOS=173339808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:61:61:53:53:0.464912:41:12:24:37:41:12:24:37 chr2 173352103 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0147436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.742;QD=21.2674;RBI=0.019686;REFB=-0.0140116;REVB=-0.0130447;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.545401;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00946833;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:8:9:5:8:8:9:6:8 chr2 173686663 . G T 255.92 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.00849972;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.488;QD=19.6863;RBI=0.0342853;REFB=-0.0135989;REVB=0.033215;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=23;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298268;STB=0.667864;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0106955;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:8:19:23:1:8:19:24:1 chr2 173917425 . G A 1066.14 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.965;QD=58.4189;RBI=0.0397215;REFB=0.0640469;REVB=-0.0193395;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000809824;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:0:1:39:33:0:1 chr2 174068513 . G C 1424.43 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182901;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.564;QD=63.3079;RBI=0.0201311;REFB=0;REVB=-0.00841022;RO=0;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105421;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:90:0:0:90:90:1:32:58:0:0:32:58:0:0 chr2 174091088 . T C 1400.07 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0223204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3427;QD=61.5417;RBI=0.0389704;REFB=0.0205545;REVB=0.0319452;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106505;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000126232;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:46:44:1:0:46:44:1:0 chr2 174097106 . A G 229.33 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.015925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.9;QD=12.7403;RBI=0.0201315;REFB=-0.0185205;REVB=0.0123156;RO=41;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058021;STB=0.521853;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0238298;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:44:27:28:0.388889:14:13:22:19:15:13:22:22 chr2 174103160 . T C 366.83 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0194938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9536;QD=14.3855;RBI=0.0231362;REFB=-0.0135907;REVB=-0.012461;RO=59;SAF=18;SAR=24;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832573;STB=0.552088;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0205988;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:60:42:42:0.411765:24:18:30:29:24:18:31:29 chr2 174232845 . T C 483.53 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00043625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3754;QD=19.1499;RBI=0.00968504;REFB=0.00538311;REVB=-0.00967521;RO=51;SAF=18;SAR=32;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158964;STB=0.588199;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00552132;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:32:18:27:24:32:18:27:24 chr2 174820750 . T C 380.48 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0432053;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.631;QD=18.7889;RBI=0.0432376;REFB=-0.0152219;REVB=0.00167038;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454371;STB=0.518978;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0185934;OID=.;OPOS=174820750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:41:42:39:39:0.481481:20:19:22:19:20:19:22:20 chr2 174939981 . TGGGG TGGAGGGGG,TGGAGG,TGGAG,TGGAT 140.99 PASS AF=0.153846,0.0769231,0.461538,0.307692;AO=2,2,3,2;DP=13;FAO=2,1,6,4;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,6,0;FSAR=0,0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653714,-0.00392461,-0.00381988,-0.000150942;FXX=0;HRUN=0,0,13,13;LEN=4,1,1,2;MLLD=191.836,200.368,202.443,128.866;QD=43.3815;RBI=0.0232941,0.041788,0.0399054,0.0492612;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0223581,0.0416033,0.0397222,0.049261;RO=0;SAF=2,2,1,0;SAR=0,0,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,ins,snp,mnp;VARB=0.0288873,-0.0222137,-0.0173752,-0.00114811;OID=.,.,.,.;OPOS=174939982,174939984,174939984,174939984;OREF=-,-,G,GG;OALT=GGAG,A,A,AT;OMAPALT=TGGAGGGGG,TGGAGG,TGGAG,TGGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.153846,0.0769231,0.461538,0.307692:2,2,3,2:13:2,1,6,4:13:0:2,1,6,0:0,0,0,4:0:0:19:0:2,2,1,0:0,0,2,2:0:0 chr2 175201299 . C G 2498.18 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.98;QD=60.562;RBI=0.0642157;REFB=0;REVB=0.0642074;RO=0;SAF=88;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119237;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:151:165:0:0:151:165:1:63:88:0:0:77:88:0:0 chr2 175424779 . T G 715.73 PASS AF=0.938776;AO=44;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0232672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.44;QD=58.4273;RBI=0.0243056;REFB=-0.0271161;REVB=0.00702868;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426567;STB=0.520824;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00346148;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:44:46:0.938776:23:21:2:0:23:23:2:0 chr2 175425476 . G A 785.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.79;QD=57.1382;RBI=0.045994;REFB=0;REVB=0.0439948;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76294e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:33:17:0:0:38:17:0:0 chr2 175426274 . C G 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7738;QD=61.6941;RBI=0.0140064;REFB=0;REVB=0.0132306;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135455;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:34:48:0:0:34:48:0:0 chr2 175436940 . G A 772.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00594091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.184;QD=61.8112;RBI=0.0365878;REFB=0.0390336;REVB=0.0361022;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00134528;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:17:32:1:0:17:32:1:0 chr2 175939604 . G A 78.43 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0381655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.41;QD=15.6852;RBI=0.0401857;REFB=0.0246772;REVB=-0.0125811;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22222;STB=0.631288;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00873402;OID=.;OPOS=175939604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:4:6:8:2:4:6 chr2 176866967 . C T 202.55 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0367248;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2883;QD=16.204;RBI=0.0657806;REFB=0.00984435;REVB=0.0545746;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852867;STB=0.548345;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00948587;OID=.;OPOS=176866967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:14:8:8:20:14:8:8:20 chr2 176957822 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0355854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.299;QD=24.4132;RBI=0.124043;REFB=0.00776128;REVB=0.118829;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520717;STB=0.52936;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00469518;OID=.;OPOS=176957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:4:1:3:8:4:1 chr2 176984192 . TAAA TAA,T,TATA 509.56 PASS AF=0.0322581,0.532258,0.322581;AO=4,5,18;DP=38;FAO=2,33,20;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=2,16,1;FSAR=0,17,19;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.219164,0.0760778,-0.00278213;FXX=0.0605969;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,1;MLLD=11.0557,25.7242,61.4154;QD=32.8749;RBI=0.235022,0.0816836,0.014658;REFB=-0.0937819,-0.0355205,-0.00491873;REVB=0.0848678,0.0297386,-0.0143915;RO=7;SAF=2,0,1;SAR=2,5,17;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.366604,-0.798302,-0.646519;STB=0.991064,0.564916,0.868779;STBP=0.47,0.094,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0842277,0.0737511,-0.00333715;OID=.,.,.;OPOS=176984193,176984193,176984194;OREF=A,AAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0322581,0.532258,0.322581:4,5,18:38:2,33,20:62:7:2,16,1:0,17,19:6:1:99:7:2,0,1:2,5,17:6:1 chr2 177036754 . T C 278.88 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.4402;QD=50.7053;RBI=0.0199238;REFB=0;REVB=-0.0126346;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268617;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:6:16:0:0 chr2 178417136 . T C 308.59 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00908353;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.799;QD=13.2727;RBI=0.0243415;REFB=-0.00121789;REVB=-0.0225831;RO=58;SAF=13;SAR=22;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124932;STB=0.571568;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00230996;OID=.;OPOS=178417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:58:58:35:35:0.376344:22:13:28:30:22:13:28:30 chr2 178417142 . C T 1495.71 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234678;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7947;QD=63.6474;RBI=0.0382452;REFB=0;REVB=0.0301986;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411489;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr2 178417225 . C T 1293.34 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0616255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8269;QD=59.4639;RBI=0.0651882;REFB=-0.0277868;REVB=0.0212556;RO=2;SAF=44;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210442;STB=0.511108;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000574769;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:41:44:2:0:41:44:2:0 chr2 178417557 . G A 1029.0 PASS AF=0.541436;AO=98;DP=182;FAO=98;FDP=181;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0153934;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.188;QD=22.7402;RBI=0.0166148;REFB=0.00529372;REVB=0.00625266;RO=83;SAF=42;SAR=56;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555498;STB=0.530345;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00569667;OID=.;OPOS=178417557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:83:83:98:98:0.541436:56:42:41:42:56:42:41:42 chr2 178481818 . G T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.693;QD=60.8834;RBI=0.0215719;REFB=0;REVB=0.00283972;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68642e-05;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr2 178482094 . C T 109.01 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00762997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.123;QD=36.3357;RBI=0.0425517;REFB=-0.0027452;REVB=0.041862;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000861642;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:1:0:4:7:1:0 chr2 178482737 . G A 189.59 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00662193;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.861;QD=15.1675;RBI=0.01408;REFB=-0.0207784;REVB=0.0124256;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320476;STB=0.686262;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.024282;OID=.;OPOS=178482737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:17:4:13:16:17:4:13:16 chr2 178483621 . G A 330.49 PASS AF=0.350427;AO=42;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0962317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.1883;QD=11.2989;RBI=0.0994513;REFB=-0.00945288;REVB=0.0251002;RO=69;SAF=20;SAR=22;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12838;STB=0.574591;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0185569;OID=.;OPOS=178483621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:76:42:41:0.350427:22:20:41:28:22:19:44:32 chr2 178491217 . G A 1418.14 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419309;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7975;QD=63.0282;RBI=0.00420552;REFB=0;REVB=0.000323087;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66532e-05;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr2 178493301 . G T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00413898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.528;QD=9.91515;RBI=0.0271146;REFB=-0.0298887;REVB=-0.0267968;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.666325;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0506397;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:5:12:4:5:5:12 chr2 178494173 . G GGGA 800.01 PASS AF=0.392405;AO=80;DP=241;FAO=93;FDP=237;FR=.;FRO=144;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=79;FSRR=65;FWDB=0.0114407;FXX=0.0124995;HRUN=4;LEN=3;MLLD=279.228;QD=13.5023;RBI=0.0158686;REFB=-0.00869724;REVB=-0.0109965;RO=149;SAF=39;SAR=41;SRF=82;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716432;STB=0.526281;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.0129785;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392405:80:241:93:237:144:47:46:79:65:99:149:39:41:82:67 chr2 178682603 . T C 282.93 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0243864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.246;QD=10.7783;RBI=0.0338613;REFB=-0.00125553;REVB=0.0234924;RO=69;SAF=15;SAR=21;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216026;STB=0.624345;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00224671;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:69:36:36:0.342857:21:15:42:27:21:15:42:27 chr2 178682655 . A G 252.16 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0307465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.079;QD=9.98643;RBI=0.0307467;REFB=0.00971537;REVB=0.000105027;RO=69;SAF=14;SAR=18;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181659;STB=0.60581;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0194197;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:69:32:32:0.316832:18:14:41:28:18:14:41:28 chr2 178936372 . GT G,GG 657.57 PASS AF=0.0697674,0.930233;AO=8,35;DP=43;FAO=3,40;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404696,0.0417122;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.747,239.649;QD=61.1696;RBI=0.0463465,0.0452794;REFB=0,0;REVB=0.0225877,0.0176159;RO=0;SAF=7,20;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.007211,0.00189231;OID=.,.;OPOS=178936373,178936373;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0697674,0.930233:8,35:43:3,40:43:0:2,25:1,15:0:0:7:0:7,20:1,15:0:0 chr2 178936614 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.982;QD=61.6837;RBI=0.0352089;REFB=0;REVB=0.0274339;RO=0;SAF=32;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20475e-05;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:9:32:0:0:9:32:0:0 chr2 179203797 . G A 728.23 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00319729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3488;QD=53.943;RBI=0.0371388;REFB=-0.136773;REVB=-0.037001;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254452;STB=0.513508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00164306;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:34:18:1:0:35:18:1:0 chr2 179247322 . G C 92.05 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.604;QD=18.4096;RBI=0.00112169;REFB=-0.0340628;REVB=-0.00112169;RO=9;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168896;OID=.;OPOS=179247322;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:10:0:0:9:11:0:0:9 chr2 179251779 . G A 404.24 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0120571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.727;QD=18.3744;RBI=0.0123289;REFB=-0.0200698;REVB=-0.00257474;RO=46;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990841;STB=0.560232;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0319438;OID=.;OPOS=179251779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:46:41:42:0.477273:18:23:21:25:18:24:21:25 chr2 179260382 . A G 669.39 PASS AF=0.459459;AO=67;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0168505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.084;QD=18.0917;RBI=0.0323079;REFB=-0.00222227;REVB=0.0275656;RO=80;SAF=44;SAR=23;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858598;STB=0.541583;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0018783;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:80:80:67:68:0.459459:23:44:46:34:24:44:46:34 chr2 179325816 . G A 704.98 PASS AF=0.507246;AO=69;DP=136;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00231547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6514;QD=20.4342;RBI=0.0518601;REFB=-0.0214319;REVB=-0.0518084;RO=67;SAF=27;SAR=42;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109364;STB=0.50151;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0191976;OID=.;OPOS=179325816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:67:68:69:70:0.507246:42:27:27:40:42:28:27:41 chr2 179358665 . A G 414.26 PASS AF=0.390244;AO=47;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0160563;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7276;QD=13.4717;RBI=0.0170656;REFB=-0.0123696;REVB=0.00578193;RO=75;SAF=25;SAR=22;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849556;STB=0.55373;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0184121;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:75:47:48:0.390244:22:25:34:41:22:26:34:41 chr2 179367086 . A G 923.09 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00810316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5229;QD=56.8058;RBI=0.00891144;REFB=-0.0445251;REVB=0.00370846;RO=1;SAF=60;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00780917;STB=0.504131;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.000572796;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:4:60:1:0:4:60:1:0 chr2 179395958 . T C 1171.69 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672121;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.121;QD=60.8668;RBI=0.00955844;REFB=0;REVB=0.00679627;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35046e-05;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:40:37:0:0 chr2 179396354 . G A 819.69 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1434;QD=55.5721;RBI=0.0621727;REFB=0.108692;REVB=-0.056488;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00297113;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:36:22:0:1:36:22:0:1 chr2 179397561 . C T 3081.49 PASS AF=0.990196;AO=201;DP=203;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=131;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0063844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.763;QD=60.4214;RBI=0.0141348;REFB=-0.120071;REVB=0.0126108;RO=2;SAF=131;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721595;STB=0.503788;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000441357;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:203:204:2:2:201:202:0.990196:70:131:2:0:71:131:2:0 chr2 179398823 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.396;QD=56.7053;RBI=0.011005;REFB=0;REVB=-0.0103702;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23677e-05;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr2 179402589 . A C 753.05 PASS AF=0.430851;AO=80;DP=187;FAO=81;FDP=188;FR=.;FRO=107;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.00136596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.755;QD=16.0224;RBI=0.0196232;REFB=0.00486826;REVB=-0.0195756;RO=103;SAF=48;SAR=32;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203042;STB=0.604912;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00472404;OID=.;OPOS=179402589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:103:107:80:81:0.430851:32:48:41:62:32:49:45:62 chr2 179406191 . C T 2893.59 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.685;QD=62.9041;RBI=0.0246133;REFB=0;REVB=0.00428705;RO=0;SAF=104;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1503e-05;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:182:184:1:78:104:0:0:80:104:0:0 chr2 179413110 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.031;QD=57.5448;RBI=0.0065807;REFB=0;REVB=0.0026699;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33206e-06;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr2 179421694 . A G 1606.6 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6838;QD=64.264;RBI=0.0477252;REFB=0;REVB=0.0209364;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204554;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr2 179427186 . A G 2518.64 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499365;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1086;QD=61.807;RBI=0.052535;REFB=0;REVB=0.016318;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582972;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:76:87:0:0:76:87:0:0 chr2 179427536 . T C 2300.43 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192328;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.95;QD=63.9008;RBI=0.0694027;REFB=0;REVB=0.0666845;RO=0;SAF=86;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10303e-05;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:57:86:0:0:57:87:0:0 chr2 179430997 . G A 1504.09 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236017;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.116;QD=62.6703;RBI=0.0236205;REFB=-0.091865;REVB=-0.000941449;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=2.93499e-05;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:94:95:0.989583:44:50:0:0:45:50:0:1 chr2 179436020 . G A 1302.83 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.178;QD=62.0393;RBI=0.0433588;REFB=0;REVB=0.0408433;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62635e-05;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:38:45:0:0:39:45:0:0 chr2 179444768 . C G 2148.56 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432672;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.652;QD=63.1929;RBI=0.0509957;REFB=0;REVB=0.0269908;RO=0;SAF=68;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83162e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:134:136:1:66:68:0:0:66:70:0:0 chr2 179444939 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.683;QD=51.9148;RBI=0.0359282;REFB=0;REVB=-0.018918;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000595844;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr2 179447848 . T C 2274.18 PASS AF=1;AO=139;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.9;QD=63.1717;RBI=0.0398301;REFB=0;REVB=-0.00638297;RO=0;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16252e-05;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:139:144:1:76:63:0:0:76:68:0:0 chr2 179451420 . G A 2309.23 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5486;QD=60.7692;RBI=0.0580118;REFB=0;REVB=-0.0517441;RO=0;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276211;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:73:78:0:0:74:78:0:0 chr2 179454394 . A G 1453.32 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.96;QD=63.1876;RBI=0.0250801;REFB=0;REVB=0.0246718;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31394e-05;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr2 179455207 . T C 2683.73 PASS AF=0.994286;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.725;QD=61.3424;RBI=0.0726232;REFB=0.00151831;REVB=0.0661039;RO=1;SAF=94;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503705;STB=0.502645;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00013754;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:175:1:1:173:174:0.994286:79:94:1:0:80:94:1:0 chr2 179457147 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2832;QD=57.1056;RBI=0.0318337;REFB=0;REVB=-0.0265356;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265945;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:15:40:0:0:15:40:0:0 chr2 179458591 . C T 482.7 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.213;QD=58.5091;RBI=0.0272943;REFB=0;REVB=-0.0244565;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138787;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr2 179462766 . C T 327.27 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0137224;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.833;QD=16.5705;RBI=0.0141178;REFB=-0.0165324;REVB=-0.00331785;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309068;STB=0.517381;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0218472;OID=.;OPOS=179462766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:44:35:35:0.443038:18:17:20:24:18:17:20:24 chr2 179464527 . T C 1719.63 PASS AF=0.983051;AO=114;DP=117;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.019252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.247;QD=58.2924;RBI=0.0200698;REFB=-0.0599761;REVB=0.00567099;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507691;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00018179;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:118:0:2:114:116:0.983051:62:52:0:0:64:52:0:2 chr2 179490019 . G A 498.9 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00473623;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.399;QD=18.1418;RBI=0.0101242;REFB=-0.00171775;REVB=0.00894802;RO=56;SAF=31;SAR=22;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385696;STB=0.515619;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00126106;OID=.;OPOS=179490019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:56:57:53:53:0.481818:22:31:35:21:22:31:35:22 chr2 179543217 . C T 2299.99 PASS AF=0.986486;AO=144;DP=146;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0288638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8318;QD=62.1619;RBI=0.0529234;REFB=-0.00840939;REVB=-0.0443595;RO=2;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133913;STB=0.507041;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000133086;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:148:2:2:144:146:0.986486:70:74:0:2:70:76:0:2 chr2 179558366 . T C 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000966292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.173;QD=60.0276;RBI=0.0173254;REFB=0;REVB=0.0172985;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66485e-05;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr2 179563655 . A G 35.43 PASS AF=0.0891089;AO=14;DP=103;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=0.0046453;FXX=0.0380916;HRUN=15;LEN=1;MLLD=232.733;QD=1.40304;RBI=0.00802876;REFB=-0.000346831;REVB=-0.00654844;RO=87;SAF=13;SAR=1;SRF=29;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.674978;STB=0.920518;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00417973;OID=.;OPOS=179563655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:103:101:87:92:14:9:0.0891089:1:13:29:58:1:8:33:59 chr2 179578730 . G A 2849.19 PASS AF=0.994536;AO=181;DP=182;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=114;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.079;QD=62.2774;RBI=0.026311;REFB=-0.022564;REVB=0.0223795;RO=1;SAF=114;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705252;STB=0.503649;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000184966;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:183:1:1:181:182:0.994536:67:114:0:1:68:114:0:1 chr2 179579093 . T C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00629533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.322;QD=57.4358;RBI=0.0235124;REFB=-0.108837;REVB=0.022654;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000690341;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:33:34:1:0:33:34:1:0 chr2 179579212 . T C 2197.69 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.498;QD=63.2428;RBI=0.0285906;REFB=0;REVB=0.0284209;RO=0;SAF=80;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07769e-05;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:0:0:136:139:1:56:80:0:0:58:81:0:0 chr2 179579822 . T A 1528.96 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0299248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9397;QD=56.628;RBI=0.0326506;REFB=0.0393985;REVB=0.01306;RO=2;SAF=48;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193602;STB=0.515149;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000975856;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:2:3:105:105:0.972222:57:48:2:0:57:48:3:0 chr2 179582327 . C T 1607.81 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.819;QD=60.1049;RBI=0.025858;REFB=0;REVB=0.024806;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23203e-05;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:46:59:0:0:48:59:0:0 chr2 179582537 . G T 1098.7 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.817;QD=60.2025;RBI=0.0361132;REFB=0;REVB=-0.0353935;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106064;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:43:29:0:0:43:30:0:0 chr2 179583496 . T G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.323;QD=61.8526;RBI=0.031111;REFB=0;REVB=0.0285526;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19025e-05;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr2 179585266 . C T 1522.51 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-8.8997e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9675;QD=58.5582;RBI=0.00571844;REFB=0.0314462;REVB=-0.00571774;RO=1;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126505;STB=0.506665;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00204712;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:37:66:0:1:37:66:0:1 chr2 179585393 . A G 376.19 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000281687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.963;QD=55.7323;RBI=0.0128199;REFB=0;REVB=0.0128168;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28942e-05;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:15:12:0:0 chr2 179587130 . C G 1513.08 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.972;QD=59.9238;RBI=0.0613828;REFB=0;REVB=0.00145408;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93206e-05;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr2 179600563 . G A 2361.82 PASS AF=0.963636;AO=159;DP=167;FAO=159;FDP=165;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00443615;FXX=0.0119753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.471;QD=57.2563;RBI=0.00547185;REFB=0.00442709;REVB=-0.00320338;RO=6;SAF=79;SAR=80;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00021736;STB=0.500114;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.000228721;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:167:165:6:6:159:159:0.963636:80:79:3:3:80:79:3:3 chr2 179605180 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.451;QD=59.5013;RBI=0.0416913;REFB=0;REVB=0.0223052;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31789e-05;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr2 179614952 . A G 1600.04 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00747401;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.564;QD=58.1833;RBI=0.0302063;REFB=-0.196206;REVB=0.0292671;RO=1;SAF=70;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123264;STB=0.502947;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000889838;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:110:1:2:108:108:0.981818:38:70:0:1:38:70:1:1 chr2 179615887 . T C 589.05 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0233;QD=60.4155;RBI=0.147046;REFB=0;REVB=0.122425;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333382;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:33:39:1:10:23:0:0:14:25:0:0 chr2 179615931 . C G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.021;QD=57.3857;RBI=0.0160131;REFB=0;REVB=-0.0146716;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27589e-05;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr2 179615994 . T C 1198.1 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00883684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.387;QD=56.3813;RBI=0.0155732;REFB=-0.050734;REVB=-0.0128232;RO=2;SAF=52;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178633;STB=0.518514;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0002785;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:2:4:81:81:0.952941:29:52:2:0:29:52:4:0 chr2 179620951 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.772;QD=56.9569;RBI=0.00909245;REFB=0;REVB=0.005634;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86832e-05;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr2 179621477 . C T 1739.54 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388433;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.249;QD=59.984;RBI=0.0418075;REFB=-0.0187176;REVB=0.0154617;RO=1;SAF=69;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104349;STB=0.505375;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000162687;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:114:115:0.991379:45:69:0:1:46:69:0:1 chr2 179623758 . C T 2828.48 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.255;QD=62.8552;RBI=0.0393558;REFB=0;REVB=0.0210416;RO=0;SAF=76;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.40016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19174e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:179:180:1:103:76:0:0:103:77:0:0 chr2 179629363 . T C 1114.52 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=79;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00899853;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.441;QD=57.8974;RBI=0.0273598;REFB=-0.0222509;REVB=0.0258377;RO=2;SAF=39;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236412;STB=0.512497;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00141303;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:77:2:2:74:75:0.974026:35:39:2:0:36:39:2:0 chr2 179629461 . C T 669.83 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.01;QD=62.3094;RBI=0.0111122;REFB=0;REVB=0.0105439;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66714e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr2 179644035 . G A 1568.82 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.431;QD=64.0336;RBI=0.0345145;REFB=0;REVB=0.0277749;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87082e-05;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:43:53:0:0:45:53:0:0 chr2 179659912 . G A 1477.03 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.008;QD=61.5427;RBI=0.0698164;REFB=-0.0667137;REVB=0.069409;RO=1;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898445;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:1:0:94:96:1:42:52:0:1:44:52:0:0 chr2 179702268 . A G 759.41 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.747;QD=63.2841;RBI=0.0282038;REFB=0;REVB=0.0229178;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15666e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:48:0:0:43:48:1:21:22:0:0:23:25:0:0 chr2 179839833 . A G 233.37 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00879774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.749;QD=16.9724;RBI=0.0143211;REFB=-0.0211987;REVB=0.0113002;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203698;STB=0.635186;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0351052;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:26:26:0.472727:18:8:14:13:18:8:16:13 chr2 179990353 . C G 426.44 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0190887;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3163;QD=16.4016;RBI=0.0191871;REFB=-0.00920436;REVB=0.00194099;RO=56;SAF=25;SAR=22;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387523;STB=0.525958;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0108774;OID=.;OPOS=179990353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:56:57:47:47:0.451923:22:25:32:24:22:25:33:24 chr2 180047908 . T C 814.69 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00276021;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3392;QD=54.3124;RBI=0.0674808;REFB=-0.05519;REVB=-0.0674243;RO=3;SAF=37;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302606;STB=0.522719;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00227018;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:3:2:58:58:0.966667:21:37:1:2:21:37:0:2 chr2 180308028 . C T 890.58 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381275;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1322;QD=58.3988;RBI=0.0440068;REFB=0;REVB=-0.0219748;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934499;OID=.;OPOS=180308028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:20:40:0:0:21:40:0:0 chr2 180810180 . C T 1157.54 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258491;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.699;QD=60.9234;RBI=0.0205208;REFB=0;REVB=0.0203574;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56487e-05;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr2 180810264 . A T 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000265467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.742;QD=64.1486;RBI=0.00180841;REFB=0;REVB=0.00178882;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36799e-06;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr2 180835792 . T A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.801;QD=58.7817;RBI=0.0482007;REFB=0;REVB=-0.0326431;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75465e-06;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr2 182374534 . A G 1234.31 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558188;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.769;QD=60.2104;RBI=0.0561834;REFB=-0.0283951;REVB=-0.00639041;RO=2;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185631;STB=0.504949;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=5.47616e-05;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:2:1:81:81:0.987805:50:31:0:2:50:31:0:1 chr2 182395345 . G A 1625.87 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00734793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.968;QD=59.1224;RBI=0.0148463;REFB=-0.0540608;REVB=-0.0129004;RO=1;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102074;STB=0.505375;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000103297;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:46:63:0:1:46:63:0:1 chr2 182399097 . T C 795.51 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0922998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3374;QD=53.9332;RBI=0.0949715;REFB=-0.165852;REVB=0.0223679;RO=2;SAF=34;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269356;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00285511;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:2:1:57:58:0.983051:23:34:2:0:23:35:1:0 chr2 182399638 . A G 2488.76 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419209;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4341;QD=61.4508;RBI=0.0541283;REFB=0;REVB=0.0342419;RO=0;SAF=90;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573847;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:161:162:1:71:90:0:0:71:91:0:0 chr2 182400905 . T G 1671.5 PASS AF=0.942623;AO=115;DP=123;FAO=115;FDP=122;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0704783;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.838;QD=54.8031;RBI=0.0707801;REFB=-0.202587;REVB=0.00652993;RO=7;SAF=54;SAR=61;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576798;STB=0.530429;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00163777;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:123:122:7:7:115:115:0.942623:61:54:7:0:61:54:7:0 chr2 182403851 . G A 1117.46 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.296;QD=60.403;RBI=0.020403;REFB=0;REVB=0.0174804;RO=0;SAF=52;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07681e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:21:52:0:0:22:52:0:0 chr2 182413259 . A G 1105.8 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.436;QD=58.2002;RBI=0.0275992;REFB=0;REVB=0.0253729;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404849;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:0:0:70:76:1:29:41:0:0:32:44:0:0 chr2 182521578 . G A 1459.99 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.4;QD=62.7954;RBI=0.0609072;REFB=0;REVB=0.0457781;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222509;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:45:44:0:0:45:48:0:0 chr2 182543455 . T C 997.54 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00865044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.442;QD=57.002;RBI=0.024711;REFB=0.0614267;REVB=-0.0231475;RO=2;SAF=42;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671065;STB=0.509431;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000213599;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:2:1:68:69:0.985714:26:42:1:1:26:43:0:1 chr2 182763586 . G A 532.94 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00331767;FXX=0.052626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.532;QD=23.6861;RBI=0.01741;REFB=0.00117444;REVB=-0.017091;RO=31;SAF=29;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031048;STB=0.512656;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00110371;OID=.;OPOS=182763586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:90:31:39:48:49:0.544444:19:29:20:11:20:29:22:17 chr2 182780126 . G A 512.67 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.000432433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.824;QD=21.586;RBI=0.00425881;REFB=-0.0145254;REVB=-0.0042368;RO=46;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747605;STB=0.545237;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0124875;OID=.;OPOS=182780126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:46:48:49:0.515789:20:28:23:23:20:29:23:23 chr2 182780307 . G A 567.46 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0137223;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.663;QD=21.4136;RBI=0.0183307;REFB=-0.0160573;REVB=-0.0121537;RO=48;SAF=25;SAR=32;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185918;STB=0.504709;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0147997;OID=.;OPOS=182780307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:48:49:57:57:0.537736:32:25:20:28:32:25:21:28 chr2 182792984 . T A 281.29 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0212281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0508;QD=17.0481;RBI=0.0916115;REFB=-0.0236089;REVB=-0.0891181;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956469;STB=0.553734;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0304064;OID=.;OPOS=182792984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:19:12:17:18:19:12:17:18 chr2 182913613 . A G 562.37 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00435934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.932;QD=18.1409;RBI=0.0130111;REFB=-0.0229439;REVB=0.0122591;RO=62;SAF=20;SAR=28;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164442;STB=0.596373;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0246069;OID=.;OPOS=182913613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:63:48:48:0.387097:28:20:36:26:28:20:37:26 chr2 182925087 . T TTG 302.71 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0382415;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=2;MLLD=115.925;QD=24.7106;RBI=0.042752;REFB=-0.0539008;REVB=0.0191135;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837759;STB=0.512811;STBP=0.861;TYPE=ins;VARB=0.0494663;OID=.;OPOS=182925088;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55102:26:54:27:49:22:19:8:16:6:99:26:18:8:20:6 chr2 182925120 . T C 324.78 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0260501;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.716;QD=33.3105;RBI=0.0294053;REFB=-0.0578112;REVB=0.0136406;RO=12;SAF=20;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680103;STB=0.503719;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0191045;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:39:12:12:27:27:0.692308:7:20:9:3:7:20:9:3 chr2 182926144 . T C 331.28 PASS AF=0.362832;AO=40;DP=112;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00344471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5925;QD=11.7268;RBI=0.00346336;REFB=0.00127911;REVB=0.000358906;RO=71;SAF=18;SAR=22;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000793686;STB=0.503255;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00193161;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:71:72:40:41:0.362832:22:18:32:39:22:19:33:39 chr2 183007502 . A G 706.85 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00431842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8799;QD=49.6037;RBI=0.0248679;REFB=-0.0223677;REVB=0.0244901;RO=4;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853674;STB=0.545437;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000938554;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:20:33:0:4:20:33:0:4 chr2 183640125 . G A 283.79 PASS AF=0.366667;AO=32;DP=88;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0101265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8239;QD=12.6129;RBI=0.0785554;REFB=0.010258;REVB=0.0779;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359334;STB=0.501018;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.037639;OID=.;OPOS=183640125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:51:57:32:33:0.366667:14:18:27:24:15:18:31:26 chr2 183738620 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.335;QD=33.428;RBI=0.0731517;REFB=0;REVB=0.0729578;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00645199;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr2 183789649 . C A 1160.71 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.474;QD=60.2964;RBI=0.018619;REFB=0;REVB=0.0116363;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240445;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:34:43:0:0 chr2 183799558 . G C 2161.45 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0708372;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.79;QD=62.1999;RBI=0.0735141;REFB=-0.12079;REVB=0.0196571;RO=1;SAF=72;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655742;STB=0.503448;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000672656;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:137:138:0.992806:65:72:1:0:66:72:1:0 chr2 183961650 . A C 2122.24 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.31;QD=62.8812;RBI=0.0360557;REFB=0;REVB=0.0245482;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89891e-05;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:132:135:1:71:61:0:0:72:63:0:0 chr2 183961668 . A G,T 1851.31 PASS AF=0.928,0.064;AO=114,10;DP=125;FAO=116,8;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=56,4;FSAR=60,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00844263,-0.0448185;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.857,106.421;QD=59.2418;RBI=0.0114579,0.0496734;REFB=0.0352509,-0.101658;REVB=0.00774634,-0.0214185;RO=1;SAF=54,6;SAR=60,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00871245,-0.0687795;STB=0.504424,0.555418;STBP=0.315,0.503;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000607554,0.156149;OID=.,.;OPOS=183961668,183961668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:125:125:1:1:114,10:116,8:0.928,0.064:60,4:54,6:1:0:60,4:56,4:1:0 chr2 183998366 . CTTTTT CTTTCT,CTTTTC,CT 146.29 PASS AF=0.347826,0.130435,0.434783;AO=3,2,4;DP=22;FAO=8,3,10;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=1,0,7;FSAR=7,3,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0605074,0.0646153,0.230287;FXX=0.079968;HRUN=17,17,17;LEN=1,1,4;MLLD=132.91,131.946,6.66272;QD=25.4424;RBI=0.119062,0.110014,0.281077;REFB=-0.0348286,-0.0384713,-0.160616;REVB=-0.10254,-0.0890388,-0.161158;RO=0;SAF=0,1,2;SAR=3,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.749246,0.995982,0.562382;STBP=0.034,0.069,0.527;TYPE=snp,snp,del;VARB=-0.0179967,0.0630738,0.168542;OID=.,.,.;OPOS=183998370,183998371,183998367;OREF=T,T,TTTT;OALT=C,C,-;OMAPALT=CTTTCT,CTTTTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.347826,0.130435,0.434783:3,2,4:22:8,3,10:23:2:1,0,7:7,3,3:2:0:60:0:0,1,2:3,1,2:0:0 chr2 184814072 . T C 301.11 PASS AF=0.4;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.013384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.288;QD=14.1697;RBI=0.0158534;REFB=-0.0153462;REVB=-0.00849701;RO=50;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641294;STB=0.511815;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.019195;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:50:51:32:34:0.4:16:16:22:28:18:16:23:28 chr2 185469503 . C T 437.5 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00396727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.008;QD=14.2278;RBI=0.0102377;REFB=-0.0170668;REVB=-0.00943771;RO=73;SAF=25;SAR=25;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504664;STB=0.528444;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0246332;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:25:25:40:33:25:25:40:33 chr2 185800905 . A T 209.32 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0053879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.528;QD=13.7256;RBI=0.005939;REFB=-0.0190154;REVB=0.00249845;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059952;STB=0.527005;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0297052;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:25:25:0.409836:10:15:19:16:10:15:20:16 chr2 185801747 . G A 245.55 PASS AF=0.361446;AO=27;DP=81;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0194462;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.03;QD=11.8339;RBI=0.0194596;REFB=-0.00735277;REVB=0.000721845;RO=54;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693121;STB=0.502511;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0148171;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:54:53:27:30:0.361446:18:9:21:33:18:12:21:32 chr2 185801755 . A G 235.26 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0131428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.634;QD=11.2027;RBI=0.0243487;REFB=-0.00396706;REVB=-0.0204969;RO=52;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106128;STB=0.509331;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00918829;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:52:55:29:29:0.345238:17:12:22:30:17:12:22:33 chr2 185802211 . C CACA 119.72 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0117461;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.796;QD=13.6826;RBI=0.015904;REFB=-0.00523119;REVB=-0.0107221;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220592;STB=0.612745;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=0.0117697;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:14:36:14:35:21:8:6:8:13:99:20:8:6:7:13 chr2 185802243 . C A 138.17 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0164561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.058;QD=19.0585;RBI=0.0165161;REFB=-0.0140737;REVB=-0.00140629;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290292;STB=0.659775;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0108115;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:14:15:0.517241:4:10:5:8:4:11:6:8 chr2 185802363 . A G 315.83 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0345406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.721;QD=15.0393;RBI=0.0346286;REFB=0.000550856;REVB=0.00246742;RO=49;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094214;STB=0.553367;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.000676909;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:14:21:25:24:14:21:25:24 chr2 186526579 . G A 1077.04 PASS AF=0.509346;AO=109;DP=214;FAO=109;FDP=214;FR=.;FRO=105;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.00724551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9081;QD=20.1316;RBI=0.0449214;REFB=0.0077531;REVB=-0.0443333;RO=105;SAF=51;SAR=58;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050061;STB=0.527449;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00552574;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:105:105:109:109:0.509346:58:51:55:50:58:51:55:50 chr2 186625770 . A G 240.73 PASS AF=0.431818;AO=16;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0305223;FXX=0.0434688;HRUN=8;LEN=1;MLLD=241.8;QD=21.8847;RBI=0.0313689;REFB=-0.0104749;REVB=0.00723838;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340571;STB=0.516761;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00900849;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:45:44:11:15:16:19:0.431818:11:5:3:8:12:7:5:10 chr2 186627943 . T C 726.97 PASS AF=0.542636;AO=69;DP=128;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00764432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2942;QD=22.5417;RBI=0.0166293;REFB=-0.0296835;REVB=-0.0147681;RO=59;SAF=34;SAR=35;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274713;STB=0.518152;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0246094;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:59:59:69:70:0.542636:35:34:31:28:36:34:31:28 chr2 186654036 . T G 604.85 PASS AF=0.453237;AO=62;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.00790451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.729;QD=17.4057;RBI=0.0743409;REFB=-0.0248316;REVB=0.0739194;RO=76;SAF=42;SAR=20;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788494;STB=0.547058;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0299591;OID=.;OPOS=186654036;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:62:63:0.453237:20:42:46:30:20:43:46:30 chr2 186654592 . A G 479.27 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0352619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6349;QD=22.5537;RBI=0.0469486;REFB=-0.00259769;REVB=0.0309963;RO=39;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022595;STB=0.512443;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00470229;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:20:26:21:18:20:26:21:18 chr2 186654867 . G C 421.75 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0235106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4407;QD=18.1398;RBI=0.0272168;REFB=-0.00141645;REVB=0.0137115;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946387;STB=0.546261;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00201704;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:23:20:18:31:23:20:19:31 chr2 186655657 . G A 431.83 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.026323;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.836;QD=14.7632;RBI=0.0265091;REFB=-0.016618;REVB=-0.00313599;RO=63;SAF=15;SAR=34;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303976;STB=0.6828;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0164897;OID=.;OPOS=186655657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:68:49:49:0.418803:34:15:38:25:34:15:42:26 chr2 186655726 . G A 1395.1 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2382;QD=62.7011;RBI=0.0313266;REFB=0;REVB=-0.0277052;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38126e-05;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr2 186656657 . C T 329.7 PASS AF=0.372727;AO=40;DP=109;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.01406;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0915;QD=11.9892;RBI=0.0744812;REFB=-0.0094935;REVB=-0.0731421;RO=65;SAF=18;SAR=22;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794583;STB=0.554595;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0088522;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:65:69:40:41:0.372727:22:18:34:31:22:19:38:31 chr2 186656956 . T C 36.52 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0308789;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.043;QD=5.84279;RBI=0.0565754;REFB=0.00706467;REVB=0.0474053;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167553;STB=0.610731;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0112175;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:19:19:6:6:0.24:2:4:10:9:2:4:10:9 chr2 186657089 . C A 348.51 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0090687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.436;QD=11.617;RBI=0.0301853;REFB=-0.00805573;REVB=-0.0287908;RO=75;SAF=26;SAR=17;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960015;STB=0.564072;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0119271;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:77:43:43:0.358333:17:26:39:36:17:26:39:38 chr2 186658056 . G A 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00887372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.193;QD=10.943;RBI=0.0331185;REFB=-0.0123576;REVB=-0.0319076;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228548;STB=0.641833;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0118558;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:7:13:16:20:7:13:16:21 chr2 186658438 . C T 303.43 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00675395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.609;QD=22.0674;RBI=0.0190193;REFB=-0.00689978;REVB=-0.0177797;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121825;STB=0.517354;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00599436;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:24:31:31:0.563636:13:18:13:10:13:18:13:11 chr2 186658565 . G T 307.22 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00234209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.977;QD=15.5554;RBI=0.0195358;REFB=-0.014677;REVB=-0.0193949;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334111;STB=0.501886;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0184835;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:19:15:20:25:19:15:20:25 chr2 186659359 . G T 401.44 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.000267489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.507;QD=18.8912;RBI=0.0402698;REFB=-0.0162345;REVB=-0.0402689;RO=44;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145993;STB=0.581355;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0196051;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:16:25:20:24:16:25:20:24 chr2 186660931 . C T 436.72 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0439782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6791;QD=18.7836;RBI=0.0440107;REFB=-0.0133946;REVB=0.00169116;RO=49;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00530956;STB=0.502957;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0177758;OID=.;OPOS=186660931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:24:20:22:27:24:20:22:27 chr2 186661673 . A G 199.49 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0139433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.473;QD=12.6661;RBI=0.0143736;REFB=0.000265994;REVB=0.00349045;RO=38;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412255;STB=0.741989;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000265829;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:24:25:0.396825:6:18:14:24:6:19:14:24 chr2 186664473 . T C 630.82 PASS AF=0.354839;AO=73;DP=216;FAO=77;FDP=217;FR=.;FRO=140;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=0.0191451;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.842;QD=11.6281;RBI=0.0192151;REFB=-0.00949463;REVB=0.00163875;RO=139;SAF=41;SAR=32;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833482;STB=0.564111;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0159678;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:139:140:73:77:0.354839:32:41:68:71:32:45:68:72 chr2 186664963 . C A 180.71 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0111875;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.4847;QD=15.3796;RBI=0.011528;REFB=0.00961244;REVB=-0.002781;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12322;STB=0.538883;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00282033;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:28:18:19:0.404255:5:13:18:4:5:14:22:6 chr2 186665432 . G A 261.11 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0249103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9814;QD=10.4445;RBI=0.0318847;REFB=-0.00169835;REVB=-0.0199026;RO=63;SAF=22;SAR=10;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872339;STB=0.553038;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00279739;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:68:32:32:0.32:10:22:39:24:10:22:42:26 chr2 186665824 . A G 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0195443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.842;QD=20.3971;RBI=0.0199795;REFB=-0.0097168;REVB=0.00414745;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448687;STB=0.533312;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00857165;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:16:15:14:12:16:15:15:12 chr2 186667121 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00596344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.809;QD=12.1824;RBI=0.00617982;REFB=-0.00503913;REVB=-0.00162097;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139625;STB=0.567427;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00632955;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:3:7:8:6:3:7:9:6 chr2 186668935 . A G 405.21 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0790764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.359;QD=13.9728;RBI=0.0791232;REFB=-0.00294289;REVB=0.00272073;RO=69;SAF=23;SAR=24;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729824;STB=0.541159;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00378724;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:24:23:29:40:24:23:29:40 chr2 186670104 . A C 1449.34 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.032343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0075;QD=55.2129;RBI=0.0394196;REFB=-0.0390577;REVB=0.0225352;RO=3;SAF=65;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213913;STB=0.504429;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00829579;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:3:4:101:101:0.961905:36:65:3:0:36:65:3:1 chr2 186670780 . T A 224.71 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00850766;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.783;QD=12.8407;RBI=0.0110115;REFB=-0.0181208;REVB=-0.00699099;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196588;STB=0.619808;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0245713;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:44:43:27:27:0.385714:11:16:18:26:11:16:17:26 chr2 186670979 . T A,C 581.04 PASS AF=0.0487805,0.926829;AO=2,38;DP=41;FAO=2,38;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19;FSAR=2,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000885721,0.0154973;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.39731,145.306;QD=56.6865;RBI=0.0325732,0.0607668;REFB=-0.0297162,-0.0113126;REVB=-0.0325612,0.0587574;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.512814;STBP=0.232,0.525;TYPE=snp,snp;VARB=0.140657,0.000593779;OID=.,.;OPOS=186670979,186670979;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:41:41:0:1:2,38:2,38:0.0487805,0.926829:2,19:0,19:0:0:2,19:0,19:1:0 chr2 186671357 . G A 389.11 PASS AF=0.427184;AO=45;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00289325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.405;QD=15.111;RBI=0.0302749;REFB=0.00123813;REVB=-0.0301363;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683241;STB=0.514995;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00133835;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:55:59:45:44:0.427184:19:26:28:27:19:25:32:27 chr2 186671912 . G A 671.16 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00801704;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.579;QD=18.1393;RBI=0.00810345;REFB=-0.0127751;REVB=0.00118023;RO=80;SAF=30;SAR=38;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159999;STB=0.508883;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0149566;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:80:80:68:68:0.459459:38:30:34:46:38:30:34:46 chr2 186672897 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0111374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.246;QD=21.0135;RBI=0.0235093;REFB=-0.00649203;REVB=-0.0207038;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41657;STB=0.74069;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00379028;OID=.;OPOS=186672897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:5:2:9:2:5:2 chr2 186678633 . C T 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0159681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6852;QD=21.612;RBI=0.0159842;REFB=-0.00728053;REVB=-0.000718202;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056906;STB=0.531888;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00648986;OID=.;OPOS=186678633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:10:13:12:12:10:13 chr2 186697876 . A G 1425.82 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0410051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9131;QD=57.6088;RBI=0.0479543;REFB=-0.0367503;REVB=0.0248636;RO=2;SAF=44;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210617;STB=0.526876;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00135595;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:2:5:94:94:0.949495:50:44:2:0:50:44:5:0 chr2 187365374 . A G 463.34 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00713131;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.385;QD=21.3028;RBI=0.0157387;REFB=-0.0070164;REVB=0.0140304;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133838;STB=0.596905;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.010238;OID=.;OPOS=187365374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:35:42:45:45:0.517241:23:22:23:12:23:22:29:13 chr2 187487160 . G A 2232.82 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.402;QD=63.3424;RBI=0.0346661;REFB=0;REVB=-0.000752036;RO=0;SAF=63;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38014e-05;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:77:63:0:0:78:63:0:0 chr2 187532417 . G A 2202.41 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294294;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4295;QD=63.3787;RBI=0.0488184;REFB=0;REVB=0.0389506;RO=0;SAF=129;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73338e-05;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:10:129:0:0:10:129:0:0 chr2 187532467 . A C 290.75 PASS AF=0.346774;AO=42;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00760001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1246;QD=9.37894;RBI=0.0144571;REFB=-0.0415883;REVB=-0.0122983;RO=79;SAF=41;SAR=1;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.725309;STB=0.938101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.114958;OID=.;OPOS=187532467;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:81:42:43:0.346774:1:41:47:32:1:42:49:32 chr2 187558960 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0493661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.429;QD=22.7197;RBI=0.131535;REFB=0.0105098;REVB=0.12192;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301656;STB=0.666473;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00542623;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:9:0:5:9:9:0 chr2 187559047 . G A,GCAA 1101.85 PASS AF=0.307018,0.526316;AO=39,41;DP=118;FAO=35,60;FDP=114;FR=.;FRO=19;FSAF=16,44;FSAR=19,16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0323316,0.0185966;FXX=0.0086949;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=92.8049,118.361;QD=38.6613;RBI=0.0445115,0.0246712;REFB=-0.102688,-0.0770923;REVB=0.0305931,0.0162122;RO=37;SAF=16,30;SAR=23,11;SRF=28;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.297282,-0.0277884;STB=0.542833,0.545439;STBP=0.402,0.216;TYPE=snp,ins;VARB=0.0626025,0.0303028;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:118:114:37:19:39,41:35,60:0.307018,0.526316:23,11:16,30:28:9:19,16:16,44:11:8 chr2 187559065 . G A 72.58 PASS AF=0.126866;AO=16;DP=134;FAO=17;FDP=134;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=-0.0292367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.073;QD=2.16659;RBI=0.029757;REFB=-0.0102005;REVB=-0.00554032;RO=114;SAF=8;SAR=8;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980465;STB=0.603016;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.123569;OID=.;OPOS=187559065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:134:134:114:117:16:17:0.126866:8:8:66:48:9:8:69:48 chr2 187987519 . C T 596.92 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0492722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8268;QD=19.7329;RBI=0.0894234;REFB=0.00616933;REVB=0.0746244;RO=60;SAF=36;SAR=25;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112083;STB=0.561863;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00709179;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:25:36:28:32:25:36:28:32 chr2 188208120 . A G 644.24 PASS AF=0.375635;AO=74;DP=198;FAO=74;FDP=197;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=0.0188997;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0773;QD=13.081;RBI=0.0663094;REFB=-0.0149372;REVB=0.0635589;RO=121;SAF=45;SAR=29;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707892;STB=0.545904;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0285146;OID=.;OPOS=188208120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:121:123:74:74:0.375635:29:45:66:55:29:45:66:57 chr2 188250301 . T A 2221.71 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0201143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.638;QD=61.7141;RBI=0.022691;REFB=0.0371852;REVB=0.0105022;RO=1;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674443;STB=0.500098;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000527489;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:144:1:2:141:142:0.986111:70:71:0:1:70:72:1:1 chr2 188343497 . T C 534.31 PASS AF=0.486957;AO=55;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00725848;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.751;QD=18.5847;RBI=0.0149017;REFB=-0.00833631;REVB=0.0130144;RO=59;SAF=18;SAR=37;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981155;STB=0.546842;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00947185;OID=.;OPOS=188343497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:55:56:0.486957:37:18:25:34:37:19:25:34 chr2 189141565 . T C 295.99 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.00893399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.545;QD=17.9389;RBI=0.0187986;REFB=-0.0184066;REVB=0.0165399;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214473;STB=0.611388;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0212623;OID=.;OPOS=189141565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:18:13:7:27:19:13:7:27 chr2 189460553 . T C 2185.95 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00609071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.844;QD=61.5761;RBI=0.00623849;REFB=-0.00867849;REVB=0.00134981;RO=2;SAF=65;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144029;STB=0.507575;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-8.69279e-06;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:140:140:0.985915:75:65:2:0:75:65:2:0 chr2 189862048 . G C 400.51 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=22;FWDB=-0.0348484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6687;QD=13.3502;RBI=0.0436078;REFB=0.00595045;REVB=0.0262151;RO=72;SAF=23;SAR=24;SRF=50;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219536;STB=0.626625;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.021054;OID=.;OPOS=189862048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:73:47:47:0.391667:24:23:50:22:24:23:51:22 chr2 189862097 . G A 131.1 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.0323332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5705;QD=6.02752;RBI=0.0472845;REFB=-0.00172931;REVB=-0.034502;RO=67;SAF=2;SAR=18;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693676;STB=0.920292;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00508484;OID=.;OPOS=189862097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:18:2:47:20:18:2:47:20 chr2 189864582 . T C 2026.48 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000148213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7989;QD=61.4084;RBI=0.10998;REFB=0;REVB=0.10998;RO=0;SAF=80;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241288;OID=.;OPOS=189864582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:132:0:0:120:132:1:40:80:0:0:51:81:0:0 chr2 189875421 . T G 1679.38 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00190684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.394;QD=59.447;RBI=0.0662607;REFB=-0.122713;REVB=0.0662333;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000391536;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:0:1:112:112:0.99115:51:61:0:0:51:61:0:1 chr2 189907937 . A G 1524.84 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162136;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6345;QD=58.6476;RBI=0.0293815;REFB=0.00114525;REVB=0.0293368;RO=1;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939557;STB=0.50495;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000167172;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:50:53:0:1:50:53:0:1 chr2 189932831 . T C 1961.12 PASS AF=1;AO=123;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00080969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.694;QD=61.2851;RBI=0.00626614;REFB=0;REVB=0.0062136;RO=0;SAF=70;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93875e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:123:128:1:53:70:0:0:53:75:0:0 chr2 189962098 . T C 2305.43 PASS AF=0.987261;AO=152;DP=155;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198901;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.501;QD=58.7371;RBI=0.0447348;REFB=-0.141602;REVB=0.0400698;RO=3;SAF=68;SAR=84;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205194;STB=0.507041;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00293958;OID=.;OPOS=189962098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:157:3:2:152:155:0.987261:84:68:3:0:85:70:2:0 chr2 189974958 . G T 491.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0976558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9702;QD=57.7744;RBI=0.130121;REFB=0;REVB=-0.0859937;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289936;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:11:23:0:0 chr2 189997838 . G A 124.45 PASS AF=0.282609;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0622439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.398;QD=10.822;RBI=0.096141;REFB=-0.0212515;REVB=0.073272;RO=27;SAF=11;SAR=1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457349;STB=0.639289;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0368757;OID=.;OPOS=189997838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:28:12:13:0.282609:1:11:18:9:2:11:20:8 chr2 190323530 . A G 648.74 PASS AF=0.590476;AO=61;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00719336;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.044;QD=24.7138;RBI=0.00838402;REFB=0.00280128;REVB=-0.00430667;RO=43;SAF=37;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126822;STB=0.571405;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00238035;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:43:61:62:0.590476:24:37:19:24:24:38:19:24 chr2 190445194 . G C 586.6 PASS AF=0.43662;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=0.0127897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.557;QD=16.5239;RBI=0.0128241;REFB=-0.025576;REVB=-0.000938967;RO=80;SAF=37;SAR=25;SRF=54;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836703;STB=0.546598;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.025262;OID=.;OPOS=190445194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:80:62:62:0.43662:25:37:54:26:25:37:54:26 chr2 190445284 . C G 417.83 PASS AF=0.5;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0165185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.185;QD=19.8966;RBI=0.0372095;REFB=-0.0154975;REVB=0.033342;RO=41;SAF=21;SAR=21;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229573;STB=0.618994;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.012897;OID=.;OPOS=190445284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:42:42:42:0.5:21:21:31:10:21:21:31:11 chr2 190531426 . G A 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00905424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.292;QD=62.0196;RBI=0.0140233;REFB=0.0373608;REVB=-0.0107085;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117049;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000451672;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:40:53:0:1:40:53:0:1 chr2 190531615 . T C 318.43 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00149979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.898;QD=20.8806;RBI=0.0103122;REFB=0.00218727;REVB=0.0102025;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12219;STB=0.567688;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00128161;OID=.;OPOS=190531615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:14:19:12:16:14:19:12:16 chr2 190595258 . G T 1471.44 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2548;QD=63.2877;RBI=0.119089;REFB=0;REVB=0.0102549;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000661804;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:36:57:0:0:36:57:0:0 chr2 190602513 . T C 684.99 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00554615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.8128;QD=50.7399;RBI=0.0626768;REFB=-0.0276964;REVB=0.0624309;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.510913;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.002618;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:1:3:51:51:0.944444:24:27:0:1:24:27:1:2 chr2 190617643 . A G,T 1520.64 PASS AF=0.888889,0.0707071;AO=79,16;DP=99;FAO=88,7;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54,1;FSAR=34,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183782,-0.0776746;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.86,33.8986;QD=61.44;RBI=0.0334927,0.0942635;REFB=0,0;REVB=0.0280001,-0.0534065;RO=0;SAF=45,10;SAR=34,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.40017e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00176368,0.212491;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:99:99:0:0:79,16:88,7:0.888889,0.0707071:34,6:45,10:0:0:34,6:54,1:0:0 chr2 190618249 . T A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.183;QD=61.6825;RBI=0.0221287;REFB=0;REVB=0.0156702;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115748;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr2 190626298 . T TA 45.15 PASS AF=0.354839;AO=8;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.187674;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3447;QD=5.82538;RBI=0.203573;REFB=-0.0680851;REVB=0.0788687;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15909;STB=0.685413;STBP=0.188;TYPE=ins;VARB=0.139184;OID=.;OPOS=190626299;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:8:32:11:31:20:6:5:5:15:45:22:4:4:8:14 chr2 190636411 . C G 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00373911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.763;QD=13.0715;RBI=0.00899262;REFB=-0.0116925;REVB=0.00817841;RO=49;SAF=20;SAR=11;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834805;STB=0.537754;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0157575;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:50:31:31:0.382716:11:20:35:14:11:20:35:15 chr2 190788123 . G T 741.7 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00546493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.5;QD=24.519;RBI=0.0111706;REFB=-0.0175332;REVB=-0.00974254;RO=51;SAF=35;SAR=35;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530794;STB=0.528917;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0131438;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:51:70:70:0.578512:35:35:29:22:35:35:29:22 chr2 190788818 . C G 40.69 PASS AF=0.127273;AO=8;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.149749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9926;QD=2.95945;RBI=0.152568;REFB=-0.0185095;REVB=-0.0291907;RO=40;SAF=7;SAR=1;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306915;STB=0.660482;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.113261;OID=.;OPOS=190788818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:55:55:40:46:8:7:0.127273:1:7:28:12:1:6:34:12 chr2 190788844 . T TC,TCG 651.21 PASS AF=1,0;AO=24,8;DP=53;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312231,-0.0128914;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=40.9486,36.9667;QD=50.0933;RBI=0.135806,0.362376;REFB=0,0;REVB=0.132168,0.362146;RO=17;SAF=24,8;SAR=0,0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.844966,0.744471;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00540096,0.0311777;OID=.,.;OPOS=190788845,190788845;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:24,8:53:52,0:52:0:42,0:10,0:0:0:4:17:24,8:0,0:10:7 chr2 190788845 . G C 137.6 PASS AF=0.346154;AO=16;DP=49;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=1;FWDB=0.0183905;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.4637;QD=10.5849;RBI=0.150224;REFB=-0.0323485;REVB=0.149094;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=33;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587352;STB=0.80748;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0478675;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:33:34:16:18:0.346154:7:9:33:0:9:9:33:1 chr2 190815211 . G A 964.61 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0140319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.303;QD=55.9195;RBI=0.0202017;REFB=-0.0571412;REVB=-0.0145332;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289069;STB=0.50153;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00197551;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:37:30:1:1:37:30:1:1 chr2 191064753 . C T 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0272066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0381;QD=11.1969;RBI=0.0330631;REFB=0.0415166;REVB=0.0187874;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321133;STB=0.519198;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0257886;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:6:16:9:3:6:16 chr2 191065236 . TTTTG T 153.9 PASS AF=0.416667;AO=23;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00920568;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=4;MLLD=317.66;QD=10.2599;RBI=0.0095935;REFB=0.00251842;REVB=0.00270014;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138632;STB=0.580583;STBP=0.344;TYPE=del;VARB=-0.00276614;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:23:59:25:60:35:13:12:23:12:99:32:12:11:21:11 chr2 191065595 . G T 213.81 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00769824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.213;QD=15.004;RBI=0.0194896;REFB=-0.00422901;REVB=-0.0179047;RO=28;SAF=5;SAR=19;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443378;STB=0.5656;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00475428;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:28:32:24:25:0.438596:19:5:5:23:20:5:9:23 chr2 191065780 . CCA CCAGAT,GAT 200.5 PASS AF=0.411765,0.0392157;AO=20,2;DP=52;FAO=21,2;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10,2;FSAR=11,0;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00333708,-0.0100992;FXX=0.0192271;HRUN=1,2;LEN=3,3;MLLD=240.437,219.15;QD=15.7258;RBI=0.00898571,0.0159871;REFB=-0.0194237,-0.0112119;REVB=-0.00834307,-0.0123933;RO=28;SAF=10,2;SAR=10,0;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0362745,0.482752;STB=0.506816,0.99504;STBP=0.952,0.168;TYPE=ins,mnp;VARB=0.029083,0.00624884;OID=.,.;OPOS=191065783,191065780;OREF=-,CCA;OALT=GAT,GAT;OMAPALT=CCAGAT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:20,2:21,2:0.411765,0.0392157:10,0:10,2:13:15:11,0:10,2:13:15 chr2 191066683 . C T 311.67 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0155613;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.924;QD=13.8521;RBI=0.027385;REFB=-0.00303172;REVB=-0.0225341;RO=54;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152281;STB=0.514278;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00429365;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:17:18:27:27:17:18:27:28 chr2 191066768 . AC A,AT 486.42 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=6,27;DP=34;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173599,0.0148779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.4958,90.1162;QD=55.5903;RBI=0.0370689,0.0208991;REFB=0,0;REVB=-0.0327527,0.0146773;RO=0;SAF=2,9;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00710604,0.00707984;OID=.,.;OPOS=191066769,191066769;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0857143,0.914286:6,27:34:3,32:35:0:1,11:2,21:0:0:8:0:2,9:4,18:0:0 chr2 191066913 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0150472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.773;QD=17.9561;RBI=0.0175606;REFB=-0.0326681;REVB=0.00905295;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894054;STB=0.551116;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0286529;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:8:9:10:6:8:9 chr2 191066970 . C T 135.67 PASS AF=0.326531;AO=14;DP=46;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0117124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6072;QD=11.0753;RBI=0.0117803;REFB=-0.0240106;REVB=0.001263;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270235;STB=0.653078;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0597217;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:32:33:14:16:0.326531:9:5:19:13:10:6:20:13 chr2 191067233 . T C 386.84 PASS AF=0.686275;AO=28;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00442466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.715;QD=30.3407;RBI=0.0514316;REFB=-0.00604749;REVB=0.0512409;RO=16;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20186;STB=0.542349;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00199906;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:28:35:0.686275:20:8:9:7:20:15:9:7 chr2 191067766 . T TTC 333.39 PASS AF=0.507246;AO=33;DP=73;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00448825;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=2;MLLD=160.727;QD=19.327;RBI=0.00644577;REFB=-0.0125622;REVB=-0.0046264;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225854;STB=0.640193;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.0130796;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507246:33:73:35:69:34:24:11:14:20:99:38:23:10:18:20 chr2 191068061 . A T 170.21 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00904049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5332;QD=17.0205;RBI=0.073562;REFB=-0.0287558;REVB=-0.0730043;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816028;STB=0.538417;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0267694;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:4:14:15:6:4:14:16:6 chr2 191161622 . T C 602.49 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.026182;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.166;QD=18.538;RBI=0.0267802;REFB=0.00359281;REVB=0.00562846;RO=66;SAF=32;SAR=30;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432367;STB=0.523802;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00495227;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:66:68:62:62:0.476923:30:32:31:35:30:32:32:36 chr2 191184475 . A G 488.1 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00246038;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.463;QD=23.2428;RBI=0.00970833;REFB=-0.0177359;REVB=0.00939139;RO=34;SAF=20;SAR=26;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890126;STB=0.518511;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0147854;OID=.;OPOS=191184475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:34:38:46:46:0.547619:26:20:11:23:26:20:15:23 chr2 191224981 . G T 243.03 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00211715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9076;QD=10.5664;RBI=0.0248686;REFB=0.00969693;REVB=0.0247783;RO=62;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447724;STB=0.526136;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0192083;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:19:11:25:37:19:11:25:37 chr2 191231458 . G A 551.28 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=-0.00524908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4182;QD=14.8995;RBI=0.00524935;REFB=-0.00635387;REVB=5.33403e-05;RO=87;SAF=27;SAR=33;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178187;STB=0.602908;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.01359;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:87:88:60:60:0.405405:33:27:54:33:33:27:55:33 chr2 191231503 . G A 573.39 PASS AF=0.404908;AO=66;DP=163;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=-0.0124033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4201;QD=14.071;RBI=0.0221428;REFB=0.00715756;REVB=-0.018343;RO=97;SAF=34;SAR=32;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121251;STB=0.567992;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00966619;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:97:97:66:66:0.404908:32:34:61:36:32:34:61:36 chr2 191235901 . A C 1965.31 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552727;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5468;QD=60.4711;RBI=0.0486469;REFB=0;REVB=0.0483319;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026104;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:125:130:1:61:64:0:0:66:64:0:0 chr2 191366579 . T G 649.24 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00824223;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.906;QD=16.9737;RBI=0.00825088;REFB=-0.0100523;REVB=-0.000377831;RO=81;SAF=34;SAR=36;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055544;STB=0.524069;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0112911;OID=.;OPOS=191366579;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:83:70:70:0.457516:36:34:44:37:36:34:44:39 chr2 191366707 . A G 977.34 PASS AF=0.427984;AO=104;DP=247;FAO=104;FDP=243;FR=.;FRO=139;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=0.0395302;FXX=0.0161937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5992;QD=16.0878;RBI=0.0395561;REFB=0.0104397;REVB=-0.00143057;RO=134;SAF=53;SAR=51;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129441;STB=0.503443;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0156552;OID=.;OPOS=191366707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:243:134:139:104:104:0.427984:51:53:70:64:51:53:70:69 chr2 191379268 . G A 382.68 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0514082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2083;QD=25.5122;RBI=0.066573;REFB=-0.0675407;REVB=-0.0422984;RO=22;SAF=31;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21069;STB=0.6112;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0239836;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:22:23:37:37:0.616667:6:31:14:8:6:31:15:8 chr2 191402685 . A C 198.28 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0299601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9084;QD=13.2188;RBI=0.0585097;REFB=0.0130523;REVB=-0.0502571;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102076;STB=0.564169;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0238972;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:9:15:25:10:9:15:26:10 chr2 191402698 . A C 195.59 PASS AF=0.393443;AO=14;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0347184;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.284;QD=12.8255;RBI=0.0487361;REFB=0.00307599;REVB=0.0342029;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212822;STB=0.588972;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00276233;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:37:14:24:0.393443:7:7:18:8:9:15:28:9 chr2 191402702 . T C 231.5 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0149606;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0537;QD=14.4688;RBI=0.019601;REFB=-0.00211347;REVB=-0.0126641;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123694;STB=0.560933;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00233613;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:37:27:27:0.421875:9:18:27:8:9:18:28:9 chr2 191402710 . T C 266.36 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.000474763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.347;QD=15.902;RBI=0.00285398;REFB=-0.00873662;REVB=-0.00281421;RO=36;SAF=21;SAR=9;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593665;STB=0.538437;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0134697;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:9:21:27:9:9:21:28:9 chr2 191402712 . TA CG 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00823854;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=121.791;QD=17.0703;RBI=0.0332157;REFB=0.0250634;REVB=0.0321778;RO=35;SAF=22;SAR=9;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735431;STB=0.541079;STBP=0.594;TYPE=mnp;VARB=-0.030338;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:9:22:27:8:9:22:27:8 chr2 191402748 . A T 302.77 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0241924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.056;QD=17.0572;RBI=0.0338327;REFB=-0.00828488;REVB=0.0236511;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688589;STB=0.526866;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0141295;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:11:22:27:10:11:22:27:11 chr2 191402761 . G A 236.46 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0325854;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.688;QD=15.5057;RBI=0.0453569;REFB=-0.0178624;REVB=0.0315506;RO=34;SAF=19;SAR=6;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655313;STB=0.517672;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00627488;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:34:25:27:0.442623:6:19:26:8:7:20:26:8 chr2 191402775 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0311274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.203;QD=12.8691;RBI=0.0320832;REFB=-0.00657365;REVB=-0.00777287;RO=32;SAF=17;SAR=4;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137402;STB=0.57395;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00193457;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:4:17:23:9:4:17:24:9 chr2 191402778 . T C 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0152588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.375;QD=12.8733;RBI=0.0303871;REFB=-0.0143201;REVB=-0.0262782;RO=31;SAF=17;SAR=2;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300879;STB=0.700115;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00635246;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:2:17:23:8:2:17:23:9 chr2 191828203 . A T 520.32 PASS AF=0.531915;AO=49;DP=93;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0129758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9505;QD=22.1414;RBI=0.0205659;REFB=-0.0120528;REVB=-0.0159558;RO=38;SAF=22;SAR=27;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826124;STB=0.550532;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.021478;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:38:44:49:50:0.531915:27:22:21:17:27:23:25:19 chr2 191828205 . C A 513.8 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0200992;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.759;QD=21.864;RBI=0.0303079;REFB=-0.0138278;REVB=0.0226847;RO=45;SAF=21;SAR=28;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148304;STB=0.581785;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0142847;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:28:21:27:18:28:21:27:18 chr2 191874667 . A G 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.0145851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.615;QD=10.6852;RBI=0.0146069;REFB=-0.0217296;REVB=-0.000798273;RO=45;SAF=17;SAR=7;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994699;STB=0.562073;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.037587;OID=.;OPOS=191874667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:46:24:24:0.342857:7:17:35:10:7:17:36:10 chr2 192160839 . A T 2121.44 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.556;QD=62.8573;RBI=0.0341559;REFB=0;REVB=0.00261533;RO=0;SAF=54;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49597e-05;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:81:54:0:0:81:54:0:0 chr2 192160875 . C T 1848.78 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.998;QD=60.1229;RBI=0.0195297;REFB=0.0563164;REVB=-0.0044616;RO=1;SAF=53;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887867;STB=0.504672;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-3.69802e-05;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:68:53:1:0:69:53:1:0 chr2 192250726 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.425;QD=60.8835;RBI=0.0349507;REFB=0;REVB=0.0291573;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58549e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr2 192279327 . T C 1457.63 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=99;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00324085;FXX=0.029997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.281;QD=60.1086;RBI=0.0411184;REFB=-0.0971816;REVB=0.0409905;RO=2;SAF=36;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474171;STB=0.501625;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00029808;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:97:2:3:93:94:0.969072:57:36:1:1:58:36:1:2 chr2 192699639 . A AG 575.53 PASS AF=0.47;AO=90;DP=211;FAO=94;FDP=200;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.11085;FXX=0.0243891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.9503;QD=11.5106;RBI=0.123458;REFB=-0.0158514;REVB=0.0543527;RO=119;SAF=47;SAR=43;SRF=66;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332304;STB=0.503098;STBP=0.938;TYPE=ins;VARB=0.0187361;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47:90:211:94:200:106:50:44:57:49:99:119:47:43:66:53 chr2 192701393 . A G 680.83 PASS AF=0.398964;AO=75;DP=193;FAO=77;FDP=193;FR=.;FRO=116;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=-0.00567008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.735;QD=14.1104;RBI=0.0060374;REFB=-0.0319449;REVB=-0.00207372;RO=116;SAF=41;SAR=34;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132306;STB=0.501216;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.043199;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:116:116:75:77:0.398964:34:41:62:54:36:41:62:54 chr2 195523202 . C T 437.93 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0407207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.112;QD=21.6262;RBI=0.0457543;REFB=-0.0187016;REVB=-0.0208634;RO=38;SAF=13;SAR=30;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182399;STB=0.601078;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0119523;OID=.;OPOS=195523202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:30:13:19:19:30:13:19:19 chr2 196602089 . T TATCA 280.69 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0438582;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=4;MLLD=136.501;QD=13.5273;RBI=0.04391;REFB=-0.0144266;REVB=-0.00213213;RO=54;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103852;STB=0.576146;STBP=0.287;TYPE=ins;VARB=0.05269;OID=.;OPOS=196602090;OREF=-;OALT=ATCA;OMAPALT=TATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385542:32:88:32:83:51:19:13:24:27:99:54:19:13:27:27 chr2 196602132 . GTGAT G 330.06 PASS AF=0.530303;AO=32;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00340763;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=252.759;QD=20.0039;RBI=0.0156876;REFB=-0.0214791;REVB=0.015313;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034;STB=0.531232;STBP=0.621;TYPE=del;VARB=0.0181754;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530303:32:67:35:66:31:17:18:13:18:99:28:15:17:12:16 chr2 196640666 . G C 637.05 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.00584469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.943;QD=15.2586;RBI=0.0143494;REFB=-0.0117792;REVB=-0.0131052;RO=96;SAF=34;SAR=37;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431237;STB=0.524108;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0151907;OID=.;OPOS=196640666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:96:96:71:71:0.42515:37:34:50:46:37:34:50:46 chr2 196726471 . G A 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00500943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.62;QD=15.3562;RBI=0.00650268;REFB=-0.0141688;REVB=-0.00414614;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059836;STB=0.522435;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.020498;OID=.;OPOS=196726471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:44:33:33:0.428571:13:20:23:19:13:20:25:19 chr2 196756525 . GC CG,GT 330.39 PASS AF=0,0.444444;AO=4,34;DP=80;FAO=0,36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=0,11;FSAR=0,25;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.221322,-0.035141;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=39.6723,114.426;QD=16.3156;RBI=0.221502,0.0353098;REFB=-0.0444589,-0.0261685;REVB=-0.00891733,-0.00344854;RO=36;SAF=4,10;SAR=0,24;SRF=12;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.657139,-0.0425417;STB=0.5,0.558948;STBP=1,0.371;TYPE=mnp,snp;VARB=0.101242,0.0406011;OID=.,.;OPOS=196756525,196756526;OREF=GC,C;OALT=CG,T;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:81:36:45:4,34:0,36:0,0.444444:0,24:4,10:12:24:0,25:0,11:18:27 chr2 196791276 . T G 1231.14 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00421198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5114;QD=60.0556;RBI=0.00768542;REFB=-0.139387;REVB=-0.00642844;RO=0;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0021008;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:55:26:0:0:55:26:0:1 chr2 196851911 . G A 1134.95 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1129;QD=60.5305;RBI=0.0116314;REFB=0;REVB=0.00435564;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31702e-05;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr2 196866420 . C T 1947.08 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372584;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.435;QD=61.812;RBI=0.0039222;REFB=0;REVB=-0.00122548;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75732e-05;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:126:0:0:125:126:1:57:68:0:0:57:69:0:0 chr2 196915991 . A G 1801.48 PASS AF=1;AO=90;DP=138;FAO=127;FDP=127;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114765;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.7354;QD=56.7394;RBI=0.122994;REFB=0;REVB=-0.0442314;RO=2;SAF=35;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287875;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:138:127:2:0:90:127:1:55:35:2:0:57:70:0:0 chr2 197004439 . A G 2456.83 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.603;QD=61.4208;RBI=0.0408441;REFB=0;REVB=0.014899;RO=0;SAF=83;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47574e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:77:83:0:0:77:83:0:0 chr2 197021276 . T C 1558.64 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.51;QD=63.6179;RBI=0.0745388;REFB=0;REVB=0.000822796;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30325e-05;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:98:0:0:93:98:1:38:55:0:0:39:59:0:0 chr2 197021372 . T A 820.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009589;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.381;QD=57.5743;RBI=0.0096193;REFB=0;REVB=0.000763013;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95725e-06;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr2 197065221 . A G 1662.67 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116564;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.639;QD=60.4608;RBI=0.0541182;REFB=0;REVB=0.0528479;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24075e-05;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:46:64:0:0:46:64:0:0 chr2 197118729 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.181;QD=59.4355;RBI=0.0466841;REFB=0;REVB=-0.0463866;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140496;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr2 197154234 . A G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.587;QD=64.1502;RBI=0.024783;REFB=0;REVB=0.0149288;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21717e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr2 197184321 . C T 417.59 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0112081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.649;QD=19.4229;RBI=0.0123356;REFB=-0.00966718;REVB=0.00515226;RO=42;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511698;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0107772;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:42:43:0.5:19:23:23:19:20:23:24:19 chr2 197504545 . C G 247.71 PASS AF=0.384615;AO=26;DP=74;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00762303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.463;QD=12.7029;RBI=0.0176608;REFB=-0.0657901;REVB=0.0159309;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113153;STB=0.550232;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0912199;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:47:48:26:30:0.384615:14:12:17:30:17:13:17:31 chr2 197832187 . AAAAAG A 111.99 PASS AF=0.38;AO=17;DP=47;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000960436;FXX=0.0908926;HRUN=7;LEN=5;MLLD=307.268;QD=8.9594;RBI=0.027747;REFB=0.0015489;REVB=0.0277303;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273807;STB=0.666489;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.000732481;OID=.;OPOS=197832188;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:17:47:19:50:31:6:13:18:13:99:24:6:11:15:9 chr2 197890001 . C T 243.72 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00504216;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.095;QD=19.1152;RBI=0.0144233;REFB=0.00813617;REVB=-0.0135132;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880191;STB=0.567516;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00767017;OID=.;OPOS=197890001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:51:20:25:25:26:0.509804:14:11:11:9:14:12:15:10 chr2 198001319 . A G 500.62 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0943746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4599;QD=18.5416;RBI=0.096434;REFB=-0.0322443;REVB=-0.0198227;RO=55;SAF=28;SAR=25;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117557;STB=0.564948;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0323724;OID=.;OPOS=198001319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:25:28:36:19:25:28:36:19 chr2 198257795 . T C 322.23 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00955588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.176;QD=28.0202;RBI=0.0404444;REFB=0.014409;REVB=0.0392993;RO=18;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220556;STB=0.621083;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0021005;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:13:15:4:14:13:15:4:14 chr2 198265526 . A G 258.76 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=10;FWDB=0.0187888;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.159;QD=12.6223;RBI=0.0193149;REFB=-0.0135093;REVB=0.00447703;RO=49;SAF=15;SAR=15;SRF=39;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32576;STB=0.695012;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0191564;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:52:30:30:0.365854:15:15:39:10:15:15:42:10 chr2 198283305 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0216962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.658;QD=14.7015;RBI=0.0221047;REFB=5.20649e-05;REVB=0.00422957;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484683;STB=0.528254;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.000116827;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:8:7:5:7:8:7 chr2 198362018 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0216848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.27;QD=14.6502;RBI=0.0219338;REFB=-0.00455352;REVB=-0.00329553;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539195;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0058022;OID=.;OPOS=198362018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:7:7:10:8:7:7:10:9 chr2 198498557 . C A 401.83 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.031973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2058;QD=16.7431;RBI=0.0319833;REFB=-0.0173491;REVB=0.000812203;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911733;STB=0.549427;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0232433;OID=.;OPOS=198498557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:54:42:42:0.4375:20:22:32:20:20:22:33:21 chr2 198508951 . G A 654.23 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.000160499;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3013;QD=19.1016;RBI=0.0260791;REFB=0.00492437;REVB=0.0260786;RO=69;SAF=40;SAR=26;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093488;STB=0.55252;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00435393;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:71:66:66:0.481752:26:40:35:34:26:40:36:35 chr2 198572076 . A ATTC,C 231.42 PASS AF=0.730769,0.0769231;AO=17,2;DP=26;FAO=19,2;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=11,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.010936,-0.0670043;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=140.112,57.6146;QD=35.6032;RBI=0.0121258,0.0671083;REFB=-0.0109256,-0.0168834;REVB=-0.00523821,-0.00373501;RO=5;SAF=11,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266476,0.78221;STB=0.618925,0.997126;STBP=0.046,0.014;TYPE=ins,snp;VARB=0.0109636,0.0456907;OID=.,.;OPOS=198572077,198572076;OREF=-,A;OALT=TTC,C;OMAPALT=ATTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:26:26:5:5:17,2:19,2:0.730769,0.0769231:6,0:11,2:0:5:8,0:11,2:0:5 chr2 198572461 . C T 477.35 PASS AF=0.378151;AO=41;DP=124;FAO=45;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00751979;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.377;QD=16.0452;RBI=0.0151442;REFB=-0.0192583;REVB=0.0131453;RO=69;SAF=27;SAR=14;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157065;STB=0.564547;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0292248;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:119:69:65:41:45:0.378151:14:27:36:33:18:27:32:33 chr2 198572617 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT 46.9 PASS AF=0.208333,0.0416667;AO=21,6;DP=95;FAO=20,4;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=16,4;FSAR=4,0;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.0641551,-0.0965035;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.1848,21.4346;QD=1.95411;RBI=0.223054,0.107967;REFB=-0.0659328,-0.0397978;REVB=0.213629,0.0484146;RO=55;SAF=17,6;SAR=4,0;SRF=15;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.599667,0.70908;STB=0.832345,0.998097;STBP=0,0.01;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00404964,0.0844093;OID=.,.;OPOS=198572618,198572622;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333,0.0416667:21,6:95:20,4:96:72:16,4:4,0:25:47:34:55:17,6:4,0:15:40 chr2 198572679 . CAAAAAAC CAAAAAC,CAAAAACC,CACAAAAA 379.27 PASS AF=0.870968,0,0.129032;AO=18,3,4;DP=75;FAO=54,0,8;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=36,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.23568,0.826047,0.0250913;FXX=0.0312451;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,6;MLLD=8.85827,4.85005,136.433;QD=24.4689;RBI=1.25049,0.82854,0.0316899;REFB=-0.00639154,-0.0384213,0.0374435;REVB=0.191872,0.0642271,-0.0193567;RO=28;SAF=0,0,0;SAR=18,3,4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.85159,-0.679843,-0.722324;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0702417,0,0.174045;OID=.,.,.;OPOS=198572680,198572685,198572681;OREF=A,A,AAAAAC;OALT=-,C,CAAAAA;OMAPALT=CAAAAAC,CAAAAACC,CACAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.870968,0,0.129032:18,3,4:75:54,0,8:62:0:18,0,0:36,0,8:0:0:33:28:0,0,0:18,3,4:21:7 chr2 198950029 . A G 153.25 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.018542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5298;QD=13.9314;RBI=0.0197903;REFB=-0.00569586;REVB=0.00691741;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507581;STB=0.551939;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00646367;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:27:17:17:0.386364:9:8:13:12:9:8:15:12 chr2 200136583 . T A 1409.63 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.355;QD=61.9618;RBI=0.0371072;REFB=0;REVB=-0.0124407;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159411;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:0:0:90:91:1:35:55:0:0:36:55:0:0 chr2 200792881 . C T 453.53 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=134;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.00442692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.894;QD=13.5382;RBI=0.044778;REFB=0.00401619;REVB=-0.0445586;RO=81;SAF=23;SAR=29;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173676;STB=0.601382;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0071032;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:82:52:52:0.38806:29:23:49:32:29:23:50:32 chr2 200873160 . G A 154.75 PASS AF=0.366667;AO=2;DP=40;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0338857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.944;QD=10.3165;RBI=0.187171;REFB=-0.0606632;REVB=0.184078;RO=38;SAF=2;SAR=0;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389826;STB=0.549955;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0721294;OID=.;OPOS=200873160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:60:38:38:2:22:0.366667:0:2:22:16:11:11:22:16 chr2 201344434 . A G 93.69 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0346591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4333;QD=10.1285;RBI=0.066612;REFB=-0.000540127;REVB=0.056885;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809768;STB=0.548936;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00613154;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:10:15:8:4:10:15 chr2 201344491 . G A 202.52 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00968549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8647;QD=14.2121;RBI=0.032121;REFB=-0.0268322;REVB=-0.0306259;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524146;STB=0.529929;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0379904;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:15:9:14:19:15:9:14:19 chr2 201344732 . C T 370.88 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00791427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.225;QD=17.8738;RBI=0.00870087;REFB=-0.0298085;REVB=0.00361518;RO=42;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236221;STB=0.508376;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0280797;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:42:44:38:39:0.46988:20:18:20:22:21:18:21:23 chr2 201354935 . C G 656.55 PASS AF=0.492537;AO=63;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0236598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.875;QD=19.5984;RBI=0.0259603;REFB=-0.0360599;REVB=0.0106842;RO=68;SAF=31;SAR=32;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350019;STB=0.530294;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0377076;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:68:63:66:0.492537:32:31:36:32:35:31:36:32 chr2 201437328 . C A 937.46 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9364;QD=58.5915;RBI=0.0281271;REFB=0;REVB=-0.0126815;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03953e-05;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:21:42:0:0:21:43:0:0 chr2 201437334 . T C 850.12 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.727;QD=57.6353;RBI=0.019402;REFB=0;REVB=0.00662357;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83387e-05;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:17:40:0:0:18:41:0:0 chr2 202006096 . G A 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000174744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.613;QD=26.4935;RBI=0.0188223;REFB=-0.0200318;REVB=0.0188215;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121332;STB=0.567489;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0124391;OID=.;OPOS=202006096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:6:3:9:8:6:3 chr2 202025621 . A G 320.65 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0258205;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.744;QD=25.1488;RBI=0.0292853;REFB=-0.0175172;REVB=0.0138179;RO=19;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147543;STB=0.581881;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0132735;OID=.;OPOS=202025621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:20:30:31:0.607843:10:20:16:3:10:21:17:3 chr2 202050677 . A G 325.98 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0362344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.516;QD=17.3858;RBI=0.0364113;REFB=0.0149866;REVB=0.00358465;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228902;STB=0.627558;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0143245;OID=.;OPOS=202050677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:19:16:28:12:19:16:28:12 chr2 202082459 . T A 291.89 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.10244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5463;QD=14.5945;RBI=0.102461;REFB=-0.00472042;REVB=0.00207796;RO=47;SAF=11;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147668;STB=0.584018;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0120234;OID=.;OPOS=202082459;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:22:11:22:25:22:11:22:25 chr2 202122995 . A G 555.14 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.00228522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.91;QD=22.4298;RBI=0.00232051;REFB=-0.00863787;REVB=0.000403126;RO=46;SAF=40;SAR=12;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997312;STB=0.516123;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00640577;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:47:52:52:0.525253:12:40:35:11:12:40:35:12 chr2 202215492 . C G 176.48 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0644433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.298;QD=14.1185;RBI=0.0652584;REFB=0.00161188;REVB=-0.0102819;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117185;STB=0.568452;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00487103;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:14:5:11:20:14:5:11:20 chr2 202245244 . A G 1163.57 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0155422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.593;QD=58.1787;RBI=0.0168866;REFB=-0.0279967;REVB=-0.00660289;RO=1;SAF=47;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099656;STB=0.510414;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-6.74507e-05;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:31:47:1:0:31:47:2:0 chr2 202260049 . G A 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.585;QD=63.8658;RBI=0.0540148;REFB=0;REVB=-0.0107454;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77001e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr2 202264156 . C T 2219.59 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249372;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.56;QD=63.4169;RBI=0.0324498;REFB=0;REVB=-0.0207635;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76263e-05;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:65:75:0:0:65:75:0:0 chr2 202337730 . A G 2267.14 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.513;QD=62.5419;RBI=0.0347482;REFB=0.00746439;REVB=0.0312923;RO=0;SAF=81;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19551e-08;STB=0.50303;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=6.02863e-07;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:145:0:1:143:144:0.993103:62:81:0:0:62:82:1:0 chr2 202342402 . G T 2323.24 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.746;QD=63.6505;RBI=0.0364366;REFB=0;REVB=0.0263297;RO=0;SAF=75;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69472e-05;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:146:0:0:143:146:1:68:75:0:0:71:75:0:0 chr2 202352462 . C T 958.52 PASS AF=0.463303;AO=101;DP=218;FAO=101;FDP=218;FR=.;FRO=117;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.0456311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.588;QD=17.5875;RBI=0.0460803;REFB=-0.0167254;REVB=-0.0064186;RO=117;SAF=52;SAR=49;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019723;STB=0.501091;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0176466;OID=.;OPOS=202352462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:117:117:101:101:0.463303:49:52:60:57:49:52:60:57 chr2 202357949 . A C 392.98 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000382117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6793;QD=56.1399;RBI=0.0193009;REFB=0;REVB=-0.0192972;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386008;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr2 202469361 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0008307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.513;QD=56.7056;RBI=0.0174892;REFB=0;REVB=0.0174695;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23018e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr2 202512449 . C T 622.13 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00303598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.117;QD=25.1364;RBI=0.00322928;REFB=0.00274092;REVB=0.0011005;RO=42;SAF=27;SAR=28;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305054;STB=0.515146;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00184589;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:42:43:55:56:0.565657:28:27:19:23:28:28:20:23 chr2 202528830 . A AT 207.28 PASS AF=0.386243;AO=60;DP=196;FAO=73;FDP=189;FR=.;FRO=116;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.0186708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6549;QD=4.38684;RBI=0.101386;REFB=-0.0177434;REVB=0.0996518;RO=124;SAF=24;SAR=36;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20063;STB=0.591575;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=-0.00556188;OID=.;OPOS=202528831;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386243:60:196:73:189:116:30:43:65:51:99:124:24:36:71:53 chr2 202557702 . C T 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7825;QD=62.6623;RBI=0.0328941;REFB=0;REVB=-0.00641534;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238709;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr2 202575821 . G A 338.55 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9679;QD=54.1683;RBI=0.0293681;REFB=0;REVB=-0.00206836;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468736;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr2 202593280 . G A 756.8 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183915;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.474;QD=61.7799;RBI=0.0268671;REFB=-0.0695691;REVB=0.0195856;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00266607;OID=.;OPOS=202593280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:1:0:23:25:1:0 chr2 202625615 . C T 1451.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000518252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.929;QD=62.4277;RBI=0.0126938;REFB=0;REVB=0.0126832;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05549e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:41:50:0:0:43:50:0:0 chr2 202741247 . G C 542.05 PASS AF=0.509091;AO=55;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00762384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.746;QD=19.711;RBI=0.0124136;REFB=-0.0237382;REVB=-0.00979665;RO=54;SAF=23;SAR=32;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994784;STB=0.501677;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0253891;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:54:55:56:0.509091:32:23:22:32:33:23:22:32 chr2 202741256 . A T 1639.87 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4344;QD=60.1786;RBI=0.0466972;REFB=0;REVB=-0.0360323;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87312e-05;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:66:42:0:0:66:43:0:0 chr2 202741269 . G A 1593.67 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145553;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.414;QD=60.1385;RBI=0.025032;REFB=0;REVB=0.0203653;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131471;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:65:41:0:0:65:41:0:0 chr2 203640713 . T C 102.06 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0134355;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.776;QD=15.7022;RBI=0.025419;REFB=-0.0206736;REVB=0.021578;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784743;STB=0.555461;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.018689;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:14:12:12:0.461538:8:4:5:7:8:4:6:8 chr2 204062061 . A G 2083.47 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.444;QD=62.6609;RBI=0.0123523;REFB=0;REVB=0.0114331;RO=0;SAF=78;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65495e-06;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:54:78:0:0:54:79:0:0 chr2 204090887 . C G 1085.06 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.535;QD=58.6521;RBI=0.0187688;REFB=-0.150168;REVB=0.0145568;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995774;STB=0.505153;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000116178;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:47:25:0:1:48:25:0:1 chr2 204116690 . C T 1116.73 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9364;QD=60.3637;RBI=0.0729159;REFB=0;REVB=-0.0712194;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196667;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:25:49:0:0:25:49:0:0 chr2 204206977 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.141;QD=59.8393;RBI=0.0610091;REFB=0;REVB=-0.0589358;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221826;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr2 204298783 . A C 1079.54 PASS AF=0.813084;AO=85;DP=108;FAO=87;FDP=107;FR=.;FRO=20;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0742746;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7157;QD=40.3567;RBI=0.115195;REFB=-0.115615;REVB=0.0880516;RO=22;SAF=40;SAR=45;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062081;STB=0.507558;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0453607;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:22:20:85:87:0.813084:45:40:10:12:47:40:10:10 chr2 204298785 . A C 99.46 PASS AF=0.174312;AO=19;DP=109;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0267137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.746;QD=3.65004;RBI=0.0466261;REFB=-0.0248033;REVB=-0.0382148;RO=87;SAF=11;SAR=8;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150267;STB=0.609829;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.120334;OID=.;OPOS=204298785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:87:90:19:19:0.174312:8:11:40:47:8:11:40:50 chr2 204298787 . A C 143.35 PASS AF=0.223301;AO=23;DP=103;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0248974;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0693;QD=5.56681;RBI=0.0306183;REFB=-0.024948;REVB=-0.0178213;RO=80;SAF=12;SAR=11;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105458;STB=0.565125;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0979602;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:80:80:23:23:0.223301:11:12:35:45:11:12:35:45 chr2 204299540 . A G 450.12 PASS AF=0.473684;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00254901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.554;QD=18.9526;RBI=0.0205782;REFB=-0.0215121;REVB=-0.0204197;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111697;STB=0.567538;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0250771;OID=.;OPOS=204299540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:50:44:45:0.473684:20:24:33:17:21:24:33:17 chr2 204305093 . T C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0448158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7255;QD=17.6434;RBI=0.0609039;REFB=0.0216378;REVB=0.0412412;RO=7;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271782;STB=0.65192;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00622004;OID=.;OPOS=204305093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:1:8:7:0:1:8:7:0 chr2 204322298 . T C 112.95 PASS AF=0.306122;AO=10;DP=48;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0230176;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.9022;QD=9.22057;RBI=0.0458173;REFB=-0.0563155;REVB=0.0396159;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330237;STB=0.622071;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.03008;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:34:10:15:0.306122:5:5:5:18:8:7:10:24 chr2 204602211 . GA G 138.7 PASS AF=0.543478;AO=22;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0899303;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.6776;QD=12.061;RBI=0.116865;REFB=0.0292617;REVB=-0.0746319;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=-0.143797;STB=0.555513;STBP=0.433;TYPE=del;VARB=-0.033181;OID=.;OPOS=204602212;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.543478:22:46:25:46:21:15:10:15:6:99:19:14:8:15:4 chr2 204732714 . A G 181.01 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0303641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.962;QD=12.9294;RBI=0.0327807;REFB=-0.0199813;REVB=-0.0123529;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279411;STB=0.641595;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0406234;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:34:21:22:0.392857:8:13:12:22:9:13:12:22 chr2 205829991 . C T 1151.6 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175643;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.356;QD=58.3089;RBI=0.0233003;REFB=-0.224115;REVB=-0.0153101;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133285;STB=0.50116;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0010805;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:1:2:76:77:0.974684:35:41:0:1:35:42:1:1 chr2 205912403 . T C 1205.46 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536132;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.831;QD=61.0359;RBI=0.0564393;REFB=0;REVB=0.0176358;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7106e-06;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:36:43:0:0 chr2 205969220 . G A 390.38 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00463853;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.425;QD=20.0193;RBI=0.00464183;REFB=0.0058943;REVB=0.000175083;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685646;STB=0.524472;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00556474;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:39:40:0.512821:17:22:18:19:18:22:19:19 chr2 205986321 . A G 236.06 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0140659;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5429;QD=18.885;RBI=0.0176449;REFB=0.000411632;REVB=-0.0106533;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188312;STB=0.586136;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00108888;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:25:25:25:25:0.5:8:17:12:13:8:17:13:12 chr2 206218963 . G A 227.2 PASS AF=0.3;AO=29;DP=99;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0120184;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.329;QD=9.08798;RBI=0.0138882;REFB=-0.00773435;REVB=0.0069599;RO=68;SAF=12;SAR=17;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137585;STB=0.599933;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.015944;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:68:70:29:30:0.3:17:12:36:32:18:12:38:32 chr2 206219012 . TA CC 209.46 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00113949;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.057;QD=9.20714;RBI=0.00921328;REFB=-0.00517878;REVB=-0.00914254;RO=64;SAF=8;SAR=19;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18219;STB=0.608457;STBP=0.213;TYPE=mnp;VARB=0.019216;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:64:64:27:27:0.296703:19:8:28:36:19:8:28:36 chr2 206581033 . G A 2322.2 PASS AF=0.981013;AO=153;DP=159;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00443355;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6112;QD=58.7899;RBI=0.0184592;REFB=-0.0813258;REVB=-0.0179189;RO=1;SAF=72;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656124;STB=0.509932;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00627444;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:159:158:1:3:153:155:0.981013:81:72:1:0:81:74:3:0 chr2 206592695 . T C 3173.46 PASS AF=1;AO=205;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711292;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.193;QD=61.3229;RBI=0.027139;REFB=-0.0887003;REVB=0.0261903;RO=0;SAF=86;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222961;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:207:0:0:205:207:1:119:86:0:0:120:87:0:0 chr2 206608039 . T C 885.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6107;QD=58.0534;RBI=0.0694543;REFB=0;REVB=-0.0637574;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000658597;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr2 206863874 . C T 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0289;QD=62.6677;RBI=0.0660578;REFB=0;REVB=-0.0355858;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100674;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr2 206921451 . G A 832.61 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00419972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.633;QD=52.8643;RBI=0.00439789;REFB=-0.0636095;REVB=-0.0013053;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140874;STB=0.521732;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000218923;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:1:3:60:60:0.952381:27:33:1:0:27:33:3:0 chr2 207026669 . C CT,T 83.13 PASS AF=0.183824,0;AO=16,7;DP=140;FAO=25,0;FDP=136;FR=.;FRO=111;FSAF=20,0;FSAR=5,0;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.0223922,-0.0186138;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.3342,196.16;QD=2.44503;RBI=0.0230061,0.0188436;REFB=-0.0446045,-0.00339412;REVB=0.00527921,-0.00293387;RO=116;SAF=12,6;SAR=4,1;SRF=57;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.324133,0.363661;STB=0.775156,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.117738,0;OID=.,.;OPOS=207026670,207026669;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:140:136:116:111:16,7:25,0:0.183824,0:4,1:12,6:57:59:5,0:20,0:53:58 chr2 207086148 . T C 479.28 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0170018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.181;QD=22.5544;RBI=0.0383664;REFB=-0.0207853;REVB=0.0343936;RO=39;SAF=32;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524211;STB=0.528913;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0202903;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:14:32:25:14:14:32:25:14 chr2 207310054 . GA AG,G 50.01 PASS AF=0.05,0.425;AO=2,13;DP=41;FAO=2,17;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=0,10;FSAR=2,7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0578154,0.183959;FXX=0.0243843;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=23.4572,6.76283;QD=5.00126;RBI=0.0584726,0.184085;REFB=-0.0280778,-0.126694;REVB=0.00874207,-0.00681;RO=18;SAF=0,7;SAR=2,6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.571416,-0.0732572;STB=0.995678,0.517664;STBP=0.101,0.865;TYPE=mnp,del;VARB=0.156219,0.115058;OID=.,.;OPOS=207310054,207310055;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:41:40:18:21:2,13:2,17:0.05,0.425:2,6:0,7:11:7:2,7:0,10:13:8 chr2 207459467 . C T 1272.67 PASS AF=0.444805;AO=137;DP=308;FAO=137;FDP=308;FR=.;FRO=171;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=81;FSRR=90;FWDB=-0.00177291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.042;QD=16.5282;RBI=0.00975386;REFB=-0.0143651;REVB=0.00959138;RO=171;SAF=72;SAR=65;SRF=81;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051951;STB=0.52878;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0166697;OID=.;OPOS=207459467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:171:171:137:137:0.444805:65:72:81:90:65:72:81:90 chr2 207472683 . C CTA 2287.89 PASS AF=0.95122;AO=149;DP=174;FAO=156;FDP=164;FR=.;FRO=8;FSAF=84;FSAR=72;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00221524;FXX=0.0681779;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.712;QD=55.8021;RBI=0.0362029;REFB=-0.0152849;REVB=0.0361351;RO=9;SAF=81;SAR=68;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255748;STB=0.510396;STBP=0.254;TYPE=ins;VARB=0.000677497;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95122:149:174:156:164:8:84:72:6:2:16:9:81:68:7:2 chr2 207527840 . G T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0115452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.295;QD=15.8612;RBI=0.0115605;REFB=-0.012641;REVB=0.00059395;RO=48;SAF=27;SAR=11;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027394;STB=0.529767;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0145416;OID=.;OPOS=207527840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:51:38:38:0.426966:11:27:33:15:11:27:34:17 chr2 207619779 . A G 156.34 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0201492;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0381;QD=14.8895;RBI=0.0282297;REFB=-0.0289049;REVB=0.0197719;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344119;STB=0.719774;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0132726;OID=.;OPOS=207619779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:25:17:17:0.404762:10:7:17:5:10:7:20:5 chr2 207621759 . A G 1343.69 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5111;QD=61.0767;RBI=0.0436288;REFB=0.0627955;REVB=0.0268254;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126337;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00070759;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:37:50:0:1:37:50:0:1 chr2 207631461 . G A 757.91 PASS AF=0.457143;AO=80;DP=175;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.00312811;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.793;QD=17.3237;RBI=0.0121592;REFB=-0.0220423;REVB=-0.0117499;RO=92;SAF=41;SAR=39;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157516;STB=0.509642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0302625;OID=.;OPOS=207631461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:92:95:80:80:0.457143:39:41:47:45:39:41:47:48 chr2 207653653 . G A 376.86 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0283326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.17;QD=13.9579;RBI=0.0287681;REFB=-0.0198609;REVB=-0.00498662;RO=56;SAF=15;SAR=29;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217414;STB=0.650651;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0196844;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:108:56:64:44:44:0.407407:29:15:31:25:29:15:38:26 chr2 207820276 . G A 460.14 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0642395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.953;QD=16.1452;RBI=0.0649838;REFB=-0.000824311;REVB=-0.009807;RO=63;SAF=19;SAR=32;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106119;STB=0.559377;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000615385;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:32:19:30:33:32:19:30:33 chr2 207824384 . T G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00257133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7276;QD=14.6163;RBI=0.0484083;REFB=-0.00620464;REVB=0.04834;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348246;STB=0.696519;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00684977;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:18:10:27:11:18:10:27:11 chr2 207825656 . A T 440.04 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0357124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0794;QD=16.9244;RBI=0.0373556;REFB=-0.0177893;REVB=0.0109576;RO=56;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302468;STB=0.506576;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0214926;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:56:56:47:48:0.461538:27:20:24:32:28:20:24:32 chr2 207833983 . A G 1001.58 PASS AF=0.488152;AO=102;DP=212;FAO=103;FDP=211;FR=.;FRO=108;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.00810118;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.681;QD=18.9874;RBI=0.00846264;REFB=-0.0136968;REVB=-0.00244685;RO=108;SAF=51;SAR=51;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060542;STB=0.535632;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0146066;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:108:108:102:103:0.488152:51:51:47:61:51:52:47:61 chr2 207945785 . A G 180.29 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0109365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6643;QD=16.0257;RBI=0.0476036;REFB=-0.0501359;REVB=-0.0463303;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296408;STB=0.668043;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0579723;OID=.;OPOS=207945785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:20:6:10:9:20:6 chr2 207988613 . C T 2270.12 PASS AF=0.981013;AO=152;DP=158;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0393193;FXX=0.00628891;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.6426;QD=57.4714;RBI=0.0393211;REFB=-0.104529;REVB=0.000379473;RO=3;SAF=105;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103869;STB=0.507878;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000431342;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:158:3:3:152:155:0.981013:47:105:2:1:48:107:1:2 chr2 207998800 . C T 188.72 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00340193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.42;QD=12.7943;RBI=0.0363164;REFB=-0.0213004;REVB=0.0361567;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177471;STB=0.596245;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0149216;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:36:23:23:0.389831:8:15:16:17:8:15:18:18 chr2 208477852 . G A 1509.23 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.2;QD=63.5464;RBI=0.015462;REFB=0;REVB=0.0132105;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41028e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:53:42:0:0:53:42:0:0 chr2 208477956 . C T 1582.92 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.35;QD=63.9564;RBI=0.0310265;REFB=0;REVB=0.0276961;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66037e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:50:49:0:0 chr2 208633413 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6687;QD=39.2026;RBI=0.08208;REFB=0;REVB=-0.0520892;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00376977;OID=.;OPOS=208633413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr2 208938866 . G T 755.46 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.098;QD=55.9596;RBI=0.0378247;REFB=0;REVB=0.0323081;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106066;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:49:54:1:15:34:0:0:19:35:0:0 chr2 208986637 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.106;QD=57.1775;RBI=0.0653466;REFB=0;REVB=0.0571495;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190456;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr2 208989037 . A G 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.415;QD=63.4747;RBI=0.0530086;REFB=0;REVB=-0.0120879;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174066;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr2 209007559 . T G 1501.6 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960523;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9161;QD=63.8977;RBI=0.0333235;REFB=0;REVB=-0.0319092;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297251;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr2 209010558 . A G 211.56 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00889961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.001;QD=16.5926;RBI=0.00914972;REFB=-0.0109727;REVB=0.00212469;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106569;STB=0.511935;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0158198;OID=.;OPOS=209010558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:24:28:21:23:0.45098:12:9:13:11:12:11:14:14 chr2 209030050 . T A 129.04 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0193472;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3629;QD=9.55838;RBI=0.0595521;REFB=-0.0152699;REVB=0.0563217;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275492;STB=0.663603;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0340247;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:11:6:22:15:11:6:22:15 chr2 209033138 . C T 591.28 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.126395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9993;QD=20.3889;RBI=0.134196;REFB=-0.0353126;REVB=-0.0450866;RO=56;SAF=33;SAR=27;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121729;STB=0.566988;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0329067;OID=.;OPOS=209033138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:27:33:23:33:27:33:23:33 chr2 209033173 . A G 307.18 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0339051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.844;QD=15.5536;RBI=0.0339374;REFB=-0.0282935;REVB=0.00147977;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785277;STB=0.544278;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0331635;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:17:17:19:26:17:17:19:26 chr2 209036712 . T C 360.15 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0037416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.111;QD=15.0063;RBI=0.0103357;REFB=-0.00277205;REVB=-0.00963472;RO=57;SAF=24;SAR=15;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00149374;STB=0.500846;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00380304;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:15:24:35:22:15:24:35:22 chr2 209036778 . A G 1456.93 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.872;QD=61.9971;RBI=0.0701815;REFB=-0.0292559;REVB=0.0672557;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000304511;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:93:93:0.989362:46:47:0:0:46:47:1:0 chr2 209184980 . G A 996.7 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.806;QD=57.7798;RBI=0.0269596;REFB=0;REVB=0.022256;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43079e-05;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:69:0:0:63:69:1:33:30:0:0:37:32:0:0 chr2 209184999 . C T 924.7 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0316528;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.705;QD=54.3943;RBI=0.0318659;REFB=0.0195863;REVB=-0.00367955;RO=3;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387826;STB=0.520542;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00010756;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:68:3:3:65:65:0.955882:35:30:0:3:35:30:0:3 chr2 209190330 . T C 1025.51 PASS AF=0.835165;AO=75;DP=91;FAO=76;FDP=91;FR=.;FRO=15;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.120742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3839;QD=45.0772;RBI=0.121069;REFB=-0.143527;REVB=0.00889885;RO=13;SAF=44;SAR=31;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786609;STB=0.5544;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.053819;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:91:91:13:15:75:76:0.835165:31:44:4:9:31:45:4:11 chr2 209190519 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.688;QD=60.2301;RBI=0.0336645;REFB=0;REVB=0.0325482;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26757e-05;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr2 209190528 . C G 588.35 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184633;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7396;QD=60.3439;RBI=0.0436007;REFB=0;REVB=-0.0394985;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164493;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr2 209191082 . C A 464.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4425;QD=58.113;RBI=0.0573532;REFB=0;REVB=-0.0223057;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141313;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr2 209191099 . T C 317.22 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519142;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8336;QD=52.8697;RBI=0.0638874;REFB=0;REVB=-0.0372359;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037563;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr2 209209827 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.657;QD=59.0187;RBI=0.0284734;REFB=0;REVB=0.00911059;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91803e-05;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr2 209212707 . G A 2106.81 PASS AF=0.978571;AO=136;DP=139;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0182313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3262;QD=60.1947;RBI=0.0270372;REFB=-0.0850381;REVB=0.0199657;RO=3;SAF=83;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119058;STB=0.5063;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000295954;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:140:3:3:136:137:0.978571:53:83:1:2:53:84:1:2 chr2 209214770 . A G 1125.28 PASS AF=0.974684;AO=74;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0235338;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.469;QD=56.9762;RBI=0.0587493;REFB=-0.0635477;REVB=0.0538297;RO=2;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286479;STB=0.501499;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000638045;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:79:2:2:74:77:0.974684:32:42:0:2:34:43:1:1 chr2 209215586 . A G 1268.49 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0287;QD=60.4043;RBI=0.0264017;REFB=-0.0228117;REVB=0.0145314;RO=2;SAF=44;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210376;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00231139;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:2:1:82:83:0.988095:38:44:2:0:38:45:1:0 chr2 209220157 . G T 3206.54 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153975;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.354;QD=61.9621;RBI=0.0163881;REFB=0;REVB=0.00561121;RO=0;SAF=73;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25908e-05;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:207:0:0:207:207:1:134:73:0:0:134:73:0:0 chr2 209220238 . G C 3931.41 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115806;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1032;QD=63.9254;RBI=0.123725;REFB=0;REVB=0.0435521;RO=0;SAF=72;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.92993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373729;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:246:0:0:242:246:1:170:72:0:0:174:72:0:0 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 1045.21 PASS AF=0.972603,0.0273973;AO=69,3;DP=73;FAO=71,2;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163352,-0.0290611;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.924,5.64799;QD=57.2719;RBI=0.0663255,0.0714436;REFB=0,0;REVB=-0.0642825,-0.0652659;RO=0;SAF=25,3;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00121712,0.0177279;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.972603,0.0273973:69,3:73:71,2:73:0:27,2:44,0:0:0:4:0:25,3:44,0:0:0 chr2 209358027 . C T 1487.84 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0386225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.962;QD=55.6202;RBI=0.0464346;REFB=-0.151758;REVB=0.0257775;RO=2;SAF=61;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344788;STB=0.502054;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000958882;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:107:107:2:3:103:104:0.971963:42:61:1:1:42:62:2:1 chr2 210586685 . T C 2786.5 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.938;QD=62.6179;RBI=0.0224249;REFB=0;REVB=0.000626429;RO=0;SAF=90;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85818e-06;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:178:0:0:175:178:1:85:90:0:0:85:93:0:0 chr2 210685100 . G A 615.64 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00116787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4146;QD=17.3418;RBI=0.00171564;REFB=0.0025671;REVB=0.00125678;RO=75;SAF=26;SAR=38;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137182;STB=0.57318;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00459963;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:78:64:64:0.450704:38:26:41:34:38:26:42:36 chr2 210685367 . C T 64.39 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00805082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0832;QD=9.9068;RBI=0.141908;REFB=-0.0101598;REVB=-0.141679;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247444;STB=0.655324;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0448386;OID=.;OPOS=210685367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:1:8:13:4:1:8:13:4 chr2 210843383 . G A 361.22 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.014191;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.12;QD=15.0506;RBI=0.0156584;REFB=-0.0178017;REVB=-0.00661809;RO=57;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264757;STB=0.525892;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0230656;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:57:39:39:0.40625:23:16:22:35:23:16:21:36 chr2 211098113 . C T 2132.15 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.893;QD=61.8015;RBI=0.0200844;REFB=-0.160265;REVB=-0.00184836;RO=0;SAF=76;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214817;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:129:138:0:0:127:138:1:51:76:0:0:52:86:0:0 chr2 211296239 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0226768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.127;QD=15.6444;RBI=0.0320209;REFB=-0.0251552;REVB=-0.0226076;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114534;STB=0.574401;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0156695;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:12:10:16:12:12:10:17:12 chr2 211421452 . A ATCT,T 542.8 PASS AF=0.424242,0.030303;AO=50,7;DP=134;FAO=56,4;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=24,3;FSAR=32,1;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=1.56575e-05,0.0141121;FXX=0.0149243;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=245.519,110.002;QD=16.4484;RBI=0.00554629,0.0676769;REFB=-0.00642271,-0.000902958;REVB=-0.00554627,0.0661892;RO=73;SAF=22,5;SAR=28,2;SRF=40;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.113482,0.193181;STB=0.571403,0.69615;STBP=0.174,0.517;TYPE=ins,snp;VARB=0.00857198,0.0346519;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:73:72:50,7:56,4:0.424242,0.030303:28,2:22,5:40:33:32,1:24,3:40:32 chr2 211456637 . A G 3839.5 PASS AF=1;AO=242;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173098;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3205;QD=63.4628;RBI=0.017511;REFB=-0.0571747;REVB=0.00264659;RO=1;SAF=123;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385941;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102961;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:243:242:1:0:242:242:1:119:123:1:0:119:123:0:0 chr2 211456639 . C T 3724.46 PASS AF=0.979508;AO=239;DP=244;FAO=239;FDP=244;FR=.;FRO=5;FSAF=123;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0132258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.988;QD=61.0566;RBI=0.0214651;REFB=-0.014929;REVB=-0.0169064;RO=5;SAF=123;SAR=116;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447867;STB=0.502351;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00029267;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:244:244:5:5:239:239:0.979508:116:123:2:3:116:123:2:3 chr2 211481257 . C G 1504.55 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0492489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1213;QD=57.3162;RBI=0.0552671;REFB=-0.015365;REVB=0.0250799;RO=1;SAF=51;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921259;STB=0.500092;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000638802;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:105:1:2:102:103:0.980952:51:51:1:0:51:52:1:1 chr2 211540507 . C A 543.95 PASS AF=0.565217;AO=44;DP=84;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0350888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8933;QD=23.6498;RBI=0.11417;REFB=-0.0506379;REVB=0.108644;RO=40;SAF=13;SAR=31;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102809;STB=0.50704;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0227602;OID=.;OPOS=211540507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:92:40:40:44:52:0.565217:31:13:16:24:32:20:16:24 chr2 212251864 . T C 91.21 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0526261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5008;QD=17.3742;RBI=0.0588716;REFB=-0.00923049;REVB=-0.0263885;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232556;STB=0.646239;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0146211;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:7:4:1:8:7:4:1:9 chr2 213864650 . C T 659.62 PASS AF=0.532787;AO=66;DP=123;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00524843;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3741;QD=21.6268;RBI=0.00814178;REFB=-0.0268065;REVB=-0.00622434;RO=55;SAF=37;SAR=29;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333365;STB=0.513028;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.028259;OID=.;OPOS=213864650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:55:57:66:65:0.532787:29:37:33:22:28:37:34:23 chr2 213866714 . G A 2277.52 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117048;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.68;QD=63.7069;RBI=0.0172265;REFB=0;REVB=0.0126391;RO=0;SAF=80;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44871e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:63:80:0:0:63:80:0:0 chr2 213886454 . A T 1449.67 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00663844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.609;QD=55.2254;RBI=0.0385171;REFB=-0.0416821;REVB=0.0379408;RO=4;SAF=54;SAR=47;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338495;STB=0.517854;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000164484;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:4:4:101:101:0.961905:47:54:4:0:47:54:4:0 chr2 213921592 . GGC G 40.4 PASS AF=0.232877;AO=11;DP=74;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.156618;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=21.3359;QD=2.2135;RBI=0.156945;REFB=-0.0694347;REVB=0.0101272;RO=59;SAF=5;SAR=6;SRF=30;SRR=29;SSEN=0.411054;SSEP=0;SSSB=-0.0667228;STB=0.819133;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.195367;OID=.;OPOS=213921593;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232877:11:74:17:73:56:3:14:33:23:40:59:5:6:30:29 chr2 214012405 . AA AC,CA 1311.52 PASS AF=0.564103,0.333333;AO=16,38;DP=112;FAO=66,39;FDP=117;FR=.;FRO=12;FSAF=58,9;FSAR=8,30;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.010392,-0.0229009;FXX=0.00847386;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=139.247,89.4903;QD=44.8384;RBI=0.0288368,0.0520784;REFB=-0.0481632,-0.0456292;REVB=0.0268992,0.046773;RO=0;SAF=16,12;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.05056e-08;STB=0.568605,0.624931;STBP=0.047,0.009;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00333316,0.02304;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:112:117:0:12:16,38:66,39:0.564103,0.333333:0,26:16,12:0:0:8,30:58,9:8:4 chr2 214637044 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00389726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.974;QD=24.0732;RBI=0.024935;REFB=-0.0219578;REVB=-0.0246285;RO=7;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124658;STB=0.526274;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0125894;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:7:7:12:13:0.65:10:2:2:5:10:3:2:5 chr2 214727221 . A C 417.79 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00357516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2697;QD=13.0559;RBI=0.036235;REFB=-0.000638057;REVB=-0.0360582;RO=74;SAF=32;SAR=17;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517476;STB=0.546802;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000543629;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:79:49:49:0.382812:17:32:45:29:17:32:46:33 chr2 214794743 . A C 659.07 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.00308813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.449;QD=18.3074;RBI=0.00424261;REFB=-0.00509204;REVB=-0.00290917;RO=77;SAF=23;SAR=44;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236125;STB=0.631184;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0066596;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:77:67:67:0.465278:44:23:45:32:44:23:45:32 chr2 215102929 . T A 722.51 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.612;QD=56.6676;RBI=0.0308755;REFB=0;REVB=0.0175443;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326795;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:23:26:0:0:25:26:0:0 chr2 215632256 . A G 1730.92 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0619;QD=60.734;RBI=0.0332474;REFB=0;REVB=0.000266196;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157366;OID=.;OPOS=215632256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:70:44:0:0:70:44:0:0 chr2 215645545 . C G 462.7 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00275062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6234;QD=16.2352;RBI=0.0142697;REFB=0.0376674;REVB=-0.0140021;RO=63;SAF=23;SAR=28;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00931361;STB=0.505203;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0482491;OID=.;OPOS=215645545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:28:23:29:34:28:23:29:34 chr2 215796568 . T C 386.46 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0247008;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.164;QD=17.9749;RBI=0.0256193;REFB=-0.0164596;REVB=0.00679827;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159299;STB=0.503519;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0186084;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:46:40:40:0.465116:22:18:21:24:22:18:21:25 chr2 215798886 . G A 254.39 PASS AF=0.394737;AO=28;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00612997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.885;QD=13.3891;RBI=0.0256074;REFB=-0.0167276;REVB=-0.0248628;RO=45;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212396;STB=0.595813;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0224435;OID=.;OPOS=215798886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:45:46:28:30:0.394737:9:19:22:23:11:19:22:24 chr2 215865575 . T C 621.13 PASS AF=0.559633;AO=59;DP=107;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.020772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5755;QD=22.7936;RBI=0.0505339;REFB=0.0122013;REVB=0.0460674;RO=48;SAF=37;SAR=22;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731536;STB=0.529548;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00811269;OID=.;OPOS=215865575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:48:48:59:61:0.559633:22:37:26:22:24:37:26:22 chr2 215876166 . A T 777.21 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00164048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7408;QD=52.692;RBI=0.0508157;REFB=-0.0554799;REVB=-0.0507892;RO=2;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428118;STB=0.522719;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00430448;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:21:36:0:2:21:36:0:2 chr2 215901774 . C T 374.56 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.000162514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.293;QD=20.8087;RBI=0.0369042;REFB=-0.0152674;REVB=0.0369038;RO=34;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263293;STB=0.645134;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0173464;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:22:16:25:9:22:16:25:9 chr2 215940242 . T C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0191923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.103;QD=19.1093;RBI=0.0246463;REFB=-0.00755276;REVB=-0.0154627;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190227;STB=0.51063;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0074296;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:12:15:15:11:12:15:15:11 chr2 216190020 . C G 373.8 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00502443;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.103;QD=15.2573;RBI=0.0521344;REFB=-0.010982;REVB=-0.0518917;RO=55;SAF=19;SAR=21;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12788;STB=0.555415;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0144025;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:58:40:40:0.408163:21:19:33:22:21:19:33:25 chr2 216211571 . T A 255.25 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0165177;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.894;QD=15.9532;RBI=0.0189448;REFB=-0.0207833;REVB=0.00927753;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109953;STB=0.561172;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0229308;OID=.;OPOS=216211571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:28:29:0.453125:15:13:12:22:15:14:13:22 chr2 216212339 . T C 433.66 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0433838;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8079;QD=15.6273;RBI=0.0477601;REFB=0.000502548;REVB=0.0199718;RO=62;SAF=20;SAR=28;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358801;STB=0.513084;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00203833;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:48:49:0.441441:28:20:28:34:28:21:28:34 chr2 216229692 . A G 191.83 PASS AF=0.320513;AO=24;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0973975;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.795;QD=9.83736;RBI=0.098509;REFB=-0.017567;REVB=-0.0147559;RO=53;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946402;STB=0.570316;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0428038;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:24:25:0.320513:14:10:18:35:14:11:18:35 chr2 216235089 . C T 1699.04 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469059;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.371;QD=60.6799;RBI=0.0461647;REFB=0;REVB=-0.0459258;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54228e-05;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr2 216242917 . T A 311.87 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0136765;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3927;QD=21.5084;RBI=0.0653509;REFB=-0.0242795;REVB=0.0639038;RO=24;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182549;STB=0.611588;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0186365;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:24:26:32:32:0.551724:12:20:20:4:12:20:22:4 chr2 216249586 . TC T,TT 1560.66 PASS AF=1,0;AO=12,83;DP=97;FAO=97,0;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=77,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024421,-0.0687784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.639,202.011;QD=64.3573;RBI=0.0666222,0.0722579;REFB=0,0;REVB=0.061985,-0.0221525;RO=1;SAF=2,75;SAR=10,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0430526,0.0555817;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000405187,0;OID=.,.;OPOS=216249587,216249587;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:12,83:97:97,0:97:0:77,0:20,0:0:0:8:1:2,75:10,8:0:1 chr2 216272900 . T G 1157.53 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.969;QD=59.3603;RBI=0.049877;REFB=0.0097558;REVB=0.0496879;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1527e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:78:1:0:76:78:1:35:41:1:0:36:42:0:0 chr2 216272907 . A T 1098.27 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.019158;FXX=0.0740649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.464;QD=58.5742;RBI=0.0494192;REFB=0.00155516;REVB=0.0455547;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.513154;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000219639;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:75:0:2:73:73:0.973333:36:37:0:0:36:37:2:0 chr2 216299550 . G A 245.28 PASS AF=0.391892;AO=3;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0087152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.753;QD=13.2581;RBI=0.00875276;REFB=-0.00480502;REVB=0.000810004;RO=45;SAF=0;SAR=3;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438163;STB=0.522734;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00278398;OID=.;OPOS=216299550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:3:29:0.391892:3:0:17:28:17:12:17:28 chr2 216300482 . T A 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0156647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5878;QD=16.7541;RBI=0.0156649;REFB=-0.0239902;REVB=-7.78341e-05;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570018;STB=0.503223;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0366871;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:13:15:13:11:13:15 chr2 216903928 . T TA,TTA 39.21 PASS AF=0.0224719,0.11236;AO=13,10;DP=96;FAO=2,10;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=2,1;FSAR=0,9;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0407408,0.0788088;FXX=0.0111099;HRUN=5,4;LEN=1,2;MLLD=12.46,24.2879;QD=1.76206;RBI=0.11508,0.110307;REFB=-0.0434597,-0.0361723;REVB=-0.107628,-0.0771804;RO=70;SAF=7,0;SAR=6,10;SRF=38;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00551893,-0.681817;STB=0.994611,0.892809;STBP=0.191,0.012;TYPE=ins,ins;VARB=0.109081,0.174435;OID=.,.;OPOS=216903929,216903929;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0224719,0.11236:13,10:96:2,10:89:77:2,1:0,9:41:36:28:70:7,0:6,10:38:32 chr2 217012901 . A G 898.7 PASS AF=0.893333;AO=66;DP=75;FAO=67;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00513761;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.9365;QD=47.9305;RBI=0.0311219;REFB=-0.0833793;REVB=0.0306949;RO=9;SAF=32;SAR=34;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115965;STB=0.554038;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00282625;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:75:75:9:8:66:67:0.893333:34:32:9:0:34:33:8:0 chr2 217148417 . C A 269.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0242267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.939;QD=18.9143;RBI=0.0264998;REFB=-0.0167331;REVB=0.0107379;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140509;STB=0.57826;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0154979;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:15:14:18:10:15:14:18:10 chr2 217234961 . AGC AG,GAG 407.26 PASS AF=1,0;AO=30,2;DP=45;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228942,0.0289483;FXX=0.0888691;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=14.2674,30.8385;QD=39.733;RBI=0.230089,0.0300392;REFB=-0.0424162,-0.00404366;REVB=0.0229415,-0.00802182;RO=6;SAF=2,1;SAR=28,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0.327869,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490531,-0.359974;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0122009,0;OID=.,.;OPOS=217234963,217234961;OREF=C,AGC;OALT=-,GAG;OMAPALT=AG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:41:6:0:30,2:41,0:1,0:28,1:2,1:5:1:31,0:10,0:0:0 chr2 217364539 . C T 2865.08 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221531;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1774;QD=62.6247;RBI=0.0275341;REFB=-0.025796;REVB=-0.0163515;RO=1;SAF=92;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014874;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:184:183:1:0:183:183:1:91:92:1:0:90:93:0:0 chr2 217541582 . T C 1791.39 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00626411;FXX=0.0165276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.828;QD=60.2147;RBI=0.00627609;REFB=-0.0551341;REVB=-0.000387635;RO=1;SAF=67;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070363;STB=0.503649;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=8.63248e-05;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:117:118:0.991597:50:67:1:0:50:68:1:0 chr2 218604246 . G GC 560.23 PASS AF=1;AO=5;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878787;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.0943;QD=49.7984;RBI=0.0930604;REFB=0;REVB=0.0306198;RO=40;SAF=1;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00110483;OID=.;OPOS=218604247;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:45:45:45:0:19:26:0:0:4:40:1:4:18:22 chr2 218604247 . A C,G 655.56 PASS AF=0.888889,0.0888889;AO=40,4;DP=45;FAO=40,4;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=22,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0585317,0.0627974;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=130.471,11.1385;QD=58.2717;RBI=0.0587436,0.0654256;REFB=-0.0505253,-0.0376442;REVB=0.00498463,0.0183574;RO=1;SAF=18,0;SAR=22,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0253417,-0.749895;STB=0.513507,0.995941;STBP=0.306,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.00329307,0.0836375;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:45:45:1:1:40,4:40,4:0.888889,0.0888889:22,4:18,0:1:0:22,4:18,0:1:0 chr2 218664633 . T G 703.31 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0146958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.779;QD=22.6874;RBI=0.0203627;REFB=0.000683042;REVB=0.0140951;RO=55;SAF=41;SAR=27;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166641;STB=0.587367;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00044211;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:56:68:68:0.548387:27:41:22:33:27:41:23:33 chr2 218674697 . C T 212.58 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00668596;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.762;QD=19.3251;RBI=0.00894159;REFB=-0.00749147;REVB=0.00593716;RO=23;SAF=3;SAR=18;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555783;STB=0.531614;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00773424;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:18:3:4:19:18:3:4:19 chr2 218682474 . A G 356.69 PASS AF=0.493333;AO=22;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0174629;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.696;QD=19.0234;RBI=0.0203406;REFB=-0.0279331;REVB=0.0104302;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208209;STB=0.547187;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0205232;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:38:22:37:0.493333:10:12:25:9:16:21:25:13 chr2 218682620 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0220809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5704;QD=13.3677;RBI=0.0293822;REFB=-0.0154725;REVB=-0.0193843;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135916;STB=0.579619;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0125746;OID=.;OPOS=218682620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:17:14:6:12:17:14 chr2 218682771 . A G 131.05 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.015521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.264;QD=15.4181;RBI=0.0254989;REFB=-0.0194553;REVB=0.0202309;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0250282;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:10:9:9:6:10:9 chr2 218683139 . G A 101.53 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0692896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3013;QD=16.9219;RBI=0.0817288;REFB=-0.0540363;REVB=-0.0433422;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906088;STB=0.55254;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0565834;OID=.;OPOS=218683139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:8:4:3:9:8:4 chr2 218683154 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0204665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.042;QD=21.9439;RBI=0.0278663;REFB=-0.0146256;REVB=-0.0189118;RO=12;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734763;STB=0.541612;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00861384;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:3:13:9:3:3:13:9:3 chr2 218683257 . A G 230.24 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0255395;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.056;QD=21.9275;RBI=0.0271423;REFB=-0.0241228;REVB=-0.00918895;RO=21;SAF=18;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188688;STB=0.614791;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0207423;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:20:22:22:0.52381:4:18:14:7:4:18:13:7 chr2 218695102 . G A 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0156414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.318;QD=10.4376;RBI=0.016731;REFB=0.00185392;REVB=-0.00593917;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229235;STB=0.636165;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00380854;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:9:18:6:7:9:18 chr2 218706857 . T C 411.44 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0328958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.573;QD=13.49;RBI=0.0340004;REFB=-0.0154175;REVB=-0.00859623;RO=74;SAF=25;SAR=23;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223306;STB=0.51264;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0269745;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:74:48:48:0.393443:23:25:37:37:23:25:37:37 chr2 218712606 . G A 381.99 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0206272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.137;QD=19.8434;RBI=0.0290477;REFB=-0.0374626;REVB=0.0204521;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218065;STB=0.620675;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0347445;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:22:17:26:12:22:17:26:12 chr2 218712726 . A G 271.66 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0264563;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5457;QD=14.4887;RBI=0.055415;REFB=-0.00308473;REVB=-0.0486918;RO=44;SAF=29;SAR=2;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502811;STB=0.796994;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00541912;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:44:31:31:0.413333:2:29:30:14:2:29:30:14 chr2 218712918 . C T 160.29 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7836;QD=45.797;RBI=0.0554998;REFB=0;REVB=-0.0523268;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298461;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:2:11:0:0:2:12:0:0 chr2 218713282 . G A 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0264786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.208;QD=23.8988;RBI=0.037234;REFB=0.012922;REVB=0.0261773;RO=22;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214791;STB=0.611027;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00775133;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:9:18:9:13:9:18:10:13 chr2 218999932 . AC GT 321.53 PASS AF=0.3;AO=42;DP=140;FAO=42;FDP=140;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.009217;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.281;QD=9.1866;RBI=0.0392673;REFB=0.0034868;REVB=-0.0381703;RO=97;SAF=23;SAR=19;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385345;STB=0.526285;STBP=0.704;TYPE=mnp;VARB=-0.00902424;OID=.;OPOS=218999932;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:97:98:42:42:0.3:19:23:50:47:19:23:50:48 chr2 219000310 . C T 526.04 PASS AF=0.46281;AO=55;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00335582;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.189;QD=17.3898;RBI=0.017934;REFB=-0.0394424;REVB=0.0176173;RO=66;SAF=26;SAR=29;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100572;STB=0.554882;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0498487;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:65:55:56:0.46281:29:26:38:28:29:27:38:27 chr2 219000734 . T C 92.6 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0156356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0086;QD=9.25997;RBI=0.02436;REFB=-0.00192622;REVB=-0.0186798;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247733;STB=0.642602;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00543406;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:9:3:12:15:9:3:12:16 chr2 219000966 . G A 37.86 PASS AF=0.375;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0190057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.7983;QD=9.46468;RBI=0.0263797;REFB=0.0206692;REVB=-0.018294;RO=10;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107009;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00993289;OID=.;OPOS=219000966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:16:16:10:10:4:6:0.375:2:2:6:4:3:3:6:4 chr2 219103509 . T A 357.22 PASS AF=0.382609;AO=40;DP=110;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0506153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2119;QD=12.4252;RBI=0.0529522;REFB=-0.0294727;REVB=-0.0155571;RO=70;SAF=20;SAR=20;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794573;STB=0.519991;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0491393;OID=.;OPOS=219103509;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:70:71:40:44:0.382609:20:20:30:40:24:20:30:41 chr2 219110555 . A G 215.8 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0188647;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7184;QD=21.0534;RBI=0.0236772;REFB=-0.00388395;REVB=-0.0143084;RO=20;SAF=19;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208335;STB=0.619432;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0137336;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:2:19:16:4:2:19:16:4 chr2 219110625 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.011334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.964;QD=21.9721;RBI=0.0762116;REFB=0.00923046;REVB=0.0753641;RO=21;SAF=20;SAR=3;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703168;STB=0.539138;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0096627;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:3:20:19:2:3:20:19:2 chr2 219128506 . C T 4906.76 PASS AF=0.975535;AO=319;DP=328;FAO=319;FDP=327;FR=.;FRO=8;FSAF=182;FSAR=137;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00270704;FXX=0.00304869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.493;QD=60.0216;RBI=0.00975858;REFB=0.0144753;REVB=0.0093756;RO=4;SAF=182;SAR=137;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432794;STB=0.504485;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=6.63994e-06;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:328:327:4:8:319:319:0.975535:137:182:3:1:137:182:6:2 chr2 219140288 . G C 482.09 PASS AF=0.45082;AO=53;DP=111;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.074735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.1215;QD=15.8061;RBI=0.0984911;REFB=-0.0441354;REVB=-0.0641496;RO=58;SAF=29;SAR=24;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120296;STB=0.502689;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0463604;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:122:58:67:53:55:0.45082:24:29:31:27:26:29:35:32 chr2 219143229 . G A 138.21 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0192944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.157;QD=10.238;RBI=0.152584;REFB=0.00192576;REVB=-0.151359;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231508;STB=0.610994;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00668218;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:34:36:18:18:0.333333:9:9:24:10:9:9:24:12 chr2 219144089 . G A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00493423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.179;QD=16.4442;RBI=0.010293;REFB=-0.0202441;REVB=-0.00903328;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442829;STB=0.502536;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0250078;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:14:6:8:19:14:6:8:19 chr2 219144815 . T C 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.094;QD=63.3355;RBI=0.0300502;REFB=0;REVB=0.0192701;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2569e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr2 219146803 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0769936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.323;QD=8.25486;RBI=0.0775672;REFB=0.0043887;REVB=-0.00941552;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137104;STB=0.587912;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0120276;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:9:3:1:5:9:3 chr2 219231807 . C T 398.22 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210365;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.313;QD=56.8884;RBI=0.00639031;REFB=0;REVB=0.00603413;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73132e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr2 219254622 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.917;QD=61.0489;RBI=0.00412725;REFB=0;REVB=0.00056082;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83289e-06;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr2 219265094 . T C 545.19 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.10388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3287;QD=57.3881;RBI=0.103962;REFB=-0.104731;REVB=0.00412282;RO=1;SAF=5;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847849;STB=0.545428;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00236041;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:32:5:1:0:32:5:1:0 chr2 219266393 . CG C,GC 32.03 PASS AF=0.205882,0;AO=21,3;DP=73;FAO=14,0;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.210744,-0.119808;FXX=0.0684838;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=11.3221,25.4917;QD=1.88413;RBI=0.216503,0.155854;REFB=-0.0905834,-0.0529479;REVB=-0.049603,-0.0996822;RO=42;SAF=16,0;SAR=5,3;SRF=13;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.496404,-0.426203;STB=0.759651,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.118203,0.109692;OID=.,.;OPOS=219266394,219266393;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:73:68:42:54:21,3:14,0:0.205882,0:5,3:16,0:13:29:4,0:10,0:20:34 chr2 219267781 . C T 85.15 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00974977;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.671;QD=10.3211;RBI=0.06617;REFB=0.00796276;REVB=0.0654477;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596839;STB=0.561688;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0113622;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:33:20:22:11:11:0.333333:6:5:8:12:6:5:8:14 chr2 219294014 . A T 167.09 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.000939297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0336;QD=15.19;RBI=0.0187073;REFB=-0.00723111;REVB=0.0186837;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.571354;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.018347;OID=.;OPOS=219294014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:20:6:6:12:20:6 chr2 219319657 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.492;QD=63.5827;RBI=0.0180194;REFB=0;REVB=-0.0130509;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81965e-06;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr2 219492924 . T C 769.55 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741577;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8725;QD=64.1287;RBI=0.0589036;REFB=0;REVB=0.058435;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527411;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr2 219508260 . C G 105.92 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0680342;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3606;QD=10.3338;RBI=0.0964298;REFB=-0.0171992;REVB=-0.0683377;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26506;STB=0.659979;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0535815;OID=.;OPOS=219508260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:13:15:4:9:13:15 chr2 219508988 . T C 1383.73 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486696;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.143;QD=62.8968;RBI=0.0486873;REFB=0;REVB=-0.00131469;RO=0;SAF=29;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163193;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:58:29:0:0:59:29:0:0 chr2 219509618 . C A 1010.52 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247169;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7822;QD=56.9309;RBI=0.0384822;REFB=-0.0111716;REVB=0.0294949;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136989;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000321582;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:34:34:0:1:36:34:0:1 chr2 219617619 . G A 826.41 PASS AF=0.525316;AO=81;DP=157;FAO=83;FDP=158;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0102428;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.944;QD=20.9217;RBI=0.0174073;REFB=-0.0292197;REVB=-0.0140747;RO=75;SAF=41;SAR=40;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000432644;STB=0.505418;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0225048;OID=.;OPOS=219617619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:75:75:81:83:0.525316:40:41:38:37:40:43:38:37 chr2 219692696 . G C 607.8 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0330919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9854;QD=19.6064;RBI=0.0437335;REFB=-0.0332869;REVB=-0.0285928;RO=62;SAF=23;SAR=39;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614322;STB=0.533943;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.03535;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:39:23:27:35:39:23:27:35 chr2 219846749 . G A 1340.02 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.919;QD=62.3264;RBI=0.0564371;REFB=0;REVB=0.0559666;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139132;OID=.;OPOS=219846749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:46:38:0:0:47:39:0:0 chr2 219878756 . G A 377.51 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0149324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9766;QD=18.8755;RBI=0.0363923;REFB=0.00459222;REVB=0.0331877;RO=41;SAF=12;SAR=27;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100821;STB=0.505615;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0073719;OID=.;OPOS=219878756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:27:12:13:28:27:12:13:28 chr2 219884263 . G A 1007.17 PASS AF=0.451477;AO=104;DP=220;FAO=107;FDP=237;FR=.;FRO=130;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=74;FWDB=0.00801298;FXX=0.00836785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.3018;QD=16.9986;RBI=0.00858256;REFB=-0.0361993;REVB=-0.0030745;RO=116;SAF=61;SAR=43;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116449;STB=0.576273;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0540628;OID=.;OPOS=219884263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:237:116:130:104:107:0.451477:43:61:54:62:46:61:56:74 chr2 219896028 . C CG,CGT,G 141.06 PASS AF=0.302326,0,0.0465116;AO=17,12,6;DP=89;FAO=26,0,4;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=22,0,0;FSAR=4,0,4;FSRF=44;FSRR=12;FWDB=-0.158178,-0.0271094,-0.114059;FXX=0.0114929;HRUN=0,0,3;LEN=1,2,1;MLLD=37.8307,47.2846,48.1149;QD=6.56084;RBI=0.158182,0.027205,0.114399;REFB=-0.0176451,-0.0210947,-0.00766511;REVB=0.0011156,0.00227813,-0.00881025;RO=52;SAF=16,11,1;SAR=1,1,5;SRF=38;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.481189,0.3876,-0.583091;STB=0.571369,0.5,0.998668;STBP=0.499,1,0;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.154491,0,0.0651873;OID=.,.,.;OPOS=219896029,219896029,219896028;OREF=-,-,C;OALT=G,GT,G;OMAPALT=CG,CGT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:52:56:17,12,6:26,0,4:0.302326,0,0.0465116:1,1,5:16,11,1:38:14:4,0,4:22,0,0:44:12 chr2 219920037 . A G 990.96 PASS AF=0.52381;AO=91;DP=183;FAO=99;FDP=189;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.00436058;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.702;QD=20.9727;RBI=0.0085748;REFB=-0.0126942;REVB=0.00738326;RO=92;SAF=39;SAR=52;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349744;STB=0.521527;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0128395;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:189:92:90:91:99:0.52381:52:39:36:56:55:44:36:54 chr2 219940484 . C T 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00337986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.405;QD=55.8046;RBI=0.00977896;REFB=0.0218427;REVB=-0.00917631;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.512816;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000226131;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:40:19:1:0:40:19:1:0 chr2 219967380 . T C 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1222;QD=56.9332;RBI=0.00567786;REFB=0;REVB=0.00524585;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7956e-05;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr2 220037393 . A G 268.84 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.51;QD=51.2075;RBI=0.0764147;REFB=0;REVB=0.0713159;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281885;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:1:0:19:21:1:13:6:1:0:14:7:0:0 chr2 220045454 . G A 709.56 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00965772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8429;QD=20.1294;RBI=0.0105931;REFB=-0.000544821;REVB=0.00435227;RO=70;SAF=24;SAR=46;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700151;STB=0.535814;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000329032;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:70:71:70:70:0.496454:46:24:29:41:46:24:29:42 chr2 220072766 . G T 754.56 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0692698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3752;QD=61.5967;RBI=0.0880771;REFB=-0.0904451;REVB=0.0543992;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00469694;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr2 220083279 . C T 1393.79 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0343279;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.889;QD=57.4759;RBI=0.0456346;REFB=-0.1323;REVB=0.0300684;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101945;STB=0.505154;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00184758;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:98:97:1:5:92:92:0.948454:46:46:1:0:46:46:3:2 chr2 220084902 . G A 983.74 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0387786;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.738;QD=56.2136;RBI=0.0452865;REFB=0.0762587;REVB=0.0233899;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503551;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.000284075;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:0:2:68:68:0.971429:26:42:0:0:26:42:1:1 chr2 220085845 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2741;QD=54.5174;RBI=0.0456675;REFB=0;REVB=-0.0369359;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139546;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr2 220099699 . TG GT,T 66.96 PASS AF=0,0.390625;AO=3,26;DP=64;FAO=0,25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=0,5;FSAR=0,20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0416135,-0.0108853;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=103.285,10.2941;QD=4.18509;RBI=0.109494,0.0673793;REFB=-0.0177161,-0.211433;REVB=-0.101278,-0.0664942;RO=33;SAF=0,7;SAR=3,19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.527022,-0.235137;STB=0.5,0.691559;STBP=1,0.024;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.181501;OID=.,.;OPOS=220099699,220099700;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:64:64:33:39:3,26:0,25:0,0.390625:3,19:0,7:16:17:0,20:0,5:18:21 chr2 220100787 . C T 220.55 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0147064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.827;QD=14.2289;RBI=0.024564;REFB=-0.00885199;REVB=0.0196752;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146245;STB=0.676639;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0105485;OID=.;OPOS=220100787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:36:26:26:0.419355:19:7:11:16:19:7:20:16 chr2 220113242 . T G 5063.21 PASS AF=1;AO=320;DP=332;FAO=320;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911111;FXX=0.0390379;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.755;QD=63.2902;RBI=0.0206288;REFB=-0.0246179;REVB=0.0185077;RO=0;SAF=200;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19334e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:332:320:0:0:320:320:1:120:200:0:0:120:200:0:0 chr2 220116338 . A G 596.06 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0242671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.34;QD=19.3841;RBI=0.0345268;REFB=-0.0238822;REVB=0.0245603;RO=61;SAF=34;SAR=27;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760611;STB=0.536899;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0169387;OID=.;OPOS=220116338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:62:61:61:0.495935:27:34:39:22:27:34:39:23 chr2 220118531 . G C 580.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.891;QD=58.0403;RBI=0.0310173;REFB=-0.0741792;REVB=0.00839712;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00041419;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr2 220136155 . T C 1594.23 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.449;QD=63.7691;RBI=0.0566694;REFB=0;REVB=0.00019282;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149906;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr2 220136351 . G A 729.0 PASS AF=0.529851;AO=56;DP=133;FAO=71;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0293548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.7126;QD=21.7611;RBI=0.0350813;REFB=-0.0135255;REVB=-0.0192092;RO=57;SAF=26;SAR=30;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235973;STB=0.548625;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0117861;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:57:63:56:71:0.529851:30:26:25:32:31:40:29:34 chr2 220136371 . T C 1700.72 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.332;QD=59.1555;RBI=0.0406982;REFB=-0.1296;REVB=0.00645677;RO=1;SAF=69;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683231;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044805;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:115:1:0:113:115:1:44:69:1:0:45:70:0:0 chr2 220166378 . G T 226.48 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.133705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0008;QD=15.3547;RBI=0.133728;REFB=-0.0100071;REVB=0.00252178;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256609;STB=0.643966;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0148035;OID=.;OPOS=220166378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:13:13:8:25:13:13:8:25 chr2 220250147 . A G 834.04 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.204;QD=57.52;RBI=0.0354825;REFB=0;REVB=-0.0283067;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69928e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr2 220283259 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2709;QD=50.4106;RBI=0.130693;REFB=0;REVB=-0.127179;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0052374;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr2 220283277 . T C 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00462723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.615;QD=45.1043;RBI=0.00902868;REFB=-0.073631;REVB=0.00775279;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00156197;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr2 220315970 . G A 854.08 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0957759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.405;QD=56.0054;RBI=0.0959414;REFB=-0.0604386;REVB=-0.00563278;RO=1;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116542;STB=0.506171;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00374193;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:40:20:0:1:40:20:0:1 chr2 220330804 . T C 394.01 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0711;QD=56.2868;RBI=0.0572649;REFB=0;REVB=0.0307015;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930828;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:17:7:0:0:18:10:0:0 chr2 220333950 . T C 1188.74 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784799;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.389;QD=60.9609;RBI=0.0266215;REFB=0;REVB=0.0254384;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19158e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:74:78:1:38:36:0:0:41:37:0:0 chr2 220342790 . T C 104.58 PASS AF=0.26;AO=12;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.17929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.5271;QD=8.36674;RBI=0.182616;REFB=-0.0314673;REVB=0.0346917;RO=24;SAF=12;SAR=0;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.855965;STB=0.931413;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0603166;OID=.;OPOS=220342790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:50:50:24:32:12:13:0.26:0:12:3:21:1:12:9:23 chr2 220347881 . C G 42.58 PASS AF=0.114286;AO=11;DP=106;FAO=12;FDP=105;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=93;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=0.181297;FXX=0.0366939;HRUN=7;LEN=1;MLLD=19.413;QD=1.62222;RBI=0.181357;REFB=-0.019374;REVB=0.00464233;RO=46;SAF=2;SAR=9;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377648;STB=0.845596;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.153495;OID=.;OPOS=220347881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:105:46:93:11:12:0.114286:9:2:21:25:10:2:53:40 chr2 220353532 . C A 212.59 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0245259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7861;QD=20.2463;RBI=0.0485644;REFB=0.0171437;REVB=0.0419163;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167799;STB=0.594505;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.012976;OID=.;OPOS=220353532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:8:13:9:12:8:13 chr2 220362899 . C G 372.73 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.240168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0878;QD=53.2465;RBI=0.240452;REFB=0;REVB=0.0116847;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00656024;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:21:6:0:0:21:7:0:0 chr2 220379560 . C G 1401.6 PASS AF=0.942857;AO=101;DP=108;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.010221;FXX=0.0277752;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.709;QD=53.3943;RBI=0.0112602;REFB=-0.025353;REVB=0.00472483;RO=5;SAF=42;SAR=59;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168826;STB=0.516203;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000667241;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:108:105:5:6:101:99:0.942857:59:42:3:2:60:39:4:2 chr2 220399951 . A G 442.75 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00752335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8471;QD=15.3998;RBI=0.0508827;REFB=0.00176039;REVB=-0.0503234;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232766;STB=0.513038;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00121767;OID=.;OPOS=220399951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:25:25:31:34:25:25:31:34 chr2 220402665 . C A 221.78 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00311105;FXX=0.0499875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.003;QD=23.3449;RBI=0.0303045;REFB=0.000272037;REVB=0.0301444;RO=17;SAF=19;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1586;STB=0.589965;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=5.99153e-05;OID=.;OPOS=220402665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:17:17:21:21:0.552632:2:19:14:3:2:19:14:3 chr2 220402671 . G T 103.09 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.0220466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.905;QD=10.5729;RBI=0.0396007;REFB=-0.00565493;REVB=-0.0328962;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21079;STB=0.622484;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0123996;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:3:10:23:3:3:10:23:3 chr2 220402680 . T C 128.68 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00540621;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5825;QD=14.7061;RBI=0.00543047;REFB=0.0185947;REVB=0.000512722;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156039;STB=0.547111;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00199819;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:12:15:0.428571:3:9:17:3:3:12:17:3 chr2 220404381 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.191;QD=61.3339;RBI=0.0409432;REFB=0;REVB=0.0262524;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253465;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr2 220404648 . C T 457.11 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.0142264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1713;QD=14.065;RBI=0.0277484;REFB=-0.00728872;REVB=-0.023824;RO=71;SAF=40;SAR=12;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106446;STB=0.579236;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0156476;OID=.;OPOS=220404648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:78:52:52:0.4:12:40:49:22:12:40:52:26 chr2 220404726 . G A 202.76 PASS AF=0.313953;AO=26;DP=85;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00263981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.406;QD=9.43082;RBI=0.0108674;REFB=-0.0155805;REVB=0.0105419;RO=59;SAF=19;SAR=7;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260889;STB=0.662124;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0316494;OID=.;OPOS=220404726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:59:59:26:27:0.313953:7:19:31:28:7:20:31:28 chr2 220405230 . G A 596.64 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0174743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.716;QD=17.6781;RBI=0.0201486;REFB=-0.00761396;REVB=0.0100307;RO=72;SAF=30;SAR=32;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382264;STB=0.524669;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00995089;OID=.;OPOS=220405230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:62:62:0.459259:32:30:32:40:32:30:32:41 chr2 220405321 . T C 2612.05 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024008;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.154;QD=61.8237;RBI=0.0510141;REFB=0;REVB=-0.0450117;RO=0;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80964e-06;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:166:169:1:89:77:0:0:90:79:0:0 chr2 220406722 . T C 442.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.316;QD=57.1445;RBI=0.0444789;REFB=0;REVB=0.00852792;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402482;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr2 220412256 . T C 709.42 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0678686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5161;QD=54.5705;RBI=0.0699209;REFB=0.223167;REVB=0.0168163;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00666838;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr2 220414016 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.821;QD=48.7371;RBI=0.0345977;REFB=0;REVB=0.0285868;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257908;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr2 220414019 . T C 50.62 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.152393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8099;QD=11.9115;RBI=0.167323;REFB=-0.126973;REVB=0.0690881;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186888;STB=0.608461;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.124387;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:1:8:6:2:1:8 chr2 220414856 . TG GT,T 64.34 PASS AF=0,0.4375;AO=6,7;DP=34;FAO=0,14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.176523,-0.109573;FXX=0.0588062;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=16.3413,11.9728;QD=8.04234;RBI=0.207391,0.136795;REFB=0.00251651,-0.0704039;REVB=-0.108861,0.0818932;RO=16;SAF=2,3;SAR=4,4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0.365854;SSEP=0,0;SSSB=-0.257618,-0.147359;STB=0.5,0.74002;STBP=1,0.04;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.102856;OID=.,.;OPOS=220414856,220414857;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:34:32:16:18:6,7:0,14:0,0.4375:4,4:2,3:9:7:0,11:0,3:11:7 chr2 220415595 . GGAGAGAAG GGAGAAG,GGAGAGAA 140.96 PASS AF=0.565217,0.26087;AO=6,4;DP=23;FAO=13,6;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=8,5;FSAR=5,1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0315811,0.200848;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=268.141,10.6567;QD=24.5148;RBI=0.0476456,0.217772;REFB=-0.0297115,-0.149722;REVB=0.0356754,0.0841701;RO=5;SAF=3,3;SAR=3,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.334694;SSSB=-0.391876,-0.386089;STB=0.599858,0.642482;STBP=0.238,0.731;TYPE=del,del;VARB=0.0174055,0.196109;OID=.,.;OPOS=220415596,220415603;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=GGAGAAG,GGAGAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.565217,0.26087:6,4:23:13,6:23:4:8,5:5,1:4:0:25:5:3,3:3,1:5:0 chr2 220417266 . C T 121.83 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.112251;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0852;QD=12.8244;RBI=0.114913;REFB=-0.00833425;REVB=0.0245914;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134352;STB=0.578837;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0264727;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:15:9:7:7:15:9 chr2 220419236 . T C 2280.97 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024583;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0802;QD=63.8035;RBI=0.0535461;REFB=0;REVB=0.0475696;RO=0;SAF=81;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11739e-06;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:142:143:1:61:81:0:0:62:81:0:0 chr2 220419339 . T C 2811.66 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247687;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.02;QD=62.8303;RBI=0.0490881;REFB=0;REVB=-0.042381;RO=0;SAF=77;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6925e-06;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:179:0:0:176:179:1:99:77:0:0:99:80:0:0 chr2 220420956 . A G 656.93 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307147;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.187;QD=62.5648;RBI=0.031863;REFB=0;REVB=-0.00847696;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177235;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr2 220421417 . C G 792.36 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.396;QD=54.6452;RBI=0.0596124;REFB=-0.0162225;REVB=-0.0520111;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000171232;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:0:1:55:57:0.982759:32:23:0:0:32:25:0:1 chr2 220422774 . A G 697.33 PASS AF=0.427027;AO=69;DP=176;FAO=79;FDP=185;FR=.;FRO=106;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=42;FWDB=0.00379169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.824;QD=15.0774;RBI=0.0075948;REFB=-0.0106945;REVB=0.00658058;RO=100;SAF=43;SAR=26;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368144;STB=0.520062;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0152538;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:185:100:106:69:79:0.427027:26:43:59:41:34:45:64:42 chr2 220430203 . C T 298.12 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0504422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5601;QD=13.5509;RBI=0.117651;REFB=-0.0101324;REVB=0.106289;RO=53;SAF=20;SAR=14;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811104;STB=0.550533;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.017246;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:14:20:35:18:14:20:36:18 chr2 220435034 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00452764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.021;QD=13.5055;RBI=0.0323309;REFB=-0.0142308;REVB=-0.0320123;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310145;STB=0.681519;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.022622;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:6:11:4:8:6:11 chr2 220435375 . G A 127.66 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.041676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5087;QD=20.4259;RBI=0.0673148;REFB=-0.012467;REVB=0.052862;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0359364;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:7:4:5:9:7:4 chr2 220462640 . G T 1645.42 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.01062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.498;QD=56.7385;RBI=0.0214609;REFB=-0.0444078;REVB=0.018649;RO=4;SAF=65;SAR=47;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114139;STB=0.511276;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000226361;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:116:116:4:3:112:113:0.974138:47:65:3:1:48:65:3:0 chr2 220466199 . G T 717.49 PASS AF=0.982456;AO=51;DP=53;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0496573;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.81;QD=50.3501;RBI=0.0496594;REFB=-0.052708;REVB=0.000455965;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00112584;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:57:0:1:51:56:0.982456:14:37:0:0:14:42:1:0 chr2 220471116 . C G 685.93 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0434521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.943;QD=58.3767;RBI=0.0435105;REFB=-0.0143839;REVB=0.00225461;RO=2;SAF=15;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148974;STB=0.507933;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000666025;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:30:15:1:1:30:15:1:1 chr2 220473355 . G A 343.41 PASS AF=0.4;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00635837;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.083;QD=14.4595;RBI=0.00806092;REFB=-0.0219579;REVB=-0.00495476;RO=56;SAF=22;SAR=16;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501507;STB=0.521728;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0431932;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:56:57:38:38:0.4:16:22:35:21:16:22:35:22 chr2 220476443 . C T 1351.57 PASS AF=1;AO=70;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.809;QD=62.8638;RBI=0.079754;REFB=0;REVB=0.0160255;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168616;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:70:86:1:47:23:0:0:47:39:0:0 chr2 220479312 . TA AC,CA 784.37 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,49;DP=52;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233653,0.0270076;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=149.01,188.175;QD=56.0261;RBI=0.0235201,0.0336902;REFB=0,0;REVB=0.00269404,0.02014;RO=0;SAF=2,31;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.58521e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.017274,4.61469e-05;OID=.,.;OPOS=220479312,220479312;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:52:56:0:0:2,49:2,54:0.0357143,0.964286:0,18:2,31:0:0:0,21:2,33:0:0 chr2 220494118 . A C 513.04 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.256;QD=58.6334;RBI=0.0492185;REFB=0;REVB=0.0260574;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00538571;OID=.;OPOS=220494118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:26:35:1:9:17:0:0:13:22:0:0 chr2 220500423 . A G 1909.04 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0216061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4306;QD=59.195;RBI=0.0221069;REFB=0.0258586;REVB=-0.00467874;RO=3;SAF=72;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107177;STB=0.505642;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00430766;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:129:3:3:126:126:0.976744:54:72:1:2:54:72:1:2 chr2 220500426 . A G 1952.08 PASS AF=0.984615;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000898328;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.99;QD=60.064;RBI=0.0529961;REFB=-0.0205768;REVB=-0.0529885;RO=2;SAF=73;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128392;STB=0.506756;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=1.76429e-05;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:130:2:2:126:128:0.984615:53:73:2:0:55:73:2:0 chr2 220502367 . A C 817.76 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.042;QD=57.3865;RBI=0.0304442;REFB=0;REVB=0.00944398;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00688e-05;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:54:57:1:42:12:0:0:43:14:0:0 chr2 220505265 . T C 1218.85 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0128875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.148;QD=58.7399;RBI=0.0150035;REFB=-0.118484;REVB=0.00768214;RO=1;SAF=21;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078279;STB=0.507495;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000802658;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:60:21:0:1:60:21:1:1 chr2 220771223 . C T 556.59 PASS AF=0.370787;AO=66;DP=178;FAO=66;FDP=178;FR=.;FRO=112;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=-0.00185338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.426;QD=12.5075;RBI=0.0100853;REFB=-0.0118076;REVB=0.00991351;RO=111;SAF=32;SAR=34;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515853;STB=0.526362;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0122528;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:111:112:66:66:0.370787:34:32:59:52:34:32:59:53 chr2 220771290 . G A 581.31 PASS AF=0.373626;AO=68;DP=183;FAO=68;FDP=182;FR=.;FRO=114;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=0.00449425;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.14;QD=12.7761;RBI=0.00456011;REFB=0.000320648;REVB=0.000772253;RO=114;SAF=33;SAR=35;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356268;STB=0.520188;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.000761345;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:114:114:68:68:0.373626:35:33:59:55:35:33:59:55 chr2 223161889 . A G 1293.61 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00681999;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5631;QD=60.8758;RBI=0.0655535;REFB=0.111862;REVB=-0.0651978;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104104;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00161967;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:85:1:1:84:84:0.988235:45:39:0:1:45:39:0:1 chr2 223169150 . G T 256.77 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.063319;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.241;QD=15.8012;RBI=0.0658455;REFB=-0.00140467;REVB=0.0180648;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275947;STB=0.524903;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00330068;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:28:29:0.446154:14:14:19:17:15:14:19:17 chr2 223423362 . A G 957.57 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838785;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.263;QD=58.9273;RBI=0.105304;REFB=0;REVB=0.0636662;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606138;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr2 223436607 . C T 1482.49 PASS AF=1;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719061;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0737;QD=59.8985;RBI=0.0085785;REFB=0;REVB=-0.00467822;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003384;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr2 223785740 . A G 740.97 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453045;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.722;QD=56.9977;RBI=0.0478008;REFB=0;REVB=0.0152452;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595898;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr2 223807380 . C A 2914.23 PASS AF=0.989362;AO=185;DP=188;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0043502;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.187;QD=62.0049;RBI=0.00643292;REFB=0.0351952;REVB=0.00473901;RO=2;SAF=107;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163591;STB=0.50088;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000301966;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:188:2:2:185:186:0.989362:78:107:1:1:78:108:1:1 chr2 223917629 . C T 283.08 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0825798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0846;QD=17.4202;RBI=0.0979345;REFB=-0.00697402;REVB=0.0526475;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726871;STB=0.540729;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0103539;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:18:16:17:14:18:16 chr2 223917812 . T C 1719.35 PASS AF=0.975;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0314167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.16;QD=57.3116;RBI=0.037216;REFB=-0.0510613;REVB=0.0199504;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.501779;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00105954;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:120:0:3:115:117:0.975:47:68:0:0:47:70:2:1 chr2 223917983 . T G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0484959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.04;QD=12.7242;RBI=0.0578014;REFB=-0.0128524;REVB=-0.0314507;RO=35;SAF=5;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23526;STB=0.630872;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0155162;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:18:5:14:21:18:5:14:22 chr2 223918080 . C G 714.93 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9045;QD=52.9576;RBI=0.0628463;REFB=-0.0688192;REVB=0.061779;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229661;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0180727;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:54:1:1:52:53:0.981481:32:20:1:0:33:20:1:0 chr2 223918363 . T C 792.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285692;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3262;QD=56.622;RBI=0.0442868;REFB=0;REVB=0.0338396;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353096;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr2 224620181 . G T 766.18 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.872;QD=63.8481;RBI=0.0319247;REFB=0;REVB=-0.0317909;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31079e-05;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr2 224866387 . G A 520.33 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.211;QD=59.4664;RBI=0.0268039;REFB=0;REVB=-0.0203874;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184813;OID=.;OPOS=224866387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:12:23:0:0 chr2 224866576 . C A 1415.19 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.388;QD=62.8973;RBI=0.0647079;REFB=0;REVB=0.0152765;RO=0;SAF=20;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23823e-05;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:70:20:0:0:70:20:0:0 chr2 225244888 . A G 306.52 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0253934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.344;QD=22.7051;RBI=0.0272718;REFB=0.00829265;REVB=0.00994604;RO=23;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163812;STB=0.590732;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00722227;OID=.;OPOS=225244888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:21:10:12:11:21:10:12:11 chr2 225244923 . A G 220.88 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00797794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8488;QD=25.2429;RBI=0.0340964;REFB=0.0146507;REVB=0.0331499;RO=14;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102439;STB=0.557319;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00861226;OID=.;OPOS=225244923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:17:4:4:10:17:4:4:10 chr2 225337712 . TAAATA T 50.52 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0326947;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=5;MLLD=249.955;QD=13.4709;RBI=0.0467101;REFB=-0.00633009;REVB=0.0333599;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=0.00567743;OID=.;OPOS=225337713;OREF=AAATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:5:16:7:15:8:4:3:3:5:50:10:2:3:4:6 chr2 225338022 . G A 490.38 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00481964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.028;QD=19.6153;RBI=0.00490418;REFB=-0.0233407;REVB=-0.000906672;RO=52;SAF=17;SAR=31;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278922;STB=0.654865;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0250342;OID=.;OPOS=225338022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:31:17:34:18:31:17:34:18 chr2 225346646 . T C 246.65 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00849446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.388;QD=15.913;RBI=0.0192257;REFB=-0.0323693;REVB=0.0172473;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126498;STB=0.571378;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0494947;OID=.;OPOS=225346646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:19:15:16:12:19:15 chr2 225362478 . C T 476.23 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0780001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.27;QD=21.8955;RBI=0.0781473;REFB=-0.00584238;REVB=-0.00479476;RO=41;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066637;STB=0.541691;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00317176;OID=.;OPOS=225362478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:41:45:46:0.528736:21:24:25:16:22:24:25:16 chr2 225630233 . C T 685.84 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0371229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9289;QD=58.3692;RBI=0.0793293;REFB=-0.00779373;REVB=-0.0701073;RO=2;SAF=26;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347865;STB=0.51851;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00166247;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:19:26:2:0:19:26:2:0 chr2 225630435 . C T 2552.03 PASS AF=0.988166;AO=163;DP=165;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00700276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.378;QD=60.4032;RBI=0.0173465;REFB=-0.125823;REVB=-0.0158702;RO=2;SAF=88;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000925564;STB=0.500609;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00118735;OID=.;OPOS=225630435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:169:2:2:163:167:0.988166:75:88:1:1:75:92:1:1 chr2 225706613 . C T 316.63 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0188087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4778;QD=20.4274;RBI=0.0245205;REFB=-0.0325633;REVB=-0.0157318;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000938857;STB=0.509678;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0274938;OID=.;OPOS=225706613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:29:33:33:0.532258:13:20:17:11:13:20:17:12 chr2 225798838 . T C 975.45 PASS AF=0.513514;AO=95;DP=185;FAO=95;FDP=185;FR=.;FRO=90;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=0.0255447;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9312;QD=21.0909;RBI=0.0597558;REFB=-0.0249479;REVB=0.0540206;RO=86;SAF=52;SAR=43;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918941;STB=0.548078;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0256229;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:86:90:95:95:0.513514:43:52:56:30:43:52:58:32 chr2 225811581 . T A 622.53 PASS AF=0.436242;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0148363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3719;QD=16.7123;RBI=0.0729265;REFB=-0.0171664;REVB=0.0714014;RO=83;SAF=36;SAR=29;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362055;STB=0.517064;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0231436;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:83:84:65:65:0.436242:29:36:43:40:29:36:44:40 chr2 226273689 . T C 2676.49 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162618;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.592;QD=62.2439;RBI=0.0320684;REFB=0;REVB=0.0276394;RO=0;SAF=85;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73776e-05;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:167:172:0:0:167:172:1:82:85:0:0:85:87:0:0 chr2 226447735 . C T 565.54 PASS AF=0.472;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.033847;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1428;QD=18.0974;RBI=0.0338472;REFB=0.00113573;REVB=-0.000125296;RO=60;SAF=32;SAR=27;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223733;STB=0.509709;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000740319;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:60:66:59:59:0.472:27:32:34:26:27:32:37:29 chr2 226491770 . A C 1214.37 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.2052;QD=59.9687;RBI=0.12696;REFB=0;REVB=-0.000347495;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945359;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:81:0:0:73:81:1:32:41:0:0:32:49:0:0 chr2 227660269 . GCCCCCCAG GCCCCCAG,GCCCCCAGC,GCCCCCCAGC,GCCCCCCCAG 65.55 PASS AF=0,0,0.216495,0.123711;AO=12,4,16,10;DP=99;FAO=0,0,21,12;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=0,0,18,7;FSAR=0,0,3,5;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.132116,-0.153279,-0.154988,0.143177;FXX=0.0202;HRUN=6,6,1,6;LEN=1,3,1,1;MLLD=10.5073,16.471,9.91596,7.13906;QD=2.70288;RBI=0.259287,0.219037,0.177346,0.261329;REFB=0.0838348,-0.00665999,-0.0856018,-0.0904396;REVB=-0.223103,-0.15647,-0.0861995,0.218616;RO=40;SAF=2,4,12,6;SAR=10,0,4,4;SRF=22;SRR=18;SSEN=0.509804,0,0,0;SSEP=0.764706,0,0,0;SSSB=-0.48712,0.547822,0.261553,0.0625684;STB=0.5,0.5,0.82189,0.595911;STBP=1,1,0.002,0.503;TYPE=del,mnp,ins,ins;VARB=0,0.00503151,0.084893,0.0794967;OID=.,.,.,.;OPOS=227660270,227660275,227660278,227660270;OREF=C,CAG,-,-;OALT=-,AGC,C,C;OMAPALT=GCCCCCAG,GCCCCCAGC,GCCCCCCAGC,GCCCCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.216495,0.123711:12,4,16,10:99:0,0,21,12:97:64:0,0,18,7:0,0,3,5:30:34:52:40:2,4,12,6:10,0,4,4:22:18 chr2 227661395 . TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT,TTGCTGCTGCTGCTGCTG 203.91 PASS AF=0,0.5;AO=6,16;DP=44;FAO=0,21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=0,10;FSAR=0,11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.176667,0.00872018;FXX=0.0666519;HRUN=4,1;LEN=1,6;MLLD=14.6306,242.397;QD=19.4201;RBI=0.225718,0.0125826;REFB=-0.124706,-0.0414901;REVB=-0.140491,0.00907082;RO=11;SAF=4,6;SAR=2,10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.337838,0;SSSB=0.552925,0.237239;STB=0.5,0.596243;STBP=1,0.249;TYPE=del,del;VARB=0.0131567,0.0356952;OID=.,.;OPOS=227661418,227661396;OREF=G,TGCTGC;OALT=-,-;OMAPALT=TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT,TTGCTGCTGCTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:6,16:44:0,21:42:21:0,10:0,11:6:15:99:11:4,6:2,10:1:10 chr2 227807202 . G T 102.52 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0132296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.475;QD=17.8295;RBI=0.0344344;REFB=-0.0140398;REVB=0.0317916;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173541;STB=0.658254;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0213846;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:9:11:12:12:0.521739:9:3:4:5:9:3:6:5 chr2 227872182 . G A 367.34 PASS AF=0.575758;AO=34;DP=62;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00585875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9764;QD=22.2629;RBI=0.00590321;REFB=-0.0411052;REVB=0.000723206;RO=26;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100592;STB=0.533963;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0093691;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:26:28:34:38:0.575758:20:14:14:12:22:16:14:14 chr2 227872995 . T C 1386.99 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.496;QD=61.6442;RBI=0.00610072;REFB=0;REVB=0.0039332;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539905;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:85:90:1:33:52:0:0:36:54:0:0 chr2 227886773 . A G 409.81 PASS AF=0.435185;AO=40;DP=101;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00889806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.681;QD=15.1781;RBI=0.0178368;REFB=-0.0133479;REVB=-0.0154588;RO=51;SAF=24;SAR=16;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720799;STB=0.515922;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0169083;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:108:51:61:40:47:0.435185:16:24:27:24:18:29:36:25 chr2 227892619 . C T 273.52 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00396371;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.046;QD=17.3665;RBI=0.00457836;REFB=0.00187898;REVB=0.00229139;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191823;STB=0.607523;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00191384;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:33:30:30:0.47619:12:18:13:20:12:18:13:20 chr2 227892720 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0297539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.279;QD=17.8403;RBI=0.0298408;REFB=-0.025161;REVB=0.00227665;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662356;STB=0.537988;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0297368;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:6:8:9:5:6:8 chr2 227896886 . C T 1092.01 PASS AF=0.464286;AO=105;DP=242;FAO=117;FDP=252;FR=.;FRO=135;FSAF=79;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=79;FWDB=-0.00203362;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.751;QD=17.3336;RBI=0.00204174;REFB=-0.00188393;REVB=-0.000181884;RO=133;SAF=75;SAR=30;SRF=55;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314063;STB=0.643056;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00236919;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:252:133:135:105:117:0.464286:30:75:55:78:38:79:56:79 chr2 227896976 . C T 893.52 PASS AF=0.45933;AO=95;DP=201;FAO=96;FDP=209;FR=.;FRO=113;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.0114026;FXX=0.00476168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.7567;QD=17.1009;RBI=0.0118256;REFB=-0.011211;REVB=0.00313446;RO=106;SAF=62;SAR=33;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196033;STB=0.618569;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00916191;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:209:106:113:95:96:0.45933:33:62:48:58:33:63:50:63 chr2 227915832 . G A 287.37 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0171398;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.784;QD=20.1666;RBI=0.0208806;REFB=-0.0148753;REVB=0.0119258;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404142;STB=0.527791;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0145863;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:26:30:31:0.54386:16:14:10:14:16:15:11:15 chr2 227954599 . G A 397.13 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00454664;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.597;QD=25.6216;RBI=0.00656965;REFB=0.000576982;REVB=0.00474219;RO=24;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743735;STB=0.540598;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000356933;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:24:24:38:38:0.612903:25:13:6:18:25:13:6:18 chr2 228111435 . T C,G 1686.59 PASS AF=0.931034,0.0603448;AO=106,8;DP=116;FAO=108,7;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=44,4;FSAR=64,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145081,-0.0122187;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.414,78.7428;QD=58.1581;RBI=0.0426022,0.0414404;REFB=0.047072,0.043854;REVB=-0.0400557,-0.0395981;RO=0;SAF=43,5;SAR=63,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.505617,0.5554;STBP=0.277,0.526;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0016442,0.0423785;OID=.,.;OPOS=228111435,228111435;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:116:116:0:1:106,8:108,7:0.931034,0.0603448:63,3:43,5:0:0:64,3:44,4:1:0 chr2 228111600 . G T 754.86 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8681;QD=62.9051;RBI=0.0193974;REFB=0;REVB=-0.019191;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192933;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:18:28:0:0:18:30:0:0 chr2 228113175 . A G 1156.51 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.047954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7002;QD=59.308;RBI=0.0479713;REFB=-0.0595148;REVB=-0.00128557;RO=1;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955959;STB=0.504853;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00649815;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:78:1:1:75:77:0.987179:49:26:0:1:51:26:0:1 chr2 228128540 . C T 5071.78 PASS AF=0.98017;AO=337;DP=350;FAO=346;FDP=353;FR=.;FRO=7;FSAF=207;FSAR=139;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0339629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6486;QD=57.4706;RBI=0.0361441;REFB=-0.0378196;REVB=0.0123658;RO=11;SAF=206;SAR=131;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991001;STB=0.502395;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00317112;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:350:353:11:7:337:346:0.98017:131:206:5:6:139:207:5:2 chr2 228135631 . C T 1102.49 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.778;QD=58.7992;RBI=0.0177792;REFB=-0.00811133;REVB=0.0120581;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122874;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=7.75672e-05;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:1:0:36:38:1:0 chr2 228177479 . C T 1726.57 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.089;QD=60.0545;RBI=0.0158838;REFB=0;REVB=-0.00147955;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64062e-05;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:52:61:0:0:52:63:0:0 chr2 228177825 . C G 1097.18 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184709;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.42;QD=58.5162;RBI=0.0725069;REFB=-0.0932834;REVB=0.0701147;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00114296;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:75:0:1:73:74:0.986667:32:41:0:0:33:41:0:1 chr2 228179238 . G A 2439.68 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287918;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6945;QD=61.3757;RBI=0.0478655;REFB=0;REVB=-0.038238;RO=0;SAF=79;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210687;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:157:159:1:78:79:0:0:79:80:0:0 chr2 228197238 . G A 429.17 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0588841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1327;QD=13.1046;RBI=0.0843133;REFB=-0.017943;REVB=-0.0603439;RO=80;SAF=20;SAR=30;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15;STB=0.581506;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0219118;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:81:50:50:0.381679:30:20:43:37:30:20:43:38 chr2 228243905 . G A 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0119247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2159;QD=13.3674;RBI=0.0119262;REFB=-0.00428532;REVB=-0.000194374;RO=31;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537713;STB=0.810835;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00688502;OID=.;OPOS=228243905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:4:14:8:23:4:14:8:23 chr2 228416675 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00893758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.758;QD=10.3792;RBI=0.0139948;REFB=-0.030854;REVB=-0.0107691;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189101;STB=0.613789;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0504678;OID=.;OPOS=228416675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:10:6:5:4:10:6 chr2 228416712 . A G 392.91 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.376;QD=56.1293;RBI=0.0145613;REFB=0;REVB=-0.00114669;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1116e-05;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:12:14:0:0:13:15:0:0 chr2 228476140 . C T 449.06 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0177584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7468;QD=21.384;RBI=0.0484699;REFB=0.00142483;REVB=0.0450995;RO=40;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257479;STB=0.514217;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.000910128;OID=.;OPOS=228476140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:20:24:23:17:20:24:23:17 chr2 228476253 . C G 1157.18 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463804;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5056;QD=60.9039;RBI=0.0528644;REFB=0;REVB=-0.0253675;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146585;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr2 228627806 . G A 372.03 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0242889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.244;QD=20.3853;RBI=0.0243763;REFB=-0.0244303;REVB=0.00206311;RO=35;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176476;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196144;OID=.;OPOS=228627806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:35:37:38:0.520548:11:26:24:11:12:26:24:11 chr2 228758631 . C T 298.3 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00188354;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.983;QD=15.2974;RBI=0.0423557;REFB=-0.00559733;REVB=-0.0423138;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109401;STB=0.549113;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00659081;OID=.;OPOS=228758631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:45:32:33:0.423077:16:16:25:16:16:17:27:18 chr2 228776996 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.192;QD=59.4348;RBI=0.0238549;REFB=0;REVB=-0.0227736;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55951e-05;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr2 228855866 . G C 326.5 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00520162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.7452;QD=17.6488;RBI=0.00520226;REFB=0.00986651;REVB=-8.18321e-05;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159809;STB=0.580701;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00773651;OID=.;OPOS=228855866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:17:18:26:12:17:18:26:13 chr2 228882970 . T C 292.09 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0233164;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.951;QD=25.9632;RBI=0.046131;REFB=-0.00109056;REVB=0.0398048;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854351;STB=0.555514;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000639464;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:19:26:26:0.577778:16:10:5:13:16:10:5:14 chr2 228883721 . T C 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0186617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.239;QD=13.0607;RBI=0.0187058;REFB=-0.00309645;REVB=0.00128427;RO=39;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043781;STB=0.519069;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00478211;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:9:17:24:15:9:17:25:15 chr2 230045542 . C G 1219.5 PASS AF=0.569231;AO=112;DP=195;FAO=111;FDP=195;FR=.;FRO=84;FSAF=88;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0525196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4304;QD=25.0153;RBI=0.0527716;REFB=-0.0109794;REVB=0.00515087;RO=83;SAF=87;SAR=25;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216924;STB=0.640724;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00710802;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:83:84:112:111:0.569231:25:87:46:37:23:88:45:39 chr2 230045545 . T C 1307.87 PASS AF=0.591837;AO=115;DP=198;FAO=116;FDP=196;FR=.;FRO=80;FSAF=94;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00422449;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.538;QD=26.6912;RBI=0.0188136;REFB=-0.0331119;REVB=-0.0183332;RO=80;SAF=93;SAR=22;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288888;STB=0.658747;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.015905;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:80:80:115:116:0.591837:22:93:41:39:22:94:41:39 chr2 230045554 . G C 1394.46 PASS AF=0.610577;AO=126;DP=208;FAO=127;FDP=208;FR=.;FRO=81;FSAF=103;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00980655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.648;QD=26.8165;RBI=0.0171894;REFB=-0.0117498;REVB=-0.0141176;RO=81;SAF=102;SAR=24;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275548;STB=0.650891;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00616314;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:81:81:126:127:0.610577:24:102:42:39:24:103:42:39 chr2 230045564 . T C 1478.89 PASS AF=0.646766;AO=129;DP=200;FAO=130;FDP=201;FR=.;FRO=71;FSAF=106;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0415221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.924;QD=29.4306;RBI=0.0443922;REFB=-0.0183743;REVB=0.015703;RO=69;SAF=105;SAR=24;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29624;STB=0.668439;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0241261;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:69:71:129:130:0.646766:24:105:32:37:24:106:32:39 chr2 230045568 . T C 1496.71 PASS AF=0.651741;AO=131;DP=201;FAO=131;FDP=201;FR=.;FRO=70;FSAF=107;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00529979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.098;QD=29.7852;RBI=0.0199775;REFB=-0.0139967;REVB=-0.0192617;RO=69;SAF=107;SAR=24;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307767;STB=0.670517;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0110714;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:69:70:131:131:0.651741:24:107:31:38:24:107:31:39 chr2 230045615 . G A 1530.98 PASS AF=0.742515;AO=124;DP=167;FAO=124;FDP=167;FR=.;FRO=43;FSAF=108;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0151583;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.302;QD=36.6701;RBI=0.0157257;REFB=-0.00846366;REVB=0.00418611;RO=43;SAF=108;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346342;STB=0.687115;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00226541;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:43:43:124:124:0.742515:16:108:18:25:16:108:18:25 chr2 230045628 . GT GC,G 152.08 PASS AF=0.0810811,0.486486;AO=3,16;DP=37;FAO=3,18;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=0,6;FSAR=3,12;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.029849,0.2506;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=196.121,20.2608;QD=16.4409;RBI=0.0371753,0.253303;REFB=-0.0166153,-0.0117344;REVB=-0.0221594,0.0369066;RO=17;SAF=0,4;SAR=3,12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0.308261;SSSB=-0.529392,0.0178829;STB=0.994036,0.618932;STBP=0.36,0.244;TYPE=snp,del;VARB=-0.0122323,0.0276262;OID=.,.;OPOS=230045629,230045629;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0810811,0.486486:3,16:37:3,18:37:16:0,6:3,12:2:14:99:17:0,4:3,12:4:13 chr2 230135711 . G C,GC 2892.53 PASS AF=0,1;AO=29,127;DP=211;FAO=0,196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=0,140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.153006,-0.261783;FXX=0.0150746;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.62622,24.1376;QD=59.0313;RBI=0.164719,0.280129;REFB=0,0;REVB=0.0610046,0.0997092;RO=45;SAF=11,27;SAR=18,100;SRF=21;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0958399,-0.166025;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00220209;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:16:211:196:45:0:29,127:0,196:0,1:18,100:11,27:21:24:0,140:0,56:0:0 chr2 230841074 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193095;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0339;QD=56.229;RBI=0.0354687;REFB=0;REVB=-0.0297518;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571831;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr2 231050715 . A G 1528.98 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0338551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7788;QD=56.629;RBI=0.0373545;REFB=-0.0272767;REVB=-0.0157858;RO=3;SAF=80;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305656;STB=0.516126;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0014595;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:3:3:105:105:0.972222:25:80:1:2:25:80:1:2 chr2 231072709 . C T 938.84 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00611524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7794;QD=50.0714;RBI=0.0447248;REFB=-0.0108237;REVB=-0.0443048;RO=7;SAF=29;SAR=39;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10138;STB=0.55383;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0101667;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:75:75:7:7:68:68:0.906667:39:29:7:0:39:29:7:0 chr2 231077725 . A G 423.6 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.506;QD=56.48;RBI=0.0829394;REFB=0;REVB=0.0829017;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281139;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr2 231149108 . G A 1372.34 PASS AF=1;AO=63;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418772;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5755;QD=62.3789;RBI=0.130677;REFB=0;REVB=0.123785;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120434;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:88:0:0:63:88:1:28:35:0:0:47:41:0:0 chr2 231256812 . A G 934.9 PASS AF=0.492063;AO=93;DP=187;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=37;FWDB=-0.0121742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.142;QD=19.7861;RBI=0.0892796;REFB=-0.0163473;REVB=-0.0884457;RO=94;SAF=51;SAR=42;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538484;STB=0.534159;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0188353;OID=.;OPOS=231256812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:94:96:93:93:0.492063:42:51:57:37:42:51:59:37 chr2 231331896 . G A 258.35 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0109875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.162;QD=13.9646;RBI=0.0320065;REFB=0.00133061;REVB=-0.0300614;RO=44;SAF=23;SAR=7;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194745;STB=0.611893;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00188525;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:7:23:27:17:7:23:27:17 chr2 231406680 . T C 420.8 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00353802;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.026;QD=17.7179;RBI=0.013724;REFB=-0.0173247;REVB=0.0132601;RO=52;SAF=14;SAR=29;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198254;STB=0.611258;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0246345;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:52:52:43:43:0.452632:29:14:27:25:29:14:27:25 chr2 231451851 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.571;QD=53.9085;RBI=0.0465503;REFB=0;REVB=0.0276036;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88268e-05;OID=.;OPOS=231451851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr2 231738168 . G A 282.72 PASS AF=0.529412;AO=24;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00141802;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=232.973;QD=22.1737;RBI=0.00277487;REFB=-0.0223673;REVB=-0.00238519;RO=12;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524634;STB=0.523203;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0157702;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:12:21:24:27:0.529412:14:10:4:8:14:13:9:12 chr2 231738263 . C T 211.51 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00758578;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1412;QD=14.1006;RBI=0.0075899;REFB=0.0117401;REVB=0.000250041;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163677;STB=0.60257;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0170967;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:35:25:25:0.416667:12:13:13:23:12:13:12:23 chr2 231738269 . G A 189.21 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00679585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.373;QD=13.0488;RBI=0.0552913;REFB=-0.0188642;REVB=0.0548721;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16804;STB=0.582382;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.025772;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:22:23:0.396552:11:11:12:23:12:11:12:23 chr2 231774844 . G A 494.36 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0131314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.574;QD=16.2085;RBI=0.0210586;REFB=-0.0118829;REVB=-0.016463;RO=68;SAF=35;SAR=19;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153357;STB=0.58588;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0122945;OID=.;OPOS=231774844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:19:35:34:34:19:35:34:34 chr2 231775094 . C A 37.07 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.131786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.757;QD=8.23702;RBI=0.132417;REFB=-0.0243125;REVB=0.0129085;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420034;STB=0.757857;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0378378;OID=.;OPOS=231775094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:9:3:4:2:9:3 chr2 231775297 . T G 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0020723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.674;QD=24.7526;RBI=0.023076;REFB=-0.0175558;REVB=-0.0229828;RO=29;SAF=27;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589225;STB=0.526551;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0108543;OID=.;OPOS=231775297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:30:43:43:0.589041:16:27:16:13:16:27:17:13 chr2 231861044 . C T 194.97 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0199864;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.517;QD=15.2914;RBI=0.0441552;REFB=-0.0653388;REVB=-0.0393729;RO=27;SAF=17;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893697;STB=0.562588;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0603017;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:5:17:19:8:5:17:20:9 chr2 231861071 . T C 78.78 PASS AF=0.218182;AO=11;DP=54;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0790879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.808;QD=5.72912;RBI=0.0835779;REFB=-0.0244374;REVB=-0.0270256;RO=43;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183371;STB=0.574344;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0862835;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:54:55:43:43:11:12:0.218182:4:7:21:22:5:7:21:22 chr2 231865090 . T C 3100.87 PASS AF=0.989899;AO=195;DP=197;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.073022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5556;QD=62.6439;RBI=0.086316;REFB=0.0876033;REVB=-0.0460244;RO=2;SAF=87;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873688;STB=0.504587;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00391844;OID=.;OPOS=231865090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:198:2:2:195:196:0.989899:108:87:0:2:108:88:0:2 chr2 232035429 . G A 786.8 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0544322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1824;QD=55.2141;RBI=0.064116;REFB=-0.00387718;REVB=-0.0338822;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000698137;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:1:0:26:30:1:0 chr2 232087475 . T A 1134.59 PASS AF=0.986486;AO=3;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.703;QD=61.3295;RBI=0.166825;REFB=0;REVB=0.0948528;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274051;OID=.;OPOS=232087475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:0:0:3:73:0.986486:3:0:0:0:34:39:0:0 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 1664.81 PASS AF=0,0.0759494,0.924051;AO=9,23,100;DP=171;FAO=0,12,146;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,76;FSAR=0,3,70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495925,-0.0648644,0.069755;FXX=0.030673;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=6.68474,8.12272,14.4026;QD=42.147;RBI=0.0906621,0.0723698,0.133586;REFB=-0.0127,-0.0405979,-0.0127;REVB=-0.075896,-0.0320936,-0.113927;RO=9;SAF=5,14,51;SAR=4,9,49;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.305668,-0.157287,-0.0592715;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0.114917,-0.0182028;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:13:171:158:9:0:9,23,100:0,12,146:0,0.0759494,0.924051:4,9,49:5,14,51:8:1:0,3,70:0,9,76:0:0 chr2 232325414 . TTCA T 96.94 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.010775;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=3;MLLD=207.762;QD=8.42932;RBI=0.0219538;REFB=-0.0454831;REVB=-0.0191276;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558923;STB=0.52988;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.0728337;OID=.;OPOS=232325415;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:17:45:17:46:29:11:6:20:9:96:20:11:6:14:6 chr2 232326417 . C T 379.3 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=128;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.0204014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6229;QD=11.8531;RBI=0.0315479;REFB=-0.0375741;REVB=-0.0240635;RO=80;SAF=33;SAR=13;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118524;STB=0.570723;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0738442;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:80:82:46:46:0.359375:13:33:50:30:13:33:51:31 chr2 232378231 . T C 622.57 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0135877;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6539;QD=25.1544;RBI=0.018448;REFB=-0.0239005;REVB=0.0124781;RO=43;SAF=25;SAR=31;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335258;STB=0.51835;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0161544;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:31:25:21:22:31:25:21:22 chr2 232393568 . TGGGGC TGG,TGGG,TGGGC,TGGGG 231.11 PASS AF=0.04,0.92,0,0;AO=5,5,3,6;DP=24;FAO=1,23,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8,0,0;FSAR=1,15,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.282947,0.27564,0.773461,-0.0648677;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=3,2,1,1;MLLD=15.7033,22.4132,12.4578,10.0769;QD=36.9774;RBI=0.286552,0.276267,0.807413,0.530418;REFB=0.103264,0.142029,0.0638084,0.132646;REVB=-0.0453158,0.0186028,-0.231675,0.526437;RO=0;SAF=0,1,0,6;SAR=5,4,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.5,0.5,0.5,0;SSEP=0,0,0,0.552632;SSSB=0,0,0,0;STB=0.989913,0.529386,0.5,0.5;STBP=0.496,0.278,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0259583,-0.00412326,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=232393571,232393572,232393569,232393573;OREF=GGC,GC,G,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TGG,TGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.04,0.92,0,0:5,5,3,6:24:1,23,0,0:25:1:0,8,0,0:1,15,0,0:1:0:4:0:0,1,0,6:5,4,3,0:0:0 chr2 232457894 . G A 194.07 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0046853;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.791;QD=16.1726;RBI=0.0115094;REFB=-0.0160149;REVB=-0.0105126;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377882;STB=0.704625;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0279635;OID=.;OPOS=232457894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:7:13:7:20:7:13:8:20 chr2 232458443 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.222;QD=59.323;RBI=0.0256485;REFB=0;REVB=-0.0253954;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68482e-05;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr2 232458861 . A AC 65.41 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0359393;FXX=0.0357079;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.5313;QD=4.84535;RBI=0.077606;REFB=-0.0103385;REVB=-0.0687827;RO=45;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277054;STB=0.764429;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0709357;OID=.;OPOS=232458862;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:55:18:54:36:5:13:25:11:65:45:6:2:24:21 chr2 232575297 . T G 917.28 PASS AF=0.552795;AO=89;DP=161;FAO=89;FDP=161;FR=.;FRO=72;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.00524444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3023;QD=22.7896;RBI=0.0268444;REFB=-0.0131044;REVB=0.0263271;RO=72;SAF=62;SAR=27;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11675;STB=0.563887;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0118078;OID=.;OPOS=232575297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:72:72:89:89:0.552795:27:62:41:31:27:62:41:31 chr2 232672932 . C T 697.17 PASS AF=1;AO=22;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.167;QD=54.6798;RBI=0.0319355;REFB=0;REVB=0.0224535;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262371;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:22:51:1:19:3:0:0:34:17:0:0 chr2 232672933 . G T 95.17 PASS AF=0.25;AO=11;DP=50;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.034184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9345;QD=7.32091;RBI=0.0463023;REFB=-0.0517344;REVB=0.0312308;RO=38;SAF=0;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729762;STB=0.743929;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0210642;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:50:52:38:39:11:13:0.25:11:0:16:22:11:2:16:23 chr2 233243981 . A T 860.65 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.714;QD=55.526;RBI=0.036155;REFB=-0.0679949;REVB=0.0107994;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.50769;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00398079;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:0:1:60:61:0.983871:29:31:0:0:29:32:1:0 chr2 233244586 . C G 619.88 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1746;QD=59.0358;RBI=0.0862765;REFB=-0.0895392;REVB=-0.0773882;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00272048;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr2 233349588 . G A 1150.75 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.463;QD=60.5659;RBI=0.00564844;REFB=0;REVB=0.00426764;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32715e-05;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:42:34:0:0 chr2 233385396 . G A,C 2307.01 PASS AF=0.968354,0.0316456;AO=145,10;DP=157;FAO=153,5;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=75,3;FSAR=78,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498483,-0.0261184;FXX=0.00628891;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.4426,151.978;QD=58.4053;RBI=0.0689557,0.0270561;REFB=-0.074658,-0.0321205;REVB=0.0476449,-0.00706137;RO=1;SAF=72,3;SAR=73,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00655941,-0.126911;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00229499,0.136466;OID=.,.;OPOS=233385396,233385396;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:157:158:1:0:145,10:153,5:0.968354,0.0316456:73,7:72,3:1:0:78,2:75,3:0:0 chr2 233390937 . A G 708.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.718;QD=62.9496;RBI=0.0394013;REFB=0;REVB=0.0327459;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42761e-05;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr2 233413771 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2931;QD=55.6561;RBI=0.0592159;REFB=0;REVB=-0.00945826;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136344;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 233414341 . C T 453.64 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00980318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6175;QD=54.9872;RBI=0.0277984;REFB=-0.120763;REVB=0.0260125;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00593756;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:0:1:14:18:0:1 chr2 233470843 . G A 233.41 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0135885;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.983;QD=18.3066;RBI=0.0208825;REFB=-0.00634689;REVB=-0.0158566;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166023;STB=0.593472;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00517817;OID=.;OPOS=233470843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:12:14:9:16:12:14 chr2 233498669 . G T 306.6 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0175839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.908;QD=13.0469;RBI=0.0175847;REFB=-0.0121541;REVB=-0.000164992;RO=59;SAF=19;SAR=16;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750134;STB=0.542851;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0205405;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:16:19:36:23:16:19:36:23 chr2 233514636 . G T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.000971935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.525;QD=12.6193;RBI=0.0100643;REFB=-0.0111687;REVB=-0.0100173;RO=38;SAF=18;SAR=6;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582057;STB=0.533307;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0268254;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:6:18:30:8:6:18:30:8 chr2 233514638 . G C 194.19 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.00666422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.355;QD=12.3293;RBI=0.00915202;REFB=-0.0206023;REVB=-0.00627277;RO=39;SAF=18;SAR=6;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280455;STB=0.516116;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0236675;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:6:18:30:9:6:18:30:9 chr2 233537125 . A G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00981002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.694;QD=14.5589;RBI=0.0124333;REFB=-0.0165034;REVB=0.00763882;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178251;STB=0.600461;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0218781;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:26:9:11:15:26:9 chr2 233599904 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.845;QD=51.9167;RBI=0.0257477;REFB=0;REVB=0.0187728;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19794e-06;OID=.;OPOS=233599904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr2 233633460 . G A 801.05 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.205;QD=57.2175;RBI=0.0243973;REFB=0;REVB=0.00669429;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40722e-05;OID=.;OPOS=233633460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr2 233723182 . G A 917.0 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9386;QD=57.3124;RBI=0.0625918;REFB=0;REVB=0.0604734;RO=0;SAF=46;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105717;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:56:64:1:10:46:0:0:15:49:0:0 chr2 233757697 . A G 1232.94 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276925;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.512;QD=60.1432;RBI=0.0296198;REFB=0.0996135;REVB=-0.0105099;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010407;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000385248;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:36:45:1:0:36:45:1:0 chr2 233785015 . G A 239.63 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0020284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.793;QD=18.0853;RBI=0.0644036;REFB=-0.0138812;REVB=-0.0643717;RO=26;SAF=20;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046791;STB=0.519984;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0142709;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:26:26:0.490566:6:20:19:7:6:20:20:7 chr2 233834975 . A G 828.63 PASS AF=0.535948;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=153;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0124237;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.054;QD=21.6635;RBI=0.0165087;REFB=-0.020252;REVB=-0.0108715;RO=68;SAF=46;SAR=36;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181151;STB=0.501133;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0152485;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:68:71:82:82:0.535948:36:46:38:30:36:46:40:31 chr2 234054873 . G A 648.5 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00719018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.277;QD=27.5959;RBI=0.0144045;REFB=-0.00227625;REVB=-0.0124816;RO=37;SAF=30;SAR=27;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872245;STB=0.547469;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00212318;OID=.;OPOS=234054873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:27:30:15:22:27:30:15:22 chr2 234055004 . T C 393.05 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0408608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2155;QD=17.0893;RBI=0.0468113;REFB=-0.00828034;REVB=-0.0228406;RO=50;SAF=21;SAR=20;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667028;STB=0.531334;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0122043;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:20:21:29:21:20:21:29:22 chr2 234066969 . C G 287.47 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00151108;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2362;QD=15.3316;RBI=0.00652857;REFB=-0.0192829;REVB=-0.00635128;RO=41;SAF=22;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600548;STB=0.538582;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0279806;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:43:32:32:0.426667:10:22:26:15:10:22:27:16 chr2 234113057 . G A 185.46 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00508887;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.749;QD=25.5805;RBI=0.0380182;REFB=-0.0212991;REVB=0.0376761;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154706;STB=0.585685;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0204754;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:11:11:18:18:0.62069:7:11:9:2:7:11:9:2 chr2 234183368 . A G 450.65 PASS AF=0.379562;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0224893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9609;QD=13.1576;RBI=0.023632;REFB=-0.0111035;REVB=-0.0072596;RO=83;SAF=34;SAR=18;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875028;STB=0.551331;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0183752;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:83:85:52:52:0.379562:18:34:48:35:18:34:49:36 chr2 234184417 . G A 225.73 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0223374;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.366;QD=13.0859;RBI=0.029654;REFB=-0.00101796;REVB=-0.0195038;RO=42;SAF=17;SAR=10;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120033;STB=0.506876;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00199333;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:42:42:27:27:0.391304:10:17:26:16:10:17:26:16 chr2 234227523 . A G 443.01 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0278481;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.313;QD=19.9105;RBI=0.0344865;REFB=0.00153742;REVB=-0.0203422;RO=41;SAF=16;SAR=28;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445256;STB=0.507689;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00340767;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:41:45:44:44:0.494382:28:16:13:28:28:16:17:28 chr2 234235820 . C T 98.69 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0061763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.233;QD=14.6213;RBI=0.00755716;REFB=-0.00841213;REVB=-0.00435477;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128654;STB=0.588097;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0108303;OID=.;OPOS=234235820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:14:15:12:12:0.444444:5:7:10:4:5:7:11:4 chr2 234449316 . G A 833.61 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2904;QD=57.4903;RBI=0.0566564;REFB=0;REVB=-0.0375338;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41382e-05;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:26:32:0:0 chr2 234469664 . T C 2020.85 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6477;QD=62.18;RBI=0.0290025;REFB=0;REVB=-0.00696431;RO=0;SAF=80;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6365e-05;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:128:130:1:48:80:0:0:50:80:0:0 chr2 234526871 . C G 616.49 PASS AF=0.604396;AO=54;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0104451;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.291;QD=27.0986;RBI=0.0197359;REFB=0.00410032;REVB=-0.0167454;RO=36;SAF=23;SAR=31;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279116;STB=0.519177;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000978015;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:54:55:0.604396:31:23:14:22:31:24:14:22 chr2 234590616 . C A 421.31 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.00716527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.066;QD=15.8984;RBI=0.00719543;REFB=-0.0106685;REVB=-0.000658209;RO=59;SAF=18;SAR=29;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224974;STB=0.625846;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.011997;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:29:18:36:23:29:18:36:23 chr2 234590970 . T G 364.44 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00624543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.587;QD=18.4525;RBI=0.022933;REFB=0.00281723;REVB=0.0220662;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958627;STB=0.505345;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.002299;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:20:18:19:22:20:18:19:22 chr2 234590974 . CG AA,CA 303.97 PASS AF=0.421053,0.0394737;AO=32,3;DP=76;FAO=32,3;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16,1;FSAR=16,2;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00117266,0.000590149;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=155.845,121.988;QD=15.9984;RBI=0.0185224,0.0386491;REFB=-0.00295044,-0.00103673;REVB=0.0184852,0.0386446;RO=40;SAF=16,1;SAR=16,2;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.049292,-0.116402;STB=0.520535,0.624152;STBP=0.765,0.695;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00680574,-0.022075;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:32,3:32,3:0.421053,0.0394737:16,2:16,1:18:22:16,2:16,1:19:22 chr2 234591205 . T C 592.75 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=-0.00393641;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.875;QD=18.5235;RBI=0.0177416;REFB=-0.0393017;REVB=0.0172994;RO=67;SAF=24;SAR=37;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111975;STB=0.561809;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0295593;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:67:67:61:61:0.476562:37:24:19:48:37:24:19:48 chr2 234601669 . T G 580.35 PASS AF=0.469231;AO=60;DP=131;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.00836205;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.456;QD=17.857;RBI=0.0141104;REFB=-0.00589867;REVB=-0.0113657;RO=69;SAF=47;SAR=13;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196944;STB=0.612726;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00545629;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:69:69:60:61:0.469231:13:47:43:26:13:48:43:26 chr2 234601965 . A G 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0503908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2963;QD=14.696;RBI=0.0574969;REFB=0.0252593;REVB=0.0276888;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978491;STB=0.505613;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0237093;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:14:16:11:10:14:16 chr2 234602191 . A G 244.11 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.0249477;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.877;QD=10.6133;RBI=0.0262443;REFB=-0.000484271;REVB=0.00814719;RO=62;SAF=5;SAR=25;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187418;STB=0.611028;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000735648;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:62:62:30:30:0.326087:25:5:17:45:25:5:17:45 chr2 234602202 . A C 221.77 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=44;FWDB=-0.0150299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.607;QD=10.1965;RBI=0.0151346;REFB=-0.00809672;REVB=-0.00177675;RO=59;SAF=5;SAR=23;SRF=15;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132731;STB=0.578555;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0158197;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:23:5:15:44:23:5:15:44 chr2 234622429 . T C 951.01 PASS AF=0.42;AO=104;DP=247;FAO=105;FDP=250;FR=.;FRO=145;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=-0.00342346;FXX=0.00398391;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.715;QD=15.2161;RBI=0.00792608;REFB=-0.02043;REVB=-0.00714861;RO=143;SAF=64;SAR=40;SRF=78;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750658;STB=0.540586;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0364553;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:143:145:104:105:0.42:40:64:78:65:40:65:80:65 chr2 234627937 . T C 2416.19 PASS AF=1;AO=152;DP=157;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463386;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.338;QD=60.0295;RBI=0.0909514;REFB=0;REVB=0.0782617;RO=0;SAF=98;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00765154;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:161:0:0:152:161:1:54:98:0:0:54:107:0:0 chr2 234637803 . T C 284.29 PASS AF=0.377778;AO=31;DP=89;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0137614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2386;QD=12.6352;RBI=0.0184758;REFB=-0.00962521;REVB=-0.012328;RO=54;SAF=27;SAR=4;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455378;STB=0.752759;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0276398;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:56:31:34:0.377778:4:27:30:24:5:29:30:26 chr2 234637853 . G A 522.1 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0173673;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.327;QD=23.2045;RBI=0.0174006;REFB=-0.0345127;REVB=0.00107686;RO=41;SAF=25;SAR=23;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169883;STB=0.596453;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.02479;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:48:49:0.544444:23:25:13:28:23:26:13:28 chr2 234637912 . T C 350.25 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.0343551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.849;QD=21.5539;RBI=0.039669;REFB=-0.0147674;REVB=-0.0198332;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337442;STB=0.685887;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0218647;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:35:36:0.553846:17:18:3:26:17:19:3:26 chr2 234638249 . A G 1314.81 PASS AF=0.541126;AO=124;DP=231;FAO=125;FDP=231;FR=.;FRO=106;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.00956147;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.088;QD=22.7673;RBI=0.0114249;REFB=-0.00706715;REVB=-0.00625351;RO=107;SAF=61;SAR=63;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209367;STB=0.507486;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00558234;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:107:106:124:125:0.541126:63:61:50:57:64:61:50:56 chr2 234652347 . C G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00516129;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.425;QD=18.3358;RBI=0.00576871;REFB=-0.027539;REVB=0.00257664;RO=37;SAF=11;SAR=24;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24242;STB=0.635682;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0267459;OID=.;OPOS=234652347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:24:11:21:16:24:11:21:16 chr2 234676588 . T C 391.95 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00748346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.956;QD=16.858;RBI=0.0135273;REFB=-0.013621;REVB=0.0112688;RO=52;SAF=10;SAR=31;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148844;STB=0.584102;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0259136;OID=.;OPOS=234676588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:31:10:19:33:31:10:19:33 chr2 234688036 . C A 1453.3 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6509;QD=63.187;RBI=0.0463807;REFB=0;REVB=-0.0430834;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300648;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr2 234704607 . C T 176.58 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0551558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.923;QD=21.4039;RBI=0.109204;REFB=-0.0278185;REVB=0.0942514;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115392;STB=0.565143;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0246038;OID=.;OPOS=234704607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:8:7:6:12:8:7 chr2 234704690 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.549;QD=55.0982;RBI=0.0654871;REFB=0;REVB=0.0255948;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303208;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr2 234708428 . G A 466.29 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0118018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0128;QD=16.8033;RBI=0.0178538;REFB=-0.0120041;REVB=0.0133969;RO=60;SAF=35;SAR=15;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209853;STB=0.62064;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0137143;OID=.;OPOS=234708428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:60:60:50:51:0.459459:15:35:30:30:15:36:30:30 chr2 234725502 . T C 1401.55 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00810551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1023;QD=61.6067;RBI=0.00814134;REFB=-0.123432;REVB=0.000762914;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00119287;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:44:46:0:0:44:46:0:1 chr2 234727333 . C G 374.06 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.029205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.065;QD=18.2467;RBI=0.0413153;REFB=-0.0318313;REVB=0.0292236;RO=43;SAF=24;SAR=14;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119541;STB=0.573735;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0294073;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:38:39:0.47561:14:24:32:11:15:24:32:11 chr2 234727986 . C T 469.28 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00135124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6805;QD=18.2245;RBI=0.0916536;REFB=-0.0308654;REVB=-0.0916437;RO=52;SAF=38;SAR=12;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102533;STB=0.553746;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0298358;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:50:50:0.485437:12:38:35:17:12:38:36:17 chr2 234728078 . T C 1443.48 PASS AF=0.944444;AO=104;DP=108;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0433248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1643;QD=53.4623;RBI=0.0501631;REFB=0.00164247;REVB=-0.0252844;RO=4;SAF=68;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309898;STB=0.519686;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00108403;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:108:108:4:6:104:102:0.944444:36:68:1:3:35:67:2:4 chr2 234749258 . T C 191.85 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.057;QD=45.1419;RBI=0.0539056;REFB=0;REVB=0.0122091;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843531;OID=.;OPOS=234749258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:6:11:0:0 chr2 234749269 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.925;QD=49.5992;RBI=0.0363444;REFB=0;REVB=0.0340982;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164067;OID=.;OPOS=234749269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr2 234749354 . G A 569.13 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2148;QD=59.9079;RBI=0.1373;REFB=0;REVB=0.0447436;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378218;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:13:21:0:0:13:25:0:0 chr2 234749780 . G C 769.73 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4792;QD=54.9806;RBI=0.0320487;REFB=-0.0327871;REVB=0.0222118;RO=1;SAF=48;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972235;STB=0.505153;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00045827;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:7:48:1:0:7:48:1:0 chr2 234749871 . C T 210.47 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00293686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7618;QD=26.3089;RBI=0.0449415;REFB=-0.0126714;REVB=0.0448455;RO=12;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762501;STB=0.542213;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00506147;OID=.;OPOS=234749871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:7:13:9:3:7:13:9:3 chr2 234750831 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.04;QD=62.9824;RBI=0.00522395;REFB=0;REVB=-0.00132075;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13009e-05;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr2 234854547 . A T 266.88 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0121975;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1252;QD=11.6036;RBI=0.0167008;REFB=-0.00505188;REVB=-0.0114077;RO=59;SAF=14;SAR=18;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284334;STB=0.66657;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0134597;OID=.;OPOS=234854547;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:59:60:32:32:0.347826:18:14:41:18:18:14:42:18 chr2 234856212 . C T 622.24 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00481535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.042;QD=18.1676;RBI=0.00606102;REFB=-0.0028318;REVB=0.00368082;RO=73;SAF=32;SAR=32;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723784;STB=0.540134;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0035079;OID=.;OPOS=234856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:32:32:42:31:32:32:42:31 chr2 234863788 . G A 1096.63 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.968;QD=60.0892;RBI=0.0271238;REFB=0;REVB=0.00554948;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104113;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:70:73:1:25:45:0:0:27:46:0:0 chr2 234967539 . T A 1511.43 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.453;QD=59.8586;RBI=0.0176722;REFB=0;REVB=-0.00403677;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58528e-05;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:43:57:0:0:43:58:0:0 chr2 235402279 . T C 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0106631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.33;QD=6.45722;RBI=0.0108287;REFB=-0.00960382;REVB=0.00188656;RO=42;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162121;STB=0.600956;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0307985;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:7:6:25:17:7:6:25:17 chr2 235949877 . T C 460.07 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.015635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.926;QD=26.6706;RBI=0.0396496;REFB=-0.0140777;REVB=0.0364368;RO=25;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370756;STB=0.513178;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00765507;OID=.;OPOS=235949877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:26:43:43:0.623188:20:23:12:13:20:23:13:13 chr2 235949920 . A G 441.53 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00313063;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.775;QD=24.5295;RBI=0.0136852;REFB=-0.00744844;REVB=0.0133223;RO=28;SAF=24;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265196;STB=0.516121;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00546858;OID=.;OPOS=235949920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:28:30:42:42:0.583333:18:24:15:13:18:24:16:14 chr2 235950002 . G A 308.29 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.015961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.557;QD=28.0265;RBI=0.0318908;REFB=-0.0154048;REVB=0.0276093;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398543;STB=0.521952;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0119797;OID=.;OPOS=235950002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:11:16:11:6:11:16:11:6 chr2 235950187 . T C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.795;QD=60.5458;RBI=0.0324384;REFB=0;REVB=0.0282652;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2097e-05;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr2 235950284 . A C 1042.31 PASS AF=0.515464;AO=100;DP=192;FAO=100;FDP=194;FR=.;FRO=94;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.00923577;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.437;QD=21.4908;RBI=0.00925381;REFB=-0.00779425;REVB=-0.00057743;RO=91;SAF=48;SAR=52;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413031;STB=0.525139;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00698996;OID=.;OPOS=235950284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:91:94:100:100:0.515464:52:48:48:43:52:48:50:44 chr2 235951819 . A G 1312.52 PASS AF=0.957895;AO=80;DP=86;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0159359;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0419;QD=55.264;RBI=0.0214443;REFB=-0.113193;REVB=0.0143494;RO=2;SAF=43;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215104;STB=0.518514;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0061912;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:86:95:2:4:80:91:0.957895:37:43:2:0:39:52:4:0 chr2 235951821 . A G 53.34 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0459353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.7378;QD=2.24607;RBI=0.103135;REFB=-0.0186954;REVB=-0.0923404;RO=83;SAF=9;SAR=3;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255718;STB=0.685387;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.135145;OID=.;OPOS=235951821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:95:95:83:83:12:12:0.126316:3:9:46:37:3:9:46:37 chr2 235964133 . C T 406.42 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=50;FWDB=-0.00570681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.198;QD=14.1364;RBI=0.0057722;REFB=-0.019839;REVB=0.000866346;RO=67;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152573;STB=0.588527;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0285535;OID=.;OPOS=235964133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:68:47:47:0.408696:28:19:18:49:28:19:18:50 chr2 236433161 . G A 126.49 PASS AF=0.384615;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0048581;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.092;QD=12.9729;RBI=0.00643038;REFB=-0.0163125;REVB=0.00421291;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282608;STB=0.596484;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0353237;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:23:24:13:15:0.384615:8:5:15:8:8:7:15:9 chr2 236691982 . A G 1870.02 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.159;QD=60.8135;RBI=0.0345775;REFB=0;REVB=0.0256272;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409486;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:123:123:0:0:122:123:1:55:67:0:0:56:67:0:0 chr2 236708166 . C T 993.95 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.635;QD=57.6204;RBI=0.0242431;REFB=-0.111778;REVB=-0.00319391;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000819296;OID=.;OPOS=236708166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:49:19:0:0:49:19:0:1 chr2 236761396 . C T 1281.12 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035242;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.694;QD=58.9019;RBI=0.0502538;REFB=-0.126196;REVB=-0.0358252;RO=3;SAF=36;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391274;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:87:3:0:84:87:1:48:36:3:0:48:39:0:0 chr2 236957822 . G A 1760.1 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2194;QD=60.6932;RBI=0.0315999;REFB=0;REVB=-0.00490164;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3709e-05;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:111:116:1:49:62:0:0:49:67:0:0 chr2 237032607 . T G 607.94 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.00587715;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.87;QD=19.2996;RBI=0.0520798;REFB=-0.0243551;REVB=-0.0517471;RO=64;SAF=36;SAR=26;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133964;STB=0.573712;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0307837;OID=.;OPOS=237032607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:64:64:62:62:0.492063:26:36:46:18:26:36:46:18 chr2 237032703 . T C 526.23 PASS AF=0.466667;AO=53;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.00624696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.061;QD=17.5408;RBI=0.0066952;REFB=-0.013729;REVB=0.00240858;RO=64;SAF=31;SAR=22;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139399;STB=0.573161;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0146578;OID=.;OPOS=237032703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:53:56:0.466667:22:31:46:18:23:33:46:18 chr2 237076096 . C G 40.52 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.014566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.868;QD=7.71857;RBI=0.0157588;REFB=-0.0157354;REVB=-0.00601414;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190473;STB=0.651669;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0352892;OID=.;OPOS=237076096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:21:14:14:6:7:0.333333:1:5:10:4:1:6:10:4 chr2 237103548 . G A 570.06 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.000713275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.546;QD=22.8025;RBI=0.0106925;REFB=-0.0102879;REVB=-0.0106687;RO=46;SAF=24;SAR=29;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154079;STB=0.502856;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00802748;OID=.;OPOS=237103548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:47:53:53:0.53:29:24:20:26:29:24:21:26 chr2 237103623 . A G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0361721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.148;QD=18.0733;RBI=0.0361738;REFB=-0.0106644;REVB=0.000353692;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135496;STB=0.575434;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0122659;OID=.;OPOS=237103623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:9:22:17:13:9:22 chr2 237103697 . G T 51.73 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00963995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.934;QD=18.8111;RBI=0.0309046;REFB=-0.021375;REVB=0.0293627;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.764666;STB=0.691659;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0176708;OID=.;OPOS=237103697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:4:4:6:7:0.636364:0:6:2:2:1:6:2:2 chr2 237149941 . C T 372.96 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0105026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.294;QD=17.76;RBI=0.0112086;REFB=-0.00454892;REVB=0.00391506;RO=45;SAF=28;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258206;STB=0.645083;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00369865;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:11:28:21:24:11:28:21:24 chr2 237150166 . A C 1008.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.145;QD=59.3188;RBI=0.0670353;REFB=0;REVB=-5.72926e-05;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189514;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr2 237923852 . G A 328.0 PASS AF=0.362637;AO=25;DP=95;FAO=33;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0110128;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.027;QD=14.4176;RBI=0.0115954;REFB=-0.0085327;REVB=0.00362919;RO=57;SAF=13;SAR=12;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111802;STB=0.612123;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0196707;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:91:57:54:25:33:0.362637:12:13:35:22:17:16:36:18 chr2 238233410 . C G 1417.03 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.059356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.161;QD=61.6099;RBI=0.0626915;REFB=0.141989;REVB=0.0201763;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108962;STB=0.505746;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000447407;OID=.;OPOS=238233410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:43:48:0:1:43:48:0:1 chr2 238243292 . G A 375.97 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00398856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.226;QD=14.6008;RBI=0.00768149;REFB=-0.0144917;REVB=0.0065648;RO=60;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292244;STB=0.516471;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0191218;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:21:22:29:31:21:22:29:31 chr2 238243464 . C G 932.13 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0788295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8285;QD=56.4928;RBI=0.0794201;REFB=0.0216336;REVB=0.00966732;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00308284;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:0:1:64:65:0.984848:27:37:0:0:26:39:0:1 chr2 238244963 . A G 566.41 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0109626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.561;QD=20.05;RBI=0.0196608;REFB=-0.00768482;REVB=-0.0163208;RO=55;SAF=43;SAR=15;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113081;STB=0.562594;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0108236;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:15:43:35:20:15:43:35:20 chr2 238249630 . C T 269.74 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0285803;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.8;QD=16.5995;RBI=0.0323238;REFB=-0.0154258;REVB=-0.0150994;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111426;STB=0.553811;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0129121;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:35:30:30:0.461538:15:15:13:21:15:15:14:21 chr2 238253065 . C T 564.09 PASS AF=0.475806;AO=57;DP=122;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0160182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.941;QD=18.1965;RBI=0.0272235;REFB=-0.0106575;REVB=0.0220122;RO=65;SAF=41;SAR=16;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131849;STB=0.579189;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0155343;OID=.;OPOS=238253065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:65:65:57:59:0.475806:16:41:39:26:16:43:39:26 chr2 238258814 . C G 1327.91 PASS AF=0.9375;AO=89;DP=97;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00132231;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.754;QD=55.3295;RBI=0.0211537;REFB=-0.169838;REVB=0.0211123;RO=7;SAF=45;SAR=44;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907221;STB=0.500695;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00075577;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:97:96:7:6:89:90:0.9375:44:45:4:3:44:46:3:3 chr2 238434249 . C T 268.52 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0370703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7633;QD=22.3766;RBI=0.0506889;REFB=-0.0149069;REVB=0.034571;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358603;STB=0.519984;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0186308;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:21:23:25:25:0.520833:12:13:10:11:12:13:11:12 chr2 238443226 . A G 266.92 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00443897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.341;QD=20.1445;RBI=0.00805728;REFB=-0.0266955;REVB=-0.00672424;RO=23;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277346;STB=0.674029;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0280726;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:25:28:28:0.528302:8:20:9:14:8:20:9:16 chr2 238449007 . T C 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0103367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.155;QD=11.1564;RBI=0.0103492;REFB=-0.0257521;REVB=-0.000507971;RO=45;SAF=10;SAR=15;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335257;STB=0.684645;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0359317;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:15:10:32:13:15:10:32:14 chr2 238449023 . T C 206.78 PASS AF=0.296703;AO=25;DP=89;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0161461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.408;QD=9.08906;RBI=0.019533;REFB=-0.02628;REVB=0.0109927;RO=60;SAF=11;SAR=14;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265905;STB=0.679655;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0364167;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:60:64:25:27:0.296703:14:11:40:20:16:11:43:21 chr2 238449107 . A G 206.42 PASS AF=0.293478;AO=26;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0436446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9217;QD=8.97482;RBI=0.0438087;REFB=-0.0144345;REVB=-0.00378815;RO=66;SAF=9;SAR=17;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340413;STB=0.713136;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0410828;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:66:65:26:27:0.293478:17:9:42:24:18:9:42:23 chr2 238483729 . A G 338.12 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00535217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.459;QD=20.4922;RBI=0.0442342;REFB=-0.0370934;REVB=-0.0439092;RO=31;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228936;STB=0.630929;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0207591;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:11:23:13:18:11:24:13:18 chr2 238643907 . G A 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0247044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.21;QD=15.419;RBI=0.0669358;REFB=0.000838802;REVB=0.0622101;RO=33;SAF=7;SAR=22;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391627;STB=0.747173;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0021031;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:37:29:29:0.439394:22:7:21:12:22:7:25:12 chr2 238668802 . A G 446.84 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0118115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.558;QD=16.7043;RBI=0.0462689;REFB=-0.000406719;REVB=0.0447359;RO=57;SAF=32;SAR=17;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162285;STB=0.586652;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000398514;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:57:58:49:49:0.457944:17:32:28:29:17:32:29:29 chr2 238671328 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00783068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.184;QD=14.8342;RBI=0.0219289;REFB=-0.0351667;REVB=0.0204831;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190022;STB=0.615285;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0365468;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:11:11:20:9:11:11:21:9 chr2 238672703 . C G 82.42 PASS AF=0.75;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0311073;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.671;QD=27.4738;RBI=0.0393185;REFB=-0.0192213;REVB=-0.0240475;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275108;STB=0.538372;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00503073;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:14:12:5:3:9:9:0.75:7:2:3:2:7:2:1:2 chr2 238733016 . G A 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=0.0167251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.484;QD=16.4788;RBI=0.0256293;REFB=0.00501065;REVB=-0.0194199;RO=25;SAF=2;SAR=17;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208586;STB=0.616443;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00661155;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:17:2:1:24:17:2:1:24 chr2 238991733 . C A 347.34 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00792808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.513;QD=17.1524;RBI=0.0117702;REFB=-0.00160221;REVB=0.00869967;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123023;STB=0.568826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00279696;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:19:18:27:17:19:18:27:17 chr2 238991796 . C T 606.46 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0223789;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.171;QD=20.7338;RBI=0.0273648;REFB=0.00279119;REVB=-0.0157485;RO=55;SAF=32;SAR=29;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654614;STB=0.53975;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00330557;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:55:56:61:61:0.521368:29:32:33:22:29:32:34:22 chr2 239006879 . C T 445.45 PASS AF=0.505747;AO=42;DP=85;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0396989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.561;QD=20.4803;RBI=0.0500763;REFB=-0.0201057;REVB=0.0305226;RO=43;SAF=26;SAR=16;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283555;STB=0.662479;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.012286;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:43:43:42:44:0.505747:16:26:13:30:16:28:13:30 chr2 239010719 . T C 400.82 PASS AF=0.358209;AO=47;DP=135;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.043818;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.775;QD=11.9647;RBI=0.0477913;REFB=-0.0289091;REVB=-0.0190785;RO=88;SAF=24;SAR=23;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115275;STB=0.567137;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0302107;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:88:86:47:48:0.358209:23:24:36:52:24:24:34:52 chr2 239016539 . C G 651.17 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=-0.00716651;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9182;QD=17.0241;RBI=0.0117928;REFB=0.0144128;REVB=-0.00936539;RO=83;SAF=51;SAR=19;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641524;STB=0.535728;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0125121;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:83:83:70:70:0.457516:19:51:56:27:19:51:56:27 chr2 239025630 . T C 692.82 PASS AF=0.44382;AO=71;DP=168;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0260618;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3611;QD=15.569;RBI=0.0284164;REFB=-0.0111194;REVB=-0.0113258;RO=86;SAF=25;SAR=46;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139998;STB=0.553002;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0274447;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:178:86:99:71:79:0.44382:46:25:42:44:45:34:52:47 chr2 239025645 . C T 646.39 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0096154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.782;QD=16.7894;RBI=0.0102748;REFB=-0.0143734;REVB=0.00362147;RO=84;SAF=31;SAR=39;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102806;STB=0.557127;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0107576;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:84:70:70:0.454545:39:31:46:38:39:31:46:38 chr2 239038912 . T C 2233.12 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.128122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8529;QD=62.465;RBI=0.145982;REFB=-0.0558864;REVB=-0.0699671;RO=1;SAF=77;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737156;STB=0.503875;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00102891;OID=.;OPOS=239038912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:143:1:1:141:142:0.993007:64:77:0:1:64:78:0:1 chr2 239039024 . CGG C,CGC,CG 302.86 PASS AF=0.122449,0.0612245,0.510204;AO=9,3,18;DP=46;FAO=6,3,25;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=6,3,20;FSAR=0,0,5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0270605,-0.036711,-0.052786;FXX=0.019996;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=21.7152,182.606,16.8429;QD=24.7231;RBI=0.0740119,0.100141,0.127204;REFB=-0.0285779,0.0106345,-0.0430193;REVB=-0.0688875,-0.0931688,-0.115735;RO=15;SAF=9,3,16;SAR=0,0,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.794769,0.656613,0.520732;STB=0.998097,0.996678,0.682764;STBP=0.004,0.082,0.007;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0616339,0.0933307,-0.133539;OID=.,.,.;OPOS=239039025,239039026,239039025;OREF=GG,G,G;OALT=-,C,-;OMAPALT=C,CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.122449,0.0612245,0.510204:9,3,18:46:6,3,25:49:15:6,3,20:0,0,5:6:9:99:15:9,3,16:0,0,2:6:9 chr2 239039057 . A G 1491.25 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0360469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2707;QD=58.4804;RBI=0.0390316;REFB=0.0613024;REVB=0.0149696;RO=1;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998727;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00303106;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:54:47:1:0:54:47:1:0 chr2 239039075 . G T 1794.76 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288398;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.637;QD=60.3281;RBI=0.0332423;REFB=-0.137482;REVB=0.0165323;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000241739;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:119:0:1:118:118:0.991597:63:55:0:0:63:55:1:0 chr2 239039637 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3965;QD=39.2058;RBI=0.0239098;REFB=0;REVB=0.0213896;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053931;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 239039840 . CA C,CG 365.52 PASS AF=0.714286,0.285714;AO=10,18;DP=28;FAO=20,8;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,8;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969929,0.0104928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.5355,71.4317;QD=52.2173;RBI=0.082318,0.0209562;REFB=0,0;REVB=0.0817446,0.0181401;RO=0;SAF=10,9;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00261776,-0.00516095;OID=.,.;OPOS=239039841,239039841;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.285714:10,18:28:20,8:28:0:11,8:9,0:0:0:39:0:10,9:0,9:0:0 chr2 239039893 . T TC 762.12 PASS AF=1;AO=19;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=6.60308;QD=22.0905;RBI=0.272566;REFB=-0.00999123;REVB=-0.270187;RO=117;SAF=7;SAR=12;SRF=71;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293218;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00194533;OID=.;OPOS=239039894;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:136:138:138:0:80:58:0:0:19:117:7:12:71:46 chr2 239039896 . G C 2156.05 PASS AF=0.972414;AO=138;DP=142;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00268197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4232;QD=59.4774;RBI=0.0522068;REFB=0.0512505;REVB=-0.0521378;RO=4;SAF=81;SAR=57;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228958;STB=0.511763;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0011063;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:142:145:4:4:138:141:0.972414:57:81:4:0:58:83:4:0 chr2 239040187 . T C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00232933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.672;QD=44.6076;RBI=0.0337487;REFB=-0.119124;REVB=0.0336682;RO=2;SAF=14;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00317346;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:7:14:2:0:7:14:2:0 chr2 239049540 . G A 317.27 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00473629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7381;QD=25.8997;RBI=0.00905169;REFB=-0.00848887;REVB=-0.00771366;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205933;STB=0.614161;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0082435;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:10:18:8:13:10:18:8:13 chr2 239050033 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1664;QD=47.8218;RBI=0.0540695;REFB=0;REVB=0.027731;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137442;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr2 239051550 . T C 2407.01 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0846503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9535;QD=60.5536;RBI=0.0857048;REFB=-0.0757996;REVB=0.0134034;RO=1;SAF=63;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279344;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:159:159:1:0:158:159:1:95:63:0:1:96:63:0:0 chr2 239051575 . G A 628.11 PASS AF=0.448276;AO=64;DP=143;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=57;FWDB=0.00151654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.401;QD=17.3272;RBI=0.00153551;REFB=-0.00774909;REVB=-0.000240594;RO=78;SAF=30;SAR=34;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175176;STB=0.605724;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00782885;OID=.;OPOS=239051575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:78:80:64:65:0.448276:34:30:23:55:34:31:23:57 chr2 239059484 . T C 1737.09 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360149;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.549;QD=60.9504;RBI=0.0678656;REFB=0;REVB=0.0677699;RO=0;SAF=72;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2282e-05;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:111:114:1:39:72:0:0:42:72:0:0 chr2 239075935 . A G 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259113;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1321;QD=62.5536;RBI=0.0643517;REFB=-0.0778642;REVB=-0.0589045;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002326;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:0:0:47:48:1:15:32:0:0:15:33:0:0 chr2 239162038 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0726725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9463;QD=15.2591;RBI=0.0727637;REFB=0.000910514;REVB=-0.00364322;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12173;STB=0.571239;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00812254;OID=.;OPOS=239162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:5:1:2:5:5:1 chr2 239229372 . C A 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0357048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.036;QD=13.9576;RBI=0.0398451;REFB=-0.00614645;REVB=-0.0176862;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439386;STB=0.768342;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0158141;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:3:4:1:6:3:4 chr2 239237953 . G T 322.23 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0662879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4682;QD=28.0198;RBI=0.168755;REFB=-0.0190907;REVB=0.155191;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551128;STB=0.520953;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0173649;OID=.;OPOS=239237953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:11:17:9:8:11:17:10:8 chr2 239353001 . C T 675.62 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0145238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.617;QD=20.9494;RBI=0.0170675;REFB=-0.0212831;REVB=-0.00896436;RO=61;SAF=32;SAR=35;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407426;STB=0.526247;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0153335;OID=.;OPOS=239353001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:62:67:67:0.51938:35:32:32:29:35:32:33:29 chr2 239972369 . C T 394.04 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0137132;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.412;QD=15.6054;RBI=0.015051;REFB=-0.00837479;REVB=0.00620326;RO=55;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854718;STB=0.547352;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0100927;OID=.;OPOS=239972369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:55:57:44:44:0.435644:23:21:31:24:23:21:32:25 chr2 239972883 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=15;DP=47;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00177348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.377;QD=13.037;RBI=0.0113494;REFB=0.0081093;REVB=0.01121;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896757;STB=0.511615;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0114459;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:26:32:15:18:0.36:7:8:16:10:7:11:19:13 chr2 240003870 . G A 2068.09 PASS AF=0.958333;AO=136;DP=144;FAO=138;FDP=144;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0122725;FXX=0.00689608;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.928;QD=57.4471;RBI=0.0614809;REFB=-0.185098;REVB=0.0602436;RO=8;SAF=72;SAR=64;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163153;STB=0.500907;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.000591913;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:144:144:8:6:136:138:0.958333:64:72:3:5:66:72:3:3 chr2 240007544 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0826255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.061;QD=15.2588;RBI=0.0874023;REFB=-0.043883;REVB=0.0284989;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.726508;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0601888;OID=.;OPOS=240007544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:6:1:2:3:6:1:3:3 chr2 240323905 . T TG 952.95 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8304;QD=44.8447;RBI=0.127139;REFB=0;REVB=-0.118673;RO=2;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00214554;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:86:85:85:0:47:38:0:0:18:2:47:37:1:1 chr2 240500173 . T C 312.43 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0170848;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.426;QD=16.4436;RBI=0.0175183;REFB=0.00175166;REVB=0.00387303;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128137;STB=0.5263;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.000507316;OID=.;OPOS=240500173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:36:42:34:34:0.447368:17:17:13:23:17:17:19:23 chr2 240500413 . A G 448.41 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00995096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.523;QD=18.6838;RBI=0.0161708;REFB=-0.0059945;REVB=-0.0127465;RO=51;SAF=19;SAR=25;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241124;STB=0.62637;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00544455;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:51:44:45:0.46875:25:19:35:16:25:20:35:16 chr2 240500437 . C T 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.01519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.29;QD=15.0112;RBI=0.0229337;REFB=-0.00555937;REVB=-0.0171819;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277359;STB=0.65952;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0103632;OID=.;OPOS=240500437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:20:17:38:14:20:17:39:14 chr2 240900607 . TGGGGGA TGGGGA,TGGGG,TGGGGG 176.93 PASS AF=0.590909,0,0;AO=27,9,8;DP=67;FAO=39,0,0;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=18,0,0;FSAR=21,0,0;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.121832,-0.228681,-0.303578;FXX=0.0149231;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=11.5368,14.3364,12.5691;QD=10.7229;RBI=0.130686,0.230307,0.320746;REFB=-0.0351119,0.00531885,0.0431795;REVB=0.0472859,-0.0273254,-0.103531;RO=18;SAF=11,4,3;SAR=16,5,5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0994375,0.191462,0.121057;STB=0.553165,0.5,0.5;STBP=0.321,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0428874,-0.0314078,0;OID=.,.,.;OPOS=240900608,240900612,240900613;OREF=G,GA,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGGA,TGGGG,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909,0,0:27,9,8:67:39,0,0:66:27:18,0,0:21,0,0:9:18:99:18:11,4,3:16,5,5:5:13 chr2 240923050 . C T 1146.42 PASS AF=0.485232;AO=114;DP=237;FAO=115;FDP=237;FR=.;FRO=122;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=0.0338834;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.419;QD=19.3488;RBI=0.0341491;REFB=-0.013312;REVB=0.00425173;RO=119;SAF=61;SAR=53;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261281;STB=0.517989;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0120355;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:119:122:114:115:0.485232:53:61:67:52:53:62:70:52 chr2 240946766 . T C 309.49 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.000490669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.823;QD=13.6038;RBI=0.00931671;REFB=-0.00916583;REVB=-0.00930378;RO=56;SAF=23;SAR=12;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786942;STB=0.544997;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0117664;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:12:23:33:23:12:23:33:23 chr2 240961728 . T C 465.46 PASS AF=0.553191;AO=33;DP=95;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0110004;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.242;QD=19.8068;RBI=0.0581542;REFB=-0.0328071;REVB=0.0571043;RO=37;SAF=30;SAR=3;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454872;STB=0.500425;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0305872;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:37:42:33:52:0.553191:3:30:23:14:21:31:25:17 chr2 240981262 . A C 924.92 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151686;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.076;QD=56.9184;RBI=0.0493416;REFB=0.0505788;REVB=0.0469522;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-5.54521e-05;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:25:39:1:0:25:39:1:0 chr2 240981375 . T A 781.52 PASS AF=1;AO=51;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025218;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.391;QD=56.8379;RBI=0.0477145;REFB=0;REVB=0.0405059;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053016;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:51:55:1:26:25:0:0:27:28:0:0 chr2 240982312 . G A 87.69 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0273725;FXX=0.0951928;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.669;QD=18.4619;RBI=0.155542;REFB=-0.0225795;REVB=-0.153115;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296554;STB=0.64255;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0272571;OID=.;OPOS=240982312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:19:8:8:7:8:0.421053:3:4:7:1:3:5:7:1 chr2 240984789 . C T 400.84 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.012787;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.517;QD=21.097;RBI=0.0131743;REFB=-0.00565249;REVB=-0.00317112;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713888;STB=0.539454;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00382525;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:20:20:15:21:20:20:15:21 chr2 240985347 . G A 576.58 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0274759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.805;QD=52.416;RBI=0.0308716;REFB=-0.137608;REVB=-0.0140759;RO=2;SAF=16;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055073;STB=0.555528;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00349365;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:44:44:2:4:40:40:0.909091:24:16:2:0:24:16:4:0 chr2 241066058 . A G 498.78 PASS AF=0.704918;AO=27;DP=66;FAO=43;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0058662;FXX=0.0468677;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.903;QD=32.707;RBI=0.0344459;REFB=-0.0727271;REVB=0.0339427;RO=8;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126429;STB=0.50903;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0271862;OID=.;OPOS=241066058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:61:8:18:27:43:0.704918:16:11:1:7:18:25:11:7 chr2 241066280 . C T 161.14 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00116327;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.073;QD=17.9044;RBI=0.00180694;REFB=-0.0139927;REVB=0.00138269;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215438;STB=0.611524;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.030867;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:19:17:17:0.472222:8:9:6:14:8:9:6:13 chr2 241404317 . C T 1275.27 PASS AF=0.904762;AO=94;DP=105;FAO=95;FDP=105;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0260612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8565;QD=48.5817;RBI=0.0382903;REFB=-0.155047;REVB=0.0280528;RO=8;SAF=59;SAR=35;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195125;STB=0.517388;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0172411;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:105:105:8:10:94:95:0.904762:35:59:6:2:35:60:8:2 chr2 241404499 . C T 2205.76 PASS AF=0.955696;AO=151;DP=159;FAO=151;FDP=158;FR=.;FRO=7;FSAF=103;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0173819;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.826;QD=55.8421;RBI=0.0835755;REFB=-0.140164;REVB=0.081748;RO=7;SAF=103;SAR=48;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644753;STB=0.533976;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00131836;OID=.;OPOS=241404499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:159:158:7:7:151:151:0.955696:48:103:0:7:48:103:0:7 chr2 241405528 . A G 1870.75 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030973;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9475;QD=61.3359;RBI=0.0405377;REFB=0;REVB=-0.026153;RO=0;SAF=53;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548946;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:69:53:0:0:69:53:0:0 chr2 241463453 . C A 219.71 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0212453;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.186;QD=13.732;RBI=0.0298328;REFB=-0.0131516;REVB=0.0209436;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391014;STB=0.514462;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0174059;OID=.;OPOS=241463453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:38:38:25:26:0.40625:16:9:15:23:17:9:14:24 chr2 241492255 . G T 947.72 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.628;QD=57.4376;RBI=0.0330229;REFB=0;REVB=-0.0289342;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93872e-05;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:61:66:1:31:30:0:0:33:33:0:0 chr2 241513695 . G A 833.55 PASS AF=0.441624;AO=87;DP=197;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.0162174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.795;QD=16.9249;RBI=0.0197733;REFB=-0.00757569;REVB=-0.0113127;RO=108;SAF=46;SAR=41;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00830681;STB=0.509374;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0102831;OID=.;OPOS=241513695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:108:110:87:87:0.441624:41:46:58:50:41:46:60:50 chr2 241517314 . G A 665.57 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.00571683;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9381;QD=18.6173;RBI=0.0493411;REFB=0.00184256;REVB=0.0490088;RO=75;SAF=38;SAR=29;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694457;STB=0.507847;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00182615;OID=.;OPOS=241517314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:75:76:67:67:0.468531:29:38:42:33:29:38:42:34 chr2 241531479 . A G 1371.71 PASS AF=0.473684;AO=141;DP=300;FAO=144;FDP=304;FR=.;FRO=160;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=69;FSRR=91;FWDB=0.00107359;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.761;QD=18.0488;RBI=0.00647207;REFB=-0.0305182;REVB=0.00638241;RO=159;SAF=78;SAR=63;SRF=69;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114413;STB=0.557947;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0413957;OID=.;OPOS=241531479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:304:159:160:141:144:0.473684:63:78:69:90:66:78:69:91 chr2 241536126 . A G 213.87 PASS AF=0.469388;AO=20;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00935216;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7723;QD=17.4586;RBI=0.0496953;REFB=-0.00437943;REVB=0.0488073;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264302;STB=0.686777;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0354708;OID=.;OPOS=241536126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:26:20:23:0.469388:13:7:14:8:16:7:17:9 chr2 241536266 . G C 34.21 PASS AF=0.116667;AO=9;DP=55;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0315346;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.28;QD=2.28084;RBI=0.0478902;REFB=-0.00957179;REVB=-0.0360422;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147058;STB=0.603482;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.102399;OID=.;OPOS=241536266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:55:60:46:53:9:7:0.116667:4:5:20:26:3:4:24:29 chr2 241538061 . T C 285.73 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0903088;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.208;QD=18.7362;RBI=0.0906351;REFB=-0.0274218;REVB=0.00768325;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743759;STB=0.556467;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0251654;OID=.;OPOS=241538061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:30:31:0.508197:17:13:15:14:18:13:16:14 chr2 241538074 . A G 1043.54 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.694;QD=59.6311;RBI=0.032528;REFB=0;REVB=-0.032152;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95268e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr2 241558397 . G A 271.86 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.02784;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2711;QD=12.7936;RBI=0.0304748;REFB=-0.0217472;REVB=-0.0123954;RO=53;SAF=12;SAR=20;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208418;STB=0.619394;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0341424;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:20:12:30:23:20:12:30:23 chr2 241570107 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00810674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.919;QD=13.7529;RBI=0.0104382;REFB=-0.0150634;REVB=-0.00657545;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987965;STB=0.533289;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0219827;OID=.;OPOS=241570107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:6:8:11:12:7:8:11:12 chr2 241570249 . A C 327.39 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251244;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.602;QD=54.5648;RBI=0.0259879;REFB=0;REVB=-0.00664363;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15231e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:1:0:23:24:1:12:11:1:0:13:11:0:0 chr2 241570391 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.1;QD=60.9786;RBI=0.029554;REFB=0;REVB=0.0245338;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07255e-05;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr2 241621799 . GC G 44.54 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0178152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9062;QD=6.36242;RBI=0.111079;REFB=-0.0108112;REVB=-0.109641;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203368;STB=0.555414;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=0.0365785;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:7:28:8:28:20:5:3:11:9:44:20:5:2:11:9 chr2 241622187 . C T 1650.2 PASS AF=0.856115;AO=117;DP=142;FAO=119;FDP=139;FR=.;FRO=20;FSAF=78;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00783085;FXX=0.0211253;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.512;QD=47.4877;RBI=0.0391657;REFB=-0.0408414;REVB=0.0383748;RO=19;SAF=78;SAR=39;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257683;STB=0.500869;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00663385;OID=.;OPOS=241622187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:142:139:19:20:117:119:0.856115:39:78:11:8:41:78:13:7 chr2 241622195 . T C 57.27 PASS AF=0.105634;AO=15;DP=141;FAO=15;FDP=142;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=49;FWDB=-0.0432662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3407;QD=1.61336;RBI=0.0436144;REFB=-0.0170241;REVB=0.0055005;RO=124;SAF=10;SAR=5;SRF=77;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598855;STB=0.550951;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0569387;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:141:142:124:127:15:15:0.105634:5:10:77:47:5:10:78:49 chr2 241622209 . T C 2241.74 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147726;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8316;QD=63.5954;RBI=0.0261138;REFB=0;REVB=-0.0215337;RO=0;SAF=83;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200998;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:58:83:0:0:58:83:0:0 chr2 241627836 . G C 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-1.40735e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.537;QD=22.7217;RBI=0.0177677;REFB=-0.0170095;REVB=-0.0177676;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221057;STB=0.502391;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0112216;OID=.;OPOS=241627836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:15:16:12:10:15:16:12:11 chr2 241627928 . A G 700.12 PASS AF=0.962963;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.566;QD=51.8605;RBI=0.0185381;REFB=-0.0305691;REVB=-0.00431647;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699852;STB=0.503691;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00144769;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:54:2:2:49:52:0.962963:20:29:1:1:21:31:1:1 chr2 241631476 . C G 323.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1202;QD=53.8911;RBI=0.0238237;REFB=0;REVB=-0.0223509;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030549;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr2 241696843 . C A 96.0 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=131;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=-0.0533171;FXX=0.0638253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8905;QD=2.90907;RBI=0.0537068;REFB=-0.0161795;REVB=-0.00645876;RO=108;SAF=2;SAR=18;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448419;STB=0.812644;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.149709;OID=.;OPOS=241696843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:131:132:108:112:20:20:0.151515:18:2:40:68:18:2:41:71 chr2 241706757 . T C 139.03 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0234245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5519;QD=12.6391;RBI=0.0452374;REFB=-0.0304217;REVB=0.0387003;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19185;STB=0.625586;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0852525;OID=.;OPOS=241706757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:5:11:14:13:5:11:14:14 chr2 241816545 . C T 1054.4 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00292444;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4077;QD=58.5776;RBI=0.0317785;REFB=-0.091511;REVB=0.0316436;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00167849;OID=.;OPOS=241816545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:1:0:33:38:1:0 chr2 241828012 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.841;QD=60.6102;RBI=0.0736562;REFB=0;REVB=0.0278811;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240179;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr2 241828033 . CA C,CG 381.73 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=3,22;DP=29;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031424,0.0356802;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.792,159.586;QD=54.5325;RBI=0.0314444,0.0358207;REFB=0,0;REVB=-0.00113434,-0.00316954;RO=0;SAF=2,7;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.79751e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.044114,-0.000977203;OID=.,.;OPOS=241828034,241828034;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107143,0.892857:3,22:29:3,25:28:0:2,10:1,15:0:0:13:0:2,7:1,15:0:0 chr2 241830969 . G A 1878.55 PASS AF=0.985075;AO=120;DP=135;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0227872;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.883;QD=56.0761;RBI=0.267903;REFB=-0.144712;REVB=0.266932;RO=10;SAF=89;SAR=31;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976101;STB=0.505555;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00544466;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:134:10:2:120:132:0.985075:31:89:2:8:43:89:2:0 chr2 241831005 . C T 3748.02 PASS AF=0.979675;AO=239;DP=243;FAO=241;FDP=246;FR=.;FRO=5;FSAF=146;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0350065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6785;QD=60.9434;RBI=0.044667;REFB=-0.0888849;REVB=0.0277431;RO=3;SAF=146;SAR=93;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138661;STB=0.500124;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00856065;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:243:246:3:5:239:241:0.979675:93:146:2:1:95:146:3:2 chr2 241831296 . C G 680.52 PASS AF=0.981132;AO=47;DP=50;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.133118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.777;QD=51.3599;RBI=0.150435;REFB=-0.143665;REVB=0.0700717;RO=3;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106402;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0109938;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:53:3:1:47:52:0.981132:27:20:1:2:30:22:0:1 chr2 241834944 . T C 1738.72 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.319;QD=60.4772;RBI=0.00798936;REFB=0;REVB=0.00427908;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433281;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:111:115:1:44:67:0:0:48:67:0:0 chr2 241835379 . G A 307.51 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.128871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.359;QD=47.3093;RBI=0.131259;REFB=-0.0951871;REVB=0.0249237;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.532682;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00330862;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:26:1:2:24:24:0.923077:19:5:1:0:19:5:1:1 chr2 241865156 . T C 3749.42 PASS AF=1;AO=233;DP=234;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449696;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.059;QD=62.7517;RBI=0.0145411;REFB=0.0283178;REVB=0.0138283;RO=1;SAF=143;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122663;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:239:1:0:233:239:1:90:143:0:1:95:144:0:0 chr2 241869664 . G A 881.99 PASS AF=0.463054;AO=91;DP=200;FAO=94;FDP=203;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0468076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5553;QD=17.379;RBI=0.0917379;REFB=0.00125739;REVB=0.078898;RO=109;SAF=46;SAR=45;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189261;STB=0.507388;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.000266375;OID=.;OPOS=241869664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:203:109:109:91:94:0.463054:45:46:53:56:47:47:53:56 chr2 241872597 . A G 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.748;QD=62.1775;RBI=0.0382483;REFB=0;REVB=0.0375641;RO=0;SAF=77;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88331e-05;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:51:77:0:0:51:77:0:0 chr2 241898824 . A G 1175.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.97539e-05;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.337;QD=61.057;RBI=0.0203248;REFB=0;REVB=0.0203247;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66349e-05;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:78:77:1:28:50:0:0:27:50:0:0 chr2 241904000 . A AC 1291.89 PASS AF=1;AO=21;DP=96;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036502;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.3124;QD=58.7221;RBI=0.0532708;REFB=0;REVB=-0.0387993;RO=70;SAF=14;SAR=7;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.49184e-05;OID=.;OPOS=241904001;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:96:88:88:0:47:41:0:0:7:70:14:7:36:34 chr2 241904001 . G C 840.59 PASS AF=0.752809;AO=65;DP=87;FAO=67;FDP=89;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.018815;FXX=0.0326052;HRUN=7;LEN=1;MLLD=45.7499;QD=37.7793;RBI=0.045631;REFB=-0.106247;REVB=0.0415714;RO=22;SAF=31;SAR=34;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750249;STB=0.539171;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0271393;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:22:22:65:67:0.752809:34:31:14:8:35:32:14:8 chr2 241922430 . T C 543.01 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0136195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.702;QD=18.4071;RBI=0.0226299;REFB=-0.0103172;REVB=-0.0180726;RO=61;SAF=28;SAR=29;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463924;STB=0.525697;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00962396;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:29:28:33:28:29:28:33:28 chr2 241929228 . A G 1503.92 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119051;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.508;QD=59.5611;RBI=0.0262909;REFB=0;REVB=0.023441;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07555e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:98:101:1:50:48:0:0:51:50:0:0 chr2 241932511 . AGGGG AGGG,AGGGGC 30.56 PASS AF=0,0.102041;AO=19,23;DP=150;FAO=0,15;FDP=147;FR=.;FRO=132;FSAF=0,2;FSAR=0,13;FSRF=40;FSRR=92;FWDB=-0.459033,-0.0702353;FXX=0.0199987;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=15.8344,80.7195;QD=0.831548;RBI=0.464181,0.0726279;REFB=0.00634087,-0.00245563;REVB=0.0689388,-0.0184885;RO=90;SAF=19,1;SAR=0,22;SRF=20;SRR=70;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.821545,-0.488481;STB=0.5,0.72187;STBP=1,0.116;TYPE=del,ins;VARB=0,0.156422;OID=.,.;OPOS=241932512,241932516;OREF=G,-;OALT=-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.102041:19,23:150:0,15:147:132:0,2:0,13:40:92:31:90:19,1:0,22:20:70 chr2 241979550 . T C 994.54 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423533;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.755;QD=59.3757;RBI=0.099573;REFB=0;REVB=0.0901164;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143197;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:35:32:0:0 chr2 241991875 . G A 330.34 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263807;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.419;QD=48.9386;RBI=0.0272228;REFB=-0.129582;REVB=0.00671838;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.507686;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0032855;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:29:27:1:2:25:25:0.925926:10:15:1:0:10:15:1:1 chr2 242003487 . C T 3622.45 PASS AF=0.975709;AO=230;DP=239;FAO=241;FDP=247;FR=.;FRO=6;FSAF=116;FSAR=125;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.109464;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3497;QD=58.6631;RBI=0.115142;REFB=-0.0976837;REVB=0.0357137;RO=8;SAF=112;SAR=118;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883707;STB=0.500454;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00482591;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:239:247:8:6:230:241:0.975709:118:112:5:3:125:116:3:3 chr2 242004866 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.111;QD=56.9982;RBI=0.025327;REFB=0;REVB=0.022082;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101408;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr2 242011084 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2026;QD=42.1799;RBI=0.01539;REFB=0;REVB=0.0112166;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3504e-05;OID=.;OPOS=242011084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr2 242021742 . G T 2240.96 PASS AF=0.972973;AO=144;DP=149;FAO=144;FDP=148;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0471414;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9176;QD=60.5665;RBI=0.0473106;REFB=-0.0699165;REVB=-0.00399835;RO=4;SAF=74;SAR=70;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000713906;STB=0.500376;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000493634;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:149:148:4:4:144:144:0.972973:70:74:2:2:70:74:2:2 chr2 242029426 . G A 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.692;QD=63.1947;RBI=0.0190777;REFB=0;REVB=-0.000162109;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25076e-05;OID=.;OPOS=242029426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr2 242036797 . A G 789.48 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162264;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.433;QD=55.4023;RBI=0.0309557;REFB=-0.0153937;REVB=0.0263621;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=5.55582e-05;OID=.;OPOS=242036797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:55:56:0.982456:28:27:1:0:29:27:1:0 chr2 242046785 . A C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.951;QD=61.0492;RBI=0.0305754;REFB=0;REVB=0.0305547;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08816e-05;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr2 242051777 . G A 871.25 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.555;QD=56.2095;RBI=0.0262402;REFB=-0.00556713;REVB=0.0202571;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000120737;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:1:0:27:34:1:0 chr2 242054403 . G A 1885.24 PASS AF=0.976744;AO=123;DP=130;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0327607;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.103;QD=58.4569;RBI=0.0328443;REFB=-0.0688491;REVB=-0.00234201;RO=3;SAF=68;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100255;STB=0.505226;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000940866;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:130:129:3:3:123:126:0.976744:55:68:1:2:56:70:1:2 chr2 242062162 . C T 601.61 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0419947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9569;QD=54.6916;RBI=0.042437;REFB=-0.0105456;REVB=-0.00611125;RO=2;SAF=24;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375076;STB=0.529398;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00858952;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:41:41:0.931818:17:24:2:0:17:24:3:0 chr2 242077496 . C T 857.07 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173928;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.493;QD=58.1061;RBI=0.0404735;REFB=0;REVB=0.0365458;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95446e-05;OID=.;OPOS=242077496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr2 242079007 . A G 753.22 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000826705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.458;QD=61.4876;RBI=0.00398404;REFB=-0.114835;REVB=0.00389732;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00039762;OID=.;OPOS=242079007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr2 242082262 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.424;QD=57.106;RBI=0.0200051;REFB=0;REVB=0.0143287;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26978e-05;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:15:40:0:0:15:40:0:0 chr2 242122391 . T C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.063;QD=57.1039;RBI=0.00625544;REFB=0;REVB=-0.00188706;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12492e-06;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr2 242203916 . A C 2053.59 PASS AF=1;AO=124;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.39;QD=61.762;RBI=0.0290144;REFB=0;REVB=0.0287913;RO=0;SAF=87;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157661;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:133:0:0:124:133:1:37:87:0:0:46:87:0:0 chr2 242350466 . A G 252.75 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0156944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.84;QD=21.0622;RBI=0.0171519;REFB=-0.0247147;REVB=0.00691898;RO=23;SAF=19;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118718;STB=0.530431;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.028788;OID=.;OPOS=242350466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:5:19:18:5:5:19:18:6 chr2 242572846 . A G 736.82 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.463;QD=62.7077;RBI=0.0520303;REFB=0;REVB=0.0402272;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364487;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr2 242573211 . T C 399.12 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279547;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.738;QD=57.0166;RBI=0.037682;REFB=0;REVB=-0.025268;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10095e-05;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 242598667 . G A 379.72 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00690915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.93;QD=20.5253;RBI=0.0261731;REFB=-0.0132;REVB=0.0252447;RO=35;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642093;STB=0.541327;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0122248;OID=.;OPOS=242598667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:35:38:39:0.527027:20:18:14:21:20:19:14:21 chr2 242610773 . T A 1480.58 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0681401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.229;QD=58.6367;RBI=0.0769643;REFB=-0.112002;REVB=0.0357831;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000547734;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:0:1:100:100:0.990099:50:50:0:0:50:50:0:1 chr2 242680430 . A G 193.01 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0229155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.831;QD=13.7866;RBI=0.0347331;REFB=-0.00969361;REVB=0.0261011;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219273;STB=0.634034;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0115851;OID=.;OPOS=242680430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:10:12:11:22:10:13:11:22 chr2 242688292 . C T 244.05 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00326816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1263;QD=17.432;RBI=0.0173594;REFB=-0.0180649;REVB=0.017049;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948121;STB=0.553153;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0159369;OID=.;OPOS=242688292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:18:11:13:14:18:11 chr2 242688366 . C T 102.47 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0402765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9996;QD=17.821;RBI=0.0432126;REFB=0.0012091;REVB=0.0156567;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183634;STB=0.605879;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00113562;OID=.;OPOS=242688366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:6:5:8:4:6:5 chr2 242690675 . G A 220.28 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00379462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.64;QD=16.3173;RBI=0.0151925;REFB=0.000823185;REVB=0.0147109;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900295;STB=0.538431;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000844699;OID=.;OPOS=242690675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:11:13:13:16:12:13:13:16 chr2 242695201 . GCCCCCT CGCCCCT,GCCCCT,GCCCCTC 77.16 PASS AF=0.0515464,0.185567,0.0515464;AO=11,26,8;DP=100;FAO=5,18,5;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=5,11,3;FSAR=0,7,2;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0801473,-0.0702399,-0.0319102;FXX=0.029997;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=56.2713,10.2756,138.25;QD=3.1818;RBI=0.0825914,0.085574,0.0356109;REFB=-0.0444523,-0.169723,-0.00472269;REVB=-0.0199438,-0.0488801,-0.0158076;RO=47;SAF=10,13,3;SAR=1,13,5;SRF=15;SRR=32;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.67359,0.202495,0.0747541;STB=0.998543,0.719782,0.745367;STBP=0.002,0.048,0.335;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.184089,0.186124,0.14935;OID=.,.,.;OPOS=242695201,242695202,242695206;OREF=GC,C,CT;OALT=CG,-,TC;OMAPALT=CGCCCCT,GCCCCT,GCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:100:97:47:69:11,26,8:5,18,5:0.0515464,0.185567,0.0515464:1,13,5:10,13,3:15:32:0,7,2:5,11,3:22:47 chr2 242716380 . A T 102.64 PASS AF=0.325;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.03466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1312;QD=10.264;RBI=0.0413521;REFB=-0.0100223;REVB=-0.022554;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580046;STB=0.845621;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0358553;OID=.;OPOS=242716380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:25:27:13:13:0.325:2:11:8:17:2:11:9:18 chr2 242757411 . C T 407.75 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0302009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.625;QD=25.889;RBI=0.033407;REFB=-0.0135144;REVB=0.0142805;RO=24;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609871;STB=0.533316;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00798276;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:18:21:15:9:18:21:15:9 chr2 242758048 . T C,TC 33.7 PASS AF=0.0350877,0.140351;AO=2,11;DP=57;FAO=2,8;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=2,6;FSAR=0,2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.113729,-0.0904001;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=120.436,94.8739;QD=2.36476;RBI=0.115651,0.0918388;REFB=0.00151327,-0.00158031;REVB=-0.0209967,-0.0161923;RO=44;SAF=2,6;SAR=0,5;SRF=27;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.354683,-0.0859105;STB=0.994144,0.666223;STBP=0.204,0.383;TYPE=snp,ins;VARB=0.145794,0.0995163;OID=.,.;OPOS=242758048,242758049;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:57:57:44:47:2,11:2,8:0.0350877,0.140351:0,5:2,6:27:17:0,2:2,6:27:20 chr2 242758203 . T C 449.0 PASS AF=0.452632;AO=34;DP=97;FAO=43;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00238279;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.066;QD=18.9053;RBI=0.0127498;REFB=-0.030899;REVB=0.0125252;RO=49;SAF=31;SAR=3;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55672;STB=0.609155;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0346488;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:49:50:34:43:0.452632:3:31:26:23:12:31:27:23 chr2 242758326 . G A 194.74 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=55;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0461627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.627;QD=13.4304;RBI=0.047846;REFB=-0.0142462;REVB=-0.0125797;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120646;STB=0.540115;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0257039;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:29:33:23:25:0.431034:15:8:7:22:15:10:11:22 chr2 242793208 . G A 622.53 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00668708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.079;QD=21.4666;RBI=0.0118132;REFB=-0.00745253;REVB=0.00973827;RO=54;SAF=39;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491728;STB=0.527018;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00671127;OID=.;OPOS=242793208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:23:39:31:23:23:39:31:23 chr2 242793273 . A G 394.23 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00681707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.822;QD=14.8768;RBI=0.0209867;REFB=-0.0142947;REVB=-0.0198487;RO=61;SAF=17;SAR=28;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16909;STB=0.595195;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0227128;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:28:17:33:28:28:17:33:28 chr2 242793433 . G A 140.63 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000187818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2802;QD=13.0817;RBI=0.0253236;REFB=-0.0259209;REVB=-0.0253229;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165113;STB=0.596423;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0301975;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:16:11:9:7:16:11 chr2 242813124 . T C 1134.64 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8834;QD=60.514;RBI=0.11962;REFB=0;REVB=0.10164;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200892;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr2 242814283 . C T 386.59 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0590444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1413;QD=20.8965;RBI=0.0743891;REFB=-0.0175329;REVB=0.0452493;RO=35;SAF=24;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646611;STB=0.535696;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.017793;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:15:24:24:11:15:24:24:11 chr2 242814360 . T C 432.12 PASS AF=0.453608;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=12;FWDB=-0.0548773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.122;QD=17.8194;RBI=0.0558594;REFB=-0.0356276;REVB=-0.0104288;RO=52;SAF=25;SAR=18;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21843;STB=0.607206;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0469819;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:53:43:44:0.453608:18:25:41:11:18:26:41:12 chr2 242814463 . A T 515.39 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0356687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5052;QD=24.8381;RBI=0.0387944;REFB=-0.0270803;REVB=0.0152563;RO=35;SAF=30;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661578;STB=0.536262;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0139034;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:18:30:19:16:18:30:19:16 chr2 242814638 . CT CC,TC 130.29 PASS AF=0.4375,0;AO=8,3;DP=31;FAO=14,0;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0821694,-0.273329;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=197.854,25.5158;QD=16.2864;RBI=0.0821817,0.273377;REFB=-0.0355284,0.0421393;REVB=0.00142437,-0.00511781;RO=13;SAF=0,3;SAR=8,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.777682,0.620235;STB=0.618017,0.5;STBP=0.283,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0281738,0;OID=.,.;OPOS=242814639,242814638;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:17:8,3:14,0:0.4375,0:8,0:0,3:7:6:8,0:6,0:11:6 chr2 242815059 . C T 1888.8 PASS AF=0.992;AO=122;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00228279;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.303;QD=60.4416;RBI=0.0407856;REFB=-0.0272109;REVB=0.0407217;RO=1;SAF=81;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582953;STB=0.50303;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000251294;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:122:124:0.992:41:81:1:0:42:82:1:0 chr2 242839347 . C T 535.19 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0834113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3885;QD=26.429;RBI=0.0922628;REFB=-0.0459353;REVB=0.0394332;RO=32;SAF=16;SAR=33;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202465;STB=0.610741;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0360961;OID=.;OPOS=242839347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:33:16:19:13:33:16:19:13 chr2 242839363 . G C 623.63 PASS AF=0.571429;AO=55;DP=97;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0384278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0957;QD=25.4541;RBI=0.042881;REFB=-0.00734371;REVB=0.0190286;RO=42;SAF=18;SAR=37;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20196;STB=0.603528;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0057632;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:42:42:55:56:0.571429:37:18:24:18:37:19:24:18 chr3 239555 . CTTTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTTTGGA,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTT 149.27 PASS AF=0.0405405,0.864865,0.0135135;AO=3,11,14;DP=75;FAO=3,64,1;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=3,45,1;FSAR=0,19,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0880342,0.316587,0.622609;FXX=0.0512755;HRUN=15,15,15;LEN=3,2,1;MLLD=164.62,3.81601,2.03829;QD=8.0688;RBI=0.240703,2.46919,4.70247;REFB=-0.0145722,0.214853,0.383684;REVB=-0.224027,-2.44881,-4.66107;RO=6;SAF=3,11,14;SAR=0,0,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.531241,0.5;STBP=1,0.135,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.0311131,0.0909888,-0.0326151;OID=.,.,.;OPOS=239568,239556,239556;OREF=TTT,TT,T;OALT=GGA,-,-;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTGGA,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0405405,0.864865,0.0135135:3,11,14:75:3,64,1:74:6:3,45,1:0,19,0:6:0:13:6:3,11,14:0,0,0:6:0 chr3 361508 . C T 307.69 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0473173;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4222;QD=15.5792;RBI=0.0591333;REFB=-0.0159743;REVB=-0.0354658;RO=44;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079636;STB=0.536917;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0205983;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:45:34:34:0.43038:19:15:16:28:19:15:17:28 chr3 391100 . A G 2024.28 PASS AF=0.985185;AO=132;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0169452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.491;QD=59.9788;RBI=0.0348248;REFB=-0.0376054;REVB=0.0304241;RO=3;SAF=66;SAR=66;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021111;STB=0.507352;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00039466;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:135:135:3:2:132:133:0.985185:66:66:3:0:66:67:2:0 chr3 439963 . A G 1450.95 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0357944;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1845;QD=61.0924;RBI=0.0397056;REFB=-0.000957165;REVB=-0.0171841;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.509432;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000426696;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:1:2:93:93:0.978947:52:41:0:1:52:41:0:2 chr3 440028 . T C 1174.7 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665698;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.779;QD=61.0236;RBI=0.0239132;REFB=0;REVB=0.0229679;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98198e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:47:28:0:0:49:28:0:0 chr3 450391 . T C 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5465;QD=64.4068;RBI=0.0603246;REFB=0;REVB=0.0543312;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486988;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr3 450534 . T C 1914.73 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0190173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9289;QD=58.4651;RBI=0.0202324;REFB=0.0145252;REVB=0.00690595;RO=3;SAF=67;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207985;STB=0.51449;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00130548;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:131:3:4:127:127:0.969466:60:67:3:0:60:67:4:0 chr3 1107455 . T C 1598.9 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.72;QD=63.9562;RBI=0.0243423;REFB=0;REVB=0.0220381;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25209e-05;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:51:48:0:0:52:48:0:0 chr3 1262474 . T C 613.14 PASS AF=0.418182;AO=68;DP=165;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.0465071;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.931;QD=14.8641;RBI=0.0466185;REFB=0.00291784;REVB=-0.00322026;RO=94;SAF=44;SAR=24;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189853;STB=0.600437;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00653432;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:94:96:68:69:0.418182:24:44:44:50:25:44:45:51 chr3 1424718 . G A 737.59 PASS AF=0.44382;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.00288524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.607;QD=16.575;RBI=0.0178795;REFB=0.00108593;REVB=-0.0176452;RO=98;SAF=45;SAR=34;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291032;STB=0.519326;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00150852;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:98:99:79:79:0.44382:34:45:53:45:34:45:53:46 chr3 1424850 . T G 879.51 PASS AF=0.491892;AO=81;DP=175;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.0041712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.183;QD=19.0164;RBI=0.00478681;REFB=-0.00626997;REVB=-0.00234832;RO=92;SAF=50;SAR=31;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136149;STB=0.55958;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00610597;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:185:92:94:81:91:0.491892:31:50:44:48:36:55:46:48 chr3 3030128 . T C 435.62 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0148966;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.206;QD=15.2849;RBI=0.015196;REFB=-0.0262905;REVB=0.0030016;RO=64;SAF=28;SAR=20;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148412;STB=0.571399;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0298686;OID=.;OPOS=3030128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:65:48:49:0.429825:20:28:28:36:21:28:29:36 chr3 3067850 . A G 1968.67 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285253;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.564;QD=62.0055;RBI=0.00900358;REFB=0;REVB=-0.00853977;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115992;OID=.;OPOS=3067850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:64:62:0:0:65:62:0:0 chr3 3067853 . G A 472.16 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00612185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9458;QD=14.6405;RBI=0.0394415;REFB=-0.0102547;REVB=0.0389636;RO=75;SAF=24;SAR=29;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976079;STB=0.550989;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0176932;OID=.;OPOS=3067853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:76:53:53:0.410853:29:24:41:34:29:24:41:35 chr3 3076401 . C T 175.32 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0232332;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.672;QD=13.2316;RBI=0.0237436;REFB=-0.00900379;REVB=0.00489673;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665967;STB=0.5045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00808344;OID=.;OPOS=3076401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:32:21:21:0.396226:11:10:14:15:11:10:15:17 chr3 3076443 . A G 657.86 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.386;QD=61.1965;RBI=0.0110761;REFB=0;REVB=0.0090556;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247341;OID=.;OPOS=3076443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr3 3081750 . A T 772.76 PASS AF=0.360153;AO=94;DP=262;FAO=94;FDP=261;FR=.;FRO=167;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=87;FSRR=80;FWDB=-0.000300188;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1759;QD=11.8431;RBI=0.0083061;REFB=-0.00355872;REVB=0.00830068;RO=165;SAF=53;SAR=41;SRF=86;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048315;STB=0.527683;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00562437;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:165:167:94:94:0.360153:41:53:86:79:41:53:87:80 chr3 3081825 . T C 4136.38 PASS AF=1;AO=266;DP=269;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057354;FXX=0.011152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.983;QD=62.2012;RBI=0.0529889;REFB=-0.145724;REVB=0.0526776;RO=0;SAF=147;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128848;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:269:266:0:0:266:266:1:119:147:0:0:119:147:0:0 chr3 3098041 . G C 664.39 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00663732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.15;QD=23.9421;RBI=0.00835008;REFB=-0.0289315;REVB=0.00506653;RO=47;SAF=38;SAR=26;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824589;STB=0.545023;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0162772;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:47:47:64:64:0.576577:26:38:23:24:26:38:23:24 chr3 3115478 . T C 251.65 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0211613;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.412;QD=14.5886;RBI=0.0215571;REFB=-0.0208469;REVB=0.00411173;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074918;STB=0.54259;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0259486;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:40:29:29:0.42029:18:11:18:22:18:11:18:22 chr3 3139957 . T C 727.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.705;QD=63.2557;RBI=0.0337864;REFB=0;REVB=0.0293149;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58059e-05;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:29:17:0:0 chr3 3170791 . CC CT,GT 1598.76 PASS AF=0.5,0.5;AO=54,55;DP=111;FAO=55,55;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=26,28;FSAR=29,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509878,-0.0479614;FXX=0.0090082;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=77.9578,72.2686;QD=58.1368;RBI=0.0519078,0.0487771;REFB=0,0;REVB=-0.00973004,-0.0088833;RO=0;SAF=25,28;SAR=29,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.4002e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00336502,-0.0040555;OID=.,.;OPOS=3170792,3170791;OREF=C,CC;OALT=T,GT;OMAPALT=CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:111:110:0:0:54,55:55,55:0.5,0.5:29,27:25,28:0:0:29,27:26,28:0:0 chr3 3189279 . A G 958.17 PASS AF=0.92;AO=67;DP=73;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0242311;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.675;QD=51.1022;RBI=0.024342;REFB=-0.235634;REVB=0.00232088;RO=6;SAF=36;SAR=31;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072511;STB=0.53845;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00186146;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:73:75:6:6:67:69:0.92:31:36:6:0:33:36:6:0 chr3 3197918 . A G 1237.84 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0667027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.056;QD=58.9446;RBI=0.073168;REFB=-0.0714313;REVB=0.0300717;RO=2;SAF=28;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326237;STB=0.517237;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000843675;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:54:28:2:0:54:28:2:0 chr3 3886580 . A G 1372.22 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155177;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.791;QD=62.3735;RBI=0.0408469;REFB=0;REVB=0.0377845;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218804;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:38:49:0:0:39:49:0:0 chr3 3886721 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0528552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.707;QD=11.9533;RBI=0.0544585;REFB=-0.00718124;REVB=-0.013117;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380618;STB=0.729141;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0162699;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:4:7:2:6:4:7 chr3 3886847 . G C 192.39 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0275263;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1574;QD=11.4863;RBI=0.0296927;REFB=-0.0125315;REVB=-0.0111337;RO=41;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356338;STB=0.72074;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0139581;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:43:24:24:0.358209:6:18:18:23:6:18:18:25 chr3 3886919 . C T 514.02 PASS AF=0.410072;AO=56;DP=138;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0189223;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.804;QD=14.7919;RBI=0.0292671;REFB=-0.013122;REVB=-0.0223274;RO=82;SAF=34;SAR=22;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115023;STB=0.557785;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0213614;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:82:82:56:57:0.410072:22:34:41:41:23:34:41:41 chr3 3887093 . A G 722.39 PASS AF=0.530303;AO=70;DP=132;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00240417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.951;QD=21.8905;RBI=0.0164323;REFB=-0.0186344;REVB=0.0162555;RO=61;SAF=32;SAR=38;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690348;STB=0.541051;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0157091;OID=.;OPOS=3887093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:61:62:70:70:0.530303:38:32:23:38:38:32:23:39 chr3 3889222 . G T 390.82 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2713;QD=55.8315;RBI=0.0235516;REFB=0;REVB=-0.0199686;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204017;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr3 4046861 . A G 402.77 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.049862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5744;QD=19.1797;RBI=0.0583386;REFB=0.00852628;REVB=-0.030285;RO=41;SAF=30;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221501;STB=0.626566;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00886665;OID=.;OPOS=4046861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:43:41:41:0.488095:11:30:21:20:11:30:22:21 chr3 4403837 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.898;QD=62.668;RBI=0.0431977;REFB=0;REVB=0.0431563;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191186;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr3 4738837 . A G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00102163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.412;QD=9.49505;RBI=0.0181237;REFB=0.00667711;REVB=0.0180949;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266107;STB=0.531193;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00952994;OID=.;OPOS=4738837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:6:5:11:12:6:5:12:12 chr3 4817057 . T C 1234.82 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210308;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.206;QD=60.2351;RBI=0.0308763;REFB=-0.0520159;REVB=0.0226064;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000450045;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:82:1:1:81:81:0.987805:35:46:1:0:35:46:1:0 chr3 4856180 . T C 1062.27 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8935;QD=59.8462;RBI=0.0336778;REFB=0;REVB=0.0150892;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225592;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr3 4856234 . G A 670.87 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.517;QD=62.4064;RBI=0.00527198;REFB=0;REVB=0.000973372;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73934e-06;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:27:13:0:0:27:16:0:0 chr3 5021403 . C T 178.63 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0566393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.858;QD=31.0662;RBI=0.0762995;REFB=-0.0172158;REVB=0.0511234;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113101;STB=0.567491;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0067583;OID=.;OPOS=5021403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:16:17:0.73913:6:10:5:1:7:10:5:1 chr3 5024771 . T C 78.89 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.032703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.1;QD=6.57425;RBI=0.0351151;REFB=-0.00777338;REVB=-0.01279;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134744;STB=0.576329;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0221016;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:48:36:37:11:11:0.229167:7:4:17:19:7:4:17:20 chr3 5025645 . G C 238.9 PASS AF=0.30303;AO=29;DP=97;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00588551;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=260.697;QD=9.65243;RBI=0.00929407;REFB=-0.00355516;REVB=-0.00719309;RO=68;SAF=19;SAR=10;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25496;STB=0.63792;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00818554;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:68:69:29:30:0.30303:10:19:30:38:11:19:30:39 chr3 5025650 . G T 290.47 PASS AF=0.345794;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00720659;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=184.909;QD=10.8587;RBI=0.00844388;REFB=-0.00190659;REVB=-0.00440047;RO=70;SAF=24;SAR=13;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250257;STB=0.644299;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0100931;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:70:37:37:0.345794:13:24:30:40:13:24:30:40 chr3 5025654 . G A 287.86 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0159679;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9709;QD=10.5636;RBI=0.0174846;REFB=-0.00759277;REVB=-0.00712304;RO=70;SAF=24;SAR=13;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23517;STB=0.644377;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0301267;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:70:72:37:37:0.33945:13:24:31:39:13:24:31:41 chr3 5241309 . C A 361.61 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00582333;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.716;QD=22.9594;RBI=0.008548;REFB=-0.00325593;REVB=0.00625757;RO=26;SAF=25;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161845;STB=0.583042;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00291448;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:27:36:36:0.571429:11:25:13:13:11:25:14:13 chr3 6903297 . C T 1283.28 PASS AF=0.520661;AO=126;DP=246;FAO=126;FDP=242;FR=.;FRO=116;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=0.0230773;FXX=0.0358551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.137;QD=21.2112;RBI=0.0234668;REFB=-0.00487521;REVB=0.00425821;RO=116;SAF=49;SAR=77;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129863;STB=0.571083;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00406318;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:242:116:116:126:126:0.520661:77:49:62:54:77:49:62:54 chr3 7494417 . A T 458.49 PASS AF=0.469388;AO=43;DP=96;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00236003;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.25;QD=18.7141;RBI=0.00530079;REFB=-0.0176543;REVB=0.00474643;RO=52;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572494;STB=0.515633;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0175399;OID=.;OPOS=7494417;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:52:52:43:46:0.469388:24:19:20:32:27:19:20:32 chr3 8406253 . G A 696.77 PASS AF=0.449102;AO=74;DP=152;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0155875;FXX=0.00595203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.0586;QD=16.6891;RBI=0.0158493;REFB=-0.00975555;REVB=0.00286844;RO=78;SAF=35;SAR=39;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132296;STB=0.536303;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0127674;OID=.;OPOS=8406253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:167:78:92:74:75:0.449102:39:35:38:40:40:35:49:43 chr3 8556671 . T G 850.65 PASS AF=0.472826;AO=87;DP=185;FAO=87;FDP=184;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.00297734;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.874;QD=18.4924;RBI=0.00298972;REFB=0.00459476;REVB=0.000271786;RO=95;SAF=47;SAR=40;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232003;STB=0.518551;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00565321;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:95:97:87:87:0.472826:40:47:49:46:40:47:49:48 chr3 8675539 . G A 476.77 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0239568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1564;QD=15.3798;RBI=0.026669;REFB=-0.0328344;REVB=-0.0117179;RO=68;SAF=31;SAR=22;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100964;STB=0.545185;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0368591;OID=.;OPOS=8675539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:68:71:53:53:0.427419:22:31:33:35:22:31:36:35 chr3 8676204 . A G 1556.33 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.872;QD=59.859;RBI=0.0553657;REFB=0;REVB=0.0442841;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137021;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:55:48:0:0:55:49:0:0 chr3 8701430 . T C 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.000842857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.477;QD=12.0838;RBI=0.01361;REFB=-0.0241076;REVB=-0.0135838;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246434;STB=0.644982;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0284734;OID=.;OPOS=8701430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:6:10:12:18:6:10:12:18 chr3 8809222 . C T 6042.7 PASS AF=1;AO=381;DP=389;FAO=382;FDP=382;FR=.;FRO=0;FSAF=209;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565388;FXX=0.0179944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.23;QD=63.2743;RBI=0.0859454;REFB=-0.0606604;REVB=0.0647299;RO=1;SAF=208;SAR=173;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320443;OID=.;OPOS=8809222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:389:382:1:0:381:382:1:173:208:0:1:173:209:0:0 chr3 8809703 . G A 888.16 PASS AF=0.620155;AO=78;DP=128;FAO=80;FDP=129;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00795561;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.303;QD=27.5399;RBI=0.00871538;REFB=-0.0324132;REVB=0.00355895;RO=47;SAF=37;SAR=41;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436784;STB=0.506885;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0179651;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:47:49:78:80:0.620155:41:37:22:25:41:39:23:26 chr3 8955389 . C T 1028.63 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000110373;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.219;QD=59.6305;RBI=0.00996939;REFB=0;REVB=-0.00996878;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61941e-05;OID=.;OPOS=8955389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr3 8973271 . G T 288.57 PASS AF=1;AO=15;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.933;QD=52.4666;RBI=0.0571607;REFB=0;REVB=0.0191187;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224507;OID=.;OPOS=8973271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:15:22:1:9:6:0:0:10:12:0:0 chr3 8973283 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.998;QD=51.9162;RBI=0.046787;REFB=0;REVB=-0.0466987;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124508;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr3 9005078 . C T 3765.35 PASS AF=0.976471;AO=249;DP=256;FAO=249;FDP=255;FR=.;FRO=6;FSAF=98;FSAR=151;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0285942;FXX=0.0039061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.884;QD=59.0643;RBI=0.0344633;REFB=-0.0404518;REVB=0.0192378;RO=5;SAF=98;SAR=151;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000252443;STB=0.50262;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000100833;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:256:255:5:6:249:249:0.976471:151:98:2:3:151:98:3:3 chr3 9024017 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3295;QD=47.8206;RBI=0.0245608;REFB=0;REVB=0.0131264;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021854;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr3 9024146 . C A 726.86 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167838;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2256;QD=57.0082;RBI=0.0203428;REFB=0;REVB=0.0114949;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263467;OID=.;OPOS=9024146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr3 9091151 . C G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00625989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.058;QD=17.0888;RBI=0.0139426;REFB=-0.0109648;REVB=-0.0124583;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14441;STB=0.572461;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0133228;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:28:25:25:0.471698:10:15:12:15:10:15:13:15 chr3 9122948 . A G 1858.71 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.371;QD=61.4448;RBI=0.045489;REFB=0;REVB=0.0242387;RO=0;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93401e-05;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:69:51:0:0:70:51:0:0 chr3 9406836 . T C 1525.63 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9652;QD=59.8285;RBI=0.0355503;REFB=0;REVB=-0.00386896;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014574;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr3 9422210 . T C 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.988;QD=59.5;RBI=0.013356;REFB=0;REVB=-0.00922559;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36677e-07;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr3 9425911 . G A 893.98 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.45;QD=54.1808;RBI=0.0239509;REFB=-0.0285608;REVB=0.016262;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00177047;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:0:2:64:64:0.969697:28:36:0:0:28:36:2:0 chr3 9540366 . C G 1491.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.153;QD=63.4753;RBI=0.0348528;REFB=0;REVB=0.0288333;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95998e-05;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr3 9870777 . A C 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000177834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.977;QD=18.6381;RBI=0.00578336;REFB=-0.00554255;REVB=0.00578063;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280067;STB=0.659796;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00618334;OID=.;OPOS=9870777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:6:10:5:11:6:10 chr3 9908749 . G C 1425.27 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.082;QD=60.6497;RBI=0.0998069;REFB=-0.185916;REVB=0.0988268;RO=1;SAF=65;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172314;STB=0.50877;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00304044;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:94:1:1:92:93:0.989362:27:65:0:1:28:65:0:1 chr3 9934605 . T C 239.4 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.803;QD=50.3997;RBI=0.0524209;REFB=0;REVB=0.051231;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279575;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:7:12:0:0 chr3 9970031 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0330826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3219;QD=37.8921;RBI=0.0339677;REFB=-0.0556162;REVB=-0.00770348;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.037384;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr3 9975247 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.897;QD=35.5759;RBI=0.0459637;REFB=0;REVB=0.0392954;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101107;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr3 9976159 . A C,G 999.0 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=5,63;DP=68;FAO=6,63;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=6,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150874,-0.0298579;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.4553,114.963;QD=57.9133;RBI=0.0281984,0.0325933;REFB=0,0;REVB=-0.0238227,-0.01307;RO=0;SAF=0,27;SAR=5,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.31521e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.194532,-0.00439659;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:68:69:0:0:5,63:6,63:0.0869565,0.913043:5,36:0,27:0:0:6,36:0,27:0:0 chr3 9991388 . G C 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.589;QD=59.9954;RBI=0.0243395;REFB=0;REVB=-0.0179679;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06655e-06;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr3 10050110 . C T 173.24 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.0565423;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.731;QD=13.5877;RBI=0.0606667;REFB=-0.0221531;REVB=-0.0219868;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417867;STB=0.745567;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0365771;OID=.;OPOS=10050110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:31:20:20:0.392157:9:11:4:25:9:11:4:27 chr3 10070336 . G C 185.4 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00561181;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.233;QD=17.657;RBI=0.0290991;REFB=-0.0210699;REVB=0.0285528;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333225;STB=0.50251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0191788;OID=.;OPOS=10070336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:18:19:0.452381:8:10:12:11:9:10:12:11 chr3 10088266 . G T 155.23 PASS AF=0.208;AO=25;DP=124;FAO=26;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.021242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.956;QD=4.96741;RBI=0.0219402;REFB=-0.000802783;REVB=0.00549098;RO=93;SAF=10;SAR=15;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391938;STB=0.548882;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00303339;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:93:99:25:26:0.208:15:10:40:53:16:10:44:55 chr3 10088299 . C T 178.08 PASS AF=0.233333;AO=28;DP=120;FAO=28;FDP=120;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00161918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.226;QD=5.93594;RBI=0.00753934;REFB=-0.00533452;REVB=0.00736342;RO=92;SAF=10;SAR=18;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087958;STB=0.553981;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0112497;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:92:92:28:28:0.233333:18:10:39:53:18:10:39:53 chr3 10088308 . T C 200.78 PASS AF=0.254237;AO=29;DP=120;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0159924;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.275;QD=6.80597;RBI=0.0167243;REFB=-0.00446482;REVB=-0.00489347;RO=89;SAF=11;SAR=18;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758485;STB=0.542183;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0109801;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:89:88:29:30:0.254237:18:11:39:50:19:11:37:51 chr3 10088343 . A G 221.2 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.011921;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8114;QD=9.94156;RBI=0.0129157;REFB=0.00294889;REVB=0.00497054;RO=61;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194659;STB=0.511404;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00355903;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:61:61:28:28:0.314607:17:11:23:38:17:11:23:38 chr3 10088404 . C T 50.58 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.000437451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.165;QD=4.70536;RBI=0.0266836;REFB=-0.0206389;REVB=-0.0266801;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773982;STB=0.550155;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0654481;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:34:34:9:9:0.209302:5:4:13:21:5:4:13:21 chr3 10089723 . G A 68.31 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0598207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.607;QD=3.29191;RBI=0.0601053;REFB=0.00221659;REVB=-0.0058425;RO=70;SAF=6;SAR=7;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657441;STB=0.544376;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.010278;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:70:70:13:13:0.156627:7:6:36:34:7:6:36:34 chr3 10089738 . A G 43.15 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00128044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7185;QD=2.39734;RBI=0.00440141;REFB=0.00190111;REVB=-0.00421104;RO=62;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0215698;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:62:63:9:9:0.125:4:5:34:28:4:5:35:28 chr3 10142949 . C T 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0134477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.084;QD=19.7145;RBI=0.0148159;REFB=-0.0136094;REVB=-0.00621835;RO=50;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654958;STB=0.536356;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0147608;OID=.;OPOS=10142949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:24:23:28:22:24:23:28:22 chr3 10183274 . C T 120.18 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429704;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5252;QD=43.7012;RBI=0.0562146;REFB=0;REVB=0.0362439;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039682;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr3 10188339 . TTAA TA,T,TTA,TTTA 222.46 PASS AF=0.0882353,0.588235,0,0;AO=5,7,4,3;DP=39;FAO=3,20,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=3,1,0,0;FSAR=0,19,0,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0916268,0.0695907,0.143452,0.0631264;FXX=0.0285633;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,3,1,1;MLLD=22.3309,30.3979,11.6318,7.74254;QD=26.1716;RBI=0.343619,0.201348,0.253127,0.143655;REFB=-0.0885076,-0.0618,-0.125718,-0.045138;REVB=0.331178,0.188939,0.208554,-0.129042;RO=12;SAF=1,0,0,0;SAR=4,7,4,3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.27779,-0.745915,-0.664388,-0.613239;STB=0.996203,0.819697,0.5,0.5;STBP=0.084,0.006,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0822807,0.0436618,0.0844968,0;OID=.,.,.,.;OPOS=10188340,10188340,10188341,10188341;OREF=TA,TAA,A,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TA,T,TTA,TTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0882353,0.588235,0,0:5,7,4,3:39:3,20,0,0:34:11:3,1,0,0:0,19,0,0:5:6:74:12:1,0,0,0:4,7,4,3:5:7 chr3 10276163 . T A 1109.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.788;QD=59.984;RBI=0.0139782;REFB=0;REVB=0.00159731;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.498e-05;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:28:41:0:0:29:45:0:0 chr3 10290952 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0222291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.795;QD=19.7628;RBI=0.0541023;REFB=-0.0269857;REVB=0.0493246;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112004;STB=0.563123;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0215415;OID=.;OPOS=10290952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:10:15:11:12:10:15 chr3 10302056 . A G 113.08 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0944005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.562;QD=17.3974;RBI=0.0994697;REFB=-0.0146436;REVB=0.031349;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.615207;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0154365;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:12:13:0.5:8:4:8:5:8:5:8:5 chr3 10302172 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.09606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.397;QD=51.1831;RBI=0.098477;REFB=0;REVB=0.0216839;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348431;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr3 10311918 . C T 558.39 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0241341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2828;QD=19.0903;RBI=0.0280512;REFB=-0.0455757;REVB=0.0142975;RO=58;SAF=33;SAR=25;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109466;STB=0.547476;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.046285;OID=.;OPOS=10311918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:58:59:58:58:0.495726:25:33:26:32:26:32:27:32 chr3 10311939 . C T 435.95 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0099607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.679;QD=14.2936;RBI=0.010391;REFB=-0.012778;REVB=0.00295925;RO=71;SAF=23;SAR=27;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637301;STB=0.531832;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0191877;OID=.;OPOS=10311939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:72:50:50:0.409836:27:23:37:34:27:23:37:35 chr3 10312507 . A G 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.000970478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.093;QD=20.6408;RBI=0.0929242;REFB=-0.00543107;REVB=-0.0929191;RO=41;SAF=27;SAR=16;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101074;STB=0.555734;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00475391;OID=.;OPOS=10312507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:16:27:30:11:16:27:30:11 chr3 10334516 . C T 240.47 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0362645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.948;QD=21.3751;RBI=0.0385792;REFB=-0.0054288;REVB=-0.0131623;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092715;STB=0.514273;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00958446;OID=.;OPOS=10334516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:9:14:13:8:9:14:14:8 chr3 10353626 . C T 387.53 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00931836;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.988;QD=14.0919;RBI=0.0133734;REFB=-0.0143506;REVB=0.0095925;RO=64;SAF=13;SAR=32;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853261;STB=0.544918;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0184253;OID=.;OPOS=10353626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:64:65:45:45:0.409091:32:13:23:41:32:13:23:42 chr3 10379923 . C T 812.88 PASS AF=0.449735;AO=85;DP=189;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.00146259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.128;QD=17.2038;RBI=0.0145696;REFB=-0.029741;REVB=0.014496;RO=104;SAF=47;SAR=38;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729359;STB=0.540435;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0353656;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:104:104:85:85:0.449735:38:47:65:39:38:47:65:39 chr3 10413526 . G A 1286.55 PASS AF=0.57619;AO=120;DP=209;FAO=121;FDP=210;FR=.;FRO=89;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=-0.0142125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.925;QD=24.5056;RBI=0.0298454;REFB=-0.0261505;REVB=0.0262441;RO=88;SAF=68;SAR=52;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466355;STB=0.529142;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0209703;OID=.;OPOS=10413526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:88:89:120:121:0.57619:52:68:55:33:53:68:56:33 chr3 10420087 . T C 264.76 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0402065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.654;QD=20.7652;RBI=0.040244;REFB=-0.024732;REVB=0.00173667;RO=24;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766718;STB=0.542825;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0258843;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:9:18:14:10:9:18:14:10 chr3 10885920 . T C 2203.94 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0242846;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.212;QD=62.0828;RBI=0.0243653;REFB=-0.0158902;REVB=0.00198178;RO=0;SAF=70;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000139198;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:0:1:140:141:0.992958:70:70:0:0:71:70:1:0 chr3 10975849 . C T 381.84 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0136195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4886;QD=17.3563;RBI=0.0140427;REFB=-0.00360224;REVB=-0.00342155;RO=48;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18905;STB=0.605566;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00632286;OID=.;OPOS=10975849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:22:18:31:17:22:18:31:17 chr3 11302933 . A G 621.62 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.753;QD=57.8251;RBI=0.0882903;REFB=-0.108459;REVB=0.0881872;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354713;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:2:0:41:43:1:15:26:0:2:17:26:0:0 chr3 11303874 . T C 1593.2 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267261;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.743;QD=60.1208;RBI=0.00584535;REFB=0;REVB=0.00519858;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167479;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chr3 11372894 . C T 374.65 PASS AF=0.340741;AO=46;DP=136;FAO=46;FDP=135;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0179954;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.447;QD=11.1006;RBI=0.0280618;REFB=-0.0185855;REVB=-0.0215321;RO=89;SAF=16;SAR=30;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109365;STB=0.563112;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0365341;OID=.;OPOS=11372894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:89:89:46:46:0.340741:30:16:39:50:30:16:39:50 chr3 11596348 . C T 256.37 PASS AF=0.416667;AO=22;DP=78;FAO=30;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0556307;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.996;QD=14.2427;RBI=0.0557774;REFB=-0.00577812;REVB=-0.00404322;RO=46;SAF=5;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343141;STB=0.511271;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0205802;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:72:46:42:22:30:0.416667:17:5:23:23:17:13:19:23 chr3 11643465 . T C 735.6 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.85;QD=54.4887;RBI=0.0577043;REFB=-0.0837027;REVB=0.0551075;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000339205;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:24:28:0:1:25:28:0:1 chr3 11886451 . G A 394.88 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00177651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1262;QD=20.2504;RBI=0.0297957;REFB=-0.0167531;REVB=-0.0297427;RO=36;SAF=27;SAR=13;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191261;STB=0.505129;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0162449;OID=.;OPOS=11886451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:38:40:40:0.512821:13:27:25:11:13:27:26:12 chr3 11887991 . C G 425.38 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0683962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.339;QD=18.296;RBI=0.068475;REFB=-0.0318208;REVB=-0.00328307;RO=48;SAF=25;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383216;STB=0.521555;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0259782;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:49:43:44:0.473118:18:25:26:22:18:26:27:22 chr3 11994493 . C T 397.52 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0285581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.592;QD=46.7669;RBI=0.0441193;REFB=-0.0459904;REVB=0.0336296;RO=4;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123724;STB=0.566622;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00152502;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:13:17:0:4:13:17:0:4 chr3 12046076 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.356;QD=53.9097;RBI=0.0930452;REFB=0;REVB=-0.00323645;RO=0;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381621;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:23:1:0:0:23:1:0:0 chr3 12046124 . AG GC 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=83.5418;QD=36.3482;RBI=0.0342455;REFB=0.051396;REVB=-0.0342455;RO=1;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0437092;OID=.;OPOS=12046124;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:11:0:0:1:11:0:0:1 chr3 12225145 . T C 445.19 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00967003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.419;QD=20.0085;RBI=0.0306727;REFB=-0.0305453;REVB=0.0291085;RO=41;SAF=17;SAR=27;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041773;STB=0.51886;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0251189;OID=.;OPOS=12225145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:41:44:44:45:0.505618:27:17:14:27:27:18:16:28 chr3 12229015 . A G 340.32 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=39;FWDB=-0.00349893;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6979;QD=17.6789;RBI=0.011768;REFB=-0.0239278;REVB=-0.0112358;RO=34;SAF=4;SAR=32;SRF=2;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130148;STB=0.596594;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0272277;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:34:41:36:36:0.467532:32:4:2:32:32:4:2:39 chr3 12232074 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.779;QD=59.1429;RBI=0.0205377;REFB=0;REVB=0.00796167;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18069e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr3 12475557 . C T 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0026039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.639;QD=5.59974;RBI=0.00452648;REFB=-0.00402029;REVB=0.00370253;RO=42;SAF=8;SAR=3;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179993;STB=0.617534;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0192765;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:3:8:25:17:3:8:25:17 chr3 12857485 . G C 1978.86 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.589;QD=61.3601;RBI=0.0165337;REFB=0;REVB=0.0114083;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6117e-05;OID=.;OPOS=12857485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:126:129:1:68:58:0:0:68:61:0:0 chr3 12977937 . TC T 159.35 PASS AF=0.833333;AO=21;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0238666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5798;QD=21.246;RBI=0.281172;REFB=-0.0551472;REVB=0.280157;RO=9;SAF=21;SAR=0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.844818;STB=0.560922;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=0.0697994;OID=.;OPOS=12977938;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:21:30:25:30:5:23:2:4:1:16:9:21:0:6:3 chr3 13358204 . G A 274.72 PASS AF=0.537037;AO=27;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0604243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1298;QD=20.3499;RBI=0.091577;REFB=-0.039234;REVB=0.0688131;RO=25;SAF=21;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282033;STB=0.545727;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0287555;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:27:29:0.537037:6:21:20:5:8:21:20:5 chr3 13361287 . C T 1521.27 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0148456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.491;QD=61.4654;RBI=0.0519416;REFB=-0.112333;REVB=0.0497749;RO=1;SAF=61;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771231;STB=0.502784;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000273743;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:36:61:1:0:36:61:1:1 chr3 13361391 . A G 1396.43 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.89;QD=62.7609;RBI=0.0352327;REFB=0;REVB=0.022841;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50818e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:46:43:0:0 chr3 13364876 . G T 1497.82 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4036;QD=61.1357;RBI=0.134248;REFB=-0.17155;REVB=0.129225;RO=1;SAF=54;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870024;STB=0.504504;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00520111;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:98:1:1:94:97:0.989796:40:54:1:0:42:55:1:0 chr3 13367406 . C T 1866.81 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0264667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.198;QD=59.7381;RBI=0.0454861;REFB=-0.0220889;REVB=0.0369932;RO=1;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904858;STB=0.501265;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000348904;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:125:1:2:123:123:0.984:52:71:0:1:52:71:1:1 chr3 13383540 . A G 436.12 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0286063;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.499;QD=20.7677;RBI=0.0298804;REFB=0.00337307;REVB=0.00863239;RO=40;SAF=25;SAR=18;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621652;STB=0.539153;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00359055;OID=.;OPOS=13383540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:41:43:43:0.511905:18:25:26:14:18:25:27:14 chr3 13395579 . C A 510.73 PASS AF=0.539326;AO=46;DP=99;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.000261155;FXX=0.101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9063;QD=22.954;RBI=0.0165774;REFB=-0.0509609;REVB=0.0165754;RO=32;SAF=29;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046571;STB=0.526461;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.038018;OID=.;OPOS=13395579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:89:32:41:46:48:0.539326:17:29:22:10:19:29:27:14 chr3 13407556 . T C 533.04 PASS AF=0.528846;AO=52;DP=101;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=-0.0205046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.923;QD=20.5015;RBI=0.0250849;REFB=-0.0156374;REVB=0.0144503;RO=47;SAF=9;SAR=43;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570554;STB=0.548907;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0154632;OID=.;OPOS=13407556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:47:49:52:55:0.528846:43:9:10:37:46:9:11:38 chr3 13417817 . C T 672.78 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0220807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.531;QD=18.5594;RBI=0.0242981;REFB=-0.0251324;REVB=-0.010141;RO=77;SAF=39;SAR=29;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273507;STB=0.515166;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0263245;OID=.;OPOS=13417817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:77:68:68:0.468966:29:39:42:35:29:39:42:35 chr3 13545697 . C T 280.35 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0755327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.359;QD=15.1541;RBI=0.0755672;REFB=-0.0015123;REVB=0.00228197;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713473;STB=0.580595;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00422253;OID=.;OPOS=13545697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:42:31:32:0.432432:19:12:11:18:19:13:23:19 chr3 13670536 . A G 951.46 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1045;QD=56.8038;RBI=0.114834;REFB=0;REVB=-0.00717552;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652777;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:58:67:1:43:15:0:0:43:24:0:0 chr3 13670774 . TTT CTC,TCG,TTC 523.22 PASS AF=0,0.0263158,0.947368;AO=2,5,12;DP=38;FAO=0,1,36;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1,21;FSAR=0,0,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0751517,-0.0666544,-0.0527589;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=3,2,1;MLLD=112.479,117.786,134.356;QD=55.0761;RBI=0.0790644,0.0672463,0.0630496;REFB=-0.0208257,0.0766276,-0.084788;REVB=0.024564,0.0089025,0.0345216;RO=0;SAF=1,4,5;SAR=1,1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.511621;STBP=1,1,0.51;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0.00481505,0.00109944;OID=.,.,.;OPOS=13670774,13670775,13670776;OREF=TTT,TT,T;OALT=CTC,CG,C;OMAPALT=CTC,TCG,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:38:38:0:1:2,5,12:0,1,36:0,0.0263158,0.947368:1,1,7:1,4,5:0:0:0,0,15:0,1,21:1:0 chr3 13679203 . G A 1437.41 PASS AF=0.980392;AO=97;DP=100;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00713345;FXX=0.0285687;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.39;QD=56.3692;RBI=0.0419439;REFB=0.0180794;REVB=0.0413328;RO=2;SAF=40;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231196;STB=0.511626;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000985156;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:102:2:2:97:100:0.980392:57:40:2:0:58:42:2:0 chr3 13679335 . C T 1208.25 PASS AF=0.965116;AO=80;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0735914;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.222;QD=56.1976;RBI=0.0788544;REFB=-0.241872;REVB=0.0283253;RO=2;SAF=28;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326164;STB=0.523071;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00351643;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:86:86:2:3:80:83:0.965116:52:28:2:0:52:31:3:0 chr3 13689452 . C T 272.27 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0220568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0273;QD=17.2868;RBI=0.0341326;REFB=-0.0163118;REVB=0.0260486;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170254;STB=0.509548;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0152628;OID=.;OPOS=13689452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:14:16:17:16:14:16:17:16 chr3 13896140 . A G 552.4 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0218808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.217;QD=16.4895;RBI=0.0230466;REFB=-0.0192841;REVB=-0.00723701;RO=72;SAF=21;SAR=38;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350064;STB=0.534331;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.022741;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:75:59:59:0.440299:38:21:28:44:38:21:31:44 chr3 13896284 . C T 463.31 PASS AF=0.298578;AO=63;DP=211;FAO=63;FDP=211;FR=.;FRO=148;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=86;FSRR=62;FWDB=0.0134358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.768;QD=8.78314;RBI=0.0140875;REFB=-0.00607645;REVB=0.00423537;RO=148;SAF=30;SAR=33;SRF=86;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125943;STB=0.573203;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0125563;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:148:148:63:63:0.298578:33:30:86:62:33:30:86:62 chr3 14106499 . G A 314.28 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00284128;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.853;QD=16.7616;RBI=0.00432847;REFB=0.00173891;REVB=-0.00326538;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173682;STB=0.603164;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00321453;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:33:34:0.453333:12:21:19:22:12:22:19:22 chr3 14123156 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0135746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.582;QD=14.2417;RBI=0.0173611;REFB=-0.0101572;REVB=-0.0108231;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117181;STB=0.573707;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0127096;OID=.;OPOS=14123156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:9:13:21:9:9:13:22:9 chr3 14174427 . A T 205.25 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0111196;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.204;QD=22.189;RBI=0.0132761;REFB=-0.0194191;REVB=0.00725312;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264095;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141368;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:6:11:13:7:6:11 chr3 14175262 . T C 775.78 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234518;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.832;QD=57.4655;RBI=0.0502676;REFB=0;REVB=0.0444617;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102127;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:54:0:0:55:54:1:24:31:0:0:23:31:0:0 chr3 14184061 . CAAAACA C 40.21 PASS AF=0.27027;AO=6;DP=50;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0123362;FXX=0.327213;HRUN=4;LEN=6;MLLD=234.7;QD=4.34689;RBI=0.0231257;REFB=-0.00866655;REVB=-0.0195606;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493816;STB=0.551624;STBP=0.743;TYPE=del;VARB=0.0224414;OID=.;OPOS=14184062;OREF=AAAACA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:6:50:10:37:27:6:4:18:9:40:14:5:1:12:2 chr3 14187449 . G T 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.236;QD=63.6137;RBI=0.0507109;REFB=0;REVB=0.0453705;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81433e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:36:59:0:0:36:59:0:0 chr3 14197987 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.401;QD=56.7059;RBI=0.0408305;REFB=0;REVB=0.0302939;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156546;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr3 14199887 . G A 298.48 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0076387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6062;QD=23.878;RBI=0.0722881;REFB=-0.0124493;REVB=-0.0718834;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131256;STB=0.57308;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0135217;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:10:13:11:16:10:13 chr3 14220023 . G C 538.02 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0350055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8215;QD=19.2151;RBI=0.0406979;REFB=-0.023409;REVB=-0.0207589;RO=53;SAF=23;SAR=32;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180795;STB=0.588801;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0284856;OID=.;OPOS=14220023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:53:56:55:56:0.5:32:23:33:20:32:24:34:22 chr3 14436184 . GT G 288.59 PASS AF=0.447368;AO=29;DP=72;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.000599674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.422;QD=15.1889;RBI=0.0296511;REFB=-0.0236967;REVB=0.029645;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970462;STB=0.531484;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.0318107;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:29:72:34:76:42:20:14:27:15:99:42:16:13:27:15 chr3 14526667 . C CGTGT,T 143.04 PASS AF=0.333333,0.380952;AO=6,8;DP=39;FAO=7,8;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=6,6;FSAR=1,2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0532981,-0.0949153;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=117.868,78.5218;QD=27.2462;RBI=0.109657,0.117502;REFB=-0.0389141,-0.0389767;REVB=0.0958335,0.0692667;RO=25;SAF=5,6;SAR=1,2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.368667,0.246785;STB=0.666317,0.666346;STBP=0.741,0.344;TYPE=ins,snp;VARB=0.0845144,0.0373528;OID=.,.;OPOS=14526668,14526667;OREF=-,C;OALT=GTGT,T;OMAPALT=CGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:39:21:25:6:6,8:7,8:0.333333,0.380952:1,2:5,6:14:11:1,2:6,6:6:0 chr3 14551444 . A G 331.48 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0329064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9843;QD=12.6277;RBI=0.0451632;REFB=-0.0143001;REVB=-0.0309335;RO=65;SAF=18;SAR=22;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461689;STB=0.526303;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0218629;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:22:18:32:33:22:18:32:33 chr3 14552958 . T C 68.57 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0237201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.379;QD=8.3113;RBI=0.0237318;REFB=-0.0211624;REVB=-0.000746821;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529173;STB=0.823022;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0184442;OID=.;OPOS=14552958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:32:33:23:23:9:10:0.30303:6:3:19:4:7:3:19:4 chr3 14552994 . A G 40.83 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00938099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.6084;QD=7.42288;RBI=0.0476241;REFB=-0.0337737;REVB=-0.046691;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.567382;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0339586;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:19:22:13:15:6:7:0.318182:3:3:8:5:3:4:10:5 chr3 14555216 . T C 245.43 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0522951;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5535;QD=12.9174;RBI=0.0562835;REFB=-0.0203875;REVB=-0.0208099;RO=45;SAF=15;SAR=14;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16088;STB=0.588607;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0152952;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:47:29:29:0.381579:14:15:30:15:14:15:31:16 chr3 14555811 . A G 149.4 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0225844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7722;QD=19.2779;RBI=0.0227351;REFB=-0.0114086;REVB=0.0026134;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863963;STB=0.54616;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00669375;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:15:15:16:0.516129:9:6:7:7:10:6:7:8 chr3 14561627 . A AG 781.96 PASS AF=1;AO=66;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.242526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.8531;QD=41.1558;RBI=0.242594;REFB=0;REVB=-0.00577628;RO=10;SAF=34;SAR=32;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0040705;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:77:76:76:0:41:35:0:0:15:10:34:32:8:2 chr3 14563258 . A G 200.41 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00444485;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3095;QD=13.5868;RBI=0.00464225;REFB=0.00306585;REVB=-0.00133933;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251423;STB=0.648982;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00831685;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:35:24:24:0.40678:13:11:24:10:13:11:25:10 chr3 14712473 . G A 396.21 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0069596;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.427;QD=14.9513;RBI=0.0073153;REFB=-0.0011772;REVB=0.00225335;RO=59;SAF=26;SAR=19;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364028;STB=0.521544;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00284863;OID=.;OPOS=14712473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:59:61:45:45:0.424528:19:26:32:27:19:26:33:28 chr3 14724345 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00135112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.051;QD=10.8324;RBI=0.0373849;REFB=0.0119244;REVB=-0.0373605;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988257;STB=0.563303;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0264406;OID=.;OPOS=14724345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:9:13:27:13:9:13:28:13 chr3 14724413 . G A 214.46 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.000972244;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.725;QD=10.4616;RBI=0.012494;REFB=0.00101521;REVB=0.0124561;RO=55;SAF=15;SAR=12;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161961;STB=0.593772;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00111903;OID=.;OPOS=14724413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:55:55:27:27:0.329268:12:15:38:17:12:15:38:17 chr3 14745857 . G A 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0115827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.975;QD=27.6503;RBI=0.0212153;REFB=-0.0171947;REVB=-0.0177745;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347362;STB=0.519292;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0100923;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:11:7:4:5:11:7:4:5 chr3 14755572 . A G 457.19 PASS AF=0.432203;AO=49;DP=116;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.00586249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.613;QD=15.4979;RBI=0.00877668;REFB=-0.00814117;REVB=-0.00653156;RO=67;SAF=27;SAR=22;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079621;STB=0.55587;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00680156;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:67:67:49:51:0.432203:22:27:42:25:24:27:42:25 chr3 14755617 . C G 383.59 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0286994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.887;QD=17.2401;RBI=0.0287552;REFB=-0.00110303;REVB=0.00179128;RO=49;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545808;STB=0.530586;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0021819;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:21:19:26:23:21:19:26:23 chr3 14768534 . A G 193.59 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00690258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.379;QD=16.8335;RBI=0.00715631;REFB=-0.0430869;REVB=-0.00188867;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262169;STB=0.64985;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0547415;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:10:16:7:13:10:16 chr3 14939479 . G T 906.88 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0789286;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.513;QD=55.8077;RBI=0.102318;REFB=-0.0926318;REVB=0.0651101;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129354;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0293616;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:62:64:0.984615:26:36:1:0:27:37:1:0 chr3 15114873 . G A 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0135566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.925;QD=8.64013;RBI=0.0144776;REFB=0.00256056;REVB=-0.00508139;RO=34;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212776;STB=0.63219;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0120227;OID=.;OPOS=15114873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:3:10:21:13:3:10:21:13 chr3 15216429 . C T 976.2 PASS AF=0.614286;AO=86;DP=140;FAO=86;FDP=140;FR=.;FRO=54;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00283763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3737;QD=27.8914;RBI=0.013183;REFB=0.000974949;REVB=-0.0128739;RO=52;SAF=47;SAR=39;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059313;STB=0.532304;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.000852429;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:52:54:86:86:0.614286:39:47:24:28:39:47:25:29 chr3 15216703 . A T 315.02 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00758123;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.499;QD=14.6521;RBI=0.0116876;REFB=0.0050179;REVB=-0.00889519;RO=52;SAF=16;SAR=19;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105537;STB=0.554346;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0124953;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:51:35:35:0.406977:19:16:29:23:19:16:28:23 chr3 15296922 . C T 76.06 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0241918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.312;QD=12.1702;RBI=0.0252056;REFB=-0.0250845;REVB=-0.00707653;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.540901;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0225889;OID=.;OPOS=15296922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:9:10:0.4:5:4:7:8:6:4:7:8 chr3 15492150 . C T 139.45 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.023389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6937;QD=9.14422;RBI=0.0250594;REFB=0.023012;REVB=-0.00899606;RO=41;SAF=16;SAR=3;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348984;STB=0.722078;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0401578;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:3:16:25:16:3:16:25:17 chr3 15492786 . T A 346.9 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0108037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.819;QD=22.3804;RBI=0.0170467;REFB=0.0121748;REVB=-0.013186;RO=25;SAF=10;SAR=25;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19615;STB=0.612177;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0115959;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:27:35:35:0.564516:25:10:13:12:25:10:14:13 chr3 15492807 . G A 397.55 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0525057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3365;QD=21.7836;RBI=0.118834;REFB=-0.0175262;REVB=0.106605;RO=31;SAF=15;SAR=25;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636143;STB=0.551575;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0228719;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:33:40:40:0.547945:25:15:14:17:25:15:16:17 chr3 15509327 . C G 585.79 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00680582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.403;QD=21.1095;RBI=0.0088308;REFB=-0.0192781;REVB=0.00562706;RO=49;SAF=41;SAR=18;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777651;STB=0.562007;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0173834;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:52:59:59:0.531532:18:41:30:19:18:41:30:22 chr3 15515695 . C T 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0197085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.663;QD=27.2323;RBI=0.0474525;REFB=-0.025119;REVB=-0.0431661;RO=17;SAF=21;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213403;STB=0.619063;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0182766;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:5:21:10:7:5:21:10:7 chr3 15516481 . T C 120.35 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.049436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9223;QD=6.87694;RBI=0.049459;REFB=-0.00323018;REVB=-0.00150795;RO=52;SAF=3;SAR=15;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589162;STB=0.855485;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00654106;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:15:3:35:17:15:3:35:17 chr3 15548131 . A G 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00350347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.313;QD=20.4368;RBI=0.00895048;REFB=-0.00485224;REVB=0.00823631;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02791;STB=0.515503;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00596035;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:13:13:14:16:13:13 chr3 15548227 . G A 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00742303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.812;QD=15.0666;RBI=0.0266713;REFB=-0.00153929;REVB=-0.0256175;RO=46;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154882;STB=0.582401;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00142862;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:12:22:23:23:12:22:24:23 chr3 15643043 . A G 576.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.073;QD=59.1551;RBI=0.0414893;REFB=0;REVB=0.037952;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040322;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr3 15643175 . G A 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00594057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.465;QD=13.5518;RBI=0.00594464;REFB=-0.0197206;REVB=0.000219982;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603607;STB=0.542338;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0243708;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:12:12:15:19:12:12:15:20 chr3 15686776 . T C 2185.81 PASS AF=0.992908;AO=138;DP=143;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00325415;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.954;QD=62.0089;RBI=0.0043511;REFB=-0.0922485;REVB=-0.00288834;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00165641;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:141:0:1:138:140:0.992908:71:67:0:0:73:67:1:0 chr3 15710011 . T C 638.79 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.01;QD=59.4222;RBI=0.0487198;REFB=-0.0659868;REVB=0.0256089;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00304056;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:0:1:23:19:0:1 chr3 16261420 . C T 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00927495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.131;QD=16.0286;RBI=0.0103638;REFB=-0.0161475;REVB=0.00462413;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201959;STB=0.614383;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0208971;OID=.;OPOS=16261420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:9:16:13:17:9:16:13:17 chr3 16358584 . T C 1546.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.711;QD=59.4908;RBI=0.0332115;REFB=0;REVB=0.0170072;RO=0;SAF=62;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6668e-05;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:104:0:0:99:104:1:37:62:0:0:41:63:0:0 chr3 16364919 . A C 1496.47 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0337925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9481;QD=54.9162;RBI=0.0757624;REFB=-0.00468894;REVB=0.0678086;RO=4;SAF=63;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291759;STB=0.515149;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000856615;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:104:105:0.963303:41:63:4:0:41:64:4:0 chr3 16646745 . C G 409.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.573;QD=56.5492;RBI=0.0187246;REFB=0;REVB=0.00959153;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303591;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr3 17051328 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00466861;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.625;QD=14.1389;RBI=0.0071521;REFB=-0.0062084;REVB=0.00541818;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101061;STB=0.558741;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00864567;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:12:8:7:7:12:8 chr3 17053001 . C T 250.58 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0121536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.67;QD=14.9597;RBI=0.012444;REFB=-0.000809904;REVB=-0.00267266;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162925;STB=0.599306;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000925687;OID=.;OPOS=17053001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:28:29:0.432836:11:17:17:21:11:18:17:21 chr3 17053499 . A G 373.99 PASS AF=0.47619;AO=36;DP=80;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0251677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3115;QD=17.8089;RBI=0.0312167;REFB=-0.0237774;REVB=0.0184681;RO=43;SAF=24;SAR=12;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848981;STB=0.518509;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0203617;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:43:44:36:40:0.47619:12:24:29:14:14:26:30:14 chr3 17741409 . C G 1393.76 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338938;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9551;QD=61.9448;RBI=0.0405087;REFB=0;REVB=0.0403666;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104067;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:37:51:0:0:39:51:0:0 chr3 18055231 . A C 1437.95 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293469;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.837;QD=63.2065;RBI=0.0346619;REFB=0;REVB=0.0184447;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58725e-05;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr3 18427924 . G T 2442.58 PASS AF=0.908602;AO=169;DP=186;FAO=169;FDP=186;FR=.;FRO=17;FSAF=81;FSAR=88;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00576204;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.272;QD=52.5286;RBI=0.0210243;REFB=-0.000619943;REVB=0.0202193;RO=11;SAF=81;SAR=88;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768846;STB=0.511578;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-1.8512e-05;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:186:186:11:17:169:169:0.908602:88:81:6:5:88:81:6:11 chr3 19930130 . A T 294.9 PASS AF=0.371134;AO=32;DP=93;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00801762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.014;QD=12.1607;RBI=0.0180073;REFB=-0.0280171;REVB=-0.016124;RO=61;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174418;STB=0.553961;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0467371;OID=.;OPOS=19930130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:61:61:32:36:0.371134:20:12:22:39:20:16:22:39 chr3 19959756 . G A 378.16 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00322269;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.185;QD=14.8297;RBI=0.0113965;REFB=-0.0149929;REVB=0.0109314;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707331;STB=0.534868;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0186272;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:59:43:43:0.421569:20:23:27:31:20:23:28:31 chr3 19961330 . C T 205.68 PASS AF=0.325;AO=27;DP=81;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.00905832;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.118;QD=10.2841;RBI=0.014133;REFB=-0.00575843;REVB=0.0108484;RO=54;SAF=20;SAR=7;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103131;STB=0.537706;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.023244;OID=.;OPOS=19961330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:54:54:27:26:0.325:7:20:36:18:7:19:37:17 chr3 19962044 . G A 545.38 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00070229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3801;QD=21.1799;RBI=0.00714633;REFB=0.00471607;REVB=-0.00711173;RO=48;SAF=25;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145881;STB=0.508018;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00333716;OID=.;OPOS=19962044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:30:25:21:27:30:25:21:27 chr3 19975215 . C A 97.6 PASS AF=0.295455;AO=12;DP=43;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0234169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.264;QD=8.87292;RBI=0.0257483;REFB=-0.0211982;REVB=-0.0107061;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948548;STB=0.52999;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.070983;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:43:44:31:31:12:13:0.295455:6:6:18:13:6:7:18:13 chr3 19992432 . G T 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00993872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.006;QD=19.3149;RBI=0.0130639;REFB=-0.00554428;REVB=0.00847857;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194866;STB=0.608363;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0057;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:27:17:28:19:27:17:28:19 chr3 20053581 . C T 205.35 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00730525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5919;QD=12.8344;RBI=0.0334713;REFB=-0.0186789;REVB=-0.0326643;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442015;STB=0.502536;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0281001;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:11:14:22:17:11:14:22:17 chr3 20113830 . G A 213.36 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=80;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0223595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1202;QD=10.5363;RBI=0.0267244;REFB=-0.0109718;REVB=-0.0146371;RO=54;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129327;STB=0.563335;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0250315;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:54:54:26:27:0.333333:14:12:19:35:15:12:19:35 chr3 20216519 . T A 373.25 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0629693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.68;QD=37.3247;RBI=0.0646042;REFB=-0.0494259;REVB=-0.0144419;RO=10;SAF=19;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164227;STB=0.508923;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00541685;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:11:19:6:4:11:19:6:4 chr3 20310556 . C T 204.18 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.047088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.967;QD=12.565;RBI=0.0622887;REFB=-0.0214906;REVB=-0.040775;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280082;STB=0.641629;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0254445;OID=.;OPOS=20310556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:40:25:25:0.384615:14:11:27:11:14:11:27:13 chr3 21462754 . A G 1513.38 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.775;QD=59.9358;RBI=0.0299146;REFB=0;REVB=0.0279919;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30002e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:41:59:0:0:41:60:0:0 chr3 21462787 . G A 1804.64 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.047631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.764;QD=58.6875;RBI=0.0615229;REFB=-0.174583;REVB=0.0389404;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509258;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00146275;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:0:2:120:121:0.98374:52:68:0:0:53:68:0:2 chr3 21462880 . A G 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0154087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.961;QD=13.9497;RBI=0.0166303;REFB=-0.0232623;REVB=0.00625615;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520203;STB=0.509125;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0352957;OID=.;OPOS=21462880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:50:33:33:0.39759:16:17:25:24:16:17:25:25 chr3 23312442 . C G 234.83 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0472105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.574;QD=18.7864;RBI=0.0477478;REFB=-0.0195759;REVB=0.00714248;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47072;STB=0.743986;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0178719;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:6:16:6:21:7:16:6:21 chr3 23683081 . C T 576.3 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0179399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.923;QD=18.4417;RBI=0.018938;REFB=-0.0160335;REVB=-0.00606694;RO=64;SAF=32;SAR=28;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311319;STB=0.52136;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0171108;OID=.;OPOS=23683081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:65:60:60:0.48:28:32:32:32:28:32:32:33 chr3 23934490 . T C 484.73 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0153546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6138;QD=21.0752;RBI=0.047286;REFB=-0.0105351;REVB=0.0447236;RO=44;SAF=24;SAR=23;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110522;STB=0.554708;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00755254;OID=.;OPOS=23934490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:23:24:28:16:23:24:28:17 chr3 24006477 . T A 1339.55 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8347;QD=62.3046;RBI=0.0292296;REFB=0;REVB=0.0288777;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228063;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:31:55:0:0:31:55:0:0 chr3 24184995 . G A 362.62 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0257407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5943;QD=20.7214;RBI=0.0753795;REFB=0.0196914;REVB=0.0708483;RO=33;SAF=18;SAR=19;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157527;STB=0.586911;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0100348;OID=.;OPOS=24184995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:19:18:10:23:19:18:10:23 chr3 25061808 . C G 609.13 PASS AF=0.5;AO=61;DP=123;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00222164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6413;QD=19.6494;RBI=0.00641953;REFB=-0.0191257;REVB=-0.00602285;RO=62;SAF=43;SAR=18;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143336;STB=0.581983;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0122456;OID=.;OPOS=25061808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:62:62:61:62:0.5:18:43:35:27:18:44:35:27 chr3 25393837 . T C 657.2 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00762649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.968;QD=59.7454;RBI=0.0280736;REFB=-0.0325888;REVB=0.0270178;RO=0;SAF=5;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50649;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00174798;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:44:43:0.977273:39:5:0:0:38:5:0:1 chr3 25646268 . G A 283.56 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.014952;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.459;QD=14.5418;RBI=0.0268872;REFB=-0.00665313;REVB=-0.0223464;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18859;STB=0.612273;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00859342;OID=.;OPOS=25646268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:46:32:32:0.410256:18:14:28:17:18:14:29:17 chr3 25679738 . T C 230.38 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.00687877;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.555;QD=14.1774;RBI=0.0146928;REFB=-0.0134819;REVB=-0.0129832;RO=39;SAF=18;SAR=9;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126227;STB=0.566219;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0240096;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:38:27:27:0.415385:9:18:30:9:9:18:29:9 chr3 27204052 . G A 1499.87 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3816;QD=61.8505;RBI=0.0731268;REFB=-0.00413834;REVB=0.0558686;RO=1;SAF=41;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011424;STB=0.505881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00155431;OID=.;OPOS=27204052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:94:96:0.989691:53:41:1:0:54:42:1:0 chr3 27243045 . G C 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.116;QD=59.8634;RBI=0.0210033;REFB=0;REVB=0.00806883;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99935e-05;OID=.;OPOS=27243045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:57:47:0:0:57:47:0:0 chr3 27296796 . C G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0659;QD=63.5823;RBI=0.0391904;REFB=0;REVB=0.0141626;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481366;OID=.;OPOS=27296796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr3 27296822 . A T 535.49 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.259;QD=59.4987;RBI=0.0476555;REFB=0;REVB=0.0296221;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082165;OID=.;OPOS=27296822;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:12:19:0:0:17:19:0:0 chr3 27297816 . G C 1127.99 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.748;QD=60.1595;RBI=0.0138033;REFB=0;REVB=0.0137002;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043395;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:40:35:0:0 chr3 27307155 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4448;QD=62.669;RBI=0.059019;REFB=0;REVB=-0.0344389;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000652911;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr3 27326097 . G T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.39;QD=58.6006;RBI=0.0242869;REFB=0;REVB=0.00272405;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26346e-05;OID=.;OPOS=27326097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr3 27326451 . A G 740.71 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.881;QD=56.9775;RBI=0.0630436;REFB=0;REVB=0.0353605;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468896;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:32:20:0:0 chr3 27332820 . A G 796.48 PASS AF=0.966667;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0229752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.413;QD=53.0988;RBI=0.0686846;REFB=-0.0306733;REVB=0.064728;RO=2;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427299;STB=0.502958;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00111136;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:60:2:2:55:58:0.966667:31:24:1:1:34:24:1:1 chr3 27424718 . A G 2236.46 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8949;QD=63.4457;RBI=0.0496369;REFB=0;REVB=0.0227458;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021451;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:72:68:0:0:72:69:0:0 chr3 27761702 . GCCCCCCT GCCCCCTC 45.3 PASS AF=0.0514706;AO=18;DP=142;FAO=7;FDP=136;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=123;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=-0.0630202;FXX=0.0144917;HRUN=6;LEN=2;MLLD=77.8518;QD=1.33223;RBI=0.0885211;REFB=-0.00451209;REVB=-0.0621646;RO=72;SAF=10;SAR=8;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104607;STB=0.890109;STBP=0.074;TYPE=mnp;VARB=0.170286;OID=.;OPOS=27761708;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0514706:18:142:7:136:123:6:1:49:74:15:72:10:8:34:38 chr3 28520417 . T A 2805.49 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.803;QD=62.6925;RBI=0.0255091;REFB=0;REVB=-0.00469273;RO=0;SAF=91;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290784;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:179:0:0:176:179:1:85:91:0:0:86:93:0:0 chr3 28533658 . G A 154.11 PASS AF=0.386364;AO=14;DP=42;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00231489;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.559;QD=14.0102;RBI=0.0239693;REFB=-0.0150566;REVB=0.0238573;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399317;STB=0.551939;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0213147;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:28:27:14:17:0.386364:7:7:13:15:8:9:12:15 chr3 30713741 . C T 365.19 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.000600584;FXX=0.0843272;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.853;QD=19.2203;RBI=0.0139892;REFB=0.00179672;REVB=0.0139763;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157527;STB=0.592227;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00186151;OID=.;OPOS=30713741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:76:33:39:37:37:0.486842:18:19:23:10:18:19:27:12 chr3 30713842 . C T 927.75 PASS AF=0.475728;AO=97;DP=205;FAO=98;FDP=206;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0102046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.06;QD=18.0146;RBI=0.0127178;REFB=-0.0155216;REVB=0.00759005;RO=107;SAF=38;SAR=59;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917696;STB=0.555431;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0249653;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:107:108:97:98:0.475728:59:38:52:55:60:38:53:55 chr3 30734900 . A G 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0260001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.943;QD=19.7634;RBI=0.0263028;REFB=-0.00785539;REVB=0.00397858;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585094;STB=0.532449;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00923387;OID=.;OPOS=30734900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:20:15:12:21:20:15:12:21 chr3 30827904 . A G 286.35 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00519571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.509;QD=24.3699;RBI=0.0145187;REFB=9.24977e-05;REVB=0.0135572;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369017;STB=0.520532;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-5.45807e-05;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:10:16:12:9:10:16:12:9 chr3 31270257 . G GC 672.49 PASS AF=1;AO=39;DP=89;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666304;FXX=0.482703;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.728;QD=59.7765;RBI=0.0778043;REFB=0;REVB=0.0401733;RO=47;SAF=11;SAR=28;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000125742;OID=.;OPOS=31270258;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:89:45:45:0:12:33:0:0:4:47:11:28:18:29 chr3 31270258 . T C 458.96 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0340321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.378;QD=20.862;RBI=0.0450645;REFB=-0.0253625;REVB=0.0295403;RO=43;SAF=17;SAR=27;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103931;STB=0.552595;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0269713;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:44:45:0.511364:27:17:12:31:28:17:12:31 chr3 31705649 . C T 1078.16 PASS AF=0.52451;AO=107;DP=204;FAO=107;FDP=204;FR=.;FRO=97;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=65;FSRR=32;FWDB=0.00545924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.435;QD=21.1405;RBI=0.0205931;REFB=-0.0327651;REVB=0.0198563;RO=94;SAF=56;SAR=51;SRF=65;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145652;STB=0.570373;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.019399;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:94:97:107:107:0.52451:51:56:65:29:51:56:65:32 chr3 31712393 . C T 1794.22 PASS AF=1;AO=66;DP=124;FAO=121;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016631;FXX=0.0472404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.89;QD=59.3131;RBI=0.0177108;REFB=0;REVB=0.00608972;RO=0;SAF=48;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881843;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:121:0:0:66:121:1:18:48:0:0:71:50:0:0 chr3 31725316 . G A 907.94 PASS AF=0.508475;AO=90;DP=177;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0029752;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4656;QD=20.5185;RBI=0.00625134;REFB=0.000248366;REVB=0.00549795;RO=85;SAF=41;SAR=49;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133934;STB=0.513442;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.000169597;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:85:87:90:90:0.508475:49:41:40:45:49:41:42:45 chr3 31789582 . T C 1226.17 PASS AF=0.964706;AO=83;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0376219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.409;QD=57.7021;RBI=0.041108;REFB=6.62431e-05;REVB=0.0165668;RO=2;SAF=46;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244347;STB=0.508138;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.000182022;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:2:3:83:82:0.964706:37:46:1:1:36:46:1:2 chr3 31839242 . T C 761.23 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.248;QD=63.436;RBI=0.0304296;REFB=0;REVB=0.0146629;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141305;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:20:26:0:0:21:27:0:0 chr3 32031962 . A G 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.751;QD=60.6032;RBI=0.0520111;REFB=0;REVB=0.0132351;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035376;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr3 32208621 . T C 1047.23 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00391933;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.569;QD=58.1796;RBI=0.00936572;REFB=-0.121424;REVB=0.0085062;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000529491;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:30:41:0:1:30:41:0:1 chr3 32209927 . A G 1448.62 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.010308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.312;QD=57.371;RBI=0.0283391;REFB=-0.115683;REVB=0.0263979;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839581;STB=0.501322;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00164851;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:101:1:2:99:99:0.980198:43:56:1:0:43:56:1:1 chr3 32214179 . A T 1263.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2689;QD=61.6444;RBI=0.0626715;REFB=0;REVB=-0.0274174;RO=0;SAF=57;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559704;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:25:57:0:0:25:57:0:0 chr3 32214212 . A C 1003.11 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.991;QD=56.5133;RBI=0.0367892;REFB=-0.0121967;REVB=0.00132864;RO=1;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192871;STB=0.510201;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000687911;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:71:1:1:69:70:0.985915:24:45:0:1:24:46:0:1 chr3 32524707 . T C 388.59 PASS AF=0.46988;AO=31;DP=84;FAO=39;FDP=83;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=40;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0160746;FXX=0.0119033;HRUN=7;LEN=1;MLLD=122.915;QD=18.7271;RBI=0.0350661;REFB=-0.0219637;REVB=0.0311647;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225131;STB=0.644841;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0250438;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:24:40:31:39:0.46988:13:18:7:17:15:24:13:27 chr3 32815231 . A T 389.74 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.657;QD=51.965;RBI=0.0364111;REFB=0.00965348;REVB=0.024989;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000123638;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:30:0:1:27:29:0.966667:14:13:0:0:14:15:0:1 chr3 32927509 . G T 800.08 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0523918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.51;QD=54.2427;RBI=0.0819802;REFB=-0.132283;REVB=0.0630543;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00109588;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:22:35:0:1:22:36:0:1 chr3 33055721 . A G 1624.38 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.696;QD=60.1624;RBI=0.0151791;REFB=0;REVB=0.00208611;RO=0;SAF=65;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23023e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:43:65:0:0:43:65:0:0 chr3 33118631 . G A 432.79 PASS AF=0.352564;AO=55;DP=155;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=26;FWDB=-0.0207342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.359;QD=11.0973;RBI=0.0254762;REFB=-0.00729781;REVB=0.014803;RO=98;SAF=46;SAR=9;SRF=72;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177257;STB=0.596478;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0128631;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:98:101:55:55:0.352564:9:46:72:26:9:46:75:26 chr3 33138544 . A G 1859.3 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.689;QD=61.4643;RBI=0.073413;REFB=0;REVB=0.0516131;RO=0;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96809e-07;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:49:72:0:0:49:72:0:0 chr3 33138549 . G A 478.91 PASS AF=0.391667;AO=46;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.031206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2721;QD=15.9636;RBI=0.0461035;REFB=-0.0640624;REVB=-0.0339369;RO=55;SAF=27;SAR=19;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145808;STB=0.53564;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0458246;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:61:46:47:0.391667:19:27:40:15:19:28:40:21 chr3 33144640 . C A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00661348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.546;QD=14.1699;RBI=0.0285592;REFB=0.00258769;REVB=-0.0277829;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360904;STB=0.521233;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00263903;OID=.;OPOS=33144640;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:8:4:3:7:8:4 chr3 33155782 . G A 81.34 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0585224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.381;QD=18.0763;RBI=0.0814502;REFB=-0.0223963;REVB=0.0566504;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422409;STB=0.76135;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0254225;OID=.;OPOS=33155782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:8:10:0.555556:2:6:2:6:2:8:2:6 chr3 33161898 . C T 541.84 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00835318;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.793;QD=22.1159;RBI=0.0164368;REFB=-0.00028573;REVB=-0.014156;RO=47;SAF=26;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377761;STB=0.520825;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000375865;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:47:47:51:51:0.520408:25:26:26:21:25:26:26:21 chr3 33174156 . T G 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00790402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.697;QD=11.816;RBI=0.0238327;REFB=0.0083498;REVB=0.0224838;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152296;STB=0.588161;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00776028;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:9:15:20:21:9:15:20:21 chr3 33174168 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00088736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.63;QD=15.2557;RBI=0.00215277;REFB=-0.0137894;REVB=0.00196138;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187376;STB=0.608582;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0321177;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:6:14:16:14:6:14:16:14 chr3 33194990 . C A 244.77 PASS AF=0.444444;AO=26;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0169811;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.6337;QD=15.5407;RBI=0.0185419;REFB=0.00220033;REVB=-0.00744595;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500831;STB=0.516117;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00830446;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:21:35:26:28:0.444444:14:12:11:10:16:12:16:19 chr3 33255592 . A G 237.59 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.66;QD=47.5188;RBI=0.0212368;REFB=-0.0660762;REVB=0.0125837;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901428;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:20:1:0:19:20:1:6:13:1:0:6:14:0:0 chr3 33400438 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTC 138.15 PASS AF=0.56,0.0666667;AO=35,5;DP=79;FAO=42,5;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=22,0;FSAR=20,5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0759996,0.0624172;FXX=0.0506265;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.64422,22.146;QD=7.36795;RBI=0.113899,0.174192;REFB=-0.134282,-0.0705134;REVB=0.084836,0.162625;RO=28;SAF=21,0;SAR=14,5;SRF=8;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.249437,-0.591042;STB=0.566364,0.997221;STBP=0.19,0.052;TYPE=del,snp;VARB=0.143002,0.0824772;OID=.,.;OPOS=33400439,33400445;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56,0.0666667:35,5:79:42,5:75:28:22,0:20,5:10:18:76:28:21,0:14,5:8:20 chr3 33431736 . C T 223.63 PASS AF=0.468085;AO=23;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0675641;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0794;QD=19.0327;RBI=0.128772;REFB=-0.0386174;REVB=-0.109624;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234593;STB=0.672357;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0404054;OID=.;OPOS=33431736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:25:23:22:0.468085:8:15:9:14:7:15:9:16 chr3 33434831 . G A 638.07 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=168;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=62;FSRR=34;FWDB=-0.00368678;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.768;QD=15.2831;RBI=0.00470479;REFB=-0.0134398;REVB=0.00292279;RO=95;SAF=34;SAR=37;SRF=62;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177331;STB=0.595348;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0260766;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:95:96:71:71:0.42515:37:34:62:33:37:34:62:34 chr3 33458266 . T C 238.28 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0245026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.145;QD=16.1544;RBI=0.0251924;REFB=-0.00317081;REVB=0.00585466;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608192;STB=0.534222;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00433193;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:17:10:10:22:17:10:10:22 chr3 33533554 . C T 254.89 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0136681;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.393;QD=20.8076;RBI=0.0170139;REFB=0.00468297;REVB=0.0101319;RO=22;SAF=18;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204457;STB=0.635173;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00375932;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:25:24:24:0.489796:6:18:12:10:6:18:13:12 chr3 33539893 . A G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0101527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.822;QD=13.7529;RBI=0.0151736;REFB=-0.0186636;REVB=0.0112767;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103647;STB=0.548322;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0305654;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:6:9:11:11:6:9:12:11 chr3 33877626 . G A,C 1252.59 PASS AF=0.951807,0.0481928;AO=77,3;DP=81;FAO=79,4;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42,4;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390561,0.0107462;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.497,98.6811;QD=60.3658;RBI=0.0398774,0.0113257;REFB=0,0;REVB=0.00805177,-0.00357622;RO=0;SAF=42,3;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000455752,0.0881814;OID=.,.;OPOS=33877626,33877626;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:81:83:0:0:77,3:79,4:0.951807,0.0481928:35,0:42,3:0:0:37,0:42,4:0:0 chr3 33877726 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00567974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.076;QD=12.084;RBI=0.0217269;REFB=-0.00423914;REVB=0.0209714;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158041;STB=0.583228;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00838039;OID=.;OPOS=33877726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:10:6:15:14:10:6:15:15 chr3 33893987 . A G 132.51 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0169767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9212;QD=15.1439;RBI=0.0170955;REFB=-0.0424739;REVB=-0.002012;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521122;STB=0.530081;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0484632;OID=.;OPOS=33893987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:13:7:6:9:13:7 chr3 33895391 . A G 3256.8 PASS AF=0.939655;AO=216;DP=239;FAO=218;FDP=232;FR=.;FRO=14;FSAF=97;FSAR=121;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00859644;FXX=0.0607263;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.159;QD=56.1517;RBI=0.0576816;REFB=-0.145231;REVB=0.0570374;RO=15;SAF=97;SAR=119;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395503;STB=0.518527;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00176353;OID=.;OPOS=33895391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:239:232:15:14:216:218:0.939655:119:97:2:13:121:97:2:12 chr3 33905566 . C T 477.46 PASS AF=0.494737;AO=45;DP=93;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0135358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.139;QD=20.1035;RBI=0.0521776;REFB=-0.00519483;REVB=0.0503913;RO=48;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324965;STB=0.527476;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00392631;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:48:48:45:47:0.494737:20:25:25:23:20:27:25:23 chr3 33907945 . A G 1121.94 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133407;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.791;QD=60.6455;RBI=0.0142127;REFB=0;REVB=0.00490173;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46834e-06;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:40:34:0:0 chr3 35763304 . T C 469.17 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.00236874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.524;QD=17.0609;RBI=0.0161724;REFB=-0.00221846;REVB=-0.015998;RO=59;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179823;STB=0.599676;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0025372;OID=.;OPOS=35763304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:26:25:18:41:26:25:18:41 chr3 36897812 . T C 47.03 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0289093;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.705;QD=8.9577;RBI=0.0312218;REFB=-0.0332067;REVB=0.0117919;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515321;STB=0.612637;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0733487;OID=.;OPOS=36897812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:21:14:14:6:7:0.333333:5:1:0:14:6:1:1:13 chr3 36940741 . G T 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0154555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.912;QD=10.0236;RBI=0.0162416;REFB=-0.00546944;REVB=-0.00499184;RO=37;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173028;STB=0.60232;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.01477;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:11:7:20:17:11:7:20:17 chr3 37053391 . GA AG 34.0 PASS AF=0.118644;AO=6;DP=62;FAO=7;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=6;FWDB=-0.0210692;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.726;QD=2.30482;RBI=0.0763994;REFB=-0.00379154;REVB=-0.0734367;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719972;STB=0.910342;STBP=0.217;TYPE=mnp;VARB=0.145933;OID=.;OPOS=37053391;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:62:59:39:49:6:7:0.118644:5:1:34:5:5:2:43:6 chr3 37163039 . G A 1226.2 PASS AF=1;AO=71;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693478;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3339;QD=60.5528;RBI=0.00727186;REFB=0;REVB=0.00218834;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59701e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:71:81:1:24:47:0:0:32:49:0:0 chr3 37368960 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00105816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3061;QD=14.7419;RBI=0.00126234;REFB=0.00839362;REVB=-0.000688343;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144918;STB=0.583241;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0119937;OID=.;OPOS=37368960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:7:18:10:7:7:18 chr3 37670876 . G C 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00380661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8697;QD=5.5397;RBI=0.0283338;REFB=-0.00827333;REVB=0.0280769;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21063;STB=0.637243;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0378363;OID=.;OPOS=37670876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:16:13:5:3:16:13 chr3 37778479 . G A 36.04 PASS AF=0.106667;AO=3;DP=77;FAO=8;FDP=75;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=67;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.0791885;FXX=0.0259707;HRUN=8;LEN=1;MLLD=17.2486;QD=1.92193;RBI=0.188661;REFB=0.000235807;REVB=-0.171237;RO=18;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125938;STB=0.757971;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0776278;OID=.;OPOS=37778479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:77:75:18:67:3:8:0.106667:2:1:8:10:3:5:21:46 chr3 38035429 . A C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00316666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2408;QD=16.619;RBI=0.0163382;REFB=-0.00898585;REVB=-0.0160284;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523984;STB=0.521258;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0212485;OID=.;OPOS=38035429;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:9:14:15:12:9:14:16:12 chr3 38052725 . C T 515.26 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0301323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.586;QD=17.6158;RBI=0.0385781;REFB=-0.0231047;REVB=-0.0240897;RO=61;SAF=26;SAR=29;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157072;STB=0.5823;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0305488;OID=.;OPOS=38052725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:62:55:55:0.470085:29:26:39:22:29:26:39:23 chr3 38296817 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.82;QD=62.4654;RBI=0.0396506;REFB=0;REVB=0.00965491;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18655e-05;OID=.;OPOS=38296817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr3 38347633 . G A 209.94 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0435963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7847;QD=15.5514;RBI=0.0542204;REFB=-0.00530339;REVB=0.0322369;RO=30;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068086;STB=0.538431;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00530245;OID=.;OPOS=38347633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:18:6:6:24:18:6:6:24 chr3 38347851 . A G 219.58 PASS AF=0.314607;AO=27;DP=90;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0605037;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.153;QD=9.86854;RBI=0.0744317;REFB=0.00445141;REVB=-0.0433519;RO=61;SAF=12;SAR=15;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217094;STB=0.509797;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0106506;OID=.;OPOS=38347851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:61:61:27:28:0.314607:15:12:27:34:16:12:27:34 chr3 38350479 . T C 589.55 PASS AF=0.368984;AO=68;DP=185;FAO=69;FDP=187;FR=.;FRO=118;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=0.0153315;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.041;QD=12.6108;RBI=0.015433;REFB=-0.00178271;REVB=-0.00176673;RO=116;SAF=34;SAR=34;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019154;STB=0.520601;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00334512;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:116:118:68:69:0.368984:34:34:60:56:35:34:62:56 chr3 38350519 . G A 691.16 PASS AF=0.392857;AO=72;DP=191;FAO=77;FDP=196;FR=.;FRO=119;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=0.0631063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.454;QD=14.1053;RBI=0.0632423;REFB=-0.00978811;REVB=-0.00414398;RO=118;SAF=37;SAR=35;SRF=70;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875337;STB=0.539316;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0171681;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:196:118:119:72:77:0.392857:35:37:70:48:36:41:71:48 chr3 38350543 . A G 533.45 PASS AF=0.359551;AO=64;DP=178;FAO=64;FDP=178;FR=.;FRO=114;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.00414769;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.793;QD=11.9877;RBI=0.0271153;REFB=0.00204417;REVB=-0.0267962;RO=113;SAF=41;SAR=23;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672571;STB=0.536036;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00326238;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:113:114:64:64:0.359551:23:41:66:47:23:41:67:47 chr3 38355225 . G A 285.06 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0165913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5769;QD=23.755;RBI=0.0587351;REFB=-0.00346727;REVB=0.0563431;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134704;STB=0.575105;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00345546;OID=.;OPOS=38355225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:10:16:10:12:10:16:10:12 chr3 38357817 . C T 684.01 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0136091;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.339;QD=19.8265;RBI=0.0145568;REFB=-0.0196504;REVB=0.00516646;RO=70;SAF=36;SAR=32;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139314;STB=0.50769;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0166135;OID=.;OPOS=38357817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:70:68:68:0.492754:32:36:36:34:32:36:36:34 chr3 38401839 . T C 1349.25 PASS AF=0.967742;AO=86;DP=90;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0236126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.307;QD=58.0323;RBI=0.0500401;REFB=-0.030237;REVB=0.0441187;RO=3;SAF=46;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129115;STB=0.507245;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00238392;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:93:3:3:86:90:0.967742:40:46:1:2:40:50:1:2 chr3 38404472 . C A 467.24 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00202008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.009;QD=15.446;RBI=0.0287616;REFB=-0.0151765;REVB=-0.0286906;RO=69;SAF=43;SAR=9;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408018;STB=0.731814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0367852;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:9:43:34:35:9:43:34:35 chr3 38406773 . G T 437.04 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.341;QD=56.392;RBI=0.105788;REFB=0;REVB=0.039583;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624869;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:17:11:0:0:18:13:0:0 chr3 38408361 . G A 1357.21 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000987659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.857;QD=59.009;RBI=0.0161289;REFB=-0.0438148;REVB=0.0160987;RO=2;SAF=35;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465202;STB=0.509302;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00366165;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:3:89:89:0.967391:54:35:1:1:54:35:2:1 chr3 38442490 . G A 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0138278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.654;QD=19.1729;RBI=0.0139883;REFB=-0.0239476;REVB=0.00211313;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432639;STB=0.524065;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0227214;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:13:19:18:15:13:19 chr3 38519424 . A G 705.61 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00777212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.139;QD=27.4022;RBI=0.0114065;REFB=-0.0360666;REVB=-0.00834883;RO=38;SAF=40;SAR=25;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260027;STB=0.514102;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0203876;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:38:38:65:65:0.631068:25:40:22:16:25:40:22:16 chr3 38524742 . C T 1123.07 PASS AF=0.478992;AO=113;DP=239;FAO=114;FDP=238;FR=.;FRO=124;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=0.000423754;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.365;QD=18.8751;RBI=0.0138647;REFB=-0.0141023;REVB=-0.0138582;RO=122;SAF=66;SAR=47;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257544;STB=0.511973;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0159614;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:122:124:113:114:0.478992:47:66:68:54:48:66:69:55 chr3 38525567 . T C 468.77 PASS AF=0.464286;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=-0.00121528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0499;QD=16.7418;RBI=0.0127696;REFB=0.0164501;REVB=0.0127116;RO=60;SAF=39;SAR=12;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195617;STB=0.51428;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0193065;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:51:52:0.464286:12:39:45:15:12:40:45:15 chr3 38529818 . C T 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0014886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.662;QD=17.4538;RBI=0.0135539;REFB=-0.00440864;REVB=-0.0134719;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291925;STB=0.672893;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00481344;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:19:8:17:11:19:8:18:11 chr3 38529825 . C T 239.47 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0473911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.591;QD=18.0731;RBI=0.0524548;REFB=-0.0213297;REVB=0.0224855;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289035;STB=0.667524;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0171779;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:17:8:17:10:18:8:17:10 chr3 38532511 . G A 735.28 PASS AF=0.529851;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0520113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.519;QD=21.9487;RBI=0.0521497;REFB=-0.0239786;REVB=0.00379664;RO=63;SAF=24;SAR=47;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112147;STB=0.561651;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0150131;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:63:71:71:0.529851:47:24:29:34:47:24:29:34 chr3 38534133 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAAA,TAAAAAAATA 203.54 PASS AF=0.126316,0.273684;AO=5,10;DP=102;FAO=12,26;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=1,13;FSAR=11,13;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0421601,-0.18467;FXX=0.049995;HRUN=1,8;LEN=1,2;MLLD=196.866,13.0752;QD=8.57029;RBI=0.0453281,0.279037;REFB=-0.023924,-0.204811;REVB=0.0166483,0.209186;RO=33;SAF=0,8;SAR=5,2;SRF=9;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.565593,0.582947;STB=0.780817,0.626774;STBP=0.084,0.129;TYPE=snp,mnp;VARB=0.044713,0.263811;OID=.,.;OPOS=38534142,38534141;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.126316,0.273684:5,10:102:12,26:95:41:1,13:11,13:12:29:99:33:0,8:5,2:9:24 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 151.57 PASS AF=0.372549;AO=12;DP=53;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00474123;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=25;MLLD=396.914;QD=11.8881;RBI=0.00479642;REFB=-0.0379474;REVB=0.000725507;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219772;STB=0.621607;STBP=0.23;TYPE=ins;VARB=0.0392691;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372549:12:53:19:51:32:6:13:16:16:99:33:4:8:17:16 chr3 38592406 . A G 495.24 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0486723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5738;QD=15.3563;RBI=0.0549959;REFB=-0.0260448;REVB=-0.0256039;RO=72;SAF=23;SAR=32;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601305;STB=0.531742;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.037515;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:72:74:55:55:0.426357:32:23:26:46:32:23:27:47 chr3 38622467 . T C 1343.68 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4531;QD=61.7784;RBI=0.029905;REFB=0;REVB=-0.00817972;RO=0;SAF=63;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269784;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:23:63:0:0:23:64:0:0 chr3 38674712 . T C 1408.54 PASS AF=0.5;AO=140;DP=280;FAO=140;FDP=280;FR=.;FRO=140;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=-0.0254325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.527;QD=20.1221;RBI=0.026036;REFB=-0.0268205;REVB=0.00557337;RO=139;SAF=61;SAR=79;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490714;STB=0.525251;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0234901;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:139:140:140:140:0.5:79:61:68:71:79:61:68:72 chr3 38739574 . T C 2353.59 PASS AF=1;AO=152;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289695;FXX=0.0251557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3661;QD=60.7378;RBI=0.0968279;REFB=0;REVB=0.0967845;RO=0;SAF=92;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479202;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:152:155:1:60:92:0:0:62:93:0:0 chr3 38739845 . A G 311.24 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.02276;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4361;QD=18.8632;RBI=0.0236113;REFB=-0.0112416;REVB=0.00628318;RO=34;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10563;STB=0.565177;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0133388;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:33:33:33:0.5:22:11:15:19:22:11:15:18 chr3 38763863 . G C 1607.99 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.296;QD=59.0088;RBI=0.0137547;REFB=0.113587;REVB=0.00884118;RO=1;SAF=65;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109103;STB=0.505746;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=2.4898e-05;OID=.;OPOS=38763863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:43:65:0:1:43:65:0:1 chr3 38764998 . A G 990.26 PASS AF=1;AO=56;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.064;QD=59.1202;RBI=0.0768801;REFB=0;REVB=0.0128413;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364288;OID=.;OPOS=38764998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:56:67:1:36:20:0:0:37:30:0:0 chr3 38766675 . A G 961.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.748;QD=58.2518;RBI=0.0482751;REFB=0;REVB=0.0153528;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42632e-05;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:66:0:0:60:66:1:29:31:0:0:30:36:0:0 chr3 38768247 . G A 1475.28 PASS AF=0.971698;AO=102;DP=107;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0554914;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.525;QD=55.6708;RBI=0.0609909;REFB=-0.054061;REVB=0.02531;RO=2;SAF=53;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000716405;STB=0.504309;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000382303;OID=.;OPOS=38768247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:106:2:3:102:103:0.971698:49:53:1:1:50:53:2:1 chr3 38768300 . T C 1892.12 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.042;QD=61.5325;RBI=0.0304707;REFB=0;REVB=0.0181037;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02826e-05;OID=.;OPOS=38768300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:56:66:0:0:57:66:0:0 chr3 38793989 . G A 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.563;QD=57.6736;RBI=0.0173285;REFB=0;REVB=0.0155041;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105104;OID=.;OPOS=38793989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr3 38798171 . C T 1547.7 PASS AF=0.990654;AO=102;DP=103;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408462;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.74;QD=57.8581;RBI=0.0551888;REFB=-0.189771;REVB=0.0371133;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00068459;OID=.;OPOS=38798171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:107:0:1:102:106:0.990654:46:56:0:0:46:60:1:0 chr3 38802251 . A G 781.53 PASS AF=0.920635;AO=60;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0814405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1718;QD=49.621;RBI=0.0824113;REFB=-0.0527716;REVB=0.0126125;RO=3;SAF=20;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065678;STB=0.522095;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0247182;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:63:63:3:5:60:58:0.920635:40:20:3:0:38:20:3:2 chr3 38945560 . A G 636.78 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00906959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.649;QD=23.5845;RBI=0.0268535;REFB=-0.0226643;REVB=-0.0252756;RO=45;SAF=39;SAR=23;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417805;STB=0.519005;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0171259;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:46:62:62:0.574074:23:39:26:19:23:39:27:19 chr3 39077433 . T C 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0029571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.844;QD=19.4395;RBI=0.0286842;REFB=-0.0112917;REVB=0.0285314;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213651;STB=0.61815;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0087252;OID=.;OPOS=39077433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:22:7:15:16:22:7 chr3 39077530 . T C 419.43 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0194912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8431;QD=17.6603;RBI=0.0329499;REFB=0.0152324;REVB=0.0265667;RO=51;SAF=25;SAR=18;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663644;STB=0.541266;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.018034;OID=.;OPOS=39077530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:18:25:33:18:18:25:34:18 chr3 39111140 . C A 868.61 PASS AF=0.518072;AO=86;DP=166;FAO=86;FDP=166;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00593822;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.828;QD=20.9304;RBI=0.00625507;REFB=-0.00911234;REVB=-0.00196556;RO=78;SAF=38;SAR=48;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840479;STB=0.54621;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00852421;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:78:80:86:86:0.518072:48:38:42:36:48:38:43:37 chr3 39138082 . C T 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0748311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5622;QD=15.645;RBI=0.0758629;REFB=0.00114;REVB=0.0124699;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030906;STB=0.517609;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00314834;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:13:9:11:18:13:9:11:18 chr3 39180099 . T C 1043.85 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9925;QD=59.6484;RBI=0.0535962;REFB=0;REVB=-0.00160806;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000478327;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:19:51:0:0:19:51:0:0 chr3 39180263 . G A 970.62 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7398;QD=57.9473;RBI=0.140621;REFB=0;REVB=0.0627291;RO=1;SAF=21;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180969;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:1:0:63:67:1:42:21:1:0:45:22:0:0 chr3 39184959 . C T 1549.09 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.324;QD=63.8798;RBI=0.0320622;REFB=0;REVB=-0.0257707;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09724e-05;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:35:62:0:0:35:62:0:0 chr3 39185077 . G A 578.04 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678829;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.281;QD=60.846;RBI=0.0928192;REFB=0;REVB=0.0633034;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716149;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:13:25:0:0 chr3 39185248 . A G 295.56 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8546;QD=49.2607;RBI=0.0154694;REFB=0;REVB=-0.0113926;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00778563;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:24:0:0:22:24:1:10:12:0:0:10:14:0:0 chr3 39186728 . C T 1537.56 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=111;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0437671;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.91;QD=55.9112;RBI=0.0460184;REFB=0.0153341;REVB=0.0142172;RO=4;SAF=43;SAR=63;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421196;STB=0.522218;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000322658;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:110:4:4:106:106:0.963636:63:43:4:0:63:43:4:0 chr3 39229900 . T C 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.353;QD=61.5321;RBI=0.0220511;REFB=0;REVB=0.0159343;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22759e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr3 39431081 . G A 153.25 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0281673;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.782;QD=11.566;RBI=0.0291311;REFB=-0.00968776;REVB=0.00743135;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340865;STB=0.50199;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0124936;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:34:34:19:19:0.358491:9:10:18:16:9:10:18:16 chr3 39448424 . T C 215.16 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0343002;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.487;QD=20.991;RBI=0.0345084;REFB=0.00163731;REVB=0.00378522;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015501;STB=0.521719;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00328593;OID=.;OPOS=39448424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:20:20:21:0.512195:14:6:6:15:15:6:5:15 chr3 39449137 . T C 89.51 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00684991;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.007;QD=12.7877;RBI=0.0297728;REFB=-0.00737175;REVB=-0.0289741;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259909;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0136433;OID=.;OPOS=39449137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:28:16:17:11:11:0.392857:7:4:10:6:7:4:10:7 chr3 39453160 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=8;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0195501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.542;QD=19.1781;RBI=0.0210801;REFB=-0.0252767;REVB=-0.00788442;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.575046;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0294306;OID=.;OPOS=39453160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:10:11:8:13:0.541667:5:3:4:6:5:8:5:6 chr3 39541550 . A G 275.09 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0317868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2053;QD=15.4978;RBI=0.0336062;REFB=-0.000128899;REVB=0.0109074;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040992;STB=0.523146;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-8.31335e-05;OID=.;OPOS=39541550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:16:15:21:19:16:15:21:19 chr3 40231882 . AC A,AT 2069.86 PASS AF=0.0780142,0.921986;AO=16,122;DP=141;FAO=11,130;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=2,75;FSAR=9,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154482,0.0468528;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.5067,43.0128;QD=58.7193;RBI=0.0227257,0.0731517;REFB=0,0;REVB=0.0166676,0.0561781;RO=0;SAF=4,71;SAR=12,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07465e-08,5.80326e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0379968,0.00103286;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0780142,0.921986:16,122:141:11,130:141:0:2,75:9,55:0:0:28:0:4,71:12,51:0:0 chr3 40286017 . T C 3122.37 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291338;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7121;QD=63.7219;RBI=0.0303411;REFB=0;REVB=0.00847366;RO=0;SAF=98;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47549e-05;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:196:0:0:191:196:1:93:98:0:0:93:103:0:0 chr3 40351484 . C T 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2046;QD=62.6607;RBI=0.138914;REFB=0;REVB=0.039551;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158109;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr3 40435890 . A G 224.01 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.146079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3409;QD=42.6681;RBI=0.146503;REFB=-0.102056;REVB=0.0111331;RO=2;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707039;STB=0.538422;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0370298;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:7:12:2:0:7:12:2:0 chr3 40468896 . C T 558.06 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0103587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.692;QD=23.0126;RBI=0.0108217;REFB=-0.0306795;REVB=-0.00313164;RO=45;SAF=37;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224137;STB=0.623815;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0218232;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:15:37:21:24:15:37:21:24 chr3 40498845 . C T 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0210234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8664;QD=19.1726;RBI=0.0211189;REFB=-0.000518208;REVB=-0.002006;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409999;STB=0.522819;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000587524;OID=.;OPOS=40498845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:16:17:15:17:16:17:15:17 chr3 40499182 . C T 378.43 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0346965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5904;QD=17.8085;RBI=0.0399428;REFB=-0.0348797;REVB=0.0197883;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122476;STB=0.577493;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0352276;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:45:39:40:0.470588:19:20:16:26:19:21:17:28 chr3 40519429 . T C 618.09 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.3611;QD=57.4963;RBI=0.0409842;REFB=0.00125386;REVB=-0.00858187;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00592438;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:23:18:0:1:23:19:0:1 chr3 40559078 . G C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.05;QD=57.1041;RBI=0.023146;REFB=0;REVB=0.0190876;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59517e-05;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr3 41831279 . C G 337.39 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00903646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.648;QD=14.995;RBI=0.0360457;REFB=0.00192031;REVB=-0.0348947;RO=50;SAF=13;SAR=23;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339238;STB=0.688023;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00455535;OID=.;OPOS=41831279;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:53:36:37:0.411111:23:13:35:15:24:13:36:17 chr3 41841716 . A C 419.78 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0266833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.258;QD=18.2515;RBI=0.0305143;REFB=-0.00832519;REVB=0.0148029;RO=49;SAF=27;SAR=15;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282752;STB=0.647932;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0214074;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:49:42:43:0.467391:15:27:17:32:16:27:17:32 chr3 41910571 . T C 213.19 PASS AF=0.409836;AO=15;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0296154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6884;QD=13.9797;RBI=0.0314984;REFB=-0.0285031;REVB=0.0107273;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414212;STB=0.676786;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0400154;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:36:15:25:0.409836:9:6:2:24:9:16:12:24 chr3 41925398 . C T 1513.63 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.463;QD=59.9459;RBI=0.029807;REFB=0;REVB=0.0221628;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54483e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:64:36:0:0:64:37:0:0 chr3 41925423 . T C 1485.81 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.482;QD=61.2707;RBI=0.0318603;REFB=-0.114844;REVB=0.0296073;RO=1;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758772;STB=0.503936;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000794017;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:97:1:1:95:96:0.989691:62:33:0:1:63:33:0:1 chr3 41937000 . C T 871.1 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082858;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.784;QD=58.0734;RBI=0.0107645;REFB=0;REVB=0.00687165;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06357e-05;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr3 41939993 . T A 684.42 PASS AF=1;AO=21;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.6908;QD=50.698;RBI=0.200249;REFB=0;REVB=-0.0146036;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000940141;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:21:54:1:13:8:0:1:31:23:0:0 chr3 41957466 . T G 766.03 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.183;QD=63.8357;RBI=0.0559289;REFB=0;REVB=0.0559108;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156115;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr3 41960006 . T C 471.89 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00901223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.54;QD=55.5162;RBI=0.0632157;REFB=-0.126396;REVB=0.06257;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373149;STB=0.519988;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0015791;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:12:20:0:1:12:21:0:1 chr3 41996136 . T C 1514.88 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.774;QD=62.4692;RBI=0.0520695;REFB=-0.11543;REVB=0.0320938;RO=1;SAF=68;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016633;STB=0.50877;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00020914;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:28:68:0:1:28:68:0:1 chr3 42236415 . A G 190.42 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0734207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6973;QD=15.2333;RBI=0.116836;REFB=-0.00166525;REVB=-0.0908848;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223065;STB=0.62783;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00249653;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:10:20:9:11:10:20 chr3 42244321 . G A 728.92 PASS AF=0.483221;AO=71;DP=147;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.000108331;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.299;QD=19.5683;RBI=0.019614;REFB=-0.0345097;REVB=-0.0196137;RO=74;SAF=34;SAR=37;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444953;STB=0.510532;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0375717;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:74:77:71:72:0.483221:37:34:39:35:37:35:39:38 chr3 42264936 . A G 58.59 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0390519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0377;QD=14.6479;RBI=0.0868643;REFB=-0.0139645;REVB=-0.0775909;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.016109;OID=.;OPOS=42264936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:5:3:5:3:5:3 chr3 42304784 . A G 653.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4815;QD=60.8209;RBI=0.0594843;REFB=0;REVB=-0.0457053;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365849;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:17:24:0:0:18:25:0:0 chr3 42438754 . T C 522.98 PASS AF=0.6;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0140188;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3975;QD=26.149;RBI=0.0514466;REFB=-0.0115484;REVB=-0.0494998;RO=32;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107623;STB=0.558799;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0058174;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:32:32:48:48:0.6:28:20:18:14:28:20:18:14 chr3 42448471 . G A 460.92 PASS AF=0.422764;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0298908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.078;QD=14.9891;RBI=0.0300862;REFB=-0.00373273;REVB=0.00342297;RO=69;SAF=28;SAR=23;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622099;STB=0.51989;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00799976;OID=.;OPOS=42448471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:71:51:52:0.422764:23:28:42:27:23:29:42:29 chr3 42610374 . A G 168.48 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00309074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.675;QD=10.3677;RBI=0.0110022;REFB=-0.0212602;REVB=0.0105592;RO=41;SAF=17;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21951;STB=0.6186;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0313535;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:43:22:22:0.338462:5:17:25:16:5:17:27:16 chr3 42636141 . G A 253.73 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0567575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9255;QD=28.1918;RBI=0.0585968;REFB=0.000876414;REVB=-0.0145658;RO=13;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224179;STB=0.625571;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000108093;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:13:22:23:0.638889:14:8:1:12:14:9:1:12 chr3 42679497 . C T 122.96 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.104832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4075;QD=16.3942;RBI=0.105793;REFB=-0.0248983;REVB=-0.0142279;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123893;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0147171;OID=.;OPOS=42679497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:7:9:6:8:7:9 chr3 42679777 . T G 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00285439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.85;QD=22.7105;RBI=0.0035381;REFB=-0.0125853;REVB=0.0020906;RO=41;SAF=35;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118397;STB=0.565431;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0136477;OID=.;OPOS=42679777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:13:35:25:16:13:35:25:16 chr3 42700630 . A G 682.22 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0270232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.94;QD=18.0721;RBI=0.0378218;REFB=0.00639984;REVB=-0.026462;RO=78;SAF=38;SAR=34;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134098;STB=0.563365;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0081166;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:78:79:72:72:0.476821:34:38:30:48:35:37:31:48 chr3 42700717 . A G 133.42 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0923359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9266;QD=15.696;RBI=0.112953;REFB=-0.0348526;REVB=-0.0650579;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228826;STB=0.62907;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0506219;OID=.;OPOS=42700717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:17:2:4:11:17:2 chr3 42728144 . A G 670.01 PASS AF=0.888889;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0391234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9242;QD=49.6302;RBI=0.0479792;REFB=-0.0107718;REVB=-0.0277734;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.511034;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00139544;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:1:3:48:48:0.888889:23:25:1:0:23:25:1:2 chr3 42729726 . C T 542.37 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0119753;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.856;QD=16.5608;RBI=0.0153569;REFB=-0.0324205;REVB=-0.00961397;RO=72;SAF=33;SAR=25;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123601;STB=0.565195;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0423558;OID=.;OPOS=42729726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:72:73:58:58:0.442748:25:33:32:40:25:33:33:40 chr3 42733468 . T C 359.51 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.1106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.884;QD=17.3256;RBI=0.110648;REFB=-0.0264935;REVB=0.00327042;RO=44;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145873;STB=0.576067;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0388913;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:15:23:20:24:15:23:21:24 chr3 42735150 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0104506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.978;QD=14.1954;RBI=0.0109278;REFB=-0.00444112;REVB=0.00319409;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214544;STB=0.625838;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00519401;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:11:4:10:12:11:4:10:12 chr3 42735274 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00119106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.259;QD=10.8847;RBI=0.0266693;REFB=-0.00753022;REVB=-0.0266427;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565464;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0149518;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:5:4:7:7:5:4:8:7 chr3 42907112 . A C 53.0 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00153119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.529;QD=7.57159;RBI=0.012475;REFB=-0.00844978;REVB=0.0123807;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521321;STB=0.857549;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.022648;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:19:20:7:8:0.285714:6:1:11:8:7:1:12:8 chr3 42908775 . A C 167.07 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0973663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.882;QD=15.1882;RBI=0.0977608;REFB=-0.0184016;REVB=0.00877347;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278911;STB=0.506322;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0468026;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:13:5:7:18:13:5:7:19 chr3 42917047 . A G 1829.98 PASS AF=0.991803;AO=117;DP=118;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00125989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.456;QD=59.9995;RBI=0.0363117;REFB=-0.0566573;REVB=0.0362898;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=6.75678e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:122:0:1:117:121:0.991803:67:50:0:0:70:51:0:1 chr3 42956273 . T C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.991;QD=59.8315;RBI=0.0666496;REFB=0;REVB=0.0538116;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621209;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr3 42959025 . A G 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.091796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7263;QD=16.2688;RBI=0.0958705;REFB=-0.00338519;REVB=0.027652;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128581;STB=0.573675;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00908773;OID=.;OPOS=42959025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:6:12:8:7:6:12 chr3 42980431 . G GT 118.67 PASS AF=0.514286;AO=29;DP=72;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.258191;FXX=0.0140825;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.93784;QD=6.78109;RBI=0.265777;REFB=-0.0715187;REVB=-0.063047;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175886;STB=0.569339;STBP=0.253;TYPE=ins;VARB=0.0887258;OID=.;OPOS=42980432;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:29:72:36:70:34:15:21:19:15:99:40:11:18:22:18 chr3 43073761 . G A 305.92 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0214829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2117;QD=27.1929;RBI=0.0853044;REFB=-0.0192438;REVB=0.082555;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033317;STB=0.507687;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0288425;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:10:16:11:7:11:16:11:7 chr3 43074430 . A G 156.96 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0140468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.497;QD=17.4396;RBI=0.0140845;REFB=-0.0233767;REVB=0.00102945;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179119;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.021813;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:10:7:11:7:10:7:11:8 chr3 43074434 . C T 164.48 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0404685;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0821;QD=19.9371;RBI=0.0563125;REFB=0.00913853;REVB=0.0391586;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.631428;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00845879;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:16:16:17:0.515152:10:6:12:5:10:7:11:5 chr3 43074871 . A C,G 3562.86 PASS AF=0.0458333,0.954167;AO=9,198;DP=212;FAO=11,229;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=11,123;FSAR=0,106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306293,0.0112216;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.0642,128.761;QD=59.3809;RBI=0.00743737,0.0408945;REFB=0,0;REVB=0.00677739,0.0393248;RO=0;SAF=9,117;SAR=0,81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.107247,0.0032849;OID=.,.;OPOS=43074871,43074871;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:212:240:0:0:9,198:11,229:0.0458333,0.954167:0,81:9,117:0:0:0,106:11,123:0:0 chr3 43074872 . C G 110.02 PASS AF=0.116667;AO=22;DP=234;FAO=28;FDP=240;FR=.;FRO=212;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=130;FSRR=82;FWDB=-0.0495618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.5883;QD=1.83367;RBI=0.0495652;REFB=-0.0227151;REVB=0.000575231;RO=212;SAF=3;SAR=19;SRF=130;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536506;STB=0.883267;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0365091;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:240:212:212:22:28:0.116667:19:3:130:82:24:4:130:82 chr3 43095101 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00260509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.237;QD=22.9824;RBI=0.0148705;REFB=0.0147857;REVB=-0.0146406;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727411;STB=0.540509;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00945991;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:15:7:10:15:15:7 chr3 43095245 . A G 193.1 PASS AF=0.375;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0191066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.847;QD=12.0691;RBI=0.0196411;REFB=-0.00285488;REVB=-0.00455092;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11915;STB=0.579932;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00487312;OID=.;OPOS=43095245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:40:23:24:0.375:14:9:19:19:15:9:20:20 chr3 43097710 . A G 354.01 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=-0.0176546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.928;QD=16.0915;RBI=0.0259873;REFB=-0.0283631;REVB=-0.0190697;RO=48;SAF=33;SAR=5;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712587;STB=0.555257;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0321571;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:50:38:38:0.431818:5:33:40:8:5:33:41:9 chr3 43121559 . C T 363.28 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00296405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.707;QD=18.6295;RBI=0.0188447;REFB=0.00573051;REVB=-0.0186102;RO=34;SAF=26;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267538;STB=0.52463;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0120182;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:34:40:37:38:0.487179:11:26:23:11:12:26:29:11 chr3 43121694 . A AC 40.65 PASS AF=0.149171;AO=33;DP=187;FAO=27;FDP=181;FR=.;FRO=154;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=95;FWDB=-0.180935;FXX=0.0216205;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.929;QD=0.898327;RBI=0.180972;REFB=-0.00804109;REVB=-0.00363548;RO=149;SAF=14;SAR=19;SRF=55;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738032;STB=0.582545;STBP=0.387;TYPE=ins;VARB=0.0784947;OID=.;OPOS=43121695;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.149171:33:187:27:181:154:8:19:59:95:40:149:14:19:55:94 chr3 43122966 . G A 469.61 PASS AF=0.494737;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0920999;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5022;QD=19.7732;RBI=0.110037;REFB=-0.0231095;REVB=-0.0602142;RO=50;SAF=26;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333127;STB=0.51541;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0236407;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:48:46:47:0.494737:20:26:30:20:20:27:29:19 chr3 43390387 . C CT 105.43 PASS AF=0.371429;AO=23;DP=73;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0445566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1115;QD=6.02466;RBI=0.18197;REFB=-0.00125019;REVB=-0.176431;RO=46;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209919;STB=0.54252;STBP=0.607;TYPE=ins;VARB=-0.0301617;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:23:73:26:70:44:17:9:26:18:99:46:16:7:24:22 chr3 43414318 . A G 2087.29 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.31;QD=62.7756;RBI=0.0504494;REFB=0;REVB=0.00917002;RO=0;SAF=53;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11455e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:133:0:0:128:133:1:75:53:0:0:75:58:0:0 chr3 43602803 . C T 281.87 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0231631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.896;QD=14.6427;RBI=0.028185;REFB=-0.0157757;REVB=0.0160581;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410276;STB=0.517231;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0343366;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:18:14:21:23:18:14:21:24 chr3 43607136 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0156413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.405;QD=12.9748;RBI=0.022246;REFB=-0.0109649;REVB=-0.0158188;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113436;STB=0.566558;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0153142;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:11:7:6:6:11:7 chr3 44283672 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.112;QD=52.6126;RBI=0.0225286;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=22;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014296;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:0:22:0:0:0:22:0:0 chr3 44283808 . C A 991.04 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.02377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.712;QD=55.0577;RBI=0.056854;REFB=-0.0581743;REVB=0.0516466;RO=2;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295207;STB=0.52307;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000213926;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:2:3:69:69:0.958333:31:38:0:2:31:38:0:3 chr3 44284584 . G A 1102.45 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139172;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.17;QD=60.408;RBI=0.0139993;REFB=0;REVB=-0.00151367;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21429e-05;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr3 44540790 . TTTC T,TT 769.26 PASS AF=0,0.944444;AO=9,55;DP=70;FAO=0,68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=0,40;FSAR=0,28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0110272,-0.00570273;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,2;MLLD=278.279,292.081;QD=42.7369;RBI=0.0111014,0.00588434;REFB=-0.00453862,-0.000702755;REVB=0.00128086,0.00145064;RO=0;SAF=5,34;SAR=4,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.519257;STBP=1,0.175;TYPE=del,del;VARB=0.0503398,-0.00011698;OID=.,.;OPOS=44540791,44540792;OREF=TTC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.944444:9,55:70:0,68:72:4:0,40:0,28:1:3:4:0:5,34:4,21:0:0 chr3 44612050 . C T 683.97 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0752883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.441;QD=52.6127;RBI=0.0778847;REFB=0.00886864;REVB=0.0199424;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00187297;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:52:0:1:49:51:0.980769:31:18:0:0:31:20:1:0 chr3 44640272 . T C 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00978345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.086;QD=18.7626;RBI=0.0120389;REFB=-0.0112367;REVB=0.00701568;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734949;STB=0.540962;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00805505;OID=.;OPOS=44640272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:22:16:20:20:22:16:20:20 chr3 44692564 . C G 1614.24 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184192;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3198;QD=59.2381;RBI=0.0309697;REFB=-0.0194997;REVB=0.0248969;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205629;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:109:0:0:107:109:1:51:56:0:0:51:58:0:0 chr3 44692593 . GC CG,G 35.82 PASS AF=0,0.182796;AO=4,21;DP=94;FAO=0,17;FDP=93;FR=.;FRO=76;FSAF=0,9;FSAR=0,8;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.0568238,-0.283304;FXX=0.0106372;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=93.5739,9.88542;QD=1.54045;RBI=0.0858465,0.284115;REFB=-0.00328722,-0.0609458;REVB=-0.064348,-0.0214455;RO=58;SAF=0,14;SAR=4,7;SRF=16;SRR=42;SSEN=0,0.354167;SSEP=0,0;SSSB=-0.426745,0.449183;STB=0.5,0.640295;STBP=1,0.255;TYPE=mnp,del;VARB=0.00823435,-0.0119321;OID=.,.;OPOS=44692593,44692594;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:94:93:58:76:4,21:0,17:0,0.182796:4,7:0,14:16:42:0,8:0,9:27:49 chr3 44763037 . A C 631.52 PASS AF=0.955556;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00949839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.523;QD=56.1353;RBI=0.0247944;REFB=0.0114132;REVB=0.0229029;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426083;STB=0.520824;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=5.7383e-05;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:45:2:2:41:43:0.955556:20:21:2:0:20:23:2:0 chr3 44775962 . A G 754.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.665;QD=56.9273;RBI=0.0263907;REFB=0;REVB=0.00496279;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4449e-05;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr3 44777795 . CT TC 512.38 PASS AF=0.9;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00329816;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.089;QD=51.238;RBI=0.0378661;REFB=-0.264997;REVB=0.0377222;RO=4;SAF=20;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848708;STB=0.54543;STBP=0.108;TYPE=mnp;VARB=0.00419018;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:42:40:4:4:36:36:0.9:16:20:4:0:16:20:4:0 chr3 44869026 . A T 3215.83 PASS AF=0.955947;AO=216;DP=227;FAO=217;FDP=227;FR=.;FRO=10;FSAF=100;FSAR=117;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0175521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.3455;QD=56.6666;RBI=0.0684345;REFB=-0.18675;REVB=0.0661453;RO=4;SAF=99;SAR=117;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160063;STB=0.511581;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00733491;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:227:227:4:10:216:217:0.955947:117:99:0:4:117:100:2:8 chr3 44884647 . C A 1343.67 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.881;QD=61.0761;RBI=0.0285537;REFB=-0.089143;REVB=0.0241446;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129795;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00117104;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:51:36:1:0:51:36:1:0 chr3 44929287 . G C 801.17 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6027;QD=57.2267;RBI=0.0360818;REFB=0;REVB=0.00952529;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275992;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr3 44943069 . C T 766.35 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.084;QD=63.8625;RBI=0.0192374;REFB=0;REVB=0.018726;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57058e-05;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr3 44943389 . G A 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.925;QD=58.9868;RBI=0.0383649;REFB=0.0433016;REVB=0.0348907;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111316;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=4.18887e-05;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:42:32:0:1:42:33:0:1 chr3 44948479 . C T 781.76 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232436;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.59;QD=54.8606;RBI=0.0304525;REFB=-0.151459;REVB=0.0196746;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000588101;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:57:0:1:55:56:0.982456:26:29:0:0:27:29:0:1 chr3 44948590 . G A 1540.02 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00514434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.293;QD=61.6008;RBI=0.00997936;REFB=-0.0733771;REVB=0.00855122;RO=0;SAF=36;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502849;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000259062;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:0:2:98:98:0.98:62:36:0:0:62:36:1:1 chr3 44955140 . A G 414.46 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00308479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.568;QD=21.8137;RBI=0.00446877;REFB=-0.0119854;REVB=0.00323326;RO=35;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256187;STB=0.514132;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0109371;OID=.;OPOS=44955140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:21:20:16:19:21:20:16:19 chr3 44968319 . CT C,TC 554.94 PASS AF=0.948052,0.0519481;AO=40,4;DP=66;FAO=73,4;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=22,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759833,-0.0172996;FXX=0.0253133;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=11.0174,155.21;QD=28.8278;RBI=0.243269,0.0635714;REFB=-0.0535732,0.00845186;REVB=0.231098,-0.0611723;RO=12;SAF=38,0;SAR=2,4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.53887,-0.664388;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0231325,0.175531;OID=.,.;OPOS=44968320,44968319;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:66:77:12:0:40,4:73,4:0.948052,0.0519481:2,4:38,0:5:7:22,4:51,0:0:0 chr3 45052775 . G C 2165.87 PASS AF=0.992806;AO=121;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000909603;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.4;QD=62.3273;RBI=0.0207131;REFB=0.0425426;REVB=0.0206931;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.503496;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-6.55789e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:0:1:121:138:0.992806:57:64:0:0:71:67:0:1 chr3 45077123 . G A 786.97 PASS AF=0.893939;AO=59;DP=66;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0299483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.813;QD=47.6953;RBI=0.0420295;REFB=-0.0422437;REVB=0.0294886;RO=7;SAF=36;SAR=23;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668443;STB=0.535588;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00139051;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:66:66:7:7:59:59:0.893939:23:36:2:5:23:36:2:5 chr3 45077124 . G C 31.28 PASS AF=0.104478;AO=6;DP=68;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.030083;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.048;QD=1.86775;RBI=0.0372229;REFB=-0.00180309;REVB=-0.0219216;RO=61;SAF=1;SAR=5;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465788;STB=0.88617;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.113206;OID=.;OPOS=45077124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:67:61:60:6:7:0.104478:5:1:37:24:6:1:37:23 chr3 45127515 . T C 1435.0 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0739446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3957;QD=61.7204;RBI=0.0929404;REFB=0.00106067;REVB=0.0563038;RO=1;SAF=34;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137366;STB=0.507245;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000839201;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:57:34:1:0:58:34:1:0 chr3 45134822 . T C 1556.61 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011063;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.227;QD=62.8933;RBI=0.0124433;REFB=-0.117328;REVB=-0.00569627;RO=1;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109026;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-1.01171e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:43:55:0:1:43:55:0:1 chr3 45527218 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.331;QD=60.547;RBI=0.00875508;REFB=0;REVB=-0.00833331;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54397e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr3 45533224 . G A 1482.2 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333253;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.649;QD=59.8868;RBI=0.0434074;REFB=0;REVB=0.0278141;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92934e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr3 45559519 . T C 1544.9 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.395;QD=63.7072;RBI=0.0309775;REFB=0;REVB=0.02621;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13147e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:52:42:0:0:53:44:0:0 chr3 45565554 . A G 3141.27 PASS AF=0.99;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0706079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.712;QD=62.8254;RBI=0.0746062;REFB=-0.131941;REVB=-0.0240957;RO=2;SAF=79;SAR=118;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080033;STB=0.504201;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000400493;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:199:200:2:2:197:198:0.99:118:79:0:2:118:80:0:2 chr3 45637253 . C T 867.18 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0105498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.548;QD=53.3651;RBI=0.0183151;REFB=-0.00684922;REVB=0.0149715;RO=3;SAF=40;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293552;STB=0.51557;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-3.016e-05;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:22:40:1:2:22:40:1:2 chr3 45637438 . GT G,GC 5070.66 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=38,277;DP=317;FAO=10,310;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=10,174;FSAR=0,136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396588,-0.0837894;FXX=0.00311517;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.359,158.144;QD=63.3833;RBI=0.0560149,0.105927;REFB=0,0;REVB=0.0395582,0.0648069;RO=0;SAF=0,183;SAR=38,94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00149301,0.000830651;OID=.,.;OPOS=45637439,45637439;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:38,277:317:10,310:320:0:10,174:0,136:0:0:4:0:0,183:38,94:0:0 chr3 45785869 . T C 658.43 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00737669;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.465;QD=18.9476;RBI=0.00858019;REFB=-0.00463601;REVB=-0.00438223;RO=73;SAF=44;SAR=22;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185423;STB=0.602983;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00532645;OID=.;OPOS=45785869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:139:73:73:66:66:0.47482:22:44:35:38:22:44:35:38 chr3 45817346 . G A 172.9 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.01752;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.339;QD=11.155;RBI=0.0258225;REFB=-0.00167726;REVB=0.0189697;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146297;STB=0.59294;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00303546;OID=.;OPOS=45817346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:40:21:22:0.354839:11:10:22:14:12:10:24:16 chr3 45817418 . A G 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.7;QD=62.4639;RBI=0.0331694;REFB=0;REVB=0.00798981;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100962;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr3 45957055 . G A 445.68 PASS AF=0.385185;AO=51;DP=134;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00870518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8317;QD=13.2054;RBI=0.0237912;REFB=-0.0101406;REVB=0.0221414;RO=83;SAF=21;SAR=30;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908108;STB=0.556273;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0228421;OID=.;OPOS=45957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:83:83:51:52:0.385185:30:21:41:42:31:21:41:42 chr3 45959515 . A T 889.41 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180511;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.63;QD=58.3222;RBI=0.0225325;REFB=0;REVB=0.0134859;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699813;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr3 45959583 . C T 541.39 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0550229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9121;QD=16.658;RBI=0.0824633;REFB=-0.0401274;REVB=0.061422;RO=71;SAF=31;SAR=27;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132323;STB=0.503728;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0493338;OID=.;OPOS=45959583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:71:72:58:58:0.446154:27:31:37:34:27:31:38:34 chr3 45959759 . T C 289.81 PASS AF=0.273585;AO=24;DP=109;FAO=29;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00583148;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.452;QD=10.9361;RBI=0.0302061;REFB=-0.0157811;REVB=-0.0296379;RO=70;SAF=4;SAR=20;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454544;STB=0.621733;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0494035;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:70:68:24:29:0.273585:20:4:35:35:19:10:35:33 chr3 45989044 . T G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.893;QD=61.6827;RBI=0.0370006;REFB=0;REVB=0.0331314;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88587e-05;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr3 45996761 . G A 2884.48 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.805;QD=63.0488;RBI=0.00966328;REFB=0;REVB=0.00751263;RO=0;SAF=96;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98981e-07;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:183:0:0:182:183:1:86:96:0:0:87:96:0:0 chr3 46007823 . G T 205.16 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.049407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.733;QD=12.6251;RBI=0.0505691;REFB=-0.0313303;REVB=0.0107788;RO=36;SAF=23;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407699;STB=0.691584;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0935101;OID=.;OPOS=46007823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:28:29:0.446154:5:23:17:19:6:23:18:18 chr3 46007825 . T C 215.54 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00295698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0078;QD=13.2638;RBI=0.00967875;REFB=-0.00172862;REVB=-0.00921599;RO=36;SAF=22;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456455;STB=0.762776;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00257385;OID=.;OPOS=46007825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:39:26:26:0.4:4:22:17:19:4:22:19:20 chr3 46008087 . G A 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0299855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.839;QD=26.5592;RBI=0.0300429;REFB=-0.0380907;REVB=-0.00185687;RO=20;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166711;STB=0.591189;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0109945;OID=.;OPOS=46008087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:14:21:7:13:14:21:7:13 chr3 46008790 . G A 676.04 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00426826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8538;QD=18.1487;RBI=0.0258322;REFB=-0.0297024;REVB=0.0254772;RO=79;SAF=28;SAR=41;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122268;STB=0.571324;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0260984;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:80:69:69:0.463087:41:28:42:37:41:28:43:37 chr3 46009487 . G A 444.87 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00742696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.063;QD=17.9747;RBI=0.0171965;REFB=-0.010476;REVB=0.01551;RO=54;SAF=33;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233585;STB=0.631358;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0117022;OID=.;OPOS=46009487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:12:33:28:26:12:33:28:26 chr3 46009864 . C G 1433.62 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7529;QD=63.0161;RBI=0.0515799;REFB=0;REVB=0.021407;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456887;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr3 46010007 . T C 751.45 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=157;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0336389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.783;QD=18.9045;RBI=0.0445833;REFB=-0.0365165;REVB=-0.029259;RO=79;SAF=36;SAR=42;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041;STB=0.529062;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0383277;OID=.;OPOS=46010007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:79:81:78:78:0.490566:42:36:40:39:42:36:42:39 chr3 46010077 . C T 1482.93 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0404198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.862;QD=61.1516;RBI=0.0434852;REFB=-0.137918;REVB=0.0160375;RO=1;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106543;STB=0.511109;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000742159;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:1:2:94:95:0.979381:44:50:0:1:44:51:0:2 chr3 46021218 . G T 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.511;QD=60.2046;RBI=0.0374666;REFB=0;REVB=0.0186738;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05953e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:39:34:0:0 chr3 46063329 . T C 247.78 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0500213;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8167;QD=24.1732;RBI=0.058057;REFB=-0.0252341;REVB=-0.0294701;RO=18;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211021;STB=0.618075;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0257935;OID=.;OPOS=46063329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:7:16:8:10:7:16:8:10 chr3 46399798 . T C 393.25 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0057;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.286;QD=19.4195;RBI=0.00775224;REFB=-0.0117268;REVB=-0.00525425;RO=40;SAF=26;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163265;STB=0.597651;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0113639;OID=.;OPOS=46399798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:41:40:40:0.493827:14:26:19:21:14:26:19:22 chr3 46415924 . A G 373.52 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0563546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.497;QD=23.3448;RBI=0.0575495;REFB=-0.00167937;REVB=0.0116662;RO=27;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129935;STB=0.57139;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00145012;OID=.;OPOS=46415924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:17:20:10:17:17:20:10:17 chr3 46416470 . G T 414.79 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.0504441;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6446;QD=15.2218;RBI=0.0591557;REFB=-0.00717539;REVB=0.0308997;RO=63;SAF=27;SAR=20;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638033;STB=0.562999;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0053051;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:63:62:47:47:0.431193:20:27:40:23:21:26:41:21 chr3 46417312 . G T 265.84 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0166211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.15;QD=27.2655;RBI=0.0315588;REFB=-0.0251431;REVB=0.0268271;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248826;STB=0.588166;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0126505;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:13:15:23:24:0.615385:10:13:12:1:10:14:12:3 chr3 46449978 . A C 435.51 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0216089;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.565;QD=15.281;RBI=0.0216135;REFB=-0.0208498;REVB=-0.000442524;RO=62;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262715;STB=0.518961;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0173645;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:62:65:49:49:0.429825:25:24:32:30:25:24:34:31 chr3 46450070 . T A 260.44 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0248208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.783;QD=12.2561;RBI=0.0483636;REFB=-0.03012;REVB=0.0415087;RO=54;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105651;STB=0.560602;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0553872;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:16:15:21:33:16:15:21:33 chr3 46480958 . C G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.427;QD=59.8553;RBI=0.0427245;REFB=0;REVB=-0.0268383;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68318e-05;OID=.;OPOS=46480958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:24:47:0:0:24:47:0:0 chr3 46501284 . C CCTT 1663.32 PASS AF=1;AO=102;DP=126;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186547;FXX=0.0350846;HRUN=2;LEN=3;MLLD=265.074;QD=60.4844;RBI=0.0390695;REFB=0;REVB=0.0343282;RO=18;SAF=58;SAR=44;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.82047e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:126:110:110:0:63:47:0:0:9:18:58:44:16:2 chr3 46654132 . G A 2178.72 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.623;QD=63.1513;RBI=0.0369795;REFB=0;REVB=0.0361301;RO=0;SAF=80;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60456e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:138:0:0:135:138:1:55:80:0:0:58:80:0:0 chr3 46658737 . A G 1482.08 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0322326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7096;QD=61.1169;RBI=0.118618;REFB=-0.0940743;REVB=0.114155;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512193;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00215384;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:95:95:0.979381:40:55:0:0:40:55:0:2 chr3 46713457 . C G 376.39 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0443024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8904;QD=13.9402;RBI=0.0443439;REFB=0.0163602;REVB=-0.00191712;RO=63;SAF=20;SAR=24;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722985;STB=0.545434;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0180985;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:64:44:44:0.407407:24:20:33:30:24:20:34:30 chr3 46722692 . G T 786.08 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000666728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.53;QD=64.1696;RBI=0.040034;REFB=0;REVB=0.0400285;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324962;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:25:24:0:0 chr3 46729757 . C G 1080.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3969;QD=60.0258;RBI=0.0795761;REFB=0;REVB=0.0777733;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084465;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr3 46755937 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.222;QD=57.8835;RBI=0.0759007;REFB=0;REVB=0.0453825;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339943;OID=.;OPOS=46755937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr3 46759010 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.271;QD=39.2068;RBI=0.00206792;REFB=0;REVB=-0.00166454;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82595e-05;OID=.;OPOS=46759010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr3 46783959 . T C 1440.73 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542489;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.295;QD=63.3287;RBI=0.0547772;REFB=0;REVB=0.00758881;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121993;OID=.;OPOS=46783959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr3 46784467 . G A 394.64 PASS AF=0.916667;AO=20;DP=35;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00327073;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.64;QD=43.8484;RBI=0.0453434;REFB=-0.162083;REVB=0.0452253;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.001284;OID=.;OPOS=46784467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:35:36:0:3:20:33:0.916667:7:13:0:0:17:16:2:1 chr3 46785355 . T C 323.26 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1875;QD=53.8765;RBI=0.0717512;REFB=0;REVB=-0.0544255;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40705e-05;OID=.;OPOS=46785355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr3 46904812 . G A 174.76 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00214406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.855;QD=19.4181;RBI=0.0186202;REFB=-0.010848;REVB=-0.0184963;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172046;STB=0.58428;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00903391;OID=.;OPOS=46904812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:7:11:7:10:7:11:8:10 chr3 47018214 . T C 1446.8 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0340802;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.229;QD=60.918;RBI=0.0344038;REFB=-0.0153657;REVB=-0.00470745;RO=2;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166288;STB=0.50877;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000135422;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:2:2:92:93:0.978947:56:36:0:2:56:37:0:2 chr3 47036756 . CG GC,GG 189.27 PASS AF=0,0.396552;AO=3,22;DP=59;FAO=0,23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=0,10;FSAR=0,13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.057772,-0.0336246;FXX=0.0169463;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=25.9401,41.4844;QD=13.0534;RBI=0.0594,0.0812125;REFB=-0.0200023,-0.0228759;REVB=0.0138114,-0.0739247;RO=30;SAF=3,9;SAR=0,13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.532926,-0.126135;STB=0.5,0.598727;STBP=1,0.259;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0241144;OID=.,.;OPOS=47036756,47036756;OREF=CG,C;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:59:58:30:35:3,22:0,23:0,0.396552:0,13:3,9:16:14:0,13:0,10:21:14 chr3 47043538 . C T 430.53 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0236002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2158;QD=17.5728;RBI=0.024746;REFB=0.000856234;REVB=0.00744296;RO=53;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390386;STB=0.526304;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.000902846;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:54:44:44:0.44898:20:24:31:22:20:24:32:22 chr3 47043622 . G A 256.9 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0181962;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.774;QD=17.4167;RBI=0.0186239;REFB=-0.031771;REVB=0.00396866;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358179;STB=0.544104;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0410707;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:25:31:27:28:0.474576:14:13:11:14:15:13:17:14 chr3 47045739 . C G 50.2 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0357957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.408;QD=4.89724;RBI=0.0371393;REFB=-0.00460559;REVB=0.00989937;RO=32;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389932;STB=0.711837;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0362602;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:32:33:8:8:0.195122:5:3:4:28:5:3:5:28 chr3 47125385 . G A 380.97 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=8;FWDB=-0.00879548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.229;QD=14.3764;RBI=0.00915263;REFB=-0.0129071;REVB=-0.00253186;RO=62;SAF=33;SAR=10;SRF=54;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169263;STB=0.604126;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0174946;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:62:62:43:44:0.415094:10:33:54:8:11:33:54:8 chr3 47161214 . T C 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0363512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.343;QD=25.2535;RBI=0.0364661;REFB=-0.0137203;REVB=0.00289196;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193294;STB=0.586114;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00513005;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:10:11:18:18:0.62069:9:9:8:2:9:9:8:3 chr3 47162661 . A G 137.85 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0121446;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.267;QD=16.7087;RBI=0.0176646;REFB=0.0192807;REVB=-0.0128275;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211742;STB=0.512179;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0164919;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:8:10:8:7:8:10 chr3 47282303 . G A 243.95 PASS AF=0.5;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0116358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.571;QD=18.7652;RBI=0.0117298;REFB=-0.00751905;REVB=0.00148241;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15535;STB=0.595236;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00528236;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:26:26:26:0.5:14:12:16:9:14:12:17:9 chr3 47322496 . C T 272.66 PASS AF=0.555556;AO=26;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0268763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3528;QD=24.2366;RBI=0.0423599;REFB=0.000236551;REVB=0.0327419;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702482;STB=0.522917;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.000193023;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:26:25:0.555556:10:16:10:9:10:15:11:9 chr3 47385585 . C A 245.34 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0660162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.9665;QD=15.5773;RBI=0.0782481;REFB=-0.0102562;REVB=0.0420074;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30788;STB=0.692176;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0141436;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:35:28:28:0.444444:10:18:10:22:10:18:10:25 chr3 47386059 . TG CC 745.85 PASS AF=1;AO=6;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182449;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=54.7923;QD=54.2434;RBI=0.252972;REFB=0;REVB=0.175234;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00208918;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:6:55:1:4:2:0:0:30:25:0:0 chr3 47449058 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.863;QD=49.5992;RBI=0.0810519;REFB=0;REVB=0.036978;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038903;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr3 47452087 . G A 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.643;QD=40.7563;RBI=0.0236779;REFB=0;REVB=-0.0236779;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131769;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr3 47452786 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0224131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.405;QD=21.2931;RBI=0.0225846;REFB=-0.0168805;REVB=0.00277764;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753369;STB=0.542338;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0219191;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:14:11:9:16:14:11 chr3 47454399 . G A 85.55 PASS AF=1;AO=2;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.6257;QD=38.0223;RBI=0.079461;REFB=0;REVB=0.079461;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00532683;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:2:9:1:2:0:0:0:9:0:0:0 chr3 47459679 . C T 416.06 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0353868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.266;QD=22.19;RBI=0.056935;REFB=-0.0237184;REVB=0.0446023;RO=34;SAF=29;SAR=12;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0014234;STB=0.500785;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224724;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:12:29:24:10:12:29:24:10 chr3 47462200 . T C 490.55 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.404;QD=57.7123;RBI=0.0256725;REFB=0;REVB=0.0157169;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789423;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:18:16:0:0 chr3 47539702 . T C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00847286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.31;QD=18.3001;RBI=0.0268287;REFB=-0.0193813;REVB=0.0254557;RO=23;SAF=19;SAR=1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525178;STB=0.812398;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0150861;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:1:19:16:7:1:19:16:7 chr3 47539751 . T C 1296.08 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.326;QD=61.7181;RBI=0.050583;REFB=0;REVB=-0.050196;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27537e-05;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:30:53:0:0:30:54:0:0 chr3 47618953 . C A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-9.03962e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.572;QD=14.5322;RBI=0.00333853;REFB=-0.0086675;REVB=0.00333731;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129277;STB=0.512812;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0127684;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:10:19:26:13:10:19:27:13 chr3 47645933 . A T 340.88 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0170689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9737;QD=15.6727;RBI=0.0571361;REFB=0.00412;REVB=-0.0545269;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201507;STB=0.610573;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00767733;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:48:50:37:37:0.425287:18:19:15:33:18:19:16:34 chr3 47888136 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00994877;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.211;QD=12.339;RBI=0.0130948;REFB=-0.0216162;REVB=-0.00851438;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11053;STB=0.563268;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0260291;OID=.;OPOS=47888136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:11:28:15:9:11:28 chr3 47953405 . A C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00513768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.032;QD=6.25135;RBI=0.0190319;REFB=0.000584114;REVB=-0.0183253;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333477;STB=0.703203;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00242211;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:15:2:2:4:15:2 chr3 47953733 . C A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0143275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.842;QD=21.613;RBI=0.0147906;REFB=-0.0126829;REVB=-0.00367238;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930787;STB=0.552169;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0117562;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:13:10:13:11:13:10 chr3 47956424 . C T 296.22 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00137009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0334;QD=15.5907;RBI=0.0128552;REFB=-0.0103652;REVB=0.012782;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202107;STB=0.613801;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0320459;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:14:19:16:27:14:19:16:27 chr3 47958037 . G T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00723494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.46;QD=14.9478;RBI=0.0174098;REFB=-0.0262552;REVB=-0.0158352;RO=41;SAF=28;SAR=3;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440648;STB=0.766355;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0464023;OID=.;OPOS=47958037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:3:28:26:15:3:28:26:16 chr3 48229380 . GGGGGC AGGGCG,AGGGGC 288.9 PASS AF=0,0.609756;AO=2,23;DP=45;FAO=0,25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=0,8;FSAR=0,17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0100323,-0.000833258;FXX=0.0888691;HRUN=6,6;LEN=6,1;MLLD=166.306,174.952;QD=28.1856;RBI=0.010033,0.0193787;REFB=-0.0363937,-0.0558225;REVB=0.000122447,0.0193608;RO=7;SAF=2,6;SAR=0,17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.539624,-0.220638;STB=0.5,0.576208;STBP=1,0.235;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0249614;OID=.,.;OPOS=48229380,48229380;OREF=GGGGGC,G;OALT=AGGGCG,A;OMAPALT=AGGGCG,AGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:41:7:16:2,23:0,25:0,0.609756:0,17:2,6:5:2:0,17:0,8:8:8 chr3 48299439 . T C 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0379269;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8672;QD=12.9515;RBI=0.043834;REFB=-0.0278204;REVB=0.0219767;RO=55;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11862;STB=0.56786;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0337918;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:15:18:24:31:15:18:24:31 chr3 48310242 . A C 108.06 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00314838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.696;QD=13.0985;RBI=0.00816374;REFB=-0.0145959;REVB=0.00753222;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.678966;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0203544;OID=.;OPOS=48310242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:8:4:12:8:9:4:12:8 chr3 48419897 . C T 319.79 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0145876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.261;QD=18.5383;RBI=0.0151195;REFB=-0.00442037;REVB=-0.00397502;RO=35;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22725;STB=0.626867;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00360594;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:12:22:14:21:12:22:14:21 chr3 48421387 . G T 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.028015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.417;QD=26.4924;RBI=0.0282466;REFB=-0.00613591;REVB=-0.00360965;RO=9;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309089;STB=0.674465;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0122304;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:14:3:5:4:14:3:5:4 chr3 48422235 . T A 193.32 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.000256913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.11;QD=16.4528;RBI=0.00917245;REFB=-0.00468218;REVB=0.00916885;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458562;STB=0.526289;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00497501;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:15:12:8:12:15:12 chr3 48461313 . C G 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00206548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.064;QD=13.2033;RBI=0.00206548;REFB=-0.00916888;REVB=0;RO=6;SAF=6;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00796454;OID=.;OPOS=48461313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:0:6:6:0:0:6:6:0 chr3 48474249 . A G 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0405404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2921;QD=16.2707;RBI=0.0657566;REFB=0.0267932;REVB=-0.0517726;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0388332;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:9:9:6:9:9:9 chr3 48476431 . C G 1989.41 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.834;QD=62.1689;RBI=0.0477821;REFB=0;REVB=0.0154665;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08954e-05;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:55:73:0:0:55:73:0:0 chr3 48508585 . C T 273.06 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00164922;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.663;QD=19.5042;RBI=0.00318671;REFB=-0.0299029;REVB=0.00272675;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112426;STB=0.551087;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0182418;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:28:29:0.517857:11:17:13:14:12:17:13:14 chr3 48599944 . C A 238.66 PASS AF=0.444444;AO=26;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00919472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.645;QD=15.1529;RBI=0.0222063;REFB=-0.0186057;REVB=0.0202133;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130047;STB=0.571379;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0204056;OID=.;OPOS=48599944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:35:35:26:28:0.444444:13:13:22:13:14:14:22:13 chr3 48605075 . GA G 153.41 PASS AF=0.670886;AO=40;DP=80;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0465831;FXX=0.0246883;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.57862;QD=7.76753;RBI=0.146263;REFB=0.032626;REVB=0.138647;RO=24;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160102;STB=0.558261;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.08632;OID=.;OPOS=48605076;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.670886:40:80:53:79:26:32:21:20:6:36:24:25:15:20:4 chr3 48610466 . C A 410.86 PASS AF=0.561644;AO=37;DP=69;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0229221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.769;QD=22.5131;RBI=0.0233276;REFB=-0.00887704;REVB=0.00433067;RO=29;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297364;STB=0.521547;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00781252;OID=.;OPOS=48610466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:29:32:37:41:0.561644:23:14:12:17:25:16:14:18 chr3 48610925 . T C 292.65 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0422089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.495;QD=21.6775;RBI=0.0455787;REFB=-0.0445246;REVB=-0.0171996;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672487;STB=0.522373;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0258913;OID=.;OPOS=48610925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:24:29:30:0.555556:13:16:14:8:14:16:14:10 chr3 48615728 . G A 144.88 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0307938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3652;QD=10.1671;RBI=0.0628742;REFB=-0.00849106;REVB=0.054817;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118764;STB=0.56978;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.020791;OID=.;OPOS=48615728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:10:9:22:16:10:9:22:16 chr3 48625266 . T C 102.13 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0387465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.728;QD=9.07869;RBI=0.0440904;REFB=-0.00224952;REVB=-0.0210397;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.549412;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00483661;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:13:13:0.288889:7:6:17:14:7:6:17:15 chr3 48638807 . G C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0350569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8866;QD=21.8716;RBI=0.0352333;REFB=0.0103355;REVB=0.00352165;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145833;STB=0.580948;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00772137;OID=.;OPOS=48638807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:16:12:14:9:16:12:14:9 chr3 48669447 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00312868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.784;QD=17.0332;RBI=0.00998313;REFB=0.00230194;REVB=0.0094802;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264764;STB=0.653147;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00374409;OID=.;OPOS=48669447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:14:4:10:12:14:4:10:12 chr3 48681053 . C T 239.78 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0575043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1906;QD=12.2964;RBI=0.0596605;REFB=-0.00836428;REVB=0.0158944;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430745;STB=0.538712;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0247548;OID=.;OPOS=48681053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:42:49:29:29:0.371795:13:16:23:19:13:16:30:19 chr3 48691316 . T C 555.32 PASS AF=0.487603;AO=53;DP=114;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0393039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.774;QD=18.3576;RBI=0.0467239;REFB=-0.0536536;REVB=0.0252651;RO=60;SAF=24;SAR=29;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139832;STB=0.553604;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0480427;OID=.;OPOS=48691316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:121:60:62:53:59:0.487603:29:24:36:24:29:30:38:24 chr3 48697654 . C G 184.4 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.108794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.585;QD=17.5619;RBI=0.108916;REFB=-0.0184557;REVB=-0.00515212;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970461;STB=0.599886;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0101415;OID=.;OPOS=48697654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:23:19:19:0.452381:15:4:6:15:15:4:8:15 chr3 48699180 . CGGGG CGGG,CGGGGGC,CGGGGG 54.77 PASS AF=0,0.116279,0.209302;AO=5,5,9;DP=43;FAO=0,5,9;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=0,5,3;FSAR=0,0,6;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0485595,-0.0368396,0.0484327;FXX=0.0227221;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=14.4309,177.711,9.84136;QD=5.095;RBI=0.0890907,0.0415039,0.0902772;REFB=0.00695401,-0.00112769,-0.00886229;REVB=-0.0746936,-0.019116,0.0761856;RO=20;SAF=1,5,1;SAR=4,0,8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.215064,0.732003,-0.39347;STB=0.5,0.998355,0.519956;STBP=1,0.001,0.923;TYPE=del,ins,ins;VARB=0.0223892,0.114154,-0.00655438;OID=.,.,.;OPOS=48699181,48699185,48699181;OREF=G,-,-;OALT=-,GC,G;OMAPALT=CGGG,CGGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.116279,0.209302:5,5,9:43:0,5,9:43:29:0,5,3:0,0,6:9:20:27:20:1,5,1:4,0,8:7:13 chr3 48699519 . C T 667.29 PASS AF=0.637363;AO=57;DP=90;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0120543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.233;QD=29.3314;RBI=0.0121849;REFB=-0.0236058;REVB=0.00177926;RO=32;SAF=18;SAR=39;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673695;STB=0.538705;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0182612;OID=.;OPOS=48699519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:32:33:57:58:0.637363:39:18:13:19:39:19:14:19 chr3 48727112 . G A 926.24 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.84;QD=56.9995;RBI=0.0290627;REFB=-0.111253;REVB=0.0150775;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132639;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:0:64:65:1:22:42:0:0:22:43:0:0 chr3 48731961 . A G 202.19 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345813;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.014;QD=44.9305;RBI=0.0373864;REFB=0.0187344;REVB=-0.0142081;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.521714;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.000159782;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:16:17:0.944444:10:6:0:1:11:6:0:1 chr3 48995487 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.981;QD=46.8463;RBI=0.0225748;REFB=0;REVB=-0.0131187;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38016e-05;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr3 49053219 . A G 1387.55 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583377;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.941;QD=59.0449;RBI=0.0195085;REFB=-0.0580729;REVB=-0.0186158;RO=1;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260873;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:94:1:0:84:94:1:48:36:1:0:50:44:0:0 chr3 49054692 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.749;QD=62.9828;RBI=0.00674153;REFB=0;REVB=0.00650228;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81032e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr3 49137238 . G A 466.06 PASS AF=0.47619;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.00433875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7866;QD=17.7548;RBI=0.0684948;REFB=-0.0175717;REVB=0.0683573;RO=55;SAF=9;SAR=40;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150411;STB=0.587354;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0234487;OID=.;OPOS=49137238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:55:55:49:50:0.47619:40:9:16:39:41:9:16:39 chr3 49200627 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.599;QD=40.7618;RBI=0.067376;REFB=0;REVB=0.0238211;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953008;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 49200692 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.088;QD=51.1846;RBI=0.145891;REFB=0;REVB=0.127693;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337521;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr3 49273996 . C T 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.347;QD=36.3479;RBI=0.0477883;REFB=0.0180551;REVB=-0.0275138;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00264667;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr3 49298139 . G A 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5923;QD=58.057;RBI=0.0317749;REFB=0;REVB=0.0133764;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012944;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr3 49298205 . T C 916.36 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.397;QD=58.1818;RBI=0.0485283;REFB=0;REVB=0.0220938;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07983e-05;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr3 49548008 . C G 786.46 PASS AF=1;AO=43;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.6178;QD=54.2389;RBI=0.152271;REFB=0;REVB=0.145277;RO=2;SAF=26;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313238;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:2:0:43:58:1:17:26:2:0:26:32:0:0 chr3 49570882 . T C 1490.78 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0188227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.486;QD=60.2333;RBI=0.018824;REFB=-0.0882852;REVB=-0.000222152;RO=2;SAF=58;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042094;STB=0.508547;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00276312;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:99:2:3:96:96:0.969697:38:58:1:1:38:58:1:2 chr3 49690199 . G A 1669.84 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=115;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0549414;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.271;QD=59.6373;RBI=0.0612613;REFB=-0.109611;REVB=0.0270995;RO=1;SAF=53;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088725;STB=0.504504;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00135289;OID=.;OPOS=49690199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:112:1:1:109:111:0.991071:56:53:1:0:56:55:1:0 chr3 49701298 . G A 1670.76 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023903;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.656;QD=60.755;RBI=0.0246637;REFB=0;REVB=-0.00607855;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057007;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr3 49708769 . T C 487.02 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00821171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3627;QD=16.7936;RBI=0.025438;REFB=-0.00610667;REVB=0.0240761;RO=62;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118109;STB=0.511078;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.022301;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:63:53:53:0.456897:28:25:30:32:28:25:31:32 chr3 49708803 . TCAAA T 310.01 PASS AF=0.421687;AO=32;DP=89;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00622206;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.286;QD=14.94;RBI=0.0135854;REFB=0.000676217;REVB=0.0120768;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274131;STB=0.5296;STBP=0.621;TYPE=del;VARB=-0.000632038;OID=.;OPOS=49708804;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421687:32:89:35:83:48:15:20:23:25:99:43:15:17:19:24 chr3 49708857 . C T 315.92 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.000247259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4414;QD=17.5509;RBI=0.0264544;REFB=-0.00485965;REVB=-0.0264533;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12948;STB=0.572433;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00568047;OID=.;OPOS=49708857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:19:15:22:16:19:15:22:16 chr3 49723784 . C A 102.93 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.998;QD=34.3113;RBI=0.0961944;REFB=-0.128882;REVB=0.0940176;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00737699;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:10:11:0.916667:8:2:0:1:9:2:0:1 chr3 49724808 . T C 1030.78 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0131676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1758;QD=56.4812;RBI=0.015399;REFB=-0.0698985;REVB=0.00798387;RO=2;SAF=39;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023628;STB=0.512496;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000459684;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:70:71:0.972603:31:39:2:0:32:39:2:0 chr3 49736172 . C A 367.25 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=0.00147592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.459;QD=16.5054;RBI=0.00321585;REFB=-0.00888329;REVB=0.00285716;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245663;STB=0.641032;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0109054;OID=.;OPOS=49736172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:50:39:39:0.438202:20:19:36:13:20:19:37:13 chr3 49738945 . C T 372.88 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0141228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0932;QD=14.3415;RBI=0.104165;REFB=-0.00547908;REVB=0.103203;RO=61;SAF=18;SAR=24;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168274;STB=0.599954;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0163278;OID=.;OPOS=49738945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:61:42:43:0.413462:24:18:36:25:25:18:36:25 chr3 49739507 . G C 482.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9878;QD=58.4519;RBI=0.0359287;REFB=0;REVB=-0.0116402;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622827;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr3 49751585 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00809878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.463;QD=14.0965;RBI=0.00810251;REFB=0.0213969;REVB=-0.000245808;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363052;STB=0.716372;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0429937;OID=.;OPOS=49751585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:7:7:9:2:7:7 chr3 49758764 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0149405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.439;QD=13.9591;RBI=0.0345313;REFB=-0.0111092;REVB=0.0311318;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361846;STB=0.705463;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.014258;OID=.;OPOS=49758764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:0:7:5:2:0:7 chr3 49760039 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.596;QD=60.9781;RBI=0.0152089;REFB=0;REVB=-0.0151134;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39556e-05;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr3 49829326 . G A 159.62 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0231079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0337;QD=14.1885;RBI=0.050416;REFB=-0.00579545;REVB=-0.0448084;RO=27;SAF=15;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463916;STB=0.714014;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00846084;OID=.;OPOS=49829326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:2:15:15:12:3:15:15:12 chr3 49836707 . G A 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0204682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.932;QD=28.9919;RBI=0.0462895;REFB=-0.000427004;REVB=0.0415183;RO=14;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274601;STB=0.515139;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00050897;OID=.;OPOS=49836707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:8:17:9:5:8:17:9:5 chr3 49898273 . A G 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0150478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.042;QD=19.9055;RBI=0.0223878;REFB=-0.0247943;REVB=0.0165764;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600255;STB=0.524574;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0224495;OID=.;OPOS=49898273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:16:15:15:12:16:15:15:13 chr3 49924940 . T C 394.42 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0514789;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.508;QD=22.221;RBI=0.0517366;REFB=-0.0214195;REVB=0.00515775;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266055;STB=0.505777;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.016424;OID=.;OPOS=49924940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:19:20:16:15:19:20:16:16 chr3 49928691 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.775;QD=53.277;RBI=0.0488309;REFB=0;REVB=-0.0485121;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000691731;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr3 49936102 . T C 64.82 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0162147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1627;QD=10.3715;RBI=0.0225687;REFB=-0.00174659;REVB=-0.015698;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484;STB=0.529345;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00693373;OID=.;OPOS=49936102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:6:10:6:3:6:10 chr3 49946812 . G A 398.3 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0225536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.868;QD=20.9633;RBI=0.0275369;REFB=-0.00465265;REVB=-0.0157993;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688905;STB=0.538089;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00359827;OID=.;OPOS=49946812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:19:21:16:20:19:21:16:20 chr3 50103764 . TC T 108.87 PASS AF=0.56;AO=23;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0283846;FXX=0.0565931;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0591;QD=8.70921;RBI=0.191761;REFB=-0.0742959;REVB=0.189649;RO=18;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.4;SSSB=0.25749;STB=0.585736;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=0.11522;OID=.;OPOS=50103765;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:23:49:28:50:22:18:10:10:12:79:18:17:6:8:10 chr3 50114515 . C T 451.2 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.678;QD=56.4004;RBI=0.0396855;REFB=0;REVB=0.00346695;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757525;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:21:11:0:0 chr3 50129399 . C T 197.75 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0136629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.424;QD=14.6478;RBI=0.0922888;REFB=0.000448473;REVB=-0.0912718;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769762;STB=0.535742;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00141335;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:9:14:16:14:9:14:17:14 chr3 50144951 . T C 495.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2427;QD=58.3365;RBI=0.0801957;REFB=0;REVB=0.0322071;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160727;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:23:8:0:0:24:10:0:0 chr3 50153356 . T C 953.18 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4414;QD=58.6571;RBI=0.0222808;REFB=0;REVB=0.014732;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023657;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:34:31:0:0 chr3 50197092 . C T 249.99 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0149966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0955;QD=16.6659;RBI=0.0666822;REFB=7.4266e-05;REVB=0.064974;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375877;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:16:16:14:14:16:16 chr3 50212609 . A AC 41.98 PASS AF=0.230769;AO=13;DP=53;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=36;FWDB=-0.0344758;FXX=0.0188644;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.0979;QD=3.22892;RBI=0.0434586;REFB=-0.00515827;REVB=-0.0264588;RO=40;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.598798;STB=0.869194;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.0683765;OID=.;OPOS=50212610;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:13:53:12:52:40:8:4:4:36:41:40:8:5:4:36 chr3 50222926 . T A 651.52 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00667209;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.062;QD=57.913;RBI=0.0451623;REFB=-0.110188;REVB=0.0446667;RO=2;SAF=26;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.51851;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00104798;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:2:2:43:43:0.955556:17:26:2:0:17:26:2:0 chr3 50251833 . A AG 425.71 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086488;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.0454;QD=42.5712;RBI=0.113199;REFB=0;REVB=0.0730335;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00542067;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:41:40:40:0:21:19:0:0:8:2:19:19:2:0 chr3 50296107 . AGGGGC AGGGC,AGGG,AGGGG 87.37 PASS AF=0.225,0.175,0.2;AO=7,6,11;DP=42;FAO=9,7,8;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=1,2,7;FSAR=8,5,1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.324421,0.00416688,-0.151155;FXX=0.0476077;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=10.5415,15.0407,10.1909;QD=8.73656;RBI=0.335743,0.0501849,0.152555;REFB=-0.0559496,-0.0880959,-0.108847;REVB=-0.0864571,-0.0500117,0.020616;RO=13;SAF=0,1,8;SAR=7,5,3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.509542,0.509542,0;SSEP=0.379735,0.379735,0.625;SSSB=-0.763626,-0.439476,0.195771;STB=0.817349,0.657425,0.806805;STBP=0.039,0.384,0.058;TYPE=del,del,del;VARB=0.138155,0.0918541,0.15026;OID=.,.,.;OPOS=50296108,50296111,50296112;OREF=G,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGC,AGGG,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.225,0.175,0.2:7,6,11:42:9,7,8:40:16:1,2,7:8,5,1:8:8:24:13:0,1,8:7,5,3:7:6 chr3 50311900 . C T 203.56 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00317217;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.633;QD=13.8008;RBI=0.0206484;REFB=-0.00560793;REVB=-0.0204032;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177524;STB=0.500711;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00737218;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:24:24:0.40678:11:13:19:15:11:13:19:16 chr3 50326020 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0217532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.942;QD=11.6171;RBI=0.0219843;REFB=-0.00168395;REVB=-0.00317893;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551477;STB=0.532224;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0031092;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:11:8:16:18:11:8:16:18 chr3 50327429 . A G 67.21 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0445015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9178;QD=7.90729;RBI=0.131368;REFB=-0.0260151;REVB=-0.123601;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185999;STB=0.518482;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0511153;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:32:34:23:24:9:10:0.294118:3:6:15:8:4:6:15:9 chr3 50329826 . A G 171.98 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0163154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.11;QD=18.1027;RBI=0.0277944;REFB=-0.0482362;REVB=0.0225018;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461927;STB=0.526287;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.055351;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:11:9:9:9:11:9 chr3 50334231 . T A 137.87 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0235663;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.275;QD=17.7892;RBI=0.0235663;REFB=-0.00464007;REVB=0;RO=16;SAF=15;SAR=0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00757635;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:0:15:16:0:0:15:16:0 chr3 50336661 . T C 331.29 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00635092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.931;QD=19.7784;RBI=0.00643909;REFB=-0.0166914;REVB=0.00106193;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181033;STB=0.608709;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0105559;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:32:34:35:0.522388:18:16:20:9:19:16:22:10 chr3 50355730 . T G 265.45 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00392675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.55;QD=17.9966;RBI=0.0106733;REFB=-0.00522916;REVB=0.00992473;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197825;STB=0.610585;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00529248;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:19:11:17:12:19:11 chr3 50357869 . A C 221.93 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00264887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1942;QD=14.5527;RBI=0.0651122;REFB=-0.0154443;REVB=-0.0650583;RO=34;SAF=19;SAR=7;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575684;STB=0.511877;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0277013;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:7:19:25:9:7:19:25:10 chr3 50367867 . A C 177.44 PASS AF=0.465116;AO=17;DP=40;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-9.26078e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.948;QD=16.5064;RBI=0.0228099;REFB=-0.029532;REVB=-0.0228098;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767178;STB=0.511616;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0368269;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:23:23:17:20:0.465116:9:8:11:12:10:10:11:12 chr3 50401841 . G A 293.54 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.128278;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.8447;QD=17.5248;RBI=0.161447;REFB=-0.0296674;REVB=0.0980297;RO=34;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175749;STB=0.585013;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0367382;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:20:12:7:27:20:12:8:27 chr3 50403455 . CG C,GG 152.96 PASS AF=0.413793,0.0517241;AO=18,4;DP=54;FAO=24,3;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9,3;FSAR=15,0;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0755014,0.00556621;FXX=0.0169463;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.2966,33.6795;QD=10.5493;RBI=0.0759207,0.0252636;REFB=-0.00762923,0.0199807;REVB=0.00796798,-0.0246428;RO=26;SAF=8,4;SAR=10,0;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0571009,0.622216;STB=0.616341,0.995908;STBP=0.151,0.125;TYPE=del,snp;VARB=0.0419419,0.105855;OID=.,.;OPOS=50403456,50403455;OREF=G,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:26:31:18,4:24,3:0.413793,0.0517241:10,0:8,4:13:13:15,0:9,3:18:13 chr3 50457227 . G A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00815426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.802;QD=15.4189;RBI=0.0725826;REFB=0.00304072;REVB=0.0721231;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749708;STB=0.504235;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00349087;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:15:17:22:20:15:17:22:20 chr3 50597092 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.532;QD=56.9557;RBI=0.0594067;REFB=0;REVB=0.0506506;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115252;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr3 50609624 . T G 463.81 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=40;FWDB=-0.000799915;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.143;QD=18.9309;RBI=0.0290838;REFB=-0.022217;REVB=-0.0290728;RO=48;SAF=15;SAR=33;SRF=8;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16511;STB=0.570285;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0225604;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:48:50:48:48:0.489796:33:15:8:40:33:15:10:40 chr3 50645158 . A G 267.43 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.035994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8887;QD=21.8313;RBI=0.0558226;REFB=0.00241709;REVB=-0.0426685;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126394;STB=0.570676;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00426899;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:15:9:13:12:15:9 chr3 50645413 . G A 419.73 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00557061;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.279;QD=19.9871;RBI=0.0171208;REFB=-0.0180603;REVB=0.0161892;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864921;STB=0.547923;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0150973;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:42:42:42:42:0.5:22:20:16:26:22:20:16:26 chr3 50647888 . T G 724.0 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0146577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.943;QD=22.1067;RBI=0.0168711;REFB=-0.0231611;REVB=0.00835373;RO=61;SAF=32;SAR=38;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126431;STB=0.569123;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0196849;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:61:70:70:0.534351:38:32:19:42:38:32:19:42 chr3 51273773 . T C 1324.87 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.794;QD=60.9137;RBI=0.0428085;REFB=-0.052689;REVB=-0.000515183;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000195626;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:39:47:0:0:39:47:1:0 chr3 51430657 . A C 248.25 PASS AF=0.414286;AO=27;DP=68;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0216702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.6;QD=14.1859;RBI=0.023348;REFB=-0.0116371;REVB=0.00869086;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857156;STB=0.55988;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0168338;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:40:41:27:29:0.414286:14:13:16:24:14:15:17:24 chr3 51431981 . C CTTAT,T 183.84 PASS AF=0.439024,0.0487805;AO=17,2;DP=43;FAO=18,2;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13,1;FSAR=5,1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0153852,-0.0226638;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=181.802,164.577;QD=17.9356;RBI=0.0181898,0.0858265;REFB=-0.00910066,0.00205011;REVB=-0.0097038,0.0827801;RO=23;SAF=12,1;SAR=5,1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.198847,-0.0204929;STB=0.592725,0.564581;STBP=0.323,0.87;TYPE=ins,snp;VARB=0.0131648,-0.00549496;OID=.,.;OPOS=51431982,51431981;OREF=-,C;OALT=TTAT,T;OMAPALT=CTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:23:21:17,2:18,2:0.439024,0.0487805:5,1:12,1:12:11:5,1:13,1:12:9 chr3 51432847 . C T 605.41 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0101547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.728;QD=22.217;RBI=0.0143192;REFB=-0.0284747;REVB=0.0100956;RO=49;SAF=26;SAR=34;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130391;STB=0.507145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0279788;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:49:49:60:60:0.550459:34:26:22:27:34:26:22:27 chr3 51432895 . T C 1258.47 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283045;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.946;QD=61.3888;RBI=0.0340637;REFB=0;REVB=0.0189524;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394598;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:42:40:0:0 chr3 51433932 . AACTT A 84.49 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0102386;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=4;MLLD=247.513;QD=8.66539;RBI=0.0166797;REFB=0.00111809;REVB=-0.0131675;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295884;STB=0.545391;STBP=0.704;TYPE=del;VARB=-0.00222337;OID=.;OPOS=51433933;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:14:36:14:39:25:6:8:9:16:84:20:6:8:8:12 chr3 51434215 . A C 250.62 PASS AF=0.571429;AO=21;DP=40;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00537277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.664;QD=23.8686;RBI=0.0215925;REFB=-0.00134209;REVB=-0.0209134;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136877;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:18:18:21:24:0.571429:7:14:12:6:8:16:12:6 chr3 51728573 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=-0.0188133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.623;QD=15.6444;RBI=0.0274116;REFB=0.000175021;REVB=-0.0199362;RO=28;SAF=19;SAR=3;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646501;STB=0.501885;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.000618621;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:3:19:25:3:3:19:25:4 chr3 51737965 . G A 314.97 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=118;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.0099003;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.703;QD=10.7683;RBI=0.0176198;REFB=-0.0147972;REVB=-0.0145754;RO=77;SAF=29;SAR=11;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118291;STB=0.568592;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0396101;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:77:77:40:40:0.34188:11:29:49:28:11:29:49:28 chr3 51911107 . TC CT 32.39 PASS AF=0.137931;AO=2;DP=26;FAO=4;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.100668;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=37.4791;QD=4.46782;RBI=0.103461;REFB=0.108144;REVB=0.0238793;RO=22;SAF=1;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182516;STB=0.826198;STBP=0.275;TYPE=mnp;VARB=-0.00807739;OID=.;OPOS=51911107;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:26:29:22:22:2:4:0.137931:1:1:15:7:3:1:15:7 chr3 51978220 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.475;QD=63.5813;RBI=0.00354109;REFB=0;REVB=0.00282171;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5623e-06;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr3 52097310 . C T 449.22 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00316846;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.54;QD=18.5244;RBI=0.00605767;REFB=-0.00602991;REVB=0.00516297;RO=52;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720774;STB=0.540212;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00584988;OID=.;OPOS=52097310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:20:25:25:27:20:25:25:27 chr3 52430698 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.5;QD=57.5452;RBI=0.0233225;REFB=0;REVB=0.0158844;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14242e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr3 52453893 . C T 1147.79 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174504;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.879;QD=60.4102;RBI=0.0404932;REFB=0;REVB=0.0365402;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53955e-05;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:72:76:1:25:47:0:0:26:50:0:0 chr3 52477080 . T C 820.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108562;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.985;QD=57.5908;RBI=0.0127608;REFB=0;REVB=-0.00670665;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96611e-05;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr3 52492707 . T C 1001.96 PASS AF=1;AO=55;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.392;QD=58.0849;RBI=0.0511012;REFB=0;REVB=0.00125837;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235545;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:55:69:1:30:25:0:0:35:34:0:0 chr3 52510592 . G A 720.67 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000781127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.045;QD=62.6672;RBI=0.0215948;REFB=0;REVB=0.0215806;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238363;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:34:11:0:0:35:11:0:0 chr3 52523404 . G GT 372.73 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104257;FXX=0.0882094;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.1118;QD=48.0947;RBI=0.112572;REFB=0;REVB=0.0424594;RO=31;SAF=3;SAR=1;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0129226;OID=.;OPOS=52523405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:35:31:31:0:25:6:0:0:3:31:3:1:23:8 chr3 52523405 . C T 411.37 PASS AF=0.911765;AO=29;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.146177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.3234;QD=48.3963;RBI=0.158124;REFB=-0.122184;REVB=0.0602945;RO=4;SAF=21;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080874;STB=0.531895;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0160221;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:4:3:29:31:0.911765:8:21:4:0:9:22:3:0 chr3 52537419 . A G 178.97 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00255979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.989;QD=12.5592;RBI=0.0163855;REFB=-0.0232211;REVB=-0.0161844;RO=33;SAF=19;SAR=3;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312308;STB=0.693223;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.031918;OID=.;OPOS=52537419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:35:22:22:0.385965:3:19:22:11:3:19:23:12 chr3 52540773 . T C 398.6 PASS AF=0.352941;AO=48;DP=136;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=31;FWDB=-0.0337466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.521;QD=11.7235;RBI=0.0337611;REFB=-0.00100961;REVB=0.000991292;RO=88;SAF=24;SAR=24;SRF=57;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167632;STB=0.59555;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0016082;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:88:88:48:48:0.352941:24:24:57:31:24:24:57:31 chr3 52544470 . A G 1134.89 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.888;QD=60.5274;RBI=0.0400582;REFB=0;REVB=-0.0375902;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81367e-05;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr3 52548818 . C T 728.96 PASS AF=0.493421;AO=73;DP=150;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.032464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.962;QD=19.1832;RBI=0.0324693;REFB=-0.0329858;REVB=-0.000587452;RO=76;SAF=39;SAR=34;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663281;STB=0.526047;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0345904;OID=.;OPOS=52548818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:76:77:73:75:0.493421:34:39:46:30:34:41:46:31 chr3 52554304 . G C 761.66 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453073;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5928;QD=62.176;RBI=0.0538004;REFB=0;REVB=0.0290126;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391233;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:49:1:0:48:49:1:27:21:0:1:27:22:0:0 chr3 52555957 . T C 74.26 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0387425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7836;QD=10.2428;RBI=0.0479889;REFB=0.000952898;REVB=-0.0283188;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201589;STB=0.620462;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0020646;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:13:6:5:5:13:6 chr3 52556864 . C T 158.25 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00020882;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.928;QD=16.6577;RBI=0.0041454;REFB=-0.043663;REVB=-0.00414014;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267137;STB=0.632043;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0314004;OID=.;OPOS=52556864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:17:18:0.473684:7:10:6:14:8:10:6:14 chr3 52556890 . A G 346.02 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0463465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3309;QD=17.0874;RBI=0.0924048;REFB=-0.0262535;REVB=-0.0799416;RO=43;SAF=10;SAR=27;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381546;STB=0.51706;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0394908;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:37:37:0.45679:27:10:13:30:27:10:13:31 chr3 52557038 . C T 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0210859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3748;QD=13.7264;RBI=0.0216862;REFB=-0.00143462;REVB=-0.0050672;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204465;STB=0.616927;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00321638;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:16:9:20:16:16:9:20:16 chr3 52557069 . C T 192.56 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0114083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.968;QD=14.8121;RBI=0.0116001;REFB=-0.0274208;REVB=0.00210079;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24165;STB=0.64542;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0265614;OID=.;OPOS=52557069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:22:22:0.423077:13:9:19:10:13:9:20:10 chr3 52558008 . T C 240.95 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0117375;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.91;QD=16.6175;RBI=0.0120953;REFB=-0.0428973;REVB=-0.00292027;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119175;STB=0.566881;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0163425;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:21:10:12:15:21:10 chr3 52558133 . T C 473.88 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00785221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.251;QD=16.3407;RBI=0.0264855;REFB=-0.0129452;REVB=0.0252947;RO=64;SAF=30;SAR=22;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302309;STB=0.516885;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.01655;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:22:30:35:29:22:30:35:29 chr3 52558904 . A T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0100978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.868;QD=11.4258;RBI=0.011671;REFB=-0.00966794;REVB=-0.00585215;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482525;STB=0.528026;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0182134;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:16:21:11:10:16:21 chr3 52584787 . T C 294.16 PASS AF=0.402299;AO=36;DP=86;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0432198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5459;QD=13.5247;RBI=0.0483961;REFB=-0.0175666;REVB=-0.0217768;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445177;STB=0.531478;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0453771;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:52:36:35:0.402299:18:18:20:24:18:17:28:24 chr3 52610651 . T A 312.87 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0110278;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5567;QD=19.2535;RBI=0.028892;REFB=-0.00571706;REVB=0.0267047;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176949;STB=0.59828;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00576004;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:21:11:18:15:21:11 chr3 52643307 . A G 522.47 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00163372;FXX=0.0112347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.064;QD=23.7484;RBI=0.00477293;REFB=-0.00656486;REVB=0.00448462;RO=38;SAF=16;SAR=33;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104741;STB=0.564927;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0063791;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:38:39:49:49:0.556818:33:16:17:21:33:16:18:21 chr3 52643685 . T C 264.76 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0105812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.577;QD=20.7658;RBI=0.0491051;REFB=0.00471638;REVB=0.0479515;RO=24;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00345109;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:9:18:16:8:9:18:16:8 chr3 52643904 . C T 291.38 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0855539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0082;QD=19.4251;RBI=0.0980517;REFB=-0.0072058;REVB=-0.0479027;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265768;STB=0.635099;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00387601;OID=.;OPOS=52643904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:16:15:5:23:16:15:6:23 chr3 52676065 . C T 46.7 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00533872;FXX=0.157867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.536;QD=3.89162;RBI=0.0161099;REFB=-0.00453916;REVB=-0.0151995;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.5997;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0261657;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:46:48:12:41:7:7:0.145833:2:5:8:4:2:5:25:16 chr3 52720080 . A C 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.000747402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.037;QD=7.47098;RBI=0.0256579;REFB=-0.0158104;REVB=0.025647;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390044;STB=0.734346;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0302968;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:25:7:6:5:25:7 chr3 52721305 . G A 676.54 PASS AF=0.536;AO=65;DP=119;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.024321;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.8431;QD=21.6492;RBI=0.0258679;REFB=-0.0150175;REVB=-0.00881126;RO=54;SAF=33;SAR=32;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070464;STB=0.559353;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0120643;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:125:54:58:65:67:0.536:32:33:32:22:34:33:36:22 chr3 52727257 . G A 850.35 PASS AF=0.561151;AO=77;DP=142;FAO=78;FDP=139;FR=.;FRO=61;FSAF=59;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=-0.00366878;FXX=0.0413765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.509;QD=24.4706;RBI=0.00385756;REFB=-0.0227609;REVB=-0.00119197;RO=60;SAF=59;SAR=18;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536544;STB=0.520455;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0114307;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:60:61:77:78:0.561151:18:59:43:17:19:59:44:17 chr3 52728804 . C T 316.62 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0133371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.883;QD=20.4268;RBI=0.0134253;REFB=-0.00609791;REVB=-0.00153613;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853282;STB=0.547289;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00820865;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:12:17:16:17:12:17 chr3 52740182 . C G 178.03 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0913843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.6451;QD=14.8357;RBI=0.0997721;REFB=-0.0104833;REVB=-0.0400423;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299476;STB=0.505489;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0155899;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:27:29:19:19:0.395833:9:10:15:12:9:10:15:14 chr3 52745087 . T C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0118745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.152;QD=11.6671;RBI=0.0202181;REFB=-0.0100027;REVB=-0.0163636;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317972;STB=0.687242;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0106279;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:9:17:5:9:9:17 chr3 52797634 . G C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0254374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.14;QD=18.8196;RBI=0.0278747;REFB=-0.0159575;REVB=-0.011399;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301131;STB=0.517213;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0212931;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:3:7:8:4:3:7 chr3 52800284 . T C 821.41 PASS AF=0.506024;AO=83;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0197014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1452;QD=19.7931;RBI=0.0223143;REFB=-0.0167777;REVB=0.0104779;RO=81;SAF=39;SAR=44;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010452;STB=0.511655;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0141141;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:81:82:83:84:0.506024:44:39:39:42:45:39:40:42 chr3 52802402 . A C 356.6 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00804436;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.821;QD=19.0188;RBI=0.0216715;REFB=-0.0302188;REVB=0.0201231;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177381;STB=0.604835;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0219515;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:38:37:37:0.493333:13:24:18:21:13:24:17:21 chr3 52820981 . A T 355.87 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0400346;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1224;QD=18.4865;RBI=0.0411419;REFB=-0.0439688;REVB=0.00948049;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084181;STB=0.546959;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0269815;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:40:40:37:37:0.480519:17:20:18:22:17:20:18:22 chr3 52821011 . A G 411.32 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0320596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.99;QD=21.0935;RBI=0.0361068;REFB=-0.0218022;REVB=-0.0166097;RO=34;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469364;STB=0.547505;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.019753;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:37:41:41:0.525641:17:24:18:16:17:24:18:19 chr3 52821177 . A C 105.58 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0119986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.865;QD=7.54175;RBI=0.0125761;REFB=-0.00622349;REVB=-0.00376713;RO=41;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163524;STB=0.599867;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0237479;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:6:9:19:22:6:9:19:22 chr3 52821991 . CCT C,CC,CCC 169.76 PASS AF=0.172414,0.189655,0.0344828;AO=8,8,7;DP=59;FAO=10,11,2;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=3,4,1;FSAR=7,7,1;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0226905,-0.0300963,-0.0318638;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=247.687,252.257,253.864;QD=11.7076;RBI=0.0322463,0.0378557,0.0389394;REFB=-0.0192951,-0.0149926,-0.0113213;REVB=-0.0229121,-0.0229624,-0.0223825;RO=32;SAF=1,2,5;SAR=7,6,2;SRF=22;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0.414179,0,0;SSSB=-0.628819,-0.495383,0.0383202;STB=0.777284,0.730965,0.674146;STBP=0.066,0.108,0.687;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0203757,0.00884383,0.0256285;OID=.,.,.;OPOS=52821992,52821993,52821993;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.172414,0.189655,0.0344828:8,8,7:59:10,11,2:58:35:3,4,1:7,7,1:24:11:47:32:1,2,5:7,6,2:22:10 chr3 52825585 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0176089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.789;QD=13.9482;RBI=0.0219279;REFB=-0.0049494;REVB=-0.0130675;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174484;STB=0.602519;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00809039;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:4:13:17:10:4:13:17:10 chr3 52831916 . C T 174.24 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0231368;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.933;QD=12.9066;RBI=0.0231814;REFB=-0.0029661;REVB=-0.0014366;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107815;STB=0.571361;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00525042;OID=.;OPOS=52831916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:9:12:15:17:9:12:15:18 chr3 52833805 . C A 1528.66 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.776;QD=63.694;RBI=0.0440933;REFB=0;REVB=0.0316848;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74168e-06;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:48:48:0:0 chr3 52841772 . G A 565.57 PASS AF=0.412162;AO=61;DP=148;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0135011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4782;QD=15.2857;RBI=0.0156789;REFB=0.00464879;REVB=0.00797179;RO=87;SAF=45;SAR=16;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208022;STB=0.617651;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00597989;OID=.;OPOS=52841772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:87:87:61:61:0.412162:16:45:49:38:16:45:49:38 chr3 52852538 . G T 220.52 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0438349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9071;QD=14.2268;RBI=0.0467597;REFB=-0.0208334;REVB=0.0162779;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362015;STB=0.705726;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0293437;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:8:18:12:24:8:18:12:24 chr3 52853747 . C G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0122987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.203;QD=13.7535;RBI=0.0126678;REFB=-0.00799936;REVB=0.00303533;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122839;STB=0.538409;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0103784;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:23:15:15:0.394737:5:10:11:9:5:10:14:9 chr3 52860816 . C T 202.59 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=46;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000544021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.625;QD=16.5376;RBI=0.100518;REFB=-0.0219127;REVB=0.100516;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374803;STB=0.52069;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0318966;OID=.;OPOS=52860816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:28:28:18:21:0.428571:9:9:15:13:9:12:15:13 chr3 52860936 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00166217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.664;QD=16.8246;RBI=0.00517256;REFB=-0.0120982;REVB=0.00489822;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650706;STB=0.537277;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0106627;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:11:17:14:7:11:17 chr3 52861211 . A T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0541587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2004;QD=11.4396;RBI=0.0549167;REFB=-0.00871111;REVB=-0.00909268;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.646728;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0198479;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:6:8:3:6:6:8 chr3 52864584 . A G 219.82 PASS AF=0.488889;AO=19;DP=42;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0144144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.811;QD=19.5393;RBI=0.0145643;REFB=-0.0102142;REVB=-0.00208442;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237772;STB=0.622118;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0116958;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:22:23:19:22:0.488889:9:10:6:16:11:11:6:17 chr3 52867715 . G C 1432.77 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.597;QD=62.9788;RBI=0.0121339;REFB=0;REVB=0.0114844;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09196e-06;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:39:51:0:0:40:51:0:0 chr3 52870618 . T A 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0267016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.008;QD=15.2439;RBI=0.0311483;REFB=-0.0167466;REVB=-0.0160388;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166096;STB=0.596743;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0203818;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:50:36:36:0.418605:19:17:30:17:19:17:32:18 chr3 52874288 . T C 85.97 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0208767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.484;QD=11.8572;RBI=0.0323675;REFB=-0.00611489;REVB=-0.024735;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162153;STB=0.619488;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0148673;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:3:8:10:7:3:8:10:8 chr3 52874296 . G A 103.9 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0541033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.3059;QD=14.3313;RBI=0.0862068;REFB=-0.00189027;REVB=0.0671151;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154872;STB=0.624777;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000623671;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:29:29:16:16:10:12:0.413793:3:7:9:7:3:9:9:7 chr3 52874446 . C T 175.09 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00345592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9054;QD=23.3456;RBI=0.095454;REFB=-0.0426928;REVB=0.0953914;RO=12;SAF=15;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192382;STB=0.615236;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0320086;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:2:15:9:3:2:16:9:3 chr3 53125922 . T C 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372192;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7726;QD=55.143;RBI=0.0387848;REFB=0;REVB=-0.0109083;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593111;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr3 53215875 . A C 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.828;QD=57.1062;RBI=0.0632802;REFB=0;REVB=0.020562;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130296;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr3 53222761 . C T 1047.65 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359344;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.387;QD=59.8655;RBI=0.0190668;REFB=0;REVB=0.0187251;RO=0;SAF=50;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33598e-05;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:71:70:1:21:50:0:0:20:50:0:0 chr3 53223927 . C G 869.33 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00967934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1399;QD=51.9002;RBI=0.0233467;REFB=-0.0247418;REVB=0.0212457;RO=3;SAF=27;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207689;STB=0.519474;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0112398;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:3:4:63:63:0.940299:36:27:2:1:36:27:3:1 chr3 53224002 . T C 757.71 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1925;QD=56.1265;RBI=0.0633422;REFB=0;REVB=0.024701;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078307;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:29:22:0:0:31:23:0:0 chr3 53321631 . A C 365.43 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00370821;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.939;QD=15.7176;RBI=0.00942445;REFB=-0.00725539;REVB=0.00866427;RO=54;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586503;STB=0.50331;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.011279;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:54:54:39:39:0.419355:19:20:28:26:19:20:28:26 chr3 53324819 . ATGGCAC A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0226373;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=315.711;QD=50.8367;RBI=0.0348479;REFB=-0.00829089;REVB=0.026494;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=del;VARB=0.000243936;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:25:26:25:26:1:12:13:1:0:5:0:12:13:0:0 chr3 53529213 . TGA ATG,TG 163.89 PASS AF=0,0.448718;AO=12,59;DP=162;FAO=0,70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=0,26;FSAR=0,44;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=0.044436,0.119453;FXX=0.0370348;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=21.0553,6.64875;QD=4.20219;RBI=0.0555224,0.130695;REFB=-0.0472272,-0.153443;REVB=-0.0332894,-0.0530313;RO=73;SAF=1,23;SAR=11,36;SRF=50;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.670782,-0.286924;STB=0.5,0.646313;STBP=1,0.002;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.175153;OID=.,.;OPOS=53529213,53529215;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:162:156:73:86:12,59:0,70:0,0.448718:11,36:1,23:50:23:0,44:0,26:55:31 chr3 53700550 . T C 501.77 PASS AF=0.397163;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0223111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.135;QD=14.2346;RBI=0.0240065;REFB=-0.0173371;REVB=0.00886144;RO=84;SAF=23;SAR=33;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453257;STB=0.52963;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0340631;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:84:85:56:56:0.397163:33:23:38:46:33:23:39:46 chr3 53766026 . T C 982.27 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0147;QD=58.6431;RBI=0.0398545;REFB=0;REVB=0.03929;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273617;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:28:37:0:0:28:39:0:0 chr3 53845340 . G A 479.22 PASS AF=0.495146;AO=52;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0631817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6089;QD=18.6103;RBI=0.079728;REFB=-0.00691855;REVB=0.0486275;RO=51;SAF=19;SAR=33;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151004;STB=0.596659;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00875754;OID=.;OPOS=53845340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:52:52:51:0.495146:33:19:27:24:33:18:28:24 chr3 53856653 . C T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.733;QD=55.4101;RBI=0.0410086;REFB=-0.0240765;REVB=0.0174334;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0012682;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:38:19:0:0:38:19:1:0 chr3 53857803 . A C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.706;QD=63.5801;RBI=0.153277;REFB=0;REVB=0.0344733;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354852;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr3 53882663 . G A 821.55 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342071;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.272;QD=55.698;RBI=0.00535328;REFB=-0.0898302;REVB=0.00411781;RO=2;SAF=40;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211037;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:59:2:0:56:59:1:16:40:2:0:16:43:0:0 chr3 53882673 . G GT,T 307.95 PASS AF=0.982759,0.0172414;AO=34,6;DP=63;FAO=57,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555647,-0.0408732;FXX=0.0645057;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=8.25278,19.7814;QD=21.2377;RBI=0.18559,0.0409317;REFB=-0.00806396,-0.0532261;REVB=0.177077,0.00218822;RO=20;SAF=22,6;SAR=12,0;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0397308,0.666172;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00025982,0.0623649;OID=.,.;OPOS=53882674,53882673;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:63:58:20:0:34,6:57,1:0.982759,0.0172414:12,0:22,6:14:6:18,0:39,1:0:0 chr3 53883722 . C G 782.35 PASS AF=0.509554;AO=79;DP=157;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0127288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3152;QD=19.9325;RBI=0.0401541;REFB=0.0180821;REVB=-0.0380832;RO=75;SAF=35;SAR=44;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00272907;STB=0.508472;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0162789;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:75:77:79:80:0.509554:44:35:33:42:45:35:35:42 chr3 53886912 . C T 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00460092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.864;QD=12.4287;RBI=0.0059913;REFB=0.00196677;REVB=0.0038376;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354724;STB=0.520394;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00510709;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:12:18:29:22:12:18:29:22 chr3 53899276 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0275371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.59;QD=13.7478;RBI=0.0275381;REFB=-0.00272995;REVB=-0.000228235;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303562;STB=0.501741;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00558003;OID=.;OPOS=53899276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:19:13:9:13:19:13 chr3 53905308 . T C 1399.19 PASS AF=0.943925;AO=98;DP=107;FAO=101;FDP=107;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0125431;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7842;QD=52.3062;RBI=0.037344;REFB=-0.161117;REVB=0.0351744;RO=6;SAF=43;SAR=55;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251814;STB=0.512511;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00639157;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:107:107:6:6:98:101:0.943925:55:43:4:2:56:45:4:2 chr3 53906513 . G A 1823.75 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.687;QD=60.7917;RBI=0.0184123;REFB=0;REVB=-0.0177519;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07596e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:115:120:1:64:51:0:0:66:54:0:0 chr3 53916130 . A G 306.54 PASS AF=0.425;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0343821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.482;QD=15.3269;RBI=0.0349388;REFB=0.00424754;REVB=-0.00621251;RO=46;SAF=4;SAR=29;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224337;STB=0.591777;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00508593;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:46:33:34:0.425:29:4:11:35:29:5:11:35 chr3 53925775 . C T 471.44 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00136123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.91;QD=23.5719;RBI=0.0170459;REFB=-0.0281666;REVB=0.0169915;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.560949;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0206522;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:23:22:22:13:23:22:22:13 chr3 53925849 . C T 412.56 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0287249;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.164;QD=20.8889;RBI=0.0308993;REFB=-0.0257668;REVB=-0.0113862;RO=35;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137158;STB=0.555392;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0149315;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:38:41:41:0.518987:22:19:22:13:22:19:22:16 chr3 54354510 . T C 344.23 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00720906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0544;QD=13.1133;RBI=0.0303996;REFB=0.00492028;REVB=0.0295324;RO=63;SAF=26;SAR=15;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104936;STB=0.555582;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00947779;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:64:41:41:0.390476:15:26:34:29:15:26:35:29 chr3 54604014 . G C 500.93 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0562832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.925;QD=19.4535;RBI=0.0590346;REFB=-0.00931858;REVB=0.0178127;RO=51;SAF=33;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624514;STB=0.534558;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0137764;OID=.;OPOS=54604014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:19:33:29:22:19:33:29:22 chr3 54798258 . G A 832.29 PASS AF=0.455026;AO=76;DP=180;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.037042;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.164;QD=17.6146;RBI=0.037244;REFB=-0.0018665;REVB=0.00387388;RO=103;SAF=35;SAR=41;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855206;STB=0.511169;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00239543;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:189:103:103:76:86:0.455026:41:35:56:47:41:45:56:47 chr3 54961949 . C T 871.19 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0780396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0156;QD=56.2055;RBI=0.0801481;REFB=-0.0145826;REVB=0.0182628;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0066702;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:32:29:0:0:32:29:1:0 chr3 55501002 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.77;QD=57.8847;RBI=0.0606945;REFB=0;REVB=0.00892405;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138782;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr3 56106226 . C T 780.73 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0318798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.414;QD=49.5704;RBI=0.0374222;REFB=-0.0204345;REVB=-0.0195985;RO=4;SAF=33;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217331;STB=0.502512;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0134489;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:61:63:4:5:57:58:0.920635:24:33:3:1:25:33:3:2 chr3 56219210 . T C 440.02 PASS AF=0.366197;AO=51;DP=144;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0470167;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5926;QD=12.3949;RBI=0.0470465;REFB=-0.0201049;REVB=-0.00167349;RO=88;SAF=23;SAR=28;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00875652;STB=0.503815;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.033593;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:88:90:51:52:0.366197:28:23:39:49:28:24:41:49 chr3 56591298 . T A 48.58 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.000587834;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.118;QD=2.55669;RBI=0.0178511;REFB=0.000357369;REVB=-0.0178414;RO=57;SAF=8;SAR=2;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226448;STB=0.648319;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00276454;OID=.;OPOS=56591298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:78:76:57:66:10:10:0.131579:2:8:37:20:2:8:44:22 chr3 56597954 . C T 75.64 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00246118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.965;QD=11.6375;RBI=0.00332985;REFB=0.00751043;REVB=-0.00224287;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349884;STB=0.705509;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0152857;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:12:4:6:4:12:4 chr3 56627048 . A G 3167.66 PASS AF=0.990431;AO=206;DP=208;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=113;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00976977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.058;QD=60.625;RBI=0.0224229;REFB=-0.0458964;REVB=0.0201826;RO=2;SAF=113;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000897555;STB=0.500443;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=3.58509e-05;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:209:2:2:206:207:0.990431:93:113:1:1:94:113:1:1 chr3 56627598 . A G 1533.23 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.558;QD=59.5428;RBI=0.0980322;REFB=0;REVB=0.0224722;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240875;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:51:49:0:0:52:51:0:0 chr3 56650051 . A ACTT 1571.42 PASS AF=0.947826;AO=106;DP=116;FAO=109;FDP=115;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0333366;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.623;QD=54.658;RBI=0.0461127;REFB=-0.0371591;REVB=0.0318599;RO=6;SAF=56;SAR=50;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141004;STB=0.507519;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.00171032;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947826:106:116:109:115:6:57:52:4:2:15:6:56:50:4:2 chr3 56653424 . A T 103.51 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00017822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.985;QD=6.17962;RBI=0.0012175;REFB=-0.0101812;REVB=-0.00120439;RO=51;SAF=9;SAR=7;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136285;STB=0.584311;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.024061;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:7:9:23:28:7:9:23:28 chr3 56653427 . T C 113.2 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0137544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4628;QD=6.75849;RBI=0.0181353;REFB=0.000727085;REVB=0.0118197;RO=49;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168256;STB=0.609628;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.002785;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:50:17:17:0.253731:7:10:22:27:7:10:22:28 chr3 56667480 . C T 30.47 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0443462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6688;QD=11.0791;RBI=0.0557958;REFB=-0.043121;REVB=-0.0338613;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0604594;OID=.;OPOS=56667480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr3 56667682 . G C 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6959;QD=57.099;RBI=0.0553587;REFB=0;REVB=-0.0105426;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518613;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr3 56703746 . A C 188.88 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0058387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.65;QD=20.9866;RBI=0.00594005;REFB=-0.00412506;REVB=-0.00109261;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140036;STB=0.578864;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00627338;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:10:7:11:8:10:7 chr3 56716922 . T G 784.53 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00370838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5131;QD=53.1888;RBI=0.0734206;REFB=0.0259377;REVB=0.0733269;RO=2;SAF=42;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021926;STB=0.511624;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00546072;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:14:42:2:0:15:42:2:0 chr3 56763316 . G A 315.41 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00104971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.287;QD=25.2326;RBI=0.0235242;REFB=-0.00216635;REVB=-0.0235008;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29484;STB=0.662841;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00235173;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:17:11:17:5:17:11:17:5 chr3 56763328 . T C 299.63 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.016296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5005;QD=25.5002;RBI=0.0265919;REFB=0.00399568;REVB=0.0210136;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22546;STB=0.642865;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00140379;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:20:27:27:0.574468:16:11:13:5:16:11:15:5 chr3 56771251 . A C 850.7 PASS AF=0.451282;AO=88;DP=195;FAO=88;FDP=195;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.0118163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8787;QD=17.4502;RBI=0.0118797;REFB=-0.0160216;REVB=0.00122516;RO=107;SAF=52;SAR=36;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10493;STB=0.558269;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0204742;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:107:107:88:88:0.451282:36:52:52:55:36:52:52:55 chr3 56835761 . G A 459.41 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=74;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.022862;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.295;QD=25.173;RBI=0.0334737;REFB=-0.0169548;REVB=0.0244504;RO=28;SAF=27;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172407;STB=0.604013;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0105741;OID=.;OPOS=56835761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:28:29:43:44:0.60274:16:27:11:17:16:28:11:18 chr3 57109095 . T C 738.82 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156282;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.666;QD=61.568;RBI=0.0165031;REFB=-0.0406799;REVB=0.00530207;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00331743;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:1:0:23:24:1:0 chr3 57132200 . A G 1251.72 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0769636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4173;QD=59.6059;RBI=0.0776496;REFB=-0.0276616;REVB=-0.0102988;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126256;STB=0.506328;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000196405;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:1:1:81:83:0.988095:37:44:0:1:39:44:0:1 chr3 57136585 . C T 5899.8 PASS AF=1;AO=369;DP=381;FAO=376;FDP=376;FR=.;FRO=0;FSAF=210;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332579;FXX=0.0182763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9926;QD=62.7638;RBI=0.0368205;REFB=-0.0860212;REVB=0.0158006;RO=1;SAF=203;SAR=166;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322429;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:381:376:1:0:369:376:1:166:203:0:1:166:210:0:0 chr3 57139972 . A G 1549.12 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000156662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.544;QD=63.8811;RBI=0.0504644;REFB=0;REVB=-0.0504642;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146899;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr3 57176505 . A G 464.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.706;QD=58.1173;RBI=0.041408;REFB=0;REVB=0.0392392;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121537;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr3 57323170 . A G 542.95 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.006;QD=54.2953;RBI=0.123515;REFB=-0.156434;REVB=0.00678541;RO=3;SAF=11;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183638;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:40:3:0:36:40:1:25:11:3:0:25:15:0:0 chr3 57335876 . C T 3830.29 PASS AF=0.984314;AO=251;DP=256;FAO=251;FDP=255;FR=.;FRO=4;FSAF=106;FSAR=145;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0161775;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.355;QD=60.083;RBI=0.0278619;REFB=-0.119204;REVB=0.0226843;RO=1;SAF=106;SAR=145;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327627;STB=0.505258;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000281922;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:256:255:1:4:251:251:0.984314:145:106:0:1:145:106:3:1 chr3 57386148 . C G 374.41 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00123636;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5588;QD=20.2381;RBI=0.0373045;REFB=-0.00416598;REVB=-0.037284;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642093;STB=0.527882;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00217669;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:35:36:38:38:0.513514:18:20:21:14:18:20:21:15 chr3 57388114 . C T 321.16 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00802369;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.588;QD=12.3522;RBI=0.0351722;REFB=-0.015079;REVB=-0.0342448;RO=64;SAF=17;SAR=22;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532423;STB=0.525883;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0261218;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:65:39:39:0.375:22:17:31:33:22:17:31:34 chr3 57414071 . G A 859.52 PASS AF=0.348993;AO=104;DP=299;FAO=104;FDP=298;FR=.;FRO=194;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=117;FSRR=77;FWDB=-0.0812815;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6219;QD=11.5372;RBI=0.0923085;REFB=-0.0198421;REVB=-0.0437512;RO=185;SAF=69;SAR=35;SRF=117;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038597;STB=0.542764;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0362607;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:298:185:194:104:104:0.348993:35:69:117:68:35:69:117:77 chr3 57414434 . A G 323.37 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0585406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.585;QD=16.7984;RBI=0.058581;REFB=-0.0143143;REVB=0.00217466;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611477;STB=0.533709;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0192862;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:42:35:35:0.454545:17:18:18:22:17:18:19:23 chr3 57419497 . C T 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0634416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8036;QD=25.3394;RBI=0.0645944;REFB=0.0543115;REVB=0.0121491;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702415;STB=0.538632;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0326652;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:14:17:9:11:14:17:9:11 chr3 57430988 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00641402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.615;QD=13.7269;RBI=0.012479;REFB=0.000670937;REVB=-0.0107044;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149005;STB=0.585296;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00119469;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:16:9:18:18:16:9:18:18 chr3 57431985 . G A 124.8 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.102004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.048;QD=17.8287;RBI=0.104097;REFB=0.00879045;REVB=-0.0207698;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0163534;OID=.;OPOS=57431985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:9:5:5:9:9:5 chr3 57457235 . C T 362.22 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0364996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.229;QD=23.369;RBI=0.0370192;REFB=-0.00978632;REVB=-0.00618074;RO=26;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718873;STB=0.539546;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00634067;OID=.;OPOS=57457235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:20:16:14:12:20:16:14:12 chr3 57475351 . T G 154.05 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0379036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.391;QD=11.6266;RBI=0.0532573;REFB=-0.00633963;REVB=0.037412;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265565;STB=0.506116;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0129957;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:7:11:20:14:8:11:20:14 chr3 57479493 . C T 125.58 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0219787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7848;QD=17.9402;RBI=0.0357813;REFB=-0.0459759;REVB=0.0282354;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249743;STB=0.537988;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0199124;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:9:5:5:8:9:5:6:8 chr3 57542173 . C T 482.88 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=0.00742732;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5526;QD=20.332;RBI=0.00765215;REFB=-0.0169406;REVB=-0.0018413;RO=46;SAF=35;SAR=12;SRF=40;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161073;STB=0.562475;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0125335;OID=.;OPOS=57542173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:46:48:47:47:0.494737:12:35:40:6:12:35:40:8 chr3 57563120 . GA G 50.51 PASS AF=0.488372;AO=17;DP=41;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.132993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.63209;QD=4.69871;RBI=0.217984;REFB=-0.0253926;REVB=0.172714;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318265;STB=0.585503;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.029624;OID=.;OPOS=57563121;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:17:41:21:43:22:13:8:10:12:50:19:12:5:7:12 chr3 57611237 . A G 65.8 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00679856;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8695;QD=10.1228;RBI=0.0564108;REFB=-0.000770037;REVB=0.0559996;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124735;STB=0.608434;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000930331;OID=.;OPOS=57611237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:16:17:9:9:0.346154:2:7:11:5:2:7:11:6 chr3 57632100 . AGGGGC ACGGGC,AGGGC,AGGGGCA 93.81 PASS AF=0.08,0.48,0.16;AO=3,10,5;DP=26;FAO=2,12,4;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=0,2,4;FSAR=2,10,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0203375,-0.0849992,-0.0244412;FXX=0.0384468;HRUN=4,4,0;LEN=1,1,1;MLLD=99.6874,10.8434,109.052;QD=15.0092;RBI=0.040539,0.102611,0.0249454;REFB=-0.0207949,-0.237505,-0.0229543;REVB=-0.0350684,0.057482,0.0049902;RO=6;SAF=0,2,5;SAR=3,8,0;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0.436937,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.244182,0.819749;STB=0.991064,0.516103,0.997725;STBP=0.47,0.921,0.003;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0909782,0.114304,0.169474;OID=.,.,.;OPOS=57632101,57632101,57632106;OREF=G,G,-;OALT=C,-,A;OMAPALT=ACGGGC,AGGGC,AGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.08,0.48,0.16:3,10,5:26:2,12,4:25:7:0,2,4:2,10,0:1:6:28:6:0,2,5:3,8,0:0:6 chr3 57882601 . C T 375.34 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00230063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.191;QD=18.3095;RBI=0.0272031;REFB=-0.00382817;REVB=-0.0271056;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990284;STB=0.559706;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00664617;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:16:23:29:13:16:23:30:13 chr3 58081888 . T C 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.062157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2021;QD=20.1549;RBI=0.0622028;REFB=-0.0264854;REVB=-0.00238605;RO=32;SAF=26;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922902;STB=0.551401;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.017515;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:9:26:21:11:9:26:21:11 chr3 58109162 . G A 372.64 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0620826;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3815;QD=20.4187;RBI=0.0656851;REFB=0.0331154;REVB=0.0214543;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178491;STB=0.585567;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0304776;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:16:22:13:22:16:22:14:21 chr3 58112440 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2697;QD=58.4184;RBI=0.0387101;REFB=0;REVB=0.00373397;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015189;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr3 58112488 . C T 223.03 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00783791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.075;QD=25.489;RBI=0.0126462;REFB=0.00381648;REVB=0.00992435;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137858;STB=0.596234;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00174667;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:21:21:0.6:15:6:6:7:15:6:7:7 chr3 58118555 . G A 237.78 PASS AF=0.4;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00392857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.578;QD=13.5875;RBI=0.0858259;REFB=-0.00417001;REVB=0.0857359;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675702;STB=0.529391;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00729299;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:42:28:28:0.4:16:12:15:26:16:12:16:26 chr3 58154327 . C T 454.69 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0106174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.614;QD=15.1564;RBI=0.0197682;REFB=-0.00689398;REVB=0.0166749;RO=69;SAF=28;SAR=23;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167844;STB=0.509418;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00860481;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:23:28:39:30:23:28:39:30 chr3 58179028 . T C 132.24 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.111831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1322;QD=9.11984;RBI=0.112876;REFB=-0.00577232;REVB=-0.0153234;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125889;STB=0.56889;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00709244;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:36:40:18:18:0.310345:9:9:22:14:9:9:24:16 chr3 58191266 . C T 242.52 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0277062;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.797;QD=12.437;RBI=0.0371489;REFB=-0.00236667;REVB=-0.0247469;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247763;STB=0.650984;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00342229;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:47:49:29:29:0.371795:13:16:15:32:13:16:15:34 chr3 58280202 . ATTTTTA ATTATTT,ATTTT,ATTTTA 89.31 PASS AF=0.0731707,0.243902,0.0487805;AO=4,10,5;DP=42;FAO=3,10,2;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=0,2,0;FSAR=3,8,2;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0338185,0.106308,0.158728;FXX=0.0238039;HRUN=5,5,5;LEN=4,2,1;MLLD=203.461,21.393,11.7019;QD=8.71283;RBI=0.0720348,0.156034,0.170703;REFB=-0.00547656,-0.0853568,-0.108242;REVB=-0.0636029,-0.114216,-0.0628095;RO=15;SAF=0,0,2;SAR=4,10,3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.681029,-0.794071,-0.149998;STB=0.995887,0.692905,0.993988;STBP=0.118,0.195,0.199;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0514039,0.126558,0.152263;OID=.,.,.;OPOS=58280205,58280207,58280203;OREF=TTTA,TA,T;OALT=ATTT,-,-;OMAPALT=ATTATTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0731707,0.243902,0.0487805:4,10,5:42:3,10,2:41:26:0,2,0:3,8,2:11:15:43:15:0,0,2:4,10,3:8:7 chr3 58303383 . CT C 47.04 PASS AF=0.237288;AO=13;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0575353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.0908;QD=3.18936;RBI=0.0767712;REFB=0.00507459;REVB=-0.0508282;RO=42;SAF=12;SAR=1;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571029;STB=0.89188;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=-0.0239339;OID=.;OPOS=58303384;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237288:13:59:14:59:45:13:1:23:22:47:42:12:1:23:19 chr3 58305033 . A C 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.401;QD=57.1051;RBI=0.00860034;REFB=0;REVB=-0.00127167;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06255e-05;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr3 58305079 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.137;QD=57.882;RBI=0.0423173;REFB=0;REVB=0.04079;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105957;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr3 58305199 . G A 213.97 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0172553;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.241;QD=17.8308;RBI=0.0212349;REFB=-0.00436043;REVB=0.0123765;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408585;OID=.;OPOS=58305199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:21:22:0.458333:10:11:13:13:11:11:13:13 chr3 58305235 . G T 117.62 PASS AF=0.40625;AO=10;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00576031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.998;QD=14.7029;RBI=0.0611931;REFB=0.00243388;REVB=0.0609214;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487512;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00304328;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:18:18:10:13:0.40625:4:6:10:8:7:6:10:8 chr3 58416538 . T C 1360.28 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.099;QD=62.5417;RBI=0.0310725;REFB=0;REVB=0.027894;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3643e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:81:87:1:28:53:0:0:31:56:0:0 chr3 58484521 . T C 811.8 PASS AF=0.428571;AO=90;DP=210;FAO=90;FDP=210;FR=.;FRO=120;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=0.0571696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0236;QD=15.4629;RBI=0.0629615;REFB=-0.0111467;REVB=0.0263778;RO=120;SAF=31;SAR=59;SRF=44;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249754;STB=0.513934;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0149296;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:120:120:90:90:0.428571:59:31:44:76:59:31:44:76 chr3 58520306 . G C 1439.42 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024976;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3788;QD=62.5836;RBI=0.0138062;REFB=0;REVB=0.0135784;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900399;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:38:51:0:0:38:54:0:0 chr3 58574944 . C T 498.11 PASS AF=0.490741;AO=51;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.072043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.483;QD=18.4486;RBI=0.0729837;REFB=-0.016883;REVB=-0.0116805;RO=54;SAF=36;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17276;STB=0.574003;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0193884;OID=.;OPOS=58574944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:55:51:53:0.490741:15:36:29:25:17:36:30:25 chr3 58639465 . T G 322.26 PASS AF=0.615385;AO=31;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00779715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.989;QD=24.7891;RBI=0.0331276;REFB=-0.00665029;REVB=-0.032197;RO=19;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120512;STB=0.502492;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0086014;OID=.;OPOS=58639465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:20:31:32:0.615385:18:13:8:11:19:13:8:12 chr3 58834824 . A G 339.43 PASS AF=0.622642;AO=32;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0664945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4517;QD=25.6175;RBI=0.132344;REFB=-0.0696885;REVB=-0.114427;RO=20;SAF=22;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24626;STB=0.638031;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0370233;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:20:32:33:0.622642:10:22:7:13:10:23:7:13 chr3 58834890 . C T 477.46 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00629639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.942;QD=24.8032;RBI=0.0116958;REFB=-0.00780219;REVB=-0.00985627;RO=31;SAF=28;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153977;STB=0.591161;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0043428;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:31:32:45:45:0.584416:17:28:13:18:17:28:13:19 chr3 59908126 . A G 197.99 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00610926;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.485;QD=16.8498;RBI=0.00808942;REFB=-0.00870198;REVB=-0.00530242;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159422;STB=0.590723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0128239;OID=.;OPOS=59908126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:8:19:11:9:8:19 chr3 60519224 . G A 976.3 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.02268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3814;QD=57.4297;RBI=0.0228231;REFB=-0.0715263;REVB=0.00255179;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00626875;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:29:38:0:0:29:38:0:1 chr3 61724794 . A T 45.25 PASS AF=0.346154;AO=6;DP=23;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00474944;FXX=0.0714031;HRUN=11;LEN=1;MLLD=45.834;QD=6.96162;RBI=0.0901733;REFB=-0.00620674;REVB=0.0900482;RO=16;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.68765;STB=0.56307;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.089537;OID=.;OPOS=61724794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:26:16:17:6:9:0.346154:0:6:11:5:2:7:12:5 chr3 62142878 . G A 532.36 PASS AF=0.448819;AO=40;DP=128;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00371221;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.217;QD=16.7672;RBI=0.00426834;REFB=-0.00589578;REVB=-0.00210671;RO=67;SAF=15;SAR=25;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662646;STB=0.563304;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00702932;OID=.;OPOS=62142878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:67:70:40:57:0.448819:25:15:29:38:26:31:30:40 chr3 62229553 . C T 614.42 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00347638;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0311;QD=58.5165;RBI=0.0262035;REFB=-0.0317368;REVB=-0.0259719;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00640526;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:17:23:1:0:17:24:1:0 chr3 62384314 . A G 625.64 PASS AF=1;AO=23;DP=45;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039017;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.019;QD=61.0376;RBI=0.0441564;REFB=0;REVB=0.0206751;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145549;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:41:0:0:23:41:1:17:6:0:0:25:16:0:0 chr3 62384315 . T G 117.16 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00684411;FXX=0.0232504;HRUN=8;LEN=1;MLLD=86.9619;QD=11.1582;RBI=0.0315013;REFB=-0.0110524;REVB=0.0307488;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419035;STB=0.744913;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0466904;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:7:21:5:9:7:21 chr3 62431415 . T C 185.96 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0349741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.318;QD=19.0731;RBI=0.0353227;REFB=-0.00819365;REVB=0.00494993;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461927;STB=0.539042;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00824928;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:9:9:9:11:9:10:9:11 chr3 62518614 . G A 1236.98 PASS AF=0.488462;AO=127;DP=262;FAO=127;FDP=260;FR=.;FRO=133;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=83;FSRR=50;FWDB=0.00844386;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2911;QD=19.0305;RBI=0.0208048;REFB=0.0022019;REVB=0.0190143;RO=133;SAF=68;SAR=59;SRF=83;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835324;STB=0.545854;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00210593;OID=.;OPOS=62518614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:260:133:133:127:127:0.488462:59:68:83:50:59:68:83:50 chr3 62556622 . A G 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0123499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.27;QD=12.4017;RBI=0.0123609;REFB=-0.0146965;REVB=0.000521124;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132591;STB=0.577683;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0257002;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:18:11:8:8:18:11 chr3 63981635 . C T 60.44 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.088411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.46;QD=6.19864;RBI=0.0887574;REFB=-0.00527319;REVB=-0.0078342;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224317;STB=0.642158;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0209776;OID=.;OPOS=63981635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:11:19:4:5:11:19 chr3 63982082 . GT AC,AT 509.34 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072535,0.0104426;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=181.632,161.148;QD=58.2099;RBI=0.0402328,0.0388437;REFB=0,0;REVB=-0.0395736,-0.0374137;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0116739,0.00107467;OID=.,.;OPOS=63982082,63982082;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:2,21:0,12:0:0:2,21:0,12:0:0 chr3 64009508 . T C 1305.27 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8746;QD=60.7101;RBI=0.0356683;REFB=-0.11175;REVB=0.0216867;RO=1;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011992;STB=0.506328;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0019246;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:39:46:0:1:39:46:0:1 chr3 64133350 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.657;QD=42.1826;RBI=0.056608;REFB=0;REVB=0.00837569;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601702;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:5:4:0:0:7:4:0:0 chr3 64142859 . C T 575.34 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0430442;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.894;QD=23.4832;RBI=0.0500899;REFB=-0.0210614;REVB=0.0256163;RO=44;SAF=21;SAR=32;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497234;STB=0.522909;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0166724;OID=.;OPOS=64142859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:45:53:53:0.540816:32:21:20:24:32:21:20:25 chr3 64502189 . G A 336.78 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0068772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.029;QD=17.2707;RBI=0.035658;REFB=-0.0116032;REVB=-0.0349885;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117867;STB=0.551254;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0147432;OID=.;OPOS=64502189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:40:42:36:36:0.461538:18:18:25:15:18:18:25:17 chr3 64502400 . A T 134.22 PASS AF=0.34;AO=15;DP=47;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0243415;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.0639;QD=10.7376;RBI=0.0328753;REFB=-0.0200681;REVB=-0.022097;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17951;STB=0.626304;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0165957;OID=.;OPOS=64502400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:32:33:15:17:0.34:7:8:12:20:7:10:13:20 chr3 66354911 . G C 477.35 PASS AF=0.379085;AO=57;DP=153;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0444894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0502;QD=12.4797;RBI=0.0648152;REFB=-0.0222957;REVB=0.0471349;RO=92;SAF=24;SAR=33;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273467;STB=0.517999;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0439817;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:92:95:57:58:0.379085:33:24:41:51:34:24:42:53 chr3 66374361 . G C 325.73 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0146025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1556;QD=29.6115;RBI=0.0353566;REFB=-0.000661691;REVB=0.0322003;RO=16;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16582;STB=0.590846;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00132884;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:14:14:4:12:14:14:4:12 chr3 66396845 . G A 80.21 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.057939;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.247;QD=12.8336;RBI=0.0579802;REFB=5.48406e-05;REVB=-0.00218695;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306545;STB=0.682555;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0178139;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:26:25:15:15:10:10:0.4:7:3:9:6:7:3:9:6 chr3 66419956 . C T 466.59 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0116548;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.156;QD=22.2187;RBI=0.0211508;REFB=-0.0201671;REVB=-0.0176501;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201502;STB=0.511106;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0103256;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:39:45:45:0.535714:22:23:19:20:22:23:19:20 chr3 66433676 . A G 1531.72 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0439837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9077;QD=62.5193;RBI=0.0497517;REFB=-0.145802;REVB=-0.0232523;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00108225;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:98:0:1:97:97:0.989796:51:46:0:0:51:46:1:0 chr3 66434643 . T C,G 1529.08 PASS AF=0.95283,0.0471698;AO=100,4;DP=104;FAO=101,5;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=59,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108385,0.00204084;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.229,137;QD=57.7012;RBI=0.0303619,0.0321369;REFB=0,0;REVB=0.0283614,-0.032072;RO=0;SAF=42,0;SAR=58,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00137879,0.150144;OID=.,.;OPOS=66434643,66434643;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:104:106:0:0:100,4:101,5:0.95283,0.0471698:58,4:42,0:0:0:59,4:42,1:0:0 chr3 67048761 . GT G,GC 938.59 PASS AF=0.149254,0.850746;AO=9,59;DP=70;FAO=10,57;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=10,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576638,0.0365235;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.28,54.0533;QD=56.0351;RBI=0.0642578,0.0390689;REFB=0,0;REVB=0.028354,0.0138713;RO=0;SAF=1,37;SAR=8,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0261669,0.00683364;OID=.,.;OPOS=67048762,67048762;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.149254,0.850746:9,59:70:10,57:67:0:0,38:10,19:0:0:43:0:1,37:8,22:0:0 chr3 67411103 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.00299892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.731;QD=11.3236;RBI=0.0136172;REFB=-0.0106872;REVB=-0.0132829;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325902;STB=0.690619;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0193874;OID=.;OPOS=67411103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:11:12:9:31:11:12:9:32 chr3 67411166 . A G 140.84 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.00290042;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.681;QD=9.3891;RBI=0.00674908;REFB=-0.00649487;REVB=0.00609407;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306055;STB=0.677259;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0071355;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:41:41:19:19:0.316667:10:9:9:32:10:9:9:32 chr3 69024687 . C CTT,T 112.95 PASS AF=0.32,0;AO=11,2;DP=51;FAO=16,0;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9,0;FSAR=7,0;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0708528,0.00831071;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=18.8143,148.651;QD=9.0357;RBI=0.0827092,0.0635183;REFB=-0.0445313,-0.00583911;REVB=-0.0426697,-0.0629722;RO=32;SAF=6,2;SAR=5,0;SRF=13;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164832,0.493111;STB=0.581988,0.5;STBP=0.404,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0482619,0;OID=.,.;OPOS=69024688,69024687;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:34:11,2:16,0:0.32,0:5,0:6,2:13:19:7,0:9,0:15:19 chr3 69031963 . T C 319.35 PASS AF=0.432099;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0439196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8367;QD=15.7703;RBI=0.0543076;REFB=-0.02493;REVB=0.0319435;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378961;STB=0.504235;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0183347;OID=.;OPOS=69031963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:46:46:33:35:0.432099:17:16:24:22:17:18:24:22 chr3 69036678 . G C 160.12 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0903802;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5565;QD=11.6449;RBI=0.0909028;REFB=-0.00747199;REVB=-0.00973325;RO=34;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978297;STB=0.531613;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.010033;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:19:20:0.363636:13:6:11:23:14:6:12:23 chr3 69054341 . T C 770.9 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.216;QD=64.2419;RBI=0.0857757;REFB=0;REVB=0.0192882;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264389;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:24:18:0:0:25:23:0:0 chr3 69091716 . T C 346.29 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0113135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.838;QD=16.8919;RBI=0.0114731;REFB=0.00607627;REVB=-0.00190708;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310048;STB=0.523105;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0038166;OID=.;OPOS=69091716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:18:19:24:20:18:19:25:20 chr3 69096614 . G A 976.39 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.868;QD=57.4344;RBI=0.0299596;REFB=0.0754395;REVB=-0.0257534;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-2.92543e-05;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:30:37:1:0:30:37:1:0 chr3 69151152 . C A 1397.92 PASS AF=0.471572;AO=141;DP=299;FAO=141;FDP=299;FR=.;FRO=158;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=-0.0489637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0155;QD=18.7013;RBI=0.0495252;REFB=0.0128992;REVB=-0.00743649;RO=158;SAF=70;SAR=71;SRF=82;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216044;STB=0.511904;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0166221;OID=.;OPOS=69151152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:158:158:141:141:0.471572:71:70:82:76:71:70:82:76 chr3 69154386 . T A 361.58 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.000966337;FXX=0.0202;HRUN=5;LEN=1;MLLD=360.245;QD=14.9107;RBI=0.0141108;REFB=-0.00487649;REVB=-0.0140777;RO=58;SAF=23;SAR=16;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594409;STB=0.533712;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00716075;OID=.;OPOS=69154386;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:58:58:39:39:0.402062:16:23:31:27:16:23:31:27 chr3 69158231 . T C 496.7 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.000706154;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.289;QD=21.136;RBI=0.0276582;REFB=-0.0435234;REVB=-0.0276492;RO=42;SAF=17;SAR=31;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129105;STB=0.581735;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0338876;OID=.;OPOS=69158231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:45:48:49:0.521277:31:17:21:21:31:18:24:21 chr3 69168864 . C T 602.87 PASS AF=0.516949;AO=59;DP=116;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00528665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8176;QD=20.4364;RBI=0.0343442;REFB=-0.012526;REVB=-0.0339349;RO=56;SAF=29;SAR=30;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390258;STB=0.517236;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0174868;OID=.;OPOS=69168864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:56:57:59:61:0.516949:30:29:30:26:30:31:31:26 chr3 69230061 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00892032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.844;QD=12.0244;RBI=0.0447564;REFB=0.00190393;REVB=-0.0438585;RO=20;SAF=11;SAR=1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351471;STB=0.71693;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0048014;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:1:11:15:5:1:11:15:5 chr3 69230801 . G A 240.01 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00423081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.1;QD=14.3292;RBI=0.057155;REFB=0.0168286;REVB=0.0569982;RO=37;SAF=22;SAR=6;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113701;STB=0.573857;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.015676;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:39:28:28:0.41791:6:22:26:11:6:22:27:12 chr3 69245454 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.68;QD=57.2372;RBI=0.0238766;REFB=0;REVB=0.020204;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44254e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr3 69246152 . A G 474.2 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0178763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3742;QD=18.9682;RBI=0.0386285;REFB=-0.016035;REVB=0.0342432;RO=51;SAF=27;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977773;STB=0.554771;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0238955;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:53:47:47:0.47:20:27:24:27:20:27:25:28 chr3 69299233 . C G 204.97 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0108868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2069;QD=16.3975;RBI=0.0926449;REFB=-0.0188632;REVB=-0.0920031;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180526;STB=0.60293;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0301114;OID=.;OPOS=69299233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:19:10:11:10:19:10 chr3 71876449 . A G 84.54 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0106944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.33;QD=11.2723;RBI=0.0247143;REFB=-0.00706972;REVB=0.0222806;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.572193;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.031646;OID=.;OPOS=71876449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:10:9:4:7:10:9 chr3 72424471 . A G 772.18 PASS AF=1;AO=41;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.25243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1941;QD=57.1982;RBI=0.288662;REFB=0;REVB=0.140017;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00480875;OID=.;OPOS=72424471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:41:54:1:19:22:0:0:19:35:0:0 chr3 72426901 . A G 6992.04 PASS AF=1;AO=439;DP=440;FAO=439;FDP=439;FR=.;FRO=0;FSAF=242;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957096;FXX=0.00902914;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4594;QD=63.7088;RBI=0.117845;REFB=-0.0643507;REVB=0.0687542;RO=1;SAF=242;SAR=197;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353763;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:440:439:1:0:439:439:1:197:242:1:0:197:242:0:0 chr3 72495777 . C G 803.6 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0589524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.944;QD=55.4204;RBI=0.0618326;REFB=-0.137156;REVB=-0.0186517;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00168183;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:0:1:24:33:0:1 chr3 72495945 . A G 175.93 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.952;QD=46.9159;RBI=0.0807687;REFB=0;REVB=0.0303726;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452778;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:11:4:0:0 chr3 73024350 . C A 741.33 PASS AF=0.407035;AO=81;DP=197;FAO=81;FDP=199;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=0.0142355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2708;QD=14.901;RBI=0.0799481;REFB=-0.0057443;REVB=-0.0786706;RO=116;SAF=43;SAR=38;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866316;STB=0.553315;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00855906;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:116:118:81:81:0.407035:38:43:52:64:38:43:52:66 chr3 73433369 . G A 289.31 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.115894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1267;QD=25.7165;RBI=0.117093;REFB=0.0271426;REVB=-0.0167144;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13164;STB=0.580466;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00797119;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:16:10:4:14:16:10:4:15 chr3 73433494 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00748965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.288;QD=19.6458;RBI=0.00906515;REFB=-0.0443783;REVB=-0.00510705;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188135;STB=0.608486;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.022264;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:4:4:3:8:4:4 chr3 73453325 . C T 412.86 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=17;FWDB=0.018558;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.713;QD=14.8779;RBI=0.0251542;REFB=-0.00468077;REVB=0.0169803;RO=64;SAF=40;SAR=7;SRF=47;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196154;STB=0.611801;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00724646;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:7:40:47:17:7:40:47:17 chr3 73482779 . C A 396.41 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0128783;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.888;QD=19.8202;RBI=0.0146392;REFB=-0.0105215;REVB=-0.00696084;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225014;STB=0.512494;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0254094;OID=.;OPOS=73482779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:40:40:40:40:0.5:20:20:19:21:20:20:19:21 chr3 73482783 . G A 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00592381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.914;QD=21.8062;RBI=0.013578;REFB=-0.0116222;REVB=-0.0122177;RO=40;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710037;STB=0.539168;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00860746;OID=.;OPOS=73482783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:21:24:18:22:21:24:18:22 chr3 74349062 . T C 304.39 PASS AF=0.336207;AO=39;DP=118;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-9.49061e-05;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.943;QD=10.4963;RBI=0.00919305;REFB=-0.00383745;REVB=0.00919256;RO=77;SAF=23;SAR=16;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368296;STB=0.521295;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00763367;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:77:77:39:39:0.336207:16:23:43:34:16:23:43:34 chr3 74413676 . T C 126.66 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0149109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.551;QD=11.2586;RBI=0.0172687;REFB=-0.0400115;REVB=-0.00871057;RO=29;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551329;STB=0.825608;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0553437;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:2:13:12:17:2:13:13:17 chr3 74570197 . ATTTTTTTTTA ATTTTTTTTAC 30.21 PASS AF=0.0814815;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=135;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=124;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=46;FWDB=0.00168259;FXX=0.0145975;HRUN=9;LEN=2;MLLD=26.7914;QD=0.895038;RBI=0.0528497;REFB=0.00768484;REVB=0.0528229;RO=71;SAF=1;SAR=10;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633201;STB=0.933135;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0164221;OID=.;OPOS=74570206;OREF=TA;OALT=AC;OMAPALT=ATTTTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0814815:11:138:11:135:124:1:10:78:46:21:71:1:10:46:25 chr3 74570209 . C A 32.01 PASS AF=0.080292;AO=12;DP=137;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=82;FSRR=44;FWDB=-0.0285562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2671;QD=0.934461;RBI=0.0355414;REFB=-0.00288391;REVB=-0.0211597;RO=118;SAF=1;SAR=11;SRF=78;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611912;STB=0.938265;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.138837;OID=.;OPOS=74570209;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:137:137:118:126:12:11:0.080292:11:1:78:40:10:1:82:44 chr3 75232044 . C T 1277.95 PASS AF=0.955056;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0104682;FXX=0.0219756;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.47;QD=57.436;RBI=0.0186699;REFB=-0.0691715;REVB=0.0154591;RO=4;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378486;STB=0.519995;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00123987;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:89:4:4:84:85:0.955056:48:36:0:4:48:37:0:4 chr3 75679937 . G A 87.9 PASS AF=0.161616;AO=16;DP=99;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=-0.0042721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.914;QD=3.55155;RBI=0.0385865;REFB=0.00218791;REVB=-0.0383493;RO=82;SAF=10;SAR=6;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290165;STB=0.51218;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0112057;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:99:99:82:83:16:16:0.161616:6:10:53:29:6:10:53:30 chr3 75679944 . C T 70.02 PASS AF=0.132743;AO=15;DP=113;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=60;FSRR=38;FWDB=-0.000517513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.312;QD=2.47868;RBI=0.00992955;REFB=-0.00331306;REVB=-0.00991606;RO=98;SAF=12;SAR=3;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270891;STB=0.694628;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0136664;OID=.;OPOS=75679944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:113:113:98:98:15:15:0.132743:3:12:60:38:3:12:60:38 chr3 75679945 . C G 100.91 PASS AF=0.168142;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=113;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=34;FWDB=-0.00311991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.24;QD=3.57191;RBI=0.00939161;REFB=-0.00612142;REVB=0.00885824;RO=94;SAF=12;SAR=7;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918228;STB=0.506018;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0188398;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:94:94:19:19:0.168142:7:12:60:34:7:12:60:34 chr3 75679958 . C T 90.89 PASS AF=0.156522;AO=17;DP=121;FAO=18;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.0144938;FXX=0.0573723;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.161;QD=3.16132;RBI=0.0305903;REFB=-0.00296736;REVB=-0.0269388;RO=67;SAF=11;SAR=6;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055655;STB=0.553398;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0159832;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:121:115:67:97:17:18:0.156522:6:11:46:21:6:12:59:38 chr3 75679973 . A G 82.98 PASS AF=0.135338;AO=18;DP=131;FAO=18;FDP=133;FR=.;FRO=115;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.0211177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.933;QD=2.49552;RBI=0.0226747;REFB=-0.00766718;REVB=-0.00825732;RO=110;SAF=12;SAR=6;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135444;STB=0.599886;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0619943;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:131:133:110:115:18:18:0.135338:6:12:62:48:6:12:64:51 chr3 75679975 . C T 30.82 PASS AF=0.075188;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=49;FWDB=-0.0293255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.633;QD=0.927052;RBI=0.0322197;REFB=-0.00118392;REVB=0.0133463;RO=122;SAF=2;SAR=8;SRF=74;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427778;STB=0.841489;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0290392;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:133:122:123:10:10:0.075188:8:2:74:48:8:2:74:49 chr3 75679988 . A G 47.24 PASS AF=0.0955882;AO=13;DP=136;FAO=13;FDP=136;FR=.;FRO=123;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=52;FWDB=0.0585365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8795;QD=1.38952;RBI=0.0590026;REFB=-0.000470662;REVB=-0.00740211;RO=122;SAF=2;SAR=11;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48739;STB=0.863841;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00768624;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:136:136:122:123:13:13:0.0955882:11:2:71:51:11:2:71:52 chr3 75679997 . C T 30.99 PASS AF=0.0729927;AO=10;DP=135;FAO=10;FDP=137;FR=.;FRO=127;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=57;FWDB=0.0279044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.187;QD=0.904904;RBI=0.0315425;REFB=0.00331257;REVB=0.0147062;RO=125;SAF=2;SAR=8;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384891;STB=0.815254;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0501291;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:135:137:125:127:10:10:0.0729927:8:2:70:55:8:2:70:57 chr3 75680006 . T C 102.68 PASS AF=0.147887;AO=20;DP=140;FAO=21;FDP=142;FR=.;FRO=121;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=0.0110506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.45;QD=2.89236;RBI=0.0171431;REFB=-0.00404824;REVB=-0.0131061;RO=116;SAF=12;SAR=8;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148163;STB=0.612275;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.020101;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:116:121:20:21:0.147887:8:12:56:60:8:13:59:62 chr3 75680010 . T C 79.4 PASS AF=0.125874;AO=18;DP=142;FAO=18;FDP=143;FR=.;FRO=125;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0191247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0419;QD=2.22106;RBI=0.0195994;REFB=0.000490544;REVB=0.00428741;RO=124;SAF=12;SAR=6;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237431;STB=0.663369;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00276964;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:142:143:124:125:18:18:0.125874:6:12:59:65:6:12:60:65 chr3 75713654 . G A 58.59 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0178212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5385;QD=3.34787;RBI=0.0181616;REFB=0.00593202;REVB=0.00349969;RO=59;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820352;STB=0.555457;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0131667;OID=.;OPOS=75713654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:6:5:23:36:6:5:23:36 chr3 75713669 . G A 64.82 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.107143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0114;QD=4.89199;RBI=0.107201;REFB=-0.00383042;REVB=-0.00352715;RO=41;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448849;STB=0.528246;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00995221;OID=.;OPOS=75713669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:41:43:10:10:0.188679:5:5:19:22:5:5:20:23 chr3 75714298 . A G 606.2 PASS AF=0.443709;AO=64;DP=148;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=27;FWDB=-0.00230589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.287;QD=16.0583;RBI=0.0202865;REFB=-0.00260859;REVB=0.020155;RO=83;SAF=44;SAR=20;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149534;STB=0.515034;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00515081;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:83:84:64:67:0.443709:20:44:56:27:20:47:57:27 chr3 75714337 . T G 848.62 PASS AF=0.491429;AO=86;DP=175;FAO=86;FDP=175;FR=.;FRO=89;FSAF=62;FSAR=24;FSRF=63;FSRR=26;FWDB=-0.00569631;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.541;QD=19.3971;RBI=0.00823604;REFB=-0.0193533;REVB=0.00594848;RO=89;SAF=62;SAR=24;SRF=63;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148663;STB=0.508195;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0158515;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:89:89:86:86:0.491429:24:62:63:26:24:62:63:26 chr3 75714345 . G T 305.24 PASS AF=0.257143;AO=45;DP=176;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=96;FSRR=34;FWDB=-0.00868554;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5188;QD=6.97701;RBI=0.00885787;REFB=-0.0137687;REVB=-0.00173875;RO=127;SAF=25;SAR=20;SRF=93;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232191;STB=0.641854;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.025647;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:127:130:45:45:0.257143:20:25:93:34:20:25:96:34 chr3 75714702 . A G 487.7 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00111401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.357;QD=21.6756;RBI=0.0129583;REFB=0.00448483;REVB=0.0129104;RO=43;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749912;STB=0.53637;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0041427;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:43:43:46:47:0.522222:21:25:27:16:21:26:27:16 chr3 75714825 . G A 667.57 PASS AF=0.365639;AO=78;DP=218;FAO=83;FDP=227;FR=.;FRO=144;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=64;FSRR=80;FWDB=0.0197408;FXX=0.0173153;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1954;QD=11.7634;RBI=0.0224338;REFB=-0.015202;REVB=-0.0106572;RO=139;SAF=42;SAR=36;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877911;STB=0.554178;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0296864;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:227:139:144:78:83:0.365639:36:42:64:75:39:44:64:80 chr3 75714831 . G A 72.36 PASS AF=0.0920502;AO=22;DP=227;FAO=22;FDP=239;FR=.;FRO=217;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=107;FSRR=110;FWDB=-0.0306373;FXX=0.00416649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.634;QD=1.2111;RBI=0.0309774;REFB=-0.00316048;REVB=0.0045778;RO=204;SAF=7;SAR=15;SRF=99;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203879;STB=0.66136;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0420606;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:227:239:204:217:22:22:0.0920502:15:7:99:105:15:7:107:110 chr3 75714835 . C T 74.84 PASS AF=0.0934959;AO=23;DP=246;FAO=23;FDP=246;FR=.;FRO=223;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=105;FSRR=118;FWDB=-0.012563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.44;QD=1.21691;RBI=0.0190149;REFB=-0.00257323;REVB=-0.0142736;RO=223;SAF=6;SAR=17;SRF=105;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258943;STB=0.699486;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0294353;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:246:246:223:223:23:23:0.0934959:17:6:105:118:17:6:105:118 chr3 75714840 . A G 1063.29 PASS AF=0.445736;AO=115;DP=254;FAO=115;FDP=258;FR=.;FRO=143;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=0.0015561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8123;QD=16.4851;RBI=0.00184042;REFB=-0.00215924;REVB=0.000982712;RO=139;SAF=48;SAR=67;SRF=63;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361593;STB=0.517086;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00283372;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:258:139:143:115:115:0.445736:67:48:63:76:67:48:64:79 chr3 75714843 . T A 709.92 PASS AF=0.340909;AO=89;DP=263;FAO=90;FDP=264;FR=.;FRO=174;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=73;FSRR=101;FWDB=-0.0373425;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0064;QD=10.7563;RBI=0.0382946;REFB=-0.00555978;REVB=0.008486;RO=172;SAF=40;SAR=49;SRF=71;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429643;STB=0.516677;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00875345;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:172:174:89:90:0.340909:49:40:71:101:50:40:73:101 chr3 75714853 . G A 763.22 PASS AF=0.334507;AO=95;DP=286;FAO=95;FDP=284;FR=.;FRO=189;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=86;FSRR=103;FWDB=-0.00252182;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5807;QD=10.7496;RBI=0.00547379;REFB=-0.00801232;REVB=0.00485828;RO=186;SAF=39;SAR=56;SRF=83;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423211;STB=0.530256;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0256774;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:284:186:189:95:95:0.334507:56:39:83:103:56:39:86:103 chr3 75714898 . G A 231.22 PASS AF=0.157191;AO=45;DP=294;FAO=47;FDP=299;FR=.;FRO=252;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=114;FSRR=138;FWDB=-0.0430235;FXX=0.00333322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8288;QD=3.09319;RBI=0.0952572;REFB=-0.00398603;REVB=0.0849877;RO=249;SAF=23;SAR=22;SRF=111;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084168;STB=0.53121;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0218823;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:299:249:252:45:47:0.157191:22:23:111:138:24:23:114:138 chr3 75714917 . G A 564.16 PASS AF=0.281369;AO=73;DP=264;FAO=74;FDP=263;FR=.,HEALED;FRO=183;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=94;FSRR=89;FWDB=-0.0200629;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.954;QD=8.58034;RBI=0.0200642;REFB=-0.00640724;REVB=-0.000231936;RO=128;SAF=29;SAR=44;SRF=89;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325002;STB=0.577578;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0175095;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:128:183:73:74:0.281369:44:29:89:39:44:30:94:89 chr3 75714929 . G A 494.87 PASS AF=0.273077;AO=71;DP=260;FAO=71;FDP=260;FR=.;FRO=189;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=95;FSRR=94;FWDB=-0.0538375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.309;QD=7.61335;RBI=0.0658767;REFB=-0.0198354;REVB=-0.037964;RO=188;SAF=29;SAR=42;SRF=94;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113815;STB=0.569036;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0473015;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:188:189:71:71:0.273077:42:29:94:94:42:29:95:94 chr3 75714950 . C A 410.02 PASS AF=0.25974;AO=59;DP=232;FAO=60;FDP=231;FR=.;FRO=171;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=81;FSRR=90;FWDB=0.00934011;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.997;QD=7.09993;RBI=0.00951351;REFB=-0.00937674;REVB=-0.00180808;RO=170;SAF=25;SAR=34;SRF=80;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591428;STB=0.530156;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0223429;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:170:171:59:60:0.25974:34:25:80:90:34:26:81:90 chr3 75714976 . C T 356.19 PASS AF=0.270408;AO=49;DP=194;FAO=53;FDP=196;FR=.;FRO=143;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=89;FWDB=0.0495993;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.741;QD=7.2691;RBI=0.0496708;REFB=-0.0119494;REVB=0.0026632;RO=143;SAF=24;SAR=25;SRF=55;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132205;STB=0.59582;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0330298;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:143:143:49:53:0.270408:25:24:55:88:26:27:54:89 chr3 75714980 . C A 255.54 PASS AF=0.216931;AO=40;DP=188;FAO=41;FDP=189;FR=.;FRO=148;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=84;FWDB=0.0130382;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.363;QD=5.40819;RBI=0.0576247;REFB=-0.00086509;REVB=0.0561303;RO=145;SAF=12;SAR=28;SRF=64;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192381;STB=0.61904;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00183425;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:145:148:40:41:0.216931:28:12:64:81:29:12:64:84 chr3 75715173 . CT TG 84.56 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00980251;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.806;QD=3.97918;RBI=0.00989346;REFB=-0.00800041;REVB=-0.00133841;RO=69;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170448;STB=0.616668;STBP=0.346;TYPE=mnp;VARB=0.03477;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:69:70:15:15:0.176471:6:9:32:37:6:9:32:38 chr3 75715181 . G A 93.99 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0294464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.316;QD=4.47568;RBI=0.0295239;REFB=-0.0179759;REVB=0.00213845;RO=68;SAF=9;SAR=7;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169613;STB=0.60869;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0700045;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:68:68:16:16:0.190476:7:9:29:39:7:9:29:39 chr3 75779719 . T C 76.15 PASS AF=0.13913;AO=16;DP=114;FAO=16;FDP=115;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.0161789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.848;QD=2.64864;RBI=0.0647844;REFB=0.000339631;REVB=0.0627317;RO=97;SAF=12;SAR=4;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271349;STB=0.68989;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00511554;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:114:115:97:99:16:16:0.13913:4:12:53:44:4:12:54:45 chr3 75779724 . T C 272.93 PASS AF=0.313559;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0433669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.66;QD=9.25184;RBI=0.0479199;REFB=-0.0126327;REVB=0.020387;RO=80;SAF=23;SAR=14;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116246;STB=0.564116;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0434189;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:80:81:37:37:0.313559:14:23:42:38:14:23:43:38 chr3 75779727 . A G 279.56 PASS AF=0.318966;AO=37;DP=114;FAO=37;FDP=116;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0766065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3076;QD=9.64008;RBI=0.0767105;REFB=-0.000569846;REVB=-0.00399334;RO=76;SAF=23;SAR=14;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128477;STB=0.571662;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0011948;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:76:79:37:37:0.318966:14:23:39:37:14:23:41:38 chr3 75779742 . G A 90.54 PASS AF=0.142857;AO=19;DP=132;FAO=19;FDP=133;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=-0.00957743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.018;QD=2.72296;RBI=0.0230359;REFB=-0.000966162;REVB=-0.0209506;RO=113;SAF=10;SAR=9;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170968;STB=0.507538;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0109233;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:132:133:113:114:19:19:0.142857:9:10:61:52:9:10:61:53 chr3 75779762 . G T 91.11 PASS AF=0.148438;AO=19;DP=128;FAO=19;FDP=128;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.0804173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2558;QD=2.84718;RBI=0.0862788;REFB=-0.0190657;REVB=-0.0312586;RO=107;SAF=11;SAR=8;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353746;STB=0.52466;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0871201;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:128:128:107:109:19:19:0.148438:8:11:59:48:8:11:60:49 chr3 75779769 . C G 371.9 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=125;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00581895;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.252;QD=11.9967;RBI=0.00674457;REFB=-0.023677;REVB=-0.00341015;RO=79;SAF=26;SAR=19;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662997;STB=0.537914;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0320912;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:79:79:45:45:0.362903:19:26:41:38:19:26:41:38 chr3 75779777 . TA T 223.29 PASS AF=0.405172;AO=43;DP=117;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.117708;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.2087;QD=7.69957;RBI=0.128721;REFB=0.0139521;REVB=0.0520969;RO=63;SAF=28;SAR=15;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.188862;STB=0.570551;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=0.00718915;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405172:43:117:47:116:69:28:19:33:36:99:63:28:15:30:33 chr3 75781222 . C T 316.83 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0320003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8885;QD=15.2688;RBI=0.112985;REFB=0.0114814;REVB=0.108359;RO=48;SAF=24;SAR=11;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137162;STB=0.577832;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0133287;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:11:24:27:21:11:24:27:21 chr3 75781243 . T C 61.29 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0308093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8835;QD=3.02657;RBI=0.0337433;REFB=0.00272544;REVB=0.0137621;RO=68;SAF=7;SAR=5;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443896;STB=0.522351;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0162681;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:68:69:12:12:0.148148:5:7:42:26:5:7:42:27 chr3 75781257 . T G 188.43 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0391813;FXX=0.144718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7825;QD=11.5954;RBI=0.0468678;REFB=0.020784;REVB=0.0257181;RO=42;SAF=17;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262207;STB=0.653704;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0383825;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:65:42:42:23:23:0.353846:6:17:22:20:6:17:22:20 chr3 75781263 . T C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0293271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4545;QD=16.6318;RBI=0.0307349;REFB=0.0106479;REVB=-0.00919523;RO=41;SAF=23;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145873;STB=0.582228;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0123258;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:11:23:22:19:11:23:22:19 chr3 75781272 . C A 151.88 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00117611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4344;QD=8.5566;RBI=0.0927608;REFB=0.0198151;REVB=-0.0927534;RO=50;SAF=15;SAR=6;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221717;STB=0.633055;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0497015;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:6:15:27:23:6:15:27:23 chr3 75786036 . A G 71.34 PASS AF=0.107317;AO=23;DP=188;FAO=22;FDP=205;FR=.;FRO=183;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=116;FSRR=67;FWDB=-0.00901464;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.3959;QD=1.39196;RBI=0.0348711;REFB=-0.00414475;REVB=0.0336857;RO=165;SAF=16;SAR=7;SRF=107;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663593;STB=0.595826;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0524784;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:188:205:165:183:23:22:0.107317:7:16:107:58:6:16:116:67 chr3 75786042 . G A 1099.7 PASS AF=0.402913;AO=81;DP=200;FAO=83;FDP=206;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.00282608;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.621;QD=21.3534;RBI=0.00475373;REFB=-0.0156454;REVB=0.00382246;RO=94;SAF=55;SAR=26;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110783;STB=0.554442;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0142007;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:206:94:93:81:83:0.402913:26:55:54:40:27:56:54:39 chr3 75786059 . CA TA,TG 1501.2 PASS AF=0.166667,0.429167;AO=40,103;DP=241;FAO=40,103;FDP=240;FR=.;FRO=97;FSAF=30,65;FSAR=10,38;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0158584,0.00331592;FXX=0.00826412;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=112.695,189.467;QD=25.02;RBI=0.0179193,0.0202911;REFB=-0.00531823,-0.0114038;REVB=-0.00834342,-0.0200183;RO=97;SAF=30,65;SAR=10,38;SRF=55;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.247866,0.0597497;STB=0.647224,0.53278;STBP=0.04,0.328;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0019927,0.0173415;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:241:240:97:97:40,103:40,103:0.166667,0.429167:10,38:30,65:55:42:10,38:30,65:55:42 chr3 75786071 . C A 221.09 PASS AF=0.165414;AO=44;DP=266;FAO=44;FDP=266;FR=.;FRO=222;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=130;FSRR=92;FWDB=-0.00301147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.834;QD=3.3247;RBI=0.00552351;REFB=-0.00242463;REVB=-0.00463036;RO=221;SAF=32;SAR=12;SRF=130;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197077;STB=0.631196;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0153178;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:221:222:44:44:0.165414:12:32:130:91:12:32:130:92 chr3 75786079 . CG CA,TA 1782.1 PASS AF=0.445652,0.166667;AO=121,46;DP=276;FAO=123,46;FDP=276;FR=.;FRO=107;FSAF=79,34;FSAR=44,12;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.00766833,-0.0150969;FXX=0.00719399;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=144.635,106.796;QD=25.8275;RBI=0.00767369,0.0282983;REFB=0.000803352,0.00537011;REVB=0.00028672,-0.0239348;RO=105;SAF=78,34;SAR=43,12;SRF=56;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0999422,0.267746;STB=0.553757,0.658677;STBP=0.085,0.02;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00616462,0.0088807;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:105:107:121,46:123,46:0.445652,0.166667:43,12:78,34:56:49:44,12:79,34:57:50 chr3 75786132 . T C 415.09 PASS AF=0.232975;AO=65;DP=280;FAO=65;FDP=279;FR=.;FRO=214;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=113;FSRR=101;FWDB=-0.0153144;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.396;QD=5.95113;RBI=0.0217842;REFB=-0.00390027;REVB=-0.0154926;RO=213;SAF=37;SAR=28;SRF=113;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496532;STB=0.531919;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0168745;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:213:214:65:65:0.232975:28:37:113:100:28:37:113:101 chr3 75786163 . C T 426.97 PASS AF=0.283019;AO=60;DP=213;FAO=60;FDP=212;FR=.;FRO=152;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=-0.0168282;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.575;QD=8.05599;RBI=0.0211376;REFB=-0.00845498;REVB=-0.0127911;RO=152;SAF=32;SAR=28;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647733;STB=0.542699;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0317987;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:152:152:60:60:0.283019:28:32:73:79:28:32:72:80 chr3 75786211 . A G 371.66 PASS AF=0.330935;AO=46;DP=138;FAO=46;FDP=139;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0376574;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5178;QD=10.6953;RBI=0.0435924;REFB=-0.00346205;REVB=-0.0219594;RO=91;SAF=24;SAR=22;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944962;STB=0.546796;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0123058;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:91:93:46:46:0.330935:22:24:40:51:22:24:42:51 chr3 75786225 . G A 226.94 PASS AF=0.324324;AO=28;DP=105;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0155246;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5981;QD=8.17809;RBI=0.0282174;REFB=-0.0406911;REVB=0.0235629;RO=72;SAF=15;SAR=13;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963341;STB=0.523272;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0502936;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:111:72:75:28:36:0.324324:13:15:38:34:17:19:37:38 chr3 75786243 . C T 116.54 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00903341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.07;QD=6.0538;RBI=0.0273288;REFB=-0.00127489;REVB=-0.0257927;RO=59;SAF=9;SAR=9;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945633;STB=0.558378;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00774772;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:59:18:18:0.233766:9:9:34:25:9:9:34:25 chr3 75786244 . A T 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0276869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3314;QD=1.98286;RBI=0.0456142;REFB=-0.00191458;REVB=-0.0362504;RO=64;SAF=6;SAR=2;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219295;STB=0.676223;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0153069;OID=.;OPOS=75786244;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:64:65:8:8:0.109589:2:6:37:27:2:6:37:28 chr3 75786245 . T A 108.53 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.000777712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.141;QD=5.94702;RBI=0.00534553;REFB=-0.00411595;REVB=-0.00528866;RO=56;SAF=9;SAR=8;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973976;STB=0.560191;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0240091;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:8:9:34:22:8:9:34:22 chr3 75786252 . G T 85.85 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0134782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.295;QD=5.20315;RBI=0.0385634;REFB=-0.00385273;REVB=-0.0361313;RO=51;SAF=8;SAR=6;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978621;STB=0.567475;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.022592;OID=.;OPOS=75786252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:51:52:14:14:0.212121:6:8:33:18:6:8:34:18 chr3 75786256 . T A 86.6 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0118498;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.254;QD=5.32899;RBI=0.0253329;REFB=-0.00576739;REVB=-0.0223906;RO=51;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150901;STB=0.594343;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0224405;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:51:51:14:14:0.215385:6:8:35:16:6:8:35:16 chr3 75786261 . C T 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0158464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.177;QD=10.1037;RBI=0.0204714;REFB=-0.0250587;REVB=-0.0129604;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176899;STB=0.602996;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0314182;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:9:11:28:12:9:11:28:12 chr3 75786278 . A C 256.74 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0230383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.801;QD=18.3385;RBI=0.0280364;REFB=-0.0222436;REVB=-0.0159774;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190223;STB=0.597429;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0382668;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:11:16:22:6:11:17:22:6 chr3 75786288 . A G 52.37 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00132943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.266;QD=3.67474;RBI=0.00528825;REFB=-2.05804e-05;REVB=0.00511841;RO=48;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219677;STB=0.648543;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.000181578;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:5:4:30:18:5:4:30:18 chr3 75786298 . T C 38.39 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0198393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3597;QD=2.8439;RBI=0.0450158;REFB=-0.00245276;REVB=0.0404082;RO=47;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139482;STB=0.599734;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.019158;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:3:4:32:15:3:4:32:15 chr3 75786302 . G A 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00051842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.731;QD=8.11471;RBI=0.0106649;REFB=-0.0049884;REVB=0.0106523;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227801;STB=0.636198;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0167424;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:7:8:28:11:7:8:28:11 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 70.12 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=44;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0101444;FXX=0.0888691;HRUN=2;LEN=9;MLLD=294.124;QD=6.84122;RBI=0.0101796;REFB=-0.00247301;REVB=0.000846282;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266686;STB=0.674189;STBP=0.17;TYPE=del;VARB=0.00674519;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:12:44:13:41:28:7:6:22:6:70:23:6:6:17:6 chr3 75786379 . T C 198.88 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0120844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.459;QD=9.47031;RBI=0.0537071;REFB=-0.00276953;REVB=0.05233;RO=56;SAF=12;SAR=14;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188891;STB=0.620164;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0133559;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:58:26:26:0.309524:14:12:35:21:14:12:37:21 chr3 75786381 . T C 650.9 PASS AF=0.666667;AO=55;DP=83;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0139692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6128;QD=30.9954;RBI=0.0726232;REFB=0.0040422;REVB=0.071267;RO=28;SAF=34;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763593;STB=0.543463;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00354239;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:28:28:55:56:0.666667:21:34:14:14:21:35:14:14 chr3 75786385 . C G 202.26 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00381968;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.379;QD=9.74749;RBI=0.069312;REFB=-0.00116926;REVB=0.0692067;RO=55;SAF=12;SAR=14;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180282;STB=0.615299;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0276891;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:55:57:26:26:0.313253:14:12:34:21:14:12:36:21 chr3 75786417 . T C 272.89 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0319757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.026;QD=10.2015;RBI=0.0473033;REFB=-0.0198629;REVB=-0.0348591;RO=71;SAF=15;SAR=21;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183154;STB=0.605815;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0677352;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:21:15:41:30:21:15:41:30 chr3 75786423 . T TTC 40.39 PASS AF=0.0961538;AO=15;DP=111;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0478099;FXX=0.0545405;HRUN=3;LEN=2;MLLD=245.29;QD=1.55347;RBI=0.0497112;REFB=-0.00734339;REVB=-0.0136168;RO=96;SAF=5;SAR=10;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245663;STB=0.799401;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=0.0473773;OID=.;OPOS=75786424;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0961538:15:111:10:104:94:2:8:50:44:40:96:5:10:51:45 chr3 75786438 . G A 240.03 PASS AF=0.305556;AO=31;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00428234;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.109;QD=8.88988;RBI=0.030152;REFB=-0.0125912;REVB=-0.0298463;RO=71;SAF=11;SAR=20;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151581;STB=0.583282;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0336953;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:75:31:33:0.305556:20:11:34:37:21:12:36:39 chr3 75786440 . C T 238.16 PASS AF=0.294643;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0124848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3756;QD=8.50577;RBI=0.0125341;REFB=-0.00791154;REVB=-0.00111009;RO=75;SAF=12;SAR=21;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141651;STB=0.585232;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.021775;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:75:79:33:33:0.294643:21:12:36:39:21:12:38:41 chr3 75786450 . G A 216.27 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=112;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00838536;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.791;QD=7.72394;RBI=0.0147188;REFB=-0.00721042;REVB=-0.0120967;RO=79;SAF=11;SAR=20;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961465;STB=0.567931;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0299671;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:79:81:31:31:0.276786:20:11:34:45:20:11:36:45 chr3 75786453 . C T 214.99 PASS AF=0.274336;AO=31;DP=113;FAO=31;FDP=113;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0173255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.835;QD=7.61024;RBI=0.0242378;REFB=-0.0139608;REVB=-0.0169498;RO=80;SAF=11;SAR=20;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150301;STB=0.581894;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0354667;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:80:82:31:31:0.274336:20:11:38:42:20:11:38:44 chr3 75786469 . G A 43.17 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0129393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.609;QD=1.54189;RBI=0.0129579;REFB=-0.00477597;REVB=-0.000693781;RO=94;SAF=4;SAR=7;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110997;STB=0.549397;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0113973;OID=.;OPOS=75786469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:94:101:11:11:0.0982143:7:4:35:59:7:4:42:59 chr3 75786476 . G A 37.31 PASS AF=0.0900901;AO=9;DP=109;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.00779799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.032;QD=1.34458;RBI=0.0335677;REFB=0.00573186;REVB=-0.0326494;RO=99;SAF=2;SAR=7;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245103;STB=0.604889;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0937747;OID=.;OPOS=75786476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:109:111:99:101:9:10:0.0900901:7:2:42:57:7:3:41:60 chr3 75786490 . C G 31.66 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.00352167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2663;QD=1.15122;RBI=0.0145849;REFB=0.00103433;REVB=0.0141533;RO=101;SAF=4;SAR=5;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440724;STB=0.536003;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0120017;OID=.;OPOS=75786490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:101:101:9:9:0.0818182:5:4:41:60:5:4:41:60 chr3 75786500 . AT GA,GT 130.29 PASS AF=0.046729,0.168224;AO=5,18;DP=110;FAO=5,18;FDP=107;FR=.;FRO=84;FSAF=4,7;FSAR=1,11;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.00673176,-0.00768317;FXX=0.0272702;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=247.516,183.548;QD=4.87072;RBI=0.0167606,0.00775684;REFB=-0.00584919,-0.00453757;REVB=-0.0153493,-0.00106654;RO=82;SAF=4,7;SAR=1,11;SRF=36;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.341095,-0.0652207;STB=0.829278,0.533822;STBP=0.193,0.741;TYPE=mnp,snp;VARB=0.011976,0.0208953;OID=.,.;OPOS=75786500,75786500;OREF=AT,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:110:107:82:84:5,18:5,18:0.046729,0.168224:1,11:4,7:36:46:1,11:4,7:36:48 chr3 75786506 . T C 104.05 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.00420493;FXX=0.0090082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.656;QD=3.7837;RBI=0.0121035;REFB=-0.0025577;REVB=-0.0113496;RO=73;SAF=7;SAR=12;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192074;STB=0.579225;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00767621;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:73:91:19:19:0.172727:12:7:38:35:12:7:42:49 chr3 75786515 . G A 193.23 PASS AF=0.254386;AO=29;DP=115;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.00362752;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.304;QD=6.78008;RBI=0.0109972;REFB=0.00227905;REVB=-0.0103817;RO=85;SAF=16;SAR=13;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157441;STB=0.59466;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0127131;OID=.;OPOS=75786515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:85:85:29:29:0.254386:13:16:36:49:13:16:36:49 chr3 75786518 . A C 55.41 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0122727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7252;QD=1.94437;RBI=0.0261844;REFB=0.00324637;REVB=-0.0231302;RO=100;SAF=9;SAR=4;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301784;STB=0.721089;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0322309;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:114:100:101:13:13:0.114035:4:9:44:56:4:9:44:57 chr3 75786521 . G A 62.86 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0100366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.724;QD=2.225;RBI=0.0293109;REFB=-0.000864781;REVB=-0.0275389;RO=99;SAF=10;SAR=4;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327638;STB=0.731686;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00588569;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:113:113:99:99:14:14:0.123894:4:10:44:55:4:10:44:55 chr3 75786533 . T G 124.25 PASS AF=0.189655;AO=22;DP=116;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0121126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.242;QD=4.28444;RBI=0.0142913;REFB=-0.0122129;REVB=0.00758457;RO=91;SAF=9;SAR=13;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109021;STB=0.574065;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0229663;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:91:94:22:22:0.189655:13:9:45:46:13:9:47:47 chr3 75786555 . C CTG 274.46 PASS AF=0.356436;AO=27;DP=106;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.000927935;FXX=0.0648088;HRUN=0;LEN=2;MLLD=241.06;QD=10.8697;RBI=0.00577826;REFB=0.00212146;REVB=0.00570327;RO=67;SAF=22;SAR=5;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480464;STB=0.606335;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=-0.0015807;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356436:27:106:36:101:65:22:14:29:36:99:67:22:5:29:38 chr3 75786572 . T C 122.39 PASS AF=0.184874;AO=22;DP=120;FAO=22;FDP=119;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0283995;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.172;QD=4.114;RBI=0.0295413;REFB=-0.0072139;REVB=0.00813352;RO=91;SAF=9;SAR=13;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122701;STB=0.602949;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0304446;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:91:97:22:22:0.184874:13:9:46:45:13:9:52:45 chr3 75786597 . C T 156.34 PASS AF=0.211382;AO=26;DP=123;FAO=26;FDP=123;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.000367619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.482;QD=5.08406;RBI=0.0123546;REFB=-0.00315621;REVB=-0.0123491;RO=95;SAF=11;SAR=15;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143311;STB=0.580825;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0200269;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:95:97:26:26:0.211382:15:11:51:44:15:11:51:46 chr3 75786607 . C T 145.39 PASS AF=0.198413;AO=25;DP=126;FAO=25;FDP=126;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.00681817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.544;QD=4.61546;RBI=0.0232872;REFB=-0.00585091;REVB=-0.0222667;RO=101;SAF=10;SAR=15;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146314;STB=0.592283;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0201878;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:101:101:25:25:0.198413:15:10:52:49:15:10:52:49 chr3 75786610 . T G 173.12 PASS AF=0.21875;AO=28;DP=128;FAO=28;FDP=128;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.0407406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6157;QD=5.41003;RBI=0.0538124;REFB=0.00645579;REVB=0.0351565;RO=99;SAF=13;SAR=15;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895186;STB=0.551189;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0220745;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:99:100:28:28:0.21875:15:13:53:46:15:13:53:47 chr3 75786618 . CT AC,CC 175.41 PASS AF=0.0610687,0.167939;AO=8,22;DP=133;FAO=8,22;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=1,11;FSAR=7,11;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.00135335,-0.00370063;FXX=0.0150365;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=196.089,149.824;QD=5.35612;RBI=0.0124389,0.0182859;REFB=-0.00199337,0.00395487;REVB=0.0123651,0.0179075;RO=101;SAF=1,11;SAR=7,11;SRF=56;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.453794,-0.0693896;STB=0.883774,0.544675;STBP=0.038,0.66;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0155764,-0.0102015;OID=.,.;OPOS=75786618,75786619;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:133:131:101:101:8,22:8,22:0.0610687,0.167939:7,11:1,11:56:45:7,11:1,11:56:45 chr3 75786623 . G T 301.24 PASS AF=0.300752;AO=40;DP=133;FAO=40;FDP=133;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0174815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.912;QD=9.05993;RBI=0.0177667;REFB=-0.00622638;REVB=0.00317024;RO=93;SAF=27;SAR=13;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281421;STB=0.664941;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0137626;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:93:93:40:40:0.300752:13:27:41:52:13:27:41:52 chr3 75786628 . G C 612.31 PASS AF=0.470149;AO=60;DP=133;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00922406;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.722;QD=18.2778;RBI=0.0106394;REFB=-0.0131687;REVB=0.00530229;RO=68;SAF=26;SAR=34;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106193;STB=0.554462;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0108783;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:71:60:63:0.470149:34:26:37:31:34:29:40:31 chr3 75786670 . G A 293.79 PASS AF=0.307087;AO=38;DP=127;FAO=39;FDP=127;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.00355842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.302;QD=9.25321;RBI=0.0138854;REFB=-0.00600997;REVB=-0.0134217;RO=88;SAF=21;SAR=17;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156541;STB=0.59859;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00822363;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:88:88:38:39:0.307087:17:21:37:51:17:22:37:51 chr3 75786681 . G A 632.6 PASS AF=0.516129;AO=63;DP=123;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0155682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.542;QD=20.4063;RBI=0.0192902;REFB=0.000683515;REVB=0.0113904;RO=59;SAF=32;SAR=31;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590596;STB=0.524186;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000798862;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:59:60:63:64:0.516129:31:32:26:33:32:32:27:33 chr3 75786687 . A T 31.85 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=130;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.0361046;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.656;QD=0.987713;RBI=0.0362277;REFB=-0.00149536;REVB=0.00298288;RO=118;SAF=2;SAR=8;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338567;STB=0.786715;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0119244;OID=.;OPOS=75786687;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:130:129:118:119:10:10:0.0775194:8:2:59:59:8:2:60:59 chr3 75786737 . A T 228.29 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0124147;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.087;QD=11.0019;RBI=0.0126027;REFB=0.000103599;REVB=-0.00216863;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320681;STB=0.518634;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.000359641;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:83:55:55:28:28:0.337349:15:13:24:31:15:13:24:31 chr3 75786740 . CA CG,GG 375.72 PASS AF=0.329412,0.152941;AO=28,13;DP=84;FAO=28,13;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=13,6;FSAR=15,7;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0112188,-0.0101165;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=126.898,117.528;QD=17.6807;RBI=0.0119123,0.0222995;REFB=0.00114626,-9.38954e-05;REVB=0.00400526,0.0198727;RO=42;SAF=13,6;SAR=15,7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0375858,-0.0469043;STB=0.507962,0.512176;STBP=0.953,0.971;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00141676,-0.0234544;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:44:28,13:28,13:0.329412,0.152941:15,7:13,6:21:21:15,7:13,6:21:23 chr3 75786753 . C T 402.64 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00588967;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.501;QD=21.4739;RBI=0.00613685;REFB=-0.00650943;REVB=0.00172416;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120622;STB=0.506663;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00766069;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:20:20:18:17:20:20:18:17 chr3 75786754 . G T 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0031009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.436;QD=2.66503;RBI=0.020776;REFB=-0.0108757;REVB=-0.0205433;RO=64;SAF=7;SAR=3;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248134;STB=0.676436;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0184137;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:64:64:10:10:0.135135:3:7:32:32:3:7:32:32 chr3 75786759 . T C 224.65 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00324969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.394;QD=13.0231;RBI=0.00713277;REFB=-0.00653106;REVB=-0.00634948;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716096;STB=0.533955;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0107401;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:12:15:20:21:12:15:21:21 chr3 75786773 . T A 105.37 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0238826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5805;QD=6.58544;RBI=0.0239189;REFB=0.00129907;REVB=0.00131577;RO=48;SAF=5;SAR=11;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304372;STB=0.687266;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00666009;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:11:5:27:21:11:5:27:21 chr3 75786784 . T C 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00398912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.679;QD=2.92804;RBI=0.00983287;REFB=-0.00280948;REVB=-0.00898734;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17486;STB=0.632581;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0163911;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:50:51:8:8:0.135593:3:5:24:26:3:5:24:27 chr3 75786802 . G A 99.68 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0162713;FXX=0.0882223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1787;QD=6.43103;RBI=0.019312;REFB=-0.000891606;REVB=0.0104018;RO=46;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124265;STB=0.515131;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00478877;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:62:46:47:15:15:0.241935:8:7:21:25:8:7:21:26 chr3 75786827 . A T 364.38 PASS AF=0.6;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0098125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.932;QD=24.292;RBI=0.0131056;REFB=-0.0198543;REVB=0.0086874;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368632;STB=0.505573;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0207427;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:23:24:35:36:0.6:18:17:10:13:19:17:11:13 chr3 75786832 . C T 346.56 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00376179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.244;QD=20.0906;RBI=0.00561045;REFB=-0.00224314;REVB=0.00416246;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565566;STB=0.537293;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00307957;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:34:37:0.536232:18:16:13:19:19:18:13:19 chr3 75786845 . T C 476.94 PASS AF=0.628571;AO=37;DP=73;FAO=44;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0068638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.084;QD=27.2536;RBI=0.0385259;REFB=-0.0370498;REVB=0.0379095;RO=27;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812669;STB=0.581732;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.022243;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:27:26:37:44:0.628571:19:18:16:11:28:16:15:11 chr3 75786854 . A T 240.37 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0103132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.402;QD=10.0156;RBI=0.0342892;REFB=-0.00844801;REVB=-0.0327015;RO=65;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602298;STB=0.508374;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0213043;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:66:30:30:0.3125:16:14:30:35:16:14:30:36 chr3 75786866 . G T 291.39 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.012705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.762;QD=10.0479;RBI=0.0257803;REFB=-0.0198093;REVB=-0.0224323;RO=78;SAF=13;SAR=25;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258555;STB=0.650012;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0414345;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:78:78:38:38:0.327586:25:13:44:34:25:13:44:34 chr3 75786892 . A C 368.26 PASS AF=0.321678;AO=45;DP=144;FAO=46;FDP=143;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.00908258;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.77;QD=10.301;RBI=0.00908427;REFB=-0.00364762;REVB=0.000175241;RO=95;SAF=20;SAR=25;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107998;STB=0.568622;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0109041;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:95:97:45:46:0.321678:25:20:51:44:26:20:52:45 chr3 75786899 . T C 410.57 PASS AF=0.342105;AO=52;DP=153;FAO=52;FDP=152;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.121617;FXX=0.00653552;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9806;QD=10.8044;RBI=0.122032;REFB=0.0112852;REVB=-0.0100559;RO=97;SAF=23;SAR=29;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129553;STB=0.583469;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0223104;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:97:100:52:52:0.342105:29:23:54:43:29:23:57:43 chr3 75786916 . C A 563.31 PASS AF=0.37931;AO=67;DP=176;FAO=66;FDP=174;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.00168402;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.015;QD=12.9497;RBI=0.00388402;REFB=-0.00546254;REVB=-0.00349996;RO=104;SAF=28;SAR=39;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140458;STB=0.575735;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0117854;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:174:104:108:67:66:0.37931:39:28:57:47:38:28:59:49 chr3 75786919 . A T 540.68 PASS AF=0.365714;AO=66;DP=177;FAO=64;FDP=175;FR=.;FRO=111;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.00451771;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.801;QD=12.3585;RBI=0.00935603;REFB=0.000134836;REVB=-0.00819302;RO=103;SAF=29;SAR=37;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112554;STB=0.570897;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000348834;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:103:111:66:64:0.365714:37:29:56:47:36:28:61:50 chr3 75786921 . G A 84.16 PASS AF=0.116667;AO=21;DP=180;FAO=21;FDP=180;FR=.;FRO=159;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=78;FWDB=-0.0167822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.89;QD=1.8702;RBI=0.0178828;REFB=-8.88901e-05;REVB=-0.00617668;RO=159;SAF=10;SAR=11;SRF=81;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410974;STB=0.529322;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00035376;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:180:180:159:159:21:21:0.116667:11:10:81:78:11:10:81:78 chr3 75786942 . C A 219.8 PASS AF=0.205405;AO=38;DP=185;FAO=38;FDP=185;FR=.;FRO=147;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0268486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3213;QD=4.75232;RBI=0.0271235;REFB=-0.0257436;REVB=0.00385204;RO=147;SAF=22;SAR=16;SRF=67;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15678;STB=0.597234;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0733814;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:147:147:38:38:0.205405:16:22:67:80:16:22:67:80 chr3 75786965 . C T 419.0 PASS AF=0.290155;AO=55;DP=191;FAO=56;FDP=193;FR=.;FRO=137;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=-0.0205166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0778;QD=8.68393;RBI=0.0249068;REFB=-0.0025706;REVB=-0.0141216;RO=135;SAF=27;SAR=28;SRF=62;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384386;STB=0.510658;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00602397;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:135:137:55:56:0.290155:28:27:62:73:29:27:64:73 chr3 75786991 . C T 361.76 PASS AF=0.268421;AO=51;DP=191;FAO=51;FDP=190;FR=.;FRO=139;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=73;FWDB=-0.0506903;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2238;QD=7.6159;RBI=0.0518562;REFB=0.00332658;REVB=-0.0109344;RO=138;SAF=26;SAR=25;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478027;STB=0.525568;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0115566;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:138:139:51:51:0.268421:25:26:65:73:25:26:66:73 chr3 75786993 . T A 186.42 PASS AF=0.178947;AO=34;DP=190;FAO=34;FDP=190;FR=.;FRO=156;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=80;FSRR=76;FWDB=-0.0264121;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7957;QD=3.92459;RBI=0.0560766;REFB=-0.00234211;REVB=0.049467;RO=156;SAF=12;SAR=22;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206964;STB=0.632421;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0148033;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:156:156:34:34:0.178947:22:12:80:76:22:12:80:76 chr3 75787015 . C T 719.48 PASS AF=0.430939;AO=77;DP=181;FAO=78;FDP=181;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.0010788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.124;QD=15.9001;RBI=0.00809626;REFB=-0.0104869;REVB=0.00802406;RO=103;SAF=37;SAR=40;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249454;STB=0.510057;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00985804;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:103:103:77:78:0.430939:40:37:52:51:40:38:52:51 chr3 75787032 . T C 317.83 PASS AF=0.267442;AO=46;DP=172;FAO=46;FDP=172;FR=.;FRO=126;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=0.017667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.83;QD=7.39137;RBI=0.028528;REFB=-0.00414956;REVB=0.0223991;RO=123;SAF=22;SAR=24;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516496;STB=0.527527;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0188132;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:123:126:46:46:0.267442:24:22:64:59:24:22:65:61 chr3 75787043 . G A 692.09 PASS AF=0.465409;AO=96;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00626644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4336;QD=17.411;RBI=0.0143971;REFB=0.013172;REVB=-0.0129618;RO=63;SAF=51;SAR=45;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619274;STB=0.505981;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0258771;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:63:85:96:74:0.465409:45:51:34:29:34:40:45:40 chr3 75787047 . G GACTTATA 154.59 PASS AF=0.183673;AO=26;DP=154;FAO=27;FDP=147;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=73;FSRR=47;FWDB=-0.0174157;FXX=0.0264883;HRUN=1;LEN=7;MLLD=271.265;QD=4.20645;RBI=0.0233502;REFB=-0.00566375;REVB=-0.015554;RO=124;SAF=7;SAR=19;SRF=75;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415895;STB=0.744385;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.0220819;OID=.;OPOS=75787048;OREF=-;OALT=ACTTATA;OMAPALT=GACTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183673:26:154:27:147:120:8:19:73:47:99:124:7:19:75:49 chr3 75787057 . G A 635.32 PASS AF=0.532787;AO=61;DP=118;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0177352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.831;QD=20.8302;RBI=0.0308496;REFB=-0.010772;REVB=0.025242;RO=52;SAF=24;SAR=37;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123589;STB=0.559268;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0305597;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:122:52:57:61:65:0.532787:37:24:28:24:41:24:28:29 chr3 75787081 . A T 177.1 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=104;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0173117;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.718;QD=6.87751;RBI=0.0198729;REFB=-0.00545758;REVB=-0.00975903;RO=78;SAF=11;SAR=15;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482258;STB=0.533661;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0125432;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:78:77:26:26:0.252427:15:11:36:42:15:11:36:41 chr3 75787098 . CCT C 44.46 PASS AF=0.168421;AO=13;DP=104;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0145358;FXX=0.0404;HRUN=4;LEN=2;MLLD=184.142;QD=1.87197;RBI=0.0217731;REFB=-0.00587413;REVB=-0.0162104;RO=89;SAF=9;SAR=4;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344357;STB=0.743145;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.0292531;OID=.;OPOS=75787099;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168421:13:104:16:95:79:11:5:30:49:44:89:9:4:36:53 chr3 75787116 . T G 69.54 PASS AF=0.124031;AO=16;DP=129;FAO=16;FDP=129;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.0176174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.452;QD=2.15631;RBI=0.0250809;REFB=-0.00525417;REVB=0.0178516;RO=112;SAF=6;SAR=10;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197788;STB=0.642818;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0347692;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:129:129:112:113:16:16:0.124031:10:6:60:52:10:6:61:52 chr3 75787127 . G T 47.24 PASS AF=0.0955882;AO=13;DP=136;FAO=13;FDP=136;FR=.;FRO=123;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=0.0164946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3747;QD=1.38948;RBI=0.0309981;REFB=0.000332517;REVB=-0.0262453;RO=122;SAF=6;SAR=7;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151572;STB=0.617703;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00389607;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:136:136:122:123:13:13:0.0955882:7:6:72:50:7:6:73:50 chr3 75787145 . T C 87.01 PASS AF=0.132867;AO=19;DP=143;FAO=19;FDP=143;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=-0.000974585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.22;QD=2.43388;RBI=0.0104859;REFB=0.00172539;REVB=-0.0104405;RO=123;SAF=11;SAR=8;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082669;STB=0.501509;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0106208;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:143:143:123:124:19:19:0.132867:8:11:72:51:8:11:72:52 chr3 75787159 . C T 95.16 PASS AF=0.13986;AO=20;DP=144;FAO=20;FDP=143;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=52;FWDB=-0.0337636;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.972;QD=2.66179;RBI=0.0348938;REFB=0.000926574;REVB=-0.00880904;RO=123;SAF=11;SAR=9;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453937;STB=0.523752;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00832088;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:144:143:123:123:20:20:0.13986:9:11:72:51:9:11:71:52 chr3 75787169 . G A 65.02 PASS AF=0.111111;AO=16;DP=145;FAO=16;FDP=144;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=52;FWDB=-0.00953057;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.848;QD=1.80602;RBI=0.0103338;REFB=-0.00116305;REVB=-0.00399437;RO=124;SAF=9;SAR=7;SRF=73;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328325;STB=0.528384;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00781722;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:145:144:124:128:16:16:0.111111:7:9:73:51:7:9:76:52 chr3 75787186 . C T 91.07 PASS AF=0.130719;AO=20;DP=155;FAO=20;FDP=153;FR=.;FRO=133;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=80;FSRR=53;FWDB=-0.00333959;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4602;QD=2.38084;RBI=0.02514;REFB=-0.00472596;REVB=-0.0249172;RO=132;SAF=16;SAR=4;SRF=79;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288744;STB=0.703479;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0200023;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:155:153:132:133:20:20:0.130719:4:16:79:53:4:16:80:53 chr3 75787224 . C T 48.37 PASS AF=0.0984848;AO=13;DP=132;FAO=13;FDP=132;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=-0.0560259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.789;QD=1.46585;RBI=0.0713679;REFB=0.000100719;REVB=-0.0442095;RO=117;SAF=11;SAR=2;SRF=74;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306404;STB=0.745878;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00559768;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:132:132:117:119:13:13:0.0984848:2:11:74:43:2:11:75:44 chr3 75787240 . A G 37.47 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=74;FSRR=44;FWDB=0.0139018;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.13;QD=1.16177;RBI=0.0139224;REFB=-0.0010916;REVB=-0.000757425;RO=108;SAF=9;SAR=2;SRF=65;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285148;STB=0.713358;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0358186;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:129:108:118:11:11:0.0852713:2:9:65:43:2:9:74:44 chr3 75787304 . AC TT 30.86 PASS AF=0.125;AO=4;DP=50;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0264988;FXX=0.0769083;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.642;QD=2.57132;RBI=0.0280791;REFB=-0.012497;REVB=0.00928702;RO=45;SAF=1;SAR=3;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234486;STB=0.566935;STBP=0.772;TYPE=mnp;VARB=0.0856035;OID=.;OPOS=75787304;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:50:48:45:42:4:6:0.125:3:1:21:24:4:2:17:25 chr3 75787372 . A T 143.33 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0105048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.465;QD=14.7009;RBI=0.0122274;REFB=-0.00892035;REVB=-0.00625771;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942034;STB=0.554389;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00993058;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:8:15:9:7:8:15 chr3 75787382 . T C 255.14 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.000627263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.745;QD=22.1861;RBI=0.00465534;REFB=-0.00856511;REVB=-0.00461289;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925459;STB=0.540407;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0159792;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:22:23:24:0.521739:14:9:10:10:14:10:11:11 chr3 75787405 . C T 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00155038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.751;QD=14.6847;RBI=0.0116317;REFB=-0.0137659;REVB=-0.0115279;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646774;STB=0.529598;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.024135;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:15:16:19:23:15:16:20:23 chr3 75787416 . C T 272.57 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00538804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.245;QD=12.532;RBI=0.107715;REFB=-0.0123133;REVB=-0.10758;RO=55;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790965;STB=0.545426;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00769827;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:14:18:27:28:14:18:27:28 chr3 75787424 . C G 396.03 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00217154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.003;QD=16.6749;RBI=0.023506;REFB=-1.03132e-05;REVB=0.0234054;RO=48;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554183;STB=0.53191;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.000221359;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:53:41:42:0.442105:19:22:23:25:19:23:26:27 chr3 75787427 . T C 338.6 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.000316501;FXX=0.0097078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.602;QD=13.2784;RBI=0.000640305;REFB=-0.000745901;REVB=0.000556613;RO=58;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430138;STB=0.536192;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00161921;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:58:62:40:40:0.392157:17:23:31:27:17:23:32:30 chr3 75787458 . G A 41.5 PASS AF=0.0888889;AO=12;DP=135;FAO=12;FDP=135;FR=.;FRO=123;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.0141972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.227;QD=1.22951;RBI=0.0142216;REFB=-0.00380154;REVB=0.000832794;RO=122;SAF=8;SAR=4;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185038;STB=0.642974;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0436302;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:135:135:122:123:12:12:0.0888889:4:8:62:60:4:8:63:60 chr3 75787464 . C T 561.81 PASS AF=0.434783;AO=61;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0379963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2128;QD=16.2844;RBI=0.0380035;REFB=0.0200359;REVB=0.000739726;RO=77;SAF=37;SAR=24;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127847;STB=0.564684;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0278224;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:77:78:61:60:0.434783:24:37:37:40:24:36:38:40 chr3 75787476 . C T 38.78 PASS AF=0.0821918;AO=12;DP=146;FAO=12;FDP=146;FR=.;FRO=134;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=59;FWDB=-0.00426603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.214;QD=1.0624;RBI=0.0225814;REFB=0.000136828;REVB=-0.0221747;RO=133;SAF=6;SAR=6;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728761;STB=0.554704;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00168128;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:146:146:133:134:12:12:0.0821918:6:6:75:58:6:6:75:59 chr3 75787486 . C T 653.4 PASS AF=0.458065;AO=59;DP=143;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.00177026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.503;QD=16.8619;RBI=0.0098579;REFB=-0.0122737;REVB=0.00969765;RO=84;SAF=40;SAR=19;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207595;STB=0.573002;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0151541;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:155:84:84:59:71:0.458065:19:40:41:43:27:44:41:43 chr3 75787516 . C G 746.65 PASS AF=0.45;AO=79;DP=174;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.00433945;FXX=0.0109884;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.522;QD=16.5923;RBI=0.0141491;REFB=-0.00591896;REVB=-0.0134672;RO=91;SAF=50;SAR=29;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678145;STB=0.523892;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.008829;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:180:91:99:79:81:0.45:29:50:57:34:31:50:57:42 chr3 75787519 . CT AG 788.44 PASS AF=0.453552;AO=82;DP=183;FAO=83;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.00974288;FXX=0.00543449;HRUN=4;LEN=2;MLLD=123.355;QD=17.2337;RBI=0.0377834;REFB=0.00818002;REVB=0.0365057;RO=99;SAF=50;SAR=32;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451074;STB=0.518342;STBP=0.658;TYPE=mnp;VARB=-0.00767599;OID=.;OPOS=75787519;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:99:100:82:83:0.453552:32:50:56:43:33:50:57:43 chr3 75787637 . C T 752.89 PASS AF=0.467836;AO=76;DP=167;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0144996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.252;QD=17.6115;RBI=0.014508;REFB=-0.0230549;REVB=-0.000492984;RO=89;SAF=42;SAR=34;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203461;STB=0.513848;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.026324;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:171:89:91:76:80:0.467836:34:42:49:40:34:46:50:41 chr3 75787645 . GAA G 396.58 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=155;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0524235;FXX=0.0566002;HRUN=4;LEN=2;MLLD=32.3935;QD=10.5755;RBI=0.0549743;REFB=0.00894211;REVB=-0.0165515;RO=67;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772371;STB=0.517296;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=-0.00974406;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:48:155:70:150:80:39:31:42:38:99:67:24:24:33:34 chr3 75787679 . T C 598.77 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0046074;FXX=0.0194793;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.11;QD=15.8614;RBI=0.0164554;REFB=-0.0130774;REVB=-0.0157972;RO=85;SAF=38;SAR=28;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118249;STB=0.566002;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0149469;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:85:85:66:66:0.437086:28:38:39:46:28:38:39:46 chr3 75787688 . T A 689.77 PASS AF=0.476821;AO=63;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00977544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.731;QD=18.2722;RBI=0.0588822;REFB=-0.0132855;REVB=0.0580651;RO=66;SAF=36;SAR=27;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108469;STB=0.552268;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0095636;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:66:79:63:72:0.476821:27:36:30:36:32:40:36:43 chr3 75787702 . C G 776.72 PASS AF=0.496894;AO=79;DP=160;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0203686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0098;QD=19.2974;RBI=0.0482823;REFB=-0.0256387;REVB=-0.0437756;RO=80;SAF=44;SAR=35;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523447;STB=0.528377;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.026434;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:80:81:79:80:0.496894:35:44:40:40:36:44:40:41 chr3 75787726 . G A 2204.51 PASS AF=0.955696;AO=151;DP=158;FAO=151;FDP=158;FR=.;FRO=7;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00429893;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.007;QD=55.8104;RBI=0.00632933;REFB=-0.00142864;REVB=0.00464539;RO=7;SAF=80;SAR=71;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205857;STB=0.510837;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-5.31763e-07;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:158:158:7:7:151:151:0.955696:71:80:2:5:71:80:2:5 chr3 75787732 . A C 429.64 PASS AF=0.335366;AO=55;DP=164;FAO=55;FDP=164;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.00942618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.948;QD=10.4789;RBI=0.00970602;REFB=-0.00172268;REVB=-0.0023139;RO=109;SAF=27;SAR=28;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581812;STB=0.533439;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00233248;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:109:109:55:55:0.335366:28:27:59:50:28:27:59:50 chr3 75787739 . A T 2500.75 PASS AF=0.976608;AO=137;DP=173;FAO=167;FDP=171;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017674;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.429;QD=58.4971;RBI=0.0319321;REFB=-0.11746;REVB=0.0265949;RO=3;SAF=72;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193934;STB=0.505746;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00197352;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:173:171:3:2:137:167:0.976608:65:72:3:0:81:86:2:0 chr3 75787770 . C T 181.69 PASS AF=0.15678;AO=37;DP=236;FAO=37;FDP=236;FR=.;FRO=199;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=112;FSRR=87;FWDB=-0.00995508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.978;QD=3.07953;RBI=0.0197848;REFB=-0.00681636;REVB=-0.0170978;RO=199;SAF=27;SAR=10;SRF=112;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230649;STB=0.653193;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0434509;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:199:199:37:37:0.15678:10:27:112:87:10:27:112:87 chr3 75787794 . A G 1466.69 PASS AF=0.535849;AO=142;DP=266;FAO=142;FDP=265;FR=.;FRO=123;FSAF=88;FSAR=54;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=0.00914166;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.604;QD=22.1387;RBI=0.0204339;REFB=-0.0398011;REVB=0.0182749;RO=123;SAF=88;SAR=54;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451259;STB=0.524623;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0366197;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:123:123:142:142:0.535849:54:88:70:53:54:88:70:53 chr3 75787801 . TG CA 128.86 PASS AF=0.122137;AO=32;DP=263;FAO=32;FDP=262;FR=.;FRO=230;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=137;FSRR=93;FWDB=0.0122354;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.504;QD=1.96736;RBI=0.0132666;REFB=-0.00285292;REVB=-0.00512814;RO=228;SAF=21;SAR=11;SRF=135;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085443;STB=0.556822;STBP=0.503;TYPE=mnp;VARB=0.0198149;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:228:230:32:32:0.122137:11:21:135:93:11:21:137:93 chr3 75787809 . T C 131.07 PASS AF=0.121324;AO=33;DP=272;FAO=33;FDP=272;FR=.;FRO=239;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=142;FSRR=97;FWDB=0.00990534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.575;QD=1.92756;RBI=0.0186304;REFB=-0.00528456;REVB=-0.015779;RO=239;SAF=21;SAR=12;SRF=142;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558029;STB=0.539198;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0459966;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:239:239:33:33:0.121324:12:21:142:97:12:21:142:97 chr3 75787829 . C G 53.33 PASS AF=0.0744681;AO=21;DP=280;FAO=21;FDP=282;FR=.;FRO=261;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=157;FSRR=104;FWDB=-0.0103994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.731;QD=0.756385;RBI=0.0117073;REFB=-0.00115563;REVB=-0.0053771;RO=259;SAF=9;SAR=12;SRF=157;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199202;STB=0.655986;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0138485;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:280:282:259:261:21:21:0.0744681:12:9:157:102:12:9:157:104 chr3 75787869 . CA TG 1219.79 PASS AF=0.494024;AO=124;DP=251;FAO=124;FDP=251;FR=.;FRO=127;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.0202044;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.575;QD=19.4389;RBI=0.0506283;REFB=-0.0116041;REVB=-0.0464221;RO=127;SAF=74;SAR=50;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10158;STB=0.555837;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.00869515;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:127:127:124:124:0.494024:50:74:62:65:50:74:62:65 chr3 75787876 . G T 1252.91 PASS AF=0.5;AO=127;DP=254;FAO=127;FDP=254;FR=.;FRO=127;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=0.00724715;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.202;QD=19.7308;RBI=0.00950487;REFB=-0.0242614;REVB=-0.00614991;RO=127;SAF=76;SAR=51;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109233;STB=0.559975;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.024154;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:127:127:127:127:0.5:51:76:61:66:51:76:61:66 chr3 75787880 . A G 652.88 PASS AF=0.329365;AO=82;DP=250;FAO=83;FDP=252;FR=.;FRO=169;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=87;FSRR=82;FWDB=-0.00884019;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0243;QD=10.3631;RBI=0.0270786;REFB=-0.00565118;REVB=-0.025595;RO=168;SAF=46;SAR=36;SRF=86;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577865;STB=0.534804;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0156929;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:252:168:169:82:83:0.329365:36:46:86:82:36:47:87:82 chr3 75787897 . T C 256.38 PASS AF=0.183594;AO=47;DP=257;FAO=47;FDP=256;FR=.;FRO=209;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=109;FSRR=100;FWDB=0.0125587;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.459;QD=4.0059;RBI=0.0221329;REFB=0.00214105;REVB=0.0182248;RO=208;SAF=30;SAR=17;SRF=108;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15671;STB=0.597608;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00381732;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:208:209:47:47:0.183594:17:30:108:100:17:30:109:100 chr3 75787927 . A G 1061.65 PASS AF=0.511848;AO=100;DP=203;FAO=108;FDP=211;FR=.;FRO=103;FSAF=70;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.00118642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.979;QD=20.126;RBI=0.00418559;REFB=-0.00157511;REVB=-0.00401393;RO=100;SAF=63;SAR=37;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113127;STB=0.573334;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00131816;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:211:100:103:100:108:0.511848:37:63:51:49:38:70:52:51 chr3 75787949 . C T 737.05 PASS AF=0.46988;AO=75;DP=166;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.00440792;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.749;QD=17.7602;RBI=0.00732621;REFB=-0.0337993;REVB=-0.00585181;RO=88;SAF=48;SAR=27;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162797;STB=0.597183;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0394896;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:88:88:75:78:0.46988:27:48:42:46:27:51:42:46 chr3 75787961 . A G 193.81 PASS AF=0.209459;AO=31;DP=148;FAO=31;FDP=148;FR=.;FRO=117;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.00548764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.271;QD=5.23803;RBI=0.0111718;REFB=-0.0160124;REVB=-0.00973108;RO=106;SAF=20;SAR=11;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21989;STB=0.607073;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0345876;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:106:117:31:31:0.209459:11:20:50:56:11:20:60:57 chr3 75787962 . G C 251.11 PASS AF=0.255319;AO=36;DP=140;FAO=36;FDP=141;FR=.;FRO=105;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.0185711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.715;QD=7.12362;RBI=0.0186523;REFB=-0.00246778;REVB=-0.00173886;RO=104;SAF=22;SAR=14;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150785;STB=0.59407;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0142047;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:104:105:36:36:0.255319:14:22:51:53:14:22:51:54 chr3 75787996 . C T 144.14 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00401519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2628;QD=5.88343;RBI=0.0183202;REFB=-0.00264713;REVB=-0.0178748;RO=76;SAF=13;SAR=9;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819229;STB=0.550801;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00756648;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:76:76:22:22:0.22449:9:13:40:36:9:13:40:36 chr3 75788010 . A C 1396.06 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.242;QD=62.7442;RBI=0.0455337;REFB=0;REVB=0.00568298;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68598e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:38:49:0:0:39:50:0:0 chr3 75788023 . C T 355.14 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0469504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0725;QD=18.9408;RBI=0.0559564;REFB=0.0171843;REVB=-0.0304431;RO=38;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268325;STB=0.649916;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0206329;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:11:26:16:22:11:26:16:22 chr3 75788028 . G C 149.56 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00162292;FXX=0.0844951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.326;QD=9.20391;RBI=0.0239019;REFB=-0.00287754;REVB=-0.0238468;RO=45;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279467;STB=0.666496;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0140522;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:65:45:45:20:20:0.307692:6:14:21:24:6:14:21:24 chr3 75788068 . A C 111.09 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00565437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.297;QD=6.34809;RBI=0.0232875;REFB=-0.0200351;REVB=0.0225906;RO=53;SAF=12;SAR=5;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293014;STB=0.681365;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0433637;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:17:17:0.242857:5:12:25:28:5:12:25:28 chr3 75788076 . A C 356.4 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0106596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7611;QD=19.2648;RBI=0.0606756;REFB=0.00372204;REVB=0.0597319;RO=37;SAF=24;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221874;STB=0.62354;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00235742;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:13:24:15:22:13:24:15:22 chr3 75788088 . C T 45.34 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0399329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6641;QD=2.23921;RBI=0.0742653;REFB=-0.010624;REVB=-0.0626155;RO=71;SAF=6;SAR=4;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113091;STB=0.581925;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.074592;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:81:81:71:71:10:10:0.123457:4:6:36:35:4:6:36:35 chr3 75788115 . G A 518.28 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0107648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1689;QD=22.7816;RBI=0.0112725;REFB=0.0038162;REVB=-0.00334501;RO=42;SAF=27;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082788;STB=0.545558;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00263126;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:22:27:19:23:22:27:19:23 chr3 75788130 . C A 229.78 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0156361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.13;QD=9.10035;RBI=0.0187444;REFB=-0.00220361;REVB=-0.0103375;RO=70;SAF=14;SAR=16;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565656;STB=0.538233;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00505161;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:71:30:30:0.29703:16:14:36:34:16:14:37:34 chr3 75788152 . T C,G 619.06 PASS AF=0.280702,0.280702;AO=32,32;DP=114;FAO=32,32;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=14,21;FSAR=18,11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00537478,0.0138358;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.896,134.203;QD=21.7215;RBI=0.0446686,0.0367445;REFB=0.0057736,0.000179418;REVB=0.0443441,0.0340401;RO=50;SAF=14,21;SAR=18,11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0457921,0.193655;STB=0.526137,0.610778;STBP=0.718,0.105;TYPE=snp,snp;VARB=0.00443899,-0.00602567;OID=.,.;OPOS=75788152,75788152;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:50:32,32:32,32:0.280702,0.280702:18,11:14,21:24:26:18,11:14,21:24:26 chr3 75788158 . G C 525.28 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.000539199;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0314;QD=17.3646;RBI=0.0170906;REFB=-0.00808078;REVB=-0.0170821;RO=64;SAF=26;SAR=30;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493031;STB=0.531589;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0118587;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:64:65:56:56:0.46281:30:26:33:31:30:26:34:31 chr3 75788199 . T C 327.41 PASS AF=0.290541;AO=43;DP=148;FAO=43;FDP=148;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.000534166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.467;QD=8.84898;RBI=0.0436907;REFB=-0.00618041;REVB=0.0436874;RO=105;SAF=16;SAR=27;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20675;STB=0.621514;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0220226;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:105:105:43:43:0.290541:27:16:57:48:27:16:57:48 chr3 75788226 . CA AG,GG 757.28 PASS AF=0.267123,0.260274;AO=39,37;DP=147;FAO=39,38;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=14,24;FSAR=25,14;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0104643,-0.00995583;FXX=0.0135126;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=219.627,214.269;QD=20.7474;RBI=0.0205045,0.0166017;REFB=-0.0152227,-0.0119372;REVB=-0.0176333,-0.0132852;RO=69;SAF=14,23;SAR=25,14;SRF=35;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169259,0.132021;STB=0.597219,0.582362;STBP=0.153,0.203;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0149068,0.00980955;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:69:69:39,37:39,38:0.267123,0.260274:25,14:14,23:35:34:25,14:14,24:35:34 chr3 75788230 . C T 50.74 PASS AF=0.0952381;AO=14;DP=146;FAO=14;FDP=147;FR=.;FRO=133;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.0524475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.491;QD=1.38057;RBI=0.0559044;REFB=0.000669804;REVB=-0.0193536;RO=132;SAF=10;SAR=4;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279686;STB=0.716746;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0190766;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:146:147:132:133:14:14:0.0952381:4:10:63:69:4:10:63:70 chr3 75788245 . C T 229.53 PASS AF=0.244604;AO=34;DP=139;FAO=34;FDP=139;FR=.;FRO=105;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0158294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.659;QD=6.60529;RBI=0.0216653;REFB=-0.0066141;REVB=-0.0147924;RO=105;SAF=22;SAR=12;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237579;STB=0.643681;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0299863;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:105:105:34:34:0.244604:12:22:48:57:12:22:48:57 chr3 75788258 . C A 692.19 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00487758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.584;QD=21.1355;RBI=0.00842814;REFB=-0.00936298;REVB=-0.00687333;RO=63;SAF=31;SAR=37;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733493;STB=0.540316;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0085889;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:37:31:34:29:37:31:34:29 chr3 75788273 . G T 33.75 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.0185888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.991;QD=1.11584;RBI=0.0199294;REFB=0.000445484;REVB=-0.00718603;RO=107;SAF=7;SAR=3;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262247;STB=0.696124;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0080894;OID=.;OPOS=75788273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:120:121:107:111:10:10:0.0826446:3:7:50:57:3:7:54:57 chr3 75788281 . T C 501.98 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0197281;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.493;QD=17.1616;RBI=0.0208612;REFB=0.000107893;REVB=0.0067818;RO=63;SAF=25;SAR=29;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128482;STB=0.507152;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00054741;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:29:25:30:33:29:25:30:33 chr3 75788291 . AT AA,GA 463.8 PASS AF=0.196429,0.276786;AO=22,31;DP=113;FAO=22,31;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=14,11;FSAR=8,20;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0202225,0.00567047;FXX=0.00884877;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=126.096,219.573;QD=16.5644;RBI=0.0202426,0.00781883;REFB=-0.00179933,0.00500744;REVB=-0.000901575,-0.0053833;RO=59;SAF=14,11;SAR=8,20;SRF=27;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216858,-0.121509;STB=0.630512,0.570524;STBP=0.163,0.338;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0163382,-0.0100121;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:113:112:59:59:22,31:22,31:0.196429,0.276786:8,20:14,11:27:32:8,20:14,11:27:32 chr3 75788314 . T C 92.26 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0155129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.493;QD=4.19359;RBI=0.0161055;REFB=-0.00616588;REVB=0.00432877;RO=72;SAF=9;SAR=7;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1992;STB=0.628337;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0323649;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:72:72:16:16:0.181818:7:9:29:43:7:9:29:43 chr3 75788316 . C T 108.62 PASS AF=0.214286;AO=16;DP=82;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0142296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4652;QD=5.17238;RBI=0.0308937;REFB=-0.0220053;REVB=0.0274215;RO=66;SAF=7;SAR=9;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407199;STB=0.564792;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0899745;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:66:66:16:18:0.214286:9:7:31:35:11:7:31:35 chr3 75790444 . G A 640.23 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.000951363;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.846;QD=18.8304;RBI=0.0143398;REFB=-0.0114415;REVB=-0.0143082;RO=70;SAF=26;SAR=39;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0121137;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:70:71:65:65:0.477941:39:26:28:42:39:26:28:43 chr3 75790446 . GG TA 81.04 PASS AF=0.129496;AO=18;DP=139;FAO=18;FDP=139;FR=.;FRO=121;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=75;FWDB=-0.0325277;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=2;MLLD=301.435;QD=2.33213;RBI=0.0333292;REFB=-0.00572511;REVB=-0.00726514;RO=119;SAF=9;SAR=9;SRF=45;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154089;STB=0.604206;STBP=0.359;TYPE=mnp;VARB=0.0342122;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:139:139:119:121:18:18:0.129496:9:9:45:74:9:9:46:75 chr3 75790466 . G T 118.69 PASS AF=0.151899;AO=24;DP=158;FAO=24;FDP=158;FR=.;FRO=134;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=81;FWDB=-0.0389766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.902;QD=3.00484;RBI=0.0394067;REFB=-0.00113428;REVB=-0.0058057;RO=134;SAF=12;SAR=12;SRF=53;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133968;STB=0.588536;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00820165;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:134:134:24:24:0.151899:12:12:53:81:12:12:53:81 chr3 75790479 . C T 492.38 PASS AF=0.378205;AO=59;DP=156;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.0276866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.578;QD=12.6251;RBI=0.0287767;REFB=-0.00512597;REVB=-0.00784558;RO=96;SAF=21;SAR=38;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823465;STB=0.550707;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0118201;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:96:97:59:59:0.378205:38:21:41:55:38:21:42:55 chr3 75790513 . T C 2094.42 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280992;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.937;QD=62.5201;RBI=0.0315594;REFB=0;REVB=0.0143678;RO=0;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47385e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:132:134:1:75:57:0:0:76:58:0:0 chr3 75790822 . A G 329.86 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.1037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.792;QD=48.8676;RBI=0.105367;REFB=-0.0466912;REVB=0.0186704;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545422;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00239569;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:2:1:25:26:0.962963:9:16:2:0:9:17:1:0 chr3 75986663 . C A 1987.5 PASS AF=0.406872;AO=198;DP=527;FAO=225;FDP=553;FR=.;FRO=328;FSAF=118;FSAR=107;FSRF=195;FSRR=133;FWDB=0.00394333;FXX=0.00180502;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.342;QD=14.3761;RBI=0.0213816;REFB=-0.0270771;REVB=0.0210149;RO=328;SAF=111;SAR=87;SRF=195;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383806;STB=0.541825;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0381261;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:527:553:328:328:198:225:0.406872:87:111:195:133:107:118:195:133 chr3 75986686 . A G 2120.05 PASS AF=0.406897;AO=234;DP=581;FAO=236;FDP=580;FR=.;FRO=344;FSAF=121;FSAR=115;FSRF=205;FSRR=139;FWDB=0.00848975;FXX=0.00514571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3176;QD=14.621;RBI=0.0279381;REFB=-0.0147553;REVB=-0.0266169;RO=340;SAF=120;SAR=114;SRF=204;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930605;STB=0.549509;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0211456;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:580:340:344:234:236:0.406897:114:120:204:136:115:121:205:139 chr3 75986695 . G A 193.41 PASS AF=0.101523;AO=60;DP=581;FAO=60;FDP=591;FR=.;FRO=531;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=296;FSRR=235;FWDB=-0.00917207;FXX=0.00168916;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.866;QD=1.30905;RBI=0.0204287;REFB=-0.0034985;REVB=-0.0182539;RO=520;SAF=32;SAR=28;SRF=286;SRR=234;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207181;STB=0.521811;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0326541;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:591:520:531:60:60:0.101523:28:32:286:234:28:32:296:235 chr3 75986717 . G A 99.72 PASS AF=0.0734095;AO=45;DP=613;FAO=45;FDP=613;FR=.;FRO=568;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=299;FSRR=269;FWDB=-6.57283e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.844;QD=0.650672;RBI=0.00349089;REFB=-0.00325354;REVB=-0.00349027;RO=563;SAF=25;SAR=20;SRF=296;SRR=267;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339785;STB=0.527168;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0620654;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:613:613:563:568:45:45:0.0734095:20:25:296:267:20:25:299:269 chr3 75986719 . G C 2123.64 PASS AF=0.40201;AO=238;DP=596;FAO=240;FDP=597;FR=.;FRO=357;FSAF=114;FSAR=126;FSRF=205;FSRR=152;FWDB=0.00664209;FXX=0.0213111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.116;QD=14.2287;RBI=0.0417363;REFB=-0.00692492;REVB=0.0412044;RO=327;SAF=112;SAR=126;SRF=190;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114674;STB=0.55913;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00798818;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:596:597:327:357:238:240:0.40201:126:112:190:137:126:114:205:152 chr3 77526648 . CG CC,C 75.03 PASS AF=0.0217391,0.152174;AO=7,30;DP=181;FAO=4,28;FDP=184;FR=.;FRO=152;FSAF=0,9;FSAR=4,19;FSRF=76;FSRR=76;FWDB=0.0451411,0.0312809;FXX=0.0107521;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.9359,12.754;QD=1.63114;RBI=0.0789139,0.0597349;REFB=-0.0279607,-0.0427593;REVB=-0.0647278,-0.0508897;RO=128;SAF=0,16;SAR=7,14;SRF=57;SRR=71;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.465635,0.112282;STB=0.99745,0.653734;STBP=0.038,0.093;TYPE=snp,del;VARB=0.0486306,0.0859364;OID=.,.;OPOS=77526649,77526649;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0217391,0.152174:7,30:181:4,28:184:152:0,9:4,19:76:76:61:128:0,16:7,14:57:71 chr3 78647116 . A G 33.42 PASS AF=0.15;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.00673129;FXX=0;HRUN=17;LEN=1;MLLD=242.264;QD=3.34209;RBI=0.0137866;REFB=-0.00059332;REVB=-0.0120317;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452732;STB=0.79936;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00285654;OID=.;OPOS=78647116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:40:32:34:6:6:0.15:3:3:5:27:3:3:5:29 chr3 78647143 . T A,TA 35.03 PASS AF=0,0.243902;AO=4,8;DP=43;FAO=0,10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=0,1;FSAR=0,9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.07518,0.0723091;FXX=0.0238039;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=30.7879,16.1797;QD=3.41729;RBI=0.146857,0.149742;REFB=-0.0112661,-0.0526195;REVB=-0.126154,-0.131126;RO=30;SAF=0,1;SAR=4,7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.570182,-0.414997;STB=0.5,0.806145;STBP=1,0.072;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0964851;OID=.,.;OPOS=78647143,78647144;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:43:41:30:31:4,8:0,10:0,0.243902:4,7:0,1:12:18:0,9:0,1:12:19 chr3 80677187 . T C 657.03 PASS AF=0.960784;AO=45;DP=48;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000595906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.081;QD=51.5314;RBI=0.00116693;REFB=-0.0722995;REVB=-0.0010033;RO=2;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347865;STB=0.51785;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000587884;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:51:2:2:45:49:0.960784:26:19:0:2:27:22:0:2 chr3 81643167 . T C 1396.86 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=106;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0145234;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.101;QD=53.2136;RBI=0.014601;REFB=0.086847;REVB=0.00150275;RO=6;SAF=35;SAR=64;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746624;STB=0.539466;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000879543;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:106:105:6:6:99:99:0.942857:64:35:6:0:64:35:6:0 chr3 81698130 . T C 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0164386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.504;QD=16.5774;RBI=0.016716;REFB=-0.00712987;REVB=-0.00303266;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262221;STB=0.514277;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00950441;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:38:32:32:0.457143:16:16:17:19:16:16:18:20 chr3 81810702 . A AG 473.2 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3848;QD=38.6283;RBI=0.139877;REFB=-0.0553627;REVB=0.0557572;RO=5;SAF=19;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0122197;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:51:49:49:0:21:28:0:0:6:5:19:25:3:2 chr3 81810725 . C T 124.23 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0557989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2586;QD=14.1973;RBI=0.0575658;REFB=0.00622096;REVB=-0.0141528;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244948;STB=0.653639;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00793407;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:14:15:0.428571:9:5:12:8:10:5:12:8 chr3 86411485 . A G 297.8 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00396152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8662;QD=16.097;RBI=0.00402978;REFB=-0.00882047;REVB=-0.000738545;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142335;STB=0.562462;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0113631;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:32:33:0.445946:13:19:18:22:14:19:19:22 chr3 86411527 . G A 261.52 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0390116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0057;QD=19.0194;RBI=0.0429609;REFB=0.000936398;REVB=-0.0179926;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639916;STB=0.526639;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00109813;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:15:13:14:12:15:13:14:13 chr3 86995839 . T TC 149.11 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0474773;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1016;QD=12.4259;RBI=0.079338;REFB=0.00636862;REVB=0.0635644;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814537;STB=0.506952;STBP=0.948;TYPE=ins;VARB=-0.000255565;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479167:22:51:23:48:25:8:15:9:16:99:28:7:15:11:17 chr3 87276699 . C T 697.87 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0156224;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.675;QD=20.0826;RBI=0.0161715;REFB=-0.0136589;REVB=0.00417842;RO=63;SAF=34;SAR=35;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545359;STB=0.55392;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0122973;OID=.;OPOS=87276699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:63:70:69:69:0.496403:35:34:35:28:35:34:42:28 chr3 87295049 . T C 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.361;QD=62.7614;RBI=0.0145617;REFB=0;REVB=0.0119767;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32196e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr3 87299075 . A C 226.98 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0592615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3529;QD=13.5509;RBI=0.0984336;REFB=-0.00194698;REVB=0.0785955;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456055;STB=0.526058;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00582535;OID=.;OPOS=87299075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:16:11:18:22:16:11:18:22 chr3 87304561 . G A 204.97 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0148408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.203;QD=10.6479;RBI=0.0261435;REFB=0.000428313;REVB=-0.0215229;RO=50;SAF=9;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243468;STB=0.64783;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00123223;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:26:26:0.337662:17:9:28:22:17:9:29:22 chr3 87791778 . C T 353.81 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0261696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.508;QD=13.8749;RBI=0.0551445;REFB=-0.00307819;REVB=-0.0485393;RO=61;SAF=20;SAR=21;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090673;STB=0.551288;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00619015;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:21:20:35:26:21:20:35:26 chr3 88041023 . A C 201.87 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.001826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.428;QD=12.0522;RBI=0.0208892;REFB=-0.00509975;REVB=0.0208092;RO=40;SAF=19;SAR=6;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175357;STB=0.623289;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0135762;OID=.;OPOS=88041023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:42:25:25:0.373134:6:19:25:15:6:19:25:17 chr3 88041650 . G A 412.59 PASS AF=0.34;AO=51;DP=151;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.00331008;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.083;QD=11.0024;RBI=0.0518545;REFB=-0.0225765;REVB=-0.0517487;RO=95;SAF=28;SAR=23;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139369;STB=0.522462;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0291702;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:95:99:51:51:0.34:23:28:51:44:23:28:51:48 chr3 88101694 . G T 1054.43 PASS AF=0.517073;AO=106;DP=205;FAO=106;FDP=205;FR=.;FRO=99;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.00572035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4297;QD=20.5743;RBI=0.0144518;REFB=0.00839521;REVB=-0.0132715;RO=97;SAF=61;SAR=45;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440525;STB=0.519704;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00766296;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:97:99:106:106:0.517073:45:61:51:46:45:61:53:46 chr3 88105264 . A C 693.17 PASS AF=0.391304;AO=81;DP=207;FAO=81;FDP=207;FR=.;FRO=126;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=74;FSRR=52;FWDB=-0.00462069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.872;QD=13.3946;RBI=0.00542324;REFB=-0.0025832;REVB=-0.00283915;RO=125;SAF=43;SAR=38;SRF=73;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577865;STB=0.534624;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0038155;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:125:126:81:81:0.391304:38:43:73:52:38:43:74:52 chr3 88105818 . T C 240.86 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0650325;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7598;QD=14.3794;RBI=0.0654202;REFB=-0.0314977;REVB=-0.00711151;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302935;STB=0.510909;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0445501;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:39:28:28:0.41791:12:16:24:16:12:16:23:16 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 159.98 PASS AF=0.444444,0.0277778;AO=16,4;DP=43;FAO=16,1;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11,1;FSAR=5,0;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00219988,-0.0371314;FXX=0.099975;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=252.144,99.0615;QD=17.7752;RBI=0.00726626,0.0554334;REFB=-0.0194128,-0.0317286;REVB=-0.00692525,-0.0411597;RO=19;SAF=11,1;SAR=5,3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113076,-0.368775;STB=0.565133,0.988244;STBP=0.549,0.484;TYPE=del,snp;VARB=0.0214355,0.0275367;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.0277778:16,4:43:16,1:36:19:11,1:5,0:11:8:99:19:11,1:5,3:11:8 chr3 88189341 . T C 424.73 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0426343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0738;QD=18.6694;RBI=0.0614759;REFB=0.00887833;REVB=0.04429;RO=46;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744644;STB=0.53085;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0102326;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:48:43:43:0.472527:24:19:24:22:24:19:24:24 chr3 88190768 . C A 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.999;QD=57.3818;RBI=0.021031;REFB=0;REVB=-0.0050666;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23724e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chr3 88190809 . C T 1396.45 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.207;QD=62.7616;RBI=0.0197341;REFB=0;REVB=-0.0138053;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76053e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:37:50:0:0:39:50:0:0 chr3 88191143 . AA AG,GT 580.32 PASS AF=0.906977,0.0930233;AO=19,2;DP=43;FAO=39,4;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26,4;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240478,-0.0193376;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=92.6412,82.5569;QD=53.9829;RBI=0.0547712,0.0280903;REFB=0,0;REVB=0.0492096,0.0203745;RO=0;SAF=14,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0306891,0.149302;OID=.,.;OPOS=88191144,88191143;OREF=A,AA;OALT=G,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:19,2:39,4:0.906977,0.0930233:5,0:14,2:0:0:13,0:26,4:0:0 chr3 88192423 . A G 371.32 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00693241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.916;QD=22.8502;RBI=0.0150424;REFB=-0.0469379;REVB=0.0133498;RO=27;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100019;STB=0.560478;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0227731;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:28:37:37:0.569231:14:23:20:7:14:23:21:7 chr3 88192484 . T C 1042.89 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6324;QD=59.5937;RBI=0.085358;REFB=0;REVB=0.076387;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411232;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:37:33:0:0 chr3 88199298 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0403093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.009;QD=12.2166;RBI=0.0403695;REFB=-0.00841274;REVB=0.00220356;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231845;STB=0.651354;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0123614;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:4:11:14:12:4:11:14:13 chr3 89521693 . T C 518.45 PASS AF=0.391026;AO=61;DP=157;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0115792;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.625;QD=13.2935;RBI=0.0118149;REFB=-0.00535907;REVB=-0.00234854;RO=95;SAF=19;SAR=42;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15279;STB=0.586643;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00752021;OID=.;OPOS=89521693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:95:95:61:61:0.391026:42:19:42:53:42:19:42:53 chr3 89521725 . T C 528.06 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0083724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.842;QD=14.7709;RBI=0.00842563;REFB=-0.00422434;REVB=-0.000945563;RO=85;SAF=17;SAR=41;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153421;STB=0.58679;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00609344;OID=.;OPOS=89521725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:85:58:58:0.405594:41:17:36:49:41:17:36:49 chr3 89530956 . G A 447.47 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.011391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9896;QD=21.0575;RBI=0.0472577;REFB=-0.00500045;REVB=-0.0458643;RO=40;SAF=28;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143464;STB=0.585863;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00489296;OID=.;OPOS=89530956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:16:28:19:21:16:28:19:22 chr3 93768268 . C G 279.29 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.00112381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1165;QD=21.905;RBI=0.0242037;REFB=-0.0385262;REVB=0.0241776;RO=23;SAF=24;SAR=3;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116778;STB=0.569977;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.016098;OID=.;OPOS=93768268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:3:24:19:4:3:25:19:4 chr3 93779860 . C T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00180127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2699;QD=13.0603;RBI=0.0141817;REFB=0.00936055;REVB=-0.0140669;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942287;STB=0.56056;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0220127;OID=.;OPOS=93779860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:13:13:16:23:13:13:16:24 chr3 97365038 . G A 523.57 PASS AF=0.364162;AO=62;DP=172;FAO=63;FDP=173;FR=.;FRO=110;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=-0.00810663;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.339;QD=12.1058;RBI=0.0121592;REFB=-0.00233617;REVB=0.00906251;RO=109;SAF=30;SAR=32;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146232;STB=0.589688;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00557738;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:109:110:62:63:0.364162:32:30:67:42:33:30:68:42 chr3 97365074 . A G 517.94 PASS AF=0.375758;AO=62;DP=164;FAO=62;FDP=165;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=42;FWDB=-0.00952275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9478;QD=12.5561;RBI=0.0107881;REFB=-0.0288799;REVB=-0.0050696;RO=101;SAF=30;SAR=32;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120352;STB=0.567399;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0389753;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:101:103:62:62:0.375758:32:30:60:41:32:30:61:42 chr3 97516920 . A G 72.92 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0136895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6177;QD=20.8336;RBI=0.103124;REFB=-0.0106957;REVB=0.102211;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0135197;OID=.;OPOS=97516920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:3:2:4:5:3:2 chr3 97593380 . G A 343.38 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0338553;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.9;QD=15.4327;RBI=0.034442;REFB=-0.00395146;REVB=0.00632998;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139332;STB=0.583993;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00506061;OID=.;OPOS=97593380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:51:52:37:37:0.41573:21:16:29:22:21:16:30:22 chr3 97660106 . A C 204.19 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0491005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.056;QD=12.5656;RBI=0.0492271;REFB=-0.0117455;REVB=-0.00352901;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41632;STB=0.73722;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00928524;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:17:8:29:11:17:8:29:11 chr3 97664725 . C T 380.01 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00116828;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.34;QD=16.7037;RBI=0.0212841;REFB=-0.00392983;REVB=-0.021252;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175654;STB=0.598428;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00663087;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:18:22:19:32:18:22:19:32 chr3 97673268 . A C 2288.62 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734646;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.374;QD=64.0174;RBI=0.0118908;REFB=0;REVB=0.00934987;RO=0;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81415e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:143:0:0:143:143:1:84:59:0:0:84:59:0:0 chr3 97673296 . G A 557.74 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0749307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1357;QD=17.4295;RBI=0.0750248;REFB=-0.00439138;REVB=0.00375543;RO=67;SAF=25;SAR=34;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570892;STB=0.501898;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00569198;OID=.;OPOS=97673296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:69:59:59:0.460938:34:25:28:39:34:25:29:40 chr3 97726747 . T A 1992.45 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0326626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.88;QD=61.3061;RBI=0.0333669;REFB=0.0433499;REVB=0.00681937;RO=1;SAF=62;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760358;STB=0.503999;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000103232;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:67:62:1:0:67:62:1:0 chr3 97806616 . G A 988.28 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8484;QD=59.0016;RBI=0.0635286;REFB=0;REVB=-0.0318919;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178528;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:38:29:0:0 chr3 97851995 . G C 33.17 PASS AF=0.0806452;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.0538052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.22;QD=1.07009;RBI=0.0543858;REFB=-0.00259319;REVB=0.00792552;RO=113;SAF=3;SAR=7;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275045;STB=0.725976;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0183269;OID=.;OPOS=97851995;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:124:113:114:10:10:0.0806452:7:3:62:51:7:3:63:51 chr3 97851998 . A C 589.5 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0486399;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4694;QD=19.9831;RBI=0.0541349;REFB=0.00317641;REVB=-0.0237644;RO=56;SAF=36;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13593;STB=0.575317;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00370574;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:56:58:60:60:0.508475:24:36:25:31:24:36:26:32 chr3 97852058 . A G 41.16 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.0275321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1671;QD=1.68;RBI=0.0483507;REFB=0.0125918;REVB=0.0397464;RO=88;SAF=3;SAR=7;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237966;STB=0.682203;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0544758;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:7:3:44:44:7:3:44:44 chr3 97852066 . T C 42.43 PASS AF=0.106383;AO=9;DP=92;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00777093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.95;QD=1.80542;RBI=0.0408893;REFB=-0.00465365;REVB=-0.0401441;RO=83;SAF=3;SAR=6;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240292;STB=0.717147;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0603586;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:92:94:83:84:9:10:0.106383:6:3:45:38:7:3:46:38 chr3 97852083 . C T 513.47 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0352378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.34;QD=24.4511;RBI=0.0422006;REFB=-0.0265429;REVB=-0.0232203;RO=36;SAF=26;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975509;STB=0.553443;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0124663;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:22:26:15:21:22:26:15:21 chr3 97852229 . T A 301.19 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=6;FWDB=0.0135478;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.334;QD=14.3425;RBI=0.0189592;REFB=-0.00541636;REVB=-0.0132631;RO=51;SAF=28;SAR=6;SRF=45;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117199;STB=0.562466;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0104938;OID=.;OPOS=97852229;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:50:34:34:0.404762:6:28:45:6:6:28:44:6 chr3 97868419 . G A 730.4 PASS AF=0.450867;AO=75;DP=174;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=0.00240743;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.693;QD=16.8878;RBI=0.0565367;REFB=0.0034014;REVB=-0.0564854;RO=95;SAF=43;SAR=32;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172879;STB=0.582515;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00402755;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:95:95:75:78:0.450867:32:43:38:57:35:43:38:57 chr3 97868616 . C T 396.39 PASS AF=0.345324;AO=48;DP=139;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0300947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.56;QD=11.4069;RBI=0.0386235;REFB=0.00951193;REVB=-0.0242091;RO=88;SAF=29;SAR=19;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131957;STB=0.579791;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0177489;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:88:91:48:48:0.345324:19:29:43:45:19:29:44:47 chr3 97868795 . A G 593.78 PASS AF=0.6;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0162788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.083;QD=26.3902;RBI=0.0267849;REFB=-0.0219205;REVB=0.0212704;RO=36;SAF=29;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881543;STB=0.548051;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0146916;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:36:54:54:0.6:25:29:15:21:25:29:15:21 chr3 97868970 . T A 855.99 PASS AF=0.463158;AO=87;DP=189;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=39;FWDB=0.0424187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1534;QD=18.0207;RBI=0.0450108;REFB=-0.0188412;REVB=0.0150541;RO=102;SAF=51;SAR=36;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317755;STB=0.521122;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0252564;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:102:102:87:88:0.463158:36:51:63:39:37:51:63:39 chr3 97887865 . G A 564.58 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=90;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0415506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.78;QD=24.2828;RBI=0.0427351;REFB=-0.00855492;REVB=0.00999209;RO=39;SAF=24;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334336;STB=0.513855;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00528884;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:39:41:51:52:0.55914:27:24:20:19:27:25:21:20 chr3 97887985 . T A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0279411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.038;QD=17.2245;RBI=0.0336137;REFB=-0.00765451;REVB=0.0186862;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192817;STB=0.607937;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0115076;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:20:14:24:15:20:14:24:15 chr3 97888042 . A T 171.32 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0511738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.614;QD=12.4593;RBI=0.054716;REFB=-0.022108;REVB=0.0193671;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213394;STB=0.641838;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0162228;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:34:21:21:0.381818:14:7:17:15:14:7:19:15 chr3 97888197 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00300785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.349;QD=14.5588;RBI=0.0729829;REFB=-0.0354245;REVB=-0.0729209;RO=35;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923944;STB=0.55239;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0433962;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:14:12:13:22:14:12:13:22 chr3 97888337 . C T 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00612331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.224;QD=13.4155;RBI=0.0186756;REFB=-0.0155924;REVB=-0.0176432;RO=37;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191341;STB=0.609635;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0229892;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:16:9:20:17:16:9:20:17 chr3 97957349 . G A 484.31 PASS AF=0.5;AO=36;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0200308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.661;QD=20.6091;RBI=0.0200308;REFB=-0.023858;REVB=1.02693e-05;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493391;STB=0.505492;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0275967;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:46:46:36:47:0.5:19:17:24:22:23:24:24:22 chr3 97983257 . C G 2389.64 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.638;QD=64.1514;RBI=0.0214784;REFB=0;REVB=0.0194748;RO=0;SAF=95;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23314e-05;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:54:95:0:0:54:95:0:0 chr3 97983374 . A G 633.75 PASS AF=0.389189;AO=71;DP=186;FAO=72;FDP=185;FR=.;FRO=113;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=69;FSRR=44;FWDB=0.00350245;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.208;QD=13.7026;RBI=0.00618;REFB=-0.00984272;REVB=-0.00509169;RO=111;SAF=46;SAR=25;SRF=69;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307727;STB=0.518513;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0152982;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:111:113:71:72:0.389189:25:46:69:42:26:46:69:44 chr3 97983391 . C G,T 2954.17 PASS AF=0.43299,0.56701;AO=84,107;DP=191;FAO=84,110;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=51,67;FSAR=33,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700031,-0.00601187;FXX=0.00512794;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.288,205.846;QD=60.9108;RBI=0.019529,0.00914886;REFB=0,0;REVB=0.0182312,0.00689631;RO=0;SAF=51,66;SAR=33,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.09613e-08,3.87293e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0120799,0.00582313;OID=.,.;OPOS=97983391,97983391;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:191:194:0:0:84,107:84,110:0.43299,0.56701:33,41:51,66:0:0:33,43:51,67:0:0 chr3 97983487 . TTGTAACCAC T 198.22 PASS AF=0.314516;AO=38;DP=129;FAO=39;FDP=124;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00385193;FXX=0.0882288;HRUN=2;LEN=9;MLLD=282.527;QD=6.39404;RBI=0.00747231;REFB=0.00114623;REVB=-0.00640297;RO=70;SAF=15;SAR=23;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167455;STB=0.612899;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=-0.00196614;OID=.;OPOS=97983488;OREF=TGTAACCAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314516:38:129:39:124:85:16:23:49:36:99:70:15:23:38:32 chr3 97983561 . G C 1601.64 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251185;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.487;QD=59.8745;RBI=0.0276692;REFB=0;REVB=0.0116036;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113254;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:50:56:0:0:51:56:0:0 chr3 97983711 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.304;QD=57.5437;RBI=0.0393224;REFB=0;REVB=0.020252;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215074;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr3 97983942 . A G 2312.14 PASS AF=0.99359;AO=151;DP=158;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323771;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.914;QD=59.2858;RBI=0.0441543;REFB=-0.0512548;REVB=0.0300221;RO=2;SAF=91;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103387;STB=0.502673;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00027233;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:158:156:2:1:151:155:0.99359:60:91:2:0:62:93:1:0 chr3 97983981 . G A 631.06 PASS AF=0.464286;AO=63;DP=138;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00491268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0973;QD=18.0304;RBI=0.0049714;REFB=-0.00639626;REVB=-0.000761848;RO=75;SAF=38;SAR=25;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056859;STB=0.538186;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00714629;OID=.;OPOS=97983981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:75:75:63:65:0.464286:25:38:41:34:25:40:41:34 chr3 98002587 . A G 194.51 PASS AF=0.403509;AO=21;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0154115;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.368;QD=13.6499;RBI=0.0258561;REFB=-0.0116598;REVB=0.0207611;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105103;STB=0.568663;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0152575;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:33:34:21:23:0.403509:9:12:22:11:10:13:23:11 chr3 98073313 . A G 460.39 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00673171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.98;QD=21.1675;RBI=0.0068847;REFB=-0.00520613;REVB=0.00144333;RO=42;SAF=23;SAR=22;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927594;STB=0.551227;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00584227;OID=.;OPOS=98073313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:22:23:17:25:22:23:17:25 chr3 98217154 . C T 334.22 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.013299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.299;QD=16.7111;RBI=0.0702676;REFB=-0.0106048;REVB=-0.0689976;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197802;STB=0.611049;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0168143;OID=.;OPOS=98217154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:22:14:26:18:22:14:26:18 chr3 98217178 . T A 306.8 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0014283;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.365;QD=17.7857;RBI=0.00460703;REFB=-0.0296745;REVB=-0.00438003;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193588;STB=0.605995;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0353508;OID=.;OPOS=98217178;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:36:32:33:0.478261:21:11:20:17:22:11:19:17 chr3 98250986 . C T 254.16 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0287099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6092;QD=15.4037;RBI=0.030755;REFB=0.00291073;REVB=0.0110278;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159072;STB=0.508988;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00273859;OID=.;OPOS=98250986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:13:16:21:16:13:16:21:16 chr3 98304467 . T C 448.27 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0259268;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.933;QD=23.5929;RBI=0.025998;REFB=-0.0195956;REVB=0.00192331;RO=33;SAF=20;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325449;STB=0.517871;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0159448;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:33:33:43:43:0.565789:23:20:14:19:23:20:14:19 chr3 98451814 . C A 178.03 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0284467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.093;QD=16.9556;RBI=0.0288606;REFB=-0.0366122;REVB=0.00487019;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290149;STB=0.645027;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0636295;OID=.;OPOS=98451814;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:23:18:19:0.452381:8:10:17:3:8:11:19:4 chr3 98540982 . A G 876.48 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.01;QD=56.5469;RBI=0.0716196;REFB=-0.0883494;REVB=0.00719629;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012917;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr3 98541012 . G A 919.45 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.611;QD=58.3775;RBI=0.0207183;REFB=0;REVB=-0.00169177;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45383e-05;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr3 98541116 . G A 939.17 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0238;QD=56.9194;RBI=0.0175933;REFB=-0.121114;REVB=-0.00425788;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00293362;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:30:35:0:0:30:35:0:1 chr3 98544136 . AA GT 55.74 PASS AF=0.084507;AO=10;DP=142;FAO=12;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.0260834;FXX=0.0405378;HRUN=16;LEN=2;MLLD=183.853;QD=1.57028;RBI=0.0261089;REFB=5.07968e-06;REVB=-0.00115316;RO=116;SAF=4;SAR=6;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256979;STB=0.550641;STBP=0.705;TYPE=mnp;VARB=-0.00128573;OID=.;OPOS=98544136;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:142:142:116:126:10:12:0.084507:6:4:49:67:6:6:56:70 chr3 99643176 . C T 428.39 PASS AF=0.344595;AO=51;DP=148;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.00309941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.165;QD=11.578;RBI=0.00792098;REFB=-0.000866618;REVB=0.00728942;RO=96;SAF=26;SAR=25;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107998;STB=0.564684;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00173524;OID=.;OPOS=99643176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:96:97:51:51:0.344595:25:26:58:38:25:26:59:38 chr3 99860401 . G A 464.37 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0490307;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1415;QD=24.4407;RBI=0.0490546;REFB=0.011907;REVB=-0.00153241;RO=30;SAF=23;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168521;STB=0.503595;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0281323;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:32:44:44:0.578947:21:23:15:15:21:23:17:15 chr3 100071249 . G A 351.19 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00411958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.195;QD=18.2438;RBI=0.00418616;REFB=-0.0147045;REVB=0.000743621;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212519;STB=0.511863;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0150934;OID=.;OPOS=100071249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:14:23:24:16:14:23:24:16 chr3 100084203 . C G 271.87 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0122122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.797;QD=12.3576;RBI=0.012261;REFB=0.0015225;REVB=-0.00109196;RO=56;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299648;STB=0.517231;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0011093;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:18:14:26:30:18:14:26:30 chr3 100084432 . G A 280.83 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=19;FWDB=-0.0120069;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.483;QD=10.4012;RBI=0.048141;REFB=-0.0313776;REVB=-0.0466196;RO=70;SAF=24;SAR=12;SRF=51;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824957;STB=0.553928;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0411955;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:70:72:36:36:0.333333:12:24:51:19:12:24:53:19 chr3 100119548 . T C 166.45 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.035771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.885;QD=9.93724;RBI=0.0402191;REFB=-0.00861664;REVB=-0.0183852;RO=45;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102574;STB=0.560481;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0217394;OID=.;OPOS=100119548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:15:7:18:27:15:7:18:27 chr3 100170628 . A G 78.24 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00061553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4836;QD=5.58874;RBI=0.042775;REFB=-0.00379023;REVB=0.0427706;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839923;STB=0.553483;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0188166;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:6:6:19:25:6:6:19:25 chr3 100170634 . T C 61.06 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00965494;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0955;QD=4.36143;RBI=0.0212804;REFB=0.00348952;REVB=0.0189641;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187305;STB=0.616789;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0137188;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:57:56:47:46:10:10:0.178571:4:6:21:26:4:6:21:25 chr3 100174722 . G A 281.61 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0129998;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.754;QD=16.8123;RBI=0.0247017;REFB=-0.0411179;REVB=0.0210043;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104336;STB=0.558643;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0374257;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:19:17:18:13:19:17 chr3 100374740 . T C 1325.0 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722699;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.476;QD=62.353;RBI=0.0738966;REFB=0;REVB=0.0154197;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591608;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr3 100467018 . T C 273.68 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.882;QD=52.129;RBI=0.0377503;REFB=0;REVB=0.0377111;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284336;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:11:6:0:0:15:6:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT 242.48 PASS AF=0.300885;AO=32;DP=116;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=24;FWDB=-0.0170335;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=4;MLLD=262.593;QD=8.5833;RBI=0.0207432;REFB=-0.011209;REVB=-0.0118382;RO=78;SAF=20;SAR=12;SRF=55;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106528;STB=0.580066;STBP=0.341;TYPE=ins;VARB=0.0297913;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.300885:32:116:34:113:79:20:14:55:24:99:78:20:12:55:23 chr3 100473505 . C T 483.82 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0146756;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.04;QD=17.4349;RBI=0.0161187;REFB=-0.00745474;REVB=-0.00666647;RO=58;SAF=30;SAR=22;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17025;STB=0.598724;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00802258;OID=.;OPOS=100473505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:22:30:23:35:22:30:23:36 chr3 100558404 . T C 540.27 PASS AF=0.406897;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0047609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.994;QD=14.9041;RBI=0.00550171;REFB=-0.023585;REVB=-0.00275729;RO=83;SAF=26;SAR=33;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538485;STB=0.50769;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0285913;OID=.;OPOS=100558404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:83:86:59:59:0.406897:33:26:37:46:33:26:39:47 chr3 100558416 . T C 908.67 PASS AF=0.564626;AO=82;DP=146;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00848528;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.05;QD=24.7256;RBI=0.00901831;REFB=-0.0250663;REVB=-0.00305448;RO=63;SAF=34;SAR=48;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158953;STB=0.506903;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0208951;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:63:64:82:83:0.564626:48:34:26:37:48:35:26:38 chr3 100560860 . G A 487.33 PASS AF=0.379085;AO=58;DP=153;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=0.0207767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.719;QD=12.7407;RBI=0.0525635;REFB=-0.0349388;REVB=-0.048283;RO=94;SAF=41;SAR=17;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990688;STB=0.561042;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0603212;OID=.;OPOS=100560860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:94:95:58:58:0.379085:17:41:59:35:17:41:59:36 chr3 100581767 . C T 598.97 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00643898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8037;QD=21.3917;RBI=0.00955981;REFB=0.0128128;REVB=-0.00706609;RO=52;SAF=31;SAR=29;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952137;STB=0.552239;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.011592;OID=.;OPOS=100581767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:29:31:21:31:29:31:21:31 chr3 100617680 . C T 2162.92 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.519;QD=62.2424;RBI=0.0204433;REFB=-0.0989064;REVB=0.0154268;RO=1;SAF=72;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655764;STB=0.503448;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000164361;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:66:72:1:0:66:72:1:0 chr3 100712249 . T C 606.33 PASS AF=0.463235;AO=61;DP=140;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00232965;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2865;QD=17.8333;RBI=0.0112922;REFB=0.0188417;REVB=-0.0110493;RO=63;SAF=27;SAR=34;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457579;STB=0.546966;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0116105;OID=.;OPOS=100712249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:136:63:73:61:63:0.463235:34:27:31:32:34:29:40:33 chr3 100949842 . G A 1553.56 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4052;QD=59.7522;RBI=0.0567631;REFB=0;REVB=-0.0472635;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50368e-05;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr3 100963154 . G A 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.108;QD=59.8317;RBI=0.0230999;REFB=0;REVB=0.0224808;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41504e-05;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr3 101043906 . G A 1520.73 PASS AF=0.990385;AO=100;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0673812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3533;QD=58.4898;RBI=0.0795441;REFB=-0.186005;REVB=-0.0422735;RO=3;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260929;STB=0.504424;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00802249;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:3:1:100:103:0.990385:53:47:0:3:56:47:0:1 chr3 101044304 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA 86.05 PASS AF=0.243902,0;AO=26,15;DP=135;FAO=30,0;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=21,0;FSAR=9,0;FSRF=64;FSRR=29;FWDB=0.104422,0.0776585;FXX=0.0159987;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=15.7672,8.08818;QD=2.79829;RBI=0.252527,0.260189;REFB=-0.0552094,-0.0315533;REVB=-0.229926,-0.248329;RO=53;SAF=14,12;SAR=12,3;SRF=39;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.235813,0.111758;STB=0.51055,0.5;STBP=0.904,1;TYPE=del,del;VARB=0.128426,0;OID=.,.;OPOS=101044311,101044305;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902,0:26,15:135:30,0:123:93:21,0:9,0:64:29:83:53:14,12:12,3:39:14 chr3 101080694 . T C 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.387;QD=59.8322;RBI=0.0290439;REFB=0;REVB=0.0135614;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53891e-05;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr3 101085413 . G A 1129.97 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0166962;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.917;QD=57.9472;RBI=0.0190231;REFB=0.0509025;REVB=-0.00911667;RO=2;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607549;STB=0.503211;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000224408;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:2:2:76:76:0.974359:29:47:1:1:29:47:1:1 chr3 101219889 . G C 650.86 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.294;QD=61.9868;RBI=0.0761921;REFB=0;REVB=0.0737507;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128671;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:18:22:0:0:20:22:0:0 chr3 101221069 . T C 1007.66 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7022;QD=57.5805;RBI=0.104855;REFB=-0.111901;REVB=-0.095728;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0012434;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:35:34:1:0:35:34:1:0 chr3 101231921 . T C 1553.24 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0205613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.297;QD=62.7573;RBI=0.0340213;REFB=-0.0999228;REVB=0.027105;RO=1;SAF=47;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998494;STB=0.505262;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00032065;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:51:47:1:0:51:47:1:0 chr3 101284008 . CAAAAAAAA ACAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAT 69.92 PASS AF=0.12,0.08,0.56,0.04,0.08;AO=3,3,7,4,2;DP=28;FAO=3,2,14,1,2;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,3,1,2;FSAR=3,2,11,0,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0551346,0.238884,-0.240777,-0.154407,-0.0822274;FXX=0.107105;HRUN=1,10,10,10,10;LEN=2,1,1,2,1;MLLD=31.8059,3.59043,5.68803,10.1312,191.601;QD=11.1866;RBI=0.0754915,0.257658,0.257813,0.16661,0.0827839;REFB=0.0796202,-0.0915629,0.0866783,0.0286672,0.0180296;REVB=-0.0515669,0.09655,-0.092162,-0.0625893,-0.00958311;RO=2;SAF=0,0,1,2,2;SAR=3,3,6,2,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0.125389,0.277405,0.727176;STB=0.5,0.5,0.55992,0.994936,0.995982;STBP=1,1,0.542,0.102,0.062;TYPE=mnp,ins,del,del,snp;VARB=-0.0610481,-0.0359682,0.0433794,0.00970353,0.0839665;OID=.,.,.,.,.;OPOS=101284008,101284009,101284009,101284009,101284016;OREF=CA,-,A,AA,A;OALT=AC,A,-,-,T;OMAPALT=ACAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:19:28:25:2:3:3,3,7,4,2:3,2,14,1,2:0.12,0.08,0.56,0.04,0.08:3,3,6,2,0:0,0,1,2,2:0:2:3,2,11,0,0:0,0,3,1,2:0:3 chr3 101285224 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0171691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.309;QD=9.49519;RBI=0.0228616;REFB=7.26422e-05;REVB=-0.0150954;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137716;STB=0.508365;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.000313207;OID=.;OPOS=101285224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:15:9:4:7:15:9 chr3 101334753 . C A 126.84 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00672608;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.579;QD=10.7947;RBI=0.00789871;REFB=-0.00259346;REVB=-0.0041412;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963259;STB=0.547762;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00465327;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:32:15:15:0.319149:6:9:16:15:6:9:17:15 chr3 101484335 . G A 1886.27 PASS AF=0.976923;AO=124;DP=128;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00458169;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7584;QD=58.0392;RBI=0.025805;REFB=-0.0366764;REVB=-0.025395;RO=3;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204966;STB=0.510637;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00266736;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:128:130:3:3:124:127:0.976923:68:56:0:3:69:58:0:3 chr3 101571550 . A G 1361.75 PASS AF=1;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248005;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.788;QD=61.8975;RBI=0.065383;REFB=-0.0429731;REVB=0.0653359;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478671;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:88:0:0:87:88:1:43:44:0:0:44:44:0:0 chr3 101576027 . GGT ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 235.74 PASS AF=0.0754717,0.433962;AO=4,19;DP=57;FAO=4,23;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=4,13;FSAR=0,10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0135211,-0.00557396;FXX=0.0185151;HRUN=2,1;LEN=3,23;MLLD=191.309,479.827;QD=17.7919;RBI=0.0142806,0.0120786;REFB=-0.000155621,-0.00241009;REVB=-0.00459533,-0.0107155;RO=30;SAF=4,9;SAR=0,10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.54874,-0.203105;STB=0.996681,0.527249;STBP=0.103,0.749;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00854713,0.000729184;OID=.,.;OPOS=101576027,101576030;OREF=GGT,-;OALT=ACC,ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:57:53:30:26:4,19:4,23:0.0754717,0.433962:0,10:4,9:20:10:0,10:4,13:16:10 chr3 101576029 . T TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 50.0 PASS AO=38;DP=132;LEN=23;RO=94;SAF=19;SAR=14;SRF=62;SRR=37;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=101576030;OREF=-;OALT=ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:132:94:38:14:19:62:37 chr3 101576175 . T C 2557.96 PASS AF=0.994048;AO=164;DP=166;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3005;QD=60.9038;RBI=0.0261193;REFB=0.0788438;REVB=0.00688994;RO=2;SAF=88;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106913;STB=0.502762;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000139211;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:168:2:1:164:167:0.994048:76:88:2:0:77:90:1:0 chr3 103879569 . G A 9095.14 PASS AF=1;AO=554;DP=556;FAO=572;FDP=572;FR=.;FRO=0;FSAF=290;FSAR=282;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063744;FXX=0.00694432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.894;QD=63.6024;RBI=0.0637508;REFB=0;REVB=0.000934186;RO=0;SAF=274;SAR=280;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59237e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:556:572:0:0:554:572:1:280:274:0:0:282:290:0:0 chr3 103879598 . AT A,AA 4051.72 PASS AF=1,0;AO=47,138;DP=251;FAO=274,0;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=123,0;FSAR=151,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10946,0.107836;FXX=0.0452946;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.874,189.105;QD=59.1493;RBI=0.114916,0.118543;REFB=0,0;REVB=-0.0349904,-0.0492324;RO=57;SAF=3,37;SAR=44,101;SRF=50;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.785806,-0.349298;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000285821,-0.0723213;OID=.,.;OPOS=103879599,103879599;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:47,138:251:274,0:274:0:123,0:151,0:0:0:23:57:3,37:44,101:50:7 chr3 105260596 . T C 1035.1 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.346;QD=59.1485;RBI=0.0102856;REFB=0;REVB=0.0102193;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25092e-05;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:41:29:0:0 chr3 105266274 . T C 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0101064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.231;QD=21.8917;RBI=0.0129957;REFB=-0.0326651;REVB=-0.00817;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669509;STB=0.536892;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0227953;OID=.;OPOS=105266274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:19:9:14:21:19:9 chr3 105294502 . G A 506.87 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0170423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=333.178;QD=14.9079;RBI=0.017184;REFB=-0.00273193;REVB=-0.00220202;RO=78;SAF=21;SAR=35;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930023;STB=0.553416;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00400432;OID=.;OPOS=105294502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:80:56:56:0.411765:35:21:36:42:35:21:37:43 chr3 105421034 . C T 575.85 PASS AF=0.422078;AO=64;DP=155;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.052152;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.823;QD=14.9572;RBI=0.0526843;REFB=-0.0155893;REVB=-0.00747018;RO=89;SAF=33;SAR=31;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480522;STB=0.522465;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0177941;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:89:89:64:65:0.422078:31:33:50:39:31:34:50:39 chr3 105422844 . C T 1608.22 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00729373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.017;QD=59.0172;RBI=0.0130062;REFB=-0.120578;REVB=-0.0107686;RO=1;SAF=73;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645865;STB=0.503401;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-3.72422e-05;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:35:73:1:0:35:73:1:0 chr3 106617500 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.415;QD=57.1757;RBI=0.029008;REFB=0;REVB=0.0084253;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84753e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr3 107096547 . G A 729.29 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000106728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.429;QD=57.1994;RBI=0.00319922;REFB=0;REVB=0.00319744;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61244e-06;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:24:27:0:0 chr3 107646728 . G A 793.71 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.781;QD=63.497;RBI=0.0665356;REFB=0;REVB=0.0634982;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238157;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:20:28:0:0:22:28:0:0 chr3 107646807 . G T 971.18 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0238899;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.234;QD=53.9542;RBI=0.0257966;REFB=-0.0102003;REVB=0.00973343;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122766;STB=0.524993;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000178174;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:72:72:1:4:68:68:0.944444:30:38:1:0:30:38:4:0 chr3 107646895 . T C 1108.39 PASS AF=0.906977;AO=78;DP=86;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0363132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1272;QD=51.5529;RBI=0.100371;REFB=0.0241721;REVB=-0.0935724;RO=7;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057446;STB=0.524428;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0143194;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:7:8:78:78:0.906977:38:40:1:6:38:40:2:6 chr3 107647001 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAC,CAAAAAAAA 406.2 PASS AF=0.851064,0.106383,0.0425532;AO=34,10,22;DP=95;FAO=80,10,4;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=21,6,1;FSAR=59,4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106715,-0.0688689,-0.0608618;FXX=0.0309246;HRUN=10,10,10;LEN=1,1,2;MLLD=6.25023,10.9907,7.79984;QD=17.2853;RBI=0.12941,0.114058,0.0740754;REFB=0.134877,0.0915436,0.110735;REVB=-0.0732033,-0.0909193,-0.0422256;RO=13;SAF=9,6,6;SAR=25,4,16;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0276908,0.274414,-0.0290738;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0251219,-0.00850086,-0.00841571;OID=.,.,.;OPOS=107647002,107647011,107647002;OREF=A,A,AA;OALT=-,C,-;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAC,CAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.851064,0.106383,0.0425532:34,10,22:95:80,10,4:94:0:21,6,1:59,4,3:0:0:14:13:9,6,6:25,4,16:4:9 chr3 107765249 . T C 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00399638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.989;QD=11.734;RBI=0.0334674;REFB=0.0113789;REVB=-0.033228;RO=50;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271569;STB=0.515671;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0174849;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:13:15:28:22:13:15:28:22 chr3 107765392 . G A 220.31 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0432644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8875;QD=14.4466;RBI=0.0435922;REFB=-0.0123697;REVB=0.00533579;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121109;STB=0.568847;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0231401;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:16:19:11:15:16:19 chr3 108072425 . C T 739.6 PASS AF=0.451429;AO=79;DP=175;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=-0.0100488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.514;QD=16.9051;RBI=0.0658721;REFB=-0.00552256;REVB=-0.0651011;RO=95;SAF=35;SAR=44;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751652;STB=0.54403;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00606962;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:95:96:79:79:0.451429:44:35:35:60:44:35:35:61 chr3 108072524 . G A 383.21 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0500054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.916;QD=14.5985;RBI=0.0534266;REFB=-0.0127559;REVB=-0.0188113;RO=61;SAF=23;SAR=21;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14971;STB=0.584121;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0189018;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:21:23:23:38:21:23:23:38 chr3 108188993 . G A 311.26 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0113811;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.238;QD=17.7864;RBI=0.0318281;REFB=-0.0112714;REVB=-0.0297238;RO=35;SAF=9;SAR=24;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182718;STB=0.516119;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.010398;OID=.;OPOS=108188993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:37:33:33:0.471429:24:9:9:26:24:9:11:26 chr3 108298260 . C T 138.98 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0543932;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.772;QD=10.1079;RBI=0.0554831;REFB=-0.00720115;REVB=0.0109431;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326769;STB=0.502944;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.022395;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:18:19:0.345455:7:11:21:15:8:11:21:15 chr3 108403086 . T C 1712.76 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.114;QD=60.0967;RBI=0.0277201;REFB=0;REVB=-0.00176797;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333794;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:109:114:1:64:45:0:0:67:47:0:0 chr3 108557820 . T C 255.61 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.000873282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.132;QD=11.1135;RBI=0.0117456;REFB=0.00141802;REVB=0.0117131;RO=60;SAF=15;SAR=16;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112952;STB=0.570186;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0027781;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:61:31:31:0.336957:16:15:35:25:16:15:36:25 chr3 108703587 . C T 1149.1 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0354295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7056;QD=58.9284;RBI=0.049655;REFB=0.0237977;REVB=-0.0347904;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000505063;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:76:77:0.987179:42:34:0:0:42:35:0:1 chr3 108754238 . A T 1288.17 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00574972;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.393;QD=60.62;RBI=0.00793904;REFB=0.0152846;REVB=0.0054744;RO=1;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123019;STB=0.506492;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-5.10772e-06;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:38:46:0:1:38:46:0:1 chr3 108867128 . A G 1231.37 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00780454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1851;QD=60.0668;RBI=0.0201211;REFB=-0.0373378;REVB=-0.0185458;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122979;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0011315;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:43:38:1:0:43:38:1:0 chr3 109047928 . C T 126.09 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0281732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.02;QD=10.9645;RBI=0.0348906;REFB=-0.00339378;REVB=-0.0205821;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128368;STB=0.576268;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00614107;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:18:13:8:7:18:13 chr3 109052732 . T C 294.5 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00142624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.501;QD=15.1028;RBI=0.0102718;REFB=-0.00488426;REVB=-0.0101723;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199896;STB=0.612836;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00443834;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:14:19:17:28:14:19:17:28 chr3 109178707 . C G 152.76 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00796952;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.159;QD=11.5293;RBI=0.013639;REFB=-0.00933629;REVB=-0.0110684;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135366;STB=0.569647;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0143419;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:11:8:18:15:11:8:18:16 chr3 109178758 . C T 750.38 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059535;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6145;QD=63.8617;RBI=0.06349;REFB=0;REVB=0.0220584;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291874;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr3 109321666 . TG T 46.16 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0573847;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.361;QD=7.69277;RBI=0.0616066;REFB=-0.00546695;REVB=-0.0224134;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447664;STB=0.777058;STBP=0.122;TYPE=del;VARB=0.00506067;OID=.;OPOS=109321667;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:7:25:7:24:17:2:5:12:5:46:17:2:5:12:5 chr3 110611137 . G A 626.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3928;QD=61.1041;RBI=0.0168721;REFB=0;REVB=-0.0110859;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74152e-05;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr3 110611201 . C T 224.58 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0158007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.014;QD=17.6141;RBI=0.0159708;REFB=-0.00960071;REVB=-0.00232476;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235853;STB=0.631481;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0217784;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:5:22:14:10:5:22 chr3 110790879 . G A 78.52 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00276058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.698;QD=14.9556;RBI=0.100565;REFB=0.0238392;REVB=0.100527;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308745;STB=0.710646;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0135414;OID=.;OPOS=110790879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:2:8:5:5:2:8:5:6 chr3 110793050 . G A 865.19 PASS AF=0.567376;AO=79;DP=141;FAO=80;FDP=141;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00142142;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.76;QD=24.5445;RBI=0.0402161;REFB=-0.00107661;REVB=0.040191;RO=60;SAF=43;SAR=36;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312532;STB=0.510407;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00141229;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:61:79:80:0.567376:36:43:35:25:36:44:35:26 chr3 110912182 . G A 544.13 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=120;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.00797978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.483;QD=17.9876;RBI=0.0109534;REFB=-0.0189142;REVB=0.00750328;RO=63;SAF=24;SAR=33;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257935;STB=0.636522;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0306243;OID=.;OPOS=110912182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:63:63:57:58:0.479339:33:24:44:19:33:25:44:19 chr3 111298145 . A G 491.67 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0306259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9281;QD=22.8684;RBI=0.0306689;REFB=-0.00423427;REVB=0.00162289;RO=39;SAF=23;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866367;STB=0.547599;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00782432;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:24:23:15:24:24:23:15:24 chr3 111313457 . T C 290.22 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0674294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.021;QD=14.1569;RBI=0.0755209;REFB=-0.0109718;REVB=0.0340099;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809821;STB=0.545967;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0179475;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:16:17:29:20:16:17:29:20 chr3 111313854 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0757994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.603;QD=11.6335;RBI=0.0758319;REFB=-0.0185083;REVB=0.00221874;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389311;STB=0.730897;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0305558;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:11:5:7:3:11:5 chr3 111356083 . G C 2958.32 PASS AF=1;AO=142;DP=203;FAO=200;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646109;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9728;QD=59.1664;RBI=0.0654687;REFB=0;REVB=0.0105636;RO=1;SAF=52;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0183687;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:203:200:1:0:142:200:1:90:52:1:0:126:74:0:0 chr3 111604541 . G C 930.71 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00692927;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.967;QD=53.1836;RBI=0.0130508;REFB=0.092669;REVB=-0.0110593;RO=4;SAF=35;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238043;STB=0.512616;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00108155;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:66:66:0.942857:31:35:3:1:31:35:3:1 chr3 111677526 . G A 290.97 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0015446;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5525;QD=19.0799;RBI=0.0169577;REFB=0.000834354;REVB=-0.0168872;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629163;STB=0.523689;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00101643;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:30:31:0.508197:19:11:13:17:19:12:13:17 chr3 111694438 . T C 1367.83 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339487;FXX=0.0792001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3828;QD=58.8314;RBI=0.037312;REFB=-0.125247;REVB=0.0154814;RO=1;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137378;STB=0.507245;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0018295;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:93:1:1:92:92:0.989247:34:58:0:1:34:58:0:1 chr3 111732608 . G A 624.77 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0525524;FXX=0.0328926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.565;QD=17.0004;RBI=0.0555008;REFB=-0.00801295;REVB=-0.017849;RO=74;SAF=32;SAR=35;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301155;STB=0.528755;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00596006;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:74:80:67:67:0.455782:35:32:33:41:35:32:34:46 chr3 111760771 . A G 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.643;QD=63.615;RBI=0.0063296;REFB=0;REVB=0.00170894;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04251e-06;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr3 111760773 . C T 480.61 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.000806673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5613;QD=20.236;RBI=0.0160421;REFB=-0.00964361;REVB=-0.0160218;RO=48;SAF=23;SAR=24;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180472;STB=0.599691;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00771235;OID=.;OPOS=111760773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:24:23:33:15:24:23:33:15 chr3 111765834 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.284;QD=59.0187;RBI=0.0145027;REFB=0;REVB=0.00104508;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92569e-05;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr3 111799845 . A T 4528.34 PASS AF=1;AO=285;DP=286;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0890496;FXX=0.00349638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7635;QD=63.5557;RBI=0.0915139;REFB=0;REVB=-0.0210941;RO=0;SAF=122;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150354;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:286:285:0:0:285:285:1:163:122:0:0:163:122:0:0 chr3 111828384 . G GT 499.91 PASS AF=0.62069;AO=75;DP=146;FAO=90;FDP=145;FR=.;FRO=55;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0399542;FXX=0.0136045;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.8428;QD=13.7907;RBI=0.0971119;REFB=-0.0187823;REVB=-0.0885121;RO=65;SAF=35;SAR=40;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997114;STB=0.503448;STBP=0.918;TYPE=ins;VARB=0.00608181;OID=.;OPOS=111828385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62069:75:146:90:145:55:45:45:28:27:99:65:35:40:38:27 chr3 111828423 . G A 1890.93 PASS AF=0.976562;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0420235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.855;QD=59.0915;RBI=0.0420236;REFB=-0.0605447;REVB=7.96957e-05;RO=2;SAF=55;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182095;STB=0.505382;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00056054;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:128:2:3:125:125:0.976562:70:55:1:1:70:55:2:1 chr3 111898387 . A G 268.84 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00243673;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.021;QD=16.0504;RBI=0.00243922;REFB=-0.00337097;REVB=0.00011011;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141015;STB=0.500506;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0047722;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:38:37:30:30:0.447761:13:17:21:17:13:17:21:16 chr3 111918215 . CA CG,TG 1173.04 PASS AF=0.6125,0.3875;AO=47,31;DP=82;FAO=49,31;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26,15;FSAR=23,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783643,-0.00609798;FXX=0.0243873;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=108.559,213.733;QD=58.652;RBI=0.0485828,0.00840215;REFB=0,0;REVB=-0.0479466,0.0057802;RO=0;SAF=24,15;SAR=23,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00358798,0.00785406;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:80:0:0:47,31:49,31:0.6125,0.3875:23,16:24,15:0:0:23,16:26,15:0:0 chr3 111921116 . C A 798.04 PASS AF=0.52027;AO=72;DP=144;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00689815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1661;QD=21.5685;RBI=0.0104571;REFB=-0.0247089;REVB=0.00785921;RO=70;SAF=40;SAR=32;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024388;STB=0.501322;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0334081;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:148:70:71:72:77:0.52027:32:40:37:33:36:41:38:33 chr3 111921225 . G T 907.37 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.315;QD=57.6106;RBI=0.024303;REFB=0;REVB=0.0145728;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88417e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:36:23:0:0:37:26:0:0 chr3 111923123 . G A 1540.4 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.237;QD=59.8213;RBI=0.013755;REFB=0;REVB=0.0103425;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78769e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:41:62:0:0:41:62:0:0 chr3 111962851 . T C 538.51 PASS AF=0.43609;AO=57;DP=132;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.0107696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.96;QD=16.1957;RBI=0.0136085;REFB=-0.00331884;REVB=0.00831905;RO=73;SAF=36;SAR=21;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282743;STB=0.511624;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00392184;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:75:57:58:0.43609:21:36:48:25:22:36:48:27 chr3 111981849 . C T 348.57 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0618217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2888;QD=20.2069;RBI=0.105389;REFB=-0.00321669;REVB=0.0853516;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178437;STB=0.605038;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00422273;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:16:20:11:21:16:20:11:22 chr3 111981878 . T C 271.49 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0328735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.413;QD=19.392;RBI=0.0378331;REFB=-0.0048163;REVB=-0.0187264;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187169;STB=0.604071;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00850402;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:9:18:13:16:9:18 chr3 111981924 . T C 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0470852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2582;QD=17.9554;RBI=0.0481369;REFB=0.00917919;REVB=0.0100073;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187276;STB=0.606611;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0036191;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:6:11:7:9:6:11 chr3 111985107 . T C 1149.98 PASS AF=0.453532;AO=120;DP=267;FAO=122;FDP=269;FR=.;FRO=147;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=0.00690636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.205;QD=17.1001;RBI=0.0265471;REFB=-0.00862009;REVB=0.025633;RO=147;SAF=52;SAR=68;SRF=82;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123664;STB=0.571939;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0117357;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:269:147:147:120:122:0.453532:68:52:82:65:70:52:82:65 chr3 111996554 . T C 306.03 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0462578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.741;QD=20.4022;RBI=0.0524618;REFB=-0.042828;REVB=0.0247477;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376856;STB=0.502091;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0302934;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:13:15:17:15:13:15 chr3 112052103 . G T 50.51 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0202816;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.724;QD=11.2242;RBI=0.0674272;REFB=-0.0213827;REVB=0.0643046;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0200952;OID=.;OPOS=112052103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr3 112059768 . C G 220.68 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0135805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.318;QD=12.092;RBI=0.018184;REFB=-0.0110591;REVB=-0.0120925;RO=45;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137377;STB=0.572543;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0138441;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:16:11:24:21:16:11:24:22 chr3 112063850 . C A 444.56 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0237687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1011;QD=16.4652;RBI=0.0338103;REFB=-0.000677979;REVB=-0.0240454;RO=59;SAF=23;SAR=26;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217055;STB=0.512116;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.000409665;OID=.;OPOS=112063850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:26:23:29:30:26:23:29:30 chr3 112066562 . G A 543.65 PASS AF=0.439394;AO=57;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0088475;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.021;QD=16.4741;RBI=0.00938694;REFB=-0.012884;REVB=0.00313631;RO=71;SAF=22;SAR=35;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523363;STB=0.546621;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0184116;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:74:57:58:0.439394:35:22:31:40:36:22:34:40 chr3 112081560 . T TTA 1580.89 PASS AF=0.870229;AO=98;DP=179;FAO=114;FDP=131;FR=.;FRO=17;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0460742;FXX=0.0642811;HRUN=3;LEN=2;MLLD=206.531;QD=48.2715;RBI=0.0940222;REFB=-0.129885;REVB=0.0819594;RO=62;SAF=41;SAR=57;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477505;STB=0.527339;STBP=0.116;TYPE=ins;VARB=0.0158456;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870229:98:179:114:131:17:44:70:10:7:70:62:41:57:30:32 chr3 112184772 . A G 428.54 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0419294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.814;QD=19.7029;RBI=0.0424089;REFB=-0.0270091;REVB=0.00635936;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231554;STB=0.516955;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0226963;OID=.;OPOS=112184772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:44:43:43:0.494253:23:20:18:23:23:20:19:25 chr3 112185025 . G A 495.58 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00980934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.647;QD=16.3828;RBI=0.0146193;REFB=-0.0192199;REVB=-0.0108398;RO=64;SAF=30;SAR=24;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534482;STB=0.531824;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0230903;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:64:67:54:54:0.446281:24:30:39:25:24:30:41:26 chr3 112190137 . G T 1478.03 PASS AF=0.980583;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00898827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.606;QD=57.3992;RBI=0.0525115;REFB=-0.172303;REVB=0.0517365;RO=2;SAF=53;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175617;STB=0.508927;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00075192;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:103:2:2:99:101:0.980583:46:53:2:0:46:55:2:0 chr3 112256630 . A G 426.95 PASS AF=0.645161;AO=39;DP=61;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0613131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.953;QD=27.5449;RBI=0.0618708;REFB=-0.0389881;REVB=0.00828865;RO=22;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481734;STB=0.51999;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0207599;OID=.;OPOS=112256630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:22:22:39:40:0.645161:24:15:10:12:24:16:10:12 chr3 112299732 . A G 220.67 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.000432436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6395;QD=14.2366;RBI=0.0570937;REFB=0.0142456;REVB=-0.0570921;RO=33;SAF=5;SAR=21;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571908;STB=0.835824;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0468262;OID=.;OPOS=112299732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:36:26:26:0.419355:21:5:26:7:21:5:29:7 chr3 112935113 . G C 272.24 PASS AF=0.33;AO=32;DP=99;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0806302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.834;QD=10.8895;RBI=0.0969299;REFB=-0.0199398;REVB=0.0537977;RO=67;SAF=13;SAR=19;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152395;STB=0.596411;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0450245;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:67:67:32:33:0.33:19:13:36:31:20:13:36:31 chr3 112935138 . C G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.337;QD=63.4764;RBI=0.0284901;REFB=0;REVB=-0.0249097;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9737e-05;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr3 112969715 . G A 270.58 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0394477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.178;QD=14.4307;RBI=0.0410513;REFB=-0.0145924;REVB=0.0113615;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253811;STB=0.519987;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0218697;OID=.;OPOS=112969715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:18:13:17:26:18:13:17:27 chr3 112991492 . C T 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.000374592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.129;QD=17.1561;RBI=0.0495826;REFB=-0.00243397;REVB=-0.0495812;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935847;STB=0.534843;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00258351;OID=.;OPOS=112991492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:13:6:7:10:13:7 chr3 112993367 . G A 816.39 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=139;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0536886;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.516;QD=23.6635;RBI=0.0549923;REFB=-0.00979956;REVB=-0.0119034;RO=62;SAF=41;SAR=35;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019273;STB=0.510534;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00710515;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:62:62:76:76:0.550725:35:41:32:30:35:41:32:30 chr3 112997554 . A G 724.91 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000297966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1136;QD=54.7104;RBI=0.0160178;REFB=-0.128833;REVB=-0.016015;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00235122;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:0:1:52:52:0.981132:32:20:0:0:32:20:0:1 chr3 112998265 . A G 633.02 PASS AF=0.512195;AO=47;DP=128;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00895032;FXX=0.0390594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.473;QD=20.5861;RBI=0.00895254;REFB=-0.0100808;REVB=0.000199425;RO=34;SAF=28;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596538;STB=0.505493;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0125047;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:123:34:60:47:63:0.512195:19:28:20:14:28:35:34:26 chr3 112998268 . G A 524.06 PASS AF=0.46281;AO=55;DP=122;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00767049;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.165;QD=17.3243;RBI=0.00832254;REFB=-0.0167371;REVB=-0.00322927;RO=64;SAF=31;SAR=24;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111594;STB=0.508522;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0171312;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:64:65:55:56:0.46281:24:31:36:28:25:31:37:28 chr3 113003262 . C T 398.94 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00519407;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.492;QD=15.344;RBI=0.00928434;REFB=-0.0281273;REVB=-0.0076955;RO=59;SAF=19;SAR=26;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708141;STB=0.539775;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0326425;OID=.;OPOS=113003262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:59:59:45:45:0.432692:26:19:29:30:26:19:29:30 chr3 113004240 . C T 187.64 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.015611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.725;QD=12.7214;RBI=0.0188073;REFB=-0.00529557;REVB=0.0104886;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356035;STB=0.509795;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0176332;OID=.;OPOS=113004240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:22:23:0.389831:14:8:12:24:15:8:12:24 chr3 113010466 . T C 1160.77 PASS AF=0.465649;AO=122;DP=262;FAO=122;FDP=262;FR=.;FRO=140;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=-0.00735026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.332;QD=17.7217;RBI=0.0106989;REFB=-0.0185731;REVB=-0.00777436;RO=136;SAF=70;SAR=52;SRF=72;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430252;STB=0.524507;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0192002;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:136:140:122:122:0.465649:52:70:72:64:52:70:74:66 chr3 113022870 . T C 1571.47 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000118607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8969;QD=59.8657;RBI=0.00619092;REFB=0;REVB=-0.00618978;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47801e-05;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr3 113046607 . T C 366.68 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00128721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.379;QD=16.4799;RBI=0.00164894;REFB=-0.00744068;REVB=0.00103057;RO=48;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838611;STB=0.547429;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00951278;OID=.;OPOS=113046607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:50:39:39:0.438202:17:22:23:25:17:22:24:26 chr3 113046640 . A G 402.04 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00182183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.511;QD=21.7316;RBI=0.00825157;REFB=-0.00145486;REVB=-0.00804794;RO=34;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06625;STB=0.536567;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00132804;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:18:22:16:18:18:22:16:18 chr3 113049270 . T G 278.66 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.04393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8149;QD=13.933;RBI=0.0556695;REFB=-0.0232523;REVB=0.0341943;RO=48;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15634;STB=0.589116;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0364039;OID=.;OPOS=113049270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:20:12:25:23:20:12:25:23 chr3 113098217 . G A 543.96 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=-0.00118359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.713;QD=16.9987;RBI=0.0105057;REFB=-0.00954337;REVB=-0.0104388;RO=70;SAF=32;SAR=26;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106145;STB=0.558966;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0095149;OID=.;OPOS=113098217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:26:32:46:24:26:32:46:24 chr3 113127991 . C A 387.82 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0223193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.487;QD=15.9924;RBI=0.027024;REFB=0.00134249;REVB=-0.0152364;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497821;STB=0.529216;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00336394;OID=.;OPOS=113127991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:56:41:41:0.42268:24:17:25:29:24:17:26:30 chr3 113146130 . TG CA 323.7 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00420126;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=2;MLLD=292.961;QD=12.571;RBI=0.014577;REFB=-0.0148939;REVB=0.0139584;RO=64;SAF=19;SAR=20;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139682;STB=0.507964;STBP=0.885;TYPE=mnp;VARB=0.0245393;OID=.;OPOS=113146130;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:64:64:39:39:0.378641:20:19:32:32:20:19:32:32 chr3 113164109 . A G 524.96 PASS AF=1;AO=26;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.1348;QD=58.3289;RBI=0.292784;REFB=0;REVB=0.232723;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00798326;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:26:36:1:17:9:0:1:20:16:0:0 chr3 113169205 . C T 419.8 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=103;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00303072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.991;QD=16.1462;RBI=0.017377;REFB=-0.00546424;REVB=-0.0171107;RO=57;SAF=27;SAR=19;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259094;STB=0.519385;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00750877;OID=.;OPOS=113169205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:57:57:46:47:0.451923:19:27:32:25:19:28:32:25 chr3 113176122 . G A 1231.12 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9985;QD=60.0546;RBI=0.016897;REFB=-0.117721;REVB=0.00259719;RO=1;SAF=65;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286692;STB=0.515148;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000810164;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:16:65:0:1:16:65:0:1 chr3 113187675 . G C 221.36 PASS AF=0.397059;AO=24;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0581791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9933;QD=13.0214;RBI=0.0644322;REFB=-0.0118648;REVB=0.0276895;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566953;STB=0.528172;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0132264;OID=.;OPOS=113187675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:41:24:27:0.397059:15:9:17:23:17:10:17:24 chr3 113222036 . G A 1786.69 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00388444;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.984;QD=59.064;RBI=0.0264684;REFB=-0.151329;REVB=0.0261818;RO=2;SAF=68;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266042;STB=0.501504;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000953538;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:121:2:2:117:119:0.983471:49:68:1:1:49:70:1:1 chr3 113222054 . G A 364.43 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0031228;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.102;QD=13.4975;RBI=0.0117406;REFB=0.00614114;REVB=-0.0113177;RO=65;SAF=22;SAR=21;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613723;STB=0.534727;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00770343;OID=.;OPOS=113222054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:65:65:43:43:0.398148:21:22:37:28:21:22:37:28 chr3 113252042 . C T 344.46 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0102925;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.345;QD=13.6421;RBI=0.0170389;REFB=-0.00937713;REVB=0.013579;RO=61;SAF=25;SAR=15;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228478;STB=0.629565;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0139314;OID=.;OPOS=113252042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:61:61:40:40:0.39604:15:25:25:36:15:25:25:36 chr3 113285276 . G A 698.89 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=157;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0223196;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.049;QD=17.9203;RBI=0.0229629;REFB=-0.0246134;REVB=-0.00539747;RO=82;SAF=40;SAR=34;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154178;STB=0.508531;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0221619;OID=.;OPOS=113285276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:82:82:74:74:0.474359:34:40:43:39:34:40:43:39 chr3 113351719 . T C 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0121116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.056;QD=19.6912;RBI=0.0198497;REFB=8.25459e-05;REVB=-0.0157264;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861151;STB=0.548249;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-8.23585e-05;OID=.;OPOS=113351719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:12:13:16:10:12:13 chr3 113373930 . A G 1342.49 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020642;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8168;QD=61.7238;RBI=0.0105661;REFB=-0.00973463;REVB=0.0103625;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46589e-05;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:87:0:0:87:87:1:34:53:0:0:34:53:0:0 chr3 113376110 . TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT,TTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 151.1 PASS AF=0.428571,0.428571,0,0.142857;AO=5,2,2,2;DP=14;FAO=6,6,0,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5,0,0;FSAR=4,1,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149994,0.0519857,0.0147848,-0.0252984;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=9,3,2,7;MLLD=185.917,66.3409,48.7573,165.415;QD=43.1722;RBI=0.0928893,0.0699596,0.0666849,0.11075;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0928772,-0.046817,-0.0650252,0.107821;RO=0;SAF=1,1,2,0;SAR=4,1,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0.0271342,0.073759,0.0574602,0.0255971;OID=.,.,.,.;OPOS=113376111,113376111,113376142,113376113;OREF=TGCTGCTGC,TGC,GC,CTGCTGC;OALT=-,-,-,TTGCTGT;OMAPALT=TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT,TTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.428571,0.428571,0,0.142857:5,2,2,2:14:6,6,0,2:14:0:2,5,0,0:4,1,0,2:0:0:26:0:1,1,2,0:4,1,0,2:0:0 chr3 113377361 . A G 288.98 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.014018;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.416;QD=15.8343;RBI=0.0241253;REFB=0.00752473;REVB=0.0196348;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246396;STB=0.506845;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00943242;OID=.;OPOS=113377361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:40:41:32:32:0.438356:16:16:19:21:16:16:20:21 chr3 113379865 . G C 124.6 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0407868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1741;QD=19.1686;RBI=0.0959815;REFB=-0.00399731;REVB=-0.0868843;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34056;STB=0.695897;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00419596;OID=.;OPOS=113379865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:5:7:3:11:5:7 chr3 113557787 . AGCC A 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161898;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.498;QD=45.9651;RBI=0.0184595;REFB=0;REVB=0.00886825;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.55429e-05;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:14:13:13:0:4:9:0:0:4:0:4:9:0:0 chr3 113594377 . A G 431.0 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00676933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.884;QD=17.5917;RBI=0.00755681;REFB=-0.0126766;REVB=-0.00335879;RO=54;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437043;STB=0.530598;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0127019;OID=.;OPOS=113594377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:54:43:44:0.44898:22:21:24:30:22:22:24:30 chr3 113655207 . C T 690.64 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0323359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.192;QD=20.9284;RBI=0.0359026;REFB=0.00470624;REVB=-0.0156008;RO=64;SAF=32;SAR=36;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432234;STB=0.52376;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00366077;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:64:68:68:0.515152:36:32:27:37:36:32:27:37 chr3 113673125 . A G 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0247845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8196;QD=54.8813;RBI=0.0249297;REFB=-0.0468596;REVB=-0.00268743;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0012517;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:24:30:1:0:24:30:1:0 chr3 113679589 . C A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00524368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.069;QD=17.0949;RBI=0.0144597;REFB=-0.00554261;REVB=-0.0134754;RO=41;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861745;STB=0.548359;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00449449;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:14:21:21:20:14:21:21:20 chr3 113720517 . T A 285.6 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0342243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9577;QD=15.6491;RBI=0.0395452;REFB=-0.0164012;REVB=0.0198121;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627269;STB=0.535294;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0226295;OID=.;OPOS=113720517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:12:20:28:13:12:20:28:13 chr3 113785149 . ATATGT A 159.68 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00346108;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=5;MLLD=270.016;QD=15.5788;RBI=0.0274324;REFB=-0.00418733;REVB=0.0272132;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.829;TYPE=del;VARB=0.00699448;OID=.;OPOS=113785150;OREF=TATGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:17:43:17:41:24:9:8:12:12:99:24:9:8:12:12 chr3 113801826 . C T 327.71 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.05111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9541;QD=22.9973;RBI=0.0530411;REFB=-0.00998294;REVB=-0.0141816;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585981;STB=0.532308;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00862751;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:19:14:12:12:19:14:12:12 chr3 113858350 . C T 1963.07 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123963;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6144;QD=61.346;RBI=0.0345898;REFB=0;REVB=0.0322922;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549542;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:128:0:0:123:128:1:65:58:0:0:66:62:0:0 chr3 113890815 . C T 725.58 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=132;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0154484;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.326;QD=22.155;RBI=0.0231131;REFB=0.000797681;REVB=-0.017192;RO=61;SAF=27;SAR=43;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215035;STB=0.617863;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000718223;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:61:61:70:70:0.534351:43:27:39:22:43:27:39:22 chr3 113955164 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.216;QD=57.8845;RBI=0.00966397;REFB=0;REVB=0.00833591;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99238e-06;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr3 113955187 . A C 209.91 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0107609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.017;QD=11.8259;RBI=0.0113682;REFB=-0.0021218;REVB=-0.00366605;RO=43;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218076;STB=0.635427;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00306131;OID=.;OPOS=113955187;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:45:25:26:0.366197:8:17:21:22:8:18:22:23 chr3 113955265 . G A 1587.67 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.012;QD=64.1483;RBI=0.0119106;REFB=0;REVB=0.00790778;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11683e-05;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr3 113955320 . C T 982.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268758;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9161;QD=59.5513;RBI=0.0340957;REFB=0;REVB=0.0209812;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24912e-05;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr3 113955820 . G C 440.94 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00140157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.853;QD=13.2614;RBI=0.0132925;REFB=-0.00479619;REVB=-0.0132184;RO=82;SAF=30;SAR=21;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13615;STB=0.577234;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00850503;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:82:51:51:0.383459:21:30:38:44:21:30:38:44 chr3 115382655 . C T 640.45 PASS AF=0.432927;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00563774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.299;QD=15.6207;RBI=0.00902619;REFB=-0.00470078;REVB=-0.00704898;RO=89;SAF=39;SAR=32;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126279;STB=0.506667;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0059807;OID=.;OPOS=115382655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:164:89:93:71:71:0.432927:32:39:50:39:32:39:50:43 chr3 115395321 . G A 643.9 PASS AF=0.496124;AO=62;DP=132;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=14;FWDB=0.0219007;FXX=0.0373106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.373;QD=19.9659;RBI=0.0224888;REFB=-0.0164062;REVB=0.00510937;RO=65;SAF=45;SAR=17;SRF=51;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710489;STB=0.551209;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0125718;OID=.;OPOS=115395321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:129:65:65:62:64:0.496124:17:45:51:14:19:45:51:14 chr3 115440074 . C CCT 115.79 PASS AF=0.32;AO=12;DP=61;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.069558;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=2;MLLD=113.167;QD=9.26323;RBI=0.101313;REFB=-0.0380158;REVB=-0.0736619;RO=43;SAF=12;SAR=0;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.746267;STB=0.666444;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=0.204678;OID=.;OPOS=115440075;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:12:61:16:50:34:12:4:18:16:99:43:12:0:22:21 chr3 115571364 . C T 701.28 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=23;FWDB=-0.00149917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.271;QD=18.9536;RBI=0.00158638;REFB=-0.00710783;REVB=0.000518744;RO=75;SAF=31;SAR=39;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231321;STB=0.635672;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00522999;OID=.;OPOS=115571364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:75:78:70:70:0.472973:39:31:52:23:39:31:55:23 chr3 116683964 . G C 8128.77 PASS AF=1;AO=513;DP=516;FAO=518;FDP=518;FR=.;FRO=0;FSAF=275;FSAR=243;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167222;FXX=0.00956005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.43;QD=62.7704;RBI=0.032201;REFB=-0.00339008;REVB=0.0275187;RO=3;SAF=270;SAR=243;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6304e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:516:518:3:0:513:518:1:243:270:2:1:243:275:0:0 chr3 118381320 . C A 429.23 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.078;QD=57.231;RBI=0.0509522;REFB=0;REVB=0.0433901;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146599;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr3 118621664 . C A 634.12 PASS AF=0.525;AO=62;DP=121;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=55;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00960929;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.974;QD=21.1372;RBI=0.00964152;REFB=-0.0188206;REVB=-0.000787651;RO=57;SAF=8;SAR=54;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3306;STB=0.686541;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0170366;OID=.;OPOS=118621664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:57:57:62:63:0.525:54:8:21:36:55:8:21:36 chr3 118649060 . G T 2178.51 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.553;QD=63.1451;RBI=0.0458828;REFB=0;REVB=0.0371608;RO=0;SAF=64;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23927e-05;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:74:64:0:0:74:64:0:0 chr3 118865801 . C T 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0230627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.299;QD=8.51726;RBI=0.0244488;REFB=-0.0149693;REVB=-0.00811488;RO=45;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108631;STB=0.564478;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0286359;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:11:8:15:30:11:8:15:30 chr3 118866376 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00382075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.816;QD=19.6965;RBI=0.0525186;REFB=-0.0262602;REVB=0.0523795;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186486;STB=0.605164;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0383834;OID=.;OPOS=118866376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:14:8:12:9:14:8 chr3 118867047 . C G 224.63 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0044133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.623;QD=13.2138;RBI=0.0149844;REFB=-0.0179422;REVB=0.0143198;RO=40;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391218;STB=0.526177;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0316518;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:40:41:26:27:0.397059:10:16:26:14:11:16:26:15 chr3 118905584 . C T 813.37 PASS AF=0.529412;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.001893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.634;QD=21.2646;RBI=0.00520664;REFB=-0.00242085;REVB=-0.00485032;RO=71;SAF=39;SAR=42;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979701;STB=0.508719;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00198213;OID=.;OPOS=118905584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:71:72:81:81:0.529412:42:39:35:36:42:39:36:36 chr3 118909159 . A G 868.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.061;QD=57.8776;RBI=0.0537431;REFB=0;REVB=0.0161675;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293101;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr3 118909892 . A G 346.53 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00565255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8652;QD=21.002;RBI=0.0801995;REFB=-0.0115145;REVB=0.0800001;RO=28;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114992;STB=0.515143;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0128604;OID=.;OPOS=118909892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:28:30:35:36:0.545455:18:17:14:14:18:18:16:14 chr3 118945796 . G C 885.24 PASS AF=0.566434;AO=81;DP=143;FAO=81;FDP=143;FR=.;FRO=62;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0116889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.719;QD=24.762;RBI=0.0206015;REFB=-0.0136413;REVB=0.0169644;RO=62;SAF=54;SAR=27;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242825;STB=0.513224;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0122419;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:62:62:81:81:0.566434:27:54:43:19:27:54:43:19 chr3 119118104 . A G 766.18 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.445;QD=63.8486;RBI=0.100783;REFB=0;REVB=0.0963129;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621114;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr3 119128398 . G A 318.41 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0052512;FXX=0.0499937;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.154;QD=16.7583;RBI=0.0148983;REFB=-0.0186773;REVB=-0.0139422;RO=40;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155733;STB=0.576876;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0238864;OID=.;OPOS=119128398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:42:34:34:0.447368:23:11:19:21:23:11:19:23 chr3 119133183 . G A 348.48 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0187259;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.167;QD=17.2088;RBI=0.0217251;REFB=-0.0154739;REVB=0.0110144;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338451;STB=0.51737;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0144003;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:36:37:0.45679:18:18:20:23:19:18:20:24 chr3 119150836 . C T 455.4 PASS AF=0.393939;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0450689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.758;QD=13.8;RBI=0.0452814;REFB=-0.0123835;REVB=0.00438121;RO=80;SAF=28;SAR=24;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805164;STB=0.545437;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0181034;OID=.;OPOS=119150836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:80:80:52:52:0.393939:24:28:49:31:24:28:49:31 chr3 119197285 . A G 310.03 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.031398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2074;QD=13.7789;RBI=0.0470752;REFB=-0.00234963;REVB=0.0350748;RO=55;SAF=19;SAR=16;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821728;STB=0.546718;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00428921;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:16:19:34:21:16:19:34:21 chr3 119211993 . CAAAAAAAAAAAAAAAG CAAAAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAAGAC 40.37 PASS AF=0,0.678571,0.142857;AO=4,5,2;DP=32;FAO=0,19,4;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,0;FSAR=0,19,4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0,0,0;FXX=0.096743;HRUN=15,15,15;LEN=1,1,3;MLLD=1.98741,2.06276,242.857;QD=5.76737;RBI=0.133475,0.133475,0.00629504;REFB=0.136187,-0.136187,-0.00682067;REVB=-0.133475,0.133475,0.00629504;RO=9;SAF=0,0,0;SAR=4,5,2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.010427,0.166682,0.00992486;OID=.,.,.;OPOS=119211994,119211994,119212007;OREF=-,A,AAG;OALT=A,-,GAC;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAAGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.678571,0.142857:4,5,2:32:0,19,4:28:5:0,0,0:0,19,4:0:5:28:9:0,0,0:4,5,2:0:9 chr3 119222456 . G C 364.63 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0197173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.427;QD=12.4658;RBI=0.0208483;REFB=-0.0113704;REVB=-0.00677339;RO=72;SAF=26;SAR=18;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700959;STB=0.544644;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0233594;OID=.;OPOS=119222456;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:73:44:44:0.376068:18:26:38:34:18:26:38:35 chr3 119248301 . G A 1198.71 PASS AF=0.433447;AO=127;DP=292;FAO=127;FDP=293;FR=.;FRO=166;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=86;FSRR=80;FWDB=-0.0222955;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6123;QD=16.3646;RBI=0.0534092;REFB=0.00176891;REVB=-0.048533;RO=161;SAF=60;SAR=67;SRF=85;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559161;STB=0.525853;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0026431;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:161:166:127:127:0.433447:67:60:85:76:67:60:86:80 chr3 119248320 . AAA AGA,TAG 872.5 PASS AF=0.392593,0;AO=46,12;DP=260;FAO=106,0;FDP=270;FR=.;FRO=164;FSAF=56,0;FSAR=50,0;FSRF=86;FSRR=78;FWDB=-0.0118802,-0.0121723;FXX=0.0252698;HRUN=9,9;LEN=1,3;MLLD=288.226,270.419;QD=12.926;RBI=0.0352291,0.0411056;REFB=-0.00580761,-0.0050223;REVB=-0.0331655,-0.039262;RO=91;SAF=35,4;SAR=11,8;SRF=47;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.310876,-0.222491;STB=0.502383,0.5;STBP=0.956,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00873898,0;OID=.,.;OPOS=119248321,119248320;OREF=A,AAA;OALT=G,TAG;OMAPALT=AGA,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:270:91:164:46,12:106,0:0.392593,0:11,8:35,4:47:44:50,0:56,0:86:78 chr3 119263680 . C T 365.84 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0130922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8757;QD=18.7608;RBI=0.0134737;REFB=-0.00851141;REVB=0.00318358;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917757;STB=0.551008;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00751364;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:21:17:14:26:21:17:14:26 chr3 119305379 . T A 1955.59 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204784;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.69;QD=62.0822;RBI=0.0495299;REFB=0;REVB=-0.0450982;RO=0;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67441e-05;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:124:126:1:61:63:0:0:62:64:0:0 chr3 119338956 . A G 632.36 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0201206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.277;QD=16.4248;RBI=0.0201427;REFB=-0.0103718;REVB=-0.000944141;RO=85;SAF=34;SAR=35;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021993;STB=0.512237;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0116664;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:85:69:69:0.448052:35:34:40:45:35:34:40:45 chr3 119361412 . T C 272.56 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.014373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.669;QD=12.5314;RBI=0.0194544;REFB=-0.00212822;REVB=-0.0131108;RO=54;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151171;STB=0.578976;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00333132;OID=.;OPOS=119361412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:55:32:32:0.367816:17:15:18:36:17:15:19:36 chr3 119367390 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.311;QD=58.2396;RBI=0.0513666;REFB=0;REVB=0.0491334;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001184;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr3 119378872 . G A 920.68 PASS AF=0.486772;AO=91;DP=189;FAO=92;FDP=189;FR=.;FRO=97;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.00117772;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8353;QD=19.4852;RBI=0.00156547;REFB=0.00441853;REVB=0.00103135;RO=97;SAF=46;SAR=45;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769872;STB=0.544964;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00526373;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:97:97:91:92:0.486772:45:46:57:40:46:46:57:40 chr3 119379186 . C T 170.35 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.000822646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3367;QD=17.0352;RBI=0.0335084;REFB=0.00474352;REVB=0.0334983;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167939;STB=0.596381;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00268427;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:11:11:6:12:11:11 chr3 119395662 . C G 1082.71 PASS AF=0.520202;AO=103;DP=198;FAO=103;FDP=198;FR=.;FRO=95;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00899453;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1294;QD=21.8729;RBI=0.00905757;REFB=0.0219709;REVB=0.00106681;RO=92;SAF=69;SAR=34;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164997;STB=0.584179;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0188772;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:92:95:103:103:0.520202:34:69:45:47:34:69:48:47 chr3 119426307 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7795;QD=56.1876;RBI=0.062596;REFB=0;REVB=0.0612163;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621154;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr3 119434527 . G C 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.295;QD=63.7519;RBI=0.0457906;REFB=0;REVB=-0.00431596;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64838e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr3 119533910 . T C 1767.27 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9038;QD=60.9402;RBI=0.0236994;REFB=0;REVB=0.0211554;RO=0;SAF=85;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89892e-05;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:31:85:0:0:31:85:0:0 chr3 119886548 . G C 770.13 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374456;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4764;QD=64.1777;RBI=0.0579466;REFB=0;REVB=0.0442225;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291076;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:46:48:1:24:22:0:0:26:22:0:0 chr3 119886776 . T A 1541.24 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.591;QD=59.8541;RBI=0.0529895;REFB=0;REVB=0.0521034;RO=0;SAF=70;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40865e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:32:70:0:0:33:70:0:0 chr3 119929258 . A G 208.19 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.062615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9507;QD=18.9262;RBI=0.0639744;REFB=-0.0183757;REVB=0.0131186;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383911;STB=0.521719;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0205727;OID=.;OPOS=119929258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:13:10:10:11:13:10 chr3 120048432 . T A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00206309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.817;QD=14.6983;RBI=0.0196331;REFB=-0.0170862;REVB=0.0195244;RO=23;SAF=15;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636738;STB=0.881753;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0163224;OID=.;OPOS=120048432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:1:15:11:12:1:15:11:12 chr3 120068022 . C G 63.59 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0502425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.78;QD=9.08364;RBI=0.0520116;REFB=-0.0257233;REVB=0.0134497;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325653;STB=0.519955;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0604205;OID=.;OPOS=120068022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:10:9:4:5:10:9 chr3 121137976 . C T 1394.99 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.741;QD=62.6963;RBI=0.0206675;REFB=0;REVB=-0.0094475;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56129e-05;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr3 121138015 . C T 1414.15 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328627;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7279;QD=62.8511;RBI=0.0333422;REFB=0;REVB=0.0056345;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46636e-05;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:37:53:0:0:37:53:0:0 chr3 121143384 . C CT 672.84 PASS AF=0.497561;AO=99;DP=212;FAO=102;FDP=205;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=72;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.11596;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8759;QD=13.1286;RBI=0.116282;REFB=0.00912018;REVB=-0.008641;RO=111;SAF=28;SAR=71;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222794;STB=0.60074;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=-0.00821477;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.497561:99:212:102:205:103:30:72:49:54:99:111:28:71:55:56 chr3 121151784 . G A 347.49 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00683423;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.54;QD=16.9505;RBI=0.0421045;REFB=-0.00831023;REVB=-0.0415462;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146779;STB=0.584449;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00721601;OID=.;OPOS=121151784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:45:37:37:0.45122:18:19:28:14:18:19:30:15 chr3 121154974 . T C 2052.9 PASS AF=0.971014;AO=134;DP=140;FAO=134;FDP=138;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0271674;FXX=0.0142847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.436;QD=59.5044;RBI=0.0289664;REFB=-0.0952649;REVB=-0.0100491;RO=2;SAF=55;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118811;STB=0.502679;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00100289;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:138:2:4:134:134:0.971014:79:55:0:2:79:55:2:2 chr3 121208176 . T C 1156.89 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0488133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0818;QD=59.3276;RBI=0.0818589;REFB=-0.093778;REVB=0.0657127;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00216114;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:1:0:38:39:1:0 chr3 121208833 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.337;QD=58.4197;RBI=0.00578927;REFB=0;REVB=0.00289724;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15242e-05;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr3 121238749 . G A 1048.02 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0019105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.892;QD=58.2233;RBI=0.0721681;REFB=-0.114322;REVB=-0.0721429;RO=1;SAF=50;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936528;STB=0.504949;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00041492;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:21:50:1:0:21:50:1:0 chr3 121263720 . C A,T 1030.06 PASS AF=0.944444,0.0416667;AO=68,3;DP=72;FAO=68,3;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36,0;FSAR=32,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240596,-0.0152928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.3608,207.557;QD=57.2253;RBI=0.0458472,0.0294754;REFB=-0.164172,-0.00181956;REVB=0.039027,-0.0251978;RO=1;SAF=36,0;SAR=32,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0129488,-0.727144;STB=0.506847,0.994936;STBP=0.499,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.00355095,0.168724;OID=.,.;OPOS=121263720,121263720;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:72:72:1:1:68,3:68,3:0.944444,0.0416667:32,3:36,0:1:0:32,3:36,0:1:0 chr3 121304887 . C T 226.2 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0246589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9455;QD=28.2749;RBI=0.0293921;REFB=-0.0456659;REVB=0.0159948;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105197;STB=0.558226;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0261717;OID=.;OPOS=121304887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:8:13:5:6:8:13:5:6 chr3 121305294 . T C 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0376791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.648;QD=18.9474;RBI=0.0377037;REFB=-0.0150835;REVB=-0.00136094;RO=27;SAF=6;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995375;STB=0.555914;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0203616;OID=.;OPOS=121305294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:22:6:8:19:22:6:8:19 chr3 121340536 . T C 1977.52 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0914758;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4363;QD=61.7976;RBI=0.0914772;REFB=0;REVB=0.000499912;RO=0;SAF=76;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244797;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:51:76:0:0:52:76:0:0 chr3 121350966 . C G 432.97 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470538;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.386;QD=57.7289;RBI=0.0481429;REFB=0;REVB=0.0101824;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23498e-05;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr3 121351315 . G A,GGGCTCAGGCTCA 83.24 PASS AF=0.135135,0.162162;AO=6,5;DP=39;FAO=5,6;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=1,1;FSAR=4,5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0379632,-0.0420263;FXX=0.0512689;HRUN=3,3;LEN=1,12;MLLD=161.524,141.668;QD=8.99903;RBI=0.093652,0.0720593;REFB=-0.0112691,-0.0144389;REVB=-0.0856125,-0.0585348;RO=28;SAF=1,1;SAR=5,4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.356515,-0.296351;STB=0.68667,0.722836;STBP=0.432,0.293;TYPE=snp,ins;VARB=0.0518555,0.0575568;OID=.,.;OPOS=121351315,121351316;OREF=G,-;OALT=A,GGCTCAGGCTCA;OMAPALT=A,GGGCTCAGGCTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:39:37:28:26:6,5:5,6:0.135135,0.162162:5,4:1,1:12:16:4,5:1,1:10:16 chr3 121353254 . T C 51.03 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0902709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.424;QD=5.37182;RBI=0.0903645;REFB=-0.0031136;REVB=-0.00411041;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285428;STB=0.65876;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0157792;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:38:28:30:8:8:0.210526:5:3:5:23:5:3:6:24 chr3 121354583 . G A 414.02 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00411792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.863;QD=19.0354;RBI=0.0226946;REFB=-0.00941961;REVB=0.0223179;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752875;STB=0.541898;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0113639;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:23:19:24:21:23:19:24:21 chr3 121372875 . A G 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0111433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0668;QD=12.7907;RBI=0.0133447;REFB=0.00408045;REVB=0.00734213;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068991;STB=0.540483;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0037706;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:10:13:7:7:10:13 chr3 121373058 . T C 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.00444426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2968;QD=16.2367;RBI=0.0258103;REFB=0.00705516;REVB=0.0254247;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215864;STB=0.620544;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00808571;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:27:9:14:16:27:9 chr3 121373111 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0183996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.713;QD=14.2416;RBI=0.0185704;REFB=-0.0141891;REVB=0.00251261;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629699;STB=0.53605;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0265231;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:16:15:12:10:16:15 chr3 121374361 . G A 60.93 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0127435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.942;QD=6.5875;RBI=0.0318729;REFB=-0.00509005;REVB=-0.0292145;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119969;STB=0.576747;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0166708;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:16:12:3:6:16:12 chr3 121413175 . T C 256.57 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0345959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5214;QD=15.7891;RBI=0.0553208;REFB=-0.0156294;REVB=0.0431684;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200731;STB=0.61334;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0402696;OID=.;OPOS=121413175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:11:18:15:21:11:18:15:21 chr3 121414061 . C T 440.34 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0131243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.95;QD=16.9361;RBI=0.0131244;REFB=-0.0130528;REVB=3.6882e-05;RO=56;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344873;STB=0.519223;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0164276;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:24:24:26:30:24:24:26:30 chr3 121415720 . T C 451.49 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00694864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.558;QD=17.1996;RBI=0.00865032;REFB=-0.0064972;REVB=0.00515212;RO=56;SAF=29;SAR=20;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201328;STB=0.511213;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00670444;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:20:29:32:24:20:29:32:24 chr3 121417013 . C A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0163567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.403;QD=21.7449;RBI=0.041025;REFB=0.0487337;REVB=0.0376232;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591671;STB=0.533298;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0236392;OID=.;OPOS=121417013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:9:7:7:12:9:7 chr3 121488995 . C G 258.87 PASS AF=0.457627;AO=24;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0282775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1816;QD=17.5508;RBI=0.079431;REFB=-0.0436037;REVB=-0.0742272;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197938;STB=0.589409;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0309518;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:29:24:27:0.457627:10:14:10:17:13:14:10:19 chr3 121500699 . C T 337.74 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0524954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.945;QD=15.0107;RBI=0.054102;REFB=0.0124373;REVB=-0.0130864;RO=53;SAF=21;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386169;STB=0.521834;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.016833;OID=.;OPOS=121500699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:16:21:32:21:16:21:32:21 chr3 121526204 . G A 190.21 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0590512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3967;QD=21.7382;RBI=0.0720834;REFB=-0.0618612;REVB=-0.0413398;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591671;STB=0.533298;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0412723;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:7:9:12:7:7:9 chr3 121563355 . T C 650.24 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0498965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4349;QD=22.0419;RBI=0.0539894;REFB=0.0088863;REVB=0.0206202;RO=54;SAF=29;SAR=35;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827679;STB=0.504537;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00681059;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:54:64:64:0.542373:35:29:25:29:35:29:25:29 chr3 121641693 . G A 282.05 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0402982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.39;QD=14.6521;RBI=0.0403127;REFB=-0.0185137;REVB=-0.0010834;RO=44;SAF=9;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196321;STB=0.619867;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0190135;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:44:45:32:32:0.415584:23:9:20:24:23:9:21:24 chr3 121642048 . A T 474.66 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00426321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9432;QD=21.5753;RBI=0.0804638;REFB=0.025845;REVB=-0.0803508;RO=41;SAF=29;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104911;STB=0.564521;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0248993;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:41:42:46:46:0.522727:17:29:21:20:17:29:21:21 chr3 121643170 . A T 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00536215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.719;QD=14.7341;RBI=0.0268841;REFB=0.00188665;REVB=-0.0263439;RO=36;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21249;STB=0.621526;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00402693;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:20:7:16:20:20:7:16:20 chr3 121643804 . C T 465.22 PASS AF=0.422764;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0681899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2962;QD=15.1289;RBI=0.0774189;REFB=0.0114518;REVB=-0.036658;RO=69;SAF=26;SAR=25;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619514;STB=0.528444;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0111169;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:71:51:52:0.422764:25:26:31:38:26:26:32:39 chr3 121646641 . A G 350.05 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000347624;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.858;QD=17.5024;RBI=0.0235638;REFB=-0.0132282;REVB=-0.0235612;RO=43;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832029;STB=0.552905;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0235791;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:36:37:0.4625:19:17:24:19:20:17:24:19 chr3 121647286 . C T 555.14 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0257517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.511;QD=22.4301;RBI=0.0452033;REFB=0.00519898;REVB=0.0371509;RO=47;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224379;STB=0.512363;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00519563;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:23:29:25:22:23:29:25:22 chr3 121648168 . G A 216.3 PASS AF=0.412698;AO=24;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0135655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.233;QD=13.7332;RBI=0.0230668;REFB=-0.00970681;REVB=-0.0186562;RO=37;SAF=20;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301896;STB=0.644464;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0123212;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:37:24:26:0.412698:4:20:23:14:5:21:23:14 chr3 121712051 . A C 918.95 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6794;QD=58.3457;RBI=0.1171;REFB=0;REVB=0.115857;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813847;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:20:42:0:0:21:42:0:0 chr3 121825197 . G A 2751.5 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303108;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.339;QD=62.5342;RBI=0.0309447;REFB=0;REVB=-0.00623138;RO=0;SAF=95;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7024e-06;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:174:176:1:79:95:0:0:81:95:0:0 chr3 121836966 . TGAGAGAGA TGAGAGA,TGAGAGAG 572.73 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=31,6;DP=39;FAO=33,6;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273904,0.0281668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=140.455,125.676;QD=58.7418;RBI=0.0349916,0.0423607;REFB=0,0;REVB=0.0217756,0.0316395;RO=0;SAF=20,4;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00750389,-0.0151607;OID=.,.;OPOS=121836967,121836974;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=TGAGAGA,TGAGAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.846154,0.153846:31,6:39:33,6:39:0:21,4:12,2:0:0:31:0:20,4:11,2:0:0 chr3 121838319 . G A 601.28 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00710365;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.828;QD=16.7021;RBI=0.00753653;REFB=-0.00882079;REVB=-0.00251744;RO=78;SAF=37;SAR=26;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156783;STB=0.510266;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0116803;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:81:63:63:0.4375:26:37:47:31:26:37:49:32 chr3 121839255 . AGA AAA,AA,AG 99.83 PASS AF=0.166667,0.388889,0.166667;AO=4,4,2;DP=19;FAO=3,7,3;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=1,3,1;FSAR=2,4,2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0140276,0.0146463,-0.000300014;FXX=0.0526039;HRUN=1,1,6;LEN=1,1,1;MLLD=160.817,158.491,10.9855;QD=22.1838;RBI=0.0211794,0.0147853,0.230313;REFB=-0.00987266,-0.0146915,-0.0919774;REVB=-0.015868,-0.00202228,0.230313;RO=7;SAF=1,1,1;SAR=3,3,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0.407407;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.198753,-0.198753,0.0720733;STB=0.545144,0.51216,0.545144;STBP=0.937,0.999,0.937;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0425873,0.0120591,0.088612;OID=.,.,.;OPOS=121839256,121839256,121839257;OREF=G,G,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.388889,0.166667:4,4,2:19:3,7,3:18:5:1,3,1:2,4,2:2:3:32:7:1,1,1:3,3,1:3:4 chr3 122003045 . G C 2339.06 PASS AF=1;AO=128;DP=150;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149288;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.175;QD=63.648;RBI=0.0344166;REFB=0;REVB=0.0310103;RO=0;SAF=77;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023071;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:150:147:0:0:128:147:1:51:77:0:0:65:82:0:0 chr3 122003769 . A G 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0190731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.21;QD=23.7578;RBI=0.0291123;REFB=-0.0180405;REVB=0.0219941;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500831;STB=0.517671;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0107796;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:14:12:11:10:14:12:11:11 chr3 122003832 . G C 1319.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.602;QD=62.0914;RBI=0.0325997;REFB=0;REVB=-0.0281552;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27585e-05;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:29:54:0:0:30:55:0:0 chr3 122056432 . C T 315.47 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00191633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.405;QD=22.5336;RBI=0.0220978;REFB=0.0322344;REVB=0.0220146;RO=24;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083621;STB=0.504616;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0182974;OID=.;OPOS=122056432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:19:13:10:14:19:13:10:14 chr3 122134693 . AGGGGCA AGGGCA,AGGGCAG,AGGGGCAG 31.08 PASS AF=0,0.0125,0.125;AO=12,6,10;DP=81;FAO=0,1,10;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=0,1,9;FSAR=0,0,1;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.152657,-0.0450366,-0.0264311;FXX=0.0123442;HRUN=4,4,0;LEN=1,3,1;MLLD=13.2081,53.1562,45.1986;QD=1.55383;RBI=0.186332,0.0645251,0.0288417;REFB=-0.0467045,-0.0162318,-0.0101717;REVB=-0.106843,-0.0462082,-0.0115432;RO=48;SAF=8,6,9;SAR=4,0,1;SRF=23;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0.322162,0,0;SSSB=0.233885,0.631902,0.553991;STB=0.5,0.988541,0.845588;STBP=1,0.529,0.037;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0147803,0.0237291,0.145988;OID=.,.,.;OPOS=122134694,122134697,122134700;OREF=G,GCA,-;OALT=-,CAG,G;OMAPALT=AGGGCA,AGGGCAG,AGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0125,0.125:12,6,10:81:0,1,10:80:69:0,1,9:0,0,1:40:29:28:48:8,6,9:4,0,1:23:25 chr3 122186188 . C T 990.3 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1448;QD=59.1226;RBI=0.0534447;REFB=0;REVB=0.0533451;RO=0;SAF=51;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207594;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:16:51:0:0:16:51:0:0 chr3 122290579 . C T 338.11 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=37;FWDB=-0.000122813;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.345;QD=17.1194;RBI=0.00808969;REFB=0.00365451;REVB=-0.00808876;RO=43;SAF=7;SAR=29;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090953;STB=0.550629;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00339443;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:43:43:36:36:0.455696:29:7:6:37:29:7:6:37 chr3 122296638 . G A 1201.53 PASS AF=0.464945;AO=123;DP=269;FAO=126;FDP=271;FR=.;FRO=145;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=90;FSRR=55;FWDB=0.0188439;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8709;QD=17.7348;RBI=0.0329899;REFB=-0.0222995;REVB=0.0270784;RO=145;SAF=49;SAR=74;SRF=90;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216112;STB=0.623299;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0268873;OID=.;OPOS=122296638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:271:145:145:123:126:0.464945:74:49:90:55:77:49:90:55 chr3 122354037 . A G 74.11 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0208675;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.384;QD=12.889;RBI=0.0699983;REFB=-0.0309271;REVB=-0.0668155;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368767;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.02978;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:23:7:13:8:9:0.391304:5:3:6:1:6:3:8:5 chr3 122354792 . G A 623.28 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00690721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.937;QD=19.945;RBI=0.0126414;REFB=-0.000368982;REVB=-0.0105875;RO=62;SAF=33;SAR=30;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761818;STB=0.5042;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.000390124;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:30:33:33:29:30:33:33:29 chr3 122437321 . T C 1480.23 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.145;QD=58.623;RBI=0.033909;REFB=-0.0492383;REVB=0.0313079;RO=1;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903516;STB=0.504761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000354694;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:52:47:0:1:52:48:0:1 chr3 122496747 . T C 525.57 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0440554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.943;QD=21.6729;RBI=0.0483256;REFB=-0.0163727;REVB=-0.0198617;RO=47;SAF=31;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136155;STB=0.575254;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0143565;OID=.;OPOS=122496747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:19:31:22:25:19:31:22:25 chr3 122605701 . T A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0596083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.487;QD=15.8821;RBI=0.0601414;REFB=0.00383939;REVB=0.00798973;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645156;STB=0.879615;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0207107;OID=.;OPOS=122605701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:1:9:2:8:1:9:2:8 chr3 122630323 . T G 371.94 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00259522;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.617;QD=17.2995;RBI=0.0235479;REFB=-0.000659915;REVB=0.0234045;RO=48;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123112;STB=0.562467;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00103077;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:47:39:39:0.453488:25:14:23:25:25:14:22:25 chr3 122630346 . T C 292.82 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0116282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5326;QD=15.0166;RBI=0.0298172;REFB=0.024737;REVB=-0.0274564;RO=44;SAF=9;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196321;STB=0.589687;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.05088;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:45:32:33:0.423077:23:9:20:24:23:10:20:25 chr3 122642590 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0242506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.612;QD=10.1693;RBI=0.0600381;REFB=-0.0101601;REVB=-0.0549225;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113502;STB=0.567784;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0353652;OID=.;OPOS=122642590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:16:6:4:7:16:6 chr3 122680141 . A G 490.21 PASS AF=0.48;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0409564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.076;QD=19.6084;RBI=0.0410027;REFB=-0.0133317;REVB=0.00194882;RO=49;SAF=15;SAR=33;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228082;STB=0.623957;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0136993;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:52:48:48:0.48:33:15:27:22:33:15:28:24 chr3 122694930 . C T 384.57 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0348352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6111;QD=20.5102;RBI=0.060019;REFB=-0.0263451;REVB=0.0488752;RO=36;SAF=13;SAR=26;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840463;STB=0.546369;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0212321;OID=.;OPOS=122694930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:26:13:9:27:26:13:9:27 chr3 122843110 . G T 1849.13 PASS AF=0.992063;AO=117;DP=119;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6467;QD=58.7026;RBI=0.0371522;REFB=-0.103264;REVB=0.0118147;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000488115;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:126:0:1:117:125:0.992063:63:54:0:0:65:60:0:1 chr3 122864436 . G A 453.43 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0115366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.085;QD=19.7142;RBI=0.0220372;REFB=-0.0130052;REVB=-0.0187762;RO=47;SAF=27;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443682;STB=0.524653;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0141779;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:18:27:26:21:18:27:26:21 chr3 122991021 . A T 399.75 PASS AF=0.410714;AO=44;DP=111;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=0.00315959;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.031;QD=14.2766;RBI=0.00896143;REFB=-0.0110432;REVB=-0.00838595;RO=66;SAF=23;SAR=21;SRF=48;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221587;STB=0.601869;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0151301;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:66:66:44:46:0.410714:21:23:48:18:21:25:47:19 chr3 122991038 . C T 1738.54 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00647233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.7;QD=59.4371;RBI=0.0188812;REFB=-0.0883149;REVB=0.0177373;RO=0;SAF=78;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63659e-08;STB=0.503225;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00045151;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:117:0:1:115:116:0.991453:37:78:0:0:39:77:1:0 chr3 123357037 . A G 487.21 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0194703;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.887;QD=18.9207;RBI=0.0197149;REFB=0.00509451;REVB=0.00309618;RO=52;SAF=21;SAR=30;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028562;STB=0.51582;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00515237;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:30:21:23:29:30:21:23:29 chr3 123411589 . G A 290.04 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.0463887;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.034;QD=20.717;RBI=0.0464562;REFB=-0.0295402;REVB=0.00250371;RO=23;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299909;STB=0.590113;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.025457;OID=.;OPOS=123411589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:23:25:30:31:0.553571:24:6:0:23:25:6:2:23 chr3 123418913 . G A 768.54 PASS AF=0.95;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00175875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.786;QD=51.2362;RBI=0.0042576;REFB=-0.113252;REVB=0.00387736;RO=2;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448351;STB=0.517148;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0012888;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:2:3:56:57:0.95:20:36:0:2:20:37:1:2 chr3 123419116 . GTTC G 525.63 PASS AF=0.554688;AO=69;DP=127;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00728031;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=3;MLLD=255.438;QD=16.4259;RBI=0.00804069;REFB=-0.0300076;REVB=-0.00341317;RO=47;SAF=42;SAR=27;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429131;STB=0.51237;STBP=0.766;TYPE=del;VARB=0.0245495;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.554688:69:127:71:128:57:43:28:33:24:99:47:42:27:26:21 chr3 123419288 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.00667539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.827;QD=14.2416;RBI=0.00684612;REFB=-0.0154645;REVB=-0.00151939;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242572;STB=0.636762;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0233329;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:6:25:13:9:6:25 chr3 123419573 . G T 371.54 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0253372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5893;QD=17.4843;RBI=0.0255734;REFB=-0.00776386;REVB=0.00346779;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209985;STB=0.617824;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00850416;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:13:26:21:25:13:26:21:25 chr3 123419733 . A G 416.66 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00590345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.865;QD=19.6073;RBI=0.00994747;REFB=-0.0137722;REVB=0.00800634;RO=42;SAF=10;SAR=32;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206294;STB=0.61113;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0226154;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:43:42:42:0.494118:32:10:18:24:32:10:18:25 chr3 123451773 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.547;QD=63.1952;RBI=0.0663858;REFB=0;REVB=0.0580603;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115146;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:36:56:0:0:36:56:0:0 chr3 123452838 . G A 1620.36 PASS AF=0.898438;AO=115;DP=128;FAO=115;FDP=128;FR=.;FRO=13;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.030715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.142;QD=50.6363;RBI=0.0383004;REFB=-0.2047;REVB=0.0228803;RO=5;SAF=61;SAR=54;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214133;STB=0.516532;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00205527;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:128:128:5:13:115:115:0.898438:54:61:4:1:54:61:9:4 chr3 123457893 . G A 170.03 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0052259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0114;QD=17.0031;RBI=0.0212794;REFB=0.00312344;REVB=-0.0206278;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121763;STB=0.569204;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00454922;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:6:16:11:7:6:16 chr3 123634046 . G A 2372.92 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00449719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2119;QD=63.2778;RBI=0.00684047;REFB=-0.0696784;REVB=0.00515435;RO=0;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000112955;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:150:0:1:148:149:0.993333:71:77:0:0:72:77:1:0 chr3 123699299 . G A 1479.44 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0516711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5959;QD=56.3597;RBI=0.0562422;REFB=-0.179971;REVB=0.0222102;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509341;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00400454;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:105:0:3:102:102:0.971429:65:37:0:0:65:37:2:1 chr3 123988039 . T C 546.9 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00668273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.806;QD=17.3618;RBI=0.00720296;REFB=-0.0141623;REVB=-0.00268772;RO=67;SAF=34;SAR=24;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335151;STB=0.515146;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.018549;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:67:68:58:58:0.460317:24:34:37:30:24:34:38:30 chr3 124044949 . C T 2979.9 PASS AF=1;AO=154;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=105;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121625;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0787;QD=59.598;RBI=0.125602;REFB=0;REVB=0.0313557;RO=0;SAF=61;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326884;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:200:0:0:154:200:1:93:61:0:0:95:105:0:0 chr3 124196094 . A T 1419.9 PASS AF=0.94;AO=93;DP=100;FAO=94;FDP=100;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00352798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.909;QD=56.7961;RBI=0.0102311;REFB=-0.102719;REVB=0.00960356;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.540532;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0010412;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:100:100:0:6:93:94:0.94:34:59:0:0:34:60:0:6 chr3 124351316 . G A 1076.84 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396522;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3948;QD=59.8245;RBI=0.040982;REFB=0;REVB=-0.010355;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303382;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:44:28:0:0 chr3 124351424 . T C 1449.16 PASS AF=0.95283;AO=99;DP=108;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00403283;FXX=0.0363603;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.546;QD=54.6851;RBI=0.0199205;REFB=-0.0420493;REVB=0.019508;RO=5;SAF=36;SAR=63;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161771;STB=0.508487;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00213637;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:108:106:5:5:99:101:0.95283:63:36:1:4:64:37:1:4 chr3 124376653 . G A 1167.93 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.717;QD=59.8939;RBI=0.0132263;REFB=0;REVB=0.0119197;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628407;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:36:39:0:0:38:40:0:0 chr3 124379748 . G C 349.56 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00815063;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.25;QD=11.6518;RBI=0.0302931;REFB=-0.00499942;REVB=-0.029176;RO=75;SAF=27;SAR=16;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181341;STB=0.604191;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0082527;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:75:77:43:43:0.358333:16:27:35:40:16:27:36:41 chr3 124379817 . T C 700.67 PASS AF=0.416216;AO=77;DP=185;FAO=77;FDP=185;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=0.0144876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6266;QD=15.1496;RBI=0.0647194;REFB=0.0138606;REVB=0.063077;RO=107;SAF=43;SAR=34;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171156;STB=0.592791;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0183586;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:107:108:77:77:0.416216:34:43:42:65:34:43:43:65 chr3 124412634 . G T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.46;QD=57.0008;RBI=0.0112689;REFB=0;REVB=0.00475412;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02797e-05;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr3 124416519 . CA AC,CAC 35.58 PASS AF=0.0147059,0.117647;AO=3,12;DP=71;FAO=1,8;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=0,6;FSAR=1,2;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0442636,-0.048268;FXX=0.0144907;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=150.307,136.51;QD=2.09278;RBI=0.0492579,0.0542615;REFB=-9.10025e-05,-0.00063275;REVB=-0.0216119,-0.0247892;RO=56;SAF=1,5;SAR=2,7;SRF=34;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.238103,-0.23375;STB=0.99115,0.682443;STBP=0.278,0.31;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0723235,0.0345206;OID=.,.;OPOS=124416519,124416521;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:71:68:56:59:3,12:1,8:0.0147059,0.117647:2,7:1,5:34:22:1,2:0,6:33:26 chr3 124451284 . T C 187.07 PASS AF=0.4;AO=21;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=4;FWDB=0.00125626;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.589;QD=12.4712;RBI=0.0211266;REFB=-0.000701211;REVB=-0.0210892;RO=36;SAF=19;SAR=2;SRF=33;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03914;STB=0.549955;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00121666;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:36:21:24:0.4:2:19:33:3:2:22:32:4 chr3 124646442 . T C 666.42 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0405058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5032;QD=20.9897;RBI=0.0747452;REFB=0.000269192;REVB=-0.0628182;RO=61;SAF=34;SAR=32;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347051;STB=0.519078;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.000587995;OID=.;OPOS=124646442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:32:34:29:32:32:34:29:32 chr3 124646705 . A AAAG,AAG 999.18 PASS AF=0.985507,0;AO=49,12;DP=87;FAO=68,0;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00864923,-0.00112625;FXX=0.11537;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=244.222,225.756;QD=57.9234;RBI=0.0693927,0.0687247;REFB=-0.192789,-0.194923;REVB=0.0688516,0.0687155;RO=19;SAF=16,2;SAR=33,10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112378,-0.431099;STB=0.505153,0.5;STBP=0.619,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00208628,0.113262;OID=.,.;OPOS=124646706,124646706;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985507,0:49,12:87:68,0:69:1:20,0:48,0:0:1:3:19:16,2:33,10:10:9 chr3 124688791 . A T 44.3 PASS AF=0.411765;AO=4;DP=9;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0282695;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=50.7837;QD=10.423;RBI=0.102579;REFB=0.0173686;REVB=0.0986072;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305979;STB=0.780525;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00459797;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:9:17:3:10:4:7:0.411765:3:1:2:1:5:2:8:2 chr3 124692689 . C T 576.22 PASS AF=0.504065;AO=56;DP=120;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.000553352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.816;QD=18.7388;RBI=0.0387167;REFB=0.00502863;REVB=-0.0387128;RO=55;SAF=28;SAR=28;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407867;STB=0.536266;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00448824;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:55:61:56:62:0.504065:28:28:25:30:28:34:29:32 chr3 124728626 . A G 454.35 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.00687794;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2752;QD=13.5626;RBI=0.0115795;REFB=0.00786485;REVB=0.00931545;RO=78;SAF=17;SAR=35;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354477;STB=0.692409;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0212442;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:78:82:52:52:0.38806:35:17:52:26:35:17:53:29 chr3 124731485 . C G 1565.64 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.474;QD=63.9038;RBI=0.0282861;REFB=0;REVB=0.0251058;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98281e-05;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:37:61:0:0:37:61:0:0 chr3 124732618 . A G 602.53 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00766875;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.388;QD=54.7754;RBI=0.007697;REFB=-0.0302639;REVB=-0.0006589;RO=3;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260326;STB=0.513898;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000105857;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:19:22:1:2:19:22:1:2 chr3 124733649 . T G 2657.34 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.778;QD=62.1601;RBI=0.0293846;REFB=0;REVB=0.0292171;RO=0;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22256e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:171:0:0:159:171:1:76:83:0:0:77:94:0:0 chr3 124738107 . C T 1659.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9047;QD=60.3456;RBI=0.0240507;REFB=0;REVB=-0.0229759;RO=0;SAF=74;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.36093e-05;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:36:74:0:0:36:74:0:0 chr3 124739892 . G A 2053.88 PASS AF=0.978102;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0346574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8954;QD=59.9674;RBI=0.0383396;REFB=-0.0392799;REVB=0.0163949;RO=3;SAF=70;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810709;STB=0.504316;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0019745;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:136:137:3:3:133:134:0.978102:63:70:1:2:63:71:1:2 chr3 124746049 . A G 1110.17 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.237;QD=57.6712;RBI=0.0102774;REFB=-0.175994;REVB=-0.00787844;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143205;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:0:74:77:1:34:40:0:0:34:43:0:0 chr3 124746182 . C A 2149.56 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295117;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.04;QD=63.2224;RBI=0.0327023;REFB=0;REVB=0.0140891;RO=0;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00636e-05;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:136:0:0:133:136:1:57:76:0:0:58:78:0:0 chr3 124746347 . T C 1053.62 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0613383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.513;QD=56.9523;RBI=0.0621319;REFB=-0.0390858;REVB=0.00989861;RO=2;SAF=33;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277991;STB=0.514702;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000218221;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:39:33:2:0:39:33:2:0 chr3 124748226 . G A 1451.68 PASS AF=0.990196;AO=97;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00462749;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.365;QD=56.9285;RBI=0.00871674;REFB=-0.0187545;REVB=0.00738701;RO=1;SAF=49;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958098;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000373523;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:97:101:0.990196:48:49:1:0:50:51:1:0 chr3 124802881 . A G 908.71 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.367;QD=57.6961;RBI=0.0229167;REFB=0;REVB=0.0183932;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13692e-05;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:30:30:0:0:31:32:0:0 chr3 124802888 . C T 199.87 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0189422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.001;QD=13.5507;RBI=0.0190884;REFB=0.00982439;REVB=-0.00235767;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18861;STB=0.607754;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00963882;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:14:10:21:14:14:10:21:14 chr3 124837684 . T C 1612.74 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198017;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7436;QD=60.2894;RBI=0.0429083;REFB=0;REVB=0.038066;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262558;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:104:107:1:46:58:0:0:47:60:0:0 chr3 124839470 . G A 1750.59 PASS AF=0.879433;AO=123;DP=140;FAO=124;FDP=141;FR=.;FRO=17;FSAF=79;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.012963;FXX=0.013985;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.882;QD=49.6621;RBI=0.0259168;REFB=-0.0996365;REVB=0.0224419;RO=14;SAF=79;SAR=44;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000122178;STB=0.501299;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00076054;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:140:141:14:17:123:124:0.879433:44:79:9:5:45:79:11:6 chr3 124951820 . A AT 181.9 PASS AF=0.947368;AO=4;DP=31;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0817899;FXX=0.386972;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.8142;QD=38.2955;RBI=0.0817901;REFB=-0.0839396;REVB=-0.000167241;RO=25;SAF=4;SAR=0;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0253749;OID=.;OPOS=124951821;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:4:31:18:19:1:18:0:1:0:8:25:4:0:15:10 chr3 124951821 . C G,T 423.01 PASS AF=0.129032,0.870968;AO=4,25;DP=29;FAO=4,27;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4,17;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236005,0.00898808;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.247,133.968;QD=54.5822;RBI=0.0276712,0.0207334;REFB=0,0;REVB=-0.0275704,0.0186839;RO=0;SAF=4,15;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.104344,-0.000461139;OID=.,.;OPOS=124951821,124951821;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:29:31:0:0:4,25:4,27:0.129032,0.870968:0,10:4,15:0:0:0,10:4,17:0:0 chr3 124996622 . G A 400.19 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0196748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.972;QD=15.8491;RBI=0.0423857;REFB=-0.0138172;REVB=-0.0375426;RO=57;SAF=27;SAR=17;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902974;STB=0.550742;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0226677;OID=.;OPOS=124996622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:17:27:30:27:17:27:30:27 chr3 125235852 . A ATTTAT 213.38 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00740353;FXX=0.0399947;HRUN=3;LEN=5;MLLD=269.254;QD=11.8542;RBI=0.00754366;REFB=-0.013846;REVB=-0.00144725;RO=51;SAF=12;SAR=14;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297746;STB=0.646953;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.0261544;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:26:78:26:72:46:12:14:32:14:99:51:12:14:37:14 chr3 125249313 . G T 511.17 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0144698;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3575;QD=15.3736;RBI=0.0221281;REFB=0.0257474;REVB=0.0167415;RO=78;SAF=41;SAR=15;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184064;STB=0.598968;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0348831;OID=.;OPOS=125249313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:78:77:56:56:0.421053:15:41:45:33:15:41:45:32 chr3 125653291 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0126975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.716;QD=16.3858;RBI=0.045424;REFB=-0.0144562;REVB=-0.0436132;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0125187;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr3 125692141 . G A 662.9 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0170436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.547;QD=18.8056;RBI=0.0171647;REFB=-0.0227479;REVB=0.00203501;RO=72;SAF=29;SAR=38;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287971;STB=0.507451;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0251965;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:74:67:67:0.475177:38:29:29:43:38:29:31:43 chr3 125725268 . TAACA T 169.46 PASS AF=0.432836;AO=18;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00883965;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=4;MLLD=239.261;QD=10.1171;RBI=0.0212975;REFB=-0.00200207;REVB=0.0193763;RO=32;SAF=15;SAR=3;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368885;STB=0.584866;STBP=0.288;TYPE=del;VARB=0.0028035;OID=.;OPOS=125725269;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432836:18:68:29:67:38:20:9:21:17:99:32:15:3:18:14 chr3 125726048 . G C 652.95 PASS AF=0.633333;AO=52;DP=86;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0063292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.642;QD=29.0201;RBI=0.0065262;REFB=-0.0467255;REVB=0.00159136;RO=33;SAF=20;SAR=32;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159804;STB=0.568051;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0292261;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:33:33:52:57:0.633333:32:20:20:13:33:24:20:13 chr3 125769757 . C T 396.59 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0459266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.443;QD=15.108;RBI=0.0462796;REFB=-0.00883058;REVB=-0.00570504;RO=60;SAF=25;SAR=20;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398192;STB=0.522378;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0141484;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:20:25:31:29:20:25:31:29 chr3 125775227 . CT C,CC 1405.72 PASS AF=0.0111111,0.988889;AO=28,62;DP=90;FAO=1,89;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,62;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158296,0.000814476;FXX=0.0109878;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.2946,101.717;QD=62.4766;RBI=0.121923,0.159684;REFB=0,0;REVB=0.120892,0.159682;RO=0;SAF=2,60;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0669369,0.00414317;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0111111,0.988889:28,62:90:1,89:90:0:0,62:1,27:0:0:3:0:2,60:26,2:0:0 chr3 125786879 . T C 654.68 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0845525;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3326;QD=62.3506;RBI=0.0981476;REFB=0;REVB=-0.049838;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195193;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:43:42:1:19:24:0:0:18:24:0:0 chr3 125826059 . T C 561.24 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0491842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7078;QD=19.3532;RBI=0.0491852;REFB=0.00885353;REVB=0.000314031;RO=58;SAF=31;SAR=27;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949129;STB=0.552329;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00952187;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:27:31:37:21:27:31:37:21 chr3 126137558 . C T 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0154756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6007;QD=8.66905;RBI=0.068731;REFB=-0.0195334;REVB=-0.0669661;RO=41;SAF=14;SAR=4;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174899;STB=0.59988;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0623617;OID=.;OPOS=126137558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:4:14:27:14:4:14:28:14 chr3 126138889 . G T 743.7 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=0.0132646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.716;QD=21.4015;RBI=0.0163937;REFB=-0.00106927;REVB=0.00963351;RO=67;SAF=32;SAR=40;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132123;STB=0.572349;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00125991;OID=.;OPOS=126138889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:67:72:72:0.517986:40:32:20:47:40:32:20:47 chr3 126169230 . C T 1548.48 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.251;QD=57.3509;RBI=0.0117848;REFB=-0.128516;REVB=0.00589049;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000119096;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:0:2:105:106:0.981481:43:62:0:0:43:63:0:2 chr3 126169472 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.975;QD=44.6898;RBI=0.056599;REFB=0;REVB=0.0269866;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580935;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr3 126178648 . G C 206.65 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0449956;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3879;QD=12.9154;RBI=0.0533586;REFB=-0.00389971;REVB=0.0286798;RO=39;SAF=16;SAR=8;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031409;STB=0.535242;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.008774;OID=.;OPOS=126178648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:24:25:0.390625:8:16:27:12:9:16:27:12 chr3 126194076 . T C 983.31 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513497;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.172;QD=58.705;RBI=0.053574;REFB=0;REVB=0.0152766;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84924e-05;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr3 126202257 . G A 1822.95 PASS AF=0.431373;AO=198;DP=458;FAO=198;FDP=459;FR=.;FRO=261;FSAF=116;FSAR=82;FSRF=140;FSRR=121;FWDB=-0.0153943;FXX=0.00863912;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.187;QD=15.8863;RBI=0.0225133;REFB=-0.0359013;REVB=0.0164275;RO=254;SAF=116;SAR=82;SRF=133;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642113;STB=0.52869;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0388603;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:459:254:261:198:198:0.431373:82:116:133:121:82:116:140:121 chr3 126218211 . G A 832.84 PASS AF=0.530612;AO=78;DP=149;FAO=78;FDP=147;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00485635;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.219;QD=22.6623;RBI=0.0134048;REFB=-0.0127963;REVB=0.0124942;RO=69;SAF=46;SAR=32;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394964;STB=0.502164;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0140641;OID=.;OPOS=126218211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:69:69:78:78:0.530612:32:46:41:28:32:46:41:28 chr3 126219627 . G A 428.66 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-7.20886e-05;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.938;QD=15.4472;RBI=0.0691611;REFB=0.00173918;REVB=0.0691611;RO=62;SAF=31;SAR=17;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357273;STB=0.52605;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00173588;OID=.;OPOS=126219627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:62:63:48:48:0.432432:17:31:38:24:17:31:38:25 chr3 126270923 . G C 309.51 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0102389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7632;QD=18.7584;RBI=0.0179495;REFB=-0.0193064;REVB=0.0147427;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126543;STB=0.591441;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0191676;OID=.;OPOS=126270923;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:31:33:32:33:0.5:19:13:17:14:20:13:19:14 chr3 126329910 . A G 246.14 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0267735;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.344;QD=18.5762;RBI=0.0317073;REFB=-0.00809236;REVB=-0.0169861;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136531;STB=0.565412;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.012531;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:26:26:26:27:0.509434:14:12:16:10:14:13:16:10 chr3 126385067 . C T 464.58 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0170492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5518;QD=13.6641;RBI=0.0173632;REFB=-0.0157822;REVB=0.00328745;RO=81;SAF=33;SAR=20;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746453;STB=0.543468;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0269473;OID=.;OPOS=126385067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:81:83:53:53:0.389706:20:33:45:36:20:33:46:37 chr3 126385070 . G A 466.05 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=137;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.00167703;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.115;QD=13.6073;RBI=0.0201499;REFB=-0.003256;REVB=0.02008;RO=83;SAF=33;SAR=20;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898584;STB=0.547778;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00533059;OID=.;OPOS=126385070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:83:84:53:53:0.386861:20:33:45:38:20:33:46:38 chr3 126451937 . G T 473.71 PASS AF=0.472222;AO=49;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0157965;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.703;QD=17.5449;RBI=0.0240743;REFB=-0.0150941;REVB=0.0181671;RO=58;SAF=31;SAR=18;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237196;STB=0.523068;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0224159;OID=.;OPOS=126451937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:58:57:49:51:0.472222:18:31:38:20:20:31:37:20 chr3 126708453 . T C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0052597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.649;QD=7.71673;RBI=0.00529401;REFB=-0.0146774;REVB=0.000601724;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152803;STB=0.594412;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0374669;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:17:10:5:5:17:10 chr3 126723549 . C T 165.08 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.022962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.347;QD=14.0497;RBI=0.0259512;REFB=-0.0189495;REVB=-0.0120917;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020074;STB=0.537855;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0351707;OID=.;OPOS=126723549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:7:11:16:11:7:11:16:13 chr3 126726705 . A G 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00351822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.377;QD=19.6978;RBI=0.0190012;REFB=-0.0303142;REVB=-0.0186727;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144454;STB=0.581422;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.02329;OID=.;OPOS=126726705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:8:14:10:11:8:14 chr3 126735453 . C T 826.5 PASS AF=0.589147;AO=76;DP=129;FAO=76;FDP=129;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0163996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.831;QD=25.628;RBI=0.0212695;REFB=-0.0375865;REVB=-0.0135442;RO=51;SAF=28;SAR=48;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939702;STB=0.552416;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0256431;OID=.;OPOS=126735453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:51:53:76:76:0.589147:48:28:25:26:48:28:26:27 chr3 126737268 . C A 1196.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5626;QD=60.5853;RBI=0.0834573;REFB=0;REVB=0.0277574;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349048;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:34:42:0:0:35:44:0:0 chr3 126746690 . A G 368.27 PASS AF=0.425532;AO=38;DP=91;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00381338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.229;QD=15.6708;RBI=0.00950703;REFB=-0.000862124;REVB=0.00870872;RO=51;SAF=23;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274541;STB=0.50847;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00121543;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:51:54:38:40:0.425532:15:23:31:20:15:25:33:21 chr3 126746731 . T G 141.47 PASS AF=0.322034;AO=22;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.000156656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6728;QD=9.59106;RBI=0.0403097;REFB=-0.00833954;REVB=-0.0403094;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391584;STB=0.550134;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.02295;OID=.;OPOS=126746731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:40:22:19:0.322034:9:13:17:10:8:11:26:14 chr3 126753653 . G A 244.22 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0764065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.586;QD=30.527;RBI=0.076907;REFB=-0.0199746;REVB=-0.00875998;RO=9;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176623;STB=0.524978;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0153103;OID=.;OPOS=126753653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:9:10:22:22:0.6875:19:3:0:9:19:3:1:9 chr3 126916371 . T C 739.12 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1965;QD=56.855;RBI=0.122701;REFB=0;REVB=0.0247687;RO=0;SAF=11;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144663;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:41:11:0:0:41:11:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 491.18 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=39;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00884632;FXX=0.149963;HRUN=3;LEN=3;MLLD=272.928;QD=57.7853;RBI=0.0328917;REFB=0.0119554;REVB=0.0316797;RO=6;SAF=11;SAR=20;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00707148;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=-0.000100153;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.970588:31:39:33:34:1:12:21:1:0:4:6:11:20:2:4 chr3 126916999 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTTT 41.25 PASS AF=0.470588,0;AO=3,3;DP=19;FAO=8,0;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0976494,-0.00362441;FXX=0.190386;HRUN=5,3;LEN=1,1;MLLD=13.5191,25.5216;QD=9.70668;RBI=0.109425,0.0654361;REFB=-0.00136212,0.0776117;REVB=0.0493808,-0.0653357;RO=8;SAF=1,0;SAR=2,3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103748,-0.602514;STB=0.589955,0.5;STBP=0.597,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00677482,0;OID=.,.;OPOS=126917000,126917005;OREF=T,A;OALT=-,T;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0:3,3:19:8,0:17:9:3,0:5,0:2:7:42:8:1,0:2,3:2:6 chr3 127323592 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0308461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.068;QD=8.30757;RBI=0.0333253;REFB=-0.0122088;REVB=0.0126133;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542651;STB=0.826891;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0690092;OID=.;OPOS=127323592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:14:4:6:2:14:4 chr3 127323830 . C T 959.11 PASS AF=1;AO=59;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0518;QD=58.1276;RBI=0.0613321;REFB=0;REVB=0.0527415;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304472;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:59:66:1:26:33:0:0:28:38:0:0 chr3 127379270 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0171353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.667;QD=16.9796;RBI=0.0174581;REFB=-0.0143436;REVB=0.00334179;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239184;STB=0.635186;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0164257;OID=.;OPOS=127379270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:8:18:13:16:8:18:13:16 chr3 127409941 . T C 1330.84 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120835;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.337;QD=61.1883;RBI=0.0294997;REFB=-0.129262;REVB=0.0269114;RO=1;SAF=48;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976886;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000253436;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:87:1:1:86:86:0.988506:38:48:1:0:38:48:1:0 chr3 127410915 . C T 1055.76 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00108834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.249;QD=57.8499;RBI=0.00567654;REFB=-0.103241;REVB=-0.00557123;RO=1;SAF=40;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116744;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00103051;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:1:1:70:72:0.986301:30:40:1:0:31:41:1:0 chr3 127434580 . G A 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5507;QD=59.4241;RBI=0.0709012;REFB=0;REVB=0.0674322;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161162;OID=.;OPOS=127434580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr3 127641968 . C A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0186864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.607;QD=15.2616;RBI=0.0197411;REFB=-0.00490633;REVB=0.00636615;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339089;STB=0.706492;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00464468;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:4:8:5:11:4:9:5:11 chr3 127642814 . G C 535.81 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0072868;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1755;QD=17.2842;RBI=0.0334679;REFB=-0.0111271;REVB=-0.032665;RO=67;SAF=36;SAR=21;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507877;STB=0.528292;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00942373;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:21:36:39:28:21:36:39:28 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 272.1 PASS AF=0.230769;AO=42;DP=209;FAO=42;FDP=182;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=77;FSRR=63;FWDB=0.00733156;FXX=0.0370351;HRUN=0;LEN=7;MLLD=352.378;QD=5.9801;RBI=0.0135389;REFB=0.00123267;REVB=0.011382;RO=165;SAF=17;SAR=25;SRF=99;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246439;STB=0.610972;STBP=0.114;TYPE=ins;VARB=-0.00392894;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:42:209:42:182:140:17:25:77:63:99:165:17:25:99:66 chr3 127682477 . AC GT 283.3 PASS AF=0.238889;AO=43;DP=186;FAO=43;FDP=180;FR=.;FRO=137;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.00296797;FXX=0.0322563;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.816;QD=6.29561;RBI=0.0277946;REFB=-0.00944346;REVB=-0.0276357;RO=136;SAF=19;SAR=24;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119053;STB=0.574483;STBP=0.283;TYPE=mnp;VARB=0.0241363;OID=.;OPOS=127682477;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:180:136:137:43:43:0.238889:24:19:73:63:24:19:74:63 chr3 127983495 . T C 783.57 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429871;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.813;QD=55.9689;RBI=0.0431681;REFB=0;REVB=-0.00394961;RO=0;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662024;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:49:56:1:40:9:0:0:45:11:0:0 chr3 128181777 . A G 361.3 PASS AF=0.520548;AO=35;DP=70;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0178762;FXX=0.0394685;HRUN=6;LEN=1;MLLD=107.358;QD=19.797;RBI=0.0189913;REFB=-0.00406572;REVB=0.00641153;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527621;STB=0.544605;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0103085;OID=.;OPOS=128181777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:35:35:35:38:0.520548:14:21:19:16:14:24:19:16 chr3 128182378 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0115515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.531;QD=15.5714;RBI=0.0243771;REFB=0.0208706;REVB=0.0214664;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336685;STB=0.69432;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0206285;OID=.;OPOS=128182378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:3:9:4:7:3:9 chr3 128199662 . G A 412.6 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0695249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9916;QD=15.8691;RBI=0.0782522;REFB=-0.0227143;REVB=0.0359124;RO=58;SAF=19;SAR=27;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138476;STB=0.577567;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0256675;OID=.;OPOS=128199662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:27:19:32:26:27:19:32:26 chr3 128204685 . A AG 54.75 PASS AF=0.181818;AO=23;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=16;FWDB=-0.0215197;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.8456;QD=2.84429;RBI=0.0939587;REFB=-0.0256307;REVB=-0.0914611;RO=52;SAF=18;SAR=5;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139266;STB=0.701058;STBP=0.118;TYPE=ins;VARB=0.141483;OID=.;OPOS=128204686;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:23:77:14:77:63:7:7:47:16:54:52:18:5:36:16 chr3 128292213 . A G 2351.08 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.021;QD=63.975;RBI=0.0340619;REFB=0;REVB=0.0301143;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57153e-06;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:62:85:0:0:62:85:0:0 chr3 128292844 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1373;QD=44.6873;RBI=0.042488;REFB=0;REVB=0.0222904;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102693;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr3 128292858 . T C 199.07 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121562;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.643;QD=49.7678;RBI=0.0406018;REFB=0;REVB=0.0387393;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257837;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr3 128356852 . C T 1170.76 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107972;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2938;QD=60.0392;RBI=0.0145513;REFB=0;REVB=-0.0145112;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104251;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:73:78:1:44:29:0:0:48:30:0:0 chr3 128392630 . G C 489.23 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249581;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.773;QD=59.3001;RBI=0.0175656;REFB=0;REVB=-0.0173873;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04928e-05;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr3 128622934 . A C 262.95 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00305579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.946;QD=19.4775;RBI=0.00435213;REFB=-0.0067431;REVB=0.0030989;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099885;STB=0.538743;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00698003;OID=.;OPOS=128622934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:26:27:28:0.518519:13:14:17:10:13:15:16:10 chr3 128890350 . G A 379.56 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.894;QD=54.2228;RBI=0.0158672;REFB=0;REVB=0.0156207;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193377;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:10:16:0:0:10:18:0:0 chr3 129130197 . T C 183.04 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00852078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.9;QD=13.3118;RBI=0.0144488;REFB=0.00746201;REVB=0.0116689;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174729;STB=0.587227;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00808638;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:21:22:0.4:12:9:9:24:13:9:9:24 chr3 129134242 . G A 436.48 PASS AF=0.488889;AO=42;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0900465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.182;QD=19.3989;RBI=0.0917997;REFB=-0.0151525;REVB=-0.0178557;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570921;STB=0.544128;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0235969;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:46:42:44:0.488889:24:18:17:29:24:20:17:29 chr3 129137127 . G A 280.67 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.024716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.363;QD=16.7563;RBI=0.0317044;REFB=-0.0046742;REVB=0.0198567;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261699;STB=0.633852;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00489998;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:11:19:13:23:12:19:13:23 chr3 129140499 . T C 260.45 PASS AF=0.457627;AO=22;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00162462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.301;QD=17.6579;RBI=0.00290098;REFB=-0.0155636;REVB=-0.00240339;RO=28;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311111;STB=0.518974;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0268768;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:30:22:27:0.457627:5:17:21:7:8:19:22:8 chr3 129152089 . G A 209.95 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0615255;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.529;QD=7.77583;RBI=0.0615476;REFB=0.00511119;REVB=-0.00164834;RO=78;SAF=15;SAR=15;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934984;STB=0.555519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00766004;OID=.;OPOS=129152089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:78:78:30:30:0.277778:15:15:45:33:15:15:45:33 chr3 129155670 . C T 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0200802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.035;QD=16.4427;RBI=0.0676848;REFB=-0.0040683;REVB=-0.0646376;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311812;STB=0.517839;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00569796;OID=.;OPOS=129155670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:17:10:8:12:17:10 chr3 129210977 . G C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00271792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.312;QD=14.6657;RBI=0.00897109;REFB=-0.0076851;REVB=0.00854947;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102929;STB=0.559918;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0098296;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:9:12:10:5:9:12 chr3 129214302 . G A 617.45 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0010788;FXX=0.0338954;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.865;QD=21.6649;RBI=0.0497124;REFB=-0.0380682;REVB=0.0497007;RO=49;SAF=28;SAR=33;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140535;STB=0.58421;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0325138;OID=.;OPOS=129214302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:49:53:61:61:0.535088:33:28:31:18:33:28:34:19 chr3 129279597 . C T 512.16 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.535;QD=58.5326;RBI=0.0660451;REFB=0;REVB=0.0508493;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895214;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr3 129281980 . C T 1014.7 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4561;QD=58.8231;RBI=0.0390705;REFB=0;REVB=0.021861;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063341;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:31:36:0:0:31:38:0:0 chr3 129286413 . G C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0175284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4982;QD=23.4328;RBI=0.023439;REFB=0.0289101;REVB=0.0155609;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480836;STB=0.526798;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0195951;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:11:13:12:8:11:13:12:8 chr3 129286635 . G A 50.78 PASS AF=0.583333;AO=5;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000536034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.132;QD=16.9255;RBI=0.0547526;REFB=-0.0155162;REVB=0.05475;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0124681;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:5:7:0.583333:2:3:3:2:4:3:3:2 chr3 129291751 . T C 279.12 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.07466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4301;QD=18.923;RBI=0.0775541;REFB=-0.0323517;REVB=-0.0209887;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155162;STB=0.59316;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0280493;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:15:15:19:9:15:15:20:9 chr3 129293183 . T C 1141.16 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.34828e-06;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.35;QD=60.8618;RBI=0.0528546;REFB=0;REVB=-0.0528546;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011061;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:28:46:0:0:29:46:0:0 chr3 129293256 . T C 550.8 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0316493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6702;QD=17.9121;RBI=0.0540154;REFB=-0.019826;REVB=-0.043772;RO=63;SAF=43;SAR=15;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13793;STB=0.570965;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0166935;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:63:65:58:58:0.471545:15:43:39:24:15:43:41:24 chr3 129297223 . C G 225.8 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0449248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7089;QD=20.5276;RBI=0.0607902;REFB=-0.0100458;REVB=0.0409537;RO=22;SAF=17;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132463;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:5:17:17:5:5:17:17:5 chr3 129367024 . T A 1083.01 PASS AF=0.915663;AO=75;DP=82;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0418867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.407;QD=52.1931;RBI=0.0436781;REFB=-0.0475747;REVB=-0.0123805;RO=4;SAF=29;SAR=46;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113952;STB=0.516823;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00219663;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:82:83:4:7:75:76:0.915663:46:29:2:2:47:29:4:3 chr3 129538635 . A G 503.13 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0281046;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.239;QD=54.3929;RBI=0.0440857;REFB=-0.0150838;REVB=0.0339659;RO=2;SAF=23;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174978;STB=0.509364;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000266552;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:2:2:35:35:0.945946:12:23:1:1:12:23:1:1 chr3 129546729 . T C 856.89 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012927;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.275;QD=58.0944;RBI=0.0139424;REFB=0;REVB=-0.00522341;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124885;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr3 129694681 . C G 411.56 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0279923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.401;QD=18.4969;RBI=0.0341577;REFB=-0.00691882;REVB=0.019575;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676256;STB=0.543668;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00780198;OID=.;OPOS=129694681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:18:24:23:23:18:24:23:24 chr3 129695954 . T C 851.15 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4531;QD=57.7051;RBI=0.0404025;REFB=0;REVB=0.0390991;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276384;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:22:34:0:0:25:34:0:0 chr3 129696041 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.133;QD=59.6795;RBI=0.0252871;REFB=0;REVB=0.020748;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43315e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr3 129800888 . G A 103.58 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.013981;FXX=0.0090082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.56;QD=3.76636;RBI=0.0148964;REFB=-0.00482171;REVB=-0.00514161;RO=91;SAF=10;SAR=9;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403014;STB=0.526288;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0150552;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:91:91:19:19:0.172727:9:10:45:46:9:10:45:46 chr3 129800895 . G A 100.39 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0132854;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.458;QD=3.61752;RBI=0.0133557;REFB=-0.00237045;REVB=-0.00136915;RO=92;SAF=7;SAR=12;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194608;STB=0.627242;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0232751;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:92:92:19:19:0.171171:12:7:48:44:12:7:48:44 chr3 130098349 . G A 2456.1 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2952;QD=61.4026;RBI=0.0326402;REFB=0;REVB=0.0275792;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26109e-05;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:78:82:0:0:78:82:0:0 chr3 130103709 . G A 1098.34 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1384;QD=60.1832;RBI=0.068057;REFB=0;REVB=-0.0478732;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000765025;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr3 130103723 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.769;QD=57.4358;RBI=0.0118136;REFB=-0.0672836;REVB=0.00428766;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000280076;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:36:31:0:1:36:31:0:1 chr3 130104062 . T C 1540.7 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00494982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.155;QD=62.2504;RBI=0.00804402;REFB=-0.0227226;REVB=0.00634078;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.503999;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00022656;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:0:1:97:98:0.989899:35:62:0:0:36:62:1:0 chr3 130104206 . A G 1465.84 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.0557;QD=56.9259;RBI=0.0198957;REFB=-0.0270607;REVB=0.00862451;RO=1;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087051;STB=0.504504;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00688504;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:1:1:101:102:0.990291:54:47:0:1:55:47:0:1 chr3 130110550 . A G 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.177;QD=57.392;RBI=0.0257158;REFB=-0.0242195;REVB=0.00948733;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000107036;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:1:0:15:22:1:0 chr3 130114082 . C G 2439.86 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.714;QD=60.9966;RBI=0.0152252;REFB=0;REVB=-0.0125985;RO=0;SAF=75;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90189e-05;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:160:0:0:156:160:1:81:75:0:0:81:79:0:0 chr3 130128159 . ATTTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTCA,ATTTTTTCC 357.31 PASS AF=0,0.974359,0,0;AO=8,42,3,5;DP=79;FAO=0,76,0,0;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=0,40,0,0;FSAR=0,36,0,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0721332,0.142409,0.111763,0.114265;FXX=0.0126566;HRUN=7,7,7,7;LEN=2,1,2,1;MLLD=9.37853,7.57505,17.0827,15.7131;QD=18.3234;RBI=0.142694,0.282083,0.180318,0.114269;REFB=0.0484124,0.0839043,0.0508996,0.0442643;REVB=0.12312,0.243496,0.141504,-0.000976728;RO=15;SAF=7,19,2,0;SAR=1,23,1,5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.333037,-0.104196,0,-0.74999;STB=0.5,0.51351,0.5,0.5;STBP=1,0.146,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=-0.0342692,0.0370425,0,0.080406;OID=.,.,.,.;OPOS=130128160,130128160,130128166,130128166;OREF=TT,T,TC,T;OALT=-,-,CA,C;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTCA,ATTTTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.974359,0,0:8,42,3,5:79:0,76,0,0:78:2:0,40,0,0:0,36,0,0:0:2:10:15:7,19,2,0:1,23,1,5:10:5 chr3 130162395 . A G 205.99 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00948842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.1261;QD=13.0787;RBI=0.0374326;REFB=0.00113512;REVB=-0.0362101;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119208;STB=0.559447;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00185852;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:38:25:25:0.396825:13:12:22:15:13:12:22:16 chr3 130174334 . G A 1877.64 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.851;QD=61.5619;RBI=0.0160831;REFB=0;REVB=-0.00282627;RO=0;SAF=78;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38733e-06;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:44:78:0:0:44:78:0:0 chr3 130174416 . G A 793.41 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=0.0114337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.201;QD=21.2997;RBI=0.0138086;REFB=0.00405719;REVB=-0.00774269;RO=72;SAF=42;SAR=34;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907391;STB=0.552532;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00460541;OID=.;OPOS=130174416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:72:73:76:76:0.510067:34:42:47:25:34:42:48:25 chr3 130187817 . T C 536.38 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=149;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00868785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.184;QD=14.3996;RBI=0.0105924;REFB=-0.00876394;REVB=0.00605972;RO=90;SAF=30;SAR=29;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147244;STB=0.508306;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0190955;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:90:90:59:59:0.395973:29:30:47:43:29:30:47:43 chr3 130190630 . G A 527.79 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00498471;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9997;QD=20.2994;RBI=0.033368;REFB=-0.0184698;REVB=-0.0329935;RO=50;SAF=42;SAR=12;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195643;STB=0.608652;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0233213;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:12:42:30:20:12:42:30:20 chr3 130285929 . C T 165.97 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=2;FWDB=-0.0258348;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3415;QD=13.2774;RBI=0.0276052;REFB=-0.00173735;REVB=-0.00972668;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=29;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372548;STB=0.707708;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00187612;OID=.;OPOS=130285929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:31:19:19:0.38:6:13:29:2:6:13:29:2 chr3 130287194 . AG AC,A 275.82 PASS AF=0,0.888889;AO=3,20;DP=44;FAO=0,40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=0,12;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.100819,-0.208654;FXX=0.0217344;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=38.1695,10.6358;QD=24.5171;RBI=0.103615,0.295698;REFB=0.00212652,-0.0286819;REVB=-0.0239061,0.209525;RO=13;SAF=0,7;SAR=3,13;SRF=0;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0.221239;SSSB=0,0.305178;STB=0.5,0.540964;STBP=1,0.175;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0532211;OID=.,.;OPOS=130287195,130287195;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.888889:3,20:44:0,40:45:5:0,12:0,28:0:5:13:13:0,7:3,13:0:13 chr3 130308840 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 184.36 PASS AF=0.409836,0,0;AO=16,9,7;DP=64;FAO=25,0,0;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0999714,-0.204942,-0.128474;FXX=0.0161264;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=22.7232,11.5411,13.2217;QD=12.089;RBI=0.205357,0.303316,0.134206;REFB=-0.0439802,-0.0270525,0.014232;REVB=0.17938,0.223605,0.0388045;RO=23;SAF=6,8,6;SAR=10,1,1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.151826,0.508194,0.446805;STB=0.535591,0.5,0.5;STBP=0.648,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0562632,0.0404317,0;OID=.,.,.;OPOS=130308847,130308841,130308847;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836,0,0:16,9,7:64:25,0,0:61:36:11,0,0:14,0,0:18:18:99:23:6,8,6:10,1,1:12:11 chr3 130311398 . C T 588.98 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0059153;FXX=0.0064512;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.115;QD=15.2981;RBI=0.00594842;REFB=-0.00276416;REVB=0.000626896;RO=78;SAF=33;SAR=33;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374921;STB=0.512983;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00364108;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:154:78:88:66:66:0.428571:33:33:42:36:33:33:42:46 chr3 130437265 . G C 456.91 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0071189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8406;QD=14.2785;RBI=0.00839798;REFB=-0.00367622;REVB=0.00445503;RO=76;SAF=28;SAR=24;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430815;STB=0.524263;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00771764;OID=.;OPOS=130437265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:76:52:52:0.40625:24:28:44:32:24:28:44:32 chr3 130852185 . TG CA,CG 468.87 PASS AF=0.424242,0.575758;AO=14,19;DP=34;FAO=14,19;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=9,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120804,0.0400267;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=230.22,148.818;QD=56.8325;RBI=0.0206698,0.0451732;REFB=0,0;REVB=0.016772,0.02094;RO=0;SAF=5,12;SAR=9,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0120222,-0.0157222;OID=.,.;OPOS=130852185,130852185;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:34:33:0:0:14,19:14,19:0.424242,0.575758:9,7:5,12:0:0:9,7:5,12:0:0 chr3 130947435 . A T 500.76 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0125754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.98;QD=15.6488;RBI=0.0258623;REFB=-0.0316736;REVB=-0.0225991;RO=69;SAF=30;SAR=25;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109961;STB=0.576244;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0454823;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:69:73:55:55:0.429688:25:30:30:39:25:30:30:43 chr3 131136797 . T C 1693.27 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.214;QD=60.4741;RBI=0.0486464;REFB=0;REVB=0.0262514;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36348e-05;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:48:62:0:0:50:62:0:0 chr3 131624120 . C G 352.14 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0286705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1483;QD=13.544;RBI=0.0345293;REFB=-0.0250017;REVB=-0.0192425;RO=61;SAF=24;SAR=17;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302425;STB=0.518859;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0506258;OID=.;OPOS=131624120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:62:41:42:0.403846:17:24:34:27:17:25:35:27 chr3 131947937 . A G 290.09 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0175612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2312;QD=16.5763;RBI=0.0314824;REFB=0.00548104;REVB=-0.0261294;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117071;STB=0.565843;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00653516;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:13:19:18:20:13:19:18:20 chr3 132051116 . T C 667.62 PASS AF=0.485714;AO=67;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00633412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.408;QD=19.0748;RBI=0.00706582;REFB=0.00113974;REVB=-0.00313125;RO=72;SAF=34;SAR=33;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199892;STB=0.514702;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00145146;OID=.;OPOS=132051116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:72:67:68:0.485714:33:34:35:37:33:35:35:37 chr3 132218623 . G T 2393.15 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660123;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.547;QD=64.2455;RBI=0.026751;REFB=0;REVB=0.0259238;RO=0;SAF=91;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14354e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:57:91:0:0:58:91:0:0 chr3 132360883 . C T 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.944;QD=64.0188;RBI=0.0190761;REFB=0;REVB=-0.0120053;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94661e-05;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr3 132401600 . C T 207.72 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0203751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8352;QD=17.6783;RBI=0.0351434;REFB=0.00120462;REVB=0.0286341;RO=26;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287074;STB=0.664958;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.000216861;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:16:5:13:13:16:5:13:13 chr3 132436901 . ATT A,AT 167.09 PASS AF=0,1;AO=8,21;DP=33;FAO=0,33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447351,-0.0815999;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.3779,7.18053;QD=20.2535;RBI=0.12992,0.243274;REFB=-0.00980475,-0.00776797;REVB=-0.121975,-0.229181;RO=2;SAF=5,11;SAR=3,10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0459355,0.0038199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0163417,-0.00970173;OID=.,.;OPOS=132436902,132436902;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:8,21:33:0,33:33:0:0,17:0,16:0:0:3:2:5,11:3,10:1:1 chr3 132436967 . A G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00175682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9322;QD=10.4387;RBI=0.0138184;REFB=-0.0136519;REVB=0.0137063;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695362;STB=0.541767;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0166251;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:12:15:8:5:12:15 chr3 133114893 . C T 759.76 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485326;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.908;QD=63.3134;RBI=0.0234137;REFB=0;REVB=0.0229052;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463907;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:10:37:0:0:10:38:0:0 chr3 133167363 . G A 182.96 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0125169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5824;QD=17.4243;RBI=0.0271428;REFB=-0.0042894;REVB=-0.0240844;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134659;STB=0.507684;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00367163;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:13:10:8:11:13:10 chr3 133342218 . C T 2025.74 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.982;QD=62.3304;RBI=0.0196176;REFB=0;REVB=0.0102892;RO=0;SAF=71;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44031e-05;OID=.;OPOS=133342218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:59:71:0:0:59:71:0:0 chr3 133465283 . A G 1134.13 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0495293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4016;QD=56.7063;RBI=0.0801742;REFB=-0.0239557;REVB=-0.0630456;RO=3;SAF=38;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359042;STB=0.518982;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00653502;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:39:38:3:0:39:38:3:0 chr3 133474225 . C T 550.61 PASS AF=0.405063;AO=63;DP=156;FAO=64;FDP=158;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0165391;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.609;QD=13.9395;RBI=0.0166569;REFB=-0.0165975;REVB=0.00197722;RO=91;SAF=28;SAR=35;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529201;STB=0.505951;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0251718;OID=.;OPOS=133474225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:91:94:63:64:0.405063:35:28:45:46:34:30:45:49 chr3 133475722 . C T 330.0 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00652094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.234;QD=11.6814;RBI=0.0108064;REFB=-0.0289985;REVB=-0.00861721;RO=69;SAF=31;SAR=10;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302026;STB=0.672199;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0413326;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:72:41:41:0.362832:10:31:35:34:10:31:37:35 chr3 133485133 . A G 1291.71 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00686995;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.053;QD=60.7863;RBI=0.00934641;REFB=0.0284198;REVB=0.00633713;RO=1;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119907;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000602369;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:39:45:0:1:39:45:0:1 chr3 133494354 . C T 373.01 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00481512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.866;QD=20.4391;RBI=0.0596047;REFB=-0.0278833;REVB=-0.0594099;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119837;STB=0.572826;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0343515;OID=.;OPOS=133494354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:21:17:20:14:21:17:21:14 chr3 133547245 . G A 169.41 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0262004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.926;QD=16.528;RBI=0.0300553;REFB=-0.00537136;REVB=0.0147261;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106479;STB=0.560909;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00807605;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:14:9:9:9:14:9 chr3 133547692 . G A 279.74 PASS AF=0.296875;AO=38;DP=128;FAO=38;FDP=128;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.018063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.177;QD=8.74172;RBI=0.0268584;REFB=-0.01885;REVB=0.0198772;RO=90;SAF=20;SAR=18;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116411;STB=0.568071;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0339671;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:90:90:38:38:0.296875:18:20:56:34:18:20:56:34 chr3 133698349 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.017;QD=61.3756;RBI=0.0249898;REFB=0;REVB=0.0245425;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22818e-05;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr3 134074727 . ATTT ATTA,TATT 817.52 PASS AF=0.527559,0.015748;AO=55,5;DP=132;FAO=67,2;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=34,1;FSAR=33,1;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00107787,0.0150778;FXX=0.0451094;HRUN=9,1;LEN=1,2;MLLD=242.547,17.2367;QD=25.7485;RBI=0.0155448,0.0957043;REFB=-0.0165107,-0.0356645;REVB=-0.0155074,-0.0945091;RO=23;SAF=27,4;SAR=28,1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0168483,0.347454;STB=0.50746,0.515969;STBP=0.822,0.864;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0039849,0.0984179;OID=.,.;OPOS=134074730,134074727;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATTA,TATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:127:23:29:55,5:67,2:0.527559,0.015748:28,1:27,4:12:11:33,1:34,1:14:15 chr3 134075522 . A G 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.266;QD=62.8998;RBI=0.027416;REFB=-0.0690387;REVB=-0.0165103;RO=1;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977988;STB=0.505154;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000185488;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:48:51:0:1:48:51:0:1 chr3 134077470 . C G 1796.62 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0131251;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.053;QD=59.3923;RBI=0.0183855;REFB=-0.111598;REVB=0.0128747;RO=2;SAF=64;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146105;STB=0.507691;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000167392;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:121:2:2:119:119:0.983471:55:64:2:0:55:64:2:0 chr3 134278270 . C T 264.07 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0171079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.798;QD=22.4742;RBI=0.0175255;REFB=-0.0124696;REVB=0.00380301;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942359;STB=0.551741;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0161;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:24:25:0.531915:11:13:9:12:12:13:9:13 chr3 134280395 . T A 1250.08 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.408;QD=60.2447;RBI=0.0152048;REFB=-0.0846709;REVB=-0.00141415;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=9.12185e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:0:1:81:82:0.987952:39:42:0:0:39:43:1:0 chr3 134322163 . C A 528.38 PASS AF=0.623377;AO=47;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00158786;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.46;QD=27.4483;RBI=0.00340783;REFB=-0.0154345;REVB=-0.0030153;RO=29;SAF=25;SAR=22;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103014;STB=0.501354;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00810395;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:47:48:0.623377:22:25:15:14:23:25:15:14 chr3 134322742 . A G 316.55 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0497308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.624;QD=20.4225;RBI=0.0506626;REFB=-0.00522263;REVB=0.00967174;RO=28;SAF=8;SAR=25;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119811;STB=0.579924;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00414773;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:25:8:10:18:25:8:11:18 chr3 134322814 . G C 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000568756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.711;QD=22.5816;RBI=0.0223586;REFB=-0.00604792;REVB=0.0223513;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357815;STB=0.519985;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0066751;OID=.;OPOS=134322814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:13:11:13:13:13:11 chr3 134323156 . A G 800.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0105;QD=57.1852;RBI=0.048814;REFB=0;REVB=-0.0470839;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386578;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr3 134499419 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5599;QD=60.3765;RBI=0.0532908;REFB=0;REVB=-0.0385298;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482388;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr3 134898742 . C T 714.11 PASS AF=0.419355;AO=78;DP=186;FAO=78;FDP=186;FR=.;FRO=108;FSAF=56;FSAR=22;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.0250555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.822;QD=15.3571;RBI=0.027899;REFB=-0.0181738;REVB=0.0122709;RO=107;SAF=56;SAR=22;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220424;STB=0.627084;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0261294;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:107:108:78:78:0.419355:22:56:56:51:22:56:56:52 chr3 136573440 . A G 671.17 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0405077;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.124;QD=23.1438;RBI=0.0424927;REFB=-0.0318401;REVB=0.0128358;RO=49;SAF=32;SAR=33;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461921;STB=0.516304;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0252461;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:51:65:65:0.560345:33:32:27:22:33:32:27:24 chr3 136574501 . A G 460.91 PASS AF=0.409449;AO=53;DP=128;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0625587;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1251;QD=14.5168;RBI=0.0653829;REFB=-0.0191407;REVB=0.0190086;RO=73;SAF=27;SAR=26;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309165;STB=0.503936;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0306082;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:75:53:52:0.409449:26:27:35:38:26:26:37:38 chr3 136574578 . T TTAA 216.44 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0109687;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=3;MLLD=262.247;QD=13.1174;RBI=0.0110086;REFB=-0.00938803;REVB=0.000937219;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565794;STB=0.507037;STBP=0.939;TYPE=ins;VARB=0.0158032;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:26:71:26:66:40:12:14:18:22:99:45:12:14:21:24 chr3 136649463 . C T 339.16 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00813843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.692;QD=17.8504;RBI=0.0170458;REFB=-0.0285625;REVB=-0.0149775;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525798;STB=0.529395;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0323928;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:16:20:20:20:16:20:20:20 chr3 136667405 . T C 404.22 PASS AF=0.433962;AO=45;DP=105;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0505346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1517;QD=15.2534;RBI=0.0557451;REFB=-0.0175556;REVB=0.0235323;RO=59;SAF=27;SAR=18;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210914;STB=0.617596;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0223383;OID=.;OPOS=136667405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:59:60:45:46:0.433962:18:27:23:36:18:28:24:36 chr3 137743508 . A T 607.06 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.000226737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9259;QD=25.0335;RBI=0.0476191;REFB=-0.0368912;REVB=-0.0476186;RO=42;SAF=19;SAR=36;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509035;STB=0.527892;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0295906;OID=.;OPOS=137743508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:36:19:17:25:36:19:17:25 chr3 137749839 . A G 206.02 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0316788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4339;QD=14.716;RBI=0.0316841;REFB=-0.00988517;REVB=-0.000582609;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171728;STB=0.529388;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0103926;OID=.;OPOS=137749839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:31:23:25:0.446429:10:13:17:14:10:15:17:14 chr3 137787047 . C T 264.38 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0185726;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0508;QD=19.5839;RBI=0.0206392;REFB=-0.00665487;REVB=-0.00900203;RO=24;SAF=21;SAR=7;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977564;STB=0.538435;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00632038;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:24:26:28:28:0.518519:7:21:20:4:7:21:21:5 chr3 137787192 . T C 349.96 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0235239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0813;QD=17.7196;RBI=0.0479319;REFB=-0.0309045;REVB=0.0417623;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128497;STB=0.571779;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0236784;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:20:17:25:17:20:17:25:17 chr3 137787963 . T G 1015.79 PASS AF=0.497487;AO=99;DP=199;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0140358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.925;QD=20.4179;RBI=0.0160019;REFB=-0.000809621;REVB=-0.00768482;RO=99;SAF=48;SAR=51;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055096;STB=0.527688;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000787405;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:99:100:99:99:0.497487:51:48:54:45:51:48:54:46 chr3 137843106 . T C 263.73 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000547498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.273;QD=26.3725;RBI=0.0364179;REFB=-0.0259535;REVB=-0.0364138;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182494;STB=0.60118;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0140924;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:9:15:6:10:9:15:6:10 chr3 137843476 . G T 200.63 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.050616;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.819;QD=13.6017;RBI=0.0510473;REFB=-0.00937324;REVB=0.00662132;RO=35;SAF=19;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247408;STB=0.643362;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0148508;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:35:24:24:0.40678:5:19:21:14:5:19:21:14 chr3 137850003 . A G 238.36 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0308155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.503;QD=20.2858;RBI=0.0344461;REFB=-0.0341382;REVB=-0.0153928;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262743;STB=0.648515;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.044653;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:10:14:7:16:10:14 chr3 137880743 . G A 323.91 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0112128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6142;QD=28.7923;RBI=0.0993997;REFB=-0.0610817;REVB=-0.0987653;RO=16;SAF=22;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905171;STB=0.542569;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0266631;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:28:28:0.622222:6:22:11:5:6:22:12:5 chr3 137881265 . T A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0136452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.836;QD=21.971;RBI=0.0230112;REFB=-0.0276967;REVB=-0.018529;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226288;STB=0.628429;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.027795;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:4:16:10:7:4:16:10:7 chr3 137964263 . T G 469.5 PASS AF=0.469388;AO=32;DP=102;FAO=46;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0223324;FXX=0.0392118;HRUN=9;LEN=1;MLLD=218.947;QD=19.1632;RBI=0.0298478;REFB=-0.00474808;REVB=0.019803;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120301;STB=0.564927;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000352628;OID=.;OPOS=137964263;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:98:28:41:32:46:0.469388:16:16:18:10:22:24:27:14 chr3 138033181 . C T 192.41 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0413847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.984;QD=14.8005;RBI=0.0842225;REFB=-0.0225634;REVB=-0.0733535;RO=29;SAF=19;SAR=3;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711989;STB=0.56993;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.026669;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:3:19:24:5:3:19:24:6 chr3 138187568 . C T 3153.11 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706305;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.786;QD=63.6992;RBI=0.00729271;REFB=-0.0442729;REVB=-0.00181574;RO=1;SAF=101;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26657e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:198:1:0:198:198:1:97:101:0:1:97:101:0:0 chr3 138187736 . G GA 41.49 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0155228;FXX=0.0101;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.003;QD=1.69366;RBI=0.0396054;REFB=-0.00520909;REVB=-0.0364366;RO=95;SAF=1;SAR=11;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500531;STB=0.87837;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.145783;OID=.;OPOS=138187737;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122449:12:107:12:98:86:1:11:38:48:41:95:1:11:43:52 chr3 138191232 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0111365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.373;QD=21.3533;RBI=0.0168098;REFB=-0.0338902;REVB=-0.0125916;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189634;STB=0.608515;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0206384;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:5:4:3:10:5:4 chr3 138289163 . T C 997.4 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021625;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7709;QD=57.8203;RBI=0.0635345;REFB=-0.00413599;REVB=0.0597411;RO=1;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219715;STB=0.511624;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=3.5318e-05;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:21:47:0:1:21:47:0:1 chr3 138289221 . C T 1631.85 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0985;QD=59.8845;RBI=0.0197944;REFB=0;REVB=0.0197546;RO=0;SAF=65;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140678;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:42:65:0:0:42:67:0:0 chr3 138329862 . G A 773.12 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0227765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.685;QD=55.2225;RBI=0.0290647;REFB=-0.0515015;REVB=0.0180552;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000399907;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:1:0:25:30:1:0 chr3 138665815 . C T 143.17 PASS AF=0.395349;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.13578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.719;QD=13.3182;RBI=0.153687;REFB=-0.00282873;REVB=0.071997;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158646;STB=0.509792;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0148703;OID=.;OPOS=138665815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:26:15:17:0.395349:12:3:8:18:12:5:8:18 chr3 138668582 . T C 109.44 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00609276;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.047;QD=13.2652;RBI=0.0353926;REFB=0.00148005;REVB=-0.0348643;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213434;STB=0.612735;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00211998;OID=.;OPOS=138668582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:21:20:13:13:0.393939:6:7:7:14:6:7:7:13 chr3 138668692 . T C 379.62 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.000385703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.909;QD=16.6865;RBI=0.00180794;REFB=-0.0170708;REVB=-0.00176632;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174112;STB=0.595698;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0194318;OID=.;OPOS=138668692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:51:40:40:0.43956:19:21:17:32:19:21:18:33 chr3 138669222 . A G 128.63 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.024477;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4604;QD=11.1855;RBI=0.0388413;REFB=-0.0131318;REVB=-0.0301583;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936941;STB=0.555484;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0229972;OID=.;OPOS=138669222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:31:15:15:0.326087:6:9:21:10:6:9:21:10 chr3 138762706 . AC AG,GA 1510.86 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=92,5;DP=105;FAO=100,5;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=70,0;FSAR=30,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026883,-0.0111484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=100.498,92.5906;QD=57.5566;RBI=0.0286657,0.0151715;REFB=0,0;REVB=0.00995101,0.0102901;RO=0;SAF=66,0;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.04346e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00174701,0.21073;OID=.,.;OPOS=138762707,138762706;OREF=C,AC;OALT=G,GA;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:105:105:0:0:92,5:100,5:0.952381,0.047619:26,5:66,0:0:0:30,5:70,0:0:0 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG,GTGCTGGCTG 1941.33 PASS AF=0,1,0;AO=28,75,15;DP=133;FAO=0,127,0;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=0,85,0;FSAR=0,42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392903,0.0344346,0.0258126;FXX=0.0522349;HRUN=1,1,1;LEN=4,3,2;MLLD=239.593,250.539,229.958;QD=61.1443;RBI=0.0750099,0.089375,0.0743207;REFB=0,0,0;REVB=0.0638964,0.0824752,0.0696942;RO=0;SAF=21,46,14;SAR=7,29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.89405e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.000221007,0;OID=.,.,.;OPOS=138763635,138763628,138763633;OREF=GCTG,TGC,CT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG,GTGCTGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:28,75,15:133:0,127,0:127:0:0,85,0:0,42,0:0:0:11:0:21,46,14:7,29,1:0:0 chr3 139102120 . C A 1477.28 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290908;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.9;QD=63.5389;RBI=0.0244386;REFB=0;REVB=0.0242648;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70861e-05;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:94:93:1:39:55:0:0:39:54:0:0 chr3 139303248 . G A 670.46 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229877;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.438;QD=62.3682;RBI=0.0610522;REFB=0;REVB=0.0565592;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156149;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:17:24:0:0:19:24:0:0 chr3 139328739 . C T 320.7 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5621;QD=53.4509;RBI=0.053766;REFB=0;REVB=0.0241924;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147474;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr3 140167536 . A G 666.4 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00653604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.561;QD=19.3159;RBI=0.0140889;REFB=-0.0148963;REVB=-0.0124811;RO=71;SAF=31;SAR=36;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674869;STB=0.537302;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0142027;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:36:31:38:33:36:31:38:33 chr3 140178485 . G A 401.37 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0126552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.508;QD=18.8881;RBI=0.0183499;REFB=-0.0106591;REVB=-0.0132877;RO=44;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131782;STB=0.578248;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00823415;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:40:41:0.482353:22:18:26:18:23:18:26:18 chr3 140281723 . C T 934.31 PASS AF=0.480198;AO=97;DP=202;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=-0.0129037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.298;QD=18.5012;RBI=0.0153126;REFB=-0.0153846;REVB=0.00824443;RO=104;SAF=37;SAR=60;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167427;STB=0.590104;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0190327;OID=.;OPOS=140281723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:104:105:97:97:0.480198:60:37:58:46:60:37:58:47 chr3 140282861 . C T 592.96 PASS AF=0.459259;AO=61;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=53;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=17;FWDB=-0.000598887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.756;QD=17.5693;RBI=0.0160645;REFB=-0.012641;REVB=0.0160533;RO=72;SAF=53;SAR=8;SRF=56;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165708;STB=0.584116;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0184441;OID=.;OPOS=140282861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:61:62:0.459259:8:53:56:16:9:53:56:17 chr3 140285504 . T C 223.13 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.020506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.799;QD=16.528;RBI=0.0265958;REFB=0.00525364;REVB=0.0169363;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122429;STB=0.562448;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00519101;OID=.;OPOS=140285504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:18:7:11:17:18:7:11:18 chr3 140401693 . A G 736.67 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0178165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2744;QD=54.5685;RBI=0.0178427;REFB=-0.0393457;REVB=0.00096695;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00244849;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:0:1:22:31:0:1 chr3 140406947 . G A 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0226209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.631;QD=20.809;RBI=0.0409044;REFB=-0.0100229;REVB=0.0340803;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038631;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0148118;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:11:12:11:12:11:12 chr3 140407260 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0730222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.393;QD=11.2569;RBI=0.0739748;REFB=-0.0176781;REVB=0.0118333;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.027931;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:5:7:5:3:5:7 chr3 140979087 . C T 103.56 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0180887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4275;QD=18.8299;RBI=0.0334809;REFB=-0.0173771;REVB=-0.028174;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301131;STB=0.517213;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0186492;OID=.;OPOS=140979087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:7:3:4:8:7:3 chr3 140997320 . C T 759.76 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=129;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0119049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.145;QD=23.5584;RBI=0.0119058;REFB=-0.0130914;REVB=-0.00014323;RO=57;SAF=41;SAR=31;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662347;STB=0.503618;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00832625;OID=.;OPOS=140997320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:57:72:72:0.55814:31:41:32:25:31:41:32:25 chr3 141162128 . C G 183.82 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00784064;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.704;QD=24.5099;RBI=0.00809552;REFB=0.0011715;REVB=-0.00201536;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179199;STB=0.600722;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000963771;OID=.;OPOS=141162128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:12:12:18:18:0.6:13:5:6:6:13:5:6:6 chr3 141162185 . T G 63.17 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0234898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.627;QD=21.0565;RBI=0.025706;REFB=0.0106862;REVB=0.0104415;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31147;STB=0.681335;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00243795;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:3:1:6:2:3:1 chr3 141326602 . T C 396.47 PASS AF=0.396552;AO=44;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0137932;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.084;QD=13.6712;RBI=0.0153909;REFB=-0.00624493;REVB=0.00682829;RO=70;SAF=27;SAR=17;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140311;STB=0.561622;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0143566;OID=.;OPOS=141326602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:44:46:0.396552:17:27:34:36:19:27:34:36 chr3 141327474 . G A 368.46 PASS AF=0.493671;AO=36;DP=76;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0461306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4523;QD=18.6564;RBI=0.0467018;REFB=-0.00717504;REVB=0.00728196;RO=39;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235218;STB=0.505374;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00596214;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:39:40:36:39:0.493671:23:13:15:24:23:16:16:24 chr3 141331222 . G A 1115.16 PASS AF=0.478814;AO=113;DP=236;FAO=113;FDP=236;FR=.;FRO=123;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=-0.0127104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3125;QD=18.9011;RBI=0.0155246;REFB=-0.01318;REVB=-0.00891395;RO=123;SAF=52;SAR=61;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513507;STB=0.528274;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0130351;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:123:123:113:113:0.478814:61:52:50:73:61:52:50:73 chr3 141923506 . C T 824.8 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.842;QD=56.8825;RBI=0.0670298;REFB=0;REVB=0.00898568;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90722e-05;OID=.;OPOS=141923506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:42:14:0:0:43:15:0:0 chr3 141932356 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.052;QD=59.6795;RBI=0.0284951;REFB=0;REVB=-0.0267486;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7083e-05;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr3 142030227 . GAA GA,G 38.49 PASS AF=0.0625,0.375;AO=2,4;DP=17;FAO=1,6;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=0,4;FSAR=1,2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.488975,-0.276434;FXX=0.0587889;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.44239,20.041;QD=9.62329;RBI=0.507462,0.285186;REFB=0.0453297,0.0208492;REVB=0.135724,0.0701113;RO=6;SAF=0,2;SAR=2,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.562437,0.156622;STB=0.984323,0.749249;STBP=0.563,0.154;TYPE=del,del;VARB=0.0190343,-0.0635015;OID=.,.;OPOS=142030228,142030228;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.375:2,4:17:1,6:16:9:0,4:1,2:2:7:29:6:0,2:2,2:2:4 chr3 142078759 . C T 401.71 PASS AF=0.588235;AO=38;DP=66;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00277853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.918;QD=23.6303;RBI=0.0136534;REFB=-0.0108956;REVB=0.0133677;RO=27;SAF=11;SAR=27;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218703;STB=0.620002;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00722538;OID=.;OPOS=142078759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:27:28:38:40:0.588235:27:11:15:12:29:11:15:13 chr3 142123841 . C T 489.49 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00238175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8267;QD=15.5394;RBI=0.0178709;REFB=-0.0120495;REVB=-0.0177115;RO=72;SAF=27;SAR=27;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056656;STB=0.531734;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0127655;OID=.;OPOS=142123841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:27:27:40:32:27:27:40:32 chr3 142139172 . T A,C 742.89 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,51;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208678,-0.0262931;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.349,205.594;QD=56.0669;RBI=0.0216149,0.0272727;REFB=0,0;REVB=-0.00563347,-0.00724381;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.162556,-0.000413596;OID=.,.;OPOS=142139172,142139172;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:2,51:2,51:0.0377358,0.962264:0,30:2,21:0:0:0,30:2,21:0:0 chr3 142168331 . C T 1462.67 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0315856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1565;QD=61.5863;RBI=0.0455008;REFB=-0.0187045;REVB=0.0327518;RO=1;SAF=58;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810429;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00105415;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:92:94:0.989474:34:58:1:0:35:59:1:0 chr3 142178144 . C T 293.95 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00271024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.082;QD=12.5086;RBI=0.0459514;REFB=0.00738644;REVB=-0.0458714;RO=58;SAF=16;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512922;STB=0.518786;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0219464;OID=.;OPOS=142178144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:60:34:34:0.361702:18:16:30:28:18:16:30:30 chr3 142222284 . A G 447.28 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00242889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.234;QD=15.5575;RBI=0.00283484;REFB=-0.0261678;REVB=0.00146179;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854257;STB=0.547807;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0417233;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:25:25:38:27:25:25:38:27 chr3 142277536 . A G 588.5 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=154;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=24;FWDB=0.0536874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.265;QD=15.2857;RBI=0.0538473;REFB=-0.0190848;REVB=0.00414658;RO=87;SAF=31;SAR=35;SRF=63;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25711;STB=0.645089;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0130468;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:87:88:66:66:0.428571:35:31:63:24:35:31:64:24 chr3 142277575 . A T 1912.4 PASS AF=0.962406;AO=126;DP=132;FAO=128;FDP=133;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0213159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.566;QD=57.5159;RBI=0.0251388;REFB=-0.125077;REVB=0.0133263;RO=5;SAF=71;SAR=55;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322883;STB=0.516554;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000506868;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:133:5:5:126:128:0.962406:55:71:5:0:55:73:5:0 chr3 142281612 . A G 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113231;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.092;QD=59.8615;RBI=0.0235909;REFB=0;REVB=0.0206958;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87076e-05;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr3 142392596 . T TC 891.5 PASS AF=1;AO=79;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.118;QD=38.7607;RBI=0.147432;REFB=0;REVB=-0.107059;RO=9;SAF=36;SAR=43;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00266414;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:94:92:92:0:41:51:0:0:18:9:36:43:5:4 chr3 142408606 . G A 1148.55 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134253;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.969;QD=59.6651;RBI=0.0134257;REFB=0;REVB=0.000101251;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319878;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:74:77:1:35:39:0:0:36:41:0:0 chr3 142503605 . G A 917.08 PASS AF=0.407843;AO=104;DP=253;FAO=104;FDP=255;FR=.;FRO=151;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=72;FSRR=79;FWDB=-0.00836871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.18;QD=14.3856;RBI=0.0132963;REFB=-0.00689123;REVB=-0.0103323;RO=149;SAF=40;SAR=64;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923591;STB=0.556165;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00762439;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:255:149:151:104:104:0.407843:64:40:70:79:64:40:72:79 chr3 142523349 . G A 591.02 PASS AF=0.472868;AO=60;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0146421;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.44;QD=18.3262;RBI=0.0240484;REFB=-0.0164241;REVB=-0.0190771;RO=67;SAF=23;SAR=37;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148683;STB=0.572731;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0168805;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:68:60:61:0.472868:37:23:36:31:37:24:36:32 chr3 142524858 . G A 970.23 PASS AF=0.48731;AO=98;DP=197;FAO=96;FDP=197;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=-0.0178481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5969;QD=19.7002;RBI=0.0262621;REFB=0.0065541;REVB=-0.019265;RO=99;SAF=47;SAR=51;SRF=62;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133656;STB=0.57379;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0105792;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:99:101:98:96:0.48731:51:47:62:37:50:46:63:38 chr3 142670616 . A G 296.96 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0109189;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.33;QD=15.4267;RBI=0.0123707;REFB=0.000954339;REVB=-0.00581477;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157243;STB=0.50888;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00099315;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:18:26:19:14:18:26 chr3 142681090 . T G 271.64 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0182562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3109;QD=14.6832;RBI=0.0361225;REFB=0.0145912;REVB=-0.0311697;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323552;STB=0.693034;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0319261;OID=.;OPOS=142681090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:43:31:31:0.418919:20:11:28:13:20:11:30:13 chr3 142681642 . G A 495.71 PASS AF=0.416667;AO=54;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0128094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.542;QD=15.0214;RBI=0.0281127;REFB=-0.00997534;REVB=0.0250248;RO=73;SAF=32;SAR=22;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468732;STB=0.54797;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0175398;OID=.;OPOS=142681642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:77:54:55:0.416667:22:32:40:33:22:33:40:37 chr3 143293012 . A G 143.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0250057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0405;QD=14.6954;RBI=0.0577559;REFB=0.0212909;REVB=-0.052062;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.599877;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0314358;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:9:14:7:9:9:14 chr3 145782812 . T C 281.47 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0134926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1916;QD=26.1834;RBI=0.0487095;REFB=-0.0351855;REVB=0.0468035;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26932;STB=0.654408;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0177727;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:17:25:26:0.604651:11:14:14:1:11:15:16:1 chr3 145803138 . T C 218.92 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0662458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4849;QD=22.4534;RBI=0.0671393;REFB=0.0403681;REVB=0.0109168;RO=18;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359383;STB=0.703925;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.031564;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:17:4:10:8:17:4:10:8 chr3 145803142 . T A 188.41 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0219941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.578;QD=20.3687;RBI=0.0266371;REFB=-0.011044;REVB=-0.0150264;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29761;STB=0.669906;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.010994;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:15:4:9:9:15:4:9:9 chr3 145912177 . T G 419.4 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0577719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9394;QD=16.6099;RBI=0.061442;REFB=0.0068965;REVB=0.020917;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434502;STB=0.512948;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00749522;OID=.;OPOS=145912177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:54:55:45:46:0.455446:22:23:30:24:22:24:30:25 chr3 145917761 . T C 1035.09 PASS AF=0.488479;AO=106;DP=216;FAO=106;FDP=217;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.00226639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.396;QD=19.08;RBI=0.0153772;REFB=-0.0117847;REVB=0.0152092;RO=110;SAF=53;SAR=53;SRF=66;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926503;STB=0.548378;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0112156;OID=.;OPOS=145917761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:110:111:106:106:0.488479:53:53:66:44:53:53:66:45 chr3 145938619 . T C 433.27 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=22;FWDB=0.00160136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.534;QD=13.6464;RBI=0.0133438;REFB=-0.00326884;REVB=0.0132473;RO=77;SAF=27;SAR=23;SRF=55;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192606;STB=0.60815;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00585659;OID=.;OPOS=145938619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:77:50:50:0.393701:23:27:55:22:23:27:55:22 chr3 146177815 . C T 776.74 PASS AF=0.503356;AO=75;DP=149;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.0111497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6072;QD=20.8521;RBI=0.0540355;REFB=0.0115637;REVB=-0.0528727;RO=74;SAF=41;SAR=34;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15093;STB=0.582986;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0145142;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:74:75:75:0.503356:34:41:28:46:34:41:28:46 chr3 146243369 . G T 53.15 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0373054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.982;QD=7.33111;RBI=0.0397647;REFB=-0.0124153;REVB=0.0137672;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306884;STB=0.504576;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296071;OID=.;OPOS=146243369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:5:3:7:13:5:3:8:13 chr3 146289323 . T C 213.32 PASS AF=0.478261;AO=16;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0273079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0132;QD=18.5497;RBI=0.0298496;REFB=-0.0127414;REVB=-0.0120531;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172774;STB=0.590826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0137616;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:22:24:16:22:0.478261:7:9:12:10:13:9:14:10 chr3 148459395 . C T 705.68 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0304351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5391;QD=58.8067;RBI=0.0307526;REFB=-0.089492;REVB=-0.00440718;RO=2;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034276;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00533051;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:48:2:2:46:46:0.958333:21:25:1:1:21:25:1:1 chr3 148460467 . C A 2685.22 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=177;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00937713;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.181;QD=61.0277;RBI=0.0257068;REFB=-0.0667893;REVB=0.0239355;RO=2;SAF=94;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000875843;STB=0.50046;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000419749;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:177:176:2:2:174:174:0.988636:80:94:1:1:80:94:1:1 chr3 148460700 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9535;QD=37.4885;RBI=0.0535794;REFB=0;REVB=-0.0455864;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00394341;OID=.;OPOS=148460700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr3 148597612 . C T 1192.9 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344741;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.239;QD=61.1744;RBI=0.00419637;REFB=0;REVB=-0.00239269;RO=0;SAF=57;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04654e-05;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:21:57:0:0:21:57:0:0 chr3 148727133 . G A 143.38 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0159569;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.46;QD=13.6554;RBI=0.0208077;REFB=-0.00586197;REVB=-0.0133543;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084933;STB=0.549936;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.021367;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:26:15:16:0.380952:4:11:16:8:5:11:16:10 chr3 148759325 . T C 378.94 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0204012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2164;QD=19.187;RBI=0.030385;REFB=-0.0381248;REVB=-0.0225175;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505615;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0393125;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:22:17:17:22:22:17:17:23 chr3 148786108 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0128928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.224;QD=12.785;RBI=0.0189338;REFB=-0.000812488;REVB=-0.013866;RO=43;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209304;STB=0.619808;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00152122;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:16:11:26:17:16:11:26:17 chr3 148872987 . G A 638.87 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5399;QD=59.4296;RBI=0.044016;REFB=-0.124685;REVB=-0.00819769;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00192697;OID=.;OPOS=148872987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:26:15:0:1:26:16:0:1 chr3 148881673 . C T 460.53 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0252427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.853;QD=23.9238;RBI=0.0286011;REFB=-0.0180694;REVB=0.0134472;RO=33;SAF=16;SAR=28;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990373;STB=0.55443;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0138413;OID=.;OPOS=148881673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:28:16:16:17:28:16:16:17 chr3 148916215 . G A 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00049217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.952;QD=18.0731;RBI=0.010093;REFB=-0.0207998;REVB=0.010081;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313114;STB=0.524122;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0182521;OID=.;OPOS=148916215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:18:12:11:19:18:12:11:20 chr3 148916235 . T A 820.13 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0226954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7937;QD=55.6019;RBI=0.0286953;REFB=0.0867632;REVB=-0.0175597;RO=1;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00112415;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:35:23:0:1:35:23:0:1 chr3 149093238 . A G 955.05 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.229;QD=58.7723;RBI=0.0433635;REFB=0;REVB=0.0276651;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55186e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:32:33:0:0 chr3 149193684 . T C 475.98 PASS AF=0.438017;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0112419;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8182;QD=15.735;RBI=0.0356365;REFB=-0.0274132;REVB=0.0338169;RO=66;SAF=27;SAR=25;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149113;STB=0.577568;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0338367;OID=.;OPOS=149193684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:66:68:52:53:0.438017:25:27:44:22:26:27:44:24 chr3 149216629 . C T 714.31 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=173;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0132678;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.258;QD=16.6118;RBI=0.0157206;REFB=-0.0174369;REVB=-0.00843222;RO=95;SAF=50;SAR=27;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169552;STB=0.594468;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0286355;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:95:95:77:77:0.447674:27:50:46:49:27:50:46:49 chr3 149220517 . C T 303.95 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00701219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0691;QD=14.827;RBI=0.0156219;REFB=-0.0143049;REVB=-0.0139597;RO=48;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18704;STB=0.605998;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0224074;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:13:21:21:27:13:21:21:27 chr3 149459341 . A G 2114.6 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.973;QD=62.6548;RBI=0.0353937;REFB=0;REVB=0.0329341;RO=0;SAF=83;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14913e-05;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:51:83:0:0:52:83:0:0 chr3 149459413 . C T 2207.05 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00744488;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.227;QD=62.6112;RBI=0.0256255;REFB=-0.0854176;REVB=0.0245202;RO=1;SAF=83;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569451;STB=0.502994;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000138637;OID=.;OPOS=149459413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:141:1:1:140:140:0.992908:57:83:1:0:57:83:1:0 chr3 149469159 . C G 1226.72 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4182;QD=61.3358;RBI=0.0706841;REFB=0;REVB=0.0679961;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366271;OID=.;OPOS=149469159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr3 149479301 . C T 2293.32 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.752;QD=63.7035;RBI=0.0415001;REFB=0;REVB=-0.0376602;RO=0;SAF=77;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46708e-05;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:67:77:0:0:67:77:0:0 chr3 149488442 . A G 338.7 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0275193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.567;QD=15.2224;RBI=0.0299759;REFB=-0.0124362;REVB=0.0118846;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617935;STB=0.534935;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0175242;OID=.;OPOS=149488442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:17:20:25:27:17:20:25:27 chr3 149678534 . C T 453.12 PASS AF=0.614286;AO=42;DP=69;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00857681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.364;QD=25.8927;RBI=0.0389874;REFB=0.0175835;REVB=0.0380323;RO=27;SAF=30;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158156;STB=0.58931;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00582963;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:27:27:42:43:0.614286:12:30:14:13:12:31:14:13 chr3 150280445 . C G 168.55 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0268275;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0935;QD=14.9825;RBI=0.053071;REFB=-0.0086519;REVB=-0.0457911;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234981;STB=0.636209;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0117822;OID=.;OPOS=150280445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:27:18:18:0.4:12:6:15:12:12:6:15:12 chr3 150347833 . G A 194.82 PASS AF=0.375;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0163715;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.015;QD=12.1761;RBI=0.0231264;REFB=-0.00678133;REVB=0.0163342;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419705;STB=0.527005;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0141109;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:37:40:24:24:0.375:10:14:23:14:10:14:25:15 chr3 150403749 . T C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.059133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6033;QD=15.6427;RBI=0.0609889;REFB=-0.00350454;REVB=0.0149311;RO=29;SAF=4;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430289;STB=0.749732;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0068017;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:16:4:17:12:16:4:17:12 chr3 150690439 . T A 164.64 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0120252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1895;QD=12.4254;RBI=0.0285468;REFB=-0.0265235;REVB=-0.0258904;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125866;STB=0.585685;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0552526;OID=.;OPOS=150690439;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:6:14:19:13:6:14:19:14 chr3 150917000 . T G 489.23 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=0.00444625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.404;QD=17.0166;RBI=0.0209527;REFB=-0.00987303;REVB=0.0204755;RO=61;SAF=38;SAR=15;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514329;STB=0.50589;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00916691;OID=.;OPOS=150917000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:61:62:53:53:0.46087:15:38:44:17:15:38:45:17 chr3 151011969 . G A 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0153928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.4;QD=18.1155;RBI=0.0912086;REFB=-0.029605;REVB=-0.0899004;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05159;STB=0.529379;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0580832;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:10:10:10:8:10:10 chr3 151012497 . T C 1555.58 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9781;QD=58.1526;RBI=0.0506683;REFB=-0.0595253;REVB=0.0283729;RO=2;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186004;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998341;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:107:2:0:104:107:1:50:54:0:2:52:55:0:0 chr3 151046308 . G A 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0386905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.518;QD=54.6364;RBI=0.0396486;REFB=0.03086;REVB=0.00866356;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000497076;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:34:17:0:0:34:17:0:1 chr3 151056598 . A C 207.06 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.43;QD=48.7188;RBI=0.0455157;REFB=0;REVB=0.00875743;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383923;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr3 151056616 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0280323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.821;QD=12.396;RBI=0.03224;REFB=0.00843155;REVB=0.015925;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471002;STB=0.776909;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.009089;OID=.;OPOS=151056616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:0:5:2:3:0:5 chr3 151082923 . T C 308.32 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.000406561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.348;QD=13.4054;RBI=0.00486552;REFB=-0.0186417;REVB=0.0048485;RO=57;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370934;STB=0.521185;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0303252;OID=.;OPOS=151082923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:16:19:29:28:16:19:29:28 chr3 151112568 . G A 379.59 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0100835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.876;QD=16.6855;RBI=0.0572996;REFB=-0.0195569;REVB=-0.0564054;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300628;STB=0.527459;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0219418;OID=.;OPOS=151112568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:51:40:40:0.43956:20:20:23:26:20:20:23:28 chr3 151131077 . C T 412.53 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0481182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1072;QD=19.644;RBI=0.0635178;REFB=-0.0111329;REVB=0.0414625;RO=42;SAF=8;SAR=32;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149694;OID=.;OPOS=151131077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:42:42:40:42:0.5:32:8:10:32:32:10:10:32 chr3 151143447 . G T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.894;QD=57.1757;RBI=0.0187865;REFB=0;REVB=-0.00334482;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41925e-05;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr3 151150968 . T G 1178.83 PASS AF=1;AO=21;DP=84;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143034;FXX=0.0243873;HRUN=13;LEN=1;MLLD=169.354;QD=58.9417;RBI=0.168411;REFB=0;REVB=-0.167802;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212923;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:80:0:0:21:80:1:11:10:0:0:43:37:0:0 chr3 151154666 . T C 1593.62 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1822;QD=57.9497;RBI=0.0168945;REFB=-0.0734381;REVB=0.0131995;RO=1;SAF=78;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604737;STB=0.503184;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00279772;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:108:109:0.990909:30:78:1:0:31:78:1:0 chr3 151155620 . G A 1709.0 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431434;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6266;QD=59.9649;RBI=0.0564134;REFB=0;REVB=0.0363473;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00675682;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:110:114:1:48:62:0:0:49:65:0:0 chr3 151165678 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00110359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.26;QD=56.9477;RBI=0.00995735;REFB=0.0236271;REVB=0.009896;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=3.5685e-05;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:0:1:23:13:0:1 chr3 151166422 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.937;QD=57.2377;RBI=0.0496585;REFB=0;REVB=0.0225022;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59453e-05;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr3 151171439 . A C 1371.35 PASS AF=0.981308;AO=87;DP=108;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103195;FXX=0.0183469;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.951;QD=51.2655;RBI=0.030882;REFB=-0.0965807;REVB=0.0291068;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511109;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00113941;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:107:0:2:87:105:0.981308:35:52:0:0:44:61:0:2 chr3 151171542 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.223;QD=57.7114;RBI=0.0209421;REFB=0;REVB=-0.00754963;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84807e-05;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr3 151176434 . C T 316.21 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0800032;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.753;QD=14.7073;RBI=0.080433;REFB=-0.00694622;REVB=-0.00830389;RO=50;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147471;STB=0.577235;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0182692;OID=.;OPOS=151176434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:16:19:20:30:16:19:21:30 chr3 151283691 . C A 1099.35 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.159;QD=60.2383;RBI=0.0556896;REFB=0;REVB=0.0360631;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020656;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:51:21:0:0:52:21:0:0 chr3 151463421 . G T 402.42 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00277076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.24;QD=15.0436;RBI=0.00936348;REFB=-0.0152197;REVB=0.00894415;RO=58;SAF=27;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084782;STB=0.558578;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0155681;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:58:61:45:46:0.429907:18:27:30:28:18:28:31:30 chr3 151463423 . G A 626.16 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00811802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.972;QD=23.4079;RBI=0.0417665;REFB=0.00500159;REVB=-0.04097;RO=46;SAF=31;SAR=30;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792475;STB=0.543264;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00341962;OID=.;OPOS=151463423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:46:61:61:0.570093:30:31:28:18:30:31:28:18 chr3 151545601 . G A 871.82 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377986;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9721;QD=57.1688;RBI=0.0413189;REFB=0;REVB=-0.0166888;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679287;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:61:1:0:60:61:1:31:29:0:1:32:29:0:0 chr3 152058493 . G A 163.24 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00849671;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.875;QD=10.8827;RBI=0.0330669;REFB=-0.0119742;REVB=-0.0319566;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658064;STB=0.538425;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0209021;OID=.;OPOS=152058493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:9:12:20:19:9:12:20:19 chr3 152554357 . A G 771.96 PASS AF=0.487805;AO=80;DP=164;FAO=80;FDP=164;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00697764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.938;QD=18.8282;RBI=0.0102629;REFB=-0.00570352;REVB=-0.00752594;RO=84;SAF=39;SAR=41;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226573;STB=0.512497;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00650535;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:84:84:80:80:0.487805:41:39:43:41:41:39:43:41 chr3 152881457 . T C 45.87 PASS AF=0.142857;AO=2;DP=23;FAO=5;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=-0.00774862;FXX=0;HRUN=21;LEN=1;MLLD=182.879;QD=5.24229;RBI=0.0144753;REFB=0.00126581;REVB=-0.0122267;RO=2;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.635929;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.01444;OID=.;OPOS=152881457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:23:35:2:27:2:5:0.142857:0:2:2:0:1:4:24:3 chr3 152881852 . ATT A,AT,TAT 102.74 PASS AF=0.178571,0.321429,0.428571;AO=4,9,3;DP=22;FAO=5,9,12;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=1,6,4;FSAR=4,3,8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.117698,-0.255465,-0.101114;FXX=0;HRUN=12,12,1;LEN=2,1,2;MLLD=4.94577,3.06123,23.643;QD=14.6774;RBI=0.347274,0.580335,0.268749;REFB=-0.173106,-0.275758,-0.185353;REVB=-0.32672,-0.521082,-0.249002;RO=2;SAF=0,5,3;SAR=4,4,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767801,-0.147719,0;STB=0.748924,0.571279,0.599828;STBP=0.099,0.399,0.131;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0974288,0.017321,0.0348294;OID=.,.,.;OPOS=152881853,152881853,152881852;OREF=TT,T,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=A,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:25:22:28:2:2:4,9,3:5,9,12:0.178571,0.321429,0.428571:4,4,0:0,5,3:2:0:4,3,8:1,6,4:2:0 chr3 152883036 . G A 270.55 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.032033;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.333;QD=20.8118;RBI=0.0327247;REFB=-0.0154188;REVB=0.00669285;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310483;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0115878;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:24:28:28:0.538462:16:12:9:14:16:12:10:14 chr3 152885599 . A T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0251642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.286;QD=10.4727;RBI=0.0252261;REFB=-0.0125814;REVB=-0.00176724;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0301686;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:21:24:11:12:0.333333:4:7:14:7:5:7:14:10 chr3 153725166 . G A 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000231671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.103;QD=62.3197;RBI=0.012853;REFB=0.0118037;REVB=-0.0128509;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106552;STB=0.505617;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000157493;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:51:44:1:0:51:44:1:0 chr3 153725172 . C T 1513.47 PASS AF=0.990291;AO=94;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5372;QD=58.7756;RBI=0.0351001;REFB=0;REVB=-0.0255918;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00417316;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:103:0:0:94:102:0.990291:46:48:0:0:52:50:0:0 chr3 153725251 . T C 2084.64 PASS AF=0.985401;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00365634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1609;QD=60.8653;RBI=0.0169951;REFB=-0.00460769;REVB=0.0165971;RO=2;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126721;STB=0.506578;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000620114;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:137:2:2:133:135:0.985401:74:59:0:2:75:60:0:2 chr3 153839866 . G C 2361.18 PASS AF=0.947059;AO=160;DP=170;FAO=161;FDP=170;FR=.;FRO=9;FSAF=82;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0251312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.156;QD=55.5573;RBI=0.0275107;REFB=-0.0090207;REVB=-0.0111919;RO=9;SAF=81;SAR=79;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287199;STB=0.515194;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000435145;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:170:170:9:9:160:161:0.947059:79:81:2:7:79:82:2:7 chr3 153839959 . CT CC,TC 716.39 PASS AF=0.5,0.5;AO=25,26;DP=52;FAO=26,26;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=7,6;FSAR=19,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341293,-0.0559999;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=186.543,45.8267;QD=55.107;RBI=0.00434948,0.0562605;REFB=0,0;REVB=-0.00269627,0.00540876;RO=0;SAF=6,6;SAR=19,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.14057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0152632,-0.00224511;OID=.,.;OPOS=153839960,153839959;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:52:52:0:0:25,26:26,26:0.5,0.5:19,20:6,6:0:0:19,20:7,6:0:0 chr3 153840389 . T C 637.53 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0223846;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.459;QD=18.4792;RBI=0.024126;REFB=-0.0107797;REVB=0.00899972;RO=73;SAF=25;SAR=40;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183062;STB=0.60154;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0103719;OID=.;OPOS=153840389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:73:73:65:65:0.471014:40:25:42:31:40:25:42:31 chr3 154018824 . GCTTCTTTTT G 112.24 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00387088;FXX=0.142816;HRUN=1;LEN=9;MLLD=263.524;QD=14.9647;RBI=0.0234634;REFB=-0.0188112;REVB=0.0231419;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.636165;STBP=0.23;TYPE=del;VARB=0.0237932;OID=.;OPOS=154018825;OREF=CTTCTTTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:12:33:13:30:17:7:6:5:12:99:12:7:5:5:7 chr3 154018887 . G C 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0247804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.784;QD=16.7527;RBI=0.0247804;REFB=-0.00654401;REVB=2.00024e-05;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10733;STB=0.560652;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0111482;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:12:16:11:13:12:16 chr3 154886278 . T C 1555.58 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488537;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5076;QD=58.1526;RBI=0.0555257;REFB=-0.119569;REVB=0.0263899;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000766144;OID=.;OPOS=154886278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:105:106:0.990654:60:45:0:0:60:46:0:1 chr3 155241740 . A G 473.23 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00246138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.797;QD=23.9612;RBI=0.0150218;REFB=-0.0105361;REVB=-0.0148188;RO=33;SAF=27;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793805;STB=0.531236;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00636807;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:33:34:44:45:0.56962:17:27:17:16:18:27:18:16 chr3 155314034 . A G 545.34 PASS AF=0.533981;AO=54;DP=109;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00278877;FXX=0.0550408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.688;QD=21.1781;RBI=0.0050949;REFB=-0.0203939;REVB=-0.00426389;RO=47;SAF=33;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105439;STB=0.557291;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0190947;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:103:47:48:54:55:0.533981:21:33:23:24:22:33:23:25 chr3 155481609 . G A 309.57 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0245483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1248;QD=23.3637;RBI=0.0586376;REFB=-0.0297609;REVB=-0.0532518;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347989;STB=0.525531;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0211012;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:22:30:31:0.584906:15:15:10:12:15:16:10:12 chr3 155485302 . C T 467.57 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.763;QD=56.6753;RBI=0.0299096;REFB=0;REVB=-0.00301235;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951032;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:29:33:1:14:15:0:0:17:16:0:0 chr3 155571275 . T C 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00615138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.495;QD=16.9401;RBI=0.0133737;REFB=0.00811766;REVB=-0.0118751;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190258;STB=0.609256;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00408227;OID=.;OPOS=155571275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:12:12:6:13:12:12 chr3 155632314 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0110351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.804;QD=16.923;RBI=0.0144118;REFB=-0.0251394;REVB=-0.00926961;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516574;STB=0.527011;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0254349;OID=.;OPOS=155632314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:40:33:34:0.459459:16:17:18:21:17:17:18:22 chr3 156544584 . C T 1216.16 PASS AF=0.585106;AO=108;DP=188;FAO=110;FDP=188;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0248584;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5205;QD=25.8758;RBI=0.0340311;REFB=0.000632867;REVB=0.0232417;RO=78;SAF=45;SAR=63;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114652;STB=0.551762;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000460233;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:78:78:108:110:0.585106:63:45:44:34:63:47:43:35 chr3 156570703 . A G 509.08 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0218387;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9924;QD=19.3936;RBI=0.0393254;REFB=0.0189026;REVB=0.0327041;RO=53;SAF=28;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851268;STB=0.542503;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0187808;OID=.;OPOS=156570703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:52:53:53:0.504762:25:28:23:30:25:28:23:29 chr3 156866369 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0186792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.898;QD=17.5419;RBI=0.0193844;REFB=-0.0323547;REVB=0.00518101;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201563;STB=0.615232;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0208304;OID=.;OPOS=156866369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:10:6:9:6:10:6 chr3 157131788 . A C 765.13 PASS AF=0.470588;AO=77;DP=167;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=0.00596312;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.467;QD=18.0029;RBI=0.0163466;REFB=-0.0101261;REVB=0.0152201;RO=90;SAF=33;SAR=44;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155201;STB=0.593167;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0121925;OID=.;OPOS=157131788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:90:90:77:80:0.470588:44:33:53:37:47:33:53:37 chr3 157155314 . C A 1989.32 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00294672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.98;QD=60.7425;RBI=0.00964648;REFB=-0.101442;REVB=-0.00918539;RO=1;SAF=75;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629474;STB=0.503267;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000393248;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:1:1:129:130:0.992366:54:75:1:0:54:76:1:0 chr3 157161198 . A AT,T 878.08 PASS AF=0.84127,0.15873;AO=36,22;DP=63;FAO=53,10;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25,6;FSAR=28,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000310853,-0.0111995;FXX=0;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=147.748,143.495;QD=55.7513;RBI=0.00342927,0.0117345;REFB=0,0;REVB=0.00341516,0.00350293;RO=0;SAF=18,13;SAR=18,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0042757,-0.0236014;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:63:63:0:0:36,22:53,10:0.84127,0.15873:18,9:18,13:0:0:28,4:25,6:0:0 chr3 157161291 . A G 170.68 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0616387;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4369;QD=12.413;RBI=0.0677002;REFB=-0.00371202;REVB=0.0279999;RO=34;SAF=18;SAR=3;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510203;STB=0.79968;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0106245;OID=.;OPOS=157161291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:34:21:21:0.381818:3:18:15:19:3:18:15:19 chr3 157815088 . G A 1851.29 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.856;QD=61.1997;RBI=0.031989;REFB=0;REVB=0.0310101;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15602e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:60:61:0:0:60:61:0:0 chr3 157815217 . A T 176.3 PASS AF=0.387097;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.111198;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.5988;QD=11.3744;RBI=0.115324;REFB=-0.074857;REVB=0.0305695;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533048;STB=0.55809;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0523029;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:62:33:38:22:24:0.387097:15:7:12:21:16:8:16:22 chr3 158320597 . T C 235.99 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0318906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3688;QD=11.3729;RBI=0.0320434;REFB=-0.000843645;REVB=-0.00312552;RO=54;SAF=14;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060937;STB=0.535245;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00142962;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:15:14:29:25:15:14:29:25 chr3 158320703 . C A 229.63 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00334339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.035;QD=11.9289;RBI=0.0242328;REFB=-0.00167681;REVB=-0.024001;RO=48;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847021;STB=0.555002;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00331042;OID=.;OPOS=158320703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:48:49:28:28:0.363636:15:13:26:22:15:13:27:22 chr3 158362441 . T C 741.84 PASS AF=0.356863;AO=90;DP=256;FAO=91;FDP=255;FR=.;FRO=164;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=90;FSRR=74;FWDB=-0.0308936;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9255;QD=11.6367;RBI=0.0363058;REFB=-0.0176665;REVB=-0.0190709;RO=161;SAF=47;SAR=43;SRF=89;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346714;STB=0.513763;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0227265;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:161:164:90:91:0.356863:43:47:89:72:43:48:90:74 chr3 158366900 . G A 266.97 PASS AF=0.327103;AO=36;DP=108;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0336577;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.123;QD=9.98018;RBI=0.0337306;REFB=-0.00358159;REVB=0.00221722;RO=72;SAF=23;SAR=13;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194417;STB=0.606425;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00800121;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:72:72:36:35:0.327103:13:23:34:38:13:22:34:38 chr3 158383144 . T A,TA 36.35 PASS AF=0.0172414,0.155172;AO=2,9;DP=57;FAO=1,9;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=1,7;FSAR=0,2;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00147859,-0.00949723;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=55.5818,44.3316;QD=2.50671;RBI=0.0626136,0.00952814;REFB=-0.00310963,-0.00499885;REVB=-0.0625961,-0.000766828;RO=46;SAF=2,7;SAR=0,2;SRF=19;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.434228,0.437072;STB=0.991563,0.794819;STBP=0.265,0.06;TYPE=snp,ins;VARB=-0.070968,0.136156;OID=.,.;OPOS=158383144,158383145;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:57:58:46:48:2,9:1,9:0.0172414,0.155172:0,2:2,7:19:27:0,2:1,7:20:28 chr3 158388780 . T C 152.6 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.033168;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3722;QD=8.59709;RBI=0.0371448;REFB=-0.00165421;REVB=0.016722;RO=50;SAF=5;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246795;STB=0.648833;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0053313;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:50:50:21:21:0.295775:16:5:21:29:16:5:21:29 chr3 158952312 . G A 417.33 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0296639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.524;QD=15.4565;RBI=0.030776;REFB=-0.00726574;REVB=0.00819875;RO=58;SAF=16;SAR=31;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14778;STB=0.589704;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00857006;OID=.;OPOS=158952312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:61:47:47:0.435185:31:16:28:30:31:16:30:31 chr3 158952315 . C A 1512.67 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00697749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.594;QD=56.5484;RBI=0.0110023;REFB=-0.120946;REVB=0.00850674;RO=1;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797558;STB=0.512394;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000978548;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:1:3:104:104:0.971963:59:45:0:1:59:45:0:3 chr3 159744438 . C T 203.29 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.044841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9447;QD=16.5953;RBI=0.0450057;REFB=0.0338328;REVB=-0.00384704;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198558;STB=0.585289;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0140946;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:28:19:21:0.428571:9:10:20:8:9:12:20:8 chr3 159744440 . C T 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0277373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.621;QD=16.8214;RBI=0.0287741;REFB=-0.00978523;REVB=0.00765471;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150228;STB=0.585289;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00967164;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:20:8:9:12:20:8 chr3 159744574 . GC G 216.29 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00390514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.797;QD=18.0239;RBI=0.0103267;REFB=-0.0186518;REVB=-0.00955984;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713905;STB=0.549954;STBP=0.547;TYPE=del;VARB=0.0187722;OID=.;OPOS=159744575;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:22:50:22:48:26:13:9:13:13:99:27:13:9:14:13 chr3 159997061 . T A 444.27 PASS AF=0.356164;AO=52;DP=145;FAO=52;FDP=146;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=0.00712209;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.666;QD=12.1718;RBI=0.0300909;REFB=-0.0140492;REVB=-0.0292359;RO=92;SAF=23;SAR=29;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458528;STB=0.531994;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0287123;OID=.;OPOS=159997061;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:92:94:52:52:0.356164:29:23:37:55:29:23:37:57 chr3 160151993 . C T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0108053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.795;QD=10.6668;RBI=0.0289691;REFB=0.007745;REVB=0.0268785;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413721;STB=0.524949;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0155421;OID=.;OPOS=160151993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:6:12:7:3:6:12 chr3 160156318 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0550884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.775;QD=17.6713;RBI=0.0588261;REFB=-0.0255345;REVB=0.0206346;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116659;STB=0.565267;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0296608;OID=.;OPOS=160156318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:13:19:14:16:13:19 chr3 160414759 . G A 601.84 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.00457975;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.48;QD=15.9428;RBI=0.0364978;REFB=-0.00934735;REVB=-0.0362094;RO=78;SAF=33;SAR=33;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875493;STB=0.536413;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0102991;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:151:78:85:66:66:0.437086:33:33:46:32:33:33:48:37 chr3 160967354 . G A 1728.91 PASS AF=1;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523279;FXX=0.0423693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1137;QD=61.2004;RBI=0.0533665;REFB=0;REVB=-0.0104771;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583186;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:113:0:0:113:113:1:52:61:0:0:52:61:0:0 chr3 164714532 . C T 1263.8 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0266179;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6774;QD=59.4728;RBI=0.0268678;REFB=-0.10209;REVB=0.00365577;RO=2;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242725;STB=0.512817;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00125492;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:85:2:2:83:83:0.976471:38:45:0:2:38:45:0:2 chr3 164764719 . C A 3201.22 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.542;QD=61.8593;RBI=0.0559659;REFB=0;REVB=-0.0184472;RO=0;SAF=110;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58142e-05;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:97:110:0:0:97:110:0:0 chr3 164773057 . G A 1508.78 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00525807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.827;QD=60.3512;RBI=0.0239961;REFB=-0.0224234;REVB=0.023413;RO=2;SAF=61;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527961;STB=0.509449;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=9.5727e-05;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:2:3:97:97:0.97:36:61:1:1:36:61:1:2 chr3 164783165 . T C 1974.08 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755208;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.637;QD=62.1757;RBI=0.0367937;REFB=0;REVB=0.0360103;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50162e-05;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:61:66:0:0:61:66:0:0 chr3 164906764 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0108328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.329;QD=20.4561;RBI=0.0108377;REFB=-0.00823168;REVB=0.00032582;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209241;STB=0.618045;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00873213;OID=.;OPOS=164906764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:10:5:10:7:10:5 chr3 164906806 . T C 169.12 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0391973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3027;QD=16.4998;RBI=0.0635495;REFB=-0.0422049;REVB=-0.0500211;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182845;STB=0.614849;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0397663;OID=.;OPOS=164906806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:8:10:8:14:8:10:8:15 chr3 165545833 . GTT GTA,GT 1720.38 PASS AF=0.044586,0.942675;AO=9,32;DP=155;FAO=7,148;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=0,97;FSAR=7,51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.101476,1.02984;FXX=0.00632871;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=224.418,15.2961;QD=43.8313;RBI=0.131464,1.06592;REFB=-0.0198195,0.036285;REVB=-0.0835781,-0.274994;RO=93;SAF=0,0;SAR=9,32;SRF=91;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.884509,-0.900544;STB=0.5,0.509614;STBP=1,0.077;TYPE=snp,del;VARB=0.198846,-0.0169209;OID=.,.;OPOS=165545835,165545834;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTA,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.044586,0.942675:9,32:155:7,148:157:2:0,97:7,51:0:2:15:93:0,0:9,32:91:2 chr3 165951073 . C A 506.18 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0311258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.373;QD=19.1012;RBI=0.0311258;REFB=-0.0082709;REVB=-5.95592e-05;RO=53;SAF=24;SAR=29;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852795;STB=0.547152;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00700209;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:29:24:29:24:29:24:29:24 chr3 166900401 . C G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.097;QD=60.6083;RBI=0.0345491;REFB=0;REVB=-0.0331087;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245759;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr3 166966436 . C T 4175.12 PASS AF=0.978339;AO=268;DP=277;FAO=271;FDP=277;FR=.;FRO=6;FSAF=157;FSAR=114;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0183786;FXX=0.0071682;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.988;QD=60.2906;RBI=0.0184441;REFB=-0.0421656;REVB=0.001553;RO=4;SAF=155;SAR=113;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00225105;STB=0.501942;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000487499;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:277:277:4:6:268:271:0.978339:113:155:2:2:114:157:4:2 chr3 167000256 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.461;QD=60.9786;RBI=0.0243597;REFB=0;REVB=0.00959808;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00303e-05;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr3 167051726 . A G 1655.45 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1502;QD=57.0843;RBI=0.0396491;REFB=-0.0559347;REVB=0.0385572;RO=1;SAF=69;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431964;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:116:1:0:105:116:1:36:69:1:0:45:71:0:0 chr3 167077691 . T A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.686;QD=59.5018;RBI=0.0237636;REFB=0;REVB=0.0098912;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72265e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr3 167159980 . AAAAAAAAA AAAAAAAAC,GAAAAAAAA 270.72 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,12;DP=24;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782167,0.152805;FXX=0;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=14.5161,23.942;QD=45.1194;RBI=0.192001,0.168322;REFB=-0.0434188,-0.0607574;REVB=-0.175347,-0.0705887;RO=1;SAF=0,5;SAR=2,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0818676;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.147604,-0.00323359;OID=.,.;OPOS=167159988,167159980;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=AAAAAAAAC,GAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:24:24:1:0:2,12:1,23:0.0416667,0.958333:2,7:0,5:1:0:1,16:0,7:0:0 chr3 167164187 . A G 2216.05 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.371;QD=63.3156;RBI=0.0709425;REFB=0;REVB=0.0559352;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106368;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:140:0:0:132:140:1:71:61:0:0:75:65:0:0 chr3 167167186 . T A 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000575171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.727;QD=61.2117;RBI=0.0121211;REFB=0;REVB=0.0121075;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61204e-05;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr3 167184878 . T C 1546.54 PASS AF=1;AO=65;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158116;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.225;QD=60.0598;RBI=0.167282;REFB=0;REVB=0.0546111;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170029;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:65:103:1:39:26:0:0:40:63:0:0 chr3 167217960 . C T 1097.08 PASS AF=0.938272;AO=74;DP=80;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00331923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.187;QD=54.177;RBI=0.00399799;REFB=-0.0124481;REVB=0.00222861;RO=6;SAF=46;SAR=28;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182016;STB=0.501204;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00904062;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:81:6:5:74:76:0.938272:28:46:3:3:29:47:3:2 chr3 167217964 . A G 1216.02 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.898;QD=60.8008;RBI=0.0169203;REFB=0;REVB=0.0168496;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74936e-05;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:30:48:0:0:31:49:0:0 chr3 167320010 . T C 341.5 PASS AF=0.48;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.010465;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.319;QD=18.2132;RBI=0.0294231;REFB=-0.0346198;REVB=-0.0274991;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838325;STB=0.537225;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0359838;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:39:35:36:0.48:14:21:20:19:15:21:20:19 chr3 168538993 . A G 1828.83 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.651;QD=60.9609;RBI=0.050238;REFB=0;REVB=0.036271;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66064e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:120:0:0:110:120:1:61:49:0:0:64:56:0:0 chr3 168546914 . C T 1999.44 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0118345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.537;QD=60.1334;RBI=0.031669;REFB=-0.0510967;REVB=0.0293747;RO=3;SAF=51;SAR=79;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265176;STB=0.506249;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000887274;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:3:2:130:131:0.984962:79:51:1:2:79:52:0:2 chr3 169098992 . G A 286.86 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00153625;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.285;QD=30.1962;RBI=0.0293491;REFB=-0.0255767;REVB=0.0293088;RO=12;SAF=19;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721569;STB=0.530701;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.011474;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:12:13:25:25:0.657895:6:19:8:4:6:19:9:4 chr3 169485639 . C T 923.95 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00368434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.988;QD=56.8581;RBI=0.00436175;REFB=0.0150887;REVB=-0.00233462;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000490297;OID=.;OPOS=169485639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:64:64:0.984615:28:36:0:0:28:36:1:0 chr3 169490099 . A T 586.46 PASS AF=0.9;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0122016;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.33;QD=46.9167;RBI=0.0126395;REFB=-0.0955202;REVB=-0.00329804;RO=2;SAF=28;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323923;STB=0.523354;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000167761;OID=.;OPOS=169490099;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:51:50:2:5:45:45:0.9:17:28:2:0:17:28:2:3 chr3 169513320 . A T 1586.86 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7511;QD=64.1154;RBI=0.0863114;REFB=0;REVB=0.0794626;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274025;OID=.;OPOS=169513320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr3 169518455 . T C 1273.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391803;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.583;QD=60.6511;RBI=0.0656323;REFB=-0.0706316;REVB=0.0526545;RO=1;SAF=53;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885353;STB=0.504672;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00206907;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:30:53:1:0:30:53:1:0 chr3 169539812 . C G 613.04 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0190467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3628;QD=23.1337;RBI=0.0318448;REFB=0.00953104;REVB=0.0255209;RO=46;SAF=35;SAR=25;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323223;STB=0.517679;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00705954;OID=.;OPOS=169539812;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:25:35:25:21:25:35:25:21 chr3 169540397 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8611;QD=42.1821;RBI=0.0812507;REFB=0;REVB=-0.0213601;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220677;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr3 169558025 . C T 928.91 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00278548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.5449;QD=55.4572;RBI=0.00433272;REFB=-0.0920928;REVB=0.00331867;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00123078;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:65:65:0.970149:36:29:0:0:36:29:2:0 chr3 169572621 . G T 576.73 PASS AF=0.553398;AO=56;DP=102;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00447959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.663;QD=22.3971;RBI=0.0354633;REFB=-0.00990616;REVB=0.0351792;RO=46;SAF=28;SAR=28;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357435;STB=0.523315;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00888728;OID=.;OPOS=169572621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:46:46:56:57:0.553398:28:28:25:21:29:28:25:21 chr3 169643955 . C T 201.47 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0133234;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.668;QD=11.8509;RBI=0.068312;REFB=-0.00549581;REVB=-0.0670001;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134261;STB=0.565987;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0102149;OID=.;OPOS=169643955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:43:25:25:0.367647:10:15:30:12:10:15:30:13 chr3 169644710 . G C 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.06432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4983;QD=18.1169;RBI=0.0650297;REFB=-0.0142502;REVB=-0.00958141;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584155;STB=0.533296;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0138669;OID=.;OPOS=169644710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:11:9:7:11:11:9 chr3 169654216 . G A 83.13 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00862227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.003;QD=9.50072;RBI=0.0139612;REFB=-0.00687039;REVB=-0.0109805;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137716;STB=0.508365;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0117343;OID=.;OPOS=169654216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:9:15:7:4:9:15 chr3 169713483 . C T 364.31 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00948308;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1009;QD=13.4928;RBI=0.0123091;REFB=-0.014413;REVB=-0.00784758;RO=64;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231486;STB=0.634457;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.017633;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:65:43:43:0.398148:18:25:23:41:18:25:23:42 chr3 169802930 . G T 340.68 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.544;QD=54.5088;RBI=0.0166338;REFB=0;REVB=-0.0123261;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08346e-06;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr3 169894680 . G A 1113.0 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000287034;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.887;QD=57.8181;RBI=0.0165754;REFB=-0.0950715;REVB=-0.016573;RO=2;SAF=49;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829112;STB=0.504383;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000776797;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:2:2:75:75:0.974026:26:49:1:1:26:49:1:1 chr3 169899448 . GC CG 75.7 PASS AF=0.156627;AO=10;DP=87;FAO=13;FDP=83;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=67;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0390396;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.3531;QD=3.6483;RBI=0.0511755;REFB=-0.0456408;REVB=0.0330883;RO=48;SAF=1;SAR=9;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36155;STB=0.865293;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.14132;OID=.;OPOS=169899448;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:87:83:48:67:10:13:0.156627:9:1:14:34:12:1:27:40 chr3 170078232 . C A,T 673.95 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=4,40;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489617,0.0170257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.1794,140.154;QD=61.2677;RBI=0.00630819,0.0174702;REFB=0,0;REVB=-0.00397754,0.00391546;RO=0;SAF=3,19;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.17587e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0915293,-0.00233242;OID=.,.;OPOS=170078232,170078232;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:0:4,40:2,42:0.0454545,0.954545:1,21:3,19:0:0:1,21:1,21:0:0 chr3 170198181 . A C 50.11 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00603961;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.179;QD=11.1352;RBI=0.0172973;REFB=-0.0133862;REVB=-0.0162087;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396358;STB=0.749166;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.015557;OID=.;OPOS=170198181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:20:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:6:5:1:6:6:5 chr3 170715830 . G A 192.02 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0280823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5198;QD=14.7708;RBI=0.0436042;REFB=-0.00461313;REVB=0.0333574;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158106;STB=0.599908;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0089832;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:30:21:22:0.423077:8:13:14:16:8:14:14:16 chr3 170825905 . C G 1551.93 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.219;QD=59.6896;RBI=0.0355213;REFB=0;REVB=0.0102604;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74953e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:46:58:0:0 chr3 170825920 . G A 586.11 PASS AF=0.576923;AO=50;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0899476;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.4328;QD=22.5428;RBI=0.176443;REFB=-0.0595008;REVB=0.151794;RO=32;SAF=25;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067115;STB=0.506865;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0399016;OID=.;OPOS=170825920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:32:42:50:60:0.576923:25:25:13:19:29:31:21:21 chr3 170893070 . G A 207.47 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=7;FWDB=0.00549866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.674;QD=11.2146;RBI=0.108303;REFB=-0.00838631;REVB=-0.108163;RO=43;SAF=25;SAR=1;SRF=37;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394298;STB=0.751609;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00892978;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:48:26:26:0.351351:1:25:37:6:1:25:41:7 chr3 170946002 . A G 388.4 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.015143;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.529;QD=15.0833;RBI=0.0162023;REFB=-0.00713531;REVB=0.00576238;RO=56;SAF=17;SAR=27;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151012;STB=0.59032;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0075865;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:59:44:44:0.427184:27:17:30:26:27:17:32:27 chr3 171065030 . AG AA,AC,CA 609.82 PASS AF=0.0714286,0.928571,0;AO=2,29,2;DP=37;FAO=3,39,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0;FSAR=3,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245863,0.15871,0.0444153;FXX=0;HRUN=1,1,4;LEN=1,1,2;MLLD=150.363,157.943,120.834;QD=58.078;RBI=0.024838,0.15918,0.0453481;REFB=0,0,0;REVB=0.0035272,0.0122238,0.00915032;RO=1;SAF=0,7,0;SAR=2,22,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.0619467,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.00548325,0.000806421,0.0362553;OID=.,.,.;OPOS=171065031,171065031,171065030;OREF=G,G,AG;OALT=A,C,CA;OMAPALT=AA,AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:37:42:1:0:2,29,2:3,39,0:0.0714286,0.928571,0:2,22,2:0,7,0:1:0:3,30,0:0,9,0:0:0 chr3 171338237 . T G 315.38 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0397662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8093;QD=25.2305;RBI=0.0397805;REFB=-0.0154377;REVB=0.00106621;RO=22;SAF=20;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188481;STB=0.605017;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0142965;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:8:20:11:11:8:20:11:11 chr3 171395468 . A G 469.73 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0136449;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0328;QD=19.5721;RBI=0.0257875;REFB=-0.0203222;REVB=-0.0218818;RO=49;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515312;STB=0.523799;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0191544;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:49:50:46:46:0.479167:26:20:24:25:26:20:24:26 chr3 171404478 . C A 449.56 PASS AF=0.442478;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0145291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.979;QD=15.9135;RBI=0.0145396;REFB=-0.0151555;REVB=-0.00055366;RO=63;SAF=24;SAR=25;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978226;STB=0.548653;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0181635;OID=.;OPOS=171404478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:63:63:49:50:0.442478:25:24:37:26:25:25:37:26 chr3 171510238 . C T 2124.45 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00667336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.191;QD=62.0277;RBI=0.00699678;REFB=0.0174098;REVB=0.00210268;RO=0;SAF=86;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99536e-08;STB=0.50505;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-7.99176e-06;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:0:1:135:136:0.992701:49:86:0:0:49:87:0:1 chr3 171510841 . C T 1587.74 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.289;QD=64.1512;RBI=0.0202541;REFB=0;REVB=0.0173978;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64795e-06;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr3 171510898 . A G,T 1046.76 PASS AF=0.945205,0.0410959;AO=69,3;DP=73;FAO=69,3;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32,1;FSAR=37,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00717238,0.00349296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.628,149.723;QD=57.3566;RBI=0.0111289,0.00681232;REFB=-0.129317,-0.0759893;REVB=0.0085094,0.00584867;RO=1;SAF=32,1;SAR=37,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0126057,0.163246;STB=0.506665,0.59939;STBP=0.529,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=0.000354336,0.0307394;OID=.,.;OPOS=171510898,171510898;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:73:73:1:1:69,3:69,3:0.945205,0.0410959:37,2:32,1:0:1:37,2:32,1:0:1 chr3 171511020 . T G 766.18 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5858;QD=56.7541;RBI=0.0197339;REFB=0;REVB=0.0193031;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183206;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr3 171511139 . C T 495.73 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353109;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.283;QD=58.3212;RBI=0.0354688;REFB=0;REVB=-0.00334352;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992512;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:22:12:0:0 chr3 171511355 . G A 2650.0 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496383;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7889;QD=62.353;RBI=0.0163816;REFB=0;REVB=-0.0156115;RO=0;SAF=93;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51896e-05;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:170:0:0:170:170:1:77:93:0:0:77:93:0:0 chr3 171844787 . A T 506.47 PASS AF=0.519608;AO=46;DP=95;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0152999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.716;QD=19.8616;RBI=0.0283293;REFB=-0.0388423;REVB=0.0238425;RO=48;SAF=28;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121228;STB=0.537421;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0251018;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:102:48:49:46:53:0.519608:18:28:23:25:24:29:23:26 chr3 171969077 . C G 440.14 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0288688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.841;QD=22.0071;RBI=0.0288689;REFB=-0.0050669;REVB=5.81611e-05;RO=37;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204626;STB=0.616095;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00357961;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:37:42:43:0.5375:26:16:23:14:27:16:23:14 chr3 172046861 . T C 1363.75 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496926;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7435;QD=62.7012;RBI=0.0541787;REFB=0;REVB=0.0215867;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175838;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr3 172096209 . TC GT,T 70.5 PASS AF=0,0.237179;AO=6,52;DP=161;FAO=0,37;FDP=156;FR=.;FRO=119;FSAF=0,16;FSAR=0,21;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=0.0949221,0.183875;FXX=0.031054;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=22.7595,6.71628;QD=1.80757;RBI=0.111465,0.186277;REFB=-0.0553604,-0.119898;REVB=0.0584316,0.0298177;RO=81;SAF=5,24;SAR=1,28;SRF=42;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.337826,-0.0613463;STB=0.5,0.580067;STBP=1,0.292;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.139564;OID=.,.;OPOS=172096209,172096210;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:161:156:81:119:6,52:0,37:0,0.237179:1,28:5,24:42:39:0,21:0,16:64:55 chr3 172115465 . TT AA,TA 128.0 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=9,3;DP=12;FAO=11,2;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181245,0.306268;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=2,1;MLLD=28.2439,18.1452;QD=39.3836;RBI=0.182054,0.307912;REFB=0,0;REVB=0.0171409,0.0317699;RO=0;SAF=1,1;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0181702,-0.0629981;OID=.,.;OPOS=172115465,172115466;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:13:0:0:9,3:11,2:0.846154,0.153846:8,2:1,1:0:0:8,2:3,0:0:0 chr3 172165727 . C T 322.27 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00636249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.554;QD=28.0232;RBI=0.00989159;REFB=-0.0141309;REVB=0.00757379;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906193;STB=0.549964;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00924617;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:12:16:8:10:12:16:8:10 chr3 172166032 . TG CA,TA 273.84 PASS AF=0,0.54902;AO=2,26;DP=55;FAO=0,28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=0,12;FSAR=0,16;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0478991,-0.02627;FXX=0.0727141;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=67.883,62.0399;QD=21.4772;RBI=0.0777147,0.0264551;REFB=0.0148187,-0.000170162;REVB=-0.0611985,0.00312385;RO=19;SAF=1,11;SAR=1,15;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.322878,-0.273682;STB=0.5,0.655632;STBP=1,0.026;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-8.61582e-05;OID=.,.;OPOS=172166032,172166033;OREF=TG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:51:19:23:2,26:0,28:0,0.54902:1,15:1,11:15:4:0,16:0,12:18:5 chr3 172224303 . AA CG,GA 816.5 PASS AF=0,0.898551;AO=3,51;DP=61;FAO=0,62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=0,36;FSAR=0,26;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00569976,-0.00711401;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=119.386,117.007;QD=47.3336;RBI=0.0208634,0.031526;REFB=-0.0274799,-0.110706;REVB=-0.0200698,-0.0307128;RO=6;SAF=3,32;SAR=0,19;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637446,-0.00829889;STB=0.5,0.513978;STBP=1,0.494;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0372133,0.00361903;OID=.,.;OPOS=172224303,172224303;OREF=AA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:61:69:6:7:3,51:0,62:0,0.898551:0,19:3,32:4:2:0,26:0,36:5:2 chr3 172232780 . G T 459.4 PASS AF=0.523256;AO=42;DP=83;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00429585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.716;QD=21.3672;RBI=0.00630439;REFB=-0.0163197;REVB=0.00461422;RO=41;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20747;STB=0.615178;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0149737;OID=.;OPOS=172232780;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:41:41:42:45:0.523256:21:21:30:11:23:22:30:11 chr3 172428782 . T C 1729.32 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.75;QD=60.1502;RBI=0.0181408;REFB=0;REVB=0.00693807;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12267e-05;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:111:115:1:57:54:0:0:59:56:0:0 chr3 172480766 . T G 391.08 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0390029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.923;QD=20.3157;RBI=0.0391786;REFB=-0.00595139;REVB=0.00370557;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637283;STB=0.533621;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00521929;OID=.;OPOS=172480766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:34:37:39:40:0.519481:19:20:20:14:19:21:22:15 chr3 172489076 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.728;QD=59.5015;RBI=0.0494742;REFB=0;REVB=-0.0479846;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9302e-05;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:21:48:0:0:21:48:0:0 chr3 172514294 . G A 1179.9 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303965;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3711;QD=61.2937;RBI=0.0429281;REFB=0;REVB=0.0303129;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225414;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr3 172835082 . C T 538.87 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.00747352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.809;QD=21.7724;RBI=0.0170459;REFB=-0.000114389;REVB=-0.0153202;RO=48;SAF=20;SAR=31;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306896;STB=0.668658;STBP=0;TYPE=snp;VARB=5.86809e-05;OID=.;OPOS=172835082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:31:20:36:12:31:20:36:12 chr3 172835125 . T C 1737.52 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00642621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.281;QD=58.899;RBI=0.0333768;REFB=-0.117236;REVB=0.0327524;RO=2;SAF=60;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000555537;STB=0.500293;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000727047;OID=.;OPOS=172835125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:56:60:1:1:56:60:1:1 chr3 172835290 . C T 1915.29 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00781233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.598;QD=59.8529;RBI=0.00785054;REFB=0.00997143;REVB=0.000773621;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-6.98234e-05;OID=.;OPOS=172835290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:0:1:125:127:0.992188:70:55:0:0:71:56:1:0 chr3 174581888 . T C 754.59 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.529;QD=56.9498;RBI=0.0402535;REFB=0;REVB=0.0215108;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77288e-05;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:17:35:0:0:17:36:0:0 chr3 174814738 . G A 1491.73 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000324303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.585;QD=57.3743;RBI=0.0468015;REFB=-0.0166335;REVB=-0.0468004;RO=2;SAF=65;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143743;STB=0.507574;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=7.40429e-05;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:37:65:2:0:37:65:2:0 chr3 174814920 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.798;QD=62.3138;RBI=0.0183738;REFB=0;REVB=-0.010562;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88684e-06;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr3 174951756 . T C 1084.94 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000793857;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.114;QD=60.2746;RBI=0.0119155;REFB=0;REVB=0.011889;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67288e-06;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:26:46:0:0:26:46:0:0 chr3 175087408 . C T 444.31 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0644209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9699;QD=13.7771;RBI=0.0966354;REFB=-0.0225578;REVB=-0.0720301;RO=77;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107597;STB=0.564;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0357846;OID=.;OPOS=175087408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:78:51:51:0.395349:26:25:30:47:26:25:30:48 chr3 175165079 . C T 752.76 PASS AF=0.904762;AO=56;DP=62;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00138384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.542;QD=47.7942;RBI=0.0211465;REFB=-0.100234;REVB=0.0211012;RO=4;SAF=33;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209103;STB=0.50769;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00335718;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:62:63:4:6:56:57:0.904762:23:33:3:1:24:33:3:3 chr3 175189447 . G A 182.93 PASS AF=0.377049;AO=20;DP=58;FAO=23;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00994053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.541;QD=11.9952;RBI=0.00994601;REFB=-0.0139872;REVB=0.000330082;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153771;STB=0.50224;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0190205;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:26:38:20:23:0.377049:7:13:13:13:9:14:23:15 chr3 175327309 . G A 3104.22 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9877;QD=61.7756;RBI=0.038113;REFB=0;REVB=-0.0363019;RO=0;SAF=91;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30666e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52701e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:201:0:0:199:201:1:108:91:0:0:109:92:0:0 chr3 175345143 . C G 1698.67 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498346;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.078;QD=60.6669;RBI=0.0252531;REFB=0;REVB=0.0247565;RO=0;SAF=66;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70053e-05;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:46:66:0:0:46:66:0:0 chr3 175473047 . T C 2595.73 PASS AF=0.994186;AO=168;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000666345;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5357;QD=60.3658;RBI=0.00643984;REFB=-0.0543789;REVB=-0.00640527;RO=1;SAF=108;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786562;STB=0.502304;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00114972;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:172:172:1:1:168:171:0.994186:60:108:0:1:63:108:1:0 chr3 175521509 . A G 522.43 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00448178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.958;QD=16.9896;RBI=0.0045336;REFB=-0.0194868;REVB=0.000683542;RO=65;SAF=30;SAR=26;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266675;STB=0.500875;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0222808;OID=.;OPOS=175521509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:67:56:56:0.455285:26:30:35:30:26:30:36:31 chr3 175521611 . A G 1254.11 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.803;QD=60.4391;RBI=0.0209841;REFB=0;REVB=-0.0114755;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87016e-05;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:76:83:1:41:35:0:0:42:41:0:0 chr3 176838507 . A AG 147.71 PASS AF=1;AO=7;DP=56;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.214481;FXX=0.338926;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.54822;QD=15.15;RBI=0.216734;REFB=0;REVB=0.0311742;RO=46;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332924;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0056753;OID=.;OPOS=176838508;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:56:39:39:0:37:2:0:0:4:46:6:1:29:17 chr3 176838514 . C G 866.87 PASS AF=1;AO=53;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5951;QD=56.8436;RBI=0.0218512;REFB=0;REVB=0.0167951;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149743;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:53:61:1:18:35:0:0:24:37:0:0 chr3 178742690 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.377;QD=59.3227;RBI=0.0255664;REFB=0;REVB=0.0253775;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36421e-05;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr3 178815528 . G A 2430.28 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1714;QD=60.7571;RBI=0.0560898;REFB=0;REVB=0.0556728;RO=0;SAF=88;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340531;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:160:0:0:155:160:1:67:88:0:0:71:89:0:0 chr3 178941879 . A G 370.54 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.00359958;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1493;QD=14.2517;RBI=0.050987;REFB=0.00791235;REVB=-0.0508598;RO=60;SAF=25;SAR=18;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110806;STB=0.565902;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0323338;OID=.;OPOS=178941879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:61:43:43:0.413462:18:25:41:19:18:25:42:19 chr3 178976777 . C T 580.56 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0420275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6904;QD=54.0055;RBI=0.042333;REFB=-0.0305642;REVB=-0.00507596;RO=3;SAF=14;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447477;STB=0.523917;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0175778;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:26:14:2:1:26:14:2:1 chr3 179096508 . C G 1320.46 PASS AF=0.927083;AO=88;DP=99;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00352818;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9819;QD=55.0192;RBI=0.0326809;REFB=0.0165585;REVB=0.0324899;RO=7;SAF=37;SAR=51;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399449;STB=0.521295;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0025279;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:99:96:7:7:88:89:0.927083:51:37:1:6:51:38:1:6 chr3 179114529 . GATTA G 157.54 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.012892;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=4;MLLD=273.446;QD=11.2527;RBI=0.0208666;REFB=-0.0146557;REVB=0.0164076;RO=30;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417623;STB=0.749732;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0252319;OID=.;OPOS=179114530;OREF=ATTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:20:57:20:56:36:16:4:16:20:99:30:16:4:13:17 chr3 179118998 . C T 1594.58 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.604;QD=63.7834;RBI=0.0232439;REFB=0;REVB=-0.0170662;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13665e-06;OID=.;OPOS=179118998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:54:45:0:0:54:46:0:0 chr3 179298999 . C T 2258.2 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00077313;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.188;QD=63.6113;RBI=0.0314184;REFB=0;REVB=-0.0314089;RO=0;SAF=81;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99597e-05;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:61:81:0:0:61:81:0:0 chr3 180694315 . T TA 33.57 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.118108;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.12896;QD=6.10421;RBI=0.185715;REFB=-0.0362048;REVB=0.14332;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389497;STB=0.58676;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=0.0852864;OID=.;OPOS=180694316;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:9:28:10:22:12:9:1:10:2:30:17:8:1:11:6 chr3 180694851 . C T 33.87 PASS AF=0.1875;AO=4;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.00623539;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.316;QD=4.23333;RBI=0.0798946;REFB=-0.00163403;REVB=0.0796509;RO=22;SAF=0;SAR=4;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.791713;STB=0.936679;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.056432;OID=.;OPOS=180694851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:32:32:22:26:4:6:0.1875:4:0:19:3:5:1:23:3 chr3 181431226 . GA G,GG 43.83 PASS AF=0.470588,0.235294;AO=7,4;DP=17;FAO=8,4;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5,2;FSAR=3,2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0345422,0.022081;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.05786,20.8227;QD=10.3141;RBI=0.0369892,0.0546886;REFB=-0.0824628,-0.0143027;REVB=-0.0132302,0.0500327;RO=4;SAF=5,2;SAR=2,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0275654,-0.201109;STB=0.574292,0.665923;STBP=0.55,0.478;TYPE=del,snp;VARB=0.0881697,-0.02851;OID=.,.;OPOS=181431227,181431227;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.470588,0.235294:7,4:17:8,4:17:5:5,2:3,2:4:1:26:4:5,2:2,2:3:1 chr3 182631792 . C A 682.56 PASS AF=0.544715;AO=66;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0179952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4723;QD=22.197;RBI=0.0181714;REFB=-0.00725922;REVB=-0.0025238;RO=56;SAF=28;SAR=38;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425339;STB=0.520205;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00776298;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:56:56:66:67:0.544715:38:28:21:35:39:28:21:35 chr3 182681740 . C T 475.11 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0281176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.161;QD=17.761;RBI=0.0339747;REFB=-0.0216184;REVB=0.0190704;RO=55;SAF=16;SAR=34;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137182;STB=0.585623;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0136197;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:56:50:51:0.476636:34:16:25:30:35:16:26:30 chr3 182790249 . G A 1480.23 PASS AF=0.990099;AO=101;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.125;QD=58.623;RBI=0.0189204;REFB=0.00749226;REVB=0.0121579;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.505262;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000131258;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:101:100:0.990099:53:48:0:0:53:47:1:0 chr3 182853670 . T C 555.3 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00617612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7673;QD=27.7648;RBI=0.0169711;REFB=-0.0210246;REVB=0.0158074;RO=30;SAF=26;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596421;STB=0.532455;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0106778;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:24:26:13:17:24:26:13:17 chr3 182871962 . C T 778.76 PASS AF=0.432292;AO=83;DP=191;FAO=83;FDP=192;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=60;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.0831067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.505;QD=16.2242;RBI=0.0831556;REFB=-0.00278449;REVB=0.00285061;RO=105;SAF=23;SAR=60;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293119;STB=0.665111;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00236079;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:105:109:83:83:0.432292:60:23:58:47:60:23:60:49 chr3 182925403 . GT G,GC 1226.57 PASS AF=0.0843373,0.915663;AO=11,69;DP=84;FAO=7,76;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=7,59;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484366,-0.0113304;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.586,57.1532;QD=59.1118;RBI=0.033442,0.0771256;REFB=0,0;REVB=0.0330894,0.0762888;RO=0;SAF=9,54;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00683663,0.00659575;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0843373,0.915663:11,69:84:7,76:83:0:7,59:0,17:0:0:14:0:9,54:2,15:0:0 chr3 183027542 . T G 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=5.03466e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.887;QD=13.0595;RBI=0.0235025;REFB=0.00237684;REVB=0.0235025;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160012;STB=0.591577;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0029192;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:17:23:11:15:17:23 chr3 183107570 . G A 341.86 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.019524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.372;QD=15.9007;RBI=0.0456373;REFB=-0.0176242;REVB=-0.0412502;RO=48;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154633;STB=0.593698;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0242233;OID=.;OPOS=183107570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:24:13:24:24:24:13:25:24 chr3 183211906 . A G 1194.44 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576817;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.027;QD=61.2533;RBI=0.0182536;REFB=0;REVB=-0.0173183;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46996e-05;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr3 183226072 . G A 235.52 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0080624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.165;QD=13.269;RBI=0.0210477;REFB=-0.0128989;REVB=-0.0194423;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862841;STB=0.549261;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0194418;OID=.;OPOS=183226072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:14:14:25:18:14:14:25:18 chr3 183226186 . C T 58.03 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00200859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.19;QD=13.6542;RBI=0.00350001;REFB=-0.0098858;REVB=-0.00286629;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.523751;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00988219;OID=.;OPOS=183226186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:9:9:7:8:0.470588:3:4:6:3:3:5:6:3 chr3 183226213 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0189916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.542;QD=16.4544;RBI=0.0299958;REFB=-0.0482162;REVB=-0.0232177;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0159438;OID=.;OPOS=183226213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr3 183368216 . A T 531.31 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0191023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.044;QD=19.678;RBI=0.0337437;REFB=-0.00453524;REVB=0.0278162;RO=53;SAF=30;SAR=25;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525958;STB=0.529;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00814465;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:25:30:32:21:25:30:32:21 chr3 183368891 . C T 373.09 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0108491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5571;QD=17.7661;RBI=0.0134836;REFB=0.0123929;REVB=-0.00800647;RO=45;SAF=16;SAR=23;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242121;STB=0.634987;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.01582;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:23:16:30:15:23:16:30:15 chr3 183432983 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00676351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.185;QD=16.7316;RBI=0.0298418;REFB=-0.0134263;REVB=-0.0290652;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992344;STB=0.555733;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0153716;OID=.;OPOS=183432983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:20:16:17:14:20:16 chr3 183476685 . G A 857.59 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.023178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8776;QD=51.9751;RBI=0.0267069;REFB=0.00296511;REVB=-0.013268;RO=4;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428711;STB=0.52272;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00115888;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:4:4:62:62:0.939394:42:20:0:4:42:20:0:4 chr3 183521133 . A G 1156.76 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464908;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8246;QD=60.8821;RBI=0.0511179;REFB=0;REVB=-0.0212519;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70892e-05;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:51:25:0:0:51:25:0:0 chr3 183524193 . T C 619.81 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.8803;QD=59.0299;RBI=0.0676607;REFB=-0.035572;REVB=0.0663199;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000786383;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:1:0:23:18:1:0 chr3 183533964 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1271;QD=51.9126;RBI=0.151114;REFB=0;REVB=-0.0959652;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00605385;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr3 183558402 . C G 2235.81 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0385;QD=63.4272;RBI=0.0165568;REFB=0;REVB=0.0154448;RO=0;SAF=72;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10437e-05;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:69:72:0:0:69:72:0:0 chr3 183560195 . A G 975.95 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037069;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.2809;QD=59.1486;RBI=0.0372084;REFB=0;REVB=-0.00321808;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119087;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr3 183685534 . A G 306.02 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00537157;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5833;QD=20.0671;RBI=0.0637015;REFB=0.0307904;REVB=0.0634746;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300254;STB=0.524575;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0177968;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:28:29:32:32:0.52459:16:16:15:13:16:16:16:13 chr3 183696402 . A G 540.77 PASS AF=0.56044;AO=46;DP=87;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00265217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.819;QD=23.77;RBI=0.00674116;REFB=-0.00169085;REVB=-0.00619753;RO=26;SAF=21;SAR=25;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127014;STB=0.504309;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00100339;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:26:40:46:51:0.56044:25:21:7:19:25:26:20:20 chr3 183699516 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0036497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.604;QD=20.1601;RBI=0.0208334;REFB=-0.0126156;REVB=-0.0205112;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120218;STB=0.568658;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0128947;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:3:13:10:4:3:13:10:4 chr3 183754278 . C G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00331661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.248;QD=13.5806;RBI=0.00374871;REFB=-0.000829618;REVB=-0.00174727;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122911;STB=0.571347;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00127607;OID=.;OPOS=183754278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:18:10:8:9:18:10 chr3 183754294 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.825;QD=63.2858;RBI=0.0162881;REFB=0;REVB=-0.0149525;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17757e-05;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr3 183755822 . G A 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6923;QD=60.0291;RBI=0.0575867;REFB=0;REVB=0.0521171;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427297;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr3 183756702 . G A 727.16 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317479;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.279;QD=57.0322;RBI=0.0842227;REFB=0;REVB=0.0780098;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431313;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr3 183756742 . C T 431.79 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0814054;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.299;QD=52.3387;RBI=0.0888459;REFB=-0.128748;REVB=0.0355916;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.538436;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00939818;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:33:1:2:31:31:0.939394:19:12:1:0:19:12:2:0 chr3 183774762 . C A 1543.42 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291602;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0852;QD=58.7968;RBI=0.0359291;REFB=0;REVB=0.0209901;RO=1;SAF=62;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776929;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:105:1:0:101:105:1:39:62:0:1:41:64:0:0 chr3 183778010 . G C 1072.08 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.030087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.831;QD=57.1778;RBI=0.0438516;REFB=-0.0197696;REVB=0.031902;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133231;STB=0.500549;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000220996;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:35:38:0:1:35:38:1:1 chr3 183818416 . G A 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0702709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.946;QD=11.9713;RBI=0.0712091;REFB=-0.0034455;REVB=-0.0115213;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292532;STB=0.528812;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00762251;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:10:7:14:18:10:7:15:18 chr3 183861243 . A G 350.6 PASS AF=0.583333;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0201953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.748;QD=23.3733;RBI=0.0218402;REFB=0.000379319;REVB=0.00831531;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535391;STB=0.534227;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.000213204;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:25:34:35:0.583333:14:20:13:12:14:21:13:12 chr3 183863084 . AAG A 80.7 PASS AF=0.378378;AO=9;DP=30;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0468073;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=254.913;QD=8.72411;RBI=0.0514072;REFB=-0.0251213;REVB=0.0212551;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=-0.381346;STB=0.655506;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.0344014;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:9:30:14:37:23:4:10:12:11:80:16:2:7:9:7 chr3 183900680 . G C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0229241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.865;QD=14.2703;RBI=0.0580519;REFB=-0.00213201;REVB=0.053334;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577191;STB=0.532915;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00352778;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:17:16:13:11:17:16 chr3 183900729 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00920856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.66;QD=12.0205;RBI=0.0125475;REFB=-0.00924675;REVB=0.008523;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496186;STB=0.529369;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0172822;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:15:10:5:9:15:10 chr3 183904049 . A G 117.31 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0565288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1049;QD=13.0344;RBI=0.0575238;REFB=-0.0154182;REVB=-0.0106529;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146058;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0445998;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:8:6:12:9:8:6:12:10 chr3 183906759 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0270954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.94;QD=18.0872;RBI=0.0295704;REFB=-0.0109129;REVB=-0.0118426;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071012;STB=0.550858;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.023514;OID=.;OPOS=183906759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:10:16:14:12:10:16:14:13 chr3 183907032 . G C 716.57 PASS AF=0.451807;AO=75;DP=174;FAO=75;FDP=166;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.00430873;FXX=0.0777735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.558;QD=17.2668;RBI=0.00991725;REFB=0.00374462;REVB=0.00893234;RO=78;SAF=53;SAR=22;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147511;STB=0.601817;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00475638;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:166:78:91:75:75:0.451807:22:53:44:34:22:53:49:42 chr3 183951135 . C T 89.24 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0142476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.278;QD=19.832;RBI=0.0180416;REFB=-0.0867835;REVB=-0.0110682;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455969;STB=0.514676;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0187492;OID=.;OPOS=183951135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:18:18:5:6:9:10:0.555556:3:6:3:2:3:7:4:2 chr3 183951431 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00612202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.348;QD=16.4172;RBI=0.00774897;REFB=-0.0341876;REVB=-0.00475051;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0353802;OID=.;OPOS=183951431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:9:7:6:8:9:7 chr3 183953972 . G A 281.29 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0136026;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2325;QD=18.7525;RBI=0.0169544;REFB=-0.00812494;REVB=0.0101203;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755164;STB=0.535187;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0123079;OID=.;OPOS=183953972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:30:30:30:0.5:19:11:13:16:19:11:13:17 chr3 183955109 . C T 238.08 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0403577;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.382;QD=11.6135;RBI=0.0406349;REFB=-0.000201207;REVB=-0.00473817;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419847;STB=0.513364;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000406374;OID=.;OPOS=183955109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:53:29:29:0.353659:12:17:28:23:12:17:30:23 chr3 183975365 . C T 734.85 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.706;QD=61.2376;RBI=0.0551743;REFB=-0.135131;REVB=0.0496372;RO=1;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303164;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00124259;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:15:32:0:1:15:32:0:1 chr3 183976108 . T C 836.93 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00499696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.798;QD=55.7952;RBI=0.101891;REFB=-0.0497202;REVB=-0.101768;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000115874;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:0:1:27:32:0:1 chr3 184010230 . C T 430.04 PASS AF=0.37594;AO=51;DP=134;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.00624331;FXX=0.00746213;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.905;QD=12.9334;RBI=0.0284242;REFB=-0.0233578;REVB=-0.0277301;RO=81;SAF=30;SAR=21;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327014;STB=0.522217;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0354113;OID=.;OPOS=184010230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:81:83:51:50:0.37594:21:30:50:31:21:29:51:32 chr3 184037533 . A G 703.67 PASS AF=1;AO=34;DP=48;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115557;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5509;QD=63.9695;RBI=0.0134722;REFB=0;REVB=0.00692575;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632482;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:44:0:0:34:44:1:15:19:0:0:20:24:0:0 chr3 184039666 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1784;QD=60.6086;RBI=0.0515362;REFB=0;REVB=0.0515231;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584819;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr3 184046470 . C T 321.71 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0140426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.059;QD=12.3734;RBI=0.0223962;REFB=-0.00667066;REVB=-0.0174469;RO=65;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157164;STB=0.589698;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0157733;OID=.;OPOS=184046470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:16:23:29:36:16:23:29:36 chr3 184063382 . C T 357.64 PASS AF=0.530303;AO=27;DP=69;FAO=35;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.010663;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4592;QD=21.6754;RBI=0.0157283;REFB=-0.0461857;REVB=-0.011562;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339652;STB=0.519988;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.021476;OID=.;OPOS=184063382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:27:27:27:35:0.530303:16:11:12:15:21:14:12:15 chr3 184102396 . C T 493.82 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00900595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2534;QD=20.3635;RBI=0.0168038;REFB=0.00274044;REVB=-0.0141866;RO=47;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00844265;STB=0.50588;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00401724;OID=.;OPOS=184102396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:49:48:48:0.494845:21:27:26:21:21:27:27:22 chr3 184103903 . A C 291.73 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00222032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.618;QD=21.6094;RBI=0.00260978;REFB=-0.00795042;REVB=0.00137155;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097193;STB=0.563867;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00480853;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:18:12:12:11:18:12:13:11 chr3 184289152 . A G 452.97 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0114394;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.778;QD=17.2562;RBI=0.0401806;REFB=-0.00852236;REVB=-0.0385178;RO=54;SAF=30;SAR=19;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159812;STB=0.580077;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0106151;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:56:49:49:0.466667:19:30:24:30:19:30:26:30 chr3 184300067 . C T 34.39 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00814737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5084;QD=4.2985;RBI=0.122167;REFB=-0.0241426;REVB=-0.121895;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485636;STB=0.832224;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.131172;OID=.;OPOS=184300067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:1:5:11:15:1:5:11:15 chr3 184550501 . A G 1017.34 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504094;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9433;QD=58.1335;RBI=0.0535772;REFB=-0.0767871;REVB=0.0181494;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00111951;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:0:1:39:30:0:1 chr3 184573555 . C T 785.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.947;QD=57.0969;RBI=0.0144471;REFB=0;REVB=-0.0133513;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21558e-05;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr3 184647413 . T C 1051.05 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.372;QD=59.2139;RBI=0.0144496;REFB=0;REVB=-0.0143575;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110257;OID=.;OPOS=184647413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:35:36:0:0 chr3 184700356 . A C 325.04 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.87;QD=54.1736;RBI=0.0540711;REFB=0;REVB=0.0505877;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332238;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:20:24:1:11:9:0:0:15:9:0:0 chr3 184700426 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4974;QD=59.0186;RBI=0.00868255;REFB=0;REVB=0.00617507;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17434e-07;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr3 184795895 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.523;QD=58.6006;RBI=0.0397026;REFB=0;REVB=0.0298536;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72859e-05;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr3 184798067 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.129;QD=58.0603;RBI=0.0580729;REFB=0;REVB=0.0566277;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26982e-05;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr3 184910133 . G T 214.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.000618799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.341;QD=10.7383;RBI=0.0214041;REFB=-0.00804226;REVB=-0.0213951;RO=51;SAF=18;SAR=9;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504669;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.018978;OID=.;OPOS=184910133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:53:27:27:0.3375:9:18:34:17:9:18:35:18 chr3 184911151 . T C 497.56 PASS AF=0.372671;AO=60;DP=162;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.00100919;FXX=0.00617246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.465;QD=12.3618;RBI=0.00366419;REFB=-0.00438866;REVB=-0.00352247;RO=94;SAF=34;SAR=26;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495141;STB=0.551334;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0064804;OID=.;OPOS=184911151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:94:101:60:60:0.372671:26:34:49:45:26:34:49:52 chr3 185046975 . T C 1489.88 PASS AF=0.954128;AO=103;DP=108;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00789087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.888;QD=54.6744;RBI=0.0115692;REFB=-0.159761;REVB=0.0084605;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525768;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000813963;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:108:109:0:5:103:104:0.954128:45:58:0:0:46:58:0:5 chr3 185146702 . C T 108.72 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0235289;FXX=0.11107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7638;QD=18.1202;RBI=0.0294248;REFB=-0.0197511;REVB=-0.0176694;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184286;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:5:7:7:5:5:7 chr3 185226396 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00227828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.276;QD=16.7552;RBI=0.00773242;REFB=0.00174395;REVB=0.00738916;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245425;STB=0.638253;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00210293;OID=.;OPOS=185226396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:9:19:10:14:9:19 chr3 185229464 . T C 289.06 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00257073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.956;QD=13.9307;RBI=0.00258381;REFB=-0.0128934;REVB=-0.000259697;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236609;STB=0.634383;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0271333;OID=.;OPOS=185229464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:20:13:31:19:20:13:31:19 chr3 185434443 . G A 433.14 PASS AF=0.591549;AO=40;DP=69;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0149405;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.589;QD=24.4025;RBI=0.0324799;REFB=-0.0228384;REVB=-0.0288397;RO=29;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013193;STB=0.516771;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0151773;OID=.;OPOS=185434443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:29:29:40:42:0.591549:20:20:15:14:22:20:15:14 chr3 185866733 . T C 845.72 PASS AF=0.488764;AO=84;DP=175;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=72;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0257689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.255;QD=19.0049;RBI=0.0257689;REFB=-0.00676706;REVB=3.04429e-05;RO=91;SAF=14;SAR=70;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425105;STB=0.729285;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00707387;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:178:91:91:84:87:0.488764:70:14:49:42:72:15:49:42 chr3 185867550 . G C 208.52 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0393455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.303;QD=41.7033;RBI=0.0413845;REFB=-0.185812;REVB=0.0128299;RO=2;SAF=2;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154695;STB=0.585259;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00182186;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:16:2:1:1:16:2:1:1 chr3 185990096 . C T 393.11 PASS AF=0.512821;AO=32;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00184896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.386;QD=20.1595;RBI=0.00682289;REFB=-0.0170535;REVB=0.00656758;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016172;STB=0.501967;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0184023;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:32:40:0.512821:18:14:16:22:23:17:16:22 chr3 186006566 . T C 385.15 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.00894098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.977;QD=20.5414;RBI=0.033743;REFB=7.91302e-05;REVB=-0.0325369;RO=36;SAF=27;SAR=12;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906571;STB=0.549976;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.000140794;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:12:27:28:8:12:27:28:8 chr3 186006618 . G C 760.82 PASS AF=0.920635;AO=43;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0366789;FXX=0.0156226;HRUN=6;LEN=1;MLLD=171.21;QD=48.306;RBI=0.0543636;REFB=-0.0954357;REVB=0.0401255;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.534149;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00141965;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:63:63:0:5:43:58:0.920635:11:32:0:0:15:43:2:3 chr3 186015283 . A G 338.26 PASS AF=0.406593;AO=32;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00671393;FXX=0.0108684;HRUN=8;LEN=1;MLLD=303.586;QD=14.8684;RBI=0.0129431;REFB=-0.0113538;REVB=-0.0110656;RO=38;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182306;STB=0.55098;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0105123;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:38:53:32:37:0.406593:11:21:18:20:15:22:27:26 chr3 186337713 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3541;QD=58.1402;RBI=0.0714334;REFB=0;REVB=0.030634;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854367;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr3 186338382 . G C 989.8 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.064;QD=59.0927;RBI=0.0134508;REFB=0;REVB=0.00186561;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67667e-05;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr3 186338425 . A C 895.73 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0336247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.991;QD=55.1219;RBI=0.0339938;REFB=-0.015912;REVB=0.00499615;RO=0;SAF=14;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84193e-08;STB=0.510413;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00109123;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:65:0:2:62:63:0.969231:48:14:0:0:47:16:0:2 chr3 186370333 . G T 263.22 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0349821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5596;QD=17.5482;RBI=0.0400328;REFB=-0.00108024;REVB=0.0194648;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154234;STB=0.580018;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00190522;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:9:20:16:14:9:20:17:14 chr3 186390627 . C T 281.26 PASS AF=0.358696;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0110777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.403;QD=12.2289;RBI=0.015603;REFB=-0.016191;REVB=0.0109881;RO=59;SAF=22;SAR=10;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964278;STB=0.5626;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0297981;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:59:59:32:33:0.358696:10:22:36:23:10:23:36:23 chr3 186395113 . A G 200.9 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0208971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.106;QD=15.1625;RBI=0.0209108;REFB=-0.010011;REVB=-0.000756773;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616294;STB=0.500834;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00992019;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:30:23:23:0.433962:13:10:13:13:13:10:13:17 chr3 186395180 . T C 617.55 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776791;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8014;QD=61.7551;RBI=0.0833964;REFB=0;REVB=-0.0303465;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50627e-05;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:12:26:0:0:12:28:0:0 chr3 186395572 . A T 73.49 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0420915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6368;QD=10.1364;RBI=0.0460103;REFB=-0.0106999;REVB=0.018581;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38397;STB=0.723779;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0345722;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:3:16:5:5:3:16 chr3 186435370 . G A 432.04 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00448028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.452;QD=20.3314;RBI=0.004654;REFB=-0.0289146;REVB=-0.00125968;RO=41;SAF=24;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408194;STB=0.528912;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0182346;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:19:24:21:20:19:24:21:21 chr3 186489724 . T C 785.68 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8204;QD=64.1374;RBI=0.0980452;REFB=0;REVB=0.00957917;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132728;OID=.;OPOS=186489724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr3 186504148 . T C 494.07 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00324297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.11;QD=17.6453;RBI=0.0798943;REFB=0.00721574;REVB=-0.0798284;RO=57;SAF=26;SAR=27;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170031;STB=0.518349;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00699662;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:59:53:53:0.473214:27:26:29:28:27:26:31:28 chr3 186507757 . G A 140.16 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0188366;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.207;QD=19.3329;RBI=0.0397566;REFB=-0.011708;REVB=-0.035011;RO=13;SAF=13;SAR=0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.812161;STB=0.841509;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0125694;OID=.;OPOS=186507757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:13:15:0.517241:0:13:7:6:1:14:7:7 chr3 186570892 . T G 1591.03 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.812;QD=63.6414;RBI=0.00927175;REFB=0;REVB=-0.00682356;RO=0;SAF=62;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66909e-06;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:37:62:0:0:37:63:0:0 chr3 186936376 . A AAT 152.66 PASS AF=0.551724;AO=10;DP=79;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0237413;FXX=0.0937207;HRUN=2;LEN=2;MLLD=94.8471;QD=21.0567;RBI=0.0237668;REFB=-0.141037;REVB=0.00109997;RO=63;SAF=10;SAR=0;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61244;STB=0.633599;STBP=0.392;TYPE=ins;VARB=0.110927;OID=.;OPOS=186936377;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:10:79:16:29:13:15:1:11:2:99:63:10:0:46:17 chr3 186937568 . A G 1505.41 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188383;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.285;QD=63.3856;RBI=0.019807;REFB=0;REVB=0.00611843;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312261;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:54:39:0:0:56:39:0:0 chr3 186954285 . A G 1005.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000657537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2114;QD=59.1699;RBI=0.0548358;REFB=0;REVB=0.0548318;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171797;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:35:31:0:0:36:32:0:0 chr3 187088812 . C T 1397.31 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0396005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.146;QD=61.4203;RBI=0.0404162;REFB=-0.091049;REVB=0.00807879;RO=1;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977167;STB=0.505049;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000532628;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:41:48:1:0:41:49:1:0 chr3 187088903 . C A 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5087;QD=57.7101;RBI=0.0222965;REFB=0;REVB=0.0219905;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182067;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr3 187088926 . G A 784.96 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.408;QD=57.088;RBI=0.0175153;REFB=0;REVB=0.015599;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0667e-05;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr3 187089031 . C A 443.06 PASS AF=0.55;AO=42;DP=78;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0028108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.921;QD=22.1531;RBI=0.0244897;REFB=-0.0438726;REVB=-0.0243278;RO=36;SAF=27;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193137;STB=0.589614;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0265587;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:36:36:42:44:0.55:15:27:15:21:17:27:15:21 chr3 187416634 . C A 674.85 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0279969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7272;QD=20.6061;RBI=0.0447852;REFB=-0.00305178;REVB=0.0349555;RO=63;SAF=20;SAR=47;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171869;STB=0.599669;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00354761;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:64:67:67:0.51145:47:20:30:33:47:20:31:33 chr3 187416719 . T C 1208.4 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462349;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.942;QD=61.1846;RBI=0.00650488;REFB=0;REVB=0.00457567;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31526e-05;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:37:42:0:0 chr3 187439505 . GT G,GTT,TT 39.08 PASS AF=0.015873,0.222222,0;AO=10,13,4;DP=61;FAO=1,14,0;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=0,4,0;FSAR=1,10,0;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.170961,0.165347,-0.0126609;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,1;MLLD=9.7945,7.50718,150.566;QD=2.48106;RBI=0.171708,0.168367,0.0127035;REFB=0.042411,-0.0583618,0.00143888;REVB=0.0159967,-0.0317465,0.00103989;RO=32;SAF=5,4,0;SAR=5,9,4;SRF=10;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.228923,-0.00656216,-0.533327;STB=0.987254,0.561406,0.5;STBP=0.496,0.642,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=-0.0634337,0.0902512,0;OID=.,.,.;OPOS=187439506,187439506,187439505;OREF=T,-,G;OALT=-,T,T;OMAPALT=G,GTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:61:63:32:48:10,13,4:1,14,0:0.015873,0.222222,0:5,9,4:5,4,0:10:22:1,10,0:0,4,0:17:31 chr3 187447032 . G A 885.4 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0434761;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.039;QD=53.6604;RBI=0.0552705;REFB=-0.0676912;REVB=0.0341271;RO=2;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287932;STB=0.505118;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00206843;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:66:2:3:62:63:0.954545:28:34:1:1:28:35:2:1 chr3 187897059 . G A,C 1266.51 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=77,7;DP=84;FAO=76,8;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=24,8;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142958,0.00185565;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.012,185.307;QD=60.3099;RBI=0.0300782,0.028;REFB=0,0;REVB=-0.0264637,-0.0279384;RO=0;SAF=25,7;SAR=52,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0103291,0.0861832;OID=.,.;OPOS=187897059,187897059;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:84:84:0:0:77,7:76,8:0.904762,0.0952381:52,0:25,7:0:0:52,0:24,8:0:0 chr3 187897424 . A C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.153;QD=64.414;RBI=0.0182764;REFB=0;REVB=-0.0144505;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0322e-05;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr3 187897614 . C G 433.01 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132076;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.947;QD=57.7351;RBI=0.025575;REFB=0;REVB=-0.0219007;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024437;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr3 187897954 . T A 1976.77 PASS AF=0.934211;AO=144;DP=152;FAO=142;FDP=152;FR=.;FRO=10;FSAF=85;FSAR=57;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0688403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5485;QD=52.0203;RBI=0.109963;REFB=-0.126201;REVB=0.0857492;RO=6;SAF=88;SAR=56;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886055;STB=0.51386;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00937547;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:152:152:6:10:144:142:0.934211:56:88:3:3:57:85:8:2 chr3 187898593 . G A 523.76 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337604;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.945;QD=59.8588;RBI=0.0369084;REFB=0;REVB=-0.0149153;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55482e-05;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr3 188327461 . C T 601.05 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00823357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.516;QD=21.6595;RBI=0.00887052;REFB=-0.0131377;REVB=-0.00330067;RO=51;SAF=32;SAR=28;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130174;STB=0.571231;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0113298;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:28:32:35:16:28:32:35:16 chr3 188464248 . G GT 1690.54 PASS AF=1;AO=140;DP=153;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623647;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.316;QD=45.3837;RBI=0.127058;REFB=0;REVB=-0.1107;RO=9;SAF=114;SAR=26;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00236375;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:140:153:149:149:0:116:33:0:0:32:9:114:26:3:6 chr3 188592654 . T C 390.19 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00340053;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.824;QD=13.3397;RBI=0.00344819;REFB=0.00401506;REVB=-0.000571294;RO=71;SAF=31;SAR=15;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172768;STB=0.598223;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00509584;OID=.;OPOS=188592654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:71:71:46:46:0.393162:15:31:37:34:15:31:37:34 chr3 188868715 . A C 2324.59 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.954;QD=60.7736;RBI=0.0383655;REFB=0;REVB=0.0135131;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354363;OID=.;OPOS=188868715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:151:153:1:74:77:0:0:74:79:0:0 chr3 188868753 . A G 2064.85 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.143;QD=62.5712;RBI=0.0266899;REFB=0;REVB=-0.0112511;RO=0;SAF=62;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26583e-05;OID=.;OPOS=188868753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:69:62:0:0:69:63:0:0 chr3 189033292 . C G 828.89 PASS AF=0.457447;AO=86;DP=188;FAO=86;FDP=188;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0479145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.565;QD=17.636;RBI=0.0486163;REFB=-0.0429414;REVB=-0.00823063;RO=101;SAF=49;SAR=37;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092569;STB=0.554038;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0597522;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:101:102:86:86:0.457447:37:49:48:53:37:49:48:54 chr3 189713205 . T C 342.96 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0274551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3112;QD=18.7921;RBI=0.0277205;REFB=-0.0184959;REVB=0.00382664;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613766;STB=0.534143;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0195518;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:16:20:23:14:16:20:23:14 chr3 190024457 . A G 496.43 PASS AF=0.5;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.00824326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.076;QD=19.0934;RBI=0.0409869;REFB=-0.0126385;REVB=0.0401494;RO=51;SAF=29;SAR=22;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110477;STB=0.560163;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.015771;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:51:52:0.5:22:29:35:16:22:30:36:16 chr3 190333162 . TG T,TT 2169.94 PASS AF=1,0;AO=122,16;DP=138;FAO=139,0;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=82,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434903,0.00319094;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=349.715,333.332;QD=62.4444;RBI=0.00908474,0.0108753;REFB=0,0;REVB=-0.00797612,-0.0103966;RO=0;SAF=52,4;SAR=70,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.07465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.39581e-05,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:122,16:138:139,0:139:0:57,0:82,0:0:0:12:0:52,4:70,12:0:0 chr3 190578566 . A G 2149.08 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00661505;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.742;QD=62.2923;RBI=0.0419386;REFB=-0.0812428;REVB=0.0414136;RO=1;SAF=66;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714828;STB=0.503649;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000212908;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:135:137:0.992754:69:66:1:0:69:68:1:0 chr3 191047532 . A G 2132.05 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.705;QD=62.7073;RBI=0.0782327;REFB=0;REVB=0.0662226;RO=0;SAF=86;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95998e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:136:0:0:132:136:1:46:86:0:0:49:87:0:0 chr3 191074873 . C G 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.978;QD=57.4355;RBI=0.040291;REFB=-0.0870461;REVB=0.00250907;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000224501;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:0:1:34:33:0:1 chr3 191097966 . T C 1484.68 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000886347;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.262;QD=63.1777;RBI=0.0378817;REFB=0;REVB=0.0378713;RO=0;SAF=69;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2081e-05;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:92:94:1:23:69:0:0:24:70:0:0 chr3 191100561 . C A 868.07 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3837;QD=57.8715;RBI=0.0236058;REFB=0;REVB=-0.0232139;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06469e-05;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:27:31:0:0:28:32:0:0 chr3 191810914 . TA CG 1302.05 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226973;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.159;QD=62.0025;RBI=0.0230038;REFB=0;REVB=0.00374259;RO=0;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.77113e-05;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:28:55:0:0:28:56:0:0 chr3 192447403 . G A 344.96 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00837879;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.723;QD=16.4267;RBI=0.0177883;REFB=-0.00474708;REVB=-0.0156914;RO=47;SAF=16;SAR=20;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151171;STB=0.575775;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0069151;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:36:37:0.440476:20:16:28:19:20:17:28:19 chr3 192447418 . A G 403.96 PASS AF=0.5;AO=37;DP=78;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00943278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.211;QD=19.2362;RBI=0.0105305;REFB=-0.0110058;REVB=-0.00468115;RO=34;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232652;STB=0.583673;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0292571;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:34:42:37:42:0.5:24:13:21:13:25:17:24:18 chr3 192515557 . G A 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.316;QD=61.6761;RBI=0.00644957;REFB=0;REVB=-0.00389134;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10793e-06;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr3 192994543 . A G 531.81 PASS AF=0.478632;AO=55;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00810955;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1333;QD=18.1815;RBI=0.0581122;REFB=-0.0106366;REVB=0.0575436;RO=61;SAF=24;SAR=31;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684451;STB=0.541857;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0138341;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:55:56:0.478632:31:24:31:30:32:24:31:30 chr3 193031926 . C T 171.17 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0602907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.735;QD=11.0431;RBI=0.104369;REFB=-0.021507;REVB=-0.0851931;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156121;STB=0.590826;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.034048;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:18:22:9:13:18:22 chr3 193036783 . G A 270.91 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00690145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.31;QD=23.0563;RBI=0.0163493;REFB=-0.049333;REVB=-0.0148212;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079192;STB=0.504421;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.018627;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:13:9:10:15:13:9 chr3 193036794 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.807;QD=62.9826;RBI=0.0422824;REFB=0;REVB=0.00432106;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128392;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr3 193042776 . T C 668.42 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.964;QD=62.1788;RBI=0.00739254;REFB=0;REVB=-0.0033078;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24884e-05;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:22:21:0:0 chr3 193080344 . C T 1973.3 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164162;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.589;QD=62.1512;RBI=0.0272525;REFB=0;REVB=-0.0217534;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33957e-06;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:58:69:0:0:58:69:0:0 chr3 193081122 . G T 2775.77 PASS AF=0.994444;AO=178;DP=182;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214148;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8502;QD=61.6837;RBI=0.0219144;REFB=0.0052572;REVB=-0.00465277;RO=1;SAF=94;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503761;STB=0.502618;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-7.5726e-05;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:182:180:1:1:178:179:0.994444:84:94:1:0:84:95:1:0 chr3 193180592 . G A 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.012498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.458;QD=11.2162;RBI=0.0138197;REFB=-0.00139948;REVB=-0.00589771;RO=48;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197868;STB=0.511473;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0018734;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:12:14:25:23:12:14:25:23 chr3 193183817 . A G 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0533365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.208;QD=16.0048;RBI=0.0539126;REFB=-0.0086392;REVB=0.00786048;RO=43;SAF=27;SAR=8;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225391;STB=0.644961;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0226799;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:45:35:35:0.4375:8:27:25:18:8:27:25:20 chr3 193209178 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7205;QD=62.9817;RBI=0.0556675;REFB=0;REVB=0.055647;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639471;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr3 193210768 . A G 1362.51 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00106429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.604;QD=61.2364;RBI=0.0127098;REFB=-0.053119;REVB=0.0126651;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116996;STB=0.506171;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000281422;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:40:48:0:1:40:48:0:1 chr3 193355074 . T C 1913.5 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.965;QD=61.7259;RBI=0.0307765;REFB=0;REVB=0.0306391;RO=0;SAF=37;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51765e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:121:124:1:84:37:0:0:84:40:0:0 chr3 193385059 . G A 746.27 PASS AF=0.437158;AO=80;DP=183;FAO=80;FDP=183;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.00145818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.515;QD=16.3119;RBI=0.00525445;REFB=-0.0140809;REVB=-0.00504806;RO=103;SAF=38;SAR=42;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108342;STB=0.56029;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0168268;OID=.;OPOS=193385059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:103:103:80:80:0.437158:42:38:60:43:42:38:60:43 chr3 193863706 . A G 172.63 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00424291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1167;QD=21.5787;RBI=0.00487742;REFB=-0.0445309;REVB=-0.00240562;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121635;STB=0.576524;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.018728;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:12:5:6:8:13:5:6:8 chr3 194061826 . C T 298.79 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0776028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.741;QD=16.1507;RBI=0.0780964;REFB=-0.027889;REVB=0.00876699;RO=39;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543878;STB=0.534632;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0456904;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:41:33:33:0.445946:22:11:15:24:22:11:16:25 chr3 194061906 . T C 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.862;QD=62.162;RBI=0.0175864;REFB=0;REVB=-0.0170275;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.74904e-05;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr3 194063300 . T C,G 2175.83 PASS AF=0.929078,0.070922;AO=131,10;DP=141;FAO=131,10;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=79,0;FSAR=52,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290516,-0.0232569;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.1749,206.663;QD=61.7258;RBI=0.0326584,0.0261587;REFB=0,0;REVB=0.0149189,-0.0119748;RO=0;SAF=79,0;SAR=52,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00642107,0.175736;OID=.,.;OPOS=194063300,194063300;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:141:141:0:0:131,10:131,10:0.929078,0.070922:52,10:79,0:0:0:52,10:79,0:0:0 chr3 194079603 . A G 149.07 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0190603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0194;QD=18.6334;RBI=0.0226182;REFB=-0.0210932;REVB=-0.0121774;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574449;STB=0.532745;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0121669;OID=.;OPOS=194079603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:9:7:6:10:9:7 chr3 194080125 . C T 298.17 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0805316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4877;QD=23.8539;RBI=0.0805454;REFB=-0.0248912;REVB=-0.00148685;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124776;STB=0.578114;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.01263;OID=.;OPOS=194080125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:14:13:14:8:14:13:15:8 chr3 194118874 . T C 1076.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.567;QD=58.9757;RBI=0.0312125;REFB=0;REVB=0.026478;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248677;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:40:30:0:0:42:31:0:0 chr3 194124421 . A G 1697.22 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.391;QD=59.5517;RBI=0.0252007;REFB=-0.0422079;REVB=0.0115743;RO=1;SAF=67;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703472;STB=0.503703;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000142134;OID=.;OPOS=194124421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:46:67:1:0:46:67:1:0 chr3 194313832 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.005;QD=60.977;RBI=0.0164886;REFB=0;REVB=0.00538811;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93723e-05;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr3 194325109 . C CG,G 38.26 PASS AF=0.0462428,0.0346821;AO=25,7;DP=177;FAO=8,6;FDP=173;FR=.;FRO=159;FSAF=1,2;FSAR=7,4;FSRF=83;FSRR=76;FWDB=-0.0898319,-0.0837926;FXX=0.0114279;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=101.644,107.216;QD=0.884543;RBI=0.0898329,0.0837929;REFB=-0.000267819,-0.00030397;REVB=0.000431064,0.000223381;RO=145;SAF=13,3;SAR=12,4;SRF=72;SRR=73;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0298107,-0.0617142;STB=0.87537,0.679409;STBP=0.044,0.402;TYPE=ins,snp;VARB=0.0633352,0.0296327;OID=.,.;OPOS=194325110,194325109;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:177:173:145:159:25,7:8,6:0.0462428,0.0346821:12,4:13,3:72:73:7,4:1,2:83:76 chr3 194337901 . T C 888.03 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260491;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.241;QD=58.2316;RBI=0.0282129;REFB=0;REVB=0.0108356;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58619e-05;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:62:61:1:31:31:0:0:31:30:0:0 chr3 194338423 . C G,T 1206.55 PASS AF=0.0987654,0.901235;AO=7,72;DP=79;FAO=8,73;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=4,27;FSAR=4,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340444,0.00589815;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.576,131.519;QD=59.5827;RBI=0.0184195,0.0170028;REFB=0,0;REVB=-0.0181022,0.015947;RO=0;SAF=3,27;SAR=4,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.27032e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.110083,0.000204073;OID=.,.;OPOS=194338423,194338423;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:79:81:0:0:7,72:8,73:0.0987654,0.901235:4,45:3,27:0:0:4,46:4,27:0:0 chr3 194349178 . C T 1048.29 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985299;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.721;QD=59.9023;RBI=0.107711;REFB=0;REVB=0.0435138;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433819;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:40:30:0:0 chr3 194373832 . TG CA 2716.04 PASS AF=1;AO=172;DP=179;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503734;FXX=0.0335177;HRUN=2;LEN=2;MLLD=345.977;QD=62.7985;RBI=0.0513268;REFB=0;REVB=0.00984714;RO=0;SAF=74;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.83602e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:173:0:0:172:173:1:98:74:0:0:98:75:0:0 chr3 194387300 . C T 326.74 PASS AF=0.472973;AO=33;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0236424;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.429;QD=17.6615;RBI=0.0236447;REFB=-0.0154268;REVB=-0.000325689;RO=40;SAF=9;SAR=24;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117403;STB=0.545428;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0140697;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:39:33:35:0.472973:24:9:15:25:25:10:14:25 chr3 194842785 . C G 277.38 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0376916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3839;QD=16.08;RBI=0.0472312;REFB=0.0188858;REVB=-0.0284628;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260339;STB=0.505614;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0264613;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:15:15:18:20:16:15:18:20 chr3 194842877 . A G 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00641165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.65;QD=22.8012;RBI=0.00915296;REFB=-0.0170122;REVB=0.00653203;RO=47;SAF=30;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477816;STB=0.526306;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0138863;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:23:30:24:23:23:30:24:23 chr3 194842911 . A G 532.9 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0131295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.466;QD=25.6819;RBI=0.0275419;REFB=-0.0151278;REVB=0.024211;RO=34;SAF=27;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253736;STB=0.517475;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00646961;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:34:34:48:49:0.590361:21:27:18:16:21:28:18:16 chr3 195076877 . C G 1473.81 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.004;QD=58.3686;RBI=0.0486919;REFB=0;REVB=0.0170553;RO=1;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333934;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:100:101:1:0:99:101:1:39:60:0:1:40:61:0:0 chr3 195242526 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.41;QD=51.1846;RBI=0.0533407;REFB=0;REVB=0.0104576;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205142;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr3 195345828 . AG GA 602.47 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010121;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.258;QD=61.7913;RBI=0.0194027;REFB=0;REVB=-0.0165539;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00032158;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr3 195345953 . C T 690.3 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0922901;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.696;QD=58.7491;RBI=0.0937177;REFB=-0.0125765;REVB=0.0162951;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00128632;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:23:22:2:0:23:22:2:0 chr3 195346477 . C T 532.93 PASS AF=0.509091;AO=54;DP=108;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0305038;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3582;QD=19.3794;RBI=0.0545404;REFB=-0.0129844;REVB=0.0452126;RO=52;SAF=23;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321688;STB=0.535418;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0171377;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:52:54:54:56:0.509091:31:23:24:28:33:23:26:28 chr3 195390637 . A C 50.1 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.169;QD=33.3995;RBI=0.260875;REFB=0;REVB=0.258199;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00676098;OID=.;OPOS=195390637;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:1:4:0:0:2:4:0:0 chr3 195391050 . A T 401.85 PASS AF=0.206687;AO=68;DP=334;FAO=68;FDP=329;FR=.;FRO=261;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=158;FSRR=103;FWDB=-0.00898104;FXX=0.0179099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.164;QD=4.88572;RBI=0.00907878;REFB=-0.00503131;REVB=0.00132858;RO=257;SAF=34;SAR=34;SRF=157;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14349;STB=0.583563;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0211893;OID=.;OPOS=195391050;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:329:257:261:68:68:0.206687:34:34:157:100:34:34:158:103 chr3 195400841 . C A 48.12 PASS AF=0.0977444;AO=13;DP=133;FAO=13;FDP=133;FR=.;FRO=120;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.0086432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.888;QD=1.44724;RBI=0.0151164;REFB=-0.00158334;REVB=0.0124016;RO=120;SAF=7;SAR=6;SRF=44;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204353;STB=0.652055;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0174562;OID=.;OPOS=195400841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:133:133:120:120:13:13:0.0977444:6:7:44:76:6:7:44:76 chr3 195400848 . G A 51.12 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=0.00633596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.735;QD=1.64906;RBI=0.0282786;REFB=0.00056296;REVB=0.0275597;RO=111;SAF=7;SAR=6;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181218;STB=0.633058;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0124477;OID=.;OPOS=195400848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:124:124:111:111:13:13:0.104839:6:7:43:68:6:7:43:68 chr3 195404649 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7321;QD=45.8052;RBI=0.0727606;REFB=0;REVB=-0.0412568;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00372733;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr3 195447886 . G C 747.5 PASS AF=0.361789;AO=88;DP=245;FAO=89;FDP=246;FR=.;FRO=157;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=104;FSRR=53;FWDB=0.0236959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7784;QD=12.1544;RBI=0.0256511;REFB=-0.0286218;REVB=-0.00982244;RO=156;SAF=61;SAR=27;SRF=103;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042686;STB=0.525307;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.060278;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:156:157:88:89:0.361789:27:61:103:53:27:62:104:53 chr3 195451880 . AG GA 662.55 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158693;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.8;QD=63.0996;RBI=0.0158783;REFB=0;REVB=0.00053578;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00206048;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr3 195452770 . G A 451.53 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00348995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.001;QD=24.7414;RBI=0.00628173;REFB=-0.00975904;REVB=-0.00522306;RO=29;SAF=17;SAR=26;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123794;STB=0.512385;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00723738;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:30:43:43:0.589041:26:17:11:18:26:17:11:19 chr3 195452799 . C T 581.4 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0738526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7636;QD=25.0062;RBI=0.081706;REFB=-0.00307426;REVB=0.0349522;RO=40;SAF=20;SAR=33;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00197241;STB=0.501079;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00336617;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:33:20:15:25:33:20:15:25 chr3 195452951 . G C 1396.39 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1764;QD=62.7592;RBI=0.116585;REFB=0;REVB=-0.0985;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101842;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:46:43:0:0 chr3 195452987 . G A 308.14 PASS AF=0.364583;AO=36;DP=97;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0446469;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4674;QD=12.8393;RBI=0.0453499;REFB=-0.0114038;REVB=0.00795389;RO=60;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667247;STB=0.524674;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0154564;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:61:36:35:0.364583:17:19:28:32:17:18:29:32 chr3 195452991 . C T 329.51 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0605076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1314;QD=13.3136;RBI=0.107932;REFB=0.0138352;REVB=0.0893768;RO=62;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148049;STB=0.508461;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0273497;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:18:19:31:31:18:19:31:31 chr3 195453014 . G A 319.05 PASS AF=0.377551;AO=35;DP=94;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00263564;FXX=0.019998;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.377;QD=13.0223;RBI=0.00555423;REFB=-0.0123159;REVB=-0.00488905;RO=58;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918951;STB=0.506899;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0218491;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:58:61:35:37:0.377551:19:16:27:31:19:18:29:32 chr3 195453064 . T G 1380.92 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0054;QD=61.3743;RBI=0.0385698;REFB=0.00979784;REVB=-0.0285211;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111504;STB=0.505881;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00054675;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:47:42:1:0:47:42:1:0 chr3 195453243 . C T 501.32 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00864348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.762;QD=15.6664;RBI=0.00875959;REFB=-0.0172688;REVB=0.00142145;RO=71;SAF=22;SAR=33;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137385;STB=0.584875;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.027953;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:73:55:55:0.429688:33:22:38:33:33:22:40:33 chr3 195453257 . G A 440.84 PASS AF=0.416667;AO=49;DP=119;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.000585936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.13;QD=14.6946;RBI=0.00856697;REFB=-0.0254844;REVB=-0.00854691;RO=69;SAF=18;SAR=31;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119245;STB=0.563417;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0400636;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:69:70:49:50:0.416667:31:18:33:36:31:19:34:36 chr3 195456561 . C G 244.23 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00957774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.59;QD=13.0258;RBI=0.0108296;REFB=-0.000473677;REVB=0.00505448;RO=46;SAF=21;SAR=8;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648306;STB=0.537237;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00156892;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:8:21:31:15:8:21:31:15 chr3 195477791 . G A 1560.03 PASS AF=1;AO=92;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.559;QD=60.001;RBI=0.0425094;REFB=0;REVB=0.0236234;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181685;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:92:104:1:52:40:0:0:56:48:0:0 chr3 195479256 . T C 1138.7 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0826144;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3641;QD=59.1533;RBI=0.114428;REFB=-0.0309035;REVB=0.0791743;RO=2;SAF=35;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262641;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000319552;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:2:1:74:76:0.987013:39:35:2:0:41:35:1:0 chr3 195489009 . C A 3909.45 PASS AF=1;AO=244;DP=249;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172677;FXX=0.0160636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.05;QD=63.8278;RBI=0.0436368;REFB=-0.0553065;REVB=0.040075;RO=1;SAF=138;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5203e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:249:245:1:0:244:245:1:106:138:0:1:106:139:0:0 chr3 195489067 . C G 4259.94 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272039;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7821;QD=62.6462;RBI=0.107559;REFB=-0.0623161;REVB=-0.104062;RO=0;SAF=142;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59966e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013155;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:273:272:0:0:272:272:1:130:142:0:0:130:142:0:0 chr3 195495916 . G C 1097.83 PASS AF=0.886364;AO=77;DP=88;FAO=78;FDP=88;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.044651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.711;QD=49.9012;RBI=0.0472439;REFB=-0.0170368;REVB=0.015436;RO=8;SAF=34;SAR=43;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992336;STB=0.564086;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000388082;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:88:8:10:77:78:0.886364:43:34:8:0:44:34:10:0 chr3 195495917 . T C 37.0 PASS AF=0.1;AO=8;DP=89;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0864065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9543;QD=1.64465;RBI=0.126372;REFB=-0.0106546;REVB=-0.0922167;RO=81;SAF=8;SAR=0;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62496;STB=0.892347;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0241931;OID=.;OPOS=195495917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:90:81:81:8:9:0.1:0:8:36:45:1:8:36:45 chr3 195497174 . C G 1788.43 PASS AF=0.960317;AO=120;DP=125;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0519959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.027;QD=56.7757;RBI=0.0521729;REFB=-0.129737;REVB=-0.00429423;RO=1;SAF=67;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703742;STB=0.501858;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00288861;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:126:1:5:120:121:0.960317:53:67:1:0:54:67:3:2 chr3 195497743 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.975;QD=57.5429;RBI=0.0294442;REFB=0;REVB=0.0226864;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14406e-05;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr3 195501149 . C T 739.92 PASS AF=0.932203;AO=52;DP=56;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.128372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7989;QD=50.1639;RBI=0.148439;REFB=-0.139742;REVB=0.0745308;RO=4;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553236;STB=0.529401;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00897269;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:59:4:4:52:55:0.932203:32:20:0:4:32:23:0:4 chr3 195505664 . G A 783.55 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.688;QD=56.9851;RBI=0.0262144;REFB=0;REVB=-0.0199908;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89329e-06;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr3 195505788 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.634;QD=28.5378;RBI=0.0380042;REFB=-0.043164;REVB=0.0136114;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0019512;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr3 195510827 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00427575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.229;QD=14.6525;RBI=0.0340857;REFB=-0.0351221;REVB=0.0338165;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0175842;OID=.;OPOS=195510827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr3 195512042 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.076292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.642;QD=23.2182;RBI=0.109359;REFB=0.0212341;REVB=0.0783513;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00276021;OID=.;OPOS=195512042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr3 195512107 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.128;QD=51.1831;RBI=0.0574893;REFB=0;REVB=0.037937;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723952;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr3 195513063 . G A 47.46 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00254193;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4912;QD=9.49206;RBI=0.0142685;REFB=-0.0138492;REVB=-0.0140403;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.040626;OID=.;OPOS=195513063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:13:13:7:7:0.35:2:5:8:5:2:5:8:5 chr3 195513345 . A C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00559277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.296;QD=16.4544;RBI=0.00904959;REFB=-0.0283066;REVB=-0.00711449;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0140875;OID=.;OPOS=195513345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:2:2:1:5:2:2 chr3 195515594 . C G 2142.12 PASS AF=0.992806;AO=132;DP=133;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00676788;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.701;QD=61.6438;RBI=0.0650792;REFB=-0.045657;REVB=0.0647264;RO=0;SAF=108;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05914e-08;STB=0.508473;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000335356;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:139:0:1:132:138:0.992806:24:108:0:0:29:109:0:1 chr3 195515617 . G C 2088.19 PASS AF=0.971429;AO=135;DP=139;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0247032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9285;QD=59.6624;RBI=0.142329;REFB=-0.191356;REVB=0.140169;RO=4;SAF=104;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02063;STB=0.51091;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00606785;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:139:140:4:4:135:136:0.971429:31:104:2:2:31:105:2:2 chr3 195516630 . G T 1877.8 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.194;QD=59.6128;RBI=0.0170297;REFB=0.0495807;REVB=0.0122279;RO=1;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063774;STB=0.501739;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.000245114;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:123:124:0.984127:74:49:0:1:75:49:1:1 chr3 195516878 . T C 539.73 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164906;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.325;QD=58.3487;RBI=0.0891777;REFB=0;REVB=0.0876397;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01052;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:31:37:1:14:17:0:0:15:22:0:0 chr3 195517258 . G A,T 1170.1 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=71,7;DP=78;FAO=75,3;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109676,-0.0885518;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=137.097,24.5948;QD=60.0052;RBI=0.0124447,0.0998443;REFB=0,0;REVB=0.00588079,-0.0461245;RO=0;SAF=47,3;SAR=24,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000635666,0.233898;OID=.,.;OPOS=195517258,195517258;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:78:78:0:0:71,7:75,3:0.961538,0.0384615:24,4:47,3:0:0:25,3:50,0:0:0 chr3 195517321 . G A 854.1 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00369966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.388;QD=56.0064;RBI=0.0195035;REFB=-0.00726766;REVB=-0.0191494;RO=1;SAF=56;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104317;STB=0.555535;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=6.63542e-06;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:4:56:0:1:4:56:0:1 chr3 195517553 . A C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.8;QD=56.4864;RBI=0.0665442;REFB=-0.117918;REVB=0.0522794;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0013985;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:11:24:0:0:11:24:0:1 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 1025.76 PASS AF=0.092437,0.647059;AO=11,75;DP=121;FAO=11,77;FDP=119;FR=.;FRO=31;FSAF=11,30;FSAR=0,47;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0391436,0.00123142;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=75.8172,421.961;QD=34.4794;RBI=0.0404126,0.00632895;REFB=0.00943923,-0.0160107;REVB=0.0100479,-0.006208;RO=33;SAF=11,29;SAR=0,46;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.730239,-0.14408;STB=0.998615,0.583616;STBP=0.009,0.007;TYPE=snp,ins;VARB=0.0177649,0.00385285;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:121:119:33:31:11,75:11,77:0.092437,0.647059:0,46:11,29:21:12:0,47:11,30:21:10 chr3 195518330 . C G 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8505;QD=45.7977;RBI=0.0203097;REFB=0;REVB=0.0189462;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019459;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr3 195606019 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.027842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.217;QD=7.76204;RBI=0.0629639;REFB=-0.00469538;REVB=0.0564737;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210359;STB=0.631171;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0108708;OID=.;OPOS=195606019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:9:4:3:3:9:4 chr3 195615376 . A G 160.76 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0683322;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.466;QD=12.1328;RBI=0.0695774;REFB=-0.0106999;REVB=0.0131044;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501683;STB=0.528274;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0205765;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:33:18:20:0.377358:9:9:15:18:10:10:15:18 chr3 195668478 . A G 200.12 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=-0.0149276;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1016;QD=11.6012;RBI=0.0149592;REFB=-0.0299837;REVB=0.000972454;RO=43;SAF=15;SAR=10;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202247;STB=0.620167;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0190632;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:44:25:25:0.362319:10:15:33:10:10:15:34:10 chr3 195690216 . T C 42.33 PASS AF=0.0909091;AO=12;DP=132;FAO=12;FDP=132;FR=.;FRO=120;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.0247953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.425;QD=1.28273;RBI=0.0281408;REFB=-0.00176466;REVB=-0.0133079;RO=117;SAF=4;SAR=8;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255597;STB=0.705553;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.021026;OID=.;OPOS=195690216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:132:132:117:120:12:12:0.0909091:8:4:65:52:8:4:68:52 chr3 195690233 . A G 42.38 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=134;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=53;FWDB=-0.0148654;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.697;QD=1.27445;RBI=0.015155;REFB=0.00355853;REVB=0.00294852;RO=120;SAF=4;SAR=8;SRF=67;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257302;STB=0.702113;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0372444;OID=.;OPOS=195690233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:134:133:120:121:12:12:0.0902256:8:4:67:53:8:4:68:53 chr3 195690251 . A G 36.08 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.014843;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.144;QD=1.07689;RBI=0.0217044;REFB=3.54672e-05;REVB=-0.0158356;RO=121;SAF=4;SAR=7;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204021;STB=0.669912;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00124678;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:134:134:121:123:11:11:0.0820896:7:4:66:55:7:4:68:55 chr3 195692311 . T C 61.81 PASS AF=0.0814815;AO=22;DP=270;FAO=22;FDP=270;FR=.;FRO=248;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=126;FSRR=122;FWDB=-0.00315114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.212;QD=0.915733;RBI=0.0385448;REFB=-0.000441611;REVB=-0.0384158;RO=247;SAF=13;SAR=9;SRF=126;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935234;STB=0.576437;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00610025;OID=.;OPOS=195692311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:270:270:247:248:22:22:0.0814815:9:13:126:121:9:13:126:122 chr3 195692347 . G A 107.41 PASS AF=0.102649;AO=31;DP=302;FAO=31;FDP=302;FR=.;FRO=271;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=145;FSRR=126;FWDB=0.000440725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.405;QD=1.42269;RBI=0.00650973;REFB=-0.0021397;REVB=0.00649479;RO=269;SAF=19;SAR=12;SRF=144;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964034;STB=0.571195;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0173739;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:269:271:31:31:0.102649:12:19:144:125:12:19:145:126 chr3 195701278 . C T 265.59 PASS AF=0.222222;AO=42;DP=190;FAO=42;FDP=189;FR=.;FRO=147;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=92;FSRR=55;FWDB=0.0444421;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.345;QD=5.62088;RBI=0.0450421;REFB=-0.00360952;REVB=-0.00732737;RO=145;SAF=19;SAR=23;SRF=90;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211937;STB=0.632654;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0291553;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:145:147:42:42:0.222222:23:19:90:55:23:19:92:55 chr3 195701285 . G T 305.66 PASS AF=0.23301;AO=48;DP=206;FAO=48;FDP=206;FR=.;FRO=158;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=97;FSRR=61;FWDB=0.0155884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.222;QD=5.93516;RBI=0.0181328;REFB=-0.000530356;REVB=-0.00926287;RO=158;SAF=24;SAR=24;SRF=97;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144947;STB=0.587343;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00172488;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:158:158:48:48:0.23301:24:24:97:61:24:24:97:61 chr3 195701304 . C T 352.33 PASS AF=0.229167;AO=55;DP=240;FAO=55;FDP=240;FR=.;FRO=185;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=111;FSRR=74;FWDB=0.0197979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.53;QD=5.87216;RBI=0.0348743;REFB=0.00065802;REVB=0.0287099;RO=185;SAF=26;SAR=29;SRF=111;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161265;STB=0.597319;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00363103;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:185:185:55:55:0.229167:29:26:111:74:29:26:111:74 chr3 195701310 . C CAA 184.92 PASS AF=0.22541;AO=50;DP=247;FAO=55;FDP=244;FR=.;FRO=189;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=110;FSRR=79;FWDB=-0.00402733;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=2;MLLD=37.564;QD=3.03147;RBI=0.00427449;REFB=0.00727432;REVB=0.00143242;RO=190;SAF=23;SAR=27;SRF=110;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151821;STB=0.570384;STBP=0.239;TYPE=ins;VARB=-0.0262059;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22541:50:247:55:244:189:27:28:110:79:99:190:23:27:110:80 chr3 195701331 . G A 465.3 PASS AF=0.257463;AO=68;DP=267;FAO=69;FDP=268;FR=.;FRO=199;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=111;FSRR=88;FWDB=-0.0171954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.323;QD=6.94476;RBI=0.0895275;REFB=-0.000188388;REVB=0.0878606;RO=198;SAF=28;SAR=40;SRF=110;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178947;STB=0.61204;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00117081;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:198:199:68:69:0.257463:40:28:110:88:41:28:111:88 chr3 195701388 . GC AA 773.54 PASS AF=0.369048;AO=92;DP=255;FAO=93;FDP=252;FR=.;FRO=159;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=94;FWDB=0.00936195;FXX=0.0117642;HRUN=2;LEN=2;MLLD=189.421;QD=12.2785;RBI=0.0222218;REFB=-0.0106095;REVB=0.0201535;RO=155;SAF=55;SAR=37;SRF=62;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217623;STB=0.620985;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0210764;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:252:155:159:92:93:0.369048:37:55:62:93:37:56:65:94 chr3 195702731 . G C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0112246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.282;QD=9.44487;RBI=0.0591377;REFB=-0.0106258;REVB=-0.0580627;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0118377;OID=.;OPOS=195702731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:4:6:2:4:4:6 chr3 195710989 . G A 749.03 PASS AF=0.577236;AO=57;DP=124;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00629508;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.052;QD=24.3586;RBI=0.0179337;REFB=-0.0109519;REVB=0.0167925;RO=37;SAF=22;SAR=35;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11222;STB=0.528364;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.036619;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:37:52:57:71:0.577236:35:22:9:28:39:32:20:32 chr3 195710993 . A G 933.1 PASS AF=0.610294;AO=83;DP=136;FAO=83;FDP=136;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00272279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.097;QD=27.444;RBI=0.0163937;REFB=-0.00511019;REVB=-0.0161661;RO=53;SAF=36;SAR=47;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415201;STB=0.522491;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00258329;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:53:53:83:83:0.610294:47:36:20:33:47:36:20:33 chr3 195711016 . G A 522.91 PASS AF=0.342246;AO=62;DP=187;FAO=64;FDP=187;FR=.;FRO=123;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=68;FWDB=-0.00986731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8473;QD=11.1853;RBI=0.0157804;REFB=-0.00997315;REVB=-0.012315;RO=123;SAF=30;SAR=32;SRF=55;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426314;STB=0.514281;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0159517;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:123:123:62:64:0.342246:32:30:55:68:34:30:55:68 chr3 195925458 . A C 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0876038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9771;QD=57.6492;RBI=0.0906332;REFB=0;REVB=0.0232368;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000686272;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:27:4:0:0:27:4:0:0 chr3 195938177 . A G 582.19 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0738843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6885;QD=58.2194;RBI=0.0883925;REFB=0.076761;REVB=-0.0485215;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0197954;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:18:21:0:0:18:21:1:0 chr3 195941216 . C G 1695.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.47;QD=60.5435;RBI=0.033527;REFB=0;REVB=0.0334515;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90236e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:53:59:0:0:53:59:0:0 chr3 195955762 . G A 2351.2 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.726;QD=60.2871;RBI=0.0216977;REFB=-0.109522;REVB=0.00465271;RO=1;SAF=91;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749105;STB=0.503937;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=7.20912e-05;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:1:1:154:155:0.99359:63:91:0:1:63:92:0:1 chr3 195956827 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0526;QD=59.1423;RBI=0.0302212;REFB=0;REVB=-0.0131363;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84068e-05;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr3 196054439 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.465;QD=61.684;RBI=0.0253405;REFB=0;REVB=0.0251184;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21261e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr3 196120601 . G A 229.71 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00144784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.256;QD=14.136;RBI=0.0749092;REFB=-0.0137187;REVB=-0.0748952;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413667;STB=0.54791;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00959854;OID=.;OPOS=196120601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:38:27:27:0.415385:15:12:17:18:15:12:20:18 chr3 196199204 . G T 295.84 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0265673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6381;QD=13.1485;RBI=0.0569653;REFB=-5.66114e-06;REVB=-0.0503907;RO=55;SAF=22;SAR=12;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134984;STB=0.583623;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00125932;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:55:56:34:34:0.377778:12:22:29:26:12:22:29:27 chr3 196294104 . C G 1202.19 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.581;QD=60.8703;RBI=0.0275237;REFB=0;REVB=0.0230953;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88564e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:75:79:1:27:48:0:0:29:50:0:0 chr3 196386964 . C G 1518.19 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150247;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.174;QD=62.606;RBI=0.0380537;REFB=-0.0703374;REVB=0.034962;RO=0;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000208906;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:35:61:0:0:35:61:1:0 chr3 196435534 . T C 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.055135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.731;QD=15.8859;RBI=0.0565605;REFB=0.00509091;REVB=0.0126182;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019877;STB=0.511197;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00657045;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:17:25:19:14:17:25 chr3 196438826 . G T 138.86 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00537195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0026;QD=12.0751;RBI=0.0304607;REFB=-0.0133746;REVB=-0.0299833;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381171;STB=0.721399;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0250804;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:22:8:10:6:22:8 chr3 196443803 . T C 2678.84 PASS AF=0.556044;AO=242;DP=447;FAO=253;FDP=455;FR=.;FRO=202;FSAF=126;FSAR=127;FSRF=106;FSRR=96;FWDB=0.0646761;FXX=0.00437627;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.903;QD=23.5503;RBI=0.0760984;REFB=-0.0062266;REVB=0.0400995;RO=204;SAF=123;SAR=119;SRF=108;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178058;STB=0.511865;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00457744;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:455:204:202:242:253:0.556044:119:123:108:96:127:126:106:96 chr3 196448103 . C T 222.55 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0117333;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.193;QD=15.8964;RBI=0.0120041;REFB=0.00547684;REVB=-0.0025354;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069541;STB=0.503103;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00288035;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:31:25:25:0.446429:9:16:19:11:9:16:20:11 chr3 196511920 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0206873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.36;QD=16.199;RBI=0.0543407;REFB=0.0115052;REVB=-0.0502489;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496916;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00238419;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:0:3:1:4:0:3 chr3 196529926 . C A 43.83 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0174922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0146;QD=3.02297;RBI=0.0542622;REFB=-0.00356834;REVB=-0.0513654;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194737;STB=0.513854;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0171747;OID=.;OPOS=196529926;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:3:5:32:18:3:5:32:18 chr3 196529978 . C T 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0287351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5475;QD=2.25282;RBI=0.0379074;REFB=0.00420281;REVB=0.0247238;RO=60;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110712;STB=0.582497;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0230461;OID=.;OPOS=196529978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:3:5:32:28:3:5:32:28 chr3 196557130 . A G 94.44 PASS AF=0.254545;AO=12;DP=53;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.01209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.216;QD=6.86859;RBI=0.0270037;REFB=-0.0179087;REVB=0.024146;RO=41;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16605;STB=0.640556;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0516417;OID=.;OPOS=196557130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:53:55:41:41:12:14:0.254545:9:3:15:26:11:3:15:26 chr3 196613075 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0158713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.826;QD=23.2624;RBI=0.0163981;REFB=-0.0127695;REVB=-0.00412293;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107913;STB=0.560386;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0165558;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:10:9:8:15:10:9 chr3 196660820 . C T 301.98 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0162453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.193;QD=14.3798;RBI=0.0278322;REFB=0.00199199;REVB=-0.0225991;RO=49;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257337;STB=0.639808;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00378126;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:13:21:18:31:13:21:19:31 chr3 196674259 . G A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0175622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.79;QD=16.4429;RBI=0.0381346;REFB=0.00837546;REVB=0.0338499;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433655;STB=0.524813;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00551152;OID=.;OPOS=196674259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:16:11:9:11:16:11 chr3 196674749 . C T 696.39 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0803017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5341;QD=52.5577;RBI=0.0959812;REFB=-0.183431;REVB=0.0525741;RO=2;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391953;STB=0.520825;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0117318;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:23:28:0:2:23:28:0:2 chr3 196674879 . A G 315.95 PASS AF=0.363636;AO=35;DP=98;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0608006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0604;QD=12.7654;RBI=0.0609547;REFB=0.0114474;REVB=-0.00433055;RO=63;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337804;STB=0.680687;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0218353;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:63:63:35:36:0.363636:13:22:20:43:14:22:20:43 chr3 196674916 . A C 226.31 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00521671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.491;QD=11.1758;RBI=0.0207713;REFB=-0.00839165;REVB=-0.0201056;RO=53;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240784;STB=0.638482;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0100549;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:13:15:17:36:13:15:17:36 chr3 196674972 . CT TC 714.99 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155337;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.767;QD=63.555;RBI=0.0342695;REFB=0;REVB=0.0305467;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.09903e-05;OID=.;OPOS=196674972;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:40:45:1:24:16:0:0:29:16:0:0 chr3 196675526 . GGC G,GG 73.96 PASS AF=0,0.631579;AO=6,6;DP=19;FAO=0,12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=0,11;FSAR=0,1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.229745,0.0462595;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=21.1826,14.7443;QD=15.5715;RBI=0.244257,0.113452;REFB=-0.0533546,-0.143536;REVB=0.0829386,0.103592;RO=7;SAF=6,5;SAR=0,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0.396318,0;SSEP=0.318182,0;SSSB=0.767038,0.413635;STB=0.5,0.796465;STBP=1,0.022;TYPE=del,del;VARB=0,0.100239;OID=.,.;OPOS=196675527,196675528;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.631579:6,6:19:0,12:19:7:0,11:0,1:3:4:40:7:6,5:0,1:3:4 chr3 196735770 . A T 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00611106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.974;QD=2.21997;RBI=0.0130731;REFB=-0.00707693;REVB=-0.0115569;RO=54;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375316;STB=0.801177;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0260947;OID=.;OPOS=196735770;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:54:55:7:7:0.112903:6:1:23:31:6:1:24:31 chr3 196742290 . T C 649.07 PASS AF=0.596154;AO=61;DP=103;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0154689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8127;QD=24.9643;RBI=0.0199962;REFB=-0.0149358;REVB=0.0126712;RO=41;SAF=24;SAR=37;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349349;STB=0.527428;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00783498;OID=.;OPOS=196742290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:41:42:61:62:0.596154:37:24:18:23:38:24:19:23 chr3 196743130 . T C 223.18 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0200639;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.19;QD=14.635;RBI=0.0244108;REFB=-0.0226687;REVB=-0.0139042;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462161;STB=0.526295;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0236591;OID=.;OPOS=196743130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:15:20:16:10:15:20 chr3 196746629 . T C 685.91 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0337006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4871;QD=20.3232;RBI=0.0367096;REFB=-0.00956763;REVB=0.0145554;RO=67;SAF=30;SAR=38;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100095;STB=0.555152;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0109058;OID=.;OPOS=196746629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:67:68:68:0.503704:38:30:37:30:38:30:37:30 chr3 196751187 . G A 252.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0257971;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9285;QD=17.1302;RBI=0.0341495;REFB=-0.0191731;REVB=0.0223763;RO=30;SAF=22;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279649;STB=0.652699;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0235648;OID=.;OPOS=196751187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:31:28:28:0.474576:6:22:16:14:6:22:17:14 chr3 196770355 . TAAGG T 386.65 PASS AF=0.342342;AO=76;DP=229;FAO=76;FDP=222;FR=.;FRO=146;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=97;FWDB=-0.000475711;FXX=0.0305664;HRUN=2;LEN=4;MLLD=174.337;QD=6.96661;RBI=0.00497446;REFB=-0.0115344;REVB=0.00495166;RO=142;SAF=30;SAR=46;SRF=48;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690523;STB=0.541383;STBP=0.417;TYPE=del;VARB=0.0234713;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342342:76:229:76:222:146:30:46:49:97:99:142:30:46:48:94 chr3 196771245 . G A 191.38 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0120769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.91;QD=13.43;RBI=0.0129419;REFB=-0.00801778;REVB=-0.00465213;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11407;STB=0.565293;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0132337;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:14:20:11:12:14:20 chr3 197401615 . C T 324.83 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.000813772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.327;QD=12.6147;RBI=0.0547761;REFB=-0.0160354;REVB=-0.05477;RO=63;SAF=25;SAR=14;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148838;STB=0.590302;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0269656;OID=.;OPOS=197401615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:14:25:32:31:14:25:32:32 chr3 197427557 . A G 429.05 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0177928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.156;QD=20.6773;RBI=0.0305708;REFB=-0.00288623;REVB=-0.0248594;RO=40;SAF=27;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405199;STB=0.526686;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00308208;OID=.;OPOS=197427557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:40:42:43:0.518072:15:27:24:16:15:28:24:16 chr3 197432029 . C A 418.49 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00626876;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.826;QD=17.2573;RBI=0.00723229;REFB=0.00102833;REVB=0.00360675;RO=54;SAF=13;SAR=30;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173624;STB=0.59775;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0019222;OID=.;OPOS=197432029;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:54:43:43:0.443299:30:13:25:29:30:13:25:29 chr3 197432036 . C T 398.92 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00973958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.247;QD=18.3412;RBI=0.013146;REFB=-0.00887159;REVB=0.00882936;RO=46;SAF=13;SAR=28;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184287;STB=0.603179;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00794077;OID=.;OPOS=197432036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:28:13:23:23:28:13:23:23 chr3 197495334 . G A 1123.18 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266973;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7528;QD=60.7124;RBI=0.0337793;REFB=0;REVB=0.0206953;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353546;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr3 197659160 . C G 225.3 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00162548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.925;QD=15.5376;RBI=0.0017954;REFB=-0.0052396;REVB=-0.000762411;RO=32;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289034;STB=0.640648;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00789994;OID=.;OPOS=197659160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:6:19:16:16:7:19:16:16 chr3 197665599 . G T 317.61 PASS AF=0.371134;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0120247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.647;QD=13.0974;RBI=0.0620669;REFB=-0.0143995;REVB=-0.0608909;RO=61;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264817;STB=0.506169;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0225699;OID=.;OPOS=197665599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:35:36:0.371134:20:15:26:35:21:15:26:35 chr3 197701913 . G T 130.01 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0340659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.718;QD=13.3348;RBI=0.0412265;REFB=0.000379041;REVB=-0.0232193;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570906;STB=0.546014;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00291267;OID=.;OPOS=197701913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:8:7:12:11:8:7:13:11 chr3 197712759 . T C 187.38 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00419654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.27;QD=14.6964;RBI=0.0157383;REFB=-0.00187038;REVB=0.0151685;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070966;STB=0.552073;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00441293;OID=.;OPOS=197712759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:8:12:16:14:8:13:16:14 chr3 197846850 . G A 91.15 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00443234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9681;QD=33.1463;RBI=0.0155625;REFB=-0.00452505;REVB=0.0149179;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00313992;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:9:10:0.909091:3:6:1:0:3:7:1:0 chr3 197880130 . GGCAGCAGCA G,GGCA 59.49 PASS AF=0.0769231,0.192308;AO=7,6;DP=21;FAO=2,5;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=0,2;FSAR=2,3;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0348433,-0.0465513;FXX=0.422128;HRUN=2,1;LEN=9,6;MLLD=175.565,110.263;QD=9.15291;RBI=0.0366107,0.0506324;REFB=0.0178094,-0.0170944;REVB=-0.011238,0.0199152;RO=0;SAF=5,5;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,-3.18042e-08;STB=0.997619,0.817313;STBP=0.018,0.298;TYPE=del,del;VARB=0.0270149,0.0428042;OID=.,.;OPOS=197880131,197880131;OREF=GCAGCAGCA,GCAGCA;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0769231,0.192308:7,6:21:2,5:26:19:0,2:2,3:16:3:43:0:5,5:2,1:0:0 chr3 197882505 . CT C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.442;QD=33.4285;RBI=0.0272185;REFB=0;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000280801;OID=.;OPOS=197882506;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:6:0:0:0:4:1:6:0:1:0 chr4 53428 . G A 907.48 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610655;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.009;QD=58.5468;RBI=0.0692084;REFB=0;REVB=0.0325702;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186741;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr4 60303 . G A 62.11 PASS AF=0.0793103;AO=23;DP=290;FAO=23;FDP=290;FR=.;FRO=267;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=148;FSRR=119;FWDB=-0.0391285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.288;QD=0.856655;RBI=0.0560709;REFB=-0.00541882;REVB=-0.040161;RO=264;SAF=12;SAR=11;SRF=148;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449732;STB=0.530094;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0494266;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:290:290:264:267:23:23:0.0793103:11:12:148:116:11:12:148:119 chr4 67727 . G GT 55.45 PASS AF=0.153846;AO=61;DP=332;FAO=50;FDP=325;FR=.;FRO=275;FSAF=42;FSAR=8;FSRF=142;FSRR=133;FWDB=-0.0334288;FXX=0.0210837;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.9318;QD=0.682465;RBI=0.0374982;REFB=-0.00286836;REVB=-0.0169892;RO=264;SAF=58;SAR=3;SRF=126;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.679694;STB=0.80079;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.103717;OID=.;OPOS=67728;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:61:332:50:325:275:42:8:142:133:55:264:58:3:126:138 chr4 86738 . A G 559.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.636;QD=58.9326;RBI=0.0396982;REFB=0;REVB=0.0325113;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244535;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:24:11:0:0:24:14:0:0 chr4 87277 . G C 755.76 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4712;QD=62.9802;RBI=0.0291438;REFB=0;REVB=-0.00291377;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222379;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr4 87313 . G GA 613.13 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0871772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.1977;QD=44.5909;RBI=0.122328;REFB=0;REVB=0.0858155;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000180142;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:55:55:55:0:25:30:0:0:12:0:25:29:0:0 chr4 648643 . G A 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.287;QD=55.6464;RBI=0.0378724;REFB=0;REVB=-0.0199915;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77268e-05;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr4 663907 . CA CG,TG 716.09 PASS AF=0.423077,0.576923;AO=21,30;DP=52;FAO=22,30;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=9,10;FSAR=13,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495166,-0.0277075;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=117.018,82.104;QD=55.0839;RBI=0.0144776,0.0288624;REFB=0,0;REVB=-0.0136045,0.00808255;RO=0;SAF=8,10;SAR=13,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0210741,0.00798157;OID=.,.;OPOS=663908,663907;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:52:52:0:0:21,30:22,30:0.423077,0.576923:13,20:8,10:0:0:13,20:9,10:0:0 chr4 677103 . G A 867.34 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5033;QD=57.8226;RBI=0.0376226;REFB=0;REVB=0.0210156;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119326;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:25:33:0:0:27:33:0:0 chr4 761850 . T C 329.64 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00212202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.648;QD=15.6972;RBI=0.0291707;REFB=0.00344102;REVB=0.0290934;RO=48;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160713;STB=0.590501;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0029254;OID=.;OPOS=761850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:16:20:19:29:16:20:19:29 chr4 762963 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.126;QD=40.7628;RBI=0.00785682;REFB=0;REVB=0.00785682;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9061e-05;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr4 780286 . C G 355.05 PASS AF=0.46988;AO=33;DP=77;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0185415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.686;QD=17.1111;RBI=0.0286724;REFB=-0.0245418;REVB=0.0218705;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540633;STB=0.5536;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0221199;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:43:44:33:39:0.46988:14:19:27:16:19:20:27:17 chr4 843695 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.726;QD=57.7111;RBI=0.00821564;REFB=0;REVB=0.007748;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68586e-05;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:17:42:0:0:17:42:0:0 chr4 858941 . T C 818.91 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7911;QD=54.5937;RBI=0.030197;REFB=-0.177477;REVB=0.0188689;RO=2;SAF=34;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269414;STB=0.50704;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00443077;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:2:1:58:59:0.983333:24:34:2:0:24:35:1:0 chr4 860191 . C CG 269.23 PASS AF=1;AO=9;DP=49;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893573;FXX=0.354093;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.2296;QD=34.7388;RBI=0.0913609;REFB=0;REVB=-0.0190282;RO=40;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0158952;OID=.;OPOS=860192;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:49:31:31:0:8:23:0:0:3:40:2:7:24:16 chr4 860192 . A G 766.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1946;QD=63.8445;RBI=0.0401694;REFB=0;REVB=0.0371951;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125837;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr4 882643 . G A 385.81 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0199193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.516;QD=15.5883;RBI=0.0271133;REFB=-0.0217006;REVB=0.0183943;RO=56;SAF=23;SAR=18;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295706;STB=0.525403;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0271576;OID=.;OPOS=882643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:56:58:41:41:0.414141:18:23:33:23:18:23:35:23 chr4 946226 . T C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0280654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.894;QD=15.2904;RBI=0.0663749;REFB=-0.018849;REVB=0.0601495;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.019043;OID=.;OPOS=946226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:6:9:9:9:0.5:5:4:3:3:5:4:5:4 chr4 951947 . T C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.025724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.73;QD=8.51171;RBI=0.0263278;REFB=-0.0269979;REVB=0.00560605;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710738;STB=0.543395;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0614911;OID=.;OPOS=951947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:3:7:18:6:3:7:18:6 chr4 957073 . C CG 51.12 PASS AF=0.314815;AO=15;DP=58;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0563346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.314;QD=3.7865;RBI=0.0796048;REFB=-0.0455027;REVB=-0.0562435;RO=40;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542856;STB=0.823149;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0193174;OID=.;OPOS=957074;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:15:58:17:54:37:14:3:13:24:51:40:12:3:13:27 chr4 960331 . C G 259.31 PASS AF=0.491525;AO=24;DP=54;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0909818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.473;QD=17.5801;RBI=0.0911126;REFB=-0.00579348;REVB=-0.0048808;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597569;STB=0.525188;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00775958;OID=.;OPOS=960331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:30:30:24:29:0.491525:15:9:13:17:15:14:13:17 chr4 960804 . T G 34.69 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0347579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8269;QD=1.82567;RBI=0.0711157;REFB=-0.00666673;REVB=-0.062043;RO=59;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571631;STB=0.542427;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.125503;OID=.;OPOS=960804;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:70:76:59:67:9:9:0.118421:4:5:30:29:4:5:34:33 chr4 960806 . CGGGGTC CGGGTC,CGGGTCG,TCGGGTC 115.99 PASS AF=0.289474,0.0789474,0;AO=18,8,6;DP=74;FAO=22,6,0;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=4,0,0;FSAR=18,6,0;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0309932,-0.0108734,0.0249511;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,3,2;MLLD=12.5165,70.1143,26.2742;QD=6.10453;RBI=0.0570439,0.0299722,0.0603485;REFB=-0.0993909,-0.0200716,-0.0332815;REVB=-0.0478898,-0.0279303,0.054949;RO=37;SAF=8,0,2;SAR=10,8,4;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0.576471,0,0;SSSB=-0.259644,-0.760145,-0.389333;STB=0.849586,0.998828,0.5;STBP=0.001,0,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.135199,0.115817,0;OID=.,.,.;OPOS=960807,960810,960806;OREF=G,GTC,CG;OALT=-,TCG,TC;OMAPALT=CGGGTC,CGGGTCG,TCGGGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:74:76:37:48:18,8,6:22,6,0:0.289474,0.0789474,0:10,8,4:8,0,2:25:12:18,6,0:4,0,0:35:13 chr4 961373 . G A 645.85 PASS AF=0.433735;AO=71;DP=165;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=21;FWDB=-0.00383757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.404;QD=15.5627;RBI=0.00622748;REFB=-0.0158332;REVB=0.00490455;RO=93;SAF=49;SAR=22;SRF=72;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104838;STB=0.565481;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0252531;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:93:94:71:72:0.433735:22:49:72:21:23:49:73:21 chr4 962665 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG 124.53 PASS AF=0.277778,0.296296,0;AO=7,12,7;DP=65;FAO=15,16,0;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=1,13,0;FSAR=14,3,0;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0166356,-0.0895609,-0.123222;FXX=0.0526223;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=13.2173,8.18257,10.039;QD=9.2247;RBI=0.442276,0.102818,0.509274;REFB=0.00450653,-0.0688937,-0.0770483;REVB=-0.441963,0.050502,0.494142;RO=16;SAF=0,12,7;SAR=7,0,0;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.787385,0.780944,0.711719;STB=0.89028,0.683952,0.5;STBP=0.002,0.093,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0177561,0.122683,0.044104;OID=.,.,.;OPOS=962670,962666,962670;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.277778,0.296296,0:7,12,7:65:15,16,0:54:23:1,13,0:14,3,0:13:10:51:16:0,12,7:7,0,0:11:5 chr4 982852 . G A 1190.28 PASS AF=0.504274;AO=117;DP=234;FAO=118;FDP=234;FR=.;FRO=116;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=-0.00461265;FXX=0.00425514;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.307;QD=20.3466;RBI=0.0308545;REFB=-0.0147027;REVB=0.0305077;RO=116;SAF=49;SAR=68;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336195;STB=0.503649;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0155597;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:116:116:117:118:0.504274:68:49:49:67:69:49:49:67 chr4 983060 . T C 991.59 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.273;QD=59.1995;RBI=0.06819;REFB=0;REVB=0.0673754;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184397;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:33:32:0:0:35:32:0:0 chr4 983809 . C T 397.99 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=2.60061e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7693;QD=28.945;RBI=0.00353712;REFB=-0.0475843;REVB=0.00353702;RO=18;SAF=27;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570126;STB=0.503104;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0492274;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:10:27:13:5:10:27:13:5 chr4 985727 . A G 2166.6 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.648;QD=62.8001;RBI=0.0449908;REFB=0;REVB=0.0442668;RO=0;SAF=83;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27125e-05;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:130:138:0:0:130:138:1:47:83:0:0:48:90:0:0 chr4 1006333 . G A 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.198657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.51;QD=15.2544;RBI=0.199548;REFB=-0.000707909;REVB=-0.0188341;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329175;STB=0.6871;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0230859;OID=.;OPOS=1006333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:0:6:5:2:0:6 chr4 1018705 . C A 322.07 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0730789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8327;QD=28.006;RBI=0.0735279;REFB=-0.0453165;REVB=-0.00811323;RO=17;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605525;STB=0.521724;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0480064;OID=.;OPOS=1018705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:14:14:10:7:14:14:10:8 chr4 1164277 . C G 465.39 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.253;QD=58.1732;RBI=0.00787877;REFB=0;REVB=0.00777411;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75246e-05;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:5:26:0:0:5:27:0:0 chr4 1164552 . A G 734.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.05;QD=56.5265;RBI=0.0278588;REFB=0;REVB=0.0211928;RO=0;SAF=47;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213534;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:4:47:0:0:4:48:0:0 chr4 1165130 . G T 726.92 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340144;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.204;QD=57.0133;RBI=0.0826447;REFB=0;REVB=0.0753204;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071622;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr4 1165741 . A G 1386.34 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.916;QD=62.3072;RBI=0.0523866;REFB=0;REVB=0.0507818;RO=0;SAF=62;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3329e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:84:89:1:22:62:0:0:25:64:0:0 chr4 1194594 . A T 214.77 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0125678;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.042;QD=14.8119;RBI=0.0158458;REFB=-0.0128124;REVB=-0.00965092;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452201;STB=0.52571;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0167624;OID=.;OPOS=1194594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:16:17:14:11:16:17 chr4 1194630 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.553;QD=61.3339;RBI=0.070273;REFB=0;REVB=0.0152161;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52521e-05;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr4 1215585 . T C 148.88 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0197233;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7569;QD=8.88848;RBI=0.0499366;REFB=-0.0013297;REVB=0.0458765;RO=42;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444359;STB=0.549951;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0020147;OID=.;OPOS=1215585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:46:20:21:0.313433:14:6:14:28:15:6:16:30 chr4 1244416 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.549;QD=61.8526;RBI=0.00784861;REFB=0;REVB=-0.00761771;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18384e-06;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr4 1244879 . A G 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0322196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.056;QD=20.5632;RBI=0.0443468;REFB=-0.0121953;REVB=-0.030472;RO=31;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126405;STB=0.570207;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0106641;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:12:23:16:15:12:23:16:15 chr4 1330759 . T C 239.05 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00154873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5644;QD=23.9048;RBI=0.0336777;REFB=-0.0410901;REVB=-0.0336421;RO=16;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107476;STB=0.534801;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0423422;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:17:22:23:0.575:14:8:8:8:14:9:8:9 chr4 1343405 . T C 496.14 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00293449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1616;QD=20.8902;RBI=0.0129881;REFB=-0.00886454;REVB=-0.0126523;RO=47;SAF=31;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219055;STB=0.62133;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0112655;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:17:31:19:28:17:31:19:28 chr4 1374695 . C A 331.16 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0201858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.314;QD=17.6621;RBI=0.0286426;REFB=0.013845;REVB=0.0203208;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787748;STB=0.522376;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0112084;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:39:35:36:0.48:15:20:18:19:16:20:20:19 chr4 1374774 . C T 217.71 PASS AF=0.438596;AO=19;DP=60;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00956033;FXX=0.0499917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.765;QD=15.2776;RBI=0.0269252;REFB=-0.000495561;REVB=-0.0251708;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141957;STB=0.598481;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00420844;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:26:32:19:25:0.438596:10:9:16:10:16:9:17:15 chr4 1377615 . A G 172.62 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0175372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.185;QD=11.3196;RBI=0.0177004;REFB=-0.0226319;REVB=-0.00239796;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.573705;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.034848;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:21:22:0.360656:10:11:24:14:11:11:24:15 chr4 1619865 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0271572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.183;QD=13.9118;RBI=0.0295564;REFB=0.0022091;REVB=-0.011665;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124161;STB=0.571361;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00256469;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:14:17:9:12:14:17 chr4 1657288 . G C 348.91 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0569917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2911;QD=22.8795;RBI=0.0590389;REFB=0.015635;REVB=0.015412;RO=26;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190921;STB=0.605252;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00977672;OID=.;OPOS=1657288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:22:13:16:10:22:13:16:10 chr4 1659128 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0320586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.019;QD=25.2554;RBI=0.0385403;REFB=0.00483026;REVB=0.0213916;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00806144;STB=0.504499;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00224707;OID=.;OPOS=1659128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:6:4:7:10:6:4 chr4 1685211 . T C 785.16 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.441;QD=57.1024;RBI=0.0177439;REFB=0;REVB=0.0100519;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010767;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:39:15:0:0:39:16:0:0 chr4 1701317 . G A 293.39 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0425877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.663;QD=14.8551;RBI=0.0488361;REFB=-0.0189804;REVB=-0.0239008;RO=44;SAF=20;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080365;STB=0.511584;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0377053;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:44:46:33:33:0.417722:13:20:27:17:13:20:27:19 chr4 1719294 . T C 290.61 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00895684;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.45;QD=25.832;RBI=0.0307726;REFB=-0.0115245;REVB=-0.0294403;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100537;STB=0.555514;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00578829;OID=.;OPOS=1719294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:14:5:10:16:14:5 chr4 1737502 . C T 246.13 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0172408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5649;QD=13.674;RBI=0.0204022;REFB=0.00425871;REVB=0.0109089;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292695;STB=0.671528;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0150496;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:11:18:14:28:11:18:14:29 chr4 1739592 . A G 286.8 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0101249;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.853;QD=17.9248;RBI=0.0477139;REFB=-0.00903276;REVB=-0.0466272;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006628;STB=0.503709;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00715612;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:12:19:20:13:12:19:20:13 chr4 1807894 . G A 555.54 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7553;QD=60.0587;RBI=0.025129;REFB=0;REVB=0.0242829;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300969;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:15:20:0:0:15:22:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1522.51 PASS AF=0.796296,0.185185;AO=69,25;DP=111;FAO=86,20;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=16,16;FSAR=70,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0417908,0.00338717;FXX=0.0689596;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=78.1187,81.4732;QD=56.3894;RBI=0.0663351,0.0534946;REFB=-0.133497,-0.0221508;REVB=0.0515158,-0.0533873;RO=1;SAF=11,16;SAR=58,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00808267,0.0487725;STB=0.511605,0.540498;STBP=0.236,0.333;TYPE=del,mnp;VARB=0.0211452,0.0951159;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:111:108:1:2:69,25:86,20:0.796296,0.185185:58,9:11,16:0:1:70,4:16,16:1:1 chr4 1815990 . G A 574.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.992;QD=60.5081;RBI=0.0138543;REFB=0;REVB=-0.0119442;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87374e-05;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:14:24:0:0 chr4 1818594 . C T 1467.22 PASS AF=0.989474;AO=88;DP=89;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.118;QD=61.7776;RBI=0.0345918;REFB=0.0727609;REVB=0.0142197;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000981498;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:95:0:1:88:94:0.989474:41:47:0:0:41:53:0:1 chr4 1954945 . A G 2405.87 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381604;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.06;QD=61.296;RBI=0.00385742;REFB=0;REVB=0.000563507;RO=0;SAF=88;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47549e-06;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:69:88:0:0:69:88:0:0 chr4 1985644 . C CG 82.58 PASS AF=0.722222;AO=11;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.198788;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.831;QD=18.3509;RBI=0.222707;REFB=-0.0798562;REVB=0.100409;RO=7;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28385;STB=0.705476;STBP=0.082;TYPE=ins;VARB=0.0883325;OID=.;OPOS=1985645;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:11:18:13:18:5:12:1:3:2:14:7:10:1:5:2 chr4 1988188 . C CCCT,CCT,CT 118.68 PASS AF=0,1,0;AO=2,7,2;DP=14;FAO=0,11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.0832639;HRUN=4,4,0;LEN=3,2,1;MLLD=56.9212,69.435,54.2906;QD=43.1575;RBI=0.0220338,0.0257732,0.0271265;REFB=0,0,0;REVB=0.0220338,0.0257732,0.0271265;RO=2;SAF=0,0,0;SAR=2,7,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727176,-0.804017,-0.727176;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=-0.0181322,0.00223502,0;OID=.,.,.;OPOS=1988189,1988189,1988189;OREF=-,-,-;OALT=CCT,CT,T;OMAPALT=CCCT,CCT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,7,2:14:0,11,0:11:0:0,0,0:0,11,0:0:0:3:2:0,0,0:2,7,2:2:0 chr4 1988193 . T C 116.07 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.921;QD=42.2069;RBI=0.00989873;REFB=0;REVB=0.00989873;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73855e-05;OID=.;OPOS=1988193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:10:0:0:0:11:0:0:0 chr4 2160894 . C T 841.09 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607024;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.625;QD=58.0062;RBI=0.00608052;REFB=0;REVB=0.000353499;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34335e-05;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:17:41:0:0:17:41:0:0 chr4 2175733 . A G 2211.98 PASS AF=1;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190765;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.46;QD=63.654;RBI=0.0207209;REFB=0;REVB=-0.00808955;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75066e-05;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:139:0:0:139:139:1:72:67:0:0:72:67:0:0 chr4 2176454 . G A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.324;QD=62.3481;RBI=0.0686506;REFB=0;REVB=-0.0685122;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113134;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr4 2181080 . T C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.221;QD=57.2344;RBI=0.0265178;REFB=0;REVB=0.0180554;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158835;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr4 2194946 . C T 542.64 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245064;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.408;QD=60.2932;RBI=0.0153418;REFB=0;REVB=0.0151448;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07687e-05;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr4 2194953 . G A 556.15 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2534;QD=60.1246;RBI=0.0214307;REFB=0;REVB=-0.0178835;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80662e-05;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr4 2195024 . T G 738.7 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0642257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.018;QD=54.7182;RBI=0.0658468;REFB=-0.10667;REVB=0.014521;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149535;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000554598;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:21:31:1:0:22:31:1:0 chr4 2252174 . G C 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0457285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9043;QD=32.8229;RBI=0.0935676;REFB=-0.0925975;REVB=0.081632;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0156725;OID=.;OPOS=2252174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:5:4:0:0:5:4:0:1 chr4 2252201 . C T 116.12 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.034;QD=42.2243;RBI=0.0353587;REFB=0;REVB=0.00374799;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032205;OID=.;OPOS=2252201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:7:4:0:0 chr4 2257022 . C CG 58.25 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0300208;FXX=0.0121936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.0302;QD=2.87655;RBI=0.0552664;REFB=-0.0113603;REVB=-0.0464018;RO=59;SAF=13;SAR=8;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010453;STB=0.595143;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.168425;OID=.;OPOS=2257023;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:21:82:21:81:60:15:6:36:24:58:59:13:8:37:22 chr4 2306053 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0123127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.089;QD=12.5695;RBI=0.013605;REFB=0.00437203;REVB=0.00578734;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518494;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00607257;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:26:15:15:0.365854:5:10:16:8:5:10:18:8 chr4 2341194 . T C 779.5 PASS AF=0.455556;AO=81;DP=178;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=-0.00358569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8753;QD=17.3222;RBI=0.0101989;REFB=0.00755422;REVB=-0.00954778;RO=97;SAF=55;SAR=26;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878833;STB=0.541135;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00904913;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:97:98:81:82:0.455556:26:55:58:39:27:55:59:39 chr4 2451694 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.15;QD=64.4152;RBI=0.0159591;REFB=0;REVB=0.0156182;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70046e-05;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr4 2460571 . C T 126.25 PASS AF=0.295082;AO=17;DP=62;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0950224;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4508;QD=8.27894;RBI=0.0951219;REFB=-0.0193274;REVB=-0.00434982;RO=44;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12985;STB=0.606444;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0524072;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:44:43:17:18:0.295082:9:8:16:28:9:9:15:28 chr4 2461888 . A G 918.62 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0164012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.316;QD=54.8429;RBI=0.0679603;REFB=-0.00848156;REVB=0.0659515;RO=2;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000894695;STB=0.50023;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000368548;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:64:65:0.970149:33:31:1:1:33:32:1:1 chr4 2743999 . A G 2421.04 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.886;QD=61.2922;RBI=0.017892;REFB=0;REVB=-0.00787584;RO=0;SAF=79;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25368e-06;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:79:79:0:0:79:79:0:0 chr4 2746481 . C T 68.83 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0129027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.272;QD=15.2953;RBI=0.0274192;REFB=-0.0368871;REVB=0.0241937;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0156975;OID=.;OPOS=2746481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:5:4:5:4:5:4 chr4 2822467 . G T 233.41 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00351225;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.509;QD=12.6168;RBI=0.0176521;REFB=-0.0209166;REVB=0.0172992;RO=46;SAF=9;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189342;STB=0.591567;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0196614;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:46:27:28:0.378378:18:9:23:23:18:10:23:23 chr4 2826400 . T C 1227.17 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7907;QD=61.3586;RBI=0.11003;REFB=0;REVB=-0.0886365;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000895285;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr4 2826472 . G T 191.0 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00550678;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.746;QD=14.6923;RBI=0.00550705;REFB=0.00911821;REVB=5.46996e-05;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226474;STB=0.618266;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00427632;OID=.;OPOS=2826472;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:21:22:0.423077:14:7:16:13:14:8:17:13 chr4 2826912 . C G 211.75 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0560386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.041;QD=10.0833;RBI=0.0582254;REFB=-0.0198235;REVB=-0.0158072;RO=57;SAF=12;SAR=15;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194691;STB=0.613495;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0294553;OID=.;OPOS=2826912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:15:12:35:22:15:12:35:22 chr4 2828771 . T G 289.78 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0300847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5845;QD=29.7205;RBI=0.0513629;REFB=-0.077498;REVB=0.04163;RO=12;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205104;STB=0.613956;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.027068;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:12:13:25:26:0.666667:15:10:1:11:16:10:1:12 chr4 2829409 . G A 144.2 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.029387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.169;QD=24.0337;RBI=0.0615862;REFB=-0.0465116;REVB=0.0541227;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32837;STB=0.655546;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0174513;OID=.;OPOS=2829409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:8:9:15:15:0.625:8:7:8:0:8:7:8:1 chr4 2831383 . T G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0222715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.239;QD=11.8298;RBI=0.073101;REFB=-0.00487616;REVB=-0.0696257;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216945;STB=0.631311;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00413134;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:2:9:12:6:2:9:12:6 chr4 2906707 . G T 395.48 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00744189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.678;QD=17.7743;RBI=0.0604454;REFB=-0.0439144;REVB=-0.0599855;RO=30;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195129;STB=0.571236;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0446984;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:48:40:41:0.460674:21:19:15:15:22:19:16:32 chr4 2916762 . C G 665.23 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00269998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.708;QD=20.7885;RBI=0.0665758;REFB=-0.0419217;REVB=-0.066521;RO=61;SAF=23;SAR=43;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577861;STB=0.52868;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0415909;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:62:66:66:0.515625:43:23:25:36:43:23:25:37 chr4 2928413 . T C 557.06 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.965;QD=20.2567;RBI=0.0429362;REFB=-0.011775;REVB=0.024151;RO=53;SAF=33;SAR=24;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115523;STB=0.506364;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0101191;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:24:33:30:23:24:33:30:23 chr4 2941266 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00164103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.944;QD=13.4055;RBI=0.0126077;REFB=-0.000618178;REVB=-0.0125004;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129705;STB=0.556526;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00064561;OID=.;OPOS=2941266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:34:23:23:0.403509:10:13:14:18:10:13:16:18 chr4 2943361 . T C 316.3 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00928777;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.585;QD=22.5925;RBI=0.0130099;REFB=0.00762979;REVB=-0.00911019;RO=23;SAF=20;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147368;STB=0.573348;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0169326;OID=.;OPOS=2943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:24:32:32:0.571429:12:20:10:13:12:20:11:13 chr4 2951804 . A G 720.83 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00239713;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8958;QD=21.6791;RBI=0.0513019;REFB=-0.0326291;REVB=-0.0512459;RO=62;SAF=38;SAR=32;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132753;STB=0.576228;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0244295;OID=.;OPOS=2951804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:63:70:70:0.526316:32:38:24:38:32:38:24:39 chr4 2966987 . C T 312.85 PASS AF=0.45;AO=34;DP=78;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00842198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.162;QD=15.6423;RBI=0.0865251;REFB=0.000547194;REVB=0.0861143;RO=39;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164901;STB=0.564971;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000291228;OID=.;OPOS=2966987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:39:44:34:36:0.45:19:15:24:15:19:17:26:18 chr4 2967210 . C T 313.25 PASS AF=0.428571;AO=34;DP=82;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0250366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.595;QD=14.9165;RBI=0.0257132;REFB=-0.00875333;REVB=-0.00585986;RO=47;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306699;STB=0.508375;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0123426;OID=.;OPOS=2967210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:47:48:34:36:0.428571:14:20:29:18:14:22:30:18 chr4 3006043 . C T 368.49 PASS AF=0.409524;AO=41;DP=102;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.019104;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3566;QD=14.0377;RBI=0.024644;REFB=0.00288356;REVB=-0.0155679;RO=59;SAF=25;SAR=16;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107921;STB=0.562893;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00298464;OID=.;OPOS=3006043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:59:62:41:43:0.409524:16:25:30:29:17:26:31:31 chr4 3039150 . T C 310.46 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0263736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.137;QD=15.3311;RBI=0.027983;REFB=-0.0162139;REVB=-0.0093533;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091785;STB=0.545045;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0295317;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:17:18:19:26:17:18:20:26 chr4 3045837 . G C 180.94 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00417708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6366;QD=16.4493;RBI=0.0273425;REFB=0.0147063;REVB=-0.0270215;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164133;STB=0.593728;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0136731;OID=.;OPOS=3045837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:9:16:9:10:9:16 chr4 3129063 . A G 166.35 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0025163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0075;QD=14.7865;RBI=0.028038;REFB=-0.02663;REVB=0.0279249;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423964;STB=0.524562;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0254783;OID=.;OPOS=3129063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:6:12:17:10:6:12:17:10 chr4 3162056 . C T 191.2 PASS AF=0.363636;AO=25;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00915212;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1993;QD=11.5881;RBI=0.0544321;REFB=-0.00469175;REVB=-0.0536572;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897623;STB=0.523345;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0103951;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:42:25:24:0.363636:17:8:10:30:17:7:11:31 chr4 3213832 . G A 426.68 PASS AF=0.525;AO=40;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0054094;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.126;QD=21.3341;RBI=0.00613595;REFB=-0.0294796;REVB=-0.00289625;RO=37;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174477;STB=0.516476;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0250946;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:38:40:42:0.525:23:17:15:22:24:18:15:23 chr4 3215835 . T C 331.12 PASS AF=0.48;AO=30;DP=69;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0405792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.161;QD=17.6597;RBI=0.0431168;REFB=-0.0306251;REVB=-0.0145735;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149897;STB=0.510245;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0313087;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:39:39:30:36:0.48:21:9:17:22:21:15:17:22 chr4 3219613 . A C 2494.09 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.477;QD=60.8316;RBI=0.0532755;REFB=-0.0324794;REVB=0.0520098;RO=1;SAF=78;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563127;STB=0.502958;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000201186;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:162:163:0.993902:84:78:0:1:84:79:0:1 chr4 3227419 . A G 639.92 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00548927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.763;QD=18.9607;RBI=0.0243743;REFB=-0.0132845;REVB=-0.0237481;RO=69;SAF=34;SAR=31;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041721;STB=0.526763;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0133789;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:69:70:65:65:0.481481:31:34:33:36:31:34:33:37 chr4 3234980 . G A 438.56 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0278763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.942;QD=14.3791;RBI=0.0287884;REFB=-0.00948057;REVB=0.00718899;RO=70;SAF=19;SAR=31;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127259;STB=0.580569;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0105279;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:72:50:50:0.409836:31:19:35:35:31:19:37:35 chr4 3257593 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0346625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.56;QD=16.1723;RBI=0.0474298;REFB=-0.0394176;REVB=0.0323742;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241071;STB=0.624844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0437329;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:10:6:12:7:10:6:12:8 chr4 3263138 . G A 300.42 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00695145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.756;QD=19.0745;RBI=0.00799465;REFB=-0.0285903;REVB=0.00394865;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181853;STB=0.601117;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0332688;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:18:14:20:11:18:14:20:11 chr4 3318413 . A G 222.0 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0225004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.944;QD=14.5571;RBI=0.0225698;REFB=-0.00769484;REVB=-0.00176853;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141903;STB=0.569179;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0115486;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:13:12:12:23:14:12:12:23 chr4 3319271 . C T 326.38 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00535549;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.209;QD=16.9546;RBI=0.0566;REFB=-0.0181612;REVB=-0.0563461;RO=39;SAF=30;SAR=5;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306403;STB=0.677847;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0162166;OID=.;OPOS=3319271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:42:35:35:0.454545:5:30:25:14:5:30:27:15 chr4 3319716 . T A 201.52 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00953856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.486;QD=13.898;RBI=0.0172704;REFB=-0.00550449;REVB=-0.0143973;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102812;STB=0.55869;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0133566;OID=.;OPOS=3319716;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:11:13:15:19:11:13:15:19 chr4 3417845 . G C 670.44 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.624;QD=62.3662;RBI=0.045391;REFB=0;REVB=0.0263242;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213538;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:29:13:0:0:29:14:0:0 chr4 3444593 . G A 99.53 PASS AF=0.631579;AO=9;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.056759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0145;QD=20.9542;RBI=0.0595499;REFB=0.00486167;REVB=-0.0180169;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301282;STB=0.63612;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000373033;OID=.;OPOS=3444593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:7:7:9:12:0.631579:2:7:3:4:3:9:3:4 chr4 3446132 . C G 646.17 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249888;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.458;QD=61.5399;RBI=0.0555344;REFB=0;REVB=0.0495946;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1505e-05;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:18:20:0:0:19:23:0:0 chr4 3475252 . T C 4241.1 PASS AF=0.949664;AO=279;DP=297;FAO=283;FDP=298;FR=.;FRO=15;FSAF=150;FSAR=133;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0294831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9411;QD=56.9275;RBI=0.0297985;REFB=0.0214213;REVB=-0.00432446;RO=13;SAF=147;SAR=132;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752658;STB=0.503536;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00505834;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:297:298:13:15:279:283:0.949664:132:147:8:5:133:150:9:6 chr4 3514695 . A G 1590.11 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360915;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6206;QD=58.893;RBI=0.0402088;REFB=-0.100802;REVB=-0.0177242;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999605;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:108:0:0:106:108:1:52:54:0:0:54:54:0:0 chr4 3589689 . C A 178.55 PASS AF=0.393443;AO=20;DP=58;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0637502;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2126;QD=11.7078;RBI=0.0671429;REFB=-0.0246069;REVB=0.0210732;RO=37;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127107;STB=0.611597;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.067549;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:37:37:20:24:0.393443:7:13:20:17:7:17:20:17 chr4 3589719 . CA C 126.01 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0411864;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.6317;QD=7.63693;RBI=0.051775;REFB=-0.0296319;REVB=-0.0313742;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134924;STB=0.507806;STBP=0.956;TYPE=del;VARB=0.0481487;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:24:67:24:66:42:14:10:25:17:99:42:14:10:25:17 chr4 3590683 . T G 362.37 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0161336;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.784;QD=14.0724;RBI=0.0161343;REFB=-0.00217418;REVB=0.000153664;RO=59;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168907;STB=0.586424;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00412053;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:59:61:42:42:0.407767:16:26:27:32:16:26:29:32 chr4 3590711 . G T 334.93 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0109068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2908;QD=14.2524;RBI=0.0294681;REFB=-0.0123722;REVB=-0.0273754;RO=57;SAF=21;SAR=16;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100364;STB=0.557063;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0200042;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:16:21:27:30:16:21:27:30 chr4 3590730 . G A 301.14 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0380467;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.863;QD=13.6881;RBI=0.0391887;REFB=-0.0117795;REVB=0.00939177;RO=54;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122698;STB=0.569959;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0134516;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:54:54:34:34:0.386364:15:19:24:30:15:19:24:30 chr4 3590817 . T C 210.79 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=4;FWDB=-0.0262708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.744;QD=14.053;RBI=0.026802;REFB=-0.0260718;REVB=-0.00530983;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418139;STB=0.732486;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0609092;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:31:4:13:12:31:4 chr4 3590823 . GACAC CACAG,CAGAC,G,GAC 510.96 PASS AF=0,0.0810811,0.351351,0.567568;AO=3,4,8,18;DP=47;FAO=0,3,13,21;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,6,17;FSAR=0,0,7,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252858,-0.0178303,-0.0385614,0.13926;FXX=0.159055;HRUN=1,1,1,1;LEN=5,3,4,2;MLLD=65.2094,74.3668,57.6156,39.3468;QD=55.2387;RBI=0.0502993,0.0306666,0.0613782,0.141504;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0434816,0.0249503,0.0477525,0.025103;RO=1;SAF=3,4,4,16;SAR=0,0,4,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,-0.0978599,-0.0278586;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,del;VARB=0,0.056624,0.108843,0.0826148;OID=.,.,.,.;OPOS=3590823,3590823,3590824,3590824;OREF=GACAC,GAC,ACAC,AC;OALT=CACAG,CAG,-,-;OMAPALT=CACAG,CAGAC,G,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:99:47:37:1:0:3,4,8,18:0,3,13,21:0,0.0810811,0.351351,0.567568:0,0,4,2:3,4,4,16:1:0:0,0,7,4:0,3,6,17:0:0 chr4 3590878 . C T 566.0 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=0.00453707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3854;QD=16.8955;RBI=0.124922;REFB=-0.0306015;REVB=0.12484;RO=73;SAF=29;SAR=31;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198199;STB=0.612915;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0494817;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:74:60:60:0.447761:31:29:50:23:31:29:51:23 chr4 3590911 . A C 896.23 PASS AF=0.466667;AO=91;DP=195;FAO=91;FDP=195;FR=.;FRO=104;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.0141803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0383;QD=18.3841;RBI=0.0215656;REFB=-0.00867767;REVB=0.0162479;RO=104;SAF=52;SAR=39;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405282;STB=0.502242;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0101559;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:104:104:91:91:0.466667:39:52:59:45:39:52:59:45 chr4 3591015 . A C 1273.09 PASS AF=0.408163;AO=140;DP=344;FAO=140;FDP=343;FR=.;FRO=203;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=99;FSRR=104;FWDB=-0.0386724;FXX=0.00290689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6834;QD=14.8465;RBI=0.0419444;REFB=-0.0104141;REVB=-0.0162411;RO=186;SAF=74;SAR=66;SRF=94;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238481;STB=0.524207;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0167326;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:343:186:203:140:140:0.408163:66:74:94:92:66:74:99:104 chr4 3591049 . C T 939.45 PASS AF=0.37;AO=111;DP=293;FAO=111;FDP=300;FR=.;FRO=189;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=79;FSRR=110;FWDB=-0.00260856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.0018;QD=12.526;RBI=0.0252225;REFB=-0.00677434;REVB=0.0250873;RO=182;SAF=65;SAR=46;SRF=78;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172408;STB=0.604849;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.011972;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:300:182:189:111:111:0.37:46:65:78:104:46:65:79:110 chr4 3591069 . C T 899.73 PASS AF=0.384058;AO=104;DP=272;FAO=106;FDP=276;FR=.;FRO=170;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=69;FSRR=101;FWDB=-0.0217349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.716;QD=13.0396;RBI=0.0359643;REFB=-0.0127101;REVB=-0.0286536;RO=154;SAF=61;SAR=43;SRF=62;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194594;STB=0.615113;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0145624;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:276:154:170:104:106:0.384058:43:61:62:92:43:63:69:101 chr4 3768741 . C G 152.97 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0133381;FXX=0.0576812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.835;QD=12.4873;RBI=0.0320372;REFB=-0.0170723;REVB=-0.0291287;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693722;STB=0.545404;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0329068;OID=.;OPOS=3768741;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:28:31:17:18:0.367347:8:9:13:15:8:10:15:16 chr4 4199634 . A T 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00508606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.666;QD=12.615;RBI=0.00932415;REFB=-0.00248207;REVB=-0.00781485;RO=64;SAF=20;SAR=19;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542722;STB=0.530922;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00443452;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:19:20:36:28:19:20:36:28 chr4 4204299 . T C 274.98 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0216222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.174;QD=16.6653;RBI=0.0238257;REFB=-0.0156399;REVB=-0.0100073;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064468;STB=0.544623;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0212065;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:30:31:0.469697:14:16:21:14:15:16:21:14 chr4 4239587 . G T 152.59 PASS AF=0.23;AO=23;DP=101;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00563254;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.103;QD=6.10361;RBI=0.00907911;REFB=0.00280286;REVB=0.00712073;RO=75;SAF=13;SAR=10;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567246;STB=0.535464;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00404036;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:75:77:23:23:0.23:10:13:39:36:10:13:40:37 chr4 4249297 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.116;QD=62.6691;RBI=0.0318091;REFB=0;REVB=0.0299458;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161021;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr4 4249300 . T C 657.63 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00310146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4392;QD=59.7846;RBI=0.00369829;REFB=-0.0995903;REVB=0.00201452;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00278851;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr4 4249909 . C T 407.7 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5787;QD=56.235;RBI=0.113827;REFB=0;REVB=0.056934;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306142;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:12:17:0:0 chr4 4276132 . T C 656.18 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.262;QD=58.3273;RBI=0.0944831;REFB=-0.159756;REVB=0.0455495;RO=2;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251481;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:2:0:43:45:1:28:15:0:2:30:15:0:0 chr4 4304337 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00796166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.618;QD=10.0339;RBI=0.00846388;REFB=-0.0200091;REVB=0.00287215;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0264195;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:6:1:1:4:6:1 chr4 4304605 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0112824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.529;QD=13.5765;RBI=0.0153917;REFB=-0.0045753;REVB=-0.0104695;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754579;STB=0.543976;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0172717;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:6:13:8:5:6:13 chr4 4322570 . G A 263.06 PASS AF=0.483333;AO=30;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00611008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1142;QD=17.5371;RBI=0.0260263;REFB=-0.00860324;REVB=-0.0252989;RO=30;SAF=21;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305682;STB=0.660264;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0168267;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:30:29:0.483333:9:21:11:19:9:20:12:19 chr4 4322665 . T C 419.65 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00103482;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.387;QD=22.6839;RBI=0.00165724;REFB=-0.010926;REVB=-0.00129445;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755297;STB=0.541646;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0131696;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:33:33:41:41:0.554054:26:15:15:18:26:15:15:18 chr4 4322770 . T C 358.19 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00848029;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.922;QD=22.7423;RBI=0.0508291;REFB=-0.0107187;REVB=0.0501167;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842518;STB=0.551423;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0111535;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:35:36:0.571429:18:17:16:11:19:17:16:11 chr4 5448429 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.546;QD=58.4174;RBI=0.0084308;REFB=0;REVB=0.00452538;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14917e-05;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr4 5570221 . G A 970.24 PASS AF=0.510753;AO=95;DP=186;FAO=95;FDP=186;FR=.;FRO=91;FSAF=66;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.0123768;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.054;QD=20.8654;RBI=0.0463128;REFB=-0.0114008;REVB=0.0446284;RO=91;SAF=66;SAR=29;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112021;STB=0.561653;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00888525;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:91:91:95:95:0.510753:29:66:53:38:29:66:53:38 chr4 5570315 . G A 702.59 PASS AF=0.530303;AO=68;DP=131;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=55;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=11;FWDB=-0.0106683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7148;QD=21.2906;RBI=0.0148118;REFB=-0.0258882;REVB=0.0102751;RO=57;SAF=53;SAR=15;SRF=46;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341793;STB=0.526483;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0117387;OID=.;OPOS=5570315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:57:62:68:70:0.530303:15:53:46:11:15:55:51:11 chr4 5620310 . G A 223.5 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00341238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.181;QD=14.9002;RBI=0.00526109;REFB=-0.00800302;REVB=-0.00400434;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179326;STB=0.609054;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00891803;OID=.;OPOS=5620310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:15:11:20:13:15:11:21:13 chr4 5624530 . T C 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0062451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.652;QD=18.902;RBI=0.0130449;REFB=-0.00896178;REVB=-0.0114528;RO=34;SAF=23;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141803;STB=0.579243;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00898999;OID=.;OPOS=5624530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:11:23:18:16:11:23:18:16 chr4 5624670 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.858;QD=47.8223;RBI=0.0406678;REFB=0;REVB=-0.00826267;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485995;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr4 5624704 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0236912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.141;QD=14.6525;RBI=0.0292761;REFB=0.0230544;REVB=0.0171993;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0174528;OID=.;OPOS=5624704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr4 5627493 . G T 458.45 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0475892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2491;QD=15.6736;RBI=0.0723436;REFB=-0.0190072;REVB=-0.0544874;RO=64;SAF=23;SAR=28;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171904;STB=0.595114;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0190949;OID=.;OPOS=5627493;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:64:66:51:51:0.435897:28:23:40:24:28:23:41:25 chr4 5721021 . A C 349.87 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0524577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.911;QD=17.7149;RBI=0.0541575;REFB=0.00367213;REVB=0.0134618;RO=42;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170379;STB=0.594662;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00379156;OID=.;OPOS=5721021;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:21:16:11:31:21:16:11:31 chr4 5743509 . C T 1231.37 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.729;QD=60.0667;RBI=0.0286507;REFB=0.0197842;REVB=0.0201316;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.504949;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-5.96657e-06;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:0:1:81:81:0.987805:50:31:0:0:50:31:0:1 chr4 5743512 . T C 1242.69 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.951;QD=61.3676;RBI=0.0605075;REFB=0;REVB=0.0405691;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187424;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:49:31:0:0:50:31:0:0 chr4 5749904 . T C 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0133747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.787;QD=18.9132;RBI=0.0478463;REFB=0.0159401;REVB=-0.0459389;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585542;STB=0.54424;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0174072;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:10:19:16:11:10:19:16:12 chr4 5749961 . G C 242.88 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00022552;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3177;QD=18.6832;RBI=0.0100497;REFB=-0.0135822;REVB=0.0100472;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068799;STB=0.519273;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0142252;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:26:26:26:0.5:12:14:11:13:12:14:13:13 chr4 5750003 . A G 217.46 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0446104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1466;QD=22.8901;RBI=0.0447162;REFB=0.0188159;REVB=0.00307409;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893511;STB=0.549953;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0140207;OID=.;OPOS=5750003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:7:10:10:11:7:10 chr4 5754579 . C T 416.02 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.00808991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1332;QD=22.1879;RBI=0.0524797;REFB=0.00460373;REVB=0.0518524;RO=34;SAF=31;SAR=9;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602327;STB=0.529398;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00343137;OID=.;OPOS=5754579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:40:41:0.546667:9:31:28:6:9:32:28:6 chr4 5755542 . C A 1258.88 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731256;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.712;QD=61.4087;RBI=0.0168659;REFB=0;REVB=0.0151982;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287564;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:78:82:1:39:39:0:0:43:39:0:0 chr4 5785442 . G A 332.48 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0197771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.711;QD=16.624;RBI=0.0214231;REFB=-0.00482086;REVB=-0.00823496;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156295;STB=0.587453;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00465127;OID=.;OPOS=5785442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:18:18:29:15:18:18:29:15 chr4 5838513 . C G 1657.09 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0573716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3291;QD=57.6378;RBI=0.0587961;REFB=-0.119491;REVB=-0.012864;RO=1;SAF=59;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797967;STB=0.508332;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00180153;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:115:115:1:2:112:113:0.982609:53:59:1:0:54:59:2:0 chr4 5975538 . G A 229.1 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0341812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.146;QD=13.8848;RBI=0.0372093;REFB=-0.00583726;REVB=0.014703;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302594;STB=0.525405;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0120166;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:12:15:20:18:12:15:20:19 chr4 5990110 . C A 478.07 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.00792001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.308;QD=14.1649;RBI=0.00795423;REFB=-0.00557525;REVB=0.000737028;RO=80;SAF=24;SAR=30;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752766;STB=0.537801;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00940794;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:81:54:54:0.4:30:24:30:50:30:24:31:50 chr4 5990339 . G A 1603.98 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.821;QD=64.1591;RBI=0.0320023;REFB=0;REVB=0.0308919;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91984e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:0:0:95:100:1:47:48:0:0:51:49:0:0 chr4 5990551 . G A 224.3 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0253414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1078;QD=19.5045;RBI=0.0257345;REFB=-0.0116014;REVB=0.00448117;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178323;STB=0.58688;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00778819;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:10:11:8:16:11:11:8:16 chr4 5990599 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2472;QD=51.1811;RBI=0.0478948;REFB=0;REVB=-0.0033372;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861647;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr4 5990791 . A G 1140.1 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139029;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.128;QD=60.8054;RBI=0.0490952;REFB=0;REVB=0.0470855;RO=0;SAF=67;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621525;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:8:67:0:0:8:67:0:0 chr4 5991384 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2356;QD=55.0966;RBI=0.0737439;REFB=0;REVB=-0.0632544;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370411;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr4 5991476 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.815;QD=35.5759;RBI=0.0149812;REFB=0;REVB=-0.00353768;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172387;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr4 6293696 . C G 3729.85 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508176;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.937;QD=63.4868;RBI=0.0508398;REFB=0;REVB=-0.00150389;RO=0;SAF=143;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22282e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24389e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:235:0:0:235:235:1:92:143:0:0:92:143:0:0 chr4 6302519 . G A 740.68 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544828;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3795;QD=56.9755;RBI=0.0153799;REFB=0;REVB=-0.0143825;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142267;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr4 6302707 . C T 681.41 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000359145;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.887;QD=61.9463;RBI=0.0251588;REFB=0;REVB=0.0251562;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145289;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:13:30:0:0:14:30:0:0 chr4 6303022 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.705;QD=57.3855;RBI=0.0106848;REFB=0;REVB=-0.00884834;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99995e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr4 6303955 . G A 798.61 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.221;QD=63.8888;RBI=0.0223372;REFB=0;REVB=0.00810302;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17356e-05;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:20:30:0:0 chr4 6304087 . A G 1332.65 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.238;QD=61.9835;RBI=0.0764648;REFB=0;REVB=-0.0748186;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34433e-05;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:31:53:0:0:33:53:0:0 chr4 6304242 . T C 514.59 PASS AF=0.826923;AO=42;DP=51;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0323006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4355;QD=39.5838;RBI=0.0571469;REFB=0.00638019;REVB=-0.0471428;RO=9;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12116;STB=0.562075;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000567308;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:51:52:9:9:42:43:0.826923:22:20:1:8:23:20:1:8 chr4 6304244 . T C 51.21 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0346263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4603;QD=3.72472;RBI=0.0669771;REFB=-0.0483114;REVB=-0.0573319;RO=46;SAF=1;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482911;STB=0.841242;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0876667;OID=.;OPOS=6304244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:55:55:46:46:9:9:0.163636:8:1:21:25:8:1:21:25 chr4 6304286 . C T 938.51 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9867;QD=57.7543;RBI=0.0554979;REFB=0;REVB=-0.0204677;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021901;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:33:31:1:0:33:32:0:0 chr4 6304344 . G A 1413.56 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00359807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.476;QD=59.5183;RBI=0.0207044;REFB=-0.0990775;REVB=0.0203894;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011421;STB=0.517643;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000489281;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:1:3:91:92:0.968421:41:50:0:1:41:51:0:3 chr4 6322293 . G A 170.49 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0186071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.603;QD=11.7578;RBI=0.0189922;REFB=-0.00541973;REVB=-0.0038051;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106215;OID=.;OPOS=6322293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:21:22:0.37931:10:11:18:18:11:11:18:18 chr4 6325086 . G A 1549.55 PASS AF=0.990741;AO=101;DP=104;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312384;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.118;QD=57.3908;RBI=0.0503212;REFB=-0.0971223;REVB=0.0394511;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978143;STB=0.504424;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00036602;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:108:1:1:101:107:0.990741:48:53:0:1:51:56:1:0 chr4 6415618 . G A 258.4 PASS AF=0.397436;AO=23;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00554619;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.433;QD=13.2514;RBI=0.0125226;REFB=-0.026476;REVB=-0.0112275;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138745;STB=0.554421;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0435759;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:47:23:31:0.397436:13:10:23:18:16:15:27:20 chr4 6536979 . G A 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0123544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.131;QD=22.7939;RBI=0.0134205;REFB=-0.0246465;REVB=-0.00524199;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133528;STB=0.574524;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0229209;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:8:13:11:13:8:13 chr4 6594942 . T TC 627.7 PASS AF=1;AO=10;DP=86;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2832;QD=30.9974;RBI=0.0808597;REFB=0;REVB=-0.0775011;RO=76;SAF=6;SAR=4;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00225935;OID=.;OPOS=6594943;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:86:81:81:0:46:35:0:0:12:76:6:4:44:32 chr4 6594947 . A C 1201.46 PASS AF=0.964706;AO=74;DP=78;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0139764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6662;QD=56.5392;RBI=0.0219228;REFB=0.00868579;REVB=-0.0168899;RO=3;SAF=41;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839897;STB=0.503375;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0049097;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:78:85:3:3:74:82:0.964706:33:41:2:1:35:47:2:1 chr4 6600012 . A G 3074.71 PASS AF=1;AO=187;DP=191;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447137;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.105;QD=63.7245;RBI=0.0495119;REFB=0;REVB=0.0212629;RO=0;SAF=67;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60113e-05;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:193:0:0:187:193:1:120:67:0:0:121:72:0:0 chr4 6606864 . A G 494.96 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.813;QD=58.2305;RBI=0.0335742;REFB=0;REVB=0.00136014;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234871;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr4 6619165 . A G 354.25 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2421;QD=50.6076;RBI=0.0563137;REFB=0.0163318;REVB=0.0427003;RO=1;SAF=20;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226687;STB=0.511619;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00167529;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:6:20:1:0:6:21:1:0 chr4 6619204 . G A 239.28 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.763;QD=50.3752;RBI=0.0478831;REFB=0;REVB=0.0352416;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094077;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:5:14:0:0 chr4 6698667 . T C 995.87 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017204;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.801;QD=58.5809;RBI=0.0302898;REFB=0;REVB=0.0249297;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257419;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:47:20:0:0:48:20:0:0 chr4 6698706 . A C 1065.65 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141241;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.361;QD=60.0368;RBI=0.0200473;REFB=0;REVB=-0.0142269;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43317e-06;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:50:21:0:0:50:21:0:0 chr4 6718775 . G T 33.33 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00303964;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.542;QD=2.51532;RBI=0.0213099;REFB=-2.9898e-05;REVB=-0.021092;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163247;STB=0.622258;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000683801;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:54:53:47:47:6:6:0.113208:3:3:30:17:3:3:30:17 chr4 6719092 . TAGTC T 55.3 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0165152;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=4;MLLD=305.394;QD=3.51129;RBI=0.0197581;REFB=-0.00681109;REVB=-0.0108458;RO=53;SAF=7;SAR=3;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219234;STB=0.650851;STBP=0.339;TYPE=del;VARB=0.0336046;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15873:10:65:10:63:53:7:3:28:25:55:53:7:3:28:25 chr4 6884329 . T C 630.92 PASS AF=0.822581;AO=51;DP=62;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0136419;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.166;QD=40.7045;RBI=0.0155084;REFB=-0.00609442;REVB=-0.00737644;RO=9;SAF=35;SAR=16;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301954;STB=0.508496;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000370753;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:9:11:51:51:0.822581:16:35:7:2:16:35:8:3 chr4 7044357 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00340612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6241;QD=23.22;RBI=0.00409485;REFB=-0.04116;REVB=0.00227292;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00456678;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr4 7044600 . G A 902.88 PASS AF=0.717172;AO=71;DP=96;FAO=71;FDP=99;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0649988;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1171;QD=36.4798;RBI=0.0911683;REFB=-0.0762904;REVB=0.0639282;RO=24;SAF=33;SAR=38;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426734;STB=0.520499;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0382222;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:24:28:71:71:0.717172:38:33:9:15:38:33:11:17 chr4 7057059 . T C 30.25 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00270208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3382;QD=2.19981;RBI=0.0248076;REFB=-0.00860175;REVB=0.02466;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204145;STB=0.658006;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.1154;OID=.;OPOS=7057059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:4:2:25:24:4:2:25:24 chr4 7057106 . G C 697.47 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619705;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.148;QD=60.6493;RBI=0.0624885;REFB=-0.124451;REVB=0.00802962;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217176;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:46:0:0:43:46:1:17:26:0:0:17:29:0:0 chr4 7114091 . C T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00912028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.646;QD=24.8187;RBI=0.0152521;REFB=0.0050138;REVB=-0.0122249;RO=18;SAF=5;SAR=19;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504218;STB=0.527928;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00345727;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:19:5:3:15:19:5:3:15 chr4 7325840 . G T 1580.13 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0212168;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.032;QD=57.9863;RBI=0.0280096;REFB=-0.0678701;REVB=0.0182862;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855182;STB=0.508927;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00107015;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:109:1:2:107:107:0.981651:52:55:1:0:52:55:2:0 chr4 7435379 . A G 1940.44 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0449637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7662;QD=60.1685;RBI=0.0924085;REFB=0.0177615;REVB=-0.0807316;RO=3;SAF=64;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701385;STB=0.507691;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000851949;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:3:2:126:127:0.984496:62:64:2:1:63:64:2:0 chr4 7436486 . C A 796.44 PASS AF=0.4375;AO=78;DP=186;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.064185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.718;QD=16.5924;RBI=0.0644529;REFB=-0.0116749;REVB=-0.00586999;RO=108;SAF=46;SAR=32;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847711;STB=0.556303;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0142045;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:192:108:108:78:84:0.4375:32:46:55:53:33:51:55:53 chr4 7655855 . C T 2481.17 PASS AF=0.982036;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=167;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0441773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8796;QD=59.4291;RBI=0.0628127;REFB=-0.082186;REVB=0.044652;RO=3;SAF=104;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119802;STB=0.50063;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00166595;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:167:167:3:3:164:164:0.982036:60:104:2:1:60:104:2:1 chr4 7714490 . T C 1249.86 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0323535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5939;QD=60.234;RBI=0.0325947;REFB=0.0158375;REVB=-0.00395817;RO=1;SAF=29;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160483;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00186294;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:53:29:1:0:53:29:1:0 chr4 7716910 . C T 143.77 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.000694928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5104;QD=8.58338;RBI=0.0537661;REFB=-0.0131169;REVB=0.0537616;RO=45;SAF=5;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324223;STB=0.682733;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0857081;OID=.;OPOS=7716910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:47:20:20:0.298507:15:5:23:22:15:5:23:24 chr4 7716932 . T C 1078.91 PASS AF=1;AO=67;DP=79;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601272;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.607;QD=58.3196;RBI=0.0363858;REFB=0;REVB=0.0358856;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00694009;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:74:0:0:67:74:1:40:27:0:0:47:27:0:0 chr4 7761211 . C T 529.73 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00860051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.197;QD=16.554;RBI=0.00860723;REFB=-0.0043477;REVB=-0.000340148;RO=71;SAF=30;SAR=27;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331743;STB=0.518512;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00515962;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:27:30:35:36:27:30:35:36 chr4 7761286 . T C 273.22 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0189373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1251;QD=12.7079;RBI=0.018946;REFB=0.00625805;REVB=-0.000576617;RO=52;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170394;STB=0.585207;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0214177;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:54:32:32:0.372093:14:18:21:31:14:18:23:31 chr4 7765495 . G T 494.14 PASS AF=0.380645;AO=59;DP=154;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=37;FWDB=0.000912799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.518;QD=12.7519;RBI=0.00175762;REFB=-0.00959194;REVB=-0.00150201;RO=95;SAF=30;SAR=29;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111684;STB=0.565863;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0171089;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:95:96:59:59:0.380645:29:30:58:37:29:30:59:37 chr4 7770723 . G T 989.7 PASS AF=0.497537;AO=101;DP=203;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=0.0337364;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.673;QD=19.5015;RBI=0.0345665;REFB=-0.00838451;REVB=0.00753014;RO=102;SAF=38;SAR=63;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035953;STB=0.501976;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00994678;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:102:102:101:101:0.497537:63:38:38:64:63:38:38:64 chr4 7774610 . C T 753.14 PASS AF=0.451977;AO=80;DP=177;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.0723374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0008;QD=17.0201;RBI=0.079036;REFB=-0.00607383;REVB=0.0318431;RO=97;SAF=48;SAR=32;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00849471;STB=0.504716;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00806141;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:97:97:80:80:0.451977:32:48:59:38:32:48:59:38 chr4 7783163 . G A 407.5 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0348441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.118;QD=15.3773;RBI=0.0379219;REFB=-0.0392269;REVB=0.0149653;RO=60;SAF=27;SAR=19;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210082;STB=0.511789;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0600742;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:19:27:34:26:19:27:34:26 chr4 7783172 . G A 648.74 PASS AF=0.567568;AO=63;DP=111;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0123563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.955;QD=23.3781;RBI=0.0241397;REFB=-0.0151929;REVB=-0.0207376;RO=45;SAF=37;SAR=26;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100268;STB=0.501768;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00666203;OID=.;OPOS=7783172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:45:48:63:63:0.567568:26:37:27:18:26:37:28:20 chr4 7783286 . G A 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00716919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.87;QD=16.2356;RBI=0.0190936;REFB=0.00362753;REVB=-0.0176965;RO=53;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348743;STB=0.519624;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00749639;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:21:19:27:26:21:19:27:26 chr4 7941901 . A C 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208778;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.28;QD=63.8845;RBI=0.031686;REFB=0;REVB=0.0238353;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31064e-05;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:11:36:0:0:11:36:0:0 chr4 8031471 . A G 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.858;QD=62.1613;RBI=0.0223232;REFB=0;REVB=-0.0219292;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87381e-05;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr4 8062689 . TG CA 979.81 PASS AF=1;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259031;FXX=0.043472;HRUN=3;LEN=2;MLLD=190.826;QD=59.3825;RBI=0.0323702;REFB=0;REVB=-0.0194128;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.19091e-05;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:31:35:0:0 chr4 8228731 . T C 2199.91 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103995;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1808;QD=61.9694;RBI=0.107921;REFB=0;REVB=0.0288417;RO=0;SAF=76;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124705;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:142:0:0:136:142:1:60:76:0:0:62:80:0:0 chr4 8228894 . T C 1859.77 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186616;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.816;QD=61.4801;RBI=0.0420209;REFB=0;REVB=0.0376497;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61499e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:67:53:0:0:67:54:0:0 chr4 8228948 . T C 355.87 PASS AF=0.4;AO=39;DP=107;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.039933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0623;QD=12.9406;RBI=0.0400411;REFB=0.00557109;REVB=0.00294035;RO=65;SAF=14;SAR=25;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301617;STB=0.518924;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00661646;OID=.;OPOS=8228948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:65:66:39:44:0.4:25:14:25:40:26:18:25:41 chr4 8229218 . A G 1713.23 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.546;QD=60.6452;RBI=0.00891926;REFB=0;REVB=0.00135182;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.49828e-06;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:49:62:0:0:49:64:0:0 chr4 8229326 . T C 637.07 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326115;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.755;QD=62.1531;RBI=0.0375422;REFB=0;REVB=-0.0185985;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195054;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:32:8:0:0:33:8:0:0 chr4 8229713 . A G 66.52 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.45;QD=38.0134;RBI=0.0315744;REFB=0;REVB=0.0315744;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244729;OID=.;OPOS=8229713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr4 8229774 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2637;QD=35.5759;RBI=0.09391;REFB=0;REVB=0.0930004;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00843021;OID=.;OPOS=8229774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr4 8230070 . T C 511.95 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.473;QD=58.508;RBI=0.0803747;REFB=0;REVB=0.0798415;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439467;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:31:35:1:12:19:0:0:14:21:0:0 chr4 8230235 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.148;QD=40.7626;RBI=0.024308;REFB=0;REVB=0.0167561;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161896;OID=.;OPOS=8230235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr4 8238151 . C T 861.24 PASS AF=0.420354;AO=95;DP=226;FAO=95;FDP=226;FR=.;FRO=131;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=-0.00172175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.7;QD=15.2431;RBI=0.0192482;REFB=-0.0132166;REVB=0.019171;RO=131;SAF=51;SAR=44;SRF=54;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12884;STB=0.57185;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0175721;OID=.;OPOS=8238151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:131:131:95:95:0.420354:44:51:54:77:44:51:54:77 chr4 8242466 . A G 2806.49 PASS AF=0.994652;AO=176;DP=180;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029652;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.053;QD=60.032;RBI=0.0395844;REFB=-0.0486026;REVB=0.0262237;RO=0;SAF=86;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000707894;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:187:0:1:176:186:0.994652:90:86:0:0:96:90:1:0 chr4 8375342 . G A 648.22 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00790473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.919;QD=20.0998;RBI=0.0239133;REFB=-0.0117692;REVB=0.022569;RO=64;SAF=33;SAR=32;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493862;STB=0.527212;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0128126;OID=.;OPOS=8375342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:32:33:36:28:32:33:36:28 chr4 8394836 . G C 203.4 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0353882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.99;QD=10.2986;RBI=0.0354451;REFB=5.98431e-05;REVB=-0.00200796;RO=52;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10949;STB=0.569714;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-2.71301e-05;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:53:26:26:0.329114:14:12:29:23:14:12:30:23 chr4 8454639 . A G 314.65 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0189433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.075;QD=14.9831;RBI=0.0193805;REFB=-0.0200819;REVB=-0.00409347;RO=49;SAF=13;SAR=21;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217431;STB=0.611311;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0216963;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:49:34:35:0.416667:21:13:29:20:21:14:29:20 chr4 8594574 . T C 107.01 PASS AF=0.916667;AO=12;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.171758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9663;QD=35.6709;RBI=0.183793;REFB=-0.0841476;REVB=0.0654137;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.010892;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:12:11:0.916667:8:4:0:0:7:4:0:1 chr4 8594577 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0245776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.031;QD=18.8877;RBI=0.0510389;REFB=-0.044485;REVB=0.0447316;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0348;OID=.;OPOS=8594577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr4 8601298 . G A 246.86 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0870651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9368;QD=17.9532;RBI=0.0885505;REFB=0.00716973;REVB=-0.0161507;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528073;STB=0.529633;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0141594;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:15:13:11:16:15:13 chr4 8602884 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.725;QD=59.4354;RBI=0.0473;REFB=0;REVB=-0.0268405;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000951392;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr4 8602935 . A G 756.57 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.665;QD=63.0474;RBI=0.0206852;REFB=0;REVB=-0.0105492;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123783;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:44:48:1:21:23:0:0:23:25:0:0 chr4 8605818 . C T 796.88 PASS AF=0.551471;AO=75;DP=136;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0892294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6306;QD=23.4377;RBI=0.0916489;REFB=-0.00900278;REVB=-0.0209197;RO=60;SAF=34;SAR=41;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578311;STB=0.534731;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0117023;OID=.;OPOS=8605818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:60:61:75:75:0.551471:41:34:23:37:41:34:23:38 chr4 8613786 . C T 606.62 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0210338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.977;QD=24.76;RBI=0.0462484;REFB=4.46146e-06;REVB=0.0411884;RO=42;SAF=28;SAR=27;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305054;STB=0.521537;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.000136385;OID=.;OPOS=8613786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:43:55:55:0.561224:27:28:23:19:27:28:24:19 chr4 8613867 . G A 336.25 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.000378636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.688;QD=28.0211;RBI=0.00814539;REFB=-0.00679747;REVB=0.00813659;RO=19;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281442;STB=0.655065;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00213275;OID=.;OPOS=8613867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:19:10:14:5:19:10:14:5 chr4 8616096 . T C 871.24 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0210339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.4127;QD=56.2092;RBI=0.0798033;REFB=0.104875;REVB=-0.0769814;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00247048;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:0:1:33:28:0:1 chr4 8616179 . T C 1178.47 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.454;QD=60.4345;RBI=0.0129661;REFB=0;REVB=-0.0115598;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321279;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:48:29:0:0:49:29:0:0 chr4 8620153 . C T 77.21 PASS AF=0.4;AO=11;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0123599;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.415;QD=12.3544;RBI=0.0133007;REFB=-0.00941654;REVB=-0.00491338;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0215272;OID=.;OPOS=8620153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:15:15:11:10:0.4:5:6:7:8:5:5:7:8 chr4 8621172 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0239058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.182;QD=21.0081;RBI=0.0247156;REFB=-0.0153041;REVB=0.00627469;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166079;STB=0.591598;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0118542;OID=.;OPOS=8621172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:6:19:17:13:6:19 chr4 8621194 . A G 604.65 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2427;QD=60.4646;RBI=0.0452035;REFB=0;REVB=0.0307869;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76533e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:25:15:0:0 chr4 8951816 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.334;QD=51.1815;RBI=0.00840562;REFB=0;REVB=-0.00722131;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10905e-06;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr4 9250376 . C G 54.01 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0101542;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.543;QD=3.32376;RBI=0.0267199;REFB=-0.00404161;REVB=-0.0247152;RO=53;SAF=7;SAR=3;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383278;STB=0.754628;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0134117;OID=.;OPOS=9250376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:53:55:10:10:0.153846:3:7:20:33:3:7:21:34 chr4 9388888 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.248;QD=39.2067;RBI=0.0506952;REFB=0;REVB=0.0374218;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79257e-05;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 9390660 . A G 272.95 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.243;QD=51.9912;RBI=0.0674119;REFB=0;REVB=0.061202;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049557;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:10:11:0:0 chr4 9557815 . TAGAAGG T 123.8 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126796;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=6;MLLD=325.513;QD=45.0166;RBI=0.022563;REFB=0;REVB=0.0186632;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000130039;OID=.;OPOS=9557816;OREF=AGAAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:13:11:11:0:6:5:0:0:3:0:6:4:0:0 chr4 9784631 . C T 1008.98 PASS AF=0.911392;AO=72;DP=79;FAO=72;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0256332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.418;QD=51.0875;RBI=0.0276917;REFB=-0.204204;REVB=0.010477;RO=2;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248769;STB=0.520205;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00195322;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:79:79:2:7:72:72:0.911392:37:35:0:2:37:35:5:2 chr4 9785134 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.336;QD=56.9369;RBI=0.0698739;REFB=0;REVB=0.0603819;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221162;OID=.;OPOS=9785134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr4 9785265 . G T 735.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.986;QD=62.5755;RBI=0.00615516;REFB=0;REVB=-0.00512492;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25755e-05;OID=.;OPOS=9785265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:37:9:0:0:38:9:0:0 chr4 9909923 . G A 887.32 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0101375;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.584;QD=53.7769;RBI=0.0101649;REFB=-0.0670088;REVB=-0.000746056;RO=2;SAF=19;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135938;STB=0.519387;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00617836;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:66:2:3:63:63:0.954545:44:19:1:1:44:19:2:1 chr4 9922130 . C T 1062.22 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9777;QD=59.8435;RBI=0.0546789;REFB=0;REVB=0.0322097;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616314;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr4 9982330 . A G 399.98 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00564985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7296;QD=53.331;RBI=0.0359269;REFB=-0.0625111;REVB=0.0354799;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00853987;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:1:0:11:18:1:0 chr4 9987324 . G A 746.76 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6283;QD=63.5539;RBI=0.0262814;REFB=0;REVB=-0.0256893;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335155;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr4 9998493 . A G 2086.66 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.276;QD=61.8271;RBI=0.0252272;REFB=0.106731;REVB=0.00881852;RO=0;SAF=78;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000156781;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:56:78:0:0:56:78:1:0 chr4 10090178 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000247983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.857;QD=58.7813;RBI=0.0167361;REFB=0;REVB=0.0167342;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02894e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr4 10099340 . T C 1880.82 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0290035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.441;QD=60.6718;RBI=0.0361389;REFB=-0.13416;REVB=0.0215596;RO=1;SAF=71;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664487;STB=0.503496;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00015903;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:52:71:1:0:52:71:1:0 chr4 10442602 . C CTACTT,T 840.18 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=54,4;DP=61;FAO=56,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29,4;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741764,-0.00486218;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=110.319,177.276;QD=56.0121;RBI=0.0386559,0.0230884;REFB=0,0;REVB=0.0379376,0.0225706;RO=1;SAF=29,4;SAR=25,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0184775,0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000110759,-0.0323979;OID=.,.;OPOS=10442603,10442602;OREF=-,C;OALT=TACTT,T;OMAPALT=CTACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:61:60:1:0:54,4:56,4:0.933333,0.0666667:25,0:29,4:0:1:27,0:29,4:0:0 chr4 10446385 . C T 1208.84 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160262;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.688;QD=61.2071;RBI=0.0198736;REFB=0;REVB=0.0198089;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72722e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:43:35:0:0:43:36:0:0 chr4 10447168 . C G 3890.88 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.369;QD=62.0061;RBI=0.0209224;REFB=0;REVB=0.0207187;RO=0;SAF=164;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29227e-05;OID=.;OPOS=10447168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:251:0:0:250:251:1:86:164:0:0:87:164:0:0 chr4 10502937 . T G 1350.77 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0509459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0086;QD=60.0341;RBI=0.0517154;REFB=0.134878;REVB=-0.00888785;RO=0;SAF=62;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36481e-08;STB=0.503875;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00274493;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:87:89:0.988889:25:62:0:0:25:64:1:0 chr4 10669522 . A C 1560.0 PASS AF=1;AO=78;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109267;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.2;QD=59.9999;RBI=0.0381914;REFB=0;REVB=0.0365949;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08286e-05;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:78:104:1:41:37:0:0:55:49:0:0 chr4 11401012 . A G 327.12 PASS AF=0.523077;AO=30;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0504262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.686;QD=20.1302;RBI=0.0509373;REFB=-0.0163085;REVB=0.00719774;RO=24;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661685;STB=0.510573;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0151423;OID=.;OPOS=11401012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:31:30:34:0.523077:19:11:7:17:19:15:13:18 chr4 11401087 . A G 123.99 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0225249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.965;QD=17.1023;RBI=0.0228153;REFB=-0.0332018;REVB=0.00362849;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1854;STB=0.62119;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0234912;OID=.;OPOS=11401087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:8:6:9:5:8:6:10:5 chr4 13542475 . T A,TA 31.36 PASS AF=0,0.131868;AO=4,11;DP=93;FAO=0,12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=0,2;FSAR=0,10;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.00595743,-0.170669;FXX=0.0108684;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=288.093,15.0213;QD=1.37836;RBI=0.0407806,0.190766;REFB=0.000106572,-0.0242167;REVB=-0.0403431,-0.0852276;RO=76;SAF=0,7;SAR=4,4;SRF=46;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.514284,0.0401634;STB=0.5,0.863853;STBP=1,0.006;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0565411;OID=.,.;OPOS=13542475,13542476;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:93:91:76:79:4,11:0,12:0,0.131868:4,4:0,7:46:30:0,10:0,2:49:30 chr4 13545792 . G C,T 678.85 PASS AF=0.0888889,0.911111;AO=4,41;DP=45;FAO=4,41;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=4,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00011982,0.0184677;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.029,97.2434;QD=60.3425;RBI=0.012687,0.0531676;REFB=0,0;REVB=-0.0126864,0.0498572;RO=0;SAF=0,22;SAR=4,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.196592,-0.00207505;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:45:45:0:0:4,41:4,41:0.0888889,0.911111:4,19:0,22:0:0:4,19:0,22:0:0 chr4 13548796 . T G 971.36 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.501;QD=58.8704;RBI=0.0339861;REFB=0;REVB=0.027826;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144611;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr4 13606576 . A T 2259.24 PASS AF=0.928994;AO=157;DP=168;FAO=157;FDP=169;FR=.;FRO=12;FSAF=83;FSAR=74;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00326568;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2786;QD=53.4731;RBI=0.0444881;REFB=0.0203021;REVB=-0.0443681;RO=7;SAF=83;SAR=74;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384449;STB=0.521756;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0109071;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:168:169:7:12:157:157:0.928994:74:83:7:0:74:83:10:2 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 448.68 PASS AF=0.404762;AO=46;DP=129;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0264939;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=9;MLLD=247.741;QD=14.2439;RBI=0.030691;REFB=-0.0353612;REVB=-0.0154922;RO=77;SAF=19;SAR=27;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255411;STB=0.644987;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0320249;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:46:129:51:126:75:20:31:48:27:99:77:19:27:50:27 chr4 15095629 . G A 305.73 PASS AF=0.3125;AO=40;DP=129;FAO=40;FDP=128;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=60;FWDB=0.0104874;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.383;QD=9.55395;RBI=0.0236661;REFB=-0.0151739;REVB=-0.0212155;RO=88;SAF=33;SAR=7;SRF=28;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582705;STB=0.837971;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0269323;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:88:88:40:40:0.3125:7:33:28:60:7:33:28:60 chr4 15516389 . C T 1239.23 PASS AF=0.488462;AO=127;DP=260;FAO=127;FDP=260;FR=.;FRO=133;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=-0.0266217;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7644;QD=19.0651;RBI=0.0268845;REFB=-0.00116848;REVB=-0.00374957;RO=130;SAF=64;SAR=63;SRF=70;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318122;STB=0.515296;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0008128;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:130:133:127:127:0.488462:63:64:70:60:63:64:71:62 chr4 15518357 . A C 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0368492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.691;QD=22.9243;RBI=0.0384978;REFB=0.00224961;REVB=0.0111454;RO=25;SAF=9;SAR=25;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157988;STB=0.58749;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00171605;OID=.;OPOS=15518357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:25:9:11:14:25:9:11:14 chr4 15689928 . G A 260.25 PASS AF=0.483871;AO=25;DP=59;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00101231;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.468;QD=16.79;RBI=0.0481715;REFB=-0.0211706;REVB=-0.0481608;RO=27;SAF=3;SAR=22;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537709;STB=0.729998;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0600195;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:27:32:25:30:0.483871:22:3:16:11:23:7:21:11 chr4 15690233 . C A 101.92 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.241;QD=40.769;RBI=0.0582392;REFB=0;REVB=0.0554501;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350576;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr4 15818391 . G A 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0365417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.133;QD=26.3047;RBI=0.0372228;REFB=-0.0230326;REVB=-0.0070885;RO=20;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653827;STB=0.526301;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0104615;OID=.;OPOS=15818391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:21:36:36:0.631579:18:18:8:12:18:18:9:12 chr4 15937731 . T C 1658.04 PASS AF=0.983471;AO=106;DP=114;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0546124;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.3037;QD=54.8114;RBI=0.101156;REFB=0.0621988;REVB=0.0851471;RO=6;SAF=68;SAR=38;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277797;STB=0.502656;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00453013;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:114:121:6:2:106:119:0.983471:38:68:4:2:42:77:1:1 chr4 15964485 . G A,T 371.36 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183179,0.0385821;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=171.12,42.4083;QD=55.0168;RBI=0.0191476,0.0494177;REFB=0,0;REVB=0.00557527,0.0308793;RO=0;SAF=7,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00312893,0.0121868;OID=.,.;OPOS=15964485,15964485;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:18,0:7,2:0:0:18,0:7,2:0:0 chr4 15964573 . A G 769.97 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264577;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.881;QD=64.1641;RBI=0.0495388;REFB=0;REVB=-0.0418817;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25887e-05;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr4 16020080 . T G 511.2 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=17;FWDB=-0.00128342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.961;QD=17.0401;RBI=0.00234448;REFB=-0.0124157;REVB=-0.00196199;RO=65;SAF=23;SAR=32;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304321;STB=0.668374;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0212546;OID=.;OPOS=16020080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:32:23:48:17:32:23:48:17 chr4 16164193 . T TTA 1448.47 PASS AF=0.989899;AO=88;DP=109;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182771;FXX=0.0388312;HRUN=3;LEN=2;MLLD=338.726;QD=58.5242;RBI=0.0182774;REFB=-0.0352863;REVB=-8.91557e-05;RO=10;SAF=38;SAR=50;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714749;STB=0.505262;STBP=0.282;TYPE=ins;VARB=0.000232344;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989899:88:109:98:99:1:47:51:1:0:4:10:38:50:8:2 chr4 16198378 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.433;QD=62.9827;RBI=0.0326161;REFB=0;REVB=0.0113452;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31161e-05;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr4 16513660 . C CA 56.95 PASS AF=0.131313;AO=16;DP=101;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.00727807;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.4256;QD=2.30095;RBI=0.0216153;REFB=-0.0482659;REVB=-0.0203532;RO=78;SAF=1;SAR=15;SRF=55;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.72372;STB=0.939262;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.211948;OID=.;OPOS=16513661;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.131313:16:101:13:99:86:1:12:55:31:56:78:1:15:55:23 chr4 16675898 . C A 84.74 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0345101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.989;QD=10.5927;RBI=0.0345142;REFB=-0.0266993;REVB=-0.000536306;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0339697;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:19:21:11:11:0.34375:6:5:10:9:6:5:11:10 chr4 17488286 . T G 244.16 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00312207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.641;QD=23.2532;RBI=0.00646968;REFB=-0.0157075;REVB=-0.00566652;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234572;STB=0.63146;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0171956;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:7:16:8:11:7:16:8:11 chr4 17517099 . A G 183.29 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4729;QD=40.731;RBI=0.0303644;REFB=-0.0450962;REVB=0.0191098;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433053;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0256131;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:2:1:16:17:0.944444:5:11:1:1:6:11:1:0 chr4 17524570 . C G 236.42 PASS AF=0.45;AO=25;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0172934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0544;QD=15.761;RBI=0.020537;REFB=-0.0332615;REVB=-0.0110774;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394162;STB=0.518505;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0439601;OID=.;OPOS=17524570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:25:27:0.45:16:9:12:21:18:9:12:21 chr4 17586703 . T C 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-2.51476e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.592;QD=16.572;RBI=0.0192576;REFB=-0.00710508;REVB=-0.0192576;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00735435;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:18:12:14:21:18:12:14:21 chr4 17627294 . A G 270.59 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00225769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.632;QD=14.4317;RBI=0.0119473;REFB=-0.00304684;REVB=0.0117321;RO=44;SAF=23;SAR=7;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142151;STB=0.587259;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00468206;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:30:31:0.413333:7:23:29:15:7:24:29:15 chr4 17627332 . T C 157.76 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00577363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.579;QD=11.2684;RBI=0.0122743;REFB=-0.0107497;REVB=-0.0108316;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721186;STB=0.517224;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0190189;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:25:36:20:20:0.357143:6:14:19:6:6:14:26:10 chr4 17634213 . A G 1117.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8861;QD=60.3807;RBI=0.0772431;REFB=0;REVB=0.0751588;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768687;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:34:36:0:0:37:37:0:0 chr4 17660082 . C T 229.39 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00399884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8568;QD=14.1162;RBI=0.0166468;REFB=-0.0332974;REVB=-0.0161594;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693357;STB=0.539505;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0401392;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:16:11:18:20:16:11:18:20 chr4 17694943 . A G 919.88 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7176;QD=58.4051;RBI=0.0256404;REFB=0;REVB=-0.0230962;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119773;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr4 17711076 . T C 667.17 PASS AF=0.418079;AO=74;DP=177;FAO=74;FDP=177;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.046592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.803;QD=15.0773;RBI=0.0470984;REFB=-0.0119087;REVB=-0.00688842;RO=103;SAF=31;SAR=43;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700491;STB=0.539237;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0156287;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:103:103:74:74:0.418079:43:31:50:53:43:31:50:53 chr4 17818885 . T C 1434.13 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.442;QD=63.0388;RBI=0.0436566;REFB=0;REVB=0.0193585;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122017;OID=.;OPOS=17818885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr4 20520993 . T C 864.17 PASS AF=0.953125;AO=56;DP=62;FAO=61;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.021159;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0193;QD=54.0103;RBI=0.0499663;REFB=-0.0859378;REVB=0.0452651;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348923;STB=0.516661;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00756443;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:64:2:2:56:61:0.953125:26:30:0:2:29:32:0:2 chr4 20520994 . AT ATT,CA 33.49 PASS AF=0.109375,0.0625;AO=17,4;DP=66;FAO=7,4;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=4,1;FSAR=3,3;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0211709,0.0032296;FXX=0.0302984;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.60338,48.0988;QD=2.09321;RBI=0.101324,0.00885289;REFB=-0.127761,0.0259766;REVB=0.099088,0.00824277;RO=37;SAF=12,1;SAR=5,3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.262969,-0.262888;STB=0.538351,0.755256;STBP=0.802,0.354;TYPE=ins,mnp;VARB=0.143016,0.00731118;OID=.,.;OPOS=20520995,20520994;OREF=-,AT;OALT=T,CA;OMAPALT=ATT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:66:64:37:53:17,4:7,4:0.109375,0.0625:5,3:12,1:18:19:3,3:4,1:28:25 chr4 20530693 . G A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0370087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.314;QD=20.7693;RBI=0.038604;REFB=-0.012494;REVB=-0.0109829;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046949;STB=0.502616;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0112497;OID=.;OPOS=20530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:19:8:7:17:19:8:7:17 chr4 20544184 . C T 3690.47 PASS AF=1;AO=232;DP=234;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303078;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6238;QD=62.8165;RBI=0.0303281;REFB=0.0248337;REVB=-0.00110832;RO=1;SAF=133;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110078;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:235:1:0:232:235:1:99:133:1:0:101:134:0:0 chr4 20751278 . A G 393.17 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0141873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.359;QD=22.467;RBI=0.0157214;REFB=-0.0268057;REVB=0.00677387;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083118;STB=0.509929;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0175998;OID=.;OPOS=20751278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:38:39:0.557143:18:20:16:15:18:21:16:15 chr4 20852166 . A G 198.27 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00134779;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.495;QD=11.1701;RBI=0.0326574;REFB=0.00454542;REVB=0.0326296;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132778;STB=0.568969;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00410852;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:13:12:27:18:13:12:27:19 chr4 20852244 . A G 315.7 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0676495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.01;QD=15.0333;RBI=0.0680791;REFB=-0.00847635;REVB=-0.00763627;RO=43;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166345;STB=0.589693;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0186471;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:49:35:35:0.416667:19:16:27:16:19:16:30:19 chr4 21950259 . A G 3962.3 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.771;QD=60.9585;RBI=0.0283901;REFB=0;REVB=0.0259649;RO=0;SAF=112;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.78146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245004;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:260:0:0:243:260:1:131:112:0:0:143:117:0:0 chr4 22416195 . C G 887.82 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853936;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8501;QD=58.2179;RBI=0.112969;REFB=0;REVB=0.0739595;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772722;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr4 22439914 . A C 2337.25 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683241;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.472;QD=61.1047;RBI=0.0243992;REFB=0;REVB=0.0234231;RO=0;SAF=83;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46708e-05;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:70:83:0:0:70:83:0:0 chr4 22444692 . C T 541.63 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789773;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.448;QD=60.1807;RBI=0.009396;REFB=0;REVB=0.00509025;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02824e-05;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr4 22457478 . C T 1817.12 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0125;QD=59.5776;RBI=0.0285451;REFB=-0.133015;REVB=-0.00571944;RO=1;SAF=55;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855836;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00205732;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:65:55:1:0:66:55:1:0 chr4 22820504 . A T 1524.36 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.052642;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.248;QD=61.5902;RBI=0.052658;REFB=-0.175867;REVB=0.00130013;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.510867;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000518459;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:0:2:97:97:0.979798:52:45:0:0:52:45:2:0 chr4 23795064 . C T 237.1 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00736808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.76;QD=19.7581;RBI=0.00880471;REFB=-0.0160133;REVB=-0.00482021;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216262;STB=0.523789;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.039266;OID=.;OPOS=23795064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:13:10:11:13:13:10:12:13 chr4 23814707 . G A 905.28 PASS AF=0.404858;AO=100;DP=247;FAO=100;FDP=247;FR=.;FRO=147;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=64;FSRR=83;FWDB=-0.0190573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.91;QD=14.6603;RBI=0.0213588;REFB=-0.0198638;REVB=0.00964442;RO=146;SAF=49;SAR=51;SRF=64;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548503;STB=0.532559;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0257374;OID=.;OPOS=23814707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:146:147:100:100:0.404858:51:49:64:82:51:49:64:83 chr4 23815522 . C T 606.52 PASS AF=0.44;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.000479976;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.22;QD=16.1739;RBI=0.00198515;REFB=-0.0170637;REVB=0.00192625;RO=83;SAF=32;SAR=34;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149795;STB=0.504853;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0233054;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:83:84:66:66:0.44:34:32:39:44:34:32:40:44 chr4 23815662 . C T 540.07 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.010391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.78;QD=18.1537;RBI=0.0110505;REFB=-0.00415233;REVB=-0.00376053;RO=59;SAF=33;SAR=24;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111807;STB=0.562421;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00640964;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:62:57:57:0.478992:24:33:41:18:24:33:43:19 chr4 23815924 . T C 2140.21 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.16;QD=62.9473;RBI=0.0286613;REFB=0;REVB=0.015787;RO=0;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33713e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:57:79:0:0:57:79:0:0 chr4 24534687 . T C 299.31 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0116329;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7433;QD=13.6052;RBI=0.0164304;REFB=-0.0044853;REVB=-0.0116032;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598113;STB=0.527575;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00860657;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:54:34:34:0.386364:18:16:22:31:18:16:23:31 chr4 24801315 . G A 218.48 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0527275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.643;QD=24.275;RBI=0.0595353;REFB=-0.0463556;REVB=0.0276452;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176686;STB=0.598332;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.040912;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:9:12:5:10:9:12:5:10 chr4 24801949 . C T 246.59 PASS AF=0.84;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0260156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.408;QD=39.4545;RBI=0.128212;REFB=-0.140785;REVB=0.125545;RO=2;SAF=14;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.562444;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0327763;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:24:25:2:4:21:21:0.84:7:14:2:0:7:14:4:0 chr4 24801976 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.828;QD=64.1539;RBI=0.0348065;REFB=0;REVB=0.0347157;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75027e-05;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr4 24802323 . G C 503.75 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0136512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.863;QD=50.3752;RBI=0.0405461;REFB=-0.0122696;REVB=0.038179;RO=4;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603278;STB=0.532241;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.000206597;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:29:7:0:4:29:7:0:4 chr4 25001439 . T C 2113.04 PASS AF=0.960526;AO=145;DP=152;FAO=146;FDP=152;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0384554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9612;QD=55.6063;RBI=0.0385278;REFB=-0.0550436;REVB=0.00236108;RO=5;SAF=79;SAR=66;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219683;STB=0.515144;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00987969;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:152:152:5:6:145:146:0.960526:66:79:1:4:66:80:1:5 chr4 25005193 . G A,T 1545.9 PASS AF=0.953704,0.037037;AO=101,5;DP=108;FAO=103,4;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=79,0;FSAR=24,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00623958,0.0131393;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.026,122.681;QD=57.2557;RBI=0.00687342,0.0448291;REFB=-0.0618089,0.0650817;REVB=0.00288297,-0.0428604;RO=1;SAF=78,0;SAR=23,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00604449,-0.767767;STB=0.503144,0.995941;STBP=0.601,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=4.83428e-05,0.171564;OID=.,.;OPOS=25005193,25005193;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:108:108:1:1:101,5:103,4:0.953704,0.037037:23,5:78,0:1:0:24,4:79,0:1:0 chr4 25005492 . T G 440.34 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0112124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.289;QD=16.936;RBI=0.0228426;REFB=-0.00444857;REVB=0.0199014;RO=56;SAF=28;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642009;STB=0.535816;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00552627;OID=.;OPOS=25005492;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:20:28:29:27:20:28:29:27 chr4 25253995 . C T 415.43 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.014142;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.823;QD=19.1004;RBI=0.0443564;REFB=-0.01226;REVB=-0.0420416;RO=44;SAF=29;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145817;STB=0.576816;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0124241;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:13:29:24:20:13:29:25:20 chr4 25363901 . T A 384.9 PASS AF=0.343066;AO=47;DP=137;FAO=47;FDP=137;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0258515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0872;QD=11.2378;RBI=0.0465953;REFB=-0.0019718;REVB=0.0387663;RO=89;SAF=16;SAR=31;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131147;STB=0.57988;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00395099;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:89:90:47:47:0.343066:31:16:40:49:31:16:41:49 chr4 25419283 . T C 582.51 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00607717;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.521;QD=19.2567;RBI=0.00633526;REFB=-0.0224214;REVB=-0.00178983;RO=59;SAF=29;SAR=31;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787875;STB=0.503999;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0222624;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:59:61:60:60:0.495868:31:29:28:31:31:29:29:32 chr4 25419908 . G T 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00701913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.293;QD=15.3249;RBI=0.0109064;REFB=-0.039442;REVB=0.00834754;RO=58;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653489;STB=0.536706;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0434472;OID=.;OPOS=25419908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:24:19:22:36:24:19:22:36 chr4 25678199 . A G 728.64 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.874;QD=56.049;RBI=0.0129237;REFB=0;REVB=0.0124457;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5957e-05;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr4 25749303 . C A 375.65 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00859774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.701;QD=23.8506;RBI=0.00986127;REFB=0.00472293;REVB=-0.00482945;RO=26;SAF=13;SAR=24;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036437;STB=0.519989;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00360768;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:24:13:8:18:24:13:8:18 chr4 25804082 . GC G 39.92 PASS AF=0.233333;AO=22;DP=91;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0918116;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7811;QD=1.77405;RBI=0.127596;REFB=-0.0546064;REVB=-0.0886085;RO=67;SAF=2;SAR=20;SRF=41;SRR=26;SSEN=0.28481;SSEP=0;SSSB=-0.657636;STB=0.896426;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0561576;OID=.;OPOS=25804083;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:22:91:21:90:69:2:19:41:28:39:67:2:20:41:26 chr4 25915648 . G A 698.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.877;QD=62.0517;RBI=0.0399716;REFB=0;REVB=0.0344771;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164035;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:27:16:0:0:29:16:0:0 chr4 26274274 . T A 452.47 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00765342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4314;QD=27.8444;RBI=0.00786697;REFB=-0.0156707;REVB=0.00182056;RO=23;SAF=29;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913404;STB=0.549852;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00396871;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:13:29:13:10:13:29:13:10 chr4 26417136 . T C 1298.28 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9441;QD=60.3851;RBI=0.115503;REFB=-0.0656768;REVB=0.0420012;RO=1;SAF=29;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371066;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:86:1:0:82:86:1:53:29:1:0:53:33:0:0 chr4 26673761 . T A 1181.46 PASS AF=0.666667;AO=87;DP=161;FAO=108;FDP=162;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00281463;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=34.9551;QD=29.1717;RBI=0.0185357;REFB=-0.0346082;REVB=0.0183207;RO=22;SAF=28;SAR=59;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147055;STB=0.566359;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0153735;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:22:54:87:108:0.666667:59:28:15:7:72:36:28:26 chr4 26673787 . A G 3067.27 PASS AF=0.984848;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=198;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=130;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.059163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.949;QD=61.9651;RBI=0.060195;REFB=-0.0624635;REVB=0.0110985;RO=0;SAF=65;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511277;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000101368;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:198:198:0:3:195:195:0.984848:130:65:0:0:130:65:3:0 chr4 27004011 . G A 837.06 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3577;QD=55.8037;RBI=0.034379;REFB=0.0629044;REVB=0.0324533;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.50769;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00652501;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:32:27:0:1:32:27:0:1 chr4 28712912 . C G 843.04 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.872;QD=57.1552;RBI=0.061282;REFB=0;REVB=-0.0263892;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000725341;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:24:35:0:0 chr4 28712968 . A G 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6238;QD=59.6762;RBI=0.0301337;REFB=0;REVB=0.00590337;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190586;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr4 31146018 . A G 1234.0 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425998;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.186;QD=59.47;RBI=0.0803992;REFB=-0.0328114;REVB=0.0802862;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150838;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:83:1:0:79:83:1:39:40:0:1:40:43:0:0 chr4 31147272 . A C 2029.88 PASS AF=0.911392;AO=150;DP=165;FAO=144;FDP=158;FR=.;FRO=14;FSAF=57;FSAR=87;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0231396;FXX=0.0424217;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.811;QD=51.3894;RBI=0.0267465;REFB=-0.0455931;REVB=0.0134139;RO=14;SAF=63;SAR=87;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250352;STB=0.516153;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00365116;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:165:158:14:14:150:144:0.911392:87:63:8:6:87:57:8:6 chr4 34967868 . G T 436.92 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00737775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3181;QD=22.1223;RBI=0.0541667;REFB=-0.0162943;REVB=-0.0536619;RO=35;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211179;STB=0.505298;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0109473;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:22:21:18:17:22:21:18:18 chr4 36069805 . G A 543.18 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0202326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.952;QD=16.8429;RBI=0.0202387;REFB=-0.016157;REVB=-0.000500024;RO=70;SAF=23;SAR=35;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158556;STB=0.592232;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0217218;OID=.;OPOS=36069805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:71:58:58:0.449612:35:23:39:31:35:23:40:31 chr4 36081878 . C T 1250.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.903;QD=60.9772;RBI=0.0176771;REFB=0;REVB=-0.000184495;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40782e-05;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:30:51:0:0:30:52:0:0 chr4 36258197 . T C 4456.84 PASS AF=0.979661;AO=284;DP=295;FAO=289;FDP=295;FR=.;FRO=6;FSAF=153;FSAR=136;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0115242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.283;QD=60.4318;RBI=0.0417348;REFB=-0.164283;REVB=0.0401121;RO=7;SAF=153;SAR=131;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247942;STB=0.507397;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00119118;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:295:295:7:6:284:289:0.979661:131:153:0:7:136:153:1:5 chr4 36292018 . T A 892.8 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0244691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9024;QD=54.9417;RBI=0.0275602;REFB=-0.0525933;REVB=0.0126819;RO=2;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000952072;STB=0.500734;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00453143;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:30:32:1:1:30:33:1:1 chr4 36310049 . C T 717.48 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00777973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.378;QD=21.2586;RBI=0.0117055;REFB=-0.00699328;REVB=0.00874612;RO=63;SAF=26;SAR=44;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148701;STB=0.589684;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00683968;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:65:70:70:0.518519:44:26:34:29:44:26:36:29 chr4 36317965 . T C 661.15 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0137722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.158;QD=17.5139;RBI=0.0137727;REFB=-0.0111773;REVB=-0.000119946;RO=81;SAF=35;SAR=35;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179039;STB=0.509931;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0129381;OID=.;OPOS=36317965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:81:70:70:0.463576:35:35:39:42:35:35:39:42 chr4 37327583 . A C 817.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.828;QD=57.3352;RBI=0.0430534;REFB=0;REVB=0.0392179;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64011e-05;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:20:36:0:0:21:36:0:0 chr4 37593173 . G A 287.93 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0155441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.104;QD=25.037;RBI=0.0157998;REFB=-0.000563182;REVB=0.00283104;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138476;STB=0.576864;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000329826;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:8:12:11:15:8:12 chr4 37612486 . T A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.829;QD=58.1414;RBI=0.0151919;REFB=0;REVB=0.0123955;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65934e-05;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr4 37612526 . G A 194.02 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0109143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0349;QD=14.3716;RBI=0.0984916;REFB=-0.00711424;REVB=-0.097885;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300867;STB=0.52843;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00526192;OID=.;OPOS=37612526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:22:23:0.425926:12:10:15:16:13:10:15:16 chr4 37836302 . T C 1035.57 PASS AF=0.461538;AO=107;DP=230;FAO=108;FDP=234;FR=.;FRO=126;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=75;FSRR=51;FWDB=0.0215239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4795;QD=17.702;RBI=0.0450427;REFB=0.0169139;REVB=0.0395672;RO=123;SAF=55;SAR=52;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692914;STB=0.541487;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0161215;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:234:123:126:107:108:0.461538:52:55:72:51:52:56:75:51 chr4 37851856 . A C 494.32 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00109358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.87;QD=17.6544;RBI=0.0119;REFB=-0.00820161;REVB=-0.0118496;RO=59;SAF=22;SAR=31;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121334;STB=0.567432;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00954623;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:31:22:32:27:31:22:32:27 chr4 37903756 . T C 339.76 PASS AF=0.507042;AO=32;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0640019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4134;QD=19.1416;RBI=0.0830563;REFB=0.03337;REVB=-0.052935;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120301;STB=0.548763;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0335777;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:35:32:36:0.507042:16:16:18:10:19:17:20:15 chr4 37962186 . G C 682.94 PASS AF=1;AO=49;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6395;QD=52.5341;RBI=0.075917;REFB=-0.129789;REVB=0.0721032;RO=2;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670397;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00775072;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:2:0:49:52:1:13:36:0:2:16:36:0:0 chr4 38016395 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.724;QD=63.8719;RBI=0.041097;REFB=0;REVB=0.0240432;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48644e-05;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr4 38023302 . C G 244.11 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0285434;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.002;QD=18.7776;RBI=0.0358944;REFB=-0.0208268;REVB=0.0217643;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525473;STB=0.538432;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0179564;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:13:13:14:11:13:13:15:11 chr4 38139024 . C T 301.03 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0196517;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.476;QD=19.4214;RBI=0.0326155;REFB=-0.0241507;REVB=0.0260304;RO=27;SAF=27;SAR=4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199529;STB=0.64989;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0211753;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:30:31:32:0.516129:4:27:20:7:4:28:21:9 chr4 38258908 . G T 891.31 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0676308;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8499;QD=56.5909;RBI=0.0935016;REFB=-0.0323834;REVB=0.0645649;RO=1;SAF=40;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116587;STB=0.506171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00358445;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:22:40:1:0:22:40:1:0 chr4 38259004 . C CG,T 617.43 PASS AF=1,0;AO=5,4;DP=43;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010722,-0.0211306;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=136.618,132.276;QD=58.8026;RBI=0.0108,0.0602964;REFB=0,0;REVB=-0.00129577,0.0564726;RO=29;SAF=4,0;SAR=1,4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.31475,-0.62967;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=4.11164e-05,0;OID=.,.;OPOS=38259005,38259004;OREF=-,C;OALT=G,T;OMAPALT=CG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:29:0:5,4:42,0:1,0:1,4:4,0:16:13:21,0:21,0:0:0 chr4 38259005 . T G 349.86 PASS AF=0.697674;AO=28;DP=40;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00522231;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=112.698;QD=32.5452;RBI=0.0113609;REFB=-0.0115991;REVB=0.0100894;RO=12;SAF=15;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653408;STB=0.544862;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000921282;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:12:13:28:30:0.697674:13:15:5:7:14:16:5:8 chr4 38259310 . T C 432.51 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7794;QD=54.0643;RBI=0.0690292;REFB=-0.011399;REVB=0.0674402;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00595119;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:32:1:1:30:31:0.96875:10:20:1:0:10:21:1:0 chr4 38628725 . C T 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0853882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0466;QD=56.485;RBI=0.0949947;REFB=-0.0714935;REVB=0.0416275;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00415723;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:1:0:14:21:1:0 chr4 38702437 . A G 919.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.317;QD=58.4057;RBI=0.0230288;REFB=0;REVB=0.01479;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150394;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr4 38776070 . C T 326.11 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0753495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6551;QD=22.4904;RBI=0.0999537;REFB=0.0120695;REVB=-0.065675;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665003;STB=0.536666;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0118994;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:15:10:16:17:15:10 chr4 38798648 . C A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.295;QD=59.8394;RBI=0.0717678;REFB=0;REVB=-0.0710197;RO=0;SAF=32;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233392;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:4:32:0:0:4:32:0:0 chr4 38798935 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0547186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.32;QD=17.8394;RBI=0.0562374;REFB=-0.00793695;REVB=-0.0129816;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0125039;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:6:8:6:8:6:8 chr4 38799710 . T C 144.79 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0856804;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6628;QD=14.8498;RBI=0.0859145;REFB=-0.0230662;REVB=0.00633766;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1294;STB=0.57438;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0370628;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:17:6:6:10:17:6 chr4 38829320 . C A 201.0 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0302949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0359;QD=15.1698;RBI=0.0955238;REFB=-0.0192052;REVB=-0.0905926;RO=30;SAF=20;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496246;STB=0.78809;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0231944;OID=.;OPOS=38829320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:3:20:14:16:3:20:14:16 chr4 38830350 . A G 803.36 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0674312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3298;QD=55.4042;RBI=0.067534;REFB=0.0452371;REVB=0.00372348;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000350547;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:57:57:0.982759:27:30:0:0:27:30:1:0 chr4 38907187 . C T 724.4 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0026404;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.225;QD=21.3058;RBI=0.0339951;REFB=-0.00659665;REVB=-0.0338924;RO=66;SAF=29;SAR=41;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900788;STB=0.54956;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00590776;OID=.;OPOS=38907187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:136:66:66:70:70:0.514706:41:29:34:32:41:29:34:32 chr4 38933869 . C T 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0246788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1323;QD=18.0724;RBI=0.0247981;REFB=0.0125598;REVB=-0.0024292;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778746;STB=0.543595;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00953718;OID=.;OPOS=38933869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:15:16:18:12:15:16 chr4 38937372 . T C 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9335;QD=61.3272;RBI=0.0121427;REFB=0;REVB=0.012019;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156117;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 38995374 . T C 1752.35 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286873;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.428;QD=60.9514;RBI=0.0287482;REFB=0;REVB=0.00187005;RO=0;SAF=70;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160269;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:44:70:0:0:44:71:0:0 chr4 39000305 . A G 368.59 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0500565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.556;QD=22.339;RBI=0.0542226;REFB=-0.0131503;REVB=0.0208431;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119328;STB=0.571391;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0132693;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:29:37:37:0.560606:21:16:8:20:21:16:8:21 chr4 39064162 . A C 582.24 PASS AF=0.517241;AO=57;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=51;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=13;FWDB=-0.00714082;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9891;QD=20.0774;RBI=0.0655655;REFB=-0.00246422;REVB=0.0651754;RO=44;SAF=48;SAR=9;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660705;STB=0.570096;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000539949;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:56:57:60:0.517241:9:48:35:9:9:51:43:13 chr4 39094738 . G A 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-5.37065e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.309;QD=15.9774;RBI=0.031891;REFB=-0.00640398;REVB=-0.0318909;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150728;STB=0.585052;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00957168;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:12:20:19:21:12:20:19:21 chr4 39207318 . A G 647.08 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0263219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3307;QD=21.7505;RBI=0.0406652;REFB=-0.0136632;REVB=0.0309971;RO=55;SAF=27;SAR=37;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435645;STB=0.523904;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0121598;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:37:27:26:29:37:27:26:29 chr4 39216221 . C T 570.86 PASS AF=0.4;AO=66;DP=165;FAO=66;FDP=165;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0159115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.116;QD=13.8389;RBI=0.0506338;REFB=-0.0277794;REVB=-0.0480688;RO=98;SAF=32;SAR=34;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377532;STB=0.524222;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0245366;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:98:99:66:66:0.4:34:32:51:47:34:32:52:47 chr4 39299266 . A G 232.79 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4439;QD=49.0077;RBI=0.150438;REFB=0;REVB=0.15037;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010351;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr4 39303925 . A G 581.6 PASS AF=0.504202;AO=56;DP=115;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0211985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.065;QD=19.5496;RBI=0.0234216;REFB=-0.0240526;REVB=0.00995958;RO=59;SAF=19;SAR=37;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164086;STB=0.572729;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0223279;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:59:59:56:60:0.504202:37:19:30:29:38:22:30:29 chr4 39448542 . C G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00686237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.261;QD=12.4818;RBI=0.0406436;REFB=-0.027191;REVB=-0.0400601;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586932;STB=0.857435;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0564733;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:1:11:9:10:1:11:9:10 chr4 39450229 . C A 185.0 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00920696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.862;QD=23.1254;RBI=0.0168127;REFB=-0.0215684;REVB=0.0140677;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279326;STB=0.660029;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0129825;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:18:19:0.59375:11:7:10:3:12:7:10:3 chr4 39458051 . A G 431.16 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0205296;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2155;QD=25.3625;RBI=0.0420653;REFB=-0.036129;REVB=0.0367155;RO=27;SAF=24;SAR=17;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233441;STB=0.627501;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00465111;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:27:27:41:41:0.602941:17:24:7:20:17:24:7:20 chr4 39459724 . T C 580.87 PASS AF=0.495868;AO=58;DP=123;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00848753;FXX=0.0241916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.186;QD=19.2024;RBI=0.0438748;REFB=0.005123;REVB=0.043046;RO=55;SAF=35;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085252;STB=0.521793;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00462418;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:55:61:58:60:0.495868:23:35:28:27:25:35:33:28 chr4 39460490 . C G 380.99 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00340986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.622;QD=14.377;RBI=0.00852497;REFB=-0.0169551;REVB=-0.00781332;RO=61;SAF=27;SAR=17;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428237;STB=0.52987;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0232181;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:62:44:44:0.415094:17:27:35:26:17:27:35:27 chr4 39472842 . T A 130.29 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.000353698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.887;QD=13.7144;RBI=0.0554466;REFB=-0.0179986;REVB=0.0554454;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012446;STB=0.507033;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0282858;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:23:15:15:0.394737:8:7:10:12:8:7:11:12 chr4 39501086 . G A 135.59 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.111384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3201;QD=9.68478;RBI=0.168006;REFB=0.0278522;REVB=0.125777;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684067;STB=0.517837;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0658155;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:38:18:18:0.321429:9:9:18:14:9:9:18:20 chr4 39510264 . A G 937.45 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.764;QD=58.5907;RBI=0.0603068;REFB=0;REVB=0.0094228;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47346e-05;OID=.;OPOS=39510264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr4 39515736 . A G 754.26 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8828;QD=56.9252;RBI=0.0206405;REFB=0;REVB=0.0169204;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31505e-05;OID=.;OPOS=39515736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr4 39515806 . TAAAAAGA T 72.17 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0159997;FXX=0;HRUN=5;LEN=7;MLLD=191.746;QD=6.41486;RBI=0.018071;REFB=-0.00594108;REVB=-0.00840058;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552557;STB=0.744746;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.015977;OID=.;OPOS=39515807;OREF=AAAAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:44:15:45:30:12:3:14:16:72:21:6:1:8:13 chr4 39921942 . A G 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.749;QD=61.6779;RBI=0.0286119;REFB=0;REVB=0.0277433;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50926e-05;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr4 40121562 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.46;QD=57.1053;RBI=0.0699267;REFB=0;REVB=-0.0663488;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105047;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr4 40337566 . C T 105.13 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0130823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.775;QD=10.7828;RBI=0.0135299;REFB=-0.020832;REVB=0.0034512;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160562;STB=0.604687;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0329571;OID=.;OPOS=40337566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:26:13:13:0.333333:6:7:17:8:6:7:18:8 chr4 40337908 . T C 531.29 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0133938;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.188;QD=22.6081;RBI=0.0145508;REFB=-0.023903;REVB=0.00568615;RO=42;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448188;STB=0.537103;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0213599;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:42:44:50:50:0.531915:20:30:23:19:20:30:23:21 chr4 40356422 . A G 695.74 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.165;QD=60.4994;RBI=0.0399403;REFB=0.0362216;REVB=0.0375931;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000149091;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:1:0:27:18:1:0 chr4 40438576 . A G 1699.48 PASS AF=0.991228;AO=108;DP=110;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0066785;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.463;QD=59.6308;RBI=0.0208625;REFB=0.0494714;REVB=0.0197647;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.504853;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000152417;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:114:0:1:108:113:0.991228:52:56:0:0:51:62:0:1 chr4 40440215 . T C 1231.28 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.262;QD=60.0622;RBI=0.0230083;REFB=-0.0557131;REVB=0.0199826;RO=1;SAF=47;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996906;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000880089;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:34:47:1:0:34:47:1:0 chr4 40778146 . C T 177.86 PASS AF=0.257143;AO=26;DP=104;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00234538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.218;QD=6.77548;RBI=0.0158872;REFB=-0.00605073;REVB=-0.0157131;RO=78;SAF=15;SAR=11;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798969;STB=0.531891;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0177939;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:78:78:26:27:0.257143:11:15:40:38:12:15:40:38 chr4 40778162 . T G 168.69 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=98;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00190317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.103;QD=6.8851;RBI=0.0129165;REFB=-0.00983405;REVB=-0.0127755;RO=69;SAF=13;SAR=11;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423157;STB=0.521313;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0290753;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:69:74:24:24:0.244898:11:13:35:34:11:13:38:36 chr4 40810747 . A G 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=2.71813e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.405;QD=55.2213;RBI=0.00794344;REFB=-0.0406765;REVB=0.00794339;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140753;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=2.02023e-05;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:23:33:1:0:23:33:1:0 chr4 40895315 . ATTTTTG ATTTTGT 56.74 PASS AF=0.112583;AO=15;DP=151;FAO=17;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=133;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=-0.0455836;FXX=0.00657851;HRUN=5;LEN=2;MLLD=23.4635;QD=1.50303;RBI=0.0738821;REFB=-0.0585749;REVB=-0.0581438;RO=94;SAF=15;SAR=0;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688933;STB=0.909233;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.117402;OID=.;OPOS=40895320;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.112583:15:151:17:151:133:16:1:76:57:48:94:15:0:49:45 chr4 41015823 . G T 448.94 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00141698;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.155;QD=18.3242;RBI=0.0129798;REFB=-0.0207987;REVB=-0.0129022;RO=53;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271021;STB=0.515145;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0254423;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:30:15:19:34:30:15:19:34 chr4 41015899 . C T 1345.71 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.972;QD=60.4812;RBI=0.0530269;REFB=-0.0628971;REVB=0.0528441;RO=2;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570167;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:2:0:87:89:1:45:42:0:2:47:42:0:0 chr4 41016484 . T C 45.61 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00188254;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.306;QD=8.29299;RBI=0.0156793;REFB=-0.00663538;REVB=-0.0155659;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203317;STB=0.59968;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0179109;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:23:22:10:14:6:6:0.272727:3:3:7:3:3:3:9:5 chr4 41258970 . A G 648.76 PASS AF=0.568966;AO=62;DP=116;FAO=66;FDP=116;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00103964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4329;QD=22.3712;RBI=0.0382309;REFB=-0.080721;REVB=-0.0382168;RO=47;SAF=36;SAR=26;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100395;STB=0.540284;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0337409;OID=.;OPOS=41258970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:47:50:62:66:0.568966:26:36:33:14:27:39:34:16 chr4 41258978 . C T 561.32 PASS AF=0.5;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00281531;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.851;QD=19.3559;RBI=0.00761503;REFB=0.00409359;REVB=0.00707551;RO=53;SAF=38;SAR=19;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603954;STB=0.547307;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00374209;OID=.;OPOS=41258978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:53:58:57:58:0.5:19:38:32:21:19:39:34:24 chr4 41259633 . C A 352.74 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00562871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2995;QD=26.1288;RBI=0.038436;REFB=-0.0804329;REVB=0.0380216;RO=19;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968885;STB=0.511621;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.044065;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:19:34:35:0.648148:13:21:12:7:14:21:12:7 chr4 41526503 . C T 709.2 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.027137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6396;QD=20.1192;RBI=0.0357033;REFB=-0.00336045;REVB=-0.0232014;RO=71;SAF=34;SAR=36;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579952;STB=0.531975;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00343764;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:71:70:70:0.496454:36:34:39:32:36:34:39:32 chr4 41673554 . C CT,T 81.14 PASS AF=0.208791,0;AO=43,12;DP=181;FAO=38,0;FDP=182;FR=.;FRO=144;FSAF=25,0;FSAR=13,0;FSRF=96;FSRR=48;FWDB=-0.0377147,0.00192598;FXX=0.0267365;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=7.34658,213.247;QD=1.7833;RBI=0.150062,0.00702979;REFB=-0.0660549,0.00159594;REVB=-0.145246,-0.00676081;RO=106;SAF=30,4;SAR=13,8;SRF=72;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0260517,-0.396319;STB=0.507743,0.5;STBP=0.935,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.107657,0.0941686;OID=.,.;OPOS=41673555,41673554;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:181:182:106:144:43,12:38,0:0.208791,0:13,8:30,4:72:34:13,0:25,0:96:48 chr4 41699387 . GTTTTTTTTTTTTTTTTG GTTTTTTTTTTTTTTTGT 139.17 PASS AF=0.43662;AO=3;DP=75;FAO=31;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=0.031424;FXX=0.0533262;HRUN=16;LEN=2;MLLD=75.2721;QD=7.84035;RBI=0.233342;REFB=-0.036727;REVB=-0.231217;RO=9;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.728989;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=-0.409203;OID=.;OPOS=41699403;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GTTTTTTTTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:3:75:31:71:23:12:19:22:1:99:9:3:0:9:0 chr4 41984118 . C T 976.45 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000446347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.433;QD=57.4379;RBI=0.00544739;REFB=-0.072463;REVB=0.00542908;RO=1;SAF=24;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019281;STB=0.510201;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000321499;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:43:24:1:0:43:24:1:0 chr4 41985101 . A G 4304.42 PASS AF=1;AO=273;DP=273;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.766;QD=62.8382;RBI=0.0682813;REFB=0;REVB=0.0393486;RO=0;SAF=150;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110147;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:273:274:0:0:273:274:1:123:150:0:0:123:151:0:0 chr4 41985478 . A G 789.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204639;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.623;QD=64.4205;RBI=0.0531028;REFB=0;REVB=0.0490014;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164246;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr4 41985688 . TC T,TT 1074.69 PASS AF=0.0945946,0.905405;AO=13,58;DP=76;FAO=7,67;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=7,27;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415871,0.0751475;FXX=0.038956;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.9081,36.8681;QD=58.0914;RBI=0.16952,0.123195;REFB=0,0;REVB=-0.164339,-0.097621;RO=0;SAF=13,21;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.3149e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.10481,0.0220494;OID=.,.;OPOS=41985689,41985689;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0945946,0.905405:13,58:76:7,67:74:0:7,27:0,40:0:0:18:0:13,21:0,37:0:0 chr4 41986857 . A G 2105.22 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6058;QD=61.9184;RBI=0.0513433;REFB=-0.0525099;REVB=0.050253;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.503401;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000426904;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:135:135:0.992647:62:73:0:0:62:73:1:0 chr4 41987892 . G A 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00620348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.23;QD=58.0318;RBI=0.0281177;REFB=-0.082302;REVB=0.0274249;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113932;STB=0.506022;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00071547;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:29:41:1:0:29:41:1:0 chr4 41988385 . TACACAG TACA,TACAG 917.27 PASS AF=0,1;AO=7,49;DP=63;FAO=0,64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312931,0.00717462;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=145.265,176.752;QD=57.3295;RBI=0.0133373,0.00946705;REFB=0,0;REVB=-0.012965,0.00617656;RO=0;SAF=4,20;SAR=3,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000257592;OID=.,.;OPOS=41988389,41988386;OREF=CAG,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACA,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,49:63:0,64:64:0:0,28:0,36:0:0:5:0:4,20:3,29:0:0 chr4 41992677 . C G 4013.69 PASS AF=0.981413;AO=261;DP=269;FAO=264;FDP=269;FR=.;FRO=5;FSAF=141;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0336558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.729;QD=59.6831;RBI=0.0618325;REFB=-0.136266;REVB=0.0518705;RO=4;SAF=140;SAR=121;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00105273;STB=0.506233;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00188889;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:269:269:4:5:261:264:0.981413:121:140:2:2:123:141:1:4 chr4 42003671 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.785;QD=57.1763;RBI=0.00870206;REFB=0;REVB=0.00685768;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45652e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr4 42020142 . A G 1913.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4048;QD=61.7226;RBI=0.0309767;REFB=0;REVB=0.0176611;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132081;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:72:51:0:0:73:51:0:0 chr4 42022464 . C A 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.684;QD=61.3728;RBI=0.0287815;REFB=0;REVB=0.0276184;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47171e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr4 42400112 . G T 342.82 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=0.006253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.659;QD=21.426;RBI=0.0318914;REFB=-0.0200867;REVB=0.0312723;RO=29;SAF=28;SAR=7;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843778;STB=0.546367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0203245;OID=.;OPOS=42400112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:7:28:25:4:7:28:25:4 chr4 42414273 . A G 375.96 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0154741;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.387;QD=19.5305;RBI=0.0194712;REFB=-0.00347668;REVB=0.0118186;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499728;STB=0.505615;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00323193;OID=.;OPOS=42414273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:39:38:38:0.493506:16:22:21:12:16:22:23:16 chr4 44626641 . A G 1309.7 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0562153;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.329;QD=60.9162;RBI=0.0642543;REFB=-0.0200513;REVB=0.03112;RO=1;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123032;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00038095;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:38:47:0:1:38:47:0:1 chr4 44652030 . C T 2729.53 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324156;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.526;QD=62.3894;RBI=0.0627699;REFB=0;REVB=-0.0626862;RO=0;SAF=82;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86162e-05;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:92:82:0:0:93:82:0:0 chr4 44704757 . C T 1250.13 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262555;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.947;QD=61.7347;RBI=0.0320946;REFB=0;REVB=-0.0184584;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337222;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr4 44704938 . T A 450.66 PASS AF=0.48913;AO=43;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0127698;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.783;QD=19.5938;RBI=0.02846;REFB=-0.0323686;REVB=0.0254343;RO=47;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084634;STB=0.556395;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0290473;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:43:45:0.48913:19:24:22:25:19:26:22:25 chr4 46314593 . T C 665.27 PASS AF=0.503817;AO=58;DP=133;FAO=66;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00745691;FXX=0.0223864;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.307;QD=20.3135;RBI=0.0216378;REFB=-0.019546;REVB=-0.0203122;RO=41;SAF=32;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855985;STB=0.568225;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0141179;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:41:64:58:66:0.503817:26:32:18:23:30:36:26:38 chr4 46334702 . A G 260.31 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0168014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1913;QD=18.9316;RBI=0.017915;REFB=-0.00601998;REVB=0.00621763;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488099;STB=0.527253;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0163828;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:15:12:14:14:15:12 chr4 46995366 . G T 281.94 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0111628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7727;QD=17.0874;RBI=0.0135401;REFB=-0.0423561;REVB=-0.00766317;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164515;STB=0.580593;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0431543;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:12:18:15:20:13:18:15:20 chr4 47034626 . C G 304.97 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-2.97134e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.273;QD=12.7069;RBI=0.0112466;REFB=-0.0301243;REVB=0.0112466;RO=61;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191704;STB=0.609896;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0475935;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:14:21:26:35:14:21:26:35 chr4 47322190 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6252;QD=58.0606;RBI=0.0141242;REFB=0;REVB=0.00888233;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07005e-05;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr4 47514685 . C T 1329.51 PASS AF=0.969697;AO=94;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.001683;FXX=0.0294089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.926;QD=53.7174;RBI=0.0243657;REFB=-0.0992593;REVB=0.0243075;RO=1;SAF=27;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702525;STB=0.510636;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00250455;OID=.;OPOS=47514685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:99:99:1:3:94:96:0.969697:67:27:0:1:69:27:0:3 chr4 47538044 . G A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00193039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1743;QD=21.8718;RBI=0.0136852;REFB=0.00185964;REVB=0.0135483;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908653;STB=0.556199;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00117471;OID=.;OPOS=47538044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:18:9:10:13:19:9:10:13 chr4 47560015 . A G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0159313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.305;QD=15.0177;RBI=0.0195092;REFB=0.00672393;REVB=0.0112606;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773372;STB=0.54383;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00602386;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:18:12:19:21:18:12:19:21 chr4 47560163 . C A 1728.35 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744299;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.574;QD=60.6439;RBI=0.00982602;REFB=0;REVB=0.00641502;RO=0;SAF=71;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583406;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:41:71:0:0:43:71:0:0 chr4 47589203 . G A 627.11 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=0.00318008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.928;QD=16.0797;RBI=0.00505613;REFB=-0.00853552;REVB=0.00393084;RO=86;SAF=27;SAR=42;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574503;STB=0.527523;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00997933;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:86:87:69:69:0.442308:42:27:29:57:42:27:30:57 chr4 47667064 . T C 815.68 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659756;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5401;QD=56.2535;RBI=0.184527;REFB=0;REVB=0.184409;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012306;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:0:0:57:58:1:14:43:0:0:15:43:0:0 chr4 47839929 . C T 586.66 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00172606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8784;QD=19.7195;RBI=0.0313937;REFB=-0.00857218;REVB=0.0313462;RO=58;SAF=31;SAR=29;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622315;STB=0.538081;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00873104;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:59:60:60:0.504202:29:31:34:24:29:31:35:24 chr4 47887536 . T C 528.7 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00173251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.455;QD=16.3938;RBI=0.00446725;REFB=-0.0182673;REVB=0.00411762;RO=71;SAF=33;SAR=24;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044201;STB=0.529011;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0267368;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:72:57:57:0.44186:24:33:38:33:24:33:38:34 chr4 47887991 . G A 714.49 PASS AF=0.466258;AO=76;DP=161;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0464962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.212;QD=17.5335;RBI=0.0645901;REFB=-0.0130236;REVB=-0.0448329;RO=85;SAF=39;SAR=37;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405864;STB=0.516218;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0204964;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:85:87:76:76:0.466258:37:39:40:45:37:39:42:45 chr4 47936972 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00613507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.684;QD=14.0966;RBI=0.00738808;REFB=-0.00394219;REVB=-0.00411639;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00313776;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:8:6:7:4:8:6 chr4 47945455 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.483;QD=43.4852;RBI=0.0781021;REFB=0;REVB=0.00469546;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838155;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr4 48069696 . G C 387.31 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0217428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0894;QD=18.4431;RBI=0.061757;REFB=-0.00464157;REVB=0.0578029;RO=44;SAF=14;SAR=25;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28221;STB=0.660677;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00441677;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:44:39:40:0.47619:25:14:29:15:26:14:29:15 chr4 48069725 . G A 315.46 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00875969;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.267;QD=17.2853;RBI=0.0268854;REFB=-0.0133746;REVB=0.0254184;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267217;STB=0.649398;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.025012;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:21:13:26:13:21:13:26:13 chr4 48111418 . C T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00336847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.588;QD=12.2287;RBI=0.0353642;REFB=0.00898676;REVB=-0.0352034;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19629;STB=0.612904;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0226073;OID=.;OPOS=48111418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:10:12:13:23:10:12:13:23 chr4 48115264 . C T 503.98 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0256028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.468;QD=18.8405;RBI=0.05767;REFB=-0.00469182;REVB=-0.0516752;RO=54;SAF=34;SAR=19;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298216;STB=0.516515;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0043723;OID=.;OPOS=48115264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:19:34:33:21:19:34:33:21 chr4 48147309 . T C 324.31 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00776023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.366;QD=16.8473;RBI=0.00970401;REFB=-0.0213643;REVB=0.00582637;RO=41;SAF=11;SAR=23;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197545;STB=0.505782;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0207415;OID=.;OPOS=48147309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:41:42:34:35:0.454545:23:11:14:27:23:12:14:28 chr4 48170669 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.457;QD=52.6112;RBI=0.0353752;REFB=0;REVB=-0.0267514;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11861e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr4 48172266 . G A 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00614805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.227;QD=21.8382;RBI=0.0255604;REFB=0.000781813;REVB=-0.02481;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301705;STB=0.667602;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00162265;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:19:5:14:11:19:5 chr4 48425072 . GGA G 42.0 PASS AF=0.181818;AO=21;DP=93;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0917868;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=21.5885;QD=1.90895;RBI=0.13901;REFB=-0.0269573;REVB=0.104399;RO=56;SAF=19;SAR=2;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602951;STB=0.740712;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.117101;OID=.;OPOS=48425073;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:21:93:16:88:72:13:3:40:32:41:56:19:2:26:30 chr4 48426066 . A T 221.69 PASS AF=0.375;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.018141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5667;QD=12.3161;RBI=0.0181415;REFB=-0.00309456;REVB=-0.000128863;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636385;STB=0.54542;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00442566;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:45:26:27:0.375:17:9:18:27:18:9:18:27 chr4 48492434 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.164;QD=37.4876;RBI=0.0489555;REFB=0;REVB=0.043683;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161077;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 48542570 . T G 600.07 PASS AF=0.496;AO=58;DP=122;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0211586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.085;QD=19.2023;RBI=0.0330668;REFB=-0.0154859;REVB=0.0254112;RO=59;SAF=25;SAR=33;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865704;STB=0.561019;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0138344;OID=.;OPOS=48542570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:59:63:58:62:0.496:33:25:31:28:36:26:34:29 chr4 48588742 . C T 711.13 PASS AF=0.873016;AO=54;DP=63;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00199017;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=306.919;QD=45.151;RBI=0.00445433;REFB=-0.0312137;REVB=-0.00398501;RO=8;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544304;STB=0.529755;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00394119;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:8:8:54:55:0.873016:37:17:1:7:37:18:1:7 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 1107.52 PASS AF=0,1,0;AO=15,28,31;DP=74;FAO=0,75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000330068,-0.00400444,-0.00621485;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=269.115,271.983,268.541;QD=59.0677;RBI=0.0183275,0.0201352,0.0214779;REFB=0,0,0;REVB=-0.0183245,-0.019733,-0.0205591;RO=0;SAF=5,13,10;SAR=10,15,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0162724,-0.000645885,0;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:15,28,31:74:0,75,0:75:0:0,29,0:0,46,0:0:0:5:0:5,13,10:10,15,21:0:0 chr4 48988450 . C A 517.7 PASS AF=0.46281;AO=54;DP=115;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00665894;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3712;QD=17.1141;RBI=0.0089868;REFB=-0.0304587;REVB=-0.00603499;RO=61;SAF=34;SAR=20;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561411;STB=0.529617;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0597387;OID=.;OPOS=48988450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:121:61:65:54:56:0.46281:20:34:35:26:22:34:36:29 chr4 49063872 . C A 441.48 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=113;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0118941;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.242;QD=14.8395;RBI=0.0138019;REFB=0.000269763;REVB=-0.0070016;RO=64;SAF=23;SAR=25;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116325;STB=0.536466;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00131936;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:119:64:68:48:51:0.428571:25:23:38:26:25:26:39:29 chr4 52714354 . A ATTTC,C 324.31 PASS AF=0.479452,0.0136986;AO=25,4;DP=78;FAO=35,1;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21,1;FSAR=14,0;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00594327,0.0147153;FXX=0.0266631;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=221.068,115.593;QD=17.7706;RBI=0.00647191,0.0148633;REFB=-0.00427414,0.00735671;REVB=0.00256187,0.00209218;RO=40;SAF=13,3;SAR=12,1;SRF=23;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0591566,0.200818;STB=0.53141,0.989169;STBP=0.631,0.464;TYPE=ins,snp;VARB=0.00377423,-0.00603589;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:73:40:37:25,4:35,1:0.479452,0.0136986:12,1:13,3:23:17:14,0:21,1:20:17 chr4 52752812 . A T 504.82 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0045323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.574;QD=16.1543;RBI=0.0136687;REFB=-0.00751929;REVB=0.0128954;RO=70;SAF=25;SAR=30;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102576;STB=0.557309;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00966682;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:30:25:39:31:30:25:39:31 chr4 52889602 . T A 117.45 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.032732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.205;QD=21.3541;RBI=0.0378922;REFB=0.00477071;REVB=-0.0190901;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267112;STB=0.651933;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00411583;OID=.;OPOS=52889602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:3:6:4:9:3:6 chr4 52938243 . T C 374.36 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00400205;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3001;QD=20.2358;RBI=0.0136303;REFB=-0.00710839;REVB=-0.0130295;RO=35;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155801;STB=0.579167;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00911384;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:17:21:13:22:17:21:14:22 chr4 53361058 . G C 43.67 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0416372;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.274;QD=17.4668;RBI=0.0491571;REFB=-0.0303777;REVB=0.0261299;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.020269;OID=.;OPOS=53361058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:10:4:4:6:6:0.6:2:4:3:1:2:4:3:1 chr4 53652758 . A T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0215628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.207;QD=21.3531;RBI=0.0248979;REFB=-0.0218688;REVB=-0.0124479;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449419;STB=0.525508;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0138756;OID=.;OPOS=53652758;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:5:4:5:8:5:4 chr4 53729429 . G A 487.67 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00762307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.541;QD=21.6742;RBI=0.0240231;REFB=0.00287696;REVB=0.0227815;RO=42;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725818;STB=0.533856;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00201685;OID=.;OPOS=53729429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:47:47:0.522222:24:23:17:25:24:23:18:25 chr4 53732943 . T A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0284137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.094;QD=9.84392;RBI=0.0284285;REFB=-0.00702496;REVB=-0.000916038;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170306;OID=.;OPOS=53732943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:10:10:5:5:10:10 chr4 54011603 . C T 1108.52 PASS AF=0.489083;AO=112;DP=229;FAO=112;FDP=229;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=-0.0173771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.866;QD=19.3628;RBI=0.022697;REFB=0.00319997;REVB=-0.0146011;RO=116;SAF=57;SAR=55;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640506;STB=0.532912;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00277318;OID=.;OPOS=54011603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:116:117:112:112:0.489083:55:57:51:65:55:57:52:65 chr4 54232110 . G A 303.57 PASS AF=0.421053;AO=28;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0104207;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.878;QD=15.9771;RBI=0.0350665;REFB=-0.00878872;REVB=-0.0334823;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017815;STB=0.51738;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0039782;OID=.;OPOS=54232110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:32:40:28:32:0.421053:11:17:20:12:15:17:20:20 chr4 54352468 . GC G 419.06 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.799;QD=42.9804;RBI=0.0408357;REFB=0;REVB=0.037348;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00121652;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:39:39:39:0:21:18:0:0:7:1:20:17:0:1 chr4 54966667 . C T 1007.57 PASS AF=0.9125;AO=72;DP=80;FAO=73;FDP=80;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0580903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.763;QD=50.3786;RBI=0.0583211;REFB=-0.18064;REVB=0.00518343;RO=4;SAF=19;SAR=53;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897274;STB=0.574447;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0106541;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:80:80:4:7:72:73:0.9125:53:19:4:0:53:20:7:0 chr4 54966830 . G A,C 421.6 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=28,2;DP=30;FAO=29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103948,0.0127484;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=226.874,177.455;QD=56.2138;RBI=0.012271,0.0178358;REFB=0,0;REVB=0.0065212,-0.0124737;RO=0;SAF=9,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.62669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000793187,0.171021;OID=.,.;OPOS=54966830,54966830;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:30:30:0:0:28,2:29,1:0.966667,0.0333333:19,2:9,0:0:0:20,1:9,0:0:0 chr4 54966919 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.798;QD=46.848;RBI=0.0181826;REFB=0;REVB=-0.0181826;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151113;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:15:0:0:0:15:0:0:0 chr4 55141055 . A G 2305.68 PASS AF=1;AO=118;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.934;QD=60.6757;RBI=0.0348481;REFB=0;REVB=0.0196439;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54324e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:118:152:1:66:52:0:0:87:65:0:0 chr4 55161391 . T C 2471.48 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.068;QD=61.4031;RBI=0.0278497;REFB=0;REVB=0.0237233;RO=0;SAF=90;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24721e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:159:161:1:69:90:0:0:70:91:0:0 chr4 55161517 . A G 3118.37 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.922;QD=61.7499;RBI=0.0130006;REFB=0;REVB=0.0124694;RO=0;SAF=97;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87478e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:105:97:0:0:105:97:0:0 chr4 55589808 . A G 257.47 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00185115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.752;QD=16.0915;RBI=0.0159845;REFB=-0.0270287;REVB=-0.0158769;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313006;STB=0.50779;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0295892;OID=.;OPOS=55589808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:35:28:29:0.453125:17:11:14:19:17:12:14:21 chr4 55599436 . T C 800.45 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5725;QD=57.1749;RBI=0.0651377;REFB=0;REVB=-0.00785368;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546231;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:35:21:0:0 chr4 55946081 . A G 2407.33 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.819;QD=64.1956;RBI=0.0313286;REFB=0;REVB=0.029574;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61817e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:150:0:0:146:150:1:70:76:0:0:72:78:0:0 chr4 55972974 . T A 743.06 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0195007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.827;QD=59.4444;RBI=0.0328293;REFB=0.00240983;REVB=0.02641;RO=2;SAF=40;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.5119;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.000118805;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:47:48:0.96:7:40:2:0:7:41:2:0 chr4 56236236 . CTTTC CTT,CTTC 45.99 PASS AF=0.35,0.05;AO=5,3;DP=24;FAO=7,1;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1,1;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0143429,0.0497172;FXX=0.0475964;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=32.1692,18.074;QD=9.19838;RBI=0.0349952,0.112019;REFB=-0.0526935,-0.0370382;REVB=-0.0319209,-0.100382;RO=15;SAF=1,1;SAR=4,2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.555549,-0.423019;STB=0.86855,0.984963;STBP=0.027,0.539;TYPE=del,del;VARB=0.0861222,0.0605834;OID=.,.;OPOS=56236239,56236237;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTT,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0.05:5,3:24:7,1:20:12:1,1:6,0:9:3:41:15:1,1:4,2:11:4 chr4 56291620 . CAA C 1456.09 PASS AF=1;AO=114;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150663;FXX=0.0859308;HRUN=2;LEN=2;MLLD=94.001;QD=49.7809;RBI=0.0241059;REFB=0;REVB=-0.0188175;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000706921;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:119:117:117:0:59:58:0:0:26:0:59:55:0:0 chr4 56300685 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.176;QD=57.106;RBI=0.0262189;REFB=0;REVB=-0.00475831;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91387e-05;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:39:16:0:0:39:16:0:0 chr4 56301049 . G GA 1292.79 PASS AF=1;AO=106;DP=127;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813909;FXX=0.0245881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5891;QD=43.4553;RBI=0.0988447;REFB=0;REVB=-0.0560875;RO=17;SAF=56;SAR=50;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000244253;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:127:119:119:0:61:58:0:0:25:17:56:50:8:9 chr4 56306111 . G A 1589.75 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6386;QD=59.9906;RBI=0.0265418;REFB=0;REVB=-0.000939558;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09363e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:57:49:0:0:57:49:0:0 chr4 56309992 . A G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00741991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.25;QD=54.7459;RBI=0.00995046;REFB=-0.00791327;REVB=-0.00662999;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=2.87798e-06;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:0:1:29:24:0:1 chr4 56318462 . G A 771.65 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0402601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1121;QD=50.6003;RBI=0.041108;REFB=-0.0228175;REVB=-0.00830614;RO=4;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939432;STB=0.549982;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0151293;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:18:39:0:4:18:39:0:4 chr4 56367796 . T G 711.62 PASS AF=1;AO=32;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.761;QD=63.2555;RBI=0.0820589;REFB=0;REVB=0.0616748;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185102;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:32:45:1:14:18:0:0:21:24:0:0 chr4 56756531 . T C 1283.96 PASS AF=0.988235;AO=81;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450057;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.852;QD=60.4218;RBI=0.0510587;REFB=-0.114163;REVB=0.0241138;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133364;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00119906;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:81:84:0.988235:46:35:1:0:48:36:1:0 chr4 56771089 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.451;QD=61.6838;RBI=0.0400195;REFB=0;REVB=0.0246279;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120746;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr4 57154737 . T C 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0191935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.76;QD=17.567;RBI=0.0293432;REFB=-0.0369148;REVB=0.0221953;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134707;STB=0.575704;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0523482;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:19:10:15:16:19:10:15:16 chr4 57180563 . G C 519.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.881;QD=59.4192;RBI=0.064608;REFB=0;REVB=0.0446738;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277489;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:23:12:0:0 chr4 57181629 . C T 1689.05 PASS AF=0.813665;AO=129;DP=160;FAO=131;FDP=161;FR=.;FRO=30;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.00446189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.096;QD=41.9641;RBI=0.0528463;REFB=-0.0271453;REVB=0.0526576;RO=30;SAF=70;SAR=59;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132968;STB=0.568182;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000788011;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:30:30:129:131:0.813665:59:70:5:25:61:70:5:25 chr4 57181632 . G C 2535.02 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.306;QD=61.0847;RBI=0.145157;REFB=0;REVB=0.0913704;RO=0;SAF=77;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153587;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:166:0:0:162:166:1:85:77:0:0:86:80:0:0 chr4 57181995 . C T 1533.88 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160733;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7731;QD=63.9117;RBI=0.0307033;REFB=0;REVB=0.02616;RO=0;SAF=28;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480851;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:68:28:0:0:68:28:0:0 chr4 57182647 . G A 781.43 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0159233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.358;QD=49.6144;RBI=0.0190706;REFB=-0.0370428;REVB=0.0104946;RO=5;SAF=39;SAR=18;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567282;STB=0.529402;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00117791;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:63:5:5:57:58:0.920635:18:39:5:0:18:40:5:0 chr4 57182758 . C T 1590.26 PASS AF=1;AO=89;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.541;QD=64.253;RBI=0.110976;REFB=0;REVB=0.0689966;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258937;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:89:99:1:49:40:0:0:49:50:0:0 chr4 57516896 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0334408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.321;QD=18.5413;RBI=0.0463894;REFB=0.000985726;REVB=-0.0321511;RO=35;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183134;STB=0.602467;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00286973;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:11:23:17:18:11:23:17:18 chr4 57660802 . T G 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5447;QD=40.7343;RBI=0.0756404;REFB=0;REVB=0.0103016;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490083;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr4 57797414 . C T 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0256947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.981;QD=27.6508;RBI=0.0400858;REFB=0.00412231;REVB=-0.0307677;RO=9;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187339;STB=0.604528;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00245109;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:5:13:4:5:5:13:4:5 chr4 57798189 . G A 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0491335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.99;QD=7.48155;RBI=0.0502153;REFB=-0.0209742;REVB=0.0103668;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349575;STB=0.722404;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.042003;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:8:2:13:15:8:2:13:15 chr4 57876955 . G A 984.49 PASS AF=0.559524;AO=94;DP=168;FAO=94;FDP=168;FR=.;FRO=74;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.00342628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.587;QD=23.4403;RBI=0.0193592;REFB=-0.0203454;REVB=0.0190536;RO=74;SAF=50;SAR=44;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123632;STB=0.567308;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0164711;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:74:74:94:94:0.559524:44:50:28:46:44:50:28:46 chr4 57881715 . G A 242.36 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0116066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.791;QD=10.4239;RBI=0.0170843;REFB=-0.0059623;REVB=-0.0125363;RO=63;SAF=20;SAR=10;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991855;STB=0.5581;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0120214;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:10:20:37:26:10:20:37:26 chr4 57889677 . C T 465.07 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0406469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.777;QD=19.582;RBI=0.0412026;REFB=-0.0244255;REVB=0.00674404;RO=49;SAF=17;SAR=29;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171466;STB=0.595385;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0236493;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:29:17:27:22:29:17:27:22 chr4 62598689 . C T 1681.8 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259596;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.737;QD=60.6053;RBI=0.0459775;REFB=0;REVB=-0.0379478;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13629e-05;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr4 62800728 . T C 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0578;QD=60.0279;RBI=0.0382153;REFB=0;REVB=0.0352829;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125295;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr4 62845388 . G C 2275.36 PASS AF=0.908571;AO=157;DP=179;FAO=159;FDP=175;FR=.;FRO=16;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00964864;FXX=0.0223451;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.319;QD=52.0083;RBI=0.0132568;REFB=0.00286003;REVB=-0.00909101;RO=16;SAF=79;SAR=78;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323172;STB=0.516857;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.000110693;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:179:175:16:16:157:159:0.908571:78:79:11:5:79:80:11:5 chr4 62845389 . G C 34.5 PASS AF=0.0718232;AO=12;DP=179;FAO=13;FDP=181;FR=.;FRO=168;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=-0.0407469;FXX=0.0054942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.8924;QD=0.762456;RBI=0.0418929;REFB=-0.00515423;REVB=0.00973198;RO=167;SAF=11;SAR=1;SRF=82;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463788;STB=0.835279;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0141059;OID=.;OPOS=62845389;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:179:181:167:168:12:13:0.0718232:1:11:82:85:2:11:83:85 chr4 62845490 . A G 1542.39 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000748241;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.927;QD=59.8986;RBI=0.0025207;REFB=0;REVB=0.00240709;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118181;OID=.;OPOS=62845490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:52:50:0:0:53:50:0:0 chr4 65473363 . G GAGA 939.34 PASS AF=0.424;AO=100;DP=265;FAO=106;FDP=250;FR=.;FRO=144;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=83;FWDB=-0.00473904;FXX=0.0384601;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.547;QD=15.0294;RBI=0.0247772;REFB=-0.0169399;REVB=0.0243198;RO=150;SAF=50;SAR=50;SRF=67;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570744;STB=0.54935;STBP=0.179;TYPE=ins;VARB=0.0231626;OID=.;OPOS=65473364;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424:100:265:106:250:144:54:52:61:83:99:150:50:50:67:83 chr4 65473430 . T C 650.04 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=0.0121393;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.095;QD=16.3532;RBI=0.0135266;REFB=0.00181296;REVB=0.00596716;RO=86;SAF=30;SAR=41;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397052;STB=0.50764;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00240091;OID=.;OPOS=65473430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:86:88:71:71:0.446541:41:30:36:50:41:30:36:52 chr4 65476646 . A ATAATC 557.23 PASS AF=0.425532;AO=59;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00751105;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=296.248;QD=15.8079;RBI=0.0243537;REFB=-0.0150316;REVB=-0.0231665;RO=81;SAF=24;SAR=35;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656677;STB=0.530676;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.0213964;OID=.;OPOS=65476647;OREF=-;OALT=TAATC;OMAPALT=ATAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:59:141:60:141:81:25:35:38:43:99:81:24:35:38:43 chr4 65477013 . A C 218.42 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.10426;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0312;QD=22.9911;RBI=0.110795;REFB=-0.0242394;REVB=0.0374897;RO=16;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137289;STB=0.602729;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0130793;OID=.;OPOS=65477013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:17:4:5:11:17:4:6:11 chr4 66197804 . C T 1306.49 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00145308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.318;QD=60.7672;RBI=0.00397718;REFB=-0.0982013;REVB=-0.00370223;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000102881;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:46:39:0:1:46:39:0:1 chr4 67142620 . G A 40.92 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0229963;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0013;QD=3.40988;RBI=0.0303978;REFB=-0.00536095;REVB=0.0198796;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442856;STB=0.791617;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0449918;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:40:41:7:7:0.145833:2:5:13:27:2:5:14:27 chr4 68374597 . C T 1590.2 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00211811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.39;QD=58.8962;RBI=0.0130011;REFB=-0.0483272;REVB=-0.0128274;RO=1;SAF=49;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958792;STB=0.50505;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000308252;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:58:49:1:0:58:49:1:0 chr4 68376708 . T C 791.61 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00412646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.733;QD=53.6686;RBI=0.0126244;REFB=-0.0232552;REVB=0.011931;RO=2;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233207;STB=0.501497;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000604748;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:30:26:1:1:31:26:1:1 chr4 68380215 . G A 1665.5 PASS AF=0.943089;AO=114;DP=120;FAO=116;FDP=123;FR=.;FRO=7;FSAF=73;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0100266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4004;QD=54.1625;RBI=0.042666;REFB=-0.0479768;REVB=0.0414711;RO=5;SAF=72;SAR=42;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318363;STB=0.513994;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0141603;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:120:123:5:7:114:116:0.943089:42:72:5:0:43:73:6:1 chr4 68384008 . C T 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00959911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.758;QD=54.6355;RBI=0.0295278;REFB=-0.0839811;REVB=0.0279239;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00232691;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:23:28:0:0:23:28:0:1 chr4 68484094 . G A 466.82 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00989791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.425;QD=18.3065;RBI=0.02058;REFB=-0.0145708;REVB=-0.0180435;RO=51;SAF=29;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586466;STB=0.531461;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0132579;OID=.;OPOS=68484094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:52:49:50:0.490196:20:29:27:24:21:29:27:25 chr4 68497597 . C A 234.32 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0117735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8577;QD=18.7459;RBI=0.0423991;REFB=0.00181359;REVB=-0.0407316;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157279;STB=0.501741;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00176868;OID=.;OPOS=68497597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:11:12:14:12:11:12:14:13 chr4 68500171 . A G 770.54 PASS AF=0.43617;AO=81;DP=188;FAO=82;FDP=188;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0425411;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.754;QD=16.3945;RBI=0.0431833;REFB=-0.00300048;REVB=0.00741961;RO=105;SAF=31;SAR=50;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878063;STB=0.541868;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00381972;OID=.;OPOS=68500171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:105:106:81:82:0.43617:50:31:49:56:50:32:49:57 chr4 68534392 . C T 262.61 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0274517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.297;QD=15.0061;RBI=0.0281025;REFB=-0.0171402;REVB=0.0060133;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224793;STB=0.627035;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0184069;OID=.;OPOS=68534392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:18:12:25:15:18:12:25:15 chr4 68562365 . A G 447.97 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0467991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.671;QD=23.8917;RBI=0.0487227;REFB=-0.00480774;REVB=0.0135552;RO=32;SAF=26;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587996;STB=0.532295;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00398959;OID=.;OPOS=68562365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:17:26:17:15:17:26:17:15 chr4 68567025 . T G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0130664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.53;QD=12.9421;RBI=0.0297893;REFB=-0.0230563;REVB=-0.0267708;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106439;STB=0.553123;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0373775;OID=.;OPOS=68567025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:25:15:15:0.375:6:9:16:7:6:9:17:8 chr4 68780399 . A G 4343.77 PASS AF=1;AO=269;DP=276;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488734;FXX=0.0177299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.71;QD=62.7259;RBI=0.0867876;REFB=-0.0393444;REVB=0.0717181;RO=1;SAF=139;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66802e-05;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:276:277:1:0:269:277:1:130:139:0:1:132:145:0:0 chr4 68784774 . T C 2358.87 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.138;QD=63.7532;RBI=0.0246512;REFB=0;REVB=-0.0194503;RO=0;SAF=79;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433716;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:146:148:1:67:79:0:0:67:81:0:0 chr4 68812283 . C T 837.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418858;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.679;QD=57.7364;RBI=0.0440492;REFB=0;REVB=0.0136349;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19182e-05;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr4 68995529 . C T 395.78 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0346726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6707;QD=14.0099;RBI=0.0373631;REFB=-0.00780923;REVB=0.0139217;RO=64;SAF=16;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817552;STB=0.535254;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0126908;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:67:46:46:0.40708:30:16:27:37:30:16:27:40 chr4 69078113 . T C 787.36 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200987;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.139;QD=57.2622;RBI=0.0292986;REFB=0;REVB=0.0213179;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00878e-07;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr4 69094507 . T A 912.52 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0128686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.734;QD=55.3041;RBI=0.017963;REFB=-0.195653;REVB=-0.0125328;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129378;STB=0.501922;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000809238;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:66:1:2:63:64:0.969697:27:36:1:0:28:36:1:1 chr4 69094575 . T G 746.93 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.99;QD=63.5684;RBI=0.0343918;REFB=0;REVB=0.00279844;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156327;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr4 69095197 . T C 726.81 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.176;QD=52.8587;RBI=0.0283654;REFB=-0.00995112;REVB=0.0229738;RO=2;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269106;STB=0.51428;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00192717;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:34:19:0:2:34:19:0:2 chr4 69203551 . A T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.961;QD=58.5999;RBI=0.0265981;REFB=0;REVB=0.0194374;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96868e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr4 69340500 . A G 450.87 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0218938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.382;QD=17.014;RBI=0.0272155;REFB=-0.00342026;REVB=-0.0161662;RO=53;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141796;STB=0.594744;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0100249;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:53:57:49:49:0.462264:24:25:19:34:24:25:19:38 chr4 69343287 . A G 448.73 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0508048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.308;QD=15.7449;RBI=0.0573802;REFB=0.00760465;REVB=0.0266714;RO=64;SAF=31;SAR=19;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184383;STB=0.603285;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0131121;OID=.;OPOS=69343287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:19:31:28:36:19:31:28:36 chr4 69416556 . T C 1035.91 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0210987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.011;QD=56.7623;RBI=0.0242732;REFB=-0.0714584;REVB=0.0120014;RO=2;SAF=42;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219848;STB=0.511625;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00405108;OID=.;OPOS=69416556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:29:42:2:0:29:42:2:0 chr4 69433714 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.033;QD=59.8394;RBI=0.0488617;REFB=0;REVB=0.0412023;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272769;OID=.;OPOS=69433714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr4 69512847 . T G 204.07 PASS AF=0.263158;AO=27;DP=112;FAO=30;FDP=114;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=30;FWDB=-0.00308118;FXX=0.0172399;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.519;QD=7.16022;RBI=0.00754136;REFB=-0.00677139;REVB=-0.0068832;RO=66;SAF=20;SAR=7;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127632;STB=0.578892;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0154223;OID=.;OPOS=69512847;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:66:84:27:30:0.263158:7:20:43:23:8:22:54:30 chr4 69536084 . A C 367.49 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0120575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.806;QD=19.0905;RBI=0.0144241;REFB=-0.0112362;REVB=0.00791644;RO=37;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132304;STB=0.558411;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0141518;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:39:38:38:0.493506:19:19:24:13:19:19:24:15 chr4 69687987 . C A 1102.55 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.259;QD=58.8026;RBI=0.0186465;REFB=-0.112235;REVB=-0.000392059;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122874;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000102013;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:1:0:36:38:1:0 chr4 69795626 . C T 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4699;QD=57.1011;RBI=0.0343215;REFB=0;REVB=-0.0329567;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237549;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr4 69964337 . AT TC 228.36 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00889756;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.055;QD=15.7486;RBI=0.0180769;REFB=-0.019947;REVB=-0.0157355;RO=30;SAF=21;SAR=5;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185344;STB=0.635116;STBP=0.106;TYPE=mnp;VARB=0.0259566;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:32:26:26:0.448276:5:21:20:10:5:21:20:12 chr4 69972949 . C G 1515.13 PASS AF=0.590517;AO=137;DP=233;FAO=137;FDP=232;FR=.;FRO=95;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.00832774;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.626;QD=26.1229;RBI=0.0173212;REFB=-0.0123362;REVB=-0.0151879;RO=94;SAF=60;SAR=77;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390316;STB=0.519142;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0106232;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:94:95:137:137:0.590517:77:60:46:48:77:60:46:49 chr4 70079802 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA 35.08 PASS AF=0,0.45;AO=3,5;DP=20;FAO=0,9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00462943,-0.0835249;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=151.477,11.2504;QD=7.0167;RBI=0.0080466,0.0976313;REFB=-0.000509323,-0.0636808;REVB=-0.00658149,0.0505516;RO=9;SAF=3,5;SAR=0,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0.393939,0.393939;SSEP=0,0;SSSB=0.670564,0.739778;STB=0.5,0.810772;STBP=1,0.03;TYPE=del,del;VARB=0,0.0691067;OID=.,.;OPOS=70079808,70079803;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.45:3,5:20:0,9:20:11:0,8:0,1:5:6:36:9:3,5:0,0:4:5 chr4 70079838 . T C 212.09 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00182638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.267;QD=14.3787;RBI=0.0179123;REFB=-0.00039575;REVB=-0.017819;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137644;STB=0.565167;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000982753;OID=.;OPOS=70079838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:10:15:24:9:10:15:24:10 chr4 70146230 . G A 494.15 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00899323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8083;QD=14.7508;RBI=0.0151481;REFB=-0.0160672;REVB=0.0121896;RO=75;SAF=26;SAR=29;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062267;STB=0.534695;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0171173;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:75:79:55:55:0.410448:29:26:40:35:29:26:42:37 chr4 70146704 . G A 667.76 PASS AF=0.420455;AO=73;DP=175;FAO=74;FDP=176;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0206326;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.245;QD=15.1764;RBI=0.0206529;REFB=-0.00646677;REVB=0.00091652;RO=102;SAF=42;SAR=31;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149483;STB=0.578668;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.010739;OID=.;OPOS=70146704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:102:102:73:74:0.420455:31:42:44:58:32:42:44:58 chr4 70156313 . T A 370.49 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0127067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.272;QD=14.8197;RBI=0.0629636;REFB=-0.00550327;REVB=-0.0616681;RO=59;SAF=23;SAR=17;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381392;STB=0.52576;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0198518;OID=.;OPOS=70156313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:60:40:40:0.4:17:23:36:23:17:23:37:23 chr4 70156392 . A G 328.63 PASS AF=0.325758;AO=37;DP=125;FAO=43;FDP=132;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=0.00619417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.28;QD=9.95845;RBI=0.0225792;REFB=-0.0252957;REVB=0.0217129;RO=88;SAF=20;SAR=17;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103198;STB=0.549111;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0427285;OID=.;OPOS=70156392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:88:89:37:43:0.325758:17:20:55:33:19:24:56:33 chr4 70160277 . T G 235.83 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0208699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.169;QD=20.0706;RBI=0.0457676;REFB=-0.0196838;REVB=0.0407323;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155675;STB=0.508764;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.018891;OID=.;OPOS=70160277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:9:14:15:9:9:14:15:9 chr4 70160309 . C G 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00577958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.685;QD=16.5778;RBI=0.00582003;REFB=-0.00705767;REVB=-0.000685003;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176406;STB=0.598455;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00588692;OID=.;OPOS=70160309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:28:10:14:18:28:10 chr4 70296603 . A G 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.514;QD=51.1733;RBI=0.0975263;REFB=0;REVB=-0.0712539;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8857e-05;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr4 70296662 . C T 258.35 PASS AF=0.8;AO=22;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00676904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.686;QD=34.4468;RBI=0.0606994;REFB=-0.0158058;REVB=0.0603208;RO=6;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249492;STB=0.61529;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00622712;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:30:30:6:6:22:24:0.8:14:8:6:0:14:10:6:0 chr4 70355211 . T C 1020.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.227;QD=58.3056;RBI=0.0204546;REFB=0;REVB=0.0059183;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116694;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:1:0:69:70:1:35:34:1:0:35:35:0:0 chr4 70391429 . G A 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0514628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.014;QD=13.7743;RBI=0.0518769;REFB=-0.00472901;REVB=-0.00654181;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260591;STB=0.647673;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0091941;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:12:16:13:28:12:16:13:28 chr4 70391454 . G A 187.69 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0139555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.847;QD=12.7244;RBI=0.020609;REFB=0.00330685;REVB=-0.0151649;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217327;STB=0.61394;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0126477;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:11:12:11:24:11:12:12:24 chr4 70462042 . C T 533.17 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00173042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.067;QD=23.1815;RBI=0.0111461;REFB=-0.00937707;REVB=0.011011;RO=42;SAF=23;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636967;STB=0.503501;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00859427;OID=.;OPOS=70462042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:27:23:19:23:27:23:19:23 chr4 70513139 . C T 1155.57 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777333;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2201;QD=60.8194;RBI=0.0314615;REFB=0;REVB=-0.0304861;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248665;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:1:0:76:76:1:31:45:0:1:31:45:0:0 chr4 70800377 . A G 214.49 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00821619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8909;QD=16.1881;RBI=0.0507039;REFB=-0.0318775;REVB=0.0500337;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176195;STB=0.602174;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0278417;OID=.;OPOS=70800377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:27:29:23:24:0.45283:11:12:19:8:11:13:21:8 chr4 70821025 . A G 337.76 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0314275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7701;QD=20.47;RBI=0.0714388;REFB=-0.0379777;REVB=0.0641546;RO=29;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125782;STB=0.570511;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0368778;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:31:35:35:0.530303:14:21:13:16:14:21:14:17 chr4 70898907 . C T 758.15 PASS AF=0.496644;AO=72;DP=148;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00885595;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.21;QD=20.3529;RBI=0.00893946;REFB=-0.017857;REVB=-0.00121905;RO=76;SAF=38;SAR=34;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989729;STB=0.550375;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0174053;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:76:75:72:74:0.496644:34:38:32:44:35:39:32:43 chr4 70898953 . C T 584.68 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0211273;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.99;QD=17.4531;RBI=0.0452658;REFB=-0.00094923;REVB=-0.0400329;RO=71;SAF=25;SAR=36;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405179;STB=0.531123;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000643832;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:71:73:61:61:0.455224:36:25:32:39:36:25:34:39 chr4 70944452 . G A 2888.17 PASS AF=1;AO=182;DP=188;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654719;FXX=0.0319132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.087;QD=63.4762;RBI=0.00694752;REFB=0;REVB=0.00232429;RO=0;SAF=94;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40983e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:182:0:0:182:182:1:88:94:0:0:88:94:0:0 chr4 71062256 . C T 400.02 PASS AF=0.38843;AO=48;DP=120;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=57;FWDB=-0.0142869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.814;QD=13.2238;RBI=0.0915149;REFB=-0.02481;REVB=-0.0903928;RO=72;SAF=16;SAR=32;SRF=17;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122273;STB=0.579154;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0432863;OID=.;OPOS=71062256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:72:74:48:47:0.38843:32:16:17:55:31:16:17:57 chr4 71062308 . C A 439.11 PASS AF=0.377778;AO=51;DP=135;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=67;FWDB=-0.00807019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.048;QD=13.0106;RBI=0.00948447;REFB=-0.00246249;REVB=-0.00498269;RO=84;SAF=13;SAR=38;SRF=17;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795216;STB=0.544893;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00426179;OID=.;OPOS=71062308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:84:84:51:51:0.377778:38:13:17:67:38:13:17:67 chr4 71062426 . C T 422.95 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.014154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.581;QD=18.3893;RBI=0.0160036;REFB=-0.0126165;REVB=-0.00746847;RO=49;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102578;STB=0.505721;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0148513;OID=.;OPOS=71062426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:25:18:20:29:25:18:20:29 chr4 71067150 . ATTTTTTA AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTA 47.45 PASS AF=0,0.242424,0.030303;AO=2,5,4;DP=35;FAO=0,8,1;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=0,4,1;FSAR=0,4,0;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0960286,0.194141,0.222203;FXX=0.0571265;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=20.5426,17.4476,9.18433;QD=5.75144;RBI=0.217241,0.299098,0.251149;REFB=-0.0157988,-0.0192282,-0.0247996;REVB=-0.194865,-0.227527,-0.117053;RO=14;SAF=1,1,4;SAR=1,4,0;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.431702,-0.6453,0.589152;STB=0.5,0.718307,0.984426;STBP=1,0.241,0.518;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0960355,0.0837759,-0.012802;OID=.,.,.;OPOS=71067151,71067156,71067151;OREF=T,TA,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.242424,0.030303:2,5,4:35:0,8,1:33:24:0,4,1:0,4,0:19:5:35:14:1,1,4:1,4,0:12:2 chr4 71068489 . T C 230.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00801696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.322;QD=18.1083;RBI=0.0145451;REFB=-0.0187649;REVB=-0.0121363;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254242;STB=0.514376;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0149515;OID=.;OPOS=71068489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:23:23:0.45098:10:13:14:12:10:13:14:12 chr4 71114956 . G T 171.81 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0259963;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7014;QD=17.1814;RBI=0.0292192;REFB=-0.0100976;REVB=-0.0133401;RO=19;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168817;STB=0.59988;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0225633;OID=.;OPOS=71114956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:22:18:18:0.45:4:14:12:7:4:14:14:8 chr4 71201388 . C T 937.21 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000293746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8837;QD=58.5757;RBI=0.0388713;REFB=0;REVB=0.0388702;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221608;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr4 71201943 . A G 478.86 PASS AF=0.589744;AO=44;DP=76;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.017565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.986;QD=24.557;RBI=0.0209816;REFB=-0.0171884;REVB=0.0114759;RO=32;SAF=16;SAR=28;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848406;STB=0.532858;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0151282;OID=.;OPOS=71201943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:32:32:44:46:0.589744:28:16:15:17:28:18:15:17 chr4 71232388 . G A 410.95 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00215957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.24;QD=14.4192;RBI=0.00760636;REFB=-0.0121223;REVB=0.00729335;RO=66;SAF=32;SAR=15;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182227;STB=0.599398;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0188564;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:67:47:47:0.412281:15:32:34:32:15:32:35:32 chr4 71232430 . T C 1216.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5555;QD=60.8471;RBI=0.0428967;REFB=0;REVB=-0.0317909;RO=0;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184891;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:53:26:0:0:53:27:0:0 chr4 71232701 . C T 45.27 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.052908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9829;QD=8.23125;RBI=0.0724457;REFB=-0.0103912;REVB=0.0494886;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365691;STB=0.736049;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0188541;OID=.;OPOS=71232701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:6:9:6:1:6:9 chr4 71255767 . A G 301.09 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00402488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.141;QD=14.1688;RBI=0.0420675;REFB=-0.0100036;REVB=0.0418745;RO=51;SAF=11;SAR=23;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144101;STB=0.582228;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0115036;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:23:11:23:28:23:11:23:28 chr4 71339723 . G A 208.78 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00902548;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8736;QD=13.6902;RBI=0.0190497;REFB=-0.0371514;REVB=-0.016776;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621123;STB=0.535536;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0498342;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:9:16:21:15:9:16:21:15 chr4 71339728 . C T 207.81 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0167262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2115;QD=13.4072;RBI=0.051119;REFB=-0.00625842;REVB=-0.0483051;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621123;STB=0.528902;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00707408;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:9:16:21:15:9:16:22:15 chr4 71346701 . C G 60.86 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00126114;FXX=0.0249938;HRUN=7;LEN=1;MLLD=103.596;QD=6.24227;RBI=0.00959175;REFB=-0.0316244;REVB=-0.00950848;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27261;STB=0.69023;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.03961;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:39:25:30:9:9:0.230769:4:5:8:17:4:5:9:21 chr4 71384488 . C T 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0027026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.123;QD=14.5977;RBI=0.00344966;REFB=-0.0101679;REVB=0.00214385;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209601;STB=0.618166;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0148612;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:18:17:35:16:18:17:35:16 chr4 71467593 . A C 349.54 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0398999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.752;QD=20.263;RBI=0.0526987;REFB=0.00183933;REVB=0.034426;RO=33;SAF=23;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130955;STB=0.561886;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00110767;OID=.;OPOS=71467593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:12:23:17:16:13:23:17:16 chr4 71468345 . CAGG C 189.21 PASS AF=0.284091;AO=24;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0062262;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.763;QD=8.60023;RBI=0.034845;REFB=0.00235898;REVB=-0.0342842;RO=63;SAF=12;SAR=12;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164076;STB=0.610024;STBP=0.207;TYPE=del;VARB=-0.00544689;OID=.;OPOS=71468346;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.284091:24:88:25:88:63:12:13:40:23:99:63:12:12:40:23 chr4 71469604 . C T 214.77 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0312879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.028;QD=12.8219;RBI=0.031698;REFB=0.00612993;REVB=0.00508239;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31216;STB=0.668775;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00532064;OID=.;OPOS=71469604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:15:11:29:11:15:11:29:12 chr4 71657772 . G A 1005.92 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106368;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.605;QD=59.1715;RBI=0.0341458;REFB=0;REVB=0.0324468;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249268;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:41:26:0:0:41:27:0:0 chr4 71704964 . AC A,AT 804.33 PASS AF=0.02,0.98;AO=11,39;DP=50;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964014,0.110589;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.9408,107.507;QD=64.3467;RBI=0.105694,0.125159;REFB=0,0;REVB=0.0433355,0.0586081;RO=0;SAF=9,22;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.048172,0.020787;OID=.,.;OPOS=71704965,71704965;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:11,39:50:1,49:50:0:1,30:0,19:0:0:6:0:9,22:2,17:0:0 chr4 71849697 . C T 684.07 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.807;QD=59.4843;RBI=0.0125888;REFB=-0.0867849;REVB=0.00646144;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.509087;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00283666;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:43:45:0.978261:26:17:0:0:27:18:0:1 chr4 71849888 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.251;QD=58.4197;RBI=0.0472272;REFB=0;REVB=0.029198;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103442;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr4 71888176 . C T 384.55 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0148081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6814;QD=14.7903;RBI=0.0347255;REFB=0.00450336;REVB=0.0314099;RO=58;SAF=11;SAR=33;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118678;STB=0.582313;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00783582;OID=.;OPOS=71888176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:60:44:44:0.423077:33:11:20:38:33:11:22:38 chr4 72425863 . C T 564.28 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00618162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.728;QD=57.8749;RBI=0.0111385;REFB=-0.146086;REVB=0.00926575;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00115322;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:1:0 chr4 72433545 . A C 1457.43 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.705;QD=62.0185;RBI=0.0302875;REFB=-0.0930405;REVB=0.0206545;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000378557;OID=.;OPOS=72433545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:58:35:0:0:58:35:0:1 chr4 72433614 . G C 247.15 PASS AF=0.316327;AO=30;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.014185;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.716;QD=10.0879;RBI=0.0479065;REFB=-0.008646;REVB=-0.0457582;RO=64;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171688;STB=0.530719;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0308862;OID=.;OPOS=72433614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:67:30:31:0.316327:21:9:20:44:22:9:22:45 chr4 72434406 . G C 1224.98 PASS AF=1;AO=68;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561607;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1879;QD=61.2489;RBI=0.056188;REFB=0;REVB=0.00175309;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73855e-05;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:68:80:1:38:30:0:0:46:34:0:0 chr4 72436804 . G A 2437.68 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.753;QD=61.3254;RBI=0.0165559;REFB=0;REVB=0.0145806;RO=0;SAF=100;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00348e-05;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:59:100:0:0:59:100:0:0 chr4 72618296 . T C 2273.11 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.187;QD=60.2148;RBI=0.0285219;REFB=0.000103007;REVB=0.0222792;RO=1;SAF=89;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531475;STB=0.502793;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=8.128e-05;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:61:89:1:0:61:89:1:0 chr4 72618334 . A C 423.41 PASS AF=0.3375;AO=52;DP=160;FAO=54;FDP=160;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.0168052;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.301;QD=10.5853;RBI=0.0185103;REFB=-0.00734751;REVB=-0.00775988;RO=105;SAF=32;SAR=20;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130621;STB=0.568671;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0145832;OID=.;OPOS=72618334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:105:106:52:54:0.3375:20:32:53:52:21:33:54:52 chr4 72649774 . G A 283.95 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0142806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0947;QD=15.1437;RBI=0.0245008;REFB=-0.0168097;REVB=-0.0199086;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717872;STB=0.533313;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0222818;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:16:16:24:18:16:16:24:19 chr4 73414286 . C T 1235.56 PASS AF=0.987654;AO=70;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.099;QD=61.0155;RBI=0.0683741;REFB=0;REVB=0.0679275;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014857;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:0:70:80:0.987654:35:35:0:0:43:37:0:0 chr4 73433122 . GA G 215.13 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.131128;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5907;QD=11.7879;RBI=0.135633;REFB=-0.0211591;REVB=-0.0346685;RO=36;SAF=26;SAR=9;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781423;STB=0.523352;STBP=0.753;TYPE=del;VARB=0.014929;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493151:35:73:36:73:37:27:9:29:8:99:36:26:9:29:7 chr4 73991006 . T C 1036.33 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0551323;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.39;QD=58.3846;RBI=0.0553225;REFB=-0.0884733;REVB=-0.00458395;RO=0;SAF=19;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34984e-08;STB=0.512817;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000249885;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:51:19:0:0:51:19:1:0 chr4 74285239 . C T 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0170402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.742;QD=17.3246;RBI=0.0194472;REFB=-0.0341104;REVB=0.00937143;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205379;STB=0.630196;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0291826;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:14:6:12:12:14:6:13:12 chr4 74302071 . T A 386.41 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00327941;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.935;QD=17.5641;RBI=0.0220063;REFB=-0.0158558;REVB=0.0217606;RO=49;SAF=17;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00358524;STB=0.518488;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.018473;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:48:40:40:0.454545:23:17:21:28:23:17:22:26 chr4 74302870 . T C 417.05 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0239249;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.675;QD=14.0185;RBI=0.0357473;REFB=-0.0165933;REVB=-0.0265607;RO=67;SAF=29;SAR=19;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842905;STB=0.509735;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0153139;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:67:71:48:48:0.403361:19:29:41:26:19:29:44:27 chr4 74318330 . A G 792.44 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0487304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.349;QD=53.7245;RBI=0.0487828;REFB=-0.196245;REVB=0.00226049;RO=1;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241716;STB=0.506327;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0018527;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:1:2:57:57:0.966102:19:38:0:1:19:38:1:1 chr4 74347503 . TA T,TT 698.39 PASS AF=0.987179,0;AO=55,4;DP=78;FAO=77,0;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=34,0;FSAR=43,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.12419,0.0585766;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.5864,7.44246;QD=35.815;RBI=0.169508,0.0588743;REFB=0.0583534,0.0177368;REVB=0.115369,0.00591325;RO=12;SAF=27,1;SAR=28,3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0.328125,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0248767,-0.205016;STB=0.507245,0.5;STBP=0.298,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00315197,0.00435757;OID=.,.;OPOS=74347504,74347504;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.987179,0:55,4:78:77,0:78:1:34,0:43,0:1:0:3:12:27,1:28,3:5:7 chr4 74347531 . GT TG,TT 79.0 PASS AF=0.173333,0;AO=12,4;DP=78;FAO=13,0;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.0798629,-0.0113377;FXX=0.0506265;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=21.0376,240.617;QD=4.21332;RBI=0.0893586,0.0127312;REFB=0.0130946,-0.00162314;REVB=0.0400857,-0.00579138;RO=31;SAF=11,1;SAR=1,3;SRF=6;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.748296,0.0925704;STB=0.948735,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0696848,0;OID=.,.;OPOS=74347531,74347531;OREF=GT,G;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:78:75:31:51:12,4:13,0:0.173333,0:1,3:11,1:6:25:1,0:12,0:13:38 chr4 74447510 . A C 1757.02 PASS AF=0.89781;AO=123;DP=137;FAO=123;FDP=137;FR=.;FRO=14;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00460305;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.278;QD=51.2998;RBI=0.00746086;REFB=-0.0513272;REVB=-0.00587165;RO=12;SAF=63;SAR=60;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400861;STB=0.520681;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000907074;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:137:137:12:14:123:123:0.89781:60:63:9:3:60:63:10:4 chr4 74714098 . G A 684.77 PASS AF=0.45122;AO=74;DP=164;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0442276;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.048;QD=16.7016;RBI=0.0447189;REFB=-0.0151613;REVB=-0.00661031;RO=87;SAF=44;SAR=30;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16503;STB=0.594569;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0250874;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:90:74:74:0.45122:30:44:37:50:30:44:38:52 chr4 74735244 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0320454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.838;QD=10.034;RBI=0.0686729;REFB=0.00360319;REVB=-0.0607376;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478981;STB=0.798799;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0170511;OID=.;OPOS=74735244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:5:2:4:1:5:2 chr4 74863997 . T C 1653.93 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0566056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.442;QD=57.528;RBI=0.0615884;REFB=-0.162203;REVB=0.0242681;RO=3;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243302;STB=0.508473;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00392565;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:3:2:112:113:0.982609:57:55:0:3:58:55:0:2 chr4 74904296 . G T 30.54 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.008315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.452;QD=11.1066;RBI=0.0851706;REFB=-0.0160649;REVB=0.0847638;RO=6;SAF=4;SAR=0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65814;STB=0.529298;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.015128;OID=.;OPOS=74904296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:6:6:4:5:0.454545:0:4:5:1:1:4:5:1 chr4 75023609 . T C 910.92 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.125198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.392;QD=55.2075;RBI=0.125366;REFB=0.0833584;REVB=-0.00648968;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270456;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0300421;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:35:29:1:1:35:29:1:1 chr4 75023709 . C T 1777.0 PASS AF=0.96;AO=118;DP=123;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0214659;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.37;QD=56.864;RBI=0.0317738;REFB=-0.136724;REVB=0.0234263;RO=2;SAF=38;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243371;STB=0.50341;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00115981;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:123:125:2:5:118:120:0.96:80:38:2:0:81:39:2:3 chr4 75025849 . CTTTTT CTTTTA,CTTTT 629.23 PASS AF=0.109756,0.890244;AO=6,33;DP=86;FAO=9,73;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=9,31;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000390425,0.151368;FXX=0.0465062;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=199.982,10.8745;QD=30.6939;RBI=0.115555,1.01694;REFB=0,0;REVB=0.115555,1.00561;RO=31;SAF=6,29;SAR=0,4;SRF=2;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.848903,0.694345;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.150187,-0.012957;OID=.,.;OPOS=75025854,75025850;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CTTTTA,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109756,0.890244:6,33:86:9,73:82:0:9,31:0,42:0:0:34:31:6,29:0,4:2:29 chr4 75046465 . C G 1035.0 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8847;QD=59.1428;RBI=0.0352259;REFB=0;REVB=-0.0204161;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259454;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:29:41:0:0 chr4 75248434 . A G 714.17 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0323709;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.16;QD=20.7005;RBI=0.0328204;REFB=-0.00176316;REVB=-0.00541352;RO=67;SAF=38;SAR=32;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448516;STB=0.528427;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00206958;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:67:68:70:70:0.507246:32:38:33:34:32:38:33:35 chr4 75254282 . G A 699.74 PASS AF=0.469799;AO=69;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00770773;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.771;QD=18.7851;RBI=0.00911822;REFB=-0.00634859;REVB=-0.00487163;RO=79;SAF=41;SAR=28;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860236;STB=0.55067;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00526565;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:79:69:70:0.469799:28:41:40:39:28:42:40:39 chr4 75485872 . C T 67.93 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0123836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.017;QD=8.49164;RBI=0.0147984;REFB=-0.0102176;REVB=-0.00810179;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428515;STB=0.559884;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.019772;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:32:32:20:22:9:10:0.3125:3:6:14:6:4:6:15:7 chr4 76720885 . T C 1250.0 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00142531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.739;QD=60.2411;RBI=0.00355675;REFB=-0.13103;REVB=0.00325868;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000463979;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:42:40:0:0:42:40:0:1 chr4 76722353 . G A 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1435;QD=58.5829;RBI=0.10963;REFB=0;REVB=-0.0972652;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000892725;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr4 76787673 . T C 1044.63 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596038;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2337;QD=59.6929;RBI=0.121636;REFB=0;REVB=0.106031;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586515;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:42:27:0:0:43:27:0:0 chr4 76793228 . A G 1116.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.508;QD=60.3652;RBI=0.12947;REFB=0;REVB=-0.128357;RO=0;SAF=54;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106832;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:20:54:0:0:20:54:0:0 chr4 76794345 . T G 1643.55 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0091519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.623;QD=59.2271;RBI=0.00971275;REFB=-0.129679;REVB=0.00325272;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000344114;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:49:61:0:0:49:61:1:0 chr4 76805902 . C T 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.37;QD=60.7143;RBI=0.0139559;REFB=0;REVB=-0.00698185;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95287e-05;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr4 76807218 . C G 384.16 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0174655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8761;QD=23.2826;RBI=0.0255366;REFB=-0.0132795;REVB=-0.01863;RO=27;SAF=7;SAR=31;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374537;STB=0.703036;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166986;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:31:7:16:11:31:7:16:12 chr4 76807249 . C G 327.2 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00944452;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.776;QD=20.1357;RBI=0.0478908;REFB=-0.00879257;REVB=-0.0469503;RO=30;SAF=6;SAR=28;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398235;STB=0.718605;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00713907;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:28:6:17:13:28:6:17:14 chr4 76807252 . C A 324.13 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.083873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.815;QD=19.644;RBI=0.0844953;REFB=-0.039877;REVB=-0.0102363;RO=32;SAF=6;SAR=28;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379916;STB=0.713827;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0360314;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:28:6:17:15:28:6:17:15 chr4 76807270 . C T 330.16 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.024942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.68;QD=18.3424;RBI=0.0249478;REFB=-0.0185941;REVB=0.000537071;RO=36;SAF=6;SAR=28;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34504;STB=0.666561;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0214884;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:36:37:34:35:0.486111:28:6:17:19:28:7:17:20 chr4 76807288 . A G 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00631039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.276;QD=17.5362;RBI=0.00635515;REFB=-0.022051;REVB=-0.000752923;RO=38;SAF=7;SAR=27;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228329;STB=0.629154;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0197732;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:27:7:15:23:27:7:15:23 chr4 76807302 . A G 270.37 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0606498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5625;QD=14.4197;RBI=0.0853807;REFB=0.00728814;REVB=-0.0600955;RO=43;SAF=6;SAR=25;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289784;STB=0.675549;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0132303;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:44:31:31:0.413333:25:6:18:25:25:6:19:25 chr4 76807304 . A G 269.54 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00619417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.344;QD=14.1863;RBI=0.00673302;REFB=0.00145909;REVB=-0.00263927;RO=45;SAF=6;SAR=25;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297023;STB=0.671198;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00170114;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:25:6:19:26:25:6:19:26 chr4 76807313 . C A 247.69 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0405973;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.718;QD=11.3882;RBI=0.0406964;REFB=-0.00439788;REVB=0.00283817;RO=57;SAF=6;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374055;STB=0.719416;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00203348;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:57:30:30:0.344828:24:6:28:29:24:6:28:29 chr4 76807325 . T A 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0220772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.002;QD=7.45979;RBI=0.0240657;REFB=-0.0104501;REVB=-0.00957908;RO=61;SAF=5;SAR=17;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34788;STB=0.712369;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0224634;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:17:5:30:31:17:5:30:31 chr4 76807334 . T C 75.23 PASS AF=0.188406;AO=7;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0133292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.444;QD=4.36123;RBI=0.0220977;REFB=-0.00061927;REVB=0.017625;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375524;STB=0.660298;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00708409;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:50:56:7:13:0.188406:3:4:27:23:9:4:28:28 chr4 76809386 . A G 1989.53 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5871;QD=62.1729;RBI=0.0359868;REFB=0;REVB=-0.00463842;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103658;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:64:64:0:0:64:64:0:0 chr4 76836137 . A G 307.91 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00940884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7973;QD=20.8756;RBI=0.0309097;REFB=-0.00699613;REVB=0.0294429;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197117;STB=0.503224;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00443689;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:18:14:12:14:18:14:12:15 chr4 76838929 . TAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAG 257.37 PASS AF=0.466667,0.533333;AO=4,3;DP=31;FAO=14,16;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4,9;FSAR=10,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124117,-0.051061;FXX=0.0322477;HRUN=16,16;LEN=4,1;MLLD=7.53486,184.917;QD=34.3163;RBI=0.130338,0.0538958;REFB=-0.273275,-0.0911129;REVB=0.0397881,0.017249;RO=0;SAF=1,1;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.136842,0.00349624;OID=.,.;OPOS=76838930,76838941;OREF=AAAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.466667,0.533333:4,3:31:14,16:30:0:4,9:10,7:0:0:92:0:1,1:3,2:0:0 chr4 76857309 . C T 140.1 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0054849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9098;QD=10.3777;RBI=0.0142591;REFB=0.0122239;REVB=0.013162;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221848;STB=0.629495;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0185789;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:9:9:25:11:9:9:25:11 chr4 76857388 . C T 189.72 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00783204;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.636;QD=13.0839;RBI=0.0177023;REFB=-0.00495715;REVB=-0.0158754;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083621;STB=0.556005;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0142102;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:12:11:19:15:12:11:20:15 chr4 76878688 . G A 242.41 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00693093;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.098;QD=18.6467;RBI=0.0326756;REFB=-0.0335449;REVB=0.0319321;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18249;STB=0.60149;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0277413;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:26:26:26:0.5:11:15:20:6:11:15:20:6 chr4 76942943 . C G 1662.42 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331374;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.729;QD=60.4517;RBI=0.0341681;REFB=0;REVB=-0.00832868;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197847;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr4 76943137 . G C 1479.02 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.099009;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8788;QD=63.6139;RBI=0.100559;REFB=0;REVB=0.01759;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697358;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr4 76955914 . T C 569.1 PASS AF=0.975;AO=35;DP=36;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.624;QD=56.9102;RBI=0.0397745;REFB=-0.0890132;REVB=0.0300021;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000395489;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:40:0:1:35:39:0.975:20:15:0:0:22:17:1:0 chr4 76956188 . T C 1121.15 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0060273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.681;QD=59.0077;RBI=0.0151485;REFB=-0.114216;REVB=0.0138978;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000136951;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:38:37:0:0:38:37:0:1 chr4 77021433 . C T 342.16 PASS AF=0.596491;AO=31;DP=55;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00523697;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.269;QD=24.0112;RBI=0.00821896;REFB=0.00351545;REVB=-0.00633446;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199102;STB=0.603716;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00167833;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:24:23:31:34:0.596491:14:17:19:5:16:18:18:5 chr4 77033590 . C T 589.01 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=140;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0191777;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.009;QD=16.9498;RBI=0.0281381;REFB=-0.0397839;REVB=-0.0205905;RO=77;SAF=30;SAR=31;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372939;STB=0.523492;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0499032;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:77:77:61:62:0.446043:31:30:35:42:32:30:34:43 chr4 77055474 . A G 296.26 PASS AF=0.352381;AO=36;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00944976;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.397;QD=11.2861;RBI=0.0108863;REFB=-0.00773159;REVB=-0.00540498;RO=67;SAF=15;SAR=21;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697417;STB=0.524986;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0131815;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:68:36:37:0.352381:21:15:32:35:21:16:32:36 chr4 77057501 . A G 810.33 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=138;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00194946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.669;QD=23.4878;RBI=0.00573025;REFB=-0.00657274;REVB=0.00538845;RO=61;SAF=44;SAR=32;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852219;STB=0.543198;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00459625;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:61:62:76:76:0.550725:32:44:29:32:32:44:30:32 chr4 77065318 . C CTGT,T 642.74 PASS AF=0.409938,0.0434783;AO=63,9;DP=171;FAO=66,7;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=45,5;FSAR=21,2;FSRF=64;FSRR=24;FWDB=-0.00129685,-0.0260126;FXX=0.0122692;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=128.361,196.001;QD=15.9687;RBI=0.0124133,0.0308423;REFB=-0.0177216,-0.00701562;REVB=-0.0123453,-0.0165708;RO=98;SAF=43,6;SAR=20,3;SRF=73;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0805012,-0.107865;STB=0.530589,0.514883;STBP=0.558,0.988;TYPE=ins,snp;VARB=0.0217537,0.0229075;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:161:98:88:63,9:66,7:0.409938,0.0434783:20,3:43,6:73:25:21,2:45,5:64:24 chr4 77065580 . T C 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00547677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.901;QD=19.4504;RBI=0.00967282;REFB=-0.0177246;REVB=-0.00797298;RO=48;SAF=29;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214511;STB=0.619364;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.022039;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:16:29:20:28:16:29:20:28 chr4 77105911 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000860017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.906;QD=10.3792;RBI=0.00169337;REFB=-0.0179288;REVB=0.00145873;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509244;STB=0.817349;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0414791;OID=.;OPOS=77105911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:1:8:8:8:1:8:8:8 chr4 77192868 . G A 937.37 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7766;QD=58.5856;RBI=0.0495625;REFB=0;REVB=0.00864534;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553134;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr4 77201487 . C T 803.42 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0582421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.883;QD=55.4081;RBI=0.0718429;REFB=-0.17765;REVB=-0.0420625;RO=1;SAF=37;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125779;STB=0.506664;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00359439;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:20:37:1:0:20:37:1:0 chr4 77637502 . A C 536.13 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=105;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00667282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.413;QD=20.2314;RBI=0.0300682;REFB=0.00678515;REVB=0.0293185;RO=51;SAF=26;SAR=28;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768002;STB=0.508419;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00440547;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:51:51:54:55:0.518868:28:26:25:26:29:26:25:26 chr4 77660162 . G C 419.65 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0155907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4858;QD=20.4706;RBI=0.0335731;REFB=-0.0535252;REVB=-0.0297335;RO=38;SAF=28;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151624;STB=0.598242;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0487603;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:40:42:42:0.512195:14:28:19:19:14:28:19:21 chr4 77660731 . C G 437.68 PASS AF=0.39823;AO=43;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00807251;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.876;QD=15.4931;RBI=0.0264143;REFB=-0.0205802;REVB=0.0251505;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193491;STB=0.52746;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0236408;OID=.;OPOS=77660731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:43:58:43:45:0.39823:23:20:11:32:25:20:23:35 chr4 77662309 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0197236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5215;QD=10.0331;RBI=0.0841617;REFB=-0.00717709;REVB=0.081818;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0559218;OID=.;OPOS=77662309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:6:1:2:3:6:1 chr4 77675505 . C T 426.75 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0237182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.404;QD=27.5323;RBI=0.0271281;REFB=-0.024944;REVB=-0.0131674;RO=22;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562158;STB=0.530597;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0100264;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:24:16:7:15:24:16:7:15 chr4 77818132 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0138297;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.162;QD=16.4544;RBI=0.0323129;REFB=0.00419719;REVB=0.0292038;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.002961;OID=.;OPOS=77818132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr4 77818202 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00230797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2575;QD=23.2183;RBI=0.00964283;REFB=-0.00773036;REVB=-0.00936256;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000840676;OID=.;OPOS=77818202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr4 78638730 . T C 1239.09 PASS AF=0.902913;AO=88;DP=103;FAO=93;FDP=103;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00772183;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7858;QD=48.1198;RBI=0.101402;REFB=-0.19057;REVB=0.101108;RO=7;SAF=60;SAR=28;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083586;STB=0.515251;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00743829;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:103:103:7:10:88:93:0.902913:28:60:1:6:33:60:5:5 chr4 78669454 . A G 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.951;QD=59.678;RBI=0.00221791;REFB=0;REVB=-0.00188136;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72249e-07;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr4 78740132 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2449;QD=39.2068;RBI=0.072583;REFB=0;REVB=-0.0313346;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201854;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr4 78987157 . A G 1699.27 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385681;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.066;QD=60.151;RBI=0.0571158;REFB=0;REVB=0.0421274;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102817;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:0:0:107:113:1:66:41:0:0:69:44:0:0 chr4 78989672 . G C 391.63 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0422072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.468;QD=12.1437;RBI=0.0527691;REFB=-0.0137075;REVB=0.0316722;RO=82;SAF=22;SAR=25;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600708;STB=0.53425;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0285307;OID=.;OPOS=78989672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:82:82:47:47:0.364341:25:22:34:48:25:22:34:48 chr4 78989716 . T C 410.77 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0350303;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.111;QD=13.0404;RBI=0.0352651;REFB=-0.00323977;REVB=-0.00406256;RO=77;SAF=20;SAR=28;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276233;STB=0.520262;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.006399;OID=.;OPOS=78989716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:77:78:48:48:0.380952:28:20:34:43:28:20:35:43 chr4 79186047 . G A 300.83 PASS AF=0.435897;AO=32;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0519398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4132;QD=15.4271;RBI=0.0555264;REFB=0.00600475;REVB=0.0196324;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139711;STB=0.554855;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00622375;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:44:32:34:0.435897:15:17:16:25:16:18:19:25 chr4 79186171 . G A 1510.62 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.934;QD=63.6049;RBI=0.0407272;REFB=0;REVB=0.0380956;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22453e-05;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr4 79205699 . T A 692.3 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00718098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.941;QD=19.5015;RBI=0.0120508;REFB=-0.0236112;REVB=-0.00967758;RO=73;SAF=35;SAR=34;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131112;STB=0.507244;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0256423;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:73:69:69:0.485915:34:35:36:37:34:35:36:37 chr4 79238649 . T C 754.02 PASS AF=0.416667;AO=84;DP=203;FAO=85;FDP=204;FR=.;FRO=119;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=68;FSRR=51;FWDB=-0.00891306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.569;QD=14.7848;RBI=0.00891377;REFB=-0.00223167;REVB=-0.000112771;RO=117;SAF=56;SAR=28;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114614;STB=0.554717;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00382484;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:117:119:84:85:0.416667:28:56:66:51:29:56:68:51 chr4 79240063 . A G 477.32 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0257919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0291;QD=18.0121;RBI=0.0757196;REFB=0.00389919;REVB=-0.0711915;RO=53;SAF=25;SAR=26;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104337;STB=0.547451;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00600541;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:53:55:51:51:0.481132:26:25:32:21:26:25:32:23 chr4 79284694 . C T 513.43 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0047882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.288;QD=24.4488;RBI=0.0135395;REFB=-0.00425581;REVB=0.0126646;RO=36;SAF=19;SAR=29;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169548;STB=0.509294;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00330142;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:29:19:15:21:29:19:15:21 chr4 79285091 . G A 499.25 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00328591;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.698;QD=23.4942;RBI=0.00838571;REFB=-0.0187729;REVB=-0.00771511;RO=37;SAF=37;SAR=10;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355929;STB=0.53236;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0131741;OID=.;OPOS=79285091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:37:38:47:47:0.552941:10:37:28:9:10:37:28:10 chr4 79300993 . G A 439.69 PASS AF=0.383333;AO=45;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0310965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7691;QD=14.6563;RBI=0.0887966;REFB=0.0275151;REVB=0.0831735;RO=49;SAF=25;SAR=20;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345777;STB=0.521029;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0164413;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:49:65:45:46:0.383333:20:25:29:20:21:25:33:32 chr4 79367882 . G T 505.76 PASS AF=0.44;AO=54;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00740108;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.587;QD=16.1844;RBI=0.0184146;REFB=-0.0072979;REVB=-0.0168619;RO=70;SAF=31;SAR=23;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465342;STB=0.519852;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0149226;OID=.;OPOS=79367882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:54:55:0.44:23:31:37:33:24:31:37:33 chr4 79372930 . C T 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.26;QD=63.0515;RBI=0.0455353;REFB=0;REVB=-0.045065;RO=0;SAF=64;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26659e-05;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:27:64:0:0:27:64:0:0 chr4 79385719 . G A 2431.31 PASS AF=0.975904;AO=162;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00201195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.309;QD=58.5858;RBI=0.0151219;REFB=-0.0904377;REVB=0.0149875;RO=3;SAF=68;SAR=94;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875246;STB=0.501983;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00035133;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:3:4:162:162:0.975904:94:68:2:1:94:68:2:2 chr4 79387464 . A G 1761.83 PASS AF=0.991803;AO=114;DP=117;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00387225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.944;QD=57.765;RBI=0.0126697;REFB=-0.0287529;REVB=-0.0120634;RO=3;SAF=54;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941236;STB=0.504132;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00259183;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:122:3:1:114:121:0.991803:60:54:2:1:60:61:0:1 chr4 79400868 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.936;QD=59.8552;RBI=0.0296122;REFB=0;REVB=0.0170606;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34404e-05;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr4 79845007 . C A 374.84 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0104104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.771;QD=26.3047;RBI=0.0151154;REFB=-0.0259802;REVB=0.010959;RO=21;SAF=25;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767765;STB=0.531897;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0152631;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:21:35:36:0.631579:10:25:13:8:11:25:13:8 chr4 80329343 . T C 224.41 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0449637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.233;QD=15.2144;RBI=0.0450285;REFB=-0.00811847;REVB=-0.00241544;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205746;STB=0.654616;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00815649;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:26:33:26:26:0.440678:16:10:16:10:16:10:22:11 chr4 80827062 . T C 1926.58 PASS AF=0.935252;AO=130;DP=140;FAO=130;FDP=139;FR=.;FRO=9;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0081209;FXX=0.00714235;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.612;QD=55.4411;RBI=0.00814769;REFB=0.0373529;REVB=0.000660198;RO=9;SAF=68;SAR=62;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00399638;STB=0.502108;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00102775;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:140:139:9:9:130:130:0.935252:62:68:5:4:62:68:5:4 chr4 80828555 . G A 476.17 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.000834913;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.574;QD=21.401;RBI=0.0141523;REFB=-0.0180781;REVB=-0.0141276;RO=42;SAF=35;SAR=11;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794437;STB=0.540175;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0138165;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:42:43:46:46:0.516854:11:35:29:13:11:35:30:13 chr4 80905990 . C G 445.14 PASS AF=1;AO=19;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.528;QD=57.4377;RBI=0.075992;REFB=0;REVB=0.0343664;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316889;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:19:31:1:2:17:0:0:2:29:0:0 chr4 80977078 . T G 1644.64 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227338;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4229;QD=60.3539;RBI=0.0717427;REFB=0;REVB=0.0680455;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416226;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr4 81124596 . G C 994.97 PASS AF=0.446809;AO=105;DP=235;FAO=105;FDP=235;FR=.;FRO=130;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=0.0335304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2272;QD=16.9356;RBI=0.0520181;REFB=-0.00765386;REVB=0.0397692;RO=130;SAF=63;SAR=42;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109045;STB=0.560542;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0107122;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:130:130:105:105:0.446809:42:63:64:66:42:63:64:66 chr4 81207963 . A G 85.36 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00791021;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.391;QD=10.3468;RBI=0.0320052;REFB=-0.00105285;REVB=-0.0310123;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146983;STB=0.589985;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000601165;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:22:22:11:11:0.333333:2:9:16:6:2:9:16:6 chr4 81529518 . T C 1603.1 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.672;QD=59.9289;RBI=0.0808986;REFB=0;REVB=0.0787894;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132587;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:46:59:0:0:47:60:0:0 chr4 81967188 . C T 1072.85 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593337;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.431;QD=58.7861;RBI=0.061359;REFB=0;REVB=0.0156345;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411346;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:67:73:1:38:29:0:0:38:35:0:0 chr4 81974809 . T C 688.52 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0526065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.171;QD=55.0815;RBI=0.0804158;REFB=-0.0848704;REVB=0.0608216;RO=3;SAF=20;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269969;STB=0.525472;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00259391;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:3:4:46:46:0.92:26:20:2:1:26:20:3:1 chr4 81975088 . G A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.326;QD=60.9755;RBI=0.0287306;REFB=0;REVB=0.0277486;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50611e-05;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr4 81977730 . A T 1980.47 PASS AF=0.94964;AO=131;DP=139;FAO=132;FDP=139;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0268888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166;QD=56.992;RBI=0.0269338;REFB=-0.161537;REVB=0.00155658;RO=1;SAF=63;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748452;STB=0.504362;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00137461;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:139:139:1:7:131:132:0.94964:68:63:1:0:68:64:4:3 chr4 82092870 . A G 1125.63 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0022148;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.141;QD=59.2436;RBI=0.0558777;REFB=-0.0690896;REVB=-0.0558338;RO=1;SAF=43;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108773;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000195105;OID=.;OPOS=82092870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:32:43:1:0:32:43:1:0 chr4 83274634 . C T 324.77 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0390868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9899;QD=14.5963;RBI=0.0440267;REFB=-0.00423667;REVB=-0.0202627;RO=52;SAF=14;SAR=22;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215135;STB=0.616374;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00362834;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:53:36:36:0.404494:22:14:31:21:22:14:31:22 chr4 83406520 . A G 212.93 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0417929;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5844;QD=16.0701;RBI=0.0485111;REFB=0.0259916;REVB=0.0246308;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564863;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0326193;OID=.;OPOS=83406520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:29:24:24:0.45283:11:13:13:14:11:13:15:14 chr4 83551007 . G A 293.49 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0622298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.69;QD=14.8601;RBI=0.06508;REFB=-0.00191854;REVB=-0.0190488;RO=40;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253766;STB=0.676301;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00145477;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:46:33:33:0.417722:21:12:25:15:21:12:31:15 chr4 83551119 . T C 189.64 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.112222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.651;QD=13.0788;RBI=0.112526;REFB=-0.00612131;REVB=0.00826811;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142731;STB=0.565161;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00712658;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:35:22:23:0.396552:13:9:19:16:13:10:19:16 chr4 83582211 . C G 172.53 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0115466;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.569;QD=11.1309;RBI=0.0422576;REFB=-0.00507901;REVB=-0.0406495;RO=38;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249864;STB=0.651418;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00590116;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:40:22:22:0.354839:5:17:22:16:5:17:23:17 chr4 83788344 . A T 1208.51 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.202;QD=61.1904;RBI=0.0346182;REFB=0;REVB=0.0273677;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73395e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:34:43:0:0:34:45:0:0 chr4 83792555 . C A 410.7 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0843292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6346;QD=56.6477;RBI=0.0875721;REFB=0;REVB=-0.0236105;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0022587;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr4 83795806 . T C 823.24 PASS AF=0.967213;AO=47;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0534785;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.9405;QD=53.9828;RBI=0.0537941;REFB=-0.188658;REVB=-0.00581839;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015421;STB=0.51562;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00726908;OID=.;OPOS=83795806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:1:2:47:59:0.967213:17:30:1:0:28:31:2:0 chr4 83838217 . G A 1565.36 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211501;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4759;QD=59.0701;RBI=0.0224014;REFB=-0.134197;REVB=-0.00738217;RO=1;SAF=47;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998939;STB=0.505154;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000705703;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:104:105:0.990566:57:47:1:0:57:48:1:0 chr4 83838262 . G T 2155.69 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.724;QD=62.0341;RBI=0.0421055;REFB=0;REVB=0.0341945;RO=0;SAF=53;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96855e-05;OID=.;OPOS=83838262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:126:139:0:0:125:139:1:72:53:0:0:83:56:0:0 chr4 83839799 . A G 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.373;QD=57.1729;RBI=0.0208569;REFB=0;REVB=-0.0109088;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10692e-05;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr4 83900043 . A G 1253.46 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220503;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.771;QD=60.4077;RBI=0.0269795;REFB=-0.0103306;REVB=-0.0155459;RO=1;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901803;STB=0.504672;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=5.57981e-05;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:79:82:0.987952:52:27:0:1:53:29:0:1 chr4 84191031 . A G 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5153;QD=57.7015;RBI=0.0533066;REFB=0;REVB=0.0524265;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323931;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr4 84230619 . T C 760.12 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4185;QD=63.3434;RBI=0.034324;REFB=0;REVB=0.00532726;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874709;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr4 84364751 . A G 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.464;QD=60.2022;RBI=0.0200824;REFB=0;REVB=-0.00704082;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35151e-05;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr4 84370091 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.519;QD=62.0218;RBI=0.0202006;REFB=0;REVB=0.0151051;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2954e-05;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr4 84374480 . C T 1694.59 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7231;QD=60.521;RBI=0.017617;REFB=0;REVB=0.017452;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58099e-05;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr4 84376743 . A T 717.23 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0675;QD=55.1719;RBI=0.103921;REFB=-0.0689108;REVB=-0.011793;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165145;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr4 84380955 . G T 1081.69 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.036;QD=59.2709;RBI=0.00683465;REFB=0;REVB=0.0065476;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69578e-05;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:31:39:0:0:32:41:0:0 chr4 84382552 . A T 1539.42 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0251182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.954;QD=58.6444;RBI=0.0251475;REFB=0.0466102;REVB=0.00121397;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000132456;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:49:55:0:0:49:55:0:1 chr4 84383810 . C T 1778.54 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.057;QD=60.2896;RBI=0.0138593;REFB=0;REVB=0.00871588;RO=0;SAF=80;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12348e-05;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:118:0:0:113:118:1:33:80:0:0:33:85:0:0 chr4 85762385 . T C 894.94 PASS AF=0.48913;AO=90;DP=184;FAO=90;FDP=184;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.0222851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.395;QD=19.4552;RBI=0.0232475;REFB=-0.0154856;REVB=0.00661953;RO=94;SAF=52;SAR=38;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02326;STB=0.512818;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0181164;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:94:94:90:90:0.48913:38:52:52:42:38:52:52:42 chr4 86021741 . C T 1211.08 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.871;QD=61.3205;RBI=0.0474335;REFB=0;REVB=0.00380384;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72421e-05;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:79:0:0:72:79:1:34:38:0:0:34:45:0:0 chr4 86021765 . C T 1287.18 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0789561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7209;QD=60.5733;RBI=0.0874422;REFB=-0.104932;REVB=0.0375777;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106442;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00233967;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:40:44:1:0:40:44:1:0 chr4 86021800 . A T 488.54 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0521297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5418;QD=17.4478;RBI=0.058127;REFB=-0.0102279;REVB=0.0257147;RO=58;SAF=29;SAR=23;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222429;STB=0.521642;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0150985;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:59:52:53:0.473214:23:29:31:27:23:30:31:28 chr4 86021967 . C T 915.67 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00668983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.415;QD=56.3486;RBI=0.00699814;REFB=0.0448962;REVB=-0.00205429;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000496749;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:64:64:0.984615:35:29:0:0:35:29:0:1 chr4 86021976 . T A 174.31 PASS AF=0.42;AO=18;DP=48;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00418731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.281;QD=13.9451;RBI=0.0170683;REFB=-5.85938e-05;REVB=-0.0165467;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325719;STB=0.59146;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000162596;OID=.;OPOS=86021976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:15:29:18:21:0.42:13:5:10:5:14:7:14:15 chr4 86915848 . T C 213.05 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0231723;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.178;QD=16.0792;RBI=0.0251965;REFB=0.0145579;REVB=0.00989492;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145972;STB=0.595363;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0169246;OID=.;OPOS=86915848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:29:24:24:0.45283:17:7:12:16:17:7:13:16 chr4 86915923 . G A 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.00117115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.304;QD=13.9107;RBI=0.0819744;REFB=-0.0303231;REVB=-0.0819661;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342703;STB=0.693534;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0252246;OID=.;OPOS=86915923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:6:25:10:11:6:25 chr4 86922187 . A T 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00267727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.99;QD=20.0828;RBI=0.0121791;REFB=-0.0139298;REVB=-0.0118812;RO=35;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164771;STB=0.515144;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0136828;OID=.;OPOS=86922187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:17:21:20:15:17:21:21:15 chr4 86950387 . A T 444.22 PASS AF=0.42735;AO=43;DP=111;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00748332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.954;QD=15.1869;RBI=0.00825792;REFB=-0.00747334;REVB=0.00349188;RO=66;SAF=20;SAR=23;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211347;STB=0.553985;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00892467;OID=.;OPOS=86950387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:66:67:43:50:0.42735:23:20:32:34:30:20:33:34 chr4 87024409 . T C 761.41 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.821;QD=60.9125;RBI=0.0493282;REFB=-0.0366216;REVB=0.0337596;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00159656;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:48:49:0.98:26:22:0:0:27:22:0:1 chr4 87684031 . A G 1559.68 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1814;QD=63.6606;RBI=0.0171113;REFB=0;REVB=0.0170538;RO=0;SAF=71;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73008e-05;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:25:71:0:0:25:73:0:0 chr4 87809020 . C G 1224.17 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.151;QD=61.2087;RBI=0.0211104;REFB=0;REVB=0.015119;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67482e-07;OID=.;OPOS=87809020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:36:43:0:0:36:44:0:0 chr4 87809387 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.007;QD=56.9567;RBI=0.0320021;REFB=0;REVB=-0.0271144;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33456e-05;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr4 87968220 . C G 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0360447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.132;QD=19.8249;RBI=0.0366776;REFB=-0.0302116;REVB=-0.00678453;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183682;STB=0.613247;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0206259;OID=.;OPOS=87968220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:18:9:13:11:18:9:14:11 chr4 88056925 . A G 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00806129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.063;QD=54.4804;RBI=0.0121512;REFB=-0.0491026;REVB=-0.00909222;RO=1;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490246;STB=0.526298;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00418097;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:9:22:0:1:9:22:0:1 chr4 88058340 . C G,T 724.05 PASS AF=0.893617,0.106383;AO=42,5;DP=47;FAO=42,5;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22,4;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916617,-0.0358869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.4592,78.0256;QD=61.6215;RBI=0.101021,0.0378527;REFB=0,0;REVB=0.0424663,0.01204;RO=0;SAF=22,4;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00671613,0.108362;OID=.,.;OPOS=88058340,88058340;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:47:47:0:0:42,5:42,5:0.893617,0.106383:20,1:22,4:0:0:20,1:22,4:0:0 chr4 88059642 . GGTGT G,GGT 170.84 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,5;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285644,0.0399381;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,2;MLLD=58.3672,108.172;QD=45.5563;RBI=0.0290692,0.126979;REFB=0,0;REVB=-0.00539401,0.120535;RO=0;SAF=1,1;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.133092,0.00318683;OID=.,.;OPOS=88059643,88059643;OREF=GTGT,GT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.133333,0.866667:2,5:15:2,13:15:0:1,8:1,5:0:0:10:0:1,1:1,4:0:0 chr4 88258483 . T C 824.05 PASS AF=0.952381;AO=44;DP=62;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0428074;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.514;QD=52.3209;RBI=0.0445598;REFB=-0.120891;REVB=0.0123734;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519474;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000615899;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:63:0:3:44:60:0.952381:31:13:0:0:37:23:0:3 chr4 88333389 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5613;QD=60.609;RBI=0.0720828;REFB=0;REVB=0.0111742;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00088013;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr4 88333400 . A T 471.84 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.377;QD=55.5102;RBI=0.0978314;REFB=-0.16667;REVB=0.095052;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00135634;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:13:20:0:0:13:20:0:1 chr4 88401616 . A G 2061.48 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.14;QD=62.4692;RBI=0.0706778;REFB=0;REVB=0.0180515;RO=0;SAF=76;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129121;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:132:0:0:129:132:1:53:76:0:0:54:78:0:0 chr4 88416223 . A G 2195.54 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.767;QD=63.181;RBI=0.0273153;REFB=0;REVB=0.023898;RO=0;SAF=66;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20103e-05;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:72:66:0:0:72:67:0:0 chr4 88534235 . A G 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00791219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.974;QD=18.4821;RBI=0.012653;REFB=-0.00400196;REVB=-0.00987402;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09006;STB=0.551127;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00575618;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:12:9:10:9:12:9 chr4 88536362 . G A 48.24 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.1402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2844;QD=12.8642;RBI=0.140347;REFB=-0.060504;REVB=-0.00643019;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.095666;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr4 88583135 . A T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0359629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.017;QD=19.4667;RBI=0.0370066;REFB=-0.00867458;REVB=0.00872707;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231107;STB=0.631452;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0103237;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:12:12:6:16:12:12 chr4 88584148 . C T 230.69 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.054317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1045;QD=14.4182;RBI=0.0570472;REFB=-0.00878937;REVB=0.0174368;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404184;STB=0.522951;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00947149;OID=.;OPOS=88584148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:15:12:15:22:15:12:15:22 chr4 88584160 . G A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0131338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.752;QD=14.3247;RBI=0.0146302;REFB=-0.00861729;REVB=0.00644563;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342345;STB=0.519467;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0111536;OID=.;OPOS=88584160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:18:21:16:12:18:21 chr4 88732530 . A AC 124.39 PASS AF=1;AO=4;DP=34;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613517;FXX=0.441047;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.7832;QD=26.1873;RBI=0.251006;REFB=-0.0133673;REVB=0.243393;RO=29;SAF=3;SAR=1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0528315;OID=.;OPOS=88732531;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:34:19:19:0:1:18:0:0:5:29:3:1:12:17 chr4 88732531 . T A,C 485.38 PASS AF=0.147059,0.852941;AO=5,29;DP=34;FAO=5,29;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123494,0.013784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.978,63.9733;QD=57.1039;RBI=0.0155564,0.0864861;REFB=0,0;REVB=0.00946024,0.0853806;RO=0;SAF=4,12;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0534642,-0.014348;OID=.,.;OPOS=88732531,88732531;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:34:34:0:0:5,29:5,29:0.147059,0.852941:1,17:4,12:0:0:1,17:4,12:0:0 chr4 88732746 . A G 724.24 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.082735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.57;QD=54.6594;RBI=0.108776;REFB=-0.103723;REVB=0.07062;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00142594;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:0:1:29:23:0:1 chr4 88732874 . A G 1061.2 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165947;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.725;QD=58.9556;RBI=0.0167576;REFB=0;REVB=-0.00233085;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.399e-05;OID=.;OPOS=88732874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:43:27:0:0:45:27:0:0 chr4 88898941 . C T 188.14 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0284558;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.635;QD=12.7549;RBI=0.0379823;REFB=-0.00178096;REVB=-0.025158;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281512;STB=0.508878;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00387791;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:36:23:23:0.389831:8:15:23:11:8:15:23:13 chr4 88902692 . T C 770.49 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00774839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.933;QD=55.0352;RBI=0.0694412;REFB=-0.0450481;REVB=0.0690075;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00213957;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:22:32:1:0:23:32:1:0 chr4 88903853 . C A,T 1438.51 PASS AF=0.0430108,0.956989;AO=5,87;DP=92;FAO=4,89;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=1,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579692,-0.027857;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.0743,127.912;QD=61.8712;RBI=0.0700595,0.0388908;REFB=0,0;REVB=-0.0393434,0.0271382;RO=0;SAF=3,30;SAR=2,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.04997e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.15094,-0.00192352;OID=.,.;OPOS=88903853,88903853;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:92:93:0:0:5,87:4,89:0.0430108,0.956989:2,57:3,30:0:0:1,58:3,31:0:0 chr4 88921446 . G C 1554.83 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.171;QD=62.8215;RBI=0.033691;REFB=-0.112262;REVB=0.0305599;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189482;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:0:0:99:99:1:41:58:0:0:41:58:0:0 chr4 88921512 . G A 1459.08 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061323;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.688;QD=63.4385;RBI=0.00688091;REFB=0;REVB=-0.00312119;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29977e-06;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr4 89052323 . G T 621.83 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00875908;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.087;QD=21.079;RBI=0.00882944;REFB=0.00427075;REVB=-0.00111249;RO=57;SAF=31;SAR=31;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145438;STB=0.576247;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00424831;OID=.;OPOS=89052323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:57:56:62:62:0.525424:31:31:38:19:31:31:37:19 chr4 89061114 . C T 404.05 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00378473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.32;QD=19.4725;RBI=0.00381596;REFB=0.00706379;REVB=-0.000487184;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885476;STB=0.554487;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00639193;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:42:40:41:0.493976:19:21:18:24:19:22:18:24 chr4 89182518 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.696;QD=58.139;RBI=0.043596;REFB=0;REVB=0.0416774;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318401;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr4 89251403 . G A 1200.7 PASS AF=0.50211;AO=118;DP=238;FAO=119;FDP=237;FR=.;FRO=118;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.0236421;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.591;QD=20.265;RBI=0.0237687;REFB=-0.026424;REVB=0.00245066;RO=118;SAF=53;SAR=65;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115522;STB=0.56501;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0235421;OID=.;OPOS=89251403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:118:118:118:119:0.50211:65:53:68:50:66:53:68:50 chr4 89319296 . T C 274.46 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0470372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6327;QD=26.1386;RBI=0.124696;REFB=-0.00373429;REVB=0.115484;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145968;STB=0.567309;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00459887;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:17:25:25:0.595238:12:13:5:11:12:13:6:11 chr4 89397091 . A G 1556.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.068;QD=59.8638;RBI=0.0319713;REFB=0;REVB=0.0139649;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124972;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr4 89415396 . T C 1434.72 PASS AF=0.95283;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0344183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1595;QD=54.1403;RBI=0.0402302;REFB=-0.0223777;REVB=0.0208291;RO=5;SAF=49;SAR=52;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459825;STB=0.524267;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00953878;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:106:106:5:5:101:101:0.95283:52:49:5:0:52:49:5:0 chr4 89577214 . A T 1701.24 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0346176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.225;QD=58.6636;RBI=0.0346434;REFB=-0.0379877;REVB=0.00133578;RO=2;SAF=48;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264923;STB=0.501395;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=8.14922e-05;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:66:48:1:1:66:48:1:1 chr4 89607905 . A G 1736.11 PASS AF=0.991379;AO=112;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109541;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.978;QD=59.866;RBI=0.0199554;REFB=-0.0445114;REVB=0.0166801;RO=1;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088742;STB=0.504586;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000206871;OID=.;OPOS=89607905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:116:1:1:112:115:0.991379:53:59:0:1:54:61:0:1 chr4 89618451 . TC T,TT 77.99 PASS AF=0.411765,0.0882353;AO=14,3;DP=34;FAO=14,3;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6,2;FSAR=8,1;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0290117,0.021213;FXX=0.0285633;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.47978,21.5673;QD=9.17584;RBI=0.0351766,0.0916086;REFB=-0.16599,-0.107174;REVB=0.0198927,0.0891187;RO=16;SAF=6,2;SAR=8,1;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.353846,0;SSSB=0.239999,0.511996;STB=0.646874,0.855612;STBP=0.191,0.474;TYPE=del,snp;VARB=0.129474,0.073926;OID=.,.;OPOS=89618452,89618452;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0.0882353:14,3:34:14,3:34:17:6,2:8,1:3:14:58:16:6,2:8,1:3:13 chr4 89618837 . T C 616.91 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235005;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.583;QD=61.6912;RBI=0.0239127;REFB=0;REVB=0.00442108;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92248e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr4 89619276 . A G 1046.55 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635691;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.007;QD=59.8029;RBI=0.0666475;REFB=0;REVB=0.0200215;RO=0;SAF=12;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137551;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:57:12:0:0:57:13:0:0 chr4 89625427 . G C 1137.57 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00907491;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.403;QD=56.8783;RBI=0.0261898;REFB=-0.0338808;REVB=0.0245673;RO=3;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027027;STB=0.514282;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00077215;OID=.;OPOS=89625427;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:80:3:3:77:77:0.9625:51:26:0:3:51:26:0:3 chr4 89629681 . TAACTTA TAACT,TAACTA,TAATCTA,TACTTA,TTACTTA 377.77 PASS AF=0.14,0.18,0.02,0.54,0;AO=7,11,2,15,4;DP=50;FAO=7,9,1,27,0;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=7,9,1,1,0;FSAR=0,0,0,26,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.157253,-0.257665,-0.119731,-0.00519627,0.0232552;FXX=0;HRUN=2,2,1,2,2;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=25.5193,16.2607,39.8967,16.34,19.0332;QD=30.2216;RBI=0.162634,0.272908,0.12577,0.0626488,0.186487;REFB=-0.0550489,-0.00948049,0.0737142,-0.00620206,-0.0396704;REVB=0.0414875,0.0899316,-0.0385037,0.0624329,0.185032;RO=5;SAF=7,11,2,0,0;SAR=0,0,0,15,4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.768751,0.810501,0.589598,-0.841108,-0.732272;STB=0.997566,0.998059,0.985953,0.822437,0.5;STBP=0.067,0.064,0.509,0,1;TYPE=del,del,mnp,del,snp;VARB=0.0709581,0.0419871,0.0946579,0.0150854,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=89629686,89629685,89629684,89629682,89629682;OREF=TA,T,CT,A,A;OALT=-,-,TC,-,T;OMAPALT=TAACT,TAACTA,TAATCTA,TACTTA,TTACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.14,0.18,0.02,0.54,0:7,11,2,15,4:50:7,9,1,27,0:50:6:7,9,1,1,0:0,0,0,26,0:4:2:53:5:7,11,2,0,0:0,0,0,15,4:3:2 chr4 89647797 . AAAC AAAA,AAA,AA,A 685.39 PASS AF=0,0,1,0;AO=9,6,27,8;DP=54;FAO=0,0,45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,32,0;FSAR=0,0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515418,0.00602266,0.00640413,0.00672259;FXX=0.0425441;HRUN=1,1,7,7;LEN=1,1,2,3;MLLD=279.996,287.445,293.702,284.456;QD=60.9234;RBI=0.0235563,0.023927,0.0238769,0.0230563;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0229855,0.0231566,0.023002,0.0220545;RO=0;SAF=5,6,18,4;SAR=4,0,9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,0,0.000125344,-0.0215894;OID=.,.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799,89647798;OREF=C,C,AC,AAC;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAA,AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:9,6,27,8:54:0,0,45,0:45:0:0,0,32,0:0,0,13,0:0:0:4:0:5,6,18,4:4,0,9,4:0:0 chr4 89653257 . G A 2087.52 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0127465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4856;QD=60.9496;RBI=0.0355897;REFB=0.00196684;REVB=-0.0332288;RO=0;SAF=55;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78419e-08;STB=0.506172;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000122507;OID=.;OPOS=89653257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:0:2:135:135:0.985401:80:55:0:0:80:55:0:2 chr4 89668859 . C T 2614.07 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0818;QD=61.8716;RBI=0.0706314;REFB=0;REVB=-0.0688044;RO=0;SAF=96;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024897;OID=.;OPOS=89668859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:167:169:1:71:96:0:0:72:97:0:0 chr4 89670155 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.136;QD=64.154;RBI=0.0124713;REFB=0;REVB=0.00309007;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01583e-05;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr4 90168415 . A T 283.76 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00370001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.333;QD=23.1643;RBI=0.0338886;REFB=-0.00411771;REVB=0.033686;RO=21;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209189;STB=0.526296;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00290931;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:23:26:26:0.530612:8:18:15:6:8:18:17:6 chr4 90168572 . C T 479.94 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0144871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9743;QD=17.1408;RBI=0.0363503;REFB=-0.0308617;REVB=-0.0333387;RO=59;SAF=17;SAR=35;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310773;STB=0.513905;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0320071;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:60:52:52:0.464286:35:17:21:38:35:17:21:39 chr4 90169925 . A G 191.0 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0294538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.878;QD=13.4036;RBI=0.0327258;REFB=-0.0140073;REVB=0.0142637;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985829;STB=0.556526;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0246681;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:13:10:18:16:13:10:18:16 chr4 90874879 . T C 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0475362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.414;QD=21.1295;RBI=0.0479894;REFB=-0.0168448;REVB=0.00657985;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100802;STB=0.556693;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00903366;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:11:10:13:9:11:10 chr4 91291407 . C T 684.98 PASS AF=0.49635;AO=67;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0104612;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.798;QD=19.9993;RBI=0.0105771;REFB=-0.0193716;REVB=0.00156111;RO=67;SAF=37;SAR=30;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412611;STB=0.525617;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0195772;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:69:67:68:0.49635:30:37:40:27:30:38:42:27 chr4 91584992 . A G 748.23 PASS AF=0.484472;AO=78;DP=162;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.0109117;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4963;QD=18.5896;RBI=0.0169545;REFB=0.004259;REVB=-0.0129765;RO=82;SAF=42;SAR=36;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148175;STB=0.584419;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00317919;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:82:83:78:78:0.484472:36:42:31:51:36:42:31:52 chr4 91585003 . T C 825.07 PASS AF=0.51875;AO=82;DP=160;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0723305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.215;QD=20.6268;RBI=0.0765186;REFB=-0.0287204;REVB=0.0249681;RO=77;SAF=31;SAR=51;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139229;STB=0.572135;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0132308;OID=.;OPOS=91585003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:77:77:82:83:0.51875:51:31:41:36:51:32:41:36 chr4 91585060 . A T 612.44 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00345011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.112;QD=24.7451;RBI=0.0178596;REFB=-0.0232241;REVB=0.0175232;RO=43;SAF=29;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123848;STB=0.563084;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0225676;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:43:55:56:0.565657:26:29:16:27:27:29:16:27 chr4 91648353 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00430346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.408;QD=17.8402;RBI=0.0231571;REFB=0.017505;REVB=-0.0227537;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0200634;OID=.;OPOS=91648353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:3:11:11:3:3:11 chr4 92240278 . A T 747.95 PASS AF=0.399083;AO=51;DP=221;FAO=87;FDP=218;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=123;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=-0.0570296;FXX=0.013574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9985;QD=13.7238;RBI=0.212808;REFB=-0.0111222;REVB=0.205024;RO=62;SAF=36;SAR=15;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693612;STB=0.538974;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0309557;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:218:62:123:51:87:0.399083:15:36:40:22:34:53:67:56 chr4 92240802 . C T 659.99 PASS AF=0.53719;AO=63;DP=123;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0108802;FXX=0.0319974;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6031;QD=21.8178;RBI=0.0286197;REFB=-0.00796141;REVB=-0.0264709;RO=53;SAF=44;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139951;STB=0.571204;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0097171;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:53:56:63:65:0.53719:19:44:29:24:20:45:31:25 chr4 92246344 . G A 682.73 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=68;FSRR=45;FWDB=-0.000292431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.554;QD=14.4493;RBI=0.0105982;REFB=-0.017911;REVB=0.0105942;RO=113;SAF=41;SAR=35;SRF=68;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671835;STB=0.537693;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0303591;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:113:113:76:76:0.402116:35:41:68:45:35:41:68:45 chr4 94316763 . T G 689.9 PASS AF=0.594595;AO=64;DP=109;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0116273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9581;QD=24.8612;RBI=0.0166943;REFB=0.0111803;REVB=0.0119794;RO=45;SAF=40;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552081;STB=0.527888;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00720282;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:45:45:64:66:0.594595:24:40:25:20:25:41:25:20 chr4 95134165 . C G 1382.08 PASS AF=1;AO=72;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178758;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5096;QD=62.116;RBI=0.0348418;REFB=0;REVB=0.0347959;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135565;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:72:89:1:29:43:0:0:39:50:0:0 chr4 95169682 . G T 1446.74 PASS AF=0.95;AO=94;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0342406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3802;QD=57.8697;RBI=0.0358323;REFB=-0.00820824;REVB=0.0105609;RO=5;SAF=45;SAR=49;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754298;STB=0.503695;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00291624;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:100:5:5:94:95:0.95:49:45:2:3:50:45:2:3 chr4 95170839 . G A 1505.03 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.225;QD=63.3698;RBI=0.049047;REFB=0;REVB=0.0423896;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43548e-05;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:36:58:0:0:36:59:0:0 chr4 95173779 . T C 1008.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1693;QD=59.3186;RBI=0.0325659;REFB=0;REVB=0.0257743;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333885;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr4 95174412 . T G 548.46 PASS AF=0.464567;AO=58;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0184968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5966;QD=17.2743;RBI=0.0683361;REFB=0.00282066;REVB=0.0657852;RO=68;SAF=40;SAR=18;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078656;STB=0.536021;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00231464;OID=.;OPOS=95174412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:58:59:0.464567:18:40:42:26:19:40:42:26 chr4 95186055 . A G 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0020704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.491;QD=11.6769;RBI=0.00754947;REFB=-0.00241245;REVB=-0.00726002;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914457;STB=0.559955;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00424935;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:16:11:23:24:16:11:24:24 chr4 95197520 . C T 1762.51 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410877;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.558;QD=60.7761;RBI=0.0410881;REFB=0;REVB=0.000182931;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.554e-05;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:116:0:0:116:116:1:70:46:0:0:70:46:0:0 chr4 95211610 . T C 911.99 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0265954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.172;QD=55.2719;RBI=0.031113;REFB=-0.0396124;REVB=0.0161463;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000268439;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:1:2:64:64:0.969697:29:35:0:1:29:35:1:1 chr4 95503902 . T C 817.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3836;QD=57.3779;RBI=0.0365278;REFB=0;REVB=0.0254454;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28306e-06;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr4 95531417 . A G 1438.38 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.058;QD=61.8659;RBI=0.0328989;REFB=-0.069345;REVB=-0.000462131;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106524;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00110795;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:0:1:44:48:0:1 chr4 95539267 . G A 1153.05 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.913;QD=60.6869;RBI=0.0438121;REFB=0;REVB=0.00843444;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118355;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr4 95561459 . A G 224.82 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00243991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.743;QD=13.0328;RBI=0.0254333;REFB=-0.0155651;REVB=0.0253159;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147727;STB=0.576866;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0174862;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:42:27:27:0.391304:15:12:24:17:15:12:24:18 chr4 95578588 . G A 2285.55 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513613;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9518;QD=60.146;RBI=0.0144106;REFB=0;REVB=0.0134642;RO=0;SAF=90;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00529881;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:147:152:1:57:90:0:0:59:93:0:0 chr4 95587587 . T C 554.94 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00592603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1133;QD=19.9979;RBI=0.0253798;REFB=0.0159857;REVB=-0.0246783;RO=54;SAF=23;SAR=34;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167091;STB=0.592115;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0117117;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:34:23:32:22:34:23:32:22 chr4 95588075 . G A 561.54 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0268996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5456;QD=17.8268;RBI=0.0392248;REFB=-0.0022311;REVB=-0.0285482;RO=64;SAF=33;SAR=26;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329404;STB=0.528562;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00262044;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:67:59:59:0.468254:26:33:38:26:26:33:41:26 chr4 95588158 . C G 280.93 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0132101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.219;QD=14.4067;RBI=0.0431707;REFB=-0.0104036;REVB=0.0410999;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134667;STB=0.581956;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0182576;OID=.;OPOS=95588158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:17:15:27:18:17:15:28:18 chr4 96076112 . C T 31.03 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0282657;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8601;QD=1.37907;RBI=0.0374021;REFB=-0.00498889;REVB=-0.0244942;RO=73;SAF=8;SAR=0;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.610691;STB=0.869118;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0220396;OID=.;OPOS=96076112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:90:73:82:8:8:0.0888889:0:8:38:35:1:7:39:43 chr4 96106322 . A G 611.08 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.00311729;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.112;QD=16.5155;RBI=0.00832922;REFB=0.0039182;REVB=0.00772388;RO=83;SAF=34;SAR=30;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110414;STB=0.558063;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0064561;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:83:84:64:64:0.432432:30:34:35:48:30:34:36:48 chr4 96123981 . C T 511.15 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0118467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.049;QD=17.0382;RBI=0.0239023;REFB=-0.0151305;REVB=-0.0207599;RO=65;SAF=39;SAR=16;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269694;STB=0.650777;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0189215;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:16:39:29:36:16:39:29:36 chr4 96127869 . T G 387.91 PASS AF=0.353659;AO=19;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0243167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.42;QD=18.9222;RBI=0.0655336;REFB=-0.0302804;REVB=-0.0608551;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772379;STB=0.542968;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0193789;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:20:28:19:29:0.353659:12:7:9:11:12:17:14:14 chr4 96169733 . G T 347.83 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0106798;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4865;QD=18.3068;RBI=0.0229588;REFB=-0.0109847;REVB=-0.0203236;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308901;STB=0.525151;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00958616;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:36:37:0.486842:21:15:15:24:21:16:15:24 chr4 96256616 . A G 566.32 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00921748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9752;QD=24.6224;RBI=0.0397195;REFB=-0.0140796;REVB=0.0386352;RO=39;SAF=29;SAR=23;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129601;STB=0.563605;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0130655;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:52:52:0.565217:23:29:28:11:23:29:28:12 chr4 96256673 . G A 1400.32 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000855627;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.213;QD=62.9358;RBI=0.032096;REFB=0;REVB=-0.0320846;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26134e-05;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:35:53:0:0:35:54:0:0 chr4 97270159 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.367;QD=60.6092;RBI=0.109053;REFB=0;REVB=-0.10471;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567819;OID=.;OPOS=97270159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr4 98633938 . CTTA CTA,CTT 48.3 PASS AF=0,0.270588;AO=11,24;DP=86;FAO=0,23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=0,5;FSAR=0,18;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.508322,0.146987;FXX=0.0116266;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=13.9526,10.4807;QD=2.27291;RBI=0.509269,0.247607;REFB=0.0183452,-0.0556998;REVB=0.0310268,-0.199259;RO=33;SAF=11,0;SAR=0,24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.776033,-0.824246;STB=0.5,0.734882;STBP=1,0.009;TYPE=del,del;VARB=0,0.0343447;OID=.,.;OPOS=98633939,98633941;OREF=T,A;OALT=-,-;OMAPALT=CTA,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.270588:11,24:86:0,23:85:62:0,5:0,18:32:30:49:33:11,0:0,24:14:19 chr4 99218039 . A C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00539909;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.692;QD=15.5772;RBI=0.0204099;REFB=-0.00698785;REVB=0.0196828;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202595;STB=0.615286;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00948999;OID=.;OPOS=99218039;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:16:8:16:14:16:8:16:14 chr4 99218108 . G GA 228.18 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0174383;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=159.792;QD=15.212;RBI=0.0230374;REFB=0.00564914;REVB=0.0150542;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202726;STB=0.61283;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=-0.00764335;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516667:31:60:31:60:29:12:19:18:11:99:29:12:19:18:11 chr4 99802070 . A C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0148135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.243;QD=19.646;RBI=0.0167067;REFB=0.00185602;REVB=0.00772486;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00167591;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:5:3:5:6:5:3 chr4 99850126 . A G 160.52 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0198874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6056;QD=9.30573;RBI=0.120147;REFB=0.00142571;REVB=-0.118489;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215794;STB=0.624896;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0100803;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:47:22:22:0.318841:10:12:32:12:10:12:34:13 chr4 99926965 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0178856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.861;QD=19.3689;RBI=0.0192834;REFB=-0.0051172;REVB=0.00720793;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051088;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00287304;OID=.;OPOS=99926965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:4:3:5:5:4:3 chr4 99952710 . A G 696.44 PASS AF=0.471338;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00407505;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.245;QD=17.7436;RBI=0.00660285;REFB=-0.00459862;REVB=0.00519534;RO=81;SAF=45;SAR=29;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156034;STB=0.580421;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00447262;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:81:83:74:74:0.471338:29:45:36:45:29:45:38:45 chr4 100045574 . T C 471.87 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.225;QD=57.1958;RBI=0.0402135;REFB=0;REVB=0.0302724;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957888;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:24:8:0:0:25:8:0:0 chr4 100045616 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1076;QD=58.1418;RBI=0.026473;REFB=0;REVB=0.0195213;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85875e-05;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr4 100045647 . A G 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.715;QD=56.6991;RBI=0.0516463;REFB=0;REVB=0.046271;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240889;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr4 100048414 . T C 1331.04 PASS AF=1;AO=69;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192793;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.603;QD=61.9086;RBI=0.0566252;REFB=0;REVB=0.0532421;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116045;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:69:86:1:32:37:0:0:37:49:0:0 chr4 100052733 . C A 712.28 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.003;QD=55.8648;RBI=0.00652596;REFB=0;REVB=0.0061545;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042578;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:29:22:0:0 chr4 100062819 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.198;QD=60.7162;RBI=0.0653028;REFB=0;REVB=0.0596424;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105281;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr4 100064247 . G T 1965.63 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2986;QD=61.4259;RBI=0.0497857;REFB=0;REVB=-0.0273242;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553088;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:125:128:1:71:54:0:0:71:57:0:0 chr4 100064305 . C G 1890.3 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00194533;FXX=0.0461503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.878;QD=60.9774;RBI=0.0160981;REFB=-0.0679806;REVB=0.0159801;RO=1;SAF=56;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840742;STB=0.504273;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00422857;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:121:123:0.991935:65:56:1:0:65:58:1:0 chr4 100140306 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.395;QD=57.1773;RBI=0.0353392;REFB=0;REVB=0.0350233;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194126;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr4 100235053 . A G 3083.46 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792428;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1192;QD=63.2504;RBI=0.0474335;REFB=0;REVB=-0.0467669;RO=2;SAF=95;SAR=95;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204837;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:195:2:0:190:195:1:95:95:2:0:96:99:0:0 chr4 100266133 . T C 1214.98 PASS AF=0.508547;AO=118;DP=234;FAO=119;FDP=234;FR=.;FRO=115;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.00574938;FXX=0.016806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.403;QD=20.7689;RBI=0.00673365;REFB=-0.0291904;REVB=0.00350524;RO=114;SAF=64;SAR=54;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538212;STB=0.533472;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0248341;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:114:115:118:119:0.508547:54:64:55:59:54:65:55:60 chr4 100268190 . A C 2759.25 PASS AF=0.98895;AO=177;DP=179;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0673763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.774;QD=60.9779;RBI=0.0713696;REFB=0.0297455;REVB=-0.0235385;RO=2;SAF=91;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000300651;STB=0.500216;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000714877;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:181:2:2:177:179:0.98895:86:91:1:1:86:93:1:1 chr4 100341861 . C T 833.87 PASS AF=0.548611;AO=78;DP=133;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0129417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4499;QD=23.1629;RBI=0.0739392;REFB=-0.0477362;REVB=-0.0727978;RO=55;SAF=27;SAR=51;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116573;STB=0.536073;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.038123;OID=.;OPOS=100341861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:144:55:65:78:79:0.548611:51:27:27:28:52:27:27:38 chr4 100443720 . G A 388.04 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0021816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7456;QD=14.2401;RBI=0.0195186;REFB=0.00268392;REVB=-0.0193963;RO=63;SAF=22;SAR=22;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413998;STB=0.524846;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00410559;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:63:64:44:45:0.412844:22:22:34:29:23:22:34:30 chr4 100443782 . T C 1207.17 PASS AF=1;AO=54;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.328;QD=61.1226;RBI=0.10629;REFB=0;REVB=0.0117413;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981178;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:54:79:1:41:13:0:0:46:33:0:0 chr4 100443784 . C G 202.86 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00245493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.25;QD=10.2711;RBI=0.00596491;REFB=-0.00980309;REVB=0.00543632;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164961;STB=0.544345;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0181001;OID=.;OPOS=100443784;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:53:26:26:0.329114:14:12:21:26:14:12:21:32 chr4 100443800 . G A 260.11 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0306635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0354;QD=16.7815;RBI=0.0337632;REFB=-0.00259872;REVB=-0.0141316;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811656;STB=0.50456;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00187553;OID=.;OPOS=100443800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:10:23:20:9:10:23 chr4 100443853 . A G 165.09 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0540096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2208;QD=14.0501;RBI=0.0596071;REFB=0.0244352;REVB=-0.0252184;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13868;STB=0.595575;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0180032;OID=.;OPOS=100443853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:13:5:11:17:13:5:12:17 chr4 100457117 . A ACAGT 1184.11 PASS AF=0.952381;AO=78;DP=85;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0239066;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.466;QD=56.3862;RBI=0.0317806;REFB=-0.0638453;REVB=0.0209399;RO=4;SAF=38;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242319;STB=0.511902;STBP=0.374;TYPE=ins;VARB=0.0034441;OID=.;OPOS=100457118;OREF=-;OALT=CAGT;OMAPALT=ACAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:78:85:80:84:4:40:40:3:1:11:4:38:40:3:1 chr4 100485255 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00782861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.142;QD=15.5714;RBI=0.0390654;REFB=-0.00688331;REVB=0.038273;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094561;STB=0.555448;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00553506;OID=.;OPOS=100485255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:9:3:2:9:9:3 chr4 100504575 . G C 322.68 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0341265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5009;QD=19.8571;RBI=0.0671895;REFB=-0.0227968;REVB=0.0578775;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006719;STB=0.503729;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0231867;OID=.;OPOS=100504575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:14:20:18:13:14:20:18:13 chr4 100504664 . T C 427.09 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0292337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4583;QD=15.9661;RBI=0.0335542;REFB=-0.00655621;REVB=0.0164704;RO=57;SAF=22;SAR=25;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551044;STB=0.511904;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00573617;OID=.;OPOS=100504664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:57:59:47:48:0.448598:25:22:27:30:25:23:27:32 chr4 100510859 . T C 353.69 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0634112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.555;QD=18.615;RBI=0.06344;REFB=-0.0134199;REVB=-0.00191157;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116592;STB=0.500356;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0150981;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:18:19:20:18:18:19:20:19 chr4 100510903 . A G 241.06 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00873208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8485;QD=14.6095;RBI=0.0413103;REFB=0.00241179;REVB=0.0403768;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494606;STB=0.520593;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00416488;OID=.;OPOS=100510903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:13:15:18:19:13:15:19:19 chr4 100512412 . T C 644.78 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0214376;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.575;QD=22.4271;RBI=0.0215601;REFB=-0.00438647;REVB=-0.0022951;RO=49;SAF=31;SAR=32;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112411;STB=0.555661;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00439508;OID=.;OPOS=100512412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:49:52:63:63:0.547826:32:31:31:18:32:31:32:20 chr4 100516022 . C G 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.000935393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.536;QD=17.8243;RBI=0.0235937;REFB=0.00256423;REVB=-0.0235752;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448737;STB=0.502755;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00361943;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:19:22:25:22:19:22:26:22 chr4 100575398 . C T 609.63 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00775393;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.452;QD=20.3211;RBI=0.00847695;REFB=-0.025725;REVB=0.00342569;RO=58;SAF=30;SAR=31;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529785;STB=0.533159;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0231762;OID=.;OPOS=100575398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:58:59:61:61:0.508333:31:30:32:26:31:30:33:26 chr4 100575483 . G T 588.43 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0279896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7999;QD=23.7747;RBI=0.0432281;REFB=-0.0195437;REVB=0.0329431;RO=45;SAF=22;SAR=32;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123701;STB=0.56795;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0166085;OID=.;OPOS=100575483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:32:22:25:20:32:22:25:20 chr4 100805207 . C A 2307.62 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.007;QD=61.129;RBI=0.0162204;REFB=0;REVB=0.00179036;RO=0;SAF=85;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0459e-05;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:66:85:0:0:66:85:0:0 chr4 101368661 . A G 178.7 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0358455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.102;QD=14.8919;RBI=0.0492755;REFB=-0.0205212;REVB=-0.0338109;RO=29;SAF=16;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444936;STB=0.761593;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0186201;OID=.;OPOS=101368661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:3:16:14:15:3:16:14:15 chr4 101401161 . TAAC T 526.3 PASS AF=0.465116;AO=79;DP=171;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0160816;FXX=0.022726;HRUN=2;LEN=3;MLLD=249.192;QD=12.2396;RBI=0.0169238;REFB=-0.00410512;REVB=0.00527225;RO=87;SAF=37;SAR=42;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680813;STB=0.543265;STBP=0.299;TYPE=del;VARB=0.00515428;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:79:171:80:172:92:37:43:50:42:99:87:37:42:47:40 chr4 102251501 . T C 2812.98 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=182;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433594;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1814;QD=62.1654;RBI=0.0691637;REFB=-0.092777;REVB=0.0538849;RO=0;SAF=83;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000599754;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:181:0:1:180:180:0.994475:97:83:0:0:97:83:1:0 chr4 102751276 . C T 2119.77 PASS AF=0.992701;AO=134;DP=135;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151687;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.115;QD=61.891;RBI=0.0418022;REFB=-0.0721838;REVB=0.0417747;RO=0;SAF=73;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72667e-08;STB=0.503936;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000343758;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:137:0:1:134:136:0.992701:61:73:0:0:63:73:0:1 chr4 102816467 . C G 2199.27 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378186;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.091;QD=63.2885;RBI=0.0554199;REFB=0;REVB=0.0552907;RO=0;SAF=80;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173762;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:137:139:1:57:80:0:0:59:80:0:0 chr4 102965043 . T C 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.62;QD=62.7597;RBI=0.022837;REFB=0;REVB=-0.010233;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71787e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr4 103514658 . T C 1194.48 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146531;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.01;QD=61.2552;RBI=0.0401763;REFB=0;REVB=0.0374088;RO=0;SAF=68;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47224e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:10:68:0:0:10:68:0:0 chr4 103611845 . C T 484.75 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0116921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6192;QD=21.0761;RBI=0.011807;REFB=-0.0158187;REVB=-0.00164319;RO=45;SAF=24;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11738;STB=0.564809;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0130818;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:23:24:17:28:23:24:17:28 chr4 103808862 . T C 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00629099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.675;QD=7.30321;RBI=0.0226383;REFB=-0.00782844;REVB=-0.0217466;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346447;STB=0.508757;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.035076;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:49:36:37:12:12:0.244898:5:7:22:14:5:7:22:15 chr4 103866480 . G A 209.9 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00205438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.514;QD=18.6574;RBI=0.0144777;REFB=-0.0084284;REVB=-0.0143312;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881007;STB=0.560452;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00627299;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:22:24:20:21:0.466667:11:9:12:10:12:9:13:11 chr4 103911069 . C A,T 758.33 PASS AF=0.946429,0.0357143;AO=51,2;DP=54;FAO=53,2;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17,2;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329731,-0.0902176;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=137.558,13.1784;QD=54.1661;RBI=0.0334391,0.107013;REFB=-0.101672,0.0756677;REVB=-0.0055626,-0.0575546;RO=1;SAF=15,2;SAR=36,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0129032,0.697199;STB=0.506847,0.993266;STBP=0.625,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.00182167,0.0151359;OID=.,.;OPOS=103911069,103911069;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:56:1:1:51,2:53,2:0.946429,0.0357143:36,0:15,2:0:1:36,0:17,2:0:1 chr4 106155185 . C G 248.4 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00363888;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2749;QD=11.5533;RBI=0.0420101;REFB=-0.0117661;REVB=0.0418522;RO=55;SAF=17;SAR=13;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059372;STB=0.527009;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.023413;OID=.;OPOS=106155185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:55:56:30:30:0.348837:13:17:34:21:13:17:34:22 chr4 106155751 . G A 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00911491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.203;QD=17.7159;RBI=0.0243499;REFB=-0.0197872;REVB=0.0225795;RO=42;SAF=27;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283544;STB=0.659421;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0147619;OID=.;OPOS=106155751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:10:27:19:23:10:27:19:23 chr4 106158216 . G A 183.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0226151;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.868;QD=16.66;RBI=0.0347159;REFB=-0.0086503;REVB=-0.0263391;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132079;STB=0.565686;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0110421;OID=.;OPOS=106158216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:12:7:12:12:12:7:12:13 chr4 106159644 . T A 566.53 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0319371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.617;QD=53.955;RBI=0.0320641;REFB=-0.169556;REVB=-0.00285108;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.534866;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000764507;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:42:42:0:3:39:39:0.928571:19:20:0:0:19:20:3:0 chr4 106160231 . G T 40.79 PASS AF=0.150685;AO=6;DP=77;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00793592;FXX=0.0874891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.37;QD=2.23498;RBI=0.0195043;REFB=-0.00443905;REVB=0.0178168;RO=65;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060429;STB=0.623717;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0333927;OID=.;OPOS=106160231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:77:73:65:62:6:11:0.150685:4:2:25:40:8:3:25:37 chr4 106160239 . T G 61.72 PASS AF=0.151899;AO=11;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=-0.0082361;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=213.301;QD=3.12502;RBI=0.0142359;REFB=-0.000263004;REVB=-0.0116115;RO=67;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420095;STB=0.740184;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000973383;OID=.;OPOS=106160239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:79:79:67:67:11:12:0.151899:4:7:19:48:5:7:19:48 chr4 106160243 . TG GT,TT 93.3 PASS AF=0.225806,0.0322581;AO=8,4;DP=64;FAO=14,2;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2,1;FSAR=12,1;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0335757,-0.0066921;FXX=0.0312451;HRUN=12,1;LEN=2,1;MLLD=21.0874,180.201;QD=6.01913;RBI=0.0336059,0.00821158;REFB=-0.0859546,-0.00453057;REVB=0.00142227,-0.00475876;RO=36;SAF=0,1;SAR=8,3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.677416,-0.168189;STB=0.716054,0.641555;STBP=0.113,0.72;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0251701,0.0081219;OID=.,.;OPOS=106160243,106160244;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:62:36:40:8,4:14,2:0.225806,0.0322581:8,3:0,1:14:22:12,1:2,1:14:26 chr4 106190862 . T C 536.5 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0104511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.086;QD=21.4601;RBI=0.0175443;REFB=-0.0280754;REVB=-0.0140918;RO=49;SAF=29;SAR=22;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159637;STB=0.588109;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0249339;OID=.;OPOS=106190862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:22:29:19:30:22:29:19:30 chr4 106317429 . C G 192.78 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0116018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.362;QD=14.8294;RBI=0.0123432;REFB=-0.00270305;REVB=0.00421329;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300422;STB=0.671081;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00298154;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:14:8:20:10:14:8:20:10 chr4 106328200 . A G 199.86 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0103667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.525;QD=30.7481;RBI=0.0126575;REFB=0.009486;REVB=0.00726244;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210188;STB=0.502073;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00302077;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:7:7:18:19:0.730769:7:11:4:3:8:11:4:3 chr4 106474096 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.847;QD=58.4193;RBI=0.0198744;REFB=0;REVB=0.0188171;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1034e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr4 106566411 . C A 643.54 PASS AF=0.340249;AO=80;DP=242;FAO=82;FDP=241;FR=.,HEALED;FRO=159;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=95;FSRR=64;FWDB=0.0011888;FXX=0.00413206;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.2004;QD=10.6812;RBI=0.0612542;REFB=-0.0152682;REVB=-0.0612426;RO=122;SAF=52;SAR=28;SRF=74;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503073;STB=0.517016;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.021737;OID=.;OPOS=106566411;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:122:159:80:82:0.340249:28:52:74:48:31:51:95:64 chr4 106861322 . A T 767.68 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=134;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00217254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.947;QD=22.9159;RBI=0.00300983;REFB=-0.00548311;REVB=-0.00208306;RO=61;SAF=48;SAR=25;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103561;STB=0.55678;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00397487;OID=.;OPOS=106861322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:61:61:73:73:0.544776:25:48:33:28:25:48:33:28 chr4 106861730 . A G 1724.59 PASS AF=1;AO=110;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658583;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.98;QD=60.5119;RBI=0.0659218;REFB=0;REVB=0.00289228;RO=0;SAF=18;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556849;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:110:114:1:92:18:0:0:92:22:0:0 chr4 107168431 . G C 1592.1 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7326;QD=63.684;RBI=0.0252;REFB=0;REVB=0.0136995;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298423;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:66:32:0:0:67:33:0:0 chr4 107249244 . C G 285.51 PASS AF=0.366667;AO=32;DP=93;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.012398;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.053;QD=12.6894;RBI=0.0157593;REFB=-0.0126257;REVB=-0.00972848;RO=56;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891354;STB=0.564825;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0198418;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:56:57:32:33:0.366667:18:14:29:27:19:14:30:27 chr4 107288449 . G A 679.78 PASS AF=0.614583;AO=59;DP=96;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0245449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.347;QD=28.3243;RBI=0.0260424;REFB=-0.0106997;REVB=-0.00870371;RO=37;SAF=42;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177947;STB=0.597122;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.008553;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:37:59:59:0.614583:17:42:18:19:17:42:18:19 chr4 108641300 . T C 1454.46 PASS AF=0.971698;AO=99;DP=103;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0230284;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.585;QD=54.8853;RBI=0.0281199;REFB=-0.11222;REVB=-0.0161375;RO=2;SAF=49;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000189679;STB=0.505131;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000930631;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:103:106:2:3:99:103:0.971698:50:49:1:1:53:50:2:1 chr4 108931039 . T C 1641.13 PASS AF=0.982301;AO=106;DP=109;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.12759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9192;QD=58.0929;RBI=0.12879;REFB=-0.0751294;REVB=0.0175369;RO=2;SAF=43;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343501;STB=0.501914;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00892337;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:113:2:2:106:111:0.982301:63:43:1:1:67:44:1:1 chr4 109461985 . A G 315.83 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00542593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.056;QD=15.0394;RBI=0.00550111;REFB=-0.0109006;REVB=0.000906389;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215209;STB=0.509531;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0141365;OID=.;OPOS=109461985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:34:35:0.416667:17:17:23:25:18:17:23:26 chr4 109478108 . C G 246.68 PASS AF=0.391892;AO=27;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0011688;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.069;QD=13.334;RBI=0.0767199;REFB=-0.0279443;REVB=-0.076711;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601685;STB=0.517229;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0370473;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:45:27:29:0.391892:15:12:22:22:15:14:23:22 chr4 109735133 . T C 940.72 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.075;QD=57.0135;RBI=0.0419245;REFB=-0.0744924;REVB=0.0278948;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000405159;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:43:22:0:0:43:22:0:1 chr4 109769899 . C T 1498.55 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910864;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3654;QD=59.9419;RBI=0.05063;REFB=0;REVB=0.0498039;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124157;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:44:56:0:0:44:56:0:0 chr4 109969337 . G T 805.15 PASS AF=1;AO=36;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345624;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.609;QD=56.5019;RBI=0.0372795;REFB=0;REVB=-0.0139714;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85122e-05;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:36:57:1:16:20:0:0:25:32:0:0 chr4 110581363 . T A 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5863;QD=54.6503;RBI=0.0207219;REFB=-0.0984257;REVB=0.0125511;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00206045;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:26:26:1:0:26:26:1:0 chr4 110661937 . G A 505.29 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164927;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.39;QD=59.4464;RBI=0.0218265;REFB=0;REVB=-0.0142965;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44994e-06;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr4 110678925 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2146;QD=61.6823;RBI=0.149256;REFB=0;REVB=0.0161334;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132378;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr4 110681505 . C T 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0195524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.832;QD=8.80931;RBI=0.0210215;REFB=0.00268433;REVB=0.00772054;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165793;STB=0.602435;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00976456;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:3:7:13:10:3:7:13:10 chr4 110737389 . T C 238.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00300747;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172;QD=19.048;RBI=0.0102556;REFB=-0.0261922;REVB=-0.00980468;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143548;STB=0.58058;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0240493;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:15:10:14:11:15:10:14:11 chr4 110901198 . G A 470.43 PASS AF=0.358025;AO=58;DP=162;FAO=58;FDP=162;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.0155002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.801;QD=11.6156;RBI=0.0167671;REFB=-0.0119589;REVB=-0.00639364;RO=104;SAF=19;SAR=39;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590028;STB=0.533731;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0238368;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:104:104:58:58:0.358025:39:19:39:65:39:19:39:65 chr4 110914427 . A T 1314.56 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359932;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5852;QD=62.5983;RBI=0.0228259;REFB=0;REVB=0.0225404;RO=0;SAF=60;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285147;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:84:84:1:24:60:0:0:24:60:0:0 chr4 110971030 . G T 455.91 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.000173421;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8813;QD=17.7051;RBI=0.0299316;REFB=-0.0159826;REVB=-0.0299311;RO=54;SAF=33;SAR=15;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228112;STB=0.516568;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0167063;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:54:48:49:0.475728:15:33:36:18:15:34:36:18 chr4 111398208 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4889;QD=54.8224;RBI=0.0397142;REFB=-0.107842;REVB=0.00700454;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154349;STB=0.508193;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000344567;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:0:1:30:20:0:1 chr4 111409705 . T C 1681.43 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214526;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3728;QD=59.5195;RBI=0.0216639;REFB=-0.088189;REVB=-0.0030184;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.504672;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000587311;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:53:59:0:0:53:59:0:1 chr4 111542124 . G A 535.11 PASS AF=0.343915;AO=65;DP=188;FAO=65;FDP=189;FR=.;FRO=124;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.00229853;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.669;QD=11.3251;RBI=0.00459972;REFB=-0.0156626;REVB=0.00398424;RO=121;SAF=29;SAR=36;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942469;STB=0.556442;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0256866;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:121:124:65:65:0.343915:36:29:64:57:36:29:66:58 chr4 111542154 . G A 507.32 PASS AF=0.328205;AO=64;DP=195;FAO=64;FDP=195;FR=.;FRO=131;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.0296585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.229;QD=10.4065;RBI=0.0299722;REFB=-0.00912372;REVB=0.00432512;RO=131;SAF=28;SAR=36;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130494;STB=0.575056;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0133313;OID=.;OPOS=111542154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:131:131:64:64:0.328205:36:28:72:59:36:28:72:59 chr4 112252643 . G T 712.77 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252236;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0284;QD=63.3569;RBI=0.0260368;REFB=0;REVB=-0.00645655;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502993;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr4 113108802 . C CTAA 519.45 PASS AF=0.35;AO=63;DP=183;FAO=63;FDP=180;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.0097949;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=3;MLLD=289.118;QD=11.5434;RBI=0.0102311;REFB=-0.00752723;REVB=0.00295552;RO=114;SAF=27;SAR=36;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215849;STB=0.516124;STBP=0.762;TYPE=ins;VARB=0.0143947;OID=.;OPOS=113108803;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:63:183:63:180:117:27:36:53:64:99:114:27:36:51:63 chr4 113178894 . ATTTGT A,TTTTGT 186.3 PASS AF=0.302632,0.0789474;AO=21,5;DP=76;FAO=23,6;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=9,0;FSAR=14,6;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0228249,-0.0245921;FXX=0.0129853;HRUN=3,2;LEN=5,1;MLLD=221.941,37.0824;QD=9.80542;RBI=0.0326527,0.0841996;REFB=-0.0126995,-0.0785344;REVB=0.02335,-0.0805282;RO=38;SAF=9,0;SAR=12,5;SRF=28;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.333278,-0.722871;STB=0.661683,0.998556;STBP=0.066,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.041926,0.274505;OID=.,.;OPOS=113178895,113178894;OREF=TTTGT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,TTTTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:47:21,5:23,6:0.302632,0.0789474:12,5:9,0:28:10:14,6:9,0:30:17 chr4 113198805 . G C 205.28 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=34;FWDB=0.0297533;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.735;QD=12.6324;RBI=0.0440125;REFB=-0.0187286;REVB=-0.0324321;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412156;STB=0.723825;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0215127;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:40:25:25:0.384615:12:13:5:33:12:13:6:34 chr4 113198889 . AC TT 30.95 PASS AF=0.04;AO=25;DP=73;FAO=2;FDP=50;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00787933;FXX=0.333289;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.036;QD=2.47619;RBI=0.018246;REFB=-2.84853e-05;REVB=-0.016457;RO=47;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249364;STB=0.698331;STBP=0.709;TYPE=mnp;VARB=0.1241;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:50:47:48:25:2:0.04:12:13:14:33:1:1:14:34 chr4 113199075 . A G 513.57 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0201024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1636;QD=15.9245;RBI=0.0205318;REFB=-0.00696642;REVB=-0.00417699;RO=73;SAF=26;SAR=29;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20101;STB=0.606291;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00829302;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:73:73:55:56:0.434109:29:26:49:24:29:27:49:24 chr4 113344925 . C T 779.67 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.024;QD=56.7032;RBI=0.010352;REFB=0;REVB=0.00528331;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25017e-05;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:28:22:0:0:32:23:0:0 chr4 113352397 . G A 1054.48 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-7.38017e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.687;QD=56.9992;RBI=0.00173041;REFB=-0.0738515;REVB=0.00172883;RO=2;SAF=16;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555112;STB=0.529403;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00218669;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:56:16:2:0:56:16:2:0 chr4 113352628 . A G 452.17 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416653;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.326;QD=58.3448;RBI=0.0418021;REFB=0;REVB=0.00337897;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858012;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr4 113352899 . G A 1556.29 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114911;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.113;QD=59.2874;RBI=0.016457;REFB=0;REVB=-0.0117808;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38329e-05;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:54:49:0:0:54:51:0:0 chr4 113353285 . T C 549.04 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.202;QD=59.3557;RBI=0.0181044;REFB=0;REVB=-0.0177382;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04382e-06;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:9:27:0:0:9:28:0:0 chr4 113359703 . A G 1751.07 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.807;QD=60.9067;RBI=0.053973;REFB=0;REVB=0.0510533;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76188e-05;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:111:115:1:49:62:0:0:52:63:0:0 chr4 113362622 . C G 1472.98 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199991;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6577;QD=59.5145;RBI=0.0212975;REFB=0;REVB=-0.0073227;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182877;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:97:99:1:50:47:0:0:50:49:0:0 chr4 113436044 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.045;QD=44.6894;RBI=0.0230655;REFB=0;REVB=-0.0216165;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385492;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr4 113538596 . CTTC CCTC,CTC,CTTA 38.32 PASS AF=0,0.166667,0;AO=2,9,2;DP=48;FAO=0,8,0;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=0,7,0;FSAR=0,1,0;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0880959,-0.0901946,-0.00636665;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=1,1,1;MLLD=42.4677,22.1987,103.882;QD=3.19324;RBI=0.0891511,0.115901,0.0368498;REFB=-0.00363568,-0.0182218,0.000882713;REVB=-0.0136757,-0.0727866,-0.0362956;RO=35;SAF=2,8,0;SAR=0,1,2;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.468453,0.574635,-0.405118;STB=0.5,0.864651,0.5;STBP=1,0.054,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-0.0336167,0.108953;OID=.,.,.;OPOS=113538597,113538597,113538599;OREF=T,T,C;OALT=C,-,A;OMAPALT=CCTC,CTC,CTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.166667,0:2,9,2:48:0,8,0:48:40:0,7,0:0,1,0:18:22:39:35:2,8,0:0,1,2:15:20 chr4 113565835 . G A 804.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.418;QD=64.3539;RBI=0.0106729;REFB=0;REVB=0.0105958;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62447e-05;OID=.;OPOS=113565835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr4 113568544 . G A 214.35 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.289;QD=45.1252;RBI=0.0342561;REFB=-0.163315;REVB=0.0153934;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000856079;OID=.;OPOS=113568544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:17:18:0.947368:9:8:1:0:9:9:1:0 chr4 114280134 . AG A,GA 45.08 PASS AF=0.171429,0.114286;AO=25,9;DP=69;FAO=12,8;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=6,0;FSAR=6,8;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.105244,-0.00419151;FXX=0.0140825;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=6.76824,38.2899;QD=2.57572;RBI=0.292359,0.104762;REFB=-0.219971,-0.0710458;REVB=-0.27276,-0.104678;RO=26;SAF=17,0;SAR=8,9;SRF=22;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.188419,-0.836006;STB=0.66105,0.999009;STBP=0.262,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.128622,0.161518;OID=.,.;OPOS=114280135,114280134;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:69:70:26:50:25,9:12,8:0.171429,0.114286:8,9:17,0:22:4:6,8:6,0:35:15 chr4 114309839 . C T 677.98 PASS AF=0.416667;AO=74;DP=180;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=-0.00462921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.32;QD=15.0661;RBI=0.00903472;REFB=-0.00769093;REVB=-0.00775865;RO=104;SAF=47;SAR=27;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113604;STB=0.504737;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0105364;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:104:105:74:75:0.416667:27:47:65:39:28:47:65:40 chr4 114823316 . A C 375.96 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0219063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1734;QD=16.1701;RBI=0.0589659;REFB=0.0172952;REVB=0.0547457;RO=53;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358582;STB=0.520164;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0263085;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:18:22:31:22:18:22:31:22 chr4 115544714 . A G 1789.54 PASS AF=0.991597;AO=115;DP=117;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00501133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.911;QD=60.1526;RBI=0.00959645;REFB=-0.0815658;REVB=0.00818403;RO=0;SAF=73;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42309e-08;STB=0.505617;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00031113;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:119:0:1:115:118:0.991597:42:73:0:0:44:74:0:1 chr4 115589302 . A G 1695.21 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.258;QD=60.5432;RBI=0.0313904;REFB=0;REVB=0.0285918;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51765e-05;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:55:57:0:0:55:57:0:0 chr4 117220010 . G A 898.82 PASS AF=0.520468;AO=89;DP=171;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0123871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.623;QD=21.0251;RBI=0.0247097;REFB=-0.00598641;REVB=-0.0213805;RO=81;SAF=47;SAR=42;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833191;STB=0.548435;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00444683;OID=.;OPOS=117220010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:81:82:89:89:0.520468:42:47:35:46:42:47:35:47 chr4 117760488 . G A 420.23 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00334638;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.019;QD=23.0264;RBI=0.00335571;REFB=-0.00627062;REVB=-0.000249982;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925548;STB=0.570445;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0039086;OID=.;OPOS=117760488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:32:41:41:0.561644:19:22:12:17:19:22:12:20 chr4 119161795 . G A 446.01 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00486007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.728;QD=18.2045;RBI=0.0181911;REFB=-0.00850218;REVB=-0.0175298;RO=52;SAF=12;SAR=32;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638691;STB=0.53246;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00907932;OID=.;OPOS=119161795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:53:44:45:0.459184:32:12:17:35:32:13:18:35 chr4 119203184 . G A 373.04 PASS AF=0.458824;AO=36;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.037761;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2935;QD=17.5548;RBI=0.0490234;REFB=-0.0120951;REVB=-0.0312634;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112192;STB=0.553856;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0187172;OID=.;OPOS=119203184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:48:46:36:39:0.458824:19:17:28:20:20:19:27:19 chr4 119610606 . A G 785.74 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0192045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.997;QD=25.3465;RBI=0.0210415;REFB=-0.0321801;REVB=0.00859849;RO=51;SAF=33;SAR=40;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881047;STB=0.547932;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0164451;OID=.;OPOS=119610606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:51:73:73:0.58871:40:33:29:22:40:33:29:22 chr4 119652606 . G T 912.39 PASS AF=0.564626;AO=83;DP=147;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0153818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.519;QD=24.827;RBI=0.0159605;REFB=-0.00251364;REVB=-0.00425893;RO=64;SAF=37;SAR=46;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808993;STB=0.5441;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00170877;OID=.;OPOS=119652606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:64:64:83:83:0.564626:46:37:35:29:46:37:35:29 chr4 119736796 . A C 761.81 PASS AF=0.487654;AO=78;DP=166;FAO=79;FDP=162;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00663311;FXX=0.0240949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0816;QD=18.8101;RBI=0.00826448;REFB=-0.00440071;REVB=-0.00492986;RO=78;SAF=42;SAR=36;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081411;STB=0.537779;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00632157;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:162:78:83:78:79:0.487654:36:42:35:43:37:42:38:45 chr4 119947961 . AAAG A 300.99 PASS AF=0.5;AO=37;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00907287;FXX=0.052626;HRUN=3;LEN=3;MLLD=172.698;QD=13.3775;RBI=0.0274615;REFB=-0.00182031;REVB=-0.0259195;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320588;STB=0.620386;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.00199343;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:37:91:45:90:45:20:25:31:14:99:43:14:23:31:12 chr4 119947985 . G C 480.57 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-4.45476e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4796;QD=22.8845;RBI=0.0301157;REFB=-0.000779358;REVB=-0.0301157;RO=38;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160906;STB=0.588439;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000205615;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:26:20:24:14:26:20:24:14 chr4 119951647 . A G 298.64 PASS AF=0.485714;AO=26;DP=63;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=0.0573413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.7975;QD=17.065;RBI=0.115541;REFB=-0.031523;REVB=0.100308;RO=36;SAF=23;SAR=3;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11382;STB=0.55552;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0381308;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:70:36:36:26:34:0.485714:3:23:30:6:4:30:30:6 chr4 120085448 . A G 422.67 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00406282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.81;QD=14.9618;RBI=0.0312507;REFB=-0.0232514;REVB=0.0309854;RO=63;SAF=29;SAR=19;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115227;STB=0.556619;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0376037;OID=.;OPOS=120085448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:65:48:48:0.424779:19:29:31:32:19:29:33:32 chr4 120133549 . T G 372.89 PASS AF=0.62069;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00604222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4401;QD=25.7167;RBI=0.0209798;REFB=-0.0314581;REVB=-0.0200908;RO=21;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865339;STB=0.543454;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0228419;OID=.;OPOS=120133549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:21:22:35:36:0.62069:21:14:11:10:22:14:11:11 chr4 120158685 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.421;QD=63.583;RBI=0.0185939;REFB=0;REVB=0.0184939;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35462e-05;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr4 120181724 . A G 648.81 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00667513;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.791;QD=20.1181;RBI=0.0127046;REFB=-0.00794496;REVB=0.0108097;RO=64;SAF=46;SAR=19;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861097;STB=0.547604;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00740037;OID=.;OPOS=120181724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:64:64:65:65:0.503876:19:46:40:24:19:46:40:24 chr4 120214030 . T G 345.95 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=77;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0601045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8477;QD=17.2976;RBI=0.0758258;REFB=-0.00667181;REVB=-0.0462277;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046621;STB=0.505152;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00432109;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:42:43:35:37:0.4625:16:19:23:19:16:21:24:19 chr4 120215314 . A G 999.56 PASS AF=0.576687;AO=90;DP=160;FAO=94;FDP=163;FR=.;FRO=69;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0115347;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.606;QD=24.5291;RBI=0.0287498;REFB=-0.00174849;REVB=0.0263344;RO=67;SAF=49;SAR=41;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298519;STB=0.515883;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0013434;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:67:69:90:94:0.576687:41:49:39:28:43:51:40:29 chr4 120239831 . A G 152.7 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00842674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.001;QD=13.5736;RBI=0.0084307;REFB=-0.00749769;REVB=-0.000258274;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319844;STB=0.677206;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0113281;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:12:5:16:11:12:5:16:12 chr4 120239878 . G A 220.37 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.033865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.991;QD=16.0271;RBI=0.0349138;REFB=-0.022969;REVB=-0.00849345;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233088;STB=0.631468;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0160707;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:24:25:0.454545:17:7:15:14:18:7:15:15 chr4 120240238 . T C 200.02 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00133141;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5648;QD=15.0954;RBI=0.00545992;REFB=-0.0211842;REVB=-0.0052951;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158496;STB=0.599584;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0259433;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:30:23:23:0.433962:14:9:16:13:14:9:17:13 chr4 120241849 . A G 805.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393455;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.71;QD=57.5003;RBI=0.00464081;REFB=0;REVB=-0.00246099;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107651;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr4 120241902 . T C 1208.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.511;QD=61.2047;RBI=0.0195136;REFB=0;REVB=-0.00535352;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95713e-06;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr4 120325630 . G A 134.26 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0247387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.488;QD=16.2738;RBI=0.0248116;REFB=0.0108079;REVB=0.00190002;RO=18;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35783;STB=0.713914;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0124169;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:14:1:4:14:14:1:4:14 chr4 120325653 . TGC CTG,TG 65.46 PASS AF=0,0.485714;AO=2,15;DP=35;FAO=0,17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=0,16;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.141975,-0.0768266;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=20.1666,11.1099;QD=7.48155;RBI=0.154841,0.0790385;REFB=-0.0584685,-0.109981;REVB=-0.0617976,-0.0185677;RO=18;SAF=0,0;SAR=2,15;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413769,-0.783219;STB=0.5,0.599862;STBP=1,0.528;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.144954;OID=.,.;OPOS=120325653,120325655;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:35:35:18:18:2,15:0,17:0,0.485714:2,15:0,0:3:15:0,16:0,1:2:16 chr4 120325732 . C A 308.32 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0141692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.269;QD=13.4051;RBI=0.0194878;REFB=-0.0232082;REVB=-0.0133793;RO=57;SAF=10;SAR=25;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611609;STB=0.535035;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0342277;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:25:10:19:38:25:10:19:38 chr4 120330155 . C T 161.45 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0177457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5374;QD=10.5871;RBI=0.121807;REFB=-0.0023431;REVB=-0.120508;RO=40;SAF=13;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993975;STB=0.55777;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00592615;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:8:13:28:12:8:13:28:12 chr4 120330272 . C G 42.75 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=55;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0097353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8645;QD=3.05324;RBI=0.0804228;REFB=-0.0226359;REVB=-0.0798314;RO=48;SAF=5;SAR=2;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655951;STB=0.586726;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.130862;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:55:56:48:48:7:8:0.142857:2:5:32:16:2:6:32:16 chr4 120330448 . GC AA 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0205933;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.969;QD=9.91657;RBI=0.0373114;REFB=-0.0138099;REVB=0.0311136;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215431;STB=0.631281;STBP=0.38;TYPE=mnp;VARB=0.018314;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:8:9:3:6:8:9 chr4 120330539 . G A 107.15 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0145226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1707;QD=12.6053;RBI=0.0148224;REFB=-0.0317452;REVB=-0.0029664;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335604;STB=0.69967;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0856781;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:3:10:10:11:3:10:10:11 chr4 120423729 . T C 272.59 PASS AF=0.298387;AO=37;DP=124;FAO=37;FDP=124;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.00261144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.513;QD=8.79334;RBI=0.0309622;REFB=-0.0181447;REVB=0.0308519;RO=85;SAF=22;SAR=15;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215253;STB=0.625256;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.031058;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:85:87:37:37:0.298387:15:22:35:50:15:22:36:51 chr4 120474859 . A G 382.37 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0311023;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.359;QD=12.1388;RBI=0.0339866;REFB=-0.0053057;REVB=0.0137016;RO=80;SAF=29;SAR=17;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120967;STB=0.569206;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00676911;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:80:80:46:46:0.365079:17:29:42:38:17:29:42:38 chr4 120528327 . G A 885.82 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.525;QD=56.2427;RBI=0.0222967;REFB=-0.227531;REVB=0.0172758;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000587364;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:40:22:0:0:40:22:0:1 chr4 121738049 . T C 343.83 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0345577;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3581;QD=24.1283;RBI=0.0345641;REFB=-0.00934479;REVB=0.000664994;RO=23;SAF=13;SAR=21;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402724;STB=0.522149;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00817796;OID=.;OPOS=121738049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:23:34:34:0.596491:21:13:10:13:21:13:10:13 chr4 121957051 . C T 1169.02 PASS AF=0.432526;AO=125;DP=289;FAO=125;FDP=289;FR=.;FRO=164;FSAF=49;FSAR=76;FSRF=73;FSRR=91;FWDB=-0.0374622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4391;QD=16.1802;RBI=0.0463609;REFB=-0.0225674;REVB=-0.0273114;RO=163;SAF=49;SAR=76;SRF=72;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524022;STB=0.531189;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0331703;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:163:164:125:125:0.432526:76:49:72:91:76:49:73:91 chr4 121957559 . G A 603.49 PASS AF=0.456522;AO=61;DP=137;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=22;FWDB=0.0213856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5663;QD=17.4926;RBI=0.0450417;REFB=-0.0118529;REVB=0.0396411;RO=74;SAF=38;SAR=23;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857733;STB=0.551708;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0148862;OID=.;OPOS=121957559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:74:75:61:63:0.456522:23:38:52:22:24:39:53:22 chr4 121957734 . T C 1711.89 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.192;QD=60.598;RBI=0.0126414;REFB=0;REVB=-0.00366957;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07619e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr4 121958691 . T C 143.04 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0164922;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.515;QD=8.29203;RBI=0.0166591;REFB=-0.0194794;REVB=0.00235192;RO=45;SAF=5;SAR=15;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451142;STB=0.755142;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0529292;OID=.;OPOS=121958691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:45:49:20:20:0.289855:15:5:29:16:15:5:30:19 chr4 121966807 . C T 274.0 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00391324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.184;QD=15.2221;RBI=0.00392424;REFB=-0.00457374;REVB=0.000293533;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078417;STB=0.534569;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00625586;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:40:41:29:31:0.430556:13:16:19:21:14:17:20:21 chr4 122137662 . T G 328.81 PASS AF=0.507246;AO=32;DP=71;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0443855;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7399;QD=19.0614;RBI=0.0445642;REFB=-0.020694;REVB=-0.00398777;RO=28;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225748;STB=0.594038;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0038221;OID=.;OPOS=122137662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:28:34:32:35:0.507246:11:21:11:17:13:22:15:19 chr4 122257950 . A G 468.1 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0241767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.572;QD=22.8343;RBI=0.024177;REFB=-0.00535342;REVB=0.000116167;RO=36;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359725;STB=0.520393;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00415309;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:37:44:45:0.54878:19:25:22:14:19:26:23:14 chr4 122617718 . G C 235.87 PASS AF=0.442308;AO=15;DP=56;FAO=23;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0268927;FXX=0.0714158;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.564;QD=18.1435;RBI=0.0269399;REFB=-0.0386052;REVB=-0.00159295;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289734;STB=0.640035;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0281402;OID=.;OPOS=122617718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:52:15:22:15:23:0.442308:7:8:3:12:10:13:6:16 chr4 122617745 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0131717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.456;QD=14.2306;RBI=0.0202995;REFB=-0.0125065;REVB=-0.0154458;RO=36;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298492;STB=0.668553;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0152834;OID=.;OPOS=122617745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:11:15:10:26:11:15:10:26 chr4 122683007 . G A 546.89 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0177217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.867;QD=17.3615;RBI=0.0398634;REFB=0.00935675;REVB=-0.0357076;RO=64;SAF=37;SAR=21;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120313;STB=0.561226;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00917073;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:68:58:58:0.460317:21:37:33:31:21:37:36:32 chr4 122687491 . G C 503.9 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0130331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.472;QD=17.5268;RBI=0.0661354;REFB=-0.00559013;REVB=-0.0648385;RO=61;SAF=33;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131617;STB=0.573227;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00541503;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:21:33:29:32:21:33:29:32 chr4 122742217 . T C 1277.41 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0583934;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.444;QD=60.1133;RBI=0.0770505;REFB=-0.0503535;REVB=0.0502692;RO=1;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902207;STB=0.504761;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00391412;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:52:31:0:1:52:32:0:1 chr4 122800889 . C T 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=-0.0173701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.292;QD=18.6207;RBI=0.0249358;REFB=-0.00935299;REVB=-0.0178906;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297736;STB=0.672332;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00919597;OID=.;OPOS=122800889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:39:37:37:0.486842:18:19:31:6:18:19:33:6 chr4 123008808 . C T 498.61 PASS AF=0.559524;AO=46;DP=83;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00801532;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.937;QD=23.7434;RBI=0.0177275;REFB=-0.00961439;REVB=-0.0158119;RO=34;SAF=34;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235075;STB=0.642137;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00730876;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:34:37:46:47:0.559524:12:34:16:18:12:35:17:20 chr4 123145751 . T A 516.27 PASS AF=0.5;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0143098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.454;QD=19.1209;RBI=0.0228752;REFB=-0.00886436;REVB=-0.0178468;RO=53;SAF=27;SAR=27;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845694;STB=0.509256;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00822947;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:53:54:54:54:0.5:27:27:27:26:27:27:28:26 chr4 123192383 . T C 465.63 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.000919739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.08;QD=17.7382;RBI=0.0195419;REFB=0.00456234;REVB=0.0195202;RO=55;SAF=21;SAR=29;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050505;STB=0.528079;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00419826;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:29:21:26:29:29:21:26:29 chr4 123229132 . C T 386.97 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0117411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.652;QD=14.0718;RBI=0.0117517;REFB=-0.00275693;REVB=0.000498648;RO=65;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154864;STB=0.587206;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00317779;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:21:24:25:40:21:24:25:40 chr4 123254832 . AAAG A 251.02 PASS AF=0.4;AO=25;DP=101;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00717115;FXX=0.0090082;HRUN=6;LEN=3;MLLD=237.039;QD=9.1278;RBI=0.0123227;REFB=-0.0127044;REVB=-0.0100212;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451804;STB=0.573178;STBP=0.261;TYPE=del;VARB=0.0201522;OID=.;OPOS=123254833;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:25:101:44:110:66:26:18:31:35:99:52:12:13:27:25 chr4 123302210 . CA C,CC 94.68 PASS AF=0.306818,0.0681818;AO=32,7;DP=90;FAO=27,6;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=12,0;FSAR=15,6;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0197761,0.0563619;FXX=0.0222198;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.44822,24.7684;QD=4.30364;RBI=0.0333461,0.0745034;REFB=-0.123457,-0.0566198;REVB=0.026849,0.0487247;RO=44;SAF=16,0;SAR=16,7;SRF=24;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0464611,-0.679643;STB=0.579456,0.998364;STBP=0.318,0.004;TYPE=del,snp;VARB=0.127013,0.0207601;OID=.,.;OPOS=123302211,123302211;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306818,0.0681818:32,7:90:27,6:88:55:12,0:15,6:31:24:65:44:16,0:16,7:24:20 chr4 123536963 . G A 1476.82 PASS AF=0.990099;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00707419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.532;QD=58.4879;RBI=0.0229172;REFB=0.0125676;REVB=0.021798;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-8.50501e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:0:1:98:100:0.990099:52:46:0:0:53:47:1:0 chr4 123664204 . G A 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.297;QD=55.6452;RBI=0.0223314;REFB=0;REVB=-0.00102244;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31479e-05;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr4 123664445 . C T 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420109;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2972;QD=58.6143;RBI=0.0308357;REFB=0;REVB=0.0305482;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253523;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr4 123665428 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.082;QD=46.8479;RBI=0.0213678;REFB=0;REVB=-0.0181845;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5414e-05;OID=.;OPOS=123665428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr4 123665991 . C G 1119.62 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366046;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.388;QD=60.5202;RBI=0.0394531;REFB=0;REVB=-0.0147192;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93861e-05;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr4 123814308 . C T 519.99 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00879995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.698;QD=23.1108;RBI=0.0111986;REFB=0.000246284;REVB=0.00692608;RO=41;SAF=22;SAR=27;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032371;STB=0.517801;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00019402;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:27:22:20:21:27:22:20:21 chr4 123838758 . A G 1637.43 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.592;QD=58.4796;RBI=0.0590013;REFB=-0.0710572;REVB=0.0419431;RO=1;SAF=44;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339375;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:112:1:0:107:112:1:63:44:1:0:64:48:0:0 chr4 123843716 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.208;QD=46.8479;RBI=0.0313752;REFB=0;REVB=0.0220634;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33307e-06;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr4 123949556 . G A 415.65 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648054;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.993;QD=57.3304;RBI=0.017367;REFB=0;REVB=0.0161126;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14563e-05;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr4 124323738 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0126425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.058;QD=10.6681;RBI=0.015202;REFB=-0.00241884;REVB=-0.00844216;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334551;STB=0.698267;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00276318;OID=.;OPOS=124323738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:13:5:6:4:13:5 chr4 124324242 . CCTT C 191.4 PASS AF=0.577778;AO=22;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0275477;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=3;MLLD=257.044;QD=17.0131;RBI=0.0342555;REFB=-0.0384653;REVB=0.0203607;RO=15;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578724;STB=0.577719;STBP=0.243;TYPE=del;VARB=0.0316686;OID=.;OPOS=124324243;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577778:22:46:26:45:19:13:13:13:6:99:15:13:9:10:5 chr4 126329789 . T C 2131.45 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00405711;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.834;QD=62.232;RBI=0.0266681;REFB=-0.112288;REVB=0.0263577;RO=1;SAF=52;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562624;STB=0.502958;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000132398;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:136:136:0.992701:84:52:0:1:84:52:0:1 chr4 126336703 . T C 452.32 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.00662124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.979;QD=14.8303;RBI=0.0109151;REFB=-0.00218963;REVB=0.00867746;RO=70;SAF=19;SAR=32;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301766;STB=0.664924;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00346118;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:71:51:51:0.418033:32:19:47:23:32:19:47:24 chr4 126369872 . G C 1396.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.587;QD=62.7589;RBI=0.0429162;REFB=0;REVB=0.00246933;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45145e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr4 126370220 . C T 339.92 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00502937;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.48;QD=23.0452;RBI=0.00516528;REFB=0.00349457;REVB=0.0011771;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106507;STB=0.563343;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00230753;OID=.;OPOS=126370220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:25:33:34:0.576271:14:19:11:14:14:20:11:14 chr4 126372742 . G A 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.219;QD=57.7099;RBI=0.0307138;REFB=0;REVB=0.0217259;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07881e-09;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr4 126373789 . G A 1498.8 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240983;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.624;QD=62.4502;RBI=0.0285562;REFB=-0.0454824;REVB=0.0153208;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00130946;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:95:95:0.989583:48:47:0:0:48:47:0:1 chr4 126412575 . A G 1120.44 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0961;QD=58.9707;RBI=0.0229558;REFB=-0.0583329;REVB=-0.0106045;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111331;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00953232;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:42:33:0:1:42:33:0:1 chr4 128689936 . A G 158.73 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0337362;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.834;QD=8.03695;RBI=0.0337366;REFB=-0.000497036;REVB=-0.000158651;RO=55;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440682;STB=0.53735;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00174358;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:57:22:22:0.278481:12:10:23:32:12:10:23:34 chr4 128723042 . T C 1490.97 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0341146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1747;QD=57.345;RBI=0.0582654;REFB=-0.170328;REVB=0.047234;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.509614;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00240103;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:0:2:101:102:0.980769:50:51:0:0:51:51:2:0 chr4 128807219 . T A 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.01464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.014;QD=56.0127;RBI=0.0528981;REFB=-0.03427;REVB=0.0508318;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.509086;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000105411;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:7:27:0:0:7:27:1:0 chr4 128814492 . G A 309.1 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0106087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1329;QD=11.1387;RBI=0.0109279;REFB=-0.0131815;REVB=-0.00262192;RO=69;SAF=15;SAR=24;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907623;STB=0.540209;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0156989;OID=.;OPOS=128814492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:72:39:39:0.351351:24:15:32:37:24:15:32:40 chr4 128814964 . G T 1157.28 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9879;QD=59.3478;RBI=0.034894;REFB=-0.120739;REVB=-0.0194363;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129652;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00229194;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:41:36:1:0:41:36:1:0 chr4 128842761 . G A 631.16 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00498938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.054;QD=21.0388;RBI=0.0131031;REFB=-0.0123301;REVB=-0.012116;RO=57;SAF=47;SAR=16;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249481;STB=0.637962;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0119719;OID=.;OPOS=128842761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:16:47:28:29:16:47:28:29 chr4 128949799 . C T 210.62 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0378033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7973;QD=14.0416;RBI=0.0638866;REFB=-0.0189057;REVB=-0.0515016;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584961;STB=0.503335;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0312234;OID=.;OPOS=128949799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:17:18:13:12:17:18 chr4 128949850 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0105432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8203;QD=14.6688;RBI=0.0138003;REFB=-0.0150103;REVB=0.0089045;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13089;STB=0.583264;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.015344;OID=.;OPOS=128949850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:10:14:14:17:10:14:14:18 chr4 128949929 . C A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-2.51697e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.17;QD=15.2681;RBI=0.0202001;REFB=-0.00300494;REVB=-0.0202001;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616977;STB=0.53498;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00372302;OID=.;OPOS=128949929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:15:11:16:17:15:11:16:17 chr4 129012181 . G A 1068.69 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00962302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.466;QD=56.9967;RBI=0.00986147;REFB=-0.0669112;REVB=-0.00215549;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106287;STB=0.502856;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-8.06795e-06;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:1:2:72:73:0.973333:28:44:1:0:29:44:1:1 chr4 129012638 . A G 1362.35 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6389;QD=61.2292;RBI=0.0325107;REFB=-0.0844856;REVB=-0.0188943;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000860777;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:44:44:0:0:44:44:0:1 chr4 129029009 . G A,GA 241.97 PASS AF=0.025641,0.897436;AO=4,22;DP=38;FAO=1,35;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=1,17;FSAR=0,18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0270204,0.0923688;FXX=0;HRUN=3,6;LEN=1,1;MLLD=20.3595,10.0499;QD=24.8169;RBI=0.0536989,0.0933708;REFB=-0.0154234,-0.107402;REVB=-0.0464055,0.013642;RO=11;SAF=2,11;SAR=2,11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0492666,0.0274561;STB=0.990053,0.512041;STBP=0.474,0.687;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0224937,0.0500138;OID=.,.;OPOS=129029009,129029010;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:38:39:11:3:4,22:1,35:0.025641,0.897436:2,11:2,11:5:6:0,18:1,17:1:2 chr4 129043204 . C G 1023.94 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.274;QD=59.3591;RBI=0.0760775;REFB=0;REVB=0.0290228;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95327e-05;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr4 129043286 . C T 960.39 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739903;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.21;QD=59.1011;RBI=0.0115985;REFB=0;REVB=0.00893188;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703334;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:66:65:1:45:21:0:0:44:21:0:0 chr4 129043614 . G T 144.47 PASS AF=0.875;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0762003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.314;QD=36.1184;RBI=0.101172;REFB=-0.0293335;REVB=0.0665527;RO=2;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179011;STB=0.583212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00323159;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:16:2:2:12:14:0.875:4:8:0:2:5:9:0:2 chr4 129043617 . T G 71.8 PASS AF=0.529412;AO=10;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00909526;FXX=0.0555247;HRUN=9;LEN=1;MLLD=176.677;QD=16.894;RBI=0.0105886;REFB=-0.00952622;REVB=0.00542175;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00416122;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:8:10:9:0.529412:5:5:6:2:4:5:6:2 chr4 129100643 . G A 2107.53 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485703;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6695;QD=62.9113;RBI=0.0164708;REFB=0;REVB=-0.0157384;RO=0;SAF=75;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45096e-05;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:59:75:0:0:59:75:0:0 chr4 129143534 . A G 246.06 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0539821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.756;QD=15.8747;RBI=0.0547955;REFB=-0.000134811;REVB=0.009406;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12111;STB=0.57588;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00121809;OID=.;OPOS=129143534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:11:16:16:18:11:17:16:18 chr4 129191716 . TA T 288.06 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=102;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0927267;FXX=0.0095229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.0861;QD=11.0794;RBI=0.0943039;REFB=-0.00157836;REVB=-0.0171753;RO=45;SAF=32;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502375;STB=0.543291;STBP=0.359;TYPE=del;VARB=0.0145847;OID=.;OPOS=129191717;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528846:54:102:55:104:49:33:22:25:24:99:45:32:22:24:21 chr4 129208649 . C T 530.07 PASS AF=0.449612;AO=47;DP=118;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00702082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.892;QD=16.4362;RBI=0.0124949;REFB=-0.00615467;REVB=0.0103359;RO=70;SAF=18;SAR=29;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189552;STB=0.512711;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00774421;OID=.;OPOS=129208649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:129:70:71:47:58:0.449612:29:18:28:42:33:25:29:42 chr4 129677184 . C A 277.58 PASS AF=0.476923;AO=29;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0131712;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.057;QD=17.0816;RBI=0.0132201;REFB=-0.00404814;REVB=0.00113556;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091965;STB=0.539122;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00893309;OID=.;OPOS=129677184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:33:34:29:31:0.476923:13:16:15:18:15:16:15:19 chr4 129677238 . GT G,GC 932.29 PASS AF=0.015625,0.984375;AO=16,47;DP=63;FAO=1,63;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787154,0.108699;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.617,163.417;QD=58.2683;RBI=0.0853966,0.115579;REFB=0,0;REVB=0.033113,0.0392804;RO=0;SAF=16,13;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0789856,0.00121275;OID=.,.;OPOS=129677239,129677239;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015625,0.984375:16,47:63:1,63:64:0:1,28:0,35:0:0:3:0:16,13:0,34:0:0 chr4 129867280 . T A 909.09 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508338;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.5;QD=56.8179;RBI=0.0508672;REFB=-0.132413;REVB=-0.00184496;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000809321;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:0:1:31:32:0:1 chr4 129924977 . C A 1267.12 PASS AF=0.934783;AO=86;DP=92;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.04989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8307;QD=55.0924;RBI=0.0500266;REFB=-0.0132552;REVB=0.00369354;RO=6;SAF=54;SAR=32;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497878;STB=0.52631;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000622941;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:92:92:6:6:86:86:0.934783:32:54:6:0:32:54:6:0 chr4 130030652 . A G 1015.12 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487095;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.325;QD=58.0071;RBI=0.0562986;REFB=-0.096;REVB=0.0282298;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129508;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00322732;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:1:0:33:36:1:0 chr4 133367588 . T C 1754.45 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7515;QD=59.9813;RBI=0.0261275;REFB=-0.0836192;REVB=0.0181586;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684573;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:117:117:0:0:116:117:1:58:58:0:0:59:58:0:0 chr4 134082967 . T C 3239.86 PASS AF=0.467133;AO=328;DP=732;FAO=334;FDP=715;FR=.;FRO=381;FSAF=145;FSAR=189;FSRF=176;FSRR=205;FWDB=-0.00580484;FXX=0.0311649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.021;QD=18.1251;RBI=0.0688917;REFB=0.00724011;REVB=0.0686467;RO=349;SAF=140;SAR=188;SRF=156;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193114;STB=0.51502;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00891529;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:732:715:349:381:328:334:0.467133:188:140:156:193:189:145:176:205 chr4 134112139 . CA AC,C 48.72 PASS AF=0.0537634,0.129032;AO=5,21;DP=95;FAO=5,12;FDP=93;FR=.;FRO=76;FSAF=0,5;FSAR=5,7;FSRF=63;FSRR=13;FWDB=-0.0108525,0.0322641;FXX=0.0210504;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=153.053,11.9159;QD=2.09528;RBI=0.0150947,0.153003;REFB=-0.00585972,-0.0897237;REVB=-0.0104916,-0.149563;RO=61;SAF=0,6;SAR=5,15;SRF=56;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.812634,-0.682289;STB=0.999111,0.826038;STBP=0,0.063;TYPE=mnp,del;VARB=0.142205,0.119445;OID=.,.;OPOS=134112139,134112140;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:95:93:61:76:5,21:5,12:0.0537634,0.129032:5,15:0,6:56:5:5,7:0,5:63:13 chr4 134710268 . G A 406.5 PASS AF=0.441176;AO=46;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0101512;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.468;QD=15.9413;RBI=0.010152;REFB=-0.00197336;REVB=0.000129394;RO=57;SAF=21;SAR=25;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531358;STB=0.535604;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00369952;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:57:57:46:45:0.441176:25:21:23:34:24:21:23:34 chr4 135121066 . T G 1032.11 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.637;QD=58.1469;RBI=0.0283475;REFB=-0.163108;REVB=0.00756493;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000362855;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:71:0:1:69:70:0.985915:30:39:0:0:30:40:1:0 chr4 135121368 . G T 798.26 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191093;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.094;QD=57.0189;RBI=0.0218184;REFB=0;REVB=0.0105298;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021625;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:38:18:0:0 chr4 135121601 . C T 542.26 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122657;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.567;QD=60.251;RBI=0.012289;REFB=0;REVB=-0.000757213;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67902e-05;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr4 138449683 . A G 418.51 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00544776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.463;QD=17.6213;RBI=0.0103048;REFB=-0.028773;REVB=0.00874703;RO=50;SAF=28;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032614;STB=0.532473;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.035145;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:52:43:43:0.452632:15:28:31:19:15:28:31:21 chr4 139086246 . A G 163.89 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00830878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.939;QD=11.1111;RBI=0.0286866;REFB=-0.00688147;REVB=0.027457;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.569968;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0127008;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:24:14:10:11:24:14 chr4 139092719 . A G 389.93 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0382542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5625;QD=21.663;RBI=0.0455957;REFB=-0.0176166;REVB=0.0248109;RO=33;SAF=17;SAR=22;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114254;STB=0.562883;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0161221;OID=.;OPOS=139092719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:22:17:10:23:22:17:10:23 chr4 139100372 . C T 923.23 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127292;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.979;QD=58.618;RBI=0.014174;REFB=0;REVB=-0.0062346;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09046e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:19:44:0:0:19:44:0:0 chr4 139135799 . T A,C 6371.8 PASS AF=0.0508475,0.949153;AO=20,393;DP=416;FAO=21,392;FDP=413;FR=.;FRO=0;FSAF=14,175;FSAR=7,217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334016,0.0554424;FXX=0.0119614;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.864,99.8014;QD=61.7124;RBI=0.00334034,0.0554573;REFB=0,0;REVB=-3.46318e-05,0.00128673;RO=0;SAF=13,176;SAR=7,217;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.45791e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0576045,0.00104667;OID=.,.;OPOS=139135799,139135799;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:416:413:0:0:20,393:21,392:0.0508475,0.949153:7,217:13,176:0:0:7,217:14,175:0:0 chr4 140005294 . A G 1725.87 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3184;QD=60.5567;RBI=0.0732484;REFB=0;REVB=-0.0719685;RO=0;SAF=70;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442562;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:43:70:0:0:43:71:0:0 chr4 140417671 . G C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.832;QD=59.5016;RBI=0.0323573;REFB=0;REVB=-0.010098;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37905e-05;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr4 140606425 . G A 236.02 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0259649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0135;QD=17.4832;RBI=0.0398535;REFB=-0.024599;REVB=-0.0302344;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145973;STB=0.502913;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.035125;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:16:11:11:15:16:12 chr4 140606447 . G T 298.3 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0167591;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.383;QD=18.3571;RBI=0.0407541;REFB=-0.00535469;REVB=0.0371488;RO=33;SAF=22;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109368;STB=0.546406;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00566968;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:9:22:20:13:10:22:20:13 chr4 140640703 . G T 375.68 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=79;FAO=38;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0362667;FXX=0.0253133;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.531;QD=19.5156;RBI=0.0369806;REFB=-0.0401212;REVB=-0.00723117;RO=22;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118596;STB=0.593469;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0297753;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:22:39:36:38:0.493506:12:24:15:7:12:26:20:19 chr4 140640766 . G A 346.06 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.018481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4273;QD=24.7182;RBI=0.0652474;REFB=-0.030733;REVB=0.0625754;RO=22;SAF=18;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859134;STB=0.547142;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.022307;OID=.;OPOS=140640766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:16:18:9:13:16:18:9:13 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 96.03 PASS AF=0,1;AO=3,4;DP=10;FAO=0,10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606146,0.0607799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=200.967,219.853;QD=38.4137;RBI=0.104048,0.108005;REFB=0,0;REVB=0.0845691,0.0892803;RO=0;SAF=3,2;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00141936;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,4:10:0,10:10:0:0,5:0,5:0:0:4:0:3,2:0,2:0:0 chr4 141295264 . G A 385.27 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0299536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.429;QD=28.5386;RBI=0.0375222;REFB=-0.0134514;REVB=-0.0225987;RO=18;SAF=21;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859288;STB=0.546849;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00634776;OID=.;OPOS=141295264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:15:21:8:10:15:21:8:10 chr4 141543997 . G A 583.03 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0116423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.993;QD=25.3489;RBI=0.0118273;REFB=-0.0323988;REVB=-0.00208331;RO=38;SAF=28;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152182;STB=0.506576;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0180165;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:39:53:53:0.576087:25:28:20:18:25:28:20:19 chr4 141600320 . A G 104.26 PASS AF=0.325;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0462802;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4413;QD=10.4262;RBI=0.0519259;REFB=-0.0093318;REVB=0.0235465;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323571;STB=0.541767;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0338418;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:12:13:0.325:7:5:12:15:8:5:12:15 chr4 141789196 . C A 738.98 PASS AF=0.503311;AO=73;DP=148;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.00582046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.086;QD=19.5756;RBI=0.00906192;REFB=-0.0142705;REVB=0.00694554;RO=70;SAF=31;SAR=42;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192572;STB=0.61403;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.015391;OID=.;OPOS=141789196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:70:75:73:76:0.503311:42:31:45:25:44:32:49:26 chr4 141974816 . A C 264.98 PASS AF=0.46875;AO=23;DP=57;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00981987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.348;QD=16.5615;RBI=0.11228;REFB=-0.00396203;REVB=0.11185;RO=34;SAF=18;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360378;STB=0.569573;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00392452;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:64:34:34:23:30:0.46875:5:18:16:18:12:18:16:18 chr4 142640637 . A G 591.36 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00595591;FXX=0.00751823;HRUN=8;LEN=1;MLLD=257.338;QD=17.9201;RBI=0.0154258;REFB=-0.0172191;REVB=-0.0142296;RO=41;SAF=20;SAR=30;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330721;STB=0.50108;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0140025;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:41:64:50:60:0.454545:30:20:18:23:32:28:30:34 chr4 142654084 . C A 460.77 PASS AF=0.46729;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=1.63527e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.145;QD=17.225;RBI=0.00140565;REFB=0.00742167;REVB=0.00140556;RO=55;SAF=22;SAR=27;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108766;STB=0.564575;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0098914;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:57:49:50:0.46729:27:22:31:24:28:22:32:25 chr4 143043340 . A G 453.37 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=4.72411e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.445;QD=16.3375;RBI=0.0704264;REFB=-0.00736206;REVB=0.0704264;RO=61;SAF=30;SAR=20;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673131;STB=0.503758;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00885007;OID=.;OPOS=143043340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:20:30:37:24:20:30:37:24 chr4 143043397 . G A 299.1 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.102882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7355;QD=16.1677;RBI=0.104172;REFB=-0.0215423;REVB=-0.0163394;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632685;STB=0.535633;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0265802;OID=.;OPOS=143043397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:21:20:14:19:21:20 chr4 144135718 . G A 434.61 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.003894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3689;QD=17.3846;RBI=0.0175706;REFB=-0.00337782;REVB=-0.0171337;RO=55;SAF=30;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199578;STB=0.601352;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00597424;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:55:44:45:0.45:14:30:27:28:15:30:27:28 chr4 144442735 . C T 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5908;QD=56.6981;RBI=0.0499801;REFB=0;REVB=0.0412765;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247769;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr4 144467104 . T C 1019.38 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.481;QD=59.0945;RBI=0.0185662;REFB=0;REVB=-0.0109651;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25336e-07;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:29:38:0:0:29:40:0:0 chr4 144618610 . G C 1980.35 PASS AF=0.977444;AO=131;DP=134;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0111853;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.481;QD=59.5595;RBI=0.0157155;REFB=-0.0227204;REVB=-0.0110393;RO=1;SAF=73;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646654;STB=0.502409;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.000269513;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:133:1:3:131:130:0.977444:58:73:1:0:57:73:2:1 chr4 144799840 . G A 291.66 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00860557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.942;QD=17.6764;RBI=0.0716761;REFB=-6.74314e-05;REVB=-0.0711576;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184364;STB=0.606676;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-6.94022e-06;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:34:31:32:0.484848:17:14:21:11:18:14:22:12 chr4 144801662 . C T 1423.78 PASS AF=0.990099;AO=95;DP=99;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6889;QD=56.3874;RBI=0.0293006;REFB=-0.068767;REVB=0.00890292;RO=2;SAF=55;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316308;STB=0.504504;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00498357;OID=.;OPOS=144801662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:101:2:1:95:100:0.990099:40:55:1:1:45:55:1:0 chr4 144918712 . C G 141.85 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0245413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3703;QD=13.8393;RBI=0.054771;REFB=-0.00408092;REVB=-0.0489652;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430056;STB=0.53654;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00730139;OID=.;OPOS=144918712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:8:8:13:11:8:8:14:11 chr4 144922436 . T G 65.17 PASS AF=0.119048;AO=15;DP=127;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=0.00351432;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.104;QD=2.06885;RBI=0.0285948;REFB=-0.0058965;REVB=-0.0283781;RO=111;SAF=4;SAR=11;SRF=40;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131462;STB=0.595924;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0507096;OID=.;OPOS=144922436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:127:126:111:111:15:15:0.119048:11:4:40:71:11:4:40:71 chr4 145041686 . A G 799.7 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00187735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1079;QD=52.4392;RBI=0.0324505;REFB=-0.111657;REVB=0.0323962;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.523069;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00841208;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:61:61:1:3:58:58:0.95082:31:27:0:1:31:27:0:3 chr4 145041741 . T G 732.51 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0645266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.767;QD=51.4042;RBI=0.0650228;REFB=0.0684359;REVB=0.00801758;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129132;STB=0.519473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00075133;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:1:3:54:54:0.947368:36:18:0:1:36:18:2:1 chr4 146054799 . G C 371.42 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0182692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1652;QD=15.0071;RBI=0.0184409;REFB=-0.0204508;REVB=0.00251093;RO=57;SAF=24;SAR=16;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735874;STB=0.527646;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0375791;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:59:40:40:0.40404:16:24:38:19:16:24:38:21 chr4 146057637 . A AAC,C 202.17 PASS AF=0.458333,0.0208333;AO=16,2;DP=53;FAO=22,1;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=19,1;FSAR=3,0;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.0151963,-0.0142179;FXX=0.058812;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=224.792,224.33;QD=16.8478;RBI=0.0177352,0.0329619;REFB=-0.0121373,-0.0107769;REVB=0.0091438,0.0297379;RO=33;SAF=13,2;SAR=3,0;SRF=30;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213526,0.31516;STB=0.629175,0.981046;STBP=0.4,0.612;TYPE=ins,snp;VARB=0.0127491,0.0171573;OID=.,.;OPOS=146057638,146057637;OREF=-,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:48:33:25:16,2:22,1:0.458333,0.0208333:3,0:13,2:30:3:3,0:19,1:24:1 chr4 146480094 . T C 165.06 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0167905;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.449;QD=14.0472;RBI=0.0181937;REFB=-0.00302332;REVB=-0.00700638;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.596904;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00640389;OID=.;OPOS=146480094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:29:17:18:0.382979:6:11:11:10:6:12:15:14 chr4 146682333 . G A 342.59 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00106821;FXX=0.0519413;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.239;QD=18.7721;RBI=0.0189981;REFB=-0.0152221;REVB=0.0189681;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256493;STB=0.507435;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0181353;OID=.;OPOS=146682333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:38:35:35:0.479452:18:17:18:17:18:17:19:19 chr4 147788709 . C T 4648.31 PASS AF=1;AO=289;DP=290;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.648;QD=63.6755;RBI=0.0190565;REFB=0;REVB=0.0161065;RO=0;SAF=155;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52127e-06;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:290:292:0:0:289:292:1:134:155:0:0:137:155:0:0 chr4 147824864 . G A 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9297;QD=63.7497;RBI=0.0401554;REFB=0;REVB=-0.0298828;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230686;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr4 148461037 . T C 490.31 PASS AF=0.375796;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.0264562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8882;QD=12.4919;RBI=0.0414768;REFB=-0.0115633;REVB=0.0319436;RO=98;SAF=25;SAR=34;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168926;STB=0.509585;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.019098;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:98:98:59:59:0.375796:34:25:43:55:34:25:43:55 chr4 148461073 . G A 456.97 PASS AF=0.358108;AO=54;DP=150;FAO=53;FDP=148;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.00105344;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.739;QD=12.3507;RBI=0.00709942;REFB=-0.00856956;REVB=0.00702083;RO=96;SAF=19;SAR=35;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406366;STB=0.527628;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0153377;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:96:95:54:53:0.358108:35:19:37:59:35:18:36:59 chr4 148463633 . T TC 79.53 PASS AF=0.15942;AO=22;DP=139;FAO=22;FDP=138;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.0972186;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.9805;QD=2.3053;RBI=0.10131;REFB=-0.00138239;REVB=-0.0285001;RO=116;SAF=21;SAR=1;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658407;STB=0.944407;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00530899;OID=.;OPOS=148463634;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15942:22:139:22:138:116:21:1:55:61:79:116:21:1:55:61 chr4 148559848 . A G 238.58 PASS AF=0.367089;AO=27;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.148147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9166;QD=12.0799;RBI=0.15045;REFB=-0.0171551;REVB=0.0262271;RO=52;SAF=23;SAR=4;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454071;STB=0.783558;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0300833;OID=.;OPOS=148559848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:50:27:29:0.367089:4:23:27:25:4:25:25:25 chr4 149000024 . C T 916.59 PASS AF=1;AO=48;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.246;QD=58.1959;RBI=0.0511967;REFB=0;REVB=0.0144768;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170509;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:48:63:1:30:18:0:0:32:31:0:0 chr4 149002016 . ATTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTTAT 265.28 PASS AF=1,0;AO=29,3;DP=46;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536211,-0.060266;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.11563,11.5249;QD=23.0678;RBI=0.0950885,0.0604948;REFB=-0.0163765,0.0313794;REVB=0.0785277,-0.00525666;RO=11;SAF=12,1;SAR=17,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0262258,-0.0359791;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0110613,0;OID=.,.;OPOS=149002017,149002023;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:29,3:46:46,0:46:0:18,0:28,0:0:0:6:11:12,1:17,2:4:7 chr4 149356516 . A G 2320.77 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.86;QD=61.0729;RBI=0.0383743;REFB=0;REVB=-0.0274746;RO=0;SAF=83;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55493e-07;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:68:83:0:0:69:83:0:0 chr4 149357475 . C T 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.231;QD=57.6735;RBI=0.0272443;REFB=0;REVB=0.0258797;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183932;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr4 149358014 . G C 272.55 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.344;QD=51.9134;RBI=0.0309606;REFB=0;REVB=0.000479956;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129813;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:16:5:0:0 chr4 150769133 . G A 568.86 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.000961486;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.789;QD=17.2382;RBI=0.00473905;REFB=-0.0037056;REVB=0.00464049;RO=69;SAF=34;SAR=26;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993346;STB=0.566644;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00348893;OID=.;OPOS=150769133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:72:60:60:0.454545:26:34:32:37:26:34:32:40 chr4 151199080 . G A 506.91 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.00500666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.187;QD=17.9439;RBI=0.0187505;REFB=-0.00954092;REVB=-0.0180698;RO=58;SAF=36;SAR=18;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047374;STB=0.532455;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00953567;OID=.;OPOS=151199080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:18:36:36:22:18:36:36:23 chr4 151207127 . C T 287.23 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0419485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.099;QD=24.9769;RBI=0.0420868;REFB=-0.00351975;REVB=-0.00340956;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119036;STB=0.555513;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00270229;OID=.;OPOS=151207127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:11:15:8:11:11:15:9:11 chr4 151505322 . T A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0661285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.713;QD=17.3255;RBI=0.0712412;REFB=-0.0144406;REVB=-0.0265013;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366891;STB=0.709044;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0105849;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:17:8:14:6:17:8 chr4 151719263 . A G 398.74 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0230469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.823;QD=23.8054;RBI=0.0230523;REFB=-0.0172024;REVB=0.000499228;RO=28;SAF=24;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17092;STB=0.593919;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0186542;OID=.;OPOS=151719263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:15:24:11:17:15:24:11:17 chr4 152041502 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.507;QD=59.8389;RBI=0.0242758;REFB=0;REVB=-0.0238276;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141921;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr4 152065197 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.012774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.251;QD=14.3349;RBI=0.018227;REFB=-0.0197439;REVB=0.0130018;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171346;STB=0.599339;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0330211;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:15:11:10:7:15:11 chr4 152070633 . T A 714.09 PASS AF=0.477707;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.0154812;FXX=0.0187488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.834;QD=18.1933;RBI=0.0204206;REFB=-0.0172198;REVB=-0.0133167;RO=77;SAF=46;SAR=29;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352155;STB=0.51832;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0166987;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:77:82:75:75:0.477707:29:46:50:27:29:46:53:29 chr4 152201053 . G A 479.98 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0197776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.535;QD=17.1422;RBI=0.0276418;REFB=-0.00600519;REVB=0.019311;RO=60;SAF=22;SAR=30;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106627;STB=0.559369;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00593849;OID=.;OPOS=152201053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:30:22:32:28:30:22:32:28 chr4 152212486 . C T 273.34 PASS AF=0.380952;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00758864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5526;QD=13.0162;RBI=0.024866;REFB=-0.050653;REVB=-0.0236797;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571941;STB=0.528468;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0365471;OID=.;OPOS=152212486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:31:32:0.380952:15:16:29:22:15:17:30:22 chr4 152212603 . T G 326.29 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0445826;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6003;QD=17.1729;RBI=0.0652073;REFB=0.0188383;REVB=0.0475856;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146092;STB=0.508192;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0240505;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:41:35:35:0.460526:21:14:17:24:21:14:17:24 chr4 152624972 . A G 2239.21 PASS AF=0.993103;AO=142;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0603575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1305;QD=61.7714;RBI=0.0664677;REFB=-0.141386;REVB=0.0278375;RO=0;SAF=88;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43341e-08;STB=0.504504;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0019725;OID=.;OPOS=152624972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:144:145:0:1:142:144:0.993103:54:88:0:0:55:89:0:1 chr4 152682046 . G C,T 1552.99 PASS AF=0.0550459,0.944954;AO=5,100;DP=106;FAO=6,103;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=3,59;FSAR=3,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008002,0.0742832;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.817,58.1969;QD=56.9904;RBI=0.00828017,0.0761999;REFB=-0.14358,-0.0654843;REVB=-0.00212818,-0.0169833;RO=1;SAF=2,57;SAR=3,43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169284,-0.00825052;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0480339,0.00188443;OID=.,.;OPOS=152682046,152682046;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:106:109:1:0:5,100:6,103:0.0550459,0.944954:3,43:2,57:1:0:3,44:3,59:0:0 chr4 153562136 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0208274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.256;QD=14.6505;RBI=0.0284748;REFB=-0.0188122;REVB=-0.0194173;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444756;STB=0.502536;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0223191;OID=.;OPOS=153562136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:12:19:14:9:12:19 chr4 153690842 . T C 1481.78 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.004743;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8656;QD=62.3909;RBI=0.0337391;REFB=0.0111748;REVB=0.0334041;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00107791;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:93:94:0.989474:35:58:0:0:35:59:0:1 chr4 153896358 . C T 1195.26 PASS AF=0.517699;AO=117;DP=227;FAO=117;FDP=226;FR=.;FRO=109;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.00448692;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.175;QD=21.1551;RBI=0.0122699;REFB=-0.00438461;REVB=0.01142;RO=105;SAF=56;SAR=61;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043499;STB=0.514071;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00422275;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:105:109:117:117:0.517699:61:56:45:60:61:56:49:60 chr4 153897318 . CG C 51.27 PASS AF=0.526316;AO=7;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0222567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2912;QD=10.7941;RBI=0.241529;REFB=-0.0489115;REVB=0.240502;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328854;STB=0.650903;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.0869819;OID=.;OPOS=153897319;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:7:19:10:19:9:4:6:1:8:45:9:3:4:1:8 chr4 153897770 . G A 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0102387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.529;QD=15.3562;RBI=0.0174828;REFB=-0.0150795;REVB=0.014171;RO=44;SAF=10;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189863;STB=0.607775;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0163078;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:23:10:21:23:23:10:21:23 chr4 153898178 . A G 137.67 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5892;QD=39.3345;RBI=0.0474853;REFB=0.0720058;REVB=-0.00960497;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00855942;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:1:0:8:5:1:0 chr4 154216710 . G A 273.28 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.000283153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.193;QD=31.2323;RBI=0.00597291;REFB=-0.0105058;REVB=-0.00596619;RO=11;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20281;STB=0.611417;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00453224;OID=.;OPOS=154216710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:11:11:24:24:0.685714:15:9:8:3:15:9:8:3 chr4 154276856 . A G 503.26 PASS AF=0.350282;AO=62;DP=177;FAO=62;FDP=177;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=0.0702903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1563;QD=11.373;RBI=0.0741852;REFB=-0.0346032;REVB=0.0237214;RO=115;SAF=30;SAR=32;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430334;STB=0.524582;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0619962;OID=.;OPOS=154276856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:115:115:62:62:0.350282:32:30:60:55:32:30:60:55 chr4 154303033 . A G 408.04 PASS AF=0.506173;AO=39;DP=79;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0157928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.892;QD=20.1503;RBI=0.0196374;REFB=-0.00898931;REVB=-0.011671;RO=40;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339885;STB=0.534344;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00883249;OID=.;OPOS=154303033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:40:40:39:41:0.506173:14:25:27:13:16:25:27:13 chr4 154387597 . G C 271.66 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5697;QD=51.744;RBI=0.0862155;REFB=0;REVB=0.0815088;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030265;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr4 154478222 . C T 337.83 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0689781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5786;QD=17.5496;RBI=0.0721906;REFB=-0.00517607;REVB=-0.0212955;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415278;STB=0.523243;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.004402;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:20:16:20:21:20:16:20:21 chr4 154479430 . T C 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0113262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7596;QD=28.1258;RBI=0.0123062;REFB=0.0089589;REVB=-0.00481237;RO=14;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122609;STB=0.56763;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00672211;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:13:11:9:5:13:11:9:5 chr4 154513627 . A G 368.92 PASS AF=0.394958;AO=41;DP=113;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.00433503;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.919;QD=12.4006;RBI=0.0259045;REFB=-0.00994827;REVB=0.0255392;RO=72;SAF=19;SAR=22;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117587;STB=0.586711;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0222983;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:119:72:72:41:47:0.394958:22:19:41:31:27:20:41:31 chr4 154513722 . C T 251.31 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0192163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.204;QD=9.13858;RBI=0.019261;REFB=-0.011735;REVB=0.00131064;RO=76;SAF=16;SAR=18;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965935;STB=0.55647;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0260916;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:18:16:42:34:18:16:42:34 chr4 154514965 . T C 299.58 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00102481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.407;QD=16.1937;RBI=0.0107422;REFB=-0.0228627;REVB=0.0106932;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607054;STB=0.542084;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0242971;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:41:32:33:0.445946:16:16:18:23:16:17:18:23 chr4 154525458 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0376805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.229;QD=16.8737;RBI=0.0445825;REFB=0.0060629;REVB=0.0238282;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162302;STB=0.592581;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00861483;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:16:10:11:9:16:10 chr4 154624656 . T C 379.15 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00747947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.119;QD=18.9572;RBI=0.00859664;REFB=0.00462308;REVB=-0.00423789;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025629;STB=0.526847;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00573619;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:41:38:39:0.4875:21:17:19:21:22:17:20:21 chr4 154625409 . T C 301.65 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0195889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8383;QD=25.1379;RBI=0.0377396;REFB=-0.00145496;REVB=0.0322577;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117851;STB=0.565624;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00179797;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:19:8:9:12:19:8:9:12 chr4 154631543 . A T 209.31 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.016099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.326;QD=13.7254;RBI=0.0211838;REFB=-0.00742184;REVB=-0.0137686;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217066;STB=0.623279;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0147436;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:24:25:0.409836:10:14:13:22:10:15:14:22 chr4 154636601 . TGGGGAC TGGGAC,TGGGACG 89.34 PASS AF=0.444444,0;AO=7,3;DP=35;FAO=16,0;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=15,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.161564,-0.0284296;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=16.4491,101.533;QD=9.92616;RBI=0.161807,0.0390717;REFB=0.0162931,0.0187405;REVB=0.00886738,-0.0268023;RO=21;SAF=0,0;SAR=7,3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.565789,0;SSSB=-0.77358,-0.659434;STB=0.893894,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0125818,0;OID=.,.;OPOS=154636602,154636605;OREF=G,GAC;OALT=-,ACG;OMAPALT=TGGGAC,TGGGACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0:7,3:35:16,0:36:20:1,0:15,0:12:8:85:21:0,0:7,3:14:7 chr4 154709854 . G A 258.9 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0541501;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2375;QD=20.3058;RBI=0.0595295;REFB=-0.0186788;REVB=0.0247292;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484316;STB=0.52306;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0342632;OID=.;OPOS=154709854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:21:24:27:27:0.529412:17:10:9:12:17:10:10:14 chr4 154709856 . A C,G 681.69 PASS AF=0.901961,0.0784314;AO=47,4;DP=51;FAO=46,4;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=16,3;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00272499,-0.0125987;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.074,144.924;QD=53.4661;RBI=0.0243987,0.0305742;REFB=0.157753,0.0214259;REVB=0.024246,0.0278578;RO=0;SAF=17,2;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508193,0.665771;STBP=0.514,0.288;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00126788,0.0503295;OID=.,.;OPOS=154709856,154709856;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:51:51:0:1:47,4:46,4:0.901961,0.0784314:30,2:17,2:0:0:30,1:16,3:0:1 chr4 155156207 . G A 1404.85 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025538;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.17;QD=63.1394;RBI=0.00527366;REFB=0;REVB=0.00461407;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21328e-05;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr4 155219318 . C T 218.16 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=45;FAO=22;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00498319;FXX=0.10636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5315;QD=20.7776;RBI=0.0249558;REFB=0.00719977;REVB=-0.0244532;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992364;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00152853;OID=.;OPOS=155219318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:16:20:20:22:0.52381:10:10:6:10:10:12:9:11 chr4 155219361 . A G 167.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.031175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.663;QD=15.1946;RBI=0.0312379;REFB=0.00297883;REVB=0.00198133;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198113;STB=0.613517;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00437773;OID=.;OPOS=155219361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:18:8:9:9:18:8 chr4 155219662 . G C 458.89 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00229023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2762;QD=18.3555;RBI=0.00267558;REFB=0.00201586;REVB=-0.00138332;RO=54;SAF=28;SAR=18;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213778;STB=0.511921;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00214923;OID=.;OPOS=155219662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:18:28:34:20:18:28:34:20 chr4 155243573 . C T 1894.78 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5949;QD=61.6189;RBI=0.0257168;REFB=0;REVB=-0.0225547;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115484;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:62:60:0:0:62:61:0:0 chr4 155243604 . T C 1471.12 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0504982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8153;QD=60.0456;RBI=0.0530556;REFB=-0.0346752;REVB=0.0162735;RO=3;SAF=46;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299204;STB=0.515786;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00316892;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:98:3:3:95:95:0.969388:49:46:3:0:49:46:3:0 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT 493.97 PASS AF=0,1;AO=9,20;DP=46;FAO=0,43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189744,0.0183857;FXX=0.0652032;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=201.763,211.362;QD=45.9506;RBI=0.0229239,0.0183973;REFB=0,0;REVB=0.0128639,0.000651027;RO=0;SAF=7,15;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00022857;OID=.,.;OPOS=155244422,155244402;OREF=TTTGT,TTTG;OALT=-,-;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,20:46:0,43:43:0:0,25:0,18:0:0:9:0:7,15:2,5:0:0 chr4 155244475 . G T 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.956;QD=61.185;RBI=0.0133896;REFB=-0.0834441;REVB=0.00167233;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-2.77978e-05;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr4 155256205 . G A 1130.28 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.064;QD=58.7159;RBI=0.0314839;REFB=-0.117017;REVB=0.0226776;RO=1;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571126;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:77:1:0:73:77:1:46:27:0:1:50:27:0:0 chr4 155287535 . T C 1497.45 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470211;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.46;QD=59.898;RBI=0.049703;REFB=0;REVB=0.016106;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227445;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr4 155295076 . A G 377.46 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00464461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8597;QD=24.352;RBI=0.014298;REFB=-0.00272427;REVB=0.0135226;RO=25;SAF=12;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123868;STB=0.568144;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00212379;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:25:12:12:13:25:12:12:13 chr4 155312411 . G A 166.5 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0177765;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.781;QD=12.808;RBI=0.0177776;REFB=-0.0166289;REVB=0.000197805;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133273;STB=0.576848;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.019544;OID=.;OPOS=155312411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:20:12:10:10:20:12 chr4 155407680 . A G 69.67 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0311481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.6044;QD=6.48096;RBI=0.0694524;REFB=0.0191689;REVB=0.062076;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547878;STB=0.534814;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0360311;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:5:5:18:15:5:5:18:15 chr4 155410822 . G A 730.53 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0274113;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4579;QD=19.7441;RBI=0.0274156;REFB=-0.00755865;REVB=-0.000481707;RO=71;SAF=43;SAR=29;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444419;STB=0.516662;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00755775;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:71:76:72:72:0.486486:29:43:39:32:29:43:43:33 chr4 155411065 . T C 893.57 PASS AF=0.454976;AO=95;DP=212;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.016347;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.686;QD=16.9396;RBI=0.0230101;REFB=-0.00724488;REVB=-0.0161938;RO=113;SAF=38;SAR=57;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780852;STB=0.540058;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00955209;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:113:115:95:96:0.454976:57:38:54:59:57:39:55:60 chr4 155411104 . A C 3391.58 PASS AF=0.99095;AO=219;DP=222;FAO=219;FDP=221;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00605942;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8705;QD=61.386;RBI=0.0262916;REFB=0.000435921;REVB=-0.0255838;RO=2;SAF=114;SAR=105;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828482;STB=0.504347;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-5.48067e-05;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:222:221:2:2:219:219:0.99095:105:114:2:0:105:114:2:0 chr4 155411320 . C T 334.22 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0351919;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5446;QD=21.916;RBI=0.0355802;REFB=0.00373566;REVB=0.00524194;RO=27;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279309;STB=0.654471;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00170315;OID=.;OPOS=155411320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:27:34:34:0.557377:23:11:18:9:23:11:18:9 chr4 155411939 . A C 989.79 PASS AF=0.434426;AO=103;DP=243;FAO=106;FDP=244;FR=.;FRO=138;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=93;FSRR=45;FWDB=-0.0261468;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3248;QD=16.2261;RBI=0.0729452;REFB=-0.0115684;REVB=-0.068098;RO=139;SAF=64;SAR=39;SRF=93;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053083;STB=0.542173;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0235633;OID=.;OPOS=155411939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:139:138:103:106:0.434426:39:64:93:46:42:64:93:45 chr4 155412430 . G A 443.98 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0163507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.17;QD=17.2421;RBI=0.0165931;REFB=-0.0131657;REVB=0.0028258;RO=52;SAF=32;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164232;STB=0.579276;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0142939;OID=.;OPOS=155412430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:55:48:48:0.466019:16:32:26:26:16:32:29:26 chr4 155412464 . C T 487.1 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0601415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0411;QD=22.6558;RBI=0.0622808;REFB=-0.0145846;REVB=0.0161831;RO=39;SAF=23;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01068;STB=0.50099;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0162179;OID=.;OPOS=155412464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:46:47:0.546512:23:23:20:19:23:24:20:19 chr4 155507590 . T C 153.47 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0212373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3987;QD=14.2764;RBI=0.0222257;REFB=-0.0102831;REVB=-0.00655425;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300805;STB=0.670491;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0123119;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:4:22:10:7:4:22 chr4 155671626 . T G 105.73 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0151923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.738;QD=12.8164;RBI=0.016397;REFB=-0.029359;REVB=0.0061689;RO=20;SAF=11;SAR=1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540695;STB=0.838499;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0269797;OID=.;OPOS=155671626;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:1:11:11:9:1:12:11:9 chr4 155720274 . T C 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0135625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.614;QD=18.9387;RBI=0.0142221;REFB=-0.00947454;REVB=0.00428108;RO=29;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175734;STB=0.598444;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0067462;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:21:9:14:15:21:9:14:15 chr4 156135676 . C T 439.28 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0243165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9506;QD=13.1127;RBI=0.0748777;REFB=0.00798016;REVB=0.0708193;RO=83;SAF=28;SAR=23;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207677;STB=0.511788;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0131322;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:83:83:51:51:0.380597:23:28:44:39:23:28:44:39 chr4 156136027 . C T 594.49 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.000468202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.477;QD=22.2241;RBI=0.0735657;REFB=0.013859;REVB=0.0735642;RO=48;SAF=32;SAR=27;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686214;STB=0.53756;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0130222;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:27:32:30:18:27:32:30:18 chr4 156273768 . T C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0148341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.808;QD=19.0235;RBI=0.0290417;REFB=-0.0151284;REVB=0.0249674;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486504;STB=0.530103;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0174143;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:22:13:14:19:22:13:15:20 chr4 156276289 . C T 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00270746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0344;QD=16.6369;RBI=0.00595752;REFB=-0.0142868;REVB=-0.00530676;RO=53;SAF=22;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106868;STB=0.506002;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0203544;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:19:22:29:24:19:22:29:24 chr4 156276317 . A G 305.31 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0105741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.545;QD=17.6993;RBI=0.0301214;REFB=-0.0255386;REVB=0.0282044;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107843;STB=0.566889;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0359663;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:36:32:33:0.478261:17:15:21:15:18:15:21:15 chr4 156289900 . C T 193.18 PASS AF=0.263636;AO=28;DP=107;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00817831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.57;QD=7.02474;RBI=0.016963;REFB=-0.0141258;REVB=0.0148613;RO=67;SAF=7;SAR=21;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245289;STB=0.708573;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0281408;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:67:81:28:29:0.263636:21:7:29:38:22:7:41:40 chr4 156289917 . G A 156.82 PASS AF=0.254717;AO=21;DP=101;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00153194;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0159;QD=5.9179;RBI=0.0542526;REFB=0.00441936;REVB=0.054231;RO=79;SAF=5;SAR=16;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339743;STB=0.720649;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00767085;OID=.;OPOS=156289917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:79:79:21:27:0.254717:16:5:39:40:21:6:39:40 chr4 156380807 . T G 776.01 PASS AF=0.468571;AO=81;DP=175;FAO=82;FDP=175;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.00734576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.152;QD=17.7374;RBI=0.0128611;REFB=-0.0117604;REVB=-0.0105569;RO=91;SAF=48;SAR=33;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635875;STB=0.520098;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0139769;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:91:93:81:82:0.468571:33:48:48:43:34:48:51:42 chr4 156382738 . A C 412.23 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0613724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4675;QD=18.5272;RBI=0.0626625;REFB=-0.0111242;REVB=0.0126497;RO=47;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115266;STB=0.564236;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0199273;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:23:19:27:20:23:19:27:20 chr4 156632391 . A G 1638.82 PASS AF=0.94958;AO=113;DP=119;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0088053;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.522;QD=55.0864;RBI=0.00972795;REFB=-0.0677781;REVB=0.00413518;RO=6;SAF=65;SAR=48;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895581;STB=0.504723;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00178948;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:119:6:6:113:113:0.94958:48:65:4:2:48:65:4:2 chr4 156634345 . A C 975.11 PASS AF=0.54023;AO=94;DP=175;FAO=94;FDP=174;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0154131;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.311;QD=22.4162;RBI=0.0159845;REFB=-0.00973203;REVB=-0.00423553;RO=80;SAF=41;SAR=53;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106441;STB=0.558156;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00607397;OID=.;OPOS=156634345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:80:80:94:94:0.54023:53:41:45:35:53:41:45:35 chr4 156706482 . G A 182.52 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0215343;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.917;QD=16.2236;RBI=0.0473582;REFB=-0.00878793;REVB=-0.0421791;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247031;STB=0.641712;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0115781;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:10:16:7:12:10:16 chr4 156787340 . G A,T 758.83 PASS AF=0.928571,0.0535714;AO=52,2;DP=55;FAO=52,3;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17,3;FSAR=35,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00297424,0.00913522;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.859,73.5397;QD=54.2023;RBI=0.0217301,0.0339844;REFB=0.00398243,-0.0857285;REVB=-0.0215256,-0.0327336;RO=0;SAF=17,2;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.31071e-08,0;STB=0.51428,0.5;STBP=0.259,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00120778,-0.0089056;OID=.,.;OPOS=156787340,156787340;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:55:56:0:1:52,2:52,3:0.928571,0.0535714:35,0:17,2:0:0:35,0:17,3:1:0 chr4 156847230 . A G 665.93 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157882;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=30.2967;QD=50.259;RBI=0.0281524;REFB=0.0112111;REVB=0.0233086;RO=3;SAF=27;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126854;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00171009;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:3:1:49:52:0.981132:22:27:2:1:22:30:0:1 chr4 156847236 . AAGG AAAG,AAG,AAGA,AG 591.98 PASS AF=0,0,0,1;AO=5,32,2,8;DP=48;FAO=0,0,0,49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,26;FSAR=0,0,0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749523,0.035361,-0.0436142,-0.0412682;FXX=0;HRUN=2,2,2,8;LEN=1,1,1,2;MLLD=7.09599,13.1339,8.00589,19.8292;QD=48.3245;RBI=0.0751131,0.10222,0.0824294,0.107375;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00491297,-0.0959092,-0.0699458,-0.0991281;RO=1;SAF=4,17,0,4;SAR=1,15,2,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.277405,0.0301077,0,0.0978599;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0,0.0163396,0.0506955,0.00735933;OID=.,.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847239,156847237;OREF=G,G,G,AG;OALT=A,-,A,-;OMAPALT=AAAG,AAG,AAGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/4:0,0,0,1:5,32,2,8:48:0,0,0,49:49:0:0,0,0,26:0,0,0,23:0:0:3:1:4,17,0,4:1,15,2,4:0:1 chr4 157684248 . T C 484.75 PASS AF=0.534091;AO=44;DP=85;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.010384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.193;QD=22.0342;RBI=0.0119892;REFB=-0.0150227;REVB=0.00599271;RO=40;SAF=27;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121965;STB=0.540774;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0129129;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:40:41:44:47:0.534091:17:27:19:21:20:27:20:21 chr4 158043559 . C T 520.74 PASS AF=0.413043;AO=57;DP=138;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0348141;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7034;QD=15.0938;RBI=0.0484934;REFB=-0.0133224;REVB=-0.0337578;RO=80;SAF=32;SAR=25;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025132;STB=0.518112;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0354444;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:80:81:57:57:0.413043:25:32:43:37:25:32:43:38 chr4 158065038 . T C 1380.33 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.321;QD=62.7423;RBI=0.0614119;REFB=0;REVB=0.000840851;RO=0;SAF=58;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.673e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:88:0:0:82:88:1:24:58:0:0:25:63:0:0 chr4 158073913 . T C 694.09 PASS AF=0.446429;AO=73;DP=170;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.0133255;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.407;QD=16.5259;RBI=0.014086;REFB=-0.0137405;REVB=0.0045659;RO=91;SAF=31;SAR=42;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722604;STB=0.505562;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0193063;OID=.;OPOS=158073913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:91:93:73:75:0.446429:42:31:38:53:42:33:40:53 chr4 158092040 . G A 565.96 PASS AF=0.522523;AO=52;DP=105;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00717013;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.688;QD=20.395;RBI=0.00870809;REFB=-0.0253;REVB=0.00494166;RO=52;SAF=25;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348718;STB=0.530716;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0260277;OID=.;OPOS=158092040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:111:52:53:52:58:0.522523:27:25:23:29:28:30:24:29 chr4 158238830 . T C 1225.48 PASS AF=0.421875;AO=135;DP=320;FAO=135;FDP=320;FR=.;FRO=185;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=85;FSRR=100;FWDB=0.0203406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.618;QD=15.3185;RBI=0.0206669;REFB=-0.00924908;REVB=0.00365747;RO=181;SAF=74;SAR=61;SRF=81;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103461;STB=0.551235;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0131126;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:181:185:135:135:0.421875:61:74:81:100:61:74:85:100 chr4 159076826 . C T 1920.95 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200239;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.427;QD=61.966;RBI=0.0200787;REFB=0;REVB=-0.00148197;RO=0;SAF=69;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99604e-05;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:120:124:1:51:69:0:0:51:73:0:0 chr4 159092633 . A G 1520.31 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5635;QD=59.6199;RBI=0.0429452;REFB=0;REVB=0.00829238;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181445;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr4 159601676 . C T 804.8 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.709;QD=64.3842;RBI=0.0544721;REFB=0;REVB=0.0542062;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026825;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr4 159631761 . A AC 319.72 PASS AF=0.480392;AO=43;DP=105;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0485242;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.1607;QD=12.5381;RBI=0.0716901;REFB=0.0194281;REVB=0.0527719;RO=61;SAF=19;SAR=24;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186538;STB=0.57858;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=-0.0174601;OID=.;OPOS=159631762;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480392:43:105:49:102:53:24:25:34:19:99:61:19:24:38:23 chr4 159826773 . T G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=363.376;QD=54.5177;RBI=0.0215338;REFB=0;REVB=-0.0132062;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57298e-06;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr4 159881479 . T C 375.14 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0681313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8653;QD=23.8181;RBI=0.077495;REFB=0.0217784;REVB=-0.0369269;RO=26;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716477;STB=0.503935;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0147348;OID=.;OPOS=159881479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:21:16:11:15:21:16:11:15 chr4 159894250 . C T 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00227427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.607;QD=55.2225;RBI=0.0201001;REFB=0.0149074;REVB=0.0199711;RO=1;SAF=43;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108417;STB=0.505745;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=2.32989e-05;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:13:43:1:0:13:43:1:0 chr4 159894277 . T C 243.62 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0147113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.981;QD=15.2262;RBI=0.0156729;REFB=-0.00185669;REVB=0.00540522;RO=35;SAF=25;SAR=3;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463718;STB=0.765072;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00198178;OID=.;OPOS=159894277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:3:25:20:15:3:25:21:15 chr4 159894305 . T C 1087.9 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.124;QD=59.611;RBI=0.0157462;REFB=0;REVB=0.00962696;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98815e-05;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:19:51:0:0:22:51:0:0 chr4 159894391 . G A 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0101521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.857;QD=20.246;RBI=0.0250079;REFB=-0.0087163;REVB=0.0228546;RO=32;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227169;STB=0.631758;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00179745;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:21:15:22:10:21:15:23:10 chr4 160428588 . G A 804.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.12;QD=64.3846;RBI=0.0303358;REFB=0;REVB=0.0270122;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13003e-05;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr4 162307312 . C A 537.33 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00350985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.879;QD=16.0398;RBI=0.0356554;REFB=-0.00852586;REVB=0.0354822;RO=77;SAF=35;SAR=22;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139055;STB=0.584876;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00884692;OID=.;OPOS=162307312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:76:57:58:0.432836:22:35:37:40:22:36:36:40 chr4 164048199 . G C 746.42 PASS AF=0.514493;AO=68;DP=141;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00307086;FXX=0.0482725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.904;QD=21.6355;RBI=0.00810676;REFB=-0.0203514;REVB=0.00750262;RO=62;SAF=35;SAR=33;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123642;STB=0.52152;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0142261;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:62:67:68:71:0.514493:33:35:32:30:36:35:36:31 chr4 164085425 . T C 858.34 PASS AF=0.416667;AO=95;DP=227;FAO=95;FDP=228;FR=.;FRO=133;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=68;FSRR=65;FWDB=0.0102477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.648;QD=15.0585;RBI=0.0252708;REFB=-0.0186168;REVB=0.0230998;RO=132;SAF=49;SAR=46;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855586;STB=0.502633;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0243326;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:132:133:95:95:0.416667:46:49:67:65:46:49:68:65 chr4 164272703 . G A 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0108265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.149;QD=22.9469;RBI=0.0354834;REFB=-0.0219517;REVB=-0.0337914;RO=31;SAF=29;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213272;STB=0.617933;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0145701;OID=.;OPOS=164272703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:11:29:15:16:11:29:15:16 chr4 164393117 . T A 248.22 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0301717;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.548;QD=16.5477;RBI=0.0867486;REFB=-0.000874303;REVB=-0.0813326;RO=32;SAF=23;SAR=4;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120232;STB=0.573855;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000873687;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:27:28:0.466667:4:23:25:7:4:24:25:7 chr4 164415930 . C T 560.13 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00768195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.311;QD=17.7817;RBI=0.0107285;REFB=-0.0216148;REVB=-0.00748915;RO=67;SAF=34;SAR=25;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379212;STB=0.521066;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0272574;OID=.;OPOS=164415930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:67:59:59:0.468254:25:34:36:31:25:34:36:31 chr4 164433954 . T C 239.96 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0403733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8861;QD=14.9972;RBI=0.0410077;REFB=-0.0220133;REVB=0.00718526;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188433;STB=0.592069;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0348888;OID=.;OPOS=164433954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:27:28:0.4375:10:17:16:20:11:17:16:20 chr4 164533702 . T C 539.64 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0100819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7664;QD=16.3527;RBI=0.038447;REFB=-0.00956567;REVB=0.0371016;RO=73;SAF=26;SAR=32;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586737;STB=0.536675;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.010377;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:74:58:58:0.439394:32:26:37:36:32:26:38:36 chr4 165878335 . A G 1129.79 PASS AF=1;AO=59;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7797;QD=60.2555;RBI=0.0433102;REFB=0;REVB=-0.0423776;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218198;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:59:75:1:18:41:0:0:31:44:0:0 chr4 166000195 . A G 774.38 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.237;QD=56.3188;RBI=0.0406548;REFB=0;REVB=0.0326;RO=0;SAF=37;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159525;OID=.;OPOS=166000195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:55:0:0:45:55:1:8:37:0:0:17:38:0:0 chr4 166000263 . C T 283.29 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00253745;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1325;QD=13.49;RBI=0.125386;REFB=0.0115743;REVB=-0.12536;RO=52;SAF=20;SAR=12;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336494;STB=0.52634;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0209102;OID=.;OPOS=166000263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:51:32:33:0.392857:12:20:34:18:13:20:33:18 chr4 166173788 . G A 423.57 PASS AF=0.45283;AO=47;DP=105;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0116014;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.087;QD=15.9836;RBI=0.0144628;REFB=-0.011193;REVB=-0.00863601;RO=57;SAF=27;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305262;STB=0.517677;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0145468;OID=.;OPOS=166173788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:57:58:47:48:0.45283:20:27:31:26:20:28:32:26 chr4 166199345 . C T 572.61 PASS AF=0.404908;AO=66;DP=160;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.00685732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2198;QD=14.0518;RBI=0.0423124;REFB=-0.0121756;REVB=0.041753;RO=94;SAF=37;SAR=29;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637983;STB=0.539326;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0184066;OID=.;OPOS=166199345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:94:97:66:66:0.404908:29:37:47:47:29:37:48:49 chr4 166231868 . A G 3237.36 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03731;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.054;QD=61.664;RBI=0.039808;REFB=0;REVB=0.0138795;RO=0;SAF=113;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303002;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:210:0:0:208:210:1:95:113:0:0:97:113:0:0 chr4 166264119 . A G 931.88 PASS AF=0.567568;AO=84;DP=150;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00699668;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.716;QD=25.1859;RBI=0.0127105;REFB=-0.0180173;REVB=-0.0106114;RO=63;SAF=43;SAR=41;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344055;STB=0.515138;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0109535;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:63:64:84:84:0.567568:41:43:35:28:41:43:35:29 chr4 167012381 . G A 3815.41 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265184;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.557;QD=63.3263;RBI=0.0385293;REFB=0;REVB=-0.0279515;RO=1;SAF=149;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37982e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:242:241:1:0:240:241:1:91:149:1:0:91:150:0:0 chr4 167012480 . T C 2002.03 PASS AF=1;AO=127;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560646;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1986;QD=61.6009;RBI=0.0671179;REFB=-0.115051;REVB=0.0368995;RO=1;SAF=81;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755396;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:132:130:1:0:127:130:1:46:81:1:0:46:84:0:0 chr4 167020644 . A G 539.36 PASS AF=0.40411;AO=59;DP=146;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0101276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.509;QD=14.777;RBI=0.0135238;REFB=-0.00147987;REVB=-0.00896249;RO=87;SAF=22;SAR=37;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14385;STB=0.581124;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00219602;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:87:87:59:59:0.40411:37:22:44:43:37:22:44:43 chr4 167023255 . A G 402.26 PASS AF=0.425926;AO=45;DP=107;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.01985;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8884;QD=14.8984;RBI=0.021935;REFB=-0.00615106;REVB=0.00933387;RO=61;SAF=28;SAR=17;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16909;STB=0.604121;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00497495;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:62:45:46:0.425926:17:28:28:33:17:29:28:34 chr4 167654960 . C G 198.64 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00439548;FXX=0.136343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.851;QD=13.9395;RBI=0.0046491;REFB=0.00206551;REVB=-0.00151457;RO=32;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575651;STB=0.520144;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00495594;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:57:32:34:23:23:0.403509:6:17:25:7:6:17:26:8 chr4 168584259 . T A 720.16 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3767;QD=56.4828;RBI=0.075726;REFB=0;REVB=0.0703388;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612658;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:18:33:0:0 chr4 169141748 . T A 133.25 PASS AF=0.109333;AO=51;DP=378;FAO=41;FDP=375;FR=.;FRO=334;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=163;FSRR=171;FWDB=-0.031939;FXX=0.0105538;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.772;QD=1.42131;RBI=0.0344871;REFB=-0.00162543;REVB=-0.01301;RO=303;SAF=12;SAR=39;SRF=145;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328515;STB=0.85369;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0722395;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:375:303:334:51:41:0.109333:39:12:145:158:36:5:163:171 chr4 169141768 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT 516.48 PASS AF=0.453901,0.0921986,0;AO=65,18,57;DP=297;FAO=128,26,0;FDP=282;FR=.;FRO=128;FSAF=29,0,0;FSAR=99,26,0;FSRF=82;FSRR=46;FWDB=0.148529,-0.0156254,0.065993;FXX=0.0242206;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.38004,117.833,18.4563;QD=7.32589;RBI=0.251851,0.0459817,0.0970697;REFB=-0.133182,-0.00467539,-0.0813565;REVB=-0.203391,-0.0432453,-0.071186;RO=120;SAF=19,0,2;SAR=46,18,55;SRF=86;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.460492,-0.771141,-0.803461;STB=0.723209,0.999641,0.5;STBP=0,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.169811,-0.0267156,0;OID=.,.,.;OPOS=169141769,169141774,169141769;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453901,0.0921986,0:65,18,57:297:128,26,0:282:128:29,0,0:99,26,0:82:46:99:120:19,0,2:46,18,55:86:34 chr4 169282355 . T C 1527.15 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100389;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.482;QD=59.8882;RBI=0.0100765;REFB=0;REVB=-0.000869809;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62229e-06;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr4 169327191 . C T 1032.77 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.382;QD=59.0153;RBI=0.0264839;REFB=0;REVB=0.0221995;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7909e-05;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:65:70:1:33:32:0:0:33:37:0:0 chr4 169336662 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1626;QD=61.3333;RBI=0.0153402;REFB=0;REVB=0.0123768;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260441;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 169341435 . A G 2848.55 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301162;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.032;QD=62.6055;RBI=0.0277847;REFB=0;REVB=-0.027621;RO=0;SAF=120;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294384;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:182:0:0:178:182:1:58:120:0:0:59:123:0:0 chr4 169362557 . C G 747.04 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3626;QD=63.5777;RBI=0.0744022;REFB=0;REVB=-0.0741465;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396028;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:35:11:0:0:36:11:0:0 chr4 169369820 . T A 781.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00864761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.129;QD=54.8715;RBI=0.0307754;REFB=0.0719142;REVB=0.0295355;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00408132;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:56:56:0.982456:26:30:0:0:26:30:1:0 chr4 169369853 . A T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.71;QD=56.9366;RBI=0.0472481;REFB=0;REVB=0.00812925;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217554;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr4 169369920 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.548;QD=57.2025;RBI=0.0226911;REFB=0;REVB=0.0096945;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229086;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr4 169393595 . A G 1171.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7116;QD=60.8686;RBI=0.0615908;REFB=0;REVB=0.0196224;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603677;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr4 169606649 . C A 468.39 PASS AF=0.372414;AO=53;DP=144;FAO=54;FDP=145;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=0.0041591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.985;QD=12.9211;RBI=0.0172722;REFB=-0.00909978;REVB=0.016764;RO=91;SAF=36;SAR=17;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784685;STB=0.53534;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0112352;OID=.;OPOS=169606649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:91:91:53:54:0.372414:17:36:56:35:18:36:56:35 chr4 169806527 . A G 413.67 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00878303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6318;QD=13.7888;RBI=0.00913097;REFB=-0.0194868;REVB=-0.0024966;RO=72;SAF=21;SAR=27;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168372;STB=0.595002;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0438882;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:72:48:48:0.4:27:21:43:29:27:21:43:29 chr4 169846359 . GCT G 958.16 PASS AF=1;AO=57;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065153;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.49;QD=58.0703;RBI=0.0659249;REFB=0;REVB=0.0100587;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.81588e-05;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:67:66:66:0:37:29:0:0:5:0:34:23:0:0 chr4 169928842 . G T 5556.55 PASS AF=1;AO=345;DP=345;FAO=347;FDP=347;FR=.;FRO=0;FSAF=175;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.839;QD=64.0525;RBI=0.034622;REFB=0;REVB=0.00264471;RO=0;SAF=173;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38889e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:345:347:0:0:345:347:1:172:173:0:0:172:175:0:0 chr4 170038894 . A G 514.15 PASS AF=0.615385;AO=46;DP=76;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0443311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5796;QD=26.3665;RBI=0.0531749;REFB=0.00134753;REVB=-0.0293652;RO=30;SAF=29;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981511;STB=0.541146;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.000784538;OID=.;OPOS=170038894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:30:30:46:48:0.615385:17:29:15:15:19:29:15:15 chr4 170398454 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7917;QD=57.1751;RBI=0.0326313;REFB=0;REVB=-0.00867419;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026966;OID=.;OPOS=170398454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr4 170581570 . G A 1655.14 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371388;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8463;QD=60.1871;RBI=0.0371409;REFB=0;REVB=-0.00039834;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419178;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:109:110:1:51:58:0:0:51:59:0:0 chr4 170623982 . C G 2421.08 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.154;QD=61.2932;RBI=0.0286459;REFB=0;REVB=0.0177699;RO=0;SAF=63;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20261e-05;OID=.;OPOS=170623982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:95:63:0:0:95:63:0:0 chr4 170634390 . C T 639.78 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=135;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0207824;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.663;QD=19.0979;RBI=0.0215167;REFB=-0.0233681;REVB=-0.00557345;RO=68;SAF=39;SAR=25;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117747;STB=0.556214;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0231813;OID=.;OPOS=170634390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:68:69:64:65:0.485075:25:39:33:35:26:39:34:35 chr4 170663235 . C T 165.39 PASS AF=0.318841;AO=25;DP=70;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00445837;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.331;QD=9.58777;RBI=0.0110559;REFB=-0.00514224;REVB=-0.0101172;RO=45;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124489;STB=0.555356;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0115701;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:45:47:25:22:0.318841:15:10:23:22:13:9:23:24 chr4 170678993 . T C 304.16 PASS AF=0.435897;AO=32;DP=76;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00877656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.503;QD=15.5979;RBI=0.00898291;REFB=-0.0291609;REVB=-0.00191433;RO=44;SAF=7;SAR=25;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284643;STB=0.645298;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0283095;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:44:44:32:34:0.435897:25:7:20:24:26:8:20:24 chr4 170987636 . A G 1306.2 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00441199;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=314.757;QD=60.7533;RBI=0.0058548;REFB=-0.0696694;REVB=0.00384877;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011146;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-1.22202e-05;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:43:42:1:0:43:42:1:0 chr4 170994374 . GT G,TG 108.45 PASS AF=0.35443,0.0126582;AO=28,3;DP=83;FAO=28,1;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=22,1;FSAR=6,0;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0574337,-0.0305167;FXX=0.048187;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.2748,27.9681;QD=5.49126;RBI=0.177355,0.0381428;REFB=-0.0715525,-0.0514256;REVB=0.167798,0.0228825;RO=42;SAF=23,3;SAR=5,0;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.419306,0.50822;STB=0.718199,0.990374;STBP=0.009,0.289;TYPE=del,mnp;VARB=0.134765,0.0315943;OID=.,.;OPOS=170994375,170994374;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:79:42:50:28,3:28,1:0.35443,0.0126582:5,0:23,3:20:22:6,0:22,1:24:26 chr4 170994393 . GC CT,GTC 54.94 PASS AF=0.0694444,0.111111;AO=5,10;DP=76;FAO=5,8;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=5,7;FSAR=0,1;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0227528,-0.0105285;FXX=0.0526247;HRUN=1,0;LEN=2,1;MLLD=107.25,55.6343;QD=3.05245;RBI=0.0333359,0.0111701;REFB=0.00178826,-0.0119748;REVB=-0.0243638,0.00373092;RO=52;SAF=5,8;SAR=0,2;SRF=22;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.608767,0.457797;STB=0.997943,0.863924;STBP=0.016,0.049;TYPE=mnp,ins;VARB=0.213952,-0.0690289;OID=.,.;OPOS=170994393,170994394;OREF=GC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:76:72:52:59:5,10:5,8:0.0694444,0.111111:0,2:5,8:22:30:0,1:5,7:28:31 chr4 172735897 . C G 509.03 PASS AF=0.430769;AO=55;DP=131;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00308571;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0893;QD=15.6625;RBI=0.07782;REFB=-0.00937546;REVB=-0.0777588;RO=73;SAF=42;SAR=13;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213082;STB=0.613593;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0117321;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:73:74:55:56:0.430769:13:42:43:30:14:42:43:31 chr4 174062875 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9758;QD=59.4352;RBI=0.0285001;REFB=0;REVB=0.0259428;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437277;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 174090004 . G A 400.33 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00946423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.988;QD=16.34;RBI=0.0420046;REFB=-0.019776;REVB=-0.0409245;RO=53;SAF=29;SAR=13;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116235;STB=0.585505;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0394139;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:56:42:42:0.428571:13:29:31:22:13:29:31:25 chr4 174537221 . T C 1556.35 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4268;QD=59.8597;RBI=0.0106411;REFB=0;REVB=0.00306893;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6114e-05;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr4 174537356 . T A 1878.85 PASS AF=0.968992;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0283662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.917;QD=58.2588;RBI=0.0292465;REFB=-0.0979406;REVB=0.00712178;RO=1;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074824;STB=0.507628;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00110478;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:129:129:1:4:125:125:0.968992:63:62:0:1:63:62:1:3 chr4 174537471 . G A 1549.97 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212003;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.22;QD=59.6144;RBI=0.0235956;REFB=0;REVB=-0.0103585;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1129e-05;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:52:50:0:0:52:52:0:0 chr4 175237408 . T C 1569.7 PASS AF=0.99;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.216;QD=62.7881;RBI=0.0366204;REFB=-0.0912327;REVB=0.023937;RO=1;SAF=46;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101988;STB=0.505262;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000291695;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:1:1:97:99:0.99:51:46:1:0:52:47:1:0 chr4 175598280 . A G 3118.26 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.83;QD=61.7478;RBI=0.0395907;REFB=0;REVB=0.0262192;RO=0;SAF=98;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1816e-06;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:104:98:0:0:104:98:0:0 chr4 175598334 . T C 2589.35 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208986;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.351;QD=62.0203;RBI=0.0128634;REFB=0;REVB=0.0126925;RO=0;SAF=74;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35511e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:167:0:0:167:167:1:93:74:0:0:93:74:0:0 chr4 175688138 . A G 1477.72 PASS AF=0.962963;AO=102;DP=107;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0109811;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.05;QD=54.7305;RBI=0.0110609;REFB=-0.0932408;REVB=-0.00132652;RO=5;SAF=52;SAR=50;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972283;STB=0.509614;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-3.02431e-05;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:107:108:5:4:102:104:0.962963:50:52:2:3:51:53:1:3 chr4 175688141 . G A 107.4 PASS AF=0.0517241;AO=53;DP=108;FAO=3;FDP=58;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0029702;FXX=0.467847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.422;QD=7.40695;RBI=0.0166471;REFB=-0.000387796;REVB=-0.01638;RO=55;SAF=31;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153265;STB=0.584783;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0967408;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:58:55:55:53:3:0.0517241:22:31:23:32:2:1:23:32 chr4 176555585 . A C 616.4 PASS AF=0.477612;AO=63;DP=132;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0033319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4845;QD=18.3999;RBI=0.0102681;REFB=-0.0143414;REVB=-0.00971246;RO=69;SAF=26;SAR=37;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903253;STB=0.557219;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0149612;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:69:70:63:64:0.477612:37:26:35:34:38:26:36:34 chr4 177073026 . G A 1014.24 PASS AF=1;AO=56;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499438;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.715;QD=57.9567;RBI=0.0519131;REFB=0;REVB=0.0516723;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34209e-05;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:56:70:1:31:25:0:0:33:37:0:0 chr4 177073027 . C A 61.99 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0478149;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3321;QD=3.54211;RBI=0.110131;REFB=-0.0193862;REVB=-0.0992103;RO=54;SAF=12;SAR=1;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647644;STB=0.913882;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.196121;OID=.;OPOS=177073027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:68:70:54:57:13:13:0.185714:1:12:22:32:1:12:25:32 chr4 177082069 . G C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.986;QD=55.0443;RBI=0.0360519;REFB=0.00607403;REVB=0.0227264;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=2.2203e-05;OID=.;OPOS=177082069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:0:1:23:32:0:1 chr4 177087322 . C T 741.37 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443085;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.581;QD=57.0287;RBI=0.0443322;REFB=0;REVB=-0.00145067;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124058;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr4 177100644 . G A 2332.29 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031585;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0817;QD=63.8984;RBI=0.0320957;REFB=0;REVB=-0.00570294;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11974e-06;OID=.;OPOS=177100644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:67:78:0:0:68:78:0:0 chr4 177137988 . C T 374.27 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00708423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.685;QD=15.7588;RBI=0.0144495;REFB=0.0231614;REVB=-0.0125937;RO=54;SAF=23;SAR=17;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974721;STB=0.547765;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0867765;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:55:40:40:0.421053:17:23:36:18:17:23:36:19 chr4 177605081 . CTCA C 1259.1 PASS AF=0.910891;AO=92;DP=102;FAO=92;FDP=101;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00389281;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=3;MLLD=283.009;QD=49.8655;RBI=0.00818419;REFB=-0.0245249;REVB=0.0071991;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52767;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=9.32636e-06;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910891:92:102:92:101:9:43:49:7:2:34:0:43:49:0:0 chr4 178102691 . C G 2738.41 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4867;QD=62.2366;RBI=0.0379705;REFB=0;REVB=0.0379538;RO=0;SAF=96;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128888;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:174:176:1:78:96:0:0:78:98:0:0 chr4 178231152 . C A 584.68 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0535878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.516;QD=22.2736;RBI=0.0638816;REFB=0.00751391;REVB=0.0347736;RO=47;SAF=30;SAR=28;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994804;STB=0.554437;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00576711;OID=.;OPOS=178231152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:58:58:0.552381:28:30:30:17:28:30:30:17 chr4 178272700 . A G 590.3 PASS AF=0.428571;AO=65;DP=153;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.0190118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3624;QD=15.3325;RBI=0.0210155;REFB=-0.0198475;REVB=-0.00895554;RO=87;SAF=31;SAR=34;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100794;STB=0.56305;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.025454;OID=.;OPOS=178272700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:87:88:65:66:0.428571:34:31:33:54:34:32:33:55 chr4 178274565 . A G 483.99 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00577281;FXX=0.0090082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.3121;QD=17.5995;RBI=0.00589049;REFB=-0.0067932;REVB=-0.00117156;RO=56;SAF=25;SAR=27;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346489;STB=0.510143;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00516466;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:56:58:52:52:0.472727:27:25:29:27:27:25:29:29 chr4 178274694 . T G 526.43 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00176209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.614;QD=16.0742;RBI=0.00291666;REFB=-0.0205715;REVB=0.0023242;RO=73;SAF=28;SAR=29;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706975;STB=0.535444;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0269931;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:74:57:57:0.435115:29:28:41:32:29:28:41:33 chr4 178274750 . C T 425.16 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.010524;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.656;QD=18.4853;RBI=0.0107597;REFB=-0.00152236;REVB=0.00223961;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307052;STB=0.511622;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00311397;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:49:43:43:0.467391:22:21:25:23:22:21:25:24 chr4 178274835 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5244;QD=49.5983;RBI=0.039307;REFB=0;REVB=-0.000806876;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000547774;OID=.;OPOS=178274835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr4 178281753 . G GA 1223.67 PASS AF=1;AO=12;DP=111;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.305;QD=45.3212;RBI=0.169169;REFB=0;REVB=-0.149255;RO=98;SAF=0;SAR=12;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.694261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000192666;OID=.;OPOS=178281754;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:111:108:108:0:57:51:0:0:23:98:0:12:60:38 chr4 178281754 . G A 1260.2 PASS AF=0.863636;AO=95;DP=110;FAO=95;FDP=110;FR=.;FRO=15;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0212927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.782;QD=45.8254;RBI=0.0376141;REFB=-0.183113;REVB=0.0310071;RO=14;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146592;STB=0.573514;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0039579;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:110:110:14:15:95:95:0.863636:38:57:0:14:38:57:1:14 chr4 178359960 . G C 1208.47 PASS AF=1;AO=75;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8128;QD=61.1886;RBI=0.107379;REFB=0;REVB=0.0994902;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942979;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:75:79:1:24:51:0:0:28:51:0:0 chr4 178881982 . G T 467.88 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00902206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.858;QD=49.25;RBI=0.0197737;REFB=-0.120743;REVB=0.0175955;RO=1;SAF=28;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01641;STB=0.533315;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00200154;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:1:4:34:34:0.894737:6:28:1:0:6:28:4:0 chr4 179037990 . C T 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0122904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.82;QD=17.6942;RBI=0.0126895;REFB=0.00155206;REVB=0.00315736;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169741;STB=0.594415;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00172438;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:16:19:28:11:16:19:28:11 chr4 179327856 . G A 1801.9 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2131;QD=61.0814;RBI=0.0348094;REFB=0;REVB=-0.0211396;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12169e-05;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:56:60:0:0:56:62:0:0 chr4 179327885 . T G 209.36 PASS AF=0.231884;AO=32;DP=138;FAO=32;FDP=138;FR=.;FRO=106;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.0155845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.764;QD=6.06846;RBI=0.0200169;REFB=-0.0122416;REVB=0.0125619;RO=105;SAF=11;SAR=21;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261624;STB=0.656152;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0355966;OID=.;OPOS=179327885;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:105:106:32:32:0.231884:21:11:58:47:21:11:58:48 chr4 183549831 . T G 1701.51 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.312;QD=60.2304;RBI=0.0467331;REFB=0;REVB=0.0244108;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164674;OID=.;OPOS=183549831;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:113:0:0:108:113:1:46:62:0:0:46:67:0:0 chr4 183652175 . T C 3658.65 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682941;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.434;QD=62.8095;RBI=0.0298173;REFB=-0.072663;REVB=0.0290246;RO=1;SAF=142;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1105e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:232:233:1:0:230:233:1:88:142:1:0:90:143:0:0 chr4 183815688 . A G 456.69 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00123685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.972;QD=16.7591;RBI=0.0149583;REFB=-0.0126853;REVB=0.0149071;RO=59;SAF=24;SAR=25;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101105;STB=0.561058;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0107332;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:59:59:49:50:0.458716:25:24:35:24:26:24:35:24 chr4 184237195 . A T 686.99 PASS AF=0.45679;AO=73;DP=161;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0158337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.805;QD=16.9627;RBI=0.026555;REFB=-0.00697568;REVB=0.0213181;RO=88;SAF=44;SAR=29;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579935;STB=0.535151;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00884828;OID=.;OPOS=184237195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:88:88:73:74:0.45679:29:44:48:40:29:45:48:40 chr4 184367558 . TCTG T 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431797;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=337.033;QD=50.4977;RBI=0.0436232;REFB=0;REVB=0.00620478;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000146887;OID=.;OPOS=184367559;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:18:18:0:4:14:0:0:4:0:4:14:0:0 chr4 184426387 . C T 1026.1 PASS AF=0.471111;AO=105;DP=224;FAO=106;FDP=225;FR=.;FRO=119;FSAF=71;FSAR=35;FSRF=74;FSRR=45;FWDB=0.00552679;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.257;QD=18.2417;RBI=0.00844331;REFB=-0.0407802;REVB=-0.00638311;RO=116;SAF=70;SAR=35;SRF=74;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303813;STB=0.528121;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0420923;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:116:119:105:106:0.471111:35:70:74:42:35:71:74:45 chr4 184560790 . G A 1020.92 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136358;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.616;QD=59.1836;RBI=0.0271704;REFB=0;REVB=-0.023501;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345557;OID=.;OPOS=184560790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr4 184572218 . G A 657.73 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00243305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.99;QD=59.7932;RBI=0.015078;REFB=-0.124546;REVB=-0.0148804;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00778106;OID=.;OPOS=184572218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:0:1:19:24:0:1 chr4 184931818 . G A 292.91 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00749033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.834;QD=27.2475;RBI=0.00921944;REFB=-0.0101777;REVB=-0.00537524;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822524;STB=0.535289;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0070851;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:17:26:26:0.604651:16:10:8:8:16:10:8:9 chr4 185012398 . T C 771.41 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735365;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0053;QD=57.1411;RBI=0.076192;REFB=0;REVB=0.0758363;RO=0;SAF=40;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233226;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:12:40:0:0:14:40:0:0 chr4 185200094 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000521028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.988;QD=12.8607;RBI=0.0330881;REFB=-0.00949367;REVB=0.033084;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00992029;OID=.;OPOS=185200094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr4 185310218 . C T 210.48 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00652022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.4907;QD=11.8578;RBI=0.0238479;REFB=-0.00196771;REVB=-0.0229393;RO=44;SAF=8;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220726;STB=0.622022;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00501932;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:45:26:26:0.366197:18:8:22:22:18:8:22:23 chr4 185587165 . A G 1642.49 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.768;QD=60.2748;RBI=0.0613279;REFB=0;REVB=0.0044104;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66621e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:109:0:0:105:109:1:48:57:0:0:49:60:0:0 chr4 185655171 . C T 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.701;QD=57.8333;RBI=0.0346388;REFB=0.0874507;REVB=0.012245;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000200502;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chr4 185655190 . C G 741.13 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.518;QD=57.0099;RBI=0.0372367;REFB=0;REVB=0.0213947;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79579e-05;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:29:20:0:0:29:23:0:0 chr4 185678110 . A G 2087.39 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236791;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.6;QD=62.7787;RBI=0.0272021;REFB=0;REVB=0.0133886;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98099e-05;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:131:133:1:63:68:0:0:65:68:0:0 chr4 185678118 . C G 2073.93 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000844565;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.271;QD=61.9082;RBI=0.031468;REFB=0;REVB=0.0314567;RO=2;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146201;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487689;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:2:0:133:134:1:64:69:0:2:65:69:0:0 chr4 185686032 . C T 953.05 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296375;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.795;QD=58.6494;RBI=0.134316;REFB=0;REVB=0.134283;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107783;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:65:0:0:62:65:1:27:35:0:0:29:36:0:0 chr4 185735054 . G A 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00164261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.527;QD=22.5343;RBI=0.0316357;REFB=-0.0314249;REVB=-0.0315931;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164647;STB=0.509085;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0229565;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:14:18:14:10:14:18:14:10 chr4 185940952 . C G 541.4 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00813594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5455;QD=19.6872;RBI=0.0268439;REFB=-0.023669;REVB=-0.0255813;RO=53;SAF=36;SAR=20;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172207;STB=0.59112;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0198574;OID=.;OPOS=185940952;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:54:56:56:0.509091:20:36:24:29:20:36:25:29 chr4 186111639 . T C 211.21 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0215745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.264;QD=12.0693;RBI=0.0231863;REFB=-0.00311286;REVB=0.00849388;RO=43;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154056;STB=0.5947;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00312719;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:14:12:26:17:14:12:27:17 chr4 186112111 . G A 892.48 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000897149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.461;QD=52.499;RBI=0.0234668;REFB=-0.185693;REVB=0.0234497;RO=4;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538796;STB=0.528563;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0011432;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:4:4:64:64:0.941176:33:31:0:4:33:31:0:4 chr4 186299260 . A G 283.35 PASS AF=0.604651;AO=21;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0141754;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.128;QD=26.3585;RBI=0.0186469;REFB=-0.0155519;REVB=-0.0121147;RO=11;SAF=20;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420519;STB=0.554172;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0101439;OID=.;OPOS=186299260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:11:17:21:26:0.604651:1:20:8:3:3:23:14:3 chr4 186320880 . A G 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00953999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.13;QD=12.8368;RBI=0.0101038;REFB=-0.0115266;REVB=0.00332784;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156711;STB=0.590509;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0144707;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:18:7:16:23:18:7:16:23 chr4 186320906 . C G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0207827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.69;QD=15.6454;RBI=0.0244577;REFB=-0.00215249;REVB=-0.0128941;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090345;STB=0.50515;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00361328;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:15:7:9:20:15:7:9:20 chr4 186339584 . A G 548.61 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.256;QD=59.3086;RBI=0.0403404;REFB=0;REVB=0.026107;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373356;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr4 186357523 . C G 923.2 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369124;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.177;QD=58.6158;RBI=0.0174829;REFB=0;REVB=-0.0170888;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57485e-05;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr4 186361876 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.254;QD=56.9356;RBI=0.00771975;REFB=0;REVB=0.00643595;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0694e-05;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr4 186366181 . G A 238.55 PASS AF=0.4;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0514419;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5351;QD=13.6317;RBI=0.0736763;REFB=-0.00773242;REVB=-0.052744;RO=42;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217481;STB=0.624906;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00879825;OID=.;OPOS=186366181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:42:42:28:28:0.4:20:8:20:22:20:8:20:22 chr4 186379371 . G A 1659.45 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1601;QD=60.3436;RBI=0.0273176;REFB=0;REVB=-0.00417191;RO=0;SAF=42;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001464;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:68:42:0:0:68:42:0:0 chr4 186379735 . T C 279.3 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00138226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.29;QD=16.6749;RBI=0.00607097;REFB=-0.0212955;REVB=0.00591152;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104336;STB=0.558643;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0281398;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:17:19:13:18:17:19 chr4 186423637 . G A 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00970743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8289;QD=17.6937;RBI=0.0529552;REFB=-0.00482383;REVB=-0.0520578;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052552;STB=0.529395;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00639253;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:19:16:20:19:19:16:20:19 chr4 186507298 . AAT A 105.1 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00338935;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.432;QD=7.6436;RBI=0.00355706;REFB=-0.00778217;REVB=-0.00107934;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271852;STB=0.699782;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0177651;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:19:56:19:55:36:14:5:16:20:99:30:14:5:15:15 chr4 186528433 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.459;QD=60.8827;RBI=0.00397263;REFB=0;REVB=0.000458309;RO=0;SAF=65;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76226e-06;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:12:65:0:0:12:65:0:0 chr4 186599992 . A T 731.64 PASS AF=0.43038;AO=46;DP=159;FAO=68;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0109317;FXX=0.0124992;HRUN=9;LEN=1;MLLD=37.5012;QD=18.5226;RBI=0.0553364;REFB=-0.0191439;REVB=0.0542459;RO=51;SAF=24;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011286;STB=0.528598;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0478541;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:51:79:46:68:0.43038:22:24:26:25:32:36:46:33 chr4 187004074 . C T 909.67 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321598;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.404;QD=56.8544;RBI=0.0435851;REFB=-0.112806;REVB=0.0294179;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000774331;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:61:63:0.984375:34:27:0:0:36:27:0:1 chr4 187074833 . A G 2145.54 PASS AF=0.980645;AO=122;DP=154;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00739196;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.367;QD=55.3689;RBI=0.0266546;REFB=0.00287563;REVB=0.0256091;RO=0;SAF=78;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06142e-08;STB=0.511998;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00174891;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:155:0:3:122:152:0.980645:44:78:0:0:61:91:0:3 chr4 187077206 . A G 2012.3 PASS AF=0.977778;AO=131;DP=134;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0192911;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.245;QD=59.6238;RBI=0.0211297;REFB=-0.0228672;REVB=-0.00862081;RO=3;SAF=57;SAR=74;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440606;STB=0.502231;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000158554;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:135:3:3:131:132:0.977778:74:57:1:2:75:57:1:2 chr4 187078785 . A G 4651.62 PASS AF=1;AO=299;DP=302;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332872;FXX=0.00993345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.453;QD=62.2291;RBI=0.0419913;REFB=0.0491102;REVB=0.0255974;RO=1;SAF=144;SAR=155;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306706;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97213e-06;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:302:299:1:0:299:299:1:155:144:0:1:155:144:0:0 chr4 187078819 . C G 1101.94 PASS AF=0.466942;AO=113;DP=242;FAO=113;FDP=242;FR=.;FRO=129;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.0629863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2435;QD=18.2138;RBI=0.068737;REFB=-0.0177611;REVB=0.0275229;RO=126;SAF=56;SAR=57;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056503;STB=0.528645;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0164154;OID=.;OPOS=187078819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:126:129:113:113:0.466942:57:56:55:71:57:56:57:72 chr4 187079047 . A G 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00929392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6274;QD=17.6719;RBI=0.0477429;REFB=0.00606168;REVB=-0.0468295;RO=32;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136142;STB=0.507629;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00776662;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:9:21:22:10:9:21:22:10 chr4 187088248 . C T 161.68 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.005245;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.583;QD=11.976;RBI=0.0155624;REFB=0.00156723;REVB=-0.0146519;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275137;STB=0.666502;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0020304;OID=.;OPOS=187088248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:34:20:20:0.37037:7:13:12:19:7:13:13:21 chr4 187122319 . T G 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0103174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7036;QD=15.79;RBI=0.0177493;REFB=-0.00760412;REVB=-0.0144426;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353008;STB=0.519913;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0105065;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:20:19:14:17:20:19 chr4 187133576 . A C 1478.49 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506222;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.109;QD=63.5911;RBI=0.0554856;REFB=0;REVB=0.0227165;RO=0;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016942;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:90:93:1:33:57:0:0:34:59:0:0 chr4 187158034 . G A 513.15 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00526155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4627;QD=21.836;RBI=0.0689301;REFB=-0.00732065;REVB=-0.068729;RO=44;SAF=25;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377414;STB=0.519992;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00741528;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:44:45:48:49:0.521277:23:25:21:23:23:26:22:23 chr4 187173012 . T G 337.69 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00383113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.526;QD=17.5422;RBI=0.0154882;REFB=-0.00816143;REVB=-0.0150069;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10234;STB=0.557143;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0119307;OID=.;OPOS=187173012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:17:19:26:15:17:19:26:15 chr4 187179210 . T C 166.56 PASS AF=0.452381;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0215101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2638;QD=15.8627;RBI=0.0232668;REFB=0.00032335;REVB=-0.00886905;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.57349;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00416174;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:22:23:17:19:0.452381:8:9:8:14:9:10:9:14 chr4 187192904 . C T 1068.21 PASS AF=0.520408;AO=102;DP=196;FAO=102;FDP=196;FR=.;FRO=94;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0020882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.023;QD=21.8003;RBI=0.00209305;REFB=-0.0206319;REVB=-0.000142392;RO=94;SAF=54;SAR=48;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219986;STB=0.501205;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0169236;OID=.;OPOS=187192904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:94:94:102:102:0.520408:48:54:50:44:48:54:50:44 chr4 187201211 . A G 236.02 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0237916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2153;QD=19.2672;RBI=0.0632056;REFB=0.00503592;REVB=0.0585569;RO=26;SAF=20;SAR=3;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046313;STB=0.526292;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00241815;OID=.;OPOS=187201211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:3:20:22:4:3:20:22:4 chr4 187205301 . T C 334.66 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00466401;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3341;QD=14.2408;RBI=0.0239669;REFB=-0.0131252;REVB=-0.0235087;RO=57;SAF=21;SAR=16;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444741;STB=0.525292;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0312053;OID=.;OPOS=187205301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:57:57:37:37:0.393617:16:21:30:27:16:21:30:27 chr4 187422331 . C A 502.07 PASS AF=0.527473;AO=50;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00399004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0806;QD=22.0692;RBI=0.0303404;REFB=0.0373175;REVB=0.0300769;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211685;STB=0.51219;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0317788;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:43:50:48:0.527473:28:22:17:24:28:20:19:24 chr4 187516880 . A G 990.0 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00719237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.692;QD=57.3914;RBI=0.0572199;REFB=-0.282048;REVB=0.056766;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00403548;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:32:34:1:0:34:34:1:0 chr4 187517758 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00101174;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.313;QD=18.3016;RBI=0.00579327;REFB=-0.0220306;REVB=-0.00570425;RO=23;SAF=16;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250702;STB=0.514271;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0207229;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:4:16:18:5:4:16:18:5 chr4 187519206 . C G 2337.47 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000990212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.027;QD=63.6046;RBI=0.0705794;REFB=0;REVB=0.0705725;RO=0;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98341e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:147:0:0:139:147:1:62:77:0:0:69:78:0:0 chr4 187522528 . C T 426.15 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0173263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.802;QD=14.0875;RBI=0.0174687;REFB=-0.0133498;REVB=-0.00222545;RO=72;SAF=28;SAR=21;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176572;STB=0.599491;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.016305;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:72:49:49:0.404959:21:28:29:43:21:28:29:43 chr4 187525020 . A C 305.19 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1876;QD=53.0772;RBI=0.0417841;REFB=0;REVB=-0.0295184;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97533e-06;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr4 187534363 . G A 621.89 PASS AF=0.442953;AO=63;DP=146;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.0259712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.464;QD=16.695;RBI=0.0261629;REFB=0.00470552;REVB=0.00316174;RO=79;SAF=24;SAR=39;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140332;STB=0.574563;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00390737;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:79:83:63:66:0.442953:39:24:41:38:39:27:45:38 chr4 187534375 . A G 752.71 PASS AF=0.4875;AO=78;DP=162;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00612514;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.41;QD=18.8178;RBI=0.021093;REFB=-0.0111554;REVB=-0.0201841;RO=81;SAF=32;SAR=46;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112464;STB=0.559142;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0109444;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:81:82:78:78:0.4875:46:32:43:38:46:32:43:39 chr4 187538330 . G A 589.62 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0238554;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.408;QD=19.987;RBI=0.0245839;REFB=-0.00768269;REVB=0.00594005;RO=58;SAF=30;SAR=30;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614943;STB=0.533887;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00809041;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:58:58:60:60:0.508475:30:30:25:33:30:30:25:33 chr4 187538942 . T G 702.35 PASS AF=0.423077;AO=76;DP=180;FAO=77;FDP=182;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.00134712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6499;QD=15.4362;RBI=0.0305233;REFB=-0.00753605;REVB=-0.0304935;RO=89;SAF=31;SAR=45;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117977;STB=0.562888;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0023194;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:89:105:76:77:0.423077:45:31:47:42:45:32:55:50 chr4 187557893 . T C 1044.97 PASS AF=0.488584;AO=107;DP=219;FAO=107;FDP=219;FR=.;FRO=112;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=0.00295094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9124;QD=19.0862;RBI=0.0452328;REFB=-0.0211933;REVB=0.0451364;RO=112;SAF=60;SAR=47;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485413;STB=0.526718;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.024069;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:112:112:107:107:0.488584:47:60:57:55:47:60:57:55 chr4 187627792 . T C 389.44 PASS AF=0.546667;AO=34;DP=71;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00281296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.322;QD=20.7703;RBI=0.00716107;REFB=-0.0703421;REVB=-0.00658545;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213515;STB=0.580543;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0489273;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:32:34:34:41:0.546667:22:12:19:13:23:18:21:13 chr4 187628398 . C G 504.16 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0174258;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6557;QD=17.2364;RBI=0.017978;REFB=-0.0159236;REVB=0.00442159;RO=58;SAF=24;SAR=30;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126985;STB=0.517235;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0289654;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:63:54:54:0.461538:30:24:25:33:30:24:30:33 chr4 187629140 . G C 225.07 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0119745;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4371;QD=12.8611;RBI=0.0173391;REFB=0.00664481;REVB=-0.0125402;RO=42;SAF=19;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074524;STB=0.537487;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0247295;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:42:43:27:27:0.385714:8:19:27:15:8:19:28:15 chr4 187630590 . G A 585.08 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.000903775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.329;QD=19.5028;RBI=0.0117829;REFB=-0.00629069;REVB=-0.0117482;RO=60;SAF=39;SAR=21;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171651;STB=0.594959;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00624154;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:21:39:28:32:21:39:28:32 chr4 188924979 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000481564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.876;QD=11.6342;RBI=0.00639745;REFB=0.00690812;REVB=-0.0063793;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129195;STB=0.576773;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0126781;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:6:10:5:5:6:10 chr4 188925176 . T TGAC 292.08 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00370766;FXX=0.0111099;HRUN=0;LEN=3;MLLD=323.156;QD=13.1271;RBI=0.0185714;REFB=-0.00453721;REVB=-0.0181975;RO=55;SAF=17;SAR=17;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128156;STB=0.572992;STBP=0.301;TYPE=ins;VARB=0.00703293;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382022:34:90:34:89:55:17:17:34:21:99:55:17:17:34:21 chr4 189012728 . G C 1183.02 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.362;QD=60.6677;RBI=0.00830716;REFB=0;REVB=0.0011974;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61432e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr4 189018486 . A G 221.76 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00873959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.363;QD=18.48;RBI=0.0115033;REFB=-0.00549904;REVB=0.00747968;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100855;STB=0.556912;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0102928;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:19:7:8:14:19:7 chr4 189026524 . C G 198.17 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0543565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7341;QD=13.2115;RBI=0.0636838;REFB=-0.00404815;REVB=0.0331813;RO=36;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124087;STB=0.571367;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0110635;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:8:16:20:16:8:16:20:16 chr4 189042746 . T C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0190782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.061;QD=16.661;RBI=0.0222949;REFB=0.0016778;REVB=-0.0115362;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555555;STB=0.531228;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00189041;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:13:19:15:13:13:19 chr4 190630778 . GC AT 2503.15 PASS AF=0.645455;AO=210;DP=343;FAO=213;FDP=330;FR=.;FRO=117;FSAF=122;FSAR=91;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.0150597;FXX=0.0489899;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.474;QD=30.3412;RBI=0.015069;REFB=-0.0325238;REVB=-0.000530652;RO=97;SAF=120;SAR=90;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355239;STB=0.518517;STBP=0.353;TYPE=mnp;VARB=0.0197752;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:330:97:117:210:213:0.645455:90:120:56:41:91:122:61:56 chr4 190630786 . A G 2776.76 PASS AF=0.643432;AO=239;DP=370;FAO=240;FDP=373;FR=.;FRO=133;FSAF=138;FSAR=102;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=0.017607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.985;QD=29.7776;RBI=0.0177608;REFB=-0.0138924;REVB=-0.00233229;RO=131;SAF=137;SAR=102;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362641;STB=0.517663;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0102964;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:373:131:133:239:240:0.643432:102:137:68:63:102:138:70:63 chr4 190630805 . G C 77.4 PASS AF=0.0769231;AO=30;DP=402;FAO=31;FDP=403;FR=.;FRO=372;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=205;FSRR=167;FWDB=-0.00300513;FXX=0.00493815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2053;QD=0.768231;RBI=0.0622287;REFB=-0.00296678;REVB=0.0621561;RO=370;SAF=20;SAR=10;SRF=203;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137596;STB=0.589833;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0244742;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:402:403:370:372:30:31:0.0769231:10:20:203:167:11:20:205:167 chr4 190815066 . CA C,CG 333.21 PASS AF=0.92,0.08;AO=18,7;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146706,0.0909752;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.299,110.494;QD=53.3136;RBI=0.149879,0.101274;REFB=0,0;REVB=-0.030677,-0.0444964;RO=0;SAF=6,3;SAR=12,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00140822,0.00552929;OID=.,.;OPOS=190815067,190815067;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.08:18,7:25:23,2:25:0:7,2:16,0:0:0:8:0:6,3:12,4:0:0 chr4 190874206 . T A 113.06 PASS AF=0.145455;AO=24;DP=165;FAO=24;FDP=165;FR=.;FRO=141;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=85;FSRR=56;FWDB=0.00311864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.241;QD=2.74078;RBI=0.015516;REFB=-0.000539056;REVB=-0.0151993;RO=141;SAF=8;SAR=16;SRF=85;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332959;STB=0.720757;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00216747;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:141:141:24:24:0.145455:16:8:85:56:16:8:85:56 chr4 190874234 . C T 140.76 PASS AF=0.149485;AO=29;DP=194;FAO=29;FDP=194;FR=.;FRO=165;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=100;FSRR=65;FWDB=-0.0170198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.057;QD=2.90223;RBI=0.0177257;REFB=-0.00367767;REVB=-0.00495229;RO=164;SAF=10;SAR=19;SRF=99;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322163;STB=0.713172;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0182012;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:164:165:29:29:0.149485:19:10:99:65:19:10:100:65 chr4 190874255 . A T 109.89 PASS AF=0.125;AO=25;DP=207;FAO=26;FDP=208;FR=.;FRO=182;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=107;FSRR=75;FWDB=-0.00701687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.952;QD=2.11317;RBI=0.0135234;REFB=-0.00168262;REVB=-0.0115605;RO=182;SAF=8;SAR=17;SRF=107;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326235;STB=0.704136;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00915628;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:182:182:25:26:0.125:17:8:107:75:17:9:107:75 chr4 190874256 . C T 45.21 PASS AF=0.0769231;AO=16;DP=208;FAO=16;FDP=208;FR=.;FRO=192;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=105;FSRR=87;FWDB=-0.00692113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.682;QD=0.869432;RBI=0.0308493;REFB=-0.000221427;REVB=-0.0300629;RO=189;SAF=11;SAR=5;SRF=103;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165961;STB=0.635504;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00361323;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:208:208:189:192:16:16:0.0769231:5:11:103:86:5:11:105:87 chr4 190874290 . T A 203.37 PASS AF=0.180488;AO=37;DP=204;FAO=37;FDP=205;FR=.;FRO=168;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=95;FSRR=73;FWDB=0.0139581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.986;QD=3.96826;RBI=0.0140006;REFB=-0.00408354;REVB=0.00109093;RO=166;SAF=17;SAR=20;SRF=95;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144502;STB=0.586188;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0204176;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:166:168:37:37:0.180488:20:17:95:71:20:17:95:73 chr4 190876192 . A C 97.01 PASS AF=0.131737;AO=22;DP=165;FAO=22;FDP=167;FR=.;FRO=145;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=76;FWDB=-0.020355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.496;QD=2.32358;RBI=0.022761;REFB=-0.00172548;REVB=0.0101851;RO=143;SAF=11;SAR=11;SRF=67;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396135;STB=0.520939;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0169922;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:165:167:143:145:22:22:0.131737:11:11:67:76:11:11:69:76 chr4 190876195 . C T 582.44 PASS AF=0.39881;AO=67;DP=167;FAO=67;FDP=168;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0327768;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.941;QD=13.8677;RBI=0.0358371;REFB=-0.00629257;REVB=-0.0144907;RO=98;SAF=30;SAR=37;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446591;STB=0.522611;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00788636;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:98:101:67:67:0.39881:37:30:48:50:37:30:49:52 chr4 190876204 . G A 953.27 PASS AF=0.534884;AO=84;DP=179;FAO=92;FDP=172;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0302314;FXX=0.0752648;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9456;QD=22.1691;RBI=0.0457252;REFB=-0.0138619;REVB=0.0343054;RO=80;SAF=39;SAR=45;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650252;STB=0.547983;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00997857;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:172:80:80:84:92:0.534884:45:39:43:37:52:40:43:37 chr4 190876242 . G A 1821.15 PASS AF=0.651261;AO=155;DP=238;FAO=155;FDP=238;FR=.;FRO=83;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0103962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9506;QD=30.6076;RBI=0.0592556;REFB=-0.0197736;REVB=-0.0583365;RO=82;SAF=84;SAR=71;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271211;STB=0.516794;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00983572;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:82:83:155:155:0.651261:71:84:41:41:71:84:41:42 chr4 190876256 . C T 82.43 PASS AF=0.0995851;AO=24;DP=241;FAO=24;FDP=241;FR=.;FRO=217;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=110;FSRR=107;FWDB=-0.0550345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.425;QD=1.36809;RBI=0.0555239;REFB=-0.00204599;REVB=-0.00735503;RO=216;SAF=15;SAR=9;SRF=110;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141008;STB=0.60724;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0234662;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:241:241:216:217:24:24:0.0995851:9:15:110:106:9:15:110:107 chr4 190876278 . G A 73.46 PASS AF=0.0960699;AO=22;DP=232;FAO=22;FDP=229;FR=.;FRO=207;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=101;FSRR=106;FWDB=-0.0215475;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.988;QD=1.28307;RBI=0.0238869;REFB=-0.000773454;REVB=-0.0103097;RO=210;SAF=14;SAR=8;SRF=104;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168999;STB=0.634218;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00674352;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:232:229:210:207:22:22:0.0960699:8:14:104:106:8:14:101:106 chr4 190876293 . C A 71.52 PASS AF=0.0967742;AO=21;DP=217;FAO=21;FDP=217;FR=.;FRO=196;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=95;FSRR=101;FWDB=-0.0525921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5534;QD=1.31828;RBI=0.0563254;REFB=0.00260703;REVB=-0.0201648;RO=195;SAF=13;SAR=8;SRF=95;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158039;STB=0.621104;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0280096;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:217:217:195:196:21:21:0.0967742:8:13:95:100:8:13:95:101 chr4 190878563 . C A 48.03 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0343894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.892;QD=1.94079;RBI=0.0357095;REFB=-0.003093;REVB=-0.00961991;RO=80;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321712;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:99:80:88:11:11:0.111111:5:6:46:34:5:6:48:40 chr4 190878597 . C T 149.99 PASS AF=0.211864;AO=25;DP=118;FAO=25;FDP=118;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0380819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.767;QD=5.0845;RBI=0.0542632;REFB=-0.0117104;REVB=-0.0386558;RO=93;SAF=10;SAR=15;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173501;STB=0.608022;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0587208;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:93:93:25:25:0.211864:15:10:50:43:15:10:50:43 chr4 190878654 . C G 115.14 PASS AF=0.188679;AO=19;DP=105;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0466154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0626;QD=4.34476;RBI=0.0757863;REFB=-0.0115121;REVB=-0.0597541;RO=86;SAF=11;SAR=8;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143632;STB=0.568541;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0404906;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:86:86:19:20:0.188679:8:11:40:46:9:11:40:46 chr4 190906025 . G A 477.03 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=136;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=24;FWDB=-0.0169034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.517;QD=13.8271;RBI=0.0191069;REFB=-0.0243437;REVB=0.00890783;RO=82;SAF=45;SAR=9;SRF=58;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202045;STB=0.611065;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0333006;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:82:84:54:54:0.391304:9:45:58:24:9:45:60:24 chr5 140474 . G A 881.49 PASS AF=0.465347;AO=92;DP=206;FAO=94;FDP=202;FR=.;FRO=108;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.00658367;FXX=0.0194165;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.547;QD=17.4552;RBI=0.00800731;REFB=-0.00471329;REVB=0.00455766;RO=108;SAF=52;SAR=40;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550379;STB=0.535273;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00542649;OID=.;OPOS=140474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:202:108:108:92:94:0.465347:40:52:55:53:40:54:55:53 chr5 163205 . G C 121.09 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0355004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.887;QD=18.6285;RBI=0.0358563;REFB=-0.045874;REVB=0.0050392;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842475;STB=0.520519;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.046179;OID=.;OPOS=163205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:12:12:12:14:0.538462:4:8:9:3:4:10:9:3 chr5 163259 . GA G,GC,GG 384.51 PASS AF=0.75,0.25,0;AO=5,21,2;DP=28;FAO=21,7,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15,5,0;FSAR=6,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724437,-0.088578,-0.0722099;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=152.207,147.754,136.626;QD=54.9302;RBI=0.0725584,0.0958555,0.0724597;REFB=0,0,0;REVB=-0.0040783,-0.0366363,-0.00601145;RO=0;SAF=5,13,2;SAR=0,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00137729,0.0269952,0;OID=.,.,.;OPOS=163260,163260,163260;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25,0:5,21,2:28:21,7,0:28:0:15,5,0:6,2,0:0:0:20:0:5,13,2:0,8,0:0:0 chr5 163266 . C G 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.037665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.015;QD=31.2253;RBI=0.0586287;REFB=-0.086868;REVB=0.0449296;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134622;STB=0.573701;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0309828;OID=.;OPOS=163266;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:7:13:7:1:7:13:7:1 chr5 271752 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 30.07 PASS AF=0.170732,0.0487805;AO=8,2;DP=41;FAO=7,2;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=2,1;FSAR=5,1;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0105636,-0.00529464;FXX=0.0238039;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.0686,31.241;QD=2.93379;RBI=0.067085,0.0703154;REFB=-0.0642387,-0.0268912;REVB=0.0662481,0.0701158;RO=29;SAF=3,1;SAR=5,1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.365028,-0.181313;STB=0.799262,0.674936;STBP=0.117,0.706;TYPE=del,snp;VARB=0.126683,0.0409292;OID=.,.;OPOS=271753,271757;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732,0.0487805:8,2:41:7,2:41:32:2,1:5,1:22:10:21:29:3,1:5,1:20:9 chr5 367969 . G A 1267.94 PASS AF=0.944444;AO=85;DP=90;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00738851;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.713;QD=56.3529;RBI=0.0222977;REFB=-0.0127697;REVB=0.021038;RO=4;SAF=60;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457044;STB=0.520119;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000451198;OID=.;OPOS=367969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:90:90:4:5:85:85:0.944444:25:60:1:3:25:60:2:3 chr5 422955 . C G 196.31 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0354001;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.2773;QD=13.5385;RBI=0.115572;REFB=-0.0651875;REVB=0.110017;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175894;STB=0.55869;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0771248;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:58:29:34:22:24:0.413793:9:13:12:17:11:13:15:19 chr5 453567 . G A 133.48 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00587595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.964;QD=17.7975;RBI=0.0126251;REFB=0.000251083;REVB=-0.0111743;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797661;STB=0.544322;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.000152459;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:14:15:0.5:4:10:11:3:4:11:12:3 chr5 462465 . C A 836.59 PASS AF=0.472527;AO=86;DP=182;FAO=86;FDP=182;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0176953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.931;QD=18.3867;RBI=0.0200189;REFB=-0.036821;REVB=0.00936114;RO=95;SAF=41;SAR=45;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017111;STB=0.506781;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0262719;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:95:96:86:86:0.472527:45:41:47:48:45:41:47:49 chr5 472951 . T C 318.07 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.00563057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.951;QD=15.707;RBI=0.0515637;REFB=0.000744463;REVB=-0.0512553;RO=45;SAF=26;SAR=9;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167598;STB=0.502761;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00129293;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:46:35:35:0.432099:9:26:34:11:9:26:34:12 chr5 472952 . T G 30.96 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=78;FAO=7;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.00970247;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0723;QD=1.60841;RBI=0.0657637;REFB=-0.00111441;REVB=-0.0650441;RO=50;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29958;STB=0.705192;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0989302;OID=.;OPOS=472952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:78:77:50:70:8:7:0.0909091:1:7:35:15:1:6:49:21 chr5 475104 . A G 105.09 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.007165;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.983;QD=10.253;RBI=0.0412868;REFB=-0.0217833;REVB=-0.0406603;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152806;STB=0.522693;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.04053;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:29:28:13:13:0.317073:6:7:16:13:6:7:16:12 chr5 482186 . C G 258.56 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0282782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9154;QD=18.1443;RBI=0.0300903;REFB=-0.0292993;REVB=-0.0102843;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203455;STB=0.604585;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.027847;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:12:16:22:6:12:17:22:6 chr5 601893 . C CG 92.02 PASS AF=0.264957;AO=16;DP=122;FAO=31;FDP=117;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0340882;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.9641;QD=3.14591;RBI=0.136248;REFB=-0.00170718;REVB=-0.131915;RO=103;SAF=12;SAR=4;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251071;STB=0.73651;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=-0.0251251;OID=.;OPOS=601894;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264957:16:122:31:117:86:25:6:45:41:92:103:12:4:58:45 chr5 601895 . C G 40.95 PASS AF=0.097561;AO=16;DP=114;FAO=12;FDP=123;FR=.;FRO=111;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.0873842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.1984;QD=1.33171;RBI=0.13896;REFB=-0.0172976;REVB=-0.108045;RO=98;SAF=12;SAR=4;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231055;STB=0.885528;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.116392;OID=.;OPOS=601895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:114:123:98:111:16:12:0.097561:4:12:57:41:1:11:61:50 chr5 601966 . T A 2249.14 PASS AF=1;AO=147;DP=152;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162605;FXX=0.0392131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2493;QD=61.201;RBI=0.0244635;REFB=0;REVB=0.0182772;RO=0;SAF=84;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575154;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:152:147:0:0:147:147:1:63:84:0:0:63:84:0:0 chr5 633953 . C T 595.73 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00575556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.077;QD=19.3732;RBI=0.0120012;REFB=-0.00865744;REVB=-0.010531;RO=62;SAF=22;SAR=39;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722556;STB=0.53997;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00820794;OID=.;OPOS=633953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:39:22:27:35:39:22:27:35 chr5 678062 . A G 648.31 PASS AF=0.379487;AO=74;DP=194;FAO=74;FDP=195;FR=.;FRO=121;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=54;FWDB=-0.0346482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.787;QD=13.2988;RBI=0.0354525;REFB=-0.0095412;REVB=-0.00750894;RO=119;SAF=42;SAR=32;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023646;STB=0.50873;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0135838;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:119:121:74:74:0.379487:32:42:65:54:32:42:67:54 chr5 741736 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.893;QD=44.6896;RBI=0.0393272;REFB=0;REVB=-0.0377882;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588783;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr5 745306 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.703;QD=49.5992;RBI=0.0748255;REFB=0;REVB=0.0222525;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526543;OID=.;OPOS=745306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 766910 . C T 3962.78 PASS AF=0.984791;AO=256;DP=267;FAO=259;FDP=263;FR=.;FRO=4;FSAF=145;FSAR=114;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00835537;FXX=0.018656;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.316;QD=60.2705;RBI=0.0181015;REFB=-0.0259349;REVB=0.0160577;RO=3;SAF=144;SAR=112;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513666;STB=0.502936;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000510773;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:267:263:3:4:256:259:0.984791:112:144:1:2:114:145:3:1 chr5 767033 . A C 2170.07 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.177;QD=62.9006;RBI=0.034355;REFB=0;REVB=0.0291808;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07627e-05;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:127:138:0:0:127:138:1:58:69:0:0:69:69:0:0 chr5 795933 . C G 185.64 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0655892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8542;QD=12.3762;RBI=0.101451;REFB=-0.0180114;REVB=0.077398;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279928;STB=0.509083;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0330417;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:9:14:21:15:9:14:22:15 chr5 795947 . C T 115.03 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0101736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.918;QD=8.52098;RBI=0.0251885;REFB=-0.01353;REVB=0.0230426;RO=38;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834124;STB=0.549939;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0329043;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:7:9:24:14:7:9:24:14 chr5 795961 . A G 115.74 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0222705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0473;QD=12.8601;RBI=0.0356442;REFB=-0.0111843;REVB=0.0278304;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206411;OID=.;OPOS=795961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:11:11:7:7:11:11 chr5 795963 . G GAA 62.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00923354;FXX=0.0285633;HRUN=0;LEN=2;MLLD=184.742;QD=7.3875;RBI=0.0186497;REFB=-0.0310489;REVB=0.0162035;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149962;STB=0.555432;STBP=0.75;TYPE=ins;VARB=0.0454402;OID=.;OPOS=795964;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:9:37:9:34:25:5:4:12:13:62:28:5:4:12:16 chr5 795969 . A C 64.21 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0458997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.832;QD=8.56161;RBI=0.046717;REFB=-0.0121665;REVB=0.0087002;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433666;STB=0.620179;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0360497;OID=.;OPOS=795969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:15:21:9:9:0.3:4:5:2:13:4:5:8:13 chr5 795975 . G C 74.19 PASS AF=0.357143;AO=11;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0926786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.733;QD=10.5982;RBI=0.10811;REFB=-0.0158189;REVB=-0.0556646;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340247;STB=0.666349;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0202881;OID=.;OPOS=795975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:11:10:0.357143:4:7:5:12:4:6:6:12 chr5 795985 . AA GG 48.21 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0161766;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.788;QD=8.76581;RBI=0.0170475;REFB=-0.0215332;REVB=-0.00537923;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795555;STB=0.519943;STBP=0.926;TYPE=mnp;VARB=0.0619593;OID=.;OPOS=795985;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:22:22:14:15:7:7:0.318182:4:3:5:9:4:3:6:9 chr5 795992 . C A 52.97 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0535313;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.166;QD=8.8277;RBI=0.0600119;REFB=-0.00891999;REVB=-0.0271261;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154555;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0240439;OID=.;OPOS=795992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:25:24:15:16:6:6:0.25:4:2:7:8:4:2:7:9 chr5 796008 . G T 67.88 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.020543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.872;QD=16.9701;RBI=0.021745;REFB=-0.0453221;REVB=-0.00712973;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0611279;OID=.;OPOS=796008;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:16:16:7:7:5:6:0.375:4:1:3:4:4:2:3:4 chr5 825280 . C T 638.64 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0477975;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.345;QD=16.8063;RBI=0.0478316;REFB=-0.00563184;REVB=0.00180644;RO=81;SAF=30;SAR=39;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395482;STB=0.520766;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00574876;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:81:83:69:69:0.453947:39:30:32:49:39:30:33:50 chr5 837556 . T G 142.68 PASS AF=0.133603;AO=30;DP=249;FAO=33;FDP=247;FR=.;FRO=214;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=108;FSRR=106;FWDB=0.0136081;FXX=0.0198405;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4043;QD=2.31066;RBI=0.0192226;REFB=-0.00389784;REVB=0.0135768;RO=217;SAF=18;SAR=12;SRF=111;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111694;STB=0.615429;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0266226;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:247:217:214:30:33:0.133603:12:18:111:106:12:21:108:106 chr5 840342 . A G 1079.7 PASS AF=0.502283;AO=109;DP=219;FAO=110;FDP=219;FR=.;FRO=109;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=72;FSRR=37;FWDB=0.00477712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.811;QD=19.7206;RBI=0.0138008;REFB=-0.0305925;REVB=-0.0129477;RO=109;SAF=65;SAR=44;SRF=72;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616055;STB=0.536314;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0268291;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:109:109:109:110:0.502283:44:65:72:37:45:65:72:37 chr5 840506 . C T 184.56 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0118396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.661;QD=26.3657;RBI=0.0168185;REFB=0.020955;REVB=0.0119451;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392457;STB=0.516111;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0168241;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:8:10:18:18:0.642857:10:8:3:5:10:8:4:6 chr5 843723 . C A 367.34 PASS AF=0.253456;AO=55;DP=218;FAO=55;FDP=217;FR=.;FRO=162;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=80;FSRR=82;FWDB=0.0254682;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.617;QD=6.77122;RBI=0.0284931;REFB=-0.0142902;REVB=-0.012776;RO=159;SAF=35;SAR=20;SRF=80;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169155;STB=0.608137;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.048924;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:159:162:55:55:0.253456:20:35:80:79:20:35:80:82 chr5 843815 . C T 253.54 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00312397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.493;QD=10.6753;RBI=0.023314;REFB=-0.00660216;REVB=-0.0231037;RO=64;SAF=21;SAR=10;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142332;STB=0.583278;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0172842;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:10:21:36:28:10:21:36:28 chr5 878525 . T A 462.58 PASS AF=0.252747;AO=69;DP=275;FAO=69;FDP=273;FR=.;FRO=204;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=92;FSRR=112;FWDB=-0.0444028;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.769;QD=6.77776;RBI=0.0454882;REFB=-0.013342;REVB=-0.00987759;RO=204;SAF=30;SAR=39;SRF=93;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267924;STB=0.51227;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0352246;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:273:204:204:69:69:0.252747:39:30:93:111:39:30:92:112 chr5 1036900 . C T 204.33 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00489676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.3;QD=16.3463;RBI=0.0207171;REFB=-0.0227524;REVB=-0.0201301;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285365;STB=0.661514;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0318745;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:22:7:11:10:22:7 chr5 1036962 . C A 81.07 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0220098;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5761;QD=10.4605;RBI=0.030398;REFB=-0.0152541;REVB=0.0209668;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316254;STB=0.689207;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.071034;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:31:31:18:20:8:8:0.258065:5:3:12:6:5:3:13:7 chr5 1038526 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3621;QD=47.8219;RBI=0.0557238;REFB=0;REVB=0.0405992;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010254;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr5 1052360 . C T 408.34 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0327387;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6873;QD=15.1235;RBI=0.0331963;REFB=-0.00573444;REVB=-0.00549252;RO=57;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000379933;STB=0.50284;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0110621;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:57:62:46:46:0.425926:25:21:26:31:25:21:28:34 chr5 1057615 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.334;QD=60.3757;RBI=0.051022;REFB=0;REVB=0.0119974;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27837e-05;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:33:41:0:0 chr5 1063027 . TC T 1090.64 PASS AF=0.60479;AO=96;DP=170;FAO=101;FDP=167;FR=.;FRO=66;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0149039;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.937;QD=26.123;RBI=0.0153013;REFB=-0.00976254;REVB=0.00346475;RO=69;SAF=62;SAR=34;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145813;STB=0.565766;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.00700791;OID=.;OPOS=1063028;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.60479:96:170:101:167:66:65:36:32:34:99:69:62:34:32:37 chr5 1063998 . G A 1097.36 PASS AF=0.460317;AO=116;DP=252;FAO=116;FDP=252;FR=.;FRO=136;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=85;FSRR=51;FWDB=0.0124289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.36;QD=17.4184;RBI=0.0293642;REFB=-0.00559933;REVB=0.0266042;RO=136;SAF=63;SAR=53;SRF=85;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812808;STB=0.544866;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0066929;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:136:136:116:116:0.460317:53:63:85:51:53:63:85:51 chr5 1065399 . C T 127.36 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00306629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.561;QD=9.26272;RBI=0.00703242;REFB=0.00117308;REVB=0.00632873;RO=38;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221239;STB=0.632864;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00265777;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:5:12:20:18:5:12:20:18 chr5 1074720 . C T 126.89 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0205816;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.191;QD=16.9186;RBI=0.0206799;REFB=-0.0302002;REVB=-0.00201389;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.545388;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0322081;OID=.;OPOS=1074720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:9:7:5:9:9:7 chr5 1074818 . C T 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0145857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8292;QD=13.9477;RBI=0.0156898;REFB=0.00302695;REVB=0.00578161;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848166;STB=0.538878;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0072417;OID=.;OPOS=1074818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:27:17:17:0.386364:6:11:18:7:6:11:19:8 chr5 1078068 . G A 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0146124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.303;QD=18.3593;RBI=0.0146867;REFB=-0.0174624;REVB=-0.00147571;RO=53;SAF=26;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900943;STB=0.555338;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0216337;OID=.;OPOS=1078068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:20:26:25:28:20:26:25:29 chr5 1081767 . C T 2126.58 PASS AF=1;AO=134;DP=138;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588529;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.526;QD=63.0096;RBI=0.0602204;REFB=0;REVB=0.0127607;RO=0;SAF=71;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125752;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:135:0:0:134:135:1:63:71:0:0:64:71:0:0 chr5 1208964 . T C 436.59 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7337;QD=56.3346;RBI=0.0374112;REFB=0;REVB=0.0373305;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966675;OID=.;OPOS=1208964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr5 1213668 . G A 609.13 PASS AF=0.388889;AO=69;DP=179;FAO=70;FDP=180;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=0.0128715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0621;QD=13.5362;RBI=0.030184;REFB=-0.0283429;REVB=-0.0273019;RO=109;SAF=45;SAR=24;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106292;STB=0.566636;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0472055;OID=.;OPOS=1213668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:109:110:69:70:0.388889:24:45:61:48:24:46:61:49 chr5 1216775 . A G 1510.49 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8373;QD=63.5994;RBI=0.00464914;REFB=0;REVB=0.00196728;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44895e-05;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr5 1216900 . G A 318.35 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.019462;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.585;QD=17.9349;RBI=0.0207203;REFB=-0.0103449;REVB=-0.0071108;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227729;STB=0.627441;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0132033;OID=.;OPOS=1216900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:12:22:15:22:12:22:15:22 chr5 1225613 . G A 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.45;QD=63.281;RBI=0.0371741;REFB=0;REVB=0.0122665;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03313e-05;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr5 1225626 . T A 731.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099227;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.784;QD=63.6204;RBI=0.0315719;REFB=0;REVB=-0.029972;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936832;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr5 1225687 . CT CG,TC 780.56 PASS AF=0.0833333,0.883333;AO=5,52;DP=59;FAO=5,53;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=0,25;FSAR=5,28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00167452,0.00461657;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=114.936,200.054;QD=52.0376;RBI=0.0173031,0.0336094;REFB=-0.0923201,-0.130238;REVB=-0.0172219,0.0332908;RO=0;SAF=0,24;SAR=5,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.517235;STBP=1,0.231;TYPE=snp,mnp;VARB=0.206429,0.00079647;OID=.,.;OPOS=1225688,1225687;OREF=T,CT;OALT=G,TC;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:59:60:0:2:5,52:5,53:0.0833333,0.883333:5,28:0,24:0:0:5,28:0,25:0:2 chr5 1225703 . A G 822.0 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.501;QD=53.0324;RBI=0.0178017;REFB=-0.108453;REVB=0.00417067;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000450934;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:0:1:59:61:0.983871:37:22:0:0:37:24:1:0 chr5 1244425 . C T 917.96 PASS AF=0.468599;AO=97;DP=207;FAO=97;FDP=207;FR=.;FRO=110;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=77;FSRR=33;FWDB=0.00334495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.953;QD=17.7384;RBI=0.0111454;REFB=-0.011814;REVB=-0.0106316;RO=103;SAF=63;SAR=34;SRF=71;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414997;STB=0.530002;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0123796;OID=.;OPOS=1244425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:103:110:97:97:0.468599:34:63:71:32:34:63:77:33 chr5 1272375 . G A 986.13 PASS AF=0.381579;AO=116;DP=304;FAO=116;FDP=304;FR=.;FRO=188;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=72;FSRR=116;FWDB=0.0115183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8093;QD=12.9754;RBI=0.0826379;REFB=-0.00499047;REVB=0.0818312;RO=178;SAF=54;SAR=62;SRF=72;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665728;STB=0.551644;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00771155;OID=.;OPOS=1272375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:178:188:116:116:0.381579:62:54:72:106:62:54:72:116 chr5 1364439 . T C 164.23 PASS AF=0.282353;AO=13;DP=84;FAO=24;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0133382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.152;QD=7.72839;RBI=0.0203387;REFB=-0.00357044;REVB=-0.0153544;RO=50;SAF=1;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63207;STB=0.541632;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00260574;OID=.;OPOS=1364439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:50:56:13:24:0.282353:12:1:28:22:13:11:29:27 chr5 1466919 . G A 1977.82 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.998;QD=61.3278;RBI=0.0421465;REFB=-0.117416;REVB=0.0353825;RO=1;SAF=53;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637866;STB=0.503311;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000741673;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:129:1:1:127:128:0.992248:74:53:0:1:75:53:0:1 chr5 1494909 . C T 476.23 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0604559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.771;QD=21.8954;RBI=0.0621935;REFB=-0.0256225;REVB=0.0145983;RO=41;SAF=15;SAR=31;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380271;STB=0.520999;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0215285;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:31:15:15:26:31:15:15:26 chr5 1877638 . CAA C,CGA 390.66 PASS AF=0.373737,0.0606061;AO=36,6;DP=98;FAO=37,6;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=20,3;FSAR=17,3;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00528345,0.0166534;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=169.071,93.0307;QD=15.7844;RBI=0.00999787,0.0188949;REFB=-0.0111491,-0.0176923;REVB=0.0084878,-0.00892647;RO=55;SAF=19,3;SAR=17,3;SRF=36;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13684,-0.179845;STB=0.573674,0.644719;STBP=0.284,0.528;TYPE=del,snp;VARB=0.0104961,0.0766075;OID=.,.;OPOS=1877639,1877639;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373737,0.0606061:36,6:98:37,6:99:56:20,3:17,3:37:19:99:55:19,3:17,3:36:19 chr5 1878212 . G A 57.35 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.000889748;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3557;QD=10.9239;RBI=0.0417077;REFB=-0.00678336;REVB=0.0416982;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391928;STB=0.740393;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0645578;OID=.;OPOS=1878212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:11:13:8:8:0.380952:1:7:11:0:1:7:13:0 chr5 3600334 . T C 740.06 PASS AF=0.5;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0369388;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0092;QD=19.4753;RBI=0.0828402;REFB=-0.0157364;REVB=-0.0741487;RO=75;SAF=29;SAR=47;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103785;STB=0.560903;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0157637;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:75:76:76:76:0.5:47:29:37:38:47:29:38:38 chr5 3610439 . TG GT,TGGT 318.03 PASS AF=0.0743802,0.297521;AO=12,31;DP=123;FAO=9,36;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=4,15;FSAR=5,21;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0704417,-0.0325111;FXX=0.0162588;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=36.7652,102.889;QD=10.5135;RBI=0.0706991,0.0344189;REFB=-0.059713,-0.0770369;REVB=0.00602676,-0.0112999;RO=70;SAF=4,15;SAR=8,16;SRF=41;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.306271,-0.120069;STB=0.629543,0.617583;STBP=0.483,0.095;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0957453,0.174595;OID=.,.;OPOS=3610439,3610441;OREF=TG,-;OALT=GT,GT;OMAPALT=GT,TGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:123:121:70:76:12,31:9,36:0.0743802,0.297521:8,16:4,15:41:29:5,21:4,15:45:31 chr5 3610452 . A T 60.56 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=144;FAO=16;FDP=144;FR=.;FRO=128;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=-0.0628512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5342;QD=1.68234;RBI=0.171754;REFB=-0.020894;REVB=-0.159841;RO=125;SAF=12;SAR=5;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262154;STB=0.733745;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.194412;OID=.;OPOS=3610452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:144:144:125:128:17:16:0.111111:5:12:62:63:4:12:63:65 chr5 3610658 . T C 368.08 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0112633;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2719;QD=14.5773;RBI=0.0134021;REFB=-0.0288663;REVB=-0.00726325;RO=56;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222768;STB=0.636133;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0368482;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:59:42:42:0.415842:20:22:17:39:20:22:17:42 chr5 5126260 . C CATCT 237.06 PASS AF=0.261538;AO=34;DP=131;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0182207;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.361;QD=7.29406;RBI=0.0198088;REFB=-0.013666;REVB=-0.00777127;RO=95;SAF=17;SAR=17;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974046;STB=0.553815;STBP=0.463;TYPE=ins;VARB=0.0356925;OID=.;OPOS=5126261;OREF=-;OALT=ATCT;OMAPALT=CATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261538:34:131:34:130:96:17:17:55:41:99:95:17:17:55:40 chr5 5126265 . C A 59.53 PASS AF=0.112782;AO=15;DP=133;FAO=15;FDP=133;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=-0.0207026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7135;QD=1.7904;RBI=0.0244766;REFB=-0.00286831;REVB=-0.0130577;RO=117;SAF=8;SAR=7;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273158;STB=0.523202;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0504815;OID=.;OPOS=5126265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:133:133:117:118:15:15:0.112782:7:8:65:52:7:8:66:52 chr5 5146335 . C G 482.66 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.0713515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2173;QD=16.3615;RBI=0.0741414;REFB=-0.0417667;REVB=-0.0201472;RO=56;SAF=39;SAR=14;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122987;STB=0.540151;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0562405;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:118:56:65:53:53:0.449153:14:39:35:21:14:39:44:21 chr5 5146395 . A G 1568.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.376;QD=64.0199;RBI=0.0214671;REFB=0;REVB=0.0210938;RO=0;SAF=62;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38206e-05;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:36:62:0:0:36:62:0:0 chr5 5182385 . CAA C,CAC 228.21 PASS AF=0.631579,0.368421;AO=10,5;DP=19;FAO=12,7;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=12,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=34.9062,114.528;QD=48.0431;RBI=0.0381379,0.00994451;REFB=0,0;REVB=0.0381379,-0.00994451;RO=0;SAF=0,0;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00926591,0.105003;OID=.,.;OPOS=5182386,5182387;OREF=AA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.631579,0.368421:10,5:19:12,7:19:0:0,0:12,7:0:0:31:0:0,0:10,5:0:0 chr5 5200281 . C T 206.69 PASS AF=0.390625;AO=23;DP=66;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.011348;FXX=0.0985777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.75;QD=12.918;RBI=0.0277582;REFB=-0.00527664;REVB=-0.0253326;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817891;STB=0.559952;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00936606;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:36:39:23:25:0.390625:11:12:16:20:11:14:18:21 chr5 5457508 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00983783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.021;QD=17.5883;RBI=0.0787278;REFB=0.00475411;REVB=0.0781107;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905762;STB=0.551613;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00583854;OID=.;OPOS=5457508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:14:14:9:13:14:14 chr5 5460569 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191284;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.138;QD=57.081;RBI=0.0201657;REFB=0;REVB=-0.00638412;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12578e-05;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr5 5460619 . G C 774.98 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.43;QD=56.3622;RBI=0.0318232;REFB=0;REVB=0.00949539;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144324;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:21:34:0:0 chr5 5462148 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.351;QD=60.2277;RBI=0.0322543;REFB=0;REVB=-0.00198051;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112921;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr5 5489777 . G A 542.53 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00324777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.908;QD=21.4863;RBI=0.00548411;REFB=-0.018799;REVB=0.00441899;RO=46;SAF=15;SAR=39;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170059;STB=0.590129;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0109345;OID=.;OPOS=5489777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:54:54:0.534653:39:15:21:25:39:15:21:26 chr5 6377293 . C T 416.65 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0216879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.437;QD=16.1804;RBI=0.0216879;REFB=0.000700831;REVB=-2.06431e-05;RO=56;SAF=21;SAR=25;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129796;STB=0.567436;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000703254;OID=.;OPOS=6377293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:25:21:33:23:25:21:33:24 chr5 6602544 . T C 489.42 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00936216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6675;QD=18.2959;RBI=0.0307707;REFB=0.0070952;REVB=0.0293118;RO=55;SAF=26;SAR=26;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059007;STB=0.532698;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00717678;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:26:26:24:31:26:26:24:31 chr5 6645016 . A G 200.91 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0103694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9369;QD=15.1627;RBI=0.0280682;REFB=0.00602537;REVB=-0.0260825;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125424;STB=0.562759;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00815021;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:14:9:15:14:14:9:15:15 chr5 6651970 . A G 334.07 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0102304;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.749;QD=13.7761;RBI=0.0103211;REFB=-0.00205526;REVB=0.0013652;RO=56;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072106;STB=0.552294;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00305269;OID=.;OPOS=6651970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:56:60:37:37:0.381443:21:16:28:28:21:16:31:29 chr5 6652009 . G A 419.86 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00782475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.509;QD=13.2239;RBI=0.00990176;REFB=0.0166488;REVB=-0.0060678;RO=78;SAF=22;SAR=27;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276731;STB=0.515694;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0236558;OID=.;OPOS=6652009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:78:78:49:49:0.385827:27:22:37:41:27:22:37:41 chr5 6656210 . G A 399.16 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00189725;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.5804;QD=20.7356;RBI=0.0294982;REFB=-0.0246884;REVB=-0.0294371;RO=36;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865315;STB=0.542351;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0212648;OID=.;OPOS=6656210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:37:40:40:0.519481:25:15:17:19:25:15:17:20 chr5 6748659 . T C 1557.74 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.994;QD=63.5812;RBI=0.0336593;REFB=0;REVB=-0.0242927;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122091;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:46:51:0:0:46:52:0:0 chr5 7047375 . T A 3031.47 PASS AF=0.485669;AO=305;DP=628;FAO=305;FDP=628;FR=.;FRO=323;FSAF=155;FSAR=150;FSRF=178;FSRR=145;FWDB=0.0140774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.415;QD=19.3087;RBI=0.0140872;REFB=-0.0141137;REVB=-0.00052359;RO=321;SAF=155;SAR=150;SRF=176;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375566;STB=0.522079;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0148717;OID=.;OPOS=7047375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:628:628:321:323:305:305:0.485669:150:155:176:145:150:155:178:145 chr5 7802363 . C T 351.19 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0170122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6792;QD=15.6086;RBI=0.0468534;REFB=-0.00692085;REVB=-0.0436557;RO=51;SAF=24;SAR=14;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016997;STB=0.501886;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0136038;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:14:24:33:18:14:24:33:19 chr5 7826680 . T C 197.76 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00405017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.091;QD=9.09233;RBI=0.00452645;REFB=-0.00689214;REVB=-0.00202111;RO=58;SAF=19;SAR=7;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105404;STB=0.575696;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0186493;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:61:26:26:0.298851:7:19:38:20:7:19:39:22 chr5 7835571 . C T 432.43 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0196687;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.515;QD=19.8816;RBI=0.0196919;REFB=-0.0114602;REVB=-0.000955391;RO=44;SAF=26;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23767;STB=0.631741;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.019492;OID=.;OPOS=7835571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:44:43:43:0.494253:17:26:15:29:17:26:15:29 chr5 7866967 . G C 2208.7 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=143;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103739;FXX=0.0208319;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.602;QD=62.6581;RBI=0.017163;REFB=-0.114683;REVB=0.013673;RO=1;SAF=69;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684033;STB=0.503546;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00023983;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:141:1:1:137:140:0.992908:68:69:1:0:70:70:1:0 chr5 7868030 . T C 1927.88 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0101102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.728;QD=59.3194;RBI=0.0184972;REFB=0.0273332;REVB=0.0154896;RO=1;SAF=57;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826369;STB=0.512818;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-1.01002e-06;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:1:3:127:127:0.976923:70:57:1:0:70:57:3:0 chr5 7870973 . A G 2806.11 PASS AF=0.983696;AO=181;DP=185;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0314942;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1674;QD=61.0025;RBI=0.042854;REFB=-0.0967397;REVB=-0.0290617;RO=3;SAF=94;SAR=87;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149491;STB=0.507852;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00108224;OID=.;OPOS=7870973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:185:184:3:3:181:181:0.983696:87:94:3:0:87:94:3:0 chr5 7878179 . C T 1671.92 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5379;QD=60.2494;RBI=0.0533673;REFB=0;REVB=0.0477611;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392567;OID=.;OPOS=7878179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:58:52:0:0:58:53:0:0 chr5 7897319 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.241;QD=57.1752;RBI=0.0343557;REFB=0;REVB=-0.00530181;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25874e-05;OID=.;OPOS=7897319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr5 9041924 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.642;QD=53.2772;RBI=0.019091;REFB=0;REVB=0.0182614;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018656;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr5 9041935 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0112363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.52;QD=11.4398;RBI=0.0124473;REFB=-0.00458134;REVB=0.00535552;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547961;STB=0.83635;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0154474;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:8:6:8:1:8:6 chr5 9053945 . C T 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6082;QD=56.1791;RBI=0.030796;REFB=0;REVB=-0.00641782;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409311;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr5 9122890 . C A 554.69 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0157833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7287;QD=24.9297;RBI=0.0458269;REFB=-0.0261789;REVB=0.0430231;RO=37;SAF=28;SAR=23;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355123;STB=0.524354;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0341774;OID=.;OPOS=9122890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:38:51:51:0.573034:23:28:22:15:23:28:23:15 chr5 9136646 . C G 269.9 PASS AF=0.424658;AO=29;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.016;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.81;QD=14.7893;RBI=0.0216463;REFB=-0.0216958;REVB=0.0145795;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19827;STB=0.600462;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0346877;OID=.;OPOS=9136646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:42:29:31:0.424658:12:17:17:26:13:18:17:25 chr5 9190404 . G A 649.98 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.000970456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.666;QD=18.7043;RBI=0.0189366;REFB=-0.0208053;REVB=0.0189117;RO=72;SAF=38;SAR=28;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753582;STB=0.544537;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0233967;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:73:66:66:0.47482:28:38:47:25:28:38:48:25 chr5 9265602 . C T 520.61 PASS AF=0.393548;AO=61;DP=155;FAO=61;FDP=155;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=32;FWDB=-0.0169985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.355;QD=13.435;RBI=0.0248586;REFB=-0.0047259;REVB=-0.0181384;RO=93;SAF=35;SAR=26;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915296;STB=0.554025;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00831818;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:93:94:61:61:0.393548:26:35:61:32:26:35:62:32 chr5 9280957 . C A 632.2 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.947;QD=61.6777;RBI=0.0403419;REFB=0;REVB=-0.0218158;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12966e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr5 9761013 . C A 327.18 PASS AF=0.5625;AO=25;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0214586;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.6;QD=27.2653;RBI=0.033895;REFB=-0.0212036;REVB=-0.0262373;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126691;STB=0.563095;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00361211;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:18:19:25:27:0.5625:11:14:13:5:11:16:14:5 chr5 9761022 . C T 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00347858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7119;QD=24.1556;RBI=0.0370611;REFB=-0.0269083;REVB=0.0368975;RO=21;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664379;STB=0.536562;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0261684;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:11:19:15:6:11:19:15:6 chr5 10237155 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0982805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.416;QD=58.5873;RBI=0.0982818;REFB=0;REVB=0.000503456;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717632;OID=.;OPOS=10237155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr5 10239278 . C T 1632.0 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919282;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.349;QD=60.4444;RBI=0.0178833;REFB=0;REVB=0.0153396;RO=0;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363218;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:44:64:0:0:44:64:0:0 chr5 10250430 . G A 1140.05 PASS AF=0.842593;AO=82;DP=108;FAO=91;FDP=108;FR=.;FRO=17;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0346749;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.1277;QD=42.2241;RBI=0.0815315;REFB=-0.0975811;REVB=0.0737905;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.508777;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0500207;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:108:108:0:17:82:91:0.842593:35:47:0:0:37:54:11:6 chr5 10250443 . T C 1751.69 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00319355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.361;QD=59.8868;RBI=0.00484703;REFB=-0.0611286;REVB=0.00364622;RO=1;SAF=69;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683355;STB=0.503597;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000352905;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:47:69:1:0:47:69:1:0 chr5 10254817 . A G 1590.91 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.654;QD=63.6364;RBI=0.0391577;REFB=0;REVB=0.0391333;RO=0;SAF=28;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2564e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:0:0:95:100:1:67:28:0:0:72:28:0:0 chr5 10256161 . T C 1292.87 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0577576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.413;QD=59.4422;RBI=0.0612604;REFB=-0.0224732;REVB=0.0204182;RO=1;SAF=48;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976682;STB=0.509998;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00180815;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:1:2:84:85:0.977011:36:48:1:0:36:49:2:0 chr5 10261966 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7838;QD=57.2375;RBI=0.0794507;REFB=0;REVB=-0.0746684;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106417;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr5 10282396 . A G 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0104929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.433;QD=11.3449;RBI=0.0191109;REFB=-0.0102569;REVB=0.0159727;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833894;STB=0.548544;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0166782;OID=.;OPOS=10282396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:8:14:22:17:8:14:22:17 chr5 10564846 . C T 1506.94 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.100976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2599;QD=58.5218;RBI=0.10598;REFB=0.0142519;REVB=0.0321823;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109042;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000533399;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:100:102:0.990291:57:43:1:0:57:45:1:0 chr5 10624887 . T C 430.97 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0253725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.054;QD=17.5904;RBI=0.0411881;REFB=-0.00779172;REVB=-0.0324454;RO=53;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186335;STB=0.522234;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0166758;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:54:43:44:0.44898:26:17:20:33:26:18:20:34 chr5 10638180 . T C 1910.81 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117347;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.995;QD=61.6392;RBI=0.0119195;REFB=0;REVB=-0.00209078;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31648e-05;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:64:59:0:0:64:60:0:0 chr5 10649412 . G C 483.81 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.003511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.842;QD=17.7545;RBI=0.0136844;REFB=-0.00221196;REVB=-0.0132263;RO=55;SAF=28;SAR=24;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921627;STB=0.549338;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00178571;OID=.;OPOS=10649412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:57:52:52:0.477064:24:28:35:20:24:28:36:21 chr5 10649784 . G A 58.59 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.033284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.906;QD=14.6473;RBI=0.035895;REFB=-0.0160109;REVB=-0.0134397;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0124654;OID=.;OPOS=10649784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr5 13701525 . T C 118.52 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.030678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.898;QD=8.77891;RBI=0.0322307;REFB=0.00631248;REVB=-0.00988327;RO=38;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269734;STB=0.66543;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00557504;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:13:3:14:24:13:3:14:24 chr5 13701536 . T C 114.29 PASS AF=0.311111;AO=15;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00740213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.179;QD=10.1587;RBI=0.0207322;REFB=-0.0215528;REVB=-0.0193658;RO=30;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237509;STB=0.730048;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0493907;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:15:14:0.311111:12:3:11:19:12:2:12:19 chr5 13719022 . T G 514.34 PASS AF=0.4;AO=56;DP=146;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.0110249;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.399;QD=13.7157;RBI=0.0159904;REFB=0.00313088;REVB=0.0115821;RO=85;SAF=29;SAR=27;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062886;STB=0.536785;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00493532;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:85:90:56:60:0.4:27:29:49:36:29:31:52:38 chr5 13719089 . G A 573.35 PASS AF=0.421384;AO=62;DP=154;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.00821286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.214;QD=14.4238;RBI=0.0102437;REFB=-0.0160044;REVB=0.00612223;RO=89;SAF=33;SAR=29;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515323;STB=0.542877;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0206508;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:159:89:92:62:67:0.421384:29:33:43:46:30:37:44:48 chr5 13754394 . C T 349.12 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0276379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.932;QD=20.2386;RBI=0.030202;REFB=0.0072666;REVB=-0.0121781;RO=33;SAF=25;SAR=11;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994729;STB=0.554867;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.005875;OID=.;OPOS=13754394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:11:25:26:7:11:25:26:7 chr5 13788886 . C A 1077.92 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00033124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0992;QD=53.8959;RBI=0.00897942;REFB=0.00794366;REVB=0.00897331;RO=5;SAF=41;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635326;STB=0.503364;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00775153;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:80:80:5:5:75:75:0.9375:34:41:3:2:34:41:3:2 chr5 13811775 . T C 1587.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000292066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1996;QD=64.1513;RBI=0.0193355;REFB=0;REVB=0.0193333;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67607e-05;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr5 13829799 . G A 1859.19 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.101;QD=61.461;RBI=0.0316539;REFB=0;REVB=-0.0134371;RO=0;SAF=73;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66558e-05;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:48:73:0:0:48:73:0:0 chr5 13845045 . G A 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.844;QD=60.6463;RBI=0.0299551;REFB=0;REVB=-0.00239416;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52336e-05;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:51:62:0:0:51:62:0:0 chr5 13864728 . C A 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00747764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.99;QD=19.1823;RBI=0.00941368;REFB=-0.00669377;REVB=-0.00571859;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234833;STB=0.629951;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00542839;OID=.;OPOS=13864728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:19:22:12:31:19:22:12:31 chr5 13865980 . T C 468.72 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.000218727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.72;QD=20.3791;RBI=0.0345755;REFB=-0.0190584;REVB=0.0345748;RO=45;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129243;STB=0.56519;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0166606;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:23:23:16:29:23:23:17:29 chr5 13894894 . T A 646.87 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0395196;FXX=0.00719373;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.0622;QD=18.75;RBI=0.0449644;REFB=-0.0388232;REVB=0.0214475;RO=68;SAF=38;SAR=28;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117592;STB=0.511499;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.041358;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:68:72:66:66:0.478261:28:38:40:28:28:38:43:29 chr5 13900345 . A G 615.12 PASS AF=0.4;AO=69;DP=175;FAO=70;FDP=175;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.011233;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.576;QD=14.0598;RBI=0.0152149;REFB=-0.00530059;REVB=-0.0102623;RO=101;SAF=39;SAR=30;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850167;STB=0.562993;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00706155;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:101:105:69:70:0.4:30:39:49:52:30:40:49:56 chr5 13902200 . GTT GTG,GT 42.21 PASS AF=0.0588235,0.205882;AO=2,5;DP=34;FAO=2,7;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=0,1;FSAR=2,6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0420807,0.00938512;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=241.015,18.1997;QD=4.96558;RBI=0.0839379,0.145408;REFB=0.000672918,-0.0196889;REVB=-0.0726278,-0.145105;RO=24;SAF=0,1;SAR=2,4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.570887,-0.511473;STB=0.99595,0.870783;STBP=0.086,0.048;TYPE=snp,del;VARB=0.151852,-0.112976;OID=.,.;OPOS=13902202,13902201;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.205882:2,5:34:2,7:34:25:0,1:2,6:16:9:31:24:0,1:2,4:16:8 chr5 13902220 . T C 242.36 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0653534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5645;QD=29.3764;RBI=0.0701456;REFB=-0.000675352;REVB=0.025482;RO=11;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550494;STB=0.530359;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00125903;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:12:10:6:5:12:10:6:5 chr5 13913885 . A G 890.07 PASS AF=0.465347;AO=94;DP=202;FAO=94;FDP=202;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.0164163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.117;QD=17.6251;RBI=0.0205061;REFB=0.00237975;REVB=-0.0122884;RO=108;SAF=43;SAR=51;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307875;STB=0.517021;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00218471;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:108:108:94:94:0.465347:51:43:46:62:51:43:46:62 chr5 13931340 . C T 416.04 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0711498;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6459;QD=21.897;RBI=0.0711624;REFB=-0.0404584;REVB=0.00133691;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141767;STB=0.571487;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0334892;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:36:35:41:41:0.539474:25:16:20:16:25:16:19:16 chr5 13944512 . A C 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0444204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4005;QD=54.6342;RBI=0.0703865;REFB=-0.0576557;REVB=0.0545993;RO=1;SAF=34;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136506;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0014935;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:17:34:1:0:17:34:1:0 chr5 14184022 . G A 685.13 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122962;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.236;QD=53.7357;RBI=0.0146625;REFB=0;REVB=-0.00798699;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147344;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:46:51:1:14:32:0:0:15:36:0:0 chr5 14184023 . T A 38.82 PASS AF=0.132075;AO=6;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0485982;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.9782;QD=2.92993;RBI=0.0490595;REFB=-0.0028829;REVB=-0.00671169;RO=46;SAF=5;SAR=1;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211698;STB=0.702444;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00870955;OID=.;OPOS=14184023;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:53:46:46:6:7:0.132075:1:5:32:14:1:6:32:14 chr5 14184079 . G A 888.77 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.697;QD=57.3398;RBI=0.00914949;REFB=0;REVB=0.00396518;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45069e-05;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:22:39:0:0:23:39:0:0 chr5 14420027 . A C 1512.11 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0843;QD=59.8857;RBI=0.0498213;REFB=0;REVB=-0.000828678;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306509;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr5 14709412 . A AT,ATT 365.71 PASS AF=1,0;AO=32,5;DP=44;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.15815,-0.0850808;FXX=0.0238039;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=15.4761,8.83845;QD=35.6794;RBI=0.158745,0.0852887;REFB=0,0;REVB=0.0137376,0.00595262;RO=7;SAF=13,3;SAR=19,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0419055,0.286688;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0027342,0;OID=.,.;OPOS=14709413,14709413;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,5:44:41,0:41:0:16,0:25,0:0:0:7:7:13,3:19,2:2:5 chr5 16478200 . G A 752.55 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747981;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7066;QD=64.0464;RBI=0.0168981;REFB=0;REVB=0.0151524;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157779;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:20:27:0:0 chr5 16508674 . A G 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0739863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2139;QD=16.4051;RBI=0.0842506;REFB=-0.0159233;REVB=0.0403011;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136416;STB=0.57138;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.015453;OID=.;OPOS=16508674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:9:22:21:15:9:22:22:15 chr5 16673975 . C G 760.49 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839483;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.805;QD=63.3746;RBI=0.0842372;REFB=0;REVB=-0.00697042;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054347;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:26:18:0:0:26:22:0:0 chr5 16676196 . T C 292.51 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.018053;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1259;QD=14.6255;RBI=0.0292598;REFB=-0.0201784;REVB=0.0230266;RO=43;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119805;STB=0.594002;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0241335;OID=.;OPOS=16676196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:43:47:33:33:0.4125:13:20:21:22:13:20:21:26 chr5 16701296 . C T 341.0 PASS AF=0.445783;AO=34;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0231862;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1748;QD=16.4338;RBI=0.0319473;REFB=-0.0272691;REVB=-0.021978;RO=46;SAF=28;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334437;STB=0.673771;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0599044;OID=.;OPOS=16701296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:34:37:0.445783:6:28:26:20:7:30:26:20 chr5 16769273 . G A 937.33 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9481;QD=58.583;RBI=0.043425;REFB=0;REVB=-0.0208085;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9816e-05;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:39:24:0:0:39:25:0:0 chr5 19721490 . T C 3242.8 PASS AF=0.952586;AO=205;DP=218;FAO=221;FDP=232;FR=.;FRO=11;FSAF=86;FSAR=135;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0758428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9152;QD=55.9103;RBI=0.0762428;REFB=-0.0554376;REVB=0.00779931;RO=10;SAF=72;SAR=133;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239538;STB=0.51226;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0205351;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:218:232:10:11:205:221:0.952586:133:72:6:4:135:86:7:4 chr5 23976115 . G A 723.07 PASS AF=0.477987;AO=76;DP=161;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0157425;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4771;QD=18.1905;RBI=0.0265609;REFB=-0.0155464;REVB=0.0213928;RO=82;SAF=37;SAR=39;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450133;STB=0.527775;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0151123;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:82:83:76:76:0.477987:39:37:36:46:39:37:36:47 chr5 24910721 . C G 954.22 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4722;QD=58.7214;RBI=0.0371713;REFB=0;REVB=-0.0025737;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209464;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:38:27:0:0 chr5 26198575 . G T 2641.57 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864037;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5779;QD=62.1546;RBI=0.008743;REFB=0;REVB=-0.00133567;RO=0;SAF=72;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153147;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:168:170:1:96:72:0:0:96:74:0:0 chr5 26198591 . C T 2680.33 PASS AF=1;AO=172;DP=175;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000188018;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.715;QD=61.973;RBI=0.0143624;REFB=-0.0652821;REVB=0.0143612;RO=1;SAF=74;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13104e-05;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:173:1:0:172:173:1:98:74:1:0:99:74:0:0 chr5 26903557 . G A 427.65 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=3.64564e-05;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.481;QD=15.138;RBI=0.0803936;REFB=-0.0147394;REVB=-0.0803936;RO=57;SAF=36;SAR=12;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24779;STB=0.673094;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0155523;OID=.;OPOS=26903557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:65:48:48:0.424779:12:36:30:27:12:36:31:34 chr5 31302288 . C T 376.58 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.0179115;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3798;QD=12.658;RBI=0.0190944;REFB=-0.00693376;REVB=-0.00661608;RO=73;SAF=26;SAR=19;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480881;STB=0.523546;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.015465;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:74:45:45:0.378151:19:26:39:34:19:26:40:34 chr5 31317494 . C T 449.3 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.10143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4015;QD=15.9043;RBI=0.101524;REFB=-0.00498578;REVB=-0.00435118;RO=63;SAF=25;SAR=25;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055382;STB=0.530961;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00437953;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:25:25:35:28:25:25:35:28 chr5 31317529 . A G 538.62 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00825736;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.488;QD=17.5162;RBI=0.0133;REFB=-0.00164879;REVB=0.0104262;RO=67;SAF=26;SAR=31;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499549;STB=0.52361;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00198491;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:67:66:57:57:0.463415:31:26:34:33:31:26:33:33 chr5 31317952 . T C 539.36 PASS AF=0.40411;AO=57;DP=146;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.00605411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.102;QD=14.7771;RBI=0.0213356;REFB=-0.00222359;REVB=0.0204586;RO=86;SAF=36;SAR=21;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107002;STB=0.57182;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00417966;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:86:87:57:59:0.40411:21:36:46:40:21:38:46:41 chr5 31401447 . A G 482.04 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.000315147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.029;QD=20.5124;RBI=0.00448657;REFB=0.0012572;REVB=0.00447549;RO=47;SAF=18;SAR=29;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599234;STB=0.533225;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00104783;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:29:18:21:26:29:18:21:26 chr5 31409252 . A G 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00526065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.587;QD=9.14924;RBI=0.00904698;REFB=-0.0148909;REVB=-0.00736026;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150347;STB=0.589256;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0385241;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:10:8:23:17:10:8:23:17 chr5 31423007 . T C 1803.93 PASS AF=0.98374;AO=118;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0139985;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.965;QD=58.6642;RBI=0.0142929;REFB=-0.0539749;REVB=-0.00288591;RO=3;SAF=48;SAR=70;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287569;STB=0.509802;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=5.04771e-05;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:3:2:118:121:0.98374:70:48:3:0:71:50:2:0 chr5 31515657 . G A 172.02 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0546506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0282;QD=18.107;RBI=0.0747894;REFB=0.00769128;REVB=-0.0510565;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980718;STB=0.552574;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0169211;OID=.;OPOS=31515657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:20:18:18:0.473684:9:9:7:11:9:9:8:12 chr5 31535996 . A G 194.44 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0371273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9701;QD=9.97149;RBI=0.0759809;REFB=-0.0217783;REVB=0.0662922;RO=52;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654819;STB=0.530374;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0540119;OID=.;OPOS=31535996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:14:11:20:32:14:11:21:32 chr5 31538692 . A C 430.28 PASS AF=0.378788;AO=45;DP=128;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00281732;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.943;QD=13.0386;RBI=0.0314272;REFB=-0.0117618;REVB=0.0313006;RO=83;SAF=28;SAR=17;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147524;STB=0.544994;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0205389;OID=.;OPOS=31538692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:132:83:82:45:50:0.378788:17:28:41:42:22:28:40:42 chr5 31799655 . CAGGGGGGGC CAGGGGGGC,CAGGGGGGCA,CGAGGGGGGC,GCAGGGGGGC 179.61 PASS AF=0.875,0.0833333,0,0;AO=24,4,2,3;DP=52;FAO=42,4,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=28,3,0,0;FSAR=14,1,0,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.151801,0.124333,0.00132194,0.00219607;FXX=0;HRUN=7,7,1,1;LEN=1,2,2,3;MLLD=5.82009,16.6734,56.0145,14.0741;QD=14.9674;RBI=0.523775,0.212888,0.0467364,0.189284;REFB=0.35188,0.232302,0.0377448,0.304182;REVB=0.501296,0.172808,-0.0467177,0.189271;RO=14;SAF=20,3,0,3;SAR=4,1,2,0;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.396986,0.423518,-0.497441,0.677194;STB=0.508471,0.599463,0.5,0.5;STBP=0.764,0.601,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.0465945,-0.0357352,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=31799657,31799663,31799656,31799655;OREF=G,GC,AG,CAG;OALT=-,CA,GA,GCA;OMAPALT=CAGGGGGGC,CAGGGGGGCA,CGAGGGGGGC,GCAGGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:52:48:14:2:24,4,2,3:42,4,0,0:0.875,0.0833333,0,0:4,1,2,0:20,3,0,3:5:9:14,1,0,0:28,3,0,0:1:1 chr5 32058115 . A G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.0223824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.386;QD=17.7108;RBI=0.0245819;REFB=-0.0225074;REVB=0.0101637;RO=35;SAF=13;SAR=20;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228713;STB=0.614209;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0188793;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:20:13:6:29:20:13:7:29 chr5 32074509 . G A 364.11 PASS AF=0.428571;AO=34;DP=86;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0087216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.251;QD=16.0049;RBI=0.104514;REFB=-0.00537454;REVB=0.104149;RO=50;SAF=22;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963988;STB=0.507459;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0123488;OID=.;OPOS=32074509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:50:52:34:39:0.428571:12:22:28:22:17:22:30:22 chr5 32074528 . TCCCCCCA CCCCCCAC,TCCCCCA 475.56 PASS AF=0.10989,0.89011;AO=5,20;DP=91;FAO=10,81;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=9,38;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209563,0.786176;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=8,1;MLLD=65.7349,6.37773;QD=20.9036;RBI=0.0221358,1.07496;REFB=0.0822144,0.127138;REVB=-0.00712907,0.733118;RO=51;SAF=5,10;SAR=0,10;SRF=21;SRR=30;SSEN=0,0.588235;SSEP=0,0.644444;SSSB=0.616755,0.105774;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.097585,0.065038;OID=.,.;OPOS=32074528,32074529;OREF=TCCCCCCA,C;OALT=CCCCCCAC,-;OMAPALT=CCCCCCAC,TCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:91:91:51:0:5,20:10,81:0.10989,0.89011:0,10:5,10:21:30:1,43:9,38:0:0 chr5 32087802 . A G 165.12 PASS AF=0.6;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.201783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.863;QD=22.0162;RBI=0.20366;REFB=-0.0508891;REVB=0.0275868;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381514;STB=0.566594;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0237182;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:30:8:12:16:18:0.6:7:9:5:3:9:9:8:4 chr5 32087808 . G C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0253845;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.666;QD=18.6374;RBI=0.0253848;REFB=0.00502275;REVB=-0.00012774;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19995;STB=0.622928;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00265066;OID=.;OPOS=32087808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:16:16:16:0.5:9:7:9:4:9:7:11:5 chr5 32090294 . G A 127.21 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0171687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.871;QD=11.5645;RBI=0.0212878;REFB=-0.0273717;REVB=-0.0125859;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275663;STB=0.65541;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0427233;OID=.;OPOS=32090294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:29:15:15:0.340909:4:11:14:14:4:11:15:14 chr5 32093070 . G A 460.83 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0126561;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.785;QD=23.6322;RBI=0.013398;REFB=0.00424791;REVB=-0.00439655;RO=32;SAF=12;SAR=32;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197199;STB=0.612083;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00470441;OID=.;OPOS=32093070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:32:34:44:44:0.564103:32:12:16:16:32:12:17:17 chr5 32229677 . G A 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0225528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.716;QD=14.1938;RBI=0.0335372;REFB=-0.0124648;REVB=-0.0248216;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855785;STB=0.548854;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0144693;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:18:14:12:11:18:14 chr5 32403346 . C T 843.93 PASS AF=0.462766;AO=87;DP=188;FAO=87;FDP=188;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=-0.0641608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9114;QD=17.9559;RBI=0.0654216;REFB=0.00345536;REVB=-0.012782;RO=101;SAF=46;SAR=41;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102986;STB=0.556915;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00338037;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:101:101:87:87:0.462766:41:46:64:37:41:46:64:37 chr5 32594752 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0353566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9943;QD=19.3854;RBI=0.0366297;REFB=-0.0150063;REVB=-0.00957305;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204334;STB=0.615842;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0192255;OID=.;OPOS=32594752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:12:9:13:7:12:9 chr5 32789852 . T C 420.84 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0354092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.929;QD=20.5287;RBI=0.0373879;REFB=0.00463072;REVB=-0.012002;RO=40;SAF=24;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107264;STB=0.559412;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00377783;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:18:24:18:22:18:24:18:22 chr5 32790616 . T C 671.88 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0108514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.843;QD=18.4077;RBI=0.0178794;REFB=-0.00553585;REVB=-0.0142099;RO=78;SAF=36;SAR=32;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406981;STB=0.522574;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00585198;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:78:68:68:0.465753:32:36:38:40:32:36:38:40 chr5 33278013 . A G 388.92 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00985096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.472;QD=18.743;RBI=0.0178075;REFB=-0.0166684;REVB=-0.0148346;RO=40;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084869;STB=0.522377;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0191956;OID=.;OPOS=33278013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:43:39:40:0.481928:15:24:21:19:16:24:24:19 chr5 33278049 . T C 1267.29 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487256;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.994;QD=61.8193;RBI=0.0561335;REFB=0;REVB=0.0278709;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164882;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:30:50:0:0:32:50:0:0 chr5 33461114 . C T 399.1 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00402646;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.257;QD=14.382;RBI=0.0170827;REFB=-0.00414156;REVB=0.0166014;RO=64;SAF=30;SAR=16;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305818;STB=0.523394;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00689479;OID=.;OPOS=33461114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:16:30:40:24:16:30:40:25 chr5 33461355 . G A 466.38 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00382975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.532;QD=19.846;RBI=0.0249055;REFB=-0.00633744;REVB=-0.0246093;RO=45;SAF=29;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134816;STB=0.514279;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00731469;OID=.;OPOS=33461355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:45:48:46:46:0.489362:17:29:29:16:17:29:29:19 chr5 33535060 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8794;QD=60.2275;RBI=0.0200586;REFB=0;REVB=-0.017985;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248668;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:30:6:0:0:31:6:0:0 chr5 33751454 . A T 256.59 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0113741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.779;QD=17.3957;RBI=0.0894612;REFB=0.00498308;REVB=0.0887352;RO=30;SAF=22;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279649;STB=0.6627;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00472618;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:28:29:0.491525:6:22:16:14:6:23:16:14 chr5 33938447 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.528;QD=58.2396;RBI=0.076917;REFB=0;REVB=0.0759109;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153439;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr5 33954511 . T C 485.07 PASS AF=0.490385;AO=50;DP=103;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0113541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.342;QD=18.6565;RBI=0.0131615;REFB=-0.0148661;REVB=0.00665648;RO=53;SAF=23;SAR=27;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807717;STB=0.549;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.01796;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:53:53:50:51:0.490385:27:23:29:24:28:23:29:24 chr5 33989518 . C T 1240.53 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.561;QD=61.2608;RBI=0.0609483;REFB=0;REVB=0.0289728;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71523e-05;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:47:34:0:0 chr5 33998768 . C A 760.36 PASS AF=0.467836;AO=77;DP=168;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0117581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1995;QD=17.7861;RBI=0.0399787;REFB=-0.00919793;REVB=0.0382106;RO=91;SAF=43;SAR=34;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347808;STB=0.530047;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.013233;OID=.;OPOS=33998768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:91:91:77:80:0.467836:34:43:54:37:37:43:54:37 chr5 33998883 . A G 1309.3 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0103137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6286;QD=57.5515;RBI=0.0103157;REFB=0.0274085;REVB=-0.000201985;RO=4;SAF=46;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239785;STB=0.501267;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00155824;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:41:46:2:2:41:46:2:2 chr5 34020277 . C T 242.39 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0205582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.013;QD=12.5917;RBI=0.0206484;REFB=-0.0153411;REVB=-0.00192805;RO=48;SAF=14;SAR=15;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267864;STB=0.652078;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0242607;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:15:14:35:13:15:14:35:13 chr5 34038537 . A G 1095.98 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.482;QD=60.0537;RBI=0.0224381;REFB=0;REVB=-0.0209503;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41171e-05;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:42:29:0:0:43:30:0:0 chr5 34757666 . G A 250.41 PASS AF=0.48;AO=21;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00355873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.245;QD=20.0327;RBI=0.0314964;REFB=-0.0230533;REVB=0.0312947;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685444;STB=0.503422;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0239564;OID=.;OPOS=34757666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:26:21:24:0.48:14:7:7:10:14:10:11:15 chr5 34802384 . A G 1432.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.238;QD=62.9601;RBI=0.0257445;REFB=0;REVB=-0.0086546;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08547e-05;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:44:46:0:0:45:46:0:0 chr5 34811137 . T G 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0128808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.187;QD=19.4997;RBI=0.0159581;REFB=-0.010424;REVB=0.0094205;RO=30;SAF=21;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280732;STB=0.656152;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0101497;OID=.;OPOS=34811137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:11:21:10:20:11:21:10:20 chr5 34823620 . A G 36.23 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00192461;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.0296;QD=4.99688;RBI=0.184008;REFB=-0.0448184;REVB=-0.183998;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302036;STB=0.752478;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.126291;OID=.;OPOS=34823620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:13:23:6:6:0.206897:1:5:8:5:1:5:13:10 chr5 34840841 . A G 312.59 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0226117;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.189;QD=18.9446;RBI=0.0243192;REFB=-0.0309159;REVB=0.00895156;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229612;STB=0.619494;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0256939;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:33:33:33:0.5:14:19:10:22:14:19:11:22 chr5 34862125 . C T 690.08 PASS AF=0.476821;AO=71;DP=150;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0331352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.523;QD=18.2802;RBI=0.0340135;REFB=-0.00544959;REVB=0.00767937;RO=79;SAF=40;SAR=31;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183191;STB=0.506858;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00577468;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:79:79:71:72:0.476821:31:40:46:33:31:41:46:33 chr5 34998877 . C A 999.07 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00885534;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.547;QD=58.7685;RBI=0.051793;REFB=0;REVB=-0.0510304;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148472;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:23:44:0:0:23:45:0:0 chr5 35010138 . A G 1101.27 PASS AF=0.545;AO=97;DP=193;FAO=109;FDP=200;FR=.;FRO=91;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.0702867;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.359;QD=22.0255;RBI=0.070357;REFB=-0.00693999;REVB=-0.00314414;RO=88;SAF=46;SAR=51;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913013;STB=0.528101;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00506745;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:200:88:91:97:109:0.545:51:46:51:37:51:58:54:37 chr5 35033605 . G A 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00343332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.28;QD=16.923;RBI=0.00446337;REFB=-0.0143358;REVB=0.00285202;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097395;STB=0.561761;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0165981;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:14:20:19:20:14:20:19:21 chr5 35037115 . C T 365.53 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00452211;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.619;QD=13.538;RBI=0.00979222;REFB=-0.00732435;REVB=0.0086855;RO=62;SAF=16;SAR=27;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186319;STB=0.592581;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0142614;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:62:65:43:43:0.398148:27:16:34:28:27:16:34:31 chr5 35039486 . C T 1871.22 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.298;QD=61.3514;RBI=0.0429753;REFB=0;REVB=0.0411286;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21402e-05;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:122:0:0:115:122:1:59:56:0:0:61:61:0:0 chr5 35641582 . A C 741.66 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=164;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0367277;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.81;QD=17.9795;RBI=0.0399867;REFB=-0.0147541;REVB=0.0158119;RO=85;SAF=43;SAR=35;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872793;STB=0.542259;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0187682;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:85:87:78:78:0.472727:35:43:39:46:35:43:41:46 chr5 35643615 . G A 630.37 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00225036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.814;QD=26.8242;RBI=0.00769303;REFB=-0.0178246;REVB=-0.00735653;RO=36;SAF=30;SAR=26;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547208;STB=0.528364;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00605191;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:38:56:56:0.595745:26:30:22:14:26:30:23:15 chr5 35644621 . T C 1018.72 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0329451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3498;QD=56.5956;RBI=0.039343;REFB=-0.126607;REVB=0.0215057;RO=2;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325738;STB=0.517236;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00885824;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:72:2:2:70:70:0.972222:28:42:0:2:28:42:0:2 chr5 35654711 . C T 935.67 PASS AF=0.460465;AO=99;DP=214;FAO=99;FDP=215;FR=.;FRO=116;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=-0.0173704;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.262;QD=17.4079;RBI=0.0236096;REFB=0.0099044;REVB=-0.0159902;RO=113;SAF=58;SAR=41;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045316;STB=0.528278;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0115144;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:113:116:99:99:0.460465:41:58:61:52:41:58:62:54 chr5 35692775 . T A 724.85 PASS AF=0.457143;AO=70;DP=164;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.0154752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.518;QD=16.568;RBI=0.015477;REFB=-0.00331432;REVB=-0.000234688;RO=92;SAF=39;SAR=31;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134996;STB=0.577771;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00498224;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:175:92:95:70:80:0.457143:31:39:39:53:34:46:41:54 chr5 35695915 . A C 297.63 PASS AF=0.355769;AO=36;DP=103;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00322914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.904;QD=11.4471;RBI=0.00338469;REFB=-0.0113873;REVB=0.00101429;RO=67;SAF=16;SAR=20;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104726;STB=0.550051;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.035162;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:67:67:36:37:0.355769:20:16:36:31:20:17:36:31 chr5 35709095 . C T 805.43 PASS AF=0.568182;AO=72;DP=129;FAO=75;FDP=132;FR=.;FRO=57;FSAF=56;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=11;FWDB=0.0117463;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.833;QD=24.4068;RBI=0.0118398;REFB=-0.0184198;REVB=-0.00148525;RO=53;SAF=55;SAR=17;SRF=43;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528307;STB=0.535646;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00987909;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:53:57:72:75:0.568182:17:55:43:10:19:56:46:11 chr5 35709184 . G C 409.77 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0366114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1768;QD=15.6103;RBI=0.0370599;REFB=-0.0264339;REVB=-0.00574825;RO=59;SAF=27;SAR=19;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648202;STB=0.503632;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.033823;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:19:27:35:24:19:27:35:24 chr5 35764696 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3172;QD=60.6082;RBI=0.0306237;REFB=0;REVB=0.00303853;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140066;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr5 35764752 . T C 228.96 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0188248;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.303;QD=13.4679;RBI=0.0286703;REFB=-0.0163774;REVB=-0.0216244;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613092;STB=0.502922;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0190445;OID=.;OPOS=35764752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:38:41:27:27:0.397059:10:17:26:12:10:17:26:15 chr5 35861068 . T C 743.71 PASS AF=0.486667;AO=73;DP=150;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0180608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.557;QD=19.8322;RBI=0.0181094;REFB=-0.0111475;REVB=0.00132539;RO=77;SAF=45;SAR=28;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233671;STB=0.628936;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00876806;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:77:77:73:73:0.486667:28:45:28:49:28:45:28:49 chr5 35871190 . G A 329.38 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00986488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.654;QD=15.5004;RBI=0.0101677;REFB=-0.0156753;REVB=0.00246289;RO=49;SAF=23;SAR=12;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725707;STB=0.528904;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0243336;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:49:35:36:0.423529:12:23:29:20:13:23:29:20 chr5 35871273 . C T 518.15 PASS AF=0.482456;AO=54;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.012085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1013;QD=18.1805;RBI=0.0125621;REFB=-0.0182497;REVB=-0.00342899;RO=58;SAF=25;SAR=29;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987445;STB=0.553416;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0189644;OID=.;OPOS=35871273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:59:54:55:0.482456:29:25:33:25:29:26:34:25 chr5 35910529 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.000959129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.092;QD=21.2674;RBI=0.0016397;REFB=-0.0152613;REVB=-0.00132992;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346166;STB=0.693223;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.021466;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:2:12:7:10:2:12 chr5 35962984 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.05;QD=37.4873;RBI=0.168824;REFB=0;REVB=-0.0193308;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223014;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr5 35965970 . A C 649.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.852;QD=61.8147;RBI=0.0441671;REFB=0;REVB=-0.00535882;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14722e-05;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr5 36142648 . A G 170.24 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0483817;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8451;QD=16.2136;RBI=0.0607203;REFB=0.00481299;REVB=0.0366901;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149345;STB=0.571351;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00593298;OID=.;OPOS=36142648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:24:18:18:0.428571:9:9:8:15:9:9:9:15 chr5 36143392 . C T 362.52 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0267113;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3045;QD=20.4235;RBI=0.0276007;REFB=-0.00909428;REVB=0.00695015;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597528;STB=0.532649;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0143016;OID=.;OPOS=36143392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:34:36:37:0.521127:21:15:16:17:21:16:17:17 chr5 36155318 . C CTT,CTTT,T 319.55 PASS AF=0.293103,0.293103,0;AO=16,13,4;DP=78;FAO=17,17,0;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=4,3,0;FSAR=13,14,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0136077,0.00910661,-0.0066713;FXX=0.107676;HRUN=4,4,1;LEN=2,3,1;MLLD=21.3402,25.4197,125.704;QD=22.0382;RBI=0.0383248,0.0261722,0.0334839;REFB=-0.100778,-0.0670599,0.00118098;REVB=-0.0358277,-0.0245368,-0.0328125;RO=42;SAF=6,1,2;SAR=10,12,2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.151292,-0.601373,0;STB=0.675102,0.728864,0.5;STBP=0.077,0.023,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0437121,0.0816317,0;OID=.,.,.;OPOS=36155319,36155319,36155318;OREF=-,-,C;OALT=TT,TTT,T;OMAPALT=CTT,CTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:78:58:42:24:16,13,4:17,17,0:0.293103,0.293103,0:10,12,2:6,1,2:21:21:13,14,0:4,3,0:12:12 chr5 36269551 . G C 1204.34 PASS AF=0.987342;AO=73;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063713;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.398;QD=60.9794;RBI=0.0369898;REFB=0;REVB=0.0364369;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91684e-05;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:0:73:78:0.987342:43:30:0:0:48:30:0:0 chr5 36984973 . TAA TA,T 43.42 PASS AF=0.3125,0.015625;AO=15,8;DP=66;FAO=20,1;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=16,1;FSAR=4,0;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.204577,-0.10411;FXX=0.0302984;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.38338,17.302;QD=2.71393;RBI=0.204593,0.104117;REFB=-0.135925,-0.069205;REVB=-0.0025507,-0.00118947;RO=31;SAF=9,8;SAR=6,0;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.167729,0.734557;STB=0.710879,0.98931;STBP=0.026,0.478;TYPE=del,del;VARB=-0.078992,0.0644527;OID=.,.;OPOS=36984974,36984974;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0.015625:15,8:66:20,1:64:43:16,1:4,0:23:20:34:31:9,8:6,0:14:17 chr5 37125410 . T C 478.25 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0027216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.701;QD=16.9291;RBI=0.0204647;REFB=-0.0216816;REVB=-0.0202829;RO=61;SAF=35;SAR=17;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539259;STB=0.53009;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.027458;OID=.;OPOS=37125410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:17:35:38:23:17:35:38:23 chr5 37173930 . A C 683.37 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0104746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.803;QD=19.9524;RBI=0.0154324;REFB=-0.00797164;REVB=-0.0113332;RO=69;SAF=36;SAR=32;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864932;STB=0.547647;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0110193;OID=.;OPOS=37173930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:69:68:68:0.49635:32:36:43:26:32:36:43:26 chr5 37176091 . A G 480.94 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00309311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.852;QD=22.9021;RBI=0.0294043;REFB=-0.00573441;REVB=0.0292411;RO=37;SAF=32;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247397;STB=0.63152;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00311974;OID=.;OPOS=37176091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:38:46:46:0.547619:14:32:15:22:14:32:16:22 chr5 37182902 . G A 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00269492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.41;QD=26.7404;RBI=0.0122147;REFB=-0.0197771;REVB=-0.0119137;RO=25;SAF=26;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422885;STB=0.523089;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0100916;OID=.;OPOS=37182902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:16:26:14:11:16:26:14:11 chr5 37244479 . CATTTTTTA CATTTTTA,CATTTTTAG,TCATTTTTA 98.64 PASS AF=0.47619,0.0238095,0.0238095;AO=12,3,9;DP=47;FAO=20,1,1;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12,1,0;FSAR=8,0,1;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0800945,-0.0112532,0.0574158;FXX=0.10636;HRUN=6,6,1;LEN=1,2,3;MLLD=9.48519,149.923,17.2942;QD=9.394;RBI=0.167171,0.0305718,0.0970064;REFB=-0.0767734,-0.0111751,-0.0626573;REVB=-0.146734,-0.0284254,-0.07819;RO=14;SAF=10,3,0;SAR=2,0,9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0.33042,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.250011,0.583079,-0.803197;STB=0.5,0.987881,0.991549;STBP=1,0.466,0.242;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.100556,-0.0326125,-0.168642;OID=.,.,.;OPOS=37244481,37244486,37244479;OREF=T,TA,CAT;OALT=-,AG,TCA;OMAPALT=CATTTTTA,CATTTTTAG,TCATTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:47:42:14:20:12,3,9:20,1,1:0.47619,0.0238095,0.0238095:2,0,9:10,3,0:9:5:8,0,1:12,1,0:12:8 chr5 37333727 . A G 245.81 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0484495;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.4;QD=18.552;RBI=0.0485008;REFB=-0.0152695;REVB=-0.00222924;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564088;STB=0.507931;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0141402;OID=.;OPOS=37333727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:26:26:27:0.509434:16:10:12:15:16:11:11:15 chr5 37364443 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.811;QD=56.7063;RBI=0.0174726;REFB=0;REVB=-0.0042993;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17688e-05;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr5 37688010 . A G 370.17 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00488972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.943;QD=14.1017;RBI=0.0240514;REFB=-0.0129462;REVB=-0.0235491;RO=61;SAF=31;SAR=12;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287949;STB=0.659497;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0164854;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:12:31:28:33:12:31:29:33 chr5 37688094 . C T 252.55 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0215962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.652;QD=9.26801;RBI=0.0233895;REFB=-0.0175466;REVB=-0.00898185;RO=75;SAF=18;SAR=16;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116178;STB=0.567647;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0426171;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:75:75:34:34:0.311927:16:18:47:28:16:18:47:28 chr5 37700516 . C T 2128.38 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018245;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.206;QD=63.063;RBI=0.023285;REFB=0;REVB=-0.0144677;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14518e-06;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr5 38305547 . G A 380.4 PASS AF=0.444444;AO=37;DP=87;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00598168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9796;QD=16.9064;RBI=0.0116401;REFB=0.0136509;REVB=-0.00998552;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822112;STB=0.52576;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0166681;OID=.;OPOS=38305547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:50:50:37:40:0.444444:20:17:19:31:23:17:19:31 chr5 38475507 . G A 447.67 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0173697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9145;QD=21.0668;RBI=0.0774166;REFB=0.0112285;REVB=-0.0754428;RO=41;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1123;STB=0.562163;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0118027;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:17:27:20:21:17:27:20:21 chr5 38480238 . A C 117.44 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0115256;FXX=0.0238039;HRUN=8;LEN=1;MLLD=232.837;QD=11.4576;RBI=0.0115377;REFB=-0.00951537;REVB=-0.000529007;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287281;STB=0.700882;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0133509;OID=.;OPOS=38480238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:27:14:14:0.341463:11:3:11:14:11:3:13:14 chr5 38820807 . T C 43.8 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0938837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3827;QD=21.8977;RBI=0.133868;REFB=-0.0649827;REVB=0.0954279;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0234123;OID=.;OPOS=38820807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:1:5:0:1:1:5:1:1 chr5 38822029 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.090272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7522;QD=21.842;RBI=0.110224;REFB=0.00200252;REVB=0.0632484;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0126345;OID=.;OPOS=38822029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:2:0:4:2:2:0 chr5 38823254 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6152;QD=57.1048;RBI=0.0387277;REFB=0;REVB=0.00289061;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244739;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr5 38823306 . A G 269.47 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0157062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.027;QD=16.8421;RBI=0.0404816;REFB=-0.00578662;REVB=-0.0373105;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15445;STB=0.581896;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0116995;OID=.;OPOS=38823306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:34:28:30:0.46875:16:12:20:14:17:13:20:14 chr5 38938582 . G T 38.52 PASS AF=0.0743802;AO=13;DP=233;FAO=18;FDP=242;FR=.;FRO=224;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=98;FSRR=126;FWDB=-0.0650018;FXX=0.0202421;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.22;QD=0.636682;RBI=0.0653595;REFB=-0.00389346;REVB=-0.00682901;RO=208;SAF=12;SAR=1;SRF=82;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512208;STB=0.948952;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0754393;OID=.;OPOS=38938582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:233:242:208:224:13:18:0.0743802:1:12:82:126:1:17:98:126 chr5 38941426 . TGT TG,TT,TTT 274.41 PASS AF=0,0.455882,0;AO=8,21,5;DP=67;FAO=0,31,0;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=0,10,0;FSAR=0,21,0;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0662227,-0.00800252,-0.00763113;FXX=0.0285673;HRUN=8,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=6.57049,193.039,193.387;QD=16.1416;RBI=0.143119,0.0355317,0.0376441;REFB=-0.0627807,-0.00851933,-0.00738557;REVB=0.126876,-0.0346188,-0.0368625;RO=22;SAF=4,6,1;SAR=4,15,4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.15909,-0.326098,-0.486379;STB=0.5,0.651064,0.5;STBP=1,0.038,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.031194,0.0121315,-0.00829839;OID=.,.,.;OPOS=38941428,38941427,38941427;OREF=T,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.455882,0:8,21,5:67:0,31,0:68:37:0,10,0:0,21,0:22:15:99:22:4,6,1:4,15,4:14:8 chr5 38942090 . T A,C 1395.15 PASS AF=0.0421053,0.947368;AO=4,89;DP=97;FAO=4,90;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=0,56;FSAR=4,34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00869309,-0.0099268;FXX=0.0206164;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.952,182.835;QD=58.7432;RBI=0.0353805,0.0487404;REFB=-0.0432422,-0.0928002;REVB=-0.0342959,0.0477188;RO=4;SAF=0,56;SAR=4,33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0540477;STB=0.5,0.507245;STBP=1,0.277;TYPE=snp,snp;VARB=0.252334,0.000192973;OID=.,.;OPOS=38942090,38942090;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:97:95:4:1:4,89:4,90:0.0421053,0.947368:4,33:0,56:0:4:4,34:0,56:0:1 chr5 38950776 . G A 1116.52 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.712;QD=60.3523;RBI=0.00365252;REFB=0;REVB=0.00326527;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91904e-06;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr5 38955796 . G A 725.67 PASS AF=0.484076;AO=75;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0194716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0654;QD=18.4885;RBI=0.0291747;REFB=0.0226959;REVB=0.021726;RO=82;SAF=48;SAR=27;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183813;STB=0.50108;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0268105;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:82:81:75:76:0.484076:27:48:51:31:28:48:51:30 chr5 38978759 . A T 54.42 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=87;FAO=10;FDP=85;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=69;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0820525;FXX=0.034087;HRUN=11;LEN=1;MLLD=20.9607;QD=2.56106;RBI=0.0823967;REFB=-0.0213509;REVB=-0.00752277;RO=36;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191489;STB=0.613462;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0894325;OID=.;OPOS=38978759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:85:36:69:8:10:0.117647:6:2:14:22:7:3:29:40 chr5 39107100 . A G 208.1 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0477388;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.912;QD=12.4239;RBI=0.0541505;REFB=-0.0240847;REVB=0.0255594;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322619;STB=0.518646;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0356637;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:41:41:24:24:0.358209:11:13:21:20:11:13:21:20 chr5 39108309 . A G 734.13 PASS AF=1;AO=41;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254951;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.604;QD=56.4717;RBI=0.0381322;REFB=0;REVB=0.0283561;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634387;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:41:52:1:25:16:0:0:26:26:0:0 chr5 39108322 . A G 795.57 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.196;QD=56.8264;RBI=0.0130192;REFB=0;REVB=0.00249411;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90074e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:28:26:0:0:29:27:0:0 chr5 39119723 . C A 688.24 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.479;QD=62.5676;RBI=0.0289718;REFB=0;REVB=0.0192196;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99574e-05;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:23:21:0:0 chr5 40692940 . G A 357.75 PASS AF=0.383929;AO=44;DP=111;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0512304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0683;QD=12.7767;RBI=0.0942534;REFB=0.000735895;REVB=-0.0791148;RO=67;SAF=27;SAR=17;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192967;STB=0.604602;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00314926;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:67:69:44:43:0.383929:17:27:29:38:17:26:30:39 chr5 40852451 . C G 1890.04 PASS AF=0.954887;AO=127;DP=133;FAO=127;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0416649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7153;QD=56.8432;RBI=0.0655419;REFB=-0.0386515;REVB=-0.0505942;RO=5;SAF=56;SAR=71;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176096;STB=0.512584;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00639877;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:133:133:5:6:127:127:0.954887:71:56:1:4:71:56:1:5 chr5 40853048 . C T 198.31 PASS AF=0.403509;AO=24;DP=60;FAO=23;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0415202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3444;QD=13.9164;RBI=0.0446436;REFB=-0.0531461;REVB=-0.0164051;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19378;STB=0.524621;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00742514;OID=.;OPOS=40853048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:30:33:24:23:0.403509:11:13:22:8:10:13:20:13 chr5 40955561 . G C 1099.09 PASS AF=0.628931;AO=98;DP=158;FAO=100;FDP=159;FR=.;FRO=59;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00356926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4414;QD=27.6501;RBI=0.022276;REFB=-0.00560632;REVB=0.0219882;RO=59;SAF=50;SAR=48;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223851;STB=0.512021;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00729308;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:59:59:98:100:0.628931:48:50:32:27:49:51:32:27 chr5 40972111 . C T 4324.14 PASS AF=1;AO=274;DP=274;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000306588;FXX=0.00724611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.627;QD=63.1261;RBI=0.0161686;REFB=0;REVB=-0.0161657;RO=0;SAF=158;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63307e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7094e-05;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:274:274:0:0:274:274:1:116:158:0:0:116:158:0:0 chr5 40998196 . T A,C 670.59 PASS AF=0.0425532,0.914894;AO=2,43;DP=48;FAO=2,43;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=2,25;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0262343,0.0300253;FXX=0.020829;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=98.9705,142.414;QD=57.0718;RBI=0.0390502,0.0414556;REFB=-0.120971,-0.163081;REVB=0.0289255,0.0285841;RO=2;SAF=2,25;SAR=0,18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727176,0.0493531;STB=0.994977,0.526303;STBP=0.131,0.149;TYPE=snp,snp;VARB=0.105796,0.00215246;OID=.,.;OPOS=40998196,40998196;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:48:47:2:2:2,43:2,43:0.0425532,0.914894:0,18:2,25:0:2:0,18:2,25:0:2 chr5 40998235 . C T 749.35 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568461;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.449;QD=63.7741;RBI=0.0598713;REFB=0;REVB=0.0187907;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064569;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr5 41000343 . G A 1320.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.208;QD=62.1524;RBI=0.00522503;REFB=0;REVB=-0.00279942;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23869e-05;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr5 41008780 . A G 1712.86 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.229;QD=60.6322;RBI=0.0349012;REFB=0;REVB=0.0313419;RO=0;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66597e-05;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:71:41:0:0:72:41:0:0 chr5 41042284 . G T 381.36 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0784212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9101;QD=13.4993;RBI=0.0795602;REFB=-0.012922;REVB=0.013414;RO=68;SAF=20;SAR=25;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593265;STB=0.533582;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0187864;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:25:20:34:34:25:20:34:34 chr5 41049389 . T C 438.27 PASS AF=0.483516;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0219718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.011;QD=19.2645;RBI=0.0359279;REFB=-0.00171017;REVB=-0.0284263;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279646;STB=0.507039;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0025021;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:43:44:0.483516:20:23:25:22:20:24:25:22 chr5 41049397 . C T 552.33 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00664093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.617;QD=21.6601;RBI=0.0131408;REFB=-0.046798;REVB=-0.0113393;RO=46;SAF=32;SAR=23;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014109;STB=0.503475;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0220009;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:47:55:55:0.539216:23:32:26:20:23:32:27:20 chr5 41054934 . A G 265.62 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00380719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.927;QD=13.2809;RBI=0.0262311;REFB=-0.0139458;REVB=-0.0259534;RO=48;SAF=13;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195028;STB=0.604733;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0173;OID=.;OPOS=41054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:18:13:29:19:18:13:29:20 chr5 41061716 . A G 516.92 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=0.0051603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.91;QD=14.7691;RBI=0.0114773;REFB=-0.00803794;REVB=-0.0102518;RO=83;SAF=38;SAR=19;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188824;STB=0.510635;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0113502;OID=.;OPOS=41061716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:83:57:57:0.407143:19:38:54:29:19:38:54:29 chr5 41158863 . G A 1731.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7354;QD=60.7455;RBI=0.0223272;REFB=0;REVB=-0.0189876;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16102e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:67:47:0:0:67:47:0:0 chr5 41312205 . T A 95.23 PASS AF=0.128655;AO=20;DP=159;FAO=22;FDP=171;FR=.;FRO=149;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=94;FSRR=55;FWDB=-0.00385912;FXX=0.00581362;HRUN=12;LEN=1;MLLD=187.852;QD=2.22759;RBI=0.0157148;REFB=0.000968417;REVB=-0.0152336;RO=131;SAF=2;SAR=18;SRF=86;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641171;STB=0.892175;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00222005;OID=.;OPOS=41312205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:159:171:131:149:20:22:0.128655:18:2:86:45:19:3:94:55 chr5 41312206 . TA AT,T,TT 351.77 PASS AF=0.134969,0.208589,0.0184049;AO=26,16,10;DP=154;FAO=22,34,3;FDP=163;FR=.;FRO=104;FSAF=7,5,3;FSAR=15,29,0;FSRF=76;FSRR=28;FWDB=-0.0513785,0.00730482,0.00633976;FXX=0.0297601;HRUN=12,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=39.6169,210.159,210.126;QD=8.63249;RBI=0.0513931,0.00735485,0.00633986;REFB=-0.0659052,0.00248288,0.00231083;REVB=-0.00122451,-0.000856347,3.4605e-05;RO=83;SAF=7,2,6;SAR=19,14,4;SRF=57;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.490801,-0.643526,-0.113071;STB=0.80508,0.891601,0.995121;STBP=0.008,0,0.188;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0542747,0.00252953,0.000422921;OID=.,.,.;OPOS=41312206,41312207,41312207;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=AT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:154:163:83:104:26,16,10:22,34,3:0.134969,0.208589,0.0184049:19,14,4:7,2,6:57:26:15,29,0:7,5,3:76:28 chr5 42700044 . A G 1284.18 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2671;QD=61.1513;RBI=0.0984432;REFB=0;REVB=0.0949872;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565295;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:77:84:1:40:37:0:0:45:39:0:0 chr5 42719239 . A C 1044.24 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.534;QD=59.6708;RBI=0.00695761;REFB=0;REVB=0.00238979;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04151e-05;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr5 42720068 . T TA 494.4 PASS AF=0.977778;AO=38;DP=48;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176799;FXX=0.062487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.907;QD=43.9462;RBI=0.0311864;REFB=-0.125408;REVB=0.0256907;RO=10;SAF=17;SAR=21;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205133;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.00135076;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.977778:38:48:44:45:1:21:23:0:1:3:10:17:21:5:5 chr5 42720069 . T A 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00690275;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.1188;QD=2.56898;RBI=0.0170836;REFB=-0.000479147;REVB=0.015627;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244935;STB=0.683607;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000764924;OID=.;OPOS=42720069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:20:24:2:4:20:24 chr5 43120098 . A G 208.77 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0120043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.94;QD=41.7543;RBI=0.103689;REFB=-0.0743199;REVB=0.102992;RO=2;SAF=15;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574158;STB=0.531217;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00265193;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:3:15:2:0:3:15:2:0 chr5 43175369 . G T 566.46 PASS AF=0.416667;AO=64;DP=155;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0113843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.172;QD=14.5245;RBI=0.0113913;REFB=-0.0119687;REVB=-0.000400589;RO=91;SAF=33;SAR=31;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124076;STB=0.502569;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0160224;OID=.;OPOS=43175369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:91:91:64:65:0.416667:31:33:48:43:31:34:48:43 chr5 43492978 . G A 470.62 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348238;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.431;QD=57.0452;RBI=0.0350672;REFB=0;REVB=-0.00412449;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246058;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr5 43506449 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0159178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.118;QD=8.73765;RBI=0.083881;REFB=-0.0107557;REVB=0.0823568;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22771;STB=0.638803;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0298842;OID=.;OPOS=43506449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:13:7:5:4:13:7 chr5 43509348 . T A 1917.64 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.945;QD=60.8775;RBI=0.0396044;REFB=-0.104693;REVB=0.0355471;RO=0;SAF=72;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00106812;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:126:0:1:125:125:0.992063:53:72:0:0:53:72:0:1 chr5 43527135 . A C 1391.12 PASS AF=0.960396;AO=96;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00584046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.57;QD=55.094;RBI=0.0250856;REFB=-0.0861052;REVB=0.0243963;RO=2;SAF=52;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178886;STB=0.508525;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00315897;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:2:4:96:97:0.960396:44:52:2:0:45:52:3:1 chr5 44066809 . G A 511.83 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0158847;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.788;QD=23.2649;RBI=0.0160333;REFB=-0.0333925;REVB=-0.00217797;RO=39;SAF=14;SAR=34;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176542;STB=0.592268;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0225456;OID=.;OPOS=44066809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:40:48:48:0.545455:34:14:19:20:33:15:20:20 chr5 44809162 . G C 114.71 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0100671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.578;QD=10.4286;RBI=0.0102485;REFB=-0.00558962;REVB=-0.00191979;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243458;STB=0.548949;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00861535;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:30:13:14:0.318182:6:7:15:14:6:8:15:15 chr5 50045966 . TG T,TT 1507.57 PASS AF=0.373832,0.626168;AO=35,71;DP=106;FAO=40,67;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=12,36;FSAR=28,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244941,0.0229234;FXX=0.0092584;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.617,208.725;QD=56.3579;RBI=0.0273715,0.0253995;REFB=0,0;REVB=0.0122163,0.0109385;RO=0;SAF=12,35;SAR=23,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11607e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0118168,0.0151632;OID=.,.;OPOS=50045967,50045967;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.373832,0.626168:35,71:106:40,67:107:0:12,36:28,31:0:0:86:0:12,35:23,36:0:0 chr5 50053015 . G A,T 811.6 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=55,2;DP=57;FAO=56,2;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183708,-0.00262693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.992,14.2104;QD=55.9725;RBI=0.0188105,0.0288632;REFB=0,0;REVB=0.00404332,0.0287434;RO=0;SAF=29,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.40922e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000530322,-0.0049311;OID=.,.;OPOS=50053015,50053015;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:58:0:0:55,2:56,2:0.965517,0.0344828:26,2:29,0:0:0:26,2:30,0:0:0 chr5 50057729 . G A 417.88 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.998;QD=53.9196;RBI=0.0169259;REFB=-0.0862029;REVB=-0.00577601;RO=1;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619954;STB=0.53331;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000442909;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:7:23:0:1:7:23:0:1 chr5 50463442 . T G 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00823576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.112;QD=18.9075;RBI=0.0112113;REFB=-0.00836364;REVB=0.0076069;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590752;STB=0.532869;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0091808;OID=.;OPOS=50463442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:21:22:27:20:21:22:27:20 chr5 52087584 . T TCA 57.88 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.000753024;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=2;MLLD=307.426;QD=11.5768;RBI=0.00593615;REFB=-0.00777116;REVB=0.00588819;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127525;STB=0.562358;STBP=0.815;TYPE=ins;VARB=0.0174363;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:21:8:20:12:1:7:1:11:57:13:1:7:1:12 chr5 52096889 . C A 2143.13 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00486353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.732;QD=62.1198;RBI=0.033877;REFB=-0.0681315;REVB=0.033526;RO=1;SAF=74;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638139;STB=0.503355;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00117102;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:63:74:1:0:63:74:1:0 chr5 52157374 . T C 775.48 PASS AF=0.448087;AO=82;DP=183;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.0868892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1995;QD=16.9503;RBI=0.092052;REFB=0.00168593;REVB=0.0303947;RO=101;SAF=36;SAR=46;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951492;STB=0.552872;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00162087;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:101:101:82:82:0.448087:46:36:54:47:46:36:54:47 chr5 52193287 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0409753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2912;QD=18.9998;RBI=0.0601885;REFB=0.0185358;REVB=-0.0440871;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685931;STB=0.539123;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0243962;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:13:4:5:12:13:4:5:12 chr5 52778870 . CG C,GC 124.3 PASS AF=0.611111,0.0185185;AO=26,2;DP=55;FAO=33,1;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=9,0;FSAR=24,1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0637338,0.00323239;FXX=0.0847314;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.19939,80.0855;QD=9.20701;RBI=0.0664238,0.0483169;REFB=-0.0441701,-0.00498429;REVB=-0.0187114,-0.0482087;RO=19;SAF=6,0;SAR=20,2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.339424,-0.576337;STB=0.578263,0.988794;STBP=0.176,0.448;TYPE=del,mnp;VARB=0.105859,0.0163885;OID=.,.;OPOS=52778871,52778870;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:55:54:19:20:26,2:33,1:0.611111,0.0185185:20,2:6,0:12:7:24,1:9,0:9:11 chr5 52856504 . G C 338.67 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.0155817;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7386;QD=12.5435;RBI=0.0606493;REFB=-0.0215713;REVB=0.0586136;RO=67;SAF=26;SAR=15;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429343;STB=0.524484;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0315929;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:67:67:41:41:0.37963:15:26:40:27:15:26:40:27 chr5 52942083 . A C 688.94 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.691;QD=62.6308;RBI=0.0444333;REFB=0;REVB=0.00600088;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111737;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr5 52942197 . A G 1674.2 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.86;QD=60.3316;RBI=0.0438525;REFB=0;REVB=0.0375216;RO=1;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8854e-05;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:1:0:108:111:1:55:53:0:1:58:53:0:0 chr5 52979097 . G A 351.11 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00882504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8749;QD=18.0055;RBI=0.00900279;REFB=-0.00672503;REVB=0.00178012;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115791;STB=0.564582;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00553887;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:25:16:19:18:25:16 chr5 53344135 . T C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.023799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.197;QD=23.9648;RBI=0.0238203;REFB=-0.0197356;REVB=-0.00100652;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518098;STB=0.528883;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0139688;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:13:10:9:9:13:10:9:9 chr5 53606295 . T C 2350.0 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0759488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3095;QD=60.2564;RBI=0.100891;REFB=-0.056824;REVB=-0.0664135;RO=0;SAF=86;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.555e-08;STB=0.50289;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000157357;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:156:0:1:155:155:0.99359:69:86:0:0:69:86:1:0 chr5 53751901 . G A 340.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0202771;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.215;QD=17.4705;RBI=0.0210973;REFB=-0.000379272;REVB=0.00582525;RO=42;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190605;STB=0.607082;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000539587;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:42:42:36:36:0.461538:24:12:22:20:24:12:22:20 chr5 53751988 . T C 631.41 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0347357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.16;QD=19.4281;RBI=0.0375687;REFB=-0.0210051;REVB=0.0143122;RO=63;SAF=25;SAR=38;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268662;STB=0.63824;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0136109;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:63:66:63:64:0.492308:38:25:44:19:39:25:44:22 chr5 53814393 . GT CT,GC 203.15 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,11;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342828,0.0389005;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=210.786,233.444;QD=47.7997;RBI=0.0500811,0.0499148;REFB=0,0;REVB=0.0365077,0.0312768;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0239117,-0.000406267;OID=.,.;OPOS=53814393,53814394;OREF=G,T;OALT=C,C;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,11:2,15:0.117647,0.882353:1,1:1,10:0:0:1,3:1,12:0:0 chr5 53815560 . A C 527.75 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0199274;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.504;QD=17.5915;RBI=0.06124;REFB=-0.000514742;REVB=-0.0579071;RO=64;SAF=17;SAR=39;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126289;STB=0.570453;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000643744;OID=.;OPOS=53815560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:64:64:56:56:0.466667:39:17:27:37:39:17:27:37 chr5 53815920 . T G 163.58 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0101925;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.046;QD=19.2449;RBI=0.0209285;REFB=-0.0059584;REVB=0.0182788;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205145;STB=0.616303;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00713472;OID=.;OPOS=53815920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:10:7:11:6:10:7:11:6 chr5 54252345 . T C 269.14 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0180957;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.382;QD=21.9706;RBI=0.0183497;REFB=-0.0324444;REVB=0.00304227;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174911;STB=0.509796;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0242772;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:12:12:13:12:12:12 chr5 54253555 . A G 193.14 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0219873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8008;QD=16.4378;RBI=0.0356631;REFB=0.00944709;REVB=-0.0280787;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32844;STB=0.689455;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0148854;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:5:15:12:15:5:15:12:15 chr5 54253581 . A G 154.68 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0047422;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.687;QD=12.3741;RBI=0.0446301;REFB=-0.0117045;REVB=0.0443775;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379683;STB=0.721975;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0147918;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:5:13:12:20:5:13:12:20 chr5 54253615 . C T 279.81 PASS AF=0.553191;AO=22;DP=45;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00112209;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.797;QD=23.8135;RBI=0.00744666;REFB=-0.0123528;REVB=0.00736164;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369643;STB=0.66329;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00762411;OID=.;OPOS=54253615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:20:21:22:26:0.553191:16:6:14:6:17:9:15:6 chr5 54403957 . T C 711.51 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392257;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.829;QD=63.2454;RBI=0.0694616;REFB=0;REVB=0.0693507;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239056;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:11:32:0:0:12:33:0:0 chr5 54404015 . C T 1139.14 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174731;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.501;QD=60.7539;RBI=0.0175315;REFB=0;REVB=0.00143045;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24152e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:24:51:0:0:24:51:0:0 chr5 54404057 . C G 100.15 PASS AF=0.204819;AO=12;DP=82;FAO=17;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=0.0457039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.265;QD=4.82663;RBI=0.0478595;REFB=0.0012506;REVB=-0.0142016;RO=54;SAF=7;SAR=5;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849851;STB=0.648179;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00358257;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:66:12:17:0.204819:5:7:35:19:8:9:47:19 chr5 54410120 . A C 1132.86 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7875;QD=60.4194;RBI=0.0279509;REFB=0;REVB=0.000221347;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85378e-05;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:35:40:0:0 chr5 54433393 . G A 228.98 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000425962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.391;QD=20.3541;RBI=0.018255;REFB=-0.026457;REVB=-0.01825;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239166;STB=0.636222;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.025959;OID=.;OPOS=54433393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:20:20:0.444444:6:14:10:12:6:14:10:12 chr5 54439466 . G A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00587735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.663;QD=18.4583;RBI=0.0174192;REFB=-0.0281635;REVB=-0.0163978;RO=40;SAF=12;SAR=26;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976361;STB=0.50077;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0236916;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:41:38:38:0.481013:26:12:13:27:26:12:13:28 chr5 54459961 . A G 958.24 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0672;QD=57.2081;RBI=0.110808;REFB=0.00634377;REVB=-0.106675;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00124431;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:36:30:1:0:36:30:1:0 chr5 54466544 . A G 227.02 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00743711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.485;QD=15.6563;RBI=0.0514995;REFB=-0.0318877;REVB=0.0509597;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136305;STB=0.559954;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0250502;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:32:26:26:0.448276:11:15:13:17:11:15:15:17 chr5 54572163 . T C 325.07 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0161717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.415;QD=17.109;RBI=0.0201983;REFB=-0.02799;REVB=-0.0121015;RO=39;SAF=25;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133788;STB=0.565179;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.034323;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:41:35:35:0.460526:10:25:23:16:10:25:25:16 chr5 54645411 . G A 126.46 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0146747;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.747;QD=19.4554;RBI=0.0283901;REFB=-0.0326326;REVB=0.0243033;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731013;STB=0.529369;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0301777;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:12:14:0.538462:7:5:6:6:9:5:5:7 chr5 54674296 . A G 419.72 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00925027;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.168;QD=19.9868;RBI=0.00987706;REFB=0.00305261;REVB=0.0034625;RO=42;SAF=18;SAR=24;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170567;STB=0.59455;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00380412;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:42:42:42:42:0.5:24:18:26:16:24:18:26:16 chr5 54830380 . A G 369.5 PASS AF=0.560606;AO=35;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0190167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.472;QD=22.3937;RBI=0.0715231;REFB=-0.0328232;REVB=0.0689486;RO=29;SAF=29;SAR=6;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134652;STB=0.557588;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0421067;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:29:35:37:0.560606:6:29:21:8:7:30:21:8 chr5 54960609 . A G 864.84 PASS AF=0.45641;AO=89;DP=196;FAO=89;FDP=195;FR=.;FRO=106;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=66;FSRR=40;FWDB=-0.00268031;FXX=0.00510178;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.549;QD=17.7403;RBI=0.00747449;REFB=-0.0257845;REVB=-0.00697738;RO=106;SAF=52;SAR=37;SRF=66;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039041;STB=0.52162;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0287885;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:106:106:89:89:0.45641:37:52:66:40:37:52:66:40 chr5 54960673 . C G 368.94 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0138842;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.964;QD=12.8327;RBI=0.0141225;REFB=0.00833639;REVB=-0.00258372;RO=71;SAF=17;SAR=27;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00913765;STB=0.505195;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.014053;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:71:71:44:44:0.382609:27:17:28:43:27:17:28:43 chr5 54960687 . C T 238.16 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00971707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.447;QD=11.0774;RBI=0.00991497;REFB=-0.003322;REVB=-0.0019711;RO=56;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201865;STB=0.604584;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00714147;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:29:30:0.348837:14:15:19:37:15:15:19:37 chr5 54990005 . C T 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0248858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.512;QD=20.4534;RBI=0.0282503;REFB=-0.0208926;REVB=-0.0133708;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464767;STB=0.526285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0171423;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:8:7:7:10:8:7 chr5 55058992 . C A 482.99 PASS AF=0.421875;AO=47;DP=121;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.084606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8063;QD=15.0935;RBI=0.0847433;REFB=-0.0244403;REVB=0.00482222;RO=74;SAF=15;SAR=32;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259621;STB=0.596118;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0351296;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:128:74:74:47:54:0.421875:32:15:41:33:33:21:41:33 chr5 55062764 . T C 246.58 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0278673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.774;QD=11.4686;RBI=0.0289241;REFB=-0.0124146;REVB=0.00774711;RO=55;SAF=18;SAR=11;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670132;STB=0.519218;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0231646;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:56:29:30:0.348837:11:18:31:24:12:18:32:24 chr5 55081694 . A G 215.91 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00949806;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.276;QD=13.0852;RBI=0.0137008;REFB=-0.00729674;REVB=0.0098742;RO=40;SAF=7;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159622;STB=0.592066;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.012601;OID=.;OPOS=55081694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:40:40:26:26:0.393939:19:7:16:24:19:7:16:24 chr5 55082474 . C T 547.26 PASS AF=0.427536;AO=58;DP=137;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00943393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.066;QD=15.8625;RBI=0.00944467;REFB=-0.0270939;REVB=-0.000450366;RO=79;SAF=23;SAR=35;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140294;STB=0.582206;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0334808;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:79:79:58:59:0.427536:35:23:42:37:36:23:42:37 chr5 55149407 . T C 685.1 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0125109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.883;QD=18.6421;RBI=0.0132546;REFB=-0.00556927;REVB=0.00437737;RO=77;SAF=31;SAR=38;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175237;STB=0.513408;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00734866;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:77:78:69:69:0.469388:38:31:36:41:38:31:37:41 chr5 55155402 . C T 560.98 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0198319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0433;QD=23.62;RBI=0.0529367;REFB=0.0119832;REVB=0.0490815;RO=39;SAF=23;SAR=29;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193817;STB=0.61402;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0117036;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:43:52:52:0.547368:29:23:27:12:29:23:30:13 chr5 55246001 . A G 658.09 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00901384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0352;QD=61.2179;RBI=0.0530589;REFB=0;REVB=0.0522876;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346507;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:36:43:1:23:13:0:0:24:19:0:0 chr5 55406952 . T C 196.59 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00288594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.863;QD=14.2974;RBI=0.00354469;REFB=-0.0133805;REVB=-0.0020582;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205313;STB=0.617221;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0278878;OID=.;OPOS=55406952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:9:14:13:19:9:14:13:19 chr5 55407542 . C T 78.6 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0687248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0703;QD=14.9717;RBI=0.0785963;REFB=-0.0240357;REVB=-0.038135;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355177;STB=0.710646;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0388666;OID=.;OPOS=55407542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:2:8:5:6:2:8:5:6 chr5 56161787 . G A 499.25 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0181759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.958;QD=21.4729;RBI=0.0184036;REFB=-0.0152842;REVB=-0.00288636;RO=43;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874288;STB=0.547589;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0119484;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:45:48:48:0.516129:25:23:25:18:25:23:26:19 chr5 56177743 . G A 593.08 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0134214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5;QD=24.7118;RBI=0.0139089;REFB=-0.0273413;REVB=-0.00365026;RO=42;SAF=22;SAR=32;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113191;STB=0.562038;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0248702;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:32:22:23:19:32:22:23:19 chr5 56177848 . TCAACAACAACAACAACAACAACA TCAACAACAACAACAACAACA,TCAACAACAACAACAACAAC 78.24 PASS AF=0.5,0;AO=8,2;DP=20;FAO=10,0;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7,0;FSAR=3,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0150055,-0.0221455;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=146.372,150.078;QD=15.6474;RBI=0.0164005,0.0316074;REFB=-0.0437576,-0.0333274;REVB=0.00661889,0.0225523;RO=7;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158056,0.621371;STB=0.608469,0.5;STBP=0.346,1;TYPE=del,del;VARB=0.0323488,0.0481205;OID=.,.;OPOS=56177849,56177868;OREF=CAA,AACA;OALT=-,-;OMAPALT=TCAACAACAACAACAACAACA,TCAACAACAACAACAACAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:8,2:20:10,0:20:10:7,0:3,0:5:5:72:7:5,2:3,0:3:4 chr5 56178217 . A C 318.32 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00737302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5261;QD=23.1507;RBI=0.00978963;REFB=-0.0458542;REVB=0.00644015;RO=23;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160599;STB=0.588182;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0152884;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:15:17:17:6:15:17:17:6 chr5 56191188 . A T 33.51 PASS AF=0.122222;AO=7;DP=86;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=23;FWDB=-0.00188155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.609;QD=1.48941;RBI=0.00606718;REFB=-0.0020442;REVB=-0.00576805;RO=78;SAF=1;SAR=6;SRF=56;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575643;STB=0.834916;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0433259;OID=.;OPOS=56191188;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:86:90:78:79:7:11:0.122222:6:1:56:22:8:3:56:23 chr5 56207123 . T A 371.8 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0168714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5261;QD=17.4962;RBI=0.0210391;REFB=0.011215;REVB=0.0125697;RO=46;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608197;STB=0.533964;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0190869;OID=.;OPOS=56207123;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:24:15:15:31:24:15:15:31 chr5 56242774 . T C 211.05 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00680246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.901;QD=9.93165;RBI=0.0079924;REFB=-0.00127555;REVB=-0.00419583;RO=57;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074704;STB=0.549701;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00294716;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:58:27:27:0.317647:15:12:29:28:15:12:30:28 chr5 56526565 . G T 1056.28 PASS AF=1;AO=59;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.789;QD=59.5087;RBI=0.0463553;REFB=0;REVB=0.0296124;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222836;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:59:71:1:34:25:0:0:37:34:0:0 chr5 56526783 . G A 1361.28 PASS AF=0.98913;AO=88;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.601;QD=59.186;RBI=0.0224152;REFB=-0.151324;REVB=0.0153678;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145771;STB=0.507041;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00141251;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:1:88:91:0.98913:32:56:0:1:35:56:0:1 chr5 57750267 . A C 1391.02 PASS AF=0.97;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0337042;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9179;QD=55.6408;RBI=0.0378268;REFB=-0.00705653;REVB=-0.0171726;RO=2;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201713;STB=0.505784;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00199471;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:100:2:3:97:97:0.97:46:51:0:2:46:51:1:2 chr5 57750350 . C G 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.000416647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.52;QD=19.7145;RBI=0.00352938;REFB=0.0049399;REVB=0.0035047;RO=48;SAF=22;SAR=25;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163965;STB=0.57737;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00563097;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:50:47:47:0.484536:25:22:14:34:25:22:16:34 chr5 57754132 . G C 730.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.364;QD=56.2129;RBI=0.0378623;REFB=0;REVB=-0.0223108;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45257e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr5 57754808 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9261;QD=58.4193;RBI=0.0143186;REFB=0;REVB=-0.013932;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12522e-05;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr5 57754851 . A G 409.73 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.025266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5293;QD=18.6239;RBI=0.0390453;REFB=-0.0200412;REVB=-0.0297686;RO=46;SAF=26;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110727;STB=0.566294;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0369249;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:41:42:0.477273:15:26:24:22:15:27:24:22 chr5 57755703 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0184787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.409;QD=12.0235;RBI=0.0185152;REFB=-0.0140138;REVB=0.00116211;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0245249;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:5:15:9:3:5:15 chr5 57825920 . A G 166.46 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00828988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.139;QD=14.7964;RBI=0.0109381;REFB=-0.0186438;REVB=0.0071358;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499621;STB=0.784779;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0192154;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:3:15:10:16:3:15:11:16 chr5 58267557 . C T 1887.12 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=126;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138687;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4438;QD=60.875;RBI=0.0248115;REFB=-0.0678578;REVB=-0.0205735;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-5.12088e-06;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:124:0:1:122:123:0.991935:56:66:0:0:57:66:0:1 chr5 58267723 . A C 130.17 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.556;QD=43.3899;RBI=0.0806729;REFB=0;REVB=-0.032981;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474604;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr5 58269818 . G GA 32.93 PASS AF=0.266667;AO=17;DP=63;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0427714;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.62642;QD=2.19519;RBI=0.092787;REFB=-0.103376;REVB=-0.0823409;RO=43;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131105;STB=0.576825;STBP=0.502;TYPE=ins;VARB=0.128134;OID=.;OPOS=58269819;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:17:63:16:60:44:10:6:23:21:32:43:8:9:25:18 chr5 58489384 . G A 1731.08 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8392;QD=60.7398;RBI=0.0959444;REFB=0;REVB=-0.0735318;RO=0;SAF=68;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000731694;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:46:68:0:0:46:68:0:0 chr5 60241142 . G A 1372.93 PASS AF=1;AO=75;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615544;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9785;QD=61.7049;RBI=0.200144;REFB=0;REVB=0.190443;RO=1;SAF=45;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206037;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:1:0:75:89:1:30:45:1:0:43:46:0:0 chr5 60453970 . GAAAAAC GAAAAACA,GAAAAC 109.24 PASS AF=0.414634,0;AO=16,6;DP=43;FAO=17,0;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9,0;FSAR=8,0;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00582616,-0.0713982;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=28.0527,12.9429;QD=10.6575;RBI=0.0772661,0.162229;REFB=0.00533075,-0.0783422;REVB=-0.0770461,-0.145673;RO=19;SAF=8,0;SAR=8,6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0747001,-0.737493;STB=0.58964,0.5;STBP=0.362,1;TYPE=ins,del;VARB=-0.014201,0;OID=.,.;OPOS=60453977,60453971;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAAAAACA,GAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634,0:16,6:43:17,0:41:24:9,0:8,0:9:15:99:19:8,0:8,6:11:8 chr5 60454626 . A G 220.22 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00324754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.051;QD=12.407;RBI=0.0142902;REFB=-0.00731433;REVB=0.0139163;RO=44;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00780548;STB=0.504481;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0123664;OID=.;OPOS=60454626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:10:17:28:16:10:17:28:16 chr5 60839907 . C A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00936624;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.25;QD=11.131;RBI=0.00936699;REFB=0.0106739;REVB=0.000118823;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146256;STB=0.612698;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0134854;OID=.;OPOS=60839907;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:15:17:10:10:0.37037:4:6:11:4:4:6:13:4 chr5 60960063 . G A 273.76 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0144042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.704;QD=15.2087;RBI=0.0153797;REFB=-0.00182358;REVB=-0.00539031;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779087;STB=0.535496;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00322432;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:17:14:15:25:17:14:16:25 chr5 60982841 . G A 1974.78 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496874;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5703;QD=62.1977;RBI=0.0705756;REFB=0;REVB=-0.0704005;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101633;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:67:60:0:0:67:60:0:0 chr5 61684882 . GAA GA,G 238.0 PASS AF=0.966667,0;AO=24,3;DP=30;FAO=29,0;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0730807,-0.0389368;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=13.1446,8.92514;QD=31.7328;RBI=0.0737669,0.039351;REFB=0.082667,0.070097;REVB=-0.0100385,-0.00569494;RO=1;SAF=10,1;SAR=14,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.37037,0.37037;SSSB=0.0319609,0.163246;STB=0.513504,0.5;STBP=0.534,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00220408,0.0264392;OID=.,.;OPOS=61684883,61684883;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667,0:24,3:30:29,0:30:1:11,0:18,0:0:1:3:1:10,1:14,2:0:1 chr5 61694379 . T C 696.71 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00936956;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.693;QD=54.6441;RBI=0.0110853;REFB=-0.0108941;REVB=0.00592406;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=4.60971e-05;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:26:24:1:0:26:24:1:0 chr5 61697859 . C T 641.97 PASS AF=0.941176;AO=44;DP=47;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0185068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.293;QD=50.3503;RBI=0.0293807;REFB=-0.0390022;REVB=0.0228193;RO=3;SAF=24;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551787;STB=0.525413;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000356264;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:51:3:3:44:48:0.941176:20:24:3:0:20:28:3:0 chr5 63665448 . G A 205.55 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00706386;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2823;QD=14.6821;RBI=0.035689;REFB=0.0016122;REVB=-0.0349829;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248844;STB=0.641476;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0033595;OID=.;OPOS=63665448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:15:9:20:12:15:9:20:12 chr5 63905068 . A G 840.1 PASS AF=0.462766;AO=87;DP=188;FAO=87;FDP=188;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.0136376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7708;QD=17.8744;RBI=0.017562;REFB=-0.0161584;REVB=-0.0110651;RO=101;SAF=43;SAR=44;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087198;STB=0.548242;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0184867;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:101:101:87:87:0.462766:44:43:59:42:44:43:59:42 chr5 63907999 . TC T 120.43 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0739177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2084;QD=13.0191;RBI=0.0916853;REFB=-0.0222729;REVB=0.0542436;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.539834;STBP=0.659;TYPE=del;VARB=0.0264016;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:18:37:18:37:19:10:8:12:7:99:18:11:7:11:7 chr5 63991473 . G C 944.76 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0314239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2297;QD=53.2259;RBI=0.0545069;REFB=0.0284315;REVB=-0.044537;RO=4;SAF=24;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163026;STB=0.508642;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00943271;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:43:24:2:2:43:24:2:2 chr5 64015361 . G C 1622.92 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2132;QD=60.1082;RBI=0.0311833;REFB=0;REVB=0.0273427;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023937;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:48:59:0:0:49:59:0:0 chr5 64023923 . TC TA,TT 1892.68 PASS AF=0.929688,0.0703125;AO=94,13;DP=129;FAO=119,9;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=95,5;FSAR=24,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923436,-0.0120771;FXX=0.00775134;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.683,89.0674;QD=59.1464;RBI=0.0160868,0.022034;REFB=0,0;REVB=-0.0131724,-0.0184294;RO=0;SAF=71,7;SAR=23,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00622904,0.00698091;OID=.,.;OPOS=64023924,64023924;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.929688,0.0703125:94,13:129:119,9:128:0:95,5:24,4:0:0:15:0:71,7:23,6:0:0 chr5 64023981 . C T 2794.13 PASS AF=1;AO=156;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=107;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.59;QD=61.0738;RBI=0.0389902;REFB=0;REVB=-0.00438407;RO=0;SAF=85;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.99165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165195;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:183:0:0:156:183:1:71:85:0:0:76:107:0:0 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=41;DP=204;LEN=9;RO=163;SAF=24;SAR=33;SRF=89;SRR=58;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:204:163:41:33:24:89:58 chr5 64273018 . G A 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00429196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.093;QD=16.0713;RBI=0.00745238;REFB=-0.00359534;REVB=-0.00609237;RO=35;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196711;STB=0.611569;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00571028;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:21:8:16:19:21:8:16:19 chr5 64766859 . T G 396.63 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00601157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.778;QD=20.6043;RBI=0.00908428;REFB=-0.0163201;REVB=0.00681067;RO=37;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764008;STB=0.542351;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00957291;OID=.;OPOS=64766859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:15:25:20:17:15:25:20:17 chr5 64881936 . A G 411.31 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0764746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.118;QD=21.0929;RBI=0.0764858;REFB=0.00323362;REVB=0.00130557;RO=37;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683491;STB=0.537771;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0023288;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:21:20:21:16:21:20:21:16 chr5 64892939 . T G 969.67 PASS AF=0.590909;AO=91;DP=154;FAO=91;FDP=154;FR=.;FRO=63;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00785378;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.383;QD=25.1861;RBI=0.00808243;REFB=-0.00630136;REVB=0.00190887;RO=60;SAF=57;SAR=34;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075822;STB=0.503196;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00419109;OID=.;OPOS=64892939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:60:63:91:91:0.590909:34:57:37:23:34:57:39:24 chr5 64926104 . A G 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00194088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.156;QD=9.8977;RBI=0.00585213;REFB=-0.000908694;REVB=0.0055209;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303126;STB=0.681567;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00342159;OID=.;OPOS=64926104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:12:20:5:9:12:20 chr5 64926174 . C T 50.63 PASS AF=0.2;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0325588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9825;QD=5.06272;RBI=0.0817093;REFB=-0.00990338;REVB=-0.0749422;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316999;STB=0.713796;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0315236;OID=.;OPOS=64926174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:31:32:8:8:0.2:3:5:11:20:3:5:11:21 chr5 64926315 . G A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00632683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.484;QD=6.48199;RBI=0.00711827;REFB=-0.00291523;REVB=-0.00326204;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534216;STB=0.834165;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.014101;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:8:2:22:11:8:2:22:11 chr5 65108215 . A G 342.68 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.00113693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.913;QD=12.0237;RBI=0.0017915;REFB=0.000502189;REVB=0.00138451;RO=72;SAF=19;SAR=23;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055737;STB=0.531792;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.000924003;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:72:42:42:0.368421:23:19:29:43:23:19:29:43 chr5 65317181 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0152707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.71;QD=14.3348;RBI=0.101608;REFB=-0.0174009;REVB=-0.100454;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356048;STB=0.520685;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.01643;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:16:10:6:11:16:10 chr5 65350374 . A G 430.88 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0145364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.464;QD=15.9586;RBI=0.0188574;REFB=0.00197489;REVB=-0.0120122;RO=60;SAF=32;SAR=16;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546046;STB=0.530599;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00279104;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:16:32:37:23:16:32:37:23 chr5 65350481 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0159159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.342;QD=12.8727;RBI=0.0221981;REFB=-0.00754541;REVB=-0.0154738;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334316;STB=0.698225;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0128109;OID=.;OPOS=65350481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:8:11:8:23:8:11:8:24 chr5 66283374 . C T 186.79 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.112915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9142;QD=10.8282;RBI=0.112921;REFB=-0.0264742;REVB=0.00110759;RO=44;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115942;STB=0.556916;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0552326;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:44:45:24:24:0.347826:14:10:14:30:14:10:15:30 chr5 66459878 . G C 708.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.9779;QD=62.9605;RBI=0.00520191;REFB=0;REVB=-0.00416705;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04213e-05;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:12:33:0:0:12:33:0:0 chr5 66478729 . A G 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00888939;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.269;QD=16.7139;RBI=0.0155289;REFB=-0.00647113;REVB=0.0127328;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107612;STB=0.560276;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00747229;OID=.;OPOS=66478729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:17:19:28:16:17:19:28:16 chr5 66480004 . T C 928.86 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406886;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0554;QD=57.1608;RBI=0.0273649;REFB=0;REVB=0.0270607;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492599;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:29:35:1:0:29:36:0:0 chr5 66480374 . G C 358.3 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00986282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6357;QD=17.0619;RBI=0.0141896;REFB=-0.0013267;REVB=-0.0102014;RO=44;SAF=26;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144188;STB=0.583628;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00181378;OID=.;OPOS=66480374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:46:38:38:0.452381:12:26:24:20:12:26:25:21 chr5 67494070 . A T 204.36 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0152768;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8984;QD=12.9752;RBI=0.0218628;REFB=-0.0173969;REVB=0.0156397;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214228;STB=0.622545;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0371548;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:10:15:15:23:10:15:15:23 chr5 67522722 . C T 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00798716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.819;QD=19.0497;RBI=0.00978306;REFB=-0.00040658;REVB=-0.0056492;RO=47;SAF=28;SAR=16;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453154;STB=0.517234;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.000440312;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:16:28:32:15:16:28:32:16 chr5 68266553 . A T 280.98 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00691793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.614;QD=21.2062;RBI=0.0235218;REFB=-0.0204862;REVB=-0.0224815;RO=24;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135287;STB=0.57518;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0231436;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:18:11:13:11:18:11:13:11 chr5 68417643 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0226792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.461;QD=20.1561;RBI=0.0299203;REFB=-0.0117403;REVB=0.019516;RO=25;SAF=7;SAR=21;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113645;STB=0.506325;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0108019;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:21:7:6:19:21:7:6:19 chr5 68419054 . A T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.000193278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.633;QD=25.2542;RBI=0.000564358;REFB=0.0014728;REVB=-0.00053023;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927626;STB=0.551667;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0010385;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:7:4:9:9:7:4 chr5 68524133 . A G 234.12 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0593885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.707;QD=24.6447;RBI=0.059517;REFB=-0.0096484;REVB=0.00390831;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489017;STB=0.50515;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00873832;OID=.;OPOS=68524133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:8:13:10:6:8:14:10:6 chr5 68525027 . C T 206.02 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0308564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2134;QD=14.9835;RBI=0.0313923;REFB=0.00518717;REVB=-0.00577533;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671137;STB=0.503814;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0179544;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:17:14:11:13:17:14 chr5 68531253 . C T 515.37 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00489755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.908;QD=22.1666;RBI=0.00578564;REFB=-0.0103641;REVB=0.0030802;RO=43;SAF=19;SAR=30;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146551;STB=0.575862;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00924159;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:44:49:49:0.526882:30:19:24:19:30:19:24:20 chr5 68546706 . A G 367.14 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0126381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2102;QD=19.0723;RBI=0.0292436;REFB=-0.00277031;REVB=-0.0263717;RO=39;SAF=27;SAR=11;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824358;STB=0.504585;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00263409;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:11:27:28:11:11:27:28:11 chr5 68551507 . T G 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0590855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.681;QD=14.7975;RBI=0.0599814;REFB=-0.00174776;REVB=0.010328;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426146;STB=0.74429;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00152711;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:2:11:4:7:2:11 chr5 68609885 . G T 161.95 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0204392;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.754;QD=18.508;RBI=0.0559927;REFB=-0.00644494;REVB=-0.0521288;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350497;STB=0.519976;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00843473;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:7:11:11:6:7:11 chr5 68688608 . T C 167.4 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.108081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.322;QD=16.3318;RBI=0.109117;REFB=-0.019604;REVB=0.0149979;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197662;STB=0.689098;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0177273;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:23:18:18:0.439024:11:7:9:5:11:7:17:6 chr5 68695940 . T G 554.68 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00136592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3961;QD=23.8571;RBI=0.0200573;REFB=-0.00384951;REVB=0.0200108;RO=41;SAF=20;SAR=32;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253116;STB=0.513884;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00153504;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:32:20:17:24:32:20:17:24 chr5 68715310 . C T 130.0 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0242079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.748;QD=16.25;RBI=0.0262228;REFB=-0.0144892;REVB=0.0100804;RO=17;SAF=1;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482935;STB=0.683919;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0111676;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:14:15:0.46875:13:1:6:11:13:2:6:11 chr5 68720419 . T G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00293955;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.23;QD=13.9482;RBI=0.017707;REFB=-0.00155845;REVB=0.0174613;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166926;STB=0.596706;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00213779;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:17:10:9:8:17:10 chr5 68775065 . C T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.45;QD=32.8219;RBI=0.0374036;REFB=-0.133707;REVB=0.0242586;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00350191;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:0:1:4:5:0:1 chr5 70308251 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.407;QD=60.9786;RBI=0.00700563;REFB=0;REVB=-0.00341414;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36346e-06;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr5 70751818 . T G 1955.43 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267101;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5449;QD=62.077;RBI=0.0268987;REFB=0;REVB=0.00317924;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54601e-06;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:67:59:0:0:67:59:0:0 chr5 70800475 . C T 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0191073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.344;QD=12.5668;RBI=0.0285077;REFB=0.00477359;REVB=-0.0211565;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091092;STB=0.552362;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00930296;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:11:14:19:21:11:14:19:21 chr5 70800538 . G A 304.02 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.012343;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.644;QD=17.1281;RBI=0.0130128;REFB=-0.0157571;REVB=-0.00412127;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685377;STB=0.538438;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0123357;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:20:18:18:15:20:18 chr5 70806457 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.00576372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.876;QD=18.2512;RBI=0.041586;REFB=-0.0168213;REVB=0.0411846;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411763;STB=0.727052;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0156847;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:15:0:6:9:15:0 chr5 70806649 . T A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.011801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.7;QD=20.8367;RBI=0.0183044;REFB=-0.00702755;REVB=-0.0139924;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294912;STB=0.666348;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0102546;OID=.;OPOS=70806649;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:0:5:5:4:0:5 chr5 70806711 . C G 92.76 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.149495;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6656;QD=41.2265;RBI=0.154049;REFB=0;REVB=0.0371796;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0126535;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr5 70806958 . G A 789.22 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165408;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.768;QD=64.426;RBI=0.0268488;REFB=0;REVB=-0.0211484;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201288;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr5 70807016 . CT C 60.13 PASS AF=0.481481;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.146797;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.8725;QD=8.90765;RBI=0.204821;REFB=-0.011011;REVB=-0.142836;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0.471698;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.517215;STBP=0.868;TYPE=del;VARB=-0.0210975;OID=.;OPOS=70807017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:11:27:13:27:14:7:6:8:6:56:12:7:4:7:5 chr5 70809169 . A G 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.012002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.007;QD=11.4182;RBI=0.0172549;REFB=-0.0042655;REVB=0.0123969;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187867;STB=0.608795;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0106013;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:10:16:21:26:10:16:21:26 chr5 70834926 . T C 164.78 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0262324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.137;QD=12.4361;RBI=0.0339635;REFB=-0.0137079;REVB=0.0215727;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269105;STB=0.515609;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.031856;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:8:12:19:14:8:12:19:14 chr5 70837295 . A C 501.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8998;QD=58.9957;RBI=0.065112;REFB=0;REVB=0.0171628;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112832;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr5 70840233 . C T 288.68 PASS AF=0.37931;AO=32;DP=85;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00906791;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7922;QD=13.2728;RBI=0.0198705;REFB=0.00139955;REVB=-0.0176808;RO=52;SAF=22;SAR=10;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151961;STB=0.607479;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00248326;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:52:54:32:33:0.37931:10:22:29:23:10:23:29:25 chr5 70849021 . G T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.00959757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.602;QD=11.5707;RBI=0.0245213;REFB=-0.00878579;REVB=-0.0225651;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153561;STB=0.588166;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0113088;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:30:12:10:14:30:12 chr5 70858194 . C T 386.26 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0332719;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7041;QD=14.1745;RBI=0.0395748;REFB=-0.00639216;REVB=-0.0214276;RO=64;SAF=24;SAR=20;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149965;STB=0.514397;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0226414;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:64:64:44:45:0.412844:20:24:34:30:20:25:34:30 chr5 70932002 . G A 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.096;QD=62.3438;RBI=0.0194035;REFB=0;REVB=-0.0193625;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22654e-05;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr5 70945075 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.255;QD=57.2022;RBI=0.0358849;REFB=0;REVB=0.0357981;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215854;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr5 71146741 . T G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-1.40396e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.724;QD=26.6017;RBI=1.40396e-05;REFB=0.0176759;REVB=0;RO=2;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143181;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:0:8:2:0:0:8:2:0 chr5 71146757 . T C 467.83 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0433998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3235;QD=49.245;RBI=0.0913202;REFB=-0.0145891;REVB=-0.0803482;RO=4;SAF=18;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043524;STB=0.523351;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000280638;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:16:18:3:1:16:18:3:1 chr5 71146882 . T C 1871.59 PASS AF=0.908451;AO=125;DP=141;FAO=129;FDP=142;FR=.;FRO=13;FSAF=88;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0189411;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.915;QD=52.7209;RBI=0.0229814;REFB=0.00941153;REVB=0.0130147;RO=13;SAF=86;SAR=39;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613919;STB=0.530703;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.000363116;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:141:142:13:13:125:129:0.908451:39:86:5:8:41:88:5:8 chr5 71146889 . A G 1741.99 PASS AF=0.89781;AO=121;DP=136;FAO=123;FDP=137;FR=.;FRO=14;FSAF=84;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00363614;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.19;QD=50.8609;RBI=0.00507573;REFB=-0.0288308;REVB=0.0035414;RO=14;SAF=82;SAR=39;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547202;STB=0.52936;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.002883;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:136:137:14:14:121:123:0.89781:39:82:6:8:39:84:6:8 chr5 71412292 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00583181;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.025;QD=17.1566;RBI=0.00900154;REFB=0.00558216;REVB=0.00685695;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844149;STB=0.54833;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00534073;OID=.;OPOS=71412292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:10:10:10:7:10:10 chr5 71490962 . A G 357.45 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8455;QD=49.3037;RBI=0.0298454;REFB=0.0544262;REVB=0.020231;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.503873;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00300888;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:12:15:0:1:12:15:1:1 chr5 71494375 . C A 198.91 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.113028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8197;QD=19.4058;RBI=0.170376;REFB=-0.0431791;REVB=0.127485;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164463;STB=0.622908;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.046935;OID=.;OPOS=71494375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:21:20:20:0.487805:14:6:9:10:14:6:11:10 chr5 71495041 . T C 441.08 PASS AF=0.419753;AO=31;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.0658154;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0746;QD=21.7819;RBI=0.066562;REFB=-0.0226507;REVB=0.00994155;RO=27;SAF=23;SAR=8;SRF=24;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178187;STB=0.581352;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0169057;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:27:31:31:34:0.419753:8:23:24:3:10:24:26:5 chr5 71739980 . C T 394.48 PASS AF=0.660714;AO=36;DP=51;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00586491;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4562;QD=28.177;RBI=0.0520781;REFB=-0.0666423;REVB=-0.0517468;RO=15;SAF=25;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982397;STB=0.574071;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0219426;OID=.;OPOS=71739980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:15:19:36:37:0.660714:11:25:8:7:12:25:9:10 chr5 71756102 . G A 1020.74 PASS AF=0.5;AO=104;DP=211;FAO=105;FDP=210;FR=.;FRO=105;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.0263962;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7108;QD=19.4426;RBI=0.0521815;REFB=-0.0107311;REVB=0.0450128;RO=106;SAF=52;SAR=52;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259839;STB=0.509525;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0126169;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:106:105:104:105:0.5:52:52:50:56:53:52:50:55 chr5 71756670 . C T 67.83 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00760852;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.895;QD=11.7961;RBI=0.0252346;REFB=-0.0133923;REVB=0.0240603;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0184975;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:23:14:14:8:9:0.391304:4:4:7:7:4:5:7:7 chr5 72144209 . C T 474.33 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0275925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.072;QD=21.5604;RBI=0.0276276;REFB=-0.0160364;REVB=0.00139236;RO=42;SAF=16;SAR=30;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369809;STB=0.520388;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0144057;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:30:16:13:29:30:16:13:29 chr5 72174432 . C G 1666.76 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224482;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6298;QD=60.6093;RBI=0.0229589;REFB=0;REVB=0.00481535;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79713e-05;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:112:110:1:57:55:0:0:54:56:0:0 chr5 72184098 . C T 1008.08 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7782;QD=59.2986;RBI=0.0382491;REFB=0;REVB=0.00559609;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210438;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr5 72207699 . T C 437.68 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00526308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.192;QD=21.6138;RBI=0.00626561;REFB=-0.0267047;REVB=0.00339968;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408235;STB=0.522517;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0264296;OID=.;OPOS=72207699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:15:23:24:19:15:23 chr5 72347223 . A G 598.43 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00815227;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.186;QD=46.9356;RBI=0.0260331;REFB=-0.179673;REVB=0.0247237;RO=5;SAF=24;SAR=22;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884268;STB=0.54715;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00388431;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:22:24:5:0:22:24:5:0 chr5 72351905 . A G 48.1 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00665984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.8701;QD=7.69676;RBI=0.0992023;REFB=0.00179838;REVB=0.0989785;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220682;STB=0.56684;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000581691;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:24:25:17:17:7:8:0.32:2:5:9:8:3:5:9:8 chr5 72385914 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5539;QD=62.6704;RBI=0.0776545;REFB=0;REVB=0.0775589;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289007;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr5 72419410 . A G 1496.2 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113204;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.899;QD=62.9979;RBI=0.0235883;REFB=0;REVB=0.0206943;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931638;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:46:46:0:0:50:45:0:0 chr5 72419456 . C G 267.89 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0471151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3357;QD=16.2357;RBI=0.0473005;REFB=-0.0112256;REVB=-0.0041844;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441263;STB=0.515141;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0105263;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:29:30:0.454545:14:15:17:19:15:15:17:19 chr5 72419617 . C A 352.23 PASS AF=0.44186;AO=36;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.01621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.716;QD=16.3827;RBI=0.0170671;REFB=-0.0123424;REVB=0.00534053;RO=46;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191042;STB=0.589489;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0174128;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:48:36:38:0.44186:20:16:12:34:21:17:14:34 chr5 72742882 . T C 266.4 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0879007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.908;QD=15.9046;RBI=0.0883383;REFB=-0.0218564;REVB=0.0087827;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917739;STB=0.559282;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0320192;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:17:13:19:17:17:13:20:17 chr5 72795160 . AATCTC A 204.99 PASS AF=0.378947;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0167438;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=5;MLLD=272.575;QD=8.63096;RBI=0.0170998;REFB=-0.00980268;REVB=-0.00347113;RO=58;SAF=16;SAR=19;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655831;STB=0.539884;STBP=0.561;TYPE=del;VARB=0.0167877;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378947:35:96:36:95:59:16:20:30:29:99:58:16:19:30:28 chr5 72795176 . G A 293.13 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00311535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.992;QD=12.4734;RBI=0.00798989;REFB=-0.0134689;REVB=-0.0073575;RO=59;SAF=15;SAR=19;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932036;STB=0.558789;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0167101;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:60:34:34:0.361702:19:15:31:28:19:15:32:28 chr5 72798845 . A G 224.21 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0141179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.6293;QD=17.5854;RBI=0.0231878;REFB=-0.0365474;REVB=-0.0183945;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171326;STB=0.627352;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0231386;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:23:27:24:24:0.470588:12:12:16:7:12:12:20:7 chr5 72868447 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0149165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5917;QD=16.4079;RBI=0.0297046;REFB=-0.0050214;REVB=0.0256877;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150228;STB=0.592731;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00898607;OID=.;OPOS=72868447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:9:12:20:8:9:12:21:8 chr5 73236679 . CT C,CC 145.49 PASS AF=0.270833,0.0833333;AO=12,5;DP=50;FAO=13,4;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=2,2;FSAR=11,2;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00248292,-0.00150481;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.022,219.226;QD=12.1245;RBI=0.00274525,0.00245287;REFB=-0.0167411,-0.01099;REVB=-0.00117111,-0.00193704;RO=33;SAF=2,2;SAR=10,3;SRF=9;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.186497,0.166232;STB=0.617773,0.713413;STBP=0.424,0.467;TYPE=del,snp;VARB=0.0272609,0.0285836;OID=.,.;OPOS=73236680,73236680;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833,0.0833333:12,5:50:13,4:48:31:2,2:11,2:8:23:54:33:2,2:10,3:9:24 chr5 73471334 . G C 584.41 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0162499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3075;QD=16.2336;RBI=0.0171432;REFB=-0.00589611;REVB=-0.00546187;RO=82;SAF=35;SAR=27;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412759;STB=0.52309;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00611484;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:82:62:62:0.430556:27:35:43:39:27:35:43:39 chr5 73613858 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0502089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.13;QD=19.4668;RBI=0.0515493;REFB=-0.0262006;REVB=0.0116788;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851252;STB=0.548149;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0266526;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:12:12:13:9:12:12 chr5 73613972 . G C 589.8 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0244534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.669;QD=20.3377;RBI=0.0785699;REFB=-0.0026704;REVB=0.0746677;RO=56;SAF=30;SAR=30;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313104;STB=0.517236;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00308581;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:30:30:30:26:30:30:30:26 chr5 73930751 . C T 358.32 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0133007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.428;QD=17.0629;RBI=0.0226539;REFB=0.0133734;REVB=0.0183382;RO=44;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213548;STB=0.60864;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0143535;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:46:37:38:0.452381:17:20:14:30:18:20:15:31 chr5 73931246 . T C 239.28 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.555;QD=50.3745;RBI=0.0455296;REFB=0;REVB=-0.0312233;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548933;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr5 73932315 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0328485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.839;QD=14.2621;RBI=0.033339;REFB=-0.00480059;REVB=0.00569821;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12938;STB=0.574908;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0113906;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:9:15:8:8:9:15 chr5 73981270 . T C 628.64 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0434549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.771;QD=58.4778;RBI=0.0544612;REFB=0.0137145;REVB=0.0328281;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-2.12463e-05;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:20:21:1:0:20:22:1:0 chr5 73985215 . A G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.000668416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.033;QD=12.724;RBI=0.00191736;REFB=-0.00263676;REVB=0.00179708;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080605;STB=0.546243;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00361037;OID=.;OPOS=73985215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:13:10:13:23:13:10:13:23 chr5 74323529 . G C 279.62 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0127821;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9729;QD=11.5307;RBI=0.0143207;REFB=-0.00282796;REVB=-0.00645762;RO=61;SAF=22;SAR=11;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340615;STB=0.530284;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00610258;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:64:33:33:0.340206:11:22:39:22:11:22:40:24 chr5 74324548 . G A 329.18 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0110474;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.665;QD=15.3107;RBI=0.0120928;REFB=-0.00671703;REVB=0.00491821;RO=49;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149605;STB=0.578363;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00856424;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:50:36:36:0.418605:20:16:29:20:20:16:29:21 chr5 74400151 . A C 210.4 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.000277486;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.024;QD=15.5854;RBI=0.00113313;REFB=-0.0101895;REVB=-0.00109863;RO=29;SAF=20;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351198;STB=0.696533;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00942463;OID=.;OPOS=74400151;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:30:24:24:0.444444:4:20:16:13:4:20:17:13 chr5 74400386 . G C 394.49 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0362518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.019;QD=19.9742;RBI=0.0560477;REFB=-0.0197764;REVB=-0.0427452;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115576;STB=0.568767;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0165851;OID=.;OPOS=74400386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:39:39:40:0.506329:17:22:16:21:17:23:17:22 chr5 74400400 . T C 404.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0279003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3676;QD=19.7326;RBI=0.0613804;REFB=-0.0202629;REVB=0.0546729;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121136;STB=0.560729;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0220762;OID=.;OPOS=74400400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:22:19:24:16:22:19:24:17 chr5 74442410 . G A 1071.89 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0227839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8983;QD=57.1672;RBI=0.0372367;REFB=-0.188669;REVB=-0.0294528;RO=2;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173467;STB=0.500917;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00526363;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:2:2:73:73:0.973333:34:39:1:1:34:39:1:1 chr5 74442920 . A G 948.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.826;QD=58.3639;RBI=0.0292471;REFB=0;REVB=0.0289459;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9787e-05;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:24:40:0:0:24:41:0:0 chr5 74443132 . C T 2682.19 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161661;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.168;QD=62.0159;RBI=0.0166736;REFB=0;REVB=0.00408248;RO=0;SAF=70;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106657;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:102:70:0:0:102:71:0:0 chr5 74491715 . TTCA T 963.29 PASS AF=1;AO=72;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487446;FXX=0.0588166;HRUN=2;LEN=3;MLLD=288.184;QD=48.1645;RBI=0.0285169;REFB=0;REVB=0.0280973;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000139994;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:78:80:80:0:38:42:0:0:17:0:37:35:0:0 chr5 74506658 . C T 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000332817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.584;QD=14.8511;RBI=0.026349;REFB=-0.0137352;REVB=-0.0263468;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345175;STB=0.519979;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0201983;OID=.;OPOS=74506658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:6:13:19:10:6:13:19:10 chr5 74526442 . G A 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00279841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.673;QD=18.6422;RBI=0.00722855;REFB=-0.0139241;REVB=0.00666489;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164593;STB=0.593658;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0155747;OID=.;OPOS=74526442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:12:12:14:7:12:12 chr5 74638646 . T C 675.59 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.00152697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.274;QD=18.8975;RBI=0.0144696;REFB=-0.0103369;REVB=-0.0143888;RO=75;SAF=40;SAR=28;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037878;STB=0.520952;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0118099;OID=.;OPOS=74638646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:28:40:47:28:28:40:47:28 chr5 74655111 . C T 647.42 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0101623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.371;QD=20.0751;RBI=0.0120309;REFB=-0.00180724;REVB=0.00643973;RO=64;SAF=28;SAR=37;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037061;STB=0.520414;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00185545;OID=.;OPOS=74655111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:37:28:25:39:37:28:25:39 chr5 74681773 . T C 1227.45 PASS AF=0.545872;AO=111;DP=210;FAO=119;FDP=218;FR=.;FRO=99;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.00908965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8581;QD=22.5221;RBI=0.0945771;REFB=-0.0400428;REVB=0.0941393;RO=99;SAF=55;SAR=56;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256573;STB=0.528676;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0398443;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:218:99:99:111:119:0.545872:56:55:52:47:64:55:52:47 chr5 74869661 . C A 512.12 PASS AF=0.456;AO=49;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0385269;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.597;QD=16.3879;RBI=0.0392445;REFB=-0.0196357;REVB=0.00747074;RO=51;SAF=19;SAR=30;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236546;STB=0.580977;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0240858;OID=.;OPOS=74869661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:51:68:49:57:0.456:30:19:33:18:32:25:40:28 chr5 74872745 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00656094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.649;QD=18.4983;RBI=0.00864172;REFB=-0.0145345;REVB=0.00562435;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693332;STB=0.538876;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00997252;OID=.;OPOS=74872745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:10:17:15:12:10:17:15:12 chr5 74877266 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0368332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.01;QD=21.5459;RBI=0.0368714;REFB=-0.000880083;REVB=-0.00167805;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127847;STB=0.507236;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-9.24406e-05;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:3:7:10:4:3:7 chr5 74892352 . A G 185.95 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0567493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.26;QD=12.3965;RBI=0.0567899;REFB=-0.0155554;REVB=0.00214735;RO=37;SAF=5;SAR=17;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563871;STB=0.82454;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00734618;OID=.;OPOS=74892352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:37:22:23:0.383333:17:5:29:8:18:5:29:8 chr5 74921686 . G A 434.14 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0150099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.184;QD=18.4741;RBI=0.0169752;REFB=-0.0235226;REVB=0.00792851;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115063;STB=0.506414;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0217592;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:25:19:21:29:25:19:21:29 chr5 74949043 . T C 483.41 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0390306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.364;QD=20.7918;RBI=0.0527923;REFB=0.00774615;REVB=-0.0355478;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289228;STB=0.516004;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00471327;OID=.;OPOS=74949043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:24:23:24:22:24:23:24:22 chr5 74970024 . T C 521.43 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00440784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.013;QD=20.8573;RBI=0.0359525;REFB=-0.0103027;REVB=-0.0356813;RO=50;SAF=39;SAR=11;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394166;STB=0.71959;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00624916;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:11:39:19:31:11:39:19:31 chr5 75003678 . T C 939.98 PASS AF=0.519774;AO=92;DP=178;FAO=92;FDP=177;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.00501884;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.043;QD=21.2425;RBI=0.00654678;REFB=0.00166014;REVB=-0.00420375;RO=84;SAF=42;SAR=50;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351123;STB=0.521734;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00135555;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:84:85:92:92:0.519774:50:42:35:49:50:42:35:50 chr5 75005340 . A G 1157.38 PASS AF=0.423841;AO=128;DP=300;FAO=128;FDP=302;FR=.;FRO=174;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=93;FSRR=81;FWDB=0.0155227;FXX=0.00330022;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.222;QD=15.3296;RBI=0.0170131;REFB=-0.0116322;REVB=0.00696366;RO=172;SAF=69;SAR=59;SRF=93;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00169532;STB=0.502653;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0155598;OID=.;OPOS=75005340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:172:174:128:128:0.423841:59:69:93:79:59:69:93:81 chr5 75008193 . T C 171.68 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.039674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.633;QD=11.0759;RBI=0.0448316;REFB=-0.00793605;REVB=0.0208769;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1603;STB=0.592398;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0172825;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:29:11:9:13:29:11 chr5 75427935 . G A 1129.87 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00780558;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2444;QD=57.9419;RBI=0.022383;REFB=-0.128844;REVB=0.0209778;RO=1;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104009;STB=0.510867;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00285679;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:1:2:76:76:0.974359:45:31:0:1:45:31:0:2 chr5 75884734 . G A 1115.68 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.589;QD=60.307;RBI=0.0705879;REFB=0;REVB=-0.0589979;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001221;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:26:46:0:0:27:47:0:0 chr5 75912401 . A G 277.32 PASS AF=0.339623;AO=35;DP=105;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00720624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.03;QD=10.465;RBI=0.0127409;REFB=-0.0145627;REVB=-0.0105072;RO=68;SAF=24;SAR=11;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205355;STB=0.614314;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0212836;OID=.;OPOS=75912401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:68:70:35:36:0.339623:11:24:35:33:12:24:35:35 chr5 75923294 . T G 1110.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.827;QD=59.2237;RBI=0.0320523;REFB=0;REVB=-0.0138823;RO=0;SAF=55;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109346;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:75:0:0:71:75:1:16:55:0:0:16:59:0:0 chr5 75923307 . A G 962.8 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0131073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.119;QD=53.489;RBI=0.02413;REFB=-0.0408869;REVB=0.0202597;RO=3;SAF=55;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181062;STB=0.526812;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00179663;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:3:4:68:68:0.944444:13:55:2:1:13:55:2:2 chr5 75960865 . T C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.155;QD=60.2218;RBI=0.0440124;REFB=0;REVB=0.0432243;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117793;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr5 76003246 . A AT 116.69 PASS AF=0.456693;AO=19;DP=131;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.155052;FXX=0.00781189;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.61136;QD=3.67511;RBI=0.287511;REFB=-0.0560117;REVB=-0.242118;RO=98;SAF=5;SAR=14;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426427;STB=0.513395;STBP=0.812;TYPE=ins;VARB=0.042466;OID=.;OPOS=76003247;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456693:19:131:58:127:69:35:23:40:29:99:98:5:14:60:38 chr5 76003254 . A T 378.42 PASS AF=0.376923;AO=43;DP=121;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00349601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9557;QD=11.6438;RBI=0.0684544;REFB=-0.00857527;REVB=0.0683651;RO=78;SAF=26;SAR=17;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470817;STB=0.542406;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0325076;OID=.;OPOS=76003254;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:130:78:81:43:49:0.376923:17:26:44:34:18:31:46:35 chr5 76030796 . T C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0140013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.367;QD=23.7582;RBI=0.0298306;REFB=-0.0143892;REVB=0.0263407;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317299;STB=0.517671;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0102004;OID=.;OPOS=76030796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:11:11:12:14:11:11 chr5 76128521 . G A 850.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5516;QD=57.6426;RBI=0.0495615;REFB=0;REVB=-0.035985;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2032e-06;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr5 76129053 . T C 666.67 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0785491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6341;QD=57.971;RBI=0.0810472;REFB=0.00803786;REVB=0.0199674;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446823;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00075084;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:24:20:2:0:24:20:2:0 chr5 76171252 . A C 640.21 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154931;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.184;QD=62.4599;RBI=0.0513029;REFB=0;REVB=0.0489075;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017768;OID=.;OPOS=76171252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:36:41:1:11:25:0:0:16:25:0:0 chr5 76264680 . T C 931.47 PASS AF=0.471154;AO=98;DP=209;FAO=98;FDP=208;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.00125775;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.229;QD=17.9128;RBI=0.039849;REFB=9.71085e-05;REVB=0.0398291;RO=108;SAF=45;SAR=53;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021278;STB=0.507201;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=1.14398e-05;OID=.;OPOS=76264680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:108:110:98:98:0.471154:53:45:52:56:53:45:52:58 chr5 76343999 . T C 393.38 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00211693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.265;QD=22.479;RBI=0.00571923;REFB=0.00841413;REVB=0.00531303;RO=31;SAF=15;SAR=24;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134098;STB=0.573953;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00726789;OID=.;OPOS=76343999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:24:15:17:14:24:15:17:14 chr5 76704849 . T C 1045.55 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00018718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.829;QD=59.7458;RBI=0.0187324;REFB=0;REVB=0.0187315;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84225e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:48:20:0:0:50:20:0:0 chr5 76708987 . A G 2557.01 PASS AF=0.931217;AO=169;DP=192;FAO=176;FDP=189;FR=.;FRO=13;FSAF=90;FSAR=86;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0225027;FXX=0.0207243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4533;QD=54.1165;RBI=0.0266086;REFB=-0.0189184;REVB=0.0142003;RO=12;SAF=89;SAR=80;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388037;STB=0.523061;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00840837;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:192:189:12:13:169:176:0.931217:80:89:10:2:86:90:11:2 chr5 76722443 . G A 1044.24 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.959;QD=59.671;RBI=0.0288641;REFB=0;REVB=-0.0221587;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89341e-05;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr5 76722894 . A AG 249.83 PASS AF=1;AO=4;DP=27;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103559;FXX=0.192234;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.836;QD=47.5868;RBI=0.118409;REFB=0;REVB=-0.0574137;RO=23;SAF=0;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.658352;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00476458;OID=.;OPOS=76722895;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:27:21:21:0:7:14:0:0:3:23:0:4:13:10 chr5 76722895 . A G 262.77 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0014945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.503;QD=40.4256;RBI=0.0383421;REFB=-0.0495159;REVB=0.038313;RO=4;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153229;STB=0.583258;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00126345;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:10:12:0:4:10:12:0:4 chr5 76734084 . C T 1788.9 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164126;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.357;QD=61.1589;RBI=0.0267155;REFB=0;REVB=0.0210795;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35301e-06;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:53:64:0:0:53:64:0:0 chr5 76916335 . G GC 1026.82 PASS AF=1;AO=86;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.144;QD=45.1349;RBI=0.148498;REFB=0;REVB=0.147057;RO=8;SAF=48;SAR=38;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00245503;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:94:91:91:0:50:41:0:0:18:8:48:38:5:3 chr5 76926578 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864743;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.689;QD=57.2026;RBI=0.00932945;REFB=0;REVB=-0.00350152;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01115e-05;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr5 77298619 . A C,T 1107.05 PASS AF=0.0657895,0.934211;AO=7,68;DP=75;FAO=5,71;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=3,48;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147109,0.00313445;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.8921,90.2428;QD=58.2657;RBI=0.0408552,0.0461916;REFB=0,0;REVB=0.0381147,0.0460851;RO=0;SAF=5,46;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0233526,-0.00916732;OID=.,.;OPOS=77298619,77298619;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:75:76:0:0:7,68:5,71:0.0657895,0.934211:2,22:5,46:0:0:2,23:3,48:0:0 chr5 77318835 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.308;QD=62.979;RBI=0.0290104;REFB=0;REVB=-0.0100419;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20501e-05;OID=.;OPOS=77318835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr5 77409725 . A G 193.15 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0356006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.807;QD=16.4378;RBI=0.0372407;REFB=-0.0100097;REVB=0.0109301;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192282;STB=0.61006;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0129873;OID=.;OPOS=77409725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:16:11:12:8:16:11 chr5 77425028 . A T 2610.61 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.899;QD=61.7897;RBI=0.0302801;REFB=0;REVB=0.00861505;RO=0;SAF=81;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88718e-05;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:169:0:0:160:169:1:79:81:0:0:83:86:0:0 chr5 77684726 . G A 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0573267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.157;QD=8.74477;RBI=0.0597761;REFB=0.000249264;REVB=-0.0169363;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307103;STB=0.687193;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00136861;OID=.;OPOS=77684726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:8:4:18:12:8:4:18:12 chr5 77745853 . C A,CA 1005.33 PASS AF=0,1;AO=8,55;DP=75;FAO=0,74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258095,-0.00437107;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=277.607,24.1066;QD=54.3422;RBI=0.0119425,0.0633318;REFB=0,0;REVB=-0.0116603,0.0631808;RO=12;SAF=6,40;SAR=2,15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.345943,0.122844;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0586696,0.000908012;OID=.,.;OPOS=77745853,77745854;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:75:74:12:0:8,55:0,74:0,1:2,15:6,40:5:7:0,25:0,49:0:0 chr5 77781152 . TTACAA T 191.8 PASS AF=0.382022;AO=29;DP=88;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00271524;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=5;MLLD=225.906;QD=8.62035;RBI=0.00342089;REFB=-0.010558;REVB=0.00208085;RO=52;SAF=22;SAR=7;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295698;STB=0.704396;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0182272;OID=.;OPOS=77781153;OREF=TACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382022:29:88:34:89:55:27:7:28:27:99:52:22:7:27:25 chr5 77781390 . G A 426.47 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0296991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.549;QD=34.8136;RBI=0.0298573;REFB=-0.00253727;REVB=0.00306924;RO=15;SAF=10;SAR=24;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110671;STB=0.560403;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00103606;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:24:10:7:8:24:10:7:8 chr5 77781785 . C CT 1078.96 PASS AF=1;AO=99;DP=116;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990329;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.8433;QD=39.5948;RBI=0.133519;REFB=0;REVB=0.133151;RO=14;SAF=54;SAR=45;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00361921;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:116:109:109:0:57:52:0:0:20:14:54:45:4:10 chr5 77784433 . T C 550.93 PASS AF=0.391566;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.015166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.966;QD=13.2754;RBI=0.0184991;REFB=-0.00102315;REVB=-0.0105929;RO=101;SAF=37;SAR=28;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270001;STB=0.515238;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00375061;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:101:101:65:65:0.391566:28:37:55:46:28:37:55:46 chr5 77784438 . T A 518.78 PASS AF=0.378049;AO=62;DP=163;FAO=62;FDP=164;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.00303681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.983;QD=12.6531;RBI=0.0151096;REFB=-0.00795064;REVB=-0.0148012;RO=101;SAF=34;SAR=28;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423071;STB=0.500397;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0205274;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:101:102:62:62:0.378049:28:34:55:46:28:34:56:46 chr5 78181423 . C T 447.33 PASS AF=0.366197;AO=52;DP=143;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0171106;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.57;QD=12.6009;RBI=0.0175892;REFB=-0.0157706;REVB=-0.00407507;RO=89;SAF=34;SAR=18;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21798;STB=0.627844;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0380677;OID=.;OPOS=78181423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:89:90:52:52:0.366197:18:34:41:48:18:34:41:49 chr5 78340257 . C G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.407;QD=60.5459;RBI=0.00457605;REFB=0;REVB=0.000366596;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.645e-06;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chr5 78340286 . A G 1874.75 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.038;QD=60.476;RBI=0.0311605;REFB=-0.0323915;REVB=0.0265484;RO=1;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439279;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:123:124:1:0:122:124:1:55:67:0:1:57:67:0:0 chr5 78351636 . A C 1246.17 PASS AF=1;AO=67;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.2983;QD=55.3853;RBI=0.0886074;REFB=0;REVB=-0.0187182;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296727;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:67:90:1:40:27:0:0:40:50:0:0 chr5 78373431 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.12;QD=58.4192;RBI=0.0125985;REFB=0;REVB=-0.00765467;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68004e-06;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:27:36:0:0 chr5 78426918 . AC ACA,CA 41.68 PASS AF=0.4,0;AO=8,2;DP=25;FAO=10,0;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.208654,-0.226675;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.0646,12.169;QD=6.6685;RBI=0.210653,0.22784;REFB=-0.147825,-0.0924014;REVB=-0.0289518,-0.023012;RO=13;SAF=2,2;SAR=6,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0743475,0.637912;STB=0.652721,0.5;STBP=0.271,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.114234,0;OID=.,.;OPOS=78426920,78426918;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:25:25:13:15:8,2:10,0:0.4,0:6,0:2,2:4:9:8,0:2,0:6:9 chr5 78977839 . G A 208.68 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0594003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9911;QD=18.1463;RBI=0.061574;REFB=-0.0289156;REVB=-0.016216;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15601;STB=0.588395;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0261047;OID=.;OPOS=78977839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:9:16:10:11:9:16 chr5 78981550 . G T 251.84 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00621405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2293;QD=14.8139;RBI=0.00889411;REFB=-0.0109869;REVB=0.00636324;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111888;STB=0.507182;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00881561;OID=.;OPOS=78981550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:13:16:20:17:13:16:22:17 chr5 79024779 . A G 730.56 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0104051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.351;QD=18.1506;RBI=0.0316188;REFB=-0.0162604;REVB=0.0298577;RO=83;SAF=36;SAR=41;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474854;STB=0.529366;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0170497;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:84:77:77:0.478261:41:36:43:40:41:36:44:40 chr5 79025317 . A G 108.23 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0219278;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.927;QD=12.369;RBI=0.0251417;REFB=-0.0172771;REVB=-0.0122996;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387939;STB=0.681582;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.020644;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:22:13:13:0.371429:7:6:2:17:7:6:4:18 chr5 79025634 . G A 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.104565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3496;QD=11.4387;RBI=0.124794;REFB=-0.036502;REVB=-0.0681164;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44622;STB=0.777026;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0604423;OID=.;OPOS=79025634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:8:6:1:8:8:6 chr5 79026360 . G A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0132416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.38;QD=18.4268;RBI=0.0241181;REFB=0.000519369;REVB=-0.0201579;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00985787;STB=0.518312;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.000737839;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:28:28:28:0.5:16:12:11:14:16:12:11:17 chr5 79026539 . A C 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0107399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3408;QD=18.0482;RBI=0.0243525;REFB=-0.0154495;REVB=-0.0218563;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00883944;OID=.;OPOS=79026539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr5 79027605 . T C 106.14 PASS AF=0.56;AO=8;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0142453;FXX=0.0740466;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.163;QD=16.9823;RBI=0.0702679;REFB=-0.114295;REVB=0.0688088;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502688;STB=0.614308;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0346146;OID=.;OPOS=79027605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:25:25:8:11:8:14:0.56:2:6:1:7:8:6:2:9 chr5 79027700 . T C 152.95 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0185403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.995;QD=13.5954;RBI=0.0187463;REFB=0.0132262;REVB=-0.00277158;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133251;STB=0.571338;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0226545;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:14:3:7:20:14:3:7:21 chr5 79028472 . C T 317.94 PASS AF=0.472973;AO=30;DP=68;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0103648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.418;QD=17.1857;RBI=0.0365641;REFB=-0.000378772;REVB=0.0350643;RO=37;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1436;STB=0.535694;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00132256;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:37:39:30:35:0.472973:9:21:21:16:13:22:22:17 chr5 79028513 . A G 309.67 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0276917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.0476;QD=18.7676;RBI=0.0294016;REFB=-0.0021265;REVB=0.00988065;RO=31;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230368;STB=0.51575;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00281111;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:33:33:33:0.5:13:20:18:13:13:20:19:14 chr5 79028586 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00974835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.486;QD=14.4116;RBI=0.0431321;REFB=0.0095603;REVB=-0.042016;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957581;STB=0.555494;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0154577;OID=.;OPOS=79028586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:15:13:10:8:15:13 chr5 79029288 . C A 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000785487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.983;QD=17.5536;RBI=0.0120025;REFB=-0.0196623;REVB=-0.0119768;RO=41;SAF=10;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173533;STB=0.597644;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.021768;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:26:10:18:23:26:10:18:23 chr5 79029383 . T G 277.59 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00101996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.108;QD=20.5623;RBI=0.0267088;REFB=-0.00335817;REVB=-0.0266893;RO=25;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331701;STB=0.502391;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00442745;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:28:29:0.537037:7:21:18:7:8:21:18:7 chr5 79030045 . A G 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00938728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.235;QD=18.0355;RBI=0.0195228;REFB=-0.00461501;REVB=0.0171178;RO=27;SAF=17;SAR=5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46618;STB=0.765234;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00255964;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:5:17:8:19:5:17:8:19 chr5 79030338 . A G 91.92 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0110317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.388;QD=13.1311;RBI=0.0135452;REFB=-0.0199445;REVB=0.00785955;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231583;STB=0.617454;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0247829;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:27:28:15:16:11:12:0.428571:4:7:6:9:5:7:6:10 chr5 79030346 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0179844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.255;QD=11.5972;RBI=0.0180092;REFB=-0.0142407;REVB=0.000945235;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.568413;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0285254;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:10:11:5:7:10:11 chr5 79031372 . G C 156.2 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00588203;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.784;QD=14.1999;RBI=0.0187688;REFB=-0.00738579;REVB=-0.0178233;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132462;STB=0.596706;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0178848;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:25:27:17:17:0.386364:8:9:10:15:8:9:10:17 chr5 79032666 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0265673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.312;QD=15.3787;RBI=0.0327072;REFB=-0.00187775;REVB=-0.0190771;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128654;STB=0.574206;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000859292;OID=.;OPOS=79032666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:4:10:7:5:4:10 chr5 79032711 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.023912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.208;QD=8.81109;RBI=0.02417;REFB=-0.00315637;REVB=-0.00352164;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272391;STB=0.675005;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00436336;OID=.;OPOS=79032711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:4:7:5:1:4:7 chr5 79033306 . A C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00026101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.292;QD=17.5017;RBI=0.00574359;REFB=0.00612032;REVB=0.00573766;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162518;STB=0.583516;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00569825;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:9:17:13:14:9:17:14:14 chr5 79034662 . C G 211.77 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00100707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.989;QD=19.6991;RBI=0.0605592;REFB=-0.0203504;REVB=-0.0605509;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424061;STB=0.534489;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0204097;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:10:11:12:9:10:11:13:9 chr5 79048562 . C T 378.47 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00600514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.583;QD=21.6267;RBI=0.0113107;REFB=-0.00888142;REVB=-0.00958484;RO=31;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143127;STB=0.590721;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0100904;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:31:32:37:38:0.542857:14:23:14:17:14:24:14:18 chr5 79277817 . A C 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0448966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.12;QD=19.0575;RBI=0.046967;REFB=-0.0202925;REVB=0.0137911;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147654;STB=0.592501;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0143486;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:8:11:14:5:8:11:15:5 chr5 79351852 . A T 164.38 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0178602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.126;QD=13.6984;RBI=0.0275065;REFB=-0.00787874;REVB=0.0209194;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291924;STB=0.517026;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0355185;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:9:21:13:5:9:21 chr5 79372747 . C T 570.89 PASS AF=0.4;AO=66;DP=165;FAO=66;FDP=165;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.00143851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.628;QD=13.8398;RBI=0.00671234;REFB=-0.000939257;REVB=0.00655639;RO=98;SAF=40;SAR=26;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712345;STB=0.53746;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00183062;OID=.;OPOS=79372747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:98:99:66:66:0.4:26:40:53:45:26:40:54:45 chr5 79616083 . G C 1112.22 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352146;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.056;QD=60.1197;RBI=0.0370031;REFB=0;REVB=-0.011365;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76235e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr5 79617357 . T C 131.12 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00414814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.284;QD=10.7033;RBI=0.0089303;REFB=-0.00660428;REVB=0.00790842;RO=31;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450905;STB=0.787656;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0351653;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:33:15:16:0.326531:13:2:14:17:14:2:15:18 chr5 79617616 . G T 205.14 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0414068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4225;QD=15.7799;RBI=0.0448999;REFB=-0.00496862;REVB=-0.0173631;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012387;STB=0.507036;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00922511;OID=.;OPOS=79617616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:18:11:9:14:18:11 chr5 79733079 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.29;QD=42.1823;RBI=0.015831;REFB=0;REVB=0.0156946;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250849;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr5 79734297 . T C 145.38 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1051;QD=44.7321;RBI=0.0701495;REFB=0;REVB=0.0491463;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207466;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:2:9:0:0:2:11:0:0 chr5 79734409 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.43;QD=51.9167;RBI=0.0479908;REFB=0;REVB=0.0460534;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017169;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr5 79735858 . A G 2362.37 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393329;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.543;QD=63.8478;RBI=0.0416458;REFB=0;REVB=0.0136855;RO=1;SAF=87;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10916e-05;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:1:0:147:148:1:60:87:1:0:60:88:0:0 chr5 79745469 . A G 1324.53 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00653779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1239;QD=60.8977;RBI=0.0100782;REFB=-0.0268516;REVB=0.00766988;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000268743;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:37:49:0:0:37:49:0:1 chr5 79815658 . T C 276.54 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0193235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5618;QD=10.7396;RBI=0.0195661;REFB=-0.0094263;REVB=0.00307198;RO=67;SAF=20;SAR=15;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173335;STB=0.604337;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0141867;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:68:35:35:0.339806:15:20:28:39:15:20:28:40 chr5 79855372 . A G 521.82 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.559;QD=57.9798;RBI=0.0462329;REFB=0;REVB=-0.0461157;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03608e-05;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr5 79950512 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0226613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.736;QD=7.3227;RBI=0.0377994;REFB=-0.00531698;REVB=-0.0302533;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606052;STB=0.538337;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0116534;OID=.;OPOS=79950512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:10:4:2:4:10:4 chr5 80149981 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.562;QD=64.4153;RBI=0.00750083;REFB=0;REVB=0.0044597;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56315e-05;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr5 80756848 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAATAT 1339.89 PASS AF=0.883077,0,0.113846;AO=118,15,19;DP=331;FAO=287,0,37;FDP=325;FR=.;FRO=1;FSAF=138,0,36;FSAR=149,0,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0332462,-0.196525,-0.0621304;FXX=0.0181263;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=5.77392,13.4394,147.532;QD=16.491;RBI=0.373363,0.247215,0.0637117;REFB=0.229837,0.134494,0.0149976;REVB=0.371879,0.149977,0.0141064;RO=79;SAF=54,13,18;SAR=64,2,1;SRF=20;SRR=59;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.155198,0.675195,0.764474;STB=0.501672,0.5,0.666548;STBP=0.489,1,0.017;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00651484,0,0.139988;OID=.,.,.;OPOS=80756849,80756856,80756855;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.883077,0,0.113846:118,15,19:331:287,0,37:325:1:138,0,36:149,0,1:0:1:99:79:54,13,18:64,2,1:20:59 chr5 81354389 . T C 949.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.502;QD=58.403;RBI=0.0378208;REFB=0;REVB=0.0376886;RO=0;SAF=46;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28167e-05;OID=.;OPOS=81354389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:17:46:0:0:19:46:0:0 chr5 81549216 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.022097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.9;QD=19.0185;RBI=0.0300235;REFB=-0.0445236;REVB=-0.0203257;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874813;STB=0.549932;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0307319;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:6:8:10:5:6:8 chr5 81549240 . C A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00751729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.072;QD=15.9168;RBI=0.0133713;REFB=0.00802154;REVB=0.0110581;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144167;STB=0.612058;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00356623;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:10:3:5:9:10:3:6:9 chr5 81572150 . G T 383.31 PASS AF=0.419048;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00249469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.31;QD=14.6023;RBI=0.00285587;REFB=-0.0119909;REVB=0.00139015;RO=61;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133656;STB=0.568281;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0183715;OID=.;OPOS=81572150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:61:61:43:44:0.419048:22:21:22:39:23:21:22:39 chr5 81572184 . G C 377.45 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0213265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3279;QD=16.2342;RBI=0.0281993;REFB=-0.00280533;REVB=-0.0184495;RO=52;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418565;STB=0.527995;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00352839;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:23:17:20:32:23:17:20:33 chr5 81574182 . C T 403.03 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0964608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9988;QD=16.7928;RBI=0.0966854;REFB=-0.0113449;REVB=0.00658582;RO=54;SAF=11;SAR=31;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434094;STB=0.524424;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0203478;OID=.;OPOS=81574182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:31:11:16:38:31:11:16:38 chr5 82786194 . T C 628.68 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.000270489;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.566;QD=18.9075;RBI=0.0270427;REFB=-0.0216054;REVB=-0.0270414;RO=69;SAF=35;SAR=29;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311574;STB=0.517236;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0190442;OID=.;OPOS=82786194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:69:69:64:64:0.481203:29:35:40:29:29:35:40:29 chr5 82789647 . A G 624.7 PASS AF=0.448718;AO=61;DP=146;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.00290644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.688;QD=16.018;RBI=0.0575385;REFB=-0.0140908;REVB=0.0574651;RO=81;SAF=39;SAR=22;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010697;STB=0.526691;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0117413;OID=.;OPOS=82789647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:156:81:86:61:70:0.448718:22:39:51:30:31:39:52:34 chr5 82808072 . C T 665.51 PASS AF=0.478571;AO=66;DP=139;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.00850447;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6621;QD=19.0145;RBI=0.124941;REFB=0.00654487;REVB=0.124651;RO=72;SAF=37;SAR=29;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486587;STB=0.534076;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0073472;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:72:73:66:67:0.478571:29:37:44:28:30:37:45:28 chr5 82833145 . G A 801.97 PASS AF=1;AO=38;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.013;QD=64.1576;RBI=0.140597;REFB=0;REVB=-0.00586932;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009987;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:38:50:1:24:14:0:0:25:25:0:0 chr5 82833369 . A G 338.33 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00205379;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.116;QD=20.5048;RBI=0.0134095;REFB=-0.0163553;REVB=-0.0132513;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822854;STB=0.545429;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.012413;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:23:12:8:23:23:12:8:23 chr5 82834299 . G A 564.14 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0213603;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.252;QD=16.4714;RBI=0.0213603;REFB=-0.0128452;REVB=-3.3198e-05;RO=74;SAF=44;SAR=16;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215241;STB=0.627148;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.021243;OID=.;OPOS=82834299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:77:60:60:0.437956:16:44:40:34:16:44:41:36 chr5 82834630 . T C 143.89 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0374504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.316;QD=15.1461;RBI=0.0422826;REFB=-0.0159164;REVB=-0.0196287;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229559;STB=0.631426;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0283114;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:6:16:8:8:6:16 chr5 82835545 . A G 417.1 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-3.46964e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.804;QD=17.1998;RBI=0.0202662;REFB=-0.0147544;REVB=0.0202661;RO=53;SAF=29;SAR=14;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225982;STB=0.622508;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0152442;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:43:43:0.443299:14:29:24:29:14:29:25:29 chr5 82835724 . T A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0086945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.308;QD=15.1604;RBI=0.00869684;REFB=0.000682194;REVB=0.000201837;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216029;STB=0.624844;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.000847874;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:13:9:10:6:13:9 chr5 82837631 . G T 223.09 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0971544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.104;QD=16.5254;RBI=0.0985005;REFB=-0.00854502;REVB=0.0162283;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466582;STB=0.549959;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0162794;OID=.;OPOS=82837631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:9:16:16:11:9:16:16:13 chr5 82875800 . C T 2169.18 PASS AF=0.979021;AO=141;DP=143;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0693992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.027;QD=60.6765;RBI=0.0714555;REFB=0.022818;REVB=-0.0170187;RO=2;SAF=60;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115947;STB=0.501896;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.000212634;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:143:2:3:141:140:0.979021:81:60:0:2:81:59:1:2 chr5 82940273 . C G 718.93 PASS AF=0.408163;AO=65;DP=200;FAO=80;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.0646503;FXX=0.019999;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.0924;QD=14.672;RBI=0.0786735;REFB=-0.0485288;REVB=-0.0448313;RO=79;SAF=43;SAR=22;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244321;STB=0.575897;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.050921;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:196:79:116:65:80:0.408163:22:43:33:46:30:50:58:58 chr5 85582712 . T C 240.92 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=97;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0337179;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.13;QD=10.0382;RBI=0.0597621;REFB=-0.00641198;REVB=0.0493418;RO=64;SAF=10;SAR=20;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147247;STB=0.598473;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0261638;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:64:66:30:30:0.3125:20:10:29:35:20:10:31:35 chr5 85583507 . T G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0171902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.627;QD=14.6525;RBI=0.0723146;REFB=-0.0109231;REVB=-0.0702418;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00605097;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr5 85583651 . C T 100.71 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00997846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.478;QD=16.113;RBI=0.0133783;REFB=-0.0255531;REVB=-0.00891121;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210938;STB=0.512175;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0278155;OID=.;OPOS=85583651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:10:2:2:11:10:2:2:11 chr5 85586831 . C T 669.77 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0519742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.935;QD=21.4326;RBI=0.0521349;REFB=0.00184041;REVB=-0.00408977;RO=59;SAF=36;SAR=30;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415873;STB=0.522821;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00148646;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:30:36:35:24:30:36:35:24 chr5 86513973 . C CG 1432.7 PASS AF=1;AO=13;DP=127;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815305;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.4329;QD=49.8332;RBI=0.0990393;REFB=0;REVB=-0.0562278;RO=114;SAF=13;SAR=0;SRF=29;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.748973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000126729;OID=.;OPOS=86513974;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:127:115:115:0:36:79:0:0:9:114:13:0:29:85 chr5 86513974 . A G 1386.98 PASS AF=0.886957;AO=101;DP=115;FAO=102;FDP=115;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=79;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0305825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8601;QD=48.2428;RBI=0.0666642;REFB=-0.0252507;REVB=-0.0592353;RO=13;SAF=23;SAR=78;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207051;STB=0.610146;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00156166;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:115:13:13:101:102:0.886957:78:23:13:0:79:23:13:0 chr5 87497977 . C T 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.85;QD=61.6772;RBI=0.0914359;REFB=0;REVB=-0.0454105;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0006324;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr5 87498849 . G A 2313.95 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.997;QD=63.396;RBI=0.0352453;REFB=0;REVB=0.0204225;RO=0;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89107e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:146:0:0:141:146:1:76:65:0:0:79:67:0:0 chr5 87968864 . A G 6201.86 PASS AF=1;AO=390;DP=396;FAO=391;FDP=391;FR=.;FRO=0;FSAF=202;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173565;FXX=0.0126259;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.875;QD=63.4461;RBI=0.0337413;REFB=-0.13692;REVB=0.0289349;RO=1;SAF=201;SAR=189;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236846;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025834;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:396:391:1:0:390:391:1:189:201:1:0:189:202:0:0 chr5 89769642 . CGGGGG CGGGAC,CGGGGA 158.13 PASS AF=0,0.351852;AO=2,14;DP=57;FAO=0,19;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=33;FSAF=0,6;FSAR=0,13;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0405084,-0.063386;FXX=0.0357079;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=47.8293,36.0268;QD=11.7132;RBI=0.0457299,0.0638791;REFB=-0.0191173,-0.037414;REVB=-0.0212202,-0.00792165;RO=19;SAF=2,2;SAR=0,12;SRF=2;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.753739,0.0819316;STB=0.5,0.556042;STBP=1,0.594;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0109597;OID=.,.;OPOS=89769646,89769647;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=CGGGAC,CGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.351852:2,14:57:0,19:54:33:0,6:0,13:8:25:99:19:2,2:0,12:2:17 chr5 89769728 . T C 341.0 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.222;QD=54.5601;RBI=0.101051;REFB=0;REVB=0.0177354;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209297;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr5 89943433 . A G 587.0 PASS AF=0.508475;AO=58;DP=116;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0342636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8277;QD=19.8984;RBI=0.075111;REFB=-0.00543373;REVB=-0.0668406;RO=57;SAF=22;SAR=36;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633239;STB=0.506664;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00756991;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:57:58:58:60:0.508475:36:22:22:35:38:22:22:36 chr5 89943571 . G T 709.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.976;QD=63.043;RBI=0.073621;REFB=0;REVB=-0.0111022;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195764;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr5 89979589 . G A 1577.79 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.87535e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0873;QD=59.5393;RBI=0.0191661;REFB=0;REVB=-0.0191661;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11332e-05;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:50:54:0:0:50:56:0:0 chr5 89979691 . A G 298.14 PASS AF=0.44;AO=30;DP=77;FAO=33;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0424637;FXX=0.0259707;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.641;QD=15.9006;RBI=0.0428405;REFB=-0.0200025;REVB=-0.00566904;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064936;STB=0.52949;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0229756;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:32:42:30:33:0.44:12:18:17:15:14:19:22:20 chr5 89979698 . C T 455.05 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00794976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9627;QD=22.7523;RBI=0.0239992;REFB=-0.0123173;REVB=-0.0226442;RO=35;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394034;STB=0.527385;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00982248;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:44:44:0.55:21:23:20:15:21:23:21:15 chr5 89979750 . G T 365.97 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00633883;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.399;QD=15.7404;RBI=0.0065065;REFB=-0.00472316;REVB=-0.00146759;RO=53;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227313;STB=0.518183;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00534556;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:53:54:39:39:0.419355:19:20:26:27:19:20:26:28 chr5 89985882 . A G 444.91 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0176011;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.247;QD=20.2231;RBI=0.0291083;REFB=-0.00909981;REVB=0.023184;RO=43;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923299;STB=0.545717;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0132295;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:25:19:23:20:25:19:23:21 chr5 89988504 . A G 686.15 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=164;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=61;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=14;FWDB=0.0206686;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8737;QD=16.8381;RBI=0.0311394;REFB=-0.00385462;REVB=0.023291;RO=88;SAF=61;SAR=13;SRF=74;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286461;STB=0.517711;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00619511;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:88:89:74:74:0.453988:13:61:74:14:13:61:75:14 chr5 89989779 . G A 1020.15 PASS AF=0.451477;AO=106;DP=227;FAO=107;FDP=237;FR=.;FRO=130;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=76;FSRR=54;FWDB=0.0130695;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.172;QD=17.2176;RBI=0.0427943;REFB=-0.0306866;REVB=-0.0407497;RO=120;SAF=51;SAR=55;SRF=76;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145913;STB=0.559021;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0495657;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:237:120:130:106:107:0.451477:55:51:76:44:56:51:76:54 chr5 89990324 . A G,T 744.65 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=45,3;DP=48;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25,3;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06594,0.0100456;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=56.2176,12.8699;QD=62.0543;RBI=0.0804025,0.0143268;REFB=0,0;REVB=0.0460052,0.0102148;RO=0;SAF=25,3;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00279659,0.0216836;OID=.,.;OPOS=89990324,89990324;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:45,3:45,3:0.9375,0.0625:20,0:25,3:0:0:20,0:25,3:0:0 chr5 90001368 . T G 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00572787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.303;QD=15.9138;RBI=0.0283747;REFB=-0.0107179;REVB=0.0277906;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552976;STB=0.531134;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.01222;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:17:13:14:23:17:13:14:23 chr5 90016871 . G A 441.27 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0372852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0087;QD=25.2152;RBI=0.0394102;REFB=-0.0535193;REVB=0.0127661;RO=28;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156965;STB=0.585675;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0220806;OID=.;OPOS=90016871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:21:21:20:8:21:21:20:8 chr5 90020923 . T G 442.11 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0133346;FXX=0.0512777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.722;QD=15.9318;RBI=0.0158282;REFB=-0.00985453;REVB=0.00852764;RO=61;SAF=24;SAR=24;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245726;STB=0.513508;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0159451;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:63:48:48:0.432432:24:24:29:32:24:24:30:33 chr5 90024735 . G A 2458.86 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.325;QD=61.0897;RBI=0.0211208;REFB=0;REVB=-0.00500496;RO=0;SAF=69;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26945e-06;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:150:161:0:0:150:161:1:81:69:0:0:86:75:0:0 chr5 90052289 . G A 369.54 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.0341685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9707;QD=14.9309;RBI=0.0341905;REFB=-0.00307345;REVB=-0.00122792;RO=59;SAF=23;SAR=17;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113426;STB=0.56395;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00439192;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:17:23:40:19:17:23:40:19 chr5 90052372 . C T 460.23 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00390431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.328;QD=18.5952;RBI=0.00584939;REFB=-0.00322301;REVB=-0.00435565;RO=53;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192219;STB=0.606756;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0026822;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:24:22:36:17:24:22:36:17 chr5 90107108 . A G 876.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.644;QD=57.4557;RBI=0.0731533;REFB=0;REVB=0.0530317;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018229;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:61:0:0:55:61:1:24:31:0:0:26:35:0:0 chr5 90119324 . G A 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.342;QD=63.335;RBI=0.0139192;REFB=0;REVB=0.000948112;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0654e-05;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr5 90151589 . G A 481.36 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0272789;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.22;QD=14.3691;RBI=0.0350686;REFB=-0.00532114;REVB=-0.0220379;RO=76;SAF=31;SAR=23;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776815;STB=0.537158;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0102487;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:80:54:54:0.402985:23:31:38:38:23:31:41:39 chr5 90449154 . G A 455.84 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=0.0323154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.551;QD=15.3223;RBI=0.0329224;REFB=-0.0115857;REVB=0.0062928;RO=68;SAF=9;SAR=42;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177316;STB=0.600548;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0104522;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:51:51:0.428571:42:9:20:48:42:9:20:48 chr5 93722036 . G A 473.68 PASS AF=0.449153;AO=52;DP=117;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0270117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.709;QD=16.0569;RBI=0.0288947;REFB=-0.0160652;REVB=-0.0102603;RO=65;SAF=22;SAR=30;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160001;STB=0.582586;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0201217;OID=.;OPOS=93722036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:65:65:52:53:0.449153:30:22:38:27:30:23:38:27 chr5 93731985 . A G 2494.08 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.975;QD=61.5822;RBI=0.0340931;REFB=0;REVB=0.0140717;RO=0;SAF=79;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41462e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:159:162:1:80:79:0:0:81:81:0:0 chr5 93752765 . T C 136.94 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00617684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9137;QD=12.4488;RBI=0.120236;REFB=-0.0356875;REVB=0.120078;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181641;STB=0.588505;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0703744;OID=.;OPOS=93752765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:6:9:21:7:6:10:21:7 chr5 93987532 . C A 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.00165661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.942;QD=12.3842;RBI=0.0278563;REFB=-0.00122422;REVB=-0.027807;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23064;STB=0.631494;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00221573;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:15:14:34:15:15:14:34:15 chr5 94259653 . G C 124.2 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00844412;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.1;QD=16.0264;RBI=0.00844484;REFB=-0.00683302;REVB=0.000110676;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666664;STB=0.523331;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0107659;OID=.;OPOS=94259653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:17:14:14:0.451613:6:8:8:8:6:8:9:8 chr5 94278129 . T C 162.77 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0221314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2833;QD=21.0031;RBI=0.122272;REFB=-0.0339012;REVB=0.120252;RO=14;SAF=14;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325579;STB=0.526996;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0197156;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:16:17:0.548387:2:14:12:2:3:14:12:2 chr5 94353117 . G A 1018.16 PASS AF=0.497608;AO=103;DP=208;FAO=104;FDP=209;FR=.;FRO=105;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=-0.040134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4817;QD=19.4864;RBI=0.0408646;REFB=-0.00542665;REVB=0.00769256;RO=101;SAF=60;SAR=43;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258911;STB=0.507803;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00654112;OID=.;OPOS=94353117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:101:105:103:104:0.497608:43:60:56:45:43:61:60:45 chr5 94749723 . G A 601.25 PASS AF=0.443662;AO=62;DP=141;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.000159069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.186;QD=16.9366;RBI=0.0142396;REFB=-0.0094362;REVB=-0.0142387;RO=77;SAF=33;SAR=29;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514285;STB=0.532666;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0101449;OID=.;OPOS=94749723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:77:79:62:63:0.443662:29:33:37:40:29:34:38:41 chr5 94759802 . G A 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0056692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.937;QD=19.1771;RBI=0.0183322;REFB=-0.0187548;REVB=-0.0174336;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193501;STB=0.607389;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0141183;OID=.;OPOS=94759802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:19:24:16:30:19:24:16:30 chr5 94772540 . C T 951.48 PASS AF=1;AO=55;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6392;QD=58.5526;RBI=0.125416;REFB=0;REVB=-0.0413638;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117924;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:55:65:1:18:37:0:0:18:47:0:0 chr5 94957676 . A T 210.55 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0719638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0973;QD=19.1405;RBI=0.0722134;REFB=-0.003407;REVB=-0.00599894;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195671;STB=0.611399;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00209274;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:15:6:11:12:15:6:11:12 chr5 95067845 . TTC T,TT 108.41 PASS AF=0.407407,0.259259;AO=3,4;DP=24;FAO=11,7;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=4,4;FSAR=7,3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0449763,-0.162135;FXX=0.0357015;HRUN=8,5;LEN=2,1;MLLD=14.1016,10.7499;QD=16.061;RBI=0.0527088,0.255757;REFB=-0.0624825,-0.157877;REVB=-0.0274836,0.197797;RO=7;SAF=0,3;SAR=3,1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.65061;STB=0.631371,0.745189;STBP=0.281,0.144;TYPE=del,del;VARB=0.0833765,0.12306;OID=.,.;OPOS=95067846,95067847;OREF=TC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0.259259:3,4:24:11,7:27:9:4,4:7,3:1:8:34:7:0,3:3,1:0:7 chr5 95084131 . G A 1437.53 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00424367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.059;QD=61.8294;RBI=0.0126215;REFB=-0.121456;REVB=0.0118866;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854209;STB=0.504503;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000836362;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:55:37:0:1:55:37:0:1 chr5 95091194 . C T 1492.38 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00843089;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.811;QD=58.5247;RBI=0.0339689;REFB=0.0238951;REVB=0.032906;RO=1;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111607;STB=0.505746;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-2.05314e-05;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:42:58:0:1:43:58:0:1 chr5 95091201 . A G 1405.6 PASS AF=0.951923;AO=83;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0106118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.46;QD=54.0617;RBI=0.0137066;REFB=0.0351784;REVB=0.00867532;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507558;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00291535;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:104:0:5:83:99:0.951923:29:54:0:0:44:55:2:3 chr5 95152313 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393745;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.215;QD=63.5793;RBI=0.0407949;REFB=0;REVB=0.010671;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295334;OID=.;OPOS=95152313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr5 95194571 . T C 493.72 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0223713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6132;QD=14.6288;RBI=0.0760399;REFB=-0.00149034;REVB=-0.0726746;RO=79;SAF=33;SAR=22;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598954;STB=0.53798;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00151335;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:79:80:55:55:0.407407:22:33:43:36:22:33:43:37 chr5 95194686 . C T 515.57 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00845292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.816;QD=17.6264;RBI=0.0113121;REFB=-0.0328653;REVB=0.00751736;RO=62;SAF=23;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635723;STB=0.535341;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0374675;OID=.;OPOS=95194686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:32:23:30:32:32:23:30:32 chr5 95222277 . C T 295.5 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0110348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.44;QD=17.9092;RBI=0.0629898;REFB=-0.0257104;REVB=-0.0620157;RO=34;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145265;STB=0.581344;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0181125;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:12:20:16:18:12:20:16:18 chr5 95223698 . C A,CA 66.46 PASS AF=0,0.394737;AO=2,6;DP=46;FAO=0,15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6;FSAR=0,9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00569358,0.0809508;FXX=0.0952154;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=190.52,10.7966;QD=6.99613;RBI=0.0120794,0.152709;REFB=-0.00386692,0.0313202;REVB=0.0106535,0.129488;RO=34;SAF=0,1;SAR=2,5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.438814,-0.415513;STB=0.5,0.52171;STBP=1,0.846;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0293731;OID=.,.;OPOS=95223698,95223699;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:46:38:34:23:2,6:0,15:0,0.394737:2,5:0,1:17:17:0,9:0,6:10:13 chr5 95733112 . A G 316.8 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0215027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7237;QD=13.9252;RBI=0.023839;REFB=-0.00874581;REVB=0.0102923;RO=53;SAF=14;SAR=21;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15649;STB=0.605816;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0136736;OID=.;OPOS=95733112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:55:35:36:0.395604:21:14:29:24:22:14:31:24 chr5 95757592 . G A 363.58 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0437412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.948;QD=15.9817;RBI=0.0445602;REFB=-0.0240172;REVB=-0.00850426;RO=52;SAF=25;SAR=13;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474345;STB=0.532241;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0281427;OID=.;OPOS=95757592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:38:39:0.428571:13:25:32:20:13:26:32:20 chr5 95865526 . G A 819.82 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0889702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4507;QD=55.5812;RBI=0.0914166;REFB=-0.0658719;REVB=0.021007;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122541;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0106212;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:38:20:0:1:38:20:0:1 chr5 96031569 . A G 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0147701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.378;QD=11.8292;RBI=0.0301711;REFB=0.0105259;REVB=0.0263086;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106346;STB=0.506318;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0178686;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:10:8:5:6:10:8 chr5 96076487 . G A 290.05 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0169278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8737;QD=16.3407;RBI=0.0173205;REFB=0.00167662;REVB=0.00366766;RO=38;SAF=8;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220555;STB=0.619754;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00531446;OID=.;OPOS=96076487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:32:32:0.450704:24:8:17:21:24:8:17:22 chr5 96079372 . G A 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0195711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.853;QD=19.5194;RBI=0.0303502;REFB=-0.00480465;REVB=0.0231971;RO=26;SAF=3;SAR=25;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095599;STB=0.553756;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0026223;OID=.;OPOS=96079372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:25:3:4:22:25:3:4:22 chr5 96079402 . C T 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.0144178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.31;QD=13.3133;RBI=0.0194711;REFB=-0.011953;REVB=-0.0130862;RO=32;SAF=2;SAR=20;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229456;STB=0.629781;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0155831;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:20:2:6:26:20:2:6:27 chr5 96079433 . C T 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.00907078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0442;QD=16.4426;RBI=0.0305908;REFB=-0.00909659;REVB=-0.0292151;RO=27;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036505;STB=0.50209;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.010787;OID=.;OPOS=96079433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:17:3:4:23:17:3:4:23 chr5 96086334 . G C 824.24 PASS AF=0.515528;AO=83;DP=162;FAO=83;FDP=161;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.0295271;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2066;QD=20.4779;RBI=0.0299349;REFB=-0.0235357;REVB=0.00492435;RO=78;SAF=37;SAR=46;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666699;STB=0.536551;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0176609;OID=.;OPOS=96086334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:78:78:83:83:0.515528:46:37:29:49:46:37:29:49 chr5 96109244 . G A 906.42 PASS AF=0.486631;AO=91;DP=187;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.00328245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.765;QD=19.3886;RBI=0.0038711;REFB=-0.0230372;REVB=0.00205205;RO=95;SAF=31;SAR=60;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15989;STB=0.591331;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0257317;OID=.;OPOS=96109244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:95:96:91:91:0.486631:60:31:48:47:60:31:49:47 chr5 96112083 . T G 630.78 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00284759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.409;QD=22.5277;RBI=0.0123817;REFB=-0.0107031;REVB=0.0120498;RO=49;SAF=31;SAR=31;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00689648;OID=.;OPOS=96112083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:50:62:62:0.553571:31:31:24:25:31:31:25:25 chr5 96118852 . G C 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=5;FWDB=0.0101541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7756;QD=16.5064;RBI=0.0181507;REFB=-0.00627265;REVB=0.0150446;RO=48;SAF=37;SAR=2;SRF=45;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533125;STB=0.612224;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00700958;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:50:39:39:0.438202:2:37:45:3:2:37:45:5 chr5 96118866 . C T 373.67 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=7;FWDB=0.00295891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.389;QD=16.2466;RBI=0.0355466;REFB=0.00745444;REVB=0.0354232;RO=52;SAF=38;SAR=2;SRF=45;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298776;STB=0.673117;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0114988;OID=.;OPOS=96118866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:2:38:45:7:2:38:45:7 chr5 96121524 . C T 512.53 PASS AF=0.462185;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0324657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.813;QD=17.2279;RBI=0.0344049;REFB=-0.0239862;REVB=-0.0113874;RO=64;SAF=28;SAR=26;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135389;STB=0.57008;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0268241;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:64:64:54:55:0.462185:26:28:42:22:26:29:42:22 chr5 96122210 . C T 440.58 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0256443;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.463;QD=18.748;RBI=0.0265045;REFB=0.00163859;REVB=-0.00669796;RO=51;SAF=31;SAR=13;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202983;STB=0.617992;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00366791;OID=.;OPOS=96122210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:51:50:44:44:0.468085:13:31:26:25:13:31:25:25 chr5 96122260 . T G 293.67 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00281243;FXX=0.0864091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.694;QD=15.8741;RBI=0.0188485;REFB=-0.00621946;REVB=-0.0186375;RO=35;SAF=23;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356865;STB=0.660577;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.021635;OID=.;OPOS=96122260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:74:35:42:32:32:0.432432:9:23:12:23:9:23:19:23 chr5 96124330 . T C 1080.68 PASS AF=0.491228;AO=102;DP=218;FAO=112;FDP=228;FR=.;FRO=116;FSAF=70;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=49;FWDB=-0.0021591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.066;QD=18.9593;RBI=0.0481897;REFB=0.00119837;REVB=0.0481413;RO=115;SAF=69;SAR=33;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986412;STB=0.5254;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.000755989;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:228:115:116:102:112:0.491228:33:69:67:48:42:70:67:49 chr5 96126308 . A G 442.7 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.023522;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9214;QD=17.1923;RBI=0.0455725;REFB=-0.0248564;REVB=-0.0390329;RO=55;SAF=24;SAR=24;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13096;STB=0.572786;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0385145;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:55:48:48:0.466019:24:24:35:20:24:24:35:20 chr5 96129512 . A G 239.84 PASS AF=0.3125;AO=29;DP=95;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00394201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.542;QD=9.99338;RBI=0.0114228;REFB=-0.00536316;REVB=-0.010721;RO=66;SAF=21;SAR=8;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31209;STB=0.690379;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0118404;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:66:66:29:30:0.3125:8:21:31:35:8:22:31:35 chr5 96129535 . T C 280.49 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0244179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.491;QD=10.9996;RBI=0.026061;REFB=-0.0052918;REVB=0.0091072;RO=67;SAF=25;SAR=10;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2972;STB=0.672413;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00762479;OID=.;OPOS=96129535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:67:35:35:0.343137:10:25:31:36:10:25:31:36 chr5 96139250 . C G 605.7 PASS AF=0.467626;AO=53;DP=128;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00567726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.016;QD=17.4302;RBI=0.0119762;REFB=-0.00981913;REVB=-0.0105451;RO=59;SAF=29;SAR=24;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279272;STB=0.501935;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00922322;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:139:59:74:53:65:0.467626:24:29:34:25:27:38:43:31 chr5 96231000 . G T 1236.27 PASS AF=0.506276;AO=121;DP=239;FAO=121;FDP=239;FR=.;FRO=118;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.00299681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.114;QD=20.6906;RBI=0.0234264;REFB=-0.00867289;REVB=-0.0232339;RO=118;SAF=53;SAR=68;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790562;STB=0.54335;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00919791;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:118:118:121:121:0.506276:68:53:62:56:68:53:62:56 chr5 96232142 . T A 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=0.018542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.712;QD=16.7497;RBI=0.0212527;REFB=-0.000866008;REVB=-0.0103862;RO=38;SAF=11;SAR=22;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239362;STB=0.636293;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00140747;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:22:11:5:33:22:11:5:34 chr5 96235896 . A G 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00230759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.681;QD=11.78;RBI=0.00230956;REFB=-0.0103958;REVB=9.52802e-05;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158616;STB=0.593552;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0211906;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:13:18:7:9:13:18 chr5 96237326 . G A 372.46 PASS AF=0.407407;AO=43;DP=107;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0238225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6203;QD=13.7946;RBI=0.0773426;REFB=0.00672682;REVB=0.0735824;RO=64;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945552;STB=0.545434;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0111686;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:64:64:43:44:0.407407:19:24:30:34:20:24:30:34 chr5 96245343 . C T 315.51 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0176637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.566;QD=14.8476;RBI=0.0363894;REFB=-0.0036462;REVB=-0.0318148;RO=49;SAF=16;SAR=19;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200194;STB=0.606324;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00753646;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:50:35:35:0.411765:19:16:32:17:19:16:32:18 chr5 96245439 . C T 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.000107822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.269;QD=13.4911;RBI=0.00321077;REFB=-0.00924105;REVB=-0.00320896;RO=46;SAF=7;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431667;STB=0.747123;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0150197;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:23:7:29:17:23:7:29:17 chr5 96249115 . C T 639.93 PASS AF=0.6;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0129741;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.436;QD=25.5974;RBI=0.0132976;REFB=-0.0158281;REVB=-0.00291509;RO=40;SAF=26;SAR=34;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00623711;STB=0.503396;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00930008;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:40:40:60:60:0.6:34:26:17:23:34:26:17:23 chr5 96315246 . CATAA ACAAT,CATA,TCAAT 331.12 PASS AF=0,0.547619,0.452381;AO=3,12,3;DP=45;FAO=0,23,19;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,0;FSAR=0,0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106018,-0.145325,-0.0109211;FXX=0.0869376;HRUN=2,8,2;LEN=5,1,5;MLLD=122.627,6.83717,137.063;QD=31.5348;RBI=0.0876457,0.332266,0.0566504;REFB=-0.0147458,-0.0704546,-0.0156029;REVB=-0.0870021,-0.298799,0.0555877;RO=3;SAF=0,12,0;SAR=3,0,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767807,0,-0.767807;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0436024,-0.00253748;OID=.,.,.;OPOS=96315246,96315249,96315246;OREF=CATAA,A,CATAA;OALT=ACAAT,-,TCAAT;OMAPALT=ACAAT,CATA,TCAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:45:42:3:0:3,12,3:0,23,19:0,0.547619,0.452381:3,0,3:0,12,0:3:0:0,0,19:0,23,0:0:0 chr5 96350710 . G A 746.29 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=147;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0180335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6963;QD=20.1699;RBI=0.044486;REFB=-0.00572291;REVB=-0.0406669;RO=73;SAF=37;SAR=36;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621233;STB=0.527097;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00647534;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:73:75:73:73:0.493243:36:37:32:41:36:37:34:41 chr5 96364306 . CA C 43.5 PASS AF=0.246479;AO=41;DP=141;FAO=35;FDP=142;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=-0.0663296;FXX=0.0138879;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.1502;QD=1.22533;RBI=0.133295;REFB=-0.0772784;REVB=-0.115619;RO=91;SAF=12;SAR=29;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29887;STB=0.572608;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.149341;OID=.;OPOS=96364307;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246479:41:141:35:142:107:14:21:53:54:43:91:12:29:49:42 chr5 96498783 . G A 220.78 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0205344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.298;QD=12.0974;RBI=0.0227959;REFB=-0.0162335;REVB=-0.00989899;RO=46;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145024;STB=0.583704;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0385541;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:10:17:23:23:10:17:23:23 chr5 96503523 . C T 82.33 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0110499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.064;QD=8.90019;RBI=0.0201047;REFB=-0.00273478;REVB=-0.0167958;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265869;STB=0.648512;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00565159;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:4:7:10:15:4:7:11:15 chr5 96512865 . T A 333.39 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00718851;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.944;QD=10.7544;RBI=0.00830432;REFB=-0.00941901;REVB=0.00415777;RO=82;SAF=24;SAR=18;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263794;STB=0.515215;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0173633;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:82:82:42:42:0.33871:18:24:45:37:18:24:45:37 chr5 96512871 . T A 343.26 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0166269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.013;QD=10.8973;RBI=0.0395885;REFB=0.00491055;REVB=0.0359277;RO=82;SAF=25;SAR=18;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037889;STB=0.518273;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0103848;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:82:83:43:43:0.34127:18:25:45:37:18:25:46:37 chr5 96513471 . G C 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0372195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6892;QD=11.3455;RBI=0.052027;REFB=-0.0225442;REVB=-0.0363526;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037037;STB=0.528675;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0294162;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:12:10:16:22:12:10:16:23 chr5 97014421 . T C 784.65 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0446827;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.6982;QD=50.6228;RBI=0.0566674;REFB=-0.0976169;REVB=-0.0348518;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.51959;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00556402;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:1:4:58:58:0.935484:32:26:0:1:32:26:3:1 chr5 98131505 . A G 373.53 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0594695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.228;QD=23.3456;RBI=0.0604768;REFB=-0.0432089;REVB=0.0109922;RO=27;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110676;STB=0.560942;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0254321;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:23:14:14:13:23:14:14:13 chr5 99388523 . A G 294.86 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00477678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.781;QD=11.2327;RBI=0.0199697;REFB=-0.00431046;REVB=-0.01939;RO=66;SAF=11;SAR=26;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190177;STB=0.611702;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.010201;OID=.;OPOS=99388523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:68:37:37:0.352381:26:11:30:36:26:11:31:37 chr5 99871295 . C T 296.16 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00151253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.255;QD=17.9489;RBI=0.0297569;REFB=-0.0303182;REVB=0.0297185;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698564;STB=0.530284;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0280477;OID=.;OPOS=99871295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:15:16:15:19:16:16:15:19 chr5 100068875 . C T 2026.95 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.661;QD=62.3676;RBI=0.0265398;REFB=0;REVB=0.0152752;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171834;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:60:70:0:0:60:70:0:0 chr5 100145388 . A C 873.77 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250415;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9248;QD=56.3721;RBI=0.0559542;REFB=-0.023667;REVB=0.050038;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119514;STB=0.506327;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00061187;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:22:39:1:0:22:39:1:0 chr5 100145662 . A AACAC,ACAC,C 76.46 PASS AF=0.37037,0,0;AO=7,4,2;DP=39;FAO=10,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0933941,-0.0795062,-0.0555308;FXX=0.181763;HRUN=2,1,2;LEN=4,3,1;MLLD=114.651,117.708,40.344;QD=11.3279;RBI=0.104108,0.0888969,0.0831761;REFB=-0.0880786,-0.0731173,-0.0253153;REVB=0.0460011,0.039767,-0.0619241;RO=22;SAF=4,0,0;SAR=3,4,2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0789762,-0.689182,-0.563482;STB=0.780388,0.5,0.5;STBP=0.064,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0918268,-0.0312963,0;OID=.,.,.;OPOS=100145663,100145663,100145662;OREF=-,-,A;OALT=ACAC,CAC,C;OMAPALT=AACAC,ACAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:27:22:17:7,4,2:10,0,0:0.37037,0,0:3,4,2:4,0,0:14:8:6,0,0:4,0,0:15:2 chr5 100146447 . G T 1493.12 PASS AF=0.922414;AO=96;DP=116;FAO=107;FDP=116;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0163505;FXX=0.0645109;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1806;QD=51.487;RBI=0.0298394;REFB=-0.0879721;REVB=-0.024961;RO=9;SAF=41;SAR=55;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575164;STB=0.522624;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00257872;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:116:116:9:9:96:107:0.922414:55:41:7:2:55:52:7:2 chr5 101638381 . G A 347.47 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00901905;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.51;QD=16.9499;RBI=0.0122442;REFB=-0.0131502;REVB=0.00828121;RO=44;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247992;STB=0.644223;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.016707;OID=.;OPOS=101638381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:45:37:37:0.45122:14:23:16:28:14:23:16:29 chr5 101816104 . G A 226.45 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.11431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.267;QD=14.1533;RBI=0.114358;REFB=-0.0145494;REVB=-0.00329956;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918886;STB=0.546491;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0476132;OID=.;OPOS=101816104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:37:26:27:0.421875:10:16:19:17:11:16:19:18 chr5 102345546 . A C 643.6 PASS AF=0.435583;AO=70;DP=164;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00155263;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.792;QD=15.7939;RBI=0.0112879;REFB=-0.00127757;REVB=-0.0111806;RO=92;SAF=29;SAR=41;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550151;STB=0.525726;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0014933;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:92:92:70:71:0.435583:41:29:43:49:41:30:43:49 chr5 102365186 . G A 276.52 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0492858;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.974;QD=13.326;RBI=0.0506961;REFB=-0.0225673;REVB=-0.0118744;RO=49;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170868;STB=0.615086;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0421683;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:51:31:32:0.385542:14:17:19:30:14:18:19:32 chr5 102365426 . C CAG 401.06 PASS AF=0.425926;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0197772;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.58;QD=14.8541;RBI=0.0202802;REFB=-0.0109972;REVB=-0.00448871;RO=62;SAF=24;SAR=21;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111135;STB=0.506051;STBP=0.916;TYPE=ins;VARB=0.0135231;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:45:108:46:108:62:24:22:33:29:99:62:24:21:33:29 chr5 102433409 . G A 955.31 PASS AF=0.471963;AO=98;DP=212;FAO=101;FDP=214;FR=.;FRO=113;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.0100376;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.347;QD=17.8563;RBI=0.0129177;REFB=-0.0181038;REVB=0.00813103;RO=112;SAF=50;SAR=48;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184562;STB=0.510179;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0271226;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:112:113:98:101:0.471963:48:50:55:57:49:52:56:57 chr5 102512570 . C CA 1377.35 PASS AF=1;AO=117;DP=130;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.0243;QD=43.3812;RBI=0.0959528;REFB=0;REVB=-0.0836864;RO=7;SAF=41;SAR=76;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00145313;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:117:130:127:127:0:45:82:0:0:27:7:41:76:3:4 chr5 102520400 . A C 333.11 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00232776;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.39;QD=16.2494;RBI=0.0127329;REFB=0.00190044;REVB=0.0125184;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151695;STB=0.576104;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00304637;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:35:36:0.439024:19:16:28:18:19:17:28:18 chr5 102538752 . T C 590.83 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.016568;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1883;QD=17.0024;RBI=0.0453014;REFB=-0.0123369;REVB=0.0421629;RO=73;SAF=35;SAR=27;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024348;STB=0.526007;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0129199;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:77:62:62:0.446043:27:35:43:30:27:35:47:30 chr5 102614327 . C T 1164.83 PASS AF=0.410658;AO=131;DP=320;FAO=131;FDP=319;FR=.;FRO=188;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=100;FSRR=88;FWDB=-0.0462872;FXX=0.00931648;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4742;QD=14.606;RBI=0.0567954;REFB=-0.00448674;REVB=0.0329122;RO=187;SAF=66;SAR=65;SRF=99;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269695;STB=0.516562;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0091246;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:187:188:131:131:0.410658:65:66:99:88:65:66:100:88 chr5 107197420 . G A 748.39 PASS AF=0.461988;AO=78;DP=170;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=0.0300158;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5352;QD=17.5063;RBI=0.0450216;REFB=-0.0278335;REVB=0.0335559;RO=91;SAF=46;SAR=32;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147501;STB=0.50862;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0242183;OID=.;OPOS=107197420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:91:92:78:79:0.461988:32:46:55:36:33:46:55:37 chr5 107197502 . G A 832.17 PASS AF=0.497076;AO=81;DP=164;FAO=85;FDP=171;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.00760075;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.066;QD=19.466;RBI=0.01861;REFB=-0.0396957;REVB=0.0169871;RO=82;SAF=40;SAR=41;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550187;STB=0.514723;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0400577;OID=.;OPOS=107197502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:171:82:86:81:85:0.497076:41:40:40:42:44:41:44:42 chr5 108672755 . T A 2386.08 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.737;QD=60.4071;RBI=0.0126407;REFB=0.0557021;REVB=-0.0019223;RO=1;SAF=77;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613879;STB=0.503225;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-3.04643e-05;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:80:77:1:0:80:77:1:0 chr5 108672946 . C T 352.65 PASS AF=0.396226;AO=41;DP=104;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00445407;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4699;QD=13.3076;RBI=0.0637506;REFB=-0.0213728;REVB=-0.0635948;RO=61;SAF=33;SAR=8;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24916;STB=0.633828;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0306883;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:61:64:41:42:0.396226:8:33:38:23:9:33:39:25 chr5 108713970 . C T 433.24 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0286361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9303;QD=13.6454;RBI=0.0805011;REFB=-0.0108099;REVB=-0.0752356;RO=77;SAF=28;SAR=22;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853777;STB=0.548307;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0120756;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:77:50:50:0.393701:22:28:37:40:22:28:37:40 chr5 109035302 . T TAAAG 1139.88 PASS AF=0.974684;AO=71;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00626439;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=265.439;QD=57.7154;RBI=0.0367527;REFB=-0.0232007;REVB=0.0362148;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255447;STB=0.511902;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=0.000434862;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974684:71:79:77:79:2:41:36:2:0:5:2:36:35:2:0 chr5 109035496 . A G 583.36 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00986592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9114;QD=58.3358;RBI=0.00995606;REFB=-0.190608;REVB=-0.00133665;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00334984;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:0:1:39:39:0.975:21:18:0:0:21:18:0:1 chr5 109117171 . A G 3677.67 PASS AF=0.991632;AO=233;DP=239;FAO=237;FDP=239;FR=.;FRO=2;FSAF=170;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00530505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7225;QD=61.5509;RBI=0.0371966;REFB=-0.0617413;REVB=0.0368163;RO=2;SAF=170;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00470864;STB=0.502237;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0014611;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:239:239:2:2:233:237:0.991632:63:170:1:1:67:170:1:1 chr5 109181682 . A T 2303.12 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.428;QD=61.0099;RBI=0.0307689;REFB=0;REVB=0.0250376;RO=0;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86762e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:151:0:0:146:151:1:76:70:0:0:77:74:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 2896.04 PASS AF=1;AO=179;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105766;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=3;MLLD=162.842;QD=62.9575;RBI=0.0156966;REFB=0;REVB=-0.0115983;RO=0;SAF=92;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.25898e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:179:182:184:184:0:94:90:0:0:16:0:92:87:0:0 chr5 110456263 . C G 471.37 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0459117;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4223;QD=14.3931;RBI=0.0511094;REFB=-0.00297176;REVB=-0.0224562;RO=76;SAF=19;SAR=34;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206033;STB=0.609241;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00519333;OID=.;OPOS=110456263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:78:53:53:0.40458:34:19:42:34:34:19:42:36 chr5 110784822 . A G 2452.26 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296872;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.209;QD=61.3065;RBI=0.0297198;REFB=0;REVB=-0.00139149;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32486e-05;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:159:160:1:78:81:0:0:78:82:0:0 chr5 110819753 . G C 724.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.323;QD=56.8616;RBI=0.020156;REFB=0;REVB=0.0182801;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02819e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:22:29:0:0 chr5 111500816 . C CTAAAA 766.2 PASS AF=0.47619;AO=77;DP=169;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=-0.00801165;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=5;MLLD=264.671;QD=18.243;RBI=0.0105903;REFB=-0.0108132;REVB=0.00692592;RO=87;SAF=21;SAR=56;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345725;STB=0.685275;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0102244;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:77:169:80:168:88:22:58:54:34:99:87:21:56:54:33 chr5 111504479 . C T 2592.67 PASS AF=1;AO=164;DP=172;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480511;FXX=0.0511335;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.652;QD=62.0998;RBI=0.0485272;REFB=0;REVB=0.00678087;RO=1;SAF=67;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239303;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:167:1:0:164:167:1:97:67:0:1:99:68:0:0 chr5 111506069 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.987;QD=60.0307;RBI=0.0202116;REFB=0;REVB=-0.00568461;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39729e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:38:34:0:0 chr5 111519740 . T C 2947.4 PASS AF=0.984925;AO=195;DP=201;FAO=196;FDP=199;FR=.;FRO=3;FSAF=113;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0238514;FXX=0.00994975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.506;QD=59.2442;RBI=0.038746;REFB=-0.11451;REVB=0.0305346;RO=2;SAF=112;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147;STB=0.50375;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00035728;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:201:199:2:3:195:196:0.984925:83:112:1:1:83:113:1:2 chr5 111530284 . A G 654.34 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260193;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7604;QD=62.3177;RBI=0.0360516;REFB=0;REVB=0.0249542;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465729;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr5 111545670 . C G 332.16 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00657569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.889;QD=13.8398;RBI=0.0102651;REFB=-0.00796831;REVB=-0.00788237;RO=59;SAF=15;SAR=22;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760057;STB=0.543342;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00890876;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:22:15:28:31:22:15:28:31 chr5 112162854 . T C,G 2575.33 PASS AF=0.94186,0.0523256;AO=161,8;DP=170;FAO=162,9;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=72,4;FSAR=90,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.002898,-0.00729468;FXX=0.022726;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.2757,202.142;QD=59.8913;RBI=0.0504347,0.0087768;REFB=-0.007094,-0.0418176;REVB=0.0503514,-0.00488056;RO=1;SAF=72,3;SAR=89,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00656284,-0.125393;STB=0.503448,0.555432;STBP=0.3,0.533;TYPE=snp,snp;VARB=0.00137852,0.0258458;OID=.,.;OPOS=112162854,112162854;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:170:172:1:1:161,8:162,9:0.94186,0.0523256:89,5:72,3:1:0:90,5:72,4:1:0 chr5 112164561 . G A 1588.21 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6489;QD=59.9326;RBI=0.0677094;REFB=0;REVB=0.0660039;RO=0;SAF=68;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015529;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:37:68:0:0:38:68:0:0 chr5 112175770 . G A 912.83 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0233038;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.955;QD=52.9179;RBI=0.0242152;REFB=-0.0253606;REVB=0.00658095;RO=3;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828035;STB=0.510713;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00300155;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:69:3:4:65:65:0.942029:37:28:1:2:37:28:1:3 chr5 112176325 . G A 859.76 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0318134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.917;QD=54.5879;RBI=0.0344193;REFB=-0.101462;REVB=0.0131377;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129329;STB=0.513509;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000760013;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:25:36:1:0:25:36:2:0 chr5 112176559 . T G 975.84 PASS AF=0.971429;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0475889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0091;QD=55.7622;RBI=0.053216;REFB=-0.203884;REVB=0.0238167;RO=2;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00490527;STB=0.503067;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00406682;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:67:70:2:2:65:68:0.971429:27:38:1:1:27:41:1:1 chr5 112176756 . T A 867.62 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6874;QD=57.8414;RBI=0.0194174;REFB=0;REVB=0.0193709;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116343;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr5 112177171 . G A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00797573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.487;QD=44.6063;RBI=0.0098506;REFB=0.0585233;REVB=0.00578117;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411632;STB=0.522366;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000616176;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:15:6:1:1:15:6:1:1 chr5 112200098 . A G 1230.07 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071894;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6817;QD=61.5033;RBI=0.0736802;REFB=0;REVB=0.0161255;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447214;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr5 112203564 . T A 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.87;QD=55.2225;RBI=0.0226463;REFB=-0.000963415;REVB=0.00892106;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=2.91203e-05;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:21:35:1:0:21:35:1:0 chr5 112312676 . T C 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.504;QD=61.2612;RBI=0.0326046;REFB=0;REVB=0.0196827;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92338e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:58:61:0:0:58:61:0:0 chr5 112328377 . A G 954.82 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5279;QD=58.7579;RBI=0.0550176;REFB=0;REVB=0.0333544;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351483;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr5 112349070 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.867;QD=58.1421;RBI=0.00965064;REFB=0;REVB=0.00349152;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60698e-05;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr5 112349379 . T C 1087.68 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.020748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1897;QD=55.0725;RBI=0.0413884;REFB=-0.0682334;REVB=0.0358122;RO=3;SAF=22;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322499;STB=0.527251;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00265282;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:79:79:3:4:75:75:0.949367:53:22:2:1:53:22:3:1 chr5 112350707 . G A 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.975;QD=61.2125;RBI=0.0363133;REFB=0;REVB=-0.00930633;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121748;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr5 112351785 . TTA T,TTT 50.13 PASS AF=0.142857,0;AO=17,7;DP=115;FAO=14,0;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.0686521,0.0463957;FXX=0.0841043;HRUN=5,7;LEN=2,1;MLLD=19.65,17.3883;QD=2.04608;RBI=0.159292,0.193885;REFB=-0.0553591,0.0105159;REVB=-0.143739,-0.188252;RO=69;SAF=3,1;SAR=14,6;SRF=50;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.622507,-0.592838;STB=0.776208,0.5;STBP=0.039,1;TYPE=del,snp;VARB=0.142011,0;OID=.,.;OPOS=112351786,112351787;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0:17,7:115:14,0:98:84:4,0:10,0:53:31:51:69:3,1:14,6:50:19 chr5 112358131 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.305;QD=63.583;RBI=0.0123778;REFB=0;REVB=-0.00782909;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17766e-06;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr5 112379289 . G A 1145.78 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00239618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.466;QD=53.919;RBI=0.0188846;REFB=-0.145372;REVB=0.0187319;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126228;STB=0.53749;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00363834;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:85:85:1:6:79:79:0.929412:37:42:0:1:37:42:0:6 chr5 112384802 . G A 1439.98 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107198;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5908;QD=61.9345;RBI=0.130837;REFB=0;REVB=0.0750127;RO=1;SAF=39;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014907;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:93:1:0:91:93:1:52:39:1:0:52:41:0:0 chr5 112399791 . G A 1353.42 PASS AF=0.894737;AO=91;DP=105;FAO=102;FDP=114;FR=.;FRO=12;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0467867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.941;QD=47.4885;RBI=0.104194;REFB=-0.221865;REVB=0.0930987;RO=14;SAF=58;SAR=33;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147031;STB=0.551321;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0119323;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:105:114:14:12:91:102:0.894737:33:58:1:13:44:58:1:11 chr5 112439941 . T C 1237.38 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.025026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.849;QD=58.9229;RBI=0.0340688;REFB=-0.00465508;REVB=0.0231166;RO=2;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255799;STB=0.51351;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000455965;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:36:46:0:2:36:46:0:2 chr5 112479004 . T C 1381.37 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151402;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.686;QD=62.7898;RBI=0.0244524;REFB=0;REVB=0.0192013;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647367;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr5 112769541 . T C 118.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.00872347;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.136;QD=11.5261;RBI=0.0147968;REFB=-0.0232302;REVB=0.0119518;RO=24;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495584;STB=0.592445;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.031199;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:27:14:14:0.341463:12:2:4:20:12:2:6:21 chr5 112769997 . C T 210.67 PASS AF=0.625;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0361712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.122;QD=26.3335;RBI=0.0605674;REFB=-0.00690254;REVB=0.0485804;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152088;STB=0.5999;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00318588;OID=.;OPOS=112769997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:32:11:12:20:20:0.625:12:8:7:4:12:8:8:4 chr5 112770015 . G T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00592264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.213;QD=21.3531;RBI=0.0138725;REFB=-0.0409208;REVB=0.0125446;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.553111;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0150121;OID=.;OPOS=112770015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:6:3:6:7:6:3 chr5 112770027 . T G 55.16 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0493914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.52;QD=11.6126;RBI=0.0610781;REFB=0.007142;REVB=0.0359308;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0156489;OID=.;OPOS=112770027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:19:11:11:6:7:0.368421:3:3:5:6:3:4:5:6 chr5 112823998 . C T 1131.65 PASS AF=0.5311;AO=105;DP=206;FAO=111;FDP=209;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=76;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.00882424;FXX=0.0187785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.638;QD=21.6584;RBI=0.0114206;REFB=-0.0170108;REVB=0.00725002;RO=101;SAF=32;SAR=73;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184137;STB=0.588526;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.013806;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:101:98:105:111:0.5311:73:32:50:51:76:35:48:50 chr5 112824039 . T C 328.32 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.065388;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.36;QD=19.6009;RBI=0.0691627;REFB=-0.0451919;REVB=0.0225364;RO=37;SAF=5;SAR=29;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455948;STB=0.725709;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0428706;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:67:37:33:34:34:0.507463:29:5:20:17:29:5:16:17 chr5 112829601 . G A 706.41 PASS AF=0.427778;AO=77;DP=180;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=56;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=34;FWDB=-0.0390818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5007;QD=15.6981;RBI=0.0931535;REFB=-0.0105433;REVB=-0.0845588;RO=102;SAF=56;SAR=21;SRF=68;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747682;STB=0.539867;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00834187;OID=.;OPOS=112829601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:102:103:77:77:0.427778:21:56:68:34:21:56:69:34 chr5 112868693 . C A 717.92 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0731413;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.666;QD=19.0178;RBI=0.0734612;REFB=-0.0156141;REVB=-0.00684801;RO=74;SAF=44;SAR=30;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505371;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0236911;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:74:77:74:74:0.490066:30:44:44:30:30:44:45:32 chr5 112884728 . G A 1573.76 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635518;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.666;QD=59.9527;RBI=0.0635926;REFB=0;REVB=0.00227873;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145508;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:66:39:0:0:66:39:0:0 chr5 112888875 . C T 96.14 PASS AF=0.288462;AO=9;DP=44;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0141574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4237;QD=7.39543;RBI=0.0141651;REFB=-0.00692223;REVB=0.000467103;RO=34;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154353;STB=0.514266;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0256891;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:44:52:34:37:9:15:0.288462:7:2:11:23:10:5:13:24 chr5 112888882 . A T 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00918586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.102;QD=9.85613;RBI=0.0423385;REFB=-0.0123298;REVB=0.04133;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751997;STB=0.557733;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0260123;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:41:20:20:0.327869:11:9:15:24:11:9:15:26 chr5 112889374 . G A 901.76 PASS AF=0.536145;AO=89;DP=166;FAO=89;FDP=166;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.023694;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2609;QD=21.7291;RBI=0.0315263;REFB=-0.0142146;REVB=-0.0207967;RO=76;SAF=40;SAR=49;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176216;STB=0.503695;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00954178;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:76:77:89:89:0.536145:49:40:34:42:49:40:34:43 chr5 112899702 . A G 703.86 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.00625508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.277;QD=16.5615;RBI=0.043402;REFB=0.000675434;REVB=0.0429489;RO=93;SAF=38;SAR=38;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266122;STB=0.517642;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.000614305;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:94:76:76:0.447059:38:38:44:49:38:38:44:50 chr5 112926755 . G A 316.95 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0631187;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9921;QD=17.6084;RBI=0.0636267;REFB=-0.0129728;REVB=0.00802394;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148413;STB=0.582735;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00663393;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:18:16:12:26:18:16:12:26 chr5 112929013 . T A 1026.31 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7181;QD=59.4961;RBI=0.0134085;REFB=0;REVB=0.002352;RO=0;SAF=51;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12036e-05;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:17:51:0:0:17:52:0:0 chr5 112930952 . A G 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00329194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.749;QD=15.2438;RBI=0.00365675;REFB=-0.00116902;REVB=0.00159216;RO=50;SAF=10;SAR=26;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186986;STB=0.606352;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00152374;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:26:10:22:28:26:10:22:28 chr5 113589389 . T A 1165.09 PASS AF=0.910112;AO=81;DP=89;FAO=81;FDP=89;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00237543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.285;QD=52.3637;RBI=0.0166385;REFB=-0.0172749;REVB=0.0164681;RO=8;SAF=47;SAR=34;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139356;STB=0.507385;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000155484;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:8:8:81:81:0.910112:34:47:4:4:34:47:4:4 chr5 113698544 . G C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0226103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.45;QD=11.0866;RBI=0.0270824;REFB=-0.0138296;REVB=-0.0149074;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195541;STB=0.615828;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0348227;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:9:16:6:7:9:16 chr5 113698631 . T C,TGCC 138.54 PASS AF=0.109091,0.254545;AO=6,11;DP=60;FAO=6,14;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=4,5;FSAR=2,9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0248026,-0.0445326;FXX=0.0517152;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=103.621,118.871;QD=10.076;RBI=0.0607493,0.0588475;REFB=-0.0267171,-0.0260557;REVB=-0.0554555,-0.0384691;RO=40;SAF=4,4;SAR=2,7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.197773,-0.168924;STB=0.609793,0.633239;STBP=0.624,0.25;TYPE=snp,ins;VARB=0.0721776,0.0709629;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:60:55:40:35:6,11:6,14:0.109091,0.254545:2,7:4,4:20:20:2,9:4,5:19:16 chr5 113829121 . A G 1017.44 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0282517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.961;QD=56.5247;RBI=0.0436187;REFB=-0.0332561;REVB=0.033233;RO=2;SAF=32;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286275;STB=0.514702;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00161885;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:69:70:0.972222:37:32:2:0:37:33:2:0 chr5 114460580 . C G 1674.34 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267028;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.02;QD=60.3367;RBI=0.0415235;REFB=0;REVB=0.0317987;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158301;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:109:111:1:49:60:0:0:50:61:0:0 chr5 114462355 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.231;QD=58.2396;RBI=0.0145174;REFB=0;REVB=0.00456817;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79048e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr5 114515657 . C T 257.6 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0462854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.737;QD=19.8157;RBI=0.0555003;REFB=-0.011453;REVB=-0.0306259;RO=25;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335017;STB=0.687269;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0252956;OID=.;OPOS=114515657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:19:8:17:8:19:8:17:8 chr5 114577310 . A G 1130.74 PASS AF=0.466667;AO=119;DP=255;FAO=119;FDP=255;FR=.;FRO=136;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.000753415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.212;QD=17.7372;RBI=0.00156104;REFB=-0.0160614;REVB=-0.00136719;RO=135;SAF=47;SAR=72;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709782;STB=0.537489;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0188821;OID=.;OPOS=114577310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:135:136:119:119:0.466667:72:47:63:72:72:47:63:73 chr5 114858437 . G T 969.2 PASS AF=1;AO=49;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618999;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.392;QD=57.8629;RBI=0.0743434;REFB=0;REVB=0.0411746;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41774e-05;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:49:67:1:28:21:0:0:36:31:0:0 chr5 114952044 . T C 557.09 PASS AF=0.518182;AO=58;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00455689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.444;QD=20.2579;RBI=0.00886072;REFB=-0.0202977;REVB=-0.00759915;RO=52;SAF=24;SAR=34;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432657;STB=0.531208;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0174568;OID=.;OPOS=114952044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:53:58:57:0.518182:34:24:19:33:33:24:19:34 chr5 115176589 . A G 528.36 PASS AF=0.43609;AO=57;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.0177646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.997;QD=15.8906;RBI=0.0177891;REFB=-0.0086031;REVB=-0.000932279;RO=76;SAF=33;SAR=24;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416419;STB=0.533464;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00810515;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:75:57:58:0.43609:24:33:47:29:25:33:47:28 chr5 115188660 . A G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0132732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1992;QD=12.5793;RBI=0.0244194;REFB=0.0231982;REVB=-0.020497;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567992;STB=0.533294;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.036448;OID=.;OPOS=115188660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:18:13:8:9:18:13 chr5 115249271 . G A 362.6 PASS AF=0.267016;AO=51;DP=192;FAO=51;FDP=191;FR=.;FRO=140;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=79;FSRR=61;FWDB=-0.00801761;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7433;QD=7.59366;RBI=0.0348574;REFB=-0.00132531;REVB=0.0339228;RO=141;SAF=26;SAR=25;SRF=79;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626363;STB=0.539997;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0029668;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:141:140:51:51:0.267016:25:26:79:62:25:26:79:61 chr5 115298232 . G C 561.9 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0308367;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.741;QD=23.4126;RBI=0.0389138;REFB=-0.0233447;REVB=-0.0237357;RO=45;SAF=28;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107727;STB=0.55767;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0208196;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:44:51:52:0.541667:23:28:19:26:23:29:19:25 chr5 115298378 . C T 285.51 PASS AF=0.529412;AO=12;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.03917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.171;QD=22.3927;RBI=0.0840048;REFB=-0.0676132;REVB=0.0743137;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116087;STB=0.694207;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0550621;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:18:12:27:0.529412:4:8:13:4:19:8:14:4 chr5 115298475 . T C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0464589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.487;QD=26.341;RBI=0.0474924;REFB=-0.0170472;REVB=0.00985388;RO=11;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179487;STB=0.599893;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00464037;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:12:7:7:4:12:7:7:4 chr5 115298518 . A G 190.28 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00266483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.037;QD=21.7466;RBI=0.0291292;REFB=-0.0114211;REVB=0.029007;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165088;STB=0.592717;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0111612;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:10:6:11:8:10:6 chr5 115298977 . C T 1731.48 PASS AF=0.487738;AO=168;DP=363;FAO=179;FDP=367;FR=.;FRO=188;FSAF=99;FSAR=80;FSRF=96;FSRR=92;FWDB=0.0918446;FXX=0.00810789;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0238;QD=18.8717;RBI=0.114515;REFB=-0.0316187;REVB=0.068397;RO=192;SAF=89;SAR=79;SRF=99;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137154;STB=0.521881;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0361009;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:367:192:188:168:179:0.487738:79:89:99:93:80:99:96:92 chr5 115346245 . T G 1510.2 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0242098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.898;QD=56.4559;RBI=0.0259838;REFB=-0.0745202;REVB=-0.00943621;RO=2;SAF=55;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169411;STB=0.503878;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000913854;OID=.;OPOS=115346245;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:2:3:104:104:0.971963:49:55:2:0:49:55:2:1 chr5 115362148 . A G 2227.49 PASS AF=0.966667;AO=144;DP=150;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0459239;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.0648;QD=59.3998;RBI=0.0468932;REFB=-0.15079;REVB=0.00948492;RO=0;SAF=75;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07191e-08;STB=0.515921;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00390551;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:150:150:0:5:144:145:0.966667:69:75:0:0:69:76:5:0 chr5 115394626 . G A 1972.21 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015854;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.009;QD=62.61;RBI=0.00830009;REFB=0;REVB=0.00814727;RO=0;SAF=78;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44469e-05;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:126:0:0:120:126:1:42:78:0:0:42:84:0:0 chr5 115428334 . G T 2944.17 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024901;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.305;QD=63.3156;RBI=0.0262908;REFB=0;REVB=0.00843499;RO=0;SAF=101;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92632e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0244e-05;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:186:0:0:186:186:1:85:101:0:0:85:101:0:0 chr5 115469773 . C T 1419.38 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.987;QD=61.7121;RBI=0.0128674;REFB=-0.0870365;REVB=0.00515236;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000783511;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:36:55:0:0:36:55:0:1 chr5 115628201 . GTTTTTTTCA GTTTTTTCA,GTTTTTTCAT 70.72 PASS AF=0.218182,0.127273;AO=17,2;DP=57;FAO=12,7;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=5,6;FSAR=7,1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.279706,0.0860119;FXX=0.017854;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=6.72579,20.2576;QD=5.14352;RBI=0.280261,0.0867327;REFB=-0.111536,-0.0376279;REVB=0.0176401,-0.0111589;RO=23;SAF=6,2;SAR=11,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130319,0.502119;STB=0.5,0.861728;STBP=1,0.065;TYPE=del,mnp;VARB=0.0783215,-0.0513491;OID=.,.;OPOS=115628202,115628208;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=GTTTTTTCA,GTTTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.218182,0.127273:17,2:57:12,7:55:36:5,6:7,1:15:21:31:23:6,2:11,0:11:12 chr5 115781974 . GTGTGT G,GTGTGG 75.7 PASS AF=0.7,0.1;AO=7,2;DP=13;FAO=7,1;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7,1;FSAR=0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0189995,-0.0400642;FXX=0.230592;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=185.771,63.6135;QD=30.2811;RBI=0.0189995,0.0400642;REFB=-0.0550637,-0.0694615;REVB=0,0;RO=1;SAF=7,2;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.017896,0.0988571;OID=.,.;OPOS=115781975,115781979;OREF=TGTGT,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7,0.1:7,2:13:7,1:10:2:7,1:0,0:2:0:12:1:7,2:0,0:1:0 chr5 115811220 . T C 1128.63 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789418;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.516;QD=61.0069;RBI=0.00896642;REFB=0;REVB=-0.00425189;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42867e-05;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr5 115813726 . A G 1851.16 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657766;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5057;QD=61.7053;RBI=0.0657921;REFB=0;REVB=0.00142891;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140187;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:120:0:0:120:120:1:62:58:0:0:62:58:0:0 chr5 118324113 . G C 86.56 PASS AF=0.44;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0164314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.899;QD=13.8496;RBI=0.0223751;REFB=-0.00828018;REVB=0.0151873;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128252;STB=0.538395;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0114478;OID=.;OPOS=118324113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:23:25:14:14:9:11:0.44:2:7:12:2:2:9:12:2 chr5 118451873 . T G 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00741097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.392;QD=24.9293;RBI=0.0155348;REFB=-0.0273874;REVB=-0.0136532;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117464;STB=0.565166;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0208536;OID=.;OPOS=118451873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:12:7:13:12:12:7 chr5 118474641 . A G 169.88 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=1.48208e-05;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.125;QD=23.4323;RBI=0.00814619;REFB=0.0107424;REVB=0.00814618;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661604;STB=0.537146;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00309195;OID=.;OPOS=118474641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:6:6:7:10:6:6 chr5 118484804 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.847;QD=61.0485;RBI=0.0230108;REFB=0;REVB=-0.00380416;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62481e-05;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr5 118485238 . G C 334.79 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00756112;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.571;QD=11.9567;RBI=0.0125874;REFB=-0.00628683;REVB=0.0100634;RO=61;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422342;STB=0.538911;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0102031;OID=.;OPOS=118485238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:71:41:41:0.366071:21:20:30:31:21:20:39:32 chr5 118490402 . G A 232.0 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0325007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1044;QD=14.73;RBI=0.0332705;REFB=-4.01959e-05;REVB=0.00711588;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219515;STB=0.62522;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000523896;OID=.;OPOS=118490402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:19:8:18:18:19:8:18:18 chr5 118506603 . A C 271.0 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0249646;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6537;QD=16.4241;RBI=0.0482844;REFB=-0.0188681;REVB=-0.0413298;RO=36;SAF=23;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241522;STB=0.63725;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0193836;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:7:23:20:16:7:23:20:16 chr5 118506685 . G A 297.31 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.000482658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.503;QD=11.4349;RBI=0.00205681;REFB=-0.00643585;REVB=0.00199938;RO=66;SAF=22;SAR=15;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561159;STB=0.537705;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00968494;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:67:37:37:0.355769:15:22:36:30:15:22:36:31 chr5 118506805 . A T 83.58 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00450413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.33;QD=6.30806;RBI=0.0237479;REFB=-0.0149171;REVB=-0.0233168;RO=40;SAF=2;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48712;STB=0.816446;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0334175;OID=.;OPOS=118506805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:12:12:0.226415:10:2:22:18:10:2:23:18 chr5 118513697 . C G 155.18 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0143848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7963;QD=15.1392;RBI=0.0576014;REFB=0.0187105;REVB=-0.0557763;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242255;STB=0.514002;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0253041;OID=.;OPOS=118513697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:15:9:6:11:15:9 chr5 118669304 . C T 566.21 PASS AF=0.403727;AO=64;DP=170;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0157807;FXX=0.0584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.356;QD=14.0674;RBI=0.0359592;REFB=-0.00155793;REVB=-0.0323115;RO=83;SAF=25;SAR=39;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576701;STB=0.582499;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00250537;OID=.;OPOS=118669304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:161:83:96:64:65:0.403727:39:25:37:46:40:25:50:46 chr5 118728953 . G C 218.28 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.017433;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.027;QD=20.7886;RBI=0.0372066;REFB=0.00830437;REVB=0.0328697;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872148;STB=0.549248;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00290791;OID=.;OPOS=118728953;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:8:13:11:10:8:13:11:10 chr5 118729286 . C T 355.85 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00577457;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.17;QD=23.3346;RBI=0.00602988;REFB=0.00111553;REVB=-0.00173603;RO=26;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159502;STB=0.587638;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000273292;OID=.;OPOS=118729286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:18:17:18:8:18:17:18:8 chr5 118811533 . G A 300.99 PASS AF=0.378947;AO=34;DP=92;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0209127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.597;QD=12.6731;RBI=0.0378533;REFB=-0.0203668;REVB=-0.031552;RO=58;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018957;STB=0.501465;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0346057;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:58:59:34:36:0.378947:17:17:30:28:17:19:31:28 chr5 118827842 . T C 400.29 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.00290742;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.159;QD=14.5559;RBI=0.00522392;REFB=-0.0249413;REVB=-0.00434008;RO=62;SAF=11;SAR=35;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089056;STB=0.566198;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0409201;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:64:46:46:0.418182:35:11:19:43:35:11:21:43 chr5 118845139 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7187;QD=33.4283;RBI=0.0906577;REFB=0;REVB=0.0667363;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129418;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 118969960 . C T 523.3 PASS AF=0.556818;AO=42;DP=83;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00619659;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.452;QD=23.7865;RBI=0.0106343;REFB=-0.0031974;REVB=0.00864233;RO=18;SAF=26;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996978;STB=0.526379;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00243626;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:18:39:42:49:0.556818:16:26:8:10:23:26:23:16 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 1866.47 PASS AF=0.045283,0.954717;AO=25,111;DP=271;FAO=12,253;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=0,166;FSAR=12,87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434813,0.658251;FXX=0.0221394;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=220.579,9.54977;QD=28.1732;RBI=0.0504582,0.674702;REFB=0.0419046,0.0728027;REVB=-0.0256009,0.148083;RO=119;SAF=0,68;SAR=25,43;SRF=91;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.821856,-0.1573;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0895627,0.0108265;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.045283,0.954717:25,111:271:12,253:265:0:0,166:12,87:0:0:24:119:0,68:25,43:91:28 chr5 120021819 . G A,C 820.37 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=55,3;DP=59;FAO=55,3;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42,3;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071288,-0.0271543;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.791,18.2483;QD=56.577;RBI=0.0152914,0.107815;REFB=0,0;REVB=0.0135281,-0.104339;RO=0;SAF=42,3;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.70796e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000737015,0.041119;OID=.,.;OPOS=120021819,120021819;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:59:58:0:0:55,3:55,3:0.948276,0.0517241:13,0:42,3:0:0:13,0:42,3:0:0 chr5 121488203 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0169493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.327;QD=16.8225;RBI=0.0255273;REFB=-0.0034686;REVB=0.0190884;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00244868;OID=.;OPOS=121488203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr5 121488635 . ATTTG ATTG,ATTGA 203.28 PASS AF=0.52381,0;AO=18,2;DP=41;FAO=22,0;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0141395,-0.0176759;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=23.5267,25.7534;QD=19.3603;RBI=0.0256022,0.0223846;REFB=0.0287529,0.0291248;REVB=0.0213435,0.0137344;RO=20;SAF=9,1;SAR=9,1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0461927,-0.0484995;STB=0.545413,0.5;STBP=0.535,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.028227,-0.0208805;OID=.,.;OPOS=121488636,121488638;OREF=T,TG;OALT=-,GA;OMAPALT=ATTG,ATTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381,0:18,2:41:22,0:42:20:10,0:12,0:11:9:99:20:9,1:9,1:11:9 chr5 122165317 . C T 564.66 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0025154;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4285;QD=22.1435;RBI=0.00315215;REFB=-0.00975529;REVB=-0.00189968;RO=45;SAF=30;SAR=26;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164133;STB=0.583305;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00830626;OID=.;OPOS=122165317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:45:46:56:56:0.54902:26:30:33:12:26:30:33:13 chr5 122165470 . TACACACACAC T 78.97 PASS AF=0.375;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0127966;FXX=0.333241;HRUN=1;LEN=10;MLLD=219.242;QD=13.1622;RBI=0.0200876;REFB=-0.00975137;REVB=0.0154841;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.590145;STBP=0.579;TYPE=del;VARB=0.0325312;OID=.;OPOS=122165471;OREF=ACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:15:9:24:15:7:2:10:5:78:0:6:2:0:0 chr5 122522844 . C G 550.89 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00514904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.511;QD=17.915;RBI=0.0252263;REFB=-0.0332919;REVB=0.0246952;RO=64;SAF=33;SAR=25;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212169;STB=0.508124;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0354698;OID=.;OPOS=122522844;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:65:58:58:0.471545:25:33:35:29:25:33:36:29 chr5 122522897 . G A 429.74 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00135989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.088;QD=16.6887;RBI=0.00691001;REFB=-0.0180555;REVB=0.00677487;RO=54;SAF=24;SAR=23;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431568;STB=0.533099;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0206752;OID=.;OPOS=122522897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:54:56:47:47:0.456311:23:24:30:24:23:24:32:24 chr5 122682334 . C T 257.39 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00597696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.172;QD=16.0869;RBI=0.0074018;REFB=-0.0203615;REVB=-0.00436607;RO=35;SAF=7;SAR=22;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242684;STB=0.637981;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0338289;OID=.;OPOS=122682334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:22:7:16:19:22:7:16:19 chr5 122682348 . A G 204.68 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0296578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.494;QD=16.3747;RBI=0.0342308;REFB=-0.00760945;REVB=0.0170928;RO=29;SAF=4;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308253;STB=0.64271;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00764829;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:16:4:13:16:16:5:13:16 chr5 122758268 . G C 369.14 PASS AF=0.39823;AO=42;DP=111;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00786074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.164;QD=13.067;RBI=0.0144166;REFB=-0.0112709;REVB=0.0120851;RO=66;SAF=13;SAR=29;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151917;STB=0.569588;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0167297;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:66:68:42:45:0.39823:29:13:29:37:30:15:30:38 chr5 122950330 . G C 216.38 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0669705;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8718;QD=10.9559;RBI=0.0669801;REFB=-0.0206166;REVB=-0.00113541;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27535;STB=0.649851;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0361884;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:52:27:27:0.341772:13:14:14:37:13:14:15:37 chr5 122950911 . G A 854.17 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052564;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.463;QD=57.9096;RBI=0.0545589;REFB=0;REVB=0.0146186;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29861e-05;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr5 122990902 . A T 206.57 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0093393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.665;QD=11.0173;RBI=0.0114297;REFB=-0.0028615;REVB=0.00658902;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164961;STB=0.521722;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00476718;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:49:26:26:0.346667:14:12:21:26:14:12:21:28 chr5 123973360 . T TTA 117.14 PASS AF=0.684211;AO=8;DP=51;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0472491;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=135.883;QD=24.6611;RBI=0.0473593;REFB=-0.134987;REVB=0.00322974;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374158;STB=0.537756;STBP=0.679;TYPE=ins;VARB=0.0727301;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:8:51:13:19:6:8:5:3:3:37:38:4:4:8:30 chr5 123984763 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.158342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.613;QD=15.6502;RBI=0.158591;REFB=-0.0224438;REVB=0.00888598;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194315;STB=0.612104;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0192539;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:12:9:10:6:12:9 chr5 125696140 . G A 931.8 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.154;QD=57.3415;RBI=0.0217458;REFB=0;REVB=-0.00231531;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17165e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:62:65:1:30:32:0:0:32:33:0:0 chr5 125828803 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.942;QD=57.8849;RBI=0.00888695;REFB=0;REVB=-0.00830359;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17983e-05;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr5 125887715 . T G 298.04 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00183255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5932;QD=13.5474;RBI=0.0126948;REFB=-0.00244402;REVB=-0.0125619;RO=53;SAF=12;SAR=22;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285716;STB=0.667449;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00546472;OID=.;OPOS=125887715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:22:12:33:20:22:12:34:20 chr5 125939409 . C T 448.86 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=139;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=62;FWDB=-0.0287691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.879;QD=12.9169;RBI=0.028785;REFB=0.00409361;REVB=-0.000957388;RO=87;SAF=30;SAR=22;SRF=25;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311591;STB=0.675541;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00587665;OID=.;OPOS=125939409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:87:52:52:0.374101:22:30:25:62:22:30:25:62 chr5 126171999 . T C 306.55 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0359425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2173;QD=13.0446;RBI=0.041661;REFB=0.0091745;REVB=0.0210659;RO=59;SAF=11;SAR=24;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186689;STB=0.607334;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0142894;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:24:11:28:31:24:11:28:31 chr5 126746277 . C T 1264.33 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4591;QD=61.6748;RBI=0.0345924;REFB=0;REVB=-0.034124;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284666;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr5 126792974 . T A 559.89 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0137054;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5778;QD=18.9793;RBI=0.0278122;REFB=-0.0145122;REVB=-0.0242009;RO=60;SAF=35;SAR=23;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950078;STB=0.552384;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0133589;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:23:35:42:18:23:35:42:18 chr5 126887569 . G A 212.37 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0425349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.631;QD=14.398;RBI=0.047657;REFB=-0.0205311;REVB=-0.0214934;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506399;STB=0.511524;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0250417;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:34:25:25:0.423729:12:13:15:17:12:13:17:17 chr5 126890472 . C T 223.77 PASS AF=0.35;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00413858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4806;QD=11.1884;RBI=0.0683602;REFB=-0.0134807;REVB=-0.0682348;RO=53;SAF=15;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527437;STB=0.510745;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0139711;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:52:27:28:0.35:12:15:27:26:13:15:27:25 chr5 126890541 . T C 187.08 PASS AF=0.342857;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000835343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.556;QD=10.6901;RBI=0.00638571;REFB=-0.0211337;REVB=0.00633084;RO=46;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123529;STB=0.555773;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0341993;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:23:24:0.342857:13:10:25:21:13:11:25:21 chr5 126993249 . G C 139.51 PASS AF=0.212389;AO=19;DP=111;FAO=24;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=30;FWDB=-0.0185396;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.276;QD=4.93836;RBI=0.0185899;REFB=-0.00314344;REVB=-0.00136707;RO=77;SAF=7;SAR=12;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313418;STB=0.744259;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0221098;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:77:89:19:24:0.212389:12:7:48:29:16:8:59:30 chr5 126993263 . A T 180.97 PASS AF=0.235772;AO=28;DP=122;FAO=29;FDP=123;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=32;FWDB=-0.00336552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.235;QD=5.88516;RBI=0.0038469;REFB=0.00305829;REVB=0.00186331;RO=94;SAF=11;SAR=17;SRF=62;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326067;STB=0.681358;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00504858;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:94:94:28:29:0.235772:17:11:62:32:17:12:62:32 chr5 126993282 . G A 271.8 PASS AF=0.265734;AO=38;DP=143;FAO=38;FDP=143;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=38;FWDB=-0.016986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7695;QD=7.60285;RBI=0.0172275;REFB=-0.000549938;REVB=-0.00287477;RO=103;SAF=15;SAR=23;SRF=65;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284168;STB=0.673244;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00111272;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:103:105:38:38:0.265734:23:15:65:38:23:15:67:38 chr5 126993958 . C T 571.48 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00823824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.157;QD=23.0903;RBI=0.00823837;REFB=-0.0063484;REVB=-4.74558e-05;RO=43;SAF=32;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189085;STB=0.608556;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00561841;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:46:53:53:0.535354:21:32:16:27:21:32:17:29 chr5 127469859 . A G 138.88 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0446218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.658;QD=12.0765;RBI=0.0469103;REFB=-0.0138048;REVB=0.0144733;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104452;STB=0.561719;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0332838;OID=.;OPOS=127469859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:14:16:10:6:14:16 chr5 127614472 . A G 1846.58 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449104;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6627;QD=61.5527;RBI=0.0506687;REFB=0;REVB=-0.0234602;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151071;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:118:120:1:54:64:0:0:54:66:0:0 chr5 127622491 . T C 381.57 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00478476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.448;QD=17.344;RBI=0.0169677;REFB=-0.00829982;REVB=-0.0162791;RO=47;SAF=18;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791688;STB=0.549975;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00722322;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:22:18:25:22:22:18:26:22 chr5 127625559 . T C 407.08 PASS AF=0.347518;AO=48;DP=141;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0246823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7848;QD=11.5483;RBI=0.0546162;REFB=-0.00603169;REVB=0.0487208;RO=93;SAF=17;SAR=31;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177724;STB=0.610023;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0118044;OID=.;OPOS=127625559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:93:92:48:49:0.347518:31:17:47:46:32:17:47:45 chr5 127685135 . C T 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.183;QD=60.2016;RBI=0.0360315;REFB=0;REVB=-0.00752976;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31723e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:24:49:0:0:24:49:0:0 chr5 127685624 . C A 948.37 PASS AF=0.541176;AO=92;DP=170;FAO=92;FDP=170;FR=.;FRO=78;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00456379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.582;QD=22.3145;RBI=0.00533891;REFB=-0.00924083;REVB=0.00277052;RO=75;SAF=48;SAR=44;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205765;STB=0.501794;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0093721;OID=.;OPOS=127685624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:75:78:92:92:0.541176:44:48:41:34:44:48:41:37 chr5 127777997 . G A 394.0 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0134172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.573;QD=14.868;RBI=0.0210601;REFB=0.00173581;REVB=0.0162329;RO=58;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033517;STB=0.533319;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00186244;OID=.;OPOS=127777997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:61:45:45:0.424528:21:24:29:29:21:24:29:32 chr5 128430757 . T C 1877.78 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.059;QD=61.5666;RBI=0.0259795;REFB=0;REVB=0.00782262;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49019e-05;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:55:67:0:0:55:67:0:0 chr5 128797156 . C G 52.99 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0620977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.386;QD=21.195;RBI=0.0628379;REFB=-0.0778741;REVB=-0.00961648;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0134608;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr5 128797271 . G A 468.39 PASS AF=0.46789;AO=50;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0469226;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.063;QD=17.1888;RBI=0.0470303;REFB=-0.00809587;REVB=-0.00318172;RO=58;SAF=28;SAR=22;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124052;STB=0.562588;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00967823;OID=.;OPOS=128797271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:50:51:0.46789:22:28:25:33:23:28:25:33 chr5 128797315 . T TCCCGGC 129.88 PASS AF=0.22449;AO=16;DP=109;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0258811;FXX=0.0576868;HRUN=3;LEN=6;MLLD=229.494;QD=5.30103;RBI=0.037349;REFB=-0.00818931;REVB=-0.0269279;RO=79;SAF=11;SAR=5;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141959;STB=0.519982;STBP=0.85;TYPE=ins;VARB=0.0287434;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449:16:109:22:98:76:13:9:43:33:99:79:11:5:46:33 chr5 128863471 . A G 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.065;QD=59.8332;RBI=0.017097;REFB=0;REVB=0.0166231;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11446e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr5 129072943 . G T 1040.91 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0866168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0994;QD=59.4804;RBI=0.0907703;REFB=0;REVB=-0.0271434;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101488;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:46:23:0:0:47:23:0:0 chr5 129310670 . C CA 278.11 PASS AF=1;AO=6;DP=53;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824675;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.40567;QD=23.6691;RBI=0.146353;REFB=-0.0157604;REVB=-0.120906;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00670157;OID=.;OPOS=129310671;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:53:47:47:0:21:26:0:0:4:46:3:3:21:25 chr5 129520679 . G A 257.14 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00351641;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.384;QD=22.3602;RBI=0.0175668;REFB=-0.0200758;REVB=-0.0172112;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155751;STB=0.586886;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0152678;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:7:15:12:12:7:15 chr5 129521126 . A G 260.45 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00276554;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.092;QD=16.2781;RBI=0.00446737;REFB=-0.00985717;REVB=-0.00350844;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223661;STB=0.626285;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.013043;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:10:19:15:20:10:19:15:20 chr5 130500751 . A C 692.1 PASS AF=0.492958;AO=59;DP=133;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=15;FWDB=0.00451074;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.345;QD=19.4957;RBI=0.0315192;REFB=-0.0180439;REVB=0.0311947;RO=73;SAF=44;SAR=15;SRF=56;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284088;STB=0.550115;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0169305;OID=.;OPOS=130500751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:142:73:72:59:70:0.492958:15:44:56:17:20:50:57:15 chr5 130766662 . T C 816.52 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155217;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.228;QD=57.2997;RBI=0.0179276;REFB=0;REVB=0.00897099;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419444;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:31:26:0:0 chr5 130805475 . C T 1236.48 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023955;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.856;QD=60.316;RBI=0.0242388;REFB=-0.113792;REVB=0.00369784;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00121382;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:42:39:0:1:42:39:0:1 chr5 131008194 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.908;QD=56.1911;RBI=0.0247322;REFB=0;REVB=-0.0236513;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23531e-05;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr5 131066725 . C A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.089;QD=59.8555;RBI=0.00530244;REFB=0;REVB=-0.00519651;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.082e-06;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr5 131283376 . C T 1227.29 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3321;QD=61.3643;RBI=0.0399732;REFB=0;REVB=-0.0351097;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271515;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr5 131396478 . C T 1419.46 PASS AF=0.970297;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0177065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.979;QD=56.2163;RBI=0.0237522;REFB=0.00846424;REVB=-0.0158318;RO=3;SAF=68;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204629;STB=0.510636;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000232357;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:101:3:3:97:98:0.970297:29:68:3:0:29:69:3:0 chr5 131411460 . T C 2473.87 PASS AF=0.970588;AO=161;DP=167;FAO=165;FDP=170;FR=.;FRO=5;FSAF=109;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00212698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.271;QD=58.2086;RBI=0.0454712;REFB=-0.0869804;REVB=0.0454215;RO=5;SAF=106;SAR=55;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288844;STB=0.514959;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00211703;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:167:170:5:5:161:165:0.970588:55:106:1:4:56:109:1:4 chr5 131607080 . A G 235.42 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0344209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4333;QD=13.2631;RBI=0.0357607;REFB=-0.009155;REVB=-0.00969706;RO=41;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141021;STB=0.582403;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0175904;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:43:28:28:0.394366:10:18:21:20:10:18:22:21 chr5 131607282 . C G 108.66 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0586705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.589;QD=13.5822;RBI=0.0588135;REFB=-0.0238998;REVB=0.00409795;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357233;STB=0.713903;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0300295;OID=.;OPOS=131607282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:8:11:11:2:8:11 chr5 131607297 . A G 77.8 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0492477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4214;QD=10.3733;RBI=0.0622909;REFB=-0.00103485;REVB=-0.038142;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309114;STB=0.639731;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00926922;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:28:30:18:19:10:11:0.366667:8:2:8:10:8:3:9:10 chr5 131607320 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00279599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.109;QD=10.2394;RBI=0.0192224;REFB=-0.0134935;REVB=0.019018;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0446999;OID=.;OPOS=131607320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:10:9:5:5:10:9 chr5 131607494 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00535419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.099;QD=14.0965;RBI=0.0253955;REFB=-0.0135217;REVB=0.0248246;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.596848;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0101038;OID=.;OPOS=131607494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:3:10:6:5:4:10 chr5 131705949 . T C 890.35 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0385143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2428;QD=54.7905;RBI=0.0629463;REFB=-0.006923;REVB=-0.0497885;RO=1;SAF=50;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377169;STB=0.535703;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00153454;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:1:2:62:63:0.969231:12:50:0:1:13:50:0:2 chr5 131721174 . A G 1989.13 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.316;QD=62.1602;RBI=0.0637716;REFB=0;REVB=-0.00628384;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07956e-05;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:60:68:0:0:60:68:0:0 chr5 131731304 . A T 631.61 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.137;QD=61.62;RBI=0.0834722;REFB=0;REVB=0.0109031;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102707;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr5 131755651 . C T 427.72 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00723815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.083;QD=53.4646;RBI=0.0332301;REFB=0.0710997;REVB=0.0324323;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000321094;OID=.;OPOS=131755651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:29:30:0.9375:18:11:0:0:18:12:0:1 chr5 131796498 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.758;QD=55.0987;RBI=0.0289342;REFB=0;REVB=-0.00315077;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61434e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr5 131803868 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0553816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3711;QD=7.62787;RBI=0.0595553;REFB=0.000973382;REVB=0.0219024;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13233;STB=0.642551;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000141201;OID=.;OPOS=131803868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:20:20:7:8:0.285714:5:2:4:16:5:3:4:16 chr5 131805735 . C T 727.73 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.00518855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.053;QD=17.7495;RBI=0.00645402;REFB=-0.00816413;REVB=0.0038384;RO=85;SAF=51;SAR=26;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122494;STB=0.562897;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0114;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:85:87:77:77:0.469512:26:51:46:39:26:51:48:39 chr5 131818828 . CT C 188.67 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0446268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.8265;QD=11.6102;RBI=0.0498666;REFB=0.0128697;REVB=-0.0222515;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181078;STB=0.607291;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=-0.0138945;OID=.;OPOS=131818829;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:29:65:30:65:35:12:18:21:14:99:33:12:17:20:13 chr5 131819126 . C T 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0244268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.534;QD=13.6194;RBI=0.0257213;REFB=-0.0117854;REVB=0.00805722;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021554;STB=0.501231;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.015467;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:11:15:22:16:11:15:22:16 chr5 131822055 . T C 245.58 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0391077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5298;QD=23.9587;RBI=0.0445151;REFB=-0.0225027;REVB=0.0212647;RO=17;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256983;STB=0.522453;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0222763;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:17:6:4:13:17:6:4:14 chr5 131822072 . A G 168.81 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.011813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9201;QD=18.7566;RBI=0.0345704;REFB=-0.0118867;REVB=-0.0324894;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011314;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:18:18:16:18:0.5:13:3:4:14:14:4:4:14 chr5 131822133 . T C 98.94 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00785193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.327;QD=15.8312;RBI=0.0102831;REFB=-0.0259926;REVB=0.00663996;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293955;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.034211;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:25:12:13:11:12:0.48:8:3:7:5:8:4:8:5 chr5 131822224 . T C 284.03 PASS AF=0.577778;AO=24;DP=43;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0297824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.27;QD=25.2474;RBI=0.0321462;REFB=-0.0237223;REVB=-0.0120992;RO=18;SAF=19;SAR=5;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123706;STB=0.563753;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0160572;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:18:19:24:26:0.577778:5:19:16:2:5:21:17:2 chr5 131892357 . C T 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6449;QD=58.5833;RBI=0.0463981;REFB=0;REVB=0.0440125;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351279;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr5 131995964 . A G 352.85 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0238474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.873;QD=26.1372;RBI=0.026048;REFB=-0.0199583;REVB=0.0104785;RO=20;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199255;STB=0.510911;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0202734;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:16:18:10:10:16:18:10:10 chr5 131996500 . A C 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00229782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.424;QD=7.23155;RBI=0.0204156;REFB=-0.00534823;REVB=0.0202858;RO=45;SAF=10;SAR=7;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995366;STB=0.571904;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.015758;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:47:17:17:0.265625:7:10:30:15:7:10:32:15 chr5 132030414 . T A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=17;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0578617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1914;QD=11.78;RBI=0.0636342;REFB=-0.00733022;REVB=-0.0264828;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203122;STB=0.654261;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0150989;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:17:16:0.340426:7:10:12:18:6:10:12:19 chr5 132031972 . T C 148.38 PASS AF=0.425;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.073988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1217;QD=14.8378;RBI=0.0756982;REFB=-0.0549998;REVB=-0.016;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851303;STB=0.554189;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0801194;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:21:23:16:17:0.425:7:9:10:11:8:9:10:13 chr5 132042146 . C T 701.44 PASS AF=0.474684;AO=73;DP=156;FAO=75;FDP=158;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00539449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.894;QD=17.758;RBI=0.0109496;REFB=-0.0115693;REVB=0.00952858;RO=83;SAF=32;SAR=41;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133999;STB=0.579494;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.016056;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:83:83:73:75:0.474684:41:32:48:35:43:32:48:35 chr5 132098242 . A G 1587.66 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5494;QD=64.1478;RBI=0.0079731;REFB=0;REVB=-0.00790608;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14998e-05;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr5 132099999 . A G 770.11 PASS AF=0.5;AO=79;DP=159;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0419768;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.657;QD=19.4965;RBI=0.0458881;REFB=-0.0126491;REVB=-0.0185383;RO=78;SAF=34;SAR=45;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749894;STB=0.538303;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0114515;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:78:79:79:79:0.5:45:34:40:38:45:34:40:39 chr5 132150948 . T G 1343.74 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.969;QD=61.0791;RBI=0.0325936;REFB=-0.117067;REVB=0.0118626;RO=0;SAF=24;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000285697;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:63:24:0:0:63:24:0:1 chr5 132151071 . A G 522.77 PASS AF=0.505051;AO=48;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00855033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.855;QD=21.1218;RBI=0.00911302;REFB=-0.00948159;REVB=0.00315261;RO=49;SAF=34;SAR=14;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120782;STB=0.548367;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00790157;OID=.;OPOS=132151071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:49:48:50:0.505051:14:34:29:20:16:34:29:20 chr5 132151751 . C T 94.65 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0199991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3614;QD=10.817;RBI=0.106082;REFB=-0.000722196;REVB=-0.10418;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118681;STB=0.571306;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00102169;OID=.;OPOS=132151751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:13:10:4:8:13:10 chr5 132159134 . C T 260.89 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0776743;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4082;QD=16.8316;RBI=0.0776817;REFB=-0.0250765;REVB=0.0010692;RO=33;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264704;STB=0.654564;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0253066;OID=.;OPOS=132159134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:28:29:0.467742:8:20:15:18:8:21:15:18 chr5 132232315 . G A 302.12 PASS AF=0.358491;AO=37;DP=103;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.000902515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.231;QD=11.4006;RBI=0.0232086;REFB=-0.00728158;REVB=-0.023191;RO=66;SAF=13;SAR=24;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137623;STB=0.567865;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0190777;OID=.;OPOS=132232315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:66:68:37:38:0.358491:24:13:31:35:24:14:32:36 chr5 132267850 . A AT,ATT 34.32 PASS AF=0,0.3;AO=6,4;DP=31;FAO=0,9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.203156,-0.10683;FXX=0.0322477;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.09579,11.3703;QD=4.57638;RBI=0.238871,0.120901;REFB=-0.0051225,-0.00110265;REVB=0.125648,0.0566065;RO=18;SAF=3,3;SAR=3,1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.193723,0.113566;STB=0.5,0.579982;STBP=1,0.606;TYPE=ins,ins;VARB=-0.100637,-0.0413991;OID=.,.;OPOS=132267851,132267851;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.3:6,4:31:0,9:30:21:0,5:0,4:14:7:24:18:3,3:3,1:12:6 chr5 132556627 . T C 549.11 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0271544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.966;QD=26.4629;RBI=0.0308324;REFB=-0.0385061;REVB=0.0146038;RO=33;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749228;STB=0.5408;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0229641;OID=.;OPOS=132556627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:20:30:23:10:20:30:23:10 chr5 133186592 . G A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0255809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2515;QD=17.6426;RBI=0.0680282;REFB=-0.0803176;REVB=-0.0630354;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657708;STB=0.538372;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0185473;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:5:2:2:7:5:2 chr5 133186603 . A C 207.04 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.441;QD=48.7154;RBI=0.0410177;REFB=0;REVB=-0.0302308;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60333e-06;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr5 133316518 . G A 269.77 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0223359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8849;QD=14.1982;RBI=0.0233773;REFB=-0.016997;REVB=-0.00689976;RO=43;SAF=10;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179493;STB=0.604247;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0168031;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:45:31:31:0.407895:21:10:21:22:21:10:22:23 chr5 133477802 . C T 1813.28 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259143;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.543;QD=60.4425;RBI=0.044331;REFB=-0.0841698;REVB=-0.0359679;RO=0;SAF=71;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.16314e-08;STB=0.505154;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=1.28701e-05;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:120:0:1:119:119:0.991667:48:71:0:0:48:71:0:1 chr5 133481467 . G A 1194.62 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.896;QD=59.7308;RBI=0.0289171;REFB=-0.0981636;REVB=0.00797806;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000221019;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:33:46:0:0:33:46:0:1 chr5 133861425 . TGG TG,T,TTG 1857.02 PASS AF=0,0.0825243,0.917476;AO=40,21,65;DP=188;FAO=0,17,189;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,95;FSAR=0,15,94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.228507,-0.116297,-0.0746621;FXX=0.0283006;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=7.22854,9.605,12.1596;QD=36.0586;RBI=0.22886,0.116376,0.436864;REFB=-0.0172119,-0.029153,0.0099029;REVB=0.0127008,0.00428485,0.430437;RO=22;SAF=3,5,55;SAR=37,16,10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.200438,0.0736326,0.411091;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0344363,-0.0511975,0.0209071;OID=.,.,.;OPOS=133861426,133861426,133861426;OREF=G,GG,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,T,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0825243,0.917476:40,21,65:188:0,17,189:206:0:0,2,95:0,15,94:0:0:27:22:3,5,55:37,16,10:4:18 chr5 133909475 . G A 1306.24 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453664;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1073;QD=61.4702;RBI=0.099012;REFB=0;REVB=0.0880072;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014227;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:48:36:0:0:48:37:0:0 chr5 134018146 . G C 121.19 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.018452;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2012;QD=14.2579;RBI=0.0191862;REFB=-0.00697629;REVB=-0.00525677;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.599859;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00527663;OID=.;OPOS=134018146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:13:14:0.411765:7:6:12:8:8:6:12:8 chr5 134165902 . T A,TA,TTA 60.14 PASS AF=0,0,0.294118;AO=3,4,5;DP=35;FAO=0,0,10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,2;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0184655,-0.122823,0.0131329;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=220.106,15.1974,27.8318;QD=7.0747;RBI=0.0307077,0.208577,0.149093;REFB=0.00178116,-0.0260196,-0.0308524;REVB=-0.0245354,-0.168579,-0.148513;RO=23;SAF=3,4,3;SAR=0,0,2;SRF=4;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.740314,0.771283,0.497396;STB=0.5,0.5,0.865373;STBP=1,1,0.012;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0.0313222,0.09061;OID=.,.,.;OPOS=134165902,134165903,134165903;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:52:35:34:23:24:3,4,5:0,0,10:0,0,0.294118:0,0,2:3,4,3:4:19:0,0,2:0,0,8:5:19 chr5 134235613 . A C 267.92 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0186758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.017;QD=16.2376;RBI=0.0195409;REFB=-0.00838211;REVB=0.00574966;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059164;STB=0.533311;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00899662;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:17:19:14:16:17:19 chr5 134262271 . C A 503.55 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0324974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3365;QD=20.3454;RBI=0.036029;REFB=-0.0399964;REVB=-0.0155564;RO=50;SAF=19;SAR=30;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19382;STB=0.607394;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0334114;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:30:19:30:20:30:19:30:20 chr5 134343661 . C T 448.16 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00242117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.587;QD=17.5749;RBI=0.00408672;REFB=-0.00239637;REVB=0.00329229;RO=53;SAF=27;SAR=21;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326127;STB=0.523505;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00257713;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:21:27:28:25:21:27:28:26 chr5 134343799 . A G 553.17 PASS AF=0.547368;AO=50;DP=93;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.026876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.537;QD=23.2914;RBI=0.0336023;REFB=0.00210785;REVB=-0.0201692;RO=41;SAF=14;SAR=36;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249868;STB=0.630717;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00139642;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:41:43:50:52:0.547368:36:14:23:18:36:16:25:18 chr5 134365013 . TG T,TGG 33.46 PASS AF=0,0.555556;AO=2,6;DP=18;FAO=0,10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=0,6;FSAR=0,4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.208591,0.209501;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.3016,8.71271;QD=7.4363;RBI=0.229269,0.235064;REFB=0.0450058,-0.0407138;REVB=0.0951526,-0.106605;RO=8;SAF=2,4;SAR=0,2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.634114,0.271446;STB=0.5,0.545363;STBP=1,0.763;TYPE=del,ins;VARB=0.0465029,0.0677164;OID=.,.;OPOS=134365014,134365014;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.555556:2,6:18:0,10:18:8:0,6:0,4:4:4:28:8:2,4:0,2:3:5 chr5 134670741 . C T 732.48 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.00498815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.276;QD=19.9315;RBI=0.0497852;REFB=-0.00813372;REVB=-0.0495347;RO=75;SAF=29;SAR=43;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170148;STB=0.593919;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0110422;OID=.;OPOS=134670741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:72:72:0.489796:43:29:44:31:43:29:44:31 chr5 134670765 . A G 675.45 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.012394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.264;QD=18.8937;RBI=0.0235998;REFB=-0.00883093;REVB=0.0200833;RO=75;SAF=29;SAR=39;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175868;STB=0.597276;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0076679;OID=.;OPOS=134670765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:39:29:46:29:39:29:46:29 chr5 134782414 . G T 764.58 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00798998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.202;QD=53.6547;RBI=0.00865533;REFB=-0.0385586;REVB=0.0033279;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314024;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000690921;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:57:2:1:55:56:0.982456:26:29:2:0:26:30:1:0 chr5 134782450 . T A 785.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7714;QD=57.0979;RBI=0.0955186;REFB=0;REVB=0.0810154;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104092;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr5 134782510 . T C 1294.14 PASS AF=1;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134697;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.942;QD=62.3682;RBI=0.0174303;REFB=0;REVB=-0.0110628;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111676;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:83:0:0:82:83:1:32:50:0:0:32:51:0:0 chr5 134782576 . T G 1341.86 PASS AF=0.943925;AO=94;DP=103;FAO=101;FDP=107;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.104941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.5075;QD=50.1631;RBI=0.124846;REFB=-0.167894;REVB=0.067631;RO=6;SAF=62;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406464;STB=0.516463;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0181543;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:103:107:6:6:94:101:0.943925:32:62:2:4:39:62:2:4 chr5 134871440 . A C 352.63 PASS AF=0.419355;AO=36;DP=90;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0136224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.478;QD=15.167;RBI=0.0478562;REFB=-0.0287548;REVB=-0.0458764;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078146;STB=0.528911;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0430033;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:52:54:36:39:0.419355:16:20:25:27:19:20:25:29 chr5 134907552 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.025188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.954;QD=11.261;RBI=0.0275758;REFB=0.00102635;REVB=-0.0112245;RO=30;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436384;STB=0.761535;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00570307;OID=.;OPOS=134907552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:12:3:17:13:12:3:17:13 chr5 135178124 . T C 993.12 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0210438;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4516;QD=55.1734;RBI=0.0216904;REFB=-0.0822366;REVB=0.00525661;RO=3;SAF=36;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114313;STB=0.506052;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00470063;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:72:3:3:69:69:0.958333:33:36:2:1:33:36:2:1 chr5 135207382 . C T 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0152588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.913;QD=21.2922;RBI=0.0158905;REFB=-0.0109443;REVB=-0.00443604;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374625;STB=0.520992;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0113814;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:10:15:16:9:10:15:16:9 chr5 135210367 . C T 479.48 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00400163;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.615;QD=18.2659;RBI=0.023762;REFB=-0.0114814;REVB=0.0234226;RO=52;SAF=27;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443617;STB=0.515146;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0220692;OID=.;OPOS=135210367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:54:51:51:0.485714:24:27:25:27:24:27:27:27 chr5 135276201 . AGTT A 335.1 PASS AF=0.430233;AO=24;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00227205;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.499;QD=15.586;RBI=0.0288727;REFB=-0.0209862;REVB=-0.0287831;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883059;STB=0.571933;STBP=0.246;TYPE=del;VARB=0.0235536;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430233:24:86:37:86:49:22:15:23:26:99:35:15:9:19:16 chr5 135276314 . C T 429.52 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0387637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.042;QD=15.9082;RBI=0.0393553;REFB=-0.000380704;REVB=0.00679803;RO=58;SAF=26;SAR=22;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12476;STB=0.578189;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000581834;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:60:48:48:0.444444:22:26:24:34:22:26:24:36 chr5 135276847 . T C 772.79 PASS AF=0.423469;AO=81;DP=194;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.00587299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.475;QD=15.7712;RBI=0.0094713;REFB=-0.00617257;REVB=-0.00743058;RO=112;SAF=44;SAR=37;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542185;STB=0.519936;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00655955;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:112:113:81:83:0.423469:37:44:55:57:39:44:56:57 chr5 135388663 . A G 2108.59 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452861;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.931;QD=62.9429;RBI=0.00681981;REFB=0;REVB=-0.00509916;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67312e-05;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:135:134:1:60:75:0:0:59:75:0:0 chr5 135391374 . C T 1534.78 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.852;QD=59.03;RBI=0.029149;REFB=0;REVB=0.0280919;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221115;OID=.;OPOS=135391374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:100:104:1:46:54:0:0:50:54:0:0 chr5 135392426 . T C 1885.51 PASS AF=0.992;AO=83;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.887;QD=60.3362;RBI=0.0332934;REFB=-0.0136327;REVB=0.0276817;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=9.37201e-05;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:83:124:0.992:43:40:0:0:44:80:0:1 chr5 135399452 . T G 2857.18 PASS AF=0.983957;AO=184;DP=187;FAO=184;FDP=187;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00702524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.852;QD=61.1161;RBI=0.0124099;REFB=-0.0166373;REVB=0.01023;RO=2;SAF=104;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00906748;STB=0.507108;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=4.81588e-06;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:187:187:2:3:184:184:0.983957:80:104:2:0:80:104:3:0 chr5 135513085 . T TC 1735.79 PASS AF=1;AO=111;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726904;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.1891;QD=59.3433;RBI=0.0728198;REFB=0;REVB=-0.00433851;RO=4;SAF=51;SAR=60;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139281;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000168786;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:118:117:117:0:54:63:0:0:10:4:51:60:1:3 chr5 136304985 . T C 535.01 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.00703906;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.967;QD=16.8507;RBI=0.00960263;REFB=-0.0219727;REVB=0.00653163;RO=70;SAF=22;SAR=35;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303025;STB=0.516881;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0258294;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:70:70:57:57:0.448819:35:22:25:45:35:22:25:45 chr5 136312039 . A G 479.46 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=16;FWDB=0.00234471;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.477;QD=16.9722;RBI=0.0414799;REFB=-0.0150823;REVB=0.0414136;RO=61;SAF=40;SAR=12;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04183;STB=0.523355;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0176134;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:61:61:52:52:0.460177:12:40:45:16:12:40:45:16 chr5 136313330 . A AG,G 317.5 PASS AF=0.478992,0.00840336;AO=46,5;DP=121;FAO=57,1;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=26,1;FSAR=31,0;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.207543,0.0317593;FXX=0.00833264;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=13.4603,31.1548;QD=10.6724;RBI=0.212322,0.0367862;REFB=0.0305299,-0.00871034;REVB=0.0447929,-0.0185625;RO=65;SAF=18,3;SAR=28,2;SRF=34;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.138642,0.080102;STB=0.518512,0.990186;STBP=0.708,0.498;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0189513,-0.0484814;OID=.,.;OPOS=136313331,136313330;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:65:61:46,5:57,1:0.478992,0.00840336:28,2:18,3:34:31:31,0:26,1:30:31 chr5 136953577 . T C,G 402.91 PASS AF=0.766667,0.233333;AO=23,4;DP=28;FAO=23,7;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,5;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169467,0.00869307;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.915,110.86;QD=53.7207;RBI=0.0396975,0.0187747;REFB=0,0;REVB=0.0358985,-0.0166409;RO=0;SAF=13,4;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00455854,0.0287568;OID=.,.;OPOS=136953577,136953577;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:28:30:0:0:23,4:23,7:0.766667,0.233333:10,0:13,4:0:0:10,2:13,5:0:0 chr5 136953817 . A G 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0073165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.063;QD=18.6056;RBI=0.02446;REFB=0.00224711;REVB=-0.0233401;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516368;STB=0.528736;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00287333;OID=.;OPOS=136953817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:16:23:27:15:16:23:27:15 chr5 136954719 . T C 1245.9 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.219;QD=61.526;RBI=0.0121182;REFB=0;REVB=0.00969982;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66678e-05;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:28:53:0:0:28:53:0:0 chr5 136955029 . T C 125.5 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0607366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7375;QD=19.3082;RBI=0.0639196;REFB=-0.0263324;REVB=-0.0199196;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318003;STB=0.681551;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0645719;OID=.;OPOS=136955029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:4:10:4:8:4:10:4:8 chr5 136955383 . G T 718.92 PASS AF=0.490446;AO=55;DP=147;FAO=77;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.016082;FXX=0.0542136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.756;QD=18.3165;RBI=0.0210107;REFB=-0.0124345;REVB=0.013521;RO=58;SAF=29;SAR=26;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227536;STB=0.529609;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.010857;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:157:58:80:55:77:0.490446:26:29:32:26:42:35:41:39 chr5 136969793 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.711;QD=57.3858;RBI=0.00506958;REFB=0;REVB=0.00453087;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99942e-06;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr5 137028029 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7366;QD=60.7152;RBI=0.0695256;REFB=0;REVB=0.0692511;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482978;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr5 137089763 . GCCCG GCC,GCCG 55.38 PASS AF=0.458333,0;AO=4,3;DP=22;FAO=11,0;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0883159,-0.110658;FXX=0.142806;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=18.8925,10.7193;QD=9.23039;RBI=0.100381,0.173069;REFB=-0.0988832,-0.138296;REVB=-0.0477152,0.133071;RO=13;SAF=2,3;SAR=2,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.418741,0.418741;SSSB=-0.0426709,0.620235;STB=0.615163,0.5;STBP=0.375,1;TYPE=del,del;VARB=0.0981749,0;OID=.,.;OPOS=137089766,137089764;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333,0:4,3:22:11,0:24:13:8,0:3,0:7:6:54:13:2,3:2,0:7:6 chr5 137206560 . A C 718.48 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0414906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.501;QD=54.2247;RBI=0.0426205;REFB=0.00752996;REVB=-0.00974886;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00117163;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:26:25:1:0:26:26:1:0 chr5 137244517 . G A 1325.01 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198543;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.852;QD=62.3534;RBI=0.0206005;REFB=0;REVB=-0.00549438;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65224e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr5 137259179 . T C 3133.2 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0909;QD=63.9429;RBI=0.0287575;REFB=0;REVB=-5.30096e-05;RO=1;SAF=107;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43897e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:1:0:195:196:1:88:107:0:1:89:107:0:0 chr5 137347498 . G A 1115.67 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0295037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.025;QD=54.4229;RBI=0.0338226;REFB=0.0196761;REVB=0.0165379;RO=5;SAF=33;SAR=44;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200901;STB=0.510635;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0046033;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:82:5:5:77:77:0.939024:44:33:3:2:44:33:3:2 chr5 137372207 . A T 984.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.916;QD=58.7752;RBI=0.0411066;REFB=0;REVB=0.0358853;RO=0;SAF=48;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226212;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:18:48:0:0:18:49:0:0 chr5 137426447 . G A 61.4 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0227933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.613;QD=18.8918;RBI=0.0235059;REFB=-0.0043427;REVB=0.0057439;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00150089;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:3:5:2:2:3:5:2:3 chr5 137475787 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0234338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.342;QD=16.7312;RBI=0.0260302;REFB=-0.00937677;REVB=-0.0113325;RO=35;SAF=7;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38278;STB=0.72334;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.006993;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:24:7:21:14:24:7:22:14 chr5 137476416 . T C 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9136;QD=60.8816;RBI=0.0357082;REFB=0;REVB=0.0205347;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51363e-05;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr5 137665323 . G A 390.55 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00441135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1112;QD=32.546;RBI=0.0091919;REFB=0.0392088;REVB=0.00806418;RO=15;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363238;STB=0.510746;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00932836;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:16:32:32:0.666667:13:19:8:7:13:19:9:7 chr5 137708434 . C T 1993.84 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388142;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.664;QD=62.3076;RBI=0.0390544;REFB=0;REVB=0.00432435;RO=0;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08414e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:74:54:0:0:74:54:0:0 chr5 137717265 . G A 1308.22 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.145;QD=60.8476;RBI=0.0300076;REFB=-0.103375;REVB=0.00185774;RO=1;SAF=46;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101866;STB=0.505375;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000334567;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:86:1:1:84:85:0.988372:38:46:1:0:39:46:1:0 chr5 137733891 . A G 316.28 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00084406;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.867;QD=20.081;RBI=0.00151808;REFB=-0.0174102;REVB=0.0012618;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116112;STB=0.570428;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0225547;OID=.;OPOS=137733891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:16:16:11:19:16:17:11:19 chr5 137754695 . T C 1542.5 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049122;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9847;QD=59.9028;RBI=0.00713831;REFB=0;REVB=0.00517936;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517519;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr5 137754808 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00123927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.657;QD=20.4857;RBI=0.00170901;REFB=-0.000346477;REVB=-0.00117683;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104309;STB=0.558744;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000283045;OID=.;OPOS=137754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:2:9:10:4:2:9 chr5 137766066 . G A 296.78 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0357464;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.622;QD=15.4172;RBI=0.0357467;REFB=-0.00623484;REVB=-0.000158245;RO=44;SAF=21;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961323;STB=0.554422;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00939286;OID=.;OPOS=137766066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:44:33:33:0.428571:12:21:24:20:12:21:24:20 chr5 137782335 . G A 427.18 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00358843;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.32;QD=16.4301;RBI=0.0213742;REFB=-0.00744477;REVB=0.0210708;RO=57;SAF=28;SAR=18;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554934;STB=0.510443;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00983609;OID=.;OPOS=137782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:46:47:0.451923:18:28:35:22:19:28:35:22 chr5 137892170 . G A 1349.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.856;QD=62.0511;RBI=0.0248789;REFB=0;REVB=0.0248275;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115411;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:33:53:0:0:34:53:0:0 chr5 137902339 . T C 223.7 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00221541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.228;QD=12.7828;RBI=0.00329353;REFB=-0.0104389;REVB=-0.00243707;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154348;STB=0.588678;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0189625;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:17:10:22:21:17:10:22:21 chr5 137911022 . G C 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00395733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.375;QD=13.6201;RBI=0.0504939;REFB=-0.0096942;REVB=0.0503386;RO=38;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237636;STB=0.636255;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.010573;OID=.;OPOS=137911022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:8:18:18:20:8:18:18:20 chr5 138668972 . TC T 297.96 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00034893;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.821;QD=20.9096;RBI=0.0253086;REFB=-0.041141;REVB=-0.0253062;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181949;STB=0.605686;STBP=0.107;TYPE=del;VARB=0.0278056;OID=.;OPOS=138668973;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54386:30:59:31:57:26:22:9:13:13:99:26:21:9:13:13 chr5 138705188 . C CATT 973.19 PASS AF=0.86747;AO=66;DP=83;FAO=72;FDP=83;FR=.;FRO=11;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.015912;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.674;QD=46.9005;RBI=0.0159148;REFB=0.00752137;REVB=-0.000298213;RO=11;SAF=43;SAR=23;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826495;STB=0.536267;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=-0.00100408;OID=.;OPOS=138705189;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.86747:66:83:72:83:11:45:27:4:7:53:11:43:23:4:7 chr5 138713959 . A C 663.46 PASS AF=0.98;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114229;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.602;QD=53.0771;RBI=0.0644087;REFB=-0.110074;REVB=0.0633877;RO=2;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064371;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00151337;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:2:1:48:49:0.98:20:28:1:1:21:28:1:0 chr5 138720108 . C T 1082.7 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0469148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0064;QD=56.2443;RBI=0.141477;REFB=-0.0936571;REVB=0.133472;RO=3;SAF=46;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352894;STB=0.510635;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0141851;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:77:3:2:74:75:0.974026:28:46:2:1:29:46:2:0 chr5 138728483 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.115;QD=49.5985;RBI=0.043561;REFB=0;REVB=0.0346167;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5459e-05;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr5 138728533 . C T 201.66 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2837;QD=47.449;RBI=0.0688284;REFB=0;REVB=0.0227104;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00528371;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:12:17:1:4:8:0:0:6:11:0:0 chr5 138730407 . C T 342.89 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0232423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3586;QD=16.1359;RBI=0.0444652;REFB=-0.0172695;REVB=0.0379072;RO=48;SAF=21;SAR=16;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103137;STB=0.557864;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0196809;OID=.;OPOS=138730407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:16:21:32:16:16:21:32:16 chr5 138857919 . T C 2098.93 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136215;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.968;QD=63.1257;RBI=0.0282584;REFB=0;REVB=0.0247586;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100367;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:130:133:1:66:64:0:0:67:66:0:0 chr5 138861146 . C G 244.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0750975;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.081;QD=15.2993;RBI=0.0763131;REFB=0.00361011;REVB=-0.0135667;RO=38;SAF=21;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375557;STB=0.725641;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0113442;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:38:36:28:28:0.4375:7:21:15:23:7:21:13:23 chr5 139574050 . G A 265.57 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0214962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6324;QD=13.2782;RBI=0.0735529;REFB=1.02305e-05;REVB=-0.0703416;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238964;STB=0.627625;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00120106;OID=.;OPOS=139574050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:16:15:34:14:16:15:34:15 chr5 139740446 . GCCCCCCAC GCCCCCACT,GCCCCCCAT 81.85 PASS AF=0.15,0.35;AO=2,5;DP=20;FAO=3,7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2,2;FSAR=1,5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.100112,-0.0718572;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=3,1;MLLD=61.1315,141.604;QD=16.369;RBI=0.100144,0.072975;REFB=-0.0130061,0.00754942;REVB=0.00250117,-0.012724;RO=7;SAF=1,1;SAR=1,4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.639247,0.404236;STB=0.840529,0.615099;STBP=0.453,0.53;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0420805,0.00306584;OID=.,.;OPOS=139740452,139740454;OREF=CAC,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=GCCCCCACT,GCCCCCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.15,0.35:2,5:20:3,7:20:8:2,2:1,5:1:7:52:7:1,1:1,4:0:7 chr5 139745154 . T C 1330.76 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.032384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.429;QD=59.8094;RBI=0.0330553;REFB=-0.153262;REVB=0.00662822;RO=1;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885716;STB=0.502573;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-9.18475e-05;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:53:34:0:1:53:34:1:1 chr5 139936760 . G T 392.22 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4736;QD=50.6089;RBI=0.126082;REFB=-0.0834787;REVB=0.125674;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526298;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00517795;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:11:18:0:0:11:18:2:0 chr5 139936980 . A G 849.03 PASS AF=1;AO=50;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313134;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.603;QD=54.7761;RBI=0.035611;REFB=0;REVB=-0.0169592;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114981;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:50:62:1:30:20:0:0:31:31:0:0 chr5 139937894 . A C 441.06 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.039216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.746;QD=22.3324;RBI=0.04074;REFB=-0.010924;REVB=0.0110384;RO=35;SAF=24;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347538;STB=0.511664;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00960496;OID=.;OPOS=139937894;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:19:24:21:14:19:24:21:15 chr5 139940233 . G A 978.58 PASS AF=0.8875;AO=71;DP=80;FAO=71;FDP=80;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0179544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.86;QD=48.929;RBI=0.0219465;REFB=-0.0625783;REVB=0.0126209;RO=4;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608735;STB=0.529721;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00156888;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:80:80:4:9:71:71:0.8875:29:42:0:4:29:42:3:6 chr5 139941228 . A G 692.58 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.8127;QD=60.2242;RBI=0.0383744;REFB=-0.162981;REVB=0.0367756;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00393712;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:46:1:1:43:45:0.978261:19:24:1:0:21:24:1:0 chr5 140011867 . C T 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0124528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.219;QD=20.2667;RBI=0.0128527;REFB=-0.0112746;REVB=-0.00318116;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00941018;OID=.;OPOS=140011867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:14:7:7:14:14:7 chr5 140021482 . C T 112.01 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00157617;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.214;QD=13.5765;RBI=0.0167131;REFB=-0.00322162;REVB=-0.0166386;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301131;STB=0.655478;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0186473;OID=.;OPOS=140021482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:20:13:13:0.393939:3:10:9:9:3:10:11:9 chr5 140023238 . C G 593.58 PASS AF=0.48062;AO=61;DP=128;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-4.55332e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.548;QD=18.4055;RBI=0.00668351;REFB=-0.00533175;REVB=0.00668335;RO=66;SAF=22;SAR=39;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135513;STB=0.573062;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00508974;OID=.;OPOS=140023238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:66:67:61:62:0.48062:39:22:33:33:39:23:34:33 chr5 140048209 . T C 245.83 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0370674;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6749;QD=14.0473;RBI=0.0402961;REFB=-0.0141695;REVB=-0.0158046;RO=40;SAF=20;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128536;STB=0.622304;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0210136;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:41:29:29:0.414286:9:20:23:17:8:21:22:19 chr5 140048267 . T C 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.676;QD=59.3195;RBI=0.0750851;REFB=0;REVB=0.0725567;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06589e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr5 140048544 . C T 418.71 PASS AF=0.6;AO=34;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0126448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.466;QD=27.9142;RBI=0.0325449;REFB=-0.0523627;REVB=0.029988;RO=20;SAF=18;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536853;STB=0.517847;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.030882;OID=.;OPOS=140048544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:20:34:36:0.6:16:18:9:11:18:18:9:11 chr5 140098596 . T G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0178792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.12;QD=17.6173;RBI=0.0179501;REFB=-0.0118953;REVB=-0.0015936;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067977;STB=0.538429;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0142403;OID=.;OPOS=140098596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:15:12:9:15:15:12 chr5 140111764 . AT A 357.91 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0104222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.6421;QD=15.5615;RBI=0.0639399;REFB=0.0140432;REVB=0.0630847;RO=41;SAF=31;SAR=18;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202992;STB=0.599257;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=-0.00883744;OID=.;OPOS=140111765;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.543478:49:91:50:92:42:31:19:17:25:99:41:31:18:16:25 chr5 140167463 . C T 102.8 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0139267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.395;QD=10.0295;RBI=0.0154259;REFB=-0.01747;REVB=0.00663374;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313347;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0364597;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:15:13:6:7:15:13 chr5 140168070 . A G 194.88 PASS AF=0.444444;AO=21;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00808623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.59;QD=17.3226;RBI=0.124307;REFB=-0.0302193;REVB=-0.124044;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584432;STB=0.545409;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0175243;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:21:20:0.444444:9:12:13:10:8:12:13:12 chr5 140168151 . G T 183.96 PASS AF=0.4;AO=23;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0232813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.636;QD=13.3788;RBI=0.0307723;REFB=-0.0216636;REVB=0.0201225;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809336;STB=0.575273;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0255802;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:23:22:0.4:14:9:15:17:14:8:16:17 chr5 140174622 . G A 578.62 PASS AF=0.658228;AO=51;DP=79;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.126255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8032;QD=29.2971;RBI=0.16551;REFB=-0.0362713;REVB=0.107019;RO=28;SAF=20;SAR=31;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724916;STB=0.547265;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0214649;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:27:51:52:0.658228:31:20:14:14:32:20:14:13 chr5 140174865 . G C 342.15 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00748469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2099;QD=13.6861;RBI=0.0359041;REFB=0.0039552;REVB=0.0351152;RO=62;SAF=26;SAR=12;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210209;STB=0.620356;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00578227;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:12:26:31:31:12:26:31:31 chr5 140181734 . A G 477.51 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0115455;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.441;QD=21.9543;RBI=0.0138806;REFB=-0.00856625;REVB=-0.00770542;RO=41;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497915;STB=0.527461;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00940366;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:41:46:46:0.528736:22:24:19:22:22:24:19:22 chr5 140181892 . T C 566.48 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0205529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.964;QD=20.0522;RBI=0.039271;REFB=-0.014692;REVB=-0.0334632;RO=55;SAF=35;SAR=23;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148779;STB=0.582047;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0136393;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:23:35:24:31:23:35:24:31 chr5 140182101 . G T 216.63 PASS AF=0.341463;AO=27;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=0.0424773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1319;QD=10.5675;RBI=0.0483643;REFB=0.000758319;REVB=0.0231253;RO=54;SAF=12;SAR=15;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312831;STB=0.666558;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.000140656;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:27:28:0.341463:15:12:39:15:15:13:39:15 chr5 140183058 . G A 93.37 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0140082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0574;QD=9.8289;RBI=0.0683711;REFB=-0.00989726;REVB=0.0669207;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314654;STB=0.689345;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0241566;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:10:16:4:8:10:16 chr5 140186937 . G T 140.33 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00851909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.117;QD=10.795;RBI=0.04618;REFB=-0.0147166;REVB=0.0453875;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033353;STB=0.502162;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0384307;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:34:34:17:18:0.346154:9:8:15:19:10:8:15:19 chr5 140187048 . G C 230.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0204871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.471;QD=14.4185;RBI=0.024406;REFB=-0.00755919;REVB=-0.013264;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509316;STB=0.502895;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0105006;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:18:19:14:13:18:19 chr5 140187102 . A G 312.94 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.029449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.636;QD=16.9157;RBI=0.0438386;REFB=-0.0123503;REVB=-0.0324743;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426178;STB=0.502391;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0232308;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:19:21:18:16:19:21 chr5 140187322 . C T 296.98 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0224132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.607;QD=10.702;RBI=0.023959;REFB=8.33778e-05;REVB=0.00846641;RO=72;SAF=21;SAR=17;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153464;STB=0.592336;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.000228726;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:72:73:38:38:0.342342:17:21:30:42:17:21:30:43 chr5 140187901 . A G 497.01 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=0.00298019;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.376;QD=16.4302;RBI=0.0200064;REFB=0.00470302;REVB=-0.0197832;RO=67;SAF=32;SAR=22;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114926;STB=0.563897;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00597662;OID=.;OPOS=140187901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:22:32:47:20:22:32:47:20 chr5 140188383 . T G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0622132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.964;QD=12.8971;RBI=0.0627293;REFB=-0.017226;REVB=-0.00803001;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237355;STB=0.639828;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0124613;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:12:5:15:15:12:5:15:15 chr5 140188401 . A G 119.55 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0289194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.821;QD=13.6627;RBI=0.0542511;REFB=-0.0152497;REVB=0.0459005;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258549;STB=0.651947;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00802461;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:11:10:10:4:11:10 chr5 140188575 . G C 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0338683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6287;QD=15.4092;RBI=0.0405506;REFB=-0.0177968;REVB=-0.0223;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837794;STB=0.54741;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0227016;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:16:18:12:15:16:18 chr5 140201420 . T C 463.37 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0626252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.407;QD=19.3071;RBI=0.063069;REFB=-0.0197211;REVB=-0.00746888;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638027;STB=0.535501;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0183899;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:27:19:24:26:27:19:24:26 chr5 140203432 . C T 39.5 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00486105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.709;QD=13.1675;RBI=0.040377;REFB=8.63462e-05;REVB=-0.0400833;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365022;STB=0.799197;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00115302;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:3:6:6:6:0.5:2:4:0:3:2:4:0:6 chr5 140208884 . A C 545.29 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0228459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.177;QD=22.9598;RBI=0.0261637;REFB=-0.0181965;REVB=-0.0127517;RO=43;SAF=26;SAR=25;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596914;STB=0.53762;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0218612;OID=.;OPOS=140208884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:44:51:51:0.536842:25:26:25:18:25:26:26:18 chr5 140209467 . T G 142.51 PASS AF=0.4;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0303094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2224;QD=14.2508;RBI=0.0416662;REFB=0.00426573;REVB=-0.0285904;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967593;STB=0.554729;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0108386;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:24:16:16:0.4:6:10:15:6:6:10:17:7 chr5 140214361 . G A 487.15 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00642171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.799;QD=29.9785;RBI=0.00803793;REFB=-0.0303304;REVB=0.00483425;RO=21;SAF=23;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560162;STB=0.530384;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0108503;OID=.;OPOS=140214361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:21:23:9:12:21:23:9:12 chr5 140214381 . G A 87.13 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0320702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7182;QD=6.22372;RBI=0.0513078;REFB=0.0152551;REVB=-0.0400499;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183532;STB=0.615207;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0528653;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:8:5:23:20:8:5:23:20 chr5 140221011 . C A 382.24 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00445299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.918;QD=20.118;RBI=0.0190392;REFB=-0.00763135;REVB=0.0185111;RO=36;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150272;STB=0.576909;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00834144;OID=.;OPOS=140221011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:16:23:15:21:16:23:16:21 chr5 140221139 . G A 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000455648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.756;QD=24.1066;RBI=0.0913943;REFB=-0.00263231;REVB=0.0913932;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20285;STB=0.613489;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00156878;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:9:10:7:17:9:10 chr5 140222157 . A C 379.23 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0421057;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.427;QD=14.177;RBI=0.043219;REFB=-0.0173281;REVB=0.00974637;RO=63;SAF=13;SAR=31;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28214;STB=0.659792;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0159703;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:63:63:44:44:0.411215:31:13:35:28:31:13:35:28 chr5 140222641 . A G 96.6 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0228951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.349;QD=19.3205;RBI=0.139497;REFB=-0.039372;REVB=-0.137606;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066985;STB=0.571299;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0305614;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:20:20:6:8:10:11:0.55:4:6:3:3:5:6:3:5 chr5 140228164 . C A 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0213493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.313;QD=7.74609;RBI=0.0296369;REFB=-0.00808676;REVB=-0.020556;RO=40;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516904;STB=0.801377;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0409267;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:42:16:16:0.275862:3:13:15:25:3:13:17:25 chr5 140229086 . C G 782.32 PASS AF=0.548148;AO=73;DP=134;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0245335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.477;QD=23.1798;RBI=0.0688194;REFB=0.00166136;REVB=-0.0642978;RO=59;SAF=25;SAR=48;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142934;STB=0.573994;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00176671;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:59:61:73:74:0.548148:48:25:30:29:49:25:30:31 chr5 140229368 . G C 306.92 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00370082;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4658;QD=14.1112;RBI=0.00661489;REFB=-0.00989786;REVB=0.00548277;RO=51;SAF=23;SAR=12;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339724;STB=0.514793;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0162686;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:51:52:35:35:0.402299:12:23:32:19:12:23:33:19 chr5 140229526 . T G 570.11 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=-0.0417263;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.93;QD=17.2761;RBI=0.044362;REFB=-0.0379659;REVB=-0.0150633;RO=72;SAF=38;SAR=22;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206463;STB=0.519774;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0411046;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:72:60:60:0.454545:22:38:47:25:22:38:48:24 chr5 140230370 . AA CC 396.57 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0129849;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.048;QD=15.1073;RBI=0.0149745;REFB=-0.0190011;REVB=-0.00745839;RO=58;SAF=35;SAR=10;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269738;STB=0.646083;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=0.019811;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:58:60:45:45:0.428571:10:35:32:26:10:35:34:26 chr5 140231125 . T C 163.99 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0030508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.654;QD=12.8622;RBI=0.0160848;REFB=-0.00269976;REVB=-0.0157928;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271155;STB=0.658058;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0270879;OID=.;OPOS=140231125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:18:14:13:6:18:14 chr5 140231237 . T C 964.53 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.050982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9226;QD=55.915;RBI=0.087235;REFB=-0.163774;REVB=0.0707868;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.516662;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00535747;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:38:29:1:0:38:29:2:0 chr5 140232950 . G C 156.88 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0207175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7367;QD=16.0904;RBI=0.0665798;REFB=0.0679493;REVB=0.0632744;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407973;STB=0.735561;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0520323;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:4:13:8:14:4:13:8:14 chr5 140236950 . C G 401.7 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0362263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.845;QD=18.9036;RBI=0.0362513;REFB=-0.0135813;REVB=0.00134715;RO=43;SAF=8;SAR=33;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308141;STB=0.669473;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0144655;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:33:8:20:23:33:8:20:24 chr5 140237109 . T G 739.45 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=143;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.051118;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5496;QD=20.8294;RBI=0.053414;REFB=-0.0208955;REVB=-0.0154921;RO=70;SAF=43;SAR=29;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151791;STB=0.583572;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0163799;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:70:70:72:72:0.507042:29:43:30:40:29:43:30:40 chr5 140237387 . T G 54.97 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0532292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3185;QD=9.55961;RBI=0.0537884;REFB=-0.0206788;REVB=0.00773585;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0367931;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:9:6:5:3:9:6 chr5 140237548 . A G 246.97 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00721513;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.573;QD=19.37;RBI=0.0151894;REFB=-0.0164932;REVB=-0.0133663;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220946;STB=0.615918;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0202774;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:25:26:26:0.509804:11:15:21:5:11:15:20:5 chr5 140242451 . GC G 103.22 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0115055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.05;QD=10.5865;RBI=0.0326882;REFB=0.0112268;REVB=-0.0305965;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155401;STB=0.589635;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=-0.0182274;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:16:39:16:39:23:8:8:15:8:99:23:8:8:15:8 chr5 140242479 . T A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0105047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.379;QD=17.247;RBI=0.0175796;REFB=-0.00606751;REVB=-0.0140959;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266444;STB=0.651026;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00809998;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:19:8:12:9:19:8 chr5 140250252 . T C 216.31 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00533209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.937;QD=13.1099;RBI=0.0242751;REFB=-0.0314154;REVB=-0.0236823;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984;STB=0.54597;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0456142;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:40:26:26:0.393939:15:11:13:26:15:11:14:26 chr5 140255482 . T C 583.47 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00525654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.081;QD=16.0957;RBI=0.00547521;REFB=-0.0100196;REVB=-0.00153191;RO=83;SAF=37;SAR=25;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130894;STB=0.573298;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0113777;OID=.;OPOS=140255482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:83:62:62:0.427586:25:37:39:44:25:37:39:44 chr5 140255792 . C A 102.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0154912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4256;QD=17.065;RBI=0.231495;REFB=-0.0718573;REVB=-0.230976;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034987;STB=0.588084;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.043359;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:24:6:12:10:12:0.5:2:8:5:1:4:8:6:6 chr5 140263290 . T G 237.25 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0179232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.58;QD=11.4336;RBI=0.0301012;REFB=-0.0155949;REVB=-0.0241835;RO=54;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435449;STB=0.502519;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0320334;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:13:16:30:24:13:16:30:24 chr5 140307284 . G A 454.31 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0320579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.922;QD=17.4736;RBI=0.0322379;REFB=-0.0123686;REVB=-0.0034023;RO=55;SAF=22;SAR=27;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916766;STB=0.551;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00486682;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:27:22:30:25:27:22:30:25 chr5 140307746 . C G 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00793932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.362;QD=9.41882;RBI=0.00961076;REFB=-0.0106611;REVB=-0.00541609;RO=36;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231182;STB=0.63981;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0220547;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:5:10:17:19:5:10:17:19 chr5 140307969 . C G 353.63 PASS AF=0.39;AO=40;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0293362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9234;QD=14.1451;RBI=0.0728276;REFB=-0.00769321;REVB=-0.0666577;RO=60;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192308;STB=0.622161;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0155508;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:61:40:39:0.39:18:22:22:38:17:22:22:39 chr5 140309016 . C T 481.67 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=110;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00258252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.895;QD=17.3574;RBI=0.0206803;REFB=-0.0160964;REVB=-0.0205184;RO=59;SAF=26;SAR=25;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477713;STB=0.521368;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0103961;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:59:51:52:0.468468:25:26:33:26:25:27:33:26 chr5 140309124 . G A 173.0 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0437666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.066;QD=18.7022;RBI=0.0762501;REFB=-0.0480575;REVB=-0.0624385;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126365;STB=0.567494;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0219169;OID=.;OPOS=140309124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:19:17:18:0.486486:8:9:7:11:9:9:7:12 chr5 140346468 . T A 252.72 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00990224;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.819;QD=12.3279;RBI=0.014682;REFB=-0.0277914;REVB=0.01084;RO=50;SAF=21;SAR=9;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985401;STB=0.547453;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0460333;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:52:30:30:0.365854:9:21:31:19:9:21:33:19 chr5 140346712 . T C 754.92 PASS AF=0.424084;AO=80;DP=186;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.0138229;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.522;QD=15.8098;RBI=0.0462127;REFB=-0.025733;REVB=-0.044097;RO=105;SAF=42;SAR=38;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279875;STB=0.502075;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0379567;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:191:105:110:80:81:0.424084:38:42:58:47:38:43:58:52 chr5 140347053 . C T 297.52 PASS AF=0.55102;AO=25;DP=47;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0561723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7326;QD=24.287;RBI=0.0914443;REFB=0.00378208;REVB=0.0721578;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319934;STB=0.52049;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00040665;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:22:22:25:27:0.55102:15:10:8:14:16:11:8:14 chr5 140474756 . G A 288.05 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00604587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.106;QD=13.3979;RBI=0.00608522;REFB=0.00326771;REVB=0.000690912;RO=49;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115464;STB=0.592134;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00403394;OID=.;OPOS=140474756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:49:53:33:33:0.383721:21:12:23:26:21:12:27:26 chr5 140476894 . A G 494.12 PASS AF=0.368098;AO=60;DP=162;FAO=60;FDP=163;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.0159804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.795;QD=12.1257;RBI=0.0182296;REFB=-0.00850142;REVB=-0.00877198;RO=101;SAF=30;SAR=30;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164094;STB=0.509199;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0180404;OID=.;OPOS=140476894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:101:103:60:60:0.368098:30:30:52:49:30:30:53:50 chr5 140476905 . A G 438.41 PASS AF=0.369565;AO=51;DP=140;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.0044196;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1186;QD=12.7076;RBI=0.0093117;REFB=-0.0159117;REVB=-0.00819603;RO=82;SAF=24;SAR=27;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848338;STB=0.551001;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0193585;OID=.;OPOS=140476905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:82:87:51:51:0.369565:27:24:45:37:27:24:48:39 chr5 140476939 . A G 142.61 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00925877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.576;QD=8.267;RBI=0.00926328;REFB=-0.0238619;REVB=0.000288904;RO=48;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246201;STB=0.521717;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0506677;OID=.;OPOS=140476939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:10:10:25:23:10:10:26:23 chr5 140480355 . A G 271.84 PASS AF=0.388235;AO=34;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=-0.00413017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9223;QD=12.7923;RBI=0.00413157;REFB=-0.00299408;REVB=-0.000107512;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222156;STB=0.650438;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00559765;OID=.;OPOS=140480355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:52:34:33:0.388235:13:21:38:9:13:20:43:9 chr5 140480578 . A G 375.36 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.000159397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.593;QD=15.8048;RBI=0.00314006;REFB=-0.0192772;REVB=0.00313601;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27468;STB=0.658837;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0308909;OID=.;OPOS=140480578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:25:15:35:19:25:15:36:19 chr5 140482483 . G A 143.79 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00529454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.207;QD=15.1353;RBI=0.0602372;REFB=-0.00918724;REVB=0.0600041;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620068;STB=0.536035;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0128317;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:3:13:17:5:3:13:17:5 chr5 140502841 . G A 180.83 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0322481;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0059;QD=11.1282;RBI=0.0459453;REFB=-0.00925776;REVB=-0.0327266;RO=42;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237267;STB=0.647977;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00994923;OID=.;OPOS=140502841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:42:22:23:0.353846:17:5:17:25:18:5:17:25 chr5 140503237 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00026775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.441;QD=9.56955;RBI=0.0116205;REFB=-0.0176932;REVB=0.0116175;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0204475;OID=.;OPOS=140503237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:7:8:5:3:7:8 chr5 140517174 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.301;QD=44.6898;RBI=0.0518241;REFB=0;REVB=0.033592;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355834;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 140517431 . T C 1370.25 PASS AF=0.484211;AO=137;DP=285;FAO=138;FDP=285;FR=.;FRO=147;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=85;FSRR=62;FWDB=-0.0103847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.35;QD=19.2315;RBI=0.0116588;REFB=-0.00186663;REVB=0.0052997;RO=147;SAF=67;SAR=70;SRF=85;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838311;STB=0.544035;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00185105;OID=.;OPOS=140517431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:147:147:137:138:0.484211:70:67:85:62:70:68:85:62 chr5 140517690 . C A 212.44 PASS AF=0.415385;AO=25;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0208042;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.683;QD=13.0733;RBI=0.024992;REFB=-0.00662991;REVB=0.0138487;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104818;STB=0.541494;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0110367;OID=.;OPOS=140517690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:25:27:0.415385:11:14:17:20:13:14:17:21 chr5 140530529 . G A 185.44 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00838235;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.594;QD=12.1598;RBI=0.0136231;REFB=-0.00450897;REVB=-0.0107389;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222449;STB=0.502855;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0111783;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:38:23:23:0.377049:11:12:19:16:11:12:20:18 chr5 140531175 . T C 627.4 PASS AF=1;AO=25;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.559;QD=61.2101;RBI=0.0798889;REFB=0;REVB=-0.00592606;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121553;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:25:41:1:16:9:0:0:19:22:0:0 chr5 140531746 . C G 306.3 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5242;QD=53.2701;RBI=0.0722801;REFB=0;REVB=0.020928;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153379;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:5:17:0:0:6:17:0:0 chr5 140532871 . T A 374.45 PASS AF=0.642857;AO=33;DP=52;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.102983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.2091;QD=26.7462;RBI=0.116058;REFB=-0.0754749;REVB=-0.0535152;RO=19;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179003;STB=0.504308;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.041821;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:19:20:33:36:0.642857:13:20:12:7:13:23:13:7 chr5 140532888 . TA T,TT 60.57 PASS AF=0.393939,0;AO=13,5;DP=67;FAO=26,0;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10,0;FSAR=16,0;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.234752,0.198618;FXX=0.0294074;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.63683,10.9811;QD=3.67088;RBI=0.276654,0.235155;REFB=-0.0646636,-0.0641217;REVB=-0.146387,-0.125891;RO=27;SAF=2,1;SAR=11,4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.496477,-0.414558;STB=0.586221,0.5;STBP=0.282,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0500154,0.122388;OID=.,.;OPOS=140532889,140532889;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939,0:13,5:67:26,0:66:40:10,0:16,0:21:19:57:27:2,1:11,4:15:12 chr5 140553581 . G C 1589.7 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.817;QD=59.9885;RBI=0.0119066;REFB=0;REVB=0.0113496;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99037e-05;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:53:53:0:0:53:53:0:0 chr5 140553856 . G A 428.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8025;QD=57.1957;RBI=0.0697369;REFB=0;REVB=-0.0609342;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234671;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:23:6:0:0:24:6:0:0 chr5 140554006 . C G 207.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.418;QD=48.7687;RBI=0.0387766;REFB=0;REVB=0.0333132;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07068e-05;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:13:3:0:0:14:3:0:0 chr5 140554481 . G T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0370476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3629;QD=16.9311;RBI=0.039641;REFB=-0.0183413;REVB=0.0141026;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755114;STB=0.543407;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.021213;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:8:4:5:7:8:4 chr5 140554562 . A T 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00571181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.499;QD=13.58;RBI=0.0233921;REFB=-0.0171763;REVB=-0.0226841;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791353;STB=0.521714;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0341809;OID=.;OPOS=140554562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:25:28:17:17:0.377778:6:11:16:9:6:11:19:9 chr5 140554606 . T C 241.97 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00183427;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1369;QD=14.8902;RBI=0.101189;REFB=-0.0348999;REVB=-0.101172;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628846;STB=0.543328;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0346407;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:37:28:28:0.430769:15:13:20:18:15:13:20:17 chr5 140554808 . T A 783.75 PASS AF=0.464088;AO=80;DP=175;FAO=84;FDP=181;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0050674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5536;QD=17.3204;RBI=0.0100552;REFB=-0.0134123;REVB=-0.00868499;RO=92;SAF=46;SAR=34;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309637;STB=0.532481;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0250517;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:181:92:97:80:84:0.464088:34:46:50:42:34:50:52:45 chr5 140555181 . T TTA 82.27 PASS AF=0.387097;AO=8;DP=34;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0262614;FXX=0.0605877;HRUN=5;LEN=2;MLLD=22.261;QD=10.6151;RBI=0.055505;REFB=-0.0778721;REVB=0.0488993;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34426;STB=0.677161;STBP=0.177;TYPE=ins;VARB=0.12079;OID=.;OPOS=140555182;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:8:34:12:31:19:6:6:4:15:82:22:5:3:7:15 chr5 140558212 . A C 429.74 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0165668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.68;QD=25.2787;RBI=0.016748;REFB=-0.00851404;REVB=0.00245725;RO=25;SAF=35;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391845;STB=0.722587;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00664541;OID=.;OPOS=140558212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:27:41:41:0.602941:6:35:11:14:6:35:12:15 chr5 140558326 . T C 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0501608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.807;QD=2.23767;RBI=0.0503263;REFB=-0.00233488;REVB=-0.00407834;RO=66;SAF=6;SAR=3;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059087;STB=0.54359;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0129512;OID=.;OPOS=140558326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:3:6:41:25:3:6:41:25 chr5 140558345 . G C 704.53 PASS AF=0.734177;AO=58;DP=79;FAO=58;FDP=79;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0205894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.215;QD=35.6725;RBI=0.0243923;REFB=-0.0250799;REVB=0.013079;RO=21;SAF=37;SAR=21;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842424;STB=0.545355;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0148147;OID=.;OPOS=140558345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:21:21:58:58:0.734177:21:37:10:11:21:37:10:11 chr5 140559320 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0542767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.95;QD=29.1641;RBI=0.0552623;REFB=-0.00645571;REVB=0.0103903;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125323;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00489026;OID=.;OPOS=140559320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:1:2:7:4:1:2 chr5 140559596 . T G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.020298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.113;QD=7.04804;RBI=0.0444898;REFB=-0.0286862;REVB=-0.0395895;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948687;STB=0.560192;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0622973;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:3:5:12:10:3:5:12:10 chr5 140563579 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.391;QD=10.1728;RBI=0.0186359;REFB=-0.00219275;REVB=-0.0186359;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197096;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:6:0:0:9:6:0:0:9 chr5 140563656 . G A 88.08 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0402653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.307;QD=14.0932;RBI=0.0485666;REFB=-0.0279537;REVB=0.0271555;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240656;STB=0.63887;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.043859;OID=.;OPOS=140563656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:11:3:5:6:11:3 chr5 140564088 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0206191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8211;QD=8.40196;RBI=0.0605249;REFB=-0.0204246;REVB=0.0569045;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195762;STB=0.620179;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0515287;OID=.;OPOS=140564088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:8:13:4:5:8:13 chr5 140564263 . C T 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0210924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.711;QD=9.49382;RBI=0.025692;REFB=-0.00595156;REVB=0.0146694;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15701;STB=0.595568;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0155638;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:12:12:4:7:12:12 chr5 140567264 . G T 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0157811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.73;QD=10.3655;RBI=0.0171097;REFB=-0.0144218;REVB=-0.00661052;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471908;STB=0.772626;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0303981;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:14:6:29:10:14:6:29:10 chr5 140567445 . A G 239.37 PASS AF=0.511111;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0172596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.456;QD=21.2776;RBI=0.020336;REFB=-0.0129906;REVB=0.0107545;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638654;STB=0.511618;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.014724;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:20:22:21:23:0.511111:11:10:11:9:11:12:12:10 chr5 140568026 . T C 410.92 PASS AF=0.457447;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00890072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.744;QD=17.4858;RBI=0.0110858;REFB=-0.00204717;REVB=0.00660848;RO=51;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041704;STB=0.528687;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00278102;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:51:42:43:0.457447:24:18:24:27:25:18:24:27 chr5 140568034 . C CA 947.86 PASS AF=1;AO=76;DP=88;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197692;FXX=0.0804505;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5064;QD=47.3929;RBI=0.165775;REFB=0;REVB=-0.164592;RO=10;SAF=36;SAR=40;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00262318;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:88:80:80:0:38:42:0:0:17:10:36:40:4:6 chr5 140572668 . C T 296.13 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00731458;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8013;QD=17.4193;RBI=0.0206995;REFB=-0.00498846;REVB=0.019364;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052459;STB=0.529393;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00910218;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:36:36:32:32:0.470588:16:16:20:16:16:16:20:16 chr5 140572763 . C G 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0300678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.488;QD=18.776;RBI=0.0330053;REFB=-0.0258315;REVB=-0.0136117;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17285;STB=0.59694;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0242779;OID=.;OPOS=140572763;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:16:10:15:11:16:10:15:11 chr5 140573439 . G C 319.8 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0634857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3652;QD=18.5391;RBI=0.0715468;REFB=-0.00314296;REVB=-0.0329926;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245374;STB=0.636438;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0010714;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:20:14:24:11:20:14:24:11 chr5 140573442 . C G 307.14 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.000838722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.455;QD=18.0668;RBI=0.0153776;REFB=-0.0228461;REVB=0.0153547;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237305;STB=0.632146;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0216113;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:19:14:24:11:19:14:24:11 chr5 140573754 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.484;QD=44.6897;RBI=0.0427563;REFB=0;REVB=0.00562161;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105795;OID=.;OPOS=140573754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 140575211 . G T 892.31 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.27;QD=57.5683;RBI=0.0345702;REFB=0;REVB=0.0236684;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97549e-05;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:30:30:0:0:32:30:0:0 chr5 140580931 . C G 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0958027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.17;QD=9.9129;RBI=0.0984805;REFB=-0.00486666;REVB=0.0228091;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0242865;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:10:7:3:6:10:7 chr5 140581510 . G T 180.52 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0147515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.935;QD=13.8864;RBI=0.0147875;REFB=-0.00418578;REVB=0.00103132;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610545;STB=0.535177;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00904392;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:19:12:7:14:19:12 chr5 140589738 . C T 171.76 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0307646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.384;QD=11.0813;RBI=0.0440019;REFB=-0.00799114;REVB=0.0314595;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129091;STB=0.575153;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0110259;OID=.;OPOS=140589738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:19:21:9:13:19:21 chr5 140590766 . A G 534.6 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0179733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8618;QD=23.4987;RBI=0.0206069;REFB=-0.00950983;REVB=0.0100799;RO=41;SAF=25;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999986;STB=0.505492;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00977206;OID=.;OPOS=140590766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:25:25:20:21:25:25:20:21 chr5 140594442 . A G 86.05 PASS AF=0.117318;AO=20;DP=178;FAO=21;FDP=179;FR=.;FRO=158;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=90;FSRR=68;FWDB=-0.00474941;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.995;QD=1.92302;RBI=0.00807676;REFB=-0.003369;REVB=-0.00653277;RO=156;SAF=12;SAR=8;SRF=90;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292642;STB=0.501627;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0292421;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:178:179:156:158:20:21:0.117318:8:12:90:66:9:12:90:68 chr5 140595106 . C G 98.26 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0643294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3846;QD=13.5524;RBI=0.0662493;REFB=0.00805617;REVB=0.0158336;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218026;STB=0.512799;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.012084;OID=.;OPOS=140595106;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:6:11:8:4:6:11 chr5 140595375 . C T 32.46 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0297951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6384;QD=16.2293;RBI=0.0329987;REFB=-0.125913;REVB=0.0141833;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0758176;OID=.;OPOS=140595375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr5 140595625 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00595988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.104;QD=18.767;RBI=0.0431182;REFB=0.0233358;REVB=0.0427044;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0142432;OID=.;OPOS=140595625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:1:2:4:2:1:2 chr5 140596162 . C T 489.89 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00289033;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.065;QD=17.0396;RBI=0.0035264;REFB=-0.00973372;REVB=-0.00202027;RO=56;SAF=25;SAR=28;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757697;STB=0.56711;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0095188;OID=.;OPOS=140596162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:62:53:53:0.46087:28:25:31:25:28:25:37:25 chr5 140596704 . A G 624.76 PASS AF=0.625;AO=54;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0217378;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7611;QD=28.3981;RBI=0.083276;REFB=-0.0127866;REVB=0.0803888;RO=32;SAF=28;SAR=26;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126844;STB=0.515923;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00891741;OID=.;OPOS=140596704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:33:54:55:0.625:26:28:16:16:26:29:16:17 chr5 140605078 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0342578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.679;QD=9.44485;RBI=0.04569;REFB=-0.0394384;REVB=0.030232;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0580146;OID=.;OPOS=140605078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr5 140614830 . G A 537.57 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00277255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.523;QD=16.0468;RBI=0.0705566;REFB=0.016821;REVB=-0.0705021;RO=75;SAF=32;SAR=26;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858426;STB=0.551706;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0234363;OID=.;OPOS=140614830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:75:76:58:58:0.432836:26:32:35:40:26:32:35:41 chr5 140615221 . C T 490.74 PASS AF=0.46087;AO=54;DP=116;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0143406;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.356;QD=17.0693;RBI=0.0165588;REFB=-0.015529;REVB=0.00827911;RO=61;SAF=28;SAR=26;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529351;STB=0.538447;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0130793;OID=.;OPOS=140615221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:61:62:54:53:0.46087:26:28:35:26:26:27:36:26 chr5 140615269 . A G 328.62 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0291944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.924;QD=18.0068;RBI=0.0307396;REFB=-0.0131568;REVB=-0.0096233;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888411;STB=0.54962;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0143385;OID=.;OPOS=140615269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:19:16:21:17:19:16:21:17 chr5 140615733 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0242674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6376;QD=14.6526;RBI=0.033737;REFB=-0.000505444;REVB=-0.0234367;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00413833;OID=.;OPOS=140615733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr5 140626571 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0227663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8786;QD=14.0424;RBI=0.0407099;REFB=0.00473801;REVB=-0.0337489;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00228045;OID=.;OPOS=140626571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr5 140626626 . C CA 288.8 PASS AF=0.96;AO=4;DP=27;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.115268;FXX=0.0740466;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.502;QD=46.208;RBI=0.124759;REFB=-0.186839;REVB=0.0477296;RO=23;SAF=0;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627715;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=ins;VARB=0.00750358;OID=.;OPOS=140626627;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:4:27:24:25:1:10:14:1:0:6:23:0:4:11:12 chr5 140626627 . G A,C 304.37 PASS AF=0.888889,0.0740741;AO=21,4;DP=27;FAO=24,2;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=14,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044121,0.0148418;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=145.906,12.1432;QD=45.0915;RBI=0.053949,0.184769;REFB=-0.131403,-0.120386;REVB=0.0310457,-0.184171;RO=0;SAF=10,0;SAR=11,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51176e-08,0;STB=0.52379,0.993266;STBP=0.298,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00248215,0.134232;OID=.,.;OPOS=140626627,140626627;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:1:21,4:24,2:0.888889,0.0740741:11,4:10,0:0:0:14,2:10,0:1:0 chr5 140626767 . C T 70.53 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00146316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.88;QD=12.2663;RBI=0.00177605;REFB=-0.0287725;REVB=-0.00100674;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.599791;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0319403;OID=.;OPOS=140626767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:23:13:13:9:10:0.434783:7:2:6:7:7:3:6:7 chr5 140626790 . A C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.106599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.396;QD=11.0193;RBI=0.107369;REFB=-0.0154881;REVB=-0.0128345;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0141129;OID=.;OPOS=140626790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr5 140699759 . T C 200.65 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0425363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.061;QD=15.1435;RBI=0.0437628;REFB=-0.0453566;REVB=-0.0102882;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673758;STB=0.52468;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0466257;OID=.;OPOS=140699759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:28:30:22:23:0.433962:14:8:12:16:14:9:13:17 chr5 140699840 . T G 131.96 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0167297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.773;QD=14.6627;RBI=0.0202443;REFB=-0.0232402;REVB=-0.0113995;RO=20;SAF=1;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402545;STB=0.77117;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0210829;OID=.;OPOS=140699840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:14:1:5:15:14:1:6:15 chr5 140710705 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0232794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.867;QD=19.0005;RBI=0.0232864;REFB=-0.0187615;REVB=0.000570856;RO=17;SAF=14;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961136;STB=0.554081;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0175314;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:3:14:15:2:3:14:15:2 chr5 140712299 . A T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00138481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.66;QD=7.46509;RBI=0.00724415;REFB=-0.018097;REVB=-0.00711056;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883077;STB=0.555401;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0303029;OID=.;OPOS=140712299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:11:6:3:4:11:6 chr5 140719025 . G C 228.21 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0139127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.823;QD=13.8308;RBI=0.0196886;REFB=-0.0134362;REVB=0.0139312;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589723;STB=0.533607;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0159889;OID=.;OPOS=140719025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:14:13:21:18:14:13:21:18 chr5 140725828 . C T 341.69 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0785377;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8058;QD=17.9839;RBI=0.0796703;REFB=-0.00254126;REVB=0.0133864;RO=40;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113768;STB=0.506356;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00178192;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:13:23:26:14:13:23:26:14 chr5 140735679 . G T 38.73 PASS AF=0.119565;AO=10;DP=91;FAO=11;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0242887;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.4571;QD=1.68403;RBI=0.0243168;REFB=-0.0175669;REVB=-0.00116931;RO=54;SAF=2;SAR=8;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535452;STB=0.853431;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.149903;OID=.;OPOS=140735679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:92:54:81:10:11:0.119565:8:2:36:18:9:2:50:31 chr5 140739779 . C G 773.45 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0153408;FXX=0.00636902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.428;QD=19.832;RBI=0.0192957;REFB=-0.0132426;REVB=-0.011704;RO=75;SAF=48;SAR=31;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797879;STB=0.55116;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0121396;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:75:77:79:79:0.50641:31:48:39:36:31:48:39:38 chr5 140750044 . T C 3747.96 PASS AF=0.976562;AO=247;DP=256;FAO=250;FDP=256;FR=.;FRO=6;FSAF=147;FSAR=103;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0406814;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.288;QD=58.5619;RBI=0.0456708;REFB=-0.119042;REVB=0.0207568;RO=3;SAF=145;SAR=102;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187867;STB=0.505946;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00143709;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:256:256:3:6:247:250:0.976562:102:145:2:1:103:147:5:1 chr5 140751128 . C G 147.06 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0245123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4624;QD=17.3014;RBI=0.0245502;REFB=-0.0399189;REVB=0.00136328;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218222;STB=0.624844;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0114956;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:11:7:10:6:11:7 chr5 140751698 . G A 268.43 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0341207;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.405;QD=16.7768;RBI=0.0438928;REFB=-0.0126982;REVB=0.0276107;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019362;STB=0.529392;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.013097;OID=.;OPOS=140751698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:34:29:30:0.46875:13:16:20:15:14:16:20:14 chr5 140763029 . A G 253.04 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0500626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.283;QD=15.1068;RBI=0.0511284;REFB=-0.00528569;REVB=0.0103854;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310466;STB=0.673913;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00596621;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:9:29:13:16:9:29 chr5 140763100 . C T 156.11 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.109454;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5215;QD=14.8676;RBI=0.11044;REFB=-0.0166704;REVB=0.0147263;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300805;STB=0.663446;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0393292;OID=.;OPOS=140763100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:25:17:17:0.404762:10:7:4:22:10:7:4:21 chr5 140773388 . G T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0157066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.199;QD=14.766;RBI=0.0179452;REFB=-0.00774973;REVB=-0.00867949;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346885;STB=0.695221;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.014445;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:8:25:10:15:8:25 chr5 140774288 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000725401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.771;QD=57.2018;RBI=0.00703941;REFB=0;REVB=0.00700193;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10586e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:12:18:0:0 chr5 140778256 . G A 243.92 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0150791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.919;QD=23.2306;RBI=0.167832;REFB=-0.00954821;REVB=-0.167153;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12867;STB=0.57137;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0114899;OID=.;OPOS=140778256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:15:4:8:15:15:4 chr5 140783596 . C T 243.98 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00967536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.152;QD=18.7679;RBI=0.0206499;REFB=-0.0197991;REVB=-0.018243;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271598;STB=0.651055;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0221158;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:20:6:14:12:20:6 chr5 140784055 . T C 274.18 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0169503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.285;QD=24.9257;RBI=0.0346387;REFB=-0.025267;REVB=-0.030208;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113987;STB=0.563058;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0199927;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:10:15:14:5:10:15:14:5 chr5 140784427 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0106342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.517;QD=13.4558;RBI=0.0138289;REFB=-0.0150555;REVB=0.00884037;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350968;STB=0.704349;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0331383;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:4:11:4:7:4:11 chr5 140788264 . C T 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00377849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.711;QD=8.43579;RBI=0.0149529;REFB=-0.015162;REVB=-0.0144677;RO=41;SAF=3;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437604;STB=0.76678;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0298912;OID=.;OPOS=140788264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:14:3:21:20:14:3:21:20 chr5 140789637 . C CG 33.64 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00738413;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.2551;QD=7.08273;RBI=0.0262993;REFB=-0.005332;REVB=-0.0252414;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554657;STB=0.842732;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.0912686;OID=.;OPOS=140789638;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:19:7:19:12:6:1:4:8:33:12:6:1:4:8 chr5 140789933 . G A 572.86 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=52;FWDB=-0.0138503;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.604;QD=17.4918;RBI=0.0288963;REFB=-0.0103913;REVB=0.0253607;RO=70;SAF=28;SAR=32;SRF=19;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193782;STB=0.609924;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0121157;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:70:71:60:60:0.458015:32:28:19:51:32:28:19:52 chr5 140793007 . A G 500.94 PASS AF=0.515789;AO=46;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0055762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.547;QD=21.0923;RBI=0.0240262;REFB=-0.011856;REVB=0.0233701;RO=46;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797677;STB=0.558357;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0104759;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:46:46:49:0.515789:21:25:29:17:24:25:29:17 chr5 140797630 . G T 653.09 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0360527;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.091;QD=18.9301;RBI=0.0406108;REFB=-0.0195084;REVB=0.0186932;RO=72;SAF=34;SAR=32;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105713;STB=0.558458;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0209047;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:72:72:66:66:0.478261:32:34:29:43:32:34:29:43 chr5 140801104 . T C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0180596;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.773;QD=25.7317;RBI=0.0278819;REFB=0.00342182;REVB=0.0212427;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218425;STB=0.609054;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00320875;OID=.;OPOS=140801104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:15:11:13:5:15:11:13:6 chr5 140801298 . C A 476.18 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00416526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.61;QD=21.8934;RBI=0.0676862;REFB=-0.0124149;REVB=0.0675579;RO=41;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729531;STB=0.540213;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0114439;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:23:23:24:17:23:23:24:17 chr5 140803241 . C A 267.54 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0162419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1319;QD=28.1623;RBI=0.0411226;REFB=0.00210013;REVB=0.0377792;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647896;STB=0.535685;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00171213;OID=.;OPOS=140803241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:15:9:4:10:15:9:4:10 chr5 140807256 . A C 300.65 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00139369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4573;QD=19.0888;RBI=0.00583015;REFB=-0.0335268;REVB=-0.00566112;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985575;STB=0.554862;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0376414;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:17:15:18:13:17:15:18:13 chr5 140857798 . T C 339.46 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00910212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.879;QD=15.4298;RBI=0.0108394;REFB=-0.0106506;REVB=0.00588586;RO=50;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146869;STB=0.588958;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0184988;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:14:23:24:26:14:23:24:27 chr5 140858245 . C T 460.41 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00158683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.809;QD=21.168;RBI=0.00313508;REFB=-0.0141879;REVB=0.00270382;RO=42;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681842;STB=0.537719;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.013242;OID=.;OPOS=140858245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:18:27:22:20:18:27:22:20 chr5 140859053 . A T 413.48 PASS AF=0.487179;AO=26;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0427497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.269;QD=21.2042;RBI=0.0704221;REFB=-0.0566099;REVB=0.0559618;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159343;STB=0.507688;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0998882;OID=.;OPOS=140859053;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:32:26:38:0.487179:16:10:17:14:16:22:18:14 chr5 140890927 . T C 36.3 PASS AF=0.102564;AO=4;DP=40;FAO=4;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.030436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2188;QD=3.72279;RBI=0.0567554;REFB=-0.00417177;REVB=-0.0479043;RO=32;SAF=2;SAR=2;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178172;STB=0.656437;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0618512;OID=.;OPOS=140890927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:40:39:32:31:4:4:0.102564:2:2:11:21:2:2:10:21 chr5 141014494 . T C 585.71 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.00320148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.035;QD=16.3834;RBI=0.00968339;REFB=-0.00628662;REVB=-0.00913885;RO=80;SAF=20;SAR=42;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112523;STB=0.567545;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0111578;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:80:81:62:62:0.433566:42:20:34:46:42:20:35:46 chr5 141016288 . T G 726.9 PASS AF=0.555556;AO=69;DP=127;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00474248;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.008;QD=23.0763;RBI=0.00506185;REFB=-0.0216227;REVB=-0.00176951;RO=52;SAF=36;SAR=33;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926467;STB=0.567927;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0192161;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:52:56:69:70:0.555556:33:36:21:31:33:37:21:35 chr5 141019110 . C A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0808213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4407;QD=15.6446;RBI=0.0809063;REFB=-0.0170879;REVB=0.00370916;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147839;STB=0.583869;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0157311;OID=.;OPOS=141019110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:9:20:12:10:9:20 chr5 141019568 . T TC 85.55 PASS AF=0.52;AO=3;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0187301;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.545;QD=13.6879;RBI=0.0206264;REFB=-0.000595736;REVB=-0.00863887;RO=21;SAF=2;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205794;STB=0.596124;STBP=0.341;TYPE=ins;VARB=0.00143976;OID=.;OPOS=141019569;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:3:25:13:25:12:8:5:5:7:85:21:2:1:10:11 chr5 141019569 . G C 65.18 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0148194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.398;QD=10.4289;RBI=0.016845;REFB=-0.0284984;REVB=-0.00800859;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.535635;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0465102;OID=.;OPOS=141019569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:14:16:9:9:0.36:4:5:6:8:4:5:8:8 chr5 141019830 . C G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0374008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.156;QD=20.1597;RBI=0.0395496;REFB=-0.00114855;REVB=-0.0128587;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325579;STB=0.518495;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0010307;OID=.;OPOS=141019830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:14:2:2:12:14:2:2:12 chr5 141020252 . C T 228.5 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.000840444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.28;QD=22.2924;RBI=0.0439791;REFB=-0.0115805;REVB=0.0439711;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433881;STB=0.52425;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0104936;OID=.;OPOS=141020252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:8:14:13:6:8:14:13:6 chr5 141036318 . CTTTTTTC CTTTTTC,CTTTTTCA,CTTTTTCG 32.48 PASS AF=0.153846,0.0769231,0;AO=7,3,2;DP=40;FAO=6,3,0;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2,0,0;FSAR=4,3,0;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0884121,0.0099315,-0.0456359;FXX=0.0249938;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,2;MLLD=11.1977,31.1215,101.796;QD=3.33118;RBI=0.0902676,0.0368088,0.04749;REFB=-0.0740419,-0.0446449,-0.00139581;REVB=0.0182085,0.0354436,0.0131404;RO=22;SAF=3,0,0;SAR=4,3,2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0.311828,0,0;SSSB=-0.344662,-0.686038,-0.617381;STB=0.757859,0.997382,0.5;STBP=0.234,0.027,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0296603,0.131195,0.0605929;OID=.,.,.;OPOS=141036319,141036324,141036324;OREF=T,TC,TC;OALT=-,CA,CG;OMAPALT=CTTTTTC,CTTTTTCA,CTTTTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846,0.0769231,0:7,3,2:40:6,3,0:39:30:2,0,0:4,3,0:20:10:19:22:3,0,0:4,3,2:16:6 chr5 141036337 . A G 304.14 PASS AF=0.586957;AO=28;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0107103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1833;QD=26.4465;RBI=0.0139255;REFB=9.77598e-05;REVB=-0.0088999;RO=18;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906193;STB=0.533955;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00116597;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:28:27:0.586957:16:12:10:8:15:12:10:9 chr5 141059868 . T C 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0124302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.452;QD=21.9525;RBI=0.0351223;REFB=-0.0232441;REVB=0.0328491;RO=25;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514371;STB=0.502842;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0218687;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:13:19:15:10:13:19:15:10 chr5 141243646 . A G 3945.95 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347283;FXX=0.0120477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.445;QD=64.1618;RBI=0.0165555;REFB=0;REVB=0.0161872;RO=0;SAF=123;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23982e-05;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:246:0:0:243:246:1:120:123:0:0:123:123:0:0 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 541.61 PASS AF=0.880795,0.0463576;AO=39,7;DP=152;FAO=133,7;FDP=151;FR=.;FRO=11;FSAF=123,7;FSAR=10,0;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0313722,-0.0431637;FXX=0.0258048;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=69.71,160.114;QD=14.3473;RBI=0.0315278,0.0485614;REFB=-0.133973,-0.018795;REVB=-0.00312831,-0.0222509;RO=90;SAF=30,7;SAR=9,0;SRF=89;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515989,0.403832;STB=0.527893,0.997443;STBP=0.182,0.168;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0219015,0.0562234;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:152:151:90:11:39,7:133,7:0.880795,0.0463576:9,0:30,7:89:1:10,0:123,7:9:2 chr5 141325249 . T C 2338.89 PASS AF=1;AO=138;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.056;QD=64.0791;RBI=0.0242196;REFB=0;REVB=0.0209179;RO=0;SAF=40;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88254e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:138:146:1:98:40:0:0:98:48:0:0 chr5 141334921 . C T 91.43 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0140539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2698;QD=8.5054;RBI=0.0537365;REFB=0.0187575;REVB=0.0518662;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372684;STB=0.722925;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.029179;OID=.;OPOS=141334921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:23:8:7:5:23:8 chr5 141335241 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.118;QD=61.3359;RBI=0.0107128;REFB=0;REVB=0.00683855;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21828e-06;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr5 141335284 . G A 490.44 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0389762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.356;QD=51.6248;RBI=0.10685;REFB=-0.0829941;REVB=0.0994881;RO=2;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306052;STB=0.514278;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0298624;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:2:3:34:35:0.921053:16:18:1:1:17:18:1:2 chr5 141336264 . G T 861.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.731;QD=57.4162;RBI=0.0394678;REFB=0;REVB=0.0139369;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08742e-05;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:54:60:1:20:34:0:0:26:34:0:0 chr5 141337126 . C T 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9536;QD=59.6767;RBI=0.0627552;REFB=0;REVB=0.0135848;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400598;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr5 141337225 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.43;QD=59.0173;RBI=0.0165249;REFB=0;REVB=-0.016397;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25235e-05;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr5 141391532 . G A 764.0 PASS AF=0.536765;AO=72;DP=135;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00423634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9934;QD=22.4707;RBI=0.0117896;REFB=0.0167604;REVB=0.0110022;RO=62;SAF=32;SAR=40;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101386;STB=0.555205;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0146711;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:62:63:72:73:0.536765:40:32:35:27:40:33:36:27 chr5 141531735 . C T 915.74 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.18;QD=58.1425;RBI=0.0283896;REFB=0;REVB=0.0108139;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80727e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:37:23:0:0:37:26:0:0 chr5 141973349 . C G 603.63 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.011044;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5153;QD=21.3674;RBI=0.0307752;REFB=-0.00734523;REVB=0.0287253;RO=51;SAF=21;SAR=39;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015418;STB=0.515206;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00662057;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:51:53:60:60:0.530973:39:21:17:34:39:21:17:36 chr5 141973501 . T C 457.13 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0150317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.245;QD=20.5452;RBI=0.0160725;REFB=-0.00789502;REVB=-0.00568974;RO=44;SAF=21;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518473;STB=0.528688;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00494938;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:24:21:18:26:24:21:18:26 chr5 142254679 . A G 299.78 PASS AF=0.425;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0336763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.077;QD=14.9892;RBI=0.0423217;REFB=-0.00534224;REVB=-0.0256326;RO=46;SAF=10;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257678;STB=0.631018;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00794799;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:46:33:34:0.425:23:10:25:21:23:11:25:21 chr5 142421415 . T G 324.65 PASS AF=0.409091;AO=32;DP=85;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0155042;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.92;QD=14.7568;RBI=0.0155532;REFB=-0.0147848;REVB=-0.00123313;RO=52;SAF=12;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178724;STB=0.589236;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0190959;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:52:52:32:36:0.409091:20:12:28:24:22:14:28:24 chr5 142593652 . C T 1018.52 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.453;QD=56.5844;RBI=0.0159745;REFB=-0.129893;REVB=0.00502128;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.510635;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000673625;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:70:70:0.972222:24:46:0:0:24:46:2:0 chr5 143059433 . T C 274.27 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00752328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.426;QD=17.9847;RBI=0.0282129;REFB=-0.0283305;REVB=-0.0271913;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482571;STB=0.527009;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0363494;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:17:14:12:18:17:14 chr5 143200053 . C T 976.2 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344663;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.599;QD=59.1638;RBI=0.0384558;REFB=0;REVB=-0.0170563;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352707;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr5 145199593 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA 211.38 PASS AF=0.646341,0;AO=21,7;DP=86;FAO=53,0;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=22,0;FSAR=31,0;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.198561,0.0806162;FXX=0.0465062;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.8465,14.0963;QD=10.3114;RBI=0.293441,0.112841;REFB=-0.0759481,-0.0282267;REVB=0.216059,0.0789558;RO=34;SAF=3,7;SAR=18,0;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.46448,0.692498;STB=0.572985,0.5;STBP=0.066,1;TYPE=del,snp;VARB=0.091187,0;OID=.,.;OPOS=145199594,145199600;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.646341,0:21,7:86:53,0:82:29:22,0:31,0:18:11:99:34:3,7:18,0:17:17 chr5 145246085 . T G 763.0 PASS AF=0.404651;AO=85;DP=214;FAO=87;FDP=215;FR=.;FRO=128;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=-0.00646065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.131;QD=14.1954;RBI=0.00664988;REFB=0.000159308;REVB=0.00157509;RO=127;SAF=47;SAR=38;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102595;STB=0.560915;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000317033;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:127:128:85:87:0.404651:38:47:58:69:38:49:59:69 chr5 145393364 . C T 1112.27 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00498641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.419;QD=57.7805;RBI=0.022709;REFB=-0.159161;REVB=0.0221548;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000438013;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:77:0:1:73:76:0.987013:35:38:0:0:35:41:1:0 chr5 145439647 . T C 1696.56 PASS AF=1;AO=110;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816817;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.951;QD=60.0553;RBI=0.00957802;REFB=0;REVB=-0.00500195;RO=0;SAF=30;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52837e-05;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:110:113:1:80:30:0:0:82:31:0:0 chr5 145442133 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.00979836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.644;QD=17.9529;RBI=0.0170078;REFB=-0.0163106;REVB=0.0139017;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230988;STB=0.627371;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0137721;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:19:8:3:25:19:8:3:25 chr5 145442203 . G C 700.5 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0430005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1857;QD=50.9454;RBI=0.0672453;REFB=-0.0250991;REVB=-0.0517001;RO=3;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421349;STB=0.52238;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00456301;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:32:20:0:3:32:20:0:3 chr5 145499973 . T C 707.33 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0238508;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9977;QD=18.4923;RBI=0.0305823;REFB=0.00912839;REVB=0.0191419;RO=78;SAF=29;SAR=45;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424325;STB=0.527368;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00934128;OID=.;OPOS=145499973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:79:74:74:0.48366:45:29:34:44:45:29:35:44 chr5 145890028 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.608;QD=61.5362;RBI=0.0239501;REFB=0;REVB=0.0224101;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95589e-05;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr5 145894896 . G C 1127.4 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.693;QD=59.3367;RBI=0.046973;REFB=-0.0718603;REVB=0.0442951;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113396;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:39:37:0:0 chr5 145935658 . G A 2555.05 PASS AF=0.994048;AO=165;DP=166;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.207;QD=60.8345;RBI=0.0842905;REFB=-0.113736;REVB=-0.0834442;RO=1;SAF=75;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052585;STB=0.502732;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=2.93403e-05;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:168:1:1:165:167:0.994048:90:75:0:1:91:76:0:1 chr5 146092291 . C G 478.49 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00903881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.648;QD=15.5607;RBI=0.0117132;REFB=-0.00527843;REVB=-0.00744975;RO=68;SAF=36;SAR=17;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232619;STB=0.631327;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0104896;OID=.;OPOS=146092291;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:70:53:53:0.430894:17:36:31:37:17:36:32:38 chr5 146619206 . G C 237.83 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0121914;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3711;QD=11.4615;RBI=0.0191566;REFB=-0.0119908;REVB=-0.0147765;RO=53;SAF=9;SAR=20;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346356;STB=0.694655;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.033134;OID=.;OPOS=146619206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:54:29:29:0.349398:20:9:33:20:20:9:33:21 chr5 146971253 . C T 98.5 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136269;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.551;QD=43.7774;RBI=0.0149083;REFB=0;REVB=0.00604681;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172018;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr5 147024476 . C A 572.53 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.011872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.884;QD=17.7529;RBI=0.0121917;REFB=0.00281117;REVB=-0.00277355;RO=68;SAF=31;SAR=29;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687797;STB=0.533823;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00411319;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:69:60:60:0.465116:29:31:40:28:29:31:40:29 chr5 147024506 . G GT 54.65 PASS AF=0.478723;AO=10;DP=96;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.107199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=7.97004;QD=2.32545;RBI=0.288612;REFB=-0.103316;REVB=-0.267965;RO=83;SAF=5;SAR=5;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122933;STB=0.595684;STBP=0.085;TYPE=ins;VARB=0.0250184;OID=.;OPOS=147024507;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478723:10:96:45:94:49:23:22:34:15:54:83:5:5:50:33 chr5 147024509 . C T 374.01 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.0425536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.981;QD=15.7476;RBI=0.0727999;REFB=0.00866767;REVB=-0.0590679;RO=53;SAF=18;SAR=22;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266669;STB=0.64699;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0458516;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:53:55:40:40:0.421053:22:18:38:15:22:18:39:16 chr5 147281308 . C T 1336.31 PASS AF=0.387755;AO=148;DP=389;FAO=152;FDP=392;FR=.;FRO=240;FSAF=54;FSAR=98;FSRF=116;FSRR=124;FWDB=-0.0246902;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7147;QD=13.6358;RBI=0.0480816;REFB=-0.00950305;REVB=0.0412581;RO=238;SAF=54;SAR=94;SRF=114;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12947;STB=0.58153;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0194126;OID=.;OPOS=147281308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:392:238:240:148:152:0.387755:94:54:114:124:98:54:116:124 chr5 147286013 . A T 503.52 PASS AF=0.638889;AO=47;DP=71;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=41;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0462578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5614;QD=27.9733;RBI=0.0593858;REFB=-0.0405629;REVB=-0.0372409;RO=21;SAF=42;SAR=5;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520983;STB=0.539455;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0338534;OID=.;OPOS=147286013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:21:26:47:46:0.638889:5:42:18:3:5:41:22:4 chr5 147286054 . G A 136.37 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0245814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.56;QD=6.99327;RBI=0.0274316;REFB=-0.00930746;REVB=0.0121757;RO=57;SAF=8;SAR=12;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336885;STB=0.694402;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0201686;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:58:20:20:0.25641:12:8:39:18:12:8:39:19 chr5 147468614 . A G 1880.06 PASS AF=0.961832;AO=126;DP=131;FAO=126;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0254977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0276;QD=57.4063;RBI=0.025915;REFB=-0.0454942;REVB=-0.00463186;RO=5;SAF=74;SAR=52;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435195;STB=0.522932;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0167818;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:131:131:5:5:126:126:0.961832:52:74:0:5:52:74:0:5 chr5 147475386 . A G 1609.62 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.557;QD=59.6157;RBI=0.0368347;REFB=0;REVB=0.0321876;RO=0;SAF=68;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90275e-05;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:38:68:0:0:39:69:0:0 chr5 147477551 . C T 1785.68 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.332;QD=61.0489;RBI=0.00706408;REFB=0;REVB=-0.0052644;RO=0;SAF=48;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38758e-07;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:68:48:0:0:69:48:0:0 chr5 147480027 . G A 834.21 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.887;QD=57.5314;RBI=0.015022;REFB=0;REVB=0.0022635;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43076e-05;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr5 147480112 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.917;QD=62.0079;RBI=0.0150774;REFB=0;REVB=-0.0141224;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66137e-06;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr5 147480955 . A G 504.0 PASS AF=0.9;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0280433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.94;QD=50.4002;RBI=0.0349896;REFB=-0.134019;REVB=0.0209249;RO=3;SAF=20;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651526;STB=0.543455;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00243744;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:39:40:3:4:35:36:0.9:15:20:3:0:15:21:4:0 chr5 147481430 . A G 2170.79 PASS AF=0.993377;AO=139;DP=141;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0358732;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.0563;QD=57.5043;RBI=0.124985;REFB=-0.0922817;REVB=0.119726;RO=2;SAF=83;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166745;STB=0.503936;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00313579;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:151:2:1:139:150:0.993377:56:83:0:2:63:87:0:1 chr5 147486677 . C A 2105.93 PASS AF=0.97973;AO=116;DP=150;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0482858;FXX=0.0133324;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3689;QD=56.917;RBI=0.10163;REFB=-0.168564;REVB=0.0894266;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.511277;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0027292;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:150:148:0:3:116:145:0.97973:52:64:0:0:80:65:3:0 chr5 147488367 . C A,T 779.31 PASS AF=0.08,0.92;AO=4,46;DP=50;FAO=4,46;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3,25;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292601,-0.0783434;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.7549,64.0729;QD=62.3448;RBI=0.0793495,0.101679;REFB=0,0;REVB=-0.0737577,0.0648144;RO=0;SAF=3,25;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,4.85991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.140366,-0.0020068;OID=.,.;OPOS=147488367,147488367;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:50:50:0:0:4,46:4,46:0.08,0.92:1,21:3,25:0:0:1,21:3,25:0:0 chr5 147498019 . G A 2579.92 PASS AF=0.966292;AO=171;DP=177;FAO=172;FDP=178;FR=.;FRO=6;FSAF=100;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0135029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.184;QD=57.9758;RBI=0.0146039;REFB=-0.0199541;REVB=-0.00556287;RO=6;SAF=99;SAR=72;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168655;STB=0.508747;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00021869;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:177:178:6:6:171:172:0.966292:72:99:5:1:72:100:5:1 chr5 147499614 . C CT 285.41 PASS AF=1;AO=8;DP=65;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374685;FXX=0.323027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.5147;QD=25.9467;RBI=0.110382;REFB=0;REVB=0.103828;RO=56;SAF=8;SAR=0;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.689851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00816622;OID=.;OPOS=147499615;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:65:44:44:0:14:30:0:0:8:56:8:0:23:33 chr5 147499616 . C A,T 928.59 PASS AF=0.104478,0.880597;AO=7,59;DP=67;FAO=7,59;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=7,26;FSAR=0,33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294559,-0.0143164;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.0159,95.8379;QD=55.4381;RBI=0.0725813,0.0338651;REFB=-0.106019,-0.12041;REVB=-0.0663354,-0.0306901;RO=1;SAF=7,26;SAR=0,33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.017801;STB=0.5,0.509431;STBP=1,0.303;TYPE=snp,snp;VARB=0.184524,-0.00133657;OID=.,.;OPOS=147499616,147499616;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:67:67:1:1:7,59:7,59:0.104478,0.880597:0,33:7,26:1:0:0,33:7,26:1:0 chr5 147499670 . C T 789.83 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0272175;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.114;QD=55.4264;RBI=0.0435483;REFB=-0.000758391;REVB=-0.033995;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000209007;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:1:0:31:25:1:0 chr5 147505116 . G A 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.889;QD=63.8666;RBI=0.00347843;REFB=0;REVB=0.00204499;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26863e-06;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr5 147510866 . T C 1608.11 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00887757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.237;QD=59.0134;RBI=0.0722754;REFB=-0.0578436;REVB=0.0717281;RO=1;SAF=65;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724713;STB=0.503816;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0007903;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:43:65:1:0:43:65:1:0 chr5 147593497 . C A 2964.38 PASS AF=0.97449;AO=191;DP=196;FAO=191;FDP=196;FR=.;FRO=5;FSAF=118;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00262518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.885;QD=60.4976;RBI=0.00801594;REFB=0.0423714;REVB=-0.00757389;RO=5;SAF=118;SAR=73;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000914774;STB=0.500481;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-8.5628e-06;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:196:196:5:5:191:191:0.97449:73:118:3:2:73:118:3:2 chr5 147703416 . C T 113.47 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0175305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.713;QD=9.65686;RBI=0.021017;REFB=0.00689943;REVB=-0.011593;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783025;STB=0.547104;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0154916;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:12:21:8:6:12:21 chr5 147805120 . T C 531.68 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0139087;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.792;QD=20.6476;RBI=0.0144244;REFB=-0.00498366;REVB=-0.00382254;RO=50;SAF=23;SAR=31;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478157;STB=0.53997;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00388961;OID=.;OPOS=147805120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:50:49:54:54:0.524272:31:23:24:26:32:22:24:25 chr5 147856333 . G A 283.57 PASS AF=0.35;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00991628;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.803;QD=11.3428;RBI=0.010756;REFB=-0.00486238;REVB=-0.0041664;RO=59;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12474;STB=0.561569;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0115864;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:59:65:35:35:0.35:15:20:27:32:15:20:31:34 chr5 148206440 . G A 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.02508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.711;QD=8.8105;RBI=0.0251252;REFB=-0.0069117;REVB=-0.0015062;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186603;STB=0.614231;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0187068;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:10:13:4:6:10:13 chr5 148206472 . G GC 246.35 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345282;FXX=0.499868;HRUN=0;LEN=1;MLLD=166.075;QD=51.8625;RBI=0.057307;REFB=0;REVB=-0.0457373;RO=31;SAF=1;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00402688;OID=.;OPOS=148206473;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:35:19:19:0:0:19:0:0:3:31:1:3:15:16 chr5 148206473 . G C 383.19 PASS AF=0.789474;AO=29;DP=39;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0132973;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.797;QD=40.336;RBI=0.0443661;REFB=-0.0693165;REVB=0.0423265;RO=7;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13402;STB=0.578896;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00456289;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:38:7:8:29:30:0.789474:14:15:1:6:15:15:1:7 chr5 148206646 . G A 465.23 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=27;FWDB=0.0364416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.599;QD=13.5833;RBI=0.036977;REFB=-0.0158084;REVB=0.00626975;RO=82;SAF=22;SAR=31;SRF=55;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269467;STB=0.657393;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0230751;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:82:84:53:53:0.386861:31:22:55:27:31:22:57:27 chr5 148206917 . C A 452.26 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00206091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.845;QD=14.8282;RBI=0.0136361;REFB=-0.0012547;REVB=0.0134795;RO=67;SAF=25;SAR=26;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123247;STB=0.550686;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00249972;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:71:51:51:0.418033:26:25:41:26:26:25:41:30 chr5 148207447 . G C 659.98 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.0213103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.803;QD=16.3971;RBI=0.0213133;REFB=-0.00602521;REVB=0.000359989;RO=86;SAF=33;SAR=39;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625669;STB=0.530112;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00787768;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:89:72:72:0.447205:39:33:34:52:39:33:36:53 chr5 148207633 . G A 158.7 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0520152;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.71;QD=14.7627;RBI=0.0524872;REFB=-0.00639276;REVB=-0.00702368;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124825;STB=0.591736;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0219184;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:43:26:26:16:17:0.395349:10:6:7:19:10:7:7:19 chr5 148386525 . T G 411.13 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0167199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.714;QD=21.0836;RBI=0.0196018;REFB=-0.00907232;REVB=-0.0102311;RO=37;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166733;STB=0.596447;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0153173;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:37:40:41:0.525641:17:23:28:9:18:23:28:9 chr5 148406386 . T C 440.66 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0138831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.774;QD=19.5848;RBI=0.0140261;REFB=-0.0247211;REVB=-0.00199791;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968468;STB=0.510633;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0259209;OID=.;OPOS=148406386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:44:44:0.488889:21:23:24:21:21:23:25:21 chr5 148407708 . A C 752.56 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7433;QD=56.7972;RBI=0.0286946;REFB=0;REVB=0.015239;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75099e-05;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr5 148408101 . A G 158.66 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0313287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.233;QD=8.24192;RBI=0.0382278;REFB=-0.00954417;REVB=-0.0219062;RO=51;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735481;STB=0.559086;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0270221;OID=.;OPOS=148408101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:51:55:22:22:0.285714:13:9:24:27:13:9:27:28 chr5 148495955 . A T 712.75 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0464224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.906;QD=22.2734;RBI=0.0478491;REFB=-0.0231723;REVB=0.0115971;RO=59;SAF=16;SAR=53;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134096;STB=0.573872;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0151465;OID=.;OPOS=148495955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:69:69:0.539062:53:16:21:38:53:16:21:38 chr5 148578636 . T C 675.88 PASS AF=0.48227;AO=65;DP=138;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=21;FWDB=0.0175501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.345;QD=19.174;RBI=0.0179057;REFB=-0.0102179;REVB=0.00355067;RO=71;SAF=32;SAR=33;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200014;STB=0.616803;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00779051;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:71:73:65:68:0.48227:33:32:50:21:35:33:52:21 chr5 148610276 . C A 4511.23 PASS AF=1;AO=279;DP=279;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315222;FXX=0.0104163;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.467;QD=63.3155;RBI=0.0395;REFB=0;REVB=0.0238034;RO=0;SAF=143;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51596e-05;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:279:285:0:0:279:285:1:136:143:0:0:139:146:0:0 chr5 148627252 . G A 1220.06 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00633315;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.934;QD=60.2497;RBI=0.0136196;REFB=-0.163539;REVB=-0.0120575;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133348;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000765714;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:1:1:80:80:0.987654:45:35:1:0:45:35:1:0 chr5 148720087 . T G 475.94 PASS AF=0.490566;AO=47;DP=102;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.130847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4434;QD=17.9601;RBI=0.131637;REFB=-0.0372014;REVB=0.0144025;RO=54;SAF=27;SAR=20;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000386365;STB=0.521995;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0255633;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:54:54:47:52:0.490566:20:27:31:23:20:32:31:23 chr5 148986244 . G C 455.13 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00678814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1132;QD=20.0056;RBI=0.0182979;REFB=-0.0121181;REVB=-0.0169922;RO=46;SAF=26;SAR=18;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144132;STB=0.584033;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00902912;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:46:46:44:45:0.494505:18:26:20:26:18:27:20:26 chr5 149006640 . C T 100.7 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0235377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2862;QD=8.39201;RBI=0.0795066;REFB=-0.0173672;REVB=-0.0759425;RO=35;SAF=10;SAR=3;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200292;STB=0.624792;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0344876;OID=.;OPOS=149006640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:3:10:22:13:3:10:22:13 chr5 149006837 . A G 441.53 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.58;QD=56.9714;RBI=0.00148983;REFB=0;REVB=-0.00063634;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82978e-06;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr5 149008403 . A G 1286.9 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123;QD=60.5601;RBI=0.0222077;REFB=-0.071791;REVB=-0.0072107;RO=1;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137272;STB=0.507245;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000415472;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:34:50:0:1:34:50:0:1 chr5 149008467 . C A 369.46 PASS AF=0.36;AO=45;DP=125;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00945839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.485;QD=11.8227;RBI=0.0142241;REFB=-0.0105551;REVB=-0.0106237;RO=78;SAF=29;SAR=16;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137018;STB=0.587437;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0143489;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:78:80:45:45:0.36:16:29:41:37:16:29:41:39 chr5 149008521 . A G 1521.72 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00488425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.184;QD=60.8687;RBI=0.00528899;REFB=-0.101014;REVB=0.00202916;RO=2;SAF=52;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138925;STB=0.500822;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000903004;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:97:98:0.98:45:52:1:1:45:53:1:1 chr5 149101876 . A G 1143.27 PASS AF=0.502242;AO=86;DP=225;FAO=112;FDP=223;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=-0.00629287;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.329;QD=20.507;RBI=0.0222108;REFB=-0.0540871;REVB=0.0213007;RO=79;SAF=48;SAR=38;SRF=57;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147898;STB=0.534647;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0441916;OID=.;OPOS=149101876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:223:79:98:86:112:0.502242:38:48:57:22:54:58:58:40 chr5 149151707 . G A 394.78 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00839317;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.02;QD=19.7391;RBI=0.0610574;REFB=-0.0362874;REVB=0.0604778;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101462;STB=0.550353;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0268077;OID=.;OPOS=149151707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:40:40:40:0.5:17:23:18:21:17:23:19:21 chr5 149200043 . T C 1010.29 PASS AF=0.470852;AO=105;DP=223;FAO=105;FDP=223;FR=.;FRO=118;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.101012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3726;QD=18.1219;RBI=0.101146;REFB=0.00733318;REVB=0.00520409;RO=114;SAF=44;SAR=61;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440985;STB=0.534385;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0132254;OID=.;OPOS=149200043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:114:118:105:105:0.470852:61:44:53:61:61:44:57:61 chr5 149212430 . G A 543.39 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00222819;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.987;QD=24.6997;RBI=0.00586559;REFB=-0.0400826;REVB=0.00542589;RO=37;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104944;STB=0.511359;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0236334;OID=.;OPOS=149212430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:37:38:50:50:0.568182:25:25:19:18:25:25:20:18 chr5 149216256 . C T 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.081534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6796;QD=21.8393;RBI=0.0905166;REFB=-0.0365822;REVB=0.0393123;RO=23;SAF=19;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159802;STB=0.605487;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0310696;OID=.;OPOS=149216256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:6:19:14:9:6:19:14:10 chr5 149216304 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0237118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.017;QD=16.9416;RBI=0.0315086;REFB=-0.0280168;REVB=0.0207496;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267085;STB=0.653102;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0326013;OID=.;OPOS=149216304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:10:14:6:13:10:14 chr5 149360877 . T C 1339.8 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5296;QD=61.6001;RBI=0.0284641;REFB=0;REVB=0.0278642;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976886;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153359;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:86:87:1:48:38:0:1:49:38:0:0 chr5 149374879 . CT C 856.92 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.7419;QD=48.2769;RBI=0.0104461;REFB=0;REVB=-0.00994541;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000119742;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:71:71:71:0:31:40:0:0:15:0:30:39:0:0 chr5 149374932 . T C 1266.06 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543947;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.162;QD=61.7592;RBI=0.0550507;REFB=0;REVB=-0.00847373;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77999e-05;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:79:82:1:45:34:0:0:47:35:0:0 chr5 149403864 . G A 525.47 PASS AF=0.425373;AO=58;DP=136;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00728807;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.789;QD=15.6857;RBI=0.0118292;REFB=-0.00763314;REVB=0.00931735;RO=76;SAF=31;SAR=27;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02168;STB=0.503936;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.009438;OID=.;OPOS=149403864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:76:77:58:57:0.425373:27:31:39:37:27:30:40:37 chr5 149406271 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.631;QD=58.599;RBI=0.029854;REFB=0;REVB=0.0189903;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9797e-06;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr5 149433066 . T G,TG 73.22 PASS AF=0,0.333333;AO=5,15;DP=76;FAO=0,24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=0,19;FSAR=0,5;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0182934,0.0419063;FXX=0.0136968;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=149.698,9.31742;QD=4.06793;RBI=0.043124,0.16685;REFB=0.00031965,-0.115522;REVB=0.0390517,0.161502;RO=52;SAF=5,14;SAR=0,1;SRF=32;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.53172,0.549864;STB=0.5,0.625633;STBP=1,0.178;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.164432;OID=.,.;OPOS=149433066,149433067;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:76:72:52:48:5,15:0,24:0,0.333333:0,1:5,14:32:20:0,5:0,19:31:17 chr5 149433400 . G C,GC 587.52 PASS AF=0,0.977273;AO=4,17;DP=52;FAO=0,43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374201,0.0428212;FXX=0.10202;HRUN=8,0;LEN=1,1;MLLD=186.546,205.442;QD=53.4109;RBI=0.052644,0.0618262;REFB=-7.8625e-05,-0.00449258;REVB=-0.0370288,-0.0445962;RO=30;SAF=4,11;SAR=0,6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.570182,0.0549036;STB=0.5,0.515144;STBP=1,0.268;TYPE=snp,ins;VARB=0.00899505,0.00140127;OID=.,.;OPOS=149433400,149433401;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:52:44:30:1:4,17:0,43:0,0.977273:0,6:4,11:18:12:0,16:0,27:0:1 chr5 149433401 . G C 223.2 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0241701;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=149.66;QD=16.5334;RBI=0.0295558;REFB=-0.0478334;REVB=0.0170103;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521665;STB=0.529389;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0152762;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:20:9:9:16:20:9 chr5 149450132 . T C 210.5 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.0102852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.132;QD=19.1359;RBI=0.0108223;REFB=-0.0158921;REVB=0.00336713;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375427;STB=0.707804;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.031099;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:2:21:11:10:2:21 chr5 149460343 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00762706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.068;QD=21.7452;RBI=0.0561544;REFB=0.0137366;REVB=0.055634;RO=16;SAF=16;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492465;STB=0.780159;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00629121;OID=.;OPOS=149460343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:3:16:5:11:3:16:5:11 chr5 149493472 . C T 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.16;QD=62.3457;RBI=0.0711181;REFB=0;REVB=0.0709151;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030755;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr5 149495050 . T C 3483.9 PASS AF=0.974249;AO=227;DP=233;FAO=227;FDP=233;FR=.;FRO=6;FSAF=110;FSAR=117;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00410915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.478;QD=59.8094;RBI=0.0122017;REFB=-0.0253092;REVB=0.011489;RO=6;SAF=110;SAR=117;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893476;STB=0.504692;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000211978;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:233:233:6:6:227:227:0.974249:117:110:4:2:117:110:4:2 chr5 149563715 . T C 817.01 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8244;QD=57.3339;RBI=0.111882;REFB=0;REVB=-0.0107812;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137612;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr5 149583300 . T C 501.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4516;QD=58.9424;RBI=0.0251993;REFB=0;REVB=-0.0124199;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065007;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 149583336 . T C 460.18 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.427;QD=55.7793;RBI=0.00427315;REFB=-0.0367007;REVB=0.00135398;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835742;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:16:16:1:0:16:17:0:0 chr5 149584197 . G A 338.99 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0214218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.409;QD=15.4088;RBI=0.0353122;REFB=-0.0231397;REVB=0.0280724;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675433;STB=0.503815;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0403923;OID=.;OPOS=149584197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:22:15:21:30:22:15:21:30 chr5 149585025 . A C 1441.56 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.559;QD=62.6766;RBI=0.0127327;REFB=0;REVB=0.0115625;RO=0;SAF=63;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329317;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:28:63:0:0:29:63:0:0 chr5 149597160 . A G 437.06 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.039538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9139;QD=24.2808;RBI=0.0405938;REFB=0.010765;REVB=-0.00919793;RO=30;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725342;STB=0.503977;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00883553;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:22:20:14:16:22:20:14:16 chr5 149602608 . A G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0421881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.431;QD=16.9414;RBI=0.04227;REFB=-0.00916356;REVB=-0.00263034;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149948;STB=0.586113;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0104254;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:11:13:13:6:11:13 chr5 149644597 . T G 3135.93 PASS AF=0.994949;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.224;QD=63.3521;RBI=0.0185731;REFB=-0.0533891;REVB=0.0122037;RO=0;SAF=100;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502487;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000179165;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:198:0:1:197:197:0.994949:97:100:0:0:97:100:1:0 chr5 149677593 . A G 614.95 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0173628;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.441;QD=16.8479;RBI=0.0192348;REFB=-0.00985273;REVB=-0.00827704;RO=79;SAF=23;SAR=41;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13804;STB=0.574998;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00865536;OID=.;OPOS=149677593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:82:64:64:0.438356:41:23:39:40:41:23:40:42 chr5 149677851 . A G 1422.07 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849515;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.751;QD=63.2029;RBI=0.0264769;REFB=0;REVB=0.025077;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28252e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr5 149776232 . C T 957.89 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182187;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.571;QD=58.9472;RBI=0.0409826;REFB=0;REVB=0.0409421;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95877e-05;OID=.;OPOS=149776232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:36:29:0:0 chr5 149825159 . G C 693.46 PASS AF=0.982143;AO=42;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229385;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=100.004;QD=49.5327;RBI=0.0455091;REFB=-0.083594;REVB=0.0393053;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000792311;OID=.;OPOS=149825159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:56:0:1:42:55:0.982143:20:22:0:0:23:32:1:0 chr5 149919739 . G C 1145.54 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000911709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.17;QD=60.2914;RBI=0.00316723;REFB=0;REVB=0.00303318;RO=0;SAF=55;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048547;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:20:55:0:0:21:55:0:0 chr5 149923178 . A G 648.4 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0141154;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.524;QD=19.5009;RBI=0.0142657;REFB=-0.0199723;REVB=-0.00206522;RO=67;SAF=48;SAR=17;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921325;STB=0.557173;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0183974;OID=.;OPOS=149923178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:68:65:65:0.488722:17:48:44:23:17:48:44:24 chr5 150051958 . T C 2390.04 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.007;QD=64.162;RBI=0.0174723;REFB=0;REVB=0.0120745;RO=0;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08335e-06;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:71:77:0:0:72:77:0:0 chr5 150311773 . T C 1488.99 PASS AF=0.989796;AO=85;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0875496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4182;QD=60.7752;RBI=0.100949;REFB=-0.10034;REVB=0.0502566;RO=1;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919915;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0111978;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:85:97:0.989796:51:34:0:1:54:43:0:1 chr5 150323428 . A G 390.28 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.025136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.532;QD=14.4549;RBI=0.0252618;REFB=-0.0113742;REVB=0.00251788;RO=63;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296158;STB=0.51668;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0151842;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:23:22:29:34:23:22:29:34 chr5 150407456 . T C 3166.79 PASS AF=1;AO=196;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076378;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.297;QD=63.9756;RBI=0.0522617;REFB=0;REVB=0.0517006;RO=0;SAF=83;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48287e-05;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:198:0:0:196:198:1:113:83:0:0:113:85:0:0 chr5 150409477 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=4.7121e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.816;QD=15.6453;RBI=0.00806032;REFB=-0.0199669;REVB=0.00806018;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240439;STB=0.637579;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.010539;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:15:7:16:13:15:7:16:13 chr5 150410219 . C A 271.43 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0160711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8848;QD=20.8789;RBI=0.0377228;REFB=0.00208088;REVB=-0.0341281;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.501991;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00234021;OID=.;OPOS=150410219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:28:29:0.557692:15:13:11:12:15:14:11:12 chr5 150480520 . C T 395.91 PASS AF=0.438095;AO=44;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0721016;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2161;QD=15.0822;RBI=0.0738388;REFB=-0.0295711;REVB=-0.0159223;RO=59;SAF=17;SAR=27;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145393;STB=0.501996;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0365428;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:59:44:46:0.438095:27:17:22:37:29:17:22:37 chr5 150489390 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.431;QD=58.4192;RBI=0.0209733;REFB=0;REVB=0.0134281;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65325e-05;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:26:37:0:0 chr5 150512740 . G A 580.18 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00917446;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.687;QD=18.5656;RBI=0.025465;REFB=-0.0399876;REVB=-0.0237549;RO=61;SAF=30;SAR=31;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445986;STB=0.527827;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0459496;OID=.;OPOS=150512740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:64:61:61:0.488:31:30:27:34:31:30:28:36 chr5 150518988 . G A 944.56 PASS AF=0.604317;AO=84;DP=139;FAO=84;FDP=139;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0148237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.576;QD=27.1817;RBI=0.0172094;REFB=0.00748808;REVB=-0.00874195;RO=54;SAF=42;SAR=42;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936296;STB=0.546752;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00782387;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:54:55:84:84:0.604317:42:42:20:34:42:42:21:34 chr5 150562696 . CTG C,CCG,CG,CGG 951.1 PASS AF=0,0.0149254,0.985075,0;AO=8,5,50,3;DP=66;FAO=0,1,66,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,42,0;FSAR=0,0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271368,0.0159186,0.0203161,0.0156792;FXX=0.0147037;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=112.442,114.114,127.943,114.952;QD=56.7823;RBI=0.0304043,0.0224838,0.0286634,0.0291445;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0137118,0.0158783,0.0202201,0.0245676;RO=0;SAF=1,5,35,2;SAR=7,0,15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-4.78849e-08,0,4.87758e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=0,-0.0367814,0.00106831,0;OID=.,.,.,.;OPOS=150562697,150562697,150562697,150562697;OREF=TG,T,T,T;OALT=-,C,-,G;OMAPALT=C,CCG,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0149254,0.985075,0:8,5,50,3:66:0,1,66,0:67:0:0,1,42,0:0,0,24,0:0:0:3:0:1,5,35,2:7,0,15,1:0:0 chr5 150565008 . C T 191.62 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.079425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1953;QD=23.9526;RBI=0.0856159;REFB=-0.0264371;REVB=-0.0319648;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152827;STB=0.601898;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0359775;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:7:12:5:7:7:12:5:8 chr5 150632832 . G A 76.13 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00387461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5573;QD=8.70072;RBI=0.0220725;REFB=-0.0285141;REVB=0.0217297;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025065;STB=0.518482;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0239128;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:20:24:7:10:0.285714:4:3:9:11:6:4:9:15 chr5 150639409 . A G 1088.15 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873426;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.597;QD=60.4529;RBI=0.00902603;REFB=0;REVB=-0.00227638;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89089e-05;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:39:31:0:0:39:33:0:0 chr5 150639439 . A G 845.31 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9936;QD=57.3091;RBI=0.00466245;REFB=0;REVB=0.0011717;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272536;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:31:26:0:0:33:26:0:0 chr5 150664201 . G T 539.26 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.026302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6839;QD=16.3411;RBI=0.0573801;REFB=-0.00636083;REVB=0.0509969;RO=73;SAF=34;SAR=24;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120946;STB=0.563959;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00842415;OID=.;OPOS=150664201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:73:74:58:58:0.439394:24:34:34:39:24:34:35:39 chr5 150666843 . A C 313.37 PASS AF=0.561404;AO=30;DP=55;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0402974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5148;QD=21.991;RBI=0.0461583;REFB=0.0270931;REVB=0.0225102;RO=24;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105774;STB=0.560936;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0220553;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:24:25:30:32:0.561404:21:9:10:14:23:9:10:15 chr5 150666933 . C A 534.64 PASS AF=0.491228;AO=54;DP=112;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0181574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6613;QD=18.7594;RBI=0.0313053;REFB=0.00162582;REVB=0.0255015;RO=57;SAF=18;SAR=36;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882378;STB=0.53082;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00147998;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:57:58:54:56:0.491228:36:18:24:33:36:20:24:34 chr5 150667016 . T C 569.83 PASS AF=0.432624;AO=58;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0289227;FXX=0.0208319;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.963;QD=16.1653;RBI=0.0353665;REFB=-0.0133572;REVB=-0.0203536;RO=56;SAF=15;SAR=43;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160506;STB=0.559905;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0166769;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:56:80:58:61:0.432624:43:15:23:33:43:18:31:49 chr5 150695254 . T C 185.29 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00596419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1757;QD=13.7253;RBI=0.00598869;REFB=-0.010644;REVB=0.000541163;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709926;STB=0.5406;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0229469;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:21:11:9:13:21:11 chr5 150695279 . A C 373.49 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0354303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4713;QD=23.3429;RBI=0.0413766;REFB=0.00194817;REVB=0.0213709;RO=27;SAF=26;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325467;STB=0.517918;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.000697224;OID=.;OPOS=150695279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:11:26:18:9:11:26:18:9 chr5 150695791 . G T 251.76 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0210564;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8541;QD=14.5947;RBI=0.0437846;REFB=0.0094651;REVB=-0.0383891;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113683;STB=0.56471;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0134382;OID=.;OPOS=150695791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:40:29:29:0.42029:19:10:18:22:19:10:18:22 chr5 150696447 . C T 634.39 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0828299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8485;QD=18.2558;RBI=0.0933896;REFB=0.00193332;REVB=-0.0431373;RO=68;SAF=29;SAR=36;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909306;STB=0.528814;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00318064;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:68:74:65:65:0.467626:36:29:31:37:36:29:37:37 chr5 150696540 . C T 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0184317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.948;QD=20.1536;RBI=0.0279003;REFB=0.00895845;REVB=-0.0209451;RO=44;SAF=19;SAR=25;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209497;STB=0.51161;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0086935;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:25:19:18:26:25:19:18:26 chr5 150723806 . G A 1414.46 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.035239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2176;QD=59.5562;RBI=0.0352609;REFB=-0.0972344;REVB=0.00124243;RO=2;SAF=13;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012;STB=0.512271;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.003719;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:93:95:2:3:91:92:0.968421:78:13:0:2:79:13:1:2 chr5 150886725 . G A 1568.43 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4171;QD=64.0174;RBI=0.0916722;REFB=0;REVB=-0.0911865;RO=0;SAF=67;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000547703;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:31:67:0:0:31:67:0:0 chr5 150886882 . G A 3429.57 PASS AF=0.973913;AO=223;DP=230;FAO=224;FDP=230;FR=.;FRO=6;FSAF=142;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0228548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.154;QD=59.6447;RBI=0.0236774;REFB=-0.100629;REVB=0.00618683;RO=2;SAF=141;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114779;STB=0.508409;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00025677;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:230:230:2:6:223:224:0.973913:82:141:0:2:82:142:2:4 chr5 150891733 . A G 1194.86 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.323;QD=59.7428;RBI=0.0400702;REFB=-0.10304;REVB=-0.0248873;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=9.2698e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:27:52:0:0:27:52:1:0 chr5 150901111 . A G 1440.2 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.343;QD=62.6176;RBI=0.0236185;REFB=0;REVB=0.00368648;RO=0;SAF=59;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161429;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:30:59:0:0:30:62:0:0 chr5 150901260 . AC AT,GT 716.97 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=47;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271722,-0.0112649;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=63.8123,72.3854;QD=62.3454;RBI=0.0372365,0.0231169;REFB=0,0;REVB=0.0254603,-0.0201864;RO=0;SAF=31,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00412935,-0.0394857;OID=.,.;OPOS=150901261,150901260;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:13,2:31,0:0:0:13,2:31,0:0:0 chr5 150901300 . G A 704.4 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989882;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.81;QD=62.6134;RBI=0.016476;REFB=0;REVB=0.0131709;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527324;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr5 150901613 . A G 669.13 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0131951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.3162;QD=56.9475;RBI=0.055231;REFB=-0.062539;REVB=0.0536316;RO=2;SAF=30;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302852;STB=0.516122;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00312833;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:47:2:2:43:45:0.957447:13:30:2:0:15:30:2:0 chr5 150905485 . C T 472.64 PASS AF=0.427419;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00383816;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.703;QD=15.2463;RBI=0.0238721;REFB=0.00195696;REVB=0.0235615;RO=71;SAF=31;SAR=21;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135996;STB=0.569129;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00151188;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:71:71:52:53:0.427419:21:31:33:38:22:31:33:38 chr5 150914184 . A T 354.5 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0237532;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.88;QD=18.4154;RBI=0.0408953;REFB=-0.00413178;REVB=-0.0332898;RO=39;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195659;STB=0.61543;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00822478;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:40:37:37:0.480519:14:23:16:23:14:23:16:24 chr5 150923405 . A G 1171.6 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.070557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8838;QD=59.3214;RBI=0.0719739;REFB=-0.0870479;REVB=-0.0142109;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129652;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00136954;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:79:1:1:77:78:0.987342:36:41:0:1:37:41:0:1 chr5 150925144 . A G 110.08 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.000946152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.315;QD=15.1834;RBI=0.0241047;REFB=0.00220381;REVB=0.0240861;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139881;STB=0.590041;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00345156;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:3:10:13:2:3:10:14:2 chr5 150942919 . A G 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.767;QD=61.5338;RBI=0.016591;REFB=0;REVB=-0.0106427;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67867e-06;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chr5 150946966 . G A 2179.43 PASS AF=0.956522;AO=133;DP=162;FAO=154;FDP=161;FR=.;FRO=7;FSAF=93;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00422114;FXX=0.00617246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.94;QD=54.1474;RBI=0.0411201;REFB=-0.0660998;REVB=0.0409029;RO=2;SAF=92;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631244;STB=0.511561;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00175457;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:162:161:2:7:133:154:0.956522:41:92:1:1:61:93:6:1 chr5 151043103 . G C 238.87 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0867675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.38;QD=11.7958;RBI=0.0881873;REFB=-0.0131957;REVB=-0.0157607;RO=51;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13806;STB=0.584689;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0211247;OID=.;OPOS=151043103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:52:29:29:0.358025:14:15:20:31:14:15:20:32 chr5 151083909 . T C 724.13 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0146798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.088;QD=57.9305;RBI=0.0787088;REFB=-0.19515;REVB=0.0773277;RO=1;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447127;STB=0.541649;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0011671;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:1:2:47:48:0.96:10:37:0:1:11:37:0:2 chr5 151084036 . T C 923.52 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106106;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.288;QD=58.6358;RBI=0.041205;REFB=0;REVB=0.0398154;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061073;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr5 151167380 . A T 254.8 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00674832;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.148;QD=15.4424;RBI=0.0152884;REFB=-0.00816854;REVB=0.0137185;RO=38;SAF=22;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332544;STB=0.671235;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00800327;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:37:28:29:0.439394:6:22:19:19:7:22:18:19 chr5 151175139 . A T 422.68 PASS AF=0.525;AO=40;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0481542;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0769;QD=21.1338;RBI=0.0804563;REFB=-0.0189923;REVB=0.0644545;RO=38;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666368;STB=0.522716;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0176474;OID=.;OPOS=151175139;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:38:40:42:0.525:17:23:19:19:19:23:19:19 chr5 151255217 . C T 346.26 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0139058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.587;QD=16.8907;RBI=0.0536343;REFB=-0.00386496;REVB=-0.0518002;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2382;STB=0.621556;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00627678;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:45:37:37:0.45122:23:14:27:16:23:14:27:18 chr5 151771817 . C T 3033.4 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.315;QD=63.1958;RBI=0.0442319;REFB=0;REVB=0.0429504;RO=0;SAF=107;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25673e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:192:0:0:188:192:1:81:107:0:0:85:107:0:0 chr5 151784183 . G A 271.54 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0093175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.994;QD=15.0855;RBI=0.00992618;REFB=-0.0335739;REVB=0.00342247;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252219;STB=0.51388;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0482691;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:40:30:32:0.444444:15:15:21:19:16:16:21:19 chr5 153413390 . C T 1099.14 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000731053;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.397;QD=58.6208;RBI=0.00797297;REFB=0.135269;REVB=0.00793939;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000293265;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:73:74:0.986667:37:36:0:0:37:37:0:1 chr5 153429459 . T C 2005.51 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6144;QD=60.7729;RBI=0.0251197;REFB=0;REVB=0.011602;RO=0;SAF=47;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235437;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:132:0:0:127:132:1:80:47:0:0:84:48:0:0 chr5 153432733 . T C 554.7 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.703;QD=59.9677;RBI=0.0162688;REFB=0;REVB=0.0122756;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103631;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chr5 153432970 . C T 1450.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9616;QD=63.0642;RBI=0.0207288;REFB=0;REVB=-0.00226203;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60525e-05;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr5 153729217 . A G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.133;QD=63.4766;RBI=0.019105;REFB=0;REVB=0.00363542;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40326e-05;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr5 153783753 . C T 331.38 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0183524;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.846;QD=12.6242;RBI=0.0183548;REFB=-0.0156042;REVB=0.000299618;RO=63;SAF=12;SAR=28;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203547;STB=0.608639;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0167415;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:63:65:40:40:0.380952:28:12:30:33:28:12:30:35 chr5 153788991 . G C 838.71 PASS AF=0.521739;AO=84;DP=160;FAO=84;FDP=161;FR=.;FRO=77;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=-0.00601208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.271;QD=20.8374;RBI=0.00622921;REFB=-0.000433035;REVB=-0.00163031;RO=75;SAF=53;SAR=31;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333598;STB=0.516249;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.000427217;OID=.;OPOS=153788991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:75:77:84:84:0.521739:31:53:50:25:31:53:51:26 chr5 153796484 . G A 329.96 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0581462;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.894;QD=16.9212;RBI=0.0581729;REFB=-0.0196273;REVB=-0.00175961;RO=36;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642995;STB=0.517232;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0214774;OID=.;OPOS=153796484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:42:35:36:0.461538:16:19:17:19:16:20:22:20 chr5 153797696 . GC G 174.75 PASS AF=0.534653;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0951461;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.21277;QD=6.92072;RBI=0.197228;REFB=-0.122095;REVB=0.17276;RO=40;SAF=37;SAR=16;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265505;STB=0.577625;STBP=0.11;TYPE=del;VARB=0.135592;OID=.;OPOS=153797697;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534653:53:99:54:101:47:33:21:21:26:99:40:37:16:15:25 chr5 154193919 . AT AG,A 84.9 PASS AF=0.1,0.325;AO=4,14;DP=41;FAO=4,13;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4,6;FSAR=0,7;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0683571,-0.000416398;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=69.4087,11.1426;QD=8.48986;RBI=0.0684141,0.0967371;REFB=0.0133385,-0.076469;REVB=0.00279148,0.0967362;RO=20;SAF=4,6;SAR=0,8;SRF=3;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.786696,0.308497;STB=0.998335,0.660576;STBP=0.001,0.204;TYPE=snp,del;VARB=0.0793718,0.0982037;OID=.,.;OPOS=154193920,154193920;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.325:4,14:41:4,13:40:23:4,6:0,7:5:18:61:20:4,6:0,8:3:17 chr5 154268902 . C T 1542.8 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6764;QD=63.6208;RBI=0.0993226;REFB=0;REVB=0.0948415;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285191;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:94:97:1:40:54:0:0:42:55:0:0 chr5 154271948 . G A 1440.59 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9759;QD=61.961;RBI=0.0111576;REFB=-0.139428;REVB=-0.0105942;RO=1;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148064;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:93:1:0:92:93:1:36:56:0:1:37:56:0:0 chr5 154291409 . C T 1367.76 PASS AF=0.96875;AO=89;DP=94;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0281117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9595;QD=56.9902;RBI=0.106156;REFB=-0.126948;REVB=0.102366;RO=4;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394411;STB=0.514848;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00316726;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:94:96:4:3:89:93:0.96875:46:43:0:4:49:44:0:3 chr5 154300940 . A C 953.04 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0325128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.217;QD=54.4594;RBI=0.0438202;REFB=-0.17251;REVB=0.0293791;RO=2;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314702;STB=0.523802;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00733763;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:66:67:0.957143:29:37:0:2:30:37:0:3 chr5 154306972 . T C 1965.89 PASS AF=0.977444;AO=129;DP=134;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0153522;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6475;QD=59.1245;RBI=0.0300479;REFB=-0.087486;REVB=0.02583;RO=2;SAF=69;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101691;STB=0.504467;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00090399;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:133:2:3:129:130:0.977444:60:69:1:1:61:69:1:2 chr5 154346296 . G A 1052.17 PASS AF=0.581081;AO=86;DP=148;FAO=86;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0243378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.8;QD=28.437;RBI=0.0250019;REFB=-0.0268963;REVB=-0.00572441;RO=45;SAF=33;SAR=53;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109286;STB=0.542213;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0129693;OID=.;OPOS=154346296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:45:53:86:86:0.581081:53:33:18:27:53:33:26:27 chr5 155511486 . T C 556.24 PASS AF=0.434783;AO=57;DP=136;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.000981468;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.076;QD=16.123;RBI=0.0389771;REFB=-0.0204172;REVB=0.0389648;RO=79;SAF=30;SAR=27;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186884;STB=0.519606;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0265349;OID=.;OPOS=155511486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:79:78:57:60:0.434783:27:30:43:36:29:31:43:35 chr5 155771579 . T C 2183.92 PASS AF=0.972414;AO=140;DP=145;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0144125;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.726;QD=60.2461;RBI=0.0171768;REFB=-0.0738668;REVB=0.00934456;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.514923;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000118047;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:145:145:0:4:140:141:0.972414:76:64:0:0:76:65:4:0 chr5 156278066 . C A 789.58 PASS AF=0.528169;AO=74;DP=142;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0461329;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.914;QD=22.2416;RBI=0.0472301;REFB=-0.0160796;REVB=-0.0101212;RO=66;SAF=34;SAR=40;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836342;STB=0.54458;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0211806;OID=.;OPOS=156278066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:67:74:75:0.528169:40:34:24:42:40:35:25:42 chr5 156376703 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.865;QD=48.7371;RBI=0.0394629;REFB=0;REVB=0.0240256;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635872;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr5 156479424 . A C 1962.88 PASS AF=0.992248;AO=125;DP=126;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.022;QD=60.8645;RBI=0.0448067;REFB=-0.0864636;REVB=0.0407902;RO=1;SAF=77;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613123;STB=0.503184;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000345793;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:129:1:1:125:128:0.992248:48:77:1:0:50:78:1:0 chr5 156479508 . CAGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT C 50.0 PASS AO=30;DP=141;LEN=66;RO=111;SAF=25;SAR=39;SRF=26;SRR=51;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=156479509;OREF=AGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:141:111:30:39:25:26:51 chr5 156479509 . A G 2334.5 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780806;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247;QD=60.6363;RBI=0.0260881;REFB=0;REVB=0.0248923;RO=0;SAF=67;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92168e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:152:154:1:85:67:0:0:86:68:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTTGTCG 1130.62 PASS AF=0.734177,0.265823;AO=53,18;DP=99;FAO=58,21;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=33,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468753,0.0170565;FXX=0.240361;HRUN=2,1;LEN=15,5;MLLD=202.15,98.973;QD=57.2468;RBI=0.0472898,0.0350939;REFB=0,0;REVB=-0.00624803,-0.0306701;RO=0;SAF=24,0;SAR=29,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0142609,-0.00191474;OID=.,.;OPOS=156479558,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CGTCA;OALT=-,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.734177,0.265823:53,18:99:58,21:79:0:25,0:33,21:0:0:99:0:24,0:29,18:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=53;DP=141;LEN=51;RO=88;SAF=25;SAR=39;SRF=26;SRR=51;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:141:88:53:39:25:26:51 chr5 156482459 . G T 1425.18 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0710362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8771;QD=60.6461;RBI=0.075301;REFB=0.0707793;REVB=-0.0249821;RO=2;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02311;STB=0.512192;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00896034;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:40:52:0:2:40:52:0:2 chr5 156531736 . C A 1065.9 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0559315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.921;QD=58.4055;RBI=0.0570206;REFB=-0.106825;REVB=0.0110911;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141159;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000510965;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:33:39:0:1:33:39:0:1 chr5 156533653 . A AT 70.51 PASS AF=0.156522;AO=24;DP=115;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.00761972;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.519;QD=2.45238;RBI=0.01545;REFB=-0.00123197;REVB=-0.0134403;RO=91;SAF=10;SAR=14;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139939;STB=0.559779;STBP=0.609;TYPE=ins;VARB=0.110375;OID=.;OPOS=156533654;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.156522:24:115:18:115:97:8:10:50:47:70:91:10:14:48:43 chr5 156715652 . G C 520.38 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.020502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.312;QD=16.7866;RBI=0.0226393;REFB=-0.0176072;REVB=0.00960239;RO=68;SAF=35;SAR=21;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229787;STB=0.512816;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0243767;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:21:35:41:27:21:35:41:27 chr5 156721863 . T TC 1047.43 PASS AF=1;AO=95;DP=129;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5955;QD=35.5062;RBI=0.0650692;REFB=0;REVB=0.0410127;RO=28;SAF=60;SAR=35;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00126926;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:129:118:118:0:75:43:0:0:21:28:60:35:21:7 chr5 156747669 . A G 386.15 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0104641;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.623;QD=14.8521;RBI=0.0178235;REFB=-0.0185074;REVB=0.0144285;RO=60;SAF=30;SAR=14;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216857;STB=0.51219;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0217695;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:60:44:44:0.423077:14:30:42:18:14:30:42:18 chr5 156770209 . G A 487.48 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00680517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.931;QD=21.4276;RBI=0.0159777;REFB=-0.0244408;REVB=-0.0144561;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666433;STB=0.536821;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0190985;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:26:21:23:21:26:21:23:21 chr5 156898690 . A G 1935.92 PASS AF=1;AO=103;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.214;QD=61.9494;RBI=0.0556014;REFB=0;REVB=0.0555553;RO=0;SAF=72;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166982;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:103:125:1:31:72:0:0:49:76:0:0 chr5 156899869 . T C 153.25 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0810892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.558;QD=40.8665;RBI=0.0812201;REFB=-0.217715;REVB=0.00460989;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.518492;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00781049;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:0:1:13:14:0.933333:12:1:0:0:13:1:0:1 chr5 156904633 . C T 1101.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.183;QD=59.5647;RBI=0.0276861;REFB=0;REVB=0.0104609;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25754e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr5 157073747 . G T 709.62 PASS AF=0.447674;AO=76;DP=170;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0181822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.556;QD=16.5027;RBI=0.0192861;REFB=-0.0220347;REVB=0.00643128;RO=94;SAF=38;SAR=38;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317309;STB=0.51095;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0255305;OID=.;OPOS=157073747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:94:95:76:77:0.447674:38:38:44:50:39:38:45:50 chr5 157078751 . C T 280.14 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0418153;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.075;QD=26.0592;RBI=0.0437891;REFB=-0.0101197;REVB=0.012999;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569477;STB=0.531573;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00861442;OID=.;OPOS=157078751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:8:10:12:13:8:10 chr5 157102159 . G A 187.24 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00165231;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7337;QD=14.1313;RBI=0.0297076;REFB=-0.0124641;REVB=-0.0296616;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211422;STB=0.621507;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.010156;OID=.;OPOS=157102159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:7:15:15:16:7:15:15:16 chr5 157102185 . A G 649.06 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.35;QD=57.6944;RBI=0.0392794;REFB=-0.189482;REVB=0.0316235;RO=2;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029222;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00255266;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:43:43:0.955556:20:23:1:1:20:23:1:1 chr5 157164962 . T C 302.05 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00172522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6175;QD=19.4869;RBI=0.0488482;REFB=-0.0218577;REVB=0.0488177;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643939;STB=0.533516;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.020191;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:30:32:32:0.516129:17:15:11:17:17:15:12:18 chr5 157213497 . A G 675.71 PASS AF=0.412088;AO=75;DP=182;FAO=75;FDP=182;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.0592989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.535;QD=14.8508;RBI=0.0608704;REFB=0.00196015;REVB=0.0137421;RO=106;SAF=33;SAR=42;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082685;STB=0.543678;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0024642;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:106:107:75:75:0.412088:42:33:55:51:42:33:55:52 chr5 157215027 . C T 272.53 PASS AF=0.538462;AO=25;DP=49;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0218799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.543;QD=20.9637;RBI=0.0219645;REFB=-0.0143264;REVB=-0.00192565;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539084;STB=0.508664;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0125205;OID=.;OPOS=157215027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:24:24:25:28:0.538462:17:8:9:15:17:11:9:15 chr5 157236124 . T C 106.1 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.000817314;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1542;QD=10.8818;RBI=0.0469362;REFB=-0.0105275;REVB=0.0469291;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247047;STB=0.644253;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0244529;OID=.;OPOS=157236124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:21:5:5:8:21:5 chr5 157403931 . A G 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.034687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.944;QD=19.7607;RBI=0.0489528;REFB=-0.000902285;REVB=0.0345426;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789875;STB=0.544588;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00152423;OID=.;OPOS=157403931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:13:12:13:10:13:12 chr5 158123957 . G A 356.71 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00705452;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.837;QD=18.7739;RBI=0.0138572;REFB=-0.0151499;REVB=0.0119271;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400696;STB=0.528381;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0133037;OID=.;OPOS=158123957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:20:16:19:20:21:16:19:20 chr5 158204425 . A G 577.53 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00391387;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.86;QD=16.6194;RBI=0.0229464;REFB=-0.0116914;REVB=-0.0226102;RO=78;SAF=34;SAR=27;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836053;STB=0.546686;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0156839;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:27:34:37:41:27:34:37:41 chr5 159505208 . C A 779.37 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.42;QD=56.6815;RBI=0.0339853;REFB=0;REVB=-0.0321473;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392172;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:22:33:0:0 chr5 159520676 . GTTTTTA GTTTTA,GTTTTAT,GTTTTTAT 31.89 PASS AF=0,0.0204082,0.122449;AO=6,3,7;DP=51;FAO=0,1,6;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=0,1,5;FSAR=0,0,1;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.058218,0.00218415,-0.0298675;FXX=0.039208;HRUN=5,5,0;LEN=1,2,1;MLLD=13.2691,69.1388,64.6329;QD=2.60286;RBI=0.141423,0.0319177,0.0382138;REFB=-0.0561617,-0.00815375,-0.00514095;REVB=-0.128884,-0.0318429,-0.0238376;RO=31;SAF=1,1,5;SAR=5,2,2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0.309091,0,0;SSEP=0.325,0,0;SSSB=-0.432217,-0.187617,0.246737;STB=0.5,0.991304,0.843481;STBP=1,0.256,0.122;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0256378,0.0564677,-0.000179698;OID=.,.,.;OPOS=159520677,159520681,159520683;OREF=T,TA,-;OALT=-,AT,T;OMAPALT=GTTTTA,GTTTTAT,GTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0204082,0.122449:6,3,7:51:0,1,6:49:42:0,1,5:0,0,1:18:24:29:31:1,1,5:5,2,2:16:15 chr5 159659273 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1421;QD=58.5988;RBI=0.024372;REFB=0;REVB=0.00276581;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26268e-05;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr5 159665599 . G A 160.99 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.034376;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3775;QD=10.3863;RBI=0.050038;REFB=-0.00822826;REVB=0.0363606;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825806;STB=0.555843;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0123835;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:40:41:21:21:0.33871:11:10:22:18:11:10:23:18 chr5 159718987 . C T 564.66 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.00972886;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.252;QD=15.1587;RBI=0.0130288;REFB=0.00613375;REVB=0.00866599;RO=84;SAF=26;SAR=35;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150058;STB=0.510201;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00734545;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:84:88:61:61:0.409396:35:26:37:47:35:26:39:49 chr5 159775741 . G A 2153.61 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142329;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.75;QD=63.3414;RBI=0.0267296;REFB=0;REVB=-0.0226252;RO=0;SAF=77;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36071e-05;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:136:0:0:135:136:1:58:77:0:0:58:78:0:0 chr5 159776047 . A G 167.17 PASS AF=0.409091;AO=19;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0176558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.409;QD=15.1972;RBI=0.0185037;REFB=-0.0112272;REVB=0.0055374;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439071;STB=0.544221;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.01519;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:19:18:0.409091:8:11:14:10:7:11:14:12 chr5 159839530 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAG 331.39 PASS AF=0.277778,0.152778,0.416667,0.125;AO=8,19,8,5;DP=79;FAO=20,11,30,9;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=8,5,19,5;FSAR=12,6,11,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.136187,-0.0756175,-0.0449963,-0.0420213;FXX=0.0885964;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,2,3,1;MLLD=5.01547,8.0598,10.8022,200.295;QD=18.4103;RBI=0.532336,0.275117,0.176988,0.0452203;REFB=-0.132636,-0.0793437,-0.0426466,-0.0158171;REVB=0.514621,0.264521,0.171173,0.0167058;RO=10;SAF=4,11,5,4;SAR=4,8,3,1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.283851,0.232209,0.380216,0.574525;STB=0.509424,0.507029,0.508923,0.510181;STBP=0.863,0.901,0.774,0.893;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.163741,0.0757263,0.07394,-0.0185635;OID=.,.,.,.;OPOS=159839531,159839531,159839531,159839541;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.277778,0.152778,0.416667,0.125:8,19,8,5:79:20,11,30,9:72:2:8,5,19,5:12,6,11,4:1:1:63:10:4,11,5,4:4,8,3,1:2:8 chr5 159901408 . C A 382.23 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0112703;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.852;QD=13.2949;RBI=0.0139587;REFB=-0.0156088;REVB=-0.00823562;RO=67;SAF=27;SAR=18;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131991;STB=0.51824;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0290856;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:70:45:45:0.391304:18:27:41:26:18:27:44:26 chr5 159912418 . C G 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00749087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9428;QD=20.246;RBI=0.0173809;REFB=0.0215235;REVB=-0.0156838;RO=33;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138979;STB=0.577275;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0116683;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:24:12:16:17:24:12:16:17 chr5 159992512 . C T 791.91 PASS AF=0.506667;AO=76;DP=150;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.00481508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1585;QD=21.1175;RBI=0.00486475;REFB=-0.00275331;REVB=0.000693428;RO=74;SAF=36;SAR=40;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144171;STB=0.579184;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00294391;OID=.;OPOS=159992512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:74:76:76:0.506667:40:36:47:27:40:36:47:27 chr5 160034042 . G A 742.81 PASS AF=0.506494;AO=77;DP=153;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0131108;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.121;QD=19.2939;RBI=0.0395485;REFB=0.00200977;REVB=-0.037312;RO=76;SAF=41;SAR=36;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041221;STB=0.519155;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00167477;OID=.;OPOS=160034042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:76:76:77:78:0.506494:36:41:37:39:37:41:37:39 chr5 160097496 . A G 1397.19 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553307;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.125;QD=62.0973;RBI=0.00558046;REFB=0;REVB=0.00072571;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129119;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:44:44:0:0:45:45:0:0 chr5 160097632 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.598;QD=58.9622;RBI=0.0432514;REFB=0;REVB=-0.0213238;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05934e-05;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr5 160212590 . T C 127.22 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0143985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.927;QD=11.5652;RBI=0.0146749;REFB=-0.0195018;REVB=-0.00283469;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082336;STB=0.558206;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0316484;OID=.;OPOS=160212590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:8:7:11:17:8:7:11:18 chr5 161119071 . G T 2392.88 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187517;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.196;QD=64.2383;RBI=0.0211835;REFB=0;REVB=-0.00985471;RO=0;SAF=86;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.78262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115491;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:63:86:0:0:63:86:0:0 chr5 161128761 . C G 1181.24 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554071;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5711;QD=61.3631;RBI=0.0960962;REFB=0;REVB=-0.0785146;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169869;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr5 161325934 . A C 1153.44 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.425;QD=60.7076;RBI=0.0709293;REFB=0;REVB=0.0638967;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148855;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr5 161528280 . C T 333.92 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00102071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.305;QD=14.2095;RBI=0.00347906;REFB=-0.0105728;REVB=-0.00332596;RO=55;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139134;STB=0.509799;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0188084;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:57:37:37:0.393617:22:15:23:32:22:15:24:33 chr5 161582493 . CAT C,CGT 453.16 PASS AF=0.46,0.03;AO=44,5;DP=101;FAO=46,3;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=10,1;FSAR=36,2;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.0131951,0.00137374;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=226.377,180.519;QD=18.1265;RBI=0.0176892,0.0122072;REFB=-0.00242132,-0.00111398;REVB=0.0117811,0.0121296;RO=50;SAF=9,3;SAR=35,2;SRF=12;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0500703,0.405404;STB=0.513613,0.611283;STBP=0.835,0.818;TYPE=del,snp;VARB=0.000999819,0.0495238;OID=.,.;OPOS=161582494,161582494;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46,0.03:44,5:101:46,3:100:51:10,1:36,2:12:39:99:50:9,3:35,2:12:38 chr5 162210532 . A G 761.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.672;QD=56.3813;RBI=0.044445;REFB=0;REVB=0.0441299;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310766;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:23:27:0:0:25:29:0:0 chr5 162890953 . G A 1237.82 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.713;QD=61.127;RBI=0.0158198;REFB=0;REVB=-0.012836;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.71606e-06;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:45:35:0:0:46:35:0:0 chr5 162902516 . T C 765.01 PASS AF=0.949153;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00725978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.384;QD=51.8653;RBI=0.0125392;REFB=-0.0389985;REVB=0.0102239;RO=3;SAF=26;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513367;STB=0.527263;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00667706;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:59:3:3:55:56:0.949153:29:26:3:0:30:26:3:0 chr5 167489093 . A T 235.8 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0145341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.015;QD=15.7202;RBI=0.0163138;REFB=-0.0264652;REVB=-0.00740941;RO=33;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110846;STB=0.569661;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0219829;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:19:7:12:21:20:7:12:21 chr5 167645888 . T C 426.36 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.037684;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8779;QD=16.3986;RBI=0.0628234;REFB=-0.0182385;REVB=-0.0502662;RO=55;SAF=30;SAR=17;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209019;STB=0.503977;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0189327;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:57:47:47:0.451923:17:30:34:21:17:30:36:21 chr5 167850748 . A G 3187.04 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.803;QD=61.5853;RBI=0.0435569;REFB=0;REVB=0.0379159;RO=0;SAF=122;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01414e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:207:0:0:204:207:1:82:122:0:0:84:123:0:0 chr5 167895953 . T C 344.97 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00892023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4376;QD=11.128;RBI=0.00908181;REFB=-0.00402165;REVB=0.00170551;RO=81;SAF=20;SAR=23;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606663;STB=0.534867;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00623752;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:81:43:43:0.346774:23:20:42:39:23:20:42:39 chr5 167913510 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.296;QD=50.4132;RBI=0.0318503;REFB=0;REVB=0.022312;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238372;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr5 167937607 . G A 185.18 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00364801;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.933;QD=13.717;RBI=0.0298976;REFB=-0.00442325;REVB=-0.0296742;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574707;STB=0.525669;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00694269;OID=.;OPOS=167937607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:21:22:0.407407:6:15:23:9:7:15:23:9 chr5 167943827 . G A 1562.88 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273143;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.894;QD=58.9768;RBI=0.0361026;REFB=-0.0964363;REVB=0.0236077;RO=1;SAF=77;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461705;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:106:1:0:105:106:1:28:77:1:0:28:78:0:0 chr5 167957055 . G A 360.19 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.030862;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.349;QD=17.152;RBI=0.0339334;REFB=-0.0271392;REVB=-0.0141072;RO=45;SAF=9;SAR=29;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144271;STB=0.577186;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0329657;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:46:38:38:0.452381:29:9:16:29:29:9:16:30 chr5 168093522 . G A 177.75 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0448586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.945;QD=13.1663;RBI=0.0450349;REFB=-0.0193801;REVB=0.00398157;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127383;STB=0.592511;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0226153;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:21:22:0.407407:10:11:20:11:11:11:21:11 chr5 168098235 . A G 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0262657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.095;QD=22.9025;RBI=0.0330569;REFB=-0.0149608;REVB=-0.0200717;RO=38;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160906;STB=0.588439;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00875797;OID=.;OPOS=168098235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:26:20:24:14:26:20:24:14 chr5 168098463 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0496169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.649;QD=56.0113;RBI=0.0497873;REFB=-0.0470479;REVB=-0.0041149;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017006;STB=0.509086;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0041291;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:27:7:0:1:27:7:0:1 chr5 168123313 . A G 293.4 PASS AF=0.417722;AO=31;DP=77;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0144608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.705;QD=14.8558;RBI=0.0278184;REFB=-0.0241368;REVB=-0.0237644;RO=46;SAF=23;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278104;STB=0.622564;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0242012;OID=.;OPOS=168123313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:46:46:31:33:0.417722:8:23:23:23:10:23:23:23 chr5 168212950 . GA G,GG 684.75 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=9,34;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349179,0.21925;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.0772,100.958;QD=62.2495;RBI=0.0496573,0.222128;REFB=0,0;REVB=0.035307,0.0356374;RO=0;SAF=9,21;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0443728,0.00336007;OID=.,.;OPOS=168212951,168212951;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:9,34:44:1,43:44:0:0,30:1,13:0:0:3:0:9,21:0,13:0:0 chr5 168250350 . C G 326.61 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.104127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.871;QD=26.6622;RBI=0.104861;REFB=-0.00849269;REVB=0.0123825;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135103;STB=0.567976;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0080706;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:20:28:29:0.591837:14:14:6:13:14:15:7:13 chr5 168671698 . A T 684.01 PASS AF=0.413043;AO=75;DP=182;FAO=76;FDP=184;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.0200841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.203;QD=14.8697;RBI=0.0501918;REFB=0.00789965;REVB=-0.0459983;RO=107;SAF=25;SAR=50;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234196;STB=0.622769;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0162726;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:107:108:75:76:0.413043:50:25:59:48:50:26:59:49 chr5 168690612 . A G 4379.73 PASS AF=1;AO=276;DP=276;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102458;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.906;QD=63.2451;RBI=0.0203975;REFB=0;REVB=-0.0176375;RO=0;SAF=151;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36362e-06;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:276:277:0:0:276:277:1:125:151:0:0:126:151:0:0 chr5 169021610 . C T 741.12 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00935678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.881;QD=60.4998;RBI=0.0829;REFB=-0.0892161;REVB=0.0823702;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268394;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00397585;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:49:1:1:45:48:0.979592:17:28:0:1:20:28:0:1 chr5 169028481 . T C 716.32 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014784;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.316;QD=63.6726;RBI=0.0236794;REFB=0;REVB=0.0184973;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154845;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr5 169031150 . T C 2118.01 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280999;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6304;QD=61.8396;RBI=0.0583961;REFB=0.00428453;REVB=0.0511908;RO=1;SAF=69;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684004;STB=0.503597;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00020914;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:137:137:1:1:136:136:0.992701:67:69:1:0:67:69:1:0 chr5 169127097 . C A 655.6 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00100135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6579;QD=24.2813;RBI=0.00138367;REFB=0.0217942;REVB=-0.000954908;RO=45;SAF=35;SAR=28;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051233;STB=0.527941;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0291864;OID=.;OPOS=169127097;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:45:63:63:0.583333:28:35:22:23:28:35:22:23 chr5 169129422 . A G 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0016625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.166;QD=20.2748;RBI=0.0227484;REFB=0.00227146;REVB=0.0226876;RO=45;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201631;STB=0.511172;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00190356;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:21:24:25:20:21:24:25:20 chr5 169267784 . G A 518.76 PASS AF=0.504673;AO=53;DP=104;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0137002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5871;QD=19.3928;RBI=0.0190545;REFB=-0.00460252;REVB=-0.0132431;RO=51;SAF=27;SAR=26;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17376;STB=0.588753;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00410675;OID=.;OPOS=169267784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:51:53:53:54:0.504673:26:27:16:35:27:27:17:36 chr5 169310213 . A C 690.56 PASS AF=0.496403;AO=68;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00650789;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.203;QD=19.8722;RBI=0.0137446;REFB=0.00668311;REVB=0.0121062;RO=71;SAF=30;SAR=38;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742141;STB=0.540009;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00847513;OID=.;OPOS=169310213;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:70:68:69:0.496403:38:30:37:34:38:31:37:33 chr5 169435713 . A C 1022.24 PASS AF=0.509901;AO=102;DP=202;FAO=103;FDP=202;FR=.;FRO=99;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=-0.00184084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.963;QD=20.2423;RBI=0.0221984;REFB=-0.0241076;REVB=-0.022122;RO=99;SAF=54;SAR=48;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121159;STB=0.563619;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0194998;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:99:99:102:103:0.509901:48:54:39:60:49:54:39:60 chr5 169454941 . C G 988.07 PASS AF=0.986111;AO=55;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0248513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2979;QD=54.8926;RBI=0.0743523;REFB=-0.089766;REVB=0.0700762;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00252423;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:55:71:0.986111:20:35:0:0:36:35:1:0 chr5 169461547 . C T 1225.8 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0100957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.299;QD=57.6847;RBI=0.010778;REFB=-0.127641;REVB=0.00377397;RO=1;SAF=45;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104081;STB=0.516125;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00391687;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:1:3:82:82:0.964706:37:45:1:0:37:45:3:0 chr5 169510392 . G A 1482.55 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320312;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.705;QD=63.7656;RBI=0.0333504;REFB=0;REVB=0.00928722;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600134;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr5 169533240 . G A 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0331998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.442;QD=38.7903;RBI=0.0384026;REFB=-0.032741;REVB=-0.0193012;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00984245;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:0:3:18:18:0.857143:9:9:0:0:9:9:2:1 chr5 169535522 . T C 1535.27 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5098;QD=62.6642;RBI=0.0304371;REFB=-0.130397;REVB=0.022066;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000784818;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:98:0:1:96:97:0.989796:51:45:0:0:51:46:0:1 chr5 169661994 . G C 85.21 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0175143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.248;QD=11.3618;RBI=0.0228732;REFB=-0.00314399;REVB=-0.0147116;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572838;STB=0.851951;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0164635;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:1:10:9:10:1:10:9:10 chr5 169685163 . C T 498.53 PASS AF=0.490741;AO=51;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00486455;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.143;QD=18.4639;RBI=0.00569164;REFB=-0.0176493;REVB=0.0029548;RO=57;SAF=31;SAR=20;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011266;STB=0.521875;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0224505;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:55:51:53:0.490741:20:31:34:23:20:33:32:23 chr5 169715038 . A G 364.52 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0184724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7156;QD=18.4568;RBI=0.0187811;REFB=-0.0282876;REVB=-0.00339111;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155789;STB=0.586925;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0225722;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:23:15:23:18:23:15:23:18 chr5 169910062 . A G 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00770606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.193;QD=19.4398;RBI=0.00837186;REFB=-0.0144676;REVB=0.0032718;RO=29;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115405;STB=0.564314;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0154648;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:12:19:14:15:12:19:14:15 chr5 169910084 . G T 852.95 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468817;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2626;QD=57.8269;RBI=0.0217854;REFB=0;REVB=-0.0212749;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897137;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:58:59:1:26:32:0:1:27:32:0:0 chr5 170215638 . T C 1097.77 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0412762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4091;QD=58.548;RBI=0.0458928;REFB=0.0196738;REVB=-0.0200605;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0023989;OID=.;OPOS=170215638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:74:74:0.986667:33:41:0:0:33:41:1:0 chr5 170215670 . G A 910.2 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.787;QD=57.7907;RBI=0.0586863;REFB=0;REVB=0.0123797;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117234;OID=.;OPOS=170215670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:31:26:0:0:31:32:0:0 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1253.24 PASS AF=0,0,0,0.963351,0.0366492;AO=18,47,15,45,12;DP=190;FAO=0,0,0,184,7;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,112,0;FSAR=0,0,0,72,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.359755,-0.620869,0.0987431,0.791063,0.058386;FXX=0.0154631;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=7.31301,11.1619,6.1647,9.49519,153.078;QD=26.2458;RBI=0.403356,0.620876,0.0988505,0.791153,0.0638306;REFB=0.164596,0.0104915,0.0828569,0.112307,0.0888187;REVB=-0.182407,-0.00293522,0.00460772,0.0119242,-0.0257959;RO=37;SAF=0,47,14,11,0;SAR=18,0,1,34,12;SRF=27;SRR=10;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.842695,0.852181,0.452267,-0.41204,-0.815461;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0,0,-0.00079258,0.0380632;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:11:190:191:37:0:18,47,15,45,12:0,0,0,184,7:0,0,0,0.963351,0.0366492:18,0,1,34,12:0,47,14,11,0:27:10:0,0,0,72,7:0,0,0,112,0:0:0 chr5 170294132 . G A 965.37 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0129035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.602;QD=55.9636;RBI=0.013094;REFB=0.0143911;REVB=0.00222557;RO=2;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000408629;STB=0.500216;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000426391;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:67:67:0.971014:33:34:1:1:33:34:1:1 chr5 170395512 . A T 1749.11 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.796;QD=60.8387;RBI=0.0571871;REFB=0;REVB=0.0421863;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132991;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:61:54:0:0:61:54:0:0 chr5 171201499 . G C 1293.11 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0215749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4759;QD=57.4715;RBI=0.0224892;REFB=-0.104438;REVB=0.00634709;RO=4;SAF=21;SAR=65;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000661996;STB=0.511276;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0133884;OID=.;OPOS=171201499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:4:3:86:87:0.966667:65:21:1:3:65:22:0:3 chr5 171520528 . G C 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.000471748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.007;QD=15.6428;RBI=0.039897;REFB=-0.0116783;REVB=0.0398942;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197034;STB=0.614335;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0120088;OID=.;OPOS=171520528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:15:5:12:17:15:5:12:17 chr5 171533629 . A G 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.88;QD=61.3752;RBI=0.0203779;REFB=0;REVB=0.0151485;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07111e-05;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:32:47:0:0:32:48:0:0 chr5 171533656 . C T 1493.99 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109465;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.343;QD=58.588;RBI=0.0296256;REFB=0.0456772;REVB=0.0275291;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00101369;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:102:0:1:101:101:0.990196:40:61:0:0:40:61:0:1 chr5 171636926 . C T 147.2 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00111876;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.55;QD=15.4951;RBI=0.0134492;REFB=-0.00157223;REVB=0.0134026;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.526283;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0018026;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:8:8:12:9:8:8:12:10 chr5 171760569 . A G 385.13 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0145543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.185;QD=20.5404;RBI=0.0205099;REFB=-0.0153169;REVB=-0.0144508;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148917;STB=0.574139;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0191187;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:19:20:24:11:19:20:24:12 chr5 171777393 . G A 641.76 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00752906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.44;QD=19.301;RBI=0.0129464;REFB=-0.018925;REVB=-0.010532;RO=68;SAF=40;SAR=25;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821279;STB=0.54544;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0257766;OID=.;OPOS=171777393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:25:40:36:32:25:40:36:32 chr5 171849471 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.296;QD=64.1537;RBI=0.0372765;REFB=0;REVB=-0.0367502;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157371;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:43:49:1:16:27:0:0:16:33:0:0 chr5 172196711 . G T 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.863;QD=59.0088;RBI=0.0770724;REFB=0;REVB=0.0465829;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391567;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr5 172294194 . G T 472.12 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0313424;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.238;QD=26.2288;RBI=0.0314764;REFB=0.0103085;REVB=-0.00290175;RO=28;SAF=26;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142963;STB=0.507809;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00682816;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:28:28:44:44:0.611111:18:26:16:12:18:26:16:12 chr5 172294513 . G A 167.36 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0635461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8869;QD=23.0843;RBI=0.0722534;REFB=0.0102579;REVB=-0.0343867;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014906;STB=0.50837;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00595764;OID=.;OPOS=172294513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:13:4:3:9:13:4:3:9 chr5 172381973 . A AGGT 1153.85 PASS AF=0.898876;AO=80;DP=92;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0139507;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.187;QD=51.8583;RBI=0.0181055;REFB=-0.0428673;REVB=0.0115407;RO=9;SAF=44;SAR=36;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657695;STB=0.534849;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.00188477;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.898876:80:92:80:89:9:44:36:8:1:37:9:44:36:8:1 chr5 172447762 . G A 450.54 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712791;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.494;QD=58.134;RBI=0.0379434;REFB=0;REVB=-0.0372679;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239649;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr5 172631051 . T G 63.84 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0233814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2123;QD=11.6074;RBI=0.146769;REFB=-0.0511661;REVB=0.144895;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0745905;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:20:22:12:13:8:9:0.409091:3:5:7:5:3:6:7:6 chr5 172660527 . T A 212.85 PASS AF=0.45098;AO=16;DP=47;FAO=23;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0395984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.735;QD=16.694;RBI=0.0397419;REFB=-0.00638623;REVB=0.0033742;RO=23;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177606;STB=0.547786;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0112773;OID=.;OPOS=172660527;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:23:26:16:23:0.45098:14:2:5:18:16:7:6:20 chr5 172662024 . T C 128.1 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0219125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.473;QD=20.4966;RBI=0.0636859;REFB=-0.0314068;REVB=0.0597974;RO=11;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583576;STB=0.533283;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0213963;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:2:12:9:2:2:12:9:2 chr5 173034989 . T C 2795.61 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302485;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.227;QD=62.8228;RBI=0.030346;REFB=0;REVB=0.00243043;RO=0;SAF=101;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100069;OID=.;OPOS=173034989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:77:101:0:0:77:101:0:0 chr5 173376506 . A G 293.67 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0227037;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3016;QD=14.5022;RBI=0.0256061;REFB=-0.0135522;REVB=-0.0118413;RO=45;SAF=25;SAR=8;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472294;STB=0.770764;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0173999;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:45:48:33:33:0.407407:8:25:13:32:8:25:14:34 chr5 173534801 . CTT C 270.9 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0616234;FXX=0.0844951;HRUN=3;LEN=2;MLLD=36.3298;QD=16.6708;RBI=0.0623839;REFB=-0.00855003;REVB=-0.00971103;RO=26;SAF=11;SAR=25;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035845;STB=0.520306;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=0.00685106;OID=.;OPOS=173534802;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553846:36:69:36:65:29:11:25:10:19:99:26:11:25:9:17 chr5 174156168 . T C 783.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9941;QD=56.9968;RBI=0.0293965;REFB=0;REVB=0.0284011;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019874;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr5 174422374 . C T 345.1 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=14;FWDB=-0.0151562;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.705;QD=12.216;RBI=0.02074;REFB=-0.0175447;REVB=-0.0141575;RO=71;SAF=23;SAR=19;SRF=57;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297614;STB=0.666891;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0266593;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:71:42:42:0.371681:19:23:57:14:19:23:57:14 chr5 174868840 . T C 1204.02 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.689;QD=60.963;RBI=0.0140106;REFB=0;REVB=0.0136262;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44007e-05;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:35:44:0:0 chr5 174870150 . C T 718.88 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.004506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.747;QD=59.9064;RBI=0.0218655;REFB=0.0748498;REVB=0.0213961;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034276;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000391883;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:46:47:0.979167:25:21:1:1:26:21:1:0 chr5 174870196 . C T 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0279997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.48;QD=17.1669;RBI=0.0283667;REFB=-0.0041926;REVB=-0.00454795;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103485;STB=0.558021;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00470722;OID=.;OPOS=174870196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:19:13:15:14:19:13 chr5 175307256 . T C 313.76 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.074362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6816;QD=50.2007;RBI=0.074362;REFB=-0.111553;REVB=-2.05807e-05;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0102597;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:25:1:1:24:24:0.96:7:17:0:1:7:17:0:1 chr5 175307373 . G A 1303.32 PASS AF=0.908163;AO=89;DP=97;FAO=89;FDP=98;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00742317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4932;QD=53.1967;RBI=0.02067;REFB=-0.0469856;REVB=-0.0192911;RO=7;SAF=48;SAR=41;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153387;STB=0.518974;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0403639;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:97:98:7:9:89:89:0.908163:41:48:3:4:41:48:3:6 chr5 175308022 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000212046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.871;QD=46.9599;RBI=0.0124601;REFB=-0.0240291;REVB=-0.0124583;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.517224;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.002065;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:14:6:0:0:14:6:0:1 chr5 175387011 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0282289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.893;QD=15.2589;RBI=0.0472812;REFB=0.00823197;REVB=0.0379294;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0157104;OID=.;OPOS=175387011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:5:1:3:4:5:1 chr5 175811094 . C CAT,CGT 1100.18 PASS AF=0.470588,0.470588;AO=37,39;DP=92;FAO=40,40;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=22,18;FSAR=18,22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0252779,0.0121812;FXX=0.034087;HRUN=0,1;LEN=2,2;MLLD=125.472,156.33;QD=51.7733;RBI=0.0264436,0.0174005;REFB=-0.0116389,-0.107096;REVB=-0.00776477,0.0124257;RO=14;SAF=20,18;SAR=17,21;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.12665,-0.157297;STB=0.505615,0.51677;STBP=0.85,0.56;TYPE=ins,ins;VARB=0.000545294,0.0264785;OID=.,.;OPOS=175811095,175811095;OREF=-,-;OALT=AT,GT;OMAPALT=CAT,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.470588,0.470588:37,39:92:40,40:85:5:22,18:18,22:3:2:99:14:20,18:17,21:11:3 chr5 175954078 . A C 68.22 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0089997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.967;QD=14.3619;RBI=0.022568;REFB=-0.0191128;REVB=-0.0206958;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221916;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0244038;OID=.;OPOS=175954078;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:18:19:4:10:9:9:0.473684:3:6:4:0:3:6:7:3 chr5 175956177 . G A 172.08 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.000625142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.553;QD=11.2841;RBI=0.00481178;REFB=-0.0253716;REVB=-0.00477099;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497535;STB=0.520939;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0351212;OID=.;OPOS=175956177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:12:10:19:19:12:10:19:20 chr5 175956271 . A C 115.4 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0148976;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.947;QD=10.2581;RBI=0.0203205;REFB=-0.00699163;REVB=-0.0138197;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167402;STB=0.599863;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0133075;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:11:20:7:7:11:20 chr5 176002144 . A C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=-0.0080247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.932;QD=15.577;RBI=0.0195776;REFB=-0.0088364;REVB=-0.0178574;RO=30;SAF=23;SAR=1;SRF=27;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252852;STB=0.647732;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0154361;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:1:23:27:3:1:23:27:3 chr5 176002542 . C T 129.11 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00395796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0941;QD=17.8077;RBI=0.00873777;REFB=0.00821366;REVB=-0.00778994;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129571;STB=0.585249;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00180143;OID=.;OPOS=176002542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:14:15:0.517241:9:5:7:7:10:5:7:7 chr5 176004476 . T C 142.04 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0841;QD=43.7034;RBI=0.0483266;REFB=0;REVB=0.0195055;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234453;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:9:13:1:3:6:0:0:5:8:0:0 chr5 176005477 . C T 605.04 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.472;QD=60.5036;RBI=0.101982;REFB=0;REVB=0.100598;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191305;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:11:28:0:0:12:28:0:0 chr5 176011264 . T C 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00153228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.022;QD=16.0318;RBI=0.00836922;REFB=-0.0112242;REVB=0.00822775;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794608;STB=0.504562;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0286643;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:13:7:10:18:13:7:10:18 chr5 176024880 . C T 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.00908207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.688;QD=16.7506;RBI=0.0101105;REFB=-0.00857;REVB=0.00444274;RO=39;SAF=7;SAR=26;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487238;STB=0.527257;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.011755;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:26:7:7:32:26:7:7:32 chr5 176025938 . T C 691.58 PASS AF=0.9;AO=43;DP=48;FAO=45;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0102032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.526;QD=55.3261;RBI=0.0329808;REFB=-0.11436;REVB=0.0313628;RO=2;SAF=36;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496269;STB=0.512815;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00109964;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:50:2:3:43:45:0.9:7:36:1:1:9:36:2:1 chr5 176069831 . G A 1787.29 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785458;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.135;QD=61.1038;RBI=0.00792317;REFB=0;REVB=-0.00104031;RO=0;SAF=40;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308097;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:116:117:1:76:40:0:0:76:41:0:0 chr5 176314459 . G A 185.8 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0176275;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.707;QD=18.1266;RBI=0.0309426;REFB=-0.00537908;REVB=0.0254306;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561003;STB=0.531882;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00750679;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:14:8:8:11:14:8 chr5 176314639 . G A 292.6 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0114116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.859;QD=17.2116;RBI=0.0114288;REFB=-0.0291543;REVB=-0.000626615;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239174;STB=0.633494;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0345685;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:25:11:18:14:25:11 chr5 176516631 . G A 361.8 PASS AF=0.438202;AO=33;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00250782;FXX=0.0111099;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.302;QD=16.2607;RBI=0.0127622;REFB=-0.0259259;REVB=-0.0125134;RO=38;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167101;STB=0.604422;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0360684;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:38:50:33:39:0.438202:11:22:19:19:12:27:26:24 chr5 176517170 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.016;QD=47.8223;RBI=0.0125806;REFB=0;REVB=0.00454613;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169927;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr5 176517292 . A G 783.58 PASS AF=0.966667;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0191618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.95;QD=52.2387;RBI=0.0667963;REFB=0.0645891;REVB=-0.0639888;RO=2;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277141;STB=0.513509;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000312449;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:60:2:2:55:58:0.966667:33:22:0:2:36:22:0:2 chr5 176517326 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.997;QD=57.7122;RBI=0.0246428;REFB=0;REVB=0.0158155;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49223e-05;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr5 176517461 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.96;QD=54.5174;RBI=0.0590951;REFB=0;REVB=0.0534176;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137794;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr5 176517797 . C T 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.817;QD=61.8147;RBI=0.0333256;REFB=-0.0186161;REVB=0.0223411;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000120657;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr5 176518784 . C T 1000.57 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.4;QD=58.0041;RBI=0.0222617;REFB=-0.0594342;REVB=0.00555368;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30768e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr5 176520243 . G A 268.16 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00133112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.851;QD=20.2382;RBI=0.0239645;REFB=-0.0548629;REVB=-0.0239275;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116807;STB=0.563713;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0340754;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:23:25:28:28:0.528302:13:15:9:14:13:15:10:15 chr5 176636882 . C T 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00148168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.454;QD=16.5339;RBI=0.011566;REFB=-0.000803553;REVB=-0.0114707;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194092;STB=0.599344;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000572981;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:11:7:13:9:11:7:13:10 chr5 176637149 . G A 379.2 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.000545259;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.201;QD=16.4869;RBI=0.00663115;REFB=-0.0134129;REVB=-0.00660869;RO=53;SAF=27;SAR=12;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121443;STB=0.560467;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0144189;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:52:39:40:0.434783:12:27:31:22:13:27:30:22 chr5 176637240 . G T 423.9 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0178748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5941;QD=18.6329;RBI=0.0276637;REFB=-0.0128486;REVB=0.0211134;RO=48;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263174;STB=0.514661;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0192929;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:23:20:21:27:23:20:21:27 chr5 176637576 . T C 55.04 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.033172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.034;QD=9.57233;RBI=0.0600022;REFB=-0.0069582;REVB=0.0499988;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.644803;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00744931;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:3:5:5:9:3:5:6:9 chr5 176721198 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00194354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.159;QD=16.4169;RBI=0.0733326;REFB=0.0017352;REVB=-0.0733069;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193277;STB=0.611489;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00191735;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:7:9:5:9:7:9 chr5 176728400 . G A 306.5 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0495074;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6217;QD=12.9054;RBI=0.0496209;REFB=-0.00021529;REVB=-0.00335305;RO=61;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133644;STB=0.571902;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00118944;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:61:60:35:35:0.368421:17:18:24:37:17:18:24:36 chr5 176728458 . G T 482.12 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0238052;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.764;QD=19.8812;RBI=0.0246719;REFB=-0.0254343;REVB=0.00648165;RO=49;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131754;STB=0.566873;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0251938;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:49:50:47:47:0.484536:24:23:17:32:24:23:18:32 chr5 176733116 . A G 233.92 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00018492;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.115;QD=17.0122;RBI=0.0147338;REFB=-0.00977932;REVB=-0.0147326;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185959;STB=0.60325;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00843275;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:26:26:0.472727:11:15:10:17:11:15:11:18 chr5 176737720 . A G 227.66 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00256266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.706;QD=21.1778;RBI=0.0169897;REFB=-0.0170574;REVB=-0.0167954;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141499;STB=0.579545;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0184482;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:9:12:9:13:9:12 chr5 176831083 . C G 97.9 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0609596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7303;QD=15.0619;RBI=0.0883942;REFB=-0.00146517;REVB=-0.0640114;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317416;STB=0.659495;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00154205;OID=.;OPOS=176831083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:26:14:14:11:12:0.461538:5:6:12:2:5:7:12:2 chr5 176831826 . C G 2185.09 PASS AF=1;AO=134;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.971;QD=62.8804;RBI=0.0429293;REFB=0;REVB=0.0427739;RO=1;SAF=84;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58587e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:1:0:134:139:1:50:84:0:1:55:84:0:0 chr5 176863519 . G C 614.7 PASS AF=0.534483;AO=60;DP=115;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.00819573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.789;QD=21.1964;RBI=0.0147286;REFB=-0.0384991;REVB=-0.0122377;RO=52;SAF=37;SAR=23;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511681;STB=0.528407;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0306612;OID=.;OPOS=176863519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:52:54:60:62:0.534483:23:37:35:17:23:39:37:17 chr5 176867943 . A G 378.32 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00336991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.819;QD=21.3135;RBI=0.025873;REFB=-0.0113753;REVB=-0.0256526;RO=33;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127007;STB=0.570379;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00821824;OID=.;OPOS=176867943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:25:13:16:17:25:13:16:17 chr5 176885178 . A G 130.25 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1688;QD=43.4174;RBI=0.0933337;REFB=0;REVB=-0.0700201;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386468;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:7:5:0:0 chr5 176885499 . T C 368.29 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0113757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.505;QD=16.7406;RBI=0.0128788;REFB=-0.00997594;REVB=-0.00603807;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022826;STB=0.512814;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00937364;OID=.;OPOS=176885499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:20:19:25:24:20:19:25:24 chr5 176916516 . C T 227.14 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0244933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.973;QD=28.3919;RBI=0.0466448;REFB=-0.0583147;REVB=0.0396966;RO=11;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414906;STB=0.522914;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0171895;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:9:12:7:4:9:12:7:4 chr5 176917078 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.699;QD=54.5167;RBI=0.00486621;REFB=0;REVB=-0.00342359;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54059e-07;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr5 176930135 . G A 918.84 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102754;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.497;QD=58.3392;RBI=0.0923855;REFB=0;REVB=0.0918123;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92523e-05;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:30:29:0:0:33:30:0:0 chr5 176936650 . T C 769.62 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.442;QD=57.009;RBI=0.0487371;REFB=0;REVB=0.0484477;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306633;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:33:21:0:0 chr5 176940384 . G A 266.94 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0085076;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4005;QD=13.5159;RBI=0.0285027;REFB=-0.0195423;REVB=0.0272034;RO=47;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00580696;STB=0.50286;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0218741;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:48:31:31:0.392405:15:16:24:23:15:16:25:23 chr5 176951276 . A G 920.17 PASS AF=1;AO=50;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.222;QD=58.4233;RBI=0.0695781;REFB=0;REVB=0.0686274;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369327;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:50:63:1:24:26:0:0:30:33:0:0 chr5 177022652 . A G 256.91 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4866;QD=48.9351;RBI=0.172796;REFB=0;REVB=0.170479;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00675108;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:14:21:1:5:9:0:0:8:13:0:0 chr5 177022722 . G C 251.16 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.00140404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.57;QD=22.8326;RBI=0.00246927;REFB=-0.0133839;REVB=-0.00203125;RO=18;SAF=21;SAR=2;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564434;STB=0.523789;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00906269;OID=.;OPOS=177022722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:20:23:24:0.545455:2:21:16:2:2:22:18:2 chr5 177023096 . A AT 482.91 PASS AF=1;AO=8;DP=59;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.181467;FXX=0.22803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.8332;QD=43.9007;RBI=0.199232;REFB=0;REVB=-0.082237;RO=47;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00685574;OID=.;OPOS=177023097;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:59:44:44:0:4:40:0:0:9:47:1:7:10:37 chr5 177023098 . A T 494.22 PASS AF=0.824561;AO=24;DP=51;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0084029;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=74.3774;QD=34.682;RBI=0.0399934;REFB=-0.196206;REVB=0.0391007;RO=11;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199239;STB=0.5595;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0101674;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:57:11:10:24:47:0.824561:20:4:0:11:37:10:0:10 chr5 177031348 . T C 35.92 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.117118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.162;QD=6.24706;RBI=0.117143;REFB=-0.00793119;REVB=-0.00242399;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147854;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0407745;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:17:17:5:6:0.26087:2:3:8:9:3:3:8:9 chr5 177035964 . T C 490.46 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.101282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.178;QD=15.6948;RBI=0.101451;REFB=-0.0158325;REVB=-0.00585776;RO=71;SAF=37;SAR=17;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149195;STB=0.583865;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0229525;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:17:37:39:32:17:37:39:32 chr5 177158620 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.913;QD=43.4862;RBI=0.0445394;REFB=0;REVB=0.027167;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324521;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr5 177180236 . G A 731.36 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00071466;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.032;QD=63.5962;RBI=0.0477062;REFB=0;REVB=-0.0477008;RO=0;SAF=40;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.96818e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:6:40:0:0:6:40:0:0 chr5 177310717 . A G 62.38 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1752;QD=35.6461;RBI=0.0687826;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584538;OID=.;OPOS=177310717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:0:6:0:0:0:7:0:0 chr5 177419967 . C T 132.98 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0290805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.84;QD=9.33224;RBI=0.0291705;REFB=-0.00672395;REVB=-0.00228905;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905113;STB=0.561336;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0146954;OID=.;OPOS=177419967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:9:9:22:16:9:9:23:16 chr5 177422823 . C T 337.28 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=75;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00341897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.843;QD=17.2962;RBI=0.0431338;REFB=-0.0128363;REVB=0.0429981;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134842;STB=0.580692;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.010308;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:41:42:34:36:0.461538:18:16:25:16:20:16:25:17 chr5 177422876 . T C 1555.68 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.806;QD=59.834;RBI=0.032163;REFB=0;REVB=-0.0312011;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75639e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:55:48:0:0:55:49:0:0 chr5 177422908 . A G 533.08 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.000215629;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.21;QD=22.6843;RBI=0.0306862;REFB=-0.0312283;REVB=-0.0306854;RO=42;SAF=27;SAR=23;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267314;STB=0.633646;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0228928;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:42:44:50:50:0.531915:23:27:9:33:23:27:11:33 chr5 177547247 . T C 1341.83 PASS AF=1;AO=81;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125223;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.225;QD=61.6933;RBI=0.12558;REFB=0;REVB=-0.00945866;RO=0;SAF=15;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25838e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139076;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:81:87:1:66:15:0:0:67:20:0:0 chr5 177547336 . G A 91.55 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0178596;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.577;QD=15.9224;RBI=0.0249178;REFB=-0.00442526;REVB=0.0173761;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402998;STB=0.730964;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00268328;OID=.;OPOS=177547336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:10:2:7:4:10:2 chr5 177551154 . C T 83.74 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0445732;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0424;QD=8.81428;RBI=0.059245;REFB=-0.00922775;REVB=0.0390281;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159583;STB=0.611445;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00609649;OID=.;OPOS=177551154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:26:27:11:11:0.289474:7:4:13:13:7:4:14:13 chr5 177551169 . T C 727.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.11;QD=63.2593;RBI=0.0497822;REFB=0;REVB=0.026616;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185731;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr5 177551176 . T C 669.77 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0424979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.332;QD=54.6747;RBI=0.0434004;REFB=0.0351045;REVB=0.00880505;RO=3;SAF=20;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065425;STB=0.545434;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00508102;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:3:4:45:45:0.918367:25:20:3:0:25:20:4:0 chr5 177612734 . T C 1773.98 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00580921;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.47;QD=60.135;RBI=0.0137666;REFB=-0.076954;REVB=0.0124808;RO=1;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904575;STB=0.504761;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=1.14375e-05;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:52:65:0:1:52:65:0:1 chr5 177612739 . G T 544.33 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0770597;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2821;QD=18.452;RBI=0.118843;REFB=0.0106158;REVB=-0.0904738;RO=61;SAF=29;SAR=28;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030079;STB=0.516661;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0135638;OID=.;OPOS=177612739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:28:29:33:28:28:29:33:28 chr5 177612744 . A G 1897.02 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.079;QD=61.1942;RBI=0.0163427;REFB=0;REVB=-0.00542691;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0576e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:121:124:1:60:61:0:0:60:64:0:0 chr5 177612983 . G A 332.67 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0176486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.922;QD=26.614;RBI=0.0429059;REFB=-0.0111654;REVB=0.0391081;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499607;STB=0.502761;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00622171;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:14:15:11:10:14:15:11:10 chr5 177613123 . T C 657.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.384;QD=59.7929;RBI=0.0478463;REFB=-0.0310546;REVB=0.0388325;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000348558;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr5 177613168 . C T 422.89 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0179947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3887;QD=23.494;RBI=0.0355561;REFB=-0.0140393;REVB=0.0306664;RO=30;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187561;STB=0.596408;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00973811;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:31:41:41:0.569444:25:16:19:11:25:16:19:12 chr5 177614183 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0314672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.254;QD=10.0752;RBI=0.0536613;REFB=-0.0139595;REVB=-0.0434667;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343095;STB=0.706044;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0296035;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:4:10:3:5:4:10 chr5 177675217 . C T 638.56 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0195649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0109;QD=20.4338;RBI=0.0369319;REFB=0.0122632;REVB=0.0313238;RO=61;SAF=19;SAR=45;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817372;STB=0.545125;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0120042;OID=.;OPOS=177675217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:61:64:64:0.512:45:19:23:38:45:19:23:38 chr5 177681946 . C CT 121.53 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0790273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0748;QD=12.4643;RBI=0.115964;REFB=0.00150283;REVB=0.0848659;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668602;STB=0.54682;STBP=0.671;TYPE=ins;VARB=0.0103369;OID=.;OPOS=177681947;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:18:40:18:39:21:14:4:15:6:99:22:14:4:16:6 chr5 177683377 . T C 469.23 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105861;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2643;QD=58.654;RBI=0.0527105;REFB=0;REVB=0.0516365;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774375;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr5 177683905 . G A 561.81 PASS AF=0.565217;AO=49;DP=91;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00473881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.051;QD=24.4265;RBI=0.00679385;REFB=-0.021673;REVB=0.00486828;RO=39;SAF=17;SAR=32;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984812;STB=0.548368;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0214595;OID=.;OPOS=177683905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:39:40:49:52:0.565217:32:17:18:21:34:18:18:22 chr5 177715580 . CT C,CC,GC 1268.11 PASS AF=0.0963855,0.903614,0;AO=16,52,4;DP=72;FAO=8,75,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=6,43,0;FSAR=2,32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651291,0.0656775,0.0657165;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=144.192,153.555,129.276;QD=61.1139;RBI=0.0671543,0.0715769,0.0674094;REFB=0,0,0;REVB=0.0163677,0.0284556,0.0150124;RO=0;SAF=7,34,0;SAR=9,18,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.19096e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00852844,0.00540083,0.0257472;OID=.,.,.;OPOS=177715581,177715581,177715580;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,GC;OMAPALT=C,CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:72:83:0:0:16,52,4:8,75,0:0.0963855,0.903614,0:9,18,4:7,34,0:0:0:2,32,0:6,43,0:0:0 chr5 178049444 . C G 537.04 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0111004;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.807;QD=18.2048;RBI=0.0111783;REFB=0.0016938;REVB=0.00131797;RO=60;SAF=21;SAR=35;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827317;STB=0.504069;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00209555;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:61:56:57:0.483051:35:21:23:37:35:22:24:37 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT 79.28 PASS AF=0.234043;AO=10;DP=51;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000608509;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=11;MLLD=272.542;QD=6.74733;RBI=0.0264974;REFB=-0.00168852;REVB=-0.0264904;RO=40;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306154;STB=0.513594;STBP=0.948;TYPE=ins;VARB=0.00554656;OID=.;OPOS=178138658;OREF=-;OALT=TTCATTTGTAT;OMAPALT=ATTCATTTGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043:10:51:11:47:36:6:5:19:17:79:40:5:5:21:19 chr5 178139442 . T G 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00834734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.124;QD=21.8063;RBI=0.0125183;REFB=-0.0186094;REVB=0.00932893;RO=40;SAF=26;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415923;STB=0.522926;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0131267;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:19:26:25:15:19:26:25:15 chr5 178140090 . C T 320.04 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0381473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.021;QD=16.0019;RBI=0.0585052;REFB=-0.0258494;REVB=-0.0443581;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225;STB=0.625908;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0267852;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:18:17:32:13:18:17:32:13 chr5 178293253 . G A 832.74 PASS AF=0.459893;AO=86;DP=187;FAO=86;FDP=187;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=0.00353443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.054;QD=17.8126;RBI=0.073698;REFB=0.00189074;REVB=0.0736132;RO=99;SAF=41;SAR=45;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110403;STB=0.565502;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00154777;OID=.;OPOS=178293253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:99:101:86:86:0.459893:45:41:36:63:45:41:36:65 chr5 178294059 . T C 792.54 PASS AF=0.482353;AO=82;DP=170;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.017326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.261;QD=18.648;RBI=0.0202991;REFB=-0.00503152;REVB=0.0105765;RO=88;SAF=43;SAR=39;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335403;STB=0.518514;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00684145;OID=.;OPOS=178294059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:88:88:82:82:0.482353:39:43:43:45:39:43:43:45 chr5 178310446 . C T 138.42 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0539642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.419;QD=11.7803;RBI=0.060885;REFB=-0.00809414;REVB=0.028193;RO=31;SAF=1;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57703;STB=0.863608;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0066538;OID=.;OPOS=178310446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:31:15:16:0.340426:14:1:13:18:15:1:13:18 chr5 178359136 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0275083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.191;QD=5.95767;RBI=0.0275529;REFB=-0.00448872;REVB=-0.00156695;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40571;STB=0.749374;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0166226;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:3:15:3:3:3:15 chr5 178359989 . T C 892.54 PASS AF=0.508571;AO=89;DP=175;FAO=89;FDP=175;FR=.;FRO=86;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=26;FWDB=1.18343e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.459;QD=20.4009;RBI=0.0114911;REFB=-0.025927;REVB=-0.0114911;RO=85;SAF=53;SAR=36;SRF=60;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104474;STB=0.553157;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0278355;OID=.;OPOS=178359989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:85:86:89:89:0.508571:36:53:60:25:36:53:60:26 chr5 178368465 . C CCAAA 330.15 PASS AF=0.455696;AO=27;DP=89;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=6;FWDB=0.0163942;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=4;MLLD=265.414;QD=16.7164;RBI=0.0251428;REFB=-0.00836443;REVB=0.0190628;RO=53;SAF=23;SAR=4;SRF=45;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626306;STB=0.500734;STBP=0.996;TYPE=ins;VARB=0.00992353;OID=.;OPOS=178368466;OREF=-;OALT=CAAA;OMAPALT=CCAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455696:27:89:36:79:43:31:5:37:6:99:53:23:4:45:8 chr5 178373452 . G A 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00170466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.555;QD=24.3824;RBI=0.00429831;REFB=-0.0170929;REVB=0.00394583;RO=21;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22382;STB=0.6249;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0111971;OID=.;OPOS=178373452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:18:8:12:9:18:8:12:9 chr5 178391860 . G A 533.47 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0689314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6766;QD=24.8123;RBI=0.0692457;REFB=-0.00614802;REVB=-0.00659033;RO=36;SAF=25;SAR=24;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115181;STB=0.566239;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0056436;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:36:36:49:50:0.581395:24:25:13:23:24:26:13:23 chr5 178391902 . A C 336.65 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0165207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.824;QD=17.2641;RBI=0.0214615;REFB=-0.0127271;REVB=0.013699;RO=41;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125213;STB=0.564695;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0158256;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:23:13:20:21:23:13:20:22 chr5 178395849 . C A 448.74 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0282543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.692;QD=15.7452;RBI=0.0289113;REFB=-0.00177165;REVB=0.00612865;RO=64;SAF=31;SAR=19;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276991;STB=0.515515;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00297807;OID=.;OPOS=178395849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:19:31:38:26:19:31:38:26 chr5 178395883 . C T 191.42 PASS AF=0.320513;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0371973;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0336;QD=9.81647;RBI=0.037242;REFB=-0.00243648;REVB=0.00182451;RO=53;SAF=16;SAR=8;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166416;STB=0.529389;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00520483;OID=.;OPOS=178395883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:53:53:24:25:0.320513:8:16:36:17:9:16:36:17 chr5 178408835 . C T 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0246632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1665;QD=13.0229;RBI=0.0307613;REFB=0.00750217;REVB=-0.0183842;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311974;STB=0.676807;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0156143;OID=.;OPOS=178408835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:16:12:32:12:16:12:32:12 chr5 178410151 . C T 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0605413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.826;QD=14.92;RBI=0.0605617;REFB=-0.0104847;REVB=0.00157376;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119353;STB=0.561156;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00918112;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:10:18:19:17:10:18:20:17 chr5 178410213 . T C 123.84 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0175726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.64;QD=8.69076;RBI=0.0525778;REFB=-0.001935;REVB=-0.0495543;RO=39;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479826;STB=0.796132;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00318207;OID=.;OPOS=178410213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:40:17:17:0.298246:3:14:17:22:3:14:17:23 chr5 178410234 . A G 135.79 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=54;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00594238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8484;QD=9.699;RBI=0.0402737;REFB=-0.000943795;REVB=-0.0398329;RO=37;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262969;STB=0.676879;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0018591;OID=.;OPOS=178410234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:37:38:17:18:0.321429:5:12:18:19:5:13:18:20 chr5 178410437 . G A 258.77 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0258692;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8366;QD=29.5738;RBI=0.0370347;REFB=0.048305;REVB=0.026502;RO=11;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133948;STB=0.566876;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00505566;OID=.;OPOS=178410437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:11:11:23:24:0.685714:14:9:2:9:15:9:2:9 chr5 178410519 . T G 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0387154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.224;QD=36.3121;RBI=0.0404739;REFB=-0.00821297;REVB=-0.0118006;RO=4;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130869;STB=0.571354;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0024781;OID=.;OPOS=178410519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:12:6:0:4:12:6:0:4 chr5 178412273 . T C 275.65 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00928622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.094;QD=25.6421;RBI=0.0306646;REFB=-0.0102956;REVB=0.0292247;RO=18;SAF=20;SAR=5;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404551;STB=0.522371;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00885174;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:5:20:15:3:5:20:15:3 chr5 178412667 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.246;QD=42.1826;RBI=0.0212367;REFB=0;REVB=0.0038593;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138889;OID=.;OPOS=178412667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr5 178413816 . T C,G 1222.62 PASS AF=0.950617,0.0493827;AO=76,4;DP=81;FAO=77,4;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=64,4;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237958,0.0191375;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.937,111.509;QD=60.3762;RBI=0.024404,0.0776453;REFB=0,0;REVB=-0.00541446,-0.0752499;RO=0;SAF=63,4;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00209732,0.0518529;OID=.,.;OPOS=178413816,178413816;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:81:81:0:0:76,4:77,4:0.950617,0.0493827:13,0:63,4:0:0:13,0:64,4:0:0 chr5 178413947 . T C 663.24 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.795;QD=61.6969;RBI=0.0225507;REFB=0;REVB=0.0178528;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02809e-05;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:14:29:0:0 chr5 178415937 . A G 476.22 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243822;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.998;QD=59.527;RBI=0.0609249;REFB=0;REVB=-0.0558333;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000829181;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr5 178415982 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.281;QD=57.1061;RBI=0.0288481;REFB=0;REVB=-0.0155255;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18204e-05;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr5 178416063 . G A 994.3 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.628;QD=57.6403;RBI=0.0210645;REFB=-0.117972;REVB=0.0174473;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000350002;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:32:36:0:0:32:36:1:0 chr5 178416288 . G A 1476.49 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0179323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.267;QD=60.2651;RBI=0.054231;REFB=-0.107694;REVB=0.0511804;RO=3;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359655;STB=0.512497;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000782245;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:97:98:3:2:94:96:0.979592:38:56:0:3:39:57:0:2 chr5 178419279 . G GGGCAAGGTCGT,GGGCAAGGTCT 231.75 PASS AF=0,1;AO=2,13;DP=20;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225098,0.0255889;FXX=0.09995;HRUN=2,2;LEN=11,10;MLLD=292.631,321.573;QD=51.5002;RBI=0.0977276,0.105665;REFB=0,0;REVB=0.0950999,0.102519;RO=5;SAF=1,13;SAR=1,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.306614,0.814324;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000470614;OID=.,.;OPOS=178419280,178419280;OREF=-,-;OALT=GGCAAGGTCGT,GGCAAGGTCT;OMAPALT=GGGCAAGGTCGT,GGGCAAGGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,13:20:0,18:18:0:0,17:0,1:0:0:3:5:1,13:1,0:4:1 chr5 178419288 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4929;QD=51.9165;RBI=0.011842;REFB=0;REVB=-0.00446997;RO=0;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481826;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:1:20:0:0:1:20:0:0 chr5 178419396 . A AC,ACC 180.31 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=10,3;DP=18;FAO=17,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705988,-0.0377795;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=16.9658,11.5289;QD=40.0693;RBI=0.0708262,0.0379059;REFB=0,0;REVB=0.00567034,0.00309289;RO=5;SAF=7,2;SAR=3,1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0721239,-0.152533;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0332605,0.0105769;OID=.,.;OPOS=178419397,178419397;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556:10,3:18:17,1:18:0:12,1:5,0:0:0:5:5:7,2:3,1:4:1 chr5 178459283 . A G 1480.88 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013493;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7212;QD=58.6489;RBI=0.0386044;REFB=-0.0841013;REVB=0.0361696;RO=1;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104245;STB=0.505493;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00300681;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:101:1:1:99:100:0.990099:45:54:0:1:45:55:0:1 chr5 178459426 . A C 1601.83 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=111;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00059072;FXX=0.0357111;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.751;QD=59.327;RBI=0.0344709;REFB=-0.0330249;REVB=0.0344658;RO=1;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102054;STB=0.505262;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=5.15473e-06;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:108:1:1:106:107:0.990741:46:60:0:1:47:60:0:1 chr5 178507069 . T C 707.87 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108995;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.065;QD=56.6293;RBI=0.0140849;REFB=0;REVB=0.0140427;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61051e-05;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr5 178507090 . G A 646.7 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.791;QD=61.5905;RBI=0.0218845;REFB=0;REVB=0.01726;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70407e-05;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:18:21:0:0:18:24:0:0 chr5 178634619 . C T 1419.36 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.085;QD=61.7112;RBI=0.0412225;REFB=-0.119831;REVB=0.0315932;RO=1;SAF=57;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082444;STB=0.504347;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000660716;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:34:57:1:0:34:57:1:0 chr5 178634672 . C T 1236.76 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520765;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.276;QD=61.0744;RBI=0.057235;REFB=0;REVB=0.0237463;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012019;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr5 178770981 . A G 691.21 PASS AF=0.415301;AO=76;DP=185;FAO=76;FDP=183;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.0166726;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.629;QD=15.1084;RBI=0.0204179;REFB=-0.0153024;REVB=-0.0117862;RO=107;SAF=32;SAR=44;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145716;STB=0.576261;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0199465;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:107:107:76:76:0.415301:44:32:60:47:44:32:59:48 chr5 178949560 . AG GT 766.06 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137902;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.911;QD=56.7452;RBI=0.0343678;REFB=0;REVB=0.0314798;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000304066;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr5 178949579 . C CT 747.24 PASS AF=1;AO=6;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274741;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.167;QD=52.4376;RBI=0.069619;REFB=0;REVB=-0.0639685;RO=50;SAF=6;SAR=0;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.54311e-05;OID=.;OPOS=178949580;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:57:57:57:0:29:28:0:0:4:50:6:0:23:27 chr5 178949580 . C T 616.73 PASS AF=0.859649;AO=49;DP=57;FAO=49;FDP=57;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00403046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.716;QD=43.2791;RBI=0.0267987;REFB=-0.189291;REVB=0.0264939;RO=6;SAF=22;SAR=27;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112444;STB=0.559661;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00288341;OID=.;OPOS=178949580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:57:57:6:8:49:49:0.859649:27:22:6:0:27:22:7:1 chr5 178949781 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.124;QD=44.6889;RBI=0.0482024;REFB=0;REVB=-0.0184706;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323963;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr5 178951598 . G A 192.68 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.037308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3066;QD=40.5647;RBI=0.0455762;REFB=0.0260368;REVB=-0.0261783;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.562426;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00171818;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:18:19:1:2:17:17:0.894737:10:7:1:0:10:7:2:0 chr5 179043161 . G A 1026.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9947;QD=59.4912;RBI=0.0460733;REFB=0;REVB=0.0206168;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140334;OID=.;OPOS=179043161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr5 179069468 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1859;QD=45.8043;RBI=0.0544244;REFB=0;REVB=-0.0328533;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317327;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr5 179071866 . A G 1135.0 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.837;QD=60.5332;RBI=0.0121871;REFB=0;REVB=-0.0108724;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48129e-05;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr5 179078940 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.439;QD=57.5452;RBI=0.0437609;REFB=0;REVB=0.0197548;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121528;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr5 179126090 . C T 540.05 PASS AF=0.904762;AO=37;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0210511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.985;QD=51.4336;RBI=0.0213456;REFB=0.021519;REVB=-0.00353367;RO=4;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583752;STB=0.53179;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000939766;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:37:38:0.904762:16:21:1:3:16:22:1:3 chr5 179203933 . A G 841.19 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0497123;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.926;QD=56.0792;RBI=0.0497244;REFB=-0.171786;REVB=0.00109479;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145176;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00169961;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:1:0:27:32:1:0 chr5 179260153 . C T 259.01 PASS AF=0.509091;AO=24;DP=57;FAO=28;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0470883;FXX=0.0350816;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.954;QD=18.8368;RBI=0.0546026;REFB=-0.00383573;REVB=-0.0276431;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107798;STB=0.562698;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00258326;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:18:27:24:28:0.509091:10:14:8:10:13:15:11:16 chr5 179260213 . G A 159.93 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0538554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7458;QD=10.3181;RBI=0.0651002;REFB=-0.00598544;REVB=0.0365738;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11074;STB=0.559753;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0156049;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:41:21:21:0.33871:12:9:13:26:12:9:14:27 chr5 179263446 . G A 236.09 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0139808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.719;QD=19.2725;RBI=0.0599936;REFB=-0.0043948;REVB=0.0583418;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125279;STB=0.570602;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00580927;OID=.;OPOS=179263446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:17:9:11:12:17:9 chr5 179263515 . G A 663.99 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0333573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2758;QD=22.319;RBI=0.0783972;REFB=-0.018239;REVB=-0.0709466;RO=53;SAF=30;SAR=35;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117593;STB=0.567654;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0142312;OID=.;OPOS=179263515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:53:54:65:65:0.546218:35:30:17:36:35:30:17:37 chr5 179264731 . T C 421.58 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0124049;FXX=0.0363603;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.289;QD=15.9086;RBI=0.0199473;REFB=-0.0230362;REVB=-0.0156209;RO=58;SAF=23;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105065;STB=0.510634;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.02418;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:106:58:59:47:47:0.443396:24:23:29:29:24:23:30:29 chr5 179267949 . T C 346.2 PASS AF=0.4;AO=37;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00633116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.097;QD=14.5768;RBI=0.00858904;REFB=-0.0119374;REVB=-0.00580415;RO=55;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052962;STB=0.531756;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0203225;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:55:57:37:38:0.4:18:19:31:24:18:20:33:24 chr5 179280379 . T C 321.75 PASS AF=0.375;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00387702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.598;QD=12.3751;RBI=0.00728389;REFB=0.00228934;REVB=0.00616634;RO=64;SAF=14;SAR=25;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270833;STB=0.649752;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.004634;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:64:65:39:39:0.375:25:14:39:25:25:14:39:26 chr5 179285752 . G A 550.84 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.021523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.304;QD=20.7863;RBI=0.070888;REFB=-0.0407679;REVB=0.0675416;RO=49;SAF=23;SAR=33;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102912;STB=0.552235;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0416475;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:49:50:56:56:0.528302:33:23:26:23:33:23:26:24 chr5 179287576 . C G 465.49 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.637;QD=58.1865;RBI=0.0168306;REFB=0;REVB=0.0148171;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36294e-05;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr5 179287585 . GC CT 487.13 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586388;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.028;QD=59.0456;RBI=0.0220181;REFB=0;REVB=0.0212229;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000104496;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr5 179287622 . G GTA 439.06 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0386901;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.855;QD=54.883;RBI=0.054827;REFB=0.00631167;REVB=0.0388469;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=-5.74897e-05;OID=.;OPOS=179287623;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:30:33:31:32:1:15:16:0:1:5:1:15:15:0:1 chr5 179287871 . C T 615.28 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0105172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.288;QD=21.9742;RBI=0.0794415;REFB=-0.0292311;REVB=-0.0787423;RO=48;SAF=44;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182011;STB=0.617251;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0136325;OID=.;OPOS=179287871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:51:61:61:0.544643:17:44:25:23:17:44:25:26 chr5 179287973 . T C 750.01 PASS AF=0.478788;AO=78;DP=164;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0194953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.035;QD=18.1822;RBI=0.0215145;REFB=-0.00873721;REVB=0.0090997;RO=83;SAF=44;SAR=34;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771276;STB=0.547958;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00986753;OID=.;OPOS=179287973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:83:86:78:79:0.478788:34:44:40:43:35:44:40:46 chr5 179290845 . T G 1446.33 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0144423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.519;QD=56.1681;RBI=0.0357664;REFB=-0.023526;REVB=0.0327209;RO=3;SAF=68;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204675;STB=0.510789;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000125771;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:100:100:0.970874:32:68:3:0:32:68:3:0 chr5 179529124 . G A 838.97 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00385724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.197;QD=55.931;RBI=0.0155134;REFB=-0.10722;REVB=0.0150262;RO=1;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129277;STB=0.506847;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000975665;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:36:23:0:1:36:23:0:1 chr5 179563435 . T C 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0809278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1089;QD=16.6327;RBI=0.0817125;REFB=-0.0072738;REVB=-0.0112974;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272909;STB=0.652097;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00759695;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:20:17:34:12:20:17:34:12 chr5 179729519 . A G 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1981;QD=58.4124;RBI=0.0805011;REFB=0;REVB=0.00990647;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000667661;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr5 179740827 . T C 1121.31 PASS AF=0.49345;AO=113;DP=229;FAO=113;FDP=229;FR=.;FRO=116;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=-0.0116873;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.146;QD=19.5863;RBI=0.0134757;REFB=-0.0212993;REVB=0.00670843;RO=113;SAF=61;SAR=52;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112478;STB=0.559278;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0266822;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:113:116:113:113:0.49345:52:61:47:66:52:61:49:67 chr5 179744009 . T G 442.26 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0124449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.182;QD=20.3338;RBI=0.0124816;REFB=-0.00284473;REVB=-0.000957062;RO=43;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104781;STB=0.551125;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00235485;OID=.;OPOS=179744009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:43:43:44:0.505747:24:19:24:19:24:20:24:19 chr5 179996111 . C T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.488;QD=58.0586;RBI=0.0143195;REFB=0;REVB=-0.0133831;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91418e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr5 180046344 . G C 624.71 PASS AF=0.508065;AO=62;DP=123;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0471722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9363;QD=20.1518;RBI=0.0472037;REFB=-0.0316796;REVB=0.00172538;RO=61;SAF=30;SAR=32;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513102;STB=0.524046;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0343229;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:61:61:62:63:0.508065:32:30:33:28:32:31:33:28 chr5 180046492 . CAG C 168.69 PASS AF=0.375;AO=18;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00533546;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.403;QD=12.0494;RBI=0.027248;REFB=-0.0126956;REVB=-0.0267206;RO=25;SAF=16;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350522;STB=0.639856;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.0176131;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:18:56:21:56:35:16:5:20:15:99:25:16:2:17:8 chr5 180166461 . C G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4136;QD=59.4305;RBI=0.0215681;REFB=0;REVB=0.020485;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010739;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr5 180218668 . A G 1512.62 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.302;QD=59.9059;RBI=0.0152736;REFB=0;REVB=0.0147659;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0977e-05;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:43:55:0:0:44:57:0:0 chr5 180218820 . C A 835.88 PASS AF=0.545455;AO=76;DP=141;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00955577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.742;QD=23.3813;RBI=0.0177078;REFB=-0.0211544;REVB=0.0149082;RO=65;SAF=40;SAR=36;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363198;STB=0.525685;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0141944;OID=.;OPOS=180218820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:65:65:76:78:0.545455:36:40:37:28:38:40:37:28 chr5 180218831 . G A 969.67 PASS AF=0.590909;AO=90;DP=153;FAO=91;FDP=154;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0115191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.41;QD=25.1861;RBI=0.0165616;REFB=-0.00345516;REVB=-0.0118994;RO=63;SAF=46;SAR=44;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096336;STB=0.507493;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00509028;OID=.;OPOS=180218831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:63:63:90:91:0.590909:44:46:33:30:45:46:33:30 chr5 180219180 . GA G,GG 34.01 PASS AF=0.138614,0.029703;AO=27,5;DP=101;FAO=14,3;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=10,0;FSAR=4,3;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0421665,-0.0771053;FXX=0.00980296;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1015,19.7604;QD=1.34688;RBI=0.0676954,0.0788117;REFB=-0.0846227,-0.0580499;REVB=-0.052959,0.0163114;RO=58;SAF=6,2;SAR=21,3;SRF=27;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.319183,-0.0704276;STB=0.753846,0.995968;STBP=0.049,0.135;TYPE=del,snp;VARB=0.124217,0.152233;OID=.,.;OPOS=180219181,180219181;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.138614,0.029703:27,5:101:14,3:101:84:10,0:4,3:34:50:25:58:6,2:21,3:27:31 chr5 180219304 . C T 2256.74 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.011;QD=62.6871;RBI=0.0178333;REFB=-0.0392117;REVB=0.00452492;RO=1;SAF=91;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519735;STB=0.502732;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00037542;OID=.;OPOS=180219304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:52:91:1:0:52:91:1:0 chr5 180276402 . C T 1589.61 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2846;QD=59.9852;RBI=0.0122449;REFB=0;REVB=0.00749645;RO=0;SAF=70;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02258e-05;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:36:70:0:0:36:70:0:0 chr5 180278393 . C G 482.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.096;QD=58.5307;RBI=0.0846875;REFB=0;REVB=0.0168603;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482988;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr5 180329359 . T C 1018.97 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5864;QD=59.0705;RBI=0.101688;REFB=0;REVB=0.100581;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835068;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:27:40:0:0:28:41:0:0 chr5 180335743 . C T 514.98 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00198784;FXX=0.0504159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.213;QD=18.2295;RBI=0.00489005;REFB=-0.000138912;REVB=-0.00446779;RO=51;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184797;STB=0.514957;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000347292;OID=.;OPOS=180335743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:59:53:54:0.477876:25:28:28:23:25:29:30:29 chr5 180336849 . C T 713.41 PASS AF=0.564516;AO=67;DP=121;FAO=70;FDP=124;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00599009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.747;QD=23.0131;RBI=0.0384339;REFB=-0.00428524;REVB=-0.0379642;RO=52;SAF=38;SAR=29;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13637;STB=0.571409;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00317411;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:52:54:67:70:0.564516:29:38:38:14:32:38:38:16 chr5 180338368 . A G 1285.19 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109122;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.111;QD=60.4793;RBI=0.109524;REFB=-0.0902033;REVB=0.00937738;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126298;STB=0.506665;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000491575;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:85:1:1:84:84:0.988235:37:47:0:1:37:47:0:1 chr5 180374523 . G A 700.44 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00623449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5291;QD=20.6011;RBI=0.00670864;REFB=-0.00597653;REVB=-0.00247729;RO=67;SAF=34;SAR=35;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665355;STB=0.536616;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0133382;OID=.;OPOS=180374523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:67:69:69:0.507353:35:34:38:29:35:34:38:29 chr5 180374534 . G A 2356.28 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5398;QD=60.8072;RBI=0.0252096;REFB=0;REVB=0.0247104;RO=0;SAF=87;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43622e-05;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:67:87:0:0:67:88:0:0 chr5 180376208 . T G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.806;QD=62.6711;RBI=0.0418086;REFB=0;REVB=0.0415585;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78321e-05;OID=.;OPOS=180376208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr5 180376223 . G C 709.85 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9553;QD=60.4127;RBI=0.0269161;REFB=-0.0279715;REVB=0.0127449;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00126884;OID=.;OPOS=180376223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:45:46:0.978723:24:21:0:0:24:22:1:0 chr5 180376972 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.778;QD=45.8068;RBI=0.0370466;REFB=0;REVB=0.010833;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116215;OID=.;OPOS=180376972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr5 180376974 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7259;QD=45.8062;RBI=0.028464;REFB=0;REVB=-0.015894;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154561;OID=.;OPOS=180376974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr5 180377331 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.599;QD=64.1526;RBI=0.0298601;REFB=0;REVB=0.0232074;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39061e-05;OID=.;OPOS=180377331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr5 180377470 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.354;QD=42.1822;RBI=0.041458;REFB=0;REVB=0.00799456;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472951;OID=.;OPOS=180377470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 180430895 . G A 568.95 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0209685;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1638;QD=22.5326;RBI=0.0405711;REFB=-0.0066898;REVB=-0.0347323;RO=45;SAF=36;SAR=20;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00140528;STB=0.50077;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0074541;OID=.;OPOS=180430895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:20:36:29:16:20:36:29:16 chr5 180432416 . C T 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0051219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.62;QD=54.013;RBI=0.00808954;REFB=0.0140113;REVB=0.00626154;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.527762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-6.35673e-05;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:18:17:1:0:18:17:2:0 chr5 180472498 . C T 757.87 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575733;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1774;QD=57.198;RBI=0.120179;REFB=0;REVB=-0.105491;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103453;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr5 180472513 . A G 850.49 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.074;QD=55.7695;RBI=0.04167;REFB=-0.0460754;REVB=-0.0290617;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000545549;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:0:1:57:60:0.983607:35:22:0:0:36:24:1:0 chr5 180482899 . C T 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=-0.0165731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.716;QD=21.1296;RBI=0.0332192;REFB=-0.0149071;REVB=0.0287898;RO=21;SAF=21;SAR=1;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106975;STB=0.506019;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162309;OID=.;OPOS=180482899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:1:21:20:1:1:21:20:1 chr5 180486247 . G T 269.39 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0212497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.89;QD=15.3938;RBI=0.027067;REFB=-0.00846316;REVB=-0.0167653;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103694;STB=0.541139;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00950145;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:39:30:31:0.442857:14:16:23:13:15:16:23:16 chr5 180486785 . G C 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0131451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.203;QD=20.7383;RBI=0.0135727;REFB=-0.0241221;REVB=0.00337998;RO=16;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24913;STB=0.642677;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0181858;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:15:3:6:10:15:3:6:10 chr5 180615403 . A C 324.32 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00352031;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=272.798;QD=41.8473;RBI=0.00405934;REFB=0.00187074;REVB=-0.0020213;RO=4;SAF=16;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353662;STB=0.531891;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000189541;OID=.;OPOS=180615403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:4:5:26:26:0.83871:10:16:3:1:10:16:4:1 chr5 180615933 . T C 1413.71 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.156;QD=62.1412;RBI=0.0105016;REFB=0;REVB=0.010291;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295742;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr5 180618713 . A AC 840.72 PASS AF=1;AO=75;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1027;QD=34.6689;RBI=0.226763;REFB=0;REVB=-0.213274;RO=14;SAF=38;SAR=37;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000575332;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:95:97:97:0:50:47:0:0:14:14:38:37:11:3 chr5 180622615 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0138634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.823;QD=16.1192;RBI=0.0327709;REFB=-0.0216438;REVB=0.0296941;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103051;STB=0.559345;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0182821;OID=.;OPOS=180622615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:9:4:5:7:9:4 chr5 180626927 . A G 1638.48 PASS AF=0.913386;AO=113;DP=128;FAO=116;FDP=127;FR=.;FRO=11;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0208054;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.403;QD=51.6056;RBI=0.0208817;REFB=-0.031844;REVB=0.00178413;RO=10;SAF=60;SAR=53;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416808;STB=0.526139;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00381938;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:128:127:10:11:113:116:0.913386:53:60:8:2:56:60:9:2 chr5 180626928 . C G 32.15 PASS AF=0.078125;AO=10;DP=128;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.00838082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0681;QD=1.00482;RBI=0.0210252;REFB=-0.00388483;REVB=-0.0192827;RO=118;SAF=8;SAR=2;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323667;STB=0.773201;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00487436;OID=.;OPOS=180626928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:128:128:118:118:10:10:0.078125:2:8:61:57:2:8:61:57 chr5 180634747 . C T 1728.4 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00465247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.164;QD=59.5999;RBI=0.0519693;REFB=-0.0182256;REVB=0.0517607;RO=1;SAF=73;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01144;STB=0.505881;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=8.11645e-05;OID=.;OPOS=180634747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:41:73:0:1:42:73:0:1 chr5 180634754 . C T 1744.25 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00243267;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3504;QD=59.127;RBI=0.0313758;REFB=-0.0827129;REVB=0.0312813;RO=2;SAF=73;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128319;STB=0.506756;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00063015;OID=.;OPOS=180634754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:118:2:2:115:116:0.983051:42:73:2:0:43:73:2:0 chr5 180645350 . G C 724.56 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00238309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.8;QD=54.6835;RBI=0.0108458;REFB=-0.138151;REVB=0.0105808;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000882229;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:28:23:0:1:29:23:0:1 chr5 180645353 . A G 752.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.368;QD=56.7741;RBI=0.00927496;REFB=0;REVB=0.00571974;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66929e-05;OID=.;OPOS=180645353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:29:19:0:0:30:23:0:0 chr5 180664200 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0117385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.962;QD=8.25493;RBI=0.018267;REFB=-0.00353401;REVB=0.0139961;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308307;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00567407;OID=.;OPOS=180664200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:2:4:4:7:2:4:5:7 chr5 180687212 . C T 1492.45 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00951414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.504;QD=58.5276;RBI=0.0159079;REFB=-0.0313952;REVB=0.0127492;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000649812;OID=.;OPOS=180687212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:58:43:0:1:58:43:0:1 chr5 180687428 . CTCTTCTTCTTCT CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC 922.09 PASS AF=0.907692,0.0923077;AO=53,7;DP=65;FAO=59,6;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=28,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495266,0.0243628;FXX=0.0151492;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=198.123,45.6157;QD=56.7441;RBI=0.0944149,0.0244163;REFB=0,0;REVB=0.0803821,0.00161669;RO=0;SAF=27,4;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00770067,0.0120897;OID=.,.;OPOS=180687429,180687440;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.907692,0.0923077:53,7:65:59,6:65:0:31,3:28,3:0:0:27:0:27,4:26,3:0:0 chr6 335175 . A T 768.26 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.85;QD=56.908;RBI=0.0124146;REFB=0;REVB=-0.0022021;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30442e-06;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:31:19:0:0:31:23:0:0 chr6 345891 . G A 185.18 PASS AF=0.208333;AO=30;DP=144;FAO=30;FDP=144;FR=.;FRO=114;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.00412701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.7;QD=5.14397;RBI=0.0396657;REFB=-0.00450777;REVB=0.0394504;RO=114;SAF=19;SAR=11;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139215;STB=0.586918;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00978807;OID=.;OPOS=345891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:114:114:30:30:0.208333:11:19:60:54:11:19:60:54 chr6 348906 . G A 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0096346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.982;QD=20.679;RBI=0.00967921;REFB=-0.00853261;REVB=-0.000928212;RO=45;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108011;STB=0.559765;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00682159;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:25:21:26:19:25:21:26:19 chr6 350829 . G A 496.5 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=60;FWDB=-0.00465393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.829;QD=13.5102;RBI=0.00924928;REFB=0.000431402;REVB=-0.00799313;RO=91;SAF=23;SAR=33;SRF=31;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805264;STB=0.545508;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.000613906;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:91:91:56:56:0.380952:33:23:31:60:33:23:31:60 chr6 350940 . T TA 543.37 PASS AF=0.568182;AO=73;DP=140;FAO=75;FDP=132;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0486942;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.518;QD=16.4657;RBI=0.0566983;REFB=0.0244392;REVB=0.0290443;RO=66;SAF=25;SAR=48;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116982;STB=0.57375;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=-0.0207339;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568182:73:140:75:132:57:26:49:29:28:99:66:25:48:31:35 chr6 408012 . G A 1386.92 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=93;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.019289;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1211;QD=60.9636;RBI=0.0294676;REFB=-0.0938543;REVB=-0.0222772;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00313456;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:91:0:1:88:90:0.989011:43:45:0:0:44:46:0:1 chr6 408079 . C T 730.0 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0061389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.324;QD=19.5973;RBI=0.0127117;REFB=-0.0247033;REVB=-0.0111311;RO=77;SAF=29;SAR=43;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383853;STB=0.52119;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.025495;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:77:77:72:72:0.483221:43:29:28:49:43:29:28:49 chr6 486306 . C T 305.51 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.080755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8334;QD=21.8218;RBI=0.0814961;REFB=-0.0641114;REVB=0.0109656;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.566625;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0453882;OID=.;OPOS=486306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:31:32:0.571429:16:15:15:9:17:15:15:9 chr6 599209 . T C 623.7 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.000278627;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.785;QD=25.1998;RBI=0.0120139;REFB=0.000968822;REVB=0.0120106;RO=44;SAF=34;SAR=22;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195576;STB=0.611911;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000710818;OID=.;OPOS=599209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:44:43:56:56:0.565657:22:34:16:28:22:34:15:28 chr6 610088 . C T 527.43 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00492231;FXX=0.0352088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8744;QD=15.3995;RBI=0.0162984;REFB=-0.00302967;REVB=0.0155373;RO=73;SAF=35;SAR=22;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123881;STB=0.560787;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00245461;OID=.;OPOS=610088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:137:73:80:57:57:0.416058:22:35:36:37:22:35:41:39 chr6 656143 . C A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00077831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.518;QD=60.3764;RBI=0.00297;REFB=0;REVB=-0.0028662;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11973e-05;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr6 1101536 . G A 546.53 PASS AF=0.416667;AO=53;DP=137;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.00471853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.213;QD=15.1814;RBI=0.0113562;REFB=-0.0111994;REVB=-0.0103295;RO=84;SAF=29;SAR=24;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064065;STB=0.526405;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0154359;OID=.;OPOS=1101536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:144:84:84:53:60:0.416667:24:29:41:43:28:32:41:43 chr6 1313470 . C T 435.81 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0190926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.459;QD=16.6022;RBI=0.0282769;REFB=-0.00839881;REVB=-0.020858;RO=56;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100359;STB=0.544536;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0129496;OID=.;OPOS=1313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:56:57:47:48:0.457143:22:25:24:32:23:25:25:32 chr6 1314604 . G A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0157521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.226;QD=14.4323;RBI=0.0166031;REFB=-0.00201822;REVB=0.00524704;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164905;STB=0.593689;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00362954;OID=.;OPOS=1314604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:12:19:20:24:12:19:20:24 chr6 1395043 . T C 903.87 PASS AF=0.433628;AO=98;DP=226;FAO=98;FDP=226;FR=.;FRO=128;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=72;FSRR=56;FWDB=-0.00649221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.175;QD=15.9976;RBI=0.0072569;REFB=-0.00821586;REVB=-0.00324249;RO=128;SAF=57;SAR=41;SRF=72;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199231;STB=0.51109;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00995644;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:128:128:98:98:0.433628:41:57:72:56:41:57:72:56 chr6 1395805 . ATTTTTTTTC AATTTTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA 277.94 PASS AF=0,0,0.898305,0.101695;AO=4,8,24,4;DP=57;FAO=0,0,53,6;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,24,4;FSAR=0,0,29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033891,-0.0255014,-0.0440905,-0.0305378;FXX=0;HRUN=8,8,8,8;LEN=1,2,1,2;MLLD=8.22608,8.09653,6.33654,13.4303;QD=18.8432;RBI=0.137639,0.200232,0.392952,0.27246;REFB=0.118426,0.197739,0.208781,0.202641;REVB=-0.133402,-0.198601,-0.390471,-0.270744;RO=6;SAF=2,4,14,3;SAR=2,4,10,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.156622,-0.122361,-0.0316742,0.0959372;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,0.0200482,0.0115133,-0.153786;OID=.,.,.,.;OPOS=1395806,1395806,1395806,1395813;OREF=T,TT,T,TC;OALT=A,-,-,CA;OMAPALT=AATTTTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.898305,0.101695:4,8,24,4:57:0,0,53,6:59:0:0,0,24,4:0,0,29,2:0:0:21:6:2,4,14,3:2,4,10,1:4:2 chr6 1507626 . G A 542.27 PASS AF=0.509091;AO=55;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.000697225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.63;QD=19.7189;RBI=0.0100788;REFB=-0.0256215;REVB=-0.0100547;RO=54;SAF=35;SAR=20;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418304;STB=0.516821;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0148435;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:54:55:56:0.509091:20:35:32:22:21:35:32:22 chr6 1507808 . G T 957.33 PASS AF=0.534483;AO=93;DP=174;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0134738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.704;QD=22.0075;RBI=0.0159101;REFB=-0.0139394;REVB=0.00846089;RO=80;SAF=51;SAR=42;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030539;STB=0.513995;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00919192;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:80:81:93:93:0.534483:42:51:41:39:42:51:42:39 chr6 1523145 . C A,G 1055.34 PASS AF=0.351064,0.5;AO=33,47;DP=95;FAO=33,47;FDP=94;FR=.;FRO=14;FSAF=26,34;FSAR=7,13;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.00462291,-0.0121669;FXX=0.0105252;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=138.726,47.1474;QD=44.908;RBI=0.0299886,0.0518253;REFB=0.0194956,0.00208684;REVB=-0.0296301,-0.0503769;RO=3;SAF=26,34;SAR=7,13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163522,0.0968838;STB=0.74984,0.674922;STBP=0,0;TYPE=snp,snp;VARB=-0.013406,-0.0204994;OID=.,.;OPOS=1523145,1523145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:95:94:3:14:33,47:33,47:0.351064,0.5:7,13:26,34:0:3:7,13:26,34:0:14 chr6 1742794 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0558916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.75;QD=14.1955;RBI=0.0638617;REFB=0.0140771;REVB=0.0308942;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195363;STB=0.626643;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0136239;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:13:10:19:11:13:10:21:11 chr6 2623820 . G A 863.3 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3578;QD=57.5532;RBI=0.0332755;REFB=0;REVB=0.0252593;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002333;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:26:34:0:0 chr6 2664375 . C A 542.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139943;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0389;QD=60.2749;RBI=0.0391843;REFB=0;REVB=-0.0366001;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01918e-06;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr6 2667031 . A G 237.14 PASS AF=0.479167;AO=24;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0210974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.174;QD=19.7613;RBI=0.0256481;REFB=-0.014719;REVB=0.0145849;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164663;STB=0.62951;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0157958;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:24:23:0.479167:7:17:13:11:6:17:13:12 chr6 2667863 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA 171.24 PASS AF=0.5,0.5;AO=6,9;DP=30;FAO=16,16;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9,8;FSAR=7,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312623,0.0601516;FXX=0.0302939;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.43313,7.21948;QD=21.4049;RBI=0.105966,0.211285;REFB=-0.0645599,-0.10842;REVB=0.10592,0.202542;RO=5;SAF=4,7;SAR=2,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.344857,0.38587;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0288724,0.112299;OID=.,.;OPOS=2667864,2667870;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:6,9:30:16,16:32:0:9,8:7,8:0:0:39:5:4,7:2,2:1:4 chr6 2685775 . G A 330.39 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.03542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9942;QD=32.2333;RBI=0.037867;REFB=-0.0167714;REVB=0.0133917;RO=13;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154718;STB=0.508469;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00847699;OID=.;OPOS=2685775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:8:20:9:4:8:20:9:4 chr6 2766465 . T C 51.43 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=1;FWDB=-0.0526834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7549;QD=5.71392;RBI=0.109444;REFB=-0.0176765;REVB=-0.0959299;RO=28;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493179;STB=0.785338;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0540815;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:2:6:27:1:2:6:27:1 chr6 2784571 . G A 415.36 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0275822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.416;QD=15.2425;RBI=0.0277181;REFB=-0.008887;REVB=0.00274155;RO=62;SAF=21;SAR=26;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167117;STB=0.593614;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00759807;OID=.;OPOS=2784571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:26:21:38:24:26:21:38:24 chr6 2955802 . T C 843.74 PASS AF=0.535032;AO=80;DP=154;FAO=84;FDP=157;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0145585;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.679;QD=21.4965;RBI=0.0158379;REFB=-0.0133114;REVB=-0.00623617;RO=73;SAF=37;SAR=43;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861187;STB=0.556368;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0128958;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:73:73:80:84:0.535032:43:37:41:32:47:37:41:32 chr6 2959513 . C T 278.21 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0117511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.266;QD=13.7387;RBI=0.0194762;REFB=0.00492861;REVB=-0.0155317;RO=48;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121771;STB=0.57571;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00874706;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:19:13:25:23:19:13:26:23 chr6 3010390 . C T 302.17 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0392636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5903;QD=19.495;RBI=0.0393479;REFB=-0.00165646;REVB=-0.00257454;RO=30;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218951;STB=0.512187;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000780532;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:11:21:19:11:11:21:19:11 chr6 3015790 . A G 501.91 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.011585;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.296;QD=17.1592;RBI=0.012698;REFB=-0.0122918;REVB=-0.00519886;RO=62;SAF=18;SAR=35;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363067;STB=0.509674;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0141648;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:63:53:54:0.461538:35:18:19:43:36:18:20:43 chr6 3077141 . T C,G 2347.34 PASS AF=0.944444,0.037037;AO=149,7;DP=159;FAO=153,6;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=94,1;FSAR=59,5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0180472,-0.0674269;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=142.955,26.7804;QD=57.9591;RBI=0.0541256,0.0833481;REFB=-0.0269425,-0.058759;REVB=-0.0510282,-0.048995;RO=3;SAF=90,5;SAR=59,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0235659,0.367917;STB=0.512395,0.615062;STBP=0.066,0.683;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00188512,0.0787379;OID=.,.;OPOS=3077141,3077141;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:159:162:3:3:149,7:153,6:0.944444,0.037037:59,2:90,5:0:3:59,5:94,1:0:3 chr6 3154871 . A C 64.35 PASS AF=0.110345;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=145;FR=.;FRO=129;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=48;FWDB=0.00926269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1261;QD=1.77516;RBI=0.024749;REFB=-0.00682398;REVB=-0.0229503;RO=126;SAF=12;SAR=4;SRF=80;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161218;STB=0.626337;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0387069;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:144:145:126:129:16:16:0.110345:4:12:80:46:4:12:81:48 chr6 3255327 . G A 1557.63 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176456;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1268;QD=59.9088;RBI=0.038035;REFB=0;REVB=-0.0336942;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227451;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr6 3255340 . A C 1825.07 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.994;QD=60.8357;RBI=0.02815;REFB=0;REVB=-0.00631975;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027329;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:55:62:0:0:56:64:0:0 chr6 3264440 . C G 401.8 PASS AF=0.422018;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00160344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2977;QD=14.745;RBI=0.0347778;REFB=-0.0115732;REVB=-0.0347408;RO=62;SAF=28;SAR=17;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957025;STB=0.563894;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0183713;OID=.;OPOS=3264440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:62:63:45:46:0.422018:17:28:33:29:17:29:33:30 chr6 3264487 . T C 1409.18 PASS AF=0.989796;AO=90;DP=94;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.121691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.061;QD=57.5175;RBI=0.124357;REFB=-0.0569658;REVB=0.0256078;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104166;STB=0.504761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0056984;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:98:1:1:90:97:0.989796:45:45:1:0:45:52:1:0 chr6 3264502 . G C 1291.25 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341628;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.818;QD=60.7645;RBI=0.0368734;REFB=-0.00183356;REVB=0.0138762;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000194203;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:38:46:0:0:38:46:1:0 chr6 3264526 . CT CC,TC 957.74 PASS AF=0.5,0.5;AO=38,37;DP=76;FAO=38,38;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=19,18;FSAR=19,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530842,0.0627226;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=100.756,99.4104;QD=50.4072;RBI=0.141215,0.109359;REFB=0,0;REVB=0.130857,0.0895839;RO=0;SAF=19,17;SAR=19,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.116573,0.0176596;OID=.,.;OPOS=3264527,3264526;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:76:0:0:38,37:38,38:0.5,0.5:19,20:19,17:0:0:19,20:19,18:0:0 chr6 3285286 . A G 610.37 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0388002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6943;QD=19.8493;RBI=0.0646471;REFB=-0.0290527;REVB=-0.0517087;RO=58;SAF=38;SAR=24;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872586;STB=0.50331;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0347653;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:61:62:62:0.504065:24:38:35:23:24:38:37:24 chr6 3287118 . T C 72.37 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0471686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0652;QD=8.51391;RBI=0.0988082;REFB=-0.0191062;REVB=-0.0868227;RO=23;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300331;STB=0.509072;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0347812;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:2:8:18:5:2:8:19:5 chr6 3438738 . G A 346.78 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0026001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.792;QD=22.3732;RBI=0.0356152;REFB=-0.000377676;REVB=0.0355202;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550855;STB=0.530369;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.000504216;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:18:17:15:12:18:17:15:12 chr6 3439595 . G GA 156.04 PASS AF=0.636364;AO=19;DP=36;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0603786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.8564;QD=18.9139;RBI=0.0758267;REFB=0.0327745;REVB=-0.0458707;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591671;STB=0.544867;STBP=0.492;TYPE=ins;VARB=-0.0207491;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:19:36:21:33:12:13:8:6:6:62:16:12:7:9:7 chr6 3727811 . C G 416.99 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00141514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.54;QD=12.8305;RBI=0.00198912;REFB=-0.00880687;REVB=-0.00139784;RO=81;SAF=30;SAR=19;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504507;STB=0.528709;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0113381;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:81:49:49:0.376923:19:30:46:35:19:30:46:35 chr6 3851545 . G C 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0724108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.563;QD=34.4518;RBI=0.078518;REFB=0.00849997;REVB=0.0303602;RO=6;SAF=4;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173082;STB=0.59564;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000608651;OID=.;OPOS=3851545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:16:4:3:3:16:4:3:3 chr6 4031998 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00972222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.408;QD=14.0457;RBI=0.0106332;REFB=-0.0157798;REVB=0.00430633;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.749163;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00126312;OID=.;OPOS=4031998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:4:0:3:2:4:0 chr6 4049983 . G A 326.71 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00130561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.985;QD=15.021;RBI=0.0174827;REFB=-0.0130992;REVB=0.0174339;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617176;STB=0.52872;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0205713;OID=.;OPOS=4049983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:18:18:28:22:18:18:28:23 chr6 4069166 . C T 321.3 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0129797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5808;QD=18.9003;RBI=0.038887;REFB=-0.0016473;REVB=-0.0366568;RO=34;SAF=23;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141803;STB=0.579243;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00234956;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:11:23:18:16:11:23:18:16 chr6 4069685 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0212149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.17;QD=12.8728;RBI=0.021626;REFB=-0.0191517;REVB=0.00419644;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283973;STB=0.516511;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0286612;OID=.;OPOS=4069685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:16:16:9:10:16:16 chr6 4074612 . A C 1252.09 PASS AF=0.57561;AO=117;DP=204;FAO=118;FDP=205;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.00281397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.617;QD=24.431;RBI=0.00519391;REFB=-0.0150683;REVB=-0.00436557;RO=81;SAF=46;SAR=71;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115403;STB=0.575679;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00800798;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:81:87:117:118:0.57561:71:46:44:37:71:47:50:37 chr6 4074634 . C A 516.92 PASS AF=0.340541;AO=63;DP=187;FAO=63;FDP=185;FR=.;FRO=122;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=76;FWDB=0.0152895;FXX=0.0211629;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.437;QD=11.1767;RBI=0.0215195;REFB=-0.0350331;REVB=-0.0151434;RO=118;SAF=32;SAR=31;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144427;STB=0.586074;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0243585;OID=.;OPOS=4074634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:118:122:63:63:0.340541:31:32:45:73:31:32:46:76 chr6 4079858 . C G 709.37 PASS AF=0.413613;AO=79;DP=189;FAO=79;FDP=191;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=102;FWDB=0.0314652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.132;QD=14.8559;RBI=0.0315113;REFB=-0.0166081;REVB=-0.00170298;RO=106;SAF=39;SAR=40;SRF=8;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442785;STB=0.738551;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0260391;OID=.;OPOS=4079858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:106:112:79:79:0.413613:40:39:8:98:40:39:10:102 chr6 4079875 . T C 876.36 PASS AF=0.478495;AO=89;DP=186;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=70;FSRF=14;FSRR=83;FWDB=0.00235237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2834;QD=18.8464;RBI=0.0926822;REFB=-0.0207146;REVB=-0.0926523;RO=97;SAF=19;SAR=70;SRF=14;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104363;STB=0.557205;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0186413;OID=.;OPOS=4079875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:97:97:89:89:0.478495:70:19:14:83:70:19:14:83 chr6 4428223 . C G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00222842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.913;QD=10.3907;RBI=0.0155423;REFB=-0.0231815;REVB=0.0153817;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558176;STB=0.826582;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0259938;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:1:6:3:7:1:6:4:7 chr6 5086211 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.78;QD=39.2068;RBI=0.0627328;REFB=0;REVB=0.059039;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580766;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 5086558 . C A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.29;QD=60.7139;RBI=0.0487566;REFB=0;REVB=0.0470859;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74634e-05;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr6 5139012 . C A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3248;QD=56.705;RBI=0.102289;REFB=0;REVB=-0.00497811;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226001;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 5260936 . A C 890.75 PASS AF=0.443439;AO=95;DP=219;FAO=98;FDP=221;FR=.;FRO=123;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=-0.00284725;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.59;QD=16.1221;RBI=0.0125543;REFB=-0.0154686;REVB=-0.0122272;RO=123;SAF=52;SAR=43;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139446;STB=0.505604;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0202066;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:123:123:95:98:0.443439:43:52:69:54:44:54:69:54 chr6 5431340 . A G 465.12 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0193031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.957;QD=19.5841;RBI=0.0264136;REFB=-0.00810569;REVB=0.0180297;RO=49;SAF=21;SAR=25;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125105;STB=0.569446;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00828649;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:25:21:29:20:25:21:29:20 chr6 6003985 . C T 1532.99 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772795;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.699;QD=59.5336;RBI=0.0969951;REFB=0;REVB=0.0586169;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253557;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:55:47:0:0:56:47:0:0 chr6 6174866 . G A 427.33 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0045647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.992;QD=14.2442;RBI=0.00472762;REFB=-0.00532939;REVB=-0.0012304;RO=71;SAF=32;SAR=17;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999655;STB=0.556498;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00807056;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:17:32:40:31:17:32:40:31 chr6 6320808 . T G 2272.17 PASS AF=0.993151;AO=136;DP=142;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6113;QD=62.2512;RBI=0.0991037;REFB=-0.0915017;REVB=-0.0973865;RO=1;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826702;STB=0.504064;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=7.74469e-05;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:146:1:1:136:145:0.993151:57:79:0:1:61:84:0:1 chr6 6938928 . C T 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.198;QD=58.5805;RBI=0.0166382;REFB=0;REVB=0.0113484;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244186;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr6 7211818 . G A 1986.42 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=135;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0209841;FXX=0.0148137;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.296;QD=59.7419;RBI=0.038142;REFB=-0.215343;REVB=0.0318509;RO=3;SAF=69;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202118;STB=0.510637;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000692303;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:133:3:3:130:130:0.977444:61:69:3:0:61:69:3:0 chr6 7230680 . G T 249.2 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603436;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.752;QD=49.8389;RBI=0.0645105;REFB=0;REVB=0.0228091;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041651;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:17:20:1:9:8:1:0:9:11:0:0 chr6 7246994 . C G 319.25 PASS AF=0.539683;AO=30;DP=59;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0159798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.264;QD=20.2698;RBI=0.0186613;REFB=-0.0340387;REVB=-0.00963784;RO=28;SAF=24;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644817;STB=0.548163;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0275483;OID=.;OPOS=7246994;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:28:29:30:34:0.539683:6:24:21:7:6:28:22:7 chr6 7246998 . G A 787.09 PASS AF=0.936508;AO=40;DP=61;FAO=59;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=50;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0124181;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.3746;QD=49.974;RBI=0.0413943;REFB=-0.0983758;REVB=0.0394877;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.566548;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0431121;OID=.;OPOS=7246998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:61:63:0:4:40:59:0.936508:9:31:0:0:9:50:1:3 chr6 7247239 . C G 93.79 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=26;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0124382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.907;QD=13.3979;RBI=0.0314868;REFB=-0.0256163;REVB=0.028926;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389311;STB=0.650922;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0294235;OID=.;OPOS=7247239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:26:28:16:16:10:12:0.428571:3:7:5:11:5:7:5:11 chr6 7247248 . T C 376.03 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000221448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.957;QD=55.7079;RBI=0.0402577;REFB=0;REVB=0.0402571;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677656;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:11:13:0:0:14:13:0:0 chr6 7251037 . C T 444.4 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00656982;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.984;QD=14.6908;RBI=0.0336245;REFB=-5.01807e-05;REVB=-0.0329764;RO=68;SAF=25;SAR=25;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150859;STB=0.520653;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.000134044;OID=.;OPOS=7251037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:71:50:50:0.413223:25:25:35:33:25:25:38:33 chr6 7288544 . A C 194.5 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0925931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3477;QD=24.3129;RBI=0.117343;REFB=-0.0646625;REVB=0.0720827;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435261;STB=0.548122;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0514124;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:13:18:19:0.59375:10:8:7:7:11:8:7:6 chr6 7289957 . CCA C 267.4 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00018456;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=239.756;QD=13.8909;RBI=0.00626196;REFB=-0.0115876;REVB=-0.00625924;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610756;STB=0.545431;STBP=0.446;TYPE=del;VARB=0.0108881;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493506:38:76:38:77:39:18:20:15:24:99:37:18:20:15:22 chr6 7295283 . T A 235.23 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0157659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7413;QD=25.4299;RBI=0.0248625;REFB=-0.0351396;REVB=0.0192244;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215351;STB=0.620042;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0118659;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:15:7:9:6:15:7:9:6 chr6 7310259 . A G 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.027752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.306;QD=14.0777;RBI=0.0567124;REFB=-0.0113178;REVB=0.0494583;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202986;STB=0.545383;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0361752;OID=.;OPOS=7310259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:12:12:0.428571:10:2:1:14:10:2:2:14 chr6 7393452 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.826;QD=58.0604;RBI=0.0419255;REFB=0;REVB=0.030749;RO=0;SAF=47;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40247e-05;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:14:47:0:0:14:47:0:0 chr6 7542148 . C CA 1181.78 PASS AF=1;AO=96;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.4525;QD=41.1055;RBI=0.222987;REFB=0;REVB=0.144785;RO=15;SAF=62;SAR=34;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00308526;OID=.;OPOS=7542149;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:112:115:115:0:77:38:0:0:23:15:62:34:13:2 chr6 7563983 . T G 2553.75 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111607;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0137;QD=61.9091;RBI=0.0121224;REFB=0;REVB=0.00473192;RO=0;SAF=93;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09373e-05;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:165:0:0:165:165:1:72:93:0:0:72:93:0:0 chr6 7572262 . A G 1107.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1222;QD=59.8568;RBI=0.0201811;REFB=0;REVB=0.0201387;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82523e-05;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:38:32:0:0:40:34:0:0 chr6 7576527 . G A 838.46 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2702;QD=55.8973;RBI=0.0441436;REFB=-0.140315;REVB=-0.0395251;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000962461;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr6 7580958 . A G 108.36 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0126207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4591;QD=13.5447;RBI=0.0926629;REFB=-0.0184942;REVB=-0.0917994;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118539;STB=0.569272;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0239596;OID=.;OPOS=7580958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:8:11:6:7:8:11 chr6 7584617 . C T 270.16 PASS AF=0.323529;AO=37;DP=124;FAO=33;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.000268909;FXX=0.128194;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.61;QD=10.5944;RBI=0.0133943;REFB=0.0140839;REVB=0.0133916;RO=54;SAF=21;SAR=16;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051859;STB=0.511621;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0133509;OID=.;OPOS=7584617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:102:54:68:37:33:0.323529:16:21:28:26:14:19:38:30 chr6 7585967 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.161;QD=53.9112;RBI=0.0432444;REFB=0;REVB=0.011106;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121715;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 7590624 . C T 204.14 PASS AF=0.27551;AO=24;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.000284285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.922;QD=8.33204;RBI=0.0246008;REFB=-0.00311154;REVB=0.0245991;RO=70;SAF=13;SAR=11;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729165;STB=0.526539;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.010027;OID=.;OPOS=7590624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:70:71:24:27:0.27551:11:13:42:28:12:15:42:29 chr6 7601720 . C T 540.31 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.048426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1465;QD=22.0534;RBI=0.0572648;REFB=0.00875749;REVB=-0.0305644;RO=47;SAF=26;SAR=25;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000725679;STB=0.5004;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00865617;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:25:26:24:23:25:26:24:23 chr6 7727522 . G C,GAGC 51.7 PASS AF=0.0769231,0.230769;AO=2,5;DP=28;FAO=2,6;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2,5;FSAR=0,1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0559846,0.00114599;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=138.808,143.693;QD=7.95349;RBI=0.0569208,0.00611682;REFB=-0.0249864,-0.0290584;REVB=-0.0102813,-0.00600851;RO=21;SAF=2,4;SAR=0,1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.475599,0.299801;STB=0.994052,0.749063;STBP=0.185,0.203;TYPE=snp,ins;VARB=0.0550447,0.0910331;OID=.,.;OPOS=7727522,7727523;OREF=G,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:28:26:21:18:2,5:2,6:0.0769231,0.230769:0,1:2,4:12:9:0,1:2,5:10:8 chr6 7862631 . G C 444.33 PASS AF=0.473118;AO=33;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0264097;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0513;QD=19.1108;RBI=0.0267894;REFB=-0.0241762;REVB=0.00449408;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601961;STB=0.512815;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0538584;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:46:46:33:44:0.473118:17:16:25:21:19:25:25:21 chr6 7986847 . G A 1193.71 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550985;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6838;QD=61.2157;RBI=0.0559778;REFB=0;REVB=-0.00988236;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235804;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:51:27:0:0:51:27:0:0 chr6 7988189 . T C 1483.04 PASS AF=0.971429;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0134925;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.772;QD=56.4968;RBI=0.016534;REFB=0.00778137;REVB=-0.0095563;RO=0;SAF=67;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128402;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:104:105:0:3:101:102:0.971429:34:67:0:0:34:68:2:1 chr6 8015129 . T A,C 818.78 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=3,54;DP=58;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107929,0.0417984;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.577,174.697;QD=56.4675;RBI=0.0119569,0.0422735;REFB=0,0;REVB=0.00514593,0.00632003;RO=0;SAF=1,21;SAR=2,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.70667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0277728,0.000909218;OID=.,.;OPOS=8015129,8015129;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:58:0:0:3,54:3,55:0.0517241,0.948276:2,33:1,21:0:0:2,33:1,22:0:0 chr6 8413890 . A G 177.41 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0229855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.336;QD=12.0276;RBI=0.0244873;REFB=-0.0157718;REVB=0.00844349;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220034;STB=0.611847;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0348825;OID=.;OPOS=8413890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:37:22:22:0.372881:13:9:8:28:13:9:9:28 chr6 8428137 . A AAGT 264.44 PASS AF=0.541667;AO=21;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00793775;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.423;QD=22.0362;RBI=0.0278073;REFB=-0.0192252;REVB=-0.0266503;RO=23;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173167;STB=0.508796;STBP=0.909;TYPE=ins;VARB=0.0121064;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:21:49:26:48:22:17:9:14:8:99:23:16:5:14:9 chr6 8430049 . G A 584.63 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=152;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.0436846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3798;QD=15.385;RBI=0.0482531;REFB=-0.0057436;REVB=-0.0204944;RO=87;SAF=37;SAR=28;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300991;STB=0.51684;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00798341;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:87:87:65:65:0.427632:28:37:47:40:28:37:47:40 chr6 8435454 . T C 726.29 PASS AF=0.5;AO=53;DP=126;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.136477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.019;QD=19.8983;RBI=0.137079;REFB=-0.0553242;REVB=-0.0128363;RO=55;SAF=10;SAR=43;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238972;STB=0.521056;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0528186;OID=.;OPOS=8435454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:146:55:73:53:73:0.5:43:10:21:34:43:30:33:40 chr6 9900599 . T TGAG 950.34 PASS AF=0.522472;AO=88;DP=178;FAO=93;FDP=178;FR=.;FRO=85;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.0314906;FXX=0.0326069;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.015;QD=21.356;RBI=0.0320437;REFB=-0.0102028;REVB=0.00592764;RO=86;SAF=48;SAR=40;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075429;STB=0.53647;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=0.00854281;OID=.;OPOS=9900600;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522472:88:178:93:178:85:51:42:53:32:99:86:48:40:54:32 chr6 9903626 . C T 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0133069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.176;QD=21.1855;RBI=0.0196453;REFB=-0.00878795;REVB=-0.0144521;RO=46;SAF=33;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178129;STB=0.598811;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00694124;OID=.;OPOS=9903626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:15:33:23:23:15:33:23:23 chr6 10587038 . C G,T 739.61 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=50,3;DP=53;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124808,-0.0197712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.227,25.8882;QD=55.8193;RBI=0.0307067,0.0207876;REFB=0,0;REVB=0.0280559,0.00642078;RO=0;SAF=30,0;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00163799,0.171815;OID=.,.;OPOS=10587038,10587038;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:53:0:0:50,3:50,3:0.943396,0.0566038:20,3:30,0:0:0:20,3:30,0:0:0 chr6 10753107 . T A 572.37 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00326516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.396;QD=55.8412;RBI=0.064988;REFB=-0.139749;REVB=0.0649059;RO=2;SAF=27;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020432;STB=0.510911;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00328934;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:12:27:1:1:12:27:1:1 chr6 10763312 . G A 474.4 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.044;QD=57.5033;RBI=0.00587751;REFB=0;REVB=0.00175077;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542744;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:21:12:0:0 chr6 10764727 . A G 1434.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.366;QD=63.0483;RBI=0.0192031;REFB=0;REVB=-0.00966929;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11578e-05;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:38:53:0:0:38:53:0:0 chr6 10804112 . AG A 34.06 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0866271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6968;QD=3.09667;RBI=0.128321;REFB=-0.0303876;REVB=0.0946677;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0.434783;SSSB=-0.0978479;STB=0.713915;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=0.0428373;OID=.;OPOS=10804113;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:12:43:12:44:32:3:9:17:15:34:30:5:7:15:15 chr6 10891781 . C T 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.404;QD=58.4134;RBI=0.0254648;REFB=0;REVB=0.0253991;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53272e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr6 10942964 . A G 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00855525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.364;QD=11.6231;RBI=0.0144312;REFB=-0.0163429;REVB=-0.0116218;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207959;STB=0.620684;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0253226;OID=.;OPOS=10942964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:8:14:17:21:8:14:17:21 chr6 10955408 . C T 656.55 PASS AF=0.691358;AO=54;DP=79;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0583806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7336;QD=32.4225;RBI=0.0591225;REFB=-0.0318321;REVB=-0.00933685;RO=25;SAF=30;SAR=24;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445209;STB=0.528561;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0150701;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:25:25:54:56:0.691358:24:30:12:13:24:32:12:13 chr6 10981053 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.173;QD=60.2307;RBI=0.0227687;REFB=0;REVB=-0.0167081;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68882e-05;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr6 11005686 . G A 475.98 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0156263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.053;QD=19.6282;RBI=0.0371306;REFB=-0.0313646;REVB=-0.0336823;RO=50;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104924;STB=0.558257;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0411692;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:26:21:28:22:26:21:28:22 chr6 11105334 . C T 421.71 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0122122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.864;QD=18.1381;RBI=0.0145143;REFB=-0.00730712;REVB=-0.00784398;RO=49;SAF=15;SAR=28;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402747;STB=0.518228;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00885404;OID=.;OPOS=11105334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:43:43:0.462366:28:15:19:30:28:15:19:31 chr6 11185257 . A T 601.05 PASS AF=0.97561;AO=32;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0553399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.997;QD=58.639;RBI=0.0615933;REFB=-0.146012;REVB=-0.0270413;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0054912;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:32:40:0.97561:16:16:1:0:16:24:1:0 chr6 11185533 . G A 1509.43 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015941;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.298;QD=58.0552;RBI=0.0418491;REFB=-0.110901;REVB=0.038694;RO=1;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998794;STB=0.505262;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000532732;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:102:103:0.990385:47:55:0:1:47:56:0:1 chr6 11190626 . A G 2000.9 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0222452;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.203;QD=61.0961;RBI=0.0222619;REFB=-0.080923;REVB=-0.000863255;RO=1;SAF=76;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905075;STB=0.504672;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000311043;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:131:1:1:128:130:0.992366:52:76:0:1:53:77:0:1 chr6 11192575 . CAC TAC,TTA 704.26 PASS AF=0.98,0.02;AO=45,2;DP=51;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249817,-0.026716;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=68.1265,36.6578;QD=56.341;RBI=0.0257374,0.0306254;REFB=0,0;REVB=0.00619128,0.0149724;RO=0;SAF=31,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00156612,0.108548;OID=.,.;OPOS=11192575,11192575;OREF=C,CAC;OALT=T,TTA;OMAPALT=TAC,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:50:0:0:45,2:49,1:0.98,0.02:14,0:31,2:0:0:16,0:33,1:0:0 chr6 11538534 . C T 383.58 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=0.00097918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.057;QD=17.8409;RBI=0.041926;REFB=-0.00987454;REVB=0.0419145;RO=44;SAF=31;SAR=8;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000848238;STB=0.510703;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.015318;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:46:39:40:0.465116:8:31:35:9:9:31:35:11 chr6 11576130 . T C 1491.54 PASS AF=0.981132;AO=102;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0663197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.2493;QD=56.2845;RBI=0.0810101;REFB=-0.0758197;REVB=0.0465223;RO=2;SAF=54;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010766;STB=0.509998;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00126497;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:102:104:0.981132:48:54:1:1:49:55:0:2 chr6 11644302 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9416;QD=35.5758;RBI=0.0837772;REFB=0;REVB=0.054617;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00925924;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 11644518 . C T 938.7 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0762778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6255;QD=56.8906;RBI=0.0841003;REFB=-0.0529344;REVB=0.0354198;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00148562;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:0:1:63:65:0.984848:38:25:0:0:40:25:1:0 chr6 11717573 . G C 567.97 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00963849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.81;QD=24.9656;RBI=0.0119025;REFB=-0.015851;REVB=0.00698355;RO=39;SAF=35;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568691;STB=0.503113;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0154151;OID=.;OPOS=11717573;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:17:35:26:13:17:35:26:13 chr6 11723636 . C T 218.64 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0377833;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.777;QD=13.4549;RBI=0.0526281;REFB=-0.020861;REVB=-0.0366353;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918886;STB=0.578252;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0241479;OID=.;OPOS=11723636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:39:26:26:0.4:10:16:19:17:10:16:19:20 chr6 12122645 . A G 1138.66 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.053;QD=59.1512;RBI=0.0267563;REFB=-0.0443323;REVB=-0.023922;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000224303;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:75:76:0.987013:43:32:0:0:43:33:1:0 chr6 12122773 . T C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0112061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.268;QD=10.3664;RBI=0.0156392;REFB=0.00730231;REVB=0.010909;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411717;STB=0.524058;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0178841;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:18:25:12:10:18:25 chr6 12124587 . C G 293.5 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0288221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.247;QD=23.0195;RBI=0.0330514;REFB=-0.0155082;REVB=0.0161766;RO=22;SAF=8;SAR=20;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031033;STB=0.522372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0160956;OID=.;OPOS=12124587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:20:8:7:15:21:8:7:15 chr6 12294258 . A G 1866.33 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00230294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.911;QD=59.7225;RBI=0.00997038;REFB=-0.0143155;REVB=-0.00970077;RO=2;SAF=73;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186211;STB=0.509802;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-5.06684e-06;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:50:73:0:2:50:73:0:2 chr6 12296255 . G T 564.59 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00445584;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.787;QD=17.7823;RBI=0.021287;REFB=0.00690404;REVB=-0.0208154;RO=65;SAF=38;SAR=21;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148648;STB=0.587977;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00606246;OID=.;OPOS=12296255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:65:68:59:59:0.464567:21:38:32:33:21:38:33:35 chr6 13185117 . A C 622.87 PASS AF=0.89;AO=43;DP=86;FAO=89;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.191124;FXX=0.00990001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.2769;QD=24.9149;RBI=0.247145;REFB=-0.0721633;REVB=0.156691;RO=15;SAF=2;SAR=41;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366939;STB=0.517971;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0775257;OID=.;OPOS=13185117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:100:15:7:43:89:0.89:41:2:4:11:56:33:1:6 chr6 13206282 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0341033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.218;QD=25.4669;RBI=0.0598441;REFB=-0.0109817;REVB=0.049176;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496942;STB=0.528239;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0035994;OID=.;OPOS=13206282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:1:2:5:4:1:2 chr6 13288648 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.931;QD=54.5174;RBI=0.0311567;REFB=0;REVB=0.0157134;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166832;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr6 13288679 . GCT G 84.53 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0492367;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.976;QD=22.5408;RBI=0.0753984;REFB=-0.0397745;REVB=0.0571023;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321495;STB=0.670882;STBP=0.104;TYPE=del;VARB=0.0244001;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:9:15:10:15:5:3:7:4:1:27:4:2:7:3:1 chr6 13295502 . T C 1237.44 PASS AF=0.987805;AO=82;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218229;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.331;QD=60.3627;RBI=0.0218868;REFB=-0.170688;REVB=0.00167127;RO=1;SAF=56;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178633;STB=0.509432;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00136365;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:82:81:0.987805:26:56:0:1:26:55:0:1 chr6 13295515 . A C 1345.52 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.365;QD=61.863;RBI=0.0620843;REFB=0;REVB=0.0154485;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171036;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:84:87:1:28:56:0:0:29:58:0:0 chr6 13295536 . C T 1271.73 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00618386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5242;QD=57.1562;RBI=0.0118996;REFB=-0.213071;REVB=0.0101666;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.50457;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0105683;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:0:4:85:85:0.955056:29:56:0:0:29:56:3:1 chr6 13361088 . A G 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00491174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.721;QD=18.1404;RBI=0.0487214;REFB=-0.0182732;REVB=-0.0484731;RO=50;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562915;STB=0.53144;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0228059;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:19:24:25:25:19:24:25:25 chr6 13470113 . A T 755.72 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000151588;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2324;QD=57.0352;RBI=0.0405758;REFB=0;REVB=0.0405756;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237232;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr6 13547958 . C T 756.73 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00536181;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3897;QD=55.0346;RBI=0.0196966;REFB=-0.0338527;REVB=-0.0189527;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000623762;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:54:54:0.981818:24:30:0:0:24:30:0:1 chr6 13548165 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.411;QD=48.7373;RBI=0.00934195;REFB=0;REVB=-0.00248443;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16857e-05;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr6 13622132 . T TC 93.72 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0721245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5447;QD=10.132;RBI=0.0778139;REFB=0.0493565;REVB=-0.0292071;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665023;STB=0.567485;STBP=0.465;TYPE=ins;VARB=-0.056661;OID=.;OPOS=13622133;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:15:37:16:37:21:8:8:13:8:93:20:8:7:12:8 chr6 13711279 . A G 793.12 PASS AF=0.527778;AO=74;DP=141;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0217647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1672;QD=22.0311;RBI=0.0275654;REFB=-0.0185565;REVB=-0.016916;RO=67;SAF=37;SAR=37;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146288;OID=.;OPOS=13711279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:67:68:74:76:0.527778:37:37:33:34:38:38:34:34 chr6 13794110 . C A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0231915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.504;QD=12.2166;RBI=0.0238242;REFB=-0.00119071;REVB=-0.00545424;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873334;STB=0.551653;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00236859;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:11:16:10:5:11:16 chr6 13801615 . T C 57.29 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0551166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2245;QD=12.7304;RBI=0.0568587;REFB=-0.0216129;REVB=-0.0139667;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186888;STB=0.538369;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0307107;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:2:6:8:1:2:6:8:2 chr6 13978854 . G T 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00552577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.643;QD=17.2651;RBI=0.023179;REFB=-0.00252407;REVB=-0.0225108;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447539;STB=0.5251;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00233455;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:13:23:25:17:13:23:25:17 chr6 13979526 . A G 159.8 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00993732;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=254.35;QD=11.6215;RBI=0.0114975;REFB=0.000557455;REVB=-0.00578297;RO=35;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410733;STB=0.741674;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000733929;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:4:16:16:19:4:16:16:19 chr6 13980527 . G A 362.31 PASS AF=0.304348;AO=49;DP=161;FAO=49;FDP=161;FR=.;FRO=112;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=44;FWDB=-0.0087538;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.639;QD=9.00155;RBI=0.00878933;REFB=-0.0139194;REVB=-0.000789457;RO=107;SAF=31;SAR=18;SRF=67;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821602;STB=0.518891;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0330252;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:107:112:49:49:0.304348:18:31:67:40:18:31:68:44 chr6 14646772 . A G 465.58 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00135084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.647;QD=17.7364;RBI=0.00211067;REFB=-0.0144498;REVB=-0.00162178;RO=55;SAF=28;SAR=22;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034786;STB=0.501933;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.016094;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:22:28:31:24:22:28:31:24 chr6 15513482 . G A 263.61 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00480842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8933;QD=26.3607;RBI=0.0765627;REFB=-0.018221;REVB=0.0764116;RO=16;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170291;STB=0.509426;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0148161;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:8:16:11:5:8:16:11:5 chr6 15586009 . G T 1426.01 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0457881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.371;QD=60.6813;RBI=0.0459782;REFB=-0.141067;REVB=-0.00417723;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670126;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:1:2:92:92:0.978723:46:46:1:0:46:46:1:1 chr6 16145325 . A G 1749.4 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.441;QD=60.8488;RBI=0.0176689;REFB=0;REVB=0.0165409;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23196e-06;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:52:63:0:0:52:63:0:0 chr6 16148176 . G A 509.94 PASS AF=0.414815;AO=55;DP=134;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00967072;FXX=0.0145975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.439;QD=15.1094;RBI=0.0105226;REFB=-0.000971345;REVB=0.00414758;RO=78;SAF=32;SAR=23;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862164;STB=0.556606;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00114031;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:78:79:55:56:0.414815:23:32:39:39:23:33:39:40 chr6 16290761 . T A 982.67 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0328844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.644;QD=56.1524;RBI=0.0347197;REFB=-0.11733;REVB=0.0111389;RO=2;SAF=51;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554685;STB=0.529403;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000431275;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:67:68:0.971429:16:51:0:2:16:52:0:2 chr6 16300444 . G GTCCTT 722.6 PASS AF=0.7375;AO=55;DP=82;FAO=59;FDP=80;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0071107;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=5;MLLD=283.261;QD=36.1298;RBI=0.0121643;REFB=-0.0056165;REVB=0.00986959;RO=22;SAF=23;SAR=32;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186799;STB=0.600471;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.00112149;OID=.;OPOS=16300445;OREF=-;OALT=TCCTT;OMAPALT=GTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7375:55:82:59:80:21:25:34:17:4:99:22:23:32:17:5 chr6 16306866 . G A 447.5 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00340382;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.428;QD=18.2652;RBI=0.00464607;REFB=-0.00892147;REVB=0.00316227;RO=52;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116111;STB=0.570216;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00962377;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:27:18:27:25:27:18:28:25 chr6 16327329 . CT CC,GC 282.97 PASS AF=0.540541,0;AO=20,2;DP=37;FAO=20,0;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6,0;FSAR=14,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0232328,0.000255385;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=39.6582,15.0159;QD=30.5909;RBI=0.0238727,0.0749188;REFB=-0.0545451,-0.0820188;REVB=-0.0054903,-0.0749184;RO=10;SAF=6,2;SAR=14,0;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.655147;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0161999,0;OID=.,.;OPOS=16327330,16327329;OREF=T,CT;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:37:37:10:10:20,2:20,0:0.540541,0:14,0:6,2:3:7:14,0:6,0:3:7 chr6 16327615 . A G 160.46 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.359;QD=45.8465;RBI=0.0297694;REFB=0;REVB=-0.0137767;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117394;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr6 16328068 . T C 75.09 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.0594009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4643;QD=11.1239;RBI=0.0594009;REFB=0.000843179;REVB=0;RO=17;SAF=10;SAR=0;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00429598;OID=.;OPOS=16328068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:0:10:17:0:0:10:17:0 chr6 17293563 . G C 354.3 PASS AF=0.354839;AO=43;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0509775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.043;QD=11.4289;RBI=0.0511802;REFB=-0.0184915;REVB=0.00454979;RO=79;SAF=28;SAR=15;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126458;STB=0.566381;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0270484;OID=.;OPOS=17293563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:80:43:44:0.354839:15:28:43:36:16:28:43:37 chr6 17543302 . A G 372.77 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00961936;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.11;QD=14.3371;RBI=0.0102181;REFB=0.00277234;REVB=-0.00344648;RO=61;SAF=16;SAR=27;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590829;STB=0.53338;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0036996;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:27:16:26:35:27:16:26:35 chr6 17551781 . C T 584.78 PASS AF=0.469231;AO=59;DP=128;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0219186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.719;QD=17.9934;RBI=0.0220344;REFB=-0.0249116;REVB=-0.00225563;RO=68;SAF=26;SAR=33;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085699;STB=0.551024;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0254716;OID=.;OPOS=17551781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:68:69:59:61:0.469231:33:26:36:32:35:26:36:33 chr6 17629616 . G A 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00223314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.434;QD=17.5012;RBI=0.0047999;REFB=-0.0154119;REVB=0.00424878;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111398;STB=0.506265;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0151627;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:9:17:18:10:9:17:18:10 chr6 17633061 . C T 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.553;QD=62.0181;RBI=0.0570614;REFB=0;REVB=0.00269655;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321559;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr6 17665479 . G C 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0200198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.457;QD=13.6199;RBI=0.0201469;REFB=-0.000578287;REVB=-0.00225948;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400551;STB=0.522874;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000624757;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:19:19:14:12:19:19 chr6 17688798 . G A 220.89 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00219478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.444;QD=18.032;RBI=0.00334022;REFB=-0.0169693;REVB=0.00251794;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240293;STB=0.535284;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0171524;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:27:22:22:0.44898:12:10:12:13:12:10:14:13 chr6 17764530 . C T 1237.01 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.012545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1724;QD=58.9052;RBI=0.021599;REFB=-0.110962;REVB=-0.0175824;RO=1;SAF=51;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919621;STB=0.509613;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00144639;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:31:51:1:0:31:51:2:0 chr6 17794494 . G A 1961.11 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260649;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.478;QD=62.2576;RBI=0.0339994;REFB=0;REVB=0.0218308;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44169e-05;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:124:126:1:59:65:0:0:60:66:0:0 chr6 18134018 . AAAC AAAA,AAA,AA,A 189.08 PASS AF=0,1,0,0;AO=9,3,5,2;DP=19;FAO=0,16,0,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0,0;FSAR=0,9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.467208,-0.16867,-0.599688,-0.475593;FXX=0.0587889;HRUN=3,3,12,12;LEN=1,1,2,3;MLLD=21.6641,23.6384,21.3203,15.563;QD=47.2687;RBI=0.643981,0.236053,0.633489,0.531829;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.443202,-0.16514,0.204165,0.238019;RO=0;SAF=0,1,4,2;SAR=9,2,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.0414841,-0.0183824,-0.029005,0;OID=.,.,.,.;OPOS=18134021,18134021,18134020,18134019;OREF=C,C,AC,AAC;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAA,AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:9,3,5,2:19:0,16,0,0:16:0:0,7,0,0:0,9,0,0:0:0:3:0:0,1,4,2:9,2,1,0:0:0 chr6 18139214 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.895;QD=60.7148;RBI=0.0190737;REFB=0;REVB=-0.0149868;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23444e-06;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr6 18161563 . G A 897.91 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.177;QD=57.9298;RBI=0.02944;REFB=0;REVB=0.026031;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79346e-05;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:33:24:0:0:38:24:0:0 chr6 18212794 . A T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00602494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.838;QD=20.5465;RBI=0.00919012;REFB=-0.00664468;REVB=0.00693963;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455261;STB=0.525677;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00643754;OID=.;OPOS=18212794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:15:7:8:14:15:7:8:14 chr6 18215303 . T C 3288.83 PASS AF=1;AO=209;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03691;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.851;QD=62.0534;RBI=0.0370688;REFB=0;REVB=-0.00342669;RO=0;SAF=123;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.178e-05;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:209:212:1:86:123:0:0:87:125:0:0 chr6 18256625 . A G 729.79 PASS AF=0.533333;AO=60;DP=129;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0444347;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9898;QD=21.6234;RBI=0.0478241;REFB=-0.0140595;REVB=0.0176833;RO=61;SAF=40;SAR=20;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137997;STB=0.535749;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0173848;OID=.;OPOS=18256625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:135:61:63:60:72:0.533333:20:40:32:29:30:42:32:31 chr6 18273431 . G A 165.54 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.100479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6905;QD=9.73779;RBI=0.106578;REFB=-0.0101164;REVB=-0.0355362;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155013;STB=0.576543;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0173796;OID=.;OPOS=18273431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:44:46:22:22:0.323529:9:13:20:24:9:13:22:24 chr6 18369043 . C A 166.78 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0119737;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.169;QD=14.1939;RBI=0.0138162;REFB=-0.00621945;REVB=0.00689336;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367499;STB=0.712103;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00732874;OID=.;OPOS=18369043;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:6:12:9:20:6:12:9:20 chr6 18466677 . A T 1283.4 PASS AF=0.935484;AO=87;DP=93;FAO=87;FDP=93;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0598045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2079;QD=55.2;RBI=0.0601582;REFB=-0.0117259;REVB=-0.00651407;RO=2;SAF=33;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544747;STB=0.514668;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00351408;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:93:93:2:6:87:87:0.935484:54:33:1:1:54:33:1:5 chr6 20282269 . T C 398.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929437;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.916;QD=56.8951;RBI=0.0503607;REFB=0;REVB=0.0494956;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200249;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr6 20492995 . T C 1090.08 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00735343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.839;QD=57.3727;RBI=0.012343;REFB=0.000481319;REVB=-0.0099134;RO=2;SAF=38;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242466;STB=0.512817;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-1.13209e-05;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:36:38:2:0:36:38:2:0 chr6 20500458 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00882268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.053;QD=14.7348;RBI=0.0166445;REFB=-0.00361149;REVB=-0.0141138;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093833;STB=0.553153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00501181;OID=.;OPOS=20500458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:22:14:13:14:22:14 chr6 21201493 . G A 460.1 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=141;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.00587833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.361;QD=12.9606;RBI=0.00599634;REFB=-0.00729305;REVB=-0.00118377;RO=88;SAF=18;SAR=35;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230366;STB=0.63459;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0155431;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:88:89:53:53:0.373239:35:18:48:40:35:18:49:40 chr6 21597760 . T C 52.95 PASS AF=0.216216;AO=9;DP=36;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00987003;FXX=0.0512689;HRUN=19;LEN=1;MLLD=160.526;QD=5.72479;RBI=0.026151;REFB=-0.00973255;REVB=-0.0242169;RO=27;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253877;STB=0.769838;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00428069;OID=.;OPOS=21597760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:37:27:29:9:8:0.216216:2:7:16:11:1:7:18:11 chr6 21598724 . G A,GGA 30.86 PASS AF=0,0.188679;AO=3,8;DP=66;FAO=0,10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=0,6;FSAR=0,4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0429325,-0.123374;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=16.8978,16.1003;QD=2.32915;RBI=0.141321,0.285615;REFB=0.0266286,-0.0159005;REVB=-0.134641,0.257595;RO=47;SAF=0,6;SAR=3,2;SRF=19;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.440719,0.406249;STB=0.5,0.572373;STBP=1,0.657;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0343464;OID=.,.;OPOS=21598724,21598725;OREF=G,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:66:53:47:43:3,8:0,10:0,0.188679:3,2:0,6:19:28:0,4:0,6:22:21 chr6 22287745 . C T 432.17 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00518131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.539;QD=13.5054;RBI=0.014205;REFB=-0.019868;REVB=-0.0132264;RO=78;SAF=18;SAR=32;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430526;STB=0.524405;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0337944;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:32:18:31:47:32:18:31:47 chr6 22570064 . C T 400.17 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0109995;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.132;QD=18.1893;RBI=0.0110484;REFB=0.00105705;REVB=0.00103769;RO=47;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608446;STB=0.528288;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00106881;OID=.;OPOS=22570064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:40:41:0.465909:24:16:16:31:25:16:16:31 chr6 22570189 . T C 213.72 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0136394;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.253;QD=15.8314;RBI=0.0481414;REFB=-0.0398289;REVB=-0.0461689;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191926;STB=0.611023;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0370916;OID=.;OPOS=22570189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:27:30:24:24:0.444444:12:12:8:19:12:12:9:21 chr6 24147409 . C A 329.06 PASS AF=0.41573;AO=35;DP=85;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0431841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4107;QD=14.7893;RBI=0.0587621;REFB=-0.00354824;REVB=0.0398513;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115826;STB=0.56201;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00634105;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:50:52:35:37:0.41573:20:15:27:23:21:16:28:24 chr6 24174937 . T C 582.36 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.00231054;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.012;QD=17.6473;RBI=0.0275562;REFB=-0.0101476;REVB=0.0274592;RO=68;SAF=41;SAR=20;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468707;STB=0.506171;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.014159;OID=.;OPOS=24174937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:68:71:61:61:0.462121:20:41:46:22:20:41:47:24 chr6 24174955 . G C 2083.97 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227983;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0702;QD=62.6758;RBI=0.0293008;REFB=0;REVB=-0.0184059;RO=0;SAF=87;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44734e-05;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:131:133:1:44:87:0:0:44:89:0:0 chr6 24291203 . T C 1106.3 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481703;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5622;QD=59.0027;RBI=0.0508422;REFB=-0.134079;REVB=0.0162649;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106316;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00154235;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:30:44:1:0:30:44:1:0 chr6 24403377 . C T 2792.54 PASS AF=0.973262;AO=181;DP=186;FAO=182;FDP=187;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0559958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5838;QD=59.7335;RBI=0.0872972;REFB=-0.175502;REVB=0.0669722;RO=5;SAF=75;SAR=106;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000756947;STB=0.500483;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00406682;OID=.;OPOS=24403377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:186:187:5:5:181:182:0.973262:106:75:2:3:106:76:2:3 chr6 24412530 . G T 2560.32 PASS AF=0.971264;AO=169;DP=177;FAO=169;FDP=174;FR=.;FRO=5;FSAF=81;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00990858;FXX=0.0169482;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.597;QD=58.858;RBI=0.0129599;REFB=-0.0213209;REVB=0.00835342;RO=4;SAF=81;SAR=88;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000912436;STB=0.503473;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=4.45221e-05;OID=.;OPOS=24412530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:177:174:4:5:169:169:0.971264:88:81:2:2:88:81:3:2 chr6 24418387 . C T 447.53 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0351149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.273;QD=21.0603;RBI=0.0353057;REFB=-0.010728;REVB=-0.00366569;RO=40;SAF=22;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430971;STB=0.517639;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00986922;OID=.;OPOS=24418387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:22:22:22:18:22:22:22:19 chr6 24437445 . G A 1221.4 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00343399;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.873;QD=60.3161;RBI=0.0178822;REFB=-0.120102;REVB=0.0175494;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129698;STB=0.506848;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00102597;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:36:44:0:1:36:44:0:1 chr6 24489652 . C T 860.84 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2833;QD=57.3895;RBI=0.0171014;REFB=0;REVB=0.0140113;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693974;OID=.;OPOS=24489652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr6 24489691 . G C 920.05 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5632;QD=58.4156;RBI=0.0156028;REFB=0;REVB=-0.00612355;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40564e-05;OID=.;OPOS=24489691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr6 24489741 . A C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.489;QD=57.3851;RBI=0.0445318;REFB=0;REVB=0.0291695;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174578;OID=.;OPOS=24489741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr6 24503590 . C T 1527.49 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.834;QD=61.7166;RBI=0.0377491;REFB=-0.00613305;REVB=0.0346917;RO=2;SAF=40;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231196;STB=0.506023;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000139403;OID=.;OPOS=24503590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:2:1:97:98:0.989899:57:40:2:0:57:41:1:0 chr6 24503597 . C T 1167.72 PASS AF=0.910112;AO=80;DP=89;FAO=81;FDP=89;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0351331;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.853;QD=52.4816;RBI=0.0501711;REFB=-0.0792032;REVB=0.0358162;RO=2;SAF=33;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416352;STB=0.514728;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00200631;OID=.;OPOS=24503597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:89:89:2:8:80:81:0.910112:47:33:1:1:48:33:2:6 chr6 24551664 . T C 294.85 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0201768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3197;QD=12.8194;RBI=0.0707723;REFB=0.0130575;REVB=0.0678352;RO=58;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838206;STB=0.548049;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.014997;OID=.;OPOS=24551664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:15:19:28:30:15:19:28:30 chr6 24551729 . T C 364.94 PASS AF=0.376238;AO=35;DP=103;FAO=38;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0172131;FXX=0.0194156;HRUN=7;LEN=1;MLLD=239.756;QD=14.453;RBI=0.0213995;REFB=-0.0258129;REVB=-0.0127141;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100538;STB=0.56944;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0284866;OID=.;OPOS=24551729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:39:54:35:38:0.376238:16:19:17:22:18:20:22:32 chr6 24559281 . A G 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00977459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.136;QD=18.8073;RBI=0.0157776;REFB=0.00361913;REVB=0.0123851;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178098;STB=0.599611;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.004268;OID=.;OPOS=24559281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:25:11:18:19:25:11:18:19 chr6 24596478 . T G 860.61 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00338085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.473;QD=55.5235;RBI=0.0377576;REFB=-0.0534133;REVB=0.0376059;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132943;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000752402;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:25:35:1:0:25:36:1:0 chr6 24596538 . T TC 50.68 PASS AF=0.25;AO=20;DP=87;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.105461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.9641;QD=2.41351;RBI=0.122909;REFB=-0.0816307;REVB=0.0631254;RO=66;SAF=5;SAR=15;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41947;STB=0.714082;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.166808;OID=.;OPOS=24596539;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:20:87:21:84:63:6:15:36:27:50:66:5:15:39:27 chr6 24653273 . G C 398.96 PASS AF=0.460674;AO=42;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00549649;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.719;QD=17.9306;RBI=0.0151722;REFB=-0.00880607;REVB=0.0141416;RO=45;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118169;STB=0.502755;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00925434;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:48:42:41:0.460674:20:22:23:22:19:22:26:22 chr6 24653376 . G A 933.67 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338364;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.375;QD=58.3541;RBI=0.0369928;REFB=0;REVB=0.0149521;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6195e-05;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr6 24780892 . A C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00179965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.024;QD=21.2647;RBI=0.0140755;REFB=-0.0243506;REVB=-0.0139599;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225143;STB=0.512646;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0346734;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:13:5:6:14:13:5 chr6 24804808 . G C 1212.92 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744225;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1949;QD=61.4136;RBI=0.0173406;REFB=0;REVB=0.0156624;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92331e-05;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:42:37:0:0 chr6 24804860 . G T 1713.91 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.007;QD=60.6694;RBI=0.0264435;REFB=0;REVB=0.0168517;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26135e-06;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:48:64:0:0:48:65:0:0 chr6 24818785 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.324;QD=56.9383;RBI=0.0217278;REFB=0;REVB=-0.0102555;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21852e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr6 24825511 . A G 888.45 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280288;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.92;QD=58.2587;RBI=0.0290941;REFB=0;REVB=-0.00780067;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000644662;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr6 24869300 . T C 188.75 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00679875;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.951;QD=19.359;RBI=0.0289884;REFB=-0.00571691;REVB=-0.0281798;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744928;STB=0.554396;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00625848;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:19:19:0.487179:5:14:12:6:5:14:13:7 chr6 25084718 . A G 2453.98 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251973;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6518;QD=61.3494;RBI=0.0837045;REFB=0;REVB=0.0798219;RO=0;SAF=107;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523669;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:53:107:0:0:53:107:0:0 chr6 25106745 . A G 1119.83 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535335;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.84;QD=60.5312;RBI=0.0571949;REFB=0;REVB=0.0201351;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96146e-05;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:34:40:0:0 chr6 25106783 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7037;QD=57.679;RBI=0.0684926;REFB=0;REVB=-0.00787476;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000718603;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr6 25108878 . A C 479.07 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00583235;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2724;QD=18.9732;RBI=0.0172551;REFB=-0.00521895;REVB=0.0162395;RO=51;SAF=21;SAR=29;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20499;STB=0.622756;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00779174;OID=.;OPOS=25108878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:29:21:33:18:29:21:34:17 chr6 25420344 . C G 1866.32 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.793;QD=59.7224;RBI=0.0225256;REFB=-0.0382546;REVB=-0.0133995;RO=2;SAF=73;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128373;STB=0.506756;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000788582;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:50:73:2:0:50:73:2:0 chr6 25420350 . A C 1883.88 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281165;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.974;QD=61.7665;RBI=0.0281444;REFB=0;REVB=-0.00125404;RO=0;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7075e-05;OID=.;OPOS=25420350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:0:0:122:122:1:51:71:0:0:51:71:0:0 chr6 25600968 . G A 481.73 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7659;QD=53.5255;RBI=0.103813;REFB=-0.130041;REVB=0.103186;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.508892;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00400845;OID=.;OPOS=25600968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:0:2:34:34:0.944444:22:12:0:0:22:12:1:1 chr6 25605091 . G A 987.13 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3716;QD=57.2249;RBI=0.0323979;REFB=-0.0938069;REVB=-0.0119384;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.508472;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00476028;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:39:28:1:0:39:29:1:0 chr6 25726675 . G A 547.99 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00130217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.331;QD=19.0605;RBI=0.00433495;REFB=-0.0210344;REVB=-0.00413475;RO=58;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723395;STB=0.503999;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0202707;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:31:26:26:32:31:26:26:32 chr6 25727265 . C T 467.52 PASS AF=0.463636;AO=49;DP=108;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0061735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.328;QD=17.0008;RBI=0.00840247;REFB=-0.0225901;REVB=-0.00569995;RO=59;SAF=34;SAR=15;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074192;STB=0.535844;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0273708;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:59:59:49:51:0.463636:15:34:37:22:16:35:37:22 chr6 25727334 . C T 548.74 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0063714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9934;QD=16.1395;RBI=0.0234945;REFB=0.0114063;REVB=-0.022614;RO=76;SAF=39;SAR=20;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00350383;STB=0.507332;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0167927;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:77:59:59:0.433824:20:39:50:26:20:39:50:27 chr6 25727517 . G A 194.3 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0199751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.412;QD=25.0706;RBI=0.022057;REFB=-0.0197664;REVB=-0.00935444;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085039;STB=0.55051;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00651422;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:11:12:18:19:0.612903:7:11:8:3:7:12:9:3 chr6 25769349 . T C 1427.47 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0472772;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.696;QD=57.0987;RBI=0.0479388;REFB=0.00816065;REVB=-0.0079374;RO=3;SAF=33;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205239;STB=0.50337;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0015746;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:3:2:97:98:0.98:64:33:2:1:64:34:1:1 chr6 25776949 . G A 1038.64 PASS AF=0.543956;AO=98;DP=182;FAO=99;FDP=182;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0106367;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.585;QD=22.8271;RBI=0.0158326;REFB=-0.0208977;REVB=0.0117273;RO=82;SAF=35;SAR=63;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144834;STB=0.578297;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0144354;OID=.;OPOS=25776949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:82:83:98:99:0.543956:63:35:43:39:64:35:43:40 chr6 25801143 . G A 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0225501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5066;QD=12.3065;RBI=0.0228647;REFB=0.015996;REVB=-0.00378012;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041254;STB=0.529389;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0155662;OID=.;OPOS=25801143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:25:25:0.378788:16:9:13:27:16:9:13:28 chr6 25813150 . G A 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0362489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7475;QD=10.9516;RBI=0.0369939;REFB=0.00874952;REVB=0.00738659;RO=47;SAF=8;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330579;STB=0.691817;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.017363;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:17:8:29:18:17:8:29:18 chr6 25849620 . A G 262.0 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00332886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7757;QD=12.476;RBI=0.103489;REFB=-0.00900888;REVB=0.103435;RO=53;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213817;STB=0.622973;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0180084;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:11:20:24:29:11:20:24:29 chr6 25914801 . G A 386.37 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0222692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9392;QD=18.182;RBI=0.0932607;REFB=0.00064241;REVB=-0.0905629;RO=42;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191167;STB=0.52576;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00185749;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:45:40:40:0.470588:17:23:25:17:17:23:28:17 chr6 25914901 . G A 266.58 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0127265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.722;QD=15.9151;RBI=0.0133507;REFB=-0.0185321;REVB=0.00403457;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177492;STB=0.607072;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0177703;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:18:12:21:15:18:12:22:15 chr6 25916979 . C T 409.57 PASS AF=0.390244;AO=47;DP=126;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0124261;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.072;QD=13.3192;RBI=0.0234224;REFB=-0.00463903;REVB=-0.0198544;RO=69;SAF=27;SAR=20;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408804;STB=0.55538;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00773127;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:69:75:47:48:0.390244:20:27:37:32:20:28:37:38 chr6 25967068 . C T 449.29 PASS AF=0.408;AO=50;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.016476;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.845;QD=14.3772;RBI=0.016545;REFB=-0.0107822;REVB=-0.0015098;RO=74;SAF=25;SAR=25;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143285;STB=0.574413;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0182049;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:50:51:0.408:25:25:47:27:25:26:47:27 chr6 26027433 . G A 239.86 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0125011;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.83;QD=11.8448;RBI=0.0132269;REFB=-0.0108009;REVB=-0.00432143;RO=52;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114762;STB=0.566525;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0195165;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:52:52:29:29:0.358025:20:9:21:31:20:9:21:31 chr6 26033506 . G A 233.78 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00359022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.696;QD=13.5524;RBI=0.0070701;REFB=0.00684583;REVB=0.0060907;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145112;STB=0.566112;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00806372;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:41:27:28:0.405797:18:9:19:22:18:10:19:22 chr6 26044369 . A G 610.63 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.00990272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.873;QD=16.6157;RBI=0.0104885;REFB=-0.0208212;REVB=-0.00345619;RO=82;SAF=35;SAR=29;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769412;STB=0.545735;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.027572;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:82:83:64:64:0.435374:29:35:51:31:29:35:52:31 chr6 26045929 . T C 615.9 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0240166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5791;QD=23.4629;RBI=0.0276161;REFB=0.0144894;REVB=-0.0136327;RO=45;SAF=37;SAR=23;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254489;STB=0.638887;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0141332;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:23:37:13:32:23:37:13:32 chr6 26056072 . G C 165.19 PASS AF=0.377358;AO=10;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0222805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.913;QD=12.4668;RBI=0.0409621;REFB=-0.0223884;REVB=-0.0343725;RO=32;SAF=0;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74222;STB=0.502854;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0359052;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:10:20:0.377358:10:0:15:17:11:9:15:18 chr6 26056549 . A G 474.74 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.00792509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.236;QD=21.5793;RBI=0.0118417;REFB=-0.000588436;REVB=0.0087988;RO=42;SAF=37;SAR=9;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251093;STB=0.513883;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000611814;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:9:37:33:9:9:37:33:9 chr6 26104280 . T C 361.1 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00468333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1312;QD=15.2041;RBI=0.00516765;REFB=0.0126555;REVB=-0.00218427;RO=56;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267958;STB=0.515144;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0237684;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:22:17:23:33:22:17:23:33 chr6 26104448 . A G 320.18 PASS AF=0.363636;AO=39;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00767184;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.544;QD=11.6427;RBI=0.0301416;REFB=0.0028409;REVB=0.0291489;RO=70;SAF=20;SAR=19;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143484;STB=0.515916;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00474791;OID=.;OPOS=26104448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:70:39:40:0.363636:19:20:35:35:19:21:35:35 chr6 26107790 . G T 828.35 PASS AF=0.488636;AO=80;DP=171;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.00492793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.926;QD=18.826;RBI=0.0112883;REFB=-0.0242811;REVB=0.0101558;RO=83;SAF=27;SAR=53;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141191;STB=0.555376;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0241084;OID=.;OPOS=26107790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:176:83:90:80:86:0.488636:53:27:40:43:53:33:44:46 chr6 26108282 . C G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8736;QD=63.871;RBI=0.0457791;REFB=0;REVB=0.0315564;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666968;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr6 26184102 . G A 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00473819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.103;QD=20.0829;RBI=0.0218539;REFB=-0.0423363;REVB=0.021334;RO=36;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193314;STB=0.607453;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0399187;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:25:13:20:16:25:13:20:16 chr6 26200083 . A G 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0162301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.395;QD=29.3798;RBI=0.0213407;REFB=-0.00449798;REVB=-0.0138568;RO=11;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055723;STB=0.530699;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00245713;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:12:10:4:7:12:10:4:7 chr6 26200677 . A G 125.82 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0486569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.963;QD=18.6404;RBI=0.0488208;REFB=0.00105506;REVB=0.00399737;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.000795544;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:5:8:7:7:5:8 chr6 26205293 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00570481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.684;QD=12.0244;RBI=0.00635282;REFB=-0.00265614;REVB=0.00279525;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.672108;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0031142;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:10:10:9:3:10:10 chr6 26285560 . A G 554.05 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00259721;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.524;QD=18.3156;RBI=0.0213657;REFB=-0.0101121;REVB=0.0212073;RO=61;SAF=23;SAR=35;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164868;STB=0.591489;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00886513;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:61:63:58:58:0.479339:35:23:35:26:35:23:36:27 chr6 26285683 . T C 366.46 PASS AF=0.47561;AO=30;DP=73;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.001144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.342;QD=17.8761;RBI=0.0210254;REFB=-0.0210358;REVB=0.0209943;RO=43;SAF=8;SAR=22;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380628;STB=0.671039;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0452945;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:82:43:43:30:39:0.47561:22:8:27:16:27:12:27:16 chr6 26286744 . C T 343.59 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00838932;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2999;QD=12.1623;RBI=0.0469583;REFB=0.000210416;REVB=-0.0462029;RO=70;SAF=22;SAR=20;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524966;STB=0.542813;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000975169;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:70:71:42:42:0.371681:20:22:40:30:20:22:42:29 chr6 26299900 . C T 952.71 PASS AF=0.374603;AO=108;DP=308;FAO=118;FDP=315;FR=.;FRO=197;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=133;FSRR=64;FWDB=0.0095791;FXX=0.024767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9414;QD=12.0979;RBI=0.0522519;REFB=-0.0141838;REVB=-0.0513664;RO=164;SAF=59;SAR=49;SRF=114;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164973;STB=0.609506;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0295664;OID=.;OPOS=26299900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:315:164:197:108:118:0.374603:49:59:114:50:59:59:133:64 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 107.89 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00304745;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=399.932;QD=5.75433;RBI=0.00717145;REFB=-0.00253251;REVB=-0.00649175;RO=58;SAF=11;SAR=6;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185328;STB=0.615861;STBP=0.297;TYPE=ins;VARB=0.00944908;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226667:17:75:17:75:58:11:6:29:29:99:58:11:6:29:29 chr6 26305796 . C T 139.27 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0235892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4627;QD=7.63093;RBI=0.0937903;REFB=-0.0220366;REVB=-0.0907753;RO=53;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07163;STB=0.543167;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0552179;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:9:11:26:27:9:11:26:27 chr6 26305801 . C G 139.61 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0601982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.884;QD=7.64994;RBI=0.0608356;REFB=-0.00789751;REVB=-0.00878336;RO=53;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07163;STB=0.543167;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0221119;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:9:11:26:27:9:11:26:27 chr6 26313358 . A T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0103478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.33;QD=15.1601;RBI=0.0350213;REFB=-0.00453157;REVB=0.0334576;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454969;STB=0.526283;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00563488;OID=.;OPOS=26313358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:12:10:8:8:12:10 chr6 26327814 . T C 586.11 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.0101588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.591;QD=18.0341;RBI=0.0127136;REFB=-0.00402182;REVB=-0.00764423;RO=69;SAF=36;SAR=25;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474632;STB=0.526307;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00500608;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:61:61:0.469231:25:36:44:25:25:36:44:25 chr6 26328365 . A G 679.12 PASS AF=0.540323;AO=66;DP=123;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00565523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.918;QD=21.9072;RBI=0.0600853;REFB=-0.0302197;REVB=-0.0598186;RO=57;SAF=40;SAR=26;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391203;STB=0.532458;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0213997;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:57:57:66:67:0.540323:26:40:32:25:26:41:31:26 chr6 26466225 . A C 1572.69 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4233;QD=59.9119;RBI=0.020359;REFB=0;REVB=-0.0197734;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.1509e-05;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr6 26501897 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.666;QD=57.5453;RBI=0.01849;REFB=0;REVB=-0.00164271;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57993e-05;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr6 26505362 . G A 957.78 PASS AF=1;AO=53;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0985167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5239;QD=58.0474;RBI=0.0990308;REFB=0;REVB=-0.0100778;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107524;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:53:66:1:28:25:0:0:32:34:0:0 chr6 26505403 . C A 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.066;QD=62.6661;RBI=0.0444759;REFB=0;REVB=0.00230017;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017342;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr6 26509330 . C G 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3057;QD=57.5415;RBI=0.0123466;REFB=0;REVB=0.00486223;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109997;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr6 26521435 . C G 1892.32 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.862;QD=61.539;RBI=0.0236808;REFB=0;REVB=0.0195998;RO=0;SAF=77;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2421e-05;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:44:77:0:0:44:79:0:0 chr6 26521520 . T C 2011.18 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.911;QD=61.41;RBI=0.0300574;REFB=-0.0213735;REVB=0.0266442;RO=1;SAF=67;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704085;STB=0.503703;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000592877;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:63:67:1:0:63:67:1:0 chr6 26538268 . T C 804.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.515;QD=64.381;RBI=0.0622722;REFB=0;REVB=0.062044;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19482e-05;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr6 26545632 . G A 591.57 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0435934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4228;QD=56.3397;RBI=0.0701772;REFB=-0.0490045;REVB=0.054995;RO=2;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176673;STB=0.509429;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00197842;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:27:13:1:1:27:13:1:1 chr6 26546048 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.59;QD=63.2865;RBI=0.012021;REFB=0;REVB=0.00264585;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10896e-05;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr6 26546808 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.316;QD=57.1045;RBI=0.0232818;REFB=0;REVB=0.0217709;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98991e-05;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:35:20:0:0 chr6 26553815 . C G 854.14 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201667;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5345;QD=57.9078;RBI=0.020352;REFB=0;REVB=0.00273987;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364129;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:23:36:0:0 chr6 26555484 . A G 1949.74 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5357;QD=61.8964;RBI=0.073853;REFB=0;REVB=0.0713272;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143945;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:59:67:0:0:59:67:0:0 chr6 26556769 . G T 2276.92 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.33;QD=62.8117;RBI=0.0561381;REFB=-0.0887107;REVB=0.0445446;RO=0;SAF=85;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20183e-08;STB=0.504201;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000634288;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:59:85:0:0:59:85:0:1 chr6 26572165 . G T 1179.97 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0209495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.643;QD=56.8659;RBI=0.0253635;REFB=-0.0364134;REVB=-0.0142976;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111386;STB=0.517237;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000987794;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:83:1:3:79:80:0.963855:37:42:1:0:38:42:3:0 chr6 26575798 . CTT CCT,C,CT 2091.1 PASS AF=0,0.00621118,0.993789;AO=6,18,131;DP=159;FAO=0,1,160;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,93;FSAR=0,0,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365855,-0.0382945,-0.0758619;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=4.14574,8.8821,21.0368;QD=51.9529;RBI=0.0709712,0.101456,0.200385;REFB=0.0189086,0.0246436,0.018683;REVB=-0.0608146,-0.0939517,-0.18547;RO=1;SAF=5,13,71;SAR=1,5,60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0789211,-0.0340316,-0.00664741;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.027371,-0.00734705;OID=.,.,.;OPOS=26575799,26575799,26575799;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCT,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0.00621118,0.993789:6,18,131:159:0,1,160:161:0:0,1,93:0,0,67:0:0:5:1:5,13,71:1,5,60:1:0 chr6 26577326 . C A 2559.76 PASS AF=0.994048;AO=165;DP=167;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00570248;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.737;QD=60.9467;RBI=0.0673319;REFB=0.00973821;REVB=0.06709;RO=1;SAF=109;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434622;STB=0.502262;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000199133;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:168:1:1:165:167:0.994048:56:109:1:0:57:110:1:0 chr6 26577370 . C T 3442.75 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109911;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.682;QD=62.5954;RBI=0.0636694;REFB=0;REVB=0.0627136;RO=0;SAF=148;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03213e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016221;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:220:0:0:219:220:1:71:148:0:0:72:148:0:0 chr6 26595168 . T C 2343.62 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1829;QD=60.0929;RBI=0.0688285;REFB=0;REVB=0.00702268;RO=0;SAF=68;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.65545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480426;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:150:156:0:0:149:156:1:81:68:0:0:81:75:0:0 chr6 26597333 . A G 1979.27 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.718;QD=61.3727;RBI=0.024464;REFB=-0.0361294;REVB=0.0131927;RO=1;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60043e-05;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:129:129:1:0:127:129:1:66:61:0:1:67:62:0:0 chr6 26598188 . A G 1360.53 PASS AF=0.980952;AO=66;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0279973;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=23.2576;QD=51.8299;RBI=0.0669916;REFB=-0.0401371;REVB=-0.0608607;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168916;STB=0.500092;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00268934;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:2:2:66:103:0.980952:35:31:1:1:51:52:1:1 chr6 26745250 . A G 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168107;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.873;QD=42.4475;RBI=0.00184931;REFB=0;REVB=-0.000770679;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37549e-05;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr6 26745257 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.389;QD=40.7629;RBI=0.0197241;REFB=0;REVB=0.0163004;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466735;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr6 26745260 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.961;QD=40.7629;RBI=0.067693;REFB=0;REVB=0.00297;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231017;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr6 26745262 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2167;QD=40.7605;RBI=0.0510001;REFB=0;REVB=-0.0506153;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00303278;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr6 26745286 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.199;QD=47.8213;RBI=0.0684624;REFB=0;REVB=0.0305087;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109081;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr6 26745312 . A G 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000388868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.766;QD=53.2628;RBI=0.000657262;REFB=0;REVB=0.000529882;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25939e-07;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr6 26745333 . T A 47.69 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.018417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.82;QD=9.08403;RBI=0.0220528;REFB=-0.0214379;REVB=-0.0121301;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133873;STB=0.599733;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0404238;OID=.;OPOS=26745333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:21:13:14:7:7:0.333333:4:3:4:9:4:3:4:10 chr6 26752682 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.76;QD=33.4285;RBI=0.0302586;REFB=0;REVB=0.0211554;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768671;OID=.;OPOS=26752682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 26752711 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.873;QD=33.4284;RBI=0.170605;REFB=0;REVB=-0.00866199;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176104;OID=.;OPOS=26752711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 26758631 . AT GC 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0197823;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.802;QD=41.6803;RBI=0.0476844;REFB=-0.0226708;REVB=0.0433874;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53842;STBP=0.424;TYPE=mnp;VARB=0.00473256;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:0:2:18:18:0.9:12:6:0:0:12:6:0:2 chr6 26758634 . ATGC TCAA 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159221;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=4;MLLD=229.942;QD=50.4976;RBI=0.0171494;REFB=0;REVB=-0.00637111;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000159;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr6 27181610 . G A 488.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.026;QD=57.4472;RBI=0.072879;REFB=0;REVB=0.0376498;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02728e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr6 27181701 . T C 619.91 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0478477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5954;QD=59.0394;RBI=0.0480573;REFB=-0.0570313;REVB=0.00448373;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00240772;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:25:16:0:0:25:16:0:1 chr6 27205420 . G A 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00197512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.244;QD=9.19068;RBI=0.0214816;REFB=-0.0044534;REVB=0.0213906;RO=44;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168686;STB=0.5999;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00681423;OID=.;OPOS=27205420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:8:12:20:24:8:12:20:24 chr6 27216681 . A AG 32.27 PASS AF=0.125;AO=12;DP=81;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0366812;FXX=0.0123442;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.5117;QD=1.61325;RBI=0.0580638;REFB=-0.00591794;REVB=-0.0450099;RO=68;SAF=1;SAR=11;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501559;STB=0.835742;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.0721319;OID=.;OPOS=27216682;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:12:81:10:80:70:1:9:28:42:32:68:1:11:28:40 chr6 27277402 . C T 699.01 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00696887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.717;QD=54.8243;RBI=0.0189803;REFB=-0.0948292;REVB=-0.0176547;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000448913;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:18:32:0:0:18:32:1:0 chr6 27279852 . T C 930.62 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.01;QD=58.1639;RBI=0.0442981;REFB=0;REVB=0.020927;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65603e-06;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr6 27300755 . T TA 148.1 PASS AF=0.401575;AO=39;DP=129;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0853869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.871;QD=4.66461;RBI=0.164779;REFB=-0.0201977;REVB=0.140929;RO=78;SAF=19;SAR=20;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741644;STB=0.541444;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=0.00383146;OID=.;OPOS=27300756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401575:39:129:51:127:76:25:26:32:44:99:78:19:20:33:45 chr6 27327349 . C G 435.21 PASS AF=0.429825;AO=45;DP=110;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00251947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7693;QD=15.2706;RBI=0.0238557;REFB=-0.00902449;REVB=0.0237223;RO=64;SAF=19;SAR=26;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208856;STB=0.602509;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0157777;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:64:65:45:49:0.429825:26:19:40:24:27:22:41:24 chr6 27356867 . A G 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00421982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.901;QD=61.239;RBI=0.0197885;REFB=-0.0411281;REVB=0.0193333;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997626;STB=0.505262;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=2.7811e-05;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:41:47:1:0:41:47:1:0 chr6 27356902 . A G 282.05 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0297212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7636;QD=12.3976;RBI=0.0847969;REFB=-0.0117763;REVB=-0.0794176;RO=57;SAF=12;SAR=21;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237461;STB=0.631183;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0255789;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:21:12:33:24:21:12:33:25 chr6 27356925 . T G 223.09 PASS AF=0.345679;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0419007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.217;QD=11.0169;RBI=0.0419076;REFB=-0.0200263;REVB=0.000758986;RO=52;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105945;STB=0.577245;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0354475;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:53:27:28:0.345679:16:11:26:26:17:11:27:26 chr6 27369873 . C T 54.11 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00424477;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.87;QD=3.93509;RBI=0.0122698;REFB=-0.00103866;REVB=0.0115122;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988943;STB=0.552512;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0059411;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:44:46:9:9:0.163636:3:6:26:18:3:6:28:18 chr6 27369892 . C T 64.98 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00605178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8144;QD=4.90394;RBI=0.0156788;REFB=-0.0101937;REVB=-0.0144638;RO=42;SAF=7;SAR=3;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110297;STB=0.565821;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0107627;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:42:43:10:10:0.188679:3:7:26:16:3:7:27:16 chr6 27370046 . T G 318.6 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0114159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2653;QD=23.1711;RBI=0.0861877;REFB=0.0194107;REVB=0.0854283;RO=23;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172162;STB=0.599016;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00657013;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:31:32:0.581818:12:19:9:14:12:20:9:14 chr6 27370473 . T C 82.27 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0213105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6013;QD=19.3575;RBI=0.0496891;REFB=0.0430935;REVB=0.0448873;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0274192;OID=.;OPOS=27370473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:4:3:4:6:4:3 chr6 27371011 . C T 146.74 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0047351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.936;QD=16.7708;RBI=0.04686;REFB=-0.0308262;REVB=0.0466201;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577034;STB=0.548326;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.014818;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:7:8:9:10:7:9:9:10 chr6 27371193 . G A 432.03 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00935111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0069;QD=17.8158;RBI=0.00935875;REFB=-0.00614371;REVB=0.00037784;RO=52;SAF=18;SAR=26;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07076;STB=0.534912;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00552331;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:26:18:25:27:26:18:25:28 chr6 27425185 . C A 576.56 PASS AF=0.53211;AO=56;DP=107;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0204625;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.888;QD=21.1582;RBI=0.030345;REFB=-0.0233559;REVB=0.0224077;RO=51;SAF=37;SAR=19;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103617;STB=0.562671;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0187045;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:51:51:56:58:0.53211:19:37:28:23:19:39:28:23 chr6 27435707 . G A 195.13 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0164594;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2066;QD=10.8406;RBI=0.0234223;REFB=-0.0118195;REVB=0.0166641;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116048;STB=0.561413;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0231771;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:47:24:25:0.347222:12:12:17:26:12:13:20:27 chr6 27471515 . A G 382.3 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.000274985;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.527;QD=19.6051;RBI=0.000284187;REFB=-0.00694994;REVB=7.17318e-05;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174654;STB=0.603121;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00691179;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:39:39:39:0.5:24:15:23:17:24:15:23:16 chr6 27515519 . A C 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0446923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.396;QD=10.4728;RBI=0.0496153;REFB=-0.00987674;REVB=0.021547;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421281;STB=0.750277;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0110307;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:13:4:21:14:13:4:21:14 chr6 27551316 . C G 613.64 PASS AF=0.449612;AO=55;DP=146;FAO=58;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00515861;FXX=0.12837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.798;QD=19.0277;RBI=0.00919429;REFB=0.00442533;REVB=-0.00761076;RO=52;SAF=20;SAR=35;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019839;STB=0.507223;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00171622;OID=.;OPOS=27551316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:129:52:62:55:58:0.449612:35:20:20:32:31:27:28:34 chr6 27560587 . A G 305.2 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0046658;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=281.316;QD=26.5389;RBI=0.0075977;REFB=0.00156944;REVB=0.00599629;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148185;STB=0.508191;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00115138;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:9:18:13:6:9:18:13:6 chr6 27573463 . G A 192.27 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0178836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.941;QD=14.7898;RBI=0.0205526;REFB=-0.0256263;REVB=-0.0101286;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105585;STB=0.553143;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0340984;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:30:20:22:0.423077:8:12:15:15:9:13:15:15 chr6 27618731 . G T 460.17 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00758585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.173;QD=18.5926;RBI=0.0171055;REFB=-0.0247076;REVB=-0.0153315;RO=52;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871342;STB=0.552514;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0226605;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:53:46:46:0.464646:20:26:34:18:20:26:35:18 chr6 27636354 . A G 148.6 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00979683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4009;QD=10.8074;RBI=0.048231;REFB=-0.0101407;REVB=-0.0472255;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502701;STB=0.519211;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0320452;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:36:19:19:0.345455:9:10:20:15:9:10:20:16 chr6 27636378 . C T 236.08 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00677404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.314;QD=14.5282;RBI=0.00796048;REFB=-0.0150756;REVB=0.00418112;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471589;STB=0.52306;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.018072;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:37:27:28:0.430769:14:13:18:16:14:14:20:17 chr6 27648894 . C T 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00811116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.948;QD=12.4555;RBI=0.0140889;REFB=-0.00961466;REVB=0.0115198;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509164;STB=0.529384;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0139944;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:21:13:9:12:21:13 chr6 27648908 . C G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0162558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.414;QD=13.7844;RBI=0.0192507;REFB=-0.00662616;REVB=0.0103121;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838897;STB=0.54813;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00894947;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:8:15:19:14:8:15:19:14 chr6 27650521 . C T 371.68 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0177926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.949;QD=17.4908;RBI=0.0233331;REFB=0.0136676;REVB=-0.0150948;RO=46;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154332;STB=0.508633;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0082304;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:15:24:29:17:15:24:29:17 chr6 27655994 . T G 514.44 PASS AF=0.44186;AO=53;DP=125;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00404039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.03;QD=15.9515;RBI=0.0211823;REFB=-0.0141135;REVB=-0.0207934;RO=72;SAF=22;SAR=31;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116362;STB=0.549901;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0189259;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:72:72:53:57:0.44186:31:22:38:34:32:25:38:34 chr6 27694460 . A G 365.45 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0228619;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.382;QD=15.8893;RBI=0.0246121;REFB=-0.0247469;REVB=0.00911522;RO=53;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227313;STB=0.512814;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0274043;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:19:20:26:27:19:20:26:27 chr6 27792221 . C T 563.33 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0681873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7621;QD=57.7775;RBI=0.0683379;REFB=-0.067934;REVB=0.00453398;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00150727;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:25:13:1:0:25:13:1:0 chr6 27792228 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000584324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.398;QD=60.9784;RBI=0.0113205;REFB=0;REVB=-0.0113054;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07543e-05;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr6 28134368 . A G 390.21 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0674009;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.387;QD=16.2588;RBI=0.0685861;REFB=-0.00611287;REVB=0.0126955;RO=55;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401393;STB=0.522589;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00749581;OID=.;OPOS=28134368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:55:55:41:41:0.427083:20:21:26:29:20:21:26:29 chr6 28180904 . A G 776.01 PASS AF=0.496894;AO=79;DP=160;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.00215925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.924;QD=19.2798;RBI=0.00851551;REFB=-0.0066762;REVB=-0.0082372;RO=81;SAF=32;SAR=47;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223233;STB=0.502645;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00673324;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:81:81:79:80:0.496894:47:32:33:48:47:33:33:48 chr6 28227436 . A G 669.3 PASS AF=0.43787;AO=73;DP=170;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.00563748;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.436;QD=15.8414;RBI=0.00948017;REFB=-0.0107691;REVB=-0.00762184;RO=95;SAF=29;SAR=44;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359929;STB=0.523163;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.011881;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:95:95:73:74:0.43787:44:29:41:54:45:29:41:54 chr6 28228342 . A G 714.46 PASS AF=0.979167;AO=42;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.324;QD=59.538;RBI=0.0177952;REFB=-0.0220012;REVB=0.0144051;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000694627;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:48:0:1:42:47:0.979167:16:26:0:0:17:30:1:0 chr6 28239932 . T TG 749.93 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3968;QD=46.1497;RBI=0.0506923;REFB=0;REVB=-0.0106297;RO=3;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181636;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000786599;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:67:65:65:0:29:36:0:0:14:3:29:35:2:1 chr6 28264692 . C G 311.25 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00946371;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.971;QD=13.8335;RBI=0.032995;REFB=-0.0122057;REVB=-0.0316087;RO=55;SAF=21;SAR=14;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079644;STB=0.545428;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0261184;OID=.;OPOS=28264692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:55:55:35:35:0.388889:14:21:29:26:14:21:29:26 chr6 28264717 . C T 251.64 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0366912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.052;QD=12.4269;RBI=0.0431261;REFB=-0.014679;REVB=-0.022663;RO=50;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101351;STB=0.563892;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0334968;OID=.;OPOS=28264717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:16:14:28:22:16:14:29:22 chr6 28269663 . A G 726.16 PASS AF=0.529851;AO=70;DP=135;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0163458;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.678;QD=21.6763;RBI=0.0164305;REFB=-0.0412596;REVB=0.00166697;RO=63;SAF=35;SAR=35;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342426;STB=0.515351;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0341112;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:63:63:70:71:0.529851:35:35:29:34:36:35:29:34 chr6 28270047 . C G 344.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00785484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4402;QD=16.3811;RBI=0.00796535;REFB=-0.00546034;REVB=-0.00132218;RO=47;SAF=23;SAR=14;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406285;STB=0.522809;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00691864;OID=.;OPOS=28270047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:14:23:31:16:14:23:31:16 chr6 28294550 . T C 421.87 PASS AF=0.392;AO=48;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0157855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.272;QD=13.4999;RBI=0.0161964;REFB=-0.0106099;REVB=0.00362511;RO=76;SAF=23;SAR=25;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107586;STB=0.566293;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0152783;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:76:48:49:0.392:25:23:44:32:26:23:44:32 chr6 28328391 . CTT C 214.02 PASS AF=0.5;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0616007;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=2;MLLD=39.3635;QD=13.8077;RBI=0.0634648;REFB=-0.00443966;REVB=0.0152689;RO=29;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229952;STB=0.517784;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=0.00609942;OID=.;OPOS=28328392;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:30:64:31:62:31:11:20:10:21:99:29:10:20:9:20 chr6 28328683 . G A 677.86 PASS AF=0.459119;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.00942098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.233;QD=17.053;RBI=0.0171266;REFB=-0.011418;REVB=-0.0143026;RO=86;SAF=49;SAR=24;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953177;STB=0.553033;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0165334;OID=.;OPOS=28328683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:86:86:73:73:0.459119:24:49:50:36:24:49:50:36 chr6 28329037 . C G 206.41 PASS AF=0.435484;AO=22;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0203956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2517;QD=13.3168;RBI=0.0947181;REFB=-0.0550231;REVB=0.0924961;RO=35;SAF=16;SAR=6;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891756;STB=0.516784;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0795849;OID=.;OPOS=28329037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:22:27:0.435484:6:16:23:12:10:17:23:12 chr6 28331127 . AA GC 212.77 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0134613;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=2;MLLD=197.91;QD=16.0582;RBI=0.01684;REFB=-0.009151;REVB=0.0101183;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900295;STB=0.550978;STBP=0.537;TYPE=mnp;VARB=0.0122023;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:16:13:13:11:16:13 chr6 28333396 . T C 380.66 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.033079;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.572;QD=19.2737;RBI=0.0331167;REFB=-0.0122659;REVB=0.00157875;RO=40;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084869;STB=0.547259;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0179786;OID=.;OPOS=28333396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:15:24:21:19:15:24:21:19 chr6 28358320 . A G 521.24 PASS AF=0.362069;AO=63;DP=173;FAO=63;FDP=174;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=-0.00491547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.708;QD=11.9825;RBI=0.00754293;REFB=-0.019247;REVB=-0.00572137;RO=107;SAF=34;SAR=29;SRF=68;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108257;STB=0.558914;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0330638;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:107:111:63:63:0.362069:29:34:68:39:29:34:70:41 chr6 28358335 . G C 424.19 PASS AF=0.343949;AO=51;DP=155;FAO=54;FDP=157;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=0.00367783;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.719;QD=10.8075;RBI=0.0153787;REFB=-0.0386795;REVB=-0.0149324;RO=103;SAF=26;SAR=25;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130259;STB=0.556067;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0163465;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:103:103:51:54:0.343949:25:26:64:39:25:29:64:39 chr6 28358893 . T C 461.68 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00397243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5075;QD=18.1052;RBI=0.0180488;REFB=0.00389028;REVB=0.0176062;RO=53;SAF=31;SAR=18;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473113;STB=0.526305;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0019422;OID=.;OPOS=28358893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:18:31:31:22:18:31:31:22 chr6 28359170 . A G 513.99 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0311364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.027;QD=17.4233;RBI=0.0312014;REFB=-0.0109422;REVB=-0.00201275;RO=63;SAF=33;SAR=22;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748438;STB=0.541651;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.014058;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:22:33:33:30:22:33:33:30 chr6 28402260 . T C 37.24 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0132504;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.544;QD=6.77132;RBI=0.118157;REFB=0.015267;REVB=-0.117411;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323033;STB=0.699237;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0295198;OID=.;OPOS=28402260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:15:16:6:6:0.272727:1:5:9:6:1:5:10:6 chr6 28456854 . A G 223.62 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0123826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.658;QD=19.4451;RBI=0.0456003;REFB=-0.0287086;REVB=0.0438868;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167894;STB=0.595054;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0456642;OID=.;OPOS=28456854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:13:11:14:8:13:11 chr6 28483482 . A C 846.04 PASS AF=0.573529;AO=71;DP=137;FAO=78;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0135361;FXX=0.00729874;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.092;QD=24.8836;RBI=0.029151;REFB=-0.0321149;REVB=-0.0258177;RO=41;SAF=35;SAR=36;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294833;STB=0.533375;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0195839;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:41:58:71:78:0.573529:36:35:22:19:37:41:35:23 chr6 28542424 . G A 205.48 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.0184077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8795;QD=12.8426;RBI=0.0243201;REFB=-0.0184987;REVB=0.0158941;RO=38;SAF=17;SAR=7;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150192;STB=0.585303;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0440323;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:38:39:24:25:0.390625:7:17:31:7:8:17:31:8 chr6 28542520 . C T 389.11 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00803044;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.214;QD=14.2793;RBI=0.00912786;REFB=-0.0116102;REVB=-0.00433933;RO=64;SAF=24;SAR=21;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801117;STB=0.545098;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0153387;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:64:45:45:0.412844:21:24:39:25:21:24:39:25 chr6 28601934 . A T 723.29 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0466353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.555;QD=59.0437;RBI=0.0473023;REFB=-0.0248526;REVB=0.00791599;RO=2;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324133;STB=0.517234;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0031172;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:28:19:0:2:28:19:0:2 chr6 28616066 . T A 1171.63 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.763;QD=60.8641;RBI=0.0561214;REFB=0;REVB=0.0521767;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72631e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr6 28626098 . G A 885.88 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.728;QD=57.1533;RBI=0.0046001;REFB=0;REVB=0.000201028;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414075;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:57:62:1:31:26:0:0:36:26:0:0 chr6 28641689 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00517174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2569;QD=20.7377;RBI=0.0325258;REFB=-0.0181331;REVB=-0.032112;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0210225;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:8:8:9:9:8:8 chr6 28641694 . T G 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0174887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3673;QD=22.3402;RBI=0.0350658;REFB=0.0129637;REVB=-0.0303933;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556163;STB=0.531215;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00549259;OID=.;OPOS=28641694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:6:8:9:9:6:8 chr6 28663703 . G GA 70.83 PASS AF=0.375;AO=25;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.119999;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.62403;QD=3.54131;RBI=0.151986;REFB=-0.070239;REVB=-0.0932738;RO=50;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146803;STB=0.522148;STBP=0.779;TYPE=ins;VARB=0.0411743;OID=.;OPOS=28663704;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:25:81:30:80:50:19:11:30:20:70:50:17:8:28:22 chr6 28663716 . A G 1433.5 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4406;QD=63.011;RBI=0.0324921;REFB=0;REVB=-0.0155422;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013511;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chr6 28663754 . T C 1586.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8215;QD=64.1005;RBI=0.0262682;REFB=0;REVB=0.0236646;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99778e-05;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:42:56:0:0:42:57:0:0 chr6 28678357 . T C 771.33 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509065;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.087;QD=57.1352;RBI=0.00804413;REFB=0;REVB=-0.00622843;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08963e-05;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr6 28687469 . G A 106.47 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0889401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2257;QD=13.738;RBI=0.0913606;REFB=-0.015421;REVB=0.0208908;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250529;STB=0.533274;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0717315;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:31:31:16:16:9:11:0.354839:3:6:11:5:4:7:11:5 chr6 28687542 . T C 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.363;QD=61.3217;RBI=0.0189066;REFB=0;REVB=-0.0139976;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146918;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr6 28697086 . C T 463.42 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.00407437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7611;QD=14.9491;RBI=0.0529893;REFB=-0.00587228;REVB=-0.0528325;RO=71;SAF=28;SAR=24;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404942;STB=0.526306;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00858231;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:72:52:52:0.419355:24:28:41:30:24:28:42:30 chr6 28703244 . T C 1208.69 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.704;QD=61.1993;RBI=0.0259473;REFB=0;REVB=0.00931467;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22484e-05;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:42:37:0:0 chr6 28703281 . T C 899.58 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00827722;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.07;QD=55.3586;RBI=0.00834822;REFB=-0.160065;REVB=0.00108646;RO=2;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023186;STB=0.501228;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000504796;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:2:2:63:63:0.969231:34:29:1:1:34:29:1:1 chr6 28703286 . T C 168.42 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00533533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.692;QD=10.3646;RBI=0.0179629;REFB=-0.0153569;REVB=-0.0171523;RO=40;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12754;STB=0.599908;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0294541;OID=.;OPOS=28703286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:43:22:22:0.338462:14:8:19:21:14:8:22:21 chr6 28715510 . G T 487.86 PASS AF=0.428571;AO=53;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00231433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.426;QD=15.4876;RBI=0.00280897;REFB=-0.00181944;REVB=-0.0015919;RO=72;SAF=33;SAR=20;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.576242;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00312547;OID=.;OPOS=28715510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:53:54:0.428571:20:33:36:36:20:34:36:36 chr6 28715604 . G C 2140.47 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1089;QD=62.955;RBI=0.0315365;REFB=0;REVB=0.0167791;RO=0;SAF=75;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24143e-05;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:61:75:0:0:61:75:0:0 chr6 28758510 . G A 320.22 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.054768;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.476;QD=24.6321;RBI=0.0570415;REFB=-0.0158731;REVB=0.0159437;RO=10;SAF=0;SAR=20;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.833318;STB=0.553806;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0186793;OID=.;OPOS=28758510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:53:52:10:13:20:28:0.538462:20:0:2:8:21:7:5:8 chr6 28758580 . TTTG T 147.45 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=86;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0103327;FXX=0.0333296;HRUN=3;LEN=3;MLLD=257.973;QD=6.77908;RBI=0.0140477;REFB=-0.00619218;REVB=0.00951695;RO=47;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35106;STB=0.722929;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0146429;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:27:86:29:87:58:20:9:20:38:99:47:18:9:16:31 chr6 28763737 . G A 331.28 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00597417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4777;QD=18.6635;RBI=0.0192161;REFB=0.0331873;REVB=-0.0182639;RO=36;SAF=29;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183438;STB=0.603362;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.017391;OID=.;OPOS=28763737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:6:29:25:11:6:29:25:11 chr6 28763818 . A G 254.26 PASS AF=0.439394;AO=26;DP=63;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0892561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.986;QD=15.41;RBI=0.0893643;REFB=-0.00422618;REVB=-0.00439569;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036434;STB=0.526757;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00494357;OID=.;OPOS=28763818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:36:37:26:29:0.439394:8:18:26:10:9:20:27:10 chr6 28770596 . A AC,C 1095.66 PASS AF=1,0;AO=67,4;DP=80;FAO=78,0;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208184,0.0428015;FXX=0.0126566;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.8341,8.30523;QD=56.1874;RBI=0.244447,0.0804254;REFB=0,0;REVB=-0.128117,-0.0680902;RO=9;SAF=46,4;SAR=21,0;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0535267,0.622057;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00405387,-0.0653697;OID=.,.;OPOS=28770597,28770596;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:9:0:67,4:78,0:1,0:21,0:46,4:8:1:21,0:57,0:0:0 chr6 28775664 . C T 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00789338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.378;QD=19.5835;RBI=0.020645;REFB=-0.0106896;REVB=0.0190764;RO=49;SAF=20;SAR=26;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447289;STB=0.524825;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0119137;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:26:20:19:30:26:20:19:30 chr6 28779933 . G A 355.12 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0197348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.349;QD=18.9397;RBI=0.0226005;REFB=-0.0132986;REVB=-0.0110144;RO=35;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196512;STB=0.599519;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0299896;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:38:37:37:0.493333:20:17:24:11:20:17:25:13 chr6 28785085 . C T 717.99 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.066898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1486;QD=53.1847;RBI=0.0670191;REFB=-0.0662669;REVB=-0.00402666;RO=1;SAF=34;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136506;STB=0.506847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00511772;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:51:53:0.981481:17:34:1:0:17:36:1:0 chr6 28791134 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.661;QD=56.9569;RBI=0.0350967;REFB=0;REVB=0.0276199;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129315;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr6 28791150 . A C 126.93 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=62;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0113558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7021;QD=8.05932;RBI=0.0132526;REFB=-0.000364745;REVB=-0.00683207;RO=44;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18519;STB=0.594302;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.000249601;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:45:17:18:0.285714:7:10:19:25:8:10:19:26 chr6 28806218 . G A 541.89 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9934;QD=55.5786;RBI=0.137191;REFB=-0.164902;REVB=0.13675;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00572095;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:37:38:0.974359:14:23:0:1:15:23:0:1 chr6 28806304 . G C 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.010321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.52;QD=15.4185;RBI=0.0103487;REFB=-0.00575017;REVB=0.00075655;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823234;STB=0.546605;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00652453;OID=.;OPOS=28806304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:18:11:17:20:18:11:17:20 chr6 28849157 . T C 978.6 PASS AF=0.546512;AO=94;DP=173;FAO=94;FDP=172;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=22;FWDB=-0.006817;FXX=0.0114936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1472;QD=22.7582;RBI=0.0967987;REFB=-0.00888785;REVB=-0.0965583;RO=75;SAF=46;SAR=48;SRF=55;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198458;STB=0.603232;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0122222;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:75:78:94:94:0.546512:48:46:55:20:48:46:56:22 chr6 28908928 . T C 456.63 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0115206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4801;QD=16.757;RBI=0.0149775;REFB=-0.00640818;REVB=-0.00957094;RO=58;SAF=20;SAR=30;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211322;STB=0.62177;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00755557;OID=.;OPOS=28908928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:50:50:0.458716:30:20:36:22:30:20:37:22 chr6 28911802 . G A 1101.85 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0640729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7082;QD=58.7655;RBI=0.0741354;REFB=-0.0801979;REVB=0.0372924;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00594191;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:33:41:0:0:33:41:1:0 chr6 28912076 . C T 367.71 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0061733;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.849;QD=13.746;RBI=0.0147365;REFB=-0.0124762;REVB=0.0133811;RO=62;SAF=19;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945768;STB=0.562715;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0190216;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:62:64:43:43:0.401869:24:19:33:29:24:19:35:29 chr6 28918795 . T C 401.87 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0278333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8153;QD=14.7474;RBI=0.0326202;REFB=-0.0145169;REVB=0.0170114;RO=63;SAF=24;SAR=22;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134115;STB=0.575189;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0273745;OID=.;OPOS=28918795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:22:24:41:22:22:24:41:22 chr6 28918868 . C T 546.79 PASS AF=0.427536;AO=58;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0229953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0582;QD=15.849;RBI=0.0394126;REFB=-0.0167598;REVB=-0.0320089;RO=80;SAF=39;SAR=19;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148562;STB=0.571105;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0168161;OID=.;OPOS=28918868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:80:79:58:59:0.427536:19:39:43:37:20:39:43:36 chr6 28945520 . G A 765.11 PASS AF=0.528169;AO=71;DP=143;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0179149;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7205;QD=21.5525;RBI=0.0242841;REFB=-0.0248161;REVB=0.0163943;RO=65;SAF=34;SAR=37;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384629;STB=0.514464;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.018379;OID=.;OPOS=28945520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:65:67:71:75:0.528169:37:34:34:31:37:38:36:31 chr6 28949529 . A G 483.3 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=0.0100288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.301;QD=17.5745;RBI=0.0111655;REFB=-0.00676263;REVB=0.00490833;RO=58;SAF=16;SAR=36;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560853;STB=0.531081;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00821773;OID=.;OPOS=28949529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:36:16:15:43:36:16:15:43 chr6 28949963 . A G 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00265361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.325;QD=12.5664;RBI=0.00285489;REFB=-0.0104664;REVB=0.00105297;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146678;STB=0.582719;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0118795;OID=.;OPOS=28949963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:40:25:25:0.384615:10:15:27:10:10:15:29:11 chr6 28949968 . C T 211.67 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0181136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7971;QD=12.2705;RBI=0.0201654;REFB=-0.0348003;REVB=0.00886231;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137982;STB=0.57889;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0408033;OID=.;OPOS=28949968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:11:15:30:13:11:15:30:13 chr6 28949974 . C G 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0033189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.369;QD=13.4957;RBI=0.0110994;REFB=-0.00510493;REVB=-0.0105916;RO=44;SAF=18;SAR=11;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969299;STB=0.555061;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00306414;OID=.;OPOS=28949974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:11:18:31:13:11:18:31:13 chr6 28963248 . T G 3507.99 PASS AF=0.991189;AO=225;DP=229;FAO=225;FDP=227;FR=.;FRO=2;FSAF=149;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00778703;FXX=0.00873324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.729;QD=61.8148;RBI=0.0276399;REFB=0.0022804;REVB=0.0265203;RO=2;SAF=149;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123721;STB=0.506493;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=2.57952e-05;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:229:227:2:2:225:225:0.991189:76:149:0:2:76:149:0:2 chr6 29012250 . G A 579.3 PASS AF=0.415094;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0190965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3056;QD=14.5735;RBI=0.0381118;REFB=0.0167613;REVB=0.0329823;RO=91;SAF=39;SAR=27;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439295;STB=0.531843;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.023144;OID=.;OPOS=29012250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:91:93:66:66:0.415094:27:39:50:41:27:39:50:43 chr6 29012541 . G C 564.99 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.000309893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.936;QD=15.1676;RBI=0.00346179;REFB=-0.00680936;REVB=-0.00344789;RO=88;SAF=28;SAR=33;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312307;STB=0.517556;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00979326;OID=.;OPOS=29012541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:88:88:61:61:0.409396:33:28:43:45:33:28:43:45 chr6 29068759 . C A 2665.2 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489423;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8891;QD=62.3439;RBI=0.0497215;REFB=0;REVB=-0.00876788;RO=0;SAF=96;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436727;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:170:171:1:74:96:0:0:74:97:0:0 chr6 29069337 . A T 4660.35 PASS AF=1;AO=267;DP=267;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.045;QD=63.6225;RBI=0.0557163;REFB=0;REVB=0.055648;RO=0;SAF=169;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20389e-05;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:267:293:0:0:267:293:1:98:169:0:0:120:173:0:0 chr6 29080344 . G A 3552.67 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000958203;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9004;QD=62.6021;RBI=0.0146199;REFB=0.06211;REVB=0.0145885;RO=1;SAF=134;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00515134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82688e-05;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:227:1:0:226:227:1:92:134:0:1:92:135:0:0 chr6 29080349 . A G 3609.88 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.464;QD=63.0547;RBI=0.0169609;REFB=0;REVB=0.0158551;RO=0;SAF=135;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77067e-06;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:229:0:0:227:229:1:92:135:0:0:94:135:0:0 chr6 29080450 . G A 2858.67 PASS AF=0.989247;AO=184;DP=186;FAO=184;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8319;QD=61.4768;RBI=0.0138331;REFB=-0.0242623;REVB=0.0037546;RO=2;SAF=107;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00881564;STB=0.504629;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000291949;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:186:2:2:184:184:0.989247:77:107:2:0:77:107:2:0 chr6 29080552 . C G 780.58 PASS AF=0.544118;AO=73;DP=136;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0410429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0749;QD=22.9583;RBI=0.0470308;REFB=-0.0135248;REVB=-0.0229648;RO=62;SAF=47;SAR=26;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986683;STB=0.556242;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0117792;OID=.;OPOS=29080552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:62:62:73:74:0.544118:26:47:33:29:26:48:33:29 chr6 29141743 . A G 3646.31 PASS AF=0.991597;AO=233;DP=237;FAO=236;FDP=238;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=144;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0623578;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8463;QD=61.2824;RBI=0.0640017;REFB=-0.00560902;REVB=0.0144129;RO=3;SAF=89;SAR=144;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157892;STB=0.500973;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000479819;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:237:238:3:2:233:236:0.991597:144:89:3:0:144:92:1:1 chr6 29141772 . A G 3492.14 PASS AF=1;AO=222;DP=225;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446509;FXX=0.0176983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.934;QD=62.9215;RBI=0.0457376;REFB=0;REVB=0.00991082;RO=0;SAF=92;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034422;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:222:0:0:222:222:1:130:92:0:0:130:92:0:0 chr6 29323259 . G A 802.09 PASS AF=0.982759;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.068;QD=55.3163;RBI=0.0864099;REFB=-0.129198;REVB=0.0852283;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254518;STB=0.511107;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00106978;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:58:1:1:53:57:0.982759:18:35:0:1:22:35:0:1 chr6 29323905 . A C 173.81 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0652152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4674;QD=12.8751;RBI=0.110366;REFB=0.00377128;REVB=0.0890367;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731997;STB=0.542213;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00222538;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:10:11:15:18:10:11:15:18 chr6 29342630 . C T 330.48 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0169711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.859;QD=15.9267;RBI=0.0171997;REFB=-0.016036;REVB=0.00279501;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688709;STB=0.538751;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.015236;OID=.;OPOS=29342630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:17:19:28:19:17:19:28:19 chr6 29342825 . G A 675.56 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=142;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0133186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.096;QD=18.8969;RBI=0.0134688;REFB=-0.0136721;REVB=-0.00200552;RO=74;SAF=46;SAR=22;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849267;STB=0.535343;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.013252;OID=.;OPOS=29342825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:74:75:68:68:0.475524:22:46:44:30:23:45:45:30 chr6 29364787 . C T 2259.3 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2766;QD=61.8987;RBI=0.06305;REFB=-0.151752;REVB=0.0112379;RO=2;SAF=81;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269328;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:145:146:2:0:143:146:1:62:81:2:0:62:84:0:0 chr6 29385237 . T C 2397.63 PASS AF=0.937143;AO=165;DP=175;FAO=164;FDP=175;FR=.;FRO=11;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0552607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1775;QD=54.803;RBI=0.0570955;REFB=-0.0345255;REVB=0.0143579;RO=4;SAF=73;SAR=92;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140078;STB=0.529772;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00555731;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:175:175:4:11:165:164:0.937143:92:73:3:1:92:72:10:1 chr6 29523676 . C G 1038.9 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024718;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2189;QD=58.5297;RBI=0.0852681;REFB=-0.112671;REVB=-0.0816068;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000524185;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:71:0:1:70:70:0.985915:31:39:0:0:31:39:1:0 chr6 29523952 . A G 3450.06 PASS AF=0.986784;AO=224;DP=227;FAO=224;FDP=227;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0139218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7371;QD=60.7941;RBI=0.0530219;REFB=-0.160665;REVB=0.0511616;RO=1;SAF=107;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405539;STB=0.506329;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000709452;OID=.;OPOS=29523952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:227:227:1:3:224:224:0.986784:117:107:0:1:117:107:0:3 chr6 29555778 . A G 2512.37 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4488;QD=61.2773;RBI=0.00828193;REFB=0;REVB=-0.00083596;RO=0;SAF=90;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49904e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166952;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:164:0:0:157:164:1:67:90:0:0:69:95:0:0 chr6 29555809 . C T 2678.93 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1487;QD=61.5846;RBI=0.0611295;REFB=-0.0524671;REVB=0.04514;RO=1;SAF=105;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451192;STB=0.502369;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00166433;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:1:1:173:173:0.994253:68:105:1:0:68:105:1:0 chr6 29596948 . A AC 34.47 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0242062;FXX=0.0120467;HRUN=0;LEN=1;MLLD=88.1486;QD=1.68126;RBI=0.0588134;REFB=-0.00632525;REVB=-0.0536011;RO=70;SAF=10;SAR=3;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362644;STB=0.751049;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.191102;OID=.;OPOS=29596949;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.158537:13:84:13:82:69:10:3:33:36:34:70:10:3:34:36 chr6 29625001 . A G 817.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9824;QD=57.3731;RBI=0.0146363;REFB=0;REVB=-0.0122518;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61467e-05;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr6 29634012 . A G 1756.88 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000693384;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.481;QD=61.109;RBI=0.005109;REFB=0;REVB=0.00506173;RO=0;SAF=72;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19667e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:115:115:1:43:72:0:0:43:72:0:0 chr6 29691857 . C G 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0511883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.836;QD=9.09899;RBI=0.0569582;REFB=0.0124885;REVB=0.02498;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310768;STB=0.693228;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0265307;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:9:10:7:2:9:10 chr6 29692050 . C T 594.54 PASS AF=0.530973;AO=59;DP=112;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00327315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.379;QD=21.0457;RBI=0.00369307;REFB=-0.0216754;REVB=0.00171035;RO=52;SAF=31;SAR=28;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529031;STB=0.502369;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.018255;OID=.;OPOS=29692050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:52:53:59:60:0.530973:28:31:27:25:28:32:28:25 chr6 29693011 . C T 688.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5375;QD=62.5803;RBI=0.06239;REFB=0;REVB=0.0577746;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486767;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr6 29693765 . C G 689.36 PASS AF=0.469799;AO=69;DP=148;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=0.0394159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.943;QD=18.5062;RBI=0.0400539;REFB=-0.0149958;REVB=-0.00712054;RO=78;SAF=44;SAR=25;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439472;STB=0.531711;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0118705;OID=.;OPOS=29693765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:78:79:69:70:0.469799:25:44:53:25:26:44:54:25 chr6 29695854 . G A 489.8 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0389637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4163;QD=19.592;RBI=0.0535651;REFB=0.0232889;REVB=0.0367566;RO=52;SAF=25;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195067;STB=0.510838;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0232264;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:23:25:26:26:23:25:26:26 chr6 29759517 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00623416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.784;QD=20.563;RBI=0.00988862;REFB=-0.00474829;REVB=0.00767595;RO=25;SAF=24;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914167;STB=0.551111;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00401667;OID=.;OPOS=29759517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:5:24:19:6:5:24:19:6 chr6 29759811 . C G 128.01 PASS AF=0.302326;AO=10;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0456383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.232;QD=11.908;RBI=0.0468446;REFB=-0.0395006;REVB=0.0105623;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526482;STB=0.787952;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0654737;OID=.;OPOS=29759811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:23:10:13:0.302326:7:3:15:3:10:3:16:7 chr6 29759823 . TT CC 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0136098;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=210.387;QD=10.1573;RBI=0.0136195;REFB=-0.00340084;REVB=0.000515845;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35775;STB=0.727874;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=0.00696528;OID=.;OPOS=29759823;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:11:3:15:15:11:3:16:15 chr6 29759876 . G A 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0262534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.75;QD=13.8486;RBI=0.0278271;REFB=-0.00983443;REVB=-0.00922535;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407139;STB=0.523779;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0212381;OID=.;OPOS=29759876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:7:18:12:4:7:18 chr6 29759885 . G A 129.18 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0282394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6933;QD=13.5975;RBI=0.028633;REFB=-0.0400732;REVB=-0.00473139;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212967;STB=0.504499;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0365806;OID=.;OPOS=29759885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:20:23:15:15:0.394737:11:4:5:15:11:4:6:17 chr6 29759923 . T C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0169836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.581;QD=19.849;RBI=0.0242752;REFB=0.0360802;REVB=-0.0173448;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238067;STB=0.513496;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0321541;OID=.;OPOS=29759923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:4:9:10:5:4:9 chr6 29759996 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0244586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.195;QD=22.5806;RBI=0.0473979;REFB=0.0168393;REVB=-0.0405997;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139548;STB=0.578819;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0182267;OID=.;OPOS=29759996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:5:2:6:6:5:2 chr6 29760352 . CGCGGGCGCCGTGGATGGAGCA C 51.5 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00307967;FXX=0.199933;HRUN=1;LEN=21;MLLD=392.653;QD=8.58319;RBI=0.0356452;REFB=-0.0176074;REVB=-0.0355119;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20937;STB=0.809831;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=0.0464359;OID=.;OPOS=29760353;OREF=GCGGGCGCCGTGGATGGAGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:7:29:7:24:17:6:1:8:9:51:11:6:1:8:3 chr6 29764938 . TT CA 82.49 PASS AF=0.145299;AO=17;DP=117;FAO=17;FDP=117;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.004116;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=214.832;QD=2.82033;RBI=0.00489805;REFB=-0.00251048;REVB=0.00265508;RO=100;SAF=6;SAR=11;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23374;STB=0.658498;STBP=0.17;TYPE=mnp;VARB=0.019274;OID=.;OPOS=29764938;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:117:117:100:100:17:17:0.145299:11:6:54:46:11:6:54:46 chr6 29764955 . A T 97.73 PASS AF=0.148148;AO=20;DP=135;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=52;FWDB=-0.0133417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.867;QD=2.89565;RBI=0.0356131;REFB=-0.00295673;REVB=-0.0330196;RO=114;SAF=8;SAR=12;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180836;STB=0.624511;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0233748;OID=.;OPOS=29764955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:135:135:114:115:20:20:0.148148:12:8:62:52:12:8:63:52 chr6 29764971 . A G 110.34 PASS AF=0.150685;AO=22;DP=146;FAO=22;FDP=146;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=0.0243976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2053;QD=3.02298;RBI=0.0278679;REFB=0.000685585;REVB=0.0134677;RO=124;SAF=10;SAR=12;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108514;STB=0.572425;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00176007;OID=.;OPOS=29764971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:124:124:22:22:0.150685:12:10:67:57:12:10:67:57 chr6 29764995 . TC GA 101.72 PASS AF=0.142857;AO=21;DP=147;FAO=21;FDP=147;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.0184507;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=204.276;QD=2.76794;RBI=0.0425225;REFB=-0.00441329;REVB=0.038311;RO=125;SAF=8;SAR=13;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204674;STB=0.641123;STBP=0.193;TYPE=mnp;VARB=0.0315706;OID=.;OPOS=29764995;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:125:126:21:21:0.142857:13:8:68:57:13:8:69:57 chr6 29765001 . G A 570.92 PASS AF=0.424658;AO=60;DP=143;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0132979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2264;QD=15.6416;RBI=0.0542144;REFB=-0.0236938;REVB=0.0525582;RO=83;SAF=31;SAR=29;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011019;STB=0.502432;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0266715;OID=.;OPOS=29765001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:83:84:60:62:0.424658:29:31:42:41:30:32:43:41 chr6 29794860 . C T 1358.59 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9371;QD=62.4637;RBI=0.0152221;REFB=0;REVB=0.000986977;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93856e-05;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:47:40:0:0 chr6 29795636 . G A 1351.74 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304543;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3894;QD=61.4427;RBI=0.0689189;REFB=0;REVB=0.0618251;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128469;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:42:43:0:0:42:46:0:0 chr6 29795657 . G A 1153.98 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2553;QD=60.736;RBI=0.091731;REFB=0;REVB=0.0309092;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539819;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:39:37:0:0 chr6 29795993 . G A 584.75 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0106539;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.72;QD=49.7658;RBI=0.0262848;REFB=-0.0814405;REVB=0.0240288;RO=2;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010638;STB=0.519741;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00753637;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:47:47:2:6:41:41:0.87234:21:20:1:1:21:20:2:4 chr6 29796327 . C T 277.39 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.0194449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.442;QD=18.4928;RBI=0.0207649;REFB=-0.0123005;REVB=-0.00728556;RO=30;SAF=23;SAR=7;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136485;STB=0.575458;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0110656;OID=.;OPOS=29796327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:7:23:26:4:7:23:26:4 chr6 29796369 . A T 336.74 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0157102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.653;QD=14.8019;RBI=0.0629304;REFB=0.00156261;REVB=-0.0609379;RO=51;SAF=25;SAR=12;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550796;STB=0.542383;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00395917;OID=.;OPOS=29796369;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:51:54:37:37:0.406593:12:25:32:19:12:25:33:21 chr6 29797280 . G A 292.03 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0346296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.347;QD=21.6321;RBI=0.0470782;REFB=-0.0157665;REVB=-0.0318928;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370303;STB=0.520534;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00987105;OID=.;OPOS=29797280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:10:20:15:9:10:20:15:9 chr6 29797639 . C T 469.24 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=0.00147467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.631;QD=18.5837;RBI=0.0276905;REFB=0.00504766;REVB=0.0276512;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259727;STB=0.643033;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00506275;OID=.;OPOS=29797639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:25:24:40:12:25:24:40:12 chr6 29797696 . A G 1377.71 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0616394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3774;QD=60.5589;RBI=0.0642326;REFB=-0.120799;REVB=-0.0180667;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145771;STB=0.507245;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00399989;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:88:90:0.989011:32:56:0:1:34:56:0:1 chr6 29798140 . A G 535.91 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.000892295;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.748;QD=22.5646;RBI=0.00549602;REFB=-0.0160671;REVB=-0.0054231;RO=40;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566243;STB=0.525242;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0124032;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:40:45:50:50:0.526316:26:24:22:18:26:24:24:21 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 1011.6 PASS AF=0.472222,0.208333,0.319444;AO=27,14,21;DP=76;FAO=34,15,23;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=15,9,8;FSAR=19,6,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071754,0.0270896,-0.084757;FXX=0.0999875;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=210.668,72.5607,174.767;QD=56.2;RBI=0.00757179,0.027148,0.0848799;REFB=0,0,0;REVB=0.00241776,-0.00177974,-0.00456658;RO=0;SAF=8,11,6;SAR=19,3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.06954e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0107797,0.0192386,0.00433079;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.472222,0.208333,0.319444:27,14,21:76:34,15,23:72:0:15,9,8:19,6,15:0:0:99:0:8,11,6:19,3,15:0:0 chr6 29855901 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0054847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.583;QD=6.57359;RBI=0.00616208;REFB=-0.00891608;REVB=0.00280879;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187526;STB=0.590616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0291792;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:3:3:10:5:3:3:10:6 chr6 29855940 . G A 36.8 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0356848;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9675;QD=5.88778;RBI=0.0776491;REFB=-0.00534848;REVB=0.0689636;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0165099;OID=.;OPOS=29855940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:19:19:6:6:0.24:3:3:10:9:3:3:10:9 chr6 29855945 . A G 32.09 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0313459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.048;QD=4.93716;RBI=0.040515;REFB=-0.00828304;REVB=-0.0256691;RO=20;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591769;STB=0.538334;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0385696;OID=.;OPOS=29855945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:25:26:20:20:5:6:0.230769:2:3:11:9:3:3:11:9 chr6 29856347 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.951;QD=58.9627;RBI=0.0311569;REFB=0;REVB=0.0223781;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0465e-05;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr6 29856633 . T C 405.41 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0298983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4281;QD=15.1555;RBI=0.0327372;REFB=0.00517139;REVB=-0.0133348;RO=61;SAF=28;SAR=18;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196376;STB=0.511031;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00730589;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:18:28:36:25:18:28:36:25 chr6 29856655 . G C 670.11 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00173972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.475;QD=23.1073;RBI=0.0248041;REFB=-0.00283916;REVB=-0.024743;RO=51;SAF=36;SAR=29;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044181;STB=0.524136;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00223128;OID=.;OPOS=29856655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:29:36:31:20:29:36:31:20 chr6 29856718 . G C 661.96 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0147014;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1457;QD=18.3878;RBI=0.0398306;REFB=0.00664519;REVB=0.0370182;RO=77;SAF=34;SAR=33;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000934069;STB=0.500518;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00810747;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:77:77:67:67:0.465278:33:34:39:38:33:34:39:38 chr6 29910336 . C G 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0697268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.923;QD=3.55359;RBI=0.0941917;REFB=0.00230971;REVB=-0.0633266;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375939;STB=0.752186;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0130204;OID=.;OPOS=29910336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:46:49:9:9:0.155172:6:3:30:16:6:3:32:17 chr6 29910337 . G A 134.61 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00581044;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.927;QD=9.44627;RBI=0.00759852;REFB=-0.011631;REVB=0.00489656;RO=38;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304877;STB=0.687274;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0362896;OID=.;OPOS=29910337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:17:18:0.315789:4:13:20:18:4:14:21:18 chr6 29910340 . A G 51.36 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00983804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.631;QD=3.54209;RBI=0.0132122;REFB=-0.0168435;REVB=-0.00881904;RO=49;SAF=3;SAR=6;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376576;STB=0.752186;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0454329;OID=.;OPOS=29910340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:6:3:32:17:6:3:32:17 chr6 29910358 . C G 134.13 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0130385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2646;QD=9.4123;RBI=0.0317352;REFB=-0.0397597;REVB=0.0289331;RO=38;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348817;STB=0.702813;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0575309;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:4:14:19:19:4:14:20:19 chr6 29910371 . C T 241.23 PASS AF=0.509804;AO=23;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.116634;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8076;QD=18.9203;RBI=0.123535;REFB=-0.0341795;REVB=0.0407114;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330015;STB=0.511619;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0481959;OID=.;OPOS=29910371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:25:23:26:0.509804:9:14:12:9:11:15:15:10 chr6 29910698 . G A 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00149696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.567;QD=23.9649;RBI=0.0178695;REFB=-0.0256414;REVB=-0.0178067;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369764;STB=0.52059;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0190736;OID=.;OPOS=29910698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:13:10:7:11:13:10:7:11 chr6 29910703 . G T 244.18 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0171671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.404;QD=23.2552;RBI=0.017373;REFB=-0.00794489;REVB=-0.00266659;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551678;STB=0.530759;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0134123;OID=.;OPOS=29910703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:7:12:13:10:7:12 chr6 29910717 . A G 61.31 PASS AF=0.264706;AO=19;DP=44;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00853859;FXX=0.227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.514;QD=7.21245;RBI=0.013032;REFB=-0.0138753;REVB=-0.00984502;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332383;STB=0.777161;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0768317;OID=.;OPOS=29910717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:44:34:25:25:19:9:0.264706:12:7:10:15:2:7:10:15 chr6 29910721 . G C 167.0 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0179264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.556;QD=15.182;RBI=0.0186849;REFB=-0.0210576;REVB=0.00526982;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460525;STB=0.502657;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0342359;OID=.;OPOS=29910721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:10:16:11:7:10:16 chr6 29910730 . T A 167.79 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0392475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.478;QD=15.6079;RBI=0.0397297;REFB=-0.0153243;REVB=-0.00617102;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117513;STB=0.506768;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0419443;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:10:15:11:7:10:15 chr6 29910742 . G C 260.32 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0168779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3741;QD=24.7921;RBI=0.0204454;REFB=0.0175643;REVB=0.0115391;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642457;STB=0.512285;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00957978;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:18:23:24:0.571429:13:10:6:11:14:10:7:11 chr6 29910750 . C T 232.79 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00374062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.824;QD=23.8763;RBI=0.107496;REFB=0.00553177;REVB=0.107431;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259015;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00234544;OID=.;OPOS=29910750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:13:8:7:10:13:9:7:10 chr6 29910801 . C A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0234727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0041;QD=10.941;RBI=0.0472268;REFB=-0.0212108;REVB=0.0409806;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155624;STB=0.592857;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0216104;OID=.;OPOS=29910801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:8:12:5:6:8:12 chr6 29911063 . TA GG,TG 694.44 PASS AF=0.478261,0.521739;AO=22,24;DP=46;FAO=22,24;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16,15;FSAR=6,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311012,0.00464385;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=67.8835,105.796;QD=60.3859;RBI=0.075804,0.0955186;REFB=0,0;REVB=-0.06913,-0.0954056;RO=0;SAF=16,15;SAR=6,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.17051e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00418886,0.0235788;OID=.,.;OPOS=29911063,29911064;OREF=TA,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:46:46:0:0:22,24:22,24:0.478261,0.521739:6,9:16,15:0:0:6,9:16,15:0:0 chr6 29911086 . T C 125.75 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0270323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.487;QD=9.67308;RBI=0.041474;REFB=-0.0208733;REVB=-0.0314539;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646991;STB=0.53444;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0540755;OID=.;OPOS=29911086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:36:16:16:0.307692:7:9:21:13:7:9:22:14 chr6 29911114 . G A 536.4 PASS AF=0.754098;AO=46;DP=61;FAO=46;FDP=61;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0553749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.641;QD=35.174;RBI=0.0633516;REFB=-0.0319566;REVB=0.0307742;RO=15;SAF=21;SAR=25;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351976;STB=0.518961;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0100228;OID=.;OPOS=29911114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:15:15:46:46:0.754098:25:21:8:7:25:21:8:7 chr6 29911124 . C T 118.56 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0638463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7846;QD=7.90383;RBI=0.0639203;REFB=-0.00963869;REVB=0.00307553;RO=42;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150345;STB=0.59988;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0288628;OID=.;OPOS=29911124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:11:6:20:22:11:6:21:22 chr6 29911149 . C T 266.42 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.066552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3172;QD=15.9056;RBI=0.074529;REFB=-0.0188086;REVB=0.0335471;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597474;STB=0.53372;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0336521;OID=.;OPOS=29911149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:18:12:17:20:18:12:17:20 chr6 29911203 . A C 897.66 PASS AF=0.984375;AO=60;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0223212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4495;QD=56.104;RBI=0.0263474;REFB=-0.1047;REVB=0.0139982;RO=2;SAF=22;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871088;STB=0.511108;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00200619;OID=.;OPOS=29911203;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:2:1:60:63:0.984375:38:22:1:1:41:22:1:0 chr6 29911218 . G A 146.54 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0173413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.929;QD=11.2724;RBI=0.0229007;REFB=-0.0180931;REVB=0.0149573;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324211;STB=0.692126;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0514213;OID=.;OPOS=29911218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:9:9:7:26:9:9:7:27 chr6 29911225 . A G 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0951288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.812;QD=19.2736;RBI=0.0988632;REFB=-0.00952235;REVB=-0.0269153;RO=25;SAF=2;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508185;STB=0.790982;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0104888;OID=.;OPOS=29911225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:21:2:11:14:21:2:11:15 chr6 29911228 . A T 149.68 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00295949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7223;QD=12.2188;RBI=0.0156583;REFB=-0.0109589;REVB=0.0153761;RO=30;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324711;STB=0.730007;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0158523;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:32:17:17:0.346939:15:2:9:21:15:2:11:21 chr6 29911239 . TT CA,TG 249.82 PASS AF=0.133333,0.422222;AO=6,18;DP=45;FAO=6,19;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=2,8;FSAR=4,11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0279204,-0.0748884;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=99.1162,47.9898;QD=22.2066;RBI=0.0307481,0.0865859;REFB=0.0209764,0.0491281;REVB=-0.01288,-0.0434609;RO=20;SAF=2,7;SAR=4,11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.28283,0.250672;STB=0.676956,0.649139;STBP=0.443,0.116;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0598962,-0.0374389;OID=.,.;OPOS=29911239,29911240;OREF=TT,T;OALT=CA,G;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:20:20:6,18:6,19:0.133333,0.422222:4,11:2,7:3:17:4,11:2,8:3:17 chr6 29911256 . T G 556.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.582;QD=60.145;RBI=0.0294353;REFB=0;REVB=0.0290363;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75005e-05;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr6 29911260 . AC GA 31.1 PASS AF=0.111111;AO=4;DP=36;FAO=4;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00185036;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.701;QD=3.456;RBI=0.0389147;REFB=-0.00264733;REVB=-0.0388707;RO=30;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110283;STB=0.588813;STBP=0.776;TYPE=mnp;VARB=0.0189988;OID=.;OPOS=29911260;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:36:36:30:30:4:4:0.111111:3:1:10:20:3:1:10:20 chr6 29911296 . G A 50.09 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00746648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.286;QD=4.65943;RBI=0.00754282;REFB=-0.00518166;REVB=-0.00107041;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239671;STB=0.656759;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.02503;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:33:35:8:8:0.186047:3:5:14:19:3:5:15:20 chr6 29911306 . C T 80.61 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00502623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.991;QD=7.67736;RBI=0.0250723;REFB=-0.00955823;REVB=-0.0245633;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279152;STB=0.657837;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0304344;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:42:28:31:11:11:0.261905:4:7:11:17:4:7:13:18 chr6 29911319 . G T 126.72 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0174811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.039;QD=11.2643;RBI=0.017682;REFB=-0.0149247;REVB=0.00265753;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13133;STB=0.567477;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0486259;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:15:15:0.333333:6:9:14:15:6:9:15:15 chr6 29911925 . C T 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00363992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.646;QD=15.8372;RBI=0.0475586;REFB=-0.0118408;REVB=0.0474191;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363249;STB=0.705493;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00372877;OID=.;OPOS=29911925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:7:0:3:5:7:0 chr6 29912087 . G T 51.42 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0117538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.593;QD=18.6969;RBI=0.0327383;REFB=-0.0257195;REVB=-0.0305556;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0375918;OID=.;OPOS=29912087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:2:2:4:3:2:2 chr6 29912108 . G C 122.31 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00210414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7904;QD=17.4729;RBI=0.028449;REFB=-0.0414441;REVB=0.028371;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190444;STB=0.609216;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0755603;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:8:6:9:5:8:6 chr6 29912149 . G C 44.43 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00672319;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.874;QD=4.55646;RBI=0.0235737;REFB=-0.0050688;REVB=-0.0225947;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581892;STB=0.507441;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0217578;OID=.;OPOS=29912149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:39:39:30:32:7:7:0.179487:4:3:13:17:4:3:14:18 chr6 29912280 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.195;QD=51.1844;RBI=0.0217904;REFB=0;REVB=0.0133426;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02578e-05;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr6 29912315 . A C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0302247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.527;QD=16.4266;RBI=0.0331883;REFB=-0.0348003;REVB=-0.0137088;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232793;STB=0.633914;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0153313;OID=.;OPOS=29912315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:8:3:6:5:8:3 chr6 29912326 . G A 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000601097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.525;QD=12.7837;RBI=0.00756535;REFB=-0.00851854;REVB=0.00754143;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198747;STB=0.58316;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0117004;OID=.;OPOS=29912326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:12:14:10:10:0.416667:3:7:6:6:3:7:8:6 chr6 29912333 . C T 323.17 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2603;QD=53.8611;RBI=0.0166808;REFB=0;REVB=0.00465285;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027823;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr6 29912345 . A T 87.91 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0264063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.21;QD=14.0663;RBI=0.0559366;REFB=-0.0291781;REVB=-0.0493114;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341696;STB=0.716372;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0507661;OID=.;OPOS=29912345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:14:14:10:11:0.44:2:8:7:7:2:9:7:7 chr6 29912348 . A G 322.94 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7857;QD=53.8236;RBI=0.0208294;REFB=0;REVB=-0.0160786;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69482e-05;OID=.;OPOS=29912348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr6 29912368 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.627;QD=54.5174;RBI=0.0504066;REFB=0;REVB=0.00622948;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329283;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr6 29912373 . T G 99.52 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0100434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.105;QD=15.9232;RBI=0.0401014;REFB=-0.0127314;REVB=-0.0388234;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271519;STB=0.660072;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0163841;OID=.;OPOS=29912373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:8:5:2:10:8:5 chr6 29912398 . A G,T 233.0 PASS AF=0.473684,0.526316;AO=9,10;DP=19;FAO=9,10;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6,10;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119554,0.0199929;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.527,115.778;QD=49.0526;RBI=0.0516875,0.0492408;REFB=0,0;REVB=0.0502858,0.0449993;RO=0;SAF=6,10;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0206576,0.00297442;OID=.,.;OPOS=29912398,29912398;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:19:19:0:0:9,10:9,10:0.473684,0.526316:3,0:6,10:0:0:3,0:6,10:0:0 chr6 29912405 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0286066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.861;QD=9.76067;RBI=0.0479586;REFB=-0.113544;REVB=0.0384927;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28385;STB=0.68046;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0322162;OID=.;OPOS=29912405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:2:5:10:1:2:5:11:1 chr6 29912413 . TG T 202.71 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.8406;QD=47.6952;RBI=0.107539;REFB=0;REVB=-0.10374;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.361702;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0123961;OID=.;OPOS=29912414;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:15:2:0:0:4:0:15:2:0:0 chr6 29912830 . T C 1050.58 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.246;QD=59.1877;RBI=0.0477409;REFB=0;REVB=0.012904;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73266e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:23:47:0:0:23:48:0:0 chr6 29912852 . T C 789.62 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143755;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.564;QD=57.4266;RBI=0.0227968;REFB=0;REVB=0.0176928;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24224e-05;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:20:35:0:0 chr6 29912856 . A T 784.05 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0780712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1918;QD=55.021;RBI=0.0785949;REFB=-0.0841876;REVB=0.00905833;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00189964;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:21:35:0:0:21:35:1:0 chr6 29913001 . T C 582.3 PASS AF=0.765625;AO=48;DP=64;FAO=49;FDP=64;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000320441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2789;QD=36.3939;RBI=0.0843312;REFB=-0.0605249;REVB=0.0843306;RO=14;SAF=17;SAR=31;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654847;STB=0.540923;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.012798;OID=.;OPOS=29913001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:64:64:14:15:48:49:0.765625:31:17:7:7:31:18:8:7 chr6 29913020 . G T 118.95 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0111405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.658;QD=6.51757;RBI=0.0579584;REFB=-0.00665297;REVB=-0.0568777;RO=55;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275734;STB=0.667969;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0147286;OID=.;OPOS=29913020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:7:11:21:34:7:11:21:34 chr6 29913037 . G A 630.99 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=72;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.032996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.086;QD=35.0548;RBI=0.0403482;REFB=-0.0220273;REVB=0.0232215;RO=19;SAF=22;SAR=31;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814084;STB=0.543843;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00687336;OID=.;OPOS=29913037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:19:19:53:53:0.736111:31:22:11:8:31:22:11:8 chr6 29913042 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.351;QD=59.6795;RBI=0.0344972;REFB=0;REVB=0.0250434;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9172e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr6 29913067 . T C 1001.09 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172557;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3699;QD=57.2053;RBI=0.0398312;REFB=0.0945303;REVB=0.0358994;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000630971;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:67:69:0.985714:32:35:1:0:33:36:1:0 chr6 29913074 . A G 1007.55 PASS AF=1;AO=58;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.035;QD=58.4085;RBI=0.0104547;REFB=0;REVB=0.00541636;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507141;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:58:69:1:24:34:0:0:31:38:0:0 chr6 29913078 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.851;QD=59.3226;RBI=0.0203901;REFB=0;REVB=0.0202458;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03909e-05;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr6 29913266 . G T 1275.78 PASS AF=0.850877;AO=95;DP=112;FAO=97;FDP=114;FR=.;FRO=17;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0273623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.56;QD=44.7641;RBI=0.076296;REFB=-0.00123962;REVB=0.0712207;RO=16;SAF=47;SAR=48;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120185;STB=0.559151;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000423904;OID=.;OPOS=29913266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:112:114:16:17:95:97:0.850877:48:47:15:1:50:47:15:2 chr6 29913274 . T C 72.62 PASS AF=0.132231;AO=15;DP=122;FAO=16;FDP=121;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0138393;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.557;QD=2.40081;RBI=0.017292;REFB=-0.00488368;REVB=0.0103677;RO=103;SAF=14;SAR=1;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613857;STB=0.935975;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.054694;OID=.;OPOS=29913274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:122:121:103:105:15:16:0.132231:1:14:45:58:1:15:46:59 chr6 29913282 . C T 56.9 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=126;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.0373936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.215;QD=1.80638;RBI=0.0476408;REFB=-0.00268308;REVB=-0.029519;RO=112;SAF=12;SAR=2;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507856;STB=0.867913;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0229155;OID=.;OPOS=29913282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:126:126:112:112:14:14:0.111111:2:12:48:64:2:12:48:64 chr6 29913298 . A T 318.32 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0435067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.852;QD=10.1053;RBI=0.0529234;REFB=-0.00569161;REVB=-0.0301339;RO=84;SAF=20;SAR=21;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411895;STB=0.519572;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0141365;OID=.;OPOS=29913298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:84:85:41:41:0.325397:21:20:38:46:21:20:39:46 chr6 29913306 . C A 55.6 PASS AF=0.112;AO=13;DP=124;FAO=14;FDP=125;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=-0.0125419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.18;QD=1.77919;RBI=0.0175503;REFB=-0.00333982;REVB=-0.0122766;RO=105;SAF=12;SAR=1;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591302;STB=0.876916;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0501385;OID=.;OPOS=29913306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:124:125:105:111:13:14:0.112:1:12:44:61:2:12:45:66 chr6 29976099 . T C 176.36 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0390039;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.787;QD=19.5953;RBI=0.0513889;REFB=-0.0352791;REVB=0.0334592;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146151;STB=0.582731;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0226832;OID=.;OPOS=29976099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:18:18:18:0.5:10:8:11:7:10:8:11:7 chr6 29976114 . C A 143.4 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0265554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1173;QD=15.095;RBI=0.0948246;REFB=-0.0505365;REVB=0.0910303;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117353;STB=0.578851;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0744445;OID=.;OPOS=29976114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:8:8:13:8:8:8:14:8 chr6 29976838 . A G 1509.09 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2831;QD=63.5407;RBI=0.0154049;REFB=0;REVB=-0.00402179;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57352e-05;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:36:59:0:0:36:59:0:0 chr6 29976842 . T G 419.11 PASS AF=0.460784;AO=45;DP=99;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0246315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2845;QD=16.4355;RBI=0.0263711;REFB=-0.0354428;REVB=-0.0094194;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171387;STB=0.576956;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0422537;OID=.;OPOS=29976842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:54:55:45:47:0.460784:22:23:37:17:22:25:37:18 chr6 29977082 . T G 1406.24 PASS AF=0.574561;AO=127;DP=228;FAO=131;FDP=228;FR=.;FRO=97;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.000214499;FXX=0.00436662;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.685;QD=24.6708;RBI=0.00755186;REFB=-0.000218436;REVB=-0.00754882;RO=97;SAF=74;SAR=53;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128062;STB=0.50909;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000200335;OID=.;OPOS=29977082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:97:97:127:131:0.574561:53:74:55:42:54:77:55:42 chr6 29977145 . G C 1149.45 PASS AF=0.439286;AO=123;DP=280;FAO=123;FDP=280;FR=.;FRO=157;FSAF=81;FSAR=42;FSRF=97;FSRR=60;FWDB=0.00482801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.281;QD=16.4207;RBI=0.0169321;REFB=-0.00883322;REVB=0.0162292;RO=156;SAF=81;SAR=42;SRF=97;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405238;STB=0.524967;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0123111;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:156:157:123:123:0.439286:42:81:97:59:42:81:97:60 chr6 30003797 . A G 612.91 PASS AF=0.420732;AO=69;DP=164;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0190884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.209;QD=14.9489;RBI=0.02072;REFB=-0.00782688;REVB=-0.0080592;RO=93;SAF=37;SAR=32;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537897;STB=0.530152;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0112718;OID=.;OPOS=30003797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:93:95:69:69:0.420732:32:37:45:48:32:37:46:49 chr6 30024927 . C T 401.31 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.00079654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5398;QD=18.8853;RBI=0.0240494;REFB=-0.0130444;REVB=0.0240362;RO=44;SAF=36;SAR=5;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252062;STB=0.642775;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0270472;OID=.;OPOS=30024927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:5:36:32:12:5:36:32:12 chr6 30024979 . GCTT G 507.92 PASS AF=0.514563;AO=46;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00850745;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.434;QD=19.7249;RBI=0.0154267;REFB=-0.028899;REVB=-0.0128688;RO=48;SAF=33;SAR=13;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140971;STB=0.553154;STBP=0.299;TYPE=del;VARB=0.0261952;OID=.;OPOS=30024980;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514563:46:103:53:103:50:36:17:29:21:99:48:33:13:28:20 chr6 30025041 . G A 650.85 PASS AF=0.533333;AO=63;DP=119;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0125485;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1068;QD=21.695;RBI=0.0127677;REFB=-0.014113;REVB=0.00235549;RO=53;SAF=37;SAR=26;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128495;STB=0.577544;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0143202;OID=.;OPOS=30025041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:53:56:63:64:0.533333:26:37:23:30:26:38:24:32 chr6 30025179 . G A 508.17 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00679026;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.046;QD=14.8372;RBI=0.00757521;REFB=-0.00743673;REVB=0.003358;RO=74;SAF=25;SAR=31;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133752;STB=0.501187;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00902676;OID=.;OPOS=30025179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:74:81:56:56:0.408759:31:25:34:40:31:25:36:45 chr6 30025282 . G A 222.49 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=-0.016331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.005;QD=10.3483;RBI=0.0166506;REFB=-0.0108312;REVB=0.00324635;RO=58;SAF=6;SAR=22;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718717;STB=0.542222;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0217502;OID=.;OPOS=30025282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:22:6:15:43:22:6:15:43 chr6 30025285 . C T 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=-0.0159612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.142;QD=10.5058;RBI=0.0215001;REFB=-0.00591266;REVB=-0.0144047;RO=55;SAF=6;SAR=22;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363153;STB=0.546065;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00987738;OID=.;OPOS=30025285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:57:28:28:0.329412:22:6:13:42:22:6:15:42 chr6 30036471 . C A 260.33 PASS AF=0.3125;AO=36;DP=112;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0332219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1034;QD=9.29763;RBI=0.0407328;REFB=-0.000607316;REVB=-0.0235684;RO=74;SAF=15;SAR=21;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173929;STB=0.588782;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000925295;OID=.;OPOS=30036471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:77:36:35:0.3125:21:15:42:32:20:15:43:34 chr6 30038591 . G C 411.03 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=12;FWDB=0.024297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3024;QD=14.8119;RBI=0.0243603;REFB=-0.011942;REVB=0.00175588;RO=64;SAF=37;SAR=10;SRF=52;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397762;STB=0.522291;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0147128;OID=.;OPOS=30038591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:10:37:52:12:10:37:52:12 chr6 30038712 . C T 434.84 PASS AF=0.361702;AO=51;DP=140;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=18;FWDB=0.00227132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.647;QD=12.3358;RBI=0.0138578;REFB=-0.0175588;REVB=-0.0136704;RO=86;SAF=39;SAR=12;SRF=71;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996877;STB=0.532362;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0220071;OID=.;OPOS=30038712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:86:90:51:51:0.361702:12:39:71:15:12:39:72:18 chr6 30038830 . C G 532.34 PASS AF=0.335052;AO=65;DP=196;FAO=65;FDP=194;FR=.;FRO=129;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=-0.00670988;FXX=0.0102036;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.713;QD=10.976;RBI=0.022538;REFB=-0.00212919;REVB=-0.0215161;RO=129;SAF=34;SAR=31;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312298;STB=0.517925;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00363966;OID=.;OPOS=30038830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:129:129:65:65:0.335052:31:34:64:65:31:34:64:65 chr6 30038897 . C T 441.87 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0177867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.959;QD=13.3901;RBI=0.0181652;REFB=-0.00182533;REVB=0.00368921;RO=79;SAF=14;SAR=37;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292929;STB=0.674347;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0026866;OID=.;OPOS=30038897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:81:51:51:0.386364:37:14:42:37:37:14:44:37 chr6 30038905 . C G 387.72 PASS AF=0.373016;AO=46;DP=124;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.012628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.19;QD=12.3085;RBI=0.0377941;REFB=-0.00243155;REVB=-0.035622;RO=77;SAF=14;SAR=32;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312217;STB=0.674794;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00856523;OID=.;OPOS=30038905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:77:79:46:47:0.373016:32:14:45:32:33:14:45:34 chr6 30039240 . G T 301.49 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0212013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.74;QD=16.7492;RBI=0.0315678;REFB=-0.00928651;REVB=0.0233887;RO=38;SAF=25;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277977;STB=0.652075;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0111007;OID=.;OPOS=30039240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:8:25:19:19:8:25:20:19 chr6 30040969 . T A 350.11 PASS AF=0.364407;AO=40;DP=114;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.00842074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.989;QD=11.8682;RBI=0.0119062;REFB=-0.0107608;REVB=0.00841721;RO=73;SAF=22;SAR=18;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060424;STB=0.527129;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0198009;OID=.;OPOS=30040969;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:73:75:40:43:0.364407:18:22:44:29:19:24:45:30 chr6 30041009 . A G 546.0 PASS AF=0.42446;AO=58;DP=137;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.00939872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.379;QD=15.7123;RBI=0.0112889;REFB=-0.0176455;REVB=-0.00625325;RO=78;SAF=29;SAR=29;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656517;STB=0.538336;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0182709;OID=.;OPOS=30041009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:78:80:58:59:0.42446:29:29:44:34:29:30:46:34 chr6 30075843 . T C 1223.96 PASS AF=0.923077;AO=82;DP=91;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0162014;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=170.557;QD=53.8003;RBI=0.0162414;REFB=-0.0638425;REVB=0.00113949;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.535345;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000659458;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:91:91:0:7:82:84:0.923077:38:44:0:0:38:46:7:0 chr6 30075864 . A G 183.34 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0136004;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.943;QD=7.88558;RBI=0.0224544;REFB=-0.00807128;REVB=-0.017867;RO=67;SAF=18;SAR=7;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25514;STB=0.649874;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0412252;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:67:68:25:25:0.268817:7:18:35:32:7:18:36:32 chr6 30078410 . G A 617.49 PASS AF=0.414201;AO=69;DP=169;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.0497986;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.719;QD=14.6151;RBI=0.0523901;REFB=-0.0065221;REVB=0.0162735;RO=97;SAF=34;SAR=35;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344091;STB=0.508873;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00822354;OID=.;OPOS=30078410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:97:99:69:70:0.414201:35:34:51:46:35:35:51:48 chr6 30078444 . T G 618.8 PASS AF=0.453901;AO=63;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0165356;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.11;QD=17.5545;RBI=0.0314519;REFB=0.00699884;REVB=0.0267543;RO=77;SAF=32;SAR=31;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270685;STB=0.519161;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00755385;OID=.;OPOS=30078444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:63:64:0.453901:31:32:37:40:31:33:37:40 chr6 30080274 . G A 802.93 PASS AF=0.435897;AO=83;DP=193;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.0133591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.547;QD=16.4703;RBI=0.0146023;REFB=-0.0116388;REVB=-0.00589591;RO=110;SAF=49;SAR=34;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184464;STB=0.607337;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0174602;OID=.;OPOS=30080274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:110:110:83:85:0.435897:34:49:45:65:34:51:45:65 chr6 30080568 . C A 450.85 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=99;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0195586;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0823;QD=17.6802;RBI=0.0297859;REFB=-0.011218;REVB=-0.0224646;RO=51;SAF=17;SAR=30;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305496;STB=0.505577;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0150933;OID=.;OPOS=30080568;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:51:53:47:49:0.480392:30:17:20:31:31:18:20:33 chr6 30122153 . G GC 1101.38 PASS AF=0.988889;AO=10;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0085459;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.592;QD=48.9503;RBI=0.0116797;REFB=-0.143552;REVB=-0.00796136;RO=78;SAF=10;SAR=0;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.588374;STB=0.503816;STBP=0.605;TYPE=ins;VARB=0.000179978;OID=.;OPOS=30122154;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988889:10:90:89:90:1:65:24:1:0:3:78:10:0:54:24 chr6 30122154 . T C 1103.95 PASS AF=0.868132;AO=78;DP=90;FAO=79;FDP=91;FR=.;FRO=12;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0051766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.452;QD=48.5253;RBI=0.00880214;REFB=-0.0145113;REVB=-0.00711903;RO=11;SAF=54;SAR=24;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872378;STB=0.549168;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00282295;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:90:91:11:12:78:79:0.868132:24:54:11:0:24:55:12:0 chr6 30131546 . A G 479.09 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0202224;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.736;QD=22.0271;RBI=0.0230036;REFB=-0.0111459;REVB=-0.0109644;RO=34;SAF=29;SAR=17;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064026;STB=0.522513;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0151387;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:41:46:46:0.528736:17:29:24:10:17:29:24:17 chr6 30140342 . T C 196.95 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0245045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.14;QD=7.16196;RBI=0.0273522;REFB=-0.00979647;REVB=-0.0121521;RO=81;SAF=12;SAR=17;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113953;STB=0.568407;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0288082;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:81:81:29:29:0.263636:17:12:41:40:17:12:41:40 chr6 30154199 . T C 279.73 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0083591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.153;QD=18.0473;RBI=0.0303063;REFB=-0.00511903;REVB=-0.0291307;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596491;STB=0.548356;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00558324;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:30:31:0.5:14:16:14:16:14:17:14:17 chr6 30227583 . C G 306.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5006;QD=53.2682;RBI=0.0935108;REFB=0;REVB=0.0468215;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019214;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:15:8:0:0 chr6 30228230 . A C 1205.79 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.184;QD=61.0525;RBI=0.0522095;REFB=0;REVB=0.043728;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.157e-05;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:32:44:0:0:35:44:0:0 chr6 30228379 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.361;QD=61.6833;RBI=0.0568955;REFB=0;REVB=-0.0330012;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64573e-05;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr6 30228398 . CG C 324.77 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321563;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9126;QD=36.0856;RBI=0.138454;REFB=-0.0584194;REVB=0.134668;RO=2;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0121218;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:37:36:36:0:10:26:0:0:5:2:9:24:0:2 chr6 30229013 . A G 434.99 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537763;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.556;QD=57.9987;RBI=0.0581767;REFB=0;REVB=0.0221953;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016123;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr6 30229034 . C CCT,CT 579.9 PASS AF=0.075,0.925;AO=5,35;DP=41;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0957431,-0.0147164;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=15.4866,29.2711;QD=57.9904;RBI=0.096849,0.0158401;REFB=0,0;REVB=-0.0145942,-0.00585966;RO=0;SAF=5,15;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0915973,0.00424629;OID=.,.;OPOS=30229035,30229035;OREF=-,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.075,0.925:5,35:41:3,37:40:0:3,17:0,20:0:0:8:0:5,15:0,20:0:0 chr6 30229457 . C T 1523.91 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266466;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0848;QD=59.7611;RBI=0.0394103;REFB=0;REVB=0.0290367;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24596e-05;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr6 30229463 . G A 1523.16 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301499;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.371;QD=58.5829;RBI=0.0469462;REFB=-0.0284103;REVB=0.0359851;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000308553;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:43:60:0:0:43:60:1:0 chr6 30230085 . T C 1010.03 PASS AF=1;AO=35;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.172;QD=60.3003;RBI=0.21199;REFB=0;REVB=-0.00180943;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520009;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:35:67:1:30:5:0:0:31:36:0:0 chr6 30230128 . T C,G 361.56 PASS AF=0.851852,0.148148;AO=19,7;DP=27;FAO=23,4;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=11,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146811,-0.0300055;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.7503,46.3808;QD=53.5648;RBI=0.0363818,0.0303607;REFB=0,0;REVB=0.0332881,0.00463032;RO=0;SAF=10,2;SAR=9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.33753e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00291916,0.0955662;OID=.,.;OPOS=30230128,30230128;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:27:27:0:0:19,7:23,4:0.851852,0.148148:9,5:10,2:0:0:11,4:12,0:0:0 chr6 30231071 . G A 1266.34 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142494;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.481;QD=61.7724;RBI=0.0645782;REFB=0;REVB=0.0629865;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106891;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr6 30231108 . G T 1782.07 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0635535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1334;QD=59.9016;RBI=0.0644129;REFB=-0.0482529;REVB=-0.0104867;RO=1;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904619;STB=0.504761;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=7.72639e-05;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:52:66:0:1:52:66:0:1 chr6 30297529 . T C 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.265;QD=63.3357;RBI=0.035773;REFB=0;REVB=0.0356986;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88637e-05;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr6 30309508 . T C 1539.86 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.47;QD=59.8003;RBI=0.0415132;REFB=0;REVB=0.040778;RO=0;SAF=70;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80877e-05;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:103:0:0:98:103:1:28:70:0:0:32:71:0:0 chr6 30314566 . TC GA 1757.84 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259839;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.01;QD=60.6151;RBI=0.0261516;REFB=0;REVB=-0.0029571;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.53122e-05;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:63:52:0:0:63:53:0:0 chr6 30457732 . T C 689.34 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.195;QD=62.6671;RBI=0.0541618;REFB=0;REVB=0.0541397;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168926;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:37:44:1:14:23:0:0:19:25:0:0 chr6 30458064 . G A 333.26 PASS AF=0.409091;AO=34;DP=86;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0170455;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6375;QD=15.1482;RBI=0.0170599;REFB=-0.0234668;REVB=-0.000699277;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228409;STB=0.526867;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0227535;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:52:34:36:0.409091:12:22:34:17:14:22:34:18 chr6 30521137 . G A 1087.38 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169006;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.175;QD=58.7771;RBI=0.031004;REFB=-0.105992;REVB=0.0259926;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000295265;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:39:34:0:0:39:34:0:1 chr6 30530245 . T C 1043.56 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.26;QD=59.6318;RBI=0.0435911;REFB=0;REVB=-0.0222819;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96079e-05;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr6 30558477 . G GA 1366.63 PASS AF=1;AO=110;DP=146;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125263;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.3323;QD=41.1017;RBI=0.164147;REFB=0;REVB=0.106082;RO=33;SAF=73;SAR=37;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00481911;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:146:133:133:0:81:52:0:0:26:33:73:37:13:20 chr6 30575603 . A G 994.0 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0259899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3457;QD=57.623;RBI=0.0714972;REFB=-0.0187889;REVB=0.0666061;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00263257;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:35:33:1:0:35:33:1:0 chr6 30652872 . G A 460.09 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00749286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.843;QD=18.5894;RBI=0.0134878;REFB=-0.0294793;REVB=0.011215;RO=52;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232086;STB=0.518298;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0400982;OID=.;OPOS=30652872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:53:46:46:0.464646:21:25:27:25:21:25:27:26 chr6 30672165 . AC CA,CC 32.32 PASS AF=0,0.126984;AO=4,3;DP=62;FAO=0,8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=0,6;FSAR=0,2;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0228612,-0.0139237;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=54.9025,196.848;QD=2.05203;RBI=0.0319578,0.0291974;REFB=-0.0210101,-0.0125396;REVB=-0.0223308,-0.0256636;RO=53;SAF=4,1;SAR=0,2;SRF=28;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.51227,-0.173604;STB=0.5,0.705345;STBP=1,0.28;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.109524;OID=.,.;OPOS=30672165,30672165;OREF=AC,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:62:63:53:55:4,3:0,8:0,0.126984:0,2:4,1:28:25:0,2:0,6:29:26 chr6 30672331 . T A 186.35 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0514427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.668;QD=12.4236;RBI=0.0523259;REFB=-0.00716627;REVB=-0.00957362;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248322;STB=0.646943;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0113039;OID=.;OPOS=30672331;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:12:11:9:27:12:11:9:28 chr6 30680916 . C T 469.8 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0395099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7505;QD=20.8798;RBI=0.0721255;REFB=0.00301766;REVB=-0.0603412;RO=43;SAF=13;SAR=33;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114352;STB=0.559295;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00555992;OID=.;OPOS=30680916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:46:46:0.511111:33:13:17:26:33:13:17:27 chr6 30692752 . C CTG 138.28 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0248074;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.79;QD=11.2881;RBI=0.0267165;REFB=-0.0259628;REVB=-0.00991763;RO=33;SAF=2;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529197;STB=0.76435;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.038886;OID=.;OPOS=30692753;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:15:50:16:49:33:3:13:18:15:99:33:2:13:18:15 chr6 30692754 . C T 153.24 PASS AF=0.354167;AO=18;DP=50;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00791646;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.684;QD=12.77;RBI=0.00804666;REFB=-0.00264959;REVB=0.00144169;RO=31;SAF=3;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464464;STB=0.753211;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00441803;OID=.;OPOS=30692754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:31:31:18:17:0.354167:15:3:17:14:14:3:16:15 chr6 30693121 . A G 419.19 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00202228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.975;QD=20.2021;RBI=0.0119492;REFB=-0.00527314;REVB=-0.0117768;RO=41;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981443;STB=0.554476;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00712423;OID=.;OPOS=30693121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:26:16:20:21:26:16:20:21 chr6 30710059 . C G 341.28 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.000651173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.997;QD=18.4478;RBI=0.00199569;REFB=-0.0155929;REVB=0.00188646;RO=35;SAF=12;SAR=24;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191475;STB=0.519989;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0236065;OID=.;OPOS=30710059;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:38:36:36:0.486486:24:12:11:24:24:12:14:24 chr6 30710099 . C CA 162.25 PASS AF=0.55;AO=6;DP=53;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00200581;FXX=0.215644;HRUN=0;LEN=1;MLLD=188.469;QD=16.2245;RBI=0.0406376;REFB=0.00752933;REVB=-0.0405881;RO=46;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597657;STB=0.599913;STBP=0.179;TYPE=ins;VARB=-0.0198952;OID=.;OPOS=30710100;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:6:53:22:40:18:11:11:5:13:99:46:5:1:12:34 chr6 30710100 . C A 246.87 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0199754;FXX=0.058812;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.413;QD=20.5723;RBI=0.0202418;REFB=-0.0284882;REVB=0.00327308;RO=21;SAF=4;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299656;STB=0.645032;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0172777;OID=.;OPOS=30710100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:21:23:24:25:0.520833:20:4:9:12:20:5:10:13 chr6 30711805 . C G 650.63 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.945;QD=61.9646;RBI=0.0485441;REFB=0;REVB=0.0481115;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89131e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:18:24:0:0 chr6 30782105 . T C 1443.75 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.243;QD=62.7716;RBI=0.0124852;REFB=0;REVB=-0.0122478;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25987e-06;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:89:92:1:33:56:0:0:35:57:0:0 chr6 30782218 . C CTGTT 187.96 PASS AF=0.316456;AO=24;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=10;FWDB=-0.0168903;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=266.432;QD=9.51697;RBI=0.0176123;REFB=-0.00547876;REVB=0.00499095;RO=54;SAF=14;SAR=10;SRF=43;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276662;STB=0.662812;STBP=0.091;TYPE=ins;VARB=0.0138431;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316456:24:79:25:79:54:15:10:44:10:99:54:14:10:43:11 chr6 30782235 . G A 1087.33 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.251;QD=57.9911;RBI=0.0203472;REFB=-0.119083;REVB=0.00473608;RO=1;SAF=51;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918607;STB=0.504761;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000727591;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:22:51:1:0:22:52:1:0 chr6 30782302 . TC T,TT 544.29 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=5,36;DP=43;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046402,0.0413991;FXX=0.0952154;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.125,247.629;QD=57.2939;RBI=0.0468985,0.0436391;REFB=0,0;REVB=-0.00680622,-0.0138016;RO=2;SAF=4,20;SAR=1,16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190062,0.00553034;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0305635,0.00345089;OID=.,.;OPOS=30782303,30782303;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:5,36:43:1,37:38:0:1,21:0,16:0:0:8:2:4,20:1,16:1:1 chr6 30782360 . C T 253.59 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0399202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.396;QD=24.1515;RBI=0.0416817;REFB=-0.0406065;REVB=0.0119893;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620996;STB=0.512285;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0205766;OID=.;OPOS=30782360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:18:23:24:0.571429:9:14:11:5:10:14:11:7 chr6 30782361 . G A 118.49 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00916634;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.938;QD=12.1524;RBI=0.0158412;REFB=-0.00317363;REVB=-0.0129199;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943528;STB=0.555903;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0118556;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:14:11:5:9:14:11 chr6 30782407 . A G,T 719.76 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=49,3;DP=52;FAO=49,3;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=23,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552921,0.0425634;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=180.796,133.887;QD=55.3663;RBI=0.0552948,0.0427195;REFB=0,0;REVB=0.000544671,0.00364873;RO=0;SAF=26,0;SAR=23,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000100165,0.125216;OID=.,.;OPOS=30782407,30782407;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:52:52:0:0:49,3:49,3:0.942308,0.0576923:23,3:26,0:0:0:23,3:26,0:0:0 chr6 30857072 . G C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000244712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.109;QD=57.5442;RBI=0.00773934;REFB=0;REVB=0.00773547;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45218e-05;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr6 30858857 . C T 1751.22 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0216763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.376;QD=59.8709;RBI=0.0287413;REFB=-0.0934762;REVB=0.0188733;RO=1;SAF=77;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612837;STB=0.503225;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000470509;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:39:77:1:0:39:77:1:0 chr6 30864829 . T C 2186.25 PASS AF=0.965986;AO=140;DP=146;FAO=142;FDP=147;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00954959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.477;QD=59.4899;RBI=0.0282511;REFB=-0.0472738;REVB=0.0265882;RO=3;SAF=69;SAR=71;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693122;STB=0.503401;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000711745;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:146:147:3:5:140:142:0.965986:71:69:2:1:71:71:2:3 chr6 30865204 . A C 1163.25 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3354;QD=59.6538;RBI=0.0634726;REFB=0;REVB=0.0564062;RO=0;SAF=52;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886223;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:24:52:0:0:26:52:0:0 chr6 30876238 . G A 929.3 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0396567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.775;QD=55.4806;RBI=0.0531755;REFB=-0.0895433;REVB=0.0354257;RO=2;SAF=36;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255209;STB=0.513509;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00368422;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:29:36:2:0:29:36:2:0 chr6 30877760 . A C 1145.05 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0246829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.076;QD=57.9773;RBI=0.0295785;REFB=-0.00462012;REVB=0.0162986;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517237;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000203472;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:79:0:2:77:77:0.974684:28:49:0:0:28:49:0:2 chr6 30882203 . T C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2127;QD=30.7902;RBI=0.171808;REFB=0.0515876;REVB=-0.167788;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0196909;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:1:0:2:6:1:0 chr6 30887972 . C T 2242.09 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0282977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.366;QD=61.8508;RBI=0.0491894;REFB=0.0107062;REVB=0.0402347;RO=1;SAF=71;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665036;STB=0.506943;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-5.35088e-05;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:145:1:2:142:143:0.986207:71:71:1:0:72:71:2:0 chr6 30888161 . T C,G 1305.28 PASS AF=0.94186,0.0581395;AO=81,5;DP=86;FAO=81,5;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49,4;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146569,0.00474159;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.2621,117.445;QD=60.7109;RBI=0.0171099,0.0113034;REFB=0,0;REVB=-0.00882737,0.0102608;RO=0;SAF=49,4;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.32002e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00522363,0.0862528;OID=.,.;OPOS=30888161,30888161;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:86:86:0:0:81,5:81,5:0.94186,0.0581395:32,1:49,4:0:0:32,1:49,4:0:0 chr6 30889389 . T C 730.52 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0290338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5803;QD=60.877;RBI=0.0508864;REFB=0.0630479;REVB=0.0417907;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00106388;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:17:29:0:1:18:29:0:1 chr6 30893127 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3085;QD=58.4181;RBI=0.037389;REFB=0;REVB=-0.00243037;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262897;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr6 30893728 . C T 888.57 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057785;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6944;QD=58.2667;RBI=0.0853776;REFB=0;REVB=0.0628508;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111814;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr6 30899571 . C T 685.87 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0163206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7562;QD=50.8051;RBI=0.0207904;REFB=-0.0988857;REVB=0.0128793;RO=3;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687075;STB=0.536571;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00177193;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:54:3:3:50:51:0.944444:19:31:0:3:19:32:0:3 chr6 30900399 . C G 655.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155805;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0581;QD=62.4657;RBI=0.0163524;REFB=0;REVB=-0.00496471;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971342;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr6 30900427 . T G 855.09 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.465;QD=54.2912;RBI=0.0383049;REFB=-0.0674017;REVB=0.0317132;RO=2;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241966;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00176439;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:63:2:1:61:62:0.984127:38:23:0:2:39:23:0:1 chr6 30900435 . G T 167.4 PASS AF=0.354839;AO=20;DP=60;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00613046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5541;QD=10.8003;RBI=0.0797716;REFB=-0.0148312;REVB=0.0795357;RO=40;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226408;STB=0.651418;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0381627;OID=.;OPOS=30900435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:40:40:20:22:0.354839:15:5:17:23:17:5:17:23 chr6 30993377 . T A 131.31 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.0547636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7855;QD=10.2991;RBI=0.0547851;REFB=-0.0451275;REVB=0.0015325;RO=33;SAF=15;SAR=1;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285113;STB=0.666405;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0452374;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:35:16:16:0.313725:1:15:28:5:1:15:30:5 chr6 30993499 . C T 163.61 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0744379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8085;QD=20.4511;RBI=0.0753017;REFB=-0.0170667;REVB=0.0113729;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237709;STB=0.620565;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00756644;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:16:17:0.53125:6:10:13:2:6:11:13:2 chr6 30993567 . G T 204.07 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00209862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.575;QD=16.3254;RBI=0.0456084;REFB=-0.00945621;REVB=-0.0455601;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338825;STB=0.502615;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00998963;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:29:20:21:0.42:4:16:21:6:5:16:22:7 chr6 30993958 . A G 107.72 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.00719432;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5458;QD=11.0478;RBI=0.0250601;REFB=0.0180482;REVB=-0.0240052;RO=25;SAF=12;SAR=1;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235089;STB=0.638041;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0238366;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:1:12:21:4:1:12:22:4 chr6 30996991 . A G 198.45 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0513255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.055;QD=26.46;RBI=0.0527465;REFB=-0.054745;REVB=-0.0121606;RO=10;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262622;STB=0.571347;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0170472;OID=.;OPOS=30996991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:30:10:11:17:19:0.633333:3:14:8:2:3:16:8:3 chr6 30997692 . G C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000189464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.568;QD=16.9796;RBI=0.0257759;REFB=-0.0216966;REVB=-0.0257752;RO=29;SAF=23;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352686;STB=0.703339;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0190844;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:3:23:19:10:3:23:19:10 chr6 30997816 . G T 291.67 PASS AF=0.372093;AO=24;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0178736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.122;QD=13.5658;RBI=0.0501216;REFB=-0.0213786;REVB=-0.0468264;RO=49;SAF=17;SAR=7;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992636;STB=0.615452;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0539454;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:52:24:32:0.372093:7:17:31:18:7:25:33:19 chr6 30997824 . T C 312.82 PASS AF=0.397727;AO=33;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0204056;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.352;QD=14.2191;RBI=0.0206228;REFB=-0.0183564;REVB=-0.00298484;RO=55;SAF=25;SAR=8;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161332;STB=0.598953;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0271763;OID=.;OPOS=30997824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:53:33:35:0.397727:8:25:35:20:8:27:34:19 chr6 30999997 . T C 738.49 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0232239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.93;QD=22.3783;RBI=0.0296586;REFB=-0.00982782;REVB=-0.0184468;RO=61;SAF=28;SAR=43;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421515;STB=0.523108;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00790673;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:61:61:71:71:0.537879:43:28:27:34:43:28:27:34 chr6 31002452 . A G 264.76 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00235737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.363;QD=20.7652;RBI=0.0176527;REFB=-0.0086799;REVB=0.0174946;RO=24;SAF=20;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348662;STB=0.519466;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00581949;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:7:20:17:7:7:20:17:7 chr6 31084075 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7513;QD=33.4284;RBI=0.034928;REFB=0;REVB=0.0275311;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415235;OID=.;OPOS=31084075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr6 31084163 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.501;QD=40.7629;RBI=0.113443;REFB=0;REVB=0.0134383;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123611;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 31084684 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7741;QD=43.4858;RBI=0.0655358;REFB=0;REVB=0.0450346;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277334;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr6 31084787 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0105277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.109;QD=19.3864;RBI=0.0213644;REFB=-0.0136704;REVB=-0.0185905;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15124;STB=0.585283;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0132099;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:14:7:10:10:14:7 chr6 31084792 . C T 625.22 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.18;QD=60.9967;RBI=0.0442179;REFB=0;REVB=0.044199;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24117e-05;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:14:23:0:0:17:24:0:0 chr6 31088199 . C CG 278.92 PASS AF=1;AO=8;DP=77;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599774;FXX=0.445886;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.5402;QD=27.212;RBI=0.157985;REFB=0;REVB=0.146157;RO=67;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421404;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0145134;OID=.;OPOS=31088200;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:77:41:41:0:26:15:0:0:6:67:6:2:25:42 chr6 31088202 . A C,G 1078.91 PASS AF=0.0945946,0.905405;AO=8,62;DP=70;FAO=7,67;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=6,23;FSAR=1,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247953,0.0174536;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.1243,79.3673;QD=58.3196;RBI=0.0261234,0.0271728;REFB=0,0;REVB=0.00822352,0.0208262;RO=0;SAF=7,21;SAR=1,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,-2.99858e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.082236,-0.000120595;OID=.,.;OPOS=31088202,31088202;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:70:74:0:0:8,62:7,67:0.0945946,0.905405:1,41:7,21:0:0:1,44:6,23:0:0 chr6 31097453 . T G 1212.67 PASS AF=0.953488;AO=81;DP=85;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0494753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7708;QD=56.4031;RBI=0.0520053;REFB=-0.00495299;REVB=0.0160232;RO=3;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350356;STB=0.523804;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00123378;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:86:3:4:81:82:0.953488:39:42:0:3:40:42:0:4 chr6 31105890 . GA G,GG 88.66 PASS AF=1,0;AO=3,6;DP=9;FAO=9,0;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136785,-0.0395356;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=298.392,292.711;QD=39.4058;RBI=0.0584798,0.0757326;REFB=0,0;REVB=-0.0568576,-0.0645938;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00180643,0;OID=.,.;OPOS=31105891,31105891;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,6:9:9,0:9:0:1,0:8,0:0:0:4:0:0,1:3,5:0:0 chr6 31106516 . C T 371.33 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0338833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0489;QD=20.0719;RBI=0.0363537;REFB=-0.012656;REVB=0.0131723;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146507;STB=0.581039;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.011505;OID=.;OPOS=31106516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:19:19:12:24:19:19:12:24 chr6 31107733 . C T 579.14 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=-0.00812255;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.674;QD=22.7112;RBI=0.00827327;REFB=0.0022349;REVB=0.00157203;RO=44;SAF=11;SAR=46;SRF=8;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144131;STB=0.510908;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00198895;OID=.;OPOS=31107733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:45:57:57:0.558824:46:11:8:36:46:11:8:37 chr6 31111174 . C A 346.24 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0120601;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.851;QD=17.3122;RBI=0.0289249;REFB=-0.00911968;REVB=0.0262907;RO=43;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172218;STB=0.509645;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00937431;OID=.;OPOS=31111174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:43:37:37:0.4625:14:23:26:17:14:23:26:17 chr6 31111180 . T C,G 1106.95 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=68,4;DP=73;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=29,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026646,-0.0121297;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.139,70.1947;QD=58.2605;RBI=0.0283395,0.0616708;REFB=0,0;REVB=-0.00964978,-0.0604662;RO=0;SAF=41,0;SAR=27,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.6787e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00222336,0.0441341;OID=.,.;OPOS=31111180,31111180;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:73:76:0:0:68,4:73,3:0.960526,0.0394737:27,4:41,0:0:0:29,3:44,0:0:0 chr6 31112823 . T C 126.83 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0221971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6129;QD=19.5123;RBI=0.0322123;REFB=-0.00579716;REVB=-0.0233435;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152284;STB=0.58609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0041177;OID=.;OPOS=31112823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:9:3:6:8:9:3 chr6 31113030 . A G 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.145;QD=56.2119;RBI=0.0251518;REFB=-0.09732;REVB=0.0174304;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000648061;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:24:37:0:0:24:37:1:0 chr6 31113052 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0309377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.546;QD=20.3971;RBI=0.033244;REFB=-0.00628639;REVB=0.0121664;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237552;STB=0.520843;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00425932;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:14:17:15:11:14:17:16:11 chr6 31113214 . C A 243.36 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=0.0163694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.085;QD=16.7831;RBI=0.0314495;REFB=-0.00743822;REVB=0.0268535;RO=29;SAF=7;SAR=20;SRF=1;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324791;STB=0.657445;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00629314;OID=.;OPOS=31113214;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:27:28:0.482759:20:7:1:28:20:8:2:28 chr6 31113275 . AG GA 205.54 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0456378;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=85.8412;QD=17.8735;RBI=0.109559;REFB=-0.0441251;REVB=0.0996014;RO=24;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284533;STB=0.666465;STBP=0.122;TYPE=mnp;VARB=0.0075636;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:18:19:0.413043:15:3:9:15:16:3:9:16 chr6 31116246 . G A 346.28 PASS AF=0.393939;AO=37;DP=97;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.014458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1628;QD=13.9909;RBI=0.028595;REFB=-0.000338416;REVB=0.0246706;RO=59;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283188;STB=0.522234;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000608258;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:59:60:37:39:0.393939:21:16:24:35:22:17:24:36 chr6 31118511 . T G 360.26 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00840643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.271;QD=32.0231;RBI=0.0112151;REFB=-0.0141817;REVB=-0.00742364;RO=15;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123738;STB=0.567524;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00811728;OID=.;OPOS=31118511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:14:16:11:4:14:16:11:4 chr6 31118565 . C G 784.14 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332344;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.182;QD=64.0112;RBI=0.0363994;REFB=0;REVB=0.0148456;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96862e-05;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:1:0:47:49:1:18:29:1:0:18:31:0:0 chr6 31124849 . C T 307.82 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0262055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6827;QD=13.3833;RBI=0.0288613;REFB=-0.0169544;REVB=0.0120934;RO=55;SAF=23;SAR=12;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106653;STB=0.563166;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0281636;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:55:57:35:35:0.380435:12:23:31:24:12:23:32:25 chr6 31125158 . C T 1538.86 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.27;QD=58.6233;RBI=0.0679863;REFB=0.115211;REVB=0.0608139;RO=0;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00039897;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:0:1:103:104:0.990476:37:66:0:0:38:66:0:1 chr6 31129616 . A G 716.95 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0145924;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.05;QD=48.6068;RBI=0.0154927;REFB=0.0341401;REVB=-0.00520416;RO=3;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849841;STB=0.519683;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00574612;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:59:3:5:53:54:0.915254:31:22:1:2:31:23:1:4 chr6 31129642 . A C 921.21 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.294;QD=58.4892;RBI=0.0260576;REFB=0;REVB=0.0238698;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72017e-05;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:31:32:0:0 chr6 31132414 . G A 123.17 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0274346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6559;QD=37.9;RBI=0.0281156;REFB=-0.0863547;REVB=-0.00615062;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293687;STB=0.666322;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00684126;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:11:1:1:0:11:1:1:0 chr6 31133459 . C T 199.46 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0168039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.522;QD=15.3434;RBI=0.0209103;REFB=0.00435964;REVB=-0.0124446;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090345;STB=0.523344;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00510205;OID=.;OPOS=31133459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:7:15:20:9:8:15:20:9 chr6 31133894 . G C 602.25 PASS AF=0.535088;AO=59;DP=108;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0112822;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3718;QD=21.1315;RBI=0.02158;REFB=-0.025527;REVB=-0.0183958;RO=49;SAF=23;SAR=36;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333891;STB=0.529402;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0187327;OID=.;OPOS=31133894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:114:49:53:59:61:0.535088:36:23:21:28:36:25:25:28 chr6 31133943 . C A 1806.29 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000212966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9257;QD=60.2096;RBI=0.00498802;REFB=-0.0152196;REVB=0.00498347;RO=1;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703672;STB=0.503649;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000138359;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:118:119:0.991667:67:51:0:1:68:51:0:1 chr6 31134087 . C G 258.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0761326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.749;QD=16.4189;RBI=0.0761459;REFB=-0.0173287;REVB=0.00142465;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727981;STB=0.540955;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0110181;OID=.;OPOS=31134087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:19:15:15:14:19:15 chr6 31134118 . C CGAG 658.5 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0193602;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.394;QD=56.0427;RBI=0.0279997;REFB=-0.0326763;REVB=0.0202279;RO=4;SAF=26;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014632;STB=0.516891;STBP=0.398;TYPE=ins;VARB=0.00301031;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.93617:44:48:44:47:3:26:18:1:2:13:4:26:18:2:2 chr6 31138371 . G A 566.63 PASS AF=0.517857;AO=55;DP=109;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.000673756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.295;QD=20.2368;RBI=0.0204373;REFB=0.00374746;REVB=0.0204262;RO=52;SAF=29;SAR=26;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409905;STB=0.517851;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00391532;OID=.;OPOS=31138371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:52:54:55:58:0.517857:26:29:25:27:29:29:25:29 chr6 31138377 . C T 540.68 PASS AF=0.5;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00342247;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.308;QD=19.31;RBI=0.0038811;REFB=0.00234915;REVB=0.0018302;RO=55;SAF=30;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565412;STB=0.535702;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00167692;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:55:56:56:56:0.5:26:30:26:29:26:30:26:30 chr6 31165566 . T C 457.39 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0432152;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3922;QD=16.7849;RBI=0.058226;REFB=-0.0150733;REVB=-0.039022;RO=57;SAF=34;SAR=16;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703016;STB=0.542092;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0149418;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:57:59:50:50:0.458716:16:34:35:22:16:34:36:23 chr6 31236853 . G A 316.38 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0312132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9278;QD=25.8269;RBI=0.0334362;REFB=-0.038909;REVB=0.011988;RO=21;SAF=21;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166093;STB=0.592522;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0225467;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:7:21:12:9:7:21:12:9 chr6 31237124 . T C 108.51 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0507017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2072;QD=13.5642;RBI=0.0776794;REFB=0.0043248;REVB=-0.0588509;RO=19;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357233;STB=0.713903;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00690641;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:2:11:11:8:2:11:11:8 chr6 31237162 . C G 85.36 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0102924;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.503;QD=11.0142;RBI=0.0486807;REFB=0.0510191;REVB=0.0475802;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984546;STB=0.559328;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0931271;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:13:7:3:8:13:7 chr6 31237255 . G A 153.4 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0235061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3588;QD=13.9456;RBI=0.0323679;REFB=-0.0114781;REVB=0.0222517;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337261;STB=0.686425;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0273145;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:12:5:16:10:12:5:16:11 chr6 31237323 . A G 80.62 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00517996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8843;QD=7.67856;RBI=0.0117325;REFB=0.00486761;REVB=-0.0105271;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29915;STB=0.636116;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0190064;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:31:31:10:11:0.261905:7:3:17:14:7:4:17:14 chr6 31237333 . T A 71.54 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0241737;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.764;QD=7.33742;RBI=0.025217;REFB=0.00307025;REVB=0.00717838;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180355;STB=0.56871;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00315172;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:41:39:25:28:9:9:0.230769:5:4:15:10:5:4:15:13 chr6 31238135 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0146333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.03;QD=10.3919;RBI=0.0158999;REFB=-0.0156694;REVB=-0.00621877;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357723;STB=0.660622;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0170709;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:1:9:4:3:2:9 chr6 31238138 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0161225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.328;QD=14.6545;RBI=0.029115;REFB=-3.07066e-05;REVB=-0.0242434;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323874;STB=0.687096;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-3.6851e-05;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:1:7:4:4:1:7 chr6 31238155 . G A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00169247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7146;QD=17.6436;RBI=0.0416197;REFB=0.0121701;REVB=0.0415853;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265094;STB=0.675319;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00653149;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:4:5:1:5:4:5:1:6 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 76.12 PASS AF=0.75;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0135921;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=269.836;QD=25.3732;RBI=0.0335429;REFB=-0.0361551;REVB=0.0306656;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.615147;STBP=0.237;TYPE=mnp;VARB=0.0150881;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:7:9:0.75:3:4:0:3:5:4:0:3 chr6 31238259 . G T 99.67 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0143942;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.483;QD=26.5775;RBI=0.0144001;REFB=-0.0297851;REVB=0.000411257;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119933;STB=0.604744;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0106511;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:3:4:11:11:0.733333:4:7:1:2:4:7:1:3 chr6 31238490 . T C 128.99 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0199815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.393;QD=9.21324;RBI=0.0220228;REFB=-0.0305381;REVB=0.00925986;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272752;STB=0.66068;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0255396;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:11:7:24:14:11:7:24:14 chr6 31238492 . C A 115.37 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0100084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.927;QD=8.24052;RBI=0.0154122;REFB=-0.00589706;REVB=-0.0117203;RO=37;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289162;STB=0.673704;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.016234;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:40:18:16:0.285714:11:7:24:13:10:6:25:15 chr6 31238851 . T C 341.1 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0153355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.471;QD=25.743;RBI=0.0243985;REFB=-0.0317288;REVB=0.0189766;RO=20;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399756;STB=0.521932;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0247146;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:20:13:9:11:20:13:9:11 chr6 31238925 . C T 132.38 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0251811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.784;QD=9.99127;RBI=0.0280113;REFB=-0.00849503;REVB=0.0122698;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109682;STB=0.565342;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0190642;OID=.;OPOS=31238925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:11:6:16:20:11:6:16:20 chr6 31238930 . A C 90.72 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0387418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.626;QD=6.71989;RBI=0.0454532;REFB=0.000493537;REVB=-0.0237711;RO=40;SAF=3;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32106;STB=0.695879;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00120696;OID=.;OPOS=31238930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:53:54:40:41:13:13:0.240741:10:3:19:21:10:3:19:22 chr6 31238942 . G A,T 297.36 PASS AF=0.3,0.3;AO=15,15;DP=51;FAO=15,15;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=5,5;FSAR=10,10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0164595,-0.0244378;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.9057,107.813;QD=23.7891;RBI=0.018039,0.0244544;REFB=-0.0240446,-0.0173947;REVB=0.00738183,0.000903498;RO=20;SAF=5,5;SAR=10,10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.219383,-0.219383;STB=0.627277,0.627277;STBP=0.228,0.228;TYPE=snp,snp;VARB=0.0472897,0.0411843;OID=.,.;OPOS=31238942,31238942;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:50:20:20:15,15:15,15:0.3,0.3:10,10:5,5:11:9:10,10:5,5:11:9 chr6 31238957 . A C 153.8 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0213842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3324;QD=14.6479;RBI=0.0703027;REFB=-0.0205394;REVB=-0.0669715;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186193;STB=0.578852;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0391367;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:16:17:0.404762:11:5:12:13:11:6:12:13 chr6 31238983 . G C 33.8 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0002077;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.408;QD=3.29735;RBI=0.00639745;REFB=0.00262649;REVB=0.00639408;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169113;STB=0.512155;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0142657;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:18:17:3:3:17:18 chr6 31239010 . G A 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00725517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.976;QD=7.27374;RBI=0.00737282;REFB=-0.00594453;REVB=-0.00131185;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188791;OID=.;OPOS=31239010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:15:18:6:5:15:18 chr6 31239050 . G A 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0403731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.413;QD=9.09143;RBI=0.0720274;REFB=0.0138954;REVB=0.0596486;RO=32;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264441;STB=0.516104;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0283229;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:8:5:13:19:8:5:13:19 chr6 31239057 . C T 102.27 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0681268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.775;QD=9.09062;RBI=0.0691322;REFB=-0.0062755;REVB=0.011747;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419879;STB=0.516104;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0306522;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:8:5:13:18:8:5:13:19 chr6 31239082 . G C 88.92 PASS AF=0.272727;AO=13;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0258452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4477;QD=8.08369;RBI=0.103658;REFB=0.0196084;REVB=-0.100384;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642032;STB=0.557279;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0600711;OID=.;OPOS=31239082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:43:44:29:32:13:12:0.272727:8:5:11:18:8:4:13:19 chr6 31239101 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.000611668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.942;QD=9.85817;RBI=0.0159603;REFB=-0.00141593;REVB=0.0159486;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642032;STB=0.50387;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458703;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:11:18:8:5:11:18 chr6 31239407 . G T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00112572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8401;QD=15.2558;RBI=0.0732159;REFB=0.0199895;REVB=0.0732072;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701609;STB=0.553137;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0274086;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:7:13:17:12:7:13:17:13 chr6 31239417 . C T 193.06 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.01694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.016;QD=14.8507;RBI=0.0193487;REFB=-0.0234159;REVB=-0.00934938;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152574;STB=0.572451;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0334744;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:30:20:22:0.423077:6:14:17:13:7:15:17:13 chr6 31239722 . A C 48.08 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0406287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0674;QD=16.026;RBI=0.161918;REFB=-0.0162498;REVB=-0.156738;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365022;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0531686;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:12:12:3:4:6:7:0.583333:4:2:3:0:4:3:3:1 chr6 31239742 . G C 88.77 PASS AF=0.625;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00114165;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.26;QD=22.1926;RBI=0.0169624;REFB=-0.0591259;REVB=0.0169239;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294558;OID=.;OPOS=31239742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:17:16:8:6:9:10:0.625:4:5:3:5:5:5:3:3 chr6 31239752 . C T 126.88 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00394002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.549;QD=20.3009;RBI=0.0326035;REFB=-0.0165352;REVB=0.0323646;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.52937;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00922612;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:10:11:13:14:0.56:7:6:3:7:8:6:4:7 chr6 31239776 . A C 302.96 PASS AF=0.6;AO=25;DP=43;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00348943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.117;QD=26.9297;RBI=0.0054465;REFB=-0.0141271;REVB=0.00418189;RO=18;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188108;STB=0.612816;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0104588;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:18:18:25:27:0.6:17:8:10:8:19:8:10:8 chr6 31239802 . C G 355.11 PASS AF=0.631579;AO=25;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0115049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.4836;QD=24.9202;RBI=0.135453;REFB=-0.102464;REVB=0.134963;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689383;STB=0.588184;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0705018;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:25:36:0.631579:14:11:11:10:25:11:11:10 chr6 31239821 . G T 301.87 PASS AF=0.54386;AO=28;DP=54;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0138894;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6288;QD=21.184;RBI=0.068214;REFB=-0.040584;REVB=0.066785;RO=25;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144465;STB=0.587727;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0341787;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:25:26:28:31:0.54386:19:9:12:13:22:9:12:14 chr6 31239827 . C T 337.82 PASS AF=0.586207;AO=30;DP=55;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0183938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.304;QD=23.298;RBI=0.0842154;REFB=-0.0277465;REVB=0.0821821;RO=24;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175284;STB=0.594536;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0224361;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:24:24:30:34:0.586207:21:9:12:12:24:10:12:12 chr6 31322303 . C G 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7932;QD=37.4804;RBI=0.112923;REFB=0;REVB=-0.098213;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0105336;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr6 31322470 . C G 514.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.237;QD=58.8482;RBI=0.0616994;REFB=0;REVB=0.0203314;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.29468e-05;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr6 31322888 . A G 41.39 PASS AF=0.184211;AO=6;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00760947;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.332;QD=4.35664;RBI=0.044949;REFB=-0.00694318;REVB=-0.0443002;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102922;STB=0.534786;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0232235;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:29:31:6:7:0.184211:3:3:12:17:4:3:12:19 chr6 31322911 . C T 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00158209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.911;QD=7.98446;RBI=0.00365106;REFB=-0.00533742;REVB=0.00329047;RO=43;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186102;STB=0.611524;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0121759;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:8:9:16:27:8:9:16:27 chr6 31322980 . C T 183.69 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00934523;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.524;QD=9.79692;RBI=0.0095632;REFB=-0.0103369;REVB=-0.00203012;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298309;STB=0.508373;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0253106;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:51:24:24:0.32:11:13:25:19:11:13:27:24 chr6 31322996 . C T 1076.47 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134735;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4216;QD=60.646;RBI=0.0217534;REFB=0;REVB=0.0170786;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001616;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr6 31323203 . A G 256.1 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.027515;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1168;QD=21.7956;RBI=0.0346683;REFB=-0.00239628;REVB=-0.0210907;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470398;STB=0.51281;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-9.13155e-05;OID=.;OPOS=31323203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:23:24:24:0.510638:14:10:8:14:14:10:9:14 chr6 31323233 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.619;QD=56.9558;RBI=0.0485574;REFB=0;REVB=-0.0480159;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176883;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr6 31323296 . A G 606.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335476;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.842;QD=59.1352;RBI=0.0355791;REFB=-0.0649576;REVB=0.0118503;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302369;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000279814;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:25:15:1:0:25:15:1:0 chr6 31323353 . G A 464.67 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5751;QD=58.0833;RBI=0.141406;REFB=0;REVB=0.137533;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132661;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chr6 31323524 . TCTC T 180.77 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0163263;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=3;MLLD=297.531;QD=10.6334;RBI=0.0184013;REFB=-0.00691475;REVB=-0.00848877;RO=41;SAF=15;SAR=7;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088786;STB=0.554864;STBP=0.543;TYPE=del;VARB=0.0114079;OID=.;OPOS=31323525;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338235:22:69:23:68:45:16:7:28:17:99:41:15:7:25:16 chr6 31323567 . G A 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00254994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.111;QD=13.7412;RBI=0.00268834;REFB=-0.0121468;REVB=0.000851461;RO=43;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117138;STB=0.566882;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0203177;OID=.;OPOS=31323567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:11:18:22:21:11:18:22:21 chr6 31323945 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.008;QD=40.7628;RBI=0.0351299;REFB=0;REVB=-0.0191518;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68202e-05;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 31323953 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.364;QD=39.2042;RBI=0.0499122;REFB=0;REVB=0.0373788;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136169;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 31323958 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.021;QD=39.2065;RBI=0.0597924;REFB=0;REVB=0.052592;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911492;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 31323960 . G C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.392;QD=40.7616;RBI=0.00425576;REFB=0;REVB=0.00040532;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22469e-05;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 31324003 . TC AG,GT 152.49 PASS AF=0.666667,0.266667;AO=10,4;DP=16;FAO=10,4;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7,3;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00884988,-0.0120524;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=156.24,97.9031;QD=40.6627;RBI=0.0119315,0.0294938;REFB=-0.0511609,0.0269992;REVB=0.00800255,0.0269188;RO=1;SAF=7,3;SAR=3,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126911,0.272709;STB=0.57128,0.665771;STBP=0.267,0.288;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0248027,0.0392776;OID=.,.;OPOS=31324003,31324003;OREF=TC,TC;OALT=AG,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:16:15:1:1:10,4:10,4:0.666667,0.266667:3,1:7,3:0:1:3,1:7,3:0:1 chr6 31324024 . C A 129.44 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0219495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.918;QD=32.3609;RBI=0.0805881;REFB=0.00396246;REVB=0.0775413;RO=3;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.565125;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000564007;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:12:13:0.8125:2:10:3:0:3:10:3:0 chr6 31324086 . G C 274.6 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0133166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6172;QD=40.6815;RBI=0.0353148;REFB=0.0562591;REVB=-0.0327079;RO=3;SAF=17;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749874;STB=0.552588;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0410278;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:27:3:4:23:23:0.851852:6:17:3:0:6:17:4:0 chr6 31324100 . G T 270.79 PASS AF=0.88;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0174121;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.659;QD=43.3263;RBI=0.031288;REFB=0.00330601;REVB=-0.0259953;RO=3;SAF=15;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.545415;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000132023;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:25:3:3:22:22:0.88:7:15:3:0:7:15:3:0 chr6 31324144 . T A,G 217.44 PASS AF=0.611111,0.388889;AO=11,7;DP=18;FAO=11,7;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036689,0.0305958;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.24,145.524;QD=48.3189;RBI=0.0937462,0.0621837;REFB=0,0;REVB=0.0862686,0.054136;RO=0;SAF=8,3;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00349631,0.00265744;OID=.,.;OPOS=31324144,31324144;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:18:18:0:0:11,7:11,7:0.611111,0.388889:3,4:8,3:0:0:3,4:8,3:0:0 chr6 31324151 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0668524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.819;QD=20.893;RBI=0.0706851;REFB=-0.00812719;REVB=0.0229595;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144541;STB=0.583159;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00459487;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:3:3:3:7:3:3 chr6 31324154 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.043865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.739;QD=10.1734;RBI=0.0447315;REFB=0.02307;REVB=-0.00876214;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0133276;OID=.;OPOS=31324154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:3:3:5:3:3:3:6:3 chr6 31324200 . G C 149.36 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701561;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.985;QD=45.9564;RBI=0.0823288;REFB=0;REVB=0.043083;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151524;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr6 31324516 . C A 207.08 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.352;QD=48.7237;RBI=0.0572002;REFB=0;REVB=0.0414529;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567432;OID=.;OPOS=31324516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr6 31324525 . CC TG 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510851;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=280.436;QD=47.8224;RBI=0.0219902;REFB=0;REVB=-0.0213886;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000147121;OID=.;OPOS=31324525;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr6 31324531 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.67;QD=47.8214;RBI=0.0332983;REFB=0;REVB=0.0167632;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104236;OID=.;OPOS=31324531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr6 31324536 . T C 198.43 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9197;QD=44.0956;RBI=0.0205502;REFB=-0.10695;REVB=0.0124485;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00594837;OID=.;OPOS=31324536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:0:1:12:5:0:1 chr6 31324586 . C T 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0145926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.74;QD=23.397;RBI=0.0219871;REFB=-0.0173401;REVB=0.0164465;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00798501;OID=.;OPOS=31324586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:2:1:5:3:2:1 chr6 31324595 . C G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00586071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.201;QD=21.1692;RBI=0.0396866;REFB=-0.00712995;REVB=-0.0392515;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00275827;OID=.;OPOS=31324595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:5:2:1:1:5:2:2:1 chr6 31324705 . A C 30.52 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0256002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.446;QD=11.0965;RBI=0.0256497;REFB=-0.0435177;REVB=-0.0015921;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596316;STB=0.826352;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.018505;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:4:1:5:0:4:1:5:1 chr6 31324742 . T C 79.22 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366633;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7317;QD=39.611;RBI=0.00482827;REFB=0;REVB=-0.00314168;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125203;OID=.;OPOS=31324742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 31324891 . CG TC 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00839776;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=113.699;QD=7.83716;RBI=0.0205301;REFB=-0.0276302;REVB=-0.018734;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421483;STB=0.526243;STBP=0.924;TYPE=mnp;VARB=0.0536685;OID=.;OPOS=31324891;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:14:2:1:6:14:2 chr6 31324925 . A G 44.54 PASS AF=0.28;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.131855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1462;QD=7.1256;RBI=0.138063;REFB=0.000254469;REVB=0.0409332;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102181;STB=0.59968;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00372122;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:6:7:0.28:1:5:14:4:1:6:14:4 chr6 31371430 . T C 728.81 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4659;QD=57.1613;RBI=0.0751994;REFB=0;REVB=-0.035415;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106356;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr6 31378358 . T G 262.33 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00934976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.055;QD=20.9866;RBI=0.0131373;REFB=0.003882;REVB=-0.00922878;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187285;STB=0.611713;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00487446;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:17:7:12:13:18:7:12:13 chr6 31378387 . T C 207.49 PASS AF=0.446809;AO=16;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0114626;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0708;QD=17.6584;RBI=0.0349316;REFB=-0.00269145;REVB=0.0329973;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865243;STB=0.567502;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00515134;OID=.;OPOS=31378387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:26:16:21:0.446809:9:7:13:12:13:8:13:13 chr6 31378425 . A G 186.74 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0266951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.566;QD=12.8789;RBI=0.0281494;REFB=-0.00563213;REVB=0.00893085;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130914;STB=0.575276;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00813519;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:14:9:18:17:14:9:18:17 chr6 31378977 . G A 464.82 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0216913;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1908;QD=21.8739;RBI=0.0235726;REFB=-0.0149263;REVB=-0.00922788;RO=40;SAF=16;SAR=29;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128589;STB=0.571084;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00879492;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:40:40:45:45:0.529412:29:16:20:20:29:16:20:20 chr6 31379109 . G A 341.04 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0110337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.271;QD=18.1888;RBI=0.0155793;REFB=-0.00320301;REVB=-0.0109988;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799249;STB=0.550534;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00368415;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:20:15:20:19:21:15:20:19 chr6 31379115 . G A 341.79 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0113705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.121;QD=18.4751;RBI=0.0126053;REFB=0.0170318;REVB=0.00544109;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050436;STB=0.513506;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00875276;OID=.;OPOS=31379115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:38:35:36:0.486486:17:18:17:20:18:18:18:20 chr6 31379773 . C T 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0398542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.918;QD=13.0291;RBI=0.0437646;REFB=-0.0182093;REVB=0.0180828;RO=46;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216787;STB=0.624326;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0305354;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:10:19:21:25:10:19:21:25 chr6 31379794 . CA TG 203.67 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=9.79458e-05;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.229;QD=10.0575;RBI=0.000680185;REFB=-0.00616171;REVB=0.000673096;RO=55;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146002;STB=0.585675;STBP=0.3;TYPE=mnp;VARB=0.00983456;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:55:55:26:26:0.320988:10:16:27:28:10:16:27:28 chr6 31379807 . C T 201.32 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00444776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.382;QD=9.82022;RBI=0.0127247;REFB=-0.00956393;REVB=-0.011922;RO=52;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133932;STB=0.58009;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0183523;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:52:56:26:26:0.317073:10:16:26:26:10:16:28:28 chr6 31379817 . T C 197.11 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0225308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.197;QD=8.95972;RBI=0.0235584;REFB=-0.0124374;REVB=-0.00688201;RO=61;SAF=17;SAR=9;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196349;STB=0.611423;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0175808;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:62:26:26:0.295455:9:17:30:31:9:17:31:31 chr6 31379823 . C G 205.7 PASS AF=0.290323;AO=27;DP=93;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0223977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.336;QD=8.84742;RBI=0.0362666;REFB=-0.000913927;REVB=-0.0285239;RO=66;SAF=17;SAR=10;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175321;STB=0.604122;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00509048;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:66:27:27:0.290323:10:17:32:34:10:17:32:34 chr6 31379931 . G A 199.96 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0372625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.777;QD=11.5918;RBI=0.0428332;REFB=-0.0251884;REVB=-0.0211232;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00530875;STB=0.509084;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0408451;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:44:25:25:0.362319:15:10:17:26:15:10:17:27 chr6 31380160 . TG T 576.11 PASS AF=1;AO=47;DP=55;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658652;FXX=0.145428;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.5056;QD=49.031;RBI=0.010334;REFB=0;REVB=-0.00796303;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000351594;OID=.;OPOS=31380161;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:55:47:47:0:22:25:0:0:10:0:22:25:0:0 chr6 31382882 . C A 511.99 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0294524;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.782;QD=19.6921;RBI=0.0295996;REFB=-0.00038475;REVB=0.00294831;RO=51;SAF=29;SAR=24;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126654;STB=0.569707;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000456257;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:51:51:53:53:0.509615:24:29:35:16:24:29:35:16 chr6 31382911 . A G 1361.01 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365463;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7695;QD=62.5753;RBI=0.0369385;REFB=0;REVB=-0.00536837;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251234;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:34:53:0:0:34:53:0:0 chr6 31473546 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.847;QD=58.9627;RBI=0.0427287;REFB=0;REVB=0.0169323;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32786e-05;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr6 31473561 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0168726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.001;QD=13.0608;RBI=0.0339237;REFB=-0.0139034;REVB=-0.0294302;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185656;STB=0.606155;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.015535;OID=.;OPOS=31473561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:24:16:15:11:24:16 chr6 31474000 . G A 483.19 PASS AF=0.449153;AO=52;DP=117;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0150833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5412;QD=16.3793;RBI=0.04126;REFB=-0.00996232;REVB=0.0384042;RO=65;SAF=35;SAR=17;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173588;STB=0.600574;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0192104;OID=.;OPOS=31474000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:65:65:52:53:0.449153:17:35:33:32:17:36:33:32 chr6 31474884 . G A 381.2 PASS AF=0.423077;AO=45;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00438246;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4008;QD=14.6617;RBI=0.00465366;REFB=-0.0214227;REVB=0.00156545;RO=55;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421864;STB=0.508261;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0533931;OID=.;OPOS=31474884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:60:45:44:0.423077:28:17:21:34:27:17:24:36 chr6 31477681 . A G 1098.08 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4697;QD=60.169;RBI=0.107797;REFB=0;REVB=-0.0267913;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569174;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr6 31496791 . C G 214.74 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0512416;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8663;QD=17.1795;RBI=0.101293;REFB=-0.0624077;REVB=0.0873764;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346445;STB=0.695482;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0472281;OID=.;OPOS=31496791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:27:23:23:0.46:16:7:17:8:16:7:18:9 chr6 31496915 . G A 935.04 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.31;QD=58.4397;RBI=0.112937;REFB=0;REVB=-0.0170691;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108917;OID=.;OPOS=31496915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:58:64:1:44:14:0:0:44:20:0:0 chr6 31496925 . G A 870.62 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057442;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.09;QD=58.0414;RBI=0.012329;REFB=0;REVB=-0.0109091;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3662e-05;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:43:16:0:0:44:16:0:0 chr6 31497706 . C T 2255.82 PASS AF=0.993289;AO=144;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.12493;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.019;QD=60.5588;RBI=0.125497;REFB=-0.141681;REVB=0.0119146;RO=5;SAF=71;SAR=73;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323119;STB=0.503311;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00133445;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:149:5:1:144:148:0.993289:73:71:5:0:73:75:1:0 chr6 31506624 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.123;QD=58.9625;RBI=0.0199605;REFB=0;REVB=-0.0156539;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06289e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr6 31506648 . G T 1111.21 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0793394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1655;QD=57.7253;RBI=0.0834486;REFB=-0.0773152;REVB=0.0258637;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137127;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00308995;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:41:34:1:0:41:35:1:0 chr6 31506801 . G A 929.26 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0323856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.843;QD=55.4779;RBI=0.0347677;REFB=0.00438823;REVB=-0.0126476;RO=2;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00130335;STB=0.50069;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000342003;OID=.;OPOS=31506801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:31:34:1:1:31:34:1:1 chr6 31509432 . G A 871.44 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00297765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.215;QD=56.2222;RBI=0.0489805;REFB=-0.135596;REVB=0.0488899;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000757417;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:1:0:27:34:1:0 chr6 31510105 . A G 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8397;QD=62.3115;RBI=0.0467551;REFB=0;REVB=-0.0463941;RO=0;SAF=63;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167993;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:23:63:0:0:23:63:0:0 chr6 31513227 . G A 445.1 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0233543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.637;QD=20.4642;RBI=0.0233634;REFB=-0.0177033;REVB=0.000652919;RO=42;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307419;STB=0.528329;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0195195;OID=.;OPOS=31513227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:43:44:0.505747:18:25:23:19:18:26:23:20 chr6 31525448 . C T 308.03 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0492093;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.815;QD=18.1195;RBI=0.0506488;REFB=-0.0302932;REVB=0.0119897;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218281;STB=0.512188;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0273457;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:35:33:33:0.485294:13:20:22:13:13:20:22:13 chr6 31525912 . C T 918.33 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0124031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.072;QD=54.0197;RBI=0.0132807;REFB=-0.0137311;REVB=-0.00474752;RO=3;SAF=24;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554593;STB=0.529403;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=4.14784e-05;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:65:65:0.955882:41:24:3:0:41:24:3:0 chr6 31528326 . G C 672.46 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0292129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.524;QD=56.0381;RBI=0.0368855;REFB=-0.149688;REVB=0.0225199;RO=3;SAF=18;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323307;STB=0.517234;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00354209;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:27:18:2:1:27:18:2:1 chr6 31540556 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.404;QD=42.1824;RBI=0.0407268;REFB=0;REVB=-0.0168116;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024078;OID=.;OPOS=31540556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr6 31555130 . A G 1265.63 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000862505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.888;QD=61.7381;RBI=0.0907716;REFB=0;REVB=0.0907675;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33044e-05;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:31:46:0:0:35:47:0:0 chr6 31555656 . GA G,GG 724.66 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=10,38;DP=48;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,46;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618344,0.0618017;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.306,120.189;QD=55.7432;RBI=0.0674405,0.0664298;REFB=0,0;REVB=0.0269207,0.0243612;RO=0;SAF=10,33;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0461035,0.00889813;OID=.,.;OPOS=31555657,31555657;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.980769:10,38:48:1,51:52:0:1,46:0,5:0:0:6:0:10,33:0,5:0:0 chr6 31556581 . T A 749.44 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145393;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2863;QD=61.179;RBI=0.154705;REFB=0;REVB=0.0528635;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300177;OID=.;OPOS=31556581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:42:49:1:28:14:0:0:32:17:0:0 chr6 31557791 . G A 137.31 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00526529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.677;QD=8.71789;RBI=0.0224803;REFB=-0.0100841;REVB=-0.021855;RO=44;SAF=4;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435999;STB=0.761534;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0217935;OID=.;OPOS=31557791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:15:4:25:19:15:4:25:19 chr6 31583166 . G A 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0273185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.423;QD=16.2698;RBI=0.0273185;REFB=-0.00928533;REVB=0;RO=18;SAF=15;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131438;OID=.;OPOS=31583166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:0:15:18:0:0:15:18:0 chr6 31583312 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.00357088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.921;QD=9.09978;RBI=0.00886388;REFB=-0.0325874;REVB=0.00811278;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3367;STB=0.696642;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0508192;OID=.;OPOS=31583312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:17:2:3:6:17:2 chr6 31583931 . C T 472.71 PASS AF=0.448276;AO=51;DP=114;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0016656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.508;QD=16.3004;RBI=0.00754122;REFB=-0.0119383;REVB=-0.00735498;RO=55;SAF=22;SAR=29;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125909;STB=0.546857;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0162672;OID=.;OPOS=31583931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:55:64:51:52:0.448276:29:22:23:32:29:23:23:41 chr6 31594628 . T A 1015.01 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240578;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1063;QD=59.7064;RBI=0.0310341;REFB=0;REVB=0.0196044;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105247;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr6 31595772 . GCCTGCTGCCCCA G 137.19 PASS AF=0.341772;AO=24;DP=87;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00474494;FXX=0.0919435;HRUN=2;LEN=12;MLLD=294.643;QD=6.94625;RBI=0.016316;REFB=-0.016171;REVB=0.0156109;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284106;STB=0.64706;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=0.0240527;OID=.;OPOS=31595773;OREF=CCTGCTGCCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341772:24:87:27:79:52:10:17:31:21:99:37:9:15:24:13 chr6 31595882 . C A 1026.96 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.366;QD=59.534;RBI=0.0738711;REFB=0;REVB=0.00132033;RO=0;SAF=18;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114932;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:50:18:0:0:50:19:0:0 chr6 31600304 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0044415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.417;QD=10.2403;RBI=0.0194147;REFB=-0.00133043;REVB=0.0188998;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38397;STB=0.723779;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00292502;OID=.;OPOS=31600304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:3:16:5:5:3:16 chr6 31601344 . T C 700.65 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0650181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0672;QD=50.9567;RBI=0.0718973;REFB=0.0164791;REVB=-0.03069;RO=3;SAF=29;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113463;STB=0.50603;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0204911;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:23:29:2:1:23:29:2:1 chr6 31602967 . G A 1662.59 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0089162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.457;QD=58.8529;RBI=0.025081;REFB=0.00229546;REVB=0.0234426;RO=1;SAF=54;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871089;STB=0.504504;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000293351;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:1:1:111:112:0.99115:57:54:1:0:57:55:1:0 chr6 31604040 . T TG 276.59 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.10795;QD=25.7289;RBI=0.0759142;REFB=0;REVB=-0.0454032;RO=40;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00408226;OID=.;OPOS=31604041;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:43:43:0:17:26:0:0:7:40:4:1:12:28 chr6 31604044 . T G 643.82 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00288121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4407;QD=57.2283;RBI=0.00290677;REFB=-0.0998591;REVB=-0.000384603;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551181;STB=0.527765;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0186976;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:2:2:42:43:0.955556:26:16:2:0:26:17:2:0 chr6 31605278 . C T 653.44 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.00193498;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.117;QD=18.5371;RBI=0.0337667;REFB=-0.0282412;REVB=0.0337112;RO=74;SAF=45;SAR=21;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213928;STB=0.509222;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.026751;OID=.;OPOS=31605278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:74:75:66:66:0.468085:21:45:49:25:21:45:50:25 chr6 31617063 . TC GT,T 78.95 PASS AF=0.0151515,0.439394;AO=3,18;DP=68;FAO=1,29;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=1,20;FSAR=0,9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.106215,-0.2862;FXX=0.0958773;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=84.6891,8.50754;QD=4.78466;RBI=0.106296,0.290477;REFB=-0.00101273,-0.148172;REVB=-0.00414639,0.0496645;RO=25;SAF=3,12;SAR=0,6;SRF=5;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=0.719291,0.446349;STB=0.992532,0.682904;STBP=0.258,0.016;TYPE=mnp,del;VARB=0.0197878,0.0728374;OID=.,.;OPOS=31617063,31617064;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:68:66:25:36:3,18:1,29:0.0151515,0.439394:0,6:3,12:5:20:0,9:1,20:13:23 chr6 31625507 . G T 672.56 PASS AF=0.425287;AO=74;DP=176;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=0.00274045;FXX=0.011363;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.467;QD=15.4611;RBI=0.00335947;REFB=-0.00503799;REVB=0.00194317;RO=100;SAF=52;SAR=22;SRF=61;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108041;STB=0.560605;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00681866;OID=.;OPOS=31625507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:174:100:100:74:74:0.425287:22:52:61:39:22:52:61:39 chr6 31625541 . C A 712.53 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.0207034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1929;QD=18.2699;RBI=0.0430933;REFB=0.000138248;REVB=-0.0377941;RO=76;SAF=55;SAR=20;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698787;STB=0.557378;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.000730715;OID=.;OPOS=31625541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:81:75:75:0.480769:20:55:51:25:20:55:52:29 chr6 31627449 . C G 786.37 PASS AF=0.427136;AO=84;DP=198;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=68;FSRR=46;FWDB=0.00368827;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.265;QD=15.8064;RBI=0.00544395;REFB=-0.0155111;REVB=-0.00400416;RO=112;SAF=53;SAR=31;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451635;STB=0.523672;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0118349;OID=.;OPOS=31627449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:112:114:84:85:0.427136:31:53:66:46:31:54:68:46 chr6 31627523 . C T 2669.33 PASS AF=0.967033;AO=176;DP=182;FAO=176;FDP=182;FR=.;FRO=6;FSAF=98;FSAR=78;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0136618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.3573;QD=58.6667;RBI=0.0147505;REFB=-0.166592;REVB=0.00556175;RO=2;SAF=98;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961494;STB=0.503671;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00184949;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:182:182:2:6:176:176:0.967033:78:98:2:0:78:98:4:2 chr6 31628113 . A C 239.13 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00373396;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.489;QD=11.8086;RBI=0.00388595;REFB=0.00739474;REVB=0.00107618;RO=51;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789902;STB=0.536314;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0121167;OID=.;OPOS=31628113;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:51:52:29:29:0.358025:18:11:16:35:18:11:17:35 chr6 31630241 . C G,T 773.04 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,53;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178072,0.0305896;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=209.236,259.681;QD=56.2213;RBI=0.0369619,0.0414904;REFB=0,0;REVB=0.0323896,0.0280308;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.81969e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.144969,-7.60255e-05;OID=.,.;OPOS=31630241,31630241;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:0:0:2,53:2,53:0.0363636,0.963636:0,32:2,21:0:0:0,32:2,21:0:0 chr6 31633268 . CAGGTT C 123.63 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0298719;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=224.83;QD=10.5215;RBI=0.0450108;REFB=-0.0117112;REVB=-0.0336697;RO=31;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2754;STB=0.650877;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.0209171;OID=.;OPOS=31633269;OREF=AGGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149:14:48:15:47:32:4:11:15:17:99:31:4:10:16:15 chr6 31634758 . G A 2109.64 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943696;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.766;QD=62.5079;RBI=0.025507;REFB=0;REVB=0.023697;RO=0;SAF=75;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229423;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:132:135:1:57:75:0:0:60:75:0:0 chr6 31635710 . T C 728.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.299;QD=57.1657;RBI=0.0378917;REFB=0;REVB=0.00130034;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194501;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr6 31639757 . G A 276.86 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00706439;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0256;QD=10.16;RBI=0.0511818;REFB=0.00418664;REVB=-0.0506919;RO=72;SAF=14;SAR=22;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167274;STB=0.505879;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0114973;OID=.;OPOS=31639757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:73:36:36:0.330275:22:14:29:43:22:14:29:44 chr6 31657413 . T C 1426.29 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112012;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.072;QD=62.6939;RBI=0.0289032;REFB=0;REVB=0.0266444;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292662;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:49:41:0:0:48:43:0:0 chr6 31657924 . G A 627.16 PASS AF=0.516393;AO=64;DP=117;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=15;FWDB=-0.0465557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6333;QD=20.5627;RBI=0.0466283;REFB=-0.0503926;REVB=0.00259978;RO=53;SAF=48;SAR=16;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015456;STB=0.500172;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0462378;OID=.;OPOS=31657924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:53:59:64:63:0.516393:16:48:39:14:16:47:44:15 chr6 31675297 . C T 566.35 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00723955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.786;QD=24.624;RBI=0.0102227;REFB=-0.00275434;REVB=0.00721747;RO=40;SAF=39;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995946;STB=0.554772;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00242752;OID=.;OPOS=31675297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:52:52:0.565217:13:39:26:14:13:39:26:14 chr6 31675765 . G A 240.32 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0152;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.3656;QD=16.8647;RBI=0.078749;REFB=-0.00604345;REVB=0.0772681;RO=30;SAF=18;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355944;STB=0.519985;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0169002;OID=.;OPOS=31675765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:9:18:21:9:9:18:21:9 chr6 31679874 . G T 521.51 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00443685;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.336;QD=23.1784;RBI=0.0210324;REFB=-0.00292668;REVB=-0.0205591;RO=41;SAF=33;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138073;STB=0.567539;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00231157;OID=.;OPOS=31679874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:48:49:0.544444:15:33:22:19:16:33:22:19 chr6 31683157 . T G 163.34 PASS AF=0.309859;AO=21;DP=70;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00208828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.286;QD=9.20249;RBI=0.00634016;REFB=-0.0143226;REVB=-0.00598638;RO=49;SAF=14;SAR=7;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949133;STB=0.532579;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0228337;OID=.;OPOS=31683157;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:49:21:22:0.309859:7:14:29:20:8:14:29:20 chr6 31687008 . G A 345.31 PASS AF=0.507042;AO=34;DP=73;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00715809;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.485;QD=19.454;RBI=0.00759935;REFB=-0.00329448;REVB=0.00255184;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137854;STB=0.506663;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00529267;OID=.;OPOS=31687008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:35:35:34:36:0.507042:16:18:18:17:17:19:18:17 chr6 31708328 . C T 654.65 PASS AF=0.52;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0257329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.571;QD=20.9489;RBI=0.0276285;REFB=-0.0124824;REVB=0.0100575;RO=57;SAF=26;SAR=39;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643523;STB=0.549004;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0101419;OID=.;OPOS=31708328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:60:65:65:0.52:39:26:27:30:39:26:30:30 chr6 31729359 . A G 964.77 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.307;QD=58.471;RBI=0.0450197;REFB=0;REVB=-0.0439383;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231281;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:31:33:0:0:33:33:0:0 chr6 31731881 . C T 213.26 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0301895;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=154.823;QD=12.5446;RBI=0.0303416;REFB=0.00177553;REVB=0.00303402;RO=42;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160797;STB=0.576864;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00239639;OID=.;OPOS=31731881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:25:26:0.382353:15:10:23:19:15:11:23:19 chr6 31745284 . C T 1043.8 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9495;QD=59.6456;RBI=0.0993135;REFB=0;REVB=0.0890826;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525328;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr6 31747434 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0123726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5671;QD=17.4007;RBI=0.0125029;REFB=0.0134793;REVB=0.0018006;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199178;STB=0.613866;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0116184;OID=.;OPOS=31747434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:9:4:7:6:9:4 chr6 31748820 . G A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00769207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.451;QD=12.229;RBI=0.0107349;REFB=-0.0020072;REVB=-0.00748798;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859467;STB=0.549461;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00261835;OID=.;OPOS=31748820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:12:24:13:9:12:24 chr6 31750509 . G A 135.65 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00198014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7524;QD=17.5027;RBI=0.0606245;REFB=-0.00957164;REVB=0.0605921;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542622;STB=0.809721;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0106602;OID=.;OPOS=31750509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:3:12:3:13:3:12:3:13 chr6 31753423 . T C 373.15 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0460338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7156;QD=17.7692;RBI=0.0572987;REFB=-0.018446;REVB=-0.0341179;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471418;STB=0.538442;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0201933;OID=.;OPOS=31753423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:45:39:39:0.464286:18:21:21:22:18:21:21:24 chr6 31759455 . G T 33.06 PASS AF=0.0869565;AO=11;DP=118;FAO=10;FDP=115;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=100;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=33;FWDB=-0.0323672;FXX=0.0495827;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.7042;QD=1.14984;RBI=0.0514009;REFB=0.00495227;REVB=0.0399302;RO=66;SAF=3;SAR=8;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473882;STB=0.870062;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.153476;OID=.;OPOS=31759455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:118:115:66:100:11:10:0.0869565:8:3:45:21:8:2:67:33 chr6 31778272 . G A 753.41 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.967;QD=56.861;RBI=0.156984;REFB=0;REVB=0.0239332;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563284;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:28:23:0:0:28:25:0:0 chr6 31778529 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00541974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.384;QD=10.0339;RBI=0.0585502;REFB=-0.00987616;REVB=0.0582988;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0167108;OID=.;OPOS=31778529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr6 31778596 . T C,TC 32.77 PASS AF=0,0.259259;AO=2,7;DP=27;FAO=0,7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=0,5;FSAR=0,2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.136944,-0.134248;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=27.3913,10.4853;QD=4.85428;RBI=0.181714,0.154157;REFB=-0.0362479,-0.0938235;REVB=-0.119443,-0.075775;RO=17;SAF=2,3;SAR=0,4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.494586,-0.177312;STB=0.5,0.666173;STBP=1,0.359;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.134893;OID=.,.;OPOS=31778596,31778597;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:27:27:17:20:2,7:0,7:0,0.259259:0,4:2,3:10:7:0,2:0,5:10:10 chr6 31778831 . A G 249.36 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000151892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.916;QD=18.4708;RBI=0.0119677;REFB=-0.0387779;REVB=0.0119668;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301529;STB=0.679328;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0271473;OID=.;OPOS=31778831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:20:7:15:11:20:7:16:11 chr6 31795561 . G C 347.9 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0138633;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7212;QD=23.1934;RBI=0.0236187;REFB=0.0135395;REVB=0.019122;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130911;STB=0.507201;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00394167;OID=.;OPOS=31795561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:14:11:16:19:14:11 chr6 31797587 . C G 126.44 PASS AF=0.348837;AO=13;DP=41;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0322611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.23;QD=11.7621;RBI=0.0361722;REFB=-0.0108442;REVB=-0.0163598;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324398;STB=0.716144;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0249008;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:28:28:13:15:0.348837:5:8:9:19:5:10:9:19 chr6 31797769 . A AAAGTT 293.72 PASS AF=0.26875;AO=40;DP=169;FAO=43;FDP=160;FR=.;FRO=117;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.0238441;FXX=0.0243888;HRUN=3;LEN=5;MLLD=259.986;QD=7.3429;RBI=0.0238674;REFB=-0.00965908;REVB=0.00105275;RO=123;SAF=11;SAR=29;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271421;STB=0.604858;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=0.0248614;OID=.;OPOS=31797770;OREF=-;OALT=AAGTT;OMAPALT=AAAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26875:40:169:43:160:117:14:29:54:63:99:123:11:29:59:64 chr6 31797923 . G T 225.68 PASS AF=0.460317;AO=14;DP=53;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00339872;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.893;QD=14.3291;RBI=0.0131333;REFB=-0.00156113;REVB=-0.0126859;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507363;STB=0.841831;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00286344;OID=.;OPOS=31797923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:63:23:34:14:29:0.460317:2:12:10:13:3:26:13:21 chr6 31838441 . T C 521.09 PASS AF=0.6;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0205586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.845;QD=26.0543;RBI=0.0256223;REFB=-0.017203;REVB=0.015292;RO=31;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183579;STB=0.604194;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00944685;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:31:32:48:48:0.6:21:27:25:6:21:27:26:6 chr6 31839309 . C T 639.76 PASS AF=0.585859;AO=56;DP=96;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0185538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3693;QD=25.849;RBI=0.023481;REFB=-0.0202369;REVB=-0.0143914;RO=39;SAF=24;SAR=32;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177902;STB=0.583738;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0218383;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:39:41:56:58:0.585859:32:24:26:13:33:25:26:15 chr6 31839331 . C T 489.25 PASS AF=0.573171;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0227763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.0716;QD=23.8659;RBI=0.0313019;REFB=-0.00771754;REVB=0.021472;RO=33;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19226;STB=0.595704;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00350647;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:33:35:46:47:0.573171:27:19:22:11:28:19:22:13 chr6 31846741 . C A 396.4 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=50;FWDB=-0.0406594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9522;QD=14.2846;RBI=0.0647998;REFB=-0.0114188;REVB=0.0504561;RO=61;SAF=1;SAR=45;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651489;STB=0.883178;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0280638;OID=.;OPOS=31846741;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:65:46:46:0.414414:45:1:15:46:45:1:15:50 chr6 31856212 . C T 362.48 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0217338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.293;QD=27.883;RBI=0.0881589;REFB=-0.00301851;REVB=0.0854379;RO=18;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24785;STB=0.634542;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00312677;OID=.;OPOS=31856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:17:17:16:2:17:17:16:2 chr6 31860337 . T C 980.96 PASS AF=0.985294;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0414398;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.017;QD=57.7034;RBI=0.0482316;REFB=0.0502965;REVB=0.0246785;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0018262;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:68:67:0.985294:28:40:0:0:27:40:0:1 chr6 31864547 . G T 149.75 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0297866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.8559;QD=12.2242;RBI=0.0301913;REFB=-0.0100252;REVB=-0.00492673;RO=28;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490304;STB=0.762604;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0327537;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:32:17:17:0.346939:3:14:11:17:3:14:15:17 chr6 31905130 . G A 438.1 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0462618;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0749;QD=17.8814;RBI=0.0511259;REFB=-0.0414396;REVB=0.0217649;RO=54;SAF=25;SAR=19;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623057;STB=0.534813;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0278914;OID=.;OPOS=31905130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:19:25:34:20:19:25:34:20 chr6 31914180 . G A 505.84 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.00126908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.292;QD=16.3175;RBI=0.00473199;REFB=0.00152667;REVB=-0.00455864;RO=68;SAF=21;SAR=34;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159131;STB=0.505574;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00199303;OID=.;OPOS=31914180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:69:55:55:0.443548:34:21:27:41:34:21:27:42 chr6 31914935 . A G 1567.04 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.618;QD=63.9609;RBI=0.02626;REFB=0;REVB=-0.00622293;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55062e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr6 31917291 . C T 397.06 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00758746;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.23;QD=15.1262;RBI=0.0119001;REFB=-0.00871108;REVB=-0.00916748;RO=54;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713769;STB=0.522926;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00969562;OID=.;OPOS=31917291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:60:45:45:0.428571:26:19:19:35:26:19:23:37 chr6 31922379 . CT TC 31.57 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00819418;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=103.776;QD=2.80582;RBI=0.00862291;REFB=-0.00474447;REVB=-0.00268515;RO=35;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496896;STB=0.825964;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=0.169749;OID=.;OPOS=31922379;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:45:45:35:39:6:6:0.133333:1:5:14:21:1:5:18:21 chr6 31928306 . A G 1050.09 PASS AF=0.559322;AO=99;DP=177;FAO=99;FDP=177;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0315479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.092;QD=23.7309;RBI=0.0469521;REFB=-0.0251709;REVB=-0.034774;RO=75;SAF=55;SAR=44;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356669;STB=0.503816;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0127377;OID=.;OPOS=31928306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:75:78:99:99:0.559322:44:55:42:33:44:55:44:34 chr6 31928799 . T C 1571.47 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7572;QD=59.3009;RBI=0.0459126;REFB=0;REVB=-0.0457769;RO=1;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229887;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:1:0:104:106:1:48:56:0:1:49:57:0:0 chr6 31929014 . A C,G 1963.53 PASS AF=0.96124,0.0387597;AO=122,6;DP=129;FAO=124,5;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=57,5;FSAR=67,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991594,-0.058098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.2749,27.5487;QD=60.8847;RBI=0.0419799,0.0620747;REFB=0,0;REVB=0.040792,-0.0218605;RO=0;SAF=56,5;SAR=66,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000215792,0.146747;OID=.,.;OPOS=31929014,31929014;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:129:129:0:0:122,6:124,5:0.96124,0.0387597:66,1:56,5:0:0:67,0:57,5:0:0 chr6 31930351 . A G 612.49 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00341621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.897;QD=20.0815;RBI=0.0118583;REFB=-0.0019772;REVB=-0.0113555;RO=59;SAF=42;SAR=20;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823178;STB=0.551004;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00255786;OID=.;OPOS=31930351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:60:62:62:0.508197:20:42:35:24:20:42:35:25 chr6 31935567 . G A 460.76 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.00860949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0542;QD=18.8066;RBI=0.0656568;REFB=0.00258688;REVB=0.0650899;RO=52;SAF=17;SAR=29;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852008;STB=0.547297;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00295093;OID=.;OPOS=31935567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:29:17:15:37:29:17:15:37 chr6 31936668 . T C 725.82 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.754;QD=61.7722;RBI=0.0621015;REFB=0;REVB=0.0574713;RO=0;SAF=42;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233616;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:3:42:0:0:5:42:0:0 chr6 31936679 . C T 231.45 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.00392988;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2123;QD=16.5324;RBI=0.00458978;REFB=-0.0213041;REVB=0.00237111;RO=28;SAF=21;SAR=5;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14016;STB=0.52271;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0292125;OID=.;OPOS=31936679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:30:26:26:0.464286:5:21:25:3:5:21:25:5 chr6 31939345 . G A 825.7 PASS AF=0.494253;AO=85;DP=174;FAO=86;FDP=174;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.0110224;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1158;QD=18.9815;RBI=0.0377113;REFB=-0.0235729;REVB=0.0360646;RO=87;SAF=47;SAR=38;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955656;STB=0.505153;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0395535;OID=.;OPOS=31939345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:87:88:85:86:0.494253:38:47:49:38:38:48:50:38 chr6 31974849 . C G 826.75 PASS AF=0.699029;AO=71;DP=101;FAO=72;FDP=103;FR=.;FRO=31;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00825628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.163;QD=32.1067;RBI=0.0142808;REFB=-0.0444213;REVB=-0.0116522;RO=30;SAF=46;SAR=25;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00877852;STB=0.508433;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0198421;OID=.;OPOS=31974849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:30:31:71:72:0.699029:25:46:19:11:26:46:19:12 chr6 31975113 . G C 171.78 PASS AF=0.247619;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=21;FWDB=-0.00159382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.053;QD=6.54396;RBI=0.0245982;REFB=-0.00334178;REVB=0.0245465;RO=78;SAF=21;SAR=5;SRF=57;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135412;STB=0.580167;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00929029;OID=.;OPOS=31975113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:78:79:26:26:0.247619:5:21:57:21:5:21:58:21 chr6 31975151 . T G 289.52 PASS AF=0.293233;AO=39;DP=130;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=29;FWDB=-0.0199207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.99;QD=8.70727;RBI=0.0409365;REFB=-0.0157404;REVB=-0.0357625;RO=91;SAF=27;SAR=12;SRF=64;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155246;STB=0.500678;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0386588;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:91:94:39:39:0.293233:12:27:64:27:12:27:65:29 chr6 31977391 . C T 1752.37 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505555;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.293;QD=60.952;RBI=0.0799047;REFB=0;REVB=0.0618781;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149832;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:47:68:0:0:47:68:0:0 chr6 31977528 . C G 652.22 PASS AF=0.909091;AO=49;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0285932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.565;QD=47.434;RBI=0.0316492;REFB=-0.0548057;REVB=0.0135682;RO=4;SAF=21;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046145;STB=0.53293;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00344464;OID=.;OPOS=31977528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:4:5:49:50:0.909091:28:21:3:1:28:22:4:1 chr6 31977552 . C G 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00919131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.903;QD=4.16607;RBI=0.0125826;REFB=-0.00462276;REVB=-0.00859311;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448861;STB=0.815013;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.017554;OID=.;OPOS=31977552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:1:6:17:16:1:6:17:16 chr6 31978746 . G A 525.97 PASS AF=0.7;AO=45;DP=66;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.000422706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.131;QD=30.0554;RBI=0.00907002;REFB=-0.0680398;REVB=0.00906016;RO=17;SAF=31;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580881;STB=0.517234;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0143224;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:17:21:45:49:0.7:14:31:10:7:14:35:14:7 chr6 31978824 . G A 103.7 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=13;FWDB=-0.00247804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.552;QD=5.05853;RBI=0.0153822;REFB=0.00481553;REVB=0.0151812;RO=63;SAF=14;SAR=3;SRF=51;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292207;STB=0.530768;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0139814;OID=.;OPOS=31978824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:65:17:17:0.207317:3:14:51:12:3:14:52:13 chr6 31997059 . C T 49.98 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.16027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0241;QD=11.7611;RBI=0.212118;REFB=-0.0261161;REVB=0.138952;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41721;STB=0.736429;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0600277;OID=.;OPOS=31997059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:17:9:9:7:8:0.470588:2:5:9:0:3:5:9:0 chr6 32006214 . CCTGCTGCTGCTGCTGC CCTGCTGCTGCTGC,CCTGCTGCTGCTGCTG 166.83 PASS AF=0.432432,0.135135;AO=8,7;DP=35;FAO=16,5;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11,5;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00174687,0.0476571;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=205.843,9.2581;QD=18.036;RBI=0.0291956,0.339473;REFB=-0.0674063,-0.158823;REVB=-0.0291433,-0.336111;RO=12;SAF=7,5;SAR=1,2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.399995,0.150055;STB=0.568876,0.997338;STBP=0.463,0.043;TYPE=del,del;VARB=0.0633365,0.140885;OID=.,.;OPOS=32006215,32006230;OREF=CTG,C;OALT=-,-;OMAPALT=CCTGCTGCTGCTGC,CCTGCTGCTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432,0.135135:8,7:35:16,5:37:16:11,5:5,0:9:7:99:12:7,5:1,2:7:5 chr6 32006317 . C T 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0035247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1824;QD=55.0082;RBI=0.00352519;REFB=0.105257;REVB=-5.8422e-05;RO=1;SAF=7;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620845;STB=0.533312;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00485943;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:25:7:1:0:25:7:1:0 chr6 32006337 . C A 373.69 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0693942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3493;QD=49.8259;RBI=0.115227;REFB=-0.1813;REVB=0.091988;RO=2;SAF=4;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184038;STB=0.534858;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0166236;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:30:30:2:2:27:28:0.933333:23:4:2:0:23:5:1:1 chr6 32006886 . G A 108.77 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0189041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3674;QD=24.1712;RBI=0.050036;REFB=-0.00162244;REVB=0.0463275;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483981;OID=.;OPOS=32006886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:4:2:4:8:4:2 chr6 32007849 . G C 96.66 PASS AF=0.123656;AO=23;DP=190;FAO=23;FDP=186;FR=.;FRO=163;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=123;FSRR=40;FWDB=-0.0170409;FXX=0.0210515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.809;QD=2.07879;RBI=0.0250181;REFB=0.00199277;REVB=0.0183171;RO=165;SAF=20;SAR=3;SRF=121;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255541;STB=0.667013;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.014285;OID=.;OPOS=32007849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:190:186:165:163:23:23:0.123656:3:20:121:44:3:20:123:40 chr6 32010272 . T A 748.64 PASS AF=0.296736;AO=100;DP=328;FAO=100;FDP=337;FR=.;FRO=237;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=139;FSRR=98;FWDB=0.004794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.248;QD=8.8859;RBI=0.00969377;REFB=0.00181953;REVB=-0.00842536;RO=228;SAF=51;SAR=49;SRF=136;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104432;STB=0.553925;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00408845;OID=.;OPOS=32010272;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:337:228:237:100:100:0.296736:49:51:136:92:49:51:139:98 chr6 32012987 . A G 1799.13 PASS AF=0.391221;AO=206;DP=535;FAO=205;FDP=524;FR=.;FRO=319;FSAF=82;FSAR=123;FSRF=153;FSRR=166;FWDB=-0.0335748;FXX=0.0205604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.649;QD=13.7338;RBI=0.0336256;REFB=-0.0236943;REVB=-0.00184729;RO=329;SAF=82;SAR=124;SRF=164;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111786;STB=0.549489;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0349194;OID=.;OPOS=32012987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:524:329:319:206:205:0.391221:124:82:164:165:123:82:153:166 chr6 32017105 . A G 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0167842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.59;QD=18.2082;RBI=0.0248528;REFB=-0.00133115;REVB=-0.018329;RO=53;SAF=25;SAR=20;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102916;STB=0.505745;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0011028;OID=.;OPOS=32017105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:20:25:30:23:20:25:30:23 chr6 32024600 . T C 404.53 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00635456;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4598;QD=12.1662;RBI=0.00718621;REFB=-0.00731236;REVB=-0.00335576;RO=82;SAF=23;SAR=25;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582249;STB=0.528142;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0165176;OID=.;OPOS=32024600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:85:48:48:0.360902:25:23:35:47:25:23:37:48 chr6 32029226 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0283191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.907;QD=14.0471;RBI=0.0419074;REFB=-0.0104874;REVB=-0.0308911;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107266;STB=0.506227;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.014279;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:7:11:18:11:7:11:18:11 chr6 32032743 . G A 167.13 PASS AF=0.355932;AO=14;DP=61;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0245465;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.23;QD=11.3306;RBI=0.0245703;REFB=-0.0187419;REVB=0.00108284;RO=32;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415129;STB=0.632469;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0535397;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:32:38:14:21:0.355932:10:4:21:11:11:10:26:12 chr6 32032798 . C G 31.2 PASS AF=0.116667;AO=6;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0705105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0687;QD=2.08021;RBI=0.0747247;REFB=-0.00989736;REVB=-0.0247399;RO=51;SAF=0;SAR=6;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668501;STB=0.878998;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.184023;OID=.;OPOS=32032798;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:60:60:51:53:6:7:0.116667:6:0:32:19:6:1:32:21 chr6 32050067 . T C 163.64 PASS AF=0.27;AO=23;DP=99;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.019576;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9336;QD=6.54566;RBI=0.0245456;REFB=-0.0056141;REVB=-0.0148076;RO=62;SAF=17;SAR=6;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11336;STB=0.622124;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.103386;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:62:73:23:27:0.27:6:17:41:21:6:21:47:26 chr6 32088854 . G C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00397117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.317;QD=18.1185;RBI=0.0103592;REFB=-0.0141773;REVB=-0.00956778;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383341;STB=0.72194;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0169414;OID=.;OPOS=32088854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:15:3:10:10:15:3:10:10 chr6 32119898 . T C 4038.56 PASS AF=0.95053;AO=268;DP=282;FAO=269;FDP=283;FR=.;FRO=14;FSAF=131;FSAR=138;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0157396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.404;QD=57.0821;RBI=0.0232116;REFB=-0.020638;REVB=0.01706;RO=14;SAF=131;SAR=137;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347912;STB=0.518305;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00325648;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:282:283:14:14:268:269:0.95053:137:131:12:2:138:131:12:2 chr6 32122386 . C G 1235.94 PASS AF=1;AO=65;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.887;QD=61.0343;RBI=0.0531325;REFB=0;REVB=0.0499722;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313653;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:65:81:1:27:38:0:0:42:39:0:0 chr6 32122472 . C A 69.88 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0410305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.924;QD=6.65564;RBI=0.042504;REFB=0.00117328;REVB=-0.0110943;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993085;STB=0.576768;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00317745;OID=.;OPOS=32122472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:29:32:10:10:0.238095:6:4:14:15:6:4:16:16 chr6 32147696 . G A 810.78 PASS AF=0.440594;AO=88;DP=202;FAO=89;FDP=202;FR=.;FRO=113;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=71;FSRR=42;FWDB=0.0156586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.575;QD=16.0549;RBI=0.0156828;REFB=-0.00874049;REVB=-0.000870123;RO=113;SAF=49;SAR=39;SRF=71;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739712;STB=0.544331;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0120127;OID=.;OPOS=32147696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:113:113:88:89:0.440594:39:49:71:42:40:49:71:42 chr6 32148031 . A G 281.46 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0314372;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1639;QD=16.8037;RBI=0.033212;REFB=-0.00506352;REVB=0.0107117;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469359;STB=0.516888;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00600419;OID=.;OPOS=32148031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:36:31:31:0.462687:18:13:13:22:18:13:14:22 chr6 32151294 . T C 1316.25 PASS AF=0.522822;AO=126;DP=240;FAO=126;FDP=241;FR=.;FRO=115;FSAF=82;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.00764952;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.147;QD=21.8464;RBI=0.0475308;REFB=-0.00548794;REVB=0.0469112;RO=114;SAF=82;SAR=44;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137347;STB=0.573454;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00397272;OID=.;OPOS=32151294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:114:115:126:126:0.522822:44:82:57:57:44:82:58:57 chr6 32151994 . A T 724.34 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.055;QD=54.6668;RBI=0.0408205;REFB=-0.165194;REVB=-0.0385703;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.513508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00148808;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:34:18:0:0:34:18:1:0 chr6 32154998 . C T 442.63 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0199792;FXX=0.0568117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9691;QD=21.3314;RBI=0.0650076;REFB=-1.48979e-05;REVB=0.0618613;RO=37;SAF=29;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738658;STB=0.552526;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00023167;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:83:37:40:43:43:0.518072:14:29:22:15:14:29:23:17 chr6 32172065 . T G 2320.33 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.877;QD=61.0613;RBI=0.027769;REFB=0;REVB=-0.00856873;RO=0;SAF=88;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26305e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:64:88:0:0:64:88:0:0 chr6 32178570 . C T 653.96 PASS AF=0.551724;AO=63;DP=116;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=53;FSRF=10;FSRR=42;FWDB=-0.0137301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.053;QD=22.5504;RBI=0.0163595;REFB=-0.00576107;REVB=0.00889489;RO=52;SAF=11;SAR=52;SRF=10;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248566;STB=0.51575;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00458121;OID=.;OPOS=32178570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:52:52:63:64:0.551724:52:11:10:42:53:11:10:42 chr6 32184705 . G A 994.16 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6397;QD=58.4801;RBI=0.049084;REFB=0;REVB=0.00311841;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197163;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:37:31:0:0 chr6 32188297 . G C 121.94 PASS AF=0.285714;AO=11;DP=57;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00695744;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.418;QD=7.742;RBI=0.00888286;REFB=-0.0230185;REVB=-0.0055226;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250836;STB=0.581731;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0642001;OID=.;OPOS=32188297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:63:44:45:11:18:0.285714:6:5:29:15:8:10:30:15 chr6 32188383 . T C 83.18 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.100441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6335;QD=9.24248;RBI=0.100628;REFB=-0.0180268;REVB=-0.00613196;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975139;STB=0.567454;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00983614;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:36:24:25:11:11:0.305556:3:8:19:5:3:8:20:5 chr6 32188603 . C T 302.54 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0157224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7246;QD=17.0443;RBI=0.0234386;REFB=-0.0314474;REVB=0.0173831;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789446;STB=0.512612;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0433252;OID=.;OPOS=32188603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:14:19:21:16:14:19:21:17 chr6 32188640 . T C 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00714377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.377;QD=18.3351;RBI=0.0277806;REFB=-0.0312511;REVB=0.0268463;RO=37;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739339;STB=0.541153;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0242781;OID=.;OPOS=32188640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:14:21:25:12:14:21:25:12 chr6 32188642 . T C 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00462602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.739;QD=18.3356;RBI=0.022987;REFB=-0.00159705;REVB=0.0225167;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641749;STB=0.541153;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00133376;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:14:21:24:12:14:21:25:12 chr6 32189032 . T C 541.39 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=168;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.0179475;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.44;QD=12.8903;RBI=0.0180395;REFB=3.38484e-05;REVB=-0.00181954;RO=103;SAF=34;SAR=30;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456742;STB=0.528477;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-8.18508e-05;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:103:104:64:64:0.380952:30:34:59:44:30:34:60:44 chr6 32190406 . A G 536.22 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0108931;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.255;QD=23.5702;RBI=0.012639;REFB=-0.030195;REVB=0.00640965;RO=38;SAF=24;SAR=26;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466301;STB=0.518511;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0269679;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:38:41:50:50:0.549451:26:24:16:22:26:24:18:23 chr6 32190484 . G A 371.75 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0117885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.196;QD=13.3963;RBI=0.011789;REFB=-0.0155825;REVB=9.90135e-05;RO=67;SAF=17;SAR=27;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997149;STB=0.556558;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0214963;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:27:17:32:35:27:17:32:35 chr6 32191620 . CG TC,TG 212.45 PASS AF=0,0.431034;AO=2,20;DP=57;FAO=0,25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=0,17;FSAR=0,8;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0159425,0.0012326;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=194.26,85.0767;QD=14.6515;RBI=0.0486276,0.0163227;REFB=-0.00399109,-0.0203268;REVB=-0.04594,-0.0162761;RO=30;SAF=0,14;SAR=2,6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.588601,-0.0422034;STB=0.5,0.53158;STBP=1,0.727;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0219119;OID=.,.;OPOS=32191620,32191620;OREF=CG,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:57:58:30:33:2,20:0,25:0,0.431034:2,6:0,14:22:8:0,8:0,17:24:9 chr6 32191658 . T TAGC 96.7 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=65;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=1;FWDB=0.00902533;FXX=0.127632;HRUN=1;LEN=3;MLLD=143.781;QD=9.43368;RBI=0.043214;REFB=-0.027364;REVB=0.042261;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502784;STB=0.806161;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=0.0639288;OID=.;OPOS=32191659;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:11:65:12:41:29:7:5:28:1:96:52:7:4:35:17 chr6 32223516 . T C 283.74 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0356878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.479;QD=23.1622;RBI=0.0362878;REFB=-0.0125854;REVB=0.00657104;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891106;STB=0.565865;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00797589;OID=.;OPOS=32223516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:23:25:26:0.530612:15:10:12:12:16:10:12:11 chr6 32223530 . CA C,CC 230.91 PASS AF=0.253968,0.190476;AO=15,12;DP=62;FAO=16,12;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15,1;FSAR=1,11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0102451,0.0139535;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.968,202.863;QD=14.6607;RBI=0.0103419,0.0153937;REFB=-0.0426537,-0.0372507;REVB=0.00141176,0.00650114;RO=35;SAF=14,1;SAR=1,11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.66618,-0.539263;STB=0.912452,0.849528;STBP=0,0.015;TYPE=del,snp;VARB=0.0487189,0.0738575;OID=.,.;OPOS=32223531,32223531;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253968,0.190476:15,12:62:16,12:63:35:15,1:1,11:15:20:99:35:14,1:1,11:15:20 chr6 32223615 . T G 680.69 PASS AF=0.609524;AO=64;DP=105;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.022976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.513;QD=25.931;RBI=0.02487;REFB=-0.0118799;REVB=-0.00951927;RO=41;SAF=31;SAR=33;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246575;STB=0.50134;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00331546;OID=.;OPOS=32223615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:41:41:64:64:0.609524:33:31:20:21:33:31:20:21 chr6 32223626 . T TG 360.02 PASS AF=0.579439;AO=54;DP=112;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.131914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.2951;QD=13.4585;RBI=0.198537;REFB=-0.0164169;REVB=0.148377;RO=54;SAF=27;SAR=27;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670123;STB=0.500454;STBP=0.999;TYPE=ins;VARB=0.0162592;OID=.;OPOS=32223627;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.579439:54:112:62:107:45:33:29:24:21:99:54:27:27:31:23 chr6 32261014 . C A 297.54 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0210938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0572;QD=10.8196;RBI=0.0270576;REFB=-0.018333;REVB=0.0169461;RO=72;SAF=19;SAR=19;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947666;STB=0.554517;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0398526;OID=.;OPOS=32261014;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:72:38:38:0.345455:19:19:42:30:19:19:42:30 chr6 32261158 . G C 564.28 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.0255965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3436;QD=18.2026;RBI=0.0300519;REFB=-0.0203996;REVB=-0.015746;RO=64;SAF=31;SAR=28;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213447;STB=0.613076;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0214906;OID=.;OPOS=32261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:64:65:59:59:0.475806:28:31:19:45:28:31:20:45 chr6 32261291 . G C 240.02 PASS AF=0.307692;AO=33;DP=102;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.101695;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0001;QD=9.23153;RBI=0.101814;REFB=-0.0308796;REVB=-0.00493105;RO=69;SAF=25;SAR=8;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360643;STB=0.695747;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0610986;OID=.;OPOS=32261291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:69:72:33:32:0.307692:8:25:32:37:8:24:35:37 chr6 32261507 . T C 1142.32 PASS AF=0.518349;AO=113;DP=218;FAO=113;FDP=218;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.0217348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9663;QD=20.96;RBI=0.028349;REFB=-0.0300196;REVB=0.0182007;RO=100;SAF=54;SAR=59;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586286;STB=0.542329;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.028905;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:100:105:113:113:0.518349:59:54:41:59:59:54:41:64 chr6 32261653 . A C 493.42 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00905099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8209;QD=16.5856;RBI=0.0129541;REFB=0.0111503;REVB=-0.00926762;RO=60;SAF=24;SAR=30;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100008;STB=0.559679;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0168881;OID=.;OPOS=32261653;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:60:65:54:54:0.453782:30:24:33:27:30:24:36:29 chr6 32261771 . A G 475.37 PASS AF=0.552941;AO=43;DP=83;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0025035;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.465;QD=22.3705;RBI=0.00543422;REFB=-0.00797759;REVB=0.0048232;RO=28;SAF=35;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294285;STB=0.662713;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00534684;OID=.;OPOS=32261771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:28:38:43:47:0.552941:8:35:14:14:9:38:20:18 chr6 32268488 . T C 352.57 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00779;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.275;QD=18.0805;RBI=0.0204695;REFB=-0.000254919;REVB=-0.0189292;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940673;STB=0.563039;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000493968;OID=.;OPOS=32268488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:41:37:37:0.474359:17:20:25:14:17:20:27:14 chr6 32268501 . A T 436.86 PASS AF=0.517647;AO=42;DP=83;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0100369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.498;QD=20.5579;RBI=0.0106169;REFB=-0.0209209;REVB=-0.00346117;RO=41;SAF=27;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996232;STB=0.563077;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.024483;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:41:41:42:44:0.517647:15:27:22:19:15:29:22:19 chr6 32270363 . A T 279.75 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0222029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1451;QD=16.7018;RBI=0.0304183;REFB=-0.0191738;REVB=-0.020792;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160925;STB=0.56209;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0519668;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:36:31:31:0.462687:19:12:18:14:19:12:18:18 chr6 32290927 . G T 2159.36 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4414;QD=63.0471;RBI=0.0258984;REFB=0;REVB=-0.0156424;RO=0;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132189;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:76:60:0:0:76:61:0:0 chr6 32291270 . CAG C 278.19 PASS AF=0.449275;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0287842;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.307;QD=16.1271;RBI=0.0302538;REFB=-0.0224432;REVB=-0.00931454;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178403;STB=0.583976;STBP=0.222;TYPE=del;VARB=0.0265327;OID=.;OPOS=32291271;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449275:29:69:31:69:38:17:14:15:23:99:37:17:12:15:22 chr6 32291359 . T G 1257.69 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0132973;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4845;QD=59.1852;RBI=0.0207275;REFB=0.0634065;REVB=0.0159;RO=1;SAF=50;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937926;STB=0.502512;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00636626;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:1:2:83:83:0.976471:33:50:1:0:33:50:1:1 chr6 32298372 . A G 416.08 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0437355;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.311;QD=19.8134;RBI=0.0437468;REFB=-0.0112511;REVB=-0.000993085;RO=42;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164107;STB=0.595193;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00905798;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:41:42:0.5:24:17:25:17:25:17:25:17 chr6 32301804 . G C 362.31 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0100338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.387;QD=13.2957;RBI=0.0160268;REFB=-0.00666023;REVB=-0.0124973;RO=66;SAF=19;SAR=24;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267091;STB=0.501514;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0118638;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:43:43:0.394495:24:19:29:37:24:19:29:37 chr6 32303672 . T A 407.16 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.040887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.275;QD=17.8972;RBI=0.041134;REFB=-0.00692383;REVB=0.00450142;RO=49;SAF=27;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132945;STB=0.574432;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0129211;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:15:27:25:24:15:27:25:24 chr6 32303707 . C T 365.27 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0344422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.482;QD=18.4947;RBI=0.0344527;REFB=-0.0154767;REVB=-0.000850589;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216856;STB=0.620193;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0192936;OID=.;OPOS=32303707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:19:19:30:11:19:19:30:11 chr6 32304433 . A G 153.32 PASS AF=0.3;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0075329;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.75;QD=8.76111;RBI=0.0235659;REFB=-0.00749332;REVB=-0.0223295;RO=49;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495297;STB=0.529384;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0199031;OID=.;OPOS=32304433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:49:49:21:21:0.3:12:9:19:30:12:9:19:30 chr6 32307260 . T G 1422.88 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269945;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.377;QD=61.8642;RBI=0.0754845;REFB=0.00672235;REVB=0.0704926;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106514;STB=0.505617;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00010193;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:47:44:1:0:47:44:1:0 chr6 32307382 . G A 331.85 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0665498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.952;QD=18.6957;RBI=0.0715936;REFB=-0.00128052;REVB=-0.0263963;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104281;STB=0.565676;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000986767;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:14:21:17:18:14:21:17:19 chr6 32310986 . C G 368.11 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0423731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.988;QD=29.4486;RBI=0.0592356;REFB=0.000587961;REVB=-0.0413929;RO=19;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153798;STB=0.508447;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.000177705;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:14:17:10:9:14:17:10:9 chr6 32317568 . G A 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0186679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.17;QD=13.495;RBI=0.019736;REFB=-0.0117559;REVB=0.00640453;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103356;STB=0.552545;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0212448;OID=.;OPOS=32317568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:17:12:22:21:17:12:22:22 chr6 32317922 . TTTTC T 304.31 PASS AF=0.407692;AO=47;DP=123;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00521807;FXX=0.0579668;HRUN=4;LEN=4;MLLD=253.843;QD=9.36346;RBI=0.0133694;REFB=-0.0267261;REVB=0.012309;RO=56;SAF=19;SAR=28;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0.316456;SSSB=-0.0947091;STB=0.528291;STBP=0.587;TYPE=del;VARB=0.0397533;OID=.;OPOS=32317923;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407692:47:123:53:130:77:25:28:40:37:99:56:19:28:28:28 chr6 32333093 . A G 1072.21 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0480726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.663;QD=57.1845;RBI=0.0482115;REFB=-0.0159193;REVB=0.0036572;RO=2;SAF=46;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201187;STB=0.510635;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000316352;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:72:73:0.973333:26:46:2:0:27:46:2:0 chr6 32333098 . C T 1082.97 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.047;QD=57.7584;RBI=0.0210243;REFB=-0.00874255;REVB=0.0129047;RO=2;SAF=46;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128013;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:75:2:0:72:75:1:26:46:2:0:27:48:0:0 chr6 32333299 . C T 487.04 PASS AF=0.494949;AO=46;DP=94;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00572972;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.785;QD=19.6785;RBI=0.00640393;REFB=-0.040244;REVB=0.00286018;RO=47;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029508;STB=0.504948;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0504206;OID=.;OPOS=32333299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:47:50:46:49:0.494949:22:24:23:24:25:24:24:26 chr6 32333784 . C T 495.56 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0423351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4116;QD=16.3822;RBI=0.0483331;REFB=-0.0115418;REVB=-0.0233202;RO=67;SAF=22;SAR=32;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560516;STB=0.531317;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00944076;OID=.;OPOS=32333784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:32:22:31:36:32:22:31:36 chr6 32333955 . T C 242.1 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.031334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.27;QD=11.6674;RBI=0.0749824;REFB=0.00311293;REVB=0.0681215;RO=53;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189957;STB=0.617147;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00399399;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:29:30:0.361446:17:12:31:22:18:12:31:22 chr6 32334224 . C G 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0101622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.649;QD=18.4892;RBI=0.0327726;REFB=-0.00434338;REVB=0.0311572;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219375;STB=0.624883;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00353251;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:15:7:14:12:15:7:14:12 chr6 32336586 . A G 667.15 PASS AF=0.379808;AO=79;DP=209;FAO=79;FDP=208;FR=.;FRO=129;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=79;FSRR=50;FWDB=0.0316411;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.973;QD=12.8297;RBI=0.0319047;REFB=-0.0113325;REVB=-0.0040923;RO=128;SAF=44;SAR=35;SRF=78;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058662;STB=0.535106;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0151077;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:128:129:79:79:0.379808:35:44:78:50:35:44:79:50 chr6 32337686 . A G 938.73 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297726;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.767;QD=58.6706;RBI=0.0143048;REFB=0;REVB=0.0139916;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019072;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:36:27:0:0:36:28:0:0 chr6 32410987 . A G 1246.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000913187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7148;QD=61.5525;RBI=0.00680139;REFB=0;REVB=0.00673981;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27553e-05;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:39:42:0:0 chr6 32411035 . A C 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.109;QD=63.8872;RBI=0.0109655;REFB=0;REVB=0.0098948;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53039e-06;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr6 32411646 . T G 2226.52 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000914602;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8755;QD=62.7189;RBI=0.00486465;REFB=-0.119154;REVB=0.0047779;RO=1;SAF=66;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629786;STB=0.503311;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-6.71374e-05;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:1:1:141:141:0.992958:75:66:0:1:75:66:0:1 chr6 32412480 . G A 1877.83 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.467;QD=61.5681;RBI=0.0358733;REFB=0;REVB=-0.0331729;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0441e-05;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:58:64:0:0:58:64:0:0 chr6 32551911 . CA AC 1072.17 PASS AF=0.914634;AO=75;DP=84;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00526061;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=2;MLLD=74.5482;QD=52.3009;RBI=0.0154537;REFB=0.0343055;REVB=-0.0145308;RO=7;SAF=30;SAR=45;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753958;STB=0.539989;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=-0.0231129;OID=.;OPOS=32551911;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:84:82:7:7:75:75:0.914634:45:30:6:1:45:30:6:1 chr6 32628045 . C G 327.69 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0193233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.478;QD=30.4831;RBI=0.020794;REFB=-0.0558566;REVB=-0.00768132;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181413;STB=0.598846;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0421985;OID=.;OPOS=32628045;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:17:11:2:13:17:11:2:13 chr6 32628047 . T G 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.1303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3578;QD=27.2315;RBI=0.131392;REFB=0.00388904;REVB=-0.016908;RO=17;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164922;STB=0.590486;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00403126;OID=.;OPOS=32628047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:16:10:3:14:16:10:3:14 chr6 32628057 . CA TT 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0346104;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.005;QD=11.0866;RBI=0.0397644;REFB=-0.0126074;REVB=-0.0195788;RO=24;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508077;STB=0.810192;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.0284237;OID=.;OPOS=32628057;OREF=CA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:12:1:9:15:12:1:9:16 chr6 32628065 . C G 192.94 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0159206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.29;QD=23.3869;RBI=0.0294332;REFB=-0.0316783;REVB=-0.0247557;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304917;STB=0.631461;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0149023;OID=.;OPOS=32628065;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:14:19:19:0.575758:13:6:0:13:13:6:1:13 chr6 32628602 . G GT 81.26 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0223775;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=235.233;QD=4.51452;RBI=0.0231659;REFB=-0.00521666;REVB=0.00599233;RO=55;SAF=9;SAR=5;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566466;STB=0.504304;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.0254008;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444:14:73:14:72:58:9:5:37:21:81:55:9:5:33:22 chr6 32628609 . C T 72.97 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0156856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.2289;QD=3.99847;RBI=0.0194047;REFB=-0.00268396;REVB=-0.0114238;RO=59;SAF=8;SAR=5;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155531;STB=0.515671;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00617184;OID=.;OPOS=32628609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:59:60:13:13:0.178082:5:8:37:22:5:8:38:22 chr6 32628611 . C T 81.47 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00285703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6982;QD=4.46397;RBI=0.0202606;REFB=-0.00490746;REVB=0.0200582;RO=59;SAF=9;SAR=5;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211951;STB=0.513722;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0172162;OID=.;OPOS=32628611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:59:59:14:14:0.191781:5:9:37:22:5:9:37:22 chr6 32628660 . T C 93.0 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0499923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2885;QD=7.01886;RBI=0.0500801;REFB=0.00238103;REVB=-0.00296501;RO=40;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010999;STB=0.506839;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0119404;OID=.;OPOS=32628660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:4:9:28:12:4:9:28:12 chr6 32629129 . T C 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00152468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.852;QD=29.8323;RBI=0.00979341;REFB=-0.00865262;REVB=0.00967399;RO=14;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225508;STB=0.62439;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00456363;OID=.;OPOS=32629129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:18:8:9:5:18:8:9:5 chr6 32629155 . C A 388.52 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00530308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0805;QD=31.7163;RBI=0.0634521;REFB=0.00979785;REVB=0.0632301;RO=17;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187127;STB=0.602673;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00421711;OID=.;OPOS=32629155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:22:10:10:7:22:10:10:7 chr6 32629161 . A G 113.02 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0215253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.83;QD=9.41848;RBI=0.0296762;REFB=-0.00318349;REVB=0.0204289;RO=33;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379799;STB=0.732845;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0060989;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:34:14:14:0.291667:5:9:10:23:5:9:10:24 chr6 32629193 . C T 136.13 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0426386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.453;QD=10.4713;RBI=0.0466401;REFB=-0.00675825;REVB=0.018901;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365131;STB=0.71405;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0125756;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:6:11:11:24:6:11:11:24 chr6 32629210 . C T 116.31 PASS AF=0.288462;AO=13;DP=50;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0289152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.048;QD=8.94667;RBI=0.0303471;REFB=-0.01929;REVB=0.00921185;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308409;STB=0.715776;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0349096;OID=.;OPOS=32629210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:37:37:13:15:0.288462:5:8:13:24:5:10:13:24 chr6 32629802 . A G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0166611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.984;QD=10.1406;RBI=0.0202007;REFB=-0.00759682;REVB=-0.0114226;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148746;STB=0.59002;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00949601;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:16:12:4:9:16:12 chr6 32629809 . C T 128.28 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00261871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4579;QD=12.217;RBI=0.0151281;REFB=-0.00750865;REVB=0.0148997;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838765;STB=0.504944;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0121389;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:16:11:6:9:16:11 chr6 32629847 . A G 918.73 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3454;QD=58.3321;RBI=0.0455951;REFB=0;REVB=-0.0455101;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418081;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:24:39:0:0 chr6 32629859 . A G 1012.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564876;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.829;QD=59.5379;RBI=0.0132466;REFB=0;REVB=0.0119818;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44664e-05;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:23:44:0:0:24:44:0:0 chr6 32629867 . T TG 46.02 PASS AF=0.204082;AO=7;DP=69;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.00187877;FXX=0.299957;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.2;QD=3.75707;RBI=0.01615;REFB=-0.00305252;REVB=-0.0160404;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429646;STB=0.872641;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0253698;OID=.;OPOS=32629868;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204082:7:69:10:49:39:2:8:29:10:46:62:2:5:42:20 chr6 32629868 . A G 173.54 PASS AF=0.323944;AO=22;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.003202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.222;QD=9.77713;RBI=0.00320986;REFB=0.000603343;REVB=-0.000224541;RO=48;SAF=13;SAR=9;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932221;STB=0.571007;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00339806;OID=.;OPOS=32629868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:22:23:0.323944:9:13:32:16:10:13:32:16 chr6 32629869 . A G 37.84 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.00392026;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7502;QD=2.19335;RBI=0.0123893;REFB=0.000854163;REVB=-0.0117527;RO=49;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304155;STB=0.745232;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0597547;OID=.;OPOS=32629869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:69:49:61:8:8:0.115942:5:3:31:18:5:3:41:20 chr6 32629889 . G A 436.38 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00878513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.397;QD=21.2869;RBI=0.0526016;REFB=0.00144855;REVB=0.0518628;RO=39;SAF=30;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104682;STB=0.558022;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00161094;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:13:30:23:16:13:30:23:16 chr6 32629904 . A G 534.6 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00901853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.503;QD=23.4988;RBI=0.0238003;REFB=-0.0321501;REVB=0.0220254;RO=41;SAF=36;SAR=14;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835124;STB=0.546006;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0172748;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:14:36:26:15:14:36:26:15 chr6 32629931 . C G 309.14 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.02595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5354;QD=13.5886;RBI=0.027234;REFB=-0.00564637;REVB=0.00826368;RO=56;SAF=23;SAR=12;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259107;STB=0.51476;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00815321;OID=.;OPOS=32629931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:12:23:38:18:12:23:38:18 chr6 32629936 . C T 245.26 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.0527108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2628;QD=11.2765;RBI=0.0884706;REFB=0.00697038;REVB=-0.0710536;RO=56;SAF=23;SAR=7;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149683;STB=0.583355;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0165097;OID=.;OPOS=32629936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:30:30:0.344828:7:23:37:19:7:23:38:19 chr6 32629963 . C T 227.32 PASS AF=0.35;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.00221365;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5266;QD=11.3662;RBI=0.0236012;REFB=-0.0281919;REVB=-0.0234971;RO=52;SAF=20;SAR=7;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683119;STB=0.517229;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0536285;OID=.;OPOS=32629963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:27:28:0.35:7:20:36:16:8:20:36:16 chr6 32630028 . G A 201.06 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0296193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.909;QD=12.5665;RBI=0.0306342;REFB=-0.0149331;REVB=0.00782019;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801619;STB=0.522562;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0249286;OID=.;OPOS=32630028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:38:39:24:25:0.390625:9:15:21:17:10:15:22:17 chr6 32632587 . A G 244.46 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=109;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00921435;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8807;QD=9.13873;RBI=0.0180649;REFB=0.00102995;REVB=0.0155383;RO=76;SAF=28;SAR=5;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428678;STB=0.747302;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00218922;OID=.;OPOS=32632587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:76:74:33:33:0.308411:5:28:42:34:5:28:42:32 chr6 32632598 . A T 227.99 PASS AF=0.288288;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00686205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.42;QD=8.21588;RBI=0.0117837;REFB=-0.0183697;REVB=-0.0095795;RO=76;SAF=28;SAR=4;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536315;STB=0.815493;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0330341;OID=.;OPOS=32632598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:76:79:32:32:0.288288:4:28:37:39:4:28:40:39 chr6 32632627 . CG TC 183.98 PASS AF=0.257143;AO=27;DP=105;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.00879812;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=222.284;QD=7.00888;RBI=0.0220814;REFB=-0.00987426;REVB=-0.020253;RO=77;SAF=22;SAR=5;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418837;STB=0.75298;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.0236173;OID=.;OPOS=32632627;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:77:78:27:27:0.257143:5:22:39:38:5:22:40:38 chr6 32632642 . C T 865.25 PASS AF=0.825;AO=66;DP=80;FAO=66;FDP=80;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0168544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.915;QD=43.2625;RBI=0.0189072;REFB=-0.0578805;REVB=0.00856799;RO=14;SAF=33;SAR=33;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468527;STB=0.524992;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0100523;OID=.;OPOS=32632642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:80:80:14:14:66:66:0.825:33:33:5:9:33:33:5:9 chr6 32632647 . T C 53.44 PASS AF=0.139241;AO=10;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00249047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.352;QD=2.70605;RBI=0.0119403;REFB=-0.00448297;REVB=0.0116776;RO=68;SAF=4;SAR=6;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104443;STB=0.606361;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0267421;OID=.;OPOS=32632647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:79:79:68:68:10:11:0.139241:6:4:33:35:7:4:33:35 chr6 32632650 . C T 830.03 PASS AF=0.820513;AO=64;DP=78;FAO=64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0149431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.54;QD=42.5657;RBI=0.0174577;REFB=-0.0516682;REVB=0.00902626;RO=12;SAF=29;SAR=35;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109028;STB=0.508472;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.010573;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:12:14:64:64:0.820513:35:29:5:7:35:29:7:7 chr6 32632659 . CT TG 732.31 PASS AF=0.876923;AO=55;DP=66;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0377091;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.029;QD=45.065;RBI=0.0378023;REFB=0.0135844;REVB=-0.00265286;RO=8;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659276;STB=0.536088;STBP=0.145;TYPE=mnp;VARB=-0.000848642;OID=.;OPOS=32632659;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:65:8:8:55:57:0.876923:34:21:1:7:34:23:1:7 chr6 32632687 . ATC GCT,GTC 753.7 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=4,50;DP=55;FAO=4,50;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=4,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258083,0.0236354;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=66.9543,108.345;QD=55.8295;RBI=0.00548976,0.0252814;REFB=0,0;REVB=-0.00484528,-0.00897307;RO=0;SAF=0,24;SAR=4,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0387984,-0.00717242;OID=.,.;OPOS=32632687,32632687;OREF=ATC,A;OALT=GCT,G;OMAPALT=GCT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:55:54:0:0:4,50:4,50:0.0740741,0.925926:4,26:0,24:0:0:4,26:0,24:0:0 chr6 32632714 . G C 617.82 PASS AF=0.954545;AO=43;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000755347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.109;QD=56.1658;RBI=0.00127394;REFB=-0.0579004;REVB=0.00102586;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00213497;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:43:42:0.954545:27:16:0:0:26:16:0:2 chr6 32632717 . G A 316.22 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00506643;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.598;QD=30.8508;RBI=0.00862184;REFB=-0.0168392;REVB=0.0069762;RO=13;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827337;STB=0.561357;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00452382;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:13:14:27:27:0.658537:18:9:6:7:18:9:7:7 chr6 32632745 . G A 499.36 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.211;QD=58.7485;RBI=0.0307351;REFB=0;REVB=0.0305571;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199614;OID=.;OPOS=32632745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr6 32632749 . A C 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0403946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3179;QD=22.5321;RBI=0.0406973;REFB=-0.0263978;REVB=-0.00495408;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170272;STB=0.509544;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0161159;OID=.;OPOS=32632749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:6:9:11:8:6:9 chr6 32632770 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0561566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1402;QD=16.4266;RBI=0.0636762;REFB=0.0147534;REVB=0.0300183;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13078;STB=0.546136;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.011309;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:5:6:7:3:5:6:7:4 chr6 32632781 . AGA CCC,TAA 201.96 PASS AF=0.588235,0.411765;AO=10,7;DP=17;FAO=10,7;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6,4;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392567,-0.00720516;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=158.3,56.8111;QD=47.5209;RBI=0.0224619,0.0254372;REFB=0,0;REVB=-0.0221162,-0.0243954;RO=0;SAF=6,4;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.000394996,0.0494562;OID=.,.;OPOS=32632781,32632781;OREF=AGA,AG;OALT=CCC,TA;OMAPALT=CCC,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:17:17:0:0:10,7:10,7:0.588235,0.411765:4,3:6,4:0:0:4,3:6,4:0:0 chr6 32632801 . G A 38.51 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00528929;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.293;QD=8.55751;RBI=0.00735403;REFB=-0.00681058;REVB=0.00510931;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143442;OID=.;OPOS=32632801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:6:6:3:3:6:6 chr6 32632818 . T G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00312515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.778;QD=18.0487;RBI=0.0181118;REFB=-0.034588;REVB=0.0178402;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261901;OID=.;OPOS=32632818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:4:4:5:5:4:4 chr6 32632820 . C G 57.29 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0434368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1796;QD=12.7307;RBI=0.0558326;REFB=-0.00934423;REVB=0.0350789;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179923;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:5:5:4:4:5:5 chr6 32632832 . A T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0242744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.859;QD=17.6431;RBI=0.0518765;REFB=0.0263318;REVB=0.0458468;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211216;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr6 32632833 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.013515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.533;QD=11.9197;RBI=0.014303;REFB=0.00249663;REVB=-0.00468184;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00403803;OID=.;OPOS=32632833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr6 32634282 . A G 42.49 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00257738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.61;QD=6.06935;RBI=0.0172864;REFB=-0.00671112;REVB=-0.0170931;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140062;STB=0.536739;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0213479;OID=.;OPOS=32634282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:27:28:21:21:6:7:0.25:3:3:13:8:3:4:13:8 chr6 32634300 . G C 43.04 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00723468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8756;QD=5.55292;RBI=0.0318441;REFB=-0.0103125;REVB=-0.0310114;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347447;STB=0.726633;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0396815;OID=.;OPOS=32634300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:14:10:5:2:14:10 chr6 32634302 . A G 366.48 PASS AF=1;AO=10;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.255026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4238;QD=50.5492;RBI=0.266416;REFB=0;REVB=0.0770646;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218489;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:10:29:1:8:2:0:0:15:14:0:0 chr6 32634306 . A T 41.1 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00665231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.252;QD=5.30314;RBI=0.010723;REFB=-0.00362954;REVB=0.00841007;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261582;STB=0.672566;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0499097;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:12:12:5:2:12:12 chr6 32634313 . C G 296.43 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=2.33303e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.632;QD=35.9305;RBI=0.0192074;REFB=-0.021443;REVB=-0.0192074;RO=8;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102952;STB=0.556053;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00843182;OID=.;OPOS=32634313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:13:12:2:6:13:12:2:6 chr6 32634331 . G C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00614146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.731;QD=5.19163;RBI=0.0153035;REFB=-0.00306424;REVB=-0.0140172;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464916;STB=0.814547;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0137621;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:6:1:13:13:6:1:13:13 chr6 32634369 . C A 375.01 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0145904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.187;QD=44.1182;RBI=0.0156761;REFB=-0.014792;REVB=0.00573244;RO=5;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132481;STB=0.57138;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00275084;OID=.;OPOS=32634369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:15:14:0:5:15:14:0:5 chr6 32634387 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.774;QD=57.2026;RBI=0.0570157;REFB=0;REVB=0.0223344;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362014;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 32636040 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3426;QD=53.2758;RBI=0.0725122;REFB=0;REVB=0.00852697;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00163707;OID=.;OPOS=32636040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr6 32636073 . A G 379.98 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0321842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5804;QD=46.0585;RBI=0.0322638;REFB=-0.033948;REVB=0.002264;RO=4;SAF=14;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060003;STB=0.532337;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00288913;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:15:14:3:1:15:14:3:1 chr6 32636093 . G A 408.05 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00921013;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.09;QD=44.1134;RBI=0.00932886;REFB=-0.011299;REVB=0.00148366;RO=5;SAF=15;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813303;STB=0.529598;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00125075;OID=.;OPOS=32636093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:37:5:6:31:31:0.837838:16:15:4:1:16:15:4:2 chr6 32636217 . G A 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0112259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.037;QD=3.12351;RBI=0.0252011;REFB=-0.00425418;REVB=-0.0225627;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137043;STB=0.596259;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0245597;OID=.;OPOS=32636217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:4:4:19:30:4:4:19:30 chr6 32636221 . T G 36.88 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.012525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1711;QD=2.58786;RBI=0.0398425;REFB=-0.0035127;REVB=-0.0378226;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240232;STB=0.679141;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.032124;OID=.;OPOS=32636221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:49:50:7:7:0.122807:3:4:18:31:3:4:18:32 chr6 32636262 . C A 35.57 PASS AF=0.137255;AO=6;DP=50;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00872521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7558;QD=2.78982;RBI=0.0271233;REFB=0.00116482;REVB=0.0256816;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129106;STB=0.620987;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0031732;OID=.;OPOS=32636262;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:50:51:41:44:6:7:0.137255:4:2:10:31:4:3:13:31 chr6 32636364 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.586;QD=43.4859;RBI=0.0292604;REFB=0;REVB=0.0266015;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629232;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 32636385 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3145;QD=42.1825;RBI=0.0129404;REFB=0;REVB=0.00815483;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955713;OID=.;OPOS=32636385;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 32636433 . A G 109.08 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227056;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.421;QD=36.3587;RBI=0.0236059;REFB=-0.101933;REVB=0.0064571;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00114967;OID=.;OPOS=32636433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr6 32709309 . A G 1264.58 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.61;QD=61.6869;RBI=0.0233781;REFB=0;REVB=0.0231389;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4484e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr6 32713030 . T C 4588.09 PASS AF=1;AO=287;DP=289;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128634;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.517;QD=63.5029;RBI=0.0148307;REFB=0.0638896;REVB=-0.00738123;RO=1;SAF=146;SAR=141;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032552;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01408e-05;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:289:289:1:0:287:289:1:141:146:1:0:141:148:0:0 chr6 32724258 . C T 1062.23 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479758;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.572;QD=59.8439;RBI=0.0481421;REFB=0;REVB=0.00399828;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100313;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr6 32725062 . T A 960.78 PASS AF=0.985294;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427173;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.527;QD=56.5167;RBI=0.10318;REFB=-0.113045;REVB=0.0939216;RO=1;SAF=40;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116608;STB=0.506022;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000609112;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:68:1:1:63:67:0.985294:23:40:1:0:26:41:1:0 chr6 32725619 . TG CA 1173.75 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=86;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0465021;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.425;QD=56.5663;RBI=0.05769;REFB=-0.0274192;REVB=-0.0341422;RO=4;SAF=36;SAR=43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497414;STB=0.526309;STBP=0.037;TYPE=mnp;VARB=0.00331784;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:83:4:4:79:79:0.951807:43:36:4:0:43:36:4:0 chr6 32725625 . T C 1234.92 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0214338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.493;QD=56.7779;RBI=0.0218748;REFB=-0.0403954;REVB=-0.00437005;RO=4;SAF=38;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472815;STB=0.524994;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00223429;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:87:4:4:83:83:0.954023:45:38:4:0:45:38:4:0 chr6 32726803 . C T 2932.73 PASS AF=0.974227;AO=189;DP=196;FAO=189;FDP=194;FR=.;FRO=5;FSAF=112;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0101974;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.207;QD=60.4687;RBI=0.0121778;REFB=0.0107324;REVB=0.00665684;RO=4;SAF=112;SAR=77;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00643852;STB=0.500198;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.000102957;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:196:194:4:5:189:189:0.974227:77:112:3:1:77:112:3:2 chr6 32726838 . C T 3078.26 PASS AF=0.994872;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0503559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.368;QD=63.1438;RBI=0.0567712;REFB=-0.0288335;REVB=0.0262156;RO=1;SAF=112;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577224;STB=0.50303;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000100726;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:195:1:1:194:194:0.994872:82:112:0:1:82:112:0:1 chr6 32729459 . C T 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.632;QD=59.8282;RBI=0.0260826;REFB=0;REVB=-0.00273091;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89044e-05;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:42:61:0:0:42:61:0:0 chr6 32729642 . G C 2402.63 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.682;QD=64.0702;RBI=0.0362736;REFB=0;REVB=0.0338301;RO=0;SAF=91;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66974e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:150:0:0:146:150:1:55:91:0:0:59:91:0:0 chr6 32796653 . C A 1640.45 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115472;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.334;QD=60.2;RBI=0.036399;REFB=0;REVB=0.0345189;RO=0;SAF=89;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46269e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22082e-05;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:106:109:1:17:89:0:0:17:92:0:0 chr6 32796685 . A G 1821.78 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.627;QD=61.2362;RBI=0.0293308;REFB=0;REVB=0.0291016;RO=0;SAF=105;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84627e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96717e-05;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:13:105:0:0:13:106:0:0 chr6 32796751 . T C 3649.46 PASS AF=1;AO=232;DP=232;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8515;QD=62.6516;RBI=0.0323618;REFB=0;REVB=0.0174141;RO=0;SAF=108;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455234;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:232:233:0:0:232:233:1:124:108:0:0:124:109:0:0 chr6 32797297 . T C 666.02 PASS AF=0.910714;AO=49;DP=54;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0133018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7024;QD=47.5732;RBI=0.0146923;REFB=-0.0143536;REVB=0.00623913;RO=5;SAF=18;SAR=31;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114228;STB=0.558116;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0124947;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:56:5:5:49:51:0.910714:31:18:5:0:32:19:5:0 chr6 32800224 . C A 1107.59 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0166406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.539;QD=55.3797;RBI=0.0493139;REFB=-0.0930426;REVB=0.0464214;RO=4;SAF=53;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218756;STB=0.51158;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000428341;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:80:4:4:76:76:0.95:23:53:2:2:23:53:2:2 chr6 32826233 . A G 1862.28 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.19;QD=60.562;RBI=0.0280587;REFB=-0.0758806;REVB=0.0251091;RO=0;SAF=68;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72266e-08;STB=0.503649;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000130733;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:54:68:0:0:54:68:1:0 chr6 32904981 . G A 2666.59 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.28;QD=62.0137;RBI=0.0167048;REFB=0;REVB=0.015981;RO=0;SAF=105;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6574e-06;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:172:0:0:169:172:1:64:105:0:0:66:106:0:0 chr6 32917544 . C T 978.82 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000422655;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.28;QD=59.3224;RBI=0.00494777;REFB=0;REVB=0.00492969;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53749e-05;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr6 32939768 . A G 251.61 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0186239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3845;QD=12.4252;RBI=0.0467483;REFB=0.000723951;REVB=-0.0428784;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225507;STB=0.520394;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00285665;OID=.;OPOS=32939768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:18:12:21:29:18:12:22:29 chr6 32939894 . G T 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.384;QD=53.9097;RBI=0.0380154;REFB=0;REVB=0.00585951;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67951e-05;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:19:4:0:0:19:5:0:0 chr6 32948462 . G A 548.73 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7965;QD=59.3225;RBI=0.0721376;REFB=0;REVB=0.0340363;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00548724;OID=.;OPOS=32948462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr6 32948607 . C CT,T 91.97 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,4;DP=10;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265381,0.032954;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=248.365,206.284;QD=33.4437;RBI=0.0267824,0.0331936;REFB=-0.0257272,-0.0955485;REVB=0.00360926,0.00398087;RO=3;SAF=1,2;SAR=1,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.473628,-0.357477;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0115401,-0.00255146;OID=.,.;OPOS=32948608,32948607;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:10:11:3:0:2,4:2,9:0.181818,0.818182:1,2:1,2:3:0:0,3:2,6:0:0 chr6 32948804 . C T 1800.64 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6377;QD=60.5257;RBI=0.00982872;REFB=0;REVB=-0.00946476;RO=1;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122023;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:1:0:117:119:1:54:63:0:1:56:63:0:0 chr6 32975014 . T C 1124.95 PASS AF=0.928571;AO=77;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00675607;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2545;QD=53.5691;RBI=0.00984234;REFB=-0.129453;REVB=0.00715731;RO=6;SAF=41;SAR=36;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027236;STB=0.514702;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0263062;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:84:84:6:6:77:78:0.928571:36:41:2:4:36:42:2:4 chr6 32975257 . C T 2213.97 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0216075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7554;QD=61.4991;RBI=0.0383596;REFB=-0.0330614;REVB=0.0316951;RO=0;SAF=61;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508063;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000322472;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:144:0:2:141:142:0.986111:80:61:0:0:81:61:2:0 chr6 33036505 . G C 391.37 PASS AF=0.471264;AO=39;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0210221;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.397;QD=17.9939;RBI=0.0225121;REFB=-0.010478;REVB=0.00805379;RO=46;SAF=11;SAR=28;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269393;STB=0.625451;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0145299;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:39:41:0.471264:28:11:25:21:28:13:25:21 chr6 33036853 . A C 393.61 PASS AF=0.340426;AO=48;DP=142;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0155178;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.916;QD=11.1662;RBI=0.0370081;REFB=-0.0185548;REVB=-0.0335976;RO=93;SAF=26;SAR=22;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115204;STB=0.566188;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0456591;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:93:93:48:48:0.340426:22:26:41:52:22:26:41:52 chr6 33036951 . A G 242.82 PASS AF=0.238411;AO=36;DP=151;FAO=36;FDP=151;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.0118489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.468;QD=6.43227;RBI=0.0136431;REFB=-0.00568184;REVB=-0.00676301;RO=110;SAF=26;SAR=10;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319794;STB=0.697545;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0297737;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:110:115:36:36:0.238411:10:26:52:58:10:26:54:61 chr6 33036959 . G A 269.49 PASS AF=0.255034;AO=38;DP=149;FAO=38;FDP=149;FR=.;FRO=111;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.00384109;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.795;QD=7.23472;RBI=0.00991632;REFB=-0.00782008;REVB=0.00914217;RO=108;SAF=27;SAR=11;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32241;STB=0.684931;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0203119;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:108:111:38:38:0.255034:11:27:49:59:11:27:52:59 chr6 33036971 . C T 218.81 PASS AF=0.23741;AO=33;DP=139;FAO=33;FDP=139;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.0169004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.112;QD=6.29659;RBI=0.0263299;REFB=-0.00818224;REVB=-0.0201901;RO=102;SAF=23;SAR=10;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265433;STB=0.675159;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0456234;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:102:106:33:33:0.23741:10:23:50:52:10:23:50:56 chr6 33036977 . G A 210.94 PASS AF=0.237037;AO=31;DP=135;FAO=32;FDP=135;FR=.;FRO=103;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.00644575;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.741;QD=6.24992;RBI=0.0165307;REFB=-0.0113696;REVB=0.0152222;RO=99;SAF=19;SAR=12;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12425;STB=0.593161;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0353171;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:99:103:31:32:0.237037:12:19:51:48:12:20:52:51 chr6 33036999 . T C 159.8 PASS AF=0.209302;AO=26;DP=128;FAO=27;FDP=129;FR=.;FRO=102;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=38;FWDB=0.0141497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1697;QD=4.95493;RBI=0.0197739;REFB=-0.00435134;REVB=0.0138128;RO=102;SAF=14;SAR=12;SRF=64;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115675;STB=0.586744;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0333341;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:102:102:26:27:0.209302:12:14:64:38:13:14:64:38 chr6 33037061 . G C 210.08 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0680207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4853;QD=7.78076;RBI=0.0719604;REFB=0.0177656;REVB=-0.0234838;RO=77;SAF=17;SAR=13;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587379;STB=0.501883;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0340112;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:77:78:30:30:0.277778:13:17:44:33:13:17:44:34 chr6 33037080 . G A 192.26 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0211363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.032;QD=7.53952;RBI=0.0291644;REFB=-0.00107527;REVB=0.0200952;RO=74;SAF=16;SAR=11;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647732;STB=0.544346;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0029693;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:74:75:27:27:0.264706:11:16:40:34:11:16:40:35 chr6 33037419 . G A 678.76 PASS AF=0.384615;AO=80;DP=208;FAO=80;FDP=208;FR=.;FRO=128;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=88;FSRR=40;FWDB=-0.00448429;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.4;QD=13.0531;RBI=0.0200492;REFB=-0.00529423;REVB=-0.0195413;RO=125;SAF=57;SAR=23;SRF=86;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318188;STB=0.518476;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0171282;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:125:128:80:80:0.384615:23:57:86:39:23:57:88:40 chr6 33037424 . T C 735.43 PASS AF=0.397196;AO=85;DP=215;FAO=85;FDP=214;FR=.;FRO=129;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=88;FSRR=41;FWDB=0.00185826;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3445;QD=13.7464;RBI=0.0258447;REFB=-0.0219243;REVB=0.0257778;RO=126;SAF=59;SAR=26;SRF=86;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144047;STB=0.508422;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0219862;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:126:129:85:85:0.397196:26:59:86:40:26:59:88:41 chr6 33037522 . T C 595.49 PASS AF=0.357843;AO=73;DP=205;FAO=73;FDP=204;FR=.;FRO=131;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=83;FSRR=48;FWDB=-0.00835629;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.425;QD=11.6762;RBI=0.0161792;REFB=0.0036033;REVB=0.0138542;RO=129;SAF=46;SAR=27;SRF=81;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00268465;STB=0.502379;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00768975;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:129:131:73:73:0.357843:27:46:81:48:27:46:83:48 chr6 33037579 . AT TG 230.34 PASS AF=0.242857;AO=34;DP=141;FAO=34;FDP=140;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0124132;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.034;QD=6.58116;RBI=0.0174021;REFB=-0.01117;REVB=0.0121962;RO=105;SAF=17;SAR=17;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101354;STB=0.55711;STBP=0.462;TYPE=mnp;VARB=0.0423249;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:105:106:34:34:0.242857:17:17:61:44:17:17:61:45 chr6 33037611 . C T 179.51 PASS AF=0.237288;AO=28;DP=118;FAO=28;FDP=118;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.0423079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.655;QD=6.0852;RBI=0.0425848;REFB=-0.0097119;REVB=-0.00484811;RO=90;SAF=15;SAR=13;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249912;STB=0.515233;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0295431;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:90:90:28:28:0.237288:13:15:50:40:13:15:50:40 chr6 33037626 . C G 162.27 PASS AF=0.240385;AO=24;DP=104;FAO=25;FDP=104;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0198914;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.79;QD=6.24119;RBI=0.0205299;REFB=-0.004166;REVB=-0.00508008;RO=78;SAF=13;SAR=11;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120871;STB=0.512053;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0137413;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:78:79:24:25:0.240385:11:13:43:35:11:14:43:36 chr6 33037639 . GC AT 130.95 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0144048;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.826;QD=5.95213;RBI=0.0305885;REFB=-0.00723731;REVB=-0.0269844;RO=68;SAF=11;SAR=9;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441504;STB=0.52737;STBP=0.762;TYPE=mnp;VARB=0.0296493;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:68:20:20:0.227273:9:11:35:33:9:11:35:33 chr6 33048538 . T C 444.4 PASS AF=0.423729;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=0.00564159;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.194;QD=15.0645;RBI=0.0130298;REFB=-0.0140313;REVB=0.0117452;RO=67;SAF=32;SAR=17;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385554;STB=0.520267;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0169516;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:68:49:50:0.423729:17:32:46:21:17:33:47:21 chr6 33048542 . C T 421.1 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=0.02345;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.934;QD=14.6469;RBI=0.0238135;REFB=-0.00421923;REVB=-0.00414452;RO=67;SAF=32;SAR=16;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233987;STB=0.513152;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.010187;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:67:67:48:48:0.417391:16:32:46:21:16:32:46:21 chr6 33048599 . CT AG 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00600741;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.333;QD=15.2045;RBI=0.0399637;REFB=-0.0137218;REVB=-0.0395096;RO=55;SAF=27;SAR=12;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307128;STB=0.669333;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.0153653;OID=.;OPOS=33048599;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:12:27:22:33:12:27:23:33 chr6 33048686 . G A 115.17 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0205448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.548;QD=10.713;RBI=0.0211305;REFB=-0.00129031;REVB=0.00494044;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214125;STB=0.627274;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0206603;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:11:18:6:8:11:18 chr6 33048689 . G A 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0040903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.766;QD=10.4387;RBI=0.0117005;REFB=-0.00933091;REVB=-0.0109622;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270736;STB=0.661413;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0219214;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:5:8:10:17:5:8:10:17 chr6 33048694 . A G 119.34 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00166525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.982;QD=12.9014;RBI=0.0262031;REFB=-0.00882547;REVB=-0.0261501;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143953;STB=0.584495;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.01145;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:10:13:6:8:10:13 chr6 33052736 . G A 96.71 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00386822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0914;QD=4.20469;RBI=0.0523125;REFB=-0.00461278;REVB=-0.0521693;RO=75;SAF=6;SAR=11;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211617;STB=0.636904;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00801267;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:92:92:75:75:17:17:0.184783:11:6:39:36:11:6:39:36 chr6 33052743 . T C 116.53 PASS AF=0.193878;AO=18;DP=97;FAO=19;FDP=98;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00438264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.558;QD=4.75624;RBI=0.0136199;REFB=0.00108396;REVB=-0.0128955;RO=75;SAF=6;SAR=12;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221678;STB=0.666126;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0053681;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:75:79:18:19:0.193878:12:6:38:37:13:6:41:38 chr6 33052764 . G C,GC 106.72 PASS AF=0,0.292035;AO=6,18;DP=114;FAO=0,33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=0,12;FSAR=0,21;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0754942,-0.08696;FXX=0;HRUN=4,3;LEN=1,1;MLLD=19.5756,13.2071;QD=3.77753;RBI=0.0946808,0.167992;REFB=-0.00725292,-0.0363373;REVB=-0.0571409,-0.143734;RO=90;SAF=3,11;SAR=3,7;SRF=39;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0676049,0.222345;STB=0.5,0.607135;STBP=1,0.156;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.020797;OID=.,.;OPOS=33052764,33052765;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:114:113:90:80:6,18:0,33:0,0.292035:3,7:3,11:39:51:0,21:0,12:41:39 chr6 33052768 . T C 195.59 PASS AF=0.25641;AO=29;DP=115;FAO=30;FDP=117;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0008836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9708;QD=6.6867;RBI=0.0085762;REFB=0.001998;REVB=0.00853056;RO=86;SAF=12;SAR=17;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121568;STB=0.579257;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0145291;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:86:87:29:30:0.25641:17:12:44:42:18:12:44:43 chr6 33052803 . G A 360.3 PASS AF=0.330882;AO=45;DP=136;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.00911349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.544;QD=10.5971;RBI=0.0114167;REFB=-0.00390454;REVB=0.00687637;RO=91;SAF=20;SAR=25;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121284;STB=0.570002;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00790947;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:91:91:45:45:0.330882:25:20:50:41:25:20:50:41 chr6 33052950 . T C 425.07 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0129931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.158;QD=13.9366;RBI=0.0165874;REFB=-0.0128925;REVB=-0.0103113;RO=73;SAF=27;SAR=22;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707092;STB=0.539861;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0214349;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:73:49:49:0.401639:22:27:45:28:22:27:45:28 chr6 33052958 . C T 423.97 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0196977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.934;QD=13.7877;RBI=0.0235444;REFB=0.00881614;REVB=0.0128973;RO=74;SAF=27;SAR=22;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619122;STB=0.53494;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0119867;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:22:27:45:29:22:27:45:29 chr6 33052986 . T C 371.46 PASS AF=0.387931;AO=44;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.028467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.673;QD=12.809;RBI=0.0286088;REFB=0.00683533;REVB=0.00284467;RO=70;SAF=23;SAR=21;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037362;STB=0.51851;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0153067;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:71:44:45:0.387931:21:23:39:31:21:24:40:31 chr6 33053609 . G A 478.92 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.0459984;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.081;QD=13.7818;RBI=0.0462228;REFB=-0.0128224;REVB=-0.00454925;RO=84;SAF=17;SAR=37;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269907;STB=0.656507;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0112606;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:84:85:54:54:0.388489:37:17:47:37:37:17:48:37 chr6 33053682 . G A 466.52 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0845804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8714;QD=14.0305;RBI=0.101406;REFB=-0.0305563;REVB=0.0559398;RO=78;SAF=15;SAR=38;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27203;STB=0.661997;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0506033;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:78:80:53:53:0.398496:38:15:41:37:38:15:43:37 chr6 33053968 . T A 88.04 PASS AF=0.14876;AO=18;DP=122;FAO=18;FDP=121;FR=.;FRO=103;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=91;FSRR=12;FWDB=0.0239517;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5452;QD=2.91052;RBI=0.0305527;REFB=0.00389203;REVB=0.018968;RO=104;SAF=13;SAR=5;SRF=92;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326145;STB=0.701595;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0130875;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:122:121:104:103:18:18:0.14876:5:13:92:12:5:13:91:12 chr6 33053971 . T C 86.98 PASS AF=0.146341;AO=18;DP=123;FAO=18;FDP=123;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=93;FSRR=12;FWDB=-0.00793437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.839;QD=2.82853;RBI=0.0833099;REFB=-0.00336041;REVB=0.0829312;RO=105;SAF=13;SAR=5;SRF=93;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329185;STB=0.705565;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0307476;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:123:123:105:105:18:18:0.146341:5:13:93:12:5:13:93:12 chr6 33053982 . G C 146.8 PASS AF=0.201613;AO=25;DP=125;FAO=25;FDP=124;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=87;FSRR=12;FWDB=-0.0453673;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2793;QD=4.73534;RBI=0.0478585;REFB=-0.0141926;REVB=0.0152396;RO=94;SAF=18;SAR=7;SRF=82;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288542;STB=0.682342;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0292039;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:94:99:25:25:0.201613:7:18:82:12:7:18:87:12 chr6 33054046 . T G 93.92 PASS AF=0.163636;AO=12;DP=108;FAO=18;FDP=110;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=84;FSRR=8;FWDB=0.00876352;FXX=0.0434745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.304;QD=3.41538;RBI=0.0146125;REFB=-0.00373683;REVB=0.0116929;RO=86;SAF=11;SAR=1;SRF=81;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119637;STB=0.555499;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.017332;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:108:110:86:92:12:18:0.163636:1:11:81:5:2:16:84:8 chr6 33054057 . G A 70.86 PASS AF=0.131148;AO=16;DP=122;FAO=16;FDP=122;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=83;FSRR=23;FWDB=0.0239505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.629;QD=2.3233;RBI=0.0343956;REFB=-0.0104598;REVB=-0.0246867;RO=104;SAF=12;SAR=4;SRF=81;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500864;STB=0.539725;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0272065;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:122:122:104:106:16:16:0.131148:4:12:81:23:4:12:83:23 chr6 33080359 . CT TG 315.98 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00899171;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.518;QD=17.0802;RBI=0.00983907;REFB=-0.0106739;REVB=0.00399454;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221423;STB=0.630256;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=0.0148581;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:39:40:34:34:0.459459:21:13:24:15:21:13:25:15 chr6 33138955 . G A 173.65 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=2;FWDB=-0.000836437;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.662;QD=11.3869;RBI=0.030413;REFB=-0.0188557;REVB=0.0304015;RO=40;SAF=19;SAR=2;SRF=37;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708857;STB=0.638686;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.032505;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:39:21:22:0.360656:2:19:37:3:3:19:37:2 chr6 33140864 . A AG,G 43.75 PASS AF=0.28125,0;AO=10,4;DP=72;FAO=18,0;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=11,0;FSAR=7,0;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.056807,-0.00557175;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=6.65956,203.499;QD=2.73454;RBI=0.0970975,0.020353;REFB=-0.107374,0.00205135;REVB=0.0787456,-0.0195755;RO=56;SAF=7,4;SAR=3,0;SRF=22;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.366193,0.566665;STB=0.640258,0.5;STBP=0.161,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.100964,0;OID=.,.;OPOS=33140865,33140864;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:72:64:56:46:10,4:18,0:0.28125,0:3,0:7,4:22:34:7,0:11,0:19:27 chr6 33141161 . A G 115.82 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00796124;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.132;QD=10.2951;RBI=0.0296279;REFB=-0.0201486;REVB=-0.0285383;RO=30;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324868;STB=0.709353;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0295402;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:3:11:16:14:3:11:16:15 chr6 33141920 . G C 86.78 PASS AF=0.354839;AO=8;DP=28;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.000454578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.257;QD=11.1969;RBI=0.0204208;REFB=-0.0183754;REVB=-0.0204158;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330855;STB=0.562394;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0361298;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:31:16:20:8:11:0.354839:5:3:2:14:8:3:4:16 chr6 33144243 . T A 272.46 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0122619;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9832;QD=11.594;RBI=0.0248058;REFB=-0.010527;REVB=-0.0215632;RO=57;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975587;STB=0.521263;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0264189;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:57:62:32:32:0.340426:16:16:28:29:16:16:29:33 chr6 33156201 . C T 248.27 PASS AF=0.314815;AO=33;DP=106;FAO=34;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00121811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.716;QD=9.19529;RBI=0.00154696;REFB=-0.0171487;REVB=-0.000953564;RO=67;SAF=26;SAR=7;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248738;STB=0.647416;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0373718;OID=.;OPOS=33156201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:67:74:33:34:0.314815:7:26:41:26:8:26:43:31 chr6 33163451 . G A 354.93 PASS AF=0.528571;AO=33;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00976015;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.063;QD=20.2816;RBI=0.0394865;REFB=-0.0279702;REVB=0.0382613;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796178;STB=0.570401;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.023661;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:33:33:37:0.528571:16:17:15:20:18:19:12:21 chr6 33176958 . C T 365.84 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0302627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4826;QD=13.6763;RBI=0.0588566;REFB=0.00185301;REVB=-0.0504804;RO=64;SAF=16;SAR=27;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890925;STB=0.550497;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00410911;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:27:16:29:35:27:16:29:35 chr6 33235755 . G A 1986.79 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.693;QD=62.0873;RBI=0.0258583;REFB=0;REVB=0.00772511;RO=0;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65984e-05;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:125:128:1:55:70:0:0:55:73:0:0 chr6 33254665 . A G 144.89 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0122328;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.08;QD=14.4888;RBI=0.0306792;REFB=-0.0504602;REVB=0.0281349;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255289;STB=0.647966;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.043774;OID=.;OPOS=33254665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:16:16:0.4:6:10:9:15:6:10:9:15 chr6 33256397 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.021095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.844;QD=13.6609;RBI=0.0251237;REFB=-0.00073498;REVB=-0.0136455;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899428;OID=.;OPOS=33256397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:6:8:11:9:6:8:12:9 chr6 33256471 . T C 238.73 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.509;QD=50.2583;RBI=0.0448899;REFB=0;REVB=0.019056;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115765;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 33261723 . CAAAAC CAAACA 40.92 PASS AF=0.121212;AO=7;DP=68;FAO=8;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0407219;FXX=0.0294074;HRUN=4;LEN=2;MLLD=116.271;QD=2.48016;RBI=0.0422786;REFB=-0.00781766;REVB=-0.0113671;RO=47;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585081;STB=0.909129;STBP=0.043;TYPE=mnp;VARB=0.211745;OID=.;OPOS=33261727;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121212:7:68:8:66:58:7:1:20:38:39:47:6:1:15:32 chr6 33263097 . T TC 33.43 PASS AF=0.122449;AO=14;DP=99;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.0412586;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.8428;QD=1.36442;RBI=0.0688581;REFB=-0.00330775;REVB=-0.0551286;RO=84;SAF=1;SAR=13;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6503;STB=0.924895;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0119075;OID=.;OPOS=33263098;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122449:14:99:12:98:86:1:11:51:35:33:84:1:13:52:32 chr6 33264473 . G A 428.8 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0133048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.932;QD=17.1521;RBI=0.0245453;REFB=0.000806854;REVB=-0.0206265;RO=56;SAF=14;SAR=30;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226351;STB=0.627317;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000975475;OID=.;OPOS=33264473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:30:14:30:26:30:14:30:26 chr6 33272855 . G C 526.49 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0213025;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.525;QD=21.7111;RBI=0.0482278;REFB=-0.0260017;REVB=0.0432681;RO=47;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335587;STB=0.518511;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0508772;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:21:29:29:18:21:29:29:18 chr6 33283766 . T C 598.11 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.00403025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.31;QD=15.7397;RBI=0.00498226;REFB=-0.0124768;REVB=-0.00292916;RO=85;SAF=31;SAR=35;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022955;STB=0.515833;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0191252;OID=.;OPOS=33283766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:85:86:66:66:0.434211:35:31:38:47:35:31:38:48 chr6 33290631 . GC G,GG 46.74 PASS AF=0.2,0.05;AO=8,2;DP=40;FAO=8,2;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=1,0;FSAR=7,2;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=-0.111291,-0.0264283;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.0249,28.5071;QD=4.67369;RBI=0.116916,0.0825822;REFB=-0.0641562,-0.0259538;REVB=0.0358288,0.0782391;RO=26;SAF=1,0;SAR=7,2;SRF=1;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.328632,-0.336016;STB=0.624752,0.990688;STBP=0.8,0.472;TYPE=del,snp;VARB=0.11564,0.0946767;OID=.,.;OPOS=33290632,33290632;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.05:8,2:40:8,2:40:30:1,0:7,2:2:28:36:26:1,0:7,2:1:25 chr6 33333446 . C T 260.42 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513956;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.225;QD=52.0843;RBI=0.0469962;REFB=0;REVB=0.0467143;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314329;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr6 33333916 . G T 445.19 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.782;QD=57.4438;RBI=0.0128634;REFB=0;REVB=0.00875341;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.36925e-07;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:9:21:0:0:10:21:0:0 chr6 33382136 . TG T,TGG 35.01 PASS AF=0.338462,0;AO=15,7;DP=66;FAO=22,0;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=21,0;FSAR=1,0;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0898786,0.0776837;FXX=0.0151492;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.76816,7.71369;QD=2.15417;RBI=0.288918,0.296615;REFB=0.0394188,-0.0531265;REVB=0.274582,-0.286262;RO=32;SAF=14,5;SAR=1,2;SRF=23;SRR=9;SSEN=0.518519,0;SSEP=0,0;SSSB=0.461542,-0.00660187;STB=0.825811,0.5;STBP=0.019,1;TYPE=del,ins;VARB=-0.0710998,0.0682569;OID=.,.;OPOS=33382137,33382137;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338462,0:15,7:66:22,0:65:43:21,0:1,0:32:11:38:32:14,5:1,2:23:9 chr6 33382288 . G A 1317.96 PASS AF=0.95;AO=87;DP=92;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0296759;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2101;QD=52.7184;RBI=0.0330487;REFB=-0.111613;REVB=0.0145449;RO=4;SAF=29;SAR=58;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384385;STB=0.523718;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0250931;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:92:100:4:5:87:95:0.95:58:29:3:1:61:34:4:1 chr6 33408542 . G A 785.7 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.325;QD=55.1368;RBI=0.0591352;REFB=-0.0725371;REVB=0.0572365;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00152419;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:0:1:32:24:0:1 chr6 33422976 . T G 650.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4051;QD=61.9994;RBI=0.101328;REFB=0;REVB=0.0984923;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158004;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr6 33541507 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000147951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.354;QD=15.782;RBI=0.00298785;REFB=-0.0145461;REVB=-0.00298419;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223326;STB=0.626756;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0144079;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:18:11:14:9:18:11 chr6 33556747 . G A 316.65 PASS AF=0.45679;AO=31;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0145431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8971;QD=15.6368;RBI=0.0217748;REFB=-0.0137022;REVB=-0.0162061;RO=40;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999682;STB=0.568589;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00563286;OID=.;OPOS=33556747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:44:31:37:0.45679:11:20:22:18:11:26:26:18 chr6 33560896 . A G 463.05 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.083;QD=57.8814;RBI=0.0284099;REFB=0;REVB=0.0151452;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25753e-05;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr6 33636907 . C T 152.82 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0634315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.588;QD=40.753;RBI=0.0634461;REFB=-0.00929652;REVB=-0.00136151;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.571319;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-1.39105e-05;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:1:1:14:14:0.933333:11:3:1:0:11:3:1:0 chr6 33638180 . C T 1327.57 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488025;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.484;QD=62.4739;RBI=0.0592971;REFB=0;REVB=0.0336818;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208498;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr6 33638300 . G A 164.88 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0377374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.051;QD=21.2742;RBI=0.0399594;REFB=-0.00198976;REVB=0.0131392;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292706;STB=0.664024;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00111443;OID=.;OPOS=33638300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:11:3:10:7:11:3 chr6 33641379 . T C 1064.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119034;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.368;QD=59.9607;RBI=0.0123663;REFB=0;REVB=0.00335176;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154971;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr6 33648198 . G A 465.39 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0101362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.877;QD=19.8038;RBI=0.0107974;REFB=-0.0138746;REVB=-0.00372038;RO=48;SAF=26;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219574;STB=0.51219;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0236849;OID=.;OPOS=33648198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:20:26:26:22:20:26:26:22 chr6 33648228 . C T 1501.65 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0206023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.745;QD=61.2919;RBI=0.0387616;REFB=-0.0957339;REVB=0.032833;RO=2;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220437;STB=0.511625;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00118949;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:42:54:0:2:42:54:0:2 chr6 33652675 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0438703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.468;QD=16.0426;RBI=0.0469592;REFB=0.0164319;REVB=0.01675;RO=25;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415433;STB=0.732385;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0159306;OID=.;OPOS=33652675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:15:4:15:10:15:4:15:11 chr6 33653448 . C T 935.43 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.771;QD=58.4644;RBI=0.068449;REFB=0;REVB=0.0641409;RO=0;SAF=50;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90643e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:13:50:0:0:13:51:0:0 chr6 33659472 . C G 656.79 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0803;QD=61.0971;RBI=0.0471423;REFB=0;REVB=-0.0353692;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204192;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:25:15:0:0:25:18:0:0 chr6 33690796 . CA TG 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164221;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.248;QD=58.6006;RBI=0.0428691;REFB=0;REVB=0.039599;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.81137e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr6 33703089 . C T 410.24 PASS AF=0.57971;AO=39;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0443305;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0808;QD=23.7822;RBI=0.0443507;REFB=-0.0254023;REVB=-0.00133971;RO=27;SAF=13;SAR=26;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606435;STB=0.556672;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0211252;OID=.;OPOS=33703089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:29:39:40:0.57971:26:13:11:16:27:13:13:16 chr6 33703230 . G A 181.07 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.122069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.298;QD=13.9286;RBI=0.122606;REFB=-0.0120718;REVB=0.0114618;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150714;STB=0.606842;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0156291;OID=.;OPOS=33703230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:31:20:21:0.403846:12:8:8:22:12:9:8:23 chr6 33739960 . A G 1230.99 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00706904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5564;QD=60.0484;RBI=0.00768895;REFB=-0.0537342;REVB=0.00302467;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119868;STB=0.506328;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00245153;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:39:42:0:1:39:42:0:1 chr6 33740025 . C T 238.51 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9096;QD=20.2983;RBI=0.0709832;REFB=-0.0325996;REVB=0.0709832;RO=23;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.033524;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:23:0:0:23:23:0:0:24 chr6 33768897 . A G 695.95 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.041;QD=60.5174;RBI=0.0129545;REFB=-0.170353;REVB=0.00641245;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00116778;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:1:0 chr6 33990447 . T C 379.64 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267096;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.567;QD=56.2427;RBI=0.0345016;REFB=0;REVB=0.034398;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321266;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:10:17:0:0 chr6 34003685 . T C 993.59 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182201;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.186;QD=59.3187;RBI=0.0196035;REFB=0;REVB=0.00723377;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66788e-05;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:27:40:0:0 chr6 34008006 . A G 526.75 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.852;QD=56.9454;RBI=0.030933;REFB=-0.0772057;REVB=-0.0154698;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021769;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00215506;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:21:15:0:1:21:15:0:1 chr6 34213296 . T C 550.31 PASS AF=0.95;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00458893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.022;QD=55.0308;RBI=0.00975759;REFB=-0.00108826;REVB=-0.00861117;RO=2;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123575;STB=0.507039;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000128658;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:40:2:2:37:38:0.95:14:23:1:1:14:24:1:1 chr6 34213868 . A G 174.27 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.147;QD=41.0053;RBI=0.0244751;REFB=-0.1134;REVB=-0.00532275;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00138002;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:15:16:0.941176:8:7:0:1:9:7:0:1 chr6 34214322 . C G 526.89 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00167582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.119;QD=56.9615;RBI=0.00327592;REFB=-0.109785;REVB=0.00281483;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.509799;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000473064;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:11:25:0:0:11:25:1:0 chr6 34215228 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0264863;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.564;QD=23.3999;RBI=0.0264863;REFB=-0.0496016;REVB=0;RO=3;SAF=8;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127081;OID=.;OPOS=34215228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:0:8:3:0:0:8:3:0 chr6 34502687 . T C 2140.07 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.935;QD=62.4837;RBI=0.05011;REFB=0;REVB=0.0489021;RO=0;SAF=79;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32687e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:127:137:0:0:127:137:1:48:79:0:0:56:81:0:0 chr6 34557374 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.035;QD=57.3932;RBI=0.0144211;REFB=-0.0769288;REVB=0.00196429;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000386736;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:0:1:19:18:0:1 chr6 34840515 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7976;QD=46.8479;RBI=0.051652;REFB=0;REVB=-0.0506911;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129371;OID=.;OPOS=34840515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 34985349 . C T 527.51 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0181747;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.822;QD=21.9797;RBI=0.0281017;REFB=-0.0154715;REVB=0.0214333;RO=42;SAF=22;SAR=28;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911017;STB=0.5238;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00976757;OID=.;OPOS=34985349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:42:46:50:50:0.520833:28:22:14:28:28:22:18:28 chr6 35027927 . T C 2271.78 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0134865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.03;QD=59.7837;RBI=0.0185769;REFB=0.112005;REVB=-0.0127755;RO=1;SAF=68;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576559;STB=0.502994;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-4.79551e-05;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:150:151:0.993421:82:68:0:1:83:68:0:1 chr6 35050506 . G A,C 690.75 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=39,3;DP=43;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345389,0.0313583;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.0103,25.414;QD=60.065;RBI=0.0408958,0.0375614;REFB=0,0;REVB=0.0218981,-0.0206764;RO=0;SAF=15,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0195951,-0.0458812;OID=.,.;OPOS=35050506,35050506;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:43:46:0:0:39,3:44,2:0.956522,0.0434783:24,2:15,1:0:0:27,1:17,1:0:0 chr6 35107772 . CA C 43.32 PASS AF=0.465116;AO=17;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.171072;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.13041;QD=4.03018;RBI=0.277641;REFB=-0.124358;REVB=-0.218675;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136077;STB=0.525399;STBP=0.782;TYPE=del;VARB=0.133449;OID=.;OPOS=35107773;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:17:43:20:43:23:14:6:17:6:43:18:11:6:14:4 chr6 35201029 . C T 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0139332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.299;QD=20.5452;RBI=0.0248703;REFB=-0.00132038;REVB=-0.020601;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387713;STB=0.716354;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000544998;OID=.;OPOS=35201029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:18:4:14:8:18:4 chr6 35203286 . CT TG 174.42 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0360405;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.002;QD=9.82625;RBI=0.0371014;REFB=-0.0167084;REVB=-0.00880913;RO=48;SAF=18;SAR=5;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47212;STB=0.777534;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0341666;OID=.;OPOS=35203286;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:5:18:18:30:5:18:18:30 chr6 35285720 . A C 427.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6318;QD=57.0518;RBI=0.0355595;REFB=0;REVB=-0.0269631;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001079;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 35391787 . C T 523.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227562;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.449;QD=59.8608;RBI=0.0369705;REFB=0;REVB=0.0291371;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135503;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr6 35395010 . C T 1283.08 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0343183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.521;QD=56.3992;RBI=0.0469578;REFB=-0.17447;REVB=0.0320514;RO=4;SAF=60;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674908;STB=0.531593;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00094152;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:91:91:4:5:86:86:0.945055:26:60:0:4:26:60:1:4 chr6 35395782 . G A 206.13 PASS AF=0.5;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0195701;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.989;QD=19.6311;RBI=0.0447667;REFB=-0.00964703;REVB=0.0402625;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655113;STB=0.551677;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0149552;OID=.;OPOS=35395782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:20:21:0.5:7:13:15:6:8:13:15:6 chr6 35395795 . G C 887.33 PASS AF=0.984375;AO=58;DP=59;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0325;QD=55.4581;RBI=0.0171776;REFB=-0.135036;REVB=0.0139253;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00118964;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:64:0:1:58:63:0.984375:23:35:0:0:24:39:0:1 chr6 35423662 . A C 209.63 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00432262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.756;QD=18.634;RBI=0.00556991;REFB=-0.00318262;REVB=-0.00351266;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180095;STB=0.602734;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00359973;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:11:13:15:6:11:13 chr6 35426175 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0189425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.06;QD=19.9749;RBI=0.0312281;REFB=-0.0361809;REVB=0.024827;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045558;STB=0.525747;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0345535;OID=.;OPOS=35426175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:11:9:8:12:11:9 chr6 35441516 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT 458.91 PASS AF=0.93913,0,0.0608696;AO=51,15,6;DP=120;FAO=108,0,7;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0,4;FSAR=65,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.137034,-0.069358,-0.100697;FXX=0.0416632;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=5.53244,9.58113,190.632;QD=15.9621;RBI=0.249771,0.126376,0.100829;REFB=0.00196256,0.00295161,-0.00544251;REVB=0.208823,0.105643,-0.00515947;RO=26;SAF=19,6,3;SAR=32,9,3;SRF=6;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0972357,0.201791,0.336171;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0214953,-0.0953645,0.0267413;OID=.,.,.;OPOS=35441517,35441517,35441522;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.93913,0,0.0608696:51,15,6:120:108,0,7:115:0:43,0,4:65,0,3:0:0:19:26:19,6,3:32,9,3:6:20 chr6 35442137 . G C,GC 69.7 PASS AF=0,0.298246;AO=3,15;DP=56;FAO=0,17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=0,5;FSAR=0,12;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0503769,-0.0375305;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.7847,13.2399;QD=4.8914;RBI=0.0581327,0.0733793;REFB=-0.0145359,-0.161206;REVB=0.0290099,0.0630554;RO=38;SAF=0,8;SAR=3,7;SRF=27;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.623287,-0.217078;STB=0.5,0.804168;STBP=1,0.005;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.198183;OID=.,.;OPOS=35442137,35442138;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:56:57:38:40:3,15:0,17:0,0.298246:3,7:0,8:27:11:0,12:0,5:31:9 chr6 35465786 . A C 172.62 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00935401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3418;QD=11.9045;RBI=0.064526;REFB=0.00163184;REVB=-0.0638444;RO=35;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848775;STB=0.539899;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00357733;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:21:22:0.37931:13:8:16:19:13:9:17:19 chr6 35474073 . C G 107.98 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0954879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.005;QD=13.0888;RBI=0.0986886;REFB=-0.0266882;REVB=-0.0249297;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224007;STB=0.612735;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0237567;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:7:6:13:6:7:6:13:7 chr6 35477025 . C G 125.7 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00821299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.763;QD=9.66908;RBI=0.0330766;REFB=-0.0263095;REVB=0.0320407;RO=36;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268918;STB=0.660182;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0459976;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:6:10:14:22:6:10:14:22 chr6 35477032 . A G 122.1 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.010544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.162;QD=9.21493;RBI=0.0186721;REFB=-0.00535301;REVB=-0.0154101;RO=36;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298553;STB=0.684712;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0239303;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:6:10:13:23:6:10:13:24 chr6 35479574 . G C 50.49 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00185866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.718;QD=16.8293;RBI=0.025052;REFB=-0.0183116;REVB=0.024983;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0310626;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:2:3:2:5:2:3 chr6 35705892 . T C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0108438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.044;QD=12.3944;RBI=0.0109985;REFB=-0.00558442;REVB=-0.00183835;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381134;STB=0.726925;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0120554;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:11:3:13:11:11:3:13:11 chr6 35745655 . C T 598.52 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6038;QD=59.8516;RBI=0.0520895;REFB=0;REVB=0.0212278;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974513;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr6 35748931 . T C 235.0 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0112902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5919;QD=8.86805;RBI=0.0147044;REFB=0.00099875;REVB=0.00942083;RO=74;SAF=10;SAR=22;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275866;STB=0.662547;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00307788;OID=.;OPOS=35748931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:74:74:32:32:0.301887:22:10:40:34:22:10:40:34 chr6 35755658 . A G 120.34 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0136565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3538;QD=5.40846;RBI=0.0372151;REFB=-0.00559743;REVB=-0.0346188;RO=68;SAF=12;SAR=7;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209616;STB=0.509569;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0165119;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:70:19:19:0.213483:7:12:44:24:7:12:45:25 chr6 36027142 . A G 266.34 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0194486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.662;QD=13.4853;RBI=0.0304468;REFB=-0.0192515;REVB=-0.0234255;RO=47;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167112;STB=0.50286;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0318456;OID=.;OPOS=36027142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:48:31:31:0.392405:16:15:22:25:16:15:23:25 chr6 36076280 . C T 788.92 PASS AF=0.488095;AO=81;DP=168;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.014293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.12;QD=18.7839;RBI=0.0267536;REFB=0.00640616;REVB=-0.0226157;RO=83;SAF=44;SAR=37;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551111;STB=0.529163;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00703633;OID=.;OPOS=36076280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:83:86:81:82:0.488095:37:44:50:33:38:44:51:35 chr6 36098410 . A C 62.29 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.249;QD=35.5956;RBI=0.0314963;REFB=0;REVB=0.0256336;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040612;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr6 36198421 . T C 176.5 PASS AF=0.5;AO=16;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0221655;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.655;QD=19.611;RBI=0.0229412;REFB=-0.0443234;REVB=0.00591538;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191979;STB=0.529573;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0422087;OID=.;OPOS=36198421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:16:18:0.5:7:9:13:4:7:11:12:6 chr6 36198577 . G C 289.41 PASS AF=0.425;AO=32;DP=84;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00371409;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.548;QD=14.4706;RBI=0.0545262;REFB=-0.0212526;REVB=-0.0543995;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420841;STB=0.516457;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0252903;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:80:41:46:32:34:0.425:13:19:26:15:15:19:27:19 chr6 36260858 . C T 117.09 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0157626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2537;QD=12.0088;RBI=0.0823849;REFB=-0.00047674;REVB=0.080863;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261592;STB=0.654326;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00626258;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:15:10:9:5:15:10 chr6 36275458 . T C 305.13 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0548781;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8812;QD=20.342;RBI=0.0776433;REFB=0.00671771;REVB=-0.054926;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30859;STB=0.685374;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00762434;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:20:12:21:7:20:12:22:6 chr6 36463627 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.202;QD=61.684;RBI=0.0351715;REFB=0;REVB=-0.0188094;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97919e-05;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr6 36569717 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAG CTTTTTTTTTTTTTTTAG,CTTTTTTTTTTTTTTTTAG,CTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGT 93.23 PASS AF=0,0.352941,0.588235;AO=2,2,2;DP=20;FAO=0,6,10;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=0,6,10;FSAR=0,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0633357,-0.0841661,-0.0910417;FXX=0.291545;HRUN=19,19,19;LEN=4,3,3;MLLD=5.83027,4.53687,12.6168;QD=21.9368;RBI=0.0633387,0.0841674,0.0910418;REFB=0.168113,0.214906,0.259683;REVB=-0.000612609,-0.000459761,-0.000157709;RO=0;SAF=2,2,2;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.103663,0.0654396,-0.0944515;OID=.,.,.;OPOS=36569718,36569718,36569736;OREF=TTTT,TTT,TAG;OALT=-,-,AGT;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTTTAG,CTTTTTTTTTTTTTTTTAG,CTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.352941,0.588235:2,2,2:20:0,6,10:17:1:0,6,10:0,0,0:1:0:14:0:2,2,2:0,0,0:0:0 chr6 36645696 . A G 897.7 PASS AF=0.4329;AO=90;DP=225;FAO=100;FDP=231;FR=.;FRO=131;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.0167481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3973;QD=15.5447;RBI=0.0187396;REFB=-0.00646698;REVB=0.00840674;RO=129;SAF=50;SAR=40;SRF=75;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276342;STB=0.507214;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00950809;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:231:129:131:90:100:0.4329:40:50:75:54:44:56:75:56 chr6 36713263 . A G 888.11 PASS AF=0.431718;AO=96;DP=228;FAO=98;FDP=227;FR=.;FRO=129;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0191735;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4747;QD=15.6495;RBI=0.0418745;REFB=-0.0198283;REVB=-0.0372271;RO=129;SAF=48;SAR=48;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035878;STB=0.525601;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0232194;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:129:129:96:98:0.431718:48:48:60:69:48:50:60:69 chr6 36733132 . G A 321.01 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00455543;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.231;QD=15.286;RBI=0.00470251;REFB=-0.00206193;REVB=0.0011669;RO=48;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176777;STB=0.504948;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00431026;OID=.;OPOS=36733132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:48:49:35:35:0.416667:21:14:20:28:21:14:20:29 chr6 36766292 . C T 269.21 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00576441;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.949;QD=11.4557;RBI=0.0108685;REFB=-0.0166853;REVB=-0.00921387;RO=55;SAF=22;SAR=10;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226155;STB=0.649629;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0437353;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:55:62:32:32:0.340426:10:22:27:28:10:22:29:33 chr6 36882353 . A G 582.84 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0125403;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3584;QD=20.6316;RBI=0.0394262;REFB=-0.0233742;REVB=-0.0373787;RO=53;SAF=35;SAR=24;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263803;STB=0.527463;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0179378;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:53:54:59:59:0.522124:24:35:33:20:24:35:35:19 chr6 36892519 . A G 358.37 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00490091;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.744;QD=14.4797;RBI=0.0256066;REFB=-0.00115425;REVB=0.0251332;RO=59;SAF=16;SAR=23;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192889;STB=0.604275;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00215309;OID=.;OPOS=36892519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:59:60:39:39:0.393939:23:16:35:24:23:16:35:25 chr6 36895835 . C T 305.39 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.000170936;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.275;QD=11.4163;RBI=0.0139569;REFB=-0.00625;REVB=-0.0139559;RO=63;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238544;STB=0.517109;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00794434;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:63:69:38:38:0.35514:23:15:25:38:23:15:29:40 chr6 36931064 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0135575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.904;QD=19.4668;RBI=0.0137349;REFB=-0.0129343;REVB=0.00220029;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750266;STB=0.542216;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0129992;OID=.;OPOS=36931064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:15:7:6:18:15:7:6:18 chr6 36976637 . G C 680.29 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0247355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.525;QD=21.5965;RBI=0.0385755;REFB=-0.0255298;REVB=0.0296011;RO=56;SAF=33;SAR=34;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507055;STB=0.531241;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0221381;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:59:67:67:0.531746:34:33:31:25:34:33:33:26 chr6 36978834 . A G 74.11 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.018788;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.364;QD=8.98269;RBI=0.0195775;REFB=-0.00380986;REVB=0.00550369;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861957;STB=0.52495;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00764392;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:34:33:21:23:10:10:0.30303:4:6:11:10:4:6:13:10 chr6 36988364 . C T 185.5 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0134864;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.568;QD=13.7406;RBI=0.0159155;REFB=-0.00360136;REVB=-0.00845101;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400021;STB=0.536049;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00472237;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:29:32:22:22:0.407407:9:13:16:13:9:13:17:15 chr6 37013127 . G A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0128144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.12;QD=4.55526;RBI=0.0383331;REFB=-0.0129453;REVB=-0.0361278;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023941;STB=0.503926;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0466699;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:37:29:30:7:7:0.189189:3:4:16:13:3:4:17:13 chr6 37180237 . G A 250.66 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0231337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5604;QD=19.6596;RBI=0.0234823;REFB=0.02546;REVB=-0.00403072;RO=25;SAF=19;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919294;STB=0.557722;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0178564;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:6:19:17:8:6:20:17:8 chr6 37180355 . G A 408.97 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0115042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.801;QD=20.4483;RBI=0.0118454;REFB=-0.0257729;REVB=0.00282285;RO=39;SAF=25;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125989;STB=0.561067;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0204778;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:39:40:41:0.5125:15:25:19:20:16:25:19:20 chr6 37180523 . A G 607.85 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0122952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8506;QD=19.6079;RBI=0.0133655;REFB=0.00292696;REVB=-0.00524087;RO=60;SAF=40;SAR=23;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123895;STB=0.56486;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00243595;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:61:63:63:0.508065:23:40:30:30:23:40:31:30 chr6 37250112 . A G 490.09 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.216;QD=56.0103;RBI=0.0381825;REFB=-0.0999155;REVB=0.0320681;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529394;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000707194;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:33:34:0.971429:25:8:0:0:26:8:1:0 chr6 37252210 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.311;QD=63.8704;RBI=0.0393203;REFB=0;REVB=0.0358564;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07142e-05;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr6 37288036 . A G 942.41 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.317;QD=57.9947;RBI=0.0716472;REFB=0;REVB=0.0400375;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1894e-05;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:26:37:0:0:28:37:0:0 chr6 37349033 . G A 480.59 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0186069;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.04;QD=18.3082;RBI=0.019661;REFB=0.00423521;REVB=-0.00635129;RO=53;SAF=35;SAR=15;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225727;STB=0.633799;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00302074;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:54:50:51:0.485714:15:35:25:28:15:36:25:29 chr6 37450914 . T C 405.24 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00059278;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.409;QD=19.2971;RBI=0.00605033;REFB=0.0041796;REVB=-0.00602122;RO=43;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974081;STB=0.559647;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00403587;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:20:20:26:17:21:20:26:17 chr6 37475508 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.641;QD=37.4885;RBI=0.0369622;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572434;OID=.;OPOS=37475508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr6 37603102 . TG CA,CG 448.01 PASS AF=0.375,0.625;AO=12,20;DP=32;FAO=12,20;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6,7;FSAR=6,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037334,0.0314707;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=140.325,38.6651;QD=56.0013;RBI=0.0374221,0.0451901;REFB=0,0;REVB=0.0025661,0.0324306;RO=0;SAF=6,7;SAR=6,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0363722,-0.00229208;OID=.,.;OPOS=37603102,37603102;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:32:32:0:0:12,20:12,20:0.375,0.625:6,13:6,7:0:0:6,13:6,7:0:0 chr6 37623566 . C G,T 1055.94 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=5,67;DP=72;FAO=3,69;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,40;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118185,-0.0158065;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.077,100.832;QD=58.6631;RBI=0.013901,0.0258585;REFB=0,0;REVB=0.00731859,0.020465;RO=0;SAF=1,40;SAR=4,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.10109,0.00503237;OID=.,.;OPOS=37623566,37623566;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:72:72:0:0:5,67:3,69:0.0416667,0.958333:4,27:1,40:0:0:2,29:1,40:0:0 chr6 37631768 . A G 243.15 PASS AF=0.575;AO=24;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0750716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4856;QD=24.3152;RBI=0.0882038;REFB=-0.06919;REVB=0.0463051;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992179;STB=0.525526;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0452445;OID=.;OPOS=37631768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:24:23:0.575:9:15:12:4:8:15:12:5 chr6 37800789 . A C 239.72 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0147982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.951;QD=11.986;RBI=0.0158712;REFB=-0.00760004;REVB=0.00573655;RO=51;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731707;STB=0.54214;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0193519;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:14:15:23:28:14:15:23:28 chr6 38110010 . G A 1018.89 PASS AF=0.462882;AO=106;DP=229;FAO=106;FDP=229;FR=.;FRO=123;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=0.00348455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.006;QD=17.7972;RBI=0.00649024;REFB=-0.0202961;REVB=0.00547551;RO=122;SAF=56;SAR=50;SRF=75;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084514;STB=0.544102;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0251105;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:122:123:106:106:0.462882:50:56:75:47:50:56:75:48 chr6 38121211 . A G 277.49 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000793961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.019;QD=16.0866;RBI=0.00796965;REFB=-0.0081667;REVB=0.00793;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183088;STB=0.603499;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0121622;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:10:21:19:19:10:21:19:19 chr6 38650588 . T A 972.69 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.391;QD=58.0709;RBI=0.0531527;REFB=0;REVB=0.0392141;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124962;OID=.;OPOS=38650588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:20:43:0:0:21:46:0:0 chr6 38670837 . G A 1781.56 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4623;QD=60.9079;RBI=0.0720683;REFB=0;REVB=0.0476634;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047443;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr6 38747770 . G A 324.78 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00218416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.805;QD=14.5966;RBI=0.00218926;REFB=-0.005624;REVB=0.00014938;RO=53;SAF=28;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283685;STB=0.662623;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00744482;OID=.;OPOS=38747770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:8:28:29:24:8:28:29:24 chr6 38750812 . T C 433.55 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0116436;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.113;QD=13.4433;RBI=0.0153598;REFB=-0.00922975;REVB=0.0100175;RO=78;SAF=30;SAR=20;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287606;STB=0.504852;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0139236;OID=.;OPOS=38750812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:78:79:50:50:0.387597:20:30:47:31:20:30:48:31 chr6 38750888 . A G 763.49 PASS AF=0.532847;AO=72;DP=136;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.023635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.946;QD=22.2916;RBI=0.0241174;REFB=-0.000953603;REVB=0.00479974;RO=64;SAF=45;SAR=27;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423558;STB=0.518754;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000971213;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:64:64:72:73:0.532847:27:45:37:27:28:45:37:27 chr6 38759379 . G A 286.31 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00387059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.245;QD=10.4111;RBI=0.00401065;REFB=-0.00233521;REVB=0.00105065;RO=73;SAF=22;SAR=15;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163502;STB=0.594543;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00868345;OID=.;OPOS=38759379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:15:22:33:40:15:22:33:40 chr6 38759402 . G T 268.93 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0152763;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7241;QD=10.1483;RBI=0.0212598;REFB=0.00975479;REVB=0.0147857;RO=71;SAF=20;SAR=15;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138997;STB=0.580599;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0126311;OID=.;OPOS=38759402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:71:71:35:35:0.330189:15:20:32:39:15:20:32:39 chr6 38773293 . G A 1324.36 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9042;QD=60.8899;RBI=0.0646943;REFB=0.0280749;REVB=-0.0619567;RO=1;SAF=35;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133435;STB=0.507041;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0045603;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:51:35:1:0:51:35:1:0 chr6 38781866 . C G,T 810.8 PASS AF=0.934426,0.0327869;AO=56,3;DP=61;FAO=57,2;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=34,2;FSAR=23,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00520574,-0.010787;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=91.8138,39.9913;QD=53.167;RBI=0.00566005,0.0266749;REFB=-0.0563631,0.022008;REVB=-0.00222183,-0.0243965;RO=1;SAF=33,3;SAR=23,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0140753,0;STB=0.503392,0.992443;STBP=0.866,0.312;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00923443,0.0488649;OID=.,.;OPOS=38781866,38781866;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:61:61:1:2:56,3:57,2:0.934426,0.0327869:23,0:33,3:1:0:23,0:34,2:1:1 chr6 38800164 . G A 335.29 PASS AF=0.455696;AO=34;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0178004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0769;QD=16.977;RBI=0.0184824;REFB=0.0142763;REVB=0.00497466;RO=44;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327031;STB=0.514278;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0146005;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:43:34:36:0.455696:15:19:26:18:16:20:25:18 chr6 38800209 . T C 389.13 PASS AF=0.550725;AO=30;DP=71;FAO=38;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0834799;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9539;QD=22.5585;RBI=0.0868011;REFB=-0.048463;REVB=0.0237811;RO=22;SAF=22;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490266;STB=0.542691;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0254197;OID=.;OPOS=38800209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:22:28:30:38:0.550725:8:22:15:7:14:24:15:13 chr6 38825329 . C T 1754.65 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756174;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2486;QD=61.0313;RBI=0.0355403;REFB=0;REVB=0.0347266;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363776;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:44:69:0:0:45:70:0:0 chr6 38841101 . G A 520.13 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.747;QD=59.4432;RBI=0.02411;REFB=0;REVB=-0.00283085;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68642e-05;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr6 38843426 . C T 2770.55 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4724;QD=62.6114;RBI=0.0252789;REFB=0;REVB=-0.0146585;RO=0;SAF=98;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115543;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:79:98:0:0:79:98:0:0 chr6 38851669 . C T 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.016538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.463;QD=14.5318;RBI=0.0178105;REFB=-0.0149162;REVB=-0.00661134;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122441;STB=0.553303;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0167491;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:40:29:29:0.42029:15:14:23:15:15:14:23:17 chr6 38951998 . C T 197.67 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0032405;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.209;QD=14.6425;RBI=0.0385797;REFB=-0.0129846;REVB=-0.0384434;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769786;STB=0.544002;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.020361;OID=.;OPOS=38951998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:31:31:23:23:0.425926:8:15:18:13:8:15:18:13 chr6 39024225 . G A 690.96 PASS AF=0.411765;AO=76;DP=187;FAO=77;FDP=187;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=0.0105733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.475;QD=14.7799;RBI=0.0172887;REFB=-0.0111517;REVB=0.0136786;RO=105;SAF=47;SAR=29;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304254;STB=0.525694;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0193851;OID=.;OPOS=39024225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:105:110:76:77:0.411765:29:47:62:43:29:48:64:46 chr6 39033602 . A G 836.84 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.686;QD=55.7892;RBI=0.0409975;REFB=-0.0586411;REVB=0.0175775;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00146545;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:0:1:27:32:0:1 chr6 39041502 . A C 587.44 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0330859;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.312;QD=18.075;RBI=0.033202;REFB=-0.00772725;REVB=-0.00277478;RO=69;SAF=30;SAR=31;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964114;STB=0.553432;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0129578;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:61:61:0.469231:31:30:27:42:31:30:27:42 chr6 39048491 . A C 265.29 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0460603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3778;QD=17.9855;RBI=0.0462249;REFB=-0.0144788;REVB=-0.00389744;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510197;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00915639;OID=.;OPOS=39048491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:12:17:17:12:12:17:17:13 chr6 39325078 . A G 958.21 PASS AF=0.419608;AO=107;DP=258;FAO=107;FDP=255;FR=.;FRO=148;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=80;FSRR=68;FWDB=0.00387686;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.941;QD=15.0307;RBI=0.0109457;REFB=-0.00664657;REVB=-0.0102362;RO=146;SAF=65;SAR=42;SRF=78;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778865;STB=0.540023;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00929685;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:255:146:148:107:107:0.419608:42:65:78:68:42:65:80:68 chr6 39828862 . A C 786.54 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044565;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.67;QD=57.2025;RBI=0.0476874;REFB=0;REVB=0.016972;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139145;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr6 39847279 . G A 467.49 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.0148009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.421;QD=16.8463;RBI=0.0148065;REFB=-0.0221728;REVB=0.000405652;RO=60;SAF=26;SAR=25;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136771;STB=0.576008;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0208699;OID=.;OPOS=39847279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:25:26:39:21:25:26:39:21 chr6 39851818 . G A 1599.86 PASS AF=1;AO=73;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.765;QD=63.9943;RBI=0.0481219;REFB=0;REVB=-0.00524658;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7195e-06;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:73:100:1:44:29:0:0:44:56:0:0 chr6 39855288 . C A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0215384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.354;QD=16.2725;RBI=0.0217382;REFB=-0.0125623;REVB=-0.00294058;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317249;STB=0.676822;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0215292;OID=.;OPOS=39855288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:18:14:30:9:18:14:30:9 chr6 39864730 . C T 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0308205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.798;QD=11.3686;RBI=0.0349139;REFB=-0.00442596;REVB=-0.0164034;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100581;STB=0.533274;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0102715;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:4:7:13:5:4:7:13:6 chr6 39865047 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.531;QD=55.0986;RBI=0.0171757;REFB=0;REVB=0.0164526;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98248e-05;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 39869952 . T A 315.97 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0025501;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.775;QD=17.3135;RBI=0.0277006;REFB=-0.0192895;REVB=0.0275829;RO=38;SAF=23;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074223;STB=0.536301;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0319173;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:39:34:34:0.465753:11:23:23:15:11:23:24:15 chr6 39872504 . C A 387.9 PASS AF=0.482759;AO=37;DP=84;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0514783;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.039;QD=17.8345;RBI=0.0925865;REFB=-0.00946577;REVB=0.0769562;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100493;STB=0.574551;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00601849;OID=.;OPOS=39872504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:45:45:37:42:0.482759:21:16:15:30:22:20:15:30 chr6 39873309 . G C 477.69 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0423288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9236;QD=16.9093;RBI=0.0483154;REFB=-0.00694326;REVB=-0.023295;RO=59;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242921;STB=0.522115;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0103545;OID=.;OPOS=39873309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:61:52:52:0.460177:26:26:28:31:26:26:28:33 chr6 39881551 . G C 506.62 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0090397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2229;QD=20.4694;RBI=0.0374932;REFB=0.00616826;REVB=-0.0363871;RO=50;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290931;STB=0.516122;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.010136;OID=.;OPOS=39881551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:28:21:23:27:28:21:23:27 chr6 40360465 . A G 274.84 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0521034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.483;QD=16.1668;RBI=0.0529242;REFB=-0.0114252;REVB=-0.00928492;RO=36;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366971;STB=0.697126;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0134067;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:36:37:30:31:0.455882:10:20:10:26:11:20:10:27 chr6 40998141 . G A 922.78 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547851;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8218;QD=58.5892;RBI=0.0834368;REFB=0;REVB=0.0832568;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158295;OID=.;OPOS=40998141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr6 41029109 . T C 1949.53 PASS AF=0.984615;AO=125;DP=129;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0411574;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.275;QD=59.9857;RBI=0.0509341;REFB=-0.0813401;REVB=0.0300059;RO=1;SAF=68;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069365;STB=0.506943;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000323571;OID=.;OPOS=41029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:130:1:2:125:128:0.984615:57:68:1:0:57:71:2:0 chr6 41029342 . T C 2132.8 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00764833;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.758;QD=61.8203;RBI=0.0171103;REFB=-0.0334398;REVB=-0.0153057;RO=0;SAF=81;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000559667;OID=.;OPOS=41029342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:138:0:1:135:137:0.992754:54:81:0:0:54:83:1:0 chr6 41037778 . C T 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00125366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.257;QD=56.0081;RBI=0.00761656;REFB=-0.0508204;REVB=0.00751267;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000118152;OID=.;OPOS=41037778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:12:22:0:0:12:22:0:1 chr6 41038845 . C T 1507.74 PASS AF=0.97;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0136211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.986;QD=60.3096;RBI=0.0298171;REFB=-0.0271114;REVB=0.0265241;RO=3;SAF=45;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114017;STB=0.505784;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000449544;OID=.;OPOS=41038845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:100:3:3:96:97:0.97:51:45:2:1:51:46:2:1 chr6 41162518 . T C 585.83 PASS AF=0.491803;AO=59;DP=121;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0275747;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.825;QD=19.2075;RBI=0.0318269;REFB=-0.0161843;REVB=0.015893;RO=62;SAF=24;SAR=35;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057725;STB=0.535342;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0168076;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:62:62:59:60:0.491803:35:24:29:33:36:24:29:33 chr6 41196156 . C T 744.73 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.957;QD=63.3809;RBI=0.0512321;REFB=0;REVB=0.0490837;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100593;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:25:22:0:0 chr6 41196169 . G T 166.04 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0394691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1583;QD=14.7594;RBI=0.0404906;REFB=-0.0101625;REVB=-0.00903762;RO=27;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374696;STB=0.718659;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0253399;OID=.;OPOS=41196169;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:14:4:15:12:14:4:15:12 chr6 41196605 . T C 456.81 PASS AF=0.541176;AO=40;DP=80;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0807067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.729;QD=21.4969;RBI=0.0821658;REFB=-0.018954;REVB=-0.0154158;RO=38;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786113;STB=0.547925;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0189978;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:38:39:40:46:0.541176:24:16:12:26:26:20:13:26 chr6 41196727 . C T 186.82 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0202278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.43;QD=19.6653;RBI=0.0205419;REFB=-0.00390528;REVB=-0.00357822;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00604408;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:11:8:8:10:11:8:8:11 chr6 41197785 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0299953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.764;QD=18.1541;RBI=0.0302315;REFB=-0.030148;REVB=-0.00377151;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671395;STB=0.503813;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0435798;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:6:15:18:7:6:15:18:7 chr6 41197857 . C T 268.79 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00206293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.141;QD=22.3992;RBI=0.00680486;REFB=-0.0532799;REVB=-0.00648464;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1549;STB=0.508664;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0340305;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:19:23:25:25:0.520833:8:17:16:3:8:17:16:7 chr6 41250466 . T A 346.78 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0280342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.394;QD=22.3726;RBI=0.0285749;REFB=0.0311708;REVB=0.0055323;RO=27;SAF=26;SAR=9;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036857;STB=0.520284;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00661098;OID=.;OPOS=41250466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:9:26:21:6:9:26:21:6 chr6 41270223 . C T 871.26 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5396;QD=56.21;RBI=0.073704;REFB=0.0422702;REVB=-0.0692456;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.509801;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00182087;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:1:1:59:61:0.983871:25:34:0:1:25:36:0:1 chr6 41303592 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.848;QD=57.6801;RBI=0.0292425;REFB=0;REVB=-0.00812022;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175489;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr6 41309552 . T C 690.62 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.053;QD=62.7836;RBI=0.0320449;REFB=0;REVB=0.0278184;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116547;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:37:44:1:16:21:0:0:20:24:0:0 chr6 41318438 . A G 1452.72 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.671;QD=63.1617;RBI=0.0372774;REFB=0;REVB=0.00273427;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91094e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr6 41568064 . G A 200.26 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0612623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.886;QD=15.4045;RBI=0.064556;REFB=0.00460649;REVB=0.0203569;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630218;STB=0.507633;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00463325;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:22:23:0.442308:12:10:13:16:13:10:13:16 chr6 41621618 . A G 447.97 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0183253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4452;QD=54.2997;RBI=0.0183253;REFB=-0.12742;REVB=0;RO=1;SAF=30;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355427;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:1:1:30:32:0.969697:0:30:1:0:0:32:1:0 chr6 41621625 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00996371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.245;QD=55.5204;RBI=0.00996371;REFB=-0.0875562;REVB=0;RO=0;SAF=33;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335457;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:0:33:0:0:0:33:1:0 chr6 41652514 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0174433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.39;QD=10.6345;RBI=0.0282429;REFB=-0.0040099;REVB=-0.0222125;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00485618;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr6 41652604 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9243;QD=37.4883;RBI=0.0903722;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0064624;OID=.;OPOS=41652604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr6 41658566 . C T 226.65 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0130182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0846;QD=13.5316;RBI=0.0590996;REFB=-0.0241008;REVB=0.057648;RO=40;SAF=20;SAR=7;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389654;STB=0.722995;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0390901;OID=.;OPOS=41658566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:7:20:15:25:7:20:15:25 chr6 41658889 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00515209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.308;QD=12.3291;RBI=0.0566497;REFB=-0.0307037;REVB=0.0564149;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426492;STB=0.770897;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0272017;OID=.;OPOS=41658889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:2:9:7:9:2:9:7:10 chr6 41708938 . C G 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0183408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.096;QD=13.9955;RBI=0.0313339;REFB=-0.00967593;REVB=-0.0254053;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122918;STB=0.569675;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0158695;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:13:16:28:14:13:16:28:14 chr6 41721682 . G GT 494.75 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=147;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.000198215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1689;QD=13.839;RBI=0.0406377;REFB=-0.0156712;REVB=0.0406373;RO=74;SAF=36;SAR=37;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203974;STB=0.600967;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0145918;OID=.;OPOS=41721683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.51049:73:147:73:143:70:36:37:49:21:99:74:36:37:53:21 chr6 41754573 . C CCTT,T 341.57 PASS AF=0.857143,0.107143;AO=21,3;DP=28;FAO=24,3;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18,3;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125024,0.0887482;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=183.53,43.1937;QD=48.7953;RBI=0.0697954,0.131416;REFB=-0.0592458,-0.0828296;REVB=0.0686665,0.0969226;RO=1;SAF=16,3;SAR=5,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0279913,0;STB=0.513502,0.5;STBP=0.632,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00884163,-0.0210624;OID=.,.;OPOS=41754574,41754573;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:28:28:1:1:21,3:24,3:0.857143,0.107143:5,0:16,3:1:0:6,0:18,3:1:0 chr6 41773576 . G C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.671;QD=54.5131;RBI=0.0348043;REFB=0;REVB=0.034281;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282663;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr6 41899426 . C T 728.65 PASS AF=0.48;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.00598731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.863;QD=19.4307;RBI=0.00853313;REFB=-0.0153416;REVB=0.00608;RO=77;SAF=41;SAR=31;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957017;STB=0.556304;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0184508;OID=.;OPOS=41899426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:77:78:72:72:0.48:31:41:36:41:31:41:36:42 chr6 42044945 . G A 915.45 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.409;QD=56.3356;RBI=0.0273433;REFB=-0.0112649;REVB=-0.0121248;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000520741;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:33:30:0:1:34:30:0:1 chr6 42123317 . A C 2466.03 PASS AF=0.993865;AO=160;DP=161;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.105;QD=60.516;RBI=0.0233479;REFB=-0.0276387;REVB=0.0169729;RO=0;SAF=86;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31629e-08;STB=0.503311;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=1.94959e-05;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:163:0:1:160:162:0.993865:74:86:0:0:75:87:0:1 chr6 42185564 . A C 2547.58 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.352;QD=61.7596;RBI=0.0090472;REFB=0;REVB=-0.00614226;RO=0;SAF=66;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04858e-07;OID=.;OPOS=42185564;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:165:0:0:161:165:1:95:66:0:0:99:66:0:0 chr6 42224546 . A T 346.29 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0245448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.494;QD=16.892;RBI=0.0254555;REFB=-0.0168925;REVB=-0.00674782;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557211;STB=0.531275;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0195007;OID=.;OPOS=42224546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:16:21:23:22:16:21:23:22 chr6 42532102 . C T 392.34 PASS AF=0.633333;AO=37;DP=59;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.015224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.717;QD=26.1563;RBI=0.02323;REFB=-0.0194535;REVB=0.017546;RO=21;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100717;STB=0.556748;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0117479;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:21:22:37:38:0.633333:16:21:15:6:16:22:16:6 chr6 42571346 . A T 369.53 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0189262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.981;QD=19.7081;RBI=0.116311;REFB=-0.048428;REVB=0.114761;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353966;STB=0.519653;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0343856;OID=.;OPOS=42571346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:18:20:18:19:18:20:18:19 chr6 42600319 . A G 1523.74 PASS AF=0.954955;AO=106;DP=111;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.01629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.996;QD=54.9096;RBI=0.0210949;REFB=-0.143653;REVB=0.0134027;RO=5;SAF=58;SAR=48;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391695;STB=0.520657;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00329714;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:111:111:5:5:106:106:0.954955:48:58:5:0:48:58:5:0 chr6 42627430 . C T 329.65 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00131299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.605;QD=20.9302;RBI=0.0535441;REFB=0.0223857;REVB=-0.053528;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429928;STB=0.523796;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0211328;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:17:17:16:13:17:17:16:13 chr6 42627434 . G A 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0558813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6681;QD=21.959;RBI=0.055925;REFB=-0.000932029;REVB=0.00220995;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432152;STB=0.523835;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-5.8516e-05;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:18:19:17:13:18:19:17:13 chr6 42629975 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0123275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.977;QD=12.3282;RBI=0.0123646;REFB=0.0026265;REVB=-0.000957376;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303356;STB=0.675404;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00395342;OID=.;OPOS=42629975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:14:3:5:6:14:3 chr6 42666061 . T C 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9437;QD=62.3409;RBI=0.0355574;REFB=0;REVB=0.0348587;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372127;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr6 42666145 . C T 955.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1969;QD=58.7723;RBI=0.103933;REFB=0;REVB=0.0754185;RO=0;SAF=16;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013431;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:49:16:0:0:49:16:0:0 chr6 42666164 . G C 901.52 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0415472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.356;QD=53.8218;RBI=0.0555823;REFB=-0.0419073;REVB=0.0369219;RO=3;SAF=19;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367872;STB=0.51951;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00130487;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:45:19:2:1:45:19:2:1 chr6 42689755 . A G 400.61 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00694914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4769;QD=24.2792;RBI=0.0118896;REFB=-0.0305127;REVB=0.00964742;RO=26;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654256;STB=0.527936;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.02116;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:27:39:39:0.590909:19:20:11:15:19:20:12:15 chr6 42713618 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.266;QD=58.2396;RBI=0.0227106;REFB=0;REVB=0.0183419;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35261e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr6 42906510 . G GC 34.79 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0627685;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.2898;QD=8.18692;RBI=0.0632012;REFB=-0.0555302;REVB=0.00738299;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272391;STB=0.55541;STBP=0.693;TYPE=ins;VARB=0.0923725;OID=.;OPOS=42906511;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:6:17:8:17:9:6:2:6:3:34:11:5:1:7:4 chr6 42932202 . C T 843.76 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=149;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.006814;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.413;QD=21.6349;RBI=0.0173968;REFB=-0.0258767;REVB=0.0160068;RO=72;SAF=42;SAR=35;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586347;STB=0.545903;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0201037;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:156:72:72:77:84:0.538462:35:42:44:28:41:43:44:28 chr6 42933464 . G A 126.75 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00523033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8749;QD=11.2666;RBI=0.00980821;REFB=-0.0112049;REVB=-0.00829727;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00615738;OID=.;OPOS=42933464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:10:5:9:20:10:5:10:20 chr6 42933526 . C T 287.08 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00905844;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.863;QD=30.2189;RBI=0.00922059;REFB=-0.0262164;REVB=0.00172161;RO=13;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394779;STB=0.521722;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0129381;OID=.;OPOS=42933526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:15:10:6:7:15:10:6:7 chr6 42988841 . C T 119.66 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0916117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7079;QD=21.7566;RBI=0.0945701;REFB=-0.115645;REVB=0.0234693;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107729;STB=0.550952;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.055013;OID=.;OPOS=42988841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:21:22:8:8:13:14:0.636364:10:3:1:7:11:3:1:7 chr6 42989057 . T C 803.66 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457947;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0099;QD=55.4248;RBI=0.0578369;REFB=-0.181525;REVB=0.0353263;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00488156;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:55:57:0.982759:26:29:0:1:28:29:0:1 chr6 42992808 . T C 1227.81 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432986;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.726;QD=61.3904;RBI=0.0377047;REFB=0;REVB=0.0374553;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277541;OID=.;OPOS=42992808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr6 42992825 . C G 1171.74 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.043;QD=60.8695;RBI=0.0255943;REFB=0;REVB=0.0191292;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2074e-06;OID=.;OPOS=42992825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr6 42995211 . A G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250155;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.651;QD=45.1056;RBI=0.0360508;REFB=-0.118185;REVB=-0.0259592;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000563104;OID=.;OPOS=42995211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr6 43004055 . CATTTATTTATTT C 74.22 PASS AF=0.227273;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.013261;FXX=0.254194;HRUN=1;LEN=12;MLLD=250.206;QD=6.7477;RBI=0.0447464;REFB=0.00113675;REVB=0.0427362;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.683867;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=-0.00265589;OID=.;OPOS=43004056;OREF=ATTTATTTATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:9:22:10:44:34:4:6:22:12:74:0:4:5:0:0 chr6 43004132 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.847;QD=35.5759;RBI=0.0508749;REFB=0;REVB=0.0448041;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269774;OID=.;OPOS=43004132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 43005588 . G A 118.75 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0429324;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.554;QD=20.6518;RBI=0.157872;REFB=-0.0158146;REVB=0.151922;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300559;STB=0.661851;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0214813;OID=.;OPOS=43005588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:23:11:10:12:13:0.565217:5:7:10:1:6:7:9:1 chr6 43008298 . C T 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.785;QD=60.5975;RBI=0.0233774;REFB=0;REVB=-0.0200684;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69823e-05;OID=.;OPOS=43008298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr6 43014298 . TT CC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468512;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.465;QD=35.5759;RBI=0.0175264;REFB=0;REVB=-0.0168886;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000316332;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 43020188 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.147;QD=58.1421;RBI=0.0149733;REFB=0;REVB=-0.00477544;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55302e-05;OID=.;OPOS=43020188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr6 43034850 . C T 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8036;QD=7.83431;RBI=0.000287782;REFB=0.00264499;REVB=-0.000287782;RO=16;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0221931;OID=.;OPOS=43034850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:7:0:0:16:7:0:0:16 chr6 43040666 . A T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0548351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.069;QD=9.19979;RBI=0.0561606;REFB=-0.017369;REVB=-0.0121296;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0231964;OID=.;OPOS=43040666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:4:9:5:2:4:9 chr6 43044620 . A G 641.63 PASS AF=0.388298;AO=70;DP=183;FAO=73;FDP=188;FR=.;FRO=115;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.00458949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.745;QD=13.6518;RBI=0.0114244;REFB=-0.0158419;REVB=-0.010462;RO=113;SAF=49;SAR=21;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160326;STB=0.575366;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0262677;OID=.;OPOS=43044620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:188:113:115:70:73:0.388298:21:49:64:49:24:49:64:51 chr6 43148987 . G C 2034.46 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233333;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.084;QD=61.6504;RBI=0.0528402;REFB=-0.131051;REVB=0.0474093;RO=1;SAF=58;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812366;STB=0.504273;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000221749;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:132:1:1:130:131:0.992424:72:58:1:0:73:58:1:0 chr6 43149135 . TG TC,T 584.35 PASS AF=0.016,0.52;AO=6,56;DP=124;FAO=2,65;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=1,39;FSAR=1,26;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0612175,-0.0431818;FXX=0.00793588;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=28.5829,23.0165;QD=18.6991;RBI=0.0613701,0.0596648;REFB=0.0118896,0.0126276;REVB=0.00432575,-0.041173;RO=55;SAF=5,34;SAR=1,22;SRF=28;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.380359,0.0901306;STB=0.5,0.548158;STBP=1,0.256;TYPE=snp,del;VARB=-0.0688239,-0.00532532;OID=.,.;OPOS=43149136,43149136;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.016,0.52:6,56:124:2,65:125:58:1,39:1,26:29:29:99:55:5,34:1,22:28:27 chr6 43152573 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.205;QD=58.1413;RBI=0.0461906;REFB=0;REVB=-0.0159054;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231527;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr6 43154091 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.108;QD=58.4197;RBI=0.0303691;REFB=0;REVB=0.0293031;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16924e-05;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr6 43184132 . A C 464.73 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.784;QD=58.0906;RBI=0.0499804;REFB=0;REVB=0.0166263;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151874;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:1:0:29:32:1:12:17:0:1:14:18:0:0 chr6 43230970 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3116;QD=37.4871;RBI=0.0806732;REFB=0;REVB=0.0368698;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00252561;OID=.;OPOS=43230970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 43251912 . A G 45.96 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00209357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0273;QD=26.265;RBI=0.135932;REFB=0.0997615;REVB=-0.135916;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0377322;OID=.;OPOS=43251912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:4:2:0:0:4:2:1:0 chr6 43270097 . T C 858.28 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150023;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9683;QD=58.1887;RBI=0.0264024;REFB=0;REVB=0.021726;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233677;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr6 43270151 . C T 249.17 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0118327;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.551;QD=16.339;RBI=0.0296911;REFB=-0.0321767;REVB=0.0272314;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345442;STB=0.68984;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0120883;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:33:28:28:0.459016:11:17:7:24:11:17:8:25 chr6 43273604 . A G 324.7 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0205731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8572;QD=16.8674;RBI=0.020967;REFB=-0.00801121;REVB=-0.0040453;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144418;STB=0.581105;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0106586;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:21:14:23:19:21:14:23:19 chr6 43306346 . A G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.137;QD=59.8657;RBI=0.0436833;REFB=0;REVB=0.0259429;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5524e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr6 43400204 . C T 662.21 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.020003;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.293;QD=27.5921;RBI=0.0214281;REFB=-0.00969662;REVB=0.0076841;RO=38;SAF=36;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051766;STB=0.528207;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00573804;OID=.;OPOS=43400204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:22:36:21:17:22:36:21:17 chr6 43488144 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.012067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.327;QD=21.2928;RBI=0.0360982;REFB=-0.0314273;REVB=-0.0340216;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0344808;OID=.;OPOS=43488144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:16:9:9:16:16:9 chr6 43492578 . G A 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0105053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.567;QD=28.8521;RBI=0.0123386;REFB=-0.0117065;REVB=0.0064714;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914218;STB=0.550228;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00862171;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:11:5:12:15:11:5 chr6 43596715 . TCGGGGGGC GTCGGGGGC,TCGGGGG,TCGGGGGC 57.73 PASS AF=0,0,0.5;AO=3,4,5;DP=27;FAO=0,0,13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,9;FSAR=0,0,4;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0268797,-0.0352268,-0.0355968;FXX=0.0370233;HRUN=1,6,6;LEN=3,2,1;MLLD=109.429,134.817,9.12582;QD=8.88115;RBI=0.0535694,0.0378712,0.0442044;REFB=-0.0119684,0.00918524,-0.132104;REVB=-0.0463375,-0.0139033,-0.0262086;RO=11;SAF=0,4,5;SAR=3,0,0;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.648649,0.648649;SSSB=-0.793296,0.60155,0.644666;STB=0.5,0.5,0.650973;STBP=1,1,0.264;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,0.144969;OID=.,.,.;OPOS=43596715,43596722,43596717;OREF=TCG,GC,G;OALT=GTC,-,-;OMAPALT=GTCGGGGGC,TCGGGGG,TCGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:44:27:26:11:13:3,4,5:0,0,13:0,0,0.5:3,0,0:0,4,5:10:1:0,0,4:0,0,9:12:1 chr6 43608011 . G A 365.86 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0186736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.271;QD=18.7621;RBI=0.0220143;REFB=-0.00907065;REVB=-0.0116587;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560349;STB=0.538024;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00848292;OID=.;OPOS=43608011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:17:20:24:16:18:20:24:16 chr6 43608125 . G A 318.23 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0116642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.484;QD=17.2017;RBI=0.0124546;REFB=-0.0158544;REVB=-0.00436623;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13336;STB=0.558106;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0119957;OID=.;OPOS=43608125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:34:35:0.472973:14:20:17:21:15:20:18:21 chr6 43638636 . G A 432.9 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00108474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.169;QD=16.183;RBI=0.00280097;REFB=-0.00414259;REVB=-0.0025824;RO=57;SAF=19;SAR=29;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178407;STB=0.59064;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00397951;OID=.;OPOS=43638636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:59:48:48:0.448598:29:19:33:24:29:19:33:26 chr6 43640099 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0085169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.452;QD=12.4827;RBI=0.023408;REFB=-0.00297839;REVB=-0.0218036;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448506;STB=0.761475;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00233764;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:17:19:12:12:0.387097:9:3:12:5:9:3:13:6 chr6 43738977 . C T 489.82 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00771678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.871;QD=19.5929;RBI=0.0144095;REFB=-0.0203569;REVB=0.012169;RO=52;SAF=25;SAR=23;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181097;STB=0.600129;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0165257;OID=.;OPOS=43738977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:23:25:37:15:23:25:37:15 chr6 43752390 . A C 342.07 PASS AF=0.402062;AO=37;DP=99;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0268714;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.353;QD=14.1058;RBI=0.0285145;REFB=-0.0280421;REVB=-0.00953951;RO=61;SAF=15;SAR=22;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113222;STB=0.574656;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0381817;OID=.;OPOS=43752390;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:61:58:37:39:0.402062:22:15:31:30:23:16:31:27 chr6 43752536 . C T 831.51 PASS AF=0.445545;AO=89;DP=201;FAO=90;FDP=202;FR=.;FRO=112;FSAF=65;FSAR=25;FSRF=72;FSRR=40;FWDB=-0.00500686;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.265;QD=16.4655;RBI=0.0259224;REFB=-0.00555878;REVB=-0.0254343;RO=110;SAF=64;SAR=25;SRF=70;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967336;STB=0.552276;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00597338;OID=.;OPOS=43752536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:110:112:89:90:0.445545:25:64:70:40:25:65:72:40 chr6 43752712 . TAA ATA,TA,TAT 77.02 PASS AF=0.09375,0.1875,0.125;AO=2,7,4;DP=35;FAO=3,6,4;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=1,3,0;FSAR=2,3,4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00408211,-0.0181631,-0.00991973;FXX=0.0856898;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=54.4974,17.2383,183.741;QD=9.62737;RBI=0.0546233,0.14433,0.0556278;REFB=-0.00110671,-0.0214628,-0.000787664;REVB=-0.0544706,-0.143182,-0.0547362;RO=15;SAF=1,2,0;SAR=1,5,4;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.581313,-0.633205,-0.824472;STB=0.870321,0.759367,0.998478;STBP=0.498,0.248,0.001;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.116352,0.0583392,0.126499;OID=.,.,.;OPOS=43752712,43752713,43752714;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATA,TA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:35:32:15:19:2,7,4:3,6,4:0.09375,0.1875,0.125:1,5,4:1,2,0:14:1:2,3,4:1,3,0:16:3 chr6 43968814 . A G 226.48 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0023363;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.576;QD=20.1311;RBI=0.00755157;REFB=-0.00710716;REVB=0.00718108;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383911;STB=0.533303;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00747597;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:21:22:0.488889:10:11:13:10:11:11:13:10 chr6 43970602 . G C 54.33 PASS AF=0.242424;AO=9;DP=32;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.0092944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0626;QD=6.58486;RBI=0.019528;REFB=-0.00279827;REVB=0.0171743;RO=23;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151388;STB=0.555406;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0215334;OID=.;OPOS=43970602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:33:23:25:9:8:0.242424:1:8:19:4:1:7:21:4 chr6 43970658 . T A 432.54 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0200454;FXX=0.0325177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.921;QD=14.5393;RBI=0.0263824;REFB=-0.029557;REVB=-0.0171527;RO=68;SAF=30;SAR=19;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100933;STB=0.501264;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0465546;OID=.;OPOS=43970658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:68:70:49:49:0.411765:19:30:41:27:19:30:43:27 chr6 43970827 . G A 602.88 PASS AF=0.496;AO=61;DP=124;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0221176;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6573;QD=19.2921;RBI=0.0241942;REFB=-0.0249768;REVB=0.00980671;RO=63;SAF=33;SAR=28;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120356;STB=0.504423;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0272826;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:63:63:61:62:0.496:28:33:34:29:28:34:34:29 chr6 44081718 . G A 999.71 PASS AF=0.985714;AO=63;DP=65;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00648634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6249;QD=57.1261;RBI=0.262179;REFB=-0.129209;REVB=0.262098;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192676;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00244629;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:70:1:1:63:69:0.985714:24:39:0:1:29:40:1:0 chr6 44108848 . C T 203.02 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0100375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2911;QD=12.3044;RBI=0.0100695;REFB=-0.00467721;REVB=-0.000802172;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156711;STB=0.578955;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00884237;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:41:25:25:0.378788:18:7:16:23:18:7:16:25 chr6 44115169 . G A 166.52 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0185122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.361;QD=9.94119;RBI=0.0289397;REFB=-0.00297186;REVB=0.0222442;RO=45;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899707;STB=0.552798;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00543835;OID=.;OPOS=44115169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:10:12:21:24:10:12:21:24 chr6 44117607 . C T 92.11 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0295131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6331;QD=18.4221;RBI=0.039033;REFB=0.0131108;REVB=0.0255451;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270831;STB=0.658211;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0104836;OID=.;OPOS=44117607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:4:5:9:2:4:5 chr6 44117664 . C T 59.88 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.391;QD=17.1094;RBI=0.0344548;REFB=-0.0338546;REVB=0.0344548;RO=5;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149319;OID=.;OPOS=44117664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:5:6:7:8:0.571429:7:0:0:5:8:0:0:6 chr6 44119676 . A G 211.26 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0137501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4939;QD=24.8543;RBI=0.037696;REFB=0.0168675;REVB=-0.0350988;RO=7;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143169;STB=0.506323;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0102521;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:34:7:13:19:20:0.588235:8:11:2:5:8:12:8:5 chr6 44123199 . G T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=6;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2667;QD=23.2186;RBI=0.0465508;REFB=-0.0516873;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00894633;OID=.;OPOS=44123199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:6:5:0.833333:0:6:0:0:0:5:1:0 chr6 44195017 . C G 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0129228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.595;QD=20.8914;RBI=0.0369868;REFB=-0.0419297;REVB=-0.0346558;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324364;STB=0.517982;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0422193;OID=.;OPOS=44195017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:13:19:15:12:13:19:15:12 chr6 44218120 . A G 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.382;QD=37.8902;RBI=0.0372578;REFB=-0.10997;REVB=0.0305808;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00663559;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:8:4:0:0:8:4:1:0 chr6 44222047 . G A 4067.59 PASS AF=1;AO=257;DP=262;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000412941;FXX=0.0113632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.879;QD=62.3386;RBI=0.00591263;REFB=0;REVB=-0.00589819;RO=0;SAF=117;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10793e-05;OID=.;OPOS=44222047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:261:0:0:257:261:1:140:117:0:0:143:118:0:0 chr6 44222717 . A AC 71.05 PASS AF=0.55;AO=2;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0303984;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=147.316;QD=14.2101;RBI=0.0604379;REFB=-0.0332481;REVB=0.0522367;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571416;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0302015;OID=.;OPOS=44222718;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:2:20:11:20:9:6:5:5:4:63:18:0:2:11:7 chr6 44222718 . G C 69.69 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.013914;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.636;QD=13.2745;RBI=0.0156623;REFB=-0.015463;REVB=-0.00719083;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243311;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0119967;OID=.;OPOS=44222718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:22:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:5:7:3:6:5:7 chr6 44232920 . A G 796.12 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.387;QD=63.6897;RBI=0.133147;REFB=0;REVB=-0.133016;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662945;OID=.;OPOS=44232920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:14:35:0:0:14:36:0:0 chr6 44232977 . G A 1103.13 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.285;QD=58.8335;RBI=0.049484;REFB=-0.0537773;REVB=0.0374591;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160326;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00025007;OID=.;OPOS=44232977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:29:45:0:1:29:45:0:1 chr6 44243463 . G A 977.44 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.925;QD=56.6631;RBI=0.0672789;REFB=-0.116907;REVB=0.0478555;RO=1;SAF=21;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219643;STB=0.510635;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000619704;OID=.;OPOS=44243463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:69:1:1:66:68:0.985507:45:21:1:0:45:23:1:0 chr6 44247951 . T G 1245.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.819;QD=61.5304;RBI=0.0371943;REFB=0;REVB=7.61527e-05;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64672e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr6 44250165 . A G 861.92 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014609;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.618;QD=57.4613;RBI=0.0146455;REFB=0;REVB=0.00103342;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782407;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr6 44253749 . A G 613.05 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000570651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2456;QD=61.3048;RBI=0.0693022;REFB=0;REVB=-0.0692998;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110748;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr6 44255387 . C T 2559.8 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=168;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289263;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.703;QD=61.3126;RBI=0.028989;REFB=-0.120671;REVB=-0.0019046;RO=1;SAF=71;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503598;STB=0.502617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000142832;OID=.;OPOS=44255387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:167:1:1:165:166:0.994012:94:71:0:1:95:71:0:1 chr6 44255459 . G A 2194.75 PASS AF=0.98;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0396001;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.067;QD=58.5266;RBI=0.0535471;REFB=-0.149436;REVB=0.0360433;RO=3;SAF=59;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269306;STB=0.501416;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00112402;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:150:3:3:147:147:0.98:88:59:1:2:88:59:1:2 chr6 44268135 . C T 1101.12 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0367835;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1067;QD=56.4675;RBI=0.0483698;REFB=-0.0898689;REVB=0.0314103;RO=3;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015621;STB=0.508262;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000542;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:34:41:1:2:34:41:1:2 chr6 44268371 . T C 1377.07 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.522;QD=62.5939;RBI=0.0469898;REFB=0;REVB=0.0469207;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31774e-05;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr6 44275011 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.103;QD=60.3766;RBI=0.0134567;REFB=0;REVB=0.00885634;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65453e-06;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr6 44310854 . G A,C 1540.23 PASS AF=0.926606,0.0550459;AO=101,5;DP=108;FAO=101,6;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=58,0;FSAR=43,6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000132923,0.00545287;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=252.703,67.1876;QD=56.5222;RBI=0.0374712,0.0398213;REFB=0.0255544,0.032678;REVB=0.037471,-0.0394462;RO=2;SAF=58,0;SAR=43,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0215516,0;STB=0.511361,0.5;STBP=0.13,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000121557,0.108666;OID=.,.;OPOS=44310854,44310854;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:108:109:2:2:101,5:101,6:0.926606,0.0550459:43,5:58,0:0:2:43,6:58,0:0:2 chr6 44320548 . T A 400.05 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0205908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2017;QD=16.1638;RBI=0.0244133;REFB=-0.00734647;REVB=-0.0131159;RO=57;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386142;STB=0.521729;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0105154;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:20:22:32:25:20:22:32:25 chr6 44371714 . C T 1549.17 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.271;QD=63.8832;RBI=0.0380093;REFB=0;REVB=-0.0118109;RO=0;SAF=64;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127897;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:33:64:0:0:33:64:0:0 chr6 44403438 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.323;QD=64.1539;RBI=0.0230076;REFB=0;REVB=-0.00544261;RO=0;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77624e-05;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:40:9:0:0:40:9:0:0 chr6 44413463 . T A 1322.12 PASS AF=0.831933;AO=92;DP=129;FAO=99;FDP=119;FR=.;FRO=20;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00429532;FXX=0.0846089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.556;QD=44.4409;RBI=0.0263721;REFB=-0.00705829;REVB=0.02602;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51095;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00108183;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:119:0:20:92:99:0.831933:46:46:0:0:48:51:9:11 chr6 44982593 . G A 442.69 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0673686;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9815;QD=22.4144;RBI=0.0812974;REFB=0.00824703;REVB=-0.0455054;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183953;STB=0.580949;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00912046;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:36:43:43:0.544304:21:22:10:25:21:22:12:24 chr6 46563817 . A T 300.44 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00302115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.621;QD=19.0757;RBI=0.00510747;REFB=-0.00621144;REVB=0.00411812;RO=31;SAF=8;SAR=24;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208116;STB=0.616744;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00684934;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:24:8:14:17:24:8:14:17 chr6 46623698 . T C 1754.53 PASS AF=0.982759;AO=100;DP=107;FAO=114;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.315;QD=60.5011;RBI=0.069048;REFB=0;REVB=0.0663817;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470023;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:116:0:0:100:114:0.982759:40:60:0:0:45:69:0:0 chr6 46657057 . A G 1627.12 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000194669;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.966;QD=60.2638;RBI=0.0253584;REFB=0;REVB=0.0253577;RO=0;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68442e-06;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:41:67:0:0:41:67:0:0 chr6 46658905 . C G 365.98 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0191653;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7022;QD=22.1808;RBI=0.0641659;REFB=-0.0253849;REVB=-0.0612368;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822607;STB=0.551696;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0224139;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:66:30:30:35:36:0.545455:20:15:10:20:20:16:10:20 chr6 46672943 . A G 2967.72 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423631;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.438;QD=63.143;RBI=0.0437104;REFB=-0.0523057;REVB=0.0435047;RO=0;SAF=109;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152728;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:190:188:0:0:188:188:1:79:109:0:0:79:109:0:0 chr6 46677098 . C A 477.42 PASS AF=0.45;AO=51;DP=114;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0164417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3582;QD=15.914;RBI=0.0659732;REFB=-0.0552941;REVB=-0.0638916;RO=63;SAF=24;SAR=27;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555762;STB=0.505616;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0526768;OID=.;OPOS=46677098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:120:63:66:51:54:0.45:27:24:30:33:30:24:30:36 chr6 46679303 . A G 780.67 PASS AF=0.460674;AO=80;DP=180;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0320684;FXX=0.0273209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5139;QD=17.5432;RBI=0.032986;REFB=0.0177719;REVB=-0.00772605;RO=90;SAF=40;SAR=40;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425265;STB=0.522466;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0234305;OID=.;OPOS=46679303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:90:96:80:82:0.460674:40:40:41:49:41:41:44:52 chr6 46766321 . TTA T,TTT 337.05 PASS AF=0.707965,0;AO=36,29;DP=143;FAO=80,0;FDP=113;FR=.;FRO=33;FSAF=64,0;FSAR=16,0;FSRF=30;FSRR=3;FWDB=-0.12681,-0.0212109;FXX=0.117178;HRUN=7,8;LEN=2,1;MLLD=9.62258,5.55038;QD=11.9311;RBI=0.211994,0.348563;REFB=0.0936706,0.0685394;REVB=-0.169884,-0.347917;RO=36;SAF=32,1;SAR=4,28;SRF=31;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0595788,-0.821026;STB=0.552929,0.5;STBP=0.201,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0158087,0;OID=.,.;OPOS=46766322,46766323;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.707965,0:36,29:143:80,0:113:33:64,0:16,0:30:3:99:36:32,1:4,28:31:5 chr6 46802370 . G A 725.19 PASS AF=0.443182;AO=78;DP=176;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=-0.00940244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.35;QD=16.4816;RBI=0.00966157;REFB=-0.013345;REVB=0.00222263;RO=98;SAF=53;SAR=25;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637031;STB=0.535519;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0168494;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:98:98:78:78:0.443182:25:53:61:37:25:53:61:37 chr6 46803018 . A T 195.66 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0120746;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.828;QD=16.3054;RBI=0.0156946;REFB=-0.0117935;REVB=0.0100262;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10041;STB=0.579752;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0175273;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:26:28:20:20:0.416667:8:12:13:13:8:12:13:15 chr6 46803102 . A G 236.23 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0144834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9039;QD=17.4985;RBI=0.0184497;REFB=-0.00687987;REVB=0.0114289;RO=28;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22015;STB=0.624896;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00424859;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:20:6:12:16:20:6:12:16 chr6 46824448 . A G 621.67 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0419493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4589;QD=46.9186;RBI=0.04327;REFB=-0.120434;REVB=0.0106087;RO=4;SAF=27;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064756;STB=0.542356;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00993602;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:53:53:4:5:48:48:0.90566:21:27:4:0:21:27:5:0 chr6 46826508 . G A 909.99 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.637;QD=57.7774;RBI=0.0451445;REFB=0;REVB=-0.0387356;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010769;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:21:42:0:0 chr6 46826715 . T A 1932.44 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.853;QD=61.8382;RBI=0.0211455;REFB=0;REVB=-0.00514484;RO=0;SAF=77;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74711e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:47:77:0:0:48:77:0:0 chr6 46826844 . T C 2354.44 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295662;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.239;QD=64.0664;RBI=0.0429023;REFB=0;REVB=0.0310876;RO=0;SAF=92;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29399e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:55:92:0:0:55:92:0:0 chr6 46826910 . G A 2282.06 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00215289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.174;QD=62.0968;RBI=0.0122167;REFB=-0.0137234;REVB=0.0120255;RO=1;SAF=92;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514147;STB=0.505376;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-5.34798e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:1:2:145:145:0.986395:53:92:1:0:53:92:2:0 chr6 46826979 . A G 1020.62 PASS AF=0.455319;AO=105;DP=234;FAO=107;FDP=235;FR=.;FRO=128;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=0.00419194;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.634;QD=17.3722;RBI=0.0089229;REFB=-0.0158841;REVB=0.00787691;RO=128;SAF=50;SAR=55;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000369511;STB=0.50004;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181059;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:128:128:105:107:0.455319:55:50:61:67:56:51:61:67 chr6 46827073 . A G 1255.09 PASS AF=0.5;AO=121;DP=244;FAO=123;FDP=246;FR=.;FRO=123;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.0013452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.472;QD=20.4079;RBI=0.00593742;REFB=-0.0116631;REVB=0.00578303;RO=122;SAF=66;SAR=55;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716214;STB=0.536633;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0123104;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:246:122:123:121:123:0.5:55:66:57:65:56:67:58:65 chr6 46827126 . C T 2388.0 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274218;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.363;QD=61.2307;RBI=0.0277309;REFB=0;REVB=0.00412898;RO=0;SAF=81;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4765e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:156:0:0:156:156:1:75:81:0:0:75:81:0:0 chr6 46827239 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0134802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.547;QD=10.3903;RBI=0.0233584;REFB=0.00087621;REVB=0.0190762;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.000272133;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:6:5:4:3:6:5 chr6 46832813 . G A 703.92 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00695714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.413;QD=19.4186;RBI=0.0102099;REFB=-0.0203417;REVB=0.00747258;RO=74;SAF=40;SAR=30;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104512;STB=0.561247;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0210881;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:74:75:70:70:0.482759:30:40:34:40:30:40:34:41 chr6 46834685 . G A 2017.82 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101166;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.047;QD=60.6863;RBI=0.0143507;REFB=-0.110411;REVB=0.0101784;RO=2;SAF=52;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179258;STB=0.509432;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000292363;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:131:131:0.984962:79:52:2:0:79:52:2:0 chr6 46856100 . G A 334.01 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=-0.0202693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.04;QD=14.2132;RBI=0.0323008;REFB=-0.00877827;REVB=-0.0251496;RO=56;SAF=25;SAR=12;SRF=42;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937463;STB=0.543588;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0164688;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:57:37:37:0.393617:12:25:42:14:12:25:42:15 chr6 46976812 . T C 257.38 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.024549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.907;QD=13.7271;RBI=0.0258929;REFB=-0.0272509;REVB=0.00823335;RO=44;SAF=10;SAR=20;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227036;STB=0.623769;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0324159;OID=.;OPOS=46976812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:20:10:24:20:20:10:24:21 chr6 46977458 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.02165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0339;QD=14.1953;RBI=0.040473;REFB=0.00643688;REVB=0.0341957;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098376;STB=0.556211;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00877677;OID=.;OPOS=46977458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:15:17:10:13:15:17 chr6 47563692 . C T 2150.99 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392926;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3792;QD=62.3476;RBI=0.0475778;REFB=0;REVB=0.026828;RO=0;SAF=44;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542169;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:138:0:0:133:138:1:89:44:0:0:89:49:0:0 chr6 47594302 . T C 1463.55 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.994;QD=62.2787;RBI=0.0221211;REFB=0;REVB=0.00277204;RO=1;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92108e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:94:1:0:90:94:1:55:35:0:1:58:36:0:0 chr6 47594722 . G A 467.44 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0173786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.882;QD=16.8447;RBI=0.0183939;REFB=-0.00741688;REVB=-0.00602645;RO=60;SAF=32;SAR=19;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158965;STB=0.588709;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0101685;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:19:32:28:32:19:32:28:32 chr6 47624239 . A G 203.77 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0110532;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.655;QD=21.4495;RBI=0.044673;REFB=0.00213144;REVB=-0.043284;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976358;STB=0.505489;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00675353;OID=.;OPOS=47624239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:11:7:8:12:11:7 chr6 47624299 . A G 184.92 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.110325;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1258;QD=18.4916;RBI=0.111943;REFB=-0.00702584;REVB=-0.0189646;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667811;STB=0.521716;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00648258;OID=.;OPOS=47624299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:11:8:7:13:11:8:8:13 chr6 47646842 . A G 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00190859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.184;QD=16.0053;RBI=0.00625315;REFB=-0.00669452;REVB=-0.00595476;RO=45;SAF=8;SAR=27;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376769;STB=0.713711;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00948748;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:27:8:26:19:27:8:26:19 chr6 47649222 . T G 263.47 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0044273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.816;QD=19.5164;RBI=0.00472508;REFB=-0.00600618;REVB=0.00165088;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263087;STB=0.514275;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00512514;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:18:10:9:16:18:10:10:16 chr6 47649265 . T A 181.87 PASS AF=0.324324;AO=23;DP=73;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0120545;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.64;QD=9.8307;RBI=0.0486817;REFB=-0.0136577;REVB=-0.0471656;RO=50;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899222;STB=0.567606;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0461196;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:50:50:23:24:0.324324:13:10:18:32:13:11:18:32 chr6 47649573 . CA TG 133.62 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0166085;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.175;QD=14.0655;RBI=0.0294157;REFB=0.000577363;REVB=-0.0242784;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572348;STB=0.53329;STBP=0.79;TYPE=mnp;VARB=-0.000963238;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:8:15:9:6:8:15 chr6 47649694 . A G 591.36 PASS AF=0.459259;AO=60;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00675754;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.547;QD=17.5219;RBI=0.0221127;REFB=-0.0113558;REVB=-0.0210549;RO=72;SAF=32;SAR=28;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327169;STB=0.522567;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0213483;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:60:62:0.459259:28:32:36:36:28:34:37:36 chr6 47653629 . C T 730.59 PASS AF=0.453488;AO=78;DP=172;FAO=78;FDP=172;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=0.000949505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.164;QD=16.9905;RBI=0.0223244;REFB=-0.0164965;REVB=-0.0223042;RO=93;SAF=38;SAR=40;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666737;STB=0.533763;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.02291;OID=.;OPOS=47653629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:94:78:78:0.453488:40:38:39:54:40:38:40:54 chr6 47654742 . A T 574.24 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.00110742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.261;QD=16.4067;RBI=0.0111468;REFB=-0.00878938;REVB=0.0110916;RO=77;SAF=35;SAR=26;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109011;STB=0.51225;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0148475;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:79:61:61:0.435714:26:35:45:32:26:35:47:32 chr6 47682501 . G C 273.26 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0185079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.223;QD=16.3138;RBI=0.0210236;REFB=-0.0184393;REVB=0.00997241;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167381;STB=0.516605;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0233456;OID=.;OPOS=47682501;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:18:12:15:21:19:12:15:21 chr6 47682604 . A C 2252.48 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=148;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0518479;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.186;QD=61.292;RBI=0.0522981;REFB=-0.034932;REVB=0.00684756;RO=3;SAF=68;SAR=76;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205138;STB=0.51079;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=5.00204e-05;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:148:147:3:3:144:144:0.979592:76:68:3:0:76:68:3:0 chr6 47684591 . G A 386.21 PASS AF=0.356061;AO=45;DP=131;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0124342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.173;QD=11.7033;RBI=0.0138976;REFB=-0.00383671;REVB=-0.00620769;RO=84;SAF=27;SAR=18;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472452;STB=0.514111;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00672115;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:84:85:45:47:0.356061:18:27:47:37:20:27:47:38 chr6 47685100 . CT C,CC 339.28 PASS AF=0.942308,0;AO=10,6;DP=86;FAO=49,0;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=16,0;FSAR=33,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0796408,-0.13662;FXX=0.0188644;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.9899,7.4496;QD=26.0986;RBI=0.198471,0.235115;REFB=-0.0176262,-0.0615112;REVB=0.181792,0.191348;RO=38;SAF=10,6;SAR=0,0;SRF=34;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.646828,0.541536;STB=0.521959,0.5;STBP=0.271,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0295485,0;OID=.,.;OPOS=47685101,47685101;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942308,0:10,6:86:49,0:52:3:16,0:33,0:2:1:13:38:10,6:0,0:34:4 chr6 47791205 . G A 1559.9 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0265611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.232;QD=62.3958;RBI=0.0276353;REFB=-0.0696086;REVB=-0.0076299;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087031;STB=0.504504;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000264053;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:44:54:1:0:44:55:1:0 chr6 47791264 . G A 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00302136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.902;QD=16.9208;RBI=0.014665;REFB=-0.00817814;REVB=-0.0143504;RO=50;SAF=24;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609562;STB=0.534229;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00970543;OID=.;OPOS=47791264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:16:24:27:23:16:24:27:23 chr6 47847179 . A G 453.36 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0359038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6581;QD=16.3373;RBI=0.0454294;REFB=0.0104763;REVB=0.0278342;RO=61;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403292;STB=0.522514;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.020412;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:25:25:33:28:25:25:33:28 chr6 49403282 . T C 2369.7 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8812;QD=64.0459;RBI=0.029454;REFB=0;REVB=0.0260334;RO=0;SAF=81;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12799e-05;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:67:81:0:0:67:81:0:0 chr6 49411477 . G C 623.13 PASS AF=0.5;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.011626;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1603;QD=19.7819;RBI=0.0120659;REFB=-0.0138503;REVB=-0.00322826;RO=63;SAF=34;SAR=29;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100439;STB=0.555398;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0140204;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:63:63:63:63:0.5:29:34:27:36:29:34:27:36 chr6 49412433 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0107653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.487;QD=18.1178;RBI=0.0151807;REFB=-0.00333881;REVB=-0.0107034;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.529379;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0042798;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:10:8:10:9:10:8:10:10 chr6 49425521 . C T 1505.66 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.66;QD=59.63;RBI=0.0200047;REFB=0;REVB=0.0188103;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90484e-05;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr6 49439805 . G A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0117153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.104;QD=14.532;RBI=0.02618;REFB=-0.0231769;REVB=-0.0234125;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911969;STB=0.544514;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0334212;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:13:16:18:21:13:16:19:21 chr6 49479750 . T C 838.35 PASS AF=0.431925;AO=92;DP=214;FAO=92;FDP=213;FR=.;FRO=121;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=83;FSRR=38;FWDB=0.0254934;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.723;QD=15.7436;RBI=0.0254969;REFB=0.00987538;REVB=-0.000424953;RO=120;SAF=58;SAR=34;SRF=82;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05881;STB=0.534441;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.01097;OID=.;OPOS=49479750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:120:121:92:92:0.431925:34:58:82:38:34:58:83:38 chr6 49479775 . A T 2988.53 PASS AF=0.994792;AO=190;DP=192;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=118;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00858357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1063;QD=62.2611;RBI=0.0350851;REFB=-0.125766;REVB=0.0340189;RO=2;SAF=118;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130413;STB=0.503401;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00125695;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:192:192:2:1:190:191:0.994792:72:118:0:2:73:118:0:1 chr6 49489397 . C A 303.9 PASS AF=0.368421;AO=34;DP=94;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00623151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7315;QD=12.7958;RBI=0.00654329;REFB=-0.000796338;REVB=0.00199572;RO=60;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148634;STB=0.575532;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00168114;OID=.;OPOS=49489397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:60:60:34:35:0.368421:17:17:22:38:18:17:22:38 chr6 49494241 . A G 1086.88 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000614183;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.144;QD=60.3822;RBI=0.0264686;REFB=0;REVB=0.0264615;RO=0;SAF=52;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047561;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:20:52:0:0:20:52:0:0 chr6 49518914 . C G 1780.66 PASS AF=0.991935;AO=113;DP=115;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0713989;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0739;QD=57.4407;RBI=0.0726905;REFB=-0.111929;REVB=0.0136421;RO=1;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084037;STB=0.503936;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00839442;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:124:1:1:113:123:0.991935:56:57:0:1:63:60:0:1 chr6 49518915 . A G 37.9 PASS AF=0.0866142;AO=11;DP=127;FAO=11;FDP=127;FR=.;FRO=116;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.014557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.938;QD=1.19376;RBI=0.0145872;REFB=-0.0032492;REVB=0.000938533;RO=116;SAF=4;SAR=7;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147024;STB=0.617729;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00562223;OID=.;OPOS=49518915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:127:127:116:116:11:11:0.0866142:7:4:57:59:7:4:57:59 chr6 50815314 . T A 332.45 PASS AF=0.311594;AO=43;DP=137;FAO=43;FDP=138;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.00889621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3276;QD=9.63636;RBI=0.013039;REFB=-0.00880782;REVB=0.00953275;RO=93;SAF=19;SAR=24;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370672;STB=0.514804;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.018803;OID=.;OPOS=50815314;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:93:95:43:43:0.311594:24:19:44:49:24:19:44:51 chr6 51480486 . G T 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.458;QD=60.1576;RBI=0.043518;REFB=0.0214739;REVB=-0.0423509;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00161273;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr6 51483961 . T C 202.86 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0022859;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.419;QD=9.89563;RBI=0.02923;REFB=-0.00433109;REVB=-0.0291405;RO=56;SAF=20;SAR=6;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323068;STB=0.691665;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00735188;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:56:56:26:26:0.317073:6:20:29:27:6:20:29:27 chr6 51491884 . T C 546.29 PASS AF=0.450382;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.016511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.43;QD=16.6805;RBI=0.0177474;REFB=-0.0153599;REVB=0.00650822;RO=70;SAF=28;SAR=30;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156773;STB=0.589688;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0222772;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:70:72:58:59:0.450382:30:28:45:25:31:28:46:26 chr6 51586771 . G A 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.005;QD=62.6639;RBI=0.0466502;REFB=0;REVB=0.0434815;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222509;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr6 51613177 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000631983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2111;QD=53.9103;RBI=0.0129364;REFB=0;REVB=-0.012921;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026953;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 51720838 . T C 927.57 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0219194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.555;QD=53.0037;RBI=0.0227823;REFB=-0.0578268;REVB=0.00621094;RO=4;SAF=32;SAR=34;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285766;STB=0.515147;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.000523962;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:70:4:4:66:66:0.942857:34:32:3:1:34:32:3:1 chr6 51875250 . A C 830.95 PASS AF=0.967742;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0325306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2278;QD=53.6098;RBI=0.0500301;REFB=-0.0221253;REVB=0.0380101;RO=2;SAF=19;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470812;STB=0.524992;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00298231;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:62:2:2:57:60:0.967742:38:19:2:0:41:19:2:0 chr6 51890823 . G A 943.76 PASS AF=0.40824;AO=102;DP=261;FAO=109;FDP=267;FR=.;FRO=158;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=88;FSRR=70;FWDB=0.011735;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.338;QD=14.1387;RBI=0.0156221;REFB=-0.0174471;REVB=0.0103122;RO=158;SAF=55;SAR=47;SRF=88;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019347;STB=0.525615;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0259595;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:267:158:158:102:109:0.40824:47:55:88:70:53:56:88:70 chr6 51914956 . G A 408.38 PASS AF=0.5125;AO=39;DP=78;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00534874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.674;QD=20.4191;RBI=0.0309133;REFB=0.00481398;REVB=0.0304471;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696294;STB=0.548463;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00289214;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:39:39:39:41:0.5125:17:22:19:20:17:24:19:20 chr6 51915054 . T C 39.28 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0156704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1636;QD=2.38082;RBI=0.0430536;REFB=-0.00633442;REVB=-0.0401005;RO=57;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226472;STB=0.657568;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.120098;OID=.;OPOS=51915054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:57:57:9:9:0.136364:5:4:36:21:5:4:36:21 chr6 51924774 . A G 1208.76 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.118;QD=61.2031;RBI=0.037787;REFB=0;REVB=-0.00961735;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281939;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr6 51947237 . G A 443.8 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.00113499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.66;QD=17.752;RBI=0.0256062;REFB=-0.018353;REVB=0.025581;RO=50;SAF=29;SAR=16;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457467;STB=0.517133;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.023438;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:55:45:45:0.45:16:29:32:18:16:29:37:18 chr6 52051274 . G A 535.43 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0259009;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.82;QD=18.1502;RBI=0.0263671;REFB=-0.00586135;REVB=0.00493624;RO=61;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908717;STB=0.500297;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0066202;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:56:57:0.483051:29:27:30:31:29:28:30:31 chr6 52269046 . C G 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0126147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.258;QD=17.3246;RBI=0.0129765;REFB=-0.0147443;REVB=0.00304253;RO=24;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099707;STB=0.575263;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0134818;OID=.;OPOS=52269046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:5:15:16:8:5:15:16:9 chr6 52269547 . A G 439.49 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0181723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.813;QD=13.119;RBI=0.0306056;REFB=-0.00443041;REVB=0.0246267;RO=81;SAF=26;SAR=25;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110798;STB=0.561892;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00674203;OID=.;OPOS=52269547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:83:51:51:0.380597:25:26:33:48:25:26:34:49 chr6 52269685 . C A 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00177526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.717;QD=17.9913;RBI=0.00177536;REFB=-0.0192086;REVB=1.92562e-05;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507241;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0191931;OID=.;OPOS=52269685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:17:12:12:17:17:12:12:18 chr6 52270544 . TTTG T 230.77 PASS AF=0.404255;AO=33;DP=97;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.000469586;FXX=0.0504999;HRUN=4;LEN=3;MLLD=244.244;QD=9.81988;RBI=0.0241552;REFB=-0.00324258;REVB=0.0241506;RO=57;SAF=8;SAR=25;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229173;STB=0.581704;STBP=0.253;TYPE=del;VARB=0.00464758;OID=.;OPOS=52270545;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:33:97:38:94:56:11:27:23:33:99:57:8:25:24:33 chr6 52270925 . G T 322.62 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0362621;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8397;QD=12.5289;RBI=0.0519269;REFB=-0.0154756;REVB=-0.0371681;RO=64;SAF=24;SAR=15;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12807;STB=0.573133;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0207867;OID=.;OPOS=52270925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:64:64:39:39:0.378641:15:24:32:32:15:24:32:32 chr6 52271204 . C T 280.03 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00626907;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.328;QD=16.4723;RBI=0.0125098;REFB=-0.000766693;REVB=0.0108256;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170108;STB=0.589332;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00115884;OID=.;OPOS=52271204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:37:31:31:0.455882:11:20:17:19:11:20:18:19 chr6 52271707 . G A 342.88 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0404077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9964;QD=18.7881;RBI=0.0519389;REFB=-0.00349751;REVB=0.0326323;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086554;STB=0.548189;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00385775;OID=.;OPOS=52271707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:16:21:17:19:16:21 chr6 52272033 . C T 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8436;QD=58.596;RBI=0.0316618;REFB=0;REVB=-0.0312805;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226301;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr6 52272313 . A G 555.12 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00554186;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.778;QD=20.0042;RBI=0.020076;REFB=-0.00182462;REVB=0.019296;RO=53;SAF=31;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291797;STB=0.505738;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00170626;OID=.;OPOS=52272313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:54:57:57:0.513514:26:31:29:24:26:31:30:24 chr6 52272467 . C CTTGA 298.84 PASS AF=1;AO=19;DP=33;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611121;FXX=0.322477;HRUN=2;LEN=4;MLLD=229.852;QD=56.9214;RBI=0.0133372;REFB=0;REVB=0.0118547;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.13783e-05;OID=.;OPOS=52272468;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=CTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:19:33:21:21:0:14:7:0:0:3:12:13:6:11:1 chr6 52272574 . C T 178.89 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0603454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.058;QD=10.8416;RBI=0.0718566;REFB=-0.0124466;REVB=-0.0390103;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935368;STB=0.55433;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0332587;OID=.;OPOS=52272574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:12:11:17:26:12:11:17:26 chr6 52288586 . G C 399.33 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=5;FWDB=-0.0109147;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.727;QD=20.4787;RBI=0.046821;REFB=-0.0185335;REVB=-0.045531;RO=38;SAF=27;SAR=13;SRF=33;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212037;STB=0.616063;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0249911;OID=.;OPOS=52288586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:13:27:33:5:13:27:33:5 chr6 52303160 . A G 292.72 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0415142;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8527;QD=12.071;RBI=0.052872;REFB=-0.0226777;REVB=0.0327417;RO=63;SAF=18;SAR=16;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139088;STB=0.579807;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0323703;OID=.;OPOS=52303160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:63:63:34:34:0.350515:16:18:41:22:16:18:41:22 chr6 52303291 . C T 184.46 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0104499;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.663;QD=11.7115;RBI=0.0104608;REFB=0.0052779;REVB=0.000478196;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234828;STB=0.616191;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00783253;OID=.;OPOS=52303291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:37:40:23:23:0.365079:7:16:18:19:7:16:21:19 chr6 52360283 . T A 245.32 PASS AF=0.316832;AO=30;DP=99;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.0052623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.721;QD=9.71553;RBI=0.0111856;REFB=-0.00834014;REVB=0.0098704;RO=69;SAF=16;SAR=14;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161767;STB=0.59391;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0206893;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:69:69:30:32:0.316832:14:16:46:23:15:17:46:23 chr6 52360331 . G A 227.87 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0062793;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.42;QD=8.06624;RBI=0.00859629;REFB=-0.00488158;REVB=0.00587083;RO=80;SAF=9;SAR=23;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343805;STB=0.70038;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0125766;OID=.;OPOS=52360331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:80:81:32:32:0.283186:23:9:45:35:23:9:45:36 chr6 52617731 . C G 2280.61 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00669491;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.846;QD=62.9134;RBI=0.0140021;REFB=0.0184146;REVB=-0.0122978;RO=1;SAF=91;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519749;STB=0.502732;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-4.38356e-05;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:145:1:1:144:144:0.993103:53:91:1:0:53:91:1:0 chr6 52701143 . C T 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.24;QD=61.3232;RBI=0.0219389;REFB=0;REVB=-0.0107012;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65262e-05;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 52843131 . G T 1297.99 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7603;QD=61.0817;RBI=0.17598;REFB=0;REVB=0.173949;RO=1;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172021;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104369;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:85:1:0:76:85:1:27:49:0:1:35:50:0:0 chr6 52844045 . G A 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.284;QD=59.1731;RBI=0.0533472;REFB=-0.0638362;REVB=0.0516419;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000962263;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:38:38:0:1:38:38:0:1 chr6 52963071 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.328;QD=61.3339;RBI=0.0153821;REFB=0;REVB=-0.00238468;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6961e-05;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr6 53514946 . A G 262.95 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0034438;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.042;QD=17.2425;RBI=0.0425569;REFB=-0.0185205;REVB=0.0424174;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424109;STB=0.523793;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0191066;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:14:18:15:14:14:18 chr6 53516876 . T G 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.697;QD=62.9068;RBI=0.0284702;REFB=0;REVB=-0.0247304;RO=0;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6941e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:32:58:0:0:32:58:0:0 chr6 53517035 . G A 1275.41 PASS AF=0.457045;AO=129;DP=292;FAO=133;FDP=291;FR=.;FRO=158;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=96;FSRR=62;FWDB=0.0878098;FXX=0.00682571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0932;QD=17.5314;RBI=0.0909557;REFB=-0.0382564;REVB=0.0237146;RO=150;SAF=69;SAR=60;SRF=88;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508836;STB=0.540447;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0407919;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:150:158:129:133:0.457045:60:69:88:62:62:71:96:62 chr6 53519062 . A G 747.35 PASS AF=0.484472;AO=78;DP=161;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.00917391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.359;QD=18.5678;RBI=0.0159435;REFB=0.0037476;REVB=-0.0130397;RO=83;SAF=39;SAR=39;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844373;STB=0.546572;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00487133;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:83:78:78:0.484472:39:39:34:49:39:39:34:49 chr6 53519605 . C T 2556.46 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195954;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.274;QD=61.9747;RBI=0.0264346;REFB=0;REVB=-0.0177428;RO=0;SAF=96;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94704e-05;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:69:96:0:0:69:96:0:0 chr6 53519857 . G A 526.5 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0268635;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7313;QD=20.25;RBI=0.0373451;REFB=-0.00288213;REVB=-0.0259424;RO=52;SAF=24;SAR=30;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167781;STB=0.583833;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00385801;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:52:50:54:54:0.519231:30:24:33:19:30:24:31:19 chr6 53762092 . A G 803.76 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00775818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.221;QD=55.4314;RBI=0.0400947;REFB=-0.158289;REVB=0.0393369;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512816;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000614626;OID=.;OPOS=53762092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:19:38:0:0:19:38:0:1 chr6 53989526 . G A 517.3 PASS AF=0.5;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0294646;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.596;QD=19.1591;RBI=0.0299217;REFB=-0.00758766;REVB=0.00520975;RO=53;SAF=34;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424171;STB=0.529316;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00844723;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:53:54:54:54:0.5:20:34:31:22:20:34:31:23 chr6 54025155 . T C 637.04 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0132205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.538;QD=28.0019;RBI=0.0164588;REFB=-0.0259439;REVB=-0.00980359;RO=35;SAF=45;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196515;STB=0.607737;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.017017;OID=.;OPOS=54025155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:35:56:56:0.615385:11:45:21:14:11:45:21:14 chr6 54054686 . T A 210.8 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0137841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.155;QD=14.0531;RBI=0.0162554;REFB=-0.018842;REVB=-0.00861603;RO=35;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620717;STB=0.543684;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0246208;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:24:25:0.416667:7:17:23:12:7:18:23:12 chr6 54079968 . G A 768.15 PASS AF=0.455056;AO=81;DP=179;FAO=81;FDP=178;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.021023;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.784;QD=17.2619;RBI=0.0229504;REFB=0.00229182;REVB=0.0092062;RO=97;SAF=44;SAR=37;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133656;STB=0.507415;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00258434;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:97:97:81:81:0.455056:37:44:54:43:37:44:54:43 chr6 54095524 . C T 487.8 PASS AF=0.575;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.018529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.25;QD=24.3901;RBI=0.0284409;REFB=-0.0280824;REVB=-0.0215769;RO=33;SAF=27;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182359;STB=0.596679;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0200782;OID=.;OPOS=54095524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:34:45:46:0.575:18:27:12:21:18:28:13:21 chr6 54186147 . T C 1472.16 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3827;QD=63.3187;RBI=0.0899128;REFB=0;REVB=0.0312758;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791511;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr6 54191970 . T A 1153.24 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5811;QD=60.6967;RBI=0.0775869;REFB=0;REVB=-0.0134714;RO=0;SAF=51;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677676;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:25:51:0:0:25:51:0:0 chr6 55039417 . C T 66.54 PASS AF=0.156627;AO=10;DP=82;FAO=13;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0277359;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.1869;QD=3.2069;RBI=0.141518;REFB=-0.0233037;REVB=0.138774;RO=51;SAF=0;SAR=10;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.70908;STB=0.924124;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0817086;OID=.;OPOS=55039417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:82:83:51:70:10:13:0.156627:10:0:26:25:12:1:41:29 chr6 55142337 . A G 2357.26 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920165;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.036;QD=61.2275;RBI=0.0160624;REFB=0;REVB=0.0131655;RO=0;SAF=87;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208486;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:67:87:0:0:67:87:0:0 chr6 55266625 . T C 695.63 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0291364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3622;QD=60.4899;RBI=0.0359483;REFB=0.0419169;REVB=0.021056;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000954337;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr6 55639028 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0236413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.926;QD=9.18854;RBI=0.0246498;REFB=-0.000590922;REVB=0.00697852;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439633;STB=0.526832;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00112692;OID=.;OPOS=55639028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:10:15:7:4:10:15 chr6 56044578 . T C 418.91 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.0029957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.493;QD=13.0909;RBI=0.00892903;REFB=-0.00572113;REVB=0.00841151;RO=78;SAF=24;SAR=25;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080403;STB=0.549168;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00552208;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:78:79:49:49:0.382812:25:24:44:34:25:24:45:34 chr6 56417192 . C T 617.3 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00134172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3824;QD=20.7497;RBI=0.0110672;REFB=0.00955714;REVB=-0.0109856;RO=57;SAF=25;SAR=37;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000255956;STB=0.500141;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0127828;OID=.;OPOS=56417192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:62:62:0.521008:37:25:23:34:37:25:23:34 chr6 56417282 . C T 1688.11 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216644;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.135;QD=60.2897;RBI=0.0229733;REFB=0;REVB=-0.00764363;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96559e-05;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:61:51:0:0 chr6 56417545 . T C 223.96 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00532724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.592;QD=16.5895;RBI=0.00904832;REFB=-0.0247679;REVB=0.00731386;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757569;STB=0.55551;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0322375;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:25:25:0.462963:17:8:11:17:17:8:12:17 chr6 56420538 . C T 360.12 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0226569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.862;QD=15.0048;RBI=0.0360715;REFB=-0.00406953;REVB=-0.0280681;RO=57;SAF=16;SAR=23;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12251;STB=0.569394;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00563955;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:23:16:30:27:23:16:30:27 chr6 56422216 . T C 924.01 PASS AF=0.405622;AO=101;DP=249;FAO=101;FDP=249;FR=.;FRO=148;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.0205965;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.179;QD=14.8435;RBI=0.020677;REFB=-0.0157415;REVB=0.00182276;RO=147;SAF=48;SAR=53;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154264;STB=0.506691;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0233557;OID=.;OPOS=56422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:147:148:101:101:0.405622:53:48:72:75:53:48:72:76 chr6 56810539 . G A 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00915512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.974;QD=48.6086;RBI=0.0169457;REFB=-0.0809676;REVB=0.0142597;RO=2;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294963;STB=0.515911;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00393823;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:8:18:1:1:8:18:1:1 chr6 56846678 . A G 412.78 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0277929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.099;QD=15.876;RBI=0.0395785;REFB=-0.00665716;REVB=0.0281782;RO=57;SAF=25;SAR=21;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188896;STB=0.609458;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00884191;OID=.;OPOS=56846678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:46:46:0.442308:21:25:20:37:21:25:20:38 chr6 56917538 . G A 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0765372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.308;QD=13.204;RBI=0.0771166;REFB=0.00332201;REVB=-0.00943604;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145035;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00533277;OID=.;OPOS=56917538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:3:3:2:4:3:3 chr6 56919443 . A G 358.74 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0158524;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.035;QD=12.8122;RBI=0.0160987;REFB=-0.00370439;REVB=0.00280553;RO=69;SAF=21;SAR=22;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988691;STB=0.556128;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00562602;OID=.;OPOS=56919443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:22:21:40:29:22:21:40:29 chr6 57012930 . C T 312.97 PASS AF=0.397727;AO=33;DP=86;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0232526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.649;QD=14.2259;RBI=0.0243956;REFB=-0.00768786;REVB=0.00737999;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250616;STB=0.636867;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00831433;OID=.;OPOS=57012930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:53:53:33:35:0.397727:19:14:35:18:20:15:35:18 chr6 57055354 . C T 607.15 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=138;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0642101;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8387;QD=17.5986;RBI=0.0805065;REFB=0.00955671;REVB=-0.0485628;RO=75;SAF=26;SAR=37;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799345;STB=0.544485;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0104224;OID=.;OPOS=57055354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:75:63:63:0.456522:37:26:37:38:37:26:37:38 chr6 57244780 . G A 628.76 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0312421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.033;QD=17.4655;RBI=0.0312426;REFB=0.00068014;REVB=-0.000192857;RO=79;SAF=31;SAR=34;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839489;STB=0.546652;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0010814;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:79:65:65:0.451389:34:31:31:48:34:31:31:48 chr6 57246884 . A G 1203.71 PASS AF=0.430976;AO=126;DP=297;FAO=128;FDP=297;FR=.;FRO=169;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=110;FSRR=59;FWDB=-0.00632034;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.755;QD=16.2116;RBI=0.00911441;REFB=-0.00958762;REVB=-0.00656702;RO=165;SAF=75;SAR=51;SRF=106;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505582;STB=0.534123;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0107381;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:165:169:126:128:0.430976:51:75:106:59:52:76:110:59 chr6 57246969 . G A 602.82 PASS AF=0.311741;AO=77;DP=247;FAO=77;FDP=247;FR=.;FRO=170;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=97;FSRR=73;FWDB=-0.0284397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.149;QD=9.76229;RBI=0.0289384;REFB=-0.00955563;REVB=-0.00534966;RO=168;SAF=42;SAR=35;SRF=95;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240367;STB=0.517494;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0214768;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:168:170:77:77:0.311741:35:42:95:73:35:42:97:73 chr6 57246982 . G T 494.39 PASS AF=0.29646;AO=66;DP=227;FAO=67;FDP=226;FR=.;FRO=159;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=88;FSRR=71;FWDB=-0.0661775;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.368;QD=8.75022;RBI=0.0661863;REFB=-0.00181387;REVB=-0.00107848;RO=158;SAF=37;SAR=29;SRF=88;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446873;STB=0.511439;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0025132;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:158:159:66:67:0.29646:29:37:88:70:31:36:88:71 chr6 57254927 . A G 190.01 PASS AF=0.223881;AO=30;DP=134;FAO=30;FDP=134;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=41;FWDB=-0.00175644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.608;QD=5.67195;RBI=0.0266894;REFB=-0.00462138;REVB=0.0266315;RO=101;SAF=17;SAR=13;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612268;STB=0.531134;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0164384;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:101:104:30:30:0.223881:13:17:62:39:13:17:63:41 chr6 57254950 . A AT 58.05 PASS AF=0.2;AO=24;DP=116;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.15965;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4446;QD=2.2116;RBI=0.17657;REFB=-0.0143185;REVB=-0.0754256;RO=91;SAF=13;SAR=11;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522681;STB=0.613206;STBP=0.263;TYPE=ins;VARB=0.0393297;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:24:116:21:105:84:10:11:52:32:58:91:13:11:53:38 chr6 57254955 . G A 111.99 PASS AF=0.191011;AO=15;DP=92;FAO=17;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0310894;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.429;QD=5.0332;RBI=0.0482122;REFB=-0.00244591;REVB=-0.0368492;RO=42;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00595157;STB=0.502759;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0276672;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:42:71:15:17:0.191011:6:9:25:17:7:10:42:29 chr6 57254986 . G A 62.72 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0132676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.525;QD=3.39036;RBI=0.0577406;REFB=-0.00186722;REVB=-0.0561956;RO=61;SAF=11;SAR=1;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494982;STB=0.855568;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0229988;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:74:74:61:62:12:12:0.162162:1:11:37:24:1:11:37:25 chr6 57372361 . C A 1549.16 PASS AF=0.616071;AO=137;DP=224;FAO=138;FDP=224;FR=.;FRO=86;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.0182685;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4346;QD=27.6636;RBI=0.0232055;REFB=0.00385112;REVB=-0.0143094;RO=86;SAF=65;SAR=72;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597308;STB=0.533428;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0027587;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:86:86:137:138:0.616071:72:65:48:38:73:65:48:38 chr6 57372365 . A G 185.46 PASS AF=0.168182;AO=37;DP=221;FAO=37;FDP=220;FR=.;FRO=183;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=92;FSRR=91;FWDB=0.0294764;FXX=0.00452468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4269;QD=3.37202;RBI=0.0363241;REFB=-0.01303;REVB=0.0212268;RO=182;SAF=21;SAR=16;SRF=90;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941888;STB=0.554101;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0679237;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:182:183:37:37:0.168182:16:21:90:92:16:21:92:91 chr6 57393112 . T C 113.65 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=109;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.00261891;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.32;QD=4.20915;RBI=0.00312693;REFB=-0.00142328;REVB=-0.00170852;RO=88;SAF=10;SAR=10;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576665;STB=0.537;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00459821;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:88:88:20:20:0.185185:10:10:48:40:10:10:48:40 chr6 57393125 . A G 629.15 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00661127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.075;QD=19.2107;RBI=0.0226636;REFB=-0.0146251;REVB=0.0216778;RO=67;SAF=36;SAR=28;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184612;STB=0.510201;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0158019;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:67:64:64:0.48855:28:36:39:28:28:36:39:28 chr6 57393160 . G A 142.02 PASS AF=0.171053;AO=26;DP=153;FAO=26;FDP=152;FR=.;FRO=126;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=0.0303575;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.475;QD=3.73729;RBI=0.0343914;REFB=-0.00479285;REVB=-0.0161614;RO=125;SAF=11;SAR=15;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163749;STB=0.602332;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.016483;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:125:126:26:26:0.171053:15:11:69:56:15:11:69:57 chr6 57398154 . T C 732.31 PASS AF=0.414508;AO=78;DP=192;FAO=80;FDP=193;FR=.;FRO=113;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=0.044337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5333;QD=15.1774;RBI=0.0447968;REFB=-0.00764931;REVB=-0.00640143;RO=112;SAF=33;SAR=45;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100259;STB=0.557162;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0099047;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:112:113:78:80:0.414508:45:33:58:54:46:34:59:54 chr6 57398157 . A G 767.86 PASS AF=0.415;AO=83;DP=199;FAO=83;FDP=200;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.0105208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.857;QD=15.3572;RBI=0.0162712;REFB=-0.02127;REVB=0.0124123;RO=116;SAF=37;SAR=46;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924694;STB=0.554204;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0330532;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:116:117:83:83:0.415:46:37:62:54:46:37:63:54 chr6 57398163 . A G 818.03 PASS AF=0.425234;AO=90;DP=214;FAO=91;FDP=214;FR=.;FRO=123;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=-0.00657338;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.201;QD=15.2902;RBI=0.00856981;REFB=-0.0107759;REVB=-0.00549839;RO=120;SAF=40;SAR=50;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911836;STB=0.555817;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0201443;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:120:123:90:91:0.425234:50:40:64:56:51:40:66:57 chr6 57398186 . G GA 63.86 PASS AF=0.173913;AO=43;DP=255;FAO=44;FDP=253;FR=.;FRO=209;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=107;FSRR=102;FWDB=0.173357;FXX=0.00393685;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2255;QD=1.00967;RBI=0.17408;REFB=-0.0222293;REVB=0.0158455;RO=194;SAF=23;SAR=20;SRF=94;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648795;STB=0.5089;STBP=0.903;TYPE=ins;VARB=-0.000447913;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913:43:255:44:253:209:23:21:107:102:63:194:23:20:94:100 chr6 57398201 . T C 1195.49 PASS AF=0.466418;AO=124;DP=267;FAO=125;FDP=268;FR=.;FRO=143;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=-0.0169042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.413;QD=17.8432;RBI=0.0193249;REFB=-0.00205582;REVB=-0.00936475;RO=142;SAF=62;SAR=62;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204301;STB=0.507194;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00361767;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:142:143:124:125:0.466418:62:62:74:68:62:63:74:69 chr6 57398226 . T G 530.08 PASS AF=0.316279;AO=67;DP=273;FAO=68;FDP=215;FR=.;FRO=147;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=-0.0451942;FXX=0.221006;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9842;QD=9.86201;RBI=0.050424;REFB=-0.00998019;REVB=0.0223622;RO=144;SAF=27;SAR=40;SRF=75;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140023;STB=0.567786;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0188209;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:215:144:147:67:68:0.316279:40:27:75:69:40:28:75:72 chr6 57398264 . A G 1127.72 PASS AF=0.472;AO=118;DP=251;FAO=118;FDP=250;FR=.;FRO=132;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=-0.00714699;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.047;QD=18.0436;RBI=0.0148106;REFB=-0.0063281;REVB=0.0129721;RO=132;SAF=50;SAR=68;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102592;STB=0.556607;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00803369;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:132:132:118:118:0.472:68:50:70:62:68:50:70:62 chr6 57398270 . C T 291.12 PASS AF=0.205021;AO=49;DP=239;FAO=49;FDP=239;FR=.;FRO=190;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=93;FSRR=97;FWDB=-0.0142115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.269;QD=4.87223;RBI=0.0248098;REFB=-0.00219353;REVB=-0.0203361;RO=190;SAF=22;SAR=27;SRF=93;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521638;STB=0.532303;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0113981;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:190:190:49:49:0.205021:27:22:93:97:27:22:93:97 chr6 57467084 . A G 226.89 PASS AF=0.169884;AO=43;DP=257;FAO=44;FDP=259;FR=.;FRO=215;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=117;FSRR=98;FWDB=-0.0109415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.746;QD=3.50413;RBI=0.0141224;REFB=-0.00358723;REVB=-0.00892904;RO=211;SAF=21;SAR=22;SRF=115;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730882;STB=0.555356;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0161519;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:259:211:215:43:44:0.169884:22:21:115:96:23:21:117:98 chr6 57467093 . A G 231.08 PASS AF=0.170455;AO=45;DP=264;FAO=45;FDP=264;FR=.;FRO=219;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=115;FSRR=104;FWDB=0.00136077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.065;QD=3.50115;RBI=0.0134547;REFB=-0.00213697;REVB=0.0133857;RO=217;SAF=21;SAR=24;SRF=114;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075663;STB=0.548366;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00872299;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:217:219:45:45:0.170455:24:21:114:103:24:21:115:104 chr6 57467100 . G C 1290.83 PASS AF=0.492481;AO=130;DP=269;FAO=131;FDP=266;FR=.;FRO=135;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=0.00660381;FXX=0.011152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.617;QD=19.411;RBI=0.00931601;REFB=-0.0184125;REVB=0.00657097;RO=135;SAF=63;SAR=67;SRF=78;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862489;STB=0.549039;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0151817;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:266:135:135:130:131:0.492481:67:63:78:57:68:63:78:57 chr6 57467107 . C T 229.03 PASS AF=0.168539;AO=45;DP=267;FAO=45;FDP=267;FR=.;FRO=222;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=121;FSRR=101;FWDB=-0.0106349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.593;QD=3.43118;RBI=0.0532245;REFB=-0.00187404;REVB=-0.0521511;RO=222;SAF=21;SAR=24;SRF=121;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100957;STB=0.564864;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0156841;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:222:222:45:45:0.168539:24:21:121:101:24:21:121:101 chr6 57467175 . A G 496.27 PASS AF=0.314286;AO=65;DP=210;FAO=66;FDP=210;FR=.;FRO=144;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=81;FSRR=63;FWDB=-0.010132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.034;QD=9.45281;RBI=0.0111875;REFB=-0.00916269;REVB=-0.00474375;RO=143;SAF=25;SAR=40;SRF=80;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207181;STB=0.625646;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0192366;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:143:144:65:66:0.314286:40:25:80:63:41:25:81:63 chr6 57512476 . G A 2335.87 PASS AF=0.526932;AO=225;DP=428;FAO=225;FDP=427;FR=.;FRO=202;FSAF=120;FSAR=105;FSRF=116;FSRR=86;FWDB=0.00762219;FXX=0.00233639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.973;QD=21.8817;RBI=0.0106544;REFB=-0.00434466;REVB=-0.00744441;RO=201;SAF=120;SAR=105;SRF=116;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382021;STB=0.519495;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0035659;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:427:201:202:225:225:0.526932:105:120:116:85:105:120:116:86 chr6 57512510 . T G 4395.47 PASS AF=0.737844;AO=348;DP=471;FAO=349;FDP=473;FR=.;FRO=124;FSAF=192;FSAR=157;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=-0.00576305;FXX=0.00210966;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.383;QD=37.171;RBI=0.0309492;REFB=-0.0499009;REVB=0.0304079;RO=121;SAF=192;SAR=156;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712118;STB=0.506862;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0141037;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:473:121:124:348:349:0.737844:156:192:65:56:157:192:65:59 chr6 57512529 . C A 582.88 PASS AF=0.209302;AO=98;DP=473;FAO=99;FDP=473;FR=.;FRO=374;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=207;FSRR=167;FWDB=-0.00564231;FXX=0.00210966;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.265;QD=4.92925;RBI=0.0181209;REFB=-0.0037762;REVB=-0.01722;RO=372;SAF=43;SAR=55;SRF=205;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144236;STB=0.593478;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0163164;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:473:372:374:98:99:0.209302:55:43:205:167:56:43:207:167 chr6 57512565 . T C 2143.81 PASS AF=0.523114;AO=184;DP=379;FAO=215;FDP=411;FR=.;FRO=196;FSAF=112;FSAR=103;FSRF=107;FSRR=89;FWDB=0.0387642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.722;QD=20.8643;RBI=0.0392513;REFB=-0.00572211;REVB=-0.00616491;RO=194;SAF=81;SAR=103;SRF=106;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993853;STB=0.511948;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00518499;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:411:194:196:184:215:0.523114:103:81:106:88:103:112:107:89 chr6 57512678 . G A 327.31 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0536803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5495;QD=17.6923;RBI=0.0618656;REFB=-0.0110511;REVB=-0.0307536;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470495;STB=0.526301;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0118804;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:18:17:17:22:18:17:17:22 chr6 58141869 . C T 199.36 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.000361887;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.115;QD=8.05494;RBI=0.00041861;REFB=0.00115478;REVB=-0.00021041;RO=71;SAF=17;SAR=10;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184476;STB=0.615299;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00247139;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:71:72:27:27:0.272727:10:17:34:37:10:17:34:38 chr6 58141876 . C T 878.28 PASS AF=0.721154;AO=73;DP=102;FAO=75;FDP=104;FR=.;FRO=29;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0109893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.742;QD=33.7802;RBI=0.0164532;REFB=-0.00943048;REVB=0.0122451;RO=29;SAF=35;SAR=38;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927934;STB=0.54507;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00521663;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:29:29:73:75:0.721154:38:35:19:10:38:37:19:10 chr6 58141878 . A G 204.56 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00567054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.833;QD=7.79288;RBI=0.00807283;REFB=-0.00455335;REVB=-0.00574592;RO=76;SAF=19;SAR=10;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208086;STB=0.624326;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0159665;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:76:29:29:0.27619:10:19:37:39:10:19:37:39 chr6 58141886 . G C 1302.54 PASS AF=0.897196;AO=96;DP=107;FAO=96;FDP=107;FR=.;FRO=11;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.011055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.886;QD=48.6931;RBI=0.0128843;REFB=-0.122134;REVB=0.00661755;RO=11;SAF=52;SAR=44;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170044;STB=0.509004;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00258389;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:107:107:11:11:96:96:0.897196:44:52:5:6:44:52:5:6 chr6 58141920 . G C 135.77 PASS AF=0.21;AO=21;DP=100;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00289335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.595;QD=5.43082;RBI=0.0133378;REFB=-0.0074349;REVB=-0.0130202;RO=79;SAF=15;SAR=6;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300025;STB=0.688965;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0310841;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:79:79:21:21:0.21:6:15:38:41:6:15:38:41 chr6 58141935 . T C 102.79 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0109743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.362;QD=4.83721;RBI=0.0598896;REFB=0.00309044;REVB=-0.0588755;RO=68;SAF=12;SAR=5;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298787;STB=0.690784;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0144099;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:68:68:17:17:0.2:5:12:32:36:5:12:32:36 chr6 58141946 . C T 228.21 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.072641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.5645;QD=12.8571;RBI=0.0746792;REFB=-0.0126513;REVB=0.0173283;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011094;STB=0.506168;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0280382;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:41:43:28:28:0.394366:16:12:18:23:16:12:18:25 chr6 58164635 . T C 502.46 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.030661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9935;QD=15.8254;RBI=0.0424009;REFB=0.00460309;REVB=0.0292872;RO=72;SAF=29;SAR=26;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977031;STB=0.554648;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0036121;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:72:55:55:0.433071:26:29:31:41:26:29:31:41 chr6 58182701 . C T 546.42 PASS AF=0.392638;AO=64;DP=163;FAO=64;FDP=163;FR=.;FRO=99;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=67;FWDB=-0.0504391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5859;QD=13.4092;RBI=0.0532003;REFB=-0.0127613;REVB=-0.0169166;RO=97;SAF=19;SAR=45;SRF=32;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413978;STB=0.518873;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0214486;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:97:99:64:64:0.392638:45:19:32:65:45:19:32:67 chr6 58196684 . G A 375.57 PASS AF=0.313333;AO=47;DP=150;FAO=47;FDP=150;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.0161109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.409;QD=10.0151;RBI=0.0170247;REFB=-0.00587296;REVB=-0.00550256;RO=103;SAF=33;SAR=14;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245034;STB=0.643115;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0118584;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:103:103:47:47:0.313333:14:33:52:51:14:33:52:51 chr6 61944688 . A G 126.77 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0126806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1798;QD=19.5036;RBI=0.0543108;REFB=-0.0074164;REVB=-0.0528098;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312417;STB=0.677173;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00125934;OID=.;OPOS=61944688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:9:3:9:5:9:3 chr6 62282965 . C T 573.63 PASS AF=0.435714;AO=63;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0638437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9463;QD=16.3893;RBI=0.0639025;REFB=-0.0210282;REVB=0.00274041;RO=76;SAF=32;SAR=31;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594682;STB=0.545907;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0280728;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:79:63:61:0.435714:31:32:34:42:29:32:35:44 chr6 62283016 . T G 378.49 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0242903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.292;QD=16.4562;RBI=0.0242909;REFB=-0.00541099;REVB=0.000173083;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274276;STB=0.515411;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00581503;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:22:18:22:30:22:18:22:30 chr6 62284247 . T G 774.63 PASS AF=0.427136;AO=85;DP=197;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=71;FSRR=43;FWDB=0.00519331;FXX=0.00994975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2314;QD=15.5704;RBI=0.00520428;REFB=-0.00742117;REVB=-0.000337872;RO=111;SAF=51;SAR=34;SRF=70;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326929;STB=0.513681;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00806479;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:111:114:85:85:0.427136:34:51:70:41:34:51:71:43 chr6 62284487 . C T 432.85 PASS AF=0.29064;AO=56;DP=203;FAO=59;FDP=203;FR=.;FRO=144;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=87;FSRR=57;FWDB=-0.0151497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.838;QD=8.52906;RBI=0.0294416;REFB=-0.0110417;REVB=-0.0252447;RO=132;SAF=33;SAR=23;SRF=75;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260665;STB=0.504465;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.032632;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:132:144:56:59:0.29064:23:33:75:57:23:36:87:57 chr6 62284512 . T C 399.34 PASS AF=0.287234;AO=54;DP=189;FAO=54;FDP=188;FR=.;FRO=134;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=84;FSRR=50;FWDB=-0.012846;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.536;QD=8.49663;RBI=0.0261155;REFB=-0.00506999;REVB=-0.0227376;RO=132;SAF=32;SAR=22;SRF=82;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362318;STB=0.525526;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0131836;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:132:134:54:54:0.287234:22:32:82:50:22:32:84:50 chr6 62390916 . T C 3010.15 PASS AF=0.966507;AO=202;DP=209;FAO=202;FDP=209;FR=.;FRO=7;FSAF=90;FSAR=112;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00774132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.628;QD=57.6105;RBI=0.0226485;REFB=-0.00321357;REVB=0.0212844;RO=7;SAF=90;SAR=112;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172967;STB=0.50909;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=1.14703e-05;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:209:209:7:7:202:202:0.966507:112:90:5:2:112:90:5:2 chr6 62604655 . G A 620.97 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00675266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1249;QD=17.9992;RBI=0.0264964;REFB=0.00219082;REVB=0.0256215;RO=74;SAF=29;SAR=35;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192918;STB=0.510713;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00225241;OID=.;OPOS=62604655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:35:29:35:39:35:29:35:39 chr6 62887099 . C T 585.07 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.022724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8448;QD=19.5023;RBI=0.0465566;REFB=-0.00814344;REVB=-0.0406342;RO=57;SAF=21;SAR=39;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176928;STB=0.603058;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0111802;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:60:60:60:0.5:39:21:31:26:39:21:33:27 chr6 63921924 . A G 614.95 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00427348;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.995;QD=24.1155;RBI=0.015373;REFB=-0.006763;REVB=-0.014767;RO=42;SAF=26;SAR=33;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278663;STB=0.519465;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00566792;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:43:59:59:0.578431:33:26:17:25:33:26:17:26 chr6 63922820 . G A 454.72 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=61;FWDB=-0.0211562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0913;QD=15.1573;RBI=0.0241604;REFB=-0.00670383;REVB=0.0116679;RO=69;SAF=12;SAR=39;SRF=8;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191872;STB=0.606025;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00934402;OID=.;OPOS=63922820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:39:12:8:61:39:12:8:61 chr6 65016977 . TGA T 210.77 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0173873;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.185;QD=15.6125;RBI=0.0217859;REFB=-0.130969;REVB=0.0131266;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174487;STB=0.532785;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=0.141779;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:23:56:24:54:30:13:11:18:12:99:22:13:10:12:10 chr6 65149185 . T A 544.08 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0569961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9391;QD=19.9661;RBI=0.0585253;REFB=-0.0176459;REVB=-0.0132908;RO=52;SAF=28;SAR=28;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336078;STB=0.513757;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0157274;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:53:56:56:0.513761:28:28:24:28:28:28:25:28 chr6 65300143 . G C 511.86 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00389557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9495;QD=19.6869;RBI=0.0700599;REFB=-0.0119172;REVB=0.0699515;RO=51;SAF=30;SAR=23;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923688;STB=0.550879;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0157656;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:23:30:34:17:23:30:34:17 chr6 65300273 . T C 589.66 PASS AF=0.427673;AO=64;DP=153;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0263026;FXX=0.0124216;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.2769;QD=14.8341;RBI=0.0272542;REFB=-0.0214783;REVB=0.00713894;RO=89;SAF=31;SAR=33;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453281;STB=0.524119;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0195618;OID=.;OPOS=65300273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:159:89:91:64:68:0.427673:33:31:47:42:35:33:48:43 chr6 65301167 . C T 230.11 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.088547;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5852;QD=10.2271;RBI=0.0901598;REFB=-0.0281078;REVB=0.0169771;RO=62;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212643;STB=0.618972;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0603386;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:62:61:29:29:0.322222:16:13:17:45:16:13:17:44 chr6 65301211 . T C 300.33 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.0251409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.511;QD=11.6634;RBI=0.0290593;REFB=-0.00708772;REVB=0.0145733;RO=65;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154172;STB=0.580441;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0132656;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:66:37:37:0.359223:22:15:18:47:22:15:19:47 chr6 65301217 . G A 327.37 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.0136811;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2813;QD=12.2382;RBI=0.0167777;REFB=0.00754342;REVB=0.00971177;RO=67;SAF=17;SAR=23;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128592;STB=0.572999;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0137957;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:67:67:40:40:0.373832:23:17:21:46:23:17:21:46 chr6 65301408 . A G 533.29 PASS AF=0.403974;AO=60;DP=149;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0251927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.655;QD=14.1268;RBI=0.0474277;REFB=-0.00681468;REVB=-0.0401835;RO=89;SAF=27;SAR=33;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612804;STB=0.532687;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0100247;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:89:90:60:61:0.403974:33:27:35:54:34:27:35:55 chr6 65301504 . A G 484.6 PASS AF=0.376623;AO=58;DP=153;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.00238321;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.53;QD=12.5871;RBI=0.0113514;REFB=-0.00903867;REVB=-0.0110984;RO=94;SAF=24;SAR=34;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835446;STB=0.547873;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0161008;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:94:96:58:58:0.376623:34:24:46:48:34:24:47:49 chr6 65301679 . T C 416.46 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00780713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2449;QD=19.5981;RBI=0.0193376;REFB=0.0102536;REVB=-0.0176915;RO=43;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967724;STB=0.505374;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00806367;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:19:23:24:19:19:23:24:19 chr6 65301734 . G A 416.12 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00671127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.167;QD=16.1599;RBI=0.0166932;REFB=-0.0232165;REVB=-0.0152847;RO=57;SAF=23;SAR=23;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433754;STB=0.524261;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0230222;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:23:23:31:26:23:23:31:26 chr6 65301787 . G C 444.75 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0293194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1535;QD=16.4722;RBI=0.0479951;REFB=0.025744;REVB=0.0379987;RO=59;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182742;STB=0.5102;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0168564;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:25:24:30:29:25:24:30:29 chr6 65301824 . T C 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00627421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.901;QD=15.5086;RBI=0.0275392;REFB=0.0105768;REVB=-0.0268149;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179175;STB=0.510113;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0118203;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:18:17:22:25:18:17:22:25 chr6 65301854 . G A 208.48 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0122611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3331;QD=13.4503;RBI=0.0190935;REFB=-0.00300752;REVB=0.0146365;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128775;STB=0.584016;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00668378;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:12:12:14:23:12:13:14:23 chr6 65303100 . T C 263.58 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=-0.0166448;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.369;QD=17.2838;RBI=0.0391884;REFB=-0.0127773;REVB=0.0354779;RO=32;SAF=4;SAR=25;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259908;STB=0.514553;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00918889;OID=.;OPOS=65303100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:32:32:29:29:0.47541:25:4:4:28:25:4:4:28 chr6 65622463 . A G 322.68 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=45;FWDB=0.0102203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3534;QD=14.0296;RBI=0.0116599;REFB=-0.0183127;REVB=-0.00561225;RO=55;SAF=13;SAR=23;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199647;STB=0.615542;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.022312;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:23:13:11:44:23:13:11:45 chr6 66005857 . T A 1008.03 PASS AF=0.507772;AO=97;DP=192;FAO=98;FDP=193;FR=.;FRO=95;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.0104729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.696;QD=20.8918;RBI=0.0112287;REFB=-0.0272545;REVB=0.00405007;RO=93;SAF=51;SAR=46;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106155;STB=0.513304;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0279662;OID=.;OPOS=66005857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:93:95:97:98:0.507772:46:51:50:43:47:51:52:43 chr6 66005888 . C T 847.44 PASS AF=0.467742;AO=87;DP=188;FAO=87;FDP=186;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0199681;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.934;QD=18.2245;RBI=0.034918;REFB=-0.0154958;REVB=-0.0286451;RO=99;SAF=50;SAR=37;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482538;STB=0.526706;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0179787;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:99:99:87:87:0.467742:37:50:52:47:37:50:52:47 chr6 66005970 . G A 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0169705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.745;QD=19.4541;RBI=0.0196531;REFB=-0.0202314;REVB=-0.00991185;RO=43;SAF=26;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106745;STB=0.548975;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0186608;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:45:43:43:0.488636:17:26:21:22:17:26:23:22 chr6 66063513 . G A 805.14 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.743;QD=64.4108;RBI=0.0126904;REFB=0;REVB=0.0119915;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23645e-05;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:36:13:0:0:37:13:0:0 chr6 66112409 . A G 1250.07 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.758;QD=60.2441;RBI=0.0427215;REFB=-0.120994;REVB=0.0406812;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133379;STB=0.507041;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00107222;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:35:47:0:1:35:47:0:1 chr6 66204945 . G A 94.05 PASS AF=0.5;AO=9;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00322172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9986;QD=15.6747;RBI=0.0304568;REFB=-0.0480872;REVB=0.0302859;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0455076;OID=.;OPOS=66204945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:23:24:9:12:9:12:0.5:7:2:1:8:9:3:3:9 chr6 68599166 . A G 719.67 PASS AF=0.475;AO=76;DP=160;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0109286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.327;QD=17.9916;RBI=0.0181058;REFB=-0.000859526;REVB=-0.0144356;RO=80;SAF=41;SAR=35;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071507;STB=0.539463;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00101407;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:80:84:76:76:0.475:35:41:37:43:35:41:39:45 chr6 69666684 . A G 1661.26 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5741;QD=59.3308;RBI=0.0374507;REFB=-0.031182;REVB=-0.03023;RO=1;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703386;STB=0.503703;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000141592;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:67:44:0:1:67:44:0:1 chr6 70071173 . G A 817.21 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.651;QD=57.3477;RBI=0.00712875;REFB=0;REVB=0.00140812;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35452e-05;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr6 70407465 . A T 1628.69 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309575;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.634;QD=60.3219;RBI=0.0482302;REFB=0;REVB=0.0369836;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61366e-05;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:52:55:0:0:52:56:0:0 chr6 70423562 . AAT A 62.47 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=109;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.0576977;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=2;MLLD=29.2054;QD=2.31352;RBI=0.0581806;REFB=-0.040759;REVB=0.00748034;RO=83;SAF=10;SAR=8;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926015;STB=0.592518;STBP=0.32;TYPE=del;VARB=0.171007;OID=.;OPOS=70423563;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:18:109:24:108:84:12:12:52:32:62:83:10:8:52:31 chr6 70778297 . G A 88.21 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0395904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.896;QD=5.6007;RBI=0.0398184;REFB=-0.00147358;REVB=-0.00425542;RO=49;SAF=4;SAR=10;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284773;STB=0.680486;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00343804;OID=.;OPOS=70778297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:10:4:25:24:10:4:25:24 chr6 70778378 . GC CT 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00167431;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.374;QD=4.36786;RBI=0.00923812;REFB=-0.00557087;REVB=0.00908513;RO=42;SAF=2;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35509;STB=0.734609;STBP=0.167;TYPE=mnp;VARB=0.041624;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:42:43:9:9:0.173077:7:2:21:21:7:2:21:22 chr6 70812123 . A G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00700212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.027;QD=14.7346;RBI=0.00953953;REFB=-0.00454651;REVB=0.00647864;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111067;STB=0.506307;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00599104;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:19:8:11:25:19:8:11:25 chr6 70916888 . A C 882.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.166;QD=57.8361;RBI=0.020612;REFB=0;REVB=0.0202585;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11874e-06;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:56:61:1:18:38:0:0:21:40:0:0 chr6 70917559 . A AT,T 596.23 PASS AF=0.97561,0;AO=33,2;DP=50;FAO=40,0;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0726619,0.00450754;FXX=0.108672;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=70.6743,178.182;QD=58.1686;RBI=0.0844367,0.00946182;REFB=-0.0138403,0.00551969;REVB=0.0430093,0.00831914;RO=10;SAF=18,0;SAR=15,2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.11163,-0.703678;STB=0.512814,0.5;STBP=0.314,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00047075,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:41:10:1:33,2:40,0:0.97561,0:15,2:18,0:8:2:19,0:21,0:0:1 chr6 70964895 . A T 490.47 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0471471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1554;QD=19.2342;RBI=0.0520241;REFB=-0.0216667;REVB=0.0219921;RO=51;SAF=21;SAR=30;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159438;STB=0.588201;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0233038;OID=.;OPOS=70964895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:30:21:30:21:30:21:30:21 chr6 71236216 . C T 644.24 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=-0.0269365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0068;QD=15.9072;RBI=0.0545871;REFB=-0.00739268;REVB=-0.0474782;RO=91;SAF=41;SAR=30;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509886;STB=0.528389;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00879563;OID=.;OPOS=71236216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:91:91:71:71:0.438272:30:41:57:34:30:41:57:34 chr6 71238105 . A G 178.63 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0037182;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.141;QD=12.5351;RBI=0.0195846;REFB=-0.0209237;REVB=0.0192284;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899853;STB=0.533304;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0272688;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:35:21:22:0.385965:13:8:10:23:14:8:11:24 chr6 71269459 . C T 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.020965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.392;QD=14.9474;RBI=0.0258493;REFB=-0.00185595;REVB=0.0151213;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19955;STB=0.619306;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00242435;OID=.;OPOS=71269459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:19:12:24:17:19:12:25:17 chr6 71269632 . G A 70.68 PASS AF=0.3125;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00917183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.981;QD=8.83447;RBI=0.011603;REFB=-0.00690956;REVB=-0.0071069;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197182;STB=0.531188;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0169749;OID=.;OPOS=71269632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:30:32:22:22:8:10:0.3125:5:3:12:10:5:5:12:10 chr6 71289189 . A G 220.8 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00353481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.55;QD=16.3557;RBI=0.00940858;REFB=-0.0103762;REVB=0.00871932;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358679;STB=0.701274;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00702924;OID=.;OPOS=71289189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:28:29:24:25:0.462963:18:6:17:11:19:6:17:12 chr6 71546702 . C T 370.22 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0197359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4986;QD=11.9427;RBI=0.0234392;REFB=0.00012247;REVB=-0.0126448;RO=78;SAF=17;SAR=28;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166258;STB=0.591365;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000113521;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:78:79:45:45:0.362903:28:17:41:37:28:17:41:38 chr6 71547572 . A T 425.58 PASS AF=0.401639;AO=48;DP=121;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0379815;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1067;QD=13.9536;RBI=0.042639;REFB=-0.00695387;REVB=-0.0193775;RO=72;SAF=20;SAR=28;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133004;STB=0.571399;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0132087;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:72:73:48:49:0.401639:28:20:39:33:28:21:40:33 chr6 71569090 . T C 405.58 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00927551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.373;QD=15.1619;RBI=0.00930688;REFB=-0.00381539;REVB=0.000763526;RO=60;SAF=24;SAR=22;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555085;STB=0.52639;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00646737;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:22:24:28:32:22:24:29:32 chr6 71665986 . G A 138.2 PASS AF=0.764706;AO=9;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0315273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.554;QD=32.5177;RBI=0.158046;REFB=0.0300195;REVB=0.154869;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219794;STB=0.574349;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00422021;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:17:17:2:3:9:13:0.764706:3:6:0:2:4:9:1:2 chr6 72006512 . T C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00150351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.015;QD=22.5825;RBI=0.00682562;REFB=-0.0126155;REVB=0.00665796;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506998;STB=0.538432;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0138894;OID=.;OPOS=72006512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:12:14:11:12:12:14:11:13 chr6 72596743 . GGC G,GG 44.56 PASS AF=0,0.533333;AO=3,3;DP=16;FAO=0,8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0491508,0.0504583;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=15.3162,12.5763;QD=11.8834;RBI=0.134678,0.20961;REFB=-0.0700946,-0.138257;REVB=-0.125389,0.203446;RO=9;SAF=3,3;SAR=0,0;SRF=7;SRR=2;SSEN=0.611111,0;SSEP=0,0.509542;SSSB=0.587581,0.587581;STB=0.5,0.518471;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0194791,0.148727;OID=.,.;OPOS=72596744,72596745;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.533333:3,3:16:0,8:15:7:0,7:0,1:6:1:31:9:3,3:0,0:7:2 chr6 72889471 . T TG 1235.81 PASS AF=1;AO=12;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173608;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=110.066;QD=47.0786;RBI=0.174377;REFB=0;REVB=0.0163557;RO=82;SAF=0;SAR=12;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000185247;OID=.;OPOS=72889472;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:104:105:105:0:36:69:0:0:8:82:0:12:28:54 chr6 72889472 . A G 1193.72 PASS AF=0.866667;AO=88;DP=103;FAO=91;FDP=105;FR=.;FRO=14;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.00388101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.628;QD=45.475;RBI=0.00593486;REFB=-0.0166347;REVB=0.00449002;RO=14;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106568;STB=0.55644;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00706461;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:103:105:14:14:88:91:0.866667:55:33:0:14:55:36:0:14 chr6 72892257 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.365;QD=56.1906;RBI=0.0119414;REFB=0;REVB=0.00358806;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119182;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr6 73111492 . A G 489.31 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0128938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.839;QD=17.0195;RBI=0.0248471;REFB=-0.0175818;REVB=-0.0212397;RO=60;SAF=26;SAR=26;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481231;STB=0.529729;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0178419;OID=.;OPOS=73111492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:60:62:52:53:0.46087:26:26:33:27:26:27:35:27 chr6 74072937 . G C 360.93 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0176717;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.083;QD=25.3284;RBI=0.0189054;REFB=-0.0191258;REVB=0.00671771;RO=21;SAF=9;SAR=26;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252255;STB=0.529919;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0111089;OID=.;OPOS=74072937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:22:35:35:0.614035:26:9:6:15:26:9:7:15 chr6 74073430 . A G 57.83 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00808422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.321;QD=4.9214;RBI=0.0792071;REFB=-0.00243348;REVB=-0.0787935;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323975;STB=0.707362;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0755766;OID=.;OPOS=74073430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:27:11:5:4:27:11 chr6 74073434 . G C 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.000874173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.375;QD=4.76323;RBI=0.0182314;REFB=-0.0071277;REVB=-0.0182104;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187607;STB=0.622392;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0353498;OID=.;OPOS=74073434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:4:5:28:12:4:5:28:12 chr6 74073437 . TCTC T 60.6 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0147445;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.836;QD=5.26954;RBI=0.0641214;REFB=-0.0113784;REVB=-0.0624031;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178715;STB=0.622865;STBP=0.493;TYPE=del;VARB=0.0374702;OID=.;OPOS=74073438;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195652:9:50:9:46:37:5:4:26:11:60:36:5:4:25:11 chr6 74073451 . G C 77.64 PASS AF=0.22;AO=12;DP=51;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.029782;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.917;QD=6.21094;RBI=0.0344384;REFB=-0.00732668;REVB=-0.0172926;RO=37;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337876;STB=0.756357;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.042043;OID=.;OPOS=74073451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:50:37:39:12:11:0.22:7:5:26:11:7:4:28:11 chr6 74073453 . A G 84.3 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0350659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.47;QD=6.48467;RBI=0.0395138;REFB=-0.00732791;REVB=0.0182133;RO=37;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369534;STB=0.691067;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.057684;OID=.;OPOS=74073453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:52:52:37:40:12:12:0.230769:7:5:27:10:7:5:27:13 chr6 74073531 . C G 705.36 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.234;QD=62.6982;RBI=0.0574668;REFB=0;REVB=0.0447605;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186273;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr6 74079024 . A G 1543.28 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172447;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.396;QD=62.9912;RBI=0.0179902;REFB=0;REVB=0.00512511;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391662;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:96:98:1:46:50:0:0:48:50:0:0 chr6 74079041 . A C 1586.43 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5299;QD=64.0981;RBI=0.0782462;REFB=0;REVB=0.0769909;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376129;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:48:50:0:0:49:50:0:0 chr6 74125875 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.242;QD=57.2365;RBI=0.0683432;REFB=0;REVB=0.0119981;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105763;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:46:56:1:23:23:0:0:31:25:0:0 chr6 74125888 . A G 646.51 PASS AF=0.9375;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0166619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.647;QD=53.8758;RBI=0.0262526;REFB=-0.00836535;REVB=0.0202875;RO=2;SAF=13;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669048;STB=0.5517;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00137532;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:48:2:3:43:45:0.9375:30:13:2:0:32:13:3:0 chr6 74135016 . C T 750.02 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00701445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.118;QD=61.2258;RBI=0.023169;REFB=0.0151744;REVB=0.0220817;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.000408399;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:25:23:0:0:25:23:1:0 chr6 74155346 . G T 994.43 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242595;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.202;QD=59.3686;RBI=0.0252463;REFB=0;REVB=-0.00698921;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124373;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr6 74161503 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.516;QD=40.7629;RBI=0.0579364;REFB=0;REVB=0.0444572;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347068;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 74161657 . T C 36.29 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.260061;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.1495;QD=13.1968;RBI=0.273801;REFB=-0.0376622;REVB=0.0856465;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0775765;OID=.;OPOS=74161657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:11:11:2:4:5:5:0.454545:1:4:1:1:1:4:2:2 chr6 74161801 . G T 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0198199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.252;QD=43.6825;RBI=0.055271;REFB=-0.0328865;REVB=0.0515951;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509424;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00583374;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:0:2:20:20:0.909091:8:12:0:0:8:12:1:1 chr6 74466377 . C T 765.94 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.752;QD=63.8285;RBI=0.0378158;REFB=0;REVB=0.0271824;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154269;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr6 74493432 . A C 2402.8 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.08794e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.318;QD=61.2178;RBI=0.00509949;REFB=0;REVB=0.005099;RO=0;SAF=92;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53425e-06;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:64:92:0:0:64:93:0:0 chr6 74497009 . A G 407.96 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0176925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0961;QD=20.6564;RBI=0.0613234;REFB=-0.00364055;REVB=0.0587157;RO=35;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121644;STB=0.557593;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00656535;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:38:41:41:0.518987:20:21:23:12:20:21:24:14 chr6 74497152 . G A 268.1 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00707492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.193;QD=22.3418;RBI=0.00829621;REFB=-0.0191616;REVB=0.00433275;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835506;STB=0.559392;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0148892;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:16:9:10:12:16:9:11:12 chr6 74533192 . T G 799.44 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.754;QD=57.1025;RBI=0.035792;REFB=0;REVB=0.0126288;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54514e-05;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:28:28:0:0 chr6 75797302 . C T 1860.8 PASS AF=0.947368;AO=125;DP=133;FAO=126;FDP=133;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0365403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5101;QD=55.9641;RBI=0.036673;REFB=-0.0733567;REVB=-0.00311671;RO=6;SAF=67;SAR=58;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321803;STB=0.520945;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.014409;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:133:133:6:7:125:126:0.947368:58:67:1:5:58:68:1:6 chr6 75841722 . A T 2414.35 PASS AF=1;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730242;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.358;QD=61.5121;RBI=0.0266369;REFB=0;REVB=0.0256164;RO=0;SAF=112;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115444;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:157:0:0:157:157:1:45:112:0:0:45:112:0:0 chr6 75848181 . A G 597.43 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.00714617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.321;QD=17.9678;RBI=0.0280614;REFB=-0.010545;REVB=-0.0271363;RO=70;SAF=38;SAR=24;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304167;STB=0.519849;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.011511;OID=.;OPOS=75848181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:71:62:62:0.466165:24:38:45:25:24:38:46:25 chr6 75994151 . A G 507.41 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00347559;FXX=0.0159987;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.506;QD=16.5011;RBI=0.0041829;REFB=-0.00772475;REVB=-0.00232744;RO=67;SAF=30;SAR=25;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365232;STB=0.513867;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00941375;OID=.;OPOS=75994151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:67:68:55:55:0.447154:25:30:39:28:24:31:40:28 chr6 76138146 . C CAG 1038.4 PASS AF=0.924051;AO=72;DP=81;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0433934;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=306.065;QD=52.5773;RBI=0.0506419;REFB=-0.0726763;REVB=0.0261078;RO=7;SAF=38;SAR=34;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313084;STB=0.511124;STBP=0.494;TYPE=ins;VARB=0.00398101;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.924051:72:81:73:79:6:38:35:4:2:22:7:38:34:5:2 chr6 76369054 . A G 1925.27 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00678201;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.258;QD=60.1648;RBI=0.0294268;REFB=-0.13898;REVB=0.0286347;RO=2;SAF=60;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155732;STB=0.508195;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=2.62605e-05;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:128:2:2:126:126:0.984375:66:60:2:0:66:60:2:0 chr6 76425241 . G A 271.34 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0302174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6251;QD=23.5951;RBI=0.053831;REFB=0.0207236;REVB=-0.0445499;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358603;STB=0.519984;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.027288;OID=.;OPOS=76425241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:11:10:13:12:11:10 chr6 76425594 . A C 286.45 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00713044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.819;QD=20.4608;RBI=0.0114356;REFB=-0.0185956;REVB=0.00894038;RO=25;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448633;STB=0.524983;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0172594;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:29:30:0.535714:8:21:17:8:9:21:17:9 chr6 76570815 . ATG A 156.85 PASS AF=0.425;AO=11;DP=42;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0205256;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.897;QD=15.6852;RBI=0.0337407;REFB=-0.00539352;REVB=0.0267793;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589914;STB=0.782733;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0148561;OID=.;OPOS=76570816;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:11:42:17:40:23:2:15:11:12:99:20:1:10:11:9 chr6 76604573 . T G 380.25 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0370809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.143;QD=19.5002;RBI=0.0376717;REFB=-0.00619775;REVB=-0.00664569;RO=39;SAF=14;SAR=25;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25373;STB=0.640953;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00565851;OID=.;OPOS=76604573;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:25:14:25:14:25:14:25:14 chr6 76626756 . T C 764.1 PASS AF=0.467836;AO=80;DP=166;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.0189812;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9416;QD=17.8737;RBI=0.0223639;REFB=-0.0251645;REVB=0.0118262;RO=86;SAF=49;SAR=31;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304829;STB=0.504532;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0204996;OID=.;OPOS=76626756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:171:86:91:80:80:0.467836:31:49:50:36:31:49:55:36 chr6 76640781 . C T 454.66 PASS AF=0.432203;AO=50;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0415288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0891;QD=15.4121;RBI=0.0524286;REFB=-0.0154839;REVB=0.0320018;RO=66;SAF=26;SAR=24;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258993;STB=0.515629;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0289255;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:67:50:51:0.432203:24:26:36:30:25:26:36:31 chr6 76660397 . T C 101.07 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0231568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8676;QD=8.25072;RBI=0.0403968;REFB=0.00953778;REVB=0.0331008;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344326;STB=0.662335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0230169;OID=.;OPOS=76660397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:35:36:12:13:0.265306:4:8:13:22:5:8:14:22 chr6 76660551 . G C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8979;QD=61.0481;RBI=0.0542127;REFB=0;REVB=0.0505516;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368483;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr6 78172260 . C G 173.37 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=3;FWDB=0.0164626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2256;QD=9.90687;RBI=0.0201578;REFB=-0.0115651;REVB=-0.0116327;RO=47;SAF=22;SAR=1;SRF=44;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119515;STB=0.571358;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0197122;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:1:22:44:3:1:22:44:3 chr6 78172992 . G A 636.3 PASS AF=0.454545;AO=69;DP=152;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0152089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.181;QD=16.5271;RBI=0.020956;REFB=-0.0168067;REVB=0.0144168;RO=82;SAF=35;SAR=34;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406378;STB=0.511702;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0238359;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:82:84:69:70:0.454545:34:35:45:37:34:36:45:39 chr6 79595097 . A G 259.18 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0388965;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.435;QD=15.0251;RBI=0.0394188;REFB=-0.0142282;REVB=0.00639573;RO=38;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708549;STB=0.555966;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0165265;OID=.;OPOS=79595097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:38:39:29:30:0.434783:11:18:21:17:11:19:21:18 chr6 79595167 . A ACTTAT 533.4 PASS AF=0.8125;AO=36;DP=49;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0176516;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=260.478;QD=44.4497;RBI=0.0385482;REFB=-0.0527491;REVB=-0.0342693;RO=10;SAF=17;SAR=19;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514324;STB=0.508017;STBP=0.816;TYPE=ins;VARB=0.00984592;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:36:49:39:48:9:20:19:5:4:58:10:17:19:6:4 chr6 79612744 . CA C 366.92 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.037598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.962;QD=16.4907;RBI=0.122195;REFB=-0.0010075;REVB=0.116267;RO=37;SAF=29;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988987;STB=0.515598;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=0.00673938;OID=.;OPOS=79612745;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.573034:50:89:51:89:38:30:21:21:17:99:37:29:21:21:16 chr6 79612800 . G A 364.2 PASS AF=0.416667;AO=38;DP=94;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00582765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.377;QD=15.1751;RBI=0.0117144;REFB=-0.0213961;REVB=-0.0101619;RO=53;SAF=18;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114301;STB=0.566357;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0309433;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:53:56:38:40:0.416667:20:18:31:22:21:19:33:23 chr6 79656562 . A T 356.6 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00835935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.802;QD=12.6229;RBI=0.0152929;REFB=-0.00130168;REVB=-0.0128061;RO=68;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187049;STB=0.604052;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00145137;OID=.;OPOS=79656562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:70:43:43:0.380531:21:22:23:45:21:22:24:46 chr6 79656570 . G A 401.69 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.015741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6246;QD=14.7409;RBI=0.0367897;REFB=0.00843338;REVB=-0.0332522;RO=63;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150844;STB=0.584506;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0162177;OID=.;OPOS=79656570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:24:22:21:42:24:22:21:42 chr6 79657391 . G A 556.49 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0228125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4303;QD=17.1228;RBI=0.0306022;REFB=0.00181844;REVB=-0.0203982;RO=69;SAF=35;SAR=24;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208147;STB=0.622542;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00235107;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:71:59:59:0.453846:24:35:26:43:24:35:26:45 chr6 79675701 . A G 430.87 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0243147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4266;QD=15.9581;RBI=0.0550928;REFB=0.0353375;REVB=0.049437;RO=59;SAF=32;SAR=16;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180645;STB=0.606406;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.042433;OID=.;OPOS=79675701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:48:48:0.444444:16:32:29:30:16:32:29:31 chr6 79679577 . A G 410.74 PASS AF=0.427273;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0117687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.505;QD=14.9359;RBI=0.0128412;REFB=-0.0082735;REVB=0.00513761;RO=63;SAF=26;SAR=20;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399307;STB=0.529122;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0121106;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:46:47:0.427273:20:26:38:25:21:26:38:25 chr6 79708000 . A C 1861.22 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0667;QD=60.5274;RBI=0.0715007;REFB=0.0516514;REVB=-0.0556751;RO=0;SAF=84;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2916e-08;STB=0.502958;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.000559471;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:38:84:0:0:38:84:1:0 chr6 79918309 . G A 1434.17 PASS AF=1;AO=76;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215444;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6628;QD=62.3553;RBI=0.215682;REFB=0;REVB=-0.0101298;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166764;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:76:92:1:47:29:0:0:51:41:0:0 chr6 80196498 . T C 1143.77 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318118;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.456;QD=61.0011;RBI=0.0361603;REFB=0;REVB=0.0171924;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153941;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr6 80228541 . A G 3932.43 PASS AF=0.988417;AO=255;DP=258;FAO=256;FDP=259;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=146;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0431749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.622;QD=60.7325;RBI=0.0459899;REFB=0.0391749;REVB=0.015843;RO=2;SAF=110;SAR=145;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652953;STB=0.501139;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.000222297;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:258:259:2:3:255:256:0.988417:145:110:0:2:146:110:1:2 chr6 80411572 . C A 347.96 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.037522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0989;QD=13.7804;RBI=0.0613428;REFB=-0.00824464;REVB=-0.0485287;RO=60;SAF=18;SAR=22;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209551;STB=0.612848;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0224305;OID=.;OPOS=80411572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:61:40:40:0.39604:22:18:39:21:22:18:39:22 chr6 80513563 . GAG ATC,GAGCTCTCTGATATGCCATC 919.01 PASS AF=0.0519481,0.896104;AO=4,52;DP=81;FAO=4,69;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=4,51;FSAR=0,18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0157258,0.0205877;FXX=0.0493766;HRUN=1,1;LEN=3,17;MLLD=240.248,492.705;QD=47.7408;RBI=0.0290757,0.0695161;REFB=-0.0644859,-0.0531983;REVB=0.0244559,0.0663975;RO=12;SAF=4,37;SAR=0,15;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.592071,-0.0913564;STB=0.995562,0.500773;STBP=0.254,0.982;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0202175,0.00201475;OID=.,.;OPOS=80513563,80513566;OREF=GAG,-;OALT=ATC,CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=ATC,GAGCTCTCTGATATGCCATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:81:77:12:4:4,52:4,69:0.0519481,0.896104:0,15:4,37:11:1:0,18:4,51:3:1 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 50.0 PASS AO=66;DP=123;LEN=17;RO=57;SAF=45;SAR=35;SRF=18;SRR=25;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:123:57:66:35:45:18:25 chr6 80580038 . T G 1634.48 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364874;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.445;QD=59.4358;RBI=0.0449165;REFB=-0.0462814;REVB=0.0261946;RO=0;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271771;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:110:110:0:0:109:110:1:44:65:0:0:45:65:0:0 chr6 80715838 . T G 1804.12 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.051;QD=60.6426;RBI=0.0826876;REFB=0;REVB=0.0820783;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42619e-05;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:114:119:1:52:62:0:0:55:64:0:0 chr6 80837253 . G T 553.67 PASS AF=1;AO=17;DP=25;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0319;QD=55.3673;RBI=0.236492;REFB=0;REVB=0.218402;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148686;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:40:0:0:17:40:1:3:14:0:0:17:23:0:0 chr6 82457147 . C G 458.3 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00976966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.241;QD=19.0958;RBI=0.0136451;REFB=-0.0107752;REVB=-0.00952585;RO=49;SAF=16;SAR=29;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299824;STB=0.516122;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0117325;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:50:45:46:0.479167:29:16:16:33:30:16:16:34 chr6 82943895 . A G 337.06 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0157577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.652;QD=28.0883;RBI=0.016149;REFB=-0.0231581;REVB=-0.00353371;RO=19;SAF=8;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714414;STB=0.54401;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0171959;OID=.;OPOS=82943895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:20:8:7:12:21:8:7:12 chr6 83075914 . G A 833.98 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.594;QD=57.5159;RBI=0.038117;REFB=0;REVB=0.0326248;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411379;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr6 83076791 . T C 1538.64 PASS AF=0.972727;AO=106;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0862797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.083;QD=55.9504;RBI=0.094909;REFB=-0.173653;REVB=0.0395414;RO=1;SAF=62;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759391;STB=0.507174;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00336126;OID=.;OPOS=83076791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:1:3:106:107:0.972727:44:62:1:0:44:63:1:2 chr6 83078575 . T C 504.36 PASS AF=0.947368;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8467;QD=53.09;RBI=0.149598;REFB=-0.0294619;REVB=0.0499864;RO=2;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665844;STB=0.535694;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0183592;OID=.;OPOS=83078575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:38:2:2:33:36:0.947368:13:20:0:2:13:23:0:2 chr6 83080386 . C CTTTG 642.05 PASS AF=0.511278;AO=51;DP=139;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00376592;FXX=0.0567336;HRUN=3;LEN=4;MLLD=211.614;QD=19.3097;RBI=0.00678619;REFB=-0.00811298;REVB=-0.00564537;RO=63;SAF=40;SAR=11;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153784;STB=0.525055;STBP=0.608;TYPE=ins;VARB=0.00456221;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511278:51:139:68:133:65:46:22:41:24:99:63:40:11:42:21 chr6 83667045 . C T 535.98 PASS AF=0.632911;AO=48;DP=80;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0117534;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.866;QD=27.1383;RBI=0.0127873;REFB=-0.0358594;REVB=0.00503724;RO=30;SAF=33;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696249;STB=0.538446;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.019935;OID=.;OPOS=83667045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:30:29:48:50:0.632911:15:33:18:12:16:34:17:12 chr6 83949261 . T C 596.12 PASS AF=0.443662;AO=51;DP=131;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.0452885;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.024;QD=16.792;RBI=0.0453203;REFB=-0.0376363;REVB=-0.00169712;RO=79;SAF=21;SAR=30;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195334;STB=0.539799;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0454131;OID=.;OPOS=83949261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:142:79:79:51:63:0.443662:30:21:47:32:30:33:47:32 chr6 84303342 . T C 284.44 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0271786;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.136;QD=19.6163;RBI=0.0409225;REFB=-0.0249211;REVB=0.0305938;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195008;STB=0.587725;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00953254;OID=.;OPOS=84303342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:25:28:30:30:0.517241:21:9:13:12:21:9:13:15 chr6 84563410 . G A 903.0 PASS AF=0.457143;AO=95;DP=221;FAO=96;FDP=210;FR=.;FRO=114;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=-0.0188183;FXX=0.0582934;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9351;QD=17.2;RBI=0.0344848;REFB=-0.038663;REVB=-0.0288977;RO=106;SAF=47;SAR=48;SRF=35;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157875;STB=0.566653;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0636303;OID=.;OPOS=84563410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:210:106:114:95:96:0.457143:48:47:35:71:48:48:43:71 chr6 85473758 . C T 645.6 PASS AF=0.897959;AO=36;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00969923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.027;QD=52.702;RBI=0.0586018;REFB=-0.199873;REVB=0.0577935;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.517396;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00252499;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:49:49:0:5:36:44:0.897959:11:25:0:0:19:25:2:3 chr6 86199233 . A G 524.5 PASS AF=0.3875;AO=62;DP=160;FAO=62;FDP=160;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=0.00534741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.074;QD=13.1124;RBI=0.0700247;REFB=-0.00579317;REVB=0.0698202;RO=98;SAF=27;SAR=35;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168301;STB=0.59497;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00790572;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:98:98:62:62:0.3875:35:27:58:40:35:27:58:40 chr6 86205323 . T G 227.37 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00215203;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.665;QD=11.0914;RBI=0.0457129;REFB=-0.0129645;REVB=0.0456623;RO=53;SAF=20;SAR=8;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16304;STB=0.590483;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0154798;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:8:20:31:22:8:20:32:22 chr6 86303091 . G A 444.45 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.070957;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2071;QD=17.0942;RBI=0.0759139;REFB=0.00125875;REVB=0.026982;RO=55;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036566;STB=0.502971;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00158376;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:48:49:0.471154:26:22:25:30:27:22:25:30 chr6 87796233 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.000866092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.915;QD=16.4261;RBI=0.0277837;REFB=-0.0218001;REVB=-0.0277702;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169691;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:6:5:5:6:6:5 chr6 87965528 . T C 991.3 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.02;QD=59.1821;RBI=0.0225512;REFB=0;REVB=-0.0219639;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97247e-05;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:26:41:0:0 chr6 87967977 . A G 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00465871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.928;QD=12.8071;RBI=0.0115626;REFB=-0.00448199;REVB=0.0105825;RO=47;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199761;STB=0.511458;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00743819;OID=.;OPOS=87967977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:19:10:17:30:19:10:17:30 chr6 87968565 . A G 795.98 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.112852;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.763;QD=53.9648;RBI=0.113647;REFB=-0.0845441;REVB=0.0134129;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000942989;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:59:0:2:57:57:0.966102:29:28:0:0:29:28:2:0 chr6 87969480 . G A 187.01 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0288116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6022;QD=20.2174;RBI=0.0532611;REFB=-0.0344432;REVB=-0.0447955;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863395;STB=0.54854;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00599851;OID=.;OPOS=87969480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:5:13:12:7:5:13 chr6 87969737 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.749;QD=52.6132;RBI=0.0176802;REFB=0;REVB=-0.00884266;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51362e-05;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 87970301 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.7;QD=44.6898;RBI=0.0273787;REFB=0;REVB=0.0171149;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96768e-05;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 87994015 . A G 518.1 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2012;QD=59.2111;RBI=0.15493;REFB=0;REVB=0.154573;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294445;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 87994572 . G A 651.29 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0499;QD=62.0274;RBI=0.0649773;REFB=0;REVB=0.0260655;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652533;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:14:28:0:0 chr6 88108048 . AGAT A,AGAA 693.95 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=52;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707729,0.0166754;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=157.831,71.2068;QD=55.516;RBI=0.0766528,0.0178536;REFB=-0.0207692,-0.0648076;REVB=0.0294423,0.00637841;RO=0;SAF=25,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00370066,0.0767318;OID=.,.;OPOS=88108049,88108051;OREF=GAT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96,0.04:48,2:52:48,2:50:0:25,2:23,0:0:0:8:0:25,2:23,0:0:0 chr6 88182704 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0154838;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.867;QD=16.199;RBI=0.0795632;REFB=-0.0163077;REVB=-0.078042;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0152587;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr6 88221892 . T G 457.09 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0139576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.072;QD=20.5436;RBI=0.0153208;REFB=-0.012779;REVB=-0.00631768;RO=42;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371902;STB=0.506664;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0138156;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:44:45:45:0.505618:19:26:26:16:19:26:26:18 chr6 88239266 . T C 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0244608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=341.267;QD=19.0786;RBI=0.0256193;REFB=-0.013422;REVB=-0.00761698;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418716;STB=0.523322;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0133633;OID=.;OPOS=88239266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:17:15:16:15:17:15:16:15 chr6 88315741 . TA T 387.31 PASS AF=0.535714;AO=83;DP=174;FAO=90;FDP=168;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0729422;FXX=0.0399977;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9461;QD=9.22159;RBI=0.0751242;REFB=0.0482584;REVB=-0.0179744;RO=68;SAF=28;SAR=55;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104971;STB=0.570152;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=-0.00768407;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:83:174:90:168:78:31:59:38:40:99:68:28:55:31:37 chr6 88384939 . G A 114.26 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00124668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2442;QD=10.1567;RBI=0.00979366;REFB=-0.00722893;REVB=0.00971398;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184762;STB=0.511095;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0128637;OID=.;OPOS=88384939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:15:16:7:7:15:16 chr6 88385019 . T C 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00563837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.846;QD=11.1267;RBI=0.00747734;REFB=-0.00373019;REVB=-0.00491115;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673668;STB=0.539859;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00842678;OID=.;OPOS=88385019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:7:10:18:16:7:10:18:16 chr6 89388023 . T C 476.62 PASS AF=0.40146;AO=52;DP=135;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=61;FWDB=0.00985425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.797;QD=13.9158;RBI=0.0237243;REFB=-0.0204584;REVB=0.0215809;RO=81;SAF=31;SAR=21;SRF=20;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363708;STB=0.687933;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0224946;OID=.;OPOS=89388023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:81:82:52:55:0.40146:21:31:20:61:23:32:21:61 chr6 89676206 . T G 360.49 PASS AF=0.5;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0117219;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9319;QD=19.4858;RBI=0.0129436;REFB=0.0198537;REVB=-0.00548945;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430389;STB=0.529118;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.016257;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:37:37:37:0.5:23:14:12:24:23:14:12:25 chr6 89676500 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.020361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.605;QD=14.6541;RBI=0.0368011;REFB=-0.0143081;REVB=-0.0306553;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539849;OID=.;OPOS=89676500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:3:5:5:3:3:5 chr6 89793894 . G C 243.43 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00719232;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.927;QD=12.6458;RBI=0.00725485;REFB=-0.00310982;REVB=0.000950456;RO=47;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369305;STB=0.524419;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00571804;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:48:28:29:0.376623:17:11:20:27:18:11:20:28 chr6 89806689 . T C 292.76 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0560673;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.132;QD=19.5173;RBI=0.0682258;REFB=-0.0129124;REVB=0.0388744;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118517;STB=0.565874;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00967057;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:16:15:18:11:16:15:18:11 chr6 89806992 . A C 93.26 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00630233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.578;QD=6.43141;RBI=0.00729892;REFB=-0.00184668;REVB=0.00368171;RO=43;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04239;STB=0.517217;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00545543;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:43:44:14:14:0.241379:7:7:23:20:7:7:23:21 chr6 89888744 . C T 316.9 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0281544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2516;QD=17.8537;RBI=0.0282172;REFB=0.0034121;REVB=-0.00188116;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207292;STB=0.608489;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00456866;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:37:34:34:0.478873:14:20:13:23:14:20:14:23 chr6 89907873 . G A 2279.9 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.937;QD=63.3306;RBI=0.0150292;REFB=0;REVB=0.00442051;RO=0;SAF=85;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82664e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:58:85:0:0:58:86:0:0 chr6 89913209 . C T 1498.86 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159091;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.785;QD=59.9542;RBI=0.0233391;REFB=0;REVB=0.0170766;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39302e-06;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:49:51:0:0:49:51:0:0 chr6 89913218 . T A 1291.81 PASS AF=0.916667;AO=88;DP=96;FAO=88;FDP=96;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0127469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2463;QD=53.8253;RBI=0.0292175;REFB=-0.0476629;REVB=-0.0262903;RO=8;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839608;STB=0.544434;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0120259;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:96:96:8:8:88:88:0.916667:41:47:0:8:41:47:0:8 chr6 89926962 . T C 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0344794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8843;QD=16.6606;RBI=0.0370686;REFB=-0.00609315;REVB=0.0136107;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268029;STB=0.642755;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00557492;OID=.;OPOS=89926962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:10:18:11:20:10:18:12:20 chr6 89981413 . T C 318.44 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0145271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.111;QD=23.1593;RBI=0.0300158;REFB=-0.0102559;REVB=-0.0262661;RO=22;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958677;STB=0.56334;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00607013;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:23:32:32:0.581818:12:20:11:11:12:20:11:12 chr6 90039670 . G C 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.682;QD=58.2262;RBI=0.037782;REFB=-0.032573;REVB=0.00974105;RO=1;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160259;STB=0.508472;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000250263;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:29:42:0:1:29:42:0:1 chr6 90315789 . A G 791.84 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7785;QD=56.5601;RBI=0.0360767;REFB=0;REVB=0.01412;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758059;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:31:25:0:0 chr6 90326360 . C T 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0154193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.139;QD=19.0758;RBI=0.0494094;REFB=0.00542262;REVB=-0.0469418;RO=51;SAF=31;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164501;STB=0.591844;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00584472;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:15:31:26:25:15:31:26:25 chr6 90327873 . G A 1472.04 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6284;QD=63.3136;RBI=0.0614106;REFB=0;REVB=0.0600764;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274115;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:50:42:0:0:51:42:0:0 chr6 90333599 . A G 826.78 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276845;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.252;QD=57.0192;RBI=0.0304736;REFB=0;REVB=0.0127362;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156198;OID=.;OPOS=90333599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:33:25:0:0 chr6 90338863 . C T 320.53 PASS AF=0.338843;AO=40;DP=122;FAO=41;FDP=121;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0225869;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4189;QD=10.596;RBI=0.0746208;REFB=-0.0022405;REVB=-0.0711203;RO=80;SAF=24;SAR=16;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591402;STB=0.540745;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00568791;OID=.;OPOS=90338863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:80:80:40:41:0.338843:16:24:44:36:16:25:44:36 chr6 90340276 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150;QD=64.4152;RBI=0.0126065;REFB=0;REVB=-0.00501575;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83633e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr6 90362783 . A C 557.77 PASS AF=0.427586;AO=58;DP=144;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=-0.0137449;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.803;QD=15.3868;RBI=0.0158236;REFB=-0.0178915;REVB=0.00783988;RO=80;SAF=28;SAR=30;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159526;STB=0.579285;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.023681;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:80:83:58:62:0.427586:30:28:51:29:31:31:53:30 chr6 90371202 . G A 1563.51 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6045;QD=58.4489;RBI=0.0293054;REFB=0;REVB=0.0053297;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399148;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:49:54:0:0:51:56:0:0 chr6 90390443 . C A 309.48 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7075;QD=51.5796;RBI=0.137115;REFB=0;REVB=0.0147603;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228814;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:22:24:1:6:16:1:0:6:18:0:0 chr6 90402482 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.068;QD=59.143;RBI=0.0390572;REFB=0;REVB=0.0300849;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010458;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr6 90402840 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.277;QD=43.4862;RBI=0.0140564;REFB=0;REVB=0.0121138;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73034e-05;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 90418262 . C T 2980.25 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.751;QD=63.4095;RBI=0.0368888;REFB=0;REVB=0.0339177;RO=0;SAF=110;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54665e-05;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:78:110:0:0:78:110:0:0 chr6 90448092 . C T 1594.51 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.002;QD=63.7803;RBI=0.0431016;REFB=0;REVB=0.0322466;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010503;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:37:60:0:0:38:62:0:0 chr6 90455084 . A G 834.01 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.513;QD=57.5179;RBI=0.0793571;REFB=0;REVB=0.000794437;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr6 90459454 . G A 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.493;QD=54.7461;RBI=0.0316965;REFB=-0.0382304;REVB=-0.0214068;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000732952;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:23:30:0:0:23:30:1:0 chr6 90461123 . G A 173.59 PASS AF=0.413043;AO=16;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0132156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.237;QD=15.0947;RBI=0.0158145;REFB=-0.00846547;REVB=-0.00868603;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241158;STB=0.654478;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0111189;OID=.;OPOS=90461123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:27:16:19:0.413043:9:7:15:7:10:9:20:7 chr6 90481358 . CA AC,C 98.9 PASS AF=0,0.372549;AO=2,19;DP=51;FAO=0,19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=0,3;FSAR=0,16;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0147353,-0.0111177;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=124.797,15.1381;QD=7.75682;RBI=0.0548416,0.0383939;REFB=-0.000759094,-0.0705279;REVB=-0.052825,-0.036749;RO=29;SAF=0,4;SAR=2,15;SRF=22;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.611339,-0.550112;STB=0.5,0.856783;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0548829,0.111947;OID=.,.;OPOS=90481358,90481359;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:51:51:29:32:2,19:0,19:0,0.372549:2,15:0,4:22:7:0,16:0,3:24:8 chr6 90482397 . T C 511.15 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0105256;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.779;QD=21.0781;RBI=0.0107149;REFB=-0.0174965;REVB=-0.0020054;RO=48;SAF=29;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834942;STB=0.546214;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0171105;OID=.;OPOS=90482397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:48:48:49:49:0.505155:20:29:24:24:20:29:24:24 chr6 90497589 . A C 171.95 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0111944;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.5027;QD=18.0998;RBI=0.0122676;REFB=0.0158646;REVB=0.00501785;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116975;STB=0.592487;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00701766;OID=.;OPOS=90497589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:19:20:17:18:0.473684:6:11:10:9:6:12:10:10 chr6 90565242 . A G 83.29 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0276836;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=57.2422;QD=10.096;RBI=0.0281232;REFB=-0.00863075;REVB=0.00495293;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496308;STB=0.783034;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0658555;OID=.;OPOS=90565242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:18:22:11:11:0.333333:3:8:4:14:3:8:6:16 chr6 90577984 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00125134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.474;QD=12.7302;RBI=0.00499211;REFB=0.00811705;REVB=0.00483273;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110103;STB=0.565077;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00990721;OID=.;OPOS=90577984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:4:8:5:4:4:8 chr6 90584068 . GA AT,GAT 41.61 PASS AF=0.016129,0.193548;AO=5,29;DP=124;FAO=2,24;FDP=124;FR=.;FRO=98;FSAF=2,14;FSAR=0,10;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.0777994,0.120077;FXX=0.00799936;HRUN=2,8;LEN=2,1;MLLD=23.3416,6.8145;QD=1.34222;RBI=0.124588,0.163538;REFB=-0.0306645,-0.110669;REVB=-0.0973108,-0.111024;RO=64;SAF=2,14;SAR=3,15;SRF=33;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119758,-0.0385287;STB=0.994751,0.551062;STBP=0.179,0.602;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0836674,0.0642773;OID=.,.;OPOS=90584068,90584070;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:124:124:64:98:5,29:2,24:0.016129,0.193548:3,15:2,14:33:31:0,10:2,14:51:47 chr6 90638390 . G A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.378;QD=61.6807;RBI=0.0276274;REFB=0;REVB=0.00596261;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161036;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr6 90638553 . T A,G 969.59 PASS AF=0.0298507,0.970149;AO=4,62;DP=66;FAO=2,65;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258139,0.0126963;FXX=0.0289813;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.803,62.1662;QD=57.8859;RBI=0.0261995,0.0128551;REFB=0,0;REVB=-0.00447856,-0.00201393;RO=0;SAF=3,28;SAR=1,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.220005,-0.0127435;OID=.,.;OPOS=90638553,90638553;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:66:67:0:0:4,62:2,65:0.0298507,0.970149:1,34:3,28:0:0:1,34:1,31:0:0 chr6 90641522 . T C 3283.0 PASS AF=1;AO=209;DP=215;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134404;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.224;QD=61.6525;RBI=0.0293189;REFB=0;REVB=0.0292881;RO=0;SAF=126;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04941e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63949e-05;OID=.;OPOS=90641522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:213:0:0:209:213:1:83:126:0:0:87:126:0:0 chr6 90642361 . TTC T,TT 96.44 PASS AF=0.418605,0.0232558;AO=11,12;DP=48;FAO=18,1;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12,0;FSAR=6,1;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.154076,0.0288848;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=20.1622,11.1839;QD=8.97129;RBI=0.181199,0.113762;REFB=-0.0986453,-0.0686342;REVB=-0.0953606,-0.110034;RO=22;SAF=6,10;SAR=5,2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0.360258,0;SSEP=0,0;SSSB=0.100164,0.457925;STB=0.5,0.992883;STBP=1,0.258;TYPE=del,del;VARB=0.152747,0.0601557;OID=.,.;OPOS=90642362,90642363;OREF=TC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605,0.0232558:11,12:48:18,1:43:24:12,0:6,1:16:8:87:22:6,10:5,2:10:12 chr6 90660319 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00312506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.936;QD=18.2512;RBI=0.0228252;REFB=0.00494417;REVB=-0.0226103;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00335633;OID=.;OPOS=90660319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:9:6:9:6:9:6 chr6 93967851 . C T 3266.8 PASS AF=1;AO=207;DP=210;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783189;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4868;QD=61.6377;RBI=0.0107568;REFB=0;REVB=0.00737363;RO=0;SAF=122;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974369;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:212:0:0:207:212:1:85:122:0:0:88:124:0:0 chr6 93982124 . A G 1343.45 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0642491;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.811;QD=61.066;RBI=0.064294;REFB=-0.053483;REVB=0.00240211;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997538;STB=0.505262;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000435651;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:87:87:0.988636:47:40:0:1:47:40:0:1 chr6 94067981 . C T 802.65 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.024195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.49;QD=21.1225;RBI=0.032565;REFB=-0.0182749;REVB=0.0217964;RO=72;SAF=44;SAR=36;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291927;STB=0.515996;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0159046;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:72:72:80:80:0.526316:36:44:42:30:36:44:42:30 chr6 96034881 . A ATATG,G 1523.85 PASS AF=0.410788,0.195021;AO=89,48;DP=306;FAO=99,47;FDP=241;FR=.;FRO=95;FSAF=62,27;FSAR=37,20;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.00168523,-0.0124787;FXX=0.142344;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=127.74,73.8913;QD=25.2921;RBI=0.0151827,0.0124986;REFB=-0.0858158,-0.0415238;REVB=-0.0150889,-0.000704676;RO=160;SAF=58,27;SAR=31,21;SRF=105;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00569788,-0.123817;STB=0.58177,0.574436;STBP=0.023,0.238;TYPE=ins,snp;VARB=0.0648292,0.0481965;OID=.,.;OPOS=96034882,96034881;OREF=-,A;OALT=TATG,G;OMAPALT=ATATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:241:160:95:89,48:99,47:0.410788,0.195021:31,21:58,27:105:55:37,20:62,27:44:51 chr6 96035175 . T C 2317.15 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.804;QD=60.1857;RBI=0.0455767;REFB=-0.0625632;REVB=0.0427857;RO=1;SAF=83;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056971;STB=0.502994;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000255644;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:1:1:153:153:0.993506:70:83:1:0:70:83:1:0 chr6 96055915 . G C 4208.79 PASS AF=1;AO=269;DP=270;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337421;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8252;QD=62.5843;RBI=0.0877269;REFB=0.032265;REVB=0.0809783;RO=1;SAF=95;SAR=174;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76859e-05;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:270:269:1:0:269:269:1:174:95:0:1:174:95:0:0 chr6 96386151 . G A 727.96 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00914664;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.703;QD=20.7989;RBI=0.00946418;REFB=-0.00808698;REVB=-0.00243096;RO=68;SAF=36;SAR=35;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723317;STB=0.535848;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00823805;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:69:71:71:0.507143:35:36:40:28:35:36:40:29 chr6 96651740 . A G 1023.49 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00417429;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7246;QD=57.6616;RBI=0.0466437;REFB=-0.116535;REVB=0.0464565;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178329;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00604334;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:71:1:1:69:70:0.985915:26:43:0:1:27:43:0:1 chr6 96652371 . T C 559.74 PASS AF=0.976744;AO=31;DP=40;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000747645;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.804;QD=52.0684;RBI=0.0173831;REFB=-0.0799178;REVB=0.017367;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00148748;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:43:0:1:31:42:0.976744:15:16:0:0:22:20:1:0 chr6 96652582 . G T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.104;QD=57.0005;RBI=0.00852797;REFB=0;REVB=0.00713674;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97452e-06;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr6 96652706 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.195;QD=58.6004;RBI=0.0129493;REFB=0;REVB=0.0111111;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32064e-05;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr6 96653037 . GT G,GC 4546.75 PASS AF=0.0191083,0.980892;AO=55,240;DP=314;FAO=6,308;FDP=314;FR=.;FRO=0;FSAF=5,160;FSAR=1,148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264776,0.116082;FXX=0.00632891;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.6234,60.0169;QD=57.9204;RBI=0.030185,0.125022;REFB=-0.048454,-0.0235813;REVB=0.0144938,0.0464274;RO=2;SAF=6,145;SAR=49,95;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0188555,0.0099267;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0293067,0.00347434;OID=.,.;OPOS=96653038,96653038;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0191083,0.980892:55,240:314:6,308:314:0:5,160:1,148:0:0:3:2:6,145:49,95:0:2 chr6 96653208 . C G 1513.26 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4577;QD=59.9312;RBI=0.033009;REFB=0;REVB=-0.00341907;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198814;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr6 96661315 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.863;QD=40.7626;RBI=0.0207813;REFB=0;REVB=-0.019132;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000684229;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr6 96661410 . A G 556.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.29;QD=60.2036;RBI=0.0491706;REFB=0;REVB=0.0465258;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026983;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr6 96988480 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0718619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.095;QD=17.289;RBI=0.0721308;REFB=-0.00401738;REVB=0.00622182;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116659;STB=0.572584;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00388804;OID=.;OPOS=96988480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:16:14:19:13:16:14:20:13 chr6 97058574 . G A 1726.87 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.617;QD=59.0384;RBI=0.0294935;REFB=-0.131802;REVB=0.0077066;RO=0;SAF=71;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35954e-08;STB=0.505494;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00052896;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:117:0:1:115:116:0.991453:44:71:0:0:45:71:0:1 chr6 97339088 . C T 1951.82 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9271;QD=61.9627;RBI=0.0490572;REFB=0;REVB=-0.0332174;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338504;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:59:67:0:0:59:67:0:0 chr6 98472428 . G C 664.56 PASS AF=0.610526;AO=57;DP=94;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00690158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.387;QD=27.9816;RBI=0.0142148;REFB=-0.00377275;REVB=0.0124269;RO=37;SAF=34;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216082;STB=0.50746;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00199546;OID=.;OPOS=98472428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:37:37:57:58:0.610526:23:34:21:16:24:34:21:16 chr6 99284532 . T C 1152.15 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4751;QD=59.852;RBI=0.0237597;REFB=0;REVB=-0.00363642;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58629e-05;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:37:39:1:0:37:40:0:0 chr6 99771540 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.89;QD=58.0605;RBI=0.0173951;REFB=0;REVB=0.00439749;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74612e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr6 99817419 . T C,TC 182.02 PASS AF=0,0.407407;AO=4,18;DP=59;FAO=0,22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=0,8;FSAR=0,14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0113862,-0.0159906;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=282.331,291.374;QD=13.4832;RBI=0.0186361,0.0211036;REFB=-0.0161584,-0.0177375;REVB=-0.0147532,-0.0137719;RO=35;SAF=2,5;SAR=2,13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.015633,-0.279795;STB=0.5,0.564852;STBP=1,0.455;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0258508;OID=.,.;OPOS=99817419,99817420;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:59:54:35:32:4,18:0,22:0,0.407407:2,13:2,5:18:17:0,14:0,8:15:17 chr6 99817601 . A G 740.29 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.994;QD=56.9457;RBI=0.0079958;REFB=0;REVB=0.00376674;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48498e-05;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:30:22:0:0 chr6 99819379 . T C 84.21 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0355713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6461;QD=10.5263;RBI=0.0398397;REFB=-0.0218717;REVB=0.0179411;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322244;STB=0.691975;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0482641;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:7:14:4:7:7:14 chr6 99883704 . T C 1287.38 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00544578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.384;QD=60.5826;RBI=0.0152319;REFB=-0.0782583;REVB=0.0142251;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000256909;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:40:44:0:0:40:44:1:0 chr6 99893938 . T C 315.85 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00014008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.615;QD=15.0402;RBI=0.0227873;REFB=0.00204321;REVB=-0.0227869;RO=49;SAF=23;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137173;STB=0.577844;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0026774;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:12:23:26:23:12:23:26:23 chr6 99915995 . C T 395.77 PASS AF=0.422018;AO=45;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00151368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.228;QD=14.5235;RBI=0.00686996;REFB=-0.00570358;REVB=-0.00670113;RO=62;SAF=23;SAR=22;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122077;STB=0.565888;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00485483;OID=.;OPOS=99915995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:63:45:46:0.422018:22:23:39:23:22:24:40:23 chr6 99956560 . T C 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00122591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.25;QD=19.3191;RBI=0.00509492;REFB=-0.00593461;REVB=0.00494524;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317645;STB=0.511622;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00600893;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:21:21:23:20:21:21:23:21 chr6 100868721 . G A 482.65 PASS AF=0.327869;AO=59;DP=190;FAO=60;FDP=183;FR=.;FRO=123;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=0.0184052;FXX=0.0368402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4775;QD=10.5498;RBI=0.018424;REFB=-0.00294524;REVB=-0.000834056;RO=100;SAF=42;SAR=17;SRF=63;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104393;STB=0.593621;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0164055;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:183:100:123:59:60:0.327869:17:42:63:37:17:43:73:50 chr6 100868779 . G T 536.88 PASS AF=0.357143;AO=65;DP=182;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=70;FSRR=47;FWDB=0.0254125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5414;QD=11.7995;RBI=0.0471796;REFB=-0.00582728;REVB=0.0397507;RO=109;SAF=35;SAR=30;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647475;STB=0.53891;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0168996;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:109:117:65:65:0.357143:30:35:65:44:30:35:70:47 chr6 100964147 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.106;QD=63.1952;RBI=0.0104905;REFB=0;REVB=0.0103645;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31088e-05;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chr6 101166095 . G A 1734.68 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000729528;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.619;QD=60.8659;RBI=0.0417627;REFB=0;REVB=-0.0417563;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68635e-05;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:57:57:0:0:57:57:0:0 chr6 102517921 . T A,TA 46.02 PASS AF=0,0.363636;AO=6,14;DP=66;FAO=0,20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=0,9;FSAR=0,11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.106965,-0.0216527;FXX=0.017854;HRUN=2,8;LEN=1,1;MLLD=28.8662,6.98551;QD=3.34656;RBI=0.115546,0.0274082;REFB=-0.0502448,-0.0822373;REVB=0.0436959,0.0168038;RO=42;SAF=2,6;SAR=4,8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.196859,-0.0868546;STB=0.5,0.576777;STBP=1,0.412;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0661775;OID=.,.;OPOS=102517921,102517922;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:66:55:42:35:6,14:0,20:0,0.363636:4,8:2,6:21:21:0,11:0,9:20:15 chr6 104031012 . G A 370.6 PASS AF=0.330935;AO=46;DP=139;FAO=46;FDP=139;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.00416413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.004;QD=10.6648;RBI=0.0111386;REFB=-0.0115392;REVB=-0.010331;RO=93;SAF=25;SAR=21;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814661;STB=0.547026;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0226775;OID=.;OPOS=104031012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:93:93:46:46:0.330935:21:25:44:49:21:25:44:49 chr6 104031076 . A C 614.04 PASS AF=0.348624;AO=74;DP=216;FAO=76;FDP=218;FR=.;FRO=142;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=77;FSRR=65;FWDB=0.00726008;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.592;QD=11.2668;RBI=0.00826211;REFB=-0.0028697;REVB=0.00394383;RO=141;SAF=28;SAR=46;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185615;STB=0.605318;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00440141;OID=.;OPOS=104031076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:141:142:74:76:0.348624:46:28:76:65:47:29:77:65 chr6 105300250 . A G 499.59 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.13;QD=58.7754;RBI=0.0403861;REFB=0;REVB=0.0384684;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29617e-05;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:20:12:0:0:20:14:0:0 chr6 105530994 . GTA G,GTG 554.63 PASS AF=0.406504,0.0813008;AO=45,10;DP=126;FAO=50,10;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=29,5;FSAR=21,5;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00820656,0.0761589;FXX=0.0238076;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=262.276,53.571;QD=18.0368;RBI=0.00821895,0.0770091;REFB=-0.00291291,-0.0314408;REVB=-0.00045114,-0.0114113;RO=58;SAF=24,5;SAR=21,5;SRF=33;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0360366,-0.0849932;STB=0.513918,0.54785;STBP=0.789,0.781;TYPE=del,snp;VARB=0.00391364,0.0262525;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406504,0.0813008:45,10:126:50,10:123:63:29,5:21,5:35:28:99:58:24,5:21,5:33:25 chr6 105563677 . A G 288.39 PASS AF=0.37931;AO=28;DP=83;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0428353;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.604;QD=13.2591;RBI=0.08146;REFB=-0.00921897;REVB=0.0692883;RO=53;SAF=21;SAR=7;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00712643;STB=0.559406;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0135559;OID=.;OPOS=105563677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:53:54:28:33:0.37931:7:21:40:13:12:21:39:15 chr6 105726036 . C T 441.6 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.00283386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.897;QD=17.4892;RBI=0.0270002;REFB=-0.016424;REVB=-0.026851;RO=50;SAF=39;SAR=8;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206019;STB=0.651478;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.013799;OID=.;OPOS=105726036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:50:54:47:47:0.465347:8:39:34:16:8:39:34:20 chr6 106352349 . T C 1148.89 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.512;QD=58.9176;RBI=0.072596;REFB=-0.0359218;REVB=0.0711362;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291663;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:78:1:0:76:78:1:31:45:1:0:32:46:0:0 chr6 106536253 . G A 667.63 PASS AF=0.485507;AO=66;DP=137;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00739019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.341;QD=19.3515;RBI=0.0194743;REFB=-0.0126529;REVB=0.0180176;RO=71;SAF=22;SAR=44;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157911;STB=0.581032;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0121433;OID=.;OPOS=106536253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:71:71:66:67:0.485507:44:22:35:36:44:23:35:36 chr6 106555710 . A G 112.86 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0163085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.668;QD=16.7199;RBI=0.0298895;REFB=-0.0238686;REVB=0.0250483;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201895;STB=0.66642;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00682965;OID=.;OPOS=106555710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:14:13:13:0.481481:8:5:7:4:8:5:10:4 chr6 106555991 . C T 724.71 PASS AF=0.487179;AO=75;DP=154;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0112557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.437;QD=18.5823;RBI=0.0217268;REFB=-0.0149637;REVB=-0.018584;RO=78;SAF=36;SAR=39;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657846;STB=0.532695;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0155512;OID=.;OPOS=106555991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:78:80:75:76:0.487179:39:36:43:35:40:36:43:37 chr6 106959424 . A G 131.36 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0474851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7574;QD=14.596;RBI=0.0475236;REFB=0.0253143;REVB=-0.00191231;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187151;STB=0.61057;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0379437;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:13:2:5:16:13:2:5:16 chr6 106960447 . G A 49.3 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0399281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.202;QD=15.1706;RBI=0.0505353;REFB=-0.0379272;REVB=0.0309768;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0424471;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:3:4:2:3:3:4:3:3 chr6 106987370 . A C 2324.76 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00975516;FXX=0.0199987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.238;QD=63.2589;RBI=0.0171402;REFB=-0.044843;REVB=0.0140933;RO=1;SAF=85;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556236;STB=0.50289;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000713815;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:147:1:1:145:146:0.993197:60:85:1:0:60:86:1:0 chr6 106992464 . A G 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00639545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.992;QD=61.5568;RBI=0.00920415;REFB=-0.038539;REVB=0.00661926;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977254;STB=0.505153;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=7.63206e-08;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:48:42:0:1:48:42:0:1 chr6 107001416 . C T 299.03 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0301783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.394;QD=18.6896;RBI=0.0324149;REFB=0.000327117;REVB=0.0118321;RO=32;SAF=23;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215567;STB=0.620871;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000701879;OID=.;OPOS=107001416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:9:23:16:16:9:23:16:16 chr6 107351293 . G T 223.14 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0059586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9737;QD=19.4033;RBI=0.0549399;REFB=-0.000264507;REVB=-0.0546158;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217849;STB=0.611664;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000327496;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:13:9:15:8:13:9:15:9 chr6 107388504 . C T 543.19 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0235394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.689;QD=16.843;RBI=0.0251876;REFB=-0.015223;REVB=-0.00896175;RO=71;SAF=31;SAR=27;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147107;STB=0.508198;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0274241;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:27:31:39:32:27:31:39:32 chr6 107391396 . G A 179.61 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0258911;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.438;QD=14.9671;RBI=0.0723132;REFB=0.00465393;REVB=0.0675193;RO=28;SAF=16;SAR=3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290293;STB=0.686889;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0111058;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:29:19:19:0.395833:3:16:18:10:3:16:18:11 chr6 107420516 . A C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.014546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.549;QD=14.7347;RBI=0.0159201;REFB=-0.00440889;REVB=0.00647008;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122098;STB=0.569343;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00478492;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:19:17:16:11:19:17 chr6 107565060 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.022;QD=60.0308;RBI=0.0434975;REFB=0;REVB=0.0183311;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118538;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr6 108026146 . C T 695.9 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00937256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.032;QD=60.5133;RBI=0.0384245;REFB=-0.112782;REVB=0.0372639;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000798504;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:0:1:27:18:0:1 chr6 108026317 . G T 2900.22 PASS AF=0.994681;AO=176;DP=177;FAO=187;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0649206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.814;QD=61.7069;RBI=0.0803454;REFB=-0.0113308;REVB=0.047336;RO=1;SAF=93;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509127;STB=0.502463;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000174394;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:188:1:1:176:187:0.994681:83:93:1:0:86:101:1:0 chr6 108026402 . A C 1954.58 PASS AF=0.93007;AO=130;DP=143;FAO=133;FDP=143;FR=.;FRO=10;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0176886;FXX=0.00694396;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.665;QD=54.6736;RBI=0.0178481;REFB=-0.0644416;REVB=-0.00238068;RO=3;SAF=55;SAR=75;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394149;STB=0.515931;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00033431;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:143:143:3:10:130:133:0.93007:75:55:1:2:77:56:2:8 chr6 108026455 . A G 1475.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158266;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.909;QD=63.4582;RBI=0.02348;REFB=0;REVB=0.0173444;RO=0;SAF=30;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40574e-05;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:62:30:0:0:62:31:0:0 chr6 108029109 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.634;QD=58.7807;RBI=0.0161355;REFB=0;REVB=-0.00898661;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76481e-05;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr6 108061325 . G A 870.9 PASS AF=0.514793;AO=87;DP=169;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0109848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.89;QD=20.6131;RBI=0.0146857;REFB=-0.00797011;REVB=-0.00974705;RO=82;SAF=53;SAR=34;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173033;STB=0.594994;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00918914;OID=.;OPOS=108061325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:82:82:87:87:0.514793:34:53:34:48:34:53:34:48 chr6 108067915 . G A 547.9 PASS AF=0.430657;AO=58;DP=140;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.00928724;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2643;QD=15.9972;RBI=0.0100457;REFB=0.00336951;REVB=-0.00382933;RO=75;SAF=29;SAR=29;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114497;STB=0.568323;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00330774;OID=.;OPOS=108067915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:75:78:58:59:0.430657:29:29:46:29:29:30:49:29 chr6 108068003 . C T 739.44 PASS AF=0.510638;AO=71;DP=140;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0270564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2778;QD=20.977;RBI=0.0295533;REFB=-0.0194793;REVB=0.011889;RO=68;SAF=34;SAR=37;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738206;STB=0.503844;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0188057;OID=.;OPOS=108068003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:68:69:71:72:0.510638:37:34:32:36:37:35:33:36 chr6 108076801 . T C 385.15 PASS AF=0.377049;AO=45;DP=121;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00252117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.438;QD=12.6279;RBI=0.00416532;REFB=-0.00119754;REVB=-0.00331567;RO=76;SAF=15;SAR=30;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204822;STB=0.621327;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00104858;OID=.;OPOS=108076801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:76:76:45:46:0.377049:30:15:39:37:31:15:39:37 chr6 108214769 . G GT,T 41.13 PASS AF=0.3,0;AO=11,5;DP=55;FAO=15,0;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=12,0;FSAR=3,0;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.106914,-0.0680136;FXX=0.0740604;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=9.63109,23.4831;QD=3.2907;RBI=0.112757,0.0719489;REFB=-0.144118,-0.0791701;REVB=0.0358264,-0.0234691;RO=35;SAF=10,4;SAR=1,1;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.519524,0.289671;STB=0.692024,0.5;STBP=0.113,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0972038,0;OID=.,.;OPOS=108214770,108214769;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:55:50:35:35:11,5:15,0:0.3,0:1,1:10,4:20:15:3,0:12,0:20:15 chr6 108233928 . AG A,AA,AT 901.18 PASS AF=0,0.936508,0.0634921;AO=7,52,4;DP=63;FAO=0,59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,2;FSAR=0,22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01108,-0.00623983,-0.0109007;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=113.012,134.504,101.181;QD=57.2177;RBI=0.0258485,0.0174816,0.0154838;REFB=0,0,0;REVB=-0.0233533,-0.01633,0.0109965;RO=0;SAF=4,33,2;SAR=3,19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.0907e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.000339053,-0.0184649;OID=.,.,.;OPOS=108233929,108233929,108233929;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.936508,0.0634921:7,52,4:63:0,59,4:63:0:0,37,2:0,22,2:0:0:14:0:4,33,2:3,19,2:0:0 chr6 108277287 . C A 3199.25 PASS AF=0.985915;AO=209;DP=214;FAO=210;FDP=213;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00502237;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5965;QD=60.0798;RBI=0.0106272;REFB=0.139009;REVB=-0.00936552;RO=3;SAF=109;SAR=100;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050808;STB=0.502688;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.000562805;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:214:213:3:3:209:210:0.985915:100:109:1:2:100:110:1:2 chr6 108364582 . T C 193.15 PASS AF=0.375;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.011409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.774;QD=12.0717;RBI=0.0156762;REFB=-0.016676;REVB=0.0107508;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726772;STB=0.532759;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0239995;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:23:24:0.375:15:8:16:23:15:9:17:23 chr6 109583186 . A G 1771.26 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033711;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.639;QD=61.078;RBI=0.00380709;REFB=0;REVB=-0.00176906;RO=0;SAF=67;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44535e-06;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:49:67:0:0:49:67:0:0 chr6 109674055 . C T 160.28 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0203607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.762;QD=17.8083;RBI=0.0385196;REFB=-0.0158267;REVB=-0.0326986;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281531;STB=0.646886;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0170457;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:16:17:0.472222:11:5:11:7:11:6:12:7 chr6 109689431 . A G 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00640106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.181;QD=15.1035;RBI=0.0257882;REFB=-0.0218798;REVB=0.0249812;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100099;STB=0.563144;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0258428;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:45:33:33:0.423077:14:19:21:23:14:19:21:24 chr6 109752451 . T C 372.97 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0230761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.137;QD=16.7628;RBI=0.0463597;REFB=-0.0196524;REVB=-0.0402085;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012471;STB=0.516271;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0237399;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:49:39:40:0.449438:24:15:16:27:24:16:21:28 chr6 109761437 . A G 133.07 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.0409836;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4693;QD=10.0426;RBI=0.044898;REFB=0.000435303;REVB=0.0183349;RO=34;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293111;STB=0.739507;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00241187;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:34:36:17:17:0.320755:16:1:5:29:16:1:7:29 chr6 109764535 . G T 195.55 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00414416;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.502;QD=17.0047;RBI=0.00927594;REFB=-0.00519498;REVB=-0.00829874;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770416;STB=0.544141;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0073805;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:11:15:13:7:11:15 chr6 109767930 . GC TT 353.36 PASS AF=0.433333;AO=32;DP=84;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00535913;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.972;QD=15.705;RBI=0.0206322;REFB=-0.0123221;REVB=0.019924;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139609;STB=0.542835;STBP=0.494;TYPE=mnp;VARB=0.0171292;OID=.;OPOS=109767930;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:50:51:32:39:0.433333:17:15:30:20:19:20:30:21 chr6 109768295 . G A 268.38 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0158187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.184;QD=18.8336;RBI=0.0489169;REFB=-0.0149736;REVB=0.0462885;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898423;STB=0.549967;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.014379;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:11:18:20:8:11:18:20:8 chr6 109775436 . T C 85.84 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000144482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.09;QD=12.7167;RBI=0.0213165;REFB=-0.0240317;REVB=-0.021316;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406149;STB=0.680509;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.030677;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:26:27:16:16:10:11:0.407407:2:8:7:9:3:8:7:9 chr6 109814624 . T C 677.03 PASS AF=0.435294;AO=73;DP=170;FAO=74;FDP=170;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.0121479;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.093;QD=15.9302;RBI=0.0246288;REFB=-0.00513053;REVB=0.0214244;RO=95;SAF=48;SAR=25;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518495;STB=0.527103;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00541892;OID=.;OPOS=109814624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:95:96:73:74:0.435294:25:48:58:37:26:48:58:38 chr6 109827716 . C T 496.5 PASS AF=0.5;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0149316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4841;QD=20.6874;RBI=0.0209759;REFB=3.97667e-05;REVB=-0.0147321;RO=47;SAF=18;SAR=30;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105691;STB=0.554031;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00019186;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:47:48:48:48:0.5:30:18:23:24:30:18:23:25 chr6 109885475 . G A 336.8 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0416648;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.582;QD=17.0534;RBI=0.0425562;REFB=-0.0161875;REVB=-0.00866429;RO=43;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654651;STB=0.542792;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0236287;OID=.;OPOS=109885475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:43:35:36:0.455696:21:14:20:23:22:14:20:23 chr6 109906329 . GCTTCTTCTTCTTCT GCTTCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT 456.92 PASS AF=0.0178571,0.5625;AO=13,27;DP=122;FAO=2,63;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=1,41;FSAR=1,22;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=0.00202179,0.0113922;FXX=0.0967664;HRUN=9,2;LEN=1,3;MLLD=5.65102,223.623;QD=16.3185;RBI=0.0646025,0.0195119;REFB=-0.139809,-0.0359648;REVB=0.0645708,0.0158409;RO=20;SAF=10,20;SAR=3,7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.046193,-0.0613722;STB=0.753225,0.55594;STBP=0.702,0.246;TYPE=del,del;VARB=0.132843,0.0250895;OID=.,.;OPOS=109906343,109906330;OREF=T,CTT;OALT=-,-;OMAPALT=GCTTCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0178571,0.5625:13,27:122:2,63:112:47:1,41:1,22:36:11:99:20:10,20:3,7:16:4 chr6 109954252 . C T 370.72 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=98;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0201581;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.81;QD=15.4468;RBI=0.0201598;REFB=-0.0151628;REVB=-0.000266762;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538803;STB=0.512732;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0241428;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:49:56:39:40:0.416667:22:17:24:25:23:17:25:31 chr6 110074412 . C T 86.73 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0360844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.139;QD=24.7798;RBI=0.0551805;REFB=-0.0303618;REVB=0.0417469;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110339;STB=0.529352;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0186428;OID=.;OPOS=110074412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:3:4:10:10:0.714286:4:6:1:2:4:6:2:2 chr6 110106234 . A G 603.12 PASS AF=0.456522;AO=61;DP=137;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.0123629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.46;QD=17.4816;RBI=0.0170829;REFB=-0.0156048;REVB=0.0117891;RO=73;SAF=33;SAR=28;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130292;STB=0.577666;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0144137;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:73:75:61:63:0.456522:28:33:49:24:29:34:51:24 chr6 110301661 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000409471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.883;QD=62.0208;RBI=0.0294846;REFB=0;REVB=0.0294817;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126261;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr6 110421361 . C T 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8166;QD=60.7127;RBI=0.0453643;REFB=0;REVB=-0.0442439;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186143;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr6 110746526 . T C 1527.55 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.95;QD=62.9916;RBI=0.0153168;REFB=0;REVB=-0.00299627;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18049e-05;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:1:0:96:97:1:53:43:1:0:53:44:0:0 chr6 110746545 . T G 1526.07 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8932;QD=59.846;RBI=0.0296;REFB=0;REVB=0.0258689;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170407;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:53:48:0:0:54:48:0:0 chr6 110761329 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00508246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.073;QD=13.6609;RBI=0.0109466;REFB=-0.00964105;REVB=-0.00969522;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578865;STB=0.533931;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0151086;OID=.;OPOS=110761329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:14:7:4:10:14:7 chr6 110777962 . A G 795.96 PASS AF=0.618644;AO=72;DP=118;FAO=73;FDP=118;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0195346;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6651;QD=26.9818;RBI=0.0195899;REFB=-0.00677405;REVB=0.00147016;RO=44;SAF=29;SAR=43;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855618;STB=0.54737;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00567153;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:44:45:72:73:0.618644:43:29:23:21:43:30:24:21 chr6 110778128 . T C 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0144275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.293;QD=16.0503;RBI=0.015055;REFB=-0.00525377;REVB=-0.00430121;RO=51;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425007;STB=0.529264;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00782997;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:52:39:39:0.428571:20:19:27:24:20:19:28:24 chr6 110797702 . GCCG GCCC,GCG,GCGC 184.24 PASS AF=0.157895,0.421053,0.421053;AO=3,7,2;DP=19;FAO=3,8,8;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,1;FSAR=3,5,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418403,0.0746897,0.192265;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=132.523,13.5798,18.6442;QD=38.7869;RBI=0.0703026,0.189449,0.20148;REFB=0,0,0;REVB=-0.0564964,0.174104,-0.0602372;RO=1;SAF=0,3,1;SAR=3,4,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.0971198,0.25849;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0757802,0.0643664,-0.124524;OID=.,.,.;OPOS=110797705,110797703,110797704;OREF=G,C,CG;OALT=C,-,GC;OMAPALT=GCCC,GCG,GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.157895,0.421053,0.421053:3,7,2:19:3,8,8:19:0:0,3,1:3,5,7:0:0:35:1:0,3,1:3,4,1:0:1 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 255.37 PASS AF=0.619048,0.380952;AO=10,8;DP=20;FAO=13,8;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266643,0.0297837;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=118.611,104.956;QD=48.6416;RBI=0.0297068,0.0303279;REFB=0,0;REVB=0.0130961,0.00571943;RO=0;SAF=1,3;SAR=9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00411004,0.0149053;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:20:21:0:0:10,8:13,8:0.619048,0.380952:9,5:1,3:0:0:10,5:3,3:0:0 chr6 110797715 . T TC,TCTC 238.39 PASS AF=0.625,0.375;AO=3,4;DP=23;FAO=15,9;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=13,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14486,0.103622;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=13.8911,222.471;QD=39.7322;RBI=0.524537,0.105321;REFB=0,0;REVB=0.504138,0.0188412;RO=16;SAF=0,0;SAR=3,4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.55716,-0.615368;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.143254,0.0515574;OID=.,.;OPOS=110797716,110797716;OREF=-,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=TC,TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.625,0.375:3,4:23:15,9:24:0:2,4:13,5:0:0:66:16:0,0:3,4:5:11 chr6 110931682 . GTTTTTTTTTT GTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTT 84.71 PASS AF=0.222222,0.62963;AO=6,6;DP=25;FAO=6,17;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=5,7;FSAR=1,10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0234456,0.0382324;FXX=0.0999667;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=193.995,3.55727;QD=12.5491;RBI=0.0611238,0.743054;REFB=-0.00820624,-0.0268033;REVB=-0.0564484,-0.74207;RO=3;SAF=5,5;SAR=1,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.146968,0.146968;STB=0.681121,0.517221;STBP=0.305,0.712;TYPE=snp,del;VARB=0.0618863,-0.00687375;OID=.,.;OPOS=110931692,110931683;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.62963:6,6:25:6,17:27:4:5,7:1,10:2:2:43:3:5,5:1,1:2:1 chr6 110964409 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2385;QD=62.0209;RBI=0.067416;REFB=0;REVB=-0.067162;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299408;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr6 111280038 . C T 693.75 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.18767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.961;QD=60.326;RBI=0.192602;REFB=-0.137647;REVB=0.0433067;RO=2;SAF=15;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585942;STB=0.515145;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00173246;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:2:1:44:45:0.978261:29:15:2:0:29:16:1:0 chr6 111283592 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.971;QD=59.8375;RBI=0.0740421;REFB=0;REVB=-0.0683096;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293999;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr6 111620605 . T TA,TTA 34.85 PASS AF=0,0.212121;AO=8,5;DP=33;FAO=0,7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=0,5;FSAR=0,2;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.299851,-0.207079;FXX=0.0294031;HRUN=9,6;LEN=1,2;MLLD=4.57837,14.6393;QD=4.2244;RBI=0.299883,0.20713;REFB=0.00594156,-0.000149623;REVB=-0.00434146,0.00456533;RO=15;SAF=7,4;SAR=1,1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.550847,0.449994;STB=0.5,0.618691;STBP=1,0.465;TYPE=ins,ins;VARB=-0.026493,-0.0513101;OID=.,.;OPOS=111620606,111620606;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.212121:8,5:33:0,7:33:26:0,5:0,2:15:11:32:15:7,4:1,1:6:9 chr6 111621182 . A G 192.99 PASS AF=0.409836;AO=21;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0347943;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=45.762;QD=12.6552;RBI=0.0776579;REFB=-0.058287;REVB=0.069427;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283682;STB=0.521036;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0309085;OID=.;OPOS=111621182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:36:21:25:0.409836:11:10:13:16:13:12:16:20 chr6 111678330 . TAA ATA,CTA,TA,T 58.74 PASS AF=0.0566038,0,0.188679,0.0566038;AO=2,2,14,9;DP=54;FAO=3,0,10,3;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=1,0,1,0;FSAR=2,0,9,3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.026177,0.0495867,0.0328312,0.0184396;FXX=0.036357;HRUN=1,1,6,6;LEN=2,2,1,2;MLLD=130.178,25.1241,7.90473,16.9981;QD=4.43304;RBI=0.103187,0.0665899,0.227126,0.116574;REFB=-0.0301648,-0.0942601,-0.160062,-0.0808242;REVB=-0.0998115,-0.0444452,-0.22474,-0.115107;RO=23;SAF=0,0,3,0;SAR=2,2,11,9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0,0.368071,0.368071;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.54377,-0.54377,-0.434355,-0.781508;STB=0.643099,0.5,0.85848,0.996355;STBP=0.664,1,0.024,0.063;TYPE=mnp,mnp,del,del;VARB=-0.0503487,0,-0.0628829,0.07358;OID=.,.,.,.;OPOS=111678330,111678330,111678331,111678331;OREF=TA,TA,A,AA;OALT=AT,CT,-,-;OMAPALT=ATA,CTA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:26:54:53:23:37:2,2,14,9:3,0,10,3:0.0566038,0,0.188679,0.0566038:2,2,11,9:0,0,3,0:14:9:2,0,9,3:1,0,1,0:18:19 chr6 111901453 . G T 1312.9 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.92;QD=60.3631;RBI=0.02376;REFB=-0.1284;REVB=0.00386303;RO=1;SAF=47;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472593;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:87:1:0:85:87:1:38:47:1:0:38:49:0:0 chr6 112382313 . G T 610.31 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0351552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.279;QD=28.0602;RBI=0.0354472;REFB=-0.0443508;REVB=0.00454042;RO=33;SAF=31;SAR=23;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167057;STB=0.590818;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0140054;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:33:54:54:0.62069:23:31:11:22:23:31:11:22 chr6 112408610 . T C 465.97 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0275393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.392;QD=19.8284;RBI=0.0325038;REFB=-0.0222194;REVB=0.017265;RO=48;SAF=16;SAR=30;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641103;STB=0.503559;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0284209;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:30:16:17:31:30:16:17:31 chr6 112457390 . C T 2457.59 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00289863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.677;QD=60.6813;RBI=0.0206842;REFB=0.00940123;REVB=-0.0204801;RO=0;SAF=77;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26325e-08;STB=0.502958;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000242882;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:161:161:0.993827:84:77:0:0:84:77:0:1 chr6 112493872 . A G 3054.35 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605547;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.297;QD=63.6323;RBI=0.00641893;REFB=0;REVB=-0.00212932;RO=0;SAF=110;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54709e-07;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:192:0:0:190:192:1:80:110:0:0:81:111:0:0 chr6 112508769 . TG GT 410.63 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137702;FXX=0.365809;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.374;QD=31.5872;RBI=0.161152;REFB=0;REVB=0.0837135;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00116571;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:52:0:0:79:52:1:55:24:0:0:29:23:0:0 chr6 112672198 . CAGAGAG CAGAG,CAGAGAC 1244.89 PASS AF=0.939759,0.060241;AO=73,5;DP=83;FAO=78,5;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41,5;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696846,0.0218385;FXX=0.0235266;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.726,50.1335;QD=59.9949;RBI=0.0309609,0.0444235;REFB=0,0;REVB=0.0301665,0.038685;RO=0;SAF=37,5;SAR=36,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.89682e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0101497,-0.00862909;OID=.,.;OPOS=112672199,112672204;OREF=AG,G;OALT=-,C;OMAPALT=CAGAG,CAGAGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.939759,0.060241:73,5:83:78,5:83:0:41,5:37,0:0:0:16:0:37,5:36,0:0:0 chr6 116262976 . G A 651.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8798;QD=60.6229;RBI=0.0231532;REFB=0;REVB=-0.00706664;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0779e-05;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:29:11:0:0:32:11:0:0 chr6 116263181 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.643;QD=60.9785;RBI=0.0520871;REFB=0;REVB=0.0347914;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191057;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr6 116325142 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.912;QD=62.7621;RBI=0.0184999;REFB=0;REVB=-0.0155499;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71155e-06;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr6 116571255 . G A 856.7 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376235;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9189;QD=58.0813;RBI=0.0659885;REFB=0;REVB=-0.0542121;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188167;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr6 116574455 . G A 636.37 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2;QD=59.1969;RBI=0.0929601;REFB=-0.0382761;REVB=0.0863855;RO=1;SAF=30;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153937;STB=0.508193;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00173381;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:12:30:1:0:12:30:1:0 chr6 116575083 . C A 1532.08 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.974;QD=62.534;RBI=0.0367553;REFB=-0.0517734;REVB=0.0166845;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000177471;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:0:1:96:97:0.989796:58:38:0:0:59:38:0:1 chr6 116599665 . T C 144.13 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0477878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.126;QD=10.1142;RBI=0.0497527;REFB=-0.0161743;REVB=-0.0138442;RO=38;SAF=16;SAR=3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377039;STB=0.726997;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0413395;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:3:16:22:16:3:16:22:16 chr6 116600464 . TT AC,TTCAC 305.28 PASS AF=0.0555556,0.777778;AO=2,25;DP=35;FAO=2,28;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=2,15;FSAR=0,13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0600015,0.00410065;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=137.896,161.352;QD=33.9202;RBI=0.066547,0.0329319;REFB=-0.0357731,-0.039247;REVB=0.0287806,0.0326756;RO=2;SAF=2,13;SAR=0,12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0661725;STB=0.992527,0.523288;STBP=0.358,0.605;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0470859,0.00855457;OID=.,.;OPOS=116600464,116600466;OREF=TT,-;OALT=AC,CAC;OMAPALT=AC,TTCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:35:36:2:6:2,25:2,28:0.0555556,0.777778:0,12:2,13:2:0:0,13:2,15:4:2 chr6 116600774 . C G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.432;QD=46.8413;RBI=0.0722538;REFB=0;REVB=0.0207206;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214548;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 116600810 . G A 428.38 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2241;QD=57.1171;RBI=0.114429;REFB=0;REVB=0.109975;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278249;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr6 116757557 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3156;QD=53.2769;RBI=0.0216843;REFB=0;REVB=-0.0182485;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164219;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr6 116875427 . G A 2357.94 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275864;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.322;QD=63.3003;RBI=0.03305;REFB=-0.140801;REVB=0.0182015;RO=1;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638408;STB=0.503355;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000259709;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:148:148:0.993289:74:74:0:1:74:74:0:1 chr6 117083189 . A G 749.63 PASS AF=0.563492;AO=70;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00852196;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8445;QD=23.7979;RBI=0.0136791;REFB=0.0311988;REVB=0.0107001;RO=55;SAF=29;SAR=41;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106591;STB=0.554039;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0210495;OID=.;OPOS=117083189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:55:70:71:0.563492:41:29:30:25:41:30:30:25 chr6 117086378 . C A 790.87 PASS AF=0.522876;AO=79;DP=154;FAO=80;FDP=153;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0183646;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9697;QD=20.6762;RBI=0.0194052;REFB=-0.0144445;REVB=0.00626907;RO=75;SAF=41;SAR=38;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581422;STB=0.535327;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0113427;OID=.;OPOS=117086378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:75:73:79:80:0.522876:38:41:34:41:39:41:32:41 chr6 117113653 . T C 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00469892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.313;QD=9.18374;RBI=0.00679694;REFB=-0.006615;REVB=-0.00491106;RO=47;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236892;STB=0.637614;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0129159;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:49:22:22:0.309859:9:13:18:29:9:13:19:30 chr6 117114025 . G A 196.1 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000624359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4972;QD=19.1318;RBI=0.0456418;REFB=-0.021561;REVB=-0.0456375;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227307;STB=0.512183;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0218094;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:21:20:20:0.487805:10:10:9:10:10:10:11:10 chr6 117114223 . T A 348.49 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0151667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1716;QD=17.4246;RBI=0.0162918;REFB=-0.00587694;REVB=0.00594936;RO=43;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113253;STB=0.563309;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0130968;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:19:18:26:17:19:18:26:17 chr6 117114403 . G A 546.86 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00455179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0554;QD=28.7821;RBI=0.00559151;REFB=-0.0484874;REVB=-0.0032475;RO=27;SAF=23;SAR=26;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032165;STB=0.517475;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0107255;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:49:49:0.644737:26:23:14:13:26:23:14:13 chr6 117121894 . G A 1785.77 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.074;QD=61.0519;RBI=0.00602772;REFB=0;REVB=0.00475858;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21575e-06;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr6 117130704 . G A 541.93 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0240104;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.64;QD=22.1195;RBI=0.0240132;REFB=-0.0209562;REVB=0.000371193;RO=46;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271344;STB=0.519992;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0172537;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:46:47:51:51:0.520408:26:25:24:22:26:25:25:22 chr6 117591736 . T C 37.12 PASS AF=0.144928;AO=14;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0778769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.18;QD=2.15175;RBI=0.127805;REFB=-0.0143143;REVB=-0.101338;RO=54;SAF=1;SAR=13;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699379;STB=0.916127;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.206559;OID=.;OPOS=117591736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:54:59:14:10:0.144928:13:1:36:18:9:1:37:22 chr6 117642495 . C T 479.17 PASS AF=0.434426;AO=52;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00463351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1043;QD=15.7104;RBI=0.0382082;REFB=-0.000405082;REVB=-0.0379262;RO=68;SAF=30;SAR=22;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03377;STB=0.519765;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000788881;OID=.;OPOS=117642495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:69:52:53:0.434426:22:30:37:31:22:31:38:31 chr6 117710661 . T C 785.21 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0279022;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.675;QD=21.5125;RBI=0.0295242;REFB=-0.00537497;REVB=0.009651;RO=70;SAF=39;SAR=36;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754685;STB=0.500549;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00595218;OID=.;OPOS=117710661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:70:71:75:75:0.513699:36:39:37:33:36:39:37:34 chr6 117717348 . T C 637.71 PASS AF=0.435583;AO=69;DP=162;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=1.82839e-05;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.26;QD=15.6494;RBI=0.0176507;REFB=-0.00651895;REVB=-0.0176507;RO=92;SAF=36;SAR=33;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055856;STB=0.531149;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0103075;OID=.;OPOS=117717348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:92:92:69:71:0.435583:33:36:53:39:34:37:53:39 chr6 117725448 . T G 738.48 PASS AF=0.603448;AO=68;DP=116;FAO=70;FDP=116;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0133213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.65;QD=25.4649;RBI=0.0188508;REFB=-0.0127267;REVB=-0.0133378;RO=47;SAF=19;SAR=49;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919905;STB=0.549118;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0098959;OID=.;OPOS=117725448;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:47:46:68:70:0.603448:49:19:18:29:50:20:18:28 chr6 117725578 . T A 465.93 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0120965;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.97;QD=19.0177;RBI=0.0164416;REFB=0.00155019;REVB=0.0111356;RO=52;SAF=16;SAR=30;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221946;STB=0.623815;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00178444;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:52:52:46:46:0.469388:30:16:30:22:30:16:30:22 chr6 117858328 . G A 295.94 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0122791;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3061;QD=12.8669;RBI=0.0405058;REFB=-0.00320347;REVB=0.0385998;RO=58;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460501;STB=0.526402;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00576576;OID=.;OPOS=117858328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:19:15:28:30:19:15:28:30 chr6 117869491 . G A 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199257;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.29;QD=62.3666;RBI=0.0287599;REFB=0;REVB=0.0207389;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44318e-05;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr6 117923381 . GCCCCCA GCCCCAG 53.73 PASS AF=0.14;AO=2;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.229148;FXX=0.0565931;HRUN=5;LEN=2;MLLD=114.674;QD=4.2982;RBI=0.230055;REFB=-0.00469569;REVB=0.0204086;RO=24;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.768833;STB=0.914887;STBP=0.072;TYPE=mnp;VARB=-0.0300477;OID=.;OPOS=117923386;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=GCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14:2:50:7:50:38:6:1:10:28:39:24:2:0:2:22 chr6 117996896 . G T 56.72 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0134805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.681;QD=11.9419;RBI=0.0526012;REFB=-0.0504316;REVB=-0.0508445;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0496454;OID=.;OPOS=117996896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:6:5:3:5:6:5 chr6 118786486 . T C 419.95 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0166033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.57;QD=14.607;RBI=0.0171483;REFB=-0.00175568;REVB=-0.004289;RO=66;SAF=26;SAR=22;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196725;STB=0.506206;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00248006;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:67:48:48:0.417391:22:26:37:29:22:26:37:30 chr6 118880640 . T G 425.83 PASS AF=0.40678;AO=46;DP=117;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.0191752;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.432;QD=14.4349;RBI=0.0324423;REFB=-0.0107122;REVB=0.026169;RO=61;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099226;STB=0.58152;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0157752;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:61:70:46:48:0.40678:25:21:22:39:25:23:24:46 chr6 118881822 . C T 885.39 PASS AF=0.54375;AO=85;DP=158;FAO=87;FDP=160;FR=.;FRO=73;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.032057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.219;QD=22.1348;RBI=0.0398295;REFB=-0.0135003;REVB=-0.0236377;RO=73;SAF=43;SAR=42;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471429;STB=0.520306;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0121818;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:73:73:85:87:0.54375:42:43:41:32:42:45:41:32 chr6 118886961 . G T 267.7 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.049483;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.001;QD=15.9819;RBI=0.0566615;REFB=-0.0230072;REVB=-0.0276035;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184052;STB=0.604095;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0318746;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:10:20:18:19:10:20:18:19 chr6 118887303 . T C 595.15 PASS AF=0.424051;AO=67;DP=158;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00642801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.39;QD=15.067;RBI=0.0346071;REFB=-0.00942768;REVB=-0.0340049;RO=87;SAF=34;SAR=33;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366161;STB=0.50746;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0122028;OID=.;OPOS=118887303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:87:91:67:67:0.424051:33:34:41:46:33:34:45:46 chr6 118973953 . A G 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00388917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.85;QD=28.0221;RBI=0.00716804;REFB=-0.0132611;REVB=-0.00602123;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583949;STB=0.532142;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00849875;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:13:16:12:7:13:16:12:7 chr6 119136954 . C CT,T 30.55 PASS AF=0.147059,0.0441176;AO=20,4;DP=71;FAO=10,3;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=7,3;FSAR=3,0;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0953272,-0.0248209;FXX=0.0144907;HRUN=7,2;LEN=1,1;MLLD=7.71145,31.8617;QD=1.79697;RBI=0.101884,0.0946883;REFB=-0.131641,-0.0241245;REVB=-0.0359592,-0.0913773;RO=46;SAF=15,4;SAR=5,0;SRF=30;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.138687,0.489267;STB=0.544079,0.995552;STBP=0.794,0.138;TYPE=ins,snp;VARB=0.14658,0.0712325;OID=.,.;OPOS=119136955,119136954;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:71:68:46:55:20,4:10,3:0.147059,0.0441176:5,0:15,4:30:16:3,0:7,3:36:19 chr6 119149149 . C G 1329.02 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254518;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.477;QD=61.815;RBI=0.0330468;REFB=0;REVB=0.0210783;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04196e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:44:38:0:0:45:41:0:0 chr6 119510941 . C A 1716.98 PASS AF=0.902256;AO=120;DP=133;FAO=120;FDP=133;FR=.;FRO=13;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00936824;FXX=0.0148137;HRUN=6;LEN=1;MLLD=95.7558;QD=51.6384;RBI=0.0114479;REFB=-0.0650204;REVB=-0.00657947;RO=1;SAF=54;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871534;STB=0.508717;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000652767;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:133:133:1:13:120:120:0.902256:66:54:1:0:66:54:7:6 chr6 120583498 . G A 67.76 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.019549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1691;QD=5.42044;RBI=0.0358851;REFB=-0.0206994;REVB=0.0300928;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625684;STB=0.540901;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0135649;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:4:6:22:18:4:6:22:18 chr6 120583501 . T G 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.023493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.423;QD=5.42447;RBI=0.0251345;REFB=-0.00758129;REVB=0.00893441;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625684;STB=0.540901;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0350745;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:4:6:22:18:4:6:22:18 chr6 120583509 . A G 67.46 PASS AF=0.2;AO=9;DP=49;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0229334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.352;QD=5.39708;RBI=0.042886;REFB=-0.00386875;REVB=0.0362391;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14863;STB=0.540901;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0165683;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:50:40:40:9:10:0.2:3:6:22:18:4:6:22:18 chr6 120583521 . A T 68.63 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0285395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.284;QD=5.84108;RBI=0.052093;REFB=-0.00103702;REVB=-0.0435795;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706445;STB=0.54773;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0151299;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:35:37:10:10:0.212766:4:6:19:16:4:6:20:17 chr6 120583526 . C G 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0202163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2889;QD=6.02741;RBI=0.0219034;REFB=-0.044759;REVB=0.0084297;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666862;STB=0.555432;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0283686;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:4:5:15:15:4:5:15:16 chr6 120583533 . A G 42.85 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.059627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9159;QD=5.35574;RBI=0.0610221;REFB=-0.0166183;REVB=-0.0129734;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201036;STB=0.631216;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.03101;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:10:15:3:4:10:15 chr6 121451095 . C T 254.02 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0276419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4229;QD=21.6186;RBI=0.0423542;REFB=0.00445675;REVB=0.0320905;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197977;STB=0.617547;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0162163;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:23:24:0.510638:15:8:13:10:16:8:13:10 chr6 121620608 . G T 759.78 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.746;QD=56.28;RBI=0.0342357;REFB=0;REVB=-0.0159473;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69748e-05;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:50:54:1:29:21:0:0:32:22:0:0 chr6 121629167 . G A 588.42 PASS AF=0.367021;AO=69;DP=188;FAO=69;FDP=188;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.0466023;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7089;QD=12.5195;RBI=0.0810087;REFB=0.00501243;REVB=-0.0662618;RO=117;SAF=37;SAR=32;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248635;STB=0.504336;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00996167;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:117:119:69:69:0.367021:32:37:63:54:32:37:63:56 chr6 121632008 . T A 1591.93 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271569;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.384;QD=60.0729;RBI=0.0382207;REFB=0;REVB=0.0268947;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5302e-05;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:48:58:0:0:48:58:0:0 chr6 121769354 . A T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0039005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.282;QD=16.884;RBI=0.0184028;REFB=0.013215;REVB=-0.0179846;RO=15;SAF=14;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565526;STB=0.863579;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0146167;OID=.;OPOS=121769354;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:17:15:15:0.46875:1:14:8:7:1:14:8:9 chr6 121901598 . GA G,GG 1395.05 PASS AF=1,0;AO=16,72;DP=89;FAO=88,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100368,-0.181482;FXX=0.0112347;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.1622,27.5262;QD=63.4114;RBI=0.102777,0.414698;REFB=0,0;REVB=0.022121,-0.372879;RO=0;SAF=7,25;SAR=9,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00150653,0;OID=.,.;OPOS=121901599,121901599;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,72:89:88,0:88:0:32,0:56,0:0:0:7:0:7,25:9,47:0:0 chr6 122532808 . G A 488.46 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0207762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5439;QD=15.5067;RBI=0.0239524;REFB=0.000194558;REVB=0.0119191;RO=69;SAF=27;SAR=27;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654489;STB=0.539668;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.000170218;OID=.;OPOS=122532808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:69:72:54:54:0.428571:27:27:39:30:27:27:41:31 chr6 123066514 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.944;QD=58.7817;RBI=0.00964963;REFB=0;REVB=0.00943145;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54515e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr6 123066585 . G A 364.85 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.065013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1303;QD=52.1216;RBI=0.0865047;REFB=0.0388237;REVB=0.0570646;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00225003;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:19:8:1:0:19:8:1:0 chr6 123101646 . GAG GA,GG,GGG 129.1 PASS AF=0.175439,0.157895,0.0701754;AO=18,9,4;DP=61;FAO=10,9,4;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=3,6,4;FSAR=7,3,0;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0637324,-0.0084002,-0.00748332;FXX=0.065563;HRUN=4,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=10.1796,249.558,253.331;QD=9.05982;RBI=0.130877,0.00843673,0.00848543;REFB=-0.18466,-0.0158877,-0.0112888;REVB=-0.114311,-0.000784343,0.00400031;RO=24;SAF=11,6,4;SAR=7,3,0;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.232559,0.330945,0.677679;STB=0.680189,0.612646,0.997117;STBP=0.259,0.441,0.046;TYPE=del,del,snp;VARB=0.206333,0.0177929,0.042204;OID=.,.,.;OPOS=123101648,123101647,123101647;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.175439,0.157895,0.0701754:18,9,4:61:10,9,4:57:34:3,6,4:7,3,0:18:16:51:24:11,6,4:7,3,0:9:15 chr6 123687288 . A C,T 2110.57 PASS AF=0.840491,0.0920245;AO=137,15;DP=160;FAO=137,15;FDP=163;FR=.;FRO=11;FSAF=89,0;FSAR=48,15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0518658,0.0320671;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=121.443,21.5174;QD=51.7932;RBI=0.0519644,0.0355525;REFB=-0.00170036,0.00676933;REVB=-0.00319801,-0.015352;RO=1;SAF=89,0;SAR=48,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00531221,-0.844787;STB=0.530208,0.998814;STBP=0.007,0.019;TYPE=snp,snp;VARB=0.001474,0.140161;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:160:163:1:11:137,15:137,15:0.840491,0.0920245:48,15:89,0:1:0:48,15:89,0:3:8 chr6 123699019 . A C 493.74 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.34;QD=58.0865;RBI=0.0281177;REFB=0;REVB=0.0249379;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99379e-05;OID=.;OPOS=123699019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:11:20:0:0:12:22:0:0 chr6 123702499 . G A 1545.2 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000240402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.149;QD=59.4308;RBI=0.00712006;REFB=0;REVB=-0.007116;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4865e-05;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:42:60:0:0:44:60:0:0 chr6 123758492 . C T 1227.41 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.931;QD=61.3707;RBI=0.0209888;REFB=0;REVB=0.0186821;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74357e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:34:44:0:0:34:46:0:0 chr6 123778732 . T C 180.04 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0202095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5513;QD=23.2312;RBI=0.0428735;REFB=-0.0390045;REVB=-0.0378116;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705339;STB=0.539524;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0607016;OID=.;OPOS=123778732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:6:7:8:10:6:7 chr6 123833457 . G C,T 2367.63 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=143,6;DP=149;FAO=145,5;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=80,0;FSAR=65,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380069,-0.00619818;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.3137,25.0193;QD=63.1369;RBI=0.0381091,0.0359975;REFB=0,0;REVB=-0.00279023,-0.0354599;RO=0;SAF=78,1;SAR=65,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.15579e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000890864,0.0964874;OID=.,.;OPOS=123833457,123833457;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:149:150:0:0:143,6:145,5:0.966667,0.0333333:65,5:78,1:0:0:65,5:80,0:0:0 chr6 123892209 . C CG,G 30.39 PASS AF=0.123457,0.0123457;AO=11,8;DP=89;FAO=10,1;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=9,1;FSAR=1,0;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0069958,-0.0222523;FXX=0.0689576;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=56.3305,75.7304;QD=1.50074;RBI=0.120657,0.0413921;REFB=-0.00203043,0.0043704;REVB=-0.120454,-0.0349019;RO=61;SAF=8,8;SAR=3,0;SRF=42;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0576968,0.583409;STB=0.811739,0.987356;STBP=0.056,0.509;TYPE=ins,snp;VARB=0.0805172,-0.00272905;OID=.,.;OPOS=123892210,123892209;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:89:81:61:70:11,8:10,1:0.123457,0.0123457:3,0:8,8:42:19:1,0:9,1:45:25 chr6 124603390 . A G 419.25 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0503004;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5401;QD=17.6527;RBI=0.0518007;REFB=-0.0149475;REVB=-0.0123769;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351609;STB=0.523188;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0113285;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:49:52:43:43:0.452632:23:20:21:28:23:20:22:30 chr6 125144352 . T G 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0112578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.622;QD=19.7385;RBI=0.0115602;REFB=-0.0146225;REVB=0.00262677;RO=44;SAF=31;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318087;STB=0.677225;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0126142;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:12:31:17:27:12:31:17:27 chr6 125284457 . T C 1576.36 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124358;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.168;QD=64.3411;RBI=0.0319005;REFB=0;REVB=0.0293767;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42451e-05;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr6 125475139 . G A 595.2 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0136269;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.876;QD=23.3412;RBI=0.0144904;REFB=-0.0150226;REVB=0.0049274;RO=43;SAF=23;SAR=35;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916171;STB=0.545722;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00660432;OID=.;OPOS=125475139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:43:44:58:58:0.568627:35:23:22:21:35:23:22:22 chr6 125573194 . A G 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0117128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.987;QD=25.3394;RBI=0.0575185;REFB=-0.0145435;REVB=-0.0563133;RO=19;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245795;STB=0.525675;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00810628;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:20:31:31:0.607843:12:19:11:8:12:19:11:9 chr6 126080482 . A G 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0450668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.047;QD=18.2491;RBI=0.0505569;REFB=-0.0332857;REVB=-0.0229124;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164318;STB=0.592483;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0349784;OID=.;OPOS=126080482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:2:13:11:4:2:13 chr6 126250396 . TTT TAA,TTA 113.36 PASS AF=0.333333,0.185185;AO=5,7;DP=27;FAO=9,5;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1,2;FSAR=8,3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0135734,0.0142122;FXX=0.0357015;HRUN=13,13;LEN=2,1;MLLD=55.846,46.8204;QD=16.7943;RBI=0.0404941,0.0416261;REFB=-0.00420242,0.00106113;REVB=-0.0381515,-0.0391248;RO=5;SAF=0,3;SAR=5,4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.755783,-0.121017;STB=0.77345,0.538306;STBP=0.073,0.947;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.028754,-0.018977;OID=.,.;OPOS=126250397,126250398;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=TAA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.185185:5,7:27:9,5:27:11:1,2:8,3:5:6:43:5:0,3:5,4:3:2 chr6 127476516 . G A 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0675954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9273;QD=21.2912;RBI=0.0733526;REFB=-0.00629499;REVB=-0.0284865;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00542767;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:10:15:15:10:10:15:15:10 chr6 127609558 . T G 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0169353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.058;QD=17.4231;RBI=0.0181309;REFB=-0.0191684;REVB=0.00647484;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103397;STB=0.557962;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0217967;OID=.;OPOS=127609558;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:13:18:16:18:13:18:16:18 chr6 127609691 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.268;QD=43.4859;RBI=0.0609753;REFB=0;REVB=0.0432695;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776187;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 127768762 . G A 656.2 PASS AF=0.553719;AO=63;DP=127;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00683222;FXX=0.0763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.489;QD=21.6927;RBI=0.00732558;REFB=-0.0072474;REVB=-0.0026429;RO=47;SAF=33;SAR=30;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635802;STB=0.500124;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00537181;OID=.;OPOS=127768762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:121:47:54:63:67:0.553719:30:33:25:22:31:36:29:25 chr6 127771452 . T G 100.12 PASS AF=0.26;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0118831;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.682;QD=8.0098;RBI=0.0254564;REFB=-0.0102964;REVB=0.0225127;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129877;STB=0.577863;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0470283;OID=.;OPOS=127771452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:35:37:13:13:0.26:6:7:15:20:6:7:16:21 chr6 127797179 . G A 171.84 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00491723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.851;QD=17.6248;RBI=0.0147549;REFB=-0.0122067;REVB=0.0139114;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631391;STB=0.548333;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.011571;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:7:10:11:10:7:11:11:10 chr6 127797374 . G A 448.7 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0192022;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0333;QD=16.6186;RBI=0.0202841;REFB=1.83183e-05;REVB=0.00653602;RO=59;SAF=27;SAR=22;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749184;STB=0.541823;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00116965;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:59:59:49:49:0.453704:22:27:28:31:22:27:28:31 chr6 127912730 . C T 419.44 PASS AF=0.621212;AO=39;DP=65;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00317767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7787;QD=25.4204;RBI=0.0153837;REFB=-0.0137205;REVB=-0.0150519;RO=25;SAF=19;SAR=20;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177975;STB=0.594309;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00891541;OID=.;OPOS=127912730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:25:39:41:0.621212:20:19:6:19:21:20:6:19 chr6 128040839 . T C 563.27 PASS AF=0.415584;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.021603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6752;QD=14.6304;RBI=0.0274502;REFB=0.00419113;REVB=-0.0169358;RO=89;SAF=33;SAR=31;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118724;STB=0.562583;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00717189;OID=.;OPOS=128040839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:89:90:64:64:0.415584:31:33:56:33:31:33:56:34 chr6 128135058 . C T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0367345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6435;QD=25.255;RBI=0.0629601;REFB=-0.00914501;REVB=-0.0511326;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168886;STB=0.594481;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00214519;OID=.;OPOS=128135058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:6:4:11:6:6:4 chr6 128505806 . T C 565.0 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.0216244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.892;QD=15.1678;RBI=0.0221901;REFB=-0.0222748;REVB=-0.00497853;RO=86;SAF=32;SAR=29;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00139363;STB=0.501102;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0214584;OID=.;OPOS=128505806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:86:88:61:61:0.409396:29:32:45:41:29:32:46:42 chr6 129381026 . C A 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.893;QD=58.227;RBI=0.0191955;REFB=-0.021202;REVB=0.0122292;RO=1;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103937;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000126062;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:45:26:0:1:45:26:0:1 chr6 129571330 . G A 1472.5 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.67;QD=63.3334;RBI=0.0141046;REFB=0;REVB=0.00777903;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23632e-05;OID=.;OPOS=129571330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr6 129612808 . A G 450.23 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00695637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.69;QD=15.9374;RBI=0.00704862;REFB=-0.00274324;REVB=0.00113664;RO=63;SAF=21;SAR=29;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211892;STB=0.618269;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00349362;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:29:21:40:23:29:21:40:23 chr6 129691132 . C G 347.65 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0344298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.342;QD=19.8654;RBI=0.0511553;REFB=-0.00386982;REVB=-0.0378346;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486504;STB=0.526388;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00407309;OID=.;OPOS=129691132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:33:34:35:36:0.514286:22:13:14:19:22:14:15:19 chr6 129722389 . A G 305.11 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=0.00806543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.024;QD=15.067;RBI=0.00823598;REFB=-0.00904148;REVB=0.00166737;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250059;STB=0.639925;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00992737;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:18:16:11:36:18:16:11:36 chr6 129722425 . G A 313.64 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.128464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7469;QD=14.588;RBI=0.133586;REFB=-0.0335821;REVB=-0.0366345;RO=49;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150533;STB=0.579957;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0453985;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:49:51:35:35:0.406977:21:14:13:36:21:14:14:37 chr6 129762112 . G A 310.95 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00952739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.505;QD=13.9754;RBI=0.0102229;REFB=0.00766407;REVB=-0.00370639;RO=53;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00670974;STB=0.500687;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00925894;OID=.;OPOS=129762112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:22:13:20:33:22:13:20:34 chr6 129807629 . C T 262.76 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00312876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.319;QD=15.0147;RBI=0.033182;REFB=-0.00172413;REVB=-0.0330342;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10896;STB=0.561629;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00213903;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:23:17:16:14:23:17 chr6 129807699 . G C 349.93 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0030826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.559;QD=17.718;RBI=0.0124153;REFB=-0.0111835;REVB=-0.0120265;RO=42;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526191;STB=0.529396;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0075807;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:17:20:25:17:17:20:25:17 chr6 129807714 . G A 388.42 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.01289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1293;QD=19.6667;RBI=0.0131973;REFB=-0.00548863;REVB=-0.00283174;RO=38;SAF=25;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082988;STB=0.544532;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00934798;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:39:39:40:0.506329:14:25:21:17:15:25:21:18 chr6 129814566 . G A 449.8 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0146275;FXX=0.0222206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.972;QD=13.6304;RBI=0.0350857;REFB=-0.0156217;REVB=-0.0318912;RO=76;SAF=30;SAR=21;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627079;STB=0.518511;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0243094;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:132:76:81:51:51:0.386364:21:30:49:27:21:30:50:31 chr6 129837610 . T C 530.61 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0199511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4337;QD=15.1604;RBI=0.044866;REFB=0.00477251;REVB=0.040186;RO=81;SAF=35;SAR=23;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11553;STB=0.561664;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00684769;OID=.;OPOS=129837610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:81:82:58:58:0.414286:23:35:40:41:23:35:41:41 chr6 129901237 . CA AC 30.3 PASS AF=0.36;AO=7;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0181592;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=53.9896;QD=4.84863;RBI=0.0811787;REFB=-0.111462;REVB=0.0791216;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208262;STB=0.589572;STBP=0.775;TYPE=mnp;VARB=0.0316975;OID=.;OPOS=129901237;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:25:25:15:16:7:9:0.36:6:1:1:14:8:1:1:15 chr6 129927014 . A G 817.42 PASS AF=0.459459;AO=85;DP=185;FAO=85;FDP=185;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.0101933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.301;QD=17.6739;RBI=0.0153439;REFB=-0.0106875;REVB=-0.0114687;RO=100;SAF=43;SAR=42;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626225;STB=0.534683;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0143592;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:100:100:85:85:0.459459:42:43:57:43:42:43:57:43 chr6 130031215 . T C 594.3 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=134;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0142665;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6679;QD=18.0092;RBI=0.063285;REFB=-2.26913e-05;REVB=0.061656;RO=70;SAF=29;SAR=32;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236797;STB=0.524698;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000427006;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:70:70:61:62:0.469697:32:29:35:35:33:29:36:34 chr6 130152479 . T C 122.16 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0311964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.289;QD=15.7623;RBI=0.0338578;REFB=0.00870389;REVB=0.0131581;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359682;STB=0.698104;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0222039;OID=.;OPOS=130152479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:3:11:7:9:3:11:8:9 chr6 130152520 . A C 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00101138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.457;QD=14.0748;RBI=0.0324699;REFB=-0.0216419;REVB=-0.0324541;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325913;STB=0.691969;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0160015;OID=.;OPOS=130152520;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:7:9:3:9:7:9 chr6 130154686 . A G 164.63 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0352547;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.985;QD=12.4246;RBI=0.0354925;REFB=-0.00699317;REVB=-0.00410211;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509692;STB=0.559263;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00964169;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:33:20:20:0.377358:11:9:14:14:11:9:18:15 chr6 130381246 . T C 612.11 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0203231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.834;QD=18.4092;RBI=0.0244658;REFB=-0.0114638;REVB=0.0136216;RO=70;SAF=45;SAR=18;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13897;STB=0.57737;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0121035;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:70:63:63:0.473684:18:45:41:29:18:45:41:29 chr6 130537005 . G A 238.89 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0148337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.794;QD=11.797;RBI=0.0294237;REFB=-0.00120444;REVB=-0.025411;RO=52;SAF=13;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577094;STB=0.53331;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0024936;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:16:13:26:26:16:13:26:26 chr6 130761804 . C T 616.08 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0326657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.456;QD=19.1032;RBI=0.0328225;REFB=-0.0111774;REVB=-0.00320461;RO=64;SAF=39;SAR=24;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538677;STB=0.523212;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00980744;OID=.;OPOS=130761804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:66:63:63:0.488372:24:39:36:28:24:39:38:28 chr6 131148737 . G A 829.66 PASS AF=0.445545;AO=87;DP=200;FAO=90;FDP=202;FR=.;FRO=112;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=0.00643584;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.277;QD=16.4289;RBI=0.0106709;REFB=-0.0243254;REVB=0.00851166;RO=110;SAF=43;SAR=44;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124881;STB=0.509899;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0258484;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:110:112:87:90:0.445545:44:43:53:57:45:45:54:58 chr6 131160876 . G T 273.98 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=-0.00434285;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.461;QD=12.5966;RBI=0.0179254;REFB=-0.0139914;REVB=0.0173914;RO=55;SAF=18;SAR=13;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196806;STB=0.620983;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0211139;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:31:32:0.367816:13:18:41:14:14:18:41:14 chr6 131161504 . T C 154.26 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0129168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.933;QD=22.8531;RBI=0.0295442;REFB=-0.0180064;REVB=0.0265709;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.608569;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0179753;OID=.;OPOS=131161504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:11:11:15:16:0.592593:6:9:9:2:7:9:9:2 chr6 131184770 . T G 380.81 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0133875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.598;QD=24.9713;RBI=0.0137309;REFB=-0.0219107;REVB=-0.0030515;RO=24;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303601;STB=0.511085;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0197531;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:24:24:36:37:0.606557:18:18:13:11:18:19:13:11 chr6 131936858 . T TTA 34.26 PASS AF=0.134146;AO=14;DP=96;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0435362;FXX=0.0238067;HRUN=5;LEN=2;MLLD=20.2774;QD=1.6714;RBI=0.134332;REFB=-0.0754547;REVB=-0.127082;RO=76;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188518;STB=0.686523;STBP=0.228;TYPE=ins;VARB=0.213591;OID=.;OPOS=131936859;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134146:14:96:11:82:71:6:5:23:48:34:76:6:8:22:54 chr6 132061420 . G A 544.43 PASS AF=0.536842;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00943902;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.251;QD=22.9235;RBI=0.00982667;REFB=0.003097;REVB=-0.00273282;RO=44;SAF=30;SAR=20;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529888;STB=0.523187;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00377177;OID=.;OPOS=132061420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:50:51:0.536842:20:30:29:15:21:30:28:16 chr6 132172368 . A C 379.24 PASS AF=0.423077;AO=42;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0105094;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7539;QD=14.5861;RBI=0.0122808;REFB=-0.00461223;REVB=-0.00635375;RO=61;SAF=18;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668418;STB=0.516688;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00987969;OID=.;OPOS=132172368;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:60:42:44:0.423077:24:18:30:31:24:20:29:31 chr6 132207719 . G A 250.65 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00215606;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.596;QD=14.3227;RBI=0.00218069;REFB=-0.00601275;REVB=0.000326787;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074918;STB=0.550985;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00778535;OID=.;OPOS=132207719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:11:18:22:18:11:18:22:19 chr6 132212742 . A C 1084.74 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462182;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.27;QD=60.2634;RBI=0.0140135;REFB=0;REVB=-0.0132294;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216912;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr6 132212808 . C T 621.35 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2259;QD=60.6197;RBI=0.0319793;REFB=0;REVB=0.0244674;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021267;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr6 132271952 . G C 668.47 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.028;QD=60.7705;RBI=0.0722625;REFB=0;REVB=0.0447462;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058383;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:16:25:0:0:16:28:0:0 chr6 132271959 . T G 650.57 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0107;QD=61.959;RBI=0.0710664;REFB=0;REVB=-0.0282092;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104705;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:15:27:0:0 chr6 132271980 . T G 465.07 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.112;QD=58.1336;RBI=0.106573;REFB=0;REVB=0.055641;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00398902;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:26:32:1:13:13:0:0:13:19:0:0 chr6 132859609 . T A 3015.16 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.909;QD=63.4771;RBI=0.0535944;REFB=0;REVB=0.0361548;RO=0;SAF=99;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53202e-05;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:190:0:0:186:190:1:87:99:0:0:88:102:0:0 chr6 132909979 . G C 400.15 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00876035;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.587;QD=15.8476;RBI=0.039928;REFB=0.00146044;REVB=0.0389551;RO=57;SAF=22;SAR=22;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617599;STB=0.534638;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00181422;OID=.;OPOS=132909979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:22:22:32:25:22:22:32:25 chr6 132910612 . G A 483.27 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0149246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9721;QD=19.1394;RBI=0.0818414;REFB=-0.0326018;REVB=0.080469;RO=51;SAF=18;SAR=32;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210704;STB=0.61682;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0335625;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:32:18:30:21:32:18:30:21 chr6 133035098 . G A 1528.58 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.284;QD=63.691;RBI=0.0123064;REFB=0;REVB=0.00967507;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5694e-06;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:40:55:0:0:41:55:0:0 chr6 133052616 . C T 330.04 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00940658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.085;QD=18.3353;RBI=0.0816798;REFB=-0.00350823;REVB=-0.0811363;RO=37;SAF=23;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186611;STB=0.609072;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00272023;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:11:23:18:19:11:24:18:19 chr6 133070995 . G T 1710.21 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.852;QD=60.5384;RBI=0.0413826;REFB=0;REVB=0.0119542;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715955;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:53:59:0:0:54:59:0:0 chr6 133074663 . T C 260.86 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.026097;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1829;QD=18.9714;RBI=0.0435666;REFB=-0.0211421;REVB=-0.0348854;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146332;STB=0.581049;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0137365;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:28:28:0.509091:19:9:5:22:19:9:5:22 chr6 133118216 . A G 683.43 PASS AF=0.394089;AO=79;DP=198;FAO=80;FDP=203;FR=.;FRO=123;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.039737;FXX=0.00975562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4055;QD=13.4666;RBI=0.0474068;REFB=0.000581656;REVB=-0.0258531;RO=119;SAF=35;SAR=44;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746134;STB=0.532864;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.000562898;OID=.;OPOS=133118216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:203:119:123:79:80:0.394089:44:35:61:58:44:36:62:61 chr6 133135886 . A G 60.59 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0227623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.055;QD=6.37739;RBI=0.0289844;REFB=-0.00521505;REVB=0.0179436;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459407;STB=0.529346;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0408743;OID=.;OPOS=133135886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:5:4:14:15:5:4:14:15 chr6 133789728 . G A 258.33 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.025797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.799;QD=13.964;RBI=0.0286673;REFB=-0.00526744;REVB=-0.0125032;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093201;STB=0.54693;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0101929;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:18:12:21:22:18:12:21:23 chr6 133849966 . C T 637.86 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00135641;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.284;QD=21.807;RBI=0.0133556;REFB=-0.0114453;REVB=-0.0132865;RO=52;SAF=31;SAR=32;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655022;STB=0.512204;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.010063;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:52:54:63:63:0.538462:32:31:26:26:32:31:28:26 chr6 133850246 . AC A 154.56 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=101;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=0.0624462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8139;QD=6.06135;RBI=0.121782;REFB=0.00289128;REVB=-0.104553;RO=55;SAF=23;SAR=14;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=-0.101144;STB=0.56061;STBP=0.402;TYPE=del;VARB=0.00166906;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372549:37:101:38:102:64:24:14:46:18:99:55:23:14:39:16 chr6 133850671 . A C 35.9 PASS AF=0.106667;AO=9;DP=70;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0104268;FXX=0.0131562;HRUN=11;LEN=1;MLLD=143.501;QD=1.91467;RBI=0.021073;REFB=-0.00217041;REVB=-0.0183127;RO=61;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446339;STB=0.773534;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00932453;OID=.;OPOS=133850671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:70:75:61:67:9:8:0.106667:2:7:24:37:2:6:29:38 chr6 134210805 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.0206336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.502;QD=13.0911;RBI=0.0206369;REFB=-0.0230513;REVB=-0.000374074;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304962;STB=0.784443;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0211204;OID=.;OPOS=134210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:9:20:13:13:0.393939:7:6:8:1:7:6:19:1 chr6 134304023 . C T 1329.15 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490384;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.883;QD=61.8207;RBI=0.0497336;REFB=0;REVB=0.00828602;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317238;OID=.;OPOS=134304023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:52:33:0:0:53:33:0:0 chr6 134308786 . G A 176.25 PASS AF=0.1571;AO=54;DP=320;FAO=52;FDP=331;FR=.;FRO=279;FSAF=49;FSAR=3;FSRF=124;FSRR=155;FWDB=-0.139695;FXX=0.00600583;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1212;QD=2.12992;RBI=0.188394;REFB=-0.0301539;REVB=-0.126402;RO=263;SAF=51;SAR=3;SRF=109;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690495;STB=0.937;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.239534;OID=.;OPOS=134308786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:331:263:279:54:52:0.1571:3:51:109:154:3:49:124:155 chr6 134454784 . G T 124.77 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00486753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7055;QD=17.8237;RBI=0.0498317;REFB=-0.0153009;REVB=0.0495934;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275109;OID=.;OPOS=134454784;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:5:9:9:5:5:9 chr6 134454835 . C T 173.89 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.021878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3893;QD=21.0773;RBI=0.0692375;REFB=-0.00996621;REVB=-0.06569;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059041;STB=0.533296;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0108794;OID=.;OPOS=134454835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:12:6:6:9:12:6:6:9 chr6 134583037 . C G 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0340124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.906;QD=14.4897;RBI=0.0340139;REFB=0.0159425;REVB=-0.000325715;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785663;STB=0.545407;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0177445;OID=.;OPOS=134583037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:18:12:9:10:18:12 chr6 135263557 . C A 1437.24 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=106;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00196037;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.6;QD=55.2784;RBI=0.0164477;REFB=0.0153594;REVB=0.0163305;RO=3;SAF=66;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000410231;STB=0.506825;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000428416;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:104:3:4:100:100:0.961538:34:66:2:1:34:66:2:2 chr6 135286230 . T C 592.27 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0686384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.562;QD=56.4064;RBI=0.0893435;REFB=-0.0948864;REVB=0.057193;RO=2;SAF=25;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139327;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00215464;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:42:2:1:39:41:0.97619:14:25:1:1:16:25:1:0 chr6 135307272 . A AT 33.94 PASS AF=0.185567;AO=21;DP=100;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=18;FWDB=-0.018299;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.408;QD=1.39942;RBI=0.0245901;REFB=-0.00271897;REVB=0.0164262;RO=79;SAF=19;SAR=2;SRF=58;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362472;STB=0.506572;STBP=0.97;TYPE=ins;VARB=0.175709;OID=.;OPOS=135307273;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185567:21:100:18:97:79:14:4:61:18:33:79:19:2:58:21 chr6 135358567 . T G 436.21 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.386;QD=54.5261;RBI=0.0625371;REFB=-0.128774;REVB=0.0434101;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000984724;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:0:1:18:13:0:1 chr6 135358916 . G A 899.7 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8633;QD=58.0452;RBI=0.0233142;REFB=0;REVB=0.0180397;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027905;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:31:29:0:0:32:30:0:0 chr6 135375761 . CGT ATC,CAT 665.3 PASS AF=0.0681818,0.931818;AO=3,32;DP=46;FAO=3,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185157,-0.00857703;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=85.4353,228.149;QD=60.4819;RBI=0.0209496,0.00868656;REFB=0,0;REVB=-0.00980073,0.00137509;RO=0;SAF=3,11;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0395689,-0.00513347;OID=.,.;OPOS=135375761,135375762;OREF=CGT,G;OALT=ATC,A;OMAPALT=ATC,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:44:0:0:3,32:3,41:0.0681818,0.931818:0,21:3,11:0:0:0,23:3,18:0:0 chr6 135523774 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00685255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.603;QD=21.0649;RBI=0.00784525;REFB=-0.0140174;REVB=-0.00381976;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237824;STB=0.634211;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0148492;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:17:7:13:11:17:7:13:11 chr6 135539395 . A C 33.89 PASS AF=0.0862069;AO=6;DP=119;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.00534699;FXX=0.0333306;HRUN=8;LEN=1;MLLD=166.681;QD=1.16878;RBI=0.013061;REFB=-0.000256027;REVB=-0.0119163;RO=102;SAF=5;SAR=1;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378268;STB=0.905252;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00121327;OID=.;OPOS=135539395;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:119:116:102:106:6:10:0.0862069:1:5:44:58:1:9:47:59 chr6 136359280 . C CG 191.78 PASS AF=0.476562;AO=50;DP=130;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0270623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.97391;QD=5.99309;RBI=0.0279493;REFB=0.0149098;REVB=-0.00698522;RO=66;SAF=22;SAR=28;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477609;STB=0.553573;STBP=0.281;TYPE=ins;VARB=-0.0376507;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476562:50:130:61:128:67:28:33:24:43:99:66:22:28:26:40 chr6 136359323 . T TAGC 159.84 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=97;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0345927;FXX=0.0724533;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.665;QD=9.99016;RBI=0.0351743;REFB=-0.0347054;REVB=-0.00636992;RO=75;SAF=7;SAR=13;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046128;STB=0.577702;STBP=0.37;TYPE=ins;VARB=0.061989;OID=.;OPOS=136359324;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328125:20:97:21:64:43:7:14:19:24:99:75:7:13:26:49 chr6 136359325 . GCAGCAGCAGCAGCAGCAGAAGCAGAAACAGCAGCAGCAGCAA G 50.0 PASS AO=35;DP=135;LEN=42;RO=100;SAF=28;SAR=37;SRF=28;SRR=42;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=136359326;OREF=CAGCAGCAGCAGCAGCAGAAGCAGAAACAGCAGCAGCAGCAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:135:100:35:37:28:28:42 chr6 136359446 . A C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00286315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.573;QD=17.9559;RBI=0.0292472;REFB=-0.0358033;REVB=-0.0291068;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192307;STB=0.615255;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0303606;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:17:15:16:0.484848:6:9:12:3:6:10:14:3 chr6 136582417 . G A 77.2 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0396164;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.142;QD=4.82518;RBI=0.047934;REFB=-0.00996264;REVB=-0.0269852;RO=50;SAF=11;SAR=2;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306858;STB=0.713903;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0543349;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:64:50:51:13:13:0.203125:2:11:33:17:2:11:33:18 chr6 136582497 . G T 316.97 PASS AF=0.241026;AO=45;DP=194;FAO=47;FDP=195;FR=.;FRO=148;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=91;FSRR=57;FWDB=0.0026826;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.567;QD=6.50198;RBI=0.0114305;REFB=-0.00644264;REVB=-0.0111113;RO=141;SAF=26;SAR=19;SRF=84;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232673;STB=0.531638;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0157584;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:141:148:45:47:0.241026:19:26:84:57:20:27:91:57 chr6 136590698 . C T 33.32 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0586869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9733;QD=1.28162;RBI=0.0998643;REFB=-0.00662195;REVB=-0.0808005;RO=93;SAF=4;SAR=5;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934404;STB=0.574304;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0631971;OID=.;OPOS=136590698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:93:95:9:9:0.0865385:5:4:49:44:5:4:50:45 chr6 136597004 . A G 37.78 PASS AF=0.0794702;AO=11;DP=152;FAO=12;FDP=151;FR=.;FRO=139;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=60;FWDB=-0.00109803;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.242;QD=1.00089;RBI=0.0225705;REFB=-0.00096561;REVB=0.0225437;RO=139;SAF=7;SAR=4;SRF=78;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847192;STB=0.514101;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0278375;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:152:151:139:139:11:12:0.0794702:4:7:78:61:5:7:79:60 chr6 136597262 . T C 236.6 PASS AF=0.267717;AO=34;DP=127;FAO=34;FDP=127;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.009036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.07;QD=7.4521;RBI=0.0149717;REFB=-0.00825936;REVB=-0.0119374;RO=92;SAF=10;SAR=24;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238043;STB=0.639598;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0164079;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:92:93:34:34:0.267717:24:10:44:48:24:10:44:49 chr6 136597281 . A T 152.3 PASS AF=0.226415;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=106;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.00942052;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.852;QD=5.74734;RBI=0.0449363;REFB=-0.00384812;REVB=-0.0439378;RO=78;SAF=9;SAR=15;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1266;STB=0.579643;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0182841;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:78:82:24:24:0.226415:15:9:37:41:15:9:39:43 chr6 136597288 . A C 104.05 PASS AF=0.176471;AO=16;DP=101;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0154912;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.201;QD=4.08056;RBI=0.0299621;REFB=-0.00081617;REVB=-0.0256466;RO=82;SAF=8;SAR=8;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461066;STB=0.516465;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.018451;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:82:84:16:18:0.176471:8:8:38:44:10:8:39:45 chr6 136599393 . G C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0148455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.395;QD=16.504;RBI=0.0211592;REFB=-0.0135808;REVB=-0.0150773;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633213;STB=0.535687;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.012164;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:17:13:13:13:17:13 chr6 136599404 . T C 205.26 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0152156;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.34;QD=12.6312;RBI=0.019838;REFB=-0.0174939;REVB=-0.0127292;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113433;STB=0.565005;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0352912;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:25:15:12:13:25:15 chr6 136599822 . C G 87.99 PASS AF=0.14876;AO=18;DP=121;FAO=18;FDP=121;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.00800255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.141;QD=2.90872;RBI=0.00810124;REFB=-0.00678828;REVB=-0.00126067;RO=102;SAF=12;SAR=6;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212917;STB=0.647878;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.040289;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:121:121:102:103:18:18:0.14876:6:12:51:51:6:12:51:52 chr6 136599836 . G A 61.84 PASS AF=0.121739;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=115;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0357212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7289;QD=2.15097;RBI=0.044331;REFB=-0.00722533;REVB=-0.0262532;RO=99;SAF=9;SAR=5;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182885;STB=0.638656;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0724008;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:99:101:14:14:0.121739:5:9:49:50:5:9:49:52 chr6 136599842 . G A 54.82 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0683824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7443;QD=1.90666;RBI=0.0778019;REFB=-0.00504947;REVB=-0.0371078;RO=102;SAF=9;SAR=4;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28915;STB=0.710209;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0420194;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:115:102:102:13:13:0.113043:4:9:46:56:4:9:46:56 chr6 136664990 . AT AA,A 60.22 PASS AF=0,0.35;AO=2,16;DP=55;FAO=0,21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=0,15;FSAR=0,6;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0116163,0.0131457;FXX=0.0163908;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=13.9159,8.58494;QD=4.01448;RBI=0.0889476,0.0470098;REFB=-0.0738112,-0.104186;REVB=0.0881858,0.0451343;RO=28;SAF=1,9;SAR=1,7;SRF=22;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.301882,-0.259622;STB=0.5,0.517225;STBP=1,0.868;TYPE=snp,del;VARB=-0.00558728,0.124862;OID=.,.;OPOS=136664991,136664991;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.35:2,16:55:0,21:60:39:0,15:0,6:27:12:60:28:1,9:1,7:22:6 chr6 136681856 . T C 583.08 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.046245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3317;QD=19.1175;RBI=0.0517613;REFB=-0.0134765;REVB=-0.0232515;RO=60;SAF=28;SAR=32;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105338;STB=0.557715;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0119732;OID=.;OPOS=136681856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:60:62:60:60:0.491803:32:28:35:25:32:28:36:26 chr6 136687471 . C T 967.82 PASS AF=0.490291;AO=97;DP=204;FAO=101;FDP=206;FR=.;FRO=105;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.00485767;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3;QD=18.7926;RBI=0.0275741;REFB=5.01242e-05;REVB=-0.0271429;RO=104;SAF=53;SAR=44;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142086;STB=0.588061;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=6.79857e-05;OID=.;OPOS=136687471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:104:105:97:101:0.490291:44:53:41:63:44:57:41:64 chr6 136904783 . G A 716.02 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00452357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.348;QD=21.0594;RBI=0.0138874;REFB=-0.0277779;REVB=-0.01313;RO=65;SAF=39;SAR=31;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659688;STB=0.531723;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0280271;OID=.;OPOS=136904783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:66:70:70:0.514706:31:39:41:24:31:39:41:25 chr6 137151179 . G T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00134792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.766;QD=15.2188;RBI=0.00465908;REFB=-0.00421293;REVB=0.00445984;RO=41;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077508;STB=0.5438;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00546219;OID=.;OPOS=137151179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:15:16:18:23:15:16:18:23 chr6 137325847 . CG AT,TG 978.99 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=3,51;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0765062,0.0160403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=23.052,49.0065;QD=58.4472;RBI=0.0794806,0.0674026;REFB=0,0;REVB=-0.02154,0.0654662;RO=0;SAF=3,32;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.2152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.044063,0.00154679;OID=.,.;OPOS=137325847,137325847;OREF=CG,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:67:67:0:0:3,51:1,66:0.0149254,0.985075:0,19:3,32:0:0:0,22:1,44:0:0 chr6 138413269 . A G 1097.6 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8344;QD=60.1424;RBI=0.0280317;REFB=0;REVB=0.00546338;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193217;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:41:32:0:0 chr6 138413333 . G C 792.36 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0164222;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.833;QD=51.1201;RBI=0.0500689;REFB=-0.186723;REVB=0.0472991;RO=4;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034625;STB=0.518388;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00192994;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:62:4:4:58:58:0.935484:27:31:1:3:27:31:1:3 chr6 138539183 . A AG 51.66 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0601204;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.2115;QD=3.69015;RBI=0.096069;REFB=0.0145778;REVB=0.0749319;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622016;STB=0.506322;STBP=0.949;TYPE=ins;VARB=-0.108754;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303571:17:55:17:56:39:9:8:21:18:51:36:9:8:21:15 chr6 138539315 . A G 680.69 PASS AF=0.445783;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0113357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7804;QD=16.4022;RBI=0.0355011;REFB=0.00679671;REVB=0.0336426;RO=92;SAF=42;SAR=32;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569952;STB=0.531724;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0092282;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:92:74:74:0.445783:32:42:47:45:32:42:47:45 chr6 138539556 . T C 374.39 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0474286;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.428;QD=20.5142;RBI=0.0519478;REFB=-0.00229352;REVB=0.0211921;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022476;STB=0.51947;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00193407;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:35:38:38:0.520548:20:18:17:17:20:18:18:17 chr6 138599745 . A G 55.58 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0399717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.245;QD=3.70527;RBI=0.0413195;REFB=-0.000834386;REVB=-0.0104671;RO=49;SAF=2;SAR=9;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48178;STB=0.899201;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00307818;OID=.;OPOS=138599745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:60:60:49:50:11:10:0.166667:9:2:28:21:9:1:29:21 chr6 138753337 . C T 801.64 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.26;QD=57.26;RBI=0.0274408;REFB=0;REVB=0.0186583;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0425e-05;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:26:30:0:0 chr6 138754323 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.18;QD=63.6145;RBI=0.0283839;REFB=0;REVB=-0.0231436;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22966e-06;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr6 139013015 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0169541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.811;QD=16.4057;RBI=0.0285388;REFB=-0.0282026;REVB=-0.0229569;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137584;STB=0.577309;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0416909;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:15:22:14:17:15:22 chr6 139013188 . C T 614.42 PASS AF=0.529915;AO=55;DP=110;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00983001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.718;QD=21.0056;RBI=0.0204269;REFB=-0.0138956;REVB=0.0179061;RO=55;SAF=36;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170779;STB=0.567302;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00994408;OID=.;OPOS=139013188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:117:55:55:55:62:0.529915:19:36:26:29:24:38:26:29 chr6 139013227 . TC T 145.02 PASS AF=0.383721;AO=31;DP=90;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0445589;FXX=0.0444395;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2128;QD=6.74493;RBI=0.117578;REFB=0.0233995;REVB=0.108807;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=-0.00417945;STB=0.533878;STBP=0.657;TYPE=del;VARB=-0.0275294;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383721:31:90:33:86:53:18:15:26:27:99:50:16:15:26:24 chr6 139013263 . A C 166.94 PASS AF=0.37931;AO=20;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00340886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.333;QD=11.5132;RBI=0.00388526;REFB=-0.0101535;REVB=-0.00186411;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122742;STB=0.541364;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0191583;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:36:36:20:22:0.37931:10:10:22:14:10:12:22:14 chr6 139013283 . T TC 77.63 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0318299;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5195;QD=6.75002;RBI=0.0614626;REFB=-0.00956699;REVB=-0.0525786;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111293;STB=0.51019;STBP=0.933;TYPE=ins;VARB=0.0175222;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087:15:50:15:46:31:8:7:17:14:77:35:8:7:19:16 chr6 139017780 . G A 476.49 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.00581864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4264;QD=15.2475;RBI=0.00601771;REFB=0.0151153;REVB=0.00153502;RO=71;SAF=28;SAR=25;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15344;STB=0.580655;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0199991;OID=.;OPOS=139017780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:72:53:53:0.424:25:28:48:23:25:28:48:24 chr6 139017815 . A G 1446.16 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0530091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.751;QD=56.1615;RBI=0.094383;REFB=-0.0397217;REVB=-0.0780909;RO=3;SAF=57;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544907;STB=0.502874;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00193834;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:100:100:0.970874:43:57:2:1:43:57:2:1 chr6 139017832 . C T 555.2 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0673168;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9251;QD=24.6756;RBI=0.0683789;REFB=-0.0409658;REVB=-0.012005;RO=37;SAF=26;SAR=25;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386726;STB=0.5098;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0278439;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:37:39:51:51:0.566667:25:26:17:20:25:26:19:20 chr6 139094638 . A G 402.93 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200099;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.1849;QD=55.5759;RBI=0.128322;REFB=0;REVB=0.126752;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0137511;OID=.;OPOS=139094638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:23:29:1:4:19:0:0:6:23:0:0 chr6 139197609 . G A 75.59 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00971635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.276;QD=11.6286;RBI=0.0585245;REFB=0.0494435;REVB=-0.0577123;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397865;STB=0.523762;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.061291;OID=.;OPOS=139197609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:7:9:6:4:7:9 chr6 139266401 . C T 229.67 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0608596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1785;QD=9.09594;RBI=0.0614147;REFB=-0.014762;REVB=-0.0082383;RO=70;SAF=20;SAR=10;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15467;STB=0.587353;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0273279;OID=.;OPOS=139266401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:71:30:30:0.29703:10:20:38:32:10:20:39:32 chr6 139609755 . T C 177.76 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00293739;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3913;QD=14.2211;RBI=0.0195498;REFB=-0.0235408;REVB=0.0193278;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701609;STB=0.553137;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.054976;OID=.;OPOS=139609755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:13:7:12:17:13:7:13:17 chr6 141004964 . G GT,GTC,T 2205.16 PASS AF=0.767296,0.132075,0.100629;AO=106,23,27;DP=183;FAO=122,21,16;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=42,20,9;FSAR=80,1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605544,0.0229113,-0.0870538;FXX=0.0421661;HRUN=0,0,2;LEN=1,2,1;MLLD=27.4912,11.4483,11.8154;QD=55.4757;RBI=0.0675846,0.0705336,0.0918452;REFB=0,0,0;REVB=0.0300142,0.0667087,0.0292776;RO=22;SAF=26,23,20;SAR=80,0,7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.172201,0.82745,0.0597796;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0128553,0.0587743,0.0410535;OID=.,.,.;OPOS=141004965,141004965,141004964;OREF=-,-,G;OALT=T,TC,T;OMAPALT=GT,GTC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:183:159:22:0:106,23,27:122,21,16:0.767296,0.132075,0.100629:80,0,7:26,23,20:15:7:80,1,7:42,20,9:0:0 chr6 141807392 . G A 571.22 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00775386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.955;QD=17.5759;RBI=0.00876119;REFB=-0.0130251;REVB=0.00407873;RO=70;SAF=33;SAR=27;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699302;STB=0.503887;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0148195;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:60:60:0.461538:27:33:39:31:27:33:39:31 chr6 142718801 . G A 1537.1 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.015274;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.999;QD=62.7387;RBI=0.0166093;REFB=-0.0119722;REVB=-0.00652477;RO=1;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977841;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-9.5129e-06;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:97:97:0.989796:49:48:1:0:49:48:1:0 chr6 142758631 . A G 1250.97 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3854;QD=61.0228;RBI=0.0338163;REFB=0;REVB=-0.0284752;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326385;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:44:38:0:0 chr6 143074700 . T C 531.32 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0142502;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4138;QD=20.0499;RBI=0.019568;REFB=-0.0138071;REVB=0.0134104;RO=51;SAF=28;SAR=27;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000622616;STB=0.500343;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0085084;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:51:51:55:55:0.518868:27:28:26:25:27:28:26:25 chr6 143081035 . A G 473.13 PASS AF=0.463636;AO=47;DP=108;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0163989;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.37;QD=17.2045;RBI=0.0183488;REFB=-0.031673;REVB=-0.00823117;RO=59;SAF=15;SAR=32;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262159;STB=0.610248;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0314234;OID=.;OPOS=143081035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:59:59:47:51:0.463636:32:15:34:25:32:19:34:25 chr6 143090734 . T C 464.11 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0115354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.594;QD=22.1005;RBI=0.0115471;REFB=-0.00278597;REVB=0.000520797;RO=39;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118171;STB=0.565188;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00199633;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:18:27:18:21:18:27:18:21 chr6 143091263 . A G 843.77 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.592;QD=57.205;RBI=0.0384104;REFB=0;REVB=0.0368538;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91797e-05;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:24:32:0:0:26:33:0:0 chr6 143091769 . G A 332.68 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0394594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6737;QD=26.6141;RBI=0.061592;REFB=-0.0072168;REVB=-0.047292;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384707;STB=0.531834;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00486304;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:16:13:10:10:16:13:11:10 chr6 143745915 . A G 1539.39 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0545853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8111;QD=61.5756;RBI=0.0749954;REFB=-0.0679863;REVB=0.0514271;RO=1;SAF=42;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011159;STB=0.501457;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00312165;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:56:42:1:0:56:42:1:1 chr6 143792675 . T C 71.97 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0353836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7748;QD=8.22564;RBI=0.0450981;REFB=-0.00179825;REVB=-0.0279615;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069353;STB=0.542772;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00167716;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:11:14:5:5:11:14 chr6 143816859 . C T 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00171263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.693;QD=17.1585;RBI=0.00178802;REFB=0.00855698;REVB=0.000513706;RO=44;SAF=23;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989249;STB=0.555525;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00828027;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:14:23:23:21:14:23:23:21 chr6 144537771 . T C 1301.96 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00338259;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.266;QD=58.5151;RBI=0.00392415;REFB=-0.147176;REVB=-0.00198923;RO=1;SAF=22;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746145;STB=0.511625;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00091671;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:88:89:1:3:85:86:0.966292:63:22:0:1:63:23:0:3 chr6 144758799 . A G 243.63 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.057707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3374;QD=18.7404;RBI=0.0577419;REFB=0.000349588;REVB=-0.0020092;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694935;STB=0.538893;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00103318;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:16:10:12:14:16:10 chr6 144904655 . G A 965.25 PASS AF=0.52514;AO=94;DP=179;FAO=94;FDP=179;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00416947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.419;QD=21.5698;RBI=0.0275971;REFB=-0.00278925;REVB=0.0272804;RO=83;SAF=46;SAR=48;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063752;STB=0.503329;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00273454;OID=.;OPOS=144904655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:83:85:94:94:0.52514:48:46:40:43:48:46:41:44 chr6 145051594 . G A 210.42 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=41;FWDB=0.0397457;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.436;QD=11.6898;RBI=0.0400733;REFB=-0.00795032;REVB=-0.00511353;RO=45;SAF=6;SAR=20;SRF=5;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213746;STB=0.624494;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0100965;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:45:46:26:26:0.361111:20:6:5:40:20:6:5:41 chr6 145822992 . A G 1496.94 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0995978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.102;QD=56.4883;RBI=0.102042;REFB=-0.14696;REVB=0.0221999;RO=2;SAF=58;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231659;STB=0.50298;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00327783;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:3:103:103:0.971698:45:58:1:1:45:58:2:1 chr6 145823642 . G A 1157.41 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.9;QD=59.3542;RBI=0.0282049;REFB=-0.0335323;REVB=0.0201912;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000606781;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:37:40:1:0:37:40:1:0 chr6 146125793 . A T 131.27 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0100112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4672;QD=14.1917;RBI=0.0652117;REFB=-0.000350878;REVB=0.0644386;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23825;STB=0.638118;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00248139;OID=.;OPOS=146125793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:14:8:9:6:14:8 chr6 146126419 . C T 191.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0171758;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.295;QD=21.226;RBI=0.0206128;REFB=-0.00134005;REVB=-0.0113965;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214157;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100696;OID=.;OPOS=146126419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:17:19:19:0.527778:9:10:8:8:9:10:9:8 chr6 146207563 . A G 231.75 PASS AF=0.464286;AO=23;DP=53;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0589134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.257;QD=16.5535;RBI=0.0622569;REFB=-0.0406151;REVB=0.0201278;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15706;STB=0.610531;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0571021;OID=.;OPOS=146207563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:30:30:23:26:0.464286:8:15:15:15:8:18:15:15 chr6 146234644 . G A 353.64 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0106332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4625;QD=18.6128;RBI=0.0588612;REFB=-0.00208902;REVB=-0.0578928;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123592;STB=0.568928;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00138063;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:15:22:18:21:15:22:18:21 chr6 146661624 . T C 416.36 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00805334;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2751;QD=22.2056;RBI=0.0574139;REFB=-0.0176612;REVB=0.0568463;RO=33;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722333;STB=0.503266;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.013328;OID=.;OPOS=146661624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:34:41:41:0.546667:22:19:15:18:22:19:16:18 chr6 146755139 . AG A,AA,AC 869.43 PASS AF=0,0.936508,0.0634921;AO=7,51,5;DP=63;FAO=0,59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,1;FSAR=0,30,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440066,0.0252061,-0.0244678;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=49.5984,61.8622,39.8783;QD=55.2021;RBI=0.0214334,0.0322828,0.0367688;REFB=0,0,0;REVB=0.0209768,0.02017,0.0274458;RO=0;SAF=3,25,2;SAR=4,26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.94283e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0141455,0.00665931,0.0319691;OID=.,.,.;OPOS=146755140,146755140,146755140;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=A,AA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.936508,0.0634921:7,51,5:63:0,59,4:63:0:0,29,1:0,30,3:0:0:11:0:3,25,2:4,26,3:0:0 chr6 146755324 . T C 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.084;QD=63.8593;RBI=0.015365;REFB=0;REVB=0.015196;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26651e-05;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr6 146755515 . T G 763.72 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.468;QD=56.5719;RBI=0.0299674;REFB=0;REVB=0.0133223;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76558e-05;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:49:54:1:34:15:0:0:35:19:0:0 chr6 146755560 . T G 180.29 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0442813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4946;QD=13.8686;RBI=0.0554354;REFB=-0.0226516;REVB=-0.0333504;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786929;STB=0.534038;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.039487;OID=.;OPOS=146755560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:11:10:12:18:11:10:13:18 chr6 146755842 . C A 2211.17 PASS AF=0.967949;AO=134;DP=157;FAO=151;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0602931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.598;QD=56.6968;RBI=0.0611173;REFB=-0.150775;REVB=0.010003;RO=6;SAF=68;SAR=66;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277203;STB=0.512985;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000766689;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:157:156:6:4:134:151:0.967949:66:68:1:5:75:76:0:4 chr6 147054330 . A C 239.05 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0482479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.74;QD=8.61438;RBI=0.050577;REFB=-0.00687464;REVB=-0.0151717;RO=77;SAF=19;SAR=14;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830672;STB=0.544626;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0145405;OID=.;OPOS=147054330;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:78:33:33:0.297297:14:19:39:38:14:19:40:38 chr6 147067093 . C T 806.4 PASS AF=0.522581;AO=81;DP=155;FAO=81;FDP=155;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0604773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4866;QD=20.8102;RBI=0.0656671;REFB=0.00989151;REVB=-0.0255865;RO=74;SAF=42;SAR=39;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161288;STB=0.508845;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0114333;OID=.;OPOS=147067093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:74:74:81:81:0.522581:39:42:37:37:39:42:37:37 chr6 147106841 . A G 346.25 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0473666;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7235;QD=16.6869;RBI=0.0477573;REFB=-0.0139695;REVB=-0.00609641;RO=44;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370003;STB=0.520751;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0230881;OID=.;OPOS=147106841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:46:37:37:0.445783:15:22:26:18:15:22:29:17 chr6 147136212 . A T 2194.14 PASS AF=0.980263;AO=148;DP=152;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0282812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.878;QD=57.7406;RBI=0.0291101;REFB=-0.0910996;REVB=0.00689725;RO=3;SAF=56;SAR=92;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115391;STB=0.513042;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000270504;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:152:152:3:3:148:149:0.980263:92:56:2:1:93:56:3:0 chr6 147136244 . A G 1661.62 PASS AF=0.959016;AO=113;DP=122;FAO=117;FDP=122;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=82;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0805506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6417;QD=54.4793;RBI=0.0814838;REFB=-0.171695;REVB=-0.0122961;RO=9;SAF=31;SAR=82;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102317;STB=0.524;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0136755;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:122:122:9:5:113:117:0.959016:82:31:8:1:82:35:4:1 chr6 147830073 . C T 1067.13 PASS AF=0.379205;AO=124;DP=328;FAO=124;FDP=327;FR=.;FRO=203;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=90;FSRR=113;FWDB=0.0251007;FXX=0.00304869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.536;QD=13.0536;RBI=0.0312535;REFB=-0.0123521;REVB=-0.0186208;RO=200;SAF=64;SAR=60;SRF=87;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888718;STB=0.545089;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0221457;OID=.;OPOS=147830073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:327:200:203:124:124:0.379205:60:64:87:113:60:64:90:113 chr6 147886107 . C G 607.93 PASS AF=0.433121;AO=67;DP=158;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0041788;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3806;QD=15.4886;RBI=0.00477131;REFB=-0.04636;REVB=-0.00230282;RO=88;SAF=38;SAR=29;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572247;STB=0.532515;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0585953;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:88:89:67:68:0.433121:29:38:45:43:29:39:46:43 chr6 149068610 . G C 31.88 PASS AF=0.101124;AO=8;DP=88;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=22;FWDB=-0.0504754;FXX=0.0531858;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8286;QD=1.43291;RBI=0.0801695;REFB=-0.00130194;REVB=-0.0622847;RO=78;SAF=1;SAR=7;SRF=58;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627845;STB=0.878042;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0171295;OID=.;OPOS=149068610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:89:78:80:8:9:0.101124:7:1:58:20:7:2:58:22 chr6 149068636 . GCCCCT GCCCT,GCCCTG,GGCCCT 71.65 PASS AF=0.133333,0.114286,0;AO=17,12,4;DP=105;FAO=14,12,0;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=10,0,0;FSAR=4,12,0;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0497595,-0.0408019,-0.0454067;FXX=0.0186898;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=9.64975,119.383,22.3087;QD=2.72967;RBI=0.0553771,0.0469441,0.0662203;REFB=-0.125099,-0.00890263,-0.0762417;REVB=0.0243025,-0.0232154,0.0482012;RO=58;SAF=8,0,4;SAR=9,12,0;SRF=42;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.316242,-0.789999,0.426745;STB=0.590143,0.999231,0.5;STBP=0.499,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.165272,0.282548,0.131155;OID=.,.,.;OPOS=149068637,149068640,149068637;OREF=C,CT,C;OALT=-,TG,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTG,GGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333,0.114286,0:17,12,4:105:14,12,0:105:79:10,0,0:4,12,0:49:30:26:58:8,0,4:9,12,0:42:16 chr6 149700491 . G A 175.78 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0449229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1117;QD=11.9175;RBI=0.0450341;REFB=-0.00179369;REVB=0.00316218;RO=36;SAF=18;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421911;STB=0.741692;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00380077;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:37:22:22:0.372881:4:18:17:19:4:18:18:19 chr6 149721690 . G A 575.55 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2463;QD=60.5846;RBI=0.0397036;REFB=0;REVB=0.0122661;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221714;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 149721965 . T C 919.78 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2168;QD=58.3987;RBI=0.0610166;REFB=0;REVB=0.0529115;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213093;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr6 149722040 . A G 542.52 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2837;QD=58.6502;RBI=0.0290541;REFB=0;REVB=-0.0285218;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261601;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr6 149730846 . G A 515.62 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00107452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3796;QD=20.0241;RBI=0.007922;REFB=-0.021723;REVB=-0.00784879;RO=50;SAF=35;SAR=17;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903723;STB=0.542296;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.019874;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:52:53:0.514563:17:35:29:21:18:35:29:21 chr6 149953981 . C T 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0155997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.409;QD=16.3816;RBI=0.0175155;REFB=-0.00794648;REVB=-0.00796505;RO=46;SAF=11;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235299;STB=0.639266;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0106302;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:47:37:37:0.440476:26:11:24:22:26:11:25:22 chr6 149983216 . G A 133.55 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=63;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0121716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8391;QD=8.34713;RBI=0.0523674;REFB=0.00366066;REVB=-0.0509333;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222304;STB=0.645851;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00969636;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:45:45:18:19:0.296875:7:11:19:26:7:12:19:26 chr6 150004779 . A G 417.8 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00911609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.671;QD=22.584;RBI=0.0174093;REFB=-0.0216724;REVB=-0.0148318;RO=33;SAF=26;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755297;STB=0.541646;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0206371;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:15:26:18:15:15:26:18:15 chr6 150067675 . A G 408.34 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0138074;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.667;QD=23.0053;RBI=0.0143622;REFB=-0.0297239;REVB=0.00395341;RO=31;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246293;STB=0.513545;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0243211;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:31:31:40:40:0.56338:22:18:13:18:22:18:13:18 chr6 150093678 . C T 131.82 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00794426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.847;QD=14.6468;RBI=0.0115053;REFB=-0.00280169;REVB=-0.00832233;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00353958;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:6:8:12:9:7:8:12:9 chr6 150093682 . C T 130.96 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0750731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8219;QD=14.5511;RBI=0.127593;REFB=-0.039201;REVB=-0.103169;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13069;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0369498;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:14:15:0.416667:7:7:12:7:7:8:12:9 chr6 150114745 . G A 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0134851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.63;QD=15.2289;RBI=0.0157626;REFB=-0.00261036;REVB=-0.00816156;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100654;STB=0.557975;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00274271;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:16:12:10:9:16:12 chr6 150209717 . C G 159.99 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00277717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9594;QD=9.14235;RBI=0.0139707;REFB=-0.00954474;REVB=-0.0136919;RO=46;SAF=11;SAR=11;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125343;STB=0.557092;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0197891;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:46:48:22:22:0.314286:11:11:28:18:11:11:28:20 chr6 150210681 . G A 491.62 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0224042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.578;QD=15.8586;RBI=0.0250092;REFB=0.00465763;REVB=0.0111135;RO=69;SAF=33;SAR=21;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920126;STB=0.547952;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00813195;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:70:54:54:0.435484:21:33:36:33:21:33:37:33 chr6 150210685 . C T 502.81 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0149266;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.378;QD=16.9011;RBI=0.0153623;REFB=-0.0220969;REVB=0.00363293;RO=64;SAF=34;SAR=20;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995318;STB=0.551929;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0283516;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:119:64:65:54:54:0.453782:20:34:34:30:20:34:35:30 chr6 150210723 . C T 418.99 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00952455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.682;QD=15.6633;RBI=0.0361155;REFB=-0.00144765;REVB=-0.034837;RO=60;SAF=29;SAR=18;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136272;STB=0.576438;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00169956;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:18:29:29:31:18:29:29:31 chr6 150211100 . T C 483.95 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0289925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2711;QD=16.2674;RBI=0.0318743;REFB=-0.0193498;REVB=0.0132442;RO=66;SAF=30;SAR=23;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876778;STB=0.548854;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00818187;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:23:30:43:23:23:30:43:23 chr6 150211123 . A T 548.22 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0104077;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.468;QD=17.4038;RBI=0.0114898;REFB=-0.012736;REVB=-0.00486784;RO=66;SAF=35;SAR=23;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125098;STB=0.508544;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0118167;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:66:68:58:58:0.460317:23:35:39:27:23:35:40:28 chr6 150267527 . A C 805.67 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0360702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5855;QD=51.1533;RBI=0.0377956;REFB=-0.0583613;REVB=0.0112892;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336704;STB=0.534471;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0248814;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:2:4:59:59:0.936508:27:32:0:2:27:32:0:4 chr6 150342232 . G A 1173.41 PASS AF=0.5625;AO=108;DP=192;FAO=108;FDP=192;FR=.;FRO=84;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0354766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9377;QD=24.4461;RBI=0.0355359;REFB=-0.0120284;REVB=-0.00205272;RO=83;SAF=60;SAR=48;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380905;STB=0.517644;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0102941;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:83:84:108:108:0.5625:48:60:50:33:48:60:50:34 chr6 150346532 . T C 349.93 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0266847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.152;QD=24.9949;RBI=0.0343078;REFB=-0.0574274;REVB=-0.0215629;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034139;STB=0.527029;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0332236;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:21:28:28:0.5:17:11:7:13:17:11:7:14 chr6 150385730 . T G 217.52 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0120445;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.482;QD=10.8758;RBI=0.0416921;REFB=-0.00301197;REVB=0.0399144;RO=48;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12403;STB=0.593886;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00491723;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:53:27:27:0.3375:10:17:25:23:10:17:26:27 chr6 150690196 . C T 370.88 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0152724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.708;QD=13.2459;RBI=0.015794;REFB=0.00694513;REVB=-0.00402563;RO=66;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00805045;STB=0.504066;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0105466;OID=.;OPOS=150690196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:66:68:44:44:0.392857:23:21:31:35:23:21:32:36 chr6 150716533 . T A 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00465731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273;QD=14.0472;RBI=0.0205861;REFB=0.00352891;REVB=0.0200523;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303108;STB=0.675862;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00333417;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:6:12:11:18:6:12:11:18 chr6 150716696 . TG CA,CG 678.03 PASS AF=0.311111,0.688889;AO=14,30;DP=45;FAO=14,31;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10,14;FSAR=4,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504705,0.0017218;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.458,156.59;QD=60.2695;RBI=0.0399307,0.0329509;REFB=0,0;REVB=0.0396105,0.0329059;RO=0;SAF=10,14;SAR=4,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63386e-08,5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0146479,-0.00581159;OID=.,.;OPOS=150716696,150716696;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:45:0:0:14,30:14,31:0.311111,0.688889:4,16:10,14:0:0:4,17:10,14:0:0 chr6 150717640 . T C 468.54 PASS AF=0.37013;AO=56;DP=152;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=0.0138548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.313;QD=12.1699;RBI=0.0171515;REFB=-0.00070491;REVB=-0.0101103;RO=96;SAF=22;SAR=34;SRF=61;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264923;STB=0.645472;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000752064;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:96:97:56:57:0.37013:34:22:61:35:34:23:62:35 chr6 150722187 . TG CA,CG 1895.54 PASS AF=0.412214,0.580153;AO=53,74;DP=132;FAO=54,76;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=28,39;FSAR=26,37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0475766,0.0427018;FXX=0.00757518;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=152.986,133.546;QD=57.8791;RBI=0.050652,0.0525571;REFB=-0.0757175,-0.103486;REVB=0.017381,0.03064;RO=2;SAF=27,39;SAR=26,35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.000646073,0.00134881;STB=0.508769,0.506327;STBP=0.519,0.487;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0187071,0.00576832;OID=.,.;OPOS=150722187,150722187;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:132:131:2:1:53,74:54,76:0.412214,0.580153:26,35:27,39:1:1:26,37:28,39:1:0 chr6 151121915 . G A 1152.93 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.528;QD=60.6805;RBI=0.0226392;REFB=0;REVB=0.0224656;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99366e-05;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:46:30:0:0 chr6 151152059 . G A 351.05 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0538686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4475;QD=18.0023;RBI=0.0538902;REFB=0.0498175;REVB=-0.00152266;RO=41;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101838;STB=0.556931;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0542388;OID=.;OPOS=151152059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:22:15:21:20:22:15:21:20 chr6 151152656 . T C 400.55 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00248788;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.798;QD=20.8078;RBI=0.00579251;REFB=-0.00906252;REVB=-0.00523103;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115922;STB=0.505527;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00733264;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:38:37:40:40:0.519481:19:21:20:18:19:21:19:18 chr6 151161018 . A G 568.97 PASS AF=0.6375;AO=47;DP=76;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0227575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.643;QD=28.4487;RBI=0.0432187;REFB=-0.0491022;REVB=0.0367417;RO=28;SAF=32;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567174;STB=0.540822;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0184084;OID=.;OPOS=151161018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:28:29:47:51:0.6375:15:32:17:11:16:35:17:12 chr6 151164764 . C T 342.75 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0116274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.757;QD=12.0264;RBI=0.0150434;REFB=-0.0104863;REVB=-0.009545;RO=70;SAF=18;SAR=24;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231663;STB=0.638757;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0214131;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:70:72:42:42:0.368421:24:18:45:25:24:18:47:25 chr6 151336739 . C G 1956.35 PASS AF=0.963235;AO=129;DP=134;FAO=131;FDP=136;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.01795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9805;QD=57.5396;RBI=0.0297948;REFB=-0.0312032;REVB=-0.0237808;RO=2;SAF=76;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175925;STB=0.500175;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00328969;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:134:136:2:5:129:131:0.963235:53:76:0:2:53:78:3:2 chr6 151669875 . A G 220.89 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00587242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.418;QD=18.0321;RBI=0.0778486;REFB=-0.0010495;REVB=-0.0776268;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139823;STB=0.616329;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00111392;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:24:27:22:22:0.44898:7:15:13:11:7:15:13:14 chr6 151670172 . A C 154.06 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0623547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9421;QD=14.3308;RBI=0.0673286;REFB=0.0246501;REVB=-0.0253974;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234575;STB=0.636202;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0385718;OID=.;OPOS=151670172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:15:11:11:6:15:11 chr6 151670897 . T C 469.87 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00896088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.626;QD=15.794;RBI=0.010689;REFB=-0.0206226;REVB=0.00582725;RO=67;SAF=31;SAR=21;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105643;STB=0.559177;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0303116;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:21:31:33:34:21:31:33:34 chr6 151674116 . T TGAG 83.88 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00649342;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.542;QD=9.32042;RBI=0.00949997;REFB=-0.00655466;REVB=0.00693434;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730335;STB=0.583179;STBP=0.532;TYPE=ins;VARB=0.00966558;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:10:37:11:36:25:7:4:13:12:83:26:6:4:14:12 chr6 151674326 . A C 151.39 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0359491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3687;QD=12.8841;RBI=0.0544557;REFB=-0.0418087;REVB=0.0409034;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610216;STB=0.507763;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0762764;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:30:17:17:0.361702:10:7:10:18:10:7:12:18 chr6 151766552 . G A 968.11 PASS AF=0.463964;AO=100;DP=221;FAO=103;FDP=222;FR=.;FRO=119;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.0118744;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.033;QD=17.4435;RBI=0.0118755;REFB=-0.00107635;REVB=-0.000165465;RO=117;SAF=51;SAR=49;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274921;STB=0.503458;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00130082;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:117:119:100:103:0.463964:49:51:60:57:50:53:62:57 chr6 151789912 . C T 105.16 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0570711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6338;QD=32.3578;RBI=0.0573152;REFB=-0.0964271;REVB=0.00528382;RO=2;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399473;STB=0.522347;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.014786;OID=.;OPOS=151789912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:4:7:1:1:4:7:1:1 chr6 151859314 . A G 598.05 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068612;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.072;QD=61.3386;RBI=0.0744703;REFB=0;REVB=0.0289521;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202897;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr6 151894505 . T C 1171.55 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.281;QD=60.8597;RBI=0.0687982;REFB=0;REVB=-0.0686688;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000562926;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr6 151936677 . G A 281.51 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0157769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3598;QD=12.2397;RBI=0.0297436;REFB=-0.00281021;REVB=-0.0252146;RO=59;SAF=20;SAR=13;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1106;STB=0.563719;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0031605;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:13:20:30:29:13:20:30:29 chr6 151939181 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0180617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.204;QD=16.1152;RBI=0.0311148;REFB=-0.00807056;REVB=-0.0253359;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394532;STB=0.522369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0177415;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:12:17:15:9:12:17 chr6 152129077 . T C 1289.97 PASS AF=0.516529;AO=123;DP=246;FAO=125;FDP=242;FR=.;FRO=117;FSAF=80;FSAR=45;FSRF=71;FSRR=46;FWDB=-0.00599275;FXX=0.0162595;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.241;QD=21.3218;RBI=0.0161304;REFB=-0.0100959;REVB=-0.0149758;RO=114;SAF=80;SAR=43;SRF=71;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264283;STB=0.517226;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00819981;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:242:114:117:123:125:0.516529:43:80:71:43:45:80:71:46 chr6 152130272 . A T 278.44 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00177397;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0126;QD=18.5627;RBI=0.0127696;REFB=-0.0161002;REVB=0.0126458;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203693;STB=0.601746;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0270179;OID=.;OPOS=152130272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:30:30:30:0.5:14:16:22:7:14:16:22:8 chr6 152201875 . T C 1430.64 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140108;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.195;QD=62.2016;RBI=0.0143917;REFB=0;REVB=0.00328882;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907411;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:50:40:0:0:50:42:0:0 chr6 152420095 . G A 882.9 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.92;QD=57.8949;RBI=0.0379578;REFB=0;REVB=0.034738;RO=0;SAF=44;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40729e-05;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:16:44:0:0:17:44:0:0 chr6 152422335 . C T 1970.05 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.517;QD=62.0487;RBI=0.0453248;REFB=0;REVB=0.0450523;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82651e-05;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:58:69:0:0:58:69:0:0 chr6 152464839 . A G 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.12;QD=61.0468;RBI=0.0211739;REFB=0;REVB=-0.0206352;RO=0;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33196e-05;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:26:52:0:0:26:52:0:0 chr6 152489294 . T C 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00339889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.985;QD=22.1877;RBI=0.0571339;REFB=-0.008943;REVB=0.0570327;RO=21;SAF=18;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177586;STB=0.615282;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00946021;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:6:18:12:9:6:18:12:10 chr6 152534768 . C T 385.29 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.0225044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.51;QD=12.6323;RBI=0.0369533;REFB=-0.0101139;REVB=-0.0293103;RO=71;SAF=24;SAR=22;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167798;STB=0.57725;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0186887;OID=.;OPOS=152534768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:76:46:46:0.377049:22:24:48:23:22:24:49:27 chr6 152540278 . A C 1841.1 PASS AF=0.926471;AO=126;DP=136;FAO=126;FDP=136;FR=.;FRO=10;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00599319;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.441;QD=54.1499;RBI=0.00817245;REFB=-0.0560693;REVB=-0.00555612;RO=10;SAF=61;SAR=65;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016151;STB=0.508523;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000361496;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:136:136:10:10:126:126:0.926471:65:61:6:4:65:61:6:4 chr6 152647681 . A T 1506.27 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2818;QD=57.3819;RBI=0.0247302;REFB=0.00696606;REVB=-0.0219621;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886831;STB=0.500278;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000411552;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:105:1:2:102:103:0.980952:49:53:1:0:50:53:1:1 chr6 152650903 . G A 601.24 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0681947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.282;QD=58.6572;RBI=0.0685019;REFB=-0.00728619;REVB=0.00647994;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000174317;OID=.;OPOS=152650903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:18:22:0:0:18:22:1:0 chr6 152651648 . C A 205.63 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0100299;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.648;QD=14.6881;RBI=0.0119627;REFB=-0.0145886;REVB=0.00651969;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097989;STB=0.553527;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0115034;OID=.;OPOS=152651648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:32:24:24:0.428571:12:12:18:12:12:12:19:13 chr6 152652034 . A T 1804.32 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.179;QD=60.1438;RBI=0.0219846;REFB=-0.0330043;REVB=-0.000346525;RO=1;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673779;STB=0.503546;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000154315;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:70:49:0:1:70:49:0:1 chr6 152652599 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.774;QD=63.7517;RBI=0.0331969;REFB=0;REVB=0.0309186;RO=0;SAF=65;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73694e-05;OID=.;OPOS=152652599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:31:65:0:0:31:65:0:0 chr6 152658141 . CT AC 508.69 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0191761;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.343;QD=54.9939;RBI=0.0237011;REFB=-0.0626903;REVB=0.0139291;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144371;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=mnp;VARB=0.00119674;OID=.;OPOS=152658141;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:1:1:18:17:1:1 chr6 152665261 . C A 1611.29 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253529;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.462;QD=60.235;RBI=0.00376288;REFB=0;REVB=-0.00278057;RO=0;SAF=70;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4714e-05;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:37:70:0:0:37:70:0:0 chr6 152671865 . T G 768.77 PASS AF=0.496894;AO=79;DP=158;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.0128224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.294;QD=19.0999;RBI=0.0241558;REFB=-0.0179464;REVB=0.0204717;RO=79;SAF=30;SAR=49;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245752;STB=0.509149;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0156507;OID=.;OPOS=152671865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:79:81:79:80:0.496894:49:30:28:51:50:30:29:52 chr6 152675854 . A G 3158.94 PASS AF=1;AO=199;DP=202;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962412;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.867;QD=61.3387;RBI=0.0255074;REFB=0;REVB=0.0236221;RO=0;SAF=108;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30666e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91054e-05;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:202:206:0:0:199:206:1:91:108:0:0:95:111:0:0 chr6 152683413 . G T 1396.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.61;QD=62.7512;RBI=0.0122992;REFB=0;REVB=-0.00996049;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39089e-06;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr6 152694184 . T C 1009.41 PASS AF=0.50495;AO=102;DP=202;FAO=102;FDP=202;FR=.;FRO=100;FSAF=71;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=0.00666166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.893;QD=19.9882;RBI=0.068297;REFB=-0.00266518;REVB=0.0679713;RO=99;SAF=71;SAR=31;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815709;STB=0.548434;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00275234;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:99:100:102:102:0.50495:31:71:61:38:31:71:61:39 chr6 152708310 . G A 1200.65 PASS AF=0.487705;AO=118;DP=245;FAO=119;FDP=244;FR=.;FRO=125;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.0147745;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3273;QD=19.6828;RBI=0.0170341;REFB=-4.40468e-05;REVB=0.00847792;RO=125;SAF=74;SAR=44;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657622;STB=0.533136;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-2.47325e-05;OID=.;OPOS=152708310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:125:125:118:119:0.487705:44:74:70:55:45:74:70:55 chr6 153296541 . G C 856.78 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021065;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2531;QD=56.1824;RBI=0.0211776;REFB=-0.117468;REVB=0.0021811;RO=1;SAF=37;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125858;STB=0.506664;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000833792;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:23:37:1:0:23:37:1:0 chr6 153315921 . G A 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0469;QD=59.0091;RBI=0.0651138;REFB=0;REVB=0.0233093;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403766;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr6 153323594 . C T 2666.76 PASS AF=0.967033;AO=171;DP=181;FAO=176;FDP=182;FR=.;FRO=6;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0110514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0688;QD=58.6101;RBI=0.0135036;REFB=-0.0233781;REVB=-0.00775964;RO=6;SAF=88;SAR=83;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981183;STB=0.504757;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00024225;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:181:182:6:6:171:176:0.967033:83:88:4:2:84:92:4:2 chr6 153323709 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8013;QD=51.9126;RBI=0.0811594;REFB=0;REVB=-0.023419;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000856876;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr6 153365100 . A C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.019;QD=62.3142;RBI=0.0183121;REFB=0;REVB=0.0146411;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39346e-05;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr6 154360797 . A G 848.65 PASS AF=0.488764;AO=86;DP=176;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.000289507;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.544;QD=19.0708;RBI=0.0247868;REFB=-0.00383299;REVB=-0.0247851;RO=90;SAF=47;SAR=39;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00847065;STB=0.510414;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00428169;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:90:91:86:87:0.488764:39:47:50:40:40:47:51:40 chr6 154414446 . A T 3016.41 PASS AF=0.984615;AO=191;DP=197;FAO=192;FDP=195;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0288815;FXX=0.0151508;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.516;QD=61.8751;RBI=0.094294;REFB=-0.0436189;REVB=-0.089762;RO=3;SAF=103;SAR=88;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377547;STB=0.501937;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.000624146;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:197:195:3:3:191:192:0.984615:88:103:2:1:88:104:2:1 chr6 154414563 . A G 1161.66 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.415;QD=60.3462;RBI=0.0338392;REFB=0;REVB=0.00883222;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33914e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:43:32:0:0:44:33:0:0 chr6 154414573 . C T 917.5 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.117293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2575;QD=55.6062;RBI=0.121551;REFB=-0.172813;REVB=0.0318883;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00623288;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:64:65:0.984848:37:27:0:0:37:28:1:0 chr6 154763401 . G A 407.9 PASS AF=0.429907;AO=47;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.097376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2514;QD=15.2487;RBI=0.0975235;REFB=0.00533491;REVB=0.00536198;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476876;STB=0.514517;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00897774;OID=.;OPOS=154763401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:47:46:0.429907:26:21:24:36:26:20:25:36 chr6 154771277 . A G 1088.04 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00204798;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7025;QD=58.8132;RBI=0.0149095;REFB=-0.0426473;REVB=0.0147681;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00173253;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:32:40:1:0:33:40:1:0 chr6 155485554 . G A 1430.6 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.391;QD=62.8836;RBI=0.0956364;REFB=0;REVB=-0.0954945;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299655;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr6 155561760 . T C 1756.61 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.654;QD=60.5729;RBI=0.0425541;REFB=0;REVB=0.0424906;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60583e-05;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:58:57:0:0:59:57:0:0 chr6 155574094 . C T 505.78 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.00845534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.7449;QD=17.7468;RBI=0.0364509;REFB=0.00117352;REVB=0.0354567;RO=59;SAF=33;SAR=21;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120458;STB=0.569743;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.000981887;OID=.;OPOS=155574094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:60:54:54:0.473684:21:33:43:16:21:33:44:16 chr6 155577823 . C T 784.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.732;QD=57.0315;RBI=0.0283086;REFB=0;REVB=0.0240711;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66476e-05;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr6 155578592 . A AT 478.88 PASS AF=1;AO=13;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119445;FXX=0.0126566;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.11597;QD=24.5577;RBI=0.120209;REFB=0.0131416;REVB=-0.0135333;RO=65;SAF=11;SAR=2;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.44257e-05;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:80:78:78:0:58:20:0:0:8:65:11:2:48:17 chr6 155578599 . A T 1001.58 PASS AF=0.9375;AO=67;DP=73;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0308283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.2155;QD=50.0789;RBI=0.0582709;REFB=-0.103019;REVB=0.049448;RO=6;SAF=52;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024023;STB=0.505352;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0105651;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:73:80:6:5:67:75:0.9375:15:52:4:2:20:55:4:1 chr6 155578756 . A T 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.074;QD=60.5401;RBI=0.0232546;REFB=0;REVB=0.00930028;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126322;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr6 155596901 . T C 1420.3 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211532;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.558;QD=62.4308;RBI=0.0294264;REFB=0;REVB=0.0204562;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192736;OID=.;OPOS=155596901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:89:91:1:43:46:0:0:43:48:0:0 chr6 155597147 . C T 2408.89 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.579;QD=64.2371;RBI=0.0141546;REFB=0;REVB=-0.0060541;RO=0;SAF=56;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85558e-06;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:94:56:0:0:94:56:0:0 chr6 155606325 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.824;QD=61.6949;RBI=0.0307963;REFB=0;REVB=0.00644932;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27012e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr6 155750035 . C T 1129.91 PASS AF=0.928571;AO=79;DP=85;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0168043;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3353;QD=53.8052;RBI=0.0196587;REFB=-0.00162831;REVB=0.0102018;RO=6;SAF=55;SAR=24;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557812;STB=0.531108;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00299358;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:85:84:6:6:79:78:0.928571:24:55:2:4:23:55:2:4 chr6 157405930 . G A 757.73 PASS AF=0.377682;AO=88;DP=234;FAO=88;FDP=233;FR=.;FRO=145;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=91;FSRR=54;FWDB=0.0164387;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.661;QD=13.0081;RBI=0.0295584;REFB=-0.00302692;REVB=0.0245655;RO=143;SAF=48;SAR=40;SRF=89;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860126;STB=0.552014;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00530001;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:143:145:88:88:0.377682:40:48:89:54:40:48:91:54 chr6 157801040 . T A 774.26 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102593;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.803;QD=64.5216;RBI=0.102883;REFB=0;REVB=-0.00772272;RO=0;SAF=4;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208377;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:48:48:1:44:4:0:0:44:4:0:0 chr6 157801186 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.012;QD=60.2307;RBI=0.024662;REFB=0;REVB=0.00261861;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17603e-05;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr6 157801516 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.605;QD=62.0082;RBI=0.0260007;REFB=0;REVB=0.0209111;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8275e-05;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr6 157963743 . G A 250.98 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00642412;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.934;QD=12.0952;RBI=0.0125381;REFB=-0.0112873;REVB=-0.0107672;RO=45;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481271;STB=0.582469;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0195355;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:53:30:30:0.361446:18:12:20:25:18:12:28:25 chr6 158132992 . G A 1625.38 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00268608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5923;QD=59.1048;RBI=0.00609788;REFB=-0.0931125;REVB=-0.0054744;RO=1;SAF=53;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088714;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000956659;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:110:1:1:107:109:0.990909:54:53:1:0:55:54:1:0 chr6 158133074 . A AT 975.37 PASS AF=1;AO=82;DP=92;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746371;FXX=0.0666593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8704;QD=46.4461;RBI=0.109055;REFB=0;REVB=0.0795134;RO=8;SAF=42;SAR=40;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00230583;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:92:84:84:0:44:40:0:0:18:8:42:40:6:2 chr6 158497717 . T C 657.35 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00835667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6762;QD=48.6924;RBI=0.0146422;REFB=-0.0644922;REVB=-0.0120234;RO=3;SAF=24;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552651;STB=0.538446;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00341974;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:53:54:3:4:49:50:0.925926:25:24:3:0:26:24:4:0 chr6 158499302 . G T 1537.55 PASS AF=0.98;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0220815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.496;QD=61.502;RBI=0.0565538;REFB=-0.063092;REVB=0.0520648;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000430504;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:100:0:2:97:98:0.98:41:56:0:0:41:57:0:2 chr6 158505088 . A G 1106.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.171;QD=59.8032;RBI=0.0287539;REFB=0;REVB=-0.0121473;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29786e-05;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:34:37:0:0:37:37:0:0 chr6 158507981 . G A 758.76 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000755535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1392;QD=53.2462;RBI=0.0079752;REFB=-0.0199126;REVB=0.00793934;RO=2;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825585;STB=0.504381;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00735151;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:21:34:1:1:21:34:1:1 chr6 158509750 . A G 938.64 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7926;QD=58.6652;RBI=0.132566;REFB=0;REVB=-0.00502431;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120789;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:37:24:0:0:37:27:0:0 chr6 158517308 . A G 445.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2897;QD=57.4189;RBI=0.0267508;REFB=0;REVB=0.0210504;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82178e-05;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr6 158571501 . G A 415.97 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00848522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4755;QD=22.1849;RBI=0.0467049;REFB=-0.0261524;REVB=-0.0459276;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592629;STB=0.503266;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0242439;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:22:19:16:18:22:19:16:18 chr6 158735087 . C T 318.91 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0308339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9975;QD=19.6252;RBI=0.0363208;REFB=0.00211706;REVB=-0.0191955;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257564;STB=0.505038;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00191195;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:33:34:0.523077:18:15:14:17:19:15:14:17 chr6 158735090 . T C 339.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0128433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.469;QD=20.5622;RBI=0.0249411;REFB=-0.0168115;REVB=-0.02138;RO=31;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289497;STB=0.516036;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0135522;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:18:17:14:17:18:17:14:17 chr6 158870081 . A G 514.55 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0483453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.486;QD=27.4426;RBI=0.0835976;REFB=-0.0162355;REVB=-0.0682004;RO=27;SAF=35;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230625;STB=0.621247;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0073402;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:28:47:47:0.626667:12:35:12:15:12:35:13:15 chr6 158923434 . G C 350.67 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.023912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5602;QD=15.4141;RBI=0.0339709;REFB=-0.00177964;REVB=-0.0241297;RO=51;SAF=24;SAR=14;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129515;STB=0.580271;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00251886;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:53:38:38:0.417582:14:24:38:13:14:24:40:13 chr6 158924088 . T C 1066.39 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00131556;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.662;QD=57.6427;RBI=0.0870995;REFB=-0.141612;REVB=0.0870896;RO=1;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178383;STB=0.50877;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00125077;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:74:1:1:71:73:0.986486:26:45:0:1:28:45:0:1 chr6 158927651 . A G 170.59 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0389969;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.43;QD=10.4978;RBI=0.039292;REFB=-0.00200435;REVB=0.00480674;RO=42;SAF=3;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426696;STB=0.763887;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0037206;OID=.;OPOS=158927651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:19:3:18:24:19:3:19:24 chr6 158932817 . G C 184.85 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00652061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4496;QD=18.4849;RBI=0.00652995;REFB=0.00983758;REVB=-0.000349132;RO=21;SAF=18;SAR=1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372057;STB=0.719691;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0164909;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:1:18:17:4:1:18:17:4 chr6 159055990 . A T 34.5 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0323159;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.0327;QD=2.22575;RBI=0.0381739;REFB=-0.0300779;REVB=-0.0203206;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12798;STB=0.559643;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.130269;OID=.;OPOS=159055990;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:62:52:55:7:7:0.112903:4:3:17:35:4:3:20:35 chr6 159065758 . C G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0287008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.904;QD=11.8155;RBI=0.028892;REFB=-0.0191149;REVB=-0.0033185;RO=41;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917845;STB=0.553352;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0385761;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:18:6:13:28:18:6:13:28 chr6 159178345 . C T 2047.61 PASS AF=0.985294;AO=130;DP=132;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.019188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.509;QD=60.2239;RBI=0.0201779;REFB=-0.0705407;REVB=0.00624252;RO=2;SAF=64;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146183;STB=0.50011;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00261343;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:136:2:2:130:134:0.985294:66:64:2:0:66:68:1:1 chr6 159398633 . T C 495.7 PASS AF=0.446281;AO=53;DP=120;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.00237488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.505;QD=16.3867;RBI=0.00294624;REFB=-0.0329004;REVB=0.00174364;RO=67;SAF=31;SAR=22;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237913;STB=0.635713;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0413322;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:67:67:53:54:0.446281:22:31:23:44:22:32:23:44 chr6 159398700 . C T 352.95 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0128894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.251;QD=13.1944;RBI=0.0243875;REFB=0.000730807;REVB=-0.020703;RO=63;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504163;STB=0.53776;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00150101;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:63:65:42:42:0.392523:20:22:30:33:20:22:30:35 chr6 159398764 . G A 460.26 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=100;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0223969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0249;QD=18.0494;RBI=0.0296859;REFB=-0.00327335;REVB=-0.0194842;RO=53;SAF=30;SAR=17;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14511;STB=0.5881;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00295041;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:53:53:47:49:0.480392:17:30:26:27:17:32:26:27 chr6 159399348 . A G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0362873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6946;QD=10.157;RBI=0.0387449;REFB=0.0105271;REVB=0.0135793;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170694;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0118117;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:31:14:14:0.311111:6:8:17:12:6:8:17:14 chr6 159407446 . C T 365.15 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00449785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.842;QD=16.0504;RBI=0.00566069;REFB=-0.00157582;REVB=0.00343696;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123374;STB=0.569464;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00201753;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:22:17:29:23:22:17:29:23 chr6 159414899 . T C 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0022152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.502;QD=15.4716;RBI=0.00995258;REFB=-0.00692936;REVB=-0.00970292;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156757;STB=0.588188;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00543472;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:18:18:17:32:18:18:17:32 chr6 159420574 . T C 84.14 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0208006;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.803;QD=8.6299;RBI=0.0653881;REFB=-0.0114857;REVB=-0.0619914;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366072;STB=0.518834;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0329933;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:41:39:26:28:11:11:0.282051:6:5:11:15:6:5:12:16 chr6 159650978 . A G 2326.52 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.003;QD=63.3068;RBI=0.0220122;REFB=0;REVB=0.00569391;RO=1;SAF=96;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17205e-05;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:1:0:146:147:1:50:96:0:1:51:96:0:0 chr6 159670100 . A G 657.11 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000565564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.646;QD=50.5472;RBI=0.0404699;REFB=-0.00713245;REVB=0.040466;RO=3;SAF=15;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852534;STB=0.545435;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000403533;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:34:15:3:0:34:15:3:0 chr6 159692405 . C T 2615.72 PASS AF=0.994186;AO=169;DP=171;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0421298;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.524;QD=60.8307;RBI=0.0476616;REFB=-0.0942612;REVB=0.0222869;RO=0;SAF=101;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07522e-08;STB=0.503546;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000355511;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:172:0:1:169:171:0.994186:68:101:0:0:70:101:0:1 chr6 160234625 . G C 1986.08 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7148;QD=61.1101;RBI=0.0696754;REFB=-0.0535065;REVB=0.0663707;RO=1;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526315;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:129:130:1:0:128:130:1:55:73:0:1:56:74:0:0 chr6 160328620 . C T 129.79 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00474837;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.866;QD=12.6628;RBI=0.00733869;REFB=-0.0206896;REVB=-0.00559547;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208223;STB=0.611502;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0282844;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:26:15:15:0.365854:9:6:16:11:9:6:15:11 chr6 160448324 . C G 313.2 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00976759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0681;QD=19.575;RBI=0.0448779;REFB=0.000158018;REVB=-0.043802;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177596;STB=0.606871;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000698876;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:12:21:13:17:12:21:13:18 chr6 160453978 . A G 1348.62 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059431;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.752;QD=62.7265;RBI=0.0348049;REFB=0;REVB=0.0342938;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238725;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:83:86:1:39:44:0:0:40:46:0:0 chr6 160464289 . G A 2163.92 PASS AF=0.961039;AO=148;DP=154;FAO=148;FDP=154;FR=.;FRO=6;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0334759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.373;QD=56.2058;RBI=0.0466858;REFB=-0.116042;REVB=0.0325411;RO=6;SAF=74;SAR=74;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246718;STB=0.512985;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00048597;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:154:154:6:6:148:148:0.961039:74:74:1:5:74:74:1:5 chr6 160468278 . A G 290.21 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0068562;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5704;QD=11.3807;RBI=0.0444114;REFB=-0.0176094;REVB=0.043879;RO=61;SAF=24;SAR=12;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528178;STB=0.542833;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.038475;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:66:36:36:0.352941:12:24:38:23:12:24:40:26 chr6 160494409 . A G 1876.98 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.168;QD=61.0399;RBI=0.0432919;REFB=0;REVB=0.0432492;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45278e-05;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:120:123:1:57:63:0:0:59:64:0:0 chr6 160505199 . C G 1241.48 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0568112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.054;QD=59.8302;RBI=0.0568207;REFB=-0.0398354;REVB=0.00103684;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.506171;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00224932;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:40:41:1:0:40:42:0:1 chr6 160505207 . A G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.039529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.635;QD=15.7906;RBI=0.0399814;REFB=-0.0136866;REVB=0.00599721;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605841;STB=0.534174;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0140591;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:20:19:17:14:20:19 chr6 160517481 . C T 463.34 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0284302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.794;QD=13.4301;RBI=0.0321553;REFB=-0.00944697;REVB=-0.0150229;RO=84;SAF=29;SAR=24;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768779;STB=0.547152;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0154813;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:84:85:53:53:0.384058:24:29:40:44:24:29:40:45 chr6 160524773 . T A 177.28 PASS AF=0.38;AO=11;DP=52;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0140091;FXX=0.0384541;HRUN=9;LEN=1;MLLD=26.0276;QD=14.1824;RBI=0.0566946;REFB=0.0301031;REVB=-0.0549366;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269228;STB=0.533943;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0307782;OID=.;OPOS=160524773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:19:28:11:19:0.38:1:10:15:4:4:15:21:7 chr6 160526904 . TCAAA T 102.48 PASS AF=0.25;AO=14;DP=63;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0108695;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=4;MLLD=204.513;QD=6.83165;RBI=0.0179542;REFB=-0.0076441;REVB=0.0142901;RO=42;SAF=13;SAR=1;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517753;STB=0.846374;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.0286523;OID=.;OPOS=160526905;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:14:63:15:60:45:14:1:29:16:99:42:13:1:27:15 chr6 160543123 . T C 302.63 PASS AF=0.287879;AO=17;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.198536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.2194;QD=18.3414;RBI=0.215582;REFB=-0.0504045;REVB=0.0840191;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245857;STB=0.594767;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0865981;OID=.;OPOS=160543123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:27:17:19:0.287879:12:5:3:22:14:5:4:23 chr6 160551204 . G C 2024.23 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343173;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.569;QD=62.2839;RBI=0.0410761;REFB=0;REVB=0.0225737;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144015;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:70:59:0:0:71:59:0:0 chr6 160560845 . A G 477.39 PASS AF=0.495146;AO=49;DP=102;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0292027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.801;QD=18.5394;RBI=0.0292215;REFB=-0.0149668;REVB=-0.00104636;RO=52;SAF=27;SAR=22;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475464;STB=0.524856;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0167694;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:52:52:49:51:0.495146:22:27:26:26:23:28:26:26 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 167.34 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00101352;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=8;MLLD=249.651;QD=13.1246;RBI=0.0029144;REFB=-0.00280609;REVB=0.00273249;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299517;STB=0.620128;STBP=0.196;TYPE=del;VARB=0.00432897;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:19:49:20:51:31:6:14:15:16:99:19:5:14:11:8 chr6 160645832 . C T 363.29 PASS AF=0.590164;AO=35;DP=60;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0372028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.054;QD=23.8225;RBI=0.044353;REFB=-0.00473075;REVB=-0.0241483;RO=25;SAF=20;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159378;STB=0.59123;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00382948;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:25:35:36:0.590164:15:20:9:16:15:21:9:16 chr6 160670282 . A C 4449.77 PASS AF=0.976744;AO=293;DP=302;FAO=294;FDP=301;FR=.;FRO=7;FSAF=151;FSAR=143;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0127604;FXX=0.00660044;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.919;QD=59.1332;RBI=0.0441696;REFB=-0.134908;REVB=0.0422863;RO=7;SAF=150;SAR=143;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264706;STB=0.501979;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000410358;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:302:301:7:7:293:294:0.976744:143:150:4:3:143:151:3:4 chr6 160858188 . G A 635.06 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0256581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.986;QD=15.9764;RBI=0.0258521;REFB=-0.0081442;REVB=0.00316162;RO=89;SAF=40;SAR=30;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716841;STB=0.539877;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00755223;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:89:70:70:0.440252:30:40:57:32:30:40:57:32 chr6 160872151 . C T 574.02 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00550243;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.467;QD=22.2919;RBI=0.00600744;REFB=-0.0226213;REVB=0.00241093;RO=46;SAF=30;SAR=27;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568339;STB=0.531143;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.01945;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:46:57:57:0.553398:27:30:21:25:27:30:21:25 chr6 160874438 . C T 107.36 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00749014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.081;QD=12.6308;RBI=0.010313;REFB=-0.0036689;REVB=-0.00708913;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154159;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0062367;OID=.;OPOS=160874438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:10:11:7:6:10:11 chr6 160952838 . G A 1295.26 PASS AF=0.452703;AO=134;DP=295;FAO=134;FDP=296;FR=.;FRO=162;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=73;FSRR=89;FWDB=-0.00588205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.004;QD=17.5035;RBI=0.00612167;REFB=-0.0107107;REVB=-0.00169597;RO=161;SAF=66;SAR=68;SRF=72;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447878;STB=0.52296;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0119992;OID=.;OPOS=160952838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:296:161:162:134:134:0.452703:68:66:72:89:68:66:73:89 chr6 160969629 . A G 2254.83 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.752;QD=63.5163;RBI=0.0156252;REFB=0;REVB=-0.0141078;RO=0;SAF=60;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44261e-06;OID=.;OPOS=160969629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:82:60:0:0:82:60:0:0 chr6 161007496 . G C 1556.74 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.332;QD=59.8745;RBI=0.0642393;REFB=0;REVB=0.0199181;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44579e-05;OID=.;OPOS=161007496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:67:36:0:0:67:37:0:0 chr6 161007538 . G C 2140.8 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.948;QD=62.0521;RBI=0.056337;REFB=0;REVB=0.0319817;RO=2;SAF=48;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00436708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143986;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:138:2:0:135:138:1:87:48:1:1:89:49:0:0 chr6 161032668 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.587;QD=63.5816;RBI=0.0200237;REFB=0;REVB=0.0159905;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52207e-05;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr6 161173946 . T G 1343.28 PASS AF=0.442424;AO=142;DP=327;FAO=146;FDP=330;FR=.;FRO=184;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=99;FSRR=85;FWDB=0.0172355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.755;QD=16.2821;RBI=0.0184748;REFB=-0.00950391;REVB=0.00665248;RO=183;SAF=80;SAR=62;SRF=99;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230167;STB=0.517219;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0124018;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:330:183:184:142:146:0.442424:62:80:99:84:63:83:99:85 chr6 161469774 . G A 859.42 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0204;QD=56.3556;RBI=0.0132669;REFB=0;REVB=0.0118444;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760072;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:61:0:0:58:61:1:33:25:0:0:35:26:0:0 chr6 161538250 . G A 1004.44 PASS AF=0.411765;AO=112;DP=273;FAO=112;FDP=272;FR=.;FRO=160;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=93;FSRR=67;FWDB=-0.00324923;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.453;QD=14.7712;RBI=0.020781;REFB=-0.0323105;REVB=0.0205254;RO=158;SAF=54;SAR=58;SRF=91;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981207;STB=0.55812;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0427616;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:158:160:112:112:0.411765:58:54:91:67:58:54:93:67 chr6 161575165 . T G 671.38 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0176402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.815;QD=18.394;RBI=0.0429051;REFB=-0.0316058;REVB=0.039111;RO=77;SAF=32;SAR=36;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121037;STB=0.570148;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0460158;OID=.;OPOS=161575165;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:78:68:68:0.465753:36:32:46:31:36:32:47:31 chr6 161582053 . C CGTGGGAGTGA 98.21 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00204108;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=10;MLLD=277.011;QD=7.27461;RBI=0.019605;REFB=-0.0123814;REVB=-0.0194985;RO=39;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195539;STB=0.595095;STBP=0.431;TYPE=ins;VARB=0.0320911;OID=.;OPOS=161582054;OREF=-;OALT=GTGGGAGTGA;OMAPALT=CGTGGGAGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:14:56:14:54:40:10:4:24:16:98:39:10:4:22:17 chr6 161582535 . T C 178.71 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.026378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.301;QD=22.3385;RBI=0.0367936;REFB=-0.0202982;REVB=0.0256509;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206689;STB=0.511615;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0139534;OID=.;OPOS=161582535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:6:12:9:5:6:12:9:5 chr6 161790964 . C T 437.44 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00256372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.176;QD=16.6644;RBI=0.0228132;REFB=-0.00614012;REVB=-0.0226687;RO=57;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391769;STB=0.521871;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00875886;OID=.;OPOS=161790964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:20:28:31:26:20:28:31:26 chr6 161807855 . C G 836.55 PASS AF=0.544828;AO=77;DP=143;FAO=79;FDP=145;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=-0.0022093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.878;QD=23.0773;RBI=0.00682303;REFB=-0.0240458;REVB=0.00645545;RO=64;SAF=48;SAR=29;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071998;STB=0.55097;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0206517;OID=.;OPOS=161807855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:64:66:77:79:0.544828:29:48:45:19:31:48:47:19 chr6 162622197 . C T 285.84 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0120039;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.314;QD=17.8651;RBI=0.0129957;REFB=-0.0259603;REVB=-0.00497929;RO=34;SAF=22;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128551;STB=0.561444;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0207188;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:33:31:31:0.484375:9:22:20:14:9:22:20:13 chr6 163587146 . C G 551.28 PASS AF=0.46875;AO=53;DP=123;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00568617;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.957;QD=17.2276;RBI=0.0145497;REFB=-0.0314644;REVB=0.0133926;RO=68;SAF=30;SAR=23;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223252;STB=0.514609;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0537591;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:68:68:53:60:0.46875:23:30:37:31:29:31:37:31 chr6 163612783 . C A 267.99 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0123254;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9629;QD=13.7432;RBI=0.0632233;REFB=0.0146154;REVB=0.0620103;RO=47;SAF=6;SAR=25;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126818;STB=0.572929;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0322862;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:47:47:31:31:0.397436:25:6:13:34:25:6:13:34 chr6 163736204 . T C 150.18 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0141604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.059;QD=9.84808;RBI=0.0197165;REFB=-0.0112594;REVB=-0.0137194;RO=41;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236162;STB=0.638574;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.027548;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:12:8:25:16:12:8:25:16 chr6 163991686 . CT C,CTT,TT 42.88 PASS AF=0.0140845,0.197183,0.0140845;AO=11,11,4;DP=71;FAO=1,14,1;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=1,10,1;FSAR=0,4,0;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.188639,0.179998,-0.00142457;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,1;MLLD=9.63376,9.44392,238.346;QD=2.41578;RBI=0.198895,0.190866,0.0187683;REFB=-0.00734487,0.000567148,0.00274593;REVB=0.0630438,-0.0634858,-0.0187141;RO=31;SAF=9,8,2;SAR=2,3,2;SRF=23;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.133222,-0.0222357,-0.288596;STB=0.98643,0.522355,0.98643;STBP=0.513,0.876,0.513;TYPE=del,ins,snp;VARB=-0.00133865,0.0505083,0.0187922;OID=.,.,.;OPOS=163991687,163991687,163991686;OREF=T,-,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=C,CTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:71:71:31:55:11,11,4:1,14,1:0.0140845,0.197183,0.0140845:2,3,2:9,8,2:23:8:0,4,0:1,10,1:38:17 chr6 165713961 . A C 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0034305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.103;QD=31.2775;RBI=0.00791469;REFB=-0.0185888;REVB=0.0071326;RO=15;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030633;STB=0.516767;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0101615;OID=.;OPOS=165713961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:11:18:10:5:11:18:10:5 chr6 166307718 . T C 644.09 PASS AF=0.451613;AO=69;DP=154;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00439191;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.981;QD=16.6216;RBI=0.0229694;REFB=0.00116185;REVB=0.0225456;RO=85;SAF=33;SAR=36;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971765;STB=0.549655;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0012277;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:85:85:69:70:0.451613:36:33:49:36:36:34:49:36 chr6 166308090 . AT TC 1035.17 PASS AF=0.477679;AO=97;DP=218;FAO=107;FDP=224;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=0.00618769;FXX=0.0218331;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.719;QD=18.4852;RBI=0.0366649;REFB=-0.00704832;REVB=0.036139;RO=112;SAF=55;SAR=42;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567864;STB=0.510417;STBP=0.764;TYPE=mnp;VARB=0.00760577;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:224:112:117:97:107:0.477679:42:55:57:55:50:57:60:57 chr6 166308584 . C A 358.21 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0546018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9985;QD=13.7772;RBI=0.0550538;REFB=-0.00291067;REVB=0.00704022;RO=61;SAF=23;SAR=19;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628059;STB=0.539553;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00432078;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:62:42:42:0.403846:19:23:37:24:19:23:38:24 chr6 166308611 . G C 298.69 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.00561806;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.281;QD=10.8613;RBI=0.0110174;REFB=-0.0136314;REVB=-0.00947732;RO=72;SAF=25;SAR=13;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237371;STB=0.513691;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0230289;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:72:72:38:38:0.345455:13:25:46:26:13:25:46:26 chr6 166308682 . G GAAAT 233.19 PASS AF=0.257576;AO=31;DP=135;FAO=34;FDP=132;FR=.;FRO=98;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.010838;FXX=0.0222206;HRUN=3;LEN=4;MLLD=307.319;QD=7.06644;RBI=0.0279605;REFB=-0.00588449;REVB=-0.0257745;RO=96;SAF=18;SAR=13;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231084;STB=0.535693;STBP=0.616;TYPE=ins;VARB=0.016498;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257576:31:135:34:132:98:21:13:56:42:99:96:18:13:54:42 chr6 166308924 . G A 516.26 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00958613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.489;QD=16.2603;RBI=0.0235014;REFB=-0.00585701;REVB=0.0214575;RO=70;SAF=24;SAR=32;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438735;STB=0.527768;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00939019;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:71:56:56:0.440945:32:24:27:43:32:24:27:44 chr6 166309167 . G A 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0267716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.187;QD=10.6438;RBI=0.027345;REFB=-0.0227869;REVB=-0.00557064;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026658;STB=0.515609;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0407609;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:11:9:18:20:11:9:18:20 chr6 166309245 . AG AT,TG,TT 447.72 PASS AF=0.09375,0.84375,0.0625;AO=3,27,2;DP=33;FAO=3,27,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17,1;FSAR=2,10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127827,0.0014183,-0.00523852;FXX=0.0302939;HRUN=4,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=163.423,199.291,166.884;QD=55.9644;RBI=0.0105059,0.0158552,0.00714793;REFB=0,0,0;REVB=0.0104278,0.0157916,0.00486322;RO=0;SAF=1,17,1;SAR=2,10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.0155365,-0.00201281,0.0419835;OID=.,.,.;OPOS=166309246,166309245,166309245;OREF=G,A,AG;OALT=T,T,TT;OMAPALT=AT,TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:33:32:0:0:3,27,2:3,27,2:0.09375,0.84375,0.0625:2,10,1:1,17,1:0:0:2,10,1:1,17,1:0:0 chr6 166309249 . G T 367.48 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0336982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.863;QD=47.4168;RBI=0.0482081;REFB=-0.0704082;REVB=-0.0344739;RO=2;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250896;STB=0.501318;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00295622;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:31:31:2:3:28:28:0.903226:9:19:1:1:9:19:2:1 chr6 166309288 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.168;QD=59.1429;RBI=0.012522;REFB=0;REVB=-0.0063926;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33822e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:47:20:0:0:47:20:0:0 chr6 166309667 . G C 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00720289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.412;QD=14.1724;RBI=0.0118613;REFB=-0.000827102;REVB=0.00942384;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556694;STB=0.531626;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00120657;OID=.;OPOS=166309667;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:16:16:21:26:16:16:21:26 chr6 166401932 . T TC 60.94 PASS AF=0.578947;AO=3;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.117888;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.333;QD=12.83;RBI=0.180181;REFB=-0.065781;REVB=0.136263;RO=16;SAF=0;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540074;STB=0.5423;STBP=0.81;TYPE=ins;VARB=0.0801355;OID=.;OPOS=166401933;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:3:20:11:19:8:2:9:1:7:26:16:0:3:4:12 chr6 166571157 . G A,T 1321.06 PASS AF=0.91954,0.0804598;AO=78,7;DP=86;FAO=80,7;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=43,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122225,0.000308206;FXX=0.0113623;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.664,29.3767;QD=60.7384;RBI=0.0176743,0.0186428;REFB=0,0;REVB=0.0127668,-0.0186403;RO=0;SAF=36,0;SAR=42,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43944e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.00994e-05,0.0924361;OID=.,.;OPOS=166571157,166571157;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:86:87:0:0:78,7:80,7:0.91954,0.0804598:42,7:36,0:0:0:43,7:37,0:0:0 chr6 166571164 . T G 1183.76 PASS AF=0.964286;AO=79;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0160986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.124;QD=56.3693;RBI=0.018835;REFB=-0.178845;REVB=0.00977713;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.51546;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00158906;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:84:84:0:3:79:81:0.964286:45:34:0:0:47:34:0:3 chr6 166571935 . C T 389.79 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00833568;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.541;QD=21.3586;RBI=0.0196236;REFB=-0.0165163;REVB=-0.0177652;RO=34;SAF=27;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247298;STB=0.637095;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.044595;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:12:27:14:20:12:27:14:20 chr6 166572005 . T C 167.0 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00829081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.972;QD=15.1817;RBI=0.067254;REFB=-0.013096;REVB=-0.066741;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364109;STB=0.521029;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0217941;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:15:11:7:11:15:11 chr6 166579270 . C T 451.0 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.00473339;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.563;QD=21.476;RBI=0.00824328;REFB=0.000621531;REVB=-0.00674883;RO=39;SAF=14;SAR=30;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891611;STB=0.553086;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.000369104;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:40:44:44:0.52381:30:14:9:30:30:14:9:31 chr6 166721211 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.18;QD=39.2068;RBI=0.0911874;REFB=0;REVB=0.0357623;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760838;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 166721224 . C G 88.46 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.299;QD=39.3136;RBI=0.0538852;REFB=0;REVB=0.052829;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992194;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:4:3:0:0:6:3:0:0 chr6 166736362 . C T 558.16 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00341081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.348;QD=23.0168;RBI=0.011086;REFB=-0.0247291;REVB=-0.0105483;RO=44;SAF=23;SAR=29;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475927;STB=0.519976;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0183971;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:45:52:52:0.536082:29:23:17:27:29:23:18:27 chr6 166739646 . T C 187.89 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0110698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.889;QD=20.3123;RBI=0.0126488;REFB=-0.00888749;REVB=-0.00611982;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736315;STB=0.541504;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0142621;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:7:11:10:9:7:11 chr6 166739684 . G A 390.26 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.797;QD=53.8294;RBI=0.0163969;REFB=0;REVB=0.00828369;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322515;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:27:29:1:16:11:0:1:17:12:0:0 chr6 166755975 . T C 810.83 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.978;QD=56.9003;RBI=0.0317066;REFB=0;REVB=-0.00738294;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34457e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:32:22:0:0:34:23:0:0 chr6 166755979 . A C 769.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.254;QD=56.9693;RBI=0.0261328;REFB=0;REVB=-0.0212989;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98248e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr6 166778679 . T G 1268.25 PASS AF=0.955056;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000538142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2954;QD=57;RBI=0.0640666;REFB=-0.0967212;REVB=0.0640643;RO=3;SAF=50;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176704;STB=0.504086;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.000946289;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:88:89:3:4:84:85:0.955056:34:50:1:2:35:50:2:2 chr6 167271711 . T C 1682.44 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242282;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.228;QD=60.0873;RBI=0.0541489;REFB=0;REVB=0.0540947;RO=1;SAF=57;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825611;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377738;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:1:0:110:112:1:53:57:1:0:53:59:0:0 chr6 167271716 . T C 599.91 PASS AF=0.535714;AO=56;DP=108;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00758582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.442;QD=21.4255;RBI=0.00808677;REFB=-0.030157;REVB=-0.00280199;RO=52;SAF=33;SAR=23;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960111;STB=0.532247;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.026491;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:52:52:56:60:0.535714:23:33:25:27:27:33:25:27 chr6 167411298 . T C 133.82 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0115918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.82;QD=25.4898;RBI=0.0119586;REFB=-0.0631877;REVB=0.00293931;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132373;STB=0.574359;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0263185;OID=.;OPOS=167411298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:3:4:5:9:3:4 chr6 167411300 . TG CA 123.56 PASS AF=0.65;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0516691;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.675;QD=24.7126;RBI=0.0713891;REFB=-0.0281031;REVB=0.0492616;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096601;STB=0.566825;STBP=0.417;TYPE=mnp;VARB=0.0163594;OID=.;OPOS=167411300;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:5:7:12:13:0.65:5:7:2:3:5:8:3:4 chr6 167413538 . T TC 570.82 PASS AF=0.444444;AO=17;DP=159;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.025845;FXX=0.0129024;HRUN=0;LEN=1;MLLD=294.527;QD=14.9235;RBI=0.0261395;REFB=-0.0138217;REVB=-0.0039129;RO=142;SAF=3;SAR=14;SRF=85;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49056;STB=0.555016;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=0.0226515;OID=.;OPOS=167413539;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:17:159:68:153:85:41:27:43:42:99:142:3:14:85:57 chr6 167413539 . T C 348.52 PASS AF=0.294479;AO=48;DP=163;FAO=48;FDP=163;FR=.;FRO=115;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.00649823;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=283.489;QD=8.5526;RBI=0.0146788;REFB=-0.00374036;REVB=-0.0131621;RO=113;SAF=35;SAR=13;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333743;STB=0.696387;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00624428;OID=.;OPOS=167413539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:113:115:48:48:0.294479:13:35:52:61:13:35:53:62 chr6 167424293 . T C 221.08 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00897772;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.837;QD=23.9001;RBI=0.0553107;REFB=-0.00681663;REVB=0.0545773;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457773;STB=0.525582;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00661355;OID=.;OPOS=167424293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:8:13:9:7:8:13:9:7 chr6 167570976 . C T 354.4 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0162782;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.702;QD=14.0356;RBI=0.0170597;REFB=-0.0184025;REVB=0.00510412;RO=56;SAF=16;SAR=25;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780303;STB=0.526567;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.035051;OID=.;OPOS=167570976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:60:41:41:0.405941:25:16:26:30:25:16:26:34 chr6 167571048 . T C 1480.18 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00986621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3774;QD=58.6211;RBI=0.0102835;REFB=-0.0317402;REVB=0.00289974;RO=1;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106594;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000256963;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:44:56:0:1:44:56:0:1 chr6 167571430 . A T 2312.65 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.088;QD=63.7971;RBI=0.049191;REFB=0;REVB=0.0442439;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85738e-05;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:78:66:0:0:78:67:0:0 chr6 167590541 . G A 674.48 PASS AF=0.77027;AO=53;DP=73;FAO=57;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00909317;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2421;QD=36.4581;RBI=0.0179;REFB=-0.00449179;REVB=-0.0154183;RO=17;SAF=23;SAR=30;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435988;STB=0.516907;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00252654;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:17:17:53:57:0.77027:30:23:9:8:31:26:9:8 chr6 167590574 . G C 862.64 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.84;QD=57.509;RBI=0.0146587;REFB=0;REVB=0.00845732;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206851;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr6 167591954 . G A 218.78 PASS AF=0.246377;AO=32;DP=136;FAO=34;FDP=138;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=76;FWDB=-0.0281298;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.5;QD=6.34147;RBI=0.0374677;REFB=-0.0150035;REVB=-0.0247496;RO=102;SAF=5;SAR=27;SRF=26;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191538;STB=0.64565;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.036474;OID=.;OPOS=167591954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:102:104:32:34:0.246377:27:5:26:76:29:5:28:76 chr6 167592601 . G A 45.11 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0177456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.465;QD=2.1226;RBI=0.0177457;REFB=-0.00799456;REVB=-3.37816e-05;RO=75;SAF=2;SAR=8;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41496;STB=0.803136;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.048347;OID=.;OPOS=167592601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:8:2:41:34:8:2:41:34 chr6 167592605 . TT GA 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0369052;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=202.28;QD=2.25212;RBI=0.0383684;REFB=-0.00755772;REVB=-0.0104949;RO=70;SAF=2;SAR=8;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402332;STB=0.791487;STBP=0.065;TYPE=mnp;VARB=0.0453742;OID=.;OPOS=167592605;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:82:70:72:10:10:0.121951:8:2:37:33:8:2:38:34 chr6 167719436 . G A 333.55 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00281055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.658;QD=14.1937;RBI=0.0187771;REFB=-0.0146631;REVB=0.0185656;RO=56;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127748;STB=0.566478;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0280319;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:18:19:22:34:18:19:23:34 chr6 167721365 . G A 170.43 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0410505;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0181;QD=10.4882;RBI=0.0567579;REFB=-0.00430794;REVB=0.0391958;RO=42;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032948;STB=0.525524;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00527349;OID=.;OPOS=167721365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:43:22:22:0.338462:9:13:26:16:9:13:27:16 chr6 167728774 . TG CA,CG 491.24 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=18,12;DP=35;FAO=20,15;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14,9;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107795,-0.00549003;FXX=0.0789266;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=68.7501,112.746;QD=56.142;RBI=0.0193184,0.00880443;REFB=0,0;REVB=-0.0160313,-0.00688314;RO=0;SAF=14,8;SAR=4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0248627,-0.00262982;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:35:35:0:0:18,12:20,15:0.571429,0.428571:4,4:14,8:0:0:6,6:14,9:0:0 chr6 167753691 . C T 895.62 PASS AF=0.465686;AO=95;DP=205;FAO=95;FDP=204;FR=.;FRO=109;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.00135035;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3504;QD=17.5611;RBI=0.00154519;REFB=-0.00895519;REVB=-0.000751117;RO=108;SAF=51;SAR=44;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026626;STB=0.512374;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00933351;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:108:109:95:95:0.465686:44:51:55:53:44:51:56:53 chr6 167754661 . A G 1683.5 PASS AF=1;AO=99;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.332;QD=60.125;RBI=0.0228006;REFB=0;REVB=0.0105396;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171391;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:99:112:1:50:49:0:0:51:61:0:0 chr6 167754702 . C T 469.31 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00750701;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9564;QD=16.9121;RBI=0.0272354;REFB=0.00463337;REVB=-0.0261804;RO=59;SAF=26;SAR=25;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477713;STB=0.521746;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.006427;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:60:51:51:0.459459:25:26:33:26:25:26:33:27 chr6 167789493 . T C 278.66 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0110419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5095;QD=18.8923;RBI=0.0170752;REFB=-0.0218986;REVB=0.0130245;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722016;STB=0.546732;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0157117;OID=.;OPOS=167789493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:12:18:19:9:12:18:20:9 chr6 167797844 . C T 949.67 PASS AF=0.580645;AO=90;DP=155;FAO=90;FDP=155;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0188416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.999;QD=24.5077;RBI=0.0203788;REFB=-0.0241794;REVB=-0.00776476;RO=64;SAF=49;SAR=41;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817855;STB=0.547632;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0185218;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:64:65:90:90:0.580645:41:49:28:36:41:49:28:37 chr6 168323664 . A G 1399.89 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00420193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4476;QD=61.5335;RBI=0.00850402;REFB=0.20832;REVB=-0.00739338;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106505;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00189382;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:46:44:1:0:46:44:1:0 chr6 168343838 . T C 1894.54 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0065;QD=61.611;RBI=0.0698568;REFB=0;REVB=0.0434683;RO=0;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026062;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:54:69:0:0:54:69:0:0 chr6 168349011 . C T 725.9 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.287;QD=60.4918;RBI=0.0602664;REFB=-0.131561;REVB=0.0583549;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.508768;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00377097;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:48:1:1:45:47:0.979167:19:26:1:0:19:28:1:0 chr6 168377309 . G A 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00449397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.788;QD=18.8827;RBI=0.0905924;REFB=-0.0147053;REVB=0.0904808;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199671;STB=0.615111;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00410095;OID=.;OPOS=168377309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:1:4:4:4:1:4 chr6 168457801 . A G 833.77 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.238;QD=56.5269;RBI=0.0253754;REFB=0;REVB=0.0248282;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132439;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:22:32:0:0:24:35:0:0 chr6 168457966 . G A 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.275;QD=62.0133;RBI=0.0217859;REFB=0;REVB=0.0181442;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016728;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr6 168459790 . G T 1585.71 PASS AF=0.973451;AO=104;DP=107;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0595344;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=56.0957;QD=56.1312;RBI=0.123419;REFB=-0.0209273;REVB=0.10811;RO=3;SAF=67;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207717;STB=0.510202;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00212801;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:113:3:3:104:110:0.973451:37:67:3:0:38:72:3:0 chr6 168459792 . G A 1522.75 PASS AF=0.938596;AO=107;DP=114;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00903494;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=239.62;QD=53.4299;RBI=0.0120591;REFB=-0.031554;REVB=0.00798692;RO=7;SAF=69;SAR=38;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457535;STB=0.524134;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000405279;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:114:114:7:7:107:107:0.938596:38:69:7:0:38:69:7:0 chr6 168459845 . G C 1988.56 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0196771;FXX=0.0150365;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.78;QD=60.7193;RBI=0.0561891;REFB=-0.0729476;REVB=0.052631;RO=2;SAF=75;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125032;STB=0.506578;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000900963;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:54:75:2:0:54:75:2:0 chr6 168479604 . G A 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.23;QD=63.6126;RBI=0.0690852;REFB=0;REVB=0.0618619;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32188e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr6 168482110 . C T 1481.94 PASS AF=1;AO=79;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.764;QD=58.6907;RBI=0.0831255;REFB=0;REVB=0.0705997;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125852;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:79:101:1:36:43:0:0:48:53:0:0 chr6 168482111 . G T 70.99 PASS AF=0.138614;AO=11;DP=98;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0015415;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2525;QD=2.81147;RBI=0.0307384;REFB=-0.0357406;REVB=0.0306997;RO=87;SAF=2;SAR=9;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460184;STB=0.741425;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0260413;OID=.;OPOS=168482111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:98:101:87:87:11:14:0.138614:9:2:50:37:10:4:50:37 chr6 168694594 . C T 2086.3 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0205297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1411;QD=61.8162;RBI=0.025981;REFB=0.0615603;REVB=-0.015923;RO=0;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79172e-08;STB=0.503999;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00497577;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:133:134:0.992593:61:72:0:0:62:72:0:1 chr6 168695309 . C T 2171.26 PASS AF=0.980132;AO=146;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=102;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.010643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.486;QD=57.5168;RBI=0.0159569;REFB=-0.174565;REVB=-0.011889;RO=4;SAF=102;SAR=44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412856;STB=0.508199;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00288508;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:151:151:4:3:146:148:0.980132:44:102:0:4:46:102:1:2 chr6 168695345 . G A 2980.07 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5264;QD=63.4058;RBI=0.055409;REFB=0;REVB=0.0550216;RO=0;SAF=115;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176611;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:73:115:0:0:73:115:0:0 chr6 169619933 . T TTTCCTTCC 169.9 PASS AF=0.514286;AO=15;DP=51;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00981428;FXX=0.102538;HRUN=3;LEN=8;MLLD=256.922;QD=19.4169;RBI=0.0181437;REFB=-0.0320675;REVB=-0.0152601;RO=32;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31504;STB=0.54777;STBP=0.637;TYPE=ins;VARB=0.0295279;OID=.;OPOS=169619934;OREF=-;OALT=TTCCTTCC;OMAPALT=TTTCCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:15:51:18:35:17:4:14:5:12:99:32:4:11:17:15 chr6 169619943 . G T 108.41 PASS AF=0.371429;AO=14;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0620803;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.954;QD=12.3901;RBI=0.0626365;REFB=-0.0303446;REVB=-0.00832903;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174753;STB=0.571312;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.06784;OID=.;OPOS=169619943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:14:13:0.371429:10:4:6:14:10:3:7:15 chr6 169619947 . G T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0387476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.252;QD=7.27154;RBI=0.0449878;REFB=-0.0112437;REVB=-0.0228588;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409075;STB=0.7685;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0448085;OID=.;OPOS=169619947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:8:1:9:16:8:1:9:16 chr6 169621536 . A G 1389.66 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860132;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.315;QD=62.4568;RBI=0.0234335;REFB=0;REVB=0.0217978;RO=0;SAF=60;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263779;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:28:60:0:0:29:60:0:0 chr6 169622490 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.692;QD=59.3219;RBI=0.0476911;REFB=0;REVB=-0.0262277;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024903;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr6 169632219 . G A 1148.1 PASS AF=0.75;AO=92;DP=124;FAO=93;FDP=124;FR=.;FRO=31;FSAF=66;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.0614909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6314;QD=37.0354;RBI=0.0616496;REFB=-0.00615583;REVB=0.00441967;RO=0;SAF=66;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04346e-08;STB=0.653431;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00952019;OID=.;OPOS=169632219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:0:31:92:93:0.75:26:66:0:0:27:66:4:27 chr6 169637763 . G C 1520.2 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000844882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7714;QD=61.4222;RBI=0.0153029;REFB=-0.128479;REVB=-0.0152795;RO=2;SAF=69;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981135;STB=0.505174;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00180184;OID=.;OPOS=169637763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:28:69:1:1:28:69:1:1 chr6 170033086 . G A 1933.59 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.318;QD=61.8747;RBI=0.0202579;REFB=0;REVB=0.0135211;RO=0;SAF=71;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09615e-05;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:54:71:0:0:54:71:0:0 chr6 170059627 . G A 667.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.081;QD=62.0548;RBI=0.0999496;REFB=0;REVB=0.0540054;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548446;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:21:22:0:0 chr6 170068180 . A G 2035.26 PASS AF=0.985185;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0706971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.558;QD=60.3039;RBI=0.118987;REFB=0.0209941;REVB=-0.0957071;RO=2;SAF=59;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158361;STB=0.508332;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00108638;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:135:2:2:131:133:0.985185:72:59:2:0:74:59:2:0 chr6 170070723 . A G 769.2 PASS AF=1;AO=39;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.295;QD=64.0997;RBI=0.0732025;REFB=0;REVB=0.0550733;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524648;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:39:48:1:21:18:0:0:22:26:0:0 chr6 170102267 . A G 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9888;QD=60.2252;RBI=0.0787657;REFB=0;REVB=-0.0746965;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151443;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr6 170103508 . G GT 472.4 PASS AF=1;AO=37;DP=45;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5467;QD=44.9905;RBI=0.036242;REFB=0;REVB=-0.0349169;RO=8;SAF=15;SAR=22;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000602401;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:45:42:42:0:20:22:0:0:9:8:15:22:7:1 chr6 170179291 . TC T 81.03 PASS AF=0.447368;AO=21;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.110966;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3417;QD=8.52927;RBI=0.118146;REFB=-0.10794;REVB=0.0405585;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=0.143062;STB=0.744927;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0753247;OID=.;OPOS=170179292;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:21:39:17:38:21:13:4:7:14:81:16:13:8:7:9 chr6 170190200 . G A 1998.04 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4836;QD=61.9547;RBI=0.0992277;REFB=0;REVB=0.0708052;RO=0;SAF=74;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362054;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:129:0:0:123:129:1:49:74:0:0:51:78:0:0 chr6 170190659 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.451;QD=56.1914;RBI=0.0788045;REFB=0;REVB=0.0165052;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880941;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr6 170592945 . C T 132.78 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00839835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.649;QD=15.1745;RBI=0.0217193;REFB=-0.0035683;REVB=-0.0200298;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409917;STB=0.523777;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00382093;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:4:11:14:6:4:11:14:6 chr6 170597305 . C T 200.07 PASS AF=0.310345;AO=25;DP=85;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0420697;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.087;QD=9.19865;RBI=0.0445367;REFB=-0.0181293;REVB=0.0146171;RO=59;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121068;STB=0.598058;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.048557;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:59:60:25:27:0.310345:14:11:32:27:16:11:33:27 chr6 170626943 . T C 102.75 PASS AF=0.235294;AO=15;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00732767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.584;QD=6.04412;RBI=0.039741;REFB=0.015239;REVB=-0.0390596;RO=53;SAF=3;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3885;STB=0.690225;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0496583;OID=.;OPOS=170626943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:53:52:15:16:0.235294:12:3:26:27:12:4:25:27 chr6 170627614 . T C 77.0 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.126546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3906;QD=15.3991;RBI=0.143306;REFB=-0.157671;REVB=0.067251;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308745;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0397836;OID=.;OPOS=170627614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:10:9:10:11:0.55:8:2:5:5:8:3:4:5 chr6 170628009 . T G 198.56 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00198658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.193;QD=19.3716;RBI=0.0057222;REFB=-0.014355;REVB=0.00536629;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267355;STB=0.515136;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0135433;OID=.;OPOS=170628009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:9:12:12:8:9:12 chr6 170845354 . A G 318.19 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0096206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.19;QD=26.5161;RBI=0.0158391;REFB=-0.0312547;REVB=0.0125826;RO=20;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828319;STB=0.545838;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0187061;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:11:17:10:10:11:17:10:10 chr6 170862300 . G C 500.91 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0630764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.55;QD=17.1253;RBI=0.0632428;REFB=-0.0148229;REVB=0.00458491;RO=62;SAF=27;SAR=27;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108625;STB=0.555535;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0188062;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:63:54:54:0.461538:27:27:24:38:27:27:25:38 chr6 170878793 . T C 1138.32 PASS AF=0.509009;AO=113;DP=223;FAO=113;FDP=222;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=0.0391581;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.177;QD=20.5103;RBI=0.0394716;REFB=-0.0203543;REVB=-0.00496482;RO=109;SAF=59;SAR=54;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157226;STB=0.508619;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.027405;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:109:109:113:113:0.509009:54:59:55:54:54:59:55:54 chr6 170887693 . G C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00417031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.153;QD=16.0422;RBI=0.00839757;REFB=-0.0162726;REVB=-0.00728888;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156229;STB=0.589649;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0343136;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:15:11:11:8:15:11 chr7 228527 . TG GT 213.78 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0211057;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=48.9898;QD=28.5038;RBI=0.145753;REFB=-0.0220738;REVB=0.144217;RO=7;SAF=0;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.814931;STB=0.671432;STBP=0.043;TYPE=mnp;VARB=0.0407437;OID=.;OPOS=228527;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:31:30:7:7:12:20:0.666667:12:0:3:4:18:2:3:4 chr7 296671 . C T 1388.62 PASS AF=0.445455;AO=147;DP=331;FAO=147;FDP=330;FR=.;FRO=183;FSAF=108;FSAR=39;FSRF=99;FSRR=84;FWDB=0.0409508;FXX=0.00302106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.867;QD=16.8318;RBI=0.0477497;REFB=-0.0141227;REVB=0.0245574;RO=183;SAF=108;SAR=39;SRF=99;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218964;STB=0.62198;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0169278;OID=.;OPOS=296671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:330:183:183:147:147:0.445455:39:108:99:84:39:108:99:84 chr7 470239 . A G 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=-0.00499005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.118;QD=19.3862;RBI=0.0276147;REFB=-0.0120345;REVB=-0.0271601;RO=34;SAF=7;SAR=28;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774767;STB=0.542834;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0106918;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:28:7:5:29:28:7:5:29 chr7 470281 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.047;QD=61.3364;RBI=0.00333071;REFB=0;REVB=0.00051342;RO=0;SAF=5;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26474e-06;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:35:5:0:0:35:5:0:0 chr7 624221 . T G 3940.77 PASS AF=1;AO=177;DP=280;FAO=255;FDP=255;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=142;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067444;FXX=0.0892825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.109;QD=61.8161;RBI=0.03467;REFB=-0.00352645;REVB=0.0340077;RO=1;SAF=110;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157286;OID=.;OPOS=624221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:280:255:1:0:177:255:1:67:110:1:0:113:142:0:0 chr7 772174 . G A 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00140569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.156;QD=11.2146;RBI=0.0310575;REFB=-0.0212146;REVB=-0.0310256;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.552364;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0384206;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:17:16:9:7:17:16 chr7 772240 . T A 121.52 PASS AF=0.3;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00655472;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.1;QD=9.72142;RBI=0.00903783;REFB=-0.00730847;REVB=-0.00622237;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118012;STB=0.571331;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0210066;OID=.;OPOS=772240;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:35:35:15:15:0.3:10:5:15:20:10:5:15:20 chr7 878431 . C T 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0114394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.31;QD=15.5087;RBI=0.0125417;REFB=-0.000447677;REVB=-0.0051415;RO=45;SAF=13;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228169;STB=0.617043;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000528888;OID=.;OPOS=878431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:47:35:35:0.426829:22:13:27:18:22:13:27:20 chr7 881668 . C T 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0150943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.871;QD=28.7722;RBI=0.0184636;REFB=-0.0291992;REVB=-0.0106334;RO=18;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17267;STB=0.595597;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0224408;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:22:7:8:10:22:7:8:10 chr7 882895 . C G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0432744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5019;QD=10.7924;RBI=0.0522767;REFB=-0.0096347;REVB=0.0293288;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336381;STB=0.682503;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0109666;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:35:18:18:0.339623:13:5:19:14:13:5:19:16 chr7 891100 . G T 511.31 PASS AF=0.38125;AO=61;DP=160;FAO=61;FDP=160;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0273604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8528;QD=12.7828;RBI=0.036934;REFB=-0.00392386;REVB=0.02481;RO=98;SAF=35;SAR=26;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698983;STB=0.542902;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0084705;OID=.;OPOS=891100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:98:99:61:61:0.38125:26:35:50:48:26:35:50:49 chr7 897492 . A G 1111.06 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00251727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.345;QD=58.4768;RBI=0.0214797;REFB=-0.105932;REVB=0.0213317;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000383076;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:75:75:0.986842:38:37:0:0:39:36:1:0 chr7 909048 . G A 125.23 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00179481;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.007;QD=8.94508;RBI=0.0236549;REFB=-0.0124755;REVB=-0.0235867;RO=39;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590857;STB=0.535171;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0309714;OID=.;OPOS=909048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:39:39:17:17:0.303571:6:11:27:12:6:11:27:12 chr7 914211 . T G 318.68 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0144187;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.706;QD=26.0144;RBI=0.0179161;REFB=-0.0151163;REVB=-0.0106342;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11785;STB=0.556829;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0119909;OID=.;OPOS=914211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:21:28:28:0.571429:13:15:15:7:13:15:14:7 chr7 923855 . G A 325.35 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00581988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.159;QD=24.5551;RBI=0.031661;REFB=-0.0365048;REVB=0.0311215;RO=21;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122321;STB=0.57172;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0153547;OID=.;OPOS=923855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:21:31:32:0.603774:14:17:8:13:14:18:8:13 chr7 926791 . G GCGTC 112.85 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0468626;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=4;MLLD=222.509;QD=9.21205;RBI=0.047817;REFB=-0.0131049;REVB=0.00950569;RO=36;SAF=3;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393377;STB=0.732978;STBP=0.051;TYPE=ins;VARB=0.0342389;OID=.;OPOS=926792;OREF=-;OALT=CGTC;OMAPALT=GCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:14:52:14:49:35:3:11:18:17:99:36:3:11:19:17 chr7 926801 . T G 68.81 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0989351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8759;QD=5.85632;RBI=0.104865;REFB=0.00141801;REVB=-0.0347627;RO=35;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88524e-08;STB=0.526263;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00368487;OID=.;OPOS=926801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:47:35:37:10:10:0.212766:6:4:14:21:6:4:16:21 chr7 926827 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.467;QD=58.5878;RBI=0.0302283;REFB=0;REVB=0.00934059;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64792e-05;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr7 932053 . C T 194.06 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0209932;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.581;QD=22.831;RBI=0.0235762;REFB=-0.013854;REVB=0.0107294;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203087;STB=0.613382;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0228112;OID=.;OPOS=932053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:11:4:10:9:11:4 chr7 940181 . C T 657.51 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146381;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.596;QD=62.6202;RBI=0.0222107;REFB=0;REVB=0.0167045;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125335;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr7 959692 . G A 1195.33 PASS AF=0.475096;AO=123;DP=249;FAO=124;FDP=261;FR=.;FRO=137;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=85;FSRR=52;FWDB=-0.0115328;FXX=0.0150938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.7516;QD=18.3192;RBI=0.011967;REFB=-0.019693;REVB=-0.0031945;RO=121;SAF=67;SAR=56;SRF=76;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766754;STB=0.538455;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0184002;OID=.;OPOS=959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:261:121:137:123:124:0.475096:56:67:76:45:56:68:85:52 chr7 975035 . G A 734.28 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=58;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=18;FWDB=-0.00735197;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.748;QD=20.9793;RBI=0.00887348;REFB=-0.036072;REVB=0.00496862;RO=69;SAF=58;SAR=13;SRF=51;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106975;STB=0.559236;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0333333;OID=.;OPOS=975035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:13:58:51:18:13:58:51:18 chr7 1023013 . C T 179.85 PASS AF=0.486486;AO=9;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0147304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5325;QD=19.4436;RBI=0.19752;REFB=-0.0323831;REVB=-0.19697;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243059;STB=0.645976;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0179061;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:8:17:9:18:0.486486:5:4:6:2:14:4:8:9 chr7 1097409 . C G 69.54 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.147101;FXX=0.041658;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.5745;QD=6.04736;RBI=0.156582;REFB=-0.0318653;REVB=0.0536565;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287035;STB=0.67032;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0125319;OID=.;OPOS=1097409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:46:24:32:8:8:0.173913:5:3:15:9:5:3:19:13 chr7 1098404 . C T 434.47 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0072486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.977;QD=17.0378;RBI=0.00747398;REFB=-0.0123131;REVB=0.00182157;RO=55;SAF=19;SAR=27;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129664;STB=0.564826;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.017884;OID=.;OPOS=1098404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:46:47:0.460784:27:19:30:25:27:20:30:25 chr7 1098518 . G A 129.49 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00681133;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.996;QD=10.5705;RBI=0.00723595;REFB=0.000576211;REVB=0.00244228;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02918;STB=0.508187;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00180686;OID=.;OPOS=1098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:30:33:16:16:0.326531:6:10:18:12:6:10:21:12 chr7 1132720 . G A 118.71 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0628226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.702;QD=22.6123;RBI=0.092669;REFB=-0.0656876;REVB=0.0681239;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234885;STB=0.631394;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0199062;OID=.;OPOS=1132720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:1:7:7:6:1:7 chr7 1132972 . G A 345.17 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0809819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.804;QD=16.6348;RBI=0.0968533;REFB=-0.0416539;REVB=0.0531271;RO=46;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130779;STB=0.573432;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0585833;OID=.;OPOS=1132972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:16:21:20:26:16:21:20:26 chr7 1133305 . C G 482.09 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.021963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5232;QD=20.7351;RBI=0.0221187;REFB=-0.0188925;REVB=-0.00261928;RO=46;SAF=19;SAR=28;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237966;STB=0.631429;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0196973;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:28:19:31:15:28:19:31:15 chr7 1481919 . C A,G 855.62 PASS AF=0.893939,0.0606061;AO=59,4;DP=66;FAO=59,4;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=20,0;FSAR=39,4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00530103,-0.0451783;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=230.508,14.5167;QD=51.8559;RBI=0.0319051,0.0533788;REFB=-0.070947,0.00885342;REVB=0.0314616,0.0284292;RO=3;SAF=20,0;SAR=39,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0329397,-0.74182;STB=0.517485,0.996413;STBP=0.315,0.065;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000548171,0.205733;OID=.,.;OPOS=1481919,1481919;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:66:66:3:3:59,4:59,4:0.893939,0.0606061:39,4:20,0:2:1:39,4:20,0:2:1 chr7 1482009 . G C 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0193329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.725;QD=18.9039;RBI=0.0241452;REFB=-0.00195775;REVB=-0.0144647;RO=40;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123091;STB=0.513507;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00242948;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:18:21:21:19:18:21:21:20 chr7 1484421 . CGGGGGGC CGGGGGC,CGGGGGCG,CGGGGGGGC 31.88 PASS AF=0.0113636,0.0113636,0.238636;AO=11,5,16;DP=88;FAO=1,1,21;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=0,0,16;FSAR=1,1,5;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.181859,-0.0513752,0.170333;FXX=0.0112347;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=10.5122,63.0093,6.77568;QD=1.44913;RBI=0.22173,0.125466,0.214624;REFB=0.0305645,0.00299911,-0.0409756;REVB=-0.126853,-0.114465,0.130576;RO=52;SAF=6,0,13;SAR=5,5,3;SRF=30;SRR=22;SSEN=0.592593,0,0;SSEP=0.590909,0,0;SSSB=-0.0395473,-0.608767,0.339583;STB=0.989894,0.989894,0.716764;STBP=0.484,0.484,0.022;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0374401,0.0832658,0.125382;OID=.,.,.;OPOS=1484422,1484427,1484422;OREF=G,GC,-;OALT=-,CG,G;OMAPALT=CGGGGGC,CGGGGGCG,CGGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0113636,0.0113636,0.238636:11,5,16:88:1,1,21:88:65:0,0,16:1,1,5:32:33:35:52:6,0,13:5,5,3:30:22 chr7 1484572 . A G 127.98 PASS AF=1;AO=4;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4094;QD=42.6585;RBI=0.191637;REFB=0;REVB=-0.124877;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0134435;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:4:12:1:0:4:0:0:4:8:0:0 chr7 1533513 . A G 1349.58 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00701581;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.214;QD=58.0464;RBI=0.0146252;REFB=-0.000540294;REVB=-0.0128325;RO=4;SAF=34;SAR=55;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101441;STB=0.505359;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-4.259e-05;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:4:4:89:89:0.956989:55:34:2:2:55:34:2:2 chr7 1538614 . G A 1449.09 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128215;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.849;QD=61.6633;RBI=0.033001;REFB=0;REVB=0.0304085;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526202;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:94:0:0:88:94:1:32:56:0:0:37:57:0:0 chr7 1542697 . G A 1126.83 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.083;QD=57.7864;RBI=0.0393912;REFB=-0.039267;REVB=0.0312783;RO=2;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127989;STB=0.500676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000369009;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:36:40:1:1:36:40:1:1 chr7 1542814 . T C,G 552.26 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=35,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000391761,-0.0461393;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.428,76.2819;QD=58.1329;RBI=0.0121335,0.0545114;REFB=0,0;REVB=0.0121271,0.0290287;RO=0;SAF=23,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00101788,0.0479764;OID=.,.;OPOS=1542814,1542814;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:38:38:0:0:35,2:36,2:0.947368,0.0526316:12,0:23,2:0:0:13,0:23,2:0:0 chr7 1543981 . C A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.52;QD=57.2001;RBI=0.0481577;REFB=0;REVB=0.0273677;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405315;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr7 1544128 . G T 87.58 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.903;QD=38.9225;RBI=0.14216;REFB=0;REVB=0.0830988;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128168;OID=.;OPOS=1544128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:6:9:1:3:3:0:0:5:4:0:0 chr7 1588391 . A G 222.94 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6129;QD=49.5414;RBI=0.0654926;REFB=0;REVB=0.061468;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010971;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr7 1588549 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.672;QD=55.0983;RBI=0.0128098;REFB=0;REVB=0.0124928;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01382e-05;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr7 1588768 . G A 481.71 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0463794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.524;QD=49.406;RBI=0.0469166;REFB=-0.104782;REVB=0.00707985;RO=3;SAF=9;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132808;STB=0.590854;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00389526;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:3:4:35:35:0.897436:26:9:3:0:26:9:4:0 chr7 1594986 . GGC G,GG,GGG 187.28 PASS AF=0.272727,0.363636,0;AO=19,12,6;DP=61;FAO=15,20,0;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=4,7,0;FSAR=11,13,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0760762,-0.158948,-0.107823;FXX=0.017854;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=14.5611,9.72089,9.98376;QD=13.6201;RBI=0.177079,0.166703,0.234386;REFB=-0.0548846,-0.0734414,-0.0232471;REVB=-0.159904,0.0502553,0.208113;RO=14;SAF=4,8,0;SAR=15,4,6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0.30137,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.321207,0.095208,-0.74999;STB=0.698139,0.626775,0.5;STBP=0.073,0.121,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0686286,0.100658,0;OID=.,.,.;OPOS=1594987,1594988,1594988;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.272727,0.363636,0:19,12,6:61:15,20,0:55:20:4,7,0:11,13,0:12:8:56:14:4,8,0:15,4,6:8:6 chr7 1595068 . G A 159.53 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0162637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.575;QD=17.7259;RBI=0.0210088;REFB=0.000406343;REVB=-0.0132989;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106788;STB=0.560984;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000559509;OID=.;OPOS=1595068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:10:9:10:7:10:9 chr7 1733102 . G T 156.63 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.040583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7789;QD=16.4873;RBI=0.0416169;REFB=-0.015494;REVB=0.00921869;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169315;STB=0.597327;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0458995;OID=.;OPOS=1733102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:10:11:6:11:10:11 chr7 1878377 . A G 1158.35 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00744887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.826;QD=59.4028;RBI=0.0126335;REFB=-0.148854;REVB=0.010204;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000488172;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:77:77:0.987179:36:41:0:0:36:41:1:0 chr7 2257612 . G A 608.1 PASS AF=0.571429;AO=57;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0266495;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0398;QD=23.1656;RBI=0.0321017;REFB=-0.0224602;REVB=0.0178977;RO=44;SAF=37;SAR=20;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288559;STB=0.515501;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0171815;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:45:57:60:0.571429:20:37:30:14:22:38:30:15 chr7 2297006 . A G 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.396;QD=59.4956;RBI=0.0248163;REFB=0;REVB=-0.0235356;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03997e-05;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr7 2303986 . T C 727.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8927;QD=63.2574;RBI=0.0315952;REFB=0;REVB=0.0166377;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.42478e-05;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr7 2314844 . G A 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0105125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.685;QD=19.3147;RBI=0.0263357;REFB=-0.000907709;REVB=-0.0241466;RO=47;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112419;STB=0.50625;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000680813;OID=.;OPOS=2314844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:23:21:23:24:23:21:23:24 chr7 2420067 . G A 205.83 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00413504;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.751;QD=17.1521;RBI=0.00534645;REFB=-0.021857;REVB=-0.00338909;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11837;STB=0.558226;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0318049;OID=.;OPOS=2420067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:8:13:13:13:8:13:14:13 chr7 2473376 . T TC 31.15 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0288515;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.3536;QD=3.46161;RBI=0.0780392;REFB=-0.0139593;REVB=-0.0725101;RO=27;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.657301;STB=0.896531;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.151802;OID=.;OPOS=2473377;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:9:36:8:36:28:1:7:19:9:31:27:1:8:19:8 chr7 2552881 . AGATG A 661.94 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055131;FXX=0.078416;HRUN=1;LEN=4;MLLD=237.574;QD=56.3351;RBI=0.095533;REFB=0;REVB=0.0780201;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000489837;OID=.;OPOS=2552882;OREF=GATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:49:47:47:0:14:33:0:0:4:0:10:33:0:0 chr7 2698634 . G A 97.19 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.102306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.185;QD=13.4061;RBI=0.102667;REFB=-0.0154795;REVB=0.00860505;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23631;STB=0.574337;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0149863;OID=.;OPOS=2698634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:17:17:11:12:0.413793:9:2:6:11:9:3:6:11 chr7 2702316 . C T 77.08 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0228605;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.783;QD=11.8588;RBI=0.0362939;REFB=-0.0128436;REVB=0.0281895;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246387;STB=0.643818;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0115165;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:3:13:6:4:3:13 chr7 2752487 . G A 252.78 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068697;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.213;QD=50.5553;RBI=0.0712732;REFB=0;REVB=-0.0189892;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089007;OID=.;OPOS=2752487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:15:20:1:10:5:0:0:12:8:0:0 chr7 2802522 . T C 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.11484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.645;QD=14.7963;RBI=0.114846;REFB=-0.0324413;REVB=-0.00119584;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0398659;OID=.;OPOS=2802522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:6:7:6:5:6:7 chr7 2854010 . G A 402.41 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00574126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.732;QD=16.5943;RBI=0.0184276;REFB=0.00380568;REVB=0.0175104;RO=54;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802966;STB=0.509177;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00316733;OID=.;OPOS=2854010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:19:23:30:24:19:23:31:24 chr7 2946461 . T C 118.2 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=29;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.088699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.066;QD=15.2522;RBI=0.0893194;REFB=-0.0260464;REVB=-0.0105094;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0260291;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:17:17:12:14:0.451613:8:4:9:8:8:6:9:8 chr7 2951824 . A G 325.83 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0163509;FXX=0.0508388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9307;QD=23.2737;RBI=0.0433781;REFB=-0.0254989;REVB=-0.0401785;RO=21;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291181;STB=0.508192;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00972255;OID=.;OPOS=2951824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:23:32:33:0.589286:17:15:9:12:18:15:10:13 chr7 2957005 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.892;QD=62.3507;RBI=0.0217792;REFB=0;REVB=-0.00669123;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41975e-05;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr7 2959172 . G A 640.23 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.01295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5185;QD=20.6527;RBI=0.0184113;REFB=0.00708769;REVB=-0.0130871;RO=60;SAF=24;SAR=40;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127974;STB=0.570517;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00677278;OID=.;OPOS=2959172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:60:64:64:0.516129:40:24:31:29:40:24:31:29 chr7 2962293 . C G 1465.1 PASS AF=0.640394;AO=130;DP=204;FAO=130;FDP=203;FR=.;FRO=73;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=13;FSRR=60;FWDB=0.00609178;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.517;QD=28.869;RBI=0.00968244;REFB=-0.0368726;REVB=0.00752594;RO=74;SAF=73;SAR=57;SRF=14;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246913;STB=0.635329;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0212646;OID=.;OPOS=2962293;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:74:73:130:130:0.640394:57:73:14:60:57:73:13:60 chr7 2966445 . T G 72.33 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=31;FAO=5;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00964144;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.245;QD=9.64413;RBI=0.0359081;REFB=-0.0027536;REVB=0.0345895;RO=19;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173399;STB=0.652382;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0307302;OID=.;OPOS=2966445;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:30:19:20:5:5:0.166667:1:4:13:6:1:4:13:7 chr7 3197867 . T C 352.4 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00597018;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.886;QD=13.0518;RBI=0.00707923;REFB=-0.00209194;REVB=0.00380428;RO=64;SAF=15;SAR=27;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123884;STB=0.581005;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00419367;OID=.;OPOS=3197867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:64:66:42:42:0.388889:27:15:30:34:27:15:32:34 chr7 4172006 . C T 329.99 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0302832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.076;QD=18.3327;RBI=0.0305025;REFB=-0.0255401;REVB=-0.0036514;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242099;STB=0.513506;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0253037;OID=.;OPOS=4172006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:17:18:20:17:17:18:20:17 chr7 4189075 . G C 707.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9195;QD=62.9012;RBI=0.0403678;REFB=0;REVB=0.039386;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027619;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr7 4213877 . T C,G 1766.3 PASS AF=0.949153,0.0508475;AO=110,7;DP=117;FAO=112,6;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=69,0;FSAR=43,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.83917e-05,-0.000412667;FXX=0.00840265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.635,169.491;QD=59.8745;RBI=0.0129742,0.0226804;REFB=0,0;REVB=0.0129739,-0.0226766;RO=0;SAF=69,1;SAR=41,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00308855,0.0324711;OID=.,.;OPOS=4213877,4213877;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:117:118:0:0:110,7:112,6:0.949153,0.0508475:41,6:69,1:0:0:43,6:69,0:0:0 chr7 4213940 . T C 1525.28 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.665;QD=59.8148;RBI=0.0141313;REFB=0;REVB=0.00507633;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65613e-05;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:40:62:0:0:40:62:0:0 chr7 4213975 . A G 1062.22 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.872;QD=59.8433;RBI=0.0337075;REFB=0;REVB=0.0312593;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54803e-05;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr7 4267072 . T A 720.46 PASS AF=1;AO=33;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338312;FXX=0.020404;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.6764;QD=60.0384;RBI=0.177114;REFB=0;REVB=0.173853;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527495;OID=.;OPOS=4267072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:33:48:1:11:22:0:0:18:30:0:0 chr7 4780514 . G T 2335.72 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6114;QD=63.1276;RBI=0.0350578;REFB=0;REVB=-0.00198349;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13529e-05;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:145:148:0:0:144:148:1:65:79:0:0:67:81:0:0 chr7 4802028 . GT G,GG 536.03 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=8,29;DP=37;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576715,0.0624505;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=280.702,301.199;QD=59.5585;RBI=0.0577154,0.0625457;REFB=0,0;REVB=-0.00225096,-0.00345099;RO=0;SAF=7,11;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00303805,0.000440576;OID=.,.;OPOS=4802029,4802029;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:8,29:37:1,35:36:0:0,18:1,17:0:0:4:0:7,11:1,18:0:0 chr7 4841469 . CT CC,CG,TC 513.39 PASS AF=0.914286,0.0857143,0;AO=31,4,2;DP=37;FAO=32,3,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1,0;FSAR=16,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182976,0.0138405,0.0228912;FXX=0.0540395;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=261.226,218.376,209.002;QD=58.6729;RBI=0.0250693,0.020933,0.0328668;REFB=0,0,0;REVB=0.0171367,0.0157044,0.0235844;RO=0;SAF=16,1,2;SAR=15,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=-0.00159389,0.0277538,0;OID=.,.,.;OPOS=4841470,4841470,4841469;OREF=T,T,CT;OALT=C,G,TC;OMAPALT=CC,CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:35:0:0:31,4,2:32,3,0:0.914286,0.0857143,0:15,3,0:16,1,2:0:0:16,2,0:16,1,0:0:0 chr7 4845289 . C T 1027.78 PASS AF=0.510309;AO=99;DP=197;FAO=99;FDP=194;FR=.;FRO=95;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0169698;FXX=0.0152277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.981;QD=21.1913;RBI=0.021216;REFB=-0.0118709;REVB=-0.0127336;RO=93;SAF=60;SAR=39;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100584;STB=0.550566;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0125927;OID=.;OPOS=4845289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:194:93:95:99:99:0.510309:39:60:46:47:39:60:48:47 chr7 5096958 . T C 183.6 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0236123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.631;QD=17.9123;RBI=0.023762;REFB=-0.0194382;REVB=0.00266337;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203;STB=0.523136;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0194694;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:18:19:0.463415:11:7:9:13:12:7:9:13 chr7 5104275 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00225164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.155;QD=20.4853;RBI=0.00406603;REFB=-0.0140558;REVB=0.00338566;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42361;STB=0.741965;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0199595;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:8:3:11:3:8:3 chr7 5104359 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0242619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.389;QD=19.6679;RBI=0.0249902;REFB=-0.0246873;REVB=-0.00598909;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578687;STB=0.532836;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0246334;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:14:5:6:13:14:5:6:13 chr7 5112554 . A C 86.1 PASS AF=0.266667;AO=7;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0727367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.502;QD=7.65337;RBI=0.0844386;REFB=-0.0997332;REVB=0.0428865;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102829;STB=0.656453;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0998396;OID=.;OPOS=5112554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:44:45:26:33:7:12:0.266667:3:4:17:9:8:4:18:15 chr7 5161512 . G T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00375338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.854;QD=24.0275;RBI=0.0127185;REFB=-0.0403675;REVB=0.012152;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120515;STB=0.567474;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0241156;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:6:2:6:8:6:2 chr7 5161640 . G C 418.31 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00495287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.192;QD=17.4295;RBI=0.0174814;REFB=-0.0161861;REVB=-0.0167651;RO=53;SAF=20;SAR=23;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227833;STB=0.626916;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0224864;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:23:20:37:16:23:20:37:16 chr7 5166500 . A G 168.33 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0443224;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9468;QD=21.0418;RBI=0.0464177;REFB=-0.02156;REVB=0.0137888;RO=15;SAF=15;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552161;STB=0.817748;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0279981;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:15:15:17:17:0.53125:2:15:5:10:2:15:5:10 chr7 5254227 . C G 1648.24 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3197;QD=59.3962;RBI=0.128795;REFB=-0.0462049;REVB=0.069263;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401223;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:111:111:0:0:110:111:1:50:60:0:0:51:60:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 627.02 PASS AF=0.830508;AO=43;DP=60;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00647398;FXX=0.144907;HRUN=1;LEN=5;MLLD=195.723;QD=42.51;RBI=0.00648381;REFB=-0.0289512;REVB=-0.000356744;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541467;STBP=0.17;TYPE=del;VARB=0.00614462;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.830508:43:60:49:59:10:31:18:4:6:57:0:30:13:0:0 chr7 5327564 . G A 305.63 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7858;QD=53.1525;RBI=0.104475;REFB=0;REVB=0.0642377;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308806;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:8:15:0:0 chr7 5346735 . T C 145.03 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.872;QD=44.6246;RBI=0.0674939;REFB=0;REVB=0.0671663;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599828;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:3:10:0:0 chr7 5410916 . G C 140.53 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.0507368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3978;QD=13.7098;RBI=0.0665792;REFB=-0.0108983;REVB=0.0431111;RO=25;SAF=13;SAR=2;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140072;STB=0.569154;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0210276;OID=.;OPOS=5410916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:25:15:16:0.390244:2:13:23:2:2:14:23:2 chr7 5427517 . G A 56.29 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0636805;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0096;QD=10.2345;RBI=0.0897392;REFB=-0.0390234;REVB=0.0632291;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206895;STB=0.581189;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0304598;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:12:14:8:8:0.363636:3:5:5:7:3:5:7:7 chr7 5427652 . G A 153.07 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.039536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.894;QD=21.1133;RBI=0.044333;REFB=-0.0261395;REVB=0.0200579;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126935;STB=0.586102;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0256727;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:13:16:16:0.551724:8:8:4:8:8:8:4:9 chr7 5427720 . A G 220.71 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3982;QD=49.0456;RBI=0.104846;REFB=0;REVB=-0.0994728;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168183;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr7 5434135 . A G 544.87 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00407773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7055;QD=57.355;RBI=0.0461474;REFB=0.0144718;REVB=0.0459669;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=1.13308e-06;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:14:23:0:0:14:23:0:1 chr7 5459984 . T C 978.52 PASS AF=0.5;AO=99;DP=202;FAO=101;FDP=202;FR=.;FRO=101;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0258714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5745;QD=19.3766;RBI=0.0258822;REFB=-0.0285217;REVB=0.000746272;RO=100;SAF=49;SAR=50;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461618;STB=0.509902;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0253071;OID=.;OPOS=5459984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:100:101:99:101:0.5:50:49:50:50:52:49:51:50 chr7 5460452 . G C 497.83 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=130;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.00131072;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8873;QD=15.4366;RBI=0.0609321;REFB=-0.00831344;REVB=-0.060918;RO=75;SAF=17;SAR=37;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112218;STB=0.561612;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0118593;OID=.;OPOS=5460452;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:75:74:54:55:0.426357:37:17:31:44:38:17:30:44 chr7 5460550 . C T 479.33 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00397672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.889;QD=28.1958;RBI=0.00730112;REFB=-0.010533;REVB=0.00612308;RO=24;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108199;STB=0.558797;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00384268;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:44:44:0.647059:22:22:16:8:22:22:16:8 chr7 5468382 . T G 49.06 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0173477;FXX=0.0447694;HRUN=27;LEN=1;MLLD=148.195;QD=3.06632;RBI=0.0301529;REFB=-0.00735019;REVB=-0.0246628;RO=50;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445692;STB=0.614625;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0259247;OID=.;OPOS=5468382;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:63:64:50:54:10:10:0.15625:9:1:19:31:7:3:23:31 chr7 5487423 . C G 526.14 PASS AF=0.974359;AO=20;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0672163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.5667;QD=53.9632;RBI=0.23196;REFB=0.124527;REVB=-0.222007;RO=1;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182146;STB=0.53844;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00585855;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:20:38:0.974359:2:18:0:1:6:32:0:1 chr7 5487458 . T G 439.43 PASS AF=1;AO=2;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.799;QD=54.9282;RBI=0.136226;REFB=0;REVB=0.101507;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269376;OID=.;OPOS=5487458;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:2:32:1:1:1:0:0:9:23:0:0 chr7 5515624 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.827;QD=57.1062;RBI=0.00952603;REFB=0;REVB=-0.00630958;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4226e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr7 5518331 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8912;QD=42.1798;RBI=0.0462172;REFB=0;REVB=0.0450638;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277811;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr7 5518333 . A T 114.81 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.09105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.651;QD=41.7482;RBI=0.103916;REFB=0;REVB=0.0500849;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296154;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:7:4:0:0 chr7 5528883 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.809;QD=59.8394;RBI=0.0212696;REFB=0;REVB=0.0182627;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62348e-05;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr7 5529758 . G A 266.94 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309685;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.651;QD=50.8464;RBI=0.0383864;REFB=0;REVB=0.0226819;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756669;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:4:16:0:0:4:17:0:0 chr7 5540769 . A C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3088;QD=56.9966;RBI=0.090589;REFB=0;REVB=-0.0758801;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144157;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr7 5541657 . G A 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1081;QD=51.1804;RBI=0.042157;REFB=0;REVB=0.0399656;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123227;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr7 5765037 . C T 220.09 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00823778;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.371;QD=13.974;RBI=0.0121979;REFB=-0.0201507;REVB=0.00899593;RO=38;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175719;STB=0.592521;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.018702;OID=.;OPOS=5765037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:37:26:26:0.412698:10:16:17:21:10:16:17:20 chr7 5965258 . T C 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0366313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.342;QD=18.8175;RBI=0.039058;REFB=-0.00993358;REVB=0.0135527;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184616;STB=0.604677;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0144911;OID=.;OPOS=5965258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:8:2:5:7:8:2 chr7 5965334 . C T 239.51 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0283829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.04;QD=35.4835;RBI=0.0580198;REFB=-0.0344962;REVB=0.0506034;RO=6;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771741;STB=0.542213;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0128663;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:27:6:6:21:21:0.777778:10:11:2:4:10:11:2:4 chr7 5983012 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.471;QD=59.8393;RBI=0.0431664;REFB=0;REVB=0.0431009;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143618;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr7 6026775 . T C 409.87 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0197635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.812;QD=51.2342;RBI=0.0211532;REFB=-0.120404;REVB=0.00754055;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522712;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00114675;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:0:2:30:30:0.9375:21:9:0:0:21:9:0:2 chr7 6026988 . G A 277.85 PASS AF=0.5;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0540034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.68;QD=18.523;RBI=0.0540042;REFB=-0.0270594;REVB=-0.000290386;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469714;STB=0.516767;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.030345;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:30:30:0.5:16:14:12:17:16:14:13:17 chr7 6036980 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1342;QD=48.737;RBI=0.0906387;REFB=0;REVB=-0.0368174;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015509;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 6043954 . CAAAAAAAATCTG CAAAAAAAATC,CAAAAAAATCTG 201.91 PASS AF=0.415094,0.0566038;AO=14,8;DP=52;FAO=22,3;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12,1;FSAR=10,2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00253686,0.0908184;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=224.365,6.4708;QD=15.2387;RBI=0.00320923,0.164686;REFB=-0.0122156,-0.0348926;REVB=0.00196557,-0.137381;RO=16;SAF=6,3;SAR=8,5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.180327,-0.266321;STB=0.50549,0.679665;STBP=0.973,0.548;TYPE=del,del;VARB=0.0170469,-0.00383429;OID=.,.;OPOS=6043965,6043955;OREF=TG,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAAAAAATC,CAAAAAAATCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094,0.0566038:14,8:52:22,3:53:28:12,1:10,2:15:13:99:16:6,3:8,5:10:6 chr7 6066450 . T C 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0262587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4905;QD=16.0415;RBI=0.0439375;REFB=-0.00637055;REVB=-0.0352276;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512182;STB=0.529381;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00812748;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:15:11:9:10:15:11 chr7 6066461 . T C 161.5 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0133581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.965;QD=14.3557;RBI=0.0143035;REFB=-0.00995912;REVB=0.00511365;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277166;STB=0.533296;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.015823;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:8:9:15:12:9:9:15:12 chr7 6087400 . C A 39.78 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0153176;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.393;QD=10.6089;RBI=0.0530412;REFB=0.00897599;REVB=-0.0507812;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173695;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0089517;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:10:9:6:6:0.4:2:4:5:5:2:4:5:4 chr7 6088420 . A G 167.82 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00406324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6035;QD=23.9746;RBI=0.119696;REFB=-0.084755;REVB=0.119627;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190883;STB=0.588131;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0598907;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:28:11:11:16:17:0.607143:6:10:4:7:7:10:4:7 chr7 6189780 . T C 453.98 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.0345561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4165;QD=17.4607;RBI=0.0819762;REFB=-0.0130898;REVB=-0.0743369;RO=53;SAF=26;SAR=23;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159605;STB=0.595818;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0206146;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:55:49:49:0.471154:23:26:37:16:23:26:39:16 chr7 6193464 . T G 280.08 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.036102;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.064;QD=14.0042;RBI=0.0373721;REFB=-0.0104484;REVB=-0.00966004;RO=42;SAF=5;SAR=27;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289784;STB=0.698132;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0132611;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:48:32:32:0.4:27:5:15:27:27:5:19:29 chr7 6193521 . G C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0165756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.305;QD=13.4417;RBI=0.0167896;REFB=-0.0211788;REVB=-0.00267209;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349847;STB=0.713752;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0245191;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:9:1:4:9:9:1:4:9 chr7 6194266 . G C 209.01 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00387849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.039;QD=15.2004;RBI=0.0148966;REFB=-0.0276008;REVB=0.0143828;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108054;STB=0.561686;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0342577;OID=.;OPOS=6194266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:7:17:19:12:7:17:19:12 chr7 6194274 . T C 248.43 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00548185;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.551;QD=18.0675;RBI=0.0343752;REFB=-0.0200924;REVB=-0.0339353;RO=27;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147148;STB=0.575699;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0336377;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:28:27:27:0.490909:8:19:15:12:8:19:16:12 chr7 6199072 . G C 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00444253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.039;QD=12.8075;RBI=0.0105961;REFB=-0.0181974;REVB=0.00961987;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248768;STB=0.51425;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0230349;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:13:16:27:20:13:16:27:20 chr7 6204999 . A C 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1138;QD=62.0087;RBI=0.0275214;REFB=0;REVB=-0.016039;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315875;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr7 6370144 . G A 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0050881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.451;QD=16.4804;RBI=0.00619348;REFB=-0.013943;REVB=0.00353134;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191848;STB=0.610052;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0238078;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:14:11:12:7:14:11 chr7 6370194 . C T 556.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0165;QD=60.209;RBI=0.0322362;REFB=0;REVB=-0.0253218;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77937e-05;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr7 6370305 . C G,T 309.59 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=20,2;DP=22;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971413,0.00186986;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.3297,100.63;QD=51.599;RBI=0.100289,0.0113882;REFB=0,0;REVB=0.0249286,-0.0112336;RO=0;SAF=13,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0298033,0.0830197;OID=.,.;OPOS=6370305,6370305;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:22:24:0:0:20,2:23,1:0.958333,0.0416667:7,2:13,0:0:0:10,1:13,0:0:0 chr7 6370406 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.632;QD=50.4125;RBI=0.0369248;REFB=0;REVB=0.0266451;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307302;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr7 6442371 . G A 342.69 PASS AF=0.64;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0277671;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.077;QD=27.4153;RBI=0.0278362;REFB=-0.00365208;REVB=0.00196011;RO=16;SAF=21;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619348;STB=0.539164;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00363233;OID=.;OPOS=6442371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:16:18:32:32:0.64:11:21:9:7:11:21:10:8 chr7 6442433 . C T 219.19 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0169228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.676;QD=13.9167;RBI=0.0176613;REFB=-0.00838718;REVB=0.00505384;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107205;STB=0.569102;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0106489;OID=.;OPOS=6442433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:15:11:19:17:15:11:20:17 chr7 6449496 . T C 203.94 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0143843;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.285;QD=21.4677;RBI=0.0307527;REFB=-0.011203;REVB=-0.0271812;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317902;STB=0.51784;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.011867;OID=.;OPOS=6449496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:20:20:0.526316:5:15:14:4:5:15:14:4 chr7 6452461 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00422911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.866;QD=12.0244;RBI=0.0141932;REFB=-0.0234413;REVB=0.0135485;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0428799;OID=.;OPOS=6452461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:16:4:4:8:16:4 chr7 6456347 . G T 414.39 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00162628;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.969;QD=22.3997;RBI=0.0467264;REFB=-0.0096515;REVB=0.0466981;RO=30;SAF=9;SAR=31;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355079;STB=0.69607;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0119254;OID=.;OPOS=6456347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:33:40:41:0.554054:31:9:19:11:32:9:20:13 chr7 6461534 . C T 224.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0109817;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3375;QD=14.6906;RBI=0.0113511;REFB=-0.00179042;REVB=0.00287242;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11039;STB=0.55239;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00154885;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:34:35:26:26:0.42623:14:12:12:22:14:12:13:22 chr7 6505901 . T C 1434.38 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.738;QD=63.0497;RBI=0.024229;REFB=0;REVB=0.0241912;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05929e-05;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr7 6537821 . G C 1035.65 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00566487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.225;QD=57.5364;RBI=0.0101262;REFB=-0.130961;REVB=0.00839339;RO=0;SAF=8;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529403;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00633633;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:63:8:0:0:63:8:1:0 chr7 6566322 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.055;QD=39.2068;RBI=0.0565167;REFB=0;REVB=-0.0197675;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306792;OID=.;OPOS=6566322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr7 6591041 . C G 66.17 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0549909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.815;QD=5.08965;RBI=0.0566573;REFB=-0.00809053;REVB=-0.0136403;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166948;STB=0.618086;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0315362;OID=.;OPOS=6591041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:41:42:10:10:0.192308:6:4:22:19:6:4:23:19 chr7 6621277 . G A 314.78 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0365608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6828;QD=14.8133;RBI=0.0404969;REFB=-0.000819893;REVB=0.0174157;RO=50;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953319;STB=0.554023;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.000933995;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:15:20:24:26:15:20:24:26 chr7 6647738 . T C 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00850032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.1;QD=43.4809;RBI=0.00977387;REFB=0;REVB=0.0048242;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4501e-05;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr7 6656830 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00906193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.825;QD=19.4668;RBI=0.00907954;REFB=-0.00264107;REVB=0.000565355;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115537;STB=0.565159;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00337612;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:15:9:11:11:15:9 chr7 6656897 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0635866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0606;QD=16.0648;RBI=0.090303;REFB=0.0225339;REVB=-0.06412;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309716;STB=0.676736;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0411261;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:17:7:11:7:17:7 chr7 6713936 . C T 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.672;QD=63.2794;RBI=0.0186603;REFB=0;REVB=0.00170008;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76352e-05;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr7 6713940 . CAG C,CAC,CGG 553.71 PASS AF=0.945946,0.0540541,0;AO=35,2,5;DP=44;FAO=35,2,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,0;FSAR=19,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203067,-0.00576224,0.0159247;FXX=0.0512689;HRUN=1,4,1;LEN=2,1,1;MLLD=253.206,39.0475,224.589;QD=59.8603;RBI=0.0410678,0.0371864,0.0274779;REFB=0,0,0;REVB=0.0356959,0.0367372,0.0223928;RO=0;SAF=16,0,0;SAR=19,2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.1382e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000327443,0.117089,0;OID=.,.,.;OPOS=6713941,6713942,6713941;OREF=AG,G,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CAC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.945946,0.0540541,0:35,2,5:44:35,2,0:37:0:16,0,0:19,2,0:0:0:9:0:16,0,0:19,2,5:0:0 chr7 6713985 . A G 380.18 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.063994;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.752;QD=52.4387;RBI=0.0950609;REFB=-0.165827;REVB=0.0702947;RO=1;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226895;STB=0.512187;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00283798;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:20:7:0:1:20:8:0:1 chr7 6714028 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000433249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.14;QD=49.5992;RBI=0.0125654;REFB=0;REVB=0.012558;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76506e-05;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr7 6715439 . T G 119.72 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00286051;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.66;QD=12.9429;RBI=0.00952173;REFB=-0.0208522;REVB=0.0090819;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188687;STB=0.610532;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0320221;OID=.;OPOS=6715439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:14:9:8:6:14:9 chr7 6776956 . A G 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00420042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.754;QD=57.6364;RBI=0.00420761;REFB=-0.0199728;REVB=0.000245912;RO=1;SAF=48;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974672;STB=0.505153;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=5.79743e-06;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:20:48:1:0:20:48:1:0 chr7 6777043 . C T 177.7 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0308013;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7054;QD=17.3369;RBI=0.0324767;REFB=0.00461195;REVB=0.0102964;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230205;STB=0.574919;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00583901;OID=.;OPOS=6777043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:41:24:22:17:18:0.439024:8:9:18:6:9:9:14:8 chr7 7283569 . G A 158.58 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0184392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8479;QD=8.2377;RBI=0.0408143;REFB=-0.0199658;REVB=-0.0364116;RO=55;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183588;STB=0.609514;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0293661;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:9:13:24:31:9:13:24:31 chr7 7476098 . T C 225.91 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00491112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.387;QD=20.5377;RBI=0.00535358;REFB=-0.013897;REVB=0.00213114;RO=22;SAF=17;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281516;STB=0.660036;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0140228;OID=.;OPOS=7476098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:5:17:11:11:5:17:11:11 chr7 7493097 . C G 1251.61 PASS AF=0.488722;AO=116;DP=252;FAO=130;FDP=266;FR=.;FRO=136;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=-0.00465425;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.894;QD=18.8212;RBI=0.00727698;REFB=-0.0075957;REVB=0.00559396;RO=132;SAF=47;SAR=69;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928997;STB=0.536339;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00880707;OID=.;OPOS=7493097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:266:132:136:116:130:0.488722:69:47:66:66:76:54:66:70 chr7 7495735 . T C 2055.68 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103942;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.005;QD=62.2933;RBI=0.0114957;REFB=0;REVB=0.00491047;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89431e-05;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:129:132:1:64:65:0:0:65:67:0:0 chr7 7514235 . C G 963.93 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7389;QD=57.5481;RBI=0.133702;REFB=-0.0772325;REVB=0.0184466;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137914;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:30:37:0:0 chr7 7545691 . G C 1202.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6936;QD=60.8795;RBI=0.052502;REFB=0;REVB=-0.0118752;RO=0;SAF=61;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172502;OID=.;OPOS=7545691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:17:61:0:0:17:62:0:0 chr7 7551443 . A T 580.4 PASS AF=0.513043;AO=58;DP=116;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.00247454;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.748;QD=20.1879;RBI=0.0033353;REFB=-0.014702;REVB=-0.00223627;RO=57;SAF=26;SAR=32;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209596;STB=0.614273;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0102272;OID=.;OPOS=7551443;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:57:56:58:59:0.513043:32:26:39:18:33:26:38:18 chr7 7571094 . G C 1911.69 PASS AF=0.992063;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.459;QD=60.6886;RBI=0.0232963;REFB=-0.0230107;REVB=0.0175576;RO=0;SAF=75;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000142797;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:126:0:1:123:125:0.992063:48:75:0:0:48:77:1:0 chr7 7646651 . G T 1389.38 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0185504;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.192;QD=60.4078;RBI=0.0188693;REFB=-0.0707147;REVB=0.00345449;RO=2;SAF=53;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412399;STB=0.502262;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00260957;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:2:2:89:90:0.978261:36:53:1:1:36:54:1:1 chr7 7646687 . A G 1627.27 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.981;QD=59.7164;RBI=0.0305738;REFB=0;REVB=0.0292719;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78882e-05;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:47:59:0:0:49:60:0:0 chr7 8125964 . C T 666.84 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00620081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.245;QD=21.0029;RBI=0.00676995;REFB=-0.0163516;REVB=0.00271701;RO=61;SAF=36;SAR=30;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395534;STB=0.521733;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0136306;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:30:36:36:25:30:36:36:25 chr7 8132252 . T C 323.13 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00197503;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.027;QD=14.0491;RBI=0.00747926;REFB=-0.00854015;REVB=-0.00721377;RO=56;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678133;STB=0.538579;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0137667;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:19:17:30:26:19:17:30:26 chr7 8196529 . A T 1245.85 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.124;QD=61.5233;RBI=0.0241242;REFB=0;REVB=-0.014247;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16534e-06;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr7 8196566 . AAAAAAAAAAAAAAAAAAAG A,AA,AAAAAGAAAAGAAAGAAAAG 306.35 PASS AF=0.458333,0.25,0.291667;AO=7,6,2;DP=25;FAO=11,6,7;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2,6;FSAR=4,4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327606,-0.0342906,-0.0356976;FXX=0.3999;HRUN=25,25,25;LEN=19,18,10;MLLD=189.112,188.282,109.771;QD=51.0586;RBI=0.0327771,0.0343098,0.0357853;REFB=0,0,0;REVB=0.00104093,0.00114743,-0.00250444;RO=0;SAF=3,2,1;SAR=4,4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.00080888,0.000619626,0.00463401;OID=.,.,.;OPOS=8196567,8196568,8196571;OREF=AAAAAAAAAAAAAAAAAAG,AAAAAAAAAAAAAAAAAG,AAAAAAAAAA;OALT=-,-,GAAAAGAAAG;OMAPALT=A,AA,AAAAAGAAAAGAAAGAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.458333,0.25,0.291667:7,6,2:25:11,6,7:24:0:7,2,6:4,4,1:0:0:42:0:3,2,1:4,4,1:0:0 chr7 8196594 . AAAG A 32.32 PASS AF=0.175439;AO=8;DP=62;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00248733;FXX=0.173888;HRUN=3;LEN=3;MLLD=227.736;QD=2.26806;RBI=0.00463023;REFB=-0.00454331;REVB=0.0039054;RO=49;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504122;STB=0.793732;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0305815;OID=.;OPOS=8196595;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175439:8:62:10:57:47:8:2:21:26:32:49:7:1:23:26 chr7 8475410 . A G 251.53 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0223395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7733;QD=17.3469;RBI=0.0299864;REFB=-0.0185663;REVB=-0.0200032;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783065;STB=0.534458;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0391901;OID=.;OPOS=8475410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:28:28:0.482759:14:14:17:12:14:14:17:13 chr7 8792148 . T C 1553.41 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0430685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4711;QD=62.7642;RBI=0.0435871;REFB=-0.145309;REVB=-0.00670403;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000268925;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:96:98:0.989899:48:48:0:0:50:48:0:1 chr7 11022230 . A G 202.42 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0180373;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.2621;QD=38.5559;RBI=0.0588159;REFB=-0.00380425;REVB=-0.0559818;RO=3;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834712;STB=0.545407;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.000470639;OID=.;OPOS=11022230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:15:3:0:3:15:3:0:3 chr7 11022564 . G A 755.88 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315417;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.612;QD=57.0477;RBI=0.0580244;REFB=0;REVB=0.0487027;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328957;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr7 11581121 . T C 377.08 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0126627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.145;QD=13.9658;RBI=0.0266192;REFB=-0.0247592;REVB=-0.0234145;RO=64;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491798;STB=0.527765;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0350622;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:22:22:29:35:22:22:29:35 chr7 11581134 . T C 398.68 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0227055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.75;QD=14.3668;RBI=0.0269013;REFB=-0.0183902;REVB=-0.0144272;RO=65;SAF=20;SAR=26;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00424446;STB=0.502391;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0188162;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:26:20:28:37:26:20:28:37 chr7 11676377 . G A 780.82 PASS AF=0.441489;AO=82;DP=187;FAO=83;FDP=188;FR=.;FRO=105;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=68;FSRR=37;FWDB=0.00454248;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.617;QD=16.6131;RBI=0.0137148;REFB=-0.0102824;REVB=-0.0129407;RO=103;SAF=55;SAR=27;SRF=67;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227221;STB=0.50933;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0153405;OID=.;OPOS=11676377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:103:105:82:83:0.441489:27:55:67:36:28:55:68:37 chr7 12269417 . C G 374.61 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00377896;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.464;QD=15.4476;RBI=0.0156916;REFB=0.00431107;REVB=0.0152298;RO=57;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105772;STB=0.559784;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00701486;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:57:57:40:40:0.412371:17:23:27:30:17:23:27:30 chr7 12271997 . G A 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0434038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2382;QD=12.4655;RBI=0.0798754;REFB=0.0135732;REVB=-0.0670536;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131882;STB=0.587337;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0210479;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:7:13:17:15:7:13:17:16 chr7 12272026 . A G 150.48 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0076819;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5489;QD=9.70843;RBI=0.00893251;REFB=-0.0126703;REVB=0.00455831;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139079;STB=0.516113;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.083784;OID=.;OPOS=12272026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:41:42:20:20:0.322581:10:10:21:20:10:10:22:20 chr7 12370794 . T C 552.73 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0495177;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9186;QD=21.8902;RBI=0.125527;REFB=0.00798226;REVB=0.115347;RO=46;SAF=35;SAR=20;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04365;STB=0.523983;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00418429;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:20:35:27:19:20:35:27:19 chr7 12376689 . T C 673.96 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0267718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.436;QD=23.6479;RBI=0.0341911;REFB=-0.0133965;REVB=0.0212674;RO=49;SAF=29;SAR=36;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146061;STB=0.579686;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00824113;OID=.;OPOS=12376689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:49:65:65:0.570175:36:29:31:18:36:29:31:18 chr7 12376811 . A C 377.37 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.0171974;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.542;QD=13.9765;RBI=0.0172965;REFB=-0.00688025;REVB=-0.00184912;RO=63;SAF=24;SAR=20;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182088;STB=0.605491;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00600957;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:63:64:44:44:0.407407:20:24:45:18:20:24:46:18 chr7 12391319 . G T 298.34 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00545679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.287;QD=13.561;RBI=0.00859261;REFB=-0.0118641;REVB=-0.0066375;RO=54;SAF=22;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182486;STB=0.604333;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0171825;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:12:22:26:28:12:22:26:28 chr7 12393966 . A G 178.26 PASS AF=0.229508;AO=28;DP=122;FAO=28;FDP=122;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0262649;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4408;QD=5.84469;RBI=0.0691449;REFB=-0.00338373;REVB=0.0639622;RO=94;SAF=17;SAR=11;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056061;STB=0.534437;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0130193;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:94:94:28:28:0.229508:11:17:53:41:11:17:53:41 chr7 12393974 . A C 172.17 PASS AF=0.229508;AO=26;DP=122;FAO=28;FDP=122;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.00162543;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.906;QD=5.64479;RBI=0.0200981;REFB=-0.011914;REVB=-0.0200323;RO=89;SAF=15;SAR=11;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620122;STB=0.526073;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0289181;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:89:94:26:28:0.229508:11:15:47:42:11:17:54:40 chr7 12394053 . G T 266.95 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=117;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0101156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.251;QD=9.12641;RBI=0.0188038;REFB=0.00714617;REVB=-0.015851;RO=81;SAF=19;SAR=17;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255943;STB=0.51497;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0180546;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:81:81:36:36:0.307692:17:19:41:40:17:19:41:40 chr7 12395813 . T C 466.36 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.000781658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4775;QD=19.8449;RBI=0.0126913;REFB=-0.00879351;REVB=-0.0126672;RO=48;SAF=30;SAR=16;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641103;STB=0.503559;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0093745;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:16:30:31:17:16:30:31:17 chr7 12400783 . C T 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00055649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.492;QD=11.2834;RBI=0.00747077;REFB=-0.0255132;REVB=-0.00745001;RO=50;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601405;STB=0.534881;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0273946;OID=.;OPOS=12400783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:11:16:27:23:11:16:27:23 chr7 12400837 . G A 1530.23 PASS AF=1;AO=92;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.768;QD=63.1024;RBI=0.0163359;REFB=0;REVB=0.0146266;RO=0;SAF=61;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207884;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:92:97:1:31:61:0:0:36:61:0:0 chr7 12401021 . C T 355.72 PASS AF=0.377193;AO=42;DP=111;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0301418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.407;QD=12.4813;RBI=0.0301754;REFB=-0.0213193;REVB=-0.00142357;RO=68;SAF=25;SAR=17;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213362;STB=0.598332;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0333176;OID=.;OPOS=12401021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:68:71:42:43:0.377193:17:25:27:41:18:25:30:41 chr7 12406989 . C G 660.31 PASS AF=0.47973;AO=56;DP=134;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00586659;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.187;QD=17.8461;RBI=0.0726149;REFB=-0.0306915;REVB=0.0723775;RO=77;SAF=49;SAR=7;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459973;STB=0.582458;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0370966;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:148:77:77:56:71:0.47973:7:49:42:35:22:49:42:35 chr7 12409263 . C A 567.94 PASS AF=0.522936;AO=50;DP=111;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0105922;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.53;QD=20.8417;RBI=0.0152329;REFB=-0.0243679;REVB=-0.0109475;RO=40;SAF=36;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677943;STB=0.546909;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0193333;OID=.;OPOS=12409263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:40:52:50:57:0.522936:14:36:26:14:18:39:31:21 chr7 12409327 . C T 747.65 PASS AF=0.529412;AO=73;DP=137;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0780287;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9732;QD=21.9897;RBI=0.0822794;REFB=-0.0170245;REVB=-0.026104;RO=64;SAF=46;SAR=27;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114865;STB=0.575466;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0153739;OID=.;OPOS=12409327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:64:64:73:72:0.529412:27:46:32:32:26:46:31:33 chr7 12409522 . A G 306.77 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00318185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.524;QD=22.7233;RBI=0.0037991;REFB=0.00699868;REVB=-0.00207582;RO=23;SAF=20;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167266;STB=0.592532;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00393205;OID=.;OPOS=12409522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:11:20:10:13:11:20:10:13 chr7 12409535 . A G 330.94 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00477125;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.56;QD=23.6389;RBI=0.0178638;REFB=-0.0278399;REVB=-0.0172148;RO=23;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237577;STB=0.602586;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0217696;OID=.;OPOS=12409535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:32:33:0.589286:11:21:8:15:12:21:9:14 chr7 12410112 . G A 1105.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.936;QD=59.7608;RBI=0.00666958;REFB=0;REVB=0.00493685;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:38:36:0:0 chr7 12410362 . C T 592.38 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00622884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.828;QD=17.2959;RBI=0.00834642;REFB=-0.0109987;REVB=-0.00555557;RO=75;SAF=31;SAR=31;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852893;STB=0.54743;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0128798;OID=.;OPOS=12410362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:75:62:62:0.452555:31:31:31:44:31:31:31:44 chr7 12414725 . G A 516.43 PASS AF=0.373494;AO=62;DP=166;FAO=62;FDP=166;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.036686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1885;QD=12.4441;RBI=0.0413717;REFB=0.00338046;REVB=-0.0191248;RO=104;SAF=29;SAR=33;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378164;STB=0.502145;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00693367;OID=.;OPOS=12414725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:104:104:62:62:0.373494:33:29:49:55:33:29:49:55 chr7 12417407 . C T 914.91 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.02769;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.504;QD=55.4489;RBI=0.0291253;REFB=0.0131114;REVB=-0.0090305;RO=2;SAF=39;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236054;STB=0.512496;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00153718;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:25:39:2:0:25:39:2:0 chr7 12419108 . A T 1380.84 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265393;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.815;QD=62.7655;RBI=0.0266957;REFB=0;REVB=-0.0028857;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25068e-05;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr7 12428550 . G A 156.71 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00169052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.108;QD=12.0542;RBI=0.025417;REFB=-0.00277496;REVB=0.0253607;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307128;STB=0.649838;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00496008;OID=.;OPOS=12428550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:18:19:0.365385:5:13:15:18:6:13:15:18 chr7 12428582 . C T 150.35 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0262832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.876;QD=12.2735;RBI=0.039117;REFB=-0.0132527;REVB=-0.0289712;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319677;STB=0.697103;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0364087;OID=.;OPOS=12428582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:32:17:17:0.346939:5:12:13:18:5:12:13:19 chr7 12428803 . G A 339.39 PASS AF=0.375;AO=36;DP=107;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00258874;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.407;QD=12.1211;RBI=0.00970289;REFB=-0.0119836;REVB=0.00935118;RO=65;SAF=15;SAR=21;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236254;STB=0.576952;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0212602;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:65:70:36:42:0.375:21:15:41:24:22:20:42:28 chr7 12611252 . T C 997.3 PASS AF=0.530387;AO=94;DP=181;FAO=96;FDP=181;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0172958;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.565;QD=22.0397;RBI=0.0277551;REFB=-0.00672044;REVB=0.0217071;RO=83;SAF=37;SAR=57;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356925;STB=0.519712;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00566941;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:83:85:94:96:0.530387:57:37:36:47:57:39:38:47 chr7 12636026 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.779;QD=59.0173;RBI=0.0753668;REFB=0;REVB=0.0750084;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580336;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr7 13935307 . C T 859.67 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.83;QD=54.5823;RBI=0.0211162;REFB=-0.0677976;REVB=0.0171895;RO=1;SAF=8;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882552;STB=0.509256;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00154499;OID=.;OPOS=13935307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:53:8:0:1:53:8:0:2 chr7 14025727 . C T 434.91 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.017749;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.253;QD=15.1272;RBI=0.0199336;REFB=-0.0202012;REVB=0.00907329;RO=65;SAF=25;SAR=24;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494211;STB=0.523226;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0253231;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:65:66:49:49:0.426087:24:25:30:35:24:25:31:35 chr7 14025766 . T A 402.76 PASS AF=0.366412;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0363494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.059;QD=12.2981;RBI=0.0464101;REFB=-0.00753933;REVB=-0.0288552;RO=80;SAF=23;SAR=25;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503086;STB=0.524632;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0165424;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:83:48:48:0.366412:25:23:42:38:25:23:43:40 chr7 14187931 . T C 2148.97 PASS AF=0.965517;AO=140;DP=145;FAO=140;FDP=145;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00565178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8955;QD=59.282;RBI=0.00878994;REFB=0.0694017;REVB=0.00673205;RO=5;SAF=68;SAR=72;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749012;STB=0.503943;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=2.95808e-05;OID=.;OPOS=14187931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:145:145:5:5:140:140:0.965517:72:68:3:2:72:68:3:2 chr7 14188806 . C T 524.0 PASS AF=0.366279;AO=63;DP=170;FAO=63;FDP=172;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=34;FWDB=-0.00757593;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.714;QD=12.186;RBI=0.0114372;REFB=-0.0094205;REVB=-0.00856828;RO=106;SAF=32;SAR=31;SRF=72;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191178;STB=0.614566;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.020645;OID=.;OPOS=14188806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:106:109:63:63:0.366279:31:32:72:34:31:32:75:34 chr7 14217673 . G A 342.79 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0189681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.077;QD=19.8722;RBI=0.0194173;REFB=-0.0335762;REVB=-0.00415264;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102778;STB=0.547237;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0344232;OID=.;OPOS=14217673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:13:22:17:16:14:22:17:16 chr7 14758273 . C T 1407.35 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8562;QD=62.5488;RBI=0.0492771;REFB=0;REVB=-0.0265983;RO=0;SAF=22;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462254;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:67:22:0:0:67:23:0:0 chr7 15427153 . A G 243.71 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0536497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.6507;QD=15.2319;RBI=0.0545889;REFB=-0.0174161;REVB=0.0100826;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0318063;OID=.;OPOS=15427153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:18:18:14:14:18:18 chr7 15470677 . A T 316.17 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00053566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.105;QD=12.7744;RBI=0.0259094;REFB=-0.00363853;REVB=-0.0259039;RO=61;SAF=13;SAR=23;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112088;STB=0.575962;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00673225;OID=.;OPOS=15470677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:63:36:36:0.363636:23:13:28:33:23:13:30:33 chr7 15651770 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1492;QD=58.1403;RBI=0.068098;REFB=0;REVB=0.0258264;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102192;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr7 16129153 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.961;QD=33.428;RBI=0.02704;REFB=0;REVB=0.0269974;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007949;OID=.;OPOS=16129153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr7 16823095 . G A 276.68 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0100813;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.489;QD=18.1428;RBI=0.0190009;REFB=-0.0149853;REVB=-0.0161059;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224506;STB=0.625602;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0144131;OID=.;OPOS=16823095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:31:30:30:0.491803:11:19:12:19:11:19:12:19 chr7 16834551 . C A 2312.65 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.237;QD=63.7971;RBI=0.0182129;REFB=0;REVB=-0.00446138;RO=0;SAF=89;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81534e-06;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:55:89:0:0:56:89:0:0 chr7 16834597 . A G 342.59 PASS AF=0.376068;AO=42;DP=113;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0461795;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4676;QD=11.7125;RBI=0.0504254;REFB=-0.016632;REVB=0.0202527;RO=67;SAF=26;SAR=16;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107346;STB=0.557697;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0326264;OID=.;OPOS=16834597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:67:73:42:44:0.376068:16:26:35:32:16:28:40:33 chr7 16899197 . C T 676.81 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0134436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.428;QD=60.1604;RBI=0.0136743;REFB=-0.105529;REVB=0.00250108;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000148095;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:0:1 chr7 16913394 . A G 871.12 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.212;QD=56.201;RBI=0.0670483;REFB=-0.101032;REVB=0.0547035;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0118484;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:1:0:28:33:1:0 chr7 17831806 . C T 401.49 PASS AF=0.482353;AO=39;DP=83;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0103181;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.379;QD=18.8937;RBI=0.0267096;REFB=-0.0317248;REVB=-0.0246361;RO=44;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104091;STB=0.568096;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0257478;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:44:44:39:41:0.482353:17:22:20:24:17:24:20:24 chr7 17854532 . G T 1589.82 PASS AF=0.919355;AO=110;DP=120;FAO=114;FDP=124;FR=.;FRO=10;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00421899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.112;QD=51.2844;RBI=0.0152047;REFB=-0.0734521;REVB=0.0146076;RO=7;SAF=47;SAR=63;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166471;STB=0.503865;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000549871;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:120:124:7:10:110:114:0.919355:63:47:4:3:63:51:4:6 chr7 18767343 . A G 2010.06 PASS AF=1;AO=125;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.047;QD=61.8479;RBI=0.0697717;REFB=0;REVB=0.00272868;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95512e-05;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:125:130:1:67:58:0:0:71:59:0:0 chr7 18977653 . G A 2178.35 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6868;QD=63.1405;RBI=0.0655745;REFB=0;REVB=0.0652755;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019352;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:65:73:0:0:65:73:0:0 chr7 18993870 . C T 805.7 PASS AF=0.966667;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00362633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.593;QD=53.7133;RBI=0.0232728;REFB=-0.0121939;REVB=0.0229886;RO=0;SAF=12;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56963e-08;STB=0.545438;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000209929;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:0:2:59:58:0.966667:47:12:0:0:48:10:2:0 chr7 19155074 . T C 264.88 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00775053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.119;QD=11.3926;RBI=0.0312735;REFB=-0.0152446;REVB=-0.0302979;RO=59;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656561;STB=0.515142;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0469224;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:61:32:32:0.344086:17:15:28:31:17:15:30:31 chr7 19184732 . C A 499.5 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=11;FWDB=0.0524829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6351;QD=18.3303;RBI=0.0734327;REFB=-0.039364;REVB=0.0513606;RO=56;SAF=32;SAR=21;SRF=45;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204359;STB=0.61223;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0430532;OID=.;OPOS=19184732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:21:32:45:11:21:32:45:11 chr7 19760985 . A G 909.17 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913903;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.252;QD=58.6564;RBI=0.110597;REFB=0;REVB=0.0622861;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469448;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr7 20178174 . GC G,GT 769.35 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=18,31;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637458,0.00602228;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.132,222.808;QD=55.9528;RBI=0.0157019,0.0113573;REFB=0,0;REVB=0.0143497,0.00962911;RO=0;SAF=10,11;SAR=8,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0117466,0.00710458;OID=.,.;OPOS=20178175,20178175;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0363636,0.963636:18,31:55:2,53:55:0:0,23:2,30:0:0:9:0:10,11:8,20:0:0 chr7 20180717 . C G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.799;QD=62.1622;RBI=0.0349237;REFB=0;REVB=0.0026249;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69181e-05;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr7 20198440 . G A 706.92 PASS AF=0.45509;AO=75;DP=166;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0212228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6008;QD=16.9322;RBI=0.0236627;REFB=-0.00763965;REVB=0.010465;RO=91;SAF=47;SAR=28;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101399;STB=0.551216;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0120918;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:91:91:75:76:0.45509:28:47:48:43:29:47:48:43 chr7 20201395 . G C 244.88 PASS AF=0.326087;AO=29;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0183393;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.947;QD=10.6468;RBI=0.0613647;REFB=0.00784667;REVB=-0.0585602;RO=57;SAF=19;SAR=10;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508368;STB=0.551146;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0103508;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:62:29:30:0.326087:10:19:35:22:10:20:37:25 chr7 20687181 . C T 318.75 PASS AF=0.375;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0292324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.809;QD=13.2813;RBI=0.0337853;REFB=-0.00699003;REVB=-0.0169385;RO=58;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746426;STB=0.552055;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.011711;OID=.;OPOS=20687181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:58:60:36:36:0.375:18:18:25:33:18:18:25:35 chr7 20691047 . T C 573.14 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=0.0270813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.597;QD=16.2593;RBI=0.0283351;REFB=-0.0104899;REVB=0.00833545;RO=80;SAF=44;SAR=17;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858257;STB=0.548156;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0124798;OID=.;OPOS=20691047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:80:61:61:0.432624:17:44:52:28:17:44:52:28 chr7 20698270 . A G 576.43 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.00407207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.363;QD=14.3212;RBI=0.0180733;REFB=-0.0161528;REVB=0.0176086;RO=95;SAF=31;SAR=35;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420317;STB=0.50236;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0228553;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:95:95:66:66:0.409938:35:31:45:50:35:31:45:50 chr7 20768013 . G A 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.010913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.897;QD=15.3848;RBI=0.0123402;REFB=-0.00484024;REVB=-0.0057608;RO=60;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148741;STB=0.500834;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00625141;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:20:26:34:26:20:26:34:26 chr7 20778646 . G A 1599.07 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.414;QD=59.7783;RBI=0.0112838;REFB=0;REVB=0.00755701;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73665e-06;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:101:107:1:57:44:0:0:58:49:0:0 chr7 20822196 . A AC 569.21 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4738;QD=40.6576;RBI=0.238803;REFB=0;REVB=0.2039;RO=7;SAF=21;SAR=31;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0073155;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:60:56:56:0:23:33:0:0:11:7:21:31:3:4 chr7 20822304 . C CA 233.28 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.2372;QD=35.8884;RBI=0.117733;REFB=0;REVB=-0.0319006;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00529452;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:27:26:26:0:13:13:0:0:5:2:12:12:2:0 chr7 20824614 . C T 247.26 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00197742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.722;QD=11.5003;RBI=0.00221545;REFB=-0.00938236;REVB=0.000999012;RO=56;SAF=15;SAR=15;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402023;STB=0.52324;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0162807;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:15:15:30:26:15:15:30:26 chr7 20826452 . T G 325.42 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00187482;FXX=0.185688;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.045;QD=22.8362;RBI=0.0308716;REFB=-0.0139687;REVB=-0.0308146;RO=11;SAF=24;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476154;STB=0.696031;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0028667;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:57:11:23:27:28:0.491228:3:24:3:8:3:25:15:8 chr7 21582963 . GA TT 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0265887;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.571;QD=23.3816;RBI=0.0559488;REFB=0.00802256;REVB=0.0492271;RO=14;SAF=17;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402476;STB=0.730881;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=-0.00514918;OID=.;OPOS=21582963;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:2:17:8:6:2:17:8:6 chr7 21599233 . C T 260.57 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0130542;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.377;QD=11.98;RBI=0.021438;REFB=0.000614621;REVB=-0.0170053;RO=56;SAF=21;SAR=10;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211184;STB=0.512187;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00106746;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:56:56:31:31:0.356322:10:21:37:19:10:21:37:19 chr7 21628237 . C T 2594.84 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00579626;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0598;QD=60.3452;RBI=0.0118132;REFB=-0.0574862;REVB=0.0102935;RO=2;SAF=91;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000861169;STB=0.500412;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00022261;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:172:2:2:169:170:0.988372:78:91:1:1:79:91:1:1 chr7 21737768 . G A 861.27 PASS AF=0.418502;AO=95;DP=228;FAO=95;FDP=227;FR=.;FRO=132;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=0.0154958;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8102;QD=15.1765;RBI=0.034373;REFB=-0.010966;REVB=0.030682;RO=132;SAF=61;SAR=34;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144999;STB=0.581159;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0147197;OID=.;OPOS=21737768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:132:132:95:95:0.418502:34:61:67:65:34:61:67:65 chr7 21765452 . C T 596.55 PASS AF=0.504132;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0147311;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6364;QD=19.7208;RBI=0.0211322;REFB=-0.00729113;REVB=-0.0151514;RO=60;SAF=38;SAR=22;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664024;STB=0.541482;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0078902;OID=.;OPOS=21765452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:60:61:0.504132:22:38:42:18:23:38:42:18 chr7 21775443 . G A 406.45 PASS AF=0.5125;AO=38;DP=77;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0141076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.88;QD=20.3224;RBI=0.0151619;REFB=-0.0581305;REVB=-0.00555508;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829846;STB=0.536568;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.050863;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:39:39:38:41:0.5125:21:17:21:18:22:19:21:18 chr7 21778449 . C T 497.19 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00654342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2138;QD=23.6759;RBI=0.016499;REFB=0.0290802;REVB=0.015146;RO=36;SAF=32;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218711;STB=0.626731;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0197313;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:37:47:47:0.559524:15:32:15:21:15:32:15:22 chr7 21779278 . A G 685.89 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0115393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.128;QD=18.6637;RBI=0.0133729;REFB=0.00164376;REVB=-0.00675872;RO=78;SAF=43;SAR=26;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133348;STB=0.574007;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00148715;OID=.;OPOS=21779278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:78:69:69:0.469388:26:43:38:40:26:43:38:40 chr7 21824122 . G A 265.05 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00682518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.945;QD=13.0886;RBI=0.0240868;REFB=-0.0169635;REVB=-0.0230996;RO=50;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146579;STB=0.583611;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0328196;OID=.;OPOS=21824122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:16:15:31:19:16:15:31:19 chr7 21856151 . G A 505.39 PASS AF=0.384615;AO=60;DP=157;FAO=60;FDP=156;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=35;FWDB=-0.0038423;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.884;QD=12.9586;RBI=0.0306321;REFB=0.00883662;REVB=-0.0303902;RO=94;SAF=31;SAR=29;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120879;STB=0.573493;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0178208;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:94:96:60:60:0.384615:29:31:59:35:29:31:61:35 chr7 21893993 . G T 439.35 PASS AF=0.413223;AO=49;DP=121;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0218245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.113;QD=14.5238;RBI=0.0327882;REFB=0.0022977;REVB=-0.0244696;RO=71;SAF=24;SAR=25;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919088;STB=0.545437;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00280925;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:71:49:50:0.413223:25:24:41:30:25:25:41:30 chr7 21901566 . T C 1466.24 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447724;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.937;QD=58.6495;RBI=0.0564344;REFB=0;REVB=0.0343551;RO=1;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279525;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:1:0:97:100:1:44:53:0:1:47:53:0:0 chr7 21924014 . A G 1340.72 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724359;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7526;QD=61.6424;RBI=0.0753564;REFB=0;REVB=0.0207759;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976886;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291088;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:1:0:86:87:1:48:38:0:1:49:38:0:0 chr7 21932044 . C T 310.14 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0206766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.507;QD=18.7962;RBI=0.0309836;REFB=0.001862;REVB=0.0230751;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146692;STB=0.515226;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0027137;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:17:15:16:17:18:15:16:17 chr7 21939032 . C A 262.9 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0156621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9239;QD=12.6698;RBI=0.0309374;REFB=0.00147027;REVB=0.02668;RO=52;SAF=12;SAR=19;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206742;STB=0.618528;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00194192;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:19:12:30:22:19:12:30:22 chr7 21940960 . A G 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0133641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.01;QD=8.9608;RBI=0.0136654;REFB=0.00749651;REVB=0.00285375;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227518;STB=0.634705;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0136177;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:26:13:9:8:26:13 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 1100.76 PASS AF=0.842105;AO=74;DP=81;FAO=80;FDP=95;FR=.;FRO=15;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0280014;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=7;MLLD=298.385;QD=46.3479;RBI=0.0420127;REFB=0.00177981;REVB=0.0313208;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.505262;STBP=0.851;TYPE=del;VARB=-0.00025342;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:74:81:80:95:15:40:40:8:7:81:0:39:35:0:0 chr7 21941439 . A G 405.2 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0174908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.8391;QD=15.1475;RBI=0.0198517;REFB=0.00732112;REVB=0.00938954;RO=61;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10215;STB=0.557332;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.015333;OID=.;OPOS=21941439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:21:25:27:34:21:25:27:34 chr7 21941669 . A C 340.46 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.011503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.372;QD=15.6532;RBI=0.0124739;REFB=-0.0038324;REVB=-0.00482481;RO=50;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129242;STB=0.507288;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00646835;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:21:16:21:29:21:16:21:29 chr7 22184796 . T C 425.6 PASS AF=0.346939;AO=51;DP=145;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.0116723;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.236;QD=11.5809;RBI=0.0217138;REFB=-0.00667638;REVB=-0.0183098;RO=93;SAF=22;SAR=29;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083969;STB=0.545095;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0154507;OID=.;OPOS=22184796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:93:96:51:51:0.346939:29:22:47:46:29:22:48:48 chr7 22197507 . A G 1350.17 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0323591;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.358;QD=60.0074;RBI=0.0358651;REFB=-0.185966;REVB=0.0154659;RO=2;SAF=42;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000734801;STB=0.500506;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00346682;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:90:2:2:87:88:0.977778:45:42:1:1:46:42:1:1 chr7 22202117 . G A 223.59 PASS AF=0.329412;AO=27;DP=84;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0121554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.408;QD=10.5221;RBI=0.0153395;REFB=-0.00759682;REVB=-0.00935666;RO=57;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1549;STB=0.576387;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0135264;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:57:57:27:28:0.329412:12:15:24:33:13:15:24:33 chr7 22478207 . G T 617.62 PASS AF=0.428571;AO=69;DP=161;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.0420416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2791;QD=15.3446;RBI=0.0433631;REFB=0.0121738;REVB=0.0106238;RO=92;SAF=42;SAR=27;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116271;STB=0.506499;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0199909;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:92:92:69:69:0.428571:27:42:55:37:27:42:55:37 chr7 22533452 . C T 72.2 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0987024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.597;QD=8.25192;RBI=0.101106;REFB=0.00120456;REVB=-0.0219142;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389267;STB=0.756281;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00141527;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:25:25:9:10:0.285714:3:6:8:17:3:7:8:17 chr7 22534457 . G A 563.82 PASS AF=0.40625;AO=65;DP=160;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.0201075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4592;QD=14.0954;RBI=0.0403561;REFB=-0.0249543;REVB=-0.03499;RO=93;SAF=33;SAR=32;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201284;STB=0.511061;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0342748;OID=.;OPOS=22534457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:95:65:65:0.40625:32:33:49:44:32:33:50:45 chr7 22787205 . G T 1606.1 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3644;QD=60.0412;RBI=0.0334835;REFB=0;REVB=-0.0334234;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41688e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:45:62:0:0:45:62:0:0 chr7 22986815 . G A 555.83 PASS AF=0.487395;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0295724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.239;QD=18.6835;RBI=0.0578179;REFB=0.0034186;REVB=-0.0496828;RO=60;SAF=25;SAR=32;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418078;STB=0.505557;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00443249;OID=.;OPOS=22986815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:60:61:57:58:0.487395:32:25:29:31:32:26:28:33 chr7 23015831 . T C 464.02 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00415472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1069;QD=16.4255;RBI=0.0143209;REFB=-0.00479242;REVB=-0.0137049;RO=62;SAF=27;SAR=24;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829002;STB=0.546201;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00727017;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:24:27:38:24:24:27:38:24 chr7 23164526 . C G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6516;QD=64.4144;RBI=0.00755813;REFB=0;REVB=-0.00369261;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114926;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr7 23183508 . A G 528.58 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=142;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00822949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.242;QD=14.7854;RBI=0.0253306;REFB=-0.0178586;REVB=-0.0239566;RO=84;SAF=37;SAR=21;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608533;STB=0.538684;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0239565;OID=.;OPOS=23183508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:84:85:58:58:0.405594:21:37:49:35:21:37:49:36 chr7 23227626 . A T 33.0 PASS AF=0.0932203;AO=7;DP=113;FAO=11;FDP=118;FR=.;FRO=107;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=79;FSRR=28;FWDB=-0.00145935;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.168;QD=1.11879;RBI=0.0144189;REFB=-0.00145929;REVB=0.0143449;RO=94;SAF=1;SAR=6;SRF=74;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61932;STB=0.90733;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0469881;OID=.;OPOS=23227626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:113:118:94:107:7:11:0.0932203:6:1:74:20:9:2:79:28 chr7 23227629 . T A 526.83 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=111;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00328574;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.911;QD=17.2733;RBI=0.00328695;REFB=-0.0100444;REVB=8.90159e-05;RO=47;SAF=45;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285837;STB=0.67111;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00124391;OID=.;OPOS=23227629;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:122:47:65:56:57:0.467213:11:45:25:22:12:45:34:31 chr7 23227631 . TA AT,TT 916.29 PASS AF=0.0420168,0.546218;AO=5,54;DP=108;FAO=5,65;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=2,59;FSAR=3,6;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.00797079,0.00596628;FXX=0.0403193;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=28.4685,219.689;QD=30.7998;RBI=0.0896821,0.018364;REFB=-0.045039,0.00243714;REVB=0.0893272,0.0173678;RO=32;SAF=2,49;SAR=3,5;SRF=7;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.248628,0.615194;STB=0.689052,0.830862;STBP=0.524,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0207642,0.0082768;OID=.,.;OPOS=23227631,23227632;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:108:119:32:34:5,54:5,65:0.0420168,0.546218:3,5:2,49:7:25:3,6:2,59:7:27 chr7 23235483 . A G 798.55 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0237049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.196;QD=52.3636;RBI=0.0237053;REFB=0.00153455;REVB=-0.000137166;RO=2;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039261;STB=0.513794;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-3.21444e-05;OID=.;OPOS=23235483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:2:3:58:58:0.95082:23:35:0:2:23:35:1:2 chr7 23236797 . C G 1435.78 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0351603;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2746;QD=59.824;RBI=0.0352276;REFB=0.0311745;REVB=-0.00217593;RO=3;SAF=50;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121524;STB=0.506413;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00941612;OID=.;OPOS=23236797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:96:3:3:93:93:0.96875:43:50:1:2:43:50:1:2 chr7 23236842 . C T 1449.17 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00640407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.25;QD=57.3928;RBI=0.00677793;REFB=-0.0280454;REVB=-0.00221996;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5003;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-1.2735e-05;OID=.;OPOS=23236842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:0:2:99:99:0.980198:48:51:0:0:48:51:1:1 chr7 23239133 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.485;QD=60.3761;RBI=0.0636695;REFB=0;REVB=0.0325053;RO=0;SAF=19;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22348e-05;OID=.;OPOS=23239133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:55:19:0:0:55:19:0:0 chr7 23296533 . G A 1529.59 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6907;QD=63.7331;RBI=0.0455184;REFB=0;REVB=0.0361275;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44186e-05;OID=.;OPOS=23296533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:32:64:0:0:32:64:0:0 chr7 23296572 . C G,T 1543.34 PASS AF=0.0366972,0.954128;AO=4,98;DP=106;FAO=4,104;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=3,69;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165597,0.0284549;FXX=0.0180164;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.2697,147.389;QD=56.6365;RBI=0.0273913,0.0793523;REFB=-0.0559068,0.0403931;REVB=0.0218188,0.074075;RO=0;SAF=3,66;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.665771,0.507041;STBP=0.288,0.258;TYPE=snp,snp;VARB=0.0766575,0.000395013;OID=.,.;OPOS=23296572,23296572;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:106:109:0:1:4,98:4,104:0.0366972,0.954128:1,32:3,66:0:0:1,35:3,69:0:1 chr7 23390952 . G T 632.56 PASS AF=0.525;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0191132;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.946;QD=21.0853;RBI=0.020217;REFB=-0.0097001;REVB=-0.00658862;RO=56;SAF=33;SAR=30;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255901;STB=0.509551;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00894484;OID=.;OPOS=23390952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:56:57:63:63:0.525:30:33:31:25:30:33:31:26 chr7 23728916 . G A 376.57 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.000426797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.153;QD=12.874;RBI=0.0020536;REFB=0.000868501;REVB=-0.00200876;RO=71;SAF=27;SAR=18;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251527;STB=0.510634;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00127511;OID=.;OPOS=23728916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:72:45:45:0.384615:18:27:41:30:18:27:42:30 chr7 23728931 . T C 376.52 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0370616;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9511;QD=12.6561;RBI=0.0437835;REFB=-0.0192057;REVB=-0.0233116;RO=72;SAF=28;SAR=17;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750714;STB=0.544092;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.034451;OID=.;OPOS=23728931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:72:74:45:45:0.378151:17:28:40:32:17:28:41:33 chr7 23737891 . A G 698.04 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0034656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.67;QD=17.0253;RBI=0.00397379;REFB=-0.0176286;REVB=-0.00194438;RO=88;SAF=44;SAR=31;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964462;STB=0.550711;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0230199;OID=.;OPOS=23737891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:89:75:75:0.457317:31:44:43:45:31:44:44:45 chr7 23751736 . A G 748.81 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0092774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.902;QD=22.187;RBI=0.00986724;REFB=-0.0347686;REVB=0.0033604;RO=63;SAF=28;SAR=44;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766261;STB=0.542044;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0294553;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:63:72:72:0.533333:44:28:30:33:44:28:30:33 chr7 23794029 . G A 972.84 PASS AF=0.567073;AO=91;DP=162;FAO=93;FDP=164;FR=.;FRO=71;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0276559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9649;QD=23.7278;RBI=0.0467651;REFB=0.00201776;REVB=-0.0377111;RO=71;SAF=53;SAR=38;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156906;STB=0.512489;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00267418;OID=.;OPOS=23794029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:71:71:91:93:0.567073:38:53:40:31:38:55:40:31 chr7 23854838 . G GA 617.4 PASS AF=1;AO=68;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.28901;QD=29.754;RBI=0.121035;REFB=0;REVB=0.0116938;RO=14;SAF=26;SAR=42;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00239435;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:84:83:83:0:35:48:0:0:15:14:26:42:10:4 chr7 23934657 . A C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0132968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.536;QD=14.698;RBI=0.0133449;REFB=0.00303652;REVB=0.00113271;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237098;STB=0.63489;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00309496;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:19:4:6:10:19:4 chr7 24325009 . G A 341.83 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.019223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.64;QD=18.4774;RBI=0.019443;REFB=-0.0181861;REVB=0.00291631;RO=38;SAF=10;SAR=26;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151157;STB=0.584726;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0273936;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:26:10:16:22:26:10:16:22 chr7 24703298 . G A 1805.35 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275612;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.065;QD=61.1982;RBI=0.05856;REFB=0;REVB=0.0516687;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16428e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:65:51:0:0:66:52:0:0 chr7 24758753 . C T 385.36 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0200534;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.03;QD=18.1347;RBI=0.0302853;REFB=-0.0136373;REVB=-0.022695;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961222;STB=0.551842;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0173624;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:39:40:0.470588:20:19:17:27:21:19:17:28 chr7 24758795 . T C 1194.91 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3005;QD=60.5016;RBI=0.084417;REFB=0;REVB=0.0207261;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411421;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:42:34:0:0:45:34:0:0 chr7 24758818 . G T 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0091164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.365;QD=16.2726;RBI=0.0438248;REFB=-0.0207153;REVB=-0.0428661;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137959;STB=0.577417;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0220743;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:16:16:14:25:16:16:14:25 chr7 24854765 . G A 303.92 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0356589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6795;QD=14.8255;RBI=0.0447626;REFB=-0.00895153;REVB=-0.027058;RO=47;SAF=20;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145199;STB=0.515455;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0134236;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:14:20:27:20:14:20:27:21 chr7 24911357 . T G 650.93 PASS AF=0.360731;AO=79;DP=218;FAO=79;FDP=219;FR=.;FRO=140;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=73;FSRR=67;FWDB=-0.029068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.514;QD=11.8891;RBI=0.0361877;REFB=0.000451973;REVB=-0.0215546;RO=139;SAF=52;SAR=27;SRF=72;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164122;STB=0.591529;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00120528;OID=.;OPOS=24911357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:139:140:79:79:0.360731:27:52:72:67:27:52:73:67 chr7 25181912 . T C 1925.16 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134434;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.815;QD=61.6051;RBI=0.0386932;REFB=0;REVB=0.0362828;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417098;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:123:125:1:58:65:0:0:60:65:0:0 chr7 25194665 . G C 645.92 PASS AF=0.436364;AO=71;DP=166;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=63;FSRR=30;FWDB=0.0015096;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.077;QD=15.6586;RBI=0.0179321;REFB=-0.0017028;REVB=0.0178684;RO=93;SAF=43;SAR=28;SRF=63;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779324;STB=0.547839;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00255374;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:93:93:71:72:0.436364:28:43:63:30:29:43:63:30 chr7 25194753 . C T 963.7 PASS AF=0.430962;AO=103;DP=240;FAO=103;FDP=239;FR=.;FRO=136;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=77;FSRR=59;FWDB=0.0233147;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.075;QD=16.1288;RBI=0.0238532;REFB=-0.0161581;REVB=0.00503992;RO=135;SAF=55;SAR=48;SRF=76;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297552;STB=0.518448;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.019467;OID=.;OPOS=25194753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:135:136:103:103:0.430962:48:55:76:59:48:55:77:59 chr7 25267934 . T C 242.1 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0603507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.079;QD=16.9896;RBI=0.0854659;REFB=-0.0171921;REVB=0.0605163;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177389;STB=0.609673;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0376895;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:9:18:14:15:9:18:14:16 chr7 25267963 . G C 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2613;QD=59.14;RBI=0.0234725;REFB=0;REVB=0.0214365;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7308e-05;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr7 25304395 . A G 555.26 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.0467597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.13;QD=15.5317;RBI=0.0486839;REFB=-0.0133258;REVB=-0.0135518;RO=82;SAF=26;SAR=34;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068289;STB=0.506893;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0207739;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:83:60:60:0.41958:34:26:35:47:34:26:35:48 chr7 26224668 . C T 1572.53 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.581;QD=62.9011;RBI=0.0348004;REFB=-0.0504983;REVB=-0.00018766;RO=1;SAF=39;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012006;STB=0.506172;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00033646;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:59:39:1:0:59:40:1:0 chr7 26251843 . C T 46.79 PASS AF=0.138889;AO=6;DP=73;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=49;FWDB=0.000540543;FXX=0.0649266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.6;QD=2.59948;RBI=0.00768343;REFB=-0.0070311;REVB=-0.00766439;RO=63;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620764;STB=0.749625;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0499694;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:73:72:63:62:6:10:0.138889:4:2:18:45:5:5:13:49 chr7 26252932 . CTGG C 132.83 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0303358;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.767;QD=5.20885;RBI=0.0334373;REFB=-0.0104836;REVB=-0.0140639;RO=78;SAF=15;SAR=6;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234359;STB=0.654608;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=0.0376461;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:21:102:21:102:81:15:6:43:38:99:78:15:6:42:36 chr7 26386122 . T A 516.82 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00991215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.801;QD=22.4705;RBI=0.0105976;REFB=-0.0110452;REVB=0.00374942;RO=43;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209575;STB=0.511541;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00852158;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:24:25:23:20:24:25:23:20 chr7 26576535 . T C 373.7 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000734818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6939;QD=18.0098;RBI=0.0361464;REFB=-0.0132939;REVB=-0.0361389;RO=43;SAF=27;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225312;STB=0.621237;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0164935;OID=.;OPOS=26576535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:44:39:39:0.46988:12:27:20:23:12:27:21:23 chr7 26685934 . T C 2159.66 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163201;FXX=0.0555517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7605;QD=63.5195;RBI=0.0940866;REFB=0;REVB=0.0926603;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244114;OID=.;OPOS=26685934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:66:70:0:0:66:70:0:0 chr7 26778406 . A G 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0214646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.304;QD=49.9763;RBI=0.0505376;REFB=-0.0317382;REVB=0.0457528;RO=2;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229507;STB=0.624895;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00085576;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:3:25:0:2:3:25:0:2 chr7 27135314 . C T 237.74 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281333;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0731;QD=50.0501;RBI=0.0432713;REFB=0;REVB=-0.0328774;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122806;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr7 27147179 . T A 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.0121016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.512;QD=9.88298;RBI=0.022544;REFB=0.00172852;REVB=-0.0190206;RO=42;SAF=2;SAR=19;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276616;STB=0.686527;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00187229;OID=.;OPOS=27147179;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:19:2:9:33:19:2:10:33 chr7 27169093 . T G 1695.2 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.259;QD=60.5428;RBI=0.0157569;REFB=0;REVB=-0.0105982;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09532e-06;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:48:64:0:0:48:64:0:0 chr7 27196069 . A C 3011.17 PASS AF=1;AO=190;DP=194;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707561;FXX=0.0206175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2792;QD=63.393;RBI=0.0802751;REFB=-0.120758;REVB=0.0379167;RO=1;SAF=68;SAR=122;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00388742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433225;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:190:1:0:190:190:1:122:68:0:1:122:68:0:0 chr7 27196113 . C T 3055.51 PASS AF=0.949541;AO=205;DP=217;FAO=207;FDP=218;FR=.;FRO=11;FSAF=81;FSAR=126;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0354415;FXX=0.013574;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.9945;QD=56.0644;RBI=0.0613763;REFB=-0.155745;REVB=0.0501094;RO=11;SAF=80;SAR=125;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653105;STB=0.503344;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00618816;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:217:218:11:11:205:207:0.949541:125:80:5:6:126:81:5:6 chr7 27202289 . A G 187.51 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00623175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.974;QD=19.7381;RBI=0.103412;REFB=-0.00247034;REVB=0.103224;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167086;STB=0.604289;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00397165;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:9:9:13:6:10:9:13:6 chr7 27204497 . T TG 32.49 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=133;FAO=21;FDP=133;FR=.;FRO=112;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.0602299;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6898;QD=0.977085;RBI=0.0633595;REFB=-0.0274572;REVB=0.019667;RO=115;SAF=4;SAR=11;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189366;STB=0.793578;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0256302;OID=.;OPOS=27204498;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:15:133:21:133:112:3:18:49:63:32:115:4:11:47:68 chr7 27279191 . T G 455.02 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0102164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.719;QD=16.5462;RBI=0.0116611;REFB=-0.0120191;REVB=0.00562194;RO=59;SAF=26;SAR=24;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111986;STB=0.50182;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0135985;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:60:50:50:0.454545:24:26:30:29:24:26:31:29 chr7 27702390 . C A 769.48 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0191411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.649;QD=21.5238;RBI=0.0194453;REFB=-0.0227488;REVB=0.0034258;RO=69;SAF=40;SAR=34;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165946;STB=0.509116;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0207276;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:69:69:74:74:0.517483:34:40:36:33:34:40:36:33 chr7 27842733 . A G 772.27 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=156;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00335397;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.05;QD=19.9296;RBI=0.031337;REFB=-0.0309622;REVB=0.031157;RO=74;SAF=47;SAR=32;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731951;STB=0.547409;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0293952;OID=.;OPOS=27842733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:74:76:79:79:0.509677:32:47:38:36:32:47:38:38 chr7 27886171 . A G 1427.86 PASS AF=0.989247;AO=68;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.053727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.954;QD=61.4135;RBI=0.0879359;REFB=-0.167068;REVB=0.0696141;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.504201;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0108089;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:68:92:0.989247:41:27:0:1:59:33:0:1 chr7 27954422 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0268176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.922;QD=21.0075;RBI=0.0281815;REFB=0.0298633;REVB=-0.00866099;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198665;STB=0.612668;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0155091;OID=.;OPOS=27954422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:9:8:5:14:9:8 chr7 28319007 . T A 1189.19 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.9;QD=60.9842;RBI=0.0155605;REFB=0;REVB=0.0123419;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37551e-06;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr7 28319234 . A C 727.12 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1477;QD=61.8821;RBI=0.0635025;REFB=0;REVB=0.0617349;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714871;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:17:29:0:0:17:30:0:0 chr7 28449965 . T C 112.84 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0144718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6888;QD=17.3595;RBI=0.0183331;REFB=-0.059298;REVB=-0.0112547;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468092;STB=0.768816;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.060894;OID=.;OPOS=28449965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:3:10:3:10:3:10 chr7 28843898 . TG TC,T 270.02 PASS AF=0,0.608696;AO=3,38;DP=71;FAO=0,42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=0,26;FSAR=0,16;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.143755,-0.147308;FXX=0.028165;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=83.8828,12.6789;QD=15.6533;RBI=0.165736,0.176607;REFB=-0.0130361,-0.157744;REVB=-0.08248,-0.0974191;RO=23;SAF=3,18;SAR=0,20;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0.27422;SSEP=0,0;SSSB=0.666175,0.118069;STB=0.5,0.639279;STBP=1,0.005;TYPE=snp,del;VARB=0,0.11022;OID=.,.;OPOS=28843899,28843899;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.608696:3,38:71:0,42:69:27:0,26:0,16:7:20:99:23:3,18:0,20:7:16 chr7 28995800 . G A 370.49 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.103;QD=52.9273;RBI=0.137853;REFB=-0.0748549;REVB=0.020434;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336671;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:11:17:0:0 chr7 28996557 . C T 880.71 PASS AF=0.890411;AO=56;DP=73;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0697234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.181;QD=48.2582;RBI=0.0767919;REFB=-0.146796;REVB=0.0321814;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.543753;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00380244;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:73:73:0:8:56:65:0.890411:23:33:0:0:24:41:2:6 chr7 28996944 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.548;QD=59.4334;RBI=0.0222311;REFB=0;REVB=0.013025;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20426e-05;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr7 28997141 . G C 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.13;QD=60.159;RBI=0.0245409;REFB=-0.0934484;REVB=0.0158309;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00156039;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:19:25:1:0:19:25:1:0 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 897.92 PASS AF=1,0,0;AO=53,6,3;DP=63;FAO=63,0,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0,0;FSAR=29,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230924,-0.127521,-0.0344747;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=26.0778,5.26474,4.17171;QD=57.011;RBI=0.0594325,0.157462,0.144059;REFB=0,0,0;REVB=-0.0547628,-0.0923721,-0.139873;RO=0;SAF=27,6,0;SAR=26,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.000585255,0,0;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:53,6,3:63:63,0,0:63:0:34,0,0:29,0,0:0:0:5:0:27,6,0:26,0,3:0:0 chr7 29186256 . A G 1121.38 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369247;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.517;QD=58.2536;RBI=0.00481867;REFB=0;REVB=-0.00309601;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600895;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:77:0:0:69:77:1:42:27:0:0:42:35:0:0 chr7 29186576 . A G 1420.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238835;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.677;QD=63.1303;RBI=0.0415558;REFB=0;REVB=0.0340069;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159218;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr7 29552213 . T C 815.31 PASS AF=0.590551;AO=74;DP=127;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00211934;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7836;QD=25.679;RBI=0.0399096;REFB=0.00305186;REVB=0.0398533;RO=51;SAF=37;SAR=37;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956902;STB=0.552457;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00144509;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:51:52:74:75:0.590551:37:37:32:19:37:38:33:19 chr7 29605975 . C G 132.55 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0409077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7159;QD=15.149;RBI=0.0411865;REFB=0.00296424;REVB=0.00478399;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00723354;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:9:6:7:12:9:6:8:12 chr7 29606288 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00895813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.087;QD=23.9649;RBI=0.0151426;REFB=-0.0163938;REVB=0.0122086;RO=18;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169282;STB=0.594912;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0123807;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:17:6:8:10:17:6:8:10 chr7 29720404 . A G 226.32 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=90;FAO=20;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00198942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.224;QD=10.0588;RBI=0.00457749;REFB=-0.0188864;REVB=0.00412258;RO=60;SAF=8;SAR=10;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191131;STB=0.611003;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0592328;OID=.;OPOS=29720404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:18:20:0.222222:10:8:36:24:11:9:36:24 chr7 29924072 . A G 415.48 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00257032;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0122;QD=53.6106;RBI=0.0686531;REFB=0.0450691;REVB=0.068605;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000245813;OID=.;OPOS=29924072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:15:14:0:1:16:14:0:1 chr7 29952207 . C G 1668.4 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750728;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8891;QD=60.1225;RBI=0.0758103;REFB=0;REVB=-0.0105487;RO=0;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490209;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:44:66:0:0:44:67:0:0 chr7 30177278 . C T 1054.22 PASS AF=0.512077;AO=106;DP=207;FAO=106;FDP=207;FR=.;FRO=101;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.0124457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8437;QD=20.3713;RBI=0.020506;REFB=0.013402;REVB=0.0162973;RO=101;SAF=56;SAR=50;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316831;STB=0.501737;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00915304;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:101:101:106:106:0.512077:50:56:53:48:50:56:53:48 chr7 30491311 . C T 285.7 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00945675;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.259;QD=17.5813;RBI=0.0216711;REFB=-0.0106152;REVB=-0.0194989;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179383;STB=0.600135;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0117482;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:23:11:16:15:23:11 chr7 30492550 . G A 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0302491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1151;QD=21.9981;RBI=0.0330791;REFB=0.00405122;REVB=0.0133872;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524312;STB=0.529073;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0048105;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:17:12:11:12:17:12:11:12 chr7 30496382 . G C 256.03 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0343679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9928;QD=12.0484;RBI=0.0982456;REFB=-0.0270923;REVB=-0.0920383;RO=52;SAF=15;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339007;STB=0.513299;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0451352;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:52:54:31:31:0.364706:16:15:25:27:16:15:25:29 chr7 30538651 . T C 659.55 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0372383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.964;QD=48.8552;RBI=0.0820432;REFB=-0.180894;REVB=0.0731054;RO=3;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494652;STB=0.514323;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00424123;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:54:3:4:49:50:0.925926:27:22:0:3:28:22:1:3 chr7 30795331 . A G 2191.92 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.709;QD=63.0767;RBI=0.0442548;REFB=0;REVB=0.0330166;RO=0;SAF=77;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64169e-05;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:139:0:0:134:139:1:57:77:0:0:58:81:0:0 chr7 30795436 . T G 685.93 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00639657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.059;QD=58.3767;RBI=0.00912177;REFB=-0.022237;REVB=-0.00650312;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000506879;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:25:20:0:1:25:20:1:1 chr7 30831144 . C T 342.8 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.017031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.009;QD=12.0279;RBI=0.0208793;REFB=-0.0206839;REVB=-0.0120784;RO=68;SAF=16;SAR=26;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283892;STB=0.643497;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0316634;OID=.;OPOS=30831144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:72:42:42:0.368421:26:16:44:24:26:16:44:28 chr7 30915262 . CA TG 368.99 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0113422;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.83;QD=12.947;RBI=0.0133404;REFB=-0.0139674;REVB=0.00702283;RO=70;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101855;STB=0.505782;STBP=0.927;TYPE=mnp;VARB=0.0213288;OID=.;OPOS=30915262;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:70:70:44:44:0.385965:26:18:28:42:26:18:28:42 chr7 31008686 . G A 240.07 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0385471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8821;QD=28.2435;RBI=0.0672839;REFB=-0.0350198;REVB=0.0551474;RO=12;SAF=19;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286257;STB=0.660698;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0239108;OID=.;OPOS=31008686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:3:19:7:5:3:19:7:5 chr7 31013675 . G A 367.03 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00936756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.144;QD=16.3124;RBI=0.00940405;REFB=-0.00733782;REVB=-0.000827674;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962654;STB=0.560446;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0101919;OID=.;OPOS=31013675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:51:51:38:39:0.433333:20:18:29:22:21:18:29:22 chr7 31377369 . T G 1286.85 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0619548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7538;QD=60.5576;RBI=0.0622271;REFB=-0.0591951;REVB=0.00581559;RO=1;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956961;STB=0.505049;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00338477;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:49:35:0:1:49:35:0:1 chr7 31377671 . CA C 187.49 PASS AF=0.466667;AO=39;DP=93;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0209731;FXX=0.0322546;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5746;QD=8.33297;RBI=0.0623683;REFB=0.00586665;REVB=0.0587361;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0.402312;SSSB=0.0811901;STB=0.554346;STBP=0.381;TYPE=del;VARB=0.0208506;OID=.;OPOS=31377672;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:39:93:42:90:48:20:22:18:30:99:47:19:20:19:28 chr7 31592733 . C A 544.65 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0150245;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.663;QD=19.9872;RBI=0.0213136;REFB=-0.0360007;REVB=0.0151174;RO=52;SAF=30;SAR=26;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533367;STB=0.524116;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0431611;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:52:53:56:56:0.513761:26:30:31:21:26:30:31:22 chr7 31594508 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0204084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.399;QD=18.249;RBI=0.0262462;REFB=0.00837462;REVB=-0.0165034;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378293;STB=0.720916;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00829561;OID=.;OPOS=31594508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:11:2:6:6:11:2:6:6 chr7 31617733 . T C 747.53 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0278091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0333;QD=52.4581;RBI=0.0280178;REFB=-0.0723948;REVB=0.00341364;RO=2;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448139;STB=0.522719;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0029039;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:20:34:0:2:21:34:0:2 chr7 31618008 . A G 239.69 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.384;QD=50.4609;RBI=0.089253;REFB=0;REVB=0.0156208;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708181;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:15:4:0:0 chr7 31682453 . C T 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0620035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7001;QD=14.1723;RBI=0.0635001;REFB=0.00342861;REVB=0.0137051;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161453;STB=0.50123;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00353567;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:19:13:18:28:19:13:19:28 chr7 31682601 . T C 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0388809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.138;QD=14.4324;RBI=0.0390037;REFB=-0.0119428;REVB=-0.00309256;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068241;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0146275;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:15:16:23:21:15:16:23:21 chr7 31682853 . T C 407.77 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0275503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9924;QD=17.7293;RBI=0.029155;REFB=-0.00710014;REVB=-0.00953912;RO=48;SAF=29;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07077;STB=0.531309;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00690344;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:42:42:0.456522:13:29:30:18:13:29:32:18 chr7 31683054 . G T 547.15 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0173147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.087;QD=26.0547;RBI=0.0184823;REFB=-0.00862293;REVB=-0.00646518;RO=33;SAF=33;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430673;STB=0.531692;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00470475;OID=.;OPOS=31683054;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:34:50:50:0.595238:17:33:20:13:17:33:20:14 chr7 31683410 . G A 324.59 PASS AF=0.344538;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.00649466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.259;QD=10.9105;RBI=0.0112559;REFB=-0.014975;REVB=-0.0091932;RO=76;SAF=18;SAR=23;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186227;STB=0.614023;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0260274;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:78:41:41:0.344538:23:18:46:30:23:18:48:30 chr7 31855578 . G A,T 1207.07 PASS AF=0.975309,0.0246914;AO=71,3;DP=74;FAO=79,2;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720507,-0.0641961;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.7592,29.3439;QD=59.6083;RBI=0.0830964,0.0690575;REFB=0,0;REVB=0.0413971,0.0254521;RO=0;SAF=46,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.50978e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00296964,0.124606;OID=.,.;OPOS=31855578,31855578;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:74:81:0:0:71,3:79,2:0.975309,0.0246914:25,0:46,3:0:0:28,0:51,2:0:0 chr7 31920395 . G A 334.84 PASS AF=0.383178;AO=40;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0109831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.979;QD=12.5172;RBI=0.0263488;REFB=-0.0169489;REVB=-0.0239505;RO=66;SAF=24;SAR=16;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443001;STB=0.515639;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0271255;OID=.;OPOS=31920395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:66:40:41:0.383178:16:24:37:29:17:24:37:29 chr7 32209425 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.108;QD=59.9376;RBI=0.0344139;REFB=0;REVB=0.0327692;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37934e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:45:56:0:0:45:56:0:0 chr7 32209459 . C T 646.06 PASS AF=0.524194;AO=61;DP=120;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.00876699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.63;QD=20.8408;RBI=0.0126923;REFB=-0.00885531;REVB=0.00917795;RO=58;SAF=26;SAR=35;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215268;STB=0.622966;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.010545;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:58:59:61:65:0.524194:35:26:39:19:39:26:39:20 chr7 32338337 . G A 1686.82 PASS AF=0.943548;AO=116;DP=124;FAO=117;FDP=124;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0711137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0636;QD=54.4136;RBI=0.0879128;REFB=-0.219689;REVB=0.0516866;RO=8;SAF=37;SAR=79;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973986;STB=0.511803;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00724283;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:124:124:8:7:116:117:0.943548:79:37:2:6:79:38:1:6 chr7 32526687 . C T 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0182482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.92;QD=19.4654;RBI=0.038177;REFB=-0.00686403;REVB=-0.0335333;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00954872;OID=.;OPOS=32526687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:11:12:11:11:12:12 chr7 32529936 . G C 464.71 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0978969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.603;QD=58.0882;RBI=0.0980691;REFB=0;REVB=0.00580961;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173372;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 32530105 . G C 1253.24 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0202405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.722;QD=56.9654;RBI=0.0214227;REFB=-0.0406253;REVB=0.00701812;RO=4;SAF=53;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348139;STB=0.518408;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-3.93786e-05;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:4:4:84:84:0.954545:31:53:1:3:31:53:1:3 chr7 32530198 . AA TC 1159.91 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753514;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=96.3522;QD=60.2551;RBI=0.0247396;REFB=0;REVB=-0.0235642;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000195734;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:40:35:0:0:41:36:0:0 chr7 32613020 . A G 1245.83 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6204;QD=61.5225;RBI=0.0238912;REFB=0;REVB=0.0230981;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171637;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr7 32623796 . C T 747.18 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.921;QD=63.5894;RBI=0.034613;REFB=0;REVB=0.00863994;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32971e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:18:27:0:0:18:29:0:0 chr7 32908287 . T C 966.94 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.363;QD=58.6024;RBI=0.00686937;REFB=0;REVB=-0.000319162;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150117;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:31:35:0:0 chr7 32909182 . G A 479.31 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0159485;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.486;QD=16.5278;RBI=0.0162432;REFB=0.00128357;REVB=-0.00308038;RO=60;SAF=16;SAR=36;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149756;STB=0.578916;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00128001;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:60:64:52:52:0.448276:36:16:27:33:36:16:28:36 chr7 32956941 . C T 102.08 PASS AF=0.571429;AO=10;DP=19;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0171073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9154;QD=19.4443;RBI=0.0440535;REFB=-0.0341323;REVB=-0.0405962;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.537129;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0161229;OID=.;OPOS=32956941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:21:9:9:10:12:0.571429:5:5:6:3:5:7:6:3 chr7 33054112 . A G 281.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.21;QD=51.1397;RBI=0.00961898;REFB=0;REVB=-0.00951689;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429486;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr7 33054117 . T TAAG,TAAGA 262.0 PASS AF=0,0.956522;AO=8,7;DP=24;FAO=0,22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00214065,0.0203339;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=102.667,178.482;QD=45.5652;RBI=0.0802552,0.112668;REFB=-0.018245,-0.0226825;REVB=-0.0802266,-0.110818;RO=4;SAF=5,5;SAR=3,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.215906,0.298189;STB=0.5,0.523788;STBP=1,0.306;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00250096;OID=.,.;OPOS=33054118,33054118;OREF=-,-;OALT=AAG,AAGA;OMAPALT=TAAG,TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.956522:8,7:24:0,22:23:1:0,10:0,12:1:0:6:4:5,5:3,2:1:3 chr7 33054118 . TT AT,GA 50.15 PASS AF=0.318182,0;AO=8,2;DP=26;FAO=7,0;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00139095,-0.00532833;FXX=0.153787;HRUN=14,14;LEN=1,2;MLLD=111.985,194.803;QD=9.11797;RBI=0.0156191,0.0117484;REFB=-0.0216575,-0.00855722;REVB=0.015557,-0.0104706;RO=12;SAF=5,0;SAR=3,2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0434779,-0.593836;STB=0.675158,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0160159,0;OID=.,.;OPOS=33054118,33054118;OREF=T,TT;OALT=A,GA;OMAPALT=AT,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:26:22:12:15:8,2:7,0:0.318182,0:3,2:5,0:7:5:2,0:5,0:7:8 chr7 33060946 . A G 480.76 PASS AF=0.897436;AO=34;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.024637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9289;QD=49.3085;RBI=0.0944506;REFB=-0.0861146;REVB=0.0911807;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.552602;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.02384;OID=.;OPOS=33060946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:0:4:34:35:0.897436:16:18:0:0:17:18:0:4 chr7 33134883 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.555;QD=43.4862;RBI=0.00639774;REFB=0;REVB=0.00454214;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15265e-05;OID=.;OPOS=33134883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr7 33385852 . C T 927.03 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133969;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.851;QD=57.0481;RBI=0.032405;REFB=-0.0430551;REVB=-0.029506;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=9.94511e-05;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:0:1:30:34:0:1 chr7 33388713 . G A 294.42 PASS AF=0.354545;AO=31;DP=106;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0191124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.733;QD=10.7061;RBI=0.0201581;REFB=-0.00398447;REVB=0.00640841;RO=70;SAF=16;SAR=15;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826347;STB=0.590695;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00950369;OID=.;OPOS=33388713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:70:71:31:39:0.354545:15:16:41:29:22:17:41:30 chr7 33391089 . G A 251.06 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00657576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3116;QD=20.9217;RBI=0.00667354;REFB=-0.0115385;REVB=0.00113819;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30623;STB=0.672514;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0165719;OID=.;OPOS=33391089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:7:17:9:15:7:17:9:15 chr7 33979638 . GTTTTTTTTTT GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTA 107.78 PASS AF=0.755556,0.155556;AO=14,7;DP=45;FAO=34,7;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=20,6;FSAR=14,1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.253139,0.0870022;FXX=0;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=4.42764,15.2335;QD=9.58043;RBI=0.356789,0.194206;REFB=-0.0564272,-0.00958269;REVB=-0.251433,-0.173627;RO=11;SAF=7,6;SAR=7,1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.248773,0.0734487;STB=0.517675,0.571204;STBP=0.531,0.712;TYPE=del,snp;VARB=0.110933,-0.0476049;OID=.,.;OPOS=33979639,33979648;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.755556,0.155556:14,7:45:34,7:45:4:20,6:14,1:3:1:16:11:7,6:7,1:9:2 chr7 34009946 . C T 858.23 PASS AF=0.491525;AO=87;DP=177;FAO=87;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.0783261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.038;QD=19.3951;RBI=0.0801644;REFB=-0.0186303;REVB=-0.0170688;RO=90;SAF=37;SAR=50;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559133;STB=0.530761;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0181152;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:90:90:87:87:0.491525:50:37:33:57:50:37:33:57 chr7 34192762 . G C 1664.5 PASS AF=0.991071;AO=107;DP=109;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0396071;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.647;QD=59.4464;RBI=0.0592611;REFB=-0.00752772;REVB=0.0440812;RO=1;SAF=72;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065473;STB=0.503355;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.000216576;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:112:1:1:107:111:0.991071:35:72:1:0:37:74:1:0 chr7 34793057 . C T 658.64 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0293588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0664;QD=56.0543;RBI=0.0327292;REFB=0.0144855;REVB=0.0144657;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00639231;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:2:3:44:44:0.93617:22:22:1:1:22:22:1:2 chr7 34818113 . A T 1190.86 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.023668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5905;QD=58.0906;RBI=0.0318495;REFB=0.0217632;REVB=0.0213124;RO=1;SAF=57;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823521;STB=0.50629;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00480968;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:23:57:1:0:23:57:1:1 chr7 34851393 . C G 1510.27 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.828;QD=63.5905;RBI=0.0694505;REFB=0;REVB=0.0692259;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143683;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:54:40:0:0:55:40:0:0 chr7 34874038 . C G 1464.44 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018574;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.95;QD=57.9975;RBI=0.0210236;REFB=0;REVB=0.00984877;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100998;OID=.;OPOS=34874038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:101:0:0:96:101:1:46:50:0:0:47:54:0:0 chr7 35840898 . G C,GC 1391.16 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=10,81;DP=96;FAO=6,86;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=1,42;FSAR=5,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250161,0.0320159;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=95.2701,113.688;QD=60.4853;RBI=0.0644337,0.0583776;REFB=0,0;REVB=-0.0593792,-0.0488153;RO=4;SAF=4,38;SAR=6,43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.294912,-0.0472714;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0376902,-0.00227435;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:96:92:4:0:10,81:6,86:0.0652174,0.934783:6,43:4,38:4:0:5,44:1,42:0:0 chr7 36124292 . G A 905.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159433;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5912;QD=58.4374;RBI=0.0175532;REFB=0;REVB=-0.00734342;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35038e-05;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr7 36194770 . CG CC,C 36.94 PASS AF=0.0769231,0.179487;AO=3,6;DP=38;FAO=3,7;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=0,1;FSAR=3,6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0513524,0.190112;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.6262,12.5445;QD=3.78851;RBI=0.0532401,0.19163;REFB=-0.0512527,-0.0406929;REVB=-0.0140512,0.0240728;RO=25;SAF=0,1;SAR=3,5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.650786,-0.565931;STB=0.997095,0.869216;STBP=0.041,0.044;TYPE=snp,del;VARB=-0.0317251,0.106033;OID=.,.;OPOS=36194771,36194771;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0769231,0.179487:3,6:38:3,7:39:29:0,1:3,6:18:11:20:25:0,1:3,5:17:8 chr7 36320821 . G A 1825.23 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.648;QD=60.3383;RBI=0.0410882;REFB=-0.141949;REVB=0.0031288;RO=1;SAF=63;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748055;STB=0.503936;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000205325;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:57:63:1:0:57:63:1:0 chr7 36338749 . T C 1510.81 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.678;QD=63.613;RBI=0.0308876;REFB=0;REVB=0.0275898;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52827e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:92:95:1:37:55:0:0:40:55:0:0 chr7 36339269 . C G 128.24 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0370519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7056;QD=12.2135;RBI=0.037605;REFB=-0.0118242;REVB=0.00642633;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318642;STB=0.687254;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0197623;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:17:10:10:5:17:10 chr7 36396480 . A G 303.34 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0115907;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.5626;QD=14.6189;RBI=0.052552;REFB=0.000881163;REVB=0.0512578;RO=45;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132447;STB=0.576961;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000472719;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:49:34:34:0.409639:13:21:22:23:13:21:24:25 chr7 36445856 . G A 1550.13 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.75;QD=63.2707;RBI=0.0570275;REFB=0;REVB=-0.00968659;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29376e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:47:47:0:0:47:51:0:0 chr7 36447349 . A ACTT 208.06 PASS AF=0.356164;AO=24;DP=75;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0176299;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.541;QD=11.4006;RBI=0.0205824;REFB=-0.0170125;REVB=0.0106217;RO=45;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155019;STB=0.595762;STBP=0.239;TYPE=ins;VARB=0.0327102;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356164:24:75:26:73:47:17:9:24:23:99:45:15:9:22:23 chr7 36459076 . G A 288.52 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0534835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.538;QD=13.7389;RBI=0.0554309;REFB=0.00226569;REVB=0.0145638;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249586;STB=0.514215;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0054593;OID=.;OPOS=36459076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:15:18:29:22:15:18:29:22 chr7 36552729 . A AT 812.72 PASS AF=1;AO=72;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.217777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.5969;QD=36.1211;RBI=0.28277;REFB=0;REVB=0.180367;RO=14;SAF=40;SAR=32;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00204461;OID=.;OPOS=36552730;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:91:90:90:0:47:43:0:0:13:14:40:32:4:10 chr7 36552790 . G GT,T 1391.95 PASS AF=0.979381,0.0206186;AO=88,9;DP=101;FAO=95,2;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44,1;FSAR=51,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668879,0.0994893;FXX=0.010203;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=22.5404,5.45699;QD=57.3998;RBI=0.0700051,0.147228;REFB=0,0;REVB=-0.0206573,-0.108526;RO=0;SAF=43,1;SAR=45,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.39218e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00223953,-0.0359659;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:101:97:0:0:88,9:95,2:0.979381,0.0206186:45,8:43,1:0:0:51,1:44,1:0:0 chr7 36729757 . T C 462.34 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0131101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.761;QD=24.3334;RBI=0.0138037;REFB=0.00640055;REVB=0.00432072;RO=30;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338247;STB=0.519222;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00341438;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:32:44:44:0.578947:20:24:15:15:20:24:16:16 chr7 36763672 . C T 240.4 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0416796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.923;QD=28.2823;RBI=0.0434772;REFB=-0.0364785;REVB=-0.0123726;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291635;STB=0.516114;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0122403;OID=.;OPOS=36763672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:6:6:10:12:6:6 chr7 37209284 . G A 773.75 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167936;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.957;QD=55.2676;RBI=0.0247922;REFB=-0.0403839;REVB=-0.018238;RO=1;SAF=38;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122458;STB=0.506491;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=5.35484e-05;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:17:38:1:0:17:38:1:0 chr7 37298800 . C T 747.23 PASS AF=0.621622;AO=69;DP=111;FAO=69;FDP=111;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0519034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6213;QD=26.9273;RBI=0.0604879;REFB=-0.0237033;REVB=0.0310617;RO=42;SAF=30;SAR=39;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213732;STB=0.511587;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0238113;OID=.;OPOS=37298800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:42:42:69:69:0.621622:39:30:17:25:39:30:17:25 chr7 37355590 . C CT 602.66 PASS AF=1;AO=58;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396022;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.2747;QD=38.8813;RBI=0.0403067;REFB=0;REVB=-0.00750278;RO=4;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00393716;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:64:62:62:0:37:25:0:0:12:4:35:23:1:3 chr7 37780436 . G A 428.5 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0248542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.082;QD=14.4032;RBI=0.0248543;REFB=-0.0121335;REVB=-3.58355e-05;RO=70;SAF=21;SAR=28;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177698;STB=0.59996;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0130007;OID=.;OPOS=37780436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:70:49:49:0.411765:28:21:42:28:28:21:42:28 chr7 37936530 . T C 378.19 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.000926946;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.94;QD=14.8308;RBI=0.015682;REFB=-0.00888294;REVB=0.0156546;RO=59;SAF=23;SAR=19;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658982;STB=0.530712;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0095371;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:42:43:0.421569:19:23:36:23:19:24:36:23 chr7 37947103 . C T 635.06 PASS AF=0.377551;AO=71;DP=193;FAO=74;FDP=196;FR=.;FRO=122;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.00117347;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.799;QD=12.9604;RBI=0.0113077;REFB=-0.0239062;REVB=-0.0112466;RO=120;SAF=39;SAR=32;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823761;STB=0.548993;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0351412;OID=.;OPOS=37947103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:196:120:122:71:74:0.377551:32:39:57:63:33:41:58:64 chr7 37947164 . G T 613.03 PASS AF=0.371728;AO=71;DP=192;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=72;FWDB=-0.0506613;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4429;QD=12.8383;RBI=0.0537345;REFB=-0.011582;REVB=-0.0179116;RO=116;SAF=37;SAR=34;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145663;STB=0.575728;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0143888;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:116:120:71:71:0.371728:34:37:45:71:34:37:48:72 chr7 37951726 . G A 578.49 PASS AF=0.465649;AO=57;DP=127;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00120931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.583;QD=17.6637;RBI=0.0269086;REFB=-0.0115573;REVB=-0.0268814;RO=67;SAF=37;SAR=20;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544379;STB=0.520953;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0309491;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:67:70:57:61:0.465649:20:37:40:27:23:38:41:29 chr7 37951735 . G A 846.93 PASS AF=0.541096;AO=79;DP=146;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0070286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.828;QD=23.2035;RBI=0.0123904;REFB=-0.01959;REVB=-0.0102039;RO=67;SAF=43;SAR=36;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447773;STB=0.52448;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0188457;OID=.;OPOS=37951735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:67:67:79:79:0.541096:36:43:40:27:36:43:40:27 chr7 37953840 . C T 672.94 PASS AF=0.453416;AO=72;DP=160;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.00079804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5322;QD=16.719;RBI=0.047052;REFB=-0.0108911;REVB=-0.0470453;RO=88;SAF=39;SAR=33;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264775;STB=0.511185;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0145433;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:88:88:72:73:0.453416:33:39:50:38:33:40:50:38 chr7 37988589 . C G,T 1423.82 PASS AF=0.171429,0.828571;AO=18,79;DP=97;FAO=18,87;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=8,46;FSAR=10,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224912,0.0192937;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.805,134.312;QD=54.2409;RBI=0.0296161,0.0210478;REFB=0,0;REVB=-0.019268,-0.00841215;RO=0;SAF=8,41;SAR=10,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00395092,0.0084344;OID=.,.;OPOS=37988589,37988589;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:97:105:0:0:18,79:18,87:0.171429,0.828571:10,38:8,41:0:0:10,41:8,46:0:0 chr7 37991129 . C A 557.31 PASS AF=0.365591;AO=66;DP=187;FAO=68;FDP=186;FR=.;FRO=118;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=79;FSRR=39;FWDB=-0.0022018;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.368;QD=11.9852;RBI=0.0200453;REFB=-0.0102807;REVB=0.019924;RO=109;SAF=36;SAR=30;SRF=73;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140406;STB=0.572387;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0269253;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:109:118:66:68:0.365591:30:36:73:36:30:38:79:39 chr7 37991186 . C T 623.23 PASS AF=0.370558;AO=69;DP=194;FAO=73;FDP=197;FR=.;FRO=124;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=75;FSRR=49;FWDB=0.0373598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8752;QD=12.6544;RBI=0.0387289;REFB=-0.0179104;REVB=0.0102064;RO=123;SAF=35;SAR=34;SRF=75;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115893;STB=0.544906;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.027001;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:123:124:69:73:0.370558:34:35:75:48:34:39:75:49 chr7 38268395 . C T 389.08 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0169067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.853;QD=18.751;RBI=0.0193698;REFB=-0.0214881;REVB=0.00945261;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143054;STB=0.579601;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.02253;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:26:17:22:18:26:17 chr7 38269668 . G A 448.21 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0137367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.924;QD=17.5767;RBI=0.0237687;REFB=-0.00820885;REVB=-0.0193973;RO=54;SAF=23;SAR=24;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186974;STB=0.6078;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0103663;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:54:47:48:0.470588:24:23:16:38:24:24:16:38 chr7 38284794 . C T 256.29 PASS AF=0.301724;AO=35;DP=116;FAO=35;FDP=116;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=-0.0516203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5537;QD=8.83753;RBI=0.0526102;REFB=0.0231782;REVB=-0.010158;RO=79;SAF=15;SAR=20;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267232;STB=0.653763;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0582381;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:79:81:35:35:0.301724:20:15:52:27:20:15:53:28 chr7 38284804 . T C 296.09 PASS AF=0.314516;AO=39;DP=123;FAO=39;FDP=124;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=30;FWDB=0.0321479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.925;QD=9.55118;RBI=0.0348038;REFB=-0.00972391;REVB=0.0133349;RO=84;SAF=19;SAR=20;SRF=55;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196869;STB=0.609;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0161602;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:84:85:39:39:0.314516:20:19:55:29:20:19:55:30 chr7 38284808 . A C 270.78 PASS AF=0.305785;AO=36;DP=120;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.0378027;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7065;QD=8.95136;RBI=0.0709909;REFB=0.0033309;REVB=-0.0600888;RO=82;SAF=17;SAR=19;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205781;STB=0.617495;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00651284;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:82:84:36:37:0.305785:19:17:53:29:20:17:53:31 chr7 38284834 . A G 318.16 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.00959878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.061;QD=10.1002;RBI=0.023135;REFB=-0.00899791;REVB=0.0210498;RO=85;SAF=17;SAR=24;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239548;STB=0.638232;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0210534;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:85:41:41:0.325397:24:17:53:32:24:17:53:32 chr7 38284854 . C T 328.96 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=0.00364584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.401;QD=11.4421;RBI=0.0101956;REFB=-0.00468762;REVB=0.0095215;RO=74;SAF=15;SAR=26;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337954;STB=0.692534;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00927971;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:74:41:41:0.356522:26:15:50:24:26:15:50:24 chr7 38289121 . C T 2094.34 PASS AF=1;AO=128;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678562;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.806;QD=62.5176;RBI=0.0169369;REFB=0;REVB=0.0155181;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126632;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:128:134:1:70:58:0:0:72:62:0:0 chr7 38295958 . C T 276.25 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0680901;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2037;QD=18.1145;RBI=0.0744969;REFB=-0.026711;REVB=-0.0302247;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088111;STB=0.541457;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0264926;OID=.;OPOS=38295958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:31:30:30:0.491803:14:16:14:18:14:16:14:17 chr7 38299727 . T C 130.96 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0423103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.41;QD=22.7749;RBI=0.060668;REFB=-0.0416561;REVB=0.0434793;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163432;STB=0.592461;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.01397;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:8:9:13:14:0.608696:8:5:5:3:8:6:6:3 chr7 38305043 . T C 187.17 PASS AF=0.214286;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=140;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=-0.00197612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.238;QD=5.34774;RBI=0.00229312;REFB=-0.00803244;REVB=-0.00116332;RO=108;SAF=21;SAR=9;SRF=64;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148667;STB=0.601492;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0254236;OID=.;OPOS=38305043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:108:110:30:30:0.214286:9:21:64:44:9:21:64:46 chr7 38305083 . G A 1147.6 PASS AF=0.628049;AO=103;DP=165;FAO=103;FDP=164;FR=.;FRO=61;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.000423905;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.729;QD=27.9902;RBI=0.0179401;REFB=-0.00722715;REVB=0.0179351;RO=60;SAF=63;SAR=40;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785241;STB=0.539772;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00274547;OID=.;OPOS=38305083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:60:61:103:103:0.628049:40:63:30:30:40:63:31:30 chr7 38305142 . G C 993.35 PASS AF=0.582822;AO=87;DP=154;FAO=95;FDP=163;FR=.;FRO=68;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0177988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.624;QD=24.3767;RBI=0.0275632;REFB=-0.00949041;REVB=0.0210459;RO=66;SAF=46;SAR=41;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012456;STB=0.512008;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00616447;OID=.;OPOS=38305142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:163:66:68:87:95:0.582822:41:46:35:31:42:53:36:32 chr7 38309102 . A C 1458.34 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00338101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8136;QD=62.0569;RBI=0.0232076;REFB=-0.0604064;REVB=0.02296;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117049;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000894446;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:1:1:93:93:0.989362:40:53:0:1:40:53:0:1 chr7 38331416 . C T 472.41 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0083464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.451;QD=26.6147;RBI=0.0211696;REFB=-0.0227362;REVB=-0.0194548;RO=27;SAF=30;SAR=14;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321716;STB=0.675595;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00586683;OID=.;OPOS=38331416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:14:30:6:21:14:30:6:21 chr7 38357075 . T C 246.27 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0388433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.966;QD=13.4945;RBI=0.0393544;REFB=-0.0233447;REVB=0.00632181;RO=44;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115709;STB=0.566082;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0257105;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:17:12:23:21:17:12:23:21 chr7 38388735 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.184;QD=39.2068;RBI=0.0733815;REFB=0;REVB=0.0726379;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492795;OID=.;OPOS=38388735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr7 38388851 . T G 163.24 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00692333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1335;QD=15.1855;RBI=0.00814091;REFB=0.0244233;REVB=0.00428275;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194534;STB=0.566936;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0214719;OID=.;OPOS=38388851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:16:18:0.418605:6:10:11:14:8:10:11:14 chr7 38388895 . A T 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0229728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.39;QD=20.4949;RBI=0.0263592;REFB=-0.0197446;REVB=-0.0129251;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500691;STB=0.527761;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0156017;OID=.;OPOS=38388895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:15:15:19:15:15:15 chr7 38389410 . G C 578.89 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=0.0146402;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6875;QD=17.0262;RBI=0.0249207;REFB=-0.00726554;REVB=0.020167;RO=71;SAF=24;SAR=37;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086717;STB=0.535236;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00997828;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:71:75:61:61:0.448529:37:24:22:49:37:24:25:50 chr7 38393328 . G C 242.73 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0725986;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1416;QD=25.55;RBI=0.0726429;REFB=-0.00035023;REVB=-0.00253424;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209279;STB=0.625747;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00115363;OID=.;OPOS=38393328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:12:11:11:3:12:11:12:3 chr7 38393343 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=4.46138e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.52;QD=15.6262;RBI=0.0184493;REFB=0.00340585;REVB=-0.0184492;RO=26;SAF=16;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3878;STB=0.720453;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00404087;OID=.;OPOS=38393343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:3:16:14:12:3:16:15:12 chr7 38393390 . T G 376.73 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00234145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.427;QD=18.6038;RBI=0.00248021;REFB=-0.00468932;REVB=0.000817962;RO=41;SAF=30;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376918;STB=0.706748;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00530068;OID=.;OPOS=38393390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:9:30:16:25:9:30:17:25 chr7 38393403 . G A 496.65 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0229615;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.578;QD=20.6937;RBI=0.0282532;REFB=-0.0185091;REVB=0.0164626;RO=48;SAF=18;SAR=30;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27827;STB=0.653783;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0119793;OID=.;OPOS=38393403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:48:48:48:48:0.5:30:18:33:15:30:18:33:15 chr7 38393424 . G A 498.33 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0039692;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.351;QD=18.1212;RBI=0.0154183;REFB=-0.0342665;REVB=-0.0148987;RO=57;SAF=37;SAR=16;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254336;STB=0.641563;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0215775;OID=.;OPOS=38393424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:16:37:25:32:16:37:25:32 chr7 38393448 . G C 628.69 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0118553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.137;QD=19.0511;RBI=0.0127616;REFB=-0.0156968;REVB=-0.00472328;RO=67;SAF=39;SAR=25;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15114;STB=0.58749;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0169187;OID=.;OPOS=38393448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:68:64:64:0.484848:25:39:30:37:25:39:30:38 chr7 38393524 . C T 527.64 PASS AF=0.392405;AO=62;DP=158;FAO=62;FDP=158;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.0225057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.534;QD=13.3579;RBI=0.0226308;REFB=-0.00102946;REVB=0.00237654;RO=96;SAF=36;SAR=26;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164699;STB=0.592894;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00207008;OID=.;OPOS=38393524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:96:96:62:62:0.392405:26:36:41:55:26:36:41:55 chr7 38393534 . C T 483.4 PASS AF=0.384615;AO=55;DP=143;FAO=55;FDP=143;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.00263802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7293;QD=13.5218;RBI=0.023629;REFB=-0.00587619;REVB=0.0234813;RO=86;SAF=33;SAR=22;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170724;STB=0.596603;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0129768;OID=.;OPOS=38393534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:88:55:55:0.384615:22:33:38:48:22:33:39:49 chr7 38393592 . C A 337.99 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=120;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0137023;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.019;QD=11.3608;RBI=0.0199969;REFB=-0.0172117;REVB=-0.0145645;RO=76;SAF=25;SAR=17;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166052;STB=0.599234;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0388971;OID=.;OPOS=38393592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:76:77:42:42:0.352941:17:25:34:42:17:25:34:43 chr7 38393713 . A G 192.76 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0351849;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5283;QD=7.78814;RBI=0.0375787;REFB=-0.00668529;REVB=0.013198;RO=65;SAF=15;SAR=12;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922566;STB=0.520533;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0136175;OID=.;OPOS=38393713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:65:72:27:27:0.272727:12:15:41:24:12:15:42:30 chr7 38393798 . A G 108.36 PASS AF=0.226667;AO=16;DP=74;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0111213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.236;QD=5.7793;RBI=0.0118172;REFB=-0.00526811;REVB=-0.00399545;RO=57;SAF=5;SAR=11;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364643;STB=0.699776;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0168676;OID=.;OPOS=38393798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:57:58:16:17:0.226667:11:5:35:22:11:6:36:22 chr7 38397867 . G C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0402856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.781;QD=18.4436;RBI=0.0706925;REFB=-0.0346997;REVB=-0.0580904;RO=9;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234231;STB=0.637996;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0282545;OID=.;OPOS=38397867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:1:10:7:2:1:10:7:2 chr7 38397930 . A G 75.03 PASS AF=0.23913;AO=9;DP=44;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0171525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.091;QD=6.52397;RBI=0.0183008;REFB=-0.0281236;REVB=0.00638062;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156427;STB=0.501988;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0725266;OID=.;OPOS=38397930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:44:46:35:35:9:11:0.23913:3:6:19:16:5:6:19:16 chr7 38398019 . G A 55.66 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=48;FWDB=-0.0145426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.931;QD=2.92962;RBI=0.0216205;REFB=-0.00112836;REVB=-0.0159987;RO=61;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333526;STB=0.734064;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0279907;OID=.;OPOS=38398019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:61:65:11:11:0.144737:5:6:17:44:5:6:17:48 chr7 38398565 . G C 510.91 PASS AF=0.592105;AO=42;DP=120;FAO=45;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=1;FWDB=0.00789383;FXX=0.366636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.564;QD=26.8899;RBI=0.0125803;REFB=-0.00427291;REVB=-0.00979549;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.665335;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00870141;OID=.;OPOS=38398565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:76:0:27:42:45:0.592105:21:21:0:0:21:24:26:1 chr7 38402496 . A G 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0426549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.251;QD=59.1731;RBI=0.0427489;REFB=0.0427097;REVB=0.00283454;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160369;STB=0.508472;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000105329;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:29:47:0:1:29:47:0:1 chr7 38431430 . A G 787.64 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=138;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00211589;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.236;QD=22.9967;RBI=0.00471509;REFB=-0.0197073;REVB=0.00421367;RO=62;SAF=47;SAR=27;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384734;STB=0.515772;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.018408;OID=.;OPOS=38431430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:62:63:74:74:0.540146:27:47:42:20:27:47:42:21 chr7 38433726 . T G 174.03 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.00447504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.568;QD=19.8893;RBI=0.0266541;REFB=-0.0314112;REVB=-0.0262758;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381608;STB=0.714091;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0286807;OID=.;OPOS=38433726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:9:8:1:16:9:9:1:16 chr7 38467842 . A G 253.5 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0258373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8915;QD=17.4825;RBI=0.0371578;REFB=-0.0218242;REVB=-0.0267046;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657451;STB=0.556634;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0230307;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:30:28:28:0.482759:17:11:13:15:17:11:15:15 chr7 38467923 . A G 649.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.374;QD=61.8109;RBI=0.054798;REFB=0;REVB=0.0337268;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477239;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:32:8:0:0:33:9:0:0 chr7 38468463 . C T 426.52 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0154713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.837;QD=16.4047;RBI=0.0231325;REFB=-0.00417796;REVB=-0.0171974;RO=57;SAF=17;SAR=30;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165516;STB=0.592646;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00397707;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:30:17:30:27:30:17:30:27 chr7 38468695 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.856;QD=53.9092;RBI=0.0385532;REFB=0;REVB=0.000807117;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211252;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr7 38725804 . C T 442.65 PASS AF=0.544304;AO=41;DP=77;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000960601;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.257;QD=22.4129;RBI=0.00105666;REFB=0.0110648;REVB=-0.000440198;RO=36;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101225;STB=0.553704;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00803836;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:36:36:41:43:0.544304:19:22:15:21:20:23:15:21 chr7 38766582 . G C 657.94 PASS AF=0.496241;AO=65;DP=132;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0229421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.183;QD=19.7878;RBI=0.0254053;REFB=-0.0170992;REVB=0.0109129;RO=67;SAF=26;SAR=39;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12761;STB=0.573255;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0160793;OID=.;OPOS=38766582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:67:67:65:66:0.496241:39:26:36:31:40:26:36:31 chr7 38780883 . C T 2317.47 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00142038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.595;QD=60.1941;RBI=0.0120757;REFB=-0.111662;REVB=-0.0119919;RO=1;SAF=82;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576617;STB=0.50303;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-1.5631e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:154:1:1:153:153:0.993506:71:82:1:0:71:82:1:0 chr7 38780924 . T C 3117.83 PASS AF=1;AO=203;DP=206;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017424;FXX=0.0145624;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.654;QD=61.4351;RBI=0.0204966;REFB=-0.106459;REVB=0.0107942;RO=0;SAF=104;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63091e-05;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:203:0:0:203:203:1:99:104:0:0:99:104:0:0 chr7 38796570 . G A 735.16 PASS AF=0.529851;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0370027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.024;QD=21.9451;RBI=0.0370132;REFB=-0.00585564;REVB=0.000881359;RO=63;SAF=37;SAR=34;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520811;STB=0.528563;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00766553;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:63:71:71:0.529851:34:37:29:34:34:37:29:34 chr7 39472708 . A G 639.11 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=108;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00966161;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.643;QD=22.8254;RBI=0.0118446;REFB=-0.0232725;REVB=0.00685179;RO=43;SAF=37;SAR=23;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047339;STB=0.526074;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0169422;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:43:48:60:64:0.571429:23:37:29:14:25:39:32:16 chr7 39472846 . G A 328.63 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.034033;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7946;QD=18.2572;RBI=0.0939761;REFB=-0.0197496;REVB=-0.0875971;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512654;STB=0.541973;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0192585;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:35:37:35:35:0.486111:17:18:16:19:17:18:16:21 chr7 39606107 . G A 282.69 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0321308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4971;QD=14.8786;RBI=0.0326395;REFB=-0.00335121;REVB=0.00574034;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139747;STB=0.578899;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00427282;OID=.;OPOS=39606107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:16:28:16:16:16:28 chr7 39610177 . A G 623.22 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0302239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.678;QD=19.9432;RBI=0.0306982;REFB=0.0103234;REVB=0.00537557;RO=62;SAF=32;SAR=31;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065515;STB=0.536103;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00974795;OID=.;OPOS=39610177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:31:32:36:26:31:32:36:26 chr7 40027484 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.035052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1532;QD=17.4008;RBI=0.0458847;REFB=-0.0116349;REVB=0.0296102;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0221698;OID=.;OPOS=40027484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:9:4:6:6:9:4:6:7 chr7 40173878 . AC A,GA 106.65 PASS AF=0.405797,0;AO=21,6;DP=66;FAO=28,0;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=20,0;FSAR=8,0;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0917257,-0.0774199;FXX=0.0142837;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=12.273,18.2245;QD=6.1823;RBI=0.103545,0.0807619;REFB=-0.107813,-0.0434419;REVB=-0.0480403,0.0229924;RO=37;SAF=17,2;SAR=4,4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.533333,0;SSSB=0.294616,-0.301655;STB=0.586789,0.5;STBP=0.266,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.134221,0;OID=.,.;OPOS=40173879,40173878;OREF=C,AC;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:37:41:21,6:28,0:0.405797,0:4,4:17,2:22:15:8,0:20,0:24:17 chr7 40314243 . A G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.439;QD=63.8692;RBI=0.0020767;REFB=0;REVB=-0.00099058;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58864e-06;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr7 40899967 . G C 750.44 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.339;QD=56.6367;RBI=0.049022;REFB=0;REVB=0.014085;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504859;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:47:53:1:11:36:0:0:13:40:0:0 chr7 42212180 . C T 684.81 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.000479473;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6385;QD=18.384;RBI=0.00262517;REFB=0.0154246;REVB=0.00258101;RO=80;SAF=35;SAR=34;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00701097;STB=0.50389;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0200099;OID=.;OPOS=42212180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:80:80:69:69:0.463087:34:35:40:40:34:35:40:40 chr7 42949151 . C T 35.39 PASS AF=0.08;AO=12;DP=150;FAO=12;FDP=150;FR=.;FRO=138;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.00694714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.166;QD=0.943601;RBI=0.0255152;REFB=-0.00012032;REVB=-0.0245513;RO=136;SAF=2;SAR=10;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372876;STB=0.809318;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0185204;OID=.;OPOS=42949151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:150:150:136:138:12:12:0.08:10:2:66:70:10:2:67:71 chr7 42950640 . C T 1429.46 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0503837;FXX=0.0315756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9979;QD=62.1506;RBI=0.0607475;REFB=-0.0858914;REVB=-0.0339374;RO=1;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126372;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000270339;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:90:91:0.98913:37:53:0:1:37:54:0:1 chr7 42970733 . C T 823.17 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0802411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5125;QD=56.7706;RBI=0.0880942;REFB=0;REVB=0.0363585;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118025;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr7 42976789 . A G 734.48 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=22;FWDB=-0.00252112;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.603;QD=19.0773;RBI=0.0378747;REFB=-0.0106278;REVB=0.0377907;RO=79;SAF=36;SAR=40;SRF=56;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216034;STB=0.622432;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0168036;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:79:78:76:76:0.493506:40:36:56:23:40:36:56:22 chr7 42977091 . G A 368.61 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0399381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8717;QD=19.4003;RBI=0.0441872;REFB=-0.00676561;REVB=0.0189065;RO=38;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241555;STB=0.51343;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00561147;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:22:16:17:21:22:16:17:21 chr7 43484092 . C A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00433897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.276;QD=12.1824;RBI=0.0160535;REFB=-0.016733;REVB=-0.0154561;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364728;STB=0.71611;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0121116;OID=.;OPOS=43484092;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:10:5:7:3:10:5 chr7 43506059 . A G 178.9 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=99;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0180443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3389;QD=7.22811;RBI=0.018945;REFB=0.00158349;REVB=-0.00577215;RO=70;SAF=6;SAR=19;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323903;STB=0.70841;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0129905;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:70:74:25:25:0.252525:19:6:34:36:19:6:37:37 chr7 43506158 . T C 254.62 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0279567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.96;QD=13.0575;RBI=0.0411822;REFB=0.00138883;REVB=0.030239;RO=48;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804974;STB=0.546044;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00198864;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:14:16:22:26:14:16:22:26 chr7 43664280 . A G 1396.65 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.123;QD=62.7709;RBI=0.0282918;REFB=0;REVB=0.0117179;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29575e-05;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:36:52:0:0:36:53:0:0 chr7 43664625 . G T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.67;QD=62.0191;RBI=0.05981;REFB=0;REVB=0.00607623;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181186;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr7 43664785 . C T 1093.76 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.838;QD=59.9319;RBI=0.0244899;REFB=0;REVB=-0.00377926;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2305e-05;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:36:35:0:0:36:37:0:0 chr7 43688245 . A ACTT 334.97 PASS AF=0.392157;AO=38;DP=113;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00463639;FXX=0.0377323;HRUN=0;LEN=3;MLLD=285.76;QD=13.136;RBI=0.00920282;REFB=0.00256894;REVB=-0.00794957;RO=72;SAF=20;SAR=18;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456485;STB=0.509799;STBP=0.883;TYPE=ins;VARB=-0.00362298;OID=.;OPOS=43688246;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:38:113:40:102:62:20:20:32:30:99:72:20:18:35:37 chr7 43810764 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.434;QD=63.3367;RBI=0.0265825;REFB=0;REVB=0.0210591;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11817e-06;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:54:38:0:0:54:39:0:0 chr7 43846603 . A G 1244.57 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.137;QD=61.4604;RBI=0.00939501;REFB=0;REVB=0.000363436;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21036e-06;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:26:51:0:0:27:54:0:0 chr7 43916128 . C CCT 288.94 PASS AF=0.373626;AO=30;DP=98;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0138425;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=2;MLLD=279.724;QD=12.7006;RBI=0.0152858;REFB=-0.015219;REVB=-0.00648387;RO=64;SAF=19;SAR=11;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487771;STB=0.556737;STBP=0.423;TYPE=ins;VARB=0.0247731;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373626:30:98:34:91:57:22:12:32:25:99:64:19:11:38:26 chr7 43916138 . C G 322.21 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0378873;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.959;QD=13.8586;RBI=0.0394292;REFB=-0.00693702;REVB=-0.0109183;RO=56;SAF=23;SAR=13;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563447;STB=0.527709;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0129152;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:57:36:36:0.387097:13:23:33:23:13:23:34:23 chr7 43916727 . T G 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00704225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3284;QD=20.2095;RBI=0.00767256;REFB=0.0134938;REVB=-0.00304549;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0119614;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:5:5:7:6:5:5 chr7 43917013 . G A 1255.27 PASS AF=0.664634;AO=109;DP=164;FAO=109;FDP=164;FR=.;FRO=55;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.02842;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.646;QD=30.6163;RBI=0.0285331;REFB=-0.0205247;REVB=0.00253746;RO=55;SAF=64;SAR=45;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034296;STB=0.501845;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0101195;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:55:55:109:109:0.664634:45:64:32:23:45:64:32:23 chr7 43917274 . A G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0517134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6551;QD=18.6371;RBI=0.0570097;REFB=-0.0194001;REVB=-0.0239966;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229204;STB=0.630978;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00650054;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:9:7:11:5:9:7 chr7 43982482 . A C 736.79 PASS AF=0.472727;AO=65;DP=153;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.0323648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.185;QD=17.8616;RBI=0.037833;REFB=-0.0254823;REVB=0.0195922;RO=85;SAF=34;SAR=31;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785956;STB=0.584832;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0272124;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:165:85:87:65:78:0.472727:31:34:51:34:44:34:52:35 chr7 44027348 . A G 351.95 PASS AF=0.26738;AO=49;DP=183;FAO=50;FDP=187;FR=.;FRO=137;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=80;FSRR=57;FWDB=-0.0376191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7586;QD=7.52827;RBI=0.0687893;REFB=-0.00371379;REVB=-0.0575914;RO=134;SAF=27;SAR=22;SRF=79;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484118;STB=0.532556;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0165028;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:187:134:137:49:50:0.26738:22:27:79:55:23:27:80:57 chr7 44047066 . T C 159.48 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0368153;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4397;QD=16.7875;RBI=0.0629198;REFB=-0.0206179;REVB=-0.0510249;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373743;STB=0.502143;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0225497;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:13:4:5:16:13:4:5:16 chr7 44148553 . A G 555.04 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0130896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.674;QD=20.0014;RBI=0.0172562;REFB=-0.0568259;REVB=-0.0112445;RO=54;SAF=29;SAR=28;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413335;STB=0.522777;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0543898;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:28:29:30:24:28:29:30:24 chr7 44180079 . A AG 379.62 PASS AF=1;AO=36;DP=52;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9154;QD=33.0105;RBI=0.166162;REFB=0;REVB=-0.118475;RO=15;SAF=16;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000844359;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:52:46:46:0:17:29:0:0:8:15:16:20:6:9 chr7 44180652 . G T 130.25 PASS AF=0.380952;AO=13;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0299879;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.161;QD=12.405;RBI=0.033921;REFB=-0.0379;REVB=-0.0158543;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202649;STB=0.506321;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0515007;OID=.;OPOS=44180652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:26:13:16:0.380952:4:9:9:9:6:10:16:10 chr7 44258963 . TG GT,TT 528.65 PASS AF=0.0373134,0.440299;AO=12,25;DP=103;FAO=5,59;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=1,49;FSAR=4,10;FSRF=60;FSRR=10;FWDB=-0.0489609,0.028888;FXX=0.00740686;HRUN=20,1;LEN=2,1;MLLD=23.8415,138.713;QD=15.7805;RBI=0.0489693,0.0289781;REFB=-0.056091,-0.00628593;REVB=-0.000903454,-0.00228303;RO=60;SAF=8,16;SAR=4,9;SRF=50;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275229,-0.279957;STB=0.94495,0.526561;STBP=0.375,0.703;TYPE=mnp,snp;VARB=0.142589,0.0557463;OID=.,.;OPOS=44258963,44258964;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:103:134:60:70:12,25:5,59:0.0373134,0.440299:4,9:8,16:50:10:4,10:1,49:60:10 chr7 44259706 . G A 169.43 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0202788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.055;QD=16.1363;RBI=0.0237215;REFB=-0.00917774;REVB=-0.0123077;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.508012;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0117862;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:24:18:18:0.428571:10:8:9:11:10:8:11:13 chr7 44259871 . C T 248.57 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0203632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.934;QD=25.4942;RBI=0.0366104;REFB=-0.00729577;REVB=-0.0304247;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767451;STB=0.542564;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00415716;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:10:6:11:12:10:6 chr7 44606098 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.581;QD=35.5745;RBI=0.0240072;REFB=0;REVB=0.0120315;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698964;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr7 44608718 . C T 86.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0635702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2715;QD=12.3306;RBI=0.135402;REFB=-0.00302028;REVB=0.119551;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522142;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0137625;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:7:10:7:4:7:10 chr7 44620836 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.55;QD=55.6561;RBI=0.0126804;REFB=0;REVB=0.00948226;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6664e-05;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr7 44747499 . G A 192.63 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0421577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0067;QD=20.8248;RBI=0.0465414;REFB=-0.0580154;REVB=-0.0197186;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809189;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0664339;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:19:20:0.540541:9:10:10:6:10:10:10:7 chr7 44748451 . G A 55.32 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.014281;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.427;QD=9.62009;RBI=0.0181337;REFB=0.0084936;REVB=-0.0111752;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.545346;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0149871;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:3:11:6:2:3:12 chr7 44836314 . A G 357.34 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0120222;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1204;QD=12.6492;RBI=0.0294337;REFB=0.00298413;REVB=0.0268665;RO=70;SAF=28;SAR=15;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922284;STB=0.552607;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00458022;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:70:70:43:43:0.380531:15:28:40:30:15:28:40:30 chr7 44919200 . G A 179.45 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0256486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0175;QD=15.6047;RBI=0.061755;REFB=0.00376931;REVB=-0.0561767;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030129;STB=0.502955;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0091988;OID=.;OPOS=44919200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:27:19:19:0.413043:14:5:6:19:14:5:7:20 chr7 44923360 . TAA T,TTA 172.92 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=2,10;DP=14;FAO=3,14;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658815,0.209051;FXX=0.0555247;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=10.5635,16.4451;QD=40.6872;RBI=0.138731,0.232237;REFB=0,0;REVB=0.12209,0.101151;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0376091,0.00348379;OID=.,.;OPOS=44923361,44923361;OREF=AA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176471,0.823529:2,10:14:3,14:17:0:2,8:1,6:0:0:15:0:1,4:1,6:0:0 chr7 45004063 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.762;QD=57.7113;RBI=0.024311;REFB=0;REVB=0.0235815;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92421e-05;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr7 45009325 . G A 308.98 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00790365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.298;QD=13.8867;RBI=0.0376788;REFB=-0.0207774;REVB=0.0368405;RO=53;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251195;STB=0.519886;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0316965;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:17:18:26:27:17:18:26:28 chr7 45009341 . A G 1300.21 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2112;QD=61.9149;RBI=0.0429079;REFB=0;REVB=-0.0392574;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312113;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr7 45009723 . G A 34.71 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.023888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.588;QD=4.628;RBI=0.0269113;REFB=-0.000534858;REVB=-0.0123928;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.645433;STB=0.867178;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00338697;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:23:24:6:6:0.2:4:2:21:2:4:2:21:3 chr7 45122464 . A C 294.69 PASS AF=0.6;AO=25;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0165613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.095;QD=26.195;RBI=0.0220293;REFB=-0.0122458;REVB=-0.0145263;RO=17;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163703;STB=0.571374;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00825301;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:25:27:0.6:8:17:8:9:9:18:9:9 chr7 45124008 . T C 334.43 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00922716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0331;QD=27.3003;RBI=0.0388844;REFB=0.00118337;REVB=0.0377738;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312714;STB=0.527407;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00046744;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:29:29:0.591837:14:15:9:10:14:15:9:11 chr7 45225763 . G A 345.11 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00719165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3108;QD=19.1727;RBI=0.0575009;REFB=-0.000439069;REVB=-0.0570494;RO=34;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197148;STB=0.59947;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000158268;OID=.;OPOS=45225763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:36:35:36:0.5:23:12:19:15:23:13:20:16 chr7 45703971 . G A 305.47 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00334485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.489;QD=17.7083;RBI=0.0235997;REFB=-0.00717964;REVB=0.0233614;RO=35;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12203;STB=0.577271;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00791742;OID=.;OPOS=45703971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:11:22:19:16:11:22:19:17 chr7 45765234 . G T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000206272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3301;QD=21.5104;RBI=0.0205099;REFB=0.00676847;REVB=-0.0205088;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811402;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00683804;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:10:9:8:13:10:9 chr7 45932669 . A G 425.13 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0135748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3943;QD=24.2929;RBI=0.0180698;REFB=0.00847467;REVB=0.0119266;RO=29;SAF=12;SAR=29;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160019;STB=0.588099;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00498;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:29:12:14:15:29:12:14:15 chr7 46732428 . A G 1879.83 PASS AF=0.968992;AO=124;DP=128;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0147544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.385;QD=58.2894;RBI=0.0196208;REFB=-0.241832;REVB=0.0129337;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507628;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00168061;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:128:129:0:4:124:125:0.968992:62:62:0:0:62:63:3:1 chr7 47323456 . A G 985.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.177;QD=58.8163;RBI=0.042641;REFB=0;REVB=-0.039988;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49102e-05;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:34:31:0:0:36:31:0:0 chr7 47333332 . G A 192.91 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.022389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.386;QD=14.839;RBI=0.0355397;REFB=-0.00824957;REVB=0.0276008;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245854;STB=0.64542;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0140855;OID=.;OPOS=47333332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:30:22:22:0.423077:13:9:18:9:13:9:20:10 chr7 47436497 . G A 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0134654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.62;QD=18.3356;RBI=0.0138336;REFB=-0.024842;REVB=0.00317037;RO=37;SAF=11;SAR=24;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26558;STB=0.648562;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0359645;OID=.;OPOS=47436497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:24:11:22:15:24:11:22:15 chr7 47481602 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000757765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.332;QD=53.277;RBI=0.0281374;REFB=0;REVB=-0.0281272;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236011;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr7 47851623 . C T 384.54 PASS AF=0.6;AO=36;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0207678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.568;QD=23.664;RBI=0.0212622;REFB=-0.01085;REVB=0.00455837;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566298;STB=0.541249;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00573984;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:36:39:0.6:16:20:12:13:17:22:12:14 chr7 47852837 . C T 583.35 PASS AF=0.424658;AO=60;DP=145;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.00201144;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.283;QD=15.9822;RBI=0.00773554;REFB=-0.00638484;REVB=-0.00746945;RO=79;SAF=26;SAR=34;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618013;STB=0.51423;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00857554;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:79:84:60:62:0.424658:34:26:39:40:34:28:40:44 chr7 47854956 . C T 1362.18 PASS AF=0.498168;AO=130;DP=279;FAO=136;FDP=273;FR=.;FRO=137;FSAF=89;FSAR=47;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=0.0181352;FXX=0.0421038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.953;QD=19.9587;RBI=0.0277696;REFB=-0.0202884;REVB=0.0210302;RO=125;SAF=88;SAR=42;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150699;STB=0.568453;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0211058;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:273:125:137:130:136:0.498168:42:88:65:60:47:89:72:65 chr7 47872845 . A G 1276.27 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.956;QD=61.507;RBI=0.0401379;REFB=0;REVB=0.0340038;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118459;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:53:29:0:0:54:29:0:0 chr7 47876558 . C T 313.79 PASS AF=0.561404;AO=30;DP=55;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0557191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.365;QD=22.0203;RBI=0.0560465;REFB=-0.081778;REVB=0.00604918;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059952;STB=0.511621;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0578066;OID=.;OPOS=47876558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:25:25:30:32:0.561404:20:10:10:15:20:12:10:15 chr7 47879049 . G A 980.42 PASS AF=0.421687;AO=105;DP=249;FAO=105;FDP=249;FR=.;FRO=144;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=-0.00180472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.78;QD=15.7497;RBI=0.0111125;REFB=0.000105454;REVB=-0.010965;RO=140;SAF=62;SAR=43;SRF=77;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425391;STB=0.528872;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.000216246;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:140:144:105:105:0.421687:43:62:77:63:43:62:78:66 chr7 47913560 . G T 705.06 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0297037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.921;QD=58.7547;RBI=0.0309421;REFB=-0.0144144;REVB=-0.00866623;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447127;STB=0.523799;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000820173;OID=.;OPOS=47913560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:46:46:0.958333:26:20:2:0:26:20:2:0 chr7 47913579 . TG CA 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333498;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=147.04;QD=62.022;RBI=0.0349528;REFB=0;REVB=0.0104636;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000118083;OID=.;OPOS=47913579;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr7 47920345 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.546;QD=63.8719;RBI=0.0374529;REFB=0;REVB=0.0373018;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35111e-05;OID=.;OPOS=47920345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr7 47925331 . C G 1264.63 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.6;QD=61.6893;RBI=0.055971;REFB=0;REVB=0.000470095;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24805e-05;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:76:82:1:47:29:0:0:47:35:0:0 chr7 48016353 . G T 403.74 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0104191;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.784;QD=16.6491;RBI=0.0251728;REFB=-0.00107991;REVB=-0.0229154;RO=56;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485353;STB=0.521943;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00136741;OID=.;OPOS=48016353;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:56:55:42:42:0.43299:19:23:28:28:19:23:28:27 chr7 48081095 . G T 120.08 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0385584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.958;QD=9.4179;RBI=0.0396811;REFB=-0.00670984;REVB=-0.0093724;RO=36;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404574;STB=0.740447;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0432188;OID=.;OPOS=48081095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:5:10:11:25:5:10:11:25 chr7 48086077 . C T 1040.74 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993095;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.913;QD=59.4709;RBI=0.0122402;REFB=0;REVB=-0.00715541;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60665e-05;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:33:37:0:0 chr7 48086161 . T C 728.81 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4325;QD=57.1616;RBI=0.0495717;REFB=0;REVB=0.0445047;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137441;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr7 48089542 . T C 937.93 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2794;QD=58.6208;RBI=0.0676099;REFB=0;REVB=-0.0153761;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376681;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:55:64:1:17:38:0:0:17:47:0:0 chr7 48089566 . CCCCCC CCCCAC,CCCCCA 753.52 PASS AF=0.109091,0.890909;AO=3,24;DP=51;FAO=6,49;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818742,-0.0911762;FXX=0.017854;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=113.525,128.584;QD=54.8013;RBI=0.0819133,0.0911875;REFB=0,0;REVB=0.00252917,0.00143751;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0141438,0.0102613;OID=.,.;OPOS=48089570,48089571;OREF=C,C;OALT=A,A;OMAPALT=CCCCAC,CCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109091,0.890909:3,24:51:6,49:55:0:3,33:3,16:0:0:21:0:0,11:3,13:0:0 chr7 48092486 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.853;QD=52.6131;RBI=0.0181151;REFB=0;REVB=0.00923776;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154593;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:18:3:0:0:18:4:0:0 chr7 48092644 . C T 690.34 PASS AF=0.662921;AO=56;DP=87;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.000907158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.434;QD=31.0266;RBI=0.00192066;REFB=-0.0133303;REVB=0.00169293;RO=30;SAF=39;SAR=17;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284489;STB=0.515449;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00925807;OID=.;OPOS=48092644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:30:30:56:59:0.662921:17:39:22:8:18:41:22:8 chr7 48285485 . C T 2025.01 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00169752;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.766;QD=60.0003;RBI=0.00171827;REFB=-0.0317136;REVB=-0.000266202;RO=3;SAF=80;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120234;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-3.48638e-05;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:135:3:3:132:132:0.977778:52:80:1:2:52:80:1:2 chr7 48311658 . G A 435.51 PASS AF=0.575342;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00943097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.768;QD=23.8636;RBI=0.0161177;REFB=-0.0176399;REVB=-0.0130704;RO=30;SAF=8;SAR=33;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452606;STB=0.526747;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0137586;OID=.;OPOS=48311658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:30:31:41:42:0.575342:33:8:7:23:33:9:8:23 chr7 48312674 . G A 1549.35 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178299;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.1;QD=63.8907;RBI=0.0181911;REFB=0;REVB=-0.00360702;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325208;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:56:40:0:0:56:41:0:0 chr7 48315796 . C A 1046.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.588;QD=58.9778;RBI=0.038586;REFB=0;REVB=0.033485;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291068;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:67:71:1:34:33:0:0:34:37:0:0 chr7 48318811 . C T 603.82 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016286;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.439;QD=61.9301;RBI=0.0358398;REFB=0;REVB=0.0319258;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579474;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr7 48336844 . C T 1951.52 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.996;QD=61.9532;RBI=0.112267;REFB=0;REVB=0.0145195;RO=0;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133556;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:124:126:1:71:53:0:0:73:53:0:0 chr7 48349647 . C T 907.12 PASS AF=0.511111;AO=89;DP=178;FAO=92;FDP=180;FR=.;FRO=88;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00204982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0014;QD=20.1582;RBI=0.0424822;REFB=-0.023849;REVB=-0.0424327;RO=85;SAF=53;SAR=36;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670358;STB=0.503951;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0219204;OID=.;OPOS=48349647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:85:88:89:92:0.511111:36:53:50:35:39:53:50:38 chr7 48506566 . A G 632.98 PASS AF=0.481481;AO=62;DP=128;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00449786;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.574;QD=18.7548;RBI=0.00526073;REFB=-0.00280399;REVB=0.00272846;RO=66;SAF=29;SAR=33;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551232;STB=0.525659;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00197571;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:135:66:70:62:65:0.481481:33:29:27:39:33:32:31:39 chr7 48506642 . A G 487.31 PASS AF=0.481481;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.018459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.928;QD=18.0484;RBI=0.0186031;REFB=-0.00697683;REVB=-0.00231106;RO=55;SAF=23;SAR=28;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483987;STB=0.536009;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00717387;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:56:51:52:0.481481:28:23:22:33:28:24:22:34 chr7 48545976 . A G 1492.45 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00788226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.697;QD=58.5275;RBI=0.0445011;REFB=-0.0479625;REVB=0.0437975;RO=1;SAF=55;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854831;STB=0.504504;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=5.62133e-05;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:46:55:1:0:46:55:1:0 chr7 48964322 . G T 689.22 PASS AF=0.529412;AO=62;DP=127;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0220991;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.044;QD=20.271;RBI=0.0223448;REFB=-0.0216274;REVB=-0.00330492;RO=65;SAF=27;SAR=35;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100245;STB=0.510794;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0231278;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:136:65:64:62:72:0.529412:35:27:29:36:41:31:29:35 chr7 48964751 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0141924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.922;QD=16.6185;RBI=0.0144535;REFB=-0.00962688;REVB=-0.00273513;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131848;STB=0.574765;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00889491;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:16:12:13:10:16:12 chr7 48965000 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00819823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.269;QD=21.4744;RBI=0.0177055;REFB=-0.0129868;REVB=-0.0156932;RO=25;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136464;STB=0.575865;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0141676;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:9:22:14:11:9:22:14:11 chr7 50143938 . C T 1018.04 PASS AF=0.481651;AO=105;DP=218;FAO=105;FDP=218;FR=.;FRO=113;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=0.0103156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9432;QD=18.6797;RBI=0.0319333;REFB=-0.000917198;REVB=0.0302213;RO=112;SAF=54;SAR=51;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117261;STB=0.50866;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000780184;OID=.;OPOS=50143938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:112:113:105:105:0.481651:51:54:59:53:51:54:60:53 chr7 50173777 . A G 340.59 PASS AF=0.455696;AO=29;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00443043;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.862;QD=17.245;RBI=0.0311014;REFB=-0.0122467;REVB=-0.0307842;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618617;STB=0.602094;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0053943;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:29:41:29:36:0.455696:16:13:15:14:21:15:25:16 chr7 50180972 . C T 308.54 PASS AF=0.32;AO=40;DP=126;FAO=40;FDP=125;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.00782103;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.228;QD=9.8734;RBI=0.0208176;REFB=-0.00682468;REVB=-0.0192925;RO=79;SAF=14;SAR=26;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225767;STB=0.646278;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0139565;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:79:85:40:40:0.32:26:14:43:36:26:14:48:37 chr7 50436033 . A G 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0128075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.905;QD=17.0949;RBI=0.0137659;REFB=-0.016164;REVB=-0.00504664;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249469;STB=0.519326;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0230856;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:21:14:15:25:21:14:15:26 chr7 50467767 . C A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0326067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.107;QD=20.8118;RBI=0.0382174;REFB=0.00289213;REVB=0.0199341;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339971;STB=0.690447;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00255306;OID=.;OPOS=50467767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:17:6:15:8:17:6 chr7 50470604 . T G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0495109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.022;QD=22.7242;RBI=0.0495691;REFB=-0.0399669;REVB=0.0024019;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21257;STB=0.617543;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0165052;OID=.;OPOS=50470604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:2:14:13:7:2:14 chr7 50471613 . G A 539.66 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=167;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0777519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1161;QD=12.8492;RBI=0.089931;REFB=0.00443078;REVB=-0.0451911;RO=101;SAF=41;SAR=23;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193208;STB=0.601301;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00950842;OID=.;OPOS=50471613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:101:104:64:64:0.380952:23:41:47:54:23:41:50:54 chr7 50544323 . C T 169.81 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00961757;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.997;QD=16.5672;RBI=0.0108502;REFB=-0.00809683;REVB=0.00502291;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131851;STB=0.575672;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00569296;OID=.;OPOS=50544323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:12:11:11:7:12:11 chr7 50611735 . T C 1919.98 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131089;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9284;QD=60.9516;RBI=0.0160037;REFB=-0.137527;REVB=-0.00918007;RO=0;SAF=74;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504854;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000836336;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:126:0:1:125:125:0.992063:51:74:0:0:51:74:0:1 chr7 50660438 . T C 1713.23 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.546;QD=60.6452;RBI=0.0264225;REFB=0;REVB=0.0147295;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57758e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:48:65:0:0:48:65:0:0 chr7 50673029 . T C 1568.22 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.019;QD=64.0088;RBI=0.027143;REFB=0;REVB=0.0208818;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2907e-05;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:43:54:0:0:43:55:0:0 chr7 51093013 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.965;QD=50.4128;RBI=0.0477921;REFB=0;REVB=0.0467111;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011265;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 51096974 . C T 2124.76 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883746;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.611;QD=62.9558;RBI=0.0103738;REFB=0;REVB=0.00543284;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68734e-06;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:134:135:1:64:70:0:0:64:71:0:0 chr7 51097063 . T G 1553.93 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.442;QD=62.7849;RBI=0.0269018;REFB=-0.0450948;REVB=0.0213509;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117088;STB=0.506172;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000302699;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:57:40:1:0:58:40:1:0 chr7 51287470 . A G 285.81 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.028059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6688;QD=18.1464;RBI=0.0291761;REFB=-0.00253292;REVB=-0.00799616;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295137;STB=0.663566;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00214546;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:17:14:25:7:17:14:25:7 chr7 51287526 . G A 279.83 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0132059;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.424;QD=16.9591;RBI=0.0261693;REFB=-0.028175;REVB=0.0225929;RO=34;SAF=23;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363488;STB=0.679203;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0164149;OID=.;OPOS=51287526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:30:31:0.469697:7:23:14:20:8:23:15:20 chr7 53103371 . G T 1424.06 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2297;QD=61.9155;RBI=0.110715;REFB=-0.0510728;REVB=0.083681;RO=0;SAF=62;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019501;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:92:0:0:91:92:1:29:62:0:0:30:62:0:0 chr7 53103382 . G T 1445.52 PASS AF=0.95283;AO=101;DP=109;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0307114;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.791;QD=54.5479;RBI=0.0582152;REFB=-0.0953091;REVB=0.0494553;RO=5;SAF=69;SAR=32;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028883;STB=0.515252;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00244878;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:109:106:5:5:101:101:0.95283:32:69:2:3:32:69:2:3 chr7 53103673 . C A 745.25 PASS AF=0.852941;AO=56;DP=67;FAO=58;FDP=68;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0102304;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.65;QD=43.8381;RBI=0.0128498;REFB=-0.150823;REVB=0.00777534;RO=8;SAF=30;SAR=26;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377617;STB=0.50509;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00307965;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:67:68:8:10:56:58:0.852941:26:30:3:5:27:31:5:5 chr7 53104078 . G A 1265.21 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.083;QD=61.7175;RBI=0.013987;REFB=0;REVB=0.0135931;RO=0;SAF=14;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22813e-05;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:67:14:0:0:68:14:0:0 chr7 53557963 . A G 1824.03 PASS AF=0.975806;AO=115;DP=118;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0285828;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.73;QD=58.8396;RBI=0.0351788;REFB=0.0216688;REVB=0.0205079;RO=3;SAF=68;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376499;STB=0.501403;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.000378396;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:124:3:3:115:121:0.975806:47:68:2:1:47:74:2:1 chr7 53558015 . G T 1901.43 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831907;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.468;QD=61.835;RBI=0.0384439;REFB=0;REVB=0.037533;RO=0;SAF=72;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22887e-05;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:122:123:1:50:72:0:0:50:73:0:0 chr7 54614698 . C CG 495.55 PASS AF=1;AO=45;DP=80;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.238561;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.0883;QD=28.3174;RBI=0.248172;REFB=6.03712e-06;REVB=0.0683954;RO=32;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0109296;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:80:70:70:0:35:35:0:0:7:32:20:25:20:12 chr7 55214348 . C T 249.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00503409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.595;QD=18.4962;RBI=0.0377955;REFB=-0.0145293;REVB=-0.0374587;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471938;STB=0.540511;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0158816;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:27:27:27:0.5:17:10:8:17:17:10:8:19 chr7 55229255 . G A 2086.2 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1351;QD=58.7663;RBI=0.0707965;REFB=0;REVB=0.0281982;RO=0;SAF=53;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15489e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103045;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:131:142:0:0:130:142:1:77:53:0:0:78:64:0:0 chr7 55238087 . C T 592.81 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0153764;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.768;QD=26.9459;RBI=0.0155569;REFB=-0.0036665;REVB=0.00236298;RO=35;SAF=30;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171595;STB=0.509356;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00152376;OID=.;OPOS=55238087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:23:30:19:16:23:30:19:16 chr7 55238874 . T A 516.16 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00655812;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7106;QD=21.7332;RBI=0.0324264;REFB=-0.00918165;REVB=0.0317563;RO=45;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975501;STB=0.558357;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00482455;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:45:46:49:49:0.515789:24:25:28:17:24:25:29:17 chr7 55249063 . G A 1380.27 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145084;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.056;QD=62.7398;RBI=0.0280124;REFB=0;REVB=0.0239626;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48985e-05;OID=.;OPOS=55249063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:39:46:0:0:42:46:0:0 chr7 55266417 . T C 1847.23 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000733263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.172;QD=61.0654;RBI=0.00954989;REFB=0;REVB=0.0095217;RO=0;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101008;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:50:70:0:0:50:71:0:0 chr7 55433880 . G C 640.1 PASS AF=0.471429;AO=64;DP=138;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.0118032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6632;QD=18.2885;RBI=0.0147866;REFB=-0.00727299;REVB=-0.00890664;RO=72;SAF=39;SAR=25;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080111;STB=0.535703;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00794453;OID=.;OPOS=55433880;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:72:74:64:66:0.471429:25:39:38:34:26:40:40:34 chr7 55433884 . A C 650.01 PASS AF=0.478261;AO=64;DP=137;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00563437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.136;QD=18.8408;RBI=0.00580211;REFB=-0.012278;REVB=0.00138507;RO=71;SAF=40;SAR=24;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885053;STB=0.550508;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0138124;OID=.;OPOS=55433884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:71:72:64:66:0.478261:24:40:38:33:25:41:38:34 chr7 55459563 . A G 223.08 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0379262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0783;QD=16.5244;RBI=0.0383414;REFB=-0.0081483;REVB=0.00562726;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149139;STB=0.592581;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0118606;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:19:6:10:17:19:6:11:18 chr7 55499058 . A G 490.33 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.196;QD=56.0375;RBI=0.0210261;REFB=-0.122673;REVB=0.016826;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00104564;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:20:14:0:0:20:14:1:0 chr7 55540707 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0137223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.494;QD=13.4557;RBI=0.029592;REFB=-0.00228924;REVB=-0.0262181;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0031397;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:5:6:5:9:5:6:6:9 chr7 55750390 . A G 229.26 PASS AF=0.231788;AO=34;DP=150;FAO=35;FDP=151;FR=.;FRO=116;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.0240555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.707;QD=6.07303;RBI=0.0313877;REFB=-0.012392;REVB=-0.0201623;RO=116;SAF=21;SAR=13;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.612912;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0362381;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:116:116:34:35:0.231788:13:21:56:60:13:22:56:60 chr7 56087374 . C T 47.58 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0105219;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2107;QD=2.88364;RBI=0.014512;REFB=0.00170967;REVB=-0.00999441;RO=57;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442694;STB=0.829026;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00216622;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:68:66:57:57:9:9:0.136364:8:1:24:33:8:1:24:33 chr7 56087379 . T C 60.31 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0115146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.987;QD=3.6007;RBI=0.0203306;REFB=-0.00137132;REVB=-0.0167555;RO=55;SAF=2;SAR=9;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336341;STB=0.740022;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00368183;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:67:55:56:11:11:0.164179:9:2:23:32:9:2:24:32 chr7 56087399 . G A 72.97 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0125014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.873;QD=3.99845;RBI=0.0374252;REFB=0.00317893;REVB=0.0352756;RO=60;SAF=4;SAR=9;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186828;STB=0.623963;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.017119;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:60:60:13:13:0.178082:9:4:27:33:9:4:27:33 chr7 56087409 . G A 44.81 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00278731;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6347;QD=2.59751;RBI=0.0633185;REFB=-0.00376954;REVB=0.0632571;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468988;STB=0.844417;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0424686;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:71:69:59:60:9:9:0.130435:8:1:27:32:8:1:27:33 chr7 56087423 . G A 58.2 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00384951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8028;QD=3.27894;RBI=0.00997307;REFB=-0.00754955;REVB=0.00920018;RO=59;SAF=2;SAR=9;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357465;STB=0.756012;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0686238;OID=.;OPOS=56087423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:71:59:60:11:11:0.15493:9:2:26:33:9:2:27:33 chr7 56087465 . G A 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0330438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9749;QD=3.72505;RBI=0.0388964;REFB=0.0210239;REVB=0.0205191;RO=51;SAF=2;SAR=8;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396673;STB=0.771845;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0595282;OID=.;OPOS=56087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:8:2:26:25:8:2:26:25 chr7 56087474 . A G 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0207011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.325;QD=2.5891;RBI=0.0290779;REFB=0.00254894;REVB=0.0204204;RO=50;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278308;STB=0.706476;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.050846;OID=.;OPOS=56087474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:5:2:26:24:5:2:26:24 chr7 56088786 . A T 156.71 PASS AF=0.227273;AO=25;DP=110;FAO=25;FDP=110;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.0152481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.203;QD=5.69846;RBI=0.015322;REFB=-0.0099881;REVB=-0.00150254;RO=85;SAF=10;SAR=15;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26094;STB=0.659452;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0259563;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:85:85:25:25:0.227273:15:10:52:33:15:10:52:33 chr7 56088789 . G A 159.38 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.0142708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.311;QD=5.90298;RBI=0.0593582;REFB=0.00434781;REVB=-0.0576172;RO=77;SAF=10;SAR=15;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28688;STB=0.652056;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0230544;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:83:25:25:0.231481:15:10:49:28:15:10:50:33 chr7 56088811 . T C 154.82 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=113;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.00624973;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.324;QD=5.48034;RBI=0.0215288;REFB=-0.000759591;REVB=0.0206017;RO=87;SAF=9;SAR=16;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293251;STB=0.675763;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00331012;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:88:25:25:0.221239:16:9:52:35:16:9:52:36 chr7 56088825 . T A 155.08 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0127959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.342;QD=5.53865;RBI=0.0306977;REFB=-0.00677473;REVB=0.0279037;RO=87;SAF=11;SAR=14;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168101;STB=0.603452;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0247723;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:87:87:25:25:0.223214:14:11:50:37:14:11:50:37 chr7 56088902 . C T 89.78 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0219242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.292;QD=4.85273;RBI=0.0220832;REFB=-0.0131458;REVB=0.00264511;RO=59;SAF=5;SAR=10;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181819;STB=0.616663;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0442251;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:10:5:28:31:10:5:28:31 chr7 56088907 . GC CT 80.65 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0364837;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.975;QD=5.12054;RBI=0.0439839;REFB=-0.0139464;REVB=-0.0245668;RO=44;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149422;STB=0.580516;STBP=0.562;TYPE=mnp;VARB=0.0522422;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:65:63:44:50:13:13:0.206349:9:4:14:30:9:4:20:30 chr7 56126360 . T C 647.47 PASS AF=0.87931;AO=50;DP=58;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.120357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1606;QD=44.6533;RBI=0.124593;REFB=-0.17615;REVB=0.0322104;RO=6;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828484;STB=0.511268;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0100695;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:58:58:6:7:50:51:0.87931:31:19:0:6:32:19:2:5 chr7 56136260 . C A 2069.41 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243623;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.57;QD=62.7093;RBI=0.0468241;REFB=0;REVB=0.0467607;RO=0;SAF=83;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52222e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:129:132:1:46:83:0:0:49:83:0:0 chr7 56146155 . G A 420.58 PASS AF=0.457447;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=-0.0148363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.371;QD=17.8971;RBI=0.0437809;REFB=-0.00250066;REVB=0.0411905;RO=50;SAF=27;SAR=15;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153336;STB=0.570668;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00330232;OID=.;OPOS=56146155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:51:42:43:0.457447:15:27:39:11:15:28:39:12 chr7 56149939 . G A 482.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5888;QD=58.4581;RBI=0.027182;REFB=0;REVB=0.0245018;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250909;OID=.;OPOS=56149939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr7 56174115 . A C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.479;QD=56.9541;RBI=0.0714259;REFB=0;REVB=-0.0381018;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27757e-05;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr7 56407936 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0134452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.58;QD=11.1041;RBI=0.0333493;REFB=0.015569;REVB=-0.0305189;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.635955;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0163037;OID=.;OPOS=56407936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:5:5:5:2:5:5 chr7 56879527 . A G 494.77 PASS AF=0.375839;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=149;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=27;FWDB=0.000623559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.81;QD=13.2825;RBI=0.00730867;REFB=-0.0108988;REVB=-0.00728202;RO=93;SAF=39;SAR=17;SRF=66;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173732;STB=0.509851;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0166579;OID=.;OPOS=56879527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:93:93:56:56:0.375839:17:39:66:27:17:39:66:27 chr7 56879552 . T C 463.14 PASS AF=0.360759;AO=57;DP=157;FAO=57;FDP=158;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=32;FWDB=-0.0189807;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.613;QD=11.7251;RBI=0.0376773;REFB=-0.00492114;REVB=-0.0325471;RO=98;SAF=39;SAR=18;SRF=69;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258624;STB=0.511958;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0382316;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:98:101:57:57:0.360759:18:39:69:29:19:38:69:32 chr7 57238635 . G A 1436.07 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131775;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.515;QD=60.466;RBI=0.0140985;REFB=-0.0897209;REVB=0.00501197;RO=2;SAF=61;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287062;STB=0.515148;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000440034;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:95:2:2:93:93:0.978947:32:61:0:2:32:61:0:2 chr7 57242225 . T C 1124.45 PASS AF=0.82243;AO=85;DP=106;FAO=88;FDP=107;FR=.;FRO=19;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0143206;FXX=0.0092584;HRUN=8;LEN=1;MLLD=187.026;QD=42.0354;RBI=0.0402019;REFB=-0.0561509;REVB=0.0375648;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537989;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00115195;OID=.;OPOS=57242225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:0:19:85:88:0.82243:34:51:0:0:37:51:7:12 chr7 57257162 . AG CA,CG 1517.22 PASS AF=0.409524,0.590476;AO=41,60;DP=107;FAO=43,62;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=15,36;FSAR=28,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345603,0.0458366;FXX=0.0454504;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=200.006,202.802;QD=57.7989;RBI=0.0352249,0.0458783;REFB=0,0;REVB=-0.00681038,-0.00195501;RO=0;SAF=14,34;SAR=27,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00248843,-0.00113185;OID=.,.;OPOS=57257162,57257162;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:107:105:0:0:41,60:43,62:0.409524,0.590476:27,26:14,34:0:0:28,26:15,36:0:0 chr7 57259664 . T C 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0242589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5511;QD=18.0729;RBI=0.0258963;REFB=-0.00984269;REVB=0.00906205;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156743;STB=0.508766;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0101098;OID=.;OPOS=57259664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:15:16:16:14:15:16 chr7 57260032 . GA G 324.14 PASS AF=0.4;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0078579;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.47;QD=14.4063;RBI=0.0090437;REFB=-0.0122725;REVB=0.00447683;RO=54;SAF=16;SAR=19;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182453;STB=0.609697;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=0.0146005;OID=.;OPOS=57260033;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:35:91:36:90:54:16:20:34:20:99:54:16:19:34:20 chr7 57264330 . G A 299.13 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00457858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7573;QD=13.9131;RBI=0.00473912;REFB=-0.00739396;REVB=0.00122304;RO=52;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033232;STB=0.518923;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0160655;OID=.;OPOS=57264330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:14:20:29:23:14:20:29:23 chr7 63225803 . T A,G 670.02 PASS AF=0.941176,0.0392157;AO=45,4;DP=51;FAO=48,2;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=33,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00801012,-0.0154028;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=149.282,93.7971;QD=52.5508;RBI=0.0520983,0.0323665;REFB=-0.0186608,-0.0130991;REVB=0.0514788,-0.0284665;RO=1;SAF=15,0;SAR=30,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.030296,-0.749895;STB=0.516122,0.993266;STBP=0.21,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=1.8183e-05,0.138413;OID=.,.;OPOS=63225803,63225803;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:51:1:1:45,4:48,2:0.941176,0.0392157:30,4:15,0:1:0:33,2:15,0:1:0 chr7 63225821 . A T 189.67 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00982875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.333;QD=11.3235;RBI=0.0408579;REFB=-0.0151262;REVB=-0.0396581;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168081;STB=0.596937;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0249496;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:12:12:15:28:12:12:15:28 chr7 63225842 . A T 1152.4 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3728;QD=60.6526;RBI=0.0347666;REFB=0;REVB=-0.0319754;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011112;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr7 63225873 . C T 232.43 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0807501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.358;QD=12.5639;RBI=0.0808525;REFB=-0.00958165;REVB=0.00406728;RO=45;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813884;STB=0.537822;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0175583;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:16:12:16:29:16:12:17:29 chr7 63225986 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.906;QD=39.2013;RBI=0.0107816;REFB=0;REVB=-0.0106238;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22907e-05;OID=.;OPOS=63225986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr7 63529956 . G A 214.8 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0358274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.489;QD=21.48;RBI=0.0399204;REFB=-0.0272232;REVB=0.0176077;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685444;STB=0.518501;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0242514;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:7:14:10:7:7:14:12:7 chr7 63537703 . C T 416.81 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00747155;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.104;QD=19.3865;RBI=0.0840625;REFB=-0.00697922;REVB=-0.0837298;RO=43;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955779;STB=0.546939;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00393105;OID=.;OPOS=63537703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:44:42:42:0.488372:22:20:25:18:22:20:25:19 chr7 63537849 . G A 463.5 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00919949;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.788;QD=21.5579;RBI=0.00921249;REFB=-0.00474178;REVB=0.000489287;RO=41;SAF=19;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784534;STB=0.543345;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00495787;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:41:41:45:45:0.523256:26:19:21:20:26:19:21:20 chr7 63538924 . G A 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0546126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.371;QD=22.7929;RBI=0.0553034;REFB=-0.00673286;REVB=-0.00871353;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127528;STB=0.571368;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00751436;OID=.;OPOS=63538924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:9:15:10:11:9:15:10:11 chr7 63565953 . A C 387.25 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0145363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.079;QD=23.8305;RBI=0.0336878;REFB=-0.0397567;REVB=0.0303902;RO=26;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902023;STB=0.503245;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0324056;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:27:38:38:0.584615:20:18:12:14:20:18:13:14 chr7 63566387 . A ATGT 141.97 PASS AF=0.285714;AO=19;DP=72;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0100666;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=151.156;QD=8.11274;RBI=0.0105941;REFB=0.000797198;REVB=0.00330127;RO=50;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135143;STB=0.594241;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=-0.0018207;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:19:72:20:70:50:6:14:21:29:99:50:6:13:21:29 chr7 63568887 . A ATAACT 133.43 PASS AF=0.271429;AO=18;DP=77;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.022753;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=5;MLLD=265.06;QD=7.62435;RBI=0.0461245;REFB=-0.023022;REVB=-0.040122;RO=56;SAF=13;SAR=5;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304293;STB=0.645805;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=0.0514405;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271429:18:77:19:70:51:13:6:25:26:99:56:13:5:27:29 chr7 63570733 . T C 277.4 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00270429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.885;QD=16.0809;RBI=0.00331775;REFB=-0.0133721;REVB=-0.00192206;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021716;STB=0.512233;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0152187;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:20:18:14:17:20:18 chr7 63679733 . A G 587.76 PASS AF=0.556604;AO=52;DP=101;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.000756342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.492;QD=22.1796;RBI=0.0324366;REFB=-0.0280481;REVB=0.0324277;RO=46;SAF=35;SAR=17;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280907;STB=0.627076;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0173633;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:46:47:52:59:0.556604:17:35:16:30:22:37:16:31 chr7 63721274 . A G 43.98 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0475759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.869;QD=6.5151;RBI=0.0609521;REFB=-0.0152278;REVB=-0.038101;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195617;STB=0.624653;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0353718;OID=.;OPOS=63721274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:12:8:4:3:12:8 chr7 63726645 . T C 45.22 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00041278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.23;QD=8.22132;RBI=0.0152136;REFB=-0.00720688;REVB=0.015208;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225087;STB=0.675158;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0371894;OID=.;OPOS=63726645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:15:15:6:7:0.318182:2:4:7:8:2:5:7:8 chr7 63726678 . T A 54.47 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0174834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4648;QD=9.07886;RBI=0.028201;REFB=-0.00431118;REVB=0.0221275;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291729;STB=0.681336;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00471488;OID=.;OPOS=63726678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:8:8:2:6:8:8 chr7 63981563 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2069;QD=59.0177;RBI=0.0138895;REFB=0;REVB=0.0126395;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179661;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr7 63986829 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.252;QD=62.022;RBI=0.00875747;REFB=0;REVB=0.00678437;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01643e-06;OID=.;OPOS=63986829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr7 64169019 . G A 705.42 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.752;QD=62.7038;RBI=0.0219836;REFB=0;REVB=0.00694396;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15751e-05;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:30:14:0:0:31:14:0:0 chr7 64291333 . T A 1237.57 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0267334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.574;QD=58.9318;RBI=0.0273085;REFB=-0.0928077;REVB=-0.00557493;RO=2;SAF=31;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583545;STB=0.503082;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000242433;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:51:31:1:1:51:31:1:1 chr7 64291976 . G A 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0276;QD=51.1728;RBI=0.0864389;REFB=0;REVB=-0.0257881;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176591;OID=.;OPOS=64291976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr7 64291991 . T A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00214687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.382;QD=50.134;RBI=0.0307862;REFB=0.0766945;REVB=0.0307112;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544279;STB=0.529387;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00147515;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:0:1:8:16:0:1 chr7 64292035 . T A 89.82 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.115616;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7525;QD=14.3707;RBI=0.116437;REFB=-0.0151774;REVB=-0.0138092;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335292;STB=0.717975;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0112117;OID=.;OPOS=64292035;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:15:14:11:11:0.44:6:5:12:3:6:5:12:2 chr7 64388472 . C A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0464635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.297;QD=14.0792;RBI=0.0464635;REFB=-0.015812;REVB=1.01619e-05;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246987;STB=0.642638;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0141131;OID=.;OPOS=64388472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:12:4:6:6:12:4 chr7 64389089 . A C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.021705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8357;QD=17.4011;RBI=0.0227554;REFB=-0.0248031;REVB=0.00683367;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197884;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:3:10:10:3:3:10 chr7 64438667 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0173274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.89;QD=21.2676;RBI=0.0245522;REFB=-0.0108708;REVB=-0.0173946;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236509;STB=0.633982;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00666664;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:8:6:12:5:8:6 chr7 64451699 . T C 498.1 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.0184264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.361;QD=13.1947;RBI=0.0256884;REFB=0.00670595;REVB=0.0178987;RO=93;SAF=34;SAR=24;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582689;STB=0.503298;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.011184;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:93:93:58:58:0.384106:24:34:55:38:24:34:55:38 chr7 64451963 . T C 420.3 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0108495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5809;QD=17.8851;RBI=0.0451271;REFB=-0.000629806;REVB=0.0438034;RO=51;SAF=29;SAR=14;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713363;STB=0.539959;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00069171;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:14:29:31:20:14:29:31:20 chr7 64452738 . G A 331.44 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00317784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.43;QD=18.6726;RBI=0.00343547;REFB=-0.00901135;REVB=0.00130528;RO=36;SAF=23;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388588;STB=0.526974;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00975875;OID=.;OPOS=64452738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:11:23:23:13:11:24:23:13 chr7 64452830 . C T 597.44 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=-0.0067255;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.572;QD=17.4435;RBI=0.0504449;REFB=-0.0219921;REVB=-0.0499946;RO=73;SAF=39;SAR=23;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445953;STB=0.530352;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0333749;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:73:75:62:62:0.452555:23:39:49:24:23:39:51:24 chr7 64453136 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0174341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.782;QD=14.262;RBI=0.0299131;REFB=-0.00710371;REVB=0.0243074;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191666;STB=0.610975;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00938205;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:9:15:7:9:9:15 chr7 64453615 . T C 315.53 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0160818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.821;QD=17.5294;RBI=0.0204379;REFB=-0.0167178;REVB=-0.0126128;RO=37;SAF=25;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302684;STB=0.664791;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0237248;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:9:25:16:21:9:25:17:21 chr7 64453634 . G A 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00991272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.384;QD=19.3451;RBI=0.036796;REFB=0.0153019;REVB=0.0354356;RO=41;SAF=29;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193049;STB=0.607909;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00207792;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:11:29:22:19:11:29:22:19 chr7 64453635 . G C 391.75 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.000321409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.145;QD=19.3457;RBI=0.00478726;REFB=-0.0126095;REVB=-0.00477646;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183206;STB=0.605954;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00292808;OID=.;OPOS=64453635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:19:21:29:11:19:21:30:11 chr7 64483656 . C T 302.39 PASS AF=0.4;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.000582144;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.703;QD=14.23;RBI=0.0117484;REFB=-0.00245565;REVB=-0.0117339;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216712;STB=0.611702;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00436007;OID=.;OPOS=64483656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:48:51:34:34:0.4:17:17:34:14:17:17:35:16 chr7 64865254 . A G 734.98 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0132902;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3892;QD=18.3744;RBI=0.0206706;REFB=-0.0183063;REVB=0.0158317;RO=83;SAF=47;SAR=30;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100361;STB=0.555504;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0233366;OID=.;OPOS=64865254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:83:83:77:77:0.48125:30:47:42:41:30:47:42:41 chr7 64865881 . G C 265.64 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0234629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.34;QD=13.282;RBI=0.0652141;REFB=-0.0100885;REVB=-0.0608471;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556361;STB=0.526431;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0154569;OID=.;OPOS=64865881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:49:31:31:0.3875:19:12:21:27:19:12:21:28 chr7 65159983 . A G 164.7 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00907878;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.113;QD=11.5579;RBI=0.0112434;REFB=-0.0141827;REVB=-0.00663243;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120975;STB=0.545411;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0238249;OID=.;OPOS=65159983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:36:20:21:0.368421:11:9:17:13:12:9:18:18 chr7 65279676 . A T 194.17 PASS AF=0.196532;AO=34;DP=173;FAO=34;FDP=173;FR=.;FRO=139;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=65;FWDB=0.00276851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.539;QD=4.48937;RBI=0.0652152;REFB=-0.0102413;REVB=-0.0651564;RO=139;SAF=20;SAR=14;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725015;STB=0.545553;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0481554;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:139:139:34:34:0.196532:14:20:74:65:14:20:74:65 chr7 65279757 . A T 50.55 PASS AF=0.115108;AO=11;DP=137;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.00366578;FXX=0.0544181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.034;QD=1.45457;RBI=0.0183306;REFB=-0.0010036;REVB=-0.0179603;RO=109;SAF=7;SAR=4;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133014;STB=0.60785;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0144786;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:137:139:109:123:11:16:0.115108:4:7:57:52:6:10:62:61 chr7 65425894 . A G 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0111195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2278;QD=21.2915;RBI=0.0458168;REFB=0.0242841;REVB=-0.044447;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356249;STB=0.519984;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0120823;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:13:12:13:12:13:12 chr7 65579838 . A G 56.28 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0209974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.79;QD=13.2421;RBI=0.0356852;REFB=-0.0612873;REVB=0.0288538;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291052;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0733305;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:17:9:9:5:6:0.352941:1:4:5:4:2:4:5:4 chr7 65842543 . C CAT,T 212.52 PASS AF=0.411765,0.0588235;AO=21,3;DP=52;FAO=21,3;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14,0;FSAR=7,3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0135566,0.0183865;FXX=0.0192271;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=182.19,58.7607;QD=16.6679;RBI=0.0172148,0.030007;REFB=-0.0109481,-0.00275433;REVB=-0.0106099,-0.0237141;RO=28;SAF=14,0;SAR=7,3;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.013457,-0.638932;STB=0.523787,0.997562;STBP=0.805,0.02;TYPE=ins,snp;VARB=0.0378356,-0.0566609;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:27:21,3:21,3:0.411765,0.0588235:7,3:14,0:19:9:7,3:14,0:19:8 chr7 65842545 . T C 210.23 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0313824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2812;QD=15.5725;RBI=0.0558559;REFB=-0.00830664;REVB=-0.0462064;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.568127;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0133952;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:10:14:21:8:10:14:21:9 chr7 65860213 . T TAGAG 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0247257;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=346.317;QD=11.3693;RBI=0.0247828;REFB=0.00236588;REVB=0.00168193;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175257;STB=0.604745;STBP=0.379;TYPE=ins;VARB=-0.00417501;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:11:30:11:30:19:7:4:9:10:85:19:7:4:9:10 chr7 65860264 . CCATAT C 48.57 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0296395;FXX=0.208247;HRUN=2;LEN=5;MLLD=258.038;QD=10.2256;RBI=0.0302368;REFB=-0.00850714;REVB=0.00598039;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439197;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=del;VARB=0.00786412;OID=.;OPOS=65860265;OREF=CATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:21:7:19:12:4:3:7:5:48:12:6:1:6:6 chr7 66015630 . C G 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0447645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.857;QD=29.7802;RBI=0.0468942;REFB=-0.0696288;REVB=-0.0139714;RO=4;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609767;STB=0.533929;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.015423;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:5:8:3:1:5:8:3:1 chr7 66105163 . C G 405.58 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.0195897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.647;QD=15.1619;RBI=0.0227934;REFB=-0.00465748;REVB=-0.0116525;RO=60;SAF=11;SAR=35;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800292;STB=0.541892;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00660514;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:60:61:46:46:0.429907:35:11:18:42:35:11:18:43 chr7 66147057 . T C 1541.51 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507432;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.065;QD=59.2887;RBI=0.0262811;REFB=0;REVB=0.0257866;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263686;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:101:104:1:42:59:0:0:45:59:0:0 chr7 66147101 . G A 473.35 PASS AF=0.754386;AO=36;DP=60;FAO=43;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0148784;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=226.182;QD=33.2175;RBI=0.016332;REFB=-0.0418176;REVB=0.00673556;RO=17;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169868;STB=0.526737;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0108225;OID=.;OPOS=66147101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:60:57:17:14:36:43:0.754386:21:15:12:5:20:23:9:5 chr7 66147110 . C A 437.21 PASS AF=0.75;AO=34;DP=48;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00470202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.94;QD=33.6318;RBI=0.0279027;REFB=-0.0213717;REVB=0.0275037;RO=13;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110434;STB=0.564324;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0128374;OID=.;OPOS=66147110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:48:52:13:13:34:39:0.75:15:19:10:3:19:20:10:3 chr7 66147149 . A G 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0462761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.638;QD=43.6815;RBI=0.0474506;REFB=-0.0163491;REVB=-0.0104918;RO=2;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390562;STB=0.521255;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00353666;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:6:14:1:1:6:14:1:1 chr7 66147178 . C T 143.65 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0467137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2219;QD=33.8007;RBI=0.0938323;REFB=0.0462781;REVB=0.0813778;RO=3;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129617;STB=0.571332;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00373119;OID=.;OPOS=66147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:5:9:3:0:5:9:3:0 chr7 66147656 . G C 305.08 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0197745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.727;QD=17.6855;RBI=0.0223438;REFB=-0.020368;REVB=0.0104026;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158635;STB=0.523795;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.016356;OID=.;OPOS=66147656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:32:33:0.478261:17:15:17:18:18:15:18:18 chr7 66147695 . GCAGGGC CAGGGGC,GCAGGGG,GCAGGGGC 325.73 PASS AF=0,0.0363636,0.727273;AO=8,3,25;DP=56;FAO=0,2,40;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,19;FSAR=0,2,21;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0403094,-0.00633901,-0.0983035;FXX=0;HRUN=2,1,3;LEN=3,1,1;MLLD=36.3668,191.117,13.3803;QD=23.6894;RBI=0.040322,0.0221159,0.189612;REFB=-0.0720194,0.004681,-0.170721;REVB=-0.00100676,-0.0211879,0.162139;RO=16;SAF=0,1,14;SAR=8,2,11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.741505,-0.0496198,0.130191;STB=0.5,0.99339,0.522264;STBP=1,0.32,0.607;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0.0603521,0.0723778;OID=.,.,.;OPOS=66147695,66147701,66147698;OREF=GCA,C,-;OALT=CAG,G,G;OMAPALT=CAGGGGC,GCAGGGG,GCAGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:36:56:55:16:13:8,3,25:0,2,40:0,0.0363636,0.727273:8,2,11:0,1,14:6:10:0,2,21:0,0,19:5:8 chr7 66147746 . C G 221.63 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0548348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8068;QD=12.3129;RBI=0.0554712;REFB=-0.000638813;REVB=-0.00837809;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933423;STB=0.546167;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.000407762;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:13:14:19:25:13:14:20:25 chr7 66648157 . C T 421.53 PASS AF=0.35461;AO=50;DP=142;FAO=50;FDP=141;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0164298;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4795;QD=11.9582;RBI=0.0215074;REFB=0.00814495;REVB=-0.0138792;RO=91;SAF=29;SAR=21;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990083;STB=0.505665;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0176736;OID=.;OPOS=66648157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:91:91:50:50:0.35461:21:29:52:39:21:29:52:39 chr7 66648199 . G A 397.93 PASS AF=0.40678;AO=46;DP=117;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.119559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1411;QD=13.4891;RBI=0.144027;REFB=-0.0121713;REVB=0.080308;RO=68;SAF=24;SAR=22;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102138;STB=0.543678;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.014642;OID=.;OPOS=66648199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:68:70:46:48:0.40678:22:24:42:26:22:26:43:27 chr7 66660242 . A G 48.79 PASS AF=0.102362;AO=13;DP=127;FAO=13;FDP=127;FR=.;FRO=114;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=0.0118749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7483;QD=1.53661;RBI=0.0123879;REFB=0.00325874;REVB=-0.00352804;RO=114;SAF=3;SAR=10;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344667;STB=0.76033;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0401807;OID=.;OPOS=66660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:127:127:114:114:13:13:0.102362:10:3:59:55:10:3:59:55 chr7 66660247 . T C 43.19 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.00966138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.123;QD=1.33928;RBI=0.0177503;REFB=-0.00131818;REVB=0.0148906;RO=117;SAF=3;SAR=9;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317039;STB=0.746669;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0177804;OID=.;OPOS=66660247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:129:129:117:117:12:12:0.0930233:9:3:61:56:9:3:61:56 chr7 66703328 . G A 512.62 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.012932;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4518;QD=21.1389;RBI=0.0361156;REFB=0.0279212;REVB=0.0337209;RO=50;SAF=23;SAR=26;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172746;STB=0.606877;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0308156;OID=.;OPOS=66703328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:50:48:49:49:0.505155:26:23:33:17:26:23:33:15 chr7 66774604 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.878;QD=57.1062;RBI=0.0246386;REFB=0;REVB=0.00335207;RO=0;SAF=44;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9835e-05;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:11:44:0:0:11:44:0:0 chr7 66774670 . C T 154.69 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0161249;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.439;QD=14.0625;RBI=0.0178445;REFB=0.00216599;REVB=0.00764278;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306924;STB=0.649534;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00405977;OID=.;OPOS=66774670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:27:17:17:0.386364:6:11:23:3:6:11:23:4 chr7 66785137 . C A 100.06 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0162473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1797;QD=15.3945;RBI=0.0168735;REFB=-0.0943732;REVB=-0.00455429;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193547;STB=0.613434;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0353226;OID=.;OPOS=66785137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:8:6:3:9:8:6 chr7 66785634 . T A 153.85 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0242979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1311;QD=14.3111;RBI=0.0498587;REFB=-0.0213986;REVB=-0.0435374;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089233;STB=0.504499;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0274817;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:26:16:17:0.395349:11:5:9:14:11:6:9:17 chr7 68527448 . C G 330.34 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00120856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.131;QD=13.4832;RBI=0.018576;REFB=-0.00732122;REVB=-0.0185367;RO=59;SAF=19;SAR=18;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067933;STB=0.547844;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00860181;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:61:37:37:0.377551:18:19:34:25:18:19:36:25 chr7 68527587 . A G 125.07 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.002079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.636;QD=12.5073;RBI=0.0349643;REFB=-0.0140021;REVB=0.0349024;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184108;STB=0.571331;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0223858;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:14:15:0.375:4:10:14:11:5:10:14:11 chr7 68796377 . G A 751.02 PASS AF=0.446927;AO=80;DP=179;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.00750136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.983;QD=16.7827;RBI=0.0294985;REFB=-0.024924;REVB=-0.0285288;RO=95;SAF=43;SAR=37;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213217;STB=0.501193;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0298023;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:95:99:80:80:0.446927:37:43:49:46:37:43:53:46 chr7 70228020 . G T 354.02 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0222776;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.118;QD=21.1353;RBI=0.0346853;REFB=-0.0266191;REVB=0.0265853;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141355;STB=0.514131;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0244285;OID=.;OPOS=70228020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:31:36:36:0.537313:15:21:18:12:15:21:19:12 chr7 70257010 . G A 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00384756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.249;QD=10.0839;RBI=0.0177633;REFB=-0.0087645;REVB=-0.0173416;RO=53;SAF=7;SAR=20;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134725;STB=0.575021;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0177083;OID=.;OPOS=70257010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:57:27:27:0.321429:20:7:19:34:20:7:20:37 chr7 70597522 . C A 2993.79 PASS AF=0.994949;AO=174;DP=179;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=120;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0658093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.06;QD=60.4807;RBI=0.128328;REFB=-0.00594588;REVB=0.110169;RO=2;SAF=103;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132175;STB=0.503225;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00427923;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:198:2:1:174:197:0.994949:71:103:0:2:77:120:0:1 chr7 70597675 . T C 357.31 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0678963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4772;QD=22.3317;RBI=0.0690993;REFB=-0.00325135;REVB=-0.0128377;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143398;STB=0.570895;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00687696;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:28:36:36:0.5625:20:16:17:10:20:16:17:11 chr7 71135043 . C T 148.48 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0122706;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.503;QD=9.42732;RBI=0.0153254;REFB=-0.00672511;REVB=0.00918149;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124291;STB=0.573387;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0204182;OID=.;OPOS=71135043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:11:9:24:19:11:9:24:19 chr7 71150706 . A T 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405976;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0802;QD=58.6139;RBI=0.0407269;REFB=0;REVB=-0.00324261;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048205;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr7 71244977 . C T 143.24 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00445262;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.933;QD=13.975;RBI=0.0261383;REFB=-0.00389972;REVB=0.0257562;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311528;STB=0.680258;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.010835;OID=.;OPOS=71244977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:17:8:10:6:17:8 chr7 71248676 . C T 1106.83 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8505;QD=59.0308;RBI=0.0764722;REFB=-0.0708873;REVB=0.0600545;RO=1;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302889;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:1:0:74:75:1:33:41:0:1:34:41:0:0 chr7 71252189 . A AG 305.07 PASS AF=1;AO=24;DP=33;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.1512;QD=40.6758;RBI=0.24301;REFB=0;REVB=-0.220962;RO=5;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00443191;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:33:30:30:0:14:16:0:0:6:5:11:13:3:2 chr7 72093957 . A G 170.7 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=94;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0070361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2489;QD=7.26375;RBI=0.00980217;REFB=-0.00341661;REVB=-0.00682466;RO=70;SAF=14;SAR=10;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1717;STB=0.603787;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00776473;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:70:70:24:24:0.255319:10:14:31:39:10:14:31:39 chr7 72178756 . C A 442.24 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0155944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5166;QD=18.2365;RBI=0.0220128;REFB=-0.0295284;REVB=0.0155363;RO=52;SAF=22;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372889;STB=0.526545;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0273602;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:52:44:45:0.463918:22:22:28:24:23:22:28:24 chr7 72193864 . T C 372.69 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0201704;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.412;QD=15.0583;RBI=0.020824;REFB=-0.000886934;REVB=-0.00517634;RO=60;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706792;STB=0.534937;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00174418;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:60:59:40:40:0.40404:22:18:31:29:22:18:30:29 chr7 72193868 . G A 348.1 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0252329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.194;QD=13.7862;RBI=0.025233;REFB=-0.0117648;REVB=4.8224e-05;RO=60;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706792;STB=0.545072;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0118101;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:61:40:40:0.39604:22:18:31:29:22:18:32:29 chr7 72286028 . C T 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0203061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.429;QD=13.4152;RBI=0.020611;REFB=-0.000666975;REVB=-0.00353221;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178465;STB=0.519984;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.000800336;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:37:25:25:0.403226:10:15:21:15:10:15:21:16 chr7 72312214 . A G 80.23 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0478319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7632;QD=16.8911;RBI=0.0591013;REFB=-0.034743;REVB=-0.0347141;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339319;STB=0.699557;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0335484;OID=.;OPOS=72312214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:4:5:2:8:4:5 chr7 72413874 . T C 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0540805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.66;QD=5.06434;RBI=0.0589612;REFB=-0.00122512;REVB=-0.0234888;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191466;STB=0.624707;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00125099;OID=.;OPOS=72413874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:21:11:4:4:21:11 chr7 72418963 . T C 210.22 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0693272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6933;QD=11.8434;RBI=0.070154;REFB=-0.0159102;REVB=-0.010739;RO=44;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289377;STB=0.660071;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0254935;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:45:26:26:0.366197:9:17:17:27:9:17:18:27 chr7 72418992 . C T 269.91 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0582717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7296;QD=17.137;RBI=0.0722779;REFB=-0.0210268;REVB=0.0427611;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111728;STB=0.554063;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0226227;OID=.;OPOS=72418992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:29:30:0.47619:13:16:22:11:13:17:22:11 chr7 72717933 . C T 211.73 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00832916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2599;QD=20.6567;RBI=0.00905582;REFB=-0.0367959;REVB=0.00355429;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703917;STB=0.539531;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0258466;OID=.;OPOS=72717933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:13:7:9:12:13:7 chr7 72738749 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.759;QD=56.1916;RBI=0.0107562;REFB=0;REVB=0.0106421;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60302e-05;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr7 72738762 . CA TG 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137492;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=164.404;QD=54.5177;RBI=0.0392011;REFB=0;REVB=0.0367108;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000375322;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr7 72891754 . C T 96.22 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0122627;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.421;QD=10.4026;RBI=0.0126119;REFB=-0.016028;REVB=-0.00294704;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289322;STB=0.67222;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0291689;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:39:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:17:8:7:5:17:8 chr7 72907198 . C CT,T 197.79 PASS AF=0.375,0;AO=13,6;DP=127;FAO=39,0;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=22,0;FSAR=17,0;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.28465,-0.0383571;FXX=0.174589;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.9269,231.489;QD=7.6073;RBI=0.286019,0.0418519;REFB=-0.0113658,0.00213779;REVB=-0.0279492,-0.0167426;RO=108;SAF=4,0;SAR=9,6;SRF=49;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.1822,-0.467408;STB=0.554594,0.5;STBP=0.368,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0373371,0;OID=.,.;OPOS=72907199,72907198;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:104:108:65:13,6:39,0:0.375,0:9,6:4,0:49:59:17,0:22,0:31:34 chr7 72907200 . C T 361.83 PASS AF=0.357143;AO=46;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.0361092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6189;QD=11.4868;RBI=0.0363256;REFB=-0.00471474;REVB=0.00395954;RO=79;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959219;STB=0.582243;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0208567;OID=.;OPOS=72907200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:81:46:45:0.357143:24:22:31:48:22:23:31:50 chr7 73020301 . T C 1851.79 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.272;QD=61.2161;RBI=0.0246326;REFB=0;REVB=0.0240454;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74767e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:66:54:0:0:67:54:0:0 chr7 73097654 . C T 1070.67 PASS AF=0.468085;AO=110;DP=235;FAO=110;FDP=235;FR=.;FRO=125;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=79;FSRR=46;FWDB=0.0217657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9196;QD=18.2242;RBI=0.0448865;REFB=0.0160586;REVB=0.0392562;RO=124;SAF=70;SAR=40;SRF=78;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075836;STB=0.502504;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0223057;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:124:125:110:110:0.468085:40:70:78:46:40:70:79:46 chr7 73097948 . G C 176.2 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00848637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.858;QD=29.3669;RBI=0.111352;REFB=-0.0227383;REVB=0.111028;RO=7;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126622;STB=0.569755;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00979002;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:6:11:6:1:6:11:6:1 chr7 73122923 . A G 264.57 PASS AF=0.347826;AO=30;DP=90;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00153973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.527;QD=11.5032;RBI=0.0400371;REFB=-0.00556114;REVB=-0.0400074;RO=60;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65058e-08;STB=0.524984;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.010692;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:60:60:30:32:0.347826:18:12:24:36:18:14:24:36 chr7 73147068 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0354818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.411;QD=20.3167;RBI=0.0354866;REFB=-0.020088;REVB=-0.000587898;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292783;STB=0.662431;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0137142;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:16:2:8:11:16:2 chr7 73246461 . A G 328.32 PASS AF=0.420455;AO=34;DP=85;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.0140428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.221;QD=14.9236;RBI=0.016047;REFB=-0.0164092;REVB=0.00776586;RO=51;SAF=24;SAR=10;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778395;STB=0.526302;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.018438;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:51:51:34:37:0.420455:10:24:39:12:10:27:39:12 chr7 73246496 . C T 397.2 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=0.0127548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9543;QD=14.1859;RBI=0.0192834;REFB=-0.0111589;REVB=0.0144625;RO=64;SAF=29;SAR=17;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828314;STB=0.542997;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0124218;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:66:46:46:0.410714:17:29:45:19:17:29:46:20 chr7 73246555 . C G 425.07 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0240206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.195;QD=13.9366;RBI=0.025521;REFB=-0.0182004;REVB=-0.0086216;RO=73;SAF=29;SAR=20;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732942;STB=0.541284;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0297294;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:73:49:49:0.401639:20:29:48:25:20:29:48:25 chr7 73249165 . T A 217.71 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0418342;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9823;QD=21.24;RBI=0.0434391;REFB=-0.0341292;REVB=-0.0116985;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126672;STB=0.561343;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0268459;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:19:20:21:21:0.512195:7:14:10:9:7:14:11:9 chr7 73249299 . G C 257.71 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0107729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.793;QD=19.8239;RBI=0.010788;REFB=-0.014584;REVB=-0.00057078;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471938;STB=0.526297;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0116568;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:17:10:8:17:17:10:8:17 chr7 73254812 . T C 115.47 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00763005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1814;QD=15.9273;RBI=0.0281034;REFB=-0.0241609;REVB=-0.0270478;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211474;STB=0.517217;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0210328;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:11:15:13:14:0.482759:7:6:8:3:7:7:8:7 chr7 73275565 . T A 80.01 PASS AF=0.5;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00484099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.881;QD=16.0014;RBI=0.0464144;REFB=-0.0137726;REVB=0.0461612;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0345015;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:8:10:0.5:5:3:6:4:5:5:6:4 chr7 73279361 . C T 170.31 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0170515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9014;QD=17.0313;RBI=0.0174274;REFB=-0.00675395;REVB=-0.00360003;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351447;STB=0.701476;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00703927;OID=.;OPOS=73279361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:14:8:13:5:14:8 chr7 73458191 . G A 30.9 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0277822;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3276;QD=8.82919;RBI=0.0576087;REFB=-0.0100944;REVB=0.0504669;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291052;STB=0.688814;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0345173;OID=.;OPOS=73458191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:9:9:5:5:0.357143:4:1:4:5:4:1:4:5 chr7 73470714 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.00915474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.733;QD=13.3339;RBI=0.0132777;REFB=-0.0167484;REVB=0.00961707;RO=39;SAF=6;SAR=20;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0246168;OID=.;OPOS=73470714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:20:6:9:30:20:6:9:30 chr7 73753250 . T C 534.34 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.471;QD=59.3706;RBI=0.0153852;REFB=0;REVB=-0.00905817;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98044e-05;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr7 73814749 . G C 1631.61 PASS AF=0.966102;AO=106;DP=112;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0365692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.398;QD=55.3087;RBI=0.0603372;REFB=-0.117942;REVB=-0.0479924;RO=3;SAF=73;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191031;STB=0.512046;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0308549;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:118:3:4:106:114:0.966102:33:73:3:0:33:81:4:0 chr7 73932560 . A G 972.43 PASS AF=0.796296;AO=49;DP=108;FAO=86;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=0.00786216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.2397;QD=36.0158;RBI=0.239836;REFB=-0.0416939;REVB=0.239708;RO=21;SAF=30;SAR=19;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210346;STB=0.622252;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0159816;OID=.;OPOS=73932560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:21:22:49:86:0.796296:19:30:20:1:55:31:21:1 chr7 73944185 . T C 172.25 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0022023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.871;QD=26.5004;RBI=0.0114322;REFB=-0.00600064;REVB=0.011218;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158275;STB=0.588131;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00589806;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:6:3:10:7:6:3 chr7 73969541 . A G 156.45 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00938876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0379;QD=15.2636;RBI=0.019072;REFB=-0.00571809;REVB=0.0166009;RO=23;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316306;STB=0.675102;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00684142;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:4:13:11:12:4:13:12:12 chr7 74565519 . G GT,T 121.7 PASS AF=0.875,0;AO=17,2;DP=32;FAO=28,0;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=23,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0574378,-0.00356326;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=7.47057,93.0693;QD=15.2118;RBI=0.0809349,0.00437162;REFB=-0.141551,-0.000587606;REVB=0.0570207,0.00253264;RO=12;SAF=14,1;SAR=3,1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0125513,-0.391215;STB=0.514914,0.5;STBP=0.799,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0874245,0;OID=.,.;OPOS=74565520,74565519;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:32:32:12:4:17,2:28,0:0.875,0:3,1:14,1:10:2:5,0:23,0:3:1 chr7 75045694 . C T 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00436248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.213;QD=27.6506;RBI=0.0252488;REFB=-0.0184571;REVB=0.0248691;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23163;STB=0.62843;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0108524;OID=.;OPOS=75045694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:11:7:7:2:11:7:7:2 chr7 75046785 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.018126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.743;QD=13.9591;RBI=0.0192447;REFB=-0.00410458;REVB=-0.00646583;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597519;STB=0.856121;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0051555;OID=.;OPOS=75046785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:6:1:6:1:6:1 chr7 75051375 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0927183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6205;QD=14.6539;RBI=0.0948124;REFB=0.0197072;REVB=0.019817;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0243372;OID=.;OPOS=75051375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:4:4:4:4:4:4 chr7 75053499 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0587044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.11;QD=10.0344;RBI=0.0603707;REFB=-0.0229014;REVB=0.0140857;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404236;STB=0.732751;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0300893;OID=.;OPOS=75053499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:0:7:4:1:0:7 chr7 75142406 . G A 52.88 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00572911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.941;QD=7.05101;RBI=0.0259243;REFB=-0.00627745;REVB=-0.0252833;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116649;STB=0.599733;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0166913;OID=.;OPOS=75142406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:21:22:8:8:0.266667:2:6:14:7:2:6:14:8 chr7 75172270 . G A 437.78 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.033746;FXX=0.019998;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.053;QD=17.8685;RBI=0.0337881;REFB=-0.0237202;REVB=-0.00168721;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103426;STB=0.507072;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0281279;OID=.;OPOS=75172270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:52:54:44:44:0.44898:25:19:23:29:25:19:24:30 chr7 75176300 . T C 65.12 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.108583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.33;QD=10.853;RBI=0.108632;REFB=-0.0163948;REVB=-0.00325819;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145524;STB=0.588033;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0198952;OID=.;OPOS=75176300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:7:8:6:3:7:8 chr7 75441111 . G T 169.63 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.011391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.976;QD=33.9265;RBI=0.0247432;REFB=-0.0521631;REVB=0.0219652;RO=4;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13913;STB=0.576825;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00974843;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:6:10:1:3:6:10:1:3 chr7 75442730 . T G 1078.24 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8396;QD=59.9021;RBI=0.0295019;REFB=0;REVB=-0.0294227;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207509;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr7 75513062 . A G 711.29 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.65;QD=52.6878;RBI=0.0410735;REFB=-0.0830851;REVB=-0.0235025;RO=2;SAF=27;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336162;STB=0.51785;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00112925;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:25:27:2:0:25:27:2:0 chr7 75609677 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0190088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.539;QD=14.6653;RBI=0.0322337;REFB=-0.0147986;REVB=-0.0260322;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525853;STB=0.530571;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0274779;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:13:8:5:10:13:8 chr7 75614953 . T C 1080.01 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1822;QD=58.3788;RBI=0.114438;REFB=0;REVB=0.114214;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227582;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:74:0:0:68:74:1:32:36:0:0:37:37:0:0 chr7 75615287 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00336644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.454;QD=22.5346;RBI=0.0340705;REFB=-0.0212393;REVB=0.0339038;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553291;STB=0.503102;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0348066;OID=.;OPOS=75615287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:7:8:10:9:7:8 chr7 75621827 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.05;QD=64.1527;RBI=0.0140659;REFB=0;REVB=0.0134482;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06298e-05;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr7 75629778 . T C 750.24 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.603;QD=56.6217;RBI=0.0408935;REFB=0;REVB=0.0382332;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108972;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:47:53:1:14:33:0:0:16:37:0:0 chr7 75630274 . T C 882.5 PASS AF=0.984375;AO=59;DP=61;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0960489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3155;QD=55.1564;RBI=0.100988;REFB=-0.075596;REVB=0.0311949;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200708;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00349854;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:64:1:1:59:63:0.984375:23:36:0:1:24:39:0:1 chr7 75659815 . T C 2332.52 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.381;QD=63.9048;RBI=0.0195529;REFB=0;REVB=0.0165566;RO=0;SAF=70;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38336e-05;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:144:146:1:74:70:0:0:75:71:0:0 chr7 75695613 . A G 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0257902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1321;QD=11.6168;RBI=0.0260319;REFB=-0.000595775;REVB=-0.00353923;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502374;STB=0.52938;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00175494;OID=.;OPOS=75695613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:7:12:20:14:7:12:20:14 chr7 76029673 . G A 319.33 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0410053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6369;QD=18.5119;RBI=0.103158;REFB=-0.0186326;REVB=0.0946584;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550013;STB=0.539392;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0213136;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:13:21:19:15:13:21:19:16 chr7 76054372 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0157778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.132;QD=11.4384;RBI=0.0175085;REFB=-0.00112385;REVB=0.00759018;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602297;STB=0.535661;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00235128;OID=.;OPOS=76054372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:8:16:8:5:8:16 chr7 76069629 . G A 309.2 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0304305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0747;QD=11.1422;RBI=0.0404512;REFB=0.00629511;REVB=-0.0266511;RO=71;SAF=23;SAR=16;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142072;STB=0.513532;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.012656;OID=.;OPOS=76069629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:71:72:39:39:0.351351:16:23:41:30:16:23:41:31 chr7 76069811 . T C 1263.92 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.685;QD=61.6545;RBI=0.0217457;REFB=0;REVB=0.0171452;RO=0;SAF=20;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26704e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75656e-05;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:61:20:0:0:61:21:0:0 chr7 76111994 . C G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00978412;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=236.502;QD=12.563;RBI=0.0139264;REFB=-0.00452353;REVB=-0.00991034;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827579;STB=0.547768;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0056239;OID=.;OPOS=76111994;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:9:13:18:17:9:13:18:17 chr7 76112060 . C T 480.5 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.392;QD=58.2426;RBI=0.0413714;REFB=0;REVB=0.0350863;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125802;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:19:14:0:0 chr7 76131645 . A G 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00398651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.995;QD=7.20334;RBI=0.019297;REFB=0.0098552;REVB=-0.0188808;RO=50;SAF=14;SAR=4;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319955;STB=0.69718;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0150234;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:4:14:27:23:4:14:27:23 chr7 76131695 . A G 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0211387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.143;QD=9.26731;RBI=0.0280043;REFB=0.00327741;REVB=-0.0183683;RO=45;SAF=17;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323479;STB=0.703232;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00960399;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:46:21:21:0.313433:4:17:26:19:4:17:26:20 chr7 76140023 . G A 120.48 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00993089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4797;QD=24.0968;RBI=0.0117763;REFB=-0.0124442;REVB=0.00632916;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233815;STB=0.614009;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00404434;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:7:7:12:13:0.65:6:6:6:1:6:7:6:1 chr7 76144455 . A C 769.46 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.149;QD=56.9968;RBI=0.0204881;REFB=0;REVB=0.0191417;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29818e-05;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:33:21:0:0 chr7 76144560 . T C 188.51 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.241272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9896;QD=47.1281;RBI=0.243068;REFB=0;REVB=0.0294905;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255636;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:12:1:0:0:13:3:0:0 chr7 76239503 . G GC 37.32 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0660938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.54888;QD=5.14778;RBI=0.06898;REFB=-0.0205836;REVB=0.0197447;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143835;STB=0.583781;STBP=0.552;TYPE=ins;VARB=-0.00600987;OID=.;OPOS=76239504;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:11:29:11:29:18:8:3:11:7:37:15:8:3:9:6 chr7 76240785 . CA C 234.28 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.042584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9699;QD=13.1986;RBI=0.0430882;REFB=-0.00765005;REVB=-0.00657264;RO=42;SAF=25;SAR=3;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360371;STB=0.723823;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.019209;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394366:28:71:28:71:43:25:3:29:14:99:42:25:3:29:13 chr7 76240888 . A G 1142.3 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042355;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.372;QD=60.1212;RBI=0.0620765;REFB=0;REVB=0.0453822;RO=0;SAF=53;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826413;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:22:53:0:0:23:53:0:0 chr7 76247668 . G A 140.69 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0519323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2525;QD=13.0871;RBI=0.0610278;REFB=-0.00581474;REVB=0.0320535;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644785;STB=0.569314;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00570443;OID=.;OPOS=76247668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:15:16:0.372093:11:4:6:21:11:5:6:21 chr7 76885769 . A G 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0750666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4727;QD=18.3444;RBI=0.0762058;REFB=-0.0139419;REVB=0.0131274;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339574;STB=0.70883;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0224184;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:13:4:10:7:13:4:11:7 chr7 76916819 . G A 496.43 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0176755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4195;QD=20.9021;RBI=0.0224652;REFB=-0.00190066;REVB=0.0138658;RO=47;SAF=19;SAR=29;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215491;STB=0.619123;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00218174;OID=.;OPOS=76916819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:29:19:30:17:29:19:30:17 chr7 76922490 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=25;FWDB=-0.0243614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.908;QD=18.6413;RBI=0.0267183;REFB=-0.0125479;REVB=-0.0109724;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29855;STB=0.697422;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00852251;OID=.;OPOS=76922490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:26:25:25:0.490196:16:9:1:19:16:9:1:25 chr7 76984572 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.55;QD=63.5812;RBI=0.0644812;REFB=0;REVB=0.00728866;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414592;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr7 76990178 . C G 2052.11 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00673931;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.696;QD=61.7175;RBI=0.0206479;REFB=0.0652173;REVB=0.0195171;RO=1;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748487;STB=0.503936;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-6.51257e-05;OID=.;OPOS=76990178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:63:69:0:1:63:69:0:1 chr7 76991935 . C T 729.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3078;QD=56.148;RBI=0.0772443;REFB=0;REVB=0.0765208;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320047;OID=.;OPOS=76991935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:19:33:0:0 chr7 77035392 . T C 519.64 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.954;QD=59.3868;RBI=0.0541697;REFB=0;REVB=0.024499;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272897;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr7 77247821 . G A 519.16 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0153704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4223;QD=25.6374;RBI=0.0187353;REFB=-0.0216232;REVB=-0.0107128;RO=33;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718782;STB=0.539275;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00941586;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:25:23:19:14:25:23:19:14 chr7 77256713 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0441793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.624;QD=7.46503;RBI=0.0454224;REFB=-0.00836945;REVB=-0.0105537;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546603;STB=0.834432;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0303691;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:6:1:10:6:6:1:10:7 chr7 77365770 . A G 116.54 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00893574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.742;QD=11.6539;RBI=0.0263325;REFB=-0.0227995;REVB=-0.02477;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430667;STB=0.753081;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0345281;OID=.;OPOS=77365770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:4:10:8:18:4:10:8:18 chr7 77402478 . T A,TA 82.09 PASS AF=0,0.52381;AO=4,11;DP=42;FAO=0,22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=0,12;FSAR=0,10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.013126,0.261347;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=276.332,8.23895;QD=7.81833;RBI=0.0134788,0.261411;REFB=-0.003182,-0.163539;REVB=0.00306361,-0.00575928;RO=26;SAF=3,4;SAR=1,7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171028,-0.28415;STB=0.5,0.526292;STBP=1,0.733;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.174997;OID=.,.;OPOS=77402478,77402479;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:42:42:26:20:4,11:0,22:0,0.52381:1,7:3,4:16:10:0,10:0,12:12:8 chr7 77408326 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00637946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.177;QD=17.8275;RBI=0.00713742;REFB=-0.0170319;REVB=-0.00320082;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113581;STB=0.56511;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0090245;OID=.;OPOS=77408326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:7:4:6:6:7:4 chr7 77423574 . G A 193.09 PASS AF=0.375;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0273841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.164;QD=12.0681;RBI=0.0281653;REFB=-0.0264249;REVB=0.00658754;RO=36;SAF=17;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513078;STB=0.506264;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0388943;OID=.;OPOS=77423574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:36:40:24:24:0.375:7:17:24:12:7:17:28:12 chr7 77525199 . T C 548.5 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00453047;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.373;QD=21.5098;RBI=0.0621962;REFB=-0.00788914;REVB=0.062031;RO=47;SAF=22;SAR=33;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147364;STB=0.580998;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0211886;OID=.;OPOS=77525199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:47:47:55:55:0.539216:33:22:27:20:33:22:27:20 chr7 77531113 . T C 1025.53 PASS AF=0.467249;AO=106;DP=229;FAO=107;FDP=229;FR=.;FRO=122;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.00260976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9824;QD=17.9132;RBI=0.0564986;REFB=0.00194827;REVB=-0.0564383;RO=121;SAF=56;SAR=50;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739107;STB=0.504341;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00225078;OID=.;OPOS=77531113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:121:122:106:107:0.467249:50:56:63:58:50:57:64:58 chr7 77552127 . G A,T 729.24 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366903,-0.075331;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.866,15.0601;QD=56.0951;RBI=0.0133917,0.0869415;REFB=0,0;REVB=-0.0128793,-0.0434058;RO=0;SAF=26,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.10374e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000209138,0.0526555;OID=.,.;OPOS=77552127,77552127;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:24,2:26,0:0:0:24,2:26,0:0:0 chr7 77756580 . T C 917.38 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000575791;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.995;QD=56.454;RBI=0.0297481;REFB=0;REVB=0.0297425;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125985;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:59:65:1:25:34:0:0:25:40:0:0 chr7 77756724 . C T 1825.77 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.874;QD=60.3561;RBI=0.0341024;REFB=-0.142675;REVB=0.0117379;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000192405;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:59:61:0:0:59:61:0:1 chr7 78119109 . C T 346.69 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0103658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1904;QD=14.5973;RBI=0.0169061;REFB=0.000929395;REVB=-0.0133554;RO=54;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356295;STB=0.515904;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0010613;OID=.;OPOS=78119109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:57:38:38:0.4:17:21:28:26:17:21:30:27 chr7 80088041 . G A 465.81 PASS AF=0.455357;AO=52;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0235886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.932;QD=16.636;RBI=0.0305613;REFB=-0.00923829;REVB=-0.0194313;RO=60;SAF=36;SAR=16;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994598;STB=0.54857;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0104068;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:61:52:51:0.455357:16:36:36:24:16:35:37:24 chr7 80285898 . GTTAAA GGTAAA,GTAAA,GTAAAT,GTTAA 970.75 PASS AF=0,0.883117,0.116883,0;AO=3,9,6,8;DP=76;FAO=0,68,9,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,9,0;FSAR=0,42,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0772639,-0.0308027,-0.0995523,-0.316761;FXX=0;HRUN=2,2,2,4;LEN=1,1,4,1;MLLD=5.55621,18.2691,200.09,16.2215;QD=50.4286;RBI=0.418103,0.820252,0.099664,0.367081;REFB=0,0,0,0;REVB=0.410902,0.819673,-0.00471825,-0.185503;RO=34;SAF=3,9,6,0;SAR=0,0,0,8;SRF=1;SRR=33;SSEN=0,0,0,0.352113;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.8489,0.875664,0.867921,-0.602648;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0.0323639,0.107198,0;OID=.,.,.,.;OPOS=80285899,80285899,80285900,80285901;OREF=T,T,TAAA,A;OALT=G,-,AAAT,-;OMAPALT=GGTAAA,GTAAA,GTAAAT,GTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.883117,0.116883,0:3,9,6,8:76:0,68,9,0:77:0:0,26,9,0:0,42,0,0:0:0:37:34:3,9,6,0:0,0,0,8:1:33 chr7 80374342 . A G 749.66 PASS AF=0.419689;AO=81;DP=193;FAO=81;FDP=193;FR=.;FRO=112;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.00844365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8667;QD=15.537;RBI=0.0238194;REFB=-0.0175075;REVB=-0.0222726;RO=112;SAF=44;SAR=37;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726665;STB=0.540627;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0248224;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:112:112:81:81:0.419689:37:44:53:59:37:44:53:59 chr7 80374438 . T C 792.18 PASS AF=0.52027;AO=73;DP=149;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0242362;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.891;QD=21.4103;RBI=0.026889;REFB=0.0119405;REVB=0.0116457;RO=60;SAF=43;SAR=30;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16945;STB=0.590909;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00867269;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:60:71:73:77:0.52027:30:43:23:37:30:47:30:41 chr7 80378319 . G C 2720.28 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732754;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.306;QD=62.5352;RBI=0.00890854;REFB=0;REVB=-0.00506647;RO=0;SAF=95;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28096e-06;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:174:0:0:173:174:1:78:95:0:0:79:95:0:0 chr7 80418689 . A G 944.93 PASS AF=0.460829;AO=100;DP=217;FAO=100;FDP=217;FR=.;FRO=117;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=0.00855586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8384;QD=17.4181;RBI=0.0156213;REFB=0.00220059;REVB=0.0130699;RO=117;SAF=58;SAR=42;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327808;STB=0.518146;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00243883;OID=.;OPOS=80418689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:117:117:100:100:0.460829:42:58:64:53:42:58:64:53 chr7 80466586 . T C 705.02 PASS AF=0.47619;AO=69;DP=149;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00952493;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.83;QD=19.1843;RBI=0.0122823;REFB=-0.0115102;REVB=0.00775443;RO=70;SAF=36;SAR=33;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068141;STB=0.511584;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.01355;OID=.;OPOS=80466586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:70:77:69:70:0.47619:33:36:36:34:33:37:39:38 chr7 80805263 . C T 421.3 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0159631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.481;QD=14.7825;RBI=0.0162349;REFB=-0.0159888;REVB=0.002958;RO=66;SAF=23;SAR=25;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836905;STB=0.547026;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0189252;OID=.;OPOS=80805263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:25:23:37:29:25:23:37:29 chr7 80962963 . A T 3743.61 PASS AF=1;AO=236;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.706;QD=63.451;RBI=0.00478126;REFB=0;REVB=0.000523163;RO=0;SAF=120;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04605e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98449e-06;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:236:0:0:236:236:1:116:120:0:0:116:120:0:0 chr7 81588636 . G A 360.44 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0231005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.312;QD=11.9155;RBI=0.0327723;REFB=-0.00337439;REVB=0.0232463;RO=76;SAF=25;SAR=19;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469246;STB=0.523002;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00550699;OID=.;OPOS=81588636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:76:77:44:44:0.363636:19:25:40:36:19:25:41:36 chr7 82383375 . C T 942.73 PASS AF=0.494737;AO=91;DP=188;FAO=94;FDP=190;FR=.;FRO=96;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0102972;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.198;QD=19.847;RBI=0.023134;REFB=-0.0249665;REVB=-0.0207159;RO=93;SAF=55;SAR=36;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122372;STB=0.570633;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0177216;OID=.;OPOS=82383375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:93:96:91:94:0.494737:36:55:44:49:37:57:45:51 chr7 82387960 . G A 318.44 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0406823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3037;QD=13.2684;RBI=0.0419675;REFB=-0.00118975;REVB=-0.0103066;RO=58;SAF=22;SAR=14;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01093;STB=0.514698;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00107449;OID=.;OPOS=82387960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:60:36:36:0.375:14:22:36:22:14:22:38:22 chr7 82453708 . A C 476.6 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0021842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.329;QD=15.2513;RBI=0.00978175;REFB=-0.0184957;REVB=-0.00953477;RO=72;SAF=21;SAR=32;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510453;STB=0.528667;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0243182;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:32:21:32:40:32:21:32:40 chr7 82455895 . A G 623.57 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00176642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.181;QD=23.0953;RBI=0.00491018;REFB=-0.00136386;REVB=-0.00458145;RO=47;SAF=32;SAR=29;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449628;STB=0.524582;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000988788;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:29:32:22:25:29:32:22:25 chr7 82544987 . A G 1206.19 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.6;QD=61.0727;RBI=0.0441968;REFB=0;REVB=0.0180544;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207074;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr7 82581488 . T TTCA 512.74 PASS AF=0.808511;AO=33;DP=49;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00509593;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=3;MLLD=302.954;QD=43.6374;RBI=0.0189323;REFB=-0.0159783;REVB=0.0182335;RO=11;SAF=22;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105583;STB=0.559409;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.0052656;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.808511:33:49:38:47:9:24:14:3:6:51:11:22:11:5:6 chr7 82581494 . T A 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0202589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.053;QD=3.37544;RBI=0.0214442;REFB=-0.00370691;REVB=-0.00703073;RO=41;SAF=1;SAR=6;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57478;STB=0.892641;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.020231;OID=.;OPOS=82581494;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:6:1:27:14:6:1:27:14 chr7 82581859 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.056;QD=37.4885;RBI=0.0469339;REFB=0;REVB=-0.0309953;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182819;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr7 82582846 . C T 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.267;QD=62.7617;RBI=0.0104806;REFB=0;REVB=-0.00667526;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97011e-05;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:31:58:0:0:31:58:0:0 chr7 82764425 . C G 766.77 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749749;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.636;QD=56.7978;RBI=0.0363328;REFB=0;REVB=0.0355508;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114342;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:27:24:0:0:30:24:0:0 chr7 83023587 . TAC T 1477.54 PASS AF=1;AO=81;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556937;FXX=0.069993;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.669;QD=63.5499;RBI=0.132031;REFB=0;REVB=0.11971;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000199263;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:93:93:93:0:51:42:0:0:8:0:46:35:0:0 chr7 83029363 . G A 671.42 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0144434;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.893;QD=19.8938;RBI=0.0144664;REFB=-0.0133677;REVB=-0.000816431;RO=68;SAF=36;SAR=31;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207119;STB=0.511428;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0150295;OID=.;OPOS=83029363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:68:68:67:67:0.496296:31:36:35:33:31:36:35:33 chr7 83029438 . C T 611.51 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0112087;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.539;QD=15.6797;RBI=0.0566355;REFB=-0.028064;REVB=-0.0555153;RO=84;SAF=32;SAR=36;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174148;STB=0.510201;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0338471;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:84:88:68:68:0.435897:36:32:41:43:36:32:43:45 chr7 83034754 . T A 2115.57 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.839;QD=62.2226;RBI=0.0116558;REFB=0;REVB=0.0103606;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77313e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:136:0:0:127:136:1:58:69:0:0:65:71:0:0 chr7 83037751 . C A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6685;QD=64.415;RBI=0.071687;REFB=0;REVB=0.0651023;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024199;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr7 83606518 . G A 1528.12 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.837;QD=63.6718;RBI=0.0466039;REFB=0;REVB=0.0084656;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48786e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:45:50:0:0:45:51:0:0 chr7 83610726 . C G 1447.44 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000920392;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.52;QD=60.9451;RBI=0.0396382;REFB=-0.187522;REVB=0.0396275;RO=2;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194873;STB=0.501028;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000838369;OID=.;OPOS=83610726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:2:2:93:93:0.978947:42:51:1:1:42:51:1:1 chr7 86394804 . G A 772.14 PASS AF=0.570312;AO=72;DP=128;FAO=73;FDP=128;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00483087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8724;QD=24.1295;RBI=0.0204253;REFB=-0.0174563;REVB=-0.0198458;RO=55;SAF=34;SAR=38;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285992;STB=0.512707;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0185558;OID=.;OPOS=86394804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:55:55:72:73:0.570312:38:34:24:31:39:34:24:31 chr7 86577143 . ATT AT,TTA 33.07 PASS AF=0.163265,0.0612245;AO=5,3;DP=45;FAO=8,3;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=3,3;FSAR=5,0;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.159801,-0.07381;FXX=0.0576812;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=13.333,174.002;QD=2.69998;RBI=0.214249,0.0990809;REFB=-0.105017,-0.00479986;REVB=-0.142711,-0.0660992;RO=32;SAF=1,3;SAR=4,0;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.442455,0.501025;STB=0.624688,0.996282;STBP=0.483,0.094;TYPE=del,mnp;VARB=0.101252,0.17647;OID=.,.;OPOS=86577144,86577143;OREF=T,ATT;OALT=-,TTA;OMAPALT=AT,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:49:32:38:5,3:8,3:0.163265,0.0612245:4,0:1,3:19:13:5,0:3,3:20:18 chr7 86800351 . A G 348.7 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.016231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.832;QD=14.9977;RBI=0.0491289;REFB=-0.0172217;REVB=0.0463703;RO=55;SAF=18;SAR=20;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188044;STB=0.606007;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0359016;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:20:18:36:19:20:18:36:19 chr7 87079406 . T A 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0214311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.51;QD=15.7886;RBI=0.0231081;REFB=-0.00859753;REVB=0.0086425;RO=56;SAF=26;SAR=15;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263514;STB=0.652807;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00919115;OID=.;OPOS=87079406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:57:41:41:0.418367:15:26:21:35:15:26:21:36 chr7 87092185 . G A 321.61 PASS AF=0.375;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0792605;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.432;QD=12.3696;RBI=0.0799507;REFB=0.000648041;REVB=-0.0104827;RO=64;SAF=11;SAR=28;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301179;STB=0.677209;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000773437;OID=.;OPOS=87092185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:64:65:39:39:0.375:28:11:35:29:28:11:36:29 chr7 87138645 . A G 463.59 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=137;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0255209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3551;QD=13.5355;RBI=0.0313412;REFB=-0.0152219;REVB=-0.0181922;RO=84;SAF=32;SAR=21;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755233;STB=0.542817;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0410996;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:84:84:53:53:0.386861:21:32:45:39:21:32:45:39 chr7 87160618 . A C 411.44 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0306793;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.202;QD=13.3803;RBI=0.0307314;REFB=-0.0143391;REVB=-0.00178814;RO=74;SAF=24;SAR=24;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144759;STB=0.51219;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0202581;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:75:48:48:0.390244:24:24:38:36:24:24:39:36 chr7 87229501 . T C 1561.94 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4887;QD=59.5023;RBI=0.0491153;REFB=0;REVB=-0.0345474;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75171e-06;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:47:58:0:0:47:58:0:0 chr7 87913361 . C T 1122.01 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00751728;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8028;QD=59.0533;RBI=0.00759377;REFB=-0.0527086;REVB=0.00107509;RO=1;SAF=46;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101746;STB=0.505375;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000995371;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:28:46:1:0:29:46:1:0 chr7 88956699 . A G 6110.77 PASS AF=1;AO=381;DP=381;FAO=384;FDP=384;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.58;QD=63.6538;RBI=0.0509287;REFB=0;REVB=0.0381836;RO=0;SAF=228;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87976e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42783e-05;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:381:384:0:0:381:384:1:153:228:0:0:154:230:0:0 chr7 89797144 . G A,T 2575.44 PASS AF=0.035503,0.964497;AO=7,161;DP=168;FAO=6,163;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=1,140;FSAR=5,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239491,0.0301519;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.688,288.422;QD=60.9572;RBI=0.0403918,0.0427611;REFB=0,0;REVB=0.032526,0.0303212;RO=0;SAF=1,139;SAR=6,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.45106e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0180885,6.59336e-05;OID=.,.;OPOS=89797144,89797144;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:168:169:0:0:7,161:6,163:0.035503,0.964497:6,22:1,139:0:0:5,23:1,140:0:0 chr7 89854446 . T G 2187.27 PASS AF=0.965986;AO=142;DP=147;FAO=142;FDP=147;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00246725;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=132.366;QD=59.5177;RBI=0.0174506;REFB=-0.107022;REVB=0.0172753;RO=5;SAF=74;SAR=68;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00510676;STB=0.502688;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000556526;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:147:147:5:5:142:142:0.965986:68:74:3:2:68:74:3:2 chr7 89856608 . C T 2361.53 PASS AF=0.975309;AO=158;DP=162;FAO=158;FDP=162;FR=.;FRO=4;FSAF=99;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0229382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.159;QD=58.3093;RBI=0.0294454;REFB=-0.168971;REVB=-0.0184628;RO=4;SAF=99;SAR=59;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188321;STB=0.5099;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000841485;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:162:162:4:4:158:158:0.975309:59:99:4:0:59:99:4:0 chr7 89856644 . C T 605.96 PASS AF=0.42236;AO=68;DP=161;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=-0.0179482;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.199;QD=15.055;RBI=0.0190844;REFB=-0.00891008;REVB=-0.00648668;RO=86;SAF=38;SAR=30;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107401;STB=0.557625;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0134768;OID=.;OPOS=89856644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:93:68:68:0.42236:30:38:57:29:30:38:61:32 chr7 89861832 . G A 1234.2 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.535;QD=60.9482;RBI=0.00311388;REFB=0;REVB=-0.00253545;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77592e-06;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:49:31:0:0:49:32:0:0 chr7 89861890 . G T 563.63 PASS AF=0.974359;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00188915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2746;QD=57.8078;RBI=0.0199243;REFB=0.062816;REVB=0.0198345;RO=0;SAF=7;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64961e-08;STB=0.507932;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00206829;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:39:38:0.974359:32:7:0:0:31:7:0:1 chr7 89867446 . T TCTG 1413.0 PASS AF=0.952381;AO=95;DP=117;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0547251;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.395;QD=53.8286;RBI=0.0693469;REFB=-0.137107;REVB=0.0425929;RO=18;SAF=49;SAR=46;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453584;STB=0.522518;STBP=0.04;TYPE=ins;VARB=0.00276298;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:95:117:100:105:5:53:47:5:0:12:18:49:46:12:6 chr7 89912301 . G A,T 705.18 PASS AF=0.927273,0.0363636;AO=50,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=38,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00672977,-0.012545;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.5456,25.957;QD=51.2856;RBI=0.0365215,0.0453094;REFB=-0.0350769,-0.0284675;REVB=0.0358961,0.0435381;RO=1;SAF=38,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.03761,0;STB=0.5357,0.5;STBP=0.053,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000576414,0.127803;OID=.,.;OPOS=89912301,89912301;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:55:1:2:50,2:51,2:0.927273,0.0363636:12,2:38,0:0:1:13,2:38,0:0:2 chr7 89938588 . C G 1490.31 PASS AF=0.990291;AO=99;DP=100;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1533;QD=57.876;RBI=0.0768972;REFB=-0.0399066;REVB=0.065129;RO=1;SAF=60;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784092;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00804804;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:103:1:1:99:102:0.990291:39:60:1:0:40:62:1:0 chr7 89938680 . C T 1540.0 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.249;QD=58.6665;RBI=0.0364789;REFB=-0.0365243;REVB=0.0332315;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000245289;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:0:1:103:104:0.990476:48:55:0:0:49:55:0:1 chr7 89969831 . A G 2353.64 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172428;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.624;QD=61.1336;RBI=0.0440415;REFB=0;REVB=0.0405257;RO=0;SAF=83;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31147e-05;OID=.;OPOS=89969831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:71:83:0:0:71:83:0:0 chr7 89969878 . A G 2209.11 PASS AF=0.97931;AO=142;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0143938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5559;QD=60.9409;RBI=0.015441;REFB=-0.1071;REVB=-0.00558954;RO=2;SAF=73;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135815;STB=0.510637;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00129499;OID=.;OPOS=89969878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:145:2:3:142:142:0.97931:69:73:0:2:69:73:0:3 chr7 89983808 . T G 743.11 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.356;QD=61.926;RBI=0.028764;REFB=0;REVB=0.0257413;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24817e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:24:22:0:0:25:23:0:0 chr7 89984409 . A G 879.98 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162192;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.837;QD=54.999;RBI=0.0341021;REFB=-0.0181253;REVB=0.0299982;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132996;STB=0.502048;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00130891;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:64:1:2:62:62:0.96875:27:35:1:0:27:35:1:1 chr7 90042857 . G T 134.85 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0152786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.619;QD=8.17299;RBI=0.0426747;REFB=-0.0169653;REVB=-0.0398459;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823332;STB=0.55638;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0347243;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:46:47:19:19:0.287879:9:10:21:25:9:10:21:26 chr7 90043182 . A G 292.41 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0231229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.655;QD=12.312;RBI=0.0278066;REFB=-0.00757326;REVB=-0.0154448;RO=61;SAF=25;SAR=9;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25753;STB=0.649258;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0170063;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:9:25:32:29:9:25:32:29 chr7 90043304 . C T 320.89 PASS AF=0.371429;AO=38;DP=104;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00945819;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.027;QD=12.2244;RBI=0.0391081;REFB=-0.0181937;REVB=-0.0379471;RO=64;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802005;STB=0.54317;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0289478;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:64:66:38:39:0.371429:18:20:29:35:18:21:31:35 chr7 90043314 . C T 1521.21 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.34;QD=63.3839;RBI=0.0188244;REFB=0;REVB=0.00239168;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168343;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:51:44:0:0:51:45:0:0 chr7 90044945 . G A 776.61 PASS AF=0.450549;AO=82;DP=182;FAO=82;FDP=182;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.00910792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4793;QD=17.0683;RBI=0.0158636;REFB=0.000478735;REVB=-0.0129885;RO=99;SAF=42;SAR=40;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368825;STB=0.517681;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00100931;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:99:100:82:82:0.450549:40:42:47:52:40:42:48:52 chr7 90236415 . A G 951.69 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00691917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.564;QD=52.1475;RBI=0.0258463;REFB=-0.182829;REVB=0.0249029;RO=5;SAF=30;SAR=38;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467103;STB=0.524769;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00441914;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:73:73:5:5:68:68:0.931507:38:30:4:1:38:30:4:1 chr7 90338850 . C T 421.75 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0154369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.829;QD=26.3594;RBI=0.0679215;REFB=-0.0413073;REVB=-0.066144;RO=24;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114535;STB=0.562469;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0282585;OID=.;OPOS=90338850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:20:20:16:8:20:20:16:8 chr7 90836643 . C T 624.85 PASS AF=0.419162;AO=70;DP=168;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0622034;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.061;QD=14.9665;RBI=0.0622215;REFB=-0.00257726;REVB=-0.00150125;RO=97;SAF=35;SAR=35;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534588;STB=0.502993;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00324213;OID=.;OPOS=90836643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:97:97:70:70:0.419162:35:35:48:49:35:35:48:49 chr7 90837216 . G A 376.74 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00440944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.423;QD=18.6045;RBI=0.00559281;REFB=-0.0260089;REVB=0.0034404;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579604;STB=0.532303;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0253693;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:18:21:20:22:18:21:20:22 chr7 90838869 . G C 424.13 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0106117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9594;QD=18.6432;RBI=0.0232123;REFB=-0.0032589;REVB=-0.0206446;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208764;STB=0.506132;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00341419;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:47:48:43:43:0.472527:22:21:24:23:22:21:24:24 chr7 90896831 . T C 170.39 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0182936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.813;QD=17.0385;RBI=0.0236598;REFB=-0.0300972;REVB=-0.0150044;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178935;STB=0.633989;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0175737;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:22:18:18:0.45:13:5:9:11:13:5:11:11 chr7 90897731 . A C 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00986082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.463;QD=17.2455;RBI=0.0125044;REFB=-0.0048599;REVB=0.00768915;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210477;STB=0.620794;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00484542;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:6:15:14:13:6:15:14:13 chr7 91599825 . A C 91.19 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00127516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.299;QD=17.3704;RBI=0.0156209;REFB=0.00235032;REVB=0.0155688;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122798;STB=0.571292;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00121838;OID=.;OPOS=91599825;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:4:6:8:3:4:6 chr7 91630620 . G T 105.95 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.018252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.517;QD=13.2439;RBI=0.0355776;REFB=-0.00244559;REVB=0.030539;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581603;STB=0.714668;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0116502;OID=.;OPOS=91630620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:12:14:0.4375:11:1:9:8:11:3:10:8 chr7 91632306 . C T 284.13 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00293055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.374;QD=20.6639;RBI=0.0297978;REFB=-0.0243879;REVB=-0.0296533;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206002;STB=0.613836;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0214228;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:14:16:7:18:14:16:7:18 chr7 91641928 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000795121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.833;QD=12.4824;RBI=0.0172384;REFB=0.00613711;REVB=0.01722;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431099;STB=0.75901;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0168275;OID=.;OPOS=91641928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:2:10:9:10:2:10:9:10 chr7 91652178 . A AAAC 92.7 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00110023;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=3;MLLD=283.493;QD=6.99594;RBI=0.00805916;REFB=-0.00435965;REVB=-0.00798371;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432114;STB=0.550819;STBP=0.716;TYPE=ins;VARB=0.0148225;OID=.;OPOS=91652179;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245283:13:57:13:53:40:5:8:18:22:92:43:5:8:18:25 chr7 91691601 . C T 286.39 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0323247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.769;QD=10.4142;RBI=0.032338;REFB=-0.0127134;REVB=0.000928216;RO=73;SAF=20;SAR=17;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403687;STB=0.523324;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0242961;OID=.;OPOS=91691601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:17:20:42:31:17:20:42:31 chr7 91708898 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0118626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.52;QD=15.172;RBI=0.0122373;REFB=-0.0192328;REVB=-0.00300499;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124646;STB=0.507196;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0263266;OID=.;OPOS=91708898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:13:11:8:9:13:11 chr7 91712698 . A G 305.25 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0297359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.208;QD=20.3498;RBI=0.0298918;REFB=-0.008429;REVB=0.00304857;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253844;STB=0.640964;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00308344;OID=.;OPOS=91712698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:21:11:18:10:21:11:18:10 chr7 91713972 . C T 614.51 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=144;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.024865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.449;QD=17.0697;RBI=0.0525514;REFB=-0.0051511;REVB=-0.0462967;RO=80;SAF=38;SAR=26;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823921;STB=0.545963;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00679146;OID=.;OPOS=91713972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:80:64:64:0.444444:26:38:41:39:26:38:41:39 chr7 91714911 . C T 2320.08 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00130835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.301;QD=62.2839;RBI=0.00489086;REFB=0.0167173;REVB=0.00471261;RO=2;SAF=89;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105669;STB=0.505555;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000124419;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:58:89:2:0:58:89:2:0 chr7 91715662 . C T 323.55 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0267542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.504;QD=16.808;RBI=0.0390643;REFB=0.00862767;REVB=-0.0284645;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583519;STB=0.532794;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00950041;OID=.;OPOS=91715662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:18:24:22:13:18:24 chr7 91726927 . A C 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00805263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.379;QD=26.461;RBI=0.0554371;REFB=-0.0104089;REVB=0.0548491;RO=18;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105035;STB=0.505809;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0116701;OID=.;OPOS=91726927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:9:17:12:6:9:17:12:6 chr7 91743150 . A G 231.24 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00756135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.089;QD=16.5173;RBI=0.014075;REFB=0.00988603;REVB=0.0118714;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134233;STB=0.56826;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0083722;OID=.;OPOS=91743150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:17:9:14:15:17:9:14:16 chr7 91779242 . G A 339.98 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0645341;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.833;QD=15.2801;RBI=0.0660305;REFB=-0.00618367;REVB=-0.0139775;RO=52;SAF=11;SAR=26;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058609;STB=0.533221;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00715657;OID=.;OPOS=91779242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:26:11:18:34:26:11:18:34 chr7 91779971 . T G 465.28 PASS AF=0.523256;AO=29;DP=89;FAO=45;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00860925;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8751;QD=21.641;RBI=0.0326865;REFB=0.00778516;REVB=-0.0315323;RO=24;SAF=4;SAR=25;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214458;STB=0.658745;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00694481;OID=.;OPOS=91779971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:24:41:29:45:0.523256:25:4:7:17:36:9:19:22 chr7 92028039 . C A 114.04 PASS AF=0.52;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0074523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.889;QD=18.2458;RBI=0.0209292;REFB=-0.0285166;REVB=0.0195574;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.023981;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:12:13:0.52:7:5:5:7:8:5:5:7 chr7 92029302 . G A 696.66 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00605595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8691;QD=21.7707;RBI=0.0225976;REFB=-0.00338427;REVB=-0.0217711;RO=60;SAF=35;SAR=33;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267978;STB=0.514702;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00134812;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:60:68:68:0.53125:33:35:29:31:33:35:29:31 chr7 92098776 . C T 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7616;QD=57.1016;RBI=0.0232939;REFB=0;REVB=-0.0213845;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156432;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr7 92131289 . G T 1055.11 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.806;QD=59.4425;RBI=0.0495876;REFB=0;REVB=0.000941852;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302787;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr7 92241633 . G C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.931;QD=64.4153;RBI=0.0649236;REFB=0;REVB=-0.00354913;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104717;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr7 92600509 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.507;QD=62.6683;RBI=0.0246568;REFB=0;REVB=0.00301936;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30747e-05;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr7 93054827 . C CTCTT 314.87 PASS AF=0.330579;AO=36;DP=129;FAO=40;FDP=121;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.00950263;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=4;MLLD=280.714;QD=10.4089;RBI=0.0419349;REFB=-0.00715796;REVB=-0.040844;RO=89;SAF=30;SAR=6;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34704;STB=0.663809;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0127218;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.330579:36:129:40:121:81:32:8:49:32:99:89:30:6:54:35 chr7 93055650 . G A 662.35 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0249603;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4583;QD=21.8958;RBI=0.030185;REFB=0.0137575;REVB=0.016974;RO=56;SAF=33;SAR=32;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366099;STB=0.520075;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00828576;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:56:65:65:0.53719:32:33:26:30:32:33:26:30 chr7 93055753 . A G 1058.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.055;QD=59.6285;RBI=0.058549;REFB=0;REVB=0.0335969;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163389;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:40:29:0:0:41:30:0:0 chr7 93116299 . A G 409.58 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=71;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0341958;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.944;QD=21.0039;RBI=0.0342265;REFB=-0.00834336;REVB=-0.00144903;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180803;STB=0.560264;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00533403;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:34:36:33:42:0.538462:21:12:19:15:23:19:21:15 chr7 93515993 . T G 651.43 PASS AF=0.8125;AO=49;DP=66;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00699625;FXX=0.0588149;HRUN=6;LEN=1;MLLD=167.624;QD=40.7145;RBI=0.00913565;REFB=0.0199883;REVB=-0.00587475;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.580984;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000223228;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:66:64:0:12:49:52:0.8125:28:21:0:0:31:21:10:2 chr7 93519993 . T TG 54.39 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0431228;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.4097;QD=3.39915;RBI=0.0891939;REFB=-0.0495732;REVB=0.0780767;RO=48;SAF=3;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415292;STB=0.759389;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.112749;OID=.;OPOS=93519994;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:16:64:16:64:48:3:13:24:24:54:48:3:13:24:24 chr7 93623458 . A G 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=7.25524e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.705;QD=18.5842;RBI=0.0167461;REFB=-0.0137104;REVB=0.0167459;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979418;STB=0.554273;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.013053;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:24:25:32:20:24:25:32:20 chr7 94027097 . T A 38.41 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=80;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=51;FWDB=0.0431208;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.8593;QD=1.89673;RBI=0.0452316;REFB=-0.00198881;REVB=0.0136563;RO=61;SAF=12;SAR=2;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650019;STB=0.934104;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0763504;OID=.;OPOS=94027097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:80:81:61:72:14:9:0.111111:2:12:17:44:1:8:21:51 chr7 94027699 . T C 5478.49 PASS AF=1;AO=340;DP=341;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=208;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037227;FXX=0.00286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.458;QD=62.9711;RBI=0.0413473;REFB=0;REVB=0.0179929;RO=1;SAF=201;SAR=139;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27461e-05;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:341:348:1:0:340:348:1:139:201:0:1:140:208:0:0 chr7 94030899 . T C 10199.8 PASS AF=1;AO=647;DP=649;FAO=648;FDP=648;FR=.;FRO=0;FSAF=403;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123168;FXX=0.0106869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.195;QD=62.9616;RBI=0.0160723;REFB=0.00392235;REVB=0.0103255;RO=0;SAF=402;SAR=245;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67125e-05;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:649:648:0:0:647:648:1:245:402:0:0:245:403:0:0 chr7 94038934 . C T 3951.59 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273508;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2734;QD=62.2298;RBI=0.0273536;REFB=0;REVB=-0.000395284;RO=0;SAF=119;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6211e-05;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:254:0:0:254:254:1:135:119:0:0:135:119:0:0 chr7 94039032 . C T 2408.55 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.527;QD=64.2279;RBI=0.0132657;REFB=0;REVB=0.0104975;RO=0;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15433e-05;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:148:150:1:74:74:0:0:74:76:0:0 chr7 94043239 . C G 1587.75 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0138954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=319.157;QD=56.2034;RBI=0.0214593;REFB=-0.0902231;REVB=0.0163529;RO=4;SAF=54;SAR=55;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338674;STB=0.517854;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=3.35608e-06;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:4:4:109:109:0.964602:55:54:4:0:55:54:4:0 chr7 94043593 . TA AT,T 93.36 PASS AF=0.0612245,0.306122;AO=2,17;DP=50;FAO=3,15;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=0,1;FSAR=3,14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0142953,0.0114129;FXX=0.019996;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=150.564,16.1275;QD=7.62098;RBI=0.0456893,0.172498;REFB=0.000148963,-0.0560641;REVB=-0.0433953,-0.17212;RO=27;SAF=0,1;SAR=2,16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.479823,-0.650755;STB=0.996489,0.890757;STBP=0.066,0.002;TYPE=mnp,del;VARB=0.135388,0.0858056;OID=.,.;OPOS=94043593,94043594;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:50:49:27:31:2,17:3,15:0.0612245,0.306122:2,16:0,1:14:13:3,14:0,1:16:15 chr7 94047050 . G T 1039.13 PASS AF=0.540984;AO=99;DP=183;FAO=99;FDP=183;FR=.;FRO=84;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0430291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9098;QD=22.7133;RBI=0.0432503;REFB=-0.0416842;REVB=0.00436826;RO=84;SAF=55;SAR=44;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868617;STB=0.547436;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0491874;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:84:84:99:99:0.540984:44:55:38:46:44:55:38:46 chr7 94174854 . T C 2457.97 PASS AF=0.971098;AO=164;DP=173;FAO=168;FDP=173;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00852607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9072;QD=56.8316;RBI=0.0865864;REFB=-0.178278;REVB=0.0861656;RO=7;SAF=89;SAR=75;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423629;STB=0.515526;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00256984;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:173:173:7:5:164:168:0.971098:75:89:0:7:78:90:0:5 chr7 94180691 . T C 671.89 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1891;QD=52.6969;RBI=0.0347316;REFB=-0.131195;REVB=0.0329026;RO=2;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348301;STB=0.518511;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00402732;OID=.;OPOS=94180691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:23:26:2:0:23:26:2:0 chr7 94186068 . A G 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0168422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.633;QD=56.785;RBI=0.0214831;REFB=-0.0330716;REVB=-0.0133366;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493148;STB=0.526303;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000799132;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:18:23:0:2:18:23:0:2 chr7 94295963 . G A 351.73 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00698309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.312;QD=13.5279;RBI=0.0179988;REFB=-0.016028;REVB=0.0165889;RO=62;SAF=21;SAR=20;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384996;STB=0.528832;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.022498;OID=.;OPOS=94295963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:62:62:41:42:0.403846:20:21:34:28:21:21:34:28 chr7 94296769 . T C 1533.98 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.627;QD=62.6115;RBI=0.0638684;REFB=0.0268448;REVB=0.0562686;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=5.76435e-05;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:0:1:50:47:0:1 chr7 94297293 . GTTTTTTTG GTGTTTTTG,GTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT 754.88 PASS AF=0,0,1,0;AO=5,16,73,8;DP=119;FAO=0,0,122,0;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,82,0;FSAR=0,0,40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748251,0.0273374,0.0542357,-0.0538563;FXX=0;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,1,2;MLLD=234.439,9.49618,8.00135,13.2165;QD=24.7503;RBI=0.0668918,0.131188,0.259903,0.174096;REFB=-0.000171705,0.0191414,0.0114367,-0.0357811;REVB=-0.066472,-0.128308,-0.254181,-0.165556;RO=10;SAF=0,10,49,8;SAR=5,6,24,0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.840897,-0.302969,-0.087326,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,0,-0.00145733,0;OID=.,.,.,.;OPOS=94297295,94297294,94297294,94297300;OREF=T,TT,T,TG;OALT=G,-,-,GT;OMAPALT=GTGTTTTTG,GTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:5,16,73,8:119:0,0,122,0:122:0:0,0,82,0:0,0,40,0:0:0:4:10:0,10,49,8:5,6,24,0:10:0 chr7 94297814 . G A 916.53 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.215;QD=58.1925;RBI=0.0203329;REFB=0;REVB=0.0121272;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.617e-05;OID=.;OPOS=94297814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:33:28:0:0:33:30:0:0 chr7 94540416 . A G 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00341551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.775;QD=11.9332;RBI=0.0391449;REFB=0.0029183;REVB=0.0389956;RO=55;SAF=20;SAR=11;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323121;STB=0.514047;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00533171;OID=.;OPOS=94540416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:56:31:31:0.356322:11:20:34:21:11:20:35:21 chr7 94898811 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0170789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.472;QD=25.3156;RBI=0.0280798;REFB=-0.0120519;REVB=-0.0222886;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223232;STB=0.623761;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00408645;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:3:10:9:11:3:10 chr7 94903420 . G A 424.02 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.009118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.36;QD=20.9391;RBI=0.016005;REFB=-0.00838193;REVB=0.0131538;RO=39;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183123;STB=0.601375;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0114431;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:26:16:23:16:26:16:23:16 chr7 94924538 . G T 416.11 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00495548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.883;QD=16.9839;RBI=0.00558202;REFB=-0.00817159;REVB=0.00256947;RO=54;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578924;STB=0.526555;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0100248;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:55:43:43:0.438776:23:20:22:32:23:20:23:32 chr7 94937446 . T C 597.06 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0264544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.594;QD=21.1349;RBI=0.0302174;REFB=-0.00461591;REVB=0.0146032;RO=53;SAF=26;SAR=34;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331614;STB=0.518225;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00443688;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:53:60:60:0.530973:34:26:25:28:34:26:25:28 chr7 95001555 . C T 2183.3 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06318;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1828;QD=63.2839;RBI=0.0634471;REFB=0;REVB=0.005815;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53105e-05;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:65:73:0:0:65:73:0:0 chr7 95024046 . A G 1306.71 PASS AF=0.908163;AO=89;DP=98;FAO=89;FDP=98;FR=.;FRO=9;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0475723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.763;QD=53.3353;RBI=0.0476288;REFB=-0.0373751;REVB=0.00231984;RO=7;SAF=41;SAR=48;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243158;STB=0.5015;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00282244;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:98:98:7:9:89:89:0.908163:48:41:2:5:48:41:4:5 chr7 95025600 . G A 1073.59 PASS AF=0.45679;AO=110;DP=242;FAO=111;FDP=243;FR=.;FRO=132;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=-0.00119221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7068;QD=17.6723;RBI=0.0219464;REFB=0.00107993;REVB=0.021914;RO=131;SAF=56;SAR=54;SRF=76;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699552;STB=0.542849;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.001209;OID=.;OPOS=95025600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:131:132:110:111:0.45679:54:56:76:55:55:56:77:55 chr7 95212804 . C T 226.0 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00533784;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8786;QD=11.895;RBI=0.0925696;REFB=-0.00863032;REVB=-0.0924156;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724106;STB=0.512186;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00584656;OID=.;OPOS=95212804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:48:27:28:0.368421:9:18:26:17:10:18:30:18 chr7 95213059 . G A 1052.11 PASS AF=1;AO=52;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.375;QD=60.1203;RBI=0.0549938;REFB=0;REVB=0.0546757;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712934;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:52:70:1:15:37:0:0:33:37:0:0 chr7 95213953 . A C 1584.01 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00753471;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.202;QD=57.0813;RBI=0.0339277;REFB=-0.054747;REVB=0.0330805;RO=2;SAF=63;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295606;STB=0.506932;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00142913;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:111:2:3:108:108:0.972973:45:63:1:1:45:63:1:2 chr7 95216394 . T G 1218.02 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00444967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0652;QD=58.0009;RBI=0.0349082;REFB=-0.128846;REVB=0.0346234;RO=1;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122979;STB=0.500875;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00411134;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:81:82:0.97619:38:43:0:1:38:44:1:1 chr7 95499234 . A G 566.47 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0125994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6487;QD=20.052;RBI=0.014466;REFB=0.0175784;REVB=-0.00710767;RO=55;SAF=35;SAR=23;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690883;STB=0.53811;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0129734;OID=.;OPOS=95499234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:23:35:29:26:23:35:29:26 chr7 95668664 . C A 2208.21 PASS AF=0.967742;AO=149;DP=155;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0292495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.571;QD=56.986;RBI=0.0312396;REFB=-0.120099;REVB=-0.0109719;RO=5;SAF=77;SAR=72;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195529;STB=0.510108;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000825254;OID=.;OPOS=95668664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:155:155:5:5:149:150:0.967742:72:77:1:4:73:77:1:4 chr7 95800820 . T C 261.4 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00803071;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.698;QD=19.0112;RBI=0.0117049;REFB=-0.000552882;REVB=0.00851537;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161216;STB=0.599927;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00070531;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:26:27:28:28:0.509091:18:10:14:12:18:10:15:12 chr7 96640130 . C T 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00425096;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=315.935;QD=27.2645;RBI=0.00837691;REFB=-0.00139753;REVB=0.00721817;RO=7;SAF=1;SAR=21;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477906;STB=0.73015;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000822545;OID=.;OPOS=96640130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:7:13:22:22:0.628571:21:1:3:4:21:1:3:10 chr7 97488569 . A T 1442.96 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.639;QD=62.7375;RBI=0.048858;REFB=0;REVB=0.0443339;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10553e-05;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:40:50:0:0:42:50:0:0 chr7 97821855 . T C 195.15 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0410309;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.4947;QD=11.8273;RBI=0.0415149;REFB=-0.00625513;REVB=0.00632097;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07608;STB=0.571365;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00905214;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:41:22:22:0.333333:11:11:20:15:11:11:25:16 chr7 97823125 . G A 269.98 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.008578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.71;QD=22.9771;RBI=0.0219865;REFB=-0.0139939;REVB=-0.0202441;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163482;STB=0.591144;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0137162;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:14:8:14:11:14:8 chr7 97823629 . A G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0333529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.035;QD=19.8256;RBI=0.0395039;REFB=-0.00565743;REVB=-0.0211692;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652929;STB=0.536454;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00521119;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:13:12:15:12:13:12 chr7 97854393 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.544;QD=56.7066;RBI=0.055965;REFB=0;REVB=0.0215485;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668789;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr7 97863145 . G A 445.53 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.296;QD=57.4879;RBI=0.0615433;REFB=0;REVB=0.030899;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406674;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr7 97873994 . G A 371.14 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.342;QD=51.1917;RBI=0.0672247;REFB=-0.111929;REVB=0.062617;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0038521;OID=.;OPOS=97873994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:9:18:1:0:9:19:1:0 chr7 97933552 . A T 649.44 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.15524e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.92;QD=61.8509;RBI=0.00621279;REFB=0;REVB=-0.00621271;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68049e-05;OID=.;OPOS=97933552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr7 97933601 . C T 598.55 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0634704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.685;QD=55.6795;RBI=0.0637383;REFB=-0.10244;REVB=-0.00583826;RO=2;SAF=16;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927352;STB=0.504082;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00248277;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:24:16:1:1:24:17:1:1 chr7 98258736 . G A 546.49 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0229049;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0011;QD=17.0778;RBI=0.0229715;REFB=-0.00866106;REVB=0.00174801;RO=69;SAF=40;SAR=18;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204205;STB=0.618514;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0117004;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:69:70:58:58:0.453125:18:40:34:35:18:40:34:36 chr7 98460824 . C A 1030.5 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0737772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1115;QD=54.2366;RBI=0.077734;REFB=-0.102939;REVB=0.0244847;RO=4;SAF=43;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100198;STB=0.505306;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0399627;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:4:4:72:72:0.947368:29:43:2:2:29:43:2:2 chr7 98782750 . C T 1011.6 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.792;QD=57.8058;RBI=0.047658;REFB=0.0803492;REVB=-0.0330371;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000548907;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chr7 98792835 . G A 306.03 PASS AF=0.37;AO=36;DP=101;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0123635;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.265;QD=12.2413;RBI=0.0156672;REFB=-0.00493275;REVB=0.00962316;RO=63;SAF=14;SAR=22;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028006;STB=0.508939;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00898226;OID=.;OPOS=98792835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:63:63:36:37:0.37:22:14:23:40:23:14:23:40 chr7 98870997 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.092;QD=53.2767;RBI=0.0410051;REFB=0;REVB=0.0409678;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398651;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr7 98877267 . C A 352.95 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0248342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.091;QD=15.8631;RBI=0.0286828;REFB=-0.0164271;REVB=-0.0143515;RO=50;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133249;STB=0.580205;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0254893;OID=.;OPOS=98877267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:17:21:21:29:17:21:21:30 chr7 98894531 . AC A 41.45 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.166571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.4038;QD=9.21195;RBI=0.224961;REFB=-0.147402;REVB=0.1512;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.303571;SSSB=0.400241;STB=0.705344;STBP=0.171;TYPE=del;VARB=0.165825;OID=.;OPOS=98894532;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:9:18:8:18:10:6:2:4:6:38:9:7:2:3:6 chr7 99032458 . C G,T 2049.29 PASS AF=0.0724638,0.913043;AO=10,125;DP=137;FAO=10,126;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=7,66;FSAR=3,60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0110157,0.00350933;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.0163,206.788;QD=59.3996;RBI=0.0204573,0.0114979;REFB=0.00130101,-0.0357797;REVB=-0.0172383,-0.0109493;RO=1;SAF=7,66;SAR=3,59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0596689,-0.00714507;STB=0.562382,0.507461;STBP=0.527,0.249;TYPE=snp,snp;VARB=0.0219066,0.000764654;OID=.,.;OPOS=99032458,99032458;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:137:138:1:2:10,125:10,126:0.0724638,0.913043:3,59:7,66:1:0:3,60:7,66:2:0 chr7 99047978 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7674;QD=57.2012;RBI=0.0340956;REFB=0;REVB=0.0075987;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418309;OID=.;OPOS=99047978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr7 99081730 . A G 1426.75 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.025;QD=62.7144;RBI=0.0224313;REFB=0;REVB=0.0209567;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42696e-05;OID=.;OPOS=99081730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:42:49:0:0 chr7 99128927 . A G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.011266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.871;QD=16.8737;RBI=0.0118252;REFB=0.00256123;REVB=0.00359339;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249256;STB=0.514271;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00277525;OID=.;OPOS=99128927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:7:19:15:5:7:19 chr7 99130875 . G A 293.41 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495697;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9825;QD=53.3475;RBI=0.0316612;REFB=0;REVB=0.0312708;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310448;OID=.;OPOS=99130875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr7 99145845 . C T 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000402239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.819;QD=61.5342;RBI=0.00763411;REFB=0;REVB=-0.00762351;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67529e-05;OID=.;OPOS=99145845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr7 99217424 . G A 757.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.812;QD=56.1194;RBI=0.0838311;REFB=0;REVB=0.0455633;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075666;OID=.;OPOS=99217424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:19:31:0:0:22:32:0:0 chr7 99227172 . A G 1615.92 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00176211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.794;QD=57.2006;RBI=0.00789609;REFB=-0.153196;REVB=0.00769697;RO=3;SAF=34;SAR=76;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018369;STB=0.509676;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00620539;OID=.;OPOS=99227172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:3:3:110:110:0.973451:76:34:0:3:76:34:0:3 chr7 99474427 . A G 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.349;QD=58.9578;RBI=0.0413537;REFB=0;REVB=0.0411119;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06811e-05;OID=.;OPOS=99474427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr7 99500899 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.085;QD=64.4145;RBI=0.0117451;REFB=0;REVB=0.00787697;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86042e-06;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr7 99500911 . A G 786.83 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.723;QD=64.2311;RBI=0.0282546;REFB=0;REVB=0.0122229;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.149e-05;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:20:26:0:0:20:29:0:0 chr7 99578411 . T C 209.94 PASS AF=0.222973;AO=32;DP=146;FAO=33;FDP=148;FR=.;FRO=115;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.00620529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2229;QD=5.67395;RBI=0.00940925;REFB=-0.0134866;REVB=-0.00707306;RO=114;SAF=17;SAR=15;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174027;STB=0.518507;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0497494;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:114:115:32:33:0.222973:15:17:59:55:15:18:60:55 chr7 99654689 . G A 140.12 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00612985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5592;QD=20.7586;RBI=0.0531304;REFB=-0.00829234;REVB=0.0527756;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156055;STB=0.58812;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00886312;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:8:4:8:7:8:4 chr7 99669802 . A G 121.18 PASS AF=0.3;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0542511;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.235;QD=9.69424;RBI=0.0548754;REFB=-0.0134588;REVB=-0.00825421;RO=32;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263618;STB=0.652835;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0335503;OID=.;OPOS=99669802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:35:14:15:0.3:11:3:13:19:12:3:13:22 chr7 99690690 . G C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00639093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.339;QD=14.2419;RBI=0.0126199;REFB=-0.0103605;REVB=-0.0108819;RO=31;SAF=18;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309107;STB=0.679815;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0156042;OID=.;OPOS=99690690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:4:18:18:13:4:18:18:13 chr7 99690747 . T C 127.88 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00278983;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.814;QD=11.3671;RBI=0.0392361;REFB=0.00377949;REVB=-0.0391368;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598134;STB=0.522905;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00411033;OID=.;OPOS=99690747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:30:15:15:0.333333:6:9:17:14:6:9:17:13 chr7 99693552 . G A 240.16 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0154381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.1;QD=16.5626;RBI=0.0260076;REFB=-0.0254477;REVB=0.0209299;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215618;STB=0.613317;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0286664;OID=.;OPOS=99693552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:17:10:18:12:17:10:18:13 chr7 99725146 . C G 64.65 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0113471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7391;QD=10.3435;RBI=0.0118447;REFB=-0.0265408;REVB=-0.0033973;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18252;STB=0.610858;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0838677;OID=.;OPOS=99725146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:8:8:6:3:8:8 chr7 99747130 . G A 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00510519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.809;QD=19.1769;RBI=0.0147095;REFB=-0.0243584;REVB=0.0137952;RO=45;SAF=21;SAR=22;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163874;STB=0.59548;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0169082;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:22:21:30:15:22:21:31:15 chr7 99752423 . G A 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0136603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.368;QD=11.0171;RBI=0.024264;REFB=0.0109433;REVB=-0.0200534;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474505;STB=0.781817;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00681586;OID=.;OPOS=99752423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:1:7:2:4:1:7 chr7 99772298 . A C 759.57 PASS AF=1;AO=33;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.882;QD=57.3264;RBI=0.0793279;REFB=0;REVB=0.0496246;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736768;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:33:53:1:15:18:0:0:26:27:0:0 chr7 99816256 . C A 255.26 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0852125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.108;QD=51.051;RBI=0.0852959;REFB=0;REVB=0.00377253;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709466;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:12:6:0:0:14:6:0:0 chr7 99816272 . A G 230.25 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0436526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9664;QD=46.0499;RBI=0.0609892;REFB=0.000487035;REVB=0.0425927;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-6.77081e-05;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:14:5:1:0:14:5:1:0 chr7 99816275 . G C 254.74 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.617;QD=50.9488;RBI=0.062425;REFB=0;REVB=0.0296163;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028652;OID=.;OPOS=99816275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:14:6:0:0 chr7 99817859 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0710256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4059;QD=50.4124;RBI=0.0763581;REFB=0;REVB=0.0280342;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136666;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr7 99821685 . C T 617.02 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064179;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.225;QD=61.7019;RBI=0.068405;REFB=0;REVB=0.0236707;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024708;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr7 99869583 . C A 576.37 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0327305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.474;QD=19.8747;RBI=0.0379121;REFB=-0.0356213;REVB=0.0191322;RO=54;SAF=31;SAR=28;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586991;STB=0.535125;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.028151;OID=.;OPOS=99869583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:57:59:59:0.508621:28:31:32:22:28:31:34:23 chr7 99971313 . T C 1471.01 PASS AF=0.990385;AO=94;DP=95;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9968;QD=56.5775;RBI=0.0409804;REFB=-0.12634;REVB=0.0108307;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009776;STB=0.504586;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0067809;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:104:1:1:94:103:0.990385:46:48:1:0:49:54:1:0 chr7 99971834 . A G 2547.48 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.568;QD=61.7571;RBI=0.0207674;REFB=0;REVB=0.0207363;RO=0;SAF=71;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21553e-06;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:163:165:1:92:71:0:0:92:73:0:0 chr7 100064719 . A G 79.52 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0140123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.202;QD=11.3605;RBI=0.0274086;REFB=-0.0164063;REVB=0.023556;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261436;STB=0.637358;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0151535;OID=.;OPOS=100064719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:28:16:17:10:11:0.392857:5:5:12:4:5:6:13:4 chr7 100065639 . A AC 32.19 PASS AF=0.176471;AO=19;DP=103;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0127937;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.6976;QD=1.26219;RBI=0.0605125;REFB=-0.00275702;REVB=-0.0591446;RO=81;SAF=8;SAR=11;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668708;STB=0.506889;STBP=0.973;TYPE=ins;VARB=0.110636;OID=.;OPOS=100065640;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:19:103:18:102:84:7:11:32:52:32:81:8:11:30:51 chr7 100085883 . G C,GC 45.02 PASS AF=0,0.444444;AO=3,12;DP=48;FAO=0,16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=0,5;FSAR=0,11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0157065,0.096611;FXX=0.0526177;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=206.477,6.54393;QD=5.0027;RBI=0.0179736,0.105455;REFB=-0.00184877,-0.161868;REVB=-0.00873828,0.0422734;RO=32;SAF=3,2;SAR=0,10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.524833,-0.466172;STB=0.5,0.610967;STBP=1,0.276;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.193969;OID=.,.;OPOS=100085883,100085884;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:48:36:32:20:3,12:0,16:0,0.444444:0,10:3,2:17:15:0,11:0,5:10:10 chr7 100137085 . G C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00325559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.094;QD=11.1041;RBI=0.00325559;REFB=0.0046484;REVB=0;RO=10;SAF=7;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00344195;OID=.;OPOS=100137085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:0:7:10:0:0:7:10:0 chr7 100175473 . T C 450.38 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.824;QD=56.297;RBI=0.0119023;REFB=0;REVB=-0.011638;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141889;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:29:32:1:3:26:0:0:4:28:0:0 chr7 100278657 . A G 505.25 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01282;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2526;QD=59.4413;RBI=0.0420729;REFB=0;REVB=-0.0400722;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394694;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr7 100281768 . T C 59.95 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0892869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1691;QD=34.2568;RBI=0.101885;REFB=0;REVB=0.049075;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171159;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr7 100285476 . C T 325.32 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.054464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.767;QD=22.4356;RBI=0.0560422;REFB=-0.00817737;REVB=0.0132062;RO=25;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373013;STB=0.520595;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00600678;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:20:13:11:14:20:13:11:14 chr7 100348384 . T C 291.51 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0233146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3379;QD=19.434;RBI=0.0234046;REFB=0.0149707;REVB=-0.00205014;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496062;STB=0.502761;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00998794;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:18:13:12:17:18:13:12:17 chr7 100350763 . T G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0275915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.12;QD=24.0668;RBI=0.0559292;REFB=-0.0140723;REVB=0.0486496;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324083;STB=0.678385;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00347175;OID=.;OPOS=100350763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:0:10:9:7:0:10 chr7 100361675 . G A 166.22 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0233453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9925;QD=14.775;RBI=0.0548279;REFB=-0.0137013;REVB=0.0496095;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020074;STB=0.511615;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0253988;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:16:11:7:11:16:11 chr7 100365567 . C T 326.22 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0311059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.605;QD=23.3015;RBI=0.0311096;REFB=-0.0129021;REVB=-0.000478462;RO=23;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108538;STB=0.549457;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00747543;OID=.;OPOS=100365567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:32:33:0.589286:21:11:11:12:21:12:11:12 chr7 100365613 . G T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0153567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.08;QD=21.546;RBI=0.0264189;REFB=-0.016937;REVB=-0.0214972;RO=10;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17755;STB=0.601405;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0169284;OID=.;OPOS=100365613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:11:3:4:6:11:3:4:6 chr7 100371358 . G A 261.19 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00441371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.415;QD=17.4128;RBI=0.0443086;REFB=-0.0290158;REVB=0.0440882;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052286;STB=0.518506;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0371697;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:28:29:0.483333:12:16:16:15:13:16:16:15 chr7 100371474 . G A 729.49 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0776898;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.553;QD=53.0539;RBI=0.0777277;REFB=-0.15837;REVB=-0.00242709;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00374425;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:55:0:2:53:53:0.963636:25:28:0:0:25:28:2:0 chr7 100371476 . T G,TG 767.22 PASS AF=0.0701754,0.912281;AO=4,47;DP=57;FAO=4,52;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=3,27;FSAR=1,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301878,0.035263;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=210.335,233.845;QD=53.8399;RBI=0.0315289,0.0360008;REFB=-0.146929,-0.0979512;REVB=-0.00909762,0.00725105;RO=3;SAF=3,24;SAR=1,23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.305979,0.0199719;STB=0.571096,0.509087;STBP=0.672,0.501;TYPE=snp,ins;VARB=0.00971426,0.00162869;OID=.,.;OPOS=100371476,100371477;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:57:57:3:1:4,47:4,52:0.0701754,0.912281:1,23:3,24:1:2:1,25:3,27:1:0 chr7 100373077 . C G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2053;QD=55.649;RBI=0.0553316;REFB=0;REVB=-0.00105394;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895636;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr7 100373367 . G C 727.63 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.114;QD=63.2725;RBI=0.0114594;REFB=0;REVB=0.00995109;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31269e-05;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr7 100377082 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0259061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.021;QD=10.6443;RBI=0.0299598;REFB=-0.005913;REVB=-0.0150487;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062396;STB=0.514271;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00933209;OID=.;OPOS=100377082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:12:8:15:22:12:8:16:22 chr7 100386900 . T C 741.16 PASS AF=1;AO=38;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362152;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.812;QD=63.0775;RBI=0.00443789;REFB=0;REVB=0.00256504;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93095e-05;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:38:47:1:23:15:0:0:22:25:0:0 chr7 100386901 . G C 78.2 PASS AF=0.22;AO=10;DP=49;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00991009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.2517;QD=6.25622;RBI=0.00991444;REFB=0.0135866;REVB=0.000293594;RO=39;SAF=10;SAR=0;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.764181;STB=0.908347;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00255197;OID=.;OPOS=100386901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:50:39:39:10:11:0.22:0:10:15:24:1:10:15:24 chr7 100391644 . T C 2402.21 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.396;QD=64.059;RBI=0.00377582;REFB=0;REVB=-0.000285952;RO=0;SAF=93;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74781e-06;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:147:150:1:54:93:0:0:57:93:0:0 chr7 100410597 . G A 71.83 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0459747;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4734;QD=15.122;RBI=0.0461415;REFB=-0.0207209;REVB=0.00391985;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327753;STB=0.743945;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0178777;OID=.;OPOS=100410597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:20:19:8:9:8:8:0.421053:7:1:3:5:7:1:4:5 chr7 100411278 . T C 341.82 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00120747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2721;QD=18.4769;RBI=0.00493561;REFB=-0.0296765;REVB=-0.00478563;RO=37;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169199;STB=0.504056;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0333307;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:23:13:14:23:23:13:14:24 chr7 100416139 . T C 226.82 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0301997;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.518;QD=20.1617;RBI=0.0326091;REFB=-0.00828848;REVB=0.0123016;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129098;STB=0.580576;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00890968;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:23:22:22:0.488889:13:9:6:16:13:9:6:17 chr7 100416250 . A G 518.41 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00342097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.888;QD=22.7873;RBI=0.00984222;REFB=-0.0123078;REVB=-0.00922856;RO=42;SAF=31;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122234;STB=0.506728;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0076132;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:18:31:26:16:18:31:26:16 chr7 100424587 . G C 178.23 PASS AF=0.328358;AO=7;DP=70;FAO=22;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00617933;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.519;QD=10.6405;RBI=0.00779995;REFB=-0.00754297;REVB=-0.00475973;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588231;STB=0.628275;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0114204;OID=.;OPOS=100424587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:23:45:7:22:0.328358:4:3:11:12:16:6:20:25 chr7 100458795 . T C 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.917;QD=61.8754;RBI=0.0322005;REFB=0;REVB=0.0229281;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43898e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:58:67:0:0:58:67:0:0 chr7 100466441 . G A 3078.71 PASS AF=0.984925;AO=193;DP=198;FAO=196;FDP=199;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0201973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.009;QD=61.8837;RBI=0.03098;REFB=0.0189148;REVB=0.0234911;RO=3;SAF=82;SAR=111;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273054;STB=0.501392;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-4.79136e-05;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:198:199:3:3:193:196:0.984925:111:82:1:2:113:83:1:2 chr7 100468284 . A G,T 1951.08 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=121,6;DP=127;FAO=122,6;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57,6;FSAR=65,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294456,-0.00778374;FXX=0.00775134;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.1239,154.595;QD=60.9714;RBI=0.0598087,0.0268064;REFB=0,0;REVB=-0.052058,-0.0256515;RO=0;SAF=56,6;SAR=65,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00331129,0.161462;OID=.,.;OPOS=100468284,100468284;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:127:128:0:0:121,6:122,6:0.953125,0.046875:65,0:56,6:0:0:65,0:57,6:0:0 chr7 100482026 . T C 340.51 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5438;QD=54.4818;RBI=0.0367658;REFB=0;REVB=-0.0307594;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000947208;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr7 100486656 . T G 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0998;QD=62.6637;RBI=0.0845857;REFB=0;REVB=-0.00303991;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420156;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:37:7:0:0:37:7:0:0 chr7 100487122 . GC AA 99.21 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0394357;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=2;MLLD=162.941;QD=23.3429;RBI=0.0396079;REFB=-0.0300828;REVB=0.00368906;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131;STB=0.574334;STBP=0.43;TYPE=mnp;VARB=0.0330227;OID=.;OPOS=100487122;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:2:4:5:6:2:4 chr7 100494222 . G GC 1834.86 PASS AF=1;AO=144;DP=157;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0056;QD=47.6588;RBI=0.101299;REFB=0;REVB=0.0993921;RO=6;SAF=90;SAR=54;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000703006;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:144:157:154:154:0:94:60:0:0:33:6:90:54:2:4 chr7 100549583 . G A 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0291914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.135;QD=3.1169;RBI=0.0327602;REFB=-0.00789701;REVB=0.0148693;RO=44;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392474;STB=0.793755;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0552551;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:1:6:25:19:1:6:25:19 chr7 100549592 . TT AA 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0155435;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=183.801;QD=4.22245;RBI=0.0201736;REFB=0.00432492;REVB=0.0128598;RO=43;SAF=6;SAR=3;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110673;STB=0.586469;STBP=0.533;TYPE=mnp;VARB=-0.014208;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:43:44:9:9:0.169811:3:6:25:18:3:6:25:19 chr7 100549650 . A G 386.78 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0103842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.663;QD=15.3179;RBI=0.0269103;REFB=-0.02046;REVB=0.024826;RO=58;SAF=25;SAR=18;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232245;STB=0.513058;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0212866;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:18:25:35:23:18:25:35:23 chr7 100549697 . A G 445.11 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.000946754;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.821;QD=15.2173;RBI=0.00161689;REFB=-0.0134709;REVB=-0.00131072;RO=67;SAF=29;SAR=21;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748706;STB=0.542039;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0409368;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:67:67:50:50:0.42735:21:29:34:33:21:29:34:33 chr7 100549703 . C T 432.22 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00606562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.826;QD=14.9041;RBI=0.00891487;REFB=-0.0196772;REVB=-0.00653324;RO=67;SAF=27;SAR=22;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602903;STB=0.533884;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0541251;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:22:27:33:34:22:27:33:34 chr7 100549787 . CA TG 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0104594;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.818;QD=17.6943;RBI=0.0120397;REFB=-0.00250611;REVB=0.00596269;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389029;STB=0.521727;STBP=0.722;TYPE=mnp;VARB=0.00287449;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:22:13:13:26:22:13:13:26 chr7 100549840 . C T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00860306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.255;QD=6.57184;RBI=0.0111707;REFB=-0.00332012;REVB=0.00712552;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305803;STB=0.691975;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0126594;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:4:7:14:23:4:7:14:23 chr7 100549873 . G A 125.31 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0277873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.827;QD=10.4428;RBI=0.0278389;REFB=-0.00750058;REVB=0.00169386;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756906;STB=0.550496;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0093666;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:30:33:15:15:0.3125:7:8:18:12:7:8:20:13 chr7 100549884 . C T 113.84 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00402835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.669;QD=9.89869;RBI=0.0172793;REFB=-0.0128197;REVB=-0.0168032;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144939;STB=0.586836;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.021888;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:7:7:20:12:7:7:20:12 chr7 100549894 . T C 90.82 PASS AF=0.292683;AO=10;DP=39;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0143396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.02;QD=8.8602;RBI=0.0143802;REFB=-0.0117686;REVB=-0.00108018;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185716;STB=0.553105;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0187475;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:39:41:29:29:10:12:0.292683:5:5:19:10:5:7:19:10 chr7 100549896 . G C 90.59 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0399915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6191;QD=8.05219;RBI=0.0408738;REFB=-0.0259854;REVB=-0.00844672;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131045;STB=0.588097;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0266941;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:32:33:12:12:0.266667:5:7:22:10:5:7:23:10 chr7 100549902 . C T 112.94 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0183623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.082;QD=9.41165;RBI=0.0783328;REFB=-0.0109242;REVB=0.0761503;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244149;STB=0.645643;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0246469;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:24:10:7:7:24:10 chr7 100549914 . G A 112.96 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0192123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.724;QD=9.41363;RBI=0.0225081;REFB=-0.00220279;REVB=-0.0117262;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282412;STB=0.645643;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00487363;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:34:14:14:0.291667:7:7:23:8:7:7:24:10 chr7 100549935 . T G 124.81 PASS AF=0.307692;AO=14;DP=50;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00653757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.73;QD=9.60047;RBI=0.0408939;REFB=-0.0188934;REVB=0.0403679;RO=36;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26737;STB=0.615445;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0400879;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:36:36:14:16:0.307692:7:7:26:10:7:9:26:10 chr7 100549942 . T C 124.18 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0411174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.154;QD=9.55254;RBI=0.0453368;REFB=-0.00843735;REVB=0.0190994;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156237;STB=0.615445;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0141107;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:36:36:15:16:0.307692:6:9:26:10:7:9:26:10 chr7 100549979 . C T 137.75 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0452104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.225;QD=10.0183;RBI=0.0772741;REFB=-0.0282909;REVB=0.0626683;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113611;STB=0.566669;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0639522;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:7:11:26:11:7:11:26:11 chr7 100550032 . C CCCT 94.05 PASS AF=0.25;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0376796;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=3;MLLD=198.248;QD=7.23444;RBI=0.0457442;REFB=-0.0203953;REVB=-0.0259381;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234086;STB=0.658322;STBP=0.235;TYPE=ins;VARB=0.049518;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:13:56:13:52:39:7:6:29:10:94:43:7:6:31:12 chr7 100550079 . A C 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0102294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.641;QD=11.1303;RBI=0.0202486;REFB=-0.0244699;REVB=-0.0174748;RO=37;SAF=15;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147829;STB=0.597728;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0365258;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:38:21:21:0.355932:6:15:22:15:6:15:22:16 chr7 100550133 . A G 117.6 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0064235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.314;QD=7.58678;RBI=0.0209857;REFB=-0.0189818;REVB=0.0199784;RO=45;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399955;STB=0.735851;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0590218;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:7:10:11:34:7:10:11:34 chr7 100550138 . C T 106.88 PASS AF=0.242424;AO=15;DP=65;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0373834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.551;QD=6.47778;RBI=0.0373843;REFB=-0.0139446;REVB=-0.000267207;RO=49;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351001;STB=0.692093;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00917362;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:49:50:15:16:0.242424:6:9:15:34:7:9:15:35 chr7 100550184 . C A 89.14 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=0.00984081;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8863;QD=4.69171;RBI=0.0273546;REFB=0.00190122;REVB=0.0255231;RO=61;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270344;STB=0.668274;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0122088;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:77:76:61:61:15:15:0.197368:8:7:16:45:8:7:16:45 chr7 100550191 . C T 735.02 PASS AF=0.776316;AO=59;DP=76;FAO=59;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00653089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.369;QD=38.6851;RBI=0.0289084;REFB=-0.0441752;REVB=0.028161;RO=17;SAF=16;SAR=43;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071439;STB=0.538364;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0129855;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:17:17:59:59:0.776316:43:16:7:10:43:16:7:10 chr7 100550203 . T A 72.03 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=-0.0463494;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.373;QD=3.79111;RBI=0.0504199;REFB=-0.00569308;REVB=-0.0198469;RO=61;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436891;STB=0.537841;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.050306;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:77:76:61:63:13:13:0.171053:9:4:17:44:9:4:17:46 chr7 100550205 . A C 62.75 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.0416077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4569;QD=3.21819;RBI=0.0417969;REFB=-0.00635375;REVB=-0.00397317;RO=64;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729876;STB=0.556353;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0357574;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:76:78:64:66:12:12:0.153846:9:3:19:45:9:3:20:46 chr7 100550245 . G A 41.49 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.178847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.671;QD=2.40526;RBI=0.181791;REFB=-0.0128185;REVB=-0.0325864;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316364;STB=0.737812;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0715211;OID=.;OPOS=100550245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:69:69:59:60:9:9:0.130435:8:1:17:42:8:1:17:43 chr7 100551461 . C G 34.89 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0269909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.389;QD=2.28767;RBI=0.0505024;REFB=0.00501002;REVB=0.0426847;RO=54;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949025;STB=0.570538;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0108428;OID=.;OPOS=100551461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:4:3:19:35:4:3:19:35 chr7 100551471 . T C 31.12 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00195731;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.1;QD=2.30493;RBI=0.0105475;REFB=-0.00272639;REVB=0.0103643;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303538;STB=0.729897;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0194597;OID=.;OPOS=100551471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:54:46:48:6:6:0.111111:5:1:18:28:5:1:18:30 chr7 100551473 . G C 38.47 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0705632;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.306;QD=2.84939;RBI=0.0709687;REFB=-0.00823589;REVB=-0.00757547;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104992;STB=0.575532;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0172105;OID=.;OPOS=100551473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:55:54:44:47:7:7:0.12963:5:2:16:28:5:2:17:30 chr7 100551476 . C T 31.68 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00961715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7056;QD=2.347;RBI=0.0161038;REFB=-0.0192294;REVB=0.0129168;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721244;STB=0.540403;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0846439;OID=.;OPOS=100551476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:54:46:48:6:6:0.111111:4:2:18:28:4:2:18:30 chr7 100551502 . A C 75.6 PASS AF=0.22449;AO=10;DP=48;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0169665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.625;QD=6.17121;RBI=0.0185283;REFB=-0.00708533;REVB=-0.00744568;RO=37;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519269;STB=0.739776;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0264011;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:48:49:37:38:10:11:0.22449:9:1:17:20:9:2:17:21 chr7 100551565 . AT GC 52.85 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0141472;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=2;MLLD=189.478;QD=3.15522;RBI=0.0152444;REFB=-0.00752706;REVB=-0.00567871;RO=57;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133924;STB=0.592628;STBP=0.555;TYPE=mnp;VARB=0.0350856;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:67:57:57:10:10:0.149254:6:4:29:28:6:4:29:28 chr7 100551578 . T G 83.67 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0408923;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.986;QD=3.80326;RBI=0.0450533;REFB=0.000410342;REVB=0.0189109;RO=73;SAF=7;SAR=8;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119009;STB=0.57821;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00412046;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:89:88:73:73:15:15:0.170455:8:7:41:32:8:7:41:32 chr7 100551626 . T C 75.02 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.00149644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2872;QD=2.8309;RBI=0.0136902;REFB=0.00402046;REVB=-0.0136082;RO=91;SAF=8;SAR=7;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734306;STB=0.505044;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00846228;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:106:106:91:91:15:15:0.141509:7:8:48:43:7:8:48:43 chr7 100551637 . C CCAA 61.37 PASS AF=0.125;AO=12;DP=106;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.00668749;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=3;MLLD=234.01;QD=2.36054;RBI=0.0219164;REFB=-0.00462253;REVB=-0.0208711;RO=93;SAF=7;SAR=5;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817391;STB=0.509643;STBP=0.957;TYPE=ins;VARB=0.0347328;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:12:106:13:104:91:7:6:48:43:61:93:7:5:48:45 chr7 100551646 . A G 52.04 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0268682;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.232;QD=1.94527;RBI=0.0277194;REFB=-0.000615404;REVB=-0.00681652;RO=86;SAF=7;SAR=5;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738918;STB=0.569524;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0018913;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:107:86:95:12:12:0.11215:5:7:45:41:5:7:48:47 chr7 100551662 . C T 45.61 PASS AF=0.103774;AO=11;DP=106;FAO=11;FDP=106;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0468259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.758;QD=1.72099;RBI=0.049614;REFB=-0.00174606;REVB=-0.0163976;RO=93;SAF=8;SAR=3;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335203;STB=0.748724;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0294307;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:106:106:93:95:11:11:0.103774:3:8:41:52:3:8:42:53 chr7 100551666 . A T 44.82 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0225139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.44;QD=1.65986;RBI=0.0345019;REFB=-0.00492746;REVB=-0.026144;RO=95;SAF=8;SAR=3;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332786;STB=0.741291;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0268873;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:108:95:97:11:11:0.101852:3:8:42:53:3:8:44:53 chr7 100551687 . T C 47.14 PASS AF=0.11215;AO=11;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.00282338;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.247;QD=1.76235;RBI=0.00546544;REFB=-0.00570331;REVB=0.0046797;RO=95;SAF=7;SAR=4;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215859;STB=0.68681;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0798085;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:107:107:95:95:11:12:0.11215:4:7:43:52:4:8:43:52 chr7 100551692 . C T 70.1 PASS AF=0.132743;AO=14;DP=112;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.0311539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.847;QD=2.48146;RBI=0.0426448;REFB=-0.00560897;REVB=-0.0291207;RO=96;SAF=9;SAR=5;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249994;STB=0.69339;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0285442;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:112:113:96:98:14:15:0.132743:5:9:42:54:5:10:43:55 chr7 100551711 . T C 327.45 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0288266;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1115;QD=12.2412;RBI=0.0351391;REFB=0.00845753;REVB=-0.0200943;RO=67;SAF=18;SAR=22;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304729;STB=0.517395;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0226954;OID=.;OPOS=100551711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:67:67:40:40:0.373832:22:18:32:35:22:18:32:35 chr7 100551719 . C T 68.34 PASS AF=0.137615;AO=14;DP=109;FAO=15;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.00728849;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.584;QD=2.50791;RBI=0.0190426;REFB=-0.00386236;REVB=0.0175926;RO=94;SAF=8;SAR=6;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140183;STB=0.621658;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0269516;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:109:109:94:94:14:15:0.137615:6:8:43:51:6:9:43:51 chr7 100551729 . C T 81.14 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.00926595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.273;QD=3.00537;RBI=0.0110366;REFB=-0.00651347;REVB=-0.00599573;RO=92;SAF=10;SAR=6;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197132;STB=0.633474;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0310868;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:92:92:16:16:0.148148:6:10:43:49:6:10:43:49 chr7 100551773 . C A 59.28 PASS AF=0.136364;AO=13;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0192783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.442;QD=2.69455;RBI=0.0425966;REFB=-0.00366673;REVB=-0.0379845;RO=74;SAF=5;SAR=8;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614472;STB=0.515478;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0552258;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:88:88:74:76:13:12:0.136364:8:5:32:42:7:5:33:43 chr7 100551778 . G A 68.39 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.060828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.598;QD=3.29605;RBI=0.0608764;REFB=-0.00922383;REVB=-0.00242798;RO=68;SAF=4;SAR=9;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175813;STB=0.632601;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0475543;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:81:83:68:70:13:13:0.156627:9:4:30:38:9:4:32:38 chr7 100551793 . G T 137.07 PASS AF=0.221053;AO=22;DP=95;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0413141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0638;QD=5.7715;RBI=0.0447972;REFB=-0.00641768;REVB=-0.0173185;RO=73;SAF=10;SAR=12;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652373;STB=0.518538;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0181738;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:73:74:22:21:0.221053:12:10:37:36:11:10:37:37 chr7 100551840 . T A 76.14 PASS AF=0.246154;AO=27;DP=77;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0211731;FXX=0.207292;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.615;QD=4.68575;RBI=0.0232314;REFB=-0.0381617;REVB=-0.00956037;RO=50;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104854;STB=0.754493;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0712717;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:77:65:50:49:27:16:0.246154:16:11:25:25:3:13:25:24 chr7 100551842 . CT TC 297.99 PASS AF=0.373494;AO=29;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0349374;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=2;MLLD=57.4413;QD=14.361;RBI=0.0375102;REFB=0.0333821;REVB=-0.0136527;RO=48;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187236;STB=0.509798;STBP=0.886;TYPE=mnp;VARB=-0.0066522;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:29:31:0.373494:15:14:24:24:15:16:24:24 chr7 100551849 . A T 338.65 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00454709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.588;QD=15.2202;RBI=0.00463862;REFB=-0.0178509;REVB=0.000916935;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815435;STB=0.546092;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0190508;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:20:17:28:24:20:17:28:24 chr7 100552018 . T G 258.45 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0707497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3846;QD=16.4097;RBI=0.0827646;REFB=-0.0145646;REVB=0.0429472;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173684;STB=0.603848;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0190128;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:15:14:22:11:15:14:23:11 chr7 100552020 . C T 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.017154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.089;QD=15.5679;RBI=0.0251039;REFB=-0.00804342;REVB=-0.0183289;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204591;STB=0.621417;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0154552;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:15:13:23:11:15:13:24:11 chr7 100552044 . T G 237.13 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0269302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2141;QD=14.1567;RBI=0.0334424;REFB=-0.0180517;REVB=0.0198282;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313702;STB=0.663791;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0236323;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:39:27:28:0.41791:16:11:28:11:16:12:28:11 chr7 100552094 . G C 212.35 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0558671;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5242;QD=16.0264;RBI=0.0781766;REFB=-0.00901834;REVB=-0.0546851;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274572;STB=0.660893;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.018387;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:13:11:21:7:13:11:22:7 chr7 100552117 . G T 286.39 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0126609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.416;QD=15.6927;RBI=0.0277931;REFB=-0.0462786;REVB=-0.0247419;RO=41;SAF=21;SAR=11;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057612;STB=0.53241;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0423827;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:11:21:29:12:11:21:29:12 chr7 100552135 . T C 322.87 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0480522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.343;QD=16.7727;RBI=0.0481021;REFB=-0.0456838;REVB=0.00219125;RO=41;SAF=23;SAR=12;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148833;STB=0.505782;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0507653;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:12:23:27:14:12:23:28:14 chr7 100552251 . T C 288.24 PASS AF=0.407407;AO=29;DP=77;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00250283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.017;QD=14.2339;RBI=0.0105498;REFB=-0.0235888;REVB=-0.0102486;RO=43;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184701;STB=0.507242;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.041579;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:43:48:29:33:0.407407:20:9:14:29:21:12:18:30 chr7 100552311 . C T 753.87 PASS AF=0.743902;AO=61;DP=82;FAO=61;FDP=82;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0473717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.987;QD=36.7743;RBI=0.047372;REFB=-0.0374744;REVB=-0.000173368;RO=21;SAF=21;SAR=40;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110635;STB=0.55921;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0104372;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:21:21:61:61:0.743902:40:21:3:18:40:21:3:18 chr7 100552338 . C T 337.77 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00247694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.863;QD=18.5078;RBI=0.00962786;REFB=-0.0109865;REVB=0.00930378;RO=37;SAF=8;SAR=27;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145027;STB=0.564065;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0134454;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:35:36:0.493151:27:8:13:24:27:9:13:24 chr7 100552358 . C G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0361603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.902;QD=16.9231;RBI=0.0403935;REFB=-0.0094659;REVB=0.0180019;RO=40;SAF=8;SAR=26;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193228;STB=0.609306;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00993082;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:26:8:16:24:26:8:16:24 chr7 100552371 . C G 305.91 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0077645;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.873;QD=17.734;RBI=0.00832992;REFB=-0.00415198;REVB=-0.00301663;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671798;STB=0.547339;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00446148;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:22:11:14:21:22:11:15:21 chr7 100552384 . A G 293.4 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0262898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.988;QD=17.2587;RBI=0.0296591;REFB=-0.0238272;REVB=0.0137299;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104336;STB=0.565015;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0120169;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:18:13:19:17:19:13:19:17 chr7 100552390 . T C 283.4 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0167323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2578;QD=17.4399;RBI=0.0249453;REFB=-0.0133714;REVB=-0.0185013;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161767;STB=0.590713;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0166946;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:19:12:19:15:19:12:19:15 chr7 100552412 . T C 174.51 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00407327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.039;QD=12.035;RBI=0.00590374;REFB=-0.00326121;REVB=0.00427347;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109495;STB=0.506323;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00718998;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:10:12:20:16:10:12:20:16 chr7 100552435 . TC AT 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.000319646;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.108;QD=13.3678;RBI=0.00878477;REFB=-0.0139342;REVB=0.00877896;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212603;STB=0.622517;STBP=0.234;TYPE=mnp;VARB=0.0230784;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:23:8:8:10:23:8 chr7 100552440 . C T 178.91 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0147838;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.803;QD=14.6048;RBI=0.025172;REFB=-0.00993975;REVB=0.0203732;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211899;STB=0.628696;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0155756;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:30:19:19:0.387755:9:10:21:8:9:10:22:8 chr7 100552452 . T C 66.05 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0106222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.518;QD=5.08074;RBI=0.0195961;REFB=-0.0163773;REVB=0.0164675;RO=42;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434217;STB=0.770999;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0415007;OID=.;OPOS=100552452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:6:4:32:10:6:4:32:10 chr7 100552535 . GT AC 215.17 PASS AF=0.371429;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0221637;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=2;MLLD=93.5725;QD=12.2952;RBI=0.0348547;REFB=-0.0148623;REVB=0.0269003;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034717;STB=0.552591;STBP=0.51;TYPE=mnp;VARB=0.0241763;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:44:25:26:0.371429:12:13:20:21:12:14:20:24 chr7 100552549 . CT AC 207.55 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=76;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=5.01304e-05;FXX=0.0394685;HRUN=5;LEN=2;MLLD=137.615;QD=11.3726;RBI=0.0103069;REFB=-0.00246782;REVB=-0.0103068;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395831;STB=0.520532;STBP=0.817;TYPE=mnp;VARB=0.00364785;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:45:47:25:26:0.356164:13:12:20:25:13:13:22:25 chr7 100552644 . C A 258.82 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.903;QD=24.0758;RBI=0.00258337;REFB=-0.0168411;REVB=0.00258337;RO=17;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00825668;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:19:24:24:0.55814:24:0:0:17:24:0:0:19 chr7 100552657 . A G 54.13 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=28;FWDB=0;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6752;QD=6.01419;RBI=0.0303865;REFB=-0.00860293;REVB=0.0303865;RO=27;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00531798;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:37:36:27:28:8:8:0.222222:8:0:0:27:8:0:0:28 chr7 100552659 . T C 66.22 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.871;QD=7.15903;RBI=0.0173661;REFB=-0.0197061;REVB=-0.0173661;RO=26;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0743983;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:37:37:26:27:10:10:0.27027:10:0:0:26:10:0:0:27 chr7 100552673 . C T 34.07 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=30;FWDB=0.00326948;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2247;QD=3.49414;RBI=0.0341381;REFB=0.0133997;REVB=0.0339812;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435021;STB=0.772185;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0564625;OID=.;OPOS=100552673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:40:39:33:33:6:6:0.153846:4:2:3:30:4:2:3:30 chr7 100552675 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=-0.00781428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.532;QD=10.4395;RBI=0.0305585;REFB=-0.0113037;REVB=0.0295425;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10147;STB=0.559916;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0253895;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:11:2:3:24:11:2:3:24 chr7 100552711 . T A 149.25 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0489002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.886;QD=12.9781;RBI=0.0553665;REFB=-0.00166462;REVB=-0.0259657;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139301;STB=0.580557;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00351699;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:7:22:11:6:7:22 chr7 100552713 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00406141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8823;QD=12.4025;RBI=0.0345354;REFB=-0.0163306;REVB=0.0342957;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165552;STB=0.596163;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0151396;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:7:22:10:6:7:22 chr7 100552727 . G C 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0190133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.562;QD=12.8974;RBI=0.0226323;REFB=-0.0165654;REVB=-0.0122767;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996966;STB=0.567012;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0281168;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:11:18:9:8:11:19 chr7 100552738 . CA TG 152.11 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00598979;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.164;QD=12.4173;RBI=0.00599444;REFB=-0.0116274;REVB=0.000235981;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900649;STB=0.542324;STBP=0.656;TYPE=mnp;VARB=0.018152;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:16:17:0.346939:8:8:13:18:9:8:13:19 chr7 100552915 . A C 1825.66 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961726;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.286;QD=61.3667;RBI=0.0106973;REFB=0;REVB=-0.00468405;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09628e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr7 100552984 . T C 249.02 PASS AF=0.28;AO=35;DP=125;FAO=35;FDP=125;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.00158272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9871;QD=7.96857;RBI=0.0653574;REFB=-0.000429097;REVB=0.0653382;RO=90;SAF=20;SAR=15;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871966;STB=0.551694;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00220095;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:90:90:35:35:0.28:15:20:45:45:15:20:45:45 chr7 100553002 . A G 258.81 PASS AF=0.283465;AO=36;DP=127;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0195432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.017;QD=8.15149;RBI=0.030658;REFB=-0.010235;REVB=-0.0236215;RO=88;SAF=24;SAR=12;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206556;STB=0.634332;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0223473;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:88:91:36:36:0.283465:12:24:44:44:12:24:44:47 chr7 100607851 . C G 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00454629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.429;QD=17.1669;RBI=0.0116585;REFB=0.00177;REVB=0.0107355;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195847;STB=0.609791;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00249537;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:12:20:12:17:12:20 chr7 100607871 . C T 265.32 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0220026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.742;QD=17.9879;RBI=0.0220153;REFB=-0.0188883;REVB=-0.000747492;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184015;STB=0.610585;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0138598;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:12:17:11:18:12:17:11:19 chr7 100608370 . A C 142.19 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0279479;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.918;QD=9.64009;RBI=0.028402;REFB=-0.00965009;REVB=-0.00505832;RO=40;SAF=4;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317005;STB=0.690157;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.015367;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:19:19:0.322034:15:4:18:22:15:4:18:22 chr7 100608375 . G A 154.77 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0199915;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.164;QD=10.6734;RBI=0.0207261;REFB=0.000121309;REVB=-0.00546922;RO=38;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248391;STB=0.646901;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000253334;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:15:5:17:21:15:5:17:21 chr7 100608823 . G T 306.38 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00967885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.592;QD=17.761;RBI=0.0103098;REFB=-0.0387272;REVB=-0.00355127;RO=32;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176949;STB=0.566889;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0180072;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:32:36:33:33:0.478261:15:18:11:21:15:18:15:21 chr7 100608826 . C G 272.09 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0509713;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.835;QD=16.0054;RBI=0.0677686;REFB=-0.0729081;REVB=0.0446599;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137216;STB=0.559964;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.101955;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:35:32:33:0.485294:14:18:15:21:15:18:15:20 chr7 100608868 . A G 236.39 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00501163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2174;QD=18.5403;RBI=0.0186183;REFB=-0.0393413;REVB=-0.0179312;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073882;STB=0.529757;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0501632;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:11:13:12:14:12:13:12:14 chr7 100608884 . G A 193.94 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0517768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0655;QD=16.8646;RBI=0.0517942;REFB=-0.0274999;REVB=-0.00134546;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398935;STB=0.521717;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0507304;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:20:20:0.434783:10:10:11:13:10:10:12:14 chr7 100610069 . C T 452.7 PASS AF=0.646154;AO=41;DP=64;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0159578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.687;QD=27.8583;RBI=0.0162398;REFB=-0.02179;REVB=-0.00301371;RO=23;SAF=18;SAR=23;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151844;STB=0.585235;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.010063;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:23:23:41:42:0.646154:23:18:5:18:23:19:5:18 chr7 100612898 . T C 75.79 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0149533;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.92;QD=5.83013;RBI=0.0189748;REFB=0.00321538;REVB=-0.0116808;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216089;STB=0.564343;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0136839;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:53:52:33:41:11:11:0.211538:6:5:21:12:6:5:22:19 chr7 100612945 . C T 72.58 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0150439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.548;QD=5.37618;RBI=0.0184052;REFB=-0.0125461;REVB=-0.0106034;RO=43;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985118;STB=0.563643;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0273758;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:5:6:20:23:5:6:20:23 chr7 100612952 . G A 41.16 PASS AF=0.163265;AO=7;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0336648;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.937;QD=3.35989;RBI=0.0417717;REFB=-0.00639815;REVB=0.0247297;RO=40;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144913;STB=0.634184;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0894962;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:49:40:41:7:8:0.163265:3:4:18:22:3:5:19:22 chr7 100612955 . A ACTG,G 52.87 PASS AF=0.14,0.04;AO=7,2;DP=50;FAO=7,2;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4,2;FSAR=3,0;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0141644,-0.046711;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=224.389,93.4262;QD=4.22981;RBI=0.0192627,0.0651519;REFB=-0.000165391,-0.00517157;REVB=-0.0130546,-0.0454186;RO=40;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144913,0.437383;STB=0.591456,0.995157;STBP=0.627,0.114;TYPE=ins,snp;VARB=0.0079318,0.0537198;OID=.,.;OPOS=100612956,100612955;OREF=-,A;OALT=CTG,G;OMAPALT=ACTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:50:50:40:41:7,2:7,2:0.14,0.04:3,0:4,2:18:22:3,0:4,2:19:22 chr7 100612961 . G C 60.44 PASS AF=0.191489;AO=10;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00583198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.632;QD=5.1442;RBI=0.0247408;REFB=0.000828616;REVB=-0.0240436;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202203;STB=0.694023;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0147045;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:47:47:37:38:10:9:0.191489:4:6:16:21:3:6:16:22 chr7 100612969 . A G 60.0 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0348323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.017;QD=5.85339;RBI=0.0352038;REFB=-0.00298991;REVB=-0.00510063;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313492;STB=0.71829;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0213965;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:41:30:32:9:9:0.219512:3:6:12:18:3:6:12:20 chr7 100615387 . C T 64.83 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0573043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9605;QD=3.55236;RBI=0.0645679;REFB=0.00283828;REVB=-0.0297528;RO=61;SAF=5;SAR=7;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17374;STB=0.616062;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0129782;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:61:61:12:12:0.164384:7:5:34:27:7:5:34:27 chr7 100615445 . A G 51.22 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0336024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0648;QD=2.32823;RBI=0.0364431;REFB=-0.00436202;REVB=-0.014106;RO=77;SAF=3;SAR=8;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28897;STB=0.708474;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0539965;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:77:77:11:11:0.125:8:3:39:38:8:3:39:38 chr7 100615449 . C G 37.56 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0517005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1541;QD=1.70745;RBI=0.0517072;REFB=0.00209921;REVB=0.000835989;RO=78;SAF=1;SAR=8;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485743;STB=0.87871;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.039727;OID=.;OPOS=100615449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:78:79:9:9:0.102273:8:1:40:38:8:1:41:38 chr7 100615453 . TG CC 37.28 PASS AF=0.101124;AO=9;DP=89;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0138466;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.007;QD=1.67549;RBI=0.0148775;REFB=-0.000869904;REVB=-0.00544165;RO=80;SAF=1;SAR=8;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482969;STB=0.876412;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0078472;OID=.;OPOS=100615453;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:80:80:9:9:0.101124:8:1:41:39:8:1:41:39 chr7 100624718 . G C 908.92 PASS AF=0.985294;AO=63;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8602;QD=53.4658;RBI=0.114189;REFB=-0.0871656;REVB=0.112306;RO=5;SAF=23;SAR=40;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248447;STB=0.505745;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00722513;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:5:1:63:67:0.985294:40:23:1:4:43:24:0:1 chr7 100634476 . C G 263.14 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0759453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2411;QD=47.8441;RBI=0.110923;REFB=-0.111923;REVB=0.0808466;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.01055;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr7 100634640 . T G 504.89 PASS AF=0.840909;AO=36;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0545733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.053;QD=45.8987;RBI=0.0742746;REFB=-0.0614427;REVB=0.0503832;RO=6;SAF=20;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300162;STB=0.523917;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00250845;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:44:44:6:7:36:37:0.840909:16:20:4:2:16:21:5:2 chr7 100634933 . G C 42.53 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0216048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.549;QD=4.86065;RBI=0.0230127;REFB=-0.0338267;REVB=-0.00792557;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635029;STB=0.557213;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0537138;OID=.;OPOS=100634933;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:7:7:0.2:3:4:14:13:3:4:14:14 chr7 100634964 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.174;QD=51.9167;RBI=0.00934621;REFB=0;REVB=0.00855206;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59e-05;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr7 100635015 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0164603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.602;QD=8.81193;RBI=0.021285;REFB=-0.00671293;REVB=-0.0134948;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406483;STB=0.52495;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0151251;OID=.;OPOS=100635015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:10:13:6:4:10:13 chr7 100635375 . A C 708.59 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.092;QD=62.9859;RBI=0.12641;REFB=0;REVB=0.0136399;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279427;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:25:18:0:0:25:20:0:0 chr7 100635591 . C A 806.17 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.266;QD=55.5976;RBI=0.042294;REFB=-0.143599;REVB=0.0241699;RO=1;SAF=9;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115243;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:1:0:57:58:1:48:9:1:0:48:10:0:0 chr7 100635661 . T C 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.551;QD=62.1604;RBI=0.0206918;REFB=0;REVB=0.00194497;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91564e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr7 100635679 . C G 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.222;QD=60.3489;RBI=0.05495;REFB=0;REVB=0.0415892;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116868;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:60:50:0:0:60:50:0:0 chr7 100635954 . A G 126.25 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=0.0343686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6834;QD=6.6448;RBI=0.0617682;REFB=0.00153769;REVB=0.0513236;RO=57;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161019;STB=0.597269;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00777104;OID=.;OPOS=100635954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:11:8:17:40:11:8:17:40 chr7 100635971 . C T 102.67 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0505119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6159;QD=7.08057;RBI=0.0530788;REFB=0.00158263;REVB=0.0163066;RO=43;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176181;STB=0.609344;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00174067;OID=.;OPOS=100635971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:11:4:17:26:11:4:17:26 chr7 100638856 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9568;QD=58.4174;RBI=0.0413608;REFB=0;REVB=0.0225977;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359079;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr7 100639012 . C T 521.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.184;QD=59.5503;RBI=0.211611;REFB=0;REVB=0.0179123;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192349;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:21:11:0:0:21:14:0:0 chr7 100639040 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.608;QD=53.2771;RBI=0.0483387;REFB=0;REVB=-0.00831059;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187529;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr7 100639049 . G C 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.953;QD=51.1661;RBI=0.0139793;REFB=0;REVB=0.00822376;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37524e-05;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr7 100639054 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.493;QD=51.1846;RBI=0.020737;REFB=0;REVB=-0.0116671;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18728e-05;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr7 100639066 . C T 160.22 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6252;QD=45.7777;RBI=0.156964;REFB=0;REVB=0.0285517;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351568;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr7 100643388 . G C 31.75 PASS AF=0.0685714;AO=12;DP=175;FAO=12;FDP=175;FR=.;FRO=163;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=110;FWDB=-0.043333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.132;QD=0.725668;RBI=0.0605831;REFB=-0.00419202;REVB=-0.0423387;RO=157;SAF=5;SAR=7;SRF=52;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100553;STB=0.590172;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0536365;OID=.;OPOS=100643388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:175:175:157:163:12:12:0.0685714:7:5:52:105:7:5:53:110 chr7 100643477 . A C 515.91 PASS AF=0.277154;AO=73;DP=266;FAO=74;FDP=267;FR=.;FRO=193;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=82;FSRR=111;FWDB=-0.00266683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.723;QD=7.72893;RBI=0.0279204;REFB=-0.00967335;REVB=-0.0277927;RO=181;SAF=39;SAR=34;SRF=72;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165465;STB=0.573452;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0231708;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:181:193:73:74:0.277154:34:39:72:109:35:39:82:111 chr7 100643832 . C G 37.85 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=-0.0586296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2953;QD=1.74016;RBI=0.0697933;REFB=-0.00664667;REVB=0.0378639;RO=78;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327969;STB=0.734865;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0664962;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:78:78:9:9:0.103448:4:5:22:56:4:5:22:56 chr7 100643843 . G A 128.81 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.0322613;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.065;QD=6.96277;RBI=0.0367003;REFB=-0.0112596;REVB=-0.0174962;RO=51;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185507;STB=0.579539;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0373365;OID=.;OPOS=100643843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:51:55:19:19:0.256757:12:7:12:39:12:7:15:40 chr7 100643876 . C T 45.09 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.00818278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7101;QD=2.65235;RBI=0.0107975;REFB=0.0108417;REVB=-0.0070447;RO=59;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30533;STB=0.709377;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0689658;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:4:5:18:41:4:5:18:41 chr7 100647819 . C T 715.92 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.045;QD=60.9292;RBI=0.061061;REFB=-0.149072;REVB=0.0483289;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0013043;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:24:21:1:0:24:22:1:0 chr7 100647875 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.86;QD=57.1062;RBI=0.0401111;REFB=0;REVB=-1.13396e-05;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2531e-05;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr7 100647920 . A C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6674;QD=61.3339;RBI=0.0785137;REFB=0;REVB=0.0559387;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169446;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr7 100648029 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4753;QD=51.914;RBI=0.110496;REFB=0;REVB=-0.108261;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188235;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr7 100648117 . C G 186.14 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516881;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1102;QD=43.7966;RBI=0.0594264;REFB=-0.114731;REVB=0.029323;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0217221;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chr7 100675976 . G A 158.23 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0232832;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.121;QD=15.823;RBI=0.0236075;REFB=-0.0285584;REVB=-0.00389951;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211591;STB=0.512181;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.023791;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:17:17:0.425:7:10:14:9:7:10:14:9 chr7 100677642 . C T 251.64 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00051665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.553;QD=18.9913;RBI=0.0178739;REFB=-0.0119697;REVB=0.0178665;RO=26;SAF=20;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046791;STB=0.532139;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0125652;OID=.;OPOS=100677642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:6:20:19:7:6:21:19:7 chr7 100678086 . T C 708.4 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4348;QD=62.9685;RBI=0.0665893;REFB=0;REVB=-0.0469428;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012439;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:14:31:0:0 chr7 100679902 . A G 106.5 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.113053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9794;QD=12.1714;RBI=0.144679;REFB=-0.0302144;REVB=-0.0902831;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272451;STB=0.516104;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0524342;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:13:9:5:8:13:9 chr7 100681359 . C G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0214148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1669;QD=16.3859;RBI=0.0566412;REFB=0.0257564;REVB=0.052437;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144653;STB=0.58423;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0372993;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:5:3:5:4:5:3 chr7 100681762 . A G 194.95 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0335308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.158;QD=17.3291;RBI=0.0377736;REFB=-0.0307332;REVB=-0.0173934;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136729;STB=0.567499;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0123159;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:20:20:0.444444:12:8:13:11:12:8:13:12 chr7 100692680 . T G 643.91 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00318481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.747;QD=19.5125;RBI=0.00929088;REFB=0.00308944;REVB=-0.00872797;RO=67;SAF=31;SAR=34;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406944;STB=0.522465;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00446113;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:34:31:29:38:34:31:29:38 chr7 100701610 . T A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00246703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.947;QD=10.0752;RBI=0.0423514;REFB=-0.0151838;REVB=-0.0422795;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467468;STB=0.781938;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0109569;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:4:10:2:6:4:10 chr7 100731505 . C G 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00465663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.398;QD=12.8598;RBI=0.0154459;REFB=-0.0226694;REVB=-0.0147273;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0256106;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr7 100731829 . T C 469.73 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00747284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.658;QD=20.6474;RBI=0.0118148;REFB=-0.0297199;REVB=0.00915134;RO=45;SAF=33;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242499;STB=0.634884;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0314777;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:13:33:21:24:13:33:21:24 chr7 100817901 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.858;QD=58.4197;RBI=0.0515159;REFB=0;REVB=-0.00108476;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45654e-05;OID=.;OPOS=100817901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr7 100845051 . C T 1413.3 PASS AF=0.989691;AO=88;DP=91;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.125428;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6404;QD=58.2805;RBI=0.128841;REFB=-0.102705;REVB=0.0294598;RO=2;SAF=68;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013734;STB=0.503267;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00853359;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:97:2:1:88:96:0.989691:20:68:2:0:20:76:1:0 chr7 100850135 . C T 472.2 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0112485;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.873;QD=16.0067;RBI=0.0310635;REFB=-0.022874;REVB=-0.0289554;RO=65;SAF=24;SAR=28;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136978;STB=0.571957;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0375188;OID=.;OPOS=100850135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:65:66:52:52:0.440678:28:24:39:26:28:24:39:27 chr7 100883011 . AGGGGGA AGGGGA,AGGGGAG,GAGGGGA 39.69 PASS AF=0.20202,0,0;AO=24,4,5;DP=99;FAO=20,0,0;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=7,0,0;FSAR=13,0,0;FSRF=63;FSRR=16;FWDB=0.0216055,-0.0674073,0.0107702;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=10.5102,24.7068,67.3713;QD=1.60355;RBI=0.131825,0.185813,0.0731788;REFB=-0.101698,-0.0546953,-0.0120539;REVB=-0.130042,-0.173155,-0.0723819;RO=56;SAF=14,3,0;SAR=10,1,5;SRF=44;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.264134,-0.0506704,-0.715023;STB=0.817376,0.5,0.5;STBP=0.014,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.108137,0.111055,0;OID=.,.,.;OPOS=100883012,100883016,100883011;OREF=G,GA,AG;OALT=-,AG,GA;OMAPALT=AGGGGA,AGGGGAG,GAGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:99:99:56:79:24,4,5:20,0,0:0.20202,0,0:10,1,5:14,3,0:44:12:13,0,0:7,0,0:63:16 chr7 100953879 . G A 421.32 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0141234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2398;QD=19.5963;RBI=0.0419824;REFB=-0.0189491;REVB=-0.0395355;RO=41;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350705;STB=0.524065;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0245834;OID=.;OPOS=100953879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:43:42:43:0.5:24:18:16:25:25:18:16:27 chr7 101006376 . C T 545.31 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.465;QD=57.4008;RBI=0.114081;REFB=-0.16216;REVB=0.0248205;RO=1;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492024;STB=0.526301;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0026581;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:9:28:0:1:9:28:0:1 chr7 101006382 . C T 555.84 PASS AF=0.95;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.130624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2242;QD=55.5841;RBI=0.183717;REFB=-0.0742975;REVB=0.129187;RO=2;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847389;STB=0.54543;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00780827;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:40:2:2:35:38:0.95:10:25:0:2:10:28:0:2 chr7 101200669 . A AG 462.85 PASS AF=1;AO=53;DP=68;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626707;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=9.14817;QD=28.928;RBI=0.137099;REFB=0;REVB=-0.121936;RO=8;SAF=22;SAR=31;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00240211;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:68:64:64:0:26:38:0:0:11:8:22:31:6:2 chr7 101200727 . G A 221.43 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0350377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.978;QD=12.3016;RBI=0.0369579;REFB=-0.0130231;REVB=0.0117576;RO=41;SAF=6;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36389;STB=0.725575;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0429949;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:45:27:27:0.375:21:6:22:19:21:6:25:20 chr7 101201195 . C T 262.54 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0111059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.334;QD=15.0025;RBI=0.0259463;REFB=-0.00605765;REVB=-0.0234493;RO=39;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00260719;STB=0.504851;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00769839;OID=.;OPOS=101201195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:13:17:22:17:13:17:23:17 chr7 101286843 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0670593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.35;QD=14.6521;RBI=0.0672536;REFB=-0.00479614;REVB=0.00510836;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00586426;OID=.;OPOS=101286843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr7 101575894 . C T 380.45 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00842194;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1161;QD=13.0069;RBI=0.0135827;REFB=-0.0108264;REVB=-0.0106565;RO=65;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125345;STB=0.506836;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0272166;OID=.;OPOS=101575894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:65:72:45:45:0.384615:23:22:31:34:23:22:36:36 chr7 101892833 . C T 871.21 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.028584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5197;QD=56.2074;RBI=0.0294619;REFB=0.0183696;REVB=0.00713838;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00202423;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:37:24:0:0:37:24:0:1 chr7 101893332 . GA AA,AG 113.85 PASS AF=0.0681818,0.227273;AO=6,10;DP=44;FAO=3,10;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=2,3;FSAR=1,7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0204722,0.0571858;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=102.07,32.5088;QD=10.35;RBI=0.0207011,0.0955358;REFB=-0.015632,0.00414146;REVB=-0.00307,0.0765302;RO=24;SAF=3,3;SAR=3,7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.04918,-0.282276;STB=0.639056,0.667997;STBP=0.667,0.269;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0386169,-0.0356734;OID=.,.;OPOS=101893332,101893332;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:44:44:24:31:6,10:3,10:0.0681818,0.227273:3,7:3,3:13:11:1,7:2,3:16:15 chr7 101916647 . A G 376.3 PASS AF=0.673913;AO=30;DP=45;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00828988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.233;QD=32.7216;RBI=0.0261972;REFB=0.0074988;REVB=-0.024851;RO=15;SAF=23;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288919;STB=0.512187;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00316127;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:15:30:31:0.673913:7:23:12:3:7:24:12:3 chr7 101928495 . G C 1154.67 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.482;QD=60.7719;RBI=0.100355;REFB=0;REVB=0.0357219;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160944;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:38:33:0:0:39:37:0:0 chr7 102038153 . CTGTGTG CGTG,C,CTG 239.07 PASS AF=0,0.157895,0.842105;AO=2,2,6;DP=15;FAO=0,3,16;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,7;FSAR=0,2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045605,0.0196468,0.049698;FXX=0.0951928;HRUN=1,1,1;LEN=3,6,4;MLLD=95.0138,71.086,105.435;QD=50.3302;RBI=0.106902,0.0556054,0.127488;REFB=0,0,0;REVB=0.0966864,-0.0520188,0.117402;RO=0;SAF=0,1,4;SAR=2,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.104425,0.00825544;OID=.,.,.;OPOS=102038154,102038154,102038154;OREF=TGT,TGTGTG,TGTG;OALT=-,-,-;OMAPALT=CGTG,C,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.157895,0.842105:2,2,6:15:0,3,16:19:0:0,1,7:0,2,9:0:0:14:0:0,1,4:2,1,2:0:0 chr7 102063527 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.22;QD=55.0981;RBI=0.0403054;REFB=0;REVB=-0.0101461;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366448;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr7 102065651 . C T 267.59 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0165853;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.377;QD=15.7405;RBI=0.016613;REFB=-0.0276311;REVB=-0.000958943;RO=37;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330803;STB=0.679493;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0332298;OID=.;OPOS=102065651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:37:38:30:30:0.441176:20:10:25:12:20:10:25:13 chr7 102066186 . C CG 40.35 PASS AF=0.25641;AO=12;DP=40;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0174872;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.1167;QD=4.13862;RBI=0.022592;REFB=-0.0115496;REVB=-0.0143038;RO=28;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401745;STB=0.713815;STBP=0.148;TYPE=ins;VARB=0.185981;OID=.;OPOS=102066187;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641:12:40:10:39:29:8:2:16:13:40:28:10:2:15:13 chr7 102066539 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.794;QD=40.7628;RBI=0.0679084;REFB=0;REVB=0.0643526;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124565;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 102107848 . C T 375.38 PASS AF=0.421053;AO=38;DP=94;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0110371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.021;QD=15.8057;RBI=0.0252759;REFB=-0.0235299;REVB=-0.0227388;RO=55;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20692;STB=0.599952;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0274142;OID=.;OPOS=102107848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:55:55:38:40:0.421053:18:20:18:37:20:20:18:37 chr7 102111936 . G A 462.59 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0310707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.634;QD=19.0759;RBI=0.031242;REFB=-0.0319632;REVB=-0.00326745;RO=51;SAF=25;SAR=20;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108958;STB=0.565984;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0288507;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:45:46:0.474227:20:25:34:17:21:25:34:17 chr7 102112704 . G A 616.75 PASS AF=0.618557;AO=51;DP=89;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=5;FWDB=0.0255529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8847;QD=25.4332;RBI=0.115486;REFB=-0.0343899;REVB=0.112624;RO=38;SAF=39;SAR=12;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088577;STB=0.595181;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0461858;OID=.;OPOS=102112704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:97:38:37:51:60:0.618557:12:39:32:6:21:39:32:5 chr7 102112980 . G A 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9187;QD=39.1868;RBI=0.114965;REFB=0;REVB=0.114893;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00736134;OID=.;OPOS=102112980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 102119322 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.384;QD=59.0174;RBI=0.0500108;REFB=0;REVB=0.00914773;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174351;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr7 102212939 . G C 132.23 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0333851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.519;QD=12.021;RBI=0.0372563;REFB=-0.0136549;REVB=0.0165369;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773426;STB=0.51218;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0154461;OID=.;OPOS=102212939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:15:16:0.363636:6:9:18:9:6:10:18:10 chr7 102235769 . T C 99.06 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0438454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.948;QD=26.4159;RBI=0.106919;REFB=-0.0253737;REVB=0.097515;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591994;STB=0.533274;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0138476;OID=.;OPOS=102235769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:3:1:4:7:3:1 chr7 102319015 . G T 162.21 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0131416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.69;QD=12.0156;RBI=0.0189703;REFB=-0.00772639;REVB=0.013681;RO=34;SAF=16;SAR=4;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141752;STB=0.583243;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0126473;OID=.;OPOS=102319015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:4:16:24:10:4:16:24:10 chr7 102389833 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=6;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.776;QD=43.4862;RBI=0.0431341;REFB=0;REVB=0.0191563;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435509;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:6:12:1:3:3:0:0:3:9:0:0 chr7 102417753 . T G 53.39 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00701745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.698;QD=3.23573;RBI=0.007094;REFB=-0.0100201;REVB=0.00103929;RO=56;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208467;STB=0.642579;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0302384;OID=.;OPOS=102417753;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:6:4:32:24:6:4:32:24 chr7 102462549 . G A 613.21 PASS AF=0.420732;AO=69;DP=164;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=-0.0167295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.038;QD=14.9563;RBI=0.0170669;REFB=-0.00755234;REVB=-0.003377;RO=95;SAF=41;SAR=28;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178763;STB=0.600042;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.012027;OID=.;OPOS=102462549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:95:95:69:69:0.420732:28:41:40:55:28:41:40:55 chr7 102574999 . TGAA T 1151.61 PASS AF=1;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202246;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=3;MLLD=336.309;QD=60.6109;RBI=0.051654;REFB=0;REVB=0.0516144;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.41666e-05;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:79:76:76:0:48:28:0:0:6:0:48:27:0:0 chr7 102668001 . A C 1132.39 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00194764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.657;QD=58.8252;RBI=0.0296231;REFB=-0.00700787;REVB=0.029559;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133266;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000198389;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:35:40:0:1:36:40:0:1 chr7 102740683 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00656647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.88;QD=54.8826;RBI=0.0250882;REFB=-0.0328377;REVB=-0.0242136;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=4.63874e-05;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:0:1:29:25:0:1 chr7 102742144 . C T 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.147;QD=64.4092;RBI=0.0422703;REFB=0;REVB=0.00110621;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172221;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr7 102743893 . C T 804.79 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0459;QD=64.3831;RBI=0.0644225;REFB=0;REVB=0.00763635;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640589;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr7 102948040 . T C 1089.87 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.013759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.361;QD=55.1835;RBI=0.0155577;REFB=-0.216291;REVB=0.00726158;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114011;STB=0.52325;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00138821;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:79:79:1:4:75:75:0.949367:34:41:1:0:34:41:4:0 chr7 102952651 . T C 327.76 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0096407;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5043;QD=12.2527;RBI=0.025084;REFB=-0.00775851;REVB=0.0231573;RO=67;SAF=17;SAR=23;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583964;STB=0.533348;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0147978;OID=.;OPOS=102952651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:67:67:40:40:0.373832:23:17:32:35:23:17:32:35 chr7 103007949 . A C 1659.61 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000103509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.551;QD=60.3496;RBI=0.0207956;REFB=0;REVB=0.0207953;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96713e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:45:63:0:0:47:63:0:0 chr7 103073964 . T C 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00373217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.557;QD=12.0823;RBI=0.021474;REFB=-0.000204069;REVB=0.0211472;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14137;STB=0.582198;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000483257;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:14:7:16:19:14:7:16:19 chr7 103073979 . G C 227.75 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0426406;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6232;QD=15.7068;RBI=0.0548239;REFB=-0.00323308;REVB=-0.0344593;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592558;STB=0.542862;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.012402;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:32:26:26:0.448276:15:11:15:16:15:11:16:16 chr7 103073993 . T C 230.94 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00273564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.307;QD=16.4956;RBI=0.014655;REFB=-0.0162604;REVB=-0.0143974;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737818;STB=0.541634;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0172123;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:15:15:15:11:15:15 chr7 103124785 . T C 204.16 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00938828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.623;QD=10.4696;RBI=0.00951976;REFB=-0.000837726;REVB=0.0015767;RO=50;SAF=14;SAR=12;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705525;STB=0.538893;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00148623;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:52:26:26:0.333333:12:14:30:20:12:14:31:21 chr7 103155705 . A G 407.78 PASS AF=0.639344;AO=38;DP=60;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00329174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.517;QD=26.7398;RBI=0.0753421;REFB=-0.0347137;REVB=-0.0752702;RO=22;SAF=25;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143709;STB=0.581352;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0158542;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:22:22:38:39:0.639344:13:25:10:12:13:26:10:12 chr7 103180872 . A G 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0102643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.335;QD=13.3341;RBI=0.0118458;REFB=-0.0126169;REVB=0.00591334;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121267;STB=0.569179;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0297304;OID=.;OPOS=103180872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:24:15:13:13:24:15 chr7 103389954 . A G 277.71 PASS AF=0.383721;AO=30;DP=85;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0883106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.4539;QD=12.9169;RBI=0.088513;REFB=-0.0242035;REVB=0.00598286;RO=55;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136496;STB=0.5499;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0345206;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:53:30:33:0.383721:16:14:25:30:16:17:23:30 chr7 104263425 . T C 270.02 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.01;QD=51.4326;RBI=0.0927989;REFB=0;REVB=0.0217821;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551551;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chr7 104536783 . C T 253.64 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0566699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.2;QD=17.4924;RBI=0.0626518;REFB=-0.0159988;REVB=0.0267165;RO=30;SAF=2;SAR=26;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303868;STB=0.675167;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0164135;OID=.;OPOS=104536783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:26:2:6:24:26:2:6:24 chr7 104758250 . T C 717.64 PASS AF=0.482993;AO=70;DP=146;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.014753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5388;QD=19.5275;RBI=0.0363601;REFB=-0.00300415;REVB=-0.0332327;RO=76;SAF=42;SAR=28;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772342;STB=0.507297;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00376152;OID=.;OPOS=104758250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:76:76:70:71:0.482993:28:42:45:31:28:43:45:31 chr7 104785779 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.026;QD=49.5992;RBI=0.00553102;REFB=0;REVB=0.00150261;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86769e-05;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr7 105103134 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0100888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.561;QD=13.6609;RBI=0.0135336;REFB=-0.0184263;REVB=0.00902075;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122488;STB=0.571329;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0256499;OID=.;OPOS=105103134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:13:8:7:7:13:8 chr7 105246821 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.022362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.406;QD=18.767;RBI=0.0479058;REFB=-0.0353073;REVB=0.0423664;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00223948;OID=.;OPOS=105246821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:3:3:0:2:3:3:1:2 chr7 105668105 . TAAAAAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAAAGT,TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAG,TAAATAAAAAAAAAG,TTAAAAAAAAAAAAG 299.81 PASS AF=0.0350877,0,0,0.824561,0.140351,0;AO=3,3,7,8,5,6;DP=49;FAO=2,0,0,47,8,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,0,21,0,0;FSAR=0,0,0,26,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477596,-0.128641,-0.147878,-0.0860352,-0.00829248,-0.209089;FXX=0.0806322;HRUN=13,13,13,13,13,13;LEN=2,2,2,3,1,1;MLLD=63.586,9.5023,6.62688,8.70777,122.613,9.75698;QD=21.0395;RBI=0.0494073,0.275109,0.273582,0.174456,0.0479185,0.356207;REFB=-0.0296561,-0.163086,-0.213637,-0.186815,-0.0533746,-0.170234;REVB=0.0126531,0.24318,0.230172,0.151765,0.0471955,0.288384;RO=1;SAF=1,2,3,3,0,5;SAR=2,1,4,5,5,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0.163246,0.266641,0.0971198,0.080241,0,0.281147;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,del,snp,snp;VARB=-0.273996,-0.0265693,0.269683,-0.054088,0.0263515,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=105668118,105668118,105668106,105668106,105668109,105668106;OREF=AG,AG,AA,AAA,A,A;OALT=GA,GT,-,-,T,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAAAGT,TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAG,TAAATAAAAAAAAAG,TTAAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/5:0.0350877,0,0,0.824561,0.140351,0:3,3,7,8,5,6:49:2,0,0,47,8,0:57:0:2,0,0,21,0,0:0,0,0,26,8,0:0:0:47:1:1,2,3,3,0,5:2,1,4,5,5,1:0:1 chr7 105671267 . T C 711.41 PASS AF=0.496454;AO=69;DP=140;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.018604;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.751;QD=20.1818;RBI=0.0186285;REFB=-0.0172309;REVB=0.000954965;RO=71;SAF=34;SAR=35;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776237;STB=0.539013;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.024104;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:71:71:69:70:0.496454:35:34:29:42:36:34:29:42 chr7 105848638 . T C 248.29 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0222752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.6;QD=16.281;RBI=0.0280706;REFB=-0.023738;REVB=-0.0170813;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119285;STB=0.567293;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0317898;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:17:11:17:16:17:11:17:16 chr7 105903904 . T C 2018.2 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00737021;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.566;QD=60.6978;RBI=0.0701185;REFB=-0.0170273;REVB=0.06973;RO=2;SAF=64;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000327458;STB=0.500172;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00100058;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:133:2:2:131:131:0.984962:67:64:1:1:67:64:1:1 chr7 106508978 . A G 3884.12 PASS AF=0.991903;AO=245;DP=247;FAO=245;FDP=247;FR=.;FRO=2;FSAF=150;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0113161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.282;QD=62.9007;RBI=0.0248756;REFB=-0.0667005;REVB=-0.0221526;RO=2;SAF=150;SAR=95;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00631252;STB=0.503311;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000429344;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:247:247:2:2:245:245:0.991903:95:150:2:0:95:150:2:0 chr7 106508987 . T C 3862.35 PASS AF=1;AO=241;DP=248;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01202;FXX=0.0201605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9711;QD=63.5777;RBI=0.0194465;REFB=-0.0283901;REVB=0.0152868;RO=1;SAF=147;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189607;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:248:243:1:0:241:243:1:94:147:0:1:95:148:0:0 chr7 106513011 . C T 257.34 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0192429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.254;QD=13.7246;RBI=0.0194823;REFB=-0.0145338;REVB=-0.00304464;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823579;STB=0.554311;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0176464;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:12:18:23:21:12:18:23:22 chr7 106799997 . G A 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00509211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.577;QD=18.9992;RBI=0.0143302;REFB=0.00469357;REVB=0.013395;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104816;STB=0.559372;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00578327;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:11:6:8:9:11:6 chr7 106842683 . A ATCTT,T 232.54 PASS AF=0.45283,0.0377358;AO=23,2;DP=53;FAO=24,2;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9,0;FSAR=15,2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00888005,-0.0511254;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=4,1;MLLD=151.878,46.9894;QD=17.5502;RBI=0.0241966,0.0934956;REFB=-0.00473996,0.0234564;REVB=-0.0225083,-0.0782791;RO=27;SAF=9,0;SAR=14,2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.15774,-0.49706;STB=0.596933,0.995209;STBP=0.208,0.099;TYPE=ins,snp;VARB=0.00892232,-0.0213802;OID=.,.;OPOS=106842684,106842683;OREF=-,A;OALT=TCTT,T;OMAPALT=ATCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:23,2:24,2:0.45283,0.0377358:14,2:9,0:15:12:15,2:9,0:15:12 chr7 106897237 . A C 707.77 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.0539869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.28;QD=19.9372;RBI=0.070855;REFB=-0.0199902;REVB=0.0458895;RO=71;SAF=38;SAR=32;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198102;STB=0.611897;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0238443;OID=.;OPOS=106897237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:72:70:70:0.492958:32:38:23:48:32:38:23:49 chr7 107002806 . A G 672.79 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00190387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5081;QD=18.5597;RBI=0.00201492;REFB=-0.0146469;REVB=0.000659672;RO=76;SAF=37;SAR=31;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104457;STB=0.554347;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0124728;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:77:68:68:0.468966:31:37:33:43:31:37:34:43 chr7 107208250 . T C 1163.41 PASS AF=1;AO=62;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.757;QD=60.437;RBI=0.0811725;REFB=0;REVB=0.0164187;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535362;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:62:77:1:26:36:0:0:36:41:0:0 chr7 107259721 . T C 578.37 PASS AF=0.435714;AO=60;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=0.00506684;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5293;QD=16.5249;RBI=0.0510334;REFB=-0.017905;REVB=0.0507812;RO=78;SAF=30;SAR=30;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156036;STB=0.584892;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0194591;OID=.;OPOS=107259721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:78:79:60:61:0.435714:30:30:27:51:31:30:27:52 chr7 107414419 . A G 1439.72 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.12;QD=61.2646;RBI=0.0108722;REFB=-0.0367885;REVB=0.0106869;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87955e-05;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:0:0:92:94:1:46:46:0:0:48:46:0:0 chr7 107559911 . G A 1524.94 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157405;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0634;QD=58.6516;RBI=0.0171423;REFB=-0.129261;REVB=-0.00678942;RO=1;SAF=68;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692758;STB=0.503649;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0010578;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:35:68:1:0:35:68:1:0 chr7 107593989 . T C 405.26 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325366;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.55;QD=55.8983;RBI=0.0344601;REFB=0;REVB=-0.0113523;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332367;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr7 107696163 . G A 230.57 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0331714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.621;QD=12.1353;RBI=0.0346915;REFB=-0.00124178;REVB=0.0101569;RO=48;SAF=17;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206388;STB=0.511873;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00308192;OID=.;OPOS=107696163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:11:17:30:18:11:17:30:18 chr7 107746432 . G A 261.53 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0105205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.741;QD=14.5296;RBI=0.0163485;REFB=0.000230321;REVB=0.0125137;RO=42;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248677;STB=0.641414;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000374341;OID=.;OPOS=107746432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:10:20:18:24:10:20:18:24 chr7 107800936 . C T 536.04 PASS AF=0.555556;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0207417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.621;QD=23.8239;RBI=0.0211135;REFB=-0.0202946;REVB=0.00394524;RO=40;SAF=16;SAR=33;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130774;STB=0.564076;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0145663;OID=.;OPOS=107800936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:40:40:49:50:0.555556:33:16:19:21:33:17:19:21 chr7 107818851 . T C 289.47 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0186035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.673;QD=13.9501;RBI=0.0240916;REFB=-0.00666763;REVB=-0.0153074;RO=50;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583003;STB=0.533167;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00988725;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:16:17:23:27:16:17:23:27 chr7 107824678 . A G 291.67 PASS AF=0.350515;AO=33;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=0.0150852;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.428;QD=12.0276;RBI=0.027393;REFB=-0.0261074;REVB=0.0228651;RO=64;SAF=14;SAR=19;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293951;STB=0.662832;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.049076;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:63:33:34:0.350515:19:14:44:20:19:15:44:19 chr7 107824889 . C G 187.02 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0264421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.998;QD=17.3975;RBI=0.0363762;REFB=-0.0254603;REVB=0.0249808;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768877;STB=0.581693;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0447503;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:23:18:20:0.465116:5:13:18:5:7:13:18:5 chr7 107834613 . G C 220.49 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0520075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.742;QD=17.9994;RBI=0.0532801;REFB=-0.0118092;REVB=0.0115755;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351417;STB=0.519982;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0160988;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:12:15:13:9:12:15 chr7 107834734 . C T 241.77 PASS AF=0.336957;AO=29;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0069169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.292;QD=10.5118;RBI=0.0423331;REFB=-0.0186038;REVB=-0.0417642;RO=62;SAF=19;SAR=10;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239086;STB=0.624918;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0394445;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:62:61:29:31:0.336957:10:19:28:34:11:20:28:33 chr7 107838464 . G T 447.26 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.013723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.943;QD=18.4439;RBI=0.0814842;REFB=-0.00385982;REVB=-0.0803203;RO=52;SAF=28;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456607;STB=0.525494;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00367093;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:17:28:30:22:17:28:30:22 chr7 107849908 . G A 518.34 PASS AF=0.430556;AO=56;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00881352;FXX=0.0588197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.511;QD=14.3982;RBI=0.0220436;REFB=-0.00301515;REVB=-0.020205;RO=67;SAF=35;SAR=21;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147161;STB=0.536992;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00551688;OID=.;OPOS=107849908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:67:82:56:62:0.430556:21:35:32:35:27:35:41:41 chr7 107875170 . T C 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00525283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.704;QD=18.6874;RBI=0.0061954;REFB=-0.00402902;REVB=-0.00328494;RO=50;SAF=23;SAR=27;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11041;STB=0.569008;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00243176;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:52:50:50:0.490196:27:23:17:33:27:23:17:35 chr7 108212353 . G A 1324.26 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0596932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.056;QD=60.8855;RBI=0.0609434;REFB=0.00530985;REVB=0.0122806;RO=1;SAF=40;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116972;STB=0.506171;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000104494;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:46:40:1:0:46:40:1:0 chr7 111617088 . G A 226.4 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0220486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.218;QD=17.0866;RBI=0.0221454;REFB=-0.00187674;REVB=0.00206811;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324497;STB=0.682212;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00237494;OID=.;OPOS=111617088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:9:16:8:20:9:16:8:20 chr7 112097121 . C T 361.35 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00543916;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.381;QD=15.0562;RBI=0.0075295;REFB=-0.0103828;REVB=0.00520662;RO=56;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587222;STB=0.538442;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0138245;OID=.;OPOS=112097121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:56:57:39:39:0.40625:18:21:27:29:18:21:27:30 chr7 112107999 . T C 417.98 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00298194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0816;QD=19.9039;RBI=0.0148663;REFB=0.0165177;REVB=0.0145642;RO=41;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11066;STB=0.547922;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0127092;OID=.;OPOS=112107999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:42:41:42:0.5:24:17:22:19:24:18:22:20 chr7 112722278 . A AC,C 473.88 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=9,18;DP=34;FAO=6,28;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=4,14;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367304,0.0578728;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=109.525,113.256;QD=55.7507;RBI=0.0390264,0.0583558;REFB=0,0;REVB=-0.0131884,-0.00749304;RO=0;SAF=7,8;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0325485,-0.00115147;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:34:34:0:0:9,18:6,28:0.176471,0.823529:2,10:7,8:0:0:2,14:4,14:0:0 chr7 112724417 . A G 905.87 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6887;QD=56.6165;RBI=0.0466496;REFB=-0.123882;REVB=0.0281391;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00277454;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:32:31:0:0:32:31:1:0 chr7 112724525 . A G 753.48 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000197387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.944;QD=61.5088;RBI=0.0162443;REFB=-0.087295;REVB=0.0162431;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00153477;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:0:1:26:22:0:1 chr7 113518262 . C T 505.71 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0184158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7126;QD=16.3132;RBI=0.0516232;REFB=-0.00465256;REVB=-0.0482267;RO=69;SAF=36;SAR=19;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167426;STB=0.593734;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00939811;OID=.;OPOS=113518262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:19:36:34:35:19:36:34:35 chr7 113518434 . C A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0682145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.066;QD=16.7274;RBI=0.0703796;REFB=-0.00688063;REVB=0.0173226;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332511;STB=0.692054;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00675709;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:11:8:12:4:11:8 chr7 113518502 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.106;QD=57.0006;RBI=0.0160007;REFB=0;REVB=0.000406559;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42452e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr7 113518600 . T C 561.8 PASS AF=0.472;AO=58;DP=124;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00165283;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.744;QD=17.9777;RBI=0.0080035;REFB=-0.0074475;REVB=0.00783097;RO=65;SAF=35;SAR=23;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15088;STB=0.573745;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00785823;OID=.;OPOS=113518600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:65:66:58:59:0.472:23:35:29:36:24:35:30:36 chr7 113519719 . A T 1627.74 PASS AF=1;AO=96;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.448;QD=59.7335;RBI=0.0228178;REFB=0;REVB=0.0119243;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248272;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:96:109:1:47:49:0:0:51:58:0:0 chr7 113519796 . C T 1491.6 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8185;QD=63.4724;RBI=0.0421471;REFB=0;REVB=-0.0276292;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001425;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr7 114296545 . A C 211.69 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0367492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3296;QD=10.0805;RBI=0.045917;REFB=-0.00972726;REVB=0.0275293;RO=55;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527638;STB=0.51514;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0200326;OID=.;OPOS=114296545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:55:57:27:27:0.321429:16:11:20:35:16:11:22:35 chr7 114296590 . A C 427.49 PASS AF=0.602941;AO=39;DP=66;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0774781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.227;QD=25.1463;RBI=0.0809545;REFB=0.000159471;REVB=-0.0234688;RO=26;SAF=10;SAR=29;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146212;STB=0.552583;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0001291;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:26:27:39:41:0.602941:29:10:11:15:29:12:11:16 chr7 114619598 . C A 454.81 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.59;QD=56.8514;RBI=0.00850779;REFB=0;REVB=-0.000719948;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60725e-05;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:8:23:0:0:9:23:0:0 chr7 115578124 . G T 344.44 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00578776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3596;QD=17.893;RBI=0.0787481;REFB=-0.00461596;REVB=-0.0785351;RO=40;SAF=12;SAR=24;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339878;STB=0.692418;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00708229;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:40:36:37:0.480519:24:12:28:12:25:12:28:12 chr7 115889369 . G T 593.1 PASS AF=0.402367;AO=68;DP=169;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0287902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7051;QD=14.0378;RBI=0.0295215;REFB=0.0040093;REVB=-0.00652986;RO=101;SAF=34;SAR=34;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157798;STB=0.508873;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00583674;OID=.;OPOS=115889369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:101:101:68:68:0.402367:34:34:49:52:34:34:49:52 chr7 115892650 . T G 436.36 PASS AF=0.4;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.015924;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.599;QD=13.9634;RBI=0.0186268;REFB=0.00163376;REVB=0.0096635;RO=75;SAF=23;SAR=27;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152437;STB=0.585667;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00255835;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:75:75:50:50:0.4:27:23:24:51:27:23:24:51 chr7 115897392 . G C 503.92 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=0.00113828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.556;QD=14.3978;RBI=0.00804815;REFB=-0.0154873;REVB=-0.00796725;RO=83;SAF=22;SAR=34;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220503;STB=0.627356;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.02569;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:84:56:56:0.4:34:22:50:33:34:22:51:33 chr7 116165360 . A C 223.71 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00717831;FXX=0.0781128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.816;QD=15.1668;RBI=0.0808147;REFB=-0.016371;REVB=-0.0804953;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189013;STB=0.581478;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0273365;OID=.;OPOS=116165360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:59:31:34:25:25:0.423729:9:16:25:6:9:16:26:8 chr7 116165365 . GCCCCT GCCCT,GCCCTC 30.77 PASS AF=0.185185,0.0185185;AO=14,2;DP=57;FAO=10,1;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=8,1;FSAR=2,0;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.082336,-0.0580741;FXX=0.0357079;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.196,59.5942;QD=2.27939;RBI=0.174605,0.083152;REFB=-0.0712183,-0.0140963;REVB=0.153973,0.0595118;RO=34;SAF=11,2;SAR=3,0;SRF=23;SRR=11;SSEN=0.345756,0;SSEP=0,0;SSSB=0.165045,0.372754;STB=0.58928,0.985839;STBP=0.604,0.509;TYPE=del,mnp;VARB=0.135544,0.119087;OID=.,.;OPOS=116165366,116165369;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCT,GCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185,0.0185185:14,2:57:10,1:54:43:8,1:2,0:31:12:25:34:11,2:3,0:23:11 chr7 116165463 . T C 300.74 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.038835;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6821;QD=16.4791;RBI=0.0749345;REFB=-0.0151817;REVB=-0.064086;RO=39;SAF=29;SAR=4;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360794;STB=0.72503;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0241799;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:33:34:0.465753:4:29:25:14:4:30:24:15 chr7 116339672 . C T 327.2 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0105452;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.996;QD=14.7056;RBI=0.0203498;REFB=-0.00232107;REVB=-0.0174044;RO=52;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00686393;STB=0.500963;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00280792;OID=.;OPOS=116339672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:53:36:36:0.404494:15:21:30:22:15:21:31:22 chr7 116397572 . A G 579.26 PASS AF=0.48;AO=59;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0130887;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.842;QD=18.5365;RBI=0.0184932;REFB=-0.0222219;REVB=0.0130646;RO=65;SAF=20;SAR=39;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123199;STB=0.571404;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0211276;OID=.;OPOS=116397572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:59:60:0.48:39:20:30:35:40:20:30:35 chr7 116437606 . G A 968.18 PASS AF=0.531073;AO=94;DP=177;FAO=94;FDP=177;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0043842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.104;QD=21.8798;RBI=0.00448187;REFB=-0.00396608;REVB=0.000930592;RO=83;SAF=45;SAR=49;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275078;STB=0.501505;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0037521;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:83:83:94:94:0.531073:49:45:40:43:49:45:40:43 chr7 116528240 . C T 350.02 PASS AF=0.385321;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00125336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.935;QD=12.8447;RBI=0.0193285;REFB=0.00234038;REVB=-0.0192878;RO=65;SAF=21;SAR=20;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545895;STB=0.546621;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0023655;OID=.;OPOS=116528240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:65:67:41:42:0.385321:20:21:30:35:20:22:30:37 chr7 116595130 . G A 555.37 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00577626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.155;QD=16.9578;RBI=0.0112024;REFB=-0.00660386;REVB=0.00959841;RO=72;SAF=37;SAR=22;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247334;STB=0.637721;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00675276;OID=.;OPOS=116595130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:72:59:59:0.450382:22:37:27:45:22:37:27:45 chr7 116596697 . A G 1982.34 PASS AF=0.992308;AO=127;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106161;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.78;QD=60.9949;RBI=0.0132804;REFB=-0.00530608;REVB=0.00797918;RO=1;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655454;STB=0.503401;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000326866;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:130:1:1:127:129:0.992308:72:55:0:1:73:56:0:1 chr7 116598735 . A G 1880.27 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00131427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.142;QD=60.6537;RBI=0.0412671;REFB=0.000998235;REVB=0.0412462;RO=1;SAF=68;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693583;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=7.9885e-05;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:55:68:1:0:55:68:1:0 chr7 117024820 . T G 205.09 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0408914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0866;QD=15.776;RBI=0.0409452;REFB=-0.016765;REVB=-0.0020988;RO=29;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119426;STB=0.568163;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0268727;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:7:16:17:12:7:16:17:12 chr7 117160988 . A G 227.86 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0103835;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.909;QD=13.4034;RBI=0.0113537;REFB=-0.0161158;REVB=-0.00459227;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08365;STB=0.547791;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0137853;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:41:41:27:27:0.397059:13:14:18:23:13:14:18:23 chr7 117170774 . G A 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0180919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.102;QD=7.71916;RBI=0.0207936;REFB=-0.000487424;REVB=-0.0102498;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260953;STB=0.660527;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00128687;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:5:8:15:23:5:8:15:23 chr7 117188736 . C A 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0247594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.638;QD=2.6721;RBI=0.0247704;REFB=-0.0021116;REVB=-0.000737839;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189707;STB=0.536739;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.01689;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:46:49:7:7:0.125:3:4:27:19:3:4:30:19 chr7 117199533 . G A 480.96 PASS AF=0.377483;AO=57;DP=152;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0053579;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.401;QD=12.7407;RBI=0.00965301;REFB=-0.0070467;REVB=-0.00802954;RO=94;SAF=29;SAR=28;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371146;STB=0.521044;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0116202;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:94:94:57:57:0.377483:28:29:51:43:28:29:51:43 chr7 117235055 . T G 885.32 PASS AF=0.440367;AO=96;DP=217;FAO=96;FDP=218;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.00633353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.696;QD=16.2444;RBI=0.0211248;REFB=5.28972e-06;REVB=0.020153;RO=121;SAF=48;SAR=48;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788501;STB=0.551602;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=1.34047e-05;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:121:122:96:96:0.440367:48:48:70:51:49:47:71:51 chr7 117364775 . G T 431.7 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.019205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.891;QD=22.7208;RBI=0.0192678;REFB=-0.01795;REVB=0.00155403;RO=34;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11383;STB=0.562471;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0134487;OID=.;OPOS=117364775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:18:24:24:10:18:24:24:10 chr7 117825681 . A G 610.93 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=149;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=26;FWDB=0.0117255;FXX=0.0132442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.978;QD=16.4007;RBI=0.0210284;REFB=0.0285903;REVB=-0.0174559;RO=83;SAF=46;SAR=20;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120207;STB=0.506703;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0331433;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:83:83:66:66:0.442953:20:46:57:26:20:46:57:26 chr7 120380961 . ATTTG A,AT 389.74 PASS AF=0.5625,0.0875;AO=32,8;DP=66;FAO=45,7;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=25,1;FSAR=20,6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.025804,0.00771742;FXX=0.0804505;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=105.338,105.28;QD=19.4871;RBI=0.0314772,0.011754;REFB=-0.0332387,-0.027621;REVB=0.0180269,0.00886557;RO=1;SAF=19,2;SAR=13,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0239419,-0.174483;STB=0.548266,0.887902;STBP=0.305,0.038;TYPE=del,del;VARB=0.0440791,0.00468096;OID=.,.;OPOS=120380962,120380963;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625,0.0875:32,8:66:45,7:80:28:25,1:20,6:19:9:99:1:19,2:13,6:1:0 chr7 120428799 . C A 2321.59 PASS AF=0.957576;AO=158;DP=165;FAO=158;FDP=165;FR=.;FRO=7;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00586277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.024;QD=56.2809;RBI=0.0248675;REFB=-0.15854;REVB=0.0241665;RO=3;SAF=84;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048063;STB=0.513887;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00120433;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:165:165:3:7:158:158:0.957576:74:84:2:1:74:84:6:1 chr7 120704289 . C T 1162.93 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.936;QD=60.412;RBI=0.013826;REFB=0;REVB=-0.00367293;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0535e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:26:49:0:0:28:49:0:0 chr7 120740103 . G T 2751.43 PASS AF=0.994382;AO=175;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164515;FXX=0.0111105;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.366;QD=61.8299;RBI=0.0169717;REFB=-0.10504;REVB=-0.00416974;RO=1;SAF=97;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606368;STB=0.503144;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000129443;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:1:1:175:177:0.994382:78:97:0:1:79:98:0:1 chr7 120764477 . G C 650.52 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4095;QD=61.9546;RBI=0.0838365;REFB=0;REVB=0.0640602;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173724;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr7 120765954 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.971;QD=57.3855;RBI=0.0143723;REFB=0;REVB=0.0128119;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53634e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr7 120776097 . C G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=38;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00687407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.399;QD=57.3932;RBI=0.00782181;REFB=0.0238786;REVB=0.003732;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.509799;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-3.96524e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:38:37:0.973684:12:26:0:0:12:25:1:0 chr7 120936006 . G A 231.93 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000248044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.732;QD=14.7254;RBI=0.0163947;REFB=-0.00609639;REVB=-0.0163929;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281902;STB=0.516002;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00827464;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:12:15:19:17:12:15:19:17 chr7 121653486 . C T 282.94 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0117295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.726;QD=23.0973;RBI=0.0125186;REFB=-0.0110328;REVB=-0.00437429;RO=23;SAF=4;SAR=22;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400601;STB=0.72707;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0161728;OID=.;OPOS=121653486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:22:4:12:11:22:4:12:11 chr7 122303321 . C T 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.798;QD=60.0279;RBI=0.0402;REFB=0;REVB=-0.0397016;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90173e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr7 122635024 . C T 558.28 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00560533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.702;QD=23.2616;RBI=0.0785443;REFB=-0.0236509;REVB=-0.0783441;RO=44;SAF=29;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861855;STB=0.547371;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00937735;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:23:29:20:24:23:29:20:24 chr7 122809234 . T C 355.15 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0184441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.01;QD=16.3285;RBI=0.0296047;REFB=-0.0168631;REVB=0.0231572;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674359;STB=0.543455;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0212695;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:49:38:38:0.436782:20:18:26:22:20:18:27:22 chr7 123097468 . T C 458.92 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=11;FWDB=0.018212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.967;QD=18.3569;RBI=0.0246729;REFB=0.00553028;REVB=-0.0166456;RO=54;SAF=34;SAR=12;SRF=43;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749044;STB=0.541601;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00524981;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:12:34:43:11:12:34:43:11 chr7 123119990 . T C 269.0 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00981146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.626;QD=11.6957;RBI=0.0240298;REFB=-0.00253899;REVB=0.0219355;RO=60;SAF=14;SAR=18;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218384;STB=0.625592;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00560393;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:18:14:38:22:18:14:38:22 chr7 123152019 . C T 210.7 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00905393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.085;QD=19.1549;RBI=0.0484954;REFB=-0.0207774;REVB=0.0476427;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182027;STB=0.611399;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0173051;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:6:14:12:11:6:15:12:11 chr7 123152035 . T C 237.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.012652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.141;QD=18.6393;RBI=0.058805;REFB=-0.0275449;REVB=-0.0574279;RO=26;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252636;STB=0.642737;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0273232;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:7:18:12:14:7:18:12:14 chr7 123197005 . TA AT,T 48.63 PASS AF=0,0.256757;AO=6,19;DP=75;FAO=0,19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=0,12;FSAR=0,7;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.10905,-0.12366;FXX=0.0133316;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=23.2509,8.59611;QD=2.62858;RBI=0.131703,0.173742;REFB=-0.0221288,-0.0702216;REVB=-0.0738502,0.122043;RO=30;SAF=1,16;SAR=5,3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.447513,0.404459;STB=0.5,0.52486;STBP=1,0.834;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0121982,0.0790728;OID=.,.;OPOS=123197005,123197006;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:75:74:30:55:6,19:0,19:0,0.256757:5,3:1,16:16:14:0,7:0,12:33:22 chr7 123256427 . C T 1462.14 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0802626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5235;QD=60.9223;RBI=0.0821458;REFB=-0.00419078;REVB=-0.0174883;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411592;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:0:2:94:94:0.979167:47:47:0:0:47:47:1:1 chr7 123264804 . C T 787.51 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0177886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9841;QD=22.1834;RBI=0.0207131;REFB=0.0237865;REVB=0.0106111;RO=66;SAF=28;SAR=47;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022831;STB=0.500917;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0148535;OID=.;OPOS=123264804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:67:75:75:0.528169:47:28:23:43:48:27:24:43 chr7 123269118 . G C 1381.18 PASS AF=0.960396;AO=91;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000552116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2024;QD=54.7002;RBI=0.00913553;REFB=0.0399588;REVB=-0.00911883;RO=5;SAF=37;SAR=54;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398477;STB=0.512738;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00161963;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:5:4:91:97:0.960396:54:37:4:1:55:42:3:1 chr7 123301940 . A G 431.59 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0236799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6439;QD=14.8823;RBI=0.0397796;REFB=-0.0120208;REVB=0.0319637;RO=67;SAF=22;SAR=27;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907665;STB=0.551;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0174912;OID=.;OPOS=123301940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:27:22:36:31:27:22:36:31 chr7 123321978 . C A 696.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.168;QD=61.8987;RBI=0.0273204;REFB=0;REVB=0.0255514;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9871e-05;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:21:22:0:0:23:22:0:0 chr7 123324542 . TAAAAATATATATATATATATA TAAAAATATATATATATATA,TAAAAATATATATATATATAAT,TAAAATATATATATATATA,TAAAATATATATATATATATA 379.49 PASS AF=0.2,0.05,0.35,0.4;AO=8,2,8,10;DP=43;FAO=8,2,14,16;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,10,10;FSAR=3,2,4,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423033,0.0123933,0.0669526,0.204894;FXX=0.0243843;HRUN=1,1,5,5;LEN=2,2,3,1;MLLD=137.394,30.0832,133.976,7.88745;QD=37.9491;RBI=0.0423595,0.134643,0.0672796,0.268968;REFB=-0.0240338,0.0124162,-0.0281231,-0.0203658;REVB=0.00217957,-0.134071,0.00662556,0.174247;RO=5;SAF=6,0,6,7;SAR=2,2,2,3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.376043,-0.544828,0.376043,0.299059;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,del;VARB=0.054553,0.0890463,0.0650004,0.0666147;OID=.,.,.,.;OPOS=123324547,123324562,123324546,123324543;OREF=AT,TA,AAT,A;OALT=-,AT,-,-;OMAPALT=TAAAAATATATATATATATA,TAAAAATATATATATATATAAT,TAAAATATATATATATATA,TAAAATATATATATATATATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.2,0.05,0.35,0.4:8,2,8,10:43:8,2,14,16:40:0:5,0,10,10:3,2,4,6:0:0:90:5:6,0,6,7:2,2,2,3:1:4 chr7 123336804 . G A 540.33 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0219664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.316;QD=18.0111;RBI=0.0315523;REFB=-0.00814446;REVB=-0.02265;RO=60;SAF=23;SAR=34;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194951;STB=0.512355;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00975447;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:63:57:57:0.475:34:23:23:37:34:23:24:39 chr7 123388732 . G A 1348.03 PASS AF=0.513158;AO=108;DP=231;FAO=117;FDP=228;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=23;FWDB=-0.00160672;FXX=0.0129865;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.719;QD=23.6497;RBI=0.0213392;REFB=-0.0142304;REVB=-0.0212787;RO=63;SAF=64;SAR=44;SRF=59;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257789;STB=0.575299;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0073121;OID=.;OPOS=123388732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:228:63:85:108:117:0.513158:44:64:59:4:52:65:62:23 chr7 123594206 . G A 479.87 PASS AF=0.532609;AO=33;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.0820875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0641;QD=20.864;RBI=0.0917931;REFB=-0.0510596;REVB=0.0410806;RO=42;SAF=25;SAR=8;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390058;STB=0.531238;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0582139;OID=.;OPOS=123594206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:43:33:49:0.532609:8:25:33:9:14:35:33:10 chr7 124387092 . C G 1887.98 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9952;QD=61.3978;RBI=0.0341508;REFB=0;REVB=0.0298252;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146875;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:59:64:0:0:59:64:0:0 chr7 124387374 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8875;QD=33.4275;RBI=0.086035;REFB=0;REVB=-0.0820314;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00490829;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr7 124486980 . T C 501.53 PASS AF=0.457627;AO=36;DP=120;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0168667;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.825;QD=17.0009;RBI=0.0705619;REFB=-0.0260814;REVB=0.0685164;RO=46;SAF=24;SAR=12;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841517;STB=0.506412;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0266661;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:46:64:36:54:0.457627:12:24:34:12:20:34:41:23 chr7 124540841 . A C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3673;QD=57.2354;RBI=0.0682825;REFB=0;REVB=0.0682204;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408134;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr7 124540872 . C T 1396.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.208;QD=62.7574;RBI=0.0481242;REFB=0;REVB=0.0465483;RO=0;SAF=63;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9214e-05;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:26:63:0:0:26:63:0:0 chr7 126542667 . A T 595.17 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00732959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.561;QD=20.8833;RBI=0.00937296;REFB=-0.0112076;REVB=0.00584206;RO=54;SAF=22;SAR=38;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197157;STB=0.608504;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00838048;OID=.;OPOS=126542667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:38:22:32:22:38:22:32:22 chr7 127222157 . G A 497.83 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0236834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5494;QD=21.1841;RBI=0.0249245;REFB=-0.00827414;REVB=-0.00776705;RO=46;SAF=29;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188382;STB=0.604123;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0126353;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:19:29:18:28:19:29:18:28 chr7 127222521 . G A 407.75 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0205808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7723;QD=28.6142;RBI=0.0322358;REFB=-0.0183474;REVB=-0.0248108;RO=19;SAF=22;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160658;STB=0.587431;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.01993;OID=.;OPOS=127222521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:16:22:6:13:16:22:6:13 chr7 127224286 . A G 253.62 PASS AF=0.5;AO=25;DP=54;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.011718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.52;QD=18.1158;RBI=0.0135323;REFB=-0.00937336;REVB=-0.00676845;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188264;STB=0.623963;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00475299;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:28:28:25:28:0.5:14:11:18:10:17:11:18:10 chr7 127235625 . A AC 95.59 PASS AF=0.607843;AO=20;DP=57;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0931086;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.15869;QD=7.49705;RBI=0.186381;REFB=-0.115091;REVB=0.161458;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122685;STB=0.631059;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.138474;OID=.;OPOS=127235626;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607843:20:57:31:51:20:9:22:12:8:60:35:7:13:16:19 chr7 127250907 . T C 249.6 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=0.0260456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6267;QD=12.0287;RBI=0.0472804;REFB=-0.0121148;REVB=0.0394596;RO=53;SAF=14;SAR=16;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31742;STB=0.680208;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0172721;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:16:14:40:13:16:14:40:13 chr7 127251188 . T G 201.36 PASS AF=0.421053;AO=21;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00108374;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.09;QD=14.1305;RBI=0.0198909;REFB=-0.0123394;REVB=-0.0198614;RO=34;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781248;STB=0.552968;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0168008;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:34:33:21:24:0.421053:5:16:24:10:5:19:24:9 chr7 127721507 . T C 484.97 PASS AF=0.616438;AO=44;DP=72;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00506345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.643;QD=26.5734;RBI=0.0158084;REFB=-0.0215112;REVB=0.0149756;RO=27;SAF=29;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505787;STB=0.530013;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0122972;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:27:28:44:45:0.616438:15:29:16:11:16:29:16:12 chr7 127999645 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0115912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.283;QD=16.9314;RBI=0.0526907;REFB=-0.0165143;REVB=0.0513999;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253906;STB=0.623086;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0201636;OID=.;OPOS=127999645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:7:5:8:3:7:5:8:4 chr7 128038555 . C G 257.74 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0393241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.681;QD=23.4313;RBI=0.043127;REFB=-0.0376329;REVB=0.0177076;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954796;STB=0.541632;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0314395;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:11:13:8:11:11:13:9:11 chr7 128098071 . G A 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0125323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.07;QD=16.3824;RBI=0.038197;REFB=-0.00383617;REVB=0.0360825;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237868;STB=0.627215;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00821328;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:56:42:42:0.428571:23:19:38:17:23:19:38:18 chr7 128098198 . AT A 305.37 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=0.00350023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.727;QD=16.0719;RBI=0.0269341;REFB=-0.0253024;REVB=0.0267057;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197306;STB=0.602593;STBP=0.143;TYPE=del;VARB=0.0305659;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:33:76:34:76:42:20:14:32:10:99:42:19:14:32:10 chr7 128098268 . GT G 249.54 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=1;FWDB=0.0565409;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.9106;QD=15.3563;RBI=0.0566492;REFB=0.0435694;REVB=0.00350122;RO=30;SAF=31;SAR=4;SRF=29;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197815;STB=0.607544;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=-0.0342334;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:35:66:35:65:30:31:4:29:1:99:30:31:4:29:1 chr7 128133984 . G A 768.13 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668839;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.513;QD=56.8987;RBI=0.077062;REFB=0;REVB=-0.0382766;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291343;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr7 128141865 . T C 341.53 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0117006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.184;QD=13.3933;RBI=0.0117301;REFB=0.000767622;REVB=0.000831111;RO=61;SAF=21;SAR=19;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123223;STB=0.563767;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00166433;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:61:62:40:40:0.392157:19:21:39:22:19:21:39:23 chr7 128312450 . C T 505.42 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156418;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.407;QD=59.4611;RBI=0.027028;REFB=0;REVB=0.0220419;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66437e-05;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr7 128358891 . C A 529.39 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00406542;FXX=0.0165276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.994;QD=17.7945;RBI=0.00953558;REFB=-0.00525246;REVB=0.00862553;RO=63;SAF=33;SAR=23;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182672;STB=0.601398;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0060817;OID=.;OPOS=128358891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:63:63:56:56:0.470588:23:33:25:38:23:33:25:38 chr7 128363287 . G A 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0152901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.75;QD=19.9733;RBI=0.017362;REFB=-0.0187831;REVB=0.00822502;RO=35;SAF=7;SAR=30;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218148;STB=0.622333;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0197078;OID=.;OPOS=128363287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:30:7:13:22:30:7:13:22 chr7 128371206 . G A 1331.62 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.501;QD=61.9359;RBI=0.0176124;REFB=0;REVB=0.0139954;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188134;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:48:37:0:0:49:37:0:0 chr7 128371298 . C T 208.84 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0019631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.396;QD=13.6941;RBI=0.0219014;REFB=-0.00401632;REVB=0.0218132;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528278;STB=0.521036;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00552931;OID=.;OPOS=128371298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:12:13:20:15:12:13:20:16 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 51.04 PASS AF=0.2;AO=7;DP=44;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0142655;FXX=0;HRUN=2;LEN=13;MLLD=378.382;QD=5.10444;RBI=0.0207398;REFB=-0.00686125;REVB=0.0150544;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493867;STB=0.549876;STBP=0.805;TYPE=ins;VARB=0.0276847;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:7:44:8:40:32:4:4:18:14:51:36:4:3:22:14 chr7 128455767 . C A,G 713.4 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,44;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297723,0.0289056;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.152,220.402;QD=62.0344;RBI=0.0298379,0.0289544;REFB=0,0;REVB=0.00197793,0.00168019;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00531601,0.000436686;OID=.,.;OPOS=128455767,128455767;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:2,44:2,44:0.0434783,0.956522:1,22:1,22:0:0:1,22:1,22:0:0 chr7 128455916 . G A 139.51 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00901518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1741;QD=12.4012;RBI=0.0599159;REFB=-0.0305226;REVB=0.0592338;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499272;STB=0.529375;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0376739;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:15:14:7:9:15:14 chr7 128470838 . C T 485.3 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00310274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.713;QD=17.8093;RBI=0.0230642;REFB=-0.0198498;REVB=-0.0228545;RO=56;SAF=30;SAR=22;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525243;STB=0.508288;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0213834;OID=.;OPOS=128470838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:57:52:52:0.477064:22:30:32:24:22:30:32:25 chr7 128487866 . T C 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.568;QD=59.013;RBI=0.0280189;REFB=0;REVB=0.016816;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10822e-05;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr7 128499079 . G A 246.73 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00514161;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.865;QD=21.455;RBI=0.0115374;REFB=-0.0443466;REVB=0.0103284;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572686;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0410541;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:15:22:21:22:0.478261:11:10:6:9:11:11:13:9 chr7 128550680 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG,GCCC 259.37 PASS AF=1,0,0;AO=17,3,3;DP=23;FAO=23,0,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0,0;FSAR=13,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668002,-0.0531258,0.0349388;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=17.316,11.4441,7.37224;QD=45.1077;RBI=0.0669997,0.0878655,0.0350139;REFB=0,0,0;REVB=-0.0051668,-0.0699856,-0.00229202;RO=0;SAF=7,3,0;SAR=10,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.323529,0,0.323529;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00280503,0,0;OID=.,.,.;OPOS=128550681,128550685,128550681;OREF=C,C,CC;OALT=-,G,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:17,3,3:23:23,0,0:23:0:10,0,0:13,0,0:0:0:4:0:7,3,0:10,0,3:0:0 chr7 128612552 . C T 704.23 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.00792941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.656;QD=18.2916;RBI=0.00880336;REFB=-0.00636066;REVB=0.0038241;RO=79;SAF=40;SAR=34;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354141;STB=0.504949;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00758378;OID=.;OPOS=128612552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:80:74:74:0.480519:34:40:43:36:34:40:44:36 chr7 128614990 . G A 587.1 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.0122618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3575;QD=15.1511;RBI=0.0629063;REFB=-0.00601502;REVB=0.0616996;RO=86;SAF=31;SAR=35;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147815;STB=0.571852;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00940787;OID=.;OPOS=128614990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:89:66:66:0.425806:35:31:53:33:35:31:53:36 chr7 128630227 . C T 1731.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.618;QD=60.7456;RBI=0.0297914;REFB=0;REVB=0.0153685;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99408e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:67:47:0:0:67:47:0:0 chr7 128767410 . A G 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.475;QD=59.8528;RBI=0.0448892;REFB=0;REVB=0.0149871;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06076e-05;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr7 128767490 . T C 598.44 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.228;QD=61.3785;RBI=0.0445217;REFB=0;REVB=-0.00408135;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245427;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:33:39:1:24:9:0:0:24:15:0:0 chr7 128767506 . T G 453.53 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362783;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7153;QD=56.6914;RBI=0.0371691;REFB=0;REVB=0.00808851;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339401;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:21:9:0:0:22:10:0:0 chr7 128804780 . C G 239.87 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.086712;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4184;QD=13.1436;RBI=0.0876671;REFB=-0.0301508;REVB=0.0129054;RO=44;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148439;STB=0.571917;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0643418;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:28:29:0.39726:12:16:19:25:13:16:19:25 chr7 128808672 . G GA,GACTCCATGGTGTTGACATGGGA 79.32 PASS AF=0.129032,0.225806;AO=5,5;DP=39;FAO=4,7;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1,3;FSAR=3,4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.106399,0.00518361;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,22;MLLD=68.8314,519.044;QD=10.2342;RBI=0.11811,0.00693345;REFB=0.0379626,-0.00651576;REVB=0.0512751,-0.00460465;RO=27;SAF=1,3;SAR=4,2;SRF=21;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.605808,-0.242818;STB=0.831946,0.693379;STBP=0.255,0.297;TYPE=ins,ins;VARB=0.00423016,0.0112154;OID=.,.;OPOS=128808673,128808673;OREF=-,-;OALT=A,ACTCCATGGTGTTGACATGGGA;OMAPALT=GA,GACTCCATGGTGTTGACATGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.129032,0.225806:5,5:39:4,7:31:20:1,3:3,4:14:6:42:27:1,3:4,2:21:6 chr7 128846328 . G C 353.03 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00142137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.646;QD=12.1736;RBI=0.00194196;REFB=-0.00936011;REVB=-0.00132321;RO=72;SAF=29;SAR=14;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185119;STB=0.61073;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0126898;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:73:43:43:0.37069:14:29:37:35:14:29:37:36 chr7 128853308 . C A 371.94 PASS AF=0.513514;AO=35;DP=71;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0067535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.269;QD=20.1049;RBI=0.020415;REFB=-0.0349287;REVB=0.0192656;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012284;STB=0.512189;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0397417;OID=.;OPOS=128853308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:36:36:35:38:0.513514:18:17:17:19:21:17:17:19 chr7 129067053 . T C 275.52 PASS AF=0.462687;AO=29;DP=65;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0047236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.918;QD=16.4489;RBI=0.022551;REFB=-0.0178861;REVB=-0.0220507;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708212;STB=0.543831;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0241567;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:35:36:29:31:0.462687:12:17:18:17:13:18:18:18 chr7 129142694 . C G 786.63 PASS AF=1;AO=36;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.6841;QD=55.2022;RBI=0.0557922;REFB=0;REVB=-0.00621478;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971463;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:36:57:1:15:21:0:0:24:33:0:0 chr7 129297332 . T G 972.51 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1751;QD=58.94;RBI=0.0800685;REFB=0;REVB=0.0182569;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397318;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr7 129504866 . C G 448.32 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0191628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4529;QD=18.6799;RBI=0.026497;REFB=-0.00997694;REVB=-0.0182996;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951353;STB=0.551509;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0120209;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:51:45:45:0.46875:23:22:19:30:23:22:20:31 chr7 129664312 . T C 766.4 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.796;QD=63.8663;RBI=0.0219443;REFB=0;REVB=0.00199925;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.486e-05;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:21:26:0:0:21:27:0:0 chr7 129813738 . T C 581.94 PASS AF=0.568421;AO=52;DP=94;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0306057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.589;QD=24.5027;RBI=0.128863;REFB=-0.0306004;REVB=0.125176;RO=40;SAF=27;SAR=25;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00458505;STB=0.515784;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0191102;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:40:41:52:54:0.568421:25:27:21:19:27:27:22:19 chr7 129913532 . T G 36.97 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.0131278;FXX=0.0172384;HRUN=18;LEN=1;MLLD=260.307;QD=2.59467;RBI=0.013888;REFB=0.00163301;REVB=-0.00453174;RO=50;SAF=1;SAR=6;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627766;STB=0.92221;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00475932;OID=.;OPOS=129913532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:57:50:50:7:7:0.122807:6:1:37:13:6:1:37:13 chr7 129916515 . T C 1492.42 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.558;QD=58.5261;RBI=0.0403645;REFB=-0.0720991;REVB=0.0375707;RO=1;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747122;STB=0.503936;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000305843;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:100:101:0.990196:63:37:0:1:63:38:0:1 chr7 129962360 . A G 1124.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.854;QD=59.9911;RBI=0.0366451;REFB=0;REVB=0.022146;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213153;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:31:44:0:0 chr7 129962682 . A G 1496.98 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165807;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.155;QD=63.7013;RBI=0.0374361;REFB=0;REVB=0.0335639;RO=0;SAF=64;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97363e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:30:64:0:0:30:64:0:0 chr7 129984274 . A G 631.52 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5218;QD=61.6113;RBI=0.033496;REFB=0;REVB=-0.0331024;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271413;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr7 129986338 . C T 685.92 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00739344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.721;QD=50.8088;RBI=0.0559484;REFB=-0.14108;REVB=0.0554578;RO=3;SAF=36;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458639;STB=0.524412;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000569817;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:54:54:3:3:51:51:0.944444:15:36:1:2:15:36:1:2 chr7 129989878 . T C 952.59 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0349579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.463;QD=55.2227;RBI=0.0386189;REFB=-0.0875032;REVB=0.0164123;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.502443;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000642473;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:69:0:2:65:67:0.971014:27:38:0:0:28:39:1:1 chr7 130002317 . T C 420.68 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0527551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.188;QD=49.4921;RBI=0.0615777;REFB=-0.0644624;REVB=0.0317602;RO=3;SAF=22;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594926;STB=0.531895;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00479125;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:9:22:3:0:9:22:3:0 chr7 130021488 . G C 1054.58 PASS AF=0.484716;AO=112;DP=229;FAO=111;FDP=229;FR=.;FRO=118;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.0284923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.7041;QD=18.4206;RBI=0.0317835;REFB=-0.00246741;REVB=-0.0140848;RO=112;SAF=48;SAR=64;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330139;STB=0.526765;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00188197;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:112:118:112:111:0.484716:64:48:52:60:64:47:56:62 chr7 130080812 . T G 623.48 PASS AF=0.421687;AO=70;DP=166;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0185009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.231;QD=15.0236;RBI=0.0208849;REFB=-0.0168413;REVB=-0.0096901;RO=93;SAF=38;SAR=32;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103915;STB=0.554777;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0226511;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:96:70:70:0.421687:32:38:41:52:32:38:43:53 chr7 130352362 . T C 134.12 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00830438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0017;QD=16.2574;RBI=0.0598283;REFB=-0.0261766;REVB=0.0592492;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109898;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0214342;OID=.;OPOS=130352362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:11:7:6:9:11:7 chr7 131185995 . C A 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0560221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.143;QD=17.6933;RBI=0.0593762;REFB=-0.0293514;REVB=-0.019674;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146058;STB=0.581493;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0405229;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:14:25:17:18:14:25 chr7 131190696 . T C 670.92 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0221726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.088;QD=16.4643;RBI=0.023524;REFB=-0.00430148;REVB=-0.00785856;RO=89;SAF=34;SAR=39;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274154;STB=0.518025;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00498187;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:89:90:73:73:0.447853:39:34:39:50:39:34:39:51 chr7 131193739 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0176717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.479;QD=13.4859;RBI=0.0184032;REFB=-0.0237043;REVB=0.00513673;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.59976;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0272884;OID=.;OPOS=131193739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:2:7:6:4:2:7:7:4 chr7 131195712 . G A 386.91 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=10;FWDB=0.0281131;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5196;QD=12.5823;RBI=0.0557428;REFB=-0.0069852;REVB=0.0481344;RO=75;SAF=35;SAR=11;SRF=67;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229733;STB=0.604161;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.013305;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:75:77:46:46:0.373984:11:35:67:8:11:35:67:10 chr7 131195959 . C T 316.83 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0247429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2118;QD=15.2691;RBI=0.0266092;REFB=0.00415607;REVB=0.00978966;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241372;STB=0.627838;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00350272;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:18:17:34:13:18:17:34:14 chr7 131812922 . T C 1140.5 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373342;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1223;QD=60.8266;RBI=0.0485843;REFB=0;REVB=-0.0484407;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323649;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:23:52:0:0:23:52:0:0 chr7 131814185 . A G 1520.08 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114675;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.242;QD=59.6109;RBI=0.080595;REFB=0;REVB=0.079775;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09757e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:99:102:1:56:43:0:0:58:44:0:0 chr7 131814529 . G A 624.4 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00618207;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.278;QD=55.5021;RBI=0.0316541;REFB=-0.0290965;REVB=0.0310446;RO=3;SAF=24;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551392;STB=0.529398;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000185964;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:18:24:3:0:18:24:3:0 chr7 131815310 . A G 1007.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143514;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7159;QD=59.2641;RBI=0.0310778;REFB=0;REVB=-0.0275656;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235052;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:44:24:0:0 chr7 131859678 . G T 388.47 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0233774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3629;QD=31.7117;RBI=0.0382459;REFB=0.0383033;REVB=0.0302696;RO=17;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795421;STB=0.543536;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0258734;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:13:19:8:9:13:19:8:9 chr7 131864591 . T C 1287.0 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734812;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.632;QD=62.024;RBI=0.0152445;REFB=0;REVB=0.0133566;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140217;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr7 131870108 . A G 717.24 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0434157;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6213;QD=17.4936;RBI=0.043884;REFB=-0.0146602;REVB=-0.00639405;RO=88;SAF=41;SAR=35;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169199;STB=0.509377;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0154233;OID=.;OPOS=131870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:88:88:76:76:0.463415:35:41:49:39:35:41:49:39 chr7 131895814 . T G,TG 209.35 PASS AF=0.0114943,0.643678;AO=4,28;DP=92;FAO=1,56;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=1,23;FSAR=0,33;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.00628542,-0.0187448;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=153.28,7.48018;QD=9.62543;RBI=0.0598737,0.137728;REFB=-0.00732117,-0.168686;REVB=0.0595428,0.136446;RO=58;SAF=4,12;SAR=0,16;SRF=19;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.598208,0.122106;STB=0.99551,0.578016;STBP=0.097,0.063;TYPE=snp,ins;VARB=0.0232994,0.198855;OID=.,.;OPOS=131895814,131895815;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:92:87:58:30:4,28:1,56:0.0114943,0.643678:0,16:4,12:19:39:0,33:1,23:6:24 chr7 131912277 . G C 543.81 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=-0.0419467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.634;QD=14.3109;RBI=0.0419468;REFB=-0.0208975;REVB=0.000116695;RO=88;SAF=28;SAR=34;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191331;STB=0.606345;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.05351;OID=.;OPOS=131912277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:88:90:62:62:0.407895:34:28:56:32:34:28:57:33 chr7 132070054 . T C 355.14 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0296587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.09;QD=18.9406;RBI=0.0346889;REFB=-0.0280147;REVB=0.0179911;RO=38;SAF=11;SAR=26;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855306;STB=0.504759;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0221636;OID=.;OPOS=132070054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:26:11:11:27:26:11:11:27 chr7 132720555 . T C 509.46 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=148;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0145773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.581;QD=13.7692;RBI=0.0154849;REFB=-0.0252556;REVB=-0.00522336;RO=85;SAF=23;SAR=34;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219083;STB=0.602943;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0250215;OID=.;OPOS=132720555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:85:91:57:57:0.385135:34:23:52:33:34:23:52:39 chr7 132767617 . C A 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0377;QD=43.4758;RBI=0.102865;REFB=0;REVB=-0.0767348;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330598;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 133261358 . G T 493.41 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0143098;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.628;QD=14.6194;RBI=0.0144576;REFB=-0.00279215;REVB=0.0020624;RO=80;SAF=27;SAR=28;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00358852;STB=0.50202;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0039457;OID=.;OPOS=133261358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:80:55:55:0.407407:28:27:39:41:28:27:39:41 chr7 133580447 . G A 478.55 PASS AF=0.445378;AO=48;DP=114;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00358341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.356;QD=16.0857;RBI=0.0152524;REFB=-0.0320613;REVB=0.0148255;RO=61;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994209;STB=0.550369;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0336923;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:61:66:48:53:0.445378:26:22:22:39:29:24:24:42 chr7 133749164 . G A 424.39 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00203788;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.406;QD=18.4517;RBI=0.00525364;REFB=-0.00645965;REVB=0.00484229;RO=50;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148325;STB=0.577854;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00778255;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:49:43:43:0.467391:23:20:31:19:23:20:30:19 chr7 133868507 . C T 2566.54 PASS AF=0.982659;AO=169;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0136941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.675;QD=59.3421;RBI=0.0211026;REFB=-0.152407;REVB=0.0160559;RO=3;SAF=100;SAR=69;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088579;STB=0.501404;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000249621;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:173:173:3:3:169:170:0.982659:69:100:1:2:70:100:2:1 chr7 133932334 . C T 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0283117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4974;QD=20.3054;RBI=0.0498003;REFB=0.00640722;REVB=0.0409697;RO=48;SAF=20;SAR=32;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886122;STB=0.501607;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00580557;OID=.;OPOS=133932334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:49:52:52:0.514851:32:20:18:30:32:20:19:30 chr7 133979368 . C T 365.54 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00504068;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.077;QD=18.5082;RBI=0.046252;REFB=-0.0238336;REVB=-0.0459765;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661712;STB=0.535117;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0217731;OID=.;OPOS=133979368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:37:38:0.481013:15:22:21:19:16:22:21:20 chr7 133979711 . G A 524.21 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0321097;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.587;QD=21.1803;RBI=0.032562;REFB=-0.0331123;REVB=-0.00540824;RO=46;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188802;STB=0.515145;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0294282;OID=.;OPOS=133979711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:46:49:50:50:0.505051:25:25:24:22:25:25:26:23 chr7 133979795 . T C 219.93 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0221279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.6;QD=23.7758;RBI=0.0250067;REFB=-0.0150836;REVB=-0.0116487;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564329;STB=0.817603;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.03918;OID=.;OPOS=133979795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:37:37:14:15:11:11:0.297297:2:9:3:11:2:9:4:11 chr7 133989543 . A G 129.39 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0606651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1262;QD=12.9386;RBI=0.0696811;REFB=0.00405958;REVB=0.0342812;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159924;STB=0.593102;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00279436;OID=.;OPOS=133989543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:17:8:7:8:17:8 chr7 134212741 . A G 257.32 PASS AF=0.441176;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0702725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.332;QD=15.1365;RBI=0.0712266;REFB=-0.0472565;REVB=-0.0116188;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117005;STB=0.631182;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0216019;OID=.;OPOS=134212741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:27:38:28:30:0.441176:13:15:18:9:14:16:29:9 chr7 134215403 . T C 1199.99 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00143798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4892;QD=58.5362;RBI=0.018509;REFB=0.0362923;REVB=-0.018453;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919411;STB=0.509613;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00179593;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:51:29:0:1:51:29:0:2 chr7 134216684 . C T 1065.94 PASS AF=0.502326;AO=107;DP=211;FAO=108;FDP=215;FR=.;FRO=107;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=41;FWDB=-0.0157092;FXX=0.00921617;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.059;QD=19.8314;RBI=0.0314727;REFB=-0.0133098;REVB=0.0272719;RO=104;SAF=66;SAR=41;SRF=66;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169884;STB=0.501872;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0182134;OID=.;OPOS=134216684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:215:104:107:107:108:0.502326:41:66:66:38:41:67:66:41 chr7 134221826 . A G 183.47 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.121;QD=43.1702;RBI=0.0285274;REFB=-0.011723;REVB=0.0238697;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000161383;OID=.;OPOS=134221826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:1:0:10:6:1:0 chr7 134225787 . TC T,TT 439.48 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=6,25;DP=31;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142375,0.0103726;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.122,270.402;QD=56.7065;RBI=0.0425088,0.0416817;REFB=0,0;REVB=0.0400536,0.0403705;RO=0;SAF=3,16;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0440674,0.00341065;OID=.,.;OPOS=134225788,134225788;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742:6,25:31:1,30:31:0:1,18:0,12:0:0:6:0:3,16:3,9:0:0 chr7 134225827 . A G 610.28 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00579945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.613;QD=56.7698;RBI=0.0567926;REFB=-0.0689426;REVB=-0.0564957;RO=2;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450343;STB=0.50171;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0035653;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:18:22:1:1:19:22:1:1 chr7 134261097 . C G 536.09 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.00853874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.138;QD=18.9767;RBI=0.00863696;REFB=-0.029254;REVB=-0.00129884;RO=55;SAF=30;SAR=26;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1083;STB=0.548927;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0296494;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:57:56:56:0.495575:26:30:36:19:26:30:36:21 chr7 134264286 . C T 125.42 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0186355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4223;QD=18.5806;RBI=0.10171;REFB=-0.059943;REVB=-0.0999884;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380121;STB=0.576802;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0496999;OID=.;OPOS=134264286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:14:14:0.518519:2:12:10:2:2:12:10:3 chr7 134576441 . T C 278.97 PASS AF=0.385542;AO=34;DP=84;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0067809;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7274;QD=13.4445;RBI=0.0172684;REFB=0.00523655;REVB=0.0158813;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515858;STB=0.523109;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00646455;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:51:34:32:0.385542:20:14:23:27:17:15:22:29 chr7 134618710 . A G 68.57 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0131704;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.998;QD=13.7135;RBI=0.0137241;REFB=0.00572925;REVB=0.00385883;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221468;STB=0.597497;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00765596;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:20:11:11:8:9:0.45:4:4:8:3:4:5:8:3 chr7 134653930 . T C 572.62 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.504;QD=58.7305;RBI=0.043796;REFB=0;REVB=0.0429429;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488028;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:38:39:1:15:23:0:1:16:23:0:0 chr7 134701856 . G C 2497.14 PASS AF=0.987952;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00209702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.09;QD=60.172;RBI=0.0122297;REFB=-0.0843801;REVB=-0.0120486;RO=2;SAF=109;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00422715;STB=0.502221;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-2.85957e-06;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:2:2:164:164:0.987952:55:109:1:1:55:109:1:1 chr7 134719551 . C G 2579.33 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293463;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7036;QD=61.0492;RBI=0.0452397;REFB=-0.0448235;REVB=-0.03443;RO=1;SAF=92;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953473;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:168:169:1:0:166:169:1:74:92:1:0:76:93:0:0 chr7 134735830 . A G 391.51 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.028367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2216;QD=19.3338;RBI=0.0673141;REFB=-0.00791021;REVB=0.0610451;RO=38;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112551;STB=0.56892;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0103312;OID=.;OPOS=134735830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:41:40:40:0.493827:17:23:17:21:17:23:18:23 chr7 134849213 . G A 503.76 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.017576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.518;QD=22.3892;RBI=0.0536288;REFB=-0.0221012;REVB=0.0506668;RO=42;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165982;STB=0.591085;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0198149;OID=.;OPOS=134849213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:23:25:30:12:23:25:30:12 chr7 134849280 . T A 1632.75 PASS AF=0.941667;AO=113;DP=121;FAO=113;FDP=120;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00346469;FXX=0.00826378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.895;QD=54.425;RBI=0.0398114;REFB=-0.0795485;REVB=0.0396604;RO=3;SAF=64;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00501453;STB=0.5003;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00369635;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:121:120:3:7:113:113:0.941667:49:64:2:1:49:64:4:3 chr7 134849577 . A C 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00925347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.706;QD=16.993;RBI=0.0112301;REFB=-0.0320808;REVB=0.00636302;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107755;STB=0.560302;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0242932;OID=.;OPOS=134849577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:10:17:22:8:10:17:22:8 chr7 134850465 . C T 1089.06 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.602;QD=58.8683;RBI=0.0806841;REFB=-0.0554895;REVB=0.0727947;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129029;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:74:0:0:72:74:1:38:34:0:0:40:34:0:0 chr7 134850469 . A G 1138.72 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.413;QD=59.1541;RBI=0.0153047;REFB=-0.0703078;REVB=-0.00470684;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011684;STB=0.506171;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=1.84384e-05;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:40:36:0:1:40:36:0:1 chr7 134871775 . C T 1487.68 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.866;QD=60.7216;RBI=0.033795;REFB=-0.0288037;REVB=0.0310314;RO=2;SAF=40;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231158;STB=0.512193;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000233719;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:98:2:2:95:96:0.979592:55:40:2:0:56:40:2:0 chr7 134879830 . G A 432.07 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.013316;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8831;QD=20.0964;RBI=0.0226716;REFB=-0.0179549;REVB=-0.0183491;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055787;STB=0.534943;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0130929;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:43:42:43:0.5:21:21:22:17:21:22:25:18 chr7 134880931 . C T 735.25 PASS AF=0.44382;AO=75;DP=171;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=29;FWDB=0.0234279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.014;QD=16.5225;RBI=0.0410981;REFB=-0.0233258;REVB=0.0337667;RO=93;SAF=47;SAR=28;SRF=68;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115268;STB=0.538196;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0258588;OID=.;OPOS=134880931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:178:93:99:75:79:0.44382:28:47:68:25:28:51:70:29 chr7 134889141 . G A 410.43 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0450637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3605;QD=26.4795;RBI=0.0450687;REFB=-0.00598469;REVB=-0.000671389;RO=22;SAF=27;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274542;STB=0.501457;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00216853;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:22:23:39:39:0.629032:12:27:16:6:12:27:16:7 chr7 135047703 . T C 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2103;QD=43.4739;RBI=0.101628;REFB=0;REVB=0.00421794;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327196;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 135048804 . C T 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0296221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.329;QD=13.7259;RBI=0.0435915;REFB=-0.0111732;REVB=-0.0319805;RO=49;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816231;STB=0.546594;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0153124;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:12:20:27:22:12:20:27:22 chr7 135095270 . A G 1748.85 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.839;QD=60.8295;RBI=0.0495111;REFB=0;REVB=0.0105272;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33551e-05;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:56:57:0:0:56:59:0:0 chr7 135304273 . G C 2093.44 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00937833;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.762;QD=62.028;RBI=0.0144249;REFB=-0.0548866;REVB=0.0109602;RO=0;SAF=60;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74051e-08;STB=0.503355;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.51644e-05;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:135:0:1:134:134:0.992593:74:60:0:0:74:60:0:1 chr7 135387656 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5768;QD=59.4313;RBI=0.0220721;REFB=0;REVB=0.0218621;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357131;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr7 135392876 . T C 3035.74 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.752;QD=63.5757;RBI=0.0212441;REFB=0;REVB=0.0165334;RO=0;SAF=112;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13163e-06;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:191:0:0:189:191:1:77:112:0:0:77:114:0:0 chr7 135613116 . A G 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00404701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.42;QD=8.09048;RBI=0.0176722;REFB=-0.0241605;REVB=0.0172026;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115004;STB=0.571271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0379428;OID=.;OPOS=135613116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:12:10:5:4:12:10 chr7 136700603 . A T 144.69 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0489434;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6359;QD=17.5377;RBI=0.0489557;REFB=-0.0170785;REVB=0.00109742;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112983;STB=0.519975;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.012981;OID=.;OPOS=136700603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:15:16:0.484848:6:9:10:7:6:10:10:7 chr7 136701563 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.561;QD=63.2868;RBI=0.0329882;REFB=0;REVB=0.0165538;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40903e-05;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr7 136701935 . T A 402.69 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0111453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.94;QD=19.1757;RBI=0.0131154;REFB=-0.0132205;REVB=0.00691354;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432916;STB=0.524074;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0136295;OID=.;OPOS=136701935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:21:20:23:20:21:20:23:20 chr7 136702044 . T A 84.41 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0014171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.933;QD=10.551;RBI=0.0118373;REFB=-0.00839148;REVB=-0.0117522;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151945;STB=0.549045;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0113149;OID=.;OPOS=136702044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:6:5:6:13:6:5:8:13 chr7 136703000 . G A 151.71 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0119048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.668;QD=8.54728;RBI=0.0122243;REFB=-0.0128706;REVB=-0.00277663;RO=50;SAF=3;SAR=18;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374172;STB=0.729025;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0374824;OID=.;OPOS=136703000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:18:3:19:31:18:3:19:31 chr7 136703376 . T C 593.29 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.000390007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6585;QD=15.5109;RBI=0.0199944;REFB=-0.021246;REVB=0.0199906;RO=82;SAF=30;SAR=36;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815841;STB=0.548679;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0342028;OID=.;OPOS=136703376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:82:87:66:66:0.431373:36:30:44:38:36:30:47:40 chr7 136703707 . C T 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.832;QD=63.194;RBI=0.0185759;REFB=0;REVB=-0.000890146;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83491e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr7 136704531 . T A 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00588579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9059;QD=19.5189;RBI=0.0353518;REFB=0.0059463;REVB=0.0348584;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952675;STB=0.553153;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00561008;OID=.;OPOS=136704531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:16:12:14:12:16:12:14:12 chr7 137074760 . AT GC 397.24 PASS AF=0.476744;AO=39;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0119785;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.161;QD=18.4764;RBI=0.0266218;REFB=-0.0145004;REVB=0.0237747;RO=45;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201528;STB=0.607714;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.0162453;OID=.;OPOS=137074760;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:39:41:0.476744:23:16:28:17:24:17:28:17 chr7 137128830 . T C 1410.38 PASS AF=0.47651;AO=141;DP=297;FAO=142;FDP=298;FR=.;FRO=156;FSAF=94;FSAR=48;FSRF=71;FSRR=85;FWDB=0.0131615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4793;QD=18.9313;RBI=0.045872;REFB=-0.0250364;REVB=0.0439433;RO=156;SAF=94;SAR=47;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208997;STB=0.612167;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0295968;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:156:156:141:142:0.47651:47:94:71:85:48:94:71:85 chr7 137564501 . C G 1075.25 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956806;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4558;QD=60.5775;RBI=0.0164185;REFB=0;REVB=-0.0133424;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64243e-05;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr7 137600690 . C T 3550.28 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125898;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.348;QD=62.56;RBI=0.0182986;REFB=-0.0879657;REVB=0.0132792;RO=0;SAF=127;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386417;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:226:227:0:0:225:227:1:98:127:0:0:98:129:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 377.06 PASS AF=0.421053;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00438276;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.999;QD=15.8761;RBI=0.00557322;REFB=-0.00617925;REVB=-0.0034427;RO=48;SAF=27;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221469;STB=0.608639;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.00672254;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:39:89:40:95:55:28:12:29:26:99:48:27:12:23:25 chr7 137801413 . A C 475.29 PASS AF=0.541176;AO=41;DP=83;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0341554;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.967;QD=22.3667;RBI=0.0633176;REFB=-0.0259936;REVB=0.0533153;RO=37;SAF=16;SAR=25;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242397;STB=0.635841;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0180552;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:37:39:41:46:0.541176:25:16:25:12:29:17:26:13 chr7 138270657 . G A,T 1073.22 PASS AF=0.950617,0.037037;AO=67,4;DP=74;FAO=77,3;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41,0;FSAR=36,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017416,-0.0450095;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.85,70.9033;QD=52.9988;RBI=0.0174275,0.0457426;REFB=-0.145806,0.0200505;REVB=-0.000632964,0.00815704;RO=0;SAF=36,1;SAR=31,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.506848,0.5;STBP=0.315,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00409336,0.0199362;OID=.,.;OPOS=138270657,138270657;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:74:81:0:1:67,4:77,3:0.950617,0.037037:31,3:36,1:0:0:36,3:41,0:0:1 chr7 138270658 . T A 38.35 PASS AF=0.108434;AO=8;DP=82;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0223572;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.7759;QD=1.84826;RBI=0.0260417;REFB=-0.00200866;REVB=0.0133539;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155685;STB=0.561361;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00320081;OID=.;OPOS=138270658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:82:83:74:74:8:9:0.108434:4:4:38:36:5:4:38:36 chr7 138312122 . A C 1700.28 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0439213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.237;QD=58.6303;RBI=0.0499896;REFB=-0.0994972;REVB=0.0238721;RO=1;SAF=72;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655013;STB=0.502434;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000347361;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:1:2:114:114:0.982759:42:72:1:0:42:72:1:1 chr7 138417718 . A G 1426.76 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0595257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.122;QD=60.7134;RBI=0.0677129;REFB=-0.156872;REVB=0.0322759;RO=2;SAF=51;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182246;STB=0.509432;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00238972;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:94:2:2:91:92:0.978723:40:51:2:0:40:52:2:0 chr7 138418910 . G A 309.9 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000344084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.775;QD=49.5834;RBI=0.141068;REFB=-0.0680854;REVB=0.141068;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978637;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:1:0:19:25:1:6:13:0:1:9:16:0:0 chr7 138455988 . A G 153.55 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.047502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0946;QD=21.935;RBI=0.0537566;REFB=-0.0196049;REVB=0.0251661;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329238;STB=0.53567;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00928298;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:8:8:6:5:8:8:7:5 chr7 138486096 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.794;QD=53.9104;RBI=0.0273812;REFB=0;REVB=-0.00259756;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13126e-05;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr7 138516274 . GA G 76.05 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=78;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.059071;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.9677;QD=3.95044;RBI=0.117977;REFB=-0.0202054;REVB=-0.102124;RO=47;SAF=22;SAR=2;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54793;STB=0.843373;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0198069;OID=.;OPOS=138516275;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:24:78:22:77:55:20:2:30:25:76:47:22:2:27:20 chr7 138561175 . C G 110.79 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00763765;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0607;QD=13.0346;RBI=0.048336;REFB=-0.00529609;REVB=0.0477288;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118539;STB=0.567464;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00777113;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:21:13:13:0.382353:6:7:8:11:6:7:9:12 chr7 138583840 . C A 1993.22 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815387;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.975;QD=62.2881;RBI=0.00887528;REFB=0;REVB=0.00350499;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28092e-06;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:68:60:0:0:68:60:0:0 chr7 138710937 . T C 257.25 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0227156;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.104;QD=13.7201;RBI=0.0242709;REFB=-0.0198195;REVB=0.00854856;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167989;STB=0.576129;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.01513;OID=.;OPOS=138710937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:45:30:30:0.4:17:13:12:31:17:13:14:31 chr7 138731687 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0231363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.384;QD=12.8606;RBI=0.041253;REFB=-0.00523949;REVB=0.0341544;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0131271;OID=.;OPOS=138731687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr7 138732457 . G A 305.41 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.010877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.185;QD=10.716;RBI=0.0130785;REFB=0.00549125;REVB=0.00726213;RO=71;SAF=22;SAR=17;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315202;STB=0.502741;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.01025;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:71:75:39:39:0.342105:17:22:42:29:17:22:42:33 chr7 138732497 . G A 175.64 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00969708;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.929;QD=8.16939;RBI=0.0250136;REFB=-0.00996918;REVB=-0.0230575;RO=59;SAF=12;SAR=12;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050614;STB=0.546473;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0173349;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:59:62:24:24:0.27907:12:12:32:27:12:12:35:27 chr7 138740037 . G C 336.62 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0141724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9827;QD=17.2628;RBI=0.0300136;REFB=-0.00156319;REVB=-0.0264567;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187362;STB=0.611049;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00224915;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:22:14:24:17:22:14:25:17 chr7 138761034 . G C 347.23 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00490883;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.95;QD=14.4681;RBI=0.00738616;REFB=0.00553473;REVB=-0.00551894;RO=58;SAF=17;SAR=21;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146874;STB=0.58329;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0131809;OID=.;OPOS=138761034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:58:58:38:38:0.395833:21:17:34:24:21:17:34:24 chr7 138764060 . G A 438.12 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0261547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.682;QD=19.0487;RBI=0.0297709;REFB=-0.00200151;REVB=0.0142209;RO=47;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296386;STB=0.521729;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00206796;OID=.;OPOS=138764060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:48:44:44:0.478261:22:22:25:22:22:22:26:22 chr7 138764145 . T C 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00611099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.292;QD=12.7373;RBI=0.010225;REFB=-0.00107586;REVB=-0.00819791;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999205;STB=0.558749;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00145424;OID=.;OPOS=138764145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:13:15:10:6:13:15 chr7 138764233 . C T 156.02 PASS AF=0.35;AO=19;DP=58;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.000139776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.424;QD=10.4012;RBI=0.00372445;REFB=-0.000245949;REVB=-0.00372183;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190485;STB=0.603676;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00074307;OID=.;OPOS=138764233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:39:39:19:21:0.35:11:8:23:16:12:9:23:16 chr7 138818632 . G A 544.31 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=24;FWDB=0.000267139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.886;QD=15.4413;RBI=0.0183106;REFB=-0.00958283;REVB=0.0183087;RO=80;SAF=44;SAR=15;SRF=56;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597291;STB=0.528641;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0126466;OID=.;OPOS=138818632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:82:59:59:0.41844:15:44:56:24:15:44:58:24 chr7 138819445 . C T 299.91 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0345543;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4644;QD=13.7889;RBI=0.0720534;REFB=-0.00708032;REVB=-0.0632273;RO=53;SAF=25;SAR=9;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354228;STB=0.702618;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00725525;OID=.;OPOS=138819445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:53:53:34:34:0.390805:9:25:22:31:9:25:22:31 chr7 138831707 . C T 207.93 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0103179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.097;QD=12.4136;RBI=0.0114095;REFB=-0.00238283;REVB=0.00487;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139604;STB=0.589909;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00428654;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:41:25:26:0.38806:13:12:25:16:14:12:25:16 chr7 138916654 . G T 924.91 PASS AF=0.477612;AO=95;DP=200;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.0132352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5703;QD=18.4062;RBI=0.0275798;REFB=-0.0238003;REVB=0.0241966;RO=105;SAF=62;SAR=33;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208727;STB=0.61703;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0263307;OID=.;OPOS=138916654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:105:105:95:96:0.477612:33:62:46:59:33:63:46:59 chr7 138946296 . A G 875.72 PASS AF=0.511628;AO=85;DP=170;FAO=88;FDP=172;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0266288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.014;QD=20.3655;RBI=0.0305017;REFB=-0.0371242;REVB=0.0148748;RO=83;SAF=47;SAR=38;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424216;STB=0.516468;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.038275;OID=.;OPOS=138946296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:83:84:85:88:0.511628:38:47:42:41:40:48:43:41 chr7 138967814 . G A 385.86 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0277239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.874;QD=14.8408;RBI=0.0277239;REFB=-0.0136048;REVB=3.46035e-05;RO=60;SAF=18;SAR=26;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194472;STB=0.609326;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0249247;OID=.;OPOS=138967814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:26:18:36:24:26:18:36:24 chr7 139000085 . T C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0373346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.538;QD=15.5711;RBI=0.0409944;REFB=-0.0195029;REVB=0.0169314;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420583;STB=0.743751;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0352669;OID=.;OPOS=139000085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:3:9:3:8:3:9 chr7 139026152 . T G 477.71 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0880003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4736;QD=16.91;RBI=0.0959305;REFB=-0.0109242;REVB=-0.0381919;RO=58;SAF=21;SAR=30;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015062;STB=0.515103;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0129008;OID=.;OPOS=139026152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:61:51:52:0.460177:30:21:23:35:31:21:23:38 chr7 139077240 . C A 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00546414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0387;QD=20.2666;RBI=0.0100665;REFB=0.0360106;REVB=0.00845442;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918802;STB=0.572016;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0596884;OID=.;OPOS=139077240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:21:21:21:0.5:10:11:12:7:10:11:14:7 chr7 139077317 . T A 160.8 PASS AF=0.575758;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00392991;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.6104;QD=19.4906;RBI=0.018967;REFB=-0.0590929;REVB=-0.0185554;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195324;STB=0.51117;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00492118;OID=.;OPOS=139077317;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:33:10:14:17:19:0.575758:9:8:5:5:10:9:7:7 chr7 139097282 . AT AC,ACT,A 691.26 PASS AF=0.5625,0.0416667,0.395833;AO=16,17,17;DP=100;FAO=54,4,38;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1,26;FSAR=20,3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725566,0.00678954,0.0660841;FXX=0.0495;HRUN=12,0,12;LEN=1,1,1;MLLD=118.062,118.714,3.63555;QD=28.8023;RBI=0.293243,0.0680503,0.617418;REFB=0.00748114,0.00217195,0.355842;REVB=-0.293153,0.0677107,-0.613871;RO=4;SAF=12,14,13;SAR=4,3,4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.130434,-0.11448,-0.122036;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=-0.00566669,-0.000270717,0.0295013;OID=.,.,.;OPOS=139097283,139097283,139097283;OREF=T,-,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=AC,ACT,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.5625,0.0416667,0.395833:16,17,17:100:54,4,38:96:0:34,1,26:20,3,12:0:0:99:4:12,14,13:4,3,4:4:0 chr7 139107660 . A G 252.49 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0159166;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.328;QD=11.882;RBI=0.0164504;REFB=-0.00430734;REVB=0.00415667;RO=51;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104681;STB=0.567524;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00712621;OID=.;OPOS=139107660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:51:55:30:30:0.352941:14:16:32:19:14:16:35:20 chr7 139138870 . GT G,GG 104.08 PASS AF=0.138889,0.0972222;AO=9,7;DP=73;FAO=10,7;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=6,4;FSAR=4,3;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0153373,-0.013142;FXX=0.0270234;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.16,229.147;QD=5.78245;RBI=0.0238183,0.0208034;REFB=-0.00700448,-0.00565056;REVB=-0.018223,-0.0161266;RO=55;SAF=5,4;SAR=4,3;SRF=25;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122446,0.136039;STB=0.62171,0.602451;STBP=0.422,0.622;TYPE=del,snp;VARB=-0.00437498,0.0478663;OID=.,.;OPOS=139138871,139138871;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.138889,0.0972222:9,7:73:10,7:72:55:6,4:4,3:25:30:45:55:5,4:4,3:25:30 chr7 139246987 . C T 354.74 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0138484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.209;QD=21.4995;RBI=0.0232652;REFB=-0.0407063;REVB=-0.0186946;RO=28;SAF=26;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278689;STB=0.525737;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0316503;OID=.;OPOS=139246987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:28:30:36:36:0.545455:10:26:21:7:10:26:23:7 chr7 139252780 . T C 711.28 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00270849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.825;QD=52.6875;RBI=0.0437824;REFB=-0.0607905;REVB=0.0436986;RO=2;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324593;STB=0.517235;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00134802;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:28:24:0:2:28:24:0:2 chr7 139268736 . C CG 75.58 PASS AF=0.231707;AO=21;DP=86;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=0.0166239;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=134.297;QD=3.68705;RBI=0.026979;REFB=-0.00491046;REVB=-0.0212488;RO=65;SAF=14;SAR=7;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406106;STB=0.813668;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.171317;OID=.;OPOS=139268737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.231707:21:86:19:82:63:14:5:18:45:75:65:14:7:21:44 chr7 139288937 . C T 499.2 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.00669686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3227;QD=21.471;RBI=0.00673364;REFB=0.0027797;REVB=-0.000702871;RO=45;SAF=34;SAR=14;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513548;STB=0.52829;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00297695;OID=.;OPOS=139288937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:14:34:34:11:14:34:34:11 chr7 139575408 . C T 435.02 PASS AF=0.384615;AO=49;DP=129;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0165878;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.001;QD=13.3852;RBI=0.0174133;REFB=-0.016924;REVB=0.00529784;RO=80;SAF=26;SAR=23;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765459;STB=0.549485;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0263967;OID=.;OPOS=139575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:80:80:49:50:0.384615:23:26:48:32:24:26:48:32 chr7 139653196 . A C 774.77 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00301344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5012;QD=53.4324;RBI=0.0663683;REFB=-0.0108238;REVB=0.0662998;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314096;STB=0.516661;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00237432;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:27:29:2:0:27:29:2:0 chr7 139724358 . G A 906.04 PASS AF=0.58156;AO=82;DP=141;FAO=82;FDP=141;FR=.;FRO=59;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0153445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.851;QD=25.7033;RBI=0.0154223;REFB=-0.0146099;REVB=-0.00154714;RO=59;SAF=59;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19595;STB=0.607039;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00836529;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:59:59:82:82:0.58156:23:59:29:30:23:59:29:30 chr7 139724555 . C T 391.51 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0471509;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9383;QD=15.8187;RBI=0.0501828;REFB=0.00672029;REVB=0.0171787;RO=55;SAF=18;SAR=25;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162737;STB=0.586264;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00474784;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:55:56:43:43:0.434343:25:18:32:23:25:18:32:24 chr7 139727135 . G A 614.79 PASS AF=0.535088;AO=58;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0136367;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.211;QD=21.5715;RBI=0.0152289;REFB=-0.00211018;REVB=0.0067792;RO=55;SAF=36;SAR=22;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023495;STB=0.509442;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00174334;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:53:58:61:0.535088:22:36:34:21:23:38:32:21 chr7 139784641 . A G 1216.5 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0045726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.481;QD=56.5815;RBI=0.0278727;REFB=-0.0359142;REVB=0.0274951;RO=4;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429887;STB=0.522722;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000155133;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:4:4:82:82:0.953488:42:40:0:4:42:40:0:4 chr7 139785193 . A C 30.77 PASS AF=0.122449;AO=3;DP=51;FAO=6;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.01731;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.387;QD=2.51191;RBI=0.0259627;REFB=0.00139389;REVB=0.0193501;RO=31;SAF=3;SAR=0;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609902;STB=0.586676;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.000411234;OID=.;OPOS=139785193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:51:49:31:40:3:6:0.122449:0:3:11:20:3:3:16:24 chr7 139785701 . T C 249.52 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00413084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.372;QD=14.2585;RBI=0.00458653;REFB=-0.0124542;REVB=0.00199309;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520863;STB=0.529628;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0161513;OID=.;OPOS=139785701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:12:17:22:19:12:17:22:19 chr7 140037162 . A G 169.35 PASS AF=0.385965;AO=13;DP=59;FAO=22;FDP=57;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.112809;FXX=0.0338926;HRUN=9;LEN=1;MLLD=19.4495;QD=11.8843;RBI=0.129451;REFB=-0.0470398;REVB=0.0634945;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179374;STB=0.627343;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.116727;OID=.;OPOS=140037162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:17:29:13:22:0.385965:6:7:6:11:11:11:8:21 chr7 140125839 . G A 220.1 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0246564;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.562;QD=13.9747;RBI=0.0453831;REFB=-0.0234765;REVB=-0.038101;RO=37;SAF=22;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376345;STB=0.718759;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0279334;OID=.;OPOS=140125839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:37:26:26:0.412698:4:22:21:16:4:22:21:16 chr7 140258000 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.11;QD=60.2033;RBI=0.0182856;REFB=0;REVB=0.0127977;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6079e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:34:37:0:0:36:37:0:0 chr7 140301731 . G T 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00536482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.915;QD=59.7974;RBI=0.0310459;REFB=-0.00968418;REVB=0.0305788;RO=1;SAF=34;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136157;STB=0.507243;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000106132;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:9:34:1:0:9:34:1:0 chr7 140426257 . A G 435.41 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00443476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6502;QD=24.1897;RBI=0.0678148;REFB=-0.0018926;REVB=0.0676696;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178248;STB=0.592598;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00196956;OID=.;OPOS=140426257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:30:41:42:0.583333:21:20:21:8:22:20:21:9 chr7 140774467 . C G 255.69 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.552;QD=51.1372;RBI=0.0368341;REFB=0;REVB=0.0233675;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169951;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr7 141420768 . A G 613.91 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00505623;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.174;QD=20.1282;RBI=0.0209729;REFB=-0.0122387;REVB=0.0203542;RO=60;SAF=30;SAR=32;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751656;STB=0.533146;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0113666;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:60:60:62:62:0.508197:32:30:24:36:32:30:25:35 chr7 141429371 . T G 525.82 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0276886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8381;QD=20.2239;RBI=0.0276892;REFB=-0.0159968;REVB=0.00017987;RO=49;SAF=37;SAR=17;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873405;STB=0.502882;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0246912;OID=.;OPOS=141429371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:50:54:54:0.519231:17:37:34:15:17:37:34:16 chr7 141464765 . C T 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0197628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.536;QD=14.5326;RBI=0.0197652;REFB=0.00280191;REVB=-0.000309938;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030399;STB=0.524459;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0038734;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:15:14:20:19:15:14:21:19 chr7 141478297 . G C 376.21 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00643772;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.194;QD=32.0177;RBI=0.0111954;REFB=-0.0202347;REVB=-0.00915926;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315951;STB=0.537166;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00701753;OID=.;OPOS=141478297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:14:16:31:31:0.659574:15:16:8:6:15:16:10:6 chr7 141478308 . T C 146.84 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0677919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4238;QD=11.2957;RBI=0.0838934;REFB=0.00906998;REVB=0.0494203;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930886;STB=0.554763;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0128813;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:7:11:18:16:7:11:18:16 chr7 141478574 . G C 1175.13 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015058;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3628;QD=61.0456;RBI=0.0306992;REFB=0;REVB=0.0267525;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45884e-05;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr7 141478800 . G A 1264.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.606;QD=61.6941;RBI=0.0166065;REFB=0;REVB=-0.0127429;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9038e-06;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:37:45:0:0 chr7 141490238 . G T 1439.78 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00785467;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.734;QD=58.7666;RBI=0.0983474;REFB=-0.101691;REVB=0.0980332;RO=0;SAF=66;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000332972;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:0:1:97:97:0.989796:31:66:0:0:31:66:0:1 chr7 141501943 . G C 723.54 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6072;QD=55.6569;RBI=0.0837874;REFB=0;REVB=0.0311627;RO=2;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00911153;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:2:0:47:52:1:19:28:0:2:22:30:0:0 chr7 141537735 . T G 2337.36 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5461;QD=60.319;RBI=0.00619839;REFB=0;REVB=-0.0015645;RO=0;SAF=73;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02074e-05;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:155:0:0:148:155:1:75:73:0:0:79:76:0:0 chr7 141537942 . T A,TCAA 354.24 PASS AF=0,0.652174;AO=3,19;DP=76;FAO=0,30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=0,20;FSAR=0,10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00361207,0.0378918;FXX=0.061212;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=59.6569,312.591;QD=30.8034;RBI=0.0310583,0.0422368;REFB=-0.0337942,-0.039632;REVB=0.0308476,0.0186589;RO=54;SAF=1,11;SAR=2,8;SRF=25;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.117368,0.140742;STB=0.5,0.562457;STBP=1,0.249;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0241204;OID=.,.;OPOS=141537942,141537943;OREF=T,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:46:54:16:3,19:0,30:0,0.652174:2,8:1,11:25:29:0,10:0,20:8:8 chr7 141537945 . T A 91.49 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00953366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.955;QD=5.15453;RBI=0.0198855;REFB=-0.0111682;REVB=-0.0174512;RO=56;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189728;STB=0.619953;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.046014;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:6:9:25:31:6:9:25:31 chr7 141619035 . G A 557.82 PASS AF=0.412903;AO=63;DP=153;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.0124946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.176;QD=14.3954;RBI=0.0128456;REFB=-0.0109099;REVB=0.00298246;RO=90;SAF=28;SAR=35;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501525;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0148874;OID=.;OPOS=141619035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:90:91:63:64:0.412903:35:28:40:50:35:29:41:50 chr7 141619152 . G A 660.73 PASS AF=0.404372;AO=74;DP=183;FAO=74;FDP=183;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0411817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.748;QD=14.4421;RBI=0.0426154;REFB=-0.0102424;REVB=0.0109608;RO=109;SAF=32;SAR=42;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112694;STB=0.506327;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0150688;OID=.;OPOS=141619152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:109:109:74:74:0.404372:42:32:46:63:42:32:46:63 chr7 141672603 . ATG ACG,GAC 620.85 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=27,3;DP=43;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156888,0.120693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=60.0698,35.2885;QD=57.7535;RBI=0.157433,0.120714;REFB=0,0;REVB=-0.0130885,0.00225535;RO=0;SAF=2,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.18567e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0329819,0.00249233;OID=.,.;OPOS=141672604,141672603;OREF=T,ATG;OALT=C,GAC;OMAPALT=ACG,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:27,3:40,3:0.930233,0.0697674:25,0:2,3:0:0:25,0:15,3:0:0 chr7 141673074 . T C 180.25 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0504125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4556;QD=16.0219;RBI=0.061155;REFB=0.00354208;REVB=-0.0346195;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771737;STB=0.544455;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0115481;OID=.;OPOS=141673074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:6:13:16:10:6:13:16:10 chr7 141673345 . C G 650.07 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0614294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2553;QD=57.7836;RBI=0.0808694;REFB=-0.172419;REVB=0.0525955;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493148;STB=0.511623;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0222281;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:43:45:2:1:41:44:0.977778:23:18:2:0:23:21:1:0 chr7 141747658 . A G 1152.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4127;QD=60.6798;RBI=0.00634516;REFB=0;REVB=-0.000961933;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59531e-05;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:53:23:0:0:53:23:0:0 chr7 141776575 . T A 584.77 PASS AF=0.388571;AO=67;DP=174;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.024424;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5417;QD=13.366;RBI=0.0281639;REFB=0.00196527;REVB=0.014024;RO=106;SAF=27;SAR=40;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206199;STB=0.616507;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00213958;OID=.;OPOS=141776575;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:106:107:67:68:0.388571:40:27:63:43:41:27:63:44 chr7 141778230 . A C 1052.46 PASS AF=0.534392;AO=100;DP=189;FAO=101;FDP=189;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.00714416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.073;QD=22.2743;RBI=0.0126499;REFB=-0.0234863;REVB=0.0104394;RO=85;SAF=43;SAR=57;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015689;STB=0.507945;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0189386;OID=.;OPOS=141778230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:85:88:100:101:0.534392:57:43:35:50:58:43:36:52 chr7 141780627 . G A 759.02 PASS AF=0.462428;AO=79;DP=172;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.00539639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.465;QD=17.5496;RBI=0.00706181;REFB=-0.0172214;REVB=-0.00455501;RO=92;SAF=42;SAR=37;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00093851;STB=0.506812;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0240833;OID=.;OPOS=141780627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:92:93:79:80:0.462428:37:42:49:43:38:42:50:43 chr7 141781935 . G A 402.41 PASS AF=0.382812;AO=44;DP=123;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00237058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.525;QD=12.5752;RBI=0.00341197;REFB=-0.0148958;REVB=-0.00245395;RO=79;SAF=16;SAR=28;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121723;STB=0.56473;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0224936;OID=.;OPOS=141781935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:79:79:44:49:0.382812:28:16:37:42:31:18:37:42 chr7 141781946 . C T 369.03 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.00147853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.221;QD=11.7154;RBI=0.00557139;REFB=-0.00643399;REVB=0.00537163;RO=78;SAF=18;SAR=27;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112543;STB=0.553374;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0114627;OID=.;OPOS=141781946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:78:81:45:45:0.357143:27:18:39:39:27:18:39:42 chr7 141782370 . G A 280.11 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.005429;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.897;QD=11.7942;RBI=0.00654256;REFB=0.00048019;REVB=0.00365116;RO=62;SAF=22;SAR=11;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229773;STB=0.633011;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000810162;OID=.;OPOS=141782370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:11:22:29:33:11:22:29:33 chr7 141783180 . A G 914.26 PASS AF=0.409836;AO=99;DP=243;FAO=100;FDP=244;FR=.;FRO=144;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=-0.00743054;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1598;QD=14.9879;RBI=0.0105888;REFB=0.000537011;REVB=-0.00754384;RO=142;SAF=48;SAR=51;SRF=71;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159627;STB=0.501804;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00086587;OID=.;OPOS=141783180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:142:144:99:100:0.409836:51:48:71:71:51:49:71:73 chr7 141786096 . T C 782.93 PASS AF=0.513699;AO=74;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00724493;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.863;QD=21.4501;RBI=0.0242285;REFB=-0.0152721;REVB=0.02312;RO=70;SAF=32;SAR=42;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349298;STB=0.518837;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.014905;OID=.;OPOS=141786096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:70:71:74:75:0.513699:42:32:33:37:43:32:33:38 chr7 141794263 . A G 1440.73 PASS AF=0.561181;AO=132;DP=236;FAO=133;FDP=237;FR=.;FRO=104;FSAF=80;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.00217646;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.189;QD=24.3161;RBI=0.00508781;REFB=-0.0231738;REVB=0.00459878;RO=103;SAF=79;SAR=53;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454921;STB=0.524208;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0200769;OID=.;OPOS=141794263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:103:104:132:133:0.561181:53:79:56:47:53:80:57:47 chr7 141796131 . G A 264.3 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00314675;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.154;QD=17.6198;RBI=0.00743373;REFB=0.00441595;REVB=-0.00673486;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108149;STB=0.553451;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00669463;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:31:29:29:0.483333:17:12:15:13:17:12:16:15 chr7 141838362 . C G 733.15 PASS AF=0.536765;AO=70;DP=135;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00439504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.906;QD=21.5631;RBI=0.00937457;REFB=-0.0274332;REVB=-0.00828047;RO=63;SAF=29;SAR=41;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189278;STB=0.583227;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0279751;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:63:63:70:73:0.536765:41:29:40:23:41:32:39:24 chr7 141857846 . A G 2774.45 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302863;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.818;QD=62.6995;RBI=0.0303124;REFB=0;REVB=-0.00125782;RO=0;SAF=94;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86083e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:177:177:1:83:94:0:0:83:94:0:0 chr7 141896059 . A G 1958.66 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250136;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.752;QD=62.1796;RBI=0.0282156;REFB=0;REVB=-0.0130553;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63172e-05;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr7 141898522 . T A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.253;QD=59.0165;RBI=0.0201958;REFB=0;REVB=0.0128852;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129377;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr7 141957504 . A G 257.18 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00349953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.229;QD=16.0734;RBI=0.012326;REFB=-0.0108915;REVB=0.0118187;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775368;STB=0.524212;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0130628;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:28:29:0.453125:17:11:16:18:17:12:16:19 chr7 142001030 . A G 1484.89 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386528;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.942;QD=59.9954;RBI=0.0418366;REFB=0;REVB=0.0160082;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143492;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr7 142013384 . G A,C 1575.32 PASS AF=0.0373832,0.962617;AO=4,103;DP=107;FAO=4,103;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=4,65;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014306,0.0337971;FXX=0.0092584;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.3594,96.7512;QD=58.8906;RBI=0.0431779,0.0477218;REFB=0,0;REVB=0.040739,0.0336916;RO=0;SAF=4,65;SAR=0,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.186206,-0.000913663;OID=.,.;OPOS=142013384,142013384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:107:107:0:0:4,103:4,103:0.0373832,0.962617:0,38:4,65:0:0:0,38:4,65:0:0 chr7 142045613 . G T 103.49 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0140643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.614;QD=6.1783;RBI=0.058031;REFB=0.00136834;REVB=-0.0563009;RO=49;SAF=11;SAR=5;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101236;STB=0.566924;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00488994;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:51:16:16:0.238806:5:11:30:19:5:11:31:20 chr7 142045678 . ACT GTC 94.44 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0282379;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=3;MLLD=240.285;QD=5.63844;RBI=0.0352541;REFB=-0.0080527;REVB=-0.0211062;RO=51;SAF=11;SAR=4;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199223;STB=0.620597;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.0274282;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:68:67:51:52:15:15:0.223881:4:11:30:21:4:11:31:21 chr7 142045683 . A G 102.08 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00112858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.55;QD=5.91761;RBI=0.00149833;REFB=0.0019724;REVB=-0.000985546;RO=53;SAF=12;SAR=4;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250982;STB=0.658325;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00847873;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:4:12:30:23:4:12:30:23 chr7 142045690 . A G 103.96 PASS AF=0.238806;AO=17;DP=68;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.000295741;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.129;QD=6.20681;RBI=0.0343698;REFB=0.00387321;REVB=-0.0343685;RO=51;SAF=12;SAR=5;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181445;STB=0.655254;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00889258;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:51:51:17:16:0.238806:5:12:29:22:4:12:29:22 chr7 142045692 . AC GT 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00539059;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.365;QD=6.75893;RBI=0.0135577;REFB=0.000815227;REVB=-0.01244;RO=50;SAF=12;SAR=5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191322;STB=0.618175;STBP=0.293;TYPE=mnp;VARB=-0.00171407;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:5:12:28:22:5:12:28:22 chr7 142045802 . T C 277.31 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0798475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2608;QD=11.4353;RBI=0.0799712;REFB=-0.0205732;REVB=-0.00444741;RO=64;SAF=18;SAR=15;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162878;STB=0.509428;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0349586;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:15:18:34:30:15:18:34:30 chr7 142045848 . T C 996.83 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.779;QD=57.7871;RBI=0.0359673;REFB=-0.0821132;REVB=0.0162081;RO=1;SAF=21;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031155;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:0:68:69:1:47:21:1:0:47:22:0:0 chr7 142045899 . A G 54.12 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.0281071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1144;QD=3.93603;RBI=0.0589078;REFB=-0.00717673;REVB=0.0517698;RO=46;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310353;STB=0.700496;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0432088;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:5:4:10:36:5:4:10:36 chr7 142045912 . A G 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.00250784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.835;QD=4.22227;RBI=0.0165882;REFB=-0.00580486;REVB=-0.0163975;RO=44;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329915;STB=0.710743;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0139836;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:5:4:9:35:5:4:9:35 chr7 142045924 . A G 482.61 PASS AF=0.8;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00947614;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8197;QD=42.8986;RBI=0.0300218;REFB=-0.0324737;REVB=0.0284871;RO=9;SAF=6;SAR=30;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162403;STB=0.588181;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00688441;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:45:9:9:36:36:0.8:30:6:4:5:30:6:4:5 chr7 142099484 . G C 35.14 PASS AF=0.140351;AO=9;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.225389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0921;QD=2.46622;RBI=0.225421;REFB=-0.0306486;REVB=-0.0037995;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451569;STB=0.616447;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.1215;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:57:57:33:49:9:8:0.140351:3:6:9:24:3:5:24:25 chr7 142099512 . T G 43.0 PASS AF=0.115385;AO=11;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0352538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.262;QD=2.20514;RBI=0.0355009;REFB=-0.00275941;REVB=-0.00418111;RO=67;SAF=8;SAR=3;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211355;STB=0.581631;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.016496;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:78:78:67:69:11:9:0.115385:3:8:38:29:3:6:40:29 chr7 142119831 . G A 286.3 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.020038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.73;QD=15.6875;RBI=0.0511944;REFB=-0.00676731;REVB=0.0471099;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15386;STB=0.586395;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0110137;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:15:17:28:13:15:17:28:13 chr7 142124170 . C T 1010.18 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0030668;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.005;QD=57.7243;RBI=0.0368046;REFB=-0.0315438;REVB=0.0366766;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000630063;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:68:69:0.985714:30:38:0:1:31:38:0:1 chr7 142124424 . T G 2269.54 PASS AF=0.973333;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0213773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.497;QD=60.5211;RBI=0.0314273;REFB=-0.0400662;REVB=0.0230366;RO=3;SAF=82;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408447;STB=0.505106;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00123167;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:150:150:3:4:146:146:0.973333:64:82:2:1:64:82:3:1 chr7 142124539 . C T 82.04 PASS AF=0.159574;AO=15;DP=98;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0245172;FXX=0.0408122;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8486;QD=3.49085;RBI=0.0249875;REFB=-0.0135571;REVB=-0.00482468;RO=76;SAF=10;SAR=5;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133109;STB=0.596882;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0617904;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:98:94:76:79:15:15:0.159574:5:10:43:33:5:10:44:35 chr7 142131832 . C T 81.61 PASS AF=0.222222;AO=11;DP=53;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00909864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.763;QD=6.04547;RBI=0.0400541;REFB=-0.00460448;REVB=0.039007;RO=42;SAF=2;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52231;STB=0.842816;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0182529;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:53:54:42:42:11:12:0.222222:9:2:26:16:10:2:26:16 chr7 142131836 . C G 79.9 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0412971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.15;QD=5.8106;RBI=0.0415704;REFB=-0.000908465;REVB=-0.00475899;RO=42;SAF=2;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524449;STB=0.837767;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000898174;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:10:2:25:17:10:2:26:17 chr7 142131858 . C A 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00980346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.088;QD=4.36739;RBI=0.0159712;REFB=-0.0134278;REVB=-0.0126084;RO=42;SAF=1;SAR=8;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585726;STB=0.888026;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0440547;OID=.;OPOS=142131858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:42:43:9:9:0.173077:8:1:25:17:8:1:25:18 chr7 142131868 . C T 49.59 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0243762;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.629;QD=4.22043;RBI=0.0245126;REFB=-0.0014007;REVB=-0.00258215;RO=38;SAF=1;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551168;STB=0.869331;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0101227;OID=.;OPOS=142131868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:47:38:39:8:8:0.170213:7:1:22:16:7:1:22:17 chr7 142139348 . C T 1936.06 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=129;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00999015;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.368;QD=60.9781;RBI=0.018596;REFB=0.0272796;REVB=-0.0156847;RO=1;SAF=71;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664527;STB=0.503448;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=6.68913e-05;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:127:1:1:124:126:0.992126:53:71:1:0:54:72:1:0 chr7 142139783 . C A 883.04 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00621697;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.873;QD=55.1898;RBI=0.0167094;REFB=-0.0254851;REVB=0.0155098;RO=2;SAF=25;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362762;STB=0.519225;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0001962;OID=.;OPOS=142139783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:64:2:2:62:62:0.96875:37:25:2:0:37:25:2:0 chr7 142143804 . A C 2589.85 PASS AF=0.977143;AO=171;DP=176;FAO=171;FDP=175;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.016298;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.599;QD=59.1965;RBI=0.0192352;REFB=0.0816862;REVB=-0.0102161;RO=4;SAF=110;SAR=61;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301849;STB=0.515871;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00135792;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:176:175:4:4:171:171:0.977143:61:110:0:4:61:110:0:4 chr7 142143879 . A T 93.56 PASS AF=0.117949;AO=23;DP=195;FAO=23;FDP=195;FR=.;FRO=172;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=92;FWDB=0.00318427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2152;QD=1.9192;RBI=0.0041871;REFB=-0.0116629;REVB=0.00271886;RO=170;SAF=8;SAR=15;SRF=78;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141801;STB=0.606523;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0415132;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:195:195:170:172:23:23:0.117949:15:8:78:92:15:8:80:92 chr7 142143906 . GT CC 219.95 PASS AF=0.190244;AO=39;DP=205;FAO=39;FDP=205;FR=.;FRO=166;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=78;FSRR=88;FWDB=0.0110957;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=2;MLLD=303.638;QD=4.29161;RBI=0.0121693;REFB=-0.00177198;REVB=-0.00499759;RO=165;SAF=18;SAR=21;SRF=77;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662446;STB=0.506784;STBP=0.922;TYPE=mnp;VARB=0.00615411;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:165:166:39:39:0.190244:21:18:77:88:21:18:78:88 chr7 142143941 . T C 370.61 PASS AF=0.265306;AO=52;DP=196;FAO=52;FDP=196;FR=.;FRO=144;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.0161296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.077;QD=7.56336;RBI=0.0179103;REFB=0.00330401;REVB=0.00778541;RO=144;SAF=25;SAR=27;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198683;STB=0.501179;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00940701;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:144:144:52:52:0.265306:27:25:69:75:27:25:69:75 chr7 142144022 . T C 283.42 PASS AF=0.284672;AO=37;DP=136;FAO=39;FDP=137;FR=.;FRO=98;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.0200107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.95;QD=8.27506;RBI=0.0207216;REFB=-0.0017972;REVB=-0.00538102;RO=96;SAF=13;SAR=24;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256655;STB=0.618773;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00573656;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:96:98:37:39:0.284672:24:13:54:42:24:15:54:44 chr7 142144059 . A C 167.06 PASS AF=0.25;AO=20;DP=93;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.00025699;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.054;QD=6.96092;RBI=0.0103152;REFB=-0.0122288;REVB=-0.010312;RO=73;SAF=5;SAR=15;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419841;STB=0.65372;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0327973;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:73:72:20:24:0.25:15:5:43:30:15:9:42:30 chr7 142144091 . GG AA 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.00884423;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=163.453;QD=2.79774;RBI=0.00898604;REFB=0.00508658;REVB=0.00159014;RO=55;SAF=3;SAR=6;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457995;STB=0.810276;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=-0.0147995;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:55:57:9:9:0.136364:6:3:40:15:6:3:42:15 chr7 142144101 . C T 49.26 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.00929723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5425;QD=3.2303;RBI=0.0104522;REFB=-0.00347251;REVB=-0.00477596;RO=47;SAF=3;SAR=6;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478368;STB=0.815;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0266136;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:47:52:9:9:0.147541:6:3:35:12:6:3:39:13 chr7 142149349 . A C 883.51 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.976;QD=57.9348;RBI=0.0410717;REFB=0;REVB=-0.0219552;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33588e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:25:34:0:0:25:36:0:0 chr7 142162001 . A C 3069.44 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000881986;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.558;QD=61.3888;RBI=0.0363971;REFB=-0.0505047;REVB=0.0363864;RO=0;SAF=99;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85958e-05;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:200:0:0:199:200:1:100:99:0:0:101:99:0:0 chr7 142162050 . A G 3428.63 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290701;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.663;QD=62.6233;RBI=0.0297365;REFB=0;REVB=0.00625992;RO=0;SAF=112;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61926e-05;OID=.;OPOS=142162050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:218:219:1:106:112:0:0:106:113:0:0 chr7 142168429 . A G 1180.33 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400354;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.074;QD=61.3161;RBI=0.040076;REFB=0;REVB=-0.00180498;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173127;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:73:77:1:40:33:0:0:42:35:0:0 chr7 142168452 . C A 1318.57 PASS AF=0.988889;AO=82;DP=85;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.321;QD=58.603;RBI=0.0373374;REFB=-0.00661603;REVB=0.0249318;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.505881;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000721326;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:90:1:1:82:89:0.988889:42:40:1:0:47:42:1:0 chr7 142168662 . CG TC 1023.69 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0136638;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.101;QD=57.6729;RBI=0.0417302;REFB=-0.145028;REVB=0.0394298;RO=1;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936246;STB=0.504949;STBP=0.616;TYPE=mnp;VARB=0.000785215;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:1:1:69:70:0.985915:50:19:0:1:50:20:0:1 chr7 142168856 . C G 546.3 PASS AF=0.948718;AO=31;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0562302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8326;QD=56.0307;RBI=0.0562372;REFB=-0.0392704;REVB=-0.000887245;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0113738;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:31:37:0.948718:14:17:1:0:15:22:1:0 chr7 142176378 . A G 820.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343168;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.077;QD=57.571;RBI=0.0634698;REFB=0;REVB=0.0533926;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48058e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:14:43:0:0:14:43:0:0 chr7 142180646 . AG CT 61.98 PASS AF=0.0814815;AO=22;DP=266;FAO=22;FDP=270;FR=.;FRO=248;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=142;FSRR=106;FWDB=-0.0220012;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.862;QD=0.918226;RBI=0.0415823;REFB=-0.00022177;REVB=-0.0352851;RO=237;SAF=19;SAR=3;SRF=136;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376939;STB=0.810568;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.00175955;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:266:270:237:248:22:22:0.0814815:3:19:136:101:3:19:142:106 chr7 142180704 . G T 539.39 PASS AF=0.258065;AO=79;DP=309;FAO=80;FDP=310;FR=.;FRO=230;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=113;FSRR=117;FWDB=-0.0132956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.758;QD=6.9599;RBI=0.0181059;REFB=-0.00624744;REVB=-0.0122902;RO=230;SAF=35;SAR=44;SRF=113;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607345;STB=0.530757;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0122678;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:310:230:230:79:80:0.258065:44:35:113:117:44:36:113:117 chr7 142180737 . T A 530.48 PASS AF=0.276753;AO=75;DP=272;FAO=75;FDP=271;FR=.;FRO=196;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=98;FSRR=98;FWDB=-0.0124027;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.463;QD=7.82989;RBI=0.0167974;REFB=-0.00214757;REVB=-0.0113281;RO=195;SAF=35;SAR=40;SRF=97;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378891;STB=0.524131;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0151877;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:195:196:75:75:0.276753:40:35:97:98:40:35:98:98 chr7 142180770 . T C 453.23 PASS AF=0.283784;AO=62;DP=226;FAO=63;FDP=222;FR=.;FRO=159;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=81;FSRR=78;FWDB=0.00220216;FXX=0.0220255;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.076;QD=8.16623;RBI=0.0128557;REFB=0.000230371;REVB=-0.0126657;RO=155;SAF=30;SAR=32;SRF=83;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628394;STB=0.512435;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.000567357;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:222:155:159:62:63:0.283784:32:30:83:72:32:31:81:78 chr7 142231701 . G T 1470.97 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289108;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9354;QD=63.2675;RBI=0.0294695;REFB=0;REVB=0.00571112;RO=1;SAF=75;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27985e-05;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:93:1:0:91:93:1:16:75:1:0:17:76:0:0 chr7 142242552 . G T 30.89 PASS AF=0.0700637;AO=11;DP=157;FAO=11;FDP=157;FR=.;FRO=146;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=89;FWDB=-0.029438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.556;QD=0.787099;RBI=0.0314822;REFB=-0.000737705;REVB=-0.0111595;RO=146;SAF=5;SAR=6;SRF=57;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713418;STB=0.560695;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0103635;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:157:157:146:146:11:11:0.0700637:6:5:57:89:6:5:57:89 chr7 142247134 . T C 946.59 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.456;QD=58.2515;RBI=0.106018;REFB=0;REVB=0.105539;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153508;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:25:39:1:0:25:40:0:0 chr7 142247263 . G A 32.93 PASS AF=0.125;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00127815;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.936;QD=2.74399;RBI=0.00227914;REFB=0.000226279;REVB=0.00188702;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408423;STB=0.794399;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00142528;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:48:40:42:6:6:0.125:1:5:20:20:1:5:22:20 chr7 142247270 . TG CA 37.72 PASS AF=0.108696;AO=5;DP=48;FAO=5;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00152251;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.363;QD=3.28006;RBI=0.026226;REFB=-0.0038852;REVB=-0.0261817;RO=38;SAF=4;SAR=1;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352322;STB=0.768104;STBP=0.28;TYPE=mnp;VARB=0.00888146;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:48:46:38:39:5:5:0.108696:1:4:19:19:1:4:20:19 chr7 142247288 . T C 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0168513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.934;QD=5.17493;RBI=0.0261164;REFB=-0.00062378;REVB=-0.0199525;RO=44;SAF=10;SAR=1;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565196;STB=0.877091;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00262095;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:1:10:22:22:1:10:22:22 chr7 142247347 . AT CC 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0452482;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.989;QD=8.96034;RBI=0.0672296;REFB=-0.00749682;REVB=-0.0497234;RO=36;SAF=11;SAR=3;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24796;STB=0.653605;STBP=0.237;TYPE=mnp;VARB=0.0204428;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:3:11:22:14:3:11:22:14 chr7 142247380 . T A 91.76 PASS AF=0.285714;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.000591529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.607;QD=8.73884;RBI=0.00981437;REFB=-0.0121546;REVB=0.00979653;RO=30;SAF=9;SAR=2;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31447;STB=0.624777;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0293159;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:30:30:11:12:0.285714:2:9:18:12:3:9:18:12 chr7 142247396 . A T 52.77 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0205937;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.973;QD=5.70446;RBI=0.0527631;REFB=-0.000399971;REVB=-0.0485782;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531834;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00103899;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:39:37:28:29:7:8:0.216216:3:4:16:12:3:5:17:12 chr7 142250938 . T G 1293.65 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190285;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.086;QD=61.6022;RBI=0.0225935;REFB=0;REVB=0.0121813;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010275;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:39:45:0:0 chr7 142250988 . G A 922.55 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1111;QD=56.7721;RBI=0.0239295;REFB=-0.123233;REVB=-0.019589;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00113893;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:29:35:0:1:29:35:0:1 chr7 142251132 . G T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.475;QD=55.0096;RBI=0.0376572;REFB=-0.0709581;REVB=0.0238425;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00359946;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr7 142326607 . C T 1892.4 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.807;QD=61.5413;RBI=0.0284205;REFB=0;REVB=0.026958;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88921e-05;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:123:0:0:117:123:1:61:56:0:0:64:59:0:0 chr7 142326909 . C G 1136.09 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8141;QD=59.7941;RBI=0.0613771;REFB=0;REVB=0.0613075;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309285;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:73:76:1:34:39:0:0:34:42:0:0 chr7 142334648 . A T 1916.9 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.128;QD=61.3408;RBI=0.0254538;REFB=0;REVB=-0.0229185;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145125;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:122:125:1:62:60:0:0:65:60:0:0 chr7 142374021 . G A 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0203211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.407;QD=18.3093;RBI=0.0228318;REFB=-0.00640686;REVB=-0.0104089;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107014;STB=0.50597;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.011683;OID=.;OPOS=142374021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:19:18:19:21:19:18:19:21 chr7 142378633 . G A,T 838.34 PASS AF=0.967213,0.0327869;AO=54,3;DP=61;FAO=59,2;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383826,-0.0541828;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.8291,75.6865;QD=54.9734;RBI=0.0474694,0.0637297;REFB=-0.105465,-0.0602026;REVB=0.047314,-0.0335514;RO=2;SAF=25,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.031395,0.272699;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000773855,0.143988;OID=.,.;OPOS=142378633,142378633;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:61:61:2:0:54,3:59,2:0.967213,0.0327869:29,2:25,1:0:2:32,2:27,0:0:0 chr7 142378831 . C G 802.17 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101645;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.449;QD=57.2981;RBI=0.0551128;REFB=0;REVB=0.0541674;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76117e-05;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:31:25:0:0 chr7 142423562 . C T 2064.78 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6299;QD=62.569;RBI=0.0246272;REFB=0;REVB=0.0110256;RO=0;SAF=62;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60035e-05;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:70:62:0:0:70:62:0:0 chr7 142458451 . A T 111.12 PASS AF=0.10356;AO=32;DP=309;FAO=32;FDP=309;FR=.;FRO=277;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=166;FSRR=111;FWDB=0.0146743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.926;QD=1.4384;RBI=0.0146753;REFB=0.000687037;REVB=-0.000173195;RO=275;SAF=25;SAR=7;SRF=164;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253434;STB=0.687999;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0225563;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:275:277:32:32:0.10356:7:25:164:111:7:25:166:111 chr7 142458697 . T A 50.68 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0440166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.797;QD=2.85543;RBI=0.0578822;REFB=-0.0067995;REVB=-0.0375884;RO=59;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351084;STB=0.520669;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0395118;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:71:59:61:10:10:0.140845:6:4:22:37:6:4:23:38 chr7 142458700 . G T 49.75 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00191321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.797;QD=2.72594;RBI=0.0242494;REFB=-0.00213042;REVB=-0.0241738;RO=63;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244706;STB=0.517207;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0166391;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:6:4:24:39:6:4:24:39 chr7 142458737 . C G 40.51 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0164806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.457;QD=2.16053;RBI=0.0194066;REFB=-0.00319361;REVB=-0.0102473;RO=66;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122269;STB=0.508962;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0302084;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:75:75:66:66:9:9:0.12:5:4:30:36:5:4:30:36 chr7 142458829 . A G 48.77 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.00603113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.79;QD=1.71108;RBI=0.0266042;REFB=-0.00315898;REVB=-0.0259116;RO=102;SAF=6;SAR=6;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704538;STB=0.552545;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0281459;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:114:102:102:12:12:0.105263:6:6:57:45:6:6:57:45 chr7 142458837 . A T 47.9 PASS AF=0.103448;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.0290716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.478;QD=1.65178;RBI=0.029115;REFB=-0.00069087;REVB=0.00158805;RO=104;SAF=6;SAR=6;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068884;STB=0.551639;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00663756;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:116:104:104:12:12:0.103448:6:6:58:46:6:6:58:46 chr7 142460313 . T C 446.48 PASS AF=0.296117;AO=61;DP=205;FAO=61;FDP=206;FR=.;FRO=145;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=84;FSRR=61;FWDB=-0.00743656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.842;QD=8.66953;RBI=0.014454;REFB=-0.00862475;REVB=0.0123942;RO=142;SAF=36;SAR=25;SRF=82;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157081;STB=0.507871;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0222526;OID=.;OPOS=142460313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:142:145:61:61:0.296117:25:36:82:60:25:36:84:61 chr7 142460335 . A G 451.76 PASS AF=0.298077;AO=61;DP=205;FAO=62;FDP=208;FR=.;FRO=146;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=88;FSRR=58;FWDB=-0.00238354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.969;QD=8.6876;RBI=0.00755045;REFB=-0.00161185;REVB=-0.00716435;RO=144;SAF=33;SAR=28;SRF=87;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773649;STB=0.538789;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0118404;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:208:144:146:61:62:0.298077:28:33:87:57:28:34:88:58 chr7 142460339 . G A 85.23 PASS AF=0.107477;AO=22;DP=215;FAO=23;FDP=214;FR=.;FRO=191;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=111;FSRR=80;FWDB=-0.00656328;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5461;QD=1.59311;RBI=0.031122;REFB=-0.00338104;REVB=0.0304221;RO=190;SAF=16;SAR=6;SRF=111;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187648;STB=0.655462;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0161978;OID=.;OPOS=142460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:215:214:190:191:22:23:0.107477:6:16:111:79:6:17:111:80 chr7 142460369 . G A 286.1 PASS AF=0.233161;AO=42;DP=193;FAO=45;FDP=193;FR=.;FRO=148;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=84;FSRR=64;FWDB=0.0141612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.444;QD=5.92948;RBI=0.0153301;REFB=-0.00210015;REVB=-0.00587121;RO=146;SAF=18;SAR=24;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167879;STB=0.593566;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00792922;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:146:148:42:45:0.233161:24:18:82:64:25:20:84:64 chr7 142460388 . C T 35.46 PASS AF=0.0722222;AO=11;DP=179;FAO=13;FDP=180;FR=.;FRO=167;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=89;FSRR=78;FWDB=0.00150657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.01;QD=0.78793;RBI=0.0108014;REFB=-0.00349529;REVB=-0.0106958;RO=163;SAF=6;SAR=5;SRF=86;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187272;STB=0.505147;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.037469;OID=.;OPOS=142460388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:179:180:163:167:11:13:0.0722222:5:6:86:77:6:7:89:78 chr7 142460394 . T C 93.63 PASS AF=0.126437;AO=22;DP=174;FAO=22;FDP=174;FR=.;FRO=152;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=0.051366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7507;QD=2.15242;RBI=0.0581303;REFB=-0.00324321;REVB=-0.0272152;RO=149;SAF=8;SAR=14;SRF=81;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223887;STB=0.662407;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0157699;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:174:174:149:152:22:22:0.126437:14:8:81:68:14:8:84:68 chr7 142460412 . A C 41.55 PASS AF=0.0888889;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=135;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.0278432;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.964;QD=1.23102;RBI=0.0315344;REFB=-0.00409668;REVB=-0.0148046;RO=123;SAF=5;SAR=7;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165386;STB=0.622212;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0207548;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:136:135:123:123:12:12:0.0888889:7:5:69:54:7:5:68:55 chr7 142460865 . T C 427.72 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0240824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9907;QD=19.4416;RBI=0.0337818;REFB=-0.0119394;REVB=0.0236907;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524995;STB=0.523546;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00980835;OID=.;OPOS=142460865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:45:43:43:0.488636:23:20:23:21:23:20:23:22 chr7 142470290 . TT CG,CT 578.8 PASS AF=0,0.558824;AO=5,52;DP=105;FAO=0,57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=0,24;FSAR=0,33;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0167363,0.0108449;FXX=0.0285687;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=196.66,182.896;QD=22.6981;RBI=0.0183717,0.0159034;REFB=-0.0253704,-0.0334824;REVB=-0.00757717,0.0116321;RO=44;SAF=5,19;SAR=0,33;SRF=18;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637834,-0.0387996;STB=0.5,0.509551;STBP=1,0.838;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.030507;OID=.,.;OPOS=142470290,142470290;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:105:102:44:45:5,52:0,57:0,0.558824:0,33:5,19:18:26:0,33:0,24:18:27 chr7 142478897 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.375;QD=62.6703;RBI=0.151308;REFB=0;REVB=0.0116092;RO=0;SAF=3;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188616;OID=.;OPOS=142478897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:41:3:0:0:41:3:0:0 chr7 142479915 . T C 795.36 PASS AF=0.509434;AO=74;DP=151;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0272568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.901;QD=20.0091;RBI=0.0273277;REFB=-0.024658;REVB=0.00196658;RO=73;SAF=42;SAR=32;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054367;STB=0.502121;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0131496;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:159:73:78:74:81:0.509434:32:42:41:32:36:45:43:35 chr7 142479940 . C T 799.33 PASS AF=0.466292;AO=84;DP=180;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.00440534;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.815;QD=17.9624;RBI=0.00589406;REFB=-0.00736906;REVB=-0.00391573;RO=95;SAF=47;SAR=37;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189514;STB=0.506901;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0146823;OID=.;OPOS=142479940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:95:95:84:83:0.466292:37:47:55:40:36:47:55:40 chr7 142479954 . C T 1091.16 PASS AF=0.564246;AO=101;DP=186;FAO=101;FDP=179;FR=.;FRO=78;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00353619;FXX=0.0376324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.98;QD=24.3835;RBI=0.00469058;REFB=-0.00114115;REVB=-0.00308169;RO=77;SAF=59;SAR=42;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314739;STB=0.520349;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000489768;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:179:77:78:101:101:0.564246:42:59:42:35:42:59:42:36 chr7 142480002 . C A 1280.81 PASS AF=0.596859;AO=114;DP=187;FAO=114;FDP=191;FR=.;FRO=77;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.00325016;FXX=0.00520806;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.461;QD=26.8233;RBI=0.00846935;REFB=-0.0321062;REVB=0.00782089;RO=73;SAF=65;SAR=49;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163238;STB=0.515437;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0188001;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:191:73:77:114:114:0.596859:49:65:40:33:49:65:41:36 chr7 142480012 . C T 650.33 PASS AF=0.381443;AO=73;DP=194;FAO=74;FDP=194;FR=.;FRO=120;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.0293714;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.458;QD=13.4088;RBI=0.0294122;REFB=-0.00497249;REVB=-0.00154988;RO=118;SAF=34;SAR=39;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120398;STB=0.557746;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00411824;OID=.;OPOS=142480012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:118:120:73:74:0.381443:39:34:68:50:39:35:68:52 chr7 142480034 . C A 552.15 PASS AF=0.377143;AO=60;DP=169;FAO=66;FDP=175;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=0.0270678;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.076;QD=12.6207;RBI=0.0287312;REFB=-0.0118112;REVB=0.00963397;RO=107;SAF=29;SAR=31;SRF=62;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10784;STB=0.539252;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0200719;OID=.;OPOS=142480034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:175:107:109:60:66:0.377143:31:29:62:45:32:34:63:46 chr7 142480067 . C T 628.37 PASS AF=0.520661;AO=62;DP=119;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00781993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.286;QD=20.7726;RBI=0.007839;REFB=0.0015562;REVB=0.000546455;RO=57;SAF=31;SAR=31;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381903;STB=0.52857;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0006571;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:57:58:62:63:0.520661:31:31:26:31:31:32:26:32 chr7 142481234 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.172;QD=58.9624;RBI=0.0423972;REFB=0;REVB=0.0370531;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18037e-05;OID=.;OPOS=142481234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr7 142481376 . T A 75.86 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.2997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.48;QD=43.351;RBI=0.0198348;REFB=0;REVB=0.0198348;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187441;OID=.;OPOS=142481376;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr7 142481807 . C T 896.56 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00711239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.307;QD=56.0352;RBI=0.0124091;REFB=0.0996375;REVB=0.0101686;RO=1;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185094;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000353724;OID=.;OPOS=142481807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:25:37:0:1:26:37:0:1 chr7 142481867 . C G 887.83 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460353;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7339;QD=58.2183;RBI=0.0479487;REFB=0;REVB=-0.0134103;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235963;OID=.;OPOS=142481867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr7 142494043 . CAGAAA ACTGTG 83.62 PASS AF=1;AO=4;DP=12;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181833;FXX=0.333056;HRUN=2;LEN=6;MLLD=236.452;QD=41.8103;RBI=0.0181833;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00259156;OID=.;OPOS=142494043;OREF=CAGAAA;OALT=ACTGTG;OMAPALT=ACTGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:8:0:0:4:8:1:0:4:0:0:0:8:0:0 chr7 142495126 . GG AT 292.67 PASS AF=0.590909;AO=23;DP=46;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0255281;FXX=0.0434688;HRUN=5;LEN=2;MLLD=145.518;QD=26.6063;RBI=0.0275826;REFB=0.00692931;REVB=0.0104457;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772773;STB=0.507037;STBP=0.913;TYPE=mnp;VARB=-0.00328755;OID=.;OPOS=142495126;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:18:18:23:26:0.590909:13:10:8:10:14:12:8:10 chr7 142498732 . GAAAAAC GAACAAG 93.22 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0208566;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=4;MLLD=196.959;QD=9.09475;RBI=0.0213085;REFB=-0.00704387;REVB=-0.00436531;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110746;STB=0.586059;STBP=0.46;TYPE=mnp;VARB=0.0124082;OID=.;OPOS=142498735;OREF=AAAC;OALT=CAAG;OMAPALT=GAACAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:11:43:12:41:29:4:8:13:16:93:24:4:7:11:13 chr7 142498813 . G A 837.11 PASS AF=0.72;AO=71;DP=101;FAO=72;FDP=100;FR=.;FRO=28;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00766439;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2582;QD=33.4843;RBI=0.0108428;REFB=-0.0075658;REVB=-0.00766959;RO=28;SAF=45;SAR=26;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131255;STB=0.571656;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00365293;OID=.;OPOS=142498813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:28:28:71:72:0.72:26:45:11:17:26:46:11:17 chr7 142498833 . A T 186.06 PASS AF=0.252252;AO=28;DP=110;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=0.0260305;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4677;QD=6.70492;RBI=0.0470036;REFB=-0.0106458;REVB=0.0391376;RO=75;SAF=9;SAR=19;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376538;STB=0.727456;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0281364;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:75:83:28:28:0.252252:19:9:48:27:19:9:53:30 chr7 142498837 . C T 149.61 PASS AF=0.222222;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=30;FWDB=0.0273831;FXX=0.0181802;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.2072;QD=5.54122;RBI=0.0298155;REFB=-0.00499684;REVB=0.0117952;RO=82;SAF=8;SAR=16;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39172;STB=0.729234;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0103277;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:82:84:24:24:0.222222:16:8:54:28:16:8:54:30 chr7 142498897 . A G 278.58 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.00793998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.098;QD=9.52408;RBI=0.00882283;REFB=-0.00914189;REVB=0.00384694;RO=79;SAF=19;SAR=18;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125882;STB=0.576561;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0225223;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:79:80:37:37:0.316239:18:19:49:30:18:19:50:30 chr7 142499071 . T C 701.27 PASS AF=0.725;AO=58;DP=80;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00293576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.873;QD=35.0634;RBI=0.0088863;REFB=-0.0158651;REVB=-0.00838735;RO=21;SAF=27;SAR=31;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758091;STB=0.534471;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0082482;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:21:22:58:58:0.725:31:27:13:8:31:27:13:9 chr7 142510309 . A G 274.74 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0168046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5299;QD=10.8808;RBI=0.0275362;REFB=0.00594317;REVB=-0.0218139;RO=67;SAF=23;SAR=11;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630107;STB=0.536595;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0145135;OID=.;OPOS=142510309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:67:34:34:0.336634:11:23:42:25:11:23:42:25 chr7 142510350 . G A 449.82 PASS AF=0.363014;AO=51;DP=145;FAO=53;FDP=146;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0172589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.455;QD=12.3238;RBI=0.0190817;REFB=-0.00326572;REVB=0.00813901;RO=89;SAF=34;SAR=17;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124788;STB=0.569088;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0068689;OID=.;OPOS=142510350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:89:93:51:53:0.363014:17:34:50:39:19:34:50:43 chr7 142510446 . G A 624.74 PASS AF=0.375;AO=72;DP=192;FAO=72;FDP=192;FR=.;FRO=120;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=0.0084362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.553;QD=13.0153;RBI=0.0161094;REFB=-0.00890051;REVB=0.0137238;RO=120;SAF=39;SAR=33;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014293;OID=.;OPOS=142510446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:120:120:72:72:0.375:33:39:65:55:33:39:65:55 chr7 142561440 . AC A 113.88 PASS AF=0.727273;AO=15;DP=21;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0900975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9885;QD=20.7055;RBI=0.142276;REFB=-0.167814;REVB=0.110113;RO=6;SAF=14;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.681818;SSSB=0.169147;STB=0.599853;STBP=0.424;TYPE=del;VARB=0.0838494;OID=.;OPOS=142561441;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:15:21:16:22:6:15:1:5:1:24:6:14:1:5:1 chr7 142612740 . T TG 45.86 PASS AF=0.241935;AO=13;DP=64;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0457099;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.7199;QD=2.95844;RBI=0.0486032;REFB=-0.0354563;REVB=0.0165188;RO=49;SAF=2;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509272;STB=0.778139;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.220547;OID=.;OPOS=142612741;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241935:13:64:15:62:47:3:12:26:21:45:49:2:11:27:22 chr7 142659292 . A G 151.65 PASS AF=0.338983;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0611335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.591;QD=10.2814;RBI=0.0611691;REFB=-0.0165223;REVB=0.00208461;RO=37;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243221;STB=0.615264;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0163794;OID=.;OPOS=142659292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:37:39:19:20:0.338983:14:5:17:20:14:6:18:21 chr7 143017807 . G T 2201.67 PASS AF=0.955975;AO=151;DP=159;FAO=152;FDP=159;FR=.;FRO=7;FSAF=143;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00250093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.247;QD=55.3878;RBI=0.011;REFB=-0.213644;REVB=-0.010712;RO=7;SAF=142;SAR=9;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228693;STB=0.511944;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-9.5517e-05;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:159:159:7:7:151:152:0.955975:9:142:7:0:9:143:7:0 chr7 143042837 . C T 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.878;QD=61.2111;RBI=0.0201195;REFB=0;REVB=0.00151307;RO=0;SAF=55;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53303e-05;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:24:55:0:0:24:55:0:0 chr7 143043267 . C T 390.3 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.0344286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6433;QD=14.4554;RBI=0.0602369;REFB=-0.0154458;REVB=0.0494283;RO=60;SAF=17;SAR=27;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959891;STB=0.548366;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0305241;OID=.;OPOS=143043267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:60:63:44:45:0.416667:27:17:18:42:28:17:19:44 chr7 143051155 . A AC 48.05 PASS AF=0.45;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.116463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.8603;QD=9.61042;RBI=0.116511;REFB=-0.0808269;REVB=0.00333521;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25089;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=ins;VARB=0.0900986;OID=.;OPOS=143051156;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:7:21:9:20:11:2:7:4:7:47:14:3:4:3:11 chr7 143053260 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.769;QD=57.545;RBI=0.0340461;REFB=0;REVB=0.0188425;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30172e-05;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:37:21:0:0 chr7 143079517 . G GC 34.32 PASS AF=0.307692;AO=10;DP=42;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0127386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3188;QD=3.52001;RBI=0.114705;REFB=-0.0921743;REVB=0.113996;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.563267;STBP=0.736;TYPE=ins;VARB=0.154826;OID=.;OPOS=143079518;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:10:42:12:39:27:2:10:6:21:34:30:2:8:6:24 chr7 143088823 . T C 310.57 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253764;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.505;QD=54.0121;RBI=0.0554361;REFB=0;REVB=0.0492869;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15619e-05;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr7 143088867 . T C 218.65 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.367;QD=48.5895;RBI=0.0167035;REFB=0;REVB=0.0164874;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227378;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr7 143093538 . G A 1815.5 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4632;QD=60.0166;RBI=0.0402378;REFB=0.193592;REVB=-0.0245683;RO=1;SAF=54;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871445;STB=0.504586;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00159184;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:1:1:118:120:0.991736:64:54:1:0:66:54:1:0 chr7 143097100 . A G 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0200972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2958;QD=9.62324;RBI=0.0389142;REFB=-0.0063072;REVB=-0.0333229;RO=42;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177255;STB=0.605656;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0129901;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:15:5:16:26:15:5:16:26 chr7 143141475 . T C 620.39 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116953;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0081;QD=59.0848;RBI=0.045178;REFB=-0.107725;REVB=0.043638;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00330333;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr7 143175799 . C T 403.75 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0181527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4992;QD=15.8334;RBI=0.0487572;REFB=-0.0156692;REVB=-0.045252;RO=57;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151725;STB=0.5085;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0214317;OID=.;OPOS=143175799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:22:23:30:27:22:23:30:27 chr7 143270163 . G A 34.69 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0171082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.155;QD=1.40162;RBI=0.0232605;REFB=-0.00747025;REVB=-0.0157595;RO=89;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199059;STB=0.648041;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.067886;OID=.;OPOS=143270163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:89:90:9:9:0.0909091:4:5:34:55:4:5:35:55 chr7 143270172 . A G 1161.03 PASS AF=0.85567;AO=82;DP=94;FAO=83;FDP=97;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0128599;FXX=0.0202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6076;QD=47.8777;RBI=0.0933076;REFB=-0.0733846;REVB=-0.0924171;RO=12;SAF=33;SAR=49;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447728;STB=0.515327;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0214073;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:94:97:12:14:82:83:0.85567:49:33:7:5:50:33:7:7 chr7 143632618 . C T 798.14 PASS AF=0.49697;AO=82;DP=165;FAO=82;FDP=165;FR=.;FRO=83;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.00038323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3095;QD=19.3489;RBI=0.0252684;REFB=-0.00867243;REVB=0.0252655;RO=82;SAF=50;SAR=32;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011603;STB=0.503875;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0098188;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:82:83:82:82:0.49697:32:50:49:33:32:50:50:33 chr7 143633297 . A G 150.91 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.015409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.496;QD=12.5757;RBI=0.0162583;REFB=-0.00904645;REVB=0.00518623;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255817;STB=0.650978;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.01204;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:16:15:12:5:16:15 chr7 143657427 . C T 360.93 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0307507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5957;QD=14.2942;RBI=0.056816;REFB=-0.0230538;REVB=-0.047775;RO=59;SAF=21;SAR=20;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315486;STB=0.512566;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0425808;OID=.;OPOS=143657427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:60:41:41:0.405941:20:21:32:27:20:21:32:28 chr7 143657473 . A G 205.69 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0447215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.924;QD=10.8258;RBI=0.0497741;REFB=-0.0171547;REVB=-0.0218507;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197868;STB=0.525335;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0268974;OID=.;OPOS=143657473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:50:26:26:0.342105:14:12:23:25:14:12:25:25 chr7 143657801 . A G 990.99 PASS AF=0.536313;AO=92;DP=175;FAO=96;FDP=179;FR=.;FRO=83;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.0215362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.03;QD=22.1451;RBI=0.0319499;REFB=-0.0203709;REVB=-0.0236006;RO=82;SAF=51;SAR=41;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593667;STB=0.525573;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0163781;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:82:83:92:96:0.536313:41:51:51:31:41:55:52:31 chr7 143701516 . C T 257.77 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0162553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.451;QD=19.8285;RBI=0.0215141;REFB=-0.0289247;REVB=-0.0140933;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705018;STB=0.539313;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0218368;OID=.;OPOS=143701516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:10:15:14:13:10:15 chr7 143701884 . C T 101.9 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0607396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5771;QD=9.05791;RBI=0.0607459;REFB=-0.00269556;REVB=0.000875018;RO=31;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043121;STB=0.547868;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00563151;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:10:3:8:23:10:3:9:23 chr7 143748364 . T C 1413.11 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.639;QD=62.805;RBI=0.0288254;REFB=0;REVB=0.0287922;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20571e-05;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr7 143771408 . G C,T 745.92 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=50,3;DP=53;FAO=51,3;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258401,0.00539081;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.829,76.4729;QD=55.2534;RBI=0.0408088,0.0177615;REFB=0,0;REVB=0.0315855,-0.0169237;RO=0;SAF=34,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00478484,0.104251;OID=.,.;OPOS=143771408,143771408;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:53:54:0:0:50,3:51,3:0.944444,0.0555556:16,3:34,0:0:0:16,3:35,0:0:0 chr7 143771536 . G A 1715.36 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596493;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166;QD=60.7208;RBI=0.0216302;REFB=0;REVB=0.0207914;RO=0;SAF=70;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58129e-05;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:0:0:109:113:1:39:70:0:0:41:72:0:0 chr7 143771937 . G C 1162.82 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.777;QD=60.4063;RBI=0.0354956;REFB=0;REVB=0.0195144;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853341;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:69:77:1:44:25:0:0:49:28:0:0 chr7 143807515 . T G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000937141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.76;QD=62.3489;RBI=0.00594199;REFB=0;REVB=0.00586762;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36921e-05;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr7 143807518 . T C 671.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.743;QD=62.4675;RBI=0.017389;REFB=0;REVB=-0.0105984;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56338e-06;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:21:20:0:0:21:22:0:0 chr7 143826603 . G T 872.18 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727362;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.007;QD=58.1452;RBI=0.00748575;REFB=0;REVB=-0.00176946;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96735e-05;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr7 143826729 . ACTT A 188.81 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189362;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.516;QD=47.2036;RBI=0.0455709;REFB=0;REVB=0.0414503;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00025684;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:17:16:16:0:2:14:0:0:4:0:2:12:0:0 chr7 143884103 . G A 324.64 PASS AF=0.378641;AO=37;DP=101;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0186754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.975;QD=12.6075;RBI=0.0194979;REFB=-0.0271795;REVB=-0.00560353;RO=64;SAF=21;SAR=16;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232161;STB=0.510848;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0435482;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:64:64:37:39:0.378641:16:21:35:29:17:22:35:29 chr7 144015434 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.384;QD=57.1985;RBI=0.0438658;REFB=0;REVB=0.00347043;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438066;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr7 144015437 . C T 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8242;QD=57.1929;RBI=0.0635362;REFB=0;REVB=-0.0626855;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000545351;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr7 144095600 . A G 177.25 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0324044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0405;QD=39.3896;RBI=0.114028;REFB=-0.00474739;REVB=-0.109327;RO=2;SAF=14;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609953;STB=0.533293;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0122403;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:2:14:2:0:2:14:2:0 chr7 144098992 . G A 699.5 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00624923;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7824;QD=52.7922;RBI=0.00662337;REFB=-0.0286915;REVB=0.0021946;RO=2;SAF=42;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384142;STB=0.526305;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00208768;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:2:1:51:52:0.981132:9:42:1:1:9:43:0:1 chr7 148113623 . ATAGTT A 476.09 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315212;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=5;MLLD=271.859;QD=59.5117;RBI=0.0319848;REFB=0;REVB=-0.00542608;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.15438e-05;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:32:32:0:18:14:0:0:4:0:18:14:0:0 chr7 148131742 . G A 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.885;QD=58.9985;RBI=0.046167;REFB=0;REVB=0.0272723;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335201;OID=.;OPOS=148131742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr7 148143136 . A G 3365.33 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.145;QD=62.3209;RBI=0.0558335;REFB=0;REVB=-0.0191425;RO=0;SAF=124;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017088;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:216:0:0:215:216:1:91:124:0:0:92:124:0:0 chr7 148481488 . G A 760.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.985;QD=55.2948;RBI=0.0149688;REFB=0;REVB=0.0102746;RO=0;SAF=44;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146137;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:9:44:0:0:9:46:0:0 chr7 148525904 . C G 271.59 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0197967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.902;QD=14.6807;RBI=0.0223081;REFB=-0.0251451;REVB=-0.0102832;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044585;STB=0.525312;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0336745;OID=.;OPOS=148525904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:11:20:26:17:11:20:26:17 chr7 148638572 . G A 618.91 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0462815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8985;QD=19.341;RBI=0.0485623;REFB=0.0241333;REVB=0.0147081;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708701;STB=0.539135;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0249948;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:32:31:37:28:32:31:37:28 chr7 148700542 . A C 131.47 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0190464;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.416;QD=13.4836;RBI=0.0248762;REFB=-0.0163071;REVB=0.0160019;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221949;STB=0.6314;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.024854;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:10:5:12:10:10:5:13:11 chr7 148712092 . G A 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0196972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.636;QD=17.752;RBI=0.0285892;REFB=0.00836956;REVB=0.020721;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116764;STB=0.565863;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00667249;OID=.;OPOS=148712092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:14:13:9:16:14:13 chr7 148730171 . G A 259.93 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.000395861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.907;QD=14.4404;RBI=0.01107;REFB=-0.0121853;REVB=0.0110629;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814839;STB=0.555519;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0208994;OID=.;OPOS=148730171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:14:15:25:17:15:15:25:17 chr7 148730181 . A G 226.98 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0396435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.317;QD=11.3489;RBI=0.0516018;REFB=-0.0129186;REVB=0.0330323;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162326;STB=0.597277;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0125131;OID=.;OPOS=148730181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:52:28:28:0.35:15:13:30:19:15:13:32:20 chr7 148730191 . C T 353.01 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00847323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8937;QD=15.8654;RBI=0.0401568;REFB=-0.0151681;REVB=-0.0392527;RO=50;SAF=18;SAR=20;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207119;STB=0.609558;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0281209;OID=.;OPOS=148730191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:51:38:38:0.426966:20:18:34:16:20:18:34:17 chr7 148801091 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=368.424;QD=49.5992;RBI=0.0412663;REFB=0;REVB=-0.0395598;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29971e-05;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr7 148801658 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.539;QD=53.2743;RBI=0.0531611;REFB=0;REVB=0.037442;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385216;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr7 148802237 . C T 489.24 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0147213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.484;QD=18.2895;RBI=0.0149513;REFB=-0.0105794;REVB=-0.00261206;RO=55;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113761;STB=0.502054;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.011141;OID=.;OPOS=148802237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:55:51:52:0.485981:21:30:33:22:21:31:33:22 chr7 148802648 . T A 142.64 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0433833;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.173;QD=13.5846;RBI=0.0464569;REFB=-0.00163966;REVB=-0.0166172;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406475;STB=0.523779;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.000840833;OID=.;OPOS=148802648;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:9:17:11:5:9:17 chr7 148822810 . C T 2007.48 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.153;QD=62.2475;RBI=0.0669281;REFB=0;REVB=0.0411939;RO=0;SAF=85;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78198e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:126:129:1:41:85:0:0:42:87:0:0 chr7 148848358 . G A 429.77 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260728;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.87;QD=57.3021;RBI=0.0279858;REFB=0;REVB=0.0101693;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238861;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr7 148851213 . G A 711.64 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0418084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.873;QD=52.7141;RBI=0.0549679;REFB=-0.0854709;REVB=0.0356866;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134251;STB=0.500713;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000776249;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:27:25:1:1:27:25:1:1 chr7 148979047 . C T 52.94 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0164828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.141;QD=21.1756;RBI=0.0198913;REFB=-0.0431196;REVB=-0.0111347;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288883;STB=0.666221;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0112749;OID=.;OPOS=148979047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:3:0:4:3:3:0 chr7 148990665 . C T 819.72 PASS AF=0.436893;AO=90;DP=209;FAO=90;FDP=206;FR=.;FRO=116;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=-0.00880998;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9196;QD=15.9169;RBI=0.0238551;REFB=-0.0220603;REVB=-0.0221686;RO=113;SAF=54;SAR=36;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132502;STB=0.581195;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0248291;OID=.;OPOS=148990665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:206:113:116:90:90:0.436893:36:54:53:60:36:54:53:63 chr7 149112306 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.817;QD=53.2757;RBI=0.0627911;REFB=0;REVB=-0.0626862;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360993;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr7 149152770 . A G 90.0 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0127302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.665;QD=10.5878;RBI=0.0260643;REFB=-0.00727465;REVB=-0.022744;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312258;STB=0.70277;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0143469;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:34:34:22:22:11:12:0.352941:3:8:10:12:3:9:10:12 chr7 149152906 . G A 199.76 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00853629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.66;QD=9.5125;RBI=0.0141438;REFB=0.00891424;REVB=0.0112774;RO=58;SAF=16;SAR=10;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564999;STB=0.533307;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0164281;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:10:16:33:25:10:16:33:25 chr7 149191460 . G A 465.46 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0113914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.402;QD=17.7319;RBI=0.0144674;REFB=-0.0053535;REVB=-0.00891873;RO=55;SAF=17;SAR=33;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134324;STB=0.50746;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00513278;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:33:17:18:37:33:17:18:37 chr7 149243619 . C T 298.47 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00325605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.582;QD=17.5573;RBI=0.028171;REFB=-0.00765506;REVB=-0.0279822;RO=32;SAF=29;SAR=4;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214663;STB=0.646771;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0155921;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:32:33:33:35:0.514706:4:29:24:8:4:31:24:9 chr7 149281900 . T C 554.66 PASS AF=0.461538;AO=57;DP=123;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0476098;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.6637;QD=17.0663;RBI=0.051178;REFB=0.000418586;REVB=0.0187748;RO=66;SAF=40;SAR=17;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150942;STB=0.588838;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00030683;OID=.;OPOS=149281900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:130:66:70:57:60:0.461538:17:40:37:29:17:43:40:30 chr7 149317053 . T C 583.22 PASS AF=0.427586;AO=60;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.00625497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8596;QD=16.0888;RBI=0.014693;REFB=0.00730662;REVB=0.0132951;RO=82;SAF=28;SAR=32;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134264;STB=0.578922;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0117322;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:83:60:62:0.427586:32:28:49:33:34:28:49:34 chr7 149317062 . C T 946.34 PASS AF=0.578231;AO=84;DP=146;FAO=85;FDP=147;FR=.;FRO=62;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0085279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3434;QD=25.7508;RBI=0.03472;REFB=-0.0136018;REVB=0.0336564;RO=62;SAF=51;SAR=33;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148128;STB=0.576905;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0151738;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:62:62:84:85:0.578231:33:51:26:36:34:51:26:36 chr7 149318375 . C T 79.24 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404137;FXX=0.110988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.18;QD=39.6189;RBI=0.0433624;REFB=0;REVB=0.0157172;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214374;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr7 149318471 . C T 302.49 PASS AF=0.563636;AO=29;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0470068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.5677;QD=21.9993;RBI=0.104714;REFB=-0.0291707;REVB=0.0935697;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137931;STB=0.568817;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0228657;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:24:29:31:0.563636:11:18:12:14:12:19:11:13 chr7 149332825 . C T 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00960498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.569;QD=20.2461;RBI=0.0173253;REFB=-0.0261913;REVB=0.0144191;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890834;STB=0.54937;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.022596;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:17:19:14:19:17:19:14:19 chr7 149332839 . AGGTGCC AGGTGC,AGGTGCT,AGTGCCC,AGTGCC 604.07 PASS AF=0.134328,0.462687,0.0746269,0.238806;AO=8,31,4,10;DP=65;FAO=9,31,5,16;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=9,17,0,0;FSAR=0,14,5,16;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0575004,-0.0217966,0.0861406,0.0654002;FXX=0;HRUN=5,5,2,2;LEN=1,1,3,1;MLLD=10.813,205.779,23.483,21.8986;QD=36.064;RBI=0.061382,0.0299769,0.130893,0.206558;REFB=-0.183184,-0.0247433,0.141389,0.0770925;REVB=-0.0214817,-0.0205796,-0.0985532,-0.195932;RO=4;SAF=8,17,0,0;SAR=0,14,4,10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.34,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.775448,-0.0434222,-0.755207,-0.823065;STB=0.997885,0.547039,0.997816,0.999031;STBP=0.212,0.216,0.003,0;TYPE=del,snp,mnp,del;VARB=0.133822,0.0227234,-0.00264275,-0.119319;OID=.,.,.,.;OPOS=149332844,149332845,149332841,149332840;OREF=C,C,GTG,G;OALT=-,T,TGC,-;OMAPALT=AGGTGC,AGGTGCT,AGTGCCC,AGTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.134328,0.462687,0.0746269,0.238806:8,31,4,10:65:9,31,5,16:67:6:9,17,0,0:0,14,5,16:5:1:99:4:8,17,0,0:0,14,4,10:3:1 chr7 149335542 . C T 345.13 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0411709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3368;QD=16.6325;RBI=0.0607873;REFB=0.0173836;REVB=-0.0447219;RO=47;SAF=8;SAR=28;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268195;STB=0.660549;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0221844;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:46:36:37:0.445783:28:8:21:26:29:8:21:25 chr7 149344103 . CTA CTG,TGG 477.23 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=24,2;DP=34;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049901,0.045389;FXX=0.0294031;HRUN=2,4;LEN=1,3;MLLD=182.846,148.197;QD=57.8459;RBI=0.0502186,0.0462569;REFB=0,0;REVB=0.00563934,0.0089182;RO=0;SAF=6,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-4.96403e-05,0.0609655;OID=.,.;OPOS=149344105,149344103;OREF=A,CTA;OALT=G,TGG;OMAPALT=CTG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:33:0:0:24,2:31,2:0.939394,0.0606061:18,0:6,2:0:0:21,0:10,2:0:0 chr7 149423049 . G GC 34.71 PASS AF=0.410256;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.108396;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.49249;QD=3.56005;RBI=0.109163;REFB=-0.0631854;REVB=0.0129154;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303149;STB=0.604675;STBP=0.29;TYPE=ins;VARB=0.00723596;OID=.;OPOS=149423050;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:14:41:16:39:23:11:5:12:11:34:24:11:3:13:11 chr7 149426305 . G GC 969.77 PASS AF=1;AO=81;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.3158;QD=42.6273;RBI=0.0493197;REFB=0;REVB=0.0048074;RO=4;SAF=42;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000764744;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:91:91:91:0:51:40:0:0:18:4:42:39:3:1 chr7 149427409 . T G 2110.35 PASS AF=0.985612;AO=135;DP=137;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0155415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.333;QD=60.7294;RBI=0.0672009;REFB=-0.0216592;REVB=-0.0653791;RO=2;SAF=71;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00072134;STB=0.500263;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000641755;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:139:2:2:135:137:0.985612:64:71:1:1:66:71:1:1 chr7 149462516 . C T 863.16 PASS AF=0.589552;AO=77;DP=132;FAO=79;FDP=134;FR=.;FRO=55;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=0;FWDB=0.0234567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8713;QD=25.7658;RBI=0.0808996;REFB=0.0190891;REVB=0.0774244;RO=54;SAF=54;SAR=23;SRF=54;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311846;STB=0.664638;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0104498;OID=.;OPOS=149462516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:54:55:77:79:0.589552:23:54:54:0:23:56:55:0 chr7 149484798 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0245807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1505;QD=13.455;RBI=0.0253647;REFB=-0.0500317;REVB=-0.00625751;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330769;STB=0.695286;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.024733;OID=.;OPOS=149484798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:6:9:3:8:6:9 chr7 149497058 . G A 1007.27 PASS AF=0.423664;AO=92;DP=259;FAO=111;FDP=262;FR=.,HEALED;FRO=149;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=79;FSRR=70;FWDB=0.0220447;FXX=0.0402916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.325;QD=15.3781;RBI=0.0301542;REFB=-0.0108194;REVB=0.0205745;RO=110;SAF=46;SAR=46;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893032;STB=0.54573;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0180677;OID=.;OPOS=149497058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:262:110:149:92:111:0.423664:46:46:54:56:61:50:79:70 chr7 149500817 . GCCCCCT GCCCCGT,GCCCCT,GCCCCTG 214.7 PASS AF=0.0144928,0.594203,0;AO=4,30,3;DP=72;FAO=1,41,0;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=1,21,0;FSAR=0,20,0;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00619309,0.144502,-0.0278161;FXX=0.028165;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=64.311,10.0424,15.8696;QD=12.4463;RBI=0.0139474,0.144506,0.0521699;REFB=0.0004068,-0.0308725,-0.0243178;REVB=-0.0124971,0.000994849,-0.0441357;RO=26;SAF=4,11,3;SAR=0,19,0;SRF=18;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.559991,-0.269763,0.497058;STB=0.986071,0.576333,0.5;STBP=0.506,0.153,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0307896,0.0869843,0;OID=.,.,.;OPOS=149500822,149500818,149500822;OREF=C,C,CT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GCCCCGT,GCCCCT,GCCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0144928,0.594203,0:4,30,3:72:1,41,0:69:27:1,21,0:0,20,0:19:8:98:26:4,11,3:0,19,0:18:8 chr7 149503843 . T G 1272.02 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2355;QD=60.5724;RBI=0.0724365;REFB=0;REVB=-0.0700812;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294434;OID=.;OPOS=149503843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:45:35:0:0:46:38:0:0 chr7 149503916 . GGATA G 694.54 PASS AF=0.857143;AO=53;DP=62;FAO=66;FDP=77;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00778636;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=4;MLLD=282.053;QD=36.0799;RBI=0.0399252;REFB=-0.0677093;REVB=0.0391585;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523821;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.00973888;OID=.;OPOS=149503917;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:53:62:66:77:11:31:35:7:4:28:0:28:25:0:0 chr7 149506211 . G GC 3280.41 PASS AF=1;AO=284;DP=298;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898477;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.4681;QD=44.3299;RBI=0.0899799;REFB=0;REVB=0.00487614;RO=10;SAF=167;SAR=117;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000332911;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:284:298:296:296:0:176:120:0:0:62:10:167:117:9:1 chr7 149509419 . C T 204.46 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0462809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6688;QD=22.7179;RBI=0.065592;REFB=-0.0118331;REVB=0.04648;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173878;STB=0.597601;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00942162;OID=.;OPOS=149509419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:9:7:13:7:9:7 chr7 149511985 . A G 427.63 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0502843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.762;QD=51.8345;RBI=0.0585919;REFB=-0.0377776;REVB=0.030075;RO=2;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548082;STB=0.529393;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000998933;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:15:16:2:0:15:16:2:0 chr7 149513152 . C T 91.33 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.050558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.572;QD=30.4447;RBI=0.072136;REFB=-0.0648446;REVB=-0.0514537;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12691;STB=0.562382;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0122865;OID=.;OPOS=149513152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:12:2:2:9:10:0.833333:3:6:2:0:3:7:2:0 chr7 149513560 . T C 304.86 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0213699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.571;QD=12.7026;RBI=0.0256951;REFB=-0.0353241;REVB=-0.0142677;RO=61;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296193;STB=0.516985;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0601851;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:18:17:28:33:18:17:28:33 chr7 149515103 . C T 378.77 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0181079;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.552;QD=24.8375;RBI=0.0191303;REFB=-0.0550551;REVB=0.00617046;RO=22;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268385;STB=0.538023;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.031413;OID=.;OPOS=149515103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:22:24:36:37:0.606557:21:15:10:12:22:15:12:12 chr7 149515188 . TAA TA,TAC 361.29 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=26,2;DP=30;FAO=29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535975,-0.00501839;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.5746,7.93381;QD=48.1725;RBI=0.0137032,0.0277552;REFB=0,0;REVB=-0.0126116,-0.0272977;RO=0;SAF=12,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00111892,0.0613163;OID=.,.;OPOS=149515189,149515190;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.966667,0.0333333:26,2:30:29,1:30:0:15,0:14,1:0:0:6:0:12,1:14,1:0:0 chr7 149515754 . A G 95.88 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0370436;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.485;QD=10.9578;RBI=0.0370719;REFB=-0.00521858;REVB=0.00144774;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37774;STB=0.716044;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00816237;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:35:35:21:23:11:12:0.342857:8:3:13:8:9:3:13:10 chr7 149515775 . C G 130.78 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00148428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.588;QD=11.372;RBI=0.0233132;REFB=-0.0138455;REVB=0.0232659;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119751;STB=0.593416;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0147316;OID=.;OPOS=149515775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:30:14:14:0.304348:6:8:13:15:6:8:13:17 chr7 149515796 . C T 238.32 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0171447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.201;QD=16.157;RBI=0.0171662;REFB=-0.0102372;REVB=-0.000859248;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12873;STB=0.563863;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0154603;OID=.;OPOS=149515796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:12:15:13:18:12:15:14:18 chr7 149516486 . A G 229.3 PASS AF=0.325843;AO=25;DP=87;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=0.000127806;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.863;QD=10.3054;RBI=0.0110101;REFB=-0.023553;REVB=-0.0110094;RO=62;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539598;STB=0.560459;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0477691;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:62:60:25:29:0.325843:19:6:17:45:19:10:16:44 chr7 149516881 . G T 394.51 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00738046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.648;QD=17.5335;RBI=0.00940845;REFB=-0.0279685;REVB=0.00583505;RO=49;SAF=29;SAR=11;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15059;STB=0.588935;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0317647;OID=.;OPOS=149516881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:40:41:0.455556:11:29:29:20:11:30:29:20 chr7 149517793 . G A 321.07 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0237646;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7629;QD=16.0533;RBI=0.031168;REFB=-0.00945654;REVB=-0.0201666;RO=45;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185977;STB=0.60486;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0127223;OID=.;OPOS=149517793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:45:35:35:0.4375:13:22:20:25:13:22:20:25 chr7 149518148 . A G 125.66 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.12436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3649;QD=17.3328;RBI=0.157876;REFB=-0.0142651;REVB=-0.0972586;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585624;STB=0.529369;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00924837;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:15:14:14:0.482759:10:4:3:10:10:4:5:10 chr7 149518532 . TC T 432.59 PASS AF=0.746988;AO=48;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0148175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6216;QD=20.8478;RBI=0.248012;REFB=-0.0457864;REVB=0.247569;RO=28;SAF=19;SAR=29;SRF=6;SRR=22;SSEN=0.227976;SSEP=0;SSSB=0.132826;STB=0.515107;STBP=0.658;TYPE=del;VARB=0.0420605;OID=.;OPOS=149518533;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.746988:48:83:62:83:21:21:41:6:15:57:28:19:29:6:22 chr7 149518961 . T C 1095.27 PASS AF=0.375367;AO=121;DP=338;FAO=128;FDP=341;FR=.;FRO=213;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=75;FSRR=138;FWDB=-0.0249246;FXX=0.00583073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6932;QD=12.8477;RBI=0.0260807;REFB=-0.0218381;REVB=-0.00767905;RO=211;SAF=50;SAR=71;SRF=75;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679555;STB=0.525544;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0346386;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:341:211:213:121:128:0.375367:71:50:75:136:78:50:75:138 chr7 149519184 . C T 259.21 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0175815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.378;QD=14.2035;RBI=0.0442079;REFB=-0.0148587;REVB=0.0405615;RO=43;SAF=23;SAR=7;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936072;STB=0.553513;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0190141;OID=.;OPOS=149519184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:7:23:30:13:7:23:30:13 chr7 149521183 . G A 494.61 PASS AF=0.5;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00315522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.772;QD=20.6086;RBI=0.00669568;REFB=-0.00997522;REVB=-0.00590565;RO=47;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122387;STB=0.572509;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0127695;OID=.;OPOS=149521183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:47:48:48:48:0.5:26:22:28:19:26:22:29:19 chr7 149521544 . C T 313.48 PASS AF=0.36;AO=35;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0619004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7959;QD=12.5391;RBI=0.0633401;REFB=-0.0278117;REVB=0.0134279;RO=55;SAF=22;SAR=13;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032455;STB=0.530752;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0592188;OID=.;OPOS=149521544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:64:35:36:0.36:13:22:33:22:13:23:38:26 chr7 149522162 . G T 1602.92 PASS AF=0.516667;AO=152;DP=298;FAO=155;FDP=300;FR=.;FRO=145;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=93;FSRR=52;FWDB=0.030717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1803;QD=21.3722;RBI=0.0808935;REFB=0.00257111;REVB=0.0748346;RO=143;SAF=78;SAR=74;SRF=91;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109806;STB=0.55783;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00245024;OID=.;OPOS=149522162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:300:143:145:152:155:0.516667:74:78:91:52:74:81:93:52 chr7 149522366 . T G 209.41 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0363345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0672;QD=13.7318;RBI=0.0629842;REFB=-0.0217735;REVB=-0.0514473;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095417;STB=0.554211;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.020908;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:9:16:26:10:9:16:26:10 chr7 149523277 . A G 859.98 PASS AF=0.45283;AO=90;DP=206;FAO=96;FDP=212;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.00427095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.449;QD=16.226;RBI=0.0158569;REFB=-0.0269552;REVB=-0.0152709;RO=113;SAF=39;SAR=51;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268889;STB=0.539849;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0351307;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:212:113:116:90:96:0.45283:51:39:46:67:51:45:46:70 chr7 149528262 . C T 368.86 PASS AF=0.4875;AO=33;DP=74;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0308517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9954;QD=18.4429;RBI=0.0638921;REFB=-0.0374746;REVB=0.0559497;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830701;STB=0.536946;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0887918;OID=.;OPOS=149528262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:40:41:33:39:0.4875:16:17:24:16:18:21:25:16 chr7 149530894 . G A 307.37 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00405848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.115;QD=19.83;RBI=0.00631612;REFB=-0.00468589;REVB=0.00483964;RO=30;SAF=23;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180751;STB=0.575578;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00560396;OID=.;OPOS=149530894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:29:32:33:0.532258:9:23:16:14:10:23:16:13 chr7 149556518 . C T 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00325409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.435;QD=24.3903;RBI=0.00537088;REFB=-0.0155262;REVB=0.00427286;RO=34;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566131;STB=0.531032;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0148292;OID=.;OPOS=149556518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:21:25:16:18:21:25:16:18 chr7 149558409 . G C 272.83 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.605;QD=51.9667;RBI=0.136051;REFB=0;REVB=0.134644;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807679;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr7 149559273 . C T 903.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.392;QD=58.2703;RBI=0.0224509;REFB=0;REVB=0.00663401;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3518e-05;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:29:31:0:0:30:32:0:0 chr7 149559465 . C T 1374.66 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0123189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1328;QD=57.2774;RBI=0.0230816;REFB=-0.0236233;REVB=0.0195194;RO=5;SAF=51;SAR=40;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035881;STB=0.51896;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000751312;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:96:96:5:5:91:91:0.947917:40:51:1:4:40:51:1:4 chr7 149576818 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.989;QD=52.6132;RBI=0.0514207;REFB=0;REVB=0.0217861;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107302;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 150093701 . A C 415.82 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=106;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0152394;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.469;QD=15.5445;RBI=0.0188791;REFB=-0.00965551;REVB=0.0111438;RO=57;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690589;STB=0.529963;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0108356;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:57:60:46:47:0.439252:21:25:27:30:21:26:30:30 chr7 150217089 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.269;QD=61.5114;RBI=0.0631403;REFB=0.0683461;REVB=0.0514959;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000236508;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:49:48:0.979592:21:28:0:0:21:27:1:0 chr7 150217248 . A G 1563.1 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.162;QD=63.8001;RBI=0.0236372;REFB=0;REVB=0.0230988;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77801e-05;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:56:42:0:0 chr7 150218002 . C T 1195.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000313427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.731;QD=60.522;RBI=0.0323847;REFB=0;REVB=0.0323832;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63877e-05;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:31:47:0:0:32:47:0:0 chr7 150324825 . C T 208.82 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0237395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.297;QD=25.3115;RBI=0.0242172;REFB=-0.0190816;REVB=-0.00478621;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474005;STB=0.506323;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.014007;OID=.;OPOS=150324825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:12:8:4:8:12:8:5:8 chr7 150325175 . C T 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0316655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6912;QD=24.7069;RBI=0.0701864;REFB=0.00767253;REVB=0.0626373;RO=17;SAF=17;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185739;STB=0.603965;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00193861;OID=.;OPOS=150325175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:6:17:9:8:6:17:9:8 chr7 150326191 . A G 194.33 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0133039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.573;QD=12.3385;RBI=0.0215183;REFB=-0.0133851;REVB=-0.0169128;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585885;STB=0.533747;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0365293;OID=.;OPOS=150326191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:11:13:19:20:11:13:19:20 chr7 150326562 . T G 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00591881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.354;QD=11.1067;RBI=0.0254875;REFB=-0.00537893;REVB=-0.0247907;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00603911;OID=.;OPOS=150326562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:3:4:3:6:3:4:4:6 chr7 150326819 . C T 221.2 PASS AF=0.348485;AO=17;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.014586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.387;QD=13.4058;RBI=0.0249034;REFB=-0.00980235;REVB=-0.0201848;RO=37;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643875;STB=0.535786;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0348835;OID=.;OPOS=150326819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:17:23:0.348485:6:11:22:15:11:12:22:16 chr7 150327024 . C T 464.65 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=17;FWDB=-0.0233722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.719;QD=15.1106;RBI=0.0418451;REFB=-0.0198187;REVB=-0.0347095;RO=67;SAF=40;SAR=12;SRF=51;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112972;STB=0.50699;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.027255;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:71:52:52:0.422764:12:40:51:16:12:40:54:17 chr7 150488616 . A G 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.010631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.329;QD=11.9714;RBI=0.0178325;REFB=-0.0220991;REVB=-0.0143171;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626668;STB=0.5368;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0226306;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:11:6:10:23:11:6:10:23 chr7 150491084 . T G 170.16 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0130159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.694;QD=17.9113;RBI=0.0298914;REFB=-0.0183141;REVB=-0.0269088;RO=20;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052925;STB=0.530268;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0167429;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:3:15:16:4:3:15:16:4 chr7 150500729 . A G 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164286;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.971;QD=57.2354;RBI=0.0164694;REFB=0;REVB=0.00115944;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89588e-05;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr7 150501455 . G T 653.75 PASS AF=0.591837;AO=49;DP=89;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00674326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.238;QD=26.6835;RBI=0.0244215;REFB=-0.0206358;REVB=0.0234721;RO=40;SAF=26;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862206;STB=0.516649;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0139071;OID=.;OPOS=150501455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:98:40:40:49:58:0.591837:23:26:17:23:31:27:17:23 chr7 150501516 . A G 1682.43 PASS AF=1;AO=83;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326859;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1249;QD=59.5549;RBI=0.0519145;REFB=0;REVB=0.0403329;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557053;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:83:113:1:37:46:0:0:67:46:0:0 chr7 150501517 . C G 119.49 PASS AF=0.245614;AO=23;DP=106;FAO=28;FDP=114;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0311322;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.2708;QD=4.19262;RBI=0.0717578;REFB=-0.0514077;REVB=0.0646527;RO=83;SAF=0;SAR=23;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.780173;STB=0.947716;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.13728;OID=.;OPOS=150501517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:114:83:86:23:28:0.245614:23:0:45:38:27:1:45:41 chr7 150553717 . G A 540.81 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0082903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.209;QD=16.5134;RBI=0.015978;REFB=-0.016056;REVB=-0.0136589;RO=73;SAF=32;SAR=26;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126387;STB=0.570505;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.02304;OID=.;OPOS=150553717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:73:58:58:0.442748:26:32:31:42:26:32:31:42 chr7 150554887 . G A 307.66 PASS AF=0.432099;AO=33;DP=74;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0123179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.051;QD=15.1933;RBI=0.0216918;REFB=-0.0150235;REVB=-0.017855;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194657;STB=0.633261;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0329934;OID=.;OPOS=150554887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:41:46:33:35:0.432099:17:16:28:13:19:16:32:14 chr7 150555915 . A G 902.84 PASS AF=0.470297;AO=95;DP=203;FAO=95;FDP=202;FR=.;FRO=107;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.0218339;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.207;QD=17.8781;RBI=0.0253672;REFB=-0.0300681;REVB=-0.0129142;RO=107;SAF=63;SAR=32;SRF=63;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773939;STB=0.542848;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0244848;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:107:107:95:95:0.470297:32:63:63:44:32:63:63:44 chr7 150556002 . T C 2529.18 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.041;QD=61.6872;RBI=0.0351761;REFB=0;REVB=-0.0344488;RO=0;SAF=82;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53754e-05;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:161:164:1:79:82:0:0:80:84:0:0 chr7 150556055 . CG GC 1295.68 PASS AF=0.988506;AO=82;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261296;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.951;QD=59.5716;RBI=0.0264062;REFB=0.249928;REVB=-0.00381225;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108864;STB=0.505746;STBP=0.527;TYPE=mnp;VARB=-0.00101017;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:82:86:0.988506:43:39:0:1:43:43:0:1 chr7 150557622 . G A 771.53 PASS AF=0.548148;AO=73;DP=133;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0098909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.619;QD=22.8601;RBI=0.0181437;REFB=-0.0238953;REVB=0.0152106;RO=60;SAF=42;SAR=31;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350971;STB=0.519548;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0230334;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:60:61:73:74:0.548148:31:42:37:23:31:43:38:23 chr7 150557665 . C G 338.61 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0275779;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.503;QD=17.3646;RBI=0.0278193;REFB=-0.0279943;REVB=0.00365623;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158898;STB=0.55841;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0275333;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:30:36:0.461538:16:14:25:15:18:18:25:16 chr7 150648198 . A G 627.38 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3744;QD=61.208;RBI=0.049345;REFB=0;REVB=0.0356302;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056415;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr7 150648789 . T C 970.82 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.096;QD=58.8374;RBI=0.00993517;REFB=0;REVB=-0.00813385;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36184e-06;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:40:25:0:0:41:25:0:0 chr7 150649531 . G A 666.17 PASS AF=0.507576;AO=60;DP=125;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.0117376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.261;QD=20.187;RBI=0.112297;REFB=-0.0124926;REVB=0.111682;RO=64;SAF=37;SAR=23;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712715;STB=0.562873;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0118872;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:64:65:60:67:0.507576:23:37:44:20:30:37:44:21 chr7 150649603 . G A 1047.98 PASS AF=0.55;AO=99;DP=182;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.00578689;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.084;QD=23.2885;RBI=0.0547993;REFB=-0.0127873;REVB=0.0544929;RO=83;SAF=50;SAR=49;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1017;STB=0.561687;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0108491;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:83:81:99:99:0.55:49:50:52:31:49:50:52:29 chr7 150695726 . T C 716.96 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.614;QD=62.3447;RBI=0.0103531;REFB=0;REVB=-0.0040967;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30227e-05;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:13:32:0:0:13:33:0:0 chr7 150696110 . A AG 1255.83 PASS AF=1;AO=24;DP=225;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.214479;FXX=0.382205;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.4924;QD=36.139;RBI=0.216063;REFB=0.0209796;REVB=0.0261176;RO=186;SAF=4;SAR=20;SRF=88;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00105727;OID=.;OPOS=150696111;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:225:139:139:0:24:115:0:0:8:186:4:20:88:98 chr7 150696111 . T C,G 3150.47 PASS AF=0.0941704,0.901345;AO=25,185;DP=210;FAO=21,201;FDP=223;FR=.;FRO=1;FSAF=1,103;FSAR=20,98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00164024,0.0166157;FXX=0.00888849;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.0793,102.748;QD=56.5106;RBI=0.0233827,0.0276925;REFB=-0.195194,-0.0603453;REVB=-0.0233251,0.0221539;RO=0;SAF=4,88;SAR=21,97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.661e-08,0;STB=0.666462,0.502415;STBP=0.037,0.521;TYPE=snp,snp;VARB=0.10602,-0.00174465;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:210:223:0:1:25,185:21,201:0.0941704,0.901345:21,97:4,88:0:0:20,98:1,103:1:0 chr7 150704250 . C G 1062.19 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7019;QD=59.8415;RBI=0.0999174;REFB=0;REVB=-0.0998621;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799822;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr7 150710817 . C T 474.02 PASS AF=0.5;AO=49;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0165489;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.34;QD=18.9607;RBI=0.0924084;REFB=-0.0137351;REVB=0.0909145;RO=51;SAF=36;SAR=13;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976728;STB=0.536008;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0167574;OID=.;OPOS=150710817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:50:49:50:0.5:13:36:33:18:14:36:33:17 chr7 150715817 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.545;QD=33.4285;RBI=0.0352288;REFB=0;REVB=-0.0351374;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000921517;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 150733025 . T A 490.86 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=2.98208e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.517;QD=19.2495;RBI=0.0272922;REFB=-0.0217375;REVB=0.0272922;RO=50;SAF=31;SAR=20;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186435;STB=0.598417;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0309548;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:51:51:0.5:20:31:20:30:20:31:21:30 chr7 150734380 . T C 509.43 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.036162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3569;QD=21.0072;RBI=0.0941676;REFB=-0.0389004;REVB=-0.0869474;RO=41;SAF=23;SAR=26;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757689;STB=0.504852;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0325718;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:97:41:48:49:49:0.505155:26:23:23:18:26:23:23:25 chr7 150752608 . T G 446.67 PASS AF=0.666667;AO=39;DP=61;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0581468;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8844;QD=28.3601;RBI=0.0807566;REFB=-0.0176568;REVB=0.0560408;RO=20;SAF=20;SAR=19;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132237;STB=0.571072;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00723022;OID=.;OPOS=150752608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:20:21:39:42:0.666667:19:20:6:14:19:23:7:14 chr7 150761314 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0195889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.116;QD=15.7844;RBI=0.0258805;REFB=-0.0492443;REVB=0.0169137;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606075;STB=0.534835;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0860066;OID=.;OPOS=150761314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:13:4:4:10:13:4 chr7 150763655 . T A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8923;QD=48.7344;RBI=0.0523731;REFB=0;REVB=0.0363352;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67437e-05;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 150765065 . T C 3989.94 PASS AF=1;AO=256;DP=259;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257737;FXX=0.011538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.343;QD=62.1002;RBI=0.0355471;REFB=-0.0322317;REVB=0.0244809;RO=1;SAF=136;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5276e-06;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:257:1:0:256:257:1:120:136:0:1:121:136:0:0 chr7 150768786 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.63;QD=62.9812;RBI=0.0548407;REFB=0;REVB=0.0206565;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33701e-05;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr7 150773786 . G C 140.54 PASS AF=0.362069;AO=13;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00383636;FXX=0.0333278;HRUN=7;LEN=1;MLLD=13.6272;QD=9.6926;RBI=0.0450633;REFB=-0.0320113;REVB=0.0448997;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136804;STB=0.51213;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.12878;OID=.;OPOS=150773786;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:59:58:13:25:13:21:0.362069:6:7:9:4:8:13:16:9 chr7 150773807 . A C,T 784.84 PASS AF=0.0615385,0.861538;AO=4,55;DP=65;FAO=4,56;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=2,31;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0459147,0.0267643;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.3283,150.641;QD=48.2979;RBI=0.0459488,0.0267643;REFB=-0.00293265,-0.0239173;REVB=0.00176841,1.31372e-05;RO=1;SAF=2,31;SAR=2,24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166656,0.0192354;STB=0.77681,0.545438;STBP=0.396,0.029;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0160108,0.00128216;OID=.,.;OPOS=150773807,150773807;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:65:65:1:5:4,55:4,56:0.0615385,0.861538:2,24:2,31:0:1:2,25:2,31:0:5 chr7 150873754 . G A 225.15 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0409227;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5938;QD=10.8507;RBI=0.0617721;REFB=-0.018983;REVB=0.0462723;RO=54;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654647;STB=0.50467;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0412373;OID=.;OPOS=150873754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:55:28:28:0.337349:18:10:19:35:18:10:20:35 chr7 150878260 . C G 206.88 PASS AF=0.356164;AO=23;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0653414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1915;QD=11.3361;RBI=0.0737722;REFB=-0.0325225;REVB=-0.0342468;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764786;STB=0.595762;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0412405;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:47:23:26:0.356164:14:9:15:24:17:9:23:24 chr7 150878332 . G A 338.38 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00491681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.845;QD=15.0392;RBI=0.0188638;REFB=-0.0159105;REVB=0.0182118;RO=50;SAF=24;SAR=12;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768548;STB=0.504597;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0381618;OID=.;OPOS=150878332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:50:53:36:37:0.411111:12:24:33:17:13:24:34:19 chr7 150883593 . G A 759.97 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=129;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00304052;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.777;QD=23.565;RBI=0.0138829;REFB=-0.0293034;REVB=0.0135459;RO=56;SAF=40;SAR=32;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304614;STB=0.51304;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0277624;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:57:72:72:0.55814:32:40:29:27:32:40:30:27 chr7 150916228 . G A 218.81 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0349597;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.596;QD=17.1617;RBI=0.0392164;REFB=-0.0409036;REVB=-0.0177692;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384253;STB=0.521721;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0433936;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:27:27:24:24:0.470588:8:16:17:10:8:16:17:10 chr7 150921950 . A G 802.22 PASS AF=0.477011;AO=83;DP=173;FAO=83;FDP=174;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0215112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.111;QD=18.4419;RBI=0.0320544;REFB=-0.0135519;REVB=-0.0237645;RO=90;SAF=46;SAR=37;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513443;STB=0.531377;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0193214;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:90:91:83:83:0.477011:37:46:45:45:37:46:45:46 chr7 150931268 . C G 408.67 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.022957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9276;QD=18.5759;RBI=0.0548824;REFB=0.000400608;REVB=-0.0498504;RO=45;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941844;STB=0.557686;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000937559;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:22:20:26:19:22:20:27:19 chr7 150934975 . C G 409.99 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00228655;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.178;QD=20.4993;RBI=0.025652;REFB=-0.0212482;REVB=-0.0255499;RO=39;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472222;STB=0.526141;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0192369;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:39:41:41:0.5125:19:22:23:16:19:22:23:16 chr7 151049231 . C T 1025.62 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00144645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.041;QD=55.4389;RBI=0.00215224;REFB=-0.106229;REVB=-0.00159371;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.50762;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000806654;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:1:3:71:71:0.959459:34:37:1:0:34:37:1:2 chr7 151097314 . A G 923.95 PASS AF=0.394052;AO=106;DP=270;FAO=106;FDP=269;FR=.;FRO=163;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=89;FSRR=74;FWDB=-0.0455196;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.911;QD=13.739;RBI=0.0511229;REFB=-0.0224804;REVB=-0.0232705;RO=156;SAF=47;SAR=59;SRF=84;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10107;STB=0.56209;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0320839;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:156:163:106:106:0.394052:59:47:84:72:59:47:89:74 chr7 151097323 . A G 3900.58 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843811;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.787;QD=63.9439;RBI=0.0202146;REFB=0;REVB=-0.0183692;RO=0;SAF=121;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.69971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33629e-06;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:244:0:0:244:244:1:123:121:0:0:123:121:0:0 chr7 151133271 . G A 1125.02 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000221706;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.986;QD=60.8121;RBI=0.0165032;REFB=0;REVB=0.0165017;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390464;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr7 151168534 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.659;QD=58.4182;RBI=0.011003;REFB=0;REVB=-0.00109072;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11193e-06;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr7 151257523 . GA G 45.48 PASS AF=0.257576;AO=21;DP=67;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0749895;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.9275;QD=2.75651;RBI=0.16803;REFB=-0.0423334;REVB=-0.150369;RO=42;SAF=2;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0.32008;SSEP=0;SSSB=-0.499708;STB=0.789067;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.0717292;OID=.;OPOS=151257524;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257576:21:67:17:66:49:2:15:20:29:45:42:2:19:17:25 chr7 151478438 . A AG 32.46 PASS AF=0.26087;AO=3;DP=25;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0400112;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.4272;QD=5.64448;RBI=0.0600562;REFB=-0.0103881;REVB=-0.0447868;RO=19;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629797;STB=0.792598;STBP=0.147;TYPE=ins;VARB=0.0291431;OID=.;OPOS=151478439;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:3:25:6:23:17:1:5:9:8:32:19:0:3:11:8 chr7 151504019 . T C 106.36 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0119624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.391;QD=14.6705;RBI=0.0191035;REFB=-0.0174743;REVB=-0.0148945;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378979;STB=0.741696;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0167834;OID=.;OPOS=151504019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:29:16:16:8:8:0.275862:1:7:10:6:1:7:10:6 chr7 151504459 . G A 260.38 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0132252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.957;QD=16.0235;RBI=0.0134731;REFB=-0.013414;REVB=-0.00257262;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282305;STB=0.502755;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0189757;OID=.;OPOS=151504459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:10:19:22:13:11:19:22:13 chr7 151504498 . C T 298.14 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.024006;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.242;QD=15.488;RBI=0.0312669;REFB=-0.00741306;REVB=-0.0200332;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632225;STB=0.513916;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00888661;OID=.;OPOS=151504498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:44:33:33:0.428571:12:21:23:17:12:21:27:17 chr7 151504499 . G A 392.99 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0194733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.285;QD=19.6497;RBI=0.0259123;REFB=-0.00850893;REVB=0.017095;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109028;STB=0.551923;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0394369;OID=.;OPOS=151504499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:17:23:27:12:17:23:27:13 chr7 151504634 . G A 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0041415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.362;QD=20.9596;RBI=0.0350871;REFB=-0.0190295;REVB=-0.0348418;RO=40;SAF=14;SAR=29;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117442;STB=0.565133;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.021614;OID=.;OPOS=151504634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:29:14:18:22:29:14:18:22 chr7 151597368 . G A 202.52 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0164244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1515;QD=14.2116;RBI=0.0895913;REFB=-0.0340597;REVB=-0.088073;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039205;STB=0.522369;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0654723;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:18:15:10:14:18:15 chr7 151668063 . A G 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00307859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.662;QD=12.5473;RBI=0.0118448;REFB=-0.00358109;REVB=-0.0114377;RO=44;SAF=17;SAR=10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441127;STB=0.525367;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00575468;OID=.;OPOS=151668063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:10:17:26:18:10:17:26:18 chr7 151680072 . T C 2101.44 PASS AF=0.992806;AO=135;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00931906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3208;QD=60.473;RBI=0.112283;REFB=-0.0730481;REVB=0.111896;RO=3;SAF=69;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734622;STB=0.503649;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000451028;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:3:1:135:138:0.992806:66:69:1:2:68:70:0:1 chr7 151932908 . T C 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.018173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2046;QD=3.55383;RBI=0.047771;REFB=-0.0120061;REVB=-0.0441793;RO=48;SAF=4;SAR=5;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323931;STB=0.703309;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0701617;OID=.;OPOS=151932908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:48:49:9:9:0.155172:5:4:34:14:5:4:34:15 chr7 151932969 . A G 299.21 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0259173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.637;QD=23.9364;RBI=0.0268276;REFB=-0.0108671;REVB=-0.00692912;RO=22;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175092;STB=0.616346;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0113527;OID=.;OPOS=151932969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:26:27:0.54:7:19:12:10:7:20:12:11 chr7 151945007 . C T 2108.04 PASS AF=0.528796;AO=202;DP=382;FAO=202;FDP=382;FR=.;FRO=180;FSAF=200;FSAR=2;FSRF=174;FSRR=6;FWDB=-0.00741474;FXX=0.0026109;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.339;QD=22.0737;RBI=0.0191785;REFB=-0.00756118;REVB=-0.0176872;RO=180;SAF=200;SAR=2;SRF=174;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323599;STB=0.681407;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00607352;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:180:180:202:202:0.528796:2:200:174:6:2:200:174:6 chr7 151945051 . A G 122.22 PASS AF=0.0730479;AO=56;DP=783;FAO=58;FDP=794;FR=.;FRO=736;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=432;FSRR=304;FWDB=0.00930163;FXX=0.00125785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.426;QD=0.615732;RBI=0.0560682;REFB=0.000573338;REVB=-0.0552912;RO=673;SAF=13;SAR=43;SRF=405;SRR=268;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408186;STB=0.815184;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0135234;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:783:794:673:736:56:58:0.0730479:43:13:405:268:45:13:432:304 chr7 151945071 . G GT 494.28 PASS AF=0.213217;AO=167;DP=817;FAO=171;FDP=802;FR=.;FRO=631;FSAF=86;FSAR=85;FSRF=326;FSRR=305;FWDB=0.0822351;FXX=0.0110973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1617;QD=2.46523;RBI=0.102212;REFB=0.00739044;REVB=-0.0607013;RO=640;SAF=81;SAR=86;SRF=332;SRR=308;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436544;STB=0.510792;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=-0.0312532;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213217:167:817:171:802:631:86:85:326:305:99:640:81:86:332:308 chr7 151945101 . G C 161.9 PASS AF=0.0853147;AO=59;DP=710;FAO=61;FDP=715;FR=.;FRO=654;FSAF=10;FSAR=51;FSRF=352;FSRR=302;FWDB=-0.0125293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7814;QD=0.905727;RBI=0.0302135;REFB=-0.00585714;REVB=0.0274931;RO=651;SAF=9;SAR=50;SRF=349;SRR=302;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448919;STB=0.839377;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0581171;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:710:715:651:654:59:61:0.0853147:50:9:349:302:51:10:352:302 chr7 151945140 . C T 1778.87 PASS AF=0.43379;AO=191;DP=440;FAO=190;FDP=438;FR=.;FRO=248;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=112;FSRR=136;FWDB=-0.0421711;FXX=0.00454535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3515;QD=16.2454;RBI=0.054451;REFB=-0.0169063;REVB=-0.0344456;RO=246;SAF=97;SAR=94;SRF=111;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575045;STB=0.530358;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0211846;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:438:246:248:191:190:0.43379:94:97:111:135:94:96:112:136 chr7 151945167 . G T 907.48 PASS AF=0.4;AO=104;DP=261;FAO=104;FDP=260;FR=.;FRO=156;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=78;FSRR=78;FWDB=0.00472447;FXX=0.00383127;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.928;QD=13.9613;RBI=0.00476878;REFB=-0.0153315;REVB=0.000648596;RO=156;SAF=58;SAR=46;SRF=78;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620379;STB=0.534794;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0225211;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:156:156:104:104:0.4:46:58:78:78:46:58:78:78 chr7 151945204 . G A 300.3 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0676667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.869;QD=11.6621;RBI=0.0725132;REFB=-0.00564366;REVB=0.0260651;RO=65;SAF=28;SAR=9;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434345;STB=0.753027;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0113556;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:66:37:37:0.359223:9:28:24:41:9:28:24:42 chr7 151962176 . T A 273.17 PASS AF=0.210762;AO=45;DP=225;FAO=47;FDP=223;FR=.;FRO=176;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=71;FSRR=105;FWDB=-0.00338788;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.79;QD=4.8999;RBI=0.0197461;REFB=-0.00449384;REVB=-0.0194533;RO=176;SAF=22;SAR=23;SRF=71;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110522;STB=0.55157;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0176506;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:223:176:176:45:47:0.210762:23:22:71:105:25:22:71:105 chr7 151970856 . T A 4147.02 PASS AF=0.665399;AO=349;DP=527;FAO=350;FDP=526;FR=.;FRO=176;FSAF=171;FSAR=179;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.0209984;FXX=0.00378781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6136;QD=31.5363;RBI=0.0217056;REFB=-0.0349467;REVB=0.0054957;RO=176;SAF=170;SAR=179;SRF=93;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258621;STB=0.513328;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00871203;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:527:526:176:176:349:350:0.665399:179:170:93:83:179:171:93:83 chr7 151970931 . G A 235.63 PASS AF=0.221591;AO=38;DP=177;FAO=39;FDP=176;FR=.;FRO=137;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=-0.0510684;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7945;QD=5.3553;RBI=0.0706401;REFB=-0.0114811;REVB=-0.0488062;RO=139;SAF=17;SAR=21;SRF=70;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717184;STB=0.552866;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0281204;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:139:137:38:39:0.221591:21:17:70:69:22:17:69:68 chr7 152099906 . T A 1049.19 PASS AF=0.569767;AO=98;DP=172;FAO=98;FDP=172;FR=.;FRO=74;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0283926;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.019;QD=24.3999;RBI=0.0308862;REFB=-0.0142082;REVB=-0.0121581;RO=73;SAF=56;SAR=42;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251987;STB=0.516181;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00967199;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:73:74:98:98:0.569767:42:56:44:29:42:56:45:29 chr7 152099917 . G A 974.13 PASS AF=0.563636;AO=93;DP=165;FAO=93;FDP=165;FR=.;FRO=72;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00189467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.535;QD=23.6153;RBI=0.00224492;REFB=-0.00996053;REVB=-0.00120411;RO=71;SAF=54;SAR=39;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891693;STB=0.507443;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00682328;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:71:72:93:93:0.563636:39:54:42:29:39:54:43:29 chr7 152099924 . T C 934.45 PASS AF=0.554878;AO=89;DP=164;FAO=91;FDP=164;FR=.;FRO=73;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.0356557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.767;QD=22.7915;RBI=0.0371897;REFB=-0.0169464;REVB=0.0105712;RO=73;SAF=53;SAR=36;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055307;STB=0.502011;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0109938;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:73:73:89:91:0.554878:36:53:43:30:37:54:43:30 chr7 154172154 . G A 627.23 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0522927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.002;QD=18.864;RBI=0.052623;REFB=0.000468986;REVB=-0.00588677;RO=69;SAF=38;SAR=26;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430972;STB=0.523826;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000731996;OID=.;OPOS=154172154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:69:64:64:0.481203:26:38:44:25:26:38:44:25 chr7 154429560 . C T 1601.6 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.78;QD=59.873;RBI=0.0171365;REFB=0;REVB=0.00272068;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8661e-05;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:105:107:1:57:48:0:0:57:50:0:0 chr7 154461112 . A G 635.13 PASS AF=0.395604;AO=72;DP=182;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.017985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8334;QD=13.959;RBI=0.042008;REFB=0.00880939;REVB=0.0379633;RO=109;SAF=36;SAR=36;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736799;STB=0.543944;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0112223;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:109:110:72:72:0.395604:36:36:47:62:36:36:47:63 chr7 154667628 . A G 850.65 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340516;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4759;QD=57.6715;RBI=0.0395676;REFB=0;REVB=0.0201515;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000665679;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr7 154672662 . C T 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.357;QD=60.2016;RBI=0.0207463;REFB=0;REVB=0.0200054;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4059e-05;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr7 154679447 . G A 1609.55 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270167;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7733;QD=60.1701;RBI=0.0272692;REFB=0;REVB=0.00370231;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34946e-05;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:44:63:0:0:44:63:0:0 chr7 154681050 . C T 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-4.1149e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.494;QD=54.6514;RBI=0.0187872;REFB=-0.0568133;REVB=0.0187872;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00336012;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:1:0:30:22:1:0 chr7 154681216 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.187;QD=51.1846;RBI=0.0221399;REFB=0;REVB=-0.00230107;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96022e-05;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr7 154760369 . A G 417.98 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0310038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.706;QD=50.6639;RBI=0.0764241;REFB=-0.145574;REVB=-0.0698528;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372625;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00790199;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:33:1:1:30:32:0.969697:12:18:0:1:13:19:0:1 chr7 154989054 . C T 1553.21 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0435435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5058;QD=62.7558;RBI=0.0604739;REFB=0.0249362;REVB=-0.0419649;RO=1;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771294;STB=0.504064;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000595283;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:61:37:0:1:61:37:0:1 chr7 154990003 . C T 619.42 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0658;QD=60.431;RBI=0.0463008;REFB=0;REVB=0.0408945;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596998;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr7 155150390 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00859972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.627;QD=17.3791;RBI=0.0108687;REFB=0.00591263;REVB=-0.00664624;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891216;STB=0.502616;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00748174;OID=.;OPOS=155150390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:32:33:0.471429:15:17:20:17:15:18:20:17 chr7 155150472 . G A 228.26 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00147116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.49;QD=16.018;RBI=0.014316;REFB=-0.00699054;REVB=0.0142402;RO=30;SAF=21;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256643;STB=0.659549;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00889329;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:5:21:18:12:5:21:18:13 chr7 155150560 . A G 181.93 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00481666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3427;QD=9.57511;RBI=0.0148772;REFB=0.00222098;REVB=-0.0140759;RO=47;SAF=16;SAR=8;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182352;STB=0.524251;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00265461;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:52:24:24:0.315789:8:16:32:15:8:16:33:19 chr7 155150602 . T C 186.14 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0106831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.443;QD=10.4868;RBI=0.0121198;REFB=0.000797831;REVB=0.00572363;RO=47;SAF=16;SAR=7;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745396;STB=0.520816;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00158732;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:47:23:24:0.338028:7:16:30:17:8:16:30:17 chr7 155150765 . C T 172.15 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00576058;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.356;QD=16.3949;RBI=0.0349889;REFB=-0.00477146;REVB=0.0345114;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892957;STB=0.559936;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00806126;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:7:11:16:7:7:11:17:7 chr7 155151018 . G A 267.8 PASS AF=0.538462;AO=24;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0618184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0366;QD=20.5999;RBI=0.193924;REFB=-0.0323722;REVB=0.183807;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543959;STB=0.519217;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0352414;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:24:24:28:0.538462:12:12:14:11:14:14:13:11 chr7 155151095 . T C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.032817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.748;QD=17.7324;RBI=0.0376032;REFB=-0.031576;REVB=-0.0183589;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935847;STB=0.553204;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0195516;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:6:13:10:7:6:13 chr7 155151194 . G A 627.05 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00479393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1284;QD=26.127;RBI=0.0273368;REFB=-0.0244366;REVB=0.0269131;RO=38;SAF=22;SAR=34;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00145979;STB=0.507822;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0269264;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:40:56:56:0.583333:34:22:15:23:34:22:15:25 chr7 155151307 . A G 387.27 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0284129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.076;QD=18.2245;RBI=0.0320863;REFB=-0.0315123;REVB=-0.0149075;RO=42;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583124;STB=0.514012;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.037589;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:45:40:40:0.470588:25:15:16:26:25:15:18:27 chr7 155151367 . G T 375.98 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00129317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.356;QD=21.182;RBI=0.0074004;REFB=-0.0116829;REVB=-0.00728653;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366854;STB=0.514256;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0328728;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:15:23:18:14:15:23:19:14 chr7 155151369 . C T 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.012987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.926;QD=20.441;RBI=0.0214608;REFB=-0.0240359;REVB=0.0170852;RO=35;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303896;STB=0.516845;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0157136;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:15:23:20:15:15:23:20:15 chr7 155151433 . T C 182.63 PASS AF=0.413043;AO=15;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0381941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.532;QD=15.8812;RBI=0.0477521;REFB=-0.00312455;REVB=-0.0286614;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678697;STB=0.59081;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0185438;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:15:19:0.413043:6:9:14:12:6:13:14:12 chr7 155151437 . G A 156.91 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0490599;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2381;QD=15.308;RBI=0.0510637;REFB=-0.00745904;REVB=0.0141643;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218317;STB=0.627424;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0208981;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:14:10:4:13:14:10 chr7 155503920 . A T 1226.78 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3342;QD=60.5818;RBI=0.0826587;REFB=0;REVB=-0.00430491;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995755;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:51:28:0:0:53:28:0:0 chr7 155755826 . A G 331.27 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0394904;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.815;QD=18.9298;RBI=0.0398549;REFB=-0.0176018;REVB=0.00537755;RO=35;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228516;STB=0.62664;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0130598;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:35:35:35:0.5:19:16:25:10:19:16:25:10 chr7 155757502 . T C 393.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.785;QD=56.2294;RBI=0.0516557;REFB=0;REVB=0.00961111;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427528;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr7 156664783 . C T 405.32 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0493226;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.543;QD=27.4795;RBI=0.0512236;REFB=-0.0110777;REVB=-0.0138251;RO=20;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637107;STB=0.541289;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00551562;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:21:38:38:0.644068:15:23:14:6:15:23:15:6 chr7 156664907 . T A 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0229508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.392;QD=36.8582;RBI=0.0245073;REFB=0.014586;REVB=0.00859455;RO=6;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848885;STB=0.547908;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00321229;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:6:8:26:26:0.764706:15:11:4:2:15:11:5:3 chr7 156743341 . AG A,AGG 43.27 PASS AF=0.647059,0;AO=8,2;DP=17;FAO=11,0;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.253461,-0.255371;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.48655,9.53765;QD=10.1823;RBI=0.272026,0.275395;REFB=-0.0300841,0.038335;REVB=0.0987688,-0.103092;RO=7;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0.353846,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.211985,0.50628;STB=0.54921,0.5;STBP=0.728,1;TYPE=del,ins;VARB=0.129443,0.0636358;OID=.,.;OPOS=156743342,156743342;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=A,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059,0:8,2:17:11,0:17:6:8,0:3,0:5:1:19:7:5,2:3,0:6:1 chr7 156761818 . G A 134.25 PASS AF=0.271429;AO=18;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00528323;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.636;QD=7.6713;RBI=0.00878504;REFB=0.00473898;REVB=-0.00701887;RO=46;SAF=10;SAR=8;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119157;STB=0.603555;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0114137;OID=.;OPOS=156761818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:51:18:19:0.271429:8:10:30:16:9:10:34:17 chr7 156762224 . G C 487.4 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.006979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9066;QD=17.2529;RBI=0.011482;REFB=-0.0171396;REVB=-0.00911754;RO=60;SAF=38;SAR=15;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194343;STB=0.510793;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0197192;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:15:38:44:16:15:38:44:16 chr7 156762248 . G A 530.7 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=25;FWDB=-0.00139999;FXX=0.00694396;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.093;QD=14.8446;RBI=0.00274827;REFB=0.00236238;REVB=0.00236496;RO=77;SAF=41;SAR=17;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225794;STB=0.500727;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00333153;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:77:85:58:58:0.405594:17:41:53:24:17:41:60:25 chr7 156981672 . A G 274.24 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0212669;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.492;QD=19.5882;RBI=0.027694;REFB=-0.0129665;REVB=0.0177391;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180489;STB=0.518506;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0117963;OID=.;OPOS=156981672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:15:14:12:14:15:14:12:15 chr7 157000176 . T C 388.02 PASS AF=0.436893;AO=42;DP=100;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0103953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.531;QD=15.0685;RBI=0.0117392;REFB=-0.00461986;REVB=0.00545394;RO=57;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118004;STB=0.563474;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00523089;OID=.;OPOS=157000176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:57:58:42:45:0.436893:18:24:26:31:19:26:27:31 chr7 157000224 . C T 418.47 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0154635;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.972;QD=16.9078;RBI=0.0196611;REFB=0.00637488;REVB=0.0121424;RO=54;SAF=31;SAR=13;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216643;STB=0.625247;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00841363;OID=.;OPOS=157000224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:54:44:45:0.454545:13:31:27:27:13:32:27:27 chr7 157061474 . T C 314.26 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0104757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.197;QD=14.7885;RBI=0.0104843;REFB=-0.00794662;REVB=-0.000424399;RO=47;SAF=22;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101728;STB=0.542229;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0126361;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:50:35:35:0.411765:13:22:25:22:13:22:28:22 chr7 157159176 . A G 423.17 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0202448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7692;QD=23.8405;RBI=0.0482268;REFB=0.0179249;REVB=0.0437719;RO=30;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046576;STB=0.525535;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0191216;OID=.;OPOS=157159176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:16:25:20:10:16:25:20:10 chr7 157162068 . T C 350.44 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00915809;FXX=0.0241916;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.376;QD=11.5848;RBI=0.0219998;REFB=-0.00529116;REVB=-0.020003;RO=75;SAF=29;SAR=14;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165998;STB=0.601415;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0235413;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:75:78:43:43:0.355372:14:29:40:35:14:29:41:37 chr7 157319423 . G C 521.22 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0476511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.194;QD=16.9501;RBI=0.0503729;REFB=-0.0251869;REVB=-0.0163341;RO=67;SAF=35;SAR=21;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103734;STB=0.557874;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.038671;OID=.;OPOS=157319423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:67:56:56:0.455285:21:35:35:32:21:35:35:32 chr7 157319862 . C T 223.15 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00337936;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7385;QD=16.5295;RBI=0.0661087;REFB=-0.0136005;REVB=0.0660223;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352784;STB=0.501482;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00619491;OID=.;OPOS=157319862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:31:29:25:25:0.462963:12:13:15:16:12:13:15:14 chr7 157414064 . G A 331.65 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00225173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.862;QD=12.6343;RBI=0.0192516;REFB=-0.0142131;REVB=-0.0191194;RO=65;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188286;STB=0.510724;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0215962;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:19:21:33:32:19:21:33:32 chr7 157931091 . C T 1160.7 PASS AF=0.54067;AO=113;DP=210;FAO=113;FDP=209;FR=.;FRO=96;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.0194582;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.615;QD=22.2143;RBI=0.0310039;REFB=-0.0215911;REVB=-0.0241376;RO=95;SAF=56;SAR=57;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786139;STB=0.540277;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0174932;OID=.;OPOS=157931091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:95:96:113:113:0.54067:57:56:56:39:57:56:56:40 chr7 157959620 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00607586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.36;QD=18.8284;RBI=0.00653665;REFB=-0.0227282;REVB=0.00241075;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041964;STB=0.523786;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0205897;OID=.;OPOS=157959620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:12:10:10:10:12:10 chr7 157959636 . G A 230.77 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0102456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.179;QD=17.7516;RBI=0.0387186;REFB=-0.00184841;REVB=0.0373384;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422374;STB=0.52379;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0041647;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:15:12:10:15:15:12 chr7 157959879 . C T 193.05 PASS AF=0.306122;AO=23;DP=91;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0521249;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0832;QD=7.87964;RBI=0.0588407;REFB=-0.0166654;REVB=0.0272987;RO=63;SAF=17;SAR=6;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148566;STB=0.546954;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0525239;OID=.;OPOS=157959879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:98:63:68:23:30:0.306122:6:17:40:23:13:17:43:25 chr7 157959895 . C T 254.25 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0598069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8959;QD=10.8192;RBI=0.0726167;REFB=0.00874593;REVB=0.0411864;RO=63;SAF=17;SAR=14;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121224;STB=0.570181;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.011338;OID=.;OPOS=157959895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:63:31:31:0.329787:14:17:41:22:14:17:41:22 chr7 157959911 . A G 165.97 PASS AF=0.298701;AO=20;DP=75;FAO=23;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0797557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0227;QD=8.62195;RBI=0.0820102;REFB=-0.0162909;REVB=0.0190969;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297567;STB=0.538428;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0525786;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:40:54:20:23:0.298701:8:12:25:15:9:14:30:24 chr7 158263331 . T C 391.77 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0978337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6582;QD=44.7741;RBI=0.109498;REFB=0.0838704;REVB=-0.0491762;RO=4;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809283;STB=0.51723;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0173056;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:4:5:30:30:0.857143:21:9:0:4:21:9:1:4 chr7 158263336 . G C 519.27 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.223;QD=59.345;RBI=0.0271501;REFB=0;REVB=0.0260179;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1899e-05;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr7 158263344 . T A 488.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848096;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.2;QD=59.1634;RBI=0.0861892;REFB=0;REVB=0.0153596;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048054;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr7 158384305 . CTGTG C,CTGTC 328.51 PASS AF=0.445946,0.0405405;AO=33,3;DP=74;FAO=33,3;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=17,2;FSAR=16,1;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00228555,-0.0175289;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=273.989,58.0526;QD=17.7571;RBI=0.0168516,0.0238546;REFB=-0.0101579,-0.0225638;REVB=0.0166959,0.0161796;RO=37;SAF=17,2;SAR=16,1;SRF=20;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0239919,0.127675;STB=0.520091,0.609419;STBP=0.765,0.725;TYPE=del,snp;VARB=0.0111459,0.0903399;OID=.,.;OPOS=158384306,158384309;OREF=TGTG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445946,0.0405405:33,3:74:33,3:74:38:17,2:16,1:21:17:99:37:17,2:16,1:20:17 chr7 158524504 . G A 734.87 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.348;QD=56.5281;RBI=0.0127695;REFB=0;REVB=0.00186099;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61957e-05;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:50:52:1:30:20:0:0:31:21:0:0 chr7 158526495 . G A 999.13 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430348;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4966;QD=58.7725;RBI=0.0612554;REFB=0;REVB=-0.0611041;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106651;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:65:68:1:38:27:0:0:38:30:0:0 chr7 158526880 . G A 788.36 PASS AF=0.935484;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.028068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0695;QD=50.8622;RBI=0.03486;REFB=-0.0427546;REVB=0.0206738;RO=1;SAF=16;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028559;STB=0.555536;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00130966;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:1:4:57:58:0.935484:41:16:1:0:42:16:4:0 chr7 158528233 . A G 1482.95 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000642969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8463;QD=63.1042;RBI=0.0290257;REFB=0;REVB=-0.0290185;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137807;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:57:36:0:0:58:36:0:0 chr7 158534372 . G A 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00627569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1905;QD=43.6826;RBI=0.103366;REFB=0.0840362;REVB=0.103176;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835989;STB=0.545409;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00426049;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:10:10:2:0:10:10:2:0 chr7 158534381 . G C 281.03 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.499;QD=48.8753;RBI=0.0135948;REFB=-0.176167;REVB=-0.00755697;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00137123;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:23:0:1:22:22:0.956522:10:12:0:0:10:12:0:1 chr7 158536267 . T C 721.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.782;QD=56.5532;RBI=0.00818864;REFB=0;REVB=-0.0029232;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004552;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:13:37:0:0:14:37:0:0 chr7 158536334 . G A 531.49 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0146711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.38;QD=53.1489;RBI=0.0150418;REFB=-0.238854;REVB=0.00331886;RO=3;SAF=26;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510354;STB=0.517848;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00104024;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:40:40:3:2:37:38:0.95:11:26:3:0:11:27:2:0 chr7 158536345 . A G 545.49 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459393;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6159;QD=58.9723;RBI=0.169987;REFB=0;REVB=0.163662;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549162;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:31:37:1:5:26:0:0:9:28:0:0 chr7 158536376 . A C 519.1 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.345;QD=59.3256;RBI=0.0250629;REFB=0;REVB=0.0249133;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0507e-05;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr7 158536388 . A C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9371;QD=55.6515;RBI=0.0725986;REFB=0;REVB=-0.068755;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515219;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:4:23:0:0:4:23:0:0 chr7 158536408 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.293;QD=51.9167;RBI=0.0251495;REFB=0;REVB=-0.00935787;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37326e-05;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr7 158536411 . T C 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.401;QD=51.9048;RBI=0.0967467;REFB=0;REVB=-0.0966656;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000778546;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr7 158672476 . C A,G 473.74 PASS AF=0.0294118,0.941176;AO=2,32;DP=35;FAO=1,32;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=1,14;FSAR=0,18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00109135,0.0270852;FXX=0.0555401;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.97,76.9596;QD=55.734;RBI=0.024889,0.027169;REFB=-0.0319174,-0.159649;REVB=0.024865,0.00213294;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.517231;STBP=1,0.308;TYPE=snp,snp;VARB=0.113765,-0.00274334;OID=.,.;OPOS=158672476,158672476;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:35:34:0:1:2,32:1,32:0.0294118,0.941176:0,19:2,13:0:0:0,18:1,14:1:0 chr7 158672619 . A G 408.64 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.358;QD=52.727;RBI=0.0404672;REFB=-0.0794368;REVB=0.0134828;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003368;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:31:0:0:29:31:1:13:16:0:0:15:16:0:0 chr7 158715219 . A G 934.86 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0888843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5249;QD=54.1946;RBI=0.0959245;REFB=-0.0786283;REVB=0.0360706;RO=3;SAF=25;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396701;STB=0.502101;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00356239;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:41:25:1:2:41:25:1:2 chr7 158719084 . C T 739.16 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.445;QD=56.8581;RBI=0.00516813;REFB=0;REVB=-0.00355213;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67094e-07;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr7 158827326 . G A,T 732.55 PASS AF=0.924528,0.0754717;AO=47,5;DP=52;FAO=49,4;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=31,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230777,-0.013017;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.7953,55.529;QD=55.2867;RBI=0.0310328,0.030032;REFB=0,0;REVB=0.0207474,0.0270643;RO=0;SAF=16,1;SAR=31,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00852123,0.0492596;OID=.,.;OPOS=158827326,158827326;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:52:53:0:0:47,5:49,4:0.924528,0.0754717:31,4:16,1:0:0:31,4:18,0:0:0 chr7 158851234 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.918;QD=59.0187;RBI=0.0324005;REFB=0;REVB=0.0320439;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66454e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr8 196274 . T G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0474937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.672;QD=17.7524;RBI=0.049602;REFB=-0.00317277;REVB=0.0143077;RO=26;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252636;STB=0.653337;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00155486;OID=.;OPOS=196274;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:18:7:14:12:18:7:15:12 chr8 363192 . G A 365.63 PASS AF=0.313333;AO=46;DP=149;FAO=47;FDP=150;FR=.;FRO=103;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0234369;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.039;QD=9.75019;RBI=0.0281936;REFB=-0.00264679;REVB=-0.0156713;RO=97;SAF=20;SAR=26;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586831;STB=0.554771;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00661722;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:97:103:46:47:0.313333:26:20:47:50:27:20:52:51 chr8 382957 . T C 420.29 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0225675;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.899;QD=17.5121;RBI=0.0242502;REFB=-0.0335746;REVB=0.00887565;RO=52;SAF=20;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991906;STB=0.553167;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0381406;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:53:42:43:0.447917:22:20:30:22:22:21:31:22 chr8 565232 . C G 981.57 PASS AF=0.971831;AO=66;DP=69;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0191248;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3741;QD=55.2997;RBI=0.0580822;REFB=-0.0866452;REVB=0.0548433;RO=2;SAF=45;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205369;STB=0.510866;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00489824;OID=.;OPOS=565232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:71:2:2:66:69:0.971831:21:45:2:0:24:45:2:0 chr8 566618 . GA G,GG 125.12 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=4,9;DP=16;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617222,0.0482244;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.518,190.014;QD=41.7073;RBI=0.133619,0.120877;REFB=0,0;REVB=0.118509,0.11084;RO=3;SAF=3,5;SAR=1,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.490704,0.240503;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00680999,0.0262495;OID=.,.;OPOS=566619,566619;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:4,9:16:10,2:12:0:6,2:4,0:0:0:13:3:3,5:1,4:0:3 chr8 577101 . A G 1160.41 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2194;QD=60.2811;RBI=0.04123;REFB=0;REVB=-0.0158019;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141896;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:28:48:0:0:28:49:0:0 chr8 607766 . C G 318.96 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0055322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6107;QD=15.7511;RBI=0.0458047;REFB=-0.0303869;REVB=-0.0454693;RO=46;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154882;STB=0.593166;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0409985;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:46:34:35:0.432099:12:22:23:23:12:23:23:23 chr8 608034 . T C 178.86 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00495089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.576;QD=16.6384;RBI=0.015123;REFB=-0.00235616;REVB=0.0142896;RO=23;SAF=2;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488521;STB=0.786107;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00295603;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:24:18:19:0.44186:16:2:11:12:17:2:11:13 chr8 609879 . AT GC 432.48 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00836856;FXX=0.0515411;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.189;QD=18.8033;RBI=0.0159819;REFB=-0.00422425;REVB=-0.0136158;RO=47;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104382;STB=0.568803;STBP=0.221;TYPE=mnp;VARB=0.0045061;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:92:47:49:43:43:0.467391:24:19:26:21:24:19:28:21 chr8 618728 . A G 477.73 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0122239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.974;QD=22.2202;RBI=0.0179336;REFB=-0.00302942;REVB=0.0131222;RO=39;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534161;STB=0.534869;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00269545;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:39:40:46:46:0.534884:23:23:22:17:23:23:23:17 chr8 977316 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0152366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.77;QD=10.379;RBI=0.0226356;REFB=-0.00431833;REVB=-0.0167397;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250529;STB=0.515118;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00887831;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:11:5:3:6:11:5 chr8 1514009 . C A 177.12 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0203437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1501;QD=10.4191;RBI=0.0469601;REFB=0.0109368;REVB=-0.0423248;RO=45;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089551;STB=0.552477;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0235947;OID=.;OPOS=1514009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:8:15:26:19:8:15:26:19 chr8 1649960 . G A 638.58 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00757888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6556;QD=59.4031;RBI=0.0116897;REFB=0.0187114;REVB=-0.00890004;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00253057;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:1:0 chr8 1651129 . G A 218.39 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0169675;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.913;QD=15.5991;RBI=0.0173165;REFB=-0.00937762;REVB=-0.0034593;RO=29;SAF=20;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32276;STB=0.689487;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00893343;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:31:25:25:0.446429:5:20:15:14:5:20:16:15 chr8 1814712 . A T 245.09 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0161927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.783;QD=21.3119;RBI=0.016901;REFB=-0.0118449;REVB=-0.00484177;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174487;STB=0.518503;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0124918;OID=.;OPOS=1814712;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:23:24:0.521739:10:13:12:10:10:14:12:10 chr8 1817367 . G A 397.48 PASS AF=0.352941;AO=47;DP=134;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=-0.083595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6166;QD=11.6904;RBI=0.0871384;REFB=0.00428202;REVB=-0.0245965;RO=87;SAF=29;SAR=18;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934709;STB=0.50642;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00944101;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:87:88:47:48:0.352941:18:29:53:34:19:29:54:34 chr8 1857548 . T C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0335363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.785;QD=20.0718;RBI=0.0376061;REFB=-0.0234297;REVB=0.0170159;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922356;STB=0.551194;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0214104;OID=.;OPOS=1857548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:17:14:19:15:17:14 chr8 1873540 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0212699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.663;QD=13.3679;RBI=0.0232629;REFB=-0.00204318;REVB=0.009421;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524461;STB=0.530578;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0030352;OID=.;OPOS=1873540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:17:14:9:9:17:14 chr8 1905132 . G A 1373.44 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0325616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.637;QD=57.2265;RBI=0.0361304;REFB=-0.135053;REVB=0.0156572;RO=5;SAF=60;SAR=31;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705407;STB=0.537305;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0012008;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:96:96:5:5:91:91:0.947917:31:60:0:5:31:60:0:5 chr8 1906342 . C G 351.59 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0226907;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.063;QD=13.7878;RBI=0.0228814;REFB=-0.0254009;REVB=-0.00294821;RO=61;SAF=29;SAR=11;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107451;STB=0.547146;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0331783;OID=.;OPOS=1906342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:61:61:40:41:0.401961:11:29:39:22:12:29:39:22 chr8 1906630 . G T 1179.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.609;QD=60.4794;RBI=0.0431026;REFB=0;REVB=0.0420872;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120865;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:41:37:0:0 chr8 1953194 . T G 641.6 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.596;QD=58.3276;RBI=0.0447079;REFB=-0.14561;REVB=-0.0135849;RO=1;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407606;STB=0.521729;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00115222;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:11:31:0:1:11:32:0:1 chr8 1953221 . G T 254.9 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00599241;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.069;QD=21.694;RBI=0.0240944;REFB=-0.0117472;REVB=-0.0233374;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201237;STB=0.620602;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0148616;OID=.;OPOS=1953221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:23:24:0.510638:7:16:20:3:8:16:20:3 chr8 1953222 . GC GT,TT 721.61 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=42,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200844,0.0136431;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=138.777,83.1135;QD=61.4139;RBI=0.0430823,0.0336377;REFB=0,0;REVB=0.0381143,0.0307467;RO=0;SAF=35,1;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00730007,-0.0449305;OID=.,.;OPOS=1953223,1953222;OREF=C,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:42,2:45,2:0.957447,0.0425532:7,1:35,1:0:0:10,1:35,1:0:0 chr8 1953567 . C A 1674.76 PASS AF=0.982906;AO=105;DP=109;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0207496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.058;QD=57.2566;RBI=0.0289696;REFB=-0.10798;REVB=0.0202162;RO=1;SAF=74;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637073;STB=0.505881;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00192875;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:117:1:2:105:115:0.982906:31:74:1:0:31:84:2:0 chr8 1953642 . CAG C 1060.58 PASS AF=1;AO=63;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204627;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.714;QD=58.921;RBI=0.0418063;REFB=0;REVB=0.036456;RO=0;SAF=47;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000101036;OID=.;OPOS=1953643;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:73:72:72:0:56:16:0:0:6:0:47:16:0:0 chr8 1953759 . A T 663.51 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00879584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9662;QD=57.6963;RBI=0.0150719;REFB=-0.00520227;REVB=0.0122391;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00766011;STB=0.50408;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00189292;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:26:18:1:1:26:18:1:1 chr8 1954237 . G C 1677.05 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.315;QD=60.4343;RBI=0.00622707;REFB=0;REVB=0.00578733;RO=0;SAF=79;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6987e-06;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:32:79:0:0:32:79:0:0 chr8 1954587 . G A 449.41 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383684;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.199;QD=56.1762;RBI=0.0515526;REFB=0;REVB=0.0514096;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356845;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:29:32:1:7:22:0:0:8:24:0:0 chr8 2021421 . G T 351.24 PASS AF=0.346457;AO=43;DP=126;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=22;FWDB=-0.00486124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.04;QD=11.0627;RBI=0.0779897;REFB=-0.0163297;REVB=-0.0778381;RO=83;SAF=31;SAR=12;SRF=61;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201385;STB=0.506349;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0355195;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:83:83:43:44:0.346457:12:31:61:22:12:32:61:22 chr8 2040337 . T C 1799.02 PASS AF=0.975806;AO=119;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0634357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2652;QD=58.033;RBI=0.0779216;REFB=0.0142741;REVB=-0.0452514;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511276;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00121549;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:0:3:119:121:0.975806:65:54:0:0:65:56:0:3 chr8 2046700 . C T 384.9 PASS AF=0.377049;AO=45;DP=121;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0262997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.558;QD=12.6197;RBI=0.0281364;REFB=-0.0108813;REVB=-0.00999894;RO=75;SAF=23;SAR=22;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195051;STB=0.508193;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0166384;OID=.;OPOS=2046700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:75:76:45:46:0.377049:22:23:37:38:23:23:37:39 chr8 2048811 . A C 1847.47 PASS AF=0.983871;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.422;QD=59.5958;RBI=0.0728439;REFB=-0.0980529;REVB=0.0701839;RO=2;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500132;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000438868;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:124:2:2:120:122:0.983871:60:60:1:1:62:60:1:1 chr8 2048831 . A G 393.45 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.000478986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.521;QD=15.4296;RBI=0.0121291;REFB=-0.0142984;REVB=0.0121196;RO=56;SAF=20;SAR=24;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045539;STB=0.516122;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0169891;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:58:44:44:0.431373:24:20:28:28:24:20:28:30 chr8 2050519 . C T 383.88 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0165609;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5492;QD=17.2528;RBI=0.0189517;REFB=-0.0029498;REVB=0.00921424;RO=48;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18905;STB=0.599506;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00475555;OID=.;OPOS=2050519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:48:49:40:40:0.449438:18:22:17:31:18:22:18:31 chr8 2054066 . A G 408.29 PASS AF=0.419643;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0199448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7526;QD=14.5819;RBI=0.0565753;REFB=-0.019201;REVB=0.0529431;RO=64;SAF=28;SAR=18;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161354;STB=0.519705;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0222346;OID=.;OPOS=2054066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:65:46:47:0.419643:18:28:38:26:18:29:38:27 chr8 2057298 . C T 278.64 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00596843;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.299;QD=16.1531;RBI=0.0803239;REFB=-0.00177797;REVB=-0.0801019;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144079;STB=0.580954;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000805964;OID=.;OPOS=2057298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:38:31:31:0.449275:15:16:14:24:15:16:14:24 chr8 2071174 . T C 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0126646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.979;QD=19.0437;RBI=0.0259839;REFB=-0.012494;REVB=0.0226885;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15453;STB=0.585655;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0113047;OID=.;OPOS=2071174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:21:19:13:29:21:19:13:29 chr8 2092803 . A G 467.59 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00843375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.065;QD=22.8094;RBI=0.034737;REFB=-0.0218502;REVB=-0.0336976;RO=36;SAF=20;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226644;STB=0.506846;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0290089;OID=.;OPOS=2092803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:37:45:45:0.54878:25:20:17:19:25:20:17:20 chr8 2148550 . G A,T 1089.96 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=70,4;DP=74;FAO=70,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26,4;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432006,-0.000457778;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.368,79.1228;QD=58.917;RBI=0.0212485,0.0480554;REFB=0,0;REVB=0.0208047,0.0480533;RO=0;SAF=26,4;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000468525,0.182716;OID=.,.;OPOS=2148550,2148550;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:74:74:0:0:70,4:70,4:0.945946,0.0540541:44,0:26,4:0:0:44,0:26,4:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T 624.71 PASS AF=1;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018419;FXX=0.258576;HRUN=1;LEN=18;MLLD=399.241;QD=58.1123;RBI=0.0241481;REFB=0;REVB=0.0156164;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.51154e-05;OID=.;OPOS=2148588;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:58:43:43:0:19:24:0:0:3:0:19:24:0:0 chr8 2148771 . C T 405.79 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0327352;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.154;QD=19.5563;RBI=0.0617121;REFB=-0.0410943;REVB=-0.0523143;RO=42;SAF=12;SAR=29;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437061;STB=0.524327;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0388709;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:29:12:14:28:29:12:14:28 chr8 2795835 . T C 1503.08 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0152419;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.708;QD=62.6284;RBI=0.0257334;REFB=0.0170891;REVB=0.0207338;RO=1;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870097;STB=0.504586;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000809225;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:54:41:0:1:54:41:0:1 chr8 2909992 . G A 699.92 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0029984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.181;QD=17.9468;RBI=0.0214494;REFB=0.00549974;REVB=0.0212388;RO=79;SAF=40;SAR=34;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154719;STB=0.502091;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00774872;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:79:82:74:74:0.474359:34:40:44:35:34:40:44:38 chr8 2910020 . A G 2266.85 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=160;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245551;FXX=0.0499969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.098;QD=59.6541;RBI=0.0311761;REFB=0.00722007;REVB=0.0192093;RO=2;SAF=89;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241898;STB=0.501272;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000209691;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:152:2:2:150:150:0.986842:61:89:1:1:61:89:1:1 chr8 2965244 . T C 739.75 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115535;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.897;QD=56.9035;RBI=0.022766;REFB=0;REVB=0.0227367;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29227e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr8 3224561 . T C 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0236292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.838;QD=14.473;RBI=0.0237033;REFB=-0.00547282;REVB=-0.00187356;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799317;STB=0.545424;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00640376;OID=.;OPOS=3224561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:12:18:22:20:12:18:22:20 chr8 3265590 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00445912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.104;QD=21.2674;RBI=0.0247145;REFB=-0.0146101;REVB=-0.0243089;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805621;STB=0.545401;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0138966;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:8:6:9:8:8:6 chr8 3351147 . G A 323.53 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0448776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9071;QD=16.8066;RBI=0.0699471;REFB=-0.0369624;REVB=-0.0536526;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646667;STB=0.536383;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.038744;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:42:35:35:0.454545:16:19:19:21:16:19:20:22 chr8 3351195 . C A 372.33 PASS AF=0.458824;AO=37;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0111991;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.103;QD=17.5213;RBI=0.0128544;REFB=-0.00712548;REVB=-0.00630995;RO=46;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800016;STB=0.555526;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00901803;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:46:37:39:0.458824:23:14:21:25:25:14:21:25 chr8 3443671 . C T 299.71 PASS AF=0.414634;AO=32;DP=79;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00465887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2363;QD=14.6197;RBI=0.00633122;REFB=-0.00733733;REVB=-0.00428711;RO=47;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660278;STB=0.527843;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00910161;OID=.;OPOS=3443671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:47:48:32:34:0.414634:19:13:22:25:20:14:22:26 chr8 3558050 . G A 1618.73 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=112;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342227;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.228;QD=58.8631;RBI=0.0342227;REFB=0.00534709;REVB=5.75624e-05;RO=2;SAF=41;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00429789;STB=0.503703;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=5.62158e-05;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:110:2:1:107:109:0.990909:66:41:1:1:67:42:0:1 chr8 5768667 . A T 545.52 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0121658;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.277;QD=25.0812;RBI=0.0214923;REFB=-0.0482384;REVB=0.0177176;RO=36;SAF=19;SAR=31;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515585;STB=0.535237;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0322309;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:36:37:50:50:0.574713:31:19:16:20:31:19:17:20 chr8 6272399 . G T 406.17 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00638177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0865;QD=16.086;RBI=0.00868674;REFB=-0.008998;REVB=0.00589344;RO=55;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135375;STB=0.51851;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0138391;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:55:56:44:45:0.445545:21:23:28:27:21:24:28:28 chr8 6296550 . G T 1538.48 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0519487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3625;QD=61.5392;RBI=0.0543401;REFB=-0.121258;REVB=0.0159431;RO=1;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093921;STB=0.500204;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00206841;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:50:48:0:1:50:48:1:1 chr8 6302183 . G C 221.05 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0366302;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.495;QD=23.8975;RBI=0.0421145;REFB=-0.00329577;REVB=0.0207811;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107809;STB=0.571362;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00107226;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:10:11:10:5:10:11:11:5 chr8 6302418 . A G 902.68 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.529;QD=58.2373;RBI=0.081284;REFB=0;REVB=-0.0760067;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176534;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:42:19:0:0:42:20:0:0 chr8 6302671 . C T 354.27 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00321851;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.52;QD=21.8011;RBI=0.0100031;REFB=-0.00428741;REVB=-0.00947122;RO=30;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245229;STB=0.618333;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00324544;OID=.;OPOS=6302671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:29:35:36:0.553846:22:13:20:10:22:14:19:10 chr8 6302971 . C T 670.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8052;QD=62.345;RBI=0.0218114;REFB=0;REVB=0.0162109;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66363e-06;OID=.;OPOS=6302971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:15:27:0:0:16:27:0:0 chr8 6319260 . T C 418.99 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0191904;FXX=0.0173898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.947;QD=14.8314;RBI=0.0600564;REFB=-0.0403109;REVB=-0.0569078;RO=46;SAF=32;SAR=15;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710979;STB=0.561377;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0361887;OID=.;OPOS=6319260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:46:65:47:47:0.415929:15:32:31:15:15:32:38:27 chr8 6319284 . T C 370.29 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0455409;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.478;QD=13.1074;RBI=0.0484064;REFB=-0.0283461;REVB=0.0164076;RO=68;SAF=29;SAR=15;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161442;STB=0.588045;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00911514;OID=.;OPOS=6319284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:69:44:44:0.389381:15:29:35:33:15:29:36:33 chr8 6338306 . C A 1042.84 PASS AF=0.52356;AO=99;DP=189;FAO=100;FDP=191;FR=.;FRO=91;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=-0.0124193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0131;QD=21.8395;RBI=0.0251659;REFB=-0.0139002;REVB=-0.021888;RO=90;SAF=64;SAR=35;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00867488;STB=0.504327;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0121406;OID=.;OPOS=6338306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:90:91:99:100:0.52356:35:64:59:31:36:64:59:32 chr8 6371291 . A G 669.18 PASS AF=0.422857;AO=74;DP=175;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.022217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2154;QD=15.2956;RBI=0.0266988;REFB=-0.00048599;REVB=0.0148064;RO=99;SAF=40;SAR=34;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155067;STB=0.502332;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.000904288;OID=.;OPOS=6371291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:99:101:74:74:0.422857:34:40:55:44:34:40:55:46 chr8 6378763 . C T 408.57 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00184142;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.125;QD=17.2029;RBI=0.0056413;REFB=-0.00947928;REVB=-0.0053323;RO=56;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169255;STB=0.590113;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0129878;OID=.;OPOS=6378763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:56:53:42:42:0.442105:17:25:24:32:17:25:23:30 chr8 6389889 . C A,G 2190.33 PASS AF=0.592105,0.401316;AO=90,61;DP=152;FAO=90,61;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=49,28;FSAR=41,33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255902,0.0336588;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=92.3045,28.8947;QD=57.6404;RBI=0.0422301,0.0338036;REFB=-0.00793391,-0.0357155;REVB=0.0335935,0.00312554;RO=1;SAF=49,28;SAR=41,33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00957528,-0.0165597;STB=0.505049,0.508769;STBP=0.502,0.309;TYPE=snp,snp;VARB=0.0112721,-0.00321868;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:152:152:1:1:90,61:90,61:0.592105,0.401316:41,33:49,28:1:0:41,33:49,28:1:0 chr8 6474473 . C G 1529.77 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000371826;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.486;QD=57.7272;RBI=0.0444475;REFB=-0.00213365;REVB=0.044446;RO=1;SAF=60;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078438;STB=0.508195;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=8.98537e-05;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:106:1:2:104:104:0.981132:44:60:1:0:44:60:2:0 chr8 6478986 . C T 1126.11 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.133303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4607;QD=58.4992;RBI=0.13744;REFB=-0.0786697;REVB=0.0334677;RO=2;SAF=37;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024887;STB=0.506492;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00211796;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:38:37:2:0:38:38:1:0 chr8 6479042 . C T 1567.27 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.181;QD=63.3242;RBI=0.0959199;REFB=0;REVB=0.0238531;RO=1;SAF=55;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002031;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:1:0:98:99:1:43:55:1:0:43:56:0:0 chr8 6479178 . C A 416.03 PASS AF=0.532468;AO=30;DP=78;FAO=41;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.057263;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0312;QD=21.6121;RBI=0.0890041;REFB=0.036452;REVB=-0.0681372;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182498;STB=0.639237;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0817024;OID=.;OPOS=6479178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:32:33:30:41:0.532468:12:18:25:7:23:18:25:8 chr8 6500544 . C T 576.28 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0120326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.508;QD=22.3798;RBI=0.0134321;REFB=-0.0181455;REVB=0.00596979;RO=45;SAF=33;SAR=24;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733996;STB=0.545438;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0124973;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:46:57:57:0.553398:24:33:22:23:24:33:22:24 chr8 6566351 . C G 1246.43 PASS AF=0.451389;AO=129;DP=288;FAO=130;FDP=288;FR=.;FRO=158;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=90;FWDB=0.0230837;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.996;QD=17.3115;RBI=0.0254073;REFB=-0.00434806;REVB=-0.0106147;RO=157;SAF=78;SAR=51;SRF=67;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176886;STB=0.597699;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00632168;OID=.;OPOS=6566351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:157:158:129:130:0.451389:51:78:67:90:51:79:68:90 chr8 6615663 . A G 434.07 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.182;QD=56.0089;RBI=0.0360605;REFB=0;REVB=0.0360389;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228116;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:13:18:0:0 chr8 6673377 . CA C,CC 944.19 PASS AF=0.984615,0.0153846;AO=62,3;DP=66;FAO=64,1;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307124,-0.0748209;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.24,117.911;QD=58.1043;RBI=0.0336406,0.0761572;REFB=0,0;REVB=0.0137272,0.0142041;RO=0;SAF=28,0;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00219429,0.0900925;OID=.,.;OPOS=6673378,6673378;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.984615,0.0153846:62,3:66:64,1:65:0:28,0:36,1:0:0:3:0:28,0:34,3:0:0 chr8 6690276 . T C 1187.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.889;QD=60.9187;RBI=0.0548997;REFB=0;REVB=-0.00987106;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319931;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:39:39:0:0 chr8 6735300 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.065;QD=62.0219;RBI=0.0548614;REFB=0;REVB=0.0186169;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64197e-05;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr8 6735313 . G A 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.064224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8871;QD=16.9403;RBI=0.0643036;REFB=-0.0193973;REVB=0.00319909;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196135;STB=0.511224;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.029383;OID=.;OPOS=6735313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:16:8:6:13:16:8 chr8 6793540 . C T 841.6 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0281239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.711;QD=55.1866;RBI=0.0283244;REFB=-0.062958;REVB=-0.00336397;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145176;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000228335;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:27:32:1:0:27:33:1:0 chr8 6793581 . A G 136.4 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0471702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.842;QD=11.8609;RBI=0.0471991;REFB=-0.00738008;REVB=-0.00165085;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223614;STB=0.585688;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0156183;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:15:16:0.347826:11:4:13:16:11:5:13:17 chr8 6794249 . C A 433.66 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0175037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0985;QD=23.4413;RBI=0.0760016;REFB=0.0089662;REVB=0.0739585;RO=32;SAF=28;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164173;STB=0.590432;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00504853;OID=.;OPOS=6794249;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:14:28:15:17:14:28:15:17 chr8 6794399 . GC AG,GG 333.29 PASS AF=0,0.424779;AO=43,5;DP=113;FAO=0,48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=0,32;FSAR=0,16;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00897525,0.0166545;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.923,163.456;QD=11.798;RBI=0.0164019,0.0256629;REFB=-0.0519325,-0.0664829;REVB=0.0137284,0.0195247;RO=63;SAF=30,2;SAR=13,3;SRF=30;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.244576,-0.0799998;STB=0.5,0.604893;STBP=1,0.077;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0998691;OID=.,.;OPOS=6794399,6794400;OREF=GC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:113:113:63:65:43,5:0,48:0,0.424779:13,3:30,2:30:33:0,16:0,32:32:33 chr8 7154617 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.02;QD=33.4264;RBI=0.117079;REFB=0;REVB=-0.0056565;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0040504;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr8 7154917 . A C 1384.79 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1973;QD=61.5461;RBI=0.0505695;REFB=-0.0802924;REVB=-0.0180148;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144178;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:90:1:0:89:90:1:52:37:0:1:53:37:0:0 chr8 7215694 . A G 1323.85 PASS AF=0.585714;AO=123;DP=212;FAO=123;FDP=210;FR=.;FRO=87;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.0446592;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4307;QD=25.2162;RBI=0.0456341;REFB=0.0118579;REVB=-0.0093819;RO=85;SAF=62;SAR=61;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457731;STB=0.519749;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00831455;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:85:87:123:123:0.585714:61:62:48:37:61:62:48:39 chr8 7217162 . G A 689.02 PASS AF=0.274238;AO=98;DP=362;FAO=99;FDP=361;FR=.;FRO=262;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=137;FSRR=125;FWDB=-0.0113153;FXX=0.00276235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.622;QD=7.63456;RBI=0.0118689;REFB=-0.00648434;REVB=-0.00358263;RO=259;SAF=47;SAR=51;SRF=135;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514376;STB=0.527591;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0176285;OID=.;OPOS=7217162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:361:259:262:98:99:0.274238:51:47:135:124:51:48:137:125 chr8 7217172 . G A 626.16 PASS AF=0.261494;AO=91;DP=353;FAO=91;FDP=348;FR=.;FRO=257;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=128;FSRR=129;FWDB=-0.0202256;FXX=0.0141639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.369;QD=7.19724;RBI=0.0212655;REFB=-0.00279358;REVB=-0.00656874;RO=256;SAF=38;SAR=53;SRF=127;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986873;STB=0.55987;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00796074;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:348:256:257:91:91:0.261494:53:38:127:129:53:38:128:129 chr8 7217795 . T G 202.15 PASS AF=0.16;AO=40;DP=250;FAO=40;FDP=250;FR=.;FRO=210;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=93;FSRR=117;FWDB=0.000860111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.162;QD=3.23448;RBI=0.00173671;REFB=-0.00469701;REVB=0.00150876;RO=209;SAF=15;SAR=25;SRF=93;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928614;STB=0.558976;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0512222;OID=.;OPOS=7217795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:209:210:40:40:0.16:25:15:93:116:25:15:93:117 chr8 7217837 . A C 1107.6 PASS AF=0.590643;AO=100;DP=175;FAO=101;FDP=171;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=68;FSRF=18;FSRR=52;FWDB=-0.00398234;FXX=0.0338964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.004;QD=25.9089;RBI=0.00836651;REFB=0.0119438;REVB=0.00735796;RO=67;SAF=32;SAR=68;SRF=17;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577355;STB=0.533112;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00884079;OID=.;OPOS=7217837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:171:67:70:100:101:0.590643:68:32:17:50:68:33:18:52 chr8 7218632 . C T 561.41 PASS AF=0.269625;AO=79;DP=293;FAO=79;FDP=293;FR=.;FRO=214;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=120;FSRR=94;FWDB=0.000318358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8872;QD=7.66433;RBI=0.0227722;REFB=-0.02201;REVB=-0.02277;RO=212;SAF=32;SAR=47;SRF=119;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19217;STB=0.612875;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.047535;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:212:214:79:79:0.269625:47:32:119:93:47:32:120:94 chr8 7308386 . T C 141.28 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00091128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3336;QD=6.42191;RBI=0.0339;REFB=-0.00839527;REVB=-0.0338878;RO=67;SAF=13;SAR=8;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122096;STB=0.575149;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0378085;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:8:13:35:32:8:13:35:32 chr8 7308729 . G C 377.39 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=0.0477209;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9022;QD=12.2728;RBI=0.0498076;REFB=-0.00782063;REVB=-0.0142658;RO=75;SAF=31;SAR=15;SRF=51;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757368;STB=0.501006;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0119663;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:75:77:46:46:0.373984:15:31:51:24:15:31:52:25 chr8 7718187 . T G 806.9 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301753;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.845;QD=55.648;RBI=0.0318582;REFB=-0.144719;REVB=0.0102175;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000860321;OID=.;OPOS=7718187;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:1:0:29:28:1:0 chr8 7718266 . A T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.923;QD=52.6129;RBI=0.00463836;REFB=0;REVB=-0.00233745;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79209e-05;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr8 8098577 . G A 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0146526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.553;QD=16.9851;RBI=0.0162377;REFB=-0.0116795;REVB=-0.00699739;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317468;STB=0.503879;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0146866;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:43:36:36:0.455696:19:17:18:23:19:17:20:23 chr8 8234077 . G C 135.33 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0827572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5583;QD=16.9159;RBI=0.188264;REFB=-0.0140325;REVB=0.169099;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103377;STB=0.506485;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0182039;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:15:17:14:15:0.46875:5:9:8:7:6:9:10:7 chr8 8234113 . G A 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0188527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.612;QD=28.5246;RBI=0.0741225;REFB=-0.0121947;REVB=0.0716849;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691076;STB=0.538411;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00784046;OID=.;OPOS=8234113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:4:2:7:8:4:2 chr8 8234192 . G C 185.77 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0103532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6645;QD=23.2209;RBI=0.0536824;REFB=-0.0426158;REVB=-0.0526746;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240404;STB=0.680652;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0162288;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:10:13:18:18:0.5625:6:12:3:7:6:12:3:10 chr8 8234218 . CG TA 252.08 PASS AF=0.585366;AO=22;DP=39;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00305694;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.734;QD=24.5932;RBI=0.00312412;REFB=0.00662069;REVB=0.000644407;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.595063;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=-0.0038969;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:16:17:22:24:0.585366:10:12:6:10:10:14:6:11 chr8 8234714 . C T 63.8 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0111118;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.277;QD=7.97464;RBI=0.0221991;REFB=-0.0213451;REVB=-0.019218;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515523;STB=0.844662;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0283547;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:34:32:18:23:9:9:0.28125:1:8:9:9:1:8:11:12 chr8 8234868 . C CGCCGCT 47.62 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.020205;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=6;MLLD=271.012;QD=21.1664;RBI=0.0292108;REFB=-0.0165731;REVB=-0.0210957;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00514275;OID=.;OPOS=8234869;OREF=-;OALT=GCCGCT;OMAPALT=CGCCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:6:10:6:9:3:4:2:2:1:18:3:4:2:2:1 chr8 8560536 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.026889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.059;QD=22.6785;RBI=0.0671677;REFB=-0.0479767;REVB=-0.0615507;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327428;STB=0.691832;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0180318;OID=.;OPOS=8560536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:1:9:3:2:1:9:3:2 chr8 8560602 . C T 180.63 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0911016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1332;QD=24.084;RBI=0.143738;REFB=0.0562193;REVB=0.111181;RO=12;SAF=16;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525377;STB=0.809051;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0221857;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:1:16:7:5:1:17:7:5 chr8 8560909 . G C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0138283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.509;QD=19.1728;RBI=0.0174644;REFB=0.0022481;REVB=0.010667;RO=32;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18819;STB=0.605197;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00166024;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:10:23:16:16:10:23:16:16 chr8 8561391 . A AT 35.14 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.187954;FXX=0.0483793;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.19012;QD=2.38262;RBI=0.20648;REFB=-0.0184342;REVB=0.0854841;RO=47;SAF=12;SAR=4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375465;STB=0.722525;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=-0.13957;OID=.;OPOS=8561392;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271186:16:70:16:59:43:11:5:16:27:35:47:12:4:21:26 chr8 8561399 . G T 195.35 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00263886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.239;QD=12.6031;RBI=0.0126433;REFB=-0.0334298;REVB=-0.0123648;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328337;STB=0.680702;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0277587;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:8:16:13:24:8:16:14:24 chr8 8561442 . A G 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0415386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1835;QD=8.11377;RBI=0.0497812;REFB=0.00354274;REVB=0.0274355;RO=38;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290921;STB=0.677173;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00654826;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:5:9:15:23:5:9:15:23 chr8 8561452 . A G 88.42 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0159867;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1063;QD=7.07357;RBI=0.0337268;REFB=-0.00233682;REVB=0.0296972;RO=38;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322695;STB=0.700974;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00689505;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:4:8:15:23:4:8:15:23 chr8 8643582 . C G 189.21 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.07422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3829;QD=13.0492;RBI=0.131246;REFB=-0.0144114;REVB=-0.108245;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264773;STB=0.652042;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0222058;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:8:15:14:21:8:15:14:21 chr8 8747894 . A G 1476.49 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6668;QD=62.1679;RBI=0.027624;REFB=0.0182332;REVB=-0.00893305;RO=1;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117059;STB=0.506171;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00252596;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:40:54:0:1:40:54:0:1 chr8 8860620 . T C 201.54 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0182829;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.853;QD=11.0435;RBI=0.0228024;REFB=-0.0327496;REVB=-0.0136267;RO=49;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353395;STB=0.52803;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0651596;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:49:48:25:25:0.342466:13:12:22:27:13:12:21:27 chr8 8887542 . TAAC T 245.14 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.000322329;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=3;MLLD=259.632;QD=10.8952;RBI=0.00592137;REFB=-0.00639698;REVB=-0.00591259;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260817;STB=0.517233;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=0.00753776;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:39:87:39:90:51:21:18:29:22:99:46:21:18:26:20 chr8 9145082 . T C 767.62 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=134;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00721009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.038;QD=22.9141;RBI=0.0160789;REFB=-0.0124937;REVB=0.0143717;RO=57;SAF=34;SAR=39;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361727;STB=0.510592;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0107939;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:57:61:73:73:0.544776:39:34:24:33:39:34:27:34 chr8 9414049 . G A 328.7 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=0.0139533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.028;QD=18.0108;RBI=0.0196834;REFB=-0.0212408;REVB=0.0138831;RO=38;SAF=23;SAR=12;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175696;STB=0.597185;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0180336;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:12:23:31:7:12:23:31:7 chr8 9414159 . G C 227.08 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=2;FWDB=0.0244542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.609;QD=15.6606;RBI=0.0304093;REFB=-0.0325065;REVB=0.0180754;RO=31;SAF=20;SAR=6;SRF=30;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332188;STB=0.652082;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0288351;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:26:26:0.448276:6:20:30:1:6:20:30:2 chr8 9414237 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0124492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.887;QD=10.1699;RBI=0.0146819;REFB=-0.0195558;REVB=-0.00778301;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476582;STB=0.783034;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0405618;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:6:16:3:8:6:16 chr8 9414503 . T C 376.7 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0408086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9553;QD=24.3034;RBI=0.0412472;REFB=-0.00573116;REVB=0.0059987;RO=25;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114879;STB=0.563072;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00472578;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:22:15:14:11:22:15:14:11 chr8 9414908 . CTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTC 189.7 PASS AF=0.133333,0.4,0.466667;AO=4,5,3;DP=31;FAO=4,12,14;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11,11;FSAR=1,1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139751,0.0535582,0.0218539;FXX=0.0624805;HRUN=15,15,1;LEN=4,1,1;MLLD=11.702,2.48104,167.113;QD=25.2938;RBI=0.0153531,0.0593504,0.0713982;REFB=0.225019,0.225782,-0.0043217;REVB=-0.00635712,0.0255731,0.0679714;RO=2;SAF=3,5,3;SAR=1,0,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.161039,0.749526,0.692188;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0993325,-0.0464236,0.0284865;OID=.,.,.;OPOS=9414909,9414909,9414924;OREF=TTTT,T,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.133333,0.4,0.466667:4,5,3:31:4,12,14:30:0:3,11,11:1,1,3:0:0:61:2:3,5,3:1,0,0:1:1 chr8 9415168 . G A 1064.18 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.441;QD=58.311;RBI=0.0256455;REFB=-0.0543601;REVB=0.00896796;RO=1;SAF=44;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106271;STB=0.505493;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000245977;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:27:44:1:0:27:45:1:0 chr8 9415390 . G A 655.77 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00719801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.301;QD=21.154;RBI=0.00720082;REFB=-0.015631;REVB=-0.000201081;RO=59;SAF=38;SAR=27;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535769;STB=0.529403;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0139676;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:59:65:65:0.524194:27:38:38:21:27:38:38:21 chr8 9416258 . G C 185.88 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0460624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.756;QD=13.7689;RBI=0.0582066;REFB=-0.0232746;REVB=0.0355846;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268907;STB=0.660517;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0203565;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:9:13:10:21:9:13:10:22 chr8 9564437 . A G 244.49 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00559255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.694;QD=10.8663;RBI=0.00855227;REFB=-0.00216772;REVB=-0.0064703;RO=58;SAF=17;SAR=13;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837443;STB=0.545772;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00496907;OID=.;OPOS=9564437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:60:30:30:0.333333:13:17:37:21:13:17:38:22 chr8 9577940 . T C 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.958;QD=63.1942;RBI=0.0294058;REFB=0;REVB=-0.0293219;RO=0;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08843e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:59:33:0:0:59:33:0:0 chr8 9734267 . A C 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00782847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.761;QD=40.6387;RBI=0.00784499;REFB=0.0105239;REVB=0.000508901;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.555473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-3.93663e-05;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:0:1:4:10:0:1 chr8 9734284 . G A 97.63 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00758303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.389;QD=24.4086;RBI=0.0454311;REFB=-0.00778929;REVB=0.0447937;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144298;STB=0.581253;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00264404;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:4:1:5:6:4:1 chr8 10285825 . T G 293.81 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406875;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.103;QD=53.4206;RBI=0.0407505;REFB=0;REVB=0.00226653;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49459e-05;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 10333799 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00487802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.3;QD=15.6509;RBI=0.00500431;REFB=-0.0082518;REVB=0.00111716;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156131;STB=0.589368;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00707863;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:6:15:9:7:6:15 chr8 10383226 . C G 224.1 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379689;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.555;QD=49.7997;RBI=0.00625539;REFB=0;REVB=0.00497127;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013422;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:15:18:1:13:2:0:0:16:2:0:0 chr8 10390452 . C T 380.48 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=0.0184507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.621;QD=11.9836;RBI=0.0404906;REFB=0.0100472;REVB=-0.0360425;RO=81;SAF=25;SAR=21;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980722;STB=0.55588;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0321755;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:21:25:51:30:21:25:51:30 chr8 10396054 . A C 574.69 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0597256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3992;QD=23.6986;RBI=0.0765187;REFB=0.0031938;REVB=-0.0478326;RO=44;SAF=29;SAR=24;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366032;STB=0.520087;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00259888;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:24:29:26:18:24:29:26:18 chr8 10464885 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.738;QD=63.583;RBI=0.0681521;REFB=0;REVB=0.0324944;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211101;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr8 10465399 . T A 102.87 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0353963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.404;QD=31.6519;RBI=0.065004;REFB=-0.0583129;REVB=0.0545217;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.562391;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0126484;OID=.;OPOS=10465399;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:12:13:1:2:10:11:0.846154:4:6:1:0:4:7:2:0 chr8 10465748 . T C 36.7 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0436269;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7652;QD=20.9715;RBI=0.044336;REFB=-0.0949959;REVB=0.00789769;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725463;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0147797;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:7:7:3:2:4:5:0.714286:1:3:2:1:1:4:2:0 chr8 10465771 . G T 82.44 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1846;QD=32.9753;RBI=0.0532167;REFB=-0.186209;REVB=0.0298122;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00943608;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr8 10466655 . C T 330.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=7;FWDB=0.0435142;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.992;QD=15.7512;RBI=0.0478634;REFB=-0.0268538;REVB=0.0199355;RO=47;SAF=32;SAR=4;SRF=40;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879804;STB=0.546556;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0215326;OID=.;OPOS=10466655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:48:36:36:0.428571:4:32:40:7:4:32:41:7 chr8 10467124 . G C 437.58 PASS AF=0.358621;AO=52;DP=146;FAO=52;FDP=145;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=68;FSRR=25;FWDB=-0.00199918;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.052;QD=12.0711;RBI=0.00584482;REFB=-0.012401;REVB=-0.00549228;RO=93;SAF=30;SAR=22;SRF=68;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18481;STB=0.604562;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0184194;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:93:93:52:52:0.358621:22:30:68:25:22:30:68:25 chr8 10467207 . C A 1829.84 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.793;QD=60.9947;RBI=0.115969;REFB=0;REVB=0.0971773;RO=0;SAF=87;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397282;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:116:120:1:29:87:0:0:32:88:0:0 chr8 10467589 . T C 30.75 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0792012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.316;QD=15.3732;RBI=0.108237;REFB=-0.0585357;REVB=-0.0737721;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0817833;OID=.;OPOS=10467589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr8 10467604 . C A 45.95 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128809;FXX=0.0999001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.285;QD=20.4215;RBI=0.0640246;REFB=-0.0719671;REVB=0.0627155;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407562;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.040119;OID=.;OPOS=10467604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:10:9:2:2:4:5:0.555556:1:3:0:2:2:3:0:2 chr8 10467652 . G C 53.61 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0160114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.844;QD=9.32356;RBI=0.016964;REFB=-0.00961963;REVB=0.00560464;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319978;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0152567;OID=.;OPOS=10467652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:23:15:15:7:8:0.347826:3:4:9:6:4:4:9:6 chr8 10468171 . CG C,CA 713.7 PASS AF=0.12766,0.87234;AO=5,39;DP=47;FAO=6,41;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=4,19;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287506,-0.0250631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.538,167.086;QD=60.7403;RBI=0.0287794,0.0335331;REFB=0,0;REVB=0.00128746,0.022278;RO=0;SAF=4,19;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.3303e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0582898,0.00524401;OID=.,.;OPOS=10468172,10468172;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12766,0.87234:5,39:47:6,41:47:0:4,19:2,22:0:0:29:0:4,19:1,20:0:0 chr8 10469030 . G A 75.11 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00536789;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.096;QD=14.3075;RBI=0.0222724;REFB=-0.00347158;REVB=-0.0216159;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281248;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00402256;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:22:21:11:12:9:9:0.428571:3:6:4:7:3:6:5:7 chr8 10469340 . G A 477.14 PASS AF=0.375;AO=57;DP=152;FAO=57;FDP=152;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0173098;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.567;QD=12.5562;RBI=0.0191575;REFB=-0.0109821;REVB=-0.0082086;RO=91;SAF=39;SAR=18;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227343;STB=0.636838;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0172078;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:91:95:57:57:0.375:18:39:44:47:18:39:45:50 chr8 10469817 . G A 2566.38 PASS AF=0.988235;AO=167;DP=176;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0346847;FXX=0.0449413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.487;QD=60.3855;RBI=0.0791293;REFB=-0.0757064;REVB=0.0711225;RO=3;SAF=88;SAR=79;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651717;STB=0.500281;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000604746;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:176:170:3:2:167:168:0.988235:79:88:1:2:80:88:1:1 chr8 10474042 . T G 538.83 PASS AF=0.60241;AO=46;DP=78;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.031287;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.479;QD=25.9675;RBI=0.0351792;REFB=-0.0394228;REVB=0.0160842;RO=32;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10266;STB=0.530108;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0248899;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:32:33:46:50:0.60241:25:21:19:13:25:25:19:14 chr8 10530218 . C T 650.47 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.269;QD=61.9494;RBI=0.0100529;REFB=0;REVB=0.00471482;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101163;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr8 10754511 . C T 1830.16 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210012;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0252;QD=61.5179;RBI=0.0226375;REFB=0;REVB=0.00845019;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193129;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:118:119:1:66:52:0:0:67:52:0:0 chr8 10920326 . C T 546.04 PASS AF=0.504425;AO=55;DP=111;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0721587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0591;QD=19.3288;RBI=0.0721601;REFB=0.00473206;REVB=0.000454704;RO=53;SAF=30;SAR=25;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153786;STB=0.505049;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00286095;OID=.;OPOS=10920326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:53:56:55:57:0.504425:25:30:29:24:25:32:32:24 chr8 10995997 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0515238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9467;QD=20.3969;RBI=0.0528636;REFB=-0.0279011;REVB=-0.0118259;RO=27;SAF=8;SAR=23;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114725;STB=0.563989;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0184144;OID=.;OPOS=10995997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:23:8:10:17:23:8:10:17 chr8 11179074 . A C 422.19 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.0120851;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.966;QD=14.8136;RBI=0.0127053;REFB=-0.00506308;REVB=-0.00392089;RO=66;SAF=17;SAR=31;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410994;STB=0.523067;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00764211;OID=.;OPOS=11179074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:66:66:48:48:0.421053:31:17:21:45:31:17:21:45 chr8 11184844 . T C 758.19 PASS AF=0.418719;AO=85;DP=203;FAO=85;FDP=203;FR=.;FRO=118;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=76;FSRR=42;FWDB=0.00440675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.15;QD=14.9398;RBI=0.0226566;REFB=-0.00855545;REVB=0.0222239;RO=118;SAF=44;SAR=41;SRF=76;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132666;STB=0.573945;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00984514;OID=.;OPOS=11184844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:118:118:85:85:0.418719:41:44:76:42:41:44:76:42 chr8 11189316 . G C 493.7 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037057;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.907;QD=56.4231;RBI=0.0761654;REFB=-0.110672;REVB=0.0665428;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00232019;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:11:23:1:0:11:23:1:0 chr8 11236964 . C T 109.04 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00398109;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.633;QD=8.07672;RBI=0.011673;REFB=-0.0168135;REVB=-0.0109731;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14552;STB=0.58812;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0341842;OID=.;OPOS=11236964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:23:16:8:7:23:16 chr8 11236975 . A G 135.26 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00177714;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.949;QD=9.49198;RBI=0.0261204;REFB=0.0113327;REVB=-0.0260598;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581495;STB=0.523783;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0238224;OID=.;OPOS=11236975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:8:10:23:15:8:10:23:16 chr8 11301753 . A C 5015.79 PASS AF=1;AO=317;DP=321;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348809;FXX=0.0123835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6485;QD=62.894;RBI=0.0367813;REFB=0;REVB=-0.0116701;RO=0;SAF=152;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38957e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467639;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:321:319:0:0:317:319:1:165:152:0:0:165:154:0:0 chr8 11405576 . G A 349.84 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00717964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7442;QD=17.7134;RBI=0.0193658;REFB=0.00629718;REVB=-0.0179857;RO=42;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840916;STB=0.547144;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00714907;OID=.;OPOS=11405576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:12:25:25:17:12:25:25:17 chr8 11406593 . T C 536.92 PASS AF=0.430657;AO=57;DP=135;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00682482;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.11;QD=15.6766;RBI=0.0069322;REFB=-0.0249337;REVB=-0.0012154;RO=78;SAF=30;SAR=27;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258312;STB=0.505112;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.031109;OID=.;OPOS=11406593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:78:78:57:59:0.430657:27:30:43:35:27:32:43:35 chr8 11410987 . C A 553.67 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00348489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.255;QD=18.303;RBI=0.018103;REFB=-0.0326858;REVB=0.0177644;RO=63;SAF=38;SAR=20;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687348;STB=0.538164;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0306008;OID=.;OPOS=11410987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:20:38:37:26:20:38:37:26 chr8 11414237 . T C 1206.06 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8964;QD=61.0665;RBI=0.0835898;REFB=0;REVB=-0.0610589;RO=1;SAF=47;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000952543;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:31:47:1:0:31:48:0:0 chr8 11416171 . T C 395.46 PASS AF=0.362963;AO=45;DP=129;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0179334;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1211;QD=11.7175;RBI=0.0190402;REFB=-0.0175918;REVB=0.00639719;RO=84;SAF=25;SAR=20;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455936;STB=0.504585;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0416545;OID=.;OPOS=11416171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:135:84:86:45:49:0.362963:20:25:47:37:22:27:48:38 chr8 11416428 . C T 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0393805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.992;QD=9.1082;RBI=0.0513086;REFB=-0.0146343;REVB=0.03289;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133032;STB=0.584891;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0373449;OID=.;OPOS=11416428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:14:16:8:8:0.333333:3:5:7:7:3:5:8:8 chr8 11417257 . A G 95.54 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00754857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.956;QD=11.2403;RBI=0.00960539;REFB=-0.0155847;REVB=0.00593991;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230451;STB=0.639763;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.021998;OID=.;OPOS=11417257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:34:20:22:10:12:0.352941:7:3:10:10:8:4:12:10 chr8 11417346 . A C 173.74 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0146184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.836;QD=12.8696;RBI=0.0669924;REFB=3.12651e-05;REVB=0.065378;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253538;STB=0.633388;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000123557;OID=.;OPOS=11417346;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:11:10:23:9:11:10:23:10 chr8 11418322 . T G 536.23 PASS AF=0.555556;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00699074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.694;QD=23.8325;RBI=0.0070021;REFB=-0.00307521;REVB=-0.000398609;RO=38;SAF=16;SAR=33;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373335;STB=0.539666;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00267522;OID=.;OPOS=11418322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:38:40:49:50:0.555556:33:16:14:24:34:16:16:24 chr8 11418385 . G A 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00688144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.374;QD=14.5581;RBI=0.0365644;REFB=-0.00360818;REVB=0.035911;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756298;STB=0.543047;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00506528;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:16:19:16:10:16:19 chr8 11418678 . T C 610.12 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.023125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1138;QD=16.6019;RBI=0.0271137;REFB=-0.00980183;REVB=-0.0141558;RO=81;SAF=28;SAR=36;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105935;STB=0.565825;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0107321;OID=.;OPOS=11418678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:81:83:64:64:0.435374:36:28:44:37:36:28:46:37 chr8 11418773 . C T 398.27 PASS AF=0.42;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0105446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.8178;QD=15.9307;RBI=0.0128074;REFB=0.00701227;REVB=0.00726911;RO=55;SAF=15;SAR=27;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175917;STB=0.595542;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00559757;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:55:58:42:42:0.42:27:15:29:26:27:15:30:28 chr8 11421793 . C T 1346.56 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=96;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00299956;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.493;QD=57.3003;RBI=0.128233;REFB=0.00212628;REVB=0.128197;RO=5;SAF=51;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177418;STB=0.509377;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-8.06619e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:96:94:5:5:89:89:0.946809:38:51:2:3:38:51:2:3 chr8 11421955 . T G 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0226426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.966;QD=14.261;RBI=0.022668;REFB=-0.0107952;REVB=0.00107191;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635182;STB=0.526283;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0214239;OID=.;OPOS=11421955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:10:6:10:13:10:6:10:14 chr8 11619261 . T A 1863.19 PASS AF=0.992;AO=116;DP=118;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270898;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9621;QD=59.6221;RBI=0.153536;REFB=-0.089556;REVB=0.151127;RO=2;SAF=72;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412009;STB=0.50505;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00153685;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:125:2:1:116:124:0.992:44:72:1:1:49:75:0:1 chr8 11619334 . C T 2189.42 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4869;QD=61.6737;RBI=0.0784813;REFB=-0.0615271;REVB=0.0309917;RO=2;SAF=74;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150308;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:142:142:2:0:140:142:1:66:74:2:0:66:76:0:0 chr8 11619635 . T A 322.96 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.046;QD=53.8272;RBI=0.0327324;REFB=0;REVB=0.0310397;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7987e-05;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:4:19:0:0:5:19:0:0 chr8 11619986 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.949;QD=51.1843;RBI=0.0281974;REFB=0;REVB=-0.0060259;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211057;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr8 11620077 . GAC CAG,G 138.89 PASS AF=0.25,0.75;AO=3,7;DP=15;FAO=3,9;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388746,-0.0272518;FXX=0.199867;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=61.894,73.5166;QD=46.2962;RBI=0.13025,0.0906604;REFB=0,0;REVB=0.124313,0.0864676;RO=0;SAF=1,2;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0296394,0.0191047;OID=.,.;OPOS=11620077,11620078;OREF=GAC,AC;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:15:12:0:0:3,7:3,9:0.25,0.75:2,5:1,2:0:0:2,5:1,4:0:0 chr8 11620315 . T C 958.74 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000917096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.757;QD=57.2384;RBI=0.00231564;REFB=-0.136077;REVB=0.00212629;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160134;STB=0.508472;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000334389;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:29:37:0:1:29:37:0:1 chr8 11621351 . C G 783.96 PASS AF=0.982456;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7044;QD=55.0146;RBI=0.0485555;REFB=-0.121129;REVB=-0.04425;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.512816;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000574055;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:57:1:1:52:56:0.982456:19:33:0:1:19:37:0:1 chr8 11621450 . G A 851.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5887;QD=57.7028;RBI=0.0262868;REFB=0;REVB=0.011257;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75666e-05;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr8 11640784 . A G 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0120935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.163;QD=8.51761;RBI=0.0126528;REFB=-0.00441997;REVB=-0.00372015;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308348;STB=0.526288;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0100745;OID=.;OPOS=11640784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:9:10:22:22:9:10:22:23 chr8 11667179 . C T 533.86 PASS AF=0.4;AO=62;DP=154;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.00302563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0436;QD=13.777;RBI=0.0192978;REFB=0.0161939;REVB=-0.0190591;RO=92;SAF=37;SAR=25;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107941;STB=0.510012;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0189073;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:92:93:62:62:0.4:25:37:54:38:25:37:54:39 chr8 11667238 . C G 1049.58 PASS AF=0.469565;AO=108;DP=231;FAO=108;FDP=230;FR=.;FRO=122;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=-0.00564921;FXX=0.00862032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.527;QD=18.2536;RBI=0.00676727;REFB=-0.00641813;REVB=-0.0037259;RO=121;SAF=63;SAR=45;SRF=68;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209334;STB=0.509656;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00693428;OID=.;OPOS=11667238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:121:122:108:108:0.469565:45:63:68:53:45:63:69:53 chr8 11683653 . T C 1097.98 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00363437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.078;QD=56.3068;RBI=0.00956917;REFB=-0.145443;REVB=-0.00885214;RO=1;SAF=17;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822905;STB=0.504894;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00033393;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:78:1:3:74:75:0.961538:57:17:0:1:57:18:1:2 chr8 11689119 . G C 505.38 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0396913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5105;QD=17.7327;RBI=0.0418957;REFB=-0.0049209;REVB=-0.0134107;RO=60;SAF=26;SAR=28;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0017568;STB=0.500976;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00520395;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:28:26:29:31:28:26:29:31 chr8 11701842 . A C 757.7 PASS AF=0.964912;AO=56;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0204944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6202;QD=53.1719;RBI=0.0227745;REFB=0.0436616;REVB=-0.00993278;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020948;STB=0.503648;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00219849;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:56:55:0.964912:34:22:1:0:33:22:1:1 chr8 11701887 . CTG C 239.93 PASS AF=0.383562;AO=25;DP=77;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.000793723;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.924;QD=13.1468;RBI=0.0305206;REFB=0.00338184;REVB=0.0305103;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158341;STB=0.60902;STBP=0.157;TYPE=del;VARB=-0.00641721;OID=.;OPOS=11701888;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383562:25:77:28:73:45:9:19:22:23:99:44:9:16:22:22 chr8 11701933 . T C 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00392953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.448;QD=24.0442;RBI=0.0130443;REFB=-0.014097;REVB=-0.0124384;RO=36;SAF=21;SAR=26;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189048;STB=0.501037;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0104227;OID=.;OPOS=11701933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:26:21:16:20:26:21:16:20 chr8 11702313 . C G 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0144862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.933;QD=26.4613;RBI=0.0236382;REFB=-0.0147978;REVB=0.0186792;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168969;STB=0.593567;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00990874;OID=.;OPOS=11702313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:10:16:7:11:10:16:7:11 chr8 11702375 . G A 401.98 PASS AF=0.702128;AO=31;DP=46;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0676321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.489;QD=34.211;RBI=0.079293;REFB=-0.0359024;REVB=0.0413918;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131043;STB=0.55955;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.012334;OID=.;OPOS=11702375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:14:14:31:33:0.702128:15:16:4:10:17:16:4:10 chr8 11705273 . TGGGGG GTGGGG,TGGGG,TGGGGC 41.65 PASS AF=0,0.288462,0;AO=3,20,2;DP=51;FAO=0,15,0;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=0,4,0;FSAR=0,11,0;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0143128,0.173409,0.125769;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=70.9657,8.56129,19.9651;QD=3.20371;RBI=0.13377,0.252318,0.182032;REFB=-0.0393802,-0.206833,-0.114032;REVB=-0.133002,-0.183286,-0.131596;RO=22;SAF=0,4,1;SAR=3,16,1;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.540541,0;SSSB=-0.710835,-0.528604,-0.2946;STB=0.5,0.70185,0.5;STBP=1,0.062,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.163865,0.153948,0.0991405;OID=.,.,.;OPOS=11705273,11705274,11705278;OREF=TG,G,G;OALT=GT,-,C;OMAPALT=GTGGGG,TGGGG,TGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:51:52:22:37:3,20,2:0,15,0:0,0.288462,0:3,16,1:0,4,1:17:5:0,11,0:0,4,0:20:17 chr8 11705677 . C G 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00790994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.43;QD=18.0713;RBI=0.00795533;REFB=-0.0141115;REVB=0.000848559;RO=30;SAF=21;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33207;STB=0.69294;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0114841;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:9:21:10:20:9:21:10:21 chr8 11705870 . G A 319.15 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=0;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.761;QD=26.0528;RBI=0.0152317;REFB=0.0184517;REVB=-0.0152317;RO=21;SAF=0;SAR=28;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0190976;OID=.;OPOS=11705870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:28:28:0.571429:28:0:0:21:28:0:0:21 chr8 11706581 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.628;QD=63.8713;RBI=0.0317317;REFB=0;REVB=0.020163;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122856;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr8 11710888 . G C 257.81 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0137257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.754;QD=23.9822;RBI=0.0137681;REFB=-0.0325485;REVB=-0.00107913;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540033;STB=0.530072;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0251623;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:10:9:13:11:10:9 chr8 11793447 . T C 1606.73 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4572;QD=64.2692;RBI=0.127444;REFB=0;REVB=0.0249876;RO=0;SAF=18;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429018;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:82:18:0:0:82:18:0:0 chr8 11832079 . A G 494.82 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.239;QD=56.5504;RBI=0.0423819;REFB=-0.0589342;REVB=0.0413154;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371186;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:1:0:34:35:1:22:12:0:1:23:12:0:0 chr8 11839853 . G T 320.33 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0243298;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8186;QD=18.8429;RBI=0.0347002;REFB=-0.0125785;REVB=-0.0247419;RO=34;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122692;STB=0.514774;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0131764;OID=.;OPOS=11839853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:18:15:15:19:18:16:15:19 chr8 11872239 . C A 168.6 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0214931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.076;QD=16.0572;RBI=0.0270653;REFB=-0.0403872;REVB=0.0164493;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314539;STB=0.682706;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0297958;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:14:4:12:12:14:4:12:12 chr8 11872395 . A G 39.06 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.120327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4409;QD=12.019;RBI=0.121284;REFB=-0.0221722;REVB=0.0152105;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505451;STB=0.809724;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0532681;OID=.;OPOS=11872395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:5:2:5:1:5:2 chr8 11994716 . C A 63.62 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0268107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9018;QD=2.65072;RBI=0.0787574;REFB=0.00109344;REVB=0.0740534;RO=82;SAF=8;SAR=5;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386552;STB=0.533282;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00160047;OID=.;OPOS=11994716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:82:83:13:13:0.135417:5:8:48:34:5:8:48:35 chr8 11994957 . T C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0121218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.979;QD=20.7548;RBI=0.0122558;REFB=0.0104089;REVB=-0.0018072;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395277;STB=0.522358;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00933775;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:5:7:8:7:5:7 chr8 11995032 . G A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-9.43883e-06;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.514;QD=5.00557;RBI=0.0207806;REFB=-0.0039911;REVB=-0.0207806;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217505;STB=0.64242;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0160374;OID=.;OPOS=11995032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:15:7:3:3:15:7 chr8 11995062 . G A 96.7 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.009812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.348;QD=12.4778;RBI=0.0102459;REFB=-0.00963084;REVB=-0.00295014;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600117;STB=0.535459;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0230333;OID=.;OPOS=11995062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:10:9:5:7:10:9 chr8 11995274 . G A 570.05 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0182386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8624;QD=50.6708;RBI=0.0292308;REFB=-0.000442707;REVB=0.0228429;RO=5;SAF=20;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207498;STB=0.511106;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000121777;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:5:5:40:40:0.888889:20:20:2:3:20:20:2:3 chr8 12042880 . T C 48.85 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00177852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.498;QD=13.9579;RBI=0.00193053;REFB=0.000991138;REVB=-0.000750862;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00250031;OID=.;OPOS=12042880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:6:7:0.5:3:3:3:3:4:3:4:3 chr8 12516729 . T G 1059.78 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1187;QD=59.706;RBI=0.0173133;REFB=0;REVB=0.0167115;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33288e-05;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr8 12516857 . T C 288.92 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0852679;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.63;QD=18.6397;RBI=0.0853101;REFB=-0.0113827;REVB=0.00268428;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612244;STB=0.549807;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00940763;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:30:31:0.5:18:12:14:16:19:12:15:16 chr8 12580049 . G A,T 402.14 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=27,2;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157836,0.00116646;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.3932,164.865;QD=55.4681;RBI=0.0276467,0.0315332;REFB=0,0;REVB=0.0226984,0.0315116;RO=0;SAF=15,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00194509,0.11988;OID=.,.;OPOS=12580049,12580049;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:29:29:0:0:27,2:28,1:0.965517,0.0344828:12,1:15,1:0:0:13,0:15,1:0:0 chr8 12878637 . A G 738.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1358;QD=54.74;RBI=0.022962;REFB=-0.139866;REVB=-0.0186593;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00223538;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:0:1:32:21:0:1 chr8 12878677 . T C 580.12 PASS AF=0.602273;AO=48;DP=85;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0229909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.468;QD=26.3691;RBI=0.0327722;REFB=-0.0315105;REVB=0.0233545;RO=35;SAF=15;SAR=33;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105637;STB=0.564437;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0202311;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:35:35:48:53:0.602273:33:15:7:28:35:18:7:28 chr8 12878807 . T G 676.32 PASS AF=0.45625;AO=72;DP=159;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.000925876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.062;QD=16.9081;RBI=0.00197643;REFB=-0.0026112;REVB=0.00174615;RO=87;SAF=23;SAR=49;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658282;STB=0.530476;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00305716;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:87:87:72:73:0.45625:49:23:33:54:49:24:33:54 chr8 12878830 . C T 598.1 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0278929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5228;QD=16.4994;RBI=0.0313908;REFB=-0.00235807;REVB=-0.0144002;RO=81;SAF=20;SAR=43;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999537;STB=0.553272;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00337785;OID=.;OPOS=12878830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:82:63:63:0.434483:43:20:33:48:43:20:33:49 chr8 12879062 . T C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00496639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.415;QD=15.1962;RBI=0.00730029;REFB=0.00233348;REVB=0.00535063;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211975;STB=0.62176;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00392614;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:17:9:10:8:17:9 chr8 12879099 . G A 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00233902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.757;QD=18.7852;RBI=0.0265244;REFB=-0.00950966;REVB=-0.0264211;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161963;STB=0.59011;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00981729;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:18:15:21:12:18:15:21:12 chr8 12879198 . A T 308.38 PASS AF=0.515625;AO=29;DP=60;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.141029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.033;QD=19.2735;RBI=0.141042;REFB=-0.0195646;REVB=-0.00186885;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086055;STB=0.502423;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0147006;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:30:31:29:33:0.515625:19:10:13:17:19:14:13:18 chr8 12879334 . T C 379.1 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0621233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5138;QD=21.9766;RBI=0.0732588;REFB=-0.0301335;REVB=0.0388271;RO=30;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477374;STB=0.533519;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0395833;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:38:38:0.550725:18:20:14:16:18:20:14:17 chr8 12887172 . A G 493.66 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00734983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7527;QD=16.1857;RBI=0.0255355;REFB=-0.00188214;REVB=0.0244549;RO=66;SAF=24;SAR=30;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202166;STB=0.510163;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00502729;OID=.;OPOS=12887172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:66:68:54:54:0.442623:30:24:28:38:30:24:29:39 chr8 12888908 . T G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.042173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.78;QD=12.9224;RBI=0.0435883;REFB=-0.0118126;REVB=-0.011017;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170162;STB=0.509795;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0180882;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:10:12:18:16:10:12:18:16 chr8 12941709 . C A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00507112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.525;QD=19.0583;RBI=0.0114238;REFB=-0.00756692;REVB=0.0102366;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164384;STB=0.592501;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00904905;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:15:5:8:11:15:5 chr8 12943065 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.505;QD=41.8678;RBI=0.0471824;REFB=-0.0013294;REVB=0.00560494;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000284758;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:0:1:9:6:0:1 chr8 12958025 . C A 289.36 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2705;QD=52.6106;RBI=0.141316;REFB=0;REVB=0.12974;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315243;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:17:22:1:3:14:0:0:6:16:0:0 chr8 12990422 . A G 207.33 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.415;QD=48.7825;RBI=0.093848;REFB=0;REVB=0.0561249;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835865;OID=.;OPOS=12990422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr8 12990518 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.266;QD=48.7367;RBI=0.0692775;REFB=0;REVB=0.0542543;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019034;OID=.;OPOS=12990518;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr8 13072177 . C T 389.9 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0033083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.32;QD=16.417;RBI=0.0108888;REFB=-0.00314045;REVB=0.0103741;RO=53;SAF=27;SAR=14;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233132;STB=0.505152;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0041185;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:14:27:36:17:14:27:36:18 chr8 13356802 . G A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2577;QD=56.1866;RBI=0.0759186;REFB=0;REVB=-0.00643883;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106145;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr8 13356818 . TT CG 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01227;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=298.605;QD=57.6807;RBI=0.0133596;REFB=0;REVB=-0.00528461;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.44457e-05;OID=.;OPOS=13356818;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr8 13357340 . G C 530.05 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0243084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.398;QD=18.1212;RBI=0.0245587;REFB=-0.00156105;REVB=-0.00349692;RO=58;SAF=39;SAR=17;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617332;STB=0.534234;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00174724;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:61:56:56:0.478632:17:39:37:21:17:39:39:22 chr8 13424583 . C T 1137.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856205;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.77;QD=60.6855;RBI=0.021695;REFB=0;REVB=0.019934;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31795e-05;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:33:41:0:0:33:42:0:0 chr8 13425353 . T A 772.63 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.936;QD=61.81;RBI=0.034772;REFB=0.0913326;REVB=-0.0085322;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268741;STB=0.51428;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00354598;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:17:32:0:1:17:32:0:1 chr8 15095085 . C G 485.23 PASS AF=0.384615;AO=55;DP=143;FAO=55;FDP=143;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.00790846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8048;QD=13.5728;RBI=0.0854265;REFB=-0.0192295;REVB=0.0850597;RO=87;SAF=32;SAR=23;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177284;STB=0.512984;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0328184;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:87:88:55:55:0.384615:23:32:52:35:23:32:53:35 chr8 15590866 . T G 396.45 PASS AF=0.578125;AO=13;DP=73;FAO=37;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00149322;FXX=0.135117;HRUN=13;LEN=1;MLLD=210.233;QD=24.778;RBI=0.00431949;REFB=-0.0142286;REVB=0.00405318;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29985;STB=0.568491;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00958821;OID=.;OPOS=15590866;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:73:64:9:16:13:37:0.578125:2:11:5:4:20:17:11:5 chr8 15978063 . C T 1433.42 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.22;QD=59.7258;RBI=0.0293496;REFB=-0.0585136;REVB=0.0266781;RO=2;SAF=52;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178841;STB=0.509257;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000880346;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:96:96:2:2:93:94:0.979167:41:52:2:0:41:53:2:0 chr8 16025964 . T C 236.12 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00261467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.739;QD=19.2749;RBI=0.0094042;REFB=-0.00959366;REVB=0.00903341;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16014;STB=0.575156;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00751479;OID=.;OPOS=16025964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:13:9:15:11:13:10:15:11 chr8 16043667 . C T 404.22 PASS AF=0.588235;AO=38;DP=65;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00395045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.101;QD=23.7777;RBI=0.0900055;REFB=0.00214154;REVB=-0.0899188;RO=24;SAF=27;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103704;STB=0.577614;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00129883;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:24:28:38:40:0.588235:11:27:14:10:13:27:14:14 chr8 17078905 . GTT AGT,G,GT 89.63 PASS AF=0,0,0.586207;AO=2,4,6;DP=28;FAO=0,0,17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,5;FSAR=0,0,12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.078609,0.0979798,0.177758;FXX=0.0644953;HRUN=1,8,8;LEN=2,2,1;MLLD=13.8925,16.8895,11.5233;QD=12.3622;RBI=0.103112,0.123496,0.23045;REFB=0.00218335,-0.00579799,-0.0126349;REVB=-0.0667288,-0.0751749,-0.146661;RO=13;SAF=0,0,0;SAR=2,4,6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.540126,-0.670429,-0.73045;STB=0.5,0.5,0.519208;STBP=1,1,0.861;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.064029,-0.00815463;OID=.,.,.;OPOS=17078905,17078906,17078906;OREF=GT,TT,T;OALT=AG,-,-;OMAPALT=AGT,G,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:63:28:29:13:12:2,4,6:0,0,17:0,0,0.586207:2,4,6:0,0,0:6:7:0,0,12:0,0,5:4:8 chr8 17079328 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00196847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.573;QD=18.7769;RBI=0.00387664;REFB=-0.0222431;REVB=0.00333968;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184351;STB=0.603751;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0218203;OID=.;OPOS=17079328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:8:18:13:13:8:18:13:13 chr8 17079358 . A G 207.01 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00662026;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.769;QD=13.8008;RBI=0.0120712;REFB=-0.00961321;REVB=-0.0100938;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097989;STB=0.58614;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0111947;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:35:24:25:0.416667:12:12:18:12:13:12:22:13 chr8 17087014 . T C 1584.77 PASS AF=0.469388;AO=160;DP=342;FAO=161;FDP=343;FR=.;FRO=182;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=81;FSRR=101;FWDB=0.00629476;FXX=0.00290689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.575;QD=18.4812;RBI=0.0240981;REFB=-0.00896776;REVB=0.0232615;RO=178;SAF=80;SAR=80;SRF=79;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537529;STB=0.527514;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0100226;OID=.;OPOS=17087014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:343:178:182:160:161:0.469388:80:80:79:99:81:80:81:101 chr8 17092164 . G T 2322.26 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2413;QD=63.6237;RBI=0.0207934;REFB=0;REVB=0.0186988;RO=0;SAF=83;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992744;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:62:83:0:0:63:83:0:0 chr8 17125768 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00250677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7851;QD=11.5632;RBI=0.0543849;REFB=-0.0210147;REVB=-0.0543271;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179334;STB=0.510624;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0455216;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:14:15:8:7:14:15 chr8 17142065 . C T 110.34 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00359762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.92;QD=10.5086;RBI=0.0220547;REFB=-0.0147221;REVB=-0.0217593;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187898;STB=0.617286;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0404967;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:13:14:0.333333:7:6:17:10:8:6:17:11 chr8 17157259 . G A 2135.83 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.09;QD=62.3599;RBI=0.0129432;REFB=0;REVB=-0.00708748;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38256e-05;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:137:0:0:131:137:1:63:68:0:0:69:68:0:0 chr8 17166765 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0188424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.546;QD=19.1085;RBI=0.0189809;REFB=-0.00821011;REVB=0.00228864;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.571265;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00501746;OID=.;OPOS=17166765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:3:3:6:3:3:3 chr8 17218629 . G A 512.66 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.018346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7372;QD=20.3032;RBI=0.0515386;REFB=-0.0187855;REVB=-0.0481628;RO=47;SAF=35;SAR=17;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131437;STB=0.521934;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.018922;OID=.;OPOS=17218629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:49:52:52:0.514851:17:35:31:16:17:35:31:18 chr8 17230644 . G C 1305.53 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514745;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.156;QD=62.1679;RBI=0.0115412;REFB=0;REVB=0.0103297;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58554e-06;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr8 17270759 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=-0.0458377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.529;QD=12.7851;RBI=0.0458412;REFB=-0.01688;REVB=-0.0005601;RO=42;SAF=5;SAR=22;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079353;STB=0.523449;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0385267;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:22:5:6:36:22:5:7:36 chr8 17270763 . G C 397.1 PASS AF=0.573529;AO=40;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.00254889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.698;QD=23.3591;RBI=0.0106134;REFB=-0.0359167;REVB=-0.0103028;RO=25;SAF=4;SAR=36;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217524;STB=0.601315;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0147018;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:29:40:39:0.573529:36:4:6:19:35:4:6:23 chr8 17270770 . T C 247.9 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=37;FWDB=-0.0230729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1303;QD=14.1655;RBI=0.0328006;REFB=-0.0270923;REVB=-0.0233135;RO=41;SAF=6;SAR=23;SRF=4;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197462;STB=0.610105;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.031195;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:23:6:4:37:23:6:4:37 chr8 17270787 . A G 1153.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.19;QD=60.7104;RBI=0.0179723;REFB=0;REVB=0.0101634;RO=0;SAF=9;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30898e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16837e-06;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:67:9:0:0:67:9:0:0 chr8 17419460 . C T 196.69 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00115307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9468;QD=18.2964;RBI=0.0427625;REFB=-0.000754716;REVB=-0.0427469;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297829;STB=0.669683;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-8.59032e-05;OID=.;OPOS=17419460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:9:14:6:14:9:14 chr8 17424920 . T C 404.91 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245382;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.722;QD=53.9879;RBI=0.0383855;REFB=-0.0995852;REVB=0.0295182;RO=1;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02071;STB=0.511104;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.000750488;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:22:7:0:1:22:7:0:1 chr8 17425296 . C T 1730.87 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.034;QD=60.7322;RBI=0.0415216;REFB=0;REVB=-0.0403824;RO=0;SAF=74;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81474e-05;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:40:74:0:0:40:74:0:0 chr8 17486282 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.216;QD=57.0004;RBI=0.0330279;REFB=0;REVB=0.00216199;RO=0;SAF=7;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101981;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:47:7:0:0:47:7:0:0 chr8 17500223 . T C 832.56 PASS AF=0.603175;AO=76;DP=126;FAO=76;FDP=126;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0295742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0658;QD=26.4305;RBI=0.0332;REFB=-0.0150627;REVB=0.0150867;RO=50;SAF=40;SAR=36;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338719;STB=0.51839;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00738686;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:50:50:76:76:0.603175:36:40:24:26:36:40:24:26 chr8 17502900 . CTGAT C 188.36 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.000611735;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=221.987;QD=14.7735;RBI=0.026597;REFB=-0.0118284;REVB=-0.02659;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904698;STB=0.558086;STBP=0.555;TYPE=del;VARB=0.0163043;OID=.;OPOS=17502901;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:19:51:21:51:30:12:9:20:10:99:26:10:9:16:10 chr8 17503125 . C T 1805.66 PASS AF=0.925926;AO=131;DP=135;FAO=125;FDP=135;FR=.;FRO=10;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00696519;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.7763;QD=53.5012;RBI=0.0254161;REFB=-0.163715;REVB=-0.0244431;RO=0;SAF=58;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00877869;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:135:135:0:10:131:125:0.925926:73:58:0:0:70:55:5:5 chr8 17503205 . G A 317.86 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.0025631;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.74;QD=12.9738;RBI=0.0258627;REFB=-0.000216375;REVB=-0.0257354;RO=59;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222631;STB=0.618343;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000218948;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:59:62:36:36:0.367347:17:19:19:40:17:19:21:41 chr8 17503270 . G C 718.61 PASS AF=0.979167;AO=42;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=6;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110256;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.122;QD=59.8844;RBI=0.0581202;REFB=-0.117315;REVB=0.0570648;RO=1;SAF=6;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128654;STB=0.506022;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00823091;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:48:1:1:42:47:0.979167:36:6:0:1:41:6:0:1 chr8 17503501 . G A 1070.69 PASS AF=0.408304;AO=117;DP=286;FAO=118;FDP=289;FR=.;FRO=171;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=101;FSRR=70;FWDB=0.000592493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.554;QD=14.8192;RBI=0.0118284;REFB=-0.00790964;REVB=0.0118136;RO=165;SAF=59;SAR=58;SRF=100;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106963;STB=0.553624;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0124103;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:289:165:171:117:118:0.408304:58:59:100:65:59:59:101:70 chr8 17541999 . T C 382.8 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00550399;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.978;QD=16.6435;RBI=0.0228209;REFB=-0.0281771;REVB=-0.0221472;RO=53;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067087;STB=0.531922;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0316541;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:53:52:40:40:0.434783:23:17:26:27:23:17:25:27 chr8 17611886 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.625;QD=61.3754;RBI=0.0195184;REFB=0;REVB=0.0169443;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03113e-05;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr8 17612456 . C T 749.8 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9655;QD=62.4834;RBI=0.0812937;REFB=0;REVB=0.0805131;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047109;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:12:28:0:0:13:35:0:0 chr8 17612639 . T C 753.6 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.832;QD=61.5187;RBI=0.055361;REFB=-0.100425;REVB=0.0436053;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000402206;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:0:1:20:28:0:1 chr8 17612875 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.994;QD=58.1421;RBI=0.0311385;REFB=0;REVB=0.025882;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184686;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr8 17739538 . T C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00771502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.342;QD=16.5776;RBI=0.00773621;REFB=-0.0137348;REVB=0.000572144;RO=37;SAF=28;SAR=4;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341403;STB=0.707709;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0137436;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:4:28:24:13:4:28:24:14 chr8 17739658 . G T 553.16 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0145056;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.962;QD=26.031;RBI=0.0211695;REFB=-0.00942744;REVB=-0.0154187;RO=33;SAF=34;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841681;STB=0.536827;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0068416;OID=.;OPOS=17739658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:85:33:35:50:50:0.588235:16:34:19:14:16:34:21:14 chr8 17743020 . G A 549.35 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.042955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.551;QD=23.8846;RBI=0.0431052;REFB=0.00256757;REVB=0.00359547;RO=41;SAF=17;SAR=34;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192733;STB=0.606018;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00141549;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:34:17:23:18:34:17:23:18 chr8 17796382 . AC GT 272.57 PASS AF=0.422535;AO=27;DP=80;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0191828;FXX=0.112486;HRUN=3;LEN=2;MLLD=221.172;QD=15.3558;RBI=0.0215187;REFB=-0.00869308;REVB=0.00975045;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501886;STBP=0.983;TYPE=mnp;VARB=0.0103454;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:71:27:41:27:30:0.422535:13:14:14:13:16:14:19:22 chr8 17814915 . A G 371.68 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.000337262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.117;QD=17.491;RBI=0.00682407;REFB=0.00430838;REVB=0.00681573;RO=46;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504935;STB=0.528287;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0034832;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:24:15:20:26:24:15:20:26 chr8 17817553 . G T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.000265466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.566;QD=18.9137;RBI=0.00373747;REFB=-0.00151168;REVB=0.00372803;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169613;STB=0.594627;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00138075;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:17:11:17:12:17:11 chr8 17820714 . A T 409.15 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0440924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8113;QD=23.3797;RBI=0.0695193;REFB=0.0355903;REVB=0.0537475;RO=29;SAF=27;SAR=13;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128483;STB=0.512309;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.020933;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:13:27:20:9:13:27:21:9 chr8 17885406 . C G 167.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0972032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.831;QD=23.0907;RBI=0.099335;REFB=0.0374599;REVB=-0.0204691;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11571;STB=0.553126;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0229331;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:13:4:4:7:13:4:4:8 chr8 17918934 . A G 2163.75 PASS AF=0.459016;AO=218;DP=483;FAO=224;FDP=488;FR=.;FRO=264;FSAF=102;FSAR=122;FSRF=142;FSRR=122;FWDB=0.0240552;FXX=0.00408155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8252;QD=17.7356;RBI=0.0257273;REFB=-0.015887;REVB=0.00912377;RO=264;SAF=101;SAR=117;SRF=142;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739386;STB=0.544639;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0174443;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:488:264:264:218:224:0.459016:117:101:142:122:122:102:142:122 chr8 18077007 . G C 1156.01 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00948185;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.141;QD=57.087;RBI=0.0227444;REFB=-0.0685654;REVB=0.0206737;RO=3;SAF=17;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764968;STB=0.54053;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00222522;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:81:3:3:78:78:0.962963:61:17:3:0:61:17:3:0 chr8 18080644 . A T 226.14 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0180758;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.222;QD=20.5585;RBI=0.02929;REFB=-0.0250811;REVB=-0.0230471;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126582;STB=0.560128;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0275157;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:11:20:19:21:0.477273:10:9:5:6:10:11:8:12 chr8 18080651 . A C 227.78 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0304231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7398;QD=18.9819;RBI=0.031289;REFB=-0.0155745;REVB=-0.00730999;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161935;STB=0.563123;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0163067;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:25:22:23:0.479167:11:11:7:15:11:12:10:15 chr8 18080747 . T G 367.23 PASS AF=0.46988;AO=24;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4714;QD=17.698;RBI=0.247795;REFB=-0.0271012;REVB=0.244446;RO=40;SAF=20;SAR=4;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506729;STB=0.605081;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0359027;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:44:24:39:0.46988:4:20:16:24:17:22:16:28 chr8 18080923 . G A 1418.39 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324267;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1084;QD=63.0394;RBI=0.0325097;REFB=0;REVB=-0.00232098;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43953e-05;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:51:39:0:0 chr8 18257795 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000960372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.55;QD=21.7451;RBI=0.0136476;REFB=-0.00642141;REVB=0.0136138;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160953;STB=0.59081;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00560898;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:8:8:6:13:8:8 chr8 18258316 . G A 940.27 PASS AF=1;AO=54;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.765;QD=58.7667;RBI=0.0451037;REFB=0;REVB=0.0271259;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333891;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:54:64:1:22:32:0:0:22:42:0:0 chr8 18388177 . T G 1188.9 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137518;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1018;QD=61.761;RBI=0.0283949;REFB=0;REVB=0.0248427;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158625;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr8 18388195 . CTTTTTTTTTTTTTTTC CTTTCTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTTCTT,CTTTTTTTTTTTTTTC 163.04 PASS AF=0.148936,0.829787,0.0212766,0;AO=2,8,3,7;DP=53;FAO=7,39,1,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29,1,0;FSAR=5,10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349716,0.0377341,0.0321714,0.0732239;FXX=0.129606;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,2,3,1;MLLD=177.229,4.63814,19.3267,2.60381;QD=13.8759;RBI=0.160252,0.492827,0.41341,0.931821;REFB=0.0183072,0.173227,0.0513736,0.212227;REVB=-0.160214,-0.491381,-0.412157,-0.92894;RO=3;SAF=0,8,1,7;SAR=2,0,2,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.74993,0,-0.483116,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0.0978433,0.0288561,0.101136,-0.17348;OID=.,.,.,.;OPOS=18388199,18388196,18388209,18388196;OREF=T,TT,TTC,T;OALT=C,-,CTT,-;OMAPALT=CTTTCTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTTCTT,CTTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.148936,0.829787,0.0212766,0:2,8,3,7:53:7,39,1,0:47:0:2,29,1,0:5,10,0,0:0:0:39:3:0,8,1,7:2,0,2,0:3:0 chr8 18457957 . A G 878.57 PASS AF=1;AO=52;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145778;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.8293;QD=46.2403;RBI=0.11232;REFB=-0.0947876;REVB=0.11137;RO=8;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025663;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:8:0:52:76:1:29:23:1:7:40:36:0:0 chr8 18513220 . C A 255.91 PASS AF=0.4;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0151036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.317;QD=13.6484;RBI=0.01597;REFB=-0.00634943;REVB=-0.00518852;RO=45;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211032;STB=0.627034;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0104212;OID=.;OPOS=18513220;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:45:29:30:0.4:11:18:19:26:11:19:19:26 chr8 18620570 . T C 339.79 PASS AF=0.362069;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.0236892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5125;QD=11.7168;RBI=0.075521;REFB=-0.0128206;REVB=-0.0717094;RO=72;SAF=14;SAR=28;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017401;STB=0.50649;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0229251;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:74:42:42:0.362069:28:14:23:49:28:14:24:50 chr8 18656805 . G A 1492.31 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.702;QD=63.5026;RBI=0.0362031;REFB=0;REVB=0.0337814;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06903e-05;OID=.;OPOS=18656805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr8 18729816 . C CA 881.38 PASS AF=1;AO=11;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100125;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.211;QD=49.6553;RBI=0.103373;REFB=0;REVB=0.0257094;RO=59;SAF=9;SAR=2;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000156297;OID=.;OPOS=18729817;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:71:71:71:0:36:35:0:0:6:59:9:2:27:32 chr8 18729817 . GT AG 751.81 PASS AF=0.819444;AO=58;DP=72;FAO=59;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0069009;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.987;QD=41.7674;RBI=0.0316421;REFB=-0.0583602;REVB=0.0308805;RO=13;SAF=27;SAR=31;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077581;STB=0.542359;STBP=0.119;TYPE=mnp;VARB=0.00260623;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:72:72:13:13:58:59:0.819444:31:27:9:4:32:27:9:4 chr8 19190491 . A G 516.99 PASS AF=0.526882;AO=21;DP=94;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.0223264;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.467;QD=22.236;RBI=0.0307874;REFB=-0.0329978;REVB=-0.021199;RO=42;SAF=15;SAR=6;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10556;STB=0.573001;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0295599;OID=.;OPOS=19190491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:42:44:21:49:0.526882:6:15:33:9:7:42:34:10 chr8 19192332 . G T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00700693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.675;QD=14.3338;RBI=0.0190005;REFB=-0.018383;REVB=0.0176613;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215668;STB=0.62382;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0321359;OID=.;OPOS=19192332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:19:7:8:9:19:7 chr8 19218745 . A G 241.9 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0339596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2658;QD=22.5021;RBI=0.0451857;REFB=-0.00635747;REVB=0.0298076;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142996;STB=0.579375;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00570233;OID=.;OPOS=19218745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:16:4:8:15:16:4 chr8 19218766 . A G 345.61 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00607069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4416;QD=24.6866;RBI=0.0678289;REFB=-0.01987;REVB=0.0675567;RO=22;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701522;STB=0.538439;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0306167;OID=.;OPOS=19218766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:14:20:15:7:14:20:15:7 chr8 19221664 . G C 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00456153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.813;QD=20.1555;RBI=0.00765605;REFB=-0.0243834;REVB=0.00614878;RO=32;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141877;STB=0.578678;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0189617;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:15:20:13:19:15:20:13:19 chr8 19363306 . G A 1352.53 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330843;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.632;QD=60.788;RBI=0.0444799;REFB=-0.0776652;REVB=0.0297302;RO=0;SAF=58;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000545889;OID=.;OPOS=19363306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:0:1:87:88:0.988764:29:58:0:0:30:58:1:0 chr8 19677915 . G A 629.51 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0121951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.653;QD=20.8104;RBI=0.0125917;REFB=-0.0082774;REVB=0.00313518;RO=58;SAF=36;SAR=27;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151898;STB=0.583503;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00822088;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:27:36:23:35:27:36:23:35 chr8 19824071 . A G 878.01 PASS AF=0.527273;AO=86;DP=164;FAO=87;FDP=165;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0123649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.286;QD=21.2851;RBI=0.0146762;REFB=-0.00377072;REVB=-0.00790571;RO=77;SAF=44;SAR=42;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179893;STB=0.509405;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00337083;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:77:78:86:87:0.527273:42:44:41:36:43:44:41:37 chr8 20036713 . A G 558.7 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0154298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.097;QD=17.4594;RBI=0.0204328;REFB=-0.00988533;REVB=0.0133948;RO=69;SAF=27;SAR=32;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940471;STB=0.552189;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.014423;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:32:27:25:44:32:27:25:44 chr8 20068163 . T G 2383.03 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590286;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.311;QD=60.7142;RBI=0.0679447;REFB=0;REVB=0.0336469;RO=0;SAF=71;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154944;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:154:157:1:83:71:0:0:85:72:0:0 chr8 20110641 . C T 250.98 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00727001;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.886;QD=12.0955;RBI=0.00960309;REFB=-0.0159559;REVB=-0.00627426;RO=54;SAF=8;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260618;STB=0.65603;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0296506;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:53:30:30:0.361446:22:8:26:28:22:8:26:27 chr8 20147731 . G A 118.34 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0121426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.998;QD=12.7935;RBI=0.0165194;REFB=-0.016752;REVB=-0.0112004;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274841;STB=0.531205;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0348019;OID=.;OPOS=20147731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:12:10:6:8:12:11 chr8 21455978 . GT G 143.43 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=-0.0282156;FXX=0.0169463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.1468;QD=9.89183;RBI=0.039018;REFB=-0.0286906;REVB=0.0269496;RO=23;SAF=27;SAR=3;SRF=21;SRR=2;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=-0.0292155;STB=0.540791;STBP=0.782;TYPE=del;VARB=0.0274405;OID=.;OPOS=21455979;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:30:59:30:58:28:27:3:26:2:99:23:27:3:21:2 chr8 21456116 . G A 319.47 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0118717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.4601;QD=16.1756;RBI=0.0141292;REFB=-0.0120261;REVB=0.00766147;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218521;STB=0.602093;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0140102;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:44:35:35:0.443038:20:15:27:14:20:15:27:17 chr8 21456275 . C T 206.44 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=55;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0055405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.164;QD=14.2371;RBI=0.0117632;REFB=-0.0120809;REVB=0.0103767;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117241;STB=0.531831;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.017515;OID=.;OPOS=21456275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:32:33:23:25:0.431034:11:12:13:19:13:12:14:19 chr8 21768308 . T TC 33.35 PASS AF=0.147059;AO=18;DP=103;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.0123841;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.0075;QD=1.30786;RBI=0.0230821;REFB=-0.0139434;REVB=-0.0194786;RO=83;SAF=16;SAR=2;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466359;STB=0.779565;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.177211;OID=.;OPOS=21768309;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147059:18:103:15:102:87:13:2:53:34:33:83:16:2:49:34 chr8 21827704 . C T 779.21 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.972;QD=56.67;RBI=0.00768755;REFB=0;REVB=-0.002128;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00862e-06;OID=.;OPOS=21827704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:52:55:1:39:13:0:0:40:15:0:0 chr8 21833965 . C T 783.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627817;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.505;QD=56.9822;RBI=0.0632495;REFB=0;REVB=0.0076785;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135453;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr8 21846586 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.926;QD=63.5827;RBI=0.0210342;REFB=0;REVB=0.0202143;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84873e-05;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr8 21862551 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000130855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9585;QD=57.2003;RBI=0.00331684;REFB=0;REVB=-0.00331426;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60541e-05;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr8 21927460 . C G 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194945;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.61;QD=57.2416;RBI=0.0199685;REFB=0;REVB=-0.0043247;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06119e-05;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr8 21939435 . C T 1470.73 PASS AF=0.953704;AO=102;DP=107;FAO=103;FDP=108;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0331874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0978;QD=54.4715;RBI=0.0688274;REFB=-0.0940241;REVB=0.0602976;RO=4;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029627;STB=0.509603;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0123448;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:107:108:4:5:102:103:0.953704:62:40:0:4:62:41:1:4 chr8 21961834 . G A 1512.14 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1389;QD=63.006;RBI=0.0217205;REFB=0;REVB=0.0216914;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303375;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:49:46:0:0:49:47:0:0 chr8 21965113 . T C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.037773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3775;QD=56.0078;RBI=0.0466308;REFB=-0.0980119;REVB=-0.0273429;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.510201;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00109302;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:24:36:0:0:24:36:0:1 chr8 22079355 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.702;QD=51.1845;RBI=0.0760671;REFB=0;REVB=-0.0753907;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479685;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr8 22105502 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.337;QD=58.9627;RBI=0.0463875;REFB=0;REVB=0.0423548;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011891;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr8 22106723 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00218336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.81;QD=20.2685;RBI=0.018267;REFB=-0.0354376;REVB=0.018136;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253785;STB=0.524452;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0276156;OID=.;OPOS=22106723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:9:12:12:8:9:12:13:8 chr8 22108611 . A C 1193.78 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171055;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5768;QD=61.2194;RBI=0.176374;REFB=0;REVB=0.0429873;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880334;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:1:0:77:78:1:40:37:1:0:40:38:0:0 chr8 22262228 . AGCTGCT A 141.46 PASS AF=0.316667;AO=17;DP=57;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=0.00148901;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=6;MLLD=272.139;QD=9.43069;RBI=0.0104979;REFB=-0.01384;REVB=0.0103918;RO=32;SAF=13;SAR=4;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194497;STB=0.542893;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=0.0310219;OID=.;OPOS=22262229;OREF=GCTGCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316667:17:57:19:60:41:15:4:34:7:99:32:13:4:28:4 chr8 22262321 . T C 467.48 PASS AF=0.485981;AO=48;DP=105;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00563818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.114;QD=17.4758;RBI=0.0267535;REFB=0.0171142;REVB=-0.0261527;RO=53;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428198;STB=0.506364;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0182435;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:53:55:48:52:0.485981:23:25:30:23:23:29:30:25 chr8 22262379 . C T 480.95 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00159999;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1715;QD=17.1769;RBI=0.0287865;REFB=-0.00482265;REVB=-0.028742;RO=60;SAF=25;SAR=27;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825203;STB=0.545904;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00646688;OID=.;OPOS=22262379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:60:52:52:0.464286:27:25:34:26:27:25:34:26 chr8 22262418 . A G 406.07 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0352174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.578;QD=17.6553;RBI=0.0352594;REFB=-0.00892126;REVB=-0.00171996;RO=50;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425602;STB=0.523798;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00972983;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:22:20:26:24:22:20:26:24 chr8 22388857 . G A 227.95 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0278425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0552;QD=9.49772;RBI=0.0317785;REFB=0.00176925;REVB=-0.0153189;RO=67;SAF=19;SAR=10;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553775;STB=0.532687;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00342231;OID=.;OPOS=22388857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:67:67:29:29:0.302083:10:19:41:26:10:19:41:26 chr8 22421982 . C T 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00302938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.791;QD=18.3466;RBI=0.00308011;REFB=-0.0210746;REVB=-0.000556713;RO=18;SAF=3;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154138;STB=0.508762;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0242207;OID=.;OPOS=22421982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:14:3:3:15:14:3:3:15 chr8 22428658 . T C 220.05 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6231;QD=48.9006;RBI=0.0496942;REFB=0;REVB=-0.000198863;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108494;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:13:4:0:0:13:5:0:0 chr8 22432377 . C A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.308;QD=28.6825;RBI=0.00932276;REFB=0.0673444;REVB=-0.00932276;RO=2;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00445464;OID=.;OPOS=22432377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:9:0:0:2:9:0:0:2 chr8 22442661 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0258607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2713;QD=12.3285;RBI=0.0374957;REFB=-0.00798191;REVB=-0.0271505;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00932595;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:10:7:5:6:10:7 chr8 22463623 . C T 654.1 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=171;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.00703244;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.697;QD=14.782;RBI=0.0078932;REFB=-0.0203398;REVB=-0.00358432;RO=97;SAF=31;SAR=42;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933817;STB=0.533387;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.027445;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:177:97:104:73:73:0.412429:42:31:50:47:42:31:50:54 chr8 22471824 . G A 289.94 PASS AF=0.417722;AO=31;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00912819;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.126;QD=14.6802;RBI=0.0118488;REFB=-0.00511048;REVB=-0.00755449;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907292;STB=0.526543;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0146396;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:46:31:33:0.417722:16:15:23:17:18:15:23:23 chr8 22473158 . C T 140.21 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=3.3857e-05;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.301;QD=11.684;RBI=0.0245115;REFB=-0.0052679;REVB=0.0245115;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215753;STB=0.631;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0157318;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:28:32:16:16:0.333333:7:9:21:7:7:9:24:8 chr8 22473465 . T C 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00680407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.394;QD=10.8091;RBI=0.0150232;REFB=-0.0314234;REVB=-0.0133941;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119335;STB=0.569984;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0766198;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:17:19:8:11:17:19 chr8 22473719 . G A 168.87 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0264789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2844;QD=16.0829;RBI=0.0293003;REFB=-0.0229489;REVB=0.012545;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131851;STB=0.588136;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0282072;OID=.;OPOS=22473719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:11:7:12:11:11:7:13:11 chr8 22473850 . T C 250.73 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00475375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9972;QD=19.6653;RBI=0.00836855;REFB=0.00439992;REVB=0.00688727;RO=25;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389279;STB=0.521723;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00557598;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:6:20:20:5:6:20:20:5 chr8 22477131 . ACAT A 228.99 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.017534;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=153.769;QD=19.0822;RBI=0.0290648;REFB=-0.00843815;REVB=-0.0231802;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108993;STB=0.583712;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.0100221;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479167:22:45:23:48:25:12:11:9:16:99:19:11:11:7:12 chr8 22482851 . A C 725.51 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.417;QD=56.9024;RBI=0.0423839;REFB=0;REVB=0.0248076;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155161;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:23:28:0:0 chr8 22491980 . G T 2080.32 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.792;QD=62.5659;RBI=0.0359975;REFB=0;REVB=0.0356306;RO=0;SAF=84;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24665e-05;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:130:133:1:46:84:0:0:48:85:0:0 chr8 22492052 . G A 1482.27 PASS AF=0.945455;AO=104;DP=111;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-1.53419e-05;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.157;QD=53.9008;RBI=0.00175007;REFB=-0.0788292;REVB=0.00175;RO=4;SAF=59;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031086;STB=0.524189;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00124013;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:111:110:4:6:104:104:0.945455:45:59:4:0:45:59:6:0 chr8 22584718 . T C 2676.6 PASS AF=0.967391;AO=177;DP=184;FAO=178;FDP=184;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.030863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7242;QD=58.1869;RBI=0.041995;REFB=0.0699648;REVB=-0.0284791;RO=5;SAF=79;SAR=98;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130436;STB=0.501854;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00196513;OID=.;OPOS=22584718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:184:184:5:6:177:178:0.967391:98:79:1:4:99:79:3:3 chr8 22785159 . G A 415.33 PASS AF=0.431193;AO=45;DP=107;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=-0.0307793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.848;QD=15.2413;RBI=0.0319247;REFB=-0.0245982;REVB=-0.00847492;RO=61;SAF=31;SAR=14;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599224;STB=0.52766;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0322444;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:61:62:45:47:0.431193:14:31:45:16:14:33:46:16 chr8 22864622 . T C 1443.88 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.049152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3944;QD=60.795;RBI=0.0931247;REFB=0.0199084;REVB=0.0790967;RO=2;SAF=52;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178841;STB=0.509432;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00202584;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:41:52:2:0:41:52:2:0 chr8 22875909 . A G 104.75 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0304371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.954;QD=10.7435;RBI=0.0347912;REFB=-0.00539596;REVB=0.0168527;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302392;STB=0.680993;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0117451;OID=.;OPOS=22875909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:9:4:15:11:9:4:15:11 chr8 22886020 . A G 780.12 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.797;QD=55.7229;RBI=0.00873735;REFB=0;REVB=0.00856778;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173454;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:51:56:1:16:35:0:0:16:40:0:0 chr8 22900701 . G A 381.21 PASS AF=0.487805;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0117766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.113;QD=18.5958;RBI=0.0125074;REFB=-0.0376291;REVB=0.00421251;RO=42;SAF=31;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29708;STB=0.628309;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0297419;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:38:40:0.487805:7:31:24:18:9:31:24:18 chr8 22926313 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00700869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.025;QD=18.1185;RBI=0.00888997;REFB=-0.0273821;REVB=0.00546899;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282518;STB=0.550843;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0250027;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:9:20:17:18:0.473684:7:10:9:0:8:10:13:7 chr8 22960704 . G C 2135.92 PASS AF=0.985714;AO=132;DP=137;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0613812;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4009;QD=61.0264;RBI=0.0618874;REFB=-0.00871113;REVB=0.00789899;RO=4;SAF=61;SAR=71;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212779;STB=0.506493;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00138576;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:140:4:2:132:138:0.985714:71:61:2:2:76:62:0:2 chr8 22960873 . G C 820.37 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000923902;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.292;QD=57.5697;RBI=0.00795848;REFB=0;REVB=0.00790467;RO=0;SAF=55;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24345e-06;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:2:55:0:0:2:55:0:0 chr8 22974325 . G A 53.39 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0386472;FXX=0.076864;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.792;QD=17.7962;RBI=0.050093;REFB=-0.203037;REVB=0.0318702;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0161715;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:4:1:5:2:4:1 chr8 22974415 . G A 49.67 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0498464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.476;QD=15.2842;RBI=0.0555137;REFB=-0.0530495;REVB=0.0244358;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0492365;OID=.;OPOS=22974415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr8 22974450 . T C 323.24 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6834;QD=53.873;RBI=0.045749;REFB=0;REVB=-0.0371328;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108546;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr8 23001988 . A G 802.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310468;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.76;QD=56.2998;RBI=0.0565956;REFB=0;REVB=-0.0473197;RO=0;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274106;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:15:39:0:0:16:41:0:0 chr8 23021346 . G A 287.4 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00960726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.812;QD=18.5416;RBI=0.00995047;REFB=0.00608984;REVB=-0.00259082;RO=30;SAF=22;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784424;STB=0.555919;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00742429;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:9:22:19:11:9:22:19:12 chr8 23049292 . C T 849.12 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.485;QD=57.5671;RBI=0.0680829;REFB=0;REVB=0.0657035;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146696;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:33:23:0:0:36:23:0:0 chr8 23059324 . C G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8757;QD=57.0003;RBI=0.108877;REFB=0;REVB=0.0535156;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015814;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr8 23060256 . T C 1224.42 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7854;QD=61.2212;RBI=0.0578719;REFB=0;REVB=0.0311185;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100063;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:54:25:0:0:55:25:0:0 chr8 23118304 . C T 239.53 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0453466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.949;QD=18.078;RBI=0.0469592;REFB=-0.00819038;REVB=0.0122005;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189368;STB=0.606332;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0093693;OID=.;OPOS=23118304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:10:16:11:16:10:16:11:16 chr8 23147564 . G A 751.27 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5859;QD=60.1014;RBI=0.204657;REFB=0;REVB=0.195944;RO=3;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00472114;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:3:0:46:50:1:17:29:0:3:20:30:0:0 chr8 23148930 . A G 1890.03 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272742;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.539;QD=61.4644;RBI=0.0288018;REFB=0;REVB=0.0092553;RO=0;SAF=74;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185987;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:119:123:1:45:74:0:0:46:77:0:0 chr8 23148940 . G A 2140.38 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.013;QD=62.9524;RBI=0.034891;REFB=0;REVB=0.0324171;RO=0;SAF=86;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28894e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:50:86:0:0:50:86:0:0 chr8 23150878 . T G 2297.82 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.531;QD=62.954;RBI=0.0384306;REFB=-0.0732796;REVB=0.0334467;RO=0;SAF=84;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222625;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:143:146:0:0:143:146:1:59:84:0:0:61:85:0:0 chr8 23152334 . A G 1668.39 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173172;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.731;QD=59.5852;RBI=0.0233506;REFB=0;REVB=0.0156642;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27532e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:53:58:0:0:54:58:0:0 chr8 23153022 . T C 1791.26 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000972021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.408;QD=60.7205;RBI=0.00414609;REFB=0;REVB=-0.00403053;RO=0;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71211e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:45:72:0:0:45:73:0:0 chr8 23154982 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=14;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.955;QD=51.9167;RBI=0.0411799;REFB=0;REVB=0.0411161;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147203;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:14:21:1:1:13:0:0:1:20:0:0 chr8 23154989 . T G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.988;QD=57.1961;RBI=0.041199;REFB=0;REVB=0.0376927;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183961;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr8 23155130 . A C 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0075722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8987;QD=20.2081;RBI=0.0432296;REFB=0.00387599;REVB=0.0425613;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00102384;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:6:4:5:8:6:4 chr8 23167353 . T G 1037.82 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179097;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.743;QD=59.3042;RBI=0.0183156;REFB=0;REVB=0.00383488;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324766;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:33:37:0:0 chr8 23294761 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0859178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5935;QD=16.4264;RBI=0.085954;REFB=0.0133073;REVB=-0.00249393;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161818;STB=0.593059;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00708378;OID=.;OPOS=23294761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:8:3:5:6:8:3 chr8 23423697 . G A 306.86 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0168206;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.463;QD=12.9205;RBI=0.0247079;REFB=-0.00377202;REVB=0.0180983;RO=60;SAF=18;SAR=17;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262552;STB=0.501504;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00624959;OID=.;OPOS=23423697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:60:60:35:35:0.368421:17:18:31:29:17:18:31:29 chr8 23432326 . T A 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734525;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.923;QD=57.4155;RBI=0.0734661;REFB=0;REVB=-0.00141107;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107455;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:43:13:0:0:43:13:0:0 chr8 23432776 . A C 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.451;QD=62.8648;RBI=0.0343132;REFB=0;REVB=0.0310508;RO=0;SAF=78;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95698e-06;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:57:78:0:0:57:78:0:0 chr8 23563908 . A G 346.24 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0140008;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.101;QD=21.9832;RBI=0.015336;REFB=-0.00514835;REVB=-0.00625854;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10066;STB=0.547918;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00336064;OID=.;OPOS=23563908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:27:28:35:35:0.555556:20:15:15:12:20:15:15:13 chr8 24208847 . G A 2388.83 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381641;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.592;QD=61.2521;RBI=0.0381969;REFB=0;REVB=-0.00158082;RO=0;SAF=98;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24693e-05;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:58:98:0:0:58:98:0:0 chr8 24211278 . C T 317.13 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0303994;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.008;QD=50.7414;RBI=0.0333023;REFB=-0.116599;REVB=-0.0135983;RO=1;SAF=20;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226226;STB=0.512185;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00566069;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:4:20:1:0:4:20:1:0 chr8 24211331 . G A 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.423;QD=58.5777;RBI=0.0380812;REFB=0;REVB=-0.00236694;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160407;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 1116.06 PASS AF=0.713178;AO=89;DP=132;FAO=92;FDP=129;FR=.;FRO=37;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0206325;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=4;MLLD=265.214;QD=34.6064;RBI=0.0230387;REFB=-0.0200441;REVB=0.010251;RO=36;SAF=42;SAR=47;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133825;STB=0.56882;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.00748626;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.713178:89:132:92:129:37:45:47:27:10:99:36:42:47:26:10 chr8 24211889 . T TGTC 133.83 PASS AF=0.188976;AO=23;DP=135;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0147327;FXX=0.00781189;HRUN=0;LEN=3;MLLD=286.149;QD=4.21506;RBI=0.0177402;REFB=-0.00449479;REVB=-0.00988241;RO=111;SAF=17;SAR=6;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319606;STB=0.73474;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0139157;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188976:23:135:24:127:103:18:6:48:55:99:111:17:6:55:56 chr8 24339679 . G A 388.68 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0760381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.523;QD=16.1951;RBI=0.0760649;REFB=-0.000844414;REVB=-0.00202065;RO=55;SAF=17;SAR=23;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160287;STB=0.595397;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000855777;OID=.;OPOS=24339679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:55:55:40:41:0.427083:23:17:32:23:24:17:32:23 chr8 24356818 . A C 265.69 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0353832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3428;QD=12.8042;RBI=0.124191;REFB=-0.00402596;REVB=0.119043;RO=50;SAF=4;SAR=27;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408693;STB=0.750885;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0108284;OID=.;OPOS=24356818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:50:51:31:32:0.385542:27:4:20:30:28:4:21:30 chr8 24359068 . G A 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0225041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.747;QD=17.433;RBI=0.0265901;REFB=-0.00502909;REVB=-0.0141633;RO=42;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458145;STB=0.520156;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00726254;OID=.;OPOS=24359068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:15:22:23:19:15:22:24:19 chr8 24366020 . T C 498.82 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0105919;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.461;QD=16.7672;RBI=0.0360326;REFB=-0.0156448;REVB=0.0344407;RO=65;SAF=32;SAR=22;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807676;STB=0.504503;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0169807;OID=.;OPOS=24366020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:65:65:54:54:0.453782:22:32:38:27:22:32:38:27 chr8 24774683 . C A 1404.99 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0305;QD=61.7577;RBI=0.0836735;REFB=0;REVB=0.0792074;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597335;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:91:0:0:87:91:1:43:44:0:0:46:45:0:0 chr8 24776423 . C T 420.45 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408399;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.865;QD=56.0605;RBI=0.0131304;REFB=0;REVB=-0.0124791;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00835128;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:12:18:0:0 chr8 24811064 . AGGGGGGG AGGGGG,AGGGGGCT,AGGGGGG 636.13 PASS AF=0,0.0379747,0.962025;AO=21,3,47;DP=80;FAO=0,3,76;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,58;FSAR=0,3,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699727,-0.0580116,-0.13325;FXX=0.0124984;HRUN=7,7,7;LEN=2,2,1;MLLD=9.7525,151.638,10.2466;QD=32.2091;RBI=0.0947976,0.070546,0.182346;REFB=0,0,0;REVB=0.0639563,-0.0401421,0.124476;RO=4;SAF=16,0,38;SAR=5,3,9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00479868,-0.729277,0.0137654;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0877249,0.178161,-0.0759287;OID=.,.,.;OPOS=24811065,24811070,24811065;OREF=GG,GG,G;OALT=-,CT,-;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGCT,AGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0379747,0.962025:21,3,47:80:0,3,76:79:0:0,0,58:0,3,18:0:0:8:4:16,0,38:5,3,9:3:1 chr8 25203022 . A G 1171.74 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.541;QD=60.8696;RBI=0.0341421;REFB=0;REVB=0.0312932;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103299;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:29:47:0:0:30:47:0:0 chr8 25232292 . G GT 62.97 PASS AF=0.527778;AO=11;DP=45;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.268429;FXX=0.162753;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.11071;QD=6.99687;RBI=0.274255;REFB=-0.106929;REVB=-0.0562297;RO=32;SAF=2;SAR=9;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570015;STB=0.533299;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=0.118436;OID=.;OPOS=25232293;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:11:45:19:36:17:11:8:11:6:46:32:2:9:22:10 chr8 25232300 . A T 82.67 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=40;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0359683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.068;QD=7.51571;RBI=0.0374047;REFB=-0.0125225;REVB=0.010266;RO=32;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281406;STB=0.538397;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0278378;OID=.;OPOS=25232300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:44:32:32:8:12:0.272727:2:6:17:15:5:7:17:15 chr8 25234858 . A G 1500.93 PASS AF=0.954545;AO=106;DP=110;FAO=105;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0809674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4897;QD=54.5791;RBI=0.0815301;REFB=-0.0698455;REVB=0.00956233;RO=4;SAF=50;SAR=56;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364606;STB=0.524267;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0213773;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:110:4:5:106:105:0.954545:56:50:4:0:56:49:5:0 chr8 25246734 . C T 389.88 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0664371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.438;QD=19.494;RBI=0.0672566;REFB=0.0181526;REVB=0.0104667;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335931;STB=0.513416;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0159943;OID=.;OPOS=25246734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:39:40:0.5:24:15:14:26:25:15:14:26 chr8 25267622 . A G 226.61 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0228681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.878;QD=17.1025;RBI=0.0251212;REFB=-0.0131293;REVB=0.0103982;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980991;STB=0.565298;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0189602;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:13:11:10:18:13:12:10:18 chr8 25317824 . A T 439.47 PASS AF=0.457944;AO=48;DP=106;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.009499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.013;QD=16.4287;RBI=0.00977162;REFB=-0.0173681;REVB=0.00229206;RO=56;SAF=27;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607574;STB=0.539068;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0259435;OID=.;OPOS=25317824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:56:58:48:49:0.457944:21:27:28:28:21:28:29:29 chr8 25323777 . T C 900.01 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.796;QD=58.0651;RBI=0.0230048;REFB=0;REVB=0.0126908;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.71781e-06;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:31:31:0:0 chr8 25364331 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0118677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1826;QD=10.391;RBI=0.0453326;REFB=0.0121462;REVB=-0.0437516;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466707;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0224142;OID=.;OPOS=25364331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:6:5:6:1:6:5 chr8 25701661 . G A 395.66 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0136197;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2211;QD=17.2024;RBI=0.0146581;REFB=0.00173274;REVB=-0.00541891;RO=50;SAF=23;SAR=18;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593074;STB=0.537733;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00270486;OID=.;OPOS=25701661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:18:23:31:19:18:23:32:19 chr8 25708267 . T C 393.25 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0204597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0744;QD=15.4216;RBI=0.0211595;REFB=0.00349549;REVB=-0.00539667;RO=58;SAF=15;SAR=29;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097667;STB=0.554998;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00856755;OID=.;OPOS=25708267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:29:15:25:33:29:15:25:33 chr8 26240646 . A G 3653.52 PASS AF=0.991453;AO=229;DP=232;FAO=232;FDP=234;FR=.;FRO=2;FSAF=129;FSAR=103;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00760061;FXX=0.016806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.709;QD=62.4533;RBI=0.0427451;REFB=-0.0707453;REVB=-0.0420639;RO=1;SAF=128;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370856;STB=0.503846;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000496997;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:232:234:1:2:229:232:0.991453:101:128:1:0:103:129:2:0 chr8 26362201 . A T 1144.49 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00899505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1073;QD=57.9486;RBI=0.0600825;REFB=-0.188458;REVB=0.0594053;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513155;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00415042;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:0:2:77:77:0.974684:37:40:0:0:37:40:0:2 chr8 26365716 . C T 526.77 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=91;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0327313;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4889;QD=23.6752;RBI=0.136804;REFB=-0.0424953;REVB=0.132831;RO=40;SAF=34;SAR=16;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187523;STB=0.501022;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0447738;OID=.;OPOS=26365716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:40:38:50:51:0.573034:16:34:28:12:16:35:26:12 chr8 26481771 . T C 1624.27 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2842;QD=60.158;RBI=0.0229892;REFB=0;REVB=0.00257356;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50001e-05;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr8 26510792 . T C 736.34 PASS AF=0.541985;AO=68;DP=129;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00551127;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.48;QD=22.4837;RBI=0.00642552;REFB=-0.0432112;REVB=0.00330352;RO=58;SAF=51;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226639;STB=0.620519;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0367204;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:58:60:68:71:0.541985:17:51:30:28:19:52:30:30 chr8 26515138 . C T 175.37 PASS AF=0.403846;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00825426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.918;QD=13.4899;RBI=0.041082;REFB=-0.0149583;REVB=0.0402442;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719015;STB=0.543684;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0217276;OID=.;OPOS=26515138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:31:19:21:0.403846:7:12:17:13:8:13:17:14 chr8 26515458 . T C 546.04 PASS AF=0.398734;AO=61;DP=151;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00978825;FXX=0.0124992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2849;QD=13.8237;RBI=0.0166165;REFB=-0.0164885;REVB=-0.0134275;RO=90;SAF=21;SAR=40;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159609;STB=0.586628;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.021652;OID=.;OPOS=26515458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:158:90:95:61:63:0.398734:40:21:44:46:40:23:48:47 chr8 26628028 . A G 320.8 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000743479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.273;QD=21.3869;RBI=0.0131403;REFB=-0.012215;REVB=0.0131192;RO=27;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574416;STB=0.531767;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0128033;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:16:17:12:15:16:17:12:15 chr8 26636906 . T A 315.27 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.0277092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8054;QD=14.6636;RBI=0.0281468;REFB=0.00245274;REVB=0.00494413;RO=49;SAF=5;SAR=30;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115508;STB=0.578264;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00379303;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:51:35:35:0.406977:30:5:10:39:30:5:11:40 chr8 26636925 . T C 286.27 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.0333283;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2044;QD=15.0671;RBI=0.0433491;REFB=0.00263691;REVB=0.0277196;RO=44;SAF=5;SAR=27;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865859;STB=0.549386;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00316997;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:44:32:32:0.421053:27:5:9:35:27:5:9:35 chr8 26716715 . G A 427.95 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.020276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.03;QD=19.4525;RBI=0.0319922;REFB=-0.0124998;REVB=-0.0247464;RO=44;SAF=15;SAR=28;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147514;STB=0.503771;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0199624;OID=.;OPOS=26716715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:45:43:43:0.488636:28:15:16:28:28:15:16:29 chr8 26944733 . G A 553.2 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00342774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.432;QD=27.3182;RBI=0.0329975;REFB=0.00529011;REVB=-0.032819;RO=31;SAF=24;SAR=26;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655856;STB=0.5357;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00261101;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:31:50:50:0.617284:26:24:12:19:26:24:12:19 chr8 27101204 . T A 401.57 PASS AF=0.313609;AO=53;DP=169;FAO=53;FDP=169;FR=.;FRO=116;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=76;FSRR=40;FWDB=-0.0063019;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.124;QD=9.50456;RBI=0.00639973;REFB=-0.00391419;REVB=0.00111471;RO=116;SAF=28;SAR=25;SRF=76;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152942;STB=0.588203;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00634735;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:116:116:53:53:0.313609:25:28:76:40:25:28:76:40 chr8 27101206 . A C 412.11 PASS AF=0.317647;AO=54;DP=166;FAO=54;FDP=170;FR=.;FRO=116;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=77;FSRR=39;FWDB=3.27611e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.733;QD=9.69661;RBI=0.0897806;REFB=0.00188344;REVB=-0.0897806;RO=112;SAF=29;SAR=25;SRF=75;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158885;STB=0.588074;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00964132;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:170:112:116:54:54:0.317647:25:29:75:37:25:29:77:39 chr8 27147716 . A C 430.68 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0157712;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=188.134;QD=20.0316;RBI=0.0166779;REFB=-0.0193599;REVB=-0.00542416;RO=40;SAF=13;SAR=30;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229098;STB=0.624217;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0119962;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:43:43:43:0.5:30:13:22:18:30:13:23:20 chr8 27255128 . T C 568.19 PASS AF=0.411392;AO=65;DP=158;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0110619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.869;QD=14.3846;RBI=0.0176558;REFB=-0.00373563;REVB=0.0137609;RO=92;SAF=31;SAR=34;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327894;STB=0.514946;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00268326;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:93:65:65:0.411392:34:31:41:51:34:31:42:51 chr8 27255146 . G A 600.96 PASS AF=0.425;AO=67;DP=162;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0004012;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.515;QD=15.024;RBI=0.00486432;REFB=-0.0250318;REVB=0.00484774;RO=90;SAF=30;SAR=37;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149788;STB=0.51225;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0328403;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:90:92:67:68:0.425:37:30:39:51:37:31:40:52 chr8 27255263 . A G 407.71 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.010956;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.965;QD=15.3854;RBI=0.0115936;REFB=-0.00251886;REVB=-0.00379174;RO=60;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305172;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:23:23:30:30:23:23:30:30 chr8 27293865 . C T 792.66 PASS AF=0.456044;AO=83;DP=183;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=-0.0257529;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.16;QD=17.4211;RBI=0.0323556;REFB=0.0011823;REVB=-0.0195876;RO=99;SAF=51;SAR=32;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215735;STB=0.619623;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.001994;OID=.;OPOS=27293865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:99:99:83:83:0.456044:32:51:39:60:32:51:39:60 chr8 27308538 . G A 264.9 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0206667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.201;QD=14.5151;RBI=0.0209456;REFB=-0.0314687;REVB=0.00340631;RO=42;SAF=23;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329942;STB=0.667197;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0359458;OID=.;OPOS=27308538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:42:30:31:0.424658:7:23:20:22:8:23:20:22 chr8 27308585 . A C 166.98 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0107794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.613;QD=15.1802;RBI=0.0285765;REFB=-0.00942714;REVB=-0.0264655;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129868;STB=0.559521;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0184524;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:8:10:17:8:8:10:17:9 chr8 27311703 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.739;QD=60.7162;RBI=0.00505344;REFB=0;REVB=0.00257038;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0934e-06;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr8 27312040 . C T 328.76 PASS AF=0.56;AO=23;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0359314;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.5853;QD=26.3005;RBI=0.0408171;REFB=-0.0206026;REVB=0.0193643;RO=13;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601851;STB=0.541241;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00958586;OID=.;OPOS=27312040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:20:23:28:0.56:7:16:8:5:11:17:14:6 chr8 27312135 . G A 240.08 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00909589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.013;QD=16.5575;RBI=0.0117453;REFB=-0.0152956;REVB=0.00743074;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141757;STB=0.579992;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0181811;OID=.;OPOS=27312135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:10:17:15:16:10:17:15:16 chr8 27315876 . A G 1630.5 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560128;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.915;QD=60.3888;RBI=0.0116583;REFB=0;REVB=-0.0102246;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187542;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr8 27315900 . A G 1573.45 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0405527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.134;QD=58.8205;RBI=0.0407204;REFB=-0.0177867;REVB=0.00369285;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958731;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=2.2813e-06;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:57:49:1:0:57:49:1:0 chr8 27316117 . G A 427.48 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00370727;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.947;QD=14.2494;RBI=0.0214089;REFB=-0.0113527;REVB=0.0210855;RO=63;SAF=22;SAR=27;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593954;STB=0.551;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0111724;OID=.;OPOS=27316117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:71:49:49:0.408333:27:22:32:31:27:22:38:33 chr8 27462481 . A G 344.75 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0185908;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.386;QD=13.9294;RBI=0.0738674;REFB=-0.00164269;REVB=-0.0714896;RO=58;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871496;STB=0.501066;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00317461;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:58:61:38:38:0.383838:18:20:31:27:18:20:32:29 chr8 27559214 . G A 207.01 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0115194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.596;QD=12.3589;RBI=0.0444684;REFB=0.00206489;REVB=-0.0429505;RO=41;SAF=23;SAR=2;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55922;STB=0.835908;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00454797;OID=.;OPOS=27559214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:41:25:26:0.38806:2:23:23:18:2:24:23:18 chr8 27591164 . C T 401.45 PASS AF=0.531646;AO=39;DP=78;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0547434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.113;QD=20.3264;RBI=0.0551992;REFB=-0.011767;REVB=-0.00707938;RO=36;SAF=14;SAR=25;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243369;STB=0.539664;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0154979;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:37:39:42:0.531646:25:14:12:24:25:17:12:25 chr8 27592828 . G A 1042.06 PASS AF=0.625;AO=92;DP=149;FAO=95;FDP=152;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.0173084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9255;QD=27.4226;RBI=0.0742543;REFB=-0.0342546;REVB=0.0722089;RO=57;SAF=38;SAR=54;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22627;STB=0.62092;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0208797;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:57:57:92:95:0.625:54:38:42:15:56:39:42:15 chr8 27631179 . A C 341.72 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-7.37684e-05;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.783;QD=23.5672;RBI=0.0278154;REFB=-0.0162587;REVB=0.0278153;RO=24;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286964;STB=0.51578;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0104699;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:24:24:34:34:0.586207:14:20:15:9:14:20:15:9 chr8 27634064 . C T 341.39 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0325486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.138;QD=23.9572;RBI=0.0346782;REFB=-0.0174175;REVB=-0.0119654;RO=23;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026417;STB=0.514514;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00682633;OID=.;OPOS=27634064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:18:16:10:13:18:16:10:13 chr8 27661318 . C A 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0318409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.433;QD=18.3096;RBI=0.0337065;REFB=-0.0147563;REVB=0.0110585;RO=40;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610521;STB=0.534064;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0126823;OID=.;OPOS=27661318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:20:17:21:19:20:17:21:19 chr8 27667969 . C G 213.71 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00558222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.377;QD=14.7388;RBI=0.0141846;REFB=-0.00620602;REVB=0.01304;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560269;STB=0.521722;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0187591;OID=.;OPOS=27667969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:10:14:21:12:10:15:21:12 chr8 27679981 . T C 543.48 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0110776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5191;QD=25.2783;RBI=0.0141493;REFB=-0.00726627;REVB=-0.00880282;RO=33;SAF=30;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856668;STB=0.566011;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0036797;OID=.;OPOS=27679981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:33:36:50:50:0.581395:20:30:16:17:20:30:16:20 chr8 27690557 . A C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0260249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.542;QD=17.4275;RBI=0.0272149;REFB=0.00512895;REVB=-0.00795961;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982949;STB=0.505612;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00595092;OID=.;OPOS=27690557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:15:4:5:18:15:4:5:18 chr8 27729532 . G A 223.54 PASS AF=0.337349;AO=26;DP=81;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0279914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.176;QD=10.773;RBI=0.0297081;REFB=-0.00262384;REVB=-0.0099527;RO=55;SAF=9;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213317;STB=0.589701;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00494117;OID=.;OPOS=27729532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:55:55:26:28:0.337349:17:9:29:26:17:11:29:26 chr8 27737198 . A G 1301.98 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.375;QD=61.9989;RBI=0.0300916;REFB=0;REVB=-0.0222872;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02996e-06;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr8 27767171 . G A 1023.82 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6486;QD=59.3519;RBI=0.0366413;REFB=0;REVB=0.0365547;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018093;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr8 27903069 . C T 719.36 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.0019913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.739;QD=19.056;RBI=0.0020327;REFB=-0.0196418;REVB=-0.000408127;RO=77;SAF=38;SAR=36;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114185;STB=0.562888;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0175454;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:36:38:49:28:36:38:49:28 chr8 27915830 . T C 2355.59 PASS AF=0.97561;AO=157;DP=162;FAO=160;FDP=164;FR=.;FRO=4;FSAF=92;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0217224;FXX=0.00606024;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.427;QD=57.4534;RBI=0.0256062;REFB=0.0613307;REVB=0.0135577;RO=4;SAF=90;SAR=67;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085449;STB=0.504372;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000547729;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:162:164:4:4:157:160:0.97561:67:90:3:1:68:92:3:1 chr8 27918057 . T C 582.91 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00132635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.708;QD=58.2909;RBI=0.0332022;REFB=-0.1591;REVB=0.0331757;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000217829;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr8 27927849 . C G 801.6 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.906;QD=57.2573;RBI=0.0803051;REFB=0;REVB=0.0411286;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389742;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:35:21:0:0 chr8 28040712 . G A 296.58 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00529468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.919;QD=18.2508;RBI=0.0373391;REFB=-0.0137298;REVB=-0.0369618;RO=21;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686098;STB=0.55229;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00611799;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:21:30:29:30:0.461538:10:19:12:9:11:19:16:14 chr8 28206275 . G C 289.6 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0149724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5279;QD=14.1266;RBI=0.015279;REFB=-0.0198815;REVB=-0.00304532;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123931;STB=0.570527;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0279943;OID=.;OPOS=28206275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:20:13:25:24:20:13:25:24 chr8 28286174 . T G 288.13 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0418392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.03;QD=18.5888;RBI=0.0419241;REFB=-0.0398852;REVB=-0.00266647;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462129;STB=0.532749;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0320049;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:14:17:18:12:14:17:19:12 chr8 28384712 . A G 943.01 PASS AF=0.531792;AO=92;DP=173;FAO=92;FDP=173;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0124449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.753;QD=21.8038;RBI=0.0229613;REFB=0.000550959;REVB=0.0192963;RO=81;SAF=45;SAR=47;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067348;STB=0.536831;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000468669;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:81:81:92:92:0.531792:47:45:46:35:47:45:46:35 chr8 28574803 . G A 1120.03 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.646;QD=59.7349;RBI=0.0335362;REFB=0;REVB=0.0334873;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13131e-05;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:30:42:0:0:33:42:0:0 chr8 29197672 . A G 146.58 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00448885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.029;QD=11.2753;RBI=0.0850449;REFB=-0.0119866;REVB=-0.0849264;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340143;STB=0.513143;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0224542;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:5:13:23:10:5:13:24:10 chr8 29197763 . G A 366.04 PASS AF=0.544118;AO=35;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0491847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.069;QD=21.532;RBI=0.052089;REFB=-0.0306209;REVB=-0.0171501;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257704;STB=0.513506;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0212186;OID=.;OPOS=29197763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:31:35:37:0.544118:17:18:15:16:18:19:15:16 chr8 29927300 . C G 1022.91 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.03;QD=59.2992;RBI=0.0307959;REFB=0;REVB=-8.17301e-07;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181344;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:62:69:0:0:61:69:1:36:25:0:0:36:33:0:0 chr8 29927321 . A G 881.3 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0387142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.311;QD=54.234;RBI=0.0472951;REFB=-0.036907;REVB=0.0271668;RO=2;SAF=36;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487824;STB=0.502767;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00114604;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:26:36:1:1:26:37:1:1 chr8 29965519 . T C 408.85 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6663;QD=56.3929;RBI=0.0436394;REFB=0;REVB=0.00921315;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905208;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr8 29989564 . A G 728.55 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.322;QD=57.1408;RBI=0.0628632;REFB=0;REVB=0.0427555;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534171;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:23:25:0:0:24:27:0:0 chr8 29996158 . A G 1077.86 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.384;QD=59.8811;RBI=0.0707385;REFB=0;REVB=0.063667;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38083e-05;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:21:49:0:0:21:51:0:0 chr8 29996256 . T C 746.74 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.3;QD=63.5525;RBI=0.0149927;REFB=0;REVB=0.00917224;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22108e-05;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr8 30423886 . C CAG 1676.09 PASS AF=0.887218;AO=118;DP=144;FAO=118;FDP=133;FR=.;FRO=15;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0123671;FXX=0.0431624;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.392;QD=50.4088;RBI=0.0183478;REFB=-0.027023;REVB=0.0135534;RO=21;SAF=54;SAR=64;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461298;STB=0.501027;STBP=0.955;TYPE=ins;VARB=0.00330723;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.887218:118:144:118:133:15:54:64:7:8:61:21:54:64:13:8 chr8 30494732 . CTTGT C 37.18 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0237055;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=178.895;QD=8.26191;RBI=0.0889683;REFB=-0.0181523;REVB=-0.085752;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.032359;OID=.;OPOS=30494733;OREF=TTGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:18:6:18:12:3:3:6:6:37:11:3:3:5:6 chr8 30501232 . C T 132.77 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0122935;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2869;QD=14.353;RBI=0.0124128;REFB=-0.00350652;REVB=0.00171689;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177503;STB=0.603631;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0150103;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:11:11:10:5:11:11 chr8 30503371 . C T 206.17 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0374193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6987;QD=15.272;RBI=0.0408459;REFB=-0.00785524;REVB=0.0163763;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157537;STB=0.504946;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0104596;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:28:30:23:24:0.444444:9:14:17:11:9:15:19:11 chr8 30608976 . C T 989.33 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2733;QD=59.0647;RBI=0.0182259;REFB=0;REVB=0.0181625;RO=0;SAF=54;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96912e-05;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:12:54:0:0:12:55:0:0 chr8 30620840 . G GT,T 562.86 PASS AF=1,0;AO=46,4;DP=61;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13999,-0.0859004;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=13.7838,13.5367;QD=39.4991;RBI=0.155691,0.118253;REFB=-0.0347785,-0.0503593;REVB=-0.0681364,-0.08127;RO=7;SAF=18,1;SAR=28,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0461576,-0.326128;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00158371,0;OID=.,.;OPOS=30620841,30620840;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:57:7:0:46,4:57,0:1,0:28,3:18,1:4:3:35,0:22,0:0:0 chr8 30695226 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9533;QD=49.5989;RBI=0.0416377;REFB=0;REVB=0.00907001;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407959;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr8 30924557 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.266;QD=62.9823;RBI=0.0563008;REFB=0;REVB=0.0562632;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222338;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr8 30973957 . G T 530.2 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=104;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0085889;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.452;QD=20.5904;RBI=0.0142546;REFB=0.00203786;REVB=-0.0113764;RO=48;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932417;STB=0.550144;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00123595;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:48:49:53:54:0.524272:30:23:26:22:31:23:26:23 chr8 30999280 . G T 212.49 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0193454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.966;QD=10.2403;RBI=0.0203753;REFB=-0.00272457;REVB=-0.00639577;RO=56;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185932;STB=0.510862;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00540755;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:15:12:24:32:15:12:24:32 chr8 31024638 . C T 712.95 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0183776;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6328;QD=20.2256;RBI=0.0205707;REFB=0.0215905;REVB=-0.00924217;RO=69;SAF=33;SAR=37;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332053;STB=0.517616;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0245296;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:69:71:70:70:0.496454:37:33:30:39:37:33:31:40 chr8 32453358 . G A 957.14 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2441;QD=58.0088;RBI=0.0546037;REFB=0;REVB=0.0542612;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279825;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:22:42:0:0:22:44:0:0 chr8 32663420 . A G 1511.27 PASS AF=1;AO=89;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.345;QD=59.8524;RBI=0.0208969;REFB=0;REVB=-0.00574886;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96504e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:89:101:1:55:34:0:0:55:46:0:0 chr8 33313329 . G A 293.9 PASS AF=0.478261;AO=31;DP=67;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00319132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.754;QD=17.0378;RBI=0.00706702;REFB=-0.0320409;REVB=0.00630541;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972221;STB=0.550234;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0405065;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:34:36:31:33:0.478261:16:15:20:14:16:17:22:14 chr8 33356074 . A G 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.000163598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.617;QD=18.9137;RBI=0.0196666;REFB=-0.0141977;REVB=0.019666;RO=28;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079103;STB=0.54424;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0163179;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:19:10:12:16:19:10:12:16 chr8 33369944 . T C 306.77 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0122293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8794;QD=18.0454;RBI=0.0239525;REFB=0.0132583;REVB=0.0205953;RO=35;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100629;STB=0.556416;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0134003;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:23:10:14:21:23:10:14:21 chr8 33369994 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0139736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8793;QD=17.1668;RBI=0.0143712;REFB=0.0165773;REVB=-0.00335685;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998232;STB=0.556218;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0313277;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:20:9:13:19:20:9:13:19 chr8 33573577 . A G 221.15 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8635;QD=49.1437;RBI=0.145117;REFB=0;REVB=0.127755;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0063564;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:16:18:1:11:5:0:0:12:6:0:0 chr8 35583692 . T C 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00364453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.414;QD=20.8551;RBI=0.00440003;REFB=-0.0159972;REVB=-0.00246529;RO=39;SAF=28;SAR=14;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120806;OID=.;OPOS=35583692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:14:28:26:13:14:28:26:13 chr8 35583815 . G C 698.96 PASS AF=0.5;AO=68;DP=138;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=-0.028547;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2745;QD=20.2596;RBI=0.0299998;REFB=0.0023508;REVB=0.00922238;RO=66;SAF=36;SAR=32;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138391;STB=0.580397;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00470983;OID=.;OPOS=35583815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:69:68:69:0.5:32:36:45:21:33:36:47:22 chr8 36167156 . T C 188.71 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0123021;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.111;QD=14.2422;RBI=0.0259725;REFB=-0.00851902;REVB=-0.0228741;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108098;STB=0.506189;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0115958;OID=.;OPOS=36167156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:9:13:18:13:9:13:18:13 chr8 36788479 . A G 809.29 PASS AF=0.436275;AO=89;DP=206;FAO=89;FDP=204;FR=.;FRO=115;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=-0.0415205;FXX=0.00970827;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6857;QD=15.8684;RBI=0.0501972;REFB=-0.00450205;REVB=0.0282101;RO=110;SAF=52;SAR=37;SRF=68;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349921;STB=0.519338;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00501008;OID=.;OPOS=36788479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:204:110:115:89:89:0.436275:37:52:68:42:37:52:71:44 chr8 37456438 . A G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.344;QD=55.0097;RBI=0.0172653;REFB=0.00759833;REVB=-0.00820405;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-9.83122e-05;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:1:0:11:21:1:0 chr8 37728017 . A G 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.727;QD=57.2333;RBI=0.0203905;REFB=0;REVB=0.00669225;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64366e-05;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr8 37728019 . T G 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5175;QD=57.2254;RBI=0.0143642;REFB=0;REVB=0.0138754;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169607;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr8 37730368 . G A 893.9 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5473;QD=55.0093;RBI=0.0554674;REFB=-0.154995;REVB=0.0538298;RO=3;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341015;STB=0.505881;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00870343;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:3:1:62:64:0.984615:40:22:0:3:42:22:0:1 chr8 37730456 . G T 168.58 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0190645;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5702;QD=14.6593;RBI=0.0392165;REFB=0.0164329;REVB=-0.0342707;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09417;STB=0.554396;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0188536;OID=.;OPOS=37730456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:10:18:10:8:10:18 chr8 37963239 . C T 194.64 PASS AF=0.44;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0164054;FXX=0.0908926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.815;QD=15.5712;RBI=0.022287;REFB=-0.011688;REVB=0.0150855;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284972;STB=0.675559;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.01275;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:50:27:28:22:22:0.44:17:5:13:14:17:5:14:14 chr8 37979919 . G A,C 709.88 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=4,45;DP=49;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383928,0.00487669;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.9,213.674;QD=54.6064;RBI=0.0385844,0.0142558;REFB=0,0;REVB=-0.0383929,0.0133957;RO=0;SAF=1,26;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,5.15971e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0208495,0.00270657;OID=.,.;OPOS=37979919,37979919;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:49:52:0:0:4,45:2,50:0.0384615,0.961538:3,19:1,26:0:0:1,22:1,28:0:0 chr8 37996327 . G A 341.77 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0542372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9819;QD=18.4738;RBI=0.0719322;REFB=-0.00861515;REVB=-0.04725;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466314;STB=0.52598;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00758963;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:16:20:23:15:16:20:23:15 chr8 38005835 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.642;QD=59.3229;RBI=0.0537415;REFB=0;REVB=0.0259331;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115547;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr8 38095662 . C T 518.25 PASS AF=0.53;AO=51;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0224006;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.701;QD=20.7299;RBI=0.0303377;REFB=-0.0118593;REVB=-0.0204594;RO=42;SAF=28;SAR=23;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585442;STB=0.504035;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00950541;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:42:47:51:53:0.53:23:28:26:16:23:30:27:20 chr8 38370037 . T C 477.12 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0595271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1073;QD=18.0044;RBI=0.0654008;REFB=0.0070257;REVB=-0.0270884;RO=55;SAF=32;SAR=19;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273133;STB=0.515146;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0086014;OID=.;OPOS=38370037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:19:32:36:19:19:32:36:19 chr8 38373924 . T G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0150356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.557;QD=14.0967;RBI=0.0840022;REFB=-0.0228569;REVB=-0.0826456;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148003;STB=0.586817;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0129811;OID=.;OPOS=38373924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:10:8:4:9:10:8 chr8 38458371 . G T 2122.71 PASS AF=0.954248;AO=115;DP=156;FAO=146;FDP=153;FR=.;FRO=7;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0190332;FXX=0.0192295;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.426;QD=55.4956;RBI=0.0191322;REFB=0.0110311;REVB=0.00194348;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.515458;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000284945;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:156:153:0:7:115:146:0.954248:63:52:0:0:89:57:5:2 chr8 38458552 . G GTCT 2409.97 PASS AF=1;AO=151;DP=166;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140602;FXX=0.0542136;HRUN=0;LEN=3;MLLD=199.644;QD=61.4005;RBI=0.0387896;REFB=0;REVB=0.0361517;RO=4;SAF=72;SAR=79;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.12968e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:151:166:157:157:0:78:79:0:0:13:4:72:79:3:1 chr8 38458659 . C T 995.62 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0607577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.353;QD=57.717;RBI=0.0607592;REFB=-0.102802;REVB=0.000425497;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000269912;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:45:23:0:0:45:23:1:0 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1385.06 PASS AF=1,0;AO=72,17;DP=96;FAO=96,0;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980157,-0.0264646;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=22.7204,172.494;QD=57.711;RBI=0.15718,0.0800253;REFB=0,0;REVB=0.156874,-0.0755227;RO=0;SAF=50,0;SAR=22,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00180454,0.0364388;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:72,17:96:96,0:96:0:54,0:42,0:0:0:8:0:50,0:22,17:0:0 chr8 38835666 . T C 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0123676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.811;QD=17.7314;RBI=0.0173016;REFB=-0.000927151;REVB=0.0120991;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460992;STB=0.526285;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00114423;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:8:11:9:8:8:11 chr8 38848850 . C T 460.89 PASS AF=0.5625;AO=39;DP=74;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0130169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.054;QD=23.0446;RBI=0.0167872;REFB=-0.0240668;REVB=0.0106004;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544578;STB=0.530713;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0181058;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:34:35:39:45:0.5625:17:22:17:17:20:25:17:18 chr8 39080632 . C G 2011.59 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.298;QD=61.4227;RBI=0.0351756;REFB=-0.0507157;REVB=-0.0331907;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-5.93445e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:130:130:0.992366:72:58:0:0:72:58:1:0 chr8 39311600 . C T 2381.52 PASS AF=0.958333;AO=160;DP=168;FAO=161;FDP=168;FR=.;FRO=7;FSAF=113;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-3.95788e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.178;QD=56.7029;RBI=0.0468675;REFB=-0.0811199;REVB=-0.0468675;RO=4;SAF=113;SAR=47;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114679;STB=0.506458;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00127089;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:168:168:4:7:160:161:0.958333:47:113:2:2:48:113:4:3 chr8 39312886 . G A 526.07 PASS AF=0.410596;AO=53;DP=145;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.00713397;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.156;QD=13.9355;RBI=0.00738718;REFB=-0.0206857;REVB=0.00191753;RO=82;SAF=35;SAR=18;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867366;STB=0.534716;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0394218;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:151:82:89:53:62:0.410596:18:35:48:34:23:39:51:38 chr8 39312965 . CA C 478.26 PASS AF=0.474227;AO=87;DP=196;FAO=92;FDP=194;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=38;FWDB=0.067629;FXX=0.020201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3384;QD=9.86102;RBI=0.079768;REFB=0.0546673;REVB=0.0422997;RO=95;SAF=47;SAR=40;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=-0.067349;STB=0.544824;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=-0.0461232;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474227:87:196:92:194:102:50:42:64:38:99:95:47:40:58:37 chr8 39331031 . T C 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0301322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.555;QD=16.452;RBI=0.0442258;REFB=-0.00661639;REVB=-0.0323723;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585114;STB=0.532869;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0067302;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:17:23:17:16:17:23 chr8 39331093 . T C 269.88 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00401186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.315;QD=14.2041;RBI=0.0242432;REFB=-0.012349;REVB=0.0239089;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585304;STB=0.548356;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0151164;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:30:31:0.407895:16:14:23:21:17:14:24:21 chr8 39840234 . A G 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00182873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8679;QD=22.5816;RBI=0.00607666;REFB=0.00653733;REVB=-0.00579496;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652495;STB=0.536516;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0179522;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:9:17:14:10:9:17:14:10 chr8 39872866 . A C 1157.44 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171541;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4704;QD=60.9178;RBI=0.0182353;REFB=0;REVB=0.00618564;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012865;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr8 39872935 . T A 596.93 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000979855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.866;QD=28.0907;RBI=0.00337684;REFB=-0.0317581;REVB=-0.00323156;RO=32;SAF=30;SAR=23;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195756;STB=0.510644;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0226055;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:32:32:53:53:0.623529:23:30:19:13:23:30:19:13 chr8 39873478 . T C 238.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.8654;QD=50.146;RBI=0.0240481;REFB=0;REVB=-0.00181624;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683844;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr8 39873483 . TTA AAA,TT 143.79 PASS AF=0.555556,0.444444;AO=10,5;DP=18;FAO=10,8;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237108,0.318875;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=2,1;MLLD=266.728,10.2441;QD=31.9536;RBI=0.0404331,0.434062;REFB=0.0055555,-0.0521942;REVB=-0.0327511,0.294497;RO=3;SAF=4,5;SAR=6,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0.371429;SSEP=0,0;SSSB=-0.241598,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0284933,0.147371;OID=.,.;OPOS=39873483,39873485;OREF=TT,A;OALT=AA,-;OMAPALT=AAA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:18:18:3:0:10,5:10,8:0.555556,0.444444:6,0:4,5:3:0:6,0:4,8:0:0 chr8 40011079 . G A 598.18 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582213;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.046;QD=61.3516;RBI=0.00750762;REFB=0;REVB=0.00473996;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31354e-05;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr8 40012063 . A G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00795121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.472;QD=25.2545;RBI=0.0197711;REFB=0.00487682;REVB=-0.0181018;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154912;STB=0.586114;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00425452;OID=.;OPOS=40012063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:8:3:9:9:8:3 chr8 40012684 . C G 377.61 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0138862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.577;QD=16.2414;RBI=0.0148775;REFB=0.00186;REVB=0.00533989;RO=52;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276307;STB=0.660604;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00263841;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:53:40:40:0.430108:13:27:21:31:13:27:21:32 chr8 41293142 . C T 352.02 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00367279;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.983;QD=22.3502;RBI=0.0117705;REFB=-0.00349503;REVB=-0.0111828;RO=28;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394955;STB=0.51315;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00174957;OID=.;OPOS=41293142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:28:28:34:35:0.555556:21:13:12:16:21:14:12:16 chr8 41297464 . T G 454.06 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0399288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.152;QD=22.703;RBI=0.0445229;REFB=-0.0098501;REVB=-0.0196972;RO=35;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229689;STB=0.618782;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00808487;OID=.;OPOS=41297464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:44:44:0.55:24:20:26:9:24:20:26:10 chr8 41367882 . A G 1252.67 PASS AF=0.445578;AO=131;DP=294;FAO=131;FDP=294;FR=.;FRO=163;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=79;FSRR=84;FWDB=-0.00126661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.998;QD=17.0431;RBI=0.00487087;REFB=-0.011377;REVB=-0.0047033;RO=163;SAF=62;SAR=69;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114102;STB=0.506322;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.013606;OID=.;OPOS=41367882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:163:163:131:131:0.445578:69:62:79:84:69:62:79:84 chr8 41391704 . A G 2648.05 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292936;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.518;QD=61.9427;RBI=0.0307877;REFB=0;REVB=-0.00947447;RO=0;SAF=84;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48833e-05;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:171:0:0:172:171:1:88:84:0:0:87:84:0:0 chr8 41391748 . C A 849.62 PASS AF=0.55414;AO=78;DP=148;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0158925;FXX=0.0248432;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5594;QD=21.6465;RBI=0.0172067;REFB=-0.00430811;REVB=-0.00659517;RO=70;SAF=31;SAR=47;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151242;STB=0.540091;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00533476;OID=.;OPOS=41391748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:157:70:70:78:87:0.55414:47:31:40:30:50:37:36:34 chr8 41394780 . C G 167.87 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0531054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4026;QD=15.6159;RBI=0.053276;REFB=-0.0289345;REVB=0.00426045;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116321;STB=0.566936;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0249398;OID=.;OPOS=41394780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:14:11:10:8:14:11 chr8 41512581 . CACAGCAGAGTCTAT C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237077;FXX=0;HRUN=1;LEN=14;MLLD=553.885;QD=39.2068;RBI=0.0260315;REFB=0;REVB=-0.0107511;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.15168e-05;OID=.;OPOS=41512582;OREF=ACAGCAGAGTCTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:9:9:9:0:3:6:0:0:4:0:3:6:0:0 chr8 41517958 . A AG 1695.5 PASS AF=1;AO=138;DP=166;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.2478;QD=42.3876;RBI=0.183928;REFB=0;REVB=0.022784;RO=24;SAF=62;SAR=76;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00194253;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:138:166:160:160:0:72:88:0:0:30:24:62:76:17:7 chr8 41519462 . A G 182.01 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00613703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.432;QD=16.5465;RBI=0.00678209;REFB=-0.0347609;REVB=0.0028868;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128953;STB=0.580567;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0328419;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:13:6:5:19:13:6:5:20 chr8 41547748 . G A 528.27 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00694256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.311;QD=17.9073;RBI=0.0228999;REFB=-0.00787117;REVB=0.0218221;RO=62;SAF=24;SAR=32;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985746;STB=0.554725;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00830865;OID=.;OPOS=41547748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:32:24:33:29:32:24:33:29 chr8 41566438 . C T 949.59 PASS AF=0.492228;AO=93;DP=195;FAO=95;FDP=193;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0268765;FXX=0.0203035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.753;QD=19.6807;RBI=0.0399008;REFB=-0.0186785;REVB=0.0294912;RO=94;SAF=49;SAR=44;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148722;STB=0.508195;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0247195;OID=.;OPOS=41566438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:193:94:98:93:95:0.492228:44:49:48:46:45:50:50:48 chr8 41585438 . G A 575.15 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0298725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.936;QD=18.115;RBI=0.0301301;REFB=-0.00479839;REVB=0.00393172;RO=64;SAF=32;SAR=28;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891573;STB=0.552862;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00784115;OID=.;OPOS=41585438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:67:60:60:0.472441:28:32:28:36:28:32:29:38 chr8 41787705 . CTCATT C 166.76 PASS AF=0.5;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0366475;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=315.487;QD=18.5285;RBI=0.0367732;REFB=-0.0180039;REVB=-0.00303733;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229533;STB=0.573683;STBP=0.433;TYPE=del;VARB=0.019439;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:17:40:18:36:18:4:14:6:12:99:20:3:14:7:13 chr8 42013563 . T TATG 1278.09 PASS AF=0.857143;AO=95;DP=114;FAO=96;FDP=112;FR=.;FRO=16;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00578546;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=3;MLLD=283.301;QD=45.646;RBI=0.0130349;REFB=-0.0148697;REVB=0.0116806;RO=16;SAF=54;SAR=41;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360314;STB=0.518055;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=0.0017635;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:95:114:96:112:16:54:42:7:9:77:16:54:41:7:9 chr8 42033661 . C T 709.03 PASS AF=0.552846;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00671555;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.67;QD=23.058;RBI=0.00671994;REFB=0.00133335;REVB=0.000242783;RO=51;SAF=21;SAR=47;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022316;STB=0.537132;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00105239;OID=.;OPOS=42033661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:51:55:68:68:0.552846:47:21:17:34:47:21:21:34 chr8 42044954 . G A 363.67 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0147149;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.563;QD=13.2245;RBI=0.0266641;REFB=-0.0100502;REVB=0.0222361;RO=66;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524294;STB=0.533883;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0160785;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:66:67:43:43:0.390909:22:21:29:37:22:21:29:38 chr8 42295022 . G A 361.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0186398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.12;QD=17.8278;RBI=0.0186647;REFB=-0.00565322;REVB=-0.000963511;RO=43;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226321;STB=0.512639;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00613155;OID=.;OPOS=42295022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:23:15:16:27:23:15:16:27 chr8 42855440 . A AT,T 164.34 PASS AF=0.349206,0;AO=30,5;DP=136;FAO=44,0;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=20,0;FSAR=24,0;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0738093,0.00265626;FXX=0.0156238;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=8.85872,198.649;QD=5.21712;RBI=0.0746281,0.00319343;REFB=-0.166378,-0.00620726;REVB=-0.0110247,-0.00177264;RO=97;SAF=10,5;SAR=20,0;SRF=36;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0519717,0.533046;STB=0.575188,0.5;STBP=0.243,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.141603,0;OID=.,.;OPOS=42855441,42855440;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:126:97:82:30,5:44,0:0.349206,0:20,0:10,5:36:61:24,0:20,0:28:54 chr8 42882555 . A ATTTGT 1637.68 PASS AF=0.95082;AO=98;DP=123;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000275855;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=5;MLLD=284.443;QD=53.6944;RBI=0.0173326;REFB=-0.0100177;REVB=-0.0173304;RO=8;SAF=61;SAR=37;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185002;STB=0.502569;STBP=0.803;TYPE=ins;VARB=-0.0024705;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95082:98:123:116:122:6:64:52:3:3:14:8:61:37:4:4 chr8 43054553 . T C 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.293;QD=60.028;RBI=0.00616475;REFB=0;REVB=0.00463093;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36038e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr8 46951721 . C G 961.44 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0768;QD=58.2689;RBI=0.0241318;REFB=0;REVB=-0.0190235;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111325;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:23:42:0:0:24:42:0:0 chr8 46951809 . G A 505.02 PASS AF=0.973684;AO=26;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0812865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0017;QD=53.1602;RBI=0.136863;REFB=-0.0984494;REVB=0.110109;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00982703;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:38:38:0:1:26:37:0.973684:14:12:0:0:14:23:0:1 chr8 46951813 . G T 535.76 PASS AF=0.97619;AO=31;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.14915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9538;QD=51.0247;RBI=0.193014;REFB=-0.0728093;REVB=0.12251;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0114477;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:42:1:1:31:41:0.97619:16:15:1:0:20:21:1:0 chr8 47979781 . G C 1172.72 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.764;QD=59.3784;RBI=0.0181683;REFB=-0.11879;REVB=0.00366276;RO=1;SAF=49;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00226671;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:79:1:1:76:78:0.987342:27:49:1:0:29:49:1:0 chr8 48102786 . C T 1529.7 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8938;QD=63.7377;RBI=0.0122038;REFB=0;REVB=-0.00320015;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74839e-05;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr8 48102987 . A G 695.95 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.491;QD=60.5173;RBI=0.0355062;REFB=-0.0519079;REVB=0.0083978;RO=1;SAF=35;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013242;STB=0.507039;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000503596;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:10:35:1:0:10:35:1:0 chr8 48104722 . G T 937.32 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3527;QD=58.5825;RBI=0.0256545;REFB=0;REVB=-0.00711119;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170929;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:30:34:0:0 chr8 48805816 . A AG,G 444.1 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=22,12;DP=40;FAO=30,6;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=9,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562182,0.0183677;FXX=0.0270197;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=18.3884,17.3241;QD=49.3442;RBI=0.111051,0.0356196;REFB=0,0;REVB=-0.0957696,-0.0305185;RO=6;SAF=20,0;SAR=2,12;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0826607,-0.841148;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0221312,-0.0233165;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:40:36:6:0:22,12:30,6:0.833333,0.166667:2,12:20,0:5:1:9,6:21,0:0:0 chr8 48885436 . T A 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.798;QD=60.9139;RBI=0.0271604;REFB=0.0343815;REVB=0.020923;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119932;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000441475;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:47:39:1:0:47:39:1:0 chr8 50242815 . C T 195.2 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0187249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6124;QD=12.5936;RBI=0.0821738;REFB=-0.00217047;REVB=-0.0800119;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126845;STB=0.557593;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0033229;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:10:13:17:21:11:13:17:21 chr8 50242991 . G T 942.08 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111676;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.823;QD=57.974;RBI=0.0189683;REFB=0;REVB=0.0153323;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83582e-05;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:30:35:0:0 chr8 51571172 . G A 220.5 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0163966;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5689;QD=16.3331;RBI=0.0597169;REFB=-0.050539;REVB=0.0574218;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411613;STB=0.527756;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0641123;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:23:25:0.462963:8:15:20:9:8:17:21:8 chr8 52321243 . T C 2368.48 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.92;QD=61.122;RBI=0.0365663;REFB=0;REVB=-0.0155577;RO=0;SAF=63;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6144e-06;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:155:0:0:153:155:1:90:63:0:0:90:65:0:0 chr8 52366156 . C T 1088.24 PASS AF=0.488889;AO=110;DP=226;FAO=110;FDP=225;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0217898;FXX=0.00442458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.661;QD=19.3466;RBI=0.0246016;REFB=-0.00426765;REVB=0.0114212;RO=114;SAF=36;SAR=74;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153097;STB=0.582611;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00362598;OID=.;OPOS=52366156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:114:115:110:110:0.488889:74:36:55:59:74:36:55:60 chr8 52366200 . G A 827.75 PASS AF=0.455026;AO=86;DP=189;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=-0.000984634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.601;QD=17.5186;RBI=0.00120198;REFB=-0.0023173;REVB=-0.000689383;RO=103;SAF=45;SAR=41;SRF=36;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170017;STB=0.594038;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00328107;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:103:103:86:86:0.455026:41:45:36:67:41:45:36:67 chr8 52730521 . C T 2250.66 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3094;QD=62.5182;RBI=0.095949;REFB=0;REVB=0.0957316;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304273;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:144:0:0:134:144:1:70:64:0:0:79:65:0:0 chr8 52730864 . T C 960.12 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273707;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.61;QD=59.0843;RBI=0.0380982;REFB=0;REVB=0.0265013;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151498;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr8 52733050 . T A 490.48 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.127348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.738;QD=56.0548;RBI=0.127543;REFB=-0.172556;REVB=0.00704321;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0017179;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:1:0:22:12:1:0 chr8 52746153 . C T 1545.29 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.79;QD=63.7232;RBI=0.0326508;REFB=0;REVB=-0.0321639;RO=0;SAF=65;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3847e-05;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:32:65:0:0:32:65:0:0 chr8 53045827 . C T 88.92 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0029539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.714;QD=7.11336;RBI=0.00356215;REFB=-0.0126988;REVB=0.00199082;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100238;STB=0.529362;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0469974;OID=.;OPOS=53045827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:34:38:12:12:0.24:8:4:14:20:8:4:14:24 chr8 53537316 . A G 250.82 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00579129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2366;QD=10.1342;RBI=0.00581658;REFB=0.0230011;REVB=0.000541793;RO=68;SAF=15;SAR=16;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016707;STB=0.500978;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0227128;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:16:15:33:35:16:15:33:35 chr8 53555069 . A G 377.35 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00922656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8583;QD=16.2301;RBI=0.00978352;REFB=-0.00484513;REVB=0.0032539;RO=52;SAF=23;SAR=17;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823908;STB=0.539213;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0057747;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:17:23:34:18:17:23:34:19 chr8 53586706 . A G 1052.05 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546209;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.216;QD=60.1172;RBI=0.0140149;REFB=0;REVB=0.0129067;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024823;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr8 54155452 . G A 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0117151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.268;QD=16.5617;RBI=0.0146968;REFB=0.00318165;REVB=-0.00887418;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273848;STB=0.645463;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00618393;OID=.;OPOS=54155452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:10:17:10:20:10:17:11:20 chr8 54155455 . T C 756.2 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0494421;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9954;QD=53.0668;RBI=0.0523058;REFB=-0.0344892;REVB=0.0170698;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250439;STB=0.500959;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0173265;OID=.;OPOS=54155455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:54:55:0.964912:29:25:1:1:29:26:1:1 chr8 54745538 . C G 450.93 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.00120593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2467;QD=19.1883;RBI=0.00962414;REFB=-0.0225097;REVB=0.00954829;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192;STB=0.606358;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0255631;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:23:22:34:15:23:22:34:15 chr8 55539057 . G A 205.12 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00211292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.277;QD=16.4098;RBI=0.00540511;REFB=-0.0265956;REVB=0.00497501;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554376;STB=0.531761;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0123319;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:14:15:12:9:14:15 chr8 55541450 . G A 402.26 PASS AF=0.442308;AO=42;DP=99;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0361792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.991;QD=15.4714;RBI=0.0387385;REFB=-0.00468801;REVB=0.0138471;RO=57;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00256821;STB=0.505048;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00520439;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:57:58:42:46:0.442308:20:22:30:27:21:25:31:27 chr8 55541513 . T C 299.03 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00933607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.553;QD=16.1636;RBI=0.010953;REFB=-0.00535467;REVB=-0.00572774;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748084;STB=0.542084;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00841873;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:17:16:23:18:17:16:23:18 chr8 55541617 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0299284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.677;QD=17.0333;RBI=0.0339058;REFB=-0.0123545;REVB=-0.0159339;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.537314;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.015041;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:12:10:7:11:12:10 chr8 55632762 . C T 860.59 PASS AF=0.470588;AO=87;DP=185;FAO=88;FDP=187;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=0.00545531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.688;QD=18.4083;RBI=0.0054936;REFB=-0.0106132;REVB=-0.000647526;RO=98;SAF=48;SAR=39;SRF=37;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165682;STB=0.596028;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.012143;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:98:99:87:88:0.470588:39:48:37:61:39:49:37:62 chr8 56054696 . C T 168.42 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0187463;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.682;QD=13.4735;RBI=0.0385987;REFB=-0.0267788;REVB=-0.0337407;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167198;STB=0.612646;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0322587;OID=.;OPOS=56054696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:16:31:19:19:0.38:7:12:13:3:7:12:14:17 chr8 56076708 . TTGC T 134.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0117107;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=297.935;QD=9.74917;RBI=0.0180833;REFB=-0.0133853;REVB=0.0137792;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025645;STB=0.538426;STBP=0.663;TYPE=del;VARB=0.019236;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:22:55:22:55:33:14:8:19:14:99:31:14:8:19:12 chr8 56076791 . G A 460.51 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0139456;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.623;QD=20.2422;RBI=0.0156919;REFB=-0.0198267;REVB=-0.00719416;RO=44;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131184;STB=0.584033;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0192292;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:46:45:45:0.494505:27:18:24:20:27:18:26:20 chr8 56651746 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0233021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.987;QD=6.57359;RBI=0.0289336;REFB=-0.0161778;REVB=0.0171512;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267262;STB=0.517185;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0276273;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:11:5:2:4:11:5 chr8 56652048 . CAT C 960.86 PASS AF=0.406015;AO=109;DP=271;FAO=108;FDP=266;FR=.;FRO=158;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=89;FSRR=69;FWDB=-0.00802058;FXX=0.0184495;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.647;QD=14.449;RBI=0.0324741;REFB=-0.0118607;REVB=0.031468;RO=155;SAF=68;SAR=41;SRF=86;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755214;STB=0.53537;STBP=0.351;TYPE=del;VARB=0.0158261;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406015:109:271:108:266:158:67:41:89:69:99:155:68:41:86:69 chr8 56657801 . C T 468.13 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0209868;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3532;QD=22.5606;RBI=0.0239203;REFB=0.0269775;REVB=-0.0114777;RO=38;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184077;STB=0.601023;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0160403;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:38:45:45:0.542169:23:22:27:11:23:22:27:11 chr8 56686224 . T C 1400.3 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00464405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7247;QD=61.5517;RBI=0.0126038;REFB=-0.00573901;REVB=0.011717;RO=1;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869637;STB=0.504503;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=5.26536e-05;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:54:35:0:1:55:35:0:1 chr8 56821700 . T G 1363.34 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000587095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.115;QD=61.2738;RBI=0.00257725;REFB=-0.165169;REVB=-0.00250949;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000102417;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:44:44:0:0:44:44:0:1 chr8 56821795 . T G 1427.89 PASS AF=1;AO=79;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526537;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.522;QD=62.7644;RBI=0.0530966;REFB=0;REVB=0.00684424;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364601;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:79:91:1:39:40:0:0:42:49:0:0 chr8 56821809 . C T 1212.84 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791578;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.9;QD=61.4096;RBI=0.00820851;REFB=0;REVB=-0.00217256;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014977;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr8 56821945 . G A 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0461;QD=55.0433;RBI=0.0552651;REFB=-0.0753283;REVB=0.0520324;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00150423;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr8 57078550 . GAAAAAAA GGAAAAAG 175.72 PASS AF=0.477273;AO=3;DP=46;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000652461;FXX=0.0434688;HRUN=10;LEN=7;MLLD=192.018;QD=15.9747;RBI=0.0185607;REFB=0.000129391;REVB=0.0185492;RO=4;SAF=3;SAR=0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.729277;STB=0.52894;STBP=0.7;TYPE=mnp;VARB=0.0192352;OID=.;OPOS=57078551;OREF=AAAAAAA;OALT=GAAAAAG;OMAPALT=GGAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:3:46:21:44:17:10:11:7:10:63:4:3:0:1:3 chr8 57129291 . A T 623.52 PASS AF=0.548673;AO=58;DP=109;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0305317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.383;QD=22.0715;RBI=0.0343224;REFB=-0.0222458;REVB=0.0156793;RO=51;SAF=25;SAR=33;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117247;STB=0.54544;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0178989;OID=.;OPOS=57129291;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:51:51:58:62:0.548673:33:25:29:22:33:29:29:22 chr8 57285647 . T G 482.14 PASS AF=0.464286;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0250896;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1396;QD=17.2191;RBI=0.0838984;REFB=0.0021671;REVB=0.0800591;RO=61;SAF=28;SAR=23;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735743;STB=0.542404;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00148586;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:60:51:52:0.464286:23:28:38:23:24:28:37:23 chr8 57294571 . C G 292.91 PASS AF=0.472222;AO=30;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00209821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.12;QD=16.2726;RBI=0.0248065;REFB=-0.00794534;REVB=0.0247176;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149703;STB=0.577454;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00912157;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:38:30:34:0.472222:10:20:17:16:13:21:18:20 chr8 57335918 . G C 72.41 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0385313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.937;QD=20.6892;RBI=0.0408193;REFB=-0.0454906;REVB=-0.0134744;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763028;STB=0.555438;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0282906;OID=.;OPOS=57335918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:7:9:0.642857:1:6:4:1:3:6:4:1 chr8 57358251 . C T 390.94 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0370637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9428;QD=27.434;RBI=0.0395431;REFB=-0.0738648;REVB=0.0137818;RO=20;SAF=27;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627707;STB=0.534323;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0294604;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:10:27:13:7:10:27:13:7 chr8 57829649 . G T 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139327;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.017;QD=44.8759;RBI=0.0580027;REFB=0;REVB=-0.0563045;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532258;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr8 57872679 . T C 209.66 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00477902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1883;QD=18.6368;RBI=0.0711096;REFB=-0.016764;REVB=-0.0709489;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798477;STB=0.531885;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0147283;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:20:21:0.466667:10:10:14:10:10:11:14:10 chr8 58039269 . A G 1104.61 PASS AF=0.530612;AO=104;DP=196;FAO=104;FDP=196;FR=.;FRO=92;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.0148273;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.923;QD=22.543;RBI=0.0182606;REFB=-0.0103315;REVB=-0.0106585;RO=92;SAF=65;SAR=39;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442109;STB=0.524189;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00883633;OID=.;OPOS=58039269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:92:92:104:104:0.530612:39:65:53:39:39:65:53:39 chr8 59060275 . A G 1408.29 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.7;QD=61.9029;RBI=0.0352477;REFB=0;REVB=0.0319576;RO=0;SAF=59;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20856e-06;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:91:0:0:87:91:1:28:59:0:0:30:61:0:0 chr8 59329438 . A G 758.41 PASS AF=0.64486;AO=69;DP=107;FAO=69;FDP=107;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0369312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8565;QD=28.3517;RBI=0.0390509;REFB=-0.0339706;REVB=-0.0126907;RO=37;SAF=36;SAR=33;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121659;STB=0.510999;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0254696;OID=.;OPOS=59329438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:37:38:69:69:0.64486:33:36:20:17:33:36:21:17 chr8 59496490 . A G 279.65 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0191415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.27;QD=16.6954;RBI=0.023056;REFB=-0.032433;REVB=0.0128523;RO=36;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992344;STB=0.555733;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0424004;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:14:17:16:20:14:17:16:20 chr8 59512334 . G A 2269.46 PASS AF=1;AO=142;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162318;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.501;QD=63.0406;RBI=0.0347125;REFB=0;REVB=0.0306837;RO=0;SAF=87;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98885e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:142:144:1:55:87:0:0:55:89:0:0 chr8 59547804 . C A 449.65 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0108429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.763;QD=18.9326;RBI=0.0244368;REFB=-0.0206709;REVB=-0.0218995;RO=49;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255977;STB=0.507039;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0291821;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:21:24:26:23:21:24:26:24 chr8 61488824 . T C 1658.68 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208108;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.475;QD=60.3155;RBI=0.0230328;REFB=0;REVB=-0.00987011;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84557e-06;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:104:110:1:52:52:0:0:55:55:0:0 chr8 61488859 . A G 1840.45 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4254;QD=61.3484;RBI=0.0350322;REFB=0;REVB=-0.0191503;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00558e-05;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:60:59:0:0:60:60:0:0 chr8 61655556 . G T 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0208591;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9071;QD=17.5677;RBI=0.0273101;REFB=-0.0234854;REVB=0.0176278;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123113;STB=0.562615;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.022367;OID=.;OPOS=61655556;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:31:29:29:0.483333:9:20:17:13:9:20:18:13 chr8 62489334 . C T 262.35 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0145984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.328;QD=14.9914;RBI=0.0221824;REFB=-0.00222672;REVB=-0.0167017;RO=40;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183015;STB=0.604322;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00213401;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:22:8:17:23:22:8:17:23 chr8 62490978 . T C 1291.35 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.877;QD=61.4928;RBI=0.0271804;REFB=0;REVB=0.0140869;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81527e-05;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:38:42:0:0:42:42:0:0 chr8 62491095 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.72;QD=56.1908;RBI=0.0445124;REFB=0;REVB=-0.0143988;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013333;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr8 62491107 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.719;QD=55.6561;RBI=0.0238045;REFB=0;REVB=0.0131568;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78407e-05;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr8 62491628 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0242339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.315;QD=21.0142;RBI=0.0813218;REFB=-0.00223592;REVB=-0.077627;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117729;STB=0.566892;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000430773;OID=.;OPOS=62491628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:5:2:5:6:5:2 chr8 62491943 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7003;QD=55.096;RBI=0.0817961;REFB=0;REVB=-0.00650223;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176576;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr8 62491985 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6071;QD=48.7364;RBI=0.125578;REFB=0;REVB=-0.102529;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00575185;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr8 62544428 . G T 1236.84 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.815;QD=60.3338;RBI=0.0190301;REFB=0;REVB=-0.0112193;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49267e-05;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:1:0:80:82:1:39:41:1:0:39:43:0:0 chr8 62595068 . C T 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.728;QD=57.54;RBI=0.0146093;REFB=0;REVB=-0.0135381;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82649e-05;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr8 63161612 . C G 244.03 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=0.0343114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9292;QD=18.7712;RBI=0.049188;REFB=0.00774102;REVB=0.0352447;RO=26;SAF=19;SAR=7;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250449;STB=0.637625;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00770977;OID=.;OPOS=63161612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:7:19:24:2:7:19:24:2 chr8 63492102 . C T 555.65 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0249719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.693;QD=20.0233;RBI=0.0626581;REFB=-0.0138456;REVB=-0.0574668;RO=53;SAF=29;SAR=28;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324111;STB=0.522267;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0101119;OID=.;OPOS=63492102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:53:54:57:57:0.513514:28:29:25:28:28:29:25:29 chr8 63659610 . G A 2986.74 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402554;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.979;QD=63.5478;RBI=0.030549;REFB=0;REVB=0.0302826;RO=0;SAF=89;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35951e-07;OID=.;OPOS=63659610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:188:0:0:188:188:1:99:89:0:0:99:89:0:0 chr8 63978658 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 301.64 PASS AF=1,0;AO=30,6;DP=47;FAO=48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594213,-0.241149;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=9.203,9.10661;QD=25.1362;RBI=0.100018,0.24208;REFB=-0.0556579,-0.17206;REVB=0.0804534,0.0212131;RO=6;SAF=12,6;SAR=18,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0763288,0.802799;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0227067,0;OID=.,.;OPOS=63978659,63978666;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:30,6:47:48,0:48:0:23,0:25,0:0:0:7:6:12,6:18,0:1:5 chr8 64098729 . A AG 1469.3 PASS AF=1;AO=96;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110065;FXX=0.00980296;HRUN=0;LEN=1;MLLD=220.486;QD=58.19;RBI=0.0374019;REFB=0;REVB=0.0357458;RO=3;SAF=51;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270772;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000381263;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:100:101:101:0:56:45:0:0:8:3:51:45:3:0 chr8 64122225 . GT TG 38.91 PASS AF=0.75;AO=2;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.231146;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=21.3894;QD=19.4534;RBI=0.232904;REFB=0.221634;REVB=0.0285621;RO=1;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0728974;OID=.;OPOS=64122225;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:8:8:1:2:2:6:0.75:1:1:0:1:3:3:1:1 chr8 64147448 . C T 197.63 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0027933;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.618;QD=12.9594;RBI=0.0122053;REFB=-0.00760941;REVB=-0.0118814;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166114;STB=0.588972;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0126191;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:37:24:24:0.393443:9:15:29:9:9:15:28:9 chr8 65290650 . C T 190.92 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00792169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.795;QD=15.5849;RBI=0.0137304;REFB=-0.0276503;REVB=0.0112147;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136499;STB=0.590073;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0392637;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:11:8:16:13:12:8:16:13 chr8 67380528 . T C 526.82 PASS AF=0.5;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00721074;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1003;QD=19.1572;RBI=0.00886805;REFB=0.00968229;REVB=0.00516213;RO=55;SAF=34;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146673;STB=0.574297;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0162648;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:54:55:0.5:20:34:26:29:21:34:26:29 chr8 67428218 . C T 286.39 PASS AF=0.438356;AO=33;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0309884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.402;QD=15.6924;RBI=0.0344499;REFB=-0.0170732;REVB=0.0150504;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444348;STB=0.510723;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0231216;OID=.;OPOS=67428218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:33:32:0.438356:15:18:20:20:15:17:21:20 chr8 67590460 . C T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0138319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.291;QD=10.7535;RBI=0.0234793;REFB=0.0012057;REVB=-0.0189724;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632438;STB=0.526707;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00310195;OID=.;OPOS=67590460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:8:5:11:14:8:5:11:15 chr8 67592152 . T C 327.29 PASS AF=0.4;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0298616;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8113;QD=14.5461;RBI=0.0661305;REFB=-0.00199866;REVB=0.0590045;RO=55;SAF=26;SAR=10;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281565;STB=0.655082;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00434738;OID=.;OPOS=67592152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:55:54:36:36:0.4:10:26:26:29:10:26:26:28 chr8 67680091 . G A 152.18 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00561997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8924;QD=10.3171;RBI=0.0801098;REFB=0.000235753;REVB=-0.0799125;RO=38;SAF=4;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208243;STB=0.618052;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00356622;OID=.;OPOS=67680091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:16:4:13:25:16:4:13:26 chr8 67680194 . A G 166.71 PASS AF=0.366667;AO=19;DP=57;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00804815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.916;QD=11.1138;RBI=0.00857751;REFB=-0.00613372;REVB=-0.00296663;RO=38;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202137;STB=0.538426;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0168241;OID=.;OPOS=67680194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:38:38:19:22:0.366667:14:5:16:22:14:8:16:22 chr8 67748231 . G A 485.61 PASS AF=0.432;AO=52;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00328523;FXX=0.045798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.58;QD=15.5396;RBI=0.00330119;REFB=-0.00339764;REVB=0.000324243;RO=64;SAF=33;SAR=19;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121835;STB=0.552492;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00465292;OID=.;OPOS=67748231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:64:71:52:54:0.432:19:33:33:31:21:33:37:34 chr8 67860369 . C T 403.48 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.00547597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.083;QD=16.8117;RBI=0.0158022;REFB=0.00220303;REVB=0.014823;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161337;STB=0.590081;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00289111;OID=.;OPOS=67860369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:23:19:16:38:23:19:16:38 chr8 67971452 . T C 198.48 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0266664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6009;QD=19.3634;RBI=0.0413373;REFB=-0.0469475;REVB=0.0315859;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119074;STB=0.561038;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0510472;OID=.;OPOS=67971452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:21:20:20:0.487805:9:11:13:6:9:11:14:7 chr8 68074137 . G A 122.35 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0386497;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.763;QD=15.2931;RBI=0.0783668;REFB=-0.0165914;REVB=-0.068173;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0184758;OID=.;OPOS=68074137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:9:9:6:8:9:9 chr8 68102977 . T C 433.54 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.00697129;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.973;QD=17.8778;RBI=0.00896639;REFB=-0.00174728;REVB=-0.00563892;RO=52;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186138;STB=0.607351;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00422917;OID=.;OPOS=68102977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:53:44:44:0.453608:23:21:15:37:23:21:15:38 chr8 68139774 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0209727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.073;QD=14.1684;RBI=0.0774796;REFB=-0.019555;REVB=-0.0745871;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405291;STB=0.736388;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0539248;OID=.;OPOS=68139774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:9:3:7:3:9:3 chr8 68200276 . T C 266.94 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.013119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.085;QD=20.1466;RBI=0.0359551;REFB=-0.0181886;REVB=0.0334762;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632625;STB=0.503524;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0128128;OID=.;OPOS=68200276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:11:17:15:10:11:17:15:10 chr8 68421768 . G C 177.1 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0157866;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.896;QD=20.2404;RBI=0.0158185;REFB=0.00432789;REVB=0.00100364;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186559;STB=0.58123;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00149256;OID=.;OPOS=68421768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:17:18:18:0.514286:7:11:13:3:7:11:13:4 chr8 68494981 . C CATT 783.98 PASS AF=0.436548;AO=84;DP=203;FAO=86;FDP=197;FR=.;FRO=111;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.00200808;FXX=0.0295552;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.082;QD=15.9184;RBI=0.00202587;REFB=-0.00418062;REVB=0.000267937;RO=110;SAF=39;SAR=45;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379799;STB=0.518549;STBP=0.634;TYPE=ins;VARB=0.00548029;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436548:84:203:86:197:111:40:46:48:63:99:110:39:45:47:63 chr8 68864728 . G A 441.98 PASS AF=0.409449;AO=43;DP=118;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0334539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.98;QD=13.9205;RBI=0.0343331;REFB=-0.0237816;REVB=0.00771996;RO=74;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685052;STB=0.565324;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.037337;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:127:74:75:43:52:0.409449:20:23:35:39:22:30:35:40 chr8 69012364 . G A 437.5 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00288725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.638;QD=14.2276;RBI=0.0244878;REFB=-0.0095827;REVB=-0.024317;RO=73;SAF=26;SAR=24;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585248;STB=0.532972;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0122491;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:24:26:42:31:24:26:42:31 chr8 69020496 . T C 309.15 PASS AF=0.380435;AO=36;DP=93;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0118681;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8089;QD=13.4415;RBI=0.0130125;REFB=-0.0180571;REVB=0.00533611;RO=57;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553696;STB=0.52465;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0288899;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:57:57:36:35:0.380435:22:14:25:32:21:14:25:32 chr8 69058536 . C T 410.27 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0420447;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6775;QD=20.5137;RBI=0.0474174;REFB=0.0164739;REVB=-0.0219239;RO=36;SAF=27;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117644;STB=0.575172;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00880351;OID=.;OPOS=69058536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:39:41:41:0.5125:14:27:19:17:14:27:20:19 chr8 69136871 . T A 388.1 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=111;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00260455;FXX=0.0442439;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.415;QD=14.3742;RBI=0.0382803;REFB=-0.00181272;REVB=0.0381916;RO=57;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191235;STB=0.517234;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00319855;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:57:63:44:45:0.416667:27:17:21:36:27:18:27:36 chr8 69143589 . A G 295.75 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00634873;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.469;QD=15.1668;RBI=0.0235343;REFB=0.00260462;REVB=0.0226617;RO=43;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142705;STB=0.581254;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00265396;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:45:33:33:0.423077:13:20:20:23:13:20:21:24 chr8 69434195 . T C 395.29 PASS AF=0.482353;AO=34;DP=77;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00826449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.23;QD=18.6018;RBI=0.0232276;REFB=-0.0350291;REVB=0.0217076;RO=41;SAF=30;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50434;STB=0.645086;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0455897;OID=.;OPOS=69434195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:85:41:44:34:41:0.482353:4:30:20:21:11:30:21:23 chr8 69445291 . C CA 34.89 PASS AF=0.134831;AO=18;DP=91;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=55;FWDB=-0.0273338;FXX=0.0111099;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.0403;QD=1.56795;RBI=0.0833816;REFB=-0.0214215;REVB=-0.078774;RO=73;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443324;STB=0.743026;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=0.216759;OID=.;OPOS=69445292;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134831:18:91:12:89:77:7:5:22:55:34:73:11:7:18:55 chr8 69699756 . G A 288.72 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0677789;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.599;QD=16.0398;RBI=0.0679902;REFB=-0.0110436;REVB=-0.00535552;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674488;STB=0.53123;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0231943;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:40:32:32:0.444444:17:15:22:19:17:15:21:19 chr8 69730432 . G A 139.7 PASS AF=0.339623;AO=16;DP=54;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0601503;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7047;QD=10.5432;RBI=0.0992243;REFB=-0.0292422;REVB=-0.0789139;RO=31;SAF=13;SAR=3;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16273;STB=0.580015;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0385865;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:35:16:18:0.339623:3:13:22:9:4:14:24:11 chr8 69730488 . G C 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00117517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.882;QD=11.6277;RBI=0.0218885;REFB=-0.0190536;REVB=-0.0218569;RO=46;SAF=17;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128061;STB=0.574266;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0395216;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:9:17:25:21:9:17:25:21 chr8 70072423 . G A 677.53 PASS AF=0.540323;AO=64;DP=121;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0112983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.925;QD=21.8559;RBI=0.0343601;REFB=-0.0155706;REVB=-0.0324494;RO=57;SAF=35;SAR=29;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927887;STB=0.552223;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00915267;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:57:57:64:67:0.540323:29:35:25:32:30:37:25:32 chr8 70571313 . G A 218.67 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.010231;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0855;QD=12.6766;RBI=0.0180559;REFB=-0.0179393;REVB=-0.0148776;RO=42;SAF=10;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200697;STB=0.622129;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.03809;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:69:42:43:26:26:0.376812:16:10:24:18:16:10:25:18 chr8 70571531 . G A 272.02 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0199215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.959;QD=12.5067;RBI=0.0223872;REFB=-0.00777893;REVB=-0.0102138;RO=55;SAF=14;SAR=18;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235714;STB=0.634616;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0191364;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:18:14:36:19:18:14:36:19 chr8 70573004 . G A 511.89 PASS AF=0.514286;AO=50;DP=104;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00496746;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.233;QD=19.5006;RBI=0.0141554;REFB=-0.0272276;REVB=0.0132552;RO=49;SAF=21;SAR=29;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188956;STB=0.579361;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0327916;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:51:50:54:0.514286:29:21:31:18:29:25:32:19 chr8 70584628 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6835;QD=57.1756;RBI=0.0475369;REFB=0;REVB=0.0368868;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754494;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr8 70602259 . T C 205.51 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.868;QD=48.356;RBI=0.0841759;REFB=0;REVB=0.0820478;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567802;OID=.;OPOS=70602259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr8 70602299 . A G 797.62 PASS AF=0.764706;AO=58;DP=77;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00611264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.828;QD=37.5348;RBI=0.0238772;REFB=-0.0165685;REVB=0.0230816;RO=17;SAF=24;SAR=34;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996794;STB=0.55979;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00873177;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:85:17:20:58:65:0.764706:34:24:11:6:39:26:13:7 chr8 70602341 . A G 3316.72 PASS AF=0.918367;AO=223;DP=244;FAO=225;FDP=245;FR=.;FRO=20;FSAF=103;FSAR=122;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0055253;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.355;QD=54.1505;RBI=0.0119351;REFB=-0.0161542;REVB=0.0105791;RO=20;SAF=101;SAR=122;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309799;STB=0.515761;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00215367;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:244:245:20:20:223:225:0.918367:122:101:13:7:122:103:13:7 chr8 70602526 . A G 108.85 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0633892;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.277;QD=12.8059;RBI=0.0671487;REFB=0.011478;REVB=-0.0221532;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554829;STB=0.850937;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00640916;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:21:13:13:0.382353:12:1:9:11:12:1:10:11 chr8 70602529 . A G 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0266181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.128;QD=8.402;RBI=0.0284359;REFB=0.0186748;REVB=-0.0100037;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504172;STB=0.82159;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0194676;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:8:1:10:11:8:1:10:11 chr8 70602538 . T A 276.65 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311401;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.408;QD=52.6942;RBI=0.0321851;REFB=0;REVB=-0.00813488;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46891e-05;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr8 70612637 . C A 1096.56 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227158;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.865;QD=60.0855;RBI=0.0232848;REFB=0;REVB=0.005116;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450808;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:71:73:1:37:34:0:0:38:35:0:0 chr8 70612692 . G A 469.89 PASS AF=0.918919;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0433047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6888;QD=50.7988;RBI=0.0477976;REFB=-0.0379719;REVB=0.0202315;RO=3;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961103;STB=0.551693;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00947753;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:37:3:3:30:34:0.918919:17:13:3:0:21:13:3:0 chr8 70744812 . G A 189.19 PASS AF=0.285714;AO=23;DP=85;FAO=24;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00340028;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.1555;QD=9.00916;RBI=0.250931;REFB=-0.0369331;REVB=-0.250908;RO=38;SAF=23;SAR=0;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.810081;STB=0.944787;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.031557;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:38:60:23:24:0.285714:0:23:23:15:1:23:25:35 chr8 70964399 . A G 338.13 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.016555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.412;QD=22.9239;RBI=0.0179965;REFB=-0.0227817;REVB=-0.00705743;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120911;STB=0.559288;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0198912;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:33:34:0.576271:17:16:16:9:17:17:16:9 chr8 70967607 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0870717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3939;QD=5.44277;RBI=0.0888003;REFB=-0.0058379;REVB=-0.017436;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613749;STB=0.887825;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0196091;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:15:5:5:1:15:5 chr8 70978690 . C T 359.42 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0124469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.0803;QD=19.9678;RBI=0.0344437;REFB=0.00164686;REVB=0.0321161;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675141;STB=0.543356;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00319177;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:20:17:13:21:20:17:13:22 chr8 71486568 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.025274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.195;QD=16.3856;RBI=0.0270677;REFB=0.0029745;REVB=-0.00968955;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0020929;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:5:3:4:5:5:3 chr8 71575184 . A G 48.37 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0714639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5923;QD=12.8996;RBI=0.0831759;REFB=0.0368534;REVB=-0.0425575;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.555391;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0384159;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:15:15:8:8:6:7:0.466667:2:4:5:3:2:5:5:3 chr8 72111599 . A G 1301.42 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0017;QD=61.9726;RBI=0.0333562;REFB=0;REVB=0.0185898;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108696;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:33:50:0:0:33:51:0:0 chr8 72129009 . G A,C 1433.63 PASS AF=0.904255,0.0957447;AO=84,9;DP=93;FAO=85,9;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=42,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102254,-0.0030005;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.2532,165.796;QD=61.0056;RBI=0.01484,0.0253219;REFB=0,0;REVB=-0.0107548,-0.0251435;RO=0;SAF=42,2;SAR=42,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00179728,0.0294909;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:93:94:0:0:84,9:85,9:0.904255,0.0957447:42,7:42,2:0:0:42,7:43,2:0:0 chr8 72211295 . T C 1445.02 PASS AF=0.477848;AO=132;DP=296;FAO=151;FDP=316;FR=.;FRO=165;FSAF=91;FSAR=60;FSRF=102;FSRR=63;FWDB=0.0433775;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.635;QD=18.2914;RBI=0.0435841;REFB=-0.0196611;REVB=0.00423914;RO=163;SAF=73;SAR=59;SRF=100;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615152;STB=0.508496;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0250097;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:316:163:165:132:151:0.477848:59:73:100:63:60:91:102:63 chr8 72935008 . C T 254.95 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=92;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0456401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.276;QD=10.9657;RBI=0.0456401;REFB=-0.00886638;REVB=4.44752e-05;RO=61;SAF=22;SAR=8;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329208;STB=0.702921;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0263648;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:61:62:30:31:0.333333:8:22:28:33:8:23:28:34 chr8 72935039 . C T 410.43 PASS AF=0.4;AO=47;DP=119;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.000346544;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.94;QD=13.6809;RBI=0.0105516;REFB=-0.0103318;REVB=0.0105459;RO=69;SAF=35;SAR=12;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304384;STB=0.657825;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.011059;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:69:72:47:48:0.4:12:35:33:36:13:35:35:37 chr8 72935045 . G C 516.1 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00401183;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0362;QD=15.7587;RBI=0.0342426;REFB=-0.00716997;REVB=-0.0340068;RO=72;SAF=41;SAR=15;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256228;STB=0.657109;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00586082;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:72:75:56:56:0.427481:15:41:36:36:15:41:36:39 chr8 72942210 . G T 288.14 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0180464;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.094;QD=17.7316;RBI=0.0184836;REFB=-0.0176429;REVB=0.00399625;RO=34;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166764;STB=0.599938;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0197265;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:34:30:31:0.476923:14:16:24:10:15:16:24:10 chr8 72966002 . G A 464.64 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0152583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2402;QD=19.7719;RBI=0.0581968;REFB=-0.00147187;REVB=-0.0561609;RO=48;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664442;STB=0.531383;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00065374;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:48:45:46:0.489362:21:24:29:19:21:25:29:19 chr8 72975801 . T G 400.41 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0142024;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=283.497;QD=15.8579;RBI=0.0156454;REFB=-0.000362851;REVB=-0.00656282;RO=54;SAF=23;SAR=21;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876912;STB=0.531872;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000423414;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:57:44:44:0.435644:21:23:33:21:21:23:33:24 chr8 72981327 . A G 676.81 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.00895997;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.296;QD=16.9204;RBI=0.01752;REFB=-0.00830111;REVB=-0.0150556;RO=72;SAF=46;SAR=27;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705747;STB=0.544659;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00824954;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:72:87:73:73:0.45625:27:46:40:32:27:46:48:39 chr8 73850203 . G A 346.84 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0215469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.521;QD=22.3768;RBI=0.0233091;REFB=-0.00476409;REVB=0.00889065;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10066;STB=0.555524;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00369831;OID=.;OPOS=73850203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:20:15:15:12:20:15:15:12 chr8 73982161 . A G 476.55 PASS AF=0.455556;AO=38;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0698962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4183;QD=21.1799;RBI=0.069919;REFB=-0.0162147;REVB=-0.0017857;RO=40;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166701;STB=0.555005;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0324243;OID=.;OPOS=73982161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:42:38:41:0.455556:23:15:23:17:23:18:23:19 chr8 74169337 . T C 290.84 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0344095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6915;QD=11.9932;RBI=0.0636341;REFB=0.016976;REVB=0.0535284;RO=63;SAF=15;SAR=19;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145958;STB=0.584038;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0321393;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:63:34:34:0.350515:19:15:36:27:19:15:36:27 chr8 74527996 . C T 989.09 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.97;QD=59.0499;RBI=0.0178916;REFB=0;REVB=0.0101844;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88357e-05;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr8 74581288 . AGA AGAG,GAG 1434.02 PASS AF=1,0;AO=84,5;DP=94;FAO=92,0;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=66,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337274,0.0119843;FXX=0.0107515;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=229.599,209.508;QD=62.3487;RBI=0.0519992,0.044764;REFB=0,0;REVB=0.0395776,0.0431299;RO=1;SAF=59,5;SAR=25,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00796201,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000149968,0;OID=.,.;OPOS=74581291,74581288;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:1:0:84,5:92,0:1,0:25,0:59,5:1:0:26,0:66,0:0:0 chr8 74893880 . C T 225.53 PASS AF=0.5;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00792611;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.156;QD=20.5024;RBI=0.0262981;REFB=-0.00142017;REVB=-0.0250752;RO=22;SAF=19;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257163;STB=0.58453;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00162538;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:22:22:21:22:0.5:2:19:17:5:3:19:17:5 chr8 74917084 . A G 1487.52 PASS AF=0.971698;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0162862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.166;QD=56.1328;RBI=0.0638722;REFB=-0.141467;REVB=-0.061761;RO=1;SAF=34;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692711;STB=0.510239;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0032524;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:106:1:3:102:103:0.971698:68:34:0:1:68:35:2:1 chr8 75157015 . C T 248.24 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00345954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.982;QD=16.2781;RBI=0.0455474;REFB=-0.0231597;REVB=-0.0454159;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223395;STB=0.626281;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0319928;OID=.;OPOS=75157015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:9:19:15:18:9:19:15:18 chr8 75262798 . G C 1306.6 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654759;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2427;QD=62.2193;RBI=0.0733065;REFB=0;REVB=0.0329659;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92124e-05;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr8 75274141 . T G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.019102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.233;QD=22.3967;RBI=0.027579;REFB=-0.0156393;REVB=0.0198926;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680617;STB=0.538144;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.016;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:8:17:14:9:8:17:14:9 chr8 75460784 . T TG 1655.77 PASS AF=1;AO=119;DP=207;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0923264;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8286;QD=47.648;RBI=0.09236;REFB=0;REVB=-0.00249418;RO=70;SAF=42;SAR=77;SRF=63;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000879364;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:119:207:139:139:0:53:86:0:0:30:70:42:77:63:7 chr8 75460789 . A AG 1204.51 PASS AF=1;AO=110;DP=137;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910939;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.9625;QD=38.8553;RBI=0.105021;REFB=0;REVB=-0.052261;RO=23;SAF=45;SAR=65;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000767971;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:137:124:124:0:52:72:0:0:25:23:45:65:8:15 chr8 75614614 . C A 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0091939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0319;QD=25.0371;RBI=0.00919406;REFB=0.0295602;REVB=5.53048e-05;RO=23;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14978;STB=0.582232;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00915584;OID=.;OPOS=75614614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:13:23:10:13:13:23:10:13 chr8 75614617 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0622384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4741;QD=13.2237;RBI=0.0667284;REFB=0.0094434;REVB=0.0240637;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1875;STB=0.607056;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0152635;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:23:13:13:11:23:13 chr8 75664694 . CA C 405.75 PASS AF=0.506173;AO=34;DP=76;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0313395;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.755;QD=20.0372;RBI=0.0443294;REFB=-0.0438729;REVB=0.0313518;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116068;STB=0.518107;STBP=0.789;TYPE=del;VARB=0.0412136;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506173:34:76:41:81:40:22:19:20:20:99:40:21:13:20:20 chr8 76452313 . G A 417.12 PASS AF=0.457447;AO=41;DP=92;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0335052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6412;QD=17.7499;RBI=0.0508075;REFB=-0.015055;REVB=0.0381943;RO=51;SAF=25;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195685;STB=0.591673;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0132536;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:51:51:41:43:0.457447:16:25:21:30:18:25:21:30 chr8 76468282 . G A 1215.1 PASS AF=0.452632;AO=128;DP=286;FAO=129;FDP=285;FR=.;FRO=156;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=105;FSRR=51;FWDB=-0.0772151;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0876;QD=17.054;RBI=0.0776581;REFB=-0.00953903;REVB=-0.00828381;RO=152;SAF=69;SAR=59;SRF=103;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138986;STB=0.576816;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0100196;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:152:156:128:129:0.452632:59:69:103:49:60:69:105:51 chr8 76476396 . G A 233.65 PASS AF=0.284483;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0212317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7301;QD=8.05678;RBI=0.0730653;REFB=-0.00123611;REVB=-0.0699125;RO=82;SAF=9;SAR=24;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302392;STB=0.684095;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00144978;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:82:83:33:33:0.284483:24:9:42:40:24:9:43:40 chr8 76476457 . G A 229.78 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0205189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.923;QD=9.10037;RBI=0.0272785;REFB=0.00215223;REVB=0.0179748;RO=71;SAF=11;SAR=19;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218072;STB=0.628637;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00382959;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:71:71:30:30:0.29703:19:11:39:32:19:11:39:32 chr8 76478768 . C T 2637.38 PASS AF=0.416548;AO=289;DP=693;FAO=292;FDP=701;FR=.;FRO=409;FSAF=119;FSAR=173;FSRF=205;FSRR=204;FWDB=-0.0165062;FXX=0.00142448;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.073;QD=15.0493;RBI=0.0166933;REFB=-0.0127103;REVB=0.00249252;RO=399;SAF=117;SAR=172;SRF=196;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091669;STB=0.555434;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0163619;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:693:701:399:409:289:292:0.416548:172:117:196:203:173:119:205:204 chr8 77048621 . C A 491.84 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.00156242;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.917;QD=14.2563;RBI=0.0203853;REFB=-0.00440596;REVB=-0.0203253;RO=83;SAF=28;SAR=27;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157378;STB=0.588513;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00740634;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:83:83:55:55:0.398551:27:28:30:53:27:28:30:53 chr8 77745635 . G A 391.77 PASS AF=0.393162;AO=45;DP=113;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0534559;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9629;QD=13.3939;RBI=0.053665;REFB=-0.0140535;REVB=-0.00473323;RO=68;SAF=20;SAR=25;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593265;STB=0.539217;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0199192;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:68:71:45:46:0.393162:25:20:34:34:25:21:37:34 chr8 77764207 . G A 98.25 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0657315;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.701;QD=12.6776;RBI=0.0669355;REFB=-0.0259446;REVB=-0.0126385;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259998;STB=0.671314;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0307185;OID=.;OPOS=77764207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:19:19:11:12:0.387097:9:2:7:12:10:2:7:12 chr8 77777735 . C G 213.55 PASS AF=0.343284;AO=24;DP=84;FAO=23;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.01977;FXX=0.182905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.907;QD=12.7492;RBI=0.0386062;REFB=0.014541;REVB=-0.03316;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498079;STB=0.53398;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00703081;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:67:30:41:24:23:0.343284:10:14:16:14:9:14:27:14 chr8 77778999 . CAT C 189.38 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00159852;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.374;QD=11.1398;RBI=0.00725131;REFB=-0.00116395;REVB=-0.00707292;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221455;STB=0.611559;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.00278302;OID=.;OPOS=77779000;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:23:68:24:68:44:10:14:26:18:99:39:10:13:25:14 chr8 77895865 . A G 683.25 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0134589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.906;QD=52.5574;RBI=0.0293829;REFB=-0.0888895;REVB=0.0261192;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.519223;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000458874;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:25:25:1:0:25:25:2:0 chr8 77912230 . G T 107.47 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0472759;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.868;QD=11.3121;RBI=0.0472762;REFB=-0.0183428;REVB=0.000158451;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344812;STB=0.707624;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0316551;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:25:25:13:13:0.342105:10:3:13:12:10:3:13:12 chr8 79610710 . A G 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082799;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.303;QD=58.2606;RBI=0.0179006;REFB=0;REVB=0.0158705;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28196e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr8 80678427 . T C 345.18 PASS AF=0.375;AO=41;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00843649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6733;QD=12.328;RBI=0.057273;REFB=-0.0165265;REVB=-0.0566482;RO=70;SAF=23;SAR=18;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202338;STB=0.518126;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0264093;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:41:42:0.375:18:23:38:32:18:24:38:32 chr8 81605240 . G A 409.56 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0108098;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.916;QD=14.3704;RBI=0.0111962;REFB=-0.0124835;REVB=-0.00291622;RO=64;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122969;STB=0.554374;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0198464;OID=.;OPOS=81605240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:67:47:47:0.412281:23:24:25:39:23:24:28:39 chr8 81689106 . G A 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0101041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7916;QD=16.6183;RBI=0.0155198;REFB=-0.0277631;REVB=-0.0117801;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118363;STB=0.566953;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0215648;OID=.;OPOS=81689106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:18:10:11:12:18:10 chr8 81905397 . A G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.026996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.875;QD=16.661;RBI=0.0321629;REFB=-0.0245513;REVB=-0.0174834;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126866;STB=0.571378;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0241135;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:18:14:16:12:18:14 chr8 82355621 . A G 618.62 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0135174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1715;QD=48.5191;RBI=0.0226757;REFB=-0.0243743;REVB=-0.0182062;RO=4;SAF=24;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156567;STB=0.500834;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0164656;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:4:4:47:47:0.921569:23:24:2:2:23:24:2:2 chr8 82357112 . T C 2683.57 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00543981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.579;QD=60.9901;RBI=0.00836463;REFB=0.00748906;REVB=0.00635418;RO=1;SAF=94;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591291;STB=0.50046;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=5.0278e-05;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:176:1:2:174:174:0.988636:80:94:0:1:80:94:1:1 chr8 82606416 . T C 208.95 PASS AF=0.456522;AO=17;DP=42;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00127114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.852;QD=18.1696;RBI=0.0135973;REFB=-0.0218419;REVB=0.0135378;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173256;STB=0.563615;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0214752;OID=.;OPOS=82606416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:25:25:17:21:0.456522:8:9:9:16:11:10:9:16 chr8 82606423 . C A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00732756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.663;QD=22.6001;RBI=0.0136205;REFB=0.000297622;REVB=-0.0114815;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925459;STB=0.551822;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000290255;OID=.;OPOS=82606423;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:10:10:14:9:10:10 chr8 82607948 . AA AATGGT,GT 108.68 PASS AF=0.423077,0.0769231;AO=11,2;DP=27;FAO=11,2;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7,2;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00909729,-0.043168;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=200.9,119.72;QD=16.7202;RBI=0.01658,0.0578091;REFB=-0.00465765,-0.0163599;REVB=0.0138613,0.0384501;RO=14;SAF=7,2;SAR=4,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.200253,0.576453;STB=0.59672,0.994702;STBP=0.407,0.158;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0130659,0.0277795;OID=.,.;OPOS=82607950,82607948;OREF=-,AA;OALT=TGGT,GT;OMAPALT=AATGGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:27:26:14:13:11,2:11,2:0.423077,0.0769231:4,0:7,2:6:8:4,0:7,2:6:7 chr8 85833168 . A G 220.7 PASS AF=0.412698;AO=27;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0137292;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8691;QD=14.0127;RBI=0.0624535;REFB=-0.013151;REVB=0.0609258;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130154;STB=0.577611;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0283508;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:37:27:26:0.412698:14:13:22:14:14:12:22:15 chr8 85833439 . A G 397.41 PASS AF=0.519481;AO=38;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0181229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.956;QD=20.6446;RBI=0.0187406;REFB=-0.0320244;REVB=-0.00477183;RO=37;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130374;STB=0.556392;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0198929;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:38:40:0.519481:22:16:21:16:22:18:21:16 chr8 86057894 . GTATT G 277.3 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0137237;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=4;MLLD=253.155;QD=20.1676;RBI=0.0251496;REFB=-0.0164123;REVB=0.0210752;RO=23;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343706;STB=0.539745;STBP=0.585;TYPE=del;VARB=0.0149904;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527273:29:57:29:55:26:20:9:16:10:99:23:20:9:15:8 chr8 86089787 . C CG,G 56.38 PASS AF=0.5,0.285714;AO=3,5;DP=14;FAO=7,4;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7,3;FSAR=0,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.303815,0.12815;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=9.97048,38.8023;QD=16.1094;RBI=0.356609,0.166037;REFB=-0.0998052,-0.0609745;REVB=0.186726,0.105575;RO=6;SAF=3,4;SAR=0,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.606014,-0.0477139;STB=0.997382,0.545217;STBP=0.146,0.984;TYPE=ins,snp;VARB=0.171692,-0.0463579;OID=.,.;OPOS=86089788,86089787;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:14:14:6:3:3,5:7,4:0.5,0.285714:0,1:3,4:5:1:0,1:7,3:2:1 chr8 86126827 . C CAACATT 979.34 PASS AF=0.945205;AO=65;DP=74;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0113023;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=6;MLLD=356.958;QD=53.6624;RBI=0.0131758;REFB=-0.00295384;REVB=0.00677199;RO=4;SAF=34;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248917;STB=0.513306;STBP=0.401;TYPE=ins;VARB=-8.94388e-06;OID=.;OPOS=86126828;OREF=-;OALT=AACATT;OMAPALT=CAACATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945205:65:74:69:73:4:35:34:3:1:13:4:34:31:3:1 chr8 86351997 . G A 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00611083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.338;QD=13.14;RBI=0.0173924;REFB=0.00328359;REVB=0.0162835;RO=52;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898559;STB=0.551117;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00568629;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:54:33:33:0.37931:15:18:24:28:15:18:25:29 chr8 86389403 . T C 852.9 PASS AF=0.511905;AO=85;DP=167;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.0229962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1484;QD=20.307;RBI=0.0336109;REFB=-0.00942214;REVB=-0.0245125;RO=82;SAF=38;SAR=47;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12325;STB=0.564141;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00883257;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:82:82:85:86:0.511905:47:38:48:34:47:39:48:34 chr8 87076520 . C A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.008831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.852;QD=18.4269;RBI=0.0154912;REFB=-0.0168519;REVB=0.0127275;RO=27;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594376;STB=0.539745;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0211132;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:10:18:19:8:10:18:20:8 chr8 87235273 . C T 401.3 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0184942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.053;QD=19.8174;RBI=0.020198;REFB=-0.022934;REVB=0.00811928;RO=40;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473186;STB=0.517882;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0196818;OID=.;OPOS=87235273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:25:15:17:23:25:16:17:23 chr8 87241847 . G A 617.7 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00704813;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7122;QD=19.0063;RBI=0.0376166;REFB=-0.0245015;REVB=-0.0369504;RO=67;SAF=31;SAR=32;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000441385;STB=0.500244;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0197168;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:67:63:63:0.484615:32:31:33:34:32:31:33:34 chr8 87474085 . A G 190.71 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0311344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1348;QD=15.2567;RBI=0.0537291;REFB=-0.00462351;REVB=0.0437889;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845516;STB=0.510906;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00458724;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:30:19:20:0.4:13:6:12:19:13:7:11:19 chr8 87479810 . C T 647.0 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0277897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1256;QD=16.1751;RBI=0.0506859;REFB=-0.00522575;REVB=-0.0423886;RO=87;SAF=42;SAR=29;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120085;STB=0.573282;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0080594;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:87:89:71:71:0.44375:29:42:41:46:29:42:41:48 chr8 87480890 . C T 457.63 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0277423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6735;QD=14.1901;RBI=0.0685206;REFB=-0.0144565;REVB=-0.0626533;RO=73;SAF=30;SAR=22;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592982;STB=0.550191;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0207415;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:73:77:52:52:0.403101:22:30:38:35:22:30:38:39 chr8 87484669 . C T 194.3 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0114601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.091;QD=24.2874;RBI=0.0209153;REFB=-0.0123105;REVB=0.0174962;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273118;STB=0.515238;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00662979;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:5:8:11:8:5:8 chr8 87489562 . AAC A 163.82 PASS AF=0.326923;AO=27;DP=96;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0399723;FXX=0.0188661;HRUN=5;LEN=2;MLLD=282.383;QD=6.30068;RBI=0.0400181;REFB=-0.0077105;REVB=0.00191518;RO=52;SAF=10;SAR=17;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191948;STB=0.626615;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=0.0158852;OID=.;OPOS=87489563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326923:27:96:34:104:70:13:21:40:30:99:52:10:17:28:24 chr8 87497176 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0398124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.393;QD=15.0639;RBI=0.0641392;REFB=-0.00459824;REVB=-0.0502873;RO=35;SAF=6;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265952;STB=0.657992;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00755778;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:26:27:0.435484:20:6:16:19:21:6:16:19 chr8 87666251 . T G 536.9 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0106164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.728;QD=17.4603;RBI=0.0211493;REFB=-0.015113;REVB=0.0182917;RO=64;SAF=35;SAR=22;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183952;STB=0.610136;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0128091;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:66:57:57:0.463415:22:35:27:37:22:35:27:39 chr8 87679303 . A C 2430.54 PASS AF=0.993976;AO=161;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0666495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7304;QD=58.5673;RBI=0.0714669;REFB=-0.119563;REVB=-0.0257945;RO=5;SAF=67;SAR=94;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034187;STB=0.503496;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00177111;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:5:1:161:165:0.993976:94:67:5:0:94:71:1:0 chr8 88622043 . T G 1235.11 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00476779;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.95;QD=60.2494;RBI=0.0293255;REFB=-0.0659742;REVB=0.0289354;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011691;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000114955;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:40:41:0:1:40:41:0:1 chr8 89081730 . T C 1908.69 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.138293;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9828;QD=60.1163;RBI=0.14116;REFB=-0.177426;REVB=-0.0283092;RO=0;SAF=41;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08841e-08;STB=0.505881;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00311362;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:127:127:0:2:124:125:0.984252:83:41:0:0:84:41:0:2 chr8 90770315 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00588479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.459;QD=20.0721;RBI=0.00598757;REFB=-0.0337292;REVB=0.00110464;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117722;STB=0.565421;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0374987;OID=.;OPOS=90770315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:13:21:15:16:13:21:15:16 chr8 90958422 . T C 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0174293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.966;QD=18.0142;RBI=0.0548135;REFB=-0.00468135;REVB=0.0519686;RO=55;SAF=20;SAR=31;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944876;STB=0.552501;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00524057;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:31:20:27:28:31:20:27:28 chr8 90967711 . A G 807.97 PASS AF=0.524138;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=145;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0144277;FXX=0.0268438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.898;QD=22.2888;RBI=0.01444;REFB=-0.0112102;REVB=-0.000597291;RO=67;SAF=31;SAR=45;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434825;STB=0.501033;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0124822;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:145:67:69:76:76:0.524138:45:31:27:40:45:31:28:41 chr8 90990479 . C G 815.78 PASS AF=0.418919;AO=90;DP=222;FAO=93;FDP=222;FR=.;FRO=129;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=-0.00578706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4053;QD=14.6988;RBI=0.00593835;REFB=-0.0048223;REVB=-0.00133191;RO=127;SAF=50;SAR=40;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542971;STB=0.524165;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00830505;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:127:129:90:93:0.418919:40:50:64:63:43:50:64:65 chr8 90995019 . C T 254.64 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.00408869;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.686;QD=12.8932;RBI=0.00722308;REFB=-0.00315621;REVB=-0.00595446;RO=49;SAF=16;SAR=14;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224864;STB=0.627508;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00390839;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:49:49:30:30:0.379747:14:16:36:13:14:16:36:13 chr8 91031074 . G A 97.27 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0302605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7725;QD=12.5515;RBI=0.0640875;REFB=-0.0229379;REVB=-0.0564935;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356085;STB=0.711497;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0218529;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:8:11:3:9:8:11 chr8 92021036 . C A,T 746.62 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=6,42;DP=48;FAO=4,44;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=4,23;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208051,-0.0127095;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.026,105.557;QD=62.2181;RBI=0.00270813,0.0454112;REFB=0,0;REVB=0.00173362,0.0435964;RO=0;SAF=4,23;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0377062,-0.00872599;OID=.,.;OPOS=92021036,92021036;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:48:48:0:0:6,42:4,44:0.0833333,0.916667:2,19:4,23:0:0:0,21:4,23:0:0 chr8 92083424 . A G 1590.72 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.295;QD=58.9154;RBI=0.0277097;REFB=-0.0740536;REVB=-0.0196383;RO=1;SAF=77;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155558;STB=0.508195;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-7.09486e-06;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:30:77:0:1:30:77:0:1 chr8 92136728 . C T 1701.33 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442904;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.247;QD=60.7618;RBI=0.00601367;REFB=0;REVB=0.00406791;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11526e-06;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr8 92407524 . G A 427.31 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0157249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1529;QD=15.5386;RBI=0.0498511;REFB=-0.0158043;REVB=-0.047306;RO=61;SAF=25;SAR=23;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617097;STB=0.529889;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0197401;OID=.;OPOS=92407524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:62:48:48:0.436364:23:25:28:33:23:25:29:33 chr8 92409697 . G A 144.28 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0288598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1932;QD=8.61341;RBI=0.0485636;REFB=-0.0030981;REVB=-0.039058;RO=44;SAF=10;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159018;STB=0.596922;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0076504;OID=.;OPOS=92409697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:47:20:20:0.298507:10:10:28:16:10:10:30:17 chr8 92971404 . GTT G,GT 266.36 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=10,27;DP=59;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370603,-0.0665028;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=11.4892,7.62739;QD=17.7572;RBI=0.146005,0.291216;REFB=-0.000372696,-0.0033574;REVB=0.141223,0.283521;RO=12;SAF=9,16;SAR=1,11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.603069,0.146358;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000902096,0.0156718;OID=.,.;OPOS=92971405,92971405;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0166667,0.983333:10,27:59:1,59:60:0:1,30:0,29:0:0:5:12:9,16:1,11:4:8 chr8 94739345 . A G 1042.69 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018434;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.605;QD=57.9271;RBI=0.0560632;REFB=0;REVB=0.0560329;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355575;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:68:72:1:27:41:0:0:31:41:0:0 chr8 94744813 . C T 784.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4924;QD=57.078;RBI=0.120884;REFB=0;REVB=-0.0950153;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00189578;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr8 94745050 . T C 543.61 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.45;QD=58.7684;RBI=0.0228991;REFB=0;REVB=0.0134951;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211339;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:34:37:1:15:19:0:0:17:20:0:0 chr8 94745386 . G T 349.28 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0164;QD=53.7355;RBI=0.0487504;REFB=0;REVB=-0.0185531;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467973;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr8 94752754 . G A 1899.34 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.64;QD=61.2689;RBI=0.0616087;REFB=0;REVB=0.0166743;RO=0;SAF=69;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88691e-05;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:124:0:0:120:124:1:51:69:0:0:52:72:0:0 chr8 94794620 . C T 632.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.644;QD=61.6728;RBI=0.0408358;REFB=0;REVB=0.0104624;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117836;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr8 94808165 . A G 949.25 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204521;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0813;QD=55.8382;RBI=0.0249512;REFB=-0.0369237;REVB=-0.0142926;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514701;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00326784;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:0:2:66:66:0.970588:33:33:0:0:33:33:2:0 chr8 94935937 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.829;QD=59.4285;RBI=0.0348608;REFB=0;REVB=-0.0338788;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38283e-05;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr8 94936532 . G C 1188.55 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109655;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.532;QD=61.743;RBI=0.01925;REFB=0;REVB=0.0158216;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70692e-05;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr8 95143186 . C G 153.53 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0885517;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2685;QD=20.4707;RBI=0.105862;REFB=-0.0101141;REVB=0.0580118;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042887;STB=0.538414;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00788948;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:14:16:16:0.533333:7:9:8:5:7:9:9:5 chr8 95158259 . G A 731.11 PASS AF=0.470238;AO=72;DP=162;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=58;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.030039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6437;QD=17.4073;RBI=0.030039;REFB=-0.0127954;REVB=4.33851e-05;RO=86;SAF=51;SAR=21;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285019;STB=0.679676;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144103;OID=.;OPOS=95158259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:168:86:89:72:79:0.470238:21:51:37:49:21:58:37:52 chr8 95161102 . G A 363.32 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0380039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.042;QD=15.7964;RBI=0.0382415;REFB=-0.00400687;REVB=0.00425664;RO=50;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112598;STB=0.54533;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00502209;OID=.;OPOS=95161102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:50:53:39:39:0.423913:19:20:20:30:19:20:23:30 chr8 95186382 . G A 480.84 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00785119;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.411;QD=20.035;RBI=0.0202255;REFB=-0.00577166;REVB=0.0186394;RO=50;SAF=24;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458885;STB=0.53107;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00828482;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:49:47:47:0.489583:23:24:28:22:23:24:28:21 chr8 95188850 . T C 3833.76 PASS AF=0.992032;AO=249;DP=251;FAO=249;FDP=251;FR=.;FRO=2;FSAF=135;FSAR=114;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00703858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.4;QD=61.0958;RBI=0.0126813;REFB=-0.03666;REVB=0.0105486;RO=1;SAF=135;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351794;STB=0.503676;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000182451;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:251:251:1:2:249:249:0.992032:114:135:1:0:114:135:2:0 chr8 95399331 . G A 550.58 PASS AF=0.425532;AO=58;DP=140;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0318175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.051;QD=15.6194;RBI=0.0324176;REFB=-0.00888803;REVB=-0.0062088;RO=80;SAF=31;SAR=27;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356928;STB=0.532374;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0120833;OID=.;OPOS=95399331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:80:81:58:60:0.425532:27:31:40:40:27:33:40:41 chr8 95419698 . A G 862.24 PASS AF=0.518072;AO=86;DP=168;FAO=86;FDP=166;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00863023;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.284;QD=20.7769;RBI=0.00912728;REFB=-0.0117356;REVB=-0.00297094;RO=80;SAF=43;SAR=43;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879157;STB=0.548182;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0143924;OID=.;OPOS=95419698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:80:80:86:86:0.518072:43:43:48:32:43:43:48:32 chr8 95538468 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00566184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.648;QD=16.5351;RBI=0.0372089;REFB=0.00260468;REVB=0.0367756;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112459;STB=0.536545;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00493515;OID=.;OPOS=95538468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:18:18:0.439024:9:9:13:8:9:9:13:10 chr8 95538708 . G A 520.58 PASS AF=0.448;AO=55;DP=124;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0208561;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7593;QD=16.6587;RBI=0.0208562;REFB=-0.00472004;REVB=-2.54782e-05;RO=66;SAF=34;SAR=21;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147716;STB=0.582792;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00622123;OID=.;OPOS=95538708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:66:69:55:56:0.448:21:34:31:35:21:35:33:36 chr8 95541302 . A G 92.94 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0248309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7996;QD=9.53244;RBI=0.0290659;REFB=-0.02082;REVB=0.015108;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0507283;OID=.;OPOS=95541302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:18:9:4:8:18:9 chr8 95541371 . T A 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.734;QD=57.3837;RBI=0.0563584;REFB=0;REVB=0.0511333;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231193;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:14:43:0:0:14:43:0:0 chr8 95547119 . T G 39.7 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0127074;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.449;QD=10.5854;RBI=0.204095;REFB=-0.0179431;REVB=0.203699;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107451;STB=0.736367;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.028639;OID=.;OPOS=95547119;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:9:9:6:6:0.4:1:5:8:1:1:5:9:0 chr8 95559092 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.324;QD=60.5471;RBI=0.0297001;REFB=0;REVB=-0.00793876;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0602e-05;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr8 95559186 . T C 390.5 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0114823;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.351;QD=15.3138;RBI=0.0119747;REFB=-0.00292346;REVB=-0.00339863;RO=58;SAF=25;SAR=19;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186459;STB=0.510469;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00116559;OID=.;OPOS=95559186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:58:44:44:0.431373:19:25:34:24:19:25:34:24 chr8 95559715 . C T 236.06 PASS AF=0.473684;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.127345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5772;QD=16.5659;RBI=0.162497;REFB=-0.0601743;REVB=-0.100939;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453611;STB=0.514046;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0587292;OID=.;OPOS=95559715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:30:25:27:0.473684:11:14:13:10:11:16:17:13 chr8 95560323 . A C 183.64 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0348944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9051;QD=17.916;RBI=0.17189;REFB=-0.0357655;REVB=0.168311;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312462;STB=0.68638;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0453535;OID=.;OPOS=95560323;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:12:7:15:6:12:7:16:6 chr8 95560432 . A C 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00726205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.505;QD=16.4414;RBI=0.0418013;REFB=-0.00999424;REVB=0.0411657;RO=27;SAF=4;SAR=16;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560523;STB=0.819365;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0189722;OID=.;OPOS=95560432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:16:4:21:6:16:4:21:6 chr8 95560472 . T C 126.83 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00528899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.745;QD=19.5124;RBI=0.0127419;REFB=0.00302244;REVB=0.0115923;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451681;STB=0.758236;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00404693;OID=.;OPOS=95560472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:9:3:11:3:9:3 chr8 95668373 . G A 231.74 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0687894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.517;QD=19.3119;RBI=0.0742527;REFB=-0.0461551;REVB=-0.0279552;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265953;STB=0.625563;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0397788;OID=.;OPOS=95668373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:23:25:23:23:0.479167:13:10:17:6:13:10:17:8 chr8 95680229 . C T 858.18 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0756797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4519;QD=54.4879;RBI=0.0901267;REFB=0.00213028;REVB=-0.0489428;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336837;STB=0.517851;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00171343;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:27:34:0:2:27:34:0:2 chr8 95690579 . T C 1590.94 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480864;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.548;QD=64.2805;RBI=0.0660567;REFB=0;REVB=-0.04529;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91941e-05;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:41:58:0:0:41:58:0:0 chr8 95877787 . T C 2008.22 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.563;QD=62.2703;RBI=0.024405;REFB=0;REVB=0.023417;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44123e-05;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:66:63:0:0:66:63:0:0 chr8 95878574 . G A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.191;QD=35.4875;RBI=0.0429115;REFB=0.0448286;REVB=0.0396081;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029065;STB=0.516104;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0050828;OID=.;OPOS=95878574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:8:5:1:1:8:5:1:1 chr8 95888307 . C T 333.88 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.000466252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.08;QD=21.8935;RBI=0.0931736;REFB=-0.0055537;REVB=-0.0931724;RO=24;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115982;STB=0.583204;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00250844;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:27:34:34:0.557377:19:15:7:17:19:15:7:20 chr8 95918288 . C T 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0230301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.553;QD=16.4054;RBI=0.0241118;REFB=-0.0173539;REVB=0.00714105;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643113;STB=0.510441;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0213551;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:37:31:31:0.455882:12:19:18:15:12:19:22:15 chr8 95938422 . C A 354.15 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00646486;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.515;QD=24.0102;RBI=0.00725681;REFB=-0.00893098;REVB=0.0032965;RO=23;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573695;STB=0.522736;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00785008;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:23:24:35:35:0.59322:17:18:10:13:17:18:11:13 chr8 95942244 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.05515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.109;QD=18.0871;RBI=0.0564872;REFB=-0.0217053;REVB=0.0122178;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15162;STB=0.58495;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0126873;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:14:12:17:10:14:12:17:10 chr8 95951916 . GTGAC G 313.01 PASS AF=0.5;AO=30;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00856919;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=4;MLLD=264.55;QD=18.9704;RBI=0.0109581;REFB=-0.0128864;REVB=0.00682997;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258653;STB=0.620369;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0144299;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:30:67:33:66:33:16:17:24:9:99:32:13:17:23:9 chr8 96053782 . GCT G 1026.02 PASS AF=1;AO=65;DP=72;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815761;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.91;QD=59.4795;RBI=0.0156941;REFB=0;REVB=0.0134074;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000156175;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:72:69:69:0:42:27:0:0:6:0:39:26:0:0 chr8 97614625 . G A 197.32 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0235256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.307;QD=18.3549;RBI=0.0481461;REFB=-0.0242818;REVB=0.042007;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257126;STB=0.555765;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0345312;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:23:18:20:0.465116:7:11:14:8:9:11:15:8 chr8 97614661 . T A 153.7 PASS AF=0.425;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00518388;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.943;QD=15.3702;RBI=0.0225232;REFB=-0.0173581;REVB=-0.0219186;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570906;STB=0.563723;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0113139;OID=.;OPOS=97614661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:15:17:0.425:7:8:11:12:7:10:11:12 chr8 97847358 . G T 593.63 PASS AF=0.584158;AO=55;DP=91;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0350483;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.4517;QD=23.51;RBI=0.0425654;REFB=-0.018284;REVB=-0.0241543;RO=36;SAF=27;SAR=28;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539897;STB=0.520477;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.011815;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:101:36:42:55:59:0.584158:28:27:15:21:28:31:20:22 chr8 97892059 . C T 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0309189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.4;QD=22.3962;RBI=0.0312944;REFB=-0.00800941;REVB=0.00483293;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216381;STB=0.620596;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0115973;OID=.;OPOS=97892059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:11:14:7:16:11:14:7:16 chr8 98289986 . C T 546.23 PASS AF=0.471545;AO=57;DP=126;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00134729;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.546;QD=17.7635;RBI=0.00147528;REFB=-0.0263033;REVB=0.000601044;RO=60;SAF=30;SAR=27;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651918;STB=0.518491;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0230182;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:60:65:57:58:0.471545:27:30:32:28:27:31:37:28 chr8 98787994 . A G 164.34 PASS AF=0.375;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0394504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3312;QD=13.6953;RBI=0.0471413;REFB=-0.0187875;REVB=-0.0258063;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12494;STB=0.583252;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0225351;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:28:30:18:18:0.375:15:3:3:25:15:3:3:27 chr8 98827531 . G A 105.58 PASS AF=0.52381;AO=7;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0120013;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.615;QD=20.1102;RBI=0.023376;REFB=-0.00100492;REVB=0.0200601;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439266;STB=0.607293;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00430851;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:21:9:9:7:11:0.52381:2:5:2:7:6:5:2:7 chr8 98943446 . T C 835.37 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100112;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.186;QD=56.6351;RBI=0.0192656;REFB=0;REVB=-0.0164602;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125892;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:30:27:0:0:31:28:0:0 chr8 98954012 . T C 958.6 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227336;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8611;QD=58.9909;RBI=0.0380309;REFB=0;REVB=-0.0304883;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380361;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr8 98991220 . T TG 825.51 PASS AF=1;AO=16;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467878;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.882;QD=55.967;RBI=0.0509547;REFB=0;REVB=0.0201811;RO=44;SAF=2;SAR=14;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000109984;OID=.;OPOS=98991221;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:61:59:59:0:12:47:0:0:5:44:2:14:11:33 chr8 98991221 . A G 483.98 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.000879954;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=100.538;QD=32.2655;RBI=0.0427156;REFB=-0.105315;REVB=0.0427066;RO=17;SAF=11;SAR=32;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100509;STB=0.554103;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00585979;OID=.;OPOS=98991221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:32:11:2:15:32:11:2:15 chr8 99006736 . C T 381.81 PASS AF=0.452632;AO=39;DP=91;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0250539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7978;QD=16.0761;RBI=0.0340447;REFB=-0.0076994;REVB=-0.023051;RO=50;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726944;STB=0.552917;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00857938;OID=.;OPOS=99006736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:50:52:39:43:0.452632:19:20:22:28:19:24:24:28 chr8 99006748 . C T 515.67 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=102;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0128372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.66;QD=20.0258;RBI=0.0327147;REFB=-0.0028331;REVB=-0.0300908;RO=49;SAF=29;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113377;STB=0.561239;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00262179;OID=.;OPOS=99006748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:49:50:52:53:0.514563:23:29:21:28:23:30:22:28 chr8 99030280 . T C 1656.95 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0441;QD=59.1768;RBI=0.0762776;REFB=-0.085224;REVB=0.0756233;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113927;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:109:112:0:0:108:112:1:50:58:0:0:54:58:0:0 chr8 99045978 . A C 189.1 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00639169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6594;QD=13.0417;RBI=0.0137287;REFB=-0.00259012;REVB=0.01215;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112064;STB=0.564648;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00512329;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:7:16:21:14:7:16:21:14 chr8 99115144 . A G 525.32 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00762918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.455;QD=24.1526;RBI=0.00973618;REFB=-0.0242778;REVB=-0.00604886;RO=37;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161058;STB=0.593073;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0203849;OID=.;OPOS=99115144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:38:49:49:0.563218:26:23:25:12:26:23:26:12 chr8 99205612 . C T 639.35 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-5.58738e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.341;QD=17.2798;RBI=0.00951075;REFB=-0.0119542;REVB=-0.00951058;RO=81;SAF=38;SAR=28;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327699;STB=0.522058;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0104546;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:81:82:66:66:0.445946:28:38:44:37:28:38:44:38 chr8 99441904 . G T 1254.72 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.494;QD=60.4682;RBI=0.0141203;REFB=0;REVB=0.0131103;RO=1;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19985e-05;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:1:0:77:83:1:26:51:0:1:30:53:0:0 chr8 100133706 . T G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00548466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.165;QD=11.8412;RBI=0.00633804;REFB=-0.0164603;REVB=0.00317637;RO=39;SAF=2;SAR=20;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412296;STB=0.680086;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0376761;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:20:2:12:27:20:3:12:27 chr8 100396454 . G A 232.04 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.023324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1021;QD=14.7329;RBI=0.0590768;REFB=-0.0168824;REVB=-0.0542776;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419193;STB=0.534857;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0205654;OID=.;OPOS=100396454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:18:9:13:22:18:9:14:22 chr8 100975002 . A G 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.091;QD=50.4023;RBI=0.0202259;REFB=0;REVB=0.0199194;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71681e-05;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr8 100977644 . T C 291.3 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0221653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8235;QD=14.5652;RBI=0.03134;REFB=-0.0236391;REVB=0.0221561;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028375;STB=0.506325;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0362664;OID=.;OPOS=100977644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:13:20:28:18:13:20:28:19 chr8 101153024 . G A 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.742;QD=62.9071;RBI=0.0277307;REFB=0;REVB=-0.0200219;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19578e-07;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:35:55:0:0:35:55:0:0 chr8 101252680 . T C,G 1078.86 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=66,3;DP=69;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42,2;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377382,-0.000454075;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.539,205.849;QD=59.1157;RBI=0.0587535,0.0304028;REFB=0,0;REVB=0.0450312,0.0303994;RO=0;SAF=42,2;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.1333e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00122887,0.0442367;OID=.,.;OPOS=101252680,101252680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:69:73:0:0:66,3:70,3:0.958904,0.0410959:24,1:42,2:0:0:28,1:42,2:0:0 chr8 101253184 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.036;QD=60.5472;RBI=0.0166481;REFB=0;REVB=0.0163553;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00892e-05;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:23:52:0:0:23:52:0:0 chr8 101300215 . CT C 47.33 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.182078;FXX=0.0338926;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.15664;QD=3.32138;RBI=0.218719;REFB=-0.106214;REVB=0.121183;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275495;STB=0.639219;STBP=0.159;TYPE=del;VARB=0.108698;OID=.;OPOS=101300216;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877:20:59:20:57:37:9:11:9:28:47:30:9:11:6:24 chr8 101648164 . C G 723.87 PASS AF=0.530303;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0391577;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3274;QD=21.9356;RBI=0.0405912;REFB=0.00472154;REVB=0.010692;RO=62;SAF=34;SAR=36;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122471;STB=0.567094;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00368472;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:62:62:70:70:0.530303:36:34:39:23:36:34:39:23 chr8 101670026 . G T 113.08 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0316442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3532;QD=17.3974;RBI=0.0439932;REFB=0.00155353;REVB=0.0305622;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086373;OID=.;OPOS=101670026;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:2:11:11:2:2:11 chr8 101718932 . C G 35.34 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00548827;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6689;QD=2.35595;RBI=0.0525918;REFB=-0.00617015;REVB=-0.0523047;RO=53;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399386;STB=0.809833;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.025404;OID=.;OPOS=101718932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:61:60:53:53:7:7:0.116667:1:6:29:24:1:6:29:24 chr8 101718965 . G A 55.36 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00854143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.485;QD=3.51508;RBI=0.020901;REFB=-0.000917412;REVB=-0.0190761;RO=53;SAF=9;SAR=1;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514378;STB=0.86265;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0118671;OID=.;OPOS=101718965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:1:9:28:25:1:9:28:25 chr8 101718968 . C T 54.93 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0253095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6292;QD=3.48774;RBI=0.0260624;REFB=-0.00106181;REVB=-0.00621932;RO=53;SAF=9;SAR=1;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514378;STB=0.86265;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00672155;OID=.;OPOS=101718968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:63:63:53:53:10:10:0.15873:1:9:28:25:1:9:28:25 chr8 101718987 . G A 47.24 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0141037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.287;QD=2.95232;RBI=0.0273038;REFB=0.00242845;REVB=-0.0233791;RO=55;SAF=8;SAR=1;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471396;STB=0.844662;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0385851;OID=.;OPOS=101718987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:1:8:30:25:1:8:30:25 chr8 101719004 . G A 31.95 PASS AF=0.112903;AO=6;DP=61;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0149847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.87;QD=2.06137;RBI=0.0149922;REFB=-0.00846456;REVB=0.000472315;RO=54;SAF=5;SAR=1;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342281;STB=0.801177;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.115516;OID=.;OPOS=101719004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:61:62:54:55:6:7:0.112903:1:5:30:24:1:6:31:24 chr8 101721709 . T A 38.48 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=-0.017456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.073;QD=1.06883;RBI=0.0219408;REFB=-0.00241071;REVB=-0.0132923;RO=129;SAF=6;SAR=6;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442692;STB=0.506933;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0911051;OID=.;OPOS=101721709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:144:144:129:132:12:12:0.0833333:6:6:65:64:6:6:65:67 chr8 101721727 . G A 58.35 PASS AF=0.0987654;AO=16;DP=160;FAO=16;FDP=162;FR=.;FRO=146;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=0.015315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.501;QD=1.44069;RBI=0.0171022;REFB=-0.00263732;REVB=-0.00761165;RO=144;SAF=9;SAR=7;SRF=73;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665701;STB=0.556344;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0251094;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:160:162:144:146:16:16:0.0987654:7:9:73:71:7:9:73:73 chr8 101721756 . A C 115.76 PASS AF=0.13198;AO=26;DP=198;FAO=26;FDP=197;FR=.;FRO=171;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=97;FWDB=-0.0149639;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.075;QD=2.35035;RBI=0.0323816;REFB=-0.00524117;REVB=-0.0287168;RO=171;SAF=18;SAR=8;SRF=74;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321943;STB=0.719562;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0401081;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:171:171:26:26:0.13198:8:18:74:97:8:18:74:97 chr8 101721812 . G A 184.4 PASS AF=0.161572;AO=37;DP=229;FAO=37;FDP=229;FR=.;FRO=192;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=85;FSRR=107;FWDB=-0.00830613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.431;QD=3.22102;RBI=0.0299226;REFB=-0.00718593;REVB=0.0287467;RO=191;SAF=25;SAR=12;SRF=84;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300064;STB=0.692563;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.021485;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:191:192:37:37:0.161572:12:25:84:107:12:25:85:107 chr8 101721817 . T C 189.9 PASS AF=0.16309;AO=38;DP=233;FAO=38;FDP=233;FR=.;FRO=195;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=86;FSRR=109;FWDB=0.0415599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2964;QD=3.26008;RBI=0.0434437;REFB=0.00532333;REVB=-0.0126542;RO=195;SAF=26;SAR=12;SRF=86;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309761;STB=0.700564;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0270222;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:195:195:38:38:0.16309:12:26:86:109:12:26:86:109 chr8 101721839 . C A 167.8 PASS AF=0.152838;AO=35;DP=229;FAO=35;FDP=229;FR=.;FRO=194;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=92;FSRR=102;FWDB=-0.0140202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.279;QD=2.93096;RBI=0.0141394;REFB=-0.00532526;REVB=-0.00183214;RO=192;SAF=23;SAR=12;SRF=91;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235321;STB=0.655084;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.025932;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:192:194:35:35:0.152838:12:23:91:101:12:23:92:102 chr8 101721870 . G A 99.74 PASS AF=0.120603;AO=23;DP=198;FAO=24;FDP=199;FR=.;FRO=175;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=93;FWDB=-0.00333816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.218;QD=2.00476;RBI=0.0166334;REFB=-0.000623844;REVB=-0.016295;RO=173;SAF=11;SAR=12;SRF=80;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197154;STB=0.527615;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00536401;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:173:175:23:24:0.120603:12:11:80:93:12:12:82:93 chr8 101721899 . C A 55.23 PASS AF=0.0894737;AO=17;DP=190;FAO=17;FDP=190;FR=.;FRO=173;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=81;FSRR=92;FWDB=0.00166358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6731;QD=1.1628;RBI=0.0408301;REFB=0.00107354;REVB=-0.0407962;RO=169;SAF=11;SAR=6;SRF=80;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203425;STB=0.661162;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0162095;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:190:190:169:173:17:17:0.0894737:6:11:80:89:6:11:81:92 chr8 101752155 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.209;QD=58.9614;RBI=0.048248;REFB=0;REVB=-0.0480449;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011181;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr8 101970394 . T C 226.41 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0306813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.797;QD=19.6874;RBI=0.0345132;REFB=-0.016751;REVB=-0.0158057;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207967;STB=0.60976;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0175107;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:16:6:11:12:16:6:11:13 chr8 102150294 . C T 458.71 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0201158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8812;QD=16.9892;RBI=0.0283404;REFB=-0.0214049;REVB=0.0199632;RO=57;SAF=30;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055216;STB=0.526707;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0244272;OID=.;OPOS=102150294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:58:50:50:0.462963:20:30:31:26:20:30:32:26 chr8 102150411 . G A 460.49 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00228483;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.286;QD=18.0583;RBI=0.00537271;REFB=-0.00637914;REVB=-0.00486267;RO=52;SAF=19;SAR=30;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410958;STB=0.53726;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0068863;OID=.;OPOS=102150411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:53:49:49:0.480392:30:19:18:34:30:19:17:36 chr8 102209357 . A T 1293.21 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.093;QD=60.8567;RBI=0.0213356;REFB=-0.0768135;REVB=-0.0161699;RO=1;SAF=33;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131589;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:85:1:0:84:85:1:51:33:1:0:51:34:0:0 chr8 102504974 . C G 600.59 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000224017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.354;QD=58.5944;RBI=0.0269078;REFB=-0.0528849;REVB=0.0269068;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000151893;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:1:0:22:18:1:0 chr8 102555060 . G A 153.74 PASS AF=0.377778;AO=14;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.099026;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.521;QD=13.6662;RBI=0.0993438;REFB=-0.0101213;REVB=-0.00793894;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404825;STB=0.533294;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0274899;OID=.;OPOS=102555060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:28:14:17:0.377778:10:4:7:15:10:7:13:15 chr8 102679544 . G C 306.77 PASS AF=0.44;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.024993;FXX=0.0740649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6523;QD=16.3611;RBI=0.0261709;REFB=-0.00983451;REVB=0.00776331;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157323;STB=0.598804;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0146537;OID=.;OPOS=102679544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:75:40:42:33:33:0.44:16:17:27:13:16:17:29:13 chr8 103137693 . T C 4869.91 PASS AF=0.984615;AO=305;DP=313;FAO=320;FDP=325;FR=.;FRO=5;FSAF=174;FSAR=146;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0621642;FXX=0.00306739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4564;QD=59.9373;RBI=0.0623347;REFB=-0.031635;REVB=0.00460741;RO=5;SAF=171;SAR=134;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122826;STB=0.500872;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00639376;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:313:325:5:5:305:320:0.984615:134:171:3:2:146:174:3:2 chr8 103572992 . C G 582.92 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00663638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.197;QD=54.2254;RBI=0.00725519;REFB=-0.183098;REVB=-0.00293192;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.533317;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00384841;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:0:3:40:40:0.930233:19:21:0:0:19:21:3:0 chr8 103573001 . C G 533.28 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0186938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.14;QD=49.6072;RBI=0.0378954;REFB=-0.230286;REVB=0.0329636;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.555527;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00627084;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:0:5:38:38:0.883721:18:20:0:0:18:20:5:0 chr8 103573006 . G A,C 599.3 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673397,-0.089748;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.177,90.4112;QD=59.9298;RBI=0.0181089,0.0901146;REFB=0,0;REVB=0.0168103,0.00811986;RO=0;SAF=22,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00391472,0.0773397;OID=.,.;OPOS=103573006,103573006;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:16,1:22,1:0:0:16,1:22,1:0:0 chr8 103661539 . T C 100.75 PASS AF=0.48;AO=8;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00240517;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=250.896;QD=16.1192;RBI=0.0122343;REFB=-0.00674722;REVB=0.0119955;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38401;STB=0.679738;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00538104;OID=.;OPOS=103661539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:13:8:12:0.48:4:4:9:1:6:6:11:2 chr8 104312341 . A G 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.00835168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.105;QD=16.8919;RBI=0.0109758;REFB=-0.0114305;REVB=0.0071216;RO=45;SAF=30;SAR=7;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141737;STB=0.580224;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0149868;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:7:30:32:13:7:30:32:13 chr8 104337096 . A G 463.83 PASS AF=0.419355;AO=50;DP=122;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.00730923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.07;QD=14.9623;RBI=0.0102633;REFB=-0.00892879;REVB=-0.00720497;RO=70;SAF=32;SAR=18;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127985;STB=0.509533;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00804911;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:70:72:50:52:0.419355:18:32:44:26:18:34:46:26 chr8 104337367 . A C 108.55 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0115191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5249;QD=13.5683;RBI=0.0458359;REFB=-0.0211251;REVB=-0.0443649;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252173;STB=0.615207;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0464605;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:19:13:13:0.40625:8:5:11:6:8:5:11:8 chr8 104343686 . G A 659.31 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0717378;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5261;QD=19.6808;RBI=0.0720004;REFB=0.00512542;REVB=-0.00614353;RO=68;SAF=37;SAR=29;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816409;STB=0.544998;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00750763;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:68:68:66:66:0.492537:29:37:44:24:29:37:44:24 chr8 104343822 . A G,T 941.35 PASS AF=0.953846,0.0461538;AO=62,3;DP=65;FAO=62,3;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824626,-0.000885832;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.538,102.144;QD=57.9292;RBI=0.016574,0.0189541;REFB=0,0;REVB=-0.0143769,-0.0189334;RO=0;SAF=24,2;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00372283,0.0267003;OID=.,.;OPOS=104343822,104343822;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:65:0:0:62,3:62,3:0.953846,0.0461538:38,1:24,2:0:0:38,1:24,2:0:0 chr8 104394744 . T C 3430.81 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3113;QD=62.3783;RBI=0.0888934;REFB=0;REVB=0.0834958;RO=0;SAF=119;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219647;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:219:220:1:100:119:0:0:101:119:0:0 chr8 104924317 . C T 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0437572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.225;QD=18.008;RBI=0.0457378;REFB=-0.000148926;REVB=-0.0133136;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124094;STB=0.500693;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-8.43981e-05;OID=.;OPOS=104924317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:20:21:19:18:20:21 chr8 105261725 . G A 1690.24 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9229;QD=60.3656;RBI=0.0479397;REFB=0;REVB=-0.0251791;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305733;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:54:57:0:0:55:57:0:0 chr8 105263979 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.776;QD=54.7457;RBI=0.0252816;REFB=-0.0392498;REVB=0.00458123;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000605981;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:27:25:1:0:27:26:1:0 chr8 105478933 . G A 421.4 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.0738324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0065;QD=13.4846;RBI=0.0832754;REFB=-0.0123584;REVB=0.0385171;RO=74;SAF=26;SAR=23;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980845;STB=0.562062;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0189529;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:76:49:49:0.392:23:26:46:28:23:26:48:28 chr8 105479149 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.122;QD=33.4285;RBI=0.0740824;REFB=0;REVB=0.0459545;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234216;OID=.;OPOS=105479149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr8 106815994 . GGTTAT G 130.16 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00520873;FXX=0.166645;HRUN=2;LEN=5;MLLD=296.952;QD=8.00987;RBI=0.0486642;REFB=-0.00326312;REVB=0.0483847;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980956;STB=0.507036;STBP=0.948;TYPE=del;VARB=0.00480475;OID=.;OPOS=106815995;OREF=GTTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353846:23:74:23:65:42:14:9:26:16:99:33:14:9:23:10 chr8 107754473 . G A 1588.19 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3418;QD=58.282;RBI=0.0156654;REFB=0;REVB=0.0153758;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00850041;OID=.;OPOS=107754473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:104:109:1:50:54:0:0:55:54:0:0 chr8 107764454 . GTG GG,GT,GTAG 1058.76 PASS AF=0.961039,0,0.038961;AO=3,3,2;DP=9;FAO=74,0,3;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0,1;FSAR=27,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382562,-0.00479587,-0.0175063;FXX=0;HRUN=1,1,0;LEN=1,1,1;MLLD=171.331,160.902,54.5175;QD=55.0006;RBI=0.123794,0.0828856,0.0252326;REFB=0,0,0;REVB=0.117735,0.0827468,-0.0181718;RO=0;SAF=2,2,0;SAR=1,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.0116382,0,0.0153024;OID=.,.,.;OPOS=107764455,107764456,107764456;OREF=T,G,-;OALT=-,-,A;OMAPALT=GG,GT,GTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.961039,0,0.038961:3,3,2:9:74,0,3:77:0:47,0,1:27,0,2:0:0:7:0:2,2,0:1,1,2:0:0 chr8 108970367 . A G 2331.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.92;QD=63.8872;RBI=0.00865995;REFB=0;REVB=-0.0056627;RO=0;SAF=94;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54995e-06;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:52:94:0:0:52:94:0:0 chr8 109009180 . G A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0395952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.262;QD=14.3992;RBI=0.044663;REFB=-0.0189487;REVB=-0.0206639;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162603;STB=0.592946;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0330807;OID=.;OPOS=109009180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:17:8:16:18:17:8:16:18 chr8 110255492 . CAAAAAAT CAAAA,CAAAAA,CAAAAAT,CAAAAATT 222.43 PASS AF=0.0612245,0.428571,0.244898,0;AO=7,16,8,5;DP=56;FAO=3,21,12,0;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=0,4,6,0;FSAR=3,17,6,0;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00996441,0.0557701,-0.0576622,-0.110372;FXX=0.124978;HRUN=6,6,6,6;LEN=3,2,1,1;MLLD=22.5689,16.9024,10.0441,7.2398;QD=18.1577;RBI=0.0336106,0.110106,0.062764,0.163707;REFB=-0.0736637,-0.0782233,-0.194045,-0.130791;REVB=-0.0320996,-0.0949366,0.024787,0.120905;RO=13;SAF=0,0,6,4;SAR=7,16,2,1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.711844,-0.809782,0.501662,0.57433;STB=0.9946,0.524205,0.639785,0.5;STBP=0.261,0.81,0.209,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.00802734,0.0216174,0.214392,0;OID=.,.,.,.;OPOS=110255497,110255498,110255493,110255498;OREF=AAT,AT,A,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAA,CAAAAAT,CAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0612245,0.428571,0.244898,0:7,16,8,5:56:3,21,12,0:49:13:0,4,6,0:3,17,6,0:3:10:66:13:0,0,6,4:7,16,2,1:3:10 chr8 110412519 . G A 514.61 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0387227;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7812;QD=18.8848;RBI=0.0387234;REFB=0.0134538;REVB=0.000232488;RO=55;SAF=16;SAR=38;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894392;STB=0.549629;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0140543;OID=.;OPOS=110412519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:55:55:54:54:0.495413:38:16:21:34:38:16:21:34 chr8 110413762 . T C 488.68 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=0.00246432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.187;QD=15.3916;RBI=0.017816;REFB=-0.00427683;REVB=-0.0176447;RO=70;SAF=36;SAR=18;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541504;STB=0.50588;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00695579;OID=.;OPOS=110413762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:73:54:54:0.425197:18:36:47:23:18:36:48:25 chr8 110416813 . C T 466.48 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0378371;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.083;QD=16.66;RBI=0.0484444;REFB=-0.0193546;REVB=-0.0302525;RO=61;SAF=33;SAR=18;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822016;STB=0.504585;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0217646;OID=.;OPOS=110416813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:18:33:39:22:18:33:39:22 chr8 110420384 . T C 503.95 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00041944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.522;QD=17.5286;RBI=0.0120588;REFB=-0.014018;REVB=0.0120515;RO=61;SAF=32;SAR=21;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201563;STB=0.615194;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0147874;OID=.;OPOS=110420384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:53:54:0.469565:21:32:24:37:21:33:24:37 chr8 110420429 . A G 409.87 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0878973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2331;QD=18.2166;RBI=0.0899695;REFB=-0.0218837;REVB=-0.0191982;RO=48;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773408;STB=0.543111;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0249731;OID=.;OPOS=110420429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:22:20:19:29:22:20:19:29 chr8 110437384 . A G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0139191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.296;QD=13.7002;RBI=0.0364112;REFB=-0.0211132;REVB=0.0336457;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127822;STB=0.573694;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.019418;OID=.;OPOS=110437384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:6:12:23:7:6:12:23:7 chr8 110439252 . C A 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0153846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.297;QD=24.0851;RBI=0.016944;REFB=-0.00523179;REVB=0.00710014;RO=23;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910594;STB=0.549971;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00308984;OID=.;OPOS=110439252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:16:18:15:8:16:18:15:8 chr8 110455321 . C A 764.91 PASS AF=0.427083;AO=82;DP=191;FAO=82;FDP=192;FR=.;FRO=110;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=0.00824016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4983;QD=15.9356;RBI=0.0239644;REFB=-0.0240964;REVB=-0.0225032;RO=108;SAF=44;SAR=38;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140438;STB=0.577759;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0275918;OID=.;OPOS=110455321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:108:110:82:82:0.427083:38:44:43:65:38:44:44:66 chr8 110460488 . G T 831.32 PASS AF=0.532051;AO=83;DP=156;FAO=83;FDP=156;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.000370755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3853;QD=21.3158;RBI=0.0162685;REFB=-0.0196293;REVB=0.0162643;RO=72;SAF=42;SAR=41;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657086;STB=0.53246;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.017966;OID=.;OPOS=110460488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:72:73:83:83:0.532051:41:42:42:30:41:42:42:31 chr8 110465060 . G C 763.41 PASS AF=0.625;AO=71;DP=113;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.000722704;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.062;QD=27.2646;RBI=0.013168;REFB=-0.0135357;REVB=-0.0131482;RO=42;SAF=27;SAR=44;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166089;STB=0.588559;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00993248;OID=.;OPOS=110465060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:42:42:71:70:0.625:44:27:26:16:43:27:26:16 chr8 110476993 . A G 424.45 PASS AF=0.56;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0290798;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7645;QD=22.6372;RBI=0.0298393;REFB=-0.0226829;REVB=-0.00668949;RO=33;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419617;STB=0.527711;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0201545;OID=.;OPOS=110476993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:33:41:42:0.56:22:19:17:16:23:19:17:16 chr8 110656396 . G T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.016801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.018;QD=8.69805;RBI=0.0186329;REFB=-0.0027987;REVB=-0.00805657;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439136;STB=0.76852;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00550682;OID=.;OPOS=110656396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:10:4:5:2:10:4 chr8 110657355 . T G 393.82 PASS AF=0.465909;AO=36;DP=83;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.000768379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.726;QD=17.9007;RBI=0.0165986;REFB=-0.0203413;REVB=0.0165808;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349825;STB=0.511921;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.020612;OID=.;OPOS=110657355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:45:47:36:41:0.465909:14:22:29:16:14:27:30:17 chr8 110657391 . G C 330.64 PASS AF=0.381443;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00380063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.211;QD=13.6347;RBI=0.00675448;REFB=-0.0100518;REVB=0.00558375;RO=57;SAF=22;SAR=14;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553696;STB=0.524855;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0102631;OID=.;OPOS=110657391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:57:60:36:37:0.381443:14:22:32:25:14:23:35:25 chr8 110657514 . GT AC,AT,CT 758.0 PASS AF=0,0.96,0.02;AO=2,39,2;DP=50;FAO=0,48,1;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27,1;FSAR=0,21,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00489634,0.0236987,-0.00351911;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=128.208,173.494,30.2142;QD=60.64;RBI=0.0202145,0.036207,0.0254699;REFB=-0.0959086,-0.0758171,-0.0705601;REVB=0.0196125,0.0273737,-0.0252256;RO=0;SAF=2,18,2;SAR=0,21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.34792e-08,0;STB=0.5,0.509087,0.5;STBP=1,0.511,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0,0.000389912,0.132642;OID=.,.,.;OPOS=110657514,110657514,110657514;OREF=GT,G,G;OALT=AC,A,C;OMAPALT=AC,AT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:6:50:50:0:1:2,39,2:0,48,1:0,0.96,0.02:0,21,0:2,18,2:0:0:0,21,0:0,27,1:1:0 chr8 111946844 . G C 996.55 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9992;QD=58.6205;RBI=0.0151028;REFB=0;REVB=0.0146222;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276493;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:26:41:0:0:26:42:0:0 chr8 113241088 . T G 1176.05 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.084;QD=59.5471;RBI=0.0352613;REFB=0.014629;REVB=0.0232334;RO=1;SAF=50;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937386;STB=0.504949;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-3.17719e-05;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:28:50:1:0:28:50:1:0 chr8 113516209 . G A 586.99 PASS AF=0.349398;AO=24;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00614454;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.486;QD=28.2888;RBI=0.0143656;REFB=-0.0175767;REVB=0.0129852;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411944;STB=0.623138;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0165098;OID=.;OPOS=113516209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:21:29:24:29:0.349398:17:7:7:14:22:7:13:16 chr8 113655752 . T C 1898.63 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0129033;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8129;QD=59.7993;RBI=0.0200218;REFB=-0.15494;REVB=-0.0153093;RO=2;SAF=74;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018622;STB=0.509614;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000699287;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:127:2:2:124:125:0.984252:50:74:0:2:51:74:0:2 chr8 114186003 . T C 585.1 PASS AF=0.425806;AO=63;DP=152;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.00233964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.284;QD=15.0994;RBI=0.0128802;REFB=-0.0125151;REVB=0.0126659;RO=89;SAF=36;SAR=27;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257585;STB=0.529123;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.017093;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:89:89:63:66:0.425806:27:36:53:36:30:36:53:36 chr8 116423424 . T C 781.29 PASS AF=0.880597;AO=59;DP=68;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0191138;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.706;QD=46.6439;RBI=0.0275973;REFB=-0.0594734;REVB=0.0199066;RO=7;SAF=37;SAR=22;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100268;STB=0.562053;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000482933;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:68:67:7:8:59:59:0.880597:22:37:1:6:22:37:1:7 chr8 116423490 . A T 993.9 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093235;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.345;QD=59.337;RBI=0.049377;REFB=0;REVB=0.0484888;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90653e-05;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr8 116424270 . A AAC,AC,C 747.72 PASS AF=0,1,0;AO=8,30,16;DP=54;FAO=0,48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,0;FSAR=0,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667917,-0.0199083,-0.0293383;FXX=0;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=286.084,290.355,285.529;QD=62.3101;RBI=0.00680001,0.0199095,0.0293593;REFB=0,0,0;REVB=-0.00127625,-0.000220856,0.00111129;RO=0;SAF=1,15,10;SAR=7,15,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00402637,0.000168644,-0.0200973;OID=.,.,.;OPOS=116424271,116424271,116424270;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:54:48:0:0:8,30,16:0,48,0:0,1,0:7,15,6:1,15,10:0:0:0,25,0:0,23,0:0:0 chr8 116631902 . C A 175.25 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0227512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.568;QD=10.3088;RBI=0.028474;REFB=-0.0178992;REVB=-0.0171216;RO=44;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111391;STB=0.507036;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0307792;OID=.;OPOS=116631902;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:45:23:23:0.338235:12:11:21:23:12:11:22:23 chr8 116635872 . T TA 212.27 PASS AF=0.356522;AO=39;DP=117;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00524145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.82;QD=7.38336;RBI=0.019116;REFB=0.0161427;REVB=-0.0183833;RO=76;SAF=26;SAR=13;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168301;STB=0.597296;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=-0.0295978;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356522:39:117:41:115:74:27:14:38:36:99:76:26:13:40:36 chr8 117035009 . C T 624.46 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.00448866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.322;QD=16.8772;RBI=0.0076042;REFB=-0.0172886;REVB=-0.00613807;RO=83;SAF=35;SAR=30;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188608;STB=0.604907;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0178078;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:83:83:65:65:0.439189:30:35:29:54:30:35:29:54 chr8 117791733 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.173;QD=57.1764;RBI=0.0279415;REFB=0;REVB=0.0214075;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138198;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr8 117858350 . G A 369.53 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00281531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.525;QD=13.0806;RBI=0.00564133;REFB=-0.00111202;REVB=0.00488862;RO=68;SAF=16;SAR=28;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134542;STB=0.581358;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00162254;OID=.;OPOS=117858350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:68:69:44:44:0.389381:28:16:33:35:28:16:34:35 chr8 117858389 . G A 1749.17 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.59893e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.712;QD=60.8409;RBI=0.0188111;REFB=0;REVB=-0.018811;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59842e-05;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chr8 117858445 . A T 372.3 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0447253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.979;QD=13.4161;RBI=0.044876;REFB=-0.0231118;REVB=0.00367469;RO=67;SAF=20;SAR=24;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406313;STB=0.523016;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0314698;OID=.;OPOS=117858445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:24:20:33:34:24:20:33:34 chr8 117887130 . T C 106.61 PASS AF=0.4;AO=7;DP=31;FAO=14;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0289228;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.099;QD=12.1836;RBI=0.0379538;REFB=-0.00246581;REVB=0.0245756;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11206;STB=0.706142;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0585243;OID=.;OPOS=117887130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:35:15:18:7:14:0.4:6:1:3:12:13:1:4:14 chr8 118030465 . C G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0595083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7461;QD=11.4396;RBI=0.0595589;REFB=0.00878137;REVB=-0.00245533;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868934;STB=0.552509;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0205296;OID=.;OPOS=118030465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:10:4:2:7:10:4 chr8 118184783 . C T 376.39 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.0217426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.195;QD=16.3646;RBI=0.0241962;REFB=-0.0198572;REVB=0.0106168;RO=51;SAF=30;SAR=9;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084762;STB=0.528155;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0239215;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:39:40:0.434783:9:30:36:15:10:30:37:15 chr8 118819578 . C T 362.22 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0340105;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.958;QD=20.9981;RBI=0.0347172;REFB=-0.0105132;REVB=0.00696927;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242496;STB=0.639741;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00894172;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:33:32:34:37:0.536232:19:15:6:27:19:18:6:26 chr8 119202440 . TC CT,T 61.08 PASS AF=0,0.271429;AO=3,22;DP=70;FAO=0,19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=0,16;FSAR=0,3;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.0194054,-0.124669;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=29.3575,15.6668;QD=3.49005;RBI=0.0205156,0.130952;REFB=-0.0175767,-0.0450783;REVB=0.00665733,-0.0400773;RO=42;SAF=3,16;SAR=0,6;SRF=5;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0.642857;SSSB=0.74818,0.611688;STB=0.5,0.894328;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0621212;OID=.,.;OPOS=119202440,119202441;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:70:70:42:51:3,22:0,19:0,0.271429:0,6:3,16:5:37:0,3:0,16:11:40 chr8 119206468 . G A 211.9 PASS AF=0.456522;AO=10;DP=44;FAO=21;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0134196;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.459;QD=18.4263;RBI=0.0145568;REFB=-0.0216026;REVB=-0.00564048;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308755;STB=0.584532;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.031392;OID=.;OPOS=119206468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:15:25:10:21:0.456522:5:5:3:12:7:14:13:12 chr8 119207071 . G T 603.56 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.00216337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.62;QD=20.4598;RBI=0.00222316;REFB=-0.00552929;REVB=0.000512161;RO=56;SAF=33;SAR=28;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106072;STB=0.55303;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00471533;OID=.;OPOS=119207071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:57:61:61:0.516949:28:33:37:19:28:33:37:20 chr8 119207140 . A G 873.7 PASS AF=0.540881;AO=86;DP=159;FAO=86;FDP=159;FR=.;FRO=73;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0133806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.48;QD=21.9799;RBI=0.0347055;REFB=-0.00828756;REVB=0.0320224;RO=71;SAF=49;SAR=37;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538808;STB=0.503799;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00862485;OID=.;OPOS=119207140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:71:73:86:86:0.540881:37:49:40:31:37:49:41:32 chr8 119209523 . T C 621.14 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=0.0255512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.407;QD=22.7943;RBI=0.0255656;REFB=-0.00797471;REVB=-0.000858888;RO=48;SAF=33;SAR=28;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243867;STB=0.632386;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00342736;OID=.;OPOS=119209523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:28:33:40:8:28:33:40:8 chr8 119391791 . T C 497.99 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0419953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5929;QD=16.8811;RBI=0.0789166;REFB=-0.00431317;REVB=0.0668149;RO=64;SAF=27;SAR=27;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913524;STB=0.550829;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00461957;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:27:27:38:26:27:27:38:26 chr8 119964052 . G C 5000.33 PASS AF=1;AO=316;DP=317;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867652;FXX=0.0062498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.11;QD=62.8972;RBI=0.0252263;REFB=0;REVB=0.0236872;RO=0;SAF=169;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228217;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:317:318:0:0:316:318:1:147:169:0:0:147:171:0:0 chr8 120435950 . G A 282.13 PASS AF=0.327434;AO=38;DP=112;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00953377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0446;QD=9.98696;RBI=0.0221929;REFB=0.00393736;REVB=-0.0200408;RO=67;SAF=17;SAR=21;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083545;STB=0.562407;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0149069;OID=.;OPOS=120435950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:67:76:38:37:0.327434:21:17:35:32:20:17:42:34 chr8 120575184 . G A 434.86 PASS AF=0.357895;AO=26;DP=97;FAO=34;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0277772;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8336;QD=18.3097;RBI=0.0901685;REFB=0.00655042;REVB=0.0857834;RO=48;SAF=22;SAR=4;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568597;STB=0.725555;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00263383;OID=.;OPOS=120575184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:48:48:26:34:0.357895:4:22:17:31:9:25:17:31 chr8 120596023 . A G 936.62 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.055;QD=58.5387;RBI=0.0307796;REFB=0;REVB=0.0188855;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4935e-05;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:25:35:0:0:28:36:0:0 chr8 120724209 . T C 475.32 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0362525;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.612;QD=18.6399;RBI=0.0385966;REFB=-0.0163813;REVB=0.0132459;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837706;STB=0.5098;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0133375;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:49:50:0.490196:24:25:27:25:25:25:27:25 chr8 120790304 . T C 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00870975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.873;QD=19.7636;RBI=0.0216455;REFB=-0.00302452;REVB=0.0198158;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256132;STB=0.642121;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00252638;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:22:13:22:11:22:13:22:11 chr8 120803637 . C G 460.52 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00722003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3385;QD=17.2156;RBI=0.0426176;REFB=0.0107092;REVB=-0.0420016;RO=56;SAF=19;SAR=31;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504599;STB=0.506563;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0129858;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:56:57:50:50:0.46729:31:19:21:35:31:19:21:36 chr8 120847078 . C G 214.12 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00553409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.517;QD=12.783;RBI=0.0127008;REFB=-0.00723063;REVB=-0.0114317;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646243;STB=0.536937;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0137509;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:29:12:9:17:29:12 chr8 120847123 . C T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00135794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.153;QD=20.543;RBI=0.0321076;REFB=-0.0180832;REVB=-0.0320789;RO=36;SAF=26;SAR=13;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273759;STB=0.515144;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00879906;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:13:26:25:11:13:26:25:11 chr8 120847188 . T C 227.54 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00904025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.772;QD=13.5845;RBI=0.0199673;REFB=-0.0147518;REVB=-0.0178036;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119021;STB=0.569946;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0240011;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:26:27:0.402985:8:18:23:16:8:19:24:16 chr8 120903471 . C CA 1439.98 PASS AF=0.989899;AO=92;DP=103;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256786;FXX=0.0198;HRUN=0;LEN=1;MLLD=186.613;QD=58.1808;RBI=0.0504746;REFB=-0.023559;REVB=0.0434545;RO=4;SAF=40;SAR=52;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450737;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=ins;VARB=0.00054031;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989899:92:103:98:99:1:44:54:1:0:4:4:40:52:4:0 chr8 121013770 . A G 389.44 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00343602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.623;QD=24.3402;RBI=0.0108633;REFB=-0.0239493;REVB=-0.0103056;RO=26;SAF=22;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143841;STB=0.578906;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0125068;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:16:22:10:16:16:22:10:16 chr8 121061879 . G A 331.66 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00673444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.168;QD=15.0755;RBI=0.0264964;REFB=-0.0240699;REVB=0.0256263;RO=51;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141351;STB=0.506482;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0337471;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:51:35:37:0.420455:19:16:24:27:20:17:24:27 chr8 121210069 . T C 1043.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.956;QD=59.6187;RBI=0.0486606;REFB=0;REVB=0.010816;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224052;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr8 121215991 . T C 2235.35 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.124;QD=63.4141;RBI=0.0188215;REFB=0;REVB=-0.00542;RO=0;SAF=61;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3579e-05;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:79:61:0:0:80:61:0:0 chr8 121228679 . A C 2899.41 PASS AF=0.974227;AO=187;DP=193;FAO=189;FDP=194;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.037084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1411;QD=59.7816;RBI=0.0694252;REFB=-0.0619807;REVB=0.058691;RO=6;SAF=105;SAR=82;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236347;STB=0.514618;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00696647;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:193:194:6:5:187:189:0.974227:82:105:1:5:83:106:0:5 chr8 121256150 . T C 1133.83 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0319411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7429;QD=56.6917;RBI=0.0776144;REFB=0.045341;REVB=-0.0707373;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514015;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0176729;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:0:3:77:77:0.9625:25:52:0:0:25:52:3:0 chr8 121259862 . G A 2361.25 PASS AF=0.963636;AO=158;DP=165;FAO=159;FDP=165;FR=.;FRO=6;FSAF=98;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0143235;FXX=0.0236672;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.945;QD=57.2424;RBI=0.0410652;REFB=-0.0244578;REVB=0.0384863;RO=6;SAF=97;SAR=61;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325341;STB=0.517148;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000161142;OID=.;OPOS=121259862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:165:165:6:6:158:159:0.963636:61:97:1:5:61:98:1:5 chr8 121290743 . A G 271.79 PASS AF=0.413333;AO=32;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.000955398;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2673;QD=14.4955;RBI=0.0238943;REFB=-0.00935961;REVB=-0.0238752;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361823;STB=0.513505;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0127968;OID=.;OPOS=121290743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:44:32:31:0.413333:19:13:16:27:19:12:18:26 chr8 121383048 . T C 778.14 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0351396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2658;QD=49.4058;RBI=0.0358876;REFB=-0.0570918;REVB=0.00728928;RO=5;SAF=11;SAR=47;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493261;STB=0.526261;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0301395;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:58:58:0.920635:47:11:2:3:47:11:2:3 chr8 121455550 . T G 101.71 PASS AF=0.257576;AO=13;DP=64;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0983083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3432;QD=6.16424;RBI=0.102347;REFB=-0.0290957;REVB=0.0284675;RO=45;SAF=1;SAR=12;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.692465;STB=0.933549;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.182333;OID=.;OPOS=121455550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:45:49:13:17:0.257576:12:1:30:15:16:1:30:19 chr8 121530190 . A G 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.086;QD=62.4621;RBI=0.0203369;REFB=0;REVB=0.0132585;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77691e-05;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr8 123966085 . G A 308.4 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00872069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.221;QD=15.8156;RBI=0.00875566;REFB=-0.0277809;REVB=0.000781716;RO=43;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126763;STB=0.579626;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0399315;OID=.;OPOS=123966085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:23:11:19:24:23:11:20:24 chr8 123966159 . G C 896.91 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9706;QD=56.9467;RBI=0.139091;REFB=0;REVB=0.0877983;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016922;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:1:0:60:63:1:39:21:1:0:41:22:0:0 chr8 123985708 . A G 595.98 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00813837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.373;QD=17.7904;RBI=0.0116125;REFB=-0.0165802;REVB=0.00828352;RO=71;SAF=27;SAR=35;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827009;STB=0.542359;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0156335;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:72:62:62:0.462687:35:27:37:34:35:27:37:35 chr8 124027562 . C T 204.02 PASS AF=0.277228;AO=29;DP=102;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0184173;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.286;QD=8.07996;RBI=0.0241694;REFB=-0.00924523;REVB=-0.0156514;RO=73;SAF=17;SAR=12;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134501;STB=0.523827;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0244932;OID=.;OPOS=124027562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:73:73:29:28:0.277228:12:17:42:31:11:17:42:31 chr8 124027628 . T C 149.13 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0599728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.918;QD=9.62146;RBI=0.0607254;REFB=-0.00389931;REVB=-0.00953089;RO=41;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126077;STB=0.565851;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0139344;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:11:9:23:18:11:9:23:19 chr8 124138855 . G A 190.65 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00551192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.735;QD=13.3789;RBI=0.0167921;REFB=-0.0285754;REVB=-0.0158617;RO=31;SAF=4;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476088;STB=0.737486;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0482893;OID=.;OPOS=124138855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:34:22:23:0.403509:18:4:19:12:18:5:20:14 chr8 124138891 . G A 204.47 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0379087;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.57;QD=13.1914;RBI=0.0385626;REFB=-0.0209171;REVB=-0.00707154;RO=37;SAF=3;SAR=22;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570835;STB=0.831773;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0375076;OID=.;OPOS=124138891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:22:3:22:15:22:3:22:15 chr8 124140634 . T C 451.27 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0462633;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.343;QD=17.1913;RBI=0.0467163;REFB=0.00260651;REVB=0.00649025;RO=53;SAF=22;SAR=27;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109283;STB=0.574438;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00239957;OID=.;OPOS=124140634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:56:49:49:0.466667:27:22:30:23:27:22:33:23 chr8 124142489 . T C 452.51 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00168974;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.693;QD=19.2557;RBI=0.0289473;REFB=-0.0155391;REVB=0.028898;RO=47;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108824;STB=0.56354;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0201045;OID=.;OPOS=124142489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:49:44:45:0.478723:22:22:29:18:22:23:31:18 chr8 124169554 . G A 275.16 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=19;FWDB=-0.00848559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.496;QD=10.8972;RBI=0.025484;REFB=-0.0067238;REVB=-0.0240298;RO=65;SAF=24;SAR=10;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238196;STB=0.50847;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0134414;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:67:34:34:0.336634:10:24:47:18:10:24:48:19 chr8 124525483 . C T 604.94 PASS AF=0.473684;AO=60;DP=131;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0183708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1117;QD=18.1937;RBI=0.0238628;REFB=-0.017852;REVB=0.0152298;RO=69;SAF=28;SAR=32;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112005;STB=0.513419;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.022715;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:69:70:60:63:0.473684:32:28:33:36:34:29:34:36 chr8 124594546 . T C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00649275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.298;QD=11.5972;RBI=0.0235006;REFB=0.0132639;REVB=-0.0225859;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399758;STB=0.738058;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0126253;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:3:9:8:13:3:9:8:13 chr8 124663895 . G A 486.39 PASS AF=0.5;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0141008;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.466;QD=19.4556;RBI=0.0141347;REFB=-0.00284241;REVB=-0.000979156;RO=48;SAF=31;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532546;STB=0.521;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00270824;OID=.;OPOS=124663895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:50:50:50:0.5:19:31:27:21:19:31:29:21 chr8 124664130 . C T 483.26 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.021747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7667;QD=21.0113;RBI=0.03248;REFB=-0.0123248;REVB=-0.0241251;RO=42;SAF=30;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102544;STB=0.542769;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0098302;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:45:47:47:0.51087:17:30:22:20:17:30:25:20 chr8 124664167 . T C 655.0 PASS AF=0.52;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00331577;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.693;QD=20.9601;RBI=0.0132477;REFB=-0.0163469;REVB=0.0128261;RO=60;SAF=40;SAR=25;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160824;STB=0.588501;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0135739;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:60:60:65:65:0.52:25:40:26:34:25:40:26:34 chr8 124664792 . C T 420.09 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0117205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.15;QD=23.0186;RBI=0.0181533;REFB=-0.023251;REVB=-0.0138626;RO=32;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524493;STB=0.507344;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0145673;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:40:41:0.561644:16:24:19:13:16:25:19:13 chr8 124664873 . AT GC 596.22 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0129842;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.522;QD=19.3892;RBI=0.015298;REFB=-0.00854509;REVB=0.00808945;RO=61;SAF=36;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755102;STB=0.538031;STBP=0.382;TYPE=mnp;VARB=0.00826764;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:62:61:61:0.495935:25:36:31:30:25:36:32:30 chr8 124710715 . C T 234.39 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000669938;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.636;QD=13.2048;RBI=0.00305842;REFB=-0.0322883;REVB=-0.00298414;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287378;STB=0.636266;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0638583;OID=.;OPOS=124710715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:43:28:28:0.394366:10:18:14:25:10:18:18:25 chr8 124749610 . C A,T 1125.4 PASS AF=0.0641026,0.923077;AO=6,72;DP=78;FAO=5,72;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=1,48;FSAR=4,24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0790855,-0.0406163;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.1722,70.7767;QD=57.7126;RBI=0.0796576,0.0438463;REFB=-0.0885507,0.0210807;REVB=0.00953032,0.0165169;RO=0;SAF=0,49;SAR=6,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.555346,0.510201;STBP=0.649,0.262;TYPE=snp,snp;VARB=0.164367,-0.005663;OID=.,.;OPOS=124749610,124749610;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:78:78:0:1:6,72:5,72:0.0641026,0.923077:6,23:0,49:0:0:4,24:1,48:0:1 chr8 124822581 . A G 421.8 PASS AF=0.625;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.012273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7386;QD=26.3626;RBI=0.0540602;REFB=-0.0115464;REVB=0.0526486;RO=23;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191631;STB=0.595928;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00818676;OID=.;OPOS=124822581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:23:24:40:40:0.625:22:18:17:6:22:18:17:7 chr8 124824826 . G A 1506.78 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00168589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.233;QD=58.5158;RBI=0.0523548;REFB=-0.114195;REVB=0.0523277;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000759069;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:39:63:0:0:39:63:0:1 chr8 124826804 . G T 713.51 PASS AF=0.433333;AO=78;DP=181;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0328013;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9218;QD=15.8558;RBI=0.0350232;REFB=-0.0330556;REVB=-0.0122761;RO=100;SAF=49;SAR=29;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132892;STB=0.580242;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0535604;OID=.;OPOS=124826804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:100:102:78:78:0.433333:29:49:50:50:29:49:50:52 chr8 124982355 . G A 427.36 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0168714;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133;QD=21.6385;RBI=0.0173356;REFB=-0.00781594;REVB=-0.00398493;RO=37;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475984;STB=0.520571;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0070207;OID=.;OPOS=124982355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:41:42:0.531646:21:20:16:21:22:20:16:21 chr8 124987478 . T C 594.22 PASS AF=0.488;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0282462;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.574;QD=19.015;RBI=0.0341926;REFB=0.0011619;REVB=0.0192688;RO=64;SAF=35;SAR=26;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083378;STB=0.546137;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00100086;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:64:64:61:61:0.488:26:35:31:33:26:35:31:33 chr8 125035788 . G C 184.11 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0164744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.7444;QD=16.3652;RBI=0.072345;REFB=-0.126762;REVB=0.0704443;RO=18;SAF=7;SAR=0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.729674;STB=0.571359;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0129408;OID=.;OPOS=125035788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:24:7:21:0.466667:0:7:10:8:14:7:11:13 chr8 125061895 . G A 1174.18 PASS AF=0.517857;AO=111;DP=220;FAO=116;FDP=224;FR=.;FRO=108;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0226502;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.831;QD=20.9674;RBI=0.0227429;REFB=-0.0126139;REVB=-0.00205173;RO=108;SAF=55;SAR=56;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123737;STB=0.508018;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0113815;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:224:108:108:111:116:0.517857:56:55:55:53:55:61:55:53 chr8 125072426 . T C 332.95 PASS AF=0.557377;AO=29;DP=58;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0108986;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.002;QD=21.8326;RBI=0.0434629;REFB=-0.03471;REVB=0.0420743;RO=29;SAF=23;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201494;STB=0.556823;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0261838;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:29:27:29:34:0.557377:6:23:18:11:9:25:17:10 chr8 125076589 . T G 624.33 PASS AF=0.54386;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0439868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0417;QD=21.9063;RBI=0.0557673;REFB=-0.0465419;REVB=0.0342805;RO=50;SAF=39;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109055;STB=0.552195;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0489296;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:52:62:62:0.54386:23:39:25:25:23:39:27:25 chr8 125107201 . G A 433.11 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.00213153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.452;QD=12.2002;RBI=0.0046911;REFB=0.00803312;REVB=-0.00417888;RO=91;SAF=16;SAR=35;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140005;STB=0.580311;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0120008;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:91:91:51:51:0.359155:35:16:39:52:35:16:39:52 chr8 125107207 . C T 436.81 PASS AF=0.382353;AO=50;DP=137;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0189483;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.868;QD=12.8474;RBI=0.024929;REFB=-0.00316759;REVB=-0.0161994;RO=83;SAF=15;SAR=35;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187548;STB=0.618911;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0088145;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:83:84:50:52:0.382353:35:15:38:45:37:15:39:45 chr8 125272972 . T A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0652081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5552;QD=10.6345;RBI=0.0652377;REFB=0.0175751;REVB=-0.00196289;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266423;STB=0.516089;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0276597;OID=.;OPOS=125272972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:10:3:2:6:10:3 chr8 125463250 . T C 351.08 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.00401832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.256;QD=18.004;RBI=0.00574837;REFB=-0.004822;REVB=-0.00411057;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167338;STB=0.592717;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00544306;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:23:14:9:32:23:14:9:32 chr8 125463544 . T C 328.78 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00706352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.323;QD=13.1511;RBI=0.00737428;REFB=-0.0219236;REVB=0.00211817;RO=63;SAF=26;SAR=11;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211227;STB=0.621506;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0380765;OID=.;OPOS=125463544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:11:26:33:30:11:26:33:30 chr8 125498547 . C T 252.58 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0103681;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.861;QD=19.0625;RBI=0.011006;REFB=-0.00398052;REVB=0.00369227;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826047;STB=0.546184;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0039885;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:12:15:12:14:12:15:12:14 chr8 125568162 . A G 129.72 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00677396;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.231;QD=14.4135;RBI=0.00831622;REFB=-0.0235865;REVB=0.00482421;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024428;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0295857;OID=.;OPOS=125568162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:14:15:0.416667:7:7:11:10:8:7:10:11 chr8 125568623 . A G 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00945703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.716;QD=24.2466;RBI=0.0232526;REFB=-0.0155604;REVB=0.0212426;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17398;STB=0.596082;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0114555;OID=.;OPOS=125568623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:15:10:4:16:15:10:4:16 chr8 125579973 . C T 328.64 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0168903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.303;QD=18.0077;RBI=0.0212447;REFB=-0.0180853;REVB=-0.0128862;RO=38;SAF=22;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295211;STB=0.516474;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0272445;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:13:22:25:13:13:22:25:13 chr8 125579990 . C T 385.52 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.007967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.23;QD=18.8056;RBI=0.0462989;REFB=-0.00909057;REVB=-0.0456083;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759858;STB=0.535962;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00577947;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:42:39:40:0.487805:18:21:26:16:18:22:26:16 chr8 125580075 . G C 332.71 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0102857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9595;QD=19.0121;RBI=0.0777517;REFB=-0.0234798;REVB=0.0770683;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106326;STB=0.559288;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0250294;OID=.;OPOS=125580075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:22:13:17:18:22:13:17:18 chr8 126142476 . G C 681.84 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0244264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3272;QD=18.1824;RBI=0.0307715;REFB=-0.0282741;REVB=-0.0187146;RO=81;SAF=30;SAR=39;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338051;STB=0.518774;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0345914;OID=.;OPOS=126142476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:81:69:69:0.46:39:30:38:43:39:30:38:43 chr8 126283111 . G T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0101748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.111;QD=11.1312;RBI=0.0141195;REFB=-0.0171518;REVB=-0.00978944;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638208;STB=0.538383;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0276403;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:11:6:3:7:11:6 chr8 127565184 . A G 282.14 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00921748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.266;QD=22.5711;RBI=0.0209403;REFB=-0.0113204;REVB=0.0188025;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157229;STB=0.587315;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00742263;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:11:15:18:6:11:15:18:6 chr8 127683774 . G T 100.44 PASS AF=0.219178;AO=14;DP=74;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0114936;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.236;QD=5.50331;RBI=0.0132998;REFB=-0.00586157;REVB=-0.00669193;RO=56;SAF=10;SAR=4;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192448;STB=0.551536;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0203251;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:56:57:14:16:0.219178:4:10:32:24:6:10:32:25 chr8 127683850 . T C 250.27 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0529193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.515;QD=9.0187;RBI=0.0532016;REFB=-0.00771754;REVB=-0.00547352;RO=76;SAF=21;SAR=13;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200939;STB=0.621822;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0228458;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:77:34:34:0.306306:13:21:34:42:13:21:34:43 chr8 128428638 . G A 1246.48 PASS AF=0.502058;AO=122;DP=243;FAO=122;FDP=243;FR=.;FRO=121;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=0.00767949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.805;QD=20.5181;RBI=0.0081321;REFB=-0.0122077;REVB=0.00267515;RO=121;SAF=56;SAR=66;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346514;STB=0.501901;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0126276;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:121:121:122:122:0.502058:66:56:56:65:66:56:56:65 chr8 128428656 . A C 1156.21 PASS AF=0.468;AO=117;DP=250;FAO=117;FDP=250;FR=.;FRO=133;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=-0.0307548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4257;QD=18.4994;RBI=0.0357578;REFB=-0.0299464;REVB=-0.0182417;RO=125;SAF=50;SAR=67;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321316;STB=0.512872;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0287042;OID=.;OPOS=128428656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:125:133:117:117:0.468:67:50:53:72:67:50:60:73 chr8 128428751 . A G 706.9 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=65;FWDB=0.0116353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.432;QD=16.831;RBI=0.0358486;REFB=0.00582361;REVB=0.0339078;RO=92;SAF=38;SAR=38;SRF=27;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204596;STB=0.613067;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00346207;OID=.;OPOS=128428751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:92:76:76:0.452381:38:38:27:65:38:38:27:65 chr8 128428795 . G A 796.12 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0128453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0946;QD=21.6631;RBI=0.0452219;REFB=-0.000700648;REVB=-0.0433592;RO=70;SAF=30;SAR=46;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155549;STB=0.582257;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000763257;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:70:71:76:76:0.517007:46:30:40:30:46:30:40:31 chr8 128428823 . G C 745.59 PASS AF=0.521739;AO=73;DP=138;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0136681;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.968;QD=21.6112;RBI=0.0191193;REFB=-0.00230154;REVB=0.013369;RO=64;SAF=29;SAR=44;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168125;STB=0.604171;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00144347;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:64:66:73:72:0.521739:44:29:38:26:44:28:40:26 chr8 128429233 . A AG,G 55.39 PASS AF=0.215385,0;AO=10,4;DP=67;FAO=14,0;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=12,0;FSAR=2,0;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0289493,-0.012765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.639,180.719;QD=3.40887;RBI=0.034627,0.0185236;REFB=-0.0497565,-0.00213079;REVB=0.0189992,-0.0134231;RO=53;SAF=8,4;SAR=2,0;SRF=29;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.340113,0.504579;STB=0.79952,0.5;STBP=0.026,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.170071,0;OID=.,.;OPOS=128429234,128429233;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:67:65:53:51:10,4:14,0:0.215385,0:2,0:8,4:29:24:2,0:12,0:27:24 chr8 128429262 . G C 65.46 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0512863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1644;QD=5.03538;RBI=0.065083;REFB=-0.01435;REVB=0.0400688;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129245;STB=0.595969;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0871451;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:52:38:42:10:10:0.192308:5:5:23:15:5:5:26:16 chr8 128429455 . AG AA,AGA,GA 170.65 PASS AF=0.133333,0.133333,0.733333;AO=2,2,11;DP=16;FAO=2,2,11;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,9;FSAR=0,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215128,-0.134948,-0.0262344;FXX=0.062461;HRUN=1,3,16;LEN=1,1,2;MLLD=189.8,20.1015,89.1603;QD=45.5075;RBI=0.0119495,0.135474,0.045409;REFB=0,0,0;REVB=-0.0117542,-0.0119254,-0.037064;RO=0;SAF=2,1,9;SAR=0,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0305021,-0.0502573,-0.0367633;OID=.,.,.;OPOS=128429456,128429457,128429455;OREF=G,-,AG;OALT=A,A,GA;OMAPALT=AA,AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:11:16:15:0:0:2,2,11:2,2,11:0.133333,0.133333,0.733333:0,1,2:2,1,9:0:0:0,1,2:2,1,9:0:0 chr8 128429510 . G A 210.66 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00385641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.737;QD=19.1513;RBI=0.00688627;REFB=0.00463716;REVB=0.00570515;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122019;STB=0.568658;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00325453;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:17:6:8:13:17:6 chr8 128429519 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00732414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.793;QD=17.247;RBI=0.0113499;REFB=-0.0269613;REVB=0.00867052;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132584;STB=0.575096;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0206057;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:20:7:8:13:20:7 chr8 128429652 . G A 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0321083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.456;QD=17.7374;RBI=0.0416917;REFB=-4.33579e-05;REVB=-0.0265943;RO=50;SAF=13;SAR=29;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271004;STB=0.65196;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000239478;OID=.;OPOS=128429652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:29:13:29:21:29:13:29:21 chr8 128429660 . T C 1377.45 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000945816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5513;QD=62.6114;RBI=0.027336;REFB=0;REVB=-0.0273196;RO=1;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195932;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:49:38:0:1:50:38:0:0 chr8 128429721 . T C 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0252127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3185;QD=17.9518;RBI=0.0299904;REFB=-0.0234099;REVB=0.0162402;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231659;STB=0.630491;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0174257;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:19:8:15:13:19:8:15:13 chr8 128429732 . C T 235.48 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.022187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.088;QD=20.041;RBI=0.0229211;REFB=-0.0307015;REVB=0.00575445;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23972;STB=0.648515;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0153156;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:21:23:0.489362:14:7:14:10:16:7:14:10 chr8 128430501 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0101582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.885;QD=17.6438;RBI=0.0101582;REFB=-0.0375251;REVB=0;RO=7;SAF=9;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232073;OID=.;OPOS=128430501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:0:9:7:0:0:9:7:0 chr8 128430871 . AA AAATG,TG 79.37 PASS AF=0.244444,0;AO=11,2;DP=50;FAO=11,0;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00738816,-0.00197581;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=316.879,294.778;QD=7.05508;RBI=0.010425,0.0100592;REFB=-0.000535714,-0.000468418;REVB=0.00735504,0.00986323;RO=37;SAF=5,2;SAR=6,0;SRF=13;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129227,0.503641;STB=0.555457,0.5;STBP=0.679,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00181727,0;OID=.,.;OPOS=128430873,128430871;OREF=-,AA;OALT=ATG,TG;OMAPALT=AAATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:50:45:37:34:11,2:11,0:0.244444,0:6,0:5,2:13:24:6,0:5,0:13:21 chr8 128431768 . A G 302.96 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00294788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.566;QD=17.0683;RBI=0.00496076;REFB=-0.0123158;REVB=0.00398987;RO=36;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14164;STB=0.57188;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0150822;OID=.;OPOS=128431768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:38:32:33:0.464789:13:19:16:20:13:20:18:20 chr8 128432206 . C A 215.68 PASS AF=0.471698;AO=20;DP=58;FAO=25;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.00592354;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.602;QD=16.2775;RBI=0.027259;REFB=-0.0278481;REVB=0.0266076;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201477;STB=0.606823;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0300074;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:53:32:28:20:25:0.471698:15:5:4:28:19:6:3:25 chr8 129021179 . G A 146.83 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0136656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.783;QD=11.2945;RBI=0.0138837;REFB=0.000288904;REVB=-0.00245077;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341795;STB=0.519209;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.000944604;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:34:18:18:0.346154:9:9:17:15:9:9:18:16 chr8 129022785 . T C 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.197;QD=64.4095;RBI=0.00558704;REFB=0;REVB=0.00445158;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12549e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr8 129022816 . G A 193.88 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0202652;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.601;QD=16.157;RBI=0.0256654;REFB=-0.0309582;REVB=0.0157491;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401324;STB=0.559262;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0170802;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:25:28:20:20:0.416667:12:8:11:14:12:8:14:14 chr8 129022818 . T A 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.018469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.775;QD=15.2292;RBI=0.0413486;REFB=0.00408211;REVB=0.0369946;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118707;STB=0.568467;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00235205;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:15:13:11:8:15:13 chr8 129162433 . G A,T 478.99 PASS AF=0.47619,0.404762;AO=19,17;DP=41;FAO=20,17;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=10,10;FSAR=10,7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0047892,0.0262134;FXX=0.0232504;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=141.653,38.1298;QD=45.6177;RBI=0.113778,0.119538;REFB=-0.033263,-0.132685;REVB=0.113677,0.116628;RO=5;SAF=10,10;SAR=9,7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0280949,-0.00500611;STB=0.51998,0.502759;STBP=0.764,0.997;TYPE=snp,snp;VARB=0.0144347,0.0567123;OID=.,.;OPOS=129162433,129162433;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:42:5:5:19,17:20,17:0.47619,0.404762:9,7:10,10:3:2:10,7:10,10:3:2 chr8 130760850 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.816;QD=57.5436;RBI=0.0284852;REFB=0;REVB=0.00800284;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15734e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr8 131124559 . T C 489.4 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0102178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.053;QD=30.5872;RBI=0.0118133;REFB=-0.000848084;REVB=-0.00592884;RO=18;SAF=12;SAR=32;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142341;STB=0.582742;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000507949;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:20:44:44:0.6875:32:12:9:9:32:12:10:10 chr8 131140180 . G A 422.3 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00405922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.893;QD=20.8544;RBI=0.00707077;REFB=-0.01391;REVB=-0.00578952;RO=39;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203894;STB=0.511273;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0125497;OID=.;OPOS=131140180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:16:26:25:14:16:26:25:14 chr8 131353139 . T C 284.05 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0782706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.721;QD=15.1496;RBI=0.0790966;REFB=-0.00641;REVB=0.0114011;RO=43;SAF=22;SAR=10;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041998;STB=0.523794;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0108457;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:10:22:28:15:10:22:28:15 chr8 132982824 . A G 254.69 PASS AF=0.384615;AO=29;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.00925591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1053;QD=13.0612;RBI=0.0277899;REFB=-0.0108305;REVB=0.0262031;RO=48;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130475;STB=0.585582;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0117357;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:48:48:29:30:0.384615:18:11:13:35:18:12:13:35 chr8 132999936 . A G 577.76 PASS AF=0.407407;AO=63;DP=160;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.00278459;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.701;QD=14.2657;RBI=0.00948439;REFB=-0.0135963;REVB=0.0090664;RO=88;SAF=21;SAR=42;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157771;STB=0.583308;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0217849;OID=.;OPOS=132999936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:88:96:63:66:0.407407:42:21:42:46:42:24:48:48 chr8 133045399 . A G 283.05 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00873927;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7019;QD=14.7038;RBI=0.0176877;REFB=-0.0174618;REVB=0.0153779;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220234;STB=0.624623;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0292744;OID=.;OPOS=133045399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:13:19:17:28:13:19:17:28 chr8 133048593 . C T 119.38 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0439717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9482;QD=6.63206;RBI=0.0442846;REFB=-0.002114;REVB=-0.00525545;RO=53;SAF=16;SAR=2;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510234;STB=0.818481;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00309537;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:54:18:18:0.25:2:16:29:24:2:16:30:24 chr8 133048619 . T C 190.76 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0212091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.717;QD=9.53797;RBI=0.0220172;REFB=-0.00961284;REVB=0.00591045;RO=55;SAF=20;SAR=5;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305568;STB=0.682764;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0201098;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:55:25:25:0.3125:5:20:32:23:5:20:32:23 chr8 133053309 . T C 215.93 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00791795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.866;QD=11.0735;RBI=0.0178259;REFB=-0.000986931;REVB=0.0159709;RO=50;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878111;STB=0.544043;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000812348;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:50:51:27:27:0.346154:13:14:22:28:13:14:23:28 chr8 133053318 . T C 216.26 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0125981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.639;QD=11.0903;RBI=0.0126253;REFB=-0.00154518;REVB=-0.000828111;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140763;STB=0.580677;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00240259;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:51:27:27:0.346154:12:15:21:28:12:15:22:29 chr8 133058090 . C G 302.44 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0696969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.562;QD=12.2198;RBI=0.0707964;REFB=-0.0183494;REVB=-0.0124289;RO=64;SAF=21;SAR=14;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165169;STB=0.595087;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0371864;OID=.;OPOS=133058090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:14:21:29:35:14:21:29:35 chr8 133101818 . G A 360.78 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0222251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.206;QD=14.2883;RBI=0.0226623;REFB=-0.0119547;REVB=-0.00442996;RO=60;SAF=14;SAR=27;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272166;STB=0.653994;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0131392;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:27:14:36:24:27:14:36:24 chr8 133107830 . T C 498.44 PASS AF=0.408759;AO=54;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.0238191;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.888;QD=14.5531;RBI=0.0241385;REFB=-0.00614277;REVB=0.00391369;RO=81;SAF=33;SAR=21;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00689023;STB=0.512568;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00914333;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:81:81:54:56:0.408759:21:33:49:32:21:35:49:32 chr8 133673952 . GTTTTTTTTGTTTGT GTTTTTTTGTTTGT,GTTTTTTTGTTTTGT,GTTTTTTTTGTTTTG,GTTTTTTTTGTTTTGT 36.92 PASS AF=0.297872,0,0,0;AO=10,2,2,9;DP=48;FAO=14,0,0,0;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7,0,0,0;FSAR=7,0,0,0;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0334573,-0.132849,-0.273684,-0.297578;FXX=0.020829;HRUN=8,8,1,3;LEN=1,2,2,1;MLLD=9.44439,13.9992,19.6999,11.2607;QD=3.14241;RBI=0.107459,0.217662,0.295364,0.354925;REFB=-0.0423656,-0.0552292,0.010831,-0.0597298;REVB=-0.102118,-0.172417,-0.111073,-0.193439;RO=13;SAF=4,1,2,9;SAR=6,1,0,0;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.20469,-0.118967,0.513867,0.767567;STB=0.616863,0.5,0.5,0.5;STBP=0.302,1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,ins;VARB=0.00635862,0,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=133673953,133673960,133673965,133673962;OREF=T,TG,GT,-;OALT=-,GT,TG,T;OMAPALT=GTTTTTTTGTTTGT,GTTTTTTTGTTTTGT,GTTTTTTTTGTTTTG,GTTTTTTTTGTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872,0,0,0:10,2,2,9:48:14,0,0,0:47:33:7,0,0,0:7,0,0,0:22:11:41:13:4,1,2,9:6,1,0,0:8:5 chr8 133723166 . A G 657.95 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.000755982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.969;QD=19.7879;RBI=0.00853588;REFB=-0.0063328;REVB=-0.00850234;RO=66;SAF=45;SAR=21;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175885;STB=0.601719;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00977385;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:66:67:66:66:0.496241:21:45:33:33:21:45:33:34 chr8 133854970 . A G 357.47 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0131032;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.837;QD=15.3749;RBI=0.0406387;REFB=-0.00222231;REVB=0.0384683;RO=54;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356295;STB=0.526712;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00392657;OID=.;OPOS=133854970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:38:39:0.419355:21:17:26:28:22:17:26:28 chr8 133859871 . T A 209.91 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0144931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.876;QD=18.6586;RBI=0.0205925;REFB=0.00750546;REVB=0.0146288;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360994;STB=0.704931;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00492881;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:6:15:8:16:6:15:8:16 chr8 133900252 . T G 172.37 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0119842;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.9;QD=9.19305;RBI=0.0313925;REFB=-0.0126926;REVB=0.029015;RO=52;SAF=13;SAR=10;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132077;STB=0.577553;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0229507;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:52:52:23:23:0.306667:10:13:35:17:10:13:35:17 chr8 133900386 . T C 247.69 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0134092;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.686;QD=18.0137;RBI=0.0147611;REFB=-0.0037737;REVB=0.00617128;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853658;STB=0.547909;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00253567;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:14:14:16:11:14:14 chr8 133900495 . G A 417.13 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0136683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.773;QD=15.4492;RBI=0.0282555;REFB=-0.0059987;REVB=-0.0247295;RO=61;SAF=20;SAR=27;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212897;STB=0.619072;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0117836;OID=.;OPOS=133900495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:27:20:39:22:27:20:39:22 chr8 133906136 . G C 601.11 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00604811;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.945;QD=18.3545;RBI=0.00906579;REFB=-0.00834709;REVB=-0.00675344;RO=70;SAF=39;SAR=23;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167294;STB=0.596359;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0102067;OID=.;OPOS=133906136;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:70:69:62:62:0.473282:23:39:32:38:23:39:31:38 chr8 133909974 . A G 179.46 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0325387;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2061;QD=13.8044;RBI=0.0424155;REFB=-0.0244269;REVB=-0.0272085;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211161;STB=0.631451;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0342373;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:31:21:21:0.403846:14:7:16:14:14:7:17:14 chr8 133910502 . A C 329.76 PASS AF=0.372727;AO=38;DP=108;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.0155478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.106;QD=11.9911;RBI=0.017855;REFB=-0.0142667;REVB=-0.00877887;RO=66;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206237;STB=0.616614;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0256922;OID=.;OPOS=133910502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:66:69:38:41:0.372727:23:15:15:51:23:18:18:51 chr8 134108453 . C T 1437.47 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9894;QD=61.8267;RBI=0.0115693;REFB=-0.127759;REVB=0.00383908;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106524;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00602046;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:0:1:44:48:0:1 chr8 134108546 . T C,G 1949.24 PASS AF=0.906977,0.0930233;AO=117,10;DP=127;FAO=117,12;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59,11;FSAR=58,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160002,-0.00234932;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.59,131.885;QD=60.4415;RBI=0.0139312,0.00625559;REFB=0,0;REVB=0.0138391,0.00579768;RO=0;SAF=59,9;SAR=58,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00891471,0.0607407;OID=.,.;OPOS=134108546,134108546;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:127:129:0:0:117,10:117,12:0.906977,0.0930233:58,1:59,9:0:0:58,1:59,11:0:0 chr8 134114771 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.498;QD=57.8246;RBI=0.0133027;REFB=-0.0104139;REVB=0.00436295;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=3.70908e-05;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:1:0 chr8 134125682 . G A 805.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.316;QD=64.3999;RBI=0.0333515;REFB=0;REVB=-0.0312099;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148081;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr8 134474148 . C T 544.08 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00622855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.507;QD=19.9661;RBI=0.00626876;REFB=-0.0275082;REVB=-0.00070889;RO=51;SAF=33;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870091;STB=0.539525;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0198075;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:53:56:56:0.513761:23:33:25:26:23:33:27:26 chr8 134488007 . G A 867.58 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8268;QD=57.8387;RBI=0.121492;REFB=0;REVB=0.117839;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752969;OID=.;OPOS=134488007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr8 135533166 . C A 558.88 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0148974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2212;QD=17.4651;RBI=0.0461993;REFB=-0.0196266;REVB=0.0437315;RO=69;SAF=33;SAR=26;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175529;STB=0.597448;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0188815;OID=.;OPOS=135533166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:26:33:26:43:26:33:26:43 chr8 135602581 . A G 1226.35 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0488759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7052;QD=57.7107;RBI=0.0682292;REFB=-0.0729582;REVB=0.0476065;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.502537;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0097332;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:1:3:82:82:0.964706:49:33:1:0:49:33:1:2 chr8 135612595 . A G 341.11 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.687;QD=54.5778;RBI=0.0748058;REFB=0;REVB=0.0747223;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353414;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:4:19:0:0:5:20:0:0 chr8 135612745 . A G 2282.14 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.959;QD=63.3927;RBI=0.0387911;REFB=0;REVB=0.0336334;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20881e-05;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:144:0:0:135:144:1:60:75:0:0:61:83:0:0 chr8 135614705 . A G 1085.58 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598493;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.52;QD=60.3101;RBI=0.0817821;REFB=0;REVB=-0.0557349;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296825;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr8 135614972 . A G 1697.21 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.04636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8569;QD=59.5514;RBI=0.0518492;REFB=-0.0375744;REVB=-0.0232182;RO=1;SAF=56;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084037;STB=0.504424;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000382796;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:57:56:1:0:57:56:1:0 chr8 135649848 . G A 265.97 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0349759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.101;QD=20.8604;RBI=0.0483003;REFB=-0.0483205;REVB=0.0333107;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163914;STB=0.58327;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0342847;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:18:9:12:11:18:9:12:12 chr8 136659426 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000898768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.007;QD=56.7066;RBI=0.00367248;REFB=0;REVB=0.0035608;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09782e-06;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr8 139143942 . A G 723.81 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2244;QD=59.0867;RBI=0.0602008;REFB=-0.121611;REVB=0.0577519;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947167;STB=0.505039;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00478403;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:29:18:1:1:29:18:1:1 chr8 139163718 . GTTTTTC GTTTT,GTTTTC 46.6 PASS AF=0,0.36;AO=14,27;DP=76;FAO=0,27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=0,23;FSAR=0,4;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0457697,-0.0681897;FXX=0.0131562;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=169.754,7.34987;QD=2.48537;RBI=0.0476383,0.132471;REFB=-0.0108862,-0.188286;REVB=-0.0132113,-0.113572;RO=31;SAF=13,13;SAR=1,14;SRF=8;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0.344262,0.344262;SSSB=0.733714,0.21566;STB=0.5,0.867665;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.183609;OID=.,.;OPOS=139163723,139163719;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTT,GTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.36:14,27:76:0,27:75:48:0,23:0,4:12:36:47:31:13,13:1,14:8:23 chr8 139164192 . G A 790.11 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166124;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.315;QD=64.4985;RBI=0.0202169;REFB=0;REVB=-0.0115218;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161277;OID=.;OPOS=139164192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr8 139165068 . C T 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1994;QD=53.2643;RBI=0.0643892;REFB=0;REVB=0.00874217;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000864994;OID=.;OPOS=139165068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr8 139165272 . TG CA 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123849;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.016;QD=64.4154;RBI=0.0364154;REFB=0;REVB=-0.0342447;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.19964e-05;OID=.;OPOS=139165272;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr8 139165289 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6421;QD=55.0449;RBI=0.106095;REFB=-0.0251611;REVB=0.105453;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000708849;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:28:27:0:0:28:27:1:0 chr8 139379669 . G A 175.88 PASS AF=0.548387;AO=14;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0343724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.653;QD=22.6942;RBI=0.0348172;REFB=-0.0125063;REVB=-0.00554789;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.522062;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0127081;OID=.;OPOS=139379669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:14:17:0.548387:7:7:7:6:7:10:7:6 chr8 139626176 . C G 1851.77 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4842;QD=61.2157;RBI=0.0324741;REFB=0;REVB=-0.0150407;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323011;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:54:65:0:0:55:66:0:0 chr8 139647262 . A G 734.92 PASS AF=1;AO=38;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.646;QD=62.5462;RBI=0.0520148;REFB=0;REVB=0.045435;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153484;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:38:47:1:14:24:0:0:19:28:0:0 chr8 139672671 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.871;QD=58.5995;RBI=0.00261681;REFB=0;REVB=0.00135475;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37705e-05;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr8 139697478 . T C 6491.59 PASS AF=1;AO=404;DP=414;FAO=419;FDP=419;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346507;FXX=0.0164315;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.244;QD=61.9722;RBI=0.0357924;REFB=-0.0260454;REVB=0.00896797;RO=1;SAF=202;SAR=202;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320483;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:414:419:1:0:404:419:1:202:202:1:0:206:213:0:0 chr8 139712323 . A G 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.389;QD=58.0591;RBI=0.0285006;REFB=0;REVB=-0.0269514;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35248e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr8 139749758 . G T 378.53 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0131973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.897;QD=16.4578;RBI=0.0142372;REFB=-0.000192249;REVB=-0.00534131;RO=51;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000987706;STB=0.504393;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.000220017;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:52:40:40:0.434783:22:18:23:28:22:18:23:29 chr8 139767379 . C T 675.24 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0147513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.11;QD=18.8877;RBI=0.0157179;REFB=-0.0119524;REVB=-0.00542691;RO=75;SAF=41;SAR=27;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930921;STB=0.551593;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.016072;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:27:41:38:37:27:41:38:37 chr8 139768085 . G A 410.7 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.249;QD=56.6477;RBI=0.0342875;REFB=0;REVB=0.0249544;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40098e-05;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr8 139838912 . T C 1127.59 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153045;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.339;QD=60.9509;RBI=0.0433698;REFB=0;REVB=0.0405797;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227777;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr8 140630990 . A G 752.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.066;QD=62.673;RBI=0.00895529;REFB=0;REVB=-0.000262825;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201616;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr8 140945896 . G A 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.814;QD=59.6773;RBI=0.0175349;REFB=0;REVB=-0.0166952;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65736e-05;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr8 141310644 . G A 813.28 PASS AF=0.445026;AO=85;DP=193;FAO=85;FDP=191;FR=.;FRO=106;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.0122403;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.718;QD=17.032;RBI=0.0166322;REFB=0.00595792;REVB=-0.0112607;RO=103;SAF=45;SAR=40;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024282;STB=0.516344;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00803487;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:103:106:85:85:0.445026:40:45:52:51:40:45:53:53 chr8 141461062 . G A 247.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00797009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.379;QD=24.7055;RBI=0.0417383;REFB=-0.00112124;REVB=0.0409703;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926173;STB=0.551678;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00215344;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:7:16:10:7:7:16:10:7 chr8 141461185 . A G 136.62 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.013842;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.898;QD=13.6617;RBI=0.0147068;REFB=-0.0124649;REVB=0.00496877;RO=24;SAF=13;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506362;STB=0.742524;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0310455;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:2:13:11:13:3:13:11:13 chr8 141461266 . A G 299.16 PASS AF=0.395604;AO=31;DP=87;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0678265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9506;QD=13.15;RBI=0.0740871;REFB=-0.021149;REVB=-0.0298072;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284044;STB=0.643864;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0366996;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:46:55:31:36:0.395604:18:13:32:14:23:13:33:22 chr8 141559358 . G A 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=2;FWDB=-0.0252262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.019;QD=17.9916;RBI=0.0261401;REFB=-0.0119505;REVB=0.00685135;RO=28;SAF=20;SAR=9;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27945;STB=0.662487;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00742762;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:28:30:29:29:0.491525:9:20:26:2:9:20:28:2 chr8 141566311 . C T 407.05 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0411804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.084;QD=15.3602;RBI=0.0417854;REFB=-0.00683119;REVB=-0.00708522;RO=60;SAF=27;SAR=19;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551292;STB=0.530949;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0109482;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:19:27:32:28:19:27:32:28 chr8 141568622 . G A 491.1 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0126832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7276;QD=19.8425;RBI=0.0189639;REFB=0.0123108;REVB=-0.0140984;RO=46;SAF=25;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376765;STB=0.54597;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0138525;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:51:48:48:0.484848:23:25:22:24:23:25:22:29 chr8 141679817 . T C 116.65 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0322049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.969;QD=8.48366;RBI=0.0325729;REFB=-0.00590529;REVB=-0.0048826;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153058;STB=0.572778;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0202221;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:39:39:15:16:0.290909:9:6:11:28:10:6:11:28 chr8 141774282 . A C 787.34 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708054;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7491;QD=57.2607;RBI=0.100498;REFB=0;REVB=0.0713199;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013243;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:26:29:0:0 chr8 141840645 . G A 315.75 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0565052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.627;QD=15.0359;RBI=0.0567539;REFB=-0.00221413;REVB=-0.00530703;RO=49;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347148;STB=0.519605;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00462121;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:24:11:14:35:24:11:14:35 chr8 142146708 . T C 597.97 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295599;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.974;QD=61.3302;RBI=0.00409749;REFB=0;REVB=-0.00283752;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40614e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr8 142152442 . A G 1068.84 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.641;QD=58.5664;RBI=0.0216321;REFB=0;REVB=0.0171071;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276333;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:70:73:1:33:37:0:0:33:40:0:0 chr8 142154291 . G A 1214.13 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465788;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2247;QD=61.4749;RBI=0.00497709;REFB=0;REVB=0.00175372;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40533e-05;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:30:48:0:0:30:49:0:0 chr8 142161032 . A C 1168.87 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.721;QD=60.7203;RBI=0.0118552;REFB=0;REVB=-0.00635796;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39534e-06;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:74:77:1:40:34:0:0:42:35:0:0 chr8 142161873 . CG GT,TG 413.61 PASS AF=0.176471,0.764706;AO=3,26;DP=33;FAO=6,26;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=6,5;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.146388,-0.025684;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=29.973,51.1665;QD=48.6598;RBI=0.149036,0.0356658;REFB=-0.112252,-0.0116633;REVB=0.0279714,0.0247463;RO=2;SAF=3,6;SAR=0,20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.74993,0.0442285;STB=0.997484,0.52271;STBP=0.011,0.615;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0462824,0.010116;OID=.,.;OPOS=142161873,142161873;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:33:34:2:2:3,26:6,26:0.176471,0.764706:0,20:3,6:0:2:0,21:6,5:0:2 chr8 142161888 . G A 435.41 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105828;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8087;QD=58.0549;RBI=0.0128189;REFB=0;REVB=0.0072339;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44291e-05;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr8 142200467 . G A 1149.65 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0206061;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.451;QD=58.2102;RBI=0.0258501;REFB=-0.184525;REVB=0.0156082;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104021;STB=0.510867;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00339363;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:45:32:0:1:45:32:0:2 chr8 142202856 . C T 476.68 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.998;QD=57.7791;RBI=0.0780985;REFB=0;REVB=0.0332173;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332462;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:21:12:0:0 chr8 142202884 . T C 727.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.249;QD=63.2642;RBI=0.0225952;REFB=0;REVB=0.0204507;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98007e-05;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:32:13:0:0:32:14:0:0 chr8 142204326 . C G 576.47 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.265;QD=60.6815;RBI=0.0377234;REFB=0;REVB=0.0267251;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83147e-05;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:8:29:0:0:8:30:0:0 chr8 142218119 . G A 330.06 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.34;QD=50.7785;RBI=0.0841615;REFB=0.0594017;REVB=0.0804895;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044143;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000361944;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:0:1:10:15:0:1 chr8 142221361 . C G 236.47 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.543;QD=49.7833;RBI=0.0540106;REFB=0;REVB=0.0512554;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109231;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:6:11:0:0:7:12:0:0 chr8 142222374 . A G 2316.9 PASS AF=0.99359;AO=150;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115351;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8862;QD=59.4076;RBI=0.0452158;REFB=-0.0556976;REVB=-0.0437197;RO=1;SAF=74;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638448;STB=0.503268;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00381137;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:1:1:150:155:0.99359:76:74:1:0:79:76:1:0 chr8 142222445 . T C 2763.91 PASS AF=0.99435;AO=175;DP=183;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0364715;FXX=0.0380414;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1662;QD=62.4613;RBI=0.0391935;REFB=-0.0233635;REVB=0.0143514;RO=1;SAF=86;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531866;STB=0.502762;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00100425;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:183:177:1:1:175:176:0.99435:89:86:0:1:90:86:0:1 chr8 142228809 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6045;QD=60.2282;RBI=0.0522764;REFB=0;REVB=0.00615606;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541804;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr8 142228909 . G A 610.61 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0649249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.692;QD=56.801;RBI=0.0777672;REFB=-0.0665968;REVB=0.0428078;RO=2;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407606;STB=0.521729;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00223265;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:22:19:0:2:22:19:0:2 chr8 142229891 . A G 3080.13 PASS AF=0.990196;AO=202;DP=204;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0339273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.041;QD=60.3947;RBI=0.0483198;REFB=-0.0826878;REVB=-0.0344055;RO=2;SAF=107;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000556652;STB=0.500292;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000952873;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:204:204:2:2:202:202:0.990196:95:107:1:1:95:107:1:1 chr8 142266691 . A C 384.42 PASS AF=0.39823;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0645751;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.683;QD=13.6077;RBI=0.0651949;REFB=-0.0179326;REVB=-0.00896829;RO=63;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177412;STB=0.568597;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0270823;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:63:68:44:45:0.39823:19:25:25:38:20:25:30:38 chr8 142367335 . T C 172.47 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.050623;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3492;QD=12.5435;RBI=0.107544;REFB=-0.00206606;REVB=-0.0948837;RO=34;SAF=14;SAR=7;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233302;STB=0.513501;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00067915;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:7:14:22:12:7:14:22:12 chr8 142367400 . G A 179.05 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00839084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.369;QD=10.8518;RBI=0.0149467;REFB=-0.0232487;REVB=0.0123692;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698382;STB=0.53403;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0381074;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:23:23:0.348485:9:14:23:19:9:14:24:19 chr8 142367559 . G A 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00894751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.049;QD=16.9303;RBI=0.130804;REFB=0.00454249;REVB=-0.130498;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842475;STB=0.54831;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00357657;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:9:3:4:8:9:3 chr8 142459814 . C T 2073.09 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.032638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.474;QD=60.9733;RBI=0.0339836;REFB=-0.0110222;REVB=0.00946801;RO=2;SAF=59;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158382;STB=0.508332;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=2.2458e-05;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:75:59:2:0:75:59:2:0 chr8 142476529 . G A 948.11 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128274;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.949;QD=57.4609;RBI=0.0529144;REFB=-0.0735571;REVB=0.0513361;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178181;STB=0.509088;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000225569;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:26:38:0:1:27:38:0:1 chr8 142488837 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.015;QD=60.7149;RBI=0.046318;REFB=0;REVB=0.033252;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183377;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr8 142490079 . G A 1696.85 PASS AF=0.991304;AO=70;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=78;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000533776;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2347;QD=59.0209;RBI=0.0121094;REFB=0;REVB=0.0120976;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667111;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:115:0:0:70:114:0.991304:19:51:0:0:36:78:0:0 chr8 142490080 . T A 206.76 PASS AF=0.258333;AO=31;DP=120;FAO=31;FDP=120;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=23;FWDB=-0.0143907;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=88.9729;QD=6.89185;RBI=0.0169995;REFB=-0.00720653;REVB=0.00904936;RO=89;SAF=16;SAR=15;SRF=66;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28749;STB=0.66911;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0197568;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:89:89:31:31:0.258333:15:16:66:23:15:16:66:23 chr8 142490120 . G T 1239.45 PASS AF=0.954545;AO=82;DP=89;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0147491;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.023;QD=56.3386;RBI=0.0458481;REFB=-0.0804168;REVB=0.043411;RO=2;SAF=60;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155243;STB=0.501362;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00300816;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:88:2:4:82:84:0.954545:22:60:2:0:23:61:3:1 chr8 143353038 . C T 262.95 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0369685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6214;QD=17.5296;RBI=0.0656831;REFB=-0.0139285;REVB=0.0542918;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356099;STB=0.518506;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.019939;OID=.;OPOS=143353038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:31:28:29:0.483333:16:12:14:16:16:13:15:16 chr8 143396446 . C T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.108923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.696;QD=13.3358;RBI=0.112369;REFB=-0.0190848;REVB=0.0276141;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.587511;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0223539;OID=.;OPOS=143396446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:13:11:9:6:13:11 chr8 143599594 . C T 190.93 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0569797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.061;QD=17.7607;RBI=0.0591471;REFB=-0.0339472;REVB=0.0158649;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182027;STB=0.603952;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0336889;OID=.;OPOS=143599594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:11:12:14:6:11:12 chr8 143603418 . G C 1869.61 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.060676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7985;QD=58.8852;RBI=0.0638909;REFB=0.00571245;REVB=0.0200117;RO=3;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211033;STB=0.511109;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00104784;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:3:3:124:124:0.976378:66:58:0:3:66:58:0:3 chr8 143623372 . C A 628.99 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0138576;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.189;QD=19.8106;RBI=0.0158183;REFB=-0.0264012;REVB=-0.00762794;RO=62;SAF=36;SAR=28;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046045;STB=0.528692;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0249166;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:62:63:64:64:0.503937:28:36:38:24:28:36:39:24 chr8 143694775 . G C 423.82 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0205101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.912;QD=21.1909;RBI=0.0217966;REFB=-0.0304546;REVB=0.00737738;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704607;STB=0.538904;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0278779;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:20:22:23:15:20:22:23:15 chr8 143695144 . G A 489.44 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0402914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.631;QD=18.2968;RBI=0.0448606;REFB=-0.0341831;REVB=0.0197251;RO=54;SAF=29;SAR=22;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515067;STB=0.5126;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0349758;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:54:55:51:52:0.485981:22:29:31:23:23:29:32:23 chr8 143746087 . CCA C 462.84 PASS AF=0.88;AO=42;DP=46;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00725596;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=276.439;QD=37.0275;RBI=0.00872185;REFB=-0.0347194;REVB=0.0048396;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.726;TYPE=del;VARB=0.00278842;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.88:42:46:44:50:6:18:26:2:4:16:0:18:24:0:0 chr8 143746349 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00592781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.619;QD=15.6452;RBI=0.00593738;REFB=-0.0116985;REVB=-0.000336874;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222769;STB=0.627124;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0150851;OID=.;OPOS=143746349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:17:12:14:8:17:12 chr8 143761931 . C T 386.55 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0183034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9312;QD=18.1907;RBI=0.0296168;REFB=0.00538904;REVB=-0.0232839;RO=42;SAF=26;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309416;STB=0.528575;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00769508;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:45:40:40:0.470588:14:26:26:16:14:26:27:18 chr8 143763490 . T C 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0027717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.708;QD=15.2537;RBI=0.0115993;REFB=-0.0253093;REVB=0.0112633;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196303;STB=0.619887;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0402305;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:10:10:9:20:10:10:9:21 chr8 143808951 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0135178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.29;QD=21.5459;RBI=0.0793392;REFB=-0.00595285;REVB=0.0781791;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806813;STB=0.545392;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00461781;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:2:8:10:4:2:8 chr8 143867905 . C T 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0524831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2036;QD=23.5271;RBI=0.0541408;REFB=-0.00937173;REVB=0.0132947;RO=15;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195499;STB=0.610052;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00563724;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:15:5:7:8:15:5:7:8 chr8 143955850 . A T 453.62 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00646464;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.229;QD=14.7518;RBI=0.0401373;REFB=0.00740825;REVB=-0.0396133;RO=72;SAF=30;SAR=21;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121462;STB=0.568374;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00973941;OID=.;OPOS=143955850;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:72:72:51:51:0.414634:21:30:34:38:21:30:34:38 chr8 143957738 . C T 849.05 PASS AF=0.535032;AO=84;DP=158;FAO=84;FDP=157;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.000565558;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.855;QD=21.6318;RBI=0.0126291;REFB=-0.0209589;REVB=0.0126164;RO=73;SAF=44;SAR=40;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376924;STB=0.520626;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0159017;OID=.;OPOS=143957738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:73:73:84:84:0.535032:40:44:35:38:40:44:35:38 chr8 143959174 . T C 100.63 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0192367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.056;QD=4.47246;RBI=0.0196659;REFB=-0.00652154;REVB=-0.00408607;RO=72;SAF=12;SAR=5;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312682;STB=0.696337;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0308442;OID=.;OPOS=143959174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:72:73:17:17:0.188889:5:12:33:39:5:12:34:39 chr8 143959250 . T C 591.58 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0281664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2599;QD=27.1988;RBI=0.0370576;REFB=-0.00322414;REVB=-0.0240814;RO=33;SAF=18;SAR=35;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648663;STB=0.530794;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00210926;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:34:53:53:0.609195:35:18:14:19:35:18:14:20 chr8 143994253 . C T 131.49 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0243439;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.576;QD=8.91472;RBI=0.0282497;REFB=-0.000212061;REVB=0.0143326;RO=40;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295692;STB=0.665878;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000412839;OID=.;OPOS=143994253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:41:18:18:0.305085:11:7:26:14:11:7:26:15 chr8 143994806 . A G 346.13 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0292041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.419;QD=16.8843;RBI=0.0306373;REFB=-0.0193384;REVB=-0.00926077;RO=45;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191121;STB=0.598374;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0265502;OID=.;OPOS=143994806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:17:19:15:30:18:19:15:30 chr8 143995761 . C T 2252.67 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0286346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.103;QD=61.297;RBI=0.0318153;REFB=-0.0686991;REVB=0.0138661;RO=2;SAF=69;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135825;STB=0.510637;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000876065;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:147:147:2:3:144:144:0.979592:75:69:2:0:75:69:3:0 chr8 143996683 . T C 224.41 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0630816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1675;QD=18.3195;RBI=0.0868168;REFB=-0.0161607;REVB=-0.0596478;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118415;STB=0.555112;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0161685;OID=.;OPOS=143996683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:26:22:23:0.469388:10:12:10:14:10:13:12:14 chr8 144063723 . G A 582.29 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.855;QD=58.2291;RBI=0.0994564;REFB=-0.0528201;REVB=0.0986608;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000700456;OID=.;OPOS=144063723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:13:26:0:0:13:26:1:0 chr8 144063817 . G A 358.16 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0032;QD=55.1019;RBI=0.0701158;REFB=0;REVB=0.0354021;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023338;OID=.;OPOS=144063817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:16:10:0:0 chr8 144124609 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.602;QD=53.9112;RBI=0.0264621;REFB=0;REVB=0.00304392;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012252;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:3:21:0:0:3:21:0:0 chr8 144239859 . A G 518.8 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00354104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4535;QD=16.6015;RBI=0.0213983;REFB=-0.000872139;REVB=0.0211033;RO=69;SAF=30;SAR=26;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138791;STB=0.507743;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00118697;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:69:56:56:0.448:26:30:36:33:26:30:36:33 chr8 144240257 . C G 643.31 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=28;FWDB=0.0202059;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9752;QD=16.6015;RBI=0.0214044;REFB=0.0323482;REVB=0.00706176;RO=85;SAF=45;SAR=25;SRF=56;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172467;STB=0.516713;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0437677;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:85:85:70:70:0.451613:25:45:56:29:25:45:57:28 chr8 144295154 . C T 39.24 PASS AF=0.35;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00550563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.347;QD=7.84882;RBI=0.00871325;REFB=-0.0212585;REVB=-0.00675343;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0768201;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:20:10:13:5:7:0.35:3:2:4:6:4:3:7:6 chr8 144332012 . T C 254.44 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.06867;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0147;QD=17.5476;RBI=0.068738;REFB=-0.0179595;REVB=0.00305504;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114103;STB=0.552788;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0213714;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:27:28:0.482759:15:12:17:13:15:13:17:13 chr8 144333315 . G A 586.36 PASS AF=0.5;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0131981;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.8;QD=19.5455;RBI=0.0218202;REFB=-0.0307946;REVB=0.0173761;RO=60;SAF=23;SAR=37;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182385;STB=0.60075;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0447025;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:60:60:60:60:0.5:37:23:35:25:37:23:35:25 chr8 144333434 . G A 425.52 PASS AF=0.525;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00683088;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.242;QD=21.2761;RBI=0.0237123;REFB=-0.0360867;REVB=0.0227071;RO=34;SAF=7;SAR=35;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330613;STB=0.706409;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0335893;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:34:38:42:42:0.525:35:7:16:18:35:7:19:19 chr8 144351631 . CA C,CG 1447.22 PASS AF=0.10101,0.89899;AO=13,83;DP=100;FAO=10,89;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=10,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182942,0.0155494;FXX=0.0294089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.943,222.376;QD=58.4736;RBI=0.0359278,0.0346641;REFB=0,0;REVB=0.0309214,0.0309809;RO=0;SAF=1,24;SAR=12,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0498918,0.000337001;OID=.,.;OPOS=144351632,144351632;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.10101,0.89899:13,83:100:10,89:99:0:0,26:10,63:0:0:19:0:1,24:12,59:0:0 chr8 144357213 . G C 48.15 PASS AF=0.214286;AO=5;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.062933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.212;QD=6.87811;RBI=0.0652043;REFB=-0.00219603;REVB=-0.0170597;RO=18;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383313;STB=0.529316;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00195643;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:28:28:18:20:5:6:0.214286:1:4:14:4:2:4:14:6 chr8 144378184 . C G 37.64 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0143903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.818;QD=10.0373;RBI=0.0438064;REFB=-0.0280637;REVB=0.0413754;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.749249;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0399151;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:7:2:4:2:7:2 chr8 144378868 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0378859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2295;QD=16.4545;RBI=0.0590674;REFB=-0.0152672;REVB=-0.0453168;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00211479;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr8 144391924 . CT TC 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0103998;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.174;QD=26.3991;RBI=0.0143483;REFB=-0.00686484;REVB=0.00988523;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333351;STB=0.535675;STBP=0.667;TYPE=mnp;VARB=0.00366648;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:9:9:5:4:9:9:6:4 chr8 144391930 . G A 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0103101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.255;QD=28.7633;RBI=0.0162432;REFB=-0.0127411;REVB=0.0125517;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141351;STB=0.509424;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00423623;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:8:9:19:19:0.678571:9:10:4:4:9:10:5:4 chr8 144392368 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0372949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.723;QD=24.3281;RBI=0.0446349;REFB=-0.00611924;REVB=-0.0245228;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0047147;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:1:1:5:2:1:1 chr8 144409934 . C A 1190.22 PASS AF=0.459559;AO=125;DP=272;FAO=125;FDP=272;FR=.;FRO=147;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=71;FSRR=76;FWDB=0.00132859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.933;QD=17.5032;RBI=0.00138595;REFB=-0.00984901;REVB=0.000394583;RO=147;SAF=53;SAR=72;SRF=71;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584331;STB=0.532311;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0123804;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:147:147:125:125:0.459559:72:53:71:76:72:53:71:76 chr8 144409938 . A AG 769.85 PASS AF=0.458647;AO=115;DP=272;FAO=122;FDP=266;FR=.;FRO=144;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=66;FSRR=78;FWDB=-0.00886604;FXX=0.011152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.7435;QD=11.5767;RBI=0.0115093;REFB=-0.000150778;REVB=-0.00733875;RO=150;SAF=47;SAR=68;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602648;STB=0.513121;STBP=0.71;TYPE=ins;VARB=-0.00487583;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458647:115:272:122:266:144:53:69:66:78:99:150:47:68:70:80 chr8 144620630 . T C 519.86 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0290057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.892;QD=23.9016;RBI=0.0459881;REFB=-0.0108992;REVB=-0.0356872;RO=37;SAF=29;SAR=19;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602166;STB=0.521188;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00694396;OID=.;OPOS=144620630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:37:38:48:49:0.563218:19:29:25:12:19:30:25:13 chr8 144642178 . T C 615.91 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.063;QD=60.0892;RBI=0.0417496;REFB=0;REVB=0.0281592;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011036;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:34:4:0:0:37:4:0:0 chr8 144642596 . T C 239.92 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.125604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1408;QD=43.6218;RBI=0.142098;REFB=-0.017038;REVB=-0.0664489;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918973;STB=0.54995;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00394467;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:11:9:2:0:11:9:2:0 chr8 144642626 . A G 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.383;QD=55.0874;RBI=0.129455;REFB=0;REVB=-0.119748;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599008;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr8 144643603 . G A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.697;QD=63.1952;RBI=0.0140536;REFB=0;REVB=0.00681586;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26207e-05;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr8 144649968 . C T 1494.33 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9236;QD=62.2636;RBI=0.0729968;REFB=-0.0720858;REVB=0.0527817;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109;STB=0.505746;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000656019;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:43:52:0:1:43:52:0:1 chr8 144654255 . A G 1271.41 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6422;QD=61.2728;RBI=0.0560001;REFB=0;REVB=-0.0545162;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035318;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:47:34:0:0:47:36:0:0 chr8 144658711 . G A 281.56 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0229499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2026;QD=17.0643;RBI=0.025213;REFB=-0.00178283;REVB=0.0104404;RO=34;SAF=8;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197601;STB=0.621538;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00263295;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:23:8:15:19:23:8:16:19 chr8 144671685 . G C 386.06 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0203053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.748;QD=44.1208;RBI=0.0750682;REFB=-0.0149188;REVB=-0.0722699;RO=4;SAF=27;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452985;STB=0.77753;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00109235;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:33:35:4:5:29:30:0.857143:2:27:0:4:2:28:0:5 chr8 144681805 . A T 358.45 PASS AF=0.596774;AO=26;DP=63;FAO=37;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0674655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4066;QD=23.1257;RBI=0.0707861;REFB=-0.0221085;REVB=0.0214262;RO=26;SAF=21;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301142;STB=0.519424;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0181986;OID=.;OPOS=144681805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:25:26:37:0.596774:5:21:14:12:16:21:13:12 chr8 144689146 . C T 2119.37 PASS AF=0.960265;AO=143;DP=149;FAO=145;FDP=151;FR=.;FRO=6;FSAF=94;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.012858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.119;QD=56.1423;RBI=0.0490032;REFB=-0.0852199;REVB=0.0472862;RO=5;SAF=92;SAR=51;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109924;STB=0.5081;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000395115;OID=.;OPOS=144689146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:149:151:5:6:143:145:0.960265:51:92:4:1:51:94:5:1 chr8 144732363 . T C 940.9 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0431;QD=57.0243;RBI=0.0517061;REFB=-0.176777;REVB=0.0453888;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00357517;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:30:35:1:0:30:35:1:0 chr8 144732418 . A G 868.81 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.345;QD=57.9205;RBI=0.0230556;REFB=0;REVB=-0.00328805;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10654e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:35:25:0:0 chr8 144732450 . G A 753.46 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.013;QD=61.5073;RBI=0.0264017;REFB=-0.0576956;REVB=-0.0109241;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000506842;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:1:0:28:20:1:0 chr8 144733805 . C T 223.4 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.678;QD=49.6447;RBI=0.079244;REFB=0;REVB=0.0783419;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785292;OID=.;OPOS=144733805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:3:13:0:0:5:13:0:0 chr8 144734383 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0643331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.604;QD=17.3776;RBI=0.0672048;REFB=-0.000818425;REVB=-0.0194354;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246583;STB=0.514259;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.000616284;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:2:8:9:2:2:8 chr8 144735347 . C T 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0203492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9781;QD=16.4157;RBI=0.0276967;REFB=-0.00537646;REVB=0.0187888;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.686002;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00557275;OID=.;OPOS=144735347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:10:6:10:4:10:6 chr8 144735977 . T C 1013.74 PASS AF=0.946667;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.058853;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.233;QD=54.066;RBI=0.0609934;REFB=-0.109747;REVB=0.0160164;RO=4;SAF=35;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000749463;STB=0.500376;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00130052;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:74:75:4:4:69:71:0.946667:34:35:2:2:35:36:2:2 chr8 144774232 . AT AC,CC 221.99 PASS AF=0.421875,0;AO=22,4;DP=63;FAO=27,0;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10,0;FSAR=17,0;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.015279,0.00426361;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=138.366,136.33;QD=13.8746;RBI=0.0155948,0.0617233;REFB=-0.00585579,0.00402582;REVB=0.00312233,-0.0615759;RO=31;SAF=9,0;SAR=13,4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0233516,-0.561519;STB=0.537685,0.5;STBP=0.634,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0100053,0;OID=.,.;OPOS=144774233,144774232;OREF=T,AT;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:37:22,4:27,0:0.421875,0:13,4:9,0:12:19:17,0:10,0:16:21 chr8 144775871 . C A 188.93 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0174431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1035;QD=13.0297;RBI=0.0541366;REFB=0.00113069;REVB=-0.0512494;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695922;STB=0.547471;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0039031;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:11:12:20:14:11:12:21:14 chr8 144776109 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.242;QD=61.3354;RBI=0.0325946;REFB=0;REVB=-0.00738688;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272048;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr8 144801243 . C T 294.6 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00900464;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.983;QD=17.3292;RBI=0.0288053;REFB=-0.0223645;REVB=0.0273617;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560252;STB=0.514697;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0153852;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:36:32:32:0.470588:16:16:14:18:16:16:17:19 chr8 144802735 . AG CC 404.05 PASS AF=0.47619;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0206798;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.799;QD=19.2406;RBI=0.024056;REFB=-0.023625;REVB=0.0122896;RO=41;SAF=34;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466097;STB=0.778022;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0274609;OID=.;OPOS=144802735;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:41:42:38:40:0.47619:4:34:23:18:4:36:23:19 chr8 144803551 . A AC,C 47.09 PASS AF=0.24,0;AO=13,3;DP=53;FAO=12,0;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=10,0;FSAR=2,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0592546,-0.0170779;FXX=0.0384541;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=82.2976,96.9022;QD=3.76754;RBI=0.0676952,0.039007;REFB=-0.00572006,-0.00267756;REVB=-0.0327342,-0.0350698;RO=37;SAF=11,1;SAR=2,2;SRF=14;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.560042,-0.0481168;STB=0.821368,0.5;STBP=0.019,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.169811,0;OID=.,.;OPOS=144803552,144803551;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:50:37:38:13,3:12,0:0.24,0:2,2:11,1:14:23:2,0:10,0:16:22 chr8 144808747 . G A 67.36 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.128482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3639;QD=13.4722;RBI=0.128495;REFB=-0.00394855;REVB=0.00188274;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403938;STB=0.740614;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0190664;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:4:7:2:7:4:7 chr8 144811338 . C G 791.92 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212054;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.833;QD=64.6469;RBI=0.0213677;REFB=0;REVB=0.00262862;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159151;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:14:34:0:0:14:35:0:0 chr8 144822037 . G T 577.43 PASS AF=0.387283;AO=67;DP=167;FAO=67;FDP=173;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=0.0223294;FXX=0.0057468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.529;QD=13.351;RBI=0.0242495;REFB=-0.0168444;REVB=0.00945704;RO=100;SAF=44;SAR=23;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10941;STB=0.547331;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0275405;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:173:100:106:67:67:0.387283:23:44:56:44:23:44:62:44 chr8 144885580 . A G 830.08 PASS AF=0.494186;AO=84;DP=168;FAO=85;FDP=172;FR=.;FRO=87;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.149339;FXX=0.0114936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6357;QD=19.3041;RBI=0.153801;REFB=-0.00835035;REVB=-0.0367775;RO=84;SAF=48;SAR=36;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329412;STB=0.512764;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0101538;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:84:87:84:85:0.494186:36:48:45:39:36:49:48:39 chr8 144889172 . A G 301.4 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0106392;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.043;QD=21.5284;RBI=0.0148551;REFB=-0.0261392;REVB=-0.0103673;RO=26;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782065;STB=0.502511;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0230553;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:25:31:31:0.553571:20:11:9:17:20:11:9:16 chr8 144890873 . A T 1098.22 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.763;QD=60.1763;RBI=0.0941858;REFB=0;REVB=0.0359496;RO=0;SAF=2;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119984;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:71:2:0:0:71:2:0:0 chr8 144893084 . G A 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0129106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.388;QD=26.514;RBI=0.0560337;REFB=-0.0150967;REVB=0.0545261;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157015;STB=0.586148;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00868598;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:9:18:16:3:9:18:16:3 chr8 144894496 . G A 540.17 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.002803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.247;QD=27.3503;RBI=0.0141132;REFB=-0.012258;REVB=0.013832;RO=30;SAF=25;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535418;STB=0.529157;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00879723;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:24:25:13:17:24:25:13:17 chr8 144895669 . G A 252.89 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.105082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7561;QD=15.0979;RBI=0.114625;REFB=-0.0065663;REVB=-0.0457899;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19089;STB=0.613422;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00919388;OID=.;OPOS=144895669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:15:14:25:12:15:14:26:12 chr8 144904690 . A G 269.66 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0337038;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5832;QD=22.0128;RBI=0.0443788;REFB=0.00447292;REVB=-0.0288709;RO=24;SAF=5;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351101;STB=0.698853;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00856168;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:20:5:13:11:20:5:13:11 chr8 144917790 . A G 303.67 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.02533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.88;QD=19.9126;RBI=0.0255436;REFB=-0.00532709;REVB=-0.00329645;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414814;STB=0.521725;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00446132;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:29:31:32:0.52459:17:14:14:14:18:14:14:15 chr8 144917880 . G A 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0414682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.423;QD=24.3828;RBI=0.0463564;REFB=-0.0202304;REVB=0.0207197;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500831;STB=0.527847;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0110702;OID=.;OPOS=144917880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:11:10:14:12:11:10 chr8 144917952 . G A 62.27 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0427291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7221;QD=20.7578;RBI=0.0442648;REFB=0.012204;REVB=0.0115585;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00298167;OID=.;OPOS=144917952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:12:12:4:4:5:8:0.666667:3:2:2:2:5:3:2:2 chr8 144940222 . A C 692.28 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=56;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0125147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.867;QD=19.5009;RBI=0.0223648;REFB=-0.0178781;REVB=-0.0185356;RO=71;SAF=13;SAR=56;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319228;STB=0.680572;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0157046;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:71:73:69:69:0.485915:56:13:33:38:56:13:34:39 chr8 144940230 . G C 937.74 PASS AF=0.54491;AO=91;DP=167;FAO=91;FDP=167;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00428218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.578;QD=22.4608;RBI=0.0363842;REFB=-0.0303843;REVB=0.0361313;RO=76;SAF=28;SAR=63;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162627;STB=0.589104;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0271744;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:76:76:91:91:0.54491:63:28:37:39:63:28:37:39 chr8 144940300 . G A 873.7 PASS AF=0.4;AO=101;DP=252;FAO=100;FDP=250;FR=.;FRO=150;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=64;FSRR=86;FWDB=-0.0065076;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.807;QD=13.9792;RBI=0.00673624;REFB=-0.00939478;REVB=-0.00174013;RO=148;SAF=35;SAR=66;SRF=63;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896498;STB=0.55585;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0168312;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:250:148:150:101:100:0.4:66:35:63:85:66:34:64:86 chr8 144940462 . G A 102.12 PASS AF=0.125654;AO=24;DP=191;FAO=24;FDP=191;FR=.;FRO=167;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=83;FSRR=84;FWDB=-0.0124972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.125;QD=2.13855;RBI=0.0419365;REFB=-0.00684451;REVB=-0.0400311;RO=167;SAF=13;SAR=11;SRF=83;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559678;STB=0.539033;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0448994;OID=.;OPOS=144940462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:167:167:24:24:0.125654:11:13:83:84:11:13:83:84 chr8 144940474 . C T 75.12 PASS AF=0.106952;AO=20;DP=182;FAO=20;FDP=187;FR=.;FRO=167;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=83;FSRR=84;FWDB=-0.0266761;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8382;QD=1.60687;RBI=0.0330253;REFB=-0.00446913;REVB=0.0194694;RO=162;SAF=11;SAR=9;SRF=79;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07625;STB=0.547304;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0284251;OID=.;OPOS=144940474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:182:187:162:167:20:20:0.106952:9:11:79:83:9:11:83:84 chr8 144940540 . G A 51.54 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0173477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4182;QD=1.90891;RBI=0.0291676;REFB=-0.00286051;REVB=-0.0234479;RO=96;SAF=7;SAR=5;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174214;STB=0.627452;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0500895;OID=.;OPOS=144940540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:108:96:96:12:12:0.111111:5:7:42:54:5:7:42:54 chr8 144940779 . G A 247.97 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=6.89071e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.03;QD=23.6158;RBI=0.0102166;REFB=-0.0162092;REVB=0.0102164;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317187;STB=0.529383;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0162507;OID=.;OPOS=144940779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:20:20:0.47619:11:9:7:10:11:9:7:11 chr8 144941181 . G C 227.06 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00816684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.439;QD=21.1215;RBI=0.0102607;REFB=0.00733781;REVB=0.00621158;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254163;STB=0.514273;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00665342;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:13:8:9:13:13:8 chr8 144941419 . C T 648.02 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.515;QD=57.6017;RBI=0.0319176;REFB=-0.0112789;REVB=0.0250537;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218371;STB=0.500517;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000606281;OID=.;OPOS=144941419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:43:43:0.955556:22:21:1:0:22:21:1:1 chr8 144942903 . T C 143.34 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0615543;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8019;QD=13.3335;RBI=0.0623085;REFB=-0.0023686;REVB=0.0096649;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110484;STB=0.565132;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00351176;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:18:9:4:12:18:9 chr8 144944176 . T C 368.38 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0214594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.937;QD=16.7444;RBI=0.0219393;REFB=-0.0209411;REVB=-0.00456386;RO=49;SAF=13;SAR=26;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143122;STB=0.580603;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0201695;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:26:13:23:26:26:13:23:26 chr8 144944638 . G A 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000515553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.164;QD=25.4947;RBI=0.0166619;REFB=-0.0113854;REVB=-0.0166539;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010654;OID=.;OPOS=144944638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:4:3:6:8:4:3 chr8 144945191 . T C 322.05 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0250004;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.797;QD=21.4698;RBI=0.0314398;REFB=-0.0567939;REVB=-0.0190642;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038817;STB=0.521459;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0291145;OID=.;OPOS=144945191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:27:33:33:0.55:18:15:11:16:18:15:11:16 chr8 144945792 . T C 615.11 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=0.0132528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.655;QD=17.2059;RBI=0.0199081;REFB=-0.0203703;REVB=-0.0148559;RO=77;SAF=33;SAR=31;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106433;STB=0.565102;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0277924;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:79:64:64:0.447552:31:33:48:29:31:33:50:29 chr8 144946252 . C T 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0281982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.105;QD=27.3903;RBI=0.0339161;REFB=-0.0226779;REVB=-0.0188458;RO=11;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947799;STB=0.552578;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0046832;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:8:12:5:6:8:12:5:6 chr8 144990528 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0282558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.086;QD=14.2621;RBI=0.0284773;REFB=-0.0323718;REVB=-0.0035455;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149715;STB=0.586849;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0337197;OID=.;OPOS=144990528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:14:10:9:7:14:10 chr8 144991176 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0479591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.063;QD=12.0517;RBI=0.0505177;REFB=-0.00943394;REVB=-0.0158733;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223548;STB=0.631314;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0192039;OID=.;OPOS=144991176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:3:10:5:4:3:10 chr8 144992103 . T C 615.11 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0152607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.778;QD=17.2058;RBI=0.0175705;REFB=-0.00742774;REVB=0.00870831;RO=79;SAF=34;SAR=30;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247619;STB=0.513793;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00654914;OID=.;OPOS=144992103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:79:64:64:0.447552:30:34:40:39:30:34:40:39 chr8 144992361 . T C 141.86 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0762711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.413;QD=9.6175;RBI=0.0763153;REFB=-0.0184358;REVB=-0.00259721;RO=40;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680171;STB=0.540295;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0453667;OID=.;OPOS=144992361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:12:7:17:23:12:7:17:23 chr8 144992862 . A G 237.82 PASS AF=0.5;AO=18;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00412919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.478;QD=23.7823;RBI=0.0130851;REFB=-0.0204063;REVB=0.0124165;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304364;STB=0.645997;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0166799;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:18:20:0.5:4:14:8:9:5:15:8:9 chr8 144993324 . C T 162.21 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0651885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.51;QD=9.01187;RBI=0.0687759;REFB=0.00130999;REVB=0.0219221;RO=50;SAF=8;SAR=14;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230072;STB=0.63624;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00385238;OID=.;OPOS=144993324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:14:8:28:22:14:8:28:22 chr8 144993377 . A G 224.14 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0663308;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7723;QD=12.6275;RBI=0.0665088;REFB=-0.0357888;REVB=0.00486276;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225899;STB=0.636074;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0403857;OID=.;OPOS=144993377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:44:27:27:0.380282:17:10:25:18:17:10:26:18 chr8 144995494 . C T 522.61 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0748831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2775;QD=23.7548;RBI=0.0749083;REFB=-0.0144573;REVB=-0.00194288;RO=39;SAF=29;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126852;STB=0.569663;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0122441;OID=.;OPOS=144995494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:20:29:17:22:20:29:17:22 chr8 144995736 . G A 179.37 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00221075;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.142;QD=13.798;RBI=0.0258623;REFB=-0.00509826;REVB=0.0257677;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105585;STB=0.533301;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00734733;OID=.;OPOS=144995736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:20:21:0.403846:12:8:15:15:12:9:15:16 chr8 144996029 . A G 94.25 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0446801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3348;QD=20.9436;RBI=0.0448236;REFB=0.0119854;REVB=-0.00358414;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00697314;OID=.;OPOS=144996029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:4:3:5:6:4:3 chr8 144996408 . T G 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00813968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.488;QD=12.8341;RBI=0.012681;REFB=-0.0354078;REVB=-0.00972383;RO=49;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248116;STB=0.641699;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0462314;OID=.;OPOS=144996408;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:12:18:18:31:12:18:18:31 chr8 144997656 . C T 30.97 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0105799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.604;QD=12.3868;RBI=0.0399199;REFB=-0.0164807;REVB=-0.0384924;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0401506;OID=.;OPOS=144997656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr8 144997927 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00658543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1759;QD=14.3337;RBI=0.0992246;REFB=-0.00683529;REVB=0.0990059;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0117092;OID=.;OPOS=144997927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:4:6:6:3:4:6 chr8 144999417 . C T 128.01 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.170119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.166;QD=20.4821;RBI=0.17036;REFB=-0.0436815;REVB=-0.00905146;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147755;STB=0.584289;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0162128;OID=.;OPOS=144999417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:5:6:10:4:5:6 chr8 145001031 . T C 429.92 PASS AF=0.349315;AO=51;DP=146;FAO=51;FDP=146;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=-0.0135866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.231;QD=11.7785;RBI=0.0152194;REFB=-0.0238686;REVB=-0.00685808;RO=93;SAF=18;SAR=33;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290383;STB=0.665541;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0393034;OID=.;OPOS=145001031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:93:95:51:51:0.349315:33:18:57:36:33:18:58:37 chr8 145001509 . T C 168.25 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0333894;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2584;QD=22.4331;RBI=0.0382303;REFB=0.00527316;REVB=0.0186201;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270019;STB=0.65117;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00584159;OID=.;OPOS=145001509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:3:10:7:10:3:10 chr8 145007187 . G A 268.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.067468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6743;QD=19.904;RBI=0.105212;REFB=-0.0783856;REVB=0.0807324;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562431;STB=0.516117;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0565584;OID=.;OPOS=145007187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:18:25:27:27:0.5:16:11:6:12:16:11:11:14 chr8 145008560 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00386037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.515;QD=11.1854;RBI=0.00686791;REFB=-0.0142408;REVB=-0.00568029;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213621;STB=0.623642;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0218239;OID=.;OPOS=145008560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:10:25:10:9:10:25 chr8 145011204 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0144966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.805;QD=20.456;RBI=0.0672812;REFB=-0.011167;REVB=-0.0657009;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350416;STB=0.69415;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00973284;OID=.;OPOS=145011204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:14:1:8:9:14:1 chr8 145024372 . G A 377.7 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0251523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.304;QD=21.5828;RBI=0.027575;REFB=-0.00972889;REVB=0.0113023;RO=32;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220886;STB=0.512189;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00867382;OID=.;OPOS=145024372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:14:24:21:11:14:24:21:11 chr8 145057868 . A G 407.32 PASS AF=0.347518;AO=49;DP=141;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.00982746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3594;QD=11.5552;RBI=0.0669798;REFB=-0.0156388;REVB=-0.0662549;RO=91;SAF=31;SAR=18;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340696;STB=0.51666;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0283403;OID=.;OPOS=145057868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:91:92:49:49:0.347518:18:31:55:36:18:31:56:36 chr8 145058986 . A G 184.55 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0105771;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.604;QD=21.0912;RBI=0.0193768;REFB=-0.012223;REVB=-0.0162353;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135573;STB=0.561395;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00811075;OID=.;OPOS=145058986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:18:19:0.542857:13:5:6:8:13:6:7:9 chr8 145059425 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0237025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.174;QD=7.32854;RBI=0.0431859;REFB=-0.00705167;REVB=-0.0361;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542234;STB=0.57503;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.019534;OID=.;OPOS=145059425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:19:21:8:8:0.275862:5:3:8:11:5:3:10:11 chr8 145060112 . G A 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00473362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.664;QD=6.68533;RBI=0.0674079;REFB=-0.00421114;REVB=0.0672415;RO=45;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294241;STB=0.68108;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0150077;OID=.;OPOS=145060112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:5:10:19:26:5:10:19:26 chr8 145066886 . A G 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.434;QD=57.2299;RBI=0.0464263;REFB=0;REVB=-0.0435313;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221756;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr8 145107795 . G A 1187.78 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.942;QD=58.6559;RBI=0.022573;REFB=0.0375775;REVB=0.0144327;RO=2;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269567;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-8.20867e-05;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:2:1:79:80:0.987654:35:44:1:1:35:45:0:1 chr8 145112198 . TGGGCT TGGCGT,TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT 666.19 PASS AF=0.185185,0.728395,0.0123457,0;AO=9,18,4,10;DP=79;FAO=15,59,1,0;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=13,36,0,0;FSAR=2,23,1,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0637588,0.747206,0.324744,-0.038326;FXX=0;HRUN=3,3,3,0;LEN=2,1,3,1;MLLD=88.136,12.0898,9.5799,92.2578;QD=32.8981;RBI=0.0760003,0.749591,0.332909,0.0460875;REFB=0.00419987,-0.133719,-0.0351143,0.0220922;REVB=-0.0413625,-0.0597453,-0.0732786,-0.0255964;RO=33;SAF=7,1,0,10;SAR=2,17,4,0;SRF=28;SRR=5;SSEN=0,0.641975,0,0;SSEP=0,0.386139,0,0;SSSB=-0.139521,-0.794311,-0.769018,0.673122;STB=0.76429,0.542212,0.983052,0.5;STBP=0.003,0.044,0.573,1;TYPE=mnp,del,mnp,ins;VARB=0.054285,0.106483,-0.0253956,0;OID=.,.,.,.;OPOS=145112201,145112199,145112201,145112203;OREF=GC,G,GCT,-;OALT=CG,-,CTG,G;OMAPALT=TGGCGT,TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.185185,0.728395,0.0123457,0:9,18,4,10:79:15,59,1,0:81:6:13,36,0,0:2,23,1,0:1:5:85:33:7,1,0,10:2,17,4,0:28:5 chr8 145150832 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.341;QD=59.0144;RBI=0.0619556;REFB=0;REVB=0.000692955;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349945;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr8 145160646 . T C 552.0 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294369;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.477;QD=59.6753;RBI=0.0336335;REFB=0;REVB=-0.0162691;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75063e-06;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:10:27:0:0 chr8 145161823 . G A 76.06 PASS AF=1;AO=5;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.98;QD=30.4246;RBI=0.196151;REFB=0;REVB=0.191688;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227115;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:10:0:0:5:10:1:1:4:0:0:5:5:0:0 chr8 145161896 . T C 538.17 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.426;QD=59.7965;RBI=0.093369;REFB=0;REVB=-0.0474293;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570271;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr8 145163414 . C G 863.37 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6778;QD=55.701;RBI=0.0312697;REFB=-0.125229;REVB=-0.00608224;RO=1;SAF=48;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377019;STB=0.519993;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00712931;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:12:48:0:1:12:49:0:1 chr8 145163647 . T C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4174;QD=46.8409;RBI=0.0305259;REFB=0;REVB=0.0156107;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055743;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr8 145164847 . A G 301.17 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0157133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3334;QD=46.3336;RBI=0.0829312;REFB=-0.00845282;REVB=-0.081429;RO=1;SAF=17;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264303;STB=0.519068;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00440114;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:1:2:22:24:0.923077:5:17:1:0:7:17:1:1 chr8 145166134 . C G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.334;QD=57.0316;RBI=0.105564;REFB=-0.0501045;REVB=0.00244619;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000229161;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:65:65:0.984848:38:27:0:0:38:27:1:0 chr8 145168611 . A G 647.85 PASS AF=0.787879;AO=52;DP=72;FAO=52;FDP=66;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0200706;FXX=0.0833218;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.865;QD=39.2638;RBI=0.0201066;REFB=-0.0247802;REVB=-0.00120206;RO=0;SAF=42;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05342e-08;STB=0.677343;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00204079;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:72:66:0:14:52:52:0.787879:10:42:0:0:10:42:2:12 chr8 145170440 . A C,G 1288.91 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=79,6;DP=85;FAO=80,5;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=60,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269351,-0.0151249;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=145.932,12.9281;QD=60.6544;RBI=0.0301103,0.0803442;REFB=0,0;REVB=0.0134585,-0.0789077;RO=0;SAF=20,3;SAR=59,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00174814,0.0760526;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:85:85:0:0:79,6:80,5:0.941176,0.0588235:59,3:20,3:0:0:60,2:20,3:0:0 chr8 145170704 . A C,T 657.52 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=3,40;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631618,0.0994637;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.946,56.0338;QD=61.165;RBI=0.0634218,0.117355;REFB=0,0;REVB=0.00573676,-0.0622826;RO=0;SAF=3,12;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0199882,0.00962602;OID=.,.;OPOS=145170704,145170704;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:43:43:0:0:3,40:2,41:0.0465116,0.953488:0,28:3,12:0:0:0,28:2,13:0:0 chr8 145223288 . C G,T 373.68 PASS AF=0.0689655,0.896552;AO=2,26;DP=29;FAO=2,26;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=2,11;FSAR=0,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163337,0.0525931;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.547,71.8837;QD=51.5414;RBI=0.0165682,0.0599017;REFB=-0.0279239,0.00580578;REVB=-0.00277749,0.0286738;RO=1;SAF=2,11;SAR=0,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0403563;STB=0.5,0.521722;STBP=1,0.325;TYPE=snp,snp;VARB=0.145715,0.000807776;OID=.,.;OPOS=145223288,145223288;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:1:1:2,26:2,26:0.0689655,0.896552:0,15:2,11:1:0:0,15:2,11:1:0 chr8 145578296 . A G 918.95 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00312505;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.11;QD=56.5511;RBI=0.0428649;REFB=0.0843508;REVB=-0.0427508;RO=1;SAF=48;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304355;STB=0.515147;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00024656;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:15:48:0:1:16:48:0:1 chr8 145603114 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.328;QD=59.839;RBI=0.0174421;REFB=0;REVB=-0.0106916;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20696e-05;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr8 145618597 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0950815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.02;QD=51.1846;RBI=0.0958042;REFB=0;REVB=0.0117452;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212945;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr8 145623963 . G A 747.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.114;QD=56.4432;RBI=0.127471;REFB=0;REVB=0.0395178;RO=1;SAF=36;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629864;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:1:0:51:53:1:15:36:1:0:15:38:0:0 chr8 145640411 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.02;QD=58.1419;RBI=0.0223985;REFB=0;REVB=0.0102992;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47098e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 145655816 . G A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00243102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.557;QD=23.0081;RBI=0.0161407;REFB=-0.00918969;REVB=-0.0159566;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18135;STB=0.599514;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00484325;OID=.;OPOS=145655816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:16:17:18:6:16:17:18:6 chr8 145661320 . G A 455.09 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.939;QD=53.5397;RBI=0.0610311;REFB=-0.0324673;REVB=0.0230982;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000774255;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:16:16:0:1:16:17:0:1 chr8 145661675 . G A 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.108038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4634;QD=50.8301;RBI=0.157215;REFB=-0.0565005;REVB=0.114211;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00864612;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr8 145665516 . T C 490.22 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.464;QD=56.0249;RBI=0.0246139;REFB=-0.155321;REVB=-0.0185225;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523795;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00131834;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:10:24:0:0:10:24:0:1 chr8 145689915 . G A 820.38 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.44;QD=55.6192;RBI=0.0413962;REFB=-0.0403583;REVB=0.0307773;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000365814;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:0:1:30:28:0:1 chr8 145690308 . C T 1247.75 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115528;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.11;QD=61.6174;RBI=0.0188224;REFB=0;REVB=0.0148598;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94248e-05;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:33:47:0:0:33:48:0:0 chr8 145690348 . G A 1004.23 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0297492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5402;QD=55.0264;RBI=0.0362992;REFB=-0.0610426;REVB=0.0207995;RO=3;SAF=52;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406854;STB=0.521558;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0205993;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:18:52:1:2:18:52:1:2 chr8 145690396 . A C 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1383;QD=59.849;RBI=0.0254296;REFB=0;REVB=-0.0185945;RO=0;SAF=55;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39779e-06;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:16:55:0:0:16:55:0:0 chr8 145692385 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9121;QD=47.821;RBI=0.0516585;REFB=0;REVB=0.0119304;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111603;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr8 145693720 . A G 3386.14 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699813;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.464;QD=62.1311;RBI=0.0300985;REFB=-0.0106178;REVB=0.0292736;RO=1;SAF=129;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23947e-05;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:219:218:1:0:218:218:1:89:129:1:0:89:129:0:0 chr8 145723419 . T G 781.3 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0176349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.754;QD=49.6066;RBI=0.0299711;REFB=-0.0323301;REVB=-0.0242338;RO=5;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662923;STB=0.535199;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00286425;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:58:58:0.920635:33:25:0:5:33:25:0:5 chr8 145724275 . T C 1371.48 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.638;QD=62.3399;RBI=0.0267571;REFB=0;REVB=0.00659556;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81272e-05;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:37:49:0:0:39:49:0:0 chr8 145729727 . C A 1750.01 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.416;QD=59.8294;RBI=0.0788137;REFB=0;REVB=0.0787286;RO=0;SAF=71;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263171;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:117:0:0:107:117:1:36:71:0:0:45:72:0:0 chr8 145737636 . A G 1025.49 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7137;QD=59.4484;RBI=0.0497107;REFB=0;REVB=-0.0493698;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399699;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:1:0:68:69:1:32:36:0:1:33:36:0:0 chr8 145737816 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.067;QD=59.4354;RBI=0.0602301;REFB=0;REVB=0.0419908;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581474;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr8 145738767 . CG C 618.78 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186379;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.925;QD=46.7001;RBI=0.068409;REFB=-0.0496887;REVB=-0.0658211;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00204974;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:53:53:0:21:32:0:0:8:1:21:30:0:1 chr8 145741701 . GC G,GG 300.38 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=8,14;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472922,0.0608417;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.9303,112.005;QD=52.2399;RBI=0.0525844,0.0648864;REFB=0,0;REVB=0.0229906,0.0225505;RO=0;SAF=4,9;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0149804,0.0196219;OID=.,.;OPOS=145741702,145741702;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:8,14:23:1,22:23:0:0,13:1,9:0:0:4:0:4,9:4,5:0:0 chr8 145741765 . G A 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4165;QD=55.0894;RBI=0.0194215;REFB=0;REVB=0.0143031;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377757;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr8 145741899 . GAAA GAA,GAAG 172.57 PASS AF=0.518519,0.037037;AO=26,2;DP=55;FAO=28,2;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=3,0;FSAR=25,2;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0703016,-0.028358;FXX=0.0181785;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.1186,237.457;QD=12.7829;RBI=0.0912455,0.041;REFB=-0.110282,-0.0119027;REVB=-0.0581673,-0.0296112;RO=22;SAF=2,0;SAR=24,2;SRF=19;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.716152,-0.7208;STB=0.868294,0.997694;STBP=0,0.012;TYPE=del,snp;VARB=0.115883,0.0551727;OID=.,.;OPOS=145741900,145741902;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519,0.037037:26,2:55:28,2:54:24:3,0:25,2:20:4:99:22:2,0:24,2:19:3 chr8 145742514 . A G 3724.09 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158541;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.522;QD=63.3887;RBI=0.0170063;REFB=0;REVB=0.00615321;RO=0;SAF=127;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78463e-06;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:235:0:0:234:235:1:107:127:0:0:108:127:0:0 chr8 145742561 . CGGGGC CGGGC,CGGGCG 88.34 PASS AF=0.301887,0.0188679;AO=23,8;DP=108;FAO=32,2;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=2,1;FSAR=30,1;FSRF=11;FSRR=61;FWDB=0.11048,-0.00254533;FXX=0.00934492;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.1664,26.0396;QD=3.33366;RBI=0.113374,0.0175422;REFB=-0.0875613,-0.0404752;REVB=0.0254509,-0.0173566;RO=67;SAF=1,1;SAR=22,7;SRF=9;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.361636,-0.0240295;STB=0.681673,0.836008;STBP=0.119,0.744;TYPE=del,mnp;VARB=0.149623,0.116024;OID=.,.;OPOS=145742562,145742565;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGC,CGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301887,0.0188679:23,8:108:32,2:106:72:2,1:30,1:11:61:77:67:1,1:22,7:9:58 chr8 145742879 . T C 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0751386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.601;QD=43.6825;RBI=0.0890768;REFB=0.0112734;REVB=0.047842;RO=2;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0059807;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:14:6:0:2:14:6:0:2 chr8 145745182 . T C 1669.42 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0297907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3542;QD=58.576;RBI=0.0316453;REFB=-0.133652;REVB=-0.0106742;RO=2;SAF=71;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013185;STB=0.503448;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00323111;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:2:1:111:113:0.991228:40:71:2:0:41:72:1:0 chr8 145947776 . G A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.000452993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.203;QD=21.5457;RBI=0.0404855;REFB=-0.0160569;REVB=0.040483;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132182;STB=0.574225;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0122499;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:8:2:5:9:8:2 chr8 145999616 . CTTT C,CTTC 507.94 PASS AF=0.538462,0.0769231;AO=42,6;DP=78;FAO=42,6;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=25,1;FSAR=17,5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00803201,-0.0141948;FXX=0.0249969;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=140.6,192.969;QD=26.0482;RBI=0.0111007,0.0200848;REFB=0.00633635,-0.00153517;REVB=0.00766236,0.0142094;RO=30;SAF=25,1;SAR=17,5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.073845,-0.419352;STB=0.540521,0.798935;STBP=0.461,0.152;TYPE=del,snp;VARB=-0.000733105,0.0253777;OID=.,.;OPOS=145999617,145999619;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0.0769231:42,6:78:42,6:78:30:25,1:17,5:15:15:99:30:25,1:17,5:15:15 chr8 146010776 . T C 207.58 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00170729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.616;QD=17.6661;RBI=0.0106852;REFB=-0.0132712;REVB=0.0105479;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142698;STB=0.508122;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0351136;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:14:12:10:11:14:12 chr8 146010817 . C A 583.72 PASS AF=0.9;AO=45;DP=53;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00512903;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.886;QD=46.6979;RBI=0.00695876;REFB=-0.0106089;REVB=0.00470291;RO=5;SAF=15;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283874;STB=0.515145;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000884684;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:53:50:5:5:45:45:0.9:30:15:1:4:30:15:1:4 chr8 146045868 . T C 166.11 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0155864;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.723;QD=13.0282;RBI=0.0170527;REFB=-0.00956882;REVB=-0.006918;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023668;STB=0.529382;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0141846;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:31:19:20:0.392157:9:10:17:14:10:10:17:14 chr8 146067054 . G A 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0129886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.773;QD=17.9199;RBI=0.0156362;REFB=-0.0309074;REVB=-0.00870544;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.57731;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0370234;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:18:14:20:14:18:14:20:14 chr8 146068322 . C T 262.78 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0113854;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.069;QD=14.8046;RBI=0.0113858;REFB=0.00377082;REVB=9.11027e-05;RO=41;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23559;STB=0.633246;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00724287;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:18:12:26:15:18:12:26:15 chr8 146068594 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.562;QD=59.0167;RBI=0.0383375;REFB=0;REVB=0.0258183;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429154;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr8 146076708 . C T 283.84 PASS AF=0.349515;AO=30;DP=101;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0121424;FXX=0.0550408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.274;QD=11.0228;RBI=0.0270698;REFB=-0.0226108;REVB=-0.0241937;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143928;STB=0.584881;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0583986;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:44:67:30:36:0.349515:18:12:12:32:19:17:23:44 chr8 146115367 . A C,G 1035.0 PASS AF=0.0675676,0.932432;AO=4,62;DP=67;FAO=5,69;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=2,37;FSAR=3,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150535,0.0720633;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.9289,44.3725;QD=55.946;RBI=0.0515476,0.111172;REFB=0,0;REVB=0.0493005,0.0846523;RO=0;SAF=2,35;SAR=2,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.46408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00530743,0.0104062;OID=.,.;OPOS=146115367,146115367;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:67:74:0:0:4,62:5,69:0.0675676,0.932432:2,27:2,35:0:0:3,32:2,37:0:0 chr8 146156247 . C A 449.18 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.038335;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.257;QD=21.138;RBI=0.0383976;REFB=-0.0261042;REVB=0.00219191;RO=39;SAF=27;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110214;STB=0.573808;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0236042;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:41:44:44:0.517647:17:27:19:20:17:27:19:22 chr8 146171437 . A G 300.45 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0216987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.979;QD=19.0759;RBI=0.0286127;REFB=-0.0132689;REVB=-0.0186509;RO=31;SAF=22;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191653;STB=0.607149;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0179919;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:10:22:15:16:10:22:15:16 chr8 146229161 . TG AG,GA,GG 704.97 PASS AF=0.934783,0.0434783,0.0217391;AO=42,2,2;DP=46;FAO=43,2,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0,0;FSAR=17,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613193,0.00282775,-0.00913725;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=241.006,236.245,169.089;QD=61.3014;RBI=0.00653755,0.0040476,0.0140028;REFB=0,0,0;REVB=-0.00226693,-0.00289601,-0.0106108;RO=0;SAF=26,0,0;SAR=16,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=-0.00141964,-0.00054363,0.212253;OID=.,.,.;OPOS=146229161,146229161,146229161;OREF=T,TG,T;OALT=A,GA,G;OMAPALT=AG,GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:46:46:0:0:42,2,2:43,2,1:0.934783,0.0434783,0.0217391:16,2,2:26,0,0:0:0:17,2,1:26,0,0:0:0 chr9 118173 . C G 818.33 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0163256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.574;QD=48.1372;RBI=0.0512278;REFB=-0.0247276;REVB=0.0485568;RO=2;SAF=38;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782079;STB=0.536278;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000287707;OID=.;OPOS=118173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:66:68:2:7:61:61:0.897059:23:38:1:1:23:38:2:5 chr9 154795 . T C 160.36 PASS AF=0.177515;AO=30;DP=169;FAO=30;FDP=169;FR=.;FRO=139;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=73;FSRR=66;FWDB=0.00362211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0898;QD=3.79545;RBI=0.0381842;REFB=0.00594671;REVB=0.038012;RO=139;SAF=17;SAR=13;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535908;STB=0.534398;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0274176;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:139:139:30:30:0.177515:13:17:73:66:13:17:73:66 chr9 162405 . C G 112.11 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000721328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0303;QD=16.6086;RBI=0.0358769;REFB=-0.0603698;REVB=-0.0358696;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692208;STB=0.561308;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0207712;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:5:8:7:6:5:8:7:7 chr9 214804 . A G 261.93 PASS AF=0.565217;AO=18;DP=40;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0458012;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9585;QD=22.7764;RBI=0.214858;REFB=-0.02957;REVB=0.209919;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12322;STB=0.652068;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0227532;OID=.;OPOS=214804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:46:22:20:18:26:0.565217:5:13:18:4:13:13:17:3 chr9 214864 . C T 496.31 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0485287;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.82;QD=19.0888;RBI=0.0490213;REFB=-0.040105;REVB=-0.00693244;RO=52;SAF=22;SAR=30;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189712;STB=0.604799;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0287812;OID=.;OPOS=214864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:52:52:0.5:30:22:33:19:30:22:33:19 chr9 215269 . A C 289.35 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0187384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.979;QD=13.9444;RBI=0.0193264;REFB=-0.00966371;REVB=-0.00473087;RO=50;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069315;STB=0.53945;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0159097;OID=.;OPOS=215269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:18:15:26:24:18:15:26:24 chr9 215494 . C T 508.79 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0160699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.889;QD=18.1709;RBI=0.0266158;REFB=-0.00722128;REVB=0.021217;RO=58;SAF=24;SAR=30;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131899;STB=0.573096;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00789649;OID=.;OPOS=215494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:30:24:34:24:30:24:34:24 chr9 215511 . C T 561.25 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00125936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.164;QD=19.3533;RBI=0.00359062;REFB=-0.00266129;REVB=0.00336252;RO=57;SAF=24;SAR=34;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163804;STB=0.594514;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00327066;OID=.;OPOS=215511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:58:58:58:0.5:34:24:34:23:34:24:35:23 chr9 215534 . C T 606.43 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0110787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.305;QD=19.2519;RBI=0.0155214;REFB=-0.0090231;REVB=0.0108709;RO=64;SAF=40;SAR=22;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181152;STB=0.600283;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0101813;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:22:40:29:35:22:40:29:35 chr9 271638 . C T 194.33 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00654411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5244;QD=12.3382;RBI=0.0248119;REFB=0.0119831;REVB=-0.0239333;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126522;STB=0.544199;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.019411;OID=.;OPOS=271638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:39:24:24:0.380952:14:10:15:20:14:10:19:20 chr9 286593 . C A 2154.65 PASS AF=0.946667;AO=141;DP=149;FAO=142;FDP=150;FR=.;FRO=8;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0311495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9731;QD=57.4573;RBI=0.0362879;REFB=-0.00201491;REVB=0.0186152;RO=8;SAF=62;SAR=79;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191099;STB=0.510183;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00102261;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:149:150:8:8:141:142:0.946667:79:62:5:3:80:62:5:3 chr9 390512 . C T 660.2 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00267844;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.373;QD=18.3389;RBI=0.0341452;REFB=0.00404932;REVB=-0.03404;RO=75;SAF=35;SAR=32;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403929;STB=0.522381;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0047674;OID=.;OPOS=390512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:75:77:67:67:0.465278:32:35:36:39:32:35:37:40 chr9 421031 . T TG 700.3 PASS AF=1;AO=8;DP=72;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700299;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.801;QD=41.8092;RBI=0.0700302;REFB=0;REVB=-0.0001961;RO=63;SAF=1;SAR=7;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000942111;OID=.;OPOS=421032;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:72:67:67:0:23:44:0:0:14:63:1:7:23:40 chr9 421032 . C G 849.27 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0135703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.165;QD=50.7024;RBI=0.0154875;REFB=0.0126603;REVB=-0.007464;RO=5;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567815;STB=0.530111;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000770914;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:67:67:5:5:62:62:0.925373:39:23:0:5:39:23:0:5 chr9 429719 . T C 1189.56 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0133307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.3892;QD=57.3283;RBI=0.0267679;REFB=-0.157664;REVB=0.0232123;RO=3;SAF=43;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014693;STB=0.507896;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.002612;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:3:3:79:80:0.963855:36:43:1:2:36:44:1:2 chr9 433978 . A G 1362.47 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00711381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.121;QD=61.2348;RBI=0.0183062;REFB=-0.120875;REVB=-0.0168675;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114167;STB=0.506023;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000404209;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:41:46:0:1:41:47:0:1 chr9 441952 . G A 1162.02 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.23;QD=58.8365;RBI=0.0309096;REFB=0;REVB=0.0150711;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545604;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:73:79:1:45:28:0:0:50:29:0:0 chr9 676954 . T C 1540.74 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.627;QD=62.8874;RBI=0.0441178;REFB=0;REVB=0.00576791;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338229;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:49:45:0:0:49:49:0:0 chr9 712137 . G C 321.1 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0132163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.029;QD=13.8108;RBI=0.0517753;REFB=-0.0067346;REVB=0.0500601;RO=57;SAF=20;SAR=16;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637284;STB=0.50363;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0100363;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:16:20:32:25:16:20:32:25 chr9 712156 . T G 247.51 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0307021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3022;QD=11.5121;RBI=0.032107;REFB=-0.0118597;REVB=0.00939356;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963916;STB=0.5604;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0255285;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:56:30:30:0.348837:14:16:34:21:14:16:35:21 chr9 712674 . C T 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0342703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.603;QD=18.0733;RBI=0.036639;REFB=-0.0130363;REVB=-0.0129599;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182279;STB=0.510197;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0141271;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:18:13:12:18:18:13 chr9 712766 . G A 278.88 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0189224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.445;QD=16.4048;RBI=0.0194004;REFB=-0.00340282;REVB=-0.00427996;RO=37;SAF=23;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247374;STB=0.64016;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00351323;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:8:23:19:18:8:23:19:18 chr9 713307 . A G 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0119179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.225;QD=12.9722;RBI=0.0226939;REFB=-0.0169061;REVB=-0.0193126;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282827;STB=0.666389;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0394747;OID=.;OPOS=713307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:11:7:8:4:11:7 chr9 730054 . A G 382.46 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00870638;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7832;QD=18.6566;RBI=0.0301317;REFB=-0.0220348;REVB=0.0288465;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123858;STB=0.573992;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0115131;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:42:39:40:0.487805:18:21:17:25:18:22:17:25 chr9 738434 . C T 739.37 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00371624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.154;QD=20.8274;RBI=0.00972752;REFB=-0.0137201;REVB=0.00898967;RO=70;SAF=40;SAR=32;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144198;STB=0.507934;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0130359;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:70:72:72:0.507042:32:40:40:30:32:40:40:30 chr9 740901 . C T 300.25 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.017044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.491;QD=11.6601;RBI=0.0219155;REFB=-0.00323273;REVB=0.0137764;RO=64;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570256;STB=0.504536;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00653228;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:66:37:37:0.359223:21:16:28:36:21:16:29:37 chr9 742342 . A G 355.63 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9623;QD=54.7129;RBI=0.108416;REFB=0;REVB=0.0988122;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607308;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:17:7:0:0:19:7:0:0 chr9 841971 . T A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.051474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.927;QD=21.1721;RBI=0.0562056;REFB=-0.0175591;REVB=0.0225721;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292681;STB=0.666389;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0197478;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:2:6:4:8:2:6 chr9 991114 . A G 532.11 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0410095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2604;QD=25.6437;RBI=0.0613856;REFB=0.0356459;REVB=-0.0456773;RO=34;SAF=18;SAR=31;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103539;STB=0.556672;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.025872;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:31:18:17:17:31:18:17:17 chr9 1056959 . G C 159.22 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.00713535;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.165;QD=14.1531;RBI=0.0130629;REFB=-0.00405695;REVB=-0.0109419;RO=25;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264227;STB=0.625392;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00973668;OID=.;OPOS=1056959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:25:28:17:17:0.377778:13:4:2:23:13:4:3:25 chr9 1057555 . T C 623.2 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00999436;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.233;QD=25.1798;RBI=0.0222248;REFB=-0.0163453;REVB=-0.0198508;RO=43;SAF=31;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447172;STB=0.50588;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0135987;OID=.;OPOS=1057555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:43:55:56:0.565657:24:31:24:19:24:32:24:19 chr9 2029199 . G A 603.99 PASS AF=0.555556;AO=51;DP=96;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=39;FWDB=0.000578693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.963;QD=24.4037;RBI=0.00104881;REFB=-0.0073416;REVB=-0.000874704;RO=44;SAF=21;SAR=30;SRF=5;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276136;STB=0.657093;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00309206;OID=.;OPOS=2029199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:44:44:51:55:0.555556:30:21:5:39:30:25:5:39 chr9 2070454 . C G 45.08 PASS AF=0.0819672;AO=27;DP=244;FAO=20;FDP=244;FR=.;FRO=224;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=100;FSRR=124;FWDB=-0.0379565;FXX=0.00408147;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.5;QD=0.738954;RBI=0.0491134;REFB=-0.00379628;REVB=-0.0311677;RO=191;SAF=0;SAR=27;SRF=98;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.695671;STB=0.930156;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.148039;OID=.;OPOS=2070454;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:244:244:191:224:27:20:0.0819672:27:0:98:93:19:1:100:124 chr9 2101545 . T A 205.69 PASS AF=0.409836;AO=26;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0891367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1966;QD=13.4877;RBI=0.090475;REFB=0.0014317;REVB=-0.015504;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539552;STB=0.547742;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00240331;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:26:25:0.409836:15:11:13:22:14:11:13:23 chr9 2191309 . C G 432.93 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274554;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.114;QD=57.7238;RBI=0.0134345;REFB=0;REVB=0.013151;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42748e-06;OID=.;OPOS=2191309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr9 2635545 . G A 1984.65 PASS AF=0.984962;AO=127;DP=131;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0219506;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.68;QD=59.6887;RBI=0.0297719;REFB=-0.157338;REVB=0.0201132;RO=2;SAF=45;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468215;STB=0.506023;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0020306;OID=.;OPOS=2635545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:133:2:2:127:131:0.984962:82:45:1:1:82:49:0:2 chr9 2717922 . C G 126.01 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0320607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.543;QD=9.69307;RBI=0.0341424;REFB=-0.016185;REVB=0.0117394;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159893;STB=0.615248;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.041448;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:36:36:15:16:0.307692:7:8:24:12:8:8:24:12 chr9 2718534 . C G 902.37 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.547;QD=58.2175;RBI=0.030806;REFB=0;REVB=-0.0237703;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69364e-05;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:27:35:0:0 chr9 2811505 . G A 477.56 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0143334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.924;QD=15.4052;RBI=0.0165859;REFB=-0.036599;REVB=-0.00834542;RO=70;SAF=26;SAR=27;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180616;STB=0.595749;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0313871;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:71:53:53:0.427419:27:26:22:48:27:26:23:48 chr9 2828765 . C G 268.28 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0209664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.998;QD=22.8322;RBI=0.0226638;REFB=-0.00699739;REVB=-0.00860564;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855201;STB=0.547787;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00404691;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:15:10:11:11:15:10:11:11 chr9 4118208 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.8;QD=45.8065;RBI=0.0332619;REFB=0;REVB=-0.0329106;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230915;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr9 4386423 . A G 545.64 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00857261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.68;QD=21.19;RBI=0.0750936;REFB=-0.00556374;REVB=0.0746027;RO=48;SAF=27;SAR=28;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453284;STB=0.524911;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00575391;OID=.;OPOS=4386423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:28:27:21:27:28:27:21:27 chr9 4566073 . A AT 56.65 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0041228;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.052;QD=5.39502;RBI=0.0565418;REFB=-0.00244382;REVB=-0.0563913;RO=34;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480482;STB=0.830318;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.05769;OID=.;OPOS=4566074;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:9:44:9:42:33:8:1:18:15:56:34:8:1:19:15 chr9 4576680 . T C 590.68 PASS AF=0.613636;AO=51;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0167844;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.313;QD=26.849;RBI=0.0374312;REFB=-0.0182657;REVB=0.0334571;RO=31;SAF=28;SAR=23;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450293;STB=0.543;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0114536;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:34:51:54:0.613636:23:28:19:12:25:29:22:12 chr9 4622453 . T C 203.87 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000375899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.861;QD=22.6522;RBI=0.0269785;REFB=-0.0108993;REVB=0.0269759;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214157;STB=0.522324;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00734913;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:9:10:8:8:9:11:8:8 chr9 4625429 . T C 383.3 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0549701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9258;QD=20.1738;RBI=0.0558868;REFB=-0.0116387;REVB=-0.0100811;RO=37;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130374;STB=0.576909;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0177223;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:38:39:0.513158:16:22:16:21:16:23:16:21 chr9 4662394 . A G 77.33 PASS AF=0.323529;AO=8;DP=31;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0435772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.432;QD=9.09782;RBI=0.0437565;REFB=-0.0137141;REVB=0.00395779;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911203;STB=0.5443;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0304339;OID=.;OPOS=4662394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:31:34:23:23:8:11:0.323529:5:3:7:16:7:4:7:16 chr9 4664829 . T C 260.73 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0141361;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.205;QD=16.5545;RBI=0.0162018;REFB=-0.00798117;REVB=0.00791638;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136958;STB=0.538435;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00661561;OID=.;OPOS=4664829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:30:34:29:29:0.460317:14:15:20:10:14:15:20:14 chr9 4706214 . C T 314.93 PASS AF=0.336066;AO=38;DP=116;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0110907;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.713;QD=10.3256;RBI=0.0602037;REFB=-0.00385362;REVB=-0.0591733;RO=74;SAF=23;SAR=15;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694552;STB=0.529248;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00926723;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:122:74:81:38:41:0.336066:15:23:49:25:15:26:48:33 chr9 4711440 . T A 331.22 PASS AF=0.397849;AO=38;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0199305;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5625;QD=14.2461;RBI=0.0370995;REFB=-0.00323672;REVB=0.0312913;RO=56;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375403;STB=0.540315;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00702862;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:56:38:37:0.397849:19:19:26:30:18:19:25:31 chr9 5050706 . C T 331.89 PASS AF=0.290909;AO=46;DP=162;FAO=48;FDP=165;FR=.;FRO=117;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=-0.00114509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9741;QD=8.04586;RBI=0.127195;REFB=0.00566683;REVB=-0.12719;RO=108;SAF=34;SAR=12;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243814;STB=0.612139;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0142443;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:165:108:117:46:48:0.290909:12:34:60:48:14:34:66:51 chr9 5081780 . G A 283.9 PASS AF=0.308333;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=26;FWDB=-0.0137858;FXX=0.0399968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.6943;QD=9.46345;RBI=0.0180032;REFB=-0.0132315;REVB=0.0115787;RO=82;SAF=22;SAR=15;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111366;STB=0.567766;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0197565;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:82:83:37:37:0.308333:15:22:56:26:15:22:57:26 chr9 5092466 . G A 491.87 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0163801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.468;QD=21.1559;RBI=0.02466;REFB=0.00200268;REVB=0.0184339;RO=43;SAF=31;SAR=17;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255199;STB=0.630881;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00311524;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:45:48:48:0.516129:17:31:15:28:17:31:17:28 chr9 5094034 . G A 387.85 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.000358994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.595;QD=15.9938;RBI=0.00185392;REFB=-0.00581166;REVB=0.00181883;RO=55;SAF=26;SAR=15;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255469;STB=0.648307;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00852521;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:56:41:41:0.42268:15:26:21:34:15:26:21:35 chr9 5095095 . A C 137.51 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.000292516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.156;QD=11.7029;RBI=0.0508877;REFB=0.00142604;REVB=0.0508869;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146597;STB=0.585699;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00313943;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:23:8:6:10:23:8 chr9 5095167 . A C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00959438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.674;QD=13.774;RBI=0.0110032;REFB=-0.0222682;REVB=-0.00538694;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557524;STB=0.532225;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0369129;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:17:14:8:12:17:14 chr9 5095191 . T A 146.92 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0153724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.927;QD=11.3016;RBI=0.0153734;REFB=-0.00863686;REVB=-0.000172257;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062033;STB=0.53644;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0252228;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:17:17:8:10:17:17 chr9 5096433 . A G 438.04 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00595736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.781;QD=19.0453;RBI=0.0471422;REFB=-0.0106495;REVB=0.0467642;RO=48;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585972;STB=0.532594;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.011242;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:22:22:21:27:22:22:21:27 chr9 5098223 . T C 445.61 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00965931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4273;QD=20.726;RBI=0.012252;REFB=0.00471577;REVB=-0.00753726;RO=42;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291976;STB=0.501616;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00717942;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:19:25:24:18:19:25:24:18 chr9 5231712 . T A 142.59 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0752824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8977;QD=14.259;RBI=0.0790146;REFB=-0.00600019;REVB=-0.0239972;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571966;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:24:16:16:0.4:8:8:10:11:8:8:12:12 chr9 5335470 . C T 765.66 PASS AF=0.452514;AO=81;DP=179;FAO=81;FDP=179;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0288998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.285;QD=17.1097;RBI=0.0389932;REFB=-0.00617699;REVB=-0.0261778;RO=98;SAF=46;SAR=35;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354528;STB=0.501968;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00697518;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:98:98:81:81:0.452514:35:46:56:42:35:46:56:42 chr9 5431913 . A G 576.37 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0132962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.267;QD=19.8748;RBI=0.0183744;REFB=0.000194426;REVB=-0.0126818;RO=56;SAF=38;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179239;STB=0.6035;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000200479;OID=.;OPOS=5431913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:57:59:59:0.508621:21:38:25:31:21:38:25:32 chr9 5557672 . T C 2316.83 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1059;QD=60.1775;RBI=0.0431816;REFB=-0.00568137;REVB=-0.0329662;RO=1;SAF=80;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590919;STB=0.503105;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000110952;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:154:1:1:152:153:0.993506:72:80:1:0:73:80:1:0 chr9 5732483 . T C 1970.43 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190777;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.85;QD=62.0607;RBI=0.110598;REFB=0;REVB=0.108941;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171601;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:61:66:0:0:61:66:0:0 chr9 5762633 . C T 165.67 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00213501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.983;QD=14.406;RBI=0.0145001;REFB=-0.00992883;REVB=-0.0143421;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150511;STB=0.586863;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0173177;OID=.;OPOS=5762633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:18:10:9:9:18:10 chr9 5774225 . T G 901.4 PASS AF=0.484043;AO=90;DP=186;FAO=91;FDP=188;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0208405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.382;QD=19.1786;RBI=0.0231665;REFB=-0.0176507;REVB=0.0101173;RO=96;SAF=42;SAR=48;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176509;STB=0.509799;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0224708;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:96:97:90:91:0.484043:48:42:43:53:48:43:44:53 chr9 5890162 . G T 424.61 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0526185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7142;QD=24.2637;RBI=0.0590894;REFB=-0.0353633;REVB=-0.026886;RO=28;SAF=28;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119457;STB=0.55997;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0257381;OID=.;OPOS=5890162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:29:41:41:0.585714:13:28:15:13:13:28:16:13 chr9 5892525 . C T 354.93 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0211933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.126;QD=16.3185;RBI=0.022424;REFB=-0.00471462;REVB=-0.0073268;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773484;STB=0.574674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00502322;OID=.;OPOS=5892525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:49:38:38:0.436782:19:19:25:18:19:19:31:18 chr9 5914039 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0168224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7906;QD=15.8811;RBI=0.0279594;REFB=-0.00760125;REVB=-0.0223323;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00540418;OID=.;OPOS=5914039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr9 5914048 . T C 68.68 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.042291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9131;QD=16.159;RBI=0.0825003;REFB=-0.0150164;REVB=0.0708362;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.017048;OID=.;OPOS=5914048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:4:4:3:5:5:4:3:5 chr9 5968416 . A G 135.88 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0190449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.149;QD=17.5328;RBI=0.0198718;REFB=-0.0184675;REVB=-0.0056726;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176662;STB=0.601846;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0258806;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:4:11:9:7:4:11:9:7 chr9 5969307 . C T 405.1 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0153191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2947;QD=16.8793;RBI=0.0166597;REFB=-0.0135246;REVB=0.00654752;RO=54;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157987;STB=0.588541;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0211085;OID=.;OPOS=5969307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:19:23:21:33:19:23:21:33 chr9 6007551 . T C 1103.59 PASS AF=0.495536;AO=111;DP=223;FAO=111;FDP=224;FR=.;FRO=113;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=-0.0107988;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.522;QD=19.707;RBI=0.0148092;REFB=-0.0114038;REVB=-0.0101341;RO=111;SAF=62;SAR=49;SRF=66;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033427;STB=0.513087;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0109979;OID=.;OPOS=6007551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:111:113:111:111:0.495536:49:62:66:45:49:62:66:47 chr9 6007767 . C A 62.75 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0282402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.077;QD=20.9181;RBI=0.0430938;REFB=-0.0439947;REVB=0.032551;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336275;STB=0.699397;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0223532;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:2:2:7:1:2:2 chr9 6012734 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.62;QD=49.599;RBI=0.0199167;REFB=0;REVB=-0.0193011;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168089;OID=.;OPOS=6012734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr9 6012968 . A G 106.34 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00118122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.123;QD=11.8154;RBI=0.029431;REFB=0.000237858;REVB=0.0294073;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04243;STB=0.525076;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000105251;OID=.;OPOS=6012968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:15:8:5:8:15:8 chr9 6015011 . T C 346.52 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0127082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.872;QD=12.4871;RBI=0.0515323;REFB=0.0112256;REVB=0.0499407;RO=69;SAF=25;SAR=17;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117163;STB=0.500667;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0153234;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:69:42:42:0.378378:17:25:41:28:17:25:41:28 chr9 6015042 . A G 353.07 PASS AF=0.341085;AO=44;DP=129;FAO=44;FDP=129;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0149274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0025;QD=10.9478;RBI=0.0246239;REFB=-0.0188452;REVB=-0.0195833;RO=85;SAF=26;SAR=18;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316147;STB=0.50182;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0318045;OID=.;OPOS=6015042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:85:85:44:44:0.341085:18:26:50:35:18:26:50:35 chr9 6328947 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.205;QD=53.9093;RBI=0.0350602;REFB=0;REVB=0.0199155;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04302e-05;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr9 6329888 . A G 1404.76 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066312;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5472;QD=63.1355;RBI=0.0749922;REFB=0;REVB=0.0350221;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026046;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr9 6330321 . T A 210.76 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00379062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.307;QD=14.0508;RBI=0.013105;REFB=-0.00264266;REVB=0.0125448;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175177;STB=0.608607;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0056696;OID=.;OPOS=6330321;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:16:9:18:16:16:9:19:16 chr9 6330915 . G A 917.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.018;QD=58.2545;RBI=0.0187691;REFB=0;REVB=-0.00847492;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43513e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:36:27:0:0 chr9 6592868 . G C 337.59 PASS AF=0.522388;AO=36;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00347379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1169;QD=20.1543;RBI=0.00398757;REFB=-0.0023623;REVB=0.00195792;RO=30;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143752;STB=0.583144;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00203822;OID=.;OPOS=6592868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:32:36:35:0.522388:17:19:21:9:17:18:22:10 chr9 6606639 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0104103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.131;QD=10.668;RBI=0.0128111;REFB=0.0081878;REVB=0.00746664;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411477;STB=0.728723;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00896459;OID=.;OPOS=6606639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:7:3:12:5:7:3:12:6 chr9 6606645 . G A 53.67 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00693757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.025;QD=7.95127;RBI=0.0102878;REFB=-0.00243661;REVB=0.00759662;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283248;STB=0.675254;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00622759;OID=.;OPOS=6606645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:12:7:5:3:12:7 chr9 6645251 . C T 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00870599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.099;QD=48.8652;RBI=0.0161319;REFB=-0.20238;REVB=-0.0135811;RO=3;SAF=15;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281616;STB=0.515141;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00179409;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:15:15:2:1:15:15:2:1 chr9 6984172 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0226215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.795;QD=25.2443;RBI=0.0237213;REFB=-0.0114046;REVB=0.00713906;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29484;STB=0.662841;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0137319;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:11:17:5:17:11:17:5:17 chr9 6984236 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00927045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.535;QD=17.1669;RBI=0.0129324;REFB=-0.00207122;REVB=-0.009017;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073913;STB=0.548618;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00335344;OID=.;OPOS=6984236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:32:28:29:0.47541:17:11:15:17:18:11:15:17 chr9 7046901 . C G 306.77 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0150665;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.718;QD=18.045;RBI=0.0181621;REFB=-0.0316558;REVB=0.0101422;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128386;STB=0.561288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0301342;OID=.;OPOS=7046901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:32:33:0.485294:13:19:16:19:14:19:16:19 chr9 7076463 . G A 167.09 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0168161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.711;QD=15.1905;RBI=0.0334345;REFB=-0.0145866;REVB=-0.0288978;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145161;STB=0.583245;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0233392;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:8:18:10:8:8:18 chr9 7103816 . C T 592.56 PASS AF=0.428571;AO=62;DP=145;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=60;FWDB=-0.00563991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.591;QD=16.1241;RBI=0.00753973;REFB=-0.0138363;REVB=0.00500389;RO=83;SAF=25;SAR=37;SRF=24;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125064;STB=0.568161;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.015959;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:83:84:62:63:0.428571:37:25:24:59:38:25:24:60 chr9 7798435 . C T 895.62 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.367;QD=57.7817;RBI=0.00411684;REFB=0;REVB=0.000175947;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343184;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr9 7798518 . G C 2176.19 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8254;QD=63.0781;RBI=0.0746884;REFB=0;REVB=0.0698458;RO=0;SAF=83;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298035;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:55:83:0:0:55:83:0:0 chr9 7799606 . C A 135.58 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00379406;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.918;QD=15.9502;RBI=0.00455682;REFB=-0.00863093;REVB=0.00252383;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196894;STB=0.63981;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00855507;OID=.;OPOS=7799606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:13:15:0.441176:8:5:11:8:10:5:11:8 chr9 7799653 . G T 95.21 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0507926;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.4877;QD=11.2009;RBI=0.0508265;REFB=-0.0167255;REVB=-0.00185434;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292438;STB=0.666405;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0212005;OID=.;OPOS=7799653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:20:22:12:12:0.352941:7:5:14:6:7:5:15:7 chr9 8389364 . C G 985.23 PASS AF=0.510526;AO=96;DP=177;FAO=97;FDP=190;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0212634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.022;QD=20.7417;RBI=0.0268818;REFB=-0.0200692;REVB=0.0164469;RO=80;SAF=33;SAR=63;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509375;STB=0.568721;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0175682;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:190:80:93:96:97:0.510526:63:33:32:48:63:34:45:48 chr9 8454566 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2926;QD=57.8819;RBI=0.0882212;REFB=0;REVB=0.0793422;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117148;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr9 8465598 . A G 3163.28 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.133;QD=61.7225;RBI=0.0523947;REFB=0;REVB=0.014072;RO=0;SAF=96;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74259e-05;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:205:0:0:198:205:1:102:96:0:0:104:101:0:0 chr9 8518143 . T C 2783.06 PASS AF=0.968085;AO=182;DP=188;FAO=182;FDP=188;FR=.;FRO=6;FSAF=105;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0296091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.004;QD=59.2141;RBI=0.0318789;REFB=-0.190468;REVB=0.0118138;RO=6;SAF=105;SAR=77;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253999;STB=0.513354;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00151793;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:188:188:6:6:182:182:0.968085:77:105:1:5:77:105:1:5 chr9 8518395 . G A 2241.29 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0540517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.954;QD=58.9813;RBI=0.0542793;REFB=-0.115355;REVB=-0.00496463;RO=1;SAF=76;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621742;STB=0.506409;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000961366;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:152:1:2:149:150:0.986842:73:76:1:0:73:77:2:0 chr9 8525217 . ATT A,AT,TAT 66.83 PASS AF=0.0344828,0.517241,0.275862;AO=4,6,5;DP=31;FAO=1,15,8;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=0,6,5;FSAR=1,9,3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0653796,0.119079,0.0986493;FXX=0.121175;HRUN=12,12,1;LEN=2,1,2;MLLD=6.54325,3.90194,17.2087;QD=9.2179;RBI=0.095531,0.177505,0.133069;REFB=-0.0236247,-0.0524112,0.0169853;REVB=-0.069654,-0.131637,-0.0893071;RO=6;SAF=1,1,4;SAR=3,5,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0959372,-0.202122,0.429493;STB=0.986861,0.5,0.588011;STBP=0.508,1,0.479;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0828149,0.114405,-0.217312;OID=.,.,.;OPOS=8525218,8525218,8525217;OREF=TT,T,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=A,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:29:31:29:6:5:4,6,5:1,15,8:0.0344828,0.517241,0.275862:3,5,1:1,1,4:2:4:1,9,3:0,6,5:2:3 chr9 8528506 . A G 657.96 PASS AF=0.894737;AO=37;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0742165;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.1444;QD=46.1723;RBI=0.0942769;REFB=-0.0835289;REVB=0.0581382;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.519473;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0118246;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:57:57:0:6:37:51:0.894737:23:14:0:0:34:17:3:3 chr9 12775889 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.77;QD=53.2771;RBI=0.0543281;REFB=0;REVB=-0.028405;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180811;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr9 13105959 . T A,G 1395.68 PASS AF=0.043956,0.956044;AO=4,85;DP=89;FAO=4,87;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=3,50;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318164,0.0393087;FXX=0.0108684;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.3338,53.625;QD=61.3488;RBI=0.047535,0.100006;REFB=0,0;REVB=-0.035317,0.0919568;RO=0;SAF=3,49;SAR=1,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.200646,-5.38158e-05;OID=.,.;OPOS=13105959,13105959;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:89:91:0:0:4,85:4,87:0.043956,0.956044:1,36:3,49:0:0:1,37:3,50:0:0 chr9 13112116 . A G 2758.62 PASS AF=0.983516;AO=177;DP=184;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0191562;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.573;QD=60.6291;RBI=0.0408396;REFB=-0.0119658;REVB=-0.0360682;RO=3;SAF=91;SAR=86;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484323;STB=0.502429;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000120154;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:184:182:3:3:177:179:0.983516:86:91:2:1:86:93:2:1 chr9 13150531 . T C 713.76 PASS AF=0.414894;AO=78;DP=183;FAO=78;FDP=188;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=0.00702479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.032;QD=15.1864;RBI=0.018706;REFB=-0.0079246;REVB=-0.0173368;RO=104;SAF=42;SAR=36;SRF=68;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120383;STB=0.552684;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.012036;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:188:104:110:78:78:0.414894:36:42:68:36:36:42:69:41 chr9 13176312 . C T 1052.66 PASS AF=0.586826;AO=98;DP=167;FAO=98;FDP=167;FR=.;FRO=69;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0106152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.088;QD=25.2133;RBI=0.0142254;REFB=-0.0130214;REVB=-0.00946983;RO=69;SAF=60;SAR=38;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126457;STB=0.568706;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.011745;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:69:69:98:98:0.586826:38:60:31:38:38:60:31:38 chr9 13928011 . T G 164.21 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00588987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1791;QD=11.1332;RBI=0.0369588;REFB=0.00470637;REVB=-0.0364865;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277585;STB=0.501617;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00921046;OID=.;OPOS=13928011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:11:10:18:20:11:10:18:20 chr9 13928028 . T C 188.16 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000892714;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.088;QD=12.7563;RBI=0.0201918;REFB=-0.00277006;REVB=0.020172;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641436;STB=0.50369;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00401142;OID=.;OPOS=13928028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:17:19:12:11:17:19 chr9 14086120 . G C 686.15 PASS AF=0.568966;AO=66;DP=116;FAO=66;FDP=116;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00223474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.453;QD=23.6604;RBI=0.00377764;REFB=-0.0221416;REVB=0.00304573;RO=50;SAF=39;SAR=27;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743253;STB=0.504057;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0176998;OID=.;OPOS=14086120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:50:66:66:0.568966:27:39:30:20:27:39:30:20 chr9 14086782 . T G 36.81 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0143442;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=158.158;QD=2.53885;RBI=0.014567;REFB=0.000594345;REVB=-0.00253829;RO=45;SAF=1;SAR=6;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542926;STB=0.864369;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00400817;OID=.;OPOS=14086782;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:52:58:45:51:7:7:0.12069:6:1:28:17:6:1:29:22 chr9 14086792 . TG GT,TT 92.87 PASS AF=0.160714,0.178571;AO=11,5;DP=53;FAO=9,10;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=6,3;FSAR=3,7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0330703,0.0169477;FXX=0;HRUN=13,1;LEN=2,1;MLLD=37.3882,169.023;QD=6.63327;RBI=0.0331815,0.0169535;REFB=-0.0631895,-0.00770328;REVB=-0.00271487,-0.000442188;RO=33;SAF=7,0;SAR=4,5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.183129,-0.631848;STB=0.626578,0.672137;STBP=0.416,0.251;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0502501,0.0339928;OID=.,.;OPOS=14086792,14086793;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:53:56:33:37:11,5:9,10:0.160714,0.178571:4,5:7,0:16:17:3,7:6,3:19:18 chr9 14618856 . C T 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.714;QD=59.6735;RBI=0.0246131;REFB=0;REVB=-0.0075179;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108038;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr9 14737506 . T G 530.14 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0110785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.797;QD=23.0497;RBI=0.0498952;REFB=-0.02614;REVB=-0.0486498;RO=42;SAF=31;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422736;STB=0.523257;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0183561;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:19:31:24:18:19:31:24:18 chr9 14747412 . A G 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0244383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.364;QD=17.5992;RBI=0.0290252;REFB=-0.0152207;REVB=-0.0156598;RO=44;SAF=12;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756392;STB=0.542423;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0164668;OID=.;OPOS=14747412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:26:12:17:27:26:12:17:27 chr9 14775853 . A G 1690.97 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174557;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3893;QD=59.8572;RBI=0.0174739;REFB=0;REVB=-0.000798362;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683137;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:110:113:1:48:62:0:0:48:65:0:0 chr9 14775859 . G A 473.85 PASS AF=0.448276;AO=51;DP=115;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0115623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.562;QD=16.3397;RBI=0.0189356;REFB=-0.0235614;REVB=-0.0149957;RO=64;SAF=30;SAR=21;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262848;STB=0.508127;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0377806;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:64:64:51:52:0.448276:21:30:36:28:22:30:36:28 chr9 14801710 . C A 681.93 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00753637;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.294;QD=17.264;RBI=0.0110044;REFB=-0.0238908;REVB=0.00801877;RO=85;SAF=42;SAR=31;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079478;STB=0.544106;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0246285;OID=.;OPOS=14801710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:85:85:73:73:0.462025:31:42:42:43:31:42:42:43 chr9 14816829 . G C 339.15 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00510144;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.92;QD=29.4911;RBI=0.00803631;REFB=-0.0241966;REVB=0.00620947;RO=17;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447417;STB=0.517229;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0125679;OID=.;OPOS=14816829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:17:28:29:0.630435:13:15:8:9:14:15:8:9 chr9 14823221 . G T 376.45 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.00223776;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.657;QD=12.6537;RBI=0.00265133;REFB=0.00146663;REVB=-0.00142197;RO=72;SAF=24;SAR=21;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699762;STB=0.538445;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00281008;OID=.;OPOS=14823221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:74:45:45:0.378151:21:24:43:29:21:24:44:30 chr9 14824799 . G A 714.86 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.0102325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.866;QD=20.8717;RBI=0.0335173;REFB=-0.0266816;REVB=-0.0319172;RO=67;SAF=44;SAR=26;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297563;STB=0.516382;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0276317;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:26:44:40:27:26:44:40:27 chr9 14859356 . T C 592.35 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0613803;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8603;QD=18.8047;RBI=0.0734077;REFB=-0.0224536;REVB=-0.0402635;RO=65;SAF=27;SAR=34;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103639;STB=0.549514;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0278694;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:34:27:36:29:34:27:35:30 chr9 15188106 . T C 1570.19 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.681;QD=59.8168;RBI=0.0271685;REFB=0;REVB=0.0236319;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34092e-05;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:102:105:1:47:55:0:0:48:57:0:0 chr9 15464898 . C A 210.76 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0317671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4723;QD=19.16;RBI=0.0548714;REFB=0.0126803;REVB=-0.0447406;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148248;STB=0.591754;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0235197;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:12:9:6:16:12:9:6:17 chr9 15591372 . T A 226.4 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0187053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.081;QD=17.0865;RBI=0.0292537;REFB=-0.00587009;REVB=-0.022492;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518425;STB=0.527251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0112417;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:28:25:25:0.471698:12:13:15:11:12:13:16:12 chr9 15744683 . G A 498.61 PASS AF=0.494845;AO=49;DP=100;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.000692329;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4834;QD=20.5614;RBI=0.01577;REFB=0.00935017;REVB=-0.0157548;RO=49;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368432;STB=0.525966;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.012095;OID=.;OPOS=15744683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:49:49:49:48:0.494845:24:25:23:26:23:25:23:26 chr9 15784631 . A G 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0146027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.637;QD=22.1888;RBI=0.014606;REFB=-0.00601383;REVB=-0.000313928;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425359;STB=0.52379;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0060462;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:9:13:13:11:9:13 chr9 15922137 . A G 1520.44 PASS AF=0.979798;AO=99;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0387669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.311;QD=61.4318;RBI=0.0420874;REFB=-0.0301702;REVB=0.0163852;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.513155;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000947175;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:99:97:0.979798:39:60:0:0:37:60:0:2 chr9 16411463 . G T 132.45 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.100553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7439;QD=6.23288;RBI=0.108489;REFB=0.00895371;REVB=-0.0407325;RO=65;SAF=9;SAR=11;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144197;STB=0.508888;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0312552;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:65:20:20:0.235294:11:9:30:35:11:9:30:35 chr9 16417096 . C T 86.87 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.018864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.716;QD=11.209;RBI=0.0282057;REFB=-0.00518895;REVB=-0.0209693;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118806;STB=0.545375;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.010877;OID=.;OPOS=16417096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:31:17:20:11:11:0.354839:4:7:11:6:4:7:14:6 chr9 16417431 . G A 2628.06 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2808;QD=61.8367;RBI=0.02184;REFB=0;REVB=-0.00162874;RO=0;SAF=65;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90794e-05;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:0:0:167:170:1:102:65:0:0:105:65:0:0 chr9 16418078 . TTA T,TAA 34.83 PASS AF=0.15873,0;AO=9,12;DP=78;FAO=10,0;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.101777,0.00753085;FXX=0.0596926;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=15.6805,11.7169;QD=2.21151;RBI=0.175984,0.0494412;REFB=-0.00451708,0.0153852;REVB=0.143569,0.0488643;RO=49;SAF=5,12;SAR=4,0;SRF=29;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0453604,0.714026;STB=0.571289,0.5;STBP=0.648,1;TYPE=del,snp;VARB=0.06812,0;OID=.,.;OPOS=16418079,16418079;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15873,0:9,12:78:10,0:63:53:5,0:5,0:31:22:36:49:5,12:4,0:29:20 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T,TGGCCCTCAA 214.56 PASS AF=0.5,0;AO=30,7;DP=62;FAO=31,0;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18,0;FSAR=13,0;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0105724,-0.0623137;FXX=0.0158705;HRUN=2,4;LEN=10,1;MLLD=264.422,12.7426;QD=13.8426;RBI=0.0287034,0.103694;REFB=-0.0245364,-0.0750293;REVB=-0.0266853,-0.0828824;RO=22;SAF=17,0;SAR=13,7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0.424658;SSEP=0,0;SSSB=-0.0911447,-0.775739;STB=0.532748,0.5;STBP=0.621,1;TYPE=del,del;VARB=0.0223728,0.0146431;OID=.,.;OPOS=16418441,16418443;OREF=GGCCCCTCAA,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TGGCCCTCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:30,7:62:31,0:62:31:18,0:13,0:16:15:99:22:17,0:13,7:15:7 chr9 16435848 . T C 391.54 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0125418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1875;QD=16.8404;RBI=0.0379989;REFB=-0.0132396;REVB=0.0358695;RO=50;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208145;STB=0.512733;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0143222;OID=.;OPOS=16435848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:52:41:41:0.44086:23:18:23:27:23:18:24:28 chr9 16685539 . T C 286.15 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5277;QD=52.0273;RBI=0.0809172;REFB=0;REVB=-0.0103493;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321928;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:17:22:1:7:10:0:0:7:15:0:0 chr9 17001122 . C A 654.29 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=0.0091558;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2071;QD=24.0106;RBI=0.0359739;REFB=-0.0401023;REVB=-0.0347892;RO=46;SAF=45;SAR=18;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669369;STB=0.536413;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0242432;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:46:46:63:63:0.577982:18:45:36:10:18:45:36:10 chr9 17001200 . C A 2351.17 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.716;QD=60.2863;RBI=0.022172;REFB=-0.0863497;REVB=0.0102196;RO=1;SAF=105;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450952;STB=0.502347;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=1.90127e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:1:1:154:155:0.99359:49:105:1:0:49:106:1:0 chr9 17001216 . A C 843.78 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.0048457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.432;QD=22.8048;RBI=0.021416;REFB=-0.00190976;REVB=0.0208606;RO=68;SAF=55;SAR=24;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500811;STB=0.500303;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018817;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:68:69:79:79:0.533784:24:55:47:21:24:55:48:21 chr9 17053994 . G A 182.95 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0379983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1687;QD=17.4235;RBI=0.0474761;REFB=-0.0243502;REVB=-0.0284625;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148808;STB=0.593814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0224471;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:10:9:7:15:10:9:7:16 chr9 17054142 . A G 406.42 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0611179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2735;QD=20.0701;RBI=0.0848973;REFB=-0.0265985;REVB=0.058925;RO=40;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485829;STB=0.53148;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0256118;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:26:14:16:24:27:14:16:24 chr9 17273731 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.000319658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.588;QD=19.1092;RBI=0.0453605;REFB=0.000408329;REVB=0.0453594;RO=26;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162453;STB=0.589868;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000409259;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:8:19:22:4:8:19:22:4 chr9 17342383 . C T 937.37 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.567;QD=58.5855;RBI=0.0207773;REFB=0;REVB=0.0194702;RO=0;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7658e-05;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:19:45:0:0:19:45:0:0 chr9 17394536 . C T 157.96 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.176;QD=45.1325;RBI=0.0663785;REFB=0;REVB=-0.0152217;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122534;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr9 17394996 . T C 1590.75 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.547;QD=58.9168;RBI=0.0629077;REFB=0.00734698;REVB=0.0614068;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082545;STB=0.504347;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-6.99022e-05;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:50:57:1:0:50:57:1:0 chr9 17409366 . G A 1107.91 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0243714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.614;QD=57.5536;RBI=0.0253916;REFB=-0.0132211;REVB=0.00712544;RO=2;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278103;STB=0.514702;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000474903;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:33:42:0:2:33:42:0:2 chr9 18504916 . T A 289.73 PASS AF=0.492754;AO=17;DP=74;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0211022;FXX=0.0799893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.783;QD=16.796;RBI=0.0256486;REFB=-0.0296062;REVB=0.0145791;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294677;STB=0.521428;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0194312;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:69:23:35:17:34:0.492754:11:6:15:8:16:18:20:15 chr9 18504917 . G A 51.71 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=69;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0178866;FXX=0.0666578;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.598;QD=2.95475;RBI=0.0179536;REFB=-8.22288e-05;REVB=0.00154939;RO=57;SAF=8;SAR=0;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690544;STB=0.899201;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000149691;OID=.;OPOS=18504917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:70:57:60:8:10:0.142857:0:8:23:34:1:9:26:34 chr9 18651156 . C T 314.76 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.02046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6602;QD=14.8122;RBI=0.0422852;REFB=-0.0331136;REVB=-0.0370057;RO=50;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125906;STB=0.571387;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0331672;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:14:21:24:26:14:21:24:26 chr9 18651282 . A G 576.21 PASS AF=0.47619;AO=58;DP=124;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0212631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.738;QD=18.2925;RBI=0.0238288;REFB=-0.0227458;REVB=0.0107561;RO=65;SAF=37;SAR=21;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842379;STB=0.538723;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0268421;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:65:66:58:60:0.47619:21:37:36:29:23:37:36:30 chr9 18681821 . A G 315.61 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0262951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.487;QD=17.5336;RBI=0.0315198;REFB=-0.0242592;REVB=-0.0173801;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179009;STB=0.582735;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0386448;OID=.;OPOS=18681821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:33:34:0.472222:16:17:26:11:16:18:26:12 chr9 18775810 . C A 758.65 PASS AF=0.52518;AO=72;DP=139;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0624203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.206;QD=21.8315;RBI=0.0627141;REFB=-0.0207783;REVB=0.00606366;RO=63;SAF=43;SAR=29;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104589;STB=0.549875;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0171042;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:63:66:72:73:0.52518:29:43:30:33:29:44:33:33 chr9 18776840 . A C 1062.21 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.184;QD=59.8428;RBI=0.0585007;REFB=0;REVB=-0.0577628;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197536;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr9 18777368 . T C 378.41 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=0.0093783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.701;QD=16.4527;RBI=0.0198102;REFB=-0.0186849;REVB=-0.0174497;RO=50;SAF=30;SAR=10;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406005;STB=0.514699;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0247953;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:52:40:40:0.434783:10:30:39:11:10:30:40:12 chr9 18829842 . TC T,TCC 72.94 PASS AF=0,0.358491;AO=15,31;DP=105;FAO=0,38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=0,19;FSAR=0,19;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.210484,0.1667;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.90704,6.88051;QD=2.75245;RBI=0.27172,0.237551;REFB=0.0530585,-0.0684868;REVB=-0.171838,0.169238;RO=52;SAF=10,15;SAR=5,16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232476,0.00339007;STB=0.5,0.518858;STBP=1,0.787;TYPE=del,ins;VARB=0.00786381,0.0732448;OID=.,.;OPOS=18829843,18829843;OREF=C,-;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.358491:15,31:105:0,38:106:68:0,19:0,19:36:32:74:52:10,15:5,16:25:27 chr9 18887908 . G C 903.97 PASS AF=0.55;AO=88;DP=160;FAO=88;FDP=160;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0247757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4106;QD=22.5991;RBI=0.0318392;REFB=-0.0115657;REVB=-0.0199974;RO=72;SAF=45;SAR=43;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594661;STB=0.532444;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00813788;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:72:72:88:88:0.55:43:45:42:30:43:45:42:30 chr9 18906856 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC 64.7 PASS AF=0.0727273,0.327273;AO=7,17;DP=57;FAO=4,18;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=4,6;FSAR=0,12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.023074,0.164146;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.2586,10.8761;QD=4.70573;RBI=0.0382674,0.169982;REFB=-0.0302922,-0.103099;REVB=0.0305284,-0.0441602;RO=24;SAF=5,5;SAR=2,12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0.305556,0.305556;SSEP=0,0;SSSB=0.216323,-0.262598;STB=0.997307,0.602622;STBP=0.026,0.297;TYPE=del,del;VARB=0.185662,0.107512;OID=.,.;OPOS=18906861,18906857;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0727273,0.327273:7,17:57:4,18:55:33:4,6:0,12:16:17:41:24:5,5:2,12:13:11 chr9 18910420 . G C 458.94 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0160692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3337;QD=18.3574;RBI=0.0402236;REFB=-0.00409177;REVB=-0.0368744;RO=53;SAF=29;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835333;STB=0.552608;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00548713;OID=.;OPOS=18910420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:17:29:29:24:17:29:29:25 chr9 18950787 . G A 494.08 PASS AF=0.308411;AO=66;DP=214;FAO=66;FDP=214;FR=.;FRO=148;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=96;FSRR=52;FWDB=-0.0159756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4476;QD=9.23519;RBI=0.0161788;REFB=0.00314377;REVB=-0.0025565;RO=132;SAF=22;SAR=44;SRF=87;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3678;STB=0.710782;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0144809;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:132:148:66:66:0.308411:44:22:87:45:44:22:96:52 chr9 18950788 . C A 32.95 PASS AF=0.0697674;AO=15;DP=199;FAO=15;FDP=215;FR=.;FRO=200;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=105;FSRR=95;FWDB=-0.0613975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7063;QD=0.612931;RBI=0.104266;REFB=-0.00531542;REVB=-0.0842719;RO=184;SAF=13;SAR=2;SRF=96;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403294;STB=0.841865;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.135779;OID=.;OPOS=18950788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:199:215:184:200:15:15:0.0697674:2:13:96:88:2:13:105:95 chr9 18950895 . T C 623.48 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=0.0248695;FXX=0.00653552;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.764;QD=16.4074;RBI=0.0248698;REFB=-0.0145424;REVB=-0.000132565;RO=83;SAF=27;SAR=41;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119153;STB=0.509328;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0150422;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:83:84:68:68:0.447368:41:27:32:51:41:27:32:52 chr9 19058425 . G A 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0398344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1787;QD=4.41823;RBI=0.0589167;REFB=0.0203079;REVB=0.0434096;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273159;STB=0.676998;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0717254;OID=.;OPOS=19058425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:7:24:4:3:7:24 chr9 19058743 . G C 374.21 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0253489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.729;QD=18.034;RBI=0.0270302;REFB=-0.00973237;REVB=0.00938433;RO=44;SAF=11;SAR=28;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204622;STB=0.6149;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0145599;OID=.;OPOS=19058743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:28:11:21:23:28:11:21:23 chr9 19058821 . A G 308.05 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0869572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1672;QD=15.7975;RBI=0.0874167;REFB=0.00346716;REVB=0.00895059;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142783;STB=0.580597;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00378798;OID=.;OPOS=19058821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:21:13:23:21:21:13:23:21 chr9 19060046 . C T 197.61 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0601195;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5465;QD=17.1838;RBI=0.0732744;REFB=-0.00368062;REVB=-0.0418901;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056272;STB=0.506572;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00237944;OID=.;OPOS=19060046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:26:20:20:0.434783:9:11:15:12:9:11:14:12 chr9 19063108 . T C 430.86 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00153911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.568;QD=15.9579;RBI=0.0130546;REFB=-0.00541589;REVB=0.0129636;RO=59;SAF=21;SAR=27;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138262;STB=0.511788;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00688705;OID=.;OPOS=19063108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:48:48:0.444444:27:21:25:34:27:21:25:35 chr9 19063765 . A G 363.29 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00648511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.661;QD=16.703;RBI=0.0124971;REFB=0.00764614;REVB=0.0106827;RO=44;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151569;STB=0.576537;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0121151;OID=.;OPOS=19063765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:48:38:39:0.448276:14:24:21:23:15:24:23:25 chr9 19076673 . G C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00388816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.825;QD=19.646;RBI=0.0138958;REFB=-0.0103502;REVB=0.0133407;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.571299;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00709331;OID=.;OPOS=19076673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:8:8:10:11:0.578947:4:6:3:5:5:6:3:5 chr9 19360433 . T C 704.8 PASS AF=0.486111;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.0192957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.708;QD=19.5779;RBI=0.0233797;REFB=-0.0126677;REVB=-0.0132018;RO=74;SAF=31;SAR=38;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172615;STB=0.590687;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0114546;OID=.;OPOS=19360433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:74:74:69:70:0.486111:38:31:47:27:38:32:47:27 chr9 19434980 . C T 971.6 PASS AF=0.480952;AO=101;DP=210;FAO=101;FDP=210;FR=.;FRO=109;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0300152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.348;QD=18.5066;RBI=0.0327564;REFB=-0.0184322;REVB=0.0131175;RO=107;SAF=52;SAR=49;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795923;STB=0.5042;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0218426;OID=.;OPOS=19434980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:107:109:101:101:0.480952:49:52:56:51:49:52:57:52 chr9 19461193 . G T 2534.93 PASS AF=0.988166;AO=165;DP=167;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0206194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6658;QD=59.9984;RBI=0.0597475;REFB=0.064756;REVB=-0.0560767;RO=2;SAF=106;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158551;STB=0.508196;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00738176;OID=.;OPOS=19461193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:169:2:2:165:167:0.988166:59:106:0:2:60:107:0:2 chr9 19576949 . T G 2044.7 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0413479;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.857;QD=60.1382;RBI=0.0518533;REFB=-0.14276;REVB=0.0312908;RO=3;SAF=72;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529088;STB=0.502784;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00118482;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:136:3:3:133:133:0.977941:61:72:2:1:61:72:2:1 chr9 19622268 . T C 225.98 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0167858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.184;QD=20.5439;RBI=0.0168487;REFB=-0.00897332;REVB=-0.00145454;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186975;STB=0.613538;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0126008;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:11:11:6:15:11:11:6:16 chr9 19786217 . G A 225.19 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0286907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6589;QD=15.2672;RBI=0.0319421;REFB=-0.0217281;REVB=-0.0140407;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694423;STB=0.503934;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0203623;OID=.;OPOS=19786217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:18:15:12:14:18:15 chr9 20418323 . T C 510.58 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00258798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.287;QD=18.3993;RBI=0.00357297;REFB=-0.0167737;REVB=0.00246343;RO=57;SAF=28;SAR=26;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235375;STB=0.513039;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0159361;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:26:28:31:26:26:28:31:26 chr9 20866974 . C G 2331.79 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7518;QD=63.8845;RBI=0.0195099;REFB=0;REVB=-0.00319313;RO=0;SAF=64;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3547e-05;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:82:64:0:0:82:64:0:0 chr9 20885204 . A G 930.68 PASS AF=0.411765;AO=105;DP=255;FAO=105;FDP=255;FR=.;FRO=150;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=93;FSRR=57;FWDB=-0.0361523;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.714;QD=14.599;RBI=0.036397;REFB=-0.0172221;REVB=0.00421331;RO=143;SAF=45;SAR=60;SRF=93;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22637;STB=0.611275;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0151177;OID=.;OPOS=20885204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:143:150:105:105:0.411765:60:45:93:50:60:45:93:57 chr9 20988426 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.007;QD=59.3228;RBI=0.0115626;REFB=0;REVB=-0.00995451;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31867e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:27:40:0:0:27:41:0:0 chr9 21029330 . T C 861.11 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269564;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.515;QD=56.4661;RBI=0.0388702;REFB=-0.018448;REVB=0.0280044;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=1.68591e-05;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:59:60:0.983607:22:37:0:0:22:38:1:0 chr9 21142014 . GA AA,GAA,G 43.25 PASS AF=0.00787402,0.015748,0.228346;AO=5,13,37;DP=130;FAO=1,2,29;FDP=127;FR=.;FRO=95;FSAF=1,1,13;FSAR=0,1,16;FSRF=74;FSRR=21;FWDB=-0.010066,0.000187102,-0.00298027;FXX=0.0230751;HRUN=1,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=133.39,6.93226,7.95609;QD=1.3623;RBI=0.0919013,0.153867,0.148945;REFB=0.00167327,-0.0037566,-3.06743e-05;REVB=-0.0913484,0.153867,-0.148915;RO=64;SAF=5,11,20;SAR=0,2,17;SRF=49;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.447647,0.1591,-0.260099;STB=0.984827,0.77129,0.743058;STBP=0.549,0.692,0.012;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.00543818,-0.0870227,0.0781761;OID=.,.,.;OPOS=21142014,21142015,21142015;OREF=G,-,A;OALT=A,A,-;OMAPALT=AA,GAA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:52:130:127:64:95:5,13,37:1,2,29:0.00787402,0.015748,0.228346:0,2,17:5,11,20:49:15:0,1,16:1,1,13:74:21 chr9 21166077 . T C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0208982;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.206;QD=15.8126;RBI=0.0213078;REFB=-0.00560352;REVB=-0.00415822;RO=44;SAF=24;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221216;STB=0.62533;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00747216;OID=.;OPOS=21166077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:10:24:22:22:10:24:22:22 chr9 21187311 . C T 1511.24 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0056025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.794;QD=56.4948;RBI=0.0209092;REFB=-0.00837903;REVB=0.0201446;RO=3;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231331;STB=0.512193;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000427093;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:3:3:104:104:0.971963:60:44:0:3:60:44:0:3 chr9 21201703 . T C 545.34 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00322048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5594;QD=15.5811;RBI=0.00441782;REFB=-0.00360117;REVB=0.00302417;RO=80;SAF=30;SAR=29;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555834;STB=0.527264;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00468278;OID=.;OPOS=21201703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:81:59:59:0.421429:29:30:45:35:29:30:45:36 chr9 21207000 . C G 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00799485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.051;QD=4.8592;RBI=0.0193303;REFB=-0.00565634;REVB=-0.0175995;RO=55;SAF=9;SAR=5;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566466;STB=0.536371;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0214023;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:55:55:14:14:0.202899:5:9:33:22:5:9:33:22 chr9 21207005 . C G 83.17 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.013974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.284;QD=4.75284;RBI=0.0384917;REFB=-0.00131478;REVB=-0.0358655;RO=55;SAF=9;SAR=5;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329443;STB=0.530523;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00484767;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:55:56:14:14:0.2:5:9:34:21:5:9:34:22 chr9 21207031 . T C 47.51 PASS AF=0.126582;AO=9;DP=78;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0197309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2139;QD=2.4055;RBI=0.030532;REFB=-0.00814879;REVB=-0.0233001;RO=68;SAF=9;SAR=0;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621454;STB=0.838429;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0426994;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:79:68:69:9:10:0.126582:0:9:40:28:1:9:41:28 chr9 21207037 . A T 58.8 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.00313914;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.654;QD=2.67269;RBI=0.0323429;REFB=-0.00607678;REVB=-0.0321902;RO=76;SAF=9;SAR=3;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215344;STB=0.653572;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0466076;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:88:76:76:12:12:0.136364:3:9:45:31:3:9:45:31 chr9 21227622 . A C 31.09 PASS AF=0.08;AO=5;DP=100;FAO=8;FDP=100;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=91;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.000217439;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8791;QD=1.24353;RBI=0.0244984;REFB=0.0032813;REVB=0.0244974;RO=67;SAF=5;SAR=0;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53732;STB=0.867278;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0164152;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:100:100:67:91:5:8:0.08:0:5:33:34:1:7:44:47 chr9 21227942 . G T 267.87 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0122409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1335;QD=9.23681;RBI=0.0130526;REFB=-0.00620887;REVB=-0.00453119;RO=80;SAF=14;SAR=22;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742523;STB=0.543454;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0178374;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:80:80:36:36:0.310345:22:14:36:44:22:14:36:44 chr9 21228040 . C G 126.7 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0124791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.899;QD=11.2618;RBI=0.0147612;REFB=0.00199184;REVB=-0.00788443;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205681;STB=0.522358;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00458575;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:7:8:16:13:7:8:17:13 chr9 21228182 . GC TG 425.04 PASS AF=0.448529;AO=55;DP=133;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0021572;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.234;QD=12.5012;RBI=0.0391756;REFB=-0.0431335;REVB=0.0391161;RO=74;SAF=29;SAR=26;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097577;STB=0.575653;STBP=0.119;TYPE=mnp;VARB=0.0541188;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:74:75:55:61:0.448529:26:29:46:28:32:29:46:29 chr9 21304803 . G A 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00283341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.711;QD=15.617;RBI=0.00987075;REFB=-0.0023971;REVB=0.00945534;RO=43;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966193;STB=0.554462;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00302622;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:16:17:18:25:16:17:18:25 chr9 21481483 . G A 297.36 PASS AF=0.576923;AO=28;DP=50;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0251319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.224;QD=22.8739;RBI=0.0265943;REFB=-0.0115979;REVB=0.00869731;RO=21;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527138;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00782912;OID=.;OPOS=21481483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:22:28:30:0.576923:8:20:15:6:8:22:15:7 chr9 21482089 . G A 342.95 PASS AF=0.586207;AO=30;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0157648;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.173;QD=23.6514;RBI=0.0161775;REFB=0.0253369;REVB=0.00363073;RO=14;SAF=20;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147182;STB=0.628742;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0198602;OID=.;OPOS=21482089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:14:24:30:34:0.586207:10:20:6:8:10:24:10:14 chr9 21482125 . T TA 308.94 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=90;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0316256;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.5037;QD=14.0426;RBI=0.067543;REFB=0.00558409;REVB=0.0596815;RO=45;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176821;STB=0.582183;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=0.000438201;OID=.;OPOS=21482126;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:41:90:48:88:40:29:19:17:23:99:45:25:16:19:26 chr9 21482181 . C G 509.07 PASS AF=0.392157;AO=59;DP=155;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.00034885;FXX=0.0377335;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.028;QD=13.3089;RBI=0.0232301;REFB=-0.0140767;REVB=-0.0232275;RO=87;SAF=27;SAR=32;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993697;STB=0.568928;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0311249;OID=.;OPOS=21482181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:87:93:59:60:0.392157:32:27:48:39:32:28:54:39 chr9 21482238 . AAAT A 366.35 PASS AF=0.380117;AO=59;DP=173;FAO=65;FDP=171;FR=.;FRO=106;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.000868088;FXX=0.0499972;HRUN=3;LEN=3;MLLD=231.384;QD=8.5695;RBI=0.00523198;REFB=-0.012647;REVB=0.00515946;RO=88;SAF=33;SAR=26;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342121;STB=0.514983;STBP=0.744;TYPE=del;VARB=0.0188241;OID=.;OPOS=21482239;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380117:59:173:65:171:106:34:31:58:48:99:88:33:26:52:36 chr9 21699406 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8266;QD=61.6824;RBI=0.028693;REFB=0;REVB=0.0197975;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601201;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr9 21699444 . C T 819.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715548;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1548;QD=57.5036;RBI=0.0120344;REFB=0;REVB=0.00967603;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43008e-05;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr9 21968199 . C G 1008.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9301;QD=59.2962;RBI=0.0725631;REFB=0;REVB=-0.0273781;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000831129;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:21:47:0:0:21:47:0:0 chr9 22029445 . G A 1194.15 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.955;QD=59.7074;RBI=0.0313522;REFB=-0.00994695;REVB=-0.0287291;RO=1;SAF=51;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919304;STB=0.504853;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000163797;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:28:51:1:0:28:51:1:0 chr9 22447655 . T A 214.79 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0149241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.88;QD=13.0173;RBI=0.0267433;REFB=-0.0333239;REVB=-0.0221918;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126804;STB=0.523346;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.055909;OID=.;OPOS=22447655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:40:26:26:0.393939:12:14:20:18:12:14:20:20 chr9 24543732 . C T 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.104913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6984;QD=15.693;RBI=0.105001;REFB=0.00218887;REVB=-0.00431191;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224333;STB=0.626296;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00166674;OID=.;OPOS=24543732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:13:19:15:26:13:19:15:26 chr9 24545513 . G A 563.05 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.000891865;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.954;QD=20.8538;RBI=0.00727251;REFB=0.000381945;REVB=0.00721762;RO=51;SAF=40;SAR=17;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735031;STB=0.540526;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000408995;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:17:40:32:19:17:40:32:19 chr9 24905556 . A G 1890.6 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169677;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.224;QD=60.0189;RBI=0.019993;REFB=-0.0424794;REVB=0.0105744;RO=2;SAF=80;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477296;STB=0.505617;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000432233;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:127:126:2:1:124:125:0.992063:44:80:1:1:44:81:0:1 chr9 24905678 . C A 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00957781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.702;QD=21.3987;RBI=0.00960488;REFB=-0.00991933;REVB=-0.000720617;RO=28;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141176;STB=0.507808;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00831467;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:14:20:16:12:14:20:16:12 chr9 25677698 . A C 141.13 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.0684105;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.276;QD=11.7606;RBI=0.0704232;REFB=-0.04557;REVB=-0.0167161;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35294;STB=0.694933;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0394651;OID=.;OPOS=25677698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:32:16:16:0.333333:6:10:25:3:6:10:28:4 chr9 25677933 . T C 110.62 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0129913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.955;QD=15.2583;RBI=0.0172579;REFB=-0.0183452;REVB=0.0113604;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135257;STB=0.578821;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0233788;OID=.;OPOS=25677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:7:9:9:4:7:9 chr9 25677953 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.895;QD=51.1836;RBI=0.101539;REFB=0;REVB=-0.00388544;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668874;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr9 25678640 . T A 464.65 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.109114;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.901;QD=21.8659;RBI=0.111388;REFB=-0.0133448;REVB=0.0223947;RO=36;SAF=26;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130446;STB=0.548791;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00932183;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:36:40:45:45:0.529412:19:26:15:21:19:26:19:21 chr9 26116150 . G T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.456;QD=57.6805;RBI=0.0411401;REFB=0;REVB=0.0156986;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123201;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr9 26116157 . G A 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0703679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1971;QD=15.7806;RBI=0.0806294;REFB=0.00257325;REVB=0.0393631;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552695;STB=0.531973;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00450857;OID=.;OPOS=26116157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:7:10:9:5:7:10 chr9 26892654 . G A 164.89 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00241844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.605;QD=14.033;RBI=0.0393168;REFB=-0.0202922;REVB=0.0392424;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149609;STB=0.586759;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.045874;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:17:12:10:8:17:12 chr9 26895808 . A G 260.79 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00549228;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.715;QD=11.9901;RBI=0.0401441;REFB=-0.00834176;REVB=-0.0397666;RO=54;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174811;STB=0.599056;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.014196;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:54:56:31:31:0.356322:14:17:21:33:14:17:22:34 chr9 26913863 . T A,TA 36.63 PASS AF=0,0.237288;AO=7,11;DP=58;FAO=0,14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=0,6;FSAR=0,8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00137468,-0.0367464;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=222.533,10.164;QD=2.48315;RBI=0.0018176,0.0563978;REFB=-0.00402422,-0.0872458;REVB=-0.00118909,-0.0427833;RO=36;SAF=6,2;SAR=1,9;SRF=25;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272356,-0.579379;STB=0.5,0.691342;STBP=1,0.137;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.139092;OID=.,.;OPOS=26913863,26913864;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:58:59:36:45:7,11:0,14:0,0.237288:1,9:6,2:25:11:0,8:0,6:31:14 chr9 26978170 . A G 513.19 PASS AF=0.453125;AO=51;DP=122;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.00517684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.376;QD=16.0373;RBI=0.00606439;REFB=-0.0135476;REVB=0.00315867;RO=68;SAF=31;SAR=20;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263706;STB=0.552054;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0166006;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:68:70:51:58:0.453125:20:31:43:25:27:31:44:26 chr9 26978259 . A G 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00925688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.286;QD=17.6606;RBI=0.0110262;REFB=-0.0192199;REVB=-0.00599058;RO=51;SAF=16;SAR=27;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210778;STB=0.622918;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0215023;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:27:16:30:21:27:16:31:21 chr9 27183463 . A C 712.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050081;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.875;QD=57.0185;RBI=0.0114846;REFB=0;REVB=0.0103351;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121067;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:16:33:0:0:16:34:0:0 chr9 27296705 . A G 323.03 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0229811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.86;QD=25.3357;RBI=0.0274601;REFB=0.00952008;REVB=-0.0150308;RO=18;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152482;STB=0.506325;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0113384;OID=.;OPOS=27296705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:20:30:31:0.607843:16:14:8:10:16:15:10:10 chr9 27328886 . C A 2189.95 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.273;QD=62.5699;RBI=0.0285851;REFB=0;REVB=-0.00296051;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75857e-06;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:130:140:0:0:129:140:1:64:65:0:0:67:73:0:0 chr9 27328964 . C T 3211.49 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000137802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.467;QD=64.2297;RBI=0.00574949;REFB=0;REVB=0.00574784;RO=0;SAF=94;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27226e-06;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:200:0:0:197:200:1:103:94:0:0:106:94:0:0 chr9 27524731 . A G 1393.46 PASS AF=0.948454;AO=91;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0300947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8567;QD=57.4623;RBI=0.0575177;REFB=-0.102192;REVB=0.0490163;RO=2;SAF=49;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189529;STB=0.507441;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00263717;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:2:5:91:92:0.948454:42:49:2:0:42:50:2:3 chr9 27556780 . G A 232.12 PASS AF=0.594595;AO=20;DP=35;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0110663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.253;QD=25.0936;RBI=0.0130166;REFB=0.000479885;REVB=-0.00685334;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154021;STB=0.55877;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.000342563;OID=.;OPOS=27556780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:15:15:20:22:0.594595:12:8:9:6:12:10:9:6 chr9 32069857 . T G 278.76 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0481694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0225;QD=21.8636;RBI=0.0803288;REFB=0.000773789;REVB=-0.0642839;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353409;STB=0.519637;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00119593;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:11:17:13:10:11:17:13:10 chr9 32069938 . G C 200.03 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00382442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4852;QD=20.5162;RBI=0.0270229;REFB=-0.0347824;REVB=-0.0267509;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162001;STB=0.540941;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0285871;OID=.;OPOS=32069938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:20:20:0.512821:5:15:13:4:5:15:13:6 chr9 32498291 . A G 786.5 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203419;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.647;QD=57.2004;RBI=0.0399635;REFB=0;REVB=0.034399;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102305;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:51:55:1:17:34:0:0:21:34:0:0 chr9 32542036 . TGAA T 180.53 PASS AF=0.403509;AO=19;DP=60;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00180248;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=3;MLLD=215.307;QD=12.6687;RBI=0.00793801;REFB=-0.000587313;REVB=-0.00773066;RO=35;SAF=5;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429691;STB=0.702855;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.00141465;OID=.;OPOS=32542037;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403509:19:60:23:57:34:7:16:22:12:99:35:5:14:23:12 chr9 32785399 . C T 2732.39 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000184788;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.874;QD=62.4545;RBI=0.0515828;REFB=0;REVB=-0.0515825;RO=0;SAF=92;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13194e-07;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:173:175:1:81:92:0:0:81:94:0:0 chr9 32785888 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.981;QD=60.9786;RBI=0.0181313;REFB=0;REVB=0.0154707;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4326e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr9 32786553 . T C 597.75 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321491;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.261;QD=61.3072;RBI=0.03253;REFB=0;REVB=-0.00496317;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237658;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr9 32786586 . G T 594.85 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.278;QD=61.0101;RBI=0.0187173;REFB=0;REVB=0.00815217;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06317e-05;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr9 32786653 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.545;QD=60.2307;RBI=0.018407;REFB=0;REVB=0.0134372;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35021e-06;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr9 32820257 . C T 1331.62 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000631945;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.075;QD=61.2241;RBI=0.0202958;REFB=-0.0268851;REVB=-0.0202859;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938213;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-6.18385e-05;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:87:1:1:86:86:0.988506:50:36:0:1:50:36:0:1 chr9 32986041 . C A 134.71 PASS AF=0.517241;AO=6;DP=15;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0118838;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.097;QD=18.5809;RBI=0.0315577;REFB=-0.0243656;REVB=0.0292346;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373885;STB=0.816105;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0336298;OID=.;OPOS=32986041;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:15:29:8:14:6:15:0.517241:5:1:4:4:14:1:6:8 chr9 33026572 . T C 421.32 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00060021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5582;QD=18.1212;RBI=0.0240491;REFB=-0.0143031;REVB=-0.0240416;RO=49;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135906;STB=0.569246;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0158795;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:43:43:0.462366:22:21:17:32:22:21:18:32 chr9 33294594 . G C 307.09 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0129314;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.633;QD=26.1355;RBI=0.0167483;REFB=-0.0207151;REVB=-0.0106435;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10334;STB=0.557334;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0138153;OID=.;OPOS=33294594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:10:17:10:10:10:17:10:10 chr9 33352826 . C CAAA 1062.35 PASS AF=1;AO=67;DP=76;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010381;FXX=0.0405351;HRUN=0;LEN=3;MLLD=213.566;QD=59.8505;RBI=0.0146421;REFB=0;REVB=0.0103259;RO=4;SAF=25;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.00998e-05;OID=.;OPOS=33352827;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:76:71:71:0:28:43:0:0:6:4:25:42:4:0 chr9 33395196 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.917;QD=50.4129;RBI=0.0323186;REFB=0;REVB=0.0131218;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60288e-05;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 33442952 . G A 833.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3504;QD=57.5162;RBI=0.0111598;REFB=0;REVB=0.00491965;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5865e-05;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr9 33447424 . C G 4309.34 PASS AF=0.989655;AO=278;DP=290;FAO=287;FDP=290;FR=.;FRO=3;FSAF=150;FSAR=137;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0215224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.979;QD=59.4392;RBI=0.0291238;REFB=-0.205907;REVB=0.0196209;RO=11;SAF=149;SAR=129;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257527;STB=0.501493;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000679625;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:290:290:11:3:278:287:0.989655:129:149:2:9:137:150:2:1 chr9 33461567 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.825;QD=52.6132;RBI=0.035541;REFB=0;REVB=0.0314976;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372087;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 33461574 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0103311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.08;QD=21.5459;RBI=0.0364108;REFB=0.00533742;REVB=-0.0349144;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00333968;OID=.;OPOS=33461574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:6:4:6:8:6:4 chr9 33466219 . A C 328.68 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0424806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.848;QD=18.01;RBI=0.0427618;REFB=-0.0253078;REVB=0.00489599;RO=38;SAF=15;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187521;STB=0.604592;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0271279;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:20:15:24:14:20:15:24:14 chr9 33524684 . G A 533.02 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.547;QD=59.224;RBI=0.0260567;REFB=0;REVB=0.0235755;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72442e-05;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:17:15:0:0:18:18:0:0 chr9 33566234 . C T 101.48 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0575649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.002;QD=8.63673;RBI=0.0612154;REFB=-0.00750831;REVB=0.0208235;RO=34;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329024;STB=0.700992;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0167518;OID=.;OPOS=33566234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:9:4:20:14:9:4:20:14 chr9 33568789 . T G 327.81 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0193404;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.126;QD=12.9824;RBI=0.0222001;REFB=-0.00598452;REVB=-0.0108994;RO=56;SAF=15;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667471;STB=0.542565;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0124893;OID=.;OPOS=33568789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:56:62:39:39:0.386139:24:15:25:31:24:15:28:34 chr9 33572347 . T C 391.76 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0480654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4218;QD=50.55;RBI=0.0696998;REFB=-0.11445;REVB=0.0504755;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546874;STB=0.527759;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00808495;OID=.;OPOS=33572347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:28:29:0.935484:16:12:0:2:17:12:0:2 chr9 33618358 . A G 540.51 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=168;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.0108433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.434;QD=12.8692;RBI=0.0139855;REFB=-0.0124482;REVB=-0.00883265;RO=104;SAF=35;SAR=29;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332892;STB=0.518827;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0195218;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:104:104:64:64:0.380952:29:35:60:44:29:35:60:44 chr9 33618460 . A T 402.88 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00920593;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.722;QD=18.9589;RBI=0.0152663;REFB=-0.0195161;REVB=0.0121783;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283622;STB=0.515782;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0251898;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:44:41:41:0.482353:23:18:18:26:23:18:18:26 chr9 33618497 . G A 311.47 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0197003;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4615;QD=21.4808;RBI=0.0421911;REFB=-0.00187824;REVB=-0.0373094;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182292;STB=0.510083;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00142713;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:26:32:32:0.551724:19:13:10:16:19:13:10:16 chr9 33625082 . G C 817.2 PASS AF=0.440594;AO=89;DP=201;FAO=89;FDP=202;FR=.;FRO=113;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=-0.0283634;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.427;QD=16.1821;RBI=0.0288664;REFB=-0.00899991;REVB=-0.00536499;RO=108;SAF=45;SAR=44;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970222;STB=0.545172;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0148083;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:108:113:89:89:0.440594:44:45:44:64:44:45:48:65 chr9 33625185 . C T 376.38 PASS AF=0.407407;AO=43;DP=107;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0108288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.043;QD=13.9398;RBI=0.0124318;REFB=-0.0123241;REVB=0.00610637;RO=64;SAF=19;SAR=24;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617518;STB=0.527015;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0177382;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:64:64:43:44:0.407407:24:19:32:32:24:20:32:32 chr9 33629162 . T C 317.07 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00208324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.41;QD=16.054;RBI=0.0122805;REFB=-0.0292164;REVB=-0.0121026;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666673;STB=0.527457;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0328755;OID=.;OPOS=33629162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:44:34:35:0.443038:14:20:23:21:15:20:23:21 chr9 33638046 . G C 512.58 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0182028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8433;QD=20.3003;RBI=0.0922716;REFB=-0.0306476;REVB=0.0904583;RO=48;SAF=32;SAR=20;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174437;STB=0.591644;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0288894;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:49:52:52:0.514851:20:32:20:28:20:32:21:28 chr9 33794797 . TGA T 38.83 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0316006;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.978;QD=2.31802;RBI=0.0608137;REFB=-0.0145023;REVB=-0.0519587;RO=55;SAF=7;SAR=1;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376664;STB=0.805568;STBP=0.109;TYPE=del;VARB=0.0654463;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.119403:8:70:8:67:59:7:1:35:24:38:55:7:1:34:21 chr9 33794809 . G A 73.5 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0516348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.069;QD=4.08318;RBI=0.0716211;REFB=0.017149;REVB=0.0496328;RO=59;SAF=8;SAR=5;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685414;STB=0.504498;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0297951;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:59:59:13:13:0.180556:5:8:36:23:5:8:36:23 chr9 33794812 . G T 80.41 PASS AF=0.186667;AO=12;DP=73;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0175534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.241;QD=4.28861;RBI=0.0180822;REFB=-0.00966483;REVB=0.00434099;RO=61;SAF=9;SAR=3;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160522;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0404469;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:73:75:61:61:12:14:0.186667:3:9:39:22:5:9:39:22 chr9 33796799 . A T 41.64 PASS AF=0.0895522;AO=12;DP=134;FAO=12;FDP=134;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=-0.0145146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.602;QD=1.24307;RBI=0.0154154;REFB=-0.00118805;REVB=0.0051925;RO=120;SAF=6;SAR=6;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966416;STB=0.514901;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0110468;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:134:134:120:122:12:12:0.0895522:6:6:59:61:6:6:59:63 chr9 33797951 . A C 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0518587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.745;QD=1.48421;RBI=0.0528179;REFB=-0.00795422;REVB=-0.0100203;RO=77;SAF=2;SAR=6;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4215;STB=0.813138;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.044809;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:77:78:8:8:0.0930233:6:2:49:28:6:2:49:29 chr9 33797962 . A G 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.0302693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.242;QD=1.70757;RBI=0.0314121;REFB=-0.00685835;REVB=0.00839587;RO=79;SAF=3;SAR=6;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354238;STB=0.760053;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0439007;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:6:3:51:28:6:3:51:28 chr9 33797999 . A G 34.75 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0231469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.027;QD=1.80499;RBI=0.0250942;REFB=0.011612;REVB=0.00969223;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18222;STB=0.623087;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0504751;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:66:69:8:8:0.103896:4:4:43:23:4:4:44:25 chr9 33798016 . CA CG,TG 680.41 PASS AF=0.8,0.0923077;AO=46,6;DP=65;FAO=52,6;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=33,2;FSAR=19,4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0107714,-0.00737603;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=91.9499,128.097;QD=41.8714;RBI=0.019449,0.00989647;REFB=-0.0227751,-0.00351529;REVB=0.0161939,0.00659805;RO=7;SAF=30,2;SAR=16,4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0596075,-0.090705;STB=0.525977,0.555365;STBP=0.303,0.757;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00670908,0.0212595;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:65:65:7:7:46,6:52,6:0.8,0.0923077:16,4:30,2:3:4:19,4:33,2:3:4 chr9 33798037 . T C 32.22 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0257283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.433;QD=1.92382;RBI=0.0367196;REFB=-0.00436994;REVB=-0.0261989;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05366;STB=0.534384;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0385457;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:59:60:7:7:0.104478:3:4:31:28:3:4:32:28 chr9 33798042 . G C 32.01 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0297719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.076;QD=1.91119;RBI=0.0348057;REFB=-0.00222588;REVB=0.0180298;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340421;STB=0.534384;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0425007;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:59:60:7:7:0.104478:3:4:32:27:3:4:32:28 chr9 33798052 . C T 30.94 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0117722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.313;QD=1.76781;RBI=0.0329602;REFB=-0.00365688;REVB=-0.0307862;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158656;STB=0.598911;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0907579;OID=.;OPOS=33798052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:70:60:63:7:7:0.1:4:3:34:26:4:3:34:29 chr9 33798075 . T C 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0234134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.362;QD=4.09688;RBI=0.0235144;REFB=0.00172817;REVB=0.00217678;RO=48;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098645;STB=0.5663;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00630883;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:4:6:25:23:4:6:25:23 chr9 33927899 . G A 1403.34 PASS AF=0.943396;AO=99;DP=106;FAO=100;FDP=106;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0334147;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7365;QD=52.956;RBI=0.0411831;REFB=-0.114766;REVB=0.0240728;RO=5;SAF=59;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184536;STB=0.505881;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00719649;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:106:106:5:6:99:100:0.943396:40:59:2:3:40:60:3:3 chr9 33935736 . A G 1181.88 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0214692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.524;QD=58.3643;RBI=0.038585;REFB=-0.0157829;REVB=0.0320605;RO=2;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305121;STB=0.516125;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000464134;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:30:49:0:2:30:49:0:2 chr9 33971740 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.147;QD=63.872;RBI=0.033838;REFB=0;REVB=0.0335983;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55323e-05;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr9 34017106 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.442;QD=57.1057;RBI=0.005542;REFB=0;REVB=0.00294987;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62494e-05;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr9 34107505 . C T 804.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4574;QD=64.3989;RBI=0.0199025;REFB=0;REVB=-0.00840878;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101649;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr9 34251943 . G C 853.68 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0747897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6559;QD=55.9793;RBI=0.0857992;REFB=0.117279;REVB=0.0420476;RO=1;SAF=43;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108488;STB=0.505745;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00247784;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:16:43:1:0:17:43:1:0 chr9 34252466 . GCTAA G 797.26 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156665;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=324.131;QD=63.7805;RBI=0.0163082;REFB=0;REVB=0.00452974;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.76598e-05;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:50:50:50:0:24:26:0:0:4:0:21:25:0:0 chr9 34256347 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00502021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.788;QD=59.0424;RBI=0.019852;REFB=-0.145917;REVB=0.0192068;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000854016;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:17:24:0:0:17:24:0:1 chr9 34370020 . T A 153.04 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.161673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7351;QD=40.8093;RBI=0.20443;REFB=-0.13034;REVB=0.125114;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0285666;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:0:1:14:14:0.933333:5:9:0:0:5:9:1:0 chr9 34371788 . A T 2503.03 PASS AF=0.987952;AO=163;DP=167;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028931;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.366;QD=60.3139;RBI=0.0517688;REFB=-0.0948287;REVB=0.0429303;RO=2;SAF=99;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259447;STB=0.501304;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000329577;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:166:2:2:163:164:0.987952:64:99:1:1:65:99:1:1 chr9 34372783 . G C 629.43 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0182167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.963;QD=57.2213;RBI=0.0355167;REFB=-0.145504;REVB=0.0304892;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.524988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00110443;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:42:42:0.954545:23:19:1:0:23:19:2:0 chr9 34372873 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.052;QD=57.8848;RBI=0.0156873;REFB=0;REVB=0.0116699;RO=0;SAF=46;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44437e-06;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:14:46:0:0:14:46:0:0 chr9 34379129 . T C 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0485293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.03;QD=12.5661;RBI=0.0489938;REFB=-0.0312389;REVB=-0.00673039;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655765;STB=0.537796;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0460416;OID=.;OPOS=34379129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:17:8:15:25:17:8:15:25 chr9 34382726 . A G 2483.3 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5531;QD=61.3161;RBI=0.029338;REFB=0;REVB=-0.0181167;RO=0;SAF=81;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175263;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:162:0:0:158:162:1:77:81:0:0:78:84:0:0 chr9 34513123 . C T 164.87 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00867304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6699;QD=14.0312;RBI=0.0247983;REFB=0.00843279;REVB=-0.0232322;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227155;STB=0.640872;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0274638;OID=.;OPOS=34513123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:11:7:17:11:11:7:18:11 chr9 34521148 . G A 1079.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.926;QD=59.972;RBI=0.0612113;REFB=0;REVB=0.0513128;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178706;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr9 34622389 . A C 236.8 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0180584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2577;QD=16.0539;RBI=0.0490203;REFB=0.000828248;REVB=-0.0455728;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431906;STB=0.533993;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0043617;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:31:32:25:27:0.457627:14:11:15:16:16:11:15:17 chr9 34709541 . G C 32.41 PASS AF=0.12;AO=7;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00483168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.774;QD=2.59243;RBI=0.0588391;REFB=-0.00160764;REVB=-0.0586404;RO=40;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669256;STB=0.639571;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.123484;OID=.;OPOS=34709541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:40:44:7:6:0.12:3:4:25:15:3:3:29:15 chr9 34723744 . C A 347.44 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.0046377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.418;QD=20.1414;RBI=0.0138795;REFB=-0.0214841;REVB=0.0130818;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229916;STB=0.626056;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00906876;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:22:14:5:28:22:14:5:28 chr9 34723935 . C T 187.29 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0152583;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.819;QD=18.729;RBI=0.0326257;REFB=0.0050147;REVB=-0.0288378;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382695;STB=0.521716;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00747007;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:8:13:11:8:8:13 chr9 34724241 . C A 384.21 PASS AF=0.405405;AO=42;DP=110;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00110777;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.103;QD=13.8453;RBI=0.0194184;REFB=-0.015687;REVB=0.0193867;RO=66;SAF=26;SAR=16;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247007;STB=0.503758;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0153291;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:66:66:42:45:0.405405:16:26:41:25:18:27:40:26 chr9 34725047 . C T 274.55 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00500073;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.208;QD=12.7698;RBI=0.00730337;REFB=-0.00563272;REVB=0.00532277;RO=49;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204392;STB=0.512736;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0103385;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:54:32:32:0.372093:19:13:19:30:19:13:23:31 chr9 34725742 . T C 55.49 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00335529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.811;QD=10.5702;RBI=0.0760744;REFB=-0.013873;REVB=-0.0760003;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182856;STB=0.685717;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.049331;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:7:8:0.380952:1:6:9:3:1:7:9:4 chr9 34726671 . G A 610.24 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00696296;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.151;QD=21.2256;RBI=0.031888;REFB=-0.00357693;REVB=0.0311185;RO=54;SAF=30;SAR=31;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101888;STB=0.555917;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00337434;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:54:54:61:61:0.530435:31:30:33:21:31:30:33:21 chr9 34834494 . C T 388.16 PASS AF=0.284946;AO=53;DP=186;FAO=53;FDP=186;FR=.;FRO=133;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=0.0103903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.469;QD=8.34755;RBI=0.0470124;REFB=-0.00855153;REVB=-0.0458498;RO=131;SAF=25;SAR=28;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121986;STB=0.576243;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0251883;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:131:133:53:53:0.284946:28:25:75:56:28:25:77:56 chr9 34835273 . A C 249.94 PASS AF=0.222222;AO=40;DP=182;FAO=40;FDP=180;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=-0.000689526;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.997;QD=5.55432;RBI=0.00498949;REFB=-0.00936854;REVB=-0.00494162;RO=131;SAF=17;SAR=23;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711433;STB=0.56407;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0258824;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:131:140:40:40:0.222222:23:17:63:68:23:17:71:69 chr9 34835861 . C G 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0105901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3674;QD=22.7939;RBI=0.0445322;REFB=-0.0217063;REVB=0.0432547;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903595;STB=0.550519;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0161542;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:10:11:10:14:10:11 chr9 34978431 . G A 232.11 PASS AF=0.296296;AO=32;DP=109;FAO=32;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.000214268;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.972;QD=8.59677;RBI=0.00695011;REFB=-0.000181033;REVB=0.0069468;RO=74;SAF=12;SAR=20;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087335;STB=0.543451;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.000220728;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:74:76:32:32:0.296296:20:12:33:41:20:12:33:43 chr9 35043291 . G T 243.72 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0725618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8136;QD=17.4086;RBI=0.0752918;REFB=-0.0126739;REVB=0.0200909;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228109;STB=0.634045;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.011251;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:9:17:12:17:9:18:12:17 chr9 35044493 . T A 59.87 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0357746;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.794;QD=14.0871;RBI=0.0376967;REFB=-0.00848484;REVB=-0.0118837;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0258057;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:3:6:6:2:3:6 chr9 35049508 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00366423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.904;QD=22.6321;RBI=0.00422051;REFB=-0.0346362;REVB=0.00209432;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0225838;OID=.;OPOS=35049508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr9 35062972 . C T 399.49 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00431032;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8461;QD=21.0257;RBI=0.0416576;REFB=-0.0159102;REVB=0.041434;RO=35;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694922;STB=0.549975;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0260295;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:36:39:40:0.526316:21:18:19:16:22:18:20:16 chr9 35089403 . G A 236.23 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00139316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.76;QD=17.4981;RBI=0.0179034;REFB=0.0150726;REVB=0.0178492;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141906;STB=0.579151;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0202452;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:9:17:22:6:9:17:22:6 chr9 35105257 . G A 1003.38 PASS AF=0.495192;AO=102;DP=207;FAO=103;FDP=208;FR=.;FRO=105;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=66;FSRR=39;FWDB=-0.00782921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5636;QD=19.2958;RBI=0.0183625;REFB=-0.00401411;REVB=0.0166098;RO=104;SAF=55;SAR=47;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798928;STB=0.543499;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00344217;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:104:105:102:103:0.495192:47:55:65:39:47:56:66:39 chr9 35107858 . C T 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016593;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.967;QD=53.2711;RBI=0.0166672;REFB=0;REVB=0.00157142;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95088e-05;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr9 35108136 . C T 190.6 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00333627;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.077;QD=12.9224;RBI=0.0239165;REFB=-0.00782118;REVB=0.0236827;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923585;STB=0.530165;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0139157;OID=.;OPOS=35108136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:26:36:23:23:0.389831:12:11:15:11:12:11:19:17 chr9 35480564 . T C 1099.11 PASS AF=0.518868;AO=108;DP=210;FAO=110;FDP=212;FR=.;FRO=102;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0324805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.911;QD=20.7379;RBI=0.0325195;REFB=-0.0171035;REVB=-0.00159259;RO=99;SAF=47;SAR=61;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438463;STB=0.530871;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0141195;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:99:102:108:110:0.518868:61:47:48:51:62:48:51:51 chr9 35482075 . T C 509.97 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.00646558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.325;QD=16.8585;RBI=0.0189744;REFB=-0.0121077;REVB=0.0178389;RO=66;SAF=30;SAR=25;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090704;STB=0.550441;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0142106;OID=.;OPOS=35482075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:25:30:42:24:25:30:42:24 chr9 35482149 . C T 481.9 PASS AF=0.406015;AO=51;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0214358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0493;QD=14.4933;RBI=0.0352603;REFB=0.00373987;REVB=0.0279964;RO=77;SAF=26;SAR=25;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311703;STB=0.503758;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00496335;OID=.;OPOS=35482149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:79:51:54:0.406015:25:26:37:40:27:27:40:39 chr9 35546735 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.211;QD=56.7057;RBI=0.0524015;REFB=0;REVB=-0.0114529;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559474;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr9 35547398 . A AC 37.42 PASS AF=0.4;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.131244;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.48311;QD=4.98981;RBI=0.145664;REFB=-0.083043;REVB=-0.0631913;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175519;STB=0.732835;STBP=0.115;TYPE=ins;VARB=0.0984675;OID=.;OPOS=35547399;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:30:12:30:18:1:11:5:13:37:19:2:8:4:15 chr9 35562549 . G A 102.21 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000404474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.951;QD=11.0499;RBI=0.0595427;REFB=-0.0553998;REVB=0.0595414;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281763;STB=0.669574;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0573676;OID=.;OPOS=35562549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:3:10:13:11:3:10:13:11 chr9 35657840 . C T 791.38 PASS AF=0.519481;AO=80;DP=154;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0430067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.075;QD=20.5553;RBI=0.0443496;REFB=-0.0291791;REVB=0.0108313;RO=70;SAF=53;SAR=27;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146363;STB=0.576067;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0304089;OID=.;OPOS=35657840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:70:74:80:80:0.519481:27:53:35:35:27:53:38:36 chr9 35660990 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.449;QD=56.9564;RBI=0.009842;REFB=0;REVB=-0.00777349;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62304e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr9 35662251 . T C 289.09 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0401907;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0277;QD=13.6042;RBI=0.0412252;REFB=-0.00595839;REVB=-0.00917725;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19778;STB=0.604178;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00763291;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:47:52:33:33:0.388235:14:19:18:29:14:19:21:31 chr9 35663228 . G C 307.53 PASS AF=0.588235;AO=26;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0244786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2453;QD=24.1201;RBI=0.0245563;REFB=-0.0545307;REVB=0.00195222;RO=18;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03443;STB=0.542828;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0489811;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:18:21:26:30:0.588235:17:9:7:11:20:10:9:12 chr9 35674053 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00047168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.332;QD=14.7937;RBI=0.00733371;REFB=-0.0242815;REVB=-0.00731852;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104216;STB=0.559936;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0284398;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:19:8:7:11:19:8 chr9 35752124 . G A 242.31 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0134085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1743;QD=16.154;RBI=0.0134691;REFB=-0.027311;REVB=0.00127599;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777346;STB=0.552219;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0340184;OID=.;OPOS=35752124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:13:14:14:18:13:15:14:18 chr9 35753170 . C A 382.55 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0241407;FXX=0.031741;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.078;QD=25.0849;RBI=0.0265537;REFB=-0.0149624;REVB=0.0110603;RO=23;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212225;STB=0.607305;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0100148;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:23:24:37:37:0.606557:21:16:17:6:21:16:17:7 chr9 35810705 . A AG 30.97 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=24;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0121026;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2459;QD=5.89824;RBI=0.115721;REFB=-0.0253222;REVB=0.115086;RO=19;SAF=4;SAR=0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697755;STB=0.868463;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0919891;OID=.;OPOS=35810706;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:4:24:6:21:15:5:1:4:11:30:19:4:0:7:12 chr9 35841783 . G A 132.38 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0169148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.176;QD=9.9908;RBI=0.0179097;REFB=-0.0173705;REVB=0.00588614;RO=36;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156017;STB=0.509273;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0388524;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:12:5:11:25:12:5:11:25 chr9 35870001 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.117229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4656;QD=21.0072;RBI=0.117255;REFB=-0.0130012;REVB=0.0024491;RO=17;SAF=3;SAR=16;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110459;STB=0.562743;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00820566;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:16:3:4:13:16:3:4:13 chr9 35906519 . G A 329.72 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0285094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.5;QD=20.9346;RBI=0.0289947;REFB=0.00260743;REVB=0.00528253;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774435;STB=0.550952;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.001888;OID=.;OPOS=35906519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:34:34:0.539683:15:19:13:15:15:19:13:16 chr9 35957355 . G A 406.91 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0326328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.141;QD=20.0944;RBI=0.0353145;REFB=-0.0148272;REVB=-0.0134987;RO=40;SAF=27;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125962;STB=0.570023;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0145552;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:14:27:21:19:14:27:21:19 chr9 35957669 . T C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0139637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.348;QD=19.3694;RBI=0.0211561;REFB=-0.0224424;REVB=-0.0158933;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354578;STB=0.704147;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0393153;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:3:13:7:8:3:13:7:8 chr9 35958047 . T C 198.49 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.000299321;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.773;QD=11.1823;RBI=0.0379781;REFB=-0.0171689;REVB=-0.0379769;RO=47;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182042;STB=0.586297;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0310674;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:46:24:25:0.352113:12:12:16:31:13:12:16:30 chr9 36066899 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0157536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.419;QD=14.2413;RBI=0.0251049;REFB=-0.0193555;REVB=0.0195469;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775949;STB=0.544462;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.022439;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:9:13:16:15:9:13:16:15 chr9 36085307 . C T 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00941281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.648;QD=16.0417;RBI=0.0379875;REFB=-0.0220736;REVB=-0.0368028;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801459;STB=0.54605;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0380766;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:13:13:11:8:13:13 chr9 36087876 . G A 752.4 PASS AF=0.475904;AO=77;DP=164;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.0452678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.977;QD=18.1301;RBI=0.0464707;REFB=-0.0222632;REVB=-0.0105045;RO=85;SAF=34;SAR=43;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138613;STB=0.574011;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0268055;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:85:87:77:79:0.475904:43:34:50:35:43:36:52:35 chr9 36169598 . T C 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0329604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.028;QD=22.5828;RBI=0.0333426;REFB=-0.00902289;REVB=0.00503396;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20701;STB=0.615414;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0231968;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:11:15:8:16:11:15:8:16 chr9 36607660 . A G 291.35 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0242397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3244;QD=16.8897;RBI=0.0379575;REFB=-0.00633744;REVB=0.0292097;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110788;STB=0.561922;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00868502;OID=.;OPOS=36607660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:11:26:19:13:11:26 chr9 36671145 . C T 221.07 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000800111;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.965;QD=14.2628;RBI=0.00629938;REFB=-0.015541;REVB=0.00624836;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341666;STB=0.519465;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0225238;OID=.;OPOS=36671145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:15:21:16:10:15:21 chr9 36674842 . C T 853.86 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.105;QD=55.9906;RBI=0.0685664;REFB=-0.163778;REVB=-0.0675576;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.50704;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00135281;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:25:35:0:0:25:35:1:0 chr9 36823518 . C T 317.29 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00114214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.628;QD=16.9223;RBI=0.00557727;REFB=-0.00184315;REVB=0.00545907;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044176;STB=0.538439;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00251446;OID=.;OPOS=36823518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:34:35:0.466667:15:19:20:19:15:20:20:20 chr9 36840623 . G A 721.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.414;QD=55.5268;RBI=0.109814;REFB=0;REVB=0.0390239;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668842;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:28:21:0:0:30:22:0:0 chr9 37429814 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0853;QD=49.5966;RBI=0.0487266;REFB=0;REVB=0.02136;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783043;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr9 37430930 . C CT 143.93 PASS AF=0.46;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00229616;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.36;QD=11.5146;RBI=0.150323;REFB=0.00974543;REVB=0.150306;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092053;STB=0.57825;STBP=0.385;TYPE=ins;VARB=-0.00560981;OID=.;OPOS=37430931;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:22:51:23:50:27:15:8:21:6:99:29:15:7:22:7 chr9 37439785 . G GAAAC 586.91 PASS AF=0.891304;AO=38;DP=48;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00573474;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=4;MLLD=296.779;QD=51.0353;RBI=0.0120749;REFB=-0.0190402;REVB=0.0106262;RO=5;SAF=19;SAR=19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650846;STB=0.533882;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.00161188;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.891304:38:48:41:46:5:20:21:4:1:26:5:19:19:4:1 chr9 37441808 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.906;QD=59.8376;RBI=0.0577491;REFB=0;REVB=0.00322262;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412453;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr9 37486603 . A G 295.68 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0344333;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9133;QD=20.046;RBI=0.0359772;REFB=-0.0288336;REVB=0.0104261;RO=28;SAF=3;SAR=28;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224107;STB=0.626769;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0111964;OID=.;OPOS=37486603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:28:28:31:31:0.525424:28:3:6:22:28:3:6:22 chr9 37492367 . C T 574.71 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0138499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.97;QD=23.6993;RBI=0.0425742;REFB=-0.0057117;REVB=-0.0402584;RO=44;SAF=26;SAR=27;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297818;STB=0.516349;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00304289;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:27:26:20:24:27:26:20:24 chr9 37492679 . G T 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.728;QD=60.952;RBI=0.0147518;REFB=0;REVB=-0.00338563;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87674e-05;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:59:57:0:0:59:57:0:0 chr9 37493588 . C A,T 1321.43 PASS AF=0.0674157,0.921348;AO=5,82;DP=89;FAO=6,82;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=5,51;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104474,0.00264958;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.0231,201.895;QD=59.39;RBI=0.045144,0.0508944;REFB=-0.115478,0.00905869;REVB=0.0439184,0.0508254;RO=1;SAF=5,51;SAR=0,31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.0150302;STB=0.666027,0.507935;STBP=0.166,0.258;TYPE=snp,snp;VARB=0.0592641,-0.000798358;OID=.,.;OPOS=37493588,37493588;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:89:89:1:1:5,82:6,82:0.0674157,0.921348:0,31:5,51:0:1:1,31:5,51:0:1 chr9 37500895 . T C 1007.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1617;QD=59.2839;RBI=0.0230408;REFB=0;REVB=-0.0215421;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122198;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr9 37501844 . G A 199.91 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0417806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.603;QD=19.9909;RBI=0.0419151;REFB=-0.00945708;REVB=-0.00335543;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191347;STB=0.608582;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.013198;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:10:10:6:14:10:10 chr9 37503087 . G A 1548.14 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3215;QD=57.8745;RBI=0.0443356;REFB=-0.0528596;REVB=0.0357683;RO=2;SAF=41;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384024;STB=0.503875;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000838194;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:107:2:1:103:106:0.990654:62:41:1:1:64:42:0:1 chr9 37503124 . G A 1439.58 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0654;QD=62.5906;RBI=0.0546678;REFB=0;REVB=0.0126813;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013048;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:58:31:0:0:60:32:0:0 chr9 37707441 . G A 118.39 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.032222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.331;QD=11.013;RBI=0.0324913;REFB=-0.0115216;REVB=-0.00417474;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160888;STB=0.619549;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0442247;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:28:14:15:0.348837:4:10:17:12:4:11:16:12 chr9 37740637 . T C 979.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.52;QD=58.4513;RBI=0.0238947;REFB=0;REVB=0.00197622;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53827e-05;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:31:34:0:0:31:36:0:0 chr9 37782111 . C T 896.68 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154656;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.355;QD=57.8504;RBI=0.0240716;REFB=0;REVB=-0.0184461;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5202e-05;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr9 37888101 . C T 1153.49 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.309;QD=60.7098;RBI=0.0470779;REFB=0;REVB=0.0469692;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09605e-05;OID=.;OPOS=37888101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr9 37974743 . T C 559.19 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0157967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.047;QD=20.5206;RBI=0.0220779;REFB=-0.00438449;REVB=0.0154239;RO=52;SAF=41;SAR=16;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483346;STB=0.526654;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00421081;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:16:41:35:17:16:41:35:17 chr9 38395928 . C T 541.23 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0107888;FXX=0.0425487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.685;QD=24.0547;RBI=0.0211536;REFB=0.0118341;REVB=0.0181955;RO=37;SAF=29;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312644;STB=0.502278;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00939811;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:90:37:40:50:50:0.555556:21:29:20:17:21:29:23:17 chr9 38395940 . TG CG,TC 1355.02 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=77,8;DP=90;FAO=82,8;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=29,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.097465,-0.0489618;FXX=0.0109878;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=70.8233,37.2711;QD=60.2233;RBI=0.11204,0.0577663;REFB=0,0;REVB=0.0552594,0.0306544;RO=0;SAF=53,0;SAR=24,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.08692e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.002861,0.0605423;OID=.,.;OPOS=38395940,38395941;OREF=T,G;OALT=C,C;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:90:90:0:0:77,8:82,8:0.911111,0.0888889:24,8:53,0:0:0:29,8:53,0:0:0 chr9 38396002 . C T 325.76 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0396873;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.436;QD=19.7431;RBI=0.0402028;REFB=-0.016716;REVB=-0.00641704;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272561;STB=0.515143;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0155372;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:17:15:17:17:17:15 chr9 38396271 . G A 260.07 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=47;FAO=24;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0431646;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8101;QD=23.117;RBI=0.0536416;REFB=-0.0313739;REVB=0.031847;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.656585;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0373046;OID=.;OPOS=38396271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:14:21:8:24:0.533333:5:3:7:7:16:8:14:7 chr9 38396502 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6127;QD=57.3843;RBI=0.0085698;REFB=0;REVB=-0.00589394;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56982e-06;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr9 38397355 . G C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0174562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.103;QD=25.4669;RBI=0.0184361;REFB=-0.0124537;REVB=-0.00593024;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154191;STB=0.588033;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00226526;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:2:1:6:3:2:1 chr9 38398150 . G C 796.08 PASS AF=0.613445;AO=73;DP=119;FAO=73;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00311401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.154;QD=26.7591;RBI=0.0197106;REFB=-0.00335888;REVB=0.019463;RO=46;SAF=41;SAR=32;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983991;STB=0.553278;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00169649;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:46:46:73:73:0.613445:32:41:32:14:32:41:32:14 chr9 38398311 . C T 33.21 PASS AF=0.206897;AO=3;DP=30;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0165451;FXX=0.147016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.844;QD=4.58059;RBI=0.0184885;REFB=-0.00329213;REVB=0.00825137;RO=23;SAF=0;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555009;STB=0.512777;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0198613;OID=.;OPOS=38398311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:30:29:23:23:3:6:0.206897:3:0:10:13:4:2:8:15 chr9 38528531 . T C 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0143227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.957;QD=14.6054;RBI=0.0174596;REFB=-0.0126563;REVB=-0.00998477;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125355;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214266;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:18:16:23:26:18:16:23:26 chr9 38571130 . C A 197.78 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.285;QD=11.1423;RBI=0.0508075;REFB=-0.0238494;REVB=-0.0435912;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679611;STB=0.569979;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0945038;OID=.;OPOS=38571130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:45:26:26:0.366197:11:15:20:19:11:15:21:24 chr9 38577092 . C G 249.11 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0157261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.005;QD=11.8625;RBI=0.0291069;REFB=-0.0171093;REVB=0.0244928;RO=54;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115516;STB=0.566622;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.033252;OID=.;OPOS=38577092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:13:17:25:29:13:17:25:29 chr9 38577101 . G A 248.33 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00134169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.93;QD=11.686;RBI=0.00892744;REFB=-0.000762718;REVB=0.00882604;RO=54;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782843;STB=0.539159;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00143269;OID=.;OPOS=38577101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:55:30:30:0.352941:14:16:25:29:14:16:26:29 chr9 38588602 . T C 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.999;QD=64.4103;RBI=0.0790209;REFB=0;REVB=0.0657331;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587782;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr9 38595886 . T C 481.24 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0322128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5124;QD=17.3421;RBI=0.0323638;REFB=-0.011835;REVB=0.00312212;RO=59;SAF=32;SAR=20;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120944;STB=0.56735;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0159809;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:20:32:29:30:20:32:29:30 chr9 38603139 . GA AT,GAT 174.35 PASS AF=0.04,0.28;AO=3,20;DP=76;FAO=3,21;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=3,10;FSAR=0,11;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0380441,-0.0277668;FXX=0.0131562;HRUN=1,0;LEN=2,1;MLLD=174.655,202.487;QD=9.29856;RBI=0.0412212,0.0278596;REFB=-0.00885629,-0.00156494;REVB=-0.0158694,0.00227164;RO=50;SAF=3,10;SAR=0,10;SRF=31;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.421577,-0.143634;STB=0.995832,0.592555;STBP=0.133,0.329;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0232156,-0.000639557;OID=.,.;OPOS=38603139,38603141;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:75:50:51:3,20:3,21:0.04,0.28:0,10:3,10:31:19:0,11:3,10:31:20 chr9 38615698 . C T 2149.02 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9473;QD=62.745;RBI=0.0816853;REFB=0;REVB=-0.0740345;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039897;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:68:67:0:0:68:69:0:0 chr9 38621344 . G A 170.6 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=0.00629937;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.003;QD=16.6436;RBI=0.0104147;REFB=-0.0242752;REVB=0.00829355;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147909;STB=0.590077;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0296192;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:23:18:18:0.439024:3:15:20:2:3:15:21:2 chr9 38621995 . C T 91.89 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0479036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.021;QD=30.6287;RBI=0.0479449;REFB=-0.0569911;REVB=0.00199004;RO=2;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118266;STB=0.538382;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0216634;OID=.;OPOS=38621995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:12:2:2:9:10:0.833333:7:2:1:1:7:3:1:1 chr9 39103743 . C T 587.56 PASS AF=0.439716;AO=61;DP=140;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0052879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.99;QD=16.6682;RBI=0.0105007;REFB=-6.80794e-05;REVB=-0.00907209;RO=79;SAF=33;SAR=28;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948368;STB=0.509448;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=9.56569e-05;OID=.;OPOS=39103743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:79:79:61:62:0.439716:28:33:42:37:28:34:42:37 chr9 39118108 . C T 132.94 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0526464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3366;QD=35.45;RBI=0.0527542;REFB=-0.0620704;REVB=0.00337003;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0127798;OID=.;OPOS=39118108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:5:8:2:0:5:8:2:0 chr9 39287976 . C T 289.46 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=-0.00271862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.864;QD=25.7293;RBI=0.00434476;REFB=-0.00968512;REVB=0.00338911;RO=19;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278695;STB=0.650706;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00547002;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:22:4:0:19:22:4:0:19 chr9 40503085 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.202;QD=60.9781;RBI=0.0106333;REFB=0;REVB=0.0102834;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79153e-05;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr9 40503105 . G C 45.73 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=55;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0513788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3375;QD=3.26664;RBI=0.0767804;REFB=0.00202519;REVB=0.0570565;RO=48;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157894;STB=0.657509;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0124807;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:56:48:48:7:8:0.142857:4:3:27:21:5:3:27:21 chr9 40784183 . A G 1093.16 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.22;QD=59.8994;RBI=0.0579254;REFB=0;REVB=-0.00815087;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234248;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:68:73:1:33:35:0:0:34:39:0:0 chr9 43685298 . G T 340.97 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.033593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9165;QD=42.6208;RBI=0.0534447;REFB=0.00214508;REVB=0.0415673;RO=5;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440363;STB=0.523792;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000916681;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:18:9:1:4:18:9:1:4 chr9 43709732 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.409;QD=39.2059;RBI=0.0117607;REFB=0;REVB=-0.0078983;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.76151e-05;OID=.;OPOS=43709732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr9 43818062 . T A 408.06 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128347;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.045;QD=54.4083;RBI=0.0232089;REFB=-0.0087436;REVB=0.0193372;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71447e-05;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:30:1:0:28:30:1:14:14:0:1:15:15:0:0 chr9 43822686 . C A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0453893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.986;QD=16.3859;RBI=0.0454296;REFB=0.00258605;REVB=-0.00191519;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.53326;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00147884;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:8:9:0.529412:4:4:5:3:4:5:5:3 chr9 43822704 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00434663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.384;QD=17.2298;RBI=0.0256198;REFB=-0.00630462;REVB=0.0252484;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00589259;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr9 43822762 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0175061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.204;QD=18.7442;RBI=0.0425487;REFB=0.0730937;REVB=0.0387805;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0166546;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr9 43861068 . A G 112.37 PASS AF=0.448276;AO=9;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.12675;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.791;QD=15.4997;RBI=0.127485;REFB=-0.00490581;REVB=0.0136685;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44622;STB=0.819877;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00535819;OID=.;OPOS=43861068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:16:9:13:0.448276:8:1:6:8:12:1:7:9 chr9 44850313 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00717565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0212;QD=9.13239;RBI=0.012743;REFB=-0.0158083;REVB=-0.0105307;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135174;STB=0.58316;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0363026;OID=.;OPOS=44850313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:9:13:7:3:9:13 chr9 44850318 . C T 34.77 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0724107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.105;QD=4.21419;RBI=0.0753576;REFB=-0.0138962;REVB=0.0208677;RO=27;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349557;STB=0.776993;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.037596;OID=.;OPOS=44850318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:33:27:27:5:6:0.181818:2:3:8:19:2:4:8:19 chr9 66457019 . G A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00899779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.072;QD=6.25134;RBI=0.01261;REFB=0.00316426;REVB=0.00883469;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463636;STB=0.788679;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0213172;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:13:4:4:2:13:4 chr9 66457027 . T A 31.05 PASS AF=0.25;AO=5;DP=23;FAO=5;FDP=20;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0104031;FXX=0.130378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.686;QD=6.20949;RBI=0.0111685;REFB=-0.00556584;REVB=-0.00406323;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591575;STB=0.880179;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0463924;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:23:20:14:15:5:5:0.25:4:1:11:3:4:1:12:3 chr9 66457051 . G A 35.33 PASS AF=0.153846;AO=4;DP=29;FAO=4;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0177814;FXX=0.103413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.433;QD=5.43546;RBI=0.0246996;REFB=-0.00670715;REVB=-0.0171433;RO=19;SAF=3;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635908;STB=0.5;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0169008;OID=.;OPOS=66457051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:29:26:19:20:4:4:0.153846:1:3:15:4:1:3:15:5 chr9 66457076 . T C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0278207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2625;QD=7.03186;RBI=0.0536894;REFB=0.000676703;REVB=-0.0459191;RO=26;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22689;STB=0.645799;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00690683;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:2:7:16:10:2:7:16:10 chr9 66457127 . GCA ACA,ATG 53.5 PASS AF=0.130435,0.0652174;AO=6,3;DP=46;FAO=6,3;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=1,2;FSAR=5,1;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0286847,-0.0200971;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=150.823,189.055;QD=4.65257;RBI=0.0326107,0.0313884;REFB=-0.00940145,-0.0030008;REVB=0.0155128,-0.024111;RO=35;SAF=1,2;SAR=5,1;SRF=23;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.542557,0.010634;STB=0.88328,0.509372;STBP=0.114,0.954;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0578133,0.00582999;OID=.,.;OPOS=66457127,66457127;OREF=G,GCA;OALT=A,ATG;OMAPALT=ACA,ATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:46:46:35:37:6,3:6,3:0.130435,0.0652174:5,1:1,2:23:12:5,1:1,2:25:12 chr9 66457161 . A G 60.86 PASS AF=0.236842;AO=10;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.102731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.3626;QD=6.40677;RBI=0.102733;REFB=-0.0394119;REVB=0.000582609;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138105;STB=0.538374;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0927958;OID=.;OPOS=66457161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:27:29:10:9:0.236842:3:7:16:11:3:6:18:11 chr9 66457216 . A G 36.45 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00119593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.338;QD=14.5789;RBI=0.0550758;REFB=-0.00112609;REVB=0.0550629;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00144942;OID=.;OPOS=66457216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:5:6:0.6:1:4:3:1:2:4:3:1 chr9 66457236 . AGG AAG,AGA 31.09 PASS AF=0.142857,0.214286;AO=2,2;DP=15;FAO=2,3;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1,1;FSAR=1,2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.143996,-0.0553879;FXX=0.124922;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=22.7336,141.711;QD=8.88394;RBI=0.164079,0.0566175;REFB=-0.0942927,-0.0322335;REVB=0.0786566,-0.0117354;RO=5;SAF=1,1;SAR=1,1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.576642,0.576642;STB=0.698321,0.570983;STBP=0.726,0.862;TYPE=snp,snp;VARB=0.00445568,0.117664;OID=.,.;OPOS=66457237,66457238;OREF=G,G;OALT=A,A;OMAPALT=AAG,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.142857,0.214286:2,2:15:2,3:14:8:1,1:1,2:2:6:17:5:1,1:1,1:0:5 chr9 66457267 . C A 40.22 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00831091;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4373;QD=9.46425;RBI=0.0817686;REFB=-0.0268441;REVB=-0.0813452;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501047;STB=0.815233;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0548306;OID=.;OPOS=66457267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:19:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:7:4:5:1:7:4 chr9 66457313 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0139243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.68;QD=11.9196;RBI=0.0636161;REFB=-0.0139735;REVB=0.0620735;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464204;STB=0.764197;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0189316;OID=.;OPOS=66457313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:9:0:3:4:9:0 chr9 66457388 . T G 113.41 PASS AF=0.35;AO=11;DP=37;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=-0.00459013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.445;QD=11.3409;RBI=0.148813;REFB=-0.0149033;REVB=0.148742;RO=25;SAF=11;SAR=0;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700083;STB=0.672552;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0330563;OID=.;OPOS=66457388;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:25:26:11:14:0.35:0:11:24:1:2:12:25:1 chr9 66457399 . T G 41.06 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=0;FWDB=-0.0143703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.627;QD=3.73307;RBI=0.017162;REFB=-0.00326099;REVB=0.00938244;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=37;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.736954;STB=0.910768;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0235044;OID=.;OPOS=66457399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:3:4:37:0:3:4:37:0 chr9 66457404 . G A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=1;FWDB=0.00393893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.184;QD=3.63777;RBI=0.0177194;REFB=-0.00214962;REVB=0.017276;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=37;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.670007;STB=0.884486;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0116498;OID=.;OPOS=66457404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:37:1:3:4:37:1 chr9 66457440 . A G 59.25 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=16;FWDB=-0.00350993;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.346;QD=2.69324;RBI=0.00726681;REFB=-0.00404942;REVB=0.00636294;RO=73;SAF=7;SAR=5;SRF=58;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30431;STB=0.694762;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0159256;OID=.;OPOS=66457440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:88:88:73:76:12:12:0.136364:5:7:58:15:5:7:60:16 chr9 66457451 . T C 102.92 PASS AF=0.185567;AO=17;DP=98;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=18;FWDB=-0.0107118;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.215;QD=4.24428;RBI=0.0109704;REFB=-0.000272714;REVB=-0.00236809;RO=78;SAF=6;SAR=11;SRF=60;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498791;STB=0.816806;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000837029;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:78:79:17:18:0.185567:11:6:60:18:12:6:61:18 chr9 66457460 . G A 53.05 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=28;FWDB=-0.00850969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.417;QD=2.02097;RBI=0.0197203;REFB=-0.0034371;REVB=-0.0177898;RO=93;SAF=8;SAR=4;SRF=65;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045197;STB=0.532793;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0312167;OID=.;OPOS=66457460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:4:8:65:28:4:8:65:28 chr9 66457465 . T G 239.31 PASS AF=0.297297;AO=34;DP=112;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=19;FWDB=0.00350651;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.577;QD=8.62394;RBI=0.0227378;REFB=-0.0106528;REVB=-0.0224658;RO=78;SAF=19;SAR=15;SRF=59;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250047;STB=0.63518;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.033249;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:78:78:34:33:0.297297:15:19:59:19:14:19:59:19 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 489.67 PASS AF=0.211765,0.282353,0.282353;AO=17,17,22;DP=105;FAO=18,24,24;FDP=85;FR=.;FRO=19;FSAF=12,13,18;FSAR=6,11,6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0189178,-0.0105891,-0.017597;FXX=0.198095;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.5837,19.9043,22.3001;QD=23.0433;RBI=0.304186,0.136656,0.0690341;REFB=-0.195253,0.00931572,0.0977371;REVB=-0.303598,-0.136245,0.0667536;RO=15;SAF=11,10,17;SAR=6,7,5;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.290301,-0.320187,-0.188057;STB=0.608588,0.636623,0.557332;STBP=0.269,0.073,0.48;TYPE=del,del,snp;VARB=0.195993,0.00431673,0.0637689;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.211765,0.282353,0.282353:17,17,22:105:18,24,24:85:19:12,13,18:6,11,6:16:3:49:15:11,10,17:6,7,5:14:1 chr9 66457480 . G A 179.58 PASS AF=0.213235;AO=29;DP=137;FAO=29;FDP=136;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=36;FWDB=0.0283532;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.731;QD=5.2818;RBI=0.0815873;REFB=0.00532279;REVB=0.0765022;RO=105;SAF=15;SAR=14;SRF=71;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206;STB=0.616097;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0233243;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:105:107:29:29:0.213235:14:15:71:34:14:15:71:36 chr9 66457498 . G T 71.27 PASS AF=0.115108;AO=13;DP=154;FAO=16;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=123;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.00868391;FXX=0.103219;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.357;QD=2.05102;RBI=0.0534705;REFB=-0.00507562;REVB=-0.0527607;RO=96;SAF=9;SAR=4;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103628;STB=0.542884;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.039294;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:154:139:96:123:13:16:0.115108:4:9:59:37:7:9:75:48 chr9 66457549 . A T 98.78 PASS AF=0.122449;AO=22;DP=208;FAO=24;FDP=196;FR=.;FRO=172;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=98;FSRR=74;FWDB=-0.0259046;FXX=0.0754681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.239;QD=2.01585;RBI=0.0667695;REFB=-0.00805055;REVB=-0.0615395;RO=170;SAF=11;SAR=11;SRF=98;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949658;STB=0.561174;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0580564;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:208:196:170:172:22:24:0.122449:11:11:98:72:12:12:98:74 chr9 66457562 . C T 41.02 PASS AF=0.0738916;AO=15;DP=203;FAO=15;FDP=203;FR=.;FRO=188;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=105;FSRR=83;FWDB=-0.0168323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.955;QD=0.808369;RBI=0.0191457;REFB=-0.000795932;REVB=-0.00912319;RO=184;SAF=7;SAR=8;SRF=102;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097795;STB=0.584364;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0130735;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:203:203:184:188:15:15:0.0738916:8:7:102:82:8:7:105:83 chr9 66457585 . G T 86.06 PASS AF=0.121387;AO=20;DP=173;FAO=21;FDP=173;FR=.;FRO=152;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=73;FWDB=-0.0232272;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.621;QD=1.98978;RBI=0.0232582;REFB=-0.00572562;REVB=0.00119991;RO=152;SAF=11;SAR=9;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293855;STB=0.503582;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0401552;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:173:173:152:152:20:21:0.121387:9:11:80:72:10:11:79:73 chr9 66457588 . T C 103.35 PASS AF=0.136095;AO=24;DP=170;FAO=23;FDP=169;FR=.;FRO=146;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=0.0138153;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8488;QD=2.44621;RBI=0.0144279;REFB=-0.00162913;REVB=-0.00415952;RO=143;SAF=16;SAR=8;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20989;STB=0.672469;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0219312;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:143:146:24:23:0.136095:8:16:72:71:7:16:73:73 chr9 66457594 . A G 1058.29 PASS AF=0.637584;AO=94;DP=148;FAO=95;FDP=149;FR=.;FRO=54;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.019865;FXX=0.0261421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.449;QD=28.4104;RBI=0.0243093;REFB=-0.0270572;REVB=0.0140115;RO=50;SAF=53;SAR=41;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080153;STB=0.55187;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0137289;OID=.;OPOS=66457594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:50:54:94:95:0.637584:41:53:22:28:41:54:23:31 chr9 66457652 . C T 56.02 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0742198;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.794;QD=2.31012;RBI=0.0829773;REFB=-0.00483474;REVB=-0.0371033;RO=80;SAF=3;SAR=9;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314685;STB=0.729766;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0482987;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:98:97:80:85:12:12:0.123711:9:3:40:40:9:3:43:42 chr9 66458150 . C T 58.85 PASS AF=0.09;AO=17;DP=200;FAO=18;FDP=200;FR=.;FRO=182;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=92;FSRR=90;FWDB=-0.0234762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.219;QD=1.177;RBI=0.0235325;REFB=-0.00349836;REVB=0.001627;RO=180;SAF=12;SAR=5;SRF=92;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229612;STB=0.701476;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0333738;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:200:200:180:182:17:18:0.09:5:12:92:88:5:13:92:90 chr9 66458154 . A AC 32.59 PASS AF=0.120603;AO=25;DP=201;FAO=24;FDP=199;FR=.;FRO=175;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=95;FSRR=80;FWDB=0.00374142;FXX=0.0148508;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2836;QD=0.6551;RBI=0.0339708;REFB=-0.00107037;REVB=-0.0337642;RO=170;SAF=10;SAR=15;SRF=91;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169226;STB=0.645843;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=-0.0173507;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.120603:25:201:24:199:175:9:15:95:80:32:170:10:15:91:79 chr9 66458183 . A G 86.12 PASS AF=0.109005;AO=18;DP=206;FAO=23;FDP=211;FR=.;FRO=188;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=99;FSRR=89;FWDB=0.00477619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0809;QD=1.63265;RBI=0.0124112;REFB=-0.00631888;REVB=0.0114554;RO=181;SAF=4;SAR=14;SRF=95;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35628;STB=0.737092;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0391667;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:206:211:181:188:18:23:0.109005:14:4:95:86:17:6:99:89 chr9 66458195 . T G 193.77 PASS AF=0.17561;AO=31;DP=205;FAO=36;FDP=205;FR=.;FRO=169;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=87;FSRR=82;FWDB=-0.0293808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3936;QD=3.78091;RBI=0.0294416;REFB=-0.00128957;REVB=-0.00189125;RO=159;SAF=10;SAR=21;SRF=84;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264605;STB=0.651231;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00413245;OID=.;OPOS=66458195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:159:169:31:36:0.17561:21:10:84:75:24:12:87:82 chr9 66458198 . C G 99.53 PASS AF=0.120603;AO=24;DP=199;FAO=24;FDP=199;FR=.;FRO=175;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=92;FSRR=83;FWDB=-0.00191923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4087;QD=2.00065;RBI=0.0760314;REFB=-0.00173591;REVB=0.0760072;RO=173;SAF=4;SAR=20;SRF=91;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456343;STB=0.823052;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0157836;OID=.;OPOS=66458198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:173:175:24:24:0.120603:20:4:91:82:20:4:92:83 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 1336.63 PASS AF=0.833333,0.0454545;AO=90,14;DP=138;FAO=110,6;FDP=132;FR=.;FRO=16;FSAF=53,0;FSAR=57,6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0497204,0.0506864;FXX=0.13157;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.3398,12.7243;QD=40.5041;RBI=0.0502588,0.0524449;REFB=-0.0730102,-0.0489614;REVB=0.00733692,-0.0134668;RO=20;SAF=51,0;SAR=39,14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0116123,-0.822789;STB=0.541911,0.998636;STBP=0.015,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0172766,0.0255524;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333,0.0454545:90,14:138:110,6:132:16:53,0:57,6:13:3:63:20:51,0:39,14:12:8 chr9 66458238 . G C 44.28 PASS AF=0.111111;AO=19;DP=149;FAO=16;FDP=144;FR=.;FRO=128;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=-0.0263557;FXX=0.0335548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.018;QD=1.22994;RBI=0.0266448;REFB=-0.0124123;REVB=-0.00391454;RO=129;SAF=4;SAR=15;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369478;STB=0.728279;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.109106;OID=.;OPOS=66458238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:149:144:129:128:19:16:0.111111:15:4:64:65:12:4:64:64 chr9 66499336 . A C 65.2 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.0343116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.344;QD=2.83463;RBI=0.0346342;REFB=0.000180023;REVB=0.0047159;RO=79;SAF=5;SAR=8;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231954;STB=0.51599;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.000985132;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:79:79:13:13:0.141304:8:5:29:50:8:5:29:50 chr9 66499356 . G A 45.91 PASS AF=0.126761;AO=10;DP=70;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0341715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.183;QD=2.5867;RBI=0.0358844;REFB=-0.0018146;REVB=-0.0109546;RO=60;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614084;STB=0.506315;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0109991;OID=.;OPOS=66499356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:70:71:60:62:10:9:0.126761:5:5:27:33:5:4:28:34 chr9 68415338 . A C 174.28 PASS AF=0.181818;AO=32;DP=176;FAO=32;FDP=176;FR=.;FRO=144;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.0410549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7793;QD=3.96092;RBI=0.0412304;REFB=0.00195876;REVB=0.00380062;RO=143;SAF=18;SAR=14;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102533;STB=0.568043;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0074811;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:143:144:32:32:0.181818:14:18:69:74:14:18:69:75 chr9 68415352 . A G 43.47 PASS AF=0.0860927;AO=13;DP=151;FAO=13;FDP=151;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.0246155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.798;QD=1.15143;RBI=0.0247885;REFB=-0.000290816;REVB=-0.00292426;RO=138;SAF=6;SAR=7;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442072;STB=0.535114;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00397595;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:151:151:138:138:13:13:0.0860927:7:6:69:69:7:6:69:69 chr9 68415353 . T G 49.62 PASS AF=0.0927152;AO=14;DP=151;FAO=14;FDP=151;FR=.;FRO=137;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=-0.0179005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.648;QD=1.31451;RBI=0.0179036;REFB=0.00501866;REVB=0.000334021;RO=137;SAF=3;SAR=11;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365622;STB=0.78307;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0295437;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:151:151:137:137:14:14:0.0927152:11:3:72:65:11:3:72:65 chr9 68415355 . C T 76.15 PASS AF=0.121429;AO=17;DP=140;FAO=17;FDP=140;FR=.;FRO=123;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.0510764;FXX=0.0410931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5388;QD=2.17573;RBI=0.0511979;REFB=-0.000315114;REVB=0.00352516;RO=123;SAF=8;SAR=9;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413574;STB=0.529377;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0020248;OID=.;OPOS=68415355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:140:140:123:123:17:17:0.121429:9:8:62:61:9:8:62:61 chr9 68415386 . G A 96.25 PASS AF=0.2;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0569436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.6945;QD=5.13358;RBI=0.0771491;REFB=-0.0795437;REVB=-0.0520519;RO=59;SAF=12;SAR=3;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42273;STB=0.843024;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.181052;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:74:75:59:60:15:15:0.2:3:12:28:31:2:13:28:32 chr9 68415387 . GA AT,GT 595.07 PASS AF=0.216216,0.5;AO=16,37;DP=75;FAO=16,37;FDP=74;FR=.;FRO=21;FSAF=7,21;FSAR=9,16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.104321,-0.0394091;FXX=0.0133316;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=46.8633,111.66;QD=32.1657;RBI=0.104824,0.0407733;REFB=0.024295,-0.0209324;REVB=0.0102572,0.0104586;RO=21;SAF=7,21;SAR=9,16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.177126,-0.0349427;STB=0.601881,0.519074;STBP=0.301,0.728;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0225795,0.0211749;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:74:21:21:16,37:16,37:0.216216,0.5:9,16:7,21:13:8:9,16:7,21:13:8 chr9 68415394 . T A 96.19 PASS AF=0.246154;AO=10;DP=59;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00868418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.543;QD=5.91909;RBI=0.00916838;REFB=-0.0125737;REVB=0.00294011;RO=49;SAF=2;SAR=8;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5256;STB=0.658351;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.035428;OID=.;OPOS=68415394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:59:65:49:49:10:16:0.246154:8:2:32:17:9:7:32:17 chr9 68415397 . T C 124.65 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00468731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.365;QD=7.67087;RBI=0.00574495;REFB=-0.00753772;REVB=0.00332169;RO=47;SAF=8;SAR=10;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279467;STB=0.666496;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0152734;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:10:8:32:15:10:8:32:15 chr9 69002294 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0129198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.697;QD=17.9558;RBI=0.0132611;REFB=-0.012703;REVB=0.00298926;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165364;STB=0.509422;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0169803;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:3:13:14:3:3:13:14:3 chr9 69002304 . C G 180.63 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=0.00668506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.672;QD=14.7454;RBI=0.0313203;REFB=0.00295843;REVB=0.0305985;RO=30;SAF=15;SAR=4;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736512;STB=0.59693;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00299485;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:29:19:20:0.408163:4:15:25:5:5:15:25:4 chr9 69002317 . T C 207.55 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0127943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.076;QD=15.0948;RBI=0.0132169;REFB=0.000976548;REVB=0.00331546;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825081;STB=0.54663;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000650474;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:7:17:24:7:7:17:24:7 chr9 69256833 . A G 795.34 PASS AF=0.405405;AO=90;DP=222;FAO=90;FDP=222;FR=.;FRO=132;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=0.0234654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.555;QD=14.3304;RBI=0.0504296;REFB=-0.0143289;REVB=0.0446377;RO=132;SAF=54;SAR=36;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756132;STB=0.542426;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0211414;OID=.;OPOS=69256833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:132:132:90:90:0.405405:36:54:70:62:36:54:70:62 chr9 71396746 . A G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0624415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.77;QD=19.0576;RBI=0.0653083;REFB=0.00216037;REVB=0.0191371;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688944;STB=0.539042;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00155496;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:11:9:10:9:11:9 chr9 71396859 . C G 847.43 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347938;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.714;QD=57.4527;RBI=0.0446409;REFB=0;REVB=0.0279678;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401563;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:31:28:0:0 chr9 71397734 . A G 212.2 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0271577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4168;QD=12.3013;RBI=0.034869;REFB=0.00134587;REVB=0.0218703;RO=43;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134953;STB=0.577899;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00335041;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:9:17:23:20:9:17:23:20 chr9 71397747 . T C 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0279461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7772;QD=11.0149;RBI=0.0388556;REFB=0.00461347;REVB=0.0269958;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215604;STB=0.629435;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0169451;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:4:10:15:13:4:10:15:13 chr9 71841018 . A G 476.6 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0290472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.604;QD=15.251;RBI=0.0326895;REFB=-0.0117321;REVB=-0.0149955;RO=72;SAF=29;SAR=24;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569434;STB=0.503195;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0183672;OID=.;OPOS=71841018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:24:29:39:33:24:29:39:33 chr9 71843023 . C A 294.37 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0365235;FXX=0.0163908;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.621;QD=19.6245;RBI=0.0840466;REFB=-0.0625251;REVB=0.0756958;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331252;STB=0.502091;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0442135;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:27:28:31:32:0.533333:15:16:15:12:15:17:15:13 chr9 71862975 . C T 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.029;QD=60.6463;RBI=0.0372263;REFB=0;REVB=0.0357789;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33285e-05;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:51:62:0:0:51:62:0:0 chr9 71862987 . G A 1521.7 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.856;QD=59.6744;RBI=0.0399921;REFB=0;REVB=0.0378915;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25982e-05;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:46:55:0:0:47:55:0:0 chr9 71866087 . C T 225.07 PASS AF=0.488889;AO=23;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0192132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.69;QD=20.0058;RBI=0.0242695;REFB=-0.0154554;REVB=-0.0148278;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968126;STB=0.536049;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0229249;OID=.;OPOS=71866087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:23:22:0.488889:9:14:11:11:9:13:12:11 chr9 71986315 . T C 408.05 PASS AF=0.537313;AO=20;DP=71;FAO=36;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00584979;FXX=0.129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.443;QD=24.3612;RBI=0.0166995;REFB=-0.00860771;REVB=0.0156414;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259414;STB=0.653557;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0230035;OID=.;OPOS=71986315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:67:12:26:20:36:0.537313:6:14:4:8:13:23:7:19 chr9 72131577 . A C 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0395207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.11;QD=16.0287;RBI=0.0398566;REFB=-0.000592023;REVB=-0.00516298;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128786;STB=0.507283;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.000372112;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:13:12:14:16:13:12:14:16 chr9 72373624 . A G 3552.7 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.369;QD=62.8796;RBI=0.0117991;REFB=0;REVB=-0.0115899;RO=0;SAF=108;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32278e-06;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:226:226:1:118:108:0:0:118:108:0:0 chr9 72472831 . C T 770.38 PASS AF=0.484848;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=23;FWDB=0.00629708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.578;QD=18.6758;RBI=0.0100882;REFB=0.0123783;REVB=0.00788157;RO=81;SAF=44;SAR=36;SRF=59;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168421;STB=0.595112;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.016842;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:81:85:80:80:0.484848:36:44:59:22:36:44:62:23 chr9 72741312 . G A 1256.99 PASS AF=0.987952;AO=83;DP=85;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155967;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8394;QD=60.5779;RBI=0.0164747;REFB=0.0225748;REVB=0.00530657;RO=1;SAF=45;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104093;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-1.70877e-05;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:83:1:1:83:82:0.987952:38:45:1:0:37:45:1:0 chr9 72785477 . C T 306.51 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0344305;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9547;QD=17.5148;RBI=0.0377387;REFB=-0.0265775;REVB=0.0154517;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453682;STB=0.533313;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0308394;OID=.;OPOS=72785477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:37:32:33:0.471429:14:18:18:17:14:19:19:18 chr9 72841360 . A T 1001.16 PASS AF=0.986486;AO=60;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0648226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.01;QD=54.1168;RBI=0.115993;REFB=-0.112018;REVB=0.0961893;RO=3;SAF=26;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212542;STB=0.508195;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00699166;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:74:3:1:60:73:0.986486:34:26:2:1:43:30:1:0 chr9 72897434 . G A 2083.76 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3691;QD=62.6693;RBI=0.0441539;REFB=0;REVB=-0.0262333;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223596;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:60:73:0:0:60:73:0:0 chr9 73150984 . C T 1760.68 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.5571e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.126;QD=60.1942;RBI=0.0217883;REFB=0;REVB=0.0217883;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99883e-05;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:117:0:0:110:117:1:52:58:0:0:55:62:0:0 chr9 73151715 . C T 1666.66 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.242;QD=59.5236;RBI=0.0178458;REFB=-0.0610061;REVB=-0.00216115;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159254;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:112:112:0:0:111:112:1:44:67:0:0:44:68:0:0 chr9 73151970 . C T 1566.49 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111553;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.302;QD=58.5604;RBI=0.0219096;REFB=-0.138305;REVB=0.018857;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.504424;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000289811;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:107:0:1:105:106:0.990654:56:49:0:0:56:50:0:1 chr9 73376414 . G T 1788.09 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.681;QD=60.104;RBI=0.0160591;REFB=-0.0749798;REVB=0.00792321;RO=1;SAF=62;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007599;STB=0.503936;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-4.13263e-05;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:117:118:0.991597:55:62:1:0:55:63:1:0 chr9 73391369 . T C 867.16 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163939;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.038;QD=55.0575;RBI=0.0243471;REFB=-0.180405;REVB=0.0180005;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000211418;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:28:33:1:0:28:34:0:1 chr9 73408518 . T G 4555.03 PASS AF=0.990033;AO=293;DP=298;FAO=298;FDP=301;FR=.;FRO=3;FSAF=171;FSAR=127;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0452923;FXX=0.00331115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.556;QD=60.532;RBI=0.047062;REFB=-0.0131082;REVB=0.0127844;RO=4;SAF=168;SAR=125;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192533;STB=0.502448;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.000347041;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:298:301:4:3:293:298:0.990033:125:168:2:2:127:171:1:2 chr9 74305098 . C T 755.18 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.329;QD=62.9313;RBI=0.0159418;REFB=0;REVB=0.0158133;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195148;OID=.;OPOS=74305098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr9 74834384 . C T 467.45 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0052521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.528;QD=16.8449;RBI=0.00526489;REFB=-0.00865723;REVB=0.000366687;RO=50;SAF=29;SAR=22;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103494;STB=0.526649;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00926538;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:60:51:51:0.459459:22:29:34:16:22:29:37:23 chr9 74846104 . A G 545.36 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.000544109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.12;QD=17.1768;RBI=0.00696248;REFB=-0.00779072;REVB=-0.00694118;RO=69;SAF=30;SAR=28;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521433;STB=0.529019;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0106234;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:28:30:32:37:28:30:32:37 chr9 74969864 . T C 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0421607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8955;QD=12.0525;RBI=0.0424555;REFB=0.00804103;REVB=-0.00499502;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406226;STB=0.744113;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0138711;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:5:8:2:7:5:8 chr9 74975136 . T C 310.47 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.050699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0902;QD=11.2899;RBI=0.0514249;REFB=-0.00273377;REVB=0.00860983;RO=71;SAF=22;SAR=17;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802675;STB=0.546112;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00578689;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:17:22:35:36:17:22:35:36 chr9 75303653 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.346;QD=64.4148;RBI=0.0161778;REFB=0;REVB=-0.00394805;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43978e-05;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr9 75355040 . CA C 42.71 PASS AF=0.262626;AO=24;DP=98;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=20;FWDB=0.189283;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.43374;QD=1.72576;RBI=0.201743;REFB=-0.0800263;REVB=-0.0698019;RO=51;SAF=14;SAR=10;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101624;STB=0.666553;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.109547;OID=.;OPOS=75355041;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262626:24:98:26:99:73:13:13:53:20:42:51:14:10:34:17 chr9 75545882 . G A 699.87 PASS AF=0.460123;AO=75;DP=163;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.00850423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.413;QD=17.1746;RBI=0.0138791;REFB=-0.00657548;REVB=0.0109685;RO=88;SAF=41;SAR=34;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786202;STB=0.543613;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00747392;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:88:75:75:0.460123:34:41:41:47:34:41:41:47 chr9 77407636 . C T 483.97 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.000304469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.108;QD=16.2679;RBI=0.0128061;REFB=-0.00630707;REVB=-0.0128025;RO=66;SAF=29;SAR=24;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044045;STB=0.524581;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00595282;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:24:29:39:27:24:29:39:27 chr9 77436641 . G A,C 1801.77 PASS AF=0.95082,0.0409836;AO=112,6;DP=119;FAO=116,5;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=54,5;FSAR=62,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00902764,-0.0166615;FXX=0.0317435;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.254,139.687;QD=59.0744;RBI=0.028264,0.0275384;REFB=-0.16286,-0.160791;REVB=0.0267834,0.0219262;RO=0;SAF=53,6;SAR=59,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.35459e-08,0;STB=0.504586,0.5;STBP=0.302,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0010095,0.101061;OID=.,.;OPOS=77436641,77436641;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:119:122:0:1:112,6:116,5:0.95082,0.0409836:59,0:53,6:0:0:62,0:54,5:1:0 chr9 77472604 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.764;QD=53.9112;RBI=0.040321;REFB=0;REVB=0.0108024;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203787;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr9 77502160 . G A 780.71 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241264;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5135;QD=54.7864;RBI=0.0247128;REFB=-0.0965215;REVB=-0.0053518;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000172823;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:55:56:0.982456:26:29:1:0:26:30:1:0 chr9 77518062 . C G 815.63 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0852334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.062;QD=52.6214;RBI=0.0915205;REFB=-0.119106;REVB=0.0333355;RO=3;SAF=35;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694799;STB=0.503686;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0029502;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:3:3:59:59:0.951613:24:35:2:1:24:35:2:1 chr9 77563087 . C T 1014.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.519;QD=58.8126;RBI=0.0263177;REFB=0;REVB=0.00187599;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39057e-05;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:31:36:0:0:32:37:0:0 chr9 77684690 . A C 1305.68 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487466;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.657;QD=61.4438;RBI=0.0990837;REFB=0;REVB=0.0862633;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687075;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:37:47:0:1:38:47:0:0 chr9 77752510 . C T 946.14 PASS AF=0.489583;AO=94;DP=192;FAO=94;FDP=192;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.00334357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8779;QD=19.7113;RBI=0.0296687;REFB=0.0137275;REVB=0.0294797;RO=98;SAF=44;SAR=50;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273325;STB=0.515047;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0132211;OID=.;OPOS=77752510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:98:98:94:94:0.489583:50:44:43:55:50:44:43:55 chr9 78790153 . A G 424.02 PASS AF=0.911765;AO=32;DP=35;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0607241;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3891;QD=49.8841;RBI=0.0613565;REFB=0.0971586;REVB=-0.00878656;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710681;STB=0.505007;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0107609;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:34:3:3:32:31:0.911765:20:12:1:2:19:12:1:2 chr9 78790172 . G C 74.69 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0245869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.262;QD=10.6694;RBI=0.0268054;REFB=-0.00251026;REVB=-0.0106778;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409998;STB=0.749464;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00908547;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:10:8:8:2:10:8 chr9 78790177 . G C 78.51 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0324266;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7801;QD=13.0847;RBI=0.0365684;REFB=-0.0204027;REVB=-0.0169045;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0152829;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:6:8:8:2:6:8 chr9 78790182 . G C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.138553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.89;QD=13.6307;RBI=0.138722;REFB=0.000598899;REVB=-0.00686056;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337293;STB=0.519951;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00307539;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:2:7:6:2:2:7 chr9 78790187 . G C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00720297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.392;QD=18.8866;RBI=0.00723227;REFB=-0.0111601;REVB=0.000650298;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2967;STB=0.676889;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00743111;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:2:3:7:1:2:3 chr9 79009106 . A C 720.61 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0663446;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.098;QD=50.5691;RBI=0.0663505;REFB=-0.00652854;REVB=0.000884118;RO=3;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237849;STB=0.512901;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.000503638;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:58:57:3:3:53:54:0.947368:23:30:1:2:23:31:1:2 chr9 79119752 . C T 132.4 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0310035;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.651;QD=13.9373;RBI=0.0396253;REFB=-0.0177664;REVB=-0.0246769;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191266;STB=0.610968;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0254095;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:8:15:7:8:8:15 chr9 79120475 . A T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0175022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.539;QD=14.3349;RBI=0.0346917;REFB=-0.0142934;REVB=-0.0299531;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291449;STB=0.657425;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0352664;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:6:11:9:16:6:11:10:16 chr9 79121085 . G T 689.62 PASS AF=0.420765;AO=73;DP=179;FAO=77;FDP=183;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.0461112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.943;QD=15.0738;RBI=0.0487514;REFB=-0.0116717;REVB=0.0158257;RO=106;SAF=27;SAR=46;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295507;STB=0.512016;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0263486;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:183:106:106:73:77:0.420765:46:27:42:64:48:29:42:64 chr9 79186729 . T C 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.179;QD=44.6758;RBI=0.0768081;REFB=0;REVB=0.073588;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512381;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr9 79186750 . G T 221.14 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0164821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.789;QD=32.7623;RBI=0.051173;REFB=-0.0355304;REVB=0.048446;RO=5;SAF=16;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105602;STB=0.533299;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00939842;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:5:7:20:20:0.740741:4:16:3:2:4:16:5:2 chr9 79186765 . C G 409.48 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0324942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.997;QD=45.4977;RBI=0.0370651;REFB=-0.0608259;REVB=0.0178311;RO=4;SAF=25;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189384;STB=0.501432;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00484354;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:4:5:31:31:0.861111:6:25:3:1:6:25:4:1 chr9 79186781 . T C 500.76 PASS AF=0.878049;AO=21;DP=42;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0189195;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1956;QD=48.8548;RBI=0.0420864;REFB=-0.0047305;REVB=0.0375941;RO=3;SAF=19;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137917;STB=0.501079;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.000526329;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:42:41:3:5:21:36:0.878049:2:19:2:1:7:29:4:1 chr9 79186787 . C T 131.27 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.00816646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.447;QD=8.89992;RBI=0.0147642;REFB=0.00422146;REVB=-0.0123001;RO=41;SAF=15;SAR=3;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100619;STB=0.560675;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0139818;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:3:15:32:9:3:15:32:9 chr9 79186820 . A C 691.18 PASS AF=0.74026;AO=56;DP=77;FAO=57;FDP=77;FR=.;FRO=20;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0130055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4307;QD=35.9054;RBI=0.0402179;REFB=-0.0293969;REVB=-0.038057;RO=21;SAF=41;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983703;STB=0.559047;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0088082;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:21:20:56:57:0.74026:15:41:12:9:15:42:11:9 chr9 79186886 . C G 50.3 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0627125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2275;QD=5.29444;RBI=0.0630679;REFB=-0.00204251;REVB=0.00668631;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26565;STB=0.67266;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0224645;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:18:12:5:3:18:12 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=52;DP=144;LEN=15;RO=92;SAF=23;SAR=21;SRF=45;SRR=55;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:144:92:52:21:23:45:55 chr9 79318471 . C T 429.13 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00781822;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.912;QD=16.665;RBI=0.0217012;REFB=-0.00803564;REVB=-0.0202439;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954979;STB=0.567517;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00989044;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:56:47:47:0.456311:26:21:29:24:26:21:32:24 chr9 79318677 . T C 479.75 PASS AF=0.377622;AO=54;DP=141;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=-0.0183649;FXX=0.0137922;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5482;QD=13.4197;RBI=0.0537609;REFB=0.00381452;REVB=0.0505269;RO=87;SAF=18;SAR=36;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29963;STB=0.675861;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00288477;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:87:89:54:54:0.377622:36:18:53:34:36:18:55:34 chr9 79318998 . A G 153.66 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.020833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.453;QD=16.1742;RBI=0.0279146;REFB=0.000265244;REVB=0.01858;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125006;STB=0.583231;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00194993;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:5:11:12:9:5:12:12:9 chr9 79320095 . T G 422.26 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00245934;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.657;QD=15.9342;RBI=0.00249181;REFB=-0.0129106;REVB=-0.000400938;RO=56;SAF=13;SAR=34;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732235;STB=0.552558;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0141567;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:59:47:47:0.443396:34:13:19:37:34:13:21:38 chr9 79320640 . C T 422.92 PASS AF=0.5;AO=41;DP=86;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0144138;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.668;QD=19.2238;RBI=0.0218423;REFB=-0.0374378;REVB=0.0164112;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104238;STB=0.53404;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0342024;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:38:44:41:44:0.5:20:21:24:14:23:21:24:20 chr9 79320847 . G C 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00493203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.833;QD=24.8187;RBI=0.00834925;REFB=-0.0178063;REVB=0.00673684;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179248;STB=0.599914;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0123377;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:10:8:16:8:10:8 chr9 79321276 . T C 253.31 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0561773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.277;QD=17.4698;RBI=0.0583107;REFB=-0.0215691;REVB=0.0156283;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240937;STB=0.513504;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.026152;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:10:20:18:10:10:20 chr9 79322674 . A G 498.82 PASS AF=0.429688;AO=54;DP=127;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00126355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.519;QD=15.588;RBI=0.0333069;REFB=-0.0160623;REVB=-0.0332829;RO=69;SAF=16;SAR=38;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15408;STB=0.609714;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0335791;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:69:73:54:55:0.429688:38:16:30:39:39:16:34:39 chr9 79322720 . A G 411.99 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00792453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.757;QD=16.4798;RBI=0.00893644;REFB=0.00536626;REVB=-0.00413059;RO=57;SAF=12;SAR=31;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10611;STB=0.559905;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00778294;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:31:12:21:36:31:12:21:36 chr9 79324439 . A G 331.29 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0107437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.187;QD=11.7271;RBI=0.0121312;REFB=-0.0109811;REVB=-0.00563373;RO=71;SAF=25;SAR=16;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146613;STB=0.588448;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.023609;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:72:41:41:0.362832:16:25:34:37:16:25:34:38 chr9 79324955 . C T 221.89 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0168154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.864;QD=18.4908;RBI=0.0191447;REFB=-0.00555881;REVB=-0.00915203;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209681;STB=0.606647;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00501657;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:12:10:17:8:12:10:17:9 chr9 79325297 . T G 794.54 PASS AF=0.4375;AO=84;DP=192;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=0.00526251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.474;QD=16.5529;RBI=0.0227197;REFB=-0.0166304;REVB=0.0221018;RO=108;SAF=46;SAR=38;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270572;STB=0.515057;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0214376;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:108:108:84:84:0.4375:38:46:62:46:38:46:62:46 chr9 79325615 . A G 226.91 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0217799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.333;QD=15.6488;RBI=0.0316157;REFB=-0.0180856;REVB=-0.022917;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856398;STB=0.54835;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0212118;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:20:12:12:14:20:12 chr9 79325759 . C T 248.31 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00933495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.113;QD=16.2823;RBI=0.0774977;REFB=-0.0174935;REVB=-0.0769334;RO=32;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982658;STB=0.567517;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0235515;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:8:20:20:12:8:20:20:13 chr9 79471995 . T C 428.49 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.721;QD=57.1317;RBI=0.0504937;REFB=0;REVB=0.0131137;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100206;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:12:18:0:0 chr9 79986057 . A G 303.95 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00269988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4939;QD=20.6064;RBI=0.0230933;REFB=0.00359013;REVB=0.0229349;RO=26;SAF=10;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014092;STB=0.505297;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0030726;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:26:27:31:32:0.542373:21:10:8:18:21:11:9:18 chr9 80049298 . C T 731.67 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.0108715;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.6;QD=19.6421;RBI=0.0139088;REFB=-0.0167294;REVB=0.00867561;RO=77;SAF=39;SAR=33;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900541;STB=0.549674;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.017479;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:77:77:72:72:0.483221:33:39:49:28:33:39:49:28 chr9 80335288 . C T 287.93 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0102501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.488;QD=25.0372;RBI=0.0118415;REFB=-0.00692223;REVB=-0.00592928;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128834;STB=0.551684;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00848599;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:20:26:26:0.565217:16:10:10:8:16:10:10:10 chr9 80780518 . G C 609.68 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0354897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.942;QD=18.0647;RBI=0.0396869;REFB=0.00108946;REVB=0.0177632;RO=72;SAF=37;SAR=26;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176656;STB=0.598001;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00143434;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:26:37:29:43:26:37:29:43 chr9 80851350 . G C 340.36 PASS AF=0.391753;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.06437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8109;QD=14.0353;RBI=0.0740983;REFB=-0.00188937;REVB=-0.0367022;RO=58;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698966;STB=0.52576;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00222785;OID=.;OPOS=80851350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:58:59:37:38:0.391753:18:19:26:32:19:19:27:32 chr9 80912115 . G C 163.35 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00249782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8878;QD=13.3345;RBI=0.0360209;REFB=-0.0185858;REVB=-0.0359341;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204277;STB=0.619582;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0285528;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:15:16:6:12:15:16 chr9 80919756 . T G 1471.69 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.591;QD=63.2985;RBI=0.0237113;REFB=0;REVB=0.0172631;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22451e-06;OID=.;OPOS=80919756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr9 82187750 . A G 2606.35 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128352;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.333;QD=62.0559;RBI=0.0150626;REFB=0;REVB=-0.0078828;RO=0;SAF=86;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89775e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:167:168:1:81:86:0:0:81:87:0:0 chr9 82267609 . T TC 38.42 PASS AF=0.140187;AO=23;DP=107;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0476377;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.9314;QD=1.43619;RBI=0.0515184;REFB=-0.0148518;REVB=-0.0196163;RO=81;SAF=23;SAR=0;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.768603;STB=0.896248;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.241361;OID=.;OPOS=82267610;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140187:23:107:15:107:92:14:1:52:40:38:81:23:0:42:39 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=32;DP=104;LEN=4;RO=72;SAF=32;SAR=41;SRF=14;SRR=17;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:104:72:32:41:32:14:17 chr9 84267147 . T C 1419.35 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00534042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3329;QD=61.7109;RBI=0.0260697;REFB=-0.135931;REVB=0.0255169;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938661;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00140309;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:41:50:1:0:41:50:1:0 chr9 84340199 . G A 115.12 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0164539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.24;QD=10.7089;RBI=0.0188867;REFB=-0.00305063;REVB=-0.00927232;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146018;STB=0.587501;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0213178;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:9:5:14:15:9:5:14:15 chr9 84607758 . T A 414.3 PASS AF=0.539474;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0458751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.268;QD=21.805;RBI=0.0458779;REFB=-0.0199787;REVB=0.000514166;RO=34;SAF=27;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295027;STB=0.64653;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0239117;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:34:35:40:41:0.539474:13:27:11:23:14:27:12:23 chr9 85627408 . G A 385.59 PASS AF=0.331081;AO=49;DP=151;FAO=49;FDP=148;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.00271232;FXX=0.0326776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.276;QD=10.4214;RBI=0.0181994;REFB=-0.000267134;REVB=0.0179962;RO=95;SAF=20;SAR=29;SRF=36;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349807;STB=0.516937;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000809099;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:95:99:49:49:0.331081:29:20:36:59:29:20:38:61 chr9 86278817 . C A 2045.78 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.506;QD=62.4666;RBI=0.0411725;REFB=0;REVB=0.0196168;RO=0;SAF=81;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17548e-05;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:129:131:1:48:81:0:0:48:83:0:0 chr9 86284178 . C A 1289.06 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.76154e-05;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.492;QD=62.1235;RBI=0.0223443;REFB=0;REVB=0.0223441;RO=0;SAF=57;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230946;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:26:57:0:0:26:57:0:0 chr9 86327898 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.295;QD=58.6005;RBI=0.00376625;REFB=0;REVB=-0.00360478;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71574e-06;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr9 86468715 . A T 373.58 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00250277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.891;QD=23.3485;RBI=0.00343105;REFB=-0.028254;REVB=0.00234696;RO=27;SAF=12;SAR=25;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247766;STB=0.513611;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0190492;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:25:12:8:19:25:12:8:19 chr9 86607917 . C G 272.01 PASS AF=0.413333;AO=32;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0169696;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.509;QD=14.507;RBI=0.0178947;REFB=-0.0171299;REVB=-0.00567929;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108948;STB=0.57089;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0232037;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:44:32:31:0.413333:15:17:28:16:15:16:28:16 chr9 86617265 . A G 394.43 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0173696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3802;QD=22.8656;RBI=0.0173945;REFB=-0.0278975;REVB=0.000930996;RO=28;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137172;STB=0.519712;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0225634;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:30:39:39:0.565217:23:16:11:17:23:16:11:19 chr9 86618233 . C A,T 521.48 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=29,6;DP=35;FAO=34,3;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386203,-0.00164597;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.1386,42.9797;QD=56.3765;RBI=0.065421,0.0670471;REFB=0,0;REVB=0.0653069,0.0670268;RO=0;SAF=23,3;SAR=6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00225372,0.0259825;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:35:37:0:0:29,6:34,3:0.918919,0.0810811:6,3:23,3:0:0:8,2:26,1:0:0 chr9 86900369 . T A 465.4 PASS AF=0.489362;AO=43;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0014025;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.276;QD=19.8044;RBI=0.00830763;REFB=-0.0083586;REVB=0.00818839;RO=49;SAF=25;SAR=18;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713101;STB=0.542323;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00913365;OID=.;OPOS=86900369;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:48:43:46:0.489362:18:25:32:17:20:26:31:17 chr9 86917301 . T C 183.07 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00943715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.915;QD=25.2509;RBI=0.0126088;REFB=-0.0343031;REVB=0.00836201;RO=11;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19826;STB=0.611516;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0266536;OID=.;OPOS=86917301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:14:4:5:6:14:4:5:6 chr9 86920236 . T C 392.15 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00697644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.604;QD=16.171;RBI=0.011892;REFB=-0.0074745;REVB=-0.00963061;RO=55;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710828;STB=0.54637;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0108786;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:55:41:42:0.43299:21:20:23:32:21:21:23:32 chr9 88692336 . C T 384.86 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0277952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1223;QD=15.3945;RBI=0.0403818;REFB=0.00564069;REVB=0.0292936;RO=59;SAF=26;SAR=15;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135231;STB=0.576575;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0091705;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:15:26:30:29:15:26:30:29 chr9 88694179 . G T 200.45 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0390944;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.287;QD=15.1279;RBI=0.0427971;REFB=-0.0635595;REVB=0.0174132;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912078;STB=0.539595;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0667331;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:30:23:23:0.433962:10:13:19:10:10:13:19:11 chr9 88937822 . TA T 30.55 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.154;FXX=0.0312451;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.5321;QD=1.97124;RBI=0.170873;REFB=-0.097256;REVB=-0.0740367;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635434;STB=0.560909;STBP=0.566;TYPE=del;VARB=0.0643025;OID=.;OPOS=88937823;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306452:18:64:19:62:43:13:6:26:17:30:31:10:8:19:12 chr9 88937851 . ATTTTT ATT,ATTTTC 883.67 PASS AF=0.890625,0.109375;AO=49,7;DP=62;FAO=57,7;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35,5;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328506,-0.0304581;FXX=0.0302984;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=31.5462,172.848;QD=55.2296;RBI=0.0573379,0.0314151;REFB=0,0;REVB=0.0469943,0.00769469;RO=0;SAF=29,5;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00352276,0.0347762;OID=.,.;OPOS=88937852,88937856;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATT,ATTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.890625,0.109375:49,7:62:57,7:64:0:35,5:22,2:0:0:33:0:29,5:20,2:0:0 chr9 88959938 . C T 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.403;QD=63.7496;RBI=0.010581;REFB=0;REVB=0.00759216;RO=0;SAF=74;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52124e-07;OID=.;OPOS=88959938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:22:74:0:0:22:74:0:0 chr9 89772284 . A G 532.94 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.686;QD=59.215;RBI=0.0225925;REFB=0;REVB=0.0223632;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353679;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr9 90252981 . C T 486.15 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.01165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.441;QD=15.0745;RBI=0.0187156;REFB=-0.00828511;REVB=-0.0146476;RO=75;SAF=28;SAR=26;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848484;STB=0.547588;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0110857;OID=.;OPOS=90252981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:75:54:54:0.418605:26:28:45:30:26:28:45:30 chr9 90265015 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.767;QD=62.0218;RBI=0.0189162;REFB=0;REVB=0.00266632;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35137e-05;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr9 90321583 . C T 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.077681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113;QD=22.7937;RBI=0.0866064;REFB=-0.0356546;REVB=0.0382926;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139454;STB=0.577715;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0234771;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:14:7:12:12:14:7 chr9 90322023 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.588;QD=61.5357;RBI=0.00475272;REFB=0;REVB=0.00115716;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77117e-06;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:29:52:0:0:29:52:0:0 chr9 90343780 . A C 993.68 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00183577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6819;QD=57.6049;RBI=0.0125835;REFB=0.0229862;REVB=0.0124488;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00234404;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:35:33:0:1:35:33:0:1 chr9 90388370 . G A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.0294666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6751;QD=13.2238;RBI=0.0972931;REFB=0.00877496;REVB=0.0927236;RO=36;SAF=16;SAR=8;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176623;STB=0.599925;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.010018;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:8:16:29:7:8:16:29:7 chr9 90388539 . T A 307.02 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00889983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.612;QD=15.5451;RBI=0.0139307;REFB=-0.00819701;REVB=0.0107171;RO=45;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174497;STB=0.598171;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00766247;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:18:16:29:16:18:16:29:16 chr9 90500405 . A C 1839.18 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.14;QD=61.3061;RBI=0.0531867;REFB=0;REVB=0.00320776;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93067e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:120:0:0:108:120:1:49:59:0:0:55:65:0:0 chr9 90501280 . G A 613.12 PASS AF=0.453901;AO=62;DP=139;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=52;FSRF=17;FSRR=60;FWDB=-0.000295431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.821;QD=17.3935;RBI=0.00136854;REFB=-0.00136376;REVB=0.00133628;RO=75;SAF=12;SAR=50;SRF=16;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304455;STB=0.528742;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00161956;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:75:77:62:64:0.453901:50:12:16:59:52:12:17:60 chr9 90501448 . C A 2518.98 PASS AF=1;AO=143;DP=166;FAO=163;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389106;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.381;QD=61.8154;RBI=0.0450615;REFB=0;REVB=0.0227267;RO=0;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249027;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:163:0:0:143:163:1:73:70:0:0:77:86:0:0 chr9 90502458 . T A 689.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.88135e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7001;QD=62.6438;RBI=0.000536169;REFB=0;REVB=-0.000536095;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00612e-06;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:12:32:0:0:12:32:0:0 chr9 90502819 . T C 518.39 PASS AF=0.355932;AO=63;DP=177;FAO=63;FDP=177;FR=.;FRO=114;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0319947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.886;QD=11.715;RBI=0.0434521;REFB=-0.0109991;REVB=-0.0294011;RO=113;SAF=36;SAR=27;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859547;STB=0.551932;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0194784;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:113:114:63:63:0.355932:27:36:56:57:27:36:56:58 chr9 90503007 . A G 420.29 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00330233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8664;QD=21.8331;RBI=0.0139742;REFB=-0.0202835;REVB=-0.0135784;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476377;STB=0.526705;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0190902;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:34:35:41:42:0.545455:18:23:21:13:18:24:22:13 chr9 90503451 . G A 676.5 PASS AF=0.598131;AO=64;DP=107;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00172025;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1344;QD=25.2896;RBI=0.0226902;REFB=0.0108535;REVB=0.0226249;RO=43;SAF=38;SAR=26;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262889;STB=0.514299;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00530466;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:43:43:64:64:0.598131:26:38:27:16:26:38:27:16 chr9 90503734 . C T 55.16 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0702338;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.1622;QD=11.6124;RBI=0.109419;REFB=-0.0722526;REVB=-0.0839025;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426681;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0743328;OID=.;OPOS=90503734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:20:19:9:10:6:6:0.315789:5:1:5:4:5:1:6:4 chr9 90534206 . T C 63.85 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0537851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5219;QD=2.6605;RBI=0.0605423;REFB=-0.00159249;REVB=-0.0277944;RO=80;SAF=11;SAR=2;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373127;STB=0.766976;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00435883;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:80:83:13:13:0.135417:2:11:47:33:2:11:49:34 chr9 90588903 . C T 298.59 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.097905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4351;QD=23.8871;RBI=0.099025;REFB=-0.0213416;REVB=0.014851;RO=23;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25485;STB=0.643127;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0298793;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:21:6:11:12:21:6:11:12 chr9 90654517 . C G 140.48 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.019788;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9061;QD=12.2154;RBI=0.0391628;REFB=-0.00374458;REVB=-0.0337958;RO=30;SAF=12;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702104;STB=0.541613;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00712182;OID=.;OPOS=90654517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:4:12:21:9:4:12:21:9 chr9 90744786 . T A 211.14 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00231559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8282;QD=19.6412;RBI=0.00314214;REFB=-0.0139429;REVB=-0.00212394;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259733;STB=0.620317;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0193121;OID=.;OPOS=90744786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:15:5:11:11:15:6:11:11 chr9 90746125 . G T 128.91 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0197859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.828;QD=8.45304;RBI=0.0937625;REFB=0.000710582;REVB=0.0916511;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874873;STB=0.552182;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000330532;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:8:10:27:16:8:10:27:16 chr9 90747509 . G C 250.44 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0242753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0176;QD=14.5183;RBI=0.0704731;REFB=-0.0103111;REVB=0.0661601;RO=40;SAF=7;SAR=22;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425597;STB=0.742161;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0261759;OID=.;OPOS=90747509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:22:7:26:14:22:7:26:14 chr9 91619274 . G A 170.98 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00120175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.026;QD=17.5366;RBI=0.0889288;REFB=-0.0298288;REVB=0.0889207;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203361;STB=0.615263;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0341757;OID=.;OPOS=91619274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:15:6:9:9:15:6 chr9 91652414 . A T 408.29 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0673521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.266;QD=20.4143;RBI=0.0674313;REFB=-0.00789193;REVB=0.00326614;RO=37;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00816661;STB=0.510633;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00623542;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:39:41:41:0.5125:17:24:22:15:17:24:22:17 chr9 91656963 . T C 1271.93 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410034;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.13;QD=62.0454;RBI=0.0179681;REFB=0;REVB=0.017494;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114903;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:34:46:0:0:34:48:0:0 chr9 91978397 . C T 213.67 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.034555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.597;QD=15.2624;RBI=0.0614122;REFB=-0.0346386;REVB=0.0507681;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197345;STB=0.60598;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0508278;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:13:12:8:21:13:12:9:22 chr9 91978783 . G A 434.24 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0263621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.298;QD=17.0291;RBI=0.0266407;REFB=-0.0179938;REVB=0.00384287;RO=55;SAF=24;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00149604;STB=0.500834;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0268413;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:23:24:28:27:23:24:28:27 chr9 93606309 . G A 1073.11 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.821;QD=59.6174;RBI=0.0657369;REFB=0;REVB=0.0602472;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112828;OID=.;OPOS=93606309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:32:36:0:0:35:37:0:0 chr9 93641151 . T C 608.99 PASS AF=0.43038;AO=68;DP=158;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.0226606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.375;QD=15.4175;RBI=0.0226648;REFB=-0.00423149;REVB=-0.000438528;RO=89;SAF=33;SAR=35;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100317;STB=0.552548;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00696068;OID=.;OPOS=93641151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:89:90:68:68:0.43038:35:33:52:37:35:33:52:38 chr9 94456643 . G C 263.45 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0162606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.823;QD=17.5634;RBI=0.0167309;REFB=-0.00898841;REVB=-0.00393879;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119058;STB=0.566504;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0194827;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:10:21:16:13:10:21 chr9 94456705 . T A,TA 227.05 PASS AF=0.4,0.327273;AO=22,9;DP=54;FAO=22,18;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=12,8;FSAR=10,10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.169152,0.277424;FXX=0;HRUN=3,7;LEN=1,1;MLLD=31.2141,6.277;QD=16.5126;RBI=0.19797,0.293059;REFB=-0.171897,-0.259986;REVB=0.102858,0.0944431;RO=22;SAF=10,3;SAR=12,6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0821771,-0.0381968;STB=0.611552,0.583245;STBP=0.121,0.33;TYPE=snp,ins;VARB=0.0099505,0.205567;OID=.,.;OPOS=94456705,94456706;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:54:55:22:15:22,9:22,18:0.4,0.327273:12,6:10,3:8:14:10,10:12,8:4:11 chr9 94456714 . C T 255.7 PASS AF=0.509091;AO=26;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00878605;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.818;QD=18.5961;RBI=0.0110223;REFB=-0.00116847;REVB=0.00665555;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232275;STB=0.616095;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00158753;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:27:26:28:0.509091:11:15:9:19:13:15:8:19 chr9 94486321 . C T 164.75 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00741189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.805;QD=17.342;RBI=0.015495;REFB=-0.0366377;REVB=-0.0136073;RO=20;SAF=14;SAR=2;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523333;STB=0.530263;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0360422;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:16:16:0.421053:2:14:17:3:2:14:17:3 chr9 94486688 . G A 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0135594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.135;QD=11.8287;RBI=0.0482878;REFB=-0.00589731;REVB=0.046345;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14699;STB=0.588609;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.011522;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:2:9:13:5:2:9:13:5 chr9 94495608 . T C 585.39 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1238;QD=60.0403;RBI=0.0737678;REFB=0;REVB=-0.0238844;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149542;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:1:0:37:39:1:14:23:0:1:15:24:0:0 chr9 94518328 . C T 1215.83 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169378;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.434;QD=61.5612;RBI=0.017946;REFB=0;REVB=0.00593026;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04514e-06;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:35:44:0:0 chr9 94972916 . T A 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0495368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3918;QD=24.3823;RBI=0.0500285;REFB=-0.0437239;REVB=0.00699658;RO=25;SAF=24;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10008;STB=0.555011;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0215299;OID=.;OPOS=94972916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:13:24:13:12:13:24:13:12 chr9 94985637 . T C 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0116504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.408;QD=20.9185;RBI=0.01739;REFB=-0.0113379;REVB=0.0129104;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927657;STB=0.551525;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00920331;OID=.;OPOS=94985637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:11:20:14:12:11:20:14:12 chr9 95076759 . G A 825.08 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0250043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.538;QD=21.4306;RBI=0.0252023;REFB=-0.0040852;REVB=-0.00315249;RO=70;SAF=45;SAR=37;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652677;STB=0.54233;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00333985;OID=.;OPOS=95076759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:70:72:82:82:0.532468:37:45:33:37:37:45:33:39 chr9 95219248 . A G 437.97 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0265599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3262;QD=19.0422;RBI=0.0345465;REFB=0.00539259;REVB=0.0220915;RO=47;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283945;STB=0.509906;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00446771;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:23:21:21:26:23:21:22:26 chr9 95219597 . G A 561.55 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.968;QD=57.5945;RBI=0.033995;REFB=0.121416;REVB=-0.0228843;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00134936;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr9 95237022 . TCCTCA TCC,TCTCA 122.76 PASS AF=0.368421,0;AO=12,4;DP=40;FAO=14,0;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7,0;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.027128,-0.0743781;FXX=0.0499875;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=126.339,16.5593;QD=12.9215;RBI=0.0771007,0.300623;REFB=-0.0872975,-0.0993574;REVB=-0.0721706,-0.291276;RO=15;SAF=6,0;SAR=6,4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0.347635;SSEP=0,0;SSSB=-0.159493,-0.722957;STB=0.526278,0.5;STBP=0.815,1;TYPE=del,del;VARB=0.119664,0;OID=.,.;OPOS=95237025,95237023;OREF=TCA,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCC,TCTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0:12,4:40:14,0:38:24:7,0:7,0:13:11:99:15:6,0:6,4:10:5 chr9 95284982 . T G 533.64 PASS AF=0.486957;AO=55;DP=114;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0323557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.573;QD=18.5614;RBI=0.0358185;REFB=-0.0211723;REVB=0.0153648;RO=59;SAF=28;SAR=27;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11063;STB=0.556334;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.019961;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:59:59:55:56:0.486957:27:28:37:22:27:29:37:22 chr9 95380726 . G A 97.93 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0183639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.75;QD=13.5071;RBI=0.0225429;REFB=-0.00162349;REVB=-0.0130749;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599834;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00348438;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:10:7:7:5:10:7 chr9 95475352 . G A 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0349106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.711;QD=11.8271;RBI=0.0383681;REFB=-0.0403691;REVB=-0.0159172;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383176;STB=0.712982;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0442657;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:17:18:11:11:0.37931:8:3:11:6:8:3:11:7 chr9 95609564 . C T 212.29 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00647587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.425;QD=12.3064;RBI=0.0204606;REFB=-0.0101627;REVB=-0.0194088;RO=42;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314737;STB=0.508268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0167909;OID=.;OPOS=95609564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:43:26:26:0.376812:10:16:27:15:10:16:27:16 chr9 95738781 . C A 1502.49 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.028281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.049;QD=55.1371;RBI=0.035796;REFB=-0.0947113;REVB=0.0219441;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.503047;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000777797;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:0:4:104:105:0.963303:43:61:0:0:44:61:2:2 chr9 95780465 . A G 2085.17 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.713;QD=62.244;RBI=0.0554569;REFB=0;REVB=0.0543628;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73845e-05;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:67:65:0:0:67:67:0:0 chr9 95797999 . C T 634.05 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027403;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.294;QD=61.8585;RBI=0.0589595;REFB=0;REVB=0.0522044;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4153e-05;OID=.;OPOS=95797999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:13:25:0:0:14:27:0:0 chr9 95887320 . G T 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8521;QD=60.5987;RBI=0.0611988;REFB=0;REVB=0.0274625;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607886;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr9 95993170 . A G 1134.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.065;QD=60.5036;RBI=0.0420679;REFB=0;REVB=0.0298019;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00434e-05;OID=.;OPOS=95993170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:45:26:0:0:48:27:0:0 chr9 96051521 . A G 218.09 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353385;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.609;QD=45.9144;RBI=0.0386128;REFB=-0.0558961;REVB=-0.0155607;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00775984;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:0:1:11:7:0:1 chr9 96055063 . C T 628.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0749943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.679;QD=57.1093;RBI=0.0788336;REFB=-0.0846511;REVB=0.0243021;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520823;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0011359;OID=.;OPOS=96055063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:23:19:0:0:23:19:0:2 chr9 96079840 . GC CG 44.74 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0626278;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=56.9192;QD=5.59234;RBI=0.0961265;REFB=-0.0209719;REVB=-0.0729251;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.726633;STBP=0.209;TYPE=mnp;VARB=0.0983593;OID=.;OPOS=96079840;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:30:32:17:24:6:7:0.21875:4:2:9:8:5:2:14:10 chr9 96097673 . G A 509.41 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678377;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.93;QD=58.2184;RBI=0.100303;REFB=0;REVB=0.0738829;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127806;OID=.;OPOS=96097673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:11:21:0:0:13:22:0:0 chr9 96209943 . T C 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0198454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.21;QD=10.5912;RBI=0.0336527;REFB=-0.0064284;REVB=-0.0271784;RO=40;SAF=20;SAR=1;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.691884;STB=0.918089;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0218666;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:1:20:19:21:1:20:19:21 chr9 96214928 . G A 165.66 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00882542;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.726;QD=20.708;RBI=0.0152489;REFB=-0.0328637;REVB=0.0124355;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184484;STB=0.621681;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0302711;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:15:17:17:0.53125:8:9:5:11:8:9:4:11 chr9 96439007 . G T 47.38 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0689027;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9711;QD=9.47558;RBI=0.0689219;REFB=-0.0432954;REVB=0.00162695;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499992;STB=0.782162;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0114644;OID=.;OPOS=96439007;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:13:13:7:7:0.35:5:2:0:13:5:2:0:13 chr9 96441555 . C T 386.08 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0257631;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.901;QD=17.9572;RBI=0.0287558;REFB=-0.0125146;REVB=-0.0127732;RO=46;SAF=32;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301523;STB=0.670425;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0178186;OID=.;OPOS=96441555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:46:46:40:40:0.465116:8:32:25:21:8:32:25:21 chr9 96714491 . C G 84.28 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0149039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3895;QD=10.5355;RBI=0.103707;REFB=0.00935941;REVB=0.10263;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401147;STB=0.750938;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0161705;OID=.;OPOS=96714491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:3:8:7:13:3:8:7:14 chr9 97055376 . G A 284.6 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.010085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.114;QD=12.7911;RBI=0.0102569;REFB=-0.0204194;REVB=0.00187018;RO=55;SAF=25;SAR=8;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203674;STB=0.625423;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0282736;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:8:25:33:22:8:25:33:23 chr9 97062295 . C T 208.66 PASS AF=0.38806;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0246876;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.806;QD=12.4573;RBI=0.0391114;REFB=-0.0203265;REVB=0.0303352;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347287;STB=0.663556;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0386443;OID=.;OPOS=97062295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:41:24:26:0.38806:8:16:14:27:10:16:14:27 chr9 97080944 . GAGA G 341.29 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000503541;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=3;MLLD=204.333;QD=54.606;RBI=0.00444987;REFB=0;REVB=-0.00442129;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.07818e-05;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:25:25:25:0:5:20:0:0:4:0:5:16:0:0 chr9 97203375 . T G 379.62 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00887914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.197;QD=22.0067;RBI=0.0090043;REFB=-0.027023;REVB=0.00149612;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656862;STB=0.536213;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.037858;OID=.;OPOS=97203375;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:19:19:13:18:19:19:13:18 chr9 97349666 . C G 486.41 PASS AF=0.545455;AO=39;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0338864;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.309;QD=25.2683;RBI=0.0389582;REFB=-0.0422169;REVB=0.0192211;RO=18;SAF=25;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183063;STB=0.559111;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0111689;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:18:25:39:42:0.545455:14:25:6:12:14:28:13:12 chr9 97365720 . T C 1164.68 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.702;QD=59.7273;RBI=0.0444802;REFB=0;REVB=0.0433041;RO=0;SAF=53;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65712e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:78:0:0:68:78:1:15:53:0:0:21:57:0:0 chr9 97369149 . C T 1901.52 PASS AF=0.984252;AO=126;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0367567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8954;QD=59.8904;RBI=0.0371782;REFB=-0.0190576;REVB=-0.00558287;RO=0;SAF=76;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506578;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-7.13778e-05;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:0:2:126:125:0.984252:50:76:0:0:50:75:2:0 chr9 97768286 . T A,C 1069.64 PASS AF=0.0394737,0.934211;AO=3,71;DP=76;FAO=3,71;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=3,44;FSAR=0,27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.019506,-0.00186847;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.168,226.458;QD=56.2969;RBI=0.0325145,0.0207591;REFB=0.074951,-0.0228395;REVB=-0.0260136,0.0206748;RO=2;SAF=3,44;SAR=0,27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0210088;STB=0.5,0.511108;STBP=1,0.29;TYPE=snp,snp;VARB=0.104353,0.00123309;OID=.,.;OPOS=97768286,97768286;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:2:2:3,71:3,71:0.0394737,0.934211:0,27:3,44:2:0:0,27:3,44:2:0 chr9 97849090 . A G 763.57 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.881;QD=63.6306;RBI=0.0207925;REFB=0;REVB=-0.0187817;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82503e-06;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:18:28:0:0:19:29:0:0 chr9 98218474 . G GC 160.42 PASS AF=0.345794;AO=34;DP=112;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0439275;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.0598;QD=5.99703;RBI=0.0449929;REFB=-0.0314408;REVB=-0.009733;RO=74;SAF=17;SAR=17;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158518;STB=0.517232;STBP=0.803;TYPE=ins;VARB=0.0512927;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345794:34:112:37:107:70:17:20:34:36:99:74:17:17:36:38 chr9 98238358 . G A 310.84 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0328416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1049;QD=12.3106;RBI=0.0513775;REFB=-0.00822932;REVB=-0.0395105;RO=64;SAF=24;SAR=13;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468014;STB=0.526848;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.022589;OID=.;OPOS=98238358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:13:24:39:25:13:24:39:25 chr9 98638288 . A G 1785.48 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.693;QD=61.0421;RBI=0.038886;REFB=0;REVB=0.0332651;RO=0;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74496e-05;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:57:60:0:0:57:60:0:0 chr9 98729382 . A C 1575.07 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1408;QD=63.6394;RBI=0.0552893;REFB=0;REVB=0.00426132;RO=0;SAF=27;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225325;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:71:27:0:0:72:27:0:0 chr9 98997810 . C T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.153;QD=62.162;RBI=0.0246779;REFB=0;REVB=0.0245445;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44751e-05;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr9 99015137 . G A 820.59 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149636;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.561;QD=57.5854;RBI=0.0250756;REFB=0;REVB=0.0201215;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137519;OID=.;OPOS=99015137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr9 99699485 . G C 141.72 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0234262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3986;QD=17.7151;RBI=0.106704;REFB=-0.0175657;REVB=-0.104101;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00977423;OID=.;OPOS=99699485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:4:11:12:4:4:12:12:4 chr9 100071728 . G A 824.11 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0798577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8349;QD=21.4054;RBI=0.0813794;REFB=0.00705093;REVB=0.0156638;RO=69;SAF=49;SAR=33;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771029;STB=0.540023;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00761359;OID=.;OPOS=100071728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:69:72:82:82:0.532468:33:49:35:34:33:49:37:35 chr9 100074446 . C T 207.37 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0152088;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.237;QD=16.9283;RBI=0.0218796;REFB=-0.00773075;REVB=-0.0157294;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109826;STB=0.580574;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00963387;OID=.;OPOS=100074446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:28:21:21:0.428571:14:7:7:22:14:7:6:22 chr9 100087345 . A G 135.12 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0280747;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3437;QD=15.8963;RBI=0.0361972;REFB=-0.015969;REVB=-0.0228484;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36269;STB=0.712017;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0331732;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:9:10:3:12:9:10 chr9 100105735 . T C 308.29 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00451832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.541;QD=15.8097;RBI=0.0177063;REFB=-0.00240666;REVB=-0.0171201;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134259;STB=0.575713;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00361014;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:14:20:20:24:14:20:20:24 chr9 100122291 . T C 497.32 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00993081;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2996;QD=21.1625;RBI=0.0101513;REFB=-0.0174099;REVB=-0.00210418;RO=46;SAF=26;SAR=22;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132485;STB=0.573162;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.012162;OID=.;OPOS=100122291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:46:48:48:0.510638:22:26:18:28:22:26:18:28 chr9 100139161 . A G 177.48 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.044215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7002;QD=21.5121;RBI=0.0681728;REFB=-0.0401976;REVB=0.05189;RO=15;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154466;STB=0.588125;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0176994;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:16:2:3:12:16:2:3:12 chr9 100190780 . A G 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0289341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.202;QD=22.924;RBI=0.033942;REFB=0.0135207;REVB=-0.0177448;RO=25;SAF=25;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247368;STB=0.513611;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00834627;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:9:25:19:6:9:25:19:6 chr9 100194406 . T C 836.83 PASS AF=0.549296;AO=78;DP=142;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.000196945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.246;QD=23.5727;RBI=0.000438925;REFB=-0.00608838;REVB=0.00039226;RO=64;SAF=36;SAR=42;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330019;STB=0.518028;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00503072;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:64:64:78:78:0.549296:42:36:27:37:42:36:27:37 chr9 100388119 . G T 875.01 PASS AF=0.473404;AO=88;DP=187;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.000424034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.409;QD=18.6173;RBI=0.00794131;REFB=-0.00238657;REVB=0.00792998;RO=98;SAF=45;SAR=43;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183693;STB=0.509757;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00240443;OID=.;OPOS=100388119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:98:99:88:89:0.473404:43:45:52:46:43:46:53:46 chr9 100616583 . T C 340.67 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.868;QD=54.5073;RBI=0.0152986;REFB=0;REVB=-0.0111982;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010421;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr9 100617375 . T C 2499.91 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000963882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.068;QD=60.9734;RBI=0.0258224;REFB=0;REVB=0.0258044;RO=0;SAF=103;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2479e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:164:0:0:160:164:1:57:103:0:0:60:104:0:0 chr9 100617433 . A C 536.61 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=-0.0182054;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4035;QD=15.6673;RBI=0.0183398;REFB=-0.00500995;REVB=-0.00221667;RO=77;SAF=38;SAR=20;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379062;STB=0.510086;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.01068;OID=.;OPOS=100617433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:77:79:58:58:0.423358:20:38:53:24:20:38:53:26 chr9 100617479 . G T 462.22 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0296851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.259;QD=24.3271;RBI=0.0340164;REFB=-0.0184646;REVB=0.0166106;RO=32;SAF=30;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492067;STB=0.527014;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0105816;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:14:30:20:12:14:30:20:12 chr9 100617583 . T C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0228052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.869;QD=15.0176;RBI=0.0230626;REFB=-0.0151927;REVB=-0.00343582;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117691;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0155922;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:18:22:13:17:18:22 chr9 100617901 . G C 263.57 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0335135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3533;QD=17.5712;RBI=0.0340964;REFB=0.016095;REVB=0.00627805;RO=31;SAF=22;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130947;STB=0.573859;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0110591;OID=.;OPOS=100617901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:7:22:20:11:7:22:20:11 chr9 100617949 . T C 309.06 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00726828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4124;QD=16.2662;RBI=0.0114367;REFB=0.00161309;REVB=0.00883014;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860716;STB=0.529053;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0024307;OID=.;OPOS=100617949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:42:34:34:0.447368:13:21:26:11:13:21:28:14 chr9 100618578 . C T 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0575506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9856;QD=24.4913;RBI=0.0669008;REFB=0.00474878;REVB=-0.0341122;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034374;STB=0.503975;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00587871;OID=.;OPOS=100618578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:15:21:21:0.583333:10:11:8:6:10:11:8:7 chr9 100672338 . C T 266.11 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00482344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.771;QD=21.2886;RBI=0.0131325;REFB=-3.38615e-05;REVB=-0.0122146;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906865;STB=0.560339;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-1.45424e-05;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:13:11:9:16:13:12:9:16 chr9 100675816 . A G 209.77 PASS AF=0.480769;AO=22;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0116413;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.234;QD=16.1358;RBI=0.0217824;REFB=0.00435317;REVB=0.0184106;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123185;STB=0.539139;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00881302;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:27:22:25:0.480769:13:9:13:11:13:12:15:12 chr9 100684719 . A C 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0102631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.706;QD=14.3246;RBI=0.0320361;REFB=-0.0152326;REVB=-0.0303476;RO=39;SAF=20;SAR=8;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578407;STB=0.532971;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0191736;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:8:20:26:13:8:20:26:13 chr9 100684757 . A G 207.45 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.000606283;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.294;QD=13.1716;RBI=0.0423626;REFB=-0.0356295;REVB=-0.0423582;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867867;STB=0.549889;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0392066;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:8:17:23:15:8:17:23:15 chr9 100819192 . C T 437.49 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.144;QD=54.6861;RBI=0.0544489;REFB=-0.0272326;REVB=0.0308153;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00189372;OID=.;OPOS=100819192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:0:1:10:21:0:1 chr9 100823084 . T C 1529.05 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.272;QD=63.7106;RBI=0.0338988;REFB=0;REVB=0.0336288;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09749e-05;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:41:54:0:0:42:54:0:0 chr9 100843417 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.796;QD=59.3214;RBI=0.0377506;REFB=0;REVB=0.037714;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1939e-05;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:34:31:0:0:37:31:0:0 chr9 100854765 . C G 906.11 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000736863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.184;QD=56.6317;RBI=0.0215717;REFB=-0.132867;REVB=0.0215592;RO=1;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101571;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000755671;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:46:17:0:1:46:17:0:1 chr9 101340301 . A C 418.86 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.0158323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0077;QD=13.0892;RBI=0.0301662;REFB=-0.00164398;REVB=-0.0256776;RO=78;SAF=37;SAR=12;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151126;STB=0.58356;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00289737;OID=.;OPOS=101340301;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:79:49:49:0.382812:12:37:50:28:12:37:51:28 chr9 101518753 . G A 790.22 PASS AF=0.529412;AO=75;DP=147;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=64;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=19;FWDB=0.0014421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3005;QD=20.6594;RBI=0.093533;REFB=0.00254365;REVB=0.0935219;RO=72;SAF=59;SAR=16;SRF=53;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641311;STB=0.536678;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00193064;OID=.;OPOS=101518753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:153:72:72:75:81:0.529412:16:59:53:19:17:64:53:19 chr9 101533220 . C T 1060.49 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418426;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.072;QD=56.5597;RBI=0.05233;REFB=-0.0782281;REVB=0.0314266;RO=1;SAF=26;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297683;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:75:1:0:67:75:1:41:26:1:0:41:34:0:0 chr9 101748234 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00023957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.929;QD=21.9722;RBI=0.0138709;REFB=-0.00763174;REVB=0.0138688;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969141;STB=0.554095;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00736695;OID=.;OPOS=101748234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:15:6:9:14:15:6 chr9 101765841 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.00181029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.714;QD=14.7422;RBI=0.00541802;REFB=-0.00950524;REVB=0.00510664;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10363;STB=0.566595;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0107965;OID=.;OPOS=101765841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:13:4:4:20:13:4:4:21 chr9 101767315 . G A 165.68 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0199444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.729;QD=11.4264;RBI=0.0300493;REFB=-0.0138292;REVB=0.0224762;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11017;STB=0.567835;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.02678;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:37:21:21:0.362069:14:7:15:20:14:7:16:21 chr9 101778265 . G T 286.76 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0462867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6093;QD=16.8684;RBI=0.0511256;REFB=0.00172037;REVB=-0.0217111;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399761;STB=0.514697;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00180154;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:16:16:19:16:16:16:19:17 chr9 101784438 . A G 591.76 PASS AF=0.428571;AO=65;DP=156;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.009115;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.364;QD=15.3704;RBI=0.00978406;REFB=-0.0176465;REVB=-0.00355592;RO=88;SAF=30;SAR=35;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039612;STB=0.504341;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0233375;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:88:88:65:66:0.428571:35:30:44:44:35:31:42:46 chr9 101796879 . A G 39.66 PASS AF=0.0916667;AO=6;DP=100;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=-0.0208005;FXX=0.0163921;HRUN=28;LEN=1;MLLD=126.594;QD=1.32189;RBI=0.0240554;REFB=-0.00254447;REVB=-0.0120831;RO=88;SAF=6;SAR=0;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552121;STB=0.782508;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0300663;OID=.;OPOS=101796879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:100:120:88:109:6:11:0.0916667:0:6:39:49:3:8:43:66 chr9 101822220 . C T 362.24 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00109889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.056;QD=23.3703;RBI=0.00514199;REFB=-0.011985;REVB=0.00502319;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335679;STB=0.507242;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00789743;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:16:20:14:11:16:20:14:12 chr9 101831995 . G A 249.64 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0107711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.616;QD=20.8033;RBI=0.0465712;REFB=-0.0208026;REVB=0.0453085;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119132;STB=0.567107;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0332946;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:8:16:13:11:8:16:13:11 chr9 101947879 . ATGT A 571.1 PASS AF=0.5;AO=57;DP=127;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00713939;FXX=0.0852647;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.996;QD=19.3592;RBI=0.00987857;REFB=-0.00315302;REVB=0.00682753;RO=51;SAF=27;SAR=30;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266506;STB=0.517017;STBP=0.725;TYPE=del;VARB=0.00341883;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:57:127:59:118:59:27:32:29:30:99:51:27:30:24:27 chr9 102067887 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.263;QD=36.3482;RBI=0.0192099;REFB=-0.0511665;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172611;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:0:11:0:0:0:11:1:0 chr9 102068344 . C G 74.45 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5463;QD=37.2248;RBI=0.0516657;REFB=0;REVB=-0.0434863;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0046446;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr9 102068770 . T C 605.62 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0239859;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.886;QD=19.0746;RBI=0.0368196;REFB=-0.0214999;REVB=-0.0279349;RO=64;SAF=37;SAR=25;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177306;STB=0.506447;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0362818;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:65:62:62:0.488189:25:37:37:27:25:37:38:27 chr9 102068832 . G A 3100.49 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7476;QD=61.0935;RBI=0.138129;REFB=0;REVB=0.0873661;RO=1;SAF=104;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690046;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:196:203:1:0:195:203:1:91:104:1:0:96:107:0:0 chr9 102713580 . G A 834.22 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.28;QD=56.5569;RBI=0.00410971;REFB=0;REVB=-0.000464714;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480549;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:37:20:0:0:38:21:0:0 chr9 102732237 . T C 727.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.075;QD=63.2406;RBI=0.047155;REFB=0;REVB=0.000660639;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144223;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:28:18:0:0 chr9 103054982 . C CG,G 57.58 PASS AF=0.416667,0.0555556;AO=9,2;DP=38;FAO=15,2;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7,2;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.055092,0.00260601;FXX=0;HRUN=6,3;LEN=1,1;MLLD=6.51445,32.1448;QD=6.39821;RBI=0.0553525,0.0401886;REFB=-0.161011,-0.0136982;REVB=-0.00536388,0.0401041;RO=24;SAF=4,1;SAR=5,1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0162722,0.0390199;STB=0.525658,0.99527;STBP=0.817,0.108;TYPE=ins,snp;VARB=0.124158,0.0179924;OID=.,.;OPOS=103054983,103054982;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:38:36:24:19:9,2:15,2:0.416667,0.0555556:5,1:4,1:11:13:8,0:7,2:8:11 chr9 103060386 . T G 2128.88 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.78;QD=61.7066;RBI=0.0183728;REFB=-0.0948082;REVB=0.0174134;RO=1;SAF=55;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934596;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:138:138:1:0:136:138:1:81:55:0:1:83:55:0:0 chr9 103064530 . G A 864.34 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.593;QD=57.6229;RBI=0.030633;REFB=0;REVB=-0.00396057;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100464;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:18:41:0:0:19:41:0:0 chr9 104124393 . T C 362.64 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0788922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.875;QD=14.0833;RBI=0.08046;REFB=-0.01825;REVB=-0.0158058;RO=60;SAF=25;SAR=17;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600571;STB=0.527374;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.033144;OID=.;OPOS=104124393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:17:25:39:21:17:25:39:22 chr9 104133628 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0194408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.308;QD=11.1975;RBI=0.021926;REFB=-0.0187334;REVB=0.0101393;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0298374;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:5:7:9:12:5:7:10:12 chr9 104335682 . C T 756.2 PASS AF=0.409524;AO=86;DP=210;FAO=86;FDP=210;FR=.;FRO=124;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=0.00198612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.202;QD=14.4038;RBI=0.00423785;REFB=-0.00465658;REVB=-0.00374362;RO=119;SAF=45;SAR=41;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720593;STB=0.537483;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00753885;OID=.;OPOS=104335682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:119:124:86:86:0.409524:41:45:54:65:41:45:57:67 chr9 104385712 . A G 257.77 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0643407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.572;QD=23.4333;RBI=0.0654057;REFB=-0.00992693;REVB=0.011755;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0089428;OID=.;OPOS=104385712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:12:12:9:10:12:12:10:10 chr9 104449063 . C T 553.18 PASS AF=0.406452;AO=63;DP=151;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.0300579;FXX=0.0251557;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.765;QD=14.2757;RBI=0.0312189;REFB=-0.00557448;REVB=-0.00843445;RO=87;SAF=42;SAR=21;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777481;STB=0.537724;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0152271;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:155:87:92:63:63:0.406452:21:42:52:35:21:42:56:36 chr9 104499575 . T C 807.25 PASS AF=0.50303;AO=81;DP=164;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0599113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9691;QD=19.5698;RBI=0.0655845;REFB=0.0167551;REVB=-0.0266824;RO=80;SAF=46;SAR=35;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050566;STB=0.527231;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0161997;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:80:82:81:83:0.50303:35:46:41:39:35:48:43:39 chr9 105340650 . C A 265.43 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=95;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0197459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.56;QD=11.0594;RBI=0.0233935;REFB=-0.0121896;REVB=-0.012544;RO=64;SAF=16;SAR=15;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235891;OID=.;OPOS=105340650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:64:64:31:32:0.333333:15:16:32:32:16:16:32:32 chr9 105340677 . G A 222.11 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0152988;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.523;QD=9.98241;RBI=0.0155262;REFB=0.00674753;REVB=0.00264761;RO=61;SAF=16;SAR=12;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112326;STB=0.565869;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.013124;OID=.;OPOS=105340677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:12:16:29:32:12:16:29:32 chr9 105405415 . G A 620.18 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=48;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00788372;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.995;QD=53.9289;RBI=0.0317086;REFB=-0.00155935;REVB=-0.0307129;RO=3;SAF=26;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447983;STB=0.510199;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=7.19749e-05;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:46:3:4:41:42:0.913043:15:26:2:1:15:27:3:1 chr9 105405434 . T C 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.0142979;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.213;QD=15.7543;RBI=0.0147842;REFB=-0.00236781;REVB=-0.00376053;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359301;STB=0.69645;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0036341;OID=.;OPOS=105405434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:27:19:19:0.413043:10:9:23:5:10:9:22:5 chr9 105767454 . GAAAAA GAAAA,GAAAAG 36.61 PASS AF=0.175,0.075;AO=8,3;DP=40;FAO=7,3;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3,2;FSAR=4,1;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.125326,0.0859606;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.1718,27.9553;QD=3.66066;RBI=0.160172,0.14232;REFB=-0.0422193,-0.0481101;REVB=0.0997418,0.113428;RO=26;SAF=4,2;SAR=4,1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.301587,0;SSSB=0,0.177221;STB=0.584375,0.624152;STBP=0.694,0.691;TYPE=del,snp;VARB=0.0754235,0.0823964;OID=.,.;OPOS=105767455,105767459;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175,0.075:8,3:40:7,3:40:30:3,2:4,1:16:14:22:26:4,2:4,1:13:13 chr9 105780618 . G A 3620.95 PASS AF=0.987234;AO=228;DP=231;FAO=232;FDP=235;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.065582;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5517;QD=61.6332;RBI=0.0885662;REFB=-0.037865;REVB=0.0595229;RO=2;SAF=117;SAR=111;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085078;STB=0.50235;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00394515;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:231:235:2:3:228:232:0.987234:111:117:0:2:112:120:1:2 chr9 106896809 . G A 1974.07 PASS AF=0.450431;AO=209;DP=462;FAO=209;FDP=464;FR=.;FRO=255;FSAF=97;FSAR=112;FSRF=126;FSRR=129;FWDB=0.00474268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.628;QD=17.0179;RBI=0.0091108;REFB=-0.00543587;REVB=-0.00777906;RO=253;SAF=97;SAR=112;SRF=125;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029787;STB=0.516533;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00504099;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:462:464:253:255:209:209:0.450431:112:97:125:128:112:97:126:129 chr9 107266596 . T C 420.88 PASS AF=0.455446;AO=44;DP=103;FAO=46;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0105439;FXX=0.0288434;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.102;QD=16.6687;RBI=0.0163236;REFB=-0.0224129;REVB=-0.0124614;RO=40;SAF=24;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393333;STB=0.538544;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0221129;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:40:55:44:46:0.455446:20:24:20:20:21:25:26:29 chr9 107266774 . C G 609.47 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0143537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.154;QD=19.6604;RBI=0.0208273;REFB=-0.0405539;REVB=0.0150913;RO=62;SAF=28;SAR=34;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159668;STB=0.587995;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0382371;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:34:28:39:23:34:28:39:23 chr9 107266844 . A G 514.06 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00137253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.758;QD=20.5623;RBI=0.00905504;REFB=-0.00759252;REVB=0.00895042;RO=45;SAF=20;SAR=28;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122248;STB=0.579586;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00885882;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:45:50:48:50:0.5:28:20:25:20:28:22:30:20 chr9 107266943 . G A 369.88 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0194518;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1446;QD=19.2145;RBI=0.0197268;REFB=-0.0172857;REVB=0.00328232;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17565;STB=0.597353;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0266158;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:19:19:27:12:19:19:27:12 chr9 107267304 . C T 706.02 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=169;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0264737;FXX=0.0409333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9284;QD=17.2201;RBI=0.0274608;REFB=-0.00181413;REVB=-0.00729621;RO=85;SAF=41;SAR=34;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730412;STB=0.534541;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0018301;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:164:85:89:75:75:0.457317:34:41:40:45:34:41:43:46 chr9 107331504 . C A 1662.52 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148803;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.745;QD=60.4551;RBI=0.0290444;REFB=0;REVB=-0.024943;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87519e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr9 107360768 . GTG GG,GGT 1249.12 PASS AF=1,0;AO=61,3;DP=83;FAO=82,0;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716875,0.0628697;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=186.332,173.933;QD=60.9325;RBI=0.0834557,0.0706876;REFB=0,0;REVB=0.0427288,0.0323132;RO=0;SAF=24,0;SAR=37,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=8.9364e-05,0.023622;OID=.,.;OPOS=107360769,107360769;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GG,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:61,3:83:82,0:82:0:37,0:45,0:0:0:7:0:24,0:37,3:0:0 chr9 107360826 . A G 1507.33 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0834;QD=63.4665;RBI=0.0232113;REFB=0;REVB=0.0222198;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58502e-05;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:49:46:0:0 chr9 107360851 . T C 1557.75 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00517753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.178;QD=58.783;RBI=0.0344482;REFB=-0.0714003;REVB=0.0340569;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000568492;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:0:1:104:105:0.990566:52:52:0:0:52:53:0:1 chr9 107360922 . A G 1643.05 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0226446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9778;QD=59.2091;RBI=0.0262269;REFB=-0.101418;REVB=0.0132315;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00034856;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:51:59:0:0:51:59:0:1 chr9 107361111 . T C 390.84 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00865239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.386;QD=16.6316;RBI=0.0211824;REFB=-0.0141564;REVB=0.0193347;RO=51;SAF=31;SAR=10;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328748;STB=0.687225;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0161958;OID=.;OPOS=107361111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:53:41:41:0.43617:10:31:23:28:10:31:24:29 chr9 107361129 . C T 1399.74 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715068;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9108;QD=62.9096;RBI=0.0072111;REFB=0;REVB=-0.000931551;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384789;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr9 107361439 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.918;QD=35.5759;RBI=0.0472688;REFB=0;REVB=0.0453629;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740633;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr9 107361599 . G C 1194.57 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0279168;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7877;QD=59.7287;RBI=0.0443282;REFB=-0.0733637;REVB=0.0344332;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104021;STB=0.505262;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000936649;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:77:79:0.9875:45:32:0:1:47:32:0:1 chr9 107361710 . G A 2215.26 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.731;QD=63.293;RBI=0.0196192;REFB=0;REVB=-0.00885408;RO=0;SAF=53;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83507e-06;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:137:140:1:84:53:0:0:86:54:0:0 chr9 107367008 . T C 1387.58 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00413076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.833;QD=60.3297;RBI=0.0324665;REFB=-0.141551;REVB=0.0322026;RO=1;SAF=61;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160613;STB=0.516663;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000486806;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:29:61:0:1:29:61:0:2 chr9 107367390 . GATGTTA GA,GAT 680.03 PASS AF=0,1;AO=11,34;DP=50;FAO=0,48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306424,0.0492415;FXX=0.058812;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=236.063,255.167;QD=56.6694;RBI=0.0411265,0.0608315;REFB=0,0;REVB=0.0274305,0.0357176;RO=0;SAF=10,12;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.75716e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0056097,0.00179092;OID=.,.;OPOS=107367391,107367393;OREF=ATGTT,GTTA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:11,34:50:0,48:48:0:0,23:0,25:0:0:4:0:10,12:1,22:0:0 chr9 107367431 . A T 379.53 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7828;QD=54.2186;RBI=0.0455266;REFB=0;REVB=0.0175604;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801017;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr9 107367612 . C T 730.9 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00680833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.012;QD=52.2071;RBI=0.0259084;REFB=0.0419893;REVB=0.0249979;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030369;STB=0.516123;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00329857;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:56:2:2:52:52:0.928571:22:30:2:0:22:30:2:0 chr9 107367664 . AGC A,AG 243.83 PASS AF=1,0;AO=16,3;DP=21;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036268,0.0275722;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=205.311,183.358;QD=51.3327;RBI=0.0362681,0.0294577;REFB=0,0;REVB=-7.87523e-05,-0.0103695;RO=0;SAF=11,3;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000224692,0;OID=.,.;OPOS=107367665,107367666;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,3:21:19,0:19:0:14,0:5,0:0:0:4:0:11,3:5,0:0:0 chr9 107367841 . A T 1495.62 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00999499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.637;QD=62.3175;RBI=0.0111786;REFB=-0.0472853;REVB=0.00500619;RO=1;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111554;STB=0.505746;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000173043;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:94:95:0.989583:42:52:0:1:43:52:0:1 chr9 107380177 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.419;QD=56.9545;RBI=0.0531999;REFB=0;REVB=0.0416905;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198155;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr9 107380215 . T A 769.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.816;QD=56.9725;RBI=0.0277405;REFB=0;REVB=0.0276131;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77241e-05;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr9 107380414 . C A 938.8 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285548;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0428;QD=58.6747;RBI=0.0368974;REFB=0;REVB=-0.0233675;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44613e-05;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr9 107456933 . C T 106.52 PASS AF=0.25;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0469071;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.677;QD=6.65743;RBI=0.0589004;REFB=-0.00802034;REVB=-0.0356227;RO=50;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17312;STB=0.622928;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0210587;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:50:48:16:16:0.25:7:9:21:29:7:9:19:29 chr9 107457275 . A C 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.000233078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.632;QD=18.9349;RBI=0.00756309;REFB=-0.00970735;REVB=0.0075595;RO=50;SAF=30;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486347;STB=0.52712;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0103495;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:15:30:31:19:15:30:31:19 chr9 107457332 . C T 165.13 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0311932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9157;QD=12.463;RBI=0.0374179;REFB=0.0132021;REVB=0.0206661;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723132;STB=0.542125;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0133167;OID=.;OPOS=107457332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:5:15:23:10:5:15:23:10 chr9 107457532 . C T 535.08 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129989;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8109;QD=59.4536;RBI=0.0150829;REFB=0;REVB=-0.00765001;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605034;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr9 107457725 . G A 218.97 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0101028;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.909;QD=13.6856;RBI=0.0101112;REFB=0.00583928;REVB=0.000410625;RO=38;SAF=4;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460355;STB=0.767209;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00582904;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:22:4:20:18:22:4:20:18 chr9 107510145 . G C 95.96 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00977425;FXX=0.0277701;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4862;QD=10.967;RBI=0.0108627;REFB=0.0047232;REVB=-0.00473935;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113733;STB=0.545376;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00849532;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:24:23:12:12:0.342857:9:3:8:16:9:3:7:16 chr9 107515214 . G A 447.91 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00354108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.432;QD=14.2194;RBI=0.0119021;REFB=-0.00925022;REVB=-0.0113631;RO=74;SAF=27;SAR=24;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115675;STB=0.568747;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0126983;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:74:75:51:51:0.404762:24:27:31:43:24:27:31:44 chr9 107533159 . A G 841.53 PASS AF=0.480447;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=179;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.10466;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3724;QD=18.8051;RBI=0.109377;REFB=0.0081932;REVB=-0.0317746;RO=89;SAF=44;SAR=42;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152094;STB=0.519121;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0128342;OID=.;OPOS=107533159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:89:93:86:86:0.480447:42:44:47:42:42:44:51:42 chr9 107586753 . T C 1171.91 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.829;QD=60.8786;RBI=0.00840118;REFB=0;REVB=0.00808276;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16648e-05;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr9 107591272 . G T 1665.31 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504144;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.783;QD=60.5568;RBI=0.0510542;REFB=0;REVB=0.00805731;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60935e-05;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr9 107620867 . C T 510.56 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.056329;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.172;QD=16.7397;RBI=0.0564159;REFB=-0.0335821;REVB=-0.0031304;RO=66;SAF=30;SAR=25;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118236;STB=0.561642;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.028654;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:67:55:55:0.45082:25:30:28:38:25:30:29:38 chr9 107624029 . C T 1924.24 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-6.6168e-05;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.386;QD=60.1326;RBI=0.0396095;REFB=0.043364;REVB=0.0396094;RO=2;SAF=60;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141796;STB=0.507461;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000225663;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:128:2:2:126:126:0.984375:66:60:0:2:66:60:0:2 chr9 108152199 . G A 1167.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.252;QD=60.664;RBI=0.0273328;REFB=0;REVB=0.00390342;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19102e-05;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr9 108425267 . C T 715.8 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808805;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.273;QD=57.2636;RBI=0.0680163;REFB=0;REVB=0.0675337;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403033;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr9 108536426 . ATTTTTCT ATTTTCT,ATTTTCTA,ATTTTCTT 597.26 PASS AF=0.982143,0.0178571,0;AO=45,2,2;DP=56;FAO=55,1,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1,0;FSAR=29,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488284,0.038657,-0.0252728;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=14.9914,9.56749,9.51909;QD=42.661;RBI=0.124276,0.0734562,0.0772214;REFB=-0.00346217,-0.0185192,-0.016048;REVB=-0.114281,-0.0624616,-0.0729687;RO=2;SAF=22,0,2;SAR=23,2,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.000888191,-0.639851,0.639851;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00218773,-0.0219344,0;OID=.,.,.;OPOS=108536427,108536431,108536431;OREF=T,TCT,TC;OALT=-,CTA,CT;OMAPALT=ATTTTCT,ATTTTCTA,ATTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.982143,0.0178571,0:45,2,2:56:55,1,0:56:0:26,1,0:29,0,0:0:0:4:2:22,0,2:23,2,0:1:1 chr9 109622659 . G A 1108.43 PASS AF=0.612121;AO=100;DP=164;FAO=101;FDP=165;FR=.;FRO=64;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0268279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.223;QD=26.8711;RBI=0.0296986;REFB=-0.0193707;REVB=0.0127383;RO=64;SAF=65;SAR=35;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794643;STB=0.544391;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0113289;OID=.;OPOS=109622659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:64:64:100:101:0.612121:35:65:35:29:35:66:35:29 chr9 110249505 . C T 354.7 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0218122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.8677;QD=27.2843;RBI=0.117291;REFB=-0.0512632;REVB=0.115245;RO=13;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260981;STB=0.603158;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0173008;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:13:14:27:27:0.519231:13:14:1:12:13:14:3:11 chr9 110425506 . A T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00429414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.251;QD=25.2554;RBI=0.0112346;REFB=-0.00321218;REVB=0.0103815;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211248;STB=0.618896;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00148872;OID=.;OPOS=110425506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:5:5:13:4:5:5 chr9 111618309 . T C 743.7 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0511804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6661;QD=54.0875;RBI=0.051219;REFB=0.105311;REVB=-0.00198882;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241485;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00557874;OID=.;OPOS=111618309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:34:19:1:0:34:20:1:0 chr9 111618602 . A G 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4547;QD=57.8829;RBI=0.0424495;REFB=0;REVB=-0.0213349;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109346;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr9 111618926 . A G 1845.69 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204417;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.667;QD=61.5231;RBI=0.0219319;REFB=0;REVB=0.00794654;RO=0;SAF=47;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49234e-05;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:73:47:0:0:73:47:0:0 chr9 111625913 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.675;QD=60.376;RBI=0.0393609;REFB=0;REVB=0.0358849;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141304;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:32:41:0:0:33:41:0:0 chr9 111653574 . C G 2058.92 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102426;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6515;QD=61.4602;RBI=0.0201715;REFB=-0.0296503;REVB=-0.0173775;RO=0;SAF=55;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00143952;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:135:134:0:1:132:133:0.992537:77:55:0:0:78:55:1:0 chr9 111688828 . C T 484.29 PASS AF=0.49505;AO=47;DP=98;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0184639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.093;QD=19.1797;RBI=0.0189222;REFB=-0.00907663;REVB=0.00413935;RO=51;SAF=30;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196742;STB=0.585623;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0115679;OID=.;OPOS=111688828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:51:51:47:50:0.49505:17:30:22:29:20:30:22:29 chr9 111727670 . C G 233.31 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00599495;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.131;QD=11.6656;RBI=0.00683035;REFB=-0.00600882;REVB=0.00327326;RO=50;SAF=9;SAR=19;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386158;STB=0.698865;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0155921;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:28:29:0.3625:19:9:34:16:19:10:34:17 chr9 111754288 . T C 1476.69 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.585;QD=62.1763;RBI=0.0283088;REFB=-0.112793;REVB=0.0112215;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000195358;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:48:46:0:0:48:46:0:1 chr9 111755008 . C T 310.92 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00803312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.724;QD=19.1333;RBI=0.0359118;REFB=-0.0316019;REVB=-0.0350018;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178832;STB=0.5992;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0290666;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:16:17:10:22:16:17:10:22 chr9 111781779 . T C 361.5 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00296161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.074;QD=12.0498;RBI=0.0252974;REFB=-0.0110325;REVB=0.0251234;RO=76;SAF=26;SAR=18;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136721;STB=0.507809;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0207448;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:18:26:44:32:18:26:44:32 chr9 111781789 . A G 733.37 PASS AF=0.589744;AO=69;DP=117;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0205192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.934;QD=25.0724;RBI=0.0321678;REFB=-0.00291648;REVB=0.0247735;RO=43;SAF=41;SAR=28;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597784;STB=0.522153;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0111766;OID=.;OPOS=111781789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:43:48:69:69:0.589744:28:41:22:21:28:41:26:22 chr9 111782670 . G A 131.41 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0924506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.339;QD=14.2067;RBI=0.0956877;REFB=-0.0221291;REVB=0.0246782;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102929;STB=0.548953;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0271301;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:15:15:0.405405:10:5:9:12:10:5:9:13 chr9 111868885 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0194577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.13;QD=11.2612;RBI=0.0196265;REFB=-0.0194674;REVB=-0.00256898;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428844;STB=0.52539;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0411369;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:5:10:21:9:5:10:21:9 chr9 111881856 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00862856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.843;QD=21.1725;RBI=0.0387978;REFB=-0.0351007;REVB=0.0378262;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2412;STB=0.633161;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0253573;OID=.;OPOS=111881856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:1:11:8:0:1:11:8:0 chr9 111881927 . T C 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0428329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.39;QD=14.6966;RBI=0.0581449;REFB=-0.0179773;REVB=-0.0393214;RO=23;SAF=13;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268264;STB=0.658006;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0244843;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:3:13:14:9:3:13:14:9 chr9 111945049 . T G 2176.03 PASS AF=0.992958;AO=132;DP=136;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6556;QD=61.2966;RBI=0.0394854;REFB=-0.0652871;REVB=-0.00208338;RO=3;SAF=64;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768155;STB=0.503546;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00146149;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:142:3:1:132:141:0.992958:68:64:2:1:70:71:0:1 chr9 112069477 . T A 69.65 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0367493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.021;QD=6.47946;RBI=0.0381953;REFB=-0.0114466;REVB=-0.0104098;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347378;STB=0.709262;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0347637;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:32:33:10:10:0.232558:7:3:19:13:7:3:19:14 chr9 112087048 . G T 557.4 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.358;QD=60.2593;RBI=0.0481869;REFB=0;REVB=0.0120496;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220034;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:30:6:0:0:30:7:0:0 chr9 112629397 . G A,T 499.65 PASS AF=0.828571,0.171429;AO=28,7;DP=35;FAO=29,6;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19,4;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011116,-0.0256633;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.5695,59.922;QD=57.1029;RBI=0.0260653,0.0276839;REFB=0,0;REVB=0.0235761,-0.0103824;RO=0;SAF=18,5;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00192692,0.0744626;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:35:35:0:0:28,7:29,6:0.828571,0.171429:10,2:18,5:0:0:10,2:19,4:0:0 chr9 112629858 . A G 1026.51 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000680565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.407;QD=59.5077;RBI=0.04442;REFB=0;REVB=0.0444148;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12716e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr9 112710511 . CAAAAT CAAAT,CAAATA 156.33 PASS AF=0.351351,0.027027;AO=23,3;DP=78;FAO=26,2;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=7,2;FSAR=19,0;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.187052,0.00715338;FXX=0.0632831;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.0704,18.9907;QD=8.45043;RBI=0.208363,0.113563;REFB=-0.00523228,-0.0144873;REVB=-0.0917982,-0.113337;RO=38;SAF=4,3;SAR=19,0;SRF=21;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.456867,0.491133;STB=0.719526,0.993818;STBP=0.016,0.194;TYPE=del,mnp;VARB=0.06462,0.0484732;OID=.,.;OPOS=112710512,112710515;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=CAAAT,CAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351,0.027027:23,3:78:26,2:74:46:7,2:19,0:28:18:99:38:4,3:19,0:21:17 chr9 112713075 . C CA 203.06 PASS AF=0.6;AO=31;DP=66;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.267742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6601;QD=12.4962;RBI=0.277593;REFB=0.0140233;REVB=-0.0732955;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129126;STB=0.547652;STBP=0.35;TYPE=ins;VARB=-0.0475277;OID=.;OPOS=112713076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:31:66:39:65:26:24:15:13:13:93:28:19:12:13:15 chr9 112899361 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.189;QD=57.1775;RBI=0.0374958;REFB=0;REVB=0.0326864;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49417e-05;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr9 112900199 . T C 285.3 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=0.0239956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0389;QD=15.0157;RBI=0.0270263;REFB=-0.00692453;REVB=0.0124351;RO=37;SAF=21;SAR=11;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358829;STB=0.734703;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0131;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:44:32:32:0.421053:11:21:10:27:11:21:10:34 chr9 112900785 . A G 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0338913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6039;QD=10.1691;RBI=0.0550735;REFB=-0.00280804;REVB=0.0434104;RO=22;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510108;STB=0.808416;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00975692;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:9:2:14:8:9:2:14:8 chr9 112931646 . G A 901.84 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2405;QD=58.1835;RBI=0.0302299;REFB=0;REVB=0.0098972;RO=0;SAF=49;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131349;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:12:49:0:0:12:50:0:0 chr9 112932329 . G A 1601.25 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.673;QD=59.8598;RBI=0.0125237;REFB=0;REVB=0.000425152;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67211e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:54:51:0:0:54:53:0:0 chr9 112960869 . A G 1989.29 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000584851;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.68;QD=62.1652;RBI=0.0330484;REFB=0;REVB=-0.0330432;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07803e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:66:62:0:0:66:62:0:0 chr9 112963504 . A G 1520.94 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141179;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.793;QD=63.3726;RBI=0.0141796;REFB=0;REVB=-0.00132112;RO=0;SAF=61;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478256;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:34:61:0:0:34:62:0:0 chr9 113006420 . A G 1424.34 PASS AF=1;AO=62;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=80;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654528;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7914;QD=61.2619;RBI=0.0808166;REFB=0;REVB=0.0805511;RO=1;SAF=54;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346302;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:1:0:62:93:1:8:54:1:0:13:80:0:0 chr9 113006421 . T G 291.72 PASS AF=0.354167;AO=32;DP=94;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=8;FWDB=-0.0260862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.12;QD=12.1549;RBI=0.0681246;REFB=-0.0441841;REVB=0.0629323;RO=62;SAF=26;SAR=6;SRF=54;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12019;STB=0.55653;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00424876;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:62:62:32:34:0.354167:6:26:54:8:6:28:54:8 chr9 113128561 . TGAGGGTAG T 90.89 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=99;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00252387;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=8;MLLD=344.241;QD=3.86746;RBI=0.0130052;REFB=-0.00165068;REVB=-0.012758;RO=76;SAF=7;SAR=9;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127939;STB=0.60382;STBP=0.399;TYPE=del;VARB=0.00657657;OID=.;OPOS=113128562;OREF=GAGGGTAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170213:16:99:16:94:78:7:9:44:34:90:76:7:9:41:35 chr9 113132221 . G A 302.18 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.000577979;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.05;QD=11.8503;RBI=0.0108969;REFB=0.00850779;REVB=0.0108816;RO=65;SAF=29;SAR=8;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282611;STB=0.664025;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0154465;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:65:65:37:37:0.362745:8:29:37:28:8:29:37:28 chr9 113166697 . T A 593.65 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0165019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.112;QD=18.4077;RBI=0.0250991;REFB=-0.00693955;REVB=0.0189117;RO=66;SAF=34;SAR=28;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546024;STB=0.533526;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00698613;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:67:62:62:0.48062:28:34:40:26:28:34:41:26 chr9 113169630 . TG CA 234.71 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0217839;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.888;QD=15.3907;RBI=0.0562381;REFB=-0.0137089;REVB=0.0518477;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122053;STB=0.588676;STBP=0.248;TYPE=mnp;VARB=0.0219275;OID=.;OPOS=113169630;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:34:25:27:0.442623:11:14:23:11:13:14:23:11 chr9 113192655 . T G 506.86 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00202471;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.955;QD=20.0735;RBI=0.0209789;REFB=-0.00233381;REVB=0.020881;RO=49;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628121;STB=0.53464;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00212775;OID=.;OPOS=113192655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:49:49:52:52:0.514851:26:26:28:21:26:26:28:21 chr9 113208250 . T G 316.34 PASS AF=0.454545;AO=31;DP=73;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0429445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.957;QD=16.4332;RBI=0.0429449;REFB=-0.0213102;REVB=0.000199898;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403815;STB=0.542145;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0271717;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:42:42:31:35:0.454545:18:13:16:26:19:16:16:26 chr9 113220820 . C T 416.75 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00214322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.87;QD=17.3646;RBI=0.0273847;REFB=-0.0257559;REVB=-0.0273007;RO=51;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106945;STB=0.556487;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0298602;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:53:43:43:0.447917:25:18:16:35:25:18:17:36 chr9 113233720 . G A 386.97 PASS AF=0.409091;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00139571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.881;QD=14.0717;RBI=0.0210631;REFB=-0.00793094;REVB=-0.0210168;RO=64;SAF=27;SAR=17;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120839;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:65:44:45:0.409091:17:27:38:26:18:27:39:26 chr9 113275227 . C T 386.44 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0174289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.441;QD=18.1856;RBI=0.0217705;REFB=0.0118817;REVB=0.0130456;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167809;STB=0.588694;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00819296;OID=.;OPOS=113275227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:14:26:21:23:14:26:22:23 chr9 113302016 . G A 2424.15 PASS AF=0.391245;AO=274;DP=731;FAO=286;FDP=731;FR=.;FRO=445;FSAF=184;FSAR=102;FSRF=255;FSRR=190;FWDB=-0.0670085;FXX=0.00272848;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8633;QD=13.2648;RBI=0.0743413;REFB=-0.0216853;REVB=0.0321946;RO=346;SAF=172;SAR=102;SRF=177;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120954;STB=0.545425;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0253155;OID=.;OPOS=113302016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:731:731:346:445:274:286:0.391245:102:172:177:169:102:184:255:190 chr9 113550168 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0223969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2749;QD=21.0072;RBI=0.075135;REFB=-0.0288939;REVB=-0.0717192;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496376;STB=0.538422;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0149003;OID=.;OPOS=113550168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:12:7:5:11:12:7:5:12 chr9 113636353 . T G 306.29 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.972;QD=47.1219;RBI=0.0121195;REFB=-0.126049;REVB=0.00613789;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942732;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:12:12:1:0:12:12:1:1 chr9 113636379 . C T 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.981;QD=59.4181;RBI=0.0358266;REFB=0;REVB=0.0323531;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111399;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr9 113636393 . TTAA T,TTA 115.98 PASS AF=0.4375,0.28125;AO=4,4;DP=37;FAO=14,9;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=7,4;FSAR=7,5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0812721,0.25686;FXX=0.135099;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=21.7315,7.55576;QD=14.4969;RBI=0.0993861,0.278382;REFB=-0.0151555,-0.0759783;REVB=0.0572052,0.107329;RO=5;SAF=0,1;SAR=4,3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.386089;STB=0.608548,0.615147;STBP=0.227,0.392;TYPE=del,del;VARB=0.0633549,0.14576;OID=.,.;OPOS=113636394,113636395;OREF=TAA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0.28125:4,4:37:14,9:32:9:7,4:7,5:2:7:38:5:0,1:4,3:0:5 chr9 114090279 . A G 75.06 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0335452;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.38;QD=8.83018;RBI=0.0350089;REFB=-0.0100163;REVB=-0.0100172;RO=24;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485077;STB=0.810716;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0423459;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:34:34:24:24:10:10:0.294118:9:1:10:14:9:1:10:14 chr9 114146832 . C T 373.44 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00383337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.607;QD=15.3996;RBI=0.0536783;REFB=-0.00367952;REVB=-0.0535413;RO=56;SAF=24;SAR=16;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305127;STB=0.512814;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00349486;OID=.;OPOS=114146832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:57:40:40:0.412371:16:24:32:24:16:24:33:24 chr9 114174384 . C T 539.37 PASS AF=0.5;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00066138;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.499;QD=19.263;RBI=0.0017236;REFB=-0.00339694;REVB=-0.00159166;RO=54;SAF=22;SAR=34;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643018;STB=0.536829;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0044858;OID=.;OPOS=114174384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:54:56:56:56:0.5:34:22:25:29:34:22:26:30 chr9 114174415 . T C 489.21 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0125882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.852;QD=21.9871;RBI=0.0313945;REFB=-0.0201311;REVB=0.0287603;RO=41;SAF=19;SAR=28;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908826;STB=0.500248;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174879;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:42:47:47:0.52809:28:19:17:24:28:19:17:25 chr9 114182353 . C T 626.46 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00209158;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.262;QD=20.2083;RBI=0.00362381;REFB=0.00164141;REVB=0.00295927;RO=61;SAF=42;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178896;STB=0.598838;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00105102;OID=.;OPOS=114182353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:61:61:63:63:0.508065:21:42:29:32:21:42:29:32 chr9 114184477 . C T 164.09 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.01936;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9925;QD=12.3842;RBI=0.0199869;REFB=0.00232076;REVB=-0.00496682;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344025;STB=0.707659;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00338333;OID=.;OPOS=114184477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:34:33:20:20:0.377358:6:14:13:21:6:14:12:21 chr9 114355278 . A C 31.7 PASS AF=0.357143;AO=3;DP=13;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00386511;FXX=0;HRUN=31;LEN=1;MLLD=124.075;QD=9.0568;RBI=0.00711268;REFB=0.00410311;REVB=0.00597086;RO=8;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576989;STB=0.709037;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00411721;OID=.;OPOS=114355278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:14:8:9:3:5:0.357143:3:0:1:7:3:2:1:8 chr9 114359624 . C A 1509.75 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981264;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.811;QD=59.792;RBI=0.0119996;REFB=0;REVB=-0.00690668;RO=0;SAF=62;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98397e-05;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:99:101:1:37:62:0:0:37:64:0:0 chr9 114366094 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.738;QD=62.9821;RBI=0.0246804;REFB=0;REVB=-0.0176873;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26627e-06;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr9 114371322 . T A 1418.43 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8337;QD=62.3486;RBI=0.168934;REFB=0;REVB=0.162332;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148712;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:91:1:0:86:91:1:47:39:0:1:51:40:0:0 chr9 114371493 . C G,T 1094.6 PASS AF=0.0945946,0.905405;AO=6,68;DP=74;FAO=7,67;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=5,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445117,-0.0316348;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.7354,90.5633;QD=59.1674;RBI=0.0501832,0.0338746;REFB=0,0;REVB=-0.0231747,-0.0121132;RO=0;SAF=0,33;SAR=6,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0301436,-0.00438036;OID=.,.;OPOS=114371493,114371493;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:74:74:0:0:6,68:7,67:0.0945946,0.905405:6,35:0,33:0:0:5,36:2,31:0:0 chr9 114454544 . T C 1431.88 PASS AF=0.969697;AO=94;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00822446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6513;QD=57.8536;RBI=0.0477703;REFB=0.0404085;REVB=0.047057;RO=4;SAF=52;SAR=42;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154162;STB=0.503209;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0007393;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:4:3:94:96:0.969697:42:52:3:1:42:54:2:1 chr9 114454580 . A G 1451.53 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237031;FXX=0.0198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.48;QD=58.6475;RBI=0.023705;REFB=0.0375434;REVB=-0.000301937;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.504586;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000143059;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:99:0:1:98:98:0.989899:44:54:0:0:44:54:1:0 chr9 114462322 . A G 2146.59 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.007;QD=62.6742;RBI=0.0729964;REFB=0;REVB=0.0358087;RO=0;SAF=48;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282813;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:137:0:0:131:137:1:83:48:0:0:86:51:0:0 chr9 114464487 . T C 1284.23 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0210944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3846;QD=58.3741;RBI=0.0809301;REFB=-0.206436;REVB=0.0781326;RO=1;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101877;STB=0.515786;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00262995;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:88:88:1:3:85:85:0.965909:39:46:1:0:39:46:3:0 chr9 114470127 . A G 742.06 PASS AF=0.828571;AO=57;DP=72;FAO=58;FDP=70;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0145637;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0891;QD=42.4037;RBI=0.0226705;REFB=-0.0145077;REVB=0.0173738;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.500507;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209889;OID=.;OPOS=114470127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:72:70:1:12:57:58:0.828571:33:24:0:1:34:24:5:7 chr9 114490308 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.073;QD=57.5451;RBI=0.0111833;REFB=0;REVB=-0.0026823;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84069e-05;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr9 114694486 . A G 382.82 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0018437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.771;QD=19.8868;RBI=0.0333808;REFB=-0.000619654;REVB=0.0333299;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2824;STB=0.658748;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000474202;OID=.;OPOS=114694486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:38:38:39:0.506494:18:20:8:30:18:21:8:30 chr9 114981237 . ATTTTTTTTTTC ATTTTTTTTC,ATTTTTTTTTC,ATTTTTTTTTCT 166.29 PASS AF=0.0375,0.725,0.1375;AO=13,23,8;DP=79;FAO=3,58,11;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=2,22,9;FSAR=1,36,2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.115002,0.204471,-0.0898457;FXX=0;HRUN=10,10,10;LEN=2,1,2;MLLD=6.79675,4.36312,9.45868;QD=8.31447;RBI=0.115357,0.205926,0.0908421;REFB=0.0447559,0.0900437,0.0171323;REVB=0.00903381,0.0244342,-0.0134179;RO=14;SAF=4,7,5;SAR=9,16,3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.361002,-0.288596,-0.103271;STB=0.570983,0.546621,0.545367;STBP=0.856,0.05,0.777;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0560565,-0.00806487,-0.0384579;OID=.,.,.;OPOS=114981238,114981238,114981247;OREF=TT,T,TC;OALT=-,-,CT;OMAPALT=ATTTTTTTTC,ATTTTTTTTTC,ATTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0375,0.725,0.1375:13,23,8:79:3,58,11:80:8:2,22,9:1,36,2:6:2:14:14:4,7,5:9,16,3:10:4 chr9 115095743 . T C 233.48 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00905723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.968;QD=16.9803;RBI=0.0100636;REFB=-0.000432826;REVB=0.00438656;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758341;STB=0.542823;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00065516;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:8:18:18:11:8:18:18:11 chr9 115421788 . C A 204.12 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0235646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8878;QD=12.5614;RBI=0.0329117;REFB=-0.00780376;REVB=-0.0229759;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127947;STB=0.568092;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0216089;OID=.;OPOS=115421788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:18:7:15:24:18:7:15:25 chr9 115567184 . T C 1438.23 PASS AF=0.95283;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0627236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.194;QD=54.2729;RBI=0.0703544;REFB=-0.129557;REVB=0.0318668;RO=4;SAF=42;SAR=59;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624593;STB=0.500769;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00710084;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:106:106:4:5:101:101:0.95283:59:42:2:2:59:42:2:3 chr9 115580008 . G C 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000354632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.192;QD=62.9071;RBI=0.00684815;REFB=0;REVB=0.00683896;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26447e-06;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr9 115600848 . T C,G 1749.62 PASS AF=0.940171,0.0598291;AO=111,6;DP=117;FAO=110,7;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62,7;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236246,-0.00261722;FXX=0.00847386;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.87,80.4298;QD=59.816;RBI=0.0147359,0.0476921;REFB=0,0;REVB=0.0145453,0.0476202;RO=0;SAF=63,6;SAR=48,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.46823e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00292413,0.0981815;OID=.,.;OPOS=115600848,115600848;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:117:117:0:0:111,6:110,7:0.940171,0.0598291:48,0:63,6:0:0:48,0:62,7:0:0 chr9 115617061 . T C 1190.08 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.44;QD=61.0299;RBI=0.0251274;REFB=0;REVB=0.00274104;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35287e-05;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr9 115632898 . G A 742.46 PASS AF=0.42328;AO=80;DP=185;FAO=80;FDP=189;FR=.;FRO=109;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.0551452;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.108;QD=15.7135;RBI=0.0629556;REFB=-0.0150198;REVB=-0.0303712;RO=105;SAF=44;SAR=36;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170983;STB=0.505071;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0210246;OID=.;OPOS=115632898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:189:105:109:80:80:0.42328:36:44:56:49:36:44:59:50 chr9 115632969 . A G 2319.94 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.587;QD=60.2581;RBI=0.0297836;REFB=0;REVB=0.0271249;RO=0;SAF=70;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138172;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:151:154:1:81:70:0:0:82:72:0:0 chr9 115635641 . C G 1543.4 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164265;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.698;QD=59.9377;RBI=0.0175571;REFB=0;REVB=0.00619859;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18595e-05;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr9 115652881 . G T 377.37 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.402;QD=55.9059;RBI=0.0825497;REFB=0;REVB=0.000985725;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712747;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:1:0:23:27:1:15:8:1:0:15:12:0:0 chr9 115759968 . CA AC,C 51.57 PASS AF=0.0210526,0.189474;AO=4,29;DP=94;FAO=2,18;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=2,14;FSAR=0,4;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0203485,-0.163879;FXX=0.0404;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=160.413,7.79785;QD=2.17152;RBI=0.023501,0.236532;REFB=-0.00739069,-0.123014;REVB=-0.0117573,0.17056;RO=51;SAF=4,22;SAR=0,7;SRF=20;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0.367273;SSSB=0.581393,0.414584;STB=0.995109,0.750335;STBP=0.126,0.019;TYPE=mnp,del;VARB=0.0448442,0.140382;OID=.,.;OPOS=115759968,115759969;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:94:95:51:75:4,29:2,18:0.0210526,0.189474:0,7:4,22:20:31:0,4:2,14:36:39 chr9 115818949 . A T 937.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1114;QD=58.5931;RBI=0.0257734;REFB=0;REVB=0.00936919;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28139e-05;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:33:29:0:0:34:30:0:0 chr9 115925104 . C T 2421.02 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.71;QD=61.2916;RBI=0.0454471;REFB=0;REVB=-0.0454232;RO=0;SAF=91;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.9218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14613e-05;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:67:91:0:0:67:91:0:0 chr9 115926197 . TG T 1083.02 PASS AF=1;AO=85;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.065;QD=47.0876;RBI=0.171456;REFB=0;REVB=-0.169144;RO=1;SAF=55;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=-0.00853642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00228227;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:91:92:92:0:57:35:0:0:19:1:55:30:1:0 chr9 115928275 . T C 901.55 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0184513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.777;QD=53.8242;RBI=0.0332772;REFB=0.0111179;REVB=0.0276933;RO=3;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479518;STB=0.525416;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000523335;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:28:36:0:3:28:36:0:3 chr9 115931692 . A G 1555.2 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2446;QD=58.6868;RBI=0.0917686;REFB=0.000116349;REVB=-0.0848145;RO=1;SAF=44;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106624;STB=0.505617;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000206407;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:60:44:1:0:61:44:1:0 chr9 116122954 . A G 1084.32 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.669;QD=58.6119;RBI=0.0395213;REFB=-0.0983764;REVB=-0.023249;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000415456;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:46:27:0:0:46:27:0:1 chr9 116152891 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0655876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.056;QD=10.1698;RBI=0.0688817;REFB=-0.00577508;REVB=-0.0210465;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659959;STB=0.539499;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0162831;OID=.;OPOS=116152891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:5:17:8:3:5:17 chr9 116152940 . G A 166.41 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0156888;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.533;QD=14.1628;RBI=0.0157461;REFB=-0.00309626;REVB=0.00134215;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154411;STB=0.600837;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00633027;OID=.;OPOS=116152940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:29:18:18:0.382979:11:7:14:12:11:7:16:13 chr9 116153900 . A G 729.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.106;QD=57.1858;RBI=0.0359038;REFB=0;REVB=0.0102208;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114986;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:21:30:0:0 chr9 116356373 . G C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.105;QD=57.7116;RBI=0.0500671;REFB=0;REVB=-0.0253648;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07555e-05;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr9 116356516 . A G 115.72 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8908;QD=42.0811;RBI=0.154851;REFB=0;REVB=-0.0641804;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200185;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr9 116356529 . C G 101.28 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.687;QD=40.5124;RBI=0.071053;REFB=0;REVB=0.070842;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459257;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:8:2:0:0 chr9 116764283 . C T 1475.92 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062195;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.951;QD=63.4803;RBI=0.0356451;REFB=0;REVB=0.0350983;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45482e-05;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:94:93:1:53:41:0:0:52:41:0:0 chr9 116764883 . C CCCT,CCT 59.62 PASS AF=0,0.444444;AO=3,5;DP=19;FAO=0,8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=0,3;FSAR=0,5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0338686,-0.0220407;FXX=0.0526039;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=147.71,145.952;QD=13.2484;RBI=0.0378788,0.0362553;REFB=-0.0481448,-0.0622429;REVB=0.0169625,0.0287863;RO=10;SAF=1,2;SAR=2,3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.477992,-0.404365;STB=0.5,0.72318;STBP=1,0.143;TYPE=ins,ins;VARB=0.0110824,0.0421015;OID=.,.;OPOS=116764884,116764884;OREF=-,-;OALT=CCT,CT;OMAPALT=CCCT,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.444444:3,5:19:0,8:18:10:0,3:0,5:8:2:56:10:1,2:2,3:8:2 chr9 116764897 . T TC 66.72 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0288821;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=150.328;QD=12.1317;RBI=0.0370179;REFB=-0.0414206;REVB=-0.0231549;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568639;STB=0.84619;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0476249;OID=.;OPOS=116764898;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:9:22:9:22:13:8:1:5:8:66:13:8:1:5:8 chr9 116770776 . C T 769.73 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.157;QD=62.8354;RBI=0.077117;REFB=0;REVB=0.0627337;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413548;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:12:33:0:0:13:36:0:0 chr9 116770785 . G A 638.77 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.219;QD=59.4204;RBI=0.0634102;REFB=-0.0691475;REVB=0.0473316;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.508471;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000557155;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:13:29:0:0:13:29:1:0 chr9 116779080 . C T 303.25 PASS AF=0.472222;AO=31;DP=76;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0113812;FXX=0.0526247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.78;QD=16.8472;RBI=0.0335285;REFB=0.00862238;REVB=0.0315377;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185538;STB=0.538438;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0101458;OID=.;OPOS=116779080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:72:37:38:31:34:0.472222:12:19:22:15:12:22:22:16 chr9 116813001 . T C 1401.55 PASS AF=0.895652;AO=104;DP=115;FAO=103;FDP=115;FR=.;FRO=12;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0178791;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9632;QD=48.7497;RBI=0.0199851;REFB=0.00538178;REVB=-0.00892975;RO=11;SAF=41;SAR=63;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111717;STB=0.555181;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00103969;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:115:11:12:104:103:0.895652:63:41:11:0:62:41:11:1 chr9 116813181 . G C 106.5 PASS AF=0.216667;AO=12;DP=55;FAO=13;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.181356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.8225;QD=7.09993;RBI=0.184;REFB=-0.0607706;REVB=-0.0310799;RO=34;SAF=12;SAR=0;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.806128;STB=0.922426;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0439594;OID=.;OPOS=116813181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:60:34:37:12:13:0.216667:0:12:11:23:1:12:13:24 chr9 116823289 . A G 56.29 PASS AF=0.144;AO=34;DP=125;FAO=18;FDP=125;FR=.;FRO=107;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=-0.0605841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9753;QD=1.80118;RBI=0.0711028;REFB=-0.0337762;REVB=-0.037218;RO=81;SAF=32;SAR=2;SRF=18;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.785265;STB=0.949568;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.227977;OID=.;OPOS=116823289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:125:125:81:107:34:18:0.144:2:32:18:63:1:17:42:65 chr9 116931099 . G A 77.73 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0129027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2639;QD=14.8056;RBI=0.0366858;REFB=-0.0114392;REVB=0.0343419;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578494;STB=0.846249;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0200734;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:7:4:9:1:7:4 chr9 116958216 . C T 313.99 PASS AF=0.310606;AO=41;DP=132;FAO=41;FDP=132;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=29;FWDB=0.00585911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.639;QD=9.51496;RBI=0.0213827;REFB=-0.0046071;REVB=-0.0205643;RO=91;SAF=22;SAR=19;SRF=62;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17599;STB=0.601763;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0113685;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:91:91:41:41:0.310606:19:22:62:29:19:22:62:29 chr9 117002517 . C T 498.27 PASS AF=0.388158;AO=56;DP=151;FAO=59;FDP=152;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.0505563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.254;QD=13.1125;RBI=0.0506551;REFB=0.00697031;REVB=0.00316277;RO=92;SAF=27;SAR=29;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150253;STB=0.580619;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00763188;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:92:93:56:59:0.388158:29:27:57:35:30:29:58:35 chr9 117002692 . CTTTTT CTTTTC,CTTTT 59.3 PASS AF=0.111111,0.333333;AO=2,4;DP=25;FAO=3,9;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=0,8;FSAR=3,1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0408615,-0.0975243;FXX=0.0357015;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=180.032,11.8492;QD=8.78447;RBI=0.106385,0.244203;REFB=0.0110881,-0.0558379;REVB=0.0982246,0.223884;RO=15;SAF=0,4;SAR=2,0;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0.314286;SSEP=0,0;SSSB=-0.736637,0.580078;STB=0.998146,0.533255;STBP=0.007,0.932;TYPE=snp,del;VARB=0.145834,0.0317801;OID=.,.;OPOS=117002697,117002693;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTC,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.333333:2,4:25:3,9:27:15:0,8:3,1:13:2:41:15:0,4:2,0:13:2 chr9 117033028 . T C 235.65 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0162478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.358;QD=11.0894;RBI=0.0491832;REFB=-0.0109021;REVB=-0.0464219;RO=56;SAF=21;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213459;STB=0.624796;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0317103;OID=.;OPOS=117033028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:8:21:31:25:8:21:31:25 chr9 117044538 . G T 448.09 PASS AF=0.445378;AO=38;DP=106;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0149045;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.089;QD=15.0618;RBI=0.0165699;REFB=-0.0528901;REVB=0.00724013;RO=64;SAF=25;SAR=13;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394686;STB=0.505213;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0562881;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:119:64:66:38:53:0.445378:13:25:40:24:22:31:38:28 chr9 117044751 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.332;QD=57.3857;RBI=0.00772645;REFB=0;REVB=0.00312486;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43078e-06;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr9 117050998 . G A 338.99 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0219618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7847;QD=20.5449;RBI=0.0412609;REFB=-0.0170855;REVB=0.0349305;RO=31;SAF=10;SAR=25;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291374;STB=0.51612;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0318325;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:25:10:8:23:25:10:8:23 chr9 117051020 . A G 254.12 PASS AF=0.453125;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.016968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.529;QD=15.8828;RBI=0.0253351;REFB=-0.0132147;REVB=0.0188138;RO=35;SAF=5;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182642;STB=0.615296;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0150259;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:35:35:27:29:0.453125:22:5:11:24:24:5:11:24 chr9 117051586 . C G 219.06 PASS AF=0.225;AO=11;DP=77;FAO=18;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.123044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9283;QD=10.9529;RBI=0.123503;REFB=-0.0325856;REVB=0.0106421;RO=39;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624576;STB=0.659821;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.118561;OID=.;OPOS=117051586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:77:80:39:49:11:18:0.225:1:10:16:23:6:12:22:27 chr9 117064345 . G A 791.66 PASS AF=1;AO=46;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348314;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.076;QD=57.5756;RBI=0.0123597;REFB=0;REVB=-0.0118588;RO=0;SAF=37;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48431e-05;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:0:0:46:55:1:9:37:0:0:13:42:0:0 chr9 117070048 . C T 500.17 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0206762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.517;QD=19.4243;RBI=0.0731311;REFB=0.00356626;REVB=0.0701474;RO=50;SAF=23;SAR=29;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17411;STB=0.600332;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00172837;OID=.;OPOS=117070048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:51:52:52:0.504854:29:23:32:18:29:23:33:18 chr9 117085526 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0071332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.266;QD=39.3175;RBI=0.00780339;REFB=-0.00993594;REVB=-0.00316391;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571311;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000973558;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:3:10:0:1:3:10:0:1 chr9 117085634 . CTTTT CCTTT,CTT,CTTTC 178.58 PASS AF=0.75,0.125,0.125;AO=11,2,2;DP=16;FAO=12,2,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2,2;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.084851,-0.0450616,-0.0318089;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=31.614,11.115,203.397;QD=44.6439;RBI=0.0867871,0.0975965,0.0530527;REFB=0,0,0;REVB=-0.0182296,-0.0865709,-0.0424593;RO=0;SAF=2,2,2;SAR=9,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00996689,0.0864313,0.0291675;OID=.,.,.;OPOS=117085635,117085635,117085638;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCTTT,CTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.75,0.125,0.125:11,2,2:16:12,2,2:16:0:2,2,2:10,0,0:0:0:11:0:2,2,2:9,0,0:0:0 chr9 117103973 . A G 324.4 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00545948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.152;QD=18.2761;RBI=0.00718984;REFB=-0.0317961;REVB=-0.00467845;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153347;STB=0.578269;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0227403;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:20:15:21:14:20:15:21:15 chr9 117122202 . C T 388.77 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=0.00310091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.011;QD=16.1989;RBI=0.00563495;REFB=-0.0146125;REVB=-0.00470501;RO=55;SAF=26;SAR=15;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12751;STB=0.571315;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0277162;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:15:26:41:14:15:26:41:14 chr9 117124731 . G A 286.56 PASS AF=0.65;AO=25;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0697195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2875;QD=28.6559;RBI=0.077055;REFB=-0.000211181;REVB=0.0328126;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105816;STB=0.549962;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.003294;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:25:26:0.65:12:13:5:9:13:13:5:9 chr9 117139280 . T C 103.16 PASS AF=0.52;AO=7;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0237334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.957;QD=16.5049;RBI=0.0338151;REFB=-0.012949;REVB=0.024087;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28385;STB=0.611504;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0105761;OID=.;OPOS=117139280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:12:7:13:0.52:2:5:10:1:3:10:11:1 chr9 117139417 . C CG 54.83 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0336277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.6792;QD=6.85369;RBI=0.160242;REFB=-0.117813;REVB=0.156674;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28075;STB=0.608547;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=0.114481;OID=.;OPOS=117139418;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:13:32:15:32:17:10:5:8:9:54:19:9:4:8:11 chr9 117165172 . G T 294.56 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00865757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.097;QD=15.1054;RBI=0.0548616;REFB=-0.0215799;REVB=0.0541742;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00210858;STB=0.501193;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.01935;OID=.;OPOS=117165172;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:14:19:26:19:14:19:26:19 chr9 117166338 . G C 601.2 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.82;QD=58.6535;RBI=0.045034;REFB=-0.0500397;REVB=0.027706;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000359112;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:0:1:23:17:0:1 chr9 117169033 . A G 434.16 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0326487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0124;QD=17.0261;RBI=0.0418605;REFB=-0.0129592;REVB=-0.0261985;RO=55;SAF=26;SAR=21;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460421;STB=0.525657;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0169939;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:21:26:33:22:21:26:33:22 chr9 117186677 . A G 1518.69 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016488;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.977;QD=59.5564;RBI=0.0461211;REFB=0;REVB=0.0430733;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99631e-05;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:57:43:0:0:59:43:0:0 chr9 117188565 . A AT 961.41 PASS AF=0.975207;AO=18;DP=147;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00410213;FXX=0.176859;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.179;QD=31.7823;RBI=0.0470569;REFB=0.0225596;REVB=0.0468777;RO=124;SAF=16;SAR=2;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463755;STB=0.509802;STBP=0.22;TYPE=ins;VARB=-0.00526571;OID=.;OPOS=117188566;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.975207:18:147:118:121:3:75:43:3:0:7:124:16:2:70:54 chr9 117188566 . C G,T 2083.36 PASS AF=0.130137,0.842466;AO=17,121;DP=143;FAO=19,123;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=15,67;FSAR=4,56;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0134361,-0.00626731;FXX=0.00680226;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.0469,168.14;QD=57.0783;RBI=0.0389077,0.0433443;REFB=-0.219397,-0.127698;REVB=0.0365141,0.0428888;RO=1;SAF=15,67;SAR=2,54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.029595,-0.00703775;STB=0.558766,0.51449;STBP=0.339,0.097;TYPE=snp,snp;VARB=0.0534753,-0.00105365;OID=.,.;OPOS=117188566,117188566;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:143:146:1:4:17,121:19,123:0.130137,0.842466:2,54:15,67:1:0:4,56:15,67:4:0 chr9 117240749 . G A 579.16 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0156416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.012;QD=18.6825;RBI=0.0162459;REFB=-0.00892402;REVB=-0.0043897;RO=64;SAF=31;SAR=29;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07218;STB=0.539922;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00903777;OID=.;OPOS=117240749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:64:60:60:0.483871:29:31:38:26:29:31:38:26 chr9 117377843 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.107;QD=63.286;RBI=0.00678146;REFB=0;REVB=0.00655017;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42063e-05;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr9 117379542 . A AC 64.64 PASS AF=0.171569;AO=32;DP=215;FAO=35;FDP=204;FR=.;FRO=169;FSAF=32;FSAR=3;FSRF=99;FSRR=70;FWDB=-0.0278317;FXX=0.0239223;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.198;QD=1.26736;RBI=0.0519497;REFB=-0.00128407;REVB=-0.0438654;RO=168;SAF=28;SAR=4;SRF=101;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431463;STB=0.855747;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0180068;OID=.;OPOS=117379543;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171569:32:215:35:204:169:32:3:99:70:64:168:28:4:101:67 chr9 117428960 . T C 750.51 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476233;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.964;QD=63.8733;RBI=0.0606356;REFB=0;REVB=0.0375326;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409199;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:48:47:1:24:24:0:0:23:24:0:0 chr9 117430523 . TG AT,TA 2423.88 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=17,127;DP=164;FAO=3,159;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=3,99;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811107,0.0442255;FXX=0.0121944;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=85.0174,108.238;QD=59.8489;RBI=0.0187883,0.0465462;REFB=0,0;REVB=0.0169473,0.014514;RO=0;SAF=17,68;SAR=0,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0791321,0.000132367;OID=.,.;OPOS=117430523,117430524;OREF=TG,G;OALT=AT,A;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:164:162:0:0:17,127:3,159:0.0185185,0.981481:0,59:17,68:0:0:0,60:3,99:0:0 chr9 117430611 . A T 1284.66 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00410767;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.762;QD=58.3937;RBI=0.0605903;REFB=-0.076773;REVB=-0.0604509;RO=1;SAF=66;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00712419;STB=0.511109;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000157848;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:88:1:3:84:85:0.965909:18:66:1:0:19:66:3:0 chr9 117433685 . C T 3060.78 PASS AF=0.989796;AO=194;DP=196;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0307252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2561;QD=62.4649;RBI=0.0738431;REFB=-0.0540114;REVB=-0.0671473;RO=1;SAF=112;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577224;STB=0.506023;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000886333;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:196:1:2:194:194:0.989796:82:112:0:1:82:112:0:2 chr9 117552885 . T C 812.32 PASS AF=0.428571;AO=91;DP=210;FAO=90;FDP=210;FR=.;FRO=120;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=-0.0133377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.806;QD=15.4727;RBI=0.0248878;REFB=0.00312405;REVB=-0.0210121;RO=119;SAF=46;SAR=45;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586133;STB=0.538087;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00538733;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:119:120:91:90:0.428571:45:46:67:52:45:45:68:52 chr9 117553249 . T C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0057;QD=57.6735;RBI=0.0525704;REFB=0;REVB=0.0234751;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488717;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr9 117792583 . C G 745.39 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0149186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9221;QD=22.4177;RBI=0.017211;REFB=-0.0094446;REVB=-0.00858204;RO=60;SAF=45;SAR=27;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651789;STB=0.532535;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00917733;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:60:61:72:72:0.541353:27:45:33:27:27:45:34:27 chr9 117797597 . T C 337.36 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00151822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.432;QD=13.1014;RBI=0.00505077;REFB=-0.00423594;REVB=0.00481719;RO=62;SAF=28;SAR=12;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259691;STB=0.653065;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00620283;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:63:40:40:0.38835:12:28:29:33:12:28:29:34 chr9 117808785 . T A 537.39 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=150;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=23;FWDB=0.0017855;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.692;QD=14.4265;RBI=0.0138343;REFB=-0.00342411;REVB=0.0137186;RO=90;SAF=51;SAR=8;SRF=67;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219834;STB=0.62609;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00492016;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:90:90:59:59:0.395973:8:51:67:23:8:51:67:23 chr9 117846570 . C T 639.94 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0231778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.084;QD=18.9612;RBI=0.023178;REFB=-0.010409;REVB=-9.88862e-05;RO=70;SAF=44;SAR=21;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121774;STB=0.56758;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0145389;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:70:65:65:0.481481:21:44:39:31:21:44:39:31 chr9 117846580 . T C 808.45 PASS AF=0.52381;AO=76;DP=148;FAO=77;FDP=147;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=-0.00507295;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.024;QD=21.9986;RBI=0.00776389;REFB=0.00229041;REVB=-0.00587735;RO=70;SAF=45;SAR=31;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595836;STB=0.529907;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00260688;OID=.;OPOS=117846580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:70:70:76:77:0.52381:31:45:46:24:31:46:46:24 chr9 117848197 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0175073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.103;QD=18.1184;RBI=0.0200889;REFB=-0.0228928;REVB=-0.00985177;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187649;STB=0.605951;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.014822;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:15:5:8:10:15:5 chr9 117848394 . T C 1170.02 PASS AF=0.9875;AO=67;DP=70;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0647831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.929;QD=58.501;RBI=0.0654756;REFB=-0.00598984;REVB=0.0094973;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.508472;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000613758;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:80:0:1:67:79:0.9875:28:39:0:0:29:50:0:1 chr9 117848669 . GC G 76.86 PASS AF=0.451613;AO=10;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0229628;FXX=0.0605877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.7115;QD=9.91747;RBI=0.117803;REFB=-0.0803161;REVB=0.115543;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577462;STB=0.795965;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0786651;OID=.;OPOS=117848670;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:10:31:14:31:17:11:3:4:13:75:18:8:2:4:14 chr9 117849314 . T C 176.85 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0505927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.561;QD=15.0511;RBI=0.0571716;REFB=-0.00169387;REVB=-0.0266265;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23493;STB=0.637235;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00232528;OID=.;OPOS=117849314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:4:15:17:11:4:15:17:11 chr9 117853022 . C T 1023.24 PASS AF=0.561728;AO=87;DP=166;FAO=91;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0114434;FXX=0.0240949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7455;QD=25.2651;RBI=0.0127883;REFB=-0.0419166;REVB=0.00570869;RO=46;SAF=46;SAR=41;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170788;STB=0.580318;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.031004;OID=.;OPOS=117853022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:162:46:59:87:91:0.561728:41:46:12:34:43:48:19:40 chr9 117853272 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.136513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6608;QD=23.2184;RBI=0.138694;REFB=-0.0243215;REVB=0.0244972;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00507693;OID=.;OPOS=117853272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr9 118163563 . C T 1953.75 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3606;QD=61.0548;RBI=0.0534663;REFB=-0.0603423;REVB=0.0452897;RO=1;SAF=50;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629357;STB=0.503267;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000580313;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:1:1:125:127:0.992188:75:50:0:1:76:51:0:1 chr9 119106881 . C A 2030.48 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427234;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.931;QD=61.9993;RBI=0.0475017;REFB=0;REVB=0.0207636;RO=0;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16428e-05;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:130:131:1:58:72:0:0:58:73:0:0 chr9 119158814 . T C 1466.64 PASS AF=0.979381;AO=85;DP=86;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00676859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.983;QD=60.4798;RBI=0.0321269;REFB=-0.0733971;REVB=0.0314058;RO=1;SAF=59;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017869;STB=0.502393;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00264199;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:97:1:2:85:95:0.979381:26:59:0:1:37:58:1:1 chr9 119160791 . T C 252.03 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407719;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.7937;QD=50.4055;RBI=0.040796;REFB=0;REVB=-0.00140343;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101843;OID=.;OPOS=119160791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr9 119161253 . A G 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709867;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.957;QD=56.7411;RBI=0.0111358;REFB=0;REVB=-0.00857993;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52757e-06;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr9 119162545 . C A 751.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.429;QD=55.6535;RBI=0.0135993;REFB=0;REVB=0.0131582;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316882;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:16:34:0:0:20:34:0:0 chr9 119163989 . A G 3914.07 PASS AF=1;AO=245;DP=247;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905749;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4087;QD=63.9031;RBI=0.106772;REFB=0;REVB=0.0565374;RO=0;SAF=135;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548117;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:245:0:0:245:245:1:110:135:0:0:110:135:0:0 chr9 119199820 . C G 1230.62 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0862405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.821;QD=60.0303;RBI=0.0926546;REFB=0.0184103;REVB=-0.033874;RO=1;SAF=56;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838182;STB=0.504424;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00153337;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:25:56:1:0:25:56:1:0 chr9 119462112 . C T 1077.55 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028724;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.398;QD=58.2462;RBI=0.0324883;REFB=-0.117541;REVB=0.0151797;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126112;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000566662;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:35:37:1:0:36:37:1:0 chr9 119495697 . T C 2216.48 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.417;QD=63.328;RBI=0.015783;REFB=0;REVB=0.0156544;RO=0;SAF=79;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62016e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:60:79:0:0:60:80:0:0 chr9 120039299 . T C 2698.06 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.144;QD=62.3828;RBI=0.0138476;REFB=0;REVB=0.0131212;RO=0;SAF=94;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31298e-06;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:173:0:0:170:173:1:76:94:0:0:79:94:0:0 chr9 120053776 . T C 1713.43 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.284;QD=60.6523;RBI=0.00479434;REFB=0;REVB=0.00310337;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55361e-06;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:60:52:0:0:61:52:0:0 chr9 120470358 . G A 1492.43 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241086;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.838;QD=58.5268;RBI=0.0293427;REFB=-0.0427272;REVB=0.0167262;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903581;STB=0.504672;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000140983;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:52:48:0:1:53:48:0:1 chr9 122001000 . G A 914.85 PASS AF=0.564103;AO=88;DP=157;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0210555;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.361;QD=23.4577;RBI=0.0212839;REFB=-0.0128828;REVB=0.00310919;RO=68;SAF=45;SAR=43;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144503;STB=0.507872;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00915818;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:68:68:88:88:0.564103:43:45:36:32:43:45:36:32 chr9 123163053 . G A 525.31 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00655478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.84;QD=18.9301;RBI=0.0195715;REFB=0.000204266;REVB=-0.0184412;RO=54;SAF=26;SAR=29;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410839;STB=0.522771;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.000230858;OID=.;OPOS=123163053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:56:55:55:0.495495:29:26:28:26:29:26:29:27 chr9 123170733 . C G 188.26 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0531105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5104;QD=14.2083;RBI=0.0628294;REFB=-0.0265417;REVB=0.0335681;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447399;STB=0.513357;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0517506;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:9:13:19:11:9:13:19:12 chr9 123182202 . C T 168.06 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0709042;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0629;QD=13.1812;RBI=0.0725872;REFB=-0.00212397;REVB=-0.0155401;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868637;STB=0.549951;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00133725;OID=.;OPOS=123182202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:21:10:8:12:21:10 chr9 123205912 . C G 577.75 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0380167;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.839;QD=16.7464;RBI=0.125791;REFB=-0.0106363;REVB=0.119909;RO=77;SAF=38;SAR=23;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283362;STB=0.515795;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.021234;OID=.;OPOS=123205912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:77:77:61:61:0.442029:23:38:50:27:23:38:50:27 chr9 123205981 . C T 423.1 PASS AF=0.424779;AO=47;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00630672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9947;QD=14.9771;RBI=0.00679958;REFB=-0.00783531;REVB=0.00254156;RO=65;SAF=25;SAR=22;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678213;STB=0.501855;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.012494;OID=.;OPOS=123205981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:47:48:0.424779:22:25:35:30:22:26:35:30 chr9 123220829 . A G 1952.28 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=132;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0258322;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.715;QD=59.6115;RBI=0.0294952;REFB=-0.0779984;REVB=0.0142361;RO=2;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015834;STB=0.512395;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00032228;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:131:2:3:128:128:0.977099:59:69:0:2:59:69:0:3 chr9 123291036 . C G 599.0 PASS AF=0.535088;AO=58;DP=111;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00538195;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.224;QD=21.0175;RBI=0.0440409;REFB=-0.0271762;REVB=0.0437108;RO=49;SAF=28;SAR=30;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124763;STB=0.559453;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0224224;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:49:53:58:61:0.535088:30:28:31:18:32:29:32:21 chr9 123301346 . T G 407.65 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.00325121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.853;QD=14.3035;RBI=0.0109997;REFB=-0.00667183;REVB=-0.0105082;RO=65;SAF=20;SAR=27;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194048;STB=0.616753;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0110267;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:67:47:47:0.412281:27:20:40:25:27:20:42:25 chr9 123342259 . C A 1155.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810616;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.731;QD=60.8214;RBI=0.0164554;REFB=0;REVB=0.0143203;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157842;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:43:32:0:0:44:32:0:0 chr9 123342275 . A G 1044.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.769;QD=59.6775;RBI=0.0404369;REFB=0;REVB=-0.0288814;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222178;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr9 123583192 . A G 186.26 PASS AF=0.383333;AO=18;DP=55;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.135464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.478;QD=12.4175;RBI=0.135465;REFB=-0.0109377;REVB=0.000291736;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169491;STB=0.624353;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.021471;OID=.;OPOS=123583192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:37:37:18:23:0.383333:8:10:15:22:9:14:15:22 chr9 123586737 . T G 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00988599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.738;QD=19.292;RBI=0.0126461;REFB=-0.0205839;REVB=0.00788607;RO=60;SAF=26;SAR=34;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305782;STB=0.521465;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0192776;OID=.;OPOS=123586737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:61:60:60:0.495868:34:26:28:32:34:26:29:32 chr9 123618971 . A G 250.54 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00257968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.628;QD=14.5239;RBI=0.00510617;REFB=-0.00753708;REVB=0.00440662;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411877;STB=0.523349;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0130475;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:25:15:12:17:25:15 chr9 123632045 . A G 214.06 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0356499;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.855;QD=12.5919;RBI=0.0368544;REFB=-0.034912;REVB=-0.00934524;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175972;STB=0.587088;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0372559;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:42:26:26:0.382353:16:10:22:18:16:10:22:20 chr9 123653175 . C T 275.04 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00127426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.141;QD=15.495;RBI=0.0101665;REFB=-0.00908606;REVB=0.0100864;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209767;STB=0.625493;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0169492;OID=.;OPOS=123653175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:40:31:31:0.43662:20:11:22:17:20:11:23:17 chr9 123769200 . C T 419.37 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00418518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.377;QD=20.2108;RBI=0.00421372;REFB=-0.00295506;REVB=-0.000489598;RO=41;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991925;STB=0.554888;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00211232;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:20:22:26:15:20:22:26:15 chr9 123776231 . T C 629.78 PASS AF=0.504;AO=50;DP=129;FAO=63;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0169642;FXX=0.0310053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.901;QD=20.1529;RBI=0.0285833;REFB=-0.0551872;REVB=-0.0230048;RO=43;SAF=26;SAR=24;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715132;STB=0.511606;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0529479;OID=.;OPOS=123776231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:125:43:62:50:63:0.504:24:26:26:17:37:26:27:35 chr9 123780005 . G A 665.0 PASS AF=0.437126;AO=72;DP=167;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0373011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1504;QD=15.9281;RBI=0.0567198;REFB=-0.0188057;REVB=-0.042729;RO=94;SAF=39;SAR=33;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853802;STB=0.543164;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.02103;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:94:94:72:73:0.437126:33:39:43:51:34:39:43:51 chr9 123850770 . G A 1694.3 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135775;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.838;QD=59.449;RBI=0.0193161;REFB=-0.0546101;REVB=-0.0137391;RO=1;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772026;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=4.31206e-05;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:114:1:1:112:113:0.991228:61:51:0:1:61:52:0:1 chr9 123860689 . C T 386.75 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0124221;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.232;QD=17.9884;RBI=0.043165;REFB=-0.01015;REVB=-0.0413389;RO=46;SAF=25;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775083;STB=0.548362;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0169779;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:39:40:0.465116:14:25:26:20:14:26:26:20 chr9 123917020 . T A 524.89 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0140101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.219;QD=14.6821;RBI=0.0183666;REFB=-0.0160106;REVB=-0.0118764;RO=85;SAF=38;SAR=20;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629082;STB=0.535478;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0304354;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:85:58:58:0.405594:20:38:51:34:20:38:51:34 chr9 123929770 . C T 255.62 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0113917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5789;QD=15.7302;RBI=0.0406878;REFB=-0.00850657;REVB=0.0390605;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128991;STB=0.586003;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0132417;OID=.;OPOS=123929770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:15:14:21:13:15:14:23:13 chr9 124043867 . C T 374.85 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=0.00455565;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.644;QD=20.5395;RBI=0.182896;REFB=0.0143709;REVB=0.182839;RO=35;SAF=24;SAR=13;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185054;STB=0.60715;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0115222;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:37:38:0.520548:13:24:29:6:14:24:29:6 chr9 124044995 . C T 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0258056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.812;QD=12.1194;RBI=0.0339976;REFB=-0.0110253;REVB=-0.0221338;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250728;STB=0.659436;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0240257;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:38:23:23:0.377049:8:15:15:21:8:15:15:23 chr9 124045949 . GTTCA G 260.37 PASS AF=0.565789;AO=24;DP=62;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0213033;FXX=0.116266;HRUN=2;LEN=4;MLLD=158.006;QD=13.7037;RBI=0.0247922;REFB=-0.0441711;REVB=0.0126815;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.6097;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=0.0505589;OID=.;OPOS=124045950;OREF=TTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565789:24:62:43:76:33:8:35:12:21:99:0:8:16:0:0 chr9 124046691 . G T 182.57 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00935884;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.491;QD=11.7788;RBI=0.0264662;REFB=-0.0252695;REVB=0.0247562;RO=39;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251069;STB=0.653716;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0520059;OID=.;OPOS=124046691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:22:23:0.370968:9:13:14:25:9:14:14:25 chr9 124046722 . C T 264.36 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0347928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.873;QD=22.0296;RBI=0.0375491;REFB=-0.0082091;REVB=0.0141207;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239191;STB=0.60597;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0393711;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:22:23:24:0.5:16:7:12:9:16:8:12:10 chr9 124046830 . CTTA CTA,CTAG 303.71 PASS AF=1,0;AO=21,2;DP=25;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113061,-0.0553954;FXX=0.039984;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=25.9156,94.4019;QD=50.6182;RBI=0.0492367,0.055442;REFB=0,0;REVB=-0.047921,-0.00227183;RO=1;SAF=7,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0318424,0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000429693,0;OID=.,.;OPOS=124046831,124046832;OREF=T,TA;OALT=-,AG;OMAPALT=CTA,CTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,2:25:24,0:24:0:8,0:16,0:0:0:3:1:7,1:14,1:0:1 chr9 124047237 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.000983487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.547;QD=16.8984;RBI=0.00165817;REFB=-0.0215684;REVB=-0.00133502;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787205;STB=0.545367;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0163023;OID=.;OPOS=124047237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:2:7:7:3:2:7 chr9 124047246 . A C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00637911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.734;QD=44.0934;RBI=0.0099213;REFB=-0.108556;REVB=0.00759863;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000781568;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:0:1:12:5:0:1 chr9 124218133 . C T 1208.93 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.538;QD=61.2115;RBI=0.0217992;REFB=0;REVB=-8.76976e-05;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40088e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:35:44:0:0 chr9 124257091 . C T 724.31 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0688675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1151;QD=54.6645;RBI=0.0725471;REFB=-0.0858059;REVB=-0.022811;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0017187;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:1:0:28:24:1:0 chr9 124521255 . C A 251.31 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0110055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8017;QD=21.3879;RBI=0.0117434;REFB=-0.0142728;REVB=-0.00409723;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130581;STB=0.573132;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0190623;OID=.;OPOS=124521255;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:9:14:11:13:9:14 chr9 124536616 . A G 440.84 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00283958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.282;QD=22.3211;RBI=0.0491559;REFB=-0.00755712;REVB=-0.0490738;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193222;STB=0.606049;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00583843;OID=.;OPOS=124536616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:22:21:26:10:22:21:26:10 chr9 124966449 . C T 257.58 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=12;FWDB=-0.00966764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1919;QD=11.5766;RBI=0.0517741;REFB=-0.00284092;REVB=-0.0508635;RO=58;SAF=14;SAR=17;SRF=46;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379986;STB=0.715169;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0056744;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:17:14:46:12:17:14:46:12 chr9 125133479 . T C 1082.57 PASS AF=0.974026;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0344389;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.516;QD=56.2373;RBI=0.0355265;REFB=-0.0860895;REVB=0.00872315;RO=1;SAF=20;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230558;STB=0.521733;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00241232;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:75:77:1:2:72:75:0.974026:52:20:1:0:53:22:2:0 chr9 125239252 . G GC 322.78 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114084;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.607;QD=43.0378;RBI=0.164454;REFB=0;REVB=0.118448;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00187784;OID=.;OPOS=125239253;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:30:30:0:27:3:0:0:6:27:2:1:25:2 chr9 125239253 . T C 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00539058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.135;QD=49.9758;RBI=0.0232985;REFB=-0.111511;REVB=0.0226663;RO=2;SAF=26;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167163;STB=0.590834;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00181144;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:2:26:1:1:2:26:1:1 chr9 125273435 . G A 664.03 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.00173237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8523;QD=19.1087;RBI=0.0372089;REFB=-0.0209307;REVB=0.0371685;RO=72;SAF=41;SAR=26;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129181;STB=0.507142;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0233862;OID=.;OPOS=125273435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:72:67:67:0.482014:26:41:45:27:26:41:45:27 chr9 125288893 . C T 293.01 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=79;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00818327;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.438;QD=14.4698;RBI=0.0113444;REFB=-0.0142102;REVB=0.00785686;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208315;STB=0.581728;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0200643;OID=.;OPOS=125288893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:48:48:31:33:0.407407:19:12:28:20:19:14:27:21 chr9 125289521 . G A 104.78 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0544902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.73;QD=10.7469;RBI=0.054591;REFB=0.00104981;REVB=0.00331574;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433123;STB=0.525857;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00417566;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:11:15:7:6:11:15 chr9 125315557 . T C 416.77 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0188409;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6679;QD=16.8392;RBI=0.0199588;REFB=0.00846855;REVB=0.00658596;RO=56;SAF=30;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212579;STB=0.619902;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0111998;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:13:30:28:28:13:30:28:28 chr9 125315778 . G C 406.94 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0675438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2327;QD=15.356;RBI=0.0686566;REFB=-0.0246242;REVB=0.0123111;RO=60;SAF=32;SAR=14;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145677;STB=0.508177;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0410931;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:14:32:41:19:14:32:41:19 chr9 125316033 . T C 229.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00226812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.263;QD=22.3945;RBI=0.0189666;REFB=-0.0372095;REVB=0.0188305;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159319;STB=0.50892;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0309172;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:10:9:10:12:10:9 chr9 125316042 . T C 274.43 PASS AF=0.609756;AO=23;DP=39;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0343885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.637;QD=26.7734;RBI=0.0355445;REFB=0.00329883;REVB=-0.00899124;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767451;STB=0.541144;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00117629;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:16:16:23:25:0.609756:12:11:6:10:13:12:6:10 chr9 125316157 . C T 267.9 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0018178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.924;QD=16.2365;RBI=0.0174348;REFB=-0.0216272;REVB=-0.0173397;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120305;STB=0.558244;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0162423;OID=.;OPOS=125316157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:29:30:0.454545:15:14:13:23:16:14:13:23 chr9 125316179 . T G 928.84 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0625537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3431;QD=55.4532;RBI=0.10444;REFB=0.0492919;REVB=0.0836341;RO=2;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242139;STB=0.512817;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000128121;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:38:27:0:2:38:27:0:2 chr9 125316350 . C T 472.18 PASS AF=0.364865;AO=54;DP=148;FAO=54;FDP=148;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0196667;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2605;QD=12.7617;RBI=0.0486563;REFB=-0.00940856;REVB=-0.0445046;RO=94;SAF=29;SAR=25;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413566;STB=0.523562;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0172012;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:94:94:54:54:0.364865:25:29:47:47:25:29:47:47 chr9 125316455 . C T 360.36 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0886483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.155;QD=20.592;RBI=0.091213;REFB=-0.0262182;REVB=-0.0214775;RO=32;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181324;STB=0.503935;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0237414;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:33:36:37:0.528571:21:15:14:18:21:16:14:19 chr9 125330125 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.326;QD=57.6802;RBI=0.00648838;REFB=0;REVB=0.000331583;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012203;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr9 125330184 . A C 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0123516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9788;QD=22.5797;RBI=0.042231;REFB=-0.0111227;REVB=0.0403844;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463935;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00964523;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:3:4:6:6:3:4 chr9 125330325 . C G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0018576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.029;QD=25.7313;RBI=0.0371222;REFB=-0.00622767;REVB=-0.0370757;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273682;STB=0.650974;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00211478;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:11:15:4:15:11:15:4:15 chr9 125330678 . T G 2519.02 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150391;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1241;QD=61.0671;RBI=0.0383622;REFB=-0.0391062;REVB=0.0352914;RO=0;SAF=107;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000303354;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:165:0:1:164:164:0.993939:57:107:0:0:57:107:0:1 chr9 125330739 . G A 2392.12 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762414;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6895;QD=64.218;RBI=0.0108521;REFB=0;REVB=-0.00772272;RO=0;SAF=86;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.78262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143787;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:63:86:0:0:63:86:0:0 chr9 125377087 . A G 976.38 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7563;QD=57.4342;RBI=0.0220289;REFB=0.0279979;REVB=-0.0151876;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000316978;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:30:37:1:0:30:37:1:0 chr9 125377505 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.34156e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.439;QD=58.1421;RBI=0.0278768;REFB=0;REVB=0.0278767;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24917e-05;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr9 125378014 . T G 519.79 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.616;QD=59.4048;RBI=0.0588667;REFB=0;REVB=0.0112465;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145775;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:24:10:0:0:24:11:0:0 chr9 125390874 . A C 1358.3 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.859;QD=62.4506;RBI=0.0212124;REFB=0;REVB=0.00919307;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41954e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:38:46:0:0:38:49:0:0 chr9 125391026 . A C 1299.82 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.474;QD=61.8962;RBI=0.0661413;REFB=0;REVB=0.0615561;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74262e-05;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:84:0:0:79:84:1:32:47:0:0:33:51:0:0 chr9 125391127 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00481034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2585;QD=20.5467;RBI=0.00976347;REFB=0.00365397;REVB=-0.00849624;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00783781;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:12:10:10:12:12:10 chr9 125391369 . A G 884.85 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4614;QD=58.0231;RBI=0.0394366;REFB=0;REVB=-0.0238329;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85867e-05;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:30:31:0:0 chr9 125391409 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.149;QD=60.9786;RBI=0.0360498;REFB=0;REVB=0.0276409;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45418e-05;OID=.;OPOS=125391409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr9 125486968 . G A 2560.54 PASS AF=0.982759;AO=166;DP=173;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0277572;FXX=0.0169482;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.996;QD=58.8629;RBI=0.0311338;REFB=-0.114901;REVB=0.0141015;RO=4;SAF=44;SAR=122;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000865397;STB=0.505928;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000616012;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:173:174:4:3:166:171:0.982759:122:44:1:3:125:46:0:3 chr9 125512193 . C A 1402.48 PASS AF=0.970874;AO=86;DP=90;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.148181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1707;QD=54.4654;RBI=0.155243;REFB=-0.207512;REVB=0.0462877;RO=1;SAF=28;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166179;STB=0.507354;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0082785;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:103:1:3:86:100:0.970874:58:28:1:0:58:42:2:1 chr9 125512575 . G A 500.06 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.356;QD=58.8309;RBI=0.0388049;REFB=0;REVB=0.0102512;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160007;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr9 125512770 . T C 923.42 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0506455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9552;QD=56.8257;RBI=0.0532163;REFB=0.0384748;REVB=0.0163404;RO=0;SAF=1;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12807e-08;STB=0.503936;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.000918718;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:64:64:0.984615:63:1:0:0:63:1:0:1 chr9 125512788 . G A 1333.61 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.979;QD=62.0285;RBI=0.0767754;REFB=0;REVB=0.0762403;RO=0;SAF=11;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785201;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:71:11:0:0:75:11:0:0 chr9 125512795 . G C 1338.0 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.147523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.854;QD=61.5175;RBI=0.1485;REFB=0;REVB=-0.017011;RO=0;SAF=12;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170304;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:73:12:0:0:75:12:0:0 chr9 125512826 . G A 1732.12 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3918;QD=60.7762;RBI=0.027226;REFB=0;REVB=0.0171158;RO=0;SAF=28;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131361;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:84:28:0:0:86:28:0:0 chr9 125524836 . A G 1212.34 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155134;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1714;QD=59.8687;RBI=0.0209197;REFB=-0.148235;REVB=-0.0140346;RO=1;SAF=35;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133333;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000330007;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:79:80:0.987654:44:35:1:0:44:36:0:1 chr9 125563212 . T C 259.32 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0353492;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.652;QD=16.7301;RBI=0.0353503;REFB=-0.0131645;REVB=-0.000274715;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175273;STB=0.565366;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0171652;OID=.;OPOS=125563212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:33:27:29:0.467742:15:12:19:11:15:14:20:13 chr9 125582173 . C T 281.54 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0183403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3146;QD=17.063;RBI=0.0191996;REFB=-0.00946155;REVB=-0.0056798;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224128;STB=0.631078;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0200806;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:11:19:14:21:11:20:14:21 chr9 125582535 . G A 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00827837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.169;QD=19.9068;RBI=0.030272;REFB=0.00364631;REVB=-0.029118;RO=42;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864921;STB=0.547923;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00290928;OID=.;OPOS=125582535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:20:22:26:16:20:22:26:16 chr9 125611809 . AA TA,TT 44.36 PASS AF=0.366071,0;AO=19,7;DP=64;FAO=41,0;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=11,0;FSAR=30,0;FSRF=51;FSRR=20;FWDB=-0.00745643,-0.00772271;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=15.0013,22.2269;QD=1.58429;RBI=0.012042,0.0227915;REFB=-0.0491773,-0.0729724;REVB=-0.00945581,-0.0214432;RO=38;SAF=3,0;SAR=16,7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.533952,-0.715985;STB=0.771659,0.5;STBP=0,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.145083,0.0190113;OID=.,.;OPOS=125611809,125611809;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:112:38:71:19,7:41,0:0.366071,0:16,7:3,0:23:15:30,0:11,0:51:20 chr9 125637471 . A T 579.4 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824719;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.286;QD=60.9892;RBI=0.00827184;REFB=0;REVB=0.000638141;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36602e-05;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr9 125637648 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2101;QD=60.6059;RBI=0.0122986;REFB=0;REVB=0.0106354;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20811e-05;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr9 125672326 . G A 279.12 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0106883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3137;QD=18.9235;RBI=0.014346;REFB=0.0130173;REVB=0.00956915;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582593;STB=0.541497;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0133482;OID=.;OPOS=125672326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:29:30:30:0.508475:13:17:14:14:13:17:14:15 chr9 125782663 . A G 365.14 PASS AF=0.421053;AO=38;DP=93;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.000919163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.39;QD=15.3745;RBI=0.00895481;REFB=-0.00679301;REVB=0.00890751;RO=55;SAF=19;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474861;STB=0.51188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0110111;OID=.;OPOS=125782663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:55:55:38:40:0.421053:19:19:30:25:19:21:30:25 chr9 125866070 . G C 1898.93 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00741629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.746;QD=60.7658;RBI=0.0262475;REFB=0.0556796;REVB=0.025178;RO=1;SAF=70;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673944;STB=0.503546;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-5.18131e-05;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:54:70:1:0:54:70:1:0 chr9 125877635 . C T 772.84 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0168041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.074;QD=21.9246;RBI=0.0327309;REFB=-0.0113067;REVB=0.028088;RO=62;SAF=49;SAR=25;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878866;STB=0.556228;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00942951;OID=.;OPOS=125877635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:67:74:74:0.524823:25:49:35:27:25:49:37:30 chr9 126028395 . C G 1462.98 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0318621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.569;QD=56.2685;RBI=0.0373253;REFB=-0.0862038;REVB=0.0194418;RO=2;SAF=63;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484941;STB=0.508884;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00208213;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:2:3:101:101:0.971154:38:63:1:1:38:63:1:2 chr9 126125318 . C A 1488.97 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00283784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8745;QD=56.7225;RBI=0.0907188;REFB=-0.115387;REVB=0.0906744;RO=3;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287286;STB=0.50495;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0157423;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:3:1:102:104:0.990476:48:54:0:3:50:54:0:1 chr9 126132919 . G A 175.2 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.889;QD=46.7199;RBI=0.0453192;REFB=0;REVB=0.0434547;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730829;OID=.;OPOS=126132919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr9 126133497 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.555;QD=60.6103;RBI=0.00253535;REFB=0;REVB=-0.000660926;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32738e-06;OID=.;OPOS=126133497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chr9 126133547 . T C 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.563;QD=53.2695;RBI=0.114893;REFB=0;REVB=0.0520244;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111955;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr9 126136247 . A G 706.56 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705145;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3961;QD=56.5246;RBI=0.133121;REFB=0;REVB=-0.112911;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021342;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:17:31:0:0:17:33:0:0 chr9 126144746 . T C 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2257;QD=40.7534;RBI=0.13557;REFB=0;REVB=-0.135344;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00781011;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr9 126144758 . T C 73.13 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.404;QD=36.563;RBI=0.0585656;REFB=0;REVB=-0.00101693;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395022;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:6:2:0:0 chr9 126770250 . C G 724.22 PASS AF=0.386957;AO=75;DP=218;FAO=89;FDP=230;FR=.;FRO=141;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=0.00606708;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.915;QD=12.5952;RBI=0.00607044;REFB=-0.0128304;REVB=-0.000201912;RO=143;SAF=41;SAR=34;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736827;STB=0.558686;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0221164;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:230:143:141:75:89:0.386957:34:41:69:74:37:52:69:72 chr9 126783433 . G C 548.89 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0210465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.706;QD=26.4527;RBI=0.0222442;REFB=-0.0205982;REVB=-0.0072005;RO=32;SAF=22;SAR=28;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110019;STB=0.565902;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00819678;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:33:50:50:0.60241:28:22:19:13:28:22:20:13 chr9 126795380 . C A,CA 30.81 PASS AF=0,0.371429;AO=2,9;DP=41;FAO=0,13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=0,3;FSAR=0,10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00109858,-0.0618391;FXX=0.0277701;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=115.913,6.98501;QD=3.52078;RBI=0.0798144,0.104587;REFB=-0.0169226,-0.165932;REVB=-0.0798069,0.0843464;RO=28;SAF=2,1;SAR=0,8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.451606,-0.551964;STB=0.5,0.713936;STBP=1,0.08;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.15066;OID=.,.;OPOS=126795380,126795381;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:41:35:28:22:2,9:0,13:0,0.371429:0,8:2,1:15:13:0,10:0,3:12:10 chr9 126795395 . C A,CA,CAA 97.62 PASS AF=0,0.413793,0.310345;AO=5,7,6;DP=32;FAO=0,12,9;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=0,4,5;FSAR=0,8,4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0101305,-0.153276,-0.0868105;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=209.964,7.0883,10.194;QD=13.4651;RBI=0.0121843,0.185081,0.0998007;REFB=0.00714637,-0.110781,-0.0697664;REVB=0.0067697,0.103738,0.0492352;RO=13;SAF=3,1,4;SAR=2,6,2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.31445,-0.260866,0.373394;STB=0.5,0.538399,0.640727;STBP=1,0.743,0.26;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0454266,0.0973622;OID=.,.,.;OPOS=126795395,126795396,126795396;OREF=C,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,CA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:16:32:29:13:8:5,7,6:0,12,9:0,0.413793,0.310345:2,6,2:3,1,4:4:9:0,8,4:0,4,5:2:6 chr9 127101921 . TCCC TCC,TCCT 1983.56 PASS AF=0.157895,0.842105;AO=16,105;DP=134;FAO=21,112;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=4,68;FSAR=17,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173498,0.0230587;FXX=0.00746213;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.1218,41.0514;QD=59.6559;RBI=0.268571,0.0809912;REFB=0,0;REVB=-0.26801,-0.0776394;RO=0;SAF=4,65;SAR=12,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07465e-08,-4.02925e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0929395,-0.00466122;OID=.,.;OPOS=127101922,127101924;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCC,TCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.157895,0.842105:16,105:134:21,112:133:0:4,68:17,44:0:0:99:0:4,65:12,40:0:0 chr9 127113660 . A G 715.32 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0120796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.686;QD=19.2032;RBI=0.0121223;REFB=-0.00275555;REVB=0.00101643;RO=77;SAF=36;SAR=35;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361657;STB=0.516454;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00259676;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:77:78:71:71:0.47651:35:36:42:35:35:36:42:36 chr9 127177161 . A G 360.07 PASS AF=0.469136;AO=35;DP=79;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00820309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.301;QD=17.7812;RBI=0.0084074;REFB=-0.0171014;REVB=0.00184217;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431157;STB=0.502957;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0213931;OID=.;OPOS=127177161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:43:43:35:38:0.469136:17:18:24:19:17:21:24:19 chr9 127216839 . C T 1191.8 PASS AF=0.569948;AO=108;DP=193;FAO=110;FDP=193;FR=.;FRO=83;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0306069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5308;QD=24.7006;RBI=0.0344113;REFB=-0.0033971;REVB=0.0157277;RO=81;SAF=58;SAR=50;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489593;STB=0.503802;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00262837;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:81:83:108:110:0.569948:50:58:44:37:50:60:46:37 chr9 127220392 . G C 153.45 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0704959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5641;QD=14.2742;RBI=0.0778685;REFB=-0.0712343;REVB=-0.0330731;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012121;STB=0.507034;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0828824;OID=.;OPOS=127220392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:15:11:7:10:15:11 chr9 127220938 . G C 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0286509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4954;QD=20.5422;RBI=0.0663484;REFB=-0.0166205;REVB=0.0598434;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907275;STB=0.550978;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0153868;OID=.;OPOS=127220938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:10:15:12:12:10:15 chr9 127228596 . A G 508.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00212176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.85;QD=56.4826;RBI=0.0657645;REFB=-0.113173;REVB=-0.0657303;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000808483;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:0:1:16:19:0:1 chr9 127230813 . G A 641.72 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0157125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.572;QD=20.8688;RBI=0.0172317;REFB=-0.0392152;REVB=-0.0070746;RO=58;SAF=41;SAR=23;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156219;STB=0.59044;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0415992;OID=.;OPOS=127230813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:59:64:64:0.520325:23:41:27:31:23:41:27:32 chr9 127230891 . G A 486.65 PASS AF=0.35503;AO=60;DP=170;FAO=60;FDP=169;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=0.00698438;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.729;QD=11.5183;RBI=0.0178625;REFB=-0.0180632;REVB=-0.0164404;RO=109;SAF=23;SAR=37;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228936;STB=0.630515;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0400977;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:109:109:60:60:0.35503:37:23:64:45:37:23:64:45 chr9 127231503 . G A 252.26 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00820669;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9344;QD=19.0382;RBI=0.106791;REFB=-0.0312411;REVB=0.106475;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184409;STB=0.602704;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0465551;OID=.;OPOS=127231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:18:8:14:13:18:8 chr9 127231774 . C G 525.04 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00891269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9533;QD=56.7608;RBI=0.0152125;REFB=-0.12625;REVB=-0.0123282;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00390219;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:19:17:0:0:19:17:1:0 chr9 127369479 . G A 224.63 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00398358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.796;QD=17.6183;RBI=0.0415367;REFB=-0.0293091;REVB=0.0413452;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617012;STB=0.534854;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0261153;OID=.;OPOS=127369479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:14:13:10:14:14:13 chr9 127369679 . C T 274.15 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00440025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.871;QD=17.9768;RBI=0.0270407;REFB=-0.0766575;REVB=0.0266803;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310612;STB=0.507687;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0581809;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:13:16:17:14:14:16:17:14 chr9 127563364 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.985;QD=58.2427;RBI=0.106995;REFB=-0.114993;REVB=0.10282;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346908;STB=0.518509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0015337;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:13:26:0:1:13:26:0:1 chr9 127566378 . A C,G 713.59 PASS AF=0.191489,0.808511;AO=8,38;DP=46;FAO=9,38;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=9,28;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174386,0.0208333;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.492,172.36;QD=60.7307;RBI=0.0211773,0.0578071;REFB=0,0;REVB=-0.0120155,-0.0539225;RO=0;SAF=8,28;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0665257,-0.0313331;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:46:47:0:0:8,38:9,38:0.191489,0.808511:0,10:8,28:0:0:0,10:9,28:0:0 chr9 127570099 . A AC,C 77.66 PASS AF=0.330097,0;AO=28,5;DP=106;FAO=34,0;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=18,0;FSAR=16,0;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.109551,0.00516723;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=7.38061,121.785;QD=3.01587;RBI=0.112472,0.0148995;REFB=-0.17649,0.00572605;REVB=0.0254658,-0.0139748;RO=72;SAF=17,0;SAR=11,5;SRF=28;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25956,-0.477001;STB=0.601301,0.5;STBP=0.148,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.1667,0;OID=.,.;OPOS=127570100,127570099;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:106:103:72:69:28,5:34,0:0.330097,0:11,5:17,0:28:44:16,0:18,0:26:43 chr9 127616537 . A G 37.75 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0672428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8046;QD=9.43657;RBI=0.115671;REFB=0.00474462;REVB=-0.0941184;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0241321;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:4:6:3:3:4:6 chr9 127618776 . A G 121.98 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0152417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7647;QD=14.3505;RBI=0.0583913;REFB=-0.0307534;REVB=-0.056367;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078252;STB=0.562417;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0367145;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:14:15:0.441176:7:7:11:8:8:7:11:8 chr9 127618839 . C G 728.71 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7871;QD=57.1536;RBI=0.0350436;REFB=0;REVB=-0.0328568;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242302;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:19:32:0:0 chr9 127661645 . G A 284.68 PASS AF=0.370787;AO=32;DP=88;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0764816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7867;QD=12.7946;RBI=0.0821671;REFB=-0.00690137;REVB=0.0300335;RO=56;SAF=25;SAR=7;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235466;STB=0.613674;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0135934;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:56:56:32:33:0.370787:7:25:34:22:8:25:34:22 chr9 127674200 . A C 841.95 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.679;QD=55.2099;RBI=0.0398894;REFB=-0.141762;REVB=0.0368271;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285773;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000714419;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:2:1:59:60:0.983607:27:32:2:0:27:33:1:0 chr9 127962916 . G A 84.27 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0179471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.948;QD=10.2146;RBI=0.0260857;REFB=-0.0136088;REVB=0.0189306;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175257;STB=0.563101;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0354701;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:33:19:22:11:11:0.333333:4:7:9:10:4:7:12:10 chr9 128072273 . G C 731.5 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274861;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6374;QD=63.6084;RBI=0.0306038;REFB=0;REVB=-0.0134576;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19726e-05;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr9 128074807 . T C 753.92 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3494;QD=56.8997;RBI=0.037419;REFB=0;REVB=-0.0331331;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184515;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr9 128692068 . C T 550.69 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00532234;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.395;QD=17.4821;RBI=0.00779805;REFB=0.00780318;REVB=-0.00569932;RO=67;SAF=33;SAR=25;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454331;STB=0.529597;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00707902;OID=.;OPOS=128692068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:68:58:58:0.460317:25:33:35:32:25:33:35:33 chr9 128728459 . A G 75.2 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00185337;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.705;QD=9.70314;RBI=0.0169003;REFB=-0.03066;REVB=0.0167983;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355243;STB=0.709331;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0586397;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:4:17:5:5:4:17 chr9 129265715 . C G 1470.01 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0219899;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7975;QD=61.8952;RBI=0.0943578;REFB=-0.0875864;REVB=0.0917596;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00224005;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:93:94:0.989474:38:55:0:0:38:56:0:1 chr9 129453229 . A G 447.99 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0324527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.689;QD=18.1007;RBI=0.0354878;REFB=-0.039525;REVB=-0.0143598;RO=52;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780245;STB=0.548465;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0465642;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:53:46:46:0.464646:25:21:28:24:25:21:29:24 chr9 129455587 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00297161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.46;QD=11.9536;RBI=0.00974108;REFB=-0.0161182;REVB=0.00927676;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0200043;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:5:6:4:4:5:6 chr9 129595895 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.507;QD=62.6711;RBI=0.0135783;REFB=0;REVB=0.0132455;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16034e-05;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr9 129596069 . G A 308.58 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0230708;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.516;QD=14.5215;RBI=0.0252774;REFB=-0.0219608;REVB=-0.0103288;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531103;STB=0.543599;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0334647;OID=.;OPOS=129596069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:34:35:0.411765:17:17:27:22:18:17:28:22 chr9 129597312 . C T 305.41 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0450314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1974;QD=17.7048;RBI=0.0708609;REFB=-0.0355142;REVB=-0.0547123;RO=36;SAF=9;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154837;STB=0.5871;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0362632;OID=.;OPOS=129597312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:24:9:15:21:24:9:15:21 chr9 129752239 . C T 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.042477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.261;QD=13.5146;RBI=0.0426182;REFB=-0.00884653;REVB=-0.00346645;RO=42;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289377;STB=0.66654;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0175139;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:7:21:21:21:7:21:21:21 chr9 129831659 . T A 1420.34 PASS AF=0.87395;AO=107;DP=122;FAO=104;FDP=119;FR=.;FRO=15;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-2.3389e-06;FXX=0.0245881;HRUN=9;LEN=1;MLLD=239.959;QD=47.7424;RBI=0.00594254;REFB=-0.0147593;REVB=0.00594254;RO=15;SAF=62;SAR=45;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490008;STB=0.504201;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=8.36328e-05;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:122:119:15:15:107:104:0.87395:45:62:9:6:45:59:9:6 chr9 130191186 . C T 421.32 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00327475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8448;QD=23.4069;RBI=0.00415838;REFB=-0.0148121;REVB=-0.00256284;RO=30;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116251;STB=0.502091;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00381973;OID=.;OPOS=130191186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:17:24:18:12:17:24:18:13 chr9 130197414 . A G 601.66 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0793166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8964;QD=20.2237;RBI=0.102552;REFB=-0.00319981;REVB=-0.0650054;RO=58;SAF=32;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021777;STB=0.511996;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00134609;OID=.;OPOS=130197414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:61:61:0.512605:29:32:29:29:29:32:29:29 chr9 130206669 . C T 240.39 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0103805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.272;QD=28.2815;RBI=0.023124;REFB=0.0224205;REVB=0.0206632;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912834;STB=0.550515;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0110239;OID=.;OPOS=130206669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:8:14:6:6:8:14:6:6 chr9 130219669 . C T 115.37 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00116715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.39;QD=19.229;RBI=0.0116897;REFB=-0.00365941;REVB=0.0116313;RO=11;SAF=12;SAR=0;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783898;STB=0.631335;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00219694;OID=.;OPOS=130219669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:11:11:12:13:0.541667:0:12:9:2:1:12:9:2 chr9 130242166 . A G 234.73 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0450493;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2875;QD=12.8621;RBI=0.0453231;REFB=-0.0231962;REVB=-0.00497483;RO=41;SAF=21;SAR=7;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146293;STB=0.579772;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0427786;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:41:45:28:28:0.383562:7:21:26:15:7:21:29:16 chr9 130259618 . A C 154.12 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0507581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.99;QD=14.3364;RBI=0.051303;REFB=0.0147632;REVB=-0.00745754;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317425;STB=0.518373;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0263303;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:7:19:12:5:7:19 chr9 130267777 . C G 174.76 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0157729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.488;QD=19.4183;RBI=0.0282267;REFB=-0.0388673;REVB=0.0234086;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176129;STB=0.649825;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0291103;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:16:18:16:18:0.5:5:11:8:8:5:13:8:10 chr9 130341253 . A G 220.95 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110473;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5471;QD=49.1008;RBI=0.11408;REFB=-0.0465067;REVB=-0.0284611;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934389;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr9 130457374 . G A 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.13776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.308;QD=7.30294;RBI=0.139995;REFB=-0.0132202;REVB=-0.0249184;RO=37;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720451;STB=0.545376;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0287596;OID=.;OPOS=130457374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:9:3:11:26:9:3:11:26 chr9 130475011 . T C 390.71 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0687514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6787;QD=16.626;RBI=0.0874189;REFB=0.00319125;REVB=0.0539936;RO=53;SAF=23;SAR=18;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122946;STB=0.568795;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00437222;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:18:23:36:17:18:23:36:17 chr9 130475442 . A C 537.19 PASS AF=0.401361;AO=57;DP=145;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=28;FWDB=0.00517988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9313;QD=14.6174;RBI=0.0330629;REFB=0.00893139;REVB=-0.0326546;RO=86;SAF=26;SAR=31;SRF=60;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254646;STB=0.622791;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0140825;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:86:88:57:59:0.401361:31:26:60:26:31:28:60:28 chr9 130477768 . G A 303.26 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0100842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.77;QD=17.8389;RBI=0.0110203;REFB=-7.93937e-05;REVB=-0.00444467;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975349;STB=0.5437;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000190275;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:20:13:10:24:20:13:11:24 chr9 130489558 . A G 768.27 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0202529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.148;QD=21.7949;RBI=0.0603134;REFB=-0.0128344;REVB=-0.0568113;RO=64;SAF=48;SAR=26;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778331;STB=0.556082;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00930146;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:67:74:74:0.524823:26:48:36:28:26:48:36:31 chr9 130489743 . A G 137.59 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.000584095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.069;QD=8.73558;RBI=0.010803;REFB=-0.00616838;REVB=0.0107872;RO=41;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551175;STB=0.519979;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0120402;OID=.;OPOS=130489743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:44:18:19:0.301587:13:5:13:28:13:6:15:29 chr9 130493513 . A G 345.22 PASS AF=0.588235;AO=28;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00789746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.226;QD=27.0757;RBI=0.0319461;REFB=-0.0624192;REVB=-0.0309545;RO=13;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151004;STB=0.532089;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.039517;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:13:16:28:30:0.588235:11:17:11:2:12:18:11:5 chr9 130494811 . T C 191.64 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0276646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.234;QD=15.6444;RBI=0.0288215;REFB=-0.0165406;REVB=-0.00808371;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178657;STB=0.601676;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0331377;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:22:7:8:12:22:7 chr9 130494957 . T C 1643.46 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.719;QD=59.2236;RBI=0.0563061;REFB=0.0418051;REVB=0.0330215;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.50505;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000259712;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:109:110:0.990991:49:60:0:0:49:61:0:1 chr9 130495633 . C G 206.08 PASS AF=0.365079;AO=15;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0080925;FXX=0.0156226;HRUN=7;LEN=1;MLLD=219.968;QD=13.0848;RBI=0.00812224;REFB=-0.0213751;REVB=-0.000694348;RO=21;SAF=15;SAR=0;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.810807;STB=0.712474;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.039796;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:21:36:15:23:0.365079:0:15:11:10:3:20:23:13 chr9 130504070 . G A 571.91 PASS AF=0.378531;AO=67;DP=178;FAO=67;FDP=177;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00108263;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.784;QD=12.9246;RBI=0.0187329;REFB=-0.0124121;REVB=0.0187016;RO=110;SAF=37;SAR=30;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972103;STB=0.555015;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0206698;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:110:110:67:67:0.378531:30:37:51:59:30:37:51:59 chr9 130536717 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.138;QD=61.684;RBI=0.0361012;REFB=0;REVB=0.0356852;RO=0;SAF=5;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52432e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57344e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:36:5:0:0:36:5:0:0 chr9 130552126 . GA G,GC 163.0 PASS AF=0.42,0;AO=19,4;DP=54;FAO=21,0;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=3,0;FSAR=18,0;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0196279,0.0152272;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.2296,85.0795;QD=13.0398;RBI=0.0242255,0.0163613;REFB=-0.00303689,-0.0108785;REVB=0.0141993,-0.00598548;RO=29;SAF=2,2;SAR=17,2;SRF=20;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.647915,-0.22113;STB=0.836026,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00494937,0;OID=.,.;OPOS=130552127,130552127;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42,0:19,4:54:21,0:50:29:3,0:18,0:20:9:99:29:2,2:17,2:20:9 chr9 130581963 . T G 295.27 PASS AF=0.414634;AO=31;DP=79;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0245188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.877;QD=14.4034;RBI=0.031724;REFB=-0.0328106;REVB=-0.0201306;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723501;STB=0.517601;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0466167;OID=.;OPOS=130581963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:48:48:31:34:0.414634:13:18:31:17:13:21:31:17 chr9 130588850 . GC G,GG 150.35 PASS AF=0.440678,0;AO=19,4;DP=61;FAO=26,0;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=22,0;FSAR=4,0;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.12993,-0.155038;FXX=0.063482;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.1797,17.9164;QD=10.1935;RBI=0.144097,0.203455;REFB=0.00114453,-0.0125379;REVB=0.0623053,0.131746;RO=30;SAF=16,4;SAR=3,0;SRF=11;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0.583333,0;SSSB=0.535233,0.660515;STB=0.790172,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0181816,0;OID=.,.;OPOS=130588851,130588851;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440678,0:19,4:61:26,0:59:33:22,0:4,0:13:20:99:30:16,4:3,0:11:19 chr9 130630639 . A G 1608.89 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.113;QD=60.1454;RBI=0.119358;REFB=0;REVB=0.119109;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125796;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:41:62:0:0:45:62:0:0 chr9 130647583 . T C 1646.47 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025694;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9737;QD=60.4209;RBI=0.0665377;REFB=0;REVB=-0.0613766;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976661;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:60:49:0:0:60:49:0:0 chr9 130648680 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.964;QD=51.1843;RBI=0.0719982;REFB=0;REVB=0.0659493;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360741;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr9 130670310 . A G 189.44 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.656;QD=47.3601;RBI=0.0489134;REFB=0;REVB=0.0464238;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211899;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:2:13:0:0:3:13:0:0 chr9 130690412 . G C 347.8 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.333;QD=51.5257;RBI=0.0499842;REFB=-0.170476;REVB=0.0230337;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226687;STB=0.512186;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000812192;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:20:6:0:1:20:6:0:1 chr9 130698029 . G C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.035;QD=58.9625;RBI=0.0129623;REFB=0;REVB=0.00325017;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1023e-05;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr9 130698043 . A G 967.61 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.178;QD=56.918;RBI=0.0516884;REFB=-0.0889627;REVB=0.0408553;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.509088;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00183608;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:27:39:0:1:27:40:0:1 chr9 130703789 . G A 799.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4848;QD=63.999;RBI=0.0565861;REFB=0;REVB=0.0506025;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414307;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:28:19:0:0:29:21:0:0 chr9 130703852 . A AAAC 69.52 PASS AF=0.692308;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0175948;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=257.464;QD=21.3904;RBI=0.0219557;REFB=0.00605809;REVB=0.0131331;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528175;STB=0.749422;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=-0.00332562;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:7:18:9:13:4:2:7:4:0:22:11:1:6:7:4 chr9 130707081 . A G 934.36 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.139;QD=55.7826;RBI=0.0328946;REFB=0.0341977;REVB=-0.0294171;RO=2;SAF=41;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224866;STB=0.505881;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000770174;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:2:1:65:66:0.985075:24:41:2:0:24:42:1:0 chr9 130829039 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.965;QD=52.6132;RBI=0.0514639;REFB=0;REVB=-0.0447864;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250963;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr9 130860866 . T C 1376.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.614;QD=62.5665;RBI=0.0178453;REFB=0;REVB=0.0149065;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69554e-06;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:55:33:0:0:55:33:0:0 chr9 130864676 . T C 726.42 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.457;QD=63.1673;RBI=0.0391705;REFB=0;REVB=0.0111507;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114269;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr9 130869499 . A T 1272.7 PASS AF=1;AO=81;DP=85;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225898;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5367;QD=62.0827;RBI=0.0361132;REFB=0;REVB=0.0281756;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05693e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:41:41:0:0 chr9 130883511 . C T 2510.19 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.186;QD=61.5999;RBI=0.0136738;REFB=0;REVB=0.00957851;RO=0;SAF=80;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92356e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:82:80:0:0:83:80:0:0 chr9 130891060 . G A 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0135605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.524;QD=12.8975;RBI=0.0216761;REFB=-0.0141359;REVB=-0.0169106;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.581995;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0191113;OID=.;OPOS=130891060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:30:17:17:0.361702:9:8:16:12:9:8:18:12 chr9 130984755 . C T 287.65 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0139067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.425;QD=15.9805;RBI=0.0142856;REFB=-0.00798392;REVB=0.00326841;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739703;STB=0.541641;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00817938;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:16:16:17:23:16:16:17:23 chr9 131019738 . T C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0152039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.405;QD=18.6431;RBI=0.0153984;REFB=0.0164091;REVB=-0.00243921;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798477;STB=0.531885;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0149673;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:10:10:10:14:11:10:10:14 chr9 131019933 . G T 306.9 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.00641462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8412;QD=18.0529;RBI=0.0751192;REFB=-0.0414715;REVB=-0.0748448;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290503;STB=0.660689;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0417654;OID=.;OPOS=131019933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:7:28:16:17:7:28 chr9 131020795 . GCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC GCCTCCTCCTCCTCCTCC,GCCTCCTCCTCCTCCTCCTCA 131.86 PASS AF=0.75,0.25;AO=8,2;DP=13;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.076864;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=144.936,76.9057;QD=43.9522;RBI=0.0320455,0.0476522;REFB=0,0;REVB=0.0320455,0.0476522;RO=0;SAF=0,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0131013,0.150695;OID=.,.;OPOS=131020796,131020815;OREF=CCT,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCCTCCTCCTCCTCCTCC,GCCTCCTCCTCCTCCTCCTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:8,2:13:9,3:12:0:0,0:9,3:0:0:16:0:0,0:8,2:0:0 chr9 131027963 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00247568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.144;QD=16.2716;RBI=0.0144369;REFB=-0.000123342;REVB=-0.014223;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423971;STB=0.746313;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-1.60283e-06;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:3:12:7:11:3:12:7:11 chr9 131028226 . G A 257.76 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0261014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.567;QD=30.3245;RBI=0.0305144;REFB=0.012373;REVB=-0.0158064;RO=11;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171393;STB=0.509426;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00541112;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:9:14:7:4:9:14:7:4 chr9 131079513 . GAAAC G 264.59 PASS AF=0.47619;AO=38;DP=79;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0209195;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=285.218;QD=12.5996;RBI=0.0209235;REFB=-0.0108326;REVB=0.000411062;RO=34;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100461;STB=0.523798;STBP=0.68;TYPE=del;VARB=0.0108988;OID=.;OPOS=131079514;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:38:79:40:84:44:20:20:20:24:99:34:19:19:13:21 chr9 131085373 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.973;QD=56.1916;RBI=0.0157507;REFB=0;REVB=-5.03269e-06;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42939e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr9 131088214 . G A 125.57 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00499109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.631;QD=18.6027;RBI=0.0157703;REFB=-0.0496242;REVB=0.0149596;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20961;STB=0.631363;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0384162;OID=.;OPOS=131088214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:11:2:4:9:12:2:4:9 chr9 131112576 . G A 293.56 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0325011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.302;QD=17.0177;RBI=0.0328069;REFB=-0.0102668;REVB=-0.00446888;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594059;STB=0.540958;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0108266;OID=.;OPOS=131112576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:14:18:18:18:14:18:18:19 chr9 131196695 . C T 72.79 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0255869;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2548;QD=8.08813;RBI=0.0259856;REFB=-0.0182512;REVB=-0.0045348;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.638633;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0287939;OID=.;OPOS=131196695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:25:26:10:10:0.277778:5:5:18:7:5:5:18:8 chr9 131196704 . G A 87.53 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00831206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.44;QD=8.97728;RBI=0.0146496;REFB=-0.0150044;REVB=-0.0120632;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289569;STB=0.667787;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0219929;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:38:39:24:27:11:12:0.307692:7:4:15:9:7:5:18:9 chr9 131199576 . A C 306.55 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0205932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.373;QD=27.2487;RBI=0.0352362;REFB=-0.0221943;REVB=-0.0285921;RO=17;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603127;STB=0.524572;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0162959;OID=.;OPOS=131199576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:18:9:7:10:18:9:7:11 chr9 131235321 . A G 465.52 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.915;QD=58.1897;RBI=0.027017;REFB=0;REVB=0.0266526;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99655e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr9 131285955 . A G 323.46 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0116732;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.645;QD=14.5374;RBI=0.0155549;REFB=-0.016073;REVB=-0.0102806;RO=50;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118458;STB=0.566775;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0205761;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:50:53:35:36:0.404494:18:17:30:20:19:17:31:22 chr9 131303522 . G A 533.57 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0102511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.526;QD=19.9464;RBI=0.0102529;REFB=-0.000945484;REVB=0.000191786;RO=51;SAF=29;SAR=26;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323955;STB=0.522603;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000938548;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:51:52:55:55:0.514019:26:29:25:26:26:29:25:27 chr9 131329174 . A G 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00113294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.268;QD=1.88952;RBI=0.00271164;REFB=-0.00156788;REVB=-0.00246363;RO=67;SAF=7;SAR=1;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417521;STB=0.830496;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0420165;OID=.;OPOS=131329174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:1:7:37:30:1:7:37:30 chr9 131346218 . A C 1695.82 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.757;QD=60.5651;RBI=0.0407231;REFB=0;REVB=-0.00470862;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94172e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:49:62:0:0:49:63:0:0 chr9 131360750 . C T 188.67 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0319306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.804;QD=9.0925;RBI=0.0331967;REFB=-0.0147;REVB=-0.00908053;RO=58;SAF=10;SAR=15;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21784;STB=0.62847;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0237427;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:15:10:34:24:15:10:34:24 chr9 131375701 . A G 834.01 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000151783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.889;QD=57.5176;RBI=0.028154;REFB=0;REVB=0.0281536;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107866;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr9 131379967 . C T 367.21 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0407781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.562;QD=19.0761;RBI=0.0408426;REFB=-0.0129386;REVB=-0.00229331;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113935;STB=0.506846;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.015305;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:39:38:38:0.493506:18:20:19:18:18:20:20:19 chr9 131397479 . G A 770.2 PASS AF=0.548872;AO=73;DP=133;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00532864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.91;QD=23.1639;RBI=0.00656888;REFB=-0.00824099;REVB=0.00384134;RO=60;SAF=33;SAR=40;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121462;STB=0.506643;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00711283;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:60:60:73:73:0.548872:40:33:28:32:40:33:28:32 chr9 131398636 . C T 318.59 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.03207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.64;QD=20.8914;RBI=0.033717;REFB=-0.00353231;REVB=0.0104094;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378112;STB=0.520945;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00178319;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:15:18:14:14:15:18:14:14 chr9 131403096 . A G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.014849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.78;QD=14.8515;RBI=0.020502;REFB=-0.00609706;REVB=-0.0141365;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121702;STB=0.507035;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00882667;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:11:18:12:7:11:18 chr9 131465167 . A G 724.1 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0583504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8168;QD=54.6487;RBI=0.0891272;REFB=0.131083;REVB=-0.0673712;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0226178;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:0:1:30:22:0:1 chr9 131479023 . T C 1193.62 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203759;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.476;QD=61.2112;RBI=0.0261038;REFB=0;REVB=0.0163166;RO=0;SAF=59;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20533e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:19:59:0:0:19:59:0:0 chr9 131483749 . T A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.151;QD=63.8707;RBI=0.024487;REFB=0;REVB=0.00695717;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66095e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr9 131492850 . T C 286.96 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.588;QD=52.1749;RBI=0.0490395;REFB=0;REVB=0.00455669;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128029;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:10:10:0:0:11:11:0:0 chr9 131515547 . G T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0285667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.959;QD=27.2348;RBI=0.0362556;REFB=-0.0175263;REVB=0.0223251;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773343;STB=0.542677;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0192769;OID=.;OPOS=131515547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:9:14:10:4:9:14:10:4 chr9 131570317 . C CCTT 32.44 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=18;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0358004;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=3;MLLD=183.354;QD=7.20873;RBI=0.0515896;REFB=-0.0351328;REVB=-0.037146;RO=14;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362145;STB=0.760797;STBP=0.217;TYPE=ins;VARB=0.0604349;OID=.;OPOS=131570318;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:5:20:5:18:13:4:1:6:7:32:14:4:1:7:7 chr9 131585069 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.865;QD=54.5168;RBI=0.0128606;REFB=0;REVB=0.0107858;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34948e-05;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr9 131588652 . T C 276.44 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272221;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7255;QD=52.6559;RBI=0.0989213;REFB=0;REVB=-0.0951019;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130462;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr9 131670919 . T C 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3526;QD=50.4065;RBI=0.0283604;REFB=0;REVB=0.00340172;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000754226;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr9 131679078 . TC T 187.7 PASS AF=0.380952;AO=22;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0163752;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.579;QD=11.9173;RBI=0.0163783;REFB=-0.026592;REVB=-0.00031667;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210136;STB=0.528278;STBP=0.777;TYPE=del;VARB=0.0248086;OID=.;OPOS=131679079;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:22:64:24:63:39:10:14:18:21:99:38:10:12:18:20 chr9 131689361 . G A 405.41 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0201877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.56;QD=22.5226;RBI=0.0205927;REFB=-0.0400336;REVB=0.00406419;RO=31;SAF=24;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376606;STB=0.511622;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0344308;OID=.;OPOS=131689361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:16:24:20:11:16:24:20:12 chr9 131702891 . A G 307.05 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0730064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4075;QD=15.5468;RBI=0.10774;REFB=-0.0194224;REVB=-0.079233;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126627;STB=0.593164;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0226056;OID=.;OPOS=131702891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:42:45:34:34:0.43038:12:22:22:20:12:22:22:23 chr9 131767668 . A C 171.6 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.160293;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4326;QD=20.7993;RBI=0.162851;REFB=-0.0105613;REVB=-0.0287539;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100831;STB=0.505294;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00560489;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:10:7:6:9:11:7:6:9 chr9 131771505 . C T 477.06 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0193558;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.4;QD=24.7823;RBI=0.0301019;REFB=-0.0132254;REVB=0.0230537;RO=31;SAF=23;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443179;STB=0.530552;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0100442;OID=.;OPOS=131771505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:32:45:45:0.584416:22:23:14:17:22:23:14:18 chr9 131849036 . C T 234.9 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0198273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.207;QD=18.7918;RBI=0.0199019;REFB=0.0122633;REVB=0.00172154;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375398;STB=0.712147;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0122844;OID=.;OPOS=131849036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:19:8:16:7:19:8 chr9 131860900 . A AT 1619.81 PASS AF=0.991304;AO=12;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0643549;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.984;QD=56.341;RBI=0.0644645;REFB=-0.108095;REVB=-0.0037578;RO=104;SAF=3;SAR=9;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379045;STB=0.504064;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=0.000577058;OID=.;OPOS=131860901;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991304:12:116:114:115:1:61:53:1:0:5:104:3:9:60:44 chr9 131860901 . G T 1386.82 PASS AF=0.887931;AO=102;DP=116;FAO=103;FDP=116;FR=.;FRO=13;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00513544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.747;QD=47.8214;RBI=0.00673056;REFB=-0.130277;REVB=0.0043506;RO=13;SAF=58;SAR=44;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727029;STB=0.52887;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00183021;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:116:116:13:13:102:103:0.887931:44:58:3:10:45:58:4:9 chr9 131866523 . C G 576.49 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00442527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3064;QD=21.3515;RBI=0.00948509;REFB=-0.00109047;REVB=-0.00838951;RO=50;SAF=21;SAR=37;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868399;STB=0.547763;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000787758;OID=.;OPOS=131866523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:37:21:23:27:37:21:23:27 chr9 131939126 . G C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00319754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2172;QD=11.0196;RBI=0.0467603;REFB=0.00507941;REVB=0.0466509;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613938;STB=0.868462;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0214812;OID=.;OPOS=131939126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:7:1:5:1:7:1 chr9 132375432 . C T 179.83 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00772001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.787;QD=11.0668;RBI=0.00817269;REFB=-0.0129394;REVB=-0.00268224;RO=42;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399104;STB=0.523235;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0268493;OID=.;OPOS=132375432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:8:15:26:16:8:15:26:16 chr9 132377900 . C T 156.93 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.050707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9707;QD=16.0957;RBI=0.0508071;REFB=-0.0254848;REVB=0.00318835;RO=22;SAF=15;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455572;STB=0.768848;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0488217;OID=.;OPOS=132377900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:2:15:12:10:2:15:12:10 chr9 132402908 . C G 272.75 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.032882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6207;QD=14.9454;RBI=0.0458322;REFB=-0.008894;REVB=-0.0319275;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585241;STB=0.53306;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0194033;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:12:19:28:14:12:19:28:14 chr9 132569553 . C T 499.3 PASS AF=0.465517;AO=52;DP=114;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0132747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.807;QD=17.2173;RBI=0.0197251;REFB=0.00436428;REVB=0.0145898;RO=61;SAF=21;SAR=31;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102571;STB=0.560762;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00399339;OID=.;OPOS=132569553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:61:62:52:54:0.465517:31:21:31:30:33:21:31:31 chr9 132573559 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.000395286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.849;QD=10.6444;RBI=0.00479863;REFB=-0.016541;REVB=0.00478232;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124264;STB=0.572368;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0320011;OID=.;OPOS=132573559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:11:9:13:25:11:9:13:25 chr9 132594180 . T C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0129627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.523;QD=22.7236;RBI=0.013302;REFB=-0.000355008;REVB=-0.00298528;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.511616;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000217844;OID=.;OPOS=132594180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:10:6:8:12:10:6 chr9 132618578 . T C 539.31 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.454;QD=59.9229;RBI=0.0793629;REFB=0;REVB=0.0220137;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173852;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:24:10:0:0:25:11:0:0 chr9 132620364 . T C 725.49 PASS AF=1;AO=41;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.605;QD=56.9013;RBI=0.0566089;REFB=0;REVB=0.00911666;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120508;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:41:51:1:20:21:0:0:22:29:0:0 chr9 132623293 . C T 108.98 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.27;QD=36.327;RBI=0.032702;REFB=-0.115595;REVB=0.016103;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00663407;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:0:1:8:3:0:1 chr9 132623868 . T C 1231.32 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00930787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5029;QD=60.0643;RBI=0.00931397;REFB=-0.081549;REVB=-0.000337131;RO=1;SAF=31;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150285;STB=0.507935;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000528095;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:50:31:1:0:50:31:1:0 chr9 132630664 . TGAC T 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378071;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.043;QD=36.2809;RBI=0.0605289;REFB=0;REVB=0.0472692;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00146705;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:2:4:0:0:3:0:2:4:0:0 chr9 132631680 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.147;QD=59.5001;RBI=0.0359503;REFB=0;REVB=0.0313911;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51068e-05;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr9 132636030 . CA C,CG 432.92 PASS AF=0.16129,0.83871;AO=9,21;DP=31;FAO=5,26;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4,17;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096421,0.0812526;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.21,141.444;QD=55.8608;RBI=0.0980518,0.112644;REFB=0,0;REVB=-0.0178086,-0.0780175;RO=0;SAF=9,12;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.038174,0.0379325;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.16129,0.83871:9,21:31:5,26:31:0:4,17:1,9:0:0:12:0:9,12:0,9:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 418.17 PASS AF=0.733333,0.266667;AO=22,8;DP=30;FAO=22,8;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12,8;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302235,-0.0441964;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=129.006,106.816;QD=55.7555;RBI=0.0333044,0.0455415;REFB=0,0;REVB=0.0139901,0.0109863;RO=0;SAF=12,8;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00402762,0.106791;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:30:30:0:0:22,8:22,8:0.733333,0.266667:10,0:12,8:0:0:10,0:12,8:0:0 chr9 132649662 . A G 874.15 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0043294;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.689;QD=55.5014;RBI=0.0412689;REFB=0.0306774;REVB=0.0410412;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000108298;OID=.;OPOS=132649662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:59:62:0.984127:24:35:0:0:25:37:1:0 chr9 132662786 . C T 475.69 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3905;QD=55.9631;RBI=0.184224;REFB=0;REVB=0.154483;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760626;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:31:34:1:12:19:0:0:15:19:0:0 chr9 132671357 . CAT ATG,CATGG,CATG 228.84 PASS AF=0,0.0294118,0.970588;AO=2,8,18;DP=34;FAO=0,1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,10;FSAR=0,1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104084,-0.0113144,-0.0010498;FXX=0;HRUN=2,6,6;LEN=3,2,1;MLLD=17.1623,9.41288,8.61489;QD=26.9227;RBI=0.0622773,0.0205651,0.0423454;REFB=0.0235876,0.00218551,0.00121142;REVB=-0.0614013,0.0171729,0.0423324;RO=5;SAF=0,2,8;SAR=2,6,10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.260045,0.18273;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0,0.0674005,-0.0451695;OID=.,.,.;OPOS=132671357,132671360,132671360;OREF=CAT,-,-;OALT=ATG,GG,G;OMAPALT=ATG,CATGG,CATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:34:34:5:0:2,8,18:0,1,33:0,0.0294118,0.970588:2,6,10:0,2,8:0:5:0,1,23:0,0,10:0:0 chr9 132686186 . A G 872.47 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101938;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.499;QD=58.1645;RBI=0.033119;REFB=0;REVB=-0.0315112;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77992e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:23:35:0:0:23:37:0:0 chr9 132872686 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6626;QD=58.0603;RBI=0.0328488;REFB=0;REVB=-0.0201094;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90735e-05;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 1281.15 PASS AF=0.920792;AO=84;DP=107;FAO=93;FDP=101;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00329334;FXX=0.0194156;HRUN=3;LEN=3;MLLD=217.801;QD=50.7386;RBI=0.0468592;REFB=-0.0923812;REVB=0.0467434;RO=14;SAF=36;SAR=48;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389669;STB=0.504744;STBP=0.757;TYPE=ins;VARB=0.00780042;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.920792:84:107:93:101:8:41:52:4:4:28:14:36:48:8:6 chr9 132904268 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00198157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.503;QD=20.3973;RBI=0.00726786;REFB=-0.0235326;REVB=-0.00699251;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473176;STB=0.526299;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0221258;OID=.;OPOS=132904268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:20:11:11:16:20:11:11:16 chr9 132904345 . G A 505.28 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0276052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7088;QD=17.729;RBI=0.0688369;REFB=-0.0394664;REVB=0.0630593;RO=60;SAF=14;SAR=40;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680037;STB=0.537883;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0430155;OID=.;OPOS=132904345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:40:14:19:41:40:14:19:41 chr9 132904442 . G A 646.56 PASS AF=0.464789;AO=64;DP=140;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0202249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.052;QD=18.2129;RBI=0.0203872;REFB=-0.0260263;REVB=0.00256792;RO=76;SAF=27;SAR=37;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540598;STB=0.538904;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0238741;OID=.;OPOS=132904442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:76:76:64:66:0.464789:37:27:28:48:37:29:28:48 chr9 132988709 . T G 368.43 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0875286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1645;QD=19.3909;RBI=0.0973122;REFB=0.00744714;REVB=-0.0425255;RO=37;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00967912;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:22:16:16:21:22:16:16:22 chr9 133048501 . G A 991.41 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.774;QD=57.473;RBI=0.0213245;REFB=-0.14564;REVB=-0.015233;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00078201;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:26:42:0:0:26:42:1:0 chr9 133234713 . C A 161.86 PASS AF=0.25;AO=17;DP=81;FAO=20;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0950958;FXX=0.0123442;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.1627;QD=8.09311;RBI=0.16743;REFB=-0.0805298;REVB=0.137803;RO=36;SAF=15;SAR=2;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503239;STB=0.814432;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0961366;OID=.;OPOS=133234713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:47:17:20:0.25:2:15:19:17:2:18:27:20 chr9 133271404 . C T 451.52 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00870027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.402;QD=17.2006;RBI=0.0193042;REFB=-0.0292152;REVB=0.0172324;RO=56;SAF=33;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175417;STB=0.597982;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0456018;OID=.;OPOS=133271404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:16:33:28:28:16:33:28:28 chr9 133284310 . G A 250.43 PASS AF=0.741935;AO=22;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0531956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.249;QD=32.313;RBI=0.065783;REFB=-0.0108118;REVB=0.0386993;RO=9;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091836;STB=0.528278;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0115127;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:31:9:8:22:23:0.741935:15:7:3:6:15:8:2:6 chr9 133305012 . G A 427.18 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00895907;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.384;QD=14.1217;RBI=0.00896104;REFB=-0.00388178;REVB=0.000187872;RO=72;SAF=26;SAR=23;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105193;STB=0.559304;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00685998;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:72:72:49:49:0.404959:23:26:31:41:23:26:31:41 chr9 133346920 . A G 1678.71 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.546;QD=60.4941;RBI=0.0810827;REFB=0;REVB=-0.00273598;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08389e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:107:111:1:67:40:0:0:68:43:0:0 chr9 133553993 . C T 1174.02 PASS AF=0.952381;AO=79;DP=85;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00764339;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.46;QD=55.9055;RBI=0.0128481;REFB=-0.0365342;REVB=0.0103273;RO=2;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459753;STB=0.508003;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000583449;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:84:2:4:79:80:0.952381:32:47:1:1:33:47:3:1 chr9 133558282 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.694;QD=60.0304;RBI=0.0281876;REFB=0;REVB=0.012032;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14717e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr9 133576256 . T C 221.86 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0199172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.002;QD=25.3555;RBI=0.020086;REFB=-0.0120098;REVB=-0.00259851;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230733;STB=0.528898;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0102203;OID=.;OPOS=133576256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:21:21:0.6:9:12:7:6:9:12:7:7 chr9 133710804 . T C 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00213468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.342;QD=54.8819;RBI=0.00747556;REFB=-0.0574708;REVB=0.00716429;RO=1;SAF=46;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553097;STB=0.5294;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000742343;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:8:46:0:1:8:46:0:1 chr9 133710819 . T TC 1194.33 PASS AF=1;AO=75;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015382;FXX=0.0123442;HRUN=0;LEN=1;MLLD=42.8507;QD=59.7167;RBI=0.0610189;REFB=0;REVB=0.0590482;RO=1;SAF=62;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000476744;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:79:80:80:0:65:15:0:0:6:1:62:13:1:0 chr9 133769121 . T C 1956.19 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.2;QD=61.6123;RBI=0.0307928;REFB=0;REVB=-0.00178457;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05788e-05;OID=.;OPOS=133769121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:124:127:1:70:54:0:0:70:57:0:0 chr9 133884819 . A AG 207.31 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207174;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.0372;QD=41.462;RBI=0.0303235;REFB=0;REVB=0.0221428;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000773251;OID=.;OPOS=133884820;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:16:4:0:0:4:18:1:1:15:3 chr9 133884820 . T G 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0512546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4177;QD=41.6793;RBI=0.0698231;REFB=-0.0143353;REVB=0.0474155;RO=2;SAF=15;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101123;STB=0.555489;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00997413;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:3:15:1:1:3:15:1:1 chr9 133911598 . A G 867.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.942;QD=57.812;RBI=0.0334651;REFB=0;REVB=0.0263473;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81397e-05;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:38:22:0:0 chr9 133911706 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00228189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.249;QD=13.224;RBI=0.0255882;REFB=-0.0372888;REVB=0.0254863;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437018;STB=0.525049;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0538512;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:18:18:11:13:18:18 chr9 133917070 . C T 446.63 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.000829253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.478;QD=20.5346;RBI=0.00721338;REFB=-0.00870329;REVB=-0.00716555;RO=39;SAF=30;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154902;STB=0.59841;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0107539;OID=.;OPOS=133917070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:42:44:45:0.517241:14:30:20:19:14:31:21:21 chr9 133927878 . A G 523.44 PASS AF=0.435115;AO=56;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=19;FWDB=-0.00555712;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.772;QD=15.9828;RBI=0.0406839;REFB=-0.0119817;REVB=0.0403026;RO=75;SAF=43;SAR=13;SRF=56;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297616;STB=0.522441;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0149412;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:74:56:57:0.435115:13:43:56:19:13:44:55:19 chr9 133927948 . G C 204.62 PASS AF=0.252033;AO=30;DP=123;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00905432;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.396;QD=6.65421;RBI=0.015849;REFB=-0.00671706;REVB=-0.013008;RO=89;SAF=30;SAR=0;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.792723;STB=0.945022;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.084316;OID=.;OPOS=133927948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:89:92:30:31:0.252033:0:30:45:44:1:30:48:44 chr9 133927949 . G C 69.57 PASS AF=0.140351;AO=13;DP=114;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0395371;FXX=0.0172399;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.599;QD=2.44104;RBI=0.0406514;REFB=-0.00644046;REVB=-0.00945242;RO=90;SAF=13;SAR=0;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677529;STB=0.909697;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.114293;OID=.;OPOS=133927949;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:90:98:13:16:0.140351:0:13:45:45:1:15:53:45 chr9 133928345 . C T 56.0 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0273907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.497;QD=11.2;RBI=0.0274108;REFB=-0.00269134;REVB=-0.00105083;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105261;STB=0.562358;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0119004;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:1:11:7:1:1:11 chr9 133946909 . G A 399.22 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=0.0179684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.849;QD=15.3546;RBI=0.0179884;REFB=-0.00172857;REVB=0.000848002;RO=59;SAF=25;SAR=20;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145831;STB=0.581463;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00356684;OID=.;OPOS=133946909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:20:25:41:18:20:25:41:18 chr9 133946915 . C G 397.93 PASS AF=0.441176;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00709007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.298;QD=15.6052;RBI=0.0104461;REFB=-0.00437772;REVB=-0.00767155;RO=56;SAF=24;SAR=20;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136415;STB=0.573959;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00885931;OID=.;OPOS=133946915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:56:57:44:45:0.441176:20:24:38:18:20:25:39:18 chr9 133948049 . A G 368.22 PASS AF=0.375;AO=43;DP=118;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.000851074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.302;QD=12.274;RBI=0.00980978;REFB=-0.0247021;REVB=-0.00977279;RO=75;SAF=24;SAR=19;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101672;STB=0.555531;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0357793;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:75:75:43:45:0.375:19:24:35:40:20:25:35:40 chr9 133981629 . T C 103.08 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0133096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.294;QD=9.58931;RBI=0.0327092;REFB=-0.00403747;REVB=0.0298789;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136854;STB=0.591107;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.013679;OID=.;OPOS=133981629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:30:13:13:0.302326:6:7:19:10:6:7:20:10 chr9 133986980 . T G 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00901599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.378;QD=53.9324;RBI=0.017566;REFB=0.0288133;REVB=-0.0150757;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.512187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00130122;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:10:20:1:0:10:20:1:0 chr9 133987060 . G A 313.98 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.874;QD=50.237;RBI=0.0413097;REFB=-0.201389;REVB=0.0356187;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00135393;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr9 133996460 . T G 366.4 PASS AF=0.805556;AO=28;DP=35;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00025375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.7382;QD=40.7114;RBI=0.0585225;REFB=0.077155;REVB=-0.058522;RO=6;SAF=26;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540712;STB=0.793848;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00221177;OID=.;OPOS=133996460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:35:36:6:7:28:29:0.805556:2:26:0:6:2:27:1:6 chr9 133996503 . T A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.756;QD=60.6085;RBI=0.0463131;REFB=0;REVB=0.00987834;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27311e-05;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chr9 134020092 . C T 695.82 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0353755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.496;QD=60.5063;RBI=0.0390589;REFB=0.0832006;REVB=0.016558;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00102312;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:26:19:1:0:26:19:1:0 chr9 134133539 . G T 1195.22 PASS AF=1;AO=74;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.23;QD=60.5173;RBI=0.0188526;REFB=0;REVB=-0.00518534;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2666e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:74:79:1:36:38:0:0:37:42:0:0 chr9 134136515 . A G 1627.83 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337628;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.443;QD=60.2901;RBI=0.0682195;REFB=0;REVB=-0.0592788;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58727e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr9 134136677 . A G 321.16 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.132;QD=53.5265;RBI=0.0466719;REFB=0;REVB=0.00065728;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250318;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr9 134183379 . C T 1486.77 PASS AF=0.930435;AO=103;DP=112;FAO=107;FDP=115;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0257556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5775;QD=51.7137;RBI=0.0654254;REFB=-0.128923;REVB=0.0601426;RO=9;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079565;STB=0.53703;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00434891;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:112:115:9:8:103:107:0.930435:49:54:0:9:50:57:0:8 chr9 134183503 . T C 1157.93 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.01;QD=59.3811;RBI=0.0457111;REFB=-0.139677;REVB=0.0339972;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000454052;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:38:38:0:0:39:38:1:0 chr9 134346315 . T C 471.9 PASS AF=0.75;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0112288;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5072;QD=39.325;RBI=0.0247078;REFB=-0.0243611;REVB=-0.0220089;RO=12;SAF=13;SAR=23;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14596;STB=0.579092;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0063623;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:48:12:12:36:36:0.75:23:13:8:4:23:13:8:4 chr9 134350231 . C T 210.43 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00533778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.134;QD=16.5044;RBI=0.00805792;REFB=-0.0121674;REVB=0.0060364;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898222;STB=0.550976;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0180773;OID=.;OPOS=134350231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:27:28:22:23:0.45098:11:11:11:16:11:12:12:16 chr9 134350323 . C G 213.7 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0118772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.359;QD=20.8485;RBI=0.0558132;REFB=-0.0284149;REVB=0.0545348;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221153;STB=0.638959;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0411525;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:21:21:0.512195:15:6:10:9:15:6:11:9 chr9 134350458 . C T 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0121727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.414;QD=16.5331;RBI=0.0237189;REFB=-0.0221109;REVB=0.0203571;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614773;STB=0.534502;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0237719;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:16:19:26:17:16:19:26:17 chr9 134350647 . T C 740.29 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.634;QD=56.9456;RBI=0.0212929;REFB=0;REVB=0.00426134;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57679e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr9 134351065 . G T 134.01 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0763861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6493;QD=16.2439;RBI=0.0993095;REFB=-0.0237849;REVB=0.0634629;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125057;STB=0.571339;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0330038;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:14:4:5:10:14:4 chr9 134351500 . C T 239.25 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0132523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.576;QD=27.3426;RBI=0.0328448;REFB=-0.0366282;REVB=0.0300526;RO=11;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582042;STB=0.508372;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0153122;OID=.;OPOS=134351500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:11:13:22:22:0.628571:8:14:6:5:8:14:8:5 chr9 134358108 . A G 182.02 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00808376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4515;QD=17.335;RBI=0.0205315;REFB=-0.0112397;REVB=0.0188732;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971332;STB=0.571351;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00831319;OID=.;OPOS=134358108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:6:13:13:9:6:13:13:10 chr9 134371165 . C T 390.87 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0103084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.361;QD=15.7925;RBI=0.0120877;REFB=-0.0151963;REVB=0.00631271;RO=56;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424701;STB=0.525241;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0267235;OID=.;OPOS=134371165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:41:42:0.424242:21:20:25:31:21:21:26:31 chr9 134373770 . G C 483.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0991799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0125;QD=58.5658;RBI=0.121711;REFB=0;REVB=-0.0705473;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00300034;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr9 134385436 . A G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0326728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.13;QD=10.1572;RBI=0.0330228;REFB=-0.00691879;REVB=0.00479519;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554657;STB=0.533286;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0148195;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:17:14:7:7:17:14 chr9 134386744 . T C 186.33 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.00195048;FXX=0.0999833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.508;QD=13.8023;RBI=0.00383195;REFB=-0.0147963;REVB=0.0032984;RO=38;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.534795;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0231524;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:54:38:32:22:22:0.407407:17:5:6:32:17:5:6:26 chr9 134386781 . G A 433.43 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0117762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.432;QD=26.2683;RBI=0.0129253;REFB=-0.0198367;REVB=0.00532769;RO=25;SAF=9;SAR=32;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588109;STB=0.532208;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0140823;OID=.;OPOS=134386781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:32:9:7:18:32:9:7:18 chr9 134387488 . T C 211.57 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00373123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6642;QD=19.6807;RBI=0.0230678;REFB=-0.0146329;REVB=0.0227641;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334644;STB=0.692142;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0113307;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:11:9:18:4:12:9:18:4 chr9 134401335 . C T 43.68 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00614164;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4097;QD=7.59683;RBI=0.0491119;REFB=-0.0146884;REVB=0.0487264;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166455;STB=0.678645;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0427248;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:22:23:15:16:6:7:0.304348:5:1:4:11:6:1:5:11 chr9 134406071 . C G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.358;QD=59.8311;RBI=0.116287;REFB=0;REVB=0.00823562;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000639166;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr9 134463374 . C T 1082.92 PASS AF=0.522843;AO=103;DP=197;FAO=103;FDP=197;FR=.;FRO=94;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=62;FSRR=32;FWDB=0.0179931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.715;QD=21.9882;RBI=0.0205957;REFB=-0.0115093;REVB=-0.0100217;RO=94;SAF=59;SAR=44;SRF=62;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783549;STB=0.542814;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0107444;OID=.;OPOS=134463374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:94:94:103:103:0.522843:44:59:62:32:44:59:62:32 chr9 134497321 . C T 508.54 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0303821;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.783;QD=18.1621;RBI=0.0428028;REFB=-0.0382966;REVB=0.0301498;RO=58;SAF=24;SAR=30;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842161;STB=0.546702;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0289989;OID=.;OPOS=134497321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:58:58:54:54:0.482143:30:24:31:27:30:24:31:27 chr9 134658234 . G A 230.73 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0160406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.792;QD=14.4207;RBI=0.0162999;REFB=-0.00963824;REVB=0.00289587;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227918;STB=0.629534;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0106865;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:17:10:22:15:17:10:22:15 chr9 135073967 . C T 824.3 PASS AF=0.447917;AO=86;DP=192;FAO=86;FDP=192;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=40;FWDB=0.0113515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.406;QD=17.1728;RBI=0.0124963;REFB=-0.0166363;REVB=-0.00522498;RO=106;SAF=31;SAR=55;SRF=66;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259887;STB=0.64429;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0264952;OID=.;OPOS=135073967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:106:106:86:86:0.447917:55:31:66:40:55:31:66:40 chr9 135102254 . C T 3228.68 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207261;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.956;QD=61.793;RBI=0.024047;REFB=-0.0637948;REVB=0.0239575;RO=0;SAF=104;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76059e-05;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:204:209:0:0:203:209:1:99:104:0:0:100:109:0:0 chr9 135105964 . A G 618.51 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296802;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6877;QD=58.9054;RBI=0.040748;REFB=-0.0200938;REVB=-0.0279193;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000579277;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:40:41:0.97619:26:14:0:1:26:15:0:1 chr9 135114365 . G A 243.18 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0221307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.549;QD=13.3247;RBI=0.0221307;REFB=-0.00526109;REVB=1.34677e-05;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195192;STB=0.619059;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00602109;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:44:28:29:0.39726:14:14:30:14:15:14:30:14 chr9 135139826 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0166031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.829;QD=17.0333;RBI=0.0166305;REFB=-0.00566239;REVB=-0.000955602;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182845;STB=0.604282;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00623847;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:14:8:10:8:14:8 chr9 135139901 . T C 321.99 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329785;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2065;QD=53.6649;RBI=0.0122147;REFB=0;REVB=-0.011761;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246575;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr9 135172412 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.717;QD=61.0489;RBI=0.0146426;REFB=0;REVB=-0.00352765;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64328e-06;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr9 135173685 . T C 870.16 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0250155;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.101;QD=53.5483;RBI=0.0447202;REFB=-0.0667246;REVB=-0.0370691;RO=3;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514009;STB=0.527264;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000678466;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:65:3:3:61:62:0.953846:26:35:0:3:26:36:0:3 chr9 135203838 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.93;QD=59.5011;RBI=0.0481785;REFB=0;REVB=0.0473822;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109893;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:28:40:0:0:29:40:0:0 chr9 135263573 . G T 958.47 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004362;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1857;QD=58.9828;RBI=0.0110986;REFB=0;REVB=-0.0102055;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320749;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr9 135277301 . A G 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0250199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.795;QD=6.80712;RBI=0.0419211;REFB=-0.00624652;REVB=-0.033636;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0277523;OID=.;OPOS=135277301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:15:12:4:5:15:12 chr9 135277341 . C A 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.843;QD=52.768;RBI=0.108703;REFB=-0.0822506;REVB=0.0178656;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0026693;OID=.;OPOS=135277341;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:1:0:13:15:1:0 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=96;DP=84;LEN=76;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=3;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:84:0:96:44:47:3:0 chr9 135297013 . T TTCTC 257.67 PASS AF=1;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.208247;HRUN=1;LEN=4;MLLD=345.503;QD=54.2452;RBI=0.0045275;REFB=0;REVB=0.0045275;RO=55;SAF=0;SAR=19;SRF=50;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.875372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.0249e-06;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:75:19:19:0:0:19:0:0:3:55:0:19:50:5 chr9 135297016 . T G 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.341;QD=38.468;RBI=0.00428806;REFB=-0.019108;REVB=-0.00428806;RO=4;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506117;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:20:0:0:4:20:0:0:4 chr9 135297019 . TCT TTC 131.7 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=61.0892;QD=29.2663;RBI=0.0137397;REFB=0;REVB=0.0137397;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00798277;OID=.;OPOS=135297020;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:18:18:0:0:18:0:0:3:0:0:2:0:0 chr9 135297022 . G C 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=374.223;QD=36.4505;RBI=0.0204061;REFB=0.0374755;REVB=0.0204061;RO=3;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00576408;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:16:0:0:3:16:0:0:3 chr9 135297024 . T TGACA 119.78 PASS AF=1;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.333111;HRUN=0;LEN=4;MLLD=238.654;QD=47.9125;RBI=0.00983881;REFB=0;REVB=-0.00983881;RO=6;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-8.37826e-05;OID=.;OPOS=135297025;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=TGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:17:10:10:0:0:10:0:0:3:6:0:10:0:6 chr9 135297030 . T A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.587;QD=18.8868;RBI=0.00842802;REFB=-0.0179038;REVB=0.00842802;RO=4;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288475;OID=.;OPOS=135297030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:8:0:0:4:8:0:0:5 chr9 135448320 . C A 922.53 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.938;QD=57.658;RBI=0.0149729;REFB=0;REVB=-0.00930715;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213855;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:23:38:0:0:25:39:0:0 chr9 135470414 . T C 948.35 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=196;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0183792;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.224;QD=19.5537;RBI=0.0242331;REFB=-0.00616139;REVB=-0.0157939;RO=98;SAF=48;SAR=46;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185282;STB=0.515148;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00553678;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:98:100:94:94:0.484536:46:48:52:46:46:48:54:46 chr9 135554566 . G A 753.66 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=129;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00386086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8935;QD=22.8382;RBI=0.013294;REFB=-0.0213213;REVB=0.0127211;RO=57;SAF=33;SAR=39;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055078;STB=0.541655;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0188739;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:57:60:72:72:0.545455:39:33:30:27:39:33:33:27 chr9 135771331 . GGA G,GG,GGG 355.66 PASS AF=0,1,0;AO=7,17,3;DP=29;FAO=0,27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052156,-0.0521968,-0.055586;FXX=0.0357015;HRUN=7,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=18.83,24.1764,18.0266;QD=52.6909;RBI=0.146219,0.127837,0.0556122;REFB=0,0,0;REVB=-0.146125,-0.116696,0.00170723;RO=0;SAF=4,12,3;SAR=3,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00498607,0;OID=.,.,.;OPOS=135771332,135771333,135771333;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:7,17,3:29:0,27,0:27:0:0,20,0:0,7,0:0:0:4:0:4,12,3:3,5,0:0:0 chr9 135942653 . C G 34.84 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0123316;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2196;QD=2.14429;RBI=0.0147746;REFB=-0.00277193;REVB=-0.00813774;RO=50;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582254;STB=0.895891;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.142535;OID=.;OPOS=135942653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:65:65:50:57:8:8:0.123077:7:1:32:18:7:1:35:22 chr9 135961809 . T C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0111513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.857;QD=23.5278;RBI=0.0121774;REFB=-0.0104894;REVB=-0.00489276;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244495;STB=0.63675;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00938734;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:5:10:7:13:5:10 chr9 135968511 . C CTG 233.38 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00854076;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=250.449;QD=15.057;RBI=0.0111866;REFB=-0.0177807;REVB=-0.00722468;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131306;STB=0.574656;STBP=0.327;TYPE=ins;VARB=0.0168408;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435484:27:62:27:62:35:9:18:16:19:99:35:9:18:16:19 chr9 135974079 . G C 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0113239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.724;QD=8.46437;RBI=0.0459953;REFB=-0.00653903;REVB=0.0445796;RO=38;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257199;STB=0.515604;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0180919;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:6:9:22:16:6:9:22:16 chr9 135974100 . G A 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0235026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.818;QD=8.64049;RBI=0.0276865;REFB=-0.000130037;REVB=0.0146345;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216793;STB=0.513287;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.000318918;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:4:9:23:11:4:9:23:11 chr9 136004699 . G A 570.7 PASS AF=0.513043;AO=58;DP=113;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00894515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.218;QD=19.8505;RBI=0.00999156;REFB=-0.0104136;REVB=0.00445148;RO=55;SAF=28;SAR=30;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713199;STB=0.547043;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0106171;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:55:56:58:59:0.513043:30:28:31:24:31:28:32:24 chr9 136031346 . A G 200.73 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=56;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0131074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.879;QD=13.8436;RBI=0.0344522;REFB=-0.0178242;REVB=0.0318614;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157816;STB=0.608604;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.023634;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:34:22:24:0.413793:13:9:19:15:15:9:19:15 chr9 136037742 . G A 447.45 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00969013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6714;QD=21.0566;RBI=0.0776561;REFB=-0.0441158;REVB=0.0770492;RO=39;SAF=16;SAR=27;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292785;STB=0.673563;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0345874;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:39:41:43:44:0.517647:27:16:28:11:28:16:30:11 chr9 136083580 . T G 316.87 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0127019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.806;QD=15.2708;RBI=0.014126;REFB=-0.00926987;REVB=0.00618105;RO=48;SAF=12;SAR=23;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124845;STB=0.570761;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0115209;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:23:12:22:26:23:12:22:26 chr9 136131188 . C T 206.25 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00751321;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.312;QD=30.5553;RBI=0.0156167;REFB=-0.0398014;REVB=-0.0136907;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415736;STB=0.522912;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0163829;OID=.;OPOS=136131188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:8:8:19:19:0.703704:13:6:2:6:13:6:2:6 chr9 136131315 . C G 174.42 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0165371;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=244.23;QD=11.628;RBI=0.0219311;REFB=-0.00384432;REVB=-0.0144048;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783409;STB=0.545413;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00463476;OID=.;OPOS=136131315;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:10:12:18:20:10:12:18:20 chr9 136131322 . G T 314.74 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0211082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.135;QD=19.9836;RBI=0.0398812;REFB=-0.010854;REVB=0.0338371;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107951;STB=0.567943;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0200905;OID=.;OPOS=136131322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:19:14:16:13:19:14:17:13 chr9 136131415 . C T 438.15 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0168918;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9474;QD=18.6445;RBI=0.0581185;REFB=-0.0209209;REVB=0.0556096;RO=43;SAF=24;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112835;STB=0.555959;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.037804;OID=.;OPOS=136131415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:43:50:44:44:0.468085:20:24:18:25:20:24:22:28 chr9 136131461 . G A 406.92 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00591745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.498;QD=20.0947;RBI=0.0225376;REFB=0.0063103;REVB=0.0217468;RO=40;SAF=23;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178837;STB=0.603182;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00437068;OID=.;OPOS=136131461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:40:41:0.506173:17:23:15:25:17:24:15:25 chr9 136131592 . G C 715.68 PASS AF=0.628866;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=97;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0113739;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.011;QD=29.5124;RBI=0.0115939;REFB=-0.0423174;REVB=-0.00224795;RO=36;SAF=32;SAR=29;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212509;STB=0.501186;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0325947;OID=.;OPOS=136131592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:36:36:61:61:0.628866:29:32:20:16:29:32:19:17 chr9 136131651 . G A 425.07 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0368382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.478;QD=13.9366;RBI=0.0372334;REFB=-0.00795341;REVB=-0.00541007;RO=73;SAF=30;SAR=19;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128339;STB=0.572567;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0155574;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:73:49:49:0.401639:19:30:36:37:19:30:36:37 chr9 136132873 . T C 575.05 PASS AF=0.495798;AO=57;DP=118;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00288917;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.516;QD=19.3295;RBI=0.0131227;REFB=-0.0305299;REVB=-0.0128007;RO=59;SAF=34;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980177;STB=0.565258;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0270058;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:59:60:57:59:0.495798:23:34:29:30:23:36:29:31 chr9 136132908 . T C,TC 928.36 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=4,56;DP=76;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466169,0.00554574;FXX=0.0294074;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=73.8685,175.675;QD=56.2644;RBI=0.0466349,0.009728;REFB=0,0;REVB=-0.00129831,0.00799242;RO=9;SAF=3,25;SAR=1,31;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.516343,-0.143012;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0536592,-0.00022044;OID=.,.;OPOS=136132908,136132909;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:76:66:9:0:4,56:1,65:0.0151515,0.984848:1,31:3,25:9:0:0,32:1,33:0:0 chr9 136133506 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.962;QD=53.2771;RBI=0.0288326;REFB=0;REVB=0.0287676;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28378e-05;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr9 136135237 . AT GC 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931996;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.924;QD=59.4356;RBI=0.0177677;REFB=0;REVB=-0.0151271;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00018725;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr9 136136770 . A C 230.24 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0589281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.718;QD=46.048;RBI=0.0621056;REFB=-0.0233301;REVB=-0.0196108;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00938809;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:0:1:13:6:0:1 chr9 136199466 . G A 1078.68 PASS AF=0.454545;AO=114;DP=253;FAO=115;FDP=253;FR=.;FRO=138;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=0.00869396;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.221;QD=17.0542;RBI=0.00876866;REFB=-0.0297761;REVB=-0.00114215;RO=134;SAF=73;SAR=41;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980896;STB=0.560199;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0376163;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:134:138:114:115:0.454545:41:73:73:61:42:73:73:65 chr9 136199503 . G A 3854.59 PASS AF=1;AO=247;DP=250;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088569;FXX=0.0119517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6865;QD=62.1708;RBI=0.0886628;REFB=0;REVB=-0.00407798;RO=1;SAF=138;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33684e-05;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:250:248:1:0:247:248:1:109:138:1:0:109:139:0:0 chr9 136219594 . G A 457.51 PASS AF=0.474747;AO=45;DP=97;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0263762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2158;QD=18.4853;RBI=0.0384463;REFB=-0.0162763;REVB=0.0279717;RO=51;SAF=24;SAR=21;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129244;STB=0.554067;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0123053;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:51:52:45:47:0.474747:21:24:34:17:21:26:34:18 chr9 136227260 . A G 641.66 PASS AF=0.496183;AO=59;DP=125;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0124857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.785;QD=19.5927;RBI=0.0397257;REFB=-0.0532852;REVB=0.0377125;RO=66;SAF=27;SAR=32;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691762;STB=0.526876;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0555267;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:66:66:59:65:0.496183:32:27:35:31:34:31:35:31 chr9 136229833 . C G 534.13 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0442537;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.195;QD=18.5783;RBI=0.056555;REFB=-0.00166702;REVB=0.0352148;RO=58;SAF=28;SAR=28;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475545;STB=0.521731;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00190299;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:58:59:56:56:0.486957:28:28:26:32:28:28:27:32 chr9 136268038 . C T 1990.36 PASS AF=0.992308;AO=122;DP=126;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339012;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.349;QD=61.2418;RBI=0.049027;REFB=-0.127302;REVB=0.0354169;RO=0;SAF=72;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83711e-08;STB=0.50495;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00197282;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:130:0:1:122:129:0.992308:50:72:0:0:50:79:0:1 chr9 136277480 . A G 1062.05 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.128;QD=59.834;RBI=0.0426085;REFB=0;REVB=0.0419838;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12498e-05;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:39:32:0:0 chr9 136291063 . C T 1142.9 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00633079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.574;QD=55.751;RBI=0.0372299;REFB=0.0122391;REVB=0.0366877;RO=4;SAF=41;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207655;STB=0.510983;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.000603497;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:82:4:4:78:78:0.95122:37:41:3:1:37:41:3:1 chr9 136295290 . A C 1498.04 PASS AF=0.981651;AO=96;DP=99;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0177607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.8378;QD=54.974;RBI=0.0799781;REFB=0.018202;REVB=0.0779811;RO=3;SAF=52;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120346;STB=0.500086;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000749839;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:109:3:2:96:107:0.981651:44:52:1:2:54:53:1:1 chr9 136302910 . A C 266.51 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0450578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.021;QD=14.2141;RBI=0.0451079;REFB=-0.000235965;REVB=-0.00212555;RO=43;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176118;STB=0.612694;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000143007;OID=.;OPOS=136302910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:30:31:0.413333:13:17:17:26:13:18:17:27 chr9 136304497 . A G 919.61 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244589;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6821;QD=57.4753;RBI=0.0250786;REFB=0;REVB=-0.00554049;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211437;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:61:64:1:23:38:0:0:24:40:0:0 chr9 136308542 . C T 1262.1 PASS AF=1;AO=77;DP=90;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688925;FXX=0.0777691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8935;QD=60.8243;RBI=0.0689013;REFB=0;REVB=-0.00110327;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512868;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:83:0:0:77:83:1:46:31:0:0:49:34:0:0 chr9 136328657 . T C 163.72 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.000420712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.621;QD=13.3652;RBI=0.0303604;REFB=-0.014792;REVB=0.0303575;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207549;STB=0.622023;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.021291;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:13:5:14:17:13:5:14:17 chr9 136340200 . T G 255.25 PASS AF=0.424242;AO=24;DP=62;FAO=28;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0083173;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.559;QD=15.4697;RBI=0.0279469;REFB=-0.0320944;REVB=0.0266805;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14889;STB=0.530001;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0499243;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:26:36:24:28:0.424242:9:15:20:6:11:17:20:16 chr9 136379890 . A G 231.08 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00590933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.914;QD=16.5054;RBI=0.0222466;REFB=-0.00448546;REVB=-0.0214474;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137158;STB=0.512039;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00595291;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:26:26:0.464286:17:9:10:19:17:9:11:19 chr9 136389864 . T A 417.99 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00785875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.126;QD=14.4136;RBI=0.0357256;REFB=-0.0170916;REVB=-0.0348505;RO=65;SAF=38;SAR=10;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262376;STB=0.649212;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.017328;OID=.;OPOS=136389864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:65:68:48:48:0.413793:10:38:38:27:10:38:40:28 chr9 136412170 . C T 433.51 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.000808879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.049;QD=20.6431;RBI=0.0153596;REFB=-0.0221368;REVB=0.0153382;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130286;STB=0.571952;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.02283;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:21:22:27:14:21:22:27:14 chr9 136412236 . A T 429.82 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0366091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.262;QD=16.6922;RBI=0.0396581;REFB=-0.00401769;REVB=0.0152494;RO=52;SAF=28;SAR=19;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000400922;STB=0.516609;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00574705;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:56:47:47:0.456311:19:28:31:21:19:28:35:21 chr9 136412255 . A C 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0137778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.672;QD=16.7689;RBI=0.0155683;REFB=0.00475583;REVB=-0.00724875;RO=54;SAF=25;SAR=18;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497044;STB=0.536116;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00760428;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:56:43:43:0.434343:18:25:34:20:18:25:36:20 chr9 136419629 . G A 398.8 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0279848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.265;QD=15.3386;RBI=0.0315698;REFB=-0.0100015;REVB=-0.0146116;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102814;STB=0.5514;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0247254;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:25:20:20:38:25:20:21:38 chr9 136518097 . A G 649.6 PASS AF=0.462069;AO=66;DP=144;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00525636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.616;QD=17.92;RBI=0.0289563;REFB=-0.0109963;REVB=-0.0284752;RO=77;SAF=34;SAR=32;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712673;STB=0.546412;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.011377;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:77:78:66:67:0.462069:32:34:34:43:32:35:34:44 chr9 136521635 . C CG 54.24 PASS AF=0.176471;AO=11;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=12;FWDB=-0.0144084;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.5503;QD=3.19085;RBI=0.0353337;REFB=-0.0161216;REVB=-0.0322625;RO=56;SAF=3;SAR=8;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562709;STB=0.912211;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0925359;OID=.;OPOS=136521636;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:11:68:12:68:56:2:10:44:12:54:56:3:8:43:13 chr9 136536679 . G A 342.23 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00186663;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.062;QD=21.0602;RBI=0.111367;REFB=-0.00117226;REVB=0.111351;RO=29;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888296;STB=0.547143;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00155695;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:30:34:35:0.538462:20:14:15:14:21:14:15:15 chr9 136536793 . C G 263.65 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0209563;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.9365;QD=10.7612;RBI=0.0220557;REFB=-0.0112467;REVB=0.00687649;RO=63;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279609;STB=0.509609;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00963472;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:66:32:32:0.326531:17:15:28:35:17:15:30:36 chr9 136555629 . T C 222.41 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0581434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.689;QD=14.5845;RBI=0.0584442;REFB=-0.0163659;REVB=-0.00592274;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763202;STB=0.523238;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0198361;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:7:18:23:12:8:18:23:12 chr9 136559460 . C T 141.27 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0410602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.522;QD=17.6584;RBI=0.0420929;REFB=-0.00185009;REVB=-0.00926694;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863963;STB=0.595118;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0033247;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:16:15:16:0.5:9:6:7:7:10:6:9:7 chr9 136561367 . G A 360.12 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0304853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8959;QD=15.0049;RBI=0.0310483;REFB=-0.0249142;REVB=0.00588618;RO=57;SAF=12;SAR=27;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307183;STB=0.674176;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0224928;OID=.;OPOS=136561367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:27:12:34:23:27:12:34:23 chr9 136573412 . G A 592.24 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0226431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.132;QD=18.9518;RBI=0.0403518;REFB=-0.0321346;REVB=0.0333999;RO=64;SAF=27;SAR=34;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678511;STB=0.537537;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0317894;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:64:61:61:0.488:34:27:33:31:34:27:33:31 chr9 136627116 . TGGGGGGGC TGGGGGG,TGGGGGGC,TGGGGGGG,TGGGGGGGG 74.86 PASS AF=0,0.0625,0.9375,0;AO=2,2,5,2;DP=17;FAO=0,1,15,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,0;FSAR=0,1,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250862,0.266861,-0.146988,-0.217056;FXX=0.0587889;HRUN=7,7,5,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=8.08845,6.54955,8.33334,6.1976;QD=18.7142;RBI=0.0753662,0.288583,0.27641,0.264458;REFB=-0.019547,0.00916001,-0.0311043,-0.00639903;REVB=0.0710686,-0.109842,0.234088,0.151079;RO=0;SAF=0,0,2,2;SAR=2,2,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.305263,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0792679,0.0300073,0.0406213,-0.0563922;OID=.,.,.,.;OPOS=136627123,136627117,136627124,136627124;OREF=GC,G,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC,TGGGGGGG,TGGGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0625,0.9375,0:2,2,5,2:17:0,1,15,0:16:0:0,0,7,0:0,1,8,0:0:0:5:0:0,0,2,2:2,2,3,0:0:0 chr9 136628770 . T C 1720.58 PASS AF=1;AO=85;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0770119;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.712;QD=60.3714;RBI=0.0867121;REFB=0;REVB=0.0398517;RO=2;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103832;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:2:0:85:114:1:46:39:0:2:55:59:0:0 chr9 136628771 . G C 180.66 PASS AF=0.239316;AO=27;DP=116;FAO=28;FDP=117;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00454286;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.032;QD=6.17655;RBI=0.0568326;REFB=-0.0616265;REVB=0.0566507;RO=89;SAF=19;SAR=8;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332462;STB=0.710633;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0113894;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:89:89:27:28:0.239316:8:19:39:50:8:20:39:50 chr9 136654469 . GGAA G 229.83 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00925916;FXX=0.0987532;HRUN=3;LEN=3;MLLD=229.552;QD=12.5934;RBI=0.0118938;REFB=-0.0161745;REVB=-0.00746522;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0.34375;SSEP=0;SSSB=0.0465311;STB=0.529839;STBP=0.652;TYPE=del;VARB=0.0174317;OID=.;OPOS=136654470;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:33:76:34:73:39:21:13:22:17:99:34:21:12:20:14 chr9 136662928 . A G 220.72 PASS AF=0.480769;AO=23;DP=49;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0172134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2631;QD=16.9782;RBI=0.0274011;REFB=-0.0170366;REVB=-0.0213195;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223328;STB=0.618227;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0205592;OID=.;OPOS=136662928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:25:27:23:25:0.480769:13:10:17:8:15:10:17:10 chr9 136898063 . G T 532.02 PASS AF=0.417266;AO=57;DP=138;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.000955717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.87;QD=15.31;RBI=0.0234783;REFB=-0.00644571;REVB=0.0234589;RO=77;SAF=33;SAR=24;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471525;STB=0.528922;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00968936;OID=.;OPOS=136898063;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:77:81:57:58:0.417266:24:33:48:29:25:33:50:31 chr9 136898627 . A G 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0334447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7549;QD=20.918;RBI=0.0384843;REFB=0.000552891;REVB=-0.0190393;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560016;STB=0.531015;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000257876;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:14:17:16:10:14:17:16:10 chr9 136907005 . G A 452.41 PASS AF=0.711864;AO=38;DP=60;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0307345;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.3723;QD=30.6717;RBI=0.0502866;REFB=-0.0697169;REVB=0.0398011;RO=14;SAF=22;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399573;STB=0.509365;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0140415;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:14:17:38:42:0.711864:16:22:7:7:16:26:10:7 chr9 136913355 . T C 354.58 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0118866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.788;QD=17.5103;RBI=0.0119409;REFB=-0.0126618;REVB=0.0011368;RO=43;SAF=13;SAR=24;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285857;STB=0.663345;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0177059;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:37:38:0.469136:24:13:28:15:25:13:28:15 chr9 137005023 . C T 625.63 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0263952;FXX=0.0143875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.162;QD=18.2665;RBI=0.0338182;REFB=-0.0385553;REVB=0.0211416;RO=72;SAF=36;SAR=28;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335;STB=0.522574;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0448561;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:72:73:64:64:0.467153:28:36:38:34:28:36:38:35 chr9 137271318 . C A 1484.76 PASS AF=0.945946;AO=104;DP=110;FAO=105;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0352648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.4377;QD=53.505;RBI=0.0381517;REFB=0.0463405;REVB=0.0145585;RO=6;SAF=51;SAR=53;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000993717;STB=0.500773;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.000582888;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:110:111:6:6:104:105:0.945946:53:51:3:3:54:51:3:3 chr9 137313978 . CA AC 30.42 PASS AF=0.25;AO=3;DP=17;FAO=4;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0430506;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=27.8498;QD=7.60386;RBI=0.161532;REFB=0.00753569;REVB=0.155689;RO=11;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6271;STB=0.811759;STBP=0.841;TYPE=mnp;VARB=0.0994415;OID=.;OPOS=137313978;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:17:16:11:10:3:4:0.25:1:2:11:0:1:3:10:0 chr9 137330560 . C T 393.85 PASS AF=0.534247;AO=28;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0589475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.828;QD=21.5806;RBI=0.0589489;REFB=-0.0253896;REVB=-0.000409928;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109953;STB=0.621786;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0277405;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:28:39:0.534247:15:13:12:22:15:24:12:22 chr9 137332311 . T G 2334.42 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000199132;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.687;QD=61.0307;RBI=0.0518739;REFB=0;REVB=0.0518735;RO=0;SAF=85;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09426e-07;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:68:85:0:0:68:85:0:0 chr9 137619195 . C T 265.39 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0109477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.302;QD=17.9926;RBI=0.0514732;REFB=-0.0161085;REVB=0.0502956;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168416;STB=0.509427;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0170394;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:16:14:13:16:16:14 chr9 137630587 . T C 76.65 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0219844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3237;QD=5.37906;RBI=0.0227462;REFB=0.00305122;REVB=-0.00583742;RO=43;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2;STB=0.641606;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0121408;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:43:45:12:12:0.210526:7:5:25:18:7:5:27:18 chr9 137686906 . C T 919.75 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.8;QD=58.3968;RBI=0.0218699;REFB=0;REVB=0.000462352;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88882e-05;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:21:42:0:0 chr9 137690318 . A G,T 744.25 PASS AF=0.0727273,0.927273;AO=2,50;DP=53;FAO=4,51;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=3,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295259,0.0853014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.0571,55.9957;QD=54.1272;RBI=0.046972,0.0948794;REFB=0,0;REVB=0.0468791,0.0415423;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.029976,0.00203633;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:53:55:0:0:2,50:4,51:0.0727273,0.927273:2,38:0,12:0:0:3,40:1,11:0:0 chr9 137742124 . G T 52.35 PASS AF=0.228571;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0438086;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9837;QD=5.98228;RBI=0.0450377;REFB=-0.0156166;REVB=0.0104499;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851674;STB=0.583729;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.058973;OID=.;OPOS=137742124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:35:26:27:7:8:0.228571:4:3:13:13:5:3:13:14 chr9 137742597 . A G 142.43 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.998;QD=43.8248;RBI=0.0676477;REFB=0;REVB=0.0501551;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362417;OID=.;OPOS=137742597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr9 137775139 . A G 1386.63 PASS AF=0.960784;AO=96;DP=101;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0460755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7832;QD=54.3777;RBI=0.0563499;REFB=0.0336985;REVB=-0.0324401;RO=5;SAF=46;SAR=50;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743611;STB=0.509409;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0019187;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:102:5:4:96:98:0.960784:50:46:2:3:50:48:1:3 chr9 137775155 . T C 1375.98 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0117322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.38;QD=59.1818;RBI=0.0189875;REFB=0.0243983;REVB=-0.0149292;RO=3;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305498;STB=0.516125;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.000758148;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:45:45:0:3:45:45:0:3 chr9 137801314 . A G 1318.24 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0163624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.204;QD=58.5885;RBI=0.016451;REFB=0.0278305;REVB=0.00170478;RO=3;SAF=61;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535188;STB=0.527266;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00174339;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:90:3:3:86:87:0.966667:25:61:0:3:26:61:0:3 chr9 137801416 . T C 731.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151121;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.518;QD=63.5921;RBI=0.00505112;REFB=0;REVB=0.00481976;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56014e-05;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr9 137801800 . T C 1538.48 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=104;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1315;QD=58.0557;RBI=0.0374339;REFB=-0.0507221;REVB=-0.0112527;RO=1;SAF=64;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735649;STB=0.503703;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00522587;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:106:1:1:102:105:0.990566:38:64:1:0:38:67:1:0 chr9 137804360 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.656;QD=58.1418;RBI=0.021881;REFB=0;REVB=-0.0155126;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550572;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr9 137968919 . G A,GA,GAA 1289.42 PASS AF=0.0470588,0,0.952941;AO=8,9,66;DP=89;FAO=4,0,81;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,53;FSAR=3,0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217651,0.0160832,0.0186661;FXX=0.0229859;HRUN=2,0,0;LEN=1,1,2;MLLD=21.7773,205.587,229.784;QD=60.6784;RBI=0.124439,0.0369349,0.0466507;REFB=0,0,0;REVB=0.12252,0.0332493,0.0427535;RO=6;SAF=4,5,43;SAR=4,4,23;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.246937,-0.20145,-0.0317667;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0418842,0,0.000102857;OID=.,.,.;OPOS=137968919,137968920,137968920;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:11:89:85:6:0:8,9,66:4,0,81:0.0470588,0,0.952941:4,4,23:4,5,43:5:1:3,0,28:1,0,53:0:0 chr9 137978552 . A G 471.97 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00397858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9913;QD=18.3288;RBI=0.00547684;REFB=-0.0167046;REVB=-0.00376386;RO=51;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176768;STB=0.504278;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0225844;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:51:53:49:50:0.485437:24:25:27:24:24:26:28:25 chr9 137982127 . T C 2297.62 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.106;QD=63.8228;RBI=0.0414613;REFB=0;REVB=0.0408903;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72713e-05;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:144:0:0:135:144:1:62:73:0:0:70:74:0:0 chr9 138236212 . T G 1882.82 PASS AF=1;AO=106;DP=110;FAO=123;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.748;QD=61.23;RBI=0.0198;REFB=0;REVB=0.0123371;RO=0;SAF=31;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50672e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39984e-05;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:123:0:0:106:123:1:75:31:0:0:85:38:0:0 chr9 138376649 . T C 1080.03 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.256;QD=59.1798;RBI=0.048319;REFB=0;REVB=0.0413928;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544833;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr9 138376972 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.729;QD=58.1351;RBI=0.0215407;REFB=0;REVB=-0.0111151;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26379e-05;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr9 138377657 . T C 1556.23 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188613;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.321;QD=59.8552;RBI=0.0195216;REFB=0;REVB=0.00503426;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9032e-06;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:56:47:0:0:57:47:0:0 chr9 138377853 . A G 1484.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.888;QD=63.1709;RBI=0.0288462;REFB=0;REVB=0.0250965;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21704e-05;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:94:0:0:87:94:1:36:51:0:0:43:51:0:0 chr9 138377915 . G A 715.35 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028991;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.037;QD=57.2282;RBI=0.0743034;REFB=0;REVB=0.0684143;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114579;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr9 138378856 . A G 1502.36 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.723;QD=61.9529;RBI=0.0369628;REFB=-0.0680117;REVB=0.00731634;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903231;STB=0.504761;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000488382;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:43:52:1:0:44:52:1:0 chr9 138379002 . T G 664.58 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.073;QD=60.4163;RBI=0.0703871;REFB=0;REVB=0.0622684;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221309;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:13:28:0:0:14:30:0:0 chr9 138379059 . G T 1264.17 PASS AF=0.988095;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0016;QD=60.1986;RBI=0.0829679;REFB=-0.114115;REVB=0.0795393;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.507245;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00728629;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:84:0:1:80:83:0.988095:34:46:0:0:34:49:0:1 chr9 138380334 . T C 651.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000617006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.151;QD=62.0664;RBI=0.0289921;REFB=0;REVB=0.0289855;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53819e-05;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr9 138391299 . T A 550.72 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055653;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5762;QD=59.5374;RBI=0.0926305;REFB=0;REVB=0.0924632;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00559337;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:31:37:1:11:20:0:0:17:20:0:0 chr9 138392955 . C T 85.31 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.030654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9694;QD=11.3741;RBI=0.0310491;REFB=-0.0122965;REVB=0.00493698;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108084;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0260203;OID=.;OPOS=138392955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:18:19:10:11:0.366667:6:4:9:9:7:4:9:10 chr9 138440525 . CTT GTC 947.43 PASS AF=1;AO=60;DP=75;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168898;FXX=0.159979;HRUN=2;LEN=3;MLLD=237.983;QD=60.1544;RBI=0.0263849;REFB=0;REVB=0.0202706;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.37221e-05;OID=.;OPOS=138440525;OREF=CTT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:63:0:0:60:63:1:38:22:0:0:39:24:0:0 chr9 138440641 . T C 1141.69 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.947;QD=59.3088;RBI=0.0473455;REFB=-0.128552;REVB=0.00991835;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558903;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:0:0:76:77:1:46:30:0:0:46:31:0:0 chr9 138516190 . T C 299.01 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0161576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2303;QD=16.1627;RBI=0.0310373;REFB=-0.00954675;REVB=-0.0264999;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160633;STB=0.582333;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.012076;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:16:17:14:26:16:17:15:26 chr9 138518010 . A G 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.39;QD=60.3497;RBI=0.0126769;REFB=0;REVB=0.0124864;RO=0;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33913e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:44:66:0:0:44:66:0:0 chr9 138523332 . C A 1417.85 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.626;QD=63.0154;RBI=0.0329933;REFB=0;REVB=0.0329041;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31721e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:90:0:0:82:90:1:37:45:0:0:44:46:0:0 chr9 138586198 . G A 693.75 PASS AF=0.981132;AO=48;DP=50;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100152;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.807;QD=52.3588;RBI=0.0304918;REFB=-0.00393722;REVB=0.0288001;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000384041;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:53:1:1:48:52:0.981132:24:24:1:0:25:27:1:0 chr9 138586966 . GC AA 1864.52 PASS AF=1;AO=119;DP=125;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344393;FXX=0.0319974;HRUN=4;LEN=2;MLLD=154.944;QD=61.6371;RBI=0.041889;REFB=0;REVB=0.0238458;RO=0;SAF=71;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.29139e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:121:0:0:119:121:1:48:71:0:0:48:73:0:0 chr9 138590928 . C T 141.63 PASS AF=0.4;AO=12;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00936773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.636;QD=14.1627;RBI=0.0185744;REFB=-0.0262855;REVB=0.0160392;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233862;STB=0.576834;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0307188;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:24:12:16:0.4:5:7:15:4:5:11:19:5 chr9 138591266 . A G 478.83 PASS AF=0.418605;AO=50;DP=124;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00848969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.462;QD=14.8475;RBI=0.00886434;REFB=-0.00852829;REVB=0.00254982;RO=66;SAF=18;SAR=32;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191529;STB=0.592494;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0126437;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:129:66:75:50:54:0.418605:32:18:36:30:33:21:41:34 chr9 138644203 . T C 152.75 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0439241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5974;QD=13.5773;RBI=0.0470094;REFB=0.00157865;REVB=0.01675;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717456;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00260395;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:7:10:17:9:7:10:17:11 chr9 138669261 . G A 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000105852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6949;QD=18.4123;RBI=0.0216061;REFB=-0.00983386;REVB=-0.0216059;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961915;STB=0.553701;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00861221;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:16:18:14:19:16:18 chr9 138714620 . G A 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.102583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8939;QD=18.964;RBI=0.115245;REFB=0.00729832;REVB=0.0525187;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129353;STB=0.572832;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0040748;OID=.;OPOS=138714620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:18:7:9:13:18:7 chr9 138836941 . GCCTCC GCC,GCCTCA 306.59 PASS AF=0.47541,0.0655738;AO=28,3;DP=60;FAO=29,4;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=5,2;FSAR=24,2;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00848907,0.0394847;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=171.01,99.272;QD=20.1039;RBI=0.00994528,0.0412198;REFB=-0.0266638,-0.0131959;REVB=-0.00518114,-0.0118334;RO=28;SAF=5,2;SAR=23,1;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.487699,-0.0141505;STB=0.77712,0.655547;STBP=0,0.576;TYPE=del,snp;VARB=0.0294859,0.0307409;OID=.,.;OPOS=138836942,138836946;OREF=CCT,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCC,GCCTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47541,0.0655738:28,3:60:29,4:61:28:5,2:24,2:19:9:99:28:5,2:23,1:19:9 chr9 138836957 . C T 350.94 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0406278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.239;QD=20.6437;RBI=0.0442288;REFB=-0.0445577;REVB=0.0174804;RO=32;SAF=10;SAR=26;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285805;STB=0.658998;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0250968;OID=.;OPOS=138836957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:26:10:19:13:26:10:19:13 chr9 138838140 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.606;QD=56.9558;RBI=0.0126809;REFB=0;REVB=0.00930206;RO=0;SAF=39;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85517e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:13:39:0:0:13:39:0:0 chr9 138898893 . C G 1599.21 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133796;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.905;QD=59.7835;RBI=0.0491653;REFB=0;REVB=0.0473097;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307907;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:56:50:0:0:56:51:0:0 chr9 138899253 . G GCA 95.35 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.229;QD=34.6724;RBI=0.0225637;REFB=-0.03427;REVB=0.0225637;RO=5;SAF=0;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.779824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00354411;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:9:14:10:11:1:0:10:0:1:6:5:0:9:1:4 chr9 138899276 . TACAC T 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.931;QD=36.2816;RBI=0.00843742;REFB=0;REVB=0.00843742;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000166745;OID=.;OPOS=138899277;OREF=ACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:0:6:0:0:3:0:0:6:0:0 chr9 138903671 . A G 352.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.071;QD=54.2101;RBI=0.060659;REFB=0;REVB=0.0584403;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597315;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:26:0:0:22:26:1:12:10:0:0:16:10:0:0 chr9 138905136 . C T 2059.78 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000167442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.483;QD=60.5819;RBI=0.0527778;REFB=-0.109287;REVB=0.0527775;RO=2;SAF=65;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000317646;STB=0.50022;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000490698;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:133:134:0.985294:68:65:1:1:69:65:1:1 chr9 139142710 . G A 332.67 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.222;QD=53.2265;RBI=0.0370567;REFB=0;REVB=0.0286169;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772738;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:12:11:0:0:13:12:0:0 chr9 139142808 . T C 734.29 PASS AF=0.96;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0337385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7741;QD=58.7428;RBI=0.0606197;REFB=-0.0373244;REVB=0.0503632;RO=2;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335578;STB=0.517234;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00332493;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:50:2:2:46:48:0.96:27:19:0:2:28:20:0:2 chr9 139143045 . T A 86.13 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.022462;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.285;QD=11.1132;RBI=0.0229294;REFB=-0.00550683;REVB=-0.00460627;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555553;STB=0.521699;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0201686;OID=.;OPOS=139143045;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:19:20:11:11:0.354839:3:8:13:6:3:8:14:6 chr9 139252495 . G A,C 2955.16 PASS AF=0.960199,0.0298507;AO=190,7;DP=200;FAO=193,6;FDP=201;FR=.;FRO=2;FSAF=105,6;FSAR=88,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0342712,0.0227174;FXX=0.00495025;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.666,108.002;QD=58.8092;RBI=0.0534549,0.0280766;REFB=-0.120351,-0.165944;REVB=0.0410233,-0.016499;RO=1;SAF=106,5;SAR=84,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00563524,0.173072;STB=0.505617,0.997484;STBP=0.157,0.011;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00175761,0.0896365;OID=.,.;OPOS=139252495,139252495;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:200:201:1:2:190,7:193,6:0.960199,0.0298507:84,2:106,5:0:1:88,0:105,6:0:2 chr9 139273402 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.036;QD=57.6805;RBI=0.0431187;REFB=0;REVB=0.0427122;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52697e-05;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr9 139301685 . G A 541.28 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.0175841;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.956;QD=20.8185;RBI=0.0348255;REFB=-0.012279;REVB=0.0300601;RO=49;SAF=34;SAR=21;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14901;STB=0.581511;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00715536;OID=.;OPOS=139301685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:49:55:55:0.528846:21:34:38:11:21:34:38:11 chr9 139328551 . T C 140.6 PASS AF=0.625;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0080139;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.012;QD=23.434;RBI=0.0586575;REFB=-0.000566076;REVB=0.0581075;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310935;STB=0.662422;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00232145;OID=.;OPOS=139328551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:25:24:8:9:14:15:0.625:10:4:6:2:11:4:6:3 chr9 139343718 . TC T,TT 834.64 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=10,51;DP=64;FAO=2,56;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13025,0.131359;FXX=0.0793525;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.609,237.603;QD=57.5612;RBI=0.130313,0.131406;REFB=0,0;REVB=-0.00406095,-0.00350926;RO=0;SAF=5,6;SAR=5,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.003233,0.00198814;OID=.,.;OPOS=139343719,139343719;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:10,51:64:2,56:58:0:0,9:2,47:0:0:7:0:5,6:5,45:0:0 chr9 139371234 . G A 271.44 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0249467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.759;QD=20.8801;RBI=0.0281396;REFB=-0.0394615;REVB=0.0130191;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157937;STB=0.588004;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0351228;OID=.;OPOS=139371234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:13:11:18:10:13:11 chr9 139371786 . A C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.018635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.695;QD=14.3343;RBI=0.0186779;REFB=-0.0533228;REVB=-0.00126574;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934302;STB=0.555425;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.053793;OID=.;OPOS=139371786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:7:3:2:7:7:3 chr9 139389432 . C T 291.16 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0483054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.827;QD=16.6375;RBI=0.0486754;REFB=-0.0174168;REVB=-0.00599089;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684955;STB=0.545426;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0133585;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:32:32:0.457143:17:15:20:17:17:15:21:17 chr9 139391636 . G A 3360.9 PASS AF=0.986425;AO=217;DP=221;FAO=218;FDP=221;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00351269;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.294;QD=60.8307;RBI=0.0365258;REFB=-0.153699;REVB=0.0363565;RO=3;SAF=122;SAR=95;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148046;STB=0.507771;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000122616;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:221:221:3:3:217:218:0.986425:95:122:0:3:95:123:0:3 chr9 139396542 . T G,TG 33.77 PASS AF=0,0.26087;AO=2,13;DP=48;FAO=0,12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0090777,0.176293;FXX=0.0212721;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=42.6276,7.26544;QD=2.93677;RBI=0.0255159,0.198078;REFB=-0.0519516,-0.122253;REVB=-0.0238465,-0.0903081;RO=28;SAF=2,6;SAR=0,7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.46666,-0.043696;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.124342;OID=.,.;OPOS=139396542,139396543;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:48:46:28:34:2,13:0,12:0,0.26087:0,7:2,6:14:14:0,6:0,6:17:17 chr9 139397707 . G A 855.25 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0726907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.984;QD=56.0817;RBI=0.0950297;REFB=-0.0925432;REVB=0.0612103;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000907207;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:20:40:0:0:20:40:1:0 chr9 139407932 . A G 921.54 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3888;QD=57.5964;RBI=0.0833851;REFB=0;REVB=-0.0816134;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359199;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:33:29:0:0:34:30:0:0 chr9 139418260 . A G 303.16 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.581;QD=52.7235;RBI=0.0250376;REFB=0;REVB=0.0189884;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126238;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr9 139510820 . G A 459.8 PASS AF=0.754717;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0235485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.588;QD=34.7018;RBI=0.0325789;REFB=-0.124448;REVB=0.0225134;RO=7;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929651;STB=0.560389;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00240957;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:53:53:7:13:40:40:0.754717:21:19:1:6:21:19:3:10 chr9 139510938 . T C 446.88 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.79;QD=57.6616;RBI=0.0116657;REFB=0;REVB=0.0112633;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5318e-05;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr9 139564668 . G A 531.13 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0115926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.219;QD=16.7284;RBI=0.0177894;REFB=-0.00447644;REVB=-0.0134935;RO=69;SAF=41;SAR=16;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125664;STB=0.567404;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00629892;OID=.;OPOS=139564668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:70:57:57:0.448819:16:41:42:27:16:41:43:27 chr9 139616742 . A G 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.587;QD=55.0089;RBI=0.0339719;REFB=-0.0220825;REVB=-0.0160902;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00484402;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:32:32:0.969697:21:11:0:0:21:11:0:1 chr9 139634495 . G A 933.52 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200957;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.684;QD=58.3452;RBI=0.0301029;REFB=0;REVB=0.0224131;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165691;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:31:31:0:0:33:31:0:0 chr9 139635430 . C T 851.0 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138126;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.35;QD=54.9029;RBI=0.0147643;REFB=-0.101435;REVB=0.00521491;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508538;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.000575517;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:62:0:2:60:60:0.967742:43:17:0:0:43:17:1:1 chr9 139648918 . T G 414.95 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415822;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.816;QD=57.2346;RBI=0.0239595;REFB=0;REVB=0.0235959;RO=0;SAF=27;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55934e-05;OID=.;OPOS=139648918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:2:27:0:0:2:27:0:0 chr9 139649612 . C A 785.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.595;QD=57.1212;RBI=0.037632;REFB=0;REVB=0.0255155;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81101e-05;OID=.;OPOS=139649612;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:17:37:0:0:18:37:0:0 chr9 139650678 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.957;QD=33.4283;RBI=0.0368739;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424148;OID=.;OPOS=139650678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr9 139652329 . G C 1078.61 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0447166;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.004;QD=56.7688;RBI=0.0500161;REFB=-0.118791;REVB=0.0224061;RO=2;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038846;STB=0.511625;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000624725;OID=.;OPOS=139652329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:2:2:73:74:0.973684:31:42:1:1:32:42:2:0 chr9 139656670 . T C,G 2038.48 PASS AF=0.929078,0.035461;AO=121,12;DP=137;FAO=131,5;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=83,4;FSAR=48,1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0232241,-0.0568311;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=143.037,37.2717;QD=57.8291;RBI=0.054567,0.0929628;REFB=0.036001,0.074025;REVB=0.0493781,-0.0735683;RO=3;SAF=73,11;SAR=48,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0191195,-0.108501;STB=0.514618,0.691764;STBP=0.102,0.772;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00337643,0.0627258;OID=.,.;OPOS=139656670,139656670;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:137:141:3:5:121,12:131,5:0.929078,0.035461:48,1:73,11:3:0:48,1:83,4:5:0 chr9 139656706 . A C 2407.87 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.42453e-05;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.537;QD=61.3471;RBI=0.00445297;REFB=0;REVB=-0.00445235;RO=0;SAF=97;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281757;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:156:157:1:59:97:0:0:60:97:0:0 chr9 139657834 . G C 1268.43 PASS AF=0.90625;AO=86;DP=96;FAO=87;FDP=96;FR=.;FRO=9;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00322502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.006;QD=52.8513;RBI=0.0455035;REFB=-0.0210137;REVB=0.0453891;RO=9;SAF=59;SAR=27;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191909;STB=0.509719;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00487359;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:9:9:86:87:0.90625:27:59:7:2:27:60:7:2 chr9 139690840 . G A 851.06 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.052;QD=57.6988;RBI=0.0475793;REFB=0;REVB=0.0473854;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45327e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:16:42:0:0:16:43:0:0 chr9 139700605 . T C 1264.45 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0503;QD=61.6803;RBI=0.0227778;REFB=0;REVB=0.0206771;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79016e-05;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr9 139701108 . A C 489.82 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.107527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9863;QD=55.9797;RBI=0.11653;REFB=0.0340388;REVB=-0.044913;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00386812;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:0:1:16:18:0:1 chr9 139726239 . A G 1250.58 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7481;QD=61.004;RBI=0.0697484;REFB=0;REVB=-0.0697043;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348384;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:48:32:0:0:48:34:0:0 chr9 139731969 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3368;QD=33.4267;RBI=0.0770686;REFB=0;REVB=0.0770686;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00648762;OID=.;OPOS=139731969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr9 139732331 . G C 2063.98 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.267;QD=62.545;RBI=0.0260492;REFB=0;REVB=0.00361409;RO=0;SAF=81;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68508e-05;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:51:81:0:0:51:81:0:0 chr9 139739643 . T C 433.1 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0460893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.673;QD=54.1369;RBI=0.0489801;REFB=-0.000796982;REVB=-0.0165778;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000133432;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:13:17:0:1:13:18:0:1 chr9 139749067 . C T 943.24 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116365;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0476;QD=57.1659;RBI=0.117603;REFB=-0.119139;REVB=0.0170146;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284196;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:66:1:0:65:66:1:27:38:1:0:27:39:0:0 chr9 139752897 . CCTG C,CCG,CCGG,CG 565.21 PASS AF=0,0,0.35,0.65;AO=8,3,15,4;DP=30;FAO=0,0,14,26;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,26;FSAR=0,0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538324,0.00660099,-0.0116366,0.0222992;FXX=0;HRUN=2,1,1,2;LEN=3,1,1,2;MLLD=113.372,123.497,123.73,125.409;QD=56.5205;RBI=0.0547868,0.0422209,0.0562832,0.0433367;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0101813,0.0417017,0.0550671,0.0371593;RO=0;SAF=8,0,5,4;SAR=0,3,10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.23208,0,0,0.23208;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0,0,0.0128128,-0.0018377;OID=.,.,.,.;OPOS=139752898,139752899,139752899,139752898;OREF=CTG,T,T,CT;OALT=-,-,G,-;OMAPALT=C,CCG,CCGG,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.35,0.65:8,3,15,4:30:0,0,14,26:40:0:0,0,1,26:0,0,13,0:0:0:99:0:8,0,5,4:0,3,10,0:0:0 chr9 139839904 . T G 89.11 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.095232;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9574;QD=12.7307;RBI=0.0981124;REFB=-0.00853515;REVB=-0.023599;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.5805;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00712485;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:29:28:16:17:11:11:0.392857:5:6:6:10:5:6:7:10 chr9 139840543 . A G 160.52 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2792;QD=45.8623;RBI=0.100646;REFB=0;REVB=0.0330527;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00542631;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr9 139848688 . C T 2358.88 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896238;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.71;QD=64.1873;RBI=0.0238786;REFB=0;REVB=0.0221328;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504294;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:145:147:1:65:80:0:0:68:79:0:0 chr9 139849214 . GC G 135.77 PASS AF=0.766667;AO=17;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.212235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2199;QD=18.103;RBI=0.239813;REFB=-0.129115;REVB=0.111653;RO=10;SAF=1;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490237;STB=0.677228;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.104527;OID=.;OPOS=139849215;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667:17:30:23:30:7:2:21:3:4:19:10:1:16:4:6 chr9 139872048 . A G 2568.14 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.875;QD=61.1463;RBI=0.0474674;REFB=0.0126808;REVB=-0.0403068;RO=1;SAF=87;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543905;STB=0.502857;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000236865;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:168:1:1:167:167:0.994048:80:87:1:0:80:87:1:0 chr9 139878317 . C T 679.91 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0370212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.592;QD=57.8644;RBI=0.0454313;REFB=-0.159403;REVB=0.026333;RO=2;SAF=26;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.517234;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00334861;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:47:2:2:43:45:0.957447:17:26:2:0:17:28:2:0 chr9 139878828 . T C 261.48 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142534;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.3;QD=52.2959;RBI=0.0158068;REFB=0;REVB=-0.00683329;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266182;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr9 139902214 . A G 1561.58 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0199;QD=63.7379;RBI=0.0418779;REFB=0;REVB=-0.0418441;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210936;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:52:45:0:0:53:45:0:0 chr9 139904037 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00230792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.167;QD=47.8145;RBI=0.00642015;REFB=-0.0183547;REVB=0.00599098;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00329228;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr9 139906359 . G A 862.87 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0105082;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.437;QD=54.7855;RBI=0.0678992;REFB=-0.0859033;REVB=0.0670812;RO=2;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247062;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00308957;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:2:2:61:61:0.968254:28:33:1:1:28:33:1:1 chr9 139912484 . A G 397.93 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188397;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.702;QD=56.8467;RBI=0.0539893;REFB=0;REVB=0.0505956;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353519;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:8:18:0:0:8:20:0:0 chr9 139913239 . T G 2317.28 PASS AF=0.993243;AO=142;DP=143;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.187;QD=62.6293;RBI=0.0567127;REFB=-0.138133;REVB=0.048274;RO=1;SAF=78;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737192;STB=0.503703;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000389319;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:148:1:1:142:147:0.993243:64:78:0:1:67:80:0:1 chr9 139923265 . A G 861.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.2;QD=57.417;RBI=0.0424885;REFB=0;REVB=0.0276688;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010663;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr9 139926402 . T C 312.88 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.127466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.292;QD=50.0613;RBI=0.127556;REFB=-0.0363091;REVB=0.00479853;RO=1;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250636;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0064081;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:18:6:0:1:18:6:0:1 chr9 139934266 . G A 218.16 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.028037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.324;QD=23.5852;RBI=0.0280522;REFB=0.00389843;REVB=0.000921501;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151496;STB=0.584535;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00222121;OID=.;OPOS=139934266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:6:10:9:12:6:10 chr9 139937795 . T C 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.841;QD=59.9956;RBI=0.027928;REFB=0;REVB=0.02254;RO=0;SAF=26;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01811e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:80:26:0:0:80:26:0:0 chr9 139937799 . G A 1592.54 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299823;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7049;QD=59.5342;RBI=0.0300219;REFB=0;REVB=-0.00154232;RO=0;SAF=29;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080077;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:76:29:0:0:78:29:0:0 chr9 139943429 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.218;QD=46.848;RBI=0.124258;REFB=0;REVB=0.116586;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231194;OID=.;OPOS=139943429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr9 139943549 . G A 632.82 PASS AF=0.877193;AO=46;DP=54;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0344945;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.949;QD=44.4081;RBI=0.051331;REFB=-0.176979;REVB=0.0380132;RO=2;SAF=28;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032403;STB=0.552219;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00459029;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:54:57:2:7:46:50:0.877193:18:28:2:0:20:30:7:0 chr9 139959372 . C CG 59.41 PASS AF=0.541667;AO=5;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0144416;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5094;QD=9.90165;RBI=0.22309;REFB=0.000467371;REVB=0.222622;RO=18;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601821;STB=0.521704;STBP=0.918;TYPE=ins;VARB=0.0188115;OID=.;OPOS=139959373;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:5:25:13:24:11:1:12:1:10:53:18:0:5:2:16 chr9 139973820 . C T 1764.14 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0100419;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3876;QD=58.3186;RBI=0.0302328;REFB=-0.13843;REVB=-0.0285163;RO=2;SAF=2;SAR=116;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811922;STB=0.506382;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00269842;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:121:2:3:118:118:0.975207:116:2:0:2:116:2:0:3 chr9 139981627 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.306;QD=60.9785;RBI=0.0170248;REFB=0;REVB=0.00966799;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44484e-05;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:26:13:0:0 chr9 139996641 . C A 66.19 PASS AF=0.8;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.114919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5038;QD=26.475;RBI=0.157235;REFB=-0.138609;REVB=0.107315;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216951;STB=0.599759;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0307203;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:10:2:2:7:8:0.8:3:4:0:2:4:4:0:2 chr9 140002220 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4285;QD=39.2049;RBI=0.157462;REFB=0;REVB=0.157372;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365464;OID=.;OPOS=140002220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr9 140002989 . T C 1607.0 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8647;QD=60.0749;RBI=0.0316325;REFB=0;REVB=0.0148932;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66479e-05;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:47:60:0:0:47:60:0:0 chr9 140003427 . A G 684.66 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.526;QD=62.2415;RBI=0.0362519;REFB=0;REVB=0.00352345;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111943;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:29:15:0:0 chr9 140006202 . G A 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.76;QD=55.6359;RBI=0.0147064;REFB=0;REVB=0.0140586;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160275;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr9 140006425 . C G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.267;QD=56.7036;RBI=0.0338802;REFB=0;REVB=-0.00285168;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188908;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr9 140008750 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9162;QD=42.1803;RBI=0.0937096;REFB=0;REVB=0.0824955;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661876;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr9 140120396 . C T 219.93 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500952;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4204;QD=48.8743;RBI=0.073919;REFB=0;REVB=0.0543553;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139948;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:16:18:1:6:10:0:0:6:12:0:0 chr9 140123132 . C G 698.41 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3179;QD=62.0812;RBI=0.114835;REFB=0;REVB=-0.114687;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054802;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:23:20:0:0:24:21:0:0 chr9 140127051 . G A 65.18 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0127943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.094;QD=10.8628;RBI=0.0430256;REFB=-0.0363529;REVB=0.0410793;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.064846;OID=.;OPOS=140127051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:12:3:3:6:12:3 chr9 140128085 . T C 254.12 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0273214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7497;QD=16.3948;RBI=0.0276985;REFB=-0.0364876;REVB=0.00455515;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142477;STB=0.56202;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0465981;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:33:27:29:0.467742:12:15:23:10:12:17:23:10 chr9 140130606 . A T 1116.49 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3025;QD=60.3508;RBI=0.0350107;REFB=0;REVB=-0.0252047;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229467;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:35:39:0:0 chr9 140139184 . A G 352.89 PASS AF=0.647059;AO=32;DP=50;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00673194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.881;QD=27.6774;RBI=0.0085791;REFB=0.00295345;REVB=0.00531808;RO=15;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115344;STB=0.574423;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00158624;OID=.;OPOS=140139184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:15:18:32:33:0.647059:15:17:5:10:15:18:6:12 chr9 140139757 . G A 616.94 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551801;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.634;QD=61.6936;RBI=0.0549428;REFB=0;REVB=0.054665;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192873;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr9 140147152 . C G 300.9 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0317535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2987;QD=16.9519;RBI=0.0537947;REFB=-0.025187;REVB=0.0434232;RO=36;SAF=24;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233653;STB=0.620612;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0428829;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:38:33:33:0.464789:9:24:18:18:9:24:20:18 chr9 140167022 . G A 343.56 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0163222;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.495;QD=13.6064;RBI=0.0182952;REFB=-0.00128629;REVB=0.00826449;RO=61;SAF=12;SAR=28;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346899;STB=0.519712;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00381828;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:28:12:20:41:28:12:20:41 chr9 140176294 . G T 214.43 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00347261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.023;QD=45.1422;RBI=0.00363814;REFB=-0.157533;REVB=0.00108492;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000972964;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:18:18:0.947368:8:10:0:0:8:10:0:1 chr9 140177040 . A T 1442.9 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3308;QD=62.7349;RBI=0.0475409;REFB=0;REVB=-0.0444748;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335373;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:52:38:0:0:52:40:0:0 chr9 140243844 . C T 1008.93 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.518;QD=59.3488;RBI=0.0613476;REFB=0;REVB=0.0228863;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293599;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:32:36:0:0 chr9 140247143 . T G 1551.66 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8505;QD=62.6934;RBI=0.0311641;REFB=-0.0863446;REVB=-0.0282221;RO=1;SAF=71;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663451;STB=0.503496;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00106778;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:27:71:1:0:27:71:1:0 chr9 140250817 . C CT 682.73 PASS AF=0.989899;AO=17;DP=134;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013958;FXX=0.238443;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.897;QD=27.5852;RBI=0.0172756;REFB=-0.0236973;REVB=-0.0101794;RO=117;SAF=15;SAR=2;SRF=72;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408307;STB=0.503105;STBP=0.609;TYPE=ins;VARB=-0.000847494;OID=.;OPOS=140250818;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989899:17:134:98:99:1:80:18:1:0:3:117:15:2:72:45 chr9 140250818 . C G,T 1868.78 PASS AF=0.101562,0.882812;AO=15,111;DP=129;FAO=13,113;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=13,67;FSAR=0,46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0580223,-0.0360141;FXX=0.0153834;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.8952,125.117;QD=58.3995;RBI=0.0592302,0.0453609;REFB=0.185141,0.0182671;REVB=-0.0119008,0.0275789;RO=1;SAF=13,67;SAR=2,44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0338159,-0.00703386;STB=0.5,0.507352;STBP=1,0.292;TYPE=snp,snp;VARB=0.0738851,-0.00184951;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:129:128:1:2:15,111:13,113:0.101562,0.882812:2,44:13,67:1:0:0,46:13,67:2:0 chr9 140262426 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.824;QD=63.2855;RBI=0.0825241;REFB=0;REVB=0.0268936;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355342;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr9 140327663 . C T 957.24 PASS AF=0.598592;AO=84;DP=147;FAO=85;FDP=142;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00092991;FXX=0.0340113;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.574;QD=26.9645;RBI=0.0079673;REFB=-0.0082348;REVB=-0.00791284;RO=55;SAF=46;SAR=38;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149522;STB=0.510782;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00534459;OID=.;OPOS=140327663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:142:55:57:84:85:0.598592:38:46:29:26:38:47:30:27 chr9 140330607 . T G,TG 64.91 PASS AF=0,0.708333;AO=2,9;DP=24;FAO=0,17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=0,5;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00785333,0.00247052;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=198.947,7.40282;QD=10.8176;RBI=0.00833536,0.0552506;REFB=-0.0126639,-0.169108;REVB=-0.00279347,0.0551953;RO=12;SAF=0,3;SAR=2,6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.460273,0.197653;STB=0.5,0.555494;STBP=1,0.489;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.165407;OID=.,.;OPOS=140330607,140330608;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:24:24:12:7:2,9:0,17:0,0.708333:2,6:0,3:2:10:0,12:0,5:1:6 chr9 140330976 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.212;QD=58.7806;RBI=0.0919424;REFB=0;REVB=-0.0904166;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120976;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr9 140332478 . A G 651.4 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00047774;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.838;QD=60.5953;RBI=0.0185007;REFB=0;REVB=0.0184945;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309319;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr9 140356422 . G C 1143.13 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-1.0578e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.75;QD=55.7623;RBI=0.0485849;REFB=-0.120172;REVB=0.0485849;RO=2;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255682;STB=0.501886;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00423301;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:2:4:78:78:0.95122:36:42:0:2:36:42:2:2 chr9 140357972 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7271;QD=58.0601;RBI=0.0193745;REFB=0;REVB=0.0151252;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152788;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr9 140372570 . G A 329.79 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.018389;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.846;QD=20.9389;RBI=0.018419;REFB=-0.011715;REVB=-0.00104992;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267868;STB=0.501483;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00836617;OID=.;OPOS=140372570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:21:13:11:18:21:13:11:18 chr9 140374861 . A G 759.72 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.966;QD=56.2759;RBI=0.0129504;REFB=0;REVB=0.00907049;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200204;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr9 140611436 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0124093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.781;QD=17.247;RBI=0.016724;REFB=-0.00155279;REVB=0.0112117;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324837;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00218422;OID=.;OPOS=140611436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:9:12:14:12:9:12:15:12 chr9 140638416 . G A 370.81 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.024337;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.17;QD=17.0487;RBI=0.0248525;REFB=-0.0220377;REVB=-0.00503588;RO=48;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104144;STB=0.558412;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0256831;OID=.;OPOS=140638416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:17:22:22:26:17:22:22:26 chr9 140638461 . T C 361.05 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0769277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9471;QD=15.2022;RBI=0.0839802;REFB=-0.020022;REVB=-0.0336866;RO=55;SAF=24;SAR=15;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186153;STB=0.610333;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0402432;OID=.;OPOS=140638461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:15:24:24:31:15:24:24:32 chr9 140679695 . G C 489.19 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00572411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7677;QD=18.2875;RBI=0.091592;REFB=0.0125902;REVB=0.091413;RO=55;SAF=31;SAR=21;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115761;STB=0.564227;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0151992;OID=.;OPOS=140679695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:21:31:26:29:21:31:26:29 chr9 140687426 . C T 292.41 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.020226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2983;QD=14.6203;RBI=0.0390877;REFB=0.0334846;REVB=0.0334478;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070698;STB=0.540067;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0463811;OID=.;OPOS=140687426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:16:17:21:26:16:17:21:26 chr9 140687468 . A G 298.28 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0249598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.929;QD=13.5582;RBI=0.0249758;REFB=-0.0100592;REVB=-0.000893003;RO=54;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515335;STB=0.529394;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0161174;OID=.;OPOS=140687468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:18:16:28:26:18:16:28:26 chr9 140777306 . C G 307.07 PASS AF=0.32;AO=40;DP=125;FAO=40;FDP=125;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0757313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0856;QD=9.82638;RBI=0.0762163;REFB=-0.0170335;REVB=0.00858506;RO=83;SAF=26;SAR=14;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265044;STB=0.660762;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0310958;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:83:85:40:40:0.32:14:26:35:48:14:26:35:50 chr9 140786918 . T C 1491.72 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225693;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.516;QD=59.6688;RBI=0.0386633;REFB=0;REVB=0.0313923;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51637e-05;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr9 140881313 . CA C,CC 1248.0 PASS AF=1,0;AO=8,68;DP=76;FAO=79,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=52,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.178142,-0.194613;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.954,186.945;QD=63.1899;RBI=0.180666,0.194681;REFB=0,0;REVB=0.0300905,0.00514067;RO=0;SAF=0,52;SAR=8,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.11257e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000215467,0;OID=.,.;OPOS=140881314,140881314;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,68:76:79,0:79:0:52,0:27,0:0:0:6:0:0,52:8,16:0:0 chr9 140911670 . C T 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.822;QD=57.1737;RBI=0.0307467;REFB=0;REVB=-0.0197018;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311922;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr9 141016262 . T G 2093.15 PASS AF=1;AO=132;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067569;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.933;QD=62.9518;RBI=0.00684666;REFB=0;REVB=0.00110504;RO=0;SAF=92;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116317;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:133:0:0:132:133:1:40:92:0:0:41:92:0:0 chr9 141069563 . A G 278.17 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0975494;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.804;QD=52.985;RBI=0.097899;REFB=0;REVB=0.00826559;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07161e-05;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr9 141069905 . C T 113.17 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0218312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.366;QD=20.5761;RBI=0.0296781;REFB=0.00273628;REVB=-0.0201044;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263108;STB=0.644989;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00071012;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:11:2:0:9:11:2:0:9 chr9 141070283 . T C 651.55 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.028;QD=62.052;RBI=0.050956;REFB=0;REVB=0.0155306;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256445;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:21:21:0:0 chr9 141070335 . T G 304.47 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.084;QD=52.9508;RBI=0.0447197;REFB=0;REVB=0.021961;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96287e-05;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:7:16:0:0 chr9 141070916 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.742;QD=41.8666;RBI=0.0160982;REFB=-0.0807422;REVB=-0.0121831;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0153488;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:13:15:0.9375:5:8:0:1:7:8:0:1 chr9 141071438 . A G 1522.88 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.089406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.91;QD=58.5722;RBI=0.0900524;REFB=-0.0358447;REVB=0.0107702;RO=1;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771574;STB=0.504064;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000640108;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:61:42:0:1:61:42:0:1 chr9 141071475 . C G 1773.85 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0154078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2751;QD=59.1284;RBI=0.0617328;REFB=-0.0212354;REVB=-0.0597791;RO=2;SAF=48;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193753;STB=0.510202;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000781107;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:70:48:2:0:70:48:2:0 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 255.34 PASS AF=0.576271;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0432758;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=12;MLLD=302.641;QD=17.3114;RBI=0.0491876;REFB=-0.031098;REVB=0.0233801;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55879;STBP=0.331;TYPE=del;VARB=0.0174077;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576271:32:35:34:59:25:20:14:18:7:99:0:18:14:0:0 chr10 294953 . A G 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6746;QD=57.6485;RBI=0.0892205;REFB=0;REVB=0.00233004;RO=0;SAF=28;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995106;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:3:28:0:0:3:28:0:0 chr10 323283 . A G 253.05 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0125254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.045;QD=21.0878;RBI=0.0306608;REFB=-0.0318889;REVB=-0.0279857;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553909;STB=0.541632;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0295315;OID=.;OPOS=323283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:24:24:24:0.5:11:13:11:12:11:13:11:13 chr10 373048 . T C 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0175663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.098;QD=22.8642;RBI=0.0192821;REFB=-0.0195062;REVB=0.0079514;RO=27;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150932;STB=0.508313;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0155043;OID=.;OPOS=373048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:22:14:11:16:22:14:11:16 chr10 429977 . G A 269.2 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000346978;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.772;QD=21.9755;RBI=0.0258155;REFB=0.00130597;REVB=-0.0258132;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811175;STB=0.532529;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00147585;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:24:25:25:0.510204:14:11:8:15:14:11:9:15 chr10 445061 . C T 786.87 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255234;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.729;QD=57.2268;RBI=0.0377027;REFB=0;REVB=0.0277497;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155667;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr10 459940 . G A 747.52 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.919;QD=63.6185;RBI=0.0541628;REFB=0;REVB=0.042895;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202943;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:29:18:0:0 chr10 696237 . G A 1127.32 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0316636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.472;QD=57.8112;RBI=0.0398657;REFB=-0.0881714;REVB=0.0242217;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.518514;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000210941;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:0:2:76:76:0.974359:26:50:0:0:26:50:0:2 chr10 1018585 . T G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.504;QD=58.781;RBI=0.0319733;REFB=0;REVB=0.00333446;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5478e-05;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr10 1046712 . G A 2174.31 PASS AF=0.979167;AO=139;DP=145;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0111677;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.007;QD=60.3975;RBI=0.105665;REFB=-0.086582;REVB=0.105073;RO=0;SAF=91;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82153e-08;STB=0.507071;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000608866;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:144:0:3:139:141:0.979167:48:91:0:0:50:91:1:2 chr10 1081882 . T C 622.04 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.00438509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.37;QD=15.6488;RBI=0.0057694;REFB=-0.00979728;REVB=0.00374925;RO=89;SAF=28;SAR=41;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135694;STB=0.572773;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00930457;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:90:69:69:0.433962:41:28:48:41:41:28:48:42 chr10 1089616 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.976;QD=58.4158;RBI=0.00530287;REFB=0;REVB=0.00265588;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12327e-06;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr10 1142208 . T C 1522.49 PASS AF=1;AO=94;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544103;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.195;QD=62.7833;RBI=0.0548715;REFB=-0.0848247;REVB=0.00709953;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492589;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:97:0:0:94:97:1:47:47:0:0:47:50:0:0 chr10 1175894 . A G 941.25 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0042763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0262;QD=53.0284;RBI=0.0485019;REFB=-0.145648;REVB=0.0483131;RO=4;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589332;STB=0.531241;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00980541;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:70:71:4:4:66:67:0.943662:30:36:0:4:30:37:0:4 chr10 1230968 . C T 1222.49 PASS AF=0.482759;AO=126;DP=261;FAO=126;FDP=261;FR=.;FRO=135;FSAF=43;FSAR=83;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=0.0795475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.577;QD=18.7355;RBI=0.0795968;REFB=-0.0155789;REVB=0.00279967;RO=135;SAF=43;SAR=83;SRF=78;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227166;STB=0.625205;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0131148;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:135:135:126:126:0.482759:83:43:78:57:83:43:78:57 chr10 3143643 . A C 773.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.863;QD=63.1293;RBI=0.0581701;REFB=0;REVB=0.0546923;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216037;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:31:17:0:0:32:17:0:0 chr10 3150973 . C T 937.19 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0555578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.384;QD=55.9516;RBI=0.0593896;REFB=-0.113182;REVB=0.0209869;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122684;STB=0.506492;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00194826;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:64:66:0.985075:26:38:1:0:28:38:1:0 chr10 3155620 . A G 2101.07 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7616;QD=62.7186;RBI=0.0234221;REFB=0;REVB=-0.0223118;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06357e-05;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:73:60:0:0:73:61:0:0 chr10 3172121 . C T 227.33 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.00188023;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.377;QD=15.6783;RBI=0.0109097;REFB=-0.0134391;REVB=0.0107465;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217182;STB=0.638716;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0096575;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:32:26:26:0.448276:11:15:23:6:11:15:26:6 chr10 3172145 . C T 177.21 PASS AF=0.411765;AO=16;DP=46;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.0465789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2158;QD=13.8987;RBI=0.0467858;REFB=-0.0114492;REVB=0.00439535;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184817;STB=0.666536;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0178509;OID=.;OPOS=3172145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:29:30:16:21:0.411765:4:12:25:4:8:13:26:4 chr10 3178814 . T A 504.63 PASS AF=0.5;AO=52;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.0397023;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0496;QD=19.0425;RBI=0.0398133;REFB=-0.0231457;REVB=0.0029708;RO=53;SAF=30;SAR=22;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134323;STB=0.578374;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0214839;OID=.;OPOS=3178814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:52:53:0.5:22:30:38:15:23:30:38:15 chr10 3179703 . C T 488.48 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.010247;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9312;QD=15.2649;RBI=0.038688;REFB=-0.0320429;REVB=0.0373063;RO=74;SAF=31;SAR=23;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216933;STB=0.512169;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0144582;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:74:74:54:54:0.421875:23:31:44:30:23:31:44:30 chr10 3179708 . A G 485.0 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.000513493;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.244;QD=15.1562;RBI=0.0302991;REFB=-0.0268927;REVB=-0.0302948;RO=60;SAF=31;SAR=23;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176484;STB=0.520231;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0378407;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:60:74:54:54:0.421875:23:31:45:15:23:31:45:29 chr10 3180227 . T C 587.36 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0324622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1556;QD=18.2126;RBI=0.0457841;REFB=-0.0011913;REVB=-0.0322861;RO=66;SAF=38;SAR=23;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900978;STB=0.558951;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00084495;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:68:61:61:0.472868:23:38:35:31:23:38:35:33 chr10 3180316 . T C 322.22 PASS AF=0.391304;AO=34;DP=90;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0293505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.263;QD=14.0094;RBI=0.0436758;REFB=-0.0215885;REVB=0.0323438;RO=56;SAF=15;SAR=19;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835988;STB=0.562009;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0316905;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:56:56:34:36:0.391304:19:15:29:27:21:15:29:27 chr10 3181003 . A G 380.91 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.000668586;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.182;QD=19.2865;RBI=0.00126316;REFB=-0.0141972;REVB=0.00107171;RO=39;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733254;STB=0.548671;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0145485;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:39:40:39:39:0.493671:14:25:22:17:14:25:22:18 chr10 3191823 . C T 586.64 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0312711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.472;QD=19.7188;RBI=0.0313808;REFB=-0.0199166;REVB=0.00262126;RO=57;SAF=37;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349228;STB=0.529642;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0192835;OID=.;OPOS=3191823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:59:60:60:0.504202:23:37:33:24:23:37:33:26 chr10 3200292 . G A 277.94 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0182467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.302;QD=13.7253;RBI=0.0210117;REFB=-0.0126978;REVB=0.0104188;RO=49;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440134;STB=0.525081;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0189845;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:17:15:25:24:17:15:25:24 chr10 3202065 . T C 670.72 PASS AF=0.464516;AO=69;DP=153;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.0224719;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.834;QD=17.3089;RBI=0.0534043;REFB=-0.0145173;REVB=0.0484462;RO=83;SAF=47;SAR=22;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123032;STB=0.549536;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0158018;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:83:83:69:72:0.464516:22:47:47:36:25:47:47:36 chr10 3206027 . A G 702.84 PASS AF=0.483871;AO=71;DP=152;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00950209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.344;QD=18.1378;RBI=0.0138033;REFB=-0.00399914;REVB=0.010012;RO=79;SAF=45;SAR=26;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137452;STB=0.567453;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00414814;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:79:80:71:75:0.483871:26:45:39:40:28:47:40:40 chr10 3207632 . A G 539.19 PASS AF=0.455882;AO=60;DP=130;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0906668;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.4063;QD=15.8586;RBI=0.11034;REFB=-0.00615577;REVB=0.0628843;RO=70;SAF=34;SAR=26;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512285;STB=0.504305;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00798619;OID=.;OPOS=3207632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:136:70:74:60:62:0.455882:26:34:36:34:28:34:40:34 chr10 3208557 . A G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00888218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.885;QD=15.2678;RBI=0.0232899;REFB=-0.0216515;REVB=0.0215296;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694423;STB=0.503934;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0280429;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:18:15:12:14:18:15 chr10 3214369 . A G 233.39 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0215154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.192;QD=12.7885;RBI=0.0326899;REFB=-0.0117955;REVB=0.0246113;RO=43;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212927;STB=0.518854;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0231355;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:45:28:28:0.383562:20:8:13:30:20:8:14:31 chr10 3821327 . A T 517.85 PASS AF=0.491071;AO=53;DP=110;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00323657;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.017;QD=18.4947;RBI=0.0145037;REFB=-0.0101747;REVB=0.014138;RO=56;SAF=24;SAR=29;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564599;STB=0.544487;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00799727;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:56:57:53:55:0.491071:29:24:22:34:29:26:22:35 chr10 5019959 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00697261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.825;QD=9.85806;RBI=0.00730243;REFB=-0.00854478;REVB=-0.00216984;RO=28;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176149;STB=0.598914;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.017208;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:3:10:18:10:3:10:19:10 chr10 5032239 . A AG 37.27 PASS AF=0.242424;AO=6;DP=35;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0969066;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.1881;QD=4.51715;RBI=0.115933;REFB=-0.00418118;REVB=0.0636361;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231608;STB=0.545344;STBP=0.815;TYPE=ins;VARB=0.00698496;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:6:35:8:33:25:3:5:8:17:37:29:3:3:9:20 chr10 5042664 . C T 301.79 PASS AF=0.35;AO=34;DP=99;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=0.00463055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.701;QD=12.0715;RBI=0.0132626;REFB=-0.00736372;REVB=0.0124279;RO=61;SAF=25;SAR=9;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346269;STB=0.516547;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.015741;OID=.;OPOS=5042664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:65:34:35:0.35:9:25:45:16:9:26:47:18 chr10 5046957 . A T 330.75 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000631038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.848;QD=49.0006;RBI=0.00943421;REFB=-0.206549;REVB=0.00941308;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661725;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00101752;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:2:1:25:26:0.962963:12:13:2:0:12:14:1:0 chr10 5120157 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.027;QD=58.5878;RBI=0.00676856;REFB=0;REVB=-0.00285365;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56612e-06;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr10 5135620 . G A 444.77 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0189796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.175;QD=17.9705;RBI=0.0190067;REFB=-0.00495607;REVB=-0.00101556;RO=53;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928888;STB=0.546371;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00760972;OID=.;OPOS=5135620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:23:22:31:22:23:22:31:23 chr10 5136651 . C G 791.03 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.0172661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.502;QD=20.4136;RBI=0.0174326;REFB=-0.00620731;REVB=-0.00240355;RO=75;SAF=54;SAR=26;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346395;STB=0.519038;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00684816;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:75:75:80:80:0.516129:26:54:48:27:26:54:48:27 chr10 5138743 . A G 880.45 PASS AF=0.432432;AO=94;DP=223;FAO=96;FDP=222;FR=.;FRO=126;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=79;FSRR=47;FWDB=-0.0259839;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.273;QD=15.864;RBI=0.0263693;REFB=-0.0279874;REVB=0.00449184;RO=129;SAF=49;SAR=45;SRF=80;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10334;STB=0.566358;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0346899;OID=.;OPOS=5138743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:129:126:94:96:0.432432:45:49:80:49:47:49:79:47 chr10 5139685 . G A 340.29 PASS AF=0.435897;AO=29;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0154571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.247;QD=17.4507;RBI=0.0155784;REFB=-0.0166613;REVB=-0.00194039;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705123;STB=0.530788;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0261202;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:29:34:0.435897:14:15:24:17:16:18:24:17 chr10 5199934 . G C 165.25 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.074072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.769;QD=14.6887;RBI=0.084011;REFB=-0.0142612;REVB=0.0396381;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765217;STB=0.556898;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0348014;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:7:11:14:12:7:11:14:13 chr10 5202060 . C T 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0149078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5615;QD=10.6321;RBI=0.0753888;REFB=0.00238501;REVB=0.0739001;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31536;STB=0.689206;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00063722;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:4:9:3:5:4:9 chr10 5202104 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5688;QD=51.1789;RBI=0.0207341;REFB=0;REVB=-0.0201872;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047938;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr10 5202145 . T A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00692356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.574;QD=14.6522;RBI=0.00694893;REFB=-0.00985545;REVB=-0.000593177;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0246915;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr10 5203748 . A G 482.41 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0250553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0031;QD=20.528;RBI=0.0256318;REFB=-0.0119541;REVB=-0.0054059;RO=40;SAF=19;SAR=28;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223879;STB=0.636024;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0162208;OID=.;OPOS=5203748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:47:47:47:0.5:28:19:27:13:28:19:32:15 chr10 5244441 . A G,T 1200.63 PASS AF=0.892857,0.0833333;AO=75,8;DP=84;FAO=75,7;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=50,2;FSAR=25,5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0414058,-0.0621835;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=170.567,31.877;QD=57.1728;RBI=0.0493063,0.0667067;REFB=0.0193979,0.0463951;REVB=-0.0267707,-0.0241453;RO=0;SAF=50,2;SAR=25,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58669e-08;STB=0.504853,0.55539;STBP=0.774,0.587;TYPE=snp,snp;VARB=0.000112788,0.0473752;OID=.,.;OPOS=5244441,5244441;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:84:84:0:2:75,8:75,7:0.892857,0.0833333:25,6:50,2:0:0:25,5:50,2:1:1 chr10 5255025 . A G 1300.42 PASS AF=0.989247;AO=70;DP=106;FAO=92;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.062183;FXX=0.097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.267;QD=55.9321;RBI=0.0622939;REFB=-0.146743;REVB=0.00371623;RO=18;SAF=18;SAR=52;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114092;STB=0.506328;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00699634;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:93:18:1:70:92:0.989247:52:18:9:9:53:39:1:0 chr10 5255027 . A C 35.07 PASS AF=0.0970874;AO=14;DP=104;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.107003;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.9265;QD=1.36199;RBI=0.131192;REFB=-0.0188003;REVB=-0.0759066;RO=90;SAF=3;SAR=11;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298248;STB=0.860231;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.178236;OID=.;OPOS=5255027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:104:103:90:93:14:10:0.0970874:11:3:39:51:9:1:41:52 chr10 5415954 . A G 1115.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.167;QD=60.32;RBI=0.0226511;REFB=0;REVB=0.0210878;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15021e-05;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr10 5435918 . G A 310.83 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0158639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5694;QD=13.9698;RBI=0.0480125;REFB=0.0135275;REVB=0.0453159;RO=54;SAF=20;SAR=15;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231224;STB=0.51315;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0195517;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:15:20:32:22:15:20:32:22 chr10 5436260 . A G 510.96 PASS AF=0.448;AO=48;DP=117;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00827722;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.04;QD=16.3509;RBI=0.00858038;REFB=-0.0186559;REVB=-0.00226065;RO=69;SAF=19;SAR=29;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206507;STB=0.561642;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0269173;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:125:69:69:48:56:0.448:29:19:41:28:29:27:41:28 chr10 5437365 . A G 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0190168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.224;QD=19.0757;RBI=0.0303379;REFB=-0.0109168;REVB=-0.0236379;RO=51;SAF=26;SAR=20;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162497;STB=0.590344;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00660773;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:20:26:20:31:20:26:20:31 chr10 5446794 . C T 428.52 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0301845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.788;QD=22.261;RBI=0.0436576;REFB=-0.00101311;REVB=-0.0315418;RO=34;SAF=25;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126328;STB=0.563526;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000394944;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:42:42:0.545455:17:25:15:19:17:25:16:19 chr10 5471200 . C T 2685.57 PASS AF=0.994318;AO=174;DP=176;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00231665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7759;QD=61.0356;RBI=0.0262528;REFB=-0.127327;REVB=0.0261504;RO=0;SAF=85;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000440827;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:176:176:0:1:174:175:0.994318:89:85:0:0:90:85:0:1 chr10 5495218 . T C 783.94 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000827778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.695;QD=62.715;RBI=0.0783513;REFB=0;REVB=0.078347;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179116;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:18:32:0:0 chr10 5499096 . C CT,T 47.94 PASS AF=0.189655,0;AO=15,18;DP=126;FAO=22,0;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=7,0;FSAR=15,0;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=0.0104154,-0.00047256;FXX=0.025208;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=9.33903,223.655;QD=1.65307;RBI=0.0550473,0.00414689;REFB=-0.0514785,-0.00339506;REVB=-0.054053,-0.00411987;RO=89;SAF=3,5;SAR=12,13;SRF=41;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.351786,-0.244022;STB=0.557904,0.5;STBP=0.579,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0699397,0;OID=.,.;OPOS=5499097,5499096;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:126:116:89:94:15,18:22,0:0.189655,0:12,13:3,5:41:48:15,0:7,0:36:58 chr10 5499702 . TATA TAT,TATT,TTA,TTAA,TTAT 1925.25 PASS AF=0.96063,0,0.0393701,0,0;AO=58,48,17,6,19;DP=170;FAO=122,0,5,0,0;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66,0,5,0,0;FSAR=56,0,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197958,0.0162828,0.00868167,0.0017562,0.00779238;FXX=0.0451094;HRUN=1,1,1,1,1;LEN=1,1,1,2,3;MLLD=136.82,132.2,118.206,102.335,124.174;QD=60.6377;RBI=0.131746,0.0685426,0.11683,0.119304,0.0739142;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.130251,0.0665805,0.116507,0.119291,0.0735023;RO=5;SAF=16,29,17,6,15;SAR=42,19,0,0,4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.0142762,0.0734552,0.854885,0.795839,0.274736;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp,mnp;VARB=0.00144218,-0.0517999,-0.0172235,0.017836,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703,5499703,5499703;OREF=A,A,A,AT,ATA;OALT=-,T,-,TA,TAT;OMAPALT=TAT,TATT,TTA,TTAA,TTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.96063,0,0.0393701,0,0:58,48,17,6,19:170:122,0,5,0,0:127:0:66,0,5,0,0:56,0,0,0,0:0:0:6:5:16,29,17,6,15:42,19,0,0,4:1:4 chr10 5567366 . G A 2713.93 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177254;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4474;QD=62.3892;RBI=0.0292505;REFB=0;REVB=0.023268;RO=0;SAF=100;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197432;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:174:0:0:172:174:1:72:100:0:0:74:100:0:0 chr10 5567695 . G A 2155.4 PASS AF=0.979866;AO=141;DP=150;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0417651;FXX=0.0261421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.375;QD=57.863;RBI=0.047082;REFB=-0.0937195;REVB=0.0217346;RO=2;SAF=91;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103351;STB=0.507852;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00135685;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:150:149:2:3:141:146:0.979866:50:91:2:0:52:94:3:0 chr10 5567967 . G T 1835.4 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0510943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.024;QD=58.7328;RBI=0.0591846;REFB=-0.0851081;REVB=0.0298696;RO=3;SAF=50;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276475;STB=0.514561;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.000186316;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:3:3:122:122:0.976:72:50:3:0:72:50:3:0 chr10 5673528 . G A 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.85;QD=62.6631;RBI=0.0620041;REFB=0;REVB=0.00468334;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46024e-05;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr10 5684544 . T A 58.51 PASS AF=0.526316;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000763279;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=28.2083;QD=12.3176;RBI=0.0414037;REFB=0.0314924;REVB=-0.0413967;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00955621;OID=.;OPOS=5684544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:17:19:9:9:8:10:0.526316:5:3:3:6:5:5:3:6 chr10 5765637 . C T 289.41 PASS AF=0.5625;AO=24;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00410679;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3226;QD=24.1177;RBI=0.0111477;REFB=-0.0391016;REVB=-0.0103637;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110704;STB=0.534858;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0172704;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:21:24:27:0.5625:14:10:12:10:15:12:11:10 chr10 5772920 . A T 40.34 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00338712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.537;QD=14.6678;RBI=0.062666;REFB=-0.106681;REVB=0.0625744;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0145957;OID=.;OPOS=5772920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr10 5781628 . T G 524.63 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0161372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2843;QD=17.4875;RBI=0.0246342;REFB=0.0124486;REVB=-0.0186128;RO=64;SAF=38;SAR=18;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736796;STB=0.541045;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0238277;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:18:38:39:25:18:38:39:25 chr10 5781969 . A T 190.19 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00279227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0807;QD=21.736;RBI=0.0554941;REFB=0.00664184;REVB=0.0554238;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108875;STB=0.561395;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00304871;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:7:9:13:6:7:9 chr10 5788608 . G C 64.8 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0207272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.316;QD=10.3673;RBI=0.027188;REFB=-0.00398261;REVB=-0.0175947;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25384;STB=0.651856;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00714107;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:5:11:4:5:5:11 chr10 5789418 . T G 141.92 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00892929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.257;QD=13.8454;RBI=0.0115886;REFB=-0.000111417;REVB=-0.00738669;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101299;STB=0.559245;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.000178858;OID=.;OPOS=5789418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:11:5:10:15:11:5:10:15 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 125.23 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0132637;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=9;MLLD=288.231;QD=11.9266;RBI=0.016795;REFB=-0.00546903;REVB=-0.0103029;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179952;STB=0.512182;STBP=0.89;TYPE=del;VARB=0.00625143;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:19:43:19:42:23:12:7:15:8:99:20:12:7:13:7 chr10 5790420 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.617;QD=51.916;RBI=0.0101523;REFB=0;REVB=-0.00512124;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134583;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr10 5790616 . A G 345.35 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0387518;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1406;QD=14.0957;RBI=0.038944;REFB=-0.00611954;REVB=-0.00386416;RO=60;SAF=19;SAR=19;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717553;STB=0.540795;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.012777;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:60:60:38:38:0.387755:19:19:34:26:19:19:34:26 chr10 5790729 . C T 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00423184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.425;QD=21.8976;RBI=0.0146374;REFB=-0.00951537;REVB=-0.0140123;RO=26;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177117;STB=0.597879;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0146975;OID=.;OPOS=5790729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:13:20:10:16:13:20:10:16 chr10 5804531 . G A 436.43 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0186357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.706;QD=14.0783;RBI=0.0186856;REFB=-0.0071825;REVB=0.00136428;RO=73;SAF=17;SAR=33;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209901;STB=0.622798;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00616709;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:74:50:50:0.403226:33:17:39:34:33:17:40:34 chr10 5853817 . G C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0435738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.476;QD=4.30324;RBI=0.0453135;REFB=-0.00268914;REVB=-0.0124355;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545872;STB=0.864279;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0258024;OID=.;OPOS=5853817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:1:5:9:17:1:5:9:17 chr10 5895755 . GC TA 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00351329;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.283;QD=23.9649;RBI=0.0118424;REFB=-0.00958048;REVB=-0.0113092;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351596;STB=0.519613;STBP=0.826;TYPE=mnp;VARB=0.0099188;OID=.;OPOS=5895755;OREF=GC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:8:15:11:7:8:15:11:7 chr10 5904661 . A G 318.83 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0308524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9443;QD=26.5692;RBI=0.03346;REFB=-0.0235209;REVB=-0.01295;RO=20;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254503;STB=0.641001;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0235856;OID=.;OPOS=5904661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:19:9:13:7:19:9:13:7 chr10 5920121 . T C 142.43 PASS AF=0.470588;AO=11;DP=29;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0128124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.859;QD=16.7567;RBI=0.0243446;REFB=-0.0291442;REVB=0.0207003;RO=18;SAF=11;SAR=0;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.775737;STB=0.643363;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0351599;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:34:18:18:11:16:0.470588:0:11:11:7:3:13:11:7 chr10 5925971 . C A 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.419;QD=60.5986;RBI=0.0467925;REFB=0;REVB=-0.0265069;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98165e-05;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr10 5926034 . T C 171.84 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0201638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.064;QD=18.0879;RBI=0.0253925;REFB=-0.0170795;REVB=0.0154338;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895477;STB=0.550843;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0236589;OID=.;OPOS=5926034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:13:7:8:10:13:7 chr10 5929962 . G C 193.71 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0623373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3486;QD=10.1953;RBI=0.0623373;REFB=-0.00716286;REVB=-8.8469e-05;RO=49;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114648;STB=0.547449;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0150464;OID=.;OPOS=5929962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:51:25:25:0.328947:15:10:15:34:15:10:17:34 chr10 5979117 . T C 476.12 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0338518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.287;QD=18.6713;RBI=0.0340487;REFB=-0.0219833;REVB=0.00365608;RO=52;SAF=20;SAR=30;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334264;STB=0.518511;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0239979;OID=.;OPOS=5979117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:30:20:19:33:30:20:19:33 chr10 5994375 . A G 421.27 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.003493;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.046;QD=14.5266;RBI=0.0053003;REFB=-0.0289034;REVB=0.0039865;RO=67;SAF=23;SAR=25;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121663;STB=0.572216;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0382746;OID=.;OPOS=5994375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:67:68:48:48:0.413793:25:23:40:27:25:23:41:27 chr10 6001696 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.017;QD=47.8224;RBI=0.0248341;REFB=0;REVB=0.0244139;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55493e-05;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr10 6002368 . T G 1532.84 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0365632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1084;QD=57.3025;RBI=0.046545;REFB=-0.0351659;REVB=-0.0288022;RO=1;SAF=74;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150603;STB=0.504291;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0087038;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:1:2:105:105:0.981308:31:74:0:1:32:73:1:1 chr10 6150677 . C A 786.89 PASS AF=0.432836;AO=87;DP=201;FAO=87;FDP=201;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=-0.0358281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.344;QD=15.6595;RBI=0.0373323;REFB=-0.00870648;REVB=-0.0104904;RO=112;SAF=38;SAR=49;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036163;STB=0.514169;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00851011;OID=.;OPOS=6150677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:112:114:87:87:0.432836:49:38:45:67:49:38:47:67 chr10 6191733 . G A 226.99 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0482381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8935;QD=21.1152;RBI=0.0491344;REFB=0.0109314;REVB=0.00934193;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142114;STB=0.57976;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0134741;OID=.;OPOS=6191733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:8:13:10:12:8:13 chr10 6191735 . T C 663.68 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8039;QD=61.7377;RBI=0.024677;REFB=0;REVB=0.00648237;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805275;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:23:20:0:0 chr10 6268231 . A C 32.37 PASS AF=0.107143;AO=8;DP=85;FAO=9;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.103821;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.7322;QD=1.54159;RBI=0.107267;REFB=-0.0087656;REVB=0.026972;RO=45;SAF=8;SAR=0;SRF=7;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.815001;STB=0.905572;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.260834;OID=.;OPOS=6268231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:84:45:75:8:9:0.107143:0:8:7:38:1:8:30:45 chr10 6392848 . G A 177.35 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0159249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.196;QD=14.4772;RBI=0.0453769;REFB=-0.00717444;REVB=0.0424908;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229467;STB=0.656628;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0094206;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:30:18:19:0.387755:9:9:22:9:10:9:22:8 chr10 6393009 . A G 145.45 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0344181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6575;QD=16.1613;RBI=0.0394851;REFB=0.0148481;REVB=-0.0193512;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842285;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0160309;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:16:16:0.444444:7:9:9:10:7:9:9:11 chr10 6393260 . C G 549.91 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5871;QD=57.8855;RBI=0.0406287;REFB=0;REVB=0.0405677;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224109;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:18:20:0:0 chr10 6393706 . ACAGG A 275.16 PASS AF=1;AO=16;DP=27;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376657;FXX=0.230681;HRUN=1;LEN=4;MLLD=200.645;QD=55.0325;RBI=0.0907262;REFB=0;REVB=0.0825381;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000637207;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:27:20:20:0:13:7:0:0:3:0:12:4:0:0 chr10 6527143 . G A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00351242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.957;QD=13.491;RBI=0.030291;REFB=-0.000602842;REVB=0.0300866;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940029;STB=0.553661;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00117257;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:17:13:24:22:17:13:24:22 chr10 7285632 . A G 888.39 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639322;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.891;QD=58.2548;RBI=0.0664948;REFB=0;REVB=0.018282;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372325;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:59:61:1:26:33:0:0:26:35:0:0 chr10 7605067 . C T 336.48 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00609843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.663;QD=17.2554;RBI=0.0127341;REFB=-0.00548075;REVB=0.0111788;RO=41;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101882;STB=0.564695;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00838909;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:23:13:19:22:23:13:20:22 chr10 7605077 . TCCAT TCAT,TCATC 1065.23 PASS AF=1,0;AO=70,4;DP=75;FAO=75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241543,0.0490846;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=24.0207,8.97999;QD=56.8121;RBI=0.0964969,0.109476;REFB=0,0;REVB=-0.093425,-0.0978554;RO=0;SAF=31,1;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00120468,-0.00305499;OID=.,.;OPOS=7605078,7605079;OREF=C,CAT;OALT=-,ATC;OMAPALT=TCAT,TCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:70,4:75:75,0:75:0:32,0:43,0:0:0:6:0:31,1:39,3:0:0 chr10 7605101 . A G 1378.5 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5092;QD=61.2665;RBI=0.0410805;REFB=0.0468381;REVB=-0.03707;RO=1;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920187;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00728884;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:51:37:0:1:51:38:0:1 chr10 7618501 . A G 1339.33 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.285;QD=62.2944;RBI=0.0217402;REFB=0;REVB=-0.0212305;RO=0;SAF=60;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34004e-05;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:25:60:0:0:26:60:0:0 chr10 7618686 . T G 766.8 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.419;QD=56.8002;RBI=0.0472558;REFB=0;REVB=0.0296771;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481386;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:49:54:1:25:24:0:0:26:28:0:0 chr10 7759595 . C T 786.91 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0153113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.091;QD=55.2219;RBI=0.0272168;REFB=-0.110845;REVB=0.0225016;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.506171;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000850397;OID=.;OPOS=7759595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:16:40:0:0:16:40:1:0 chr10 7763661 . A G 1555.68 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.933;QD=59.834;RBI=0.0322523;REFB=0;REVB=0.0193436;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13499e-05;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:41:62:0:0:42:62:0:0 chr10 7797902 . AC ACAACT,CT 634.01 PASS AF=0.911111,0.0444444;AO=39,2;DP=45;FAO=41,2;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=22,2;FSAR=19,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00118507,0.000422569;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=220.783,101.772;QD=56.3563;RBI=0.00328213,0.0225722;REFB=-0.0472349,0.0812548;REVB=0.00306071,0.0225683;RO=2;SAF=21,2;SAR=18,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0425724,0;STB=0.521729,0.5;STBP=0.246,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00147975,0.026707;OID=.,.;OPOS=7797904,7797902;OREF=-,AC;OALT=AACT,CT;OMAPALT=ACAACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:2:2:39,2:41,2:0.911111,0.0444444:18,0:21,2:2:0:19,0:22,2:2:0 chr10 7797903 . C CAACT 50.0 PASS AO=32;DP=88;LEN=4;RO=56;SAF=23;SAR=19;SRF=17;SRR=29;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:88:56:32:19:23:17:29 chr10 7808086 . T C 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5037;QD=62.3449;RBI=0.0566349;REFB=0;REVB=0.04244;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107363;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr10 8006798 . A G 1026.14 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.912;QD=59.4866;RBI=0.0316537;REFB=0;REVB=0.00722002;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66744e-05;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:67:69:1:28:39:0:0:28:41:0:0 chr10 8007559 . GT CC 660.71 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306612;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=2;MLLD=117.064;QD=62.9245;RBI=0.0562019;REFB=0;REVB=0.0471014;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000581954;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr10 11299735 . A T 1514.16 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.437;QD=59.3787;RBI=0.0630545;REFB=0;REVB=0.0629489;RO=0;SAF=72;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46575e-05;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:28:72:0:0:29:73:0:0 chr10 11356160 . C T 644.66 PASS AF=0.46;AO=68;DP=151;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00614615;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.035;QD=17.191;RBI=0.0161905;REFB=-0.00275992;REVB=-0.0149785;RO=79;SAF=31;SAR=37;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611926;STB=0.5096;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00322624;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:79:81:68:69:0.46:37:31:41:38:37:32:39:42 chr10 11371402 . T TCTAA 453.83 PASS AF=0.46729;AO=48;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00187016;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=4;MLLD=234.811;QD=16.9657;RBI=0.0348754;REFB=-0.00424831;REVB=-0.0348252;RO=57;SAF=35;SAR=13;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185691;STB=0.595885;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.00460008;OID=.;OPOS=11371403;OREF=-;OALT=CTAA;OMAPALT=TCTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46729:48:108:50:107:57:36:14:32:25:99:57:35:13:32:25 chr10 11373418 . A ATC 1160.61 PASS AF=0.644172;AO=95;DP=166;FAO=105;FDP=163;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00377025;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.607;QD=28.4812;RBI=0.0132121;REFB=-0.0127657;REVB=-0.0126628;RO=58;SAF=45;SAR=50;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018474;STB=0.52575;STBP=0.365;TYPE=ins;VARB=0.00596543;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.644172:95:166:105:163:58:45:60:29:29:99:58:45:50:29:29 chr10 11373420 . G C 228.9 PASS AF=0.230769;AO=36;DP=172;FAO=36;FDP=156;FR=.;FRO=120;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.00228094;FXX=0.0930179;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3886;QD=5.86924;RBI=0.0337258;REFB=-0.0188011;REVB=-0.0336486;RO=111;SAF=17;SAR=19;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084477;STB=0.51717;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00893656;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:156:111:120:36:36:0.230769:19:17:45:66:19:17:54:66 chr10 11373422 . T G 47.16 PASS AF=0.0847458;AO=15;DP=177;FAO=15;FDP=177;FR=.;FRO=162;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=84;FWDB=-0.0162433;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=183.945;QD=1.06571;RBI=0.0249676;REFB=-0.00180312;REVB=-0.0189615;RO=162;SAF=4;SAR=11;SRF=78;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253129;STB=0.703309;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0252348;OID=.;OPOS=11373422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:177:177:162:162:15:15:0.0847458:11:4:78:84:11:4:78:84 chr10 11502615 . AT A 33.6 PASS AF=0.529412;AO=6;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0440079;FXX=0.0555247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.90275;QD=7.90477;RBI=0.100556;REFB=-0.0570222;REVB=-0.0904149;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0.393701;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.545357;STBP=0.795;TYPE=del;VARB=0.0507552;OID=.;OPOS=11502616;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:6:18:9:17:8:6:3:6:2:32:8:4:2:6:2 chr10 11502634 . A C 30.32 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.121359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9924;QD=4.49155;RBI=0.122826;REFB=-0.00889928;REVB=-0.0189207;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171939;STB=0.614991;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0720515;OID=.;OPOS=11502634;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:11:10:2:4:11:10 chr10 11504313 . C T 784.61 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4833;QD=57.0626;RBI=0.0656035;REFB=0;REVB=-0.0367678;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101355;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr10 11505175 . A G 186.35 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.898;QD=46.5867;RBI=0.0579651;REFB=0;REVB=0.0543946;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339656;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr10 11789382 . G A 698.32 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00948393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5484;QD=54.7701;RBI=0.00948915;REFB=-0.053075;REVB=-0.000314932;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00120475;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:1:0:24:26:1:0 chr10 11789405 . G A 951.42 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.79;QD=58.5491;RBI=0.0145171;REFB=0;REVB=-0.00218499;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53153e-05;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr10 11797436 . T C 1171.56 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0894193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9312;QD=60.8602;RBI=0.128068;REFB=0;REVB=-0.0916816;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136087;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:36:41:0:0 chr10 11797467 . G A 1269.25 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.494;QD=60.4407;RBI=0.118343;REFB=-0.128838;REVB=0.117785;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000716551;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:0:1:83:83:0.988095:37:46:0:0:37:46:0:1 chr10 11805354 . A G 789.28 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557708;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.328;QD=57.4023;RBI=0.0142488;REFB=0;REVB=-0.0131119;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609281;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr10 11805357 . G A 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5254;QD=57.2304;RBI=0.107492;REFB=0;REVB=0.0819433;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168796;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr10 11911763 . C CA 132.95 PASS AF=0.576923;AO=3;DP=30;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0643219;FXX=0.133289;HRUN=0;LEN=1;MLLD=209.027;QD=20.4542;RBI=0.0644806;REFB=-0.0385243;REVB=0.00452213;RO=24;SAF=0;SAR=3;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467996;STB=0.512179;STBP=0.945;TYPE=ins;VARB=0.0248848;OID=.;OPOS=11911764;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:3:30:15:26:11:3:12:2:9:93:24:0:3:4:20 chr10 11911764 . G A 127.83 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00355169;FXX=0.0666445;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.994;QD=18.2608;RBI=0.0101413;REFB=-0.0406902;REVB=0.00949902;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994106;STB=0.556377;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0287968;OID=.;OPOS=11911764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:14:14:14:0.5:11:3:2:12:11:3:2:12 chr10 11912431 . C T 1855.32 PASS AF=0.872611;AO=137;DP=157;FAO=137;FDP=157;FR=.;FRO=20;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00131888;FXX=0.00632871;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.7132;QD=47.2692;RBI=0.0570275;REFB=-0.199193;REVB=0.0570123;RO=6;SAF=81;SAR=56;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622339;STB=0.534523;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00705061;OID=.;OPOS=11912431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:157:157:6:20:137:137:0.872611:56:81:4:2:56:81:17:3 chr10 11913907 . A T 278.58 PASS AF=0.4;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=-0.0128855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4787;QD=13.9289;RBI=0.0361724;REFB=-0.0073079;REVB=-0.0337995;RO=47;SAF=21;SAR=10;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141658;STB=0.595359;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0087957;OID=.;OPOS=11913907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:31:32:0.4:10:21:37:10:11:21:38:10 chr10 12071397 . G A 626.08 PASS AF=0.666667;AO=53;DP=81;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00762091;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.15;QD=30.9176;RBI=0.00784975;REFB=-0.00465753;REVB=0.0018816;RO=28;SAF=28;SAR=25;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408282;STB=0.518563;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00227815;OID=.;OPOS=12071397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:27:53:54:0.666667:25:28:13:15:25:29:13:14 chr10 12111090 . T C 1731.06 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1709;QD=60.7388;RBI=0.0826202;REFB=0;REVB=0.0581514;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58854e-06;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr10 12131081 . T G 300.17 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0422451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4977;QD=16.4475;RBI=0.0430589;REFB=0.00127505;REVB=-0.00833197;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814895;STB=0.556579;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00270987;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:40:33:33:0.452055:14:19:25:13:14:19:27:13 chr10 12143105 . C G 334.36 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00276895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.452;QD=19.3829;RBI=0.0343199;REFB=0.00422276;REVB=-0.034208;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000756791;STB=0.507038;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0035715;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:34:35:35:0.507246:17:18:17:16:17:18:17:17 chr10 12148259 . A C 950.2 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.982;QD=58.4738;RBI=0.0118682;REFB=0;REVB=-0.000529201;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26682e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:28:34:0:0:30:35:0:0 chr10 12148286 . T C 1093.66 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00929162;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8633;QD=57.5608;RBI=0.0582833;REFB=-0.121612;REVB=0.0575379;RO=2;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255553;STB=0.51351;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00176098;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:2:2:74:74:0.973684:36:38:0:2:36:38:0:2 chr10 12149939 . C T 322.66 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.571;QD=53.7767;RBI=0.0257344;REFB=0;REVB=0.0187981;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112614;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr10 12172775 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0342666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2927;QD=19.1341;RBI=0.0342666;REFB=-0.018871;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123786;OID=.;OPOS=12172775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr10 12191933 . C T 648.28 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0038813;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.098;QD=21.6095;RBI=0.00973371;REFB=-0.00543411;REVB=-0.0089264;RO=55;SAF=23;SAR=41;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100308;STB=0.551604;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0050909;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:55:56:64:64:0.533333:41:23:26:29:41:23:26:30 chr10 12209752 . T C 508.79 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0943711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.21;QD=21.6506;RBI=0.0944379;REFB=-0.0331779;REVB=0.00355173;RO=44;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500469;STB=0.507737;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0308088;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:45:48:49:0.521277:21:27:25:19:21:28:25:20 chr10 12212186 . T A 150.44 PASS AF=0.36;AO=19;DP=54;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0174099;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.258;QD=12.035;RBI=0.01745;REFB=-0.00580253;REVB=-0.00118331;RO=32;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276398;STB=0.652932;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00877118;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:50:32:32:19:18:0.36:14:5:16:16:13:5:16:16 chr10 12292344 . A G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0136829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.55;QD=5.53942;RBI=0.0137188;REFB=-0.0118057;REVB=0.000991847;RO=29;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536913;STB=0.855174;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0286163;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:7:1:16:13:7:1:16:13 chr10 12292348 . G T 318.55 PASS AF=0.692308;AO=26;DP=38;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0423077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.306;QD=32.6715;RBI=0.043033;REFB=-0.0372513;REVB=0.00786762;RO=12;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165054;STB=0.593152;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0187722;OID=.;OPOS=12292348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:12:12:26:27:0.692308:12:14:3:9:12:15:3:9 chr10 12292454 . A G 258.17 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0290029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.614;QD=18.4406;RBI=0.0322746;REFB=-0.0206771;REVB=0.0141593;RO=18;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167037;STB=0.536057;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0314042;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:28:27:28:0.5:15:12:4:14:16:12:14:14 chr10 12867598 . C G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5902;QD=58.6;RBI=0.0615747;REFB=0;REVB=0.00439237;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0004709;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr10 12940455 . A G 802.49 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296051;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5033;QD=56.3149;RBI=0.019117;REFB=0;REVB=-0.0188864;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037071;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:51:57:1:19:32:0:0:21:36:0:0 chr10 13151224 . G A 168.72 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0266681;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.925;QD=15.3384;RBI=0.0269576;REFB=-0.00699398;REVB=-0.00394015;RO=24;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181529;STB=0.526286;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0167326;OID=.;OPOS=13151224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:24:26:17:18:0.409091:15:2:5:19:15:3:5:21 chr10 13158262 . C T 323.27 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.391;QD=53.8789;RBI=0.0678542;REFB=0;REVB=0.0668703;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135871;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:15:24:1:4:11:0:0:11:13:0:0 chr10 13166076 . A G 763.25 PASS AF=0.983051;AO=53;DP=54;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0440613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.382;QD=51.746;RBI=0.0454535;REFB=0.102273;REVB=-0.0111635;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132734;STB=0.506491;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000761945;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:59:1:1:53:58:0.983051:18:35:1:0:20:38:1:0 chr10 13206233 . A T 1415.59 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.82;QD=62.9151;RBI=0.0383335;REFB=0;REVB=0.0267925;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8803e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr10 13239651 . A G 317.21 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0063928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.685;QD=45.3155;RBI=0.0139818;REFB=-0.128958;REVB=-0.0124347;RO=3;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303005;STB=0.501638;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00121039;OID=.;OPOS=13239651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:17:8:1:2:17:8:1:2 chr10 13275553 . T G 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0115542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.2;QD=13.443;RBI=0.0174771;REFB=-0.0155574;REVB=0.0131129;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0150725;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:6:7:6:4:6:7 chr10 13337588 . G A 838.68 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318986;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.289;QD=57.8396;RBI=0.0345937;REFB=0;REVB=-0.0133868;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257416;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr10 13350198 . G C 174.04 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0131615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5372;QD=19.3372;RBI=0.058899;REFB=0.0218903;REVB=0.0574097;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122757;STB=0.556898;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.019357;OID=.;OPOS=13350198;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:7:11:8:9:7:11:9:9 chr10 13364914 . C G 349.18 PASS AF=0.433333;AO=35;DP=87;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0381379;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.646;QD=15.519;RBI=0.0447809;REFB=-0.014597;REVB=0.0234697;RO=49;SAF=26;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304557;STB=0.625888;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0224723;OID=.;OPOS=13364914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:49:51:35:39:0.433333:9:26:23:26:13:26:23:28 chr10 13375906 . T C 843.97 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.354;QD=57.2183;RBI=0.0146294;REFB=0;REVB=-0.00139168;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107612;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:31:28:0:0 chr10 13481427 . T A 389.08 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0257933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9046;QD=18.751;RBI=0.0517996;REFB=-0.00503564;REVB=0.0449211;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358805;STB=0.51999;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00444604;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:21:22:22:18:21:22 chr10 13494594 . T C 709.77 PASS AF=0.421622;AO=78;DP=186;FAO=78;FDP=185;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=-0.00620385;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.023;QD=15.3463;RBI=0.0183523;REFB=-0.00522885;REVB=0.0172719;RO=106;SAF=26;SAR=52;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244748;STB=0.639669;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0111761;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:106:107:78:78:0.421622:52:26:60:46:52:26:61:46 chr10 13534851 . A G 113.59 PASS AF=0.261538;AO=15;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00635014;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.765;QD=6.98983;RBI=0.00976605;REFB=-3.67659e-05;REVB=0.00741967;RO=49;SAF=8;SAR=7;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284427;STB=0.521714;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=9.96605e-05;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:48:15:17:0.261538:7:8:25:24:9:8:24:24 chr10 13633835 . A G 1677.02 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0659;QD=60.433;RBI=0.0904799;REFB=0;REVB=-0.0513939;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105838;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:49:62:0:0:49:62:0:0 chr10 13639697 . T TTA 30.35 PASS AF=0.146341;AO=5;DP=49;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0202367;FXX=0.0465008;HRUN=5;LEN=2;MLLD=18.9578;QD=2.96089;RBI=0.0606662;REFB=-0.00215696;REVB=-0.0571915;RO=37;SAF=2;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06909;STB=0.609793;STBP=0.614;TYPE=ins;VARB=-0.0391866;OID=.;OPOS=13639698;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146341:5:49:6:41:35:2:4:16:19:30:37:2:3:17:20 chr10 13658436 . G A 485.97 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0105464;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.942;QD=23.7059;RBI=0.0206572;REFB=-0.0218446;REVB=0.0177621;RO=36;SAF=27;SAR=19;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264555;STB=0.644799;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0110309;OID=.;OPOS=13658436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:36:36:46:46:0.560976:19:27:9:27:19:27:9:27 chr10 13685766 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.768;QD=55.0984;RBI=0.0427401;REFB=0;REVB=-0.0287315;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35078e-05;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr10 13687890 . G A 129.92 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0573154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0616;QD=13.3254;RBI=0.0581053;REFB=0.000729122;REVB=0.00954863;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223804;STB=0.631997;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00308399;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:4:11:13:11:4:11:13:11 chr10 13708245 . G A 475.93 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0315784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.8593;QD=21.8818;RBI=0.0386928;REFB=-0.0402837;REVB=0.0223593;RO=39;SAF=28;SAR=18;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170525;STB=0.575267;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0140871;OID=.;OPOS=13708245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:41:46:46:0.528736:18:28:31:8:18:28:31:10 chr10 13769842 . A G 1292.44 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484186;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.429;QD=60.8208;RBI=0.0574738;REFB=0;REVB=0.0309658;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200127;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:46:35:0:0:47:38:0:0 chr10 15008493 . A C 339.24 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00268117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.552;QD=17.8548;RBI=0.00795774;REFB=-0.0149454;REVB=0.00749247;RO=40;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447744;STB=0.516215;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0183824;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:15:20:21:19:16:20:21:19 chr10 15106441 . A G 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0193925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.723;QD=13.0714;RBI=0.0213068;REFB=0.00600636;REVB=0.00882677;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591133;STB=0.533862;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00932743;OID=.;OPOS=15106441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:12:19:28:22:12:19:28:22 chr10 15180451 . G A 401.72 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0100322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.197;QD=18.9044;RBI=0.0133007;REFB=-0.000372501;REVB=0.00873288;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829339;STB=0.504617;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00029784;OID=.;OPOS=15180451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:19:22:24:20:19:22:24:20 chr10 15573050 . A G 2049.2 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518056;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.582;QD=62.5711;RBI=0.0825141;REFB=0;REVB=0.0642242;RO=0;SAF=83;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212758;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:48:83:0:0:48:83:0:0 chr10 16882518 . T C 375.62 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.000759369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.076;QD=13.7841;RBI=0.00496653;REFB=-0.0106102;REVB=0.00490813;RO=65;SAF=15;SAR=29;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228773;STB=0.62957;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0207302;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:29:15:36:29:29:15:36:29 chr10 16918972 . A G 666.81 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0154383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.291;QD=21.0018;RBI=0.0159248;REFB=-0.00819543;REVB=-0.00390591;RO=61;SAF=40;SAR=26;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440363;STB=0.524226;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00711688;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:26:40:34:27:26:40:34:27 chr10 16941147 . T C 483.52 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0260029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.186;QD=19.1495;RBI=0.0318806;REFB=-0.0245911;REVB=0.0184451;RO=51;SAF=26;SAR=24;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135058;STB=0.574592;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0271741;OID=.;OPOS=16941147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:24:26:34:17:24:26:34:17 chr10 16943371 . G C 903.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.665;QD=58.2633;RBI=0.042221;REFB=0;REVB=0.0210241;RO=0;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11716e-05;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:45:16:0:0:46:16:0:0 chr10 16948390 . G C 115.63 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0620179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0773;QD=11.0126;RBI=0.062361;REFB=-0.0162539;REVB=0.0065326;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047539;STB=0.528414;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0468608;OID=.;OPOS=16948390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:4:10:19:9:4:10:19:9 chr10 16961995 . A C 224.59 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.00549464;FXX=0.0468677;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.689;QD=14.7269;RBI=0.0169566;REFB=-0.0125091;REVB=-0.0160416;RO=34;SAF=20;SAR=6;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128158;STB=0.57687;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.021774;OID=.;OPOS=16961995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:34:35:26:26:0.42623:6:20:29:5:6:20:30:5 chr10 16967401 . C T 1268.09 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386714;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.749;QD=61.8579;RBI=0.0164327;REFB=0;REVB=-0.0159712;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79601e-05;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr10 16967586 . C G 485.28 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00326654;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.928;QD=20.0117;RBI=0.0462448;REFB=0.00878424;REVB=-0.0461293;RO=46;SAF=29;SAR=18;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127253;STB=0.504131;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00895975;OID=.;OPOS=16967586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:46:49:47:48:0.494845:18:29:29:17:18:30:31:18 chr10 16979661 . T C 364.48 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00466729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.343;QD=19.1832;RBI=0.00968379;REFB=0.000973278;REVB=-0.00848482;RO=38;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722197;STB=0.554885;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.000845781;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:38:36:38:0.5:14:22:26:12:16:22:26:12 chr10 16990498 . T C 107.01 PASS AF=0.117021;AO=12;DP=95;FAO=11;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=20;FWDB=0.0554256;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1559;QD=4.55349;RBI=0.0709236;REFB=-0.0095336;REVB=-0.0442512;RO=68;SAF=6;SAR=6;SRF=50;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305084;STB=0.654925;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0747166;OID=.;OPOS=16990498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:94:68:71:12:11:0.117021:6:6:50:18:5:6:51:20 chr10 17024503 . G A 512.69 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00566991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.628;QD=20.3045;RBI=0.0275649;REFB=-0.0192936;REVB=-0.0269755;RO=48;SAF=27;SAR=25;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179353;STB=0.592922;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0200126;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:49:52:52:0.514851:25:27:15:33:25:27:16:33 chr10 17024615 . A T 212.34 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.011752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.43;QD=14.3959;RBI=0.0224978;REFB=-0.00488291;REVB=0.0191843;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185992;STB=0.604999;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0162191;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:9:25:14:11:9:25 chr10 17113563 . C T 1932.63 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2982;QD=61.8442;RBI=0.00615883;REFB=0;REVB=-0.00177506;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75665e-05;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:67:58:0:0:67:58:0:0 chr10 17147521 . G T 1716.83 PASS AF=0.966942;AO=115;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0215551;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4051;QD=56.7547;RBI=0.0373549;REFB=0.0260488;REVB=-0.0305085;RO=4;SAF=71;SAR=44;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260003;STB=0.513696;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00632906;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:121:4:4:115:117:0.966942:44:71:4:0:46:71:4:0 chr10 17153023 . C T 167.19 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0081828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.436;QD=11.7329;RBI=0.0136471;REFB=-0.0081792;REVB=-0.0109217;RO=36;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130216;STB=0.576194;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0200157;OID=.;OPOS=17153023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:16:5:12:24:16:5:12:24 chr10 17156151 . A G 1105.15 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00861179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.462;QD=57.4106;RBI=0.0125774;REFB=-0.137188;REVB=0.00916673;RO=2;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262676;STB=0.513885;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000514472;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:35:40:0:2:35:40:0:2 chr10 17210822 . A C 155.45 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0134844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.441;QD=15.1655;RBI=0.0164352;REFB=-0.0234069;REVB=-0.00939609;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373035;STB=0.712107;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0372637;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:5:19:7:10:5:19 chr10 17256265 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 294.12 PASS AF=0.34,0,0;AO=19,25,24;DP=169;FAO=51,0,0;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=47,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.184919,-0.3171,-0.13431;FXX=0.0624961;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=22.2323,11.0978,15.3937;QD=7.84325;RBI=0.186792,0.317122,0.137567;REFB=-0.0274333,-0.0212864,0.00602367;REVB=-0.0263892,0.00376851,0.0297562;RO=66;SAF=14,19,24;SAR=5,6,0;SRF=23;SRR=43;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.46281,0.482676,0.824209;STB=0.889369,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0214566,0.10842,0;OID=.,.,.;OPOS=17256271,17256266,17256271;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34,0,0:19,25,24:169:51,0,0:150:99:47,0,0:4,0,0:42:57:99:66:14,19,24:5,6,0:23:43 chr10 17256343 . TTAAAAAAT TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAAATA,TTTAAAAAT 536.84 PASS AF=0,0.9,0,0;AO=27,23,6,19;DP=148;FAO=0,90,0,0;FDP=100;FR=.;FRO=10;FSAF=0,67,0,0;FSAR=0,23,0,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.124031,0.214843,0.00210899,0.336753;FXX=0.264686;HRUN=5,6,6,6;LEN=2,1,2,1;MLLD=11.3963,9.32207,11.6143,4.8842;QD=21.4736;RBI=0.125168,0.229026,0.0311447,0.350729;REFB=0.0709664,-0.109366,-0.107064,-0.185696;REVB=-0.016831,0.0793432,0.0310733,0.0980244;RO=32;SAF=24,15,5,0;SAR=3,8,1,19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0,0.34252,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.36854,-0.00457961,0.267052,-0.838255;STB=0.5,0.518631,0.5,0.5;STBP=1,0.33,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0,0.0623213,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=17256344,17256345,17256350,17256345;OREF=TA,A,AT,A;OALT=-,-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAAATA,TTTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.9,0,0:27,23,6,19:148:0,90,0,0:100:10:0,67,0,0:0,23,0,0:6:4:16:32:24,15,5,0:3,8,1,19:21:11 chr10 17373524 . A C 150.43 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00977986;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.977;QD=11.1428;RBI=0.0103231;REFB=-0.0068037;REVB=-0.00330475;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11849;STB=0.568653;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0058243;OID=.;OPOS=17373524;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:35:19:19:0.351852:6:13:27:8:6:13:27:8 chr10 17891705 . A G 4411.44 PASS AF=1;AO=279;DP=279;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.01;QD=63.2464;RBI=0.0204254;REFB=0;REVB=-0.00398459;RO=0;SAF=118;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27839e-05;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:279:279:0:0:279:279:1:161:118:0:0:161:118:0:0 chr10 18087629 . CTG C 49.3 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036428;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=339.78;QD=32.8699;RBI=0.0115295;REFB=0;REVB=0.0109389;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000981407;OID=.;OPOS=18087630;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:6:6:6:0:2:4:0:0:4:0:1:4:0:0 chr10 18242304 . T C 379.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165308;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.807;QD=56.2252;RBI=0.0247983;REFB=0;REVB=0.0247431;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133027;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr10 18242311 . A G 137.83 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0545494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4922;QD=19.0112;RBI=0.0865322;REFB=-0.00625625;REVB=-0.0671729;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00860622;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:8:6:8:7:8:6 chr10 18266989 . G A 157.92 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.01241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.832;QD=11.2803;RBI=0.0160818;REFB=0.00925676;REVB=0.0102282;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160039;STB=0.607041;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0156089;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:36:20:20:0.357143:10:10:12:22:10:10:12:24 chr10 18829981 . A ATGTT 1367.21 PASS AF=0.833333;AO=98;DP=134;FAO=105;FDP=126;FR=.;FRO=21;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0177582;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=4;MLLD=230.025;QD=43.4033;RBI=0.0177595;REFB=-0.0313277;REVB=-0.000217124;RO=30;SAF=40;SAR=58;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129186;STB=0.551524;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.00281806;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:98:134:105:126:21:43:62:15:6:99:30:40:58:21:9 chr10 18963038 . A G 416.05 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0169248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.981;QD=16.1572;RBI=0.0193155;REFB=-0.0111514;REVB=-0.00930801;RO=57;SAF=20;SAR=26;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908163;STB=0.550825;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0104599;OID=.;OPOS=18963038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:26:20:30:27:26:20:30:27 chr10 18965160 . G A 303.94 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0191058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.185;QD=12.6642;RBI=0.0234443;REFB=-0.00922041;REVB=-0.0135869;RO=60;SAF=30;SAR=5;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4166;STB=0.749833;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0132105;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:60:61:35:35:0.364583:5:30:34:26:5:30:34:27 chr10 18965960 . G T 982.92 PASS AF=0.474654;AO=100;DP=214;FAO=103;FDP=217;FR=.;FRO=114;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=-0.0556348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2338;QD=18.1184;RBI=0.0565333;REFB=-0.0187062;REVB=0.010039;RO=113;SAF=63;SAR=37;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466162;STB=0.523402;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0217764;OID=.;OPOS=18965960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:217:113:114:100:103:0.474654:37:63:66:47:39:64:66:48 chr10 18966490 . C T 338.12 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0160533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.389;QD=22.9236;RBI=0.0160584;REFB=0.000830396;REVB=0.000402831;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114911;STB=0.563343;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000856525;OID=.;OPOS=18966490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:14:20:11:14:14:20:11:14 chr10 18966538 . A C 36.91 PASS AF=0.0970874;AO=11;DP=102;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.000467072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9724;QD=1.43324;RBI=0.029379;REFB=-0.000640261;REVB=-0.0293753;RO=90;SAF=2;SAR=9;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450797;STB=0.907628;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0478149;OID=.;OPOS=18966538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:102:103:90:93:11:10:0.0970874:9:2:51:39:9:1:53:40 chr10 19492832 . A C 1081.1 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.11;QD=60.0611;RBI=0.0721292;REFB=0;REVB=0.00849767;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118847;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:44:27:0:0:44:28:0:0 chr10 19498278 . G A 1458.68 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154089;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.376;QD=63.421;RBI=0.0247501;REFB=0;REVB=0.0193683;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0802e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:93:92:1:46:47:0:0:46:46:0:0 chr10 19620407 . A C 3925.67 PASS AF=1;AO=253;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525817;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7521;QD=61.5792;RBI=0.0400739;REFB=-0.0172188;REVB=0.0397274;RO=0;SAF=152;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880015;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:255:255:0:0:253:255:1:101:152:0:0:103:152:0:0 chr10 19620439 . A G 4317.16 PASS AF=1;AO=273;DP=281;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106189;FXX=0.017793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.629;QD=62.5675;RBI=0.0119408;REFB=-0.00689857;REVB=-0.00546102;RO=0;SAF=164;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52617e-05;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:281:276:0:0:273:276:1:109:164:0:0:109:167:0:0 chr10 19636869 . G T 692.48 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623265;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2244;QD=61.5535;RBI=0.0681611;REFB=0;REVB=-0.0275925;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00353417;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:22:23:0:0 chr10 19641035 . T C 2387.64 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933335;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.342;QD=61.2215;RBI=0.0231327;REFB=0;REVB=0.0211663;RO=0;SAF=84;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12915e-06;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:71:84:0:0:73:83:0:0 chr10 19678286 . C T 1785.78 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.961;QD=61.0524;RBI=0.0295232;REFB=0;REVB=-0.00472682;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6699e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:73:43:0:0:74:43:0:0 chr10 19678497 . G A 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.183;QD=62.0192;RBI=0.022389;REFB=-0.0664494;REVB=0.0141158;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00025124;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:91:93:0.989362:42:49:0:0:42:51:1:0 chr10 19778056 . G A 1811.19 PASS AF=0.969697;AO=120;DP=125;FAO=128;FDP=132;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0214135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3895;QD=54.8845;RBI=0.0523553;REFB=-0.197914;REVB=0.0477759;RO=5;SAF=40;SAR=80;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287629;STB=0.511362;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0111253;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:125:132:5:4:120:128:0.969697:80:40:0:5:86:42:0:4 chr10 19778072 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.207;QD=60.0767;RBI=0.00998023;REFB=0;REVB=0.00398161;RO=0;SAF=36;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50698e-06;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:71:36:0:0:71:36:0:0 chr10 19820222 . T C 806.3 PASS AF=0.48538;AO=83;DP=171;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-4.68385e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.015;QD=18.8607;RBI=0.0516641;REFB=-0.0102958;REVB=0.0516641;RO=88;SAF=44;SAR=39;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598714;STB=0.533025;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0117259;OID=.;OPOS=19820222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:88:88:83:83:0.48538:39:44:41:47:39:44:41:47 chr10 19884264 . G A 654.88 PASS AF=0.454545;AO=67;DP=164;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.0708982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.125;QD=14.8837;RBI=0.0710412;REFB=-0.0424889;REVB=0.0045053;RO=84;SAF=24;SAR=43;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134681;STB=0.563838;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0271101;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:176:84:96:67:80:0.454545:43:24:41:43:46:34:52:44 chr10 19887292 . T G 757.03 PASS AF=0.481707;AO=79;DP=164;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0135581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.008;QD=18.4641;RBI=0.0225276;REFB=-0.0163905;REVB=0.0179909;RO=85;SAF=46;SAR=33;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170429;STB=0.594072;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0131129;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:85:85:79:79:0.481707:33:46:34:51:33:46:34:51 chr10 19896830 . C A 909.91 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00783411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.505;QD=52.7481;RBI=0.0142472;REFB=0.00205002;REVB=-0.0119;RO=2;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286092;STB=0.529403;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-5.85812e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:2:4:65:65:0.942029:32:33:0:2:32:33:0:4 chr10 20500592 . T C 636.38 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00441646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.119;QD=21.7564;RBI=0.0197677;REFB=-0.0265504;REVB=0.019268;RO=54;SAF=29;SAR=34;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178862;STB=0.509811;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0190379;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:54:63:63:0.538462:34:29:26:28:34:29:26:28 chr10 21071191 . G C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.506;QD=59.3217;RBI=0.00995624;REFB=0;REVB=0.00783439;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87045e-06;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr10 21074344 . A G 1895.87 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6514;QD=61.6542;RBI=0.0887824;REFB=0;REVB=0.0864013;RO=0;SAF=78;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333151;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:45:78:0:0:45:78:0:0 chr10 21074455 . T C 2829.13 PASS AF=1;AO=180;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822987;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.729;QD=62.5223;RBI=0.0305731;REFB=0;REVB=0.0294446;RO=1;SAF=86;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79095e-05;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:181:1:0:180:181:1:94:86:0:1:95:86:0:0 chr10 21414892 . C G 937.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.742;QD=58.5951;RBI=0.0513142;REFB=0;REVB=-0.0508051;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018342;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr10 21807000 . TTA T,TTT 127.46 PASS AF=0.540541,0;AO=7,11;DP=51;FAO=20,0;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12,0;FSAR=8,0;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.125764,0.196042;FXX=0.0263089;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=18.6084,9.67072;QD=13.7789;RBI=0.18307,0.213858;REFB=0.0301215,-0.112874;REVB=0.133034,0.0854557;RO=26;SAF=2,0;SAR=5,11;SRF=21;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.569447,-0.837401;STB=0.611663,0.5;STBP=0.188,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00988461,0;OID=.,.;OPOS=21807001,21807002;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540541,0:7,11:51:20,0:37:17:12,0:8,0:14:3:99:26:2,0:5,11:21:5 chr10 21950592 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00527604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5192;QD=10.668;RBI=0.00553264;REFB=0.00385436;REVB=0.00166538;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123941;STB=0.507448;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00885315;OID=.;OPOS=21950592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:11:7:4:6:11:7 chr10 22498209 . A G 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.154;QD=56.9328;RBI=0.0275826;REFB=0;REVB=0.0194654;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138466;OID=.;OPOS=22498209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr10 22498468 . C T 669.89 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.532;QD=62.3155;RBI=0.047679;REFB=0;REVB=-0.0476242;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242828;OID=.;OPOS=22498468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr10 22498483 . TC GA,TCAGA 540.87 PASS AF=0.0714286,0.785714;AO=4,41;DP=57;FAO=4,44;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=4,32;FSAR=0,12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00316628,0.0178045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=191.83,114.296;QD=38.6339;RBI=0.00933044,0.018203;REFB=-0.0160445,-0.0334389;REVB=0.00877677,-0.00378799;RO=11;SAF=4,29;SAR=0,12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.657755,0.0331244;STB=0.996249,0.519472;STBP=0.108,0.552;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00910484,0.00421085;OID=.,.;OPOS=22498483,22498485;OREF=TC,-;OALT=GA,AGA;OMAPALT=GA,TCAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:57:56:11:8:4,41:4,44:0.0714286,0.785714:0,12:4,29:7:4:0,12:4,32:5:3 chr10 22498749 . A T 2538.38 PASS AF=0.982353;AO=167;DP=170;FAO=167;FDP=170;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.034471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2197;QD=59.7267;RBI=0.0363669;REFB=-0.10804;REVB=-0.0115889;RO=0;SAF=74;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501963;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00165054;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:170:170:0:3:167:167:0.982353:93:74:0:0:93:74:1:2 chr10 22518522 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.074;QD=48.7366;RBI=0.046685;REFB=0;REVB=-0.033236;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86925e-06;OID=.;OPOS=22518522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 22825596 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0474493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.921;QD=13.753;RBI=0.0489344;REFB=-0.0240718;REVB=0.0119641;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484479;STB=0.528346;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.039018;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:16:7:4:11:16:7 chr10 22839628 . T C 648.01 PASS AF=0.5;AO=64;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00278242;FXX=0.0225547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.541;QD=19.9387;RBI=0.00327371;REFB=-0.0111596;REVB=-0.00172491;RO=65;SAF=33;SAR=31;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490688;STB=0.523169;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0111488;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:64:65:0.5:31:33:37:28:31:34:37:28 chr10 23297301 . C A,T 3793.31 PASS AF=0.113821,0.886179;AO=28,217;DP=245;FAO=28,218;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=25,79;FSAR=3,139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165297,-0.010672;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.915,107.867;QD=61.6799;RBI=0.0189469,0.0280756;REFB=0,0;REVB=-0.00926028,-0.0259682;RO=0;SAF=26,78;SAR=2,139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0264294,0.00130788;OID=.,.;OPOS=23297301,23297301;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:245:246:0:0:28,217:28,218:0.113821,0.886179:2,139:26,78:0:0:3,139:25,79:0:0 chr10 23482634 . GTC G,GC,GCC 114.27 PASS AF=0.363636,0.636364,0;AO=3,5,3;DP=11;FAO=4,7,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,4,0;FSAR=1,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814631,-0.0197562,-0.0253917;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=168.029,169.292,162.964;QD=41.551;RBI=0.0452758,0.0233979,0.0316753;REFB=0,0,0;REVB=0.0445369,0.0125361,-0.0189364;RO=0;SAF=3,4,0;SAR=0,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00223954,0.0157682,0;OID=.,.,.;OPOS=23482635,23482635,23482635;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.636364,0:3,5,3:11:4,7,0:11:0:3,4,0:1,3,0:0:0:11:0:3,4,0:0,1,3:0:0 chr10 23556110 . A G 904.67 PASS AF=0.929577;AO=65;DP=72;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0317334;FXX=0.0273935;HRUN=6;LEN=1;MLLD=125.274;QD=50.9675;RBI=0.0740012;REFB=-0.0706875;REVB=0.0668519;RO=3;SAF=32;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422473;STB=0.52112;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00214192;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:72:71:3:5:65:66:0.929577:33:32:3:0:33:33:4:1 chr10 23633566 . C A 1940.59 PASS AF=0.984496;AO=125;DP=127;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00155132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.333;QD=60.1734;RBI=0.0484371;REFB=-0.0967422;REVB=0.0484122;RO=2;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155725;STB=0.508063;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00074335;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:129:2:2:125:127:0.984496:60:65:0:2:61:66:0:2 chr10 23688542 . T A 179.93 PASS AF=1;AO=7;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.173403;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.163;QD=44.9824;RBI=0.215904;REFB=0;REVB=0.128631;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381644;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:7:16:1:6:1:0:0:12:4:0:0 chr10 24721946 . A C 172.4 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0239985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.434;QD=18.6383;RBI=0.0579762;REFB=-0.0487484;REVB=0.052776;RO=19;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138673;STB=0.579613;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0360322;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:15:3:5:14:15:3:5:14 chr10 24762465 . A G 153.97 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0136631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.612;QD=11.6204;RBI=0.0194898;REFB=-0.00403962;REVB=0.0138986;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895551;STB=0.551048;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0126791;OID=.;OPOS=24762465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:32:34:18:19:0.358491:11:7:15:17:11:8:17:17 chr10 24832351 . CT C 33.52 PASS AF=0.25;AO=10;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0584838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.9944;QD=3.72459;RBI=0.0607127;REFB=-0.0880958;REVB=0.0162995;RO=25;SAF=10;SAR=0;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.739046;STB=0.754023;STBP=0.143;TYPE=del;VARB=0.120385;OID=.;OPOS=24832352;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:36:9:36:27:8:1:18:9:33:25:10:0:16:9 chr10 24873369 . C G 875.0 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.077;QD=57.3772;RBI=0.0631012;REFB=0;REVB=0.0267062;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4548e-05;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:34:27:0:0 chr10 24874255 . GGA G,GG 33.4 PASS AF=0.333333,0;AO=3,3;DP=21;FAO=6,0;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5,0;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.033638,-0.125243;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=2,1;MLLD=26.652,14.8469;QD=7.42165;RBI=0.0496804,0.125402;REFB=-0.0523145,-0.0206458;REVB=0.0365598,0.00632004;RO=12;SAF=3,2;SAR=0,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.693733,0.350702;STB=0.832222,0.5;STBP=0.074,1;TYPE=del,del;VARB=0.10339,0;OID=.,.;OPOS=24874256,24874257;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:3,3:21:6,0:18:12:5,0:1,0:4:8:32:12:3,2:0,1:4:8 chr10 24879281 . A G 1468.28 PASS AF=1;AO=82;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.029;QD=63.152;RBI=0.0135988;REFB=0;REVB=0.0128086;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025618;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:82:93:1:39:43:0:0:48:45:0:0 chr10 24908686 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.054094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8517;QD=12.216;RBI=0.0666899;REFB=-0.0285098;REVB=-0.0390048;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966188;STB=0.556886;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0493216;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:15:12:8:7:15:12 chr10 24908998 . C T 228.79 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.000533071;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.789;QD=11.5843;RBI=0.00663347;REFB=0.003843;REVB=0.00661202;RO=51;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202632;STB=0.616542;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00801157;OID=.;OPOS=24908998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:51:28:28:0.35443:13:15:18:33:13:15:18:33 chr10 24929141 . G A 3812.75 PASS AF=0.992;AO=247;DP=251;FAO=248;FDP=250;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0173881;FXX=0.00793619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.03;QD=61.004;RBI=0.0397888;REFB=0.0530243;REVB=0.0357883;RO=1;SAF=116;SAR=131;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409152;STB=0.500259;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-2.50714e-05;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:251:250:1:2:247:248:0.992:131:116:1:0:132:116:1:1 chr10 25312689 . A G 291.82 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.000452916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8595;QD=14.591;RBI=0.0230806;REFB=-0.000625565;REVB=-0.0230761;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.515142;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00061553;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:16:17:23:24:16:17:23:24 chr10 25313818 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0101133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4026;QD=16.0648;RBI=0.0206182;REFB=-0.0016094;REVB=-0.0179676;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339293;STB=0.692117;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00211909;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:5:19:8:10:5:19 chr10 25314538 . A C 140.03 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.22688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.5323;QD=12.4473;RBI=0.237309;REFB=-0.0138026;REVB=0.0695783;RO=29;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342229;STB=0.704798;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0413847;OID=.;OPOS=25314538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:13:3:13:16:13:3:13:16 chr10 25314637 . G C 494.3 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0127621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.406;QD=16.2064;RBI=0.0148551;REFB=-0.0138413;REVB=0.00760268;RO=68;SAF=25;SAR=29;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223494;STB=0.512488;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0140225;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:29:25:33:35:29:25:33:35 chr10 25701341 . C G 727.48 PASS AF=0.453488;AO=78;DP=168;FAO=78;FDP=172;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.0370108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.176;QD=16.9182;RBI=0.0372059;REFB=-0.0104627;REVB=0.00380575;RO=90;SAF=40;SAR=38;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954627;STB=0.562989;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0117414;OID=.;OPOS=25701341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:90:94:78:78:0.453488:38:40:55:35:38:40:59:35 chr10 25861632 . C T 3042.59 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203416;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5044;QD=63.7191;RBI=0.0450184;REFB=0;REVB=0.0401606;RO=0;SAF=101;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7204e-05;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:191:0:0:191:191:1:90:101:0:0:90:101:0:0 chr10 25888180 . A G 191.52 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.426;QD=47.8802;RBI=0.0561419;REFB=0;REVB=-0.0161924;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400349;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:9:7:0:0 chr10 26102829 . G A 275.18 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00414742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.943;QD=13.1036;RBI=0.00543445;REFB=-0.0197926;REVB=-0.00351171;RO=52;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190651;STB=0.608757;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0267109;OID=.;OPOS=26102829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:14:18:20:32:14:18:20:32 chr10 26355992 . A G 197.71 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0221241;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8622;QD=12.9647;RBI=0.0231014;REFB=-0.00925055;REVB=-0.00664821;RO=36;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150769;STB=0.5159;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0198936;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:37:23:24:0.393443:17:6:9:27:17:7:10:27 chr10 26357748 . G A 312.13 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0268215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.461;QD=17.3408;RBI=0.0290165;REFB=-0.0116957;REVB=-0.0110709;RO=37;SAF=9;SAR=24;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888638;STB=0.545427;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00817474;OID=.;OPOS=26357748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:38:33:34:0.472222:24:9:13:24:24:10:14:24 chr10 26562596 . G A 438.81 PASS AF=0.409836;AO=48;DP=116;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.00491005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.871;QD=14.3871;RBI=0.00544336;REFB=-0.00449319;REVB=0.0023498;RO=65;SAF=26;SAR=22;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506259;STB=0.536331;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00749546;OID=.;OPOS=26562596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:122:65:72:48:50:0.409836:22:26:32:33:24:26:33:39 chr10 26790109 . T C 307.7 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0204989;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.9679;QD=27.9727;RBI=0.110853;REFB=-0.114116;REVB=0.108941;RO=17;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603127;STB=0.533308;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0723065;OID=.;OPOS=26790109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:17:17:27:27:0.613636:9:18:10:7:9:18:10:7 chr10 26991067 . CG C 115.94 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0796141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.5921;QD=42.1596;RBI=0.0811463;REFB=0;REVB=-0.0156947;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00961128;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:3:8:0:0:4:0:3:8:0:0 chr10 27303605 . A T 541.41 PASS AF=0.505155;AO=44;DP=99;FAO=49;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0885495;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3271;QD=22.326;RBI=0.0886219;REFB=-0.0447281;REVB=-0.00358233;RO=37;SAF=28;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215872;STB=0.570107;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0168567;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:37:43:44:49:0.505155:16:28:14:23:19:30:20:23 chr10 27317840 . C T 194.79 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0322056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5263;QD=17.3146;RBI=0.0330568;REFB=6.27993e-05;REVB=-0.00745337;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193849;STB=0.610509;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00115477;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:15:10:12:8:15:10 chr10 27324405 . G A 229.79 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0102346;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7142;QD=13.9266;RBI=0.0108283;REFB=0.00280359;REVB=-0.00353635;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216658;STB=0.629047;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0014402;OID=.;OPOS=27324405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:12:15:13:25:12:15:13:26 chr10 27353007 . T C 191.32 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0159296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.747;QD=22.5082;RBI=0.0292505;REFB=-0.0318198;REVB=0.0245324;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365105;STB=0.520483;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.029197;OID=.;OPOS=27353007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:7:8:11:8:7:8 chr10 27377283 . A T 359.52 PASS AF=0.513889;AO=35;DP=70;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.002903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.325;QD=19.9735;RBI=0.00292988;REFB=-0.0085468;REVB=0.000395958;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00495877;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:35:35:35:37:0.513889:17:18:18:17:17:20:18:17 chr10 27381349 . T C 236.88 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0121469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.569;QD=19.7396;RBI=0.0342089;REFB=-0.0263496;REVB=0.0319797;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120722;STB=0.568206;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0350968;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:12:13:9:14:12:13 chr10 27389197 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.054;QD=59.4356;RBI=0.025623;REFB=0;REVB=0.00720999;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74605e-05;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr10 27400861 . G A 613.15 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9319;QD=61.3149;RBI=0.0457511;REFB=0;REVB=-0.0201278;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000616019;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr10 27434483 . G A 444.43 PASS AF=0.423729;AO=47;DP=119;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0262404;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.919;QD=15.0655;RBI=0.0264797;REFB=-0.0117789;REVB=-0.0035517;RO=68;SAF=23;SAR=24;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118942;STB=0.548038;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00879057;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:68:68:47:50:0.423729:24:23:41:27:24:26:41:27 chr10 27458898 . C A 36.42 PASS AF=0.235294;AO=4;DP=17;FAO=4;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0317014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.243;QD=8.56955;RBI=0.0341362;REFB=0.00432449;REVB=0.0126609;RO=10;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756169;STB=0.571101;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00226489;OID=.;OPOS=27458898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:17:17:10:11:4:4:0.235294:1:3:8:2:1:3:9:2 chr10 27459670 . C T 157.19 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0157196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.775;QD=16.1217;RBI=0.0170159;REFB=-0.0147317;REVB=-0.00651425;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152684;STB=0.600483;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.014838;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:9:7:13:9:10:7:13:9 chr10 27475444 . T C 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00601521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.627;QD=21.839;RBI=0.0118093;REFB=0.00312976;REVB=0.0101625;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126394;STB=0.570676;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00257065;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:9:15:12:13:9:15 chr10 27475693 . T C 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00483541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.609;QD=20.4368;RBI=0.0149783;REFB=-0.0152138;REVB=0.0141763;RO=25;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291144;STB=0.527759;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0129842;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:11:19:15:10:11:19:15:11 chr10 27499771 . G A 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.035585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.733;QD=18.0145;RBI=0.0390291;REFB=-0.0144645;REVB=0.0160307;RO=54;SAF=30;SAR=21;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310641;STB=0.513108;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.011879;OID=.;OPOS=27499771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:55:51:51:0.481132:21:30:30:24:21:30:31:24 chr10 27499804 . T C 402.22 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00721967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.144;QD=15.6203;RBI=0.0170356;REFB=-0.0274298;REVB=-0.0154301;RO=56;SAF=28;SAR=17;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526493;STB=0.521335;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0285588;OID=.;OPOS=27499804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:58:45:45:0.436893:17:28:32:24:17:28:34:24 chr10 27499979 . G T 61.11 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0492125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6806;QD=6.78978;RBI=0.0494702;REFB=0.00397274;REVB=-0.00504224;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0191639;OID=.;OPOS=27499979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:12:15:5:4:12:15 chr10 27506961 . G A 321.13 PASS AF=0.435294;AO=34;DP=78;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00701328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.535;QD=15.1118;RBI=0.0137151;REFB=-0.00734137;REVB=0.0117863;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115269;STB=0.512501;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00802765;OID=.;OPOS=27506961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:85:43:48:34:37:0.435294:17:17:22:21:17:20:27:21 chr10 27508758 . T C 493.47 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0346121;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.724;QD=25.3062;RBI=0.0367712;REFB=-0.0251213;REVB=-0.0124146;RO=30;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130128;STB=0.56851;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0254325;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:30:32:46:46:0.589744:22:24:21:9:22:24:22:10 chr10 27538071 . TG CA 194.34 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00354883;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.7;QD=8.26958;RBI=0.0118041;REFB=-0.00172099;REVB=0.011258;RO=67;SAF=14;SAR=12;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00139379;STB=0.504115;STBP=0.96;TYPE=mnp;VARB=0.00443413;OID=.;OPOS=27538071;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:68:26:26:0.276596:12:14:36:31:12:14:37:31 chr10 27538204 . T C 196.26 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00660856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.099;QD=10.7537;RBI=0.007503;REFB=-0.0103051;REVB=0.00355274;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103168;STB=0.566686;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0349516;OID=.;OPOS=27538204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:48:25:25:0.342466:14:11:25:22:14:11:26:22 chr10 27538735 . G A 371.49 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00605144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3881;QD=20.0805;RBI=0.00937778;REFB=-0.00781568;REVB=0.007164;RO=36;SAF=24;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191627;STB=0.510633;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00896893;OID=.;OPOS=27538735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:14:24:22:14:14:24:22:14 chr10 27539137 . T C 264.19 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00451329;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.263;QD=19.2135;RBI=0.00657175;REFB=-0.014143;REVB=0.00477683;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206999;STB=0.508469;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.010823;OID=.;OPOS=27539137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:27:28:28:0.509091:13:15:14:11:13:15:14:13 chr10 27539166 . G A 217.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0020585;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.534;QD=21.7031;RBI=0.0210498;REFB=-0.0124421;REVB=0.0209489;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831478;STB=0.546718;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0113734;OID=.;OPOS=27539166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:19:21:21:0.525:9:12:9:10:9:12:9:10 chr10 27624494 . G A 503.96 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0239441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7779;QD=17.0833;RBI=0.0562203;REFB=-0.00286618;REVB=0.0508666;RO=63;SAF=30;SAR=25;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209042;STB=0.511624;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00321509;OID=.;OPOS=27624494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:25:30:33:30:25:30:33:30 chr10 27687225 . A G 1590.76 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000651015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.369;QD=58.9169;RBI=0.00717088;REFB=-0.00812178;REVB=0.00714127;RO=1;SAF=62;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759448;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=5.82762e-06;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:45:62:1:0:45:62:1:0 chr10 27687775 . T C 993.19 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00880517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.084;QD=57.5761;RBI=0.0160193;REFB=0.0695823;REVB=-0.0133823;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150024;STB=0.507934;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00193578;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:37:31:1:0:37:31:1:0 chr10 27687965 . A G 547.09 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.164;QD=59.1449;RBI=0.138351;REFB=0;REVB=0.00433228;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703351;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:27:7:0:0:27:10:0:0 chr10 27687994 . A G 295.78 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.046019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.35;QD=49.2958;RBI=0.0470913;REFB=-0.142836;REVB=0.00999215;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.538427;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0015603;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:17:6:0:0:17:6:1:0 chr10 27692279 . A G 1451.19 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.02;QD=63.0953;RBI=0.0422068;REFB=0;REVB=0.0215648;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04509e-05;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:47:43:0:0:47:45:0:0 chr10 28224075 . G A 298.47 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00738931;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.059;QD=18.3671;RBI=0.0178256;REFB=0.00208881;REVB=0.0162219;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178814;STB=0.599558;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00252833;OID=.;OPOS=28224075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:32:32:0.492308:17:15:22:11:17:15:22:11 chr10 28228865 . A G 348.68 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=3.02262e-06;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.225;QD=17.2188;RBI=0.00764734;REFB=-0.008296;REVB=-0.00764734;RO=42;SAF=27;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172629;STB=0.600863;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00896288;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:44:37:37:0.45679:10:27:24:18:10:27:25:19 chr10 28228926 . C T 207.46 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0145863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.551;QD=11.214;RBI=0.0228601;REFB=-0.00769132;REVB=-0.0176019;RO=46;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103791;STB=0.548959;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00794215;OID=.;OPOS=28228926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:48:26:26:0.351351:9:17:26:20:9:17:28:20 chr10 28247805 . T C 450.21 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00419582;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7752;QD=17.4838;RBI=0.00830319;REFB=0.00706706;REVB=0.00716506;RO=54;SAF=35;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18774;STB=0.59371;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0010528;OID=.;OPOS=28247805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:54:54:48:49:0.475728:13:35:30:24:14:35:30:24 chr10 28345418 . T C 555.06 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00338376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.331;QD=20.002;RBI=0.0125593;REFB=-0.000403499;REVB=0.0120949;RO=52;SAF=21;SAR=36;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134685;STB=0.584196;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00044196;OID=.;OPOS=28345418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:52:54:57:57:0.513514:36:21:27:25:36:21:29:25 chr10 28378758 . T C 1145.66 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0118585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.536;QD=58.008;RBI=0.0124391;REFB=-0.119827;REVB=0.00375619;RO=2;SAF=32;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286589;STB=0.515148;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000145436;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:2:2:77:77:0.974684:45:32:2:0:45:32:2:0 chr10 28731618 . T C 416.21 PASS AF=0.45098;AO=43;DP=97;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0112331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.113;QD=16.322;RBI=0.0123364;REFB=-0.0305739;REVB=-0.0050996;RO=54;SAF=25;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448424;STB=0.526259;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0417171;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:54:56:43:46:0.45098:18:25:29:25:20:26:29:27 chr10 28909299 . GTT GT,GTA,TGT 765.36 PASS AF=1,0,0;AO=47,6,2;DP=55;FAO=55,0,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000259314,-0.112489,-0.0565539;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=1,1,2;MLLD=28.7518,6.07276,5.24696;QD=55.6624;RBI=0.0692073,0.120446,0.0798947;REFB=0,0,0;REVB=-0.0692068,-0.0430521,-0.0564342;RO=0;SAF=31,5,2;SAR=16,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00146095,0,0;OID=.,.,.;OPOS=28909300,28909301,28909299;OREF=T,T,GT;OALT=-,A,TG;OMAPALT=GT,GTA,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:47,6,2:55,0,0:1,0,0:16,1,0:31,5,2:0:0:17,0,0:38,0,0:0:0 chr10 28970487 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0115689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.276;QD=12.329;RBI=0.0125344;REFB=0.00451943;REVB=-0.00482393;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106522;STB=0.562803;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00540476;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:6:11:6:5:6:11 chr10 28971525 . CTTTT CTTT,CTTTA 248.93 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=16,4;DP=24;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0822497,-0.201344;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.8346,6.70735;QD=41.4886;RBI=0.195397,0.206492;REFB=-0.0547777,-0.0794395;REVB=0.177242,0.045819;RO=2;SAF=10,3;SAR=6,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129916,0.407562;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0159112,-0.0384914;OID=.,.;OPOS=28971526,28971529;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.958333,0.0416667:16,4:24:23,1:24:0:15,0:8,1:0:0:5:2:10,3:6,1:0:2 chr10 29136228 . C G 174.93 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0146664;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0968;QD=18.9111;RBI=0.018528;REFB=-0.0233427;REVB=0.0113218;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106788;STB=0.542122;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00795902;OID=.;OPOS=29136228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:17:18:0.486486:7:10:9:10:8:10:9:10 chr10 29578084 . A G 919.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6218;QD=58.411;RBI=0.0807049;REFB=0;REVB=-0.0762106;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000930867;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr10 29580807 . C T 39.26 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0520425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3976;QD=11.2174;RBI=0.139118;REFB=-0.0291385;REVB=-0.129017;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370384;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.021845;OID=.;OPOS=29580807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:8:5:6:0.428571:1:4:6:0:2:4:6:2 chr10 29777559 . T A 232.86 PASS AF=0.451613;AO=25;DP=59;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0359267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2792;QD=15.0232;RBI=0.0366944;REFB=-0.0367507;REVB=0.00746639;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132599;STB=0.595783;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0526059;OID=.;OPOS=29777559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:34:34:25:28:0.451613:8:17:19:15:8:20:19:15 chr10 29779847 . A C 77.47 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0343145;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9438;QD=3.7789;RBI=0.048973;REFB=-0.00291738;REVB=-0.034941;RO=67;SAF=7;SAR=7;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655525;STB=0.548711;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0178204;OID=.;OPOS=29779847;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:83:82:67:68:14:14:0.170732:7:7:30:37:7:7:30:38 chr10 29783856 . C T 42.4 PASS AF=0.0909091;AO=12;DP=124;FAO=12;FDP=132;FR=.;FRO=120;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=76;FSRR=44;FWDB=-0.00764294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.295;QD=1.28484;RBI=0.127119;REFB=-0.00104196;REVB=-0.126889;RO=112;SAF=10;SAR=2;SRF=76;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233178;STB=0.727417;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0144329;OID=.;OPOS=29783856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:124:132:112:120:12:12:0.0909091:2:10:76:36:2:10:76:44 chr10 29783908 . A G 383.18 PASS AF=0.322581;AO=50;DP=155;FAO=50;FDP=155;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=69;FSRR=36;FWDB=0.014025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.83;QD=9.8886;RBI=0.0261842;REFB=0.00338306;REVB=-0.0221113;RO=104;SAF=36;SAR=14;SRF=68;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909118;STB=0.550438;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00792469;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:104:105:50:50:0.322581:14:36:68:36:14:36:69:36 chr10 29784072 . G C 1362.69 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.89;QD=61.2444;RBI=0.0721531;REFB=-0.132298;REVB=0.0678877;RO=1;SAF=61;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172251;STB=0.509089;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000411987;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:27:61:0:1:27:61:0:1 chr10 29784114 . T C 907.74 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6498;QD=56.7337;RBI=0.0546049;REFB=0;REVB=-0.010189;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342299;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:60:64:1:26:34:0:0:27:37:0:0 chr10 29788191 . C T 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0245332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.619;QD=15.6489;RBI=0.0246678;REFB=0.00144177;REVB=0.00257388;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889544;STB=0.55096;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00285904;OID=.;OPOS=29788191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:5:16:11:5:5:16 chr10 29821893 . G A 202.71 PASS AF=0.45098;AO=19;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0284092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.444;QD=15.8987;RBI=0.0300034;REFB=-0.0362402;REVB=0.0096499;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110079;STB=0.531489;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0451312;OID=.;OPOS=29821893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:28:19:23:0.45098:9:10:9:13:11:12:13:15 chr10 29822032 . C T 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268834;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9245;QD=60.998;RBI=0.0269783;REFB=0;REVB=-0.00226133;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127628;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr10 29839864 . A C 448.64 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.028889;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0363;QD=13.9113;RBI=0.0425214;REFB=-0.00814832;REVB=-0.0312009;RO=77;SAF=30;SAR=21;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115555;STB=0.569302;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00906398;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:77:78:51:51:0.395349:21:30:37:40:21:30:37:41 chr10 30315930 . C G 512.5 PASS AF=0.458333;AO=54;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00300146;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.132;QD=17.0834;RBI=0.00652009;REFB=-0.00903542;REVB=0.00578816;RO=65;SAF=29;SAR=25;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00140325;STB=0.503815;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00855385;OID=.;OPOS=30315930;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:54:55:0.458333:25:29:35:30:25:30:35:30 chr10 30316208 . T C 462.74 PASS AF=0.586667;AO=42;DP=74;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00476068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.243;QD=24.6794;RBI=0.016776;REFB=-0.0343424;REVB=-0.0160863;RO=32;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017983;STB=0.505254;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.02322;OID=.;OPOS=30316208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:31:42:44:0.586667:18:24:19:13:19:25:18:13 chr10 30317826 . A G 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.00348409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.339;QD=12.7982;RBI=0.0093243;REFB=-0.020707;REVB=-0.00864891;RO=41;SAF=19;SAR=7;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070219;STB=0.540061;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.018486;OID=.;OPOS=30317826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:7:19:32:9:7:19:32:9 chr10 30317838 . A G 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.00829835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.822;QD=16.2368;RBI=0.0267171;REFB=-0.00974154;REVB=-0.0253957;RO=35;SAF=23;SAR=7;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639601;STB=0.508541;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00398562;OID=.;OPOS=30317838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:7:23:27:8:7:23:28:8 chr10 30728101 . T C 407.65 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.00924483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2609;QD=15.3831;RBI=0.0759345;REFB=-0.0150788;REVB=0.0753696;RO=55;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171221;STB=0.605819;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0155686;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:60:46:46:0.433962:24:22:36:19:24:22:40:20 chr10 30728250 . A G 840.49 PASS AF=0.480447;AO=86;DP=179;FAO=86;FDP=179;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0219318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.749;QD=18.7819;RBI=0.0220176;REFB=-0.0137409;REVB=-0.00194166;RO=92;SAF=30;SAR=56;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096395;STB=0.556739;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0103962;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:92:93:86:86:0.480447:56:30:41:51:56:30:42:51 chr10 30844579 . G A 252.64 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0103207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142;QD=21.0529;RBI=0.0314476;REFB=-0.0224526;REVB=0.0297059;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0309368;OID=.;OPOS=30844579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:12:12:12:12:12:12 chr10 30901756 . G A 143.25 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0236613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9555;QD=14.6924;RBI=0.0452545;REFB=-0.0430073;REVB=-0.0385761;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19448;STB=0.612761;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0419573;OID=.;OPOS=30901756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:10:13:6:10:10:13 chr10 30915834 . G A 96.43 PASS AF=0.188235;AO=11;DP=87;FAO=16;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=56;FWDB=-0.105145;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9579;QD=4.53782;RBI=0.105515;REFB=0.000335408;REVB=-0.00882782;RO=58;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480313;STB=0.675591;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.005582;OID=.;OPOS=30915834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:87:85:58:69:11:16:0.188235:9:2:2:56:10:6:13:56 chr10 30918549 . G C 551.37 PASS AF=0.437037;AO=57;DP=133;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00557729;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.497;QD=16.3368;RBI=0.0146154;REFB=-0.00878494;REVB=-0.0135094;RO=76;SAF=25;SAR=32;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129434;STB=0.579858;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0103387;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:76:76:57:59:0.437037:32:25:43:33:34:25:43:33 chr10 30918597 . T C 300.55 PASS AF=0.361905;AO=37;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0284067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.065;QD=11.4496;RBI=0.0323005;REFB=0.0109585;REVB=-0.0153747;RO=68;SAF=13;SAR=24;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281086;STB=0.670552;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0203617;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:67:37:38:0.361905:24:13:41:27:25:13:41:26 chr10 30989188 . G C 1538.7 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.062;QD=62.8039;RBI=0.067979;REFB=0;REVB=0.0041441;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137934;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:95:98:1:50:45:0:0:51:47:0:0 chr10 30993404 . G A 1062.52 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4768;QD=59.8602;RBI=0.0606811;REFB=0;REVB=0.0318985;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650406;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:31:39:0:0:31:40:0:0 chr10 30993448 . G A 1320.87 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.857;QD=62.1587;RBI=0.056719;REFB=0;REVB=0.0321729;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014356;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:30:55:0:0:30:55:0:0 chr10 31001494 . A C 814.04 PASS AF=0.873239;AO=48;DP=71;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0331998;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=73.8864;QD=45.8613;RBI=0.0581402;REFB=-0.0266687;REVB=0.047729;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.52474;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00181538;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:71:71:0:9:48:62:0.873239:20:28:0:0:23:39:4:5 chr10 31134214 . A G 440.34 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0048021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.708;QD=16.9362;RBI=0.0230258;REFB=-0.0139346;REVB=-0.0225195;RO=56;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144035;STB=0.508029;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0116293;OID=.;OPOS=31134214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:23:25:30:26:23:25:30:26 chr10 32045045 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.702;QD=58.5878;RBI=0.0724683;REFB=0;REVB=0.0163762;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304792;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr10 32095666 . T C 460.07 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00416562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.792;QD=26.6708;RBI=0.0214978;REFB=-0.0165355;REVB=-0.0210904;RO=26;SAF=25;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519045;STB=0.528289;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00952742;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:18:25:17:9:18:25:17:9 chr10 32120678 . C T 144.88 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.045171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3968;QD=15.6626;RBI=0.0635165;REFB=0.0153669;REVB=0.0446535;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0193775;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:6:9:9:12:6:10:9:12 chr10 32128611 . A G 194.12 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00660862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.562;QD=17.2549;RBI=0.018898;REFB=-0.0258047;REVB=-0.0177048;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13024;STB=0.57396;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0290333;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:17:8:9:11:17:8 chr10 32141460 . T C 411.53 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0034992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.395;QD=18.4959;RBI=0.0351358;REFB=-0.00282653;REVB=0.0349611;RO=45;SAF=27;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427179;STB=0.526665;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00293706;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:15:27:27:18:15:27:28:19 chr10 32345710 . G A 2574.45 PASS AF=0.982558;AO=169;DP=172;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000283018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7282;QD=59.871;RBI=0.0400777;REFB=-0.0552027;REVB=-0.0400767;RO=1;SAF=74;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498377;STB=0.507771;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00130945;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:172:172:1:3:169:169:0.982558:95:74:0:1:95:74:0:3 chr10 32745262 . T C 185.16 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00600314;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.904;QD=13.7155;RBI=0.0122994;REFB=-8.08537e-05;REVB=0.0107348;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117201;STB=0.566951;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000157393;OID=.;OPOS=32745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:11:21:12:10:11:21 chr10 32807434 . G T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0154656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5994;QD=14.7;RBI=0.0177712;REFB=0.00556185;REVB=0.00875387;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248928;STB=0.670902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00604242;OID=.;OPOS=32807434;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:13:12:0.444444:8:5:2:12:7:5:2:13 chr10 32832311 . A G 175.78 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.014839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.437;QD=11.9169;RBI=0.0174373;REFB=-0.0206427;REVB=-0.00915768;RO=37;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676166;STB=0.539289;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0402695;OID=.;OPOS=32832311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:16:6:12:25:16:6:12:25 chr10 32974969 . A G 463.21 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0378438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.9026;QD=52.9384;RBI=0.0527575;REFB=-0.080948;REVB=0.0367586;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.510632;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00281135;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:22:11:1:0:22:11:1:1 chr10 33018351 . G C 2756.28 PASS AF=1;AO=175;DP=180;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336365;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.101;QD=62.2887;RBI=0.00364779;REFB=0;REVB=-0.00141145;RO=0;SAF=80;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82078e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:177:0:0:175:177:1:95:80:0:0:95:82:0:0 chr10 33123824 . G C 638.28 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367827;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.744;QD=60.7888;RBI=0.0496268;REFB=0;REVB=0.0333144;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453241;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr10 33143396 . G A 952.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1015;QD=58.5945;RBI=0.0104337;REFB=0;REVB=-0.00762939;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32795e-05;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr10 33190285 . G A 72.73 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0289949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.258;QD=5.38713;RBI=0.0405155;REFB=-0.0142775;REVB=-0.0282985;RO=42;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864037;STB=0.512797;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0539903;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:42:43:11:11:0.203704:7:4:15:27:7:4:15:28 chr10 33190567 . C A 154.69 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.00679945;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.862;QD=12.3753;RBI=0.0106533;REFB=-0.00556947;REVB=-0.00820129;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1331;STB=0.549081;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0113619;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:18:18:0.36:13:5:6:26:13:5:7:25 chr10 33209266 . G T 376.31 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0076825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.453;QD=16.0131;RBI=0.0351449;REFB=-0.00789884;REVB=-0.034295;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082925;STB=0.546615;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0118788;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:18:22:34:20:18:22:34:20 chr10 33211227 . T G 500.77 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0207495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5926;QD=17.2679;RBI=0.0847743;REFB=-0.0159571;REVB=0.0821957;RO=62;SAF=28;SAR=26;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132258;STB=0.507355;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0193823;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:26:28:33:29:26:28:33:29 chr10 33217110 . G A 540.26 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0299755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.86;QD=22.0515;RBI=0.0330543;REFB=-0.0198639;REVB=-0.0139305;RO=46;SAF=31;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113645;STB=0.568201;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0106955;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:47:51:51:0.520408:20:31:22:24:20:31:22:25 chr10 33466566 . C T 223.4 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0305542;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.077;QD=18.6163;RBI=0.0306894;REFB=-0.0197287;REVB=-0.00287764;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137902;STB=0.503813;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0235747;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:26:22:22:0.458333:10:12:14:11:10:12:14:12 chr10 33466843 . T C 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0601538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.301;QD=27.65;RBI=0.0603852;REFB=-0.0685083;REVB=0.00528204;RO=9;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905624;STB=0.550503;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0127066;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:14:4:3:6:14:4:3:6 chr10 33468014 . T C 98.36 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00532847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.119;QD=7.71482;RBI=0.0154157;REFB=-0.0226363;REVB=0.0144656;RO=38;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045571;STB=0.528258;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0342915;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:8:5:16:22:8:5:16:22 chr10 33468719 . AGGGG AGGGA,AGGG 42.91 PASS AF=0,0.272727;AO=2,11;DP=33;FAO=0,9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0535552,-0.0731468;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=134.659,14.2613;QD=5.20153;RBI=0.0690993,0.111995;REFB=-0.00178097,-0.100294;REVB=-0.0436641,-0.0848077;RO=18;SAF=2,3;SAR=0,8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0.5375;SSSB=0.545442,-0.199273;STB=0.5,0.868689;STBP=1,0.014;TYPE=snp,del;VARB=0,0.123523;OID=.,.;OPOS=33468723,33468720;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGGA,AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.272727:2,11:33:0,9:33:24:0,1:0,8:14:10:43:18:2,3:0,8:8:10 chr10 33469181 . A G 383.65 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0172217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.207;QD=20.1918;RBI=0.0179982;REFB=-0.0398977;REVB=0.00522974;RO=37;SAF=15;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680998;STB=0.537795;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0310394;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:24:15:17:20:24:15:17:20 chr10 33495267 . C T 453.98 PASS AF=0.471154;AO=47;DP=102;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0125689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.173;QD=17.4606;RBI=0.0185777;REFB=-0.0176561;REVB=-0.0136804;RO=55;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084341;STB=0.546732;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0179212;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:55:55:47:49:0.471154:25:22:21:34:26:23:21:34 chr10 33502240 . C T 655.88 PASS AF=0.515873;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0132839;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4982;QD=20.8216;RBI=0.0144386;REFB=-0.00164218;REVB=0.00565777;RO=61;SAF=25;SAR=39;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149457;STB=0.56911;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00142977;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:61:61:64:65:0.515873:39:25:34:27:39:26:33:28 chr10 33510663 . G A 580.12 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0289434;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.702;QD=18.7135;RBI=0.029084;REFB=-0.016616;REVB=0.00285687;RO=62;SAF=36;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638739;STB=0.536412;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0209421;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:64:60:60:0.483871:24:36:33:29:24:36:34:30 chr10 33510768 . GGGG AGGG,AGGT 337.43 PASS AF=0.452381,0;AO=26,3;DP=84;FAO=38,0;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19,0;FSAR=19,0;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00367669,-0.00634049;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,4;MLLD=90.5781,96.0214;QD=16.0683;RBI=0.0353088,0.0441117;REFB=0.00956741,0.0196329;REVB=-0.0351169,-0.0436536;RO=41;SAF=18,0;SAR=8,3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.277133,-0.476067;STB=0.511899,0.5;STBP=0.866,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0231382,0;OID=.,.;OPOS=33510768,33510768;OREF=G,GGGG;OALT=A,AGGT;OMAPALT=AGGG,AGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:46:26,3:38,0:0.452381,0:8,3:18,0:18:23:19,0:19,0:22:24 chr10 33552695 . CA CG,TG 1707.5 PASS AF=0.529412,0.462185;AO=61,58;DP=122;FAO=63,55;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=31,22;FSAR=32,33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241935,-0.0199425;FXX=0.0245881;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=91.7108,267.855;QD=57.3949;RBI=0.0254013,0.0201392;REFB=-0.0933236,-0.0499433;REVB=0.00773973,0.00280755;RO=1;SAF=31,24;SAR=30,34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0154749,0.0136737;STB=0.507934,0.511107;STBP=0.541,0.283;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00148618,0.0055827;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:122:119:1:1:61,58:63,55:0.529412,0.462185:30,34:31,24:0:1:32,33:31,22:1:0 chr10 33577361 . G A 1176.15 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.100146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7321;QD=59.5521;RBI=0.101147;REFB=0.0135574;REVB=0.01419;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122906;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000667424;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:1:1:76:78:0.987342:38:38:1:0:39:39:1:0 chr10 34630570 . C T 520.91 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00253923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.891;QD=20.8366;RBI=0.0105416;REFB=-0.0142706;REVB=0.0102312;RO=50;SAF=32;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127684;STB=0.574248;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.013797;OID=.;OPOS=34630570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:50:49:50:0.5:17:32:26:24:17:33:26:24 chr10 34688287 . G A 1283.27 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1673;QD=61.8443;RBI=0.0537381;REFB=0;REVB=-0.0524147;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184266;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr10 35302705 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.000474017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.27;QD=20.3167;RBI=0.0186137;REFB=-0.00369405;REVB=-0.0186076;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160749;STB=0.509081;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00294628;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:14:5:5:13:14:5:5:13 chr10 35321414 . C T 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.013752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.258;QD=8.68742;RBI=0.0230851;REFB=-0.00950417;REVB=-0.0185419;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105782;STB=0.503102;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00986449;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:40:17:17:0.298246:8:9:21:18:8:9:21:19 chr10 35338699 . G A 132.79 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0011027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.384;QD=7.81128;RBI=0.0109962;REFB=-0.00238235;REVB=-0.0109408;RO=49;SAF=11;SAR=8;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340035;STB=0.520483;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00717008;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:8:11:27:22:8:11:27:22 chr10 35362977 . A G 289.56 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0501866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.401;QD=18.3847;RBI=0.0584467;REFB=-0.00994738;REVB=-0.0299554;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150035;STB=0.586989;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00904846;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:30:32:0.507937:18:12:17:13:20:12:17:14 chr10 35426755 . A G 314.01 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0283303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.6;QD=11.7388;RBI=0.0283871;REFB=-0.00428425;REVB=-0.00179421;RO=68;SAF=24;SAR=15;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037544;STB=0.521461;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00742343;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:68:68:39:39:0.364486:15:24:44:24:15:24:44:24 chr10 35464778 . C T 286.47 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00129087;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.296;QD=15.4846;RBI=0.0131102;REFB=-0.00515679;REVB=-0.0130465;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684289;STB=0.522945;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00531115;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:42:32:32:0.432432:15:17:24:16:15:17:24:18 chr10 35772402 . G A 133.37 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00368145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.83;QD=15.6901;RBI=0.0145575;REFB=-0.0203755;REVB=-0.0140843;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192548;STB=0.511096;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0161951;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:6:13:10:5:6:13 chr10 36812362 . C T 680.87 PASS AF=0.445783;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0249169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.708;QD=16.4066;RBI=0.0300261;REFB=-0.014502;REVB=-0.0167546;RO=92;SAF=34;SAR=40;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404857;STB=0.522528;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0156703;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:92:74:74:0.445783:40:34:46:46:40:34:46:46 chr10 36812879 . A G 792.74 PASS AF=0.468927;AO=82;DP=177;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0213666;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.07;QD=17.915;RBI=0.0215919;REFB=-0.000727762;REVB=-0.00311068;RO=93;SAF=50;SAR=32;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184286;STB=0.510435;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00063879;OID=.;OPOS=36812879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:93:94:82:83:0.468927:32:50:55:38:32:51:56:38 chr10 37508450 . A C 730.95 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623978;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8909;QD=63.5611;RBI=0.0648726;REFB=0;REVB=0.0177473;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440531;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr10 37890955 . G A 667.67 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.556;QD=62.1086;RBI=0.0208529;REFB=0;REVB=0.0207257;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44209e-05;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:19:24:0:0 chr10 37891465 . G T 698.26 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0515977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4844;QD=54.7654;RBI=0.0689737;REFB=0.122751;REVB=-0.0457717;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0216115;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:19:31:1:0:19:31:1:0 chr10 37891576 . G A 1226.2 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1122;QD=61.3098;RBI=0.0270814;REFB=0;REVB=0.00313147;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152079;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:30:50:0:0:30:50:0:0 chr10 38328440 . C T 240.21 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.04344;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.121;QD=18.1288;RBI=0.0463143;REFB=-0.016689;REVB=0.0160618;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851628;STB=0.547789;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0166337;OID=.;OPOS=38328440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:12:15:12:14:12:15 chr10 38407519 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0112503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.439;QD=11.6342;RBI=0.0148484;REFB=0.00412616;REVB=-0.00969054;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501911;STB=0.7994;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00575811;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:5:11:2:8:5:11 chr10 38645403 . T C 923.61 PASS AF=0.572414;AO=83;DP=149;FAO=83;FDP=145;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0243909;FXX=0.0268438;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.89;QD=25.4788;RBI=0.0248;REFB=-0.0379614;REVB=0.00448622;RO=60;SAF=38;SAR=45;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13473;STB=0.566022;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.01821;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:145:60:62:83:83:0.572414:45:38:38:22:45:38:38:24 chr10 38672144 . A C 487.56 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0114805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7022;QD=21.6692;RBI=0.0196782;REFB=0.00418126;REVB=0.0159822;RO=42;SAF=25;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753245;STB=0.535035;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00298317;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:47:47:0.522222:22:25:26:16:22:25:26:17 chr10 38740000 . T C 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0588025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7122;QD=15.7836;RBI=0.0590113;REFB=-0.0215159;REVB=-0.00495982;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.648446;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0126109;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:12:4:8:6:12:5 chr10 38740029 . C T 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00753731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.582;QD=10.377;RBI=0.00761003;REFB=-2.49234e-05;REVB=-0.00104951;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433491;STB=0.763038;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.000117159;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:10:6:7:2:10:6 chr10 38740050 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0253394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.338;QD=16.4265;RBI=0.0254578;REFB=0.0149889;REVB=-0.00245292;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254322;STB=0.648363;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00491197;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:6:5:8:3:6:5 chr10 38740353 . T C 196.39 PASS AF=0.269231;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.0663197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8945;QD=7.55346;RBI=0.0680281;REFB=-0.0017608;REVB=-0.0151495;RO=76;SAF=17;SAR=11;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08391;STB=0.549965;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0123261;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:76:76:28:28:0.269231:11:17:51:25:11:17:51:25 chr10 38740382 . T C 204.09 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0112019;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.158;QD=8.33031;RBI=0.0225185;REFB=-0.0144188;REVB=-0.0195346;RO=68;SAF=14;SAR=13;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048702;STB=0.532601;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0443061;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:68:71:27:27:0.27551:13:14:38:30:13:14:40:31 chr10 38740546 . G T 103.12 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0367867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.31;QD=6.24948;RBI=0.0494617;REFB=-0.00420688;REVB=-0.0330635;RO=46;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170353;STB=0.615916;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0140471;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:50:16:16:0.242424:12:4:17:29:12:4:19:31 chr10 38740590 . A G 40.1 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0334407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2952;QD=5.01292;RBI=0.049461;REFB=0.00133529;REVB=-0.0364432;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210425;STB=0.736404;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00162483;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:29:32:23:25:6:7:0.21875:5:1:2:21:5:2:2:23 chr10 42941616 . C T 277.2 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0083004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1222;QD=26.3998;RBI=0.0350643;REFB=-0.00430076;REVB=0.0340677;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24932;STB=0.636628;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00575975;OID=.;OPOS=42941616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:11:14:15:2:11:14:15:2 chr10 42965636 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00791541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3257;QD=12.8687;RBI=0.0487168;REFB=-0.0120372;REVB=-0.0480694;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241332;STB=0.633388;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0090731;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:33:21:21:0.388889:10:11:9:22:10:11:10:23 chr10 43088919 . T G 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00280148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.684;QD=12.1199;RBI=0.0217116;REFB=-0.0122064;REVB=-0.0215301;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137739;STB=0.507953;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0176729;OID=.;OPOS=43088919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:13:10:17:21:13:10:17:21 chr10 43089965 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.702;QD=59.8551;RBI=0.0175598;REFB=0;REVB=-0.00565627;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7392e-05;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr10 43281089 . T C 304.13 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0131032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7015;QD=14.8358;RBI=0.0193205;REFB=-0.0134743;REVB=-0.0141982;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528535;STB=0.51459;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0174152;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:47:48:33:34:0.414634:15:18:28:19:15:19:28:20 chr10 43292647 . A G 37.31 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0476384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6131;QD=8.29084;RBI=0.0476902;REFB=0.000302998;REVB=0.0022223;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.713469;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00224201;OID=.;OPOS=43292647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:5:7:5:1:5:7 chr10 43312807 . C T 768.9 PASS AF=0.487805;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=164;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0137757;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.72;QD=18.7537;RBI=0.0169631;REFB=-0.0151761;REVB=0.00989828;RO=81;SAF=37;SAR=43;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399759;STB=0.531423;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.014307;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:81:84:80:80:0.487805:43:37:41:40:43:37:44:40 chr10 43595968 . A G 672.31 PASS AF=0.528;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00174912;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9111;QD=21.5139;RBI=0.00196739;REFB=-0.0221003;REVB=-0.000900669;RO=58;SAF=44;SAR=22;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748787;STB=0.538;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0229287;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:58:59:66:66:0.528:22:44:34:24:22:44:35:24 chr10 43606687 . A G 3798.39 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856187;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.418;QD=59.5826;RBI=0.0097112;REFB=0;REVB=0.00458277;RO=0;SAF=132;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202545;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:242:255:0:0:241:255:1:109:132:0:0:109:146:0:0 chr10 43613843 . G T 584.93 PASS AF=0.395349;AO=62;DP=166;FAO=68;FDP=172;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=0.0260493;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.324;QD=13.603;RBI=0.028703;REFB=-0.0373499;REVB=0.0120537;RO=103;SAF=29;SAR=33;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115289;STB=0.540686;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0633253;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:172:103:104:62:68:0.395349:33:29:59:44:34:34:59:45 chr10 43690189 . G A 2040.21 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0205784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.002;QD=60.0063;RBI=0.0234139;REFB=-0.0353469;REVB=0.0111687;RO=2;SAF=83;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371867;STB=0.50681;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000216998;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:2:3:133:133:0.977941:50:83:1:1:50:83:1:2 chr10 43691056 . CT TC 35.42 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0588138;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=2;MLLD=31.5141;QD=2.89153;RBI=0.0981482;REFB=-0.0150977;REVB=-0.0785748;RO=38;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.735406;STB=0.917771;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=0.0603909;OID=.;OPOS=43691056;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:49:49:38:42:6:7:0.142857:0:6:11:27:1:6:11:31 chr10 43691691 . C T 375.58 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0672683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2382;QD=23.8466;RBI=0.0738511;REFB=0.00497905;REVB=-0.030479;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881106;STB=0.548389;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00278063;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:20:17:15:11:20:17:15:11 chr10 43696279 . A G 727.59 PASS AF=0.48;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0440557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2608;QD=19.4024;RBI=0.051536;REFB=-0.00369128;REVB=-0.0267405;RO=77;SAF=34;SAR=38;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199366;STB=0.507793;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00441292;OID=.;OPOS=43696279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:77:78:72:72:0.48:38:34:38:39:38:34:38:40 chr10 43701471 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0327899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.344;QD=14.7982;RBI=0.0329109;REFB=0.00254519;REVB=0.00281998;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00136454;OID=.;OPOS=43701471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr10 43701478 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0100035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6787;QD=15.2924;RBI=0.0253751;REFB=-0.00264055;REVB=0.0233201;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0085956;OID=.;OPOS=43701478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:3:6:5:4:3:6 chr10 43837352 . A G 757.61 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004326;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.412;QD=57.1784;RBI=0.0216804;REFB=0;REVB=0.0212444;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87574e-05;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:21:32:0:0 chr10 43881921 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0267401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.794;QD=9.5701;RBI=0.0274096;REFB=-0.00536836;REVB=-0.00602098;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169958;STB=0.604132;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0175866;OID=.;OPOS=43881921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:7:8:3:5:7:8 chr10 43883342 . T A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0165795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.75;QD=23.2359;RBI=0.0169127;REFB=-0.0193679;REVB=0.00334063;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279326;STB=0.655972;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0067659;OID=.;OPOS=43883342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:11:7:10:3:11:7:10:3 chr10 43978087 . A G 208.74 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0187773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2958;QD=18.1511;RBI=0.0191409;REFB=0.00499315;REVB=-0.00371336;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125597;STB=0.571361;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00550915;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:11:14:9:12:11:14 chr10 44052903 . A C 262.96 PASS AF=0.336449;AO=29;DP=100;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00929489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.257;QD=9.83036;RBI=0.0273489;REFB=-0.0155238;REVB=0.0257209;RO=70;SAF=13;SAR=16;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146404;STB=0.51476;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0289822;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:107:70:71:29:36:0.336449:16:13:40:30:16:20:41:30 chr10 44053013 . G C 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0328443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.106;QD=14.6846;RBI=0.0329442;REFB=-0.0089422;REVB=-0.0025636;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461472;STB=0.502616;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0153695;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:21:22:16:15:21:22 chr10 44053585 . C T 367.91 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0176562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.405;QD=29.4324;RBI=0.0210579;REFB=-0.00264012;REVB=-0.0114758;RO=19;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802217;STB=0.544013;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00155153;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:15:16:12:7:15:16:12:7 chr10 44285777 . T C 1422.82 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266115;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.523;QD=63.2364;RBI=0.029544;REFB=0;REVB=0.0128326;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08514e-05;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:42:47:0:0:43:47:0:0 chr10 44793299 . C T 290.41 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0266728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.648;QD=14.1665;RBI=0.030068;REFB=-0.0368145;REVB=-0.0138797;RO=49;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122958;STB=0.570204;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0353598;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:23:10:20:29:23:10:20:29 chr10 44871438 . T C 44.11 PASS AF=0.104839;AO=15;DP=128;FAO=13;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=111;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=-0.0487871;FXX=0.0312476;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.8615;QD=1.42283;RBI=0.0557659;REFB=-0.014347;REVB=-0.0270122;RO=76;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406081;STB=0.633058;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.165258;OID=.;OPOS=44871438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:124:76:111:15:13:0.104839:5:10:25:51:6:7:43:68 chr10 45430462 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00258051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.992;QD=23.4329;RBI=0.00668811;REFB=-0.0102637;REVB=-0.00617023;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122383;STB=0.568126;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00915916;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:7:13:12:12:7:13 chr10 45472859 . G A 166.4 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.038654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.793;QD=14.791;RBI=0.0406878;REFB=-0.0187703;REVB=0.0127029;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222065;STB=0.522588;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0264976;OID=.;OPOS=45472859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:8:10:15:11:8:10:16:11 chr10 45473317 . C T 1634.46 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0655832;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.322;QD=58.3737;RBI=0.0839603;REFB=-0.173563;REVB=0.052423;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675158;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:1:2:110:110:0.982143:55:55:0:1:55:55:1:1 chr10 45496120 . A T 1344.94 PASS AF=0.913793;AO=96;DP=115;FAO=106;FDP=116;FR=.;FRO=10;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0378969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.582;QD=46.3773;RBI=0.115945;REFB=-0.173828;REVB=0.109577;RO=10;SAF=60;SAR=36;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06075;STB=0.518215;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0220989;OID=.;OPOS=45496120;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:115:116:10:10:96:106:0.913793:36:60:3:7:42:64:4:6 chr10 45499799 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2836;QD=59.0181;RBI=0.0506174;REFB=0;REVB=-0.0291919;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138144;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr10 45499886 . TC T,TT 404.58 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=25,3;DP=29;FAO=26,3;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111029,0.00145161;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=277.963,263.915;QD=55.8041;RBI=0.0107194,0.0119178;REFB=0,0;REVB=0.0106617,0.0118291;RO=0;SAF=9,1;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00312232,-0.02273;OID=.,.;OPOS=45499887,45499887;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.896552,0.103448:25,3:29:26,3:29:0:9,1:17,2:0:0:12:0:9,1:16,2:0:0 chr10 45499897 . A AAAAATT 246.33 PASS AF=1;AO=15;DP=28;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245754;FXX=0.136302;HRUN=6;LEN=6;MLLD=313.34;QD=51.8593;RBI=0.0246405;REFB=0;REVB=-0.00178866;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.43752e-05;OID=.;OPOS=45499898;OREF=-;OALT=AAAATT;OMAPALT=AAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:28:19:19:0:4:15:0:0:3:10:4:11:5:5 chr10 46923700 . T A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0547673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.821;QD=10.0335;RBI=0.060784;REFB=0.00581475;REVB=0.0263673;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478981;STB=0.798799;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00334819;OID=.;OPOS=46923700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:5:2:4:1:5:2 chr10 46934832 . A G 31.68 PASS AF=0.625;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.051459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.0093;QD=15.8403;RBI=0.1359;REFB=-0.0951354;REVB=0.12578;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281139;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0439208;OID=.;OPOS=46934832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:4:5:0.625:1:3:3:0:2:3:3:0 chr10 46965018 . C G 186.41 PASS AF=0.235772;AO=29;DP=124;FAO=29;FDP=123;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00921846;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.317;QD=6.06213;RBI=0.0186131;REFB=-0.00838641;REVB=-0.01617;RO=93;SAF=14;SAR=15;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417083;STB=0.529392;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0259499;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:93:94:29:29:0.235772:15:14:48:45:15:14:49:45 chr10 46965727 . G A 57.1 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0155729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.811;QD=3.12893;RBI=0.0250685;REFB=-0.00697616;REVB=-0.0196448;RO=61;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556769;STB=0.502508;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0333464;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:73:61:62:11:11:0.150685:5:6:33:28:5:6:34:28 chr10 46967522 . C A 201.67 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=116;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.0041374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.123;QD=6.95425;RBI=0.00503529;REFB=-0.00328199;REVB=-0.00286985;RO=86;SAF=13;SAR=17;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181009;STB=0.608452;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00642025;OID=.;OPOS=46967522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:86:86:30:30:0.258621:17:13:50:36:17:13:50:36 chr10 46967672 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.017838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.988;QD=21.7464;RBI=0.0255571;REFB=-0.0196837;REVB=0.0183023;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798932;STB=0.50448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0176496;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:13:9:8:12:13:9:8:12 chr10 46970792 . G C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0187489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.358;QD=21.0155;RBI=0.0187934;REFB=-0.0189714;REVB=-0.00129292;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376214;STB=0.709315;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00988359;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:12:1:9:7:12:1 chr10 46998894 . G A 301.43 PASS AF=0.409639;AO=32;DP=87;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0165131;FXX=0.0674082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1426;QD=14.5267;RBI=0.107479;REFB=-0.0336921;REVB=0.106203;RO=46;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165048;STB=0.594004;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0455855;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:83:46:49:32:34:0.409639:13:19:20:26:14:20:21:28 chr10 46998995 . C G 485.15 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0100759;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.014;QD=17.8036;RBI=0.0257056;REFB=-0.0456785;REVB=0.0236485;RO=58;SAF=20;SAR=31;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121623;STB=0.555733;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0454943;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:57:51:52:0.477064:31:20:30:28:31:21:29:28 chr10 46998999 . G A 519.43 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0545534;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5205;QD=19.418;RBI=0.055148;REFB=-0.0170887;REVB=0.00807677;RO=53;SAF=28;SAR=26;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109391;STB=0.560364;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0313569;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:53:53:54:54:0.504673:26:28:21:32:26:28:21:32 chr10 46999019 . G A 456.05 PASS AF=0.516854;AO=40;DP=84;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0052779;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.834;QD=20.4965;RBI=0.0449436;REFB=-0.0398671;REVB=0.0446327;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100426;STB=0.528078;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0400987;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:43:43:40:46:0.516854:18:22:19:24:23:23:19:24 chr10 46999030 . C T 253.61 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.000429883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.196;QD=13.0054;RBI=0.0120414;REFB=-0.0349999;REVB=0.0120337;RO=47;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469766;STB=0.520534;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0580634;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:14:16:23:24:14:16:24:24 chr10 46999151 . T C 319.74 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0105579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.024;QD=18.5359;RBI=0.02646;REFB=-0.0158529;REVB=-0.0242624;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910074;STB=0.550695;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0132637;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:17:17:14:21:17:17:14:21 chr10 46999178 . A C 238.67 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00216049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.391;QD=16.1809;RBI=0.00329581;REFB=-0.0101863;REVB=-0.0024889;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375774;STB=0.510043;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0108294;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:14:12:16:16:14:13:16:16 chr10 46999189 . CA CG,TG 803.66 PASS AF=0.448276,0.551724;AO=26,30;DP=56;FAO=26,32;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=14,16;FSAR=12,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177365,0.0400104;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=94.0505,147.307;QD=55.4246;RBI=0.0187233,0.0400916;REFB=0,0;REVB=0.00599833,0.00254952;RO=0;SAF=14,16;SAR=12,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00801865,0.0203929;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:56:58:0:0:26,30:26,32:0.448276,0.551724:12,14:14,16:0:0:12,16:14,16:0:0 chr10 46999198 . G T 308.16 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0042117;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.524;QD=20.5441;RBI=0.0042118;REFB=-0.0341757;REVB=-2.88756e-05;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109016;STB=0.502091;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0319831;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:14:17:15:13:15:17:15:13 chr10 46999465 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0292982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.955;QD=23.3816;RBI=0.0350086;REFB=0.000183217;REVB=0.019163;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583414;STB=0.503265;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.000536876;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:6:8:11:8:6:8 chr10 46999484 . G T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0141248;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.851;QD=8.73787;RBI=0.0216729;REFB=-0.010723;REVB=-0.0164379;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628668;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216957;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:9:11:5:4:9:11 chr10 46999577 . G T 104.06 PASS AF=0.545455;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0392447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.055;QD=18.9196;RBI=0.0457822;REFB=-0.0486903;REVB=0.0235769;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384612;STB=0.624787;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0710522;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:22:10:10:10:12:0.545455:2:8:4:6:4:8:4:6 chr10 46999596 . G A 139.1 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00823567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.3796;QD=19.872;RBI=0.00830356;REFB=-0.077402;REVB=0.00105969;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256667;STB=0.599863;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0789142;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:12:13:14:15:0.535714:4:10:5:7:5:10:6:7 chr10 46999604 . A G 397.9 PASS AF=0.870968;AO=20;DP=34;FAO=27;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00368963;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.207;QD=51.3415;RBI=0.099159;REFB=-0.0258833;REVB=0.0990903;RO=2;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657793;STB=0.535688;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00615014;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:31:2:2:20:27:0.870968:7:13:2:0:14:13:2:0 chr10 46999732 . G A 704.03 PASS AF=0.480519;AO=75;DP=155;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0117996;FXX=0.0064512;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.026;QD=18.2865;RBI=0.0126388;REFB=-0.00985306;REVB=0.00452863;RO=79;SAF=34;SAR=41;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131027;STB=0.57956;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00984089;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:79:80:75:74:0.480519:41:34:47:32:41:33:48:32 chr10 46999747 . T C 651.0 PASS AF=0.446541;AO=70;DP=156;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0175815;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3204;QD=16.3773;RBI=0.0473882;REFB=-0.0305326;REVB=-0.0440061;RO=83;SAF=38;SAR=32;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117938;STB=0.552393;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0429336;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:83:88:70:71:0.446541:32:38:35:48:32:39:40:48 chr10 46999922 . G T 240.12 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0109989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.723;QD=22.8684;RBI=0.0425018;REFB=-0.00974256;REVB=0.0410539;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217652;STB=0.52172;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00827192;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:11:11:9:10:11:12:9:10 chr10 47000004 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5055;QD=57.177;RBI=0.0257272;REFB=0;REVB=-0.0176709;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230852;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr10 47000071 . G A 360.81 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.027707;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.053;QD=20.0447;RBI=0.0322447;REFB=-0.0144759;REVB=-0.0164937;RO=35;SAF=29;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282791;STB=0.658398;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0309765;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:35:37:37:0.513889:8:29:18:17:8:29:18:17 chr10 47000079 . T C 286.42 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.00130342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.781;QD=15.6944;RBI=0.0145409;REFB=-0.0216304;REVB=-0.0144823;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248542;STB=0.643753;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0191291;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:16:16:30:10:16:16:31:10 chr10 47000146 . C T 200.7 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0445908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.835;QD=19.1142;RBI=0.0557884;REFB=-0.0707169;REVB=-0.0335262;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809242;STB=0.564449;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0653516;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:11:22:19:20:0.47619:14:5:3:8:14:6:9:13 chr10 47000188 . A G 375.49 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000354559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.164;QD=55.6288;RBI=0.0514535;REFB=0;REVB=-0.0514523;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419961;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr10 47000239 . C T 306.7 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0116212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.619;QD=22.7183;RBI=0.0396681;REFB=-0.0249409;REVB=0.0379277;RO=23;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902144;STB=0.549967;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0180577;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:9:22:14:9:9:22:14:9 chr10 47000321 . G A 772.48 PASS AF=0.524823;AO=73;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=51;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.00119326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.925;QD=21.9142;RBI=0.0780753;REFB=-0.00126699;REVB=0.0780662;RO=65;SAF=51;SAR=22;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521911;STB=0.517762;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00123028;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:67:73:74:0.524823:22:51:42:23:23:51:44:23 chr10 47000366 . C G 888.58 PASS AF=0.52381;AO=88;DP=168;FAO=88;FDP=168;FR=.;FRO=80;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.00286952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.979;QD=21.1567;RBI=0.0240289;REFB=0.0183866;REVB=0.0238569;RO=79;SAF=59;SAR=29;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048107;STB=0.524084;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0095732;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:79:80:88:88:0.52381:29:59:49:30:29:59:50:30 chr10 47000374 . T C 832.49 PASS AF=0.5;AO=85;DP=170;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0420351;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9948;QD=19.588;RBI=0.0441492;REFB=-0.0220019;REVB=-0.0134984;RO=82;SAF=55;SAR=30;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012576;STB=0.506414;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0235746;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:82:85:85:85:0.5:30:55:52:30:30:55:54:31 chr10 47000381 . T C 2700.03 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0381932;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.738;QD=61.7149;RBI=0.0388987;REFB=-0.0771687;REVB=0.00737488;RO=1;SAF=107;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705138;STB=0.503703;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000101176;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:175:1:1:174:174:0.994286:67:107:0:1:67:107:0:1 chr10 47000426 . T C 3027.33 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8234;QD=63.0694;RBI=0.0321156;REFB=0;REVB=0.0204481;RO=0;SAF=109;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13892e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:192:0:0:183:192:1:74:109:0:0:82:110:0:0 chr10 47000487 . G A 560.86 PASS AF=0.398773;AO=64;DP=162;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.0106101;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.588;QD=13.7635;RBI=0.0117389;REFB=-0.00974572;REVB=0.0050228;RO=97;SAF=29;SAR=35;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557736;STB=0.523172;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0147288;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:97:98:64:65:0.398773:35:29:49:48:35:30:49:49 chr10 47000547 . G T 294.03 PASS AF=0.348214;AO=35;DP=109;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00421868;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.5;QD=10.501;RBI=0.0115565;REFB=0.00223219;REVB=-0.010759;RO=74;SAF=9;SAR=26;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230102;STB=0.564069;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00437084;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:74:73:35:39:0.348214:26:9:32:42:26:13:31:42 chr10 47000728 . T C 421.58 PASS AF=0.418803;AO=42;DP=112;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=-0.0193095;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.477;QD=14.4131;RBI=0.0482881;REFB=-0.0188837;REVB=0.0442593;RO=69;SAF=29;SAR=13;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299478;STB=0.561069;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0267482;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:117:69:68:42:49:0.418803:13:29:46:23:20:29:47:21 chr10 47000765 . C T 204.74 PASS AF=0.22069;AO=32;DP=145;FAO=32;FDP=145;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=0.0216961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.608;QD=5.64804;RBI=0.0430315;REFB=-0.0103753;REVB=-0.0371616;RO=113;SAF=23;SAR=9;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241192;STB=0.64974;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0436329;OID=.;OPOS=47000765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:113:113:32:32:0.22069:9:23:61:52:9:23:61:52 chr10 47000863 . A G 1691.1 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.798;QD=60.3965;RBI=0.056844;REFB=0;REVB=0.0198941;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61136e-05;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:53:55:0:0:53:59:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1527.46 PASS AF=0.542056,0.457944;AO=57,45;DP=102;FAO=58,49;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=31,23;FSAR=27,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230647,-0.0177591;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.4369,167.593;QD=57.1014;RBI=0.0257797,0.0178774;REFB=0,0;REVB=0.0115158,0.0020529;RO=0;SAF=30,23;SAR=27,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0133742,0.0331314;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:102:107:0:0:57,45:58,49:0.542056,0.457944:27,22:30,23:0:0:27,26:31,23:0:0 chr10 47000898 . C T 425.73 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0156125;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.942;QD=18.5098;RBI=0.021759;REFB=-0.017777;REVB=-0.015156;RO=49;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236234;STB=0.513178;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0202991;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:49:43:43:0.467391:20:23:25:24:20:23:25:24 chr10 47001032 . G A 398.32 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00302099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.867;QD=21.8257;RBI=0.00876039;REFB=-0.0516831;REVB=0.00822302;RO=33;SAF=12;SAR=28;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878434;STB=0.548564;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0380198;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:28:12:13:20:28:12:13:20 chr10 47001098 . C T 344.04 PASS AF=0.5;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0458889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.406;QD=19.1136;RBI=0.0502615;REFB=-0.0224426;REVB=-0.0205044;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532475;STB=0.513946;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0259761;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:36:36:36:0.5:17:19:20:14:17:19:20:16 chr10 47001371 . C G 1554.43 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.682;QD=59.7858;RBI=0.0134546;REFB=0;REVB=4.26615e-05;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15159e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:101:104:1:43:58:0:0:45:59:0:0 chr10 47001409 . G A 652.54 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00750972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.91;QD=19.0521;RBI=0.0270668;REFB=-0.0166567;REVB=0.0260042;RO=70;SAF=36;SAR=29;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507142;STB=0.527289;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.020991;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:70:71:65:66:0.481752:29:36:35:35:30:36:35:36 chr10 47001485 . A T 225.12 PASS AF=0.229814;AO=37;DP=162;FAO=37;FDP=161;FR=.;FRO=124;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=-0.00449354;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.534;QD=5.59304;RBI=0.00451481;REFB=-0.00248182;REVB=-0.000437741;RO=121;SAF=17;SAR=20;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459348;STB=0.525062;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0126566;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:121:124:37:37:0.229814:20:17:60:61:20:17:61:63 chr10 47001504 . G T 975.72 PASS AF=0.559524;AO=90;DP=163;FAO=94;FDP=168;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00670352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.899;QD=23.2314;RBI=0.0181908;REFB=-0.0134398;REVB=0.0169106;RO=73;SAF=44;SAR=46;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190066;STB=0.516583;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0112704;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:168:73:74:90:94:0.559524:46:44:34:39:46:48:35:39 chr10 47001543 . C T 1033.03 PASS AF=0.550562;AO=97;DP=177;FAO=98;FDP=178;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0175628;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.116;QD=23.2141;RBI=0.0259638;REFB=-0.0171879;REVB=-0.0191224;RO=77;SAF=44;SAR=53;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000767556;STB=0.507146;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0276343;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:77:80:97:98:0.550562:53:44:35:42:53:45:38:42 chr10 47001786 . A C 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00117441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.366;QD=17.1612;RBI=0.015001;REFB=-0.00927331;REVB=-0.0149549;RO=49;SAF=28;SAR=12;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168399;STB=0.509429;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0137253;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:12:28:35:14:12:28:35:14 chr10 47001946 . T C 143.68 PASS AF=0.25;AO=20;DP=83;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.022169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.475;QD=6.84181;RBI=0.0234491;REFB=-0.00107787;REVB=-0.00764171;RO=62;SAF=6;SAR=14;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308661;STB=0.666508;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00306278;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:62:63:20:21:0.25:14:6:34:28:14:7:35:28 chr10 47001954 . C T 306.37 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0103885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4365;QD=15.3184;RBI=0.0153979;REFB=-0.0226102;REVB=-0.0113655;RO=45;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718858;STB=0.545967;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0323834;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:46:34:34:0.425:16:18:27:18:16:18:28:18 chr10 47001984 . G A 936.5 PASS AF=0.907895;AO=67;DP=75;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0162261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6576;QD=49.2895;RBI=0.0389224;REFB=-0.196596;REVB=0.0353789;RO=3;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514546;STB=0.503596;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0065114;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:75:76:3:7:67:69:0.907895:26:41:0:3:27:42:4:3 chr10 47002079 . T C 733.56 PASS AF=0.521739;AO=66;DP=135;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0145974;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1758;QD=21.2626;RBI=0.0348636;REFB=-0.0311497;REVB=0.0316605;RO=61;SAF=48;SAR=18;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108198;STB=0.539671;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0393232;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:61:66:66:72:0.521739:18:48:38:23:24:48:39:27 chr10 47002118 . T A 538.08 PASS AF=0.376471;AO=63;DP=170;FAO=64;FDP=170;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.00734538;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.737;QD=12.6607;RBI=0.0173634;REFB=-0.0124773;REVB=0.0157332;RO=97;SAF=36;SAR=27;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521994;STB=0.507704;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0235245;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:97:106:63:64:0.376471:27:36:60:37:27:37:60:46 chr10 47002127 . T C,G 2444.78 PASS AF=0.96319,0.0368098;AO=150,8;DP=158;FAO=157,6;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=90,3;FSAR=67,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953365,0.000416085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.939,131.31;QD=59.9947;RBI=0.0283198,0.0201174;REFB=0,0;REVB=0.0266669,0.0201131;RO=0;SAF=87,3;SAR=63,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.84697e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000317405,0.14122;OID=.,.;OPOS=47002127,47002127;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:158:163:0:0:150,8:157,6:0.96319,0.0368098:63,5:87,3:0:0:67,3:90,3:0:0 chr10 47002135 . A G 1159.27 PASS AF=0.64375;AO=103;DP=159;FAO=103;FDP=160;FR=.;FRO=57;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0226562;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.761;QD=28.9816;RBI=0.0566985;REFB=-0.00103521;REVB=-0.0519751;RO=55;SAF=53;SAR=50;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790043;STB=0.548103;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000490176;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:55:57:103:103:0.64375:50:53:35:20:50:53:37:20 chr10 47002283 . T C 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0109963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.078;QD=2.92493;RBI=0.0125047;REFB=-0.00396922;REVB=-0.00595393;RO=60;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221893;STB=0.653335;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0182077;OID=.;OPOS=47002283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:4:6:25:35:4:6:25:35 chr10 47002285 . A G 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0222809;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.604;QD=3.41532;RBI=0.0309767;REFB=0.000851631;REVB=-0.0215201;RO=54;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189898;STB=0.629375;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0355889;OID=.;OPOS=47002285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:64:54:54:10:10:0.15625:4:6:24:30:4:6:24:30 chr10 47002286 . GAAATATCC G 31.38 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0140095;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=8;MLLD=293.987;QD=2.46153;RBI=0.0204062;REFB=0.000587129;REVB=-0.0148373;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164581;STB=0.621345;STBP=0.46;TYPE=del;VARB=-0.00373187;OID=.;OPOS=47002287;OREF=AAATATCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:9:52:9:51:42:6:3:22:20:31:41:6:3:22:19 chr10 47002297 . T G 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00450005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.594;QD=4.76328;RBI=0.0153824;REFB=-0.0036557;REVB=0.0147094;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207029;STB=0.638575;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0129764;OID=.;OPOS=47002297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:3:6:20:20:3:6:20:20 chr10 47002414 . CAT C 105.44 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0114549;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.462;QD=17.574;RBI=0.0218102;REFB=-0.00955013;REVB=0.0185599;RO=12;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314156;STB=0.687108;STBP=0.217;TYPE=del;VARB=0.0129758;OID=.;OPOS=47002415;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:26:12:24:12:11:1:9:3:99:12:11:1:9:3 chr10 47002501 . T A 492.25 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00192021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.593;QD=22.632;RBI=0.04961;REFB=-0.0174664;REVB=0.0495728;RO=40;SAF=36;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148818;STB=0.582414;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0227786;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:11:36:25:15:11:36:25:15 chr10 47002542 . C A 1611.75 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0438493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.551;QD=58.0812;RBI=0.0442661;REFB=0.0115709;REVB=0.00606022;RO=1;SAF=72;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065481;STB=0.506848;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000380972;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:109:109:0.981982:37:72:1:0:37:72:2:0 chr10 47002606 . G A 692.49 PASS AF=0.515152;AO=67;DP=131;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0321483;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9937;QD=20.9846;RBI=0.0339123;REFB=-0.0151672;REVB=0.0107951;RO=63;SAF=45;SAR=22;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139423;STB=0.567566;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0151262;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:63:64:67:68:0.515152:22:45:33:30:23:45:34:30 chr10 47002617 . T C 605.08 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0589883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1417;QD=19.0575;RBI=0.063733;REFB=0.0264315;REVB=-0.0241302;RO=64;SAF=42;SAR=20;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158943;STB=0.584898;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0302608;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:65:62:62:0.488189:20:42:33:31:20:42:34:31 chr10 47002724 . G A 235.42 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0201785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7667;QD=13.2634;RBI=0.0404673;REFB=-0.00685184;REVB=0.0350776;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136945;STB=0.578257;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0122575;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:12:16:19:24:12:16:19:24 chr10 47002757 . A G 734.73 PASS AF=0.981818;AO=46;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.169;QD=53.4348;RBI=0.0472286;REFB=-0.0143308;REVB=-0.0438073;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00122424;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:46:54:0.981818:27:19:0:0:28:26:0:1 chr10 47002792 . T C 205.82 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.014092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.104;QD=10.8327;RBI=0.0172383;REFB=-0.00394134;REVB=-0.00992846;RO=50;SAF=7;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299869;STB=0.675505;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0189541;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:19:7:26:24:19:7:26:24 chr10 47002911 . A AC 586.85 PASS AF=1;AO=9;DP=83;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397761;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2534;QD=29.3425;RBI=0.0546335;REFB=-0.03348;REVB=-0.0374524;RO=73;SAF=2;SAR=7;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0163644;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:83:80:80:0:39:41:0:0:8:73:2:7:39:34 chr10 47002917 . T C 1032.04 PASS AF=0.903614;AO=67;DP=75;FAO=75;FDP=83;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00338701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8999;QD=49.7369;RBI=0.0129989;REFB=-0.0864115;REVB=-0.0125499;RO=8;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796308;STB=0.539315;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0053386;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:75:83:8:8:67:75:0.903614:32:35:1:7:35:40:1:7 chr10 47002937 . A G 211.75 PASS AF=0.317647;AO=28;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0585171;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9579;QD=9.9649;RBI=0.0590114;REFB=-0.00286325;REVB=-0.00762196;RO=57;SAF=10;SAR=18;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291212;STB=0.667115;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00386868;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:58:28:27:0.317647:18:10:35:22:17:10:36:22 chr10 47002942 . C G 223.73 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0269243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8299;QD=10.6539;RBI=0.0464485;REFB=0.00409439;REVB=0.0378491;RO=55;SAF=11;SAR=17;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272352;STB=0.651561;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00668702;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:56:28:28:0.333333:17:11:35:20:17:11:35:21 chr10 47003115 . C T 456.2 PASS AF=0.38806;AO=37;DP=134;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=60;FWDB=-0.0600721;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2955;QD=13.6179;RBI=0.065048;REFB=-0.00587301;REVB=-0.0249516;RO=68;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202921;STB=0.589055;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0118841;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:82:37:52:0.38806:19:18:21:47:31:21:22:60 chr10 47003177 . A G 404.51 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.0130908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.947;QD=17.0322;RBI=0.0153236;REFB=-0.00457049;REVB=0.00796516;RO=53;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129746;STB=0.572388;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00587861;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:25:17:15:38:25:17:15:38 chr10 47003215 . T C 220.81 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0065211;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.188;QD=11.9357;RBI=0.0164937;REFB=-0.00805228;REVB=-0.0151499;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787981;STB=0.545421;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0142418;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:47:47:27:27:0.364865:13:14:21:26:13:14:21:26 chr10 47003229 . C G 224.58 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.013849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.74;QD=13.019;RBI=0.018857;REFB=0.0128295;REVB=0.0127981;RO=41;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449147;STB=0.532304;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0246837;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:14:13:18:23:14:13:18:24 chr10 47003250 . C T 165.65 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0214478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.404;QD=11.4238;RBI=0.0229695;REFB=-0.00648911;REVB=0.00822108;RO=37;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231915;STB=0.635163;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00942904;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:14:7:20:17:14:7:20:17 chr10 47003262 . TCCCCCCT TCCCCCCC,TCCCCCTC 36.83 PASS AF=0,0.138889;AO=2,5;DP=42;FAO=0,5;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=0,2;FSAR=0,3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00563154,0.0311449;FXX=0.121921;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=185.835,21.5463;QD=4.09219;RBI=0.0130177,0.0477282;REFB=-0.00526678,-0.0849674;REVB=-0.0117365,-0.0361659;RO=18;SAF=0,2;SAR=2,3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521726,-0.115693;STB=0.5,0.584077;STBP=1,0.735;TYPE=snp,mnp;VARB=0,0.130286;OID=.,.;OPOS=47003269,47003268;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=TCCCCCCC,TCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.138889:2,5:42:0,5:36:26:0,2:0,3:13:13:23:18:0,2:2,3:9:9 chr10 47003615 . C T 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00556414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.007;QD=20.646;RBI=0.0310576;REFB=-0.0134847;REVB=-0.0305551;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10566;STB=0.558413;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0117261;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:20:20:23:14:20:20:23:14 chr10 47003896 . C T 280.14 PASS AF=0.383721;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00990721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.117;QD=13.0298;RBI=0.0101304;REFB=0.00204217;REVB=0.00211456;RO=51;SAF=9;SAR=23;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20143;STB=0.635427;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0027505;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:51:53:32:33:0.383721:23:9:23:28:24:9:25:28 chr10 47004068 . T C 276.32 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.00714318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.622;QD=15.7894;RBI=0.0075042;REFB=-0.013711;REVB=0.00229956;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282055;STB=0.657442;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0108481;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:16:15:30:9:16:15:30:9 chr10 47004182 . G A 376.17 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00286391;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.0623;QD=48.5378;RBI=0.0325677;REFB=-0.154547;REVB=0.0324416;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344547;STB=0.53331;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0048568;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:31:1:2:28:29:0.935484:13:15:0:1:14:15:0:2 chr10 47004217 . T C 149.39 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00548747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.041;QD=11.951;RBI=0.00691319;REFB=-0.000779937;REVB=-0.00420475;RO=33;SAF=2;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484745;STB=0.793981;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00346547;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:15:2:15:18:15:2:15:18 chr10 47004289 . C T 35.72 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00282095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8259;QD=2.42179;RBI=0.00396786;REFB=-0.00452279;REVB=0.00279036;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299807;STB=0.522325;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0345148;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:4:3:21:31:4:3:21:31 chr10 47004355 . C CA 244.02 PASS AF=0.490909;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00850851;FXX=0.0517152;HRUN=0;LEN=1;MLLD=198.606;QD=17.7469;RBI=0.0118476;REFB=-0.00817316;REVB=-0.00824437;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797048;STB=0.510197;STBP=0.877;TYPE=ins;VARB=0.00913511;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490909:25:57:27:55:28:12:15:13:15:99:29:11:14:13:16 chr10 47004362 . C T 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00891338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.99;QD=21.9194;RBI=0.00947865;REFB=-0.0104951;REVB=0.00322438;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054342;STB=0.530009;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00425947;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:21:15:14:15:21:15:14:15 chr10 47004463 . G A 176.23 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.00815198;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.614;QD=11.9478;RBI=0.00851968;REFB=-0.00513304;REVB=-0.00247594;RO=38;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147122;STB=0.509969;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00904299;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:37:22:22:0.372881:17:5:9:29:17:5:8:29 chr10 47004633 . CA TG 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0421659;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.27;QD=10.1418;RBI=0.0423136;REFB=-0.00322253;REVB=-0.00353234;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246456;STB=0.647341;STBP=0.226;TYPE=mnp;VARB=0.00754068;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:9:16:5:7:9:16 chr10 47004702 . A G 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0134321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0171;QD=12.9412;RBI=0.0135635;REFB=-0.00703522;REVB=-0.00188384;RO=25;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382059;STB=0.726942;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0036267;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:3:12:12:13:3:12:12:13 chr10 47004971 . A G 258.49 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=60;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0310734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.934;QD=16.6764;RBI=0.0311332;REFB=-0.00209441;REVB=0.00192896;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199556;STB=0.531229;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00228936;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:33:27:29:0.467742:15:12:14:19:15:14:14:19 chr10 47004994 . A G 144.55 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00342912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.723;QD=13.7668;RBI=0.00350488;REFB=-0.0172489;REVB=0.000724835;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163822;STB=0.62313;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0193069;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:25:16:17:0.404762:8:8:9:17:8:9:8:17 chr10 47005224 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0194523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.491;QD=21.2675;RBI=0.0305858;REFB=-0.0300753;REVB=-0.0236029;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0249532;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:5:9:10:7:5:9 chr10 47005267 . C T 319.53 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00438727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.455;QD=20.9528;RBI=0.00652363;REFB=0.00489699;REVB=-0.004828;RO=27;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160139;STB=0.597501;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00295197;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:33:33:0.540984:12:21:12:15:12:21:12:16 chr10 47005466 . C T 956.74 PASS AF=0.534483;AO=93;DP=174;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=0.0275664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8776;QD=21.994;RBI=0.0338821;REFB=-0.00952973;REVB=-0.0197;RO=78;SAF=58;SAR=35;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386993;STB=0.521549;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00747992;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:78:81:93:93:0.534483:35:58:52:26:35:58:54:27 chr10 47005504 . T C 822.5 PASS AF=0.443299;AO=86;DP=191;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=70;FSRR=38;FWDB=-0.000312198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.991;QD=16.9587;RBI=0.00806685;REFB=-0.0161874;REVB=0.00806081;RO=105;SAF=55;SAR=31;SRF=69;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190294;STB=0.505214;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0183636;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:105:108:86:86:0.443299:31:55:69:36:31:55:70:38 chr10 47005575 . C T 726.5 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.00702395;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.197;QD=17.5061;RBI=0.0074473;REFB=-0.00315749;REVB=0.00247515;RO=88;SAF=43;SAR=34;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456619;STB=0.528514;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00496371;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:88:89:77:77:0.463855:34:43:45:43:34:43:45:44 chr10 47005611 . CAGA C 125.67 PASS AF=0.201923;AO=20;DP=103;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0111037;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.315;QD=4.83351;RBI=0.0216353;REFB=-0.00542045;REVB=-0.0185686;RO=74;SAF=9;SAR=11;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965433;STB=0.533363;STBP=0.739;TYPE=del;VARB=0.0176485;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.201923:20:103:21:104:83:10:11:43:40:99:74:9:11:39:35 chr10 47086915 . C T 457.16 PASS AF=0.22561;AO=73;DP=329;FAO=74;FDP=328;FR=.;FRO=254;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=173;FSRR=81;FWDB=-0.0056846;FXX=0.00606042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0844;QD=5.57516;RBI=0.00941003;REFB=-0.00441749;REVB=-0.00749893;RO=253;SAF=44;SAR=29;SRF=173;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112063;STB=0.560843;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0196166;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:328:253:254:73:74:0.22561:29:44:173:80:29:45:173:81 chr10 47086978 . G A 477.86 PASS AF=0.23511;AO=74;DP=318;FAO=75;FDP=319;FR=.;FRO=244;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=151;FSRR=93;FWDB=-0.0188165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.512;QD=5.99193;RBI=0.0214814;REFB=-0.00560025;REVB=0.0103628;RO=243;SAF=40;SAR=34;SRF=151;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105008;STB=0.566268;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0176618;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:319:243:244:74:75:0.23511:34:40:151:92:35:40:151:93 chr10 47087474 . C T 2701.11 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422392;FXX=0.011363;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8347;QD=62.0944;RBI=0.023806;REFB=-0.000550622;REVB=0.0234283;RO=1;SAF=104;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1738e-05;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:174:1:0:173:174:1:69:104:1:0:69:105:0:0 chr10 47087501 . C T 505.08 PASS AF=0.388158;AO=59;DP=152;FAO=59;FDP=152;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0474386;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4416;QD=13.2915;RBI=0.0474387;REFB=-0.00532271;REVB=0.000101223;RO=93;SAF=44;SAR=15;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252866;STB=0.644067;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00975042;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:93:93:59:59:0.388158:15:44:50:43:15:44:50:43 chr10 47087608 . T C 2218.11 PASS AF=0.993056;AO=140;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.847;QD=61.6141;RBI=0.0789841;REFB=-0.107321;REVB=0.0773051;RO=3;SAF=81;SAR=59;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235582;STB=0.503999;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000486562;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:143:144:3:1:140:143:0.993056:59:81:0:3:62:81:0:1 chr10 47087632 . G T 276.94 PASS AF=0.273973;AO=28;DP=134;FAO=40;FDP=146;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=0.0191069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.808;QD=7.58745;RBI=0.0237522;REFB=-0.0187708;REVB=0.01411;RO=104;SAF=14;SAR=14;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0479841;OID=.;OPOS=47087632;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:146:104:106:28:40:0.273973:14:14:52:52:20:20:53:53 chr10 47087680 . C T 1986.82 PASS AF=0.970149;AO=129;DP=136;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0228341;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8791;QD=59.308;RBI=0.0428095;REFB=-0.203436;REVB=0.0362113;RO=4;SAF=67;SAR=62;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275245;STB=0.514491;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00757029;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:136:134:4:4:129:130:0.970149:62:67:4:0:63:67:4:0 chr10 47087730 . G GT 687.69 PASS AF=1;AO=15;DP=108;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18704;FXX=0.480723;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.9152;QD=50.9397;RBI=0.197309;REFB=0;REVB=0.0628236;RO=93;SAF=15;SAR=0;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.712936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00423563;OID=.;OPOS=47087731;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:108:54:54:0:53:1:0:0:4:93:15:0:42:51 chr10 47087731 . C T 1095.55 PASS AF=0.846154;AO=86;DP=104;FAO=88;FDP=104;FR=.;FRO=16;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.079663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3335;QD=42.1365;RBI=0.0802186;REFB=-0.123907;REVB=-0.00942435;RO=17;SAF=35;SAR=51;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18369;STB=0.588869;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0335175;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:104:104:17:16:86:88:0.846154:51:35:17:0:51:37:16:0 chr10 47087830 . G A 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.388;QD=56.2114;RBI=0.0275837;REFB=0.00991576;REVB=-0.00371954;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000212371;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr10 47151642 . C T 75.16 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0483549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.412;QD=27.3323;RBI=0.0525668;REFB=-0.0959407;REVB=0.0206173;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.571279;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00477033;OID=.;OPOS=47151642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:1:2:8:9:0.818182:6:2:0:1:6:3:0:2 chr10 47416908 . A G 3987.75 PASS AF=0.460335;AO=411;DP=895;FAO=412;FDP=895;FR=.;FRO=483;FSAF=273;FSAR=139;FSRF=267;FSRR=216;FWDB=-0.00669118;FXX=0.00111606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.126;QD=17.8223;RBI=0.0577897;REFB=-0.0046552;REVB=0.0574011;RO=472;SAF=272;SAR=139;SRF=265;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104676;STB=0.563538;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00434316;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:895:895:472:483:411:412:0.460335:139:272:265:207:139:273:267:216 chr10 47747159 . G C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.362;QD=39.3181;RBI=0.0316585;REFB=-0.0045255;REVB=0.0044409;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000209205;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:0:1:9:4:0:1 chr10 47911590 . GT AG 74.23 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128516;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=356.581;QD=37.1165;RBI=0.0128601;REFB=0;REVB=0.000467396;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.55118e-06;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr10 48029218 . AC A 34.11 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.109124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8547;QD=5.68442;RBI=0.133455;REFB=-0.0679188;REVB=0.0768248;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.47561;SSSB=0.112483;STB=0.599733;STBP=0.568;TYPE=del;VARB=0.143577;OID=.;OPOS=48029219;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:24:8:24:16:6:2:10:6:34:16:5:2:10:6 chr10 48370595 . G A 372.95 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0648074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8763;QD=13.5619;RBI=0.0669052;REFB=-0.069979;REVB=0.0166223;RO=62;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140226;STB=0.585829;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0983365;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:66:44:44:0.4:21:23:24:38:21:23:25:41 chr10 48428941 . T C 114.99 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.113572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.943;QD=19.1649;RBI=0.118918;REFB=-0.0694826;REVB=0.0352555;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243221;STB=0.624791;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0176143;OID=.;OPOS=48428941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:10:3:5:5:10:3:5:6 chr10 49658928 . C T 601.05 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00644112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.116;QD=18.4939;RBI=0.00736221;REFB=-0.00628252;REVB=-0.00356569;RO=66;SAF=24;SAR=38;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793777;STB=0.537263;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00769091;OID=.;OPOS=49658928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:68:62:62:0.476923:38:24:31:35:38:24:31:37 chr10 49659198 . G A 381.68 PASS AF=0.423077;AO=42;DP=102;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0272872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8048;QD=14.6799;RBI=0.0902464;REFB=-0.0322387;REVB=0.0860222;RO=60;SAF=14;SAR=28;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129562;STB=0.567008;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0822201;OID=.;OPOS=49659198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:60:60:42:44:0.423077:28:14:27:33:29:15:27:33 chr10 49659559 . C T 865.57 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.652;QD=57.7045;RBI=0.0588375;REFB=0;REVB=0.0366886;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39179e-05;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:16:43:0:0:16:44:0:0 chr10 49659625 . T TG 88.91 PASS AF=0.487179;AO=14;DP=43;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.221825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5103;QD=9.11898;RBI=0.221906;REFB=-0.112381;REVB=0.00602524;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440411;STB=0.583241;STBP=0.387;TYPE=ins;VARB=0.127246;OID=.;OPOS=49659626;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:14:43:19:39:20:5:14:8:12:87:28:2:12:13:15 chr10 49659637 . T C 163.45 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000239183;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9832;QD=19.2294;RBI=0.0137548;REFB=-0.000578378;REVB=-0.0137527;RO=17;SAF=1;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627034;STB=0.868998;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000669839;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:16:1:9:8:16:1:9:8 chr10 49667795 . T C 1130.03 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.023;QD=60.268;RBI=0.0259172;REFB=0;REVB=0.0123762;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53821e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr10 49687800 . G A 247.06 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0526064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.161;QD=47.0594;RBI=0.0526113;REFB=-0.060751;REVB=0.000717829;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000329899;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:13:7:0:0:13:7:1:0 chr10 49860258 . A G 689.91 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.28;QD=62.7188;RBI=0.024957;REFB=0;REVB=0.023642;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36494e-05;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:15:27:0:0:17:27:0:0 chr10 49998780 . G A 529.93 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0264388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.228;QD=15.7017;RBI=0.0278948;REFB=-0.0171136;REVB=0.00889452;RO=72;SAF=35;SAR=23;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908208;STB=0.563761;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0209145;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:77:58:58:0.42963:23:35:37:35:23:35:38:39 chr10 50004372 . C T 689.82 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0362952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6353;QD=18.2733;RBI=0.0883691;REFB=-0.0172956;REVB=-0.0805715;RO=79;SAF=32;SAR=40;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118123;STB=0.565327;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.01406;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:79:72:72:0.476821:40:32:45:34:40:32:45:34 chr10 50013402 . T C 1454.27 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.881;QD=61.884;RBI=0.038568;REFB=-0.000708142;REVB=0.0088458;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.504273;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=3.96934e-05;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:94:0:1:91:93:0.989362:33:58:0:0:35:58:1:0 chr10 50022040 . G A 2163.48 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0369983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1987;QD=62.2585;RBI=0.0371073;REFB=-0.0805747;REVB=0.00284237;RO=0;SAF=81;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-2.61235e-05;OID=.;OPOS=50022040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:139:139:0:1:138:138:0.992806:57:81:0:0:57:81:1:0 chr10 50025446 . G T 593.15 PASS AF=0.95122;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00256805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.425;QD=57.8681;RBI=0.00289945;REFB=-0.0959812;REVB=0.00134609;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.533316;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00195303;OID=.;OPOS=50025446;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:0:1:36:39:0.95122:30:6:0:0:32:7:1:0 chr10 50034833 . G A 1101.44 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0342188;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.216;QD=56.4843;RBI=0.0441781;REFB=-0.0529623;REVB=0.0279423;RO=3;SAF=29;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211179;STB=0.510635;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.000620602;OID=.;OPOS=50034833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:78:3:3:74:75:0.961538:45:29:2:1:45:30:2:1 chr10 50038800 . A G 1320.82 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.787;QD=62.156;RBI=0.0214376;REFB=0;REVB=0.0042318;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44878e-05;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr10 50109902 . G A 746.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7623;QD=63.522;RBI=0.0391935;REFB=0;REVB=-0.00153459;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404338;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr10 50184949 . C T 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0181947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.626;QD=12.005;RBI=0.027856;REFB=0.00553893;REVB=0.0210929;RO=58;SAF=15;SAR=17;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169001;STB=0.597048;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00940472;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:17:15:36:22:17:15:36:22 chr10 50186415 . C T 433.07 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.017568;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.036;QD=20.1429;RBI=0.0191672;REFB=-0.0266672;REVB=-0.0076647;RO=40;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158158;STB=0.571872;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0238821;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:43:43:43:0.5:16:27:18:22:16:27:21:22 chr10 50227785 . T C 1809.61 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0500422;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.573;QD=60.3204;RBI=0.0500662;REFB=-0.0506883;REVB=0.00155085;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000153233;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:0:1:118:119:0.991667:62:56:0:0:62:57:1:0 chr10 50315893 . A G 385.63 PASS AF=0.345588;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0392686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1715;QD=11.342;RBI=0.0684298;REFB=0.00900011;REVB=-0.0560411;RO=88;SAF=29;SAR=18;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708414;STB=0.545023;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0208422;OID=.;OPOS=50315893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:88:89:47:47:0.345588:18:29:49:39:18:29:49:40 chr10 50340304 . C A 290.0 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=0.0246931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.871;QD=16.5712;RBI=0.028782;REFB=-0.00587947;REVB=-0.014787;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227642;STB=0.630995;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0075401;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:13:19:30:7:13:19:31:7 chr10 50341954 . A G 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00827758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.535;QD=22.306;RBI=0.0252109;REFB=-0.0147073;REVB=-0.0238132;RO=41;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153709;STB=0.584714;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0102604;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:28:19:24:17:28:19:24:17 chr10 50531549 . G T 198.68 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0139935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.695;QD=19.383;RBI=0.0511432;REFB=-0.0114445;REVB=0.0491916;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181962;STB=0.592311;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00689979;OID=.;OPOS=50531549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:13:7:11:9:13:7:11:10 chr10 50531604 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4519;QD=56.19;RBI=0.0667405;REFB=0;REVB=0.0133554;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059309;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr10 50531606 . C A 127.1 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0650404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.186;QD=19.5541;RBI=0.0651725;REFB=-0.0347533;REVB=-0.00414711;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.568865;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0238181;OID=.;OPOS=50531606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:9:4:6:6:9:5:6:6 chr10 50531972 . A C 154.08 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0435837;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.436;QD=13.1129;RBI=0.0756141;REFB=-0.0298177;REVB=-0.0617896;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326489;STB=0.50251;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.041174;OID=.;OPOS=50531972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:32:30:17:17:0.361702:8:9:16:16:8:9:16:14 chr10 50532683 . T C 177.37 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0139665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7043;QD=39.4162;RBI=0.0616467;REFB=0.0264928;REVB=-0.0600438;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761434;STB=0.541616;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0307903;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:2:0:5:11:2:0 chr10 50533617 . T C 419.76 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7025;QD=55.9678;RBI=0.0189585;REFB=0;REVB=0.0132802;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880496;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:20:4:0:0:21:9:0:0 chr10 50534308 . C A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0139097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.459;QD=16.1724;RBI=0.0140452;REFB=-0.0175887;REVB=-0.00194648;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171635;STB=0.628859;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0252372;OID=.;OPOS=50534308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:20:12:16:0.444444:3:9:7:5:4:12:11:9 chr10 50534862 . T C 556.78 PASS AF=0.460938;AO=57;DP=124;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00889256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7984;QD=17.3993;RBI=0.0151178;REFB=-0.0218368;REVB=0.0122258;RO=65;SAF=14;SAR=43;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209382;STB=0.635344;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0170366;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:65:69:57:59:0.460938:43:14:28:37:45:14:31:38 chr10 50535186 . C T 762.04 PASS AF=0.625;AO=70;DP=112;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=37;FWDB=0.0812094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.635;QD=27.2156;RBI=0.0812814;REFB=-0.0478338;REVB=0.00342068;RO=41;SAF=24;SAR=46;SRF=4;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199698;STB=0.598892;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0314849;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:41:42:70:70:0.625:46:24:4:37:46:24:5:37 chr10 50681033 . G A 488.34 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=120;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00309736;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.292;QD=16.5538;RBI=0.0136287;REFB=-0.0259883;REVB=0.0132721;RO=64;SAF=31;SAR=22;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683657;STB=0.508098;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0314194;OID=.;OPOS=50681033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:64:64:53:54:0.457627:22:31:37:27:22:32:37:27 chr10 50683438 . T C 1280.92 PASS AF=0.401099;AO=145;DP=364;FAO=146;FDP=364;FR=.;FRO=218;FSAF=92;FSAR=54;FSRF=114;FSRR=104;FWDB=-0.0541699;FXX=0.00546433;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6038;QD=14.076;RBI=0.0606615;REFB=-0.00277163;REVB=-0.0273028;RO=204;SAF=91;SAR=54;SRF=103;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132174;STB=0.566476;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00287185;OID=.;OPOS=50683438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:204:218:145:146:0.401099:54:91:103:101:54:92:114:104 chr10 50723684 . G A 1769.84 PASS AF=1;AO=112;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.267;QD=60.5075;RBI=0.0112236;REFB=0;REVB=0.00925354;RO=0;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87727e-07;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:112:117:1:67:45:0:0:67:50:0:0 chr10 50724016 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.123;QD=62.9081;RBI=0.016429;REFB=0;REVB=0.00980546;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63268e-06;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr10 50740876 . G C 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198542;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.789;QD=58.1708;RBI=0.0241835;REFB=0;REVB=0.0138078;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80203e-05;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr10 50820345 . C A 1395.25 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612848;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.274;QD=62.708;RBI=0.0633901;REFB=0;REVB=0.0162009;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03458e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr10 50820424 . G T 171.43 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0417144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1605;QD=11.0601;RBI=0.0618847;REFB=0.00306897;REVB=0.0457124;RO=39;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148758;STB=0.58167;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00306129;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:17:5:13:26:17:5:13:27 chr10 50824117 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0183163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.169;QD=11.2612;RBI=0.0426667;REFB=-0.0241159;REVB=-0.0385351;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11177;STB=0.566284;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0429311;OID=.;OPOS=50824117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:13:17:7:8:13:17 chr10 50824619 . G A 467.26 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0751989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.017;QD=16.8382;RBI=0.0778914;REFB=-0.024475;REVB=0.0203028;RO=59;SAF=18;SAR=33;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233656;STB=0.626158;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0243413;OID=.;OPOS=50824619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:33:18:35:24:33:18:35:25 chr10 50856652 . G A 480.88 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00493927;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.757;QD=54.958;RBI=0.0408236;REFB=-0.0187485;REVB=0.0405237;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582943;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00337935;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:35:2:1:33:34:0.971429:15:18:0:2:16:18:0:1 chr10 50863147 . T C 1952.21 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.923;QD=61.9748;RBI=0.0183192;REFB=0;REVB=0.00438098;RO=0;SAF=80;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.862e-05;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:45:80:0:0:46:80:0:0 chr10 50916484 . A G 1218.32 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.854;QD=60.9159;RBI=0.0409551;REFB=0;REVB=0.0362045;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52908e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:42:37:0:0:42:38:0:0 chr10 50942763 . C T 860.96 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8557;QD=55.5456;RBI=0.0240484;REFB=-0.0500857;REVB=-0.0051081;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000507867;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr10 50953517 . T C 444.69 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00534722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.252;QD=20.4457;RBI=0.00809322;REFB=-0.0294187;REVB=-0.00607514;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0274659;OID=.;OPOS=50953517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:43:43:44:0.505747:21:22:22:21:22:22:22:21 chr10 50960209 . G A 448.07 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.8;QD=57.8158;RBI=0.109644;REFB=0;REVB=0.109078;RO=1;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192218;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:1:0:29:31:1:8:21:0:1:10:21:0:0 chr10 51465552 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.786;QD=57.2025;RBI=0.0211287;REFB=0;REVB=-0.00382884;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8692e-05;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr10 51549545 . G T 1253.78 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626134;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.492;QD=61.1599;RBI=0.00821808;REFB=0;REVB=0.00532284;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24546e-05;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:75:82:1:43:32:0:0:47:35:0:0 chr10 51568378 . T G 1625.62 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.198;QD=59.1134;RBI=0.02249;REFB=0.0186857;REVB=0.0151527;RO=1;SAF=53;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887197;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-2.52424e-06;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:1:1:108:109:0.990909:55:53:1:0:56:53:1:0 chr10 51590085 . T G 535.96 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0132012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.402;QD=17.4296;RBI=0.0226571;REFB=0.00589244;REVB=0.0184139;RO=66;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042457;STB=0.52361;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00627381;OID=.;OPOS=51590085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:31:26:33:33:31:26:33:33 chr10 51623147 . C T 30.97 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=17;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0949022;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3455;QD=7.28607;RBI=0.103199;REFB=0.00212848;REVB=0.0405405;RO=12;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356344;STB=0.735816;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0163956;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:17:12:12:5:5:0.294118:1:4:6:6:1:4:6:6 chr10 51631812 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5277;QD=42.1825;RBI=0.105087;REFB=0;REVB=0.0781051;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00848525;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr10 51827763 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00301453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.29;QD=14.1956;RBI=0.0283322;REFB=-0.00368265;REVB=-0.0281713;RO=21;SAF=14;SAR=1;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493668;STB=0.817618;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00331596;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:1:14:14:7:1:14:14:8 chr10 51827934 . G A 228.75 PASS AF=0.46;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0599985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8659;QD=18.2998;RBI=0.0632638;REFB=-0.0128135;REVB=0.020062;RO=27;SAF=1;SAR=21;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544914;STB=0.72389;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0131148;OID=.;OPOS=51827934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:22:23:0.46:21:1:8:19:21:2:8:19 chr10 52002980 . T G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.395;QD=58.061;RBI=0.0174398;REFB=0;REVB=0.00638859;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60296e-05;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr10 52005153 . A G 1904.29 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.888;QD=61.4288;RBI=0.0538149;REFB=0;REVB=0.0498826;RO=0;SAF=91;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2923e-05;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:32:91:0:0:32:92:0:0 chr10 52573698 . G A 1026.62 PASS AF=0.437247;AO=108;DP=247;FAO=108;FDP=247;FR=.;FRO=139;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=-0.0149418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.842;QD=16.6255;RBI=0.0181516;REFB=-0.00641175;REVB=0.0103065;RO=139;SAF=50;SAR=58;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266596;STB=0.514816;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00847879;OID=.;OPOS=52573698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:139:139:108:108:0.437247:58:50:68:71:58:50:68:71 chr10 54053817 . C T 220.19 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00998468;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.158;QD=11.9022;RBI=0.019602;REFB=-0.0202509;REVB=-0.0168685;RO=47;SAF=17;SAR=10;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102609;STB=0.505916;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0334011;OID=.;OPOS=54053817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:10:17:30:17:10:17:30:17 chr10 54054601 . CAAAAAAT CAAAAAATA,CAAAAAT,CAAAAATA 31.24 PASS AF=0.225806,0.0645161,0.0322581;AO=3,3,2;DP=30;FAO=7,2,1;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4,1,1;FSAR=3,1,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.149788,-0.207199,-0.0110977;FXX=0;HRUN=3,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=14.0582,8.85837,16.3843;QD=4.03093;RBI=0.219282,0.314615,0.053536;REFB=-0.0482872,-0.0714816,-0.0640785;REVB=-0.16015,0.236751,0.0523732;RO=16;SAF=1,3,2;SAR=2,0,0;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.119082,0.63787,0.560396;STB=0.535979,0.521524,0.989295;STBP=0.787,0.88,0.463;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0230295,0.0418302,-0.129564;OID=.,.,.;OPOS=54054609,54054602,54054607;OREF=-,A,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=CAAAAAATA,CAAAAAT,CAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806,0.0645161,0.0322581:3,3,2:30:7,2,1:31:21:4,1,1:3,1,0:11:10:23:16:1,3,2:2,0,0:7:9 chr10 54074757 . A G 923.75 PASS AF=0.5;AO=88;DP=180;FAO=92;FDP=184;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=0.0346947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.488;QD=20.0816;RBI=0.03666;REFB=-0.0293802;REVB=0.0118419;RO=87;SAF=35;SAR=53;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181;STB=0.602656;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0190602;OID=.;OPOS=54074757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:184:87:92:88:92:0.5:53:35:52:35:54:38:57:35 chr10 54405572 . A G 519.72 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.034;QD=59.396;RBI=0.0358136;REFB=0;REVB=-0.0310945;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5805e-05;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 54528117 . T C 517.33 PASS AF=0.394737;AO=60;DP=152;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0139332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.384;QD=13.6139;RBI=0.014057;REFB=-0.00962966;REVB=0.00186145;RO=91;SAF=30;SAR=30;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763873;STB=0.539461;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0153572;OID=.;OPOS=54528117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:91:92:60:60:0.394737:30:30:39:52:30:30:40:52 chr10 54528266 . G C 156.54 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0329525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.036;QD=16.0551;RBI=0.0353876;REFB=-0.0242082;REVB=-0.0129001;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477634;STB=0.53394;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.030514;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:6:11:12:8:6:11:13:9 chr10 55568972 . T G 1395.08 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0206156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.988;QD=53.1459;RBI=0.04716;REFB=-0.0555828;REVB=0.0424154;RO=3;SAF=53;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260909;STB=0.52678;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00745223;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:105:3:6:99:99:0.942857:46:53:3:0:46:53:6:0 chr10 55582200 . A T 167.09 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00211142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.838;QD=25.7054;RBI=0.0256259;REFB=-0.0354164;REVB=-0.0255388;RO=9;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115302;STB=0.563689;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0223553;OID=.;OPOS=55582200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:4:13:8:1:4:13:8:1 chr10 55582905 . G T 1612.24 PASS AF=0.956897;AO=111;DP=116;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00239628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.176;QD=55.5946;RBI=0.00286551;REFB=-0.0702247;REVB=0.0015713;RO=4;SAF=42;SAR=69;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258785;STB=0.510102;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000209799;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:116:116:4:5:111:111:0.956897:69:42:3:1:69:42:3:2 chr10 55590946 . CAGAC TAGAT 865.18 PASS AF=1;AO=6;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158534;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=5;MLLD=69.9841;QD=53.2417;RBI=0.213886;REFB=0;REVB=0.143577;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00703139;OID=.;OPOS=55590946;OREF=CAGAC;OALT=TAGAT;OMAPALT=TAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:6:65:1:6:0:0:0:50:15:0:0 chr10 55755491 . C T 461.25 PASS AF=0.494624;AO=43;DP=90;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00219706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.917;QD=19.8387;RBI=0.0295124;REFB=-0.0227056;REVB=-0.0294305;RO=47;SAF=17;SAR=26;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168652;STB=0.570464;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0217088;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:47:47:43:46:0.494624:26:17:27:20:26:20:27:20 chr10 55949151 . G A 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0686;QD=61.852;RBI=0.0750176;REFB=0;REVB=-0.072988;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161842;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr10 55955444 . T G 1712.87 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.475;QD=60.6325;RBI=0.10659;REFB=0;REVB=0.105748;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184975;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:49:64:0:0:49:64:0:0 chr10 56335031 . A G 221.73 PASS AF=0.325581;AO=27;DP=85;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0191939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.325;QD=10.3129;RBI=0.0198194;REFB=-0.000751302;REVB=0.00493982;RO=57;SAF=14;SAR=13;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910212;STB=0.558099;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00271915;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:57:58:27:28:0.325581:13:14:34:23:14:14:34:24 chr10 56335060 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAG 572.91 PASS AF=0.547619,0.388889;AO=21,33;DP=134;FAO=69,49;FDP=126;FR=.;FRO=8;FSAF=48,24;FSAR=21,25;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.8392,-0.0960103;FXX=0.073524;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=1.9978,178.429;QD=18.1876;RBI=0.841585,0.0960645;REFB=-1.28897,-0.118473;REVB=-0.0633108,-0.00322526;RO=8;SAF=8,15;SAR=13,18;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.141906,0.121711;STB=0.579976,0.568938;STBP=0,0.019;TYPE=del,snp;VARB=-1.30082,0.0499286;OID=.,.;OPOS=56335061,56335067;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.547619,0.388889:21,33:134:69,49:126:8:48,24:21,25:0:8:99:8:8,15:13,18:1:7 chr10 56345303 . T C 169.16 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00471803;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.371;QD=11.277;RBI=0.00616916;REFB=-0.0245771;REVB=-0.00397476;RO=38;SAF=14;SAR=7;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908627;STB=0.541331;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0353876;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:21:22:0.366667:7:14:28:10:7:15:28:10 chr10 56345335 . T C 193.12 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0229284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4274;QD=12.0698;RBI=0.023518;REFB=-0.00508522;REVB=-0.00523326;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588809;STB=0.533871;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0119203;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:27:13:9:15:27:13 chr10 57327576 . C T 103.46 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00741068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3234;QD=9.85332;RBI=0.0254489;REFB=0.0020295;REVB=0.024346;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063689;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0069462;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:15:14:7:6:15:14 chr10 57358667 . G A 137.25 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00329839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.067;QD=8.57779;RBI=0.0103825;REFB=0.00277309;REVB=0.00984467;RO=45;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157601;STB=0.59401;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0086842;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:8:11:20:25:8:11:20:25 chr10 57359697 . C T 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00852739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.846;QD=17.4968;RBI=0.109461;REFB=0.00799417;REVB=-0.109129;RO=46;SAF=27;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238947;STB=0.634214;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00620966;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:12:27:21:25:12:27:21:25 chr10 57359819 . T C 265.57 PASS AF=0.402597;AO=29;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0847804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0995;QD=13.7956;RBI=0.085313;REFB=0.000548315;REVB=-0.00951823;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19089;STB=0.529393;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.000329698;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:46:29:31:0.402597:14:15:12:25:16:15:20:26 chr10 57360079 . G T 364.65 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0437096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3186;QD=26.52;RBI=0.0636467;REFB=-0.0231716;REVB=0.0462642;RO=20;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122515;STB=0.567093;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0156998;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:13:22:9:11:13:22:9:11 chr10 58118630 . T C 1312.27 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0735429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5333;QD=59.6487;RBI=0.0735524;REFB=-0.139255;REVB=0.00118582;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000662807;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:0:1:86:87:0.988636:44:42:0:0:44:43:0:1 chr10 61005244 . G C 579.68 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00407925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1183;QD=24.6671;RBI=0.0464215;REFB=-0.0194452;REVB=0.0462419;RO=41;SAF=26;SAR=27;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172166;STB=0.50943;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0107332;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:27:26:21:20:27:26:21:20 chr10 61011325 . C T 640.16 PASS AF=0.384211;AO=73;DP=190;FAO=73;FDP=190;FR=.;FRO=117;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.00878728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.222;QD=13.477;RBI=0.018828;REFB=-0.00972051;REVB=-0.0166516;RO=115;SAF=35;SAR=38;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083433;STB=0.541517;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0176768;OID=.;OPOS=61011325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:115:117:73:73:0.384211:38:35:64:51:38:35:64:53 chr10 61122268 . T TTA 720.72 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730228;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.034;QD=62.6711;RBI=0.0755313;REFB=0;REVB=0.019304;RO=2;SAF=19;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000168924;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:48:46:46:0:20:26:0:0:4:2:19:24:2:0 chr10 61549657 . AT A 136.14 PASS AF=0.490566;AO=21;DP=55;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.085007;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.9913;QD=10.2743;RBI=0.098406;REFB=-0.0371709;REVB=0.0495737;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1708;STB=0.527929;STBP=0.702;TYPE=del;VARB=0.0577759;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566:21:55:26:53:27:10:16:9:18:99:29:10:11:9:20 chr10 61551428 . T C 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0101891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.973;QD=17.0874;RBI=0.0105965;REFB=-0.00846218;REVB=-0.0029101;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385818;STB=0.531889;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0129597;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:14:11:13:14:14:11:14:14 chr10 61552692 . G T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00580768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.373;QD=19.9671;RBI=0.0235221;REFB=-0.010894;REVB=-0.0227938;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146442;STB=0.50815;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0105771;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:15:14:13:13:15:14:13:13 chr10 61552774 . C T 298.7 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0098538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6054;QD=23.8963;RBI=0.120989;REFB=-0.0445454;REVB=-0.120587;RO=22;SAF=25;SAR=2;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154066;STB=0.581327;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0240425;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:2:25:19:3:2:25:20:3 chr10 61665886 . C A 867.22 PASS AF=0.511765;AO=85;DP=168;FAO=87;FDP=170;FR=.;FRO=83;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0147321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.46;QD=20.4051;RBI=0.024318;REFB=-0.0291096;REVB=-0.0193477;RO=79;SAF=53;SAR=32;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038143;STB=0.53389;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0268273;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:79:83:85:87:0.511765:32:53:46:33:33:54:46:37 chr10 61719159 . C T 720.64 PASS AF=0.518248;AO=67;DP=134;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.00646517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.89;QD=21.0406;RBI=0.0128884;REFB=-0.0148699;REVB=-0.0111495;RO=66;SAF=40;SAR=27;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661989;STB=0.544627;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0227864;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:66:66:67:71:0.518248:27:40:44:22:30:41:44:22 chr10 61719232 . A AT 1123.75 PASS AF=1;AO=106;DP=119;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342364;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.8547;QD=39.4297;RBI=0.153199;REFB=0;REVB=-0.149324;RO=9;SAF=65;SAR=41;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00145158;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:119:114:114:0:68:46:0:0:23:9:65:41:6:3 chr10 61719385 . T G 177.29 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0498794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4145;QD=12.227;RBI=0.0563407;REFB=-0.0186625;REVB=0.0261978;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201251;STB=0.635053;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0370059;OID=.;OPOS=61719385;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:7:15:17:17:7:15:17:19 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 1003.05 PASS AF=0,0.976744,0.0232558;AO=18,54,9;DP=88;FAO=0,84,2;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0;FSAR=0,67,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.2371,-0.157336,0.0737092;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=6.95442,15.8184,7.63287;QD=46.6533;RBI=0.290098,0.204837,0.0744251;REFB=0.0205881,-0.0299945,-0.0732889;REVB=-0.167155,-0.131163,0.0102979;RO=1;SAF=4,10,1;SAR=14,44,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0316909,0.0105933,0.0524171;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0102971,0.119579;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.976744,0.0232558:18,54,9:88:0,84,2:86:0:0,17,0:0,67,2:0:0:6:1:4,10,1:14,44,8:0:1 chr10 61868716 . C A 150.53 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0607895;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.594;QD=9.55733;RBI=0.0628901;REFB=-0.000261484;REVB=0.0161186;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409795;STB=0.521717;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.000213568;OID=.;OPOS=61868716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:41:43:20:20:0.31746:9:11:24:17:9:11:25:18 chr10 63169148 . A C 419.25 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=0.00507525;FXX=0.0181802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.229;QD=15.5276;RBI=0.00559037;REFB=-0.0238929;REVB=-0.00234395;RO=58;SAF=26;SAR=21;SRF=44;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21207;STB=0.617601;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0425002;OID=.;OPOS=63169148;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:58:61:47:47:0.435185:21:26:44:14:21:26:46:15 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 1495.57 PASS AF=0.2,0.624242,0.0424242;AO=36,54,7;DP=181;FAO=33,103,7;FDP=165;FR=.;FRO=22;FSAF=32,53,7;FSAR=1,50,0;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.010378,0.0385042,-0.0369841;FXX=0.0677928;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=187.036,190.727,232.352;QD=36.2563;RBI=0.0125943,0.0387406,0.0403989;REFB=-0.0107459,-0.0109069,0.000609481;REVB=-0.0071354,-0.00427352,-0.0162556;RO=33;SAF=28,16,7;SAR=8,38,0;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.1579,-0.251597,0.657138;STB=0.922722,0.526539,0.998523;STBP=0,0.21,0;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0311944,0.00451326,0.0629429;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:181:165:33:22:36,54,7:33,103,7:0.2,0.624242,0.0424242:8,38,0:28,16,7:21:12:1,50,0:32,53,7:8:14 chr10 63520698 . T C 749.8 PASS AF=0.493333;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=-0.00298018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.075;QD=19.9947;RBI=0.00676306;REFB=-0.0123742;REVB=0.00607104;RO=73;SAF=36;SAR=38;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.580204;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0132633;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:73:76:74:74:0.493333:38:36:24:49:38:36:25:51 chr10 63854984 . G A 1002.52 PASS AF=0.545455;AO=96;DP=176;FAO=96;FDP=176;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0149716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.517;QD=22.7844;RBI=0.0191802;REFB=-0.0154616;REVB=-0.0119888;RO=80;SAF=49;SAR=47;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225734;STB=0.51232;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0113276;OID=.;OPOS=63854984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:80:80:96:96:0.545455:47:49:43:37:47:49:43:37 chr10 63855618 . CTG C 169.28 PASS AF=0.34375;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0221417;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.532;QD=10.5802;RBI=0.0226947;REFB=-0.0117374;REVB=0.00497975;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10129;STB=0.515611;STBP=0.854;TYPE=del;VARB=0.0220469;OID=.;OPOS=63855619;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:20:57:22:64:42:11:11:22:20:99:35:9:11:19:16 chr10 63954188 . G A 342.14 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0159001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.154;QD=15.9134;RBI=0.0238179;REFB=-0.0181994;REVB=-0.0177336;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725914;STB=0.550265;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0250983;OID=.;OPOS=63954188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:47:49:37:37:0.430233:16:21:30:17:16:21:32:17 chr10 63958112 . T C 341.87 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0358832;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.025;QD=15.718;RBI=0.0359167;REFB=-0.00268913;REVB=-0.00155196;RO=50;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156881;STB=0.588718;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00298244;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:50:37:37:0.425287:24:13:25:25:24:13:25:25 chr10 63977004 . A G 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00389758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.516;QD=13.8478;RBI=0.00618709;REFB=0.000193129;REVB=0.00480509;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217118;STB=0.613354;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00125319;OID=.;OPOS=63977004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:25:16:16:0.390244:6:10:8:12:6:10:11:14 chr10 63995983 . C T 2335.52 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.732;QD=61.0593;RBI=0.0335457;REFB=0;REVB=-0.0283252;RO=0;SAF=69;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12404e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:83:69:0:0:84:69:0:0 chr10 64000878 . T G 186.21 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00591637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0245;QD=19.6013;RBI=0.0286251;REFB=-0.00529256;REVB=0.028007;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467664;STB=0.526435;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00241817;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:11:8:9:10:11:8 chr10 64110037 . C T 132.13 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00857066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8894;QD=24.0231;RBI=0.0127799;REFB=0.0317958;REVB=0.00947998;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0186231;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:4:4:7:7:4:4 chr10 64159333 . G T 50.39 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0047236;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.689;QD=13.4371;RBI=0.0585094;REFB=-0.0110597;REVB=-0.0583184;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0151555;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:4:3:4:3:4:4 chr10 64415184 . A G 697.99 PASS AF=0.5;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0522362;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.449;QD=18.3681;RBI=0.0537217;REFB=-0.0349325;REVB=0.0125458;RO=75;SAF=48;SAR=28;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802744;STB=0.541474;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0347911;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:75:76:76:76:0.5:28:48:41:34:28:48:42:34 chr10 64565011 . G A 617.18 PASS AF=0.448276;AO=63;DP=144;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=0.00799065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4721;QD=17.0257;RBI=0.00827164;REFB=-0.0186798;REVB=0.00213764;RO=80;SAF=35;SAR=28;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110355;STB=0.569559;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0287607;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:80:80:63:65:0.448276:28:35:53:27:30:35:53:27 chr10 64566572 . T C 471.83 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.995;QD=55.5095;RBI=0.0252835;REFB=0.0562776;REVB=0.0203115;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00463228;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:0:1:12:21:0:1 chr10 64567364 . C T 2584.38 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5399;QD=61.9012;RBI=0.0217974;REFB=0;REVB=-0.0211598;RO=0;SAF=93;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36628e-05;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:74:93:0:0:74:93:0:0 chr10 64567938 . C T 574.63 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.84;QD=60.487;RBI=0.0193644;REFB=0;REVB=0.014388;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83437e-06;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:22:14:0:0:23:15:0:0 chr10 64572037 . ATT A,AT 454.07 PASS AF=0,1;AO=15,58;DP=86;FAO=0,83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215662,-0.0353508;FXX=0.0459717;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.97825,7.86446;QD=21.883;RBI=0.0270841,0.0443227;REFB=0.0265332,0.0180135;REVB=-0.0163844,-0.0267363;RO=8;SAF=9,25;SAR=6,33;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0995014,-0.0731557;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0217707,3.1628e-05;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:15,58:86:0,83:83:0:0,41:0,42:0:0:8:8:9,25:6,33:6:2 chr10 64572093 . T C 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0368985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.065;QD=18.0208;RBI=0.0478545;REFB=-0.0306013;REVB=0.0304722;RO=54;SAF=19;SAR=31;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232418;STB=0.628969;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.024398;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:31:19:34:20:31:19:34:20 chr10 64573771 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.346;QD=56.9569;RBI=0.029244;REFB=0;REVB=-0.00516015;RO=0;SAF=50;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01412e-05;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:2:50:0:0:2:50:0:0 chr10 64869942 . A G 710.59 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0111;QD=54.6608;RBI=0.105084;REFB=-0.0499044;REVB=0.104245;RO=1;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220995;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:52:1:0:50:52:1:33:17:1:0:34:18:0:0 chr10 64869973 . T C 290.56 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.039024;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.989;QD=25.2658;RBI=0.0469215;REFB=-0.0293491;REVB=0.026053;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911158;STB=0.542823;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.025341;OID=.;OPOS=64869973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:19:7:7:12:19:7:7:13 chr10 64914016 . T TA 322.52 PASS AF=0.546512;AO=45;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0461318;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6351;QD=15.001;RBI=0.0877522;REFB=-0.0235996;REVB=-0.0746479;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881254;STB=0.547599;STBP=0.357;TYPE=ins;VARB=0.0138436;OID=.;OPOS=64914017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546512:45:87:47:86:39:24:23:24:15:99:39:23:22:24:15 chr10 64914518 . CATA C 433.91 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0131776;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.233;QD=17.7106;RBI=0.0132073;REFB=-0.0112074;REVB=-0.000885281;RO=58;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420527;STB=0.548019;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=0.0150661;OID=.;OPOS=64914519;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:43:102:44:98:54:25:19:26:28:99:58:24:19:30:28 chr10 64927823 . C G 402.36 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0687857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3199;QD=21.749;RBI=0.069186;REFB=-0.0332313;REVB=0.00743166;RO=34;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208309;STB=0.511496;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0496419;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:19:21:17:17:19:21:17:17 chr10 64945364 . G A 386.23 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2932;QD=55.1754;RBI=0.0421846;REFB=0;REVB=-0.0146355;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358414;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:21:7:0:0 chr10 64967445 . A T 1293.95 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5284;QD=61.6165;RBI=0.0381005;REFB=0;REVB=-0.00126601;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186381;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:47:36:0:0:48:36:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A 139.21 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0422344;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=6;MLLD=235.348;QD=18.5616;RBI=0.0436093;REFB=-0.0358941;REVB=0.0108638;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259226;STB=0.614052;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=0.0309424;OID=.;OPOS=64967951;OREF=CTAAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:31:15:30:15:11:4:8:7:99:10:11:4:4:6 chr10 64974380 . G C 159.48 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0390589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3774;QD=17.7196;RBI=0.0423669;REFB=-0.0272551;REVB=0.016412;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145576;STB=0.582688;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0202827;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:13:6:8:9:13:6 chr10 64974537 . A T 293.45 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0196708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.643;QD=14.8581;RBI=0.0255795;REFB=-0.0243326;REVB=-0.0163514;RO=46;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187751;STB=0.606492;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0338484;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:21:12:25:21:21:12:25:21 chr10 68040325 . C T 225.02 PASS AF=0.468085;AO=19;DP=44;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0164202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.409;QD=19.1506;RBI=0.019772;REFB=-0.0211862;REVB=0.0110139;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254427;STB=0.564456;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0219339;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:24:25:19:22:0.468085:14:5:12:12:14:8:12:13 chr10 68685929 . G C 769.32 PASS AF=0.95;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0196722;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.051;QD=51.2882;RBI=0.0265068;REFB=-0.190789;REVB=0.0177655;RO=2;SAF=33;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277204;STB=0.503648;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00200239;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:60:60:2:3:56:57:0.95:23:33:2:0:23:34:2:1 chr10 69676830 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.351;QD=58.2388;RBI=0.00854597;REFB=0;REVB=-0.00534565;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.121e-06;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr10 69773841 . G A 1558.72 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0528411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3684;QD=57.7303;RBI=0.0567312;REFB=-0.113993;REVB=-0.0206457;RO=2;SAF=63;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343501;STB=0.50181;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000873058;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:43:63:1:1:43:63:1:1 chr10 69933921 . G A 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0101974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.623;QD=15.2713;RBI=0.0344383;REFB=-0.00683241;REVB=-0.032894;RO=48;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146154;STB=0.50826;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00674283;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:17:18:24:24:17:18:24:24 chr10 69948844 . T C 2512.42 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00173597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.877;QD=60.9071;RBI=0.0109785;REFB=0.00675475;REVB=-0.0108404;RO=0;SAF=85;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14401e-08;STB=0.502924;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-2.96167e-05;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:0:1:164:164:0.993939:79:85:0:0:79:85:1:0 chr10 70051810 . A G 876.91 PASS AF=0.82716;AO=67;DP=81;FAO=67;FDP=81;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00405097;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=234.953;QD=43.3043;RBI=0.00588689;REFB=0.0106405;REVB=0.00427144;RO=14;SAF=18;SAR=49;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117232;STB=0.562701;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00118983;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:14:14:67:67:0.82716:49:18:8:6:49:18:8:6 chr10 70051811 . A G 33.09 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=0.00119245;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=68.8817;QD=1.61412;RBI=0.0140611;REFB=0.00575315;REVB=0.0140105;RO=74;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356819;STB=0.762165;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00664736;OID=.;OPOS=70051811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:3:5:23:51:3:5:23:51 chr10 70051928 . A G 1755.32 PASS AF=1;AO=76;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399559;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.65;QD=61.0545;RBI=0.0418752;REFB=0;REVB=0.0125322;RO=0;SAF=56;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88163e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:76:115:1:20:56:0:0:58:57:0:0 chr10 70102936 . T A 1062.28 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6295;QD=59.8465;RBI=0.0901112;REFB=0;REVB=-0.0013028;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803211;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr10 70103272 . G C 785.86 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1806;QD=64.1517;RBI=0.054497;REFB=0;REVB=0.0402033;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75837e-05;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr10 70105560 . G A 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7268;QD=57.2321;RBI=0.0453783;REFB=0;REVB=-0.0376539;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057015;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:43:13:0:0:43:13:0:0 chr10 70332580 . A G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00211735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.632;QD=17.3254;RBI=0.00216153;REFB=-0.01799;REVB=0.000434791;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150189;STB=0.586117;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0210263;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:11:14:14:6:11:14 chr10 70333555 . C T 360.97 PASS AF=0.62069;AO=34;DP=56;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0398382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.058;QD=24.8942;RBI=0.0412188;REFB=0.00219561;REVB=0.0105788;RO=22;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535534;STB=0.53844;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00216625;OID=.;OPOS=70333555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:22:22:34:36:0.62069:18:16:12:10:20:16:12:10 chr10 70405855 . A G 288.97 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1298;QD=52.5403;RBI=0.139305;REFB=0;REVB=0.114773;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446612;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr10 70495544 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1835;QD=62.0197;RBI=0.0578607;REFB=0;REVB=0.0316089;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857893;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr10 70502288 . G A 854.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568727;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.327;QD=57.9169;RBI=0.00893555;REFB=0;REVB=0.00689195;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12109e-05;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr10 70534744 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.646;QD=50.4126;RBI=0.0364076;REFB=0;REVB=0.0237028;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344093;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr10 70641860 . T C 711.38 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0329837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0347;QD=52.695;RBI=0.0330027;REFB=-0.150417;REVB=0.00111829;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521731;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00542885;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:0:2:52:52:0.962963:30:22:0:0:30:22:2:0 chr10 70696713 . C T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.752;QD=60.3758;RBI=0.0194972;REFB=0;REVB=0.018054;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59078e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr10 70700944 . A G 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2664;QD=52.6042;RBI=0.0805629;REFB=0;REVB=-0.0252966;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00273206;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr10 70748784 . G A 213.55 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00701711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.358;QD=14.7276;RBI=0.0662551;REFB=-0.00642699;REVB=0.0658825;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235452;STB=0.53158;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00877025;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:7:17:24:9:8:17:24:9 chr10 70856852 . G A 1520.26 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0182506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.74;QD=60.8102;RBI=0.0397823;REFB=-0.14508;REVB=0.0353489;RO=2;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000197454;STB=0.500204;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000747289;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:97:98:0.98:49:48:1:1:50:48:1:1 chr10 70940191 . C T 373.06 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0791962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0613;QD=20.4418;RBI=0.0837665;REFB=-0.00793775;REVB=0.027291;RO=35;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807066;STB=0.544758;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00869947;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:23:15:17:18:23:15:17:18 chr10 70992664 . C T 912.97 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422332;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.163;QD=57.9664;RBI=0.0425435;REFB=0;REVB=-0.00512941;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695437;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:28:35:0:0 chr10 71018660 . T C 1171.79 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.597;QD=60.872;RBI=0.0153353;REFB=0;REVB=0.00367502;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23016e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr10 71026510 . C A 1021.78 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125469;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1519;QD=58.3875;RBI=0.128697;REFB=0;REVB=0.0286442;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169935;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:70:1:0:68:70:1:41:27:1:0:41:29:0:0 chr10 71055459 . T C 236.96 PASS AF=1;AO=11;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222554;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=37.3128;QD=49.8852;RBI=0.258809;REFB=0;REVB=0.132106;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283277;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:11:19:1:6:5:0:0:11:8:0:0 chr10 71060610 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.937;QD=42.1813;RBI=0.0152155;REFB=0;REVB=0.0148842;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336845;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr10 71060621 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.383;QD=42.1826;RBI=0.051556;REFB=0;REVB=-0.00636426;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356153;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr10 71060634 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.808;QD=42.1826;RBI=0.0477923;REFB=0;REVB=0.0308032;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544836;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr10 71142420 . G A 185.86 PASS AF=0.296875;AO=16;DP=65;FAO=19;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00618512;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.8615;QD=11.6159;RBI=0.0801778;REFB=-0.0178521;REVB=0.0799389;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913168;STB=0.519018;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.125987;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:38:16:19:0.296875:7:9:23:13:7:12:25:13 chr10 71168685 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.737;QD=62.9828;RBI=0.0523619;REFB=0;REVB=0.0520842;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35322e-05;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr10 71168727 . C T 375.12 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.050634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2064;QD=13.7659;RBI=0.145567;REFB=-0.000466516;REVB=0.136477;RO=63;SAF=24;SAR=20;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199782;STB=0.599272;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00269221;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:65:44:44:0.40367:20:24:46:17:20:24:46:19 chr10 71176012 . A G 274.32 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0615892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.499;QD=19.9508;RBI=0.0631214;REFB=-0.0293672;REVB=0.0138233;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076687;STB=0.542684;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0267502;OID=.;OPOS=71176012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:16:13:14:12:16:13:14:12 chr10 71332204 . A G 279.9 PASS AF=0.405063;AO=30;DP=77;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.011903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.393;QD=14.1724;RBI=0.012656;REFB=-0.0126696;REVB=0.00430035;RO=47;SAF=20;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105885;STB=0.531542;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0177204;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:47:47:30:32:0.405063:10:20:27:20:12:20:27:20 chr10 71390392 . C T 369.35 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.032469;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.608;QD=22.0508;RBI=0.0336899;REFB=-0.00111006;REVB=0.00898744;RO=30;SAF=29;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201989;STB=0.511157;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00143588;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:30:37:37:0.552239:8:29:23:7:8:29:23:7 chr10 71392557 . C T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0190707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.108;QD=8.62757;RBI=0.0408905;REFB=0.00062197;REVB=-0.0361711;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774944;STB=0.547088;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00240927;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:3:8:21:6:3:8:21:6 chr10 71392692 . T C 340.62 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0319728;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.735;QD=15.4825;RBI=0.0320551;REFB=-0.0201165;REVB=0.00229487;RO=51;SAF=12;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179547;STB=0.601765;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0199752;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:37:37:0.420455:25:12:25:26:25:12:25:26 chr10 71562437 . G A 635.24 PASS AF=0.94;AO=44;DP=47;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0247308;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.033;QD=50.8192;RBI=0.0526635;REFB=-0.218179;REVB=0.0464955;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525413;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00357614;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:47:50:0:3:44:47:0.94:18:26:0:0:19:28:3:0 chr10 71620436 . A AC,C 172.83 PASS AF=0.487805,0;AO=15,2;DP=41;FAO=20,0;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12,0;FSAR=8,0;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0361382,-0.0787254;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.1656,24.2504;QD=16.8614;RBI=0.117853,0.143592;REFB=-0.0484777,-0.0279185;REVB=-0.112175,-0.120088;RO=23;SAF=10,0;SAR=5,2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.201691,-0.483597;STB=0.564291,0.5;STBP=0.448,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.039187,0;OID=.,.;OPOS=71620437,71620436;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:21:15,2:20,0:0.487805,0:5,2:10,0:11:12:8,0:12,0:10:11 chr10 71640255 . G A 190.43 PASS AF=0.6;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0384082;FXX=0.117612;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2092;QD=25.3904;RBI=0.0400942;REFB=-0.045558;REVB=0.0115045;RO=10;SAF=13;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287771;STB=0.694434;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0101883;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:30:10:12:18:18:0.6:5:13:3:7:5:13:3:9 chr10 71657272 . A G 940.07 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0176686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.848;QD=50.1368;RBI=0.0284219;REFB=-0.101883;REVB=-0.0222626;RO=6;SAF=32;SAR=36;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807721;STB=0.53604;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00251205;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:75:75:6:7:68:68:0.906667:36:32:6:0:36:32:6:1 chr10 71658512 . G A 912.3 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00981373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.82;QD=56.1415;RBI=0.0131231;REFB=-0.0119557;REVB=-0.00871236;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.509088;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=3.55996e-05;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:63:64:0.984615:36:27:0:0:37:27:1:0 chr10 71872404 . G A 435.32 PASS AF=0.4;AO=51;DP=123;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0795035;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7522;QD=13.9301;RBI=0.0795662;REFB=0.011246;REVB=0.00315858;RO=71;SAF=35;SAR=16;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224832;STB=0.609975;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0158069;OID=.;OPOS=71872404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:71:75:51:50:0.4:16:35:34:37:16:34:38:37 chr10 71872410 . C T 421.32 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00319789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.459;QD=15.8988;RBI=0.00428439;REFB=-0.0182632;REVB=0.00285122;RO=58;SAF=34;SAR=13;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240855;STB=0.631799;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00981572;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:47:47:0.443396:13:34:29:29:13:34:30:29 chr10 71874048 . G A 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0465014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.174;QD=17.9511;RBI=0.0480031;REFB=-0.0017666;REVB=0.0119129;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888254;STB=0.549892;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0023121;OID=.;OPOS=71874048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:10:17:15:13:10:17:15:13 chr10 71876382 . C T 279.22 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0223367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.41;QD=18.9302;RBI=0.0441754;REFB=-0.0119129;REVB=-0.0381121;RO=29;SAF=27;SAR=3;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259022;STB=0.647364;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00748167;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:3:27:22:7:3:27:22:7 chr10 71880858 . A G 727.41 PASS AF=0.555556;AO=68;DP=124;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0057301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.261;QD=23.0923;RBI=0.0160735;REFB=-0.0228913;REVB=-0.0150174;RO=55;SAF=36;SAR=32;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431193;STB=0.520856;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0210955;OID=.;OPOS=71880858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:55:56:68:70:0.555556:32:36:32:23:32:38:33:23 chr10 71905569 . C A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0100578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.424;QD=15.8395;RBI=0.0292911;REFB=-0.0287312;REVB=0.0275102;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359217;STB=0.717291;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0296762;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:4:3:1:7:4:3 chr10 71905695 . A G 222.71 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0185805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4271;QD=18.9541;RBI=0.061043;REFB=-0.0243618;REVB=-0.0581464;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270212;STB=0.653323;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0664445;OID=.;OPOS=71905695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:15:10:15:7:15:10 chr10 71905735 . G A 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0133539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.961;QD=14.4196;RBI=0.0164278;REFB=-0.0257849;REVB=0.00956791;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151769;STB=0.586144;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0293613;OID=.;OPOS=71905735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:15:12:22:15:15:12:22:15 chr10 72014967 . G T 490.76 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0144617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.778;QD=19.2454;RBI=0.0336494;REFB=-0.0263519;REVB=0.0303833;RO=51;SAF=26;SAR=24;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153343;STB=0.579409;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0333089;OID=.;OPOS=72014967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:51:50:51:0.5:24:26:35:16:24:27:35:16 chr10 72043389 . T G 382.29 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.658;QD=54.6128;RBI=0.0481384;REFB=0;REVB=-0.0229565;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264878;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:17:9:0:0:19:9:0:0 chr10 72164214 . C G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.000467115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.48;QD=17.4276;RBI=0.00625734;REFB=-0.0264114;REVB=0.00623988;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213728;STB=0.512182;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0320583;OID=.;OPOS=72164214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:15:8:7:12:15:8 chr10 72179746 . C T 330.42 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0147715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.906;QD=50.8332;RBI=0.0159516;REFB=-0.115858;REVB=0.00602128;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00144244;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:0:1:16:9:0:1 chr10 72181460 . G T 744.0 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0940098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2254;QD=63.3192;RBI=0.119966;REFB=0;REVB=-0.074525;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222165;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr10 72195439 . T C 594.51 PASS AF=1;AO=17;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6731;QD=60.9749;RBI=0.0421665;REFB=0;REVB=0.0237531;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98631e-05;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:17:39:1:11:6:0:0:14:25:0:0 chr10 72196114 . C T 259.19 PASS AF=0.47541;AO=30;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0133214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1131;QD=16.9958;RBI=0.0748655;REFB=-0.00323283;REVB=0.0736708;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30883;STB=0.65843;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00307489;OID=.;OPOS=72196114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:32:30:29:0.47541:19:11:21:8:18:11:22:10 chr10 72289701 . G A 208.59 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0166854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.797;QD=18.5413;RBI=0.0167127;REFB=-0.00531639;REVB=0.000954927;RO=24;SAF=19;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394509;STB=0.730493;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00715481;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:2:19:16:8:2:19:16:8 chr10 72307101 . C T 603.84 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0139071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.935;QD=23.2246;RBI=0.0141113;REFB=-0.0201162;REVB=0.00239167;RO=45;SAF=31;SAR=28;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640081;STB=0.534993;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0198587;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:45:59:59:0.567308:28:31:20:25:28:31:20:25 chr10 72324143 . A G 1903.6 PASS AF=0.934783;AO=129;DP=138;FAO=129;FDP=138;FR=.;FRO=9;FSAF=82;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0006349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2637;QD=55.1769;RBI=0.0551513;REFB=0.0415411;REVB=-0.0551477;RO=9;SAF=82;SAR=47;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414363;STB=0.502185;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0169892;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:138:138:9:9:129:129:0.934783:47:82:6:3:47:82:6:3 chr10 72326400 . G A 587.79 PASS AF=0.563107;AO=56;DP=99;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0432334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.248;QD=22.8266;RBI=0.0487905;REFB=-0.0253142;REVB=0.0226139;RO=43;SAF=28;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120117;STB=0.579973;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0247832;OID=.;OPOS=72326400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:43:45:56:58:0.563107:28:28:15:28:28:30:15:30 chr10 72358577 . G A 1609.88 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475739;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5799;QD=60.1825;RBI=0.0724351;REFB=0;REVB=0.0546221;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660003;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:45:60:0:0:47:60:0:0 chr10 72500761 . CCT C,CC,CCC 784.03 PASS AF=0.015873,0.507937,0.47619;AO=16,18,27;DP=64;FAO=1,32,30;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30,7;FSAR=0,2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849918,0.0950773,0.128082;FXX=0.0156226;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=115.678,127.956,132.81;QD=49.7796;RBI=0.0157519,0.0977323,0.130881;REFB=0,0,0;REVB=-0.0132623,-0.0226255,-0.0269235;RO=0;SAF=16,18,2;SAR=0,0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-6.18567e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0386345,-0.000770156,0.00343667;OID=.,.,.;OPOS=72500762,72500763,72500763;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.015873,0.507937,0.47619:16,18,27:64:1,32,30:63:0:1,30,7:0,2,23:0:0:99:0:16,18,2:0,0,25:0:0 chr10 72500863 . C G 1127.0 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0314426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125;QD=57.7947;RBI=0.0451473;REFB=-0.0306448;REVB=0.0323981;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192627;STB=0.501018;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00118586;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:41:35:1:1:41:35:1:1 chr10 72503344 . G A 600.09 PASS AF=0.393064;AO=67;DP=172;FAO=68;FDP=173;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.00246004;FXX=0.0335177;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.183;QD=13.8749;RBI=0.0153318;REFB=-0.00702198;REVB=-0.0151331;RO=103;SAF=48;SAR=19;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264462;STB=0.647437;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00963613;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:103:105:67:68:0.393064:19:48:50:53:20:48:50:55 chr10 72513682 . C T 591.69 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.122549;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.903;QD=15.5708;RBI=0.12255;REFB=-0.0246591;REVB=0.000497096;RO=85;SAF=39;SAR=27;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342879;STB=0.521814;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0457162;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:85:86:66:66:0.434211:27:39:53:32:27:39:54:32 chr10 72517837 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000750749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.005;QD=59.4356;RBI=0.00251687;REFB=0;REVB=0.00240229;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14677e-05;OID=.;OPOS=72517837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 72520330 . A G 433.15 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.032756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.937;QD=18.0478;RBI=0.0340622;REFB=-0.0085247;REVB=-0.00934204;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416835;STB=0.517234;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0113626;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:52:44:44:0.458333:20:24:30:21:20:24:30:22 chr10 72520567 . A G 150.87 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00465464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.655;QD=12.5723;RBI=0.149607;REFB=-0.00672266;REVB=-0.149535;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152422;STB=0.590053;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00349584;OID=.;OPOS=72520567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:5:12:18:13:5:12:18:13 chr10 72532037 . C T 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0550958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.452;QD=18.2939;RBI=0.0558724;REFB=-0.0146043;REVB=-0.00928304;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532785;STB=0.529737;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0150607;OID=.;OPOS=72532037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:20:24:25:26:20:24:25:26 chr10 72535007 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0250608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.505;QD=14.1953;RBI=0.028245;REFB=0.000431102;REVB=-0.0130282;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892121;STB=0.551657;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00102851;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:15:7:6:9:15:7 chr10 72543138 . T C 462.27 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0259212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.046;QD=18.1284;RBI=0.0259286;REFB=0.00347852;REVB=-0.000620794;RO=52;SAF=18;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912856;STB=0.54658;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0021463;OID=.;OPOS=72543138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:53:49:49:0.480392:31:18:24:28:31:18:24:29 chr10 72619205 . C T 2105.37 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000399181;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.141;QD=62.3813;RBI=0.00774556;REFB=0;REVB=0.00773526;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194819;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:135:0:0:129:135:1:64:65:0:0:68:67:0:0 chr10 72629567 . C T 412.81 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0308562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.253;QD=15.8772;RBI=0.0345249;REFB=-0.00151192;REVB=0.0154875;RO=58;SAF=23;SAR=23;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068699;STB=0.538445;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00196321;OID=.;OPOS=72629567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:23:23:25:33:23:23:25:33 chr10 72631626 . C T 768.22 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0185573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9118;QD=19.4485;RBI=0.020357;REFB=0.0134568;REVB=-0.00836863;RO=77;SAF=51;SAR=28;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094993;STB=0.547068;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0149479;OID=.;OPOS=72631626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:79:79:79:0.5:28:51:42:35:28:51:44:35 chr10 73044580 . G A 482.55 PASS AF=0.481481;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00319419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.342;QD=17.8723;RBI=0.0115157;REFB=-0.0120751;REVB=-0.0110639;RO=55;SAF=28;SAR=23;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833106;STB=0.554893;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0140045;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:55:56:51:52:0.481481:23:28:35:20:24:28:36:20 chr10 73104056 . A G 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0152247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.155;QD=25.1492;RBI=0.0282565;REFB=-0.0396961;REVB=-0.0238042;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120648;STB=0.567113;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0353735;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:10:11:18:9:10:11 chr10 73111408 . C T 763.77 PASS AF=0.503401;AO=73;DP=146;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0188899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4756;QD=20.7829;RBI=0.0251645;REFB=0.00446276;REVB=0.016626;RO=73;SAF=48;SAR=25;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156214;STB=0.580623;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00457864;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:73:73:73:74:0.503401:25:48:36:37:26:48:36:37 chr10 73115941 . TG CA 683.23 PASS AF=0.601852;AO=64;DP=108;FAO=65;FDP=108;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0126637;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.673;QD=25.3047;RBI=0.0157074;REFB=-0.0152873;REVB=-0.00929269;RO=43;SAF=35;SAR=29;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783916;STB=0.539523;STBP=0.319;TYPE=mnp;VARB=0.00901739;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:43:43:64:65:0.601852:29:35:28:15:29:36:28:15 chr10 73121913 . A G 177.33 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=67;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0135439;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3478;QD=10.4312;RBI=0.0143572;REFB=-0.0153069;REVB=-0.00476353;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381851;STB=0.521539;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00903326;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:45:22:23:0.338235:8:14:26:17:8:15:28:17 chr10 73121945 . T C 235.63 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0588995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.465;QD=13.2749;RBI=0.0589175;REFB=-0.0124006;REVB=0.00145628;RO=39;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287021;STB=0.646442;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0284505;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:43:27:28:0.394366:8:19:17:22:8:20:21:22 chr10 73270906 . T C 493.44 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00821509;FXX=0.0652103;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.715;QD=22.9508;RBI=0.00945824;REFB=-0.000729198;REVB=-0.00468728;RO=39;SAF=28;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166484;STB=0.594757;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000253091;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:86:39:39:46:47:0.546512:18:28:16:23:18:29:16:23 chr10 73270982 . G A 108.56 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00200949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.982;QD=13.5699;RBI=0.0096421;REFB=-0.00846562;REVB=-0.00943038;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118539;STB=0.569272;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00988076;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:11:8:7:6:11:8 chr10 73377054 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0190774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.629;QD=15.2296;RBI=0.0210511;REFB=-0.0145421;REVB=-0.00889954;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272374;STB=0.659156;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0232349;OID=.;OPOS=73377054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:4:15:16:12:4:15:16:12 chr10 73434888 . G C 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00202224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.828;QD=24.8171;RBI=0.0384381;REFB=0.0271143;REVB=-0.0383849;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322235;STB=0.517913;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0201629;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:9:9:13:11:9:9 chr10 73434906 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0120635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.161;QD=13.8498;RBI=0.0170288;REFB=-0.00872074;REVB=0.0120187;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209208;STB=0.51218;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0103959;OID=.;OPOS=73434906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:13:12:8:8:13:12 chr10 73492079 . A G 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0348207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3116;QD=13.9107;RBI=0.0431968;REFB=0.000473432;REVB=0.0255633;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127383;STB=0.572945;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0010685;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:20:11:10:11:20:11 chr10 73501556 . G A 394.97 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0561475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.246;QD=22.897;RBI=0.0710524;REFB=-0.0134335;REVB=0.043542;RO=29;SAF=25;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180423;STB=0.606925;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0131769;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:14:25:12:17:14:25:12:18 chr10 73520632 . A C 214.01 PASS AF=0.285714;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00399602;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5007;QD=8.1526;RBI=0.0483665;REFB=0.00384038;REVB=0.0482012;RO=74;SAF=21;SAR=9;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250533;STB=0.65397;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0181708;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:74:75:30:30:0.285714:9:21:37:37:9:21:37:38 chr10 73533177 . A G 115.76 PASS AF=0.35;AO=12;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.032371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.23;QD=11.5763;RBI=0.0340212;REFB=-0.00736498;REVB=-0.0104671;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124976;STB=0.564429;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0178479;OID=.;OPOS=73533177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:12:14:0.35:8:4:6:19:9:5:7:19 chr10 73537614 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00238433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6754;QD=19.825;RBI=0.0155665;REFB=-0.0203752;REVB=-0.0153828;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629878;STB=0.535206;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0172615;OID=.;OPOS=73537614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:17:10:11:14:17:10:11:14 chr10 73550117 . C G 553.82 PASS AF=0.533333;AO=55;DP=104;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0101471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.189;QD=21.0979;RBI=0.0192671;REFB=-0.0103306;REVB=0.0163786;RO=49;SAF=26;SAR=29;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495544;STB=0.522603;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00917384;OID=.;OPOS=73550117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:49:55:56:0.533333:29:26:26:23:29:27:26:23 chr10 73767859 . G A 124.82 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0142964;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.697;QD=26.2771;RBI=0.0226965;REFB=-0.0276093;REVB=0.0176279;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300744;STB=0.669156;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0373054;OID=.;OPOS=73767859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:6:6:13:13:0.684211:4:9:1:5:4:9:1:5 chr10 73768992 . C A 347.23 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.000196783;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.749;QD=14.3187;RBI=0.0131604;REFB=-0.0191115;REVB=-0.013159;RO=58;SAF=25;SAR=13;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119653;STB=0.574342;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0246485;OID=.;OPOS=73768992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:58:59:38:38:0.391753:13:25:32:26:13:25:32:27 chr10 73772661 . T A 119.83 PASS AF=0.56;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00542807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.379;QD=19.1727;RBI=0.00554568;REFB=-0.00541;REVB=0.00113605;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165885;STB=0.585674;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0166521;OID=.;OPOS=73772661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:25:10:11:13:14:0.56:5:8:4:6:5:9:5:6 chr10 73820396 . G A 914.09 PASS AF=0.492063;AO=91;DP=183;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=62;FSRR=34;FWDB=0.00365944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6217;QD=19.3458;RBI=0.050778;REFB=-0.0431742;REVB=0.0506459;RO=91;SAF=58;SAR=33;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107683;STB=0.500373;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0401481;OID=.;OPOS=73820396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:189:91:96:91:93:0.492063:33:58:57:34:33:60:62:34 chr10 73832438 . CCT C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0156786;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=115.28;QD=12.738;RBI=0.0341755;REFB=-0.0255821;REVB=-0.0303669;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=del;VARB=0.0206357;OID=.;OPOS=73832439;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:8:18:8:18:10:6:2:6:4:57:10:6:2:6:4 chr10 74237247 . C CT,T 360.65 PASS AF=0.552632,0;AO=37,4;DP=76;FAO=42,0;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=16,0;FSAR=26,0;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0507169,0.0106651;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.4427,148.888;QD=18.9815;RBI=0.154334,0.0635348;REFB=-0.00380669,-0.00175488;REVB=-0.145763,-0.0626332;RO=34;SAF=16,0;SAR=21,4;SRF=26;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2816,-0.715682;STB=0.667405,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00305057,0;OID=.,.;OPOS=74237248,74237247;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:37,4:42,0:0.552632,0:21,4:16,0:26:8:26,0:16,0:26:8 chr10 74268031 . T C 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0399335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3123;QD=17.1667;RBI=0.0616302;REFB=-0.0129973;REVB=0.0469424;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110572;STB=0.562101;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.016582;OID=.;OPOS=74268031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:17:15:17:12:17:15 chr10 74714372 . G C 297.92 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.12445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7415;QD=11.7986;RBI=0.125532;REFB=-0.00030925;REVB=0.016442;RO=64;SAF=16;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131057;STB=0.570137;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00143561;OID=.;OPOS=74714372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:65:36:36:0.356436:20:16:36:28:20:16:36:29 chr10 75000739 . G A 82.09 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0258683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.417;QD=8.64092;RBI=0.0259601;REFB=0.00171273;REVB=0.00218063;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522814;STB=0.545372;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0041225;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:38:26:27:11:11:0.289474:6:5:13:13:6:5:14:13 chr10 75000741 . AGGCAGACCAGTCTCT A 58.12 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0112452;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=15;MLLD=505.144;QD=6.28378;RBI=0.0117722;REFB=-0.00638986;REVB=0.00348316;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.318777;SSSB=-0.0291083;STB=0.531961;STBP=0.804;TYPE=del;VARB=0.0157804;OID=.;OPOS=75000742;OREF=GGCAGACCAGTCTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:11:37:11:37:26:5:6:13:13:58:25:5:6:12:13 chr10 75533448 . A G 149.05 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0247068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3841;QD=9.61617;RBI=0.115568;REFB=0.00515107;REVB=-0.112896;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153739;STB=0.580567;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0147832;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:10:10:26:15:10:10:26:16 chr10 75558867 . G A 386.17 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0477615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5232;QD=14.0426;RBI=0.0512386;REFB=-0.010446;REVB=0.0185535;RO=65;SAF=31;SAR=14;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216821;STB=0.622859;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.021393;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:14:31:32:33:14:31:32:33 chr10 75578553 . CTGGGGCCCC CTGGGCCCC,CTGGGCCCCG,CTGGGGCCC,GCTGGGCCCC 384.09 PASS AF=0.407895,0.0131579,0.368421,0;AO=16,4,22,5;DP=81;FAO=31,1,28,0;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=1,0,27,0;FSAR=30,1,1,0;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0562554,0.0325851,-0.0156905,-0.0118809;FXX=0.0731618;HRUN=4,4,4,1;LEN=1,5,1,3;MLLD=11.9223,83.9326,11.3684,61.7933;QD=20.2151;RBI=0.111031,0.0440187,0.080906,0.0750041;REFB=-0.0451447,-0.00539244,-0.0877469,0.00362118;REVB=-0.0957244,-0.0295949,0.07937,-0.0740572;RO=12;SAF=1,0,21,0;SAR=15,4,1,5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0.583333,0,0,0;SSEP=0,0,0.611111,0;SSSB=-0.569441,-0.685298,0.600287,-0.717739;STB=0.859872,0.988464,0.887763,0.5;STBP=0.001,0.472,0,1;TYPE=del,mnp,del,mnp;VARB=0.0743331,0.107923,0.086447,0;OID=.,.,.,.;OPOS=75578555,75578558,75578559,75578553;OREF=G,GCCCC,C,CTG;OALT=-,CCCCG,-,GCT;OMAPALT=CTGGGCCCC,CTGGGCCCCG,CTGGGGCCC,GCTGGGCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:81:76:12:16:16,4,22,5:31,1,28,0:0.407895,0.0131579,0.368421,0:15,4,1,5:1,0,21,0:6:6:30,1,1,0:1,0,27,0:7:9 chr10 75632760 . C T 344.73 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.000435232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.704;QD=21.8874;RBI=0.00155972;REFB=-0.0104203;REVB=0.00149777;RO=27;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024507;STB=0.503309;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00757937;OID=.;OPOS=75632760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:21:14:10:17:21:14:11:17 chr10 75673101 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0356716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2821;QD=12.4818;RBI=0.0834897;REFB=-0.0127446;REVB=-0.0754856;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0146927;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:12:7:5:7:12:7 chr10 75675086 . T C 498.03 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00805622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.429;QD=21.1929;RBI=0.0404655;REFB=-0.00941068;REVB=-0.0396555;RO=44;SAF=19;SAR=29;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150587;STB=0.573195;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0084745;OID=.;OPOS=75675086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:44:46:48:48:0.510638:29:19:25:19:29:19:25:21 chr10 75865065 . G A 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0100037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4395;QD=18.0542;RBI=0.0397356;REFB=-0.0102968;REVB=-0.0384557;RO=51;SAF=18;SAR=26;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297375;STB=0.669045;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00726976;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:52:44:44:0.458333:26:18:37:14:26:18:38:14 chr10 75871735 . C G 338.4 PASS AF=0.388889;AO=38;DP=104;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0047138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.327;QD=12.5334;RBI=0.0151711;REFB=-0.0073219;REVB=0.0144202;RO=62;SAF=23;SAR=15;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133464;STB=0.583443;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0104412;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:62:66:38:42:0.388889:15:23:30:32:16:26:32:34 chr10 75878915 . C CTA 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0329487;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.675;QD=9.49165;RBI=0.0338212;REFB=0.000777773;REVB=0.00763233;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196691;STB=0.581615;STBP=0.741;TYPE=ins;VARB=-0.00205915;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:29:9:27:18:1:8:3:15:64:20:1:8:4:16 chr10 75883134 . C CTT,T 300.36 PASS AF=0.416667,0.0555556;AO=25,5;DP=75;FAO=30,4;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14,2;FSAR=16,2;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0126637,0.00616442;FXX=0.0136968;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=185.564,123.689;QD=16.6866;RBI=0.0178854,0.00617429;REFB=-0.00106181,-0.00046559;REVB=0.01263,0.000348935;RO=39;SAF=13,3;SAR=12,2;SRF=19;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0348277,0.128309;STB=0.503934,0.523691;STBP=0.963,0.898;TYPE=ins,snp;VARB=0.000488579,-0.0198477;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:39:38:25,5:30,4:0.416667,0.0555556:12,2:13,3:19:20:16,2:14,2:18:20 chr10 75936611 . C T 485.11 PASS AF=0.559524;AO=44;DP=82;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0106368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.035;QD=23.1005;RBI=0.0499938;REFB=-0.0475269;REVB=0.0488492;RO=36;SAF=26;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029696;STB=0.515208;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0396501;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:36:37:44:47:0.559524:18:26:20:16:20:27:20:17 chr10 76790612 . TGGC TG,TGC 208.97 PASS AF=0,0.833333;AO=4,20;DP=30;FAO=0,25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=0,16;FSAR=0,9;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00656325,-0.0519495;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=131.852,21.198;QD=27.8623;RBI=0.0790937,0.120286;REFB=-0.0290633,-0.121776;REVB=-0.0788209,0.108489;RO=6;SAF=0,15;SAR=4,5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.464789,0.464789;SSSB=-0.812478,-0.153229;STB=0.5,0.567516;STBP=1,0.136;TYPE=del,del;VARB=0,0.0326736;OID=.,.;OPOS=76790614,76790613;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.833333:4,20:30:0,25:30:5:0,16:0,9:5:0:20:6:0,15:4,5:6:0 chr10 76854564 . C T 1813.91 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.656;QD=58.9888;RBI=0.0310431;REFB=-0.138935;REVB=0.000636214;RO=1;SAF=56;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840699;STB=0.504347;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000488585;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:122:123:1:1:120:122:0.99187:64:56:1:0:65:57:1:0 chr10 76855412 . G A 1476.2 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880959;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.596;QD=63.4925;RBI=0.0304773;REFB=0;REVB=0.0291763;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32148e-05;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr10 76861680 . T C 1273.71 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0366209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3187;QD=59.2426;RBI=0.0521262;REFB=-0.132536;REVB=-0.0370951;RO=2;SAF=37;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024913;STB=0.513155;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00188735;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:47:37:2:0:47:37:2:0 chr10 76867899 . T C 752.99 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9866;QD=52.8414;RBI=0.0480519;REFB=-0.0356773;REVB=-0.0425391;RO=2;SAF=19;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470484;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00428958;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:57:2:1:54:56:0.982456:35:19:2:0:35:21:1:0 chr10 76993876 . G A 226.36 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0429968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2279;QD=17.0835;RBI=0.0439776;REFB=-0.0200612;REVB=-0.00923572;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290611;STB=0.501638;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0183304;OID=.;OPOS=76993876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:16:9:10:18:16:9:10:18 chr10 76994171 . GCCCG GCC,GCCG,GGCCG 69.86 PASS AF=0.333333,0.190476,0.047619;AO=7,5,2;DP=22;FAO=7,4,1;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6,4,1;FSAR=1,0,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0464619,-0.0967741,-0.0649698;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=24.9838,13.3015,16.6698;QD=13.3072;RBI=0.096876,0.134541,0.105345;REFB=-0.110413,-0.1915,-0.0832986;REVB=-0.0850073,-0.0934665,-0.0829245;RO=8;SAF=6,5,2;SAR=1,0,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.488979,0.75531,0.634114;STB=0.781686,0.996927,0.990139;STBP=0.064,0.04,0.495;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0881175,0.142956,0.135151;OID=.,.,.;OPOS=76994174,76994172,76994172;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCC,GCCG,GGCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.190476,0.047619:7,5,2:22:7,4,1:21:9:6,4,1:1,0,0:4:5:47:8:6,5,2:1,0,0:3:5 chr10 78629795 . C G 419.59 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00601365;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.243;QD=19.9803;RBI=0.0245201;REFB=0.0022588;REVB=0.0237713;RO=42;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055257;STB=0.537572;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00174132;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:41:42:0.5:16:25:28:14:17:25:28:14 chr10 79253623 . G GCC 327.99 PASS AF=0.516484;AO=39;DP=96;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0306539;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=2;MLLD=35.489;QD=14.4169;RBI=0.042353;REFB=-0.0102987;REVB=0.0292252;RO=48;SAF=26;SAR=13;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02283;STB=0.510948;STBP=0.865;TYPE=ins;VARB=0.00886244;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516484:39:96:47:91:44:30:17:29:15:99:48:26:13:31:17 chr10 79550544 . C T 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0157815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5919;QD=9.8422;RBI=0.0693888;REFB=-0.00792397;REVB=-0.0675704;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084162;STB=0.574472;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0155816;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:3:7:12:7:3:7:12:8 chr10 79566632 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.066306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.217;QD=12.7913;RBI=0.0669145;REFB=0.00567077;REVB=-0.00900346;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068991;STB=0.540483;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00530886;OID=.;OPOS=79566632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:10:13:7:7:10:13 chr10 79579222 . G A 208.75 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0120988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.9;QD=25.3034;RBI=0.0167575;REFB=-0.016219;REVB=0.0115944;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.602542;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0159953;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:6:14:6:6:6:14:6:7 chr10 79584178 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.711;QD=59.8392;RBI=0.0709857;REFB=0;REVB=0.0188039;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425962;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr10 79606441 . A C 528.22 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0152991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.572;QD=17.9057;RBI=0.0197014;REFB=-0.00346166;REVB=0.012413;RO=59;SAF=36;SAR=20;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184322;STB=0.501319;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00399338;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:59:62:56:56:0.474576:20:36:39:20:20:36:40:22 chr10 79616605 . T C 2343.98 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309222;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.978;QD=64.2186;RBI=0.0313467;REFB=0;REVB=0.00514108;RO=0;SAF=61;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166356;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:144:146:1:83:61:0:0:85:61:0:0 chr10 79628875 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.68;QD=62.0192;RBI=0.0263495;REFB=0;REVB=-0.0149308;RO=0;SAF=36;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59371e-05;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:6:36:0:0:6:36:0:0 chr10 79743756 . A T 360.26 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0188139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.105;QD=32.0228;RBI=0.019979;REFB=0.0045612;REVB=0.00672311;RO=15;SAF=6;SAR=24;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664658;STB=0.536209;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00293538;OID=.;OPOS=79743756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:24:6:2:13:24:6:2:13 chr10 79793688 . C T 215.79 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0209155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.448;QD=15.4138;RBI=0.0231466;REFB=-0.0453683;REVB=0.00991506;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422146;STB=0.503103;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0379153;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:27:31:24:25:0.446429:15:9:9:18:16:9:11:20 chr10 79814382 . C CG,G 42.09 PASS AF=0.318182,0.136364;AO=5,4;DP=22;FAO=7,3;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4,3;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0428562,0.00643591;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=7.84887,87.1612;QD=7.65315;RBI=0.257739,0.0137582;REFB=-0.0868826,-0.0792903;REVB=0.254151,0.0121601;RO=12;SAF=4,3;SAR=1,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.492347,0.438863;STB=0.646658,0.996896;STBP=0.374,0.033;TYPE=ins,snp;VARB=0.150281,0.00065112;OID=.,.;OPOS=79814383,79814382;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:22:22:12:12:5,4:7,3:0.318182,0.136364:1,1:4,3:4:8:3,0:4,3:4:8 chr10 80310465 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00332947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.622;QD=16.627;RBI=0.00826588;REFB=-0.00735863;REVB=0.00756567;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144167;STB=0.583803;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00608688;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:3:10:9:5:3:10:9:5 chr10 81051939 . C T 522.5 PASS AF=0.347826;AO=64;DP=184;FAO=64;FDP=184;FR=.;FRO=120;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=81;FWDB=0.00456934;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.253;QD=11.3586;RBI=0.0132923;REFB=-0.00987165;REVB=-0.0124822;RO=116;SAF=15;SAR=49;SRF=38;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133717;STB=0.575693;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0253064;OID=.;OPOS=81051939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:116:120:64:64:0.347826:49:15:38:78:49:15:39:81 chr10 81145701 . G C 236.91 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0235477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6183;QD=18.581;RBI=0.0362548;REFB=-0.00162322;REVB=-0.0275666;RO=26;SAF=21;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206366;STB=0.617541;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00282614;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:4:21:18:8:4:21:18:8 chr10 81270253 . A G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0946348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.778;QD=15.6993;RBI=0.0953378;REFB=0.000416986;REVB=-0.0115567;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259769;STB=0.648464;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000120731;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:14:5:8:7:14:5 chr10 81270319 . T A 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00293438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.926;QD=15.6985;RBI=0.0127832;REFB=-0.0287587;REVB=0.0124419;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209193;STB=0.620001;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0302761;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:13:6:8:7:13:6 chr10 81272881 . A G 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000591226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3283;QD=10.1713;RBI=0.113466;REFB=-0.00761548;REVB=-0.113464;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510878;OID=.;OPOS=81272881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:6:3:2:4:6:3 chr10 81319214 . G T 45.53 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00968726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1614;QD=26.0189;RBI=0.0918119;REFB=-0.0928921;REVB=0.0912994;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0295917;OID=.;OPOS=81319214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:4:2:0:0:4:2:1:0 chr10 81319423 . C T 768.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0759397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.243;QD=56.8953;RBI=0.0854123;REFB=0;REVB=0.0390951;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137421;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr10 81319483 . A G 654.25 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.595;QD=60.8606;RBI=0.0288165;REFB=0;REVB=0.0117187;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269457;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:20:20:0:0:22:21:0:0 chr10 81373674 . T C 1454.58 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=97;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120235;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5778;QD=61.8969;RBI=0.0703452;REFB=-0.0937464;REVB=0.06931;RO=1;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123114;STB=0.506328;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0013203;OID=.;OPOS=81373674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:94:1:1:92:93:0.989362:38:54:0:1:39:54:0:1 chr10 81701722 . T C 1065.16 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047247;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4911;QD=60.0088;RBI=0.0477735;REFB=0;REVB=-0.00707322;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153084;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr10 81706324 . A G 306.05 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00920937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9754;QD=20.4034;RBI=0.0303501;REFB=0.0110543;REVB=-0.0289191;RO=28;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256604;STB=0.642765;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0113815;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:22:10:17:11:22:10:17:11 chr10 81841692 . G T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.541;QD=62.9829;RBI=0.0386397;REFB=0;REVB=0.0314268;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57554e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr10 81915136 . T C 901.68 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00737555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7898;QD=56.3551;RBI=0.0927181;REFB=-0.0277164;REVB=0.0924243;RO=1;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108552;STB=0.505616;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00362713;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:43:19:0:1:44:19:0:1 chr10 81917708 . A G 898.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.537;QD=57.9955;RBI=0.0248156;REFB=0;REVB=-0.00374885;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23615e-05;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:30:30:0:0:30:32:0:0 chr10 81926702 . G A 3515.89 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.752;QD=62.7837;RBI=0.0106389;REFB=0;REVB=0.0105218;RO=0;SAF=142;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27309e-06;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:224:0:0:223:224:1:81:142:0:0:82:142:0:0 chr10 82012954 . A G 255.71 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0238387;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.307;QD=12.3233;RBI=0.0320213;REFB=-0.0109267;REVB=-0.0213795;RO=52;SAF=20;SAR=10;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127926;STB=0.557796;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0179211;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:52:52:30:31:0.373494:10:20:29:23:11:20:29:23 chr10 82012967 . G T 300.15 PASS AF=0.4;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0082854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.778;QD=14.1245;RBI=0.0186079;REFB=-0.0513528;REVB=-0.0166615;RO=51;SAF=19;SAR=13;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278066;STB=0.512084;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0532571;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:51:51:32:34:0.4:13:19:29:22:14:20:29:22 chr10 82013119 . G A 605.36 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0061029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.184;QD=20.6961;RBI=0.00701626;REFB=-0.0253866;REVB=-0.00346159;RO=54;SAF=34;SAR=27;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129179;STB=0.559566;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0277747;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:54:56:61:61:0.521368:27:34:38:16:27:34:38:18 chr10 82013134 . C T 509.57 PASS AF=0.454545;AO=54;DP=120;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0107613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.681;QD=16.8453;RBI=0.0123269;REFB=-0.0234408;REVB=0.00601234;RO=66;SAF=37;SAR=17;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133911;STB=0.578204;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0187685;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:66:66:54:55:0.454545:17:37:37:29:17:38:37:29 chr10 82013146 . T C 538.24 PASS AF=0.43609;AO=56;DP=131;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0073783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.529;QD=16.1875;RBI=0.0151485;REFB=-0.00336466;REVB=-0.0132302;RO=72;SAF=39;SAR=17;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155395;STB=0.572384;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00203547;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:72:75:56:58:0.43609:17:39:40:32:18:40:43:32 chr10 82033585 . G A 393.14 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=100;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00716259;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.646;QD=15.8844;RBI=0.0203369;REFB=-0.00358072;REVB=-0.0190338;RO=55;SAF=28;SAR=13;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933521;STB=0.549516;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00557971;OID=.;OPOS=82033585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:55:57:41:42:0.424242:13:28:33:22:13:29:35:22 chr10 82033594 . G A 398.99 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=98;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0164405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.045;QD=16.1207;RBI=0.021909;REFB=-0.00538396;REVB=-0.0144815;RO=56;SAF=27;SAR=14;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765176;STB=0.544096;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00691604;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:56:57:41:42:0.424242:14:27:33:23:14:28:34:23 chr10 82034842 . A G 1226.57 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8553;QD=61.3287;RBI=0.0674567;REFB=0;REVB=0.0319556;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639238;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:45:33:0:0:46:34:0:0 chr10 82034854 . T C 1187.53 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.65;QD=60.899;RBI=0.0238677;REFB=0;REVB=0.0232412;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51411e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:43:33:0:0:44:34:0:0 chr10 82040052 . A G 1126.0 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3383;QD=60.0532;RBI=0.0385192;REFB=0;REVB=0.0364612;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353284;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:38:34:0:0:40:35:0:0 chr10 82095968 . T G 696.9 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.008;QD=52.5964;RBI=0.0232061;REFB=-0.178866;REVB=0.0172047;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.515619;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000533457;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:0:2:51:51:0.962264:31:20:0:0:31:20:0:2 chr10 82192713 . T A 782.72 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.748;QD=63.8952;RBI=0.140076;REFB=0;REVB=0.132588;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714632;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:42:49:1:20:22:0:0:24:25:0:0 chr10 82363340 . C A 542.6 PASS AF=0.363128;AO=65;DP=179;FAO=65;FDP=179;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=-0.010056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.971;QD=12.125;RBI=0.0213959;REFB=-0.0162235;REVB=-0.0188855;RO=112;SAF=28;SAR=37;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126731;STB=0.571946;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0297231;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:112:114:65:65:0.363128:37:28:61:51:37:28:62:52 chr10 82363404 . A G 534.52 PASS AF=0.396226;AO=62;DP=163;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0325939;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6549;QD=13.447;RBI=0.0327411;REFB=-0.0215798;REVB=-0.00310067;RO=95;SAF=32;SAR=30;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449392;STB=0.523458;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0279265;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:159:95:96:62:63:0.396226:30:32:53:42:30:33:54:42 chr10 82369195 . C T 447.02 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00786959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2461;QD=19.022;RBI=0.013854;REFB=-0.0229555;REVB=0.0114019;RO=46;SAF=22;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019996;STB=0.511106;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0264002;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:46:49:44:45:0.478723:22:22:22:24:22:23:24:25 chr10 83635237 . GCCCCCCC GCCCCCC,GCCCCCCG 41.01 PASS AF=0.27451,0.0588235;AO=16,3;DP=53;FAO=14,3;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7,1;FSAR=7,2;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.236375,0.128315;FXX=0.0377287;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.51972,15.9161;QD=3.2161;RBI=0.280806,0.133845;REFB=-0.0804001,-0.0820275;REVB=0.151588,0.0380751;RO=22;SAF=11,1;SAR=5,2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.153522,-0.226546;STB=0.583218,0.744283;STBP=0.499,0.476;TYPE=del,snp;VARB=0.0893307,0.106897;OID=.,.;OPOS=83635238,83635244;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451,0.0588235:16,3:53:14,3:51:34:7,1:7,2:21:13:35:22:11,1:5,2:12:10 chr10 84745256 . C T 309.9 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0436003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7388;QD=18.7817;RBI=0.0437051;REFB=-0.00566378;REVB=-0.00302492;RO=33;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140223;STB=0.578299;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00539954;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:12:21:16:17:12:21:16:17 chr10 85993836 . A G 651.1 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0718386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.511;QD=62.0099;RBI=0.0728596;REFB=0;REVB=0.0121548;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100001;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:35:7:0:0:35:7:0:0 chr10 86004873 . T C 245.56 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0382574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1308;QD=17.8588;RBI=0.0505035;REFB=-0.0254787;REVB=-0.0329694;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652929;STB=0.564468;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0504024;OID=.;OPOS=86004873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:28:27:27:0.490909:15:12:13:12:15:12:16:12 chr10 86012713 . C T 307.28 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00110466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.147;QD=15.5585;RBI=0.00155268;REFB=-0.00525305;REVB=0.00109113;RO=45;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18879;STB=0.606447;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00489155;OID=.;OPOS=86012713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:14:20:18:27:14:20:18:27 chr10 86131059 . A G 216.59 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00486981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.178;QD=13.3286;RBI=0.0505256;REFB=-3.14409e-05;REVB=0.0502903;RO=39;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303864;STB=0.67553;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000207513;OID=.;OPOS=86131059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:6:20:20:19:6:20:20:19 chr10 86273249 . T C 473.24 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0224935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2926;QD=21.2692;RBI=0.024655;REFB=-0.00192823;REVB=-0.0100952;RO=43;SAF=13;SAR=33;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314623;STB=0.674423;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00111915;OID=.;OPOS=86273249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:33:13:27:16:33:13:27:16 chr10 86274871 . C T 2941.65 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.983;QD=63.2613;RBI=0.0309364;REFB=0;REVB=0.0249973;RO=0;SAF=87;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3922e-05;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:186:0:0:185:186:1:98:87:0:0:98:88:0:0 chr10 87359826 . A G 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.399;QD=60.6023;RBI=0.0373166;REFB=0;REVB=0.00199069;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81394e-05;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr10 87361961 . GT AT,TA 686.34 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=40,2;DP=43;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970498,0.040391;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=98.2371,65.2795;QD=62.3944;RBI=0.100493,0.0420577;REFB=0,0;REVB=0.0260822,0.0117223;RO=0;SAF=24,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000418376,0.0348473;OID=.,.;OPOS=87361961,87361961;OREF=G,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:43:44:0:0:40,2:43,1:0.977273,0.0227273:16,0:24,2:0:0:16,0:27,1:0:0 chr10 87898729 . G A 467.11 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0108363;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.17;QD=15.1906;RBI=0.0390139;REFB=-0.0164221;REVB=0.0374787;RO=67;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749231;STB=0.522719;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0133489;OID=.;OPOS=87898729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:67:71:52:52:0.422764:28:24:26:41:28:24:30:41 chr10 88126072 . G A 445.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7049;QD=57.542;RBI=0.0566105;REFB=0;REVB=0.0280692;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060602;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr10 88203068 . T C 367.22 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00371563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.663;QD=19.0761;RBI=0.0687319;REFB=-0.0167483;REVB=0.0686314;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076742;STB=0.509429;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0224672;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:37:38:0.493506:13:24:25:14:13:25:25:14 chr10 88422116 . C T 1867.42 PASS AF=0.947761;AO=126;DP=134;FAO=127;FDP=134;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0444935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.351;QD=55.7439;RBI=0.0483251;REFB=-0.150274;REVB=0.0188585;RO=2;SAF=52;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126681;STB=0.50872;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00170098;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:134:134:2:7:126:127:0.947761:74:52:0:2:75:52:4:3 chr10 88426614 . TC T 1241.48 PASS AF=1;AO=117;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222462;FXX=0.0144917;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1013;QD=36.5142;RBI=0.254513;REFB=0;REVB=0.123643;RO=14;SAF=73;SAR=44;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00383969;OID=.;OPOS=88426615;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:117:136:136:136:0:87:49:0:0:21:14:73:44:12:2 chr10 88505700 . T G 196.56 PASS AF=0.413793;AO=17;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00669797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.037;QD=13.5559;RBI=0.0130175;REFB=-0.0129666;REVB=0.0111621;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201905;STB=0.592028;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0200773;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:17:24:0.413793:6:11:16:18:9:15:16:18 chr10 88635779 . C A 740.89 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0412064;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0572;QD=54.8804;RBI=0.0933208;REFB=0.0268978;REVB=-0.0837306;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00265686;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:1:0:24:29:1:0 chr10 88683890 . T A 354.6 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.752;QD=50.6567;RBI=0.0241736;REFB=-0.131503;REVB=0.0109732;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00478466;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:28:1:1:25:27:0.964286:10:15:1:0:10:17:1:0 chr10 88702350 . G C 312.2 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7679;QD=52.0336;RBI=0.114132;REFB=0;REVB=0.0614177;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00534331;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:9:13:0:0:11:13:0:0 chr10 88717140 . T A 1336.94 PASS AF=0.988506;AO=80;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.255;QD=61.4686;RBI=0.0224537;REFB=0;REVB=0.0222353;RO=0;SAF=55;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00348257;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:0:80:86:0.988506:25:55:0:0:31:55:0:0 chr10 88717154 . C T 1203.75 PASS AF=0.933333;AO=81;DP=90;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.021073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.768;QD=53.4999;RBI=0.0560053;REFB=-0.17397;REVB=0.0518895;RO=3;SAF=53;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237771;STB=0.521062;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00177708;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:90:90:3:6:81:84:0.933333:28:53:1:2:31:53:2:4 chr10 88730106 . C T 252.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8644;QD=50.4797;RBI=0.149059;REFB=0;REVB=0.139259;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599549;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr10 88730177 . A G 338.04 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.398;QD=54.0867;RBI=0.0916959;REFB=0;REVB=0.0841245;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166159;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:16:9:0:0 chr10 88730312 . TG AC,CG 553.54 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,35;DP=40;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161212,-0.0552669;FXX=0.0749813;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=110.11,68.8303;QD=59.8423;RBI=0.00708447,0.0559012;REFB=0,0;REVB=-0.0068986,-0.00839705;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.03252,-0.000495566;OID=.,.;OPOS=88730312,88730312;OREF=TG,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:37:0:0:2,35:2,35:0.0540541,0.945946:2,19:0,16:0:0:2,19:0,16:0:0 chr10 88768253 . A G 737.28 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598309;FXX=0.0714158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4494;QD=56.7135;RBI=0.0657507;REFB=0;REVB=0.0272658;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220335;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:20:32:0:0 chr10 88768657 . C T 1283.42 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3727;QD=61.8516;RBI=0.0202908;REFB=0;REVB=0.014305;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175221;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:53:28:0:0:55:28:0:0 chr10 88782151 . C T 37.21 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0315865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.871;QD=6.47172;RBI=0.0461622;REFB=-0.0365678;REVB=-0.0336636;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257618;STB=0.685106;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0739434;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:16:17:6:6:0.26087:4:2:9:7:4:2:10:7 chr10 88820789 . T C 287.53 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0820509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.079;QD=15.9737;RBI=0.0832252;REFB=-0.0135917;REVB=0.0139314;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123456;STB=0.569402;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.012881;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:16:16:25:15:16:16:25:15 chr10 88988115 . G A 187.11 PASS AF=0.304878;AO=23;DP=80;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0137824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.147;QD=9.12714;RBI=0.0242024;REFB=-0.0193318;REVB=-0.0198947;RO=54;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306141;STB=0.672905;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0509939;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:54:57:23:25:0.304878:8:15:21:33:9:16:22:35 chr10 88992641 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.782;QD=50.4135;RBI=0.0601982;REFB=0;REVB=0.0437747;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342709;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr10 89463480 . G A 395.75 PASS AF=0.445652;AO=42;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.054243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.627;QD=17.2067;RBI=0.0543637;REFB=-0.0137934;REVB=-0.00362085;RO=49;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681279;STB=0.523693;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0171571;OID=.;OPOS=89463480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:51:42:41:0.445652:16:26:27:22:16:25:29:22 chr10 89472928 . T C 290.7 PASS AF=0.373626;AO=32;DP=89;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0085263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0569;QD=12.7781;RBI=0.0283594;REFB=-0.0389615;REVB=-0.0270473;RO=56;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936427;STB=0.564197;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0665173;OID=.;OPOS=89472928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:56:57:32:34:0.373626:15:17:25:31:15:19:26:31 chr10 89720907 . T G 3217.18 PASS AF=0.990566;AO=208;DP=211;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=113;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0368734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.937;QD=60.7015;RBI=0.0384804;REFB=-0.119547;REVB=-0.0110043;RO=3;SAF=112;SAR=96;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125867;STB=0.504386;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00393858;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:211:212:3:2:208:210:0.990566:96:112:3:0:97:113:2:0 chr10 90074401 . G A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.038732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.007;QD=13.9954;RBI=0.0480977;REFB=-0.0117385;REVB=-0.0285169;RO=42;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191264;STB=0.609141;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0244385;OID=.;OPOS=90074401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:10:19:20:22:10:19:20:22 chr10 90305177 . C T 91.6 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0151237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5218;QD=8.72334;RBI=0.0391239;REFB=-0.0182045;REVB=-0.0360826;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342653;STB=0.512175;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0271946;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:5:7:17:12:5:7:17:13 chr10 90345429 . G A 1381.24 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685241;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.468;QD=62.7837;RBI=0.0726777;REFB=0;REVB=0.0242176;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215911;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr10 90356598 . A G 1723.72 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=122;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.01614;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7891;QD=58.4312;RBI=0.0164427;REFB=-0.0439557;REVB=0.00314041;RO=2;SAF=37;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249725;STB=0.509973;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00172679;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:122:118:2:3:115:115:0.974576:78:37:2:0:78:37:2:1 chr10 90425327 . T C 485.3 PASS AF=0.387755;AO=56;DP=148;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.0131315;FXX=0.0696158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.985;QD=13.2053;RBI=0.0159188;REFB=-0.00602535;REVB=-0.00899833;RO=89;SAF=46;SAR=10;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303137;STB=0.688301;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0212063;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:89:90:56:57:0.387755:10:46:54:35:10:47:53:37 chr10 90530660 . C A 1237.08 PASS AF=0.90099;AO=91;DP=101;FAO=91;FDP=101;FR=.;FRO=10;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.063336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1103;QD=48.9933;RBI=0.0652184;REFB=0.0355366;REVB=0.015556;RO=10;SAF=52;SAR=39;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513763;STB=0.527215;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0652599;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:101:10:10:91:91:0.90099:39:52:3:7:39:52:3:7 chr10 90530661 . C A 36.97 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.00567353;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.604;QD=1.43567;RBI=0.0142206;REFB=-0.000957815;REVB=-0.0130398;RO=94;SAF=3;SAR=7;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290564;STB=0.727347;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.167564;OID=.;OPOS=90530661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:104:103:94:93:10:10:0.0970874:7:3:52:42:7:3:52:41 chr10 90580144 . C T 372.24 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.00772158;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.212;QD=12.1054;RBI=0.0677771;REFB=-0.0168695;REVB=-0.0673358;RO=76;SAF=29;SAR=16;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000351489;STB=0.502361;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0219221;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:76:78:45:45:0.365854:16:29:49:27:16:29:50:28 chr10 90585819 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.029415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.02;QD=21.63;RBI=0.0433973;REFB=-0.0113647;REVB=-0.0319074;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780665;STB=0.55169;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00847548;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:24:30:30:0.555556:16:14:12:9:16:14:14:10 chr10 90749256 . G A 451.34 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00175746;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.293;QD=20.9925;RBI=0.0230647;REFB=-0.0244493;REVB=0.0229976;RO=36;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00164651;STB=0.513507;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.023378;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:36:42:43:44:0.511628:25:18:15:21:25:19:17:25 chr10 90771829 . T C 446.95 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.10151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8182;QD=52.5818;RBI=0.102086;REFB=-0.119641;REVB=-0.010835;RO=3;SAF=12;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103249;STB=0.535692;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0122946;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:3:2:31:32:0.941176:19:12:3:0:19:13:2:0 chr10 90966546 . C T 112.77 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0638458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7923;QD=17.349;RBI=0.0869313;REFB=-0.0120928;REVB=-0.058998;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136262;STB=0.638067;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0435263;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:13:13:13:0.5:3:10:7:4:3:10:7:6 chr10 90966996 . C G 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0572303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2852;QD=14.6672;RBI=0.0572312;REFB=-0.0334812;REVB=0.000319362;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125692;STB=0.57137;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0308795;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:12:20:12:12:12:20 chr10 91066460 . T A 1015.16 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113916;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.987;QD=59.7152;RBI=0.0114625;REFB=0;REVB=0.00127293;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67829e-05;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr10 91066769 . C A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.09;QD=60.5466;RBI=0.0225812;REFB=0;REVB=-0.0207126;RO=0;SAF=54;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30837e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:21:54:0:0:21:54:0:0 chr10 91067595 . C G 2141.06 PASS AF=1;AO=116;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.93;QD=62.9723;RBI=0.0291256;REFB=0;REVB=-0.00767189;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128583;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:116:136:1:62:54:0:0:64:72:0:0 chr10 91099943 . C G 1189.11 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.323;QD=60.9798;RBI=0.0289002;REFB=0;REVB=0.0228662;RO=0;SAF=54;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72212e-05;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:21:54:0:0:22:56:0:0 chr10 91100068 . C A 189.69 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00903839;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.41;QD=19.4555;RBI=0.00934611;REFB=0.00883311;REVB=-0.0023785;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204864;STB=0.61588;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0104639;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:7:13:8:11:7:13 chr10 91143529 . T A 1391.21 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00995348;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.817;QD=61.8314;RBI=0.0287536;REFB=-0.113014;REVB=0.0269759;RO=1;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977167;STB=0.505153;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00042421;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:41:48:1:0:41:48:1:0 chr10 91162182 . C T 290.66 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0261797;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0275;QD=13.2119;RBI=0.0372375;REFB=-0.0270779;REVB=-0.0264812;RO=54;SAF=14;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959349;STB=0.554771;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0416691;OID=.;OPOS=91162182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:54:54:34:34:0.386364:20:14:27:27:20:14:27:27 chr10 91162497 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492182;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=285.975;QD=59.8394;RBI=0.00518781;REFB=0;REVB=0.00163983;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36751e-06;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr10 91162677 . C T 259.02 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00680107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3602;QD=24.0949;RBI=0.0795092;REFB=-0.0134608;REVB=-0.0792178;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298626;STB=0.51662;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.017408;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:8:11:13:11:8:11 chr10 91172555 . AAG A,AA 127.35 PASS AF=0.047619,0.619048;AO=5,8;DP=21;FAO=1,13;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4;FSAR=1,9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0156675,0.0193499;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=222.366,230.285;QD=24.2573;RBI=0.0168842,0.0209015;REFB=-0.0338923,-0.0287477;REVB=-0.00629328,-0.00790276;RO=7;SAF=3,0;SAR=2,8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0274957,-0.793549;STB=0.990125,0.59984;STBP=0.485,0.291;TYPE=del,del;VARB=0.00329335,0.032914;OID=.,.;OPOS=91172556,91172557;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.047619,0.619048:5,8:21:1,13:21:7:0,4:1,9:4:3:47:7:3,0:2,8:4:3 chr10 91178000 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.668;QD=60.6095;RBI=0.0132022;REFB=0;REVB=-0.0116488;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66727e-05;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr10 91222287 . A C 556.77 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0111571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2084;QD=20.2461;RBI=0.044972;REFB=0.00883709;REVB=-0.043566;RO=53;SAF=26;SAR=31;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291797;STB=0.501607;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0106929;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:31:26:24:29:31:26:24:29 chr10 91343930 . TTA T,TT,TTT 92.95 PASS AF=0.441176,0,0;AO=7,4,3;DP=37;FAO=15,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=2,0,0;FSAR=13,0,0;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.104839,-0.204383,-0.110029;FXX=0.0810592;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=19.7884,10.455,11.2046;QD=10.9347;RBI=0.105518,0.221739,0.138525;REFB=0.0218487,0.055311,0.0366803;REVB=-0.0119453,-0.0859984,-0.0841595;RO=16;SAF=0,1,0;SAR=7,3,3;SRF=2;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.679076,0.231878,-0.508852;STB=0.528416,0.5,0.5;STBP=0.871,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.026217,-0.0426659,0;OID=.,.,.;OPOS=91343931,91343932,91343932;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0,0:7,4,3:37:15,0,0:34:19:2,0,0:13,0,0:3:16:89:16:0,1,0:7,3,3:2:14 chr10 91352966 . G A 2634.89 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6651;QD=61.9974;RBI=0.0555038;REFB=0;REVB=0.0220517;RO=0;SAF=87;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20588e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:83:87:0:0:83:87:0:0 chr10 91468925 . C G 302.21 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.020452;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.797;QD=29.4835;RBI=0.0231789;REFB=-0.00727535;REVB=0.0109077;RO=13;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845316;STB=0.559642;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00525895;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:13:15:25:26:0.634146:14:11:4:9:15:11:4:11 chr10 91487649 . A T 299.85 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0472602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0488;QD=14.1103;RBI=0.0472625;REFB=-0.0131538;REVB=0.000464304;RO=51;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236204;STB=0.634102;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0234891;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:13:21:20:31:13:21:20:31 chr10 91488979 . A T 281.83 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0170216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.198;QD=17.0806;RBI=0.0183092;REFB=-0.0117603;REVB=0.00674481;RO=35;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233349;STB=0.636672;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0111734;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:22:8:17:18:23:8:17:18 chr10 91498127 . T C 227.83 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0329851;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.098;QD=15.9878;RBI=0.0436636;REFB=0.00355914;REVB=0.0286093;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980875;STB=0.564467;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00503862;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:25:26:0.45614:12:13:13:18:12:14:13:18 chr10 91738556 . C A 1700.53 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00801876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8392;QD=58.6388;RBI=0.010194;REFB=0.0497162;REVB=0.00629421;RO=1;SAF=65;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724945;STB=0.507574;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00667859;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:1:2:113:114:0.982759:48:65:1:0:49:65:2:0 chr10 91923501 . G A 1644.72 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011108;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.299;QD=60.3567;RBI=0.013751;REFB=0;REVB=-0.0081057;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40037e-06;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr10 92639866 . T C 62.74 PASS AF=0.13;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0947893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2274;QD=2.50968;RBI=0.0963365;REFB=-0.014872;REVB=0.0171964;RO=86;SAF=1;SAR=12;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604236;STB=0.922426;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0805265;OID=.;OPOS=92639866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:99:100:86:87:13:13:0.13:12:1:49:37:12:1:49:38 chr10 92639873 . T C 75.79 PASS AF=0.145631;AO=15;DP=103;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00455679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8155;QD=2.94337;RBI=0.0213943;REFB=-0.00972859;REVB=0.0209034;RO=85;SAF=1;SAR=14;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638596;STB=0.931534;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0737929;OID=.;OPOS=92639873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:103:103:85:88:15:15:0.145631:14:1:49:36:14:1:50:38 chr10 93608142 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00741529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.538;QD=13.8995;RBI=0.0109959;REFB=0.000644765;REVB=0.00811929;RO=34;SAF=18;SAR=6;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198524;STB=0.511354;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00106702;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:6:18:25:9:6:18:25:9 chr10 93667635 . C T 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.33;QD=56.6223;RBI=0.0463871;REFB=0.00124937;REVB=0.0234467;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=8.54425e-05;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:26:37:0:1:26:37:0:1 chr10 93808774 . AT A 30.79 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.181663;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.40744;QD=8.2108;RBI=0.225537;REFB=-0.112496;REVB=0.133663;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=0.150367;OID=.;OPOS=93808775;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:6:15:8:15:7:3:5:2:5:25:8:2:4:2:6 chr10 93841227 . A G 989.82 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.775;QD=57.3809;RBI=0.163682;REFB=0;REVB=0.0240816;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103823;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:69:0:0:64:69:1:30:34:0:0:30:39:0:0 chr10 94594565 . G A 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0580223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0435;QD=12.5662;RBI=0.0629697;REFB=0.000725749;REVB=0.0244662;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048122;STB=0.527653;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00183901;OID=.;OPOS=94594565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:19:21:12:13:19:21 chr10 94695617 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.528;QD=57.7099;RBI=0.0411635;REFB=0;REVB=0.0410779;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3448e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr10 95072906 . T C 1821.95 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.487;QD=61.2421;RBI=0.0112703;REFB=0;REVB=0.0041416;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77576e-06;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:61:58:0:0:61:58:0:0 chr10 95168634 . A G 542.74 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0225158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0679;QD=18.398;RBI=0.0248041;REFB=-0.0266669;REVB=-0.010406;RO=61;SAF=37;SAR=19;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555466;STB=0.523801;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0206124;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:56:57:0.483051:19:37:37:24:20:37:37:24 chr10 95237963 . A G 1618.97 PASS AF=0.949153;AO=112;DP=118;FAO=112;FDP=118;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0111417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5496;QD=54.8805;RBI=0.0118967;REFB=-0.0326166;REVB=0.00417064;RO=5;SAF=18;SAR=94;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245848;STB=0.515461;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0152087;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:118:118:5:6:112:112:0.949153:94:18:0:5:94:18:0:6 chr10 95259979 . C G 465.12 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9324;QD=58.1393;RBI=0.0424511;REFB=0;REVB=-0.0383302;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111677;OID=.;OPOS=95259979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr10 95262981 . A G 792.07 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0484986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3452;QD=53.6993;RBI=0.124707;REFB=-0.139549;REVB=0.11489;RO=2;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767061;STB=0.504069;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00450133;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:57:57:0.966102:22:35:1:1:22:35:1:1 chr10 95279506 . A T 277.9 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.013563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.113;QD=13.7233;RBI=0.0196732;REFB=-0.00379932;REVB=0.0142507;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869764;STB=0.549463;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00588488;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:15:17:30:19:15:17:30:19 chr10 95279653 . A G 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.986;QD=62.0129;RBI=0.0560582;REFB=0;REVB=0.00972459;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423296;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr10 95326676 . C T 206.53 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.026668;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.134;QD=22.9472;RBI=0.0585144;REFB=-0.0320531;REVB=-0.0520841;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276654;STB=0.656083;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0227472;OID=.;OPOS=95326676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:5:15:7:9:5:15:7:9 chr10 95381773 . T A 1083.87 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162405;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.787;QD=60.2152;RBI=0.0310616;REFB=0;REVB=0.0264777;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25402e-05;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr10 95389041 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.795;QD=60.204;RBI=0.030883;REFB=0;REVB=-0.0253107;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8554e-05;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr10 95389083 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.061;QD=58.9626;RBI=0.0151629;REFB=0;REVB=0.00147807;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06214e-05;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr10 95395364 . C G 362.11 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0150356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.982;QD=23.3619;RBI=0.0593082;REFB=-0.0186261;REVB=0.0573707;RO=24;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310345;STB=0.502761;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0136245;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:26:36:36:0.580645:15:21:13:11:15:21:15:11 chr10 95431668 . A G 223.97 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=82;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00971615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.35;QD=10.6652;RBI=0.0145954;REFB=-0.000922063;REVB=0.0108914;RO=55;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370491;STB=0.54883;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0111279;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:55:56:26:28:0.333333:11:15:30:25:11:17:30:26 chr10 95433124 . A G 164.1 PASS AF=0.309859;AO=21;DP=70;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=0.0235454;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.198;QD=9.24519;RBI=0.0235856;REFB=-0.013942;REVB=0.00137531;RO=49;SAF=2;SAR=19;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329541;STB=0.629004;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0359358;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:49:21:22:0.309859:19:2:12:37:19:3:12:37 chr10 95454681 . G C 347.64 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0170631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.802;QD=19.8653;RBI=0.0201762;REFB=-0.0352783;REVB=-0.0107671;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103;STB=0.547238;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0199065;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:21:15:10:23:21:15:11:23 chr10 95458141 . A G 270.36 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0100272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.124;QD=14.4194;RBI=0.0100456;REFB=-0.010515;REVB=0.000608706;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461472;STB=0.50946;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.012135;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:44:31:31:0.413333:15:16:22:21:15:16:22:22 chr10 95459817 . C T 546.97 PASS AF=0.406452;AO=63;DP=155;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0111928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0747;QD=14.1155;RBI=0.026513;REFB=-0.0112025;REVB=-0.0240346;RO=92;SAF=37;SAR=26;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932159;STB=0.552451;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.019486;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:92:92:63:63:0.406452:26:37:46:46:26:37:46:46 chr10 95552653 . T C 748.83 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000838245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8899;QD=51.6433;RBI=0.050598;REFB=-0.250687;REVB=0.0505911;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.528292;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0151838;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:1:3:55:55:0.948276:25:30:0:1:25:30:0:3 chr10 95791613 . T C 663.58 PASS AF=0.655172;AO=57;DP=87;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0146136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.519;QD=30.5093;RBI=0.028453;REFB=-0.0180642;REVB=0.0244135;RO=30;SAF=29;SAR=28;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00558405;STB=0.503024;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0109217;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:30:30:57:57:0.655172:28:29:15:15:28:29:15:15 chr10 95791763 . G A 294.39 PASS AF=0.361702;AO=33;DP=93;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00583512;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.322;QD=12.5272;RBI=0.00780498;REFB=-0.00395069;REVB=-0.00518354;RO=60;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194965;STB=0.600314;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00677845;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:60:60:33:34:0.361702:14:19:24:36:15:19:24:36 chr10 96039597 . G C 195.51 PASS AF=0.27551;AO=25;DP=96;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.0166355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.838;QD=7.9798;RBI=0.0166677;REFB=-0.000178519;REVB=-0.00103562;RO=71;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810458;STB=0.525433;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000681193;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:71:71:25:27:0.27551:15:10:24:47:17:10:24:47 chr10 96163039 . C G 45.34 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.00343205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0405;QD=8.24397;RBI=0.00343205;REFB=0.0288816;REVB=0;RO=15;SAF=7;SAR=0;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0559168;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:0:7:15:0:0:7:15:0 chr10 96305729 . T C 182.64 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.034874;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.8536;QD=14.3247;RBI=0.0350278;REFB=-0.000211097;REVB=-0.00327966;RO=30;SAF=18;SAR=3;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364873;STB=0.714046;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00140096;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:3:18:18:12:3:18:18:12 chr10 96313960 . A C 425.98 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00985141;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.328;QD=13.8529;RBI=0.0108896;REFB=-0.00561711;REVB=-0.0046403;RO=74;SAF=22;SAR=27;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324656;STB=0.518337;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0128201;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:74:74:49:49:0.398374:27:22:31:43:27:22:31:43 chr10 96493058 . C T 244.81 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0188754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7927;QD=15.5436;RBI=0.0878345;REFB=-0.00784322;REVB=-0.0857824;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232974;STB=0.609788;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0101704;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:27:28:0.444444:11:16:12:22:12:16:13:22 chr10 96541616 . G A 335.27 PASS AF=0.376812;AO=24;DP=73;FAO=26;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0154016;FXX=0.054787;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.973;QD=19.4358;RBI=0.0457743;REFB=-0.0241199;REVB=-0.0431054;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377514;STB=0.671113;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0337092;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:69:25:29:24:26:0.376812:13:11:22:3:14:12:23:6 chr10 96602622 . C T 556.63 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0115908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.567;QD=22.7194;RBI=0.0154568;REFB=-0.00600591;REVB=0.0102258;RO=44;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15625;STB=0.583434;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00493509;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:44:46:52:52:0.530612:25:27:31:13:25:27:32:14 chr10 96827178 . T C 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00159164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.456;QD=18.1913;RBI=0.00585168;REFB=-0.0146281;REVB=0.00563106;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443835;STB=0.52474;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0157112;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:16:24:29:16:16:24:29:16 chr10 97072008 . T C 753.93 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00967415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3356;QD=61.5451;RBI=0.0540522;REFB=-0.115906;REVB=0.0531794;RO=1;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026866;STB=0.51428;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00131583;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:17:31:0:1:17:31:0:1 chr10 97106165 . T C 422.19 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00621886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.566;QD=20.8487;RBI=0.0159343;REFB=-0.00479968;REVB=0.0146706;RO=39;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763682;STB=0.542233;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00523853;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:20:22:17:22:20:22:17:22 chr10 97116219 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0171205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4923;QD=16.8738;RBI=0.091977;REFB=-0.00539369;REVB=0.0903696;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229947;STB=0.630313;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00991026;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:19:7:10:10:19:7 chr10 97127462 . C A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00176801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.077;QD=14.0975;RBI=0.0119652;REFB=-0.00743656;REVB=-0.0118339;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00944293;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:10:8:7:6:10:8 chr10 97141487 . G A 508.56 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00932324;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.527;QD=20.1411;RBI=0.00991358;REFB=-0.00540151;REVB=-0.00336989;RO=49;SAF=40;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267169;STB=0.648587;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00883741;OID=.;OPOS=97141487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:49:49:52:52:0.514851:12:40:25:24:12:40:25:24 chr10 97174352 . T C 620.74 PASS AF=0.642857;AO=54;DP=84;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00863766;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.646;QD=29.5589;RBI=0.00892408;REFB=-0.0146632;REVB=-0.00224276;RO=30;SAF=22;SAR=32;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505201;STB=0.502741;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00850947;OID=.;OPOS=97174352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:30:54:54:0.642857:32:22:12:18:32:22:12:18 chr10 97174537 . C A 787.49 PASS AF=0.540146;AO=69;DP=136;FAO=74;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0104325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.69;QD=22.9925;RBI=0.0464941;REFB=-0.0492658;REVB=-0.0453085;RO=31;SAF=42;SAR=27;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123256;STB=0.574752;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0320224;OID=.;OPOS=97174537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:31:62:69:74:0.540146:27:42:25:6:32:42:25:37 chr10 97192324 . A G 2654.71 PASS AF=0.988636;AO=173;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0242668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1046;QD=60.3342;RBI=0.0369367;REFB=-0.108965;REVB=0.0278467;RO=1;SAF=86;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132375;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:176:1:2:173:174:0.988636:87:86:1:0:87:87:1:1 chr10 97447373 . A T 3088.34 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.748;QD=63.0273;RBI=0.0686657;REFB=-0.0919143;REVB=0.0666036;RO=0;SAF=108;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000180735;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:0:1:195:195:0.994898:87:108:0:0:87:108:0:1 chr10 97607266 . G A 730.81 PASS AF=0.475309;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0226426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.251;QD=18.0446;RBI=0.0237916;REFB=-0.0230987;REVB=0.00730443;RO=74;SAF=46;SAR=31;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352476;STB=0.524016;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0186055;OID=.;OPOS=97607266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:74:85:77:77:0.475309:31:46:47:27:31:46:47:38 chr10 97698370 . C T 411.17 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.000169399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.142;QD=18.4796;RBI=0.00814421;REFB=-0.00481964;REVB=-0.00814245;RO=46;SAF=15;SAR=26;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306722;STB=0.678096;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00418058;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:47:41:42:0.47191:26:15:32:14:27:15:33:14 chr10 97817650 . G T 1197.4 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016123;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.742;QD=61.4049;RBI=0.0757147;REFB=0;REVB=0.0739781;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023343;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:52:26:0:0:52:26:0:0 chr10 97920062 . G A 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0273519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.88;QD=56.5627;RBI=0.0289355;REFB=0.0828256;REVB=0.00944139;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00025354;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:70:70:0.972222:32:38:0:0:32:38:2:0 chr10 97920099 . T TC 762.14 PASS AF=1;AO=64;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0167;QD=44.8315;RBI=0.125344;REFB=0;REVB=0.12526;RO=2;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00232201;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:68:68:68:0:34:34:0:0:14:2:32:32:0:2 chr10 97987163 . C CG 34.63 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.18423;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.3142;QD=7.69616;RBI=0.188899;REFB=-0.00593592;REVB=0.0417358;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496201;STB=0.799199;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=0.00730792;OID=.;OPOS=97987164;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:18:6:18:12:4:2:2:10:34:12:4:2:2:10 chr10 97990583 . A G 249.66 PASS AF=0.510638;AO=17;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0555178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.142;QD=21.2477;RBI=0.076301;REFB=-0.0481545;REVB=0.0523414;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130319;STB=0.575693;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.056286;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:17:24:0.510638:11:6:11:12:16:8:11:12 chr10 98078127 . C T 1132.62 PASS AF=0.909091;AO=79;DP=87;FAO=80;FDP=88;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00754919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2308;QD=51.4829;RBI=0.0189893;REFB=-0.169143;REVB=0.0174242;RO=8;SAF=42;SAR=37;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704841;STB=0.524994;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0054531;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:87:88:8:8:79:80:0.909091:37:42:1:7:38:42:2:6 chr10 98078239 . A G 1227.07 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9504;QD=61.3536;RBI=0.0421699;REFB=0;REVB=0.0261718;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442403;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr10 98287261 . G C 189.67 PASS AF=0.42;AO=22;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000679068;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.069;QD=15.1732;RBI=0.000701137;REFB=-0.0207955;REVB=0.000174529;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.576852;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.02437;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:29:22:21:0.42:10:12:18:10:10:11:19:10 chr10 98287792 . G T 281.41 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00470613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.147;QD=17.0554;RBI=0.0840686;REFB=-0.013063;REVB=-0.0839367;RO=33;SAF=26;SAR=5;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163978;STB=0.604576;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0126168;OID=.;OPOS=98287792;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:33:35:31:31:0.469697:5:26:24:9:5:26:25:10 chr10 98353421 . A G 533.13 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00360631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.658;QD=18.5438;RBI=0.00672317;REFB=-0.0117373;REVB=-0.00567411;RO=58;SAF=36;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152199;STB=0.580616;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00906439;OID=.;OPOS=98353421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:59:56:56:0.486957:20:36:28:30:20:36:29:30 chr10 98354373 . T C 153.91 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0296075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1051;QD=11.6161;RBI=0.0310435;REFB=-0.0126619;REVB=0.0093323;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358815;STB=0.520936;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0180151;OID=.;OPOS=98354373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:15:19:10:9:15:19 chr10 98369536 . A G 185.68 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.000428599;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.646;QD=18.5683;RBI=0.0650257;REFB=-0.00255572;REVB=-0.0650243;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372972;STB=0.714041;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0066399;OID=.;OPOS=98369536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:15:4:12:9:15:4:12:9 chr10 98380277 . C T 148.58 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0136759;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2674;QD=11.6535;RBI=0.0137595;REFB=0.0141478;REVB=-0.00151481;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370184;STB=0.51326;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0151899;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:33:18:18:0.352941:8:10:20:14:8:10:19:14 chr10 98386558 . G A 1695.8 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0191317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6859;QD=59.5018;RBI=0.0288563;REFB=-0.0805624;REVB=-0.0216024;RO=2;SAF=64;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146039;STB=0.503816;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00055136;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:2:1:111:113:0.991228:47:64:2:0:48:65:1:0 chr10 98741293 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0232286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.581;QD=17.1667;RBI=0.0253607;REFB=-0.0141537;REVB=-0.0101784;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110572;STB=0.562101;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0195157;OID=.;OPOS=98741293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:15:17:12:17:15:17 chr10 98742021 . C T 954.05 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0103774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4475;QD=54.517;RBI=0.0308388;REFB=0.0695489;REVB=0.0290403;RO=3;SAF=41;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00466642;STB=0.502471;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00288997;OID=.;OPOS=98742021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:26:41:2:1:26:41:2:1 chr10 98742605 . C T 937.56 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.133;QD=58.5976;RBI=0.0121486;REFB=0;REVB=0.0105988;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60462e-05;OID=.;OPOS=98742605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:29:33:0:0:29:35:0:0 chr10 98762051 . T G 200.51 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00349766;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.473;QD=21.1066;RBI=0.00994771;REFB=-0.0331672;REVB=0.00931254;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130094;STB=0.583704;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0209634;OID=.;OPOS=98762051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:11:8:5:13:11:9:5:13 chr10 98808866 . C G 923.98 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043512;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.573;QD=58.6651;RBI=0.0481772;REFB=0;REVB=0.0206821;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4059e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:31:29:0:0:31:32:0:0 chr10 98819317 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.576;QD=62.6682;RBI=0.0367124;REFB=0;REVB=0.00757282;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27825e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:32:11:0:0:33:11:0:0 chr10 98901433 . C T 3739.82 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136676;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4893;QD=63.3868;RBI=0.0136923;REFB=0;REVB=-0.00082259;RO=0;SAF=145;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168169;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:236:0:0:234:236:1:89:145:0:0:90:146:0:0 chr10 99019177 . A G 1380.88 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547306;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.417;QD=62.7672;RBI=0.0392488;REFB=0;REVB=0.0388653;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2298e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr10 99080246 . CTTT CTT,CTTG 1248.57 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=86,5;DP=100;FAO=96,3;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58,2;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659997,0.00992102;FXX=0.009999;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.7392,6.02103;QD=50.4471;RBI=0.094547,0.11461;REFB=0,0;REVB=0.0676991,0.11418;RO=1;SAF=54,4;SAR=32,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00869391,-0.0951258;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00157009,0.00273215;OID=.,.;OPOS=99080247,99080249;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.969697,0.030303:86,5:100:96,3:99:0:58,2:38,1:0:0:5:1:54,4:32,1:1:0 chr10 99080585 . C T 112.75 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.049035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.666;QD=28.1876;RBI=0.055472;REFB=0.00418299;REVB=-0.0259367;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148484;STB=0.583194;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00164071;OID=.;OPOS=99080585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:7:5:3:1:7:5:3:1 chr10 99118378 . T G 380.79 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0159994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.679;QD=19.5277;RBI=0.0202733;REFB=-0.0110704;REVB=-0.0124509;RO=39;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921083;STB=0.551155;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0140444;OID=.;OPOS=99118378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:21:18:22:17:21:18:22:17 chr10 99125949 . C T 335.53 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0252856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.609;QD=12.3131;RBI=0.0343984;REFB=-0.0159645;REVB=-0.0233214;RO=65;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130151;STB=0.559293;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0269085;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:68:41:41:0.376147:19:22:27:38:19:22:30:38 chr10 99129230 . T C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00674898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.774;QD=12.0236;RBI=0.0445771;REFB=-0.0175985;REVB=-0.0440632;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402508;STB=0.523771;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0344149;OID=.;OPOS=99129230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:14:6:4:8:14:6 chr10 99139140 . G A 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0250897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1025;QD=13.911;RBI=0.0269551;REFB=-0.0129216;REVB=0.00985304;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962466;STB=0.555501;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0362189;OID=.;OPOS=99139140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:18:13:7:14:18:13 chr10 99160965 . A G 753.49 PASS AF=1;AO=43;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0998243;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4931;QD=56.8668;RBI=0.163013;REFB=0;REVB=-0.128874;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339598;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:43:53:1:17:26:0:0:20:33:0:0 chr10 99179206 . C T 113.11 PASS AF=0.297872;AO=15;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.164632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.1873;QD=9.62654;RBI=0.167514;REFB=-0.0168116;REVB=-0.0309402;RO=25;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306666;STB=0.712981;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0874921;OID=.;OPOS=99179206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:33:15:14:0.297872:3:12:14:11:3:11:17:16 chr10 99205731 . A G 376.05 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00162117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.972;QD=18.5706;RBI=0.0144893;REFB=-0.0230135;REVB=0.0143983;RO=41;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584822;STB=0.532303;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0251837;OID=.;OPOS=99205731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:42:38:39:0.481481:18:20:19:22:18:21:20:22 chr10 99219885 . G A 980.01 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373744;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.953;QD=57.6477;RBI=0.0412765;REFB=-0.125499;REVB=-0.0175187;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000529314;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:34:33:0:0:34:33:1:0 chr10 99229489 . G A 177.3 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0644166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4652;QD=14.473;RBI=0.0694254;REFB=-0.0120319;REVB=-0.0258921;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173955;STB=0.576843;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0324221;OID=.;OPOS=99229489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:30:19:19:0.387755:9:10:10:18:9:10:12:18 chr10 99240048 . C T 1115.26 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0898264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.336;QD=54.4031;RBI=0.0924369;REFB=-0.148785;REVB=0.0218127;RO=2;SAF=32;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286589;STB=0.536222;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00137877;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:82:2:5:77:77:0.939024:45:32:2:0:45:32:5:0 chr10 99240758 . G C 2370.41 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.461;QD=64.0651;RBI=0.0274978;REFB=0;REVB=0.0216151;RO=0;SAF=69;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.726e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:79:69:0:0:79:69:0:0 chr10 99337572 . G A 480.65 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00466304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.732;QD=20.2377;RBI=0.00555169;REFB=-0.0241394;REVB=-0.00301286;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191999;STB=0.505374;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.021519;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:48:47:47:0.494737:24:23:24:23:24:23:24:24 chr10 99350017 . G C 194.31 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0214364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.066;QD=24.2892;RBI=0.0364647;REFB=-0.0124416;REVB=0.0294984;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127572;STB=0.571352;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00823118;OID=.;OPOS=99350017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:6:7:7:12:6:7 chr10 99350128 . A G 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0352722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.761;QD=17.9389;RBI=0.0366952;REFB=-0.008881;REVB=0.01012;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110079;STB=0.562594;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0105046;OID=.;OPOS=99350128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:13:9:10:9:13:9 chr10 99358901 . G A 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0456903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9056;QD=20.0184;RBI=0.0501192;REFB=-0.0274879;REVB=0.0205992;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187803;STB=0.510626;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.03098;OID=.;OPOS=99358901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:6:12:11:6:6:12:11:6 chr10 99376092 . T C 323.01 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.104166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4544;QD=12.7926;RBI=0.105067;REFB=-0.00351215;REVB=0.0137344;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141764;STB=0.581315;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00404092;OID=.;OPOS=99376092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:61:63:38:38:0.376238:15:23:29:32:15:23:30:33 chr10 99376152 . A G 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00577729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.176;QD=14.8963;RBI=0.0119673;REFB=-0.0113481;REVB=-0.0104804;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314327;STB=0.518111;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0140632;OID=.;OPOS=99376152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:44:32:32:0.421053:15:17:21:21:15:17:22:22 chr10 99393234 . G A 484.74 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0111925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.639;QD=19.1977;RBI=0.0113257;REFB=-0.0239746;REVB=-0.00173139;RO=49;SAF=30;SAR=20;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500741;STB=0.52499;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0187109;OID=.;OPOS=99393234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:51:50:50:0.49505:20:30:32:17:20:30:33:18 chr10 99410790 . T C 255.14 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=41;FWDB=0.0255299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2601;QD=12.4457;RBI=0.0402367;REFB=-0.020641;REVB=0.0311002;RO=50;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332649;STB=0.696625;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0342779;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:30:31:0.378049:15:15:10:40:15:16:10:41 chr10 99422648 . A G 117.51 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0742625;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5128;QD=17.4084;RBI=0.0941178;REFB=-0.0039908;REVB=0.0578207;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.515128;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0106069;OID=.;OPOS=99422648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:11:14:13:13:0.481481:5:8:8:3:5:8:9:5 chr10 99439454 . G T 389.9 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0314912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.607;QD=16.4168;RBI=0.0321687;REFB=-0.0198318;REVB=-0.00656761;RO=54;SAF=12;SAR=29;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169581;STB=0.595841;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0264559;OID=.;OPOS=99439454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:29:12:24:30:29:12:24:30 chr10 99439541 . G C 263.54 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0433677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4086;QD=17.5691;RBI=0.0580682;REFB=0.0260735;REVB=0.0386155;RO=31;SAF=6;SAR=23;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333993;STB=0.689229;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0289135;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:23:6:16:15:23:6:16:15 chr10 99473728 . GC G,GG 220.82 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,15;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264558,0.0173523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=276.472,288.628;QD=49.072;RBI=0.0532054,0.0425709;REFB=0,0;REVB=0.0461617,0.0388739;RO=0;SAF=2,11;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0953717,-0.00156781;OID=.,.;OPOS=99473729,99473729;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:3,15:18:1,17:18:0:1,12:0,5:0:0:4:0:2,11:1,4:0:0 chr10 99498234 . G A 475.05 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.046172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0519;QD=24.3616;RBI=0.0503081;REFB=-0.021926;REVB=-0.0199761;RO=33;SAF=29;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449074;STB=0.524579;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.016144;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:16:29:23:10:16:29:23:10 chr10 99504630 . G T 107.39 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0361162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5566;QD=12.6337;RBI=0.0424303;REFB=0.000169505;REVB=0.02227;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380893;STB=0.720725;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00263051;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:16:5:8:5:16:5 chr10 99991408 . A G 1872.07 PASS AF=1;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330964;FXX=0.0319974;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.105;QD=61.8867;RBI=0.0340525;REFB=0;REVB=0.00801235;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27126e-05;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:121:0:0:121:121:1:55:66:0:0:55:66:0:0 chr10 100017453 . T G 249.29 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00154301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.604;QD=23.742;RBI=0.0448188;REFB=-0.0213459;REVB=-0.0447923;RO=18;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159514;STB=0.58851;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0142193;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:11:13:6:12:11:13:6:12 chr10 100017532 . G A 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0153861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8604;QD=16.5614;RBI=0.0191054;REFB=-0.00504926;REVB=-0.0113262;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506952;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00628882;OID=.;OPOS=100017532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:31:27:27:0.465517:12:15:14:14:12:15:17:14 chr10 100018844 . G A 1471.75 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4558;QD=63.3011;RBI=0.0510319;REFB=0;REVB=0.0501943;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341504;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr10 100144782 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0338269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.778;QD=19.8491;RBI=0.0370289;REFB=-0.0051116;REVB=-0.0150625;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124619;STB=0.571326;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00418318;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:3:12:9:4:3:12:9:4 chr10 100147060 . A G 1206.08 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.607;QD=59.5597;RBI=0.0198362;REFB=-0.0108768;REVB=-0.0151808;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458878;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:81:0:0:79:81:1:36:43:0:0:37:44:0:0 chr10 100148176 . A G 635.78 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276459;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.702;QD=62.027;RBI=0.0284714;REFB=0;REVB=-0.0068062;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122584;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr10 100167396 . G A 139.6 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00483302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.738;QD=7.64921;RBI=0.0390878;REFB=0.00384263;REVB=0.0387878;RO=53;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132679;STB=0.58003;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0111997;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:12:8:27:26:12:8:27:26 chr10 100184062 . CC AG 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0265083;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=184.886;QD=14.7663;RBI=0.0278312;REFB=-0.00596198;REVB=0.00847853;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785118;STB=0.544519;STBP=0.562;TYPE=mnp;VARB=0.00698452;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:21:12:11:14:21:12 chr10 100190920 . G A 303.0 PASS AF=0.414634;AO=32;DP=80;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0105331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2729;QD=14.7804;RBI=0.0630983;REFB=-0.0267654;REVB=0.0622129;RO=48;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19209;STB=0.601121;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0536078;OID=.;OPOS=100190920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:48:48:32:34:0.414634:11:21:23:25:12:22:23:25 chr10 100219314 . G A 456.36 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0182361;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.249;QD=13.9347;RBI=0.0233911;REFB=-0.0137656;REVB=0.0146488;RO=79;SAF=25;SAR=27;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135023;STB=0.576119;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0198295;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:79:52:52:0.396947:27:25:48:31:27:25:48:31 chr10 100219374 . T A 271.27 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=102;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.000843478;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.439;QD=10.047;RBI=0.0137229;REFB=-0.00742099;REVB=0.013697;RO=69;SAF=16;SAR=13;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872864;STB=0.546655;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.018178;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:69:72:29:36:0.333333:13:16:43:26:17:19:43:29 chr10 100453722 . A AAAAAAGATAT 71.0 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=37;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00226401;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=10;MLLD=279.654;QD=8.11473;RBI=0.032465;REFB=-0.00610098;REVB=-0.0323859;RO=29;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177514;STB=0.726706;STBP=0.207;TYPE=ins;VARB=0.017591;OID=.;OPOS=100453723;OREF=-;OALT=AAAAAGATAT;OMAPALT=AAAAAAGATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:8:37:10:35:25:9:1:18:7:71:29:7:1:23:6 chr10 101090428 . T G 992.5 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0585999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.539;QD=57.536;RBI=0.0586874;REFB=-0.016964;REVB=-0.00320374;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150024;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00155576;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:31:37:0:1:31:37:0:1 chr10 101293035 . C A 482.62 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0439158;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4386;QD=20.321;RBI=0.0486979;REFB=-0.0312124;REVB=-0.021045;RO=48;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473433;STB=0.526234;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0362615;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:48:47:47:0.494737:24:23:21:27:24:23:21:27 chr10 101295863 . A G 312.09 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0179206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.349;QD=16.8696;RBI=0.0319435;REFB=-0.016855;REVB=0.0264432;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167268;STB=0.593169;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0133182;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:14:20:30:10:14:20:30:10 chr10 101445591 . A C 641.44 PASS AF=0.485294;AO=64;DP=134;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0149472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.75;QD=18.8659;RBI=0.0172269;REFB=-0.0129291;REVB=-0.0085643;RO=70;SAF=29;SAR=35;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151105;STB=0.574003;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0119935;OID=.;OPOS=101445591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:70:70:64:66:0.485294:35:29:43:27:35:31:43:27 chr10 101451259 . T C 367.91 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00311258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2967;QD=17.3137;RBI=0.0436672;REFB=-0.0153461;REVB=0.0435562;RO=46;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131361;STB=0.56555;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.01467;OID=.;OPOS=101451259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:46:38:39:0.458824:20:18:28:18:20:19:28:18 chr10 101473218 . A G 72.28 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0447687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8935;QD=8.50296;RBI=0.0710031;REFB=-0.00462579;REVB=-0.0551108;RO=24;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409242;STB=0.763491;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0105054;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:1:9:16:8:1:9:16:8 chr10 101478249 . C T 288.05 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0196599;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.456;QD=18.8883;RBI=0.0198529;REFB=0.00389669;REVB=-0.00276148;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645969;STB=0.55788;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00173715;OID=.;OPOS=101478249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:30:30:31:0.508197:16:14:11:17:16:15:11:19 chr10 101542578 . C T 177.53 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0352705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.111;QD=14.492;RBI=0.0404284;REFB=-0.000101579;REVB=-0.0197597;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349529;STB=0.709869;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000327163;OID=.;OPOS=101542578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:6:12:10:20:6:13:10:20 chr10 101544447 . A T 2330.61 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.223;QD=63.8524;RBI=0.0325785;REFB=0;REVB=0.00282014;RO=0;SAF=81;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2801e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:64:81:0:0:65:81:0:0 chr10 101604207 . C T 346.13 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0133645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.02;QD=20.3605;RBI=0.0166718;REFB=-0.0183879;REVB=-0.00996692;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571051;STB=0.53883;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0150152;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:30:32:35:36:0.529412:14:21:16:14:14:22:17:15 chr10 101639616 . C T 330.02 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0193667;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.231;QD=15.5304;RBI=0.0195862;REFB=-0.0206411;REVB=-0.00292397;RO=49;SAF=26;SAR=10;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17385;STB=0.598753;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0221435;OID=.;OPOS=101639616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:49:49:36:36:0.423529:10:26:28:21:10:26:28:21 chr10 101639796 . G A 526.3 PASS AF=0.398693;AO=59;DP=152;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=27;FWDB=0.00969768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.574;QD=13.7596;RBI=0.0270493;REFB=-0.0202708;REVB=0.0252512;RO=86;SAF=37;SAR=22;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678683;STB=0.554914;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0327177;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:86:92:59:61:0.398693:22:37:59:27:23:38:65:27 chr10 101639877 . A C 661.86 PASS AF=0.605769;AO=62;DP=103;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=0.00151202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.45;QD=25.4562;RBI=0.00733368;REFB=0.00831837;REVB=0.00717612;RO=41;SAF=35;SAR=27;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203738;STB=0.61194;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00661949;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:41:41:62:63:0.605769:27:35:34:7:28:35:34:7 chr10 101645498 . T C 283.69 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0406279;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.763;QD=15.1301;RBI=0.0413532;REFB=-0.0102199;REVB=-0.00771089;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789799;STB=0.555989;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0101154;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:43:32:32:0.426667:15:17:25:16:15:17:27:16 chr10 101690096 . C T 300.61 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0124255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.269;QD=21.4718;RBI=0.0924382;REFB=-0.0345233;REVB=-0.0915993;RO=25;SAF=22;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101796;STB=0.556553;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0225815;OID=.;OPOS=101690096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:9:22:15:10:9:22:15:10 chr10 101977883 . C T 322.83 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0285501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9398;QD=19.2734;RBI=0.0607006;REFB=-0.0127923;REVB=0.0535672;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703244;STB=0.539061;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00971204;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:15:19:21:12:15:19:21:12 chr10 102005620 . C T 634.53 PASS AF=0.488722;AO=64;DP=132;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0600183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5536;QD=19.0834;RBI=0.0640707;REFB=0.00789433;REVB=-0.0224246;RO=68;SAF=38;SAR=26;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231855;STB=0.509431;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00740427;OID=.;OPOS=102005620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:68:68:64:65:0.488722:26:38:42:26:26:39:42:26 chr10 102016044 . C T 209.21 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00649114;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.255;QD=23.245;RBI=0.0347353;REFB=-0.00813825;REVB=0.0341234;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0127076;OID=.;OPOS=102016044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:10:6:10:10:10:6 chr10 102027365 . T C 176.84 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.023891;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.948;QD=19.1177;RBI=0.0242084;REFB=0.001604;REVB=-0.00390768;RO=19;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171799;STB=0.596061;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00201162;OID=.;OPOS=102027365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:4:14:17:2:4:14:17:2 chr10 102048722 . T C 72.72 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0014492;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8219;QD=8.07954;RBI=0.0410599;REFB=0.0129242;REVB=-0.0410343;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197382;STB=0.638633;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0344595;OID=.;OPOS=102048722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:27:26:10:10:0.277778:5:5:18:9:5:5:18:8 chr10 102056734 . C T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0240892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.377;QD=20.4366;RBI=0.0316517;REFB=0.0360497;REVB=0.0205314;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238972;STB=0.513276;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.015282;OID=.;OPOS=102056734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:12:14:17:13:12:14 chr10 102056745 . C T 356.2 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0190781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.271;QD=21.9197;RBI=0.0459276;REFB=-0.0122173;REVB=0.0417777;RO=29;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948856;STB=0.556918;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00721511;OID=.;OPOS=102056745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:35:36:0.553846:22:13:14:15:23:13:14:15 chr10 102107251 . C G 599.41 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0168456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7172;QD=17.0047;RBI=0.0577865;REFB=-0.00234947;REVB=0.0552767;RO=75;SAF=31;SAR=32;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272896;STB=0.50439;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00319465;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:78:63:63:0.446809:32:31:39:36:32:31:39:39 chr10 102116311 . A C 797.37 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00631886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.433;QD=21.8457;RBI=0.0397402;REFB=-0.00960949;REVB=-0.0392346;RO=70;SAF=46;SAR=30;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056236;STB=0.530893;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0123199;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:70:70:76:76:0.520548:30:46:38:32:30:46:38:32 chr10 102295658 . T G 89.76 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0171991;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=18.686;QD=15.6101;RBI=0.194972;REFB=-0.072755;REVB=0.194212;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.51996;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.032027;OID=.;OPOS=102295658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:23:23:12:11:9:10:0.434783:3:6:7:5:4:6:7:4 chr10 102309220 . G C 314.81 PASS AF=0.378947;AO=32;DP=92;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00365243;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.855;QD=13.2551;RBI=0.0105646;REFB=-0.000264762;REVB=0.00991316;RO=58;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893484;STB=0.539884;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000726943;OID=.;OPOS=102309220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:58:59:32:36:0.378947:14:18:28:30:16:20:29:30 chr10 102313607 . A G 358.41 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=7;FWDB=-0.00771224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.74;QD=17.067;RBI=0.0165541;REFB=-0.000753823;REVB=0.0146479;RO=46;SAF=28;SAR=9;SRF=39;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132553;STB=0.584602;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000653761;OID=.;OPOS=102313607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:37:38:0.452381:9:28:39:7:10:28:39:7 chr10 102684380 . C A 172.91 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.039435;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9211;QD=17.7338;RBI=0.0416689;REFB=-0.00651608;REVB=-0.0134601;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924797;STB=0.538419;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00803331;OID=.;OPOS=102684380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:21:18:18:0.461538:9:9:8:12:9:9:9:12 chr10 102722625 . T C 391.4 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0325067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7765;QD=19.3284;RBI=0.0862436;REFB=-0.044301;REVB=0.0798829;RO=39;SAF=25;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568016;STB=0.5466;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0644087;OID=.;OPOS=102722625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:41:40:40:0.493827:15:25:22:17:15:25:22:19 chr10 102722649 . C T 590.94 PASS AF=0.541284;AO=58;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00411659;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.502;QD=21.6858;RBI=0.0147668;REFB=-0.0120274;REVB=-0.0141814;RO=50;SAF=33;SAR=25;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586977;STB=0.535421;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00987575;OID=.;OPOS=102722649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:58:59:0.541284:25:33:25:25:25:34:25:25 chr10 102724814 . A AT,ATT 129.98 PASS AF=0.774194,0;AO=13,4;DP=31;FAO=24,0;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=12,0;FSAR=12,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.138157,0.0731852;FXX=0.0605877;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.0855,11.2139;QD=16.7718;RBI=0.165313,0.0890664;REFB=-0.0345724,-0.0237191;REVB=-0.0907806,-0.0507617;RO=13;SAF=7,0;SAR=6,4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0677773,-0.713165;STB=0.516116,0.5;STBP=0.758,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0316934,0;OID=.,.;OPOS=102724815,102724815;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.774194,0:13,4:31:24,0:31:7:12,0:12,0:3:4:15:13:7,0:6,4:8:5 chr10 102734778 . C G 414.54 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00440997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.191;QD=16.749;RBI=0.0721531;REFB=0.00642089;REVB=-0.0720183;RO=56;SAF=27;SAR=16;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161917;STB=0.509087;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00698506;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:16:27:36:20:16:27:36:20 chr10 102744376 . T C 510.96 PASS AF=0.477876;AO=52;DP=111;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0199905;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.883;QD=18.0871;RBI=0.0402118;REFB=-0.0289991;REVB=0.0348908;RO=53;SAF=19;SAR=33;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117236;STB=0.510828;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0330361;OID=.;OPOS=102744376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:53:59:52:54:0.477876:33:19:20:33:34:20:23:36 chr10 102745062 . G T 463.33 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.00590836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.772;QD=14.946;RBI=0.0529379;REFB=-0.00788088;REVB=-0.0526072;RO=69;SAF=27;SAR=25;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767007;STB=0.537369;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0105347;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:72:52:52:0.419355:25:27:41:28:25:27:42:30 chr10 102746503 . C T 201.54 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0112894;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.42;QD=20.1536;RBI=0.0120357;REFB=-0.00914315;REVB=-0.00417246;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541111;STB=0.530458;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00992106;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:15:5:6:14:15:5 chr10 102750623 . T C 248.4 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00545483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.849;QD=13.9943;RBI=0.0283681;REFB=-0.00409376;REVB=0.0278387;RO=42;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104922;STB=0.567409;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00475692;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:28:29:0.408451:18:10:19:23:19:10:19:23 chr10 102750783 . C A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0334834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.901;QD=12.7303;RBI=0.0343799;REFB=-0.0160519;REVB=0.00779978;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488322;STB=0.799199;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0260883;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:1:8:6:6:1:8:6:6 chr10 102762592 . AC A 69.63 PASS AF=0.322034;AO=48;DP=123;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0145725;FXX=0.0406471;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.537;QD=2.36042;RBI=0.0291376;REFB=-0.112029;REVB=0.0252318;RO=65;SAF=30;SAR=18;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0.818182;SSSB=0.107715;STB=0.55759;STBP=0.413;TYPE=del;VARB=0.135314;OID=.;OPOS=102762593;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322034:48:123:38:118:80:24:14:44:36:69:65:30:18:34:31 chr10 102766574 . A G 197.68 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0396774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0257;QD=18.8266;RBI=0.0396779;REFB=-0.0111722;REVB=-0.00020643;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038333;STB=0.521717;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0159834;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:13:9:9:11:13:9 chr10 102770082 . T G 2805.95 PASS AF=0.973684;AO=170;DP=176;FAO=185;FDP=190;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=95;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.043523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7075;QD=59.0727;RBI=0.0499366;REFB=-0.073212;REVB=0.0244828;RO=5;SAF=79;SAR=91;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291679;STB=0.513512;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00170181;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:176:190:5:5:170:185:0.973684:91:79:5:0:95:90:5:0 chr10 102770327 . A G 546.5 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.428;QD=59.0814;RBI=0.0623048;REFB=0;REVB=-0.0607004;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104684;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:7:28:0:0:8:29:0:0 chr10 102824349 . G C 180.43 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00175954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4639;QD=9.37311;RBI=0.0297549;REFB=-0.013425;REVB=0.0297028;RO=53;SAF=14;SAR=10;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477212;STB=0.528067;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0305962;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:10:14:33:20:10:14:33:20 chr10 102896580 . G C 747.78 PASS AF=0.464706;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=0.00361757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7715;QD=17.5948;RBI=0.0448591;REFB=-0.0203418;REVB=-0.044713;RO=90;SAF=42;SAR=37;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109983;STB=0.56321;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0247246;OID=.;OPOS=102896580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:90:91:79:79:0.464706:37:42:58:32:37:42:59:32 chr10 102897514 . TGA ATG,TG 35.47 PASS AF=0.0666667,0.3;AO=2,9;DP=30;FAO=2,9;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=0,2;FSAR=2,7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0131485,0.184309;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=160.679,7.6483;QD=4.7299;RBI=0.0196761,0.260298;REFB=-0.0137015,-0.124588;REVB=-0.0146379,-0.183807;RO=13;SAF=0,2;SAR=2,7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540126,-0.274631;STB=0.993866,0.659988;STBP=0.206,0.295;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0105545,0.0265016;OID=.,.;OPOS=102897514,102897516;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:30:30:13:19:2,9:2,9:0.0666667,0.3:2,7:0,2:6:7:2,7:0,2:8:11 chr10 103124606 . A G 7371.25 PASS AF=0.871287;AO=527;DP=605;FAO=528;FDP=606;FR=.;FRO=78;FSAF=127;FSAR=401;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00368366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.042;QD=48.6551;RBI=0.0077972;REFB=0.00643608;REVB=-0.00687219;RO=78;SAF=126;SAR=401;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756724;STB=0.539499;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000154115;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:605:606:78:78:527:528:0.871287:401:126:37:41:401:127:37:41 chr10 103124647 . A G 7963.1 PASS AF=0.868902;AO=567;DP=656;FAO=570;FDP=656;FR=.;FRO=86;FSAF=142;FSAR=428;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00821484;FXX=0.00152205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0531;QD=48.5555;RBI=0.00822285;REFB=0.00353219;REVB=-0.000362703;RO=86;SAF=140;SAR=427;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668323;STB=0.534563;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000444595;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:656:656:86:86:567:570:0.868902:427:140:39:47:428:142:39:47 chr10 103124696 . T C 5775.92 PASS AF=0.821839;AO=419;DP=499;FAO=429;FDP=522;FR=.;FRO=93;FSAF=117;FSAR=312;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.036612;FXX=0.00381672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.262;QD=44.2599;RBI=0.0367425;REFB=-0.00715952;REVB=-0.00309396;RO=75;SAF=114;SAR=305;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637066;STB=0.527396;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000659267;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:499:522:75:93:419:429:0.821839:305:114:34:41:312:117:37:56 chr10 103124715 . A G 4694.81 PASS AF=0.855362;AO=328;DP=386;FAO=343;FDP=401;FR=.;FRO=58;FSAF=95;FSAR=248;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0650578;FXX=0.0024875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.968;QD=46.831;RBI=0.0674429;REFB=-0.0606272;REVB=0.0177771;RO=58;SAF=82;SAR=246;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782421;STB=0.53304;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00535828;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:401:58:58:328:343:0.855362:246:82:27:31:248:95:27:31 chr10 103124726 . A G 2991.75 PASS AF=0.798587;AO=226;DP=283;FAO=226;FDP=283;FR=.;FRO=57;FSAF=66;FSAR=160;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0387452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.437;QD=42.2863;RBI=0.0410567;REFB=0.000706677;REVB=0.0135815;RO=57;SAF=66;SAR=160;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877799;STB=0.546627;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-7.93877e-05;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:57:57:226:226:0.798587:160:66:28:29:160:66:28:29 chr10 103124731 . A G 100.0 PASS AF=0.108;AO=27;DP=250;FAO=27;FDP=250;FR=.;FRO=223;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=87;FSRR=136;FWDB=-0.00946112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.488;QD=1.60007;RBI=0.0191163;REFB=-0.00313078;REVB=0.0166108;RO=223;SAF=5;SAR=22;SRF=87;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.71908;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0346446;OID=.;OPOS=103124731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:223:223:27:27:0.108:22:5:87:136:22:5:87:136 chr10 103124736 . C T 1909.2 PASS AF=0.75;AO=150;DP=203;FAO=159;FDP=212;FR=.;FRO=53;FSAF=53;FSAR=106;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00951355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.391;QD=36.0226;RBI=0.0182826;REFB=-0.0314874;REVB=0.0156124;RO=53;SAF=52;SAR=98;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660101;STB=0.537926;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0135231;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:212:53:53:150:159:0.75:98:52:25:28:106:53:25:28 chr10 103124746 . G A 1351.51 PASS AF=0.703704;AO=114;DP=162;FAO=114;FDP=162;FR=.;FRO=48;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0684761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.306;QD=33.3706;RBI=0.0684772;REFB=-0.0107986;REVB=0.000384701;RO=48;SAF=43;SAR=71;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351382;STB=0.518837;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00330826;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:48:48:114:114:0.703704:71:43:21:27:71:43:21:27 chr10 103530135 . G A 319.34 PASS AF=0.7;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.046473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.206;QD=31.9343;RBI=0.102357;REFB=-0.0417937;REVB=0.091199;RO=13;SAF=19;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10658;STB=0.5869;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0105788;OID=.;OPOS=103530135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:40:13:12:27:28:0.7:8:19:11:2:9:19:11:1 chr10 103827737 . T G 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0213526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.292;QD=23.8195;RBI=0.026569;REFB=-0.0144396;REVB=0.0158108;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689408;STB=0.538427;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00847552;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:7:10:11:11:7:10 chr10 103991381 . G A 511.87 PASS AF=0.6;AO=46;DP=78;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00225603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4946;QD=25.5936;RBI=0.100774;REFB=-0.0244899;REVB=0.100749;RO=32;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508339;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0265108;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:32:32:46:48:0.6:23:23:16:16:23:25:16:16 chr10 104136469 . T C 904.95 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00496414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.49;QD=55.6889;RBI=0.0473541;REFB=0.0169279;REVB=0.0470931;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012593;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000126904;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:26:37:1:0:27:37:1:0 chr10 104159196 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.539;QD=33.4263;RBI=0.0255689;REFB=0;REVB=0.0132667;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716155;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 104160434 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.647;QD=61.6809;RBI=0.0260825;REFB=0;REVB=-0.0178404;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26568e-06;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr10 104168655 . CT CC,C 55.18 PASS AF=0,0.411765;AO=2,14;DP=33;FAO=0,14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=0,10;FSAR=0,4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.142773,-0.0919092;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=18.1987,10.6262;QD=6.49157;RBI=0.151689,0.0919099;REFB=-0.0375761,-0.0870127;REVB=0.051238,0.000353245;RO=16;SAF=2,9;SAR=0,5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.433373,-0.183448;STB=0.5,0.565131;STBP=1,0.611;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0883943;OID=.,.;OPOS=104168656,104168656;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.411765:2,14:33:0,14:34:20:0,10:0,4:16:4:55:16:2,9:0,5:13:3 chr10 104174895 . G A 461.15 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.091232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.095;QD=23.6487;RBI=0.100707;REFB=-0.0492499;REVB=0.0426451;RO=34;SAF=8;SAR=36;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194903;STB=0.579672;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0293985;OID=.;OPOS=104174895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:33:44:45:0.576923:36:8:12:22:36:9:11:22 chr10 104184953 . C G 129.9 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00763875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.137;QD=13.3231;RBI=0.00797935;REFB=-0.0310801;REVB=-0.00230638;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669221;STB=0.536793;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0595705;OID=.;OPOS=104184953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:14:15:0.384615:6:8:13:10:6:9:13:11 chr10 104214048 . A T 803.28 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.879;QD=55.3984;RBI=0.043105;REFB=-0.0821398;REVB=-0.00105395;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000716371;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:32:24:1:0:32:25:1:0 chr10 104236457 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0497;QD=59.837;RBI=0.0674669;REFB=0;REVB=-0.0136733;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129408;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr10 104386934 . T C 1491.23 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3087;QD=63.4565;RBI=0.0538137;REFB=0;REVB=-0.0221391;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184744;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:37:57:0:0:37:57:0:0 chr10 104389932 . T G 1994.89 PASS AF=1;AO=115;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.549;QD=61.8572;RBI=0.0530987;REFB=0;REVB=0.0347417;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457238;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:115:129:1:53:62:0:0:54:75:0:0 chr10 104435746 . C T 1162.08 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332691;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.024;QD=59.5937;RBI=0.0332725;REFB=-0.0935491;REVB=0.000480374;RO=1;SAF=26;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178528;STB=0.509431;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000478295;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:51:26:1:0:51:26:1:0 chr10 104436641 . C T 1365.44 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.911;QD=62.0653;RBI=0.0188784;REFB=0;REVB=-0.00607478;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21214e-05;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:61:24:0:0:63:25:0:0 chr10 104596924 . C A 1952.19 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.839;QD=61.9741;RBI=0.0058552;REFB=0;REVB=3.32374e-05;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27298e-06;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:57:69:0:0:57:69:0:0 chr10 104596981 . G A 2273.77 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9804;QD=63.6021;RBI=0.0380082;REFB=0;REVB=0.0377856;RO=0;SAF=75;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20487e-05;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:66:75:0:0:67:76:0:0 chr10 104628234 . T C 2413.2 PASS AF=1;AO=140;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=98;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0822;QD=61.0938;RBI=0.0139925;REFB=0;REVB=0.0134344;RO=0;SAF=92;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76966e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360399;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:140:158:1:48:92:0:0:60:98:0:0 chr10 104661484 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.816;QD=58.0611;RBI=0.00687863;REFB=0;REVB=-0.00247661;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69033e-06;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr10 104678579 . G T 527.63 PASS AF=0.411348;AO=57;DP=139;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0916593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3017;QD=14.9683;RBI=0.106113;REFB=0.0169124;REVB=0.0534654;RO=82;SAF=34;SAR=23;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190004;STB=0.60327;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0187659;OID=.;OPOS=104678579;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:82:83:57:58:0.411348:23:34:34:48:24:34:34:49 chr10 104814162 . T C 2140.11 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.259;QD=62.9443;RBI=0.0406672;REFB=0;REVB=0.0391042;RO=0;SAF=78;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80835e-05;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:58:78:0:0:58:78:0:0 chr10 104835919 . C T 632.83 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00121361;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.544;QD=19.4717;RBI=0.00410504;REFB=-0.0114451;REVB=-0.00392155;RO=64;SAF=36;SAR=28;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0118754;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:64:66:64:64:0.492308:28:36:36:28:28:36:36:30 chr10 104849468 . G A 316.22 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00337183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.331;QD=15.2393;RBI=0.0246519;REFB=-0.0216492;REVB=-0.0244202;RO=48;SAF=23;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148962;STB=0.59011;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0304789;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:48:34:35:0.421687:11:23:26:22:11:24:26:22 chr10 104851301 . G T 357.67 PASS AF=0.388889;AO=41;DP=110;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.000703275;FXX=0.0442439;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.772;QD=13.2471;RBI=0.00459307;REFB=0.00418354;REVB=0.00453891;RO=63;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056986;STB=0.543979;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0128099;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:63:66:41:42:0.388889:23:18:31:32:24:18:33:33 chr10 105049105 . C G 1139.21 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254272;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.189;QD=59.1798;RBI=0.0386673;REFB=0;REVB=0.029131;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286119;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:75:77:1:40:35:1:0:41:36:0:0 chr10 105154089 . A G 1625.5 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00324501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4497;QD=59.1091;RBI=0.0137731;REFB=-0.0147111;REVB=-0.0133854;RO=1;SAF=52;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904146;STB=0.504761;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-7.75525e-05;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:57:52:1:0:57:52:1:0 chr10 105194086 . C T 347.73 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8289;QD=51.5154;RBI=0.0635563;REFB=-0.0962396;REVB=-0.0542852;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.003647;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:11:15:0:0:11:15:1:0 chr10 105205302 . A C 816.76 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2581;QD=57.3164;RBI=0.103385;REFB=0;REVB=0.103095;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973726;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:29:24:0:0:31:26:0:0 chr10 105215016 . A C,G 752.24 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181061,0.0137193;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.587,102.795;QD=62.6867;RBI=0.026863,0.0199702;REFB=0,0;REVB=-0.0198441,-0.0145118;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.85991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0424103,0.00236648;OID=.,.;OPOS=105215016,105215016;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:0,21:2,25:0:0:0,21:2,25:0:0 chr10 105218252 . A G 1951.26 PASS AF=1;AO=98;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.548;QD=61.4569;RBI=0.0271371;REFB=0;REVB=1.02632e-05;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69337e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:127:0:0:98:127:1:43:55:0:0:44:83:0:0 chr10 105218359 . T C 1454.19 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026226;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.886;QD=63.2254;RBI=0.0406689;REFB=0;REVB=0.031083;RO=0;SAF=65;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.95165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206621;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:27:65:0:0:27:65:0:0 chr10 105233110 . C T 816.24 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0150136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0007;QD=52.6606;RBI=0.105157;REFB=-0.134232;REVB=0.104079;RO=3;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576513;STB=0.530602;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00668862;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:62:62:3:3:59:59:0.951613:23:36:0:3:23:36:0:3 chr10 105344756 . T C 68.5 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.1125;QD=34.2519;RBI=0.106372;REFB=0;REVB=-0.10176;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00748691;OID=.;OPOS=105344756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr10 105361816 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.154;QD=40.7628;RBI=0.0511942;REFB=0;REVB=0.0340063;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56727e-05;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr10 105362209 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0456481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.428;QD=51.5086;RBI=0.0714444;REFB=-0.0671516;REVB=-0.0549595;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.516117;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00907602;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:1:0:11:15:1:0 chr10 105363289 . T C 418.03 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.55;QD=55.7368;RBI=0.0237976;REFB=0;REVB=0.00943169;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58016e-06;OID=.;OPOS=105363289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:11:19:0:0 chr10 105657316 . G C 1054.26 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0164155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.315;QD=56.9869;RBI=0.0642753;REFB=-0.204222;REVB=0.0621437;RO=2;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257717;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00335692;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:2:2:71:72:0.972973:32:39:1:1:33:39:1:1 chr10 105659826 . T C 2104.28 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534164;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.415;QD=62.8143;RBI=0.067747;REFB=0;REVB=0.0416695;RO=0;SAF=78;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124218;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:56:78:0:0:56:78:0:0 chr10 105796819 . A G 594.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3628;QD=60.9592;RBI=0.111181;REFB=0;REVB=-0.0648715;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400404;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr10 105798872 . T C 2122.06 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.666;QD=61.9579;RBI=0.0444312;REFB=-0.0881266;REVB=0.0430265;RO=1;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760583;STB=0.503999;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000161141;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:62:74:0:1:62:74:0:1 chr10 105799216 . G T 1837.77 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.105;QD=59.283;RBI=0.0439215;REFB=-0.0509938;REVB=-0.028767;RO=2;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159902;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:120:124:2:0:118:124:1:50:68:0:2:53:71:0:0 chr10 105801253 . G A 518.9 PASS AF=0.974359;AO=26;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0838465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8608;QD=53.22;RBI=0.092276;REFB=-0.138738;REVB=0.0385307;RO=3;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842653;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00564024;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:39:3:1:26:38:0.974359:15:11:0:3:19:19:0:1 chr10 105805497 . C T 1699.56 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149549;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3718;QD=59.6337;RBI=0.0196501;REFB=-0.105047;REVB=0.0127465;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000465237;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:0:1:112:113:0.991228:54:58:0:0:54:59:1:0 chr10 105810400 . T C 1792.52 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00448382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.218;QD=59.2569;RBI=0.0208491;REFB=-0.00731231;REVB=0.0203612;RO=2;SAF=53;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175839;STB=0.509258;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0001275;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:66:53:2:0:66:53:2:0 chr10 105816916 . C T 2591.6 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9821;QD=61.3397;RBI=0.0516759;REFB=-0.0572162;REVB=0.0378601;RO=0;SAF=74;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538851;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:168:169:0:0:167:169:1:93:74:0:0:95:74:0:0 chr10 105819956 . G A 1990.7 PASS AF=0.97037;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=135;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0210027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6299;QD=58.9837;RBI=0.0317985;REFB=-0.0221223;REVB=-0.0238753;RO=3;SAF=90;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335062;STB=0.514885;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-4.31609e-05;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:135:135:3:4:131:131:0.97037:41:90:0:3:41:90:1:3 chr10 105824333 . G A 817.64 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3292;QD=54.5093;RBI=0.0309631;REFB=-0.0387239;REVB=0.00267987;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250371;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:60:1:0:55:60:1:31:24:1:0:33:27:0:0 chr10 106022789 . C A 515.44 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0126224;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.363;QD=17.4726;RBI=0.0131253;REFB=-0.01133;REVB=0.0035982;RO=63;SAF=29;SAR=26;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426457;STB=0.523698;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0126298;OID=.;OPOS=106022789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:63:63:55:55:0.466102:26:29:36:27:26:29:36:27 chr10 106028154 . G A 335.74 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00440632;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.391;QD=16.7869;RBI=0.00442974;REFB=-0.0264948;REVB=0.000454899;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494505;STB=0.527762;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.026851;OID=.;OPOS=106028154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:44:36:36:0.45:17:19:21:23:17:19:21:23 chr10 106028157 . G T 340.42 PASS AF=0.45122;AO=33;DP=79;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.012049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.988;QD=16.6058;RBI=0.0273403;REFB=-0.0236079;REVB=0.0245421;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803146;STB=0.525678;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0330343;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:45:33:37:0.45122:15:18:21:24:18:19:21:24 chr10 106039185 . A G 294.03 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00539612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.974;QD=12.6463;RBI=0.00718507;REFB=-0.0144616;REVB=-0.00474418;RO=58;SAF=17;SAR=17;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018957;STB=0.505373;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0259061;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:59:34:34:0.365591:17:17:28:30:17:17:29:30 chr10 106152111 . T A 397.15 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00993145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.143;QD=20.6309;RBI=0.0122411;REFB=-0.0213513;REVB=0.00715618;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015425;STB=0.508537;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0219672;OID=.;OPOS=106152111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:22:18:16:21:22:18:16:21 chr10 108367020 . C T 835.0 PASS AF=0.494186;AO=85;DP=172;FAO=85;FDP=172;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0415658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0161;QD=19.4187;RBI=0.0418161;REFB=-0.016363;REVB=0.00456775;RO=87;SAF=38;SAR=47;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541479;STB=0.529825;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0127482;OID=.;OPOS=108367020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:87:87:85:85:0.494186:47:38:44:43:47:38:44:43 chr10 108380213 . G A 1169.67 PASS AF=0.557214;AO=112;DP=202;FAO=112;FDP=201;FR=.;FRO=89;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0224822;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.361;QD=23.2769;RBI=0.0231378;REFB=0.00257422;REVB=0.00546891;RO=88;SAF=57;SAR=55;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255887;STB=0.516384;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00143299;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:88:89:112:112:0.557214:55:57:42:46:55:57:42:47 chr10 108389111 . A G 642.26 PASS AF=0.432927;AO=70;DP=165;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=59;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=23;FWDB=0.00660713;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.991;QD=15.6649;RBI=0.010261;REFB=-0.0115806;REVB=-0.00785068;RO=93;SAF=58;SAR=12;SRF=70;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122941;STB=0.571525;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0143356;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:93:93:70:71:0.432927:12:58:70:23:12:59:70:23 chr10 108923899 . CG C 43.49 PASS AF=0.395833;AO=16;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.109088;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.56124;QD=3.62429;RBI=0.223742;REFB=-0.0476862;REVB=0.195346;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662823;STB=0.515423;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.125101;OID=.;OPOS=108923900;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:16:48:19:48:29:7:12:10:19:43:24:7:9:9:15 chr10 109221364 . G A 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0059628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.151;QD=12.5924;RBI=0.00723678;REFB=-0.010143;REVB=-0.00410073;RO=48;SAF=4;SAR=25;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406575;STB=0.738722;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0180251;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:25:4:20:28:25:4:20:28 chr10 112266771 . C T 554.04 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=41;FWDB=0.095385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0577;QD=22.3854;RBI=0.109149;REFB=-0.0150785;REVB=0.0530585;RO=46;SAF=10;SAR=42;SRF=6;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906308;STB=0.552578;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0192164;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:47:52:52:0.525253:42:10:6:40:42:10:6:41 chr10 112266822 . GC AT 854.29 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102753;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.393;QD=57.9182;RBI=0.0225763;REFB=0;REVB=0.0201024;RO=0;SAF=2;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.42331e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:57:2:0:0:57:2:0:0 chr10 112361870 . A G 1427.62 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0693252;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5528;QD=54.9085;RBI=0.0736611;REFB=0.0406202;REVB=0.0248993;RO=4;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371588;STB=0.519604;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000718333;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:105:104:4:4:100:100:0.961538:49:51:0:4:49:51:0:4 chr10 112402492 . G T 2102.74 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.299;QD=62.7684;RBI=0.0341284;REFB=0;REVB=-0.0173052;RO=0;SAF=65;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98176e-06;OID=.;OPOS=112402492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:69:65:0:0:69:65:0:0 chr10 112572458 . G C 962.94 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017313;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9186;QD=58.36;RBI=0.0334141;REFB=0;REVB=0.0285791;RO=0;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881175;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:19:45:0:0:21:45:0:0 chr10 112581547 . G A 412.82 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0916597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.006;QD=21.445;RBI=0.0916974;REFB=-0.0333643;REVB=-0.00262642;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263871;STB=0.663913;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0151647;OID=.;OPOS=112581547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:33:36:40:41:0.532468:24:16:24:9:25:16:27:9 chr10 112595719 . G C 785.62 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00376801;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.616;QD=53.2624;RBI=0.0816648;REFB=-0.149506;REVB=0.0815778;RO=1;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269235;STB=0.526306;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00259181;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:59:1:2:56:57:0.966102:17:39:0:1:18:39:0:2 chr10 112641053 . A G 1031.64 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170273;FXX=0.0399947;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.354;QD=57.3132;RBI=0.104118;REFB=-0.180371;REVB=0.102716;RO=0;SAF=57;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535704;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00215613;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:72:0:2:70:70:0.972222:13:57:0:0:13:57:0:2 chr10 112658060 . G A 451.01 PASS AF=0.447368;AO=46;DP=109;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00695483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.103;QD=15.8247;RBI=0.0131823;REFB=-0.016668;REVB=-0.0111984;RO=63;SAF=27;SAR=19;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130647;STB=0.559976;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0272064;OID=.;OPOS=112658060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:114:63:63:46:51:0.447368:19:27:29:34:22:29:29:34 chr10 112838892 . C A 277.37 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.00744975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.9;QD=18.4912;RBI=0.0588928;REFB=-0.0320468;REVB=0.0584198;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257556;STB=0.646974;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0220257;OID=.;OPOS=112838892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:12:18:25:4:12:18:26:4 chr10 112840171 . A G 774.3 PASS AF=0.443243;AO=81;DP=186;FAO=82;FDP=185;FR=.;FRO=103;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0122361;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.944;QD=16.7416;RBI=0.0274615;REFB=0.00304233;REVB=-0.0245848;RO=103;SAF=47;SAR=34;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473227;STB=0.529167;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00253992;OID=.;OPOS=112840171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:103:103:81:82:0.443243:34:47:55:48:34:48:55:48 chr10 113912997 . A C 266.11 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00596924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.113;QD=21.2889;RBI=0.00833449;REFB=0.00726788;REVB=0.00581651;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235342;STB=0.618957;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0047404;OID=.;OPOS=113912997;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:13:12:18:6:13:12:18:7 chr10 113913193 . T C 464.01 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0266226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7872;QD=24.4218;RBI=0.0278237;REFB=-0.0104165;REVB=0.00808675;RO=31;SAF=30;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314359;STB=0.512289;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00638442;OID=.;OPOS=113913193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:32:44:44:0.578947:14:30:20:11:14:30:21:11 chr10 113913222 . T C 1428.17 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0275887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.642;QD=61.4265;RBI=0.060572;REFB=0.00163392;REVB=0.0539243;RO=0;SAF=63;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000242777;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:0:1:90:92:0.989247:27:63:0:0:29:63:1:0 chr10 113917085 . T A 1920.5 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017332;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.811;QD=61.9516;RBI=0.0177805;REFB=0;REVB=0.00396832;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3733e-05;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:65:59:0:0:65:59:0:0 chr10 113920465 . G A 1029.0 PASS AF=0.473684;AO=106;DP=225;FAO=108;FDP=228;FR=.;FRO=120;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=0.0207943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0216;QD=18.0526;RBI=0.0406911;REFB=-0.0102784;REVB=0.0349766;RO=115;SAF=45;SAR=61;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924147;STB=0.55616;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00740338;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:115:120:106:108:0.473684:61:45:60:55:61:47:65:55 chr10 113935379 . T C 186.07 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.074923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1018;QD=12.4049;RBI=0.077033;REFB=0.0448366;REVB=-0.0179061;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217736;STB=0.608601;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0694877;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:14:9:21:14:14:9:21:16 chr10 113940329 . T C 1419.31 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244408;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.629;QD=63.0804;RBI=0.0434067;REFB=0;REVB=0.0358719;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47471e-05;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:45:45:0:0 chr10 114053546 . C G 831.98 PASS AF=0.439394;AO=87;DP=196;FAO=87;FDP=198;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.00830749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6572;QD=16.8076;RBI=0.0369787;REFB=0.0181719;REVB=0.0360335;RO=108;SAF=47;SAR=40;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309804;STB=0.520089;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0233303;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:108:111:87:87:0.439394:40:47:55:53:40:47:56:55 chr10 114186624 . G A 1877.58 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1801;QD=61.5602;RBI=0.0138323;REFB=0;REVB=0.0120322;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53254e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:61:61:0:0:61:61:0:0 chr10 114200355 . G A 414.59 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0552943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4457;QD=19.5101;RBI=0.0906658;REFB=0.028104;REVB=-0.0718528;RO=43;SAF=26;SAR=16;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138396;STB=0.507689;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0313064;OID=.;OPOS=114200355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:16:26:26:17:16:26:26:17 chr10 114925369 . C A 303.88 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0121076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2377;QD=14.8235;RBI=0.0142439;REFB=-0.00929752;REVB=0.00750292;RO=48;SAF=8;SAR=26;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493316;STB=0.528029;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0119223;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:26:8:13:35:26:8:13:35 chr10 115332413 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.839;QD=64.1526;RBI=0.0216526;REFB=0;REVB=0.0195427;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43709e-05;OID=.;OPOS=115332413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr10 115341753 . G A 461.15 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0340687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.323;QD=23.9558;RBI=0.0351863;REFB=-0.0166578;REVB=-0.00879778;RO=33;SAF=30;SAR=14;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702707;STB=0.538445;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00995085;OID=.;OPOS=115341753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:14:30:25:8:14:30:25:8 chr10 115341846 . G A 183.06 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0805093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4413;QD=25.2499;RBI=0.0882128;REFB=0.013913;REVB=0.036052;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757294;STB=0.551667;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00288326;OID=.;OPOS=115341846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:11:11:17:18:0.62069:8:9:7:4:9:9:7:4 chr10 115350597 . G A 407.81 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0124429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.233;QD=14.309;RBI=0.0216525;REFB=-0.00967517;REVB=-0.0177202;RO=65;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506037;STB=0.519395;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0132851;OID=.;OPOS=115350597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:65:67:47:47:0.412281:24:23:35:30:24:23:35:32 chr10 115352005 . A G 552.5 PASS AF=0.464;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00427866;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.402;QD=17.6798;RBI=0.00579388;REFB=-0.0259932;REVB=-0.00390668;RO=68;SAF=28;SAR=30;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118249;STB=0.502761;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0216872;OID=.;OPOS=115352005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:68:67:58:58:0.464:30:28:32:36:30:28:32:35 chr10 115370254 . A G 434.62 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00364981;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8479;QD=18.1091;RBI=0.0188177;REFB=-0.0224051;REVB=-0.0184604;RO=50;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333475;STB=0.506689;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0237905;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:52:44:44:0.458333:24:20:21:29:24:20:23:29 chr10 115370274 . T C 414.7 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.046544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.646;QD=18.0303;RBI=0.0490522;REFB=-0.0158873;REVB=0.0154847;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879057;STB=0.542808;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0222163;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:22:21:19:29:22:21:20:29 chr10 115377290 . T C 431.33 PASS AF=0.453608;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0239419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.522;QD=17.7867;RBI=0.0243571;REFB=-0.000972681;REVB=0.00447809;RO=52;SAF=26;SAR=17;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918924;STB=0.538444;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00117349;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:52:53:43:44:0.453608:17:26:36:16:17:27:36:17 chr10 115381747 . G A 3669.29 PASS AF=1;AO=233;DP=234;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000200701;FXX=0.00427332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.836;QD=62.9921;RBI=0.023714;REFB=-0.0887014;REVB=0.0237132;RO=1;SAF=120;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96767e-07;OID=.;OPOS=115381747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:233:1:0:233:233:1:113:120:0:1:113:120:0:0 chr10 115389356 . G A 636.84 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9063;QD=59.2413;RBI=0.044627;REFB=-0.0491593;REVB=0.0407301;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.509799;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0139956;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:17:24:1:0:17:25:1:0 chr10 115389366 . G A,C 764.21 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=46,3;DP=49;FAO=46,3;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,3;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323579,-0.0935502;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=61.5233,8.25604;QD=62.3841;RBI=0.0438634,0.0937194;REFB=0,0;REVB=-0.0296135,0.00562834;RO=0;SAF=27,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00175827,0.197058;OID=.,.;OPOS=115389366,115389366;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:49:49:0:0:46,3:46,3:0.938776,0.0612245:19,0:27,3:0:0:19,0:27,3:0:0 chr10 115405615 . T C 1576.29 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0528351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.716;QD=57.8455;RBI=0.0545394;REFB=-0.017375;REVB=-0.0135279;RO=1;SAF=61;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771784;STB=0.501311;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000467148;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:1:2:107:107:0.981651:46:61:1:0:46:61:1:1 chr10 115405664 . C T 1540.54 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.392;QD=59.8266;RBI=0.00929533;REFB=0;REVB=-0.00511801;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18302e-05;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr10 115411614 . A G 744.31 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338611;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3806;QD=57.2546;RBI=0.00340603;REFB=0;REVB=0.000367857;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475955;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr10 115417289 . G A 1736.54 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.567;QD=60.4013;RBI=0.0216623;REFB=0;REVB=0.0112874;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83172e-06;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:53:61:0:0:53:62:0:0 chr10 115422474 . A G 994.39 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199152;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.389;QD=59.3668;RBI=0.0317518;REFB=0;REVB=0.0247297;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70908e-05;OID=.;OPOS=115422474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr10 115489152 . C G 113.53 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0206021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.222;QD=9.66176;RBI=0.0206052;REFB=0.00954532;REVB=0.000356122;RO=33;SAF=1;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568164;STB=0.858385;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0169331;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:13:1:14:19:13:1:14:19 chr10 115489167 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00101225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.249;QD=9.53624;RBI=0.00115516;REFB=-0.00850829;REVB=-0.000556533;RO=27;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214168;STB=0.632661;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0194931;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:10:2:8:19:10:2:8:19 chr10 115525175 . T C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00625961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.922;QD=16.0926;RBI=0.00978763;REFB=-0.00677399;REVB=0.0075243;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197078;STB=0.611197;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0077547;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:20:11:21:17:20:11:21:17 chr10 115529576 . T A 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00428833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.006;QD=22.0559;RBI=0.00456083;REFB=-0.041045;REVB=0.00155286;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11928;STB=0.565582;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0286915;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:24:20:12:26:24:20:12:26 chr10 115535599 . T C 426.97 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0392917;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.105;QD=21.6187;RBI=0.0402515;REFB=-0.0229634;REVB=0.00873718;RO=37;SAF=24;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2073;STB=0.626276;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0199209;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:42:42:0.531646:18:24:12:25:18:24:11:26 chr10 115540411 . T C 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0071184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.34;QD=16.5947;RBI=0.0105728;REFB=-0.00347891;REVB=-0.00781751;RO=55;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142672;STB=0.580208;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00451909;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:25:17:30:25:25:17:30:25 chr10 115609915 . C G 1249.13 PASS AF=1;AO=77;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.418;QD=59.4822;RBI=0.044099;REFB=0;REVB=-0.021937;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255552;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:1:0:77:84:1:36:41:1:0:36:48:0:0 chr10 115675025 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2146;QD=55.0948;RBI=0.0492732;REFB=0;REVB=-0.0180588;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000798022;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr10 115804036 . A G 168.07 PASS AF=0.447368;AO=12;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0399679;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.7029;QD=17.691;RBI=0.135393;REFB=-0.0417265;REVB=-0.129359;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832381;STB=0.511169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0128956;OID=.;OPOS=115804036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:20:12:17:0.447368:5:7:10:5:8:9:11:9 chr10 115805056 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.758;QD=42.1826;RBI=0.00837573;REFB=0;REVB=0.00103409;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78223e-05;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr10 115805559 . CT C,TG,TT 68.3 PASS AF=0.266667,0.733333,0;AO=7,2,8;DP=50;FAO=4,11,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,11,0;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.7613,-0.126451,-0.128499;FXX=0.39984;HRUN=22,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=1.06179,45.156,72.2606;QD=18.2123;RBI=4.7613,0.126453,0.12851;REFB=0.472397,0.036995,0.0357886;REVB=-0.000537423,-0.000532359,0.00170063;RO=33;SAF=6,0,6;SAR=1,2,2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.368303,-0.495407,0.197392;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.897127,-0.196752,0;OID=.,.,.;OPOS=115805560,115805559,115805559;OREF=T,CT,C;OALT=-,TG,T;OMAPALT=C,TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:50:15:33:0:7,2,8:4,11,0:0.266667,0.733333,0:1,2,2:6,0,6:20:13:0,0,0:4,11,0:0:0 chr10 116032519 . A G 350.88 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.044001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2189;QD=17.994;RBI=0.0634806;REFB=-0.0155924;REVB=-0.0457571;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11846;STB=0.551839;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0156915;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:39:41:37:37:0.474359:19:18:24:15:19:18:24:17 chr10 116046095 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0438394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.604;QD=20.8377;RBI=0.0506754;REFB=-0.00732246;REVB=0.0254185;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261101;STB=0.646785;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00362238;OID=.;OPOS=116046095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:0:5:6:3:0:5 chr10 116060387 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.195;QD=51.1846;RBI=0.00741306;REFB=0;REVB=0.00212613;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22206e-05;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr10 116073696 . C T 1472.87 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113139;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.399;QD=58.3315;RBI=0.0228067;REFB=-0.0589432;REVB=0.0198025;RO=1;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120068;STB=0.506328;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000399015;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:39:60:0:1:39:61:0:1 chr10 116085784 . C CCCG 901.01 PASS AF=1;AO=55;DP=72;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168923;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=3;MLLD=143.114;QD=58.1297;RBI=0.0174617;REFB=0;REVB=-0.00442275;RO=11;SAF=27;SAR=28;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000154897;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:72:62:62:0:32:30:0:0:5:11:27:28:5:6 chr10 116183816 . C T 141.37 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0279541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.746;QD=21.749;RBI=0.0339806;REFB=-0.0138775;REVB=0.0193197;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12026;STB=0.583226;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.012264;OID=.;OPOS=116183816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:11:15:15:0.576923:7:8:7:3:7:8:8:3 chr10 116228007 . A G 150.41 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0270771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4898;QD=20.0543;RBI=0.0311437;REFB=-0.0204227;REVB=0.0153872;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358011;STB=0.687265;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0281878;OID=.;OPOS=116228007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:5:11:3:10:5:11:4:10 chr10 116307504 . A G 804.27 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298312;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.679;QD=57.448;RBI=0.0299647;REFB=0;REVB=-0.00282454;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17578e-05;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:23:33:0:0 chr10 116593175 . C T 140.08 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0108748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.168;QD=10.3763;RBI=0.0348293;REFB=-0.00539699;REVB=-0.033088;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220179;STB=0.62843;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0100986;OID=.;OPOS=116593175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:34:36:18:18:0.333333:11:7:20:14:11:7:21:15 chr10 116602805 . A G 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0261336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.606;QD=16.1646;RBI=0.0261396;REFB=-0.000645854;REVB=-0.000563108;RO=41;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111711;STB=0.563067;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00119333;OID=.;OPOS=116602805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:11:22:23:18:11:22:23:18 chr10 116621893 . A C 58.74 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00840398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.346;QD=4.99877;RBI=0.0092766;REFB=-0.0034407;REVB=-0.0039279;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195834;STB=0.523757;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0150824;OID=.;OPOS=116621893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:35:38:9:9:0.191489:5:4:15:20:5:4:18:20 chr10 116623277 . G C 411.34 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.000658645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4859;QD=18.4871;RBI=0.0218441;REFB=-0.0107608;REVB=-0.0218341;RO=47;SAF=28;SAR=14;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307834;STB=0.67156;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0106954;OID=.;OPOS=116623277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:14:28:16:31:14:28:16:31 chr10 116931101 . C CTT,T 705.47 PASS AF=0.847826,0.152174;AO=34,8;DP=50;FAO=39,7;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=19,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391612,-0.0253221;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=41.243,252.19;QD=61.3449;RBI=0.0510919,0.0332438;REFB=0,0;REVB=-0.0328144,-0.0215392;RO=6;SAF=19,1;SAR=15,7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.063183,-0.260084;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00120712,0.00508735;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:50:46:6:0:34,8:39,7:0.847826,0.152174:15,7:19,1:2:4:19,6:20,1:0:0 chr10 117075175 . G A 1659.24 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.094;QD=60.3358;RBI=0.030449;REFB=0;REVB=0.00236767;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87471e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr10 117228794 . A G 1113.72 PASS AF=0.452471;AO=119;DP=264;FAO=119;FDP=263;FR=.;FRO=144;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=0.00276447;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.65;QD=16.9388;RBI=0.007061;REFB=0.0076791;REVB=-0.00649734;RO=142;SAF=64;SAR=55;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164798;STB=0.513147;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0090816;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:142:144:119:119:0.452471:55:64:74:68:55:64:74:70 chr10 117823739 . A G 285.44 PASS AF=0.37931;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0166526;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3975;QD=13.1236;RBI=0.0235812;REFB=0.00246385;REVB=0.0166963;RO=54;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583605;STB=0.540814;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00261127;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:54:54:32:33:0.37931:20:12:23:31:21:12:23:31 chr10 117849353 . T C 371.23 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.00432219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6709;QD=12.0727;RBI=0.01654;REFB=-0.0150617;REVB=0.0159653;RO=76;SAF=13;SAR=32;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522069;STB=0.542583;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0343255;OID=.;OPOS=117849353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:76:78:45:45:0.365854:32:13:25:51:32:13:27:51 chr10 117884950 . G A 501.37 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00241391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.325;QD=19.4708;RBI=0.0208148;REFB=-0.00577447;REVB=0.0206744;RO=50;SAF=18;SAR=33;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155117;STB=0.584798;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00569351;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:50:51:51:52:0.504854:33:18:26:24:34:18:26:25 chr10 118231360 . G A 1456.87 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738352;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2651;QD=63.3423;RBI=0.0212331;REFB=0;REVB=0.019908;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7282e-07;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 1403.81 PASS AF=0.0326087,0.967391;AO=14,73;DP=93;FAO=3,89;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=1,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554102,-0.00789515;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.319,200.109;QD=61.0353;RBI=0.0255423,0.0236758;REFB=0,0;REVB=0.024934,0.0223206;RO=0;SAF=12,23;SAR=2,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.51353e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0188653,0.00454677;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0326087,0.967391:14,73:93:3,89:92:0:2,38:1,51:0:0:6:0:12,23:2,50:0:0 chr10 118236218 . C T 364.28 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00862219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.915;QD=21.1176;RBI=0.0221;REFB=0.00428534;REVB=-0.0203486;RO=32;SAF=9;SAR=28;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166791;STB=0.592824;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00791708;OID=.;OPOS=118236218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:28:9:13:19:28:9:13:19 chr10 118236610 . T A 172.04 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0466253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.458;QD=18.109;RBI=0.0473177;REFB=-0.0123902;REVB=0.00806508;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979281;STB=0.583248;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0136905;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:17:18:0.473684:12:5:4:15:12:6:4:16 chr10 118313265 . T C 1663.95 PASS AF=0.983193;AO=112;DP=116;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0470248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7323;QD=55.931;RBI=0.0547993;REFB=-0.119474;REVB=0.0281359;RO=4;SAF=52;SAR=60;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351257;STB=0.50877;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00469187;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:119:4:2:112:117:0.983193:60:52:4:0:61:56:2:0 chr10 118363642 . T C 3105.4 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5619;QD=61.799;RBI=0.0264726;REFB=0;REVB=0.0230299;RO=0;SAF=109;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58091e-05;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:92:109:0:0:92:109:0:0 chr10 118368606 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.54;QD=57.5451;RBI=0.0338673;REFB=0;REVB=0.00652074;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131322;OID=.;OPOS=118368606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr10 118380511 . A G 358.64 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000149083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.007;QD=55.1746;RBI=0.019982;REFB=0;REVB=0.0199814;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242437;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:5:18:0:0:7:19:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1692.7 PASS AF=1,0;AO=110,7;DP=130;FAO=123,0;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68,0;FSAR=55,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173367,0.0262311;FXX=0.046508;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=21.103,15.5164;QD=55.0472;RBI=0.19644,0.0264444;REFB=0,0;REVB=0.0923721,0.00335209;RO=6;SAF=61,5;SAR=49,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00540769,0.183303;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00278819,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:130:123:6:0:110,7:123,0:1,0:49,2:61,5:3:3:55,0:68,0:0:0 chr10 118387282 . A G 726.58 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.961;QD=63.1812;RBI=0.0196928;REFB=0;REVB=-0.0174849;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35138e-05;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:25:19:0:0:25:21:0:0 chr10 118397884 . A G 624.66 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.739;QD=59.4917;RBI=0.0450753;REFB=-0.0483148;REVB=-0.0447154;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180078;OID=.;OPOS=118397884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:20:21:0:1:21:21:0:0 chr10 118397894 . A G 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.188;QD=63.2811;RBI=0.0482909;REFB=0;REVB=0.0326927;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218807;OID=.;OPOS=118397894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr10 118397971 . A G 675.4 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-7.36285e-06;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.724;QD=57.4811;RBI=0.00717095;REFB=-0.132006;REVB=0.00717095;RO=2;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037388;STB=0.501424;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00100473;OID=.;OPOS=118397971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:47:2:2:44:45:0.957447:20:24:1:1:21:24:1:1 chr10 118404620 . A G 849.55 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.231;QD=57.5965;RBI=0.0113276;REFB=0;REVB=0.0105323;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0701e-05;OID=.;OPOS=118404620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:29:30:0:0 chr10 118616110 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.511;QD=63.2865;RBI=0.0383943;REFB=0;REVB=0.0321363;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153191;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr10 118890573 . T C 861.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9728;QD=57.4212;RBI=0.0712442;REFB=0;REVB=-0.0196756;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311463;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:32:26:0:0:32:28:0:0 chr10 118957027 . A G 906.4 PASS AF=0.4375;AO=97;DP=223;FAO=98;FDP=224;FR=.;FRO=126;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=76;FSRR=50;FWDB=-0.020279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.77;QD=16.1858;RBI=0.0202801;REFB=-0.00557578;REVB=0.000208878;RO=124;SAF=46;SAR=51;SRF=74;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123268;STB=0.569224;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00735406;OID=.;OPOS=118957027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:124:126:97:98:0.4375:51:46:74:50:51:47:76:50 chr10 119026566 . T C 1524.47 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.495;QD=61.5947;RBI=0.029021;REFB=-0.027837;REVB=0.0224093;RO=1;SAF=43;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109017;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000257514;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:99:1:1:97:98:0.989899:54:43:1:0:54:44:1:0 chr10 119768551 . C T 420.76 PASS AF=0.382812;AO=48;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=19;FWDB=-0.011748;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.662;QD=13.1488;RBI=0.0162925;REFB=-0.0128915;REVB=0.0112884;RO=78;SAF=39;SAR=9;SRF=60;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729215;STB=0.533225;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0191839;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:79:48:49:0.382812:9:39:60:18:10:39:60:19 chr10 120069611 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.848;QD=60.6101;RBI=0.00595264;REFB=0;REVB=0.00370613;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58198e-06;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:8:30:0:0:8:30:0:0 chr10 120353910 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.242;QD=62.022;RBI=0.0571911;REFB=0;REVB=0.0380231;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241324;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr10 120791060 . A C 369.71 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.105;QD=54.7717;RBI=0.0510184;REFB=0;REVB=0.0172856;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296843;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:21:5:0:0:21:6:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 590.88 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000158382;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=7;MLLD=270.76;QD=48.2351;RBI=0.00204129;REFB=0;REVB=0.00203514;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.0072e-06;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:49:49:0:23:26:0:0:11:0:18:24:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 516.57 PASS AF=0.676471;AO=45;DP=70;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0124664;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.794;QD=30.3866;RBI=0.0125016;REFB=-0.00285168;REVB=-0.000938102;RO=23;SAF=24;SAR=21;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613549;STB=0.528834;STBP=0.5;TYPE=ins;VARB=0.00142687;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.676471:45:70:46:68:22:25:21:10:12:99:23:24:21:10:13 chr10 120792684 . A G 709.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.045;QD=63.0385;RBI=0.0802826;REFB=0;REVB=0.0788856;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152785;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:18:27:0:0 chr10 120792703 . C A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0375427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.836;QD=54.8826;RBI=0.0375479;REFB=-0.124563;REVB=0.000620568;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000643841;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:24:29:0:1:24:30:0:1 chr10 120820528 . A G 372.26 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2049;QD=55.149;RBI=0.0174915;REFB=0;REVB=0.00541696;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117745;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr10 120828969 . A G 520.44 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.697;QD=59.4792;RBI=0.0749031;REFB=0;REVB=0.0568888;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481364;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:13:22:0:0 chr10 120896027 . G A 1455.36 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602368;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.801;QD=63.2766;RBI=0.0280075;REFB=0;REVB=-0.0273521;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888381;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:89:92:1:52:37:0:0:54:38:0:0 chr10 120909785 . C T 1338.25 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0102909;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.869;QD=60.1459;RBI=0.0135806;REFB=-0.0207594;REVB=0.00886172;RO=1;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119943;STB=0.512497;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000662439;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:89:1:2:87:87:0.977528:39:48:0:1:39:48:0:2 chr10 120917445 . G A 786.59 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.018062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.283;QD=55.1991;RBI=0.0318248;REFB=-0.00331708;REVB=0.0262027;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000255965;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:56:56:0.982456:22:34:0:0:23:33:1:0 chr10 120919246 . T C 403.97 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201644;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.868;QD=53.862;RBI=0.0211039;REFB=-0.0627843;REVB=-0.00622651;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000670151;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:0:1:29:29:0.966667:12:17:0:0:12:17:1:0 chr10 120920588 . T C 630.82 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4458;QD=61.5431;RBI=0.022743;REFB=0;REVB=0.00961323;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126636;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr10 121199310 . T C 365.81 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.0238628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2545;QD=18.7596;RBI=0.0238766;REFB=-0.0258259;REVB=0.000812057;RO=40;SAF=11;SAR=27;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137381;STB=0.57588;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0231959;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:27:11:7:33:27:11:7:33 chr10 121429597 . C T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0681025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.01;QD=25.711;RBI=0.0690617;REFB=-0.0187698;REVB=-0.0114708;RO=5;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157777;STB=0.620497;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00645632;OID=.;OPOS=121429597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:5:6:13:13:0.684211:9:4:3:2:9:4:4:2 chr10 121436362 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0142916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.84;QD=16.7846;RBI=0.0186023;REFB=-0.0177144;REVB=-0.0119078;RO=33;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161256;STB=0.59146;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0194205;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:23:6:11:22:23:6:11:22 chr10 121527997 . C T 297.09 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00917368;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.525;QD=17.737;RBI=0.0102539;REFB=-0.00469002;REVB=-0.00458116;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174305;STB=0.508881;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0056939;OID=.;OPOS=121527997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:31:32:0.477612:15:16:18:17:15:17:18:17 chr10 121551581 . A C 462.98 PASS AF=0.451327;AO=49;DP=111;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0011251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.64;QD=16.3885;RBI=0.00851989;REFB=-0.00943173;REVB=0.00844528;RO=62;SAF=31;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879234;STB=0.545305;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0120593;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:62:62:49:51:0.451327:18:31:34:28:19:32:34:28 chr10 121589402 . T G 1088.1 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0027546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.509;QD=55.0935;RBI=0.0163812;REFB=4.39084e-05;REVB=0.0161479;RO=4;SAF=43;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327433;STB=0.516645;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-5.36296e-06;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:79:4:4:74:75:0.949367:31:43:1:3:32:43:1:3 chr10 121679013 . A G 2020.67 PASS AF=0.970588;AO=131;DP=135;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0147972;FXX=0.0215812;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.16;QD=59.4314;RBI=0.0153728;REFB=-0.0631639;REVB=0.00416733;RO=3;SAF=60;SAR=71;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893044;STB=0.50112;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=8.35251e-05;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:135:136:3:4:131:132:0.970588:71:60:2:1:71:61:2:2 chr10 121718112 . C T 407.32 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0873008;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4488;QD=19.6301;RBI=0.0903219;REFB=-0.0283547;REVB=0.0231649;RO=40;SAF=12;SAR=29;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597759;STB=0.551604;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0188434;OID=.;OPOS=121718112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:40:42:41:41:0.493976:29:12:14:26:29:12:16:26 chr10 122348969 . C T 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0554893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1373;QD=24.5155;RBI=0.0597628;REFB=-0.00165221;REVB=0.0221932;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587174;STB=0.532601;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00292941;OID=.;OPOS=122348969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:9:13:14:13:9:13 chr10 122358342 . G C 1384.31 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0400116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.459;QD=58.9066;RBI=0.063794;REFB=-0.0809923;REVB=0.0496865;RO=2;SAF=59;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157967;STB=0.512394;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00100568;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:91:91:0.968085:32:59:2:0:32:59:3:0 chr10 122358463 . G A 1961.92 PASS AF=0.949275;AO=131;DP=138;FAO=131;FDP=138;FR=.;FRO=7;FSAF=88;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0231481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.574;QD=56.8672;RBI=0.0356541;REFB=-0.141422;REVB=0.0271179;RO=3;SAF=88;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162198;STB=0.52979;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00137525;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:138:138:3:7:131:131:0.949275:43:88:1:2:43:88:1:6 chr10 122358649 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0326098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1624;QD=20.7542;RBI=0.0440396;REFB=-0.00321481;REVB=-0.0295987;RO=12;SAF=1;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56213;STB=0.829927;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000368123;OID=.;OPOS=122358649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:14:1:6:6:14:1:6:6 chr10 122358657 . A AGTGT,T 180.0 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,12;DP=16;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216358,-0.0104209;FXX=0.117578;HRUN=0,3;LEN=4,1;MLLD=237.022,82.9402;QD=47.9988;RBI=0.0232565,0.0213411;REFB=0,0;REVB=0.00852983,-0.0186238;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.013219,0.028042;OID=.,.;OPOS=122358658,122358657;OREF=-,A;OALT=GTGT,T;OMAPALT=AGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:16:15:0:0:2,12:2,13:0.133333,0.866667:1,10:1,2:0:0:1,10:1,3:0:0 chr10 122359052 . A T 418.98 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00691748;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.998;QD=25.3929;RBI=0.00937913;REFB=-0.007792;REVB=0.00633376;RO=26;SAF=27;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107076;STB=0.558745;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00400308;OID=.;OPOS=122359052;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:26:26:40:40:0.606061:13:27:14:12:13:27:14:12 chr10 123170525 . C T 413.22 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.0293494;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4758;QD=15.0261;RBI=0.0297297;REFB=-0.0380753;REVB=0.00474006;RO=60;SAF=19;SAR=28;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274006;STB=0.655526;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0483291;OID=.;OPOS=123170525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:60:63:47:47:0.427273:28:19:41:19:28:19:43:20 chr10 123239112 . G A 2599.51 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.066;QD=61.893;RBI=0.0352107;REFB=0;REVB=0.0293917;RO=0;SAF=97;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55606e-05;OID=.;OPOS=123239112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:168:0:0:164:168:1:67:97:0:0:70:98:0:0 chr10 123298158 . T C 1180.89 PASS AF=0.481633;AO=118;DP=245;FAO=118;FDP=245;FR=.;FRO=127;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.00151937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.456;QD=19.2799;RBI=0.00297381;REFB=-0.0142334;REVB=-0.00255637;RO=127;SAF=67;SAR=51;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038352;STB=0.521123;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0139195;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:127:127:118:118:0.481633:51:67:67:60:51:67:67:60 chr10 123549691 . T G 192.18 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00492658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.187;QD=15.6883;RBI=0.01346;REFB=-0.0019024;REVB=0.012526;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261263;STB=0.619603;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00298171;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:19:20:0.408163:11:8:19:9:11:9:19:10 chr10 123596254 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7437;QD=49.5984;RBI=0.0844882;REFB=0;REVB=0.0794452;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341367;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr10 123673339 . T C 618.36 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.685;QD=58.8913;RBI=0.0407289;REFB=-0.0485859;REVB=0.0221087;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000488875;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:0:1:24:17:0:1 chr10 123733511 . C G 166.58 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00505509;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.988;QD=14.1766;RBI=0.0350808;REFB=-0.00353246;REVB=-0.0347146;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256834;STB=0.647993;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0101151;OID=.;OPOS=123733511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:20:9:10:8:20:9 chr10 123845322 . T C 774.0 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.505;QD=56.2909;RBI=0.0318773;REFB=0;REVB=-0.00347223;RO=0;SAF=46;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63227e-05;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:9:46:0:0:9:46:0:0 chr10 123970378 . GACCCCCCCA CGACCCCCCA,GACCCCCCA,GACCCCCCCC 37.69 PASS AF=0,0.289474,0;AO=2,13,2;DP=41;FAO=0,11,0;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=0,9,0;FSAR=0,2,0;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0559044,0.0193095,-0.0480976;FXX=0.0256345;HRUN=1,7,1;LEN=3,1,1;MLLD=23.5418,7.62342,137.848;QD=3.96704;RBI=0.123289,0.279322,0.0482051;REFB=-0.0643858,-0.0834723,0.0038245;REVB=0.109885,0.278654,0.00321856;RO=17;SAF=1,12,0;SAR=1,1,2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.216821,0.411762,-0.626525;STB=0.5,0.616203,0.5;STBP=1,0.425,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0684757,0;OID=.,.,.;OPOS=123970378,123970380,123970387;OREF=GAC,C,A;OALT=CGA,-,C;OMAPALT=CGACCCCCCA,GACCCCCCA,GACCCCCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:41:38:17:27:2,13,2:0,11,0:0,0.289474,0:1,1,2:1,12,0:12:5:0,2,0:0,9,0:19:8 chr10 123970530 . T C 418.06 PASS AF=0.429825;AO=45;DP=110;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0396896;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.895;QD=14.6689;RBI=0.0405697;REFB=-0.00700447;REVB=-0.00840433;RO=62;SAF=35;SAR=10;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228262;STB=0.624945;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0231919;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:62:65:45:49:0.429825:10:35:37:25:12:37:37:28 chr10 123970569 . C T 737.71 PASS AF=0.5;AO=73;DP=148;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0102654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.296;QD=19.4134;RBI=0.0380967;REFB=-0.000793854;REVB=-0.0366876;RO=74;SAF=48;SAR=25;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035911;STB=0.528693;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00046233;OID=.;OPOS=123970569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:152:74:76:73:76:0.5:25:48:46:28:26:50:46:30 chr10 123970722 . T A 419.86 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0623882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0693;QD=14.6038;RBI=0.0670441;REFB=-0.00541792;REVB=-0.0245484;RO=67;SAF=30;SAR=18;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354075;STB=0.519898;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0076499;OID=.;OPOS=123970722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:18:30:44:23:18:30:44:23 chr10 123976391 . C A 1586.55 PASS AF=0.948276;AO=110;DP=116;FAO=110;FDP=116;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0420044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.484;QD=54.7088;RBI=0.0448341;REFB=-0.194161;REVB=0.0156756;RO=6;SAF=59;SAR=51;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458642;STB=0.524189;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00363604;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:116:116:6:6:110:110:0.948276:51:59:6:0:51:59:6:0 chr10 123997018 . G A 293.58 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0206544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5893;QD=14.3209;RBI=0.0356687;REFB=0.00631491;REVB=0.0290801;RO=48;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103081;STB=0.564916;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00760194;OID=.;OPOS=123997018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:48:33:34:0.414634:21:12:22:26:22:12:22:26 chr10 124089036 . G A 186.09 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00465068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.221;QD=8.55582;RBI=0.0196015;REFB=-0.0136722;REVB=0.0190418;RO=60;SAF=17;SAR=8;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144478;STB=0.599917;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0275824;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:62:25:25:0.287356:8:17:34:26:8:17:34:28 chr10 124096035 . T C 248.89 PASS AF=0.589744;AO=20;DP=36;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0206751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.094;QD=25.5268;RBI=0.0230639;REFB=-0.0072136;REVB=0.0102218;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192542;STB=0.661924;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00451831;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:13:16:20:23:0.589744:13:7:8:5:16:7:11:5 chr10 124096041 . T C 230.89 PASS AF=0.55;AO=23;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0566898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.868;QD=23.0887;RBI=0.056784;REFB=-0.0104447;REVB=-0.00326883;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290919;STB=0.659575;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00298565;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:18:23:22:0.55:16:7:11:5:15:7:12:6 chr10 124096061 . A C 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0145408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.621;QD=24.1571;RBI=0.017397;REFB=-0.00837236;REVB=-0.00955092;RO=21;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25326;STB=0.639905;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00605254;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:20:10:14:7:20:10:14:7 chr10 124183697 . T G 62.64 PASS AF=0.118881;AO=16;DP=152;FAO=17;FDP=143;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=51;FWDB=6.60748e-05;FXX=0.0592066;HRUN=22;LEN=1;MLLD=159.718;QD=1.75211;RBI=0.0247403;REFB=-0.00023551;REVB=-0.0247402;RO=117;SAF=7;SAR=9;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175841;STB=0.657402;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00116775;OID=.;OPOS=124183697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:152:143:117:126:16:17:0.118881:9:7:68:49:10:7:75:51 chr10 124183698 . T G 158.03 PASS AF=0.186667;AO=30;DP=157;FAO=28;FDP=150;FR=.;FRO=122;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=0.00149481;FXX=0.0445831;HRUN=22;LEN=1;MLLD=160.308;QD=4.21414;RBI=0.0232104;REFB=-0.00340631;REVB=-0.0231622;RO=121;SAF=14;SAR=16;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131739;STB=0.531228;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00860132;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:150:121:122:30:28:0.186667:16:14:69:52:13:15:70:52 chr10 124183699 . T G 113.67 PASS AF=0.150943;AO=25;DP=161;FAO=24;FDP=159;FR=.;FRO=135;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=-0.00016943;FXX=0.0245384;HRUN=22;LEN=1;MLLD=182.762;QD=2.85953;RBI=0.0222969;REFB=-0.00387183;REVB=-0.0222963;RO=134;SAF=13;SAR=12;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221504;STB=0.507111;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0140409;OID=.;OPOS=124183699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:134:135:25:24:0.150943:12:13:72:62:11:13:72:63 chr10 124183732 . T C 4960.82 PASS AF=1;AO=313;DP=317;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595697;FXX=0.00937471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0344;QD=62.5972;RBI=0.0226334;REFB=-0.0587027;REVB=-0.0218354;RO=1;SAF=150;SAR=163;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781485;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:317:317:1:0:313:317:1:163:150:1:0:167:150:0:0 chr10 124189197 . A G 1097.84 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0667679;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7367;QD=57.7808;RBI=0.0767333;REFB=-0.136833;REVB=0.037816;RO=1;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171975;STB=0.517852;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0051674;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:76:1:2:74:74:0.973684:27:47:0:1:27:47:0:2 chr10 124214448 . G T 424.26 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00675848;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.675;QD=18.4462;RBI=0.0239888;REFB=-0.0127052;REVB=-0.0230171;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566707;STB=0.531651;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0121365;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:49:43:43:0.467391:16:27:28:21:16:27:28:21 chr10 124320355 . G A 233.75 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=87;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0484101;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6223;QD=11.1311;RBI=0.0485379;REFB=-0.00465054;REVB=-0.00352099;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145379;STB=0.586147;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00965893;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:50:55:28:29:0.345238:16:12:28:22:17:12:30:25 chr10 124325512 . G A 600.29 PASS AF=0.440559;AO=62;DP=140;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0140727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.713;QD=16.7913;RBI=0.0143402;REFB=-0.00815629;REVB=-0.00275715;RO=77;SAF=37;SAR=25;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392073;STB=0.528443;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.010543;OID=.;OPOS=124325512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:77:80:62:63:0.440559:25:37:43:34:26:37:43:37 chr10 124329672 . TC CT 135.68 PASS AF=0.311688;AO=35;DP=94;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.0970574;FXX=0.180832;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.064;QD=7.04852;RBI=0.102601;REFB=-0.0372112;REVB=0.0332683;RO=52;SAF=21;SAR=14;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104007;STB=0.58755;STBP=0.368;TYPE=mnp;VARB=0.0247425;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:77:52:53:35:24:0.311688:14:21:36:16:5:19:37:16 chr10 124329710 . C A 368.63 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.00334619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.041;QD=16.7557;RBI=0.0033725;REFB=-0.00679025;REVB=0.000420422;RO=45;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192084;STB=0.623598;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00612836;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:45:49:39:39:0.443182:18:21:33:12:18:21:37:12 chr10 124329746 . A T 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.0172954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.573;QD=11.2162;RBI=0.0185909;REFB=-0.0147741;REVB=0.00681831;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267507;STB=0.66205;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0124259;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:48:26:26:0.351351:13:13:34:12:13:13:36:12 chr10 124330427 . C T 443.34 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0216565;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.878;QD=15.8337;RBI=0.0427855;REFB=-0.00035021;REVB=-0.0368999;RO=62;SAF=31;SAR=18;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229418;STB=0.624262;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00135257;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:63:49:49:0.4375:18:31:25:37:18:31:26:37 chr10 124330459 . G A 556.59 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0171651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.837;QD=18.7089;RBI=0.0281781;REFB=0.00504733;REVB=-0.0223464;RO=61;SAF=22;SAR=36;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152283;STB=0.584386;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00546146;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:36:22:33:28:36:22:33:28 chr10 124331867 . C T 2808.94 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.786;QD=62.7695;RBI=0.0114362;REFB=0;REVB=-0.011153;RO=0;SAF=79;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90831e-06;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:100:79:0:0:100:79:0:0 chr10 124333297 . G T 310.8 PASS AF=0.29078;AO=41;DP=142;FAO=41;FDP=141;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.00121803;FXX=0.0275843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.763;QD=8.81693;RBI=0.00135409;REFB=-0.00064584;REVB=-0.000591573;RO=98;SAF=22;SAR=19;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00511166;STB=0.502434;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00189372;OID=.;OPOS=124333297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:98:100:41:41:0.29078:19:22:53:45:19:22:54:46 chr10 124337380 . G A 294.32 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0319536;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.068;QD=14.5342;RBI=0.0333025;REFB=-0.0100375;REVB=-0.00938215;RO=48;SAF=3;SAR=30;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492402;STB=0.788309;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0140325;OID=.;OPOS=124337380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:48:33:33:0.407407:30:3:19:29:30:3:19:29 chr10 124339332 . T C 2199.29 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657675;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5377;QD=63.289;RBI=0.0658974;REFB=0;REVB=0.00413572;RO=0;SAF=91;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129262;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:47:91:0:0:48:91:0:0 chr10 124340406 . G C 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0277595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.398;QD=17.0884;RBI=0.0282009;REFB=-0.00295414;REVB=0.00496961;RO=25;SAF=2;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548371;STB=0.832243;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000591771;OID=.;OPOS=124340406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:28:25:25:0.471698:23:2:12:13:23:2:14:14 chr10 124340407 . C T 216.04 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.00332736;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.491;QD=16.6187;RBI=0.0179455;REFB=0.000809917;REVB=-0.0176343;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278909;STB=0.655515;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00111049;OID=.;OPOS=124340407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:5:23:13:11:5:23 chr10 124348643 . G A 1341.27 PASS AF=0.927835;AO=90;DP=98;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00227368;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.64;QD=55.3101;RBI=0.00629411;REFB=0.0258534;REVB=0.00586908;RO=7;SAF=42;SAR=48;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01434;STB=0.507585;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000190102;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:98:97:7:7:90:90:0.927835:48:42:4:3:48:42:4:3 chr10 124351013 . C T 1120.25 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0208696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.035;QD=58.9607;RBI=0.0219306;REFB=-0.0967499;REVB=-0.00673874;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150156;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00112852;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:43:31:1:0:43:32:1:0 chr10 124351954 . G A 1249.96 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.89;QD=60.239;RBI=0.0570404;REFB=0.048299;REVB=0.0558235;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.506171;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-3.94067e-05;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:42:40:1:0:42:40:1:0 chr10 124353100 . C T 646.43 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0156688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.705;QD=50.7003;RBI=0.0157399;REFB=-0.0031148;REVB=0.00149385;RO=3;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053171;STB=0.52829;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000403557;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:25:23:0:3:25:23:0:3 chr10 124357536 . T A 774.33 PASS AF=0.465909;AO=79;DP=174;FAO=82;FDP=176;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.0394935;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9421;QD=17.5985;RBI=0.0541592;REFB=-0.0117768;REVB=-0.0370605;RO=95;SAF=34;SAR=45;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844906;STB=0.531833;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0166621;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:95:94:79:82:0.465909:45:34:49:46:45:37:48:46 chr10 124358420 . C A,G 2645.11 PASS AF=0.508475,0.491525;AO=90,87;DP=177;FAO=90,87;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=32,47;FSAR=58,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376509,0.080899;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.479,39.2072;QD=59.7765;RBI=0.0527393,0.0864211;REFB=0,0;REVB=0.0369302,0.0303968;RO=0;SAF=32,47;SAR=58,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0119143,-0.0148073;OID=.,.;OPOS=124358420,124358420;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:177:177:0:0:90,87:90,87:0.508475,0.491525:58,40:32,47:0:0:58,40:32,47:0:0 chr10 124358483 . G A 677.15 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.0687625;FXX=0.0149243;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0091;QD=20.5198;RBI=0.0781873;REFB=-0.0193989;REVB=-0.0372151;RO=63;SAF=37;SAR=30;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218293;STB=0.618695;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0190575;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:63:65:67:67:0.507576:30:37:19:44:30:37:20:45 chr10 124377608 . A G 513.26 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00239125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.663;QD=24.4409;RBI=0.0151421;REFB=-0.0302198;REVB=-0.0149521;RO=36;SAF=17;SAR=31;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919241;STB=0.550203;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0168401;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:31:17:9:27:31:17:9:27 chr10 124377636 . C T 189.34 PASS AF=0.27957;AO=24;DP=91;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0109582;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.203;QD=8.1436;RBI=0.0159139;REFB=-0.00950678;REVB=-0.0115399;RO=67;SAF=7;SAR=17;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131905;STB=0.564524;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0172169;OID=.;OPOS=124377636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:67:67:24:26:0.27957:17:7:26:41:18:8:26:41 chr10 124377660 . C T 263.59 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0387451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.237;QD=10.4392;RBI=0.0393838;REFB=-0.006117;REVB=-0.0070637;RO=67;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428207;STB=0.52918;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0135522;OID=.;OPOS=124377660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:68:33:33:0.326733:18:15:28:39:18:15:28:40 chr10 124377837 . T C 978.66 PASS AF=0.549708;AO=93;DP=170;FAO=94;FDP=171;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00560325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.245;QD=22.8926;RBI=0.0254649;REFB=-0.013245;REVB=0.0248408;RO=76;SAF=46;SAR=47;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477912;STB=0.531072;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0112979;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:76:77:93:94:0.549708:47:46:42:34:48:46:43:34 chr10 124379794 . G A 863.5 PASS AF=0.5;AO=86;DP=173;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0145169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.036;QD=19.8505;RBI=0.0284074;REFB=0.0183561;REVB=-0.024418;RO=87;SAF=32;SAR=54;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146579;STB=0.576391;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0188377;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:87:87:86:87:0.5:54:32:46:41:54:33:46:41 chr10 124380676 . C A 627.88 PASS AF=0.392265;AO=71;DP=184;FAO=71;FDP=181;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=0.00237496;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.334;QD=13.8759;RBI=0.00848337;REFB=-0.00514125;REVB=-0.00814415;RO=113;SAF=49;SAR=22;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11692;STB=0.561051;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00858364;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:181:113:110:71:71:0.392265:22:49:67:46:22:49:66:44 chr10 124402677 . A G 1359.54 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341753;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3846;QD=62.5078;RBI=0.0645504;REFB=0;REVB=-0.0547613;RO=0;SAF=62;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18527e-05;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:24:62:0:0:24:63:0:0 chr10 124457452 . C T 2339.54 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635481;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.425;QD=60.3754;RBI=0.0647524;REFB=0;REVB=0.0124303;RO=0;SAF=72;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053871;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:155:0:0:144:155:1:72:72:0:0:72:83:0:0 chr10 124457906 . C T 1122.94 PASS AF=0.591954;AO=103;DP=174;FAO=103;FDP=174;FR=.;FRO=71;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.000416815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.246;QD=25.8146;RBI=0.00520937;REFB=-0.00909815;REVB=0.00519267;RO=69;SAF=52;SAR=51;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125022;STB=0.50664;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00589047;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:69:71:103:103:0.591954:51:52:36:33:51:52:37:34 chr10 124457969 . C G 286.07 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0531637;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1559;QD=10.4027;RBI=0.0778387;REFB=-0.00259518;REVB=-0.056855;RO=71;SAF=18;SAR=19;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737245;STB=0.504422;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00553049;OID=.;OPOS=124457969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:73:37:37:0.336364:19:18:35:36:19:18:36:37 chr10 124459139 . T C 386.82 PASS AF=0.603175;AO=36;DP=62;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00967231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7728;QD=24.56;RBI=0.0229455;REFB=-0.000946044;REVB=-0.0208072;RO=25;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012815;STB=0.519074;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00042711;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:25:36:38:0.603175:21:15:10:15:21:17:10:15 chr10 124598653 . T C 807.84 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.00881028;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.882;QD=19.0081;RBI=0.0209764;REFB=0.00467397;REVB=-0.0190365;RO=86;SAF=50;SAR=33;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422241;STB=0.520752;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00470942;OID=.;OPOS=124598653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:87:83:83:0.488235:33:50:48:38:33:50:49:38 chr10 124816515 . C G 770.12 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1537;QD=57.0459;RBI=0.054406;REFB=0;REVB=-0.0123124;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000695316;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:31:21:0:0:31:23:0:0 chr10 125426412 . A G 359.54 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0365139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.257;QD=17.3273;RBI=0.0378717;REFB=-0.0156125;REVB=-0.0100501;RO=44;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493655;STB=0.50752;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.014445;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:38:38:0.457831:14:24:28:16:14:24:29:16 chr10 125426565 . G C 1549.13 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.555;QD=63.8817;RBI=0.008979;REFB=0;REVB=-0.000599541;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13062e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:48:49:0:0 chr10 125449015 . G A 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.329;QD=60.8822;RBI=0.0315395;REFB=0;REVB=-0.00271554;RO=0;SAF=53;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21813e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:24:53:0:0:24:53:0:0 chr10 125449340 . T C 472.01 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0201247;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.42;QD=17.3213;RBI=0.0240694;REFB=-0.0117802;REVB=0.0132035;RO=57;SAF=30;SAR=21;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222776;STB=0.618951;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0153534;OID=.;OPOS=125449340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:57:58:51:51:0.46789:21:30:20:37:21:30:21:37 chr10 125450857 . C G 1176.55 PASS AF=1;AO=67;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.338;QD=58.8275;RBI=0.113257;REFB=-0.0760662;REVB=0.053791;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102725;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:1:0:67:80:1:33:34:1:0:34:46:0:0 chr10 125506302 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.176;QD=62.35;RBI=0.0199318;REFB=0;REVB=0.0188526;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71124e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr10 125521533 . G A 955.54 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00263903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.956;QD=54.6021;RBI=0.0508675;REFB=-0.0899079;REVB=0.050799;RO=3;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060173;STB=0.504586;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00039533;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:3:2:66:68:0.971429:22:44:0:3:24:44:1:1 chr10 125521590 . G A 873.94 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.919;QD=57.3072;RBI=0.0258293;REFB=0;REVB=-0.0165546;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00301874;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:51:61:1:17:34:0:0:27:34:0:0 chr10 125528048 . G A 3676.04 PASS AF=0.9875;AO=234;DP=244;FAO=237;FDP=240;FR=.;FRO=3;FSAF=126;FSAR=111;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0160803;FXX=0.0163928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.992;QD=61.2673;RBI=0.0160872;REFB=-0.114795;REVB=0.000468985;RO=1;SAF=124;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382795;STB=0.505882;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000356863;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:244:240:1:3:234:237:0.9875:110:124:1:0:111:126:3:0 chr10 125769728 . C T 1246.82 PASS AF=0.5;AO=126;DP=252;FAO=126;FDP=252;FR=.;FRO=126;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=-0.00925267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.236;QD=19.7909;RBI=0.00977718;REFB=0.00356245;REVB=-0.00315932;RO=126;SAF=60;SAR=66;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578172;STB=0.531717;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00346035;OID=.;OPOS=125769728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:126:126:126:126:0.5:66:60:68:58:66:60:68:58 chr10 125780896 . G A 171.59 PASS AF=0.306667;AO=24;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0256032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5945;QD=9.15148;RBI=0.0433696;REFB=-0.0420464;REVB=-0.0350057;RO=51;SAF=17;SAR=7;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243073;STB=0.629649;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0739963;OID=.;OPOS=125780896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:52:24:23:0.306667:7:17:26:25:7:16:27:25 chr10 126089434 . G A 282.2 PASS AF=0.56;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0220563;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.539;QD=22.5763;RBI=0.0361475;REFB=-0.036741;REVB=-0.0286385;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908685;STB=0.550261;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0155069;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:22:28:28:0.56:12:16:15:7:12:16:15:7 chr10 126136112 . A G 219.57 PASS AF=0.7;AO=19;DP=28;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0632284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5021;QD=29.2761;RBI=0.0637241;REFB=-0.0444041;REVB=0.00793282;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821641;STB=0.556908;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0117899;OID=.;OPOS=126136112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:30:9:9:19:21:0.7:9:10:6:3:11:10:6:3 chr10 126136239 . A G 329.67 PASS AF=0.54386;AO=17;DP=62;FAO=31;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0490448;FXX=0.095223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6731;QD=23.1349;RBI=0.0600735;REFB=-0.0384555;REVB=-0.0346906;RO=13;SAF=15;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339079;STB=0.791311;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0145998;OID=.;OPOS=126136239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:57:13:22:17:31:0.54386:2:15:8:5:2:29:13:9 chr10 126172863 . A G 1065.73 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415854;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.396;QD=60.0414;RBI=0.0418166;REFB=0;REVB=0.00439091;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111335;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr10 126523504 . C T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.050762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.071;QD=26.372;RBI=0.0543328;REFB=-0.00388985;REVB=0.0193721;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488322;STB=0.527005;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00351978;OID=.;OPOS=126523504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:5:11:15:9:5:11 chr10 126670356 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7781;QD=54.5151;RBI=0.0475218;REFB=0;REVB=0.047083;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570436;OID=.;OPOS=126670356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 126674227 . C CT 878.23 PASS AF=1;AO=104;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035001;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.97231;QD=28.5603;RBI=0.0722502;REFB=0;REVB=-0.0721653;RO=12;SAF=58;SAR=46;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000162416;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:124:123:123:0:68:55:0:0:21:12:58:46:7:5 chr10 126675759 . A AAGAT 1057.49 PASS AF=0.774775;AO=81;DP=120;FAO=86;FDP=111;FR=.;FRO=25;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0132612;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=4;MLLD=285.069;QD=38.1076;RBI=0.0193868;REFB=-0.0538647;REVB=0.0141416;RO=32;SAF=37;SAR=44;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169969;STB=0.57757;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0106021;OID=.;OPOS=126675760;OREF=-;OALT=AGAT;OMAPALT=AAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.774775:81:120:86:111:25:39:47:20:5:99:32:37:44:25:7 chr10 126683111 . C T 39.39 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=-0.0104248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.091;QD=1.08653;RBI=0.0322714;REFB=-0.00291238;REVB=-0.0305412;RO=130;SAF=9;SAR=3;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303941;STB=0.746992;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0221098;OID=.;OPOS=126683111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:144:145:130:133:12:12:0.0827586:3:9:63:67:3:9:64:69 chr10 126683123 . A C 50.27 PASS AF=0.0979021;AO=14;DP=143;FAO=14;FDP=143;FR=.;FRO=129;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=66;FWDB=-0.0587799;FXX=0.0137922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4265;QD=1.40604;RBI=0.0591837;REFB=-0.00390719;REVB=0.00690197;RO=129;SAF=8;SAR=6;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892931;STB=0.574744;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0319844;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:143:143:129:129:14:14:0.0979021:6:8:64:65:6:8:63:66 chr10 126683132 . A T 46.16 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=0.00807429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.122;QD=1.31879;RBI=0.0204359;REFB=-0.000576366;REVB=-0.0187732;RO=117;SAF=10;SAR=3;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330122;STB=0.778799;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00362711;OID=.;OPOS=126683132;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:140:117:127:13:13:0.0928571:3:10:58:59:3:10:58:69 chr10 126683146 . C A 47.53 PASS AF=0.0962963;AO=13;DP=135;FAO=13;FDP=135;FR=.;FRO=122;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=0.0489676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7429;QD=1.40832;RBI=0.0489715;REFB=0.00399616;REVB=0.000621423;RO=120;SAF=10;SAR=3;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37231;STB=0.786712;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0929894;OID=.;OPOS=126683146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:135:135:120:122:13:13:0.0962963:3:10:54:66:3:10:54:68 chr10 126683151 . C T 49.41 PASS AF=0.100775;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=129;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=-0.00881267;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1351;QD=1.5322;RBI=0.0173549;REFB=0.00213736;REVB=-0.0149509;RO=115;SAF=7;SAR=6;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102468;STB=0.580447;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0374693;OID=.;OPOS=126683151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:130:129:115:116:13:13:0.100775:6:7:52:63:6:7:52:64 chr10 126683152 . G A 37.68 PASS AF=0.0859375;AO=11;DP=129;FAO=11;FDP=128;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.00163606;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.514;QD=1.17764;RBI=0.0419938;REFB=0.000780985;REVB=0.0419619;RO=115;SAF=9;SAR=2;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443412;STB=0.83974;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00433714;OID=.;OPOS=126683152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:128:115:117:11:11:0.0859375:2:9:48:67:2:9:50:67 chr10 126683162 . C T 50.96 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=0.00121548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.626;QD=1.64385;RBI=0.00361155;REFB=-8.41106e-05;REVB=0.00340087;RO=110;SAF=8;SAR=5;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20169;STB=0.652633;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000474993;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:124:124:110:111:13:13:0.104839:5:8:49:61:5:8:49:62 chr10 126683190 . C A 31.44 PASS AF=0.0909091;AO=7;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.000946829;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.11;QD=1.42895;RBI=0.00413585;REFB=-0.0018521;REVB=-0.00402601;RO=80;SAF=4;SAR=3;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173283;STB=0.579352;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0104239;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:7:8:0.0909091:3:4:33:47:4:4:33:47 chr10 126714714 . G C 594.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.6;QD=60.9595;RBI=0.0429663;REFB=0;REVB=0.0340434;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142643;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr10 126714966 . A G 344.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516821;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8633;QD=55.1373;RBI=0.105132;REFB=0;REVB=-0.0915518;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128431;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr10 126715692 . C T 394.43 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-4.95411e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.731;QD=13.8398;RBI=0.00687371;REFB=-0.0201776;REVB=-0.00687353;RO=66;SAF=28;SAR=18;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840554;STB=0.557352;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0283933;OID=.;OPOS=126715692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:68:46:46:0.403509:18:28:35:31:18:28:35:33 chr10 126721441 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.456;QD=53.2772;RBI=0.0478797;REFB=0;REVB=0.0154229;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01131e-05;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr10 126727602 . T A 89.54 PASS AF=0.152542;AO=18;DP=118;FAO=18;FDP=118;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=84;FWDB=-0.0209778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.366;QD=3.03534;RBI=0.0272714;REFB=0.00213022;REVB=0.0174259;RO=99;SAF=4;SAR=14;SRF=16;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123945;STB=0.583251;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00904242;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:118:118:99:100:18:18:0.152542:14:4:16:83:14:4:16:84 chr10 126727604 . T C 101.63 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=77;FWDB=-0.0432907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3583;QD=3.62968;RBI=0.0440092;REFB=-0.00119744;REVB=-0.00791979;RO=93;SAF=4;SAR=15;SRF=16;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788868;STB=0.550848;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0069884;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:93:93:19:19:0.169643:15:4:16:77:15:4:16:77 chr10 126727630 . T G 90.85 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=55;FWDB=0.0154767;FXX=0.0731618;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.234;QD=4.78169;RBI=0.0184951;REFB=0.0030937;REVB=0.0101263;RO=61;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343735;STB=0.705691;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0102537;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:82:76:61:61:15:15:0.197368:11:4:6:55:11:4:6:55 chr10 127265374 . T C 620.2 PASS AF=0.445161;AO=64;DP=150;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00992076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8728;QD=16.005;RBI=0.0171406;REFB=-0.0157727;REVB=0.0139777;RO=85;SAF=28;SAR=36;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267793;STB=0.507345;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0150247;OID=.;OPOS=127265374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:155:85:86:64:69:0.445161:36:28:35:50:41:28:36:50 chr10 127441439 . G A 526.7 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00326977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.679;QD=24.4975;RBI=0.00339031;REFB=-0.00188112;REVB=0.000895962;RO=37;SAF=29;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412977;STB=0.52264;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00147401;OID=.;OPOS=127441439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:20:29:20:17:20:29:20:17 chr10 127445408 . G T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3294;QD=51.9142;RBI=0.061782;REFB=0;REVB=-0.0560923;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00199223;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr10 127462525 . A G 212.76 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0625137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8542;QD=20.2626;RBI=0.0704338;REFB=-0.0660977;REVB=-0.0324493;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143476;STB=0.581314;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0254401;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:15:6:9:12:15:6:9:12 chr10 127530325 . T C 282.11 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00949743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.951;QD=14.655;RBI=0.0191821;REFB=-0.0242387;REVB=0.0166658;RO=44;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188602;STB=0.613962;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0286155;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:44:45:32:32:0.415584:11:21:21:23:11:21:21:24 chr10 127579186 . C A 103.99 PASS AF=0.118721;AO=25;DP=220;FAO=26;FDP=219;FR=.;FRO=193;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=112;FSRR=81;FWDB=-0.0277638;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.108;QD=1.89928;RBI=0.0287653;REFB=-0.00695855;REVB=-0.00752423;RO=194;SAF=15;SAR=10;SRF=111;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354518;STB=0.503058;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0548647;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:194:193:25:26:0.118721:10:15:111:83:11:15:112:81 chr10 127579210 . T C 266.88 PASS AF=0.188;AO=47;DP=250;FAO=47;FDP=250;FR=.;FRO=203;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=113;FSRR=90;FWDB=0.000440036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.588;QD=4.27013;RBI=0.0245664;REFB=0.00169336;REVB=0.0245624;RO=201;SAF=28;SAR=19;SRF=112;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050848;STB=0.532528;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00692202;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:201:203:47:47:0.188:19:28:112:89:19:28:113:90 chr10 127579238 . G T 329.57 PASS AF=0.213178;AO=55;DP=256;FAO=55;FDP=258;FR=.;FRO=203;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=114;FSRR=89;FWDB=-0.0116647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.851;QD=5.10962;RBI=0.0223839;REFB=-0.00554388;REVB=-0.0191043;RO=200;SAF=30;SAR=25;SRF=111;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123388;STB=0.512816;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0231923;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:200:203:55:55:0.213178:25:30:111:89:25:30:114:89 chr10 127579264 . A G 30.5 PASS AF=0.0611354;AO=14;DP=229;FAO=14;FDP=229;FR=.;FRO=215;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=122;FSRR=93;FWDB=-0.0297976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0319;QD=0.532772;RBI=0.0333985;REFB=-0.00283996;REVB=-0.0150853;RO=213;SAF=5;SAR=9;SRF=121;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21781;STB=0.691208;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0511612;OID=.;OPOS=127579264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:229:229:213:215:14:14:0.0611354:9:5:121:92:9:5:122:93 chr10 127585173 . T C 104.35 PASS AF=0.571429;AO=10;DP=19;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0434691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.342;QD=19.8767;RBI=0.0525657;REFB=-0.0436018;REVB=0.0295565;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382806;STB=0.731312;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0164007;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:21:9:9:10:12:0.571429:7:3:7:2:9:3:7:2 chr10 127585179 . G C 184.53 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0273689;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.965;QD=35.1487;RBI=0.0273857;REFB=-0.0311048;REVB=0.000961234;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160714;STB=0.564895;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00376375;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:3:4:17:17:0.809524:10:7:3:0:10:7:3:1 chr10 127585195 . C G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0104835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3848;QD=9.19976;RBI=0.0256128;REFB=-0.00171872;REVB=-0.023369;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.666661;STB=0.899039;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000239065;OID=.;OPOS=127585195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:11:2:6:1:11:2 chr10 127668431 . A G 437.05 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0337405;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.653;QD=17.3091;RBI=0.0348975;REFB=-0.0188166;REVB=-0.00891162;RO=52;SAF=24;SAR=23;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262929;STB=0.52404;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0235269;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:52:54:47:47:0.465347:23:24:28:24:23:24:30:24 chr10 127677374 . A G 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0431309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.286;QD=11.3682;RBI=0.0462075;REFB=-0.00307157;REVB=0.0165789;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642199;STB=0.538391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00497506;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:8:11:7:4:8:11 chr10 127753478 . G A 363.9 PASS AF=0.481481;AO=37;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00575887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.675;QD=17.9704;RBI=0.009138;REFB=-0.00415148;REVB=0.00709495;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143417;STB=0.556789;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00485335;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:42:37:39:0.481481:21:16:24:17:21:18:24:18 chr10 127834139 . T G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00497414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.327;QD=57.8246;RBI=0.0252944;REFB=-0.00226539;REVB=0.0248005;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000148762;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:39:38:0.974359:21:18:0:0:20:18:0:1 chr10 128019025 . C G 1581.02 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0948;QD=63.2409;RBI=0.0329392;REFB=0;REVB=0.0327578;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206853;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:1:0:99:100:1:47:52:1:0:47:53:0:0 chr10 128114325 . G A 446.09 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00294334;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.606;QD=23.7915;RBI=0.0459226;REFB=-0.00215775;REVB=-0.0458281;RO=32;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160084;STB=0.587831;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00346902;OID=.;OPOS=128114325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:32:43:43:0.573333:25:18:20:12:25:18:20:12 chr10 128202435 . T C 1610.72 PASS AF=0.973451;AO=109;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.011693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.3295;QD=57.0165;RBI=0.131278;REFB=-0.0984145;REVB=0.130756;RO=1;SAF=70;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120152;STB=0.518069;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0013382;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:1:3:109:110:0.973451:39:70:0:1:40:70:0:3 chr10 128925909 . G A 866.82 PASS AF=0.458763;AO=89;DP=194;FAO=89;FDP=194;FR=.;FRO=105;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=70;FSRR=35;FWDB=-0.033309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.422;QD=17.8725;RBI=0.0334542;REFB=-0.00625001;REVB=-0.00311283;RO=104;SAF=52;SAR=37;SRF=70;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090659;STB=0.546611;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00722561;OID=.;OPOS=128925909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:104:105:89:89:0.458763:37:52:70:34:37:52:70:35 chr10 128926013 . A G 2677.65 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.948;QD=62.271;RBI=0.0275339;REFB=0;REVB=0.0248579;RO=0;SAF=111;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33461e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:61:111:0:0:61:111:0:0 chr10 128974621 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.779;QD=42.1809;RBI=0.0201818;REFB=0;REVB=0.000457771;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441184;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr10 129216658 . T C 484.27 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0117907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.377;QD=16.4158;RBI=0.0162306;REFB=-0.0248015;REVB=-0.0111539;RO=65;SAF=25;SAR=28;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156244;STB=0.587007;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0278503;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:28:25:41:24:28:25:41:24 chr10 129242515 . G A 344.13 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0392455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.085;QD=20.5448;RBI=0.0393825;REFB=-0.0378355;REVB=-0.00328231;RO=24;SAF=13;SAR=21;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736984;STB=0.539487;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0261575;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:31:34:35:0.522388:21:13:7:17:22:13:14:17 chr10 129249662 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.816;QD=59.6784;RBI=0.0727987;REFB=0;REVB=0.0592454;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149435;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr10 129249701 . C G 1266.21 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0570929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2859;QD=60.2955;RBI=0.0833474;REFB=-0.0467678;REVB=0.0607222;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00189809;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:84:1:1:82:83:0.988095:39:43:0:1:39:44:0:1 chr10 129534679 . T C 1997.39 PASS AF=0.984848;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.029102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.044;QD=60.5268;RBI=0.056061;REFB=-0.01464;REVB=0.0479157;RO=1;SAF=100;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472906;STB=0.50495;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000322855;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:132:1:2:128:130:0.984848:28:100:1:0:30:100:2:0 chr10 129534739 . C G 698.67 PASS AF=0.481013;AO=78;DP=159;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=0.00413376;FXX=0.00628891;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7596;QD=17.6878;RBI=0.00416748;REFB=-0.0136512;REVB=0.000529097;RO=77;SAF=44;SAR=34;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079236;STB=0.536438;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0159639;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:77:82:78:76:0.481013:34:44:50:27:33:43:52:30 chr10 129534864 . A C 1572.11 PASS AF=1;AO=83;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.302;QD=59.89;RBI=0.0514538;REFB=0;REVB=0.0166803;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2215e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:83:105:1:48:35:0:0:52:53:0:0 chr10 129845903 . C T 398.64 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0331792;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.631;QD=20.4432;RBI=0.0332921;REFB=-0.0386447;REVB=0.00273844;RO=37;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632795;STB=0.54045;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0442254;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:37:38:40:40:0.512821:18:22:23:14:18:22:24:14 chr10 129859992 . T C 322.3 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.000240672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.096;QD=16.5282;RBI=0.00362384;REFB=-0.00449167;REVB=0.00361584;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600825;STB=0.539846;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00606433;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:17:18:19:23:17:18:19:24 chr10 129866449 . C G 215.22 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0664495;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3237;QD=14.8428;RBI=0.0854413;REFB=-0.0012406;REVB=0.0537093;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131686;STB=0.503594;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00434562;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:33:25:25:0.431034:15:10:12:19:15:10:13:20 chr10 129871690 . A G 388.59 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0158879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8539;QD=18.5041;RBI=0.0211631;REFB=-0.0384513;REVB=-0.0139804;RO=42;SAF=25;SAR=15;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115076;STB=0.545433;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0233377;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:44:40:40:0.47619:15:25:31:11:15:25:31:13 chr10 129882401 . C T 309.44 PASS AF=0.364583;AO=34;DP=99;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=6;FWDB=-0.0037513;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.761;QD=12.8932;RBI=0.0243338;REFB=-0.00577782;REVB=0.0240429;RO=61;SAF=25;SAR=9;SRF=55;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28173;STB=0.666592;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0064955;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:61:61:34:35:0.364583:9:25:55:6:10:25:55:6 chr10 129883370 . A G 868.39 PASS AF=0.447619;AO=94;DP=210;FAO=94;FDP=210;FR=.;FRO=116;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.034025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8384;QD=16.5408;RBI=0.0366496;REFB=-0.0279234;REVB=-0.0136198;RO=115;SAF=57;SAR=37;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946679;STB=0.555221;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0305346;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:115:116:94:94:0.447619:37:57:59:56:37:57:59:57 chr10 129883933 . C T 338.75 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00464372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.532;QD=15.2245;RBI=0.00483369;REFB=-0.0103388;REVB=-0.0013418;RO=51;SAF=14;SAR=22;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147214;STB=0.583855;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0212368;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:52:36:37:0.41573:22:14:27:24:23:14:27:25 chr10 129903592 . G A 518.93 PASS AF=0.413043;AO=57;DP=138;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=0.00429179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.887;QD=15.0414;RBI=0.0272799;REFB=-0.00971837;REVB=0.0269401;RO=81;SAF=29;SAR=28;SRF=55;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179289;STB=0.600273;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0169847;OID=.;OPOS=129903592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:81:57:57:0.413043:28:29:55:26:28:29:55:26 chr10 129904917 . G A 556.51 PASS AF=0.475806;AO=58;DP=123;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00924147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.354;QD=17.952;RBI=0.0097471;REFB=-0.00193606;REVB=-0.00309857;RO=62;SAF=36;SAR=22;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02352;STB=0.502876;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0023365;OID=.;OPOS=129904917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:62:65:58:59:0.475806:22:36:37:25:23:36:40:25 chr10 129906903 . C T 942.41 PASS AF=0.479592;AO=94;DP=198;FAO=94;FDP=196;FR=.;FRO=102;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=0.00196911;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.012;QD=19.2329;RBI=0.00199192;REFB=0.00192573;REVB=0.000300593;RO=101;SAF=63;SAR=31;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117225;STB=0.562751;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00198933;OID=.;OPOS=129906903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:101:102:94:94:0.479592:31:63:56:45:31:63:57:45 chr10 129911856 . C G 453.27 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.016459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0062;QD=22.3839;RBI=0.0167385;REFB=-0.00801218;REVB=-0.003046;RO=37;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935995;STB=0.551546;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00438905;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:24:20:21:16:24:20:21:16 chr10 129913960 . A T 628.72 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0216295;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.737;QD=17.344;RBI=0.0224349;REFB=-0.00155063;REVB=-0.0059575;RO=80;SAF=39;SAR=26;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884136;STB=0.54928;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00237498;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:80:80:65:65:0.448276:26:39:41:39:26:39:41:39 chr10 129917560 . T C 332.46 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.014791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9074;QD=18.9975;RBI=0.0149875;REFB=-0.0371427;REVB=-0.00241881;RO=35;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257713;STB=0.514348;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0233845;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:19:16:17:18:19:16:17:18 chr10 129921195 . A T 816.88 PASS AF=0.558824;AO=76;DP=138;FAO=76;FDP=136;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0150009;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3705;QD=24.0258;RBI=0.0272754;REFB=-0.0187054;REVB=-0.0227799;RO=60;SAF=30;SAR=46;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192777;STB=0.605235;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0202202;OID=.;OPOS=129921195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:60:60:76:76:0.558824:46:30:38:22:46:30:38:22 chr10 131634656 . AAAAAAT AA,A 142.65 PASS AF=0.44898,0;AO=15,6;DP=52;FAO=22,0;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13,0;FSAR=9,0;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0417451,0.027257;FXX=0.0576812;HRUN=7,7;LEN=5,6;MLLD=226.336,222.018;QD=11.6452;RBI=0.0417895,0.0281493;REFB=0.00715313,0.00791128;REVB=0.00192615,0.00703131;RO=22;SAF=7,6;SAR=8,0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.012446,0.719292;STB=0.620076,0.5;STBP=0.145,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0123159,0.00225568;OID=.,.;OPOS=131634658,131634657;OREF=AAAAT,AAAAAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898,0:15,6:52:22,0:49:27:13,0:9,0:10:17:99:22:7,6:8,0:10:12 chr10 131934747 . G C 146.73 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.111414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9874;QD=11.2872;RBI=0.112189;REFB=-0.0215555;REVB=0.0131619;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18076;STB=0.599398;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0561271;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:5:13:19:14:5:13:20:14 chr10 131959150 . C T 426.88 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00222333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.705;QD=24.7467;RBI=0.0280376;REFB=-0.0144332;REVB=0.0279493;RO=27;SAF=18;SAR=23;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111369;STB=0.568068;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00764735;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:23:18:16:11:23:18:17:11 chr10 131967693 . T A 331.29 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00441519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.816;QD=13.6614;RBI=0.0129464;REFB=-0.00933724;REVB=0.0121702;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800328;STB=0.545632;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0158769;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:17:20:28:32:17:20:28:32 chr10 132303374 . G C 270.73 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00313236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.993;QD=16.9204;RBI=0.00859119;REFB=-0.00659865;REVB=-0.0079998;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211078;STB=0.618618;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0127472;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:11:19:14:20:11:19:14:20 chr10 132891254 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00360538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.274;QD=17.672;RBI=0.00410823;REFB=-0.0201405;REVB=-0.00196947;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228977;STB=0.512812;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0209584;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:11:19:21:11:11:19:21:11 chr10 133918372 . G A 875.47 PASS AF=0.404959;AO=98;DP=242;FAO=98;FDP=242;FR=.;FRO=144;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.000663147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7856;QD=14.4706;RBI=0.0974139;REFB=-0.0376558;REVB=0.0974116;RO=140;SAF=46;SAR=52;SRF=68;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172116;STB=0.505835;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.056692;OID=.;OPOS=133918372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:140:144:98:98:0.404959:52:46:68:72:52:46:69:75 chr10 133948634 . T C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00264074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.41;QD=23.5979;RBI=0.0333053;REFB=-0.00235543;REVB=-0.0332005;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177337;STB=0.599176;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00180184;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:8:17:10:11:8:17:10:11 chr10 133950642 . T C 581.07 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.018104;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.428;QD=20.3885;RBI=0.0224436;REFB=-0.00607887;REVB=-0.0132651;RO=55;SAF=30;SAR=29;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483908;STB=0.526636;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0057674;OID=.;OPOS=133950642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:55:55:59:59:0.517544:29:30:31:24:29:30:31:24 chr10 133961494 . C T 390.9 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0439003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.818;QD=16.6341;RBI=0.0441289;REFB=-0.0125255;REVB=-0.00448549;RO=53;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211075;STB=0.617911;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.025806;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:20:21:16:37:20:21:16:37 chr10 133963466 . A G 1776.88 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468089;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8385;QD=61.2716;RBI=0.011028;REFB=0;REVB=-0.00998529;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170058;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:115:116:1:54:61:0:0:54:62:0:0 chr10 133981682 . G A 342.15 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0491514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7009;QD=21.0551;RBI=0.061061;REFB=-0.00850718;REVB=0.0362296;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218395;STB=0.512094;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0178176;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:12:23:19:11:12:23:19:11 chr10 134013990 . G A 54.92 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0280267;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.832;QD=8.13606;RBI=0.0312949;REFB=-0.0141554;REVB=0.0139238;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542234;STB=0.533895;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0781245;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:8:11:5:3:8:11 chr10 134017295 . A G 261.81 PASS AF=0.402597;AO=29;DP=75;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.0373741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3888;QD=13.6007;RBI=0.0392171;REFB=-0.00486075;REVB=-0.0118812;RO=44;SAF=19;SAR=10;SRF=36;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207198;STB=0.594539;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00517673;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:44:46:29:31:0.402597:10:19:36:8:11:20:36:10 chr10 134018867 . G A 909.09 PASS AF=0.505556;AO=86;DP=175;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.00306985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.214;QD=20.2019;RBI=0.00670369;REFB=-0.0360496;REVB=-0.00595949;RO=89;SAF=47;SAR=39;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689583;STB=0.532927;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0298961;OID=.;OPOS=134018867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:180:89:89:86:91:0.505556:39:47:42:47:42:49:42:47 chr10 134021576 . C T 199.68 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0372647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.699;QD=13.5377;RBI=0.0386262;REFB=-0.0238607;REVB=0.0101651;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792099;STB=0.535021;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0323206;OID=.;OPOS=134021576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:11:13:21:13:11:13:21:14 chr10 134036193 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0143254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2358;QD=12.3289;RBI=0.106555;REFB=-0.00709449;REVB=-0.105588;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118806;STB=0.507029;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00714527;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:11:6:4:7:11:6 chr10 134145314 . A G 141.62 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.699;QD=43.5758;RBI=0.104588;REFB=0;REVB=0.0460161;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278027;OID=.;OPOS=134145314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr10 134161633 . A G 659.7 PASS AF=0.98;AO=47;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00472665;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.32;QD=52.7756;RBI=0.00933359;REFB=-0.0948533;REVB=0.00804827;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024107;STB=0.51219;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000282986;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:47:49:0.98:28:19:1:0:29:20:1:0 chr10 134218269 . C T 1171.2 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0263944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.917;QD=57.1317;RBI=0.0265198;REFB=-0.126719;REVB=0.00257586;RO=2;SAF=28;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326126;STB=0.525417;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00431887;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:2:3:79:79:0.963415:51:28:2:0:51:28:3:0 chr10 134218296 . C G 203.61 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.146554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3451;QD=38.7822;RBI=0.164991;REFB=0.0090971;REVB=0.0757884;RO=2;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444439;STB=0.799541;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00521493;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:2:3:18:18:0.857143:17:1:2:0:17:1:3:0 chr10 134459388 . A G 408.23 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0339486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4071;QD=20.4113;RBI=0.0515719;REFB=-0.0251243;REVB=-0.0388221;RO=39;SAF=24;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396975;STB=0.502199;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0244187;OID=.;OPOS=134459388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:17:24:23:16:17:24:23:16 chr10 134596117 . TA T,TT 55.97 PASS AF=0.305556,0.0277778;AO=14,2;DP=40;FAO=11,1;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3,1;FSAR=8,0;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0120595,0.0440349;FXX=0.142823;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.6014,21.228;QD=6.21937;RBI=0.0599492,0.0456508;REFB=-0.141087,-0.0775594;REVB=-0.0587237,-0.0120382;RO=17;SAF=5,1;SAR=9,1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.421714,-0.376465;STB=0.79952,0.985192;STBP=0.035,0.5;TYPE=del,snp;VARB=0.160565,0.186405;OID=.,.;OPOS=134596118,134596118;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556,0.0277778:14,2:40:11,1:36:24:3,1:8,0:18:6:52:17:5,1:9,1:14:3 chr10 134598628 . A G 922.12 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.556;QD=57.6324;RBI=0.024352;REFB=0;REVB=0.0110663;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355113;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:43:19:0:0:44:20:0:0 chr10 134622408 . T C 267.32 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0222177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5564;QD=21.8222;RBI=0.0458609;REFB=0.0193896;REVB=0.0401198;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527657;STB=0.529593;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0204881;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:16:9:10:14:16:9:10:14 chr10 134623959 . T C 165.35 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0208969;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.479;QD=11.2103;RBI=0.0211297;REFB=-0.000196786;REVB=-0.00312825;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613395;STB=0.535681;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000542497;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:22:16:10:11:22:16 chr10 134624225 . G A 276.92 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0149776;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.646;QD=25.1747;RBI=0.0153703;REFB=-0.0120624;REVB=0.00345225;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767554;STB=0.542616;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0217512;OID=.;OPOS=134624225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:11:8:13:12:11:8 chr10 134624504 . C T 658.14 PASS AF=0.441718;AO=72;DP=164;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.020058;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.674;QD=16.1507;RBI=0.0226826;REFB=-0.00872486;REVB=-0.0105914;RO=90;SAF=21;SAR=51;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169108;STB=0.598495;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00959678;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:90:91:72:72:0.441718:51:21:40:50:51:21:41:50 chr10 134646988 . C T 324.45 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00255461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.309;QD=19.6638;RBI=0.00843671;REFB=-0.0220731;REVB=-0.00804065;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702107;STB=0.5389;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0193817;OID=.;OPOS=134646988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:22:12:9:23:22:12:9:23 chr10 134682855 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0102317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.399;QD=12.4136;RBI=0.0188386;REFB=-0.0308857;REVB=0.0158179;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267235;STB=0.515405;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0463872;OID=.;OPOS=134682855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:20:17:10:13:20:17 chr10 134722022 . A G 229.27 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0395651;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.547;QD=17.6358;RBI=0.0767839;REFB=-0.0233928;REVB=-0.0658056;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710047;STB=0.503997;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.026205;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:16:11:10:15:16:11 chr10 134726621 . G C 181.07 PASS AF=0.452381;AO=12;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0377023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2954;QD=17.2446;RBI=0.0592581;REFB=-0.00501363;REVB=0.0457171;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.695458;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0225934;OID=.;OPOS=134726621;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:23:12:19:0.452381:6:6:12:3:12:7:17:6 chr10 134735672 . A G 681.89 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00611383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.373;QD=17.9445;RBI=0.00758864;REFB=-0.0131279;REVB=0.0044954;RO=80;SAF=30;SAR=42;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127263;STB=0.570465;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0205334;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:80:80:72:72:0.473684:42:30:44:36:42:30:44:36 chr10 134736026 . G A 197.13 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0134742;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.388;QD=17.5224;RBI=0.0135791;REFB=-0.0126316;REVB=-0.00168416;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253371;STB=0.505612;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0131384;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:19:25:20:20:0.444444:9:11:11:8:9:11:14:11 chr10 134736052 . G T 173.24 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0216452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.304;QD=12.8326;RBI=0.022061;REFB=-0.0223565;REVB=0.00426304;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747104;STB=0.542213;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0527822;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:33:21:21:0.388889:11:10:17:14:11:10:18:15 chr10 134736076 . T G 209.08 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0141828;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.318;QD=13.4887;RBI=0.0303694;REFB=-0.00697789;REVB=-0.0268542;RO=35;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235557;STB=0.636252;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0142016;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:37:25:25:0.403226:17:8:19:16:17:8:20:17 chr10 134738232 . A G 710.36 PASS AF=0.395238;AO=81;DP=208;FAO=83;FDP=210;FR=.;FRO=127;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=0.0107613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.063;QD=13.5306;RBI=0.0193042;REFB=-0.00900722;REVB=-0.0160265;RO=127;SAF=36;SAR=45;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134148;STB=0.506665;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0119832;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:127:127:81:83:0.395238:45:36:58:69:46:37:58:69 chr10 134748331 . C T 327.88 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0110881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.465;QD=11.3063;RBI=0.0130007;REFB=-0.00273477;REVB=-0.00678762;RO=74;SAF=25;SAR=16;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334774;STB=0.524463;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00426189;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:74:75:41:41:0.353448:16:25:43:31:16:25:43:32 chr10 134756013 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0148358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.992;QD=17.8403;RBI=0.039589;REFB=-0.064256;REVB=0.0367041;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129571;STB=0.574359;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0450133;OID=.;OPOS=134756013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:7:7:5:9:7:7 chr10 134777790 . G A 1379.41 PASS AF=0.942308;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0105056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.759;QD=53.0543;RBI=0.0161465;REFB=-0.119943;REVB=0.0122614;RO=3;SAF=20;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111185;STB=0.511321;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00125946;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:104:104:3:6:98:98:0.942308:78:20:1:2:78:20:2:4 chr10 134884516 . G A 293.53 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000812532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.029;QD=19.9001;RBI=0.0345017;REFB=-0.0184116;REVB=0.0344922;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681327;STB=0.537914;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.024016;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:13:15:19:12:13:15 chr10 134884546 . A G 271.51 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00415082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.815;QD=15.9714;RBI=0.0171293;REFB=-0.0290973;REVB=0.0166188;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180902;STB=0.620131;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0414273;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:34:37:31:31:0.455882:17:14:22:12:17:14:25:12 chr10 134884595 . G A 444.77 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00507508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.487;QD=16.4728;RBI=0.00538913;REFB=-0.0238928;REVB=0.00181279;RO=59;SAF=26;SAR=23;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104285;STB=0.558168;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.024051;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:23:26:25:34:23:26:25:34 chr10 134884610 . C G 525.03 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0272912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1897;QD=17.3563;RBI=0.0454168;REFB=0.0234338;REVB=0.0363025;RO=64;SAF=34;SAR=22;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192713;STB=0.603156;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0240594;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:65:56:56:0.46281:22:34:26:38:22:34:27:38 chr10 134886618 . G C 131.73 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00118723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.183;QD=14.2413;RBI=0.0284389;REFB=-0.00966077;REVB=-0.0284141;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131049;STB=0.548953;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0111043;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:20:22:14:15:0.405405:4:10:12:8:5:10:13:9 chr10 134896078 . C T 366.58 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00930551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2322;QD=16.4754;RBI=0.0533758;REFB=-0.00471604;REVB=-0.0525584;RO=49;SAF=28;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204958;STB=0.611372;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0117778;OID=.;OPOS=134896078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:11:28:26:23:11:28:27:23 chr10 134902396 . C G 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0124743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7824;QD=19.8493;RBI=0.0219642;REFB=0.053321;REVB=-0.0180781;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238067;STB=0.513496;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0439191;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:9:4:5:10:9:4 chr10 134902398 . C T 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0125456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.774;QD=19.8472;RBI=0.0381937;REFB=-0.0191865;REVB=0.0360744;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759351;STB=0.513496;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0291039;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:5:10:9:3:5:10:9:4 chr10 134942166 . A G 931.79 PASS AF=0.440529;AO=101;DP=227;FAO=100;FDP=227;FR=.;FRO=127;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=-0.0144766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.407;QD=16.4192;RBI=0.063293;REFB=-0.0274971;REVB=-0.0616152;RO=126;SAF=50;SAR=51;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586057;STB=0.537437;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0332772;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:126:127:101:100:0.440529:51:50:55:71:50:50:55:72 chr10 134942832 . G A 365.91 PASS AF=0.625;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0278875;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.957;QD=26.136;RBI=0.0288525;REFB=-0.0234134;REVB=0.00739939;RO=21;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101377;STB=0.559288;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00879974;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:21:34:35:0.625:13:21:10:11:13:22:10:11 chr10 134997480 . C T 493.3 PASS AF=0.625;AO=37;DP=65;FAO=40;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0634091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3436;QD=30.8311;RBI=0.0708461;REFB=0.0245603;REVB=-0.0315982;RO=14;SAF=14;SAR=23;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268105;STB=0.507688;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0107169;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:65:64:14:14:37:40:0.625:23:14:6:8:24:16:6:8 chr10 134999602 . G C 444.66 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00075164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2622;QD=20.444;RBI=0.0354684;REFB=-0.00817115;REVB=-0.0354604;RO=43;SAF=23;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210977;STB=0.506326;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0117106;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:43:44:0.505747:20:23:24:19:20:24:24:19 chr10 134999854 . G A 1106.46 PASS AF=0.518868;AO=110;DP=213;FAO=110;FDP=212;FR=.;FRO=102;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=0.0100364;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.302;QD=20.8765;RBI=0.0127589;REFB=-0.00447627;REVB=-0.00787785;RO=102;SAF=59;SAR=51;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635191;STB=0.534742;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00436587;OID=.;OPOS=134999854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:102:102:110:110:0.518868:51:59:62:40:51:59:62:40 chr10 135000148 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.211;QD=14.0438;RBI=0.0539459;REFB=-0.0264309;REVB=-0.0539459;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203847;OID=.;OPOS=135000148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr10 135000159 . A G 42.21 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9884;QD=18.7607;RBI=0.0841593;REFB=-0.0565868;REVB=-0.0841593;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.021044;OID=.;OPOS=135000159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr10 135012162 . T C 153.19 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00709353;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.169;QD=20.4255;RBI=0.0223283;REFB=-0.0143797;REVB=-0.0211715;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00783797;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:14:15:16:0.533333:7:8:8:7:8:8:7:7 chr10 135012429 . TT AC 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0326553;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.258;QD=15.8391;RBI=0.0350009;REFB=-0.00786081;REVB=0.0125973;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359217;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=mnp;VARB=0.0063195;OID=.;OPOS=135012429;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:3:4:7:1:3:4 chr10 135012652 . T C 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.00692845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.321;QD=16.661;RBI=0.0134047;REFB=-0.0231458;REVB=-0.0114753;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382846;STB=0.713015;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0422143;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:26:6:17:11:26:6 chr10 135015667 . C T 532.99 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=66;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00064758;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0274;QD=32.7994;RBI=0.0355911;REFB=-0.0131858;REVB=0.0355852;RO=16;SAF=37;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257387;STB=0.503889;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0107863;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:16:18:47:47:0.723077:10:37:12:4:10:37:14:4 chr10 135016089 . T C 697.35 PASS AF=0.594595;AO=65;DP=110;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0289875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.676;QD=25.1297;RBI=0.0297147;REFB=-0.0337735;REVB=0.00653351;RO=44;SAF=30;SAR=35;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454653;STB=0.53201;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0227409;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:44:45:65:66:0.594595:35:30:23:21:36:30:24:21 chr10 135016175 . T G 197.61 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0470129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.548;QD=26.3473;RBI=0.049427;REFB=-0.050654;REVB=0.0152582;RO=11;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590907;STB=0.532959;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0184896;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:11:11:19:19:0.633333:15:4:3:8:15:4:3:8 chr10 135051543 . T C 135.0 PASS AF=0.307692;AO=17;DP=63;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.000167182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.916;QD=8.30753;RBI=0.0143813;REFB=-0.0251807;REVB=-0.0143804;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197656;STB=0.535177;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0551046;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:39:45:17:20:0.307692:8:9:14:25:11:9:18:27 chr10 135051562 . A G 985.38 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228894;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.692;QD=58.8284;RBI=0.0504678;REFB=0;REVB=0.0449786;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67193e-05;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:61:67:1:41:20:0:0:47:20:0:0 chr10 135053765 . GCCCCG GCCCC,GCCCG 72.72 PASS AF=0,1;AO=2,3;DP=15;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.226295,0.188041;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=8.03858,7.678;QD=19.3932;RBI=0.992105,0.233498;REFB=0.00259058,-0.0238035;REVB=-0.965952,0.138425;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0402168;OID=.,.;OPOS=135053770,135053766;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,3:15:0,15:15:0:0,5:0,10:0:0:3:0:1,3:1,0:0:0 chr10 135061112 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.293;QD=51.9159;RBI=0.0325498;REFB=0;REVB=0.0250931;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186034;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 135076596 . T C 414.92 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179828;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.058;QD=57.2297;RBI=0.0458755;REFB=0;REVB=0.042204;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239682;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr10 135082346 . A G 1463.69 PASS AF=0.979167;AO=95;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0500904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5879;QD=60.987;RBI=0.0806979;REFB=0.0182435;REVB=-0.0632702;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040438;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:0:2:95:94:0.979167:47:48:0:0:47:47:1:1 chr10 135084232 . C CAGA 1415.64 PASS AF=0.968421;AO=88;DP=98;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0175387;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=3;MLLD=255.763;QD=59.6061;RBI=0.0365999;REFB=-0.0326003;REVB=0.032124;RO=6;SAF=21;SAR=67;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068266;STB=0.518195;STBP=0.119;TYPE=ins;VARB=0.00125102;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.968421:88:98:92:95:3:22:70:2:1:6:6:21:67:4:2 chr10 135084322 . A G 1695.26 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2;QD=60.5451;RBI=0.0909121;REFB=0;REVB=-0.0707207;RO=0;SAF=29;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641609;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:83:29:0:0:83:29:0:0 chr10 135085321 . C T 545.11 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.633;QD=57.3802;RBI=0.02666;REFB=-0.112829;REVB=0.00530377;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00116828;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:19:18:0:0:19:18:1:0 chr10 135085426 . A G 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.392;QD=57.5409;RBI=0.0143999;REFB=0;REVB=0.00349126;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44694e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr10 135085754 . G A 2368.23 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.948;QD=59.9553;RBI=0.0261112;REFB=-0.0694185;REVB=0.0155853;RO=0;SAF=37;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37688e-05;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:156:158:0:0:154:158:1:117:37:0:0:118:40:0:0 chr10 135086380 . C T 160.74 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.318;QD=45.9247;RBI=0.0594091;REFB=0;REVB=0.0322278;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137593;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:6:6:0:0:6:8:0:0 chr10 135087521 . G A,C 579.62 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=35,4;DP=39;FAO=36,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846513,-0.0109248;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.13,218.228;QD=59.4478;RBI=0.0135698,0.0213769;REFB=0,0;REVB=-0.0106057,-0.0183745;RO=0;SAF=31,3;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00144838,0.0346232;OID=.,.;OPOS=135087521,135087521;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:39:39:0:0:35,4:36,3:0.923077,0.0769231:4,1:31,3:0:0:4,1:32,2:0:0 chr10 135089035 . A G 2335.05 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538397;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0839;QD=63.9739;RBI=0.0538683;REFB=0;REVB=0.00175259;RO=0;SAF=62;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129308;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:84:62:0:0:84:62:0:0 chr10 135097434 . A G 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.252;QD=63.2775;RBI=0.0334442;REFB=0;REVB=-0.00131092;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124354;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr10 135098672 . G A 919.92 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.961;QD=58.4076;RBI=0.0526556;REFB=0;REVB=0.0518971;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267321;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr10 135098830 . T C 857.66 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.546;QD=57.1775;RBI=0.0386304;REFB=0;REVB=0.000911486;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371794;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:29:29:0:0:29:31:0:0 chr10 135098845 . C G,T 795.72 PASS AF=0.0645161,0.887097;AO=5,53;DP=61;FAO=4,55;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=3,30;FSAR=1,25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0515403,-0.00903154;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.0559,147.861;QD=51.3365;RBI=0.0533299,0.045083;REFB=-0.0402329,-0.0128818;REVB=-0.0136997,0.0441691;RO=1;SAF=4,29;SAR=1,24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0951258,-0.0159704;STB=0.69129,0.511037;STBP=0.367,0.507;TYPE=snp,snp;VARB=0.0527451,-0.000372341;OID=.,.;OPOS=135098845,135098845;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:61:62:1:3:5,53:4,55:0.0645161,0.887097:1,24:4,29:1:0:1,25:3,30:1:2 chr10 135160949 . G GT 179.29 PASS AF=1;AO=4;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109857;FXX=0.0587889;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.4979;QD=44.8222;RBI=0.113888;REFB=0;REVB=0.030031;RO=12;SAF=0;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00538107;OID=.;OPOS=135160950;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:18:16:16:0:3:13:0:0:3:12:0:4:3:9 chr10 135160950 . C T 99.87 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.060436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6873;QD=23.4984;RBI=0.0639304;REFB=-0.179355;REVB=0.0208467;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213785;STB=0.618873;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0209719;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:17:5:5:11:12:0.705882:8:3:0:5:8:4:0:5 chr10 135163587 . GC GCCC,GCC,G 30.2 PASS AF=0.111111,0,0.555556;AO=2,2,4;DP=17;FAO=2,0,10;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2,0,4;FSAR=0,0,6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.109464,-0.198836,0.218513;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=13.0853,6.6311,6.57759;QD=6.71116;RBI=0.148647,0.268102,0.258445;REFB=0.0041122,0.000312904,-0.0265015;REVB=-0.100566,-0.179842,0.138007;RO=8;SAF=2,0,2;SAR=0,2,2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.590874,-0.590874,0;STB=0.993777,0.5,0.538384;STBP=0.22,1,0.722;TYPE=ins,ins,del;VARB=-0.0214982,-0.10449,0.0669712;OID=.,.,.;OPOS=135163588,135163588,135163588;OREF=-,-,C;OALT=CC,C,-;OMAPALT=GCCC,GCC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.111111,0,0.555556:2,2,4:17:2,0,10:18:6:2,0,4:0,0,6:3:3:16:8:2,0,2:0,2,2:4:4 chr10 135163597 . A AC 32.6 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.038778;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.6407;QD=6.20997;RBI=0.0409435;REFB=-0.00549357;REVB=-0.0131389;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370512;STB=0.731115;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.138876;OID=.;OPOS=135163598;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:6:21:8:21:13:6:2:5:8:32:15:3:3:8:7 chr10 135165790 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.285;QD=57.6759;RBI=0.0685318;REFB=0;REVB=-0.0595396;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78403e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr10 135180430 . A G 1695.24 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.945;QD=60.5443;RBI=0.0369872;REFB=0;REVB=-0.0250269;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23634e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:61:51:0:0 chr10 135184126 . G A 2146.26 PASS AF=0.959459;AO=139;DP=148;FAO=142;FDP=148;FR=.;FRO=6;FSAF=88;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0279579;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2804;QD=58.0071;RBI=0.0325596;REFB=-0.0760394;REVB=0.0166878;RO=6;SAF=88;SAR=51;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170181;STB=0.509226;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00683492;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:148:148:6:6:139:142:0.959459:51:88:5:1:54:88:5:1 chr10 135186806 . A G 341.4 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0914;QD=54.6246;RBI=0.100365;REFB=0;REVB=0.0408349;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888727;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:17:8:0:0 chr10 135197680 . G A 542.98 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00832574;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.339;QD=22.3911;RBI=0.0163976;REFB=-0.0101969;REVB=0.0141267;RO=45;SAF=34;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210994;STB=0.507689;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00970975;OID=.;OPOS=135197680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:45:46:51:51:0.525773:17:34:29:16:17:34:30:16 chr10 135204950 . C G 1067.14 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.050566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.987;QD=58.4735;RBI=0.0506472;REFB=-0.129985;REVB=-0.00286706;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000775297;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:40:32:0:0:40:32:1:0 chr10 135205009 . C G 1334.52 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0354624;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.514;QD=58.0227;RBI=0.0354704;REFB=-0.115635;REVB=-0.000753517;RO=1;SAF=52;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902668;STB=0.504081;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000696175;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:93:92:1:4:88:88:0.956522:36:52:1:0:36:52:2:2 chr10 135233541 . A G 2453.72 PASS AF=0.993827;AO=157;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117584;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.59;QD=60.5858;RBI=0.0163202;REFB=-0.10174;REVB=-0.0113177;RO=0;SAF=97;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-5.31862e-05;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:157:161:0.993827:60:97:0:0:60:101:0:1 chr10 135269788 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.035492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.443;QD=18.4387;RBI=0.0412915;REFB=-0.0403297;REVB=0.0211024;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957797;STB=0.559306;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0418949;OID=.;OPOS=135269788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:10:19:21:7:10:19:22:7 chr10 135270837 . TCCCC TCCC,TCCCG 242.14 PASS AF=0.614035,0;AO=31,3;DP=58;FAO=35,0;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=23,0;FSAR=12,0;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00682723,-0.0892173;FXX=0.0172384;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.3929,19.7873;QD=16.9924;RBI=0.143663,0.0994215;REFB=0.0185281,0.0320293;REVB=0.143501,0.0438736;RO=19;SAF=19,3;SAR=12,0;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.052715,0.539081;STB=0.510632,0.5;STBP=0.838,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00129302,0;OID=.,.;OPOS=135270838,135270841;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TCCC,TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.614035,0:31,3:58:35,0:57:22:23,0:12,0:15:7:99:19:19,3:12,0:13:6 chr10 135271789 . C T 1830.75 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.811;QD=60.5208;RBI=0.0203749;REFB=0;REVB=0.0185362;RO=1;SAF=62;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32745e-05;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:1:0:119:121:1:57:62:1:0:58:63:0:0 chr10 135278193 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2347;QD=59.4327;RBI=0.0225767;REFB=0;REVB=-0.00468832;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136172;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:13:22:0:0 chr10 135278257 . T A 104.93 PASS AF=0.48;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0307059;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4247;QD=16.788;RBI=0.0629887;REFB=-0.0839556;REVB=0.0549974;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3641;STB=0.701369;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0212602;OID=.;OPOS=135278257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:13:12:12:0.48:2:10:6:6:2:10:7:6 chr10 135279751 . G GT 198.38 PASS AF=0.655172;AO=6;DP=34;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0221547;FXX=0.0937207;HRUN=0;LEN=1;MLLD=247.224;QD=27.3621;RBI=0.0324246;REFB=-0.0278585;REVB=0.0236754;RO=27;SAF=6;SAR=0;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.695305;STB=0.582002;STBP=0.241;TYPE=ins;VARB=0.0164055;OID=.;OPOS=135279752;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655172:6:34:19:29:10:12:7:4:6:77:27:6:0:13:14 chr10 135279752 . C T 133.29 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00886647;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.131;QD=15.6813;RBI=0.0220701;REFB=-0.00787697;REVB=0.0202108;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209193;STB=0.620001;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00754744;OID=.;OPOS=135279752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:13:6:8:7:13:6 chr10 135279810 . T G 189.64 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.00160233;FXX=0.0746157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.188;QD=12.235;RBI=0.0040096;REFB=-0.0164495;REVB=0.00367552;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196424;STB=0.536596;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0190482;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:39:23:23:0.370968:7:16:27:5:7:16:29:10 chr10 135280765 . C T 1826.12 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151779;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.592;QD=61.3823;RBI=0.0261607;REFB=0;REVB=0.0213075;RO=0;SAF=82;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46143e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98273e-05;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:37:82:0:0:37:82:0:0 chr10 135347397 . T C 1264.83 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.71;QD=58.1531;RBI=0.0207103;REFB=0.014598;REVB=0.0111628;RO=3;SAF=59;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278407;STB=0.508331;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00119187;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:87:3:2:84:85:0.977011:25:59:2:1:26:59:2:0 chr10 135351362 . T C 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0601873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.707;QD=16.9391;RBI=0.0603466;REFB=-0.00141309;REVB=0.00438133;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647991;STB=0.53715;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00232517;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:15:9:6:13:15:9 chr10 135381592 . C G 230.98 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00956284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.813;QD=16.4988;RBI=0.0149135;REFB=-0.0207081;REVB=-0.011444;RO=29;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475547;STB=0.541913;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0193117;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:7:19:20:9:7:19:20:10 chr10 135381623 . T C 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0326019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.033;QD=17.0583;RBI=0.0525076;REFB=-0.0136962;REVB=-0.0411603;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254525;STB=0.517797;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.018322;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:38:33:33:0.464789:12:21:23:13:12:21:23:15 chr10 135381766 . C T 226.34 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0759683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.835;QD=28.293;RBI=0.0791171;REFB=-0.0152707;REVB=0.0220983;RO=8;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184038;STB=0.627806;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00773146;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:8:11:21:21:0.65625:16:5:0:8:16:5:0:11 chr10 135381927 . T G 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0070032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.428;QD=17.3235;RBI=0.013469;REFB=-0.0062027;REVB=-0.0115052;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732557;STB=0.55097;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00942857;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:9:11:15:9:9:11:16:9 chr10 135438888 . C T 80.38 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0248287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5396;QD=3.349;RBI=0.0438916;REFB=-0.00591446;REVB=-0.0361941;RO=81;SAF=7;SAR=8;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438182;STB=0.529373;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0332123;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:81:81:15:15:0.15625:8:7:35:46:8:7:35:46 chr10 135438929 . T G 63.6 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=97;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0504781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.672;QD=2.62263;RBI=0.0554727;REFB=0.00461955;REVB=0.023004;RO=84;SAF=7;SAR=6;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150174;STB=0.60424;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00529888;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:97:97:84:84:13:13:0.134021:6:7:35:49:6:7:35:49 chr10 135438951 . G A 74.36 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0121569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.977;QD=3.34194;RBI=0.0181993;REFB=-0.00784614;REVB=-0.0135434;RO=75;SAF=7;SAR=7;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041747;STB=0.52805;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0486326;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:75:75:14:14:0.157303:7:7:35:40:7:7:35:40 chr10 135438955 . C T 66.58 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0144308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.67;QD=3.02616;RBI=0.0315082;REFB=-0.00354418;REVB=-0.0280092;RO=75;SAF=7;SAR=6;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122156;STB=0.583207;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0173371;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:88:75:75:13:13:0.147727:6:7:33:42:6:7:33:42 chr10 135438967 . C T 82.21 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0359988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.986;QD=3.61362;RBI=0.0367161;REFB=-0.00312492;REVB=0.0072223;RO=76;SAF=7;SAR=8;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411668;STB=0.52729;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0169395;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:8:7:33:43:8:7:33:43 chr10 135438977 . G A 66.89 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00249703;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.261;QD=2.97279;RBI=0.018875;REFB=-0.0114032;REVB=0.0187091;RO=75;SAF=5;SAR=8;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541416;STB=0.538946;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0259331;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:92:90:75:77:13:13:0.144444:8:5:32:43:8:5:33:44 chr10 135440203 . A T 151.74 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00698032;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.13;QD=18.3923;RBI=0.0079204;REFB=-0.00774821;REVB=-0.0037427;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17504;STB=0.575665;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00671201;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:19:17:16:16:0.484848:8:8:6:13:8:8:6:11 chr11 193096 . T C 129.42 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4393;QD=43.1393;RBI=0.109252;REFB=0;REVB=0.109252;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00506715;OID=.;OPOS=193096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:8:12:1:8:0:0:0:12:0:0:0 chr11 193112 . C T 37.1 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0259224;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.282;QD=7.41949;RBI=0.0260531;REFB=-0.0310428;REVB=-0.00260573;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2918e-08;STB=0.53115;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0356852;OID=.;OPOS=193112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:12:14:6:6:0.3:5:1:2:10:5:1:2:12 chr11 193146 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0132947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.702;QD=7.95458;RBI=0.013462;REFB=-0.0195158;REVB=-0.00211595;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921344;STB=0.557987;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0268006;OID=.;OPOS=193146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:6:13:6:2:6:13 chr11 193863 . T C 547.99 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00788146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.2;QD=19.0606;RBI=0.0191056;REFB=0.00263514;REVB=-0.0174043;RO=58;SAF=31;SAR=26;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136227;STB=0.575052;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00325409;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:26:31:40:18:26:31:40:18 chr11 193865 . T G 524.18 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00205007;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8659;QD=18.5549;RBI=0.0107825;REFB=-0.0214011;REVB=-0.0105858;RO=58;SAF=31;SAR=24;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121084;STB=0.566843;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0227779;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:58:58:55:55:0.486726:24:31:40:18:24:31:40:18 chr11 214421 . G C 307.84 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0555659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.962;QD=20.8706;RBI=0.0621563;REFB=-0.0406818;REVB=-0.0278539;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148323;STB=0.517116;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0337997;OID=.;OPOS=214421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:27:31:32:0.542373:19:12:10:17:19:13:10:17 chr11 223832 . C A 86.31 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0311165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.463;QD=12.3295;RBI=0.0330511;REFB=-0.00471237;REVB=0.0111417;RO=17;SAF=0;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.780205;STB=0.824958;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00839865;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:17:17:10:11:0.392857:10:0:8:9:10:1:8:9 chr11 233067 . C T 433.26 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=20;FWDB=0.00881857;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.056;QD=13.4343;RBI=0.0313416;REFB=-0.0136946;REVB=-0.0300754;RO=78;SAF=27;SAR=23;SRF=58;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227194;STB=0.630089;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0282311;OID=.;OPOS=233067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:78:79:50:50:0.387597:23:27:58:20:23:27:59:20 chr11 233212 . C A 252.39 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0064994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.143;QD=12.6198;RBI=0.035547;REFB=-0.0134692;REVB=-0.0349477;RO=50;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036346;STB=0.520854;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0199248;OID=.;OPOS=233212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:14:16:25:25:14:16:25:25 chr11 237087 . A G 601.15 PASS AF=0.473282;AO=61;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0126234;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.904;QD=18.3558;RBI=0.0486156;REFB=-0.0285682;REVB=-0.0469482;RO=69;SAF=40;SAR=21;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340241;STB=0.512543;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0332976;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:69:61:62:0.473282:21:40:43:26:22:40:43:26 chr11 244106 . A G 200.85 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0489573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9321;QD=12.3602;RBI=0.0570461;REFB=-0.0300099;REVB=-0.0292821;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091827;STB=0.56245;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0469329;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:37:40:25:25:0.384615:10:15:19:18:10:15:20:20 chr11 244108 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0061942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.766;QD=13.0607;RBI=0.00864336;REFB=-0.0112561;REVB=-0.00602823;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820445;STB=0.547022;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0190646;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:20:20:11:15:20:20 chr11 244115 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0374223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.486;QD=12.8367;RBI=0.0401138;REFB=-0.00590602;REVB=-0.0144462;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791781;STB=0.554096;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0148208;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:10:15:20:18:10:15:20:19 chr11 244129 . C T 176.85 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0446987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4176;QD=11.0533;RBI=0.0847425;REFB=-0.0328911;REVB=-0.0719953;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511613;STB=0.537281;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0405963;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:11:12:19:21:11:12:19:22 chr11 244141 . G A 132.48 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00995947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.244;QD=9.1365;RBI=0.0279999;REFB=-0.00819878;REVB=-0.0261688;RO=40;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932935;STB=0.555494;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0197341;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:8:10:19:21:8:10:19:21 chr11 244167 . C T 90.95 PASS AF=0.25;AO=13;DP=54;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0349878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.922;QD=6.4965;RBI=0.0350363;REFB=-0.000796225;REVB=0.00184301;RO=41;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179166;STB=0.571329;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0083624;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:56:41:42:13:14:0.25:6:7:16:25:7:7:17:25 chr11 244171 . T C 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0210753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.979;QD=6.64714;RBI=0.0276937;REFB=-0.00779351;REVB=-0.0179658;RO=43;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127722;STB=0.578837;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0227122;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:7:7:17:26:7:7:17:26 chr11 244197 . T C 81.25 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.00130258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.72;QD=8.12537;RBI=0.00281841;REFB=0.000485462;REVB=0.00249934;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439748;STB=0.759463;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00117862;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:5:6:5:24:5:6:5:24 chr11 244414 . C T 215.54 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0248346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2311;QD=10.9137;RBI=0.0553612;REFB=0.0043259;REVB=-0.0494783;RO=52;SAF=17;SAR=10;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626329;STB=0.536462;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00565034;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:10:17:30:22:10:17:30:22 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 67.78 PASS AF=0.171053;AO=9;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00388305;FXX=0.0952268;HRUN=1;LEN=10;MLLD=273.549;QD=3.56738;RBI=0.00805319;REFB=5.35354e-05;REVB=0.0070552;RO=50;SAF=8;SAR=1;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53986;STB=0.768817;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.0014771;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171053:9:76:13:76:63:10:3:28:35:67:50:8:1:23:27 chr11 250877 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00521936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.477;QD=9.25813;RBI=0.0170115;REFB=-0.00633706;REVB=0.016191;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347068;STB=0.709343;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0123675;OID=.;OPOS=250877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:10:18:4:8:10:18 chr11 280221 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.508;QD=33.4283;RBI=0.100142;REFB=0;REVB=0.0653101;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379666;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 280816 . AT TC 1048.29 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114778;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.979;QD=59.9024;RBI=0.0177277;REFB=0;REVB=-0.0135104;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000368814;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:24:46:0:0:24:46:0:0 chr11 284538 . T C 130.57 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00241854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5751;QD=14.1155;RBI=0.056612;REFB=-0.0498291;REVB=0.0565603;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194053;STB=0.612754;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.123374;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:13:9:9:6:13:9 chr11 299408 . GCCCCCA GCCCCAG,GCCGCCA 130.28 PASS AF=0,0.319149;AO=4,12;DP=47;FAO=0,15;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=0,9;FSAR=0,6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.185749,-0.0473316;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.2965,238.064;QD=11.0875;RBI=0.197557,0.0526873;REFB=-0.0808419,-0.0217351;REVB=-0.0672751,-0.0231445;RO=12;SAF=4,7;SAR=0,5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.783987,0.351049;STB=0.5,0.578841;STBP=1,0.462;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0399395;OID=.,.;OPOS=299413,299411;OREF=CA,C;OALT=AG,G;OMAPALT=GCCCCAG,GCCGCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.319149:4,12:47:0,15:47:31:0,9:0,6:15:16:99:12:4,7:0,5:2:10 chr11 308290 . TG CG,GC 662.57 PASS AF=0.886364,0.113636;AO=36,3;DP=42;FAO=39,5;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=18,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714919,-0.0125722;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=65.0333,177.997;QD=60.2339;RBI=0.0237963,0.0157917;REFB=0,0;REVB=0.022697,0.00955611;RO=0;SAF=20,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.9376e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00380288,0.0655482;OID=.,.;OPOS=308290,308290;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:42:44:0:0:36,3:39,5:0.886364,0.113636:16,3:20,0:0:0:18,4:21,1:0:0 chr11 308314 . T C 93.0 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0222042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.887;QD=10.0544;RBI=0.0241542;REFB=0.00114311;REVB=0.00950781;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318145;STB=0.717933;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00685148;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:23:25:12:12:0.324324:9:3:12:11:9:3:14:11 chr11 308362 . T TC 279.53 PASS AF=1;AO=5;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.223332;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=95.881;QD=38.5555;RBI=0.223429;REFB=0;REVB=-0.00661549;RO=23;SAF=1;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000824016;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:29:29:29:0:14:15:0:0:3:23:1:4:13:10 chr11 308363 . G C 409.62 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.635;QD=56.4993;RBI=0.043097;REFB=0;REVB=0.00729448;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218536;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr11 308426 . G C 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8499;QD=51.1705;RBI=0.0774182;REFB=0;REVB=-0.0766608;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00189272;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr11 309127 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00363051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.88;QD=15.6262;RBI=0.0134649;REFB=-0.029225;REVB=0.0129662;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158338;STB=0.590816;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0309271;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:17:10:10:9:17:10 chr11 314207 . C G 933.42 PASS AF=0.970588;AO=56;DP=63;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00275583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8397;QD=54.9071;RBI=0.0421406;REFB=-0.0223138;REVB=0.0420504;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116172;STB=0.501347;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.011158;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:68:2:2:56:66:0.970588:27:29:1:1:30:36:1:1 chr11 372157 . C T 246.99 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0811706;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.577;QD=17.963;RBI=0.0876421;REFB=-0.0488441;REVB=-0.0330527;RO=28;SAF=21;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194711;STB=0.610168;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0733048;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:6:21:17:11:6:21:17:11 chr11 372700 . G C 209.77 PASS AF=0.5;AO=13;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0155727;FXX=0.0243843;HRUN=7;LEN=1;MLLD=271.019;QD=20.9767;RBI=0.0173102;REFB=-0.0127517;REVB=0.00755871;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259793;STB=0.538424;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0186462;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:41:40:8:18:13:20:0.5:7:6:4:4:13:7:5:13 chr11 396915 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0174904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.738;QD=11.0197;RBI=0.0333775;REFB=-0.02468;REVB=0.0284279;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.642419;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.011043;OID=.;OPOS=396915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:8:6:6:0.428571:3:3:2:4:3:3:2:6 chr11 400040 . A G 448.03 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00941991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.827;QD=14.2233;RBI=0.0134741;REFB=-0.0188629;REVB=-0.00963412;RO=74;SAF=20;SAR=31;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101204;STB=0.55355;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0267973;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:75:51:51:0.404762:31:20:36:38:31:20:36:39 chr11 400109 . A G 685.29 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.935;QD=62.2994;RBI=0.0480723;REFB=0;REVB=0.00820392;RO=0;SAF=5;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101902;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:37:5:0:0:39:5:0:0 chr11 403980 . G A 477.53 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00111714;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.43;QD=21.7061;RBI=0.0301604;REFB=-0.0149245;REVB=-0.0301397;RO=39;SAF=27;SAR=19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469127;STB=0.50408;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0155698;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:39:42:46:46:0.522727:19:27:25:14:19:27:25:17 chr11 404317 . C T 107.13 PASS AF=0.448276;AO=10;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0738607;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6292;QD=14.7759;RBI=0.0777257;REFB=-0.020671;REVB=0.024205;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015192;STB=0.559344;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.069339;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:30:29:16:16:10:13:0.448276:3:7:11:5:3:10:11:5 chr11 404468 . G A 415.12 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.037505;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7225;QD=21.0188;RBI=0.070064;REFB=-0.0576136;REVB=0.0591805;RO=38;SAF=12;SAR=29;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12634;STB=0.564821;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0556881;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:37:41:42:0.531646:29:12:16:22:30:12:15:22 chr11 406042 . AG A,AA 1602.77 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=28,81;DP=109;FAO=2,106;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=2,51;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202064,0.0278082;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.426,162.352;QD=59.3619;RBI=0.0263064,0.0305395;REFB=0,0;REVB=-0.0168443,-0.0126238;RO=0;SAF=20,33;SAR=8,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.75204e-08,3.28649e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000637124,0.00507998;OID=.,.;OPOS=406043,406043;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481:28,81:109:2,106:108:0:2,51:0,55:0:0:4:0:20,33:8,48:0:0 chr11 428385 . A G 379.67 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234602;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8753;QD=56.2466;RBI=0.0236197;REFB=0;REVB=-0.00274013;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280011;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 428489 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.439;QD=50.4131;RBI=0.0642656;REFB=0;REVB=0.0640676;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711129;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr11 429659 . C T 217.52 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00460871;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3517;QD=12.7953;RBI=0.021091;REFB=-0.0215876;REVB=0.0205813;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162119;STB=0.558094;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0334399;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:42:26:26:0.382353:10:16:17:20:10:16:22:20 chr11 431834 . A G 553.08 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.185;QD=59.7927;RBI=0.00665268;REFB=0;REVB=-0.00665268;RO=0;SAF=0;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57726e-05;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:35:0:0:0:37:0:0:0 chr11 433387 . A G 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.144;QD=60.3716;RBI=0.0152627;REFB=0;REVB=0.0131442;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38403e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr11 549959 . C T 655.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324706;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.839;QD=62.4027;RBI=0.0541827;REFB=0;REVB=0.0433754;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253341;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr11 551753 . G A 1989.57 PASS AF=0.992424;AO=122;DP=131;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182516;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.622;QD=60.2899;RBI=0.0784615;REFB=-0.119546;REVB=0.0763091;RO=1;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085593;STB=0.504064;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000172261;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:131:132:1:1:122:131:0.992424:55:67:0:1:61:70:0:1 chr11 554166 . C G 769.07 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.252;QD=56.9679;RBI=0.0603958;REFB=0;REVB=-0.0126084;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192201;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr11 554214 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4199;QD=62.9818;RBI=0.0575051;REFB=0;REVB=-0.0353402;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10713e-05;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr11 556521 . C G 893.86 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.017009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1917;QD=55.0067;RBI=0.05612;REFB=-0.000156964;REVB=-0.0534804;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.50173;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000278068;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:28:35:0:1:28:35:1:1 chr11 556857 . G C 946.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.887;QD=58.248;RBI=0.0831364;REFB=0;REVB=0.0561507;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043454;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:41:24:0:0 chr11 557989 . C T 1915.67 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0916884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8015;QD=58.4936;RBI=0.0948449;REFB=-0.13298;REVB=0.0242648;RO=3;SAF=67;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853505;STB=0.500844;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.023403;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:131:3:4:127:127:0.969466:60:67:1:2:60:67:2:2 chr11 558884 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.704;QD=52.6099;RBI=0.0650484;REFB=0;REVB=0.034963;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781978;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr11 559016 . C T 160.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2386;QD=45.778;RBI=0.0644762;REFB=0;REVB=0.00486724;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186409;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:4:10:0:0 chr11 610277 . T C 843.79 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306582;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8079;QD=57.2058;RBI=0.0316163;REFB=0;REVB=-0.00772397;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119414;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr11 614864 . C T 432.61 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0818036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.582;QD=48.0681;RBI=0.0847273;REFB=-0.137707;REVB=-0.0220656;RO=2;SAF=20;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444293;STB=0.545427;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00708285;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:36:36:2:4:32:32:0.888889:12:20:2:0:12:20:4:0 chr11 616970 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.97;QD=45.8068;RBI=0.0643825;REFB=0;REVB=0.0209173;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469335;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr11 617537 . C T 1024.84 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0926317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2535;QD=53.9391;RBI=0.095961;REFB=-0.162501;REVB=0.0250576;RO=4;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335883;STB=0.517058;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00504203;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:76:76:4:4:71:72:0.947368:30:41:1:3:31:41:1:3 chr11 617967 . C G 1226.89 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.762;QD=61.3443;RBI=0.0673429;REFB=0;REVB=0.00922079;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30874e-05;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:45:34:0:0:45:35:0:0 chr11 618998 . G A 511.18 PASS AF=0.840909;AO=36;DP=47;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0531098;FXX=0.0638162;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.9242;QD=46.471;RBI=0.0553324;REFB=-0.0446162;REVB=0.0155252;RO=5;SAF=4;SAR=32;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352967;STB=0.708016;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00256358;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:44:5:7:36:37:0.840909:32:4:5:0:33:4:6:1 chr11 619789 . T G 145.13 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.402;QD=44.6563;RBI=0.0477875;REFB=0;REVB=0.0468669;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316598;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 709401 . A G 66.24 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0437071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8375;QD=12.0436;RBI=0.0760637;REFB=-0.0233127;REVB=-0.0622525;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13278;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0258881;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:5:4:7:5:5:4:7:6 chr11 720197 . C T 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.322;QD=56.954;RBI=0.0322485;REFB=0;REVB=0.00857311;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210592;OID=.;OPOS=720197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr11 721570 . C T 1080.15 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4929;QD=60.0083;RBI=0.0955882;REFB=0;REVB=0.0878773;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102579;OID=.;OPOS=721570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr11 726178 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.684;QD=35.5752;RBI=0.0523763;REFB=0;REVB=0.0300877;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530791;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr11 771034 . A G 1284.13 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143524;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.442;QD=61.8858;RBI=0.0143525;REFB=0;REVB=5.32429e-05;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017237;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:43:39:0:0:43:40:0:0 chr11 772490 . G A 1508.16 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0456088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2007;QD=57.4535;RBI=0.0702134;REFB=0.0757582;REVB=0.0533831;RO=2;SAF=33;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027883;STB=0.514703;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00103062;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:105:2:2:102:103:0.980952:69:33:2:0:70:33:2:0 chr11 802379 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1648;QD=51.1836;RBI=0.0832585;REFB=0;REVB=0.0726388;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998715;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:1:19:0:0:1:19:0:0 chr11 804212 . C A 1187.07 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.113;QD=60.8755;RBI=0.0533631;REFB=0;REVB=0.05246;RO=0;SAF=52;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010776;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:24:52:0:0:26:52:0:0 chr11 823861 . C CG,G 73.21 PASS AF=0.26087,0.0434783;AO=5,4;DP=46;FAO=12,2;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=11,2;FSAR=1,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0252182,-0.022052;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=98.3875,133.213;QD=6.36603;RBI=0.0283364,0.0366152;REFB=-0.00138455,-0.00751828;REVB=0.0129225,-0.0292298;RO=34;SAF=4,4;SAR=1,0;SRF=21;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.24411,0.547153;STB=0.836258,0.993887;STBP=0.018,0.197;TYPE=ins,snp;VARB=0.0204846,0.0573337;OID=.,.;OPOS=823862,823861;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:46:46:34:32:5,4:12,2:0.26087,0.0434783:1,0:4,4:21:13:1,0:11,2:19:13 chr11 824987 . CTGCA C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368764;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=235.479;QD=37.4885;RBI=0.0662072;REFB=0;REVB=0.0549866;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00130498;OID=.;OPOS=824988;OREF=TGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:3:5:0:0:4:0:3:5:0:0 chr11 828916 . G A 850.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.842;QD=57.6455;RBI=0.0874924;REFB=0;REVB=0.0854078;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254723;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:27:32:0:0 chr11 829539 . A G 1695.15 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.269;QD=59.479;RBI=0.0166466;REFB=0.112498;REVB=-0.00348945;RO=1;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959154;STB=0.50505;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000668414;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:49:64:0:1:49:64:0:1 chr11 830487 . C T 249.36 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.892;QD=49.872;RBI=0.0524336;REFB=0;REVB=0.0330385;RO=1;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742861;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:15:4:0:1:16:4:0:0 chr11 830670 . G T 471.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615888;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.933;QD=58.8757;RBI=0.0709765;REFB=0;REVB=0.0352773;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111912;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:25:6:0:0:26:6:0:0 chr11 831122 . C T 973.32 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.989;QD=58.9891;RBI=0.0639768;REFB=0;REVB=0.0607827;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22367e-05;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:30:34:0:0:31:35:0:0 chr11 837582 . G A 877.41 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0319443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0311;QD=54.8383;RBI=0.0478916;REFB=-0.207467;REVB=0.0356814;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.008092;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:29:33:0:0:29:33:0:2 chr11 840477 . A G 172.51 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.91;QD=46.0019;RBI=0.0306063;REFB=0;REVB=0.0207928;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195019;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr11 862652 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3531;QD=59.834;RBI=0.0791194;REFB=0;REVB=-0.0681628;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179997;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr11 903070 . G C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.164;QD=60.9743;RBI=0.0142675;REFB=0;REVB=-0.00303114;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16092e-05;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr11 910691 . C T 162.36 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0591596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.247;QD=38.2025;RBI=0.0601213;REFB=-0.012687;REVB=-0.0107101;RO=2;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147635;STB=0.581968;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00137559;OID=.;OPOS=910691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:2:13:1:1:2:13:1:1 chr11 959426 . CT C 114.19 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=37;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.234729;FXX=0.0270197;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.63598;QD=12.6874;RBI=0.253712;REFB=-0.0055164;REVB=0.0962921;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290777;STB=0.516117;STBP=0.747;TYPE=del;VARB=0.0726804;OID=.;OPOS=959427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:20:37:28:36:8:12:16:4:4:16:11:10:10:6:5 chr11 985547 . C T 1041.62 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.977;QD=59.5211;RBI=0.0281217;REFB=0;REVB=0.0214777;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48478e-05;OID=.;OPOS=985547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:35:31:0:0:36:34:0:0 chr11 1010694 . C T 1045.83 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=81;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00473544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7169;QD=51.646;RBI=0.00960514;REFB=-0.0130378;REVB=0.0083567;RO=7;SAF=14;SAR=60;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060885;STB=0.53235;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00194166;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:81:81:7:7:74:74:0.91358:60:14:3:4:60:14:3:4 chr11 1011490 . G A 159.48 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2558;QD=45.5642;RBI=0.139591;REFB=0;REVB=0.132091;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00988851;OID=.;OPOS=1011490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:10:1:0:0:13:1:0:0 chr11 1013987 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4212;QD=57.1747;RBI=0.0485598;REFB=0;REVB=0.0136275;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305247;OID=.;OPOS=1013987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr11 1016594 . A G 107.59 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0285392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7559;QD=12.6577;RBI=0.0673617;REFB=-0.00473325;REVB=-0.0610174;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409282;STB=0.695372;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0117098;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:21:14:13:0.382353:9:5:15:4:8:5:15:6 chr11 1016604 . ACT GGC 115.37 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0177128;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=3;MLLD=104.505;QD=11.256;RBI=0.0314746;REFB=0.000330445;REVB=-0.0260175;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494956;STB=0.56089;STBP=0.604;TYPE=mnp;VARB=0.000261418;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:24:27:13:14:0.341463:6:7:14:10:7:7:16:11 chr11 1016614 . G T 134.41 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0395491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3039;QD=8.14583;RBI=0.06666;REFB=0.0106289;REVB=0.0536603;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203685;STB=0.503996;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0262557;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:9:10:25:21:9:10:25:22 chr11 1016618 . G C 169.9 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00915397;FXX=0.0735186;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.297;QD=10.7872;RBI=0.0280087;REFB=-0.0300005;REVB=-0.0264706;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998132;STB=0.551673;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0318988;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:63:32:38:20:20:0.31746:10:10:19:13:10:10:22:16 chr11 1016630 . G A 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00180374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.372;QD=1.57982;RBI=0.0048786;REFB=-0.0026044;REVB=-0.00453291;RO=75;SAF=3;SAR=5;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10705;STB=0.584401;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0234487;OID=.;OPOS=1016630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:75:75:8:8:0.0963855:5:3:35:40:5:3:35:40 chr11 1016665 . C T 231.64 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.016359;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.958;QD=8.50069;RBI=0.0305211;REFB=-0.0164223;REVB=-0.0257666;RO=70;SAF=11;SAR=21;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267034;STB=0.635167;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0480829;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:70:77:32:32:0.293578:21:11:40:30:21:11:41:36 chr11 1016696 . A G 31.58 PASS AF=0.0714286;AO=11;DP=155;FAO=11;FDP=154;FR=.;FRO=143;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=-0.0116033;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.268;QD=0.820333;RBI=0.0291456;REFB=-0.00275094;REVB=-0.0267363;RO=142;SAF=10;SAR=1;SRF=73;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449311;STB=0.892094;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.053402;OID=.;OPOS=1016696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:155:154:142:143:11:11:0.0714286:1:10:73:69:1:10:74:69 chr11 1016704 . C A 127.53 PASS AF=0.162338;AO=25;DP=150;FAO=25;FDP=154;FR=.;FRO=129;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=78;FSRR=51;FWDB=-0.0208898;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3777;QD=3.31242;RBI=0.0462639;REFB=-0.00890175;REVB=-0.0412791;RO=122;SAF=10;SAR=15;SRF=76;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279241;STB=0.66654;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0529216;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:122:129:25:25:0.162338:15:10:76:46:15:10:78:51 chr11 1016713 . T C 250.06 PASS AF=0.245161;AO=38;DP=155;FAO=38;FDP=155;FR=.;FRO=117;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=71;FSRR=46;FWDB=0.0329756;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8109;QD=6.45324;RBI=0.033125;REFB=-0.0169029;REVB=0.00314263;RO=116;SAF=21;SAR=17;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648899;STB=0.541717;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0394018;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:116:117:38:38:0.245161:17:21:70:46:17:21:71:46 chr11 1016722 . T G 142.51 PASS AF=0.170732;AO=22;DP=158;FAO=28;FDP=164;FR=.;FRO=136;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=82;FSRR=54;FWDB=0.00143004;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.295;QD=3.4759;RBI=0.0145879;REFB=-0.013169;REVB=-0.0145176;RO=131;SAF=19;SAR=3;SRF=79;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398082;STB=0.7663;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0544823;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:164:131:136:22:28:0.170732:3:19:79:52:4:24:82:54 chr11 1016724 . A G 426.05 PASS AF=0.327381;AO=55;DP=168;FAO=55;FDP=168;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=74;FSRR=39;FWDB=-0.0262063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.523;QD=10.144;RBI=0.0278981;REFB=-0.0295445;REVB=0.00956726;RO=110;SAF=36;SAR=19;SRF=72;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500239;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0379909;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:110:113:55:55:0.327381:19:36:72:38:19:36:74:39 chr11 1016776 . C T 822.42 PASS AF=0.3875;AO=93;DP=241;FAO=93;FDP=240;FR=.;FRO=147;FSAF=69;FSAR=24;FSRF=130;FSRR=17;FWDB=-0.0149914;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.649;QD=13.7069;RBI=0.0149915;REFB=-0.0215342;REVB=3.4073e-05;RO=145;SAF=69;SAR=24;SRF=128;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227508;STB=0.627985;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0340201;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:145:147:93:93:0.3875:24:69:128:17:24:69:130:17 chr11 1016795 . C G 142.35 PASS AF=0.130435;AO=35;DP=254;FAO=33;FDP=253;FR=.;FRO=220;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=200;FSRR=20;FWDB=-0.031134;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.216;QD=2.25064;RBI=0.05709;REFB=-0.00948176;REVB=-0.0478534;RO=209;SAF=25;SAR=10;SRF=190;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409043;STB=0.743271;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0729972;OID=.;OPOS=1016795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:209:220:35:33:0.130435:10:25:190:19:9:24:200:20 chr11 1016819 . G T 140.49 PASS AF=0.122807;AO=35;DP=285;FAO=35;FDP=285;FR=.;FRO=250;FSAF=34;FSAR=1;FSRF=213;FSRR=37;FWDB=-0.010265;FXX=0.00349638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.986;QD=1.97181;RBI=0.0705343;REFB=-0.00587105;REVB=-0.0697833;RO=250;SAF=34;SAR=1;SRF=213;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427165;STB=0.839215;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0480914;OID=.;OPOS=1016819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:250:250:35:35:0.122807:1:34:213:37:1:34:213:37 chr11 1016825 . G A 183.04 PASS AF=0.141379;AO=41;DP=289;FAO=41;FDP=290;FR=.;FRO=249;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=222;FSRR=27;FWDB=-0.00954092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8589;QD=2.52468;RBI=0.0207206;REFB=-0.00306011;REVB=0.0183933;RO=248;SAF=25;SAR=16;SRF=221;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474244;STB=0.786071;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0359347;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:290:248:249:41:41:0.141379:16:25:221:27:16:25:222:27 chr11 1016834 . G A 235.43 PASS AF=0.158416;AO=48;DP=303;FAO=48;FDP=303;FR=.;FRO=255;FSAF=43;FSAR=5;FSRF=205;FSRR=50;FWDB=0.0245578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7023;QD=3.10797;RBI=0.0337368;REFB=-0.0086548;REVB=0.023132;RO=239;SAF=43;SAR=5;SRF=198;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1817;STB=0.655955;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0781547;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:239:255:48:48:0.158416:5:43:198:41:5:43:205:50 chr11 1016842 . T G 52.53 PASS AF=0.0711974;AO=22;DP=310;FAO=22;FDP=309;FR=.;FRO=287;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=230;FSRR=57;FWDB=-0.00864739;FXX=0.00643066;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.245;QD=0.680026;RBI=0.0589514;REFB=-0.00292416;REVB=-0.0583137;RO=288;SAF=19;SAR=3;SRF=231;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117007;STB=0.604027;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0399479;OID=.;OPOS=1016842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:310:309:288:287:22:22:0.0711974:3:19:231:57:3:19:230:57 chr11 1016869 . AGG CAT,TGG 1368.72 PASS AF=0.0852713,0.453488;AO=22,115;DP=284;FAO=22,117;FDP=258;FR=.;FRO=119;FSAF=19,109;FSAR=3,8;FSRF=85;FSRR=34;FWDB=0.012018,0.0148176;FXX=0.0915461;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=132.227,101.301;QD=21.2204;RBI=0.0177462,0.0149034;REFB=-0.0172056,-0.0228815;REVB=0.0130574,0.00159679;RO=115;SAF=19,108;SAR=3,7;SRF=83;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.2683,0.457854;STB=0.692404,0.746763;STBP=0.09,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0170162,0.0187656;OID=.,.;OPOS=1016869,1016869;OREF=AGG,A;OALT=CAT,T;OMAPALT=CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:284:258:115:119:22,115:22,117:0.0852713,0.453488:3,7:19,108:83:32:3,8:19,109:85:34 chr11 1016889 . GG AA,GA 479.35 PASS AF=0.136,0.152;AO=33,38;DP=239;FAO=34,38;FDP=250;FR=.;FRO=178;FSAF=18,30;FSAR=16,8;FSRF=161;FSRR=17;FWDB=-0.0113875,-0.0176445;FXX=0.00398391;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=181.561,187.433;QD=7.66956;RBI=0.0143566,0.022497;REFB=-0.0134598,-0.0176856;REVB=-0.00874287,-0.0139566;RO=166;SAF=18,30;SAR=15,8;SRF=149;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.53423,-0.259834;STB=0.828119,0.670698;STBP=0.018,0.155;TYPE=mnp,snp;VARB=0.032901,0.067804;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:239:250:166:178:33,38:34,38:0.136,0.152:15,8:18,30:149:17:16,8:18,30:161:17 chr11 1016894 . G A 424.36 PASS AF=0.267544;AO=60;DP=234;FAO=61;FDP=228;FR=.;FRO=167;FSAF=58;FSAR=3;FSRF=135;FSRR=32;FWDB=-0.00378743;FXX=0.029786;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6609;QD=7.44485;RBI=0.0175522;REFB=-0.0149903;REVB=-0.0171387;RO=171;SAF=57;SAR=3;SRF=141;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41311;STB=0.77795;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0652396;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:228:171:167:60:61:0.267544:3:57:141:30:3:58:135:32 chr11 1016910 . G A 136.18 PASS AF=0.153846;AO=28;DP=182;FAO=28;FDP=182;FR=.;FRO=154;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=135;FSRR=19;FWDB=0.00853303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.915;QD=2.99295;RBI=0.0104469;REFB=-0.0118439;REVB=-0.00602704;RO=153;SAF=27;SAR=1;SRF=134;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370537;STB=0.768958;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0279969;OID=.;OPOS=1016910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:153:154:28:28:0.153846:1:27:134:19:1:27:135:19 chr11 1016914 . G T 257.14 PASS AF=0.242424;AO=39;DP=163;FAO=40;FDP=165;FR=.;FRO=125;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=121;FSRR=4;FWDB=-0.00569077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0169;QD=6.2338;RBI=0.0218978;REFB=0.000416334;REVB=0.0211454;RO=124;SAF=32;SAR=7;SRF=120;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449277;STB=0.761122;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000138439;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:124:125:39:40:0.242424:7:32:120:4:8:32:121:4 chr11 1016928 . C G 1384.56 PASS AF=0.748344;AO=113;DP=151;FAO=113;FDP=151;FR=.;FRO=38;FSAF=104;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=4;FWDB=0.0142359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.79;QD=36.6771;RBI=0.0183174;REFB=-0.0353937;REVB=0.0115268;RO=38;SAF=104;SAR=9;SRF=34;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396183;STB=0.521199;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0127111;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:38:38:113:113:0.748344:9:104:34:4:9:104:34:4 chr11 1016933 . C T 265.97 PASS AF=0.255034;AO=38;DP=151;FAO=38;FDP=149;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=101;FSRR=10;FWDB=-0.00978736;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.708;QD=7.14007;RBI=0.00982062;REFB=-0.0165274;REVB=0.000807543;RO=108;SAF=33;SAR=5;SRF=98;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118465;STB=0.575072;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0563726;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:108:111:38:38:0.255034:5:33:98:10:5:33:101:10 chr11 1016960 . G T 124.68 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=16;FWDB=-0.0263176;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6694;QD=4.70507;RBI=0.0399373;REFB=0.00559437;REVB=0.0300395;RO=85;SAF=14;SAR=7;SRF=69;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234217;STB=0.643296;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0243094;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:85:85:21:21:0.198113:7:14:69:16:7:14:69:16 chr11 1016978 . T G 70.02 PASS AF=0.128;AO=16;DP=128;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.0642771;FXX=0.0384586;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9171;QD=2.24049;RBI=0.0746094;REFB=-0.0197721;REVB=-0.0378817;RO=110;SAF=14;SAR=2;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416125;STB=0.80791;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.140976;OID=.;OPOS=1016978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:128:125:110:109:16:16:0.128:2:14:65:45:2:14:64:45 chr11 1017023 . G A 67.09 PASS AF=0.0943396;AO=20;DP=212;FAO=20;FDP=212;FR=.;FRO=192;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=111;FWDB=-0.00924467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.638;QD=1.26576;RBI=0.0563895;REFB=-0.00745521;REVB=-0.0556265;RO=191;SAF=8;SAR=12;SRF=81;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295305;STB=0.520447;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0533469;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:212:212:191:192:20:20:0.0943396:12:8:81:110:12:8:81:111 chr11 1017029 . T G 1188.99 PASS AF=0.53211;AO=116;DP=219;FAO=116;FDP=218;FR=.;FRO=102;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.0411609;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.764;QD=21.8164;RBI=0.0787035;REFB=-0.0248087;REVB=-0.0670822;RO=101;SAF=51;SAR=65;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292868;STB=0.517972;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0246376;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:101:102:116:116:0.53211:65:51:41:60:65:51:41:61 chr11 1017036 . G A 97.75 PASS AF=0.116279;AO=23;DP=216;FAO=25;FDP=215;FR=.,HEALED;FRO=190;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=113;FWDB=0.0386358;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4702;QD=1.81865;RBI=0.0391287;REFB=-0.0127328;REVB=-0.00619069;RO=149;SAF=8;SAR=15;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165368;STB=0.542338;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0738917;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:216:215:149:190:23:25:0.116279:15:8:71:78:16:9:77:113 chr11 1017041 . GT TG 112.66 PASS AF=0.12069;AO=28;DP=233;FAO=28;FDP=232;FR=.;FRO=204;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=80;FSRR=124;FWDB=-0.0149138;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=2;MLLD=131.859;QD=1.94248;RBI=0.0651464;REFB=-0.00148589;REVB=-0.0634164;RO=198;SAF=12;SAR=16;SRF=75;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649854;STB=0.532972;STBP=0.727;TYPE=mnp;VARB=0.0323471;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:198:204:28:28:0.12069:16:12:75:123:16:12:80:124 chr11 1017045 . G T 134.91 PASS AF=0.133621;AO=31;DP=231;FAO=31;FDP=232;FR=.;FRO=201;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=79;FSRR=122;FWDB=-0.0068647;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.536;QD=2.32598;RBI=0.0519753;REFB=-0.00824902;REVB=-0.05152;RO=198;SAF=14;SAR=17;SRF=78;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750306;STB=0.551711;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0376403;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:198:201:31:31:0.133621:17:14:78:120:17:14:79:122 chr11 1017069 . G A 263.94 PASS AF=0.188235;AO=47;DP=255;FAO=48;FDP=255;FR=.;FRO=207;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=83;FSRR=124;FWDB=-0.00441473;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6313;QD=4.14024;RBI=0.00880622;REFB=-0.0073746;REVB=0.00761969;RO=203;SAF=26;SAR=21;SRF=82;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191017;STB=0.628864;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0355074;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:203:207:47:48:0.188235:21:26:82:121:21:27:83:124 chr11 1017084 . G A 457.22 PASS AF=0.262097;AO=65;DP=244;FAO=65;FDP=248;FR=.;FRO=183;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=95;FSRR=88;FWDB=0.007756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.101;QD=7.37451;RBI=0.0330965;REFB=-0.0104068;REVB=-0.0321749;RO=179;SAF=24;SAR=41;SRF=95;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201365;STB=0.611752;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0279558;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:248:179:183:65:65:0.262097:41:24:95:84:41:24:95:88 chr11 1017110 . C T 231.45 PASS AF=0.196078;AO=45;DP=246;FAO=50;FDP=255;FR=.;FRO=205;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=100;FSRR=105;FWDB=-0.00928627;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.1;QD=3.63064;RBI=0.00930922;REFB=-0.0170828;REVB=-0.000653253;RO=199;SAF=27;SAR=18;SRF=100;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1266;STB=0.52586;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.072019;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:255:199:205:45:50:0.196078:18:27:100:99:24:26:100:105 chr11 1017112 . GT CC,GC 702.36 PASS AF=0.150628,0.225941;AO=36,65;DP=258;FAO=36,54;FDP=239;FR=.;FRO=149;FSAF=24,35;FSAR=12,19;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=0.01975,0.0397406;FXX=0.0736406;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=113.89,93.2549;QD=11.7551;RBI=0.0207909,0.0397406;REFB=-0.0116924,-0.0146221;REVB=0.00649616,3.82875e-05;RO=141;SAF=24,34;SAR=12,31;SRF=65;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.263344,0.0733791;STB=0.668971,0.641325;STBP=0.035,0.009;TYPE=mnp,snp;VARB=0.033614,0.0212657;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:258:239:141:149:36,65:36,54:0.150628,0.225941:12,31:24,34:65:76:12,19:24,35:68:81 chr11 1017135 . G A 119.0 PASS AF=0.116981;AO=31;DP=267;FAO=31;FDP=265;FR=.;FRO=234;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=108;FSRR=126;FWDB=0.0088036;FXX=0.00749036;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.792;QD=1.7962;RBI=0.0292748;REFB=-0.00202787;REVB=-0.0279197;RO=228;SAF=21;SAR=10;SRF=105;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269768;STB=0.688736;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0409661;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:265:228:234:31:31:0.116981:10:21:105:123:10:21:108:126 chr11 1017154 . T G 169.64 PASS AF=0.146341;AO=35;DP=246;FAO=36;FDP=246;FR=.;FRO=210;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=100;FSRR=110;FWDB=-0.0352614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.646;QD=2.75833;RBI=0.0484617;REFB=-0.00396456;REVB=-0.0332441;RO=205;SAF=22;SAR=13;SRF=99;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18666;STB=0.614905;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.042674;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:205:210:35:36:0.146341:13:22:99:106:14:22:100:110 chr11 1017158 . G T 123.74 PASS AF=0.130252;AO=30;DP=236;FAO=31;FDP=238;FR=.;FRO=207;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=97;FSRR=110;FWDB=0.00558567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9765;QD=2.07967;RBI=0.00567765;REFB=-0.00587002;REVB=0.00101788;RO=206;SAF=18;SAR=12;SRF=97;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162205;STB=0.624718;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0364316;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:206:207:30:31:0.130252:12:18:97:109:12:19:97:110 chr11 1017161 . C T 50.52 PASS AF=0.0788382;AO=17;DP=239;FAO=19;FDP=241;FR=.;FRO=222;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=105;FSRR=117;FWDB=-0.0493709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.489;QD=0.83846;RBI=0.0700804;REFB=-0.000420975;REVB=-0.0497371;RO=207;SAF=13;SAR=4;SRF=100;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316909;STB=0.692907;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0114743;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:239:241:207:222:17:19:0.0788382:4:13:100:107:6:13:105:117 chr11 1017173 . G A 497.13 PASS AF=0.297778;AO=67;DP=225;FAO=67;FDP=225;FR=.;FRO=158;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=0.00406862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.626;QD=8.83778;RBI=0.00477573;REFB=-0.0254175;REVB=-0.00250079;RO=157;SAF=32;SAR=35;SRF=82;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537647;STB=0.529029;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0629697;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:157:158:67:67:0.297778:35:32:82:75:35:32:82:76 chr11 1017183 . G T 287.18 PASS AF=0.222749;AO=47;DP=213;FAO=47;FDP=211;FR=.;FRO=164;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=89;FSRR=75;FWDB=0.0336114;FXX=0.0186038;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.492;QD=5.44422;RBI=0.0392455;REFB=-0.0160856;REVB=-0.0202604;RO=164;SAF=21;SAR=26;SRF=91;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136891;STB=0.557765;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0625732;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:164:164:47:47:0.222749:26:21:91:73:25:22:89:75 chr11 1017186 . A G 53.02 PASS AF=0.0853081;AO=18;DP=204;FAO=18;FDP=211;FR=.;FRO=193;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=98;FSRR=95;FWDB=-0.0625285;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2266;QD=1.00507;RBI=0.0941831;REFB=-0.00747397;REVB=-0.0704319;RO=182;SAF=11;SAR=7;SRF=97;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930013;STB=0.595119;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0618828;OID=.;OPOS=1017186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:204:211:182:193:18:18:0.0853081:7:11:97:85:7:11:98:95 chr11 1017220 . T C 973.01 PASS AF=0.55814;AO=94;DP=172;FAO=96;FDP=172;FR=.;FRO=76;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0291098;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7283;QD=22.628;RBI=0.0329667;REFB=-0.0420466;REVB=-0.0154733;RO=77;SAF=61;SAR=33;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09078;STB=0.549861;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0599641;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:77:76:94:96:0.55814:33:61:42:35:34:62:41:35 chr11 1017231 . A G 814.51 PASS AF=0.531646;AO=72;DP=146;FAO=84;FDP=158;FR=.;FRO=74;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.000777459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.944;QD=20.6204;RBI=0.00891461;REFB=-0.0393893;REVB=0.00888065;RO=73;SAF=50;SAR=22;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134126;STB=0.570696;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0497033;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:158:73:74:72:84:0.531646:22:50:41:32:26:58:41:33 chr11 1017239 . CG TA,TG 653.8 PASS AF=0.41958,0.0769231;AO=59,10;DP=152;FAO=60,11;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=41,10;FSAR=19,1;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0178953,0.00677291;FXX=0.0592066;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=152.784,78.7863;QD=18.2881;RBI=0.0267868,0.0514462;REFB=-0.0255334,-0.0267157;REVB=-0.0199321,-0.0509985;RO=72;SAF=40,9;SAR=19,1;SRF=40;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.130598,0.472482;STB=0.576007,0.867651;STBP=0.142,0.017;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0286795,0.0331544;OID=.,.;OPOS=1017239,1017239;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:143:72:72:59,10:60,11:0.41958,0.0769231:19,1:40,9:40:32:19,1:41,10:40:32 chr11 1017302 . G C 150.16 PASS AF=0.195652;AO=27;DP=138;FAO=27;FDP=138;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=74;FSRR=37;FWDB=0.0541427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.123;QD=4.35251;RBI=0.0602469;REFB=-0.00832687;REVB=0.0264246;RO=111;SAF=25;SAR=2;SRF=74;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495016;STB=0.830886;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0283674;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:111:111:27:27:0.195652:2:25:74:37:2:25:74:37 chr11 1017307 . G A 72.35 PASS AF=0.119718;AO=17;DP=142;FAO=17;FDP=142;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=93;FSRR=32;FWDB=-0.013781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.173;QD=2.03795;RBI=0.0527297;REFB=-0.0110773;REVB=-0.0508971;RO=125;SAF=11;SAR=6;SRF=93;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142394;STB=0.598743;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0749294;OID=.;OPOS=1017307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:142:142:125:125:17:17:0.119718:6:11:93:32:6:11:93:32 chr11 1017317 . G T 235.08 PASS AF=0.233333;AO=35;DP=150;FAO=35;FDP=150;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=87;FSRR=28;FWDB=-0.00602568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.788;QD=6.26886;RBI=0.066664;REFB=-0.017657;REVB=-0.0663911;RO=102;SAF=31;SAR=4;SRF=87;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905913;STB=0.677474;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0462932;OID=.;OPOS=1017317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:102:115:35:35:0.233333:4:31:87:15:4:31:87:28 chr11 1017325 . A C 284.97 PASS AF=0.264151;AO=42;DP=160;FAO=42;FDP=159;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=81;FSRR=36;FWDB=0.0124896;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0634;QD=7.16917;RBI=0.0379825;REFB=-0.0168608;REVB=-0.0358704;RO=116;SAF=37;SAR=5;SRF=80;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360165;STB=0.719854;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0268618;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:116:117:42:42:0.264151:5:37:80:36:5:37:81:36 chr11 1017337 . TC CA 189.59 PASS AF=0.196429;AO=33;DP=171;FAO=33;FDP=168;FR=.;FRO=135;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=89;FSRR=46;FWDB=-0.00315675;FXX=0.0232545;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.191;QD=4.51406;RBI=0.0516851;REFB=-0.00467092;REVB=-0.0515886;RO=130;SAF=30;SAR=3;SRF=85;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467514;STB=0.804366;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0286585;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:168:130:135:33:33:0.196429:3:30:85:45:3:30:89:46 chr11 1017381 . G C 282.67 PASS AF=0.244318;AO=43;DP=177;FAO=43;FDP=176;FR=.;FRO=133;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=110;FSRR=23;FWDB=0.00808081;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.738;QD=6.4242;RBI=0.010574;REFB=-0.00188961;REVB=-0.00681981;RO=132;SAF=33;SAR=10;SRF=109;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111118;STB=0.567657;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0112452;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:132:133:43:43:0.244318:10:33:109:23:10:33:110:23 chr11 1017384 . G C 462.67 PASS AF=0.343195;AO=57;DP=170;FAO=58;FDP=169;FR=.;FRO=111;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=96;FSRR=15;FWDB=0.00931021;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.755;QD=10.9507;RBI=0.00931054;REFB=-0.0126465;REVB=-7.82814e-05;RO=109;SAF=45;SAR=12;SRF=94;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138908;STB=0.592601;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0227926;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:109:111:57:58:0.343195:12:45:94:15:13:45:96:15 chr11 1017386 . C T 68.87 PASS AF=0.107784;AO=18;DP=157;FAO=18;FDP=167;FR=.;FRO=149;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=129;FSRR=20;FWDB=-0.031522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5639;QD=1.64962;RBI=0.0586593;REFB=-0.00669434;REVB=-0.04947;RO=139;SAF=12;SAR=6;SRF=124;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415512;STB=0.730395;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0502427;OID=.;OPOS=1017386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:157:167:139:149:18:18:0.107784:6:12:124:15:6:12:129:20 chr11 1017421 . G T 172.77 PASS AF=0.187135;AO=31;DP=173;FAO=32;FDP=171;FR=.;FRO=139;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=112;FSRR=27;FWDB=-0.00623177;FXX=0.0172404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4202;QD=4.0413;RBI=0.00860272;REFB=-0.00737247;REVB=0.00593059;RO=141;SAF=23;SAR=8;SRF=112;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941384;STB=0.594661;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0334135;OID=.;OPOS=1017421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:141:139:31:32:0.187135:8:23:112:29:9:23:112:27 chr11 1017440 . C T 127.99 PASS AF=0.155689;AO=26;DP=168;FAO=26;FDP=167;FR=.;FRO=141;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=109;FSRR=32;FWDB=-0.0166215;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.138;QD=3.0657;RBI=0.0287327;REFB=-0.0111123;REVB=-0.0234371;RO=137;SAF=12;SAR=14;SRF=106;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407628;STB=0.754079;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0369962;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:137:141:26:26:0.155689:14:12:106:31:14:12:109:32 chr11 1017443 . C G 230.82 PASS AF=0.233766;AO=36;DP=164;FAO=36;FDP=154;FR=.;FRO=118;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=36;FWDB=-0.0364515;FXX=0.0722848;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0671;QD=5.9954;RBI=0.0876898;REFB=-0.00797712;REVB=-0.0797546;RO=111;SAF=25;SAR=11;SRF=77;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00110482;STB=0.500425;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0311585;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:154:111:118:36:36:0.233766:11:25:77:34:11:25:82:36 chr11 1017464 . T C 31.81 PASS AF=0.0723684;AO=11;DP=160;FAO=11;FDP=152;FR=.;FRO=141;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=96;FSRR=45;FWDB=0.0135239;FXX=0.0499969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5264;QD=0.837184;RBI=0.0364465;REFB=-0.00364521;REVB=-0.0338446;RO=140;SAF=9;SAR=2;SRF=95;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190563;STB=0.667902;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0700739;OID=.;OPOS=1017464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:160:152:140:141:11:11:0.0723684:2:9:95:45:2:9:96:45 chr11 1017514 . A G 78.73 PASS AF=0.109524;AO=20;DP=208;FAO=23;FDP=210;FR=.;FRO=187;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=82;FSRR=105;FWDB=-0.0120396;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.868;QD=1.49954;RBI=0.0427902;REFB=-0.00464398;REVB=-0.0410616;RO=186;SAF=18;SAR=2;SRF=81;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544895;STB=0.798135;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0472773;OID=.;OPOS=1017514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:208:210:186:187:20:23:0.109524:2:18:81:105:5:18:82:105 chr11 1017529 . G A 55.84 PASS AF=0.0793651;AO=20;DP=252;FAO=20;FDP=252;FR=.;FRO=232;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=95;FSRR=137;FWDB=-0.00535284;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.84;QD=0.886385;RBI=0.0552281;REFB=-0.00550467;REVB=-0.0549681;RO=230;SAF=7;SAR=13;SRF=94;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706275;STB=0.558021;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.061799;OID=.;OPOS=1017529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:252:252:230:232:20:20:0.0793651:13:7:94:136:13:7:95:137 chr11 1017556 . G A 85.63 PASS AF=0.102041;AO=23;DP=238;FAO=25;FDP=245;FR=.;FRO=220;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=93;FSRR=127;FWDB=-0.00726264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1196;QD=1.39805;RBI=0.0182613;REFB=-0.00961828;REVB=-0.0167549;RO=215;SAF=5;SAR=18;SRF=92;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27477;STB=0.682107;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.100562;OID=.;OPOS=1017556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:238:245:215:220:23:25:0.102041:18:5:92:123:19:6:93:127 chr11 1017575 . C T 85.05 PASS AF=0.11;AO=22;DP=200;FAO=22;FDP=200;FR=.;FRO=178;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=82;FSRR=96;FWDB=-0.027525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.354;QD=1.70108;RBI=0.0393309;REFB=-0.00287729;REVB=-0.0280944;RO=175;SAF=7;SAR=15;SRF=82;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190165;STB=0.631979;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0232702;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:200:200:175:178:22:22:0.11:15:7:82:93:15:7:82:96 chr11 1017588 . CTTCG CTTGC 34.16 PASS AF=0.0621118;AO=10;DP=172;FAO=10;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=148;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=74;FWDB=-0.0206247;FXX=0.0301187;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.586;QD=0.848735;RBI=0.0435019;REFB=-0.00250652;REVB=-0.0383019;RO=110;SAF=2;SAR=8;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303874;STB=0.786978;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.0454634;OID=.;OPOS=1017591;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=CTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0621118:10:172:10:161:148:2:8:74:74:25:110:2:8:50:60 chr11 1017691 . C G 188.15 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=139;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.0610838;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.327;QD=5.08503;RBI=0.0750543;REFB=-0.0274012;REVB=-0.0436109;RO=108;SAF=11;SAR=19;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204626;STB=0.594779;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0759308;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:148:108:118:30:30:0.202703:19:11:57:51:19:11:57:61 chr11 1017744 . T C 70.66 PASS AF=0.0980392;AO=19;DP=202;FAO=20;FDP=204;FR=.;FRO=184;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=133;FWDB=0.00921922;FXX=0.00487781;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.434;QD=1.38545;RBI=0.0125408;REFB=-0.0070974;REVB=-0.00850166;RO=182;SAF=6;SAR=13;SRF=51;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050867;STB=0.524976;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0453272;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:202:204:182:184:19:20:0.0980392:13:6:51:131:14:6:51:133 chr11 1017746 . T G 150.87 PASS AF=0.15122;AO=31;DP=205;FAO=31;FDP=205;FR=.;FRO=174;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=128;FWDB=-0.00383384;FXX=0.00485413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7606;QD=2.94387;RBI=0.0324104;REFB=-0.00296139;REVB=-0.0321829;RO=168;SAF=12;SAR=19;SRF=45;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173008;STB=0.615425;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0261705;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:168:174:31:31:0.15122:19:12:45:123:19:12:46:128 chr11 1017773 . G A 59.58 PASS AF=0.0895522;AO=18;DP=201;FAO=18;FDP=201;FR=.;FRO=183;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=126;FWDB=0.0308383;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6738;QD=1.18569;RBI=0.0463239;REFB=-0.00344668;REVB=0.0345674;RO=179;SAF=3;SAR=15;SRF=55;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217065;STB=0.680043;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0357282;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:201:201:179:183:18:18:0.0895522:15:3:55:124:15:3:57:126 chr11 1017783 . A C 635.32 PASS AF=0.401099;AO=72;DP=208;FAO=73;FDP=182;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=79;FWDB=-0.0051543;FXX=0.145533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9824;QD=13.963;RBI=0.0247847;REFB=-0.01906;REVB=-0.0242428;RO=103;SAF=35;SAR=37;SRF=28;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228357;STB=0.623731;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0369464;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:182:103:109:72:73:0.401099:37:35:28:75:38:35:30:79 chr11 1017789 . A C 215.0 PASS AF=0.18018;AO=40;DP=222;FAO=40;FDP=222;FR=.;FRO=182;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=69;FSRR=113;FWDB=-0.0253005;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2329;QD=3.87386;RBI=0.0277702;REFB=-0.00236759;REVB=-0.0114487;RO=172;SAF=13;SAR=27;SRF=63;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586833;STB=0.54881;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0141575;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:172:182:40:40:0.18018:27:13:63:109:27:13:69:113 chr11 1017793 . T G 57.75 PASS AF=0.0855856;AO=20;DP=219;FAO=19;FDP=222;FR=.;FRO=203;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=79;FSRR=124;FWDB=0.0144726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3318;QD=1.04058;RBI=0.0257707;REFB=0.00491171;REVB=-0.0213231;RO=199;SAF=3;SAR=17;SRF=77;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32844;STB=0.757199;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0572689;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:219:222:199:203:20:19:0.0855856:17:3:77:122:16:3:79:124 chr11 1017797 . C G 64.76 PASS AF=0.0925926;AO=17;DP=215;FAO=20;FDP=216;FR=.;FRO=196;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=73;FSRR=123;FWDB=-0.0292068;FXX=0.013698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.098;QD=1.19923;RBI=0.0296209;REFB=-0.00701932;REVB=-0.00493536;RO=198;SAF=3;SAR=14;SRF=74;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26152;STB=0.75438;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0640558;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:215:216:198:196:17:20:0.0925926:14:3:74:124:17:3:73:123 chr11 1017834 . G A 83.19 PASS AF=0.105023;AO=23;DP=218;FAO=23;FDP=219;FR=.;FRO=196;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=124;FWDB=-0.0168446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.362;QD=1.51953;RBI=0.0175285;REFB=-0.00682992;REVB=-0.0048484;RO=194;SAF=7;SAR=16;SRF=70;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769835;STB=0.563223;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0719491;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:218:219:194:196:23:23:0.105023:16:7:70:124:16:7:72:124 chr11 1017845 . C G 621.7 PASS AF=0.371287;AO=73;DP=195;FAO=75;FDP=202;FR=.;FRO=127;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=-0.056574;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.392;QD=12.311;RBI=0.0569271;REFB=-0.0267512;REVB=-0.00633046;RO=117;SAF=20;SAR=53;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179069;STB=0.612971;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.034311;OID=.;OPOS=1017845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:202:117:127:73:75:0.371287:53:20:49:68:54:21:56:71 chr11 1017858 . A G 598.25 PASS AF=0.348837;AO=75;DP=214;FAO=75;FDP=215;FR=.;FRO=140;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=-0.0411749;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6481;QD=11.1303;RBI=0.0517865;REFB=-0.0248866;REVB=-0.0314081;RO=134;SAF=20;SAR=55;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243861;STB=0.642571;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0581862;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:134:140:75:75:0.348837:55:20:62:72:55:20:65:75 chr11 1017883 . C A 171.56 PASS AF=0.164251;AO=34;DP=213;FAO=34;FDP=207;FR=.;FRO=173;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=84;FWDB=-0.0208381;FXX=0.0416647;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5291;QD=3.31511;RBI=0.0273707;REFB=-0.00590856;REVB=-0.0177461;RO=170;SAF=14;SAR=20;SRF=89;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143451;STB=0.585843;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0235163;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:207:170:173:34:34:0.164251:20:14:89:81:20:14:89:84 chr11 1017891 . GCAT GCGT,GTGC,TGAT 203.98 PASS AF=0.0769231,0.0432692,0.0865385;AO=15,9,16;DP=220;FAO=16,9,18;FDP=208;FR=.;FRO=165;FSAF=5,1,8;FSAR=11,8,10;FSRF=96;FSRR=69;FWDB=-0.000219913,-0.00501916,-0.0188474;FXX=0.054543;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=100.246,147.671,93.7046;QD=3.92269;RBI=0.0696371,0.0491261,0.042332;REFB=-0.00325369,-0.00263625,-0.0187595;REVB=-0.0696367,-0.0488691,-0.0379048;RO=149;SAF=4,1,7;SAR=11,8,9;SRF=86;SRR=63;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.354472,-0.448855,-0.165172;STB=0.734997,0.908907,0.621879;STBP=0.055,0.021,0.304;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0843491,0.0850258,0.0846618;OID=.,.,.;OPOS=1017893,1017892,1017891;OREF=A,CAT,GC;OALT=G,TGC,TG;OMAPALT=GCGT,GTGC,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:60:220:208:149:165:15,9,16:16,9,18:0.0769231,0.0432692,0.0865385:11,8,9:4,1,7:86:63:11,8,10:5,1,8:96:69 chr11 1017899 . A T 60.04 PASS AF=0.0883721;AO=19;DP=213;FAO=19;FDP=215;FR=.;FRO=196;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=114;FSRR=82;FWDB=-0.011295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.965;QD=1.11703;RBI=0.0195748;REFB=-0.00316767;REVB=-0.0159873;RO=176;SAF=8;SAR=11;SRF=99;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167964;STB=0.643192;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.030886;OID=.;OPOS=1017899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:213:215:176:196:19:19:0.0883721:11:8:99:77:11:8:114:82 chr11 1017900 . G T 48.86 PASS AF=0.0794393;AO=17;DP=207;FAO=17;FDP=214;FR=.;FRO=197;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=118;FSRR=79;FWDB=-0.0213798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.33;QD=0.913335;RBI=0.0407765;REFB=-0.00425793;REVB=-0.0347221;RO=190;SAF=5;SAR=12;SRF=115;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34575;STB=0.764085;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0517669;OID=.;OPOS=1017900;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:207:214:190:197:17:17:0.0794393:12:5:115:75:12:5:118:79 chr11 1017917 . A T 63.57 PASS AF=0.0926829;AO=19;DP=205;FAO=19;FDP=205;FR=.;FRO=186;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=109;FSRR=77;FWDB=-0.0640873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9314;QD=1.24035;RBI=0.0690527;REFB=-0.00148459;REVB=-0.0257118;RO=180;SAF=8;SAR=11;SRF=106;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198296;STB=0.646261;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0177633;OID=.;OPOS=1017917;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:205:205:180:186:19:19:0.0926829:11:8:106:74:11:8:109:77 chr11 1017921 . C T 55.35 PASS AF=0.0885417;AO=17;DP=198;FAO=17;FDP=192;FR=.;FRO=175;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=105;FSRR=70;FWDB=-0.0447064;FXX=0.039998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0329;QD=1.15302;RBI=0.0478092;REFB=-0.0141141;REVB=-0.0169425;RO=166;SAF=6;SAR=11;SRF=97;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268086;STB=0.715054;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0615396;OID=.;OPOS=1017921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:198:192:166:175:17:17:0.0885417:11:6:97:69:11:6:105:70 chr11 1017935 . A G 354.47 PASS AF=0.278409;AO=49;DP=185;FAO=49;FDP=176;FR=.;FRO=127;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=96;FSRR=31;FWDB=-0.0501722;FXX=0.048646;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6526;QD=8.05613;RBI=0.0734104;REFB=-0.0135162;REVB=-0.0535895;RO=125;SAF=17;SAR=32;SRF=94;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465962;STB=0.771402;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.024867;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:176:125:127:49:49:0.278409:32:17:94:31:32:17:96:31 chr11 1017955 . C T 99.72 PASS AF=0.138158;AO=21;DP=153;FAO=21;FDP=152;FR=.;FRO=131;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=96;FSRR=35;FWDB=-0.0517275;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.504;QD=2.6242;RBI=0.0542613;REFB=-0.00955313;REVB=-0.0163874;RO=127;SAF=8;SAR=13;SRF=93;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431217;STB=0.778591;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0384324;OID=.;OPOS=1017955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:127:131:21:21:0.138158:13:8:93:34:13:8:96:35 chr11 1017963 . G A 74.26 PASS AF=0.125;AO=17;DP=136;FAO=17;FDP=136;FR=.;FRO=119;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=87;FSRR=32;FWDB=-0.0256828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.812;QD=2.18421;RBI=0.0443793;REFB=-0.00873648;REVB=-0.0361928;RO=119;SAF=16;SAR=1;SRF=87;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433335;STB=0.836234;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0607063;OID=.;OPOS=1017963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:136:136:119:119:17:17:0.125:1:16:87:32:1:16:87:32 chr11 1017968 . T A 76.06 PASS AF=0.129771;AO=17;DP=131;FAO=17;FDP=131;FR=.;FRO=114;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=88;FSRR=26;FWDB=0.000589546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8683;QD=2.32236;RBI=0.00953013;REFB=-0.00375507;REVB=0.00951187;RO=106;SAF=16;SAR=1;SRF=81;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411257;STB=0.805481;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.042335;OID=.;OPOS=1017968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:131:131:106:114:17:17:0.129771:1:16:81:25:1:16:88:26 chr11 1017981 . T A 119.74 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=66;FSRR=7;FWDB=-0.0147483;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5565;QD=5.2062;RBI=0.0204827;REFB=-0.014215;REVB=-0.0142137;RO=72;SAF=18;SAR=1;SRF=65;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203885;STB=0.63141;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0461632;OID=.;OPOS=1017981;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:72:73:19:19:0.206522:1:18:65:7:1:18:66:7 chr11 1017988 . G T 90.31 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=72;FSRR=5;FWDB=-0.0184907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.562;QD=3.8845;RBI=0.02892;REFB=-0.00978496;REVB=-0.0222365;RO=76;SAF=13;SAR=3;SRF=71;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345044;STB=0.710135;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0315912;OID=.;OPOS=1017988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:93:76:77:16:16:0.172043:3:13:71:5:3:13:72:5 chr11 1018116 . T G 109.5 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=3;FWDB=-0.062517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.168;QD=8.11122;RBI=0.0631016;REFB=-0.00686131;REVB=0.00856946;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=31;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323509;STB=0.709241;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0229738;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:34:39:15:15:0.277778:4:11:31:3:4:11:36:3 chr11 1018144 . G C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=0.0344349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9935;QD=6.01652;RBI=0.0534663;REFB=-0.0141274;REVB=-0.0409009;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568303;STB=0.823153;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0303417;OID=.;OPOS=1018144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:1:6:21:0:1:6:22:0 chr11 1018295 . T C 139.9 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0137003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7928;QD=12.7181;RBI=0.031496;REFB=-0.00483415;REVB=-0.0283601;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204977;STB=0.512033;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00637852;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:6:10:17:11:6:10:17:11 chr11 1018314 . G A 39.22 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0239185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1957;QD=3.01717;RBI=0.0441994;REFB=-0.00457493;REVB=-0.0371685;RO=44;SAF=1;SAR=6;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571965;STB=0.890107;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0521582;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:52:44:45:7:7:0.134615:6:1:29:15:6:1:29:16 chr11 1018355 . A G 57.43 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0811388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.885;QD=4.50446;RBI=0.0987871;REFB=-0.00273289;REVB=-0.0563506;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158612;STB=0.622055;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0367888;OID=.;OPOS=1018355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:40:42:9:9:0.176471:4:5:17:23:4:5:17:25 chr11 1018366 . C T 31.6 PASS AF=0.12;AO=5;DP=49;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0292323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.221;QD=2.52786;RBI=0.0330167;REFB=-0.0170189;REVB=-0.0153485;RO=44;SAF=3;SAR=2;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186566;STB=0.559803;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0826277;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:50:44:44:5:6:0.12:2:3:19:25:3:3:19:25 chr11 1018374 . T A 670.29 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0205282;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0192;QD=58.2863;RBI=0.0407466;REFB=-0.0249863;REVB=0.0351976;RO=2;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975376;STB=0.505195;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00107279;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:2:2:44:44:0.956522:27:17:1:1:27:17:1:1 chr11 1018385 . T A 105.54 PASS AF=0.25;AO=15;DP=63;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0242965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.845;QD=6.59641;RBI=0.0244546;REFB=-0.011464;REVB=-0.00277661;RO=45;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294241;STB=0.653658;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0286082;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:45:48:15:16:0.25:5:10:19:26:6:10:20:28 chr11 1018419 . G A 33.74 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0174707;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.845;QD=1.31044;RBI=0.0180168;REFB=-0.00325473;REVB=-0.00440196;RO=94;SAF=7;SAR=2;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349841;STB=0.780496;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0612626;OID=.;OPOS=1018419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:94:94:9:9:0.0873786:2:7:44:50:2:7:44:50 chr11 1018456 . G A 144.99 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0340449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.544;QD=7.24934;RBI=0.0344102;REFB=-0.00578437;REVB=-0.00500097;RO=58;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380718;STB=0.734048;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0268516;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:59:21:21:0.2625:6:15:23:35:6:15:23:36 chr11 1018459 . G T 30.39 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=73;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00805196;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.826;QD=1.68849;RBI=0.0123768;REFB=-0.00543496;REVB=-0.00939949;RO=63;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455068;STB=0.856124;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0377626;OID=.;OPOS=1018459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:72:63:65:7:7:0.0972222:1:6:29:34:1:6:30:35 chr11 1018473 . A T 45.72 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0361021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.624;QD=2.72955;RBI=0.0554452;REFB=-0.0113415;REVB=-0.0420809;RO=56;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225114;STB=0.672885;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0699899;OID=.;OPOS=1018473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:56:58:9:9:0.134328:3:6:27:29:3:6:27:31 chr11 1018483 . C G 188.83 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0656971;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.803;QD=12.8017;RBI=0.0778204;REFB=-0.04896;REVB=-0.0417122;RO=33;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447126;STB=0.743385;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0451317;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:23:24:0.40678:5:18:12:21:6:18:12:23 chr11 1018496 . G T 165.15 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0147511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.742;QD=12.4644;RBI=0.0786737;REFB=-0.0350431;REVB=-0.0772785;RO=32;SAF=17;SAR=3;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543709;STB=0.823898;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0472354;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:3:17:12:20:3:17:12:21 chr11 1018523 . A G 121.28 PASS AF=0.3;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0577803;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0116;QD=9.7025;RBI=0.0629613;REFB=-0.000908533;REVB=0.0250111;RO=34;SAF=14;SAR=1;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659497;STB=0.902602;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00139474;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:35:15:15:0.3:1:14:15:19:1:14:16:19 chr11 1019375 . C T 2260.26 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265392;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.003;QD=60.2737;RBI=0.0494712;REFB=-0.0614324;REVB=0.0417501;RO=1;SAF=48;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473286;STB=0.502463;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.000149384;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:148:149:0.993333:100:48:0:1:101:48:0:1 chr11 1027811 . C T 409.18 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0315481;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0694;QD=25.9795;RBI=0.034393;REFB=-0.0345088;REVB=0.0136967;RO=23;SAF=17;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000769603;STB=0.508666;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0168419;OID=.;OPOS=1027811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:23:24:39:39:0.619048:22:17:10:13:22:17:11:13 chr11 1031058 . T TG 53.99 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.141447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2505;QD=8.99787;RBI=0.186772;REFB=-0.0653413;REVB=-0.121969;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499997;STB=0.803903;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0363632;OID=.;OPOS=1031059;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:11:30:11:24:13:1:10:6:7:53:19:1:10:8:11 chr11 1075747 . T C 314.2 PASS AF=0.371429;AO=37;DP=104;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=-0.00252524;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.294;QD=11.9694;RBI=0.0128744;REFB=-0.0212179;REVB=-0.0126243;RO=65;SAF=23;SAR=14;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124789;STB=0.549893;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0307659;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:65:66:37:39:0.371429:14:23:47:18:14:25:47:19 chr11 1092715 . G A 66.0 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0910809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.802;QD=16.4998;RBI=0.0917726;REFB=-0.0976957;REVB=0.0112459;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.608447;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0363642;OID=.;OPOS=1092715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:4:3:6:3:4:3 chr11 1093710 . C G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6746;QD=46.0583;RBI=0.0522062;REFB=0.140417;REVB=0.0410722;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545405;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00362676;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:14:5:0:0:14:5:1:0 chr11 1094690 . C T 432.38 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430045;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.993;QD=57.6502;RBI=0.0432602;REFB=0;REVB=-0.00469671;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402061;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr11 1094748 . A AC,C 230.04 PASS AF=1,0;AO=3,2;DP=29;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187597,0.0563235;FXX=0.0370233;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=15.6925,17.3221;QD=35.3909;RBI=0.199684,0.0811339;REFB=-0.0859896,-0.0158937;REVB=-0.0684158,-0.0583984;RO=24;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.627715,-0.547397;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.030957,0;OID=.,.;OPOS=1094749,1094748;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:26:24:0:3,2:26,0:1,0:3,2:0,0:15:9:12,0:14,0:0:0 chr11 1094752 . CAA CAC,CCA 419.1 PASS AF=0.225806,0.741935;AO=7,19;DP=31;FAO=7,23;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=7,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0924163,0.0425038;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.4007,27.6962;QD=54.0779;RBI=0.0924827,0.0715801;REFB=0,0;REVB=0.0035039,-0.0575946;RO=0;SAF=0,11;SAR=7,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0079793,0.0301314;OID=.,.;OPOS=1094754,1094753;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=CAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.225806,0.741935:7,19:31:7,23:31:0:0,15:7,8:0:0:41:0:0,11:7,8:0:0 chr11 1096494 . T C 2025.21 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4233;QD=62.3141;RBI=0.0516192;REFB=0;REVB=0.0187345;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35608e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:130:0:0:120:130:1:68:52:0:0:69:61:0:0 chr11 1101649 . T C 246.64 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0356889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7799;QD=15.9121;RBI=0.0389676;REFB=-0.016946;REVB=0.0156454;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126498;STB=0.571378;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0311272;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:19:15:16:12:19:15 chr11 1158073 . T C 2584.6 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.099;QD=61.9066;RBI=0.00934933;REFB=0;REVB=0.00902153;RO=0;SAF=87;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43479e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:80:87:0:0:80:87:0:0 chr11 1161315 . T C 416.05 PASS AF=0.878788;AO=30;DP=34;FAO=29;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0108265;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6522;QD=50.4298;RBI=0.0205624;REFB=-0.144073;REVB=0.0174814;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443379;STB=0.510995;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00600905;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:33:1:2:30:29:0.878788:10:20:0:1:10:19:1:1 chr11 1212877 . A G 310.59 PASS AF=0.303704;AO=41;DP=135;FAO=41;FDP=135;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.00391978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.807;QD=9.20261;RBI=0.00456103;REFB=-0.00985798;REVB=0.00233201;RO=92;SAF=13;SAR=28;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200599;STB=0.618607;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0235561;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:92:94:41:41:0.303704:28:13:44:48:28:13:45:49 chr11 1212893 . G C 50.63 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=76;FWDB=-0.0365421;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.263;QD=1.6332;RBI=0.0373127;REFB=-0.00473921;REVB=0.00754369;RO=109;SAF=9;SAR=4;SRF=35;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42563;STB=0.803187;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0462673;OID=.;OPOS=1212893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:124:109:111:13:13:0.104839:4:9:35:74:4:9:35:76 chr11 1212902 . C G 55.06 PASS AF=0.127451;AO=14;DP=101;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=0.0124619;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9395;QD=2.15913;RBI=0.0246994;REFB=-0.0137801;REVB=-0.0213251;RO=82;SAF=4;SAR=10;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635138;STB=0.504434;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.188218;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:101:102:82:89:14:13:0.127451:10:4:27:55:9:4:27:62 chr11 1212921 . C T 63.03 PASS AF=0.148148;AO=13;DP=83;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=-0.0513032;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.248;QD=3.11276;RBI=0.0534405;REFB=-0.00415825;REVB=-0.0149623;RO=67;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214501;STB=0.601593;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0216511;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:83:81:67:69:13:12:0.148148:7:6:20:47:7:5:21:48 chr11 1212943 . C T 42.18 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.0265967;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4808;QD=2.28015;RBI=0.0288476;REFB=-0.015149;REVB=-0.0111714;RO=65;SAF=2;SAR=7;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149288;STB=0.596667;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.110449;OID=.;OPOS=1212943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:75:74:65:65:9:9:0.121622:7:2:21:44:7:2:20:45 chr11 1212954 . C A 76.01 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.0316574;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.41;QD=4.40629;RBI=0.0316969;REFB=-0.0211463;REVB=0.00158261;RO=53;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112917;STB=0.558728;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0701507;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:68:69:53:56:13:13:0.188406:10:3:16:37:10:3:16:40 chr11 1213017 . C T 36.04 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0477664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3451;QD=6.00725;RBI=0.0577081;REFB=-0.0113288;REVB=-0.032382;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257618;STB=0.70205;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.029707;OID=.;OPOS=1213017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:24:16:18:6:6:0.25:2:4:7:9:2:4:7:11 chr11 1213032 . C T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0230579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1741;QD=3.78986;RBI=0.0250133;REFB=-0.00447202;REVB=0.0096952;RO=43;SAF=7;SAR=1;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531321;STB=0.869708;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.011937;OID=.;OPOS=1213032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:1:7:19:24:1:7:19:24 chr11 1213047 . T C 116.4 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=58;FAO=16;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0726584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.319;QD=7.89153;RBI=0.113164;REFB=-0.0669835;REVB=-0.086757;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05797;STB=0.547884;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.131862;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:41:15:16:0.271186:5:10:23:14:6:10:23:18 chr11 1213118 . C G 37.77 PASS AF=0.125;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0348991;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.142;QD=2.69805;RBI=0.0633997;REFB=-0.0105823;REVB=-0.0529299;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421978;STB=0.536739;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0612258;OID=.;OPOS=1213118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:52:56:41:49:7:7:0.125:4:3:19:22:4:3:19:30 chr11 1213125 . G A 88.57 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0270278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.48;QD=5.8081;RBI=0.0660038;REFB=-0.0181477;REVB=-0.0602163;RO=42;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907718;STB=0.52138;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0401616;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:57:61:42:47:14:14:0.229508:9:5:18:24:9:5:18:29 chr11 1213131 . T C 44.83 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=64;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0100635;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.024;QD=2.84618;RBI=0.0188883;REFB=-0.00300062;REVB=-0.0159841;RO=55;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189364;STB=0.684562;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0165896;OID=.;OPOS=1213131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:64:63:55:54:8:9:0.142857:4:4:19:36:4:5:18:36 chr11 1213135 . C T 53.97 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.076512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3124;QD=3.92542;RBI=0.0832843;REFB=-0.00817363;REVB=-0.0328968;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253179;STB=0.668946;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0592973;OID=.;OPOS=1213135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:55:46:46:9:9:0.163636:4:5:16:30:4:5:16:30 chr11 1213174 . A G 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=36;FWDB=0.0111458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.878;QD=10.5942;RBI=0.0187372;REFB=-0.0236841;REVB=-0.0150618;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370894;STB=0.714133;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0267527;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:42:22:22:0.34375:12:10:6:35:12:10:6:36 chr11 1213177 . C T 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.00255112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.848;QD=10.3664;RBI=0.0298357;REFB=-0.0172941;REVB=-0.0297264;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354588;STB=0.701606;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0299735;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:7:36:12:10:7:36 chr11 1213204 . C G 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=37;FWDB=0.00686591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.822;QD=14.896;RBI=0.00854799;REFB=-0.0083529;REVB=0.00509189;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347706;STB=0.697264;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0159775;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:16:16:7:36:16:16:7:37 chr11 1250488 . C T 346.69 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0165296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.491;QD=22.3674;RBI=0.0183166;REFB=-0.00636735;REVB=0.00789102;RO=27;SAF=20;SAR=15;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326123;STB=0.678478;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00237828;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:15:20:4:23:15:20:4:23 chr11 1252708 . G C 241.49 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.01498;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.304;QD=14.4173;RBI=0.0174638;REFB=-0.0147031;REVB=0.00897692;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237439;STB=0.645233;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0176901;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:39:28:28:0.41791:15:13:26:11:15:13:28:11 chr11 1253942 . T C 266.51 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00705203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.657;QD=15.911;RBI=0.00829912;REFB=-0.023531;REVB=-0.00437542;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1727;STB=0.596953;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0170169;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:25:12:15:15:25:12 chr11 1253969 . A G 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0469623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.601;QD=5.60012;RBI=0.0469808;REFB=-0.00244182;REVB=0.00131847;RO=42;SAF=3;SAR=8;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505074;STB=0.814331;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0042554;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:8:3:30:12:8:3:30:12 chr11 1253976 . A G 69.41 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0676082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.31;QD=6.03533;RBI=0.0700746;REFB=-0.00968823;REVB=-0.0184278;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481226;STB=0.798708;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0357429;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:46:46:36:36:10:10:0.217391:7:3:26:10:7:3:26:10 chr11 1253980 . A G 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0889741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.68;QD=5.69583;RBI=0.095382;REFB=-0.0150154;REVB=-0.0343705;RO=32;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47439;STB=0.782082;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0632083;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:42:32:33:9:9:0.214286:6:3:24:8:6:3:24:9 chr11 1255773 . C T 523.06 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0254997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.081;QD=17.1494;RBI=0.0265005;REFB=-0.0167377;REVB=-0.00721401;RO=65;SAF=27;SAR=29;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348507;STB=0.514959;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0205396;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:66:56:56:0.459016:29:27:29:36:29:27:30:36 chr11 1258217 . T G 33.38 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0233798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.523;QD=1.64846;RBI=0.0513256;REFB=-0.00524837;REVB=-0.0456914;RO=72;SAF=3;SAR=5;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160714;STB=0.618897;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0683818;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:81:72:73:8:8:0.0987654:5:3:37:35:5:3:37:36 chr11 1258226 . C T 45.49 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0180159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.555;QD=2.166;RBI=0.0194387;REFB=-0.00288251;REVB=-0.00729996;RO=73;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129117;STB=0.5998;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0172854;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:84:73:74:10:10:0.119048:6:4:37:36:6:4:38:36 chr11 1258240 . CA TG 65.2 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0117047;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.419;QD=2.83467;RBI=0.0131019;REFB=-0.00954326;REVB=-0.00588741;RO=79;SAF=5;SAR=8;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211807;STB=0.645579;STBP=0.287;TYPE=mnp;VARB=0.0408319;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:79:79:13:13:0.141304:8:5:44:35:8:5:44:35 chr11 1258283 . G A 54.18 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0254934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.134;QD=2.70898;RBI=0.0261664;REFB=-0.00242921;REVB=-0.00589665;RO=68;SAF=4;SAR=7;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220408;STB=0.647589;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00883969;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:80:68:69:11:11:0.1375:7:4:37:31:7:4:37:32 chr11 1258286 . C T 47.01 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=6.56172e-05;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.943;QD=2.35044;RBI=0.0206123;REFB=-0.00643159;REVB=-0.0206122;RO=70;SAF=5;SAR=5;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346419;STB=0.52495;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0439835;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:80:80:70:70:10:10:0.125:5:5:37:33:5:5:37:33 chr11 1258295 . A G 60.97 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0230542;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.103;QD=2.974;RBI=0.0274879;REFB=-0.00739247;REVB=0.0149695;RO=65;SAF=5;SAR=7;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131996;STB=0.583195;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0485235;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:82:65:70:12:12:0.146341:7:5:34:31:7:5:36:34 chr11 1264823 . T C 33.95 PASS AF=0.185185;AO=4;DP=27;FAO=5;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0278256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.155;QD=5.03014;RBI=0.0326824;REFB=-0.0121768;REVB=-0.0171428;RO=19;SAF=1;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213651;STB=0.562248;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0412789;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:27:27:19:21:4:5:0.185185:3:1:8:11:3:2:10:11 chr11 1264890 . A G 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0247757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1321;QD=19.368;RBI=0.0361611;REFB=-0.011385;REVB=0.0263398;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214117;STB=0.624724;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00866289;OID=.;OPOS=1264890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:3:4:8:2:3:4 chr11 1267325 . T C 50.82 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0384623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.176;QD=5.21281;RBI=0.0948067;REFB=-0.00545666;REVB=-0.0866543;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244404;STB=0.659987;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0255581;OID=.;OPOS=1267325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:18:13:5:3:18:13 chr11 1268513 . G C 115.54 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0507771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.88;QD=20.0946;RBI=0.0574669;REFB=-0.0345593;REVB=-0.0269097;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301131;STB=0.539509;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0261749;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:10:10:12:13:0.565217:8:4:3:7:8:5:3:7 chr11 1268608 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.317;QD=42.1827;RBI=0.0726359;REFB=0;REVB=0.00757509;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000487222;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr11 1269627 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9947;QD=35.5747;RBI=0.0669155;REFB=0;REVB=0.0669155;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348003;OID=.;OPOS=1269627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr11 1269835 . G A 54.99 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285887;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.83;QD=36.6613;RBI=0.0295304;REFB=0;REVB=0.00739814;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064991;OID=.;OPOS=1269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 1272855 . CTTC CTC,CTTT 146.23 PASS AF=0.333333,0.444444;AO=3,11;DP=27;FAO=9,12;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=3,10;FSAR=6,2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0302206,-0.000990059;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=14.2958,112.225;QD=21.6639;RBI=0.460967,0.0206744;REFB=-0.209175,0.0453624;REVB=0.459975,-0.0206506;RO=11;SAF=3,9;SAR=0,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.686823,0.437353;STB=0.636055,0.588073;STBP=0.233,0.405;TYPE=del,snp;VARB=0.245261,0.00792346;OID=.,.;OPOS=1272856,1272858;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=CTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.444444:3,11:27:9,12:27:6:3,10:6,2:4:2:52:11:3,9:0,2:4:7 chr11 1282941 . T TC 33.0 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.220177;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.8284;QD=4.71451;RBI=0.237858;REFB=-0.0523759;REVB=-0.089993;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412741;STB=0.872776;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=0.0677526;OID=.;OPOS=1282942;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:8:33:7:28:21:6:1:7:14:33:23:6:2:9:14 chr11 1309956 . C T 112.7 PASS AF=0.259259;AO=13;DP=77;FAO=14;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0190814;FXX=0.298663;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.804;QD=8.34796;RBI=0.0321597;REFB=-0.00394245;REVB=-0.0258872;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332767;STB=0.58053;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0173909;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:54:28:39:13:14:0.259259:5:8:18:10:6:8:18:21 chr11 1477639 . C CG 34.86 PASS AF=0.4;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.15591;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.88268;QD=3.48574;RBI=0.164218;REFB=-0.112315;REVB=0.0515726;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121768;STB=0.526283;STBP=0.813;TYPE=ins;VARB=0.123242;OID=.;OPOS=1477640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:16:43:16:40:24:10:6:14:10:34:22:10:6:14:8 chr11 1477736 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.035448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.091;QD=16.4795;RBI=0.0446741;REFB=-0.0072407;REVB=0.0271885;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495004;STB=0.528425;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00859798;OID=.;OPOS=1477736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:6:13:16:9:6:13:16:9 chr11 1490994 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCAC 82.42 PASS AF=0.65625,0;AO=10,2;DP=33;FAO=21,0;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14,0;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0173023,-0.0879741;FXX=0.0302939;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.13286,101.32;QD=10.3024;RBI=0.237494,0.0894873;REFB=-0.147224,-0.0182566;REVB=0.236863,-0.016387;RO=12;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.345455,0;SSSB=0.271484,0.0855427;STB=0.577701,0.5;STBP=0.222,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.168307,0;OID=.,.;OPOS=1490995,1490999;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65625,0:10,2:33:21,0:32:11:14,0:7,0:5:6:52:12:7,1:3,1:5:7 chr11 1501670 . G C 826.3 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5484;QD=56.986;RBI=0.0529265;REFB=0;REVB=0.0101359;RO=0;SAF=44;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254705;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:13:44:0:0:14:44:0:0 chr11 1502097 . A G 1314.44 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.093;QD=61.8562;RBI=0.0229025;REFB=0;REVB=-0.0195931;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13999e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:50:34:0:0:51:34:0:0 chr11 1507703 . C T 140.59 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0308562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8322;QD=20.8282;RBI=0.0471613;REFB=0.000766928;REVB=-0.0356663;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202987;STB=0.615227;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.000376329;OID=.;OPOS=1507703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:5:7:5:10:5:7 chr11 1507731 . A G 288.51 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.2;QD=52.4568;RBI=0.0413992;REFB=0;REVB=0.015837;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636924;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:17:22:1:10:7:0:0:11:11:0:0 chr11 1587021 . A C 415.59 PASS AF=0.347222;AO=48;DP=142;FAO=50;FDP=144;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=32;FWDB=-0.0134059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.124;QD=11.5442;RBI=0.0159571;REFB=-0.0201203;REVB=0.00865504;RO=94;SAF=23;SAR=25;SRF=62;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207012;STB=0.628374;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.047264;OID=.;OPOS=1587021;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:94:94:48:50:0.347222:25:23:62:32:27:23:62:32 chr11 1628948 . G A 169.75 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0478449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1659;QD=16.9749;RBI=0.0578182;REFB=-0.0247226;REVB=0.0324625;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560012;STB=0.51469;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0687906;OID=.;OPOS=1628948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:11:7:7:14:11:7:8:14 chr11 1628965 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0375864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.924;QD=16.1723;RBI=0.0375976;REFB=-0.0317356;REVB=0.000916823;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938807;STB=0.554194;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0447217;OID=.;OPOS=1628965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:8:12:11:5:8:12 chr11 1628992 . G A 73.81 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0465253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.713;QD=12.8359;RBI=0.053813;REFB=-0.0372167;REVB=-0.0270415;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0473741;OID=.;OPOS=1628992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:4:9:7:3:4:9 chr11 1642884 . A C 38.39 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179963;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.619;QD=25.5925;RBI=0.0363239;REFB=-0.170315;REVB=0.0315524;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0408423;OID=.;OPOS=1642884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr11 1651830 . G T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0169227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.704;QD=12.3289;RBI=0.0774247;REFB=-0.0344177;REVB=0.0755527;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107964;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0291819;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:5:6:7:9:5:6:8:9 chr11 1651917 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0156629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8577;QD=7.83678;RBI=0.0257456;REFB=-0.00439483;REVB=0.020433;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354434;STB=0.522323;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0220124;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:5:11:5:2:5:11 chr11 1775385 . C T 314.42 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00373792;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.313;QD=22.0645;RBI=0.0197306;REFB=-0.0201846;REVB=0.0193733;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11971;STB=0.565997;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0231494;OID=.;OPOS=1775385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:15:17:17:8:15:17:17:8 chr11 1780205 . A G 470.31 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.0085308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.47;QD=15.9429;RBI=0.00864014;REFB=-0.0134104;REVB=-0.00137018;RO=66;SAF=40;SAR=12;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953793;STB=0.553612;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0222759;OID=.;OPOS=1780205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:12:40:46:20:12:40:46:20 chr11 1780867 . G A 40.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00621544;FXX=0.119952;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.749;QD=7.29924;RBI=0.0287907;REFB=-0.00997155;REVB=0.0281118;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207018;STB=0.629258;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0311263;OID=.;OPOS=1780867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:25:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:13:3:2:4:13:3 chr11 1782594 . G A 219.11 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00629493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.336;QD=11.6856;RBI=0.0488059;REFB=0.0014619;REVB=-0.0483983;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147717;STB=0.501483;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00316685;OID=.;OPOS=1782594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:13:14:25:22:13:14:25:23 chr11 1855854 . G C 755.33 PASS AF=0.493333;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=60;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=-0.0266763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.949;QD=20.1422;RBI=0.0616277;REFB=-0.0262762;REVB=0.055555;RO=75;SAF=14;SAR=60;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139063;STB=0.575058;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0295072;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:75:76:74:74:0.493333:60:14:22:53:60:14:22:54 chr11 1857173 . T C 765.18 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027892;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.494;QD=63.7646;RBI=0.0280964;REFB=0;REVB=0.00338331;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79448e-06;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr11 1858262 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0350992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.429;QD=15.5718;RBI=0.0352081;REFB=-0.0109853;REVB=0.00276608;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260718;STB=0.515124;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00616053;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:3:9:8:3:3:9 chr11 1861760 . T C 1264.16 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.532;QD=61.6662;RBI=0.0554243;REFB=0;REVB=0.0426123;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57681e-05;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr11 1890971 . C A 195.49 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.013008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.971;QD=17.7715;RBI=0.0155942;REFB=-0.0294601;REVB=-0.00860053;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48632;STB=0.766406;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0239658;OID=.;OPOS=1890971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:15:5:18:5:15:5:18:6 chr11 1910634 . G GT 123.52 PASS AF=1;AO=4;DP=23;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839473;FXX=0.478053;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.1809;QD=41.1746;RBI=0.084092;REFB=0;REVB=0.00493173;RO=19;SAF=2;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00713478;OID=.;OPOS=1910635;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:23:12:12:0:3:9:0:0:3:19:2:2:10:9 chr11 1910635 . C G,T 250.02 PASS AF=0.0869565,0.826087;AO=3,18;DP=23;FAO=2,19;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=1,11;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00544879,0.0118997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.934,102.635;QD=43.4824;RBI=0.0166793,0.0137949;REFB=-0.108315,-0.102596;REVB=-0.0157642,0.00697835;RO=1;SAF=2,10;SAR=1,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0539582;STB=0.748096,0.555497;STBP=0.692,0.144;TYPE=snp,snp;VARB=0.136202,0.00152594;OID=.,.;OPOS=1910635,1910635;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:23:1:2:3,18:2,19:0.0869565,0.826087:1,8:2,10:0:1:1,8:1,11:0:2 chr11 1911115 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8605;QD=39.2065;RBI=0.0587029;REFB=0;REVB=0.0284677;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0050694;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr11 1993975 . C A 851.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.564;QD=57.6991;RBI=0.0698205;REFB=0;REVB=0.00525105;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280158;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr11 2016619 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.173;QD=40.7629;RBI=0.0831641;REFB=0;REVB=-0.0266321;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714908;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 2016659 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7336;QD=33.4283;RBI=0.0568303;REFB=0;REVB=0.038763;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439465;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 2016924 . A G 207.05 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7067;QD=48.7185;RBI=0.0219837;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870002;OID=.;OPOS=2016924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:0:16:0:0:0:17:0:0 chr11 2017017 . A C 753.89 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3427;QD=56.8972;RBI=0.00310556;REFB=0;REVB=-0.00162725;RO=0;SAF=40;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66908e-05;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:12:40:0:0:12:41:0:0 chr11 2017110 . C G 1555.69 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.799;QD=59.8343;RBI=0.0362228;REFB=0;REVB=-0.0349411;RO=0;SAF=69;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213001;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:34:69:0:0:35:69:0:0 chr11 2017439 . C G 956.82 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.398;QD=57.9889;RBI=0.0525154;REFB=0;REVB=0.00604958;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195708;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:31:31:0:0:32:34:0:0 chr11 2018167 . A AT 102.22 PASS AF=1;AO=2;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.257773;FXX=0.0832639;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.0484;QD=37.1719;RBI=0.257937;REFB=0;REVB=-0.00921531;RO=10;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00909666;OID=.;OPOS=2018168;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:12:11:11:0:8:3:0:0:3:10:2:0:6:4 chr11 2018168 . C T 91.97 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00255439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3712;QD=30.6557;RBI=0.00289462;REFB=-0.0160418;REVB=-0.0013616;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.000169557;OID=.;OPOS=2018168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:2:0:4:6:2:0 chr11 2018336 . A T 1291.02 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.999;QD=61.4769;RBI=0.0507083;REFB=0;REVB=0.013485;RO=0;SAF=64;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48313e-05;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:16:64:0:0:16:68:0:0 chr11 2018449 . A C,G 73.55 PASS AF=0.25,0.75;AO=2,6;DP=8;FAO=2,6;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0929795,0.0195768;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.0096,149.842;QD=36.7772;RBI=0.0935006,0.0266034;REFB=0,0;REVB=0.00985781,0.0180135;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0425913,0.000599195;OID=.,.;OPOS=2018449,2018449;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:8:8:0:0:2,6:2,6:0.25,0.75:2,4:0,2:0:0:2,4:0,2:0:0 chr11 2018853 . G A 2677.62 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.214;QD=62.2702;RBI=0.0558396;REFB=0;REVB=0.0433973;RO=0;SAF=98;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22296e-05;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:74:98:0:0:74:98:0:0 chr11 2150553 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 59.0 PASS AF=0.04,0.48;AO=5,7;DP=26;FAO=1,12;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=1,1;FSAR=0,11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.20201,-0.146778;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.3284,13.613;QD=9.44059;RBI=0.20585,0.226614;REFB=-0.0138896,-0.086445;REVB=0.0395772,0.172655;RO=12;SAF=1,1;SAR=4,6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.356344,-0.439197;STB=0.98941,0.818475;STBP=0.496,0.013;TYPE=del,del;VARB=0.152005,0.0976628;OID=.,.;OPOS=2150558,2150554;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.04,0.48:5,7:26:1,12:25:12:1,1:0,11:6:6:47:12:1,1:4,6:6:6 chr11 2181060 . T G 356.22 PASS AF=0.875;AO=26;DP=31;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0225949;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.041;QD=44.5278;RBI=0.0356261;REFB=-0.019025;REVB=0.0275443;RO=5;SAF=26;SAR=0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.876208;STB=0.793813;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00213362;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:31:32:5:4:26:28:0.875:0:26:0:5:1:27:1:3 chr11 2190951 . C T 783.35 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159931;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6959;QD=55.9533;RBI=0.16214;REFB=0;REVB=0.0266691;RO=0;SAF=9;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219331;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:53:56:1:44:9:0:0:45:11:0:0 chr11 2291715 . G T 107.53 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00834387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.28;QD=12.6509;RBI=0.0409447;REFB=-0.028113;REVB=0.0400855;RO=21;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068953;STB=0.540917;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0337649;OID=.;OPOS=2291715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:2:11:17:4:2:11:17:4 chr11 2291982 . T A 220.04 PASS AF=0.48;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.013686;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2865;QD=17.603;RBI=0.0199436;REFB=-0.00659413;REVB=0.0145067;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778137;STB=0.583268;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.013109;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:19:26:23:24:0.48:15:8:5:14:15:9:6:20 chr11 2330557 . TC CT 33.54 PASS AF=0.103175;AO=13;DP=126;FAO=13;FDP=126;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=-0.0334494;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=74.9437;QD=1.06464;RBI=0.0375031;REFB=-0.00674915;REVB=-0.0169594;RO=113;SAF=12;SAR=1;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551819;STB=0.917784;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.186661;OID=.;OPOS=2330557;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:126:126:113:113:13:13:0.103175:1:12:53:60:1:12:53:60 chr11 2337218 . G A 676.7 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.082;QD=60.1508;RBI=0.0568063;REFB=-0.0659551;REVB=0.0431362;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00876588;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chr11 2418102 . C T 245.04 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0149736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.05;QD=15.558;RBI=0.0192054;REFB=-0.00558752;REVB=0.0120265;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436236;STB=0.539654;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00749923;OID=.;OPOS=2418102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:28:28:0.444444:14:14:18:15:14:14:20:15 chr11 2424684 . A C 631.92 PASS AF=1;AO=32;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.789;QD=61.6506;RBI=0.0960265;REFB=0;REVB=0.095706;RO=0;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388777;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:32:41:1:5:27:0:0:12:29:0:0 chr11 2435946 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.616;QD=39.2049;RBI=0.0957282;REFB=0;REVB=0.0230963;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252877;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 2435956 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.958;QD=42.1826;RBI=0.0635065;REFB=0;REVB=0.0172315;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069131;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 2436559 . C T 654.23 PASS AF=0.52;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00632181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.465;QD=20.9353;RBI=0.0107571;REFB=-0.0245316;REVB=-0.00870343;RO=59;SAF=34;SAR=31;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315025;STB=0.512962;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0245761;OID=.;OPOS=2436559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:60:65:65:0.52:31:34:33:26:31:34:33:27 chr11 2439542 . A G 750.27 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.407;QD=56.6244;RBI=0.0134085;REFB=0;REVB=0.000680371;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11163e-05;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:23:30:0:0 chr11 2439767 . T C 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0041634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.484;QD=53.4963;RBI=0.0123371;REFB=0.030599;REVB=0.0116134;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406249;STB=0.521726;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00161931;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:22:12:0:2:22:12:0:2 chr11 2869712 . G A 651.23 PASS AF=0.424419;AO=72;DP=172;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.0269533;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.806;QD=15.1448;RBI=0.0269879;REFB=-0.0168302;REVB=-0.00136579;RO=96;SAF=20;SAR=52;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183834;STB=0.604971;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0160054;OID=.;OPOS=2869712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:96:99:72:73:0.424419:52:20:42:54:53:20:43:56 chr11 2870108 . A G 1306.03 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277926;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.743;QD=62.192;RBI=0.0338379;REFB=0;REVB=0.0193023;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76414e-05;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:41:43:0:0 chr11 2924610 . G A 229.65 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0087416;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.794;QD=9.87759;RBI=0.0114506;REFB=-0.00421699;REVB=-0.00739602;RO=63;SAF=18;SAR=11;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788431;STB=0.552534;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0144498;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:64:29:29:0.311828:11:18:35:28:11:18:35:29 chr11 2929552 . A G 676.84 PASS AF=1;AO=34;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030778;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.351;QD=62.9617;RBI=0.0322793;REFB=0;REVB=-0.00972959;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205705;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:34:43:1:19:15:0:0:20:23:0:0 chr11 2999507 . G T 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.103;QD=58.052;RBI=0.0186307;REFB=0;REVB=0.0179559;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86182e-05;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr11 3028140 . G A 671.13 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000648119;FXX=0.0652032;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.204;QD=62.4305;RBI=0.00993389;REFB=-0.0675621;REVB=0.00991273;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693671;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr11 3059309 . T C 533.54 PASS AF=0.452381;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=0.00227007;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7957;QD=16.9378;RBI=0.0386582;REFB=-0.00710981;REVB=-0.0385915;RO=69;SAF=36;SAR=20;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074426;STB=0.547362;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00816746;OID=.;OPOS=3059309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:69:69:56:57:0.452381:20:36:49:20:21:36:49:20 chr11 3061780 . C T 1144.39 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700839;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0384;QD=60.2308;RBI=0.104242;REFB=0;REVB=0.104006;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109018;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:74:76:1:35:39:0:0:35:41:0:0 chr11 3109403 . A G 513.77 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.459;QD=58.7167;RBI=0.0225947;REFB=0;REVB=0.014541;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43601e-05;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:6:28:0:0:7:28:0:0 chr11 3109408 . C T 489.53 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.8;QD=55.9457;RBI=0.0266596;REFB=-0.117628;REVB=0.0237113;RO=1;SAF=27;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017006;STB=0.509086;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000779601;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:7:27:1:0:7:27:1:0 chr11 3242957 . G A 127.63 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00243903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.7;QD=11.8722;RBI=0.0139762;REFB=-0.00318203;REVB=0.0137617;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248035;STB=0.644271;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00721885;OID=.;OPOS=3242957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:21:7:7:8:21:7 chr11 3243346 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.106452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9427;QD=21.1683;RBI=0.108443;REFB=-0.0142068;REVB=0.0206866;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.719257;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0185096;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:4:3:6:7:0.7:1:5:2:2:1:6:1:2 chr11 3243367 . G T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.041049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.983;QD=30.5927;RBI=0.0475649;REFB=-0.0242455;REVB=-0.0240292;RO=2;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43181;STB=0.749372;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00685653;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:1:9:0:2:1:9:0:2 chr11 3243412 . A C 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0292204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.895;QD=14.1707;RBI=0.03007;REFB=-0.00906625;REVB=-0.00709737;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405291;STB=0.736388;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00767864;OID=.;OPOS=3243412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:9:3:7:3:9:3 chr11 3243427 . T C 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0135351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.909;QD=17.3761;RBI=0.0247994;REFB=-0.00419231;REVB=-0.0207801;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274137;STB=0.657836;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.004554;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:3:7:4:7:3:7 chr11 3243638 . A G 163.72 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0206259;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.464;QD=9.22349;RBI=0.0247098;REFB=-0.0106097;REVB=-0.0136068;RO=49;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241601;STB=0.642728;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0240362;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:8:14:21:28:8:14:21:28 chr11 3243665 . C T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.0418832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.766;QD=10.3433;RBI=0.0422459;REFB=-0.0211184;REVB=0.00552368;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440932;STB=0.750899;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0112553;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:9:12:7:34:9:12:7:34 chr11 3243673 . G C 143.49 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.00297639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9147;QD=9.11039;RBI=0.0811433;REFB=-0.022111;REVB=0.0810887;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309519;STB=0.677821;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0834571;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:11:10:9:33:11:10:9:33 chr11 3243909 . G A 119.68 PASS AF=0.578947;AO=8;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00482333;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=97.3347;QD=25.1959;RBI=0.127171;REFB=-0.0316977;REVB=-0.12708;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00278032;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:19:19:4:3:8:11:0.578947:3:5:2:2:6:5:2:1 chr11 3244005 . TC T 701.31 PASS AF=1;AO=64;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186269;FXX=0.0249969;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4329;QD=35.9647;RBI=0.200863;REFB=0;REVB=-0.0751662;RO=5;SAF=32;SAR=32;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00377072;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:79:78:78:0:40:38:0:0:13:5:32:32:5:0 chr11 3244029 . C T 373.25 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0441313;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1843;QD=15.0807;RBI=0.0902201;REFB=-0.00998525;REVB=-0.0786899;RO=57;SAF=22;SAR=18;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011993;STB=0.504585;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0117203;OID=.;OPOS=3244029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:59:40:40:0.40404:18:22:32:25:18:22:32:27 chr11 3249552 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0264717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.276;QD=18.8205;RBI=0.0283367;REFB=-0.021405;REVB=-0.0101103;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221878;STB=0.626659;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0245352;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:7:3:7:5:7:3 chr11 3249829 . G A 344.24 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0168942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.794;QD=14.0505;RBI=0.0234263;REFB=-0.0123498;REVB=0.0162289;RO=60;SAF=27;SAR=11;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134402;STB=0.576881;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0265641;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:11:27:36:24:11:27:36:24 chr11 3398902 . C T 557.69 PASS AF=0.577778;AO=49;DP=88;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000290274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.356;QD=24.7862;RBI=0.0299833;REFB=-0.0117849;REVB=0.0299819;RO=38;SAF=29;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744767;STB=0.550245;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00824952;OID=.;OPOS=3398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:38:38:49:52:0.577778:20:29:19:19:20:32:19:19 chr11 3436490 . C T 278.76 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9105;QD=48.4802;RBI=0.0677842;REFB=-0.0716272;REVB=0.0666884;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0136333;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:7:14:0:1:8:14:0:1 chr11 3436492 . A G 306.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.386;QD=53.2699;RBI=0.0926492;REFB=0;REVB=0.0727774;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214685;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr11 3660295 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0522718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6395;QD=17.6445;RBI=0.0623621;REFB=0.0368319;REVB=-0.0340102;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0220297;OID=.;OPOS=3660295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:5:2:5:4:5:2 chr11 3661140 . T C 970.92 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.716;QD=58.8437;RBI=0.0265826;REFB=0;REVB=0.0263523;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58523e-05;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:57:66:1:23:34:0:0:31:35:0:0 chr11 3661585 . A ATGG,G 435.51 PASS AF=0.882353,0.0588235;AO=26,6;DP=34;FAO=30,2;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=11,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0181131,-0.0375364;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=172.027,159.52;QD=51.2365;RBI=0.0232988,0.0414503;REFB=0.0237074,0.0227258;REVB=-0.0146543,-0.0175825;RO=2;SAF=8,3;SAR=18,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0488675,0.215133;STB=0.524984,0.5;STBP=0.352,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00475875,-0.0972474;OID=.,.;OPOS=3661586,3661585;OREF=-,A;OALT=TGG,G;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:26,6:30,2:0.882353,0.0588235:18,3:8,3:0:2:19,2:11,0:0:2 chr11 3714489 . C T 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0145033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0873;QD=14.8326;RBI=0.0195315;REFB=-0.0346267;REVB=0.0130819;RO=47;SAF=25;SAR=9;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155114;STB=0.504584;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0367046;OID=.;OPOS=3714489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:9:25:34:13:9:25:35:13 chr11 3721904 . A G 463.38 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00401763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4394;QD=30.3856;RBI=0.00414242;REFB=-0.0362731;REVB=-0.00100909;RO=19;SAF=21;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151077;STB=0.508193;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0102392;OID=.;OPOS=3721904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:21:21:9:10:21:21:9:10 chr11 3838910 . G C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0509607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.827;QD=8.73732;RBI=0.0512929;REFB=-0.0330455;REVB=-0.00582842;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22771;STB=0.638803;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.091402;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:7:13:4:5:7:13 chr11 3838953 . T C 67.81 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0585213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.933;QD=13.5622;RBI=0.0585213;REFB=0.00340226;REVB=-1.44705e-05;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249111;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00234013;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:11:11:8:9:0.45:3:5:4:7:3:6:4:7 chr11 3844161 . C T 138.21 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00906649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2072;QD=8.91672;RBI=0.0136104;REFB=0.00933912;REVB=0.010151;RO=43;SAF=13;SAR=6;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101916;STB=0.560909;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0250634;OID=.;OPOS=3844161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:6:13:26:17:6:13:26:17 chr11 4113200 . A G 303.83 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00494039;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8367;QD=19.6021;RBI=0.00680834;REFB=-0.0136122;REVB=-0.00468466;RO=29;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668166;STB=0.52994;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.015201;OID=.;OPOS=4113200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:29:30:32:32:0.516129:13:19:15:14:13:19:16:14 chr11 4159466 . G A 233.4 PASS AF=0.435484;AO=25;DP=60;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0107184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.609;QD=15.0581;RBI=0.0125085;REFB=-0.0361158;REVB=0.00644817;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118765;STB=0.512306;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0377119;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:35:35:25:27:0.435484:11:14:20:15:11:16:20:15 chr11 4388905 . C T 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00610072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.385;QD=28.1267;RBI=0.0211773;REFB=-0.0125385;REVB=0.0202795;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00589217;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:12:12:7:7:12:12:7:7 chr11 4389587 . G C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.483;QD=53.9042;RBI=0.0229261;REFB=0;REVB=0.0107023;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216842;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 4406919 . GTTTT CGTTT,GTTT,GTTTTC 44.23 PASS AF=0,0.391304,0;AO=3,6,3;DP=23;FAO=0,9,0;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=0,2,0;FSAR=0,7,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0112669,0.0559462,-0.208529;FXX=0;HRUN=1,4,2;LEN=2,1,1;MLLD=65.5932,17.5616,19.3302;QD=7.69168;RBI=0.0198334,0.12056,0.217072;REFB=-0.00573936,-0.0596931,-0.068186;REVB=0.0163224,-0.106793,0.0602988;RO=11;SAF=0,2,3;SAR=3,4,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0.393617,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.657411,-0.22268,0.630413;STB=0.5,0.76178,0.5;STBP=1,0.076,1;TYPE=mnp,del,ins;VARB=0,0.114062,0;OID=.,.,.;OPOS=4406919,4406920,4406924;OREF=GT,T,-;OALT=CG,-,C;OMAPALT=CGTTT,GTTT,GTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:23:23:11:14:3,6,3:0,9,0:0,0.391304,0:3,4,0:0,2,3:6:5:0,7,0:0,2,0:9:5 chr11 4411241 . C T 361.05 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.0558181;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4206;QD=13.2496;RBI=0.0829827;REFB=-0.00287931;REVB=0.0614041;RO=66;SAF=24;SAR=19;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136945;STB=0.577244;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0063345;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:66:66:43:43:0.394495:19:24:45:21:19:24:45:21 chr11 4510285 . A G 522.48 PASS AF=0.372093;AO=53;DP=163;FAO=64;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=0.0221311;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.274;QD=12.1507;RBI=0.0241573;REFB=-0.0210375;REVB=0.00968438;RO=77;SAF=33;SAR=20;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152052;STB=0.503095;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0343915;OID=.;OPOS=4510285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:172:77:108:53:64:0.372093:20:33:37:40:24:40:67:41 chr11 4510587 . C T 148.89 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0223822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.504;QD=14.526;RBI=0.0252659;REFB=-0.0249848;REVB=-0.011722;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240435;STB=0.690402;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0410607;OID=.;OPOS=4510587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:24:15:17:0.414634:8:7:13:5:10:7:18:6 chr11 4566711 . C T 609.68 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.00185059;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184;QD=15.3379;RBI=0.00193851;REFB=-0.00837276;REVB=0.000577168;RO=89;SAF=24;SAR=44;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916845;STB=0.559013;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0147861;OID=.;OPOS=4566711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:91:68:68:0.427673:44:24:39:50:44:24:41:50 chr11 4567335 . C G 84.18 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0151955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6106;QD=10.5219;RBI=0.0255906;REFB=0.01553;REVB=0.0205907;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189567;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.026395;OID=.;OPOS=4567335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:21:21:10:11:0.34375:4:6:9:12:5:6:10:11 chr11 4592706 . T TAC 553.57 PASS AF=0.432624;AO=58;DP=145;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00115522;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.616;QD=15.7042;RBI=0.0252069;REFB=0.00703207;REVB=-0.0251804;RO=82;SAF=38;SAR=20;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155524;STB=0.56456;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=-0.00746167;OID=.;OPOS=4592707;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432624:58:145:61:141:80:38:23:41:39:99:82:38:20:42:40 chr11 4608542 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.602;QD=56.9568;RBI=0.0297111;REFB=0;REVB=0.0270971;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11585e-05;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr11 4615390 . C T 789.17 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296323;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9831;QD=64.4224;RBI=0.0256238;REFB=0;REVB=0.0254519;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214318;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr11 4615508 . C G 863.07 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8507;QD=56.5949;RBI=0.0353838;REFB=0;REVB=-0.0353347;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311927;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr11 4674575 . G A 417.79 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0133305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7958;QD=20.6316;RBI=0.013487;REFB=-0.0154569;REVB=-0.00204852;RO=39;SAF=23;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132224;STB=0.565874;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0140032;OID=.;OPOS=4674575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:41:42:0.518519:18:23:16:23:19:23:16:23 chr11 4675056 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0846898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.804;QD=17.9528;RBI=0.0854104;REFB=-4.69617e-05;REVB=-0.0110719;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215735;STB=0.621019;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000662966;OID=.;OPOS=4675056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:10:17:11:17:10:17:11:17 chr11 4675158 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.55;QD=35.5757;RBI=0.09384;REFB=0;REVB=-0.08503;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00260955;OID=.;OPOS=4675158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr11 4675784 . A T 191.48 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0187874;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.097;QD=11.4318;RBI=0.01964;REFB=0.00455962;REVB=-0.00572401;RO=42;SAF=18;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275398;STB=0.655324;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0107183;OID=.;OPOS=4675784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:42:43:24:24:0.358209:6:18:22:20:6:18:23:20 chr11 4675846 . C G 296.53 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0525747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5874;QD=13.1791;RBI=0.0621097;REFB=-0.00738141;REVB=-0.0330685;RO=56;SAF=20;SAR=14;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213306;STB=0.512188;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0151043;OID=.;OPOS=4675846;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:14:20:34:22:14:20:34:22 chr11 4703165 . C A 802.98 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.047208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1442;QD=55.3776;RBI=0.049552;REFB=-0.0868394;REVB=0.0150602;RO=1;SAF=49;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553499;STB=0.529401;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00384008;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:8:49:0:1:8:49:0:1 chr11 4730985 . C T 286.7 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.011999;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1554;QD=18.2029;RBI=0.012089;REFB=-0.0225069;REVB=0.00147256;RO=31;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139753;STB=0.558785;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0180416;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:30:31:0.492063:19:11:16:15:19:12:16:16 chr11 4731180 . G A 559.64 PASS AF=0.460938;AO=58;DP=127;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=-0.0204461;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.229;QD=17.4886;RBI=0.0205608;REFB=-0.0129085;REVB=-0.00216882;RO=67;SAF=38;SAR=20;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839089;STB=0.539218;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0113067;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:67:69:58:59:0.460938:20:38:49:18:20:39:50:19 chr11 4731468 . G A 436.93 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0267459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1138;QD=21.0567;RBI=0.0372016;REFB=-0.0316859;REVB=-0.0258576;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955084;STB=0.552798;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0301574;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:20:23:17:23:20:23:17:23 chr11 4731583 . C T 611.91 PASS AF=0.5;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0362758;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.722;QD=19.7391;RBI=0.0383658;REFB=-0.0178884;REVB=0.0124902;RO=61;SAF=31;SAR=31;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221077;STB=0.508062;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0244756;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:61:62:62:62:0.5:31:31:29:32:31:31:30:32 chr11 4843232 . A G 252.6 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00202141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2843;QD=15.0808;RBI=0.0261369;REFB=-0.0309761;REVB=0.0260587;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858458;STB=0.511174;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0430392;OID=.;OPOS=4843232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:12:17:22:15:12:17:23:15 chr11 4928621 . G A 606.59 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0174578;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9078;QD=15.8585;RBI=0.0214747;REFB=0.00409125;REVB=-0.0125055;RO=85;SAF=38;SAR=29;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264255;STB=0.505157;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00731675;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:86:67:67:0.437908:29:38:46:39:29:38:48:38 chr11 4929061 . C G 185.31 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0105542;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0195;QD=20.5895;RBI=0.0160979;REFB=-0.00796179;REVB=-0.0121553;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734303;STB=0.550434;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00918091;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:18:19:0.527778:6:12:10:7:6:13:10:7 chr11 4945196 . T G 592.61 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5597;QD=60.7809;RBI=0.0778403;REFB=0;REVB=-0.0204234;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153771;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 4964753 . A G 1811.97 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.242;QD=60.9065;RBI=0.029213;REFB=0;REVB=-0.0223331;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47008e-05;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:65:53:0:0:66:53:0:0 chr11 4965301 . G T 1304.19 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0179;QD=60.6598;RBI=0.0340336;REFB=-0.0183287;REVB=-0.0277281;RO=1;SAF=51;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919817;STB=0.504761;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00422872;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:33:51:1:0:33:52:1:0 chr11 4967468 . G A 1462.67 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0176389;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.009;QD=57.3597;RBI=0.0399215;REFB=-0.157944;REVB=0.0358134;RO=1;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109042;STB=0.511361;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00052218;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:102:1:2:100:100:0.980392:43:57:0:1:43:57:0:2 chr11 4968198 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.095;QD=51.1838;RBI=0.107325;REFB=0;REVB=-0.0951817;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00444665;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 5010905 . A G 348.71 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0210811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.334;QD=17.4353;RBI=0.0323718;REFB=-0.0152455;REVB=0.0245667;RO=41;SAF=21;SAR=16;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187062;STB=0.61271;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0141182;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:41:43:37:37:0.4625:16:21:31:10:16:21:33:10 chr11 5020416 . A G 754.12 PASS AF=0.485207;AO=70;DP=161;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.0529852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.275;QD=17.849;RBI=0.053907;REFB=-0.0157431;REVB=0.00992633;RO=84;SAF=26;SAR=44;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220296;STB=0.574609;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0156342;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:169:84:87:70:82:0.485207:44:26:50:34:44:38:53:34 chr11 5067984 . A G 796.54 PASS AF=0.523179;AO=78;DP=149;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=62;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00387968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.672;QD=21.1004;RBI=0.00708874;REFB=-0.0110967;REVB=-0.00593281;RO=71;SAF=62;SAR=16;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279921;STB=0.650308;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00955708;OID=.;OPOS=5067984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:71:72:78:79:0.523179:16:62:38:33:17:62:38:34 chr11 5068137 . G A 277.71 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0354019;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.502;QD=20.5709;RBI=0.0427582;REFB=-0.0384066;REVB=0.0239787;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894955;STB=0.549771;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0348546;OID=.;OPOS=5068137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:12:17:12:13:12:17:12:13 chr11 5068177 . A T 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0389446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.231;QD=14.6642;RBI=0.0431136;REFB=-0.00596719;REVB=-0.0184959;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266903;STB=0.649766;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00920283;OID=.;OPOS=5068177;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:13:2:6:14:13:2:6:15 chr11 5068198 . T C 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00498428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5571;QD=25.4977;RBI=0.0169688;REFB=-0.00537427;REVB=0.0162203;RO=16;SAF=5;SAR=18;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345344;STB=0.519214;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00233628;OID=.;OPOS=5068198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:18:5:4:12:18:5:4:12 chr11 5068431 . G A 502.43 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=97;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0489075;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2091;QD=21.3799;RBI=0.0507557;REFB=0.0030654;REVB=-0.013572;RO=46;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125595;STB=0.562474;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00230598;OID=.;OPOS=5068431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:46:46:47:48:0.510638:28:19:25:21:28:20:25:21 chr11 5068661 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0375948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.238;QD=9.47556;RBI=0.0388308;REFB=-0.00817098;REVB=0.00971916;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191115;STB=0.511605;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0188269;OID=.;OPOS=5068661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:15:6:3:7:15:6 chr11 5079946 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.073;QD=58.7817;RBI=0.0127857;REFB=0;REVB=0.010793;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3783e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr11 5080068 . G A 121.79 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0104551;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8253;QD=14.3285;RBI=0.0316017;REFB=-0.00932149;REVB=0.0298222;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266846;STB=0.669184;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0107026;OID=.;OPOS=5080068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:20:14:14:0.411765:9:5:13:8:9:5:13:7 chr11 5080234 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0152429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.65;QD=12.0516;RBI=0.0318423;REFB=-0.00600225;REVB=-0.0279569;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13422;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00434758;OID=.;OPOS=5080234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:7:6:3:6:7:6 chr11 5141902 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00467983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.873;QD=14.1959;RBI=0.00944403;REFB=-0.0168143;REVB=-0.00820298;RO=21;SAF=14;SAR=1;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4471;STB=0.793802;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0200725;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:15:15:0.405405:1:14:15:6:1:14:15:7 chr11 5141980 . A G 197.43 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0161507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.573;QD=14.6243;RBI=0.0581972;REFB=-0.0183135;REVB=-0.0559112;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190446;STB=0.608601;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0464901;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:13:18:9:14:13:18 chr11 5142270 . T G 218.43 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0110665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.882;QD=13.8683;RBI=0.0191123;REFB=0.00379353;REVB=0.0155825;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104857;STB=0.537672;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00596854;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:25:26:0.412698:15:10:18:18:15:11:18:19 chr11 5153261 . A G 274.56 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0177954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6623;QD=13.9017;RBI=0.0305324;REFB=-0.0210686;REVB=-0.0248103;RO=47;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028286;STB=0.506325;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0125094;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:47:31:32:0.405063:16:15:24:23:16:16:24:23 chr11 5172786 . A G 1247.8 PASS AF=1;AO=51;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312318;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.489;QD=61.6196;RBI=0.0622587;REFB=0;REVB=0.0538583;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537349;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:51:81:1:26:25:0:0:51:30:0:0 chr11 5221645 . C G 601.25 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00457993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.578;QD=58.658;RBI=0.0338152;REFB=0.00517287;REVB=0.0335036;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-2.18541e-06;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:14:26:1:0:14:26:1:0 chr11 5221825 . G A 115.9 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.86;QD=42.1436;RBI=0.0450672;REFB=0;REVB=0.0408069;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170825;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr11 5248243 . A G 1016.09 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013045;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.853;QD=58.0625;RBI=0.0142764;REFB=0.0255306;REVB=0.00580023;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000452362;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:68:69:0.985714:41:27:1:0:42:27:1:0 chr11 5255366 . C T 442.66 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0165773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.723;QD=22.7005;RBI=0.0171085;REFB=-0.0235329;REVB=0.00423019;RO=33;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116498;STB=0.511273;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0232626;OID=.;OPOS=5255366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:33:35:43:43:0.551282:17:26:20:13:17:26:22:13 chr11 5269583 . GTGA AGAG 982.5 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224286;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=4;MLLD=304.57;QD=59.5453;RBI=0.0267806;REFB=0;REVB=0.0146341;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00033388;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr11 5322737 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.579;QD=56.1916;RBI=0.0148616;REFB=0;REVB=0.00208669;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82861e-05;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 5323071 . C T 1138.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731882;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.67;QD=60.7017;RBI=0.00972117;REFB=0;REVB=0.00639813;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48963e-05;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr11 5344592 . A C 355.35 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0130813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1706;QD=30.2422;RBI=0.0613135;REFB=0.0457077;REVB=0.0599018;RO=16;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260364;STB=0.504422;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0241486;OID=.;OPOS=5344592;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:17:29:30:0.638298:12:17:10:6:12:18:10:7 chr11 5344681 . G A 289.59 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0283461;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9278;QD=11.7006;RBI=0.0299556;REFB=0.011627;REVB=-0.00968687;RO=64;SAF=20;SAR=14;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298386;STB=0.50245;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0256958;OID=.;OPOS=5344681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:64:65:34:34:0.343434:14:20:36:28:14:20:38:27 chr11 5344772 . T C 1551.49 PASS AF=0.990654;AO=101;DP=102;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.677;QD=57.9998;RBI=0.0411819;REFB=-0.0648824;REVB=0.0086775;RO=1;SAF=54;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087051;STB=0.504424;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000405636;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:107:1:1:101:106:0.990654:47:54:1:0:50:56:1:0 chr11 5344847 . A G 1000.02 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0520017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1212;QD=56.339;RBI=0.0523758;REFB=0.00533696;REVB=0.00624896;RO=2;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277869;STB=0.514702;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.000215748;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:36:33:2:0:36:33:2:0 chr11 5344902 . C G 635.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378121;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.063;QD=62.0386;RBI=0.0531915;REFB=0;REVB=-0.037411;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12838e-06;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 5345128 . G A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0069657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.836;QD=15.773;RBI=0.00757113;REFB=-0.0117589;REVB=0.00296665;RO=33;SAF=20;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402098;STB=0.727558;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0140081;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:7:20:11:22:7:20:11:22 chr11 5345170 . A G 742.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.369;QD=54.9906;RBI=0.0340364;REFB=-0.114939;REVB=0.0256985;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013308;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:1:0:53:54:1:19:34:1:0:19:35:0:0 chr11 5345486 . G A 1225.18 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.723;QD=60.5025;RBI=0.0217846;REFB=0;REVB=0.0189671;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832769;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:81:0:0:74:81:1:38:36:0:0:43:38:0:0 chr11 5364742 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0283655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.535;QD=16.8228;RBI=0.0290511;REFB=0.020498;REVB=-0.006274;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0120798;OID=.;OPOS=5364742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:2:3:4:3:2:3 chr11 5364776 . T TGTC 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0163628;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.763;QD=11.0924;RBI=0.018707;REFB=0.0319912;REVB=0.00906707;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=ins;VARB=-0.0226676;OID=.;OPOS=5364777;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:5:11:5:11:6:2:3:3:3:30:6:2:3:3:3 chr11 5372863 . T A 764.15 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00717999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.304;QD=19.1037;RBI=0.0108279;REFB=-0.0131732;REVB=0.00810495;RO=79;SAF=48;SAR=31;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941638;STB=0.552605;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0125576;OID=.;OPOS=5372863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:79:81:79:79:0.49375:31:48:40:39:31:48:41:40 chr11 5373114 . G A 879.45 PASS AF=0.481081;AO=89;DP=185;FAO=89;FDP=185;FR=.;FRO=96;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=0.00400386;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7604;QD=19.015;RBI=0.0220961;REFB=-0.0066538;REVB=-0.0217303;RO=90;SAF=61;SAR=28;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425623;STB=0.535373;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00642583;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:90:96:89:89:0.481081:28:61:58:32:28:61:60:36 chr11 5410934 . T G 209.56 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.165192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2372;QD=15.5232;RBI=0.165414;REFB=-0.0146;REVB=0.00855839;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820371;STB=0.504655;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0135724;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:14:16:13:11:14:16 chr11 5411031 . C T 92.2 PASS AF=0.55;AO=12;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0296402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.667;QD=18.4405;RBI=0.0586765;REFB=0.0256687;REVB=-0.0506399;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553187;STB=0.810104;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0225061;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:12:11:0.55:1:11:3:5:1:10:4:5 chr11 5411239 . T C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0234366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.975;QD=10.6294;RBI=0.0237668;REFB=-0.00328249;REVB=-0.00394812;RO=44;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500028;STB=0.529158;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00825244;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:12:11:23:21:12:11:23:21 chr11 5411395 . C A 487.21 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0128223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.467;QD=18.0447;RBI=0.0152068;REFB=-0.014721;REVB=0.0081753;RO=56;SAF=31;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140802;STB=0.578162;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.020183;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:21:31:25:31:21:31:25:31 chr11 5411398 . T G 492.39 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0212043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.159;QD=17.4299;RBI=0.0286006;REFB=-0.00807249;REVB=-0.019193;RO=60;SAF=32;SAR=21;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132488;STB=0.57372;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0164278;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:21:32:28:32:21:32:28:32 chr11 5411579 . GT AC 375.5 PASS AF=0.348148;AO=44;DP=134;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.000941723;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.81;QD=11.1259;RBI=0.0096592;REFB=-0.0106642;REVB=0.00961318;RO=88;SAF=21;SAR=23;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263377;STB=0.508868;STBP=0.89;TYPE=mnp;VARB=0.0194543;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:88:88:44:47:0.348148:23:21:40:48:25:22:40:48 chr11 5424050 . G A 600.26 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.023845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3098;QD=26.0984;RBI=0.0522066;REFB=0.0109892;REVB=0.0464429;RO=38;SAF=27;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597198;STB=0.532597;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00717493;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:27:27:16:22:27:27:16:22 chr11 5443442 . G C 734.43 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00553127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.774;QD=61.2026;RBI=0.0613821;REFB=-0.153;REVB=0.0611324;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00248681;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:1:0 chr11 5443700 . C T 1056.55 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.16;QD=58.6974;RBI=0.0523266;REFB=0;REVB=-0.00127307;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223291;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:72:1:0:70:72:1:40:30:1:0:40:32:0:0 chr11 5443739 . T C 939.39 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0253926;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.252;QD=50.1007;RBI=0.0382824;REFB=-0.107643;REVB=0.028649;RO=4;SAF=32;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554948;STB=0.549281;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00104348;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:75:75:4:7:68:68:0.906667:36:32:4:0:36:32:7:0 chr11 5443867 . C T 505.9 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301537;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5749;QD=59.518;RBI=0.0302104;REFB=0;REVB=-0.00185041;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114582;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr11 5443887 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.271;QD=57.2012;RBI=0.0387774;REFB=0;REVB=0.0230705;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327703;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr11 5443893 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4207;QD=56.7035;RBI=0.0849352;REFB=0;REVB=0.0846935;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157015;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr11 5443963 . G A 302.01 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9122;QD=50.3351;RBI=0.0850306;REFB=0;REVB=-0.00561687;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00574927;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:15:9:0:0 chr11 5443969 . A C 62.7 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000131093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.5357;QD=10.9047;RBI=0.139933;REFB=-0.0868867;REVB=-0.139933;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466795;STB=0.650796;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0723356;OID=.;OPOS=5443969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:22:23:13:14:9:9:0.391304:8:1:6:7:7:2:6:8 chr11 5444061 . G A 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.005;QD=63.8659;RBI=0.0154711;REFB=0;REVB=0.0118546;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52784e-05;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr11 5444136 . C T 2267.76 PASS AF=0.986928;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0187651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2182;QD=59.2879;RBI=0.0187656;REFB=0.0103335;REVB=0.000145249;RO=2;SAF=67;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111897;STB=0.505882;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000200469;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:2:2:151:151:0.986928:84:67:0:2:84:67:0:2 chr11 5444350 . ATTT AATT,ATT,ATTC 683.51 PASS AF=0.0196078,0.0392157,0.941176;AO=2,6,40;DP=52;FAO=1,2,48;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,20;FSAR=1,0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595571,-0.051159,0.0270681;FXX=0.0192271;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=5.81304,17.9281,32.9784;QD=53.6087;RBI=0.0841901,0.0977536,0.0430315;REFB=0,0,0;REVB=-0.0595058,-0.0832978,0.0334519;RO=0;SAF=1,3,16;SAR=1,3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.141724,-0.036743,0.00748002;OID=.,.,.;OPOS=5444351,5444351,5444353;OREF=T,T,T;OALT=A,-,C;OMAPALT=AATT,ATT,ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0196078,0.0392157,0.941176:2,6,40:52:1,2,48:51:0:0,2,20:1,0,28:0:0:8:0:1,3,16:1,3,24:0:0 chr11 5462085 . G A 180.94 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=1.24534e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.365;QD=15.0785;RBI=0.000108778;REFB=-0.0123542;REVB=0.000108063;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219646;STB=0.644587;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0121207;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:28:19:20:0.416667:6:13:14:15:6:14:13:15 chr11 5462105 . T C 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00661235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.918;QD=12.2752;RBI=0.0124786;REFB=-0.00541894;REVB=-0.0105827;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233577;STB=0.637518;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0183659;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:14:18:6:11:14:18 chr11 5462255 . C G 381.95 PASS AF=0.446809;AO=38;DP=92;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0349247;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.576;QD=16.2533;RBI=0.0603402;REFB=-0.0162205;REVB=-0.0492057;RO=46;SAF=25;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747293;STB=0.546196;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0306006;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:46:52:38:42:0.446809:13:25:27:19:16:26:28:24 chr11 5462374 . C T 498.04 PASS AF=0.490741;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0245966;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6874;QD=18.446;RBI=0.0887668;REFB=0.00794475;REVB=0.085291;RO=56;SAF=22;SAR=30;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391496;STB=0.529903;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00558187;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:55:52:53:0.490741:30:22:26:30:31:22:26:29 chr11 5462702 . G A 230.58 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0309327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.677;QD=23.0584;RBI=0.03198;REFB=-0.012984;REVB=0.00811728;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118842;STB=0.566453;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00624808;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:10:8:13:9:10:8 chr11 5475118 . A G 430.82 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00725165;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.865;QD=19.8077;RBI=0.0136014;REFB=-0.0184804;REVB=-0.011507;RO=44;SAF=26;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130436;STB=0.507243;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0188328;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:44:43:43:0.494253:17:26:26:18:17:26:26:18 chr11 5510284 . A G 1513.19 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0523451;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.185;QD=57.6455;RBI=0.0579908;REFB=-0.0400506;REVB=0.0249585;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854891;STB=0.50065;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000290498;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:102:103:0.980952:55:47:0:1:55:48:1:1 chr11 5510341 . C T 2470.29 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.885;QD=60.6206;RBI=0.0207721;REFB=-0.0932869;REVB=0.00818153;RO=1;SAF=89;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647377;STB=0.503401;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=1.61131e-05;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:73:89:0:1:73:89:0:1 chr11 5510423 . ATCT A 380.5 PASS AF=0.355556;AO=42;DP=142;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00965245;FXX=0.111835;HRUN=1;LEN=3;MLLD=190.397;QD=11.274;RBI=0.00987195;REFB=-0.0167546;REVB=-0.00207019;RO=83;SAF=18;SAR=24;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10325;STB=0.5294;STBP=0.626;TYPE=del;VARB=0.0242798;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:42:142:48:135:87:21:27:42:45:99:83:18:24:43:40 chr11 5510497 . T C 2082.78 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2597;QD=62.64;RBI=0.0332543;REFB=0;REVB=0.0316025;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106085;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:78:55:0:0:78:55:0:0 chr11 5510626 . T C 1325.21 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.385;QD=60.9294;RBI=0.0385755;REFB=-0.129844;REVB=0.0278679;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000229053;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:87:0:1:86:86:0.988506:37:49:0:0:37:49:1:0 chr11 5510928 . G A 675.81 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00716311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3683;QD=60.0722;RBI=0.0485763;REFB=0.0961191;REVB=-0.0480452;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.511623;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0138801;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:23:20:1:0:23:21:1:0 chr11 5529865 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.482;QD=64.414;RBI=0.0122136;REFB=0;REVB=-0.00249421;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54599e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr11 5536415 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.683;QD=58.5985;RBI=0.0166864;REFB=0;REVB=0.0165974;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9565e-05;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr11 5536537 . A C 2388.44 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5971;QD=60.467;RBI=0.0506917;REFB=0;REVB=-0.0261971;RO=2;SAF=82;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000795172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256878;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:2:0:154:158:1:72:82:1:1:75:83:0:0 chr11 5536852 . A G 2475.27 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.883;QD=61.4973;RBI=0.0455813;REFB=0;REVB=0.045561;RO=0;SAF=84;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2395e-05;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:161:0:0:158:161:1:74:84:0:0:74:87:0:0 chr11 5537045 . T G 538.08 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.399;QD=59.7866;RBI=0.0308289;REFB=0;REVB=0.00399067;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99673e-05;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:24:12:0:0 chr11 5537161 . A G 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.008;QD=61.2111;RBI=0.0287033;REFB=0;REVB=0.0286372;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06365e-05;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr11 5537780 . C A 575.64 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000595323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0034;QD=60.5941;RBI=0.00688012;REFB=0;REVB=-0.00685431;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113825;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr11 5565906 . A G 1171.09 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.934;QD=60.836;RBI=0.0577536;REFB=0;REVB=0.0557163;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179664;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr11 5566030 . A G 536.02 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.097;QD=59.5581;RBI=0.0464989;REFB=0;REVB=0.0405578;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202427;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:15:19:0:0:15:21:0:0 chr11 5566365 . T C 1858.43 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.002;QD=61.4356;RBI=0.125413;REFB=0;REVB=0.122716;RO=0;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181227;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:49:72:0:0:49:72:0:0 chr11 5602275 . A G 185.62 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00315449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0501;QD=12.3747;RBI=0.00530808;REFB=-0.00859768;REVB=-0.00426906;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255754;STB=0.501474;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00857999;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:21:16:10:13:21:16 chr11 5602438 . T A 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4078;QD=58.778;RBI=0.0929372;REFB=0;REVB=0.0915877;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497748;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr11 5602605 . G A 360.32 PASS AF=0.452381;AO=39;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00453739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.903;QD=17.1582;RBI=0.0130703;REFB=-0.0281947;REVB=-0.0122575;RO=43;SAF=23;SAR=16;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604494;STB=0.527174;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0324043;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:46:39:38:0.452381:16:23:28:15:15:23:30:16 chr11 5602615 . A G 1263.35 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.405;QD=61.6268;RBI=0.0441316;REFB=0;REVB=-0.0254438;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24223e-05;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:30:52:0:0:30:52:0:0 chr11 5602679 . T C 1154.01 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.135;QD=59.1798;RBI=0.0565316;REFB=0;REVB=0.00478631;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123723;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:33:45:0:0 chr11 5602790 . A G 1761.53 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227559;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.091;QD=61.2707;RBI=0.0279537;REFB=0;REVB=0.0162351;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011671;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:46:69:0:0:45:70:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1482.45 PASS AF=0.137615,0.825688;AO=20,86;DP=109;FAO=15,90;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=14,43;FSAR=1,47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0179417,0.0286354;FXX=0.0353951;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.112,197.328;QD=54.4018;RBI=0.0444501,0.0469492;REFB=0.0367817,0.0397061;REVB=0.0406682,0.0372054;RO=1;SAF=18,39;SAR=2,47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0249352,-0.0119932;STB=0.562424,0.522217;STBP=0.636,0.076;TYPE=del,snp;VARB=-0.00982633,0.000165802;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.137615,0.825688:20,86:109:15,90:109:4:14,43:1,47:4:0:50:1:18,39:2,47:1:0 chr11 5602968 . G A 1734.3 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142595;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.571;QD=60.8526;RBI=0.0251164;REFB=0;REVB=0.020676;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07957e-05;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:57:57:0:0:57:57:0:0 chr11 5632018 . C A 659.06 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0313565;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.77;QD=19.8214;RBI=0.032285;REFB=-0.0208319;REVB=-0.00768728;RO=63;SAF=30;SAR=36;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117394;STB=0.5566;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0199403;OID=.;OPOS=5632018;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:63:67:66:66:0.496241:36:30:37:26:36:30:38:29 chr11 5632212 . G A 3099.49 PASS AF=0.942478;AO=208;DP=223;FAO=213;FDP=226;FR=.;FRO=13;FSAF=112;FSAR=101;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00558382;FXX=0.0173905;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.375;QD=54.8583;RBI=0.0193752;REFB=-0.0850494;REVB=0.0185531;RO=13;SAF=107;SAR=101;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113017;STB=0.505168;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000436058;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:223:226:13:13:208:213:0.942478:101:107:8:5:101:112:8:5 chr11 5664684 . T G 1222.82 PASS AF=0.52193;AO=118;DP=232;FAO=119;FDP=228;FR=.;FRO=109;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.000294733;FXX=0.029786;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.517;QD=21.4531;RBI=0.00737259;REFB=-0.00706681;REVB=0.00736669;RO=103;SAF=65;SAR=53;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145218;STB=0.502425;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00938109;OID=.;OPOS=5664684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:228:103:109:118:119:0.52193:53:65:55:48:53:66:61:48 chr11 5688940 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0238986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.782;QD=22.5336;RBI=0.032241;REFB=-0.00868156;REVB=0.0216412;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184629;STB=0.603663;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00393108;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:7:12:6:9:7:12:6:9 chr11 5691191 . C T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.682;QD=56.7001;RBI=0.0213246;REFB=0;REVB=0.0080436;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201091;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr11 5691214 . A C 205.89 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00445116;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.845;QD=23.5298;RBI=0.0319087;REFB=-0.00571938;REVB=0.0315967;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12452;STB=0.580568;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00389059;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:9:11:10:4:9:11:11:4 chr11 5700340 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.787;QD=60.9765;RBI=0.0575788;REFB=0;REVB=0.0361304;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96179e-05;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr11 5717762 . T C 392.71 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.00400877;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.224;QD=19.884;RBI=0.0387334;REFB=0.00296063;REVB=-0.0385254;RO=39;SAF=17;SAR=23;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183363;STB=0.60102;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00356859;OID=.;OPOS=5717762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:39:39:40:40:0.506329:23:17:9:30:23:17:9:30 chr11 5719667 . T C 536.75 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00205518;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.589;QD=26.183;RBI=0.0653131;REFB=-0.01802;REVB=0.0652808;RO=32;SAF=31;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122879;STB=0.574043;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00906496;OID=.;OPOS=5719667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:32:33:49:49:0.597561:18:31:15:17:18:31:15:18 chr11 5719750 . G C 170.98 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00535263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.437;QD=8.88186;RBI=0.0184334;REFB=-0.0108665;REVB=-0.0176392;RO=47;SAF=7;SAR=16;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37522;STB=0.711721;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0278878;OID=.;OPOS=5719750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:77:47:54:23:23:0.298701:16:7:30:17:16:7:33:21 chr11 5758062 . T C 2276.54 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1451;QD=61.528;RBI=0.105467;REFB=-0.0332649;REVB=-0.0243651;RO=3;SAF=70;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00709356;STB=0.500185;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000800677;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:3:2:145:146:0.986486:75:70:2:1:75:71:1:1 chr11 5758118 . A C 2064.93 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.509;QD=62.5736;RBI=0.0411528;REFB=0;REVB=0.0256088;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97129e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:68:63:0:0:69:63:0:0 chr11 5758230 . G A 398.79 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00746034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.665;QD=23.8084;RBI=0.036977;REFB=-0.025549;REVB=-0.0362166;RO=27;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620506;STB=0.541934;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0149002;OID=.;OPOS=5758230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:28:39:39:0.58209:17:22:13:14:17:22:13:15 chr11 5776287 . C T 3168.27 PASS AF=1;AO=205;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443584;FXX=0.0143534;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.87;QD=61.5199;RBI=0.0171357;REFB=-0.0818517;REVB=0.0165516;RO=2;SAF=124;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116142;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295603;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:206:2:0:205:206:1:81:124:0:2:82:124:0:0 chr11 5776470 . T G 1058.66 PASS AF=1;AO=68;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091332;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.324;QD=59.6428;RBI=0.0983594;REFB=0;REVB=0.0365108;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163895;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:68:71:1:39:29:0:0:42:29:0:0 chr11 5776595 . T G 200.47 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0105986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3948;QD=13.8254;RBI=0.0105996;REFB=-0.0406158;REVB=0.00014212;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169869;STB=0.603366;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.022034;OID=.;OPOS=5776595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:12:12:22:11:12:12:23:11 chr11 5776623 . A T 920.08 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.008;QD=58.4176;RBI=0.0513023;REFB=0;REVB=0.0497623;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116256;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:23:40:0:0 chr11 5799468 . C T 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0167752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.082;QD=17.7157;RBI=0.0218946;REFB=0.00416952;REVB=-0.01407;RO=42;SAF=21;SAR=16;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306641;STB=0.670127;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00279252;OID=.;OPOS=5799468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:16:21:10:32:16:21:10:32 chr11 5809230 . G A 717.51 PASS AF=0.403941;AO=81;DP=202;FAO=82;FDP=203;FR=.;FRO=121;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.0136612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.063;QD=14.1381;RBI=0.0151202;REFB=-0.0179095;REVB=-0.00648013;RO=120;SAF=52;SAR=29;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111626;STB=0.560246;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0229729;OID=.;OPOS=5809230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:120:121:81:82:0.403941:29:52:65:55:30:52:65:56 chr11 5809308 . A T 1539.44 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.037627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.682;QD=58.6455;RBI=0.0425539;REFB=-0.0417509;REVB=-0.0198757;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000362301;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:47:57:0:0:47:57:0:1 chr11 5809548 . G A 1464.21 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00396196;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5254;QD=57.42;RBI=0.0410452;REFB=-0.164894;REVB=0.0408535;RO=1;SAF=54;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870378;STB=0.505375;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00129047;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:102:1:1:99:101:0.990196:45:54:1:0:46:55:0:1 chr11 5809811 . G T 406.83 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.027308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2945;QD=14.2748;RBI=0.0358412;REFB=0.00179943;REVB=0.0232134;RO=66;SAF=28;SAR=19;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519828;STB=0.508301;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00252502;OID=.;OPOS=5809811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:67:47:47:0.412281:19:28:39:27:19:28:39:28 chr11 5809990 . G A 168.03 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.021879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2712;QD=16.0025;RBI=0.0240685;REFB=-0.0338657;REVB=0.0100299;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829087;STB=0.547567;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0469672;OID=.;OPOS=5809990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:10:14:9:9:10:14 chr11 5841856 . C T 435.34 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0289972;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.246;QD=18.1389;RBI=0.0313626;REFB=-0.0121081;REVB=0.0119487;RO=48;SAF=18;SAR=26;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144286;STB=0.600898;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00820466;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:48:52:44:44:0.458333:26:18:27:21:26:18:31:21 chr11 5842310 . T G 347.86 PASS AF=0.404255;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0196865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.585;QD=14.8026;RBI=0.0226103;REFB=-0.0135314;REVB=-0.0111206;RO=56;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619485;STB=0.542065;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.017239;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:56:37:38:0.404255:20:17:29:27:21:17:29:27 chr11 5842356 . A G 306.92 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0103397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.879;QD=13.3444;RBI=0.0184094;REFB=-0.00369805;REVB=0.0152314;RO=55;SAF=13;SAR=21;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807197;STB=0.535694;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00828958;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:57:34:35:0.380435:21:13:25:30:21:14:26:31 chr11 5862532 . A C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000658161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.903;QD=57.5441;RBI=0.0227354;REFB=0;REVB=0.0227259;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52444e-05;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr11 5862653 . T C 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.041;QD=59.4995;RBI=0.0169249;REFB=0;REVB=0.00183815;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98384e-05;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr11 5862731 . A G 1339.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.579;QD=62.3079;RBI=0.0631639;REFB=0;REVB=-0.063156;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21945e-05;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr11 5862780 . T C 1102.26 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11536;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3292;QD=60.3978;RBI=0.115757;REFB=0;REVB=-0.00958833;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748156;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr11 5862845 . A G 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.52;QD=58.648;RBI=0.0151322;REFB=-0.00468519;REVB=-0.000325869;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000192073;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:28:12:0:0:28:12:0:1 chr11 5862937 . C A 973.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.042;QD=58.976;RBI=0.05289;REFB=0;REVB=-0.00200674;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54849e-05;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:40:24:0:0:40:26:0:0 chr11 5862984 . G C 1050.93 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356861;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.527;QD=60.0529;RBI=0.00920979;REFB=0;REVB=0.0084903;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28846e-05;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr11 5863013 . T C 1229.45 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.805;QD=61.4724;RBI=0.0904341;REFB=0;REVB=0.0866843;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241874;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:77:80:1:40:37:0:0:43:37:0:0 chr11 5863113 . G A 1618.46 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=113;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0387178;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.091;QD=58.323;RBI=0.039535;REFB=-0.0932524;REVB=0.00799679;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.509998;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000335522;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:111:0:2:108:109:0.981982:59:49:0:0:60:49:2:0 chr11 5906048 . G A 613.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0571;QD=61.3163;RBI=0.0606143;REFB=0;REVB=0.0401132;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107153;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr11 5906073 . G T 509.73 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.413;QD=58.255;RBI=0.00470571;REFB=0;REVB=0.00453246;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385976;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr11 5906192 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.817;QD=62.6708;RBI=0.0267543;REFB=0;REVB=0.0267292;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96721e-05;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr11 5906205 . G A 827.7 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160662;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.66;QD=58.0845;RBI=0.0305108;REFB=0;REVB=-0.0259381;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152174;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr11 5989293 . G A 801.28 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3252;QD=57.234;RBI=0.0494099;REFB=0;REVB=0.0399631;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408439;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:17:38:0:0:18:38:0:0 chr11 5989415 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.716;QD=60.5473;RBI=0.0656833;REFB=0;REVB=0.06457;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39737e-05;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr11 6007272 . A G 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.014;QD=58.9587;RBI=0.00779527;REFB=0;REVB=0.0050771;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12024e-06;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr11 6007613 . T G 1161.18 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0178608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.352;QD=55.9604;RBI=0.0319184;REFB=-0.0596951;REVB=-0.0264533;RO=4;SAF=41;SAR=38;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210955;STB=0.511156;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00109198;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:4:4:79:79:0.951807:38:41:3:1:38:41:3:1 chr11 6007680 . A G 999.98 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0156181;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7502;QD=57.9697;RBI=0.0316619;REFB=-0.0816788;REVB=0.0275418;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00171753;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:0:1:30:38:0:1 chr11 6007743 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5297;QD=63.581;RBI=0.060753;REFB=0;REVB=0.0108042;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866184;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr11 6023581 . A G 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0331556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.243;QD=11.9867;RBI=0.0331585;REFB=-0.0156961;REVB=0.000440625;RO=51;SAF=8;SAR=21;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760437;STB=0.54401;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0204755;OID=.;OPOS=6023581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:21:8:17:34:21:8:17:34 chr11 6023640 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.008312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.442;QD=9.18854;RBI=0.00934928;REFB=-0.000862955;REVB=-0.00428017;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119597;STB=0.572733;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00121202;OID=.;OPOS=6023640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:11:14:5:6:11:14 chr11 6023818 . G A 292.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.000179905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.852;QD=14.6209;RBI=0.0413332;REFB=-0.0127017;REVB=-0.0413328;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186344;STB=0.604741;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0211355;OID=.;OPOS=6023818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:14:19:35:12:14:19:35:12 chr11 6048056 . T C 162.2 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0193935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.842;QD=9.01092;RBI=0.0195125;REFB=-0.00318288;REVB=0.00215154;RO=50;SAF=14;SAR=8;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461089;STB=0.50273;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00672068;OID=.;OPOS=6048056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:8:14:32:18:8:14:32:18 chr11 6129152 . T C 469.61 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0170452;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.042;QD=13.9145;RBI=0.0202822;REFB=-0.00767296;REVB=-0.0109923;RO=83;SAF=28;SAR=25;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674993;STB=0.549897;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0104897;OID=.;OPOS=6129152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:83:82:53:53:0.392593:25:28:49:34:25:28:50:32 chr11 6129837 . C T 390.16 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0316016;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5139;QD=21.9808;RBI=0.060492;REFB=-0.0093045;REVB=0.0515812;RO=32;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401736;STB=0.514989;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00716575;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:38:39:0.549296:22:16:15:17:22:17:15:17 chr11 6150568 . C T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0183448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.069;QD=19.1823;RBI=0.018548;REFB=-0.0256724;REVB=-0.00273808;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151618;STB=0.584255;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0221856;OID=.;OPOS=6150568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:18:23:17:26:18:23:17:26 chr11 6173364 . T A 371.21 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0585666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8736;QD=20.0653;RBI=0.0887513;REFB=-0.00370175;REVB=-0.0666839;RO=35;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22813;STB=0.618453;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00151179;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:36:38:38:0.513514:21:17:25:10:21:17:25:11 chr11 6221169 . A G 549.6 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.012201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.141;QD=19.2841;RBI=0.0122569;REFB=-0.0178566;REVB=0.0011687;RO=55;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148531;STB=0.517619;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0206467;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:57:57:57:0.5:31:26:26:29:31:26:28:29 chr11 6221214 . T A 515.15 PASS AF=0.486957;AO=54;DP=113;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.013969;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8961;QD=17.9183;RBI=0.0425057;REFB=-0.0266972;REVB=0.0401447;RO=57;SAF=24;SAR=30;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921929;STB=0.54865;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0161939;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:57:59:54:56:0.486957:30:24:31:26:30:26:33:26 chr11 6221249 . A G 357.77 PASS AF=0.420561;AO=46;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0304597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3393;QD=13.3745;RBI=0.0306529;REFB=-0.0635944;REVB=0.00343677;RO=61;SAF=25;SAR=21;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142363;STB=0.518185;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.101864;OID=.;OPOS=6221249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:62:46:45:0.420561:21:25:34:27:21:24:35:27 chr11 6231731 . C T 281.23 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0249477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.967;QD=21.225;RBI=0.0261414;REFB=-0.00700053;REVB=-0.0078092;RO=24;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13324;STB=0.574123;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00493564;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:10:19:12:12:10:19:12:12 chr11 6232189 . G C 47.45 PASS AF=0.114583;AO=12;DP=95;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=20;FWDB=-0.0455098;FXX=0.0588178;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.9635;QD=1.97718;RBI=0.0721045;REFB=-0.0104419;REVB=-0.0559278;RO=79;SAF=7;SAR=5;SRF=64;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331086;STB=0.702673;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0920377;OID=.;OPOS=6232189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:95:96:79:85:12:11:0.114583:5:7:64:15:5:6:65:20 chr11 6243804 . A G 460.12 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00752808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.871;QD=18.5906;RBI=0.013039;REFB=0.0006194;REVB=-0.0106462;RO=53;SAF=39;SAR=7;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248466;STB=0.640587;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00138086;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:7:39:36:17:7:39:36:17 chr11 6292065 . C A 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00304328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.805;QD=19.6177;RBI=0.0045178;REFB=-0.0114357;REVB=-0.003339;RO=36;SAF=30;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180461;STB=0.601206;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0132599;OID=.;OPOS=6292065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:7:30:24:12:7:30:24:12 chr11 6340525 . A T 70.55 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.065561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.592;QD=7.23638;RBI=0.0657031;REFB=-0.0170973;REVB=0.00431973;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185716;STB=0.615166;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0287993;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:10:19:5:5:10:19 chr11 6340706 . A G 380.77 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.018002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.473;QD=19.5268;RBI=0.0186344;REFB=-0.0231353;REVB=-0.00481347;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465736;STB=0.525883;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0225156;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:17:22:20:19:17:22:20:19 chr11 6341684 . C G 91.69 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0505144;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.6851;QD=30.5618;RBI=0.0751009;REFB=-0.029976;REVB=0.0555737;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.599799;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00745888;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:4:6:0:1:4:6:0:2 chr11 6411935 . T C 684.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.784;QD=62.2517;RBI=0.0388506;REFB=0;REVB=0.0190157;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771051;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr11 6471722 . T G 525.29 PASS AF=0.452381;AO=55;DP=123;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.040597;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.193;QD=16.676;RBI=0.0422442;REFB=-0.0101817;REVB=0.0116817;RO=68;SAF=24;SAR=31;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924133;STB=0.555536;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0111779;OID=.;OPOS=6471722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:68:69:55:57:0.452381:31:24:36:32:33:24:36:33 chr11 6549779 . A C 1143.37 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.598;QD=60.1776;RBI=0.0169446;REFB=0;REVB=0.00358518;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17283e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:25:50:0:0:25:51:0:0 chr11 6549995 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.654;QD=60.9769;RBI=0.0359181;REFB=0;REVB=0.00678008;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213201;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 6550004 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.194;QD=58.1389;RBI=0.0287136;REFB=0;REVB=0.0238477;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248738;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 6550309 . G A 1347.83 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000367688;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.983;QD=61.2649;RBI=0.00186803;REFB=-0.0699895;REVB=0.00183148;RO=1;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104136;STB=0.505493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=7.9966e-05;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:45:42:0:1:45:42:0:1 chr11 6555365 . A G 718.75 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.062;QD=62.5003;RBI=0.0525464;REFB=0;REVB=0.0398834;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677131;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:28:16:0:0:29:17:0:0 chr11 6567895 . C CTGCCCCTACTGCA,CTGCCCTACTGCA 562.63 PASS AF=0,0.727273;AO=7,38;DP=69;FAO=0,48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=0,35;FSAR=0,13;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0128942,-0.00567338;FXX=0.0958773;HRUN=1,1;LEN=13,12;MLLD=262.126,267.047;QD=34.0989;RBI=0.0229699,0.0212437;REFB=-0.0239133,-0.0389848;REVB=-0.0190094,-0.0204721;RO=18;SAF=5,28;SAR=2,10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.186904,-0.0766729;STB=0.5,0.537175;STBP=1,0.41;TYPE=ins,ins;VARB=0.0153624,0.0126428;OID=.,.;OPOS=6567896,6567896;OREF=-,-;OALT=TGCCCCTACTGCA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCCTACTGCA,CTGCCCTACTGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.727273:7,38:69:0,48:66:18:0,35:0,13:15:3:99:18:5,28:2,10:15:3 chr11 6579106 . C A 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0696517;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2395;QD=15.2499;RBI=0.135161;REFB=0.0473876;REVB=-0.115833;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23478;STB=0.642384;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0519204;OID=.;OPOS=6579106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:4:2:1:6:4:2 chr11 6585007 . G A 254.54 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.024143;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0355;QD=15.4269;RBI=0.0326417;REFB=0.00106512;REVB=0.021968;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506325;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.000730761;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:37:28:29:0.439394:16:12:15:20:16:13:17:20 chr11 6588228 . G A 512.64 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0125871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.947;QD=20.3025;RBI=0.0135325;REFB=0.00309776;REVB=0.00496918;RO=49;SAF=28;SAR=24;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111162;STB=0.506133;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00286056;OID=.;OPOS=6588228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:24:28:27:22:24:28:27:22 chr11 6622714 . G A 398.27 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.016517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9034;QD=18.7421;RBI=0.0244758;REFB=-0.01333;REVB=0.0180625;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719329;STB=0.539981;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0198286;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:18:23:28:16:18:23:28:16 chr11 6623372 . C G 241.42 PASS AF=0.444444;AO=25;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0376584;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5396;QD=15.3285;RBI=0.037661;REFB=-0.0113968;REVB=0.000436176;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948336;STB=0.571379;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0442332;OID=.;OPOS=6623372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:36:35:25:28:0.444444:13:12:14:22:14:14:13:22 chr11 6630028 . TC CT,T 1427.05 PASS AF=0,1;AO=6,108;DP=140;FAO=0,139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=0,79;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246761,0.170299;FXX=0.00714235;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=7.34996,13.5234;QD=41.0661;RBI=0.0522407,0.173895;REFB=0.0324518,-0.00568487;REVB=-0.0460455,-0.0351848;RO=14;SAF=5,59;SAR=1,49;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.650794;SSSB=-0.0493816,-0.068458;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00231065;OID=.,.;OPOS=6630028,6630029;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:140:139:14:0:6,108:0,139:0,1:1,49:5,59:12:2:0,60:0,79:0:0 chr11 6631016 . C T 625.44 PASS AF=0.582524;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.118735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.643;QD=24.289;RBI=0.1195;REFB=0.00994078;REVB=0.013499;RO=29;SAF=28;SAR=31;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101033;STB=0.518512;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00227586;OID=.;OPOS=6631016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:29:41:59:60:0.582524:31:28:9:20:32:28:21:20 chr11 6632450 . C T 453.19 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0180065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.919;QD=19.7041;RBI=0.0197171;REFB=0.0067681;REVB=-0.00803307;RO=47;SAF=27;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642359;STB=0.535698;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00456402;OID=.;OPOS=6632450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:18:27:25:22:18:27:25:22 chr11 6634149 . C T 335.32 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.013451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.557;QD=12.1934;RBI=0.0135991;REFB=0.00514953;REVB=0.00200112;RO=69;SAF=25;SAR=16;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989307;STB=0.556537;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00667803;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:69:41:41:0.372727:16:25:36:33:16:25:36:33 chr11 6634189 . G A 250.81 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.000437309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.31;QD=10.1337;RBI=0.00439756;REFB=0.00184053;REVB=0.00437576;RO=66;SAF=20;SAR=11;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207094;STB=0.621614;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00862332;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:68:31:31:0.313131:11:20:31:35:11:20:32:36 chr11 6638506 . A T 229.78 PASS AF=0.36;AO=26;DP=89;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00367364;FXX=0.157286;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.893;QD=12.2551;RBI=0.00596824;REFB=-0.0107814;REVB=-0.00470364;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396421;STB=0.695392;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0297198;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:75:40:48:26:27:0.36:16:10:31:9:17:10:33:15 chr11 6643976 . C T 338.73 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0493201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1578;QD=15.224;RBI=0.0517769;REFB=0.00216653;REVB=0.0157601;RO=53;SAF=21;SAR=15;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636821;STB=0.552043;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0046134;OID=.;OPOS=6643976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:52:36:37:0.41573:15:21:34:19:16:21:34:18 chr11 6644600 . C T 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0197206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.932;QD=19.6919;RBI=0.0198567;REFB=-0.042357;REVB=-0.00232069;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15811;STB=0.58817;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0253941;OID=.;OPOS=6644600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:17:8:13:13:17:8 chr11 6647467 . C T 288.19 PASS AF=0.516667;AO=28;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000705925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.763;QD=19.2127;RBI=0.0273912;REFB=-0.00230671;REVB=-0.0273821;RO=21;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321124;STB=0.512187;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00205347;OID=.;OPOS=6647467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:29:28:31:0.516667:9:19:15:6:10:21:19:10 chr11 6648424 . G A 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0163313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.176;QD=24.1549;RBI=0.0384954;REFB=-0.0144302;REVB=0.0348595;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533057;STB=0.529392;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0108811;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:12:9:15:15:12:9 chr11 6652618 . C T 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0283589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.671;QD=18.673;RBI=0.0303325;REFB=0.00139012;REVB=0.0107626;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189629;STB=0.605518;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00126887;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:20:15:23:13:20:15:23:13 chr11 6655433 . G A 588.74 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.00507701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.251;QD=23.3163;RBI=0.0261075;REFB=-0.0208839;REVB=0.0256091;RO=44;SAF=33;SAR=24;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163432;STB=0.588982;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0170202;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:44:57:57:0.564356:24:33:34:10:24:33:34:10 chr11 6735869 . A G 784.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0241;QD=57.0381;RBI=0.0340589;REFB=0;REVB=-0.0286593;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257381;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr11 6736745 . G A 370.17 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0123448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4659;QD=30.2176;RBI=0.0142272;REFB=0.000528274;REVB=-0.0070723;RO=16;SAF=22;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186947;STB=0.607485;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000401112;OID=.;OPOS=6736745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:18:31:31:0.632653:9:22:7:9:9:22:8:10 chr11 6737138 . T C 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0100081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.27;QD=10.8101;RBI=0.0139363;REFB=-0.0136577;REVB=-0.00969845;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641151;STB=0.537533;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0247531;OID=.;OPOS=6737138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:10:9:15:21:10:9:15:21 chr11 6737258 . C T 371.58 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0332153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0295;QD=22.8665;RBI=0.05327;REFB=-0.000971735;REVB=-0.0416466;RO=28;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597072;STB=0.532871;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00057913;OID=.;OPOS=6737258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:17:20:13:15:17:20:13:15 chr11 6737893 . C T 171.26 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.012977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.139;QD=28.544;RBI=0.0339734;REFB=-0.0387568;REVB=0.0313973;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454578;STB=0.509421;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00977085;OID=.;OPOS=6737893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:24:24:7:7:14:15:0.625:5:9:4:3:6:9:4:3 chr11 6737927 . G A 240.26 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00696152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.677;QD=28.2655;RBI=0.0457262;REFB=0.0308716;REVB=-0.0451932;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787447;STB=0.543439;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0116178;OID=.;OPOS=6737927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:8:4:10:12:8:4 chr11 6738291 . C T 333.92 PASS AF=0.45;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00145749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6382;QD=16.6958;RBI=0.0178698;REFB=-0.056654;REVB=-0.0178103;RO=42;SAF=4;SAR=32;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238803;STB=0.648551;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0387368;OID=.;OPOS=6738291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:44:36:36:0.45:32:4:10:32:32:4:11:33 chr11 6738411 . A G 266.51 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00149398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6428;QD=13.4942;RBI=0.0660778;REFB=0.00202747;REVB=0.0660609;RO=48;SAF=6;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317488;STB=0.683758;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00337754;OID=.;OPOS=6738411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:25:6:21:27:25:6:21:27 chr11 6738728 . T C 498.17 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2261;QD=58.6087;RBI=0.0334311;REFB=0;REVB=-0.0330015;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483169;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr11 6738952 . G T 416.23 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0318611;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.559;QD=15.2745;RBI=0.0322074;REFB=-0.00324039;REVB=0.00471019;RO=62;SAF=21;SAR=26;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541454;STB=0.530391;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00473273;OID=.;OPOS=6738952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:26:21:31:31:26:21:31:31 chr11 6739109 . G A 343.85 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0356716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9526;QD=16.3738;RBI=0.0405681;REFB=0.0192017;REVB=-0.019321;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556079;STB=0.531233;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.01887;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:20:17:19:28:20:17:19:28 chr11 6739407 . A G 280.13 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00283363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6432;QD=16.7244;RBI=0.0233943;REFB=-0.0151662;REVB=0.0232221;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146626;STB=0.50823;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0240632;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:9:22:26:10:9:22:26:10 chr11 6739551 . T C 59.42 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.087136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.934;QD=5.40157;RBI=0.0887111;REFB=0.00313969;REVB=0.0166428;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00401163;STB=0.512792;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0112633;OID=.;OPOS=6739551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:44:34:35:9:9:0.204545:4:5:19:15:4:5:20:15 chr11 6739809 . C T 156.57 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.036621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5837;QD=16.0588;RBI=0.0366283;REFB=0.0296953;REVB=-0.000730368;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589381;STB=0.53394;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0593355;OID=.;OPOS=6739809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:13:9:6:11:13:9 chr11 6739814 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.095;QD=59.4356;RBI=0.0433701;REFB=0;REVB=0.0129613;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172392;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr11 6739822 . T C 201.99 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0191077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3665;QD=21.2616;RBI=0.0192602;REFB=-0.00134258;REVB=-0.00241948;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593334;STB=0.533301;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00195639;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:12:6:8:12:12:6 chr11 6739841 . G A 160.11 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00592437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0736;QD=18.2982;RBI=0.0103103;REFB=-0.0184875;REVB=-0.00843826;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670294;STB=0.54994;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0161763;OID=.;OPOS=6739841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:6:10:10:8:6:11:10:8 chr11 6740136 . G A 176.96 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00990262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1639;QD=12.2044;RBI=0.0267982;REFB=0.00223958;REVB=0.0249015;RO=35;SAF=18;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233931;STB=0.631445;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0117762;OID=.;OPOS=6740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:4:18:23:12:4:18:24:12 chr11 6740206 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00661304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.591;QD=14.4115;RBI=0.00721448;REFB=-0.023363;REVB=-0.00288383;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107325;STB=0.562429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0182793;OID=.;OPOS=6740206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:16:12:6:12:16:12 chr11 6740285 . G A 331.65 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0230939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.653;QD=21.3969;RBI=0.0235386;REFB=0.000595347;REVB=0.00455352;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146132;STB=0.580599;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000838992;OID=.;OPOS=6740285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:17:17:9:19:17:17:9:19 chr11 6740462 . G C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.408;QD=64.1515;RBI=0.0691675;REFB=0;REVB=-0.00329676;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370399;OID=.;OPOS=6740462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr11 6790106 . T C 645.09 PASS AF=0.461538;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0280627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6686;QD=18.0445;RBI=0.0288835;REFB=-8.18746e-05;REVB=0.00683704;RO=77;SAF=38;SAR=28;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476792;STB=0.526446;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000314136;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:77:66:66:0.461538:28:38:48:29:28:38:48:29 chr11 6807163 . C T 452.24 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0125435;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.125;QD=18.6491;RBI=0.0141228;REFB=0.00351416;REVB=-0.00648958;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126424;STB=0.502761;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00308544;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:50:52:45:45:0.463918:24:21:24:26:24:21:24:28 chr11 6807243 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0184954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.082;QD=19.8495;RBI=0.0195963;REFB=-0.0154823;REVB=0.00647594;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264106;STB=0.646895;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0126502;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:1:12:10:5:1:12 chr11 6816778 . A G 92.94 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00660356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.082;QD=13.7683;RBI=0.0111634;REFB=-0.0191484;REVB=-0.00900085;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205641;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:26:27:15:15:11:12:0.444444:3:8:10:5:4:8:10:5 chr11 6891113 . A C,G 2270.78 PASS AF=0.130435,0.850932;AO=20,136;DP=158;FAO=21,137;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=21,46;FSAR=0,91;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00730395,0.0419731;FXX=0.00617246;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.75,53.4078;QD=56.417;RBI=0.0161101,0.0609387;REFB=-0.00995049,-0.0599826;REVB=-0.0143592,0.044179;RO=0;SAF=20,45;SAR=0,91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.999118,0.500058;STBP=0.004,0.955;TYPE=snp,snp;VARB=0.145862,0.0166209;OID=.,.;OPOS=6891113,6891113;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:158:161:0:3:20,136:21,137:0.130435,0.850932:0,91:20,45:0:0:0,91:21,46:1:2 chr11 6891528 . C G,T 968.69 PASS AF=0.913043,0.0724638;AO=62,6;DP=69;FAO=63,5;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36,2;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00864359,-0.000674027;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.4299,133.232;QD=56.1557;RBI=0.0241544,0.0159137;REFB=-0.0899781,-0.108903;REVB=0.0225549,0.0158994;RO=0;SAF=36,2;SAR=26,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.51662e-08,0;STB=0.509088,0.571154;STBP=0.305,0.616;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0102487,0.0644988;OID=.,.;OPOS=6891528,6891528;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:69:69:0:1:62,6:63,5:0.913043,0.0724638:26,4:36,2:0:0:27,3:36,2:0:1 chr11 6891605 . A G 1119.92 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640167;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.595;QD=60.5363;RBI=0.0863432;REFB=0;REVB=0.0579398;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105773;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr11 6891758 . A C 508.43 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.114;QD=56.4927;RBI=0.0145047;REFB=-0.0808266;REVB=-0.00600996;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00088035;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:20:15:0:0:20:15:1:0 chr11 6898758 . A C 365.13 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0145266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1865;QD=21.1667;RBI=0.046715;REFB=-0.0117757;REVB=0.044399;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186556;STB=0.518858;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0122992;OID=.;OPOS=6898758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:32:37:37:0.536232:17:20:15:14:17:20:16:16 chr11 6913127 . A G 47.45 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0866625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.819;QD=11.1644;RBI=0.0878917;REFB=-0.0109552;REVB=0.0146479;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215036;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0157959;OID=.;OPOS=6913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:10:6:7:0.411765:2:4:3:4:3:4:6:4 chr11 6913244 . A G 400.97 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.093;QD=53.463;RBI=0.0399377;REFB=-0.160479;REVB=0.00672525;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00259147;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:30:1:1:28:29:0.966667:13:15:1:0:14:15:1:0 chr11 6913290 . A G 158.73 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0046619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.034;QD=17.16;RBI=0.00566229;REFB=-0.0183021;REVB=0.00321375;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311609;STB=0.676729;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0110914;OID=.;OPOS=6913290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:5:15:7:10:5:15 chr11 6942476 . C A 266.07 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00206414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8131;QD=21.2858;RBI=0.0450173;REFB=-0.0314534;REVB=-0.04497;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538525;STB=0.519984;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0463658;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:12:13:11:13:12:13:12:13 chr11 6942628 . A C 499.95 PASS AF=0.505155;AO=47;DP=95;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.000898041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.185;QD=20.6166;RBI=0.00773893;REFB=-0.0108734;REVB=-0.00768665;RO=48;SAF=27;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124969;STB=0.556093;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00921293;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:48:48:47:49:0.505155:20:27:21:27:22:27:21:27 chr11 6942726 . G C 504.31 PASS AF=0.510417;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0697233;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4401;QD=21.013;RBI=0.0741531;REFB=0.00252658;REVB=0.0252454;RO=47;SAF=17;SAR=31;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107225;STB=0.562897;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00169914;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:47:47:48:49:0.510417:31:17:22:25:32:17:22:25 chr11 6942952 . T C 462.13 PASS AF=0.46789;AO=49;DP=108;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0111662;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.449;QD=16.9588;RBI=0.0158283;REFB=-0.0230434;REVB=-0.0112184;RO=58;SAF=36;SAR=13;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131527;STB=0.552218;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0189554;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:58:58:49:51:0.46789:13:36:36:22:15:36:36:22 chr11 6943254 . C T 139.59 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.000216283;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0552;QD=10.34;RBI=0.0271295;REFB=-0.00516818;REVB=-0.0271286;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144127;STB=0.591736;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0106747;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:36:18:18:0.333333:10:8:19:14:10:8:21:15 chr11 6953858 . A G 229.24 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0988768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.659;QD=29.5789;RBI=0.0990034;REFB=-0.00480935;REVB=-0.0050048;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432098;STB=0.507685;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00453393;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:9:10:21:21:0.677419:11:10:5:4:11:10:5:5 chr11 6976988 . A T 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.597;QD=58.5832;RBI=0.00234252;REFB=0;REVB=0.00173754;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4418e-06;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr11 6976996 . C T 204.22 PASS AF=0.588235;AO=17;DP=31;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0190461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.264;QD=24.0257;RBI=0.0191877;REFB=-0.0191758;REVB=0.00232654;RO=14;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124478;STB=0.555497;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0153154;OID=.;OPOS=6976996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:14:14:17:20:0.588235:4:13:9:5:5:15:9:5 chr11 7022038 . A G 642.52 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.00369757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6385;QD=19.3239;RBI=0.0198875;REFB=0.0221664;REVB=-0.0195407;RO=68;SAF=38;SAR=27;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316604;STB=0.517484;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.022758;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:27:38:42:26:27:38:42:26 chr11 7022160 . A G 1816.73 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.918;QD=61.0665;RBI=0.0445654;REFB=0;REVB=0.0391924;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59308e-05;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:64:52:0:0:67:52:0:0 chr11 7022531 . A T 1461.69 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.068;QD=62.8684;RBI=0.0348119;REFB=0;REVB=0.0292234;RO=0;SAF=68;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.354e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:24:68:0:0:25:68:0:0 chr11 7022717 . T C 713.39 PASS AF=0.980769;AO=54;DP=55;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-9.18628e-05;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.261;QD=54.8761;RBI=0.0196539;REFB=-0.0428812;REVB=0.0196537;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000149581;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:52:0:1:54:51:0.980769:24:30:0:0:23:28:0:1 chr11 7022782 . GT G 42.3 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0604363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.5913;QD=10.5742;RBI=0.255192;REFB=-0.0118618;REVB=0.247932;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33255;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=0.0339719;OID=.;OPOS=7022783;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:15:7:16:9:4:3:2:7:41:8:3:2:2:6 chr11 7059960 . A C 1342.25 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0141734;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.123;QD=59.0001;RBI=0.0203682;REFB=-0.164126;REVB=0.0146281;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.509699;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00249359;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:91:0:3:88:88:0.967033:34:54:0:0:34:54:1:2 chr11 7063755 . C T 2295.24 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197991;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.233;QD=61.2063;RBI=0.0245759;REFB=0;REVB=0.0145593;RO=0;SAF=93;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33045e-05;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:149:150:1:56:93:0:0:56:94:0:0 chr11 7071031 . G A 1062.42 PASS AF=0.914634;AO=76;DP=82;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0107687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3599;QD=51.8255;RBI=0.0489371;REFB=0.0458458;REVB=-0.0477376;RO=6;SAF=38;SAR=38;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230174;STB=0.518851;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0159251;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:82:82:6:7:76:75:0.914634:38:38:4:2:38:37:5:2 chr11 7079038 . G A 3148.29 PASS AF=0.994975;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0578116;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.943;QD=63.2822;RBI=0.0579436;REFB=0.0308077;REVB=-0.0039084;RO=0;SAF=104;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502618;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-9.53114e-07;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:199:0:1:197:198:0.994975:93:104:0:0:95:103:0:1 chr11 7110363 . G A 859.96 PASS AF=0.416667;AO=95;DP=228;FAO=95;FDP=228;FR=.;FRO=133;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=75;FSRR=58;FWDB=0.00951181;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.221;QD=15.087;RBI=0.0129043;REFB=-0.00881346;REVB=-0.00872051;RO=133;SAF=62;SAR=33;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098454;STB=0.555139;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.016586;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:133:133:95:95:0.416667:33:62:75:58:33:62:75:58 chr11 7324475 . T C 1302.13 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.22;QD=62.0063;RBI=0.074648;REFB=0;REVB=0.013473;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77927e-05;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:43:39:0:0:43:41:0:0 chr11 7489819 . A C 262.71 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0536327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.4451;QD=15.0122;RBI=0.0600768;REFB=-0.017179;REVB=0.0270693;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199356;STB=0.619881;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0547353;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:11:19:17:22:11:19:17:23 chr11 7509566 . A T 612.61 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8433;QD=61.2613;RBI=0.087732;REFB=0;REVB=0.02006;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807312;OID=.;OPOS=7509566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr11 7509682 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.779;QD=44.6862;RBI=0.0308752;REFB=0;REVB=0.0308383;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121808;OID=.;OPOS=7509682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 7619518 . T C 701.1 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00566463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.225;QD=18.0929;RBI=0.0295063;REFB=-0.00266781;REVB=0.0289575;RO=81;SAF=35;SAR=39;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895064;STB=0.549474;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00305935;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:81:81:74:74:0.477419:39:35:46:35:39:35:46:35 chr11 7662732 . C T 281.89 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00643226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.172;QD=22.5514;RBI=0.00656393;REFB=-0.0279209;REVB=0.00130812;RO=23;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118587;STB=0.579597;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0157364;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:18:8:10:13:18:8:11:13 chr11 7670440 . A G 2102.64 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.655;QD=62.7654;RBI=0.025622;REFB=0;REVB=0.0219912;RO=0;SAF=67;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68444e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:67:67:0:0:67:67:0:0 chr11 7673015 . G A 607.52 PASS AF=0.544643;AO=53;DP=105;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00807881;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.528;QD=21.6971;RBI=0.0239204;REFB=-0.0298176;REVB=0.0225148;RO=51;SAF=32;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678633;STB=0.520517;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0247353;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:112:51:51:53:61:0.544643:21:32:27:24:26:35:27:24 chr11 7686602 . G GTGTT 157.86 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.010423;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=4;MLLD=314.246;QD=11.2757;RBI=0.0403801;REFB=-0.00345158;REVB=-0.0390117;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00721641;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:20:58:20:56:36:10:10:18:18:99:36:10:10:18:18 chr11 7686674 . T C 471.41 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0130344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0143;QD=15.98;RBI=0.02942;REFB=-0.0150607;REVB=0.026375;RO=63;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766622;STB=0.538447;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0144863;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:66:52:52:0.440678:24:28:29:34:24:28:31:35 chr11 7687715 . T C 436.2 PASS AF=0.401575;AO=50;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00704881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.339;QD=13.7386;RBI=0.00979429;REFB=-0.0175579;REVB=-0.00680018;RO=77;SAF=26;SAR=24;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422894;STB=0.53332;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0284027;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:76:50:51:0.401575:24:26:37:40:24:27:36:40 chr11 7710877 . C T 400.2 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0134778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.748;QD=15.8497;RBI=0.0134793;REFB=0.00576188;REVB=-0.000205736;RO=57;SAF=23;SAR=21;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390551;STB=0.521906;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00787996;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:21:23:32:25:21:23:32:25 chr11 7712471 . C T 390.25 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0143698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.425;QD=14.4536;RBI=0.0161489;REFB=-0.00499817;REVB=0.00736872;RO=63;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154049;STB=0.586749;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00765204;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:19:26:27:36:19:26:27:36 chr11 7716855 . T A 3221.91 PASS AF=0.990566;AO=210;DP=212;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=170;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0123385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8019;QD=60.7908;RBI=0.0711209;REFB=0.0329361;REVB=-0.0700425;RO=1;SAF=170;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027943;STB=0.502924;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00103472;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:212:212:1:2:210:210:0.990566:40:170:1:0:40:170:2:0 chr11 7717206 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00169654;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=254.152;QD=23.2183;RBI=0.00169654;REFB=0.010898;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405066;OID=.;OPOS=7717206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr11 7717212 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276861;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=266.289;QD=26.0262;RBI=0.0276861;REFB=-0.0110152;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260169;OID=.;OPOS=7717212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr11 7717214 . AAA GCC 54.48 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102366;FXX=0.142653;HRUN=25;LEN=3;MLLD=272.037;QD=36.3203;RBI=0.00102366;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.0867e-05;OID=.;OPOS=7717214;OREF=AAA;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 7717218 . AA AT,TT 187.68 PASS AF=0.875,0.125;AO=14,2;DP=16;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124737,0.017232;FXX=0;HRUN=25,25;LEN=1,2;MLLD=287.863,159.035;QD=46.9193;RBI=0.0955657,0.0918674;REFB=0,0;REVB=0.0947482,0.0902368;RO=0;SAF=10,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00407396,0.104654;OID=.,.;OPOS=7717219,7717218;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:16:16:0:0:14,2:14,2:0.875,0.125:4,0:10,2:0:0:4,0:10,2:0:0 chr11 7721870 . G A 3697.12 PASS AF=0.996;AO=240;DP=250;FAO=249;FDP=250;FR=.;FRO=1;FSAF=140;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6567;QD=59.154;RBI=0.123295;REFB=-0.179095;REVB=0.0704111;RO=8;SAF=134;SAR=106;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041535;STB=0.501779;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00625827;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:250:250:8:1:240:249:0.996:106:134:5:3:109:140:1:0 chr11 7727886 . C T 314.23 PASS AF=0.338983;AO=40;DP=119;FAO=40;FDP=118;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0386217;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.897;QD=10.6518;RBI=0.0387745;REFB=-0.000510119;REVB=-0.00343836;RO=78;SAF=16;SAR=24;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720898;STB=0.541646;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000908988;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:78:78:40:40:0.338983:24:16:36:42:24:16:36:42 chr11 7750373 . T A 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.0355786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0876;QD=18.6162;RBI=0.0356715;REFB=-0.0148017;REVB=-0.00257256;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231671;STB=0.628154;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0155933;OID=.;OPOS=7750373;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:20:21:34:11:20:21:34:11 chr11 7750623 . G A 657.16 PASS AF=0.440476;AO=69;DP=164;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=32;FWDB=-0.00829308;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.716;QD=15.6467;RBI=0.0192818;REFB=-0.0104918;REVB=-0.0174073;RO=84;SAF=42;SAR=27;SRF=57;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738502;STB=0.522815;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0163545;OID=.;OPOS=7750623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:84:94:69:74:0.440476:27:42:57:27:28:46:62:32 chr11 7817857 . G A 597.21 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.021154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.444;QD=17.9611;RBI=0.0217019;REFB=-0.00402767;REVB=-0.00484563;RO=71;SAF=29;SAR=33;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112782;STB=0.562465;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00383409;OID=.;OPOS=7817857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:33:29:25:46:33:29:25:46 chr11 7847208 . T C 344.69 PASS AF=0.5;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00599004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.036;QD=19.1496;RBI=0.0121793;REFB=0.000618373;REVB=-0.0106045;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188213;STB=0.583287;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000810826;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:33:36:36:36:0.5:15:21:12:21:15:21:15:21 chr11 7847466 . A G 415.07 PASS AF=1;AO=22;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.697;QD=57.2509;RBI=0.26617;REFB=0;REVB=0.00761463;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156952;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:22:29:1:18:4:0:0:18:11:0:0 chr11 7847472 . C T 117.98 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.031698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.003;QD=16.2736;RBI=0.0344645;REFB=-0.0214335;REVB=0.0135292;RO=15;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620656;STB=0.785249;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0130428;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:12:1:9:6:12:2:9:6 chr11 7871011 . A G,T 1898.21 PASS AF=0.937008,0.0629921;AO=115,7;DP=122;FAO=119,8;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65,5;FSAR=54,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741073,-0.00210315;FXX=0.0522349;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.5989,157.919;QD=59.7862;RBI=0.0266644,0.0100467;REFB=0,0;REVB=0.0256138,0.00982407;RO=0;SAF=62,4;SAR=53,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.19391e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0235956,0.0308806;OID=.,.;OPOS=7871011,7871011;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:122:127:0:0:115,7:119,8:0.937008,0.0629921:53,3:62,4:0:0:54,3:65,5:0:0 chr11 7871012 . T G 36.04 PASS AF=0.0820896;AO=10;DP=133;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=0.00605445;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.6512;QD=1.07569;RBI=0.0233443;REFB=-0.00292454;REVB=0.0225456;RO=123;SAF=5;SAR=5;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491897;STB=0.582063;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00481473;OID=.;OPOS=7871012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:133:134:123:123:10:11:0.0820896:5:5:67:56:6:5:67:56 chr11 7949350 . A G 797.3 PASS AF=0.491018;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.00834694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.87;QD=19.097;RBI=0.00840596;REFB=0.00405178;REVB=-0.000994309;RO=85;SAF=34;SAR=48;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128303;STB=0.57074;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00393589;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:85:85:82:82:0.491018:48:34:47:38:48:34:47:38 chr11 7950024 . A G 144.73 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0586388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.016;QD=15.6463;RBI=0.0586413;REFB=-0.00385218;REVB=-0.000547196;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044353;STB=0.525516;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00717124;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:14:7:6:10:14:7 chr11 7961130 . C T 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0440486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.613;QD=17.9428;RBI=0.0467758;REFB=-0.0188073;REVB=0.0157382;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549162;STB=0.530809;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0169234;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:18:10:12:17:18:10:12:17 chr11 8014479 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.929;QD=58.5869;RBI=0.00781362;REFB=0;REVB=-0.00448172;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29645e-05;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr11 8115699 . T C 578.7 PASS AF=0.491667;AO=61;DP=125;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.110327;FXX=0.0399968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.791;QD=19.2901;RBI=0.110329;REFB=-0.0509341;REVB=-0.000728189;RO=56;SAF=24;SAR=37;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140963;STB=0.59537;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0365209;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:120:56:61:61:59:0.491667:37:24:31:25:37:22:34:27 chr11 8123499 . G A 367.27 PASS AF=0.544118;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0109361;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.338;QD=21.6039;RBI=0.0109631;REFB=-0.0284316;REVB=-0.000768818;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140077;STB=0.589881;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0217113;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:31:34:37:0.544118:16:18:22:10:18:19:22:9 chr11 8127495 . T C 1705.28 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5641;QD=60.3638;RBI=0.0672187;REFB=0;REVB=-0.0651908;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249543;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chr11 8159892 . G T 419.95 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00147932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.073;QD=14.6069;RBI=0.0584528;REFB=-0.0197028;REVB=-0.0584341;RO=66;SAF=28;SAR=20;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711673;STB=0.536067;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0268143;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:67:48:48:0.417391:20:28:34:32:20:28:35:32 chr11 8284860 . G T 279.61 PASS AF=0.557692;AO=27;DP=49;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0198301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.147;QD=21.5081;RBI=0.0309145;REFB=-0.052266;REVB=0.0237165;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071558;STB=0.514883;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0405755;OID=.;OPOS=8284860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:19:23:27:29:0.557692:9:18:11:8:11:18:15:8 chr11 8435077 . CA TC 380.75 PASS AF=0.321918;AO=47;DP=148;FAO=47;FDP=146;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.00534563;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.801;QD=10.4315;RBI=0.0118465;REFB=-0.00477543;REVB=-0.0105718;RO=96;SAF=9;SAR=38;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363518;STB=0.7124;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0103109;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:96:99:47:47:0.321918:38:9:44:52:38:9:45:54 chr11 8486310 . C A 537.3 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.00212618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.935;QD=16.0387;RBI=0.0123954;REFB=-0.0386292;REVB=0.0122117;RO=76;SAF=38;SAR=20;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689085;STB=0.538619;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.045905;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:58:58:0.432836:20:38:45:31:20:38:45:31 chr11 8646670 . T G 258.68 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.000741295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5839;QD=11.7582;RBI=0.0634402;REFB=0.010697;REVB=-0.0634359;RO=57;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119613;STB=0.569332;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0262209;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:21:10:24:33:21:10:24:33 chr11 8646763 . G C 89.87 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=31;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00160993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.787;QD=10.8928;RBI=0.0310903;REFB=-0.0207663;REVB=0.0310486;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216493;STB=0.684578;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0386094;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:31:33:21:21:9:12:0.363636:7:2:8:13:10:2:8:13 chr11 8662088 . GAT ACG,GAC 30.24 PASS AF=0.2,0.3;AO=2,3;DP=10;FAO=2,3;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2,3;FSAR=0,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00301117,-0.00516789;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=3,1;MLLD=175.532,166.314;QD=12.0945;RBI=0.00301117,0.00516789;REFB=0.0456653,0.0464839;REVB=0,0;RO=5;SAF=2,3;SAR=0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0531229,-0.0475772;OID=.,.;OPOS=8662088,8662090;OREF=GAT,T;OALT=ACG,C;OMAPALT=ACG,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:10:10:5:5:2,3:2,3:0.2,0.3:0,0:2,3:5:0:0,0:2,3:5:0 chr11 8669609 . CAAAAC CAAAC,CAAACA 91.04 PASS AF=0.333333,0.0555556;AO=17,3;DP=54;FAO=18,3;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11,3;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.130843,-0.048168;FXX=0.0181785;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.2597,154.076;QD=6.74356;RBI=0.142861,0.0502961;REFB=-0.0732533,-0.000657669;REVB=0.057354,-0.0144758;RO=28;SAF=12,3;SAR=5,0;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.369,0.620269;STB=0.638558,0.997049;STBP=0.166,0.045;TYPE=del,mnp;VARB=0.112781,0.0473814;OID=.,.;OPOS=8669610,8669613;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=CAAAC,CAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0555556:17,3:54:18,3:54:33:11,3:7,0:13:20:76:28:12,3:5,0:10:18 chr11 8693405 . G A 1958.58 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.441;QD=60.7311;RBI=0.0286565;REFB=0.0795097;REVB=-0.0129427;RO=1;SAF=68;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693714;STB=0.503649;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00156223;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:127:128:0.992248:59:68:1:0:60:68:1:0 chr11 8705480 . T C 119.83 PASS AF=0.216216;AO=2;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0353254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.049;QD=12.9548;RBI=0.040866;REFB=0.0187173;REVB=-0.0205462;RO=8;SAF=0;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55315;STB=0.845217;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0221549;OID=.;OPOS=8705480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:37:37:8:17:2:8:0.216216:2:0:3:5:7:1:10:7 chr11 8707083 . G A 594.86 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00420365;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.514;QD=24.7858;RBI=0.0289983;REFB=-0.0195948;REVB=0.028692;RO=40;SAF=20;SAR=34;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245226;STB=0.526907;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0144398;OID=.;OPOS=8707083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:42:54:54:0.5625:34:20:16:24:34:20:18:24 chr11 8707233 . C T 334.04 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0334186;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9517;QD=13.7748;RBI=0.0377264;REFB=-0.0113415;REVB=0.0175067;RO=55;SAF=18;SAR=19;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119446;STB=0.559723;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0143237;OID=.;OPOS=8707233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:55:60:37:37:0.381443:19:18:33:22:19:18:35:25 chr11 8707326 . TG T,TT 32.23 PASS AF=0.208955,0.0149254;AO=17,3;DP=65;FAO=14,1;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=8,1;FSAR=6,0;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0198842,0.0351883;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.94366,21.3205;QD=1.92434;RBI=0.219185,0.0433748;REFB=-0.0838114,-0.0388282;REVB=-0.218281,0.0253606;RO=32;SAF=4,3;SAR=13,0;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.436159,0.489913;STB=0.541425,0.989641;STBP=0.713,0.478;TYPE=del,snp;VARB=0.0268044,-0.028001;OID=.,.;OPOS=8707327,8707327;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208955,0.0149254:17,3:65:14,1:67:52:8,1:6,0:27:25:26:32:4,3:13,0:20:12 chr11 8717003 . C T 273.94 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0404148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.389;QD=17.6733;RBI=0.0417419;REFB=-0.0183192;REVB=-0.010442;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144323;STB=0.580593;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0182998;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:21:11:15:15:21:11 chr11 8751640 . G C 215.09 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0403719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5826;QD=22.6405;RBI=0.0470397;REFB=-0.0245522;REVB=0.0241421;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574418;STB=0.504583;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0140699;OID=.;OPOS=8751640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:6:14:12:5:6:15:12:5 chr11 8788168 . A T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.536;QD=59.8551;RBI=0.017241;REFB=0;REVB=0.000551176;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73836e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr11 8788225 . A C 829.95 PASS AF=1;AO=45;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435138;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.412;QD=57.238;RBI=0.0538775;REFB=0;REVB=0.03177;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409763;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:58:0:0:45:58:1:19:26:0:0:24:34:0:0 chr11 8866808 . C G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0158544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1053;QD=14.7661;RBI=0.0247402;REFB=-0.0026533;REVB=-0.0189925;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991445;STB=0.556476;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00577948;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:16:9:15:18:16:9:15:18 chr11 8938934 . C T 225.09 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0847581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1463;QD=15.2605;RBI=0.0863393;REFB=-0.00123624;REVB=-0.0164478;RO=33;SAF=19;SAR=7;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511193;STB=0.786644;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0036857;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:7:19:6:27:7:19:6:27 chr11 8942015 . A G 154.69 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0116286;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.7182;QD=16.2835;RBI=0.0149184;REFB=0.00184897;REVB=-0.00934524;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162584;STB=0.610034;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00284177;OID=.;OPOS=8942015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:5:12:11:9:5:12:11:10 chr11 8942942 . C T 713.49 PASS AF=0.442529;AO=77;DP=174;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.00299132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.229;QD=16.402;RBI=0.00835782;REFB=-0.0167142;REVB=0.00780418;RO=96;SAF=34;SAR=43;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110168;STB=0.558426;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0208711;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:96:97:77:77:0.442529:43:34:53:43:43:34:53:44 chr11 8942999 . G A 2663.92 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045405;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.9;QD=62.314;RBI=0.0454099;REFB=0;REVB=-0.000665356;RO=0;SAF=75;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116529;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:171:0:0:166:171:1:91:75:0:0:91:80:0:0 chr11 8947021 . A G 152.36 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5948;QD=40.6302;RBI=0.0971074;REFB=0.0037589;REVB=-0.0817572;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179609;STB=0.599839;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00276523;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:12:2:1:0:12:2:1:0 chr11 8947179 . G A 360.83 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00855097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.891;QD=17.6015;RBI=0.00986167;REFB=-0.0250363;REVB=-0.00491259;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267692;STB=0.510304;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0268414;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:44:37:38:0.463415:17:20:21:20:18:20:24:20 chr11 8947283 . G C 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0269898;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7956;QD=17.7376;RBI=0.03204;REFB=-0.0270269;REVB=0.0172658;RO=51;SAF=24;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279891;STB=0.50476;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0315373;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:51:50:42:42:0.456522:18:24:29:22:18:24:29:21 chr11 8948680 . A T 293.13 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.0288837;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9329;QD=16.993;RBI=0.0302847;REFB=0.0185975;REVB=-0.00910454;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175307;STB=0.597389;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.024086;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:21:11:7:30:21:11:7:30 chr11 8959370 . G A 611.92 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00209176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.24;QD=25.765;RBI=0.0101658;REFB=-0.0166007;REVB=0.00994826;RO=39;SAF=37;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130761;STB=0.578096;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0152298;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:40:55:55:0.578947:18:37:20:19:18:37:20:20 chr11 8959511 . T G 318.72 PASS AF=0.75;AO=26;DP=37;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0134363;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.956;QD=35.4128;RBI=0.0169321;REFB=-0.0642075;REVB=-0.0103034;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.636267;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00339903;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:37:36:0:9:26:27:0.75:12:14:0:0:12:15:0:9 chr11 8959545 . C A 227.04 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0237452;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8127;QD=19.7422;RBI=0.023819;REFB=0.00243858;REVB=0.00187315;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046491;STB=0.526292;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00190353;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:11:13:13:9:11:13 chr11 8968878 . GAGGACAT G 54.12 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0136098;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=347.035;QD=8.32659;RBI=0.0234848;REFB=-0.0087557;REVB=0.0191392;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616073;STB=0.889991;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0175694;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:7:26:8:26:18:1:7:13:5:54:18:1:6:13:5 chr11 9005036 . T A 1766.79 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.455;QD=60.9237;RBI=0.0226366;REFB=0;REVB=-0.000606836;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65724e-06;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:56:60:0:0:56:60:0:0 chr11 9045960 . T A 983.33 PASS AF=0.510638;AO=96;DP=186;FAO=96;FDP=188;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0213141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.196;QD=20.9218;RBI=0.021321;REFB=-0.0142479;REVB=0.000542574;RO=90;SAF=49;SAR=47;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679738;STB=0.531659;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0112503;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:90:92:96:96:0.510638:47:49:39:51:47:49:41:51 chr11 9052423 . A C 850.67 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.124;QD=57.6723;RBI=0.120415;REFB=0;REVB=0.0188667;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237692;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr11 9069046 . G A 458.78 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0484261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.628;QD=16.9917;RBI=0.0591465;REFB=-0.0133215;REVB=0.0339591;RO=58;SAF=26;SAR=24;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030674;STB=0.517081;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0125277;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:24:26:32:26:24:26:32:26 chr11 9225486 . C G 604.59 PASS AF=0.574257;AO=57;DP=100;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0089209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.608;QD=23.9442;RBI=0.0251573;REFB=-0.0260754;REVB=-0.0235225;RO=43;SAF=30;SAR=27;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620155;STB=0.530131;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.02156;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:43:43:57:58:0.574257:27:30:26:17:27:31:26:17 chr11 9228785 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0977085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0255;QD=13.3354;RBI=0.0977157;REFB=-0.0192859;REVB=0.00118454;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18229;STB=0.606996;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0342257;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:12:12:10:5:12:12 chr11 9316937 . G A 1335.08 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.824;QD=62.0968;RBI=0.0268902;REFB=0;REVB=0.0258892;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38507e-05;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:57:27:0:0:58:28:0:0 chr11 9406349 . T C 1928.11 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493142;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.61;QD=61.6996;RBI=0.0523749;REFB=0;REVB=0.0176418;RO=0;SAF=46;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3589e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:77:46:0:0:77:48:0:0 chr11 9537904 . G C 167.14 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0180516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.235;QD=15.5478;RBI=0.0197623;REFB=-0.00746311;REVB=-0.0080427;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.581307;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0105218;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:9:9:15:9:9:9:16:9 chr11 9607032 . A G 624.08 PASS AF=0.439189;AO=64;DP=148;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0552113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1279;QD=16.867;RBI=0.0859396;REFB=-0.00942818;REVB=-0.0658584;RO=83;SAF=32;SAR=32;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548253;STB=0.53468;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0103603;OID=.;OPOS=9607032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:83:83:64:65:0.439189:32:32:46:37:33:32:46:37 chr11 9769483 . C T 282.68 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00561018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2861;QD=15.0763;RBI=0.00788025;REFB=-0.0297606;REVB=-0.00553392;RO=43;SAF=11;SAR=21;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308119;STB=0.673967;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0432825;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:21:11:28:15:21:11:28:15 chr11 9771886 . TCAAAA T 46.68 PASS AF=0.28;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00967596;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=5;MLLD=212.313;QD=7.46862;RBI=0.0321639;REFB=-0.0154687;REVB=0.030674;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.590651;STBP=0.574;TYPE=del;VARB=0.0376993;OID=.;OPOS=9771887;OREF=CAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:22:7:25:18:3:4:10:8:46:8:3:4:5:3 chr11 10521764 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.584;QD=60.5465;RBI=0.0145895;REFB=0;REVB=-0.0126017;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38569e-05;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr11 10555589 . A G 2279.61 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177645;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5005;QD=62.8857;RBI=0.0186777;REFB=-0.0526997;REVB=-0.00576892;RO=1;SAF=87;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543507;STB=0.502857;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00344756;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:57:87:1:0:57:87:1:0 chr11 10597081 . G A 2199.65 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130434;FXX=0.0482725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.35;QD=63.7579;RBI=0.0282932;REFB=0;REVB=0.0251072;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216826;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:135:138:1:62:73:0:0:64:74:0:0 chr11 10597878 . C A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00470337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.952;QD=13.4908;RBI=0.0103716;REFB=0.00486674;REVB=-0.00924386;RO=44;SAF=21;SAR=9;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760821;STB=0.54816;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00672252;OID=.;OPOS=10597878;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:44:46:30:30:0.394737:9:21:28:16:9:21:29:17 chr11 10647702 . G A 3518.49 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.902;QD=62.5509;RBI=0.0400413;REFB=0;REVB=0.00710907;RO=0;SAF=92;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36174e-05;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:216:225:0:0:215:225:1:123:92:0:0:125:100:0:0 chr11 10650329 . C T 777.35 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0311313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0396;QD=53.6103;RBI=0.0863354;REFB=-0.125884;REVB=0.0805273;RO=2;SAF=43;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026838;STB=0.505745;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00776278;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:58:2:1:55:57:0.982759:12:43:1:1:14:43:1:0 chr11 10655609 . C T 1459.76 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625453;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5464;QD=63.4676;RBI=0.0651371;REFB=0;REVB=-0.0181916;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117081;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr11 10673739 . T C,G 5285.36 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=297,45;DP=344;FAO=299,46;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=102,45;FSAR=197,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151047,-0.0242554;FXX=0.00576352;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.354,83.3941;QD=61.2795;RBI=0.0156117,0.0425458;REFB=-0.0981646,-0.0484565;REVB=0.0039461,-0.0349546;RO=2;SAF=102,44;SAR=195,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00925811,-0.0208899;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00229395,0.0379275;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:344:345:2:0:297,45:299,46:0.866667,0.133333:195,1:102,44:2:0:197,1:102,45:0:0 chr11 10715124 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.218;QD=59.1432;RBI=0.0599678;REFB=0;REVB=0.0550746;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56199e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr11 10786142 . C T 1731.08 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3529;QD=60.7396;RBI=0.0273892;REFB=0;REVB=0.0226367;RO=0;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195565;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:51:63:0:0:51:63:0:0 chr11 10822350 . C T 2556.47 PASS AF=1;AO=163;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00798447;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.032;QD=61.6017;RBI=0.0138038;REFB=0;REVB=0.0112602;RO=0;SAF=79;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.36235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27327e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:163:166:1:84:79:0:0:86:80:0:0 chr11 10823079 . T C 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.037;QD=59.3199;RBI=0.0258903;REFB=0;REVB=0.0252672;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84778e-05;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr11 10828361 . C A 1336.79 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773675;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3415;QD=62.1762;RBI=0.0780811;REFB=0;REVB=0.0105318;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630961;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:1:0:85:86:1:48:37:0:1:49:37:0:0 chr11 10876545 . C T 327.69 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0373304;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.75;QD=21.488;RBI=0.0397551;REFB=-0.0110612;REVB=0.0136714;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136876;STB=0.566852;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0153941;OID=.;OPOS=10876545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:33:34:0.557377:19:14:16:11:19:15:16:11 chr11 11373508 . T C 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1977;QD=62.3437;RBI=0.0123836;REFB=0;REVB=0.0114579;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213781;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr11 11373587 . A G 1878.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.365;QD=61.5789;RBI=0.0355193;REFB=0;REVB=0.0166532;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59049e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:122:0:0:118:122:1:62:56:0:0:62:60:0:0 chr11 11373635 . C T 2221.02 PASS AF=0.980263;AO=149;DP=153;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00300308;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.759;QD=58.448;RBI=0.0091708;REFB=-0.109908;REVB=0.00866517;RO=3;SAF=89;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102741;STB=0.505403;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00165271;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:152:3:3:149:149:0.980263:60:89:1:2:60:89:1:2 chr11 11373808 . T G 2331.22 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.793;QD=63.869;RBI=0.0383751;REFB=0;REVB=-0.0279707;RO=0;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0346e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:73:73:0:0:73:73:0:0 chr11 11373925 . A C 1932.5 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0381844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4257;QD=59.0077;RBI=0.0650879;REFB=-0.0915437;REVB=-0.0527104;RO=2;SAF=78;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335538;STB=0.501379;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00180798;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:2:3:128:128:0.977099:50:78:1:1:50:78:2:1 chr11 11373960 . C T 720.68 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.0250645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6629;QD=20.0188;RBI=0.0401281;REFB=-0.0191461;REVB=-0.0313374;RO=73;SAF=39;SAR=32;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757171;STB=0.541713;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0118124;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:73:73:71:71:0.493056:32:39:46:27:32:39:46:27 chr11 11374016 . T A 2897.77 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.188;QD=62.9949;RBI=0.0280486;REFB=0;REVB=-0.00851719;RO=0;SAF=105;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15984e-06;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:184:0:0:180:184:1:75:105:0:0:77:107:0:0 chr11 11374269 . A G 734.27 PASS AF=0.412371;AO=80;DP=194;FAO=80;FDP=194;FR=.;FRO=114;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=80;FSRR=34;FWDB=0.0315686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.758;QD=15.1397;RBI=0.031685;REFB=-0.0115409;REVB=-0.00271301;RO=112;SAF=50;SAR=30;SRF=78;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081481;STB=0.549284;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0157204;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:112:114:80:80:0.412371:30:50:78:34:30:50:80:34 chr11 11374283 . T G 2962.48 PASS AF=0.966019;AO=198;DP=209;FAO=199;FDP=206;FR=.;FRO=7;FSAF=135;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0210134;FXX=0.0143534;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.205;QD=57.5238;RBI=0.021413;REFB=-0.0438618;REVB=-0.00411743;RO=6;SAF=134;SAR=64;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000645966;STB=0.501399;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-6.30798e-05;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:209:206:6:7:198:199:0.966019:64:134:4:2:64:135:5:2 chr11 11913585 . G T 1954.99 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121699;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.888;QD=61.0934;RBI=0.0139411;REFB=0.00111423;REVB=-0.00680058;RO=1;SAF=54;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871838;STB=0.504586;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=2.13873e-06;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:73:54:1:0:73:54:1:0 chr11 11976628 . G A 2047.39 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0785651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6281;QD=61.5756;RBI=0.0861798;REFB=-0.122976;REVB=-0.0354186;RO=0;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92737e-08;STB=0.503999;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00129065;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:0:1:131:132:0.992481:70:61:0:0:70:62:1:0 chr11 11986026 . T C 496.15 PASS AF=0.403846;AO=35;DP=107;FAO=42;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00372677;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.099;QD=19.0828;RBI=0.00505336;REFB=-0.0155036;REVB=0.00341285;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036254;STB=0.610635;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0233755;OID=.;OPOS=11986026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:46:51:35:42:0.403846:18:17:24:22:25:17:31:20 chr11 11986061 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.293;QD=62.3139;RBI=0.0453196;REFB=0;REVB=0.00124645;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94293e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:86:0:0:78:86:1:41:37:0:0:44:42:0:0 chr11 12023773 . C A 458.59 PASS AF=0.289256;AO=33;DP=116;FAO=35;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.000279662;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.6;QD=15.1601;RBI=0.00191082;REFB=-0.00630604;REVB=-0.00189024;RO=60;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103917;STB=0.566891;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0177436;OID=.;OPOS=12023773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:121:60:68:33:35:0.289256:14:19:29:31:14:21:34:34 chr11 12225946 . T G 355.35 PASS AF=0.362903;AO=36;DP=115;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00478099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.444;QD=11.4629;RBI=0.0206195;REFB=-0.0265155;REVB=0.0200576;RO=78;SAF=25;SAR=11;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293519;STB=0.606889;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0435933;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:124:78:79:36:45:0.362903:11:25:35:43:17:28:36:43 chr11 12229655 . T G 1014.57 PASS AF=0.447257;AO=106;DP=239;FAO=106;FDP=237;FR=.;FRO=131;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=73;FSRR=58;FWDB=-0.00328758;FXX=0.00836785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.917;QD=17.1235;RBI=0.0192173;REFB=-0.0238036;REVB=-0.018934;RO=131;SAF=65;SAR=41;SRF=73;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578575;STB=0.53212;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0233337;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:237:131:131:106:106:0.447257:41:65:73:58:41:65:73:58 chr11 12246233 . G C 423.56 PASS AF=0.398374;AO=50;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0185546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4721;QD=13.7743;RBI=0.0204395;REFB=-0.00215863;REVB=-0.00857327;RO=70;SAF=22;SAR=28;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576198;STB=0.51428;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00120877;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:74:50:49:0.398374:28:22:27:43:28:21:30:44 chr11 12265542 . A G 820.47 PASS AF=0.575758;AO=76;DP=132;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0180002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.942;QD=24.8627;RBI=0.0180972;REFB=-0.0174239;REVB=-0.00187175;RO=55;SAF=37;SAR=39;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671719;STB=0.539974;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0114983;OID=.;OPOS=12265542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:55:56:76:76:0.575758:39:37:22:33:39:37:22:34 chr11 12285090 . C T 308.32 PASS AF=0.492537;AO=30;DP=64;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0185062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.408;QD=18.4073;RBI=0.0233356;REFB=-0.0256926;REVB=0.0142151;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129604;STB=0.567527;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0235023;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:33:34:30:33:0.492537:14:16:13:20:15:18:14:20 chr11 12285297 . A T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0214405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.88;QD=19.1805;RBI=0.0216832;REFB=-0.0257539;REVB=-0.00323469;RO=11;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437477;STB=0.758972;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0118396;OID=.;OPOS=12285297;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:12:1:4:7:12:1:4:7 chr11 12315186 . G A 432.14 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=-0.0157675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.829;QD=17.8204;RBI=0.0289194;REFB=-0.0131111;REVB=-0.0242429;RO=52;SAF=9;SAR=35;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645357;STB=0.532856;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.024235;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:35:9:13:39:35:9:13:40 chr11 12315407 . G C 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0305545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7185;QD=55.0088;RBI=0.0448935;REFB=-0.0842486;REVB=0.0328914;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00366696;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:8:24:0:0:8:24:1:0 chr11 12315716 . C T 357.48 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0319902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.618;QD=49.3069;RBI=0.039031;REFB=-0.0476753;REVB=0.0223616;RO=2;SAF=18;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00349673;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:9:18:2:0:9:18:2:0 chr11 12315848 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0279535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6013;QD=15.8816;RBI=0.0285986;REFB=-0.0521059;REVB=0.00604029;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0235823;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:6:4:3:7:6:4 chr11 12315891 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.131;QD=56.1912;RBI=0.0548926;REFB=0;REVB=0.00578801;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209708;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 12315915 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0146194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.782;QD=17.9561;RBI=0.023573;REFB=-0.0189335;REVB=-0.0184921;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796379;STB=0.545398;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0238326;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:10:7:8:8:10:7 chr11 12534707 . G A 724.82 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0116213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.846;QD=59.1687;RBI=0.0199495;REFB=-0.0497784;REVB=0.016215;RO=2;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721052;STB=0.535699;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00183769;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:46:47:0.959184:12:34:0:2:13:34:0:2 chr11 12901385 . C CG,G 44.63 PASS AF=0.346154,0;AO=7,2;DP=28;FAO=9,0;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0405544,-0.0126803;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=9.95132,28.9997;QD=6.86568;RBI=0.0647229,0.0736928;REFB=-0.0936779,-0.0216047;REVB=-0.050442,0.0725937;RO=17;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.447664,0.626525;STB=0.699569,0.5;STBP=0.16,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.1059,0;OID=.,.;OPOS=12901386,12901385;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:26:17:17:7,2:9,0:0.346154,0:2,0:5,2:5:12:3,0:6,0:6:11 chr11 12903443 . C T 1080.41 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.749;QD=60.0228;RBI=0.0273391;REFB=0;REVB=0.0131737;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00742e-05;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr11 13398129 . T A 1712.19 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.819;QD=60.6087;RBI=0.065176;REFB=0;REVB=0.0633483;RO=0;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12565e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:47:64:0:0:49:64:0:0 chr11 13929046 . T A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.913;QD=59.0187;RBI=0.0232648;REFB=0;REVB=-0.0222614;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83385e-05;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 14101493 . G GC 781.95 PASS AF=0.988506;AO=78;DP=92;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195327;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.4538;QD=35.9515;RBI=0.0869671;REFB=-0.024311;REVB=0.0847452;RO=10;SAF=46;SAR=32;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197725;STB=0.506848;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.0045888;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988506:78:92:86:87:1:50:36:0:1:12:10:46:32:5:5 chr11 14264916 . A G 1525.12 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5892;QD=59.8086;RBI=0.0669168;REFB=0;REVB=0.0127597;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295929;OID=.;OPOS=14264916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr11 14991539 . T C 3171.04 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.061;QD=64.0615;RBI=0.0342712;REFB=0;REVB=-0.0282966;RO=0;SAF=119;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014549;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:79:119:0:0:79:119:0:0 chr11 15199957 . T C 785.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3594;QD=57.1223;RBI=0.0697902;REFB=0;REVB=0.0482777;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719671;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:26:29:0:0 chr11 15992319 . A C 979.17 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.45;QD=58.4579;RBI=0.0337458;REFB=0;REVB=-0.0132314;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125064;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:36:28:0:0:36:31:0:0 chr11 16133413 . A G 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.902;QD=60.4469;RBI=0.0585792;REFB=0;REVB=0.0460882;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56647e-05;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:60:51:0:0:60:51:0:0 chr11 16872822 . C G 383.98 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0118689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7481;QD=17.6541;RBI=0.012718;REFB=0.00435951;REVB=0.00456905;RO=47;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448708;STB=0.525075;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00783928;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:18:22:28:19:18:22:28:19 chr11 17035718 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0467;QD=37.4884;RBI=0.0367202;REFB=0;REVB=0.0104756;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863865;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 17096211 . A G 253.84 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0294222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3838;QD=21.6031;RBI=0.110901;REFB=0.0131188;REVB=0.106927;RO=22;SAF=22;SAR=2;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214774;STB=0.616708;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.011357;OID=.;OPOS=17096211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:2:22:18:4:2:22:19:4 chr11 17108868 . ACT A 182.86 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=74;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00759604;FXX=0.133316;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.809;QD=11.2526;RBI=0.00769527;REFB=0.00374407;REVB=-0.00123183;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717298;STB=0.542359;STBP=0.625;TYPE=del;VARB=-0.00834992;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353846:22:74:23:65:42:10:13:21:21:99:38:9:13:18:20 chr11 17172133 . T C 1574.83 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063892;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.357;QD=59.9935;RBI=0.0718565;REFB=0;REVB=0.0328812;RO=0;SAF=76;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225569;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:29:76:0:0:29:76:0:0 chr11 17191019 . A G 263.54 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0227401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6223;QD=17.5693;RBI=0.0239005;REFB=0.0155996;REVB=0.00735678;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186836;STB=0.604794;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0136337;OID=.;OPOS=17191019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:11:18:13:18:11:18:13:18 chr11 17333663 . G A 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4438;QD=59.0081;RBI=0.044851;REFB=0;REVB=0.040146;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105468;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr11 17339127 . T C 199.92 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00723234;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.097;QD=13.554;RBI=0.00820123;REFB=-0.0109232;REVB=0.00386697;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243208;STB=0.502261;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0146275;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:9:15:22:12:9:15:22:13 chr11 17393644 . A G 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.0177196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0176;QD=9.70512;RBI=0.0261745;REFB=-0.0158875;REVB=-0.0192645;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27794;STB=0.666508;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.03593;OID=.;OPOS=17393644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:8:10:29:8:8:10:30:8 chr11 17408404 . C T 445.13 PASS AF=0.45;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00915485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.308;QD=17.8053;RBI=0.0344668;REFB=-0.00720231;REVB=-0.0332287;RO=52;SAF=31;SAR=14;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229247;STB=0.634947;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00681853;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:55:45:45:0.45:14:31:24:28:14:31:25:30 chr11 17408630 . C T 465.33 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00798939;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.102;QD=18.801;RBI=0.0689969;REFB=-0.0180045;REVB=-0.0685328;RO=50;SAF=26;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801979;STB=0.538147;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0165094;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:50:52:46:47:0.474747:20:26:24:26:21:26:25:27 chr11 17409572 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0110313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.755;QD=19.0768;RBI=0.0223396;REFB=-0.0329209;REVB=0.019426;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101147;STB=0.551038;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0327673;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:25:13:17:21:25:13:17:22 chr11 17418477 . C A 250.27 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0298068;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4656;QD=14.3009;RBI=0.0405839;REFB=-0.0116561;REVB=-0.0275429;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102264;STB=0.558169;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0182989;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:12:17:20:21:12:17:20:21 chr11 17419279 . C T 295.63 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0157076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.521;QD=12.9946;RBI=0.0179658;REFB=-0.0138437;REVB=-0.00872006;RO=57;SAF=17;SAR=17;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086447;STB=0.549422;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0267223;OID=.;OPOS=17419279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:17:17:33:24:17:17:33:24 chr11 17449929 . C T 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0252596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.305;QD=19.1553;RBI=0.0261484;REFB=0.0024188;REVB=0.0067595;RO=23;SAF=16;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127965;STB=0.572929;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00248479;OID=.;OPOS=17449929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:5:16:15:8:5:16:15:8 chr11 17452492 . G A 949.12 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024608;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.318;QD=58.4075;RBI=0.0276174;REFB=0;REVB=0.0275075;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724441;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:33:32:0:0 chr11 17542439 . T C 422.15 PASS AF=0.463158;AO=40;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0116003;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.322;QD=17.7747;RBI=0.053384;REFB=-0.0007602;REVB=0.0521084;RO=42;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697299;STB=0.538444;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000995663;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:42:51:40:44:0.463158:17:23:21:21:21:23:23:28 chr11 17579783 . C A 653.68 PASS AF=0.532787;AO=63;DP=120;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00672411;FXX=0.0239981;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.233;QD=21.4323;RBI=0.00733506;REFB=-0.0218108;REVB=0.00293079;RO=55;SAF=18;SAR=45;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267885;STB=0.634869;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0342354;OID=.;OPOS=17579783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:55:57:63:65:0.532787:45:18:32:23:46:19:32:25 chr11 17593709 . T C 2285.58 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.788;QD=60.1468;RBI=0.0275044;REFB=-0.0086676;REVB=0.00505192;RO=1;SAF=85;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726142;STB=0.503759;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=3.62392e-05;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:152:1:1:150:151:0.993421:65:85:0:1:66:85:0:1 chr11 17596313 . G A 2717.24 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.864;QD=62.1084;RBI=0.0229292;REFB=0;REVB=0.0172022;RO=0;SAF=116;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5082e-05;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:175:0:0:171:175:1:55:116:0:0:55:120:0:0 chr11 17598187 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.157;QD=54.5155;RBI=0.0220616;REFB=0;REVB=-0.0106341;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08334e-05;OID=.;OPOS=17598187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr11 17600033 . G A,C 2895.11 PASS AF=0.915423,0.0646766;AO=179,14;DP=195;FAO=184,13;FDP=201;FR=.;FRO=4;FSAF=94,12;FSAR=90,1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0541511,0.0210034;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.6227,34.2638;QD=57.6142;RBI=0.0821747,0.0300355;REFB=-0.0646774,-0.0180831;REVB=0.0618089,0.0214707;RO=2;SAF=91,12;SAR=88,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0103469,-0.069999;STB=0.500231,0.719563;STBP=0.906,0.051;TYPE=snp,snp;VARB=0.00474919,0.14287;OID=.,.;OPOS=17600033,17600033;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:195:201:2:4:179,14:184,13:0.915423,0.0646766:88,2:91,12:2:0:90,1:94,12:2:2 chr11 17615203 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.386;QD=60.0309;RBI=0.0426105;REFB=0;REVB=0.042511;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21074e-05;OID=.;OPOS=17615203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr11 17627613 . G C 1419.69 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.23;QD=61.7256;RBI=0.0663517;REFB=0;REVB=0.0536476;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56434e-05;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:92:0:0:84:92:1:37:47:0:0:43:49:0:0 chr11 17631751 . C T 1131.62 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0736836;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.4014;QD=54.536;RBI=0.0811371;REFB=-0.168687;REVB=0.03397;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.511138;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0059661;OID=.;OPOS=17631751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:84:83:0:5:78:78:0.939759:49:29:0:0:49:29:1:4 chr11 17632651 . C T 1739.84 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465926;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2815;QD=61.0472;RBI=0.0466791;REFB=0;REVB=0.00284132;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856513;OID=.;OPOS=17632651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:114:0:0:113:114:1:60:53:0:0:60:54:0:0 chr11 17655736 . GCCCCA GCCCA,GCCCAC 55.02 PASS AF=0.22093,0.0232558;AO=21,4;DP=87;FAO=19,2;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=18,2;FSAR=1,0;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.146576,-0.0268126;FXX=0.0337041;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.6183,95.621;QD=2.55926;RBI=0.190664,0.0400902;REFB=-0.0944077,-0.00113422;REVB=0.121934,-0.0298045;RO=53;SAF=21,2;SAR=0,2;SRF=34;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.772084,-0.147078;STB=0.883556,0.993656;STBP=0.002,0.2;TYPE=del,mnp;VARB=0.126719,0.108053;OID=.,.;OPOS=17655737,17655740;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCA,GCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22093,0.0232558:21,4:87:19,2:86:65:18,2:1,0:41:24:39:53:21,2:0,2:34:19 chr11 17656686 . C T 1057.34 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0905619;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9163;QD=57.1536;RBI=0.090647;REFB=-0.0641085;REVB=0.0039265;RO=2;SAF=39;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236348;STB=0.512497;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00879333;OID=.;OPOS=17656686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:72:72:0.972973:33:39:2:0:33:39:2:0 chr11 17663444 . C T 499.75 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00608457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.073;QD=18.3394;RBI=0.0108971;REFB=-0.0289808;REVB=0.00904021;RO=56;SAF=34;SAR=19;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152539;STB=0.584704;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0397904;OID=.;OPOS=17663444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:19:34:27:29:19:34:27:29 chr11 17663742 . G C 833.63 PASS AF=0.518519;AO=84;DP=162;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=18;FWDB=0.0450352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.954;QD=20.5833;RBI=0.0635935;REFB=-0.050379;REVB=-0.0448995;RO=78;SAF=55;SAR=29;SRF=60;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115993;STB=0.56333;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0487504;OID=.;OPOS=17663742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:78:78:84:84:0.518519:29:55:60:18:29:55:60:18 chr11 17981047 . C T 1419.65 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000318752;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.044;QD=63.0954;RBI=0.0109724;REFB=0;REVB=-0.0109677;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51928e-05;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr11 18041193 . AAGT A 117.27 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00260933;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=3;MLLD=145.592;QD=12.344;RBI=0.0155302;REFB=-0.00676932;REVB=0.0153095;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174965;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=del;VARB=0.00735616;OID=.;OPOS=18041194;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:17:40:17:38:21:7:10:12:9:99:22:7:10:13:9 chr11 18159169 . A G 1965.48 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.036;QD=61.4212;RBI=0.0165503;REFB=0;REVB=-0.0102544;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670149;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:128:0:0:124:128:1:55:69:0:0:58:70:0:0 chr11 18159254 . A G 1898.99 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.175;QD=60.7677;RBI=0.0405436;REFB=0.00438611;REVB=-0.0384509;RO=1;SAF=66;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071447;STB=0.503759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00011769;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:58:66:1:0:58:66:1:0 chr11 18194944 . T A 1576.99 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.981;QD=63.7169;RBI=0.0342354;REFB=0;REVB=0.0180882;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44782e-06;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:51:48:0:0 chr11 18195051 . T C 1422.05 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0294974;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.165;QD=61.8283;RBI=0.047335;REFB=-0.159378;REVB=0.0370203;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00053686;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:92:0:1:89:91:0.98913:43:46:0:0:45:46:0:1 chr11 18210580 . C T 976.02 PASS AF=0.972973;AO=66;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0541058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8151;QD=52.7576;RBI=0.155803;REFB=-0.133626;REVB=0.146106;RO=2;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269815;STB=0.512192;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00432196;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:74:2:2:66:72:0.972973:34:32:0:2:40:32:0:2 chr11 18231749 . T G 670.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4788;QD=62.3402;RBI=0.0320637;REFB=0;REVB=0.0280308;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624844;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr11 18253176 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.879;QD=56.7051;RBI=0.0121519;REFB=0;REVB=-0.00597005;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67516e-05;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 18267027 . C T 1422.78 PASS AF=0.959184;AO=92;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00287626;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.489;QD=58.0727;RBI=0.0223004;REFB=-0.214414;REVB=0.0221142;RO=4;SAF=49;SAR=43;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172463;STB=0.508946;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00343211;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:98:98:4:4:92:94:0.959184:43:49:3:1:44:50:3:1 chr11 18267463 . A G 55.1 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0313684;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3589;QD=2.82539;RBI=0.0360802;REFB=-0.00979705;REVB=-0.0178272;RO=65;SAF=8;SAR=3;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209473;STB=0.637268;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0729948;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:79:78:65:67:11:11:0.141026:3:8:37:28:3:8:39:28 chr11 18267471 . A G 356.35 PASS AF=0.5;AO=35;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00314673;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.041;QD=19.2621;RBI=0.0221299;REFB=-0.0139479;REVB=-0.021905;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993563;STB=0.554223;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0335299;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:35:37:0.5:17:18:23:14:18:19:23:14 chr11 18267597 . T TGGAAA 199.49 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00331318;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=5;MLLD=126.402;QD=34.6932;RBI=0.00526982;REFB=-0.0452575;REVB=0.00409803;RO=5;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390915;STB=0.521449;STBP=0.764;TYPE=ins;VARB=0.0101424;OID=.;OPOS=18267598;OREF=-;OALT=GGAAA;OMAPALT=TGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.782609:18:23:18:23:5:13:5:4:1:28:5:13:5:4:1 chr11 18301129 . AG GA 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00249798;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.549;QD=12.7914;RBI=0.0218757;REFB=-0.0133259;REVB=0.0217326;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240982;STB=0.639168;STBP=0.236;TYPE=mnp;VARB=0.0285277;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:18:5:6:8:18:5 chr11 18327684 . G T 686.44 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.741;QD=62.4037;RBI=0.0401356;REFB=0;REVB=0.0188052;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147398;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:17:27:0:0 chr11 18333436 . A T 227.26 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0113424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.03;QD=15.673;RBI=0.0189264;REFB=-0.0136249;REVB=0.0151512;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289126;STB=0.501465;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0142963;OID=.;OPOS=18333436;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:25:26:0.448276:8:17:21:10:9:17:21:11 chr11 18388128 . G C 267.08 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0215787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.457;QD=15.9453;RBI=0.0267598;REFB=-0.00880259;REVB=0.0158255;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722499;STB=0.540728;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00554514;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:20:17:16:14:20:17 chr11 18424451 . C T 517.95 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0143985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.946;QD=16.4428;RBI=0.0241471;REFB=-0.00963921;REVB=-0.0193846;RO=68;SAF=32;SAR=24;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123048;STB=0.557627;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0145339;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:70:56:56:0.444444:24:32:47:21:24:32:47:23 chr11 18424487 . A G 553.37 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.00168306;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8856;QD=18.4456;RBI=0.00367643;REFB=0.00156498;REVB=-0.00326855;RO=61;SAF=33;SAR=25;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083103;STB=0.549271;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00376439;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:61:62:58:58:0.483333:25:33:40:21:25:33:41:21 chr11 18467821 . T C 1625.95 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.656;QD=59.1254;RBI=0.0381987;REFB=-0.124674;REVB=0.0205676;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.505493;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000226717;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:45:64:0:0:45:64:0:1 chr11 18555901 . C G 208.01 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0229032;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.042;QD=13.2068;RBI=0.034162;REFB=-0.0061782;REVB=-0.0253472;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391014;STB=0.522431;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00950231;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:9:16:23:15:9:16:23:15 chr11 18555949 . T C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=56;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00311243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.572;QD=14.7662;RBI=0.00687266;REFB=-0.0165825;REVB=-0.0061275;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301364;STB=0.50224;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0225988;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:33:33:23:25:0.431034:9:14:21:12:9:16:21:12 chr11 18633897 . T C 345.08 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0307211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4521;QD=16.6305;RBI=0.048725;REFB=0.00344945;REVB=0.0378198;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298424;STB=0.516769;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00323838;OID=.;OPOS=18633897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:15:22:26:20:15:22:26:20 chr11 18723689 . C T 177.07 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0261008;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.142;QD=12.4259;RBI=0.030873;REFB=-0.0125607;REVB=-0.0164891;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543525;STB=0.542676;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0133679;OID=.;OPOS=18723689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:35:21:22:0.385965:8:13:22:11:9:13:23:12 chr11 18724558 . CG CT,TG 645.22 PASS AF=0.0576923,0.884615;AO=2,47;DP=52;FAO=3,46;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2,31;FSAR=1,15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000521376,0.00129193;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=149.359,184.148;QD=49.632;RBI=0.0813971,0.0142661;REFB=-0.000614215,0.0652275;REVB=0.0813954,-0.0142075;RO=1;SAF=2,31;SAR=0,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0149319;STB=0.713247,0.523067;STBP=0.746,0.262;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0176171,1.17467e-05;OID=.,.;OPOS=18724559,18724558;OREF=G,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:52:52:1:3:2,47:3,46:0.0576923,0.884615:0,16:2,31:1:0:1,15:2,31:3:0 chr11 18735396 . G T 411.08 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.596;QD=56.7004;RBI=0.0978909;REFB=0;REVB=0.02252;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416546;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr11 18735947 . T C 1339.37 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.195;QD=62.2964;RBI=0.0282337;REFB=0;REVB=0.0278081;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100345;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:44:41:0:0:45:41:0:0 chr11 18737095 . C T 1087.59 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.219;QD=59.5937;RBI=0.0547642;REFB=0;REVB=0.0188424;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306678;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:39:31:0:0:39:34:0:0 chr11 18738281 . C T 446.51 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.249;QD=57.6145;RBI=0.0330537;REFB=0;REVB=-0.0248149;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06579e-05;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr11 18743091 . G A 1419.31 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.064;QD=61.7092;RBI=0.0473538;REFB=-0.00958573;REVB=0.0217618;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977343;STB=0.505154;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000144707;OID=.;OPOS=18743091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:48:43:0:1:48:43:0:1 chr11 18955744 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.482;QD=46.8472;RBI=0.0193678;REFB=0;REVB=0.00501161;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272248;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 19167850 . A G 1491.55 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0200136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3667;QD=57.3671;RBI=0.0203952;REFB=-0.0227724;REVB=0.00392669;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.501959;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000366797;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:104:0:2:102:102:0.980769:61:41:0:0:61:41:1:1 chr11 19245854 . T C 528.53 PASS AF=0.44186;AO=56;DP=128;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.00177791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.445;QD=16.3886;RBI=0.00513605;REFB=0.000392581;REVB=0.00481851;RO=72;SAF=30;SAR=26;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160737;STB=0.583913;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000383729;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:72:72:56:57:0.44186:26:30:27:45:27:30:27:45 chr11 19612775 . C T 1357.37 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9452;QD=62.4078;RBI=0.0583088;REFB=0;REVB=0.00357131;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279483;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr11 19735987 . A G 620.46 PASS AF=0.507937;AO=61;DP=124;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=15;FWDB=-0.0141905;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.994;QD=19.697;RBI=0.0157384;REFB=-0.00725426;REVB=-0.00680653;RO=61;SAF=31;SAR=30;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225023;STB=0.613603;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00416537;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:61:62:61:64:0.507937:30:31:46:15:30:34:47:15 chr11 19854088 . G A 559.29 PASS AF=0.422535;AO=59;DP=144;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0188594;FXX=0.0273954;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2166;QD=15.7547;RBI=0.0190455;REFB=-0.00629588;REVB=0.00265607;RO=81;SAF=28;SAR=31;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707178;STB=0.530712;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00658623;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:81:82:59:60:0.422535:31:28:44:37:31:29:44:38 chr11 19955500 . A G 1553.41 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00132666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.106;QD=62.7642;RBI=0.00137903;REFB=-0.0703502;REVB=-0.00037643;RO=1;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093921;STB=0.504949;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=4.8437e-05;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:50:48:0:1:50:48:0:1 chr11 19955559 . G A 517.15 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0267444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.061;QD=25.2269;RBI=0.0450399;REFB=-0.0291428;REVB=0.0362399;RO=33;SAF=19;SAR=29;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452298;STB=0.531957;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0192908;OID=.;OPOS=19955559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:29:19:15:18:29:19:16:18 chr11 19970558 . T C 767.74 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000253588;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.069;QD=63.9784;RBI=0.0164733;REFB=0;REVB=-0.0164713;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32836e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:13:33:0:0:13:35:0:0 chr11 19970578 . A AT 671.07 PASS AF=1;AO=8;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424606;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.6068;QD=37.2814;RBI=0.04317;REFB=0;REVB=-0.00779385;RO=62;SAF=8;SAR=0;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000820722;OID=.;OPOS=19970579;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:73:72:72:0:47:25:0:0:5:62:8:0:37:25 chr11 19970579 . C G,T 1129.72 PASS AF=0.12987,0.87013;AO=10,64;DP=74;FAO=10,67;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=9,42;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993817,0.024793;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.4826,96.8925;QD=58.6867;RBI=0.0563252,0.0286194;REFB=0,0;REVB=-0.0554415,-0.0142961;RO=0;SAF=10,39;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.30166e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.032141,-0.00528736;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:74:77:0:0:10,64:10,67:0.12987,0.87013:0,25:10,39:0:0:1,25:9,42:0:0 chr11 20044696 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0150408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.935;QD=12.8689;RBI=0.0151366;REFB=0.00390288;REVB=0.00170094;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385972;STB=0.711936;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0042305;OID=.;OPOS=20044696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:8:3:10:5:8:3:10:6 chr11 20065779 . C G 118.8 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0118906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57;QD=22.6289;RBI=0.0620291;REFB=-0.0311029;REVB=-0.0608788;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.624791;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0154942;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:4:4:10:3:4:4 chr11 20067064 . C T 1043.97 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.738;QD=59.6556;RBI=0.0711624;REFB=0;REVB=0.0684912;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201452;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr11 20089792 . G C 626.38 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00149318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5567;QD=17.1611;RBI=0.00766855;REFB=-0.0108795;REVB=-0.00752177;RO=81;SAF=29;SAR=36;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966148;STB=0.55383;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0128446;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:81:65:65:0.445205:36:29:44:37:36:29:44:37 chr11 20089944 . T C 437.49 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0458849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.357;QD=16.6664;RBI=0.047051;REFB=-0.00563269;REVB=0.01041;RO=56;SAF=21;SAR=27;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162793;STB=0.585763;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00551281;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:56:57:48:48:0.457143:27:21:34:22:27:21:34:23 chr11 20099112 . A T 1396.13 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.052;QD=62.7472;RBI=0.0248928;REFB=0;REVB=-0.0103773;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37956e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr11 20099541 . C T 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90;QD=61.3252;RBI=0.0534124;REFB=0;REVB=0.041735;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570581;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr11 20101704 . C T 2256.9 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348794;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.166;QD=63.5746;RBI=0.0709126;REFB=0;REVB=0.0617416;RO=0;SAF=85;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82124e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:56:85:0:0:57:85:0:0 chr11 20101744 . C A 1763.14 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.453;QD=60.798;RBI=0.032944;REFB=0;REVB=-0.0327969;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24411e-05;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:54:61:0:0:54:62:0:0 chr11 20104669 . G A 395.21 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0563786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.103;QD=22.9106;RBI=0.061775;REFB=-0.00580602;REVB=-0.0252508;RO=30;SAF=23;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150207;STB=0.58267;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00950449;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:16:23:12:18:16:23:12:18 chr11 20112417 . A C 252.42 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00694297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.32;QD=16.285;RBI=0.0251231;REFB=-0.0289157;REVB=0.0241447;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289161;STB=0.654564;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0232278;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:28:29:0.467742:20:8:18:13:21:8:18:15 chr11 20112492 . G A 406.93 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0109604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.546;QD=20.0951;RBI=0.0136242;REFB=-0.0118478;REVB=-0.00809252;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337111;STB=0.518688;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00949579;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:21:20:18:22:21:20:18:22 chr11 20117232 . T C 1710.91 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.667;QD=60.5632;RBI=0.0495364;REFB=0;REVB=0.0486558;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.061e-05;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:64:48:0:0:65:48:0:0 chr11 20124914 . A C 1283.28 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.135;QD=61.8448;RBI=0.0201389;REFB=0;REVB=-0.0167418;RO=0;SAF=58;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38867e-05;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:25:58:0:0:25:58:0:0 chr11 20404613 . T G 613.84 PASS AF=0.529915;AO=55;DP=110;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.0277493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.348;QD=20.9861;RBI=0.0307134;REFB=-0.0242087;REVB=0.0131641;RO=52;SAF=27;SAR=28;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194454;STB=0.584357;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0232956;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:117:52:55:55:62:0.529915:28:27:37:15:29:33:39:16 chr11 20429454 . T C 669.13 PASS AF=0.45122;AO=61;DP=150;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=65;FSRR=25;FWDB=0.00795906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.43;QD=16.3202;RBI=0.0232783;REFB=-0.00847554;REVB=0.0218753;RO=89;SAF=30;SAR=31;SRF=65;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25259;STB=0.661921;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00772179;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:164:89:90:61:74:0.45122:31:30:65:24:43:31:65:25 chr11 20486063 . C G 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0353224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4431;QD=20.8897;RBI=0.0360395;REFB=0.00874305;REVB=-0.00715373;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233921;STB=0.628237;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0332148;OID=.;OPOS=20486063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:4:23:19:13:4:23 chr11 20529886 . G A 1529.75 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.502;QD=63.7394;RBI=0.0330954;REFB=0;REVB=-0.027588;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42568e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr11 20623023 . C T 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.00699567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.998;QD=7.78032;RBI=0.0170096;REFB=0.00032291;REVB=0.0155044;RO=44;SAF=15;SAR=2;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105492;STB=0.56477;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.000785708;OID=.;OPOS=20623023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:2:15:37:7:2:15:37:7 chr11 20623042 . T C 163.44 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.038546;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.623;QD=9.90518;RBI=0.038575;REFB=-0.0250933;REVB=-0.00149437;RO=44;SAF=19;SAR=2;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172875;STB=0.612126;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0468729;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:21:22:0.333333:2:19:37:7:2:20:37:7 chr11 20623156 . C G 1107.2 PASS AF=1;AO=61;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3358;QD=59.0505;RBI=0.2171;REFB=0;REVB=0.216869;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210393;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:61:75:1:19:42:0:0:31:44:0:0 chr11 20629164 . G A 541.96 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.055897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.119;QD=19.7076;RBI=0.0559043;REFB=0.00523447;REVB=-0.000907188;RO=54;SAF=25;SAR=31;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172737;STB=0.594807;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00580643;OID=.;OPOS=20629164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:31:25:14:40:31:25:14:40 chr11 20639400 . A G,T 1521.69 PASS AF=0.925926,0.0555556;AO=100,6;DP=108;FAO=100,6;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=45,4;FSAR=55,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.033824,-0.0678404;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.4535,113.685;QD=56.3588;RBI=0.0347884,0.077075;REFB=-0.180093,-0.177058;REVB=-0.00813416,-0.036582;RO=0;SAF=45,4;SAR=55,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508927,0.666109;STBP=0.233,0.205;TYPE=snp,snp;VARB=0.00213569,0.158854;OID=.,.;OPOS=20639400,20639400;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:108:108:0:2:100,6:100,6:0.925926,0.0555556:55,2:45,4:0:0:55,2:45,4:0:2 chr11 20648364 . G C 762.19 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.105821;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8031;QD=31.7581;RBI=0.112194;REFB=0.00770951;REVB=-0.0372767;RO=33;SAF=32;SAR=31;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624491;STB=0.533764;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00407853;OID=.;OPOS=20648364;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:96:33:33:63:63:0.65625:31:32:20:13:31:32:20:13 chr11 20648380 . G A 611.85 PASS AF=0.666667;AO=53;DP=81;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00479594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.478;QD=30.2148;RBI=0.0431937;REFB=0.042999;REVB=0.0429266;RO=27;SAF=28;SAR=25;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170471;STB=0.50621;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0172828;OID=.;OPOS=20648380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:27:27:53:54:0.666667:25:28:15:12:25:29:15:12 chr11 20673867 . G A 755.11 PASS AF=0.440217;AO=80;DP=184;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0520843;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.863;QD=16.4155;RBI=0.0524751;REFB=-0.00479592;REVB=0.00639234;RO=93;SAF=47;SAR=33;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14262;STB=0.571411;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00776057;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:93:103:80:81:0.440217:33:47:41:52:33:48:48:55 chr11 20805286 . G A 600.46 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0086665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.182;QD=58.5819;RBI=0.0496932;REFB=-0.0403379;REVB=-0.0489317;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000893204;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:40:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:0:1 chr11 21305927 . T C 701.93 PASS AF=0.44186;AO=76;DP=172;FAO=76;FDP=172;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.000856361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.431;QD=16.324;RBI=0.013478;REFB=-0.0167119;REVB=0.0134508;RO=96;SAF=40;SAR=36;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550883;STB=0.503067;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0246707;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:96:96:76:76:0.44186:36:40:50:46:36:40:50:46 chr11 21581805 . C T 1884.04 PASS AF=0.977778;AO=116;DP=121;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0314803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7341;QD=55.8235;RBI=0.105987;REFB=-0.119639;REVB=0.101204;RO=1;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940323;STB=0.505504;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00210145;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:135:1:3:116:132:0.977778:50:66:0:1:56:76:1:2 chr11 22225330 . CTCTT C 310.35 PASS AF=0.348214;AO=37;DP=116;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00253704;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.031;QD=11.0839;RBI=0.0142613;REFB=-0.00521939;REVB=0.0140338;RO=55;SAF=28;SAR=9;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176265;STB=0.585728;STBP=0.213;TYPE=del;VARB=0.00912141;OID=.;OPOS=22225331;OREF=TCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348214:37:116:39:112:73:28:11:44:29:99:55:28:9:34:21 chr11 22646571 . T C 694.79 PASS AF=0.399015;AO=80;DP=203;FAO=81;FDP=203;FR=.;FRO=122;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.00316933;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.395;QD=13.6905;RBI=0.0143393;REFB=-0.0130297;REVB=0.0139847;RO=119;SAF=30;SAR=50;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114108;STB=0.567173;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0167753;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:119:122:80:81:0.399015:50:30:57:62:50:31:60:62 chr11 22647008 . G T 301.74 PASS AF=0.388889;AO=33;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00142542;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.782;QD=13.4108;RBI=0.00822991;REFB=-0.0130771;REVB=-0.00810553;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361541;STB=0.50649;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0402423;OID=.;OPOS=22647008;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:55:33:35:0.388889:14:19:26:22:15:20:32:23 chr11 22696451 . A G 1279.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.706;QD=61.6479;RBI=0.0552461;REFB=0;REVB=0.0505702;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138557;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:83:0:0:75:83:1:24:51:0:0:32:51:0:0 chr11 22709973 . C A 2473.76 PASS AF=0.970588;AO=163;DP=168;FAO=165;FDP=170;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00726478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6092;QD=58.2061;RBI=0.0464966;REFB=-0.0107055;REVB=-0.0459256;RO=5;SAF=80;SAR=83;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278;STB=0.514284;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00119232;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:168:170:5:5:163:165:0.970588:83:80:0:5:85:80:0:5 chr11 22834189 . C T 435.29 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0236042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7202;QD=13.9294;RBI=0.0713704;REFB=0.00789113;REVB=-0.0673541;RO=74;SAF=26;SAR=24;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211559;STB=0.515999;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00708881;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:75:50:50:0.4:24:26:37:37:24:26:37:38 chr11 22881002 . C T 1624.38 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.671;QD=60.1622;RBI=0.0195031;REFB=0;REVB=-0.00793043;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98224e-05;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:47:61:0:0:47:61:0:0 chr11 24784862 . A T 779.06 PASS AF=0.430693;AO=85;DP=198;FAO=87;FDP=202;FR=.;FRO=115;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=0.0171027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.1;QD=15.4269;RBI=0.0204656;REFB=-0.0216532;REVB=0.01124;RO=113;SAF=40;SAR=45;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380609;STB=0.5453;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.028707;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:202:113:115:85:87:0.430693:45:40:49:64:43:44:49:66 chr11 24936034 . C A,CA 50.95 PASS AF=0,0.196721;AO=4,8;DP=62;FAO=0,12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=0,9;FSAR=0,3;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0327498,0.0622171;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=34.3473,16.4868;QD=3.34114;RBI=0.0462339,0.0634298;REFB=-0.0122182,-0.0174817;REVB=0.0326347,0.0123438;RO=50;SAF=3,5;SAR=1,3;SRF=25;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.258077,0.15171;STB=0.5,0.730699;STBP=1,0.087;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0211585;OID=.,.;OPOS=24936034,24936035;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:62:61:50:49:4,8:0,12:0,0.196721:1,3:3,5:25:25:0,3:0,9:23:26 chr11 25098938 . G C 788.61 PASS AF=0.384937;AO=85;DP=232;FAO=92;FDP=239;FR=.;FRO=147;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=59;FSRR=88;FWDB=0.0396508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6765;QD=13.1985;RBI=0.0425885;REFB=-0.00295393;REVB=-0.0155431;RO=145;SAF=20;SAR=65;SRF=58;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21893;STB=0.575027;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00952896;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:239:145:147:85:92:0.384937:65:20:58:87:65:27:59:88 chr11 26481611 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.005;QD=62.022;RBI=0.0222922;REFB=0;REVB=0.0170059;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55942e-05;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr11 26568966 . A G 2905.57 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671559;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0659;QD=63.1647;RBI=0.00689918;REFB=0;REVB=-0.00158099;RO=0;SAF=66;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16325e-05;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:183:184:1:117:66:0:0:117:67:0:0 chr11 26586801 . G A 682.6 PASS AF=0.492857;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00295858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.566;QD=19.5028;RBI=0.017863;REFB=-0.0104723;REVB=0.0176163;RO=71;SAF=34;SAR=35;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646268;STB=0.535645;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00751023;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:71:69:69:0.492857:35:34:30:41:35:34:30:41 chr11 26587133 . T C 760.23 PASS AF=0.465116;AO=78;DP=171;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=0.0432914;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.131;QD=17.6798;RBI=0.0434285;REFB=-0.0258639;REVB=0.00344776;RO=91;SAF=52;SAR=26;SRF=58;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316071;STB=0.511418;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0264085;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:91:92:78:80:0.465116:26:52:58:33:28:52:58:34 chr11 26621117 . A C 881.24 PASS AF=0.396761;AO=97;DP=246;FAO=98;FDP=247;FR=.;FRO=149;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=100;FSRR=49;FWDB=-0.00523362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.035;QD=14.2711;RBI=0.0104925;REFB=-0.0164687;REVB=-0.0090941;RO=148;SAF=50;SAR=47;SRF=99;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166905;STB=0.591744;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0280684;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:148:149:97:98:0.396761:47:50:99:49:47:51:100:49 chr11 26692733 . T C 392.44 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00896964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8362;QD=12.2637;RBI=0.00973635;REFB=0.0102343;REVB=0.00378708;RO=81;SAF=18;SAR=29;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982658;STB=0.55614;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0175313;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:81:47:47:0.367188:29:18:38:43:29:18:38:43 chr11 26692742 . G A 353.81 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00117237;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.259;QD=12.2003;RBI=0.019297;REFB=0.00244856;REVB=-0.0192614;RO=73;SAF=18;SAR=25;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375958;STB=0.521462;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00260303;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:73:73:43:43:0.37069:25:18:33:40:25:18:33:40 chr11 26702664 . C T 1995.61 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0310454;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6777;QD=61.4034;RBI=0.0498028;REFB=-0.0207274;REVB=-0.0389423;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00021945;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:0:1:129:129:0.992308:54:75:0:0:54:75:1:0 chr11 26732923 . A G 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.933;QD=58.6464;RBI=0.0373843;REFB=-0.062423;REVB=0.0214452;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00318802;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:1:0:19:21:1:0 chr11 26734209 . C T 1515.8 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.389;QD=58.8659;RBI=0.0491229;REFB=0;REVB=0.0125956;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5499e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:55:48:0:0 chr11 27018019 . G A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0225403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.708;QD=14.8327;RBI=0.0555063;REFB=0.00192194;REVB=-0.0507236;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430509;STB=0.524376;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00298157;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:17:17:26:22:17:17:26:22 chr11 27077118 . C T 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.187;QD=63.476;RBI=0.0238482;REFB=0;REVB=0.0237473;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79132e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr11 27388910 . T C 1731.27 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.289;QD=60.7463;RBI=0.0342268;REFB=0;REVB=0.0340016;RO=0;SAF=71;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25018e-05;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:43:71:0:0:43:71:0:0 chr11 27390089 . T C 1473.68 PASS AF=0.972222;AO=98;DP=101;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0198939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.567;QD=54.5806;RBI=0.0203477;REFB=0.0470346;REVB=-0.00427331;RO=3;SAF=53;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117477;STB=0.504761;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-6.26402e-05;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:108:3:3:98:105:0.972222:45:53:1:2:52:53:1:2 chr11 27517670 . T C 575.37 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.025;QD=60.5655;RBI=0.0199602;REFB=0;REVB=0.000195425;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20141e-05;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:11:25:0:0:12:26:0:0 chr11 27679662 . T C 1213.56 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.321;QD=59.9288;RBI=0.033443;REFB=-0.0779969;REVB=0.000204979;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256345;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:41:40:0:0 chr11 27679916 . C T 1511.77 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240008;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.462;QD=59.8723;RBI=0.0295716;REFB=0;REVB=-0.0172755;RO=0;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215936;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:37:64:0:0:37:64:0:0 chr11 28057820 . C T 951.52 PASS AF=0.492228;AO=93;DP=191;FAO=95;FDP=193;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.00704231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4319;QD=19.7207;RBI=0.0174439;REFB=-0.00977916;REVB=-0.0159592;RO=97;SAF=42;SAR=51;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10676;STB=0.560436;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00662744;OID=.;OPOS=28057820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:97:98:93:95:0.492228:51:42:55:42:53:42:55:43 chr11 28080584 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTC 551.79 PASS AF=0.796748,0.162602;AO=48,13;DP=123;FAO=98,20;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=41,16;FSAR=57,4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.189149,0.0260734;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.96441,20.5179;QD=17.9445;RBI=0.454336,0.211814;REFB=-0.0746542,-0.0382751;REVB=0.41309,0.210203;RO=34;SAF=19,9;SAR=29,4;SRF=6;SRR=28;SSEN=0.417163,0;SSEP=0,0;SSSB=0.182128,0.558975;STB=0.500916,0.608576;STBP=0.973,0.071;TYPE=del,snp;VARB=0.108397,-0.0733147;OID=.,.;OPOS=28080585,28080590;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.796748,0.162602:48,13:123:98,20:123:5:41,16:57,4:2:3:83:34:19,9:29,4:6:28 chr11 28134974 . C A 956.5 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.292;QD=58.8613;RBI=0.0163843;REFB=0;REVB=0.0104035;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89446e-06;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:25:37:0:0:26:39:0:0 chr11 30255185 . C T 1340.58 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.638;QD=62.3524;RBI=0.0319993;REFB=0;REVB=0.0316999;RO=0;SAF=57;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00281e-05;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:28:57:0:0:28:58:0:0 chr11 30432220 . A T 987.97 PASS AF=0.435685;AO=106;DP=241;FAO=105;FDP=241;FR=.;FRO=136;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=-0.0770362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2763;QD=16.3978;RBI=0.095708;REFB=0.00674548;REVB=0.0567929;RO=134;SAF=54;SAR=52;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319861;STB=0.510983;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0113605;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:134:136:106:105:0.435685:52:54:64:70:52:53:66:70 chr11 30965855 . A T 434.87 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00156763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.092;QD=20.9574;RBI=0.049328;REFB=-0.00157311;REVB=-0.0493031;RO=39;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103901;STB=0.551758;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00165335;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:25:18:21:18:25:18:21:19 chr11 31327316 . C T 361.63 PASS AF=0.340909;AO=45;DP=130;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0196504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1922;QD=10.9585;RBI=0.0568192;REFB=-0.013647;REVB=0.0533131;RO=85;SAF=22;SAR=23;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059507;STB=0.503535;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0521033;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:85:87:45:45:0.340909:23:22:42:43:23:22:43:44 chr11 31458730 . T G 646.55 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00931621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4727;QD=57.4708;RBI=0.037515;REFB=-0.108992;REVB=0.0363398;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524988;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00681053;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:0:2:43:43:0.955556:19:24:0:0:19:24:0:2 chr11 31838128 . G A 280.08 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0251423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.214;QD=16.7213;RBI=0.0329196;REFB=-0.0383015;REVB=0.0212501;RO=36;SAF=23;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205006;STB=0.615992;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0454226;OID=.;OPOS=31838128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:8:23:20:16:8:23:20:16 chr11 32124579 . C T 464.68 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00262334;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.398;QD=17.5349;RBI=0.0157016;REFB=-0.00556936;REVB=-0.0154809;RO=56;SAF=23;SAR=27;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550212;STB=0.5306;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00736606;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:27:23:29:27:27:23:29:27 chr11 32124978 . T C 412.76 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0283226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7208;QD=18.7617;RBI=0.0336593;REFB=0.0102205;REVB=-0.0181872;RO=45;SAF=12;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186563;STB=0.59995;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0115915;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:30:12:21:24:30:12:21:25 chr11 32125961 . C T 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=8.81008e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.758;QD=10.4167;RBI=0.000666484;REFB=0.00520407;REVB=0.000666426;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893453;STB=0.552079;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00792065;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:12:11:18:27:12:11:18:27 chr11 32417945 . T C 902.35 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1026;QD=58.2159;RBI=0.0614874;REFB=0;REVB=-0.0591927;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650652;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr11 32449661 . G A 1260.33 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0528732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7056;QD=58.62;RBI=0.0965147;REFB=-0.169059;REVB=0.0807435;RO=2;SAF=74;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492403;STB=0.526147;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00497425;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:86:2:2:82:84:0.976744:8:74:1:1:8:76:1:1 chr11 32722320 . A T 1401.18 PASS AF=0.780488;AO=109;DP=147;FAO=128;FDP=164;FR=.;FRO=36;FSAF=84;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=5;FWDB=0.0776755;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.0767;QD=34.1752;RBI=0.0897435;REFB=-0.103737;REVB=0.0449491;RO=38;SAF=69;SAR=40;SRF=33;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127397;STB=0.551431;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0199201;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:164:38:36:109:128:0.780488:40:69:33:5:44:84:31:5 chr11 32874926 . G A 449.91 PASS AF=0.605634;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0122853;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.362;QD=25.3469;RBI=0.0123628;REFB=-0.0110573;REVB=0.00138166;RO=27;SAF=22;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831376;STB=0.541865;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.006334;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:27:28:42:43:0.605634:20:22:11:16:20:23:12:16 chr11 32954344 . G A 784.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.539;QD=57.0765;RBI=0.01424;REFB=0;REVB=-0.00185897;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4623e-05;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr11 32956244 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3495;QD=62.6698;RBI=0.0253187;REFB=0;REVB=-0.00437172;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022653;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr11 32956620 . A G 788.59 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00600211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.177;QD=55.3395;RBI=0.0168591;REFB=-0.139392;REVB=0.0157545;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000445148;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:20:36:0:0:20:36:1:0 chr11 33076191 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.11;QD=57.5436;RBI=0.00959625;REFB=0;REVB=0.0043345;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10101e-05;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:36:22:0:0 chr11 33564123 . T C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00352952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.762;QD=23.5274;RBI=0.00393509;REFB=-0.0308666;REVB=-0.00173995;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146377;STB=0.582006;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.018531;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:8:7:13:7:8:7 chr11 33564167 . A G 361.3 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0146206;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.775;QD=22.5812;RBI=0.0196324;REFB=-0.0269501;REVB=-0.0131023;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631739;STB=0.503482;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0202484;OID=.;OPOS=33564167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:28:28:36:36:0.5625:19:17:13:15:19:17:13:15 chr11 33604885 . C T 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0105164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.901;QD=13.4976;RBI=0.0121431;REFB=-0.0114835;REVB=-0.00607127;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116795;STB=0.56646;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0148241;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:15:16:30:18:15:16:30:18 chr11 33604960 . C T 317.14 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0774952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7562;QD=17.8672;RBI=0.0819245;REFB=-0.0166974;REVB=0.026573;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106363;STB=0.550384;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0147024;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:37:33:34:0.478873:15:18:16:21:16:18:16:21 chr11 33631423 . G A 396.77 PASS AF=0.450549;AO=37;DP=87;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00331835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.918;QD=17.4406;RBI=0.0208015;REFB=-0.017428;REVB=0.0205351;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112812;STB=0.537327;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0197704;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:49:50:37:41:0.450549:17:20:21:28:21:20:21:29 chr11 33640104 . A C 1055.83 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=57.8536;RBI=0.0574693;REFB=0.00684204;REVB=0.0432572;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798786;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:73:0:0:69:73:1:33:36:0:0:35:38:0:0 chr11 33667333 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0148227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.884;QD=15.6262;RBI=0.0150644;REFB=-0.0116679;REVB=-0.00268799;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412964;STB=0.736593;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0109645;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:27:19:19:0.413043:5:14:8:17:5:14:9:18 chr11 33680371 . C T 316.33 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0366997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.954;QD=12.4052;RBI=0.0416959;REFB=-0.0156815;REVB=-0.019791;RO=64;SAF=19;SAR=19;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.02731;OID=.;OPOS=33680371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:19:19:32:32:19:19:32:32 chr11 33881016 . T C 191.65 PASS AF=0.477273;AO=15;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0763995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.803;QD=17.423;RBI=0.0769671;REFB=-0.045705;REVB=-0.00933015;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267316;STB=0.503308;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0340732;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:23:15:21:0.477273:12:3:8:11:12:9:10:13 chr11 33886294 . A G 230.58 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.016853;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.07;QD=9.70846;RBI=0.0175167;REFB=-0.00093557;REVB=0.00477626;RO=66;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875738;STB=0.551387;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00170627;OID=.;OPOS=33886294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:15:14:27:39:15:14:27:39 chr11 33903328 . A G 60.35 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0160953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1387;QD=17.2415;RBI=0.110637;REFB=-0.0520386;REVB=-0.10946;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199671;STB=0.642528;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0685788;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:14:5:6:8:8:0.571429:4:4:1:4:4:4:1:5 chr11 34122369 . G T 2011.09 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.652;QD=61.4073;RBI=0.011537;REFB=0.0226482;REVB=0.00331477;RO=1;SAF=65;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072558;STB=0.503816;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000204863;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:65:65:1:0:65:65:1:0 chr11 34152939 . T C 1257.15 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.517;QD=61.3245;RBI=0.0629767;REFB=0;REVB=0.0623065;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43862e-05;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:35:46:0:0:35:47:0:0 chr11 34154641 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.255;QD=55.6553;RBI=0.0148652;REFB=0;REVB=0.0135446;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64219e-05;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr11 34378381 . G C 1044.73 PASS AF=0.526316;AO=100;DP=190;FAO=100;FDP=190;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0283823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0986;QD=21.9942;RBI=0.0295664;REFB=-0.0213682;REVB=0.00828362;RO=86;SAF=48;SAR=52;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00709396;STB=0.506328;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.030722;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:86:90:100:100:0.526316:52:48:42:44:52:48:42:48 chr11 34482908 . C T 964.45 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.337;QD=57.5791;RBI=0.0913004;REFB=-0.0621175;REVB=0.00782694;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094895;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:66:67:1:30:36:1:0:30:37:0:0 chr11 34501596 . A G 1060.56 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.554;QD=59.7496;RBI=0.0506795;REFB=0;REVB=0.0148284;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128008;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:43:27:0:0:43:28:0:0 chr11 34643955 . G A 731.66 PASS AF=0.430108;AO=77;DP=184;FAO=80;FDP=186;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0306863;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.784;QD=15.7346;RBI=0.0309577;REFB=-0.0254567;REVB=0.00408971;RO=98;SAF=35;SAR=42;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167651;STB=0.564107;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0319523;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:98:106:77:80:0.430108:42:35:61:37:43:37:61:45 chr11 34668143 . C T 515.56 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0281161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.884;QD=16.1114;RBI=0.0319878;REFB=-0.0288122;REVB=0.0152547;RO=72;SAF=24;SAR=32;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724554;STB=0.540526;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0351302;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:72:56:56:0.4375:32:24:36:36:32:24:36:36 chr11 34680400 . T A 165.68 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00697535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6587;QD=11.4263;RBI=0.00989049;REFB=0.00524895;REVB=-0.00701188;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128624;STB=0.567835;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00611377;OID=.;OPOS=34680400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:7:14:20:16:7:14:21:16 chr11 34680634 . G A 948.07 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.414;QD=56.6012;RBI=0.0208059;REFB=-0.148413;REVB=-0.0120831;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145314;STB=0.507244;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00101998;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:64:66:0.985075:32:32:0:1:34:32:0:1 chr11 34680853 . G T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.363;QD=58.7812;RBI=0.0326216;REFB=0;REVB=0.0232698;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36193e-05;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr11 34909926 . T G 1354.28 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.81;QD=62.2657;RBI=0.0244061;REFB=0;REVB=0.0207039;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73861e-05;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:38:47:0:0:38:49:0:0 chr11 34910397 . C A,T 1203.58 PASS AF=0.0617284,0.938272;AO=3,75;DP=78;FAO=5,76;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=4,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208509,0.0364434;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.25,167.531;QD=59.436;RBI=0.0212633,0.0644199;REFB=0,0;REVB=0.00416714,0.0531207;RO=0;SAF=1,37;SAR=2,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.130083,0.000417243;OID=.,.;OPOS=34910397,34910397;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:78:81:0:0:3,75:5,76:0.0617284,0.938272:2,38:1,37:0:0:4,37:1,39:0:0 chr11 34918375 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00418183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.864;QD=56.8271;RBI=0.00982075;REFB=0.00309819;REVB=-0.00888591;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-3.50283e-05;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:63:64:0.984615:26:37:0:0:27:37:1:0 chr11 34937813 . G A 1448.63 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.126;QD=62.9839;RBI=0.031333;REFB=0;REVB=-0.000512102;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95127e-05;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:52:39:0:0:53:39:0:0 chr11 34937931 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.532;QD=60.2303;RBI=0.0545891;REFB=0;REVB=0.0268808;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103575;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr11 34938265 . C T 1925.87 PASS AF=0.922535;AO=131;DP=142;FAO=131;FDP=142;FR=.;FRO=11;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0262814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.754;QD=54.2499;RBI=0.0358528;REFB=-0.100328;REVB=0.0243868;RO=5;SAF=69;SAR=62;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00513141;STB=0.515604;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000653818;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:142:142:5:11:131:131:0.922535:62:69:3:2:62:69:8:3 chr11 34963416 . T C 1449.08 PASS AF=1;AO=89;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017339;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.683;QD=63.6956;RBI=0.0269102;REFB=0;REVB=0.0205796;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80109e-05;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:89:91:1:43:46:0:0:45:46:0:0 chr11 34991727 . T C 710.48 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00595308;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2488;QD=54.6519;RBI=0.0103091;REFB=-0.0320531;REVB=0.00841651;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268741;STB=0.51428;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=7.3732e-06;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:49:51:0.980769:32:17:1:0:34:17:1:0 chr11 34999745 . C G 962.29 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2878;QD=58.3205;RBI=0.00497009;REFB=0;REVB=0.00191214;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325648;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:33:31:0:0:33:33:0:0 chr11 35017205 . G T 1030.02 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.143;QD=58.0294;RBI=0.0193541;REFB=0.115845;REVB=-0.0118016;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=1.12276e-05;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:37:33:1:0:37:33:1:0 chr11 35017363 . C A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.614;QD=58.5859;RBI=0.0284222;REFB=0;REVB=0.0170892;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41679e-05;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr11 35226155 . A G 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.534;QD=62.7618;RBI=0.0167574;REFB=0;REVB=-0.000204843;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43039e-05;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr11 35229673 . T C 1641.86 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.471;QD=60.2519;RBI=0.0400733;REFB=0;REVB=0.0393447;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41991e-05;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:45:62:0:0:47:62:0:0 chr11 35274829 . A G 1010.49 PASS AF=0.391156;AO=114;DP=295;FAO=115;FDP=294;FR=.;FRO=179;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=68;FSRR=111;FWDB=0.0209518;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7697;QD=13.7482;RBI=0.0442397;REFB=-0.0189305;REVB=0.0389638;RO=177;SAF=44;SAR=70;SRF=67;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851348;STB=0.501754;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0421427;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:177:179:114:115:0.391156:70:44:67:110:71:44:68:111 chr11 35463120 . A G 1213.21 PASS AF=0.560386;AO=116;DP=207;FAO=116;FDP=207;FR=.;FRO=91;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.00877307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.468;QD=23.4437;RBI=0.00882686;REFB=-0.0133639;REVB=-0.000972989;RO=91;SAF=65;SAR=51;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026852;STB=0.51461;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00984766;OID=.;OPOS=35463120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:91:91:116:116:0.560386:51:65:48:43:51:65:48:43 chr11 36103228 . A G 1367.54 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00471753;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.333;QD=61.4624;RBI=0.0527509;REFB=0.147477;REVB=-0.0525396;RO=1;SAF=51;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920187;STB=0.504853;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000262306;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:37:51:1:0:37:51:1:0 chr11 36293048 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.476;QD=57.2026;RBI=0.025729;REFB=0;REVB=0.0073618;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38395e-05;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr11 36422792 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.828;QD=55.6561;RBI=0.0394775;REFB=0;REVB=0.0299306;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25672e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr11 36440836 . A G 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0499938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.63;QD=13.0228;RBI=0.0503509;REFB=-0.000149244;REVB=-0.00598588;RO=43;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433567;STB=0.519217;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000645948;OID=.;OPOS=36440836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:18:10:17:26:18:10:17:27 chr11 36472800 . A G 759.48 PASS AF=0.493333;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0497721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3709;QD=20.2529;RBI=0.0520573;REFB=0.0039434;REVB=-0.0152543;RO=76;SAF=40;SAR=34;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855021;STB=0.547144;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00569203;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:76:76:74:74:0.493333:34:40:34:42:34:40:34:42 chr11 36484208 . T C 876.67 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.631;QD=57.4865;RBI=0.0380818;REFB=0;REVB=0.0232405;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123707;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:27:33:0:0:27:34:0:0 chr11 36595600 . A G 226.3 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197847;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8482;QD=50.2881;RBI=0.198111;REFB=0;REVB=0.0102416;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00660458;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:17:18:1:11:6:1:0:11:7:0:0 chr11 36597313 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8661;QD=57.1054;RBI=0.0670811;REFB=0;REVB=0.0294722;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981379;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr11 36601170 . G A 1744.06 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143568;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.454;QD=59.1207;RBI=0.0161328;REFB=-0.0630795;REVB=-0.00735871;RO=1;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168081;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:118:1:0:113:118:1:53:60:0:1:58:60:0:0 chr11 36631785 . A G 816.26 PASS AF=0.52;AO=77;DP=150;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00298159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.609;QD=21.767;RBI=0.0694965;REFB=-0.0068329;REVB=0.0694325;RO=72;SAF=26;SAR=51;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150666;STB=0.584883;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00782445;OID=.;OPOS=36631785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:72:72:77:78:0.52:51:26:36:36:52:26:36:36 chr11 40137543 . T C 753.1 PASS AF=0.437838;AO=80;DP=184;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=0.0146593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.762;QD=16.2833;RBI=0.0148388;REFB=-0.00876127;REVB=-0.00230144;RO=104;SAF=45;SAR=35;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049564;STB=0.50034;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0111087;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:104:104:80:81:0.437838:35:45:59:45:35:46:59:45 chr11 41144553 . C T 4457.81 PASS AF=0.986159;AO=285;DP=289;FAO=285;FDP=289;FR=.;FRO=4;FSAF=142;FSAR=143;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0709461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.519;QD=61.6998;RBI=0.073171;REFB=-0.0123988;REVB=0.0179064;RO=4;SAF=142;SAR=143;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655129;STB=0.503436;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00031466;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:289:289:4:4:285:285:0.986159:143:142:1:3:143:142:1:3 chr11 43391648 . C T 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0414982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.969;QD=18.3087;RBI=0.0440076;REFB=0.00139986;REVB=-0.014648;RO=40;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894875;STB=0.549973;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00125258;OID=.;OPOS=43391648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:22:15:20:20:22:15:20:20 chr11 43911365 . T C 917.34 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178048;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.83;QD=58.2437;RBI=0.0196739;REFB=0;REVB=0.0195932;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73538e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:38:25:0:0 chr11 43940602 . C G 300.29 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0148736;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8368;QD=16.0153;RBI=0.0652076;REFB=-0.0161394;REVB=-0.0634886;RO=40;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208008;STB=0.604874;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0328488;OID=.;OPOS=43940602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:42:33:33:0.44:21:12:23:17:21:12:23:19 chr11 43940644 . G T 572.76 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00505838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.414;QD=20.8275;RBI=0.00897599;REFB=-0.0161829;REVB=-0.00741493;RO=51;SAF=29;SAR=29;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125383;STB=0.563615;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0140026;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:51:52:58:58:0.527273:29:29:18:33:29:29:19:33 chr11 43946967 . A G 453.26 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.011169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3855;QD=14.9837;RBI=0.0302019;REFB=0.00170672;REVB=-0.0280608;RO=70;SAF=15;SAR=36;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169051;STB=0.59543;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00273229;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:70:70:51:51:0.421488:36:15:31:39:36:15:31:39 chr11 43947990 . T C 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0263855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7832;QD=28.524;RBI=0.0301851;REFB=0.0461637;REVB=-0.0146609;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017146;STB=0.509541;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0198455;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:3:3:7:8:3:3 chr11 43963843 . C A 235.8 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0182774;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.3042;QD=24.8211;RBI=0.24881;REFB=-0.0221617;REVB=0.248138;RO=14;SAF=21;SAR=1;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939467;STB=0.538424;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0198203;OID=.;OPOS=43963843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:14:16:22:22:0.578947:1:21:13:1:1:21:15:1 chr11 43963923 . T C 50.8 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0615849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.671;QD=16.933;RBI=0.0663441;REFB=-0.00410349;REVB=-0.0246745;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.666109;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0216007;OID=.;OPOS=43963923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:3:2:1:6:3:2 chr11 43964569 . C T 236.51 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.018687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.994;QD=33.7875;RBI=0.0230734;REFB=-0.0293827;REVB=-0.0135342;RO=7;SAF=20;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19019;STB=0.60594;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00229047;OID=.;OPOS=43964569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:1:20:6:1:1:20:6:1 chr11 44069816 . G A 617.93 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00812831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.309;QD=20.9467;RBI=0.0135374;REFB=-0.0338143;REVB=0.0108256;RO=56;SAF=32;SAR=30;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447275;STB=0.524582;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0395699;OID=.;OPOS=44069816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:30:32:26:30:30:32:26:30 chr11 44074244 . G A 488.45 PASS AF=0.378378;AO=55;DP=145;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0173493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.155;QD=13.2014;RBI=0.0299789;REFB=-0.0224208;REVB=0.0244486;RO=89;SAF=34;SAR=21;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513505;STB=0.524902;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.028114;OID=.;OPOS=44074244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:89:92:55:56:0.378378:21:34:51:38:21:35:54:38 chr11 44080210 . T C 1572.92 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.896;QD=59.9208;RBI=0.0466084;REFB=0;REVB=0.0322724;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62985e-05;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr11 44092880 . C T 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00450942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.927;QD=21.5795;RBI=0.00765863;REFB=-0.0151364;REVB=-0.0061903;RO=42;SAF=34;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147791;STB=0.582017;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0132328;OID=.;OPOS=44092880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:12:34:25:17:12:34:25:17 chr11 44096238 . G A 618.15 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538041;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.492;QD=61.8152;RBI=0.0555246;REFB=0;REVB=-0.013715;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322418;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr11 44286566 . G A 1484.78 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382099;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.557;QD=63.1821;RBI=0.0674796;REFB=0;REVB=0.0556192;RO=0;SAF=29;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419356;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:92:94:1:63:29:0:0:64:30:0:0 chr11 44297054 . T C 2710.45 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230092;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.481;QD=62.3093;RBI=0.0315645;REFB=0;REVB=0.0216078;RO=0;SAF=100;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80614e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:174:0:0:173:174:1:73:100:0:0:73:101:0:0 chr11 44618512 . T C 311.03 PASS AF=0.402299;AO=33;DP=86;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=11;FWDB=-3.34016e-05;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.311;QD=14.3003;RBI=0.0190429;REFB=-0.00599806;REVB=0.0190428;RO=53;SAF=24;SAR=9;SRF=41;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653868;STB=0.575181;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.010977;OID=.;OPOS=44618512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:52:33:35:0.402299:9:24:41:12:11:24:41:11 chr11 44636833 . G A 770.0 PASS AF=0.482143;AO=71;DP=158;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0040127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.101;QD=18.3332;RBI=0.0244787;REFB=-0.0137756;REVB=0.0241476;RO=87;SAF=28;SAR=43;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666264;STB=0.514538;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0139564;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:168:87:87:71:81:0.482143:43:28:40:47:46:35:40:47 chr11 44636839 . C T 854.55 PASS AF=0.508876;AO=85;DP=170;FAO=86;FDP=169;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0274991;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.892;QD=20.226;RBI=0.0304518;REFB=-0.00804191;REVB=-0.0130811;RO=78;SAF=39;SAR=46;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888625;STB=0.515798;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00380061;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:78:83:85:86:0.508876:46:39:35:43:47:39:35:48 chr11 44640268 . A G 195.83 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0237356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.312;QD=17.8025;RBI=0.0370827;REFB=-0.0275184;REVB=-0.0284913;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260366;STB=0.514836;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0254547;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:15:9:7:13:15:9 chr11 44640640 . C G 882.01 PASS AF=0.450237;AO=95;DP=210;FAO=95;FDP=211;FR=.;FRO=116;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.00393429;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.497;QD=16.7205;RBI=0.0168397;REFB=-0.00406313;REVB=-0.0163736;RO=115;SAF=59;SAR=36;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925571;STB=0.554122;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00542783;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:115:116:95:95:0.450237:36:59:61:54:36:59:61:55 chr11 44924950 . GC G 3128.4 PASS AF=1;AO=199;DP=208;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014802;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.856;QD=60.7455;RBI=0.0153679;REFB=0;REVB=0.00413194;RO=0;SAF=116;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.07896e-05;OID=.;OPOS=44924951;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:199:208:206:206:0:118:88:0:0:18:0:116:83:0:0 chr11 44940828 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00287351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.548;QD=13.0536;RBI=0.0117162;REFB=-0.0100006;REVB=-0.0113584;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985829;STB=0.565161;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.018089;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:10:13:16:18:10:13:16:19 chr11 45203818 . G A 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0171343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.067;QD=24.2684;RBI=0.0176032;REFB=-0.0137462;REVB=0.00403595;RO=22;SAF=24;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117171;STB=0.564665;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0073797;OID=.;OPOS=45203818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:9:24:13:9:9:24:13:9 chr11 45245778 . G T 134.75 PASS AF=0.25641;AO=21;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.00610745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0712;QD=6.91011;RBI=0.0641673;REFB=-0.0123877;REVB=-0.063876;RO=55;SAF=16;SAR=5;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082373;STB=0.610989;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0269955;OID=.;OPOS=45245778;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:58:21:20:0.25641:5:16:39:16:4:16:40:18 chr11 45670395 . C T 915.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710519;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.579;QD=59.0471;RBI=0.047519;REFB=0;REVB=-0.0469848;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027949;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr11 45793154 . A C 294.21 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0126039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1292;QD=17.831;RBI=0.0308811;REFB=0.0184161;REVB=-0.028192;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605695;STB=0.533893;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0203187;OID=.;OPOS=45793154;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:16:18:19:13:16:18 chr11 45793218 . G C 1280.6 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0422542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.1776;QD=58.2091;RBI=0.0556816;REFB=-0.217334;REVB=0.0362631;RO=3;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342073;STB=0.518068;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0069105;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:40:45:0:3:40:45:0:3 chr11 45827350 . A G 506.25 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0255869;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.094;QD=17.6085;RBI=0.0358914;REFB=-0.00170867;REVB=-0.0251696;RO=60;SAF=20;SAR=34;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110875;STB=0.557915;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00156508;OID=.;OPOS=45827350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:61:54:54:0.469565:34:20:29:31:34:20:29:32 chr11 45834197 . GT CT,GC 1266.48 PASS AF=0.0823529,0.917647;AO=7,52;DP=86;FAO=7,78;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=6,25;FSAR=1,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358168,0.0137607;FXX=0.0229859;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=149.264,197.107;QD=59.5989;RBI=0.0119107,0.0180937;REFB=0,0;REVB=0.0113595,0.0117484;RO=0;SAF=6,1;SAR=1,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0384984,-0.00137328;OID=.,.;OPOS=45834197,45834198;OREF=G,T;OALT=C,C;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:86:85:0:0:7,52:7,78:0.0823529,0.917647:1,51:6,1:0:0:1,53:6,25:0:0 chr11 45834201 . C T 435.17 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00333417;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.993;QD=20.4787;RBI=0.0104328;REFB=-0.00545901;REVB=0.00988567;RO=42;SAF=13;SAR=30;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169302;STB=0.594192;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00371764;OID=.;OPOS=45834201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:30:13:20:22:30:13:20:22 chr11 45848232 . T C 32.89 PASS AF=0.08;AO=10;DP=125;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.0308713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8636;QD=1.0526;RBI=0.0316121;REFB=-0.0073312;REVB=0.00680342;RO=111;SAF=3;SAR=7;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203744;STB=0.682556;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0268213;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:125:125:111:115:10:10:0.08:7:3:53:58:7:3:57:58 chr11 45848271 . A G 49.67 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0119292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.503;QD=1.774;RBI=0.0267719;REFB=-0.00629484;REVB=-0.0239672;RO=100;SAF=4;SAR=8;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245493;STB=0.682053;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0401097;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:100:100:12:12:0.107143:8:4:54:46:8:4:54:46 chr11 45848275 . T C 44.51 PASS AF=0.1;AO=10;DP=111;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.012118;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.714;QD=1.61865;RBI=0.0396096;REFB=-0.000483039;REVB=0.0377104;RO=92;SAF=4;SAR=6;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178806;STB=0.652753;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00521248;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:111:110:92:99:10:11:0.1:6:4:51:41:7:4:53:46 chr11 45868849 . GC CG,GCG 129.46 PASS AF=0,0.395349;AO=3,14;DP=43;FAO=0,17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=0,5;FSAR=0,12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0107158,0.159681;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=24.0501,21.3273;QD=12.0432;RBI=0.027175,0.159912;REFB=0.00451361,-0.00426981;REVB=0.024973,0.00858608;RO=24;SAF=2,3;SAR=1,11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.303927,-0.214869;STB=0.5,0.562424;STBP=1,0.567;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0121009;OID=.,.;OPOS=45868849,45868851;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:43:24:26:3,14:0,17:0,0.395349:1,11:2,3:9:15:0,12:0,5:10:16 chr11 45903613 . A C 205.71 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0108534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.93;QD=15.8234;RBI=0.035224;REFB=-0.0153214;REVB=-0.0335102;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300623;STB=0.669276;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0278588;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:27:29:23:23:0.442308:15:8:18:9:15:8:19:10 chr11 45903814 . A AGT,T 229.47 PASS AF=0.703704,0.0740741;AO=17,2;DP=37;FAO=19,2;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=11,0;FSAR=8,2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.138909,0.0883445;FXX=0.0357015;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=139.063,103.524;QD=33.9961;RBI=0.141311,0.0884947;REFB=-0.069671,-0.060822;REVB=0.0259415,0.00515421;RO=17;SAF=9,0;SAR=8,2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.540081;STB=0.519293,0.993777;STBP=0.74,0.219;TYPE=ins,snp;VARB=0.0515265,0.0992396;OID=.,.;OPOS=45903815,45903814;OREF=-,A;OALT=GT,T;OMAPALT=AGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:37:27:17:6:17,2:19,2:0.703704,0.0740741:8,2:9,0:9:8:8,2:11,0:3:3 chr11 45935384 . A G 322.88 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0262311;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.595;QD=23.9171;RBI=0.062783;REFB=-0.0327723;REVB=-0.0570406;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801907;STB=0.544158;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0163856;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:22:32:32:0.592593:18:14:12:10:18:14:12:10 chr11 45937116 . AGC AG,GAG 30.37 PASS AF=0.181818,0.0909091;AO=10,3;DP=33;FAO=6,3;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5,3;FSAR=1,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.173787,-0.0259749;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=12.8504,129.68;QD=3.68106;RBI=0.173829,0.0742972;REFB=-0.178127,-0.0084369;REVB=-0.00378994,-0.0696088;RO=16;SAF=8,3;SAR=2,0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0.346804,0;SSEP=0,0;SSSB=0.294572,0.594791;STB=0.791633,0.996315;STBP=0.155,0.066;TYPE=del,mnp;VARB=0.187065,0.132717;OID=.,.;OPOS=45937118,45937116;OREF=C,AGC;OALT=-,GAG;OMAPALT=AG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:16:24:10,3:6,3:0.181818,0.0909091:2,0:8,3:9:7:1,0:5,3:12:12 chr11 45937267 . C T 207.44 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.894;QD=48.809;RBI=0.0271869;REFB=0;REVB=0.00804365;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029832;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr11 45949534 . C T 482.43 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0197493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5743;QD=26.077;RBI=0.0349442;REFB=6.52968e-05;REVB=0.0288281;RO=29;SAF=26;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190852;STB=0.510425;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000218671;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:19:26:16:13:19:26:16:13 chr11 45967604 . AGG AGA,AG 38.02 PASS AF=0.097561,0.146341;AO=4,9;DP=42;FAO=4,6;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=0,3;FSAR=4,3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0431095,-0.1382;FXX=0.0238039;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=167.83,11.437;QD=3.7094;RBI=0.0513965,0.154901;REFB=-0.0070012,-0.102178;REVB=-0.0279851,-0.0699631;RO=21;SAF=0,5;SAR=4,4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.686039,-0.0736838;STB=0.997437,0.540407;STBP=0.025,0.861;TYPE=snp,del;VARB=0.0332728,0.0811714;OID=.,.;OPOS=45967606,45967605;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.097561,0.146341:4,9:42:4,6:41:31:0,3:4,3:17:14:16:21:0,5:4,4:13:8 chr11 45975130 . C T 369.85 PASS AF=0.317241;AO=46;DP=144;FAO=46;FDP=145;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=-0.0112633;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.071;QD=10.2028;RBI=0.0207404;REFB=-0.015934;REVB=-0.0174156;RO=98;SAF=28;SAR=18;SRF=34;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300116;STB=0.675509;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0477149;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:98:99:46:46:0.317241:18:28:34:64:18:28:34:65 chr11 46336714 . TCCCCCA TCCCCA,TCCCCAG 33.76 PASS AF=0.242424,0.030303;AO=8,2;DP=33;FAO=8,1;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=1,0;FSAR=7,1;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.140048,-0.0294379;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.0268,30.8524;QD=4.09199;RBI=0.171891,0.114227;REFB=-0.0678036,-0.0313712;REVB=0.0996641,0.110369;RO=20;SAF=0,0;SAR=8,2;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=-0.694902,-0.409357;STB=0.56434,0.983654;STBP=0.85,0.541;TYPE=del,mnp;VARB=0.116476,0.0961436;OID=.,.;OPOS=46336715,46336719;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=TCCCCA,TCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424,0.030303:8,2:33:8,1:33:24:1,0:7,1:4:20:30:20:0,0:8,2:4:16 chr11 46342081 . TG T 889.07 PASS AF=0.988506;AO=78;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.137744;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.6448;QD=40.8769;RBI=0.13916;REFB=-0.0325752;REVB=0.0198036;RO=2;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027027;STB=0.506848;STBP=0.293;TYPE=del;VARB=-0.000674742;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988506:78:88:86:87:1:50:36:0:1:12:2:44:34:0:2 chr11 46401517 . A G 77.17 PASS AF=0.132812;AO=17;DP=129;FAO=17;FDP=128;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=-0.0331255;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.789;QD=2.41164;RBI=0.0345604;REFB=-0.00256276;REVB=-0.00985505;RO=110;SAF=12;SAR=5;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199023;STB=0.628922;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0211955;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:129:128:110:111:17:17:0.132812:5:12:61:49:5:12:63:48 chr11 46402045 . C CG,G 67.5 PASS AF=0.175258,0.0103093;AO=21,4;DP=99;FAO=17,1;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=15,1;FSAR=2,0;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.125007,-0.076464;FXX=0.0202;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=73.2818,55.9611;QD=2.78359;RBI=0.12728,0.0805392;REFB=-0.00360408,-0.0248298;REVB=-0.0239498,-0.0252946;RO=73;SAF=20,4;SAR=1,0;SRF=34;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.685898,0.484762;STB=0.842248,0.989707;STBP=0.006,0.489;TYPE=ins,snp;VARB=0.0630384,0.107432;OID=.,.;OPOS=46402046,46402045;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:99:97:73:79:21,4:17,1:0.175258,0.0103093:1,0:20,4:34:39:2,0:15,1:41:38 chr11 46702920 . T C 1597.97 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=116;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00160481;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.672;QD=55.5816;RBI=0.0161043;REFB=-0.0824639;REVB=-0.0160241;RO=4;SAF=57;SAR=53;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121149;STB=0.505142;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000350025;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:115:4:5:110:110:0.956522:53:57:2:2:53:57:2:3 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151072;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=357.457;QD=56.7066;RBI=0.0259913;REFB=0;REVB=-0.0211499;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.71366e-05;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:29:29:29:0:15:14:0:0:4:0:15:14:0:0 chr11 46744655 . G A 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00550207;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.579;QD=31.2776;RBI=0.035857;REFB=-0.0347118;REVB=-0.0354324;RO=15;SAF=23;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210752;STB=0.616407;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0195948;OID=.;OPOS=46744655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:6:23:8:7:6:23:8:7 chr11 46745003 . C T 1019.35 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.724;QD=58.2485;RBI=0.0706856;REFB=0;REVB=0.0426635;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613747;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:67:70:1:39:28:0:0:42:28:0:0 chr11 46789148 . G C 346.82 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000876041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.199;QD=22.3752;RBI=0.011327;REFB=-0.0220782;REVB=-0.0112931;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15546;STB=0.57943;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0151052;OID=.;OPOS=46789148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:11:24:13:13:11:24:14:13 chr11 46801502 . T C 203.04 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.717;QD=47.7737;RBI=0.033224;REFB=0;REVB=-0.0202078;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00224269;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:13:17:1:7:6:0:0:11:6:0:0 chr11 46879990 . T C 676.89 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.477;QD=60.1682;RBI=0.044614;REFB=-0.0410122;REVB=0.0404927;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284424;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-5.92045e-05;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:43:44:0.977778:16:27:0:1:16:28:0:1 chr11 46890197 . G A 256.0 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.798;QD=51.1992;RBI=0.184188;REFB=0;REVB=0.180781;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674827;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:5:13:0:0:7:13:0:0 chr11 46897446 . G A 3404.3 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305866;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.508;QD=62.179;RBI=0.0334095;REFB=0.0387512;REVB=0.0134409;RO=1;SAF=114;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41319e-05;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:219:1:0:219:219:1:105:114:0:1:105:114:0:0 chr11 46914583 . T C 791.11 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3083;QD=56.5079;RBI=0.0210508;REFB=0;REVB=-0.010971;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381618;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:53:56:1:14:39:0:0:14:42:0:0 chr11 46914598 . A G 840.53 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190074;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6078;QD=57.9677;RBI=0.027398;REFB=0;REVB=-0.0197324;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451515;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:16:42:0:0:16:42:0:0 chr11 46969616 . T C 1357.55 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.727;QD=62.4159;RBI=0.0568686;REFB=0;REVB=0.0467996;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60037e-05;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:43:44:0:0 chr11 47188314 . T C 934.43 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.055194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.612;QD=56.6322;RBI=0.0555573;REFB=0.0058699;REVB=0.00634284;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=6.17721e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:66:0:1:63:65:0.984848:33:30:0:0:32:33:0:1 chr11 47196982 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.053;QD=57.7123;RBI=0.0130354;REFB=0;REVB=-0.000484105;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18152e-05;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr11 47238522 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.619;QD=58.6002;RBI=0.0651258;REFB=0;REVB=0.0216759;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298878;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr11 47266808 . T G 834.14 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.619;QD=57.5266;RBI=0.0600522;REFB=0;REVB=0.0565174;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120643;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:14:43:0:0:15:43:0:0 chr11 47269159 . T C 1785.56 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0830855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.674;QD=61.0447;RBI=0.0893625;REFB=0;REVB=0.0329009;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103045;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:60:56:0:0:61:56:0:0 chr11 47270255 . C T 1137.02 PASS AF=0.966292;AO=74;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0269338;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.099;QD=51.102;RBI=0.027917;REFB=-0.206517;REVB=-0.00734368;RO=8;SAF=35;SAR=39;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966685;STB=0.51546;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0106026;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:89:8:3:74:86:0.966292:39:35:8:0:39:47:3:0 chr11 47282024 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.003;QD=64.1523;RBI=0.0298472;REFB=0;REVB=0.0198889;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00198e-05;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:11:38:0:0:11:38:0:0 chr11 47306585 . G A 926.27 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118286;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.42;QD=57.8916;RBI=0.0197788;REFB=0;REVB=-0.015852;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052265;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:24:39:0:0:25:39:0:0 chr11 47331116 . T C 1324.83 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00835601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.957;QD=60.9116;RBI=0.0109345;REFB=0.0484268;REVB=0.00705267;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114156;STB=0.506023;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-2.5577e-06;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:45:41:1:0:45:41:1:0 chr11 47346145 . G A 1252.97 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380697;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.341;QD=60.3841;RBI=0.0522362;REFB=-0.0854647;REVB=0.0357676;RO=1;SAF=42;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111424;STB=0.505881;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000422275;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:83:1:1:82:82:0.987952:40:42:1:0:40:42:1:0 chr11 47354787 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.091;QD=58.9626;RBI=0.031324;REFB=0;REVB=0.0158034;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16463e-05;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr11 47364762 . A C,G 724.1 PASS AF=0.0961538,0.903846;AO=5,46;DP=52;FAO=5,47;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=3,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267826,0.0455969;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.1433,116.347;QD=55.6996;RBI=0.0313131,0.0484607;REFB=0,0;REVB=-0.0162235,0.0164122;RO=0;SAF=2,26;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0910487,0.000775559;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:52:52:0:0:5,46:5,47:0.0961538,0.903846:3,20:2,26:0:0:3,20:2,27:0:0 chr11 47380340 . G T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.3527;QD=43.4846;RBI=0.0550955;REFB=0;REVB=0.0476902;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182329;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr11 47431728 . A G 276.67 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0500229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8667;QD=48.1167;RBI=0.0533405;REFB=0.0387214;REVB=-0.018518;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708105;STB=0.538425;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00337114;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:1:1:21:22:0.956522:6:15:0:1:6:16:0:1 chr11 47434986 . G A 1116.39 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.478;QD=60.3454;RBI=0.104379;REFB=0;REVB=0.0717491;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437205;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr11 47436045 . GCCCCCA GCCCC,GCCCCA,GCCCCAG 47.38 PASS AF=0,0.391304,0.0434783;AO=3,4,2;DP=23;FAO=0,9,1;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=0,8,1;FSAR=0,1,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00762149,0.0824911,0.0709671;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=204.242,17.6541,26.2227;QD=8.23918;RBI=0.081268,0.0909304,0.071186;REFB=-0.00314667,0.0277308,-0.0145773;REVB=-0.0809098,0.0382565,0.00557731;RO=12;SAF=3,3,2;SAR=0,1,0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.664653,0.365665,0.593836;STB=0.5,0.84619,0.991536;STBP=1,0.019,0.252;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,-0.00567313,0.0930615;OID=.,.,.;OPOS=47436050,47436046,47436050;OREF=CA,C,CA;OALT=-,-,AG;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA,GCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.391304,0.0434783:3,4,2:23:0,9,1:23:13:0,8,1:0,1,0:5:8:36:12:3,3,2:0,1,0:5:7 chr11 47460306 . A G 669.8 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0697145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3559;QD=62.3069;RBI=0.0721281;REFB=0;REVB=-0.0185027;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117977;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr11 47469439 . A G 1583.52 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324523;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.982;QD=59.1969;RBI=0.0381825;REFB=0;REVB=0.0201184;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94311e-05;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:56:48:0:0:58:49:0:0 chr11 47579119 . A T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.586;QD=58.5875;RBI=0.0472997;REFB=0;REVB=0.0161646;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101866;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr11 47593945 . A C 707.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.571;QD=62.88;RBI=0.0868333;REFB=0;REVB=0.086613;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182936;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr11 47609867 . G A 1502.38 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.49;QD=61.9538;RBI=0.0581371;REFB=0;REVB=0.0449715;RO=1;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08888e-06;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:1:0:94:97:1:54:40:0:1:55:42:0:0 chr11 47681370 . T G 119.49 PASS AF=0.923077;AO=9;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129588;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.744;QD=36.7665;RBI=0.0578078;REFB=0.070327;REVB=0.0563366;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000430805;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:13:0:1:9:12:0.923077:1:8:0:0:3:9:0:1 chr11 47721008 . T C 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0509817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1398;QD=12.2754;RBI=0.0510902;REFB=0.00894404;REVB=0.00332701;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292532;STB=0.517221;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.021086;OID=.;OPOS=47721008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:18:14:7:10:18:14 chr11 47748509 . T C 812.62 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=63;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00159334;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6306;QD=53.2865;RBI=0.0863741;REFB=-0.031893;REVB=0.0863594;RO=2;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304114;STB=0.500835;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00133744;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:61:2:2:58:59:0.967213:30:28:0:2:31:28:1:1 chr11 47772545 . T C 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.012291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.252;QD=16.1644;RBI=0.0131926;REFB=-0.012195;REVB=-0.00479347;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987449;STB=0.555522;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0200229;OID=.;OPOS=47772545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:16:17:17:24:16:17:17:24 chr11 47826090 . A C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.478;QD=61.684;RBI=0.0188078;REFB=0;REVB=0.0165869;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18897e-05;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr11 47834592 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.214;QD=51.1846;RBI=0.0742901;REFB=0;REVB=0.0213724;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398716;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr11 47857253 . T C,G 609.9 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=33,6;DP=40;FAO=36,6;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8,5;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107477,0.00937184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.8988,242.196;QD=58.0856;RBI=0.0629704,0.0137707;REFB=0,0;REVB=0.0620464,-0.0100897;RO=0;SAF=8,4;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00286309,0.00801513;OID=.,.;OPOS=47857253,47857253;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:40:42:0:0:33,6:36,6:0.857143,0.142857:25,2:8,4:0:0:28,1:8,5:0:0 chr11 47869855 . C T 983.34 PASS AF=0.428571;AO=65;DP=183;FAO=78;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=56;FWDB=0.0972115;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.599;QD=21.6118;RBI=0.0972511;REFB=-0.0393444;REVB=0.00277461;RO=65;SAF=40;SAR=25;SRF=13;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363567;STB=0.65072;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0574694;OID=.;OPOS=47869855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:65:73:65:78:0.428571:25:40:13:52:35:43:17:56 chr11 48118347 . T TA 579.33 PASS AF=1;AO=54;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.225563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4108;QD=36.7829;RBI=0.235165;REFB=0;REVB=-0.0665099;RO=5;SAF=22;SAR=32;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00536563;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:64:63:63:0:31:32:0:0:12:5:22:32:4:1 chr11 48145247 . T C 739.4 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00836886;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.023;QD=20.6826;RBI=0.0234552;REFB=-0.0192882;REVB=0.0219114;RO=70;SAF=42;SAR=30;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015399;STB=0.504201;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0163387;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:70:71:72:72:0.503497:30:42:42:28:30:42:42:29 chr11 48145375 . A C 246.61 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0626304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4548;QD=15.9105;RBI=0.130344;REFB=-0.0144112;REVB=0.114311;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760672;STB=0.542827;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.018366;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:22:12:12:16:22:12 chr11 48146622 . G A 989.81 PASS AF=0.7;AO=84;DP=120;FAO=84;FDP=120;FR=.;FRO=36;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0327501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.51;QD=32.9937;RBI=0.0343503;REFB=0.00642976;REVB=-0.0103622;RO=36;SAF=38;SAR=46;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103982;STB=0.55585;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00213475;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:36:36:84:84:0.7:46:38:23:13:46:38:23:13 chr11 48188760 . A AT 42.58 PASS AF=0.130081;AO=20;DP=126;FAO=16;FDP=123;FR=.;FRO=107;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=39;FWDB=-0.0249992;FXX=0.0159987;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.1539;QD=1.38471;RBI=0.0278067;REFB=-0.00442213;REVB=-0.0121759;RO=104;SAF=1;SAR=19;SRF=69;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.717945;STB=0.949912;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0912073;OID=.;OPOS=48188761;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130081:20:126:16:123:107:1:15:68:39:42:104:1:19:69:35 chr11 48190383 . A T 1407.55 PASS AF=1;AO=82;DP=86;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964134;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.318;QD=61.1978;RBI=0.0118972;REFB=-0.0411526;REVB=0.00697045;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91239e-05;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:92:0:0:82:92:1:43:39:0:0:52:40:0:0 chr11 48190527 . T C 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1655;QD=57.2312;RBI=0.0737713;REFB=0;REVB=0.0714699;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894699;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr11 48238421 . T G 1773.85 PASS AF=0.96;AO=119;DP=124;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0514116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.952;QD=56.7633;RBI=0.0564105;REFB=-0.15549;REVB=0.0232161;RO=2;SAF=47;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197796;STB=0.524748;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00175833;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:124:125:2:5:119:120:0.96:72:47:2:0:72:48:5:0 chr11 48238549 . G A 3089.37 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295104;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0194;QD=61.7873;RBI=0.0385571;REFB=0;REVB=0.024815;RO=0;SAF=71;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104435;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:200:0:0:200:200:1:129:71:0:0:129:71:0:0 chr11 48239182 . C A 306.06 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.376;QD=53.2283;RBI=0.050299;REFB=0;REVB=-0.0496102;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375703;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr11 48285842 . A G 1595.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.428;QD=59.6409;RBI=0.0410639;REFB=0;REVB=0.0389712;RO=0;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2662e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:101:107:1:37:64:0:0:40:67:0:0 chr11 48328644 . C T 936.96 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.918;QD=58.56;RBI=0.0311523;REFB=0;REVB=0.022415;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46214e-06;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr11 48346513 . T C 45.15 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=-0.015386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6226;QD=2.1248;RBI=0.0356423;REFB=-0.00251468;REVB=0.0321503;RO=75;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348898;STB=0.742952;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00919129;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:4:6:23:52:4:6:23:52 chr11 48346523 . C T 66.9 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0147587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9105;QD=3.07594;RBI=0.0239583;REFB=0.000130433;REVB=0.0188728;RO=72;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375933;STB=0.74263;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000517534;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:72:74:13:13:0.149425:5:8:22:50:5:8:23:51 chr11 48346535 . G C 89.96 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=-0.0912187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5437;QD=3.86908;RBI=0.0930021;REFB=-0.0122922;REVB=-0.0181257;RO=72;SAF=11;SAR=5;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454357;STB=0.784442;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0702978;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:88:93:72:77:16:16:0.172043:5:11:22:50:5:11:24:53 chr11 48346541 . A T 89.91 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.0180872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.03;QD=3.82592;RBI=0.0291118;REFB=0.00320102;REVB=-0.0228112;RO=75;SAF=11;SAR=5;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424889;STB=0.779647;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0113218;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:93:94:75:78:16:16:0.170213:5:11:25:50:5:11:25:53 chr11 48346547 . C T 127.36 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=94;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=0.00603612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.758;QD=5.25182;RBI=0.020939;REFB=-0.00797344;REVB=-0.0200501;RO=74;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447606;STB=0.783432;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.013016;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:74:77:20:20:0.206186:6:14:24:50:6:14:24:53 chr11 48346551 . C A 152.79 PASS AF=0.226415;AO=24;DP=106;FAO=24;FDP=106;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0061998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.38;QD=5.76552;RBI=0.0349586;REFB=-0.00717791;REVB=-0.0344045;RO=82;SAF=18;SAR=6;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487503;STB=0.796232;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0281424;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:82:82:24:24:0.226415:6:18:28:54:6:18:28:54 chr11 48346579 . C A 166.95 PASS AF=0.207407;AO=26;DP=133;FAO=28;FDP=135;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=69;FWDB=0.00458977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.705;QD=4.94669;RBI=0.0062274;REFB=-0.0150479;REVB=-0.00420886;RO=105;SAF=21;SAR=5;SRF=38;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541841;STB=0.820683;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0679297;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:105:107:26:28:0.207407:5:21:38:67:6:22:38:69 chr11 48346588 . A C 216.81 PASS AF=0.230769;AO=33;DP=143;FAO=33;FDP=143;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.00745097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.772;QD=6.06464;RBI=0.0149992;REFB=-0.0171063;REVB=-0.0130176;RO=110;SAF=25;SAR=8;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435026;STB=0.76504;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0432376;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:110:110:33:33:0.230769:8:25:45:65:8:25:45:65 chr11 48346604 . T G 313.52 PASS AF=0.27439;AO=45;DP=164;FAO=45;FDP=164;FR=.;FRO=119;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=0.000121118;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.049;QD=7.64692;RBI=0.00761635;REFB=-0.00439822;REVB=-0.00761539;RO=119;SAF=32;SAR=13;SRF=50;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356661;STB=0.711017;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0159087;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:119:119:45:45:0.27439:13:32:50:69:13:32:50:69 chr11 48346615 . G A 289.44 PASS AF=0.254335;AO=44;DP=173;FAO=44;FDP=173;FR=.;FRO=129;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=0.0104521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8418;QD=6.69213;RBI=0.0490429;REFB=-0.00341211;REVB=-0.0479162;RO=126;SAF=32;SAR=12;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364218;STB=0.720238;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0121833;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:126:129:44:44:0.254335:12:32:55:71:12:32:56:73 chr11 48346657 . CTTTTTGCTGATC CTTT,CTTTTGCTGATC 248.35 PASS AF=0.277778,0;AO=54,28;DP=222;FAO=60,0;FDP=216;FR=.;FRO=156;FSAF=34,0;FSAR=26,0;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=-0.0128095,-0.0112335;FXX=0.0270258;HRUN=5,5;LEN=9,1;MLLD=290.988,11.4903;QD=4.59915;RBI=0.0297839,0.124192;REFB=-0.00944511,-0.0456486;REVB=-0.0268886,-0.123683;RO=108;SAF=31,7;SAR=23,21;SRF=58;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0434941,-0.371433;STB=0.55753,0.5;STBP=0.285,1;TYPE=del,del;VARB=0.0264619,0.0230323;OID=.,.;OPOS=48346661,48346658;OREF=TTGCTGATC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTT,CTTTTGCTGATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778,0:54,28:222:60,0:216:156:34,0:26,0:76:80:99:108:31,7:23,21:58:50 chr11 48346681 . G A 468.77 PASS AF=0.264;AO=65;DP=250;FAO=66;FDP=250;FR=.;FRO=184;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=90;FSRR=94;FWDB=0.00928417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.167;QD=7.50039;RBI=0.0212461;REFB=-0.0101935;REVB=-0.0191103;RO=183;SAF=35;SAR=30;SRF=90;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580881;STB=0.541472;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0182224;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:183:184:65:66:0.264:30:35:90:93:30:36:90:94 chr11 48346729 . G C 379.17 PASS AF=0.261468;AO=54;DP=216;FAO=57;FDP=218;FR=.;FRO=161;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=77;FSRR=84;FWDB=-0.00856274;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.442;QD=6.9573;RBI=0.0168382;REFB=-0.00911321;REVB=-0.0144984;RO=160;SAF=15;SAR=39;SRF=77;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269453;STB=0.625905;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0279881;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:160:161:54:57:0.261468:39:15:77:83:39:18:77:84 chr11 48346791 . C T 336.72 PASS AF=0.287425;AO=45;DP=164;FAO=48;FDP=167;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=0.00728124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.657;QD=8.06523;RBI=0.00829156;REFB=-0.00328582;REVB=-0.00396654;RO=117;SAF=9;SAR=36;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431279;STB=0.74216;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00754193;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:167:117:119:45:48:0.287425:36:9:62:55:38:10:62:57 chr11 48346822 . A C 353.77 PASS AF=0.308219;AO=45;DP=147;FAO=45;FDP=146;FR=.;FRO=101;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.00130127;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.3;QD=9.69219;RBI=0.0169742;REFB=0.00265319;REVB=0.0169242;RO=99;SAF=11;SAR=34;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341661;STB=0.695159;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.006131;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:99:101:45:45:0.308219:34:11:51:48:34:11:51:50 chr11 48346843 . C T 260.88 PASS AF=0.288;AO=34;DP=125;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0339673;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.313;QD=8.34826;RBI=0.0339794;REFB=-0.00372406;REVB=0.00090838;RO=90;SAF=8;SAR=26;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369396;STB=0.70874;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00796461;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:90:89:34:36:0.288:26:8:47:43:27:9:47:42 chr11 48346916 . G C 330.68 PASS AF=0.300699;AO=43;DP=143;FAO=43;FDP=143;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=63;FSRR=37;FWDB=-0.0345534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2135;QD=9.24988;RBI=0.0350888;REFB=-0.0085918;REVB=0.00610662;RO=99;SAF=18;SAR=25;SRF=62;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243935;STB=0.644634;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.018495;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:99:100:43:43:0.300699:25:18:62:37:25:18:63:37 chr11 48346924 . T C 306.53 PASS AF=0.288732;AO=41;DP=141;FAO=41;FDP=142;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=40;FWDB=0.0239173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5696;QD=8.63472;RBI=0.0446758;REFB=0.00240687;REVB=0.0377345;RO=100;SAF=20;SAR=21;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13529;STB=0.582296;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00319186;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:100:101:41:41:0.288732:21:20:60:40:21:20:61:40 chr11 48346932 . G A 366.67 PASS AF=0.315068;AO=46;DP=146;FAO=46;FDP=146;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=0.00747919;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.8;QD=10.0458;RBI=0.0115339;REFB=-0.00520488;REVB=-0.00878025;RO=100;SAF=23;SAR=23;SRF=61;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130087;STB=0.57531;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0114151;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:100:100:46:46:0.315068:23:23:61:39:23:23:61:39 chr11 48346961 . AA TG 367.15 PASS AF=0.294798;AO=50;DP=171;FAO=51;FDP=173;FR=.;FRO=122;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=76;FSRR=46;FWDB=-0.00961969;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=224.404;QD=8.48891;RBI=0.0184539;REFB=-0.0055669;REVB=-0.0157482;RO=120;SAF=26;SAR=24;SRF=74;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117797;STB=0.580042;STBP=0.201;TYPE=mnp;VARB=0.0152457;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:120:122:50:51:0.294798:24:26:74:46:25:26:76:46 chr11 48346999 . T G 418.46 PASS AF=0.3125;AO=55;DP=176;FAO=55;FDP=176;FR=.;FRO=121;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=71;FSRR=50;FWDB=0.0327215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1907;QD=9.51049;RBI=0.035859;REFB=-0.0126285;REVB=-0.0146688;RO=120;SAF=28;SAR=27;SRF=70;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881526;STB=0.553512;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0321869;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:120:121:55:55:0.3125:27:28:70:50:27:28:71:50 chr11 48347014 . G A 387.66 PASS AF=0.305882;AO=52;DP=170;FAO=52;FDP=170;FR=.;FRO=118;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=71;FSRR=47;FWDB=0.0735513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.652;QD=9.12138;RBI=0.0735542;REFB=-0.00170637;REVB=0.000653008;RO=117;SAF=24;SAR=28;SRF=70;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161832;STB=0.596376;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0187641;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:117:118:52:52:0.305882:28:24:70:47:28:24:71:47 chr11 48347023 . C T 356.74 PASS AF=0.308176;AO=42;DP=164;FAO=49;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=110;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=-0.0110586;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.307;QD=8.97456;RBI=0.0184125;REFB=-0.0141837;REVB=-0.0147217;RO=88;SAF=20;SAR=22;SRF=58;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212874;STB=0.603311;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.025591;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:159:88:110:42:49:0.308176:22:20:58:30:27:22:66:44 chr11 48347067 . C T 412.56 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0168974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.139;QD=12.2239;RBI=0.019365;REFB=-0.0263789;REVB=-0.00945939;RO=84;SAF=27;SAR=22;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171004;STB=0.517801;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0404155;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:84:86:49:49:0.362963:22:27:45:39:22:27:45:41 chr11 48347100 . C T 403.35 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0440686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.899;QD=13.7898;RBI=0.0446456;REFB=-0.0091387;REVB=0.00715447;RO=69;SAF=30;SAR=17;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14248;STB=0.57689;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0168715;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:69:70:47:47:0.401709:17:30:35:34:17:30:36:34 chr11 48347124 . A G 401.92 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0769077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6953;QD=15.6087;RBI=0.105801;REFB=-0.0183975;REVB=-0.0726575;RO=53;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134732;STB=0.510412;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0212207;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:53:58:45:45:0.436893:21:24:29:24:21:24:32:26 chr11 48347130 . C G 456.56 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0410358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7511;QD=18.2624;RBI=0.0430608;REFB=-0.00844757;REVB=0.0130497;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299212;STB=0.516689;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00958971;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:21:25:31:23:21:25:31:23 chr11 48347140 . T C 1557.77 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.268;QD=58.7837;RBI=0.0436323;REFB=-0.107981;REVB=0.0170578;RO=1;SAF=59;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079761;STB=0.504201;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000442363;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:1:1:105:105:0.990566:46:59:1:0:46:59:1:0 chr11 48347142 . C T 458.74 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00926102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.772;QD=16.9904;RBI=0.0175148;REFB=0.00463735;REVB=0.0148661;RO=57;SAF=27;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376501;STB=0.525065;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00613663;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:58:50:50:0.462963:23:27:33:24:23:27:34:24 chr11 48347144 . T C 456.5 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00546194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.002;QD=16.7521;RBI=0.0306692;REFB=-0.0130775;REVB=0.030179;RO=58;SAF=27;SAR=23;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450301;STB=0.529116;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00875531;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:50:50:0.458716:23:27:34:24:23:27:35:24 chr11 48347267 . T C 373.33 PASS AF=0.293103;AO=51;DP=174;FAO=51;FDP=174;FR=.;FRO=123;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=0.00560296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.592;QD=8.58238;RBI=0.00738832;REFB=0.00189868;REVB=-0.00481602;RO=123;SAF=25;SAR=26;SRF=63;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265531;STB=0.515541;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0090677;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:123:123:51:51:0.293103:26:25:63:60:26:25:63:60 chr11 48347306 . G T 212.25 PASS AF=0.220126;AO=34;DP=160;FAO=35;FDP=159;FR=.;FRO=124;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=-0.000350166;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.724;QD=5.33951;RBI=0.0029352;REFB=-0.00652703;REVB=-0.00291424;RO=121;SAF=15;SAR=19;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695798;STB=0.527192;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0241799;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:121:124:34:35:0.220126:19:15:60:61:19:16:61:63 chr11 48347342 . G A 131.1 PASS AF=0.175182;AO=24;DP=137;FAO=24;FDP=137;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.031371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.622;QD=3.82764;RBI=0.0476082;REFB=-0.0122541;REVB=-0.0358106;RO=112;SAF=10;SAR=14;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061535;STB=0.536434;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0546349;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:112:113:24:24:0.175182:14:10:52:60:14:10:52:61 chr11 48347346 . A T 105.42 PASS AF=0.153285;AO=21;DP=136;FAO=21;FDP=137;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.0313887;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.687;QD=3.0779;RBI=0.057413;REFB=-0.00698763;REVB=-0.0480729;RO=113;SAF=9;SAR=12;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518318;STB=0.573187;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0409298;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:113:116:21:21:0.153285:12:9:53:60:13:8:54:62 chr11 48347358 . C T 103.92 PASS AF=0.164179;AO=20;DP=131;FAO=22;FDP=134;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.0383359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3619;QD=3.10222;RBI=0.0422968;REFB=0.00300323;REVB=0.0178713;RO=111;SAF=7;SAR=13;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142723;STB=0.586512;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00171166;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:111:112:20:22:0.164179:13:7:51:60:14:8:52:60 chr11 48347363 . C T 107.06 PASS AF=0.157895;AO=21;DP=133;FAO=21;FDP=133;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.0410068;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.548;QD=3.21985;RBI=0.0425231;REFB=-0.00174676;REVB=-0.011254;RO=112;SAF=7;SAR=14;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182486;STB=0.621643;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0101999;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:112:112:21:21:0.157895:14:7:53:59:14:7:53:59 chr11 48347392 . T C 77.35 PASS AF=0.145631;AO=15;DP=103;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0183067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.337;QD=3.00398;RBI=0.0414005;REFB=-0.00242459;REVB=0.0371331;RO=88;SAF=7;SAR=8;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275221;STB=0.518782;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0101065;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:103:103:88:88:15:15:0.145631:8:7:43:45:8:7:43:45 chr11 48347419 . A G 103.64 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0180751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1842;QD=4.99466;RBI=0.0533402;REFB=-0.00397623;REVB=0.0501844;RO=66;SAF=8;SAR=9;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935994;STB=0.559253;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0101238;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:66:66:17:17:0.204819:9:8:36:30:9:8:36:30 chr11 48347492 . G A 164.11 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0488294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8363;QD=11.1259;RBI=0.0532488;REFB=-0.00747528;REVB=-0.0212397;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640825;STB=0.529384;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.01561;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:21:21:0.355932:9:12:19:18:9:12:20:18 chr11 48347498 . A T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0145625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.296;QD=13.0148;RBI=0.028618;REFB=-0.0099322;REVB=-0.0246359;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472756;STB=0.527317;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0168025;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:19:13:9:11:19:13 chr11 48366908 . C G 126.03 PASS AF=0.178295;AO=23;DP=130;FAO=23;FDP=129;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0532494;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4264;QD=3.9078;RBI=0.0537626;REFB=-0.00739814;REVB=-0.0074107;RO=106;SAF=9;SAR=14;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801734;STB=0.551822;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0410501;OID=.;OPOS=48366908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:106:106:23:23:0.178295:14:9:48:58:14:9:48:58 chr11 48366958 . T G 443.42 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0225997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.351;QD=15.0311;RBI=0.0240443;REFB=0.0159352;REVB=0.00820841;RO=63;SAF=21;SAR=29;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090307;STB=0.53126;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00350036;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:68:50:50:0.423729:29:21:21:42:29:21:25:43 chr11 48366971 . GG CA 392.98 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.00202038;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=2;MLLD=325.099;QD=13.5511;RBI=0.00221044;REFB=-0.00593409;REVB=0.000896742;RO=68;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996865;STB=0.54433;STBP=0.474;TYPE=mnp;VARB=0.0087992;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:68:70:46:46:0.396552:27:19:22:46:27:19:24:46 chr11 48367050 . T TAG 170.55 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0130674;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.626;QD=8.74599;RBI=0.0199325;REFB=-0.0107622;REVB=-0.0150515;RO=56;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038055;STB=0.52965;STBP=0.768;TYPE=ins;VARB=0.0328685;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294872:23:80:23:78:55:11:12:24:31:99:56:11:12:25:31 chr11 48367073 . A C 988.65 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0165771;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.514;QD=54.9252;RBI=0.0179037;REFB=-0.0708193;REVB=0.00676316;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.519994;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000265498;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:0:3:69:69:0.958333:36:33:0:0:36:33:0:3 chr11 48367097 . A G 95.65 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0088817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.205;QD=5.88607;RBI=0.0194163;REFB=-0.00421306;REVB=0.0172658;RO=49;SAF=7;SAR=8;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534395;STB=0.525633;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0243303;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:49:50:15:15:0.230769:8:7:25:24:8:7:25:25 chr11 48367133 . C A 39.9 PASS AF=0.137255;AO=8;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.033603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3195;QD=3.12935;RBI=0.0857546;REFB=0.00496678;REVB=-0.0788967;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423746;STB=0.542251;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0496761;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:43:44:8:7:0.137255:4:4:23:20:3:4:23:21 chr11 48367136 . C T 40.36 PASS AF=0.14;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.018332;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.359;QD=3.22844;RBI=0.0427342;REFB=-0.00820781;REVB=-0.0386024;RO=43;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441299;STB=0.531701;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0499441;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:51:50:43:43:7:7:0.14:3:4:23:20:3:4:23:20 chr11 48367159 . C T 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00928193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.165;QD=2.56874;RBI=0.0136312;REFB=-0.00201939;REVB=-0.00998282;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112417;STB=0.579741;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00814077;OID=.;OPOS=48367159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:50:42:44:6:6:0.12:3:3:25:17:3:3:26:18 chr11 48367163 . A G 31.2 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0684998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3218;QD=2.4474;RBI=0.0847798;REFB=-0.0118772;REVB=-0.0499539;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112417;STB=0.568403;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0527669;OID=.;OPOS=48367163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:51:42:45:6:6:0.117647:3:3:25:17:3:3:26:19 chr11 48367170 . G A 43.5 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0484719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.132;QD=3.22255;RBI=0.191701;REFB=-0.0135277;REVB=-0.185471;RO=43;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181352;STB=0.626675;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.018298;OID=.;OPOS=48367170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:54:54:43:45:7:7:0.12963:4:3:25:18:4:3:26:19 chr11 48367190 . A T 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0111503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.477;QD=3.80253;RBI=0.0233159;REFB=-0.00349639;REVB=-0.0204769;RO=47;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809983;STB=0.555432;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0163893;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:5:4:24:23:5:4:24:23 chr11 48367195 . C T 66.45 PASS AF=0.186441;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0115311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.734;QD=4.50537;RBI=0.0303662;REFB=-0.000992516;REVB=-0.0280916;RO=47;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131014;STB=0.53697;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0179868;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:47:48:10:11:0.186441:5:5:23:24:6:5:24:24 chr11 48367249 . C T 135.29 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.000226058;FXX=0.0348797;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.073;QD=6.52005;RBI=0.00038895;REFB=-0.00014996;REVB=-0.000316512;RO=61;SAF=8;SAR=12;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114151;STB=0.558764;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.000348932;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:61:63:20:20:0.240964:12:8:30:31:12:8:30:33 chr11 48367252 . G A 151.35 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.030791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1459;QD=6.95871;RBI=0.031253;REFB=-0.00126765;REVB=0.00535404;RO=64;SAF=10;SAR=12;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175146;STB=0.505258;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00363492;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:64:65:22:22:0.252874:12:10:30:34:12:10:30:35 chr11 48367254 . T C 43.91 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0276844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.399;QD=1.9734;RBI=0.0278082;REFB=-0.00597823;REVB=0.00262086;RO=77;SAF=3;SAR=7;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207389;STB=0.665553;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0332203;OID=.;OPOS=48367254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:77:79:10:10:0.11236:7:3:36:41:7:3:38:41 chr11 48367311 . T C 292.32 PASS AF=0.330435;AO=38;DP=115;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0122967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7347;QD=10.1677;RBI=0.0160618;REFB=-0.0128706;REVB=0.0103332;RO=74;SAF=16;SAR=22;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121507;STB=0.583137;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0214806;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:77:38:38:0.330435:22:16:39:35:22:16:42:35 chr11 48367363 . C T 359.52 PASS AF=0.330882;AO=44;DP=135;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=0.0467593;FXX=0.0144917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8503;QD=10.5742;RBI=0.0467851;REFB=-0.0210268;REVB=-0.00155612;RO=91;SAF=19;SAR=25;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198912;STB=0.620193;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0422261;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:91:91:44:45:0.330882:25:19:55:36:26:19:55:36 chr11 48367387 . C T 313.66 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=127;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.0725474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2501;QD=9.87916;RBI=0.0867847;REFB=-0.0115614;REVB=0.0476283;RO=86;SAF=15;SAR=26;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22478;STB=0.630421;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0271605;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:86:86:41:41:0.322835:26:15:48:38:26:15:48:38 chr11 48367419 . G A 180.57 PASS AF=0.252336;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0179249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.611;QD=6.75012;RBI=0.0236987;REFB=-0.00695976;REVB=-0.0155024;RO=78;SAF=11;SAR=16;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145768;STB=0.588007;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0221841;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:78:80:27:27:0.252336:16:11:41:37:16:11:42:38 chr11 48367424 . C G 172.21 PASS AF=0.245283;AO=26;DP=106;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0351229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.502;QD=6.49837;RBI=0.0351317;REFB=0.000750492;REVB=0.000786368;RO=80;SAF=11;SAR=15;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126459;STB=0.576864;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00266595;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:80:80:26:26:0.245283:15:11:42:38:15:11:42:38 chr11 48367455 . G A 174.65 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0131532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.896;QD=8.02981;RBI=0.0190349;REFB=-0.00551807;REVB=-0.0137594;RO=63;SAF=10;SAR=14;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185633;STB=0.610914;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.011596;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:14:10:36:27:14:10:36:27 chr11 48367469 . TG CA 106.77 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0425483;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.984;QD=5.5465;RBI=0.0509257;REFB=-0.0300521;REVB=-0.0279833;RO=59;SAF=9;SAR=8;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161704;STB=0.51611;STBP=0.895;TYPE=mnp;VARB=0.0701252;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:60:17:17:0.220779:8:9:32:27:8:9:33:27 chr11 48367474 . A G 97.85 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0264821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.604;QD=5.15005;RBI=0.0266412;REFB=-0.00877497;REVB=0.00290716;RO=60;SAF=9;SAR=7;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157864;STB=0.509987;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0144071;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:7:9:33:27:7:9:33:27 chr11 48367499 . A G 49.01 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0348225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.878;QD=4.00067;RBI=0.0348229;REFB=-0.0121517;REVB=-0.000167054;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802812;STB=0.555415;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.076587;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:3:5:23:18:3:5:23:18 chr11 48367511 . T G 34.06 PASS AF=0.176471;AO=5;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.027006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.737;QD=4.00756;RBI=0.0271056;REFB=-0.000923698;REVB=0.00232163;RO=28;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396155;STB=0.815235;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0166742;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:5:6:0.176471:1:4:13:15:1:5:13:15 chr11 48373748 . C G 55.45 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.00159992;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9544;QD=2.8806;RBI=0.0419773;REFB=0.000973525;REVB=-0.0419468;RO=63;SAF=2;SAR=9;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568771;STB=0.875207;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0120768;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:63:66:11:11:0.142857:9:2:43:20:9:2:45:21 chr11 48373770 . T A 53.33 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=21;FWDB=0.00348302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.491;QD=2.60159;RBI=0.0101221;REFB=0.000244614;REVB=0.00950395;RO=71;SAF=2;SAR=9;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582373;STB=0.885807;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00264348;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:82:71:71:11:11:0.134146:9:2:50:21:9:2:50:21 chr11 48373797 . C T 74.45 PASS AF=0.152174;AO=15;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=21;FWDB=-0.00427609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.723;QD=3.23703;RBI=0.0261897;REFB=-0.000664855;REVB=-0.0258382;RO=76;SAF=10;SAR=5;SRF=55;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845549;STB=0.584994;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0124808;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:92:92:76:78:15:14:0.152174:5:10:55:21:5:9:57:21 chr11 48373805 . G A 81.46 PASS AF=0.16129;AO=15;DP=93;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=22;FWDB=-0.0704726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0673;QD=3.50365;RBI=0.0705181;REFB=-0.00603473;REVB=-0.00253032;RO=78;SAF=10;SAR=5;SRF=56;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756559;STB=0.549936;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0193778;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:93:93:78:78:15:15:0.16129:5:10:56:22:5:10:56:22 chr11 48373815 . A G 103.45 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=23;FWDB=0.0343319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7934;QD=3.7619;RBI=0.0421859;REFB=0.00333699;REVB=0.0245147;RO=91;SAF=15;SAR=4;SRF=68;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749598;STB=0.54947;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0132156;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:91:91:19:19:0.172727:4:15:68:23:4:15:68:23 chr11 48373817 . C T 110.07 PASS AF=0.178571;AO=20;DP=112;FAO=20;FDP=112;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=24;FWDB=-0.00786068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.429;QD=3.93109;RBI=0.0101797;REFB=-0.000752649;REVB=-0.00646808;RO=82;SAF=16;SAR=4;SRF=59;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139192;STB=0.571352;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00266108;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:82:92:20:20:0.178571:4:16:59:23:4:16:68:24 chr11 48373820 . A C 36.27 PASS AF=0.0877193;AO=10;DP=114;FAO=10;FDP=114;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=79;FSRR=25;FWDB=0.00806493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.278;QD=1.27273;RBI=0.0097283;REFB=0.00110786;REVB=0.00544029;RO=102;SAF=8;SAR=2;SRF=77;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732524;STB=0.553733;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00785091;OID=.;OPOS=48373820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:114:114:102:104:10:10:0.0877193:2:8:77:25:2:8:79:25 chr11 48373827 . G A 109.24 PASS AF=0.176991;AO=20;DP=114;FAO=20;FDP=113;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=71;FSRR=22;FWDB=-0.0168406;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.051;QD=3.86691;RBI=0.0224429;REFB=0.0015856;REVB=-0.014835;RO=93;SAF=18;SAR=2;SRF=71;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304216;STB=0.707939;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00195048;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:93:93:20:20:0.176991:2:18:71:22:2:18:71:22 chr11 48373885 . A G 440.63 PASS AF=0.335329;AO=56;DP=169;FAO=56;FDP=167;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=82;FSRR=29;FWDB=0.00320995;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.628;QD=10.554;RBI=0.0101169;REFB=-0.00830395;REVB=-0.00959411;RO=110;SAF=33;SAR=23;SRF=82;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19557;STB=0.606477;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0196985;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:110:111:56:56:0.335329:23:33:82:28:23:33:82:29 chr11 48373900 . A G 470.22 PASS AF=0.345029;AO=59;DP=171;FAO=59;FDP=171;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=80;FSRR=32;FWDB=-0.0140927;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2355;QD=10.9994;RBI=0.027499;REFB=0.0130062;REVB=0.0236133;RO=111;SAF=35;SAR=24;SRF=79;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145379;STB=0.584719;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.017723;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:111:112:59:59:0.345029:24:35:79:32:24:35:80:32 chr11 48373936 . A G 495.59 PASS AF=0.372671;AO=60;DP=160;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=0.0156061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9991;QD=12.3128;RBI=0.0206489;REFB=-0.0156483;REVB=0.0135214;RO=98;SAF=34;SAR=26;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745201;STB=0.536812;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0329051;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:98:101:60:60:0.372671:26:34:62:36:26:34:63:38 chr11 48373946 . C A 1048.09 PASS AF=0.610063;AO=96;DP=158;FAO=97;FDP=159;FR=.;FRO=62;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0206743;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.483;QD=26.3671;RBI=0.0243825;REFB=-0.012739;REVB=0.0129259;RO=60;SAF=59;SAR=37;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232953;STB=0.51775;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00643731;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:60:62:96:97:0.610063:37:59:35:25:38:59:35:27 chr11 48373976 . T G 473.12 PASS AF=0.377622;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0281935;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.37;QD=13.2341;RBI=0.0283791;REFB=-0.0227825;REVB=-0.00324073;RO=86;SAF=28;SAR=26;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747985;STB=0.508032;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0417368;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:89:54:54:0.377622:26:28:44:42:26:28:45:44 chr11 48373986 . A G 380.56 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0733748;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2458;QD=11.8926;RBI=0.0738005;REFB=0.00367645;REVB=0.00791566;RO=80;SAF=25;SAR=21;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345747;STB=0.520114;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0041919;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:80:82:46:46:0.359375:21:25:41:39:21:25:42:40 chr11 48374000 . C CT 101.86 PASS AF=0.286957;AO=29;DP=121;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00263855;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3432;QD=3.54282;RBI=0.0554759;REFB=-0.0103293;REVB=0.0554132;RO=88;SAF=12;SAR=17;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937912;STB=0.515302;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=-0.0402619;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.286957:29:121:33:115:82:16:17:38:44:99:88:12:17:43:45 chr11 48387098 . A C 95.35 PASS AF=0.197531;AO=16;DP=81;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00985369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.902;QD=4.7084;RBI=0.0302163;REFB=-0.00257144;REVB=-0.0285644;RO=64;SAF=15;SAR=1;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537735;STB=0.869476;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00906012;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:81:81:64:65:16:16:0.197531:1:15:41:23:1:15:41:24 chr11 48387301 . G A 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0196654;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6371;QD=2.79778;RBI=0.0226737;REFB=-0.0219031;REVB=0.0112858;RO=56;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243055;STB=0.525367;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0660573;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:67:66:56:57:9:9:0.136364:5:4:26:30:5:4:27:30 chr11 48387335 . C A 109.7 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0115302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.646;QD=4.82214;RBI=0.0171117;REFB=-0.00875613;REVB=0.0126437;RO=71;SAF=7;SAR=11;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132157;STB=0.584578;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0308236;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:73:18:18:0.197802:11:7:35:36:11:7:36:37 chr11 48387370 . A G 72.19 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0135768;FXX=0.069993;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.348;QD=3.10483;RBI=0.0189245;REFB=-0.00303495;REVB=-0.0131836;RO=78;SAF=7;SAR=6;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159825;STB=0.522354;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0314893;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:91:93:78:80:13:13:0.139785:6:7:41:37:6:7:41:39 chr11 48387424 . G T 157.17 PASS AF=0.203125;AO=25;DP=132;FAO=26;FDP=128;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.00551346;FXX=0.0447728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.524;QD=4.91162;RBI=0.00800294;REFB=-0.00765224;REVB=0.00580075;RO=101;SAF=6;SAR=19;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361543;STB=0.740084;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0318163;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:128:101:102:25:26:0.203125:19:6:52:49:20:6:53:49 chr11 48387490 . G A 136.69 PASS AF=0.192;AO=24;DP=124;FAO=24;FDP=125;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=-0.0509515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6054;QD=4.37417;RBI=0.0560856;REFB=-0.00148158;REVB=-0.0234424;RO=100;SAF=7;SAR=17;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35019;STB=0.724406;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00424136;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:100:101:24:24:0.192:17:7:57:43:17:7:58:43 chr11 48387506 . A G 130.09 PASS AF=0.2;AO=22;DP=116;FAO=23;FDP=115;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0185229;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4854;QD=4.52496;RBI=0.0446066;REFB=-0.00806183;REVB=-0.040579;RO=88;SAF=7;SAR=15;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313209;STB=0.69179;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0664622;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:88:92:22:23:0.2:15:7:50:38:16:7:50:42 chr11 48387526 . G T 126.73 PASS AF=0.2;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0242156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2622;QD=4.82777;RBI=0.0245051;REFB=0.00177474;REVB=0.00375607;RO=84;SAF=7;SAR=14;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25643;STB=0.662265;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00657185;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:84:84:21:21:0.2:14:7:45:39:14:7:45:39 chr11 48387535 . T C 136.63 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0190416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2828;QD=5.57679;RBI=0.0279517;REFB=-0.00402663;REVB=0.0204625;RO=76;SAF=7;SAR=14;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228956;STB=0.638754;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0157711;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:76:77:21:21:0.214286:14:7:39:37:14:7:39:38 chr11 48387540 . G T 137.92 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0259104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.902;QD=5.80698;RBI=0.0296601;REFB=-0.00413474;REVB=0.014435;RO=73;SAF=7;SAR=14;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188517;STB=0.613028;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0145149;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:73:74:21:21:0.221053:14:7:35:38:14:7:35:39 chr11 48387580 . G T 69.12 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0678506;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2471;QD=4.1891;RBI=0.0881053;REFB=0.0196004;REVB=0.0562036;RO=56;SAF=3;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322192;STB=0.701261;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0692586;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:68:66:56:54:12:12:0.181818:9:3:28:28:9:3:26:28 chr11 48387582 . C T 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0714955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.758;QD=3.89367;RBI=0.0718364;REFB=-0.0129551;REVB=-0.00699092;RO=52;SAF=3;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289674;STB=0.688073;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0273031;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:64:52:53:11:11:0.171875:8:3:26:26:8:3:26:27 chr11 48387584 . A T 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0290918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7809;QD=3.51319;RBI=0.0297294;REFB=-0.00370582;REVB=-0.00612406;RO=53;SAF=3;SAR=7;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240602;STB=0.665234;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0200712;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:7:3:26:27:7:3:26:27 chr11 48387591 . A G 36.9 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00328385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.022;QD=2.58914;RBI=0.0369135;REFB=-0.00894467;REVB=-0.0367671;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611414;STB=0.545324;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0574861;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:4:3:24:26:4:3:24:26 chr11 48387604 . C T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0197403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.666;QD=3.6493;RBI=0.0210581;REFB=-0.00100946;REVB=0.00733239;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237442;STB=0.677983;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0102988;OID=.;OPOS=48387604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:30:31:6:6:0.162162:4:2:16:14:4:2:17:14 chr11 48387780 . C T 36.9 PASS AF=0.0851064;AO=3;DP=47;FAO=4;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0105207;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.5;QD=3.14015;RBI=0.0412111;REFB=0.00866048;REVB=0.0398455;RO=33;SAF=2;SAR=1;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336131;STB=0.573143;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00794807;OID=.;OPOS=48387780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:47:47:33:38:3:4:0.0851064:1:2:21:12:1:3:26:12 chr11 48387890 . T C 35.6 PASS AF=0.075;AO=12;DP=162;FAO=12;FDP=160;FR=.;FRO=148;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=97;FSRR=51;FWDB=-0.019726;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.955;QD=0.889934;RBI=0.0341938;REFB=-0.00242777;REVB=-0.0279303;RO=149;SAF=10;SAR=2;SRF=97;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24366;STB=0.711962;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0315949;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:162:160:149:148:12:12:0.075:2:10:97:52:2:10:97:51 chr11 48387894 . C T 43.83 PASS AF=0.0828402;AO=14;DP=169;FAO=14;FDP=169;FR=.;FRO=155;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=99;FSRR=56;FWDB=-0.0533425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4086;QD=1.03743;RBI=0.0643448;REFB=-0.0065544;REVB=-0.0359838;RO=154;SAF=12;SAR=2;SRF=99;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299462;STB=0.757742;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0202194;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:169:169:154:155:14:14:0.0828402:2:12:99:55:2:12:99:56 chr11 48387900 . G A 42.69 PASS AF=0.0809249;AO=14;DP=173;FAO=14;FDP=173;FR=.;FRO=159;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=103;FSRR=56;FWDB=0.0105764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4874;QD=0.987112;RBI=0.0296229;REFB=-0.00426865;REVB=-0.0276705;RO=159;SAF=12;SAR=2;SRF=103;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292084;STB=0.751202;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0337852;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:173:173:159:159:14:14:0.0809249:2:12:103:56:2:12:103:56 chr11 48387919 . G A 55.0 PASS AF=0.0930233;AO=15;DP=171;FAO=16;FDP=172;FR=.;FRO=156;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=99;FSRR=57;FWDB=-0.0183158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.767;QD=1.27904;RBI=0.02151;REFB=3.75639e-05;REVB=0.0112789;RO=155;SAF=11;SAR=4;SRF=98;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132363;STB=0.553503;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.000202478;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:171:172:155:156:15:16:0.0930233:4:11:98:57:5:11:99:57 chr11 48387930 . T C 57.71 PASS AF=0.0939227;AO=17;DP=181;FAO=17;FDP=181;FR=.;FRO=164;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=105;FSRR=59;FWDB=0.013745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.213;QD=1.2754;RBI=0.0137907;REFB=0.00155418;REVB=-0.00112199;RO=164;SAF=11;SAR=6;SRF=105;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00877754;STB=0.506725;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00802583;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:181:181:164:164:17:17:0.0939227:6:11:105:59:6:11:105:59 chr11 48387946 . G T 78.82 PASS AF=0.113636;AO=20;DP=175;FAO=20;FDP=176;FR=.;FRO=156;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=96;FSRR=60;FWDB=-0.00655543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.266;QD=1.79144;RBI=0.00853018;REFB=-0.00586772;REVB=-0.00545804;RO=150;SAF=11;SAR=9;SRF=93;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892844;STB=0.559176;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0209917;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:175:176:150:156:20:20:0.113636:9:11:93:57:9:11:96:60 chr11 48387960 . T C 101.8 PASS AF=0.133721;AO=22;DP=171;FAO=23;FDP=172;FR=.;FRO=149;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=88;FSRR=61;FWDB=0.0329125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9855;QD=2.36741;RBI=0.0330631;REFB=-0.00281578;REVB=0.00315246;RO=148;SAF=11;SAR=11;SRF=88;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119536;STB=0.596604;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0253209;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:148:149:22:23:0.133721:11:11:88:60:12:11:88:61 chr11 48387978 . T A 142.43 PASS AF=0.169811;AO=27;DP=159;FAO=27;FDP=159;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=78;FSRR=54;FWDB=-0.0133028;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.946;QD=3.58301;RBI=0.0136685;REFB=-0.00350111;REVB=-0.00314048;RO=132;SAF=14;SAR=13;SRF=78;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935557;STB=0.560406;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0183497;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:132:132:27:27:0.169811:13:14:78:54:13:14:78:54 chr11 48387983 . T C 116.27 PASS AF=0.151316;AO=23;DP=152;FAO=23;FDP=152;FR=.;FRO=129;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=57;FWDB=0.00746132;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.846;QD=3.05975;RBI=0.00889493;REFB=-0.00285462;REVB=0.00484237;RO=128;SAF=10;SAR=13;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151516;STB=0.603535;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0262834;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:128:129:23:23:0.151316:13:10:71:57:13:10:72:57 chr11 48997107 . G A 1194.4 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2914;QD=59.7201;RBI=0.0255819;REFB=-0.092421;REVB=0.00703757;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00101131;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:1:0:35:44:1:0 chr11 48997334 . T G 1083.8 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234019;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.098;QD=60.211;RBI=0.024488;REFB=0;REVB=-0.00721214;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13309e-05;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr11 49000558 . G A 769.83 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715153;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.149;QD=64.1527;RBI=0.0730155;REFB=0;REVB=0.014725;RO=0;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230091;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:41:7:0:0:41:7:0:0 chr11 49196490 . T C 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0191207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.532;QD=7.7463;RBI=0.0191938;REFB=0.00127184;REVB=0.00167439;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747897;STB=0.545398;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00322879;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:7:9:21:21:7:9:21:21 chr11 49197416 . A G 358.01 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0125191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.141;QD=20.1696;RBI=0.01501;REFB=-0.0266121;REVB=-0.00828076;RO=32;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454326;STB=0.514735;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0259709;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:32:34:36:37:0.521127:13:23:22:10:13:24:23:11 chr11 49207315 . A G 301.74 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00486722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.943;QD=12.0696;RBI=0.0168559;REFB=-0.0080598;REVB=-0.0161379;RO=65;SAF=20;SAR=15;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724314;STB=0.541763;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0145627;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:65:35:35:0.35:15:20:33:32:15:20:33:32 chr11 49221885 . T A 445.97 PASS AF=0.347826;AO=56;DP=161;FAO=56;FDP=161;FR=.;FRO=105;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=0.00705668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.486;QD=11.0799;RBI=0.0104278;REFB=-0.0109323;REVB=-0.00767741;RO=105;SAF=27;SAR=29;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112331;STB=0.564205;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0149774;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:105:105:56:56:0.347826:29:27:61:44:29:27:61:44 chr11 49227620 . A G 375.39 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00433292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1488;QD=15.8058;RBI=0.0284041;REFB=-0.00400791;REVB=0.0280717;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572456;STB=0.507983;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00518038;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:18:22:30:24:18:22:31:24 chr11 49598178 . G A 2550.09 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303743;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3923;QD=61.8203;RBI=0.037499;REFB=0;REVB=0.0219904;RO=0;SAF=86;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21542e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44025e-05;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:79:86:0:0:79:86:0:0 chr11 49598207 . T C 625.75 PASS AF=0.442177;AO=66;DP=148;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00350645;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8;QD=17.0273;RBI=0.0206263;REFB=-0.0308555;REVB=-0.020326;RO=81;SAF=32;SAR=34;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577085;STB=0.540009;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0326594;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:81:82:66:65:0.442177:34:32:44:37:34:31:45:37 chr11 49598209 . T C 2291.1 PASS AF=0.993151;AO=146;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.962;QD=62.7698;RBI=0.0375645;REFB=0.00808685;REVB=0.0174638;RO=0;SAF=77;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96699e-08;STB=0.503268;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000112545;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:146:145:0.993151:69:77:0:0:69:76:1:0 chr11 49830142 . G T 973.72 PASS AF=0.57764;AO=91;DP=159;FAO=93;FDP=161;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00265733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.916;QD=24.1919;RBI=0.00416675;REFB=-0.0280465;REVB=-0.00320942;RO=68;SAF=44;SAR=47;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101751;STB=0.505617;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0186108;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:68:68:91:93:0.57764:47:44:32:36:48:45:32:36 chr11 49973979 . C T 173.69 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0541899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2691;QD=12.8662;RBI=0.067265;REFB=0.0108156;REVB=-0.0398501;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32169;STB=0.687309;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0187093;OID=.;OPOS=49973979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:5:16:16:17:5:16:16:17 chr11 49974371 . G A 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.499;QD=56.2123;RBI=0.031879;REFB=-0.0301653;REVB=-0.0299027;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125883;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.76545e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:24:37:1:0:24:37:1:0 chr11 49974670 . C T 178.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00429135;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6775;QD=13.7574;RBI=0.0341681;REFB=0.000949968;REVB=-0.0338976;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150897;STB=0.586129;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000993072;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:22:9:9:12:22:9 chr11 49974931 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.009;QD=55.6555;RBI=0.0788818;REFB=0;REVB=0.0782162;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469118;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr11 50003191 . C A 663.72 PASS AF=0.459459;AO=65;DP=145;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0165012;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.327;QD=17.9383;RBI=0.0165237;REFB=0.0211051;REVB=0.000862011;RO=78;SAF=39;SAR=26;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124657;STB=0.568435;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0149869;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:78:80:65:68:0.459459:26:39:37:41:28:40:37:43 chr11 51411510 . C T 946.69 PASS AF=0.420849;AO=81;DP=235;FAO=109;FDP=259;FR=.;FRO=150;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=82;FSRR=68;FWDB=0.0206071;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.57;QD=14.6208;RBI=0.0207589;REFB=-0.013312;REVB=-0.00250629;RO=148;SAF=45;SAR=36;SRF=81;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947936;STB=0.552318;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0203049;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:259:148:150:81:109:0.420849:36:45:81:67:40:69:82:68 chr11 51412379 . T C 246.74 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0285864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.658;QD=11.3443;RBI=0.0455878;REFB=-0.00849872;REVB=-0.0355115;RO=57;SAF=6;SAR=24;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496972;STB=0.788536;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0287179;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:24:6:36:21:24:6:36:21 chr11 51515460 . C T 491.67 PASS AF=0.45;AO=51;DP=118;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0298594;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3386;QD=16.389;RBI=0.054275;REFB=-0.011677;REVB=0.0453232;RO=66;SAF=26;SAR=25;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665956;STB=0.531587;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0129409;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:66:66:51:54:0.45:25:26:38:28:26:28:38:28 chr11 51515640 . A G 236.02 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0171573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.594;QD=11.2389;RBI=0.0177547;REFB=-0.0106389;REVB=0.00456672;RO=55;SAF=20;SAR=9;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133197;STB=0.577562;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0320315;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:9:20:32:23:9:20:32:23 chr11 51515912 . C T 387.52 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0703198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9441;QD=18.4533;RBI=0.103795;REFB=-0.027872;REVB=-0.076345;RO=44;SAF=28;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922486;STB=0.551604;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0278641;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:12:28:27:17:12:28:27:17 chr11 51516000 . C T 245.13 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0290205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3749;QD=15.5636;RBI=0.0327388;REFB=0.000217566;REVB=0.0151538;RO=35;SAF=7;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260734;STB=0.648535;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000612829;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:21:7:17:18:21:7:17:18 chr11 51516036 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00466402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.18;QD=12.2123;RBI=0.00629357;REFB=7.43615e-05;REVB=0.00422563;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272451;STB=0.516104;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-1.78615e-05;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:9:13:8:5:9:13 chr11 55111238 . C A 362.42 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.0401115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.168;QD=15.588;RBI=0.045932;REFB=-0.00756128;REVB=-0.0223789;RO=54;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174582;STB=0.597925;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0120575;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:21:18:16:38:21:18:16:38 chr11 55111584 . A T 380.59 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.000551811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.98;QD=16.9151;RBI=0.00785556;REFB=-0.0120705;REVB=-0.00783616;RO=48;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053656;STB=0.539573;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0122945;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:50:40:40:0.444444:22:18:19:29:22:18:19:31 chr11 55135435 . C T 699.9 PASS AF=0.483444;AO=72;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.00244195;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.161;QD=18.5405;RBI=0.0185483;REFB=0.0028926;REVB=-0.0183868;RO=78;SAF=43;SAR=29;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522672;STB=0.507231;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00316357;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:72:73:0.483444:29:43:47:31:30:43:47:31 chr11 55322211 . A G 835.35 PASS AF=0.467391;AO=86;DP=185;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.00364726;FXX=0.00540511;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.841;QD=18.1598;RBI=0.00446382;REFB=-0.0032392;REVB=-0.00257356;RO=95;SAF=40;SAR=46;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931098;STB=0.547164;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00359093;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:95:98:86:86:0.467391:46:40:35:60:46:40:37:61 chr11 55322298 . C T 404.04 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0149813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6137;QD=12.5283;RBI=0.0284405;REFB=-0.0224663;REVB=-0.0241748;RO=76;SAF=22;SAR=26;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734607;STB=0.545494;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0416443;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:81:48:48:0.372093:26:22:40:36:26:22:43:38 chr11 55322638 . C T 493.42 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00147518;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2977;QD=17.4662;RBI=0.0216338;REFB=-0.0072479;REVB=-0.0215835;RO=60;SAF=34;SAR=19;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846117;STB=0.504705;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00770917;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:60:60:53:53:0.469027:19:34:38:22:19:34:38:22 chr11 55339652 . C T 365.65 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0166465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7169;QD=13.6692;RBI=0.0548609;REFB=0.0175383;REVB=-0.0522744;RO=64;SAF=27;SAR=16;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00328355;STB=0.501858;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0281381;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:16:27:40:24:16:27:40:24 chr11 55339798 . C T 459.63 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=0.012753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7916;QD=15.8493;RBI=0.0429827;REFB=-0.0160194;REVB=-0.0410472;RO=64;SAF=39;SAR=12;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610277;STB=0.531322;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0184728;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:65:51:51:0.439655:12:39:46:18:12:39:47:18 chr11 55339829 . A G 1388.71 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00733755;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.226;QD=54.9985;RBI=0.0186667;REFB=-0.0351672;REVB=0.0171641;RO=3;SAF=78;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691927;STB=0.547609;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000173499;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:101:3:4:97:97:0.960396:19:78:0:3:19:78:0:4 chr11 55340379 . T C 749.65 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=0.0193353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8935;QD=22.212;RBI=0.0460205;REFB=-0.0247052;REVB=0.0417616;RO=63;SAF=50;SAR=22;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200832;STB=0.510999;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0215798;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:63:72:72:0.533333:22:50:45:18:22:50:45:18 chr11 55406022 . C G 1084.65 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.053291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.326;QD=58.6297;RBI=0.0553127;REFB=-0.12679;REVB=0.0148174;RO=1;SAF=42;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111269;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00287299;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:71:73:0.986486:29:42:1:0:31:42:1:0 chr11 55418693 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.535;QD=60.9786;RBI=0.0201363;REFB=0;REVB=0.0132308;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24498e-05;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr11 55433040 . T C 294.82 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000339854;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.682;QD=21.8386;RBI=0.0219514;REFB=-0.0171739;REVB=-0.0219488;RO=24;SAF=23;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181866;STB=0.601466;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00897553;OID=.;OPOS=55433040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:7:23:14:10:7:23:14:10 chr11 55541098 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.617;QD=60.0301;RBI=0.0364041;REFB=0;REVB=-0.0348178;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265774;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr11 55541807 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0384285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9845;QD=17.6173;RBI=0.0488467;REFB=0.0165993;REVB=0.0301538;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192655;STB=0.607956;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0167451;OID=.;OPOS=55541807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:20:7:11:13:20:7 chr11 55563336 . A T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00965848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.981;QD=15.3779;RBI=0.0324739;REFB=-0.0173238;REVB=-0.0310044;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485423;STB=0.785196;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0132387;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:5:9:2:10:5:9 chr11 55563776 . T G 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.696;QD=59.4987;RBI=0.0462782;REFB=0;REVB=0.0291529;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95454e-05;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr11 55587117 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000826493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.989;QD=52.6132;RBI=0.013656;REFB=0;REVB=-0.0136309;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168929;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr11 55587511 . A G 2090.51 PASS AF=0.992647;AO=131;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0025463;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.993;QD=61.4856;RBI=0.00256535;REFB=-0.0934253;REVB=0.000312071;RO=1;SAF=49;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960027;STB=0.504761;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000124343;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:131:135:0.992647:82:49:1:0:83:52:1:0 chr11 55587914 . A G 217.92 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0186357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.549;QD=15.5654;RBI=0.0309487;REFB=-0.0163203;REVB=-0.0247089;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128786;STB=0.515747;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0328244;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:12:13:16:14:12:13:17:14 chr11 55606302 . G T 1344.83 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175631;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.97;QD=62.5501;RBI=0.0175739;REFB=0;REVB=-0.00061466;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15069e-05;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr11 55606818 . C T 750.47 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651497;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.203;QD=63.8696;RBI=0.04705;REFB=0;REVB=0.0465967;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156659;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr11 55652963 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.156;QD=47.822;RBI=0.00618904;REFB=0;REVB=-0.00165295;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65368e-05;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 55652971 . C A 230.32 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00658213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.75;QD=46.0645;RBI=0.026649;REFB=-0.0659661;REVB=0.0258233;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000606913;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr11 55653164 . G A 650.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.382;QD=61.9876;RBI=0.0461286;REFB=0;REVB=0.0215372;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14293e-05;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr11 55656483 . T A 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.745;QD=64.4084;RBI=0.0421378;REFB=0;REVB=0.0289273;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42303e-06;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr11 55681494 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.56;QD=56.7045;RBI=0.0472862;REFB=0;REVB=0.0472707;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294885;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr11 55746891 . G A 2642.13 PASS AF=0.994186;AO=169;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00268495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.47;QD=61.4449;RBI=0.00318965;REFB=-0.0673825;REVB=-0.0017219;RO=0;SAF=75;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99583e-08;STB=0.50259;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-3.06055e-06;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:0:1:169:171:0.994186:94:75:0:0:96:75:0:1 chr11 55761221 . C T 1155.43 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9733;QD=59.2526;RBI=0.0254279;REFB=-0.0414925;REVB=0.0111696;RO=0;SAF=54;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00198914;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:78:0:1:75:77:0.987179:21:54:0:0:22:55:1:0 chr11 55761738 . T G 1090.74 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00663529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.753;QD=58.173;RBI=0.0108006;REFB=0.0505653;REVB=-0.00852213;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00166908;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:75:0:1:72:74:0.986667:35:37:0:0:35:39:0:1 chr11 55798152 . G A 1029.83 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0666075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.389;QD=58.0185;RBI=0.0668427;REFB=-0.0608321;REVB=-0.00560309;RO=1;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154986;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000711075;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:30:40:0:1:30:40:0:1 chr11 55872876 . C T 3067.8 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532945;FXX=0.0099005;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.356;QD=61.3561;RBI=0.0539673;REFB=-0.123224;REVB=0.00849528;RO=0;SAF=98;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23452e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:200:0:0:200:200:1:102:98:0:0:102:98:0:0 chr11 55873024 . A G 2053.1 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124078;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.738;QD=62.6901;RBI=0.0134876;REFB=0;REVB=-0.00528785;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123633;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:129:131:1:69:60:0:0:71:60:0:0 chr11 55873368 . G A 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3522;QD=56.9536;RBI=0.00197976;REFB=0;REVB=-0.00101219;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40784e-06;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr11 55890257 . C T 2611.59 PASS AF=0.96648;AO=173;DP=179;FAO=173;FDP=179;FR=.;FRO=6;FSAF=75;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00851104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8465;QD=58.3595;RBI=0.0309574;REFB=0.0125814;REVB=-0.0297644;RO=6;SAF=75;SAR=98;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431061;STB=0.502267;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.000441026;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:179:179:6:6:173:173:0.96648:98:75:3:3:98:75:3:3 chr11 56000403 . C G 1387.55 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159876;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.215;QD=63.0707;RBI=0.0278191;REFB=0;REVB=0.0227662;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53829e-05;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr11 56000600 . G T 266.22 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0092983;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.671;QD=17.4572;RBI=0.00985312;REFB=-0.00494772;REVB=0.0032597;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776196;STB=0.543571;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00557271;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:17:15:16:13:17:15 chr11 56043604 . A G 2212.96 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.702;QD=63.2274;RBI=0.0466451;REFB=0;REVB=-0.0123667;RO=0;SAF=58;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93959e-05;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:136:140:1:78:58:0:0:78:62:0:0 chr11 56043702 . G C 987.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.795;QD=58.9593;RBI=0.0144748;REFB=0;REVB=0.0131027;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59365e-05;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr11 56058197 . G A 2104.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.961;QD=62.8084;RBI=0.0547004;REFB=0;REVB=0.0543411;RO=0;SAF=80;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29433e-05;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:131:134:1:51:80:0:0:53:81:0:0 chr11 56086147 . T G 673.78 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373772;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3226;QD=62.6769;RBI=0.0385581;REFB=0;REVB=0.00946923;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314102;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr11 56113516 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.643;QD=61.3751;RBI=0.110509;REFB=0;REVB=0.110312;RO=0;SAF=57;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236212;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:22:57:0:0:23:57:0:0 chr11 56113575 . A G 1736.78 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135779;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.198;QD=60.9398;RBI=0.0288364;REFB=0;REVB=0.0288045;RO=0;SAF=77;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6832e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78074e-05;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:37:77:0:0:37:77:0:0 chr11 56113593 . C A 2123.66 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000476587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.663;QD=61.5552;RBI=0.0241038;REFB=0.0393605;REVB=0.0240991;RO=2;SAF=93;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215929;STB=0.505617;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-8.99692e-05;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:2:1:136:137:0.992754:43:93:0:2:44:93:0:1 chr11 56127746 . A G 1158.3 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.077;QD=60.1713;RBI=0.015532;REFB=0;REVB=0.0137597;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715723;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:36:38:0:0:36:41:0:0 chr11 56128524 . C T 1442.31 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.33;QD=62.7092;RBI=0.00649422;REFB=0;REVB=0.00201964;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66271e-05;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:46:45:0:0:47:45:0:0 chr11 56143156 . C T 1534.53 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.004;QD=59.5935;RBI=0.0340383;REFB=0;REVB=0.0308214;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45044e-05;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:48:54:0:0:49:54:0:0 chr11 56143158 . A G 1523.26 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703047;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.394;QD=59.7358;RBI=0.0736984;REFB=0;REVB=0.0221066;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317423;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr11 56143570 . A G 98.73 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=133;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=0.0174851;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5495;QD=2.96928;RBI=0.0189431;REFB=-2.3983e-05;REVB=0.00728762;RO=104;SAF=9;SAR=11;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111853;STB=0.583189;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000751933;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:133:133:104:113:20:20:0.150376:11:9:56:48:11:9:62:51 chr11 56143592 . C T 1247.76 PASS AF=0.724638;AO=100;DP=139;FAO=100;FDP=138;FR=.;FRO=38;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0192872;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.237;QD=36.1669;RBI=0.0197103;REFB=-0.0410721;REVB=0.00406219;RO=38;SAF=51;SAR=49;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514418;STB=0.502754;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0191887;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:38:38:100:100:0.724638:49:51:19:19:49:51:19:19 chr11 56143690 . C A 279.62 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.049455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0675;QD=10.9653;RBI=0.050046;REFB=-0.00488405;REVB=-0.00766812;RO=65;SAF=15;SAR=20;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241746;STB=0.637287;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0245595;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:67:35:35:0.343137:20:15:42:23:20:15:43:24 chr11 56143696 . C T 239.81 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=99;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0251673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.275;QD=9.40427;RBI=0.0623037;REFB=-0.0437122;REVB=0.0569943;RO=66;SAF=12;SAR=19;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30095;STB=0.634692;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.132527;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:66:68:31:34:0.333333:19:12:43:23:19:15:44:24 chr11 56143716 . TG CA 46.93 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.036231;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.352;QD=2.34659;RBI=0.0376368;REFB=-0.00568813;REVB=-0.0101903;RO=68;SAF=2;SAR=8;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522787;STB=0.862829;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=0.0526335;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:68:70:10:10:0.125:8:2:45:23:8:2:47:23 chr11 56184888 . G A 2246.64 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.409;QD=62.8431;RBI=0.0146039;REFB=0;REVB=0.0134404;RO=0;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08504e-05;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:143:0:0:137:143:1:64:73:0:0:70:73:0:0 chr11 56185345 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.947;QD=59.4356;RBI=0.0478038;REFB=0;REVB=0.0467484;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231988;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr11 56294338 . G A 1452.95 PASS AF=0.936364;AO=103;DP=110;FAO=103;FDP=110;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00158361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.088;QD=52.8347;RBI=0.0354304;REFB=-0.0636963;REVB=0.035395;RO=7;SAF=44;SAR=59;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000170674;STB=0.50009;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.000868453;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:110:110:7:7:103:103:0.936364:59:44:3:4:59:44:3:4 chr11 56310222 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.275;QD=50.4104;RBI=0.0534066;REFB=0;REVB=-0.00226872;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000666694;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 56344993 . C A 1172.34 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.91;QD=60.9006;RBI=0.0302393;REFB=0;REVB=0.0295171;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46931e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:27:46:0:0:29:48:0:0 chr11 56380134 . C G 1489.48 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.413;QD=62.7151;RBI=0.0411187;REFB=0;REVB=0.0407767;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167555;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:95:0:0:90:95:1:42:48:0:0:45:50:0:0 chr11 56431216 . C T 1826.15 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.978;QD=60.3686;RBI=0.0308816;REFB=-0.151155;REVB=0.0291405;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000388501;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:121:121:0:1:120:120:0.991736:60:60:0:0:60:60:1:0 chr11 56467881 . T C 285.9 PASS AF=0.231579;AO=44;DP=191;FAO=44;FDP=190;FR=.;FRO=146;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=93;FSRR=53;FWDB=0.00943345;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2473;QD=6.01893;RBI=0.0145175;REFB=0.00581277;REVB=0.0110348;RO=144;SAF=18;SAR=26;SRF=91;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276116;STB=0.669844;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0220641;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:144:146:44:44:0.231579:26:18:91:53:26:18:93:53 chr11 56467926 . A G 381.97 PASS AF=0.234375;AO=60;DP=253;FAO=60;FDP=256;FR=.;FRO=196;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=122;FSRR=74;FWDB=-0.0412127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0932;QD=5.96832;RBI=0.0455454;REFB=-0.00413345;REVB=-0.0193881;RO=193;SAF=26;SAR=34;SRF=121;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241813;STB=0.641791;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0125701;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:256:193:196:60:60:0.234375:34:26:121:72:34:26:122:74 chr11 56467945 . G T 454.59 PASS AF=0.242958;AO=69;DP=285;FAO=69;FDP=284;FR=.;FRO=215;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=125;FSRR=90;FWDB=-0.035148;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.529;QD=6.40262;RBI=0.0369066;REFB=-0.00870245;REVB=-0.0112567;RO=213;SAF=30;SAR=39;SRF=124;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184297;STB=0.609651;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0227469;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:213:215:69:69:0.242958:39:30:124:89:39:30:125:90 chr11 56468020 . TG CA 314.9 PASS AF=0.213115;AO=49;DP=245;FAO=52;FDP=244;FR=.;FRO=192;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=99;FSRR=93;FWDB=-0.0333261;FXX=0.0121453;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.607;QD=5.16227;RBI=0.0342677;REFB=-0.0140499;REVB=-0.00797806;RO=186;SAF=23;SAR=26;SRF=93;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392722;STB=0.542517;STBP=0.501;TYPE=mnp;VARB=0.0467484;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:186:192:49:52:0.213115:26:23:93:93:28:24:99:93 chr11 56468044 . T G 2442.42 PASS AF=0.913514;AO=168;DP=185;FAO=169;FDP=185;FR=.;FRO=16;FSAF=65;FSAR=104;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0140591;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.095;QD=52.8091;RBI=0.02078;REFB=-0.158092;REVB=-0.0153019;RO=10;SAF=65;SAR=103;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568887;STB=0.516127;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000687452;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:185:185:10:16:168:169:0.913514:103:65:9:1:104:65:9:7 chr11 56468047 . AC GT 2729.2 PASS AF=1;AO=172;DP=176;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350784;FXX=0.0224706;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.391;QD=62.7403;RBI=0.0350789;REFB=0;REVB=-0.000198358;RO=0;SAF=70;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.61965e-06;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:174:0:0:172:174:1:102:70:0:0:102:72:0:0 chr11 56468111 . C T 397.87 PASS AF=0.350365;AO=48;DP=136;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.00240543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.499;QD=11.6167;RBI=0.00737696;REFB=-0.0220854;REVB=0.00697376;RO=88;SAF=15;SAR=33;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510016;STB=0.526524;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0325955;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:88:89:48:48:0.350365:33:15:31:57:33:15:31:58 chr11 56468198 . A G 459.38 PASS AF=0.471698;AO=49;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0112222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.653;QD=17.335;RBI=0.0317756;REFB=-0.032923;REVB=-0.029728;RO=56;SAF=15;SAR=34;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036726;STB=0.511603;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0279058;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:56:49:50:0.471698:34:15:19:37:34:16:19:37 chr11 56468200 . C T 449.3 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0174043;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.207;QD=16.9546;RBI=0.0210374;REFB=0.00216805;REVB=0.0118179;RO=58;SAF=15;SAR=34;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043352;STB=0.527705;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00298951;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:58:57:49:49:0.462264:34:15:20:38:34:15:20:37 chr11 56468202 . G A 442.6 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00222955;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.066;QD=17.1882;RBI=0.0137412;REFB=-0.0191916;REVB=0.0135592;RO=55;SAF=15;SAR=33;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361405;STB=0.520158;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0284313;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:55:48:48:0.466019:33:15:19:36:33:15:19:36 chr11 56468212 . G A 454.12 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00459317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.113;QD=17.466;RBI=0.049155;REFB=-0.00258579;REVB=0.0489399;RO=55;SAF=16;SAR=33;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000801413;STB=0.500446;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00197273;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:33:16:18:37:33:16:18:37 chr11 56468259 . C T 630.32 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0237961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.659;QD=22.5115;RBI=0.0270297;REFB=-0.0383094;REVB=0.0128199;RO=45;SAF=27;SAR=35;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701417;STB=0.520098;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0231501;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:50:62:62:0.553571:35:27:20:25:35:27:24:26 chr11 56468368 . C T 371.22 PASS AF=0.288136;AO=51;DP=177;FAO=51;FDP=177;FR=.;FRO=126;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.010544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.3;QD=8.3891;RBI=0.0634982;REFB=-0.00997157;REVB=-0.0626167;RO=125;SAF=27;SAR=24;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177546;STB=0.513021;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0231276;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:125:126:51:51:0.288136:24:27:68:57:24:27:69:57 chr11 56468403 . G A 297.02 PASS AF=0.27044;AO=43;DP=159;FAO=43;FDP=159;FR=.;FRO=116;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=-0.00858769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1333;QD=7.47211;RBI=0.0087292;REFB=-0.00586438;REVB=-0.00156541;RO=114;SAF=22;SAR=21;SRF=68;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104656;STB=0.560876;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0258142;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:114:116:43:43:0.27044:21:22:68:46:21:22:69:47 chr11 56468416 . G A 212.4 PASS AF=0.220779;AO=34;DP=154;FAO=34;FDP=154;FR=.;FRO=120;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=51;FWDB=0.0724998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6921;QD=5.51697;RBI=0.0752156;REFB=-0.0139819;REVB=0.0200292;RO=120;SAF=21;SAR=13;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561519;STB=0.534586;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0748802;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:120:120:34:34:0.220779:13:21:69:51:13:21:69:51 chr11 56468440 . G T 201.37 PASS AF=0.234848;AO=31;DP=131;FAO=31;FDP=132;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.0302627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7114;QD=6.10225;RBI=0.0355348;REFB=-0.00238496;REVB=-0.0186251;RO=100;SAF=15;SAR=16;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702704;STB=0.546312;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0185336;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:100:101:31:31:0.234848:16:15:54:46:16:15:55:46 chr11 56468448 . AA GT 148.72 PASS AF=0.204918;AO=25;DP=125;FAO=25;FDP=122;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.00258921;FXX=0.0239981;HRUN=4;LEN=2;MLLD=125.253;QD=4.87621;RBI=0.00922424;REFB=0.00112008;REVB=-0.0088534;RO=94;SAF=11;SAR=14;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894277;STB=0.559952;STBP=0.521;TYPE=mnp;VARB=-0.00593611;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:94:97:25:25:0.204918:14:11:48:46:14:11:50:47 chr11 56468452 . A C 173.7 PASS AF=0.220472;AO=27;DP=126;FAO=28;FDP=127;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.00287414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8628;QD=5.4709;RBI=0.00438945;REFB=-0.00730195;REVB=-0.00331762;RO=98;SAF=12;SAR=15;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959427;STB=0.567519;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0161485;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:98:99:27:28:0.220472:15:12:51:47:16:12:51:48 chr11 56468493 . A G 197.96 PASS AF=0.245902;AO=29;DP=124;FAO=30;FDP=122;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0268674;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3194;QD=6.49053;RBI=0.0279085;REFB=-0.00164934;REVB=0.00755174;RO=95;SAF=15;SAR=14;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282081;STB=0.516966;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00683238;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:95:92:29:30:0.245902:14:15:47:48:14:16:47:45 chr11 56468554 . A C 278.19 PASS AF=0.251462;AO=43;DP=171;FAO=43;FDP=171;FR=.;FRO=128;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=75;FSRR=53;FWDB=-0.0206811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5624;QD=6.50725;RBI=0.0475397;REFB=-0.0146271;REVB=-0.0428055;RO=125;SAF=29;SAR=14;SRF=73;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12091;STB=0.571604;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0469591;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:125:128:43:43:0.251462:14:29:73:52:14:29:75:53 chr11 56468560 . TA CG 313.79 PASS AF=0.255556;AO=46;DP=182;FAO=46;FDP=180;FR=.;FRO=134;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=0.00391084;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.051;QD=6.97312;RBI=0.0148686;REFB=-0.0073069;REVB=-0.0143451;RO=128;SAF=33;SAR=13;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189765;STB=0.623082;STBP=0.048;TYPE=mnp;VARB=0.0236969;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:128:134:46:46:0.255556:13:33:74:54:13:33:76:58 chr11 56468637 . C T 506.75 PASS AF=0.280488;AO=69;DP=247;FAO=69;FDP=246;FR=.;FRO=177;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=96;FSRR=81;FWDB=-0.015807;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.853;QD=8.23985;RBI=0.0211991;REFB=-0.0178799;REVB=0.0141258;RO=174;SAF=40;SAR=29;SRF=96;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348361;STB=0.527317;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.040559;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:174:177:69:69:0.280488:29:40:96:78:29:40:96:81 chr11 56468646 . C T 483.44 PASS AF=0.27459;AO=67;DP=244;FAO=67;FDP=244;FR=.;FRO=177;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=96;FSRR=81;FWDB=-0.0285325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.421;QD=7.92521;RBI=0.0303821;REFB=-0.00451115;REVB=0.0104389;RO=175;SAF=38;SAR=29;SRF=95;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302702;STB=0.518219;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0117956;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:175:177:67:67:0.27459:29:38:95:80:29:38:96:81 chr11 56468694 . C T 335.28 PASS AF=0.268156;AO=48;DP=179;FAO=48;FDP=179;FR=.;FRO=131;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=-0.0250174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.983;QD=7.4922;RBI=0.0341689;REFB=0.000710615;REVB=-0.0232731;RO=130;SAF=23;SAR=25;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446041;STB=0.523611;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00220702;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:130:131:48:48:0.268156:25:23:67:63:25:23:67:64 chr11 56468699 . T A 280.26 PASS AF=0.253012;AO=42;DP=165;FAO=42;FDP=166;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.00486255;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8085;QD=6.75335;RBI=0.0080209;REFB=-0.00625453;REVB=-0.0063789;RO=121;SAF=20;SAR=22;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244485;STB=0.505744;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0092467;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:121:124:42:42:0.253012:22:20:60:61:22:20:60:64 chr11 56468704 . T C 258.05 PASS AF=0.243902;AO=39;DP=163;FAO=40;FDP=164;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=0.00390881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.056;QD=6.2938;RBI=0.0150219;REFB=-0.00854199;REVB=0.0145045;RO=124;SAF=20;SAR=19;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667288;STB=0.530473;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0252815;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:124:124:39:40:0.243902:19:20:57:67:20:20:57:67 chr11 56468720 . T C 291.6 PASS AF=0.3;AO=39;DP=130;FAO=39;FDP=130;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0246891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.11;QD=8.97214;RBI=0.0247599;REFB=-0.00963784;REVB=-0.00187055;RO=89;SAF=16;SAR=23;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475877;STB=0.536586;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0193265;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:89:91:39:39:0.3:23:16:40:49:23:16:42:49 chr11 56508525 . A G 721.45 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.976;QD=53.441;RBI=0.0694939;REFB=-0.0978003;REVB=0.058439;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849387;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:2:0:51:54:1:27:24:2:0:27:27:0:0 chr11 56510672 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.577;QD=43.4862;RBI=0.0445793;REFB=0;REVB=-0.0154192;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131213;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 56756399 . G T 1101.72 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0156975;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2874;QD=56.4985;RBI=0.0351253;REFB=-0.0736005;REVB=0.0314225;RO=2;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262676;STB=0.507717;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00626933;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:78:78:2:3:75:75:0.961538:35:40:0:2:35:40:1:2 chr11 56756664 . G A,T 1440.81 PASS AF=0.956989,0.0430108;AO=87,6;DP=93;FAO=89,4;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52,4;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231738,-0.0194967;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.1242,178.505;QD=61.9701;RBI=0.0267368,0.0195974;REFB=0,0;REVB=-0.0133353,-0.00198423;RO=0;SAF=50,6;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0122194,0.0834939;OID=.,.;OPOS=56756664,56756664;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:93:93:0:0:87,6:89,4:0.956989,0.0430108:37,0:50,6:0:0:37,0:52,4:0:0 chr11 56954846 . C T 521.85 PASS AF=0.362069;AO=63;DP=174;FAO=63;FDP=174;FR=.;FRO=111;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0104002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.442;QD=11.9965;RBI=0.0134574;REFB=-0.0211978;REVB=0.00854027;RO=111;SAF=22;SAR=41;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179175;STB=0.602227;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0306233;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:111:111:63:63:0.362069:41:22:56:55:41:22:56:55 chr11 56956516 . G A 397.34 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.079231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9992;QD=20.6412;RBI=0.0804906;REFB=-0.00156871;REVB=-0.0141836;RO=37;SAF=23;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123913;STB=0.568606;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000164304;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:17:23:16:21:17:23:16:21 chr11 57004343 . TG T,TC,TT 547.09 PASS AF=0,0.108108,0.891892;AO=8,4,25;DP=37;FAO=0,4,33;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,13;FSAR=0,0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305605,0.0235177,0.0362926;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=278.317,262.717,298.987;QD=59.1445;RBI=0.0664493,0.061248,0.0743415;REFB=0,0,0;REVB=0.0590048,0.056553,0.0648806;RO=0;SAF=1,4,12;SAR=7,0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.78849e-08,0,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.031211,-0.00139292;OID=.,.,.;OPOS=57004344,57004344,57004344;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.108108,0.891892:8,4,25:37:0,4,33:37:0:0,4,13:0,0,20:0:0:17:0:1,4,12:7,0,13:0:0 chr11 57077464 . T C 423.15 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0248647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5295;QD=16.2751;RBI=0.0251884;REFB=-0.00746332;REVB=0.00402557;RO=57;SAF=26;SAR=21;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608566;STB=0.533958;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.01905;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:21:26:35:22:21:26:35:22 chr11 57081197 . G C 143.18 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=0.00649951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6321;QD=9.87438;RBI=0.0207777;REFB=-0.0131689;REVB=-0.019735;RO=39;SAF=16;SAR=3;SRF=33;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873932;STB=0.505149;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.038763;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:3:16:33:6:3:16:33:6 chr11 57137371 . G A 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.000705436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.22;QD=17.7157;RBI=0.0381498;REFB=-0.0052523;REVB=0.0381433;RO=42;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677595;STB=0.503788;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00994407;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:17:20:23:19:17:20:23:19 chr11 57137424 . C T 1273.26 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1274;QD=58.5405;RBI=0.12536;REFB=-0.197801;REVB=0.0186464;RO=3;SAF=41;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334006;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00460656;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:3:1:84:86:0.988506:43:41:3:0:43:43:1:0 chr11 57147016 . A G 1914.95 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.833;QD=61.7725;RBI=0.0173224;REFB=0;REVB=0.0169201;RO=0;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90664e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:56:68:0:0:56:68:0:0 chr11 57148175 . A G 2354.05 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724189;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.69;QD=64.0559;RBI=0.0160672;REFB=0;REVB=-0.0143426;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62723e-05;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:62:85:0:0:62:85:0:0 chr11 57155001 . G A 3159.72 PASS AF=0.995169;AO=206;DP=208;FAO=206;FDP=207;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155423;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.739;QD=61.0573;RBI=0.0174804;REFB=-0.0964525;REVB=0.00800013;RO=1;SAF=107;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443121;STB=0.502325;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000427566;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:208:207:1:1:206:206:0.995169:99:107:1:0:99:107:1:0 chr11 57155288 . T C 4200.53 PASS AF=1;AO=267;DP=270;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242681;FXX=0.0147596;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.2;QD=62.9294;RBI=0.0401345;REFB=0;REVB=0.0319662;RO=0;SAF=143;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97977e-06;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:267:0:0:267:267:1:124:143:0:0:124:143:0:0 chr11 57157405 . A G 381.47 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2205;QD=52.6168;RBI=0.0231087;REFB=-0.0368802;REVB=-0.00702643;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00311894;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:0:1:10:18:0:1 chr11 57228317 . CTC CCC,CCT,CTCC,TCC 36.32 PASS AF=0,0.0181818,0.236364,0;AO=2,2,10,4;DP=56;FAO=0,1,13,0;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=0,0,5,0;FSAR=0,1,8,0;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.00249275,0.00605419,-0.0838178,-0.0201171;FXX=0.017854;HRUN=1,1,5,5;LEN=1,2,1,2;MLLD=186.957,21.5192,7.75336,20.1724;QD=2.6413;RBI=0.0141263,0.0170077,0.153869,0.0318881;REFB=0.00521223,0.0476464,-0.100308,-0.0343411;REVB=-0.0139046,0.0158937,-0.129036,-0.0247418;RO=34;SAF=1,0,3,1;SAR=1,2,7,3;SRF=27;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.302322,-0.622748,-0.550217,-0.564547;STB=0.5,0.993874,0.73087,0.5;STBP=1,0.169,0.073,1;TYPE=snp,mnp,ins,mnp;VARB=0,0.0150862,0.0576559,0;OID=.,.,.,.;OPOS=57228318,57228318,57228319,57228317;OREF=T,TC,-,CT;OALT=C,CT,C,TC;OMAPALT=CCC,CCT,CTCC,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:38:56:55:34:41:2,2,10,4:0,1,13,0:0,0.0181818,0.236364,0:1,2,7,3:1,0,3,1:27:7:0,1,8,0:0,0,5,0:29:12 chr11 57310307 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00467727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.696;QD=17.1;RBI=0.0321031;REFB=-0.0417584;REVB=-0.0317606;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212445;STB=0.512178;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0548711;OID=.;OPOS=57310307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:11:4:4:10:11:4 chr11 57353983 . T G 106.34 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0173141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.314;QD=11.8152;RBI=0.0199535;REFB=0.00580793;REVB=-0.0099178;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238875;STB=0.641136;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0144573;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:14:9:8:5:14:9 chr11 57367467 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0156513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.122;QD=22.3978;RBI=0.0350625;REFB=-0.00479275;REVB=-0.0313754;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981695;STB=0.555006;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00315702;OID=.;OPOS=57367467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:10:9:13:9:10:9 chr11 57381989 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0735695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2381;QD=25.4669;RBI=0.0802664;REFB=-0.00718383;REVB=0.032097;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00941045;OID=.;OPOS=57381989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:3:6:0:3:3:6:0:3 chr11 57391106 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.807;QD=55.6551;RBI=0.0326863;REFB=0;REVB=-0.0294975;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345537;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr11 57463500 . T C 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9809;QD=64.4085;RBI=0.0386669;REFB=0;REVB=0.0373344;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358877;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr11 57468129 . T C 1799.23 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5647;QD=60.9908;RBI=0.0429289;REFB=0;REVB=0.0318644;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010775;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:67:51:0:0:67:51:0:0 chr11 57571232 . C A,T 729.23 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224415,-0.0380585;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.359,92.9046;QD=56.0948;RBI=0.0255667,0.0555421;REFB=0,0;REVB=-0.012249,-0.0404533;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0875893,0.00153733;OID=.,.;OPOS=57571232,57571232;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:2,32:0,18:0:0:2,32:0,18:0:0 chr11 57585662 . C T 199.96 PASS AF=0.5;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.020753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9423;QD=19.9958;RBI=0.0318547;REFB=-0.0132224;REVB=0.0241668;RO=18;SAF=18;SAR=2;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00952891;OID=.;OPOS=57585662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:20:20:20:0.5:2:18:16:2:2:18:18:2 chr11 57798723 . A G 1033.93 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774232;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.389;QD=59.9382;RBI=0.014456;REFB=0;REVB=0.0122079;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87112e-05;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:70:69:1:31:39:0:0:31:38:0:0 chr11 57798942 . A G,T 844.32 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=56,3;DP=60;FAO=56,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=50,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967508,-0.00259181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.201,207.648;QD=56.2882;RBI=0.0982123,0.00559239;REFB=0,0;REVB=-0.0168804,-0.00495554;RO=0;SAF=6,0;SAR=50,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00157369,0.0461086;OID=.,.;OPOS=57798942,57798942;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:60:60:0:0:56,3:56,4:0.933333,0.0666667:50,3:6,0:0:0:50,4:6,0:0:0 chr11 57947264 . C G 391.75 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0142476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.681;QD=19.3455;RBI=0.0198199;REFB=-0.0273375;REVB=0.0137781;RO=41;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333406;STB=0.518509;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0262046;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:14:26:28:13:14:26:28:13 chr11 57948952 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.472;QD=58.142;RBI=0.0905671;REFB=0;REVB=0.051041;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355695;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 57958775 . C T 1476.43 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.219;QD=62.1653;RBI=0.0377388;REFB=-0.0451058;REVB=0.00598961;RO=1;SAF=62;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758713;STB=0.503999;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000327594;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:32:62:1:0:32:62:1:0 chr11 57958972 . C A 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0106;QD=57.1725;RBI=0.0288949;REFB=0;REVB=-0.0270269;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450988;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr11 57971171 . C T 61.34 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0420538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4213;QD=3.02938;RBI=0.0509126;REFB=-0.0142168;REVB=-0.028698;RO=67;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12965;STB=0.578812;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0334206;OID=.;OPOS=57971171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:79:81:67:69:12:12:0.148148:8:4:29:38:8:4:29:40 chr11 57971195 . G A 1029.62 PASS AF=0.985915;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0465499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.537;QD=58.0067;RBI=0.0466774;REFB=0.0469326;REVB=-0.00344687;RO=1;SAF=23;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200972;STB=0.509088;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000137041;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:71:1:1:66:70:0.985915:43:23:1:0:43:27:1:0 chr11 57971201 . G A 1029.86 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0318758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6361;QD=58.0205;RBI=0.0691425;REFB=0.0764138;REVB=-0.0613565;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111254;STB=0.505881;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000824182;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:42:28:0:1:42:28:0:1 chr11 57982229 . A G 971.96 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.94;QD=58.9065;RBI=0.0334828;REFB=0;REVB=0.0296749;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94066e-05;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr11 57982584 . T C 1245.89 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0280523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.365;QD=55.9949;RBI=0.0421621;REFB=-0.194877;REVB=0.0314756;RO=4;SAF=37;SAR=47;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484956;STB=0.520384;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00611547;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:89:89:4:5:84:84:0.94382:47:37:4:0:47:37:4:1 chr11 57982620 . A G 1105.81 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018398;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.823;QD=58.9763;RBI=0.0218654;REFB=-0.0179084;REVB=-0.0118157;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000391642;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:37:37:1:0:37:37:1:0 chr11 57982726 . G T 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.362;QD=60.2258;RBI=0.101552;REFB=0;REVB=-0.0942255;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152567;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr11 57982763 . A G 311.48 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3566;QD=49.8365;RBI=0.0615488;REFB=-0.10786;REVB=-0.0584576;RO=1;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131402;STB=0.571363;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0194051;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:3:21:0:1:3:21:0:1 chr11 57982832 . T A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7735;QD=54.4806;RBI=0.0999594;REFB=-0.180774;REVB=0.0921323;RO=2;SAF=20;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00716305;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:30:31:0.96875:10:20:2:0:10:21:1:0 chr11 57982896 . G T 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.535;QD=62.4641;RBI=0.0068659;REFB=0;REVB=-0.00521794;RO=0;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06112e-07;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:30:57:0:0:30:57:0:0 chr11 57983194 . A G,T 649.11 PASS AF=0.921569,0.0392157;AO=46,3;DP=51;FAO=47,2;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=28,1;FSAR=19,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0734489,0.00298393;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.535,107.509;QD=50.9107;RBI=0.0734798,0.00299652;REFB=-0.12827,-0.234357;REVB=0.0021298,0.000274389;RO=2;SAF=27,2;SAR=19,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0335578,-0.272699;STB=0.517234,0.748096;STBP=0.302,0.689;TYPE=snp,snp;VARB=0.00276419,-0.0517917;OID=.,.;OPOS=57983194,57983194;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:2:2:46,3:47,2:0.921569,0.0392157:19,1:27,2:2:0:19,1:28,1:2:0 chr11 57996312 . C G 1595.09 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.9;QD=59.6294;RBI=0.0245314;REFB=0;REVB=-0.00443453;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63784e-05;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:107:0:0:99:107:1:51:48:0:0:53:54:0:0 chr11 58034543 . C T 1513.23 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000190103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.943;QD=59.9299;RBI=0.0105853;REFB=0;REVB=0.0105836;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55165e-05;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr11 58123152 . T C 1145.26 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00294836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.392;QD=57.9876;RBI=0.0314137;REFB=-0.060128;REVB=0.031275;RO=2;SAF=51;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866446;STB=0.504579;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00125883;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:26:51:1:1:26:51:1:1 chr11 58125620 . T C 1084.3 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943738;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.575;QD=60.239;RBI=0.0188115;REFB=0;REVB=-0.0162729;RO=0;SAF=54;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24457e-06;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:18:54:0:0:18:54:0:0 chr11 58126305 . A T 514.45 PASS AF=0.823529;AO=40;DP=51;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0101424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.857;QD=40.3487;RBI=0.0221362;REFB=-0.0186635;REVB=-0.019676;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5517;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00247755;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:0:9:40:42:0.823529:16:24:0:0:16:26:8:1 chr11 58207027 . CA CAA,C 32.58 PASS AF=0,0.413793;AO=3,12;DP=29;FAO=0,12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=0,8;FSAR=0,4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0532898,0.0586808;FXX=0.0333222;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.9188,8.53768;QD=4.49328;RBI=0.115894,0.125318;REFB=0.0628718,-0.0567586;REVB=-0.102916,0.11073;RO=12;SAF=1,8;SAR=2,4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.184075,0.152196;STB=0.5,0.618844;STBP=1,0.327;TYPE=ins,del;VARB=0,0.127256;OID=.,.;OPOS=58207028,58207028;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.413793:3,12:29:0,12:29:17:0,8:0,4:8:9:33:12:1,8:2,4:6:6 chr11 58207204 . A G 1855.39 PASS AF=0.976378;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0396127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.999;QD=58.4374;RBI=0.0477325;REFB=-0.032882;REVB=0.0266313;RO=3;SAF=63;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00698981;STB=0.504321;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000638528;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:127:3:3:123:124:0.976378:60:63:2:1:60:64:1:2 chr11 58318619 . C G 1997.43 PASS AF=0.977778;AO=128;DP=134;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000563482;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.191;QD=59.1832;RBI=0.010656;REFB=-0.166805;REVB=0.0106411;RO=3;SAF=83;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306244;STB=0.507748;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000414836;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:135:3:3:128:132:0.977778:45:83:0:3:46:86:1:2 chr11 58478084 . T C 2622.78 PASS AF=0.982857;AO=169;DP=174;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00798803;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1177;QD=59.9492;RBI=0.0372768;REFB=-0.00778496;REVB=0.0364108;RO=3;SAF=90;SAR=79;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663632;STB=0.503576;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00068362;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:174:175:3:3:169:172:0.982857:79:90:1:2:79:93:1:2 chr11 58973982 . GTA G 499.15 PASS AF=0.928571;AO=29;DP=51;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.125992;FXX=0.192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.72;QD=47.5381;RBI=0.128903;REFB=-0.24646;REVB=0.0272431;RO=4;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154218;STB=0.545431;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.00322556;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:29:51:39:42:3:15:24:3:0:9:4:10:19:4:0 chr11 58982071 . C T 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.911;QD=60.1993;RBI=0.0219499;REFB=0;REVB=-0.0174752;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00213e-05;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr11 59058590 . C G 435.98 PASS AF=0.361702;AO=51;DP=143;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=0.00401082;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.206;QD=12.3681;RBI=0.0265985;REFB=0.000563772;REVB=0.0262944;RO=91;SAF=26;SAR=25;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106632;STB=0.55058;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0010017;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:91:90:51:51:0.361702:25:26:55:36:25:26:53:37 chr11 59132798 . G C 225.19 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0236051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.402;QD=15.2671;RBI=0.0240584;REFB=-0.0149572;REVB=0.00464834;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156136;STB=0.581331;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0199325;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:9:17:16:16:9:17:17:16 chr11 59132882 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0044789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.041;QD=5.57562;RBI=0.0080129;REFB=-0.018354;REVB=0.00664425;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132954;STB=0.586909;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0434079;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:11:13:3:4:11:13 chr11 59210795 . A G 516.93 PASS AF=0.375758;AO=62;DP=164;FAO=62;FDP=165;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=0.0290398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.882;QD=12.5317;RBI=0.0291327;REFB=0.00589077;REVB=0.0023253;RO=99;SAF=27;SAR=35;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576613;STB=0.51767;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00705587;OID=.;OPOS=59210795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:99:103:62:62:0.375758:35:27:38:61:35:27:42:61 chr11 59211188 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0342269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5068;QD=17.5689;RBI=0.0580503;REFB=-0.0203425;REVB=0.0468867;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756773;STB=0.549262;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0200862;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:13:16:19:11:13:16:20:11 chr11 59211265 . T C 192.26 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.011986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.28;QD=16.0218;RBI=0.0120538;REFB=-0.00462155;REVB=-0.00127676;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144286;STB=0.583246;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0166119;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:16:12:6:14:16:12 chr11 59224464 . G C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00497486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.263;QD=20.563;RBI=0.00702782;REFB=-0.00555159;REVB=-0.00496397;RO=25;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219412;STB=0.622375;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00361436;OID=.;OPOS=59224464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:20:9:14:11:20:9:14:11 chr11 59224720 . A G 453.68 PASS AF=0.4;AO=50;DP=128;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.0685878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.999;QD=13.9593;RBI=0.0746933;REFB=-0.000295905;REVB=-0.0295771;RO=78;SAF=28;SAR=22;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610585;STB=0.5238;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000778895;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:78:78:50:52:0.4:22:28:48:30:22:30:48:30 chr11 59225382 . G T 192.62 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000241012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.821;QD=12.631;RBI=0.0020744;REFB=-0.00587515;REVB=-0.00206036;RO=36;SAF=6;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302999;STB=0.6584;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0055647;OID=.;OPOS=59225382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:36:37:23:24:0.393443:17:6:19:17:17:7:20:17 chr11 59271637 . T C 503.62 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.014286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.155;QD=15.988;RBI=0.0366405;REFB=-0.020842;REVB=0.0337407;RO=71;SAF=35;SAR=20;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773995;STB=0.543363;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0225251;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:71:55:55:0.436508:20:35:40:31:20:35:40:31 chr11 59323951 . G A 2090.57 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00575246;FXX=0.0145975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.321;QD=61.943;RBI=0.00621328;REFB=-0.152478;REVB=0.00234822;RO=1;SAF=79;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856398;STB=0.504504;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=2.93506e-05;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:1:1:134:134:0.992593:55:79:0:1:55:79:0:1 chr11 59480951 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.755;QD=57.3858;RBI=0.0187682;REFB=0;REVB=-0.00707716;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20328e-05;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr11 59573999 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00177126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.507;QD=20.5629;RBI=0.0160926;REFB=-0.0173194;REVB=-0.0159948;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083855;STB=0.546729;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0158505;OID=.;OPOS=59573999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:9:20:15:10:9:20:15:10 chr11 59814173 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0128801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.439;QD=13.727;RBI=0.0129327;REFB=0.00404797;REVB=-0.00116499;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122403;STB=0.560736;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00581752;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:13:12:21:14:13:12:21:15 chr11 59863104 . A G 289.1 PASS AF=0.395349;AO=30;DP=82;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.000557908;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.154;QD=13.4465;RBI=0.00171125;REFB=-0.03531;REVB=0.00161775;RO=52;SAF=18;SAR=12;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177383;STB=0.520698;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0539792;OID=.;OPOS=59863104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:52:52:30:34:0.395349:12:18:32:20:12:22:32:20 chr11 59946302 . C T 797.8 PASS AF=0.982759;AO=47;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.662;QD=55.021;RBI=0.0101329;REFB=-0.0709531;REVB=-0.00146835;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149319;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00130952;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:47:57:0.982759:31:16:0:1:31:26:0:1 chr11 59947252 . C T 1590.53 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00111304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4203;QD=58.9087;RBI=0.00833439;REFB=-0.106855;REVB=0.00825974;RO=1;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887078;STB=0.504586;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00113536;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:108:108:1:1:106:107:0.990741:53:53:0:1:54:53:0:1 chr11 60050125 . A G 445.44 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0106952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.394;QD=18.56;RBI=0.0445995;REFB=-0.0200136;REVB=-0.0432982;RO=51;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174567;STB=0.509727;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0229477;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:22:23:27:24:22:23:27:24 chr11 60070176 . A G 571.58 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0222422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.098;QD=25.6889;RBI=0.0251934;REFB=-0.0202015;REVB=0.0118318;RO=37;SAF=24;SAR=28;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805676;STB=0.544025;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0122563;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:28:24:21:16:28:24:21:16 chr11 60073597 . C T 2833.68 PASS AF=0.98913;AO=181;DP=184;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0447141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8458;QD=61.6018;RBI=0.0460863;REFB=-0.0967891;REVB=0.0111623;RO=2;SAF=102;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118985;STB=0.506249;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00447629;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:184:2:2:181:182:0.98913:79:102:0:2:79:103:0:2 chr11 60102384 . A G 534.85 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0228783;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.171;QD=18.1304;RBI=0.0273975;REFB=-0.00408863;REVB=0.0150733;RO=59;SAF=30;SAR=26;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150021;STB=0.593837;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0048454;OID=.;OPOS=60102384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:61:56:57:0.483051:26:30:22:37:26:31:22:39 chr11 60102396 . A G 563.28 PASS AF=0.472;AO=57;DP=124;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0211527;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7096;QD=18.0249;RBI=0.0634946;REFB=-0.0202719;REVB=0.0598676;RO=65;SAF=29;SAR=28;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148493;STB=0.584877;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0186066;OID=.;OPOS=60102396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:65:66:57:59:0.472:28:29:23:42:28:31:24:42 chr11 60102507 . G T 346.86 PASS AF=0.394231;AO=43;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0867925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8941;QD=13.3407;RBI=0.0900188;REFB=-0.002254;REVB=0.023884;RO=59;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593486;STB=0.505926;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00306618;OID=.;OPOS=60102507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:63:43:41:0.394231:26:17:23:36:25:16:24:39 chr11 60103096 . A C 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00176483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.905;QD=11.8204;RBI=0.00708207;REFB=-0.012611;REVB=-0.00685865;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252927;STB=0.645051;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0137376;OID=.;OPOS=60103096;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:14:11:29:14:14:11:29:14 chr11 60103112 . T C 180.81 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0520936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.626;QD=12.9147;RBI=0.0593758;REFB=-0.00670827;REVB=0.0284911;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262063;STB=0.649554;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0104112;OID=.;OPOS=60103112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:24:10:12:10:24:10 chr11 60105366 . T C 635.04 PASS AF=0.5;AO=61;DP=125;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0233498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.899;QD=19.8449;RBI=0.0263872;REFB=-0.012635;REVB=0.0122912;RO=62;SAF=42;SAR=19;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154876;STB=0.566369;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0123578;OID=.;OPOS=60105366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:62:64:61:64:0.5:19:42:33:29:22:42:34:30 chr11 60152563 . T A 1286.14 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482318;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.908;QD=61.9825;RBI=0.0715;REFB=0;REVB=0.052782;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192772;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr11 60152584 . G A 1485.07 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256182;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5211;QD=62.5292;RBI=0.0403204;REFB=-0.132392;REVB=-0.0311359;RO=1;SAF=50;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938906;STB=0.504949;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000907501;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:95:1:1:94:94:0.989474:44:50:1:0:44:50:1:0 chr11 60157107 . T G 770.8 PASS AF=0.982143;AO=42;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.075;QD=55.0574;RBI=0.0342568;REFB=0.0530847;REVB=0.0196712;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-9.92273e-05;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:42:55:0.982143:19:23:0:0:29:26:0:1 chr11 60157166 . C T 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944254;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.693;QD=62.6863;RBI=0.013557;REFB=0;REVB=0.00972782;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13653e-05;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chr11 60165352 . ATT A 1697.8 PASS AF=1;AO=132;DP=139;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217706;FXX=0.0357117;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.072;QD=50.3051;RBI=0.021866;REFB=0;REVB=0.00203991;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.37903e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:132:139:135:135:0:70:65:0:0:29:0:68:64:0:0 chr11 60172087 . C T 933.23 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.208;QD=55.7153;RBI=0.023398;REFB=-0.0347113;REVB=0.0169236;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223619;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:67:0:0:63:67:1:40:23:0:0:40:27:0:0 chr11 60173360 . A G 445.97 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.073;QD=57.5439;RBI=0.0309178;REFB=0;REVB=-0.00301517;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2396e-05;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:17:11:0:0:17:14:0:0 chr11 60182970 . A T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00500931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.554;QD=16.8738;RBI=0.0061791;REFB=-0.00228694;REVB=-0.00361774;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21122;STB=0.62057;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00245169;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:16:10:12:8:16:10 chr11 60184191 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0216689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.978;QD=20.2107;RBI=0.0297636;REFB=-0.0215267;REVB=0.0204042;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638491;STB=0.536526;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0115576;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:2:11:8:2:2:11:8:2 chr11 60184277 . A C 177.93 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0163078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.448;QD=14.525;RBI=0.0270242;REFB=-0.00627875;REVB=0.021549;RO=30;SAF=17;SAR=2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484515;STB=0.7891;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00627313;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:2:17:17:13:2:17:17:13 chr11 60198328 . C T 299.12 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0257715;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4739;QD=15.9529;RBI=0.0310619;REFB=-0.00501807;REVB=0.0173399;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622831;STB=0.521796;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00216247;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:16:17:19:23:16:17:20:22 chr11 60264947 . C T 465.37 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00421824;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.237;QD=18.4306;RBI=0.0300361;REFB=-0.0188859;REVB=0.0297384;RO=50;SAF=28;SAR=21;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455548;STB=0.533514;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0205879;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:52:49:49:0.485149:21:28:31:19:21:28:33:19 chr11 60265002 . C T 391.77 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=100;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00598448;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.054;QD=16.3237;RBI=0.0261101;REFB=-0.0073007;REVB=-0.025415;RO=47;SAF=15;SAR=27;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265418;STB=0.665959;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0132686;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:96:47:53:42:43:0.447917:27:15:30:17:27:16:36:17 chr11 60285575 . A G 2217.7 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.23167e-05;FXX=0.0397325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.475;QD=61.178;RBI=0.00426626;REFB=0;REVB=0.0042662;RO=0;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48901e-05;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:144:145:1:70:74:0:0:71:74:0:0 chr11 60291413 . C T 440.34 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0155737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.326;QD=16.936;RBI=0.0262693;REFB=-0.00267702;REVB=-0.0211551;RO=55;SAF=19;SAR=29;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110423;STB=0.566747;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00373866;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:56:48:48:0.461538:29:19:28:27:29:19:29:27 chr11 60296879 . C T 480.34 PASS AF=0.418605;AO=53;DP=128;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00832612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.422;QD=14.8942;RBI=0.0782866;REFB=-0.02523;REVB=-0.0778425;RO=75;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160673;STB=0.58397;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.028306;OID=.;OPOS=60296879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:75:75:53:54:0.418605:25:28:28:47:26:28:28:47 chr11 60504436 . T C 121.79 PASS AF=0.388889;AO=16;DP=38;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00350621;FXX=0.0526177;HRUN=16;LEN=1;MLLD=169.987;QD=13.5318;RBI=0.00859759;REFB=-0.014776;REVB=-0.00785016;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967593;STB=0.523775;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0118836;OID=.;OPOS=60504436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:21:22:16:14:0.388889:6:10:15:6:4:10:15:7 chr11 60531264 . A G 537.59 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00113079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.463;QD=21.5035;RBI=0.0159343;REFB=-0.0140419;REVB=-0.0158942;RO=49;SAF=30;SAR=21;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022082;STB=0.51219;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0125665;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:21:30:30:19:21:30:30:19 chr11 60531346 . T G 346.48 PASS AF=0.452381;AO=24;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00164769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.095;QD=16.4989;RBI=0.0211479;REFB=-0.00304033;REVB=0.0210836;RO=41;SAF=18;SAR=6;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122602;STB=0.523868;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00508975;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:46:24:38:0.452381:6:18:27:14:11:27:31:15 chr11 60559805 . A G 296.86 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0298983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.228;QD=26.9876;RBI=0.0350126;REFB=-0.0280892;REVB=0.0182201;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138919;STB=0.592524;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.013258;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:17:26:27:0.613636:15:11:11:7:16:11:11:6 chr11 60610065 . G A 290.41 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.00283369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.53;QD=14.1662;RBI=0.00710447;REFB=-0.00205645;REVB=-0.00651488;RO=49;SAF=6;SAR=27;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160125;STB=0.592044;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00349432;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:27:6:14:35:27:6:14:35 chr11 60620585 . A G 804.62 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.296;QD=64.3693;RBI=0.125612;REFB=0;REVB=-0.123821;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286135;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr11 60620590 . C G 885.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5639;QD=58.0474;RBI=0.0740633;REFB=0;REVB=-0.0703988;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000926012;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr11 60635091 . T C 188.68 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7559;QD=47.1711;RBI=0.0273253;REFB=0;REVB=-0.000411464;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291655;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 60638461 . C T 540.27 PASS AF=0.442748;AO=57;DP=130;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0112777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.43;QD=16.4968;RBI=0.0140195;REFB=-0.00992333;REVB=-0.00832816;RO=72;SAF=30;SAR=27;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954694;STB=0.553408;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.013294;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:72:73:57:58:0.442748:27:30:31:41:27:31:32:41 chr11 60638470 . A G 2031.29 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.259;QD=62.0241;RBI=0.024556;REFB=0;REVB=-0.0174103;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99312e-05;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:128:131:1:69:59:0:0:69:62:0:0 chr11 60640660 . G A 284.93 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0362176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8252;QD=23.744;RBI=0.0552966;REFB=0.00975423;REVB=0.0417852;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690176;STB=0.538432;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00770566;OID=.;OPOS=60640660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:12:10:14:12:12:10 chr11 60666341 . G A 280.31 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.000509077;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.766;QD=16.7347;RBI=0.0175397;REFB=-0.00537737;REVB=0.0175324;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635759;STB=0.543831;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00665087;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:31:31:0.462687:13:18:18:17:13:18:18:18 chr11 60673868 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0673567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.433;QD=19.5231;RBI=0.0676334;REFB=-0.0189434;REVB=-0.00611112;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129875;STB=0.574513;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0179004;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:8:4:3:11:8:4 chr11 60689445 . T C 1457.94 PASS AF=0.989583;AO=81;DP=82;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.182295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.644;QD=60.7477;RBI=0.182987;REFB=-0.180742;REVB=-0.0158953;RO=1;SAF=4;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104677;STB=0.513511;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00371544;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:96:1:1:81:95:0.989583:77:4:1:0:77:18:1:0 chr11 60695301 . C A 2147.68 PASS AF=0.960784;AO=147;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0280168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.389;QD=56.1485;RBI=0.0371309;REFB=-0.0828877;REVB=0.0243673;RO=4;SAF=49;SAR=98;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190136;STB=0.514849;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000775922;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:153:153:4:6:147:147:0.960784:98:49:0:4:98:49:0:6 chr11 60699230 . G A 424.98 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=0.00893159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0779;QD=13.9336;RBI=0.0248524;REFB=-0.0059951;REVB=0.023192;RO=72;SAF=28;SAR=21;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104577;STB=0.562019;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00559939;OID=.;OPOS=60699230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:72:73:49:49:0.401639:21:28:48:24:21:28:49:24 chr11 60701136 . C G 372.66 PASS AF=0.453488;AO=35;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00821024;FXX=0.0114929;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.909;QD=17.3331;RBI=0.0238247;REFB=-0.031094;REVB=-0.0223654;RO=33;SAF=24;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160705;STB=0.54711;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0308804;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:33:47:35:39:0.453488:11:24:17:16:15:24:25:22 chr11 60703777 . G A 382.27 PASS AF=0.481928;AO=37;DP=81;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0372554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.364;QD=18.4226;RBI=0.0379747;REFB=-0.0369451;REVB=0.00735614;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105632;STB=0.507894;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0365765;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:38:43:37:40:0.481928:16:21:22:16:18:22:23:20 chr11 60704213 . C T 727.11 PASS AF=0.48;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0143664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9984;QD=19.3896;RBI=0.0208697;REFB=-0.00792795;REVB=0.0151378;RO=75;SAF=41;SAR=31;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801722;STB=0.53142;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0113908;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:75:78:72:72:0.48:31:41:49:26:31:41:49:29 chr11 60705454 . A G 972.37 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376255;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3595;QD=58.0522;RBI=0.0407296;REFB=-0.131294;REVB=-0.0155957;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00196448;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:28:38:1:0:28:38:1:0 chr11 60776306 . C T 58.6 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0450749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1489;QD=14.6512;RBI=0.0461046;REFB=-0.0172175;REVB=-0.00968949;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.022798;OID=.;OPOS=60776306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:4:4:6:2:4:4 chr11 60785352 . A G 278.87 PASS AF=0.517241;AO=28;DP=56;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00392661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.526;QD=19.2325;RBI=0.0262482;REFB=-0.00522032;REVB=0.0259529;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818583;STB=0.558786;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.006496;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:24:28:28:30:0.517241:12:16:16:8:12:18:20:8 chr11 60785464 . G A 208.43 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.016404;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8128;QD=17.3695;RBI=0.0249586;REFB=0.00262955;REVB=-0.0188107;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114389;STB=0.565156;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00429516;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:16:11:11:10:16:11 chr11 60886913 . C T 362.14 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0249647;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.762;QD=18.5711;RBI=0.0320143;REFB=-0.0258733;REVB=0.020042;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218769;STB=0.511622;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.027028;OID=.;OPOS=60886913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:40:37:38:0.487179:17:20:22:17:17:21:23:17 chr11 60892606 . A C,G 675.64 PASS AF=0.0652174,0.913043;AO=3,42;DP=46;FAO=3,42;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=2,19;FSAR=1,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00890402,0.0611633;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.303,55.2123;QD=58.7515;RBI=0.00965926,0.0617282;REFB=-0.144666,-0.150856;REVB=-0.00374428,0.00833198;RO=1;SAF=2,19;SAR=1,23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.024064;STB=0.59939,0.512814;STBP=0.681,0.316;TYPE=snp,snp;VARB=0.121263,-0.00523551;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:46:1:1:3,42:3,42:0.0652174,0.913043:1,23:2,19:1:0:1,23:2,19:1:0 chr11 60893235 . C T 640.61 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.761;QD=61.0105;RBI=0.027018;REFB=0;REVB=0.0126728;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195739;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr11 60899767 . A G 506.42 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0715626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6983;QD=56.2692;RBI=0.07262;REFB=-0.099773;REVB=-0.0123472;RO=1;SAF=29;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158543;STB=0.508192;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00234841;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:5:29:1:0:5:30:1:0 chr11 61106892 . G C 919.68 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6291;QD=58.392;RBI=0.0864718;REFB=0;REVB=-0.00860641;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066844;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:31:31:1:0:31:32:0:0 chr11 61108974 . G A 737.39 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0499488;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4139;QD=61.449;RBI=0.092695;REFB=-0.0509353;REVB=0.0780863;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00242044;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:1:0 chr11 61112802 . C T 1080.34 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8605;QD=60.019;RBI=0.0567784;REFB=0;REVB=0.0471762;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679169;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:25:47:0:0:25:47:0:0 chr11 61165280 . G A 1605.25 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1421;QD=60.0093;RBI=0.0450186;REFB=0;REVB=-0.0445004;RO=0;SAF=70;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013973;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:37:70:0:0:37:70:0:0 chr11 61165731 . C CA 294.43 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149195;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=270.584;QD=51.2059;RBI=0.0195863;REFB=0;REVB=-0.0126899;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00207171;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:23:23:0:5:18:0:0:4:0:5:16:0:0 chr11 61165741 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.229;QD=53.2764;RBI=0.0323443;REFB=0;REVB=0.000419349;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016767;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr11 61166306 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.004;QD=45.8068;RBI=0.0145076;REFB=0;REVB=-0.0145076;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220296;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr11 61179285 . G A 1752.92 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.534;QD=60.4455;RBI=0.034304;REFB=0;REVB=0.0339652;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102734;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:111:116:1:50:61:0:0:52:64:0:0 chr11 61204361 . A C 1689.55 PASS AF=0.982759;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0139731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4285;QD=58.2604;RBI=0.0285827;REFB=0.0397193;REVB=0.0249343;RO=2;SAF=60;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013709;STB=0.500455;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00067789;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:116:2:2:111:114:0.982759:51:60:1:1:54:60:1:1 chr11 61249383 . C A 1153.28 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6844;QD=60.6992;RBI=0.0433221;REFB=0;REVB=0.0211113;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32039e-05;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr11 61277910 . A C 263.24 PASS AF=0.265306;AO=22;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=10;FWDB=-0.00816484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.529;QD=10.7446;RBI=0.0114077;REFB=-0.0104952;REVB=0.00796683;RO=61;SAF=18;SAR=4;SRF=52;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748622;STB=0.584358;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0322802;OID=.;OPOS=61277910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:65:22:26:0.265306:4:18:52:9:6:20:55:10 chr11 61404766 . C T 589.87 PASS AF=0.512821;AO=59;DP=116;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00232366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0938;QD=20.1666;RBI=0.0117595;REFB=0.00860476;REVB=-0.0115276;RO=56;SAF=32;SAR=27;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178083;STB=0.596074;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00715592;OID=.;OPOS=61404766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:57:59:60:0.512821:27:32:19:37:27:33:20:37 chr11 61505168 . G A 338.65 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00597041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.234;QD=15.2203;RBI=0.00677854;REFB=-0.00786599;REVB=0.00320979;RO=50;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167336;STB=0.583855;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0107919;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:50:52:36:37:0.41573:13:23:24:26:14:23:25:27 chr11 61511133 . G A 368.57 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0025867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.688;QD=19.3985;RBI=0.0478097;REFB=-0.015889;REVB=0.0477397;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214308;STB=0.619184;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0145188;OID=.;OPOS=61511133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:24:14:23:15:24:14:23:15 chr11 61513952 . G A 754.09 PASS AF=0.45977;AO=77;DP=172;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=0.0115206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.698;QD=17.3355;RBI=0.012384;REFB=-0.00637005;REVB=-0.00454326;RO=93;SAF=40;SAR=37;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172212;STB=0.598949;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00835269;OID=.;OPOS=61513952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:93:94:77:80:0.45977:37:40:32:61:38:42:32:62 chr11 61520210 . G T 306.08 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=3;FWDB=0.0271899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5033;QD=15.3038;RBI=0.0437771;REFB=-0.00771274;REVB=-0.0343096;RO=45;SAF=32;SAR=2;SRF=43;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706466;STB=0.516119;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0137828;OID=.;OPOS=61520210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:2:32:43:2:2:32:43:3 chr11 61534872 . A C 1069.57 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.609;QD=59.4204;RBI=0.0246321;REFB=0;REVB=0.0151258;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100105;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:31:37:0:0:31:41:0:0 chr11 61551356 . T C 734.98 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.835;QD=61.2482;RBI=0.0237674;REFB=-0.0858289;REVB=0.018667;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177461;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00133621;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:0:1:26:21:0:1 chr11 61564299 . G T 227.1 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362454;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.32;QD=50.4657;RBI=0.0369902;REFB=0;REVB=0.00738535;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233278;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr11 61578346 . GGCC GC,GGC,GGCT 64.86 PASS AF=0,0.242424,0.020202;AO=21,27,4;DP=111;FAO=0,24,2;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=0,19,0;FSAR=0,5,2;FSRF=53;FSRR=20;FWDB=-0.089927,-0.167533,-0.0285242;FXX=0.0660315;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=14.8526,9.17163,219.156;QD=2.62062;RBI=0.367252,0.277133,0.0936953;REFB=-0.0499727,-0.110108,-0.00459398;REVB=-0.356072,-0.220761,-0.0892478;RO=42;SAF=10,26,0;SAR=11,1,4;SRF=31;SRR=11;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.29768,0.570282,-0.680022;STB=0.5,0.568801,0.99708;STBP=1,0.509,0.036;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0660328,0.0753184,0.166327;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578349;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.242424,0.020202:21,27,4:111:0,24,2:99:73:0,19,0:0,5,2:53:20:47:42:10,26,0:11,1,4:31:11 chr11 61582708 . T C 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1684;QD=54.511;RBI=0.061757;REFB=0;REVB=-0.0437992;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014821;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 61593816 . C T 888.38 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727243;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3097;QD=58.2545;RBI=0.0824105;REFB=0;REVB=0.0387643;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451713;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr11 61633174 . C T 340.65 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00794914;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.643;QD=20.0381;RBI=0.00847956;REFB=-0.0119865;REVB=-0.00295196;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131407;STB=0.586273;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0143095;OID=.;OPOS=61633174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:33:35:35:0.514706:19:16:19:12:19:16:21:12 chr11 61658800 . C T 42.19 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0228183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.099;QD=18.7525;RBI=0.0343225;REFB=-0.0601077;REVB=0.0256391;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200664;STB=0.615062;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0690274;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:0:3:5:1:0:3 chr11 61669946 . G A 355.01 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0135713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.837;QD=16.3223;RBI=0.0137109;REFB=-0.00114564;REVB=0.00195172;RO=49;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123795;STB=0.569584;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00159634;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:17:21:21:28:17:21:21:28 chr11 61672235 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0145267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4456;QD=9.1885;RBI=0.0790731;REFB=0.00454211;REVB=-0.0777273;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209528;STB=0.626645;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0151322;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:9:16:5:6:9:16 chr11 61672265 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00549332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.067;QD=8.89995;RBI=0.00731249;REFB=-0.00416647;REVB=0.00482659;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819496;STB=0.549911;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00889866;OID=.;OPOS=61672265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:6:5:10:16:6:5:10:16 chr11 61719387 . T C 453.47 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8374;QD=54.9656;RBI=0.0313942;REFB=-0.0276756;REVB=0.0138928;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00618639;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chr11 61722645 . C A 238.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0146944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.024;QD=16.155;RBI=0.0361196;REFB=0.00200458;REVB=0.0329954;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133679;STB=0.575167;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00166868;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:14:13:11:21:14:13:11:21 chr11 61730234 . T C 295.72 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0201227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.091;QD=49.2874;RBI=0.0202506;REFB=-0.0451076;REVB=-0.00227241;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000313763;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:1:0:14:9:1:0 chr11 61730724 . G A 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0245345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.975;QD=14.6584;RBI=0.0254168;REFB=-0.0153182;REVB=-0.00663857;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462262;STB=0.768816;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0332325;OID=.;OPOS=61730724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:3:10:5:12:3:10:5:12 chr11 61735034 . A G 145.81 PASS AF=0.326923;AO=13;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0981454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.7009;QD=11.2158;RBI=0.101787;REFB=-0.0376445;REVB=0.0269838;RO=27;SAF=13;SAR=0;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.805927;STB=0.902246;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0959751;OID=.;OPOS=61735034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:32:13:17:0.326923:0:13:11:16:1:16:15:17 chr11 61735059 . A C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00337238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.667;QD=12.0151;RBI=0.0115936;REFB=-0.0136805;REVB=0.0110923;RO=34;SAF=18;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591444;STB=0.850945;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0131137;OID=.;OPOS=61735059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:2:18:15:19:2:18:15:19 chr11 61735080 . G T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0203342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4961;QD=12.1428;RBI=0.0216342;REFB=0.00774624;REVB=-0.00738639;RO=32;SAF=17;SAR=2;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.581874;STB=0.851608;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00944919;OID=.;OPOS=61735080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:2:17:14:18:2:17:14:19 chr11 61735812 . C CG,G 31.33 PASS AF=0.235294,0;AO=5,2;DP=39;FAO=8,0;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.209116,0.0103636;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=18.4237,31.542;QD=3.68623;RBI=0.209151,0.0431936;REFB=0.0147495,0.0255664;REVB=-0.00382438,0.0419318;RO=32;SAF=5,1;SAR=0,1;SRF=21;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.590262,-0.142483;STB=0.769197,0.5;STBP=0.135,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0244698,0;OID=.,.;OPOS=61735813,61735812;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:39:34:32:26:5,2:8,0:0.235294,0:0,1:5,1:21:11:1,0:7,0:16:10 chr11 61906374 . T C 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0195166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.426;QD=7.47087;RBI=0.0254615;REFB=0.0129505;REVB=-0.016352;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156532;STB=0.595994;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0423882;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:7:4:8:24:7:4:8:24 chr11 61914260 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.107151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.774;QD=21.8421;RBI=0.109277;REFB=-0.0310895;REVB=-0.0214482;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173071;STB=0.599697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0162781;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:0:2:4:2:0:2 chr11 62010863 . C T 505.52 PASS AF=0.350282;AO=62;DP=177;FAO=62;FDP=177;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=73;FSRR=42;FWDB=-0.00588819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.259;QD=11.4242;RBI=0.00783413;REFB=-0.00654117;REVB=0.00516746;RO=113;SAF=30;SAR=32;SRF=72;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173211;STB=0.597504;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0118005;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:113:115:62:62:0.350282:32:30:72:41:32:30:73:42 chr11 62156608 . C T 283.33 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00125836;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.824;QD=23.6104;RBI=0.0147974;REFB=-0.0200406;REVB=0.0147438;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131256;STB=0.530099;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0123469;OID=.;OPOS=62156608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:23:20:27:28:0.583333:11:16:10:13:12:16:10:10 chr11 62160723 . C T 318.42 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00764383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.859;QD=18.1952;RBI=0.00857389;REFB=-0.0146274;REVB=-0.00388376;RO=36;SAF=9;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289559;STB=0.662605;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0107804;OID=.;OPOS=62160723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:25:9:20:16:25:9:20:16 chr11 62160729 . G A 328.64 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0327413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.726;QD=18.0079;RBI=0.0341999;REFB=-0.0194623;REVB=0.00988151;RO=38;SAF=9;SAR=26;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276621;STB=0.655558;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0349326;OID=.;OPOS=62160729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:26:9:20:18:26:9:20:18 chr11 62236219 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.639;QD=55.6528;RBI=0.0217099;REFB=0;REVB=-0.0166849;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272719;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr11 62292882 . G T 1504.33 PASS AF=0.990291;AO=103;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00555532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4214;QD=58.4208;RBI=0.04229;REFB=-0.0115377;REVB=-0.0419236;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.505375;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-5.55899e-05;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:103:102:0.990291:47:56:0:0:46:56:0:1 chr11 62293948 . G A 105.08 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0237427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.735;QD=12.009;RBI=0.0310241;REFB=-0.0181072;REVB=0.0199695;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203554;STB=0.643374;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.040922;OID=.;OPOS=62293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:4:8:18:4:5:8:18:4 chr11 62300862 . C T 136.13 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0158726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.996;QD=10.4717;RBI=0.0338668;REFB=-0.00141427;REVB=-0.0299169;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999059;STB=0.559513;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00223058;OID=.;OPOS=62300862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:12:5:13:22:12:5:13:22 chr11 62350070 . TCAA ATCA,TCA,TC 40.32 PASS AF=0,0.409091,0.0454545;AO=2,5,3;DP=23;FAO=0,9,1;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=0,5,0;FSAR=0,4,1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00357085,-0.0286399,-0.0148692;FXX=0.0434594;HRUN=1,8,8;LEN=3,1,2;MLLD=104.652,7.58332,16.3838;QD=7.33096;RBI=0.023368,0.185377,0.101689;REFB=-0.0137235,-0.125201,-0.0683583;REVB=-0.0230935,-0.183151,-0.100596;RO=11;SAF=0,4,0;SAR=2,1,3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.622114,0.218963,-0.686823;STB=0.5,0.516093,0.990896;STBP=1,0.922,0.272;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.00806539,0.0691727;OID=.,.,.;OPOS=62350070,62350072,62350072;OREF=TCA,A,AA;OALT=ATC,-,-;OMAPALT=ATCA,TCA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:23:22:11:12:2,5,3:0,9,1:0,0.409091,0.0454545:2,1,3:0,4,0:7:4:0,4,1:0,5,0:7:5 chr11 62361500 . C T 253.49 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0436375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1742;QD=28.1655;RBI=0.0760424;REFB=-0.0226589;REVB=0.0622754;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180555;STB=0.599911;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0109524;OID=.;OPOS=62361500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:15:8:8:5:15:8:8:5 chr11 62381106 . G C 152.06 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3218;QD=40.5485;RBI=0.0456324;REFB=0.00649554;REVB=0.0417098;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395718;STB=0.521709;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00300568;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:3:11:1:0:3:11:1:0 chr11 62383715 . G C 615.84 PASS AF=1;AO=9;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103491;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.555;QD=60.0815;RBI=0.103497;REFB=0;REVB=-0.0011314;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858979;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:9:41:1:7:2:0:0:26:15:0:0 chr11 62383719 . A C 68.34 PASS AF=0.217391;AO=8;DP=44;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00733122;FXX=0.061212;HRUN=15;LEN=1;MLLD=100.948;QD=5.94293;RBI=0.0199673;REFB=-0.00347513;REVB=0.0185728;RO=36;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52941;STB=0.737298;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0133058;OID=.;OPOS=62383719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:44:46:36:36:8:10:0.217391:2:6:10:26:4:6:10:26 chr11 62430659 . T A,C 1028.4 PASS AF=0.873239,0.126761;AO=61,9;DP=71;FAO=62,9;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35,4;FSAR=27,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231713,0.0198294;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.01,175.354;QD=57.9382;RBI=0.0290354,0.0199453;REFB=0,0;REVB=0.017497,-0.00214667;RO=0;SAF=35,4;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0031109,0.0465438;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:71:71:0:0:61,9:62,9:0.873239,0.126761:26,5:35,4:0:0:27,5:35,4:0:0 chr11 62439569 . G A 1529.3 PASS AF=0.972222;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0336246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.785;QD=56.6409;RBI=0.0624915;REFB=-0.0690084;REVB=0.0526742;RO=2;SAF=46;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201817;STB=0.515461;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000561577;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:108:2:3:104:105:0.972222:58:46:2:0:58:47:3:0 chr11 62559351 . T C 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0638152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.177;QD=24.8182;RBI=0.0667425;REFB=-0.000485876;REVB=0.0195495;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107798;STB=0.55995;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=5.32022e-05;OID=.;OPOS=62559351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:10:8:14:10:10:8 chr11 62563353 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.744;QD=63.286;RBI=0.00920794;REFB=0;REVB=0.00871883;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05925e-06;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr11 62601342 . CT CG,C 86.24 PASS AF=0,0.411765;AO=3,27;DP=68;FAO=0,28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=0,25;FSAR=0,3;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0726802,0.00835126;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=53.0832,13.7869;QD=5.07284;RBI=0.0784801,0.115636;REFB=-0.0502606,-0.160077;REVB=-0.0296094,-0.115334;RO=35;SAF=3,25;SAR=0,2;SRF=9;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.653727,0.718833;STB=0.5,0.874432;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0,0.169143;OID=.,.;OPOS=62601343,62601343;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.411765:3,27:68:0,28:68:40:0,25:0,3:12:28:87:35:3,25:0,2:9:26 chr11 62609095 . A G 105.09 PASS AF=0.207317;AO=16;DP=84;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00151774;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.027;QD=5.12627;RBI=0.00914711;REFB=-0.00802634;REVB=0.00902032;RO=66;SAF=15;SAR=1;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633964;STB=0.918356;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0294043;OID=.;OPOS=62609095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:66:65:16:17:0.207317:1:15:32:34:1:16:32:33 chr11 62609112 . A G 1930.31 PASS AF=0.653226;AO=162;DP=250;FAO=162;FDP=248;FR=.;FRO=86;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.00780347;FXX=0.00799968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4689;QD=31.1341;RBI=0.02498;REFB=0.0209333;REVB=-0.0237298;RO=87;SAF=70;SAR=92;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106963;STB=0.50754;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0138446;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:87:86:162:162:0.653226:92:70:39:48:92:70:39:47 chr11 62609171 . TATT CTGC 3621.22 PASS AF=0.792614;AO=264;DP=369;FAO=279;FDP=352;FR=.;FRO=73;FSAF=122;FSAR=157;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00868397;FXX=0.0486473;HRUN=1;LEN=4;MLLD=218.478;QD=41.1503;RBI=0.0441458;REFB=-0.0398124;REVB=0.0432833;RO=69;SAF=114;SAR=150;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00118021;STB=0.505552;STBP=0.662;TYPE=mnp;VARB=0.010005;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:352:69:73:264:279:0.792614:150:114:30:39:157:122:30:43 chr11 62609220 . A G 111.28 PASS AF=0.0944882;AO=36;DP=381;FAO=36;FDP=381;FR=.;FRO=345;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=143;FSRR=202;FWDB=-0.0117546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.16;QD=1.16826;RBI=0.0140527;REFB=-0.00323006;REVB=0.00770106;RO=343;SAF=20;SAR=16;SRF=141;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173557;STB=0.62565;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0269813;OID=.;OPOS=62609220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:343:345:36:36:0.0944882:16:20:141:202:16:20:143:202 chr11 62677529 . C T 66.78 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0192152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7193;QD=12.7195;RBI=0.0312151;REFB=-0.0145508;REVB=0.0245999;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947861;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0218831;OID=.;OPOS=62677529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:4:5:6:5:4:5:7:5 chr11 62744813 . T C 103.54 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0301919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.284;QD=18.826;RBI=0.0336293;REFB=0.00106237;REVB=0.0148116;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337697;STB=0.595062;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00235774;OID=.;OPOS=62744813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:10:1:3:7:10:2:3:7 chr11 62751976 . G GC 51.23 PASS AF=0.5;AO=10;DP=28;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.179322;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.29417;QD=7.88191;RBI=0.184702;REFB=-0.0708527;REVB=-0.0442528;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346115;STB=0.596881;STBP=0.438;TYPE=ins;VARB=0.0839765;OID=.;OPOS=62751977;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:28:13:26:13:9:4:11:2:46:17:6:4:15:2 chr11 62766431 . A T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00932274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.929;QD=24.1067;RBI=0.0125864;REFB=-0.0196598;REVB=-0.00845604;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396765;STB=0.52207;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00780547;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:12:7:10:14:12:7 chr11 62847453 . T C 764.81 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325517;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4605;QD=63.7343;RBI=0.0536088;REFB=0;REVB=0.0425945;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356286;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:46:48:1:15:31:0:0:16:32:0:0 chr11 62848445 . A G 230.96 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0558798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9185;QD=13.9976;RBI=0.0629491;REFB=-0.0182732;REVB=0.0289833;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169559;STB=0.610202;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0383075;OID=.;OPOS=62848445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:37:38:27:28:0.424242:14:13:24:13:15:13:25:13 chr11 62848487 . A C 1185.68 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.6;QD=60.8041;RBI=0.0711807;REFB=0;REVB=0.0650948;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138919;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:74:78:1:33:41:0:0:37:41:0:0 chr11 62848568 . C G 185.58 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0823534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.778;QD=13.7466;RBI=0.0823957;REFB=-0.00457665;REVB=-0.00263932;RO=32;SAF=1;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591977;STB=0.856689;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00831719;OID=.;OPOS=62848568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:21:1:11:21:21:1:11:21 chr11 62863518 . A G 327.15 PASS AF=0.513889;AO=28;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00274588;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.4163;QD=18.1747;RBI=0.0761391;REFB=-0.0489413;REVB=0.0760896;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802329;STB=0.510199;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0243428;OID=.;OPOS=62863518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:35:28:37:0.513889:11:17:20:9:12:25:23:12 chr11 62886319 . G C 302.85 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8863;QD=52.6698;RBI=0.00775205;REFB=0;REVB=0.00337426;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69094e-05;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr11 62886467 . T C 81.99 PASS AF=0.282051;AO=7;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0206649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.119;QD=8.40924;RBI=0.0208019;REFB=-0.013838;REVB=-0.00238334;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224731;STB=0.507029;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0500861;OID=.;OPOS=62886467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:39:39:28:28:7:11:0.282051:2:5:15:13:5:6:15:13 chr11 62902172 . A C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000953968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1098;QD=64.4127;RBI=0.0108951;REFB=0;REVB=0.0108533;RO=0;SAF=40;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61354e-05;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:10:40:0:0:10:40:0:0 chr11 62910849 . T C 1952.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.54;QD=61.9768;RBI=0.0256914;REFB=0;REVB=0.0243738;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69643e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:60:66:0:0:60:66:0:0 chr11 62911079 . G C 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000707413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.441;QD=60.3736;RBI=0.00543632;REFB=0;REVB=0.0053901;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83375e-05;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr11 62931484 . T C 458.52 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00207781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.52;QD=15.6759;RBI=0.00208479;REFB=-0.0253859;REVB=0.000170402;RO=65;SAF=21;SAR=30;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971486;STB=0.550439;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0295467;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:51:51:0.435897:30:21:33:32:30:21:33:33 chr11 62951221 . C G 376.27 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0371745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4966;QD=16.3596;RBI=0.0372021;REFB=-0.0133591;REVB=0.00143272;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058737;STB=0.537592;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0128898;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:18:22:31:20:18:22:32:20 chr11 63057925 . G A 463.29 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0170294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.725;QD=21.8017;RBI=0.0253196;REFB=-0.0293755;REVB=0.0187372;RO=39;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201502;STB=0.516981;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0220026;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:23:22:20:19:23:22:21:19 chr11 63064823 . T C 494.57 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.032303;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1658;QD=16.2154;RBI=0.0353711;REFB=-0.0104759;REVB=-0.0144093;RO=65;SAF=24;SAR=30;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169152;STB=0.506443;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0117714;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:68:54:54:0.442623:30:24:30:35:30:24:31:37 chr11 63072310 . C T 444.91 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0204626;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.173;QD=13.6894;RBI=0.0270038;REFB=-0.00432519;REVB=-0.0176207;RO=79;SAF=17;SAR=34;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153129;STB=0.586921;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00693956;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:79:79:51:51:0.392308:34:17:37:42:34:17:37:42 chr11 63129876 . T G 1212.34 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658502;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.734;QD=61.3844;RBI=0.00939698;REFB=0;REVB=-0.00670379;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25848e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr11 63138694 . G A 512.61 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0367691;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.172;QD=15.4169;RBI=0.0412689;REFB=-0.0172936;REVB=-0.0187392;RO=76;SAF=36;SAR=20;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151576;STB=0.58191;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0262769;OID=.;OPOS=63138694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:76:77:56:56:0.421053:20:36:38:38:20:36:39:38 chr11 63233710 . A G 779.02 PASS AF=0.446701;AO=64;DP=200;FAO=88;FDP=197;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=109;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=-0.00310424;FXX=0.0198995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4109;QD=15.8176;RBI=0.205164;REFB=-0.0349912;REVB=0.20514;RO=80;SAF=42;SAR=22;SRF=63;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153892;STB=0.524474;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0431623;OID=.;OPOS=63233710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:197:80:109:64:88:0.446701:22:42:63:17:41:47:63:46 chr11 63258416 . T C 999.38 PASS AF=0.985507;AO=69;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161628;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.868;QD=57.9349;RBI=0.0264286;REFB=0.0525103;REVB=0.0209102;RO=1;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230456;STB=0.512817;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000109115;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:69:68:0.985507:20:49:0:1:19:49:0:1 chr11 63313644 . T C 1561.05 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00790948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.672;QD=57.8167;RBI=0.0608772;REFB=-0.174085;REVB=0.0603612;RO=2;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193615;STB=0.510202;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00122079;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:48:58:0:2:48:58:0:2 chr11 63400493 . C T 502.7 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0143602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.557;QD=14.363;RBI=0.0154684;REFB=-0.0121778;REVB=-0.00574951;RO=84;SAF=31;SAR=25;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192649;STB=0.51086;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0197332;OID=.;OPOS=63400493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:84:84:56:56:0.4:25:31:48:36:25:31:48:36 chr11 63413962 . AAAAT A 364.36 PASS AF=0.578313;AO=46;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0495301;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=4;MLLD=269.37;QD=17.5596;RBI=0.0508564;REFB=-0.012405;REVB=0.0115389;RO=32;SAF=29;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125199;STB=0.560722;STBP=0.211;TYPE=del;VARB=0.00973001;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578313:46:83:48:83:35:30:18:17:18:99:32:29:17:15:17 chr11 63438836 . C T 333.06 PASS AF=0.555556;AO=32;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=0.052395;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1053;QD=21.1467;RBI=0.0752392;REFB=-0.019764;REVB=0.0539972;RO=29;SAF=23;SAR=9;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165393;STB=0.606007;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00922582;OID=.;OPOS=63438836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:28:32:35:0.555556:9:23:25:4:10:25:25:3 chr11 63449125 . C A 401.67 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=37;FWDB=0.035063;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.643;QD=19.5938;RBI=0.0439156;REFB=-0.00675494;REVB=0.0264417;RO=41;SAF=6;SAR=34;SRF=4;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101809;STB=0.552406;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00611611;OID=.;OPOS=63449125;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:40:41:0.5:34:6:4:37:35:6:4:37 chr11 63487386 . T C 127.81 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0139337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.384;QD=8.24556;RBI=0.0139362;REFB=-0.000430589;REVB=0.000262982;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503593;STB=0.536359;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0015588;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:43:44:18:18:0.290323:11:7:15:28:11:7:15:29 chr11 63531175 . C G 301.56 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.041771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.51;QD=16.7535;RBI=0.0434284;REFB=-0.0115812;REVB=-0.0118833;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108201;STB=0.565867;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0189856;OID=.;OPOS=63531175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:19:14:12:26:19:14:12:27 chr11 63585804 . C A 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.066443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.426;QD=29.3747;RBI=0.0665426;REFB=0.00450568;REVB=-0.00363909;RO=7;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151063;STB=0.583241;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000439318;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:10:7:1:6:10:7:1:6 chr11 63595000 . CG C 32.78 PASS AF=0.290323;AO=14;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.132839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.4493;QD=4.22927;RBI=0.185879;REFB=-0.108194;REVB=-0.130018;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.355556;SSSB=0.386857;STB=0.716021;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.134282;OID=.;OPOS=63595001;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:14:31:9:31:22:7:2:11:11:32:17:11:3:7:10 chr11 63661820 . C T 258.95 PASS AF=0.360465;AO=28;DP=84;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0103386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.205;QD=12.0443;RBI=0.0110061;REFB=-0.00755739;REVB=-0.00377455;RO=55;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510694;STB=0.536818;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0176628;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:55:55:28:31:0.360465:13:15:27:28:14:17:27:28 chr11 63673603 . CTG C 158.61 PASS AF=0.928571;AO=7;DP=22;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0912381;FXX=0.363471;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.404;QD=45.318;RBI=0.116614;REFB=-0.249593;REVB=0.072625;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=del;VARB=0.00871176;OID=.;OPOS=63673604;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:7:22:13:14:1:7:6:1:0:9:1:7:0:1:0 chr11 63681513 . T C 803.09 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8926;QD=55.3854;RBI=0.0235852;REFB=-0.150075;REVB=-0.00461095;RO=1;SAF=53;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00881826;STB=0.504671;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0102482;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:4:53:1:0:4:53:1:0 chr11 63883985 . T C 1401.21 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0737275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3954;QD=61.5916;RBI=0.0741825;REFB=-0.102705;REVB=-0.00820435;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000475473;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:91:0:1:90:90:0.989011:41:49:0:0:41:49:0:1 chr11 63884027 . C T 929.2 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.043867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.64;QD=55.4747;RBI=0.0447302;REFB=-0.0795898;REVB=-0.00874495;RO=2;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314649;STB=0.516661;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00504965;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:29:36:0:2:29:36:0:2 chr11 63885305 . C T 555.31 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.123347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1353;QD=55.5312;RBI=0.127171;REFB=-0.166174;REVB=-0.0309499;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.521224;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00546736;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:0:2:38:38:0.95:8:30:0:0:8:30:1:1 chr11 63885632 . A G 1000.11 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0884458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9632;QD=56.344;RBI=0.0888874;REFB=-0.108602;REVB=0.00884911;RO=2;SAF=41;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022501;STB=0.511901;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0143299;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:28:41:2:0:28:41:2:0 chr11 63885704 . C T 611.46 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6239;QD=58.2343;RBI=0.166183;REFB=-0.0743766;REVB=0.0283957;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519915;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:20:22:0:0 chr11 63886539 . C T 1745.03 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.337;QD=60.1734;RBI=0.0173253;REFB=0;REVB=0.00867429;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064021;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:113:116:1:62:51:0:0:62:54:0:0 chr11 63988102 . C T 413.61 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0113348;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.758;QD=18.8004;RBI=0.0152171;REFB=-0.0144833;REVB=0.010153;RO=47;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124891;STB=0.512453;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0134099;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:46:42:42:0.477273:20:22:24:23:20:22:23:23 chr11 63991801 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0147968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.393;QD=10.542;RBI=0.0148008;REFB=0.0133861;REVB=-0.000347267;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.51721;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0880724;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:5:6:11:9:5:6:12:9 chr11 63994351 . C G 39.37 PASS AF=0.123077;AO=7;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0285843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.385;QD=2.42297;RBI=0.0949827;REFB=-0.0020196;REVB=-0.0905796;RO=54;SAF=7;SAR=0;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.598859;STB=0.780895;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00414419;OID=.;OPOS=63994351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:54:57:7:8:0.123077:0:7:33:21:1:7:36:21 chr11 63994696 . T C 1583.83 PASS AF=0.905512;AO=116;DP=127;FAO=115;FDP=127;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=88;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00872959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3316;QD=49.8845;RBI=0.0204577;REFB=-0.0180213;REVB=0.0185016;RO=10;SAF=27;SAR=89;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147401;STB=0.572621;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0361794;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:127:127:10:12:116:115:0.905512:89:27:10:0:88:27:10:2 chr11 63997329 . A G 2007.29 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9088;QD=62.2415;RBI=0.0186645;REFB=0;REVB=-0.0174253;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93794e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:54:75:0:0:54:75:0:0 chr11 63997338 . T C 2203.18 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.86;QD=62.948;RBI=0.0565718;REFB=0;REVB=0.0529866;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48437e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:135:140:1:60:75:0:0:62:78:0:0 chr11 64011441 . T C 1329.93 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461665;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.226;QD=62.5848;RBI=0.0486393;REFB=0;REVB=0.0153114;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006349;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr11 64012225 . G C 666.95 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0137584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.989;QD=57.9953;RBI=0.0236935;REFB=-0.0732159;REVB=0.0192896;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.522717;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0119928;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:21:23:0:1:21:23:0:2 chr11 64012784 . G A 31.7 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00554022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.7103;QD=14.0867;RBI=0.00873926;REFB=-0.166205;REVB=0.00675875;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.120117;OID=.;OPOS=64012784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr11 64014043 . CG CC,C 31.78 PASS AF=0.0384615,0.192308;AO=3,12;DP=53;FAO=2,10;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=1,6;FSAR=1,4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0580372,-0.0655735;FXX=0.0370302;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=17.8555,8.31706;QD=2.44471;RBI=0.0770225,0.199208;REFB=-0.0490886,-0.0819183;REVB=0.0506373,0.188106;RO=31;SAF=2,9;SAR=1,3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.124912,0.260884;STB=0.570735,0.52062;STBP=0.842,0.92;TYPE=snp,del;VARB=-0.000476877,0.041644;OID=.,.;OPOS=64014044,64014044;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0384615,0.192308:3,12:53:2,10:52:40:1,6:1,4:23:17:26:31:2,9:1,3:17:14 chr11 64022459 . A G 2165.16 PASS AF=1;AO=102;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182294;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.494;QD=63.2163;RBI=0.0292402;REFB=0;REVB=0.0228621;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56223e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:0:0:102:137:1:59:43:0:0:73:64:0:0 chr11 64026144 . G A 190.52 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0277679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2483;QD=15.877;RBI=0.0321878;REFB=0.000249493;REVB=-0.0162788;RO=26;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177892;STB=0.543165;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00106393;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:19:20:0.416667:16:3:7:19:16:4:7:21 chr11 64026639 . G A 208.91 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0121016;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.418;QD=18.1659;RBI=0.0438456;REFB=-0.0579742;REVB=0.0421425;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103559;STB=0.566947;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0705395;OID=.;OPOS=64026639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:25:21:21:0.456522:10:11:9:13:10:11:10:15 chr11 64034866 . G A 103.57 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0409681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.717;QD=15.343;RBI=0.0439432;REFB=-0.0267704;REVB=0.0158939;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20736;STB=0.59308;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0790213;OID=.;OPOS=64034866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:12:13:0.481481:7:5:9:5:7:6:9:5 chr11 64034918 . C CG,G 39.45 PASS AF=0.259259,0;AO=5,2;DP=28;FAO=7,0;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0706847,-0.0026672;FXX=0.0357015;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=81.4278,151.372;QD=5.84515;RBI=0.0719649,0.0155776;REFB=-0.00405957,-0.0165353;REVB=0.013514,-0.0153475;RO=21;SAF=1,0;SAR=4,2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.389659,-0.514114;STB=0.826583,0.5;STBP=0.078,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0948819,0;OID=.,.;OPOS=64034919,64034918;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:28:27:21:20:5,2:7,0:0.259259,0:4,2:1,0:11:10:6,0:1,0:11:9 chr11 64068310 . C T 188.73 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.000392997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.706;QD=16.0618;RBI=0.0315152;REFB=-0.00371327;REVB=0.0315128;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176008;STB=0.574395;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00459787;OID=.;OPOS=64068310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:27:20:20:0.425532:10:10:8:17:10:10:10:17 chr11 64081445 . G A 712.85 PASS AF=0.5;AO=69;DP=140;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00551485;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.284;QD=20.3671;RBI=0.026283;REFB=0.00805169;REVB=0.0256979;RO=70;SAF=40;SAR=29;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474723;STB=0.521733;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00836243;OID=.;OPOS=64081445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:70:70:69:70:0.5:29:40:37:33:30:40:37:33 chr11 64083320 . T C 32.65 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0107063;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.239;QD=2.66553;RBI=0.0295016;REFB=-0.0106514;REVB=-0.0274903;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429342;STB=0.51017;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0389521;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:41:43:6:6:0.122449:3:3:22:19:3:3:21:22 chr11 64083328 . C T 41.33 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0586618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0974;QD=3.93649;RBI=0.0818702;REFB=-0.00278969;REVB=0.0571098;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204311;STB=0.639616;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.022507;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:4:3:21:14:4:3:21:14 chr11 64083331 . C T 41.07 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.022893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.845;QD=4.00669;RBI=0.023024;REFB=-0.00402277;REVB=0.0024518;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.629777;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0633262;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:33:34:7:7:0.170732:4:3:19:14:4:3:20:14 chr11 64084113 . A G 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.408;QD=60.0243;RBI=0.0428436;REFB=0;REVB=0.00164692;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27518e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr11 64085785 . A G 785.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.971;QD=57.0981;RBI=0.0375637;REFB=0;REVB=0.00976474;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249853;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr11 64107735 . G A 240.21 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0148932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.003;QD=21.3516;RBI=0.014915;REFB=-0.0225681;REVB=0.000805611;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251149;STB=0.663993;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0220016;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:22:23:23:0.511111:12:11:15:4:12:11:18:4 chr11 64109118 . T G 63.03 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0106381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.815;QD=8.69404;RBI=0.037902;REFB=-0.0072942;REVB=-0.0363785;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360864;STB=0.739278;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0243516;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:7:2:10:9:7:2:11:9 chr11 64110668 . G A 400.69 PASS AF=0.408696;AO=46;DP=109;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00896643;FXX=0.0254216;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.942;QD=13.937;RBI=0.0340438;REFB=-0.0354883;REVB=-0.0328418;RO=60;SAF=26;SAR=20;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155751;STB=0.50943;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0464741;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:115:60:68:46:47:0.408696:20:26:33:27:20:27:38:30 chr11 64110683 . G C 470.29 PASS AF=0.490196;AO=47;DP=99;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00946348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.599;QD=18.4428;RBI=0.0258992;REFB=-0.0298222;REVB=0.0241083;RO=52;SAF=27;SAR=20;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107031;STB=0.560749;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0315612;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:52:52:47:50:0.490196:20:27:24:28:21:29:24:28 chr11 64110805 . A G 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0163967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3737;QD=15.8801;RBI=0.0366939;REFB=-0.00902226;REVB=-0.0328266;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00769159;OID=.;OPOS=64110805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:7:3:3:7:7:3 chr11 64111928 . T C 137.72 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00369714;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.231;QD=16.2027;RBI=0.0209858;REFB=-0.0229332;REVB=0.0206576;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197984;STB=0.677217;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.026007;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:19:15:15:0.441176:7:8:10:3:7:8:16:3 chr11 64112170 . C A 416.07 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00840812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.153;QD=22.1905;RBI=0.0103371;REFB=-0.0114228;REVB=0.0060133;RO=34;SAF=31;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841871;STB=0.546576;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0117763;OID=.;OPOS=64112170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:10:31:23:11:10:31:23:11 chr11 64116843 . A C 410.01 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6765;QD=56.5526;RBI=0.125361;REFB=0;REVB=-0.0375636;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174099;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr11 64124515 . T C 284.94 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0320021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.364;QD=23.7452;RBI=0.0378642;REFB=-0.00682025;REVB=-0.0202376;RO=21;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294904;STB=0.674131;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00744866;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:18:8:14:7:18:8:15:7 chr11 64124823 . C T 696.48 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=0.00485753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.901;QD=23.4111;RBI=0.0202668;REFB=-0.0142282;REVB=-0.0196761;RO=51;SAF=47;SAR=20;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420346;STB=0.525826;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00992997;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:52:67:67:0.563025:20:47:38:13:20:47:39:13 chr11 64124940 . T G 319.41 PASS AF=0.404494;AO=33;DP=85;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0158952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2936;QD=14.3553;RBI=0.0857644;REFB=-0.0170795;REVB=0.0842786;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432031;STB=0.572994;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0184157;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:43:53:33:36:0.404494:17:16:19:24:18:18:20:33 chr11 64127744 . A G 162.45 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0164111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7382;QD=19.6912;RBI=0.0844463;REFB=-0.0264614;REVB=-0.0828363;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326819;STB=0.518497;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0285738;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:10:6:7:10:10:6 chr11 64137200 . GGC G 57.35 PASS AF=0.27451;AO=13;DP=59;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=4;FWDB=0.0282681;FXX=0.0555453;HRUN=4;LEN=2;MLLD=26.3477;QD=4.49765;RBI=0.0354586;REFB=-0.0327427;REVB=-0.0214062;RO=40;SAF=3;SAR=10;SRF=32;SRR=8;SSEN=0.395939;SSEP=0;SSSB=-0.616321;STB=0.868193;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.108454;OID=.;OPOS=64137201;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451:13:59:14:51:37:4:10:33:4:57:40:3:10:32:8 chr11 64359274 . C T 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00888622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.846;QD=21.2918;RBI=0.0210491;REFB=-0.0194151;REVB=0.0190814;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181881;STB=0.602208;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0131293;OID=.;OPOS=64359274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:16:9:14:11:16:9:14:11 chr11 64367325 . A G 2360.64 PASS AF=1;AO=133;DP=152;FAO=150;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1981;QD=62.9504;RBI=0.0257877;REFB=0;REVB=0.0244306;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00520722;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:150:0:0:133:150:1:74:59:0:0:78:72:0:0 chr11 64367862 . T C 397.12 PASS AF=0.554054;AO=36;DP=70;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0688042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.9825;QD=21.4657;RBI=0.0819289;REFB=-0.0585082;REVB=-0.0444783;RO=32;SAF=26;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036036;STB=0.534465;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0551754;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:32:33:36:41:0.554054:10:26:22:10:10:31:23:10 chr11 64373738 . GAA GA,GAG 97.37 PASS AF=0.492754,0.0434783;AO=30,3;DP=69;FAO=34,3;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14,0;FSAR=20,3;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0112056,-0.00167892;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.41603,237.703;QD=5.64482;RBI=0.02917,0.0678398;REFB=-0.108825,-0.0102484;REVB=0.0269318,-0.067819;RO=26;SAF=11,0;SAR=19,3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0499214,-0.535537;STB=0.502761,0.995836;STBP=0.986,0.121;TYPE=del,snp;VARB=0.121092,0.0418885;OID=.,.;OPOS=64373739,64373740;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492754,0.0434783:30,3:69:34,3:69:32:14,0:20,3:13:19:82:26:11,0:19,3:11:15 chr11 64496357 . G T 379.11 PASS AF=0.407407;AO=41;DP=105;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0169747;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.735;QD=14.041;RBI=0.0412018;REFB=-0.0156162;REVB=0.0375426;RO=61;SAF=27;SAR=14;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03571;STB=0.536987;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0187593;OID=.;OPOS=64496357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:61:64:41:44:0.407407:14:27:42:19:17:27:43:21 chr11 64497599 . GCCCCCCC GCCCCCC,GCCCCCCA 155.35 PASS AF=0.266055,0.12844;AO=30,10;DP=112;FAO=29,14;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=13,3;FSAR=16,11;FSRF=16;FSRR=50;FWDB=-0.0520465,0.0556005;FXX=0.0267833;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.8634,20.0498;QD=5.70075;RBI=0.118991,0.192736;REFB=-0.121759,-0.0749776;REVB=0.107005,0.184542;RO=46;SAF=14,3;SAR=16,7;SRF=10;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.274768,0.132497;STB=0.648926,0.533114;STBP=0.079,0.857;TYPE=del,snp;VARB=0.0879497,0.108798;OID=.,.;OPOS=64497600,64497606;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266055,0.12844:30,10:112:29,14:109:66:13,3:16,11:16:50:79:46:14,3:16,7:10:36 chr11 64507680 . A C 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000283543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1838;QD=57.1797;RBI=0.0190291;REFB=0;REVB=0.019027;RO=0;SAF=28;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330097;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:2:28:0:0:2:28:0:0 chr11 64511050 . G C 198.49 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0277546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.523;QD=13.2327;RBI=0.0373231;REFB=-0.0465018;REVB=-0.0249539;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154218;STB=0.508842;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0619875;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:15:9:14:22:15:9:14:22 chr11 64519062 . T C 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00686198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4113;QD=17.8234;RBI=0.0303245;REFB=0.000242786;REVB=0.0295379;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113581;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000653273;OID=.;OPOS=64519062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:4:7:6:6:4:7 chr11 64527271 . G A 724.8 PASS AF=0.596491;AO=68;DP=115;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00966082;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.087;QD=25.4317;RBI=0.0101351;REFB=-0.0112767;REVB=0.00306397;RO=46;SAF=36;SAR=32;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540575;STB=0.529403;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00979856;OID=.;OPOS=64527271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:46:46:68:68:0.596491:32:36:21:25:32:36:21:25 chr11 64543927 . G GT 288.07 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0893381;FXX=0.0652103;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5636;QD=13.3986;RBI=0.0900293;REFB=-0.00255081;REVB=0.0111339;RO=47;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280859;STB=0.52524;STBP=0.64;TYPE=ins;VARB=0.000207474;OID=.;OPOS=64543928;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:41:89:42:86:44:24:18:23:21:99:47:23:18:25:22 chr11 64559898 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0001762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.482;QD=51.9145;RBI=0.0353368;REFB=0;REVB=0.0353364;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184992;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr11 64572018 . T C 180.97 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0887046;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1812;QD=15.0807;RBI=0.0895483;REFB=-0.0292338;REVB=0.0122632;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740905;STB=0.542951;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0419217;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:11:18:13:6:11:18 chr11 64572557 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.197;QD=63.2858;RBI=0.0354564;REFB=0;REVB=-0.0279067;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26518e-05;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr11 64591679 . G A 329.68 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.028967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.228;QD=24.421;RBI=0.0291038;REFB=-0.0167872;REVB=0.00281869;RO=21;SAF=6;SAR=26;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403559;STB=0.702569;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00835668;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:32:33:0.611111:26:6:14:7:26:7:14:7 chr11 64597205 . G T 52.96 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0249801;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.183;QD=17.6547;RBI=0.0848501;REFB=-0.00477785;REVB=0.0810897;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346644;STB=0.72672;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00981107;OID=.;OPOS=64597205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:4:5:7:7:0.583333:4:3:4:0:4:3:5:0 chr11 64601933 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0562368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.947;QD=7.52632;RBI=0.0634951;REFB=-0.00358224;REVB=-0.0294797;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303397;STB=0.685903;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.007615;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:17:7:5:4:17:7 chr11 64606177 . C T 334.81 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0458799;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.1255;QD=17.1699;RBI=0.0617253;REFB=-0.0260162;REVB=-0.0412923;RO=26;SAF=26;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275054;STB=0.652083;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0350144;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:26:42:34:36:0.461538:8:26:12:14:9:27:21:21 chr11 64621856 . A G 650.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.424;QD=61.9177;RBI=0.0455986;REFB=0;REVB=0.045555;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100718;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr11 64622869 . G C 996.66 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.329;QD=58.627;RBI=0.050148;REFB=0;REVB=-0.0489356;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200511;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr11 64645871 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.056;QD=56.9569;RBI=0.0271661;REFB=0;REVB=0.0165134;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80672e-05;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr11 64677293 . G C 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0419991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1729;QD=44.0914;RBI=0.0498301;REFB=-0.0232039;REVB=0.0268164;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00831133;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:1:0:9:8:1:0 chr11 64680819 . G A 286.47 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.000274041;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.053;QD=15.485;RBI=0.00600082;REFB=-0.00883586;REVB=0.00599456;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392368;STB=0.52217;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0192246;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:22:20:14:18:22:20 chr11 64806270 . C T 635.54 PASS AF=0.512;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=14;FWDB=0.0138628;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.597;QD=20.3371;RBI=0.017499;REFB=-0.0206871;REVB=0.0106789;RO=60;SAF=32;SAR=32;SRF=47;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250813;STB=0.631962;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0157214;OID=.;OPOS=64806270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:60:61:64:64:0.512:32:32:47:13:32:32:47:14 chr11 64807235 . C T 321.16 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00651796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.625;QD=13.9636;RBI=0.0111412;REFB=-0.0092014;REVB=0.00903567;RO=56;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786592;STB=0.544769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0101722;OID=.;OPOS=64807235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:20:16:29:27:20:16:29:27 chr11 64807278 . A C 341.94 PASS AF=0.430233;AO=38;DP=84;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0297085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.298;QD=15.9041;RBI=0.0297659;REFB=-0.0183013;REVB=0.00184819;RO=45;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127475;STB=0.599944;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0247409;OID=.;OPOS=64807278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:49:38:37:0.430233:25:13:21:24:25:12:24:25 chr11 64812857 . G A 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0345238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.628;QD=15.3796;RBI=0.0724269;REFB=-0.0202915;REVB=-0.0636692;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13274;STB=0.576798;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0167695;OID=.;OPOS=64812857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:5:9:6:6:5:9 chr11 64820695 . T G 823.19 PASS AF=0.454545;AO=85;DP=186;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.00747402;FXX=0.0157886;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.173;QD=17.6084;RBI=0.0593866;REFB=-0.0159911;REVB=-0.0589144;RO=100;SAF=47;SAR=38;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046704;STB=0.525004;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0162323;OID=.;OPOS=64820695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:100:102:85:85:0.454545:38:47:60:40:38:47:61:41 chr11 64847182 . G A 254.73 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0146252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1566;QD=9.79747;RBI=0.0632784;REFB=0.00796439;REVB=0.0615651;RO=68;SAF=21;SAR=13;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177923;STB=0.502391;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0171474;OID=.;OPOS=64847182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:70:34:34:0.326923:13:21:41:27:13:21:43:27 chr11 64851453 . CTTA CT,CTA 120.84 PASS AF=0,0.5;AO=6,12;DP=38;FAO=0,19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=0,8;FSAR=0,11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.070658,-0.0717836;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=107.925,23.4615;QD=12.7202;RBI=0.0712076,0.0858217;REFB=0.0103686,-0.0161955;REVB=-0.00883068,-0.047037;RO=18;SAF=6,2;SAR=0,10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.694933,-0.490867;STB=0.5,0.604287;STBP=1,0.212;TYPE=del,del;VARB=0,0.0098708;OID=.,.;OPOS=64851455,64851454;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:6,12:38:0,19:38:19:0,8:0,11:12:7:99:18:6,2:0,10:11:7 chr11 64852421 . T C 336.31 PASS AF=0.411111;AO=38;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0132114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3672;QD=14.9472;RBI=0.0956982;REFB=-0.0226852;REVB=-0.0947819;RO=49;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049153;STB=0.56201;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0294764;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:53:38:37:0.411111:16:22:26:23:15:22:26:27 chr11 64855464 . T G 55.8 PASS AF=0.0950413;AO=28;DP=237;FAO=23;FDP=242;FR=.;FRO=219;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=111;FSRR=108;FWDB=-0.0476185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4872;QD=0.922355;RBI=0.0909366;REFB=-0.00924463;REVB=-0.0774723;RO=200;SAF=0;SAR=28;SRF=106;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.700554;STB=0.949467;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.144287;OID=.;OPOS=64855464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:237:242:200:219:28:23:0.0950413:28:0:106:94:22:1:111:108 chr11 64856500 . A G 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545468;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.855;QD=41.0907;RBI=0.0381873;REFB=0;REVB=0.0377957;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656802;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 64878661 . T C 859.2 PASS AF=1;AO=52;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.232353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9342;QD=55.4323;RBI=0.243156;REFB=0;REVB=0.0716721;RO=0;SAF=10;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414775;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:52:62:1:42:10:0:0:46:16:0:0 chr11 64884052 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00354633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.789;QD=16.0643;RBI=0.0204856;REFB=-0.0204477;REVB=-0.0201763;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215724;STB=0.512186;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0316999;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:16:15:12:14:16:15 chr11 64895202 . A G 180.06 PASS AF=0.26;AO=28;DP=106;FAO=26;FDP=100;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.0279234;FXX=0.0565984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.039;QD=7.20224;RBI=0.0368931;REFB=-0.0116431;REVB=-0.024112;RO=73;SAF=18;SAR=10;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195168;STB=0.526296;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0381118;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:100:73:74:28:26:0.26:10:18:48:25:10:16:48:26 chr11 64948277 . A C 727.07 PASS AF=0.575;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.014182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.625;QD=24.2356;RBI=0.0164781;REFB=0.0157241;REVB=-0.00839031;RO=51;SAF=47;SAR=22;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968363;STB=0.552925;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.015254;OID=.;OPOS=64948277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:51:51:69:69:0.575:22:47:29:22:22:47:29:22 chr11 64950970 . C T 288.03 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0438302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.974;QD=22.5908;RBI=0.045051;REFB=-0.0117221;REVB=0.0104165;RO=22;SAF=21;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228915;STB=0.631481;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0135381;OID=.;OPOS=64950970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:7:21:11:11:7:22:11:11 chr11 64981522 . C A 117.27 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0114371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.787;QD=12.3438;RBI=0.013083;REFB=-0.021004;REVB=0.00635289;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40041;STB=0.734966;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0350451;OID=.;OPOS=64981522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:8:16:4:10:8:16 chr11 64981587 . G A 139.76 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0179747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.948;QD=10.9614;RBI=0.0192206;REFB=-0.0125597;REVB=-0.00680746;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143159;STB=0.559372;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0159546;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:34:15:17:0.333333:8:7:11:21:9:8:13:21 chr11 64981837 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0157261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.775;QD=18.0872;RBI=0.0299061;REFB=-0.030408;REVB=0.0254375;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120468;STB=0.567633;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0247884;OID=.;OPOS=64981837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:11:15:12:15:11:15:12:15 chr11 64990041 . G C 220.38 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0195987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.12;QD=24.4866;RBI=0.0198694;REFB=-0.0280281;REVB=0.0032687;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0201116;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:8:7:11:10:8:7 chr11 65000719 . C T 530.4 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429497;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.354;QD=57.3408;RBI=0.0598724;REFB=-0.0479077;REVB=0.0417136;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00073306;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:0:1:22:14:0:1 chr11 65004301 . G T 2001.06 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071755;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8542;QD=62.0484;RBI=0.115978;REFB=0;REVB=0.0911155;RO=0;SAF=74;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697864;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:129:0:0:121:129:1:47:74:0:0:51:78:0:0 chr11 65043396 . ACCCCCCT ACCCCCTA 36.77 PASS AF=0.1;AO=5;DP=50;FAO=5;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00657017;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=31.4151;QD=2.94191;RBI=0.0168115;REFB=-0.00814609;REVB=-0.0154745;RO=30;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106634;STB=0.597276;STBP=0.716;TYPE=mnp;VARB=0.00350003;OID=.;OPOS=65043402;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=ACCCCCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1:5:50:5:50:43:1:4:12:31:24:30:1:4:8:22 chr11 65089792 . G C 87.67 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.127876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8311;QD=14.0272;RBI=0.142608;REFB=-0.0199227;REVB=-0.063124;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233934;STB=0.655393;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0297486;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:14:14:10:11:0.44:1:9:11:3:1:10:11:3 chr11 65120391 . T C 154.35 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0179511;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=227.487;QD=10.645;RBI=0.0216703;REFB=-0.0110407;REVB=-0.0121391;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109554;STB=0.584446;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0183976;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:38:20:20:0.344828:13:7:16:20:13:7:18:20 chr11 65144075 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.576;QD=57.1774;RBI=0.0275692;REFB=0;REVB=-0.00131601;RO=0;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54193e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:41:10:0:0:41:10:0:0 chr11 65180883 . A G 1526.76 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0845921;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.627;QD=59.8728;RBI=0.0866653;REFB=0;REVB=0.0188427;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72642e-05;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:55:47:0:0:55:47:0:0 chr11 65338944 . T G 233.66 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0142362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.913;QD=24.5958;RBI=0.0156598;REFB=0.00416718;REVB=-0.00652387;RO=16;SAF=2;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52477;STB=0.802574;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00500285;OID=.;OPOS=65338944;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:21:22:0.578947:19:2:9:7:20:2:9:7 chr11 65347408 . A G 474.2 PASS AF=0.423913;AO=22;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0215182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.947;QD=20.6172;RBI=0.0524522;REFB=-0.0286062;REVB=0.0478351;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242361;STB=0.513507;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0319735;OID=.;OPOS=65347408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:42:22:39:0.423913:11:11:28:11:12:27:30:12 chr11 65347636 . G C 688.76 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00649081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6433;QD=55.1012;RBI=0.10747;REFB=-0.161619;REVB=0.107274;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028473;STB=0.555531;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0140143;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:50:50:1:4:46:46:0.92:16:30:0:1:16:30:0:4 chr11 65349521 . A AG 43.07 PASS AF=0.346154;AO=10;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0317931;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.478;QD=6.62639;RBI=0.242158;REFB=-0.0438432;REVB=0.240061;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129954;STB=0.555429;STBP=0.727;TYPE=ins;VARB=0.0626437;OID=.;OPOS=65349522;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:10:28:9:26:17:6:3:10:7:43:17:7:3:10:7 chr11 65349756 . T G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0320121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.55;QD=10.6346;RBI=0.0324753;REFB=-0.0240975;REVB=0.00546572;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1447;STB=0.586014;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0423697;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:11:2:2:6:11:2 chr11 65349849 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2454;QD=40.7629;RBI=0.0402225;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233584;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr11 65351074 . G A 199.83 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=3;FWDB=-0.0169857;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.804;QD=11.4188;RBI=0.0260294;REFB=-0.0137917;REVB=0.0197235;RO=45;SAF=22;SAR=3;SRF=42;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163155;STB=0.59253;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.026152;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:45:25:25:0.357143:3:22:42:3:3:22:42:3 chr11 65359180 . C CG,G 311.02 PASS AF=0.780488,0;AO=24,5;DP=43;FAO=32,0;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=24,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.130702,-0.0155637;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=21.752,23.0556;QD=30.343;RBI=0.132738,0.025336;REFB=-0.0709274,-0.0176075;REVB=0.0231599,-0.0199921;RO=14;SAF=20,4;SAR=4,1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.352957,0.423947;STB=0.608623,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.103771,0;OID=.,.;OPOS=65359181,65359180;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:43:41:14:9:24,5:32,0:0.780488,0:4,1:20,4:6:8:8,0:24,0:3:6 chr11 65383896 . G C 1589.37 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.275;QD=59.9761;RBI=0.0408015;REFB=0;REVB=-0.033393;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284491;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr11 65384727 . C T 503.96 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0076201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.016;QD=17.5289;RBI=0.00805769;REFB=-0.00187328;REVB=0.00261925;RO=59;SAF=25;SAR=29;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696447;STB=0.537271;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00237522;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:61:54:54:0.469565:29:25:23:36:29:25:24:37 chr11 65385606 . A G 1102.01 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948101;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4143;QD=60.384;RBI=0.0350213;REFB=0;REVB=-0.0337135;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18611e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr11 65386063 . G A 936.89 PASS AF=0.466981;AO=97;DP=216;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=-0.0186461;FXX=0.0230404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.574;QD=17.6772;RBI=0.0658426;REFB=-0.0179815;REVB=0.0631472;RO=100;SAF=50;SAR=47;SRF=66;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134365;STB=0.555832;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0278591;OID=.;OPOS=65386063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:212:100:113:97:99:0.466981:47:50:66:34:48:51:70:43 chr11 65387378 . T A 431.6 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0425308;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2513;QD=22.421;RBI=0.0593951;REFB=-0.0220169;REVB=0.0414596;RO=35;SAF=26;SAR=16;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166151;STB=0.590931;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0195704;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:35:42:42:0.545455:16:26:28:7:16:26:28:7 chr11 65405699 . C T 690.04 PASS AF=0.777778;AO=55;DP=71;FAO=56;FDP=72;FR=.;FRO=16;FSAF=53;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00607339;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3407;QD=38.3353;RBI=0.0916867;REFB=-0.0462122;REVB=-0.0914853;RO=15;SAF=53;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496272;STB=0.716114;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0167455;OID=.;OPOS=65405699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:15:16:55:56:0.777778:2:53:9:6:3:53:10:6 chr11 65408937 . C T 263.2 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00500637;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6421;QD=24.4841;RBI=0.0374942;REFB=-0.0229625;REVB=0.0371584;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191286;STB=0.594516;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0399132;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:24:24:0.55814:14:10:12:6:14:10:12:7 chr11 65423082 . G A 1438.62 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.949;QD=62.5486;RBI=0.0330501;REFB=0;REVB=0.0249106;RO=0;SAF=63;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371073;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:27:63:0:0:29:63:0:0 chr11 65487790 . CCTT C 142.81 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0173653;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=270.916;QD=11.9009;RBI=0.0174139;REFB=-0.0237778;REVB=-0.00130091;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13892;STB=0.571361;STBP=0.447;TYPE=del;VARB=0.0272231;OID=.;OPOS=65487791;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:22:48:22:48:26:6:16:10:16:99:25:6:16:10:15 chr11 65546857 . A C 584.96 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00227636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.412;QD=21.0795;RBI=0.0113694;REFB=-0.0347794;REVB=-0.0111392;RO=52;SAF=33;SAR=26;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998297;STB=0.554858;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0401555;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:59:59:0.531532:26:33:23:29:26:33:23:29 chr11 65547333 . G A 639.21 PASS AF=0.460993;AO=64;DP=144;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0248912;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.839;QD=18.1336;RBI=0.03068;REFB=-0.0185329;REVB=0.0179358;RO=75;SAF=35;SAR=29;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779228;STB=0.534924;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0240082;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:141:75:76:64:65:0.460993:29:35:35:40:30:35:36:40 chr11 65547455 . C A 210.87 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.000113515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.496;QD=14.0583;RBI=0.0171445;REFB=-0.00885672;REVB=-0.0171441;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161905;STB=0.592517;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00962434;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:17:18:9:16:17:18 chr11 65563502 . TAT TA,TT,TTT 219.48 PASS AF=0,0.466667,0.0222222;AO=6,15,5;DP=45;FAO=0,21,1;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6,0;FSAR=0,15,1;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.175086,-0.0106095,-0.00883887;FXX=0.0425441;HRUN=6,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=11.6455,263.476,262.958;QD=19.5095;RBI=0.260909,0.0330885,0.030853;REFB=-0.0233528,-0.00479777,-0.00376449;REVB=-0.193438,0.0313415,0.0295598;RO=15;SAF=5,3,3;SAR=1,12,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.323033,-0.393257,-5.1089e-08;STB=0.5,0.675503,0.991782;STBP=1,0.041,0.246;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00200184,0.0133836;OID=.,.,.;OPOS=65563504,65563503,65563503;OREF=T,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.466667,0.0222222:6,15,5:45:0,21,1:45:23:0,6,0:0,15,1:14:9:99:15:5,3,3:1,12,2:9:6 chr11 65617113 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC 411.58 PASS AF=0.947368,0.0263158;AO=25,4;DP=36;FAO=36,1;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10434,-0.104592;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=17.4603,119.081;QD=43.3239;RBI=0.155654,0.104643;REFB=-0.0727362,-0.00512062;REVB=-0.115504,0.00325513;RO=4;SAF=12,4;SAR=13,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0686403,0.687804;STB=0.514278,0.989913;STBP=0.325,0.496;TYPE=del,mnp;VARB=0.00815279,-0.0238447;OID=.,.;OPOS=65617114,65617118;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368,0.0263158:25,4:36:36,1:38:1:19,1:17,0:0:1:6:4:12,4:13,0:3:1 chr11 65625824 . T C 523.56 PASS AF=0.514286;AO=53;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00515254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.458;QD=19.945;RBI=0.00594157;REFB=-0.0258153;REVB=0.00295865;RO=51;SAF=30;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234127;STB=0.506435;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0165563;OID=.;OPOS=65625824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:53:54:0.514286:23:30:29:22:24:30:29:22 chr11 65636053 . T C 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.757;QD=62.9757;RBI=0.0249918;REFB=0;REVB=-0.0227022;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98321e-05;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr11 65649774 . A G 802.33 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9078;QD=64.1866;RBI=0.0167274;REFB=0;REVB=0.0130482;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16091e-05;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:33:17:0:0 chr11 65655393 . G C 726.87 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011669;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.008;QD=57.009;RBI=0.0155688;REFB=0;REVB=0.0103064;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3651e-05;OID=.;OPOS=65655393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:27:24:0:0 chr11 65664346 . T C 167.27 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0142957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.725;QD=11.5357;RBI=0.026991;REFB=-0.00566703;REVB=-0.0228943;RO=35;SAF=16;SAR=5;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140967;STB=0.609107;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00831437;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:35:37:21:21:0.362069:5:16:23:12:5:16:23:14 chr11 65664349 . TGGGGGGC TGGGGGCG 30.52 PASS AF=0.122807;AO=6;DP=59;FAO=7;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.000714071;FXX=0.0338926;HRUN=6;LEN=2;MLLD=88.4747;QD=2.14205;RBI=0.0301942;REFB=-0.00706768;REVB=-0.0301857;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012582;STB=0.57449;STBP=0.755;TYPE=mnp;VARB=0.0925979;OID=.;OPOS=65664355;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122807:6:59:7:57:50:5:2:32:18:25:35:4:2:23:12 chr11 65684929 . C T 743.31 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0245779;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.415;QD=59.465;RBI=0.0258382;REFB=-0.124924;REVB=-0.00797099;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00039938;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:14:34:0:0:14:34:2:0 chr11 65685225 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.742;QD=64.413;RBI=0.0312609;REFB=0;REVB=-0.0309792;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4221e-05;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr11 65713207 . T C 851.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.474;QD=57.7011;RBI=0.047009;REFB=0;REVB=-0.0435375;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200395;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:29:30:0:0 chr11 65733393 . C T 506.4 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0143777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.338;QD=19.1092;RBI=0.0146835;REFB=-0.0089448;REVB=-0.00298124;RO=51;SAF=29;SAR=24;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165759;STB=0.509532;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00698971;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:53:53:53:0.5:24:29:28:23:24:29:30:23 chr11 65765866 . C G 319.03 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-7.56382e-05;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3786;QD=20.9202;RBI=0.0133357;REFB=-0.0274043;REVB=-0.0133355;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106841;STB=0.555962;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0371855;OID=.;OPOS=65765866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:24:28:33:33:0.540984:16:17:9:15:16:17:11:17 chr11 65779523 . G T 42.79 PASS AF=0.35;AO=4;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0201727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.777;QD=8.55786;RBI=0.0202618;REFB=-0.0275578;REVB=0.00189833;RO=13;SAF=1;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795218;STB=0.517191;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0567512;OID=.;OPOS=65779523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:20:13:13:4:7:0.35:3:1:4:9:5:2:4:9 chr11 65788072 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0135041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.644;QD=23.0939;RBI=0.013517;REFB=-0.0369261;REVB=-0.000590142;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372458;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240246;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:7:5:7:10:7:5 chr11 65790527 . G T 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0180766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4511;QD=18.965;RBI=0.0273938;REFB=-0.00572534;REVB=0.0205829;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169702;STB=0.595661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00853002;OID=.;OPOS=65790527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:8:17:11:11:8:17 chr11 65809875 . C A 216.71 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.00708427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.401;QD=13.3363;RBI=0.0185771;REFB=-0.00925657;REVB=-0.0171733;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228376;STB=0.646051;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0105042;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:39:26:26:0.4:13:13:26:10:13:13:29:10 chr11 65810208 . AC AT,GT 40.44 PASS AF=0.4,0;AO=4,2;DP=16;FAO=6,0;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.048163,0.0119203;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=121.56,136.916;QD=10.785;RBI=0.0887412,0.073726;REFB=-0.02922,-0.015907;REVB=-0.0745341,-0.072756;RO=9;SAF=3,0;SAR=1,2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.600692,-0.476258;STB=0.732723,0.5;STBP=0.2,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0665643,0.0708446;OID=.,.;OPOS=65810209,65810208;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:15:9:9:4,2:6,0:0.4,0:1,2:3,0:1:8:3,0:3,0:1:8 chr11 65810749 . T C 213.92 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0110397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.838;QD=20.8702;RBI=0.0112796;REFB=-0.0270085;REVB=-0.00231366;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638654;STB=0.535929;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0337911;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:11:9:11:10:11:9 chr11 65820673 . A G 616.49 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0144308;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3524;QD=17.2444;RBI=0.0146244;REFB=-0.0162051;REVB=-0.00237169;RO=78;SAF=37;SAR=27;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090464;STB=0.560956;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0290608;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:79:64:64:0.447552:27:37:38:40:27:37:37:42 chr11 65868310 . T A 703.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8619;QD=62.56;RBI=0.112358;REFB=0;REVB=-0.111615;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156655;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr11 65985000 . A C 733.03 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0181073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2475;QD=51.441;RBI=0.0190115;REFB=-0.0655993;REVB=-0.00579351;RO=2;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495172;STB=0.519473;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00712313;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:57:57:2:3:54:54:0.947368:18:36:0:2:18:36:1:2 chr11 66006323 . G C 191.81 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0481308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6752;QD=11.8036;RBI=0.0488988;REFB=-0.0227815;REVB=-0.0086325;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249487;STB=0.514424;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0434496;OID=.;OPOS=66006323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:23:18:10:14:23:18 chr11 66010633 . T C 702.25 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.384;QD=62.4224;RBI=0.0192601;REFB=0;REVB=0.0129469;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169377;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:41:45:1:16:25:0:0:20:25:0:0 chr11 66031660 . C T 219.99 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0075383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.729;QD=22.5635;RBI=0.0106399;REFB=-0.00621218;REVB=0.00750875;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558936;STB=0.527421;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00346244;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:17:21:22:0.564103:9:12:8:8:9:13:9:8 chr11 66033430 . C T 262.37 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0279058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.008;QD=32.7962;RBI=0.0570544;REFB=-0.0617071;REVB=-0.0497642;RO=7;SAF=22;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199998;STB=0.594498;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0233056;OID=.;OPOS=66033430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:32:7:9:23:23:0.71875:1:22:6:1:1:22:8:1 chr11 66035286 . CA C 795.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2066;QD=56.7992;RBI=0.134431;REFB=0;REVB=-0.134145;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000883444;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:56:56:56:0:29:27:0:0:4:0:29:27:0:0 chr11 66099987 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00611012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.268;QD=18.6447;RBI=0.0347931;REFB=-0.0160824;REVB=0.0342523;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370519;STB=0.716054;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0327532;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:12:2:6:7:12:2:6:7 chr11 66100152 . T C 936.74 PASS AF=0.984848;AO=61;DP=62;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0264225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5069;QD=56.7721;RBI=0.0981909;REFB=-0.00831141;REVB=0.0945691;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000576292;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:66:1:1:61:65:0.984848:27:34:1:0:31:34:1:0 chr11 66105194 . G A 142.44 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0266639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.02;QD=9.82308;RBI=0.0514039;REFB=-0.0142493;REVB=0.0439476;RO=37;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326299;STB=0.694443;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0289105;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:39:19:19:0.327586:5:14:17:20:5:14:18:21 chr11 66106192 . CT C 34.07 PASS AF=0.318182;AO=9;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0619462;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.4478;QD=6.19393;RBI=0.222901;REFB=-0.0792261;REVB=-0.214121;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278721;STB=0.856123;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.114562;OID=.;OPOS=66106193;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:9:22:7:22:15:6:1:5:10:34:13:6:3:5:8 chr11 66107674 . A G 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.531;QD=57.1906;RBI=0.00885315;REFB=0;REVB=-0.0040674;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72101e-05;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr11 66131149 . C T 173.87 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0552306;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.457;QD=18.3024;RBI=0.0552752;REFB=-0.00893984;REVB=-0.00221889;RO=18;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217118;STB=0.607974;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.01248;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:20:18:18:0.473684:15:3:6:12:15:3:6:14 chr11 66161072 . C T 372.54 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0548408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.304;QD=20.1373;RBI=0.0553149;REFB=-0.0161182;REVB=0.00722713;RO=35;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376048;STB=0.520823;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0094115;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:25:14:14:21:25:14:14:21 chr11 66206169 . C T 40.25 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0621714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.562;QD=11.5001;RBI=0.0625948;REFB=-0.00276178;REVB=-0.00726821;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.639615;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00506947;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:13:14:7:7:6:7:0.5:3:3:2:5:3:4:2:5 chr11 66272142 . A G 239.72 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00739618;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.464;QD=18.0918;RBI=0.00917944;REFB=-0.00229381;REVB=0.00543679;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053717;STB=0.530168;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00311435;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:27:26:26:0.490566:11:15:14:13:11:15:14:13 chr11 66327673 . G A 525.59 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00399834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2923;QD=21.6738;RBI=0.018313;REFB=-0.0225471;REVB=0.0178712;RO=47;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116629;STB=0.506437;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0218734;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:27:23:21:26:27:23:21:26 chr11 66328095 . T C 199.59 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0232411;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.313;QD=15.9672;RBI=0.0597373;REFB=-0.022246;REVB=-0.0550308;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188937;STB=0.608006;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0296563;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:7:15:14:14:7:15:14:14 chr11 66328719 . T C 277.08 PASS AF=0.339806;AO=34;DP=102;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.0159309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.734;QD=10.7605;RBI=0.023812;REFB=-0.0275216;REVB=0.017698;RO=68;SAF=14;SAR=20;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29749;STB=0.659374;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.058563;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:68:68:34:35:0.339806:20:14:46:22:20:15:46:22 chr11 66329732 . A G 187.36 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0345154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.325;QD=14.6952;RBI=0.0347142;REFB=-0.0216005;REVB=0.00371068;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737477;STB=0.542332;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0303524;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:15:15:12:9:15:15 chr11 66331458 . A G 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00764384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.064;QD=20.545;RBI=0.0593604;REFB=0.00869613;REVB=-0.0588662;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314356;STB=0.658961;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.014351;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:11:11:18:3:11:11:18:4 chr11 66333598 . C T 207.74 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0169553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0413;QD=17.68;RBI=0.0232365;REFB=0.0411549;REVB=-0.0158888;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375587;STB=0.687317;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0487259;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:15:5:16:10:15:6:16:10 chr11 66335548 . A G 177.7 PASS AF=0.385965;AO=13;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0360412;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.975;QD=12.47;RBI=0.0368685;REFB=-0.0288285;REVB=0.00776633;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1722;STB=0.508764;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0524874;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:35:13:22:0.385965:8:5:15:13:11:11:18:17 chr11 66358126 . C T 736.49 PASS AF=0.652632;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=95;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00932109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.22;QD=31.0103;RBI=0.0113568;REFB=-0.0325673;REVB=0.00648801;RO=32;SAF=33;SAR=29;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191376;STB=0.504604;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0137146;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:32:33:62:62:0.652632:29:33:18:14:29:33:18:15 chr11 66472274 . T C 49.13 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.409;QD=32.7524;RBI=0.0307159;REFB=0;REVB=0.0267478;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354194;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr11 66610645 . G C 455.02 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0219651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.818;QD=18.0204;RBI=0.0277524;REFB=-0.0276023;REVB=-0.0169626;RO=52;SAF=33;SAR=15;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151411;STB=0.580479;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.029029;OID=.;OPOS=66610645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:15:33:28:24:15:33:29:24 chr11 66626234 . T C 612.48 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00438179;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.89;QD=17.7531;RBI=0.0148977;REFB=-0.0259921;REVB=-0.0142387;RO=72;SAF=42;SAR=21;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257586;STB=0.647012;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0268545;OID=.;OPOS=66626234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:72:75:63:63:0.456522:21:42:29:43:21:42:30:45 chr11 66772311 . G T 68.41 PASS AF=0.588235;AO=7;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0512642;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.5475;QD=16.0965;RBI=0.145545;REFB=-0.07171;REVB=0.136218;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571284;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0125979;OID=.;OPOS=66772311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:7:7:7:10:0.588235:4:3:3:4:4:6:3:4 chr11 66837965 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.252;QD=63.2857;RBI=0.0391141;REFB=0;REVB=0.0345166;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25549e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr11 66838943 . A G 74.6 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0498842;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.604;QD=9.04287;RBI=0.0508942;REFB=-0.00807252;REVB=-0.010089;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455145;STB=0.781626;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.031993;OID=.;OPOS=66838943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:33:22:23:10:10:0.30303:7:3:16:6:7:3:17:6 chr11 66985215 . TCCCCCCT TCCCCCTC 144.2 PASS AF=0.311475;AO=3;DP=62;FAO=19;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=37;FWDB=-0.136295;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=2;MLLD=56.8382;QD=9.45552;RBI=0.137077;REFB=-0.0100983;REVB=0.0146235;RO=31;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.758871;STB=0.940084;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0425706;OID=.;OPOS=66985221;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311475:3:62:19:61:41:17:2:4:37:99:31:2:1:1:30 chr11 66995603 . T C 801.28 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0168757;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.191;QD=52.5427;RBI=0.0175521;REFB=-0.0297311;REVB=0.00482568;RO=3;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762496;STB=0.540526;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000132769;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:61:3:3:58:58:0.95082:17:41:0:3:17:41:0:3 chr11 67050291 . T TA 309.22 PASS AF=0.961538;AO=3;DP=28;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111532;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=198.756;QD=47.5724;RBI=0.116209;REFB=-0.0972198;REVB=0.0326362;RO=25;SAF=0;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594196;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=ins;VARB=0.00345878;OID=.;OPOS=67050292;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:3:28:25:26:1:12:13:0:1:6:25:0:3:14:11 chr11 67050292 . G A 262.81 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0264293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.221;QD=40.4328;RBI=0.0306364;REFB=-0.0433577;REVB=0.0154947;RO=4;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153229;STB=0.583258;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00257153;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:10:12:0:4:10:12:0:4 chr11 67068859 . T C 888.16 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0849909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.733;QD=56.391;RBI=0.0925364;REFB=-0.0645176;REVB=0.0365997;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000246819;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:29:33:0:0:29:33:1:0 chr11 67071584 . C G 1403.23 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1703;QD=61.6804;RBI=0.0832487;REFB=-0.0640765;REVB=-0.0262006;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122285;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:91:1:0:90:91:1:56:34:1:0:56:35:0:0 chr11 67177278 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.433;QD=62.0213;RBI=0.0186335;REFB=0;REVB=0.0185096;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63001e-05;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr11 67257823 . C A 435.16 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0602444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8331;QD=54.3948;RBI=0.0783052;REFB=-0.0785628;REVB=-0.0500232;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0160818;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:0:1:19:12:0:1 chr11 67258390 . CA C,CG 750.87 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=7,43;DP=50;FAO=7,42;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=5,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384091,0.0358451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.8344,66.937;QD=61.2958;RBI=0.0388982,0.057466;REFB=0,0;REVB=0.00614893,0.0449163;RO=0;SAF=2,25;SAR=5,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,-5.65211e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0205629,-0.00337798;OID=.,.;OPOS=67258391,67258391;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:7,43:50:7,42:49:0:2,25:5,17:0:0:30:0:2,25:5,18:0:0 chr11 67263767 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.218;QD=61.3362;RBI=0.0238405;REFB=0;REVB=0.0206193;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48108e-05;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:8:32:0:0:8:32:0:0 chr11 67288594 . C T 1197.96 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00738959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.979;QD=56.3744;RBI=0.0150052;REFB=-0.0850253;REVB=0.0130595;RO=3;SAF=37;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142683;STB=0.502047;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.000575781;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:3:4:81:81:0.952941:44:37:2:1:44:37:2:2 chr11 67351585 . C G 1049.21 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186472;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1775;QD=58.2894;RBI=0.0390923;REFB=0;REVB=0.0343583;RO=0;SAF=50;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00628917;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:68:72:1:18:50:0:0:21:51:0:0 chr11 67430698 . G A 401.01 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0185284;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.946;QD=18.6516;RBI=0.0204502;REFB=-0.0166746;REVB=0.00865502;RO=45;SAF=10;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235784;STB=0.635931;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0144341;OID=.;OPOS=67430698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:40:41:0.476744:30:10:21:24:31:10:21:24 chr11 67430762 . T C 382.73 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00821443;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.037;QD=27.8348;RBI=0.0151757;REFB=-0.013992;REVB=-0.0127603;RO=18;SAF=20;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1019;STB=0.56448;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00403675;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:18:19:36:36:0.654545:16:20:7:11:16:20:7:12 chr11 67431914 . G A 286.89 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00310116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.339;QD=11.3619;RBI=0.0118165;REFB=-0.00302029;REVB=0.0114023;RO=66;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251839;STB=0.514515;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00539719;OID=.;OPOS=67431914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:66:66:35:35:0.346535:21:14:25:41:21:14:25:41 chr11 67432804 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.324;QD=57.177;RBI=0.0269686;REFB=0;REVB=0.0143501;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44177e-05;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr11 67432854 . T C 795.73 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.76;QD=56.8378;RBI=0.0520419;REFB=0;REVB=0.0519015;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244418;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr11 67433869 . C T 40.27 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.143139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.512;QD=14.6451;RBI=0.144237;REFB=-0.0454314;REVB=0.0177642;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0971497;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr11 67434416 . C A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0132649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.156;QD=7.95466;RBI=0.014797;REFB=-0.0118541;REVB=0.00655701;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296329;STB=0.518472;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0285866;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:9:10:4:4:9:10 chr11 67572698 . G T 115.43 PASS AF=0.8;AO=10;DP=14;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0544529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.924;QD=30.7824;RBI=0.0659391;REFB=0.0528142;REVB=0.0371866;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.59984;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00114494;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:15:0:3:10:12:0.8:4:6:0:0:6:6:3:0 chr11 67663113 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.497;QD=35.5759;RBI=0.017937;REFB=0;REVB=-0.00922497;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117813;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 67663116 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.902;QD=35.5759;RBI=0.0178949;REFB=0;REVB=-0.0177692;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339414;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 670.5 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=41,3;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926624,0.000293688;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.0126,7.41602;QD=52.5881;RBI=0.206351,0.0696158;REFB=0,0;REVB=0.184375,0.0696152;RO=5;SAF=34,2;SAR=7,1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.243834,0.584388;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0151138,-0.152445;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:5:0:41,3:50,1:0.980392,0.0196078:7,1:34,2:0:5:15,0:35,1:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 707.33 PASS AF=1,0;AO=47,3;DP=56;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563821,-0.166481;FXX=0.0185151;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.7375,5.23662;QD=53.3835;RBI=0.0563829,0.19739;REFB=0,0;REVB=0.000314645,-0.10605;RO=4;SAF=21,1;SAR=26,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0448752,-0.348651;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00105435,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:53:4:0:47,3:53,0:1,0:26,2:21,1:3:1:29,0:24,0:0:0 chr11 67789138 . C T 698.18 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.985;QD=54.7592;RBI=0.024848;REFB=-0.117874;REVB=0.0143418;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.506664;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000983143;OID=.;OPOS=67789138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:37:13:0:0:37:13:0:1 chr11 67789293 . G GC 919.22 PASS AF=1;AO=80;DP=89;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852963;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2835;QD=44.8402;RBI=0.097813;REFB=0;REVB=0.0478741;RO=7;SAF=31;SAR=49;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000377203;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:89:82:82:0:33:49:0:0:17:7:31:49:3:4 chr11 67793508 . G GT 535.55 PASS AF=1;AO=8;DP=64;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.269506;FXX=0.171848;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.6664;QD=40.4187;RBI=0.269532;REFB=-0.257351;REVB=-0.00376504;RO=51;SAF=8;SAR=0;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.617298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0354405;OID=.;OPOS=67793509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:8:64:53:53:0:43:10:0:0:4:51:8:0:34:17 chr11 67793509 . C G,T 864.1 PASS AF=0.145161,0.854839;AO=9,51;DP=60;FAO=9,53;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=9,36;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821754,0.0210283;FXX=0.0312451;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.955,57.5;QD=55.7484;RBI=0.0684536,0.0257308;REFB=0,0;REVB=0.0679586,0.0148285;RO=0;SAF=9,34;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.116716,0.00919081;OID=.,.;OPOS=67793509,67793509;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:60:62:0:0:9,51:9,53:0.145161,0.854839:0,17:9,34:0:0:0,17:9,36:0:0 chr11 67795378 . G GC 141.72 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.8498;QD=33.3467;RBI=0.00480243;REFB=0;REVB=-0.00342999;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00292422;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:18:17:17:0:9:8:0:0:3:5:6:7:3:2 chr11 67798363 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.214;QD=39.2068;RBI=0.0506574;REFB=0;REVB=-0.0205064;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150509;OID=.;OPOS=67798363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr11 67803215 . G A 568.27 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0169046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0467;QD=20.2955;RBI=0.0169048;REFB=-0.0319409;REVB=-6.70294e-05;RO=54;SAF=28;SAR=30;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150984;STB=0.508315;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0252713;OID=.;OPOS=67803215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:30:28:27:27:30:28:27:27 chr11 67810297 . C T 255.43 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00904433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.623;QD=23.2205;RBI=0.00909971;REFB=-0.0206438;REVB=-0.00100245;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998414;STB=0.555511;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0354588;OID=.;OPOS=67810297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:14:6:10:14:14:6 chr11 67810464 . GCCCCCGGGGGG GCCCCCGGGGG,GCCCCCGGGGGC,GCCCCGGGGGG 272.08 PASS AF=0.310924,0.193277,0;AO=29,8,14;DP=117;FAO=37,23,0;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=14,21,0;FSAR=23,2,0;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.144436,-0.0418119,-0.496569;FXX=0;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,1;MLLD=8.81058,23.4588,13.4772;QD=9.14543;RBI=0.178623,0.0631127,0.498668;REFB=-0.149627,-0.0715532,0.067025;REVB=-0.105093,-0.0472756,0.045713;RO=34;SAF=1,6,14;SAR=28,2,0;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0.54717,0,0;SSSB=-0.70143,0.344517,0.789949;STB=0.571307,0.870092,0.5;STBP=0.282,0.003,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.171532,0.0313174,0;OID=.,.,.;OPOS=67810470,67810475,67810465;OREF=G,G,C;OALT=-,C,-;OMAPALT=GCCCCCGGGGG,GCCCCCGGGGGC,GCCCCGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310924,0.193277,0:29,8,14:117:37,23,0:119:59:14,21,0:23,2,0:29:30:94:34:1,6,14:28,2,0:16:18 chr11 67814979 . G C 1616.84 PASS AF=0.982143;AO=106;DP=110;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.046155;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6331;QD=57.7441;RBI=0.0472658;REFB=-0.160206;REVB=-0.0101872;RO=2;SAF=53;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175704;STB=0.509258;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00308022;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:112:2:2:106:110:0.982143:53:53:2:0:57:53:2:0 chr11 67957518 . A T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.566;QD=57.71;RBI=0.0394266;REFB=0;REVB=0.0185172;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123052;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr11 68030015 . C T 48.66 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.066657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.418;QD=17.696;RBI=0.0832726;REFB=-0.0628164;REVB=0.0499116;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0263695;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:2:2:4:3:2:2 chr11 68030173 . C A 320.45 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0165476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8372;QD=27.2725;RBI=0.0165844;REFB=-0.0256907;REVB=0.00110453;RO=19;SAF=11;SAR=17;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145451;STB=0.579847;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0172347;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:17:11:4:15:17:11:4:15 chr11 68171013 . T C 1409.07 PASS AF=0.94898;AO=92;DP=100;FAO=93;FDP=98;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0279453;FXX=0.019998;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.034;QD=57.5131;RBI=0.0294748;REFB=-0.0401199;REVB=0.00937128;RO=4;SAF=36;SAR=56;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898153;STB=0.511385;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000135075;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:100:98:4:5:92:93:0.94898:56:36:2:2:57:36:3:2 chr11 68177510 . C T 562.87 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00324476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.305;QD=19.5779;RBI=0.00329561;REFB=-0.00815609;REVB=0.000576667;RO=57;SAF=37;SAR=21;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615995;STB=0.5034;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00824017;OID=.;OPOS=68177510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:21:37:36:21:21:37:36:21 chr11 68192690 . G A 323.14 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=90;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.021246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.328;QD=14.204;RBI=0.028815;REFB=-0.0077707;REVB=0.0194656;RO=55;SAF=22;SAR=13;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011881;STB=0.504502;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0143412;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:55:55:35:36:0.395604:13:22:34:21:14:22:34:21 chr11 68201295 . C T 86.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00634254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.165;QD=12.3265;RBI=0.0243232;REFB=0.00145502;REVB=0.0234817;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118806;STB=0.507029;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00209737;OID=.;OPOS=68201295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:11:6:4:7:11:6 chr11 68358106 . CTTTTATTTTG CTTTT,CTTTTATTTTGT,CTTTTG 121.44 PASS AF=0,0.0526316,0.684211;AO=2,2,8;DP=19;FAO=0,1,13;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,6;FSAR=0,1,7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0109552,-0.0658993,0.01836;FXX=0;HRUN=1,7,1;LEN=6,1,5;MLLD=133.749,5.01143,185.391;QD=25.5661;RBI=0.015351,0.391663,0.025615;REFB=-0.00275736,-0.0235197,-0.00226735;REVB=-0.0107535,-0.386079,0.0178617;RO=3;SAF=2,0,4;SAR=0,2,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.666583,-0.599865,0.0790568;STB=0.5,0.986861,0.517215;STBP=1,0.508,0.8;TYPE=del,ins,del;VARB=0,-0.000424203,0.00130111;OID=.,.,.;OPOS=68358111,68358117,68358107;OREF=ATTTTG,-,TTTTA;OALT=-,T,-;OMAPALT=CTTTT,CTTTTATTTTGT,CTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0526316,0.684211:2,2,8:19:0,1,13:19:5:0,0,6:0,1,7:2:3:27:3:2,0,4:0,2,4:1:2 chr11 68549340 . A G 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00544693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.144;QD=12.7844;RBI=0.0147447;REFB=-0.00493556;REVB=0.0137017;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25638;STB=0.645602;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00881049;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:31:12:14:13:31:12 chr11 68560780 . C T 701.8 PASS AF=0.544;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00983205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.58;QD=22.4575;RBI=0.0102003;REFB=0.0138435;REVB=-0.00271608;RO=57;SAF=41;SAR=27;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655699;STB=0.535937;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0120877;OID=.;OPOS=68560780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:57:68:68:0.544:27:41:30:27:27:41:30:27 chr11 68671477 . T C 131.74 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0360506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2342;QD=14.6372;RBI=0.11042;REFB=0.000354849;REVB=-0.104369;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114165;STB=0.521711;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00620346;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:21:15:15:0.416667:4:11:14:3:4:11:16:5 chr11 68678962 . T C 324.7 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.016942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.37;QD=14.5933;RBI=0.0181014;REFB=-0.00895123;REVB=0.00637408;RO=50;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255377;STB=0.517757;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0117468;OID=.;OPOS=68678962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:53:36:36:0.404494:16:20:29:21:16:20:31:22 chr11 68704270 . A G 139.69 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0153993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0164;QD=9.47049;RBI=0.0331617;REFB=-0.00394507;REVB=-0.0293694;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27718;STB=0.654769;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0263542;OID=.;OPOS=68704270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:12:7:24:15:12:7:24:16 chr11 68705674 . C A 190.68 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0364798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9008;QD=15.2543;RBI=0.0419046;REFB=0.00546952;REVB=0.0206208;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171584;STB=0.589198;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00416658;OID=.;OPOS=68705674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:19:20:0.4:11:8:17:12:11:9:18:12 chr11 68748003 . T C 355.1 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0594327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.703;QD=18.9388;RBI=0.0596032;REFB=-0.0241307;REVB=0.00450484;RO=38;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897703;STB=0.550047;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0219238;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:14:23:20:18:14:23:20:18 chr11 68777183 . G T 219.12 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.108512;FXX=0.10202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5983;QD=19.9196;RBI=0.109407;REFB=-0.0172327;REVB=0.0139689;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234273;STB=0.62325;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0381785;OID=.;OPOS=68777183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:44:21:23:20:21:0.477273:5:15:11:10:5:16:13:10 chr11 68822739 . T C 1183.45 PASS AF=1;AO=65;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.834;QD=60.6897;RBI=0.0671548;REFB=0;REVB=0.0646758;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743326;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:65:78:1:22:43:0:0:29:49:0:0 chr11 68834968 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.083;QD=56.1899;RBI=0.0264676;REFB=0;REVB=0.0246573;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176006;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr11 68840160 . A G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0226719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.452;QD=10.7925;RBI=0.0243901;REFB=-0.00119286;REVB=0.00899233;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180657;STB=0.510626;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00181908;OID=.;OPOS=68840160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:8:10:20:15:8:10:20:15 chr11 68851414 . T C 307.77 PASS AF=0.384615;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00240162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.614;QD=13.5283;RBI=0.0262438;REFB=-0.0261997;REVB=-0.0261337;RO=55;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688766;STB=0.524215;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0397932;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:55:56:34:35:0.384615:17:17:31:24:17:18:31:25 chr11 69462910 . G A 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0147961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.06;QD=57.2342;RBI=0.0260357;REFB=-0.0227448;REVB=-0.0214227;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011386;STB=0.506022;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00140585;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:41:25:0:1:41:25:0:1 chr11 69933891 . G A 338.99 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0151132;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.623;QD=20.238;RBI=0.0152586;REFB=-0.0148738;REVB=0.00210129;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951618;STB=0.564116;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.01683;OID=.;OPOS=69933891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:32:35:35:0.522388:13:22:24:9:13:22:24:8 chr11 70007311 . A G 796.53 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3711;QD=53.1018;RBI=0.107756;REFB=-0.0949864;REVB=-0.0931384;RO=3;SAF=30;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448247;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100714;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:60:3:0:54:60:1:24:30:3:0:24:36:0:0 chr11 70007392 . A G 892.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.059;QD=57.5689;RBI=0.0405269;REFB=0;REVB=-0.00396132;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154462;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr11 70016247 . T TG 1140.8 PASS AF=1;AO=96;DP=126;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214408;FXX=0.0249979;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.299;QD=39.0015;RBI=0.0913048;REFB=0.0139179;REVB=0.0887517;RO=23;SAF=65;SAR=31;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00311542;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:126:117:117:0:69:48:0:0:17:23:65:31:6:17 chr11 70253475 . C T 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00208996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.152;QD=17.0348;RBI=0.021785;REFB=-0.0125044;REVB=-0.0216845;RO=53;SAF=15;SAR=27;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156267;STB=0.587827;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0218441;OID=.;OPOS=70253475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:27:15:27:26:27:15:27:26 chr11 70282629 . A C 298.34 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00616223;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.947;QD=15.9112;RBI=0.00827619;REFB=-0.0131326;REVB=0.00552469;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452962;STB=0.538811;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0170218;OID=.;OPOS=70282629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:15:18:21:21:15:18:20:22 chr11 70718429 . G A 253.97 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0858474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2504;QD=16.3852;RBI=0.085982;REFB=-0.00315704;REVB=-0.00480851;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223811;STB=0.632296;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00638864;OID=.;OPOS=70718429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:33:29:29:0.467742:17:12:21:11:17:12:22:11 chr11 70719116 . T C 116.16 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0284914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3607;QD=20.202;RBI=0.0555099;REFB=-0.0443409;REVB=-0.0476403;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443666;STB=0.753026;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0166653;OID=.;OPOS=70719116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:3:10:2:8:3:10:2:8 chr11 70789137 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0062195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.707;QD=12.0155;RBI=0.010164;REFB=0.000832654;REVB=-0.008039;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633322;STB=0.887823;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000592953;OID=.;OPOS=70789137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:5:1:6:0:5:1:7:0 chr11 70798902 . G T 391.92 PASS AF=0.564516;AO=4;DP=60;FAO=35;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0164344;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=136.709;QD=25.285;RBI=0.0217621;REFB=-0.00436336;REVB=0.0142654;RO=10;SAF=3;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182961;STB=0.531478;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00106889;OID=.;OPOS=70798902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:10:23:4:35:0.564516:1:3:6:4:18:17:13:10 chr11 70829901 . C T 287.14 PASS AF=0.353535;AO=36;DP=100;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.0147453;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.752;QD=11.6015;RBI=0.0546052;REFB=-0.0128789;REVB=-0.0525766;RO=61;SAF=23;SAR=13;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401468;STB=0.541644;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0377137;OID=.;OPOS=70829901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:61:64:36:35:0.353535:13:23:41:20:13:22:44:20 chr11 70829950 . G A 514.26 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.00258966;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.361;QD=15.8235;RBI=0.00589696;REFB=-0.0180353;REVB=-0.00529791;RO=74;SAF=41;SAR=15;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862475;STB=0.548477;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0234209;OID=.;OPOS=70829950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:74:74:56:56:0.430769:15:41:49:25:15:41:49:25 chr11 71146577 . G A 263.34 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0757597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.93;QD=19.5066;RBI=0.0783811;REFB=-0.0227073;REVB=0.0201014;RO=26;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259905;STB=0.645274;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0204976;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:19:9:16:10:19:9:16:10 chr11 71146691 . A G 509.03 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0574754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.386;QD=19.3918;RBI=0.0574939;REFB=-0.0158535;REVB=-0.00145777;RO=51;SAF=22;SAR=31;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153742;STB=0.589489;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0122247;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:51:52:53:53:0.504762:31:22:30:21:31:22:31:21 chr11 71146952 . G A 428.55 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0085372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.412;QD=22.2624;RBI=0.0160704;REFB=-0.0101972;REVB=0.0136152;RO=34;SAF=27;SAR=15;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169566;STB=0.581359;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00876369;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:42:42:0.545455:15:27:28:6:15:27:28:7 chr11 71152461 . A G 507.08 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0178775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4615;QD=20.4881;RBI=0.026649;REFB=-0.00889102;REVB=0.0197628;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379948;STB=0.516122;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0120328;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:48:50:48:49:0.494949:21:27:25:23:21:28:27:23 chr11 71155153 . A G 641.82 PASS AF=0.528455;AO=63;DP=124;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00389667;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4724;QD=20.8722;RBI=0.0125027;REFB=-0.0044288;REVB=-0.0118799;RO=58;SAF=37;SAR=26;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470142;STB=0.516623;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0036447;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:58:58:63:65:0.528455:26:37:31:27:28:37:31:27 chr11 71155171 . C T 513.0 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=111;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00557428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.771;QD=18.3215;RBI=0.0214335;REFB=-0.0222103;REVB=0.0206959;RO=57;SAF=33;SAR=21;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644353;STB=0.539304;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0286882;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:57:57:54:55:0.491071:21:33:31:26:21:34:31:26 chr11 71169547 . G C 488.76 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0423446;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7036;QD=16.8537;RBI=0.0430034;REFB=-0.00834531;REVB=-0.00749851;RO=63;SAF=28;SAR=25;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120959;STB=0.567223;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00913122;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:63:63:53:53:0.456897:25:28:41:22:25:28:41:22 chr11 71183474 . C T 315.01 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0253773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2207;QD=15.3665;RBI=0.0255316;REFB=-0.00957159;REVB=0.00280321;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15877;STB=0.574958;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0135;OID=.;OPOS=71183474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:47:34:35:0.426829:18:16:30:18:18:17:29:18 chr11 71183477 . C T 302.81 PASS AF=0.409639;AO=35;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.000109083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9825;QD=14.5931;RBI=0.0354705;REFB=-0.00897922;REVB=-0.0354704;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13307;STB=0.583051;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0204912;OID=.;OPOS=71183477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:49:35:34:0.409639:18:17:29:18:18:16:30:19 chr11 71184678 . A C 3245.19 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521988;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.431;QD=61.5201;RBI=0.0680144;REFB=-0.0617215;REVB=0.0436032;RO=0;SAF=107;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440475;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:0:0:210:211:1:103:107:0:0:104:107:0:0 chr11 71185479 . T C 391.77 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0199155;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3215;QD=14.5101;RBI=0.0365376;REFB=-0.0246198;REVB=0.0306328;RO=59;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287458;STB=0.511623;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0107568;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:59:63:45:45:0.416667:27:18:22:37:27:18:24:39 chr11 71185518 . T C 544.35 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.013424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.885;QD=17.011;RBI=0.0140682;REFB=-0.0143151;REVB=-0.00420843;RO=70;SAF=26;SAR=32;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087874;STB=0.504895;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0205204;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:32:26:32:38:32:26:32:38 chr11 71189436 . T C 360.9 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.000435745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.236;QD=14.2931;RBI=0.0205887;REFB=-0.0112088;REVB=-0.0205841;RO=58;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109166;STB=0.5513;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0167919;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:60:41:41:0.405941:19:22:25:33:19:22:27:33 chr11 71249386 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.366;QD=43.4856;RBI=0.0591998;REFB=0;REVB=0.023296;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622066;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 71279936 . A C 85.45 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0210817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.997;QD=4.16833;RBI=0.0884408;REFB=-0.00741683;REVB=-0.0858914;RO=65;SAF=6;SAR=9;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976844;STB=0.56427;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0323867;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:80:82:65:67:15:15:0.182927:9:6:31:34:9:6:32:35 chr11 71293892 . C A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0051945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8854;QD=8.2457;RBI=0.0282812;REFB=0.00511757;REVB=0.0278001;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.519943;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0045189;OID=.;OPOS=71293892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:6:9:4:3:6:9 chr11 71318195 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.897;QD=39.2065;RBI=0.0921984;REFB=0;REVB=0.0138966;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017963;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 71498591 . C G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8811;QD=43.4822;RBI=0.0244676;REFB=0;REVB=-0.0139136;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316631;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 71498601 . G T 108.82 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00695333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.325;QD=36.274;RBI=0.0537125;REFB=-0.0490732;REVB=0.0532606;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00220653;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:1:0 chr11 71498648 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.993;QD=42.1822;RBI=0.0362056;REFB=0;REVB=0.0350358;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363797;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 71507152 . T G 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0274337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.16;QD=3.93664;RBI=0.0282669;REFB=-0.000330245;REVB=0.00681255;RO=46;SAF=4;SAR=5;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307619;STB=0.702731;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000600798;OID=.;OPOS=71507152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:5:4:32:14:5:4:32:14 chr11 71507157 . CA TG 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00915104;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=324.468;QD=4.09688;RBI=0.0133689;REFB=-0.00242827;REVB=0.00974603;RO=48;SAF=5;SAR=5;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236785;STB=0.654892;STBP=0.325;TYPE=mnp;VARB=0.0197132;OID=.;OPOS=71507157;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:5:5:33:15:5:5:33:15 chr11 71507186 . T C 173.06 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0411995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.727;QD=11.348;RBI=0.0906913;REFB=0.00478115;REVB=-0.080793;RO=39;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267333;STB=0.657138;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0140587;OID=.;OPOS=71507186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:5:17:22:17:5:17:22:17 chr11 71507261 . A G 46.54 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0237388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.309;QD=3.44742;RBI=0.0275358;REFB=-0.00716246;REVB=-0.0139531;RO=46;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105984;STB=0.573893;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0435332;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:4:4:27:19:4:4:27:19 chr11 71544269 . C T 768.81 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7987;QD=56.9486;RBI=0.104173;REFB=0;REVB=0.0370454;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133554;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr11 71548465 . A G 1239.95 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.561;QD=61.232;RBI=0.139091;REFB=0;REVB=0.012718;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294989;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:78:81:1:38:40:0:0:40:41:0:0 chr11 71548492 . C T 441.05 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00273149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9476;QD=22.3315;RBI=0.016111;REFB=-0.00882141;REVB=-0.0158777;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941315;STB=0.551863;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0138712;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:24:19:20:16:24:19:20:16 chr11 71548520 . A T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.072;QD=60.3766;RBI=0.0100001;REFB=0;REVB=0.00779768;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09143e-05;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr11 71548544 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7924;QD=57.1059;RBI=0.026094;REFB=0;REVB=0.0154551;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030157;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr11 71707489 . T C 254.37 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00879914;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.481;QD=17.5424;RBI=0.00960286;REFB=-0.00984231;REVB=0.00384579;RO=30;SAF=3;SAR=25;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280754;STB=0.660919;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0123553;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:25:3:8:22:25:3:8:22 chr11 71708013 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00174202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.127;QD=10.7151;RBI=0.0052645;REFB=-0.0014862;REVB=-0.00496792;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143099;STB=0.586533;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00252198;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:11:3:9:20:11:3:9:20 chr11 71714526 . G C 424.82 PASS AF=0.367647;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.00654258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.392;QD=12.4947;RBI=0.0270984;REFB=-0.0158827;REVB=0.0262967;RO=86;SAF=30;SAR=20;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137845;STB=0.578603;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0108913;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:86:50:50:0.367647:20:30:41:45:20:30:41:45 chr11 71714528 . T G 201.28 PASS AF=0.294118;AO=60;DP=135;FAO=40;FDP=136;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.0740943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5669;QD=5.92;RBI=0.178187;REFB=-0.0478493;REVB=-0.162051;RO=75;SAF=31;SAR=29;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033233;STB=0.785352;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0539238;OID=.;OPOS=71714528;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:75:96:60:40:0.294118:29:31:39:36:8:32:39:57 chr11 71816044 . G C 489.92 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.112712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1767;QD=15.0744;RBI=0.132519;REFB=-0.0207779;REVB=-0.0696952;RO=74;SAF=9;SAR=46;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303213;STB=0.678497;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0230301;OID=.;OPOS=71816044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:74:75:55:55:0.423077:46:9:28:46:46:9:29:46 chr11 71820350 . C T 393.38 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.000779247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.109;QD=15.4267;RBI=0.00510687;REFB=-0.00378479;REVB=-0.00504707;RO=58;SAF=35;SAR=9;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792199;STB=0.544726;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00480025;OID=.;OPOS=71820350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:9:35:43:15:9:35:43:15 chr11 71821236 . A G 450.97 PASS AF=0.484211;AO=40;DP=89;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00274812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.46;QD=18.9881;RBI=0.0144793;REFB=-0.0625494;REVB=-0.0142161;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074544;STB=0.571529;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0723557;OID=.;OPOS=71821236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:49:49:40:46:0.484211:19:21:22:27:19:27:22:27 chr11 71941212 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0123465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8471;QD=18.087;RBI=0.0134809;REFB=-0.0555126;REVB=0.00541279;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206941;STB=0.603697;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.038236;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:13:13:7:19:13:13:8:19 chr11 72281818 . A G 1134.93 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.45;QD=60.5297;RBI=0.057734;REFB=0;REVB=0.00257953;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75888e-05;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr11 72281884 . C T 472.87 PASS AF=0.472222;AO=50;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0555206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.853;QD=17.5137;RBI=0.0580675;REFB=-0.00309483;REVB=-0.0170089;RO=57;SAF=21;SAR=29;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352475;STB=0.513269;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0139688;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:57:50:51:0.472222:29:21:26:31:29:22:26:31 chr11 72281941 . A G 397.7 PASS AF=0.456522;AO=41;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0873492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.216;QD=17.2913;RBI=0.088032;REFB=0.00767785;REVB=0.0109435;RO=48;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659574;STB=0.530683;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00836983;OID=.;OPOS=72281941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:41:42:0.456522:22:19:19:29:22:20:21:29 chr11 72287350 . A G 409.81 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.283606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.399;QD=56.5251;RBI=0.286609;REFB=0;REVB=0.0413807;RO=1;SAF=0;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.873687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132394;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:28:0:1:0:28:1:0:0 chr11 72289291 . T C 257.12 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0497846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.386;QD=16.0698;RBI=0.0499523;REFB=-0.0105933;REVB=-0.00408995;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270524;STB=0.504584;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0163807;OID=.;OPOS=72289291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:18:11:12:22:18:11:13:22 chr11 72291927 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000802234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.862;QD=52.6131;RBI=0.0270891;REFB=0;REVB=0.0270772;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50307e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 72293602 . A G 1160.75 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1221;QD=60.2989;RBI=0.0314473;REFB=0;REVB=0.0255805;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403096;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:38:39:0:0 chr11 72295502 . T C 1016.99 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.698;QD=58.9558;RBI=0.00865764;REFB=0;REVB=0.0016525;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88712e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:29:39:0:0:29:40:0:0 chr11 72295906 . A G 456.18 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.414;QD=55.2947;RBI=0.0755868;REFB=0;REVB=0.0266424;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351531;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:12:18:0:0:12:21:0:0 chr11 72301381 . C T 65.33 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0837689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3156;QD=10.8888;RBI=0.0854409;REFB=-0.0485227;REVB=0.0168205;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.636074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0790398;OID=.;OPOS=72301381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:5:10:4:5:5:10 chr11 72368986 . T G 153.57 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00834913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9531;QD=21.9382;RBI=0.0351118;REFB=0.00342702;REVB=-0.0341047;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633569;STB=0.53567;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00502718;OID=.;OPOS=72368986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:7:5:8:8:7:5 chr11 72408055 . G C 815.8 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.44;QD=56.2621;RBI=0.0941932;REFB=0;REVB=0.0880798;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366512;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:0:0:56:58:1:23:33:0:0:25:33:0:0 chr11 72491469 . GC G 56.94 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.196335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.4482;QD=8.13442;RBI=0.202029;REFB=-0.0668242;REVB=0.0476258;RO=16;SAF=12;SAR=0;SRF=6;SRR=10;SSEN=0.31139;SSEP=0;SSSB=0.819995;STB=0.868876;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0746517;OID=.;OPOS=72491470;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:12:28:13:28:15:12:1:6:9:56:16:12:0:6:10 chr11 72532569 . G T 695.96 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.07359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1622;QD=60.5179;RBI=0.0740156;REFB=-0.170623;REVB=-0.00792578;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00642287;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr11 72532621 . T G 573.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.99;QD=60.3565;RBI=0.050715;REFB=0;REVB=0.000610415;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100747;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:17:19:0:0:18:20:0:0 chr11 72532707 . C CT 408.98 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129083;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.045;QD=54.5311;RBI=0.236061;REFB=0;REVB=-0.197642;RO=27;SAF=1;SAR=2;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00025605;OID=.;OPOS=72532708;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:30:30:0:17:13:0:0:4:27:1:2:16:11 chr11 72532708 . C T 360.98 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189389;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.606;QD=49.7902;RBI=0.0191167;REFB=-0.0435276;REVB=0.00260136;RO=2;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772824;STB=0.541636;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000308336;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:2:2:27:27:0.931034:11:16:0:2:11:16:0:2 chr11 72536345 . A G 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0100122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.773;QD=16.2722;RBI=0.019744;REFB=-0.00532602;REVB=-0.0170171;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762793;STB=0.535189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00615942;OID=.;OPOS=72536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:16:16:16:22:16:16:17:22 chr11 72945341 . C T 2624.21 PASS AF=0.97191;AO=173;DP=178;FAO=173;FDP=178;FR=.;FRO=5;FSAF=82;FSAR=91;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0192492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9234;QD=58.971;RBI=0.0193041;REFB=-0.0646565;REVB=0.00145526;RO=4;SAF=82;SAR=91;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118913;STB=0.509173;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0108559;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:178:178:4:5:173:173:0.97191:91:82:3:1:91:82:4:1 chr11 72946020 . C T 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.609;QD=61.6772;RBI=0.0742804;REFB=0;REVB=0.0276085;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022959;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 72946140 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9833;QD=43.4859;RBI=0.0835141;REFB=0;REVB=0.0791293;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025256;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 73387057 . TTAAGTA T,TT 442.7 PASS AF=0.975,0;AO=34,5;DP=42;FAO=39,0;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378366,0.0455604;FXX=0.0476077;HRUN=3,2;LEN=6,5;MLLD=233.308,216.259;QD=44.2703;RBI=0.0414302,0.0507357;REFB=0.0102284,0.031989;REVB=-0.0168776,-0.022324;RO=1;SAF=15,0;SAR=19,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0239715,0;STB=0.510199,0.5;STBP=0.513,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000224828,0;OID=.,.;OPOS=73387058,73387059;OREF=TAAGTA,AAGTA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.975,0:34,5:42:39,0:40:1:15,0:24,0:0:1:4:1:15,0:19,5:0:1 chr11 73390771 . GGAA G,GG,GGAG 442.94 PASS AF=0.03125,0.8125,0.15625;AO=5,19,8;DP=33;FAO=1,26,5;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,3;FSAR=1,8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511952,0.0252729,-0.0064832;FXX=0.0302939;HRUN=3,3,3;LEN=3,2,1;MLLD=20.382,36.3155,168.322;QD=55.3675;RBI=0.0274376,0.0264357,0.0542093;REFB=0,0,0;REVB=-0.0269557,-0.00775424,-0.0538203;RO=0;SAF=1,14,5;SAR=4,5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0211898,-0.00158537,0.0506217;OID=.,.,.;OPOS=73390772,73390773,73390774;OREF=GAA,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.03125,0.8125,0.15625:5,19,8:33:1,26,5:32:0:0,18,3:1,8,2:0:0:30:0:1,14,5:4,5,3:0:0 chr11 73441772 . A C 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00269415;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.228;QD=46.3205;RBI=0.0200049;REFB=-0.0802904;REVB=0.0198226;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321753;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00208555;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:1:1:12:11:1:1 chr11 73589794 . GCCT GC,GCT 387.61 PASS AF=0,0.97619;AO=6,31;DP=43;FAO=0,41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=0,39;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00186821,-0.0408253;FXX=0.0232504;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=119.314,16.9177;QD=36.9154;RBI=0.113008,0.128949;REFB=-0.0239958,-0.0365832;REVB=0.112993,0.122316;RO=2;SAF=6,31;SAR=0,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.205622,0.205622;SSEP=0,0;SSSB=0.794076,0.878429;STB=0.5,0.599942;STBP=1,0.027;TYPE=del,del;VARB=0,0.0194783;OID=.,.;OPOS=73589796,73589795;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.97619:6,31:43:0,41:42:1:0,39:0,2:0:1:4:2:6,31:0,0:0:2 chr11 73670645 . T C 333.7 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0275614;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.16;QD=12.8345;RBI=0.0275739;REFB=-0.0031066;REVB=0.000828745;RO=64;SAF=19;SAR=21;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237454;STB=0.513507;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0040955;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:64:64:40:40:0.384615:21:19:29:35:21:19:29:35 chr11 73681090 . C T 181.08 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0436089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2036;QD=13.9292;RBI=0.0438085;REFB=-0.00483918;REVB=-0.00417656;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244127;STB=0.504583;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00755782;OID=.;OPOS=73681090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:10:11:15:15:10:11:16:15 chr11 73681135 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0693707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.731;QD=12.2124;RBI=0.0699792;REFB=-0.0109132;REVB=0.0092084;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0190096;OID=.;OPOS=73681135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:10:12:7:6:10:12 chr11 73689104 . G A 189.11 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.101836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4032;QD=13.0419;RBI=0.103028;REFB=-0.00113449;REVB=0.0156266;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222552;STB=0.620108;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00410831;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:15:8:19:15:15:8:19:16 chr11 73715542 . G A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.000384108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.037;QD=20.8117;RBI=0.0314318;REFB=-0.00830115;REVB=0.0314294;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117074;STB=0.565658;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0114254;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:15:8:11:12:15:8 chr11 73765731 . A C 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0369119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1607;QD=17.9505;RBI=0.0694439;REFB=0.0334825;REVB=0.0588215;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477169;STB=0.526729;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0334112;OID=.;OPOS=73765731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:11:17:15:12:11:17 chr11 73785326 . T C 615.81 PASS AF=0.591398;AO=54;DP=92;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.005557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.242;QD=26.4864;RBI=0.0124499;REFB=-0.0358915;REVB=0.0111409;RO=37;SAF=17;SAR=37;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219433;STB=0.617456;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0204113;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:37:38:54:55:0.591398:37:17:22:15:38:17:22:16 chr11 73796917 . C T 237.91 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0494319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.373;QD=8.57329;RBI=0.0501589;REFB=-0.0131686;REVB=0.00850892;RO=78;SAF=16;SAR=17;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639335;STB=0.5376;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0271198;OID=.;OPOS=73796917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:78:78:33:33:0.297297:17:16:42:36:17:16:42:36 chr11 73814438 . G C 397.0 PASS AF=0.425926;AO=45;DP=107;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0326368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.5357;QD=14.7038;RBI=0.0329492;REFB=0.0163778;REVB=0.00452673;RO=62;SAF=31;SAR=14;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221902;STB=0.629002;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.014822;OID=.;OPOS=73814438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:62:62:45:46:0.425926:14:31:30:32:14:32:30:32 chr11 73946931 . T C 450.09 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0373101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2653;QD=16.8257;RBI=0.0418202;REFB=-0.0126987;REVB=0.0188915;RO=57;SAF=17;SAR=33;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168611;STB=0.594091;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0216804;OID=.;OPOS=73946931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:33:17:29:28:33:17:29:28 chr11 73978243 . G A 419.04 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0114723;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.801;QD=17.1037;RBI=0.011997;REFB=-0.0297614;REVB=0.00350927;RO=55;SAF=20;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440319;STB=0.524703;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0272024;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:23:20:28:27:23:20:28:27 chr11 73988167 . C T 581.24 PASS AF=0.421769;AO=59;DP=145;FAO=62;FDP=147;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.0240294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.941;QD=15.8162;RBI=0.0242065;REFB=0.000228137;REVB=0.0029229;RO=84;SAF=28;SAR=31;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138073;STB=0.582708;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000198421;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:84:85:59:62:0.421769:31:28:51:33:33:29:52:33 chr11 74043708 . G A 271.92 PASS AF=0.571429;AO=17;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.025412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.189;QD=25.8967;RBI=0.029666;REFB=-0.0123468;REVB=0.0153068;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103195;STB=0.553708;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0128145;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:17:24:0.571429:9:8:10:7:13:11:10:7 chr11 74046975 . C T 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00827051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.85;QD=13.8909;RBI=0.00829411;REFB=0.00155215;REVB=-0.000625184;RO=61;SAF=17;SAR=24;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116801;STB=0.566169;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00270366;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:24:17:32:29:24:17:32:29 chr11 74049569 . A G 501.51 PASS AF=0.379747;AO=60;DP=158;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=38;FWDB=0.0143621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3965;QD=12.6965;RBI=0.0147347;REFB=0.00415136;REVB=-0.00329274;RO=98;SAF=38;SAR=22;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246454;STB=0.513972;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00606882;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:98:98:60:60:0.379747:22:38:60:38:22:38:60:38 chr11 74053547 . C T 611.92 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0225761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.63;QD=25.7649;RBI=0.0225954;REFB=-0.00785105;REVB=0.000932349;RO=40;SAF=33;SAR=22;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405104;STB=0.522116;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00442411;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:40:55:55:0.578947:22:33:26:14:22:33:26:14 chr11 74109166 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.013564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.005;QD=14.2621;RBI=0.0167497;REFB=-0.0251963;REVB=-0.0098271;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263702;STB=0.642673;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0423077;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:5:11:10:13:5:11:11:13 chr11 74110353 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00014299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.553;QD=11.8304;RBI=0.0226575;REFB=-0.00645253;REVB=0.022657;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.562387;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0157292;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:5:6:8:9:5:6:8:10 chr11 74167409 . T C 329.15 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0461008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2768;QD=15.3094;RBI=0.0480247;REFB=0.0174146;REVB=0.0134569;RO=49;SAF=25;SAR=11;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717315;STB=0.536222;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0204543;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:11:25:31:18:11:25:32:18 chr11 74168411 . A G 456.27 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0689954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8115;QD=23.1023;RBI=0.0756825;REFB=-0.047029;REVB=0.0311044;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739459;STB=0.540586;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0344232;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:25:19:12:23:25:19:12:23 chr11 74203308 . T A 533.16 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0357112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.714;QD=23.1806;RBI=0.036818;REFB=5.01332e-05;REVB=0.00895966;RO=41;SAF=30;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737166;STB=0.5357;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.000255304;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:20:30:21:20:20:30:22:20 chr11 74204269 . T G 789.26 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375427;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.944;QD=64.4294;RBI=0.0624182;REFB=0;REVB=0.0498655;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84187e-05;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr11 74208029 . C T 654.32 PASS AF=0.460526;AO=69;DP=151;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0418082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.066;QD=17.219;RBI=0.0428863;REFB=-0.0055936;REVB=-0.00955557;RO=82;SAF=35;SAR=34;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167639;STB=0.513154;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00890602;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:82:82:69:70:0.460526:34:35:43:39:35:35:43:39 chr11 74208214 . G A 198.0 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0133841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.523;QD=19.3175;RBI=0.0155573;REFB=-0.0260508;REVB=-0.00793077;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129649;STB=0.573694;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0318031;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:9:12:14:6:9:12 chr11 74208592 . G T 148.08 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0024275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3552;QD=17.9494;RBI=0.0156012;REFB=-0.0196837;REVB=0.0154112;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165929;STB=0.575665;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0220693;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:7:8:6:11:8:8:6:11 chr11 74278090 . C T 2353.76 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148284;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.154;QD=61.1366;RBI=0.0181472;REFB=0;REVB=0.0104612;RO=0;SAF=93;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46494e-06;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:61:93:0:0:61:93:0:0 chr11 74396330 . C T 753.45 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00649524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6033;QD=61.506;RBI=0.00707548;REFB=0.0545383;REVB=0.00280613;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000513272;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:22:25:0:1:22:26:0:1 chr11 74419357 . C T 160.98 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.0215529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7196;QD=8.82071;RBI=0.0302961;REFB=0.00790055;REVB=0.0212915;RO=51;SAF=15;SAR=7;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119393;STB=0.570076;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0175741;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:7:15:39:12:7:15:39:12 chr11 74419378 . C T 193.72 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=75;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0195864;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0711;QD=10.6149;RBI=0.0388551;REFB=-0.0119671;REVB=-0.0335573;RO=47;SAF=16;SAR=8;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900749;STB=0.519216;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0296325;OID=.;OPOS=74419378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:47:48:24:25:0.342466:8:16:31:16:9:16:32:16 chr11 74552988 . T TA 30.95 PASS AF=0.23913;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0729651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3795;QD=2.69172;RBI=0.0735572;REFB=-0.093575;REVB=0.00931457;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31658;STB=0.650906;STBP=0.304;TYPE=ins;VARB=0.165;OID=.;OPOS=74552989;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:10:46:11:46:35:5:6:23:12:30:36:4:6:24:12 chr11 74660631 . G A 1032.88 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.28;QD=59.0217;RBI=0.021196;REFB=0;REVB=0.00409072;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123893;OID=.;OPOS=74660631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:39:29:0:0:40:30:0:0 chr11 74679321 . G A 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.503;QD=54.5143;RBI=0.0264044;REFB=0;REVB=0.0222274;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55934e-05;OID=.;OPOS=74679321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 74705696 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.759;QD=60.973;RBI=0.0337679;REFB=0;REVB=0.0330123;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016111;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:25:12:0:0:27:12:0:0 chr11 74862391 . A G 397.83 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550339;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9823;QD=56.8326;RBI=0.133536;REFB=0;REVB=0.121668;RO=0;SAF=25;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201032;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:1:25:0:0:1:27:0:0 chr11 74873754 . GCACAGAAAA G 54.82 PASS AF=0.25;AO=7;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0115265;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=9;MLLD=296.245;QD=6.09075;RBI=0.0146413;REFB=-0.0121818;REVB=-0.00902811;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613722;STB=0.527888;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=0.035785;OID=.;OPOS=74873755;OREF=CACAGAAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:37:9:36:27:4:5:13:14:54:25:3:4:12:13 chr11 74880370 . G A 673.56 PASS AF=0.492754;AO=67;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00717907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.693;QD=19.5235;RBI=0.0119984;REFB=-0.0223702;REVB=0.00961362;RO=68;SAF=31;SAR=36;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876172;STB=0.551005;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.02132;OID=.;OPOS=74880370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:70:67:68:0.492754:36:31:38:30:36:32:40:30 chr11 74883577 . G A 146.73 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00568984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.488;QD=10.4804;RBI=0.0407177;REFB=-0.0146412;REVB=0.0403182;RO=35;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810965;STB=0.565147;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0284197;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:37:18:19:0.339286:12:6:14:21:13:6:15:22 chr11 74904362 . T C 1734.78 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.867;QD=60.3402;RBI=0.0368484;REFB=0;REVB=0.026435;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94899e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:53:60:0:0:53:62:0:0 chr11 74952977 . GA AT 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0378727;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.524;QD=16.199;RBI=0.102575;REFB=0.00305923;REVB=0.0953273;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=mnp;VARB=-0.000743214;OID=.;OPOS=74952977;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr11 74977088 . GCCCCC GCCCCG,GCCCC,GCCC,GGCCCC 407.02 PASS AF=0,0.52459,0.327869,0.0163934;AO=2,20,17,2;DP=55;FAO=0,32,20,1;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=0,10,17,1;FSAR=0,22,3,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.060124,-0.0609681,-0.0289733,-0.0964913;FXX=0.0161264;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,1,2,1;MLLD=92.3705,12.0133,17.6306,8.90316;QD=26.6897;RBI=0.0685851,0.119729,0.0643201,0.191891;REFB=0.0174151,-0.028396,-0.00773089,-0.0292668;REVB=-0.0330003,-0.103044,-0.0574249,0.165866;RO=8;SAF=2,7,14,2;SAR=0,13,3,0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.30137,0.30137,0;SSSB=0.519945,-0.211544,0.0688444,0.519945;STB=0.5,0.594533,0.551892,0.984745;STBP=1,0.033,0.507,0.541;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.0344132,0.0075659,-0.0411289;OID=.,.,.,.;OPOS=74977093,74977089,74977089,74977089;OREF=C,C,CC,C;OALT=G,-,-,G;OMAPALT=GCCCCG,GCCCC,GCCC,GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.52459,0.327869,0.0163934:2,20,17,2:55:0,32,20,1:61:8:0,10,17,1:0,22,3,0:6:2:99:8:2,7,14,2:0,13,3,0:6:2 chr11 74995350 . C T 194.27 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0235963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5153;QD=12.3346;RBI=0.0305643;REFB=-0.0126785;REVB=-0.0194266;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224305;STB=0.615286;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0315138;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:39:24:24:0.380952:8:16:17:20:8:16:19:20 chr11 75145952 . A G 725.83 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.756;QD=63.1154;RBI=0.0227864;REFB=0;REVB=0.00218321;RO=0;SAF=36;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71823e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:8:36:0:0:8:38:0:0 chr11 75277628 . A G 1148.43 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.29;QD=60.4438;RBI=0.0477068;REFB=0;REVB=0.0476853;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32803e-05;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:52:21:0:0:53:23:0:0 chr11 75277757 . C G 303.05 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00933146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.743;QD=14.6049;RBI=0.0151643;REFB=-0.0431746;REVB=-0.0119532;RO=49;SAF=21;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114531;STB=0.565052;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0584173;OID=.;OPOS=75277757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:13:21:25:24:13:21:25:24 chr11 75277992 . C T 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.020117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.283;QD=15.3075;RBI=0.0290463;REFB=-0.0132905;REVB=-0.0209522;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104061;STB=0.558659;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.017894;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:16:18:29:17:16:18:29:17 chr11 75279846 . C T 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0106282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.08;QD=13.2877;RBI=0.0224891;REFB=-0.00991166;REVB=0.0198192;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211321;STB=0.620602;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0166978;OID=.;OPOS=75279846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:25:16:16:11:25:16 chr11 75282882 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0206175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.762;QD=16.2364;RBI=0.0211505;REFB=-0.0177777;REVB=-0.00471847;RO=36;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169386;STB=0.595679;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.020541;OID=.;OPOS=75282882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:10:20:18:18:10:20:18:18 chr11 76207633 . G A 773.2 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134019;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.754;QD=55.2284;RBI=0.0135216;REFB=-0.014712;REVB=0.00179533;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=5.27042e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:0:1:56:55:0.982143:27:29:0:0:26:29:0:1 chr11 76368553 . A G 159.94 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0476112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2461;QD=8.5301;RBI=0.0563866;REFB=-0.00529428;REVB=-0.0302097;RO=51;SAF=7;SAR=15;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210869;STB=0.614489;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.011248;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:53:22:22:0.293333:15:7:25:26:15:7:25:28 chr11 76370792 . A G 1041.94 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.82;QD=59.5394;RBI=0.0282632;REFB=0;REVB=0.0281691;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55661e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr11 76372052 . A G 198.32 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=3;FWDB=-0.0185412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7884;QD=13.2213;RBI=0.0551651;REFB=-0.022648;REVB=-0.0519559;RO=36;SAF=16;SAR=8;SRF=33;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34209;STB=0.69002;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0203242;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:8:16:33:3:8:16:33:3 chr11 76372418 . T C 197.32 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2969;QD=46.4285;RBI=0.0405851;REFB=0;REVB=0.0365357;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00831874;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr11 76405613 . C T 382.29 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00405906;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.239;QD=19.6046;RBI=0.0050699;REFB=-0.00235181;REVB=-0.00303775;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472641;STB=0.526232;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00121088;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:39:39:39:0.5:17:22:24:15:17:22:24:15 chr11 76415209 . G A 342.5 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.104131;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.3296;QD=15.568;RBI=0.128307;REFB=-0.051172;REVB=0.0749643;RO=42;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235602;STB=0.626023;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0613329;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:42:49:38:39:0.443182:24:14:26:16:24:15:30:19 chr11 76418737 . A G 308.26 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9073;QD=49.3213;RBI=0.126445;REFB=-0.062737;REVB=0.11341;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486428;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:2:0:23:25:1:11:12:0:2:13:12:0:0 chr11 76427471 . G A 271.76 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0466678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7119;QD=19.4116;RBI=0.0648584;REFB=-0.0152115;REVB=-0.0450415;RO=26;SAF=22;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112876;STB=0.577995;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0122947;OID=.;OPOS=76427471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:7:22:17:9:7:22:17:10 chr11 76427520 . C T 234.99 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0219337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.843;QD=13.2391;RBI=0.0280761;REFB=-0.00350647;REVB=0.0175266;RO=41;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100965;STB=0.559053;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00522152;OID=.;OPOS=76427520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:43:28:28:0.394366:11:17:21:20:11:17:22:21 chr11 76427674 . G C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0296004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.944;QD=15.1962;RBI=0.0425081;REFB=-0.0194314;REVB=0.0305083;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118338;STB=0.568107;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0297197;OID=.;OPOS=76427674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:16:10:9:9:16:10 chr11 76427823 . T C 328.15 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0209487;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8646;QD=19.0231;RBI=0.078363;REFB=-0.018205;REVB=0.075511;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157167;STB=0.520946;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0197702;OID=.;OPOS=76427823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:34:34:35:0.507246:20:14:15:20:21:14:15:19 chr11 76430546 . C G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00103518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.102;QD=11.104;RBI=0.0571428;REFB=0.000823702;REVB=0.0571334;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487741;STB=0.777266;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00314879;OID=.;OPOS=76430546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:10:0:3:4:10:0 chr11 76430585 . C T 245.68 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00556906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4317;QD=18.5421;RBI=0.0979097;REFB=-0.016191;REVB=0.0977512;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971993;STB=0.54932;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0464393;OID=.;OPOS=76430585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:26:26:27:0.509434:12:14:15:8:12:15:17:9 chr11 76430597 . A G 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0142375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.374;QD=18.9384;RBI=0.0659595;REFB=-0.0212987;REVB=-0.0644046;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332423;STB=0.526179;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0246719;OID=.;OPOS=76430597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:29:30:30:0.508475:14:16:16:12:14:16:17:12 chr11 76507692 . T A 2635.59 PASS AF=0.994253;AO=165;DP=171;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346511;FXX=0.0169482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0493;QD=60.5882;RBI=0.0517342;REFB=-0.0370448;REVB=0.0384152;RO=1;SAF=63;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464305;STB=0.502347;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00563767;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:171:174:1:1:165:173:0.994253:102:63:0:1:106:67:0:1 chr11 76637651 . G A 460.29 PASS AF=0.409449;AO=51;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0129521;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9139;QD=14.4973;RBI=0.013421;REFB=-0.00835532;REVB=-0.00351642;RO=75;SAF=23;SAR=28;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142446;STB=0.573466;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0254589;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:51:52:0.409449:28:23:44:31:28:24:44:31 chr11 76637680 . G A 382.18 PASS AF=0.403509;AO=38;DP=106;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0530292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.704;QD=13.4097;RBI=0.0531783;REFB=-0.00113104;REVB=0.00397849;RO=68;SAF=15;SAR=23;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214776;STB=0.59087;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00274365;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:114:68:68:38:46:0.403509:23:15:40:28:26:20:40:28 chr11 76687399 . A C 527.21 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00640733;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.178;QD=21.7406;RBI=0.0102178;REFB=-0.00181827;REVB=0.00795921;RO=46;SAF=30;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181242;STB=0.604896;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00179823;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:46:47:50:50:0.515464:20:30:18:28:20:30:18:29 chr11 76701606 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00971447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.24;QD=9.93966;RBI=0.0109537;REFB=-0.0119881;REVB=-0.00506087;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154115;STB=0.596688;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0152111;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:10:12:18:26:10:12:18:27 chr11 76732308 . G A 380.78 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.00391214;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.767;QD=14.369;RBI=0.00780945;REFB=-0.00736669;REVB=-0.0067589;RO=53;SAF=12;SAR=31;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423459;STB=0.524302;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0129237;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:53:62:43:44:0.415094:31:12:13:40:32:12:19:43 chr11 76732949 . T C 121.63 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0141777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.549;QD=15.2038;RBI=0.0452903;REFB=-0.0124022;REVB=0.0430139;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534704;STB=0.566911;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0115946;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:16:18:13:14:0.4375:9:4:5:11:10:4:7:11 chr11 76733024 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.000927114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.43;QD=12.0157;RBI=0.0369706;REFB=-0.00581843;REVB=0.036959;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00577411;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:5:2:4:2:5:2 chr11 76751166 . G A 113.15 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00149557;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7715;QD=16.1637;RBI=0.0403174;REFB=-0.00163765;REVB=-0.0402897;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477061;STB=0.780161;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000705175;OID=.;OPOS=76751166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:2:11:6:9:2:11:6:9 chr11 76751541 . CT C 358.52 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5554;QD=46.2608;RBI=0.167465;REFB=0;REVB=-0.163122;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00761895;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:31:31:0:19:12:0:0:6:0:18:11:0:0 chr11 76751584 . CT C,CC 1216.33 PASS AF=0.987654,0.0123457;AO=76,4;DP=81;FAO=80,1;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116249,-0.0131959;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.635,223.812;QD=60.0656;RBI=0.0285584,0.048053;REFB=0,0;REVB=-0.0260853,-0.0462056;RO=0;SAF=50,2;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.99741e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00012724,0.0415232;OID=.,.;OPOS=76751585,76751585;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987654,0.0123457:76,4:81:80,1:81:0:53,0:27,1:0:0:3:0:50,2:26,2:0:0 chr11 76751587 . G A 427.27 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0141803;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0166;QD=18.7811;RBI=0.0667444;REFB=-0.00584768;REVB=0.0652206;RO=44;SAF=29;SAR=14;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157848;STB=0.504638;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00860151;OID=.;OPOS=76751587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:48:43:43:0.472527:14:29:29:15:14:29:32:16 chr11 76751603 . CT C 1435.06 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100851;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9098;QD=49.062;RBI=0.13904;REFB=0;REVB=-0.0957143;RO=0;SAF=78;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00191703;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:118:117:117:0:80:37:0:0:25:0:78:36:0:0 chr11 76796077 . G A 339.83 PASS AF=0.45;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00802521;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.577;QD=16.9913;RBI=0.00819221;REFB=-0.00737777;REVB=-0.00164566;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820035;STB=0.558791;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0080012;OID=.;OPOS=76796077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:35:36:0.45:20:15:22:21:21:15:23:21 chr11 76799004 . T C 1226.68 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958096;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.609;QD=61.3339;RBI=0.0328634;REFB=0;REVB=0.0314358;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7176e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:36:42:0:0:37:43:0:0 chr11 76853783 . T C 204.89 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0258588;FXX=0.0499917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.616;QD=14.3784;RBI=0.0258591;REFB=-0.0173646;REVB=-0.000129921;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.582889;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0279308;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:31:33:24:24:0.421053:15:9:16:15:15:9:17:16 chr11 76868372 . T C 377.92 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0288916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6893;QD=18.8958;RBI=0.052905;REFB=0.00637333;REVB=0.0443195;RO=40;SAF=19;SAR=20;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102541;STB=0.562628;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00455087;OID=.;OPOS=76868372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:20:19:24:16:20:19:25:16 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 140.21 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=78;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00361874;FXX=0.0874891;HRUN=3;LEN=22;MLLD=554.167;QD=7.68258;RBI=0.00430651;REFB=-0.00272254;REVB=0.00233468;RO=37;SAF=18;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162365;STB=0.572458;STBP=0.412;TYPE=del;VARB=0.00486344;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342466:24:78:25:73:48:18:7:30:18:99:37:18:6:23:14 chr11 76905144 . C G 204.25 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00515323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.921;QD=12.569;RBI=0.00536083;REFB=-0.00164815;REVB=0.00147741;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226209;STB=0.621855;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00312726;OID=.;OPOS=76905144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:40:25:25:0.384615:15:10:24:15:15:10:24:16 chr11 76910699 . C T 297.42 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00221879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7416;QD=13.3671;RBI=0.0337056;REFB=0.00652076;REVB=0.0336325;RO=55;SAF=17;SAR=17;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886004;STB=0.550532;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00557253;OID=.;OPOS=76910699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:17:17:32:23:17:17:32:23 chr11 76910766 . C T 341.49 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.026539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.54;QD=13.3917;RBI=0.036431;REFB=-0.00883834;REVB=0.024958;RO=60;SAF=17;SAR=23;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800394;STB=0.545971;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0129244;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:62:40:40:0.392157:23:17:30:30:23:17:31:31 chr11 76910816 . G A 244.5 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0175764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.022;QD=10.8665;RBI=0.0187877;REFB=0.00152683;REVB=0.0066368;RO=60;SAF=10;SAR=20;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829092;STB=0.548354;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00350498;OID=.;OPOS=76910816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:20:10:24:36:20:10:24:36 chr11 76912636 . A T 183.18 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00994237;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.006;QD=9.64109;RBI=0.0170405;REFB=-0.00231146;REVB=0.0138393;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157237;STB=0.592031;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00487826;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:52:52:24:24:0.315789:12:12:19:33:12:12:19:33 chr11 76917220 . A G 266.85 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0235507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6845;QD=20.1395;RBI=0.0320443;REFB=-0.0095054;REVB=0.0217302;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155756;STB=0.572984;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00820933;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:12:16:18:6:12:16:18:7 chr11 76919478 . C A 191.5 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.000579628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.745;QD=22.5292;RBI=0.0127294;REFB=-0.0337597;REVB=0.0127162;RO=15;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131659;STB=0.574384;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0328483;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:4:15:10:5:4:15:10:5 chr11 76922946 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0200966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.607;QD=21.3533;RBI=0.0435132;REFB=-0.0267177;REVB=0.0385944;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872399;STB=0.504943;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014212;OID=.;OPOS=76922946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:10:3:2:7:10:3:2:7 chr11 76923017 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0219876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.978;QD=12.73;RBI=0.0233984;REFB=-0.00688445;REVB=0.00800198;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00702809;OID=.;OPOS=76923017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:2:10:7:2:2:10 chr11 76928025 . A G 843.04 PASS AF=0.5;AO=85;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0121357;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.551;QD=19.6057;RBI=0.0126245;REFB=-0.0143355;REVB=-0.00347889;RO=85;SAF=49;SAR=36;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218056;STB=0.505918;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0147043;OID=.;OPOS=76928025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:85:86:85:86:0.5:36:49:47:38:37:49:48:38 chr11 76928149 . A G 2786.8 PASS AF=0.968254;AO=183;DP=189;FAO=183;FDP=189;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=115;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00458716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.57;QD=58.9799;RBI=0.00665426;REFB=-0.0373595;REVB=0.00482048;RO=5;SAF=68;SAR=115;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153874;STB=0.504354;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000825938;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:189:189:5:6:183:183:0.968254:115:68:2:3:115:68:3:3 chr11 76954788 . T TA 187.67 PASS AF=0.491803;AO=22;DP=65;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00352611;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.0438;QD=12.3059;RBI=0.00609497;REFB=-0.0556349;REVB=-0.00497144;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144832;STB=0.543595;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=0.0525002;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491803:22:65:30:61:31:18:12:16:15:99:43:14:8:22:21 chr11 76954812 . T C 247.6 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0236505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9784;QD=16.2362;RBI=0.0327533;REFB=-0.00433643;REVB=0.0226591;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836136;STB=0.547136;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00404823;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:16:17:12:16:16:17 chr11 76954833 . G A 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0350188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.677;QD=16.0712;RBI=0.0352822;REFB=-0.0102851;REVB=-0.00430283;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365264;STB=0.520593;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0128874;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:18:17:13:16:18:17 chr11 77033699 . A G 376.13 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0165071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.255;QD=17.4946;RBI=0.0173383;REFB=-0.0037381;REVB=0.00530406;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310174;STB=0.521601;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00365436;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:46:39:40:0.465116:19:20:24:20:19:21:26:20 chr11 77412851 . A G 466.79 PASS AF=0.483871;AO=36;DP=95;FAO=45;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00153167;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.461;QD=20.0771;RBI=0.00247246;REFB=-0.00637367;REVB=-0.00194088;RO=48;SAF=22;SAR=14;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602079;STB=0.565317;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00782429;OID=.;OPOS=77412851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:48:47:36:45:0.483871:14:22:32:16:21:24:31:16 chr11 77553638 . T C 287.47 PASS AF=0.516667;AO=20;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.013795;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.255;QD=19.1644;RBI=0.0158702;REFB=-0.0402773;REVB=0.00784618;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442434;STB=0.533959;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0185685;OID=.;OPOS=77553638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:20:29:20:31:0.516667:10:10:11:9:16:15:12:17 chr11 77597486 . C T 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0057172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.786;QD=16.5717;RBI=0.0129759;REFB=-0.0273092;REVB=-0.0116485;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869814;STB=0.5562;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0203864;OID=.;OPOS=77597486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:16:14:19:15:16:14:20:15 chr11 77597567 . C T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0097306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.233;QD=17.5588;RBI=0.0124444;REFB=0.00560737;REVB=-0.00775742;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129221;STB=0.57383;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00762521;OID=.;OPOS=77597567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:11:10:11:7:11:10 chr11 77597794 . G C 130.45 PASS AF=0.326923;AO=15;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0208959;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.764;QD=10.0346;RBI=0.0411783;REFB=-0.0168872;REVB=-0.0354826;RO=36;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290677;STB=0.70564;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0268624;OID=.;OPOS=77597794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:36:35:15:17:0.326923:5:10:15:21:5:12:14:21 chr11 77629132 . A AT 135.77 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00490316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.677;QD=17.5183;RBI=0.0269605;REFB=0.0158683;REVB=-0.0265109;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013838;STB=0.525519;STBP=0.776;TYPE=ins;VARB=-0.0142767;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:17:32:18:31:13:8:10:5:8:80:14:7:10:6:8 chr11 77635882 . A C 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00124274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.872;QD=14.8439;RBI=0.0180149;REFB=-0.00194742;REVB=-0.017972;RO=60;SAF=27;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135735;STB=0.576477;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00252264;OID=.;OPOS=77635882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:17:27:29:31:17:27:29:31 chr11 77639466 . A G 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0184181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.842;QD=3.55377;RBI=0.0186706;REFB=-0.000643212;REVB=-0.00306023;RO=49;SAF=8;SAR=1;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504841;STB=0.857495;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00440274;OID=.;OPOS=77639466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:1:8:25:24:1:8:25:24 chr11 77727379 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0141305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.075;QD=20.4856;RBI=0.0173864;REFB=-0.00839244;REVB=0.0101301;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231617;STB=0.632885;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0106442;OID=.;OPOS=77727379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:5:6:11:3:5:6 chr11 77734209 . T C 127.74 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.00404185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.476;QD=11.8831;RBI=0.0533671;REFB=-0.0144062;REVB=-0.0532138;RO=27;SAF=12;SAR=3;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257523;STB=0.514266;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0257005;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:3:12:22:5:3:12:22:6 chr11 77790653 . T C 2335.63 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7584;QD=61.0623;RBI=0.0501662;REFB=0;REVB=-0.0302659;RO=0;SAF=76;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180014;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:77:76:0:0:77:76:0:0 chr11 77909014 . G A 315.46 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0346322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.835;QD=25.2368;RBI=0.045887;REFB=-0.0292182;REVB=0.0301037;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122994;STB=0.568265;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0249183;OID=.;OPOS=77909014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:17:11:12:10:17:11:12:10 chr11 77920563 . G T 220.46 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00318671;FXX=0.0781128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.462;QD=14.9465;RBI=0.0250448;REFB=-0.029594;REVB=0.0248412;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102778;STB=0.558573;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0316759;OID=.;OPOS=77920563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:17:17:15:10:17:17 chr11 77920863 . C A 169.03 PASS AF=0.432432;AO=11;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0163911;FXX=0.0263089;HRUN=8;LEN=1;MLLD=29.6944;QD=18.2734;RBI=0.0915967;REFB=0.0540107;REVB=0.0901182;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933525;STB=0.600709;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0111803;OID=.;OPOS=77920863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:38:37:11:16:11:16:0.432432:3:8:7:4:5:11:8:8 chr11 77921527 . G C 346.64 PASS AF=0.468354;AO=35;DP=77;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0048541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.195;QD=17.5512;RBI=0.0109712;REFB=-0.0344352;REVB=-0.00983898;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929872;STB=0.534228;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0329666;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:42:42:35:37:0.468354:15:20:20:22:17:20:20:22 chr11 77928184 . TC TCATTA,T 380.64 PASS AF=0.435294,0.0941176;AO=30,18;DP=87;FAO=37,8;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=12,7;FSAR=25,1;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0195704,-0.0357903;FXX=0.034087;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=275.346,13.3796;QD=17.9127;RBI=0.0230812,0.0833387;REFB=-0.0393151,-0.196869;REVB=0.012237,-0.0752622;RO=30;SAF=9,13;SAR=21,5;SRF=3;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0.378378;SSSB=0.239436,0.6005;STB=0.561372,0.932563;STBP=0.385,0.053;TYPE=ins,del;VARB=0.0184028,0.127247;OID=.,.;OPOS=77928186,77928185;OREF=-,C;OALT=ATTA,-;OMAPALT=TCATTA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435294,0.0941176:30,18:87:37,8:85:40:12,7:25,1:9:31:99:30:9,13:21,5:3:27 chr11 77930138 . T C 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00781257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.517;QD=19.9053;RBI=0.0122372;REFB=-0.031923;REVB=0.0094187;RO=28;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332554;STB=0.518506;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0250338;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:10:21:18:10:10:21:18:10 chr11 77930345 . T C 432.8 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0249284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.379;QD=21.1122;RBI=0.0249323;REFB=-0.0224151;REVB=-0.000443636;RO=39;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120731;STB=0.560244;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0121289;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:39:42:43:0.52439:22:20:24:15:22:21:24:15 chr11 77936166 . A G 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00433101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.519;QD=25.0391;RBI=0.00985101;REFB=-0.00622347;REVB=0.00884787;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486878;STB=0.527006;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00525873;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:12:8:12:14:12:8 chr11 77937800 . G A 376.06 PASS AF=0.359223;AO=31;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0387026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.943;QD=14.6045;RBI=0.0404455;REFB=-0.00289434;REVB=-0.0117452;RO=57;SAF=9;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25842;STB=0.59852;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00715474;OID=.;OPOS=77937800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:31:37:0.359223:22:9:29:28:24:13:29:28 chr11 78277277 . A G 233.96 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0269019;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.285;QD=18.35;RBI=0.0314586;REFB=-0.0198451;REVB=-0.0163075;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118604;STB=0.551958;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0170675;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:24:25:0.490196:15:9:13:13:15:10:13:13 chr11 78279790 . T G 274.17 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.02461;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.342;QD=15.0231;RBI=0.0247646;REFB=0.00296129;REVB=-0.0027633;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791833;STB=0.538858;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00376343;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:12:19:22:19:12:19:23:19 chr11 78290350 . G A 244.64 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.00617442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7831;QD=10.3004;RBI=0.0137022;REFB=-0.00147154;REVB=-0.0122322;RO=63;SAF=24;SAR=7;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177875;STB=0.600966;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00499501;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:64:31:31:0.326316:7:24:41:22:7:24:42:22 chr11 78364513 . A G 618.01 PASS AF=0.488372;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0104335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.327;QD=19.163;RBI=0.0104378;REFB=-0.000702504;REVB=-0.000300023;RO=66;SAF=37;SAR=25;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105775;STB=0.553047;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000850635;OID=.;OPOS=78364513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:66:66:62:63:0.488372:25:37:32:34:26:37:32:34 chr11 78372536 . G A 1034.91 PASS AF=0.488479;AO=99;DP=210;FAO=106;FDP=217;FR=.;FRO=111;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0532123;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.977;QD=19.0767;RBI=0.0548258;REFB=-0.0392232;REVB=0.0132029;RO=109;SAF=57;SAR=42;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683386;STB=0.55191;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.031367;OID=.;OPOS=78372536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:217:109:111:99:106:0.488479:42:57:55:54:42:64:56:55 chr11 78443586 . G A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0201876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3204;QD=12.4673;RBI=0.0374489;REFB=-0.0160898;REVB=-0.0315418;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224985;STB=0.653675;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0249887;OID=.;OPOS=78443586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:33:20:20:0.377358:16:4:11:19:16:4:13:20 chr11 78565314 . C G 709.79 PASS AF=0.408377;AO=78;DP=191;FAO=78;FDP=191;FR=.;FRO=113;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=70;FWDB=0.00530907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.621;QD=14.8646;RBI=0.0322503;REFB=-0.0051422;REVB=-0.0318103;RO=113;SAF=35;SAR=43;SRF=43;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734195;STB=0.541103;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00661735;OID=.;OPOS=78565314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:113:113:78:78:0.408377:43:35:43:70:43:35:43:70 chr11 79133220 . T C 164.11 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0200833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9705;QD=12.8714;RBI=0.0201003;REFB=-0.0306217;REVB=0.000826482;RO=31;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234865;STB=0.631427;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0546184;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:19:19:0.372549:4:15:19:12:4:15:20:12 chr11 81264998 . G T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.207;QD=56.9373;RBI=0.0183662;REFB=0;REVB=0.0157752;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86722e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr11 82443672 . C G 170.4 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.066501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.4532;QD=17.4768;RBI=0.0690537;REFB=-0.00850039;REVB=0.0186018;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407865;STB=0.736544;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0235175;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:3:15:10:11:3:15:10:11 chr11 82443817 . G A 230.98 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0703894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6288;QD=16.4983;RBI=0.0704786;REFB=0.0020802;REVB=-0.00354487;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223707;STB=0.527757;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00195648;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:8:17:21:9:9:17:21:9 chr11 82443995 . C T 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0170849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.508;QD=21.845;RBI=0.0242869;REFB=0.00437376;REVB=-0.0172615;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286932;OID=.;OPOS=82443995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:3:3:0:1:3:3:1:1 chr11 82444021 . T G 31.09 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00130417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7636;QD=20.7254;RBI=0.0718284;REFB=-0.039869;REVB=0.0718165;RO=1;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272709;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0348219;OID=.;OPOS=82444021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:6:6:1:1:4:5:0.833333:1:3:0:1:1:4:0:1 chr11 82535963 . C T 192.79 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0028883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.656;QD=12.0493;RBI=0.0629327;REFB=-0.00526781;REVB=-0.0628664;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111505;STB=0.564461;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0071623;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:21:19:9:15:21:19 chr11 82668506 . GGC G,GG,GGG 411.52 PASS AF=0.322034,0.677966,0;AO=10,9,2;DP=54;FAO=19,40,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3,19,0;FSAR=16,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158861,-0.334577,-0.271184;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=14.6191,8.71363,5.96158;QD=27.8993;RBI=0.185081,0.764048,0.497676;REFB=0.0247852,0.029083,0.0271726;REVB=0.0949628,0.686898,0.417302;RO=25;SAF=3,8,2;SAR=7,1,0;SRF=2;SRR=23;SSEN=0.445161,0,0;SSEP=0,0.625,0;SSSB=0.378342,0.774817,0.771278;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0544144,0.0990539,0;OID=.,.,.;OPOS=82668507,82668508,82668508;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.322034,0.677966,0:10,9,2:54:19,40,0:59:0:3,19,0:16,21,0:0:0:95:25:3,8,2:7,1,0:2:23 chr11 82878197 . T A 403.8 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00755777;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.455;QD=24.8491;RBI=0.0458152;REFB=-0.0286163;REVB=-0.0451876;RO=26;SAF=22;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752591;STB=0.541249;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0153609;OID=.;OPOS=82878197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:17:22:12:14:17:22:12:14 chr11 85195025 . A C 1856.5 PASS AF=0.894737;AO=134;DP=152;FAO=136;FDP=152;FR=.;FRO=16;FSAF=40;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0361195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.065;QD=48.8552;RBI=0.0523443;REFB=0.0269614;REVB=-0.0378854;RO=16;SAF=39;SAR=95;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025624;STB=0.513664;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00310854;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:152:152:16:16:134:136:0.894737:95:39:3:13:96:40:3:13 chr11 85195075 . T C 2635.91 PASS AF=0.907767;AO=187;DP=207;FAO=187;FDP=206;FR=.;FRO=19;FSAF=58;FSAR=129;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.00190228;FXX=0.00483068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.448;QD=51.1827;RBI=0.00619379;REFB=-0.0109223;REVB=0.00589444;RO=19;SAF=58;SAR=129;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315388;STB=0.516615;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000851165;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:207:206:19:19:187:187:0.907767:129:58:3:16:129:58:3:16 chr11 85195154 . A T 2249.19 PASS AF=0.939759;AO=152;DP=161;FAO=156;FDP=166;FR=.;FRO=10;FSAF=53;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0593013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.532;QD=54.1974;RBI=0.0862747;REFB=-0.0290508;REVB=0.0626631;RO=9;SAF=52;SAR=100;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409062;STB=0.516262;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00178713;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:161:166:9:10:152:156:0.939759:100:52:0:9:103:53:1:9 chr11 85195185 . T C 1631.47 PASS AF=0.982143;AO=107;DP=110;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00969306;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.165;QD=58.2669;RBI=0.0106463;REFB=-0.0381337;REVB=0.0044033;RO=2;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143792;STB=0.507245;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000102442;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:112:2:2:107:110:0.982143:65:42:0:2:68:42:0:2 chr11 85195190 . CA GG 1311.02 PASS AF=0.988506;AO=79;DP=81;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226573;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.611;QD=60.2768;RBI=0.0426826;REFB=-0.0400304;REVB=0.0361725;RO=1;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976132;STB=0.504586;STBP=0.533;TYPE=mnp;VARB=0.000741655;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:87:1:1:79:86:0.988506:48:31:0:1:54:32:0:1 chr11 85195226 . T C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00782988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.359;QD=50.8366;RBI=0.0226289;REFB=0.0139297;REVB=0.0212311;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-3.15952e-05;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr11 85435730 . C T 493.74 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0129278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8573;QD=20.3603;RBI=0.0582807;REFB=-0.00118549;REVB=-0.0568288;RO=47;SAF=4;SAR=44;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362372;STB=0.728101;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00172924;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:49:48:48:0.494845:44:4:13:34:44:4:15:34 chr11 85436352 . G A 536.66 PASS AF=0.407895;AO=61;DP=151;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.0130527;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.64;QD=14.1227;RBI=0.0140912;REFB=0.00403153;REVB=0.00530946;RO=89;SAF=42;SAR=19;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108675;STB=0.562004;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00365145;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:89:90:61:62:0.407895:19:42:53:36:19:43:54:36 chr11 85436394 . T C 550.88 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.00447204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.334;QD=17.9146;RBI=0.00915844;REFB=0.00139506;REVB=0.00799237;RO=65;SAF=35;SAR=23;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586412;STB=0.532491;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00190524;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:23:35:43:22:23:35:43:22 chr11 85436500 . T C 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00943104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.922;QD=13.8485;RBI=0.0148919;REFB=-0.0133955;REVB=-0.0115249;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265318;STB=0.654974;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0326186;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:11:14:5:11:11:14 chr11 85436699 . A G 1804.05 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.973;QD=61.1542;RBI=0.070198;REFB=0;REVB=0.0658173;RO=0;SAF=79;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63953e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:39:79:0:0:39:79:0:0 chr11 85436868 . G C 277.99 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0460698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.178;QD=14.8259;RBI=0.0462722;REFB=-0.00084623;REVB=-0.00432318;RO=42;SAF=10;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189635;STB=0.586844;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00776703;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:43:31:32:0.426667:21:10:21:21:21:11:21:22 chr11 85437896 . A C,G 750.85 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,51;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560762,0.0104273;FXX=0.0535619;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.318,61.979;QD=56.6679;RBI=0.0125765,0.0553509;REFB=0,0;REVB=-0.0112571,0.0543599;RO=0;SAF=2,35;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.5765e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0476873,0.00246332;OID=.,.;OPOS=85437896,85437896;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:2,51:2,51:0.0377358,0.962264:0,16:2,35:0:0:0,16:2,35:0:0 chr11 85447611 . T C 1227.21 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0238;QD=61.3607;RBI=0.0686353;REFB=0;REVB=0.032946;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476828;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:30:50:0:0:30:50:0:0 chr11 85456703 . T C 2170.41 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9333;QD=62.4579;RBI=0.0164574;REFB=0;REVB=0.013906;RO=1;SAF=65;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113441;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:139:1:0:137:139:1:72:65:1:0:73:66:0:0 chr11 85564700 . TAAAAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAAAG 162.4 PASS AF=0,0.826087,0.173913;AO=6,9,5;DP=54;FAO=0,38,8;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=0,38,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102248,-0.0203937,-0.0306432;FXX=0.17854;HRUN=18,18,18;LEN=1,2,1;MLLD=2.04121,3.84961,167.101;QD=14.1221;RBI=0.257775,0.133143,0.0381488;REFB=0.376106,0.326415,0.00891643;REVB=-0.257572,-0.131572,-0.0227229;RO=2;SAF=0,0,0;SAR=6,9,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.598953,-0.0419012,0.0265298;OID=.,.,.;OPOS=85564701,85564701,85564716;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.826087,0.173913:6,9,5:54:0,38,8:46:0:0,0,0:0,38,8:0:0:53:2:0,0,0:6,9,5:0:2 chr11 85564802 . TACTG T 568.24 PASS AF=0.36413;AO=65;DP=195;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=10;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=76;FWDB=-0.00535221;FXX=0.0564074;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.221;QD=12.353;RBI=0.0193417;REFB=-0.0143384;REVB=-0.0185864;RO=106;SAF=9;SAR=56;SRF=37;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33912;STB=0.686034;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0249477;OID=.;OPOS=85564803;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36413:65:195:67:184:117:10:57:41:76:99:106:9:56:37:69 chr11 85564860 . A AAAAAAT 155.41 PASS AF=0.186667;AO=23;DP=161;FAO=28;FDP=150;FR=.;FRO=122;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=90;FWDB=-0.0456477;FXX=0.0683187;HRUN=6;LEN=6;MLLD=205.49;QD=4.14429;RBI=0.0471404;REFB=-0.00755404;REVB=-0.011769;RO=136;SAF=1;SAR=22;SRF=36;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496855;STB=0.883537;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0293807;OID=.;OPOS=85564861;OREF=-;OALT=AAAAAT;OMAPALT=AAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186667:23:161:28:150:122:1:27:32:90:99:136:1:22:36:100 chr11 85565311 . T TA 155.86 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00950856;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.913;QD=9.44608;RBI=0.0462989;REFB=0.0381603;REVB=-0.0453119;RO=38;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208356;STB=0.632166;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=-0.0580821;OID=.;OPOS=85565312;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:28:70:30:66:36:21:9:17:19:99:38:20:8:20:18 chr11 85584303 . A G 777.73 PASS AF=0.430052;AO=81;DP=191;FAO=83;FDP=193;FR=.;FRO=110;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=84;FWDB=0.0494369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.256;QD=16.1187;RBI=0.0498788;REFB=-0.0105738;REVB=0.00662477;RO=110;SAF=38;SAR=43;SRF=26;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2473;STB=0.629887;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0205865;OID=.;OPOS=85584303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:110:110:81:83:0.430052:43:38:26:84:45:38:26:84 chr11 85630411 . C T 564.64 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00640986;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.124;QD=19.8119;RBI=0.0108942;REFB=-0.00871544;REVB=-0.00880894;RO=56;SAF=34;SAR=24;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192908;STB=0.510635;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00800517;OID=.;OPOS=85630411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:56:58:58:0.508772:24:34:34:22:24:34:34:22 chr11 85692181 . A C 2027.05 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5427;QD=62.3709;RBI=0.0354887;REFB=0;REVB=-0.00569618;RO=0;SAF=73;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10698e-05;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:57:73:0:0:57:73:0:0 chr11 85718641 . T C 662.06 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0408876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3057;QD=20.3712;RBI=0.0410434;REFB=-0.019298;REVB=-0.00357286;RO=64;SAF=35;SAR=31;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410759;STB=0.522625;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0199576;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:66:66:0.507692:31:35:31:33:31:35:31:33 chr11 85725937 . C T 1209.55 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.046;QD=61.2433;RBI=0.0420001;REFB=0;REVB=0.0334495;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72709e-05;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:36:41:0:0:36:43:0:0 chr11 85968623 . C T 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0396158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9042;QD=7.13197;RBI=0.0402879;REFB=-0.00835924;REVB=-0.00732782;RO=45;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555275;STB=0.83586;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0246743;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:3:13:15:30:3:13:15:30 chr11 86098680 . T C 657.53 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.026706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0375;QD=20.7095;RBI=0.0346756;REFB=-0.0160445;REVB=0.0221176;RO=61;SAF=28;SAR=38;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074087;STB=0.54075;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0149978;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:38:28:31:30:38:28:31:30 chr11 86267633 . C T 513.78 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.000197529;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.605;QD=17.2699;RBI=0.0257988;REFB=-0.00761998;REVB=0.0257981;RO=63;SAF=28;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772468;STB=0.546825;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00704415;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:64:55:55:0.462185:27:28:27:36:27:28:27:37 chr11 86267714 . C A 558.11 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.00734194;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.311;QD=18.6036;RBI=0.0176478;REFB=-0.00134457;REVB=-0.0160481;RO=61;SAF=27;SAR=31;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829395;STB=0.540927;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00107623;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:31:27:23:38:31:27:24:38 chr11 86660886 . G A 2585.07 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.701;QD=61.9178;RBI=0.00936914;REFB=0;REVB=-0.00900567;RO=0;SAF=88;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64684e-06;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:78:88:0:0:79:88:0:0 chr11 87013438 . G A 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0141623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.337;QD=15.4519;RBI=0.0149898;REFB=-0.00692366;REVB=-0.00491143;RO=61;SAF=26;SAR=21;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111155;STB=0.562302;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0113355;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:21:26:27:34:21:26:27:34 chr11 87908448 . A G 687.38 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0121165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1621;QD=20.5187;RBI=0.061249;REFB=0.00919948;REVB=-0.0600386;RO=66;SAF=40;SAR=28;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011489;STB=0.506327;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00895543;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:28:40:38:28:28:40:38:28 chr11 87908563 . G A 403.5 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0452402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1244;QD=22.1095;RBI=0.0518143;REFB=-0.0150119;REVB=0.0252595;RO=33;SAF=14;SAR=26;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141455;STB=0.578152;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0282165;OID=.;OPOS=87908563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:26:14:17:16:26:14:17:16 chr11 88045583 . A G 934.27 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274463;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6243;QD=58.3919;RBI=0.00887443;REFB=-0.0332898;REVB=-0.00843935;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529979;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr11 88242024 . T G 66.02 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.415;QD=29.3422;RBI=0.0553613;REFB=-0.030395;REVB=-0.0503127;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00719434;OID=.;OPOS=88242024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:7:8:0.888889:1:6:1:0:1:7:1:0 chr11 88645129 . T A 667.42 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.019165;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.358;QD=58.0363;RBI=0.0203711;REFB=-0.275035;REVB=-0.00690537;RO=2;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335352;STB=0.517849;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00127616;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:2:2:44:44:0.956522:27:17:0:2:27:17:0:2 chr11 89133449 . C T 1899.69 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611051;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.366;QD=61.7786;RBI=0.0117017;REFB=0;REVB=-0.0099795;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46452e-05;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:59:64:0:0:59:64:0:0 chr11 89531540 . C T 906.02 PASS AF=0.439462;AO=96;DP=222;FAO=98;FDP=223;FR=.;FRO=125;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=0.00866617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.783;QD=16.2514;RBI=0.00875371;REFB=-0.01035;REVB=0.00123488;RO=124;SAF=40;SAR=56;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608877;STB=0.530572;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0115576;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:124:125:96:98:0.439462:56:40:59:65:57:41:59:66 chr11 89774236 . C G 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00905613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.553;QD=45.4842;RBI=0.0478103;REFB=-0.0155742;REVB=-0.0469448;RO=2;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921477;STB=0.549954;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00541143;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:13:9:2:0:13:9:2:0 chr11 89774397 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0219;QD=37.4851;RBI=0.0429245;REFB=0;REVB=0.0424958;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135208;OID=.;OPOS=89774397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr11 89774448 . G A 376.46 PASS AF=1;AO=17;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5642;QD=55.7717;RBI=0.167991;REFB=0;REVB=0.142089;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00547895;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:17:27:1:6:11:0:0:14:13:0:0 chr11 89868755 . G A 1230.92 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3658;QD=60.0451;RBI=0.083079;REFB=-0.016909;REVB=-0.0820966;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114095;STB=0.506023;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000142345;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:41:40:0:1:41:40:0:1 chr11 89916080 . G C 2365.56 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.24;QD=63.505;RBI=0.0207418;REFB=0;REVB=-0.00132093;RO=0;SAF=87;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169622;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:61:87:0:0:62:87:0:0 chr11 89935586 . G T 685.89 PASS AF=0.441176;AO=74;DP=169;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0232426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8222;QD=16.1387;RBI=0.0615445;REFB=-0.0245532;REVB=-0.0569869;RO=95;SAF=42;SAR=32;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844992;STB=0.550137;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0231989;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:95:95:74:75:0.441176:32:42:46:49:32:43:46:49 chr11 89939421 . C T 189.98 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.0127996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.521;QD=13.3319;RBI=0.0353089;REFB=-0.00998744;REVB=-0.0329073;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420758;STB=0.74194;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0224809;OID=.;OPOS=89939421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:14:9:27:6:14:9:28:6 chr11 89939448 . G A 269.72 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0556504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9719;QD=23.975;RBI=0.133921;REFB=-0.0178856;REVB=-0.121811;RO=20;SAF=20;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39046;STB=0.723932;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0350234;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:4:20:9:11:4:21:9:11 chr11 91545212 . C G 234.14 PASS AF=0.5;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0113842;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.5244;QD=18.731;RBI=0.0780014;REFB=-0.0383315;REVB=0.0771662;RO=25;SAF=6;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238392;STB=0.640328;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.037934;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:25:25:24:25:0.5:18:6:12:13:19:6:12:13 chr11 92507256 . T G 664.01 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0189368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6549;QD=23.9284;RBI=0.0675804;REFB=-0.0259193;REVB=-0.0648731;RO=47;SAF=29;SAR=35;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140591;STB=0.576468;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0158297;OID=.;OPOS=92507256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:47:47:64:64:0.576577:35:29:13:34:35:29:13:34 chr11 92531356 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.187;QD=62.022;RBI=0.0189673;REFB=0;REVB=0.0168721;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60607e-05;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr11 92532677 . T C 588.58 PASS AF=0.952381;AO=37;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.030574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6141;QD=56.0553;RBI=0.0356353;REFB=-0.0716918;REVB=-0.0183059;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003913;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0160198;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:37:40:0.952381:20:17:1:1:21:19:1:1 chr11 92534442 . A G 616.93 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182336;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.334;QD=61.6925;RBI=0.0194574;REFB=0;REVB=0.00679157;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56761e-05;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:41:40:1:16:25:0:0:16:24:0:0 chr11 92573911 . G T 506.9 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0126329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.829;QD=16.3516;RBI=0.0219828;REFB=-0.000668568;REVB=-0.0179903;RO=69;SAF=34;SAR=21;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989377;STB=0.555333;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000690005;OID=.;OPOS=92573911;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:21:34:36:33:21:34:36:33 chr11 92590448 . A G 2045.92 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.464;QD=62.4708;RBI=0.0137941;REFB=0;REVB=0.0079568;RO=0;SAF=88;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26924e-05;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:43:88:0:0:43:88:0:0 chr11 92623877 . G A 1781.43 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0435516;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.603;QD=59.3811;RBI=0.0456416;REFB=-0.0516101;REVB=-0.0136534;RO=2;SAF=83;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768748;STB=0.504048;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00047278;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:120:2:2:118:118:0.983333:35:83:1:1:35:83:1:1 chr11 92627848 . A G 2477.73 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228037;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.855;QD=61.5585;RBI=0.0242423;REFB=0;REVB=-0.00822681;RO=0;SAF=99;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49625e-06;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:62:99:0:0:62:99:0:0 chr11 92629305 . C T 650.27 PASS AF=0.572727;AO=62;DP=108;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0531595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0098;QD=23.6462;RBI=0.0538819;REFB=-0.0478375;REVB=-0.00879366;RO=46;SAF=33;SAR=29;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252155;STB=0.51246;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0342442;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:46:47:62:63:0.572727:29:33:23:23:29:34:24:23 chr11 92629599 . G A 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.092733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.974;QD=13.205;RBI=0.0944467;REFB=0.014818;REVB=-0.0179098;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168138;STB=0.599699;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0651751;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:1:5:4:2:1:5 chr11 92718127 . G C 116.36 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.023192;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.994;QD=10.8244;RBI=0.0232459;REFB=-0.0112925;REVB=0.00158289;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176414;STB=0.605115;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.010736;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:17:12:8:6:17:12 chr11 93085537 . T G 1749.3 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.71;QD=60.8451;RBI=0.018548;REFB=0;REVB=0.0141211;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73294e-05;OID=.;OPOS=93085537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:61:53:0:0:62:53:0:0 chr11 93129483 . GA CG 577.3 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579749;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.3454;QD=59.2103;RBI=0.0660478;REFB=0;REVB=0.0316421;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000868309;OID=.;OPOS=93129483;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:25:13:0:0:25:14:0:0 chr11 93141580 . C A 643.28 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.91;QD=61.2647;RBI=0.0248309;REFB=0;REVB=-0.00332403;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540934;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:38:42:1:19:19:0:0:21:21:0:0 chr11 93211764 . A G 498.7 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0170943;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3595;QD=16.763;RBI=0.0369715;REFB=-0.0147902;REVB=0.0327822;RO=66;SAF=35;SAR=19;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447412;STB=0.519386;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0182828;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:66:65:54:54:0.453782:19:35:40:26:19:35:40:25 chr11 93212245 . C T 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0297559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.598;QD=11.591;RBI=0.0319389;REFB=-0.0108415;REVB=0.0116053;RO=44;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116005;STB=0.567076;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0210407;OID=.;OPOS=93212245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:11:14:20:24:11:14:20:24 chr11 93212254 . C T 663.78 PASS AF=0.655172;AO=57;DP=86;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0024376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.219;QD=30.5184;RBI=0.0115044;REFB=0.0129692;REVB=0.0112432;RO=29;SAF=32;SAR=25;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278186;STB=0.5098;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00509735;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:29:30:57:57:0.655172:25:32:15:14:25:32:16:14 chr11 93212348 . T C 899.31 PASS AF=0.517442;AO=89;DP=173;FAO=89;FDP=172;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00682517;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.041;QD=20.9141;RBI=0.0118273;REFB=-0.00747385;REVB=-0.00965928;RO=83;SAF=47;SAR=42;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194492;STB=0.510667;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00848933;OID=.;OPOS=93212348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:83:83:89:89:0.517442:42:47:42:41:42:47:42:41 chr11 93290199 . G A 331.27 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0206687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.937;QD=13.6607;RBI=0.0230789;REFB=-0.00572041;REVB=-0.0102684;RO=60;SAF=16;SAR=21;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109527;STB=0.562466;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0116904;OID=.;OPOS=93290199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:21:16:32:28:21:16:32:28 chr11 93400796 . C T 374.85 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0338619;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.914;QD=18.0653;RBI=0.0354396;REFB=-0.0192344;REVB=0.0104563;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259672;STB=0.514494;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0222325;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:44:39:39:0.46988:22:17:18:26:22:17:18:26 chr11 93402006 . A G 141.96 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0211811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.558;QD=9.62442;RBI=0.021319;REFB=-0.0156298;REVB=0.0024209;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118764;STB=0.551547;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0338409;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:40:19:19:0.322034:9:10:16:22:9:10:18:22 chr11 93402096 . C A 488.61 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0883278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4541;QD=55.8415;RBI=0.088332;REFB=0.0336778;REVB=-0.000868964;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0110503;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:21:13:0:0:21:13:0:1 chr11 93408831 . G A 775.28 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.034603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.524;QD=53.4672;RBI=0.0352043;REFB=-0.0138743;REVB=-0.00647844;RO=2;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362315;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00037653;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:25:31:0:2:25:31:0:2 chr11 93425159 . C A 2315.59 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019582;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6559;QD=63.8782;RBI=0.0177323;REFB=0;REVB=0.0176238;RO=0;SAF=72;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71078e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:73:72:0:0:73:72:0:0 chr11 93431931 . C A 279.49 PASS AF=0.408451;AO=23;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0193942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.705;QD=15.7458;RBI=0.0194993;REFB=-0.00800755;REVB=-0.0020219;RO=38;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196892;STB=0.64747;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0128473;OID=.;OPOS=93431931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:23:29:0.408451:8:15:18:20:8:21:19:20 chr11 93432018 . C A 188.45 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.011396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5367;QD=17.1316;RBI=0.0133681;REFB=-0.0291137;REVB=-0.00698847;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149948;STB=0.594901;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0338234;OID=.;OPOS=93432018;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:6:13:13:11:6:14:13:11 chr11 93460160 . A C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00470407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.687;QD=21.377;RBI=0.00522576;REFB=-0.00745809;REVB=-0.00227602;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968126;STB=0.554407;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0078511;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:11:11:9:14:11:11 chr11 93462607 . A T 458.8 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0357489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8888;QD=15.1671;RBI=0.0420899;REFB=-0.00521128;REVB=-0.0222165;RO=68;SAF=24;SAR=28;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575788;STB=0.50704;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00513219;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:52:52:0.429752:28:24:31:37:28:24:31:38 chr11 93464175 . A C 400.2 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00394926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.609;QD=21.3438;RBI=0.0118216;REFB=-0.0106737;REVB=-0.0111424;RO=33;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390218;STB=0.539322;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0139459;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:35:40:40:0.533333:14:26:20:13:14:26:20:15 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1938.12 PASS AF=0.0613497,0.828221;AO=10,130;DP=168;FAO=10,135;FDP=163;FR=.;FRO=18;FSAF=8,59;FSAR=2,76;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.00907862,-0.0130762;FXX=0.0121205;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=62.3917,190.175;QD=47.5613;RBI=0.010559,0.0204161;REFB=-0.0772612,-0.042799;REVB=0.00539183,0.015679;RO=20;SAF=8,56;SAR=2,74;SRF=20;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.499994,-0.143126;STB=0.764414,0.566167;STBP=0.461,0;TYPE=snp,ins;VARB=0.00759352,0.00610608;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:168:163:20:18:10,130:10,135:0.0613497,0.828221:2,74:8,56:20:0:2,76:8,59:18:0 chr11 93517874 . C G 922.48 PASS AF=1;AO=49;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.473;QD=58.5702;RBI=0.134191;REFB=0;REVB=0.0291668;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152598;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:49:63:1:34:15:0:0:38:25:0:0 chr11 93517886 . G C 721.78 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.12428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9064;QD=54.4739;RBI=0.124682;REFB=-0.137871;REVB=0.0100032;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.001531;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:50:52:0.981132:28:22:0:0:30:22:0:1 chr11 93797619 . A G 1126.69 PASS AF=0.939759;AO=75;DP=81;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000561879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.22;QD=54.2982;RBI=0.0597749;REFB=-0.0502538;REVB=0.0597723;RO=5;SAF=32;SAR=43;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446998;STB=0.524044;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00148495;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:83:5:5:75:78:0.939759:43:32:4:1:46:32:4:1 chr11 93845511 . A G 1389.05 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.264;QD=62.4293;RBI=0.0721535;REFB=0;REVB=0.0513045;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010928;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:50:37:0:0:52:37:0:0 chr11 93862493 . A C 528.61 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=19;FWDB=-0.0724549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7564;QD=16.3909;RBI=0.073175;REFB=0.0102558;REVB=-0.0102403;RO=72;SAF=40;SAR=17;SRF=53;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418688;STB=0.523329;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0124489;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:72:72:57:57:0.44186:17:40:53:19:17:40:53:19 chr11 94225807 . C T 510.92 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.015942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.978;QD=21.2882;RBI=0.037612;REFB=-0.00318846;REVB=-0.0340663;RO=47;SAF=28;SAR=21;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100765;STB=0.555533;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00313073;OID=.;OPOS=94225807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:21:28:32:15:21:28:32:15 chr11 94225920 . C T 462.87 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0109899;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8099;QD=18.8926;RBI=0.0127591;REFB=-0.00189676;REVB=-0.00648192;RO=51;SAF=11;SAR=35;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912203;STB=0.547487;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00350343;OID=.;OPOS=94225920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:51:52:46:46:0.469388:35:11:16:35:35:11:16:36 chr11 94231257 . C G 296.16 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0158484;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.802;QD=15.1875;RBI=0.0487263;REFB=-0.0104153;REVB=-0.0460769;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19197;STB=0.608231;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.027524;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:29:16:18:15:29:16 chr11 94231323 . A T 626.4 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00132367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.657;QD=20.3708;RBI=0.00158129;REFB=-0.0146946;REVB=-0.000865092;RO=60;SAF=36;SAR=27;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122423;STB=0.56742;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0122329;OID=.;OPOS=94231323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:60:63:63:0.512195:27:36:26:34:27:36:26:34 chr11 94231847 . G A 219.2 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0287721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.038;QD=13.9175;RBI=0.0296383;REFB=0.00232416;REVB=-0.00711337;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104592;STB=0.561356;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00238557;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:37:26:26:0.412698:16:10:17:18:16:10:18:19 chr11 94245740 . A G 419.34 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0227891;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.534;QD=28.4297;RBI=0.028051;REFB=-0.0182228;REVB=-0.0163559;RO=19;SAF=30;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311721;STB=0.664561;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.01322;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:20:39:39:0.661017:9:30:6:13:9:30:7:13 chr11 94261255 . C G 637.65 PASS AF=0.443038;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0151493;FXX=0.0124992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.783;QD=16.143;RBI=0.0221626;REFB=-0.024707;REVB=-0.0161766;RO=86;SAF=37;SAR=33;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283435;STB=0.522252;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0292422;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:86:88:70:70:0.443038:33:37:43:43:33:37:43:45 chr11 94282014 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00659561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.058;QD=27.235;RBI=0.00734045;REFB=0.0141816;REVB=-0.00322181;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110099;STB=0.561043;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0107228;OID=.;OPOS=94282014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:15:8:7:7:15:8:7:7 chr11 94320237 . T C 430.82 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0302226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.392;QD=17.5847;RBI=0.0303846;REFB=-0.0179501;REVB=0.00313393;RO=53;SAF=26;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437648;STB=0.519991;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0247204;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:54:44:44:0.44898:18:26:29:24:18:26:30:24 chr11 94322352 . AG TA 224.76 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0151843;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.302;QD=15.2379;RBI=0.0200311;REFB=-0.0169614;REVB=0.0130645;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363691;STB=0.528973;STBP=0.69;TYPE=mnp;VARB=0.0213789;OID=.;OPOS=94322352;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:25:26:0.440678:16:9:13:20:17:9:13:20 chr11 94326765 . G C 296.52 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0770865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1489;QD=13.1787;RBI=0.0943015;REFB=0.00513583;REVB=0.054318;RO=55;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126023;STB=0.502855;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00939438;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:22:12:20:35:22:12:20:36 chr11 94337220 . C T 334.92 PASS AF=0.381443;AO=38;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0058081;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.201;QD=13.8111;RBI=0.0277673;REFB=-0.0155792;REVB=-0.0271531;RO=58;SAF=25;SAR=13;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27794;STB=0.661883;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0264166;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:60:38:37:0.381443:13:25:23:35:12:25:25:35 chr11 94533373 . C G,T 4230.3 PASS AF=0.0666667,0.893333;AO=20,266;DP=300;FAO=20,268;FDP=300;FR=.;FRO=12;FSAF=5,140;FSAR=15,128;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0111017,-0.00476637;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.4034,238.852;QD=56.404;RBI=0.0196041,0.0164282;REFB=-0.109473,-0.174158;REVB=0.0161578,0.0157216;RO=5;SAF=5,138;SAR=15,128;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2321,-0.00990611;STB=0.74975,0.516956;STBP=0,0.005;TYPE=snp,snp;VARB=0.253718,-1.19122e-05;OID=.,.;OPOS=94533373,94533373;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:300:300:5:12:20,266:20,268:0.0666667,0.893333:15,128:5,138:4:1:15,128:5,140:11:1 chr11 94608996 . TTA T,TT,TTT 94.24 PASS AF=0.280702,0,0;AO=14,10,12;DP=69;FAO=16,0,0;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=10,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=-0.0523646,0.143314,0.200486;FXX=0.0172384;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=23.0426,11.2224,16.9668;QD=6.6134;RBI=0.113088,0.267317,0.239744;REFB=-0.00661968,-0.0365145,-0.0313175;REVB=-0.100234,-0.225653,-0.131463;RO=28;SAF=7,0,0;SAR=7,10,12;SRF=5;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.370253,-0.695893,-0.724402;STB=0.809994,0.5,0.5;STBP=0.022,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0166003,0,0;OID=.,.,.;OPOS=94608997,94608998,94608998;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280702,0,0:14,10,12:69:16,0,0:57:41:10,0,0:6,0,0:6:35:94:28:7,0,0:7,10,12:5:23 chr11 94699507 . A AT,T 1612.58 PASS AF=1,0;AO=99,7;DP=121;FAO=114,0;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=60,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116831,-0.0119536;FXX=0.0256388;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.7945,256.958;QD=56.5818;RBI=0.0888607,0.0198095;REFB=0.00718154,0.0259826;REVB=0.0880894,-0.0157965;RO=13;SAF=46,7;SAR=53,0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0517141,0.807684;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=9.96956e-05,0;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:121:114:13:0:99,7:114,0:1,0:53,0:46,7:3:10:60,0:54,0:0:0 chr11 94759059 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.207;QD=33.4285;RBI=0.0328096;REFB=0;REVB=-0.0309136;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136437;OID=.;OPOS=94759059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 94800902 . G GC 1476.26 PASS AF=1;AO=124;DP=135;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789706;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.715;QD=45.7754;RBI=0.0789714;REFB=0;REVB=0.000352894;RO=6;SAF=64;SAR=60;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00183007;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:135:129:129:0:66:63:0:0:27:6:64:60:3:3 chr11 94802776 . G C 441.11 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00862121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.391;QD=17.4698;RBI=0.0123557;REFB=0.00709629;REVB=0.00885081;RO=54;SAF=31;SAR=16;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106579;STB=0.559541;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00587217;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:16:31:30:24:16:31:30:24 chr11 94963937 . G A 277.31 PASS AF=0.8;AO=22;DP=29;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0414349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9354;QD=36.974;RBI=0.0867317;REFB=-0.0519357;REVB=0.0761941;RO=6;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115373;STB=0.552283;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0121431;OID=.;OPOS=94963937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:30:6:6:22:24:0.8:12:10:1:5:14:10:1:5 chr11 95502128 . G C 84.72 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00634177;FXX=0.0877039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6661;QD=6.51707;RBI=0.0449399;REFB=-7.16456e-05;REVB=-0.0444902;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269828;STB=0.656002;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00379031;OID=.;OPOS=95502128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:54:52:34:40:12:12:0.230769:7:5:22:12:7:5:25:15 chr11 95512060 . A G 2035.29 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371551;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0585;QD=61.6754;RBI=0.0460283;REFB=-0.11769;REVB=0.0271682;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922772;OID=.;OPOS=95512060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:132:0:0:131:132:1:62:69:0:0:62:70:0:0 chr11 95521648 . A G 1079.07 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.079505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5996;QD=58.3283;RBI=0.0834604;REFB=-0.135164;REVB=0.025389;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00134956;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:34:38:1:0:35:38:1:0 chr11 95528714 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.596;QD=60.0309;RBI=0.0174835;REFB=0;REVB=0.0148933;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64066e-06;OID=.;OPOS=95528714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr11 95564259 . A G 338.79 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0374442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0636;QD=28.8334;RBI=0.0376257;REFB=-0.000520512;REVB=-0.00369192;RO=17;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065335;STB=0.54488;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00356651;OID=.;OPOS=95564259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:13:16:11:6:13:16:12:6 chr11 95580926 . G A 574.03 PASS AF=0.401198;AO=67;DP=167;FAO=67;FDP=167;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0227456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.967;QD=13.7492;RBI=0.0281124;REFB=-0.00920539;REVB=-0.0165209;RO=100;SAF=32;SAR=35;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663126;STB=0.537297;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0140471;OID=.;OPOS=95580926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:100:100:67:67:0.401198:35:32:54:46:35:32:54:46 chr11 95657111 . T G 404.3 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0676349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.819;QD=17.2042;RBI=0.0834112;REFB=-0.034741;REVB=-0.0488154;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273068;STB=0.510633;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0461792;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:50:52:41:42:0.446809:21:20:23:27:21:21:25:27 chr11 95825383 . C T 39.24 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0220625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.946;QD=12.0739;RBI=0.158337;REFB=-0.097896;REVB=0.156792;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.102734;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:11:13:6:7:5:6:0.461538:2:3:5:1:3:3:5:2 chr11 96116444 . T C 329.81 PASS AF=0.566667;AO=31;DP=57;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00276439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.595;QD=21.9876;RBI=0.0232995;REFB=-0.0100435;REVB=0.0231349;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885355;STB=0.542144;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00853173;OID=.;OPOS=96116444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:26:26:31:34:0.566667:14:17:17:9:15:19:17:9 chr11 97716872 . A G 330.41 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.525;QD=50.8328;RBI=0.0610006;REFB=-0.0203238;REVB=0.0301999;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000796012;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:12:12:1:0:12:13:1:0 chr11 98991112 . C T 306.6 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0182206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.334;QD=13.0468;RBI=0.0259301;REFB=-0.00218425;REVB=-0.0184494;RO=59;SAF=25;SAR=10;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130088;STB=0.574868;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00371947;OID=.;OPOS=98991112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:10:25:36:23:10:25:36:23 chr11 99690286 . T G 781.35 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=108;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00243193;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.989;QD=29.2095;RBI=0.00376487;REFB=-0.00706275;REVB=-0.00287402;RO=36;SAF=35;SAR=35;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174637;STB=0.504672;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00266569;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:36:37:70:70:0.654206:35:35:19:17:35:35:19:18 chr11 99690428 . T G 83.4 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-6.68709e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4801;QD=3.83439;RBI=0.0669182;REFB=-0.000636641;REVB=-0.0669182;RO=71;SAF=5;SAR=10;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453314;STB=0.537764;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00398376;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:71:72:15:15:0.172414:10:5:26:45:10:5:27:45 chr11 100226883 . T A 2103.26 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0522184;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.677;QD=61.8605;RBI=0.0526939;REFB=-0.0891707;REVB=0.00706265;RO=0;SAF=67;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000438095;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:136:0:1:134:135:0.992647:67:67:0:0:67:68:0:1 chr11 100512794 . G A 342.31 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0174741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8948;QD=16.1086;RBI=0.0592979;REFB=0.0119392;REVB=0.0566648;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492282;STB=0.519379;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0121526;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:36:37:0.435294:17:19:23:25:18:19:23:25 chr11 100814570 . A G 1953.48 PASS AF=1;AO=125;DP=129;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687778;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.46;QD=62.0151;RBI=0.00687813;REFB=0;REVB=-6.91726e-05;RO=0;SAF=36;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71479e-05;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:126:0:0:125:126:1:89:36:0:0:89:37:0:0 chr11 100846936 . A G 905.94 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285447;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.316;QD=58.448;RBI=0.0293942;REFB=0;REVB=-0.00701539;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72216e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr11 100847050 . A G 782.69 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.18;QD=55.9061;RBI=0.0329791;REFB=0;REVB=0.00846781;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173156;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:26:30:0:0 chr11 100847069 . G A 654.5 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252725;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.164;QD=62.3329;RBI=0.0283587;REFB=0;REVB=-0.0128652;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219419;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr11 100859439 . G A 309.09 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0363759;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0089;QD=26.8772;RBI=0.0383911;REFB=0.00220538;REVB=-0.0122746;RO=17;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151685;STB=0.554416;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.003098;OID=.;OPOS=100859439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:17:19:27:27:0.586957:12:15:13:4:12:15:13:6 chr11 100863096 . A G 858.7 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=3.64209e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.587;QD=55.3998;RBI=0.0182105;REFB=-0.101234;REVB=0.0182105;RO=1;SAF=45;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103743;STB=0.505375;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000210671;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:15:45:1:0:15:46:1:0 chr11 100863152 . TC T,TT 294.61 PASS AF=0.478261,0.0724638;AO=33,6;DP=70;FAO=33,5;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=26,2;FSAR=7,3;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.006931,-0.0127103;FXX=0.0142837;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.7968,21.6724;QD=17.0788;RBI=0.110287,0.0549838;REFB=0.00505743,0.00755961;REVB=-0.110069,0.0534945;RO=28;SAF=24,3;SAR=9,3;SRF=23;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.104051,-0.413766;STB=0.509798,0.795047;STBP=0.915,0.318;TYPE=del,snp;VARB=-0.0105949,0.0272481;OID=.,.;OPOS=100863153,100863153;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261,0.0724638:33,6:70:33,5:69:31:26,2:7,3:24:7:99:28:24,3:9,3:23:5 chr11 100863354 . C A 1516.85 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0261625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2657;QD=61.287;RBI=0.0263868;REFB=-0.131181;REVB=0.00343282;RO=2;SAF=45;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206077;STB=0.510867;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00172143;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:99:2:2:96:97:0.979798:51:45:2:0:52:45:2:0 chr11 100864367 . G A 2315.49 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.565;QD=60.5356;RBI=0.0283914;REFB=0;REVB=0.00653082;RO=1;SAF=66;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193827;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:1:0:151:153:1:85:66:1:0:85:68:0:0 chr11 100909991 . T C 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00826675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.037;QD=12.9978;RBI=0.00898881;REFB=-0.0020101;REVB=0.00352981;RO=57;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144711;STB=0.582853;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00338797;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:20:14:31:26:20:14:31:26 chr11 100921665 . C A 1220.88 PASS AF=0.451049;AO=114;DP=272;FAO=129;FDP=286;FR=.;FRO=157;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=79;FSRR=78;FWDB=0.00733653;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.938;QD=17.0752;RBI=0.024028;REFB=-0.0243182;REVB=0.0228805;RO=155;SAF=47;SAR=67;SRF=78;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951495;STB=0.555841;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0299345;OID=.;OPOS=100921665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:286:155:157:114:129:0.451049:67:47:78:77:77:52:79:78 chr11 101762079 . G GT 301.04 PASS AF=0.460227;AO=69;DP=178;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=30;FWDB=-0.0406796;FXX=0.0167588;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3283;QD=6.84188;RBI=0.0408031;REFB=-0.0600106;REVB=-0.00317255;RO=99;SAF=42;SAR=27;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766286;STB=0.558671;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=0.0420083;OID=.;OPOS=101762080;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460227:69:178:81:176:95:47:34:65:30:99:99:42:27:67:32 chr11 101771248 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.859;QD=59.3229;RBI=0.0201435;REFB=0;REVB=0.0155654;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76364e-06;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr11 101826949 . T C 224.38 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0295194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.906;QD=20.873;RBI=0.0295453;REFB=-0.0242396;REVB=-0.00123832;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214136;STB=0.625417;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0245305;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:21:21:22:0.511628:7:14:8:11:8:14:8:13 chr11 101832478 . G T 88.17 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1825;QD=39.1869;RBI=0.070638;REFB=0;REVB=-0.0690056;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00512572;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:3:6:0:0 chr11 101832708 . A T 106.34 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0122981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.214;QD=11.8156;RBI=0.0329638;REFB=-0.0163761;REVB=0.0305838;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324189;STB=0.692012;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0299421;OID=.;OPOS=101832708;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:14:9:9:4:14:9 chr11 101833644 . C T 582.45 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00802378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.403;QD=58.2445;RBI=0.0215091;REFB=-0.00236291;REVB=0.0199564;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=2.05745e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:16:23:0:0:16:23:0:1 chr11 101834095 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0187381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5966;QD=24.9289;RBI=0.0567986;REFB=0.0254726;REVB=-0.0536187;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.594423;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0115739;OID=.;OPOS=101834095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:5:14:13:12:5:14 chr11 101857758 . G A 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00100809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.612;QD=61.1855;RBI=0.0208569;REFB=-0.051342;REVB=-0.0208325;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284823;STB=0.515145;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000684388;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:16:31:0:1:16:31:0:1 chr11 102272884 . C T 1096.14 PASS AF=0.497758;AO=110;DP=223;FAO=111;FDP=223;FR=.;FRO=112;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0266009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.07;QD=19.6616;RBI=0.0274905;REFB=-0.0289538;REVB=-0.00693717;RO=110;SAF=57;SAR=53;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413718;STB=0.520281;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0334609;OID=.;OPOS=102272884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:110:112:110:111:0.497758:53:57:52:58:53:58:54:58 chr11 102477377 . G T 153.41 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0157969;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.579;QD=13.3402;RBI=0.136645;REFB=-0.0376303;REVB=0.135729;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116217;STB=0.567491;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0400285;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:7:10:20:9:7:10:20:9 chr11 102477395 . A G 152.39 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.028952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.094;QD=13.5461;RBI=0.0323805;REFB=0.0205549;REVB=-0.014501;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209137;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0128402;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:17:11:7:10:17:11 chr11 102495998 . T G 1015.43 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9286;QD=58.8652;RBI=0.0747572;REFB=0;REVB=-0.0738304;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258766;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:66:69:1:39:27:0:0:39:30:0:0 chr11 102563739 . C T 1523.95 PASS AF=0.954955;AO=105;DP=110;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0226682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3541;QD=54.9172;RBI=0.0263091;REFB=0.0243337;REVB=-0.0133536;RO=5;SAF=63;SAR=42;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178749;STB=0.509044;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.000463751;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:111:5:5:105:106:0.954955:42:63:2:3:43:63:2:3 chr11 102565731 . C T 392.43 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0234433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.078;QD=14.6704;RBI=0.0267601;REFB=-0.00317266;REVB=-0.0129041;RO=62;SAF=20;SAR=24;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13023;STB=0.565728;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0038527;OID=.;OPOS=102565731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:62:62:44:45:0.420561:24:20:36:26:24:21:36:26 chr11 102567207 . T A 1201.48 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00957547;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.157;QD=56.5404;RBI=0.0703866;REFB=-0.0638278;REVB=0.0697323;RO=3;SAF=51;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213313;STB=0.518959;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00171848;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:85:3:4:81:81:0.952941:30:51:1:2:30:51:1:3 chr11 102576358 . T C 989.16 PASS AF=0.933333;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00360424;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.545;QD=52.7551;RBI=0.0569135;REFB=0.00706274;REVB=0.0567992;RO=5;SAF=33;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901751;STB=0.504779;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.000578121;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:75:5:5:70:70:0.933333:37:33:2:3:37:33:2:3 chr11 102576375 . G A 1286.66 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260017;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.413;QD=62.0078;RBI=0.072013;REFB=0;REVB=-0.0671549;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516793;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr11 102576382 . G A 493.44 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0248692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.137;QD=23.7804;RBI=0.0280258;REFB=-0.00545042;REVB=-0.0129217;RO=36;SAF=16;SAR=31;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198465;STB=0.609087;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0045359;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:31:16:21:15:31:16:21:15 chr11 102593248 . T C 878.21 PASS AF=0.54375;AO=75;DP=158;FAO=87;FDP=160;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00322461;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.0776;QD=21.9552;RBI=0.0137292;REFB=0.0312206;REVB=-0.0133451;RO=57;SAF=39;SAR=36;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748715;STB=0.534001;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0226597;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:57:73:75:87:0.54375:36:39:35:22:41:46:44:29 chr11 102595492 . G A 195.61 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00555293;FXX=0.102926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.845;QD=12.8268;RBI=0.00841253;REFB=0.00080689;REVB=-0.00631946;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334233;STB=0.688297;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00146675;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:61:34:38:23:23:0.377049:15:8:23:11:15:8:25:13 chr11 102666316 . T C 723.4 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.94;QD=56.7374;RBI=0.0370385;REFB=0;REVB=0.0115043;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155224;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:25:24:0:0:25:26:0:0 chr11 102738795 . G T 815.07 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000416583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1245;QD=57.1977;RBI=0.0450155;REFB=0;REVB=-0.0450136;RO=1;SAF=16;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443868;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:1:0:55:57:1:39:16:1:0:40:17:0:0 chr11 103029516 . A G 1307.17 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.932;QD=60.7987;RBI=0.0551328;REFB=-0.0941023;REVB=0.0274949;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123032;STB=0.506492;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000302757;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:47:38:1:0:47:38:1:0 chr11 103047007 . C A 2386.08 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0801535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0957;QD=60.4072;RBI=0.108208;REFB=0.0624793;REVB=-0.0726931;RO=1;SAF=91;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051998;STB=0.502732;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00151672;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:66:91:1:0:66:91:1:0 chr11 103052558 . T C 759.8 PASS AF=0.465116;AO=80;DP=172;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0217073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.947;QD=17.6698;RBI=0.0230081;REFB=-0.0200148;REVB=-0.00762668;RO=92;SAF=41;SAR=39;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033051;STB=0.518304;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0234796;OID=.;OPOS=103052558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:92:92:80:80:0.465116:39:41:44:48:39:41:44:48 chr11 103057048 . A G 718.43 PASS AF=0.466667;AO=76;DP=164;FAO=77;FDP=165;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.000587112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.32;QD=17.4166;RBI=0.00617566;REFB=0.00433616;REVB=-0.00614769;RO=86;SAF=42;SAR=34;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166455;STB=0.506116;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.004154;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:86:88:76:77:0.466667:34:42:49:37:35:42:49:39 chr11 103058126 . C T 550.03 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0075037;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.605;QD=20.3713;RBI=0.0119045;REFB=-0.0111678;REVB=0.00924184;RO=53;SAF=27;SAR=29;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406854;STB=0.527089;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00951594;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:53:52:56:56:0.518519:29:27:28:25:29:27:28:24 chr11 103082590 . G A 4224.95 PASS AF=1;AO=266;DP=267;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165542;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.212;QD=62.8245;RBI=0.0183391;REFB=0;REVB=-0.00789172;RO=0;SAF=147;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63293e-05;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:269:0:0:266:269:1:119:147:0:0:121:148:0:0 chr11 103229027 . T C 513.59 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0064506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1375;QD=24.4568;RBI=0.0356939;REFB=0.00845132;REVB=0.0351062;RO=36;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434409;STB=0.5238;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0084072;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:24:24:20:16:24:24:20:16 chr11 103274171 . C T 322.54 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00590793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.631;QD=16.5406;RBI=0.0419802;REFB=-0.0144813;REVB=-0.0415624;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758096;STB=0.523796;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.015491;OID=.;OPOS=103274171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:36:43:34:35:0.448718:14:20:24:12:14:21:24:19 chr11 103274902 . A G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=0.00524119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.704;QD=23.7581;RBI=0.0667919;REFB=-0.00570964;REVB=-0.066586;RO=22;SAF=25;SAR=1;SRF=22;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282656;STB=0.652693;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00504109;OID=.;OPOS=103274902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:1:25:22:0:1:25:22:0 chr11 103275034 . G T 363.19 PASS AF=0.433333;AO=34;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0505157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3538;QD=16.1416;RBI=0.05142;REFB=-0.0357753;REVB=-0.00960094;RO=53;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531168;STB=0.505152;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0142245;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:51:34:39:0.433333:19:15:26:27:21:18:24:27 chr11 103278054 . T C 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00656027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.527;QD=17.7373;RBI=0.0210337;REFB=0.00299812;REVB=0.0199845;RO=48;SAF=31;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213493;STB=0.611785;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00306829;OID=.;OPOS=103278054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:42:42:0.456522:11:31:26:22:11:31:28:22 chr11 103778154 . C T 732.73 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00116176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.527;QD=18.2044;RBI=0.00331966;REFB=-0.00992814;REVB=-0.00310974;RO=80;SAF=31;SAR=46;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915941;STB=0.557926;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0113077;OID=.;OPOS=103778154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:80:84:77:77:0.478261:46:31:40:40:46:31:43:41 chr11 103780455 . A G 465.73 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0578842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7632;QD=16.6332;RBI=0.0812938;REFB=-0.014803;REVB=0.0570799;RO=61;SAF=25;SAR=26;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335683;STB=0.518719;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0184818;OID=.;OPOS=103780455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:26:25:32:29:26:25:32:29 chr11 103909754 . G C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00685754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.779;QD=21.7447;RBI=0.0463583;REFB=-0.0232521;REVB=0.0458483;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214157;STB=0.512035;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0171563;OID=.;OPOS=103909754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:8:8:10:9:8:8 chr11 104758035 . G A 587.51 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5008;QD=60.257;RBI=0.0242165;REFB=0;REVB=-0.0116494;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651524;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:22:15:0:0:23:16:0:0 chr11 104761100 . T C 617.56 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648236;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.429;QD=61.7564;RBI=0.0589676;REFB=0;REVB=0.0586103;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137327;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr11 104761206 . C T 1194.29 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00178217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4198;QD=59.7144;RBI=0.0347411;REFB=0.0648102;REVB=-0.0346953;RO=1;SAF=46;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010181;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00123361;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:33:46:1:0:33:46:1:0 chr11 104763117 . G A 1650.71 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.97;QD=60.0257;RBI=0.0152688;REFB=0;REVB=0.00877084;RO=0;SAF=62;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57626e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:47:62:0:0:48:62:0:0 chr11 104763716 . A G 929.49 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.518;QD=55.492;RBI=0.0228056;REFB=-0.0964857;REVB=-0.0129566;RO=2;SAF=30;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218028;STB=0.501154;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000293867;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:35:30:1:1:35:30:1:1 chr11 104768000 . G A,T 906.34 PASS AF=0.953846,0.0307692;AO=61,3;DP=65;FAO=62,2;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=18,1;FSAR=44,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00420071,-0.0325432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.9928,20.2102;QD=55.7746;RBI=0.0214379,0.0467531;REFB=-0.0755732,-0.128756;REVB=0.0210223,-0.0335677;RO=1;SAF=17,2;SAR=44,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0106093,0.266641;STB=0.505616,0.665164;STBP=0.613,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00246541,0.16672;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:65:65:1:1:61,3:62,2:0.953846,0.0307692:44,1:17,2:0:1:44,1:18,1:0:1 chr11 104768098 . T C 1080.78 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0363612;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1535;QD=57.6415;RBI=0.044059;REFB=-0.154729;REVB=0.0248808;RO=2;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201214;STB=0.510635;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00223512;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:75:2:2:73:73:0.973333:46:27:0:2:46:27:0:2 chr11 104819327 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.279;QD=60.8834;RBI=0.013096;REFB=0;REVB=0.00904174;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3899e-07;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr11 104839222 . A G 911.75 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0065007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.897;QD=55.2577;RBI=0.0113544;REFB=0.00963262;REVB=-0.00930927;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337022;STB=0.517852;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-2.90373e-06;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:37:27:2:0:37:27:2:0 chr11 104869708 . G C 1887.47 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01295;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.671;QD=60.886;RBI=0.024935;REFB=-0.0865496;REVB=0.0213085;RO=1;SAF=52;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442833;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:124:124:1:0:122:124:1:70:52:1:0:70:54:0:0 chr11 104877927 . T C 906.83 PASS AF=0.529762;AO=88;DP=169;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00211002;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.704;QD=21.5912;RBI=0.0238744;REFB=-0.0207495;REVB=0.023781;RO=79;SAF=49;SAR=39;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766405;STB=0.538742;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.016413;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:79:79:88:89:0.529762:39:49:37:42:40:49:37:42 chr11 104915232 . G T 727.86 PASS AF=0.448276;AO=78;DP=174;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=67;FWDB=-0.0327513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3544;QD=16.7325;RBI=0.0700246;REFB=0.0126052;REVB=-0.0618934;RO=94;SAF=38;SAR=40;SRF=28;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188318;STB=0.602702;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0162003;OID=.;OPOS=104915232;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:94:96:78:78:0.448276:40:38:28:66:40:38:29:67 chr11 105223502 . T C 1489.92 PASS AF=0.971698;AO=102;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0164859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0702;QD=56.2233;RBI=0.031931;REFB=-0.00531259;REVB=-0.027346;RO=3;SAF=51;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902944;STB=0.50458;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000857966;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:102:103:0.971698:51:51:2:1:51:52:2:1 chr11 105782654 . C T 2917.77 PASS AF=0.5125;AO=287;DP=560;FAO=287;FDP=560;FR=.;FRO=273;FSAF=140;FSAR=147;FSRF=145;FSRR=128;FWDB=-0.00771951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.051;QD=20.8412;RBI=0.0088582;REFB=-0.00451426;REVB=0.00434475;RO=269;SAF=140;SAR=147;SRF=142;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355357;STB=0.521113;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00433248;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:560:560:269:273:287:287:0.5125:147:140:142:127:147:140:145:128 chr11 105878844 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.294;QD=62.0216;RBI=0.00976719;REFB=0;REVB=-0.00109695;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57187e-05;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr11 105969250 . GTTTTTTTT GTTTTTTTA,GTTTTTTT 308.93 PASS AF=0.489796,0.510204;AO=13,8;DP=52;FAO=24,25;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=8,13;FSAR=16,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114492,0.0371529;FXX=0.109071;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=152.072,3.00677;QD=25.2188;RBI=0.0313029,0.22973;REFB=-0.0341368,-0.200959;REVB=-0.0312819,-0.226705;RO=9;SAF=6,5;SAR=7,3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.225945,-0.153362;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0263916,-0.19374;OID=.,.;OPOS=105969258,105969251;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTTTTTA,GTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.489796,0.510204:13,8:52:24,25:49:0:8,13:16,12:0:0:99:9:6,5:7,3:7:2 chr11 107286943 . C T 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00670781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.55;QD=9.37544;RBI=0.0355111;REFB=0.00181011;REVB=-0.0348718;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211481;STB=0.512532;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.002974;OID=.;OPOS=107286943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:8:11:23:18:8:11:23:18 chr11 107299623 . A C 799.26 PASS AF=0.468927;AO=83;DP=176;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.0211793;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8477;QD=18.0623;RBI=0.0215451;REFB=-0.0313062;REVB=-0.00395342;RO=89;SAF=49;SAR=34;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379657;STB=0.514711;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0297805;OID=.;OPOS=107299623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:89:94:83:83:0.468927:34:49:56:33:34:49:58:36 chr11 107381765 . G A 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.010679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.341;QD=13.5736;RBI=0.0326423;REFB=-0.0221345;REVB=-0.030846;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958068;STB=0.505609;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0385127;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:6:13:9:4:6:13 chr11 107420530 . A G 1548.76 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.567;QD=63.8662;RBI=0.0460343;REFB=0;REVB=0.0242298;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86383e-05;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr11 107462522 . G C 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0200111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.232;QD=8.8984;RBI=0.0375884;REFB=-0.0115418;REVB=-0.031819;RO=48;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450369;STB=0.766871;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0352241;OID=.;OPOS=107462522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:5:16:18:30:5:16:18:30 chr11 107463159 . A G 450.0 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0085343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.837;QD=16.0714;RBI=0.0239507;REFB=-0.0160454;REVB=0.0223786;RO=61;SAF=27;SAR=23;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335539;STB=0.513683;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0180443;OID=.;OPOS=107463159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:62:50:50:0.446429:23:27:35:26:23:27:35:27 chr11 107578721 . C G 753.99 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.736;QD=55.8514;RBI=0.0690497;REFB=0;REVB=0.0222957;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306045;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:22:31:1:0:22:32:0:0 chr11 107677399 . C A,CA 199.84 PASS AF=0,1;AO=2,14;DP=21;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266278,-0.0152944;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=210.517,17.7326;QD=39.9671;RBI=0.0235219,0.0977696;REFB=0.0061568,-0.0231505;REVB=-0.0233707,-0.096566;RO=5;SAF=1,9;SAR=1,5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0967026,0.0218489;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00613069;OID=.,.;OPOS=107677399,107677400;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:21:20:5:0:2,14:0,20:0,1:1,5:1,9:3:2:0,8:0,12:0:0 chr11 107917087 . A G 1139.45 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193883;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.019;QD=60.7705;RBI=0.0251186;REFB=0;REVB=-0.01597;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57558e-05;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr11 108014696 . C T 35.4 PASS AF=0.3;AO=7;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0248889;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=56.2124;QD=7.0797;RBI=0.0623768;REFB=-0.0670766;REVB=-0.0571962;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293282;STB=0.59968;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00519787;OID=.;OPOS=108014696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:20:11:14:7:6:0.3:3:4:3:8:3:3:5:9 chr11 108043988 . C T 114.08 PASS AF=0.274194;AO=15;DP=61;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00765613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.088;QD=7.35998;RBI=0.0119884;REFB=-0.0121984;REVB=-0.00922521;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35821;STB=0.730453;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.045706;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:44:45:15:17:0.274194:9:6:31:13:11:6:31:14 chr11 108093208 . A T 336.72 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00181345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.268;QD=14.8011;RBI=0.00207776;REFB=-0.00617121;REVB=-0.00101414;RO=54;SAF=21;SAR=16;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694638;STB=0.503935;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00758386;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:16:21:31:23:16:21:31:23 chr11 108183167 . A G 853.96 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.849;QD=55.9975;RBI=0.0515433;REFB=-0.0846197;REVB=0.0209353;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000381533;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:31:29:0:0:31:29:1:0 chr11 108345514 . AG AGA,GA 508.83 PASS AF=0.550562,0;AO=43,4;DP=89;FAO=49,0;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=23,0;FSAR=26,0;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00283913,-0.00169881;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=165.736,156.194;QD=22.8689;RBI=0.0155939,0.0122296;REFB=-0.0164058,-0.018045;REVB=0.0153332,0.0121111;RO=40;SAF=21,0;SAR=22,4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.031897,-0.577978;STB=0.525001,0.5;STBP=0.62,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.018682,-0.0650535;OID=.,.;OPOS=108345516,108345514;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:43,4:49,0:0.550562,0:22,4:21,0:21:19:26,0:23,0:21:19 chr11 108380335 . T C 753.57 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.58;QD=61.5162;RBI=0.018884;REFB=-0.0898403;REVB=-0.00550531;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-2.51065e-05;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:21:27:0:0:21:27:1:0 chr11 108383676 . A G 573.5 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0176214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.551;QD=26.0681;RBI=0.042198;REFB=-0.0423028;REVB=0.0383426;RO=36;SAF=19;SAR=33;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840113;STB=0.545938;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0308656;OID=.;OPOS=108383676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:33:19:17:19:33:19:17:19 chr11 108384207 . C T 139.71 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0111004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.255;QD=14.3293;RBI=0.0189795;REFB=-0.00582385;REVB=-0.0153949;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106439;STB=0.581298;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00712048;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:9:6:7:16:9:7:7:16 chr11 108464209 . T C 230.81 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00297756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.776;QD=17.7547;RBI=0.0705008;REFB=-0.0126448;REVB=-0.0704379;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357519;STB=0.50077;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0151018;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:27:25:25:0.480769:13:12:11:14:13:12:13:14 chr11 109296550 . A G 228.82 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0051185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4887;QD=16.0575;RBI=0.0817748;REFB=-0.0131778;REVB=-0.0816144;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091505;STB=0.55886;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0134188;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:12:14:19:11:12:14:20:11 chr11 109298127 . T G 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00751948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.102;QD=17.246;RBI=0.0224781;REFB=-0.00319079;REVB=0.0211831;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11837;STB=0.578871;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00267321;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:8:13:13:13:8:13:13:14 chr11 110035262 . A G 306.86 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00888669;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.568;QD=19.7977;RBI=0.0254894;REFB=-0.00398254;REVB=0.0238901;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126345;STB=0.514277;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00694693;OID=.;OPOS=110035262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:30:32:32:0.516129:14:18:17:14:14:18:16:14 chr11 110035301 . A G 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0130414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.563;QD=19.9668;RBI=0.0240456;REFB=-0.020069;REVB=0.0202018;RO=26;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297195;STB=0.665697;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0222973;OID=.;OPOS=110035301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:20:9:17:9:20:9:17:9 chr11 110104136 . AGGGGGGGC AGGGGGGC,AGGGGGGCA 35.47 PASS AF=0.232143,0.0178571;AO=18,3;DP=59;FAO=13,1;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=8,0;FSAR=5,1;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0367315,0.0337817;FXX=0.0508388;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.60411,24.2261;QD=2.53357;RBI=0.20416,0.098894;REFB=-0.117589,-0.0486346;REVB=-0.200829,-0.0929453;RO=31;SAF=8,2;SAR=10,1;SRF=26;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.420688,-0.253862;STB=0.582703,0.994015;STBP=0.536,0.158;TYPE=del,mnp;VARB=0.129634,0.110877;OID=.,.;OPOS=110104137,110104143;OREF=G,GC;OALT=-,CA;OMAPALT=AGGGGGGC,AGGGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232143,0.0178571:18,3:59:13,1:56:42:8,0:5,1:30:12:35:31:8,2:10,1:26:5 chr11 111164651 . T C 466.37 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0105249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.16;QD=19.8457;RBI=0.0128926;REFB=-0.0062214;REVB=0.00744616;RO=45;SAF=21;SAR=25;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205601;STB=0.606085;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00882567;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:48:46:46:0.489362:25:21:31:14:25:21:32:16 chr11 111167557 . A C 223.15 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0193105;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.123;QD=14.6326;RBI=0.0204771;REFB=-0.0103743;REVB=-0.0068128;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887476;STB=0.550568;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0187237;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:9:17:20:15:9:17:20:15 chr11 111167776 . C G 162.0 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0152583;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.168;QD=15.07;RBI=0.0154031;REFB=-0.00134566;REVB=0.00210688;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337983;STB=0.715652;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00347005;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:17:18:0.418605:13:4:13:11:14:4:14:11 chr11 111167792 . T G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0284154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.484;QD=16.481;RBI=0.0888804;REFB=-0.0182142;REVB=-0.0842157;RO=24;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363432;STB=0.702247;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0365349;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:15:4:13:11:15:4:13:12 chr11 111168767 . C T 694.16 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00113713;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5788;QD=22.9476;RBI=0.0109948;REFB=-0.0117512;REVB=-0.0109358;RO=54;SAF=24;SAR=43;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746107;STB=0.540868;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0144733;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:54:54:67:67:0.553719:43:24:24:30:43:24:24:30 chr11 111179054 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0881647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.268;QD=13.4559;RBI=0.0884001;REFB=-0.00928498;REVB=0.00644683;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0162841;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:6:9:5:6:6:9 chr11 111325007 . C G,T 203.15 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123795,0.0211274;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.812,251.256;QD=47.7989;RBI=0.0426617,0.0216417;REFB=0,0;REVB=-0.0408261,-0.00468996;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.013473,-0.00325264;OID=.,.;OPOS=111325007,111325007;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:0,4:2,11:0:0:0,4:2,11:0:0 chr11 111327213 . G A 353.87 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.572;QD=54.4419;RBI=0.105673;REFB=0;REVB=0.00950796;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131168;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:12:10:0:0:12:14:0:0 chr11 111368047 . G T 1306.09 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00999162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.909;QD=60.7485;RBI=0.0332928;REFB=0.0141595;REVB=-0.0317582;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106453;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000278842;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:44:41:0:1:44:41:0:1 chr11 111420364 . A G 1511.85 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200097;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.761;QD=59.8751;RBI=0.0376244;REFB=0;REVB=0.0318624;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9386e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:62:38:0:0:62:39:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 1128.1 PASS AF=0.876033;AO=104;DP=124;FAO=106;FDP=121;FR=.;FRO=15;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00265448;FXX=0.0692254;HRUN=2;LEN=3;MLLD=273.76;QD=37.2927;RBI=0.00803775;REFB=-0.0325484;REVB=0.00758677;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54331;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.00337685;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.876033:104:124:106:121:15:55:51:13:2:30:0:55:49:0:0 chr11 111553893 . T C 373.41 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.295;QD=51.5048;RBI=0.0592613;REFB=-0.0807508;REVB=0.0403949;RO=2;SAF=16;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546421;STB=0.514276;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00142517;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:2:1:27:28:0.965517:11:16:2:0:11:17:1:0 chr11 111612134 . G A 280.82 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00959308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3104;QD=18.7213;RBI=0.01544;REFB=-0.00401582;REVB=-0.0120982;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112418;STB=0.558103;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0012225;OID=.;OPOS=111612134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:29:29:31:0.516667:11:18:22:8:12:19:21:8 chr11 111692182 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000574415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9179;QD=8.08869;RBI=0.0183644;REFB=0.00424136;REVB=0.0183555;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951184;STB=0.558696;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00739666;OID=.;OPOS=111692182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:8:14:5:4:8:14 chr11 111724133 . C T 191.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00107606;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.915;QD=21.2311;RBI=0.0236234;REFB=-0.0108609;REVB=0.0235989;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144674;STB=0.581311;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00759083;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:11:6:10:9:11:6 chr11 111742145 . CG C 74.9 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.694;QD=37.4476;RBI=0.0476411;REFB=0;REVB=0.0130152;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000363725;OID=.;OPOS=111742146;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:8:8:0:2:6:0:0:4:0:2:5:0:0 chr11 111747297 . A G 838.56 PASS AF=0.537415;AO=78;DP=145;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0135996;FXX=0.0067563;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7045;QD=22.8178;RBI=0.0139903;REFB=0.0172486;REVB=-0.00328314;RO=67;SAF=41;SAR=37;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153687;STB=0.507858;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0129407;OID=.;OPOS=111747297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:67:68:78:79:0.537415:37:41:34:33:37:42:35:33 chr11 111749349 . A T 1495.31 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.134;QD=59.2203;RBI=0.0298903;REFB=0;REVB=0.0291457;RO=1;SAF=50;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73408e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:1:0:100:101:1:50:50:1:0:50:51:0:0 chr11 111754496 . A AT,T 39.06 PASS AF=0.275862,0.0344828;AO=5,2;DP=30;FAO=8,1;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=7,1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.090943,-0.00410419;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=19.0975,184.175;QD=5.38706;RBI=0.110009,0.0136;REFB=-0.0575641,-0.00643139;REVB=0.0618974,-0.0129659;RO=23;SAF=1,0;SAR=4,2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347454,-0.483597;STB=0.839068,0.990628;STBP=0.051,0.26;TYPE=ins,snp;VARB=0.11257,0.204266;OID=.,.;OPOS=111754497,111754496;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:29:23:20:5,2:8,1:0.275862,0.0344828:4,2:1,0:11:12:7,1:1,0:11:9 chr11 111754574 . A C 104.36 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0585484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9807;QD=10.4362;RBI=0.0849192;REFB=0.00557931;REVB=0.061509;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327831;STB=0.701766;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00584974;OID=.;OPOS=111754574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:11:2:10:17:11:2:10:17 chr11 111781047 . A C 238.84 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0332578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.68;QD=14.0496;RBI=0.0335567;REFB=-0.0128296;REVB=-0.0044689;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112681;STB=0.571378;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0100254;OID=.;OPOS=111781047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:28:28:0.411765:12:16:18:21:12:16:18:22 chr11 111848531 . C T 255.75 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0222219;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.523;QD=21.7662;RBI=0.0467794;REFB=-0.0153667;REVB=0.0411643;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460186;STB=0.757682;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0109279;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:18:6:18:5:18:6:18:5 chr11 111853106 . G GC 408.21 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.3339;QD=37.9727;RBI=0.150431;REFB=0;REVB=0.0689688;RO=6;SAF=17;SAR=21;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00567441;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:44:43:43:0:21:22:0:0:8:6:17:21:5:1 chr11 111896324 . C T 324.32 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00321936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.821;QD=19.6558;RBI=0.00831473;REFB=-0.0247941;REVB=0.00766619;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693069;STB=0.545428;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0166327;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:17:17:13:18:17:17:13:19 chr11 111908162 . T C 445.38 PASS AF=0.505747;AO=45;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00581765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2083;QD=20.4773;RBI=0.0428351;REFB=0.00167443;REVB=-0.0424382;RO=40;SAF=17;SAR=28;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859973;STB=0.540273;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00311324;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:43:45:44:0.505747:28:17:19:21:27:17:20:23 chr11 111916647 . G A 359.46 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0470331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.683;QD=17.3235;RBI=0.0488988;REFB=-0.0120355;REVB=-0.0133784;RO=44;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151337;STB=0.574911;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0100845;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:15:23:33:11:15:23:33:12 chr11 111953921 . TTAT TTA,TT,TTT 406.4 PASS AF=0.45977,0.321839,0.0229885;AO=23,14,13;DP=88;FAO=40,28,2;FDP=87;FR=.;FRO=17;FSAF=20,13,2;FSAR=20,15,0;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.105353,-0.0175297,-0.0166876;FXX=0.0645092;HRUN=9,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=4.84993,201.533,202.87;QD=18.685;RBI=0.381688,0.0183092,0.0286857;REFB=-0.138967,-0.00379896,-0.00267971;REVB=0.36686,-0.00528561,-0.0233322;RO=25;SAF=16,7,7;SAR=7,7,6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.175538,-0.0216762,0.0204309;STB=0.561373,0.590488,0.992705;STBP=0.174,0.111,0.328;TYPE=del,del,del;VARB=0.231651,-0.0201619,2.69872e-05;OID=.,.,.;OPOS=111953924,111953922,111953923;OREF=T,TA,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=TTA,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.45977,0.321839,0.0229885:23,14,13:88:40,28,2:87:17:20,13,2:20,15,0:12:5:99:25:16,7,7:7,7,6:13:12 chr11 111956989 . C A 2046.76 PASS AF=0.992481;AO=129;DP=130;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00802335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.897;QD=61.5568;RBI=0.073455;REFB=0.0285471;REVB=0.0730155;RO=1;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856211;STB=0.504273;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-1.83226e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:133:1:1:129:132:0.992481:55:74:0:1:58:74:0:1 chr11 112065434 . T C 1404.23 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.213;QD=62.4104;RBI=0.0166274;REFB=0;REVB=0.000693079;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31894e-06;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:51:37:0:0:52:38:0:0 chr11 112088499 . A C 2333.09 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1435;QD=63.0566;RBI=0.110687;REFB=-0.0531108;REVB=0.109284;RO=1;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674565;STB=0.503546;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000807048;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:1:1:146:147:0.993243:70:76:0:1:70:77:0:1 chr11 112123095 . A G 963.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0559;QD=58.3725;RBI=0.0553934;REFB=0;REVB=-0.0482641;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467537;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:36:30:0:0 chr11 112223299 . G A 628.5 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.03;QD=59.8576;RBI=0.0210455;REFB=0;REVB=-0.00673198;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703893;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:42:0:0:41:42:1:13:28:0:0:13:29:0:0 chr11 112832338 . TGC ATG,TG 451.33 PASS AF=0,1;AO=3,29;DP=35;FAO=0,34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0786739,-0.0494707;FXX=0.0285633;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=58.3471,20.2344;QD=53.0974;RBI=0.0796399,0.0507386;REFB=0,0;REVB=0.0123661,-0.0112718;RO=0;SAF=3,22;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0643134,-0.00223905;OID=.,.;OPOS=112832338,112832340;OREF=TGC,C;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:35:34:0:0:3,29:0,34:0,1:0,7:3,22:0:0:0,7:0,27:0:0 chr11 112832353 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.061;QD=56.0119;RBI=0.026934;REFB=0.0162348;REVB=-0.0185473;RO=1;SAF=27;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017006;STB=0.509086;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000108024;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:7:27:1:0:7:27:1:0 chr11 112832358 . T C 438.45 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00231867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.895;QD=50.109;RBI=0.00761072;REFB=-0.0157877;REVB=0.00724892;RO=2;SAF=26;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540681;STB=0.562121;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00192378;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:2:3:32:32:0.914286:6:26:1:1:6:26:1:2 chr11 113103996 . T G 1770.0 PASS AF=0.924812;AO=123;DP=134;FAO=123;FDP=133;FR=.;FRO=10;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.000429549;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8275;QD=53.233;RBI=0.0542764;REFB=-0.117024;REVB=0.0542747;RO=11;SAF=50;SAR=73;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216468;STB=0.508322;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0532295;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:134:133:11:10:123:123:0.924812:73:50:3:8:73:50:3:7 chr11 113111501 . T C 1029.78 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.031451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3909;QD=58.0157;RBI=0.0381841;REFB=-0.0453941;REVB=-0.0216533;RO=1;SAF=13;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349766;STB=0.518513;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000387503;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:57:13:1:0:57:13:1:0 chr11 113113515 . G A 1341.49 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0456156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.384;QD=60.9769;RBI=0.0475008;REFB=-0.0483442;REVB=-0.0132492;RO=1;SAF=33;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141395;STB=0.507461;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000642469;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:53:33:1:0:54:33:1:0 chr11 113194168 . A C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.042;QD=56.9555;RBI=0.00541078;REFB=0;REVB=0.000791951;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82307e-06;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr11 113200709 . G A 849.53 PASS AF=0.43662;AO=93;DP=213;FAO=93;FDP=213;FR=.;FRO=120;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=79;FWDB=0.00400859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.099;QD=15.9536;RBI=0.0286676;REFB=-0.0147807;REVB=-0.028386;RO=120;SAF=56;SAR=37;SRF=41;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259681;STB=0.644095;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0151807;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:120:120:93:93:0.43662:37:56:41:79:37:56:41:79 chr11 113212553 . T C 396.58 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=-0.00311052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.721;QD=15.1076;RBI=0.0503418;REFB=-0.0120282;REVB=-0.0502456;RO=60;SAF=29;SAR=16;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122473;STB=0.568382;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0162071;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:16:29:45:15:16:29:45:15 chr11 113264272 . T C 826.64 PASS AF=0.527027;AO=76;DP=146;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.00030751;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.648;QD=22.3417;RBI=0.0703017;REFB=-0.0156434;REVB=0.070301;RO=70;SAF=40;SAR=36;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13475;STB=0.572568;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00983383;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:70:70:76:78:0.527027:36:40:26:44:37:41:26:44 chr11 113264470 . A C 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00216118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.135;QD=16.5035;RBI=0.0045055;REFB=-0.0111504;REVB=-0.00395333;RO=30;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213322;STB=0.512039;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0166104;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:9:17:19:11:9:17:19:11 chr11 113266821 . G A 249.65 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0215303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0627;QD=18.4927;RBI=0.0283336;REFB=0.00349981;REVB=0.0184184;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150773;STB=0.592021;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00216362;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:13:14:9:17:13:14:9:18 chr11 113270015 . G C 183.46 PASS AF=0.44186;AO=20;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0530361;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4375;QD=17.066;RBI=0.0773862;REFB=-0.00316625;REVB=0.0563543;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241502;STB=0.652026;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00408141;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:20:19:0.44186:10:10:6:18:9:10:6:18 chr11 113270374 . C T 2879.29 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=185;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137319;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.73;QD=62.5933;RBI=0.103436;REFB=0.0382338;REVB=0.102521;RO=1;SAF=99;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570162;STB=0.502958;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=3.77115e-05;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:184:1:1:182:183:0.994565:83:99:0:1:84:99:0:1 chr11 113270828 . G A 434.81 PASS AF=0.403226;AO=48;DP=122;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00525247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9386;QD=14.0262;RBI=0.035522;REFB=-0.0125979;REVB=0.0351315;RO=74;SAF=19;SAR=29;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170002;STB=0.604639;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0222258;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:74:74:48:50:0.403226:29:19:41:33:31:19:41:33 chr11 113283477 . A G 493.14 PASS AF=0.489796;AO=49;DP=97;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=43;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0553099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.434;QD=20.1283;RBI=0.0631913;REFB=-0.0319995;REVB=-0.0305606;RO=47;SAF=44;SAR=5;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434378;STB=0.735969;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0446756;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:50:49:48:0.489796:5:44:28:19:5:43:31:19 chr11 113295137 . G A 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0124748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.53;QD=22.4819;RBI=0.0133966;REFB=-0.00597902;REVB=0.00488334;RO=38;SAF=30;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12486;STB=0.568934;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00373423;OID=.;OPOS=113295137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:15:30:20:18:15:30:20:18 chr11 113561025 . G A 1596.01 PASS AF=0.622807;AO=142;DP=228;FAO=142;FDP=228;FR=.;FRO=86;FSAF=90;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.00344426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6399;QD=28.0002;RBI=0.022195;REFB=-0.00978439;REVB=-0.0219261;RO=85;SAF=90;SAR=52;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250892;STB=0.51642;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00654676;OID=.;OPOS=113561025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:85:86:142:142:0.622807:52:90:51:34:52:90:51:35 chr11 113561054 . A G 3449.76 PASS AF=0.991111;AO=220;DP=225;FAO=223;FDP=225;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.03052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.479;QD=61.3291;RBI=0.0308005;REFB=0.0251725;REVB=0.00414763;RO=2;SAF=131;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105851;STB=0.505434;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-9.61282e-05;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:225:225:2:2:220:223:0.991111:89:131:0:2:91:132:0:2 chr11 113561057 . A G 3012.42 PASS AF=0.928889;AO=204;DP=225;FAO=209;FDP=225;FR=.;FRO=16;FSAF=119;FSAR=90;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0200079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9757;QD=53.5542;RBI=0.0331979;REFB=-0.0800754;REVB=-0.0264912;RO=18;SAF=116;SAR=88;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506378;STB=0.517713;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00884048;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:225:225:18:16:204:209:0.928889:88:116:16:2:90:119:13:3 chr11 113570405 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.642;QD=59.4339;RBI=0.0455823;REFB=0;REVB=0.0451836;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226464;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr11 113570852 . C T 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0320471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.31;QD=8.43579;RBI=0.039939;REFB=-0.00543431;REVB=-0.0238349;RO=41;SAF=4;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323096;STB=0.696182;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0155925;OID=.;OPOS=113570852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:13:4:20:21:13:4:20:21 chr11 113576932 . A G 1060.52 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0682;QD=59.7474;RBI=0.119758;REFB=0;REVB=0.0589077;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621287;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:45:25:0:0:45:26:0:0 chr11 113668757 . C CAT 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0116956;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.394;QD=9.49529;RBI=0.0200354;REFB=-0.022944;REVB=-0.0162675;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316018;STB=0.691532;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=0.0429085;OID=.;OPOS=113668758;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:11:41:11:35:24:8:3:11:13:83:30:8:3:14:16 chr11 113670052 . T A 707.89 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0145606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.898;QD=49.6764;RBI=0.0423624;REFB=-0.0738254;REVB=0.0397815;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523551;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00267681;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:57:57:0:4:53:53:0.929825:13:40:0:0:13:40:2:2 chr11 113679119 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6734;QD=57.1757;RBI=0.0289848;REFB=0;REVB=0.00405056;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198739;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr11 113698002 . C T 228.48 PASS AF=0.464286;AO=21;DP=53;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00637017;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.669;QD=16.3203;RBI=0.0211334;REFB=-0.0318898;REVB=0.0201504;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242663;STB=0.508664;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0337928;OID=.;OPOS=113698002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:32:30:21:26:0.464286:5:16:18:14:10:16:18:12 chr11 113803104 . G A 524.58 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0229899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4313;QD=24.1184;RBI=0.0344539;REFB=-0.0273482;REVB=-0.025662;RO=37;SAF=25;SAR=24;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109133;STB=0.56468;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0185912;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:38:49:49:0.563218:24:25:24:13:24:25:25:13 chr11 113848273 . A T 105.81 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00967879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4457;QD=21.1613;RBI=0.00970374;REFB=-0.0814325;REVB=-0.000695351;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396692;STB=0.721901;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0430913;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:0:8:5:7:0:8 chr11 113860425 . A G 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00843099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.91;QD=13.1402;RBI=0.022692;REFB=-0.012171;REVB=-0.0210676;RO=54;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766165;STB=0.543784;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0189849;OID=.;OPOS=113860425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:16:17:24:30:16:17:24:30 chr11 114421857 . T C 52.98 PASS AF=0.146667;AO=10;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0102404;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.296;QD=2.82569;RBI=0.0147538;REFB=-0.00207014;REVB=0.0106212;RO=63;SAF=3;SAR=7;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23968;STB=0.688253;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0209593;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:75:75:63:64:10:11:0.146667:7:3:31:32:8:3:31:33 chr11 114421861 . G A 63.45 PASS AF=0.162162;AO=10;DP=72;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0172799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4758;QD=3.42984;RBI=0.0172869;REFB=-0.0104777;REVB=0.000491931;RO=62;SAF=3;SAR=7;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248804;STB=0.717933;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.025643;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:72:74:62:62:10:12:0.162162:7:3:31:31:9:3:31:31 chr11 114569054 . A G 1687.5 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339972;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3071;QD=60.2677;RBI=0.0341893;REFB=0;REVB=0.00361942;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280485;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:112:0:0:106:112:1:60:46:0:0:63:49:0:0 chr11 114576626 . A T 1036.91 PASS AF=1;AO=61;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111762;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.4187;QD=58.4175;RBI=0.156254;REFB=0;REVB=0.1092;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299948;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:1:0:61:71:1:31:30:1:0:36:35:0:0 chr11 115044850 . C A 234.97 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00358674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.542;QD=18.7978;RBI=0.0239018;REFB=-0.0159351;REVB=-0.0236311;RO=27;SAF=21;SAR=2;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225955;STB=0.630766;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0159657;OID=.;OPOS=115044850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:2:21:22:5:2:21:22:5 chr11 116661826 . T C 1499.98 PASS AF=1;AO=88;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161428;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.676;QD=59.4051;RBI=0.0179719;REFB=0;REVB=0.00789917;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679811;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:88:101:1:34:54:0:0:35:66:0:0 chr11 116662579 . C T 726.68 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189238;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.966;QD=56.9941;RBI=0.02061;REFB=0;REVB=-0.00816462;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16113e-05;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr11 116692334 . C T 806.68 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.752;QD=64.5342;RBI=0.12721;REFB=0;REVB=0.122387;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051207;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:20:28:0:0:21:29:0:0 chr11 116693464 . C T 1241.36 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0521543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.177;QD=59.1125;RBI=0.0610587;REFB=-0.155022;REVB=0.0317506;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.506171;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000707492;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:84:0:1:82:83:0.988095:39:43:0:0:40:43:0:1 chr11 116701535 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.047;QD=59.8353;RBI=0.0428997;REFB=0;REVB=0.041725;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153166;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:22:10:0:0:22:14:0:0 chr11 116732017 . T TG 50.48 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.134007;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.22605;QD=7.76561;RBI=0.297292;REFB=-0.00891845;REVB=0.265377;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185847;STB=0.689293;STBP=0.122;TYPE=ins;VARB=0.0669271;OID=.;OPOS=116732018;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:11:29:12:26:14:10:2:8:6:46:16:9:2:11:5 chr11 117042377 . G A 687.88 PASS AF=0.544715;AO=66;DP=122;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0124234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.789;QD=22.3701;RBI=0.0133361;REFB=-0.0325402;REVB=-0.00484869;RO=56;SAF=43;SAR=23;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056228;STB=0.533323;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0252408;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:56:56:66:67:0.544715:23:43:33:23:23:44:33:23 chr11 117077034 . A G 180.44 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0170606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3121;QD=16.0387;RBI=0.020478;REFB=-0.0253364;REVB=-0.0113263;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295976;STB=0.666518;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0197312;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:22:4:8:11:22:4 chr11 117094020 . A G 452.48 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0344019;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5982;QD=19.4614;RBI=0.0539432;REFB=-0.0202573;REVB=0.0415497;RO=45;SAF=35;SAR=9;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818467;STB=0.548997;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0253633;OID=.;OPOS=117094020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:45:48:44:45:0.483871:9:35:33:12:10:35:34:14 chr11 117156552 . T C 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7948;QD=63.8663;RBI=0.0409406;REFB=0;REVB=0.0373266;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108533;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr11 117160347 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.453;QD=56.9566;RBI=0.0513121;REFB=0;REVB=-0.0347727;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00726e-05;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr11 117161295 . G T 505.78 PASS AF=0.525253;AO=50;DP=103;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00449221;FXX=0.0480723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.412;QD=20.4357;RBI=0.00980281;REFB=-0.00135298;REVB=0.00871293;RO=43;SAF=15;SAR=35;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173276;STB=0.613931;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000808381;OID=.;OPOS=117161295;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:99:43:47:50:52:0.525253:35:15:21:22:36:16:25:22 chr11 117163824 . C G 1299.7 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00875271;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7475;QD=59.7563;RBI=0.0710298;REFB=-0.127824;REVB=0.0704885;RO=0;SAF=60;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6186e-08;STB=0.509432;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00700893;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:84:86:0.988506:24:60:0:0:26:60:0:1 chr11 117252489 . T C 1400.66 PASS AF=0.47619;AO=119;DP=284;FAO=150;FDP=315;FR=.;FRO=165;FSAF=108;FSAR=42;FSRF=128;FSRR=37;FWDB=0.00684521;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.238;QD=17.7861;RBI=0.0123854;REFB=-0.0160984;REVB=0.0103219;RO=152;SAF=88;SAR=31;SRF=119;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588737;STB=0.537406;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0198393;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:315:152:165:119:150:0.47619:31:88:119:33:42:108:128:37 chr11 117267884 . A G 775.4 PASS AF=0.493827;AO=79;DP=159;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00987583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8823;QD=19.1457;RBI=0.0550233;REFB=-0.0192105;REVB=-0.0541298;RO=77;SAF=49;SAR=30;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698423;STB=0.552871;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0221922;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:77:82:79:80:0.493827:30:49:42:35:30:50:43:39 chr11 117282800 . G T 287.95 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0128626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1583;QD=20.9416;RBI=0.0260299;REFB=-0.0231553;REVB=0.0226298;RO=24;SAF=24;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194799;STB=0.577264;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0282292;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:24:25:29:30:0.545455:5:24:16:8:6:24:17:8 chr11 117309989 . C T 639.05 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0437423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.139;QD=59.4461;RBI=0.0658894;REFB=-0.167854;REVB=-0.049275;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00180926;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:16:26:0:0:16:26:1:0 chr11 117310022 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.023;QD=62.6708;RBI=0.00808481;REFB=0;REVB=-0.00190687;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46904e-05;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:17:27:0:0 chr11 117335722 . T C 1452.95 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5827;QD=57.5426;RBI=0.0341568;REFB=0.0268763;REVB=0.025649;RO=1;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977841;STB=0.505154;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000563227;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:101:1:1:97:100:0.990099:48:49:0:1:48:52:0:1 chr11 117351277 . TCG GTC,TCGG 60.93 PASS AF=0,0.413043;AO=3,16;DP=46;FAO=0,19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=0,11;FSAR=0,8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.032783,-0.0743725;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=18.0996,7.61632;QD=5.29861;RBI=0.118647,0.195899;REFB=0.0201677,-0.0250767;REVB=-0.114028,0.181233;RO=22;SAF=0,11;SAR=3,5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.641296,0.0578709;STB=0.5,0.530774;STBP=1,0.731;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0381557;OID=.,.;OPOS=117351277,117351279;OREF=TCG,-;OALT=GTC,G;OMAPALT=GTC,TCGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:46:46:22:27:3,16:0,19:0,0.413043:3,5:0,11:14:8:0,8:0,11:17:10 chr11 117392110 . A G 116.33 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0334021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.989;QD=11.6333;RBI=0.0476665;REFB=-0.0100577;REVB=-0.0340058;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12693;STB=0.519203;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0183008;OID=.;OPOS=117392110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:26:14:14:0.35:5:9:11:10:5:9:16:10 chr11 117403235 . G T 338.11 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00753053;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.587;QD=17.1197;RBI=0.0101759;REFB=0.00217874;REVB=0.00684399;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135528;STB=0.509653;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00227629;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:43:36:36:0.455696:22:14:16:25:22:14:16:27 chr11 117693255 . T C 1529.04 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.176;QD=63.7101;RBI=0.0350053;REFB=0;REVB=0.0347366;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69557e-05;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:55:39:0:0:57:39:0:0 chr11 117772925 . G A 168.6 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00279359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.775;QD=16.0571;RBI=0.029153;REFB=-0.0230057;REVB=-0.0290188;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590993;STB=0.533861;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0230128;OID=.;OPOS=117772925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:16:8:7:11:16:8 chr11 117774142 . C T 488.36 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.00692515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8258;QD=21.4664;RBI=0.110214;REFB=-0.0254175;REVB=0.109996;RO=42;SAF=31;SAR=16;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126167;STB=0.550221;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0246351;OID=.;OPOS=117774142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:42:44:47:47:0.516484:16:31:33:9:16:31:33:11 chr11 117774291 . A C 300.3 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0146179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7737;QD=24.5142;RBI=0.026119;REFB=0.00873678;REVB=-0.0216453;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194638;STB=0.615187;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00271157;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:13:14:16:5:13:14:17:5 chr11 117774394 . A G 398.71 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0785612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1761;QD=15.7904;RBI=0.0792865;REFB=-0.00849955;REVB=-0.0106999;RO=56;SAF=32;SAR=12;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281617;STB=0.664014;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00831704;OID=.;OPOS=117774394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:57:44:44:0.435644:12:32:26:30:12:32:26:31 chr11 117779376 . G A 266.11 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00526966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.155;QD=21.2887;RBI=0.0150162;REFB=0.000285998;REVB=0.0140612;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128213;STB=0.561731;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.000283618;OID=.;OPOS=117779376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:11:13:17:8:11:14:17:8 chr11 117781435 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.2;QD=60.9786;RBI=0.0641391;REFB=0;REVB=0.0399706;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190922;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr11 117789327 . T C 61.89 PASS AF=0.141414;AO=6;DP=95;FAO=14;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=17;FWDB=-0.0712893;FXX=0.0571374;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.266;QD=2.50063;RBI=0.0897938;REFB=-0.00966895;REVB=0.0545964;RO=64;SAF=0;SAR=6;SRF=48;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.705356;STB=0.902516;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0885402;OID=.;OPOS=117789327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:95:99:64:85:6:14:0.141414:6:0:48:16:11:3:68:17 chr11 117789342 . T C 690.7 PASS AF=0.734177;AO=53;DP=74;FAO=58;FDP=79;FR=.;FRO=21;FSAF=48;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0707637;FXX=0.0595167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.572;QD=34.9724;RBI=0.0708811;REFB=-0.0684133;REVB=-0.0040768;RO=21;SAF=44;SAR=9;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414758;STB=0.713573;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.022247;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:21:21:53:58:0.734177:9:44:4:17:10:48:4:17 chr11 117789345 . G C 633.39 PASS AF=0.674699;AO=56;DP=82;FAO=56;FDP=83;FR=.;FRO=27;FSAF=47;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0956549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.846;QD=30.5246;RBI=0.0986589;REFB=-0.0601774;REVB=0.0241602;RO=26;SAF=47;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401393;STB=0.726577;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0260499;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:26:27:56:56:0.674699:9:47:8:18:9:47:8:19 chr11 117857338 . G C 396.87 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0327735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6592;QD=18.4593;RBI=0.0352956;REFB=-0.0226717;REVB=-0.0131025;RO=45;SAF=14;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199434;STB=0.601106;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.01775;OID=.;OPOS=117857338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:40:41:0.476744:26:14:25:20:26:15:25:20 chr11 117857499 . C A 137.31 PASS AF=0.736842;AO=10;DP=20;FAO=14;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0973035;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.401;QD=28.9068;RBI=0.13317;REFB=-0.0592996;REVB=0.0909185;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205201;STB=0.540926;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0711416;OID=.;OPOS=117857499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:20:19:3:4:10:14:0.736842:5:5:0:3:8:6:1:3 chr11 117859209 . G A 257.69 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0283943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6034;QD=19.8226;RBI=0.056419;REFB=-0.0362043;REVB=0.0487531;RO=25;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255524;STB=0.514275;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0456727;OID=.;OPOS=117859209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:18:9:9:16:18:9:9:16 chr11 117864047 . A G 294.04 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0167013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.968;QD=19.9349;RBI=0.031238;REFB=-0.027106;REVB=0.0263985;RO=28;SAF=8;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163052;STB=0.595789;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0307351;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:22:8:12:16:23:8:12:16 chr11 117869591 . C T 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.000739281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.311;QD=19.6953;RBI=0.00590385;REFB=-0.0123821;REVB=-0.00585738;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349473;STB=0.696787;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0127149;OID=.;OPOS=117869591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:6:16:7:14:6:16 chr11 117869670 . A G 330.87 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.723;QD=52.9384;RBI=0.0411665;REFB=0;REVB=0.0387059;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109741;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:1:0:23:25:1:14:9:0:1:16:9:0:0 chr11 117896135 . C T 1197.77 PASS AF=0.387187;AO=139;DP=358;FAO=139;FDP=359;FR=.;FRO=220;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=113;FSRR=107;FWDB=-0.00853298;FXX=0.0027777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.053;QD=13.3456;RBI=0.00938112;REFB=-0.00499623;REVB=0.0038979;RO=217;SAF=62;SAR=77;SRF=110;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663408;STB=0.541528;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00824947;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:359:217:220:139:139:0.387187:77:62:110:107:77:62:113:107 chr11 117896521 . T A 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0388662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.646;QD=8.69811;RBI=0.0408408;REFB=-0.0130146;REVB=-0.0125455;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301111;STB=0.68373;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0124941;OID=.;OPOS=117896521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:10:4:4:3:10:4 chr11 117938177 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.025161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1231;QD=16.6612;RBI=0.0305785;REFB=0.013619;REVB=0.0173772;RO=32;SAF=2;SAR=26;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.649681;STB=0.874672;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0328705;OID=.;OPOS=117938177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:26:2:19:13:26:2:19:13 chr11 117965530 . A G 143.98 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0588889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8839;QD=15.1559;RBI=0.0907443;REFB=0.0114893;REVB=0.0690408;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311226;STB=0.503812;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.018656;OID=.;OPOS=117965530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:11:5:6:15:11:5:7:15 chr11 117965602 . C T 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0317427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9742;QD=18.3417;RBI=0.0537762;REFB=-0.00696998;REVB=0.0434082;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242757;STB=0.636222;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00693164;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:3:15:10:7:3:15 chr11 117982495 . T G 1103.13 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993116;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.039;QD=60.4456;RBI=0.0336044;REFB=0;REVB=0.0321034;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98167e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:33:38:0:0:33:40:0:0 chr11 118068752 . T C 542.93 PASS AF=0.407895;AO=61;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0103043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.883;QD=14.2875;RBI=0.0122719;REFB=-0.0183027;REVB=-0.00666493;RO=76;SAF=22;SAR=39;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143269;STB=0.549286;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0237108;OID=.;OPOS=118068752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:90:61:62:0.407895:39:22:38:38:40:22:39:51 chr11 118074337 . A G 746.46 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5357;QD=63.5283;RBI=0.0393071;REFB=0;REVB=0.0392243;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544191;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr11 118081345 . A T 486.44 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00263398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.828;QD=16.6304;RBI=0.0171708;REFB=-0.00353828;REVB=-0.0169676;RO=63;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043897;STB=0.501617;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00339397;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:64:53:53:0.452991:28:25:30:33:28:25:30:34 chr11 118083664 . A G 1678.41 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1481;QD=59.4126;RBI=0.0204088;REFB=-0.00900495;REVB=0.0147571;RO=1;SAF=69;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010913;STB=0.505746;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000408217;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:43:69:0:1:43:69:0:1 chr11 118107805 . A G 1775.83 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.583;QD=60.712;RBI=0.0271813;REFB=0;REVB=0.0188862;RO=0;SAF=70;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145331;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:45:70:0:0:45:72:0:0 chr11 118110977 . T C 2003.09 PASS AF=0.977612;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0248143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7706;QD=59.7936;RBI=0.0336347;REFB=-0.0228973;REVB=-0.0227056;RO=3;SAF=80;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023225;STB=0.501147;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000302331;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:134:3:3:130:131:0.977612:50:80:2:1:50:81:2:1 chr11 118179197 . A G 579.66 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0732138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.693;QD=57.9659;RBI=0.0734478;REFB=-0.0886051;REVB=0.00585806;RO=2;SAF=10;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848708;STB=0.521728;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00117602;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:2:1:38:39:0.975:28:10:2:0:28:11:1:0 chr11 118182829 . T A 454.51 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00818449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.767;QD=55.0923;RBI=0.00845179;REFB=-0.15072;REVB=-0.00210876;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00103897;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr11 118373906 . A G 205.31 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00339807;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.406;QD=19.0987;RBI=0.0249985;REFB=-0.0286624;REVB=0.0247665;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385161;STB=0.6998;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0168274;OID=.;OPOS=118373906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:11:22:20:20:0.465116:6:14:1:10:6:14:7:15 chr11 118375998 . G A 50.49 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0391513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.432;QD=16.8291;RBI=0.048836;REFB=-0.0766597;REVB=0.0291913;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.54533;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.025531;OID=.;OPOS=118375998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:4:5:7:7:0.583333:2:5:3:1:2:5:4:1 chr11 118393396 . A G 284.52 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0311807;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7699;QD=10.9429;RBI=0.0312157;REFB=-0.000943731;REVB=-0.0014771;RO=68;SAF=26;SAR=10;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221189;STB=0.628462;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00197271;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:68:36:36:0.346154:10:26:37:31:10:26:37:31 chr11 118404804 . G A 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0283532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6867;QD=27.2771;RBI=0.0285771;REFB=-0.000632551;REVB=-0.00357021;RO=19;SAF=18;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204304;STB=0.612921;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00103995;OID=.;OPOS=118404804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:10:18:7:12:10:18:7:12 chr11 118405068 . A G 45.38 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00669425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.201;QD=8.25064;RBI=0.0617703;REFB=-0.00135871;REVB=0.0614065;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.519943;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00351849;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:6:9:4:3:6:9 chr11 118405305 . G A 150.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.105394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.37;QD=19.3632;RBI=0.111623;REFB=-0.0131708;REVB=0.0367655;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588234;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00977413;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:8:8:6:8:8:8:7:8 chr11 118405835 . G A 225.79 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0323306;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.285;QD=17.0411;RBI=0.0323321;REFB=-0.00619837;REVB=0.000320577;RO=26;SAF=5;SAR=20;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687768;STB=0.518058;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00996264;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:28:25:25:0.471698:20:5:4:22:20:5:5:23 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 83.53 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0206545;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=8;MLLD=326.576;QD=9.54675;RBI=0.0236741;REFB=-0.00754695;REVB=0.0115697;RO=24;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5175;STB=0.700886;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.0157107;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:36:11:35:24:2:9:10:14:83:24:1:9:11:13 chr11 118430519 . C T 192.71 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0455175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9503;QD=14.8239;RBI=0.0575476;REFB=-0.0187715;REVB=-0.035212;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630218;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0147355;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:12:10:13:16:12:10:14:16 chr11 118471423 . T C 497.24 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0737258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2947;QD=19.1244;RBI=0.0779979;REFB=0.0203472;REVB=0.0254594;RO=52;SAF=20;SAR=32;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942962;STB=0.551981;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0186885;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:32:20:15:37:32:20:15:37 chr11 118472354 . C A 477.87 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.026414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9601;QD=19.9114;RBI=0.041939;REFB=-0.0169197;REVB=0.0325758;RO=48;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973047;STB=0.553169;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0190704;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:48:49:46:47:0.489583:21:25:21:27:21:26:22:27 chr11 118505676 . GT G,GA,GG 1597.04 PASS AF=0.973214,0,0.0267857;AO=101,6,8;DP=116;FAO=109,0,3;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0,1;FSAR=49,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280738,0.0293831,0.0191233;FXX=0.0344798;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=93.1137,71.8245,76.0488;QD=57.0371;RBI=0.0497576,0.0360295,0.0685901;REFB=0,0,0;REVB=-0.0410814,0.0208509,-0.0658703;RO=1;SAF=56,4,3;SAR=45,2,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.010426,0.171372,0.080241;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00199276,0,0.0532313;OID=.,.,.;OPOS=118505677,118505677,118505677;OREF=T,T,T;OALT=-,A,G;OMAPALT=G,GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.973214,0,0.0267857:101,6,8:116:109,0,3:112:0:60,0,1:49,0,2:0:0:6:1:56,4,3:45,2,5:0:1 chr11 118509668 . A G 1438.31 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0234889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0265;QD=61.863;RBI=0.0518726;REFB=-0.00420028;REVB=-0.0462497;RO=1;SAF=58;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081035;STB=0.504273;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-6.37352e-05;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:91:92:0.989247:33:58:1:0:34:58:1:0 chr11 118529017 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.248;QD=40.7629;RBI=0.0325579;REFB=0;REVB=0.0299455;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708245;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr11 118529044 . C CG,CGG 263.61 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=16,4;DP=21;FAO=20,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287867,-0.0215984;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=208.331,186.531;QD=50.2105;RBI=0.0413313,0.0276378;REFB=0,0;REVB=0.0296581,0.017244;RO=0;SAF=4,0;SAR=12,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000951224,0.00451349;OID=.,.;OPOS=118529045,118529045;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.952381,0.047619:16,4:21:20,1:21:0:5,0:15,1:0:0:4:0:4,0:12,4:0:0 chr11 118529069 . G C 313.79 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0398517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6345;QD=44.8265;RBI=0.0529601;REFB=-0.041874;REVB=0.03488;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538432;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0594363;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:0:3:25:25:0.892857:18:7:0:0:18:7:0:3 chr11 118529078 . G C 360.71 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0312719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.8503;QD=46.5427;RBI=0.139254;REFB=-0.158531;REVB=0.135697;RO=3;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067961;STB=0.522712;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0284914;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:3:2:27:29:0.935484:19:8:0:3:21:8:0:2 chr11 118529703 . G A 547.16 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.993;QD=59.1526;RBI=0.0208344;REFB=0;REVB=-0.000395002;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83216e-05;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:15:20:0:0:15:22:0:0 chr11 118620858 . AAAAAT AA,A 276.97 PASS AF=0.961538,0;AO=21,3;DP=29;FAO=25,0;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0;FSAR=20,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00745735,0.00722136;FXX=0.103413;HRUN=5,5;LEN=4,5;MLLD=353.354,341.25;QD=42.6111;RBI=0.0270308,0.0260148;REFB=-0.0653098,-0.0345305;REVB=0.0259818,0.0249925;RO=0;SAF=4,1;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.45803e-08,0;STB=0.545416,0.5;STBP=0.107,1;TYPE=del,del;VARB=0.00105215,-0.0208046;OID=.,.;OPOS=118620860,118620859;OREF=AAAT,AAAAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538,0:21,3:29:25,0:26:1:5,0:20,0:1:0:4:0:4,1:17,2:0:0 chr11 118621825 . G GT,T 1063.14 PASS AF=1,0;AO=64,7;DP=78;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292734,-0.0241685;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=22.8528,38.5452;QD=55.2282;RBI=0.164743,0.0242305;REFB=0,0;REVB=0.162121,0.00173287;RO=7;SAF=27,5;SAR=37,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0282954,0.135151;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00245587,0;OID=.,.;OPOS=118621826,118621825;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:7:0:64,7:77,0:1,0:37,2:27,5:4:3:42,0:35,0:0:0 chr11 118622744 . G A 413.85 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021296;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2048;QD=57.0827;RBI=0.0214102;REFB=0;REVB=0.00220814;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000823623;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 118656777 . T C 214.35 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0119171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.613;QD=12.797;RBI=0.0121525;REFB=-0.0183061;REVB=0.00238053;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150348;STB=0.593895;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0295913;OID=.;OPOS=118656777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:16:10:21:19:16:10:22:19 chr11 118744701 . A AAAAG,AAAG,AAG 152.4 PASS AF=0,0.933333,0;AO=8,2,3;DP=15;FAO=0,14,0;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,0;FSAR=0,14,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=4,3,2;MLLD=136.284,148.592,132.406;QD=40.64;RBI=0.0113663,0.0617824,0.103573;REFB=-0.12773,-0.158331,-0.163364;REVB=0.0113663,0.0617824,0.103573;RO=2;SAF=0,0,0;SAR=8,2,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0,0.0127947,0;OID=.,.,.;OPOS=118744702,118744702,118744702;OREF=-,-,-;OALT=AAAG,AAG,AG;OMAPALT=AAAAG,AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.933333,0:8,2,3:15:0,14,0:15:1:0,0,0:0,14,0:0:1:6:2:0,0,0:8,2,3:0:2 chr11 118757201 . C G 75.1 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.085;QD=37.5476;RBI=0.0133571;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114622;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr11 118757219 . C G 75.09 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5768;QD=37.5458;RBI=0.0328295;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100932;OID=.;OPOS=118757219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr11 118757914 . G T 33.93 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.13121;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5827;QD=15.082;RBI=0.135022;REFB=0.0229489;REVB=0.0318576;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0102732;OID=.;OPOS=118757914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:9:5:4:5:5:0.555556:1:4:3:2:1:4:2:2 chr11 118765267 . G C 1151.6 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335266;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.878;QD=60.6107;RBI=0.0335346;REFB=0;REVB=0.000733468;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71535e-05;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:37:38:0:0:38:38:0:0 chr11 118767037 . G A 74.99 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0179976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4115;QD=11.1101;RBI=0.0211751;REFB=0.0116146;REVB=0.0111566;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323108;STB=0.666418;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0114271;OID=.;OPOS=118767037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:27:17:17:9:10:0.37037:2:7:16:1:2:8:16:1 chr11 118769442 . A G 1523.58 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00061164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.419;QD=59.168;RBI=0.011581;REFB=0;REVB=-0.0115648;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127593;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:100:103:1:53:47:0:0:55:48:0:0 chr11 118771747 . A G 191.01 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00463321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3074;QD=13.4042;RBI=0.040369;REFB=-0.000991269;REVB=-0.0401022;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904417;STB=0.576855;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00165084;OID=.;OPOS=118771747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:34:23:23:0.403509:15:8:13:17:15:8:16:18 chr11 118772516 . T C 318.23 PASS AF=0.350877;AO=39;DP=115;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0127198;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6304;QD=11.1658;RBI=0.0128185;REFB=0.0108593;REVB=-0.00158796;RO=73;SAF=23;SAR=16;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483648;STB=0.522716;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0120262;OID=.;OPOS=118772516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:73:74:39:40:0.350877:16:23:40:33:17:23:40:34 chr11 118772825 . T C 293.83 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.000999377;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.772;QD=17.8076;RBI=0.0299467;REFB=-0.0213372;REVB=-0.02993;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119298;STB=0.622584;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0178471;OID=.;OPOS=118772825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:34:30:32:0.484848:13:17:13:17:13:19:12:22 chr11 118773180 . G A 595.84 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00373575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6659;QD=17.7862;RBI=0.00470645;REFB=-0.00282445;REVB=-0.00286267;RO=69;SAF=35;SAR=27;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147089;STB=0.502694;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00375835;OID=.;OPOS=118773180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:72:62:62:0.462687:27:35:40:29:27:35:41:31 chr11 118896688 . C CG 47.0 PASS AF=0.243902;AO=24;DP=83;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00944467;FXX=0.0238067;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.7405;QD=2.29269;RBI=0.22359;REFB=-0.0378257;REVB=-0.22339;RO=59;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375557;STB=0.861679;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.17429;OID=.;OPOS=118896689;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:24:83:20:82:62:17:3:22:40:47:59:17:7:23:36 chr11 118898435 . AC A 687.54 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1892;QD=45.0844;RBI=0.0989154;REFB=0;REVB=0.089024;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0031089;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:61:61:61:0:37:24:0:0:12:1:36:22:0:1 chr11 118919206 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.282;QD=62.3503;RBI=0.0494929;REFB=0;REVB=0.0401656;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324106;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr11 118922200 . G A 723.81 PASS AF=0.510791;AO=68;DP=136;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00163778;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.061;QD=20.8291;RBI=0.0110426;REFB=-0.0307739;REVB=0.0109204;RO=67;SAF=31;SAR=37;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599998;STB=0.54559;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.027458;OID=.;OPOS=118922200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:67:68:68:71:0.510791:37:31:35:32:40:31:36:32 chr11 118925341 . G A 600.93 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00718039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.327;QD=58.6269;RBI=0.0288584;REFB=0.0304817;REVB=0.0279508;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000156108;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:1:0:18:22:1:0 chr11 118927013 . T TC 600.49 PASS AF=1;AO=55;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.259252;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.4146;QD=34.8112;RBI=0.259542;REFB=0;REVB=0.012268;RO=13;SAF=17;SAR=38;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00688618;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:70:69:69:0:25:44:0:0:12:13:17:38:7:6 chr11 118947634 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.641;QD=60.6099;RBI=0.0475977;REFB=0;REVB=-0.0446503;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158258;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr11 118962230 . G T 278.88 PASS AF=0.395349;AO=29;DP=79;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0829234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7873;QD=12.971;RBI=0.0910735;REFB=-0.0645111;REVB=0.0376575;RO=50;SAF=22;SAR=7;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250549;STB=0.577501;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.074875;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:50:52:29:34:0.395349:7:22:28:22:11:23:29:23 chr11 118963179 . C T 372.69 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0370288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5407;QD=14.3341;RBI=0.0372032;REFB=-0.0178552;REVB=0.00359832;RO=59;SAF=26;SAR=17;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428117;STB=0.521463;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0271921;OID=.;OPOS=118963179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:59:61:43:43:0.413462:17:26:38:21:17:26:39:22 chr11 118967758 . T C 276.98 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00736857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.194;QD=13.5112;RBI=0.0234112;REFB=-0.00811597;REVB=-0.0222214;RO=48;SAF=24;SAR=8;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134141;STB=0.582035;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.012933;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:50:32:32:0.390244:8:24:31:17:8:24:32:18 chr11 118983434 . C T 460.88 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.0148966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.545;QD=15.8925;RBI=0.0153129;REFB=-0.00974103;REVB=0.00354616;RO=56;SAF=34;SAR=17;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433801;STB=0.506491;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.010721;OID=.;OPOS=118983434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:65:51:51:0.439655:17:34:35:21:17:34:44:21 chr11 119005088 . C T 580.58 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182394;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7758;QD=61.114;RBI=0.0682375;REFB=0;REVB=0.0657547;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633541;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr11 119005132 . C T 71.31 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0449052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.908;QD=19.0147;RBI=0.0454035;REFB=-0.00940593;REVB=0.0067084;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134908;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:2:4:6:3:2:4 chr11 119043656 . C T 1040.93 PASS AF=0.924051;AO=73;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00490575;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.779;QD=52.7052;RBI=0.00861255;REFB=-0.0536539;REVB=0.00707881;RO=6;SAF=37;SAR=36;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248551;STB=0.513173;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00663539;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:79:6:6:73:73:0.924051:36:37:2:4:36:37:2:4 chr11 119052826 . C A 4517.04 PASS AF=0.993056;AO=285;DP=290;FAO=286;FDP=288;FR=.;FRO=2;FSAF=151;FSAR=135;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0886144;FXX=0.0170643;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1695;QD=62.7366;RBI=0.120286;REFB=-0.11788;REVB=0.0813395;RO=2;SAF=150;SAR=135;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000350754;STB=0.500195;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00064339;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:290:288:2:2:285:286:0.993056:135:150:1:1:135:151:1:1 chr11 119054488 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0513836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.502;QD=18.6755;RBI=0.0514309;REFB=-0.0189578;REVB=0.00220539;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280532;STB=0.515646;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0191272;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:15:17:16:16:15:17:16:16 chr11 119059404 . G A 479.17 PASS AF=0.971429;AO=24;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0441025;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.0581;QD=54.7619;RBI=0.0441317;REFB=0.0988672;REVB=0.00160683;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000971548;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:24:34:0.971429:10:14:1:0:14:20:1:0 chr11 119060963 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.908;QD=42.1825;RBI=0.0283119;REFB=0;REVB=-0.0271067;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310086;OID=.;OPOS=119060963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 119065709 . G C 695.78 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0325562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.98;QD=60.5025;RBI=0.0410211;REFB=0.0796776;REVB=-0.0249564;RO=1;SAF=8;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125363;STB=0.506664;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0149602;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:37:8:0:1:37:8:0:1 chr11 119181170 . T C 744.15 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712879;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6461;QD=63.3316;RBI=0.0714785;REFB=0;REVB=0.00521769;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167399;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr11 119206375 . G A 530.8 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0587805;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.956;QD=57.3837;RBI=0.0763117;REFB=-0.111079;REVB=0.0486656;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0019649;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:0:1:36:36:0.972973:21:15:0:0:21:15:1:0 chr11 119206912 . G T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.000742768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.616;QD=18.6371;RBI=0.0557215;REFB=-0.0146445;REVB=0.0557166;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840057;STB=0.548129;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0131229;OID=.;OPOS=119206912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:13:3:4:12:13:3:4:12 chr11 119213303 . C T 1499.21 PASS AF=0.99;AO=86;DP=88;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.089;QD=59.9686;RBI=0.0419343;REFB=0.0146005;REVB=0.0360119;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000119556;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:100:0:1:86:99:0.99:40:46:0:0:49:50:1:0 chr11 119216231 . A G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00056135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.227;QD=57.2347;RBI=0.0173812;REFB=0;REVB=0.0173721;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68347e-05;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr11 119216504 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.012904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.608;QD=11.9197;RBI=0.0221396;REFB=0.00758694;REVB=-0.0179903;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0161825;OID=.;OPOS=119216504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:4:5:3:4:4:5 chr11 119229964 . G A 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.041;QD=63.3352;RBI=0.0118032;REFB=0;REVB=0.000903553;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36916e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:38:55:0:0:38:55:0:0 chr11 119244095 . C G,T 730.56 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337132,0.018047;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.4099,181.123;QD=56.1966;RBI=0.0949328,0.0191282;REFB=0,0;REVB=-0.0887449,0.00633976;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129592,-0.000135506;OID=.,.;OPOS=119244095,119244095;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:52:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:0,23:2,27:0:0:0,23:2,27:0:0 chr11 119252199 . T G 3102.63 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514227;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.617;QD=61.1356;RBI=0.074106;REFB=-0.0134338;REVB=0.0533611;RO=1;SAF=123;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154078;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:203:203:1:0:201:203:1:78:123:1:0:78:125:0:0 chr11 119290034 . G C 559.57 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0222021;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.988;QD=54.5919;RBI=0.0225685;REFB=-0.0764628;REVB=0.00405057;RO=2;SAF=30;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302368;STB=0.516121;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000277;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:9:30:2:0:9:30:2:0 chr11 119510644 . A C 4485.39 PASS AF=0.986207;AO=285;DP=291;FAO=286;FDP=290;FR=.;FRO=4;FSAF=133;FSAR=153;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00266254;FXX=0.00684908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9838;QD=61.8674;RBI=0.0106916;REFB=-0.0139332;REVB=0.0103547;RO=3;SAF=133;SAR=152;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398933;STB=0.500485;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00119364;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:291:290:3:4:285:286:0.986207:152:133:2:1:153:133:2:2 chr11 119879425 . T C 725.8 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0245876;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0777;QD=54.7775;RBI=0.0713333;REFB=-0.154313;REVB=0.0669618;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.506664;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00191724;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:50:52:0.981132:35:15:0:0:37:15:0:1 chr11 119993897 . CCT CC,C 669.77 PASS AF=0,1;AO=6,34;DP=46;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649777,0.093757;FXX=0.0434688;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=224.088,240.344;QD=60.8877;RBI=0.0663062,0.0947159;REFB=0,0;REVB=0.0132061,0.0134436;RO=0;SAF=6,12;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.75716e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000163362;OID=.,.;OPOS=119993899,119993898;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,34:46:0,44:44:0:0,22:0,22:0:0:4:0:6,12:0,22:0:0 chr11 119999191 . A G 1479.65 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0626056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.46;QD=58.6;RBI=0.0633459;REFB=-0.0332601;REVB=0.00965634;RO=1;SAF=58;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810884;STB=0.504273;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000609389;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:41:58:1:0:42:58:1:0 chr11 120040695 . C T 163.55 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0386387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0579;QD=11.0881;RBI=0.072318;REFB=-0.0352274;REVB=-0.0611305;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133117;STB=0.549068;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0654377;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:38:21:21:0.355932:10:11:14:21:10:11:17:21 chr11 120041110 . T A 541.78 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00680954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.541;QD=18.2111;RBI=0.0252381;REFB=-0.00920244;REVB=-0.0243021;RO=60;SAF=28;SAR=29;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038977;STB=0.512967;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00740418;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:62:57:57:0.478992:29:28:32:28:29:28:32:30 chr11 120041444 . C T 660.81 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00993614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.835;QD=21.8448;RBI=0.0190841;REFB=0.0217327;REVB=0.0162934;RO=56;SAF=34;SAR=31;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345469;STB=0.518946;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0136938;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:56:65:65:0.53719:31:34:27:29:31:34:27:29 chr11 120042081 . G A 170.09 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0199741;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.614;QD=16.5938;RBI=0.0290025;REFB=0.000533985;REVB=-0.021028;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104704;STB=0.547119;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.000450087;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:11:6:6:17:12:6:6:17 chr11 120042082 . G A 242.22 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0150967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.444;QD=23.0688;RBI=0.0153891;REFB=-0.0244039;REVB=-0.00298551;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437881;STB=0.531222;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0117358;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:16:6:6:13:17:6:6:13 chr11 120042087 . T C 245.66 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00652631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6129;QD=23.9664;RBI=0.0324953;REFB=0.0114197;REVB=0.0318332;RO=17;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322893;STB=0.539647;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00657106;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:17:6:5:12:17:6:6:12 chr11 120175749 . A G 1831.58 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197544;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2585;QD=60.0519;RBI=0.053189;REFB=0;REVB=0.0493845;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039239;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:122:0:0:113:122:1:53:60:0:0:61:61:0:0 chr11 120190066 . TAAAAAAAAG TAAAAAAA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAGG 84.06 PASS AF=0.103064,0,0;AO=42,64,20;DP=397;FAO=37,0,0;FDP=359;FR=.;FRO=322;FSAF=15,0,0;FSAR=22,0,0;FSRF=185;FSRR=137;FWDB=-0.181025,0.00217099,0.17673;FXX=0.0191252;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=13.3476,7.218,11.5211;QD=0.936655;RBI=0.199371,0.319067,0.321068;REFB=-0.029279,-0.0264172,-0.00784965;REVB=-0.0835376,-0.31906,-0.268051;RO=162;SAF=17,25,17;SAR=25,39,3;SRF=103;SRR=59;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.289753,-0.293081,0.321704;STB=0.648412,0.5,0.5;STBP=0.055,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0614229,0,0;OID=.,.,.;OPOS=120190074,120190067,120190074;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.103064,0,0:42,64,20:397:37,0,0:359:322:15,0,0:22,0,0:185:137:83:162:17,25,17:25,39,3:103:59 chr11 120198093 . G A 264.78 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0449854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.038;QD=20.7672;RBI=0.0610808;REFB=0.00644517;REVB=-0.041318;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515799;STB=0.515873;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00558192;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:27:27:0.529412:11:16:15:8:11:16:15:9 chr11 120292570 . T A 1502.99 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.202;QD=59.5245;RBI=0.0438368;REFB=0;REVB=0.0285148;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225797;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:101:0:0:92:101:1:47:45:0:0:51:50:0:0 chr11 120330019 . T G 267.06 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0066244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4425;QD=20.1558;RBI=0.043266;REFB=0.0086942;REVB=0.0427558;RO=25;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229915;STB=0.633793;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00425169;OID=.;OPOS=120330019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:27:28:0.528302:21:6:11:14:22:6:11:14 chr11 120347940 . A G 282.96 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=0.0177105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.67;QD=14.8929;RBI=0.0209187;REFB=-0.00135962;REVB=-0.0111322;RO=43;SAF=20;SAR=12;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190716;STB=0.611049;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00199624;OID=.;OPOS=120347940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:44:32:32:0.421053:12:20:34:9:12:20:35:9 chr11 120745874 . C T 509.2 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0382671;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.024;QD=19.398;RBI=0.0434248;REFB=-0.0040613;REVB=-0.0205266;RO=52;SAF=30;SAR=23;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424054;STB=0.523437;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00624198;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:52:53:53:0.504762:23:30:27:25:23:30:27:25 chr11 120776001 . G A 1273.42 PASS AF=1;AO=54;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230092;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.685;QD=62.1181;RBI=0.104747;REFB=0;REVB=0.102189;RO=0;SAF=43;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431735;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:54:82:1:11:43:0:0:37:45:0:0 chr11 120823608 . G A 448.17 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00330074;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.626;QD=20.1424;RBI=0.00341849;REFB=-0.0310499;REVB=-0.000889487;RO=41;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117176;STB=0.550327;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.025264;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:41:44:44:45:0.505618:22:22:15:26:22:23:18:26 chr11 120827609 . A G 608.73 PASS AF=0.941176;AO=46;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0190526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7233;QD=47.7435;RBI=0.0453423;REFB=-0.164467;REVB=-0.0411452;RO=5;SAF=31;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015348;STB=0.523799;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0232738;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:51:51:5:3:46:48:0.941176:15:31:3:2:15:33:1:2 chr11 120989335 . A G 264.54 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0059693;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.455;QD=17.6361;RBI=0.0126792;REFB=-0.0123339;REVB=-0.0111861;RO=31;SAF=22;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592334;STB=0.51162;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0130562;OID=.;OPOS=120989335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:7:22:22:9:7:22:23:8 chr11 120996292 . A G 503.95 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00473914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.156;QD=17.5288;RBI=0.0136179;REFB=-0.0169499;REVB=-0.0127667;RO=61;SAF=30;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611053;STB=0.533968;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0194984;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:24:30:30:31:24:30:30:31 chr11 121000774 . T C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0132214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6871;QD=15.6424;RBI=0.0447416;REFB=-0.00864647;REVB=-0.0427435;RO=29;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130209;STB=0.575264;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0137636;OID=.;OPOS=121000774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:14:6:12:17:14:6:12:17 chr11 121000784 . T C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0382723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8356;QD=11.6204;RBI=0.0698556;REFB=-0.00757597;REVB=-0.0584383;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18546;STB=0.608582;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.014992;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:14:6:16:19:14:6:16:19 chr11 121032978 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.38;QD=64.4146;RBI=0.00717536;REFB=0;REVB=0.000242246;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6767e-05;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr11 121403229 . T C 2084.69 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304402;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.669;QD=62.6973;RBI=0.0358285;REFB=0;REVB=-0.0188965;RO=0;SAF=78;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97254e-07;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:55:78:0:0:55:78:0:0 chr11 121415958 . C T 612.38 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0149121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.281;QD=18.557;RBI=0.0151624;REFB=-0.0295952;REVB=-0.00274388;RO=69;SAF=35;SAR=28;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867259;STB=0.548045;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0327622;OID=.;OPOS=121415958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:28:35:32:37:28:35:32:37 chr11 121437819 . C G 846.57 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282748;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.075;QD=56.4381;RBI=0.0286048;REFB=0;REVB=0.00433224;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129385;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:56:60:1:26:30:0:0:26:34:0:0 chr11 121448090 . T G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00851596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.002;QD=14.2309;RBI=0.0101405;REFB=-0.0155331;REVB=-0.00550528;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28689;STB=0.660075;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0165441;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:36:25:26:0.419355:9:16:12:22:10:16:12:24 chr11 121475922 . T A 490.87 PASS AF=0.621622;AO=45;DP=73;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0421936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.318;QD=26.5335;RBI=0.0428777;REFB=-0.0150434;REVB=0.00762889;RO=27;SAF=25;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101877;STB=0.543459;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0105724;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:27:28:45:46:0.621622:20:25:11:16:21:25:12:16 chr11 121491782 . G A 2153.61 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.889;QD=62.879;RBI=0.0336486;REFB=0;REVB=-0.0328616;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31691e-05;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:69:67:0:0:70:67:0:0 chr11 122322268 . A C 527.36 PASS AF=0.402778;AO=57;DP=143;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=62;FWDB=0.03605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4238;QD=14.649;RBI=0.0360501;REFB=-0.00658017;REVB=8.00823e-05;RO=86;SAF=15;SAR=42;SRF=24;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215885;STB=0.502392;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0100283;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:86:86:57:58:0.402778:42:15:24:62:42:16:24:62 chr11 122430682 . C A 297.7 PASS AF=0.4;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00447726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.172;QD=14.0092;RBI=0.00985485;REFB=-0.0053369;REVB=0.00877908;RO=49;SAF=23;SAR=9;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175182;STB=0.582228;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00609634;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:49:51:32:34:0.4:9:23:28:21:11:23:28:23 chr11 122665437 . A G 999.89 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.336;QD=58.817;RBI=0.020352;REFB=0;REVB=0.0129957;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23068e-05;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:32:36:0:0 chr11 122681534 . A G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00627745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.847;QD=13.23;RBI=0.020939;REFB=-0.0137094;REVB=-0.0199759;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241824;STB=0.514122;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0197859;OID=.;OPOS=122681534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:16:13:8:9:16:13 chr11 122738261 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0200347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.695;QD=21.7466;RBI=0.0209762;REFB=-0.0155507;REVB=-0.00621398;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032955;STB=0.518502;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0141393;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:12:8:8:14:12:8 chr11 122742428 . T G 88.07 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0323579;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.833;QD=14.0915;RBI=0.0325096;REFB=-0.00814355;REVB=-0.00313642;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154773;STB=0.509074;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0144679;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:4:10:8:3:4:10 chr11 123065683 . C T 564.65 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0575222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5102;QD=18.2145;RBI=0.0582947;REFB=-0.0270785;REVB=0.00945883;RO=60;SAF=29;SAR=30;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379258;STB=0.50041;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0323197;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:65:59:59:0.475806:30:29:27:33:30:29:32:33 chr11 123596703 . A C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00216728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.402;QD=17.4275;RBI=0.0059087;REFB=-0.00376498;REVB=-0.00549688;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166796;STB=0.595583;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0072734;OID=.;OPOS=123596703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:12:11:6:13:12:11 chr11 123600475 . A G 470.7 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0112418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6163;QD=15.956;RBI=0.0174022;REFB=0.00710516;REVB=0.0132837;RO=66;SAF=28;SAR=24;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839738;STB=0.546878;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00892303;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:24:28:41:25:24:28:41:25 chr11 123676388 . G A 324.54 PASS AF=0.515152;AO=32;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00139093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.43;QD=19.6688;RBI=0.00416141;REFB=-0.0230049;REVB=-0.00392208;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113613;STB=0.548418;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0194586;OID=.;OPOS=123676388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:32:32:34:0.515152:17:15:11:21:19:15:11:21 chr11 123753937 . A G 496.87 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00845339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.954;QD=16.5622;RBI=0.00981659;REFB=-0.00909188;REVB=0.00499056;RO=66;SAF=31;SAR=23;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587658;STB=0.5328;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0116826;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:23:31:34:32:23:31:34:32 chr11 123754844 . T C 1211.56 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224663;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.773;QD=61.3448;RBI=0.0251286;REFB=0;REVB=0.0112568;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57883e-05;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr11 123777302 . T G 353.12 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.059578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.537;QD=13.8476;RBI=0.0599193;REFB=0.00370481;REVB=-0.00638678;RO=61;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10485;STB=0.565682;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00696309;OID=.;OPOS=123777302;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:61:61:40:41:0.401961:19:21:26:35:19:22:26:35 chr11 123777412 . A G 287.65 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0221487;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.114;QD=20.5467;RBI=0.0232897;REFB=-0.0127467;REVB=-0.00720042;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148776;STB=0.582678;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00914066;OID=.;OPOS=123777412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:12:18:11:15:12:18:11:15 chr11 123777497 . G A 321.11 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0178165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.411;QD=33.8013;RBI=0.0184736;REFB=-0.0245411;REVB=0.00488332;RO=11;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932894;STB=0.550861;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00823762;OID=.;OPOS=123777497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:12:15:8:3:12:15:8:3 chr11 123777536 . G A 330.39 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0154174;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.028;QD=23.1851;RBI=0.0331882;REFB=-0.0463734;REVB=0.0293898;RO=23;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363512;STB=0.527011;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0325586;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:24:33:33:0.578947:20:13:8:15:20:13:8:16 chr11 123777861 . T C 263.58 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.00543669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.622;QD=10.439;RBI=0.00602207;REFB=0.00429985;REVB=-0.00258993;RO=67;SAF=15;SAR=18;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247787;STB=0.64656;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00683533;OID=.;OPOS=123777861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:68:33:33:0.326733:18:15:45:22:18:15:46:22 chr11 123777986 . T C 368.43 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0148838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.48;QD=16.7467;RBI=0.015628;REFB=-0.00716791;REVB=-0.00476503;RO=49;SAF=11;SAR=28;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26341;STB=0.648636;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00962694;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:28:11:26:23:28:11:26:23 chr11 123778031 . G A 463.59 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0121665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.605;QD=22.0758;RBI=0.012167;REFB=-0.00834991;REVB=-0.000106672;RO=39;SAF=16;SAR=28;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191697;STB=0.51459;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00752131;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:39:44:45:0.535714:28:16:15:24:29:16:15:24 chr11 123778173 . T G 176.21 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.123769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1851;QD=29.3687;RBI=0.124319;REFB=-0.00605574;REVB=-0.0116811;RO=7;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110844;STB=0.547208;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00344939;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:7:7:16:17:0.708333:10:6:4:3:10:7:4:3 chr11 123886308 . A G 172.17 PASS AF=0.236842;AO=25;DP=111;FAO=27;FDP=114;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00291537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5469;QD=6.04112;RBI=0.0174141;REFB=-0.0129351;REVB=0.0171683;RO=86;SAF=12;SAR=13;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187369;STB=0.511802;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0433165;OID=.;OPOS=123886308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:86:87:25:27:0.236842:13:12:40:46:15:12:40:47 chr11 123886320 . A G 120.66 PASS AF=0.191304;AO=20;DP=113;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.00966691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.868;QD=4.19674;RBI=0.0193835;REFB=-0.00385975;REVB=-0.016801;RO=93;SAF=8;SAR=12;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107522;STB=0.599262;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0362384;OID=.;OPOS=123886320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:93:93:20:22:0.191304:12:8:45:48:14:8:45:48 chr11 123886352 . T C 58.95 PASS AF=0.149425;AO=8;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.00573453;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.457;QD=2.7104;RBI=0.0189974;REFB=-0.00818117;REVB=-0.0181112;RO=62;SAF=0;SAR=8;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59905;STB=0.612504;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0638656;OID=.;OPOS=123886352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:62:74:8:13:0.149425:8:0:23:39:10:3:25:49 chr11 123886865 . T A 890.81 PASS AF=0.53012;AO=88;DP=166;FAO=88;FDP=166;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0178769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1752;QD=21.4654;RBI=0.0401898;REFB=-0.0546912;REVB=0.035995;RO=78;SAF=40;SAR=48;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604748;STB=0.503311;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0478812;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:78:78:88:88:0.53012:48:40:36:42:48:40:36:42 chr11 123887184 . T G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0112743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.597;QD=13.3359;RBI=0.0118724;REFB=-0.0115058;REVB=0.00372098;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305418;STB=0.679749;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0179072;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:4:11:11:13:4:11:11:13 chr11 123894234 . A G 435.86 PASS AF=0.406504;AO=47;DP=120;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0269748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.308;QD=14.1742;RBI=0.0278074;REFB=-0.00513955;REVB=0.00675354;RO=70;SAF=20;SAR=27;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049241;STB=0.519395;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00597074;OID=.;OPOS=123894234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:70:73:47:50:0.406504:27:20:33:37:29:21:33:40 chr11 123894402 . A G 255.67 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0284894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.059;QD=10.9965;RBI=0.0849281;REFB=-0.0201315;REVB=0.0800071;RO=60;SAF=10;SAR=23;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266968;STB=0.654375;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0346046;OID=.;OPOS=123894402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:23:10:32:28:23:10:32:28 chr11 123909073 . C G 631.11 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0909416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9138;QD=21.0371;RBI=0.0910582;REFB=0.00620823;REVB=0.00460723;RO=57;SAF=28;SAR=35;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205207;STB=0.511275;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00603309;OID=.;OPOS=123909073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:35:28:24:33:35:28:24:33 chr11 123909172 . G A 578.74 PASS AF=0.491071;AO=51;DP=110;FAO=55;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0178725;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.628;QD=20.6694;RBI=0.0275048;REFB=-0.0208583;REVB=0.0209067;RO=51;SAF=25;SAR=26;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504928;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0194011;OID=.;OPOS=123909172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:51:52:51:55:0.491071:26:25:25:26:28:27:25:27 chr11 123909342 . G A 554.62 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=131;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0651134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2563;QD=16.8065;RBI=0.0764013;REFB=-0.0229207;REVB=0.0399677;RO=73;SAF=25;SAR=33;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629316;STB=0.540087;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0288051;OID=.;OPOS=123909342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:73:73:58:59:0.44697:33:25:27:46:33:26:27:46 chr11 123909648 . GCCCTGGGG GCGCTTGGA 395.12 PASS AF=0.446154;AO=22;DP=67;FAO=29;FDP=65;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=0;FWDB=-0.0228609;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=7;MLLD=243.761;QD=24.3151;RBI=0.0235276;REFB=-0.0314072;REVB=0.00556114;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30566;STB=0.716861;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.030791;OID=.;OPOS=123909650;OREF=CCTGGGG;OALT=GCTTGGA;OMAPALT=GCGCTTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154:22:67:29:65:23:15:14:23:0:99:13:13:9:13:0 chr11 123909695 . G C 255.98 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00477228;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.173;QD=12.641;RBI=0.00584092;REFB=-0.00821289;REVB=0.00336774;RO=50;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131025;STB=0.564411;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0128541;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:50:30:31:0.382716:15:15:19:31:16:15:19:31 chr11 124005698 . G A 389.19 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0228211;FXX=0.0103082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.288;QD=16.2162;RBI=0.0228342;REFB=-0.00367405;REVB=0.000773388;RO=51;SAF=15;SAR=26;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277566;STB=0.501369;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0036908;OID=.;OPOS=124005698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:55:41:41:0.427083:26:15:20:31:26:15:20:35 chr11 124006972 . G T 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0218801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.024;QD=13.3048;RBI=0.022679;REFB=-0.00925562;REVB=0.00596633;RO=49;SAF=15;SAR=17;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130098;STB=0.561102;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0152662;OID=.;OPOS=124006972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:51:32:32:0.385542:17:15:29:20:17:15:29:22 chr11 124006993 . G A 214.77 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0252423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4333;QD=14.318;RBI=0.0253378;REFB=-0.0354754;REVB=-0.00219838;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204313;STB=0.583271;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0492367;OID=.;OPOS=124006993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:34:24:26:0.433333:13:11:23:12:13:13:22:12 chr11 124015994 . C T 449.68 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0200047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.103;QD=18.934;RBI=0.0345257;REFB=-0.0144625;REVB=-0.0281396;RO=50;SAF=19;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130383;STB=0.572601;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0156055;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:26:19:28:22:26:19:28:22 chr11 124056377 . T C 428.91 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0155731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2305;QD=15.7399;RBI=0.0272794;REFB=0.00275457;REVB=-0.0223975;RO=61;SAF=19;SAR=29;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146316;STB=0.58198;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00488659;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:29:19:33:28:29:19:33:28 chr11 124056566 . G A 174.05 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0341174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9078;QD=14.2083;RBI=0.0425409;REFB=-0.00720248;REVB=-0.0254113;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585465;STB=0.549949;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00840603;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:29:18:20:0.408163:8:10:14:14:8:12:15:14 chr11 124056732 . T G 354.7 PASS AF=0.481013;AO=34;DP=77;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0106905;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1785;QD=17.9597;RBI=0.0451136;REFB=-0.0277423;REVB=0.0438286;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677124;STB=0.574572;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0153519;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:37:41:34:38:0.481013:15:19:18:19:15:23:19:22 chr11 124056787 . G A 269.22 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0138143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8898;QD=18.8928;RBI=0.0308049;REFB=-0.0163178;REVB=-0.0275337;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190094;STB=0.611634;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0133381;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:13:15:9:19:13:16:9:19 chr11 124095414 . C G 967.51 PASS AF=0.459459;AO=102;DP=222;FAO=102;FDP=222;FR=.;FRO=120;FSAF=72;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=0.00046078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8212;QD=17.4326;RBI=0.058081;REFB=-0.00628665;REVB=0.0580792;RO=120;SAF=72;SAR=30;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217097;STB=0.620665;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00700622;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:120:120:102:102:0.459459:30:72:60:60:30:72:60:60 chr11 124095525 . T C 590.38 PASS AF=0.512821;AO=59;DP=116;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00270416;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.806;QD=20.1841;RBI=0.00490783;REFB=-0.0187358;REVB=0.00409564;RO=56;SAF=36;SAR=23;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518455;STB=0.519428;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0251554;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:57:59:60:0.512821:23:36:31:25:24:36:32:25 chr11 124095647 . A C 597.93 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0134354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1463;QD=18.1192;RBI=0.0147343;REFB=-0.0428005;REVB=0.00604905;RO=69;SAF=27;SAR=35;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109546;STB=0.557033;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0427981;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:70:62:62:0.469697:35:27:38:31:35:27:38:32 chr11 124096122 . G A 40.88 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0175074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6187;QD=1.63515;RBI=0.0179445;REFB=-0.00186751;REVB=-0.00393609;RO=89;SAF=8;SAR=2;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42695;STB=0.817921;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0218934;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:100:89:90:10:10:0.1:2:8:38:51:2:8:39:51 chr11 124096195 . G A 77.0 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0204322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.0691;QD=3.99974;RBI=0.0278257;REFB=-0.00455336;REVB=-0.0188891;RO=62;SAF=3;SAR=11;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253218;STB=0.664172;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0982244;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:77:77:62:63:14:14:0.181818:11:3:24:38:11:3:24:39 chr11 124096247 . G A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00170521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.802;QD=11.2839;RBI=0.00842744;REFB=-0.00822926;REVB=-0.00825312;RO=50;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104854;STB=0.560811;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0143825;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:16:11:25:25:16:11:25:25 chr11 124120821 . T C 539.01 PASS AF=0.52;AO=51;DP=99;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0112606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3122;QD=21.5605;RBI=0.0575405;REFB=-0.0391128;REVB=0.0564279;RO=48;SAF=23;SAR=28;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124828;STB=0.564058;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.030796;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:48:51:52:0.52:28:23:15:33:29:23:15:33 chr11 124121199 . G C 556.26 PASS AF=0.407643;AO=64;DP=157;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00539486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.356;QD=14.1723;RBI=0.00700839;REFB=-0.0166088;REVB=0.0044736;RO=91;SAF=40;SAR=24;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150887;STB=0.585339;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0156383;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:91:93:64:64:0.407643:24:40:44:47:24:40:45:48 chr11 124134743 . G A 267.37 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0226489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8822;QD=21.8262;RBI=0.125828;REFB=0.0142286;REVB=-0.123773;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314436;STB=0.676776;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.015208;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:9:15:7:18:9:15 chr11 124135009 . G A 344.0 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0621235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0026;QD=13.1046;RBI=0.0696318;REFB=7.13353e-05;REVB=-0.0314525;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124883;STB=0.559412;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.000964238;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:64:41:41:0.390476:21:20:23:39:21:20:25:39 chr11 124135438 . G A 347.12 PASS AF=0.398058;AO=42;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0431651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1754;QD=13.4803;RBI=0.0519038;REFB=-0.0166025;REVB=-0.0288231;RO=59;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186449;STB=0.584705;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0454623;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:62:42:41:0.398058:18:24:23:36:18:23:26:36 chr11 124135481 . C T 367.52 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0295756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5611;QD=13.8688;RBI=0.0350367;REFB=-0.0294586;REVB=0.0187844;RO=63;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177386;STB=0.599955;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.051195;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:20:23:23:40:20:23:23:40 chr11 124179835 . C T 816.01 PASS AF=0.532895;AO=80;DP=152;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0187296;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9352;QD=21.4739;RBI=0.0272484;REFB=0.00532426;REVB=0.0197908;RO=67;SAF=43;SAR=37;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074758;STB=0.54394;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00435529;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:67:71:80:81:0.532895:37:43:30:37:38:43:31:40 chr11 124180082 . A G 142.69 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0305458;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.698;QD=12.9718;RBI=0.0323328;REFB=-0.00974956;REVB=-0.0105999;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178133;STB=0.628337;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0179515;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:30:28:16:16:0.363636:7:9:12:18:7:9:10:18 chr11 124180282 . A C 309.96 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00945834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.003;QD=16.1018;RBI=0.0116092;REFB=-0.0179993;REVB=-0.00673153;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149585;STB=0.574425;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0159881;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:18:15:26:17:18:16:26:17 chr11 124252422 . G A 221.82 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00483542;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.097;QD=16.431;RBI=0.0169564;REFB=-0.0113974;REVB=0.0162524;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143808;STB=0.575162;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.012645;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:29:23:25:0.462963:11:12:10:17:12:13:11:18 chr11 124252718 . G A 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0458824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9926;QD=21.9672;RBI=0.0597438;REFB=0.00364604;REVB=-0.0382639;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104312;STB=0.558679;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00620385;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:9:8:7:13:9:8 chr11 124252750 . G A 162.48 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000497132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.153;QD=19.6949;RBI=0.00595101;REFB=0.00413209;REVB=-0.00593021;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100831;STB=0.518497;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00391506;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:7:10:9:6:7:10:10:6 chr11 124252892 . A G 237.45 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0189164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.498;QD=18.6236;RBI=0.0190873;REFB=-0.0465859;REVB=0.0025489;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181455;STB=0.510196;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0483131;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:13:13:13:12:13:13 chr11 124253147 . A G 493.4 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0141263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8704;QD=19.9353;RBI=0.0428881;REFB=-0.0287464;REVB=-0.0404949;RO=50;SAF=19;SAR=29;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134157;STB=0.569813;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0329575;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:50:51:48:48:0.484848:29:19:27:23:29:19:27:24 chr11 124253161 . G A 419.81 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0537001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3202;QD=19.3014;RBI=0.0692258;REFB=-0.0122677;REVB=-0.0436866;RO=39;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802784;STB=0.517123;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00672012;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:87:39:44:42:43:0.494253:22:20:15:24:22:21:20:24 chr11 124253170 . G A 415.44 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00122647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.056;QD=19.5502;RBI=0.00845125;REFB=-0.000165502;REVB=-0.00836178;RO=43;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101117;STB=0.505615;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000282974;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:22:20:20:23:22:20:20:23 chr11 124253181 . T C 489.64 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0167999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.865;QD=24.7918;RBI=0.017261;REFB=-0.0164094;REVB=0.00396272;RO=33;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847842;STB=0.54644;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.010843;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:26:20:18:15:26:20:18:15 chr11 124266906 . C T 191.7 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.016329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.375;QD=11.7968;RBI=0.0735871;REFB=-0.00495399;REVB=-0.0717525;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419705;STB=0.549558;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00864741;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:41:24:24:0.369231:14:10:14:23:14:10:14:27 chr11 124266912 . A G 832.18 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0375829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.657;QD=50.4349;RBI=0.0438939;REFB=-0.0890694;REVB=0.022676;RO=3;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349354;STB=0.503225;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00527572;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:66:66:3:5:61:61:0.924242:39:22:0:3:39:22:2:3 chr11 124267177 . T C 56.88 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.282;QD=32.5036;RBI=0.0105054;REFB=0;REVB=0.00114259;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462818;OID=.;OPOS=124267177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:1:4:0:0:1:6:0:0 chr11 124267189 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6721;QD=33.4285;RBI=0.0166732;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120961;OID=.;OPOS=124267189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 124294236 . A G 363.03 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00125739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.863;QD=15.6143;RBI=0.0298802;REFB=-0.0216991;REVB=0.0298537;RO=54;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205924;STB=0.511622;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0261293;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:21:18:26:28:21:18:26:28 chr11 124294349 . C A 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00728834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.518;QD=24.1067;RBI=0.017004;REFB=-0.0217766;REVB=-0.0153628;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081447;STB=0.545416;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0136249;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:9:15:10:9:9:15:10:9 chr11 124294377 . A G 164.61 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0156119;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.653;QD=19.9527;RBI=0.0156504;REFB=-0.0190026;REVB=-0.00109602;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517331;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.044356;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:16:17:17:0.515152:8:9:8:9:8:9:8:8 chr11 124294703 . T C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.007287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.861;QD=19.703;RBI=0.00738631;REFB=-0.00272328;REVB=-0.00120716;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251857;STB=0.514269;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00229875;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:8:8:9:8:8:8 chr11 124310622 . A G 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00520359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.581;QD=18.4975;RBI=0.0125336;REFB=-0.00589871;REVB=-0.0114024;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693332;STB=0.538876;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00636171;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:10:17:15:12:10:17:15:12 chr11 124440362 . C G 272.02 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0130036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.773;QD=17.2712;RBI=0.0231244;REFB=-0.0121047;REVB=0.0191218;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187889;STB=0.605167;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0100312;OID=.;OPOS=124440362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:21:12:17:13:21:12 chr11 124440617 . C T 1656.33 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.251;QD=59.6874;RBI=0.0123351;REFB=0;REVB=0.0115764;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47591e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:111:0:0:100:111:1:51:49:0:0:59:52:0:0 chr11 124742365 . G A 517.04 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.013651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7363;QD=22.7269;RBI=0.106555;REFB=-0.00128104;REVB=0.105677;RO=42;SAF=26;SAR=23;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572269;STB=0.503149;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00123327;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:23:26:22:20:23:26:22:20 chr11 124747837 . G A 867.95 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.603;QD=57.8631;RBI=0.0219711;REFB=0;REVB=-0.0148321;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85566e-05;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr11 124750447 . CCGGAGT CCGGAGC,C 225.08 PASS AF=0.173913,0.695652;AO=4,15;DP=21;FAO=4,16;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=3,8;FSAR=1,8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.129328,0.0049262;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,6;MLLD=57.7434,193.708;QD=39.1435;RBI=0.135005,0.0139721;REFB=0.00055329,-0.0839535;REVB=-0.0387377,0.0130749;RO=0;SAF=3,7;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.666019,0.578851;STBP=0.715,0.13;TYPE=snp,del;VARB=0.0982639,0.00750504;OID=.,.;OPOS=124750453,124750448;OREF=T,CGGAGT;OALT=C,-;OMAPALT=CCGGAGC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.173913,0.695652:4,15:21:4,16:23:3:3,8:1,8:3:0:22:0:3,7:1,8:0:0 chr11 124751180 . C G 40.53 PASS AF=0.0948276;AO=12;DP=115;FAO=11;FDP=116;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=68;FWDB=-0.0539681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9852;QD=1.39763;RBI=0.071132;REFB=-0.00355651;REVB=-0.0463379;RO=95;SAF=11;SAR=1;SRF=31;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643004;STB=0.935567;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0953445;OID=.;OPOS=124751180;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:115:116:95:105:12:11:0.0948276:1:11:31:64:1:10:37:68 chr11 124766128 . A G 2501.0 PASS AF=1;AO=158;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187883;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.993;QD=60.9999;RBI=0.0191376;REFB=0;REVB=-0.00363958;RO=0;SAF=66;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119622;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:158:164:1:92:66:0:0:97:67:0:0 chr11 124767067 . T C 383.99 PASS AF=0.965517;AO=24;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00563942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.384;QD=52.9638;RBI=0.0134057;REFB=-0.121928;REVB=-0.0121618;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00281502;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:24:28:0.965517:14:10:1:0:14:14:1:0 chr11 124767125 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.511;QD=49.5967;RBI=0.0865226;REFB=0;REVB=-0.0836196;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214597;OID=.;OPOS=124767125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr11 124789755 . T C 1499.07 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384257;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.683;QD=59.963;RBI=0.00874112;REFB=0;REVB=-0.00785123;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170641;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:50:48:0:0:52:48:0:0 chr11 124793682 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.818;QD=56.9977;RBI=0.0347756;REFB=0;REVB=0.0266176;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68572e-05;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr11 124951311 . T C 304.09 PASS AF=0.414634;AO=25;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-2.15832e-05;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=232.486;QD=14.8335;RBI=0.00998503;REFB=0.00131475;REVB=0.009985;RO=16;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086665;STB=0.582691;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00136526;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:16:48:25:34:0.414634:14:11:9:7:19:15:28:20 chr11 124955032 . T C 306.73 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.011702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.77;QD=22.7206;RBI=0.0262754;REFB=-0.0275121;REVB=0.0235257;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615722;STB=0.525531;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0358577;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:18:13:11:11:18:13:11:12 chr11 124972208 . A G 217.62 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00377475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.436;QD=16.7403;RBI=0.0296281;REFB=-0.0255214;REVB=-0.0293866;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192655;STB=0.615042;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0139339;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:13:11:7:20:13:11:7:21 chr11 124972518 . A G 300.41 PASS AF=0.361905;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00584226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1103;QD=11.4441;RBI=0.0586507;REFB=0.0118269;REVB=0.058359;RO=65;SAF=25;SAR=12;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177733;STB=0.530596;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0202386;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:65:67:37:38:0.361905:12:25:43:22:12:26:43:24 chr11 124972522 . T C 314.05 PASS AF=0.371429;AO=38;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00272587;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.838;QD=11.9636;RBI=0.0154423;REFB=-0.00548898;REVB=0.0151999;RO=55;SAF=25;SAR=13;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452481;STB=0.507189;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00585725;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:66:38:39:0.371429:13:25:34:21:14:25:43:23 chr11 125003004 . A G 414.68 PASS AF=0.967742;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0485634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.24;QD=53.5066;RBI=0.0637987;REFB=-0.0443641;REVB=0.0413747;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00588964;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:31:0:1:27:30:0.967742:22:5:0:0:25:5:1:0 chr11 125301587 . T C 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.989;QD=59.853;RBI=0.0602618;REFB=0;REVB=-0.0564981;RO=0;SAF=55;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23695e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:16:55:0:0:16:55:0:0 chr11 125351472 . A T 170.45 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.000707268;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9889;QD=15.856;RBI=0.00679591;REFB=-0.0373437;REVB=-0.006759;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104704;STB=0.56357;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0305115;OID=.;OPOS=125351472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:17:18:0.418605:6:11:17:6:6:12:19:6 chr11 125365285 . T C 165.84 PASS AF=0.4;AO=14;DP=41;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00503948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.174;QD=14.7409;RBI=0.0189844;REFB=-0.0280927;REVB=0.0183033;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259484;STB=0.630928;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0388381;OID=.;OPOS=125365285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:27:27:14:18:0.4:8:6:18:9:10:8:18:9 chr11 125443429 . T C 265.49 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00668255;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.615;QD=10.9481;RBI=0.00870191;REFB=-0.00416841;REVB=-0.00557376;RO=60;SAF=13;SAR=19;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505495;STB=0.527412;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0104159;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:60:65:32:32:0.329897:19:13:27:33:19:13:29:36 chr11 125443473 . A C 216.6 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0608264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1688;QD=13.3293;RBI=0.0657911;REFB=-0.00620638;REVB=0.0250723;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165767;STB=0.588311;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0094947;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:17:9:19:19:17:9:19:20 chr11 125452300 . A AC 644.43 PASS AF=1;AO=63;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.9688;QD=33.0477;RBI=0.00480839;REFB=-0.0288984;REVB=-0.00312281;RO=12;SAF=31;SAR=32;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226295;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00501277;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:78:78:78:0:38:40:0:0:8:12:31:32:5:7 chr11 125452313 . A G 284.32 PASS AF=0.375;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00671077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.664;QD=12.9238;RBI=0.016931;REFB=-0.0123113;REVB=-0.0155443;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919738;STB=0.511428;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0197356;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:54:55:33:33:0.375:18:15:25:29:18:15:26:29 chr11 125479363 . G A 558.96 PASS AF=0.428571;AO=59;DP=139;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00835591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.558;QD=15.9702;RBI=0.0188571;REFB=-0.00665087;REVB=-0.0169047;RO=79;SAF=34;SAR=25;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593016;STB=0.533887;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00644432;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:79:80:59:60:0.428571:25:34:41:38:25:35:42:38 chr11 125479496 . C T 423.66 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00855856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.677;QD=16.1395;RBI=0.0149133;REFB=-0.0271999;REVB=-0.0122129;RO=57;SAF=21;SAR=26;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924421;STB=0.510425;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0383891;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:58:47:47:0.447619:26:21:26:31:26:21:27:31 chr11 125525195 . A G 3080.23 PASS AF=1;AO=198;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129179;FXX=0.0195112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.229;QD=61.2982;RBI=0.0136412;REFB=-0.0224703;REVB=-0.00438288;RO=0;SAF=98;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448831;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:201:0:0:198:201:1:100:98:0:0:101:100:0:0 chr11 125617610 . A G 342.91 PASS AF=0.435294;AO=35;DP=83;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00357895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.663;QD=16.1371;RBI=0.0162787;REFB=-0.00156371;REVB=-0.0158804;RO=48;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122639;STB=0.50064;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019357;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:48:48:35:37:0.435294:16:19:26:22:17:20:26:22 chr11 125648503 . G A 1222.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.695;QD=61.1449;RBI=0.00642339;REFB=0;REVB=2.64748e-05;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59159e-05;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:42:37:0:0:42:38:0:0 chr11 125707761 . A C 408.34 PASS AF=0.5125;AO=39;DP=78;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00632042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.318;QD=20.4172;RBI=0.0177942;REFB=-0.0176957;REVB=0.0166339;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095312;STB=0.564326;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0191424;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:39:39:39:41:0.5125:17:22:26:13:19:22:26:13 chr11 125708198 . C A,T 725.6 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=3,44;DP=47;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000422418,-0.0297419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.6638,98.0385;QD=55.8155;RBI=0.0285386,0.0384098;REFB=0,0;REVB=0.0285355,0.024305;RO=0;SAF=0,35;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0611449,0.000536219;OID=.,.;OPOS=125708198,125708198;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:47:52:0:0:3,44:3,49:0.0576923,0.942308:3,9:0,35:0:0:3,9:0,40:0:0 chr11 125763746 . C G 1050.28 PASS AF=0.443548;AO=110;DP=248;FAO=110;FDP=248;FR=.;FRO=138;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=0.0272803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9786;QD=16.94;RBI=0.0690646;REFB=-0.019198;REVB=0.0634485;RO=137;SAF=63;SAR=47;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477952;STB=0.528738;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0220652;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:137:138:110:110:0.443548:47:63:72:65:47:63:72:66 chr11 125766044 . C A 838.93 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168108;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.974;QD=57.8571;RBI=0.0171632;REFB=0;REVB=-0.00345985;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.529e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr11 125766173 . A C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.772;QD=57.8845;RBI=0.0595084;REFB=0;REVB=0.00716623;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123206;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr11 125770425 . A C 270.53 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0147302;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.102;QD=11.8912;RBI=0.0187932;REFB=-0.0153132;REVB=0.0116708;RO=58;SAF=14;SAR=18;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221346;STB=0.621036;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0206237;OID=.;OPOS=125770425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:58:59:32:32:0.351648:18:14:37:21:18:14:37:22 chr11 125788678 . T C 1011.95 PASS AF=0.477273;AO=105;DP=220;FAO=105;FDP=220;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.0127326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.139;QD=18.3991;RBI=0.0157035;REFB=-0.00337832;REVB=0.00919133;RO=115;SAF=41;SAR=64;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166843;STB=0.592058;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00298574;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:115:115:105:105:0.477273:64:41:65:50:64:41:65:50 chr11 125810663 . CTTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTGAT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTT 183.11 PASS AF=0.05,0.425,0.05,0.075,0.125,0.175;AO=5,9,2,6,5,5;DP=45;FAO=2,17,2,3,5,7;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=2,6,2,3,3,5;FSAR=0,11,0,0,2,2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0291171,0.0401926,-0.00236322,0.0604698,0.0021733,0.116614;FXX=0.111086;HRUN=14,14,14,14,14,14;LEN=4,3,2,2,2,1;MLLD=11.299,9.77395,144.934,6.06736,153.205,2.86729;QD=18.3107;RBI=0.0292672,0.0402816,0.00278336,0.0611315,0.00272767,0.117846;REFB=-0.0377108,-0.0457018,0.00447315,-0.0796153,0.00854976,-0.133758;REVB=0.00296081,0.00267698,0.00147047,0.00897023,0.00164831,0.0169987;RO=3;SAF=3,1,2,5,3,4;SAR=2,8,0,1,2,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.0436878,-0.387747,0.599865,0.146968,-0.0436878,0.116878;STB=0.991616,0.578852,0.991616,0.99422,0.571155,0.516083;STBP=0.422,0.16,0.422,0.295,0.719,0.999;TYPE=del,del,mnp,del,mnp,del;VARB=0.0456908,0.00357993,-0.00324373,0.111527,0.00436953,0.217797;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=125810664,125810664,125810675,125810664,125810676,125810664;OREF=TTTT,TTT,TT,TT,TT,T;OALT=-,-,GA,-,GA,-;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTGAT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/5:0.05,0.425,0.05,0.075,0.125,0.175:5,9,2,6,5,5:45:2,17,2,3,5,7:40:4:2,6,2,3,3,5:0,11,0,0,2,2:3:1:44:3:3,1,2,5,3,4:2,8,0,1,2,1:2:1 chr11 125828488 . T G 126.32 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0165993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0683;QD=29.7219;RBI=0.0201568;REFB=-0.0781693;REVB=-0.011435;RO=4;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129614;STB=0.57133;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0219604;OID=.;OPOS=125828488;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:12:1:0:4:12:1:0:4 chr11 125828490 . A G 122.16 PASS AF=0.8;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0309479;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4574;QD=32.5753;RBI=0.0309601;REFB=-0.0303819;REVB=-0.000869341;RO=3;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108501;STB=0.559908;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0534157;OID=.;OPOS=125828490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:16:15:3:3:12:12:0.8:11:1:0:3:11:1:0:3 chr11 125828492 . A T 117.89 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0934899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.797;QD=26.1977;RBI=0.152271;REFB=-0.181087;REVB=0.120192;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167845;STB=0.592469;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.126228;OID=.;OPOS=125828492;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:11:2:0:5:11:2:0:5 chr11 125830970 . A T 1434.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.439;QD=63.0496;RBI=0.0287762;REFB=0;REVB=-0.0225007;RO=0;SAF=28;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44876e-06;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:63:28:0:0:63:28:0:0 chr11 126045822 . T C 179.58 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0113473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5644;QD=15.616;RBI=0.0369445;REFB=0.0026856;REVB=-0.0351587;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281497;STB=0.66316;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00466659;OID=.;OPOS=126045822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:5:14:13:14:5:14:13:14 chr11 126074192 . A G 359.27 PASS AF=0.363636;AO=43;DP=120;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0133234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5777;QD=11.8766;RBI=0.042421;REFB=-0.00678167;REVB=0.0402744;RO=76;SAF=16;SAR=27;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267998;STB=0.517677;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00947122;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:76:77:43:44:0.363636:27:16:30:46:28:16:30:47 chr11 126081403 . T C 1099.19 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113105;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.434;QD=60.2298;RBI=0.0113849;REFB=0;REVB=-0.00129972;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825033;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr11 126135973 . C T 605.89 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0200284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.728;QD=20.0295;RBI=0.0252701;REFB=-0.00837886;REVB=-0.0154091;RO=59;SAF=40;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650996;STB=0.535906;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00631081;OID=.;OPOS=126135973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:22:40:34:25:22:40:34:25 chr11 126139100 . T C 1079.46 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0189137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.081;QD=56.0759;RBI=0.020385;REFB=-0.0407585;REVB=0.00760398;RO=3;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132722;STB=0.507021;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00278877;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:36:38:1:2:36:38:1:2 chr11 126139313 . T A 930.37 PASS AF=0.894737;AO=67;DP=74;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0285822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9629;QD=48.9668;RBI=0.028586;REFB=-0.0653632;REVB=0.000462409;RO=6;SAF=32;SAR=35;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550526;STB=0.555539;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0166299;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:74:76:6:8:67:68:0.894737:35:32:5:1:36:32:8:0 chr11 126151545 . G A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00551406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=354.878;QD=14.3247;RBI=0.00572564;REFB=0.00474142;REVB=0.00154211;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497209;STB=0.528262;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00744777;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:13:15:19:20:13:15:19:20 chr11 126162468 . G A 244.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0333009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3041;QD=20.3597;RBI=0.061542;REFB=-0.0245536;REVB=-0.0517539;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135128;STB=0.585038;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00905783;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:13:10:7:17:13:11:7:17 chr11 126174038 . C T 362.53 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00979396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.187;QD=32.9575;RBI=0.0214286;REFB=-0.0185132;REVB=0.0190595;RO=13;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587575;STB=0.544178;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0121457;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:14:30:30:0.681818:13:17:6:7:13:17:6:8 chr11 126174164 . C T 154.05 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=51;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0337419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.899;QD=11.0036;RBI=0.0916452;REFB=-0.0129313;REVB=0.0852076;RO=36;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164248;STB=0.571352;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0303716;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:36:36:15:20:0.357143:11:4:10:26:16:4:10:26 chr11 126176578 . G A 1339.24 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100445;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.518;QD=62.2902;RBI=0.0141285;REFB=0;REVB=-0.0099359;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486267;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:42:44:0:0 chr11 126201403 . T C 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0913989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5533;QD=9.99332;RBI=0.0914411;REFB=0.0022677;REVB=0.00277842;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242425;STB=0.650589;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00506642;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:10:7:22:13:10:7:23:13 chr11 126228403 . G C 434.89 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0181224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.428;QD=20.9585;RBI=0.0255659;REFB=-0.0109967;REVB=-0.0180331;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651753;STB=0.535974;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0111913;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:26:17:13:27:26:17:13:27 chr11 126294817 . G A 553.19 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9681;QD=59.8041;RBI=0.0604898;REFB=0;REVB=0.0564965;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478322;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr11 126310119 . A G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0069281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.02;QD=18.6205;RBI=0.0217114;REFB=-0.022497;REVB=0.0205763;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030898;STB=0.517232;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0221348;OID=.;OPOS=126310119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:23:14:16:23:23:14:16:23 chr11 126310299 . T C 178.08 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0584542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.773;QD=14.8399;RBI=0.0691103;REFB=-0.0277299;REVB=-0.0368692;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190523;STB=0.618925;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.035554;OID=.;OPOS=126310299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:17:11:11:8:18:11 chr11 126870418 . C T 261.81 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00834331;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.284;QD=13.4261;RBI=0.0410979;REFB=-0.0125131;REVB=-0.0402421;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128397;STB=0.568062;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0284488;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:47:30:31:0.397436:13:17:20:25:13:18:22:25 chr11 128675292 . T A 1472.32 PASS AF=0.971429;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0340958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.622;QD=56.0883;RBI=0.0341845;REFB=-0.0491484;REVB=0.00246164;RO=3;SAF=57;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128247;STB=0.506838;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00199459;OID=.;OPOS=128675292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:105:3:3:101:102:0.971429:44:57:1:2:44:58:1:2 chr11 128781339 . T C 1731.2 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.324;QD=60.7438;RBI=0.0274705;REFB=0;REVB=0.0116195;RO=0;SAF=70;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77885e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:44:70:0:0:44:70:0:0 chr11 128781978 . T G 801.73 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0666;QD=55.2917;RBI=0.0325392;REFB=0.0459049;REVB=0.0266976;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136707;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00595224;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:23:34:1:0:23:34:1:0 chr11 128782002 . T C 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.913;QD=59.8537;RBI=0.00881713;REFB=0;REVB=0.00269016;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16296e-05;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr11 128782012 . C G 1208.3 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.051;QD=61.1798;RBI=0.0248882;REFB=0;REVB=-0.0182075;RO=0;SAF=56;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35497e-06;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:22:56:0:0:22:57:0:0 chr11 128787554 . C T 536.11 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0200423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6906;QD=54.986;RBI=0.0235873;REFB=-0.127863;REVB=0.0124365;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049227;STB=0.526302;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00567966;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:19:18:2:0:19:18:2:0 chr11 128804955 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122875;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7672;QD=56.2294;RBI=0.0131148;REFB=0;REVB=-0.00458424;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05398e-05;OID=.;OPOS=128804955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr11 128805548 . G A 445.82 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0208123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.489;QD=18.1965;RBI=0.0211028;REFB=-0.00321589;REVB=0.00348921;RO=51;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630068;STB=0.514868;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00511146;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:53:45:45:0.459184:20:25:28:23:20:25:28:25 chr11 128805557 . T C 455.51 PASS AF=0.464646;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0191611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.932;QD=18.4044;RBI=0.0324356;REFB=-0.0230717;REVB=0.0261711;RO=51;SAF=25;SAR=20;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438886;STB=0.508171;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0207763;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:53:45:46:0.464646:20:25:26:25:21:25:28:25 chr11 128814046 . C T 413.7 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00433837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.739;QD=15.0437;RBI=0.00482954;REFB=-0.00981268;REVB=-0.00212202;RO=58;SAF=24;SAR=23;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143711;STB=0.562256;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0122399;OID=.;OPOS=128814046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:63:47:47:0.427273:23:24:38:20:23:24:39:24 chr11 128868239 . T C 1249.74 PASS AF=0.901961;AO=91;DP=101;FAO=92;FDP=102;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0112277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.65;QD=49.0093;RBI=0.0121466;REFB=0.00371812;REVB=0.00463465;RO=10;SAF=44;SAR=47;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719794;STB=0.537267;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000796272;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:102:10:10:91:92:0.901961:47:44:1:9:48:44:1:9 chr11 128868240 . T C 39.77 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=88;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0179729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.25;QD=1.62342;RBI=0.045007;REFB=-0.000405115;REVB=-0.0412626;RO=60;SAF=1;SAR=9;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409495;STB=0.870148;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0677403;OID=.;OPOS=128868240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:98:98:60:88:10:10:0.102041:9:1:21:39:9:1:41:47 chr11 129072915 . C G 463.4 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0186202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0177;QD=52.9596;RBI=0.0305353;REFB=-0.0502861;REVB=0.024201;RO=2;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665844;STB=0.535692;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00300869;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:13:20:0:2:13:20:0:2 chr11 129312660 . C T 1213.28 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4674;QD=59.9151;RBI=0.0390213;REFB=-0.160279;REVB=-0.0147187;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976249;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00146764;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:48:32:0:1:48:32:0:1 chr11 129321066 . C T 678.79 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0079721;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.296;QD=49.3665;RBI=0.0289838;REFB=-0.171509;REVB=0.0278659;RO=4;SAF=32;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179986;STB=0.509575;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000913679;OID=.;OPOS=129321066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:56:55:4:4:51:51:0.927273:19:32:3:1:19:32:3:1 chr11 129321818 . T G 423.67 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8083;QD=56.4889;RBI=0.0574437;REFB=0;REVB=0.0205573;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330046;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:4:24:0:0:5:25:0:0 chr11 129729775 . C T 76.32 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0441388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5359;QD=25.439;RBI=0.0551126;REFB=-0.00859248;REVB=-0.0330025;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00863468;OID=.;OPOS=129729775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:1:2:6:3:1:2 chr11 129746707 . G T 1117.19 PASS AF=0.539604;AO=109;DP=205;FAO=109;FDP=202;FR=.;FRO=93;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=24;FWDB=-0.0069106;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.233;QD=22.1225;RBI=0.03647;REFB=-0.0188365;REVB=0.0358093;RO=86;SAF=62;SAR=47;SRF=63;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138489;STB=0.58309;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0215145;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:202:86:93:109:109:0.539604:47:62:63:23:47:62:69:24 chr11 129754644 . A G 167.31 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0109731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.478;QD=16.3231;RBI=0.0109731;REFB=-0.0106055;REVB=-3.48049e-05;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589381;STB=0.555495;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0174189;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:22:17:19:0.463415:6:11:13:9:6:13:13:9 chr11 129775599 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0444195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.265;QD=14.1956;RBI=0.0546301;REFB=-0.00369137;REVB=0.0318018;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034965;STB=0.519983;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0047257;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:15:17:13:10:15:17 chr11 129784656 . C T 98.84 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0286075;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.653;QD=13.1786;RBI=0.0287077;REFB=-0.0189676;REVB=0.00239677;RO=18;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439021;STB=0.76942;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0293365;OID=.;OPOS=129784656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:18:18:12:12:0.4:11:1:6:12:11:1:6:12 chr11 129785615 . C T 316.94 PASS AF=0.478873;AO=31;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0371979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3243;QD=17.8555;RBI=0.0479806;REFB=-0.00691711;REVB=0.030306;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278785;STB=0.64712;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00665388;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:37:31:34:0.478873:16:15:24:6:19:15:27:10 chr11 129794950 . T C 610.48 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00558607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5193;QD=25.4367;RBI=0.025003;REFB=0.00524488;REVB=0.024371;RO=41;SAF=28;SAR=27;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214833;STB=0.511747;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00343598;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:27:28:22:19:27:28:22:19 chr11 129801043 . C T 2754.29 PASS AF=0.994382;AO=176;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.037778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3957;QD=61.8941;RBI=0.0378016;REFB=0.0487757;REVB=-0.00133345;RO=1;SAF=92;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514632;STB=0.502673;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00114582;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:1:1:176:177:0.994382:84:92:1:0:84:93:1:0 chr11 129817221 . A G 503.34 PASS AF=0.36747;AO=61;DP=166;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=0.0272414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8459;QD=12.1286;RBI=0.0399597;REFB=-0.0105564;REVB=0.029235;RO=105;SAF=36;SAR=25;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000359125;STB=0.500204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0212789;OID=.;OPOS=129817221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:105:105:61:61:0.36747:25:36:62:43:25:36:62:43 chr11 129830796 . C T 716.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280725;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3932;QD=57.287;RBI=0.0371794;REFB=0;REVB=0.0243771;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128786;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr11 129873028 . C T 833.89 PASS AF=0.477778;AO=86;DP=180;FAO=86;FDP=180;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0838673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4199;QD=18.531;RBI=0.0849649;REFB=-0.0381141;REVB=-0.0136128;RO=91;SAF=38;SAR=48;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334863;STB=0.525686;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0364985;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:91:94:86:86:0.477778:48:38:37:54:48:38:37:57 chr11 129970126 . C T 499.54 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00602016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4324;QD=16.9336;RBI=0.0518478;REFB=-0.0255091;REVB=-0.0514972;RO=64;SAF=23;SAR=31;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727934;STB=0.540568;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0284377;OID=.;OPOS=129970126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:31:23:32:32:31:23:32:32 chr11 130010313 . G A 315.7 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0516124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2951;QD=15.0335;RBI=0.0629635;REFB=-0.0164294;REVB=0.0360634;RO=47;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149925;STB=0.514395;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0277813;OID=.;OPOS=130010313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:49:35:35:0.416667:25:10:14:33:25:10:15:34 chr11 130066335 . C G,T 362.68 PASS AF=0.107143,0.857143;AO=3,24;DP=28;FAO=3,24;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=3,7;FSAR=0,17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0222081,-0.00708546;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.5134,121.922;QD=51.8111;RBI=0.0711145,0.0135547;REFB=-0.164868,-0.0958673;REVB=-0.0675579,-0.0115553;RO=1;SAF=3,7;SAR=0,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0616508;STB=0.5,0.533305;STBP=1,0.192;TYPE=snp,snp;VARB=0.144401,0.00213816;OID=.,.;OPOS=130066335,130066335;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:28:28:1:1:3,24:3,24:0.107143,0.857143:0,17:3,7:1:0:0,17:3,7:1:0 chr11 130271678 . T G 711.45 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0368835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.566;QD=52.7002;RBI=0.0638815;REFB=-0.097083;REVB=0.052158;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.515146;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00108531;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:0:2:52:52:0.962963:20:32:0:0:20:32:2:0 chr11 130281488 . G A 588.9 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.653;QD=57.4537;RBI=0.0417423;REFB=-0.122842;REVB=0.0312556;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0033756;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:41:1:1:37:40:0.97561:22:15:1:0:23:17:1:0 chr11 130339312 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.993;QD=55.6553;RBI=0.00514365;REFB=0;REVB=0.00196358;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89923e-05;OID=.;OPOS=130339312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr11 130542882 . C T 1273.05 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3583;QD=60.6212;RBI=0.00951179;REFB=-0.0873417;REVB=-0.00679734;RO=1;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315783;OID=.;OPOS=130542882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:84:1:0:83:84:1:34:49:0:1:35:49:0:0 chr11 130716926 . C T 266.04 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0101691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.226;QD=21.2834;RBI=0.011922;REFB=-0.0190338;REVB=-0.00622282;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359575;STB=0.520178;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0174556;OID=.;OPOS=130716926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:11:14:13:12:11:14:13:12 chr11 130750642 . A C 1350.71 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013944;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.166;QD=62.8238;RBI=0.0182147;REFB=0;REVB=0.0117193;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41182e-05;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr11 130775688 . C T 1433.33 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.751;QD=63.0037;RBI=0.0594391;REFB=0;REVB=0.024207;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34433e-05;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:91:0:0:85:91:1:42:43:0:0:42:49:0:0 chr11 130775782 . C T 1580.78 PASS AF=0.956897;AO=109;DP=118;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0147764;FXX=0.025208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.822;QD=54.5095;RBI=0.0373984;REFB=-0.117152;REVB=0.0343555;RO=6;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579917;STB=0.524748;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000448726;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:118:116:6:5:109:111:0.956897:46:63:0:6:48:63:0:5 chr11 130776524 . T C 651.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.292;QD=62.0032;RBI=0.0102719;REFB=0;REVB=0.00259162;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26222e-05;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr11 130776613 . A G 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.1;QD=63.865;RBI=0.0295069;REFB=0;REVB=0.0110185;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176852;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr11 130780015 . C T 1843.8 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339956;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.993;QD=61.4601;RBI=0.0351577;REFB=0;REVB=0.034993;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64873e-05;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:58:62:0:0:58:62:0:0 chr11 130780225 . C A 1334.75 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0686204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8566;QD=59.9889;RBI=0.0714964;REFB=-0.121122;REVB=0.0200745;RO=1;SAF=60;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783281;STB=0.504064;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00237429;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:1:1:87:88:0.988764:27:60:1:0:27:61:1:0 chr11 130784754 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2433;QD=62.0215;RBI=0.0439028;REFB=0;REVB=-0.0327451;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052852;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr11 130784971 . C G 724.96 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.86;QD=56.8595;RBI=0.0895738;REFB=0;REVB=0.089478;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395357;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:14:35:0:0:16:35:0:0 chr11 131531000 . T C 2840.54 PASS AF=1;AO=159;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=115;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.577;QD=62.4295;RBI=0.0146172;REFB=0;REVB=0.00388956;RO=0;SAF=94;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81263e-05;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:159:182:1:65:94:0:0:67:115:0:0 chr11 131531015 . T G 3131.61 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213695;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.114;QD=61.404;RBI=0.0216723;REFB=-0.0738091;REVB=-0.00361011;RO=0;SAF=127;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91655e-05;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:0:0:204:204:1:77:127:0:0:77:127:0:0 chr11 131531223 . A G 1926.97 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0195215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4638;QD=60.2179;RBI=0.0195216;REFB=-0.0183604;REVB=6.20941e-05;RO=2;SAF=60;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155732;STB=0.504064;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00252276;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:128:128:2:1:126:127:0.992188:66:60:2:0:66:61:1:0 chr11 131531564 . A T 2290.19 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123203;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.716;QD=61.0718;RBI=0.0697597;REFB=0;REVB=-0.0686632;RO=0;SAF=91;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36383e-05;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:59:91:0:0:59:91:0:0 chr11 131531720 . C T 867.04 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.167;QD=57.8028;RBI=0.0168397;REFB=0;REVB=-0.0167636;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13563e-05;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:18:42:0:0:18:42:0:0 chr11 132177633 . A C,G 2070.31 PASS AF=0.913043,0.0797101;AO=123,11;DP=135;FAO=126,11;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=58,8;FSAR=68,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00903374,-0.00872486;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=330.02,298.027;QD=60.0089;RBI=0.0101634,0.0125015;REFB=-0.0155276,-0.00384149;REVB=0.00465676,0.00895351;RO=0;SAF=58,8;SAR=65,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.504273,0.52936;STBP=0.29,0.664;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00106239,0.0220294;OID=.,.;OPOS=132177633,132177633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:135:138:0:1:123,11:126,11:0.913043,0.0797101:65,3:58,8:0:0:68,3:58,8:1:0 chr11 133714522 . G A 725.69 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4335;QD=61.761;RBI=0.107729;REFB=0;REVB=0.0131617;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774322;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:22:22:0:0:24:23:0:0 chr11 133815981 . C G 289.42 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.686;QD=52.6218;RBI=0.0607898;REFB=0;REVB=0.0482588;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011459;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:16:22:1:10:6:0:0:13:9:0:0 chr11 134018656 . T C 1832.89 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777437;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.715;QD=61.0965;RBI=0.0430304;REFB=0;REVB=0.0423223;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118272;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:118:120:1:65:53:0:0:66:54:0:0 chr11 134019920 . TTA T,TTT 65.72 PASS AF=0.5,0;AO=7,2;DP=21;FAO=10,0;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3,0;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.112548,-0.0590709;FXX=0;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=19.7059,12.7681;QD=13.1436;RBI=0.200301,0.0709977;REFB=-0.0911479,0.0176061;REVB=0.165692,0.0393866;RO=11;SAF=3,0;SAR=4,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0671836,-0.523246;STB=0.608469,0.5;STBP=0.336,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0860215,0;OID=.,.;OPOS=134019921,134019922;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:7,2:21:10,0:20:10:3,0:7,0:5:5:60:11:3,0:4,2:4:7 chr11 134021477 . G T 350.84 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.00789144;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.33;QD=16.7068;RBI=0.0225696;REFB=-0.0292568;REVB=-0.0211451;RO=46;SAF=23;SAR=14;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153192;STB=0.579204;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0383636;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:37:38:0.452381:14:23:35:11:14:24:35:11 chr11 134047243 . T C 3073.87 PASS AF=0.994872;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0291806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3208;QD=63.0537;RBI=0.0385068;REFB=0.0698312;REVB=-0.0251251;RO=1;SAF=104;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455736;STB=0.502392;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000329994;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:195:1:1:194:194:0.994872:90:104:1:0:90:104:1:0 chr11 134151975 . G C 778.92 PASS AF=0.496894;AO=74;DP=155;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0160764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.554;QD=19.3521;RBI=0.020345;REFB=-0.0112881;REVB=0.0124687;RO=81;SAF=34;SAR=40;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379091;STB=0.502702;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0117917;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:81:81:74:80:0.496894:40:34:34:47:46:34:34:47 chr11 134182375 . G A 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000457075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.672;QD=61.6943;RBI=0.0583102;REFB=0;REVB=0.0583084;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113678;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr11 134208765 . T C 255.15 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0108065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.747;QD=22.1865;RBI=0.0108358;REFB=-0.00129468;REVB=-0.000797202;RO=22;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269052;STB=0.65121;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000509076;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:7:17:9:13:7:17:9:13 chr11 134208908 . T C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0497888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1804;QD=24.0301;RBI=0.0635849;REFB=0.00680841;REVB=-0.0395488;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306606;STB=0.517218;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00825366;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:4:5:9:6:4:5 chr12 92920 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7547;QD=33.4271;RBI=0.161744;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166313;OID=.;OPOS=92920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 235022 . C T 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.427;QD=55.5196;RBI=0.0151193;REFB=-0.00947528;REVB=-0.00311119;RO=1;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054844;STB=0.529393;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=6.50474e-05;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:8:25:0:1:8:25:0:1 chr12 248202 . C G 87.8 PASS AF=0.692308;AO=7;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00388151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.227;QD=27.0169;RBI=0.00388151;REFB=-0.0215243;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0079948;OID=.;OPOS=248202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:13:3:3:7:9:0.692308:0:7:3:0:0:9:3:0 chr12 284058 . T C 428.66 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5458;QD=57.1542;RBI=0.0815077;REFB=0;REVB=-0.0388199;RO=0;SAF=2;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404662;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:27:2:0:0:28:2:0:0 chr12 311949 . A G 178.69 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0232974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5847;QD=12.3233;RBI=0.0477437;REFB=0.0166238;REVB=-0.0416737;RO=36;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111721;STB=0.565154;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0205;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:18:4:9:27:18:4:9:27 chr12 319111 . T C 287.67 PASS AF=0.35;AO=34;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0187757;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.331;QD=11.5066;RBI=0.0229701;REFB=-0.0190719;REVB=0.0132326;RO=65;SAF=17;SAR=17;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131451;STB=0.565979;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0368723;OID=.;OPOS=319111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:65:34:35:0.35:17:17:40:25:17:18:40:25 chr12 319125 . A G 245.3 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00975021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3733;QD=11.1499;RBI=0.0391006;REFB=-0.0138847;REVB=-0.0378654;RO=58;SAF=13;SAR=17;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229427;STB=0.632355;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0238638;OID=.;OPOS=319125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:17:13:37:21:17:13:37:21 chr12 368953 . T C 253.76 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0377838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.933;QD=12.8484;RBI=0.0386062;REFB=-0.0160401;REVB=0.0079259;RO=48;SAF=21;SAR=9;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107219;STB=0.504501;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0313039;OID=.;OPOS=368953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:49:30:30:0.379747:9:21:34:14:9:21:34:15 chr12 406292 . G A 374.55 PASS AF=0.375;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-8.69062e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.05;QD=12.4851;RBI=0.0214714;REFB=-0.0125433;REVB=-0.0214712;RO=73;SAF=18;SAR=27;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146948;STB=0.583855;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0189131;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:73:75:45:45:0.375:27:18:39:34:27:18:40:35 chr12 427575 . A G 344.05 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0378158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0659;QD=16.3833;RBI=0.0413809;REFB=0.0233009;REVB=-0.0168031;RO=47;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708358;STB=0.539884;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0235078;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:23:14:21:26:23:14:21:26 chr12 463248 . G C 244.51 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0116753;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.643;QD=12.7017;RBI=0.0214582;REFB=-0.0369125;REVB=-0.018004;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685234;STB=0.506325;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0509205;OID=.;OPOS=463248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:48:28:29:0.376623:12:16:26:20:13:16:26:22 chr12 496439 . A T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=1.69692e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.256;QD=21.2271;RBI=0.00533287;REFB=-0.00208793;REVB=0.00533284;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214985;STB=0.616097;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00184922;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:24:29:29:0.54717:16:13:16:6:16:13:17:7 chr12 547683 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0564655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.603;QD=14.0792;RBI=0.0573667;REFB=-0.0051577;REVB=-0.0101286;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184269;STB=0.606972;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00596794;OID=.;OPOS=547683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:11:5:6:6:11:5 chr12 644337 . G A 508.21 PASS AF=0.5;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00278198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.707;QD=20.7434;RBI=0.0211349;REFB=-0.00139494;REVB=-0.020951;RO=48;SAF=32;SAR=17;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071143;STB=0.511178;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00144181;OID=.;OPOS=644337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:49:49:0.5:17:32:31:17:17:32:31:18 chr12 657404 . G A 344.81 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0267524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.079;QD=21.8925;RBI=0.0268732;REFB=-0.0280198;REVB=-0.00254607;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143386;STB=0.57914;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0214477;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:15:20:11:17:15:20:11:17 chr12 661656 . A G 390.75 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00706142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8076;QD=32.5624;RBI=0.0208918;REFB=0.00512214;REVB=0.0196622;RO=16;SAF=22;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092424;STB=0.550284;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00232583;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:10:22:13:3:10:22:13:3 chr12 662448 . T C 2049.41 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378341;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.509;QD=62.5774;RBI=0.0490632;REFB=0;REVB=0.0312375;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90165e-05;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:67:64:0:0:67:64:0:0 chr12 662838 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00820651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.548;QD=21.0141;RBI=0.0174489;REFB=-0.000351814;REVB=-0.0153986;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000145526;OID=.;OPOS=662838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:3:4:6:5:3:4 chr12 862989 . T C 1338.93 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.085342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6575;QD=62.2756;RBI=0.1005;REFB=0;REVB=-0.0530754;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000982263;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr12 939302 . A G 804.58 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595153;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.055;QD=57.4696;RBI=0.0597465;REFB=0;REVB=0.00525082;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024719;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr12 974326 . G C 301.02 PASS AF=0.378947;AO=32;DP=92;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0180984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.533;QD=12.6746;RBI=0.0247346;REFB=-0.0208566;REVB=0.0168597;RO=59;SAF=13;SAR=19;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18996;STB=0.616038;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0396652;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:59:59:32:36:0.378947:19:13:34:25:22:14:34:25 chr12 974355 . T TC 127.15 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=80;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.120271;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.0035;QD=6.78114;RBI=0.121209;REFB=-0.0442383;REVB=-0.0150502;RO=55;SAF=4;SAR=21;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359477;STB=0.695228;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0574942;OID=.;OPOS=974356;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346667:25:80:26:75:49:4:22:18:31:99:55:4:21:22:33 chr12 974404 . T C 210.08 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0104674;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.32;QD=15.5616;RBI=0.0139635;REFB=-0.0220273;REVB=-0.00924189;RO=30;SAF=1;SAR=23;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538542;STB=0.799644;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0263553;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:23:1:8:22:23:1:7:23 chr12 978199 . C T 221.01 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00684005;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.314;QD=12.1099;RBI=0.00878964;REFB=-0.0149041;REVB=-0.0055201;RO=45;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787431;STB=0.53997;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0184267;OID=.;OPOS=978199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:18:9:18:27:18:9:18:28 chr12 987482 . G A 641.91 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00436274;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.792;QD=59.713;RBI=0.0178742;REFB=-0.0279643;REVB=-0.0173336;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000246328;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr12 988894 . G A 67.01 PASS AF=0.5;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0135318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.412;QD=14.8922;RBI=0.0167183;REFB=-0.0385848;REVB=0.00981799;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520396;STB=0.758111;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0257975;OID=.;OPOS=988894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:17:18:9:9:7:9:0.5:2:5:1:8:3:6:1:8 chr12 990911 . GA CG,GC 1140.35 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=3,66;DP=78;FAO=2,76;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384708,0.00476054;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.5837,100.998;QD=58.4796;RBI=0.0122883,0.0724564;REFB=0,0;REVB=-0.0116706,-0.0722999;RO=0;SAF=3,32;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.75585e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00435006,-0.000691183;OID=.,.;OPOS=990911,990912;OREF=GA,A;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:78:78:0:0:3,66:2,76:0.025641,0.974359:0,34:3,32:0:0:0,41:2,35:0:0 chr12 993930 . C T 318.32 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00812074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8252;QD=18.1897;RBI=0.0608757;REFB=0.0135696;REVB=0.0603316;RO=35;SAF=7;SAR=27;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167775;STB=0.606673;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0139436;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:27:7:12:23:27:7:13:23 chr12 994487 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.722;QD=57.8849;RBI=0.0131084;REFB=0;REVB=0.0130557;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31125e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr12 998365 . G T 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0218275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7856;QD=14.1313;RBI=0.0304125;REFB=0.00152757;REVB=0.0211773;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21673;STB=0.624875;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00371193;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:9:10:10:21:9:10:10:21 chr12 1017197 . C T 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0076;QD=54.5044;RBI=0.0110599;REFB=0;REVB=0.0107382;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142439;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr12 1020506 . C CACTA 363.8 PASS AF=0.464286;AO=37;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.023694;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=192.462;QD=17.3236;RBI=0.0293301;REFB=-0.0182443;REVB=0.0172872;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347604;STB=0.500916;STBP=0.97;TYPE=ins;VARB=0.0230275;OID=.;OPOS=1020507;OREF=-;OALT=ACTA;OMAPALT=CACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:37:85:39:84:45:20:19:23:22:99:46:18:19:24:22 chr12 1038978 . C CT 243.03 PASS AF=0.421053;AO=38;DP=97;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0147462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.28;QD=10.2328;RBI=0.0182086;REFB=-0.0193008;REVB=-0.010682;RO=58;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871496;STB=0.526303;STBP=0.672;TYPE=ins;VARB=0.0296443;OID=.;OPOS=1038979;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:38:97:40:95:55:20:20:30:25:99:58:20:18:31:27 chr12 1553797 . A G 501.52 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0208082;FXX=0.0151504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8569;QD=15.4313;RBI=0.0209425;REFB=-0.00821901;REVB=0.00236798;RO=71;SAF=26;SAR=29;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620608;STB=0.503507;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0106803;OID=.;OPOS=1553797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:71:75:55:55:0.423077:29:26:34:37:29:26:35:40 chr12 1893170 . C T 955.77 PASS AF=0.485294;AO=99;DP=204;FAO=99;FDP=204;FR=.;FRO=105;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.0140129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.311;QD=18.7406;RBI=0.0166096;REFB=-0.00535447;REVB=-0.00891727;RO=104;SAF=42;SAR=57;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533124;STB=0.527136;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00687705;OID=.;OPOS=1893170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:104:105:99:99:0.485294:57:42:50:54:57:42:50:55 chr12 1902766 . T G 739.39 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0150106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.251;QD=20.828;RBI=0.0181141;REFB=-0.0114687;REVB=-0.0101392;RO=69;SAF=30;SAR=42;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119898;STB=0.56263;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0102236;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:69:70:72:72:0.507042:42:30:38:31:42:30:38:32 chr12 1995403 . T C 2363.99 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.986;QD=60.6152;RBI=0.0144859;REFB=0;REVB=0.0100508;RO=0;SAF=102;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53612e-06;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:53:102:0:0:53:103:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 258.16 PASS AF=0.466667;AO=25;DP=100;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0313304;FXX=0.104462;HRUN=2;LEN=3;MLLD=126.134;QD=17.2108;RBI=0.045393;REFB=-0.0940382;REVB=0.0328471;RO=71;SAF=11;SAR=14;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217881;STB=0.633712;STBP=0.069;TYPE=ins;VARB=0.100435;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:25:100:28:60:32:13:15:23:9:99:71:11:14:44:27 chr12 2750919 . A G 653.2 PASS AF=0.452229;AO=71;DP=157;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0180588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.793;QD=16.6419;RBI=0.0204714;REFB=-0.00605755;REVB=0.00964156;RO=85;SAF=39;SAR=32;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111536;STB=0.558723;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00713878;OID=.;OPOS=2750919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:85:86:71:71:0.452229:32:39:37:48:32:39:38:48 chr12 2788879 . G A 279.89 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0219422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.496;QD=14.1715;RBI=0.0242699;REFB=-0.0165808;REVB=0.0103716;RO=47;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166542;STB=0.594795;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0223437;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:20:12:25:22:20:12:25:22 chr12 2791130 . C T 252.06 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0195422;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.623;QD=12.2956;RBI=0.0195458;REFB=-0.0114596;REVB=0.00037595;RO=50;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050505;STB=0.547453;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0107733;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:52:30:30:0.365854:21:9:17:33:21:9:19:33 chr12 2791132 . A G 277.01 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0214661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.287;QD=13.5124;RBI=0.0248779;REFB=-0.00365806;REVB=-0.0125744;RO=50;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444683;STB=0.502536;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0083487;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:21:11:17:33:21:11:17:33 chr12 2791205 . A G 1194.34 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.129;QD=59.7168;RBI=0.0352236;REFB=-0.134967;REVB=0.00123395;RO=1;SAF=31;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015025;STB=0.507934;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000276854;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:48:31:1:0:48:31:1:0 chr12 2801469 . C CT 216.64 PASS AF=0.458599;AO=59;DP=176;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=24;FWDB=-0.0116371;FXX=0.00632871;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.02096;QD=5.51944;RBI=0.0797135;REFB=-0.0172814;REVB=-0.0788594;RO=101;SAF=46;SAR=13;SRF=70;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127466;STB=0.503077;STBP=0.955;TYPE=ins;VARB=-0.0195716;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458599:59:176:72:157:85:52:20:61:24:99:101:46:13:70:31 chr12 2929282 . G C 369.56 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.028014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5101;QD=17.5983;RBI=0.0598708;REFB=-0.0582454;REVB=0.0529125;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106703;STB=0.578133;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.058893;OID=.;OPOS=2929282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:45:39:39:0.464286:16:23:20:22:16:23:20:25 chr12 2968458 . T C 685.83 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0619813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8655;QD=58.3685;RBI=0.0860052;REFB=-0.0223276;REVB=-0.0596256;RO=2;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103566;STB=0.505514;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.000363024;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:17:28:1:1:17:28:1:1 chr12 2974497 . C T 293.19 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0352826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.514;QD=22.9955;RBI=0.0352901;REFB=0.000863076;REVB=0.000728288;RO=21;SAF=20;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202076;STB=0.503934;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.000816182;OID=.;OPOS=2974497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:9:20:14:7:9:20:15:7 chr12 2996174 . A G 936.33 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.942;QD=58.5209;RBI=0.014697;REFB=0;REVB=0.0050575;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64318e-05;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:26:38:0:0 chr12 2997397 . G A 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.976;QD=53.9039;RBI=0.141917;REFB=0;REVB=-0.0115183;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00294475;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr12 3310439 . C T 1467.55 PASS AF=1;AO=77;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463926;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.002;QD=63.1204;RBI=0.0631679;REFB=0;REVB=0.0428709;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103594;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:0:0:77:93:1:38:39:0:0:48:45:0:0 chr12 3387697 . T C 861.73 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.111021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.483;QD=23.4484;RBI=0.122075;REFB=0.00543952;REVB=-0.0507609;RO=64;SAF=34;SAR=46;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490241;STB=0.531188;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00629328;OID=.;OPOS=3387697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:64:67:80:80:0.544218:46:34:31:33:46:34:33:34 chr12 3391032 . T G 418.29 PASS AF=0.477273;AO=43;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00033036;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.978;QD=19.0132;RBI=0.0248379;REFB=-0.0225272;REVB=-0.0248357;RO=44;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16015;STB=0.59107;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0292042;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:46:43:42:0.477273:24:19:12:32:23:19:13:33 chr12 3393419 . C T 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.00707726;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.735;QD=19.4012;RBI=0.010737;REFB=-0.0172688;REVB=-0.00807436;RO=38;SAF=12;SAR=26;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115361;STB=0.563727;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0155598;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:26:12:8:30:26:12:8:30 chr12 3409277 . C T 711.59 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00727859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.88;QD=52.7103;RBI=0.0387883;REFB=-0.157314;REVB=0.0380992;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336162;STB=0.51785;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00387998;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:27:25:0:2:27:25:0:2 chr12 3749874 . T C 448.48 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.005594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.923;QD=18.6866;RBI=0.00807109;REFB=-0.0128805;REVB=0.00581805;RO=51;SAF=24;SAR=21;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16802;STB=0.593181;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0142009;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:21:24:36:15:21:24:36:15 chr12 3835401 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.118;QD=37.4885;RBI=0.049632;REFB=0;REVB=0.0430872;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850567;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr12 4406979 . C A 170.29 PASS AF=0.411765;AO=17;DP=46;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00891981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5935;QD=13.3562;RBI=0.0460494;REFB=-0.0267197;REVB=0.0451773;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15086;STB=0.621503;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0688587;OID=.;OPOS=4406979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:29:30:17:21:0.411765:10:7:16:13:14:7:16:14 chr12 4407061 . T C 206.09 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0221444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7083;QD=16.8237;RBI=0.025218;REFB=-0.00598087;REVB=-0.0120654;RO=28;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340795;STB=0.705652;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00764083;OID=.;OPOS=4407061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:20:21:0.428571:17:3:11:17:18:3:11:17 chr12 4410829 . A C 195.85 PASS AF=0.285714;AO=25;DP=92;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00865926;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9833;QD=8.60875;RBI=0.0143918;REFB=-0.000390126;REVB=-0.0114952;RO=64;SAF=16;SAR=9;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171947;STB=0.578252;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00154168;OID=.;OPOS=4410829;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:64:65:25:26:0.285714:9:16:32:32:10:16:33:32 chr12 4410830 . A T 53.77 PASS AF=0.126316;AO=15;DP=93;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.00596017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8115;QD=2.26399;RBI=0.0212599;REFB=-0.00853838;REVB=-0.0204073;RO=74;SAF=4;SAR=11;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45595;STB=0.715874;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0494007;OID=.;OPOS=4410830;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:93:95:74:83:15:12:0.126316:11:4:48:26:8:4:49:34 chr12 4411085 . T G 59.7 PASS AF=0.087963;AO=21;DP=217;FAO=19;FDP=216;FR=.;FRO=197;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=101;FSRR=96;FWDB=-0.00996774;FXX=0.00917389;HRUN=11;LEN=1;MLLD=165.363;QD=1.10564;RBI=0.0324781;REFB=-0.00139772;REVB=-0.0309107;RO=195;SAF=5;SAR=16;SRF=100;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332546;STB=0.831643;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0202874;OID=.;OPOS=4411085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:217:216:195:197:21:19:0.087963:16:5:100:95:16:3:101:96 chr12 4411093 . TC CT,TCT 98.65 PASS AF=0.0172414,0.310345;AO=10,34;DP=179;FAO=3,54;FDP=174;FR=.;FRO=117;FSAF=1,33;FSAR=2,21;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=-0.0230233,-0.0939356;FXX=0.0386719;HRUN=11,6;LEN=2,1;MLLD=13.7781,6.7302;QD=2.26793;RBI=0.0239225,0.0972235;REFB=-0.0902046,-0.164036;REVB=0.00649723,-0.02507;RO=95;SAF=6,20;SAR=4,14;SRF=38;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.229598,0.228709;STB=0.587633,0.630345;STBP=0.727,0.024;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00902085,0.164473;OID=.,.;OPOS=4411093,4411095;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:88:179:174:95:117:10,34:3,54:0.0172414,0.310345:4,14:6,20:38:57:2,21:1,33:49:68 chr12 4414126 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.83;QD=49.5989;RBI=0.124347;REFB=0;REVB=-0.00951589;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108601;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr12 4430412 . C G 97.25 PASS AF=0.156463;AO=24;DP=147;FAO=23;FDP=147;FR=.;FRO=124;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=91;FSRR=33;FWDB=-0.00124004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6627;QD=2.64612;RBI=0.0569186;REFB=-0.0124596;REVB=-0.0569051;RO=115;SAF=4;SAR=20;SRF=87;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661691;STB=0.896407;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.170673;OID=.;OPOS=4430412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:147:147:115:124:24:23:0.156463:20:4:87:28:19:4:91:33 chr12 4459032 . G A 138.37 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0504142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.917;QD=11.7764;RBI=0.051593;REFB=-0.00537764;REVB=-0.0109658;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158616;STB=0.593552;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.012618;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:13:18:7:9:13:18 chr12 4462161 . C T 426.85 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00683333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.251;QD=17.9727;RBI=0.0213553;REFB=-0.0118256;REVB=-0.0202325;RO=50;SAF=18;SAR=26;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125737;STB=0.575519;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0147309;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:44:44:0.463158:26:18:27:23:26:18:28:23 chr12 4554548 . G C 1964.42 PASS AF=0.984848;AO=117;DP=119;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.054376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9743;QD=59.5279;RBI=0.0660644;REFB=-0.0543068;REVB=0.03752;RO=2;SAF=45;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013009;STB=0.506097;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00215854;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:132:2:2:117:130:0.984848:72:45:0:2:81:49:0:2 chr12 4702173 . C T 194.25 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.00270988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5504;QD=12.3334;RBI=0.0123768;REFB=0.00584975;REVB=-0.0120765;RO=36;SAF=18;SAR=6;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505259;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00552538;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:39:24:24:0.380952:6:18:27:9:6:18:29:10 chr12 4708199 . A G 579.87 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00758588;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.81;QD=24.4157;RBI=0.00759791;REFB=-0.0261939;REVB=0.00042736;RO=42;SAF=29;SAR=24;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118291;STB=0.564682;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0192295;OID=.;OPOS=4708199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:42:42:53:53:0.557895:24:29:29:13:24:29:29:13 chr12 4716513 . C T 222.52 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00530571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.835;QD=10.3496;RBI=0.0164988;REFB=-0.019821;REVB=0.0156224;RO=56;SAF=16;SAR=12;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414024;STB=0.513504;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0419174;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:58:28:28:0.325581:12:16:30:26:12:16:32:26 chr12 4716572 . C A 768.18 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7494;QD=56.9021;RBI=0.042452;REFB=0;REVB=-0.035352;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494711;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr12 4735734 . T C 1011.54 PASS AF=0.564706;AO=96;DP=170;FAO=96;FDP=170;FR=.;FRO=74;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00920343;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.593;QD=23.8009;RBI=0.0128326;REFB=0.00048929;REVB=0.00894278;RO=73;SAF=50;SAR=46;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043436;STB=0.526323;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.000484281;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:73:74:96:96:0.564706:46:50:42:31:46:50:43:31 chr12 4735894 . G A 402.81 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0122614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6326;QD=19.1814;RBI=0.0143275;REFB=-0.013458;REVB=0.00741186;RO=42;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101076;STB=0.500875;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0195444;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:19:22:23:19:19:22:23:20 chr12 4736086 . A G 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0206147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8437;QD=17.5004;RBI=0.0278078;REFB=0.0083297;REVB=0.018663;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269558;STB=0.51514;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0107081;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:18:10:10:16:18:10 chr12 4736495 . C T 1415.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.609;QD=62.9044;RBI=0.036281;REFB=0;REVB=0.00821195;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75318e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:36:54:0:0:36:54:0:0 chr12 4736631 . A G 2392.76 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019031;FXX=0.0124216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.428;QD=60.1953;RBI=0.0193632;REFB=0;REVB=0.00357125;RO=2;SAF=61;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341302;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:2:0:155:159:1:94:61:0:2:97:62:0:0 chr12 4736677 . G C 680.42 PASS AF=0.492857;AO=65;DP=144;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0141752;FXX=0.0410931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3394;QD=19.4406;RBI=0.0170202;REFB=-0.0142457;REVB=0.00942064;RO=63;SAF=28;SAR=37;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124282;STB=0.508769;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0145778;OID=.;OPOS=4736677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:140:63:71:65:69:0.492857:37:28:28:35:41:28:30:41 chr12 4736690 . A G 2084.99 PASS AF=0.971429;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0387701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7784;QD=59.5712;RBI=0.0414169;REFB=-0.0416442;REVB=0.0145684;RO=4;SAF=54;SAR=82;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835117;STB=0.504395;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0045892;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:140:4:4:136:136:0.971429:82:54:1:3:82:54:1:3 chr12 4737318 . A G 118.74 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00556935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.675;QD=22.6165;RBI=0.0443449;REFB=-0.0169225;REVB=-0.0439938;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00763439;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr12 4737459 . C T 306.33 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00652289;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.181;QD=17.5043;RBI=0.00660598;REFB=-0.00843207;REVB=-0.00104445;RO=37;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893468;STB=0.550102;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00893786;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:37:37:33:33:0.471429:13:20:19:18:13:20:19:18 chr12 4737715 . C T 492.68 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00317621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.689;QD=17.4399;RBI=0.00715167;REFB=-0.0190979;REVB=0.00640767;RO=60;SAF=31;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178651;STB=0.509935;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0202074;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:22:31:34:26:22:31:34:26 chr12 4740515 . A T 3112.7 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.961;QD=63.5244;RBI=0.0466444;REFB=0;REVB=0.0346775;RO=0;SAF=97;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89513e-05;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:195:196:0:0:194:196:1:97:97:0:0:98:98:0:0 chr12 4763508 . C T 687.36 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=31;FWDB=0.0413036;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9814;QD=16.9719;RBI=0.0420815;REFB=-0.0126191;REVB=0.00805378;RO=89;SAF=42;SAR=32;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854686;STB=0.54488;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0149899;OID=.;OPOS=4763508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:89:88:74:74:0.45679:32:42:58:31:32:42:57:31 chr12 4794351 . A G 1881.77 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033896;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.579;QD=61.6975;RBI=0.0259793;REFB=0;REVB=0.0257573;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6011e-05;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:65:55:0:0:66:56:0:0 chr12 4919267 . A G 101.01 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.619;QD=40.4026;RBI=0.0377859;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754699;OID=.;OPOS=4919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:0:9:0:0:0:10:0:0 chr12 4921228 . T C 498.58 PASS AF=0.5;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0320006;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5519;QD=19.176;RBI=0.0531596;REFB=-0.030209;REVB=0.0424489;RO=52;SAF=29;SAR=22;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080289;STB=0.549261;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0318836;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:51:52:0.5:22:29:34:18:23:29:34:18 chr12 4921301 . T C 287.73 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0117381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.275;QD=25.0203;RBI=0.0140934;REFB=-0.00635129;REVB=-0.0078001;RO=20;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858791;STB=0.547493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00445937;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:9:17:15:5:9:17:15:5 chr12 4922030 . C G 511.1 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=98;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0165872;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.492;QD=21.0765;RBI=0.0198713;REFB=-0.0246287;REVB=-0.0109422;RO=48;SAF=23;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377557;STB=0.515863;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.026913;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:48:48:48:49:0.505155:25:23:21:27:26:23:21:27 chr12 4922734 . A G 311.82 PASS AF=0.453333;AO=32;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0145594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.676;QD=16.6304;RBI=0.0147431;REFB=-0.0154564;REVB=-0.00232023;RO=42;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056392;STB=0.501617;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0172718;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:41:32:34:0.453333:20:12:18:24:20:14:17:24 chr12 4923049 . T C 368.12 PASS AF=0.376238;AO=35;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.0528135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.0563;QD=14.5789;RBI=0.0532166;REFB=0.0469657;REVB=0.00653738;RO=46;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121641;STB=0.577943;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0782518;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:55:35:38:0.376238:23:12:11:35:23:15:15:40 chr12 4923364 . T C 500.69 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0119044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.034;QD=24.4238;RBI=0.011967;REFB=-0.0172236;REVB=0.00122258;RO=34;SAF=23;SAR=24;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150607;STB=0.587249;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0170657;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:35:47:47:0.573171:24:23:10:24:24:23:10:25 chr12 4923753 . A G 344.43 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00302597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.897;QD=13.2474;RBI=0.041028;REFB=-0.0153948;REVB=0.0409162;RO=56;SAF=31;SAR=10;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309475;STB=0.650271;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0290205;OID=.;OPOS=4923753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:63:41:41:0.394231:10:31:27:29:10:31:34:29 chr12 4959904 . G GA 70.06 PASS AF=0.262712;AO=25;DP=120;FAO=31;FDP=118;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.119689;FXX=0.00840265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5215;QD=2.37501;RBI=0.174364;REFB=0.000568276;REVB=-0.126796;RO=78;SAF=12;SAR=13;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104274;STB=0.637253;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=-0.138192;OID=.;OPOS=4959905;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262712:25:120:31:118:87:13:18:53:34:70:78:12:13:44:34 chr12 4959987 . C T 286.34 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00646987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.501;QD=10.4125;RBI=0.0153206;REFB=-0.016222;REVB=0.0138874;RO=73;SAF=19;SAR=18;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238221;STB=0.513772;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.029824;OID=.;OPOS=4959987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:18:19:39:34:18:19:39:34 chr12 4959993 . C A 258.82 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0257862;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2869;QD=10.2504;RBI=0.026449;REFB=-0.0154333;REVB=-0.00588409;RO=69;SAF=17;SAR=16;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918482;STB=0.510198;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.032664;OID=.;OPOS=4959993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:69:68:33:33:0.326733:16:17:35:34:16:17:34:34 chr12 4960023 . C A 406.91 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0475375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.296;QD=20.0943;RBI=0.0480168;REFB=0.0030485;REVB=0.00676713;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1009;STB=0.555864;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0036153;OID=.;OPOS=4960023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:21:20:15:25:21:20:15:25 chr12 5021984 . T A 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.448;QD=57.1031;RBI=0.0616686;REFB=0;REVB=0.0374518;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14304e-05;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr12 5026471 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0693;QD=59.8361;RBI=0.0369348;REFB=0;REVB=-0.0206291;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00090783;OID=.;OPOS=5026471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr12 5154462 . T C 1182.01 PASS AF=1;AO=62;DP=80;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277642;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.452;QD=61.4031;RBI=0.00863904;REFB=0;REVB=0.00818073;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33303e-05;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:77:0:0:62:77:1:21:41:0:0:24:53:0:0 chr12 5155472 . A G 435.01 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00277531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.043;QD=20.9641;RBI=0.0360747;REFB=-0.0125165;REVB=0.0359678;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157582;STB=0.587198;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0126996;OID=.;OPOS=5155472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:26:17:23:17:26:17:23:17 chr12 5603632 . G A 691.57 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.429;QD=60.1361;RBI=0.0271571;REFB=0.0679631;REVB=0.00745804;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170841;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000612734;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:17:27:1:0:17:28:1:0 chr12 6030302 . T C 167.12 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0106449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.671;QD=15.1928;RBI=0.013437;REFB=-0.00911647;REVB=0.00819986;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119839;STB=0.551575;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.01169;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:7:11:18:7:7:11:18:8 chr12 6030405 . A G 427.02 PASS AF=0.518519;AO=43;DP=83;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0292513;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4953;QD=21.0876;RBI=0.0640678;REFB=-0.013225;REVB=-0.0570005;RO=33;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113097;STB=0.534529;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0134021;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:33:39:43:42:0.518519:19:24:23:10:18:24:25:14 chr12 6030437 . A G 491.97 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00237085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.086;QD=18.5649;RBI=0.0149209;REFB=-0.00914165;REVB=-0.0147313;RO=54;SAF=32;SAR=20;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745351;STB=0.541337;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00989724;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:20:32:29:25:20:32:29:25 chr12 6054395 . A G 844.57 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.871;QD=56.3045;RBI=0.0648452;REFB=0;REVB=0.0246886;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852783;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:43:13:0:0:44:16:0:0 chr12 6061069 . T G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00461683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.135;QD=9.37558;RBI=0.0138147;REFB=-0.00864943;REVB=-0.0130204;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973138;STB=0.557463;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0206257;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:9:10:25:16:9:10:25:16 chr12 6091000 . A G 2389.17 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9971;QD=64.1387;RBI=0.0300332;REFB=0;REVB=0.0118163;RO=0;SAF=89;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04777e-05;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:60:89:0:0:60:89:0:0 chr12 6105387 . G A 863.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3539;QD=56.6067;RBI=0.0278327;REFB=0;REVB=0.0198485;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111114;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:29:30:0:0:29:32:0:0 chr12 6127535 . T G 142.09 PASS AF=0.192857;AO=22;DP=137;FAO=27;FDP=140;FR=.;FRO=113;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.0153161;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.966;QD=4.05979;RBI=0.0249607;REFB=-0.00787748;REVB=-0.0197092;RO=115;SAF=14;SAR=8;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137712;STB=0.543364;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0426508;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:115:113:22:27:0.192857:8:14:61:54:11:16:61:52 chr12 6127891 . C A 259.68 PASS AF=0.356322;AO=29;DP=85;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0569517;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7476;QD=11.9395;RBI=0.0578822;REFB=-0.0305488;REVB=-0.0103368;RO=56;SAF=20;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225267;STB=0.654556;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0647572;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:56:56:29:31:0.356322:9:20:28:28:9:22:27:29 chr12 6127919 . T G 163.72 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.00785897;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.381;QD=8.50471;RBI=0.00807034;REFB=-0.00764244;REVB=-0.00183492;RO=55;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287204;STB=0.658461;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0214118;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:54:22:23:0.298701:9:13:19:36:10:13:18:36 chr12 6127943 . A G 122.77 PASS AF=0.22619;AO=20;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0258107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.96;QD=5.8464;RBI=0.0295849;REFB=0.00098565;REVB=0.0144595;RO=64;SAF=12;SAR=8;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218109;STB=0.613266;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00322342;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:64:65:20:19:0.22619:8:12:27:37:8:11:28:37 chr12 6128443 . T C 104.4 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0173264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4434;QD=11.286;RBI=0.0912623;REFB=-0.0269121;REVB=-0.0896024;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177174;STB=0.604781;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0473436;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:15:9:7:6:15:9 chr12 6143984 . T C 970.48 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350369;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.36;QD=58.817;RBI=0.0277162;REFB=0;REVB=0.0274938;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327857;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:27:37:0:0:28:38:0:0 chr12 6172202 . T C 2356.65 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.995;QD=63.2657;RBI=0.0569327;REFB=0;REVB=0.0139379;RO=0;SAF=55;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116001;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:138:149:0:0:136:149:1:81:55:0:0:82:67:0:0 chr12 6204902 . CA C 693.12 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740627;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0418;QD=57.7603;RBI=0.0451178;REFB=0;REVB=-0.0445058;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000644173;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:49:48:48:0:26:22:0:0:4:0:26:21:0:0 chr12 6344600 . C A 610.33 PASS AF=0.560748;AO=58;DP=106;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00704132;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.492;QD=22.8162;RBI=0.0115165;REFB=-0.000314114;REVB=0.00911315;RO=48;SAF=24;SAR=34;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190448;STB=0.613345;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000319468;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:48:47:58:60:0.560748:34:24:31:17:36:24:31:16 chr12 6421495 . G A 538.93 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.020867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.13;QD=17.8158;RBI=0.0209168;REFB=0.00127948;REVB=-0.00144328;RO=63;SAF=41;SAR=16;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290854;STB=0.666299;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00135894;OID=.;OPOS=6421495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:64:57:57:0.471074:16:41:27:36:16:41:27:37 chr12 6427052 . C T 615.95 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0208003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1314;QD=20.8795;RBI=0.0578113;REFB=-0.0100674;REVB=0.0539398;RO=54;SAF=23;SAR=38;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402375;STB=0.524162;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00929086;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:56:61:62:0.525424:38:23:18:36:38:24:19:37 chr12 6428116 . T G 356.6 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.046608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.308;QD=19.2759;RBI=0.0602607;REFB=-0.0138995;REVB=-0.0381975;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243926;STB=0.513566;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0112936;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:20:17:18:19:20:17:18:19 chr12 6439470 . A G 178.35 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00848372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.074;QD=14.8622;RBI=0.00972182;REFB=-0.0161317;REVB=-0.00474766;RO=29;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181067;STB=0.60548;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0240223;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:14:5:12:17:14:5:12:17 chr12 6440009 . T C 446.07 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0156519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.911;QD=23.4775;RBI=0.0289661;REFB=-0.0142664;REVB=-0.0243732;RO=33;SAF=32;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18458;STB=0.601976;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0108641;OID=.;OPOS=6440009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:11:32:18:15:11:32:18:15 chr12 6442346 . A G 650.7 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4477;QD=61.9718;RBI=0.00620633;REFB=0;REVB=-0.00360654;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126855;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:33:9:0:0:33:9:0:0 chr12 6450945 . T C 376.91 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.153115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.441;QD=17.948;RBI=0.153536;REFB=-0.0698492;REVB=-0.0113646;RO=43;SAF=21;SAR=19;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185475;STB=0.607308;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0544867;OID=.;OPOS=6450945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:19:21:31:12:19:21:32:12 chr12 6457062 . T C 389.89 PASS AF=0.465909;AO=38;DP=86;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.054435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9791;QD=17.7223;RBI=0.0558921;REFB=-0.0226409;REVB=-0.0126788;RO=47;SAF=26;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161266;STB=0.603374;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0132644;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:47:47:38:41:0.465909:12:26:25:22:12:29:25:22 chr12 6459159 . T TG 41.99 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0307793;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1225;QD=6.99799;RBI=0.106781;REFB=-0.0236392;REVB=0.102248;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589677;STB=0.850192;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0368178;OID=.;OPOS=6459160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:25:9:24:15:8:1:6:9:41:16:8:1:6:10 chr12 6483851 . G A 178.13 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00106446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.524;QD=14.5413;RBI=0.012804;REFB=-0.0216901;REVB=-0.0127597;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454997;STB=0.516112;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0254593;OID=.;OPOS=6483851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:19:19:0.387755:10:9:15:14:10:9:15:15 chr12 6484709 . T C 938.19 PASS AF=1;AO=33;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.413;QD=57.7345;RBI=0.122263;REFB=0;REVB=-0.0317954;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436901;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:33:65:1:22:11:0:0:22:43:0:0 chr12 6495275 . C A 646.42 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0354208;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.497;QD=56.2102;RBI=0.0382715;REFB=-0.0144105;REVB=0.0144941;RO=3;SAF=14;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107836;STB=0.500575;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00103301;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:46:3:3:43:43:0.934783:29:14:1:2:29:14:1:2 chr12 6500105 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.879;QD=45.8068;RBI=0.0963533;REFB=0;REVB=-0.03697;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484418;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 6560473 . A G 557.95 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944133;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.79;QD=60.3184;RBI=0.0209311;REFB=0;REVB=0.0186808;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464499;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr12 6562753 . A G 337.49 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.016844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9455;QD=20.1483;RBI=0.0172608;REFB=-0.0274;REVB=-0.00377062;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106065;STB=0.564959;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0190875;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:32:34:35:0.522388:19:15:17:13:19:16:19:13 chr12 6562810 . A G 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0553176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.319;QD=22.7947;RBI=0.0556221;REFB=0.00216324;REVB=-0.00581174;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334821;STB=0.695493;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000869452;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:16:8:15:5:16:8:16:5 chr12 6572048 . A G 238.61 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.05609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5915;QD=14.0356;RBI=0.106487;REFB=-0.00690283;REVB=-0.0905173;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630661;STB=0.521038;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00855366;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:40:28:28:0.411765:13:15:17:19:13:15:20:20 chr12 6618871 . C T 119.86 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0255777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.241;QD=25.2329;RBI=0.0758769;REFB=0.0283121;REVB=-0.0714358;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147396;STB=0.590024;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.016972;OID=.;OPOS=6618871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:6:6:12:13:0.684211:5:7:2:4:5:8:2:4 chr12 6619284 . C G 1245.71 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.169;QD=61.5165;RBI=0.0349579;REFB=0;REVB=-0.00785941;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51615e-05;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr12 6619402 . T C 300.42 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00495431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.144;QD=19.0745;RBI=0.0273583;REFB=-0.0133681;REVB=0.026906;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411278;STB=0.522921;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00875326;OID=.;OPOS=6619402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:13:19:17:14:13:19:17:14 chr12 6631169 . C A 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4698;QD=61.3289;RBI=0.0184936;REFB=0;REVB=-0.0181359;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250131;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr12 6637845 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.173;QD=62.9824;RBI=0.0148132;REFB=0;REVB=0.00243302;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41622e-05;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr12 6638116 . C T 436.34 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00606631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.009;QD=21.2848;RBI=0.00791874;REFB=-0.0142798;REVB=0.00508983;RO=36;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158872;STB=0.593177;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0162313;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:39:43:43:0.52439:25:18:22:14:25:18:24:15 chr12 6639088 . A G 1523.45 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5552;QD=59.1633;RBI=0.0687087;REFB=0;REVB=0.0371397;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219275;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:58:42:0:0:60:43:0:0 chr12 6639981 . C G 311.82 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0316521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9353;QD=16.6305;RBI=0.0442785;REFB=0.0246385;REVB=-0.0309633;RO=41;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355935;STB=0.519988;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0362593;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:17:17:19:22:17:17:19:22 chr12 6643991 . C G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0147377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.053;QD=11.4395;RBI=0.0210734;REFB=-0.00565866;REVB=-0.0150628;RO=24;SAF=12;SAR=1;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471586;STB=0.793528;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0065692;OID=.;OPOS=6643991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:1:12:16:8:1:12:16:8 chr12 6646320 . T C 361.98 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.000571895;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.364;QD=17.6575;RBI=0.0223213;REFB=9.88692e-06;REVB=0.022314;RO=42;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149758;STB=0.596807;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00026648;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:44:38:38:0.463415:24:14:22:20:24:14:24:20 chr12 6647109 . T C 204.4 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0856199;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5836;QD=12.388;RBI=0.0905998;REFB=-0.0155659;REVB=-0.0296237;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842613;STB=0.50485;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0250162;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:41:25:25:0.378788:12:13:21:20:12:13:21:20 chr12 6648855 . A G 354.08 PASS AF=0.647059;AO=30;DP=48;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0370457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9513;QD=27.7713;RBI=0.0647521;REFB=-0.0474773;REVB=0.0531079;RO=18;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699157;STB=0.516119;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0371694;OID=.;OPOS=6648855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:18:18:30:33:0.647059:12:18:9:9:15:18:9:9 chr12 6711147 . C A 66.35 PASS AF=0.727273;AO=6;DP=12;FAO=8;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00910818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.932;QD=24.1265;RBI=0.0218302;REFB=-0.074354;REVB=0.0198393;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0233145;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:12:11:4:3:6:8:0.727273:4:2:1:3:6:2:1:2 chr12 6747295 . G A 71.64 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0351785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7377;QD=7.95953;RBI=0.0853641;REFB=-0.0308583;REVB=-0.0777786;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105809;STB=0.506566;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0546014;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:18:8:3:7:18:8 chr12 6835068 . A G 111.47 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0073127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4198;QD=7.19132;RBI=0.0108734;REFB=-0.0170145;REVB=0.00804709;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195833;STB=0.617632;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0257389;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:45:17:17:0.274194:8:9:29:13:8:9:31:14 chr12 6835081 . G A 102.12 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0332357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6815;QD=9.07742;RBI=0.0333219;REFB=-0.0122728;REVB=0.00239594;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219983;STB=0.531088;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0226553;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:32:13:13:0.288889:5:8:19:11:5:8:21:11 chr12 6836852 . A G 176.25 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0115086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7151;QD=14.1002;RBI=0.0117662;REFB=-0.00598857;REVB=0.00244865;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155737;STB=0.59081;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0159043;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:13:6:14:17:13:6:14:17 chr12 6836913 . G T 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.000281141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.305;QD=11.8157;RBI=0.0172696;REFB=-0.000233079;REVB=-0.0172673;RO=39;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170895;STB=0.586975;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000399934;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:41:24:24:0.369231:17:7:17:22:17:7:17:24 chr12 6840209 . G A 118.92 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0774672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9413;QD=13.5908;RBI=0.0818277;REFB=-0.0213883;REVB=-0.0263555;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462575;STB=0.515396;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0366392;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:9:5:8:12:9:5:8:13 chr12 6926363 . T C 842.15 PASS AF=0.985714;AO=43;DP=72;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.145504;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.4139;QD=48.1228;RBI=0.149084;REFB=-0.00465471;REVB=-0.0324754;RO=0;SAF=1;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78486e-08;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00617912;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:70:0:1:43:69:0.985714:42:1:0:0:42:27:0:1 chr12 6928075 . T C 707.62 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000637504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.318;QD=62.8993;RBI=0.00955704;REFB=0;REVB=0.00953576;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92874e-05;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:37:6:0:0:39:6:0:0 chr12 6928569 . T A 802.75 PASS AF=0.515924;AO=81;DP=156;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00447631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.655;QD=20.4522;RBI=0.00735401;REFB=-0.0283668;REVB=-0.00583474;RO=73;SAF=38;SAR=43;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444848;STB=0.527684;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0229614;OID=.;OPOS=6928569;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:73:76:81:81:0.515924:43:38:38:35:43:38:40:36 chr12 6928586 . CA AG 1613.84 PASS AF=0.886364;AO=116;DP=133;FAO=117;FDP=132;FR=.;FRO=15;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0118224;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.7291;QD=48.9042;RBI=0.0181619;REFB=-0.139101;REVB=0.0137872;RO=9;SAF=48;SAR=68;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353012;STB=0.537419;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0171685;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:133:132:9:15:116:117:0.886364:68:48:6:3:69:48:11:4 chr12 6932967 . G C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0243007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.374;QD=8.25467;RBI=0.0297029;REFB=-0.00944774;REVB=0.0170804;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403885;STB=0.759899;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0167937;OID=.;OPOS=6932967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:6:6:5:1:6:6 chr12 6933223 . C T 468.32 PASS AF=0.490196;AO=44;DP=96;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0214417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.016;QD=18.3656;RBI=0.0261249;REFB=-0.0403699;REVB=0.0149254;RO=44;SAF=28;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167788;STB=0.585844;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0307549;OID=.;OPOS=6933223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:102:44:52:44:50:0.490196:16:28:20:24:17:33:26:26 chr12 6939850 . A G 293.95 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0582695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.661;QD=17.2914;RBI=0.0583159;REFB=0.00130782;REVB=0.00232519;RO=36;SAF=21;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709554;STB=0.539642;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00240658;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:11:21:26:10:11:21:26:10 chr12 6941021 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0190449;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.45;QD=13.6311;RBI=0.020079;REFB=-0.0226472;REVB=-0.00636047;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380371;STB=0.726689;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0134499;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:6:3:6:2:6:3 chr12 6942823 . A G 737.21 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500705;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.679;QD=64.1052;RBI=0.0501436;REFB=0;REVB=0.00270594;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356908;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:42:46:1:11:31:0:0:11:35:0:0 chr12 6946247 . G T 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.020125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.632;QD=10.8838;RBI=0.0479998;REFB=-0.0233469;REVB=0.0435771;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33795;STB=0.702267;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0329078;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:10:5:6:3:10:5 chr12 6948468 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0170129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5099;QD=20.7543;RBI=0.0171082;REFB=0.00730992;REVB=-0.00180339;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202987;STB=0.615227;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00677115;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:7:5:10:5:7:5 chr12 7045174 . TG GG,GT,TGG 47.46 PASS AF=0.0655738,0.0491803,0.0819672;AO=5,3,9;DP=60;FAO=4,3,5;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=4,0,2;FSAR=0,3,3;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00756352,0.0116576,0.0156272;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=1,2,1;MLLD=173.329,109.925,11.8163;QD=3.11208;RBI=0.00928966,0.0143009,0.0210895;REFB=0.003545,0.0035997,-0.0868154;REVB=0.00539361,-0.00828339,0.0141619;RO=43;SAF=5,0,6;SAR=0,3,3;SRF=23;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.590006,-0.509687,0.1666;STB=0.996902,0.997065,0.668424;STBP=0.055,0.046,0.521;TYPE=snp,mnp,ins;VARB=0.091151,0.161474,0.125425;OID=.,.,.;OPOS=7045174,7045174,7045175;OREF=T,TG,-;OALT=G,GT,G;OMAPALT=GG,GT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:16:60:61:43:49:5,3,9:4,3,5:0.0655738,0.0491803,0.0819672:0,3,3:5,0,6:23:20:0,3,3:4,0,2:29:20 chr12 7045378 . T C,TC 40.8 PASS AF=0.0588235,0.137255;AO=5,9;DP=51;FAO=3,7;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=1,2;FSAR=2,5;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00894728,-0.000294158;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=224.301,11.1395;QD=3.20029;RBI=0.0346687,0.0643355;REFB=-0.00242776,-0.0493636;REVB=-0.0334943,-0.0643349;RO=37;SAF=1,3;SAR=4,6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.237246,-0.0597943;STB=0.533108,0.577998;STBP=0.948,0.66;TYPE=snp,ins;VARB=0.0500464,0.0759882;OID=.,.;OPOS=7045378,7045379;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:51:51:37:41:5,9:3,7:0.0588235,0.137255:4,6:1,3:14:23:2,5:1,2:15:26 chr12 7046437 . C T 809.58 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00836021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.459;QD=21.7336;RBI=0.0100958;REFB=-0.0198606;REVB=-0.00565966;RO=71;SAF=48;SAR=29;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926279;STB=0.554799;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0163395;OID=.;OPOS=7046437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:72:77:77:0.516779:29:48:37:34:29:48:37:35 chr12 7047143 . C A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0780022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.139;QD=27.859;RBI=0.0854532;REFB=-0.0220806;REVB=0.0348985;RO=8;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274954;STB=0.653278;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0100164;OID=.;OPOS=7047143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:12:5:6:2:12:5:6:2 chr12 7055860 . T C 608.31 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00855918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.934;QD=57.9347;RBI=0.0181615;REFB=0.0756259;REVB=0.0160182;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00147405;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:40:41:0.97619:17:23:0:0:19:22:1:0 chr12 7065635 . T C 754.01 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.090284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.046;QD=56.9067;RBI=0.0981524;REFB=0;REVB=0.0385059;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33235e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr12 7079215 . T G 958.8 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021431;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.72;QD=59.0029;RBI=0.0220415;REFB=0;REVB=-0.0051516;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69197e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:38:27:0:0 chr12 7080212 . T C,G 617.7 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=36,3;DP=40;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390675,-0.0262305;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=152.339,16.4493;QD=60.2633;RBI=0.0511668,0.0556359;REFB=0,0;REVB=0.0510174,-0.0490644;RO=0;SAF=13,2;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00104381,0.084963;OID=.,.;OPOS=7080212,7080212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:41:0:0:36,3:39,2:0.95122,0.0487805:23,1:13,2:0:0:26,0:13,2:0:0 chr12 7242204 . C T 486.65 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0330494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.931;QD=18.1927;RBI=0.10632;REFB=-0.00334748;REVB=0.101053;RO=55;SAF=29;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123608;STB=0.572326;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00358731;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:55:51:52:0.485981:22:29:24:31:22:30:24:31 chr12 7244956 . A T 422.48 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0333782;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0383;QD=20.3604;RBI=0.0459429;REFB=-0.0241737;REVB=-0.0315696;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110225;STB=0.566234;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0138224;OID=.;OPOS=7244956;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:40:41:42:42:0.506024:21:21:15:25:21:21:15:26 chr12 7244962 . T G 333.97 PASS AF=0.445783;AO=35;DP=85;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0119752;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0461;QD=16.0948;RBI=0.0171924;REFB=-0.0109561;REVB=0.0123358;RO=46;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506171;STB=0.525678;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0238661;OID=.;OPOS=7244962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:46:46:35:37:0.445783:20:15:22:24:21:16:22:24 chr12 7249598 . T C 515.76 PASS AF=0.532609;AO=46;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=0.00977155;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.332;QD=22.4245;RBI=0.0704896;REFB=-0.0110281;REVB=0.069809;RO=41;SAF=29;SAR=17;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144043;STB=0.591405;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0165303;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:43:46:49:0.532609:17:29:32:9:19:30:34:9 chr12 7249736 . T TG 46.9 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.1096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5655;QD=11.0348;RBI=0.169469;REFB=-0.125928;REVB=0.129257;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.639683;STBP=0.259;TYPE=ins;VARB=0.125018;OID=.;OPOS=7249737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:9:18:9:17:8:6:3:3:5:31:9:6:3:4:5 chr12 7277236 . T A 157.39 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0254049;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.102;QD=15.3547;RBI=0.0258659;REFB=-0.00792729;REVB=0.00486161;RO=24;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181529;STB=0.606793;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0114727;OID=.;OPOS=7277236;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:15:2:5:19:15:2:5:19 chr12 7309199 . G A 421.65 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00566232;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.2852;QD=54.4061;RBI=0.0449939;REFB=-0.0851991;REVB=0.0446362;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00246728;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:12:18:0:0:12:18:0:1 chr12 7309471 . C A 724.61 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0465859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.71;QD=47.5157;RBI=0.0482684;REFB=-0.121951;REVB=0.0126329;RO=4;SAF=37;SAR=18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112379;STB=0.519031;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00318742;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:61:61:4:6:55:55:0.901639:18:37:3:1:18:37:3:3 chr12 7309473 . G C 854.03 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.333;QD=56.0019;RBI=0.0243034;REFB=-0.0997859;REVB=0.0149071;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.512191;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00432201;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:0:1:58:60:0.983607:20:38:0:0:20:40:0:1 chr12 7463241 . A T 1058.89 PASS AF=0.484305;AO=108;DP=224;FAO=108;FDP=223;FR=.;FRO=115;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.0058208;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.01;QD=18.9936;RBI=0.00583142;REFB=-0.00588968;REVB=0.000351695;RO=110;SAF=57;SAR=51;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04221;STB=0.516585;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00735881;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:110:115:108:108:0.484305:51:57:53:57:51:57:57:58 chr12 7551022 . A T 1025.83 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.028401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.621;QD=55.4501;RBI=0.0292654;REFB=-0.0846233;REVB=0.00706007;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.50762;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00220648;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:1:3:71:71:0.959459:34:37:0:1:34:37:1:2 chr12 7551050 . A C 1192.74 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00441103;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.476;QD=57.4813;RBI=0.0199838;REFB=-0.0221268;REVB=0.0194909;RO=2;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000613415;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:83:2:3:80:80:0.963855:40:40:1:1:40:40:1:2 chr12 7585971 . A G 1385.64 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426047;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.861;QD=62.9835;RBI=0.0544609;REFB=0;REVB=0.0339238;RO=0;SAF=22;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205726;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:85:88:1:63:22:0:0:63:25:0:0 chr12 7649484 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9188;QD=64.4146;RBI=0.0169919;REFB=0;REVB=0.016655;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154309;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr12 7649653 . T C 164.8 PASS AF=0.473684;AO=15;DP=36;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.00598367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.406;QD=17.3474;RBI=0.00602493;REFB=-0.026781;REVB=-0.000703847;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615788;STB=0.77273;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0196586;OID=.;OPOS=7649653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:21:20:15:18:0.473684:11:4:20:1:11:7:19:1 chr12 7655278 . T A 491.92 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0216613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4516;QD=20.2855;RBI=0.0546782;REFB=-0.0201304;REVB=-0.0502045;RO=49;SAF=35;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293345;STB=0.663359;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0195795;OID=.;OPOS=7655278;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:13:35:21:28:13:35:21:28 chr12 7779227 . A G 1007.75 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4056;QD=59.2794;RBI=0.126915;REFB=0;REVB=0.0104297;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573915;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:37:31:0:0 chr12 7803646 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.793;QD=61.6952;RBI=0.0156045;REFB=0;REVB=0.0114443;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45502e-05;OID=.;OPOS=7803646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr12 7805236 . C G 773.08 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175316;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.897;QD=57.265;RBI=0.0555646;REFB=0;REVB=-0.0527264;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74881e-05;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr12 7818444 . C A 130.53 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00843678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.476;QD=13.7404;RBI=0.0533235;REFB=-0.00908085;REVB=0.0526519;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201691;STB=0.61802;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0152677;OID=.;OPOS=7818444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:12:11:10:5:12:11 chr12 7868777 . A AT,ATT 94.02 PASS AF=1,0;AO=9,2;DP=19;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102077,0.0590566;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.13082,7.63212;QD=20.8926;RBI=0.213815,0.12742;REFB=0.0259844,0.0354958;REVB=-0.187876,-0.112908;RO=8;SAF=5,0;SAR=4,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163174,-0.684179;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00951199,0;OID=.,.;OPOS=7868778,7868778;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:9,2:19:18,0:18:0:10,0:8,0:0:0:4:8:5,0:4,2:6:2 chr12 7967071 . G A 65.2 PASS AF=0.188679;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00799529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9393;QD=4.92078;RBI=0.0113115;REFB=-0.00761059;REVB=-0.00800163;RO=43;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12576;STB=0.502238;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0510962;OID=.;OPOS=7967071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:53:43:43:9:10:0.188679:7:2:13:30:7:3:13:30 chr12 8043688 . G C 1212.82 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0273397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.703;QD=59.8922;RBI=0.0294111;REFB=-0.0110515;REVB=0.0108423;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011984;STB=0.506328;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000237501;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:39:40:0:1:39:41:0:1 chr12 8082367 . T C 111.9 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0148691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4012;QD=5.20475;RBI=0.0210388;REFB=0.000871298;REVB=0.0148843;RO=68;SAF=11;SAR=7;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487539;STB=0.530797;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00205682;OID=.;OPOS=8082367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:68:18:18:0.209302:7:11:39:29:7:11:39:29 chr12 8249050 . C G 330.95 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.018235;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6257;QD=18.3863;RBI=0.0226571;REFB=-0.00631944;REVB=0.0134473;RO=36;SAF=9;SAR=26;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557138;STB=0.5263;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00746891;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:26:9:11:25:26:9:11:26 chr12 8278181 . A T 206.61 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0133718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5693;QD=11.0191;RBI=0.0138304;REFB=-0.0279692;REVB=0.00353166;RO=49;SAF=10;SAR=16;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252746;STB=0.646354;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0349688;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:16:10:30:19:16:10:30:19 chr12 8329652 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0696854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0541;QD=41.8679;RBI=0.0705129;REFB=0.00838645;REVB=0.0107714;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00301513;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:1:0:8:7:1:0 chr12 8329676 . C T 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.516;QD=35.5629;RBI=0.055366;REFB=0;REVB=-0.0442717;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384257;OID=.;OPOS=8329676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 8329700 . A C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.156;QD=34.6655;RBI=0.0411298;REFB=0.116496;REVB=-0.0374195;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00263548;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:3:7:1:0:3:7:1:0 chr12 8329833 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000558959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.538;QD=39.2068;RBI=0.0472747;REFB=0;REVB=0.0472714;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309703;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr12 8374770 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.788;QD=47.8217;RBI=0.141928;REFB=0;REVB=0.141845;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143101;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 8374781 . C CACG 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454582;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=274.552;QD=47.8224;RBI=0.0455397;REFB=0;REVB=-0.0027225;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000167178;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:16:16:16:0:8:8:0:0:4:0:8:8:0:0 chr12 8376110 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.495;QD=60.6102;RBI=0.0269266;REFB=0;REVB=0.0121875;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48505e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr12 8637403 . G T 1076.97 PASS AF=0.458678;AO=109;DP=239;FAO=111;FDP=242;FR=.;FRO=131;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=-0.0345301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.635;QD=17.8012;RBI=0.0382033;REFB=-0.0189156;REVB=0.0163452;RO=128;SAF=50;SAR=59;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175139;STB=0.520739;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0211819;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:242:128:131:109:111:0.458678:59:50:61:67:61:50:64:67 chr12 8693333 . G A 154.78 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0400387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7147;QD=22.9303;RBI=0.0573123;REFB=-0.0378124;REVB=0.0410074;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548302;STB=0.530768;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0163792;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:4:7:9:7:4:7 chr12 8808006 . T C 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00299963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.429;QD=25.2543;RBI=0.00958621;REFB=-0.0123889;REVB=-0.00910481;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308902;STB=0.517222;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00745175;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:5:6:9:9:5:6 chr12 8926011 . T C 3031.23 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.168;QD=63.4812;RBI=0.0691694;REFB=0;REVB=0.068838;RO=0;SAF=94;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53385e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:191:0:0:180:191:1:86:94:0:0:90:101:0:0 chr12 9004512 . G A 768.76 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.685;QD=56.9455;RBI=0.0250384;REFB=0;REVB=0.0216587;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6491e-05;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr12 9004892 . C A 782.19 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.031;QD=63.8525;RBI=0.03952;REFB=0;REVB=0.0387975;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156353;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr12 9016573 . A G 1017.18 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.579;QD=58.9667;RBI=0.0168165;REFB=0;REVB=-0.00713182;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28179e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr12 9020489 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.321;QD=58.1421;RBI=0.155463;REFB=0;REVB=0.154844;RO=0;SAF=30;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465167;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:2:30:0:0:2:30:0:0 chr12 9020912 . A G 867.76 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7937;QD=57.8504;RBI=0.042446;REFB=0;REVB=0.00317608;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205573;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr12 9070366 . T A 244.5 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=11;FWDB=-0.00685482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.289;QD=10.8664;RBI=0.0101393;REFB=-0.0114675;REVB=0.00747105;RO=60;SAF=19;SAR=11;SRF=49;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24832;STB=0.641429;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0211675;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:11:19:49:11:11:19:49:11 chr12 9074259 . C T 270.7 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0245099;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.476;QD=22.5585;RBI=0.027434;REFB=-0.031629;REVB=0.0123245;RO=21;SAF=19;SAR=6;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1173;STB=0.54542;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0226643;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:23:25:25:0.520833:6:19:18:3:6:19:19:4 chr12 9086898 . A G 736.91 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=165;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00989657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.696;QD=17.8645;RBI=0.0123528;REFB=-0.00937714;REVB=0.00739257;RO=87;SAF=51;SAR=27;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147676;STB=0.581886;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00959058;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:87:78:78:0.472727:27:51:44:43:27:51:44:43 chr12 9093001 . G A 30.9 PASS AF=0.137255;AO=4;DP=40;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0391158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.2566;QD=2.42317;RBI=0.0766832;REFB=-0.0276923;REVB=-0.0659566;RO=36;SAF=3;SAR=1;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10735;STB=0.793755;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.149251;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:40:51:36:44:4:7:0.137255:1:3:24:12:1:6:25:19 chr12 9093008 . GTTTTTTTTC GTTTTTTTC,GTTTTTTTCT 51.45 PASS AF=0.377358,0.0188679;AO=20,3;DP=53;FAO=20,1;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10,1;FSAR=10,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0562117,-0.132709;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.23363,18.0582;QD=3.88269;RBI=0.229749,0.168781;REFB=-0.0807349,-0.0533659;REVB=0.222766,0.104285;RO=24;SAF=10,3;SAR=10,0;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.574267;STB=0.519212,0.989304;STBP=0.849,0.469;TYPE=del,mnp;VARB=0.0975562,0.0672405;OID=.,.;OPOS=9093009,9093016;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=GTTTTTTTC,GTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358,0.0188679:20,3:53:20,1:53:32:10,1:10,0:17:15:49:24:10,3:10,0:12:12 chr12 9142297 . T C 150.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.102581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.779;QD=19.3636;RBI=0.103597;REFB=-0.00367773;REVB=-0.0144697;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225385;STB=0.512804;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00223494;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:6:9:10:6:6:9 chr12 9161648 . T C 116.72 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0150908;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.719;QD=8.48897;RBI=0.0562948;REFB=0.00301202;REVB=0.0542344;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249776;STB=0.65004;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00616529;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:10:6:23:16:10:6:23:16 chr12 9246176 . CTATGG C 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0167837;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=265.059;QD=16.5716;RBI=0.0170594;REFB=-0.012281;REVB=0.00305454;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112675;STB=0.547138;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=0.0124579;OID=.;OPOS=9246177;OREF=TATGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:30:69:30:65:35:12:18:17:18:99:37:12:18:19:18 chr12 9248233 . T C 2474.31 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.967;QD=61.4736;RBI=0.0207712;REFB=0;REVB=0.0161832;RO=0;SAF=85;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64922e-06;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:76:85:0:0:76:85:0:0 chr12 9268473 . A C 403.38 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00381077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6917;QD=16.8073;RBI=0.0371741;REFB=-0.0154378;REVB=0.0369783;RO=54;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693794;STB=0.538904;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0206699;OID=.;OPOS=9268473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:20:22:32:22:20:22:32:22 chr12 9305473 . T C 665.05 PASS AF=0.388601;AO=75;DP=193;FAO=75;FDP=193;FR=.;FRO=118;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=-0.00438661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.165;QD=13.7834;RBI=0.00451582;REFB=-0.0023893;REVB=-0.00107252;RO=118;SAF=42;SAR=33;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927681;STB=0.552312;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00364189;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:118:118:75:75:0.388601:33:42:56:62:33:42:56:62 chr12 9307373 . T G 2213.91 PASS AF=0.980263;AO=147;DP=150;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0577875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3309;QD=58.2607;RBI=0.0864232;REFB=-0.0859344;REVB=0.0642617;RO=3;SAF=65;SAR=82;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419714;STB=0.50232;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000860339;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:152:3:3:147:149:0.980263:82:65:1:2:82:67:1:2 chr12 9315209 . A G 696.18 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0011647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.406;QD=20.0339;RBI=0.00834527;REFB=0.00461323;REVB=-0.00826359;RO=69;SAF=33;SAR=36;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918171;STB=0.553946;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00494927;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:70:69:69:0.496403:36:33:40:29:36:33:41:29 chr12 9316773 . T C 357.03 PASS AF=0.316901;AO=45;DP=139;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0390095;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3136;QD=10.0573;RBI=0.0543323;REFB=-0.0149024;REVB=-0.0378187;RO=94;SAF=18;SAR=27;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686558;STB=0.537555;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0286903;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:94:97:45:45:0.316901:27:18:43:51:27:18:44:53 chr12 9317784 . A G 370.06 PASS AF=0.429907;AO=41;DP=103;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0168114;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2936;QD=13.834;RBI=0.0499267;REFB=-0.0216294;REVB=0.0470112;RO=61;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210282;STB=0.575725;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0367128;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:61:61:41:46:0.429907:16:25:25:36:21:25:25:36 chr12 9317885 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0134962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.806;QD=17.167;RBI=0.0184673;REFB=-0.0223921;REVB=-0.0126053;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698511;STB=0.539144;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0212423;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:12:20:16:13:12:20 chr12 9321501 . C T 296.8 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0298791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9377;QD=19.462;RBI=0.0431661;REFB=-0.0078887;REVB=-0.0311537;RO=27;SAF=23;SAR=8;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837512;STB=0.505491;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00762208;OID=.;OPOS=9321501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:29:31:32:0.52459:8:23:22:5:8:24:22:7 chr12 9334571 . C T 456.34 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.011388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0041;QD=16.7465;RBI=0.0243791;REFB=0.00159279;REVB=-0.0215559;RO=58;SAF=28;SAR=22;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248628;STB=0.518895;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00196919;OID=.;OPOS=9334571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:50:50:0.458716:22:28:31:27:22:28:31:28 chr12 9345273 . A G 321.23 PASS AF=0.460674;AO=15;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0114735;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.148;QD=14.4371;RBI=0.0121522;REFB=-0.00907409;REVB=0.00400421;RO=47;SAF=11;SAR=4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3543;STB=0.598977;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0225852;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:15:41:0.460674:4:11:21:26:29:12:22:26 chr12 9345274 . C G 195.87 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00200275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.808;QD=8.70523;RBI=0.00701606;REFB=-0.00767669;REVB=0.00672414;RO=64;SAF=1;SAR=25;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713152;STB=0.937781;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161563;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:25:1:33:31:25:1:33:31 chr12 9450357 . A G 83.7 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7375;QD=33.4809;RBI=0.0502455;REFB=-0.094134;REVB=0.0502455;RO=1;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00927578;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:10:10:1:1:9:9:0.9:9:0:0:1:9:0:0:1 chr12 9451818 . T C 116.52 PASS AF=0.923077;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5094;QD=35.8526;RBI=0.178969;REFB=0.0103554;REVB=0.121439;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680994;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0177139;OID=.;OPOS=9451818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:2:1:10:12:0.923077:3:7:1:1:3:9:0:1 chr12 9571420 . C T 229.58 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.000177213;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.81;QD=9.87432;RBI=0.000925194;REFB=-0.0247175;REVB=0.000908064;RO=63;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233503;STB=0.518422;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0402963;OID=.;OPOS=9571420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:63:64:29:29:0.311828:16:13:27:36:16:13:27:37 chr12 9571670 . T C 43.67 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5075;QD=21.8369;RBI=0.00492545;REFB=-0.111977;REVB=-0.00492545;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0414511;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:6:0:0:1:6:0:0:2 chr12 9572646 . C T 34.37 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=101;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0101804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.494;QD=1.36126;RBI=0.0107975;REFB=-0.00348174;REVB=0.00359812;RO=92;SAF=2;SAR=7;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352145;STB=0.780561;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.025734;OID=.;OPOS=9572646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:101:92:92:9:9:0.0891089:7:2:49:43:7:2:49:43 chr12 9573223 . C A 540.28 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0279748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2568;QD=18.0095;RBI=0.0291538;REFB=-0.0120962;REVB=-0.00820687;RO=63;SAF=27;SAR=30;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151889;STB=0.584104;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0160268;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:30:27:40:23:30:27:40:23 chr12 9574002 . C T 1142.11 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.596;QD=60.1112;RBI=0.0409307;REFB=0;REVB=0.0257845;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03892e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:31:41:0:0:33:43:0:0 chr12 9578197 . A T 943.87 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137093;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7068;QD=58.9921;RBI=0.0404373;REFB=0;REVB=0.0380425;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293747;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr12 9580280 . A G 136.38 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0225572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.494;QD=6.99365;RBI=0.0322298;REFB=0.00121622;REVB=-0.0230202;RO=57;SAF=12;SAR=8;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154207;STB=0.587541;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00361644;OID=.;OPOS=9580280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:58:20:20:0.25641:8:12:27:30:8:12:28:30 chr12 9581791 . T C 162.13 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00802904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.494;QD=12.0097;RBI=0.0148765;REFB=-0.00133918;REVB=-0.0125237;RO=32;SAF=16;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201975;STB=0.647455;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00440911;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:34:20:20:0.37037:4:16:21:11:4:16:21:13 chr12 9590052 . G A 413.3 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0219738;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2834;QD=40.322;RBI=0.0656952;REFB=-0.029789;REVB=0.0619113;RO=9;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147394;STB=0.57955;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0041001;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:42:41:9:9:32:32:0.780488:15:17:8:1:15:17:8:1 chr12 9597776 . G A 2474.37 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.56;QD=61.4749;RBI=0.0242936;REFB=0;REVB=0.0208836;RO=0;SAF=74;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17055e-06;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:87:74:0:0:87:74:0:0 chr12 9750669 . A G 426.69 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0198645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.48;QD=19.1768;RBI=0.0204371;REFB=-0.00887366;REVB=0.00480396;RO=45;SAF=25;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181041;STB=0.59922;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0129992;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:42:43:0.483146:17:25:18:27:17:26:19:27 chr12 9760415 . A G 727.2 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0549616;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.618;QD=22.3755;RBI=0.0556814;REFB=-0.0316074;REVB=-0.00892408;RO=58;SAF=27;SAR=43;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207703;STB=0.509313;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0250534;OID=.;OPOS=9760415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:58:60:70:70:0.538462:43:27:21:37:43:27:22:38 chr12 9833524 . C G 368.37 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0429273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.106;QD=16.7439;RBI=0.0431186;REFB=-0.00682105;REVB=-0.00405652;RO=49;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281076;STB=0.515781;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00797172;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:21:18:24:25:21:18:24:25 chr12 9833628 . C T 225.37 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0140246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=20.0327;RBI=0.0237983;REFB=-0.0110597;REVB=-0.0192269;RO=23;SAF=3;SAR=19;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136503;STB=0.577869;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0111553;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:19:3:5:18:19:3:5:18 chr12 9885707 . A ATAAGT 143.86 PASS AF=0.31746;AO=18;DP=65;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0275333;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=5;MLLD=245.517;QD=9.13386;RBI=0.02759;REFB=-0.00961637;REVB=-0.00176724;RO=44;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145446;STB=0.588889;STBP=0.357;TYPE=ins;VARB=0.0193898;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.31746:18:65:20:63:43:9:11:25:18:99:44:8:10:25:19 chr12 9905690 . A G 620.07 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0129951;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.1;QD=19.3773;RBI=0.0410836;REFB=-0.0166424;REVB=0.0389742;RO=65;SAF=32;SAR=31;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280736;STB=0.515508;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.012805;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:65:65:63:63:0.492188:31:32:35:30:31:32:35:30 chr12 9906143 . GT G,TG 466.01 PASS AF=0.0943396,0.849057;AO=17,18;DP=54;FAO=5,45;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=0,21;FSAR=5,24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.548128,0.22378;FXX=0.0535619;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.56065,19.2341;QD=35.1702;RBI=0.548469,0.229198;REFB=-0.142212,-0.0815294;REVB=-0.0193241,-0.0495427;RO=3;SAF=12,0;SAR=5,18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.461538,0;SSSB=0.209301,0;STB=0.5,0.529399;STBP=1,0.126;TYPE=del,mnp;VARB=0.194435,-0.00096398;OID=.,.;OPOS=9906144,9906143;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:54:53:3:3:17,18:5,45:0.0943396,0.849057:5,18:12,0:0:3:5,24:0,21:0:3 chr12 9985915 . G T 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00551701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.434;QD=13.4157;RBI=0.0156173;REFB=-0.0127717;REVB=-0.0146104;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981845;STB=0.505614;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.018128;OID=.;OPOS=9985915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:9:16:24:13:9:16:24:13 chr12 9994445 . GTGT G 1511.59 PASS AF=1;AO=96;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176291;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.107;QD=59.8649;RBI=0.0305916;REFB=0;REVB=0.0250013;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.72648e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:101:101:101:0:41:60:0:0:8:0:39:57:0:0 chr12 10015177 . A G 245.29 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0151426;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.541;QD=13.2591;RBI=0.0153086;REFB=-0.0116279;REVB=0.00224874;RO=45;SAF=10;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227489;STB=0.630241;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0178737;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:19:10:25:20:19:10:25:20 chr12 10041364 . G A 274.46 PASS AF=0.327273;AO=35;DP=109;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0151338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.877;QD=9.98025;RBI=0.0388015;REFB=0.00535624;REVB=-0.0357285;RO=72;SAF=21;SAR=14;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085267;STB=0.548829;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0111575;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:72:74:35:36:0.327273:14:21:38:34:14:22:40:34 chr12 10131939 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0137489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6382;QD=7.3277;RBI=0.0522204;REFB=-0.00466832;REVB=-0.050378;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409998;STB=0.759455;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0133956;OID=.;OPOS=10131939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:5:3:15:5:5:3:16:5 chr12 10136672 . G A 1723.14 PASS AF=1;AO=88;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.697;QD=59.4185;RBI=0.0291673;REFB=0;REVB=0.0111326;RO=0;SAF=25;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45637e-05;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:116:0:0:88:116:1:63:25:0:0:80:36:0:0 chr12 10137557 . A C 704.99 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0106072;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=231.715;QD=58.7495;RBI=0.0113127;REFB=-0.0103173;REVB=-0.00393256;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.50373;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=3.77586e-05;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:19:27:1:0:19:27:1:1 chr12 10147850 . T C 465.07 PASS AF=0.389706;AO=52;DP=137;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0181562;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.03;QD=13.6785;RBI=0.0237116;REFB=-0.011531;REVB=0.0152511;RO=83;SAF=27;SAR=25;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665227;STB=0.531455;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0214964;OID=.;OPOS=10147850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:83:83:52:53:0.389706:25:27:38:45:26:27:38:45 chr12 10149406 . T C 1419.58 PASS AF=0.958763;AO=94;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0206497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7895;QD=58.5396;RBI=0.0231731;REFB=-0.044179;REVB=-0.0105158;RO=1;SAF=58;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810566;STB=0.516946;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00414868;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:97:97:1:4:94:93:0.958763:36:58:1:0:36:57:4:0 chr12 10149851 . C T 1446.31 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00307642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.645;QD=56.1674;RBI=0.00892842;REFB=0.0301009;REVB=-0.00838166;RO=3;SAF=61;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329089;STB=0.501735;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-1.0454e-05;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:100:100:0.970874:39:61:2:1:39:61:2:1 chr12 10151642 . T C 2993.92 PASS AF=0.994792;AO=187;DP=191;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=111;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0230527;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7968;QD=62.3734;RBI=0.136966;REFB=-0.0509605;REVB=0.135012;RO=0;SAF=111;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01365e-08;STB=0.503105;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000380439;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:191:192:0:1:187:191:0.994792:76:111:0:0:80:111:0:1 chr12 10165469 . A G 2403.25 PASS AF=0.993711;AO=155;DP=157;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.428;QD=60.4592;RBI=0.0459751;REFB=-0.0325182;REVB=0.0390065;RO=1;SAF=67;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053757;STB=0.502793;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000155121;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:159:1:1:155:158:0.993711:88:67:0:1:89:69:0:1 chr12 10167277 . G C 970.65 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019348;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.088;QD=58.8271;RBI=0.0369984;REFB=0;REVB=0.0315363;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97271e-05;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:37:29:0:0 chr12 10215654 . C G 249.64 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0418613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8277;QD=14.6846;RBI=0.0439201;REFB=-0.026037;REVB=0.0132896;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162925;STB=0.592528;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0377836;OID=.;OPOS=10215654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:39:28:29:0.426471:11:17:17:21:11:18:18:21 chr12 10366229 . CAAAC CAA,CAAC 31.45 PASS AF=0.259259,0;AO=5,4;DP=27;FAO=7,0;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.140324,-0.138911;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=24.3903,13.2818;QD=4.65955;RBI=0.15518,0.226832;REFB=-0.0546198,-0.0443104;REVB=0.0662563,-0.179322;RO=14;SAF=5,1;SAR=0,3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.677099,-0.423518;STB=0.594953,0.5;STBP=0.613,1;TYPE=del,del;VARB=0.169183,-0.0387584;OID=.,.;OPOS=10366232,10366230;OREF=AC,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAA,CAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259,0:5,4:27:7,0:27:20:5,0:2,0:12:8:28:14:5,1:0,3:9:5 chr12 10367240 . CT C 109.93 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.060972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7784;QD=8.14314;RBI=0.0659368;REFB=-0.0290413;REVB=-0.0251014;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443558;STB=0.761655;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0379292;OID=.;OPOS=10367241;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:20:54:21:54:33:16:5:11:22:99:33:15:5:11:22 chr12 10462052 . T G 1206.84 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.653;QD=61.106;RBI=0.144493;REFB=0;REVB=0.032093;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463636;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:45:32:0:0:45:34:0:0 chr12 10467533 . T A 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.62;QD=63.5789;RBI=0.0450778;REFB=0;REVB=-0.0133475;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93241e-05;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr12 10525740 . C T 1734.38 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999943;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.202;QD=60.8553;RBI=0.0482686;REFB=0;REVB=-0.0472215;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21708e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:58:56:0:0:58:56:0:0 chr12 10532111 . T G 186.9 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411314;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.719;QD=43.9775;RBI=0.0493631;REFB=0.00599068;REVB=-0.0272932;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=1.4912e-05;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:0:1:16:16:0.941176:8:8:0:0:8:8:1:0 chr12 10532326 . T C 911.73 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0275413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.731;QD=55.256;RBI=0.0443412;REFB=-0.00910828;REVB=0.0347509;RO=2;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363026;STB=0.501922;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000304985;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:36:28:1:1:36:28:1:1 chr12 10560957 . T C 1102.1 PASS AF=0.986667;AO=60;DP=71;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.12;QD=58.7788;RBI=0.0107825;REFB=-0.0973983;REVB=-0.00228744;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=1.40322e-05;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:75:0:1:60:74:0.986667:38:22:0:0:41:33:1:0 chr12 10562025 . C T 1784.62 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.678;QD=61.0127;RBI=0.0202875;REFB=0;REVB=0.0112011;RO=0;SAF=69;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78666e-05;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:47:69:0:0:48:69:0:0 chr12 10562089 . A C,T 2353.65 PASS AF=0.955414,0.044586;AO=150,7;DP=157;FAO=150,7;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=85,2;FSAR=65,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229127,-0.0184177;FXX=0.00632871;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.496,55.3123;QD=59.9656;RBI=0.0267043,0.0595944;REFB=0,0;REVB=-0.0137159,-0.0566771;RO=0;SAF=85,2;SAR=65,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.81633e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000152411,0.126321;OID=.,.;OPOS=10562089,10562089;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:157:157:0:0:150,7:150,7:0.955414,0.044586:65,5:85,2:0:0:65,5:85,2:0:0 chr12 10570965 . C G 2253.7 PASS AF=0.993243;AO=139;DP=142;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221088;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1651;QD=60.9108;RBI=0.0294915;REFB=-0.0683779;REVB=-0.0195179;RO=0;SAF=64;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38759e-08;STB=0.503105;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00255292;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:142:148:0:1:139:147:0.993243:75:64:0:0:80:67:0:1 chr12 10571042 . A G 2324.51 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0412108;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1316;QD=62.4031;RBI=0.0564662;REFB=-0.0523298;REVB=0.0386018;RO=2;SAF=63;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179341;STB=0.500882;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00221268;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:146:147:0.986577:83:63:1:1:83:64:1:1 chr12 10571091 . T G 1623.69 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.283;QD=60.1366;RBI=0.0310637;REFB=0;REVB=-0.0246669;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73912e-06;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:53:53:0:0:54:54:0:0 chr12 10571106 . G C 1513.76 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790953;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.914;QD=63.7374;RBI=0.0265092;REFB=0;REVB=0.0253018;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79126e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr12 10572982 . A G 2083.03 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9794;QD=62.6476;RBI=0.0577265;REFB=0;REVB=0.027096;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306893;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:72:61:0:0:72:61:0:0 chr12 10573094 . CA GG 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011461;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=320.634;QD=58.6006;RBI=0.013608;REFB=0;REVB=0.00733636;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.34275e-05;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr12 10587111 . A G 11977.3 PASS AF=0.974779;AO=772;DP=793;FAO=773;FDP=793;FR=.;FRO=20;FSAF=462;FSAR=311;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00135592;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.518;QD=60.4153;RBI=0.00173595;REFB=-0.0136654;REVB=-0.00108396;RO=20;SAF=462;SAR=310;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79155e-05;STB=0.500061;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=7.61156e-05;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:793:793:20:20:772:773:0.974779:310:462:12:8:311:462:12:8 chr12 10587631 . C T 533.43 PASS AF=0.417266;AO=57;DP=137;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.00741774;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.056;QD=15.3505;RBI=0.0186244;REFB=-0.00169398;REVB=0.0170834;RO=80;SAF=27;SAR=30;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378172;STB=0.519613;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00276963;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:80:81:57:58:0.417266:30:27:35:45:31:27:35:46 chr12 10588530 . C G 709.91 PASS AF=0.332103;AO=91;DP=269;FAO=90;FDP=271;FR=.;FRO=181;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=85;FSRR=96;FWDB=-0.00425385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.376;QD=10.4783;RBI=0.0128158;REFB=0.00441897;REVB=0.0120892;RO=177;SAF=49;SAR=42;SRF=84;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737991;STB=0.549919;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0101911;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:271:177:181:91:90:0.332103:42:49:84:93:41:49:85:96 chr12 10588581 . T C 790.28 PASS AF=0.430693;AO=87;DP=202;FAO=87;FDP=202;FR=.;FRO=115;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.0234323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.675;QD=15.649;RBI=0.0243829;REFB=-0.0240415;REVB=-0.00674185;RO=114;SAF=33;SAR=54;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811094;STB=0.548147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0204971;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:114:115:87:87:0.430693:54:33:52:62:54:33:53:62 chr12 10603670 . T C 2650.35 PASS AF=0.903846;AO=187;DP=207;FAO=188;FDP=208;FR=.;FRO=20;FSAF=122;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0155768;FXX=0.00952336;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.276;QD=50.9682;RBI=0.0178348;REFB=-0.0989918;REVB=0.00868585;RO=19;SAF=121;SAR=66;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100416;STB=0.555983;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000881355;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:207:208:19:20:187:188:0.903846:66:121:2:17:66:122:2:18 chr12 10658942 . C T 967.17 PASS AF=0.492308;AO=95;DP=194;FAO=96;FDP=195;FR=.;FRO=99;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0144259;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.911;QD=19.8393;RBI=0.0490846;REFB=-0.00565824;REVB=-0.0469168;RO=99;SAF=46;SAR=49;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181598;STB=0.51267;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00479368;OID=.;OPOS=10658942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:99:99:95:96:0.492308:49:46:46:53:49:47:46:53 chr12 10659438 . T C 3768.35 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638017;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.896;QD=63.6008;RBI=0.0255949;REFB=0;REVB=0.024787;RO=0;SAF=123;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.04804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07112e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:237:237:1:114:123:0:0:114:123:0:0 chr12 10659964 . C G 1956.15 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661153;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.326;QD=62.0999;RBI=0.0275939;REFB=0;REVB=0.0267902;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2154e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:57:69:0:0:57:69:0:0 chr12 10675250 . G C 731.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3272;QD=56.2965;RBI=0.0403525;REFB=0;REVB=0.010122;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97358e-05;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:24:28:0:0 chr12 10763205 . T C 154.73 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00292305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.785;QD=22.9232;RBI=0.0046603;REFB=-1.04383e-05;REVB=0.00362962;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3344;STB=0.685888;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=1.86417e-05;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:1:10:7:9:1:10 chr12 10763236 . G C 506.58 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282341;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1733;QD=59.5981;RBI=0.0327094;REFB=0;REVB=-0.0165148;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252949;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr12 10771779 . C T 2210.67 PASS AF=0.382979;AO=250;DP=683;FAO=270;FDP=705;FR=.;FRO=435;FSAF=129;FSAR=141;FSRF=226;FSRR=209;FWDB=0.00378161;FXX=0.0084387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5537;QD=12.5428;RBI=0.00751099;REFB=-0.0141043;REVB=0.00648956;RO=427;SAF=123;SAR=127;SRF=228;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469713;STB=0.525758;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0247179;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:683:705:427:435:250:270:0.382979:127:123:228:199:141:129:226:209 chr12 10782115 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.64;QD=62.908;RBI=0.0222301;REFB=0;REVB=-0.0179707;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32098e-05;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr12 10871667 . A G 1825.51 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446667;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8873;QD=61.3617;RBI=0.18612;REFB=0;REVB=0.180681;RO=1;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009744;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:1:0:118:119:1:56:62:0:1:57:62:0:0 chr12 10954383 . T A 221.92 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0108776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.61;QD=25.3624;RBI=0.011376;REFB=-0.00847855;REVB=-0.00333049;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139552;STB=0.577703;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00571611;OID=.;OPOS=10954383;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:6:8:8:13:6:8 chr12 10954632 . C A 143.98 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0196301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.097;QD=15.9976;RBI=0.0196867;REFB=-0.00602305;REVB=0.00149203;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117085;STB=0.583232;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00652292;OID=.;OPOS=10954632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:8:7:7:13:8:8:7:13 chr12 10954916 . A G 291.58 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00346198;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.021;QD=14.2236;RBI=0.0442864;REFB=-0.0087648;REVB=0.0441509;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143506;STB=0.581449;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0121731;OID=.;OPOS=10954916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:18:15:29:20:18:15:29:20 chr12 10958658 . T C 327.96 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0217648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.163;QD=11.3089;RBI=0.0349854;REFB=-0.00928022;REVB=0.0273911;RO=72;SAF=15;SAR=26;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137773;STB=0.593152;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0156515;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:75:41:41:0.353448:26:15:35:37:26:15:38:37 chr12 10959438 . G A 262.59 PASS AF=0.324074;AO=33;DP=105;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0473505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1371;QD=9.72547;RBI=0.0473986;REFB=-0.0368908;REVB=0.00213539;RO=72;SAF=17;SAR=16;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828437;STB=0.561147;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0782649;OID=.;OPOS=10959438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:72:73:33:35:0.324074:16:17:32:40:16:19:33:40 chr12 10961978 . C T 762.75 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=31;FWDB=0.00844873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0868;QD=17.9472;RBI=0.015798;REFB=0.00985319;REVB=0.013349;RO=90;SAF=49;SAR=31;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439147;STB=0.524266;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.011559;OID=.;OPOS=10961978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:90:90:80:80:0.470588:31:49:59:31:31:49:59:31 chr12 10962022 . C T 919.95 PASS AF=0.55625;AO=89;DP=160;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.022707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.17;QD=22.9988;RBI=0.02296;REFB=-0.0144679;REVB=0.00339886;RO=71;SAF=54;SAR=35;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000944024;STB=0.500515;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.012227;OID=.;OPOS=10962022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:71:71:89:89:0.55625:35:54:43:28:35:54:43:28 chr12 10962115 . A G 215.43 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0455568;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3594;QD=14.6056;RBI=0.0458249;REFB=-0.0225003;REVB=-0.00494944;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200007;STB=0.608137;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0349615;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:59:32:34:25:25:0.423729:12:13:23:9:12:13:24:10 chr12 10978402 . G A 208.53 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00204046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.064;QD=13.4536;RBI=0.00783422;REFB=-0.00948491;REVB=-0.00756383;RO=31;SAF=18;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501346;STB=0.531856;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0128487;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:31:37:25:25:0.403226:7:18:21:10:7:18:25:12 chr12 11081944 . G A 344.34 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0123319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2508;QD=14.9713;RBI=0.0135682;REFB=-0.00871759;REVB=-0.00565866;RO=46;SAF=13;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160992;STB=0.627852;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0167493;OID=.;OPOS=11081944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:54:38:38:0.413043:25:13:23:23:25:13:30:24 chr12 11083356 . A G 222.63 PASS AF=0.223602;AO=36;DP=161;FAO=36;FDP=161;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=-0.060607;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5829;QD=5.5311;RBI=0.0614675;REFB=0.0066184;REVB=0.0102491;RO=125;SAF=9;SAR=27;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274186;STB=0.670003;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0232532;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:125:125:36:36:0.223602:27:9:56:69:27:9:56:69 chr12 11083677 . T C 221.1 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00164341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.449;QD=10.05;RBI=0.0148593;REFB=-0.00192066;REVB=0.0147682;RO=58;SAF=9;SAR=19;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115748;STB=0.582251;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00407085;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:60:28:28:0.318182:19:9:24:34:19:9:26:34 chr12 11091432 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0137894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.155;QD=7.04803;RBI=0.0138185;REFB=-0.00159163;REVB=0.000895536;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435895;STB=0.773533;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00581778;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:8:14:2:6:8:14 chr12 11091551 . T C 263.2 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00751884;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.292;QD=12.6845;RBI=0.0140853;REFB=-0.014113;REVB=0.0119106;RO=52;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468353;STB=0.526881;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0216248;OID=.;OPOS=11091551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:13:18:28:24:13:18:28:24 chr12 11138683 . C T 1668.17 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0162089;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.8;QD=58.5324;RBI=0.0165857;REFB=-0.0949757;REVB=0.00351515;RO=2;SAF=76;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679846;STB=0.503581;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-3.56404e-05;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:2:2:112:112:0.982456:36:76:1:1:36:76:1:1 chr12 11138852 . C T 707.68 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00280119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.001;QD=18.5014;RBI=0.0482805;REFB=-0.0110582;REVB=-0.0481991;RO=77;SAF=41;SAR=33;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321907;STB=0.518243;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.012123;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:77:79:74:74:0.48366:33:41:40:37:33:41:41:38 chr12 11149711 . C A 1029.69 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114038;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7503;QD=59.6921;RBI=0.0115624;REFB=0;REVB=0.00190908;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81734e-05;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr12 11149720 . A G 992.62 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00815423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.426;QD=55.1455;RBI=0.00816295;REFB=-0.0816473;REVB=-0.000377217;RO=3;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148417;STB=0.500397;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000472892;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:72:72:3:2:69:70:0.972222:36:33:2:1:36:34:1:1 chr12 11149769 . T C 1348.33 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975893;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.998;QD=62.7132;RBI=0.0880904;REFB=0;REVB=0.0875482;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317151;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:43:41:0:0:45:41:0:0 chr12 11150033 . G T 1789.92 PASS AF=1;AO=88;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.275;QD=60.6753;RBI=0.049055;REFB=0;REVB=0.0296704;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580981;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:88:118:1:48:40:0:0:64:54:0:0 chr12 11150046 . G T 1652.54 PASS AF=0.95;AO=114;DP=120;FAO=114;FDP=120;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0136558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4663;QD=55.0845;RBI=0.013662;REFB=-0.0108347;REVB=0.000413145;RO=4;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311051;STB=0.524189;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00383401;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:120:120:4:6:114:114:0.95:59:55:0:4:59:55:0:6 chr12 11150214 . G A 777.06 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8872;QD=56.5136;RBI=0.0234117;REFB=0;REVB=-0.0130426;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00526954;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:22:31:0:0:23:32:0:0 chr12 11150319 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3265;QD=53.2765;RBI=0.0129074;REFB=0;REVB=-0.00569026;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36258e-05;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr12 11174276 . G A 440.75 PASS AF=0.488889;AO=41;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0186723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9853;QD=19.5888;RBI=0.0195042;REFB=-0.030738;REVB=-0.00563562;RO=46;SAF=28;SAR=13;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559867;STB=0.516122;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0225671;OID=.;OPOS=11174276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:41:44:0.488889:13:28:29:17:15:29:29:17 chr12 11174302 . A G 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=40;FWDB=-0.00507319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.795;QD=1.08968;RBI=0.0192935;REFB=-0.00321842;REVB=-0.0186146;RO=104;SAF=5;SAR=4;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686522;STB=0.556329;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0344406;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:104:104:9:9:0.079646:4:5:64:40:4:5:64:40 chr12 11174327 . C T 47.25 PASS AF=0.0955882;AO=13;DP=136;FAO=13;FDP=136;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=-0.00209983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.879;QD=1.38959;RBI=0.00879878;REFB=-0.000405547;REVB=-0.00854455;RO=123;SAF=9;SAR=4;SRF=73;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124444;STB=0.596897;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00374503;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:136:136:123:123:13:13:0.0955882:4:9:73:50:4:9:73:50 chr12 11174372 . C G 51.85 PASS AF=0.0985915;AO=14;DP=142;FAO=14;FDP=142;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=70;FSRR=58;FWDB=-0.0154264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0957;QD=1.46068;RBI=0.0707238;REFB=0.00212285;REVB=-0.0690209;RO=126;SAF=10;SAR=4;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215686;STB=0.659338;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0200346;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:142:142:126:128:14:14:0.0985915:4:10:68:58:4:10:70:58 chr12 11174380 . C T 46.39 PASS AF=0.0935252;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=139;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=-0.00172234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.807;QD=1.33499;RBI=0.0205294;REFB=-0.00383104;REVB=-0.020457;RO=121;SAF=10;SAR=3;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27884;STB=0.722388;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0277057;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:139:139:121:126:13:13:0.0935252:3:10:66:55:3:10:68:58 chr12 11174390 . G A 41.23 PASS AF=0.0882353;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=136;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.00660243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.463;QD=1.21253;RBI=0.0161743;REFB=0.000359113;REVB=-0.0147654;RO=124;SAF=9;SAR=3;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284321;STB=0.726884;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00758661;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:136:136:124:124:12:12:0.0882353:3:9:63:61:3:9:63:61 chr12 11174397 . T A 43.23 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=127;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=0.00922992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.77;QD=1.34044;RBI=0.0143625;REFB=0.00167206;REVB=-0.0110041;RO=115;SAF=9;SAR=3;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292737;STB=0.734779;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0181173;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:127:129:115:117:12:12:0.0930233:3:9:58:57:3:9:58:59 chr12 11174416 . A G 45.19 PASS AF=0.097561;AO=12;DP=124;FAO=12;FDP=123;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.00883625;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1855;QD=1.46959;RBI=0.015107;REFB=0.000410692;REVB=0.0122532;RO=112;SAF=9;SAR=3;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298662;STB=0.727644;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00404401;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:124:123:112:111:12:12:0.097561:3:9:56:56:3:9:56:55 chr12 11174498 . T C 526.78 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00460621;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.64;QD=20.2607;RBI=0.0267931;REFB=-0.00547646;REVB=0.0263942;RO=50;SAF=28;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362888;STB=0.519993;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00985747;OID=.;OPOS=11174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:50:50:54:54:0.519231:26:28:28:22:26:28:28:22 chr12 11174715 . T A 170.33 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00677188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0685;QD=17.033;RBI=0.0210724;REFB=-0.00563963;REVB=0.0199546;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969551;STB=0.541622;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00543842;OID=.;OPOS=11174715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:7:10:15:7:7:11:15:7 chr12 11174753 . G A 177.43 PASS AF=0.413043;AO=17;DP=44;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00810835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.324;QD=15.4282;RBI=0.00874659;REFB=-0.0125045;REVB=-0.00327988;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122584;STB=0.559429;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0214867;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:25:27:17:19:0.413043:5:12:15:10:6:13:16:11 chr12 11183092 . C A 968.9 PASS AF=0.317136;AO=124;DP=392;FAO=124;FDP=391;FR=.;FRO=267;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=133;FSRR=134;FWDB=0.00825088;FXX=0.00255096;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.147;QD=9.91205;RBI=0.0189614;REFB=-0.00468896;REVB=-0.0170722;RO=266;SAF=69;SAR=55;SRF=133;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672334;STB=0.539971;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0100212;OID=.;OPOS=11183092;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:391:266:267:124:124:0.317136:55:69:133:133:55:69:133:134 chr12 11183224 . T A 281.73 PASS AF=0.316239;AO=36;DP=122;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00569309;FXX=0.0487765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.002;QD=9.63178;RBI=0.0157674;REFB=-0.00525189;REVB=-0.0147038;RO=85;SAF=19;SAR=17;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402504;STB=0.534822;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00925218;OID=.;OPOS=11183224;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:117:85:80:36:37:0.316239:17:19:42:43:18:19:37:43 chr12 11183255 . G A 218.88 PASS AF=0.36;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0247934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.577;QD=11.6738;RBI=0.0261856;REFB=0.000471167;REVB=-0.00842462;RO=48;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662903;STB=0.525154;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.000999805;OID=.;OPOS=11183255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:26:27:0.36:12:14:23:25:13:14:23:25 chr12 11183451 . A T 720.78 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0370391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5993;QD=21.6776;RBI=0.0504576;REFB=-0.00112113;REVB=-0.0342647;RO=59;SAF=42;SAR=28;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923636;STB=0.544603;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000672385;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:59:63:70:70:0.526316:28:42:29:30:28:42:32:31 chr12 11183576 . T C 70.55 PASS AF=0.133929;AO=15;DP=111;FAO=15;FDP=112;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.0127129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.518;QD=2.51964;RBI=0.0223922;REFB=-0.00596631;REVB=0.0184335;RO=95;SAF=8;SAR=7;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074152;STB=0.551001;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0538033;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:111:112:95:97:15:15:0.133929:7:8:45:50:7:8:46:51 chr12 11183642 . A G 154.87 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0252686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3843;QD=7.55438;RBI=0.0261961;REFB=-0.0195626;REVB=0.00690902;RO=59;SAF=13;SAR=9;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182312;STB=0.505716;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0547008;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:60:22:22:0.268293:9:13:34:25:9:13:35:25 chr12 11183676 . C T 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00121814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.479;QD=7.94574;RBI=0.0230948;REFB=-0.003621;REVB=-0.0230626;RO=54;SAF=15;SAR=6;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184674;STB=0.611702;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0136054;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:6:15:31:23:6:15:31:23 chr12 11183697 . C A 126.78 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0278725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2065;QD=8.04942;RBI=0.0279049;REFB=0.00734962;REVB=-0.00134366;RO=44;SAF=12;SAR=6;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203349;STB=0.518052;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0224354;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:6:12:30:14:6:12:31:14 chr12 11183708 . T C 51.44 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00264407;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0185;QD=3.54775;RBI=0.00859288;REFB=0.00366825;REVB=0.00817598;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361052;STB=0.719143;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00367217;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:42:49:9:9:0.155172:5:4:31:11:5:4:35:14 chr12 11183722 . A C 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0041289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.985;QD=4.36791;RBI=0.0235849;REFB=0.00328233;REVB=0.0232207;RO=43;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12576;STB=0.586386;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0210529;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:2:7:30:13:2:7:30:13 chr12 11183752 . T C 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00764075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.136;QD=3.93886;RBI=0.0318831;REFB=-0.00451639;REVB=-0.030954;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283195;STB=0.705191;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0174052;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:1:6:24:11:1:6:24:11 chr12 11244070 . T C 419.87 PASS AF=0.359712;AO=51;DP=139;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.0282613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3329;QD=12.0825;RBI=0.0969923;REFB=-0.0143054;REVB=-0.0927837;RO=88;SAF=31;SAR=20;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278598;STB=0.6695;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0425519;OID=.;OPOS=11244070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:88:89:51:50:0.359712:20:31:31:57:19:31:31:58 chr12 11244166 . G C 1632.79 PASS AF=0.973684;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00483558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.248;QD=57.2909;RBI=0.00900604;REFB=-0.0009891;REVB=0.00759775;RO=3;SAF=59;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660215;STB=0.503571;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=5.51884e-05;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:114:3:3:110:111:0.973684:51:59:2:1:52:59:2:1 chr12 11244194 . T C 361.67 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0147318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.679;QD=15.725;RBI=0.0152744;REFB=0.00195038;REVB=0.00403525;RO=52;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421536;STB=0.525101;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00434321;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:52:53:38:39:0.423913:16:22:28:24:16:23:29:24 chr12 11244230 . C A 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0110097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.917;QD=19.1479;RBI=0.0126442;REFB=-0.0259596;REVB=-0.00621794;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225875;STB=0.623034;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0234739;OID=.;OPOS=11244230;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:36:36:36:0.5:20:16:24:10:20:16:25:11 chr12 11244319 . A C 285.76 PASS AF=0.553191;AO=24;DP=45;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0083665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.914;QD=24.3196;RBI=0.0146436;REFB=-0.0255513;REVB=0.0120182;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596409;STB=0.53189;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0198177;OID=.;OPOS=11244319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:21:21:24:26:0.553191:12:12:12:9:13:13:12:9 chr12 11244369 . G C 186.66 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0154458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.673;QD=20.7397;RBI=0.0155153;REFB=-0.0306645;REVB=0.00146705;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205826;STB=0.632049;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0129503;OID=.;OPOS=11244369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:17:17:17:19:0.527778:9:8:12:5:11:8:12:5 chr12 11244559 . C T 374.49 PASS AF=0.659574;AO=30;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0266496;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7215;QD=31.8716;RBI=0.027793;REFB=-0.0274942;REVB=0.00788985;RO=15;SAF=7;SAR=23;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176834;STB=0.592528;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0125425;OID=.;OPOS=11244559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:16:30:31:0.659574:23:7:7:8:24:7:7:9 chr12 11244678 . GAGCAGTGAGAATTTGGTC G,GAGCAGTGACAATTTGGTC 173.76 PASS AF=0.432432,0.0540541;AO=16,2;DP=39;FAO=16,2;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8,1;FSAR=8,1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000559515,0.0491424;FXX=0.0512689;HRUN=1,1;LEN=18,1;MLLD=487.597,90.7727;QD=18.7846;RBI=0.00701977,0.0532281;REFB=0.000389028,0.0062642;REVB=0.00699743,0.0204513;RO=17;SAF=8,1;SAR=8,1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0265217,0.0291305;STB=0.514268,0.523574;STBP=0.935,0.873;TYPE=del,snp;VARB=0.00105167,0.0623505;OID=.,.;OPOS=11244679,11244687;OREF=AGCAGTGAGAATTTGGTC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GAGCAGTGACAATTTGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432,0.0540541:16,2:39:16,2:37:19:8,1:8,1:9:10:99:17:8,1:8,1:8:9 chr12 11244725 . C G 178.18 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00255884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.084;QD=14.8482;RBI=0.00633382;REFB=-0.0121716;REVB=0.00579393;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188861;STB=0.608585;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0197745;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:10:19:9:10:10:19 chr12 11286088 . A C 986.32 PASS AF=0.456897;AO=101;DP=226;FAO=106;FDP=232;FR=.;FRO=126;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=0.00678698;FXX=0.00854664;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5519;QD=17.0055;RBI=0.016352;REFB=0.0146409;REVB=-0.0148769;RO=123;SAF=59;SAR=42;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064235;STB=0.526608;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.016265;OID=.;OPOS=11286088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:232:123:126:101:106:0.456897:42:59:64:59:47:59:64:62 chr12 11286249 . T C 509.36 PASS AF=0.5;AO=53;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0362905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.538;QD=18.8653;RBI=0.0421206;REFB=-0.0181855;REVB=0.021381;RO=54;SAF=23;SAR=30;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607057;STB=0.537434;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0197419;OID=.;OPOS=11286249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:53:54:0.5:30:23:27:27:31:23:27:27 chr12 11286379 . T C 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0199944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.414;QD=9.85703;RBI=0.0221749;REFB=-0.00170398;REVB=0.00958904;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901378;STB=0.546362;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00364768;OID=.;OPOS=11286379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:7:13:23:17:7:13:24:17 chr12 11338613 . CA GG 761.05 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243301;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.228;QD=63.4209;RBI=0.0289248;REFB=0;REVB=0.0288223;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.60317e-05;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:11:36:0:0:11:37:0:0 chr12 11338669 . C T 529.83 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0314112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.919;QD=17.9602;RBI=0.0314129;REFB=0.00164241;REVB=0.00032995;RO=62;SAF=36;SAR=20;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237656;STB=0.501319;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00122004;OID=.;OPOS=11338669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:20:36:40:22:20:36:40:22 chr12 11338750 . T C 656.76 PASS AF=0.441718;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.00320176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.996;QD=16.1167;RBI=0.0294069;REFB=0.00131971;REVB=0.0292321;RO=89;SAF=36;SAR=36;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725961;STB=0.546;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00162091;OID=.;OPOS=11338750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:89:91:72:72:0.441718:36:36:51:38:36:36:53:38 chr12 11338781 . C A 1852.54 PASS AF=0.96875;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0103313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.335;QD=57.8919;RBI=0.021719;REFB=-0.0117025;REVB=-0.0191044;RO=1;SAF=53;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887953;STB=0.502585;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000419883;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:128:1:4:123:124:0.96875:70:53:1:0:72:52:2:2 chr12 11338957 . A G 104.58 PASS AF=0.545455;AO=13;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0265858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.06;QD=19.0138;RBI=0.0746555;REFB=-0.0260092;REVB=-0.0697613;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338674;STB=0.666389;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0200526;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:22:22:9:10:13:12:0.545455:9:4:7:2:8:4:7:3 chr12 11338983 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.175;QD=37.4884;RBI=0.0791399;REFB=0;REVB=0.0389362;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704972;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr12 11418954 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240484;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.516;QD=62.1589;RBI=0.0338877;REFB=0;REVB=0.0238758;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191861;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:44:41:0:0 chr12 11462275 . A G 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00113041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.451;QD=52.5804;RBI=0.0183404;REFB=0.0673596;REVB=0.0183055;RO=2;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427493;STB=0.522718;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000196656;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:21:30:0:2:21:30:0:2 chr12 11506211 . A C 52.91 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0555767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.074;QD=21.1644;RBI=0.060331;REFB=-0.010267;REVB=-0.0234747;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00415346;OID=.;OPOS=11506211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr12 11992168 . G A 412.81 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00224297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.896;QD=15.8771;RBI=0.0246927;REFB=0.00138113;REVB=-0.0245906;RO=56;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814202;STB=0.553549;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00172271;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:58:46:46:0.442308:25:21:21:35:25:21:21:37 chr12 12044393 . T TTA 339.56 PASS AF=0.200658;AO=52;DP=380;FAO=61;FDP=304;FR=.;FRO=243;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=131;FSRR=112;FWDB=-0.0198993;FXX=0.0287531;HRUN=2;LEN=2;MLLD=234.328;QD=4.46791;RBI=0.0481511;REFB=-0.013872;REVB=-0.0438468;RO=322;SAF=31;SAR=21;SRF=171;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845922;STB=0.514754;STBP=0.799;TYPE=ins;VARB=0.0459749;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.200658:52:380:61:304:243:34:27:131:112:99:322:31:21:171:151 chr12 12044403 . AT ATA,A 113.48 PASS AF=0.152695,0.00299401;AO=45,50;DP=346;FAO=51,1;FDP=334;FR=.;FRO=282;FSAF=23,1;FSAR=28,0;FSRF=151;FSRR=131;FWDB=-0.0268687,-0.093131;FXX=0.0564956;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=196.637,9.08462;QD=1.35908;RBI=0.0666088,0.172178;REFB=-0.00758934,-0.0575566;REVB=-0.0609492,-0.144816;RO=215;SAF=21,24;SAR=24,26;SRF=117;SRR=98;SSEN=0,0.393701;SSEP=0,0;SSSB=-0.0998558,-0.0827362;STB=0.5712,0.989469;STBP=0.254,0.497;TYPE=ins,del;VARB=0.0420604,-0.0362385;OID=.,.;OPOS=12044405,12044404;OREF=-,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152695,0.00299401:45,50:346:51,1:334:282:23,1:28,0:151:131:99:215:21,24:24,26:117:98 chr12 12045264 . G T 526.18 PASS AF=0.478632;AO=52;DP=115;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=50;FWDB=0.0753422;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.504;QD=17.9889;RBI=0.078229;REFB=-0.0302227;REVB=0.0210552;RO=63;SAF=9;SAR=43;SRF=13;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545559;STB=0.501557;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0333767;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:63:61:52:56:0.478632:43:9:13:50:46:10:11:50 chr12 12048234 . CA AA,AC 69.43 PASS AF=0.0465116,0.104651;AO=23,5;DP=84;FAO=4,9;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=2,8;FSAR=2,1;FSRF=18;FSRR=55;FWDB=-8.91315e-05,0.0286651;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=166.263,33.0402;QD=3.22911;RBI=0.0187146,0.128835;REFB=-0.00145222,0.00992464;REVB=-0.0187144,0.125605;RO=40;SAF=6,4;SAR=17,1;SRF=12;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0537079,0.524758;STB=0.739338,0.944481;STBP=0.475,0.043;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0933346,-0.0426395;OID=.,.;OPOS=12048234,12048234;OREF=C,CA;OALT=A,AC;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:84:86:40:73:23,5:4,9:0.0465116,0.104651:17,1:6,4:12:28:2,1:2,8:18:55 chr12 12230938 . C G 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480099;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1338;QD=59.0436;RBI=0.0501309;REFB=0;REVB=-0.0144277;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578499;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr12 12301898 . C T 1010.94 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353455;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3277;QD=56.9541;RBI=0.0361142;REFB=0.0454992;REVB=-0.00741159;RO=1;SAF=26;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178273;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00230971;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:1:1:67:70:0.985915:41:26:1:0:41:29:1:0 chr12 12483134 . T A 336.25 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00838522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.09;QD=28.0206;RBI=0.0111373;REFB=-0.0178411;REVB=-0.00732991;RO=19;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439204;STB=0.524212;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0124575;OID=.;OPOS=12483134;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:17:12:9:10:17:12:9:10 chr12 12483275 . G A 308.3 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.00665681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8789;QD=13.4042;RBI=0.0372509;REFB=0.0104067;REVB=0.0366513;RO=57;SAF=21;SAR=14;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976533;STB=0.555525;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0154849;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:14:21:39:18:14:21:39:18 chr12 12483713 . A G 149.47 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0728965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7937;QD=19.2869;RBI=0.106554;REFB=0.0247229;REVB=-0.0777166;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193237;STB=0.609428;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0228162;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:5:10:7:9:5:10 chr12 12510097 . C T 704.23 PASS AF=0.420765;AO=77;DP=182;FAO=77;FDP=183;FR=.;FRO=106;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=0.0178667;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4669;QD=15.393;RBI=0.0232327;REFB=-0.018119;REVB=-0.0148506;RO=104;SAF=34;SAR=43;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138665;STB=0.571855;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.03143;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:104:106:77:77:0.420765:43:34:60:44:43:34:60:46 chr12 12618690 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0187841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.504;QD=21.0138;RBI=0.0187845;REFB=0.00425827;REVB=0.000118309;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00221494;OID=.;OPOS=12618690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:3:4:7:4:3:4 chr12 12814818 . C T 1554.55 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284663;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.205;QD=62.81;RBI=0.0325163;REFB=-0.138505;REVB=-0.0157156;RO=1;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854504;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000508737;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:96:98:0.989899:55:41:0:1:55:43:0:1 chr12 12879254 . T G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0610984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.486;QD=50.1331;RBI=0.0629353;REFB=-0.0528295;REVB=-0.0150943;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0043599;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr12 12941884 . C T 1069.01 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000758069;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.899;QD=60.2258;RBI=0.0103878;REFB=0;REVB=-0.0103601;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39748e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr12 12967127 . C T 783.77 PASS AF=0.48503;AO=80;DP=169;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=27;FWDB=0.0533713;FXX=0.017646;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4173;QD=18.7729;RBI=0.0534475;REFB=-0.00145192;REVB=-0.00285302;RO=89;SAF=46;SAR=34;SRF=62;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121277;STB=0.556933;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00215806;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:89:86:80:81:0.48503:34:46:62:27:34:47:59:27 chr12 13028652 . CA C,CG 490.62 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=6,28;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041802,0.00755555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.21,187.842;QD=57.7196;RBI=0.00565017,0.00967408;REFB=0,0;REVB=-0.00380137,-0.00604165;RO=0;SAF=5,8;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,-7.75204e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00152934,-0.000238849;OID=.,.;OPOS=13028653,13028653;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:6,28:34:1,33:34:0:0,13:1,20:0:0:8:0:5,8:1,20:0:0 chr12 13061294 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0032995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.869;QD=16.2717;RBI=0.0127196;REFB=-0.00324115;REVB=0.0122842;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233128;STB=0.669327;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00272869;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:18:15:15:0.454545:4:11:8:8:4:11:8:10 chr12 13102605 . G A 195.67 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00949641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.184;QD=17.7885;RBI=0.0493898;REFB=-0.0159537;REVB=0.0484683;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1653;STB=0.59294;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00550097;OID=.;OPOS=13102605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:20:4:6:14:20:4 chr12 13136623 . T C 263.1 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0183688;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.194;QD=13.8475;RBI=0.0259907;REFB=0.0149358;REVB=-0.0183875;RO=39;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161793;STB=0.605432;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0312128;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:76:39:46:30:30:0.394737:20:10:19:20:20:10:23:23 chr12 13208552 . C T 437.42 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00916589;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8012;QD=16.6635;RBI=0.0273287;REFB=-0.00878483;REVB=-0.0257458;RO=57;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671709;STB=0.531673;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0105872;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:57:47:48:0.457143:23:24:33:24:23:25:33:24 chr12 13214537 . A G 406.27 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0135006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.476;QD=14.1312;RBI=0.031067;REFB=-0.0107363;REVB=-0.0279803;RO=68;SAF=26;SAR=21;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373363;STB=0.521044;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0164737;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:21:26:40:28:21:26:40:28 chr12 13221606 . T C 978.45 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437654;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5205;QD=57.5557;RBI=0.0477502;REFB=0;REVB=-0.0190964;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00674334;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:30:34:0:0:30:38:0:0 chr12 13349823 . C T 405.55 PASS AF=0.405172;AO=45;DP=114;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=52;FWDB=0.0334937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2612;QD=13.9843;RBI=0.0356929;REFB=-0.00361244;REVB=0.0123351;RO=67;SAF=23;SAR=22;SRF=17;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273274;STB=0.656155;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0094491;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:67:69:45:47:0.405172:22:23:17:50:23:24:17:52 chr12 13364437 . GAGC GAG,G 1504.06 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=20,14;DP=136;FAO=119,14;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=55,14;FSAR=64,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.453992,0.0588726;FXX=0.029195;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=15.5089,200.478;QD=45.235;RBI=0.998515,0.059362;REFB=0,0;REVB=0.889339,0.00760683;RO=88;SAF=20,14;SAR=0,0;SRF=31;SRR=57;SSEN=0.43026,0;SSEP=0,0;SSSB=0.787278,0.744389;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0488751,0.0288372;OID=.,.;OPOS=13364440,13364438;OREF=C,AGC;OALT=-,-;OMAPALT=GAG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.894737,0.105263:20,14:136:119,14:133:0:55,14:64,0:0:0:60:88:20,14:0,0:31:57 chr12 13369196 . C T 386.0 PASS AF=0.418367;AO=39;DP=96;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0359983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3588;QD=15.7552;RBI=0.0472407;REFB=-0.0216972;REVB=-0.0305909;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861874;STB=0.536568;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0293187;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:57:57:39:41:0.418367:18:21:26:31:19:22:27:30 chr12 13527882 . G A 1070.61 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.611;QD=59.4782;RBI=0.056248;REFB=0;REVB=0.0228383;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176837;OID=.;OPOS=13527882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:65:72:1:18:47:0:0:21:51:0:0 chr12 13593879 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0500306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.191;QD=18.3451;RBI=0.0509583;REFB=-0.00767957;REVB=-0.0096791;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540683;STB=0.542205;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0072383;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:7:10:11:6:7:10:12:6 chr12 13717508 . G A 611.76 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0157677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.327;QD=23.5291;RBI=0.0181839;REFB=-0.0284174;REVB=0.00905727;RO=44;SAF=25;SAR=35;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831761;STB=0.545439;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0244816;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:44:60:60:0.576923:35:25:23:21:35:25:23:21 chr12 14018777 . G C 439.16 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.055858;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.8888;QD=22.521;RBI=0.0629745;REFB=-0.0333073;REVB=0.0290805;RO=35;SAF=25;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147826;STB=0.581357;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0448088;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:18:25:14:21:18:25:14:21 chr12 14019128 . C T 253.87 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0162592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.468;QD=21.6062;RBI=0.0168141;REFB=-0.0149192;REVB=0.00428385;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925597;STB=0.551928;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0184495;OID=.;OPOS=14019128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:11:12:10:14:11:12 chr12 14587301 . A G 667.15 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0187178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.196;QD=58.0128;RBI=0.0244477;REFB=-0.13133;REVB=0.0157268;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000611317;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:1:2:44:44:0.956522:24:20:1:0:24:20:2:0 chr12 14688644 . C T 1431.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335734;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.765;QD=62.9159;RBI=0.0274156;REFB=0;REVB=-0.0272092;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30598e-05;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr12 14794062 . G A 1485.76 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0146726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7565;QD=53.0628;RBI=0.0403639;REFB=-0.000298672;REVB=-0.0376027;RO=7;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417292;STB=0.522031;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00010619;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:112:112:7:7:105:105:0.9375:53:52:1:6:53:52:1:6 chr12 14827463 . AATC A 1228.5 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131766;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=3;MLLD=334.249;QD=48.6537;RBI=0.0140035;REFB=0;REVB=-0.00474075;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.76683e-05;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:101:101:101:0:53:48:0:0:22:0:49:49:0:0 chr12 14829893 . A C 5294.15 PASS AF=1;AO=333;DP=337;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626002;FXX=0.00591698;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7233;QD=63.0256;RBI=0.0777533;REFB=-0.0561983;REVB=0.0461171;RO=4;SAF=178;SAR=155;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446942;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:337:336:4:0:333:336:1:155:178:1:3:158:178:0:0 chr12 14929619 . G C 165.55 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0133742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1401;QD=22.0732;RBI=0.0267998;REFB=0.00515891;REVB=-0.0232241;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803505;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00507713;OID=.;OPOS=14929619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:9:7:7:6:9:8:7:6 chr12 14929721 . C T 432.81 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261752;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2677;QD=57.708;RBI=0.0852566;REFB=0;REVB=-0.0811391;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00253059;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr12 14929872 . A G 1514.12 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557911;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9361;QD=59.9652;RBI=0.0599593;REFB=0;REVB=0.0219651;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402592;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr12 15081897 . A C 2219.6 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.611;QD=62.5241;RBI=0.104626;REFB=-0.0574233;REVB=-0.103012;RO=1;SAF=73;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646924;STB=0.503401;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000433077;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:68:73:1:0:68:73:1:0 chr12 15095558 . C G 572.77 PASS AF=0.540816;AO=51;DP=96;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0168873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.506;QD=23.3783;RBI=0.0297502;REFB=-0.02212;REVB=0.0244928;RO=45;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124611;STB=0.557242;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0187535;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:45:45:51:53:0.540816:29:22:26:19:29:24:26:19 chr12 15103605 . A G 2199.3 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9892;QD=63.2891;RBI=0.0739703;REFB=0;REVB=-0.0086463;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236431;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:139:0:0:132:139:1:60:72:0:0:60:79:0:0 chr12 15262179 . G A 450.6 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0071382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.077;QD=22.8154;RBI=0.040069;REFB=-0.0292465;REVB=0.0394281;RO=33;SAF=14;SAR=29;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229507;STB=0.630004;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0235249;OID=.;OPOS=15262179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:35:43:44:0.556962:29:14:20:13:29:15:22:13 chr12 16189694 . T A 658.73 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=163;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00703561;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.657;QD=16.265;RBI=0.00847573;REFB=0.000640492;REVB=0.00472634;RO=89;SAF=39;SAR=33;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102548;STB=0.559983;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00113326;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:89:90:72:72:0.444444:33:39:39:50:33:39:39:51 chr12 16347308 . G A 698.42 PASS AF=0.434286;AO=75;DP=173;FAO=76;FDP=175;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0059906;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2621;QD=15.9639;RBI=0.0112493;REFB=-0.000226382;REVB=-0.00952155;RO=93;SAF=36;SAR=39;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252604;STB=0.521714;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000420597;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:93:99:75:76:0.434286:39:36:47:46:39:37:52:47 chr12 16369828 . A T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.154;QD=60.6102;RBI=0.0176053;REFB=0;REVB=0.0167754;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42487e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr12 16397677 . G A 2489.52 PASS AF=0.949153;AO=168;DP=177;FAO=168;FDP=177;FR=.;FRO=9;FSAF=86;FSAR=82;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00692288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.021;QD=56.2603;RBI=0.00736854;REFB=-0.0833176;REVB=-0.00252369;RO=8;SAF=86;SAR=82;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00102885;STB=0.502221;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00103555;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:177:177:8:9:168:168:0.949153:82:86:4:4:82:86:5:4 chr12 16397734 . C A 469.0 PASS AF=0.440678;AO=50;DP=116;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0459178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3376;QD=15.8983;RBI=0.0536676;REFB=0.022073;REVB=-0.0277808;RO=66;SAF=22;SAR=28;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917796;STB=0.538447;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0205654;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:66:66:50:52:0.440678:28:22:35:31:28:24:35:31 chr12 16430284 . G A 1040.58 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.531;QD=59.4619;RBI=0.0427628;REFB=0;REVB=0.00963985;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55554e-05;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:35:33:0:0:36:34:0:0 chr12 18435398 . GCCC G 38.88 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00652298;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=55.1356;QD=5.01718;RBI=0.00886225;REFB=0.00535276;REVB=-0.00599918;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=0.0140986;STB=0.521685;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=-0.0162528;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:8:31:8:31:23:3:5:8:15:38:22:3:5:8:14 chr12 18435452 . C T 106.98 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0056417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.477;QD=12.2268;RBI=0.0151308;REFB=0.00106383;REVB=-0.0140397;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164083;STB=0.608534;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00215665;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:6:7:8:13:6:7:8:14 chr12 18473928 . T C 356.58 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.000416478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.613;QD=11.4105;RBI=0.00685709;REFB=-0.00686966;REVB=-0.00684443;RO=80;SAF=14;SAR=30;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304642;STB=0.671235;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00919402;OID=.;OPOS=18473928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:80:81:44:44:0.352:30:14:47:33:30:14:47:34 chr12 18499636 . C T 703.87 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00494124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0728;QD=19.4172;RBI=0.0290484;REFB=-0.00590313;REVB=0.028625;RO=73;SAF=37;SAR=33;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743719;STB=0.502471;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.004544;OID=.;OPOS=18499636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:73:75:70:70:0.482759:33:37:38:35:33:37:40:35 chr12 18511315 . T C 522.76 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0087533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.608;QD=21.1218;RBI=0.0161439;REFB=-0.00214366;REVB=0.0135649;RO=49;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820994;STB=0.545436;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00234873;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:30:20:24:25:30:20:24:25 chr12 18649057 . C T 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.012429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.932;QD=23.3483;RBI=0.01249;REFB=-0.00235273;REVB=0.001233;RO=27;SAF=17;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259947;STB=0.507243;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0017755;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:21:17:13:14:21:17:13:15 chr12 19329493 . T C,G 563.25 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066786,0.084629;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.791,68.7291;QD=59.2898;RBI=0.0677445,0.0848742;REFB=0,0;REVB=-0.0113554,0.0064469;RO=0;SAF=23,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.21415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0115031,-0.0347274;OID=.,.;OPOS=19329493,19329493;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:13,2:23,0:0:0:13,2:23,0:0:0 chr12 19456594 . G C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0063384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.308;QD=23.0934;RBI=0.00652217;REFB=-0.00046555;REVB=0.00153735;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127109;STB=0.571344;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.000292134;OID=.;OPOS=19456594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:5:7:7:10:5:7 chr12 19522649 . T G 484.9 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0249521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.532;QD=26.5697;RBI=0.0267216;REFB=-0.0178269;REVB=0.00956223;RO=28;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424619;STB=0.52316;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00870571;OID=.;OPOS=19522649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:22:23:16:12:22:23:16:12 chr12 19598956 . C A 250.86 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0780444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2743;QD=19.6755;RBI=0.0953164;REFB=0.0125137;REVB=-0.0547201;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255595;STB=0.642749;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0393157;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:8:17:10:16:8:17 chr12 19877449 . A G 1217.42 PASS AF=0.424051;AO=134;DP=317;FAO=134;FDP=316;FR=.;FRO=182;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=97;FSRR=85;FWDB=0.000404088;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.688;QD=15.4103;RBI=0.00617631;REFB=-0.00452557;REVB=-0.00616308;RO=182;SAF=69;SAR=65;SRF=97;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018697;STB=0.510405;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0063596;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:182:182:134:134:0.424051:65:69:97:85:65:69:97:85 chr12 20704503 . CG CC,C 868.45 PASS AF=0,0.533058;AO=26,103;DP=243;FAO=0,129;FDP=242;FR=.;FRO=113;FSAF=0,28;FSAR=0,101;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.1133,0.00177967;FXX=0.00411506;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.7649,14.2637;QD=14.3545;RBI=0.11405,0.033188;REFB=-0.0400884,-0.0910511;REVB=0.0130518,-0.0331403;RO=111;SAF=26,2;SAR=0,101;SRF=57;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.752887,-0.787822;STB=0.5,0.661324;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=-0.00685442,0.0830333;OID=.,.;OPOS=20704504,20704504;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.533058:26,103:243:0,129:242:113:0,28:0,101:57:56:99:111:26,2:0,101:57:54 chr12 20704509 . T G 953.08 PASS AF=0.457014;AO=100;DP=220;FAO=101;FDP=221;FR=.;FRO=120;FSAF=19;FSAR=82;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=-0.0451267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.289;QD=17.2503;RBI=0.0673893;REFB=-0.0111832;REVB=-0.050049;RO=119;SAF=19;SAR=81;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383065;STB=0.713993;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0264156;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:119:120:100:101:0.457014:81:19:62:57:82:19:62:58 chr12 20766559 . C T 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.094;QD=60.5459;RBI=0.102287;REFB=0;REVB=-0.0106306;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7447e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr12 20864356 . C T 285.26 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.017746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.983;QD=15.4193;RBI=0.0178356;REFB=-0.0289422;REVB=-0.00178558;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177826;STB=0.606656;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0382172;OID=.;OPOS=20864356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:13:19:17:24:13:19:17:25 chr12 20903757 . T C 585.68 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0491611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0046;QD=22.3116;RBI=0.0542643;REFB=-0.0408079;REVB=0.0229741;RO=43;SAF=26;SAR=32;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139296;STB=0.593718;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0326338;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:43:47:58:58:0.552381:32:26:27:16:32:26:31:16 chr12 20905250 . C T 553.47 PASS AF=0.527778;AO=54;DP=105;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0133355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.528;QD=20.499;RBI=0.0186182;REFB=-0.0074344;REVB=-0.0129923;RO=51;SAF=25;SAR=29;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109958;STB=0.545734;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00700209;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:51:51:54:57:0.527778:29:25:30:21:29:28:30:21 chr12 21011480 . T G 729.07 PASS AF=0.472393;AO=77;DP=163;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.00304958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.577;QD=17.8913;RBI=0.0221342;REFB=-0.0056229;REVB=0.0219231;RO=86;SAF=35;SAR=42;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234341;STB=0.512962;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00532528;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:86:86:77:77:0.472393:42:35:37:49:42:35:37:49 chr12 21011792 . A G 391.75 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=100;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00890133;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.822;QD=15.8282;RBI=0.0228007;REFB=-0.0243526;REVB=-0.0209914;RO=56;SAF=27;SAR=15;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768778;STB=0.54817;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0227152;OID=.;OPOS=21011792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:56:56:42:43:0.434343:15:27:32:24:15:28:32:24 chr12 21011813 . C T 538.83 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.113495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8911;QD=17.8125;RBI=0.123578;REFB=-0.01515;REVB=-0.0488911;RO=63;SAF=37;SAR=20;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13949;STB=0.563663;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0210193;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:64:57:57:0.471074:20:37:32:31:21:36:33:31 chr12 21013948 . C T 183.28 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0329466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7299;QD=17.8806;RBI=0.0730331;REFB=-0.0695888;REVB=-0.0651795;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113156;STB=0.58433;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0559386;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:19:19:0.463415:10:9:7:13:10:9:7:15 chr12 21015760 . G A 773.73 PASS AF=0.425743;AO=86;DP=203;FAO=86;FDP=202;FR=.;FRO=116;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0155723;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2218;QD=15.3215;RBI=0.0163042;REFB=-0.0068206;REVB=-0.00483024;RO=113;SAF=37;SAR=49;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671508;STB=0.545318;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00375619;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:113:116:86:86:0.425743:49:37:56:57:49:37:59:57 chr12 21036411 . A G 782.06 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0233165;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.798;QD=21.1367;RBI=0.0241624;REFB=-0.00866513;REVB=-0.00633725;RO=69;SAF=35;SAR=40;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123478;STB=0.553445;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0114595;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:69:73:75:75:0.506757:40:35:42:27:40:35:42:31 chr12 21054369 . G A 1031.71 PASS AF=0.502513;AO=100;DP=199;FAO=100;FDP=199;FR=.;FRO=99;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.00206842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.476;QD=20.7378;RBI=0.0180566;REFB=-0.0179226;REVB=0.0179377;RO=98;SAF=56;SAR=44;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175012;STB=0.512401;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0193659;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:98:99:100:100:0.502513:44:56:53:45:44:56:53:46 chr12 21176135 . T C 2707.65 PASS AF=1;AO=172;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394605;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4328;QD=61.5375;RBI=0.145293;REFB=-0.0540997;REVB=0.139832;RO=1;SAF=99;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688769;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:176:176:1:0:172:176:1:73:99:1:0:75:101:0:0 chr12 21201663 . G A 1994.83 PASS AF=0.552113;AO=186;DP=346;FAO=196;FDP=355;FR=.;FRO=159;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=85;FSRR=74;FWDB=0.0124089;FXX=0.0111418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.388;QD=22.4769;RBI=0.0315662;REFB=-0.0289643;REVB=0.0290249;RO=158;SAF=94;SAR=92;SRF=84;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221792;STB=0.501789;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0254841;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:355:158:159:186:196:0.552113:92:94:84:74:92:104:85:74 chr12 21243001 . C T 220.87 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0225566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.603;QD=18.0301;RBI=0.0232108;REFB=-0.00605823;REVB=0.00547172;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773359;STB=0.543821;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00414433;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:9:18:13:9:9:18 chr12 21329738 . A G 501.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3607;QD=58.9898;RBI=0.0655404;REFB=0;REVB=0.0274372;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104776;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr12 21331625 . C T 1081.21 PASS AF=0.528205;AO=99;DP=192;FAO=103;FDP=195;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0263616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.659;QD=22.1787;RBI=0.0340288;REFB=-0.00695426;REVB=-0.021518;RO=92;SAF=43;SAR=56;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105685;STB=0.555511;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0076072;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:195:92:92:99:103:0.528205:56:43:51:41:58:45:51:41 chr12 21428246 . A C 1674.39 PASS AF=0.538206;AO=162;DP=301;FAO=162;FDP=301;FR=.;FRO=139;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=0.0324866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2473;QD=22.2511;RBI=0.0795981;REFB=-0.0369451;REVB=0.0726669;RO=124;SAF=78;SAR=84;SRF=69;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598453;STB=0.516857;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0391216;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:124:139:162:162:0.538206:84:78:69:55:84:78:72:67 chr12 21654831 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.672;QD=57.1775;RBI=0.0281522;REFB=0;REVB=0.026643;RO=0;SAF=11;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03837e-05;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:40:11:0:0:40:11:0:0 chr12 21712574 . C T 664.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4722;QD=61.8555;RBI=0.0856913;REFB=0;REVB=-0.0836644;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121996;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr12 21713402 . T C 2276.25 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035311;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.907;QD=63.6714;RBI=0.00588445;REFB=0;REVB=-0.00470724;RO=0;SAF=68;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74256e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:142:143:1:74:68:0:0:75:68:0:0 chr12 21797029 . A G 880.67 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.995;QD=57.7486;RBI=0.0477853;REFB=0;REVB=0.0163151;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136583;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr12 22017422 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.918;QD=56.7066;RBI=0.0199824;REFB=0;REVB=0.00680474;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153574;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr12 22063115 . A G 1955.02 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00624645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.681;QD=61.0944;RBI=0.067837;REFB=-0.00414138;REVB=0.0675488;RO=1;SAF=65;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725408;STB=0.503759;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=8.6961e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:1:1:125:127:0.992188:60:65:1:0:61:66:1:0 chr12 22213786 . C T 1230.73 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011129;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.492;QD=61.5366;RBI=0.0140941;REFB=0;REVB=-0.00864799;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52488e-06;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr12 22348500 . A G 2463.64 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.147;QD=60.0889;RBI=0.0414007;REFB=-0.154293;REVB=0.00309608;RO=2;SAF=88;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010102;STB=0.503355;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000372298;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:164:164:2:1:162:163:0.993902:74:88:1:1:74:89:0:1 chr12 22353854 . GGAA G 129.08 PASS AF=0.456522;AO=19;DP=40;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0141329;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=3;MLLD=204.622;QD=11.2246;RBI=0.0155274;REFB=-0.00441766;REVB=-0.00643117;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386818;STB=0.506323;STBP=0.947;TYPE=del;VARB=0.00686694;OID=.;OPOS=22353855;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:19:40:21:46:25:12:9:14:11:99:16:11:8:10:6 chr12 22354921 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.731;QD=56.9383;RBI=0.0193105;REFB=0;REVB=0.00477146;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29618e-05;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr12 22478425 . A G 2037.77 PASS AF=0.937931;AO=135;DP=145;FAO=136;FDP=145;FR=.;FRO=9;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0240898;FXX=0.0136045;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.163;QD=56.2144;RBI=0.0247566;REFB=-0.030985;REVB=-0.00570683;RO=2;SAF=74;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134838;STB=0.500256;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164666;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:145:145:2:9:135:136:0.937931:61:74:1:1:61:75:5:4 chr12 22814036 . A G 671.9 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0429941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8815;QD=16.4884;RBI=0.0549052;REFB=-0.0325536;REVB=-0.034148;RO=88;SAF=53;SAR=21;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230111;STB=0.631941;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0666831;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:88:89:74:74:0.453988:21:53:44:44:21:53:44:45 chr12 22843129 . G C 1006.07 PASS AF=0.542373;AO=96;DP=176;FAO=96;FDP=177;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0380551;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8987;QD=22.736;RBI=0.041956;REFB=-0.0476363;REVB=-0.0176667;RO=76;SAF=43;SAR=53;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547573;STB=0.518811;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0312945;OID=.;OPOS=22843129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:76:81:96:96:0.542373:53:43:29:47:53:43:33:48 chr12 23757453 . G T 1351.4 PASS AF=0.557018;AO=127;DP=228;FAO=127;FDP=228;FR=.;FRO=101;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00368164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.246;QD=23.7087;RBI=0.00377491;REFB=-0.0273941;REVB=0.000833934;RO=100;SAF=59;SAR=68;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287794;STB=0.513543;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0223262;OID=.;OPOS=23757453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:100:101:127:127:0.557018:68:59:50:50:68:59:50:51 chr12 24859899 . G A 1545.85 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.527;QD=61.8341;RBI=0.0297092;REFB=-0.0848716;REVB=0.0234538;RO=2;SAF=33;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01437;STB=0.503759;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000126488;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:2:1:98:99:0.99:65:33:0:2:66:33:0:1 chr12 24964383 . T C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.556;QD=57.3839;RBI=0.0212684;REFB=0;REVB=0.00790707;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149464;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr12 24964523 . C T 904.7 PASS AF=0.942857;AO=65;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0014554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6436;QD=51.6972;RBI=0.0022391;REFB=-0.00371853;REVB=-0.00170158;RO=2;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306939;STB=0.51101;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0012737;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:70:70:2:4:65:66:0.942857:36:29:1:1:37:29:1:3 chr12 24968131 . G A 70.52 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0463866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.717;QD=9.40262;RBI=0.0468461;REFB=-0.0118106;REVB=-0.00654522;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296728;STB=0.646805;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0126008;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:29:30:20:20:9:10:0.333333:4:5:16:4:4:6:16:4 chr12 24968150 . A C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0136742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.952;QD=14.6657;RBI=0.0288482;REFB=-0.00252451;REVB=0.0254015;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178309;STB=0.602284;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00525477;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:16:5:6:9:16:5 chr12 24970708 . G A 302.09 PASS AF=0.373626;AO=32;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0209913;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7771;QD=13.2788;RBI=0.0750378;REFB=-0.0345472;REVB=-0.0720419;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594059;STB=0.595276;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0690694;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:36:56:32:34:0.373626:14:18:18:18:16:18:21:35 chr12 25054891 . G A 1287.55 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358698;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9533;QD=62.0508;RBI=0.0440237;REFB=0;REVB=-0.0255234;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267875;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr12 25148755 . C G 1357.52 PASS AF=0.942308;AO=96;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00752205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.793;QD=52.2122;RBI=0.0530787;REFB=-0.0483676;REVB=0.052543;RO=2;SAF=57;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00375677;STB=0.516067;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00186653;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:104:104:2:6:96:98:0.942308:39:57:1:1:39:59:2:4 chr12 25242595 . C G 1202.97 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0224309;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.256;QD=58.6813;RBI=0.0304456;REFB=0.00774964;REVB=0.0205862;RO=1;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137211;STB=0.514282;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00163662;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:1:2:80:80:0.97561:34:46:0:1:34:46:0:2 chr12 25243115 . G C 408.98 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.752;QD=56.4105;RBI=0.0221296;REFB=0;REVB=-0.0103166;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1104e-05;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:16:9:0:0:16:13:0:0 chr12 25260901 . C T 556.63 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00106346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.546;QD=17.2599;RBI=0.012003;REFB=-0.0182826;REVB=0.0119558;RO=70;SAF=25;SAR=34;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751131;STB=0.541818;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0217064;OID=.;OPOS=25260901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:34:25:35:35:34:25:35:35 chr12 25261735 . G T 84.57 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.777;QD=37.5853;RBI=0.0953574;REFB=0;REVB=-0.014678;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00588905;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:7:2:0:0 chr12 25343516 . C T 347.19 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.628;QD=53.4143;RBI=0.0577093;REFB=0;REVB=-0.0557501;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680531;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr12 25357574 . CAA C,CGA 789.22 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=54,2;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111544,-0.0341173;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=169.934,136.079;QD=56.3732;RBI=0.0413384,0.0344646;REFB=0,0;REVB=0.0398051,-0.00488041;RO=0;SAF=32,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.64875e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00161193,0.0511989;OID=.,.;OPOS=25357575,25357575;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964286,0.0357143:54,2:56:54,2:56:0:32,1:22,1:0:0:7:0:32,1:22,1:0:0 chr12 25357628 . TA T 422.08 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0008089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8154;QD=56.2768;RBI=0.0194087;REFB=0;REVB=0.0193919;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00020243;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:30:30:0:18:12:0:0:4:0:18:11:0:0 chr12 25361091 . T C 2357.27 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029939;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.289;QD=64.1434;RBI=0.0581863;REFB=0;REVB=0.0498929;RO=0;SAF=95;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103024;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:147:0:0:147:147:1:52:95:0:0:52:95:0:0 chr12 25362217 . A G 1729.49 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.201;QD=60.6839;RBI=0.0489345;REFB=0;REVB=0.0282563;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05108e-05;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:61:52:0:0:62:52:0:0 chr12 25362464 . AG A,AA,AC 302.81 PASS AF=0,0.956522,0.0434783;AO=6,14,3;DP=23;FAO=0,22,1;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0;FSAR=0,12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149722,0.021401,0.0128504;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=170.411,181.322,158.124;QD=52.6633;RBI=0.0476884,0.0507633,0.041975;REFB=0,0,0;REVB=0.0452771,0.0460316,0.0399596;RO=0;SAF=1,9,0;SAR=5,5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0671189,0.00876729,-0.0285559;OID=.,.,.;OPOS=25362465,25362465,25362465;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=A,AA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.956522,0.0434783:6,14,3:23:0,22,1:23:0:0,10,0:0,12,1:0:0:3:0:1,9,0:5,5,3:0:0 chr12 25362552 . A C 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7649;QD=55.6428;RBI=0.0258467;REFB=0;REVB=0.023757;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92793e-05;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr12 25368462 . C T 1433.26 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0270927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.073;QD=55.1254;RBI=0.0283949;REFB=0.0147202;REVB=0.00850021;RO=2;SAF=54;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017244;STB=0.501548;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.000399833;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:2:4:100:100:0.961538:46:54:2:0:46:54:2:2 chr12 25671759 . T A 2064.93 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869922;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5927;QD=63.0514;RBI=0.132334;REFB=0;REVB=0.0997224;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170574;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:129:131:1:63:66:0:0:64:67:0:0 chr12 26383994 . C A 453.53 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.000630585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.789;QD=19.7187;RBI=0.00194774;REFB=0.00308822;REVB=-0.00184283;RO=46;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858189;STB=0.50943;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00335467;OID=.;OPOS=26383994;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:19:26:27:19:19:26:28:19 chr12 26491838 . G A 736.08 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422164;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.82;QD=64.0072;RBI=0.0481002;REFB=0;REVB=0.0230521;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370597;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr12 26648092 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0652566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8156;QD=15.6248;RBI=0.0687313;REFB=0.0223058;REVB=0.0215769;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216105;STB=0.624864;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0288948;OID=.;OPOS=26648092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:14:13:13:6:14:13 chr12 26732987 . G A 402.31 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0477133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3833;QD=16.5899;RBI=0.0603768;REFB=0.000440959;REVB=-0.0369974;RO=54;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151577;STB=0.590218;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000577919;OID=.;OPOS=26732987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:25:17:30:24:25:17:31:24 chr12 26733062 . T C 348.61 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=82;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.000731999;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.198;QD=16.6004;RBI=0.0102038;REFB=0.000990944;REVB=-0.0101775;RO=45;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723342;STB=0.532146;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00062495;OID=.;OPOS=26733062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:45:47:36:37:0.440476:21:15:22:23:21:16:23:24 chr12 26749831 . G A 381.32 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=128;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0201448;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.039;QD=12.01;RBI=0.0261031;REFB=-0.0153759;REVB=-0.0166;RO=80;SAF=26;SAR=20;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451557;STB=0.522151;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0426977;OID=.;OPOS=26749831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:80:81:46:46:0.362205:20:26:42:38:20:26:43:38 chr12 26755546 . C T 6903.27 PASS AF=0.986726;AO=446;DP=453;FAO=446;FDP=452;FR=.;FRO=6;FSAF=215;FSAR=231;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0133871;FXX=0.00220746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.541;QD=61.0909;RBI=0.0133878;REFB=0.0175235;REVB=-0.000140754;RO=5;SAF=215;SAR=231;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173891;STB=0.501977;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-5.73534e-05;OID=.;OPOS=26755546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:453:452:5:6:446:446:0.986726:231:215:2:3:231:215:2:4 chr12 26784850 . G A 733.09 PASS AF=0.618182;AO=68;DP=110;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0227488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.007;QD=26.6577;RBI=0.0681417;REFB=-0.036008;REVB=0.0642323;RO=41;SAF=33;SAR=35;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861891;STB=0.550946;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0278912;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:41:42:68:68:0.618182:35:33:25:16:35:33:26:16 chr12 26806955 . G A 450.23 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0101344;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.92;QD=15.9374;RBI=0.0111515;REFB=-0.00521257;REVB=0.00465306;RO=62;SAF=31;SAR=19;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137549;STB=0.581706;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00770383;OID=.;OPOS=26806955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:63:50:50:0.442478:19:31:30:32:19:31:30:33 chr12 26834804 . T TACTC 647.92 PASS AF=0.496241;AO=63;DP=134;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0062587;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=4;MLLD=314.198;QD=19.4863;RBI=0.0071404;REFB=-0.0196617;REVB=0.00343715;RO=66;SAF=43;SAR=20;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151984;STB=0.586689;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.0187377;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496241:63:134:66:133:67:45:21:35:32:99:66:43:20:35:31 chr12 26868322 . T C 500.18 PASS AF=0.429688;AO=52;DP=126;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00178094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.939;QD=15.6307;RBI=0.00360405;REFB=-0.00365332;REVB=0.00313328;RO=72;SAF=25;SAR=27;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628526;STB=0.524693;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00558158;OID=.;OPOS=26868322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:72:73:52:55:0.429688:27:25:39:33:28:27:39:34 chr12 27064232 . C T 1478.53 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177801;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.815;QD=63.5929;RBI=0.0178088;REFB=0;REVB=0.00101195;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66553e-05;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:57:34:0:0:57:36:0:0 chr12 27175640 . A G 1421.67 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3941;QD=62.4909;RBI=0.064503;REFB=0;REVB=-0.0250824;RO=0;SAF=60;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015963;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:30:60:0:0:31:60:0:0 chr12 27470866 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00056324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.968;QD=63.5819;RBI=0.000586223;REFB=0;REVB=-0.000162538;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72015e-07;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr12 27627805 . G A 1308.51 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.118;QD=61.5771;RBI=0.0423726;REFB=0;REVB=0.0318717;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013368;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:44:41:0:0 chr12 27788021 . G A 296.99 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0535365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1182;QD=18.2765;RBI=0.0535446;REFB=-0.0104506;REVB=0.000930597;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152087;STB=0.508192;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00976767;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:33:32:32:0.492308:17:15:14:17:17:15:16:17 chr12 27800746 . G T 2224.98 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0163679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1727;QD=61.8049;RBI=0.041422;REFB=-0.108435;REVB=0.0380509;RO=2;SAF=77;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146248;STB=0.507575;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00652723;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:144:2:2:141:142:0.986111:64:77:0:2:65:77:0:2 chr12 27849795 . CA TG 661.61 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020505;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=2;MLLD=206.037;QD=61.5454;RBI=0.0258543;REFB=0;REVB=0.0157477;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.95607e-05;OID=.;OPOS=27849795;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr12 27867706 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.914;QD=63.285;RBI=0.0117124;REFB=0;REVB=0.00596111;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5094e-05;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr12 27915718 . A T 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.773;QD=62.1614;RBI=0.0432265;REFB=0;REVB=0.00717063;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77983e-05;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr12 28122893 . A G 489.72 PASS AF=0.48;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0280381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.099;QD=19.5887;RBI=0.0280382;REFB=-0.0143291;REVB=6.7377e-05;RO=49;SAF=33;SAR=15;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770384;STB=0.531237;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0136319;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:49:52:48:48:0.48:15:33:30:19:15:33:33:19 chr12 28457618 . A C 2794.63 PASS AF=1;AO=179;DP=183;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630697;FXX=0.0163925;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1245;QD=62.1029;RBI=0.0211565;REFB=-0.0347529;REVB=0.0201946;RO=2;SAF=101;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85032e-05;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:183:180:2:0:179:180:1:78:101:1:1:79:101:0:0 chr12 28658350 . C T 470.96 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00637743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.995;QD=20.7016;RBI=0.00658015;REFB=0.00734123;REVB=0.00162071;RO=44;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000874878;STB=0.505745;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00672142;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:45:46:46:0.505495:24:22:21:23:24:22:21:24 chr12 29423460 . G A 291.39 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0027208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2662;QD=14.3897;RBI=0.087522;REFB=0.0209317;REVB=0.0874797;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442974;STB=0.514664;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0259885;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:48:32:33:0.407407:14:18:25:23:15:18:25:23 chr12 29521193 . A G 608.77 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0498064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.987;QD=21.1745;RBI=0.0502364;REFB=-0.0018907;REVB=0.00655813;RO=53;SAF=31;SAR=30;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174689;STB=0.599173;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00233025;OID=.;OPOS=29521193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:54:61:61:0.530435:30:31:16:37:30:31:16:38 chr12 29630081 . G A 696.2 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0082825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7591;QD=60.5393;RBI=0.0210721;REFB=-0.125051;REVB=-0.0193761;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00150822;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:20:25:0:0:20:25:0:1 chr12 29639186 . T C 1048.01 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.48;QD=58.2225;RBI=0.0540267;REFB=-0.0375103;REVB=0.0345182;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129547;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000466799;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:36:35:0:1:36:35:0:1 chr12 29642568 . T TC 478.55 PASS AF=1;AO=7;DP=66;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060478;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.743;QD=30.8739;RBI=0.17665;REFB=0;REVB=-0.165975;RO=59;SAF=1;SAR=6;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00252298;OID=.;OPOS=29642569;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:66:62:62:0:34:28:0:0:9:59:1:6:36:23 chr12 29642573 . A C 892.51 PASS AF=0.984375;AO=57;DP=59;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3306;QD=55.7816;RBI=0.0467484;REFB=-0.0236802;REVB=-0.0114519;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00972416;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:64:0:1:57:63:0.984375:26:31:0:0:29:34:0:1 chr12 29648275 . G A 2067.9 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.029796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.796;QD=61.7282;RBI=0.0452224;REFB=-0.0955737;REVB=0.0340186;RO=1;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785622;STB=0.504132;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000269882;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:60:73:0:1:60:73:0:1 chr12 29653884 . T TAG 1163.11 PASS AF=0.361979;AO=133;DP=391;FAO=139;FDP=384;FR=.;FRO=245;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=92;FSRR=153;FWDB=0.0056777;FXX=0.010309;HRUN=3;LEN=2;MLLD=268.46;QD=12.1158;RBI=0.027146;REFB=-0.0132986;REVB=-0.0265456;RO=243;SAF=59;SAR=74;SRF=89;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905166;STB=0.545977;STBP=0.176;TYPE=ins;VARB=0.0227087;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361979:133:391:139:384:245:62:77:92:153:99:243:59:74:89:154 chr12 29670504 . G A 326.1 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0118532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.631;QD=20.0678;RBI=0.0256508;REFB=-0.0303493;REVB=0.0227478;RO=31;SAF=6;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281605;STB=0.65831;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0467699;OID=.;OPOS=29670504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:28:6:13:18:28:6:13:18 chr12 29736427 . A G 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00947428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.982;QD=6.57157;RBI=0.0484204;REFB=-0.00622135;REVB=0.0474844;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275677;STB=0.673767;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0241889;OID=.;OPOS=29736427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:7:4:22:15:7:4:22:15 chr12 31107131 . A G 335.44 PASS AF=0.6;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00676821;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.08;QD=24.3956;RBI=0.0168999;REFB=-0.0101476;REVB=0.0154854;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101214;STB=0.555523;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00341228;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:22:22:33:33:0.6:15:18:15:7:15:18:15:7 chr12 31107955 . G A 628.64 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.736;QD=61.3303;RBI=0.0120138;REFB=0;REVB=-0.0116001;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83416e-06;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:28:11:0:0:29:12:0:0 chr12 31135478 . T C 2735.57 PASS AF=1;AO=174;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115478;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7577;QD=61.13;RBI=0.0309026;REFB=-0.0178637;REVB=-0.0286639;RO=0;SAF=99;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859649;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:178:179:0:0:174:179:1:75:99:0:0:76:103:0:0 chr12 31135579 . T C 1774.17 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.955;QD=60.6555;RBI=0.0139745;REFB=0;REVB=0.0103272;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64603e-07;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr12 31237700 . G A 789.79 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411024;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.217;QD=64.4726;RBI=0.0437808;REFB=0;REVB=0.0150782;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140812;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr12 31240862 . A T 1030.73 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0469378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4738;QD=58.0696;RBI=0.0874991;REFB=-0.0729952;REVB=0.073844;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119697;STB=0.506327;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00228163;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:39:31:0:1:39:31:0:1 chr12 31240925 . A G 1658.73 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00715679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.407;QD=56.7087;RBI=0.0335177;REFB=-0.126482;REVB=0.0327448;RO=4;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287506;STB=0.515149;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00129669;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:4:4:113:113:0.965812:64:49:0:4:64:49:0:4 chr12 31242399 . T C 2809.19 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.096;QD=62.7753;RBI=0.0148585;REFB=0;REVB=-0.012782;RO=0;SAF=98;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6553e-05;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:81:98:0:0:81:98:0:0 chr12 31244748 . G A 680.18 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0243072;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9807;QD=46.9092;RBI=0.0478927;REFB=-0.0557129;REVB=0.0412659;RO=6;SAF=35;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376021;STB=0.520052;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00818067;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:59:58:6:6:52:52:0.896552:17:35:3:3:17:35:3:3 chr12 31249861 . C G 1175.33 PASS AF=0.893617;AO=81;DP=94;FAO=84;FDP=94;FR=.;FRO=10;FSAF=62;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.113946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.165;QD=50.0141;RBI=0.128834;REFB=-0.050097;REVB=0.0601217;RO=0;SAF=59;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522752;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0060225;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:94:94:0:10:81:84:0.893617:22:59:0:0:22:62:9:1 chr12 31253995 . C T 1030.03 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.907;QD=58.0299;RBI=0.0459657;REFB=-0.0414767;REVB=0.00750663;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209928;STB=0.510635;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=7.24817e-05;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:71:1:1:67:70:0.985915:45:22:1:0:47:23:1:0 chr12 31255262 . G GA 677.07 PASS AF=1;AO=8;DP=57;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165874;FXX=0.0185151;HRUN=0;LEN=1;MLLD=168.205;QD=51.0999;RBI=0.168188;REFB=0;REVB=-0.0278066;RO=49;SAF=0;SAR=8;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621142;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00997831;OID=.;OPOS=31255263;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:57:53:53:0:14:39:0:0:4:49:0:8:16:33 chr12 31255263 . G A 505.53 PASS AF=0.781818;AO=43;DP=55;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0720229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.784;QD=36.7658;RBI=0.0883002;REFB=-0.101038;REVB=0.0510845;RO=8;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104047;STB=0.501668;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00621805;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:55:55:8:12:43:43:0.781818:32:11:0:8:32:11:3:9 chr12 31256546 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.142;QD=39.2068;RBI=0.0195951;REFB=0;REVB=0.0186671;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132688;OID=.;OPOS=31256546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr12 31256905 . T C 953.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.337;QD=58.6551;RBI=0.0310827;REFB=0;REVB=0.0205427;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11912e-06;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr12 31267744 . A C 575.07 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.369;QD=60.5337;RBI=0.0161903;REFB=0;REVB=0.00472261;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50105e-05;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:27:9:0:0:27:11:0:0 chr12 31282765 . A T 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00572861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.031;QD=52.4084;RBI=0.0315652;REFB=0.0194628;REVB=-0.031041;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695581;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00224577;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:18:14:1:1:18:14:1:1 chr12 31282784 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.544;QD=59.8375;RBI=0.0459679;REFB=0;REVB=0.0303935;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220056;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 31285214 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5993;QD=60.3757;RBI=0.00939724;REFB=0;REVB=0.00200623;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60626e-05;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr12 31291163 . G A 1986.78 PASS AF=0.956835;AO=128;DP=136;FAO=133;FDP=139;FR=.;FRO=6;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00183241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.706;QD=57.1736;RBI=0.0138924;REFB=0.0150509;REVB=0.013771;RO=6;SAF=73;SAR=55;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836314;STB=0.504201;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=5.02191e-05;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:136:139:6:6:128:133:0.956835:55:73:4:2:57:76:4:2 chr12 31562249 . A C 398.94 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0157065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.318;QD=26.5957;RBI=0.0160922;REFB=-0.0221356;REVB=0.0035022;RO=22;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305033;STB=0.516658;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0115533;OID=.;OPOS=31562249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:19:19:12:10:19:19:12:10 chr12 31604928 . G C 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.715;QD=58.227;RBI=0.0231233;REFB=4.42039e-05;REVB=0.0191711;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=3.89039e-05;OID=.;OPOS=31604928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:35:36:0:0:35:36:1:0 chr12 31605044 . G T 755.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.232;QD=56.9844;RBI=0.00840261;REFB=0;REVB=-0.00527736;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20044e-06;OID=.;OPOS=31605044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:19:31:0:0:19:34:0:0 chr12 31659332 . A C,T 658.91 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,41;DP=43;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014494,-0.0383944;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.8521,56.0674;QD=59.9009;RBI=0.0146094,0.0676749;REFB=0,0;REVB=0.00183321,0.0557294;RO=0;SAF=1,27;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.159492,0.00279517;OID=.,.;OPOS=31659332,31659332;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:43:44:0:0:2,41:2,42:0.0454545,0.954545:1,14:1,27:0:0:1,15:1,27:0:0 chr12 31944332 . T C 427.12 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0244176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3372;QD=24.7605;RBI=0.0248496;REFB=0.0227722;REVB=-0.00461325;RO=28;SAF=17;SAR=24;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721641;STB=0.539464;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0167845;OID=.;OPOS=31944332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:24:17:9:19:24:17:9:19 chr12 31944691 . A C 320.63 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0148928;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.063;QD=20.6861;RBI=0.0320119;REFB=-0.0162088;REVB=-0.0283366;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106;STB=0.558846;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0160582;OID=.;OPOS=31944691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:13:20:14:15:13:20:14:15 chr12 32134240 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0328041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.169;QD=15.6456;RBI=0.0329441;REFB=0.012796;REVB=0.00303465;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090345;STB=0.50515;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0261891;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:20:9:7:15:20:9 chr12 32134638 . T C 92.23 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.03889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.286;QD=23.0576;RBI=0.0391819;REFB=-0.00110286;REVB=-0.00477404;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139199;STB=0.588052;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00240902;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:16:5:5:10:11:0.6875:9:1:1:4:10:1:1:4 chr12 32135441 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.117;QD=51.9167;RBI=0.0617807;REFB=0;REVB=0.0137592;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241159;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr12 32260876 . G C 349.18 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00586333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2824;QD=25.3946;RBI=0.00593881;REFB=0.023711;REVB=0.00094386;RO=21;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337382;STB=0.518508;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0148871;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:13:21:12:9:13:21:12:9 chr12 32261173 . TA T 46.9 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0224645;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.193;QD=23.4513;RBI=0.0230971;REFB=-0.018114;REVB=-0.00536864;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00715888;OID=.;OPOS=32261174;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:6:9:6:8:2:3:3:1:1:11:2:3:3:1:1 chr12 32261230 . T C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.015848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.11;QD=18.7669;RBI=0.112115;REFB=-0.0385246;REVB=0.110989;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00869432;OID=.;OPOS=32261230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:0:3:4:2:0:3 chr12 32261252 . A C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0172735;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.677;QD=12.0157;RBI=0.0178881;REFB=-0.0245657;REVB=-0.00464899;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0225991;OID=.;OPOS=32261252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr12 32261435 . A G 181.39 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00923192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.089;QD=24.1858;RBI=0.00935409;REFB=-0.0122482;REVB=0.0015069;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399999;STB=0.522363;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00779667;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:6:6:8:10:6:6 chr12 32481093 . G C 433.7 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0114187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.055;QD=23.4431;RBI=0.0238779;REFB=0.00338406;REVB=0.0209707;RO=32;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588838;STB=0.537831;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00247659;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:41:42:0.567568:17:24:21:11:18:24:21:11 chr12 32552769 . C G 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0109061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.035;QD=6.39529;RBI=0.0132893;REFB=-0.00730895;REVB=0.00759356;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290257;STB=0.681453;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0291604;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:5:4:20:9:5:4:20:9 chr12 32735031 . A G 31.03 PASS AF=0.1;AO=6;DP=69;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0375234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.147;QD=1.77296;RBI=0.0444422;REFB=-0.000295928;REVB=-0.023814;RO=63;SAF=6;SAR=0;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567645;STB=0.817192;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00936901;OID=.;OPOS=32735031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:70:63:63:6:7:0.1:0:6:34:29:1:6:34:29 chr12 32735236 . C T 88.81 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0014613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.602;QD=14.8008;RBI=0.031732;REFB=0.0122308;REVB=0.0316983;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328516;STB=0.692551;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0248329;OID=.;OPOS=32735236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:5:8:3:8:5:8 chr12 32858414 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0157109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.795;QD=12.7913;RBI=0.0367603;REFB=-0.000376055;REVB=0.0332338;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10623;STB=0.550946;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000933637;OID=.;OPOS=32858414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:9:5:10:12:9:5:10:13 chr12 32943927 . C T 677.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.879;QD=61.622;RBI=0.0177576;REFB=0;REVB=0.0133224;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20328e-05;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr12 33030995 . C T 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.000186578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.225;QD=26.6163;RBI=0.0152155;REFB=-0.0211523;REVB=-0.0152143;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893216;STB=0.549262;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0150228;OID=.;OPOS=33030995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:16:13:7:14:16:13:7:14 chr12 33560286 . C A 189.0 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0177071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.804;QD=21.0004;RBI=0.0502591;REFB=-0.0186577;REVB=0.0470366;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155199;STB=0.578864;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0231595;OID=.;OPOS=33560286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:17:17:17:19:0.527778:7:10:7:10:8:11:7:10 chr12 38710819 . C T 1145.04 PASS AF=0.540404;AO=107;DP=199;FAO=107;FDP=198;FR=.;FRO=91;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0531905;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0622;QD=23.1321;RBI=0.081521;REFB=0.00478085;REVB=0.0617774;RO=92;SAF=51;SAR=56;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748864;STB=0.543476;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00309499;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:92:91:107:107:0.540404:56:51:52:40:56:51:52:39 chr12 38712142 . C G 3973.61 PASS AF=1;AO=245;DP=247;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.563;QD=64.0905;RBI=0.00293402;REFB=0;REVB=0.00213248;RO=0;SAF=145;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70381e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:248:0:0:245:248:1:100:145:0:0:101:147:0:0 chr12 39087609 . G A 504.0 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0284158;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8558;QD=20.7836;RBI=0.0649927;REFB=-0.0272372;REVB=0.0584516;RO=47;SAF=33;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170303;STB=0.591359;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0265318;OID=.;OPOS=39087609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:48:48:49:0.505155:15:33:24:23:16:33:24:24 chr12 39096664 . T A 1822.6 PASS AF=0.495935;AO=178;DP=367;FAO=183;FDP=369;FR=.;FRO=186;FSAF=107;FSAR=76;FSRF=94;FSRR=92;FWDB=-0.000724828;FXX=0.00539069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.833;QD=19.7572;RBI=0.00827255;REFB=0.00211568;REVB=0.00824073;RO=186;SAF=103;SAR=75;SRF=94;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690864;STB=0.540595;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00189232;OID=.;OPOS=39096664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:369:186:186:178:183:0.495935:75:103:94:92:76:107:94:92 chr12 39233771 . A G 600.16 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0133328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.851;QD=26.094;RBI=0.0134122;REFB=-0.00745763;REVB=0.00145786;RO=37;SAF=23;SAR=31;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860452;STB=0.552655;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00759263;OID=.;OPOS=39233771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:37:38:54:54:0.586957:31:23:20:17:31:23:21:17 chr12 39695445 . G A 331.08 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0324526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6705;QD=21.3601;RBI=0.0764663;REFB=0.0281532;REVB=-0.0692381;RO=27;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152008;STB=0.519496;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0250898;OID=.;OPOS=39695445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:28:34:34:0.548387:22:12:10:17:22:12:11:17 chr12 39745622 . CTTTTTTTG CTTTTTTG,CTTTTTTGT 48.48 PASS AF=0.318182,0.0454545;AO=16,4;DP=45;FAO=14,2;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10,2;FSAR=4,0;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0345039,-0.0475066;FXX=0.0222173;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.96633,53.9418;QD=4.40755;RBI=0.0751959,0.0761144;REFB=-0.128593,-0.0515403;REVB=0.0668125,-0.0594687;RO=18;SAF=12,3;SAR=4,1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0334955,0.0404939;STB=0.529873,0.992424;STBP=0.837,0.339;TYPE=del,mnp;VARB=0.109429,-0.000845;OID=.,.;OPOS=39745623,39745629;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=CTTTTTTG,CTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.0454545:16,4:45:14,2:44:28:10,2:4,0:21:7:42:18:12,3:4,1:13:5 chr12 40012677 . T G 893.8 PASS AF=0.45283;AO=95;DP=210;FAO=96;FDP=212;FR=.;FRO=116;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.00787806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.288;QD=16.8641;RBI=0.0327582;REFB=-0.0143502;REVB=0.0317968;RO=114;SAF=50;SAR=45;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347049;STB=0.521692;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0171131;OID=.;OPOS=40012677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:114:116:95:96:0.45283:45:50:64:50:46:50:65:51 chr12 40152900 . G A 1692.84 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.377;QD=60.4585;RBI=0.0266939;REFB=0;REVB=0.0241279;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0939e-05;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:51:58:0:0:53:59:0:0 chr12 40619082 . G A 1660.02 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00457734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.221;QD=59.2864;RBI=0.0186904;REFB=-0.13515;REVB=-0.0181213;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000104945;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:62:49:0:0:62:49:0:1 chr12 40631791 . T C 576.63 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0131126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.031;QD=21.3567;RBI=0.0195312;REFB=-0.0128278;REVB=0.0144751;RO=50;SAF=33;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755263;STB=0.541491;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0106969;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:25:33:24:26:25:33:24:26 chr12 40645257 . C A 607.21 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0271562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.633;QD=15.2758;RBI=0.0276359;REFB=-0.00384144;REVB=-0.0051268;RO=90;SAF=25;SAR=43;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104965;STB=0.556053;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00491108;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:90:91:68:68:0.427673:43:25:42:48:43:25:42:49 chr12 40713834 . C A 58.94 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0108949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.591;QD=5.12559;RBI=0.017985;REFB=-0.00676815;REVB=-0.0143095;RO=37;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395151;STB=0.761781;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0263982;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:7:2:20:17:7:2:20:17 chr12 40713845 . G C 63.76 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0107057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.341;QD=4.72281;RBI=0.016899;REFB=0.00433436;REVB=0.0130753;RO=44;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251876;STB=0.667595;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00988539;OID=.;OPOS=40713845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:7:3:22:22:7:3:22:22 chr12 40713873 . A G 117.13 PASS AF=0.241935;AO=13;DP=61;FAO=15;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0536709;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=326.362;QD=7.5566;RBI=0.0546207;REFB=-0.00984031;REVB=-0.0101415;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611352;STB=0.585249;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0157943;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:23:43:13:15:0.241935:9:4:6:17:10:5:19:24 chr12 40713901 . T A 135.76 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0372423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.649;QD=6.87389;RBI=0.0374082;REFB=-0.00544797;REVB=-0.00351919;RO=59;SAF=9;SAR=11;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112778;STB=0.568658;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0193074;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:11:9:32:27:11:9:32:27 chr12 40716260 . T C 660.06 PASS AF=0.429412;AO=73;DP=170;FAO=73;FDP=170;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=0.0402308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0064;QD=15.5309;RBI=0.0563325;REFB=-0.0198552;REVB=0.0394313;RO=97;SAF=36;SAR=37;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125193;STB=0.569749;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.031649;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:97:97:73:73:0.429412:37:36:36:61:37:36:36:61 chr12 40742254 . G A 242.64 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00921243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.767;QD=11.2856;RBI=0.0112713;REFB=-0.0106955;REVB=-0.00649415;RO=55;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675978;STB=0.53206;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0217302;OID=.;OPOS=40742254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:56:29:30:0.348837:17:12:26:29:17:13:27:29 chr12 40758652 . T C 624.48 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00425039;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.823;QD=27.7547;RBI=0.0227228;REFB=-0.00165221;REVB=0.0223218;RO=35;SAF=32;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133762;STB=0.50728;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000914444;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:35:55:55:0.611111:23:32:21:14:23:32:21:14 chr12 40805462 . A G 344.78 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0237971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.247;QD=21.8908;RBI=0.0240776;REFB=-0.015201;REVB=-0.00366493;RO=28;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346179;STB=0.519115;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0108073;OID=.;OPOS=40805462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:19:16:14:14:19:16:14:14 chr12 40805948 . G C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0237935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.85;QD=18.2512;RBI=0.0274722;REFB=-0.0129021;REVB=-0.0137328;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112427;STB=0.571331;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0171753;OID=.;OPOS=40805948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:15:15:0.5:5:10:7:6:5:10:8:7 chr12 40820208 . G A 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0170587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.151;QD=23.8996;RBI=0.0198315;REFB=-0.00150825;REVB=-0.0101139;RO=23;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1286;STB=0.571851;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00196159;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:8:19:13:10:8:19:13:10 chr12 40821176 . G A 356.46 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=0.0257317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6384;QD=11.4067;RBI=0.0284571;REFB=0.00158524;REVB=0.0121525;RO=80;SAF=25;SAR=19;SRF=54;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125505;STB=0.566172;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00248112;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:80:81:44:44:0.352:19:25:54:26:19:25:54:27 chr12 40821867 . G A 783.66 PASS AF=0.509554;AO=77;DP=154;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=21;FSRR=56;FWDB=0.00685017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.915;QD=19.9659;RBI=0.024243;REFB=-0.0109443;REVB=0.0232551;RO=72;SAF=24;SAR=53;SRF=16;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957502;STB=0.523086;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0104749;OID=.;OPOS=40821867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:72:77:77:80:0.509554:53:24:16:56:55:25:21:56 chr12 40825463 . G A 520.41 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0113697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.546;QD=16.7873;RBI=0.01191;REFB=-0.0223924;REVB=0.00354667;RO=68;SAF=29;SAR=27;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113496;STB=0.56313;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0272253;OID=.;OPOS=40825463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:27:29:43:25:27:29:43:25 chr12 40832126 . C T 1160.63 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453423;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7035;QD=60.2923;RBI=0.0453637;REFB=0;REVB=0.00139383;RO=0;SAF=16;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177553;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:59:16:0:0:60:17:0:0 chr12 40832161 . T C 854.24 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.567;QD=56.016;RBI=0.047384;REFB=-0.134457;REVB=0.00702427;RO=1;SAF=9;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495731;STB=0.526307;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00047991;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:51:9:1:0:51:9:1:0 chr12 40834376 . C G 1116.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.353;QD=60.3462;RBI=0.0349496;REFB=0;REVB=0.0269413;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87772e-05;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:37:32:0:0:38:36:0:0 chr12 40834955 . C A 3703.62 PASS AF=1;AO=231;DP=236;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162049;FXX=0.0210075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.087;QD=63.5815;RBI=0.0260805;REFB=0;REVB=0.0204351;RO=0;SAF=104;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55433e-06;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:233:0:0:231:233:1:127:104:0:0:128:105:0:0 chr12 40835734 . C G 2318.96 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4326;QD=60.6263;RBI=0.0376571;REFB=0;REVB=0.0165866;RO=0;SAF=58;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239923;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:151:153:1:93:58:0:0:94:59:0:0 chr12 40838216 . T C 2942.21 PASS AF=0.994819;AO=188;DP=192;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0863539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1999;QD=60.9785;RBI=0.115252;REFB=-0.0745762;REVB=0.0763286;RO=4;SAF=69;SAR=119;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162646;STB=0.502092;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00325045;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:192:193:4:1:188:192:0.994819:119:69:3:1:119:73:0:1 chr12 40840325 . T C 2722.08 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2172;QD=62.2189;RBI=0.0336813;REFB=0;REVB=-0.0237446;RO=0;SAF=81;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236008;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:175:0:0:173:175:1:92:81:0:0:92:83:0:0 chr12 40841096 . TCTTTTTTTC CTTTTTTTTC,TCTTTTTTTT,TCTTTTTTTTC,TTTTTTTTTC 54.96 PASS AF=0.0136986,0,0.383562,0;AO=3,3,9,3;DP=73;FAO=1,0,28,0;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=1,0,14,0;FSAR=0,0,14,0;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0234391,-0.00684624,-0.0481861,-0.00952445;FXX=0;HRUN=3,1,7,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=19.5771,238.444,6.55482,226.897;QD=3.01166;RBI=0.0574715,0.0130837,0.155096,0.027525;REFB=-0.0477035,-0.00523113,-0.110188,-0.00461227;REVB=-0.0524745,-0.0111495,-0.14742,-0.0258246;RO=37;SAF=3,3,6,1;SAR=0,0,3,2;SRF=21;SRR=16;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.489357,0.489357,0.127231,-0.228766;STB=0.989116,0.5,0.527758,0.5;STBP=0.49,1,0.746,1;TYPE=mnp,snp,ins,snp;VARB=0.0984936,0,0.0871051,0;OID=.,.,.,.;OPOS=40841096,40841105,40841098,40841097;OREF=TC,C,-,C;OALT=CT,T,T,T;OMAPALT=CTTTTTTTTC,TCTTTTTTTT,TCTTTTTTTTC,TTTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:58:73:73:37:44:3,3,9,3:1,0,28,0:0.0136986,0,0.383562,0:0,0,3,2:3,3,6,1:21:16:0,0,14,0:1,0,14,0:24:20 chr12 40841938 . G T 1469.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.193;QD=62.5307;RBI=0.0281832;REFB=0;REVB=0.00912304;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170269;OID=.;OPOS=40841938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:48:44:0:0:50:44:0:0 chr12 40843503 . C T 388.45 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0174321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0621;QD=18.7206;RBI=0.0740795;REFB=-0.00618939;REVB=-0.0719992;RO=43;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177268;STB=0.598953;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0059867;OID=.;OPOS=40843503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:14:26:20:23:14:26:20:23 chr12 40857943 . A C 825.51 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0175629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.762;QD=54.1317;RBI=0.0358493;REFB=0.0307737;REVB=0.0312525;RO=2;SAF=20;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448642;STB=0.523801;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000186546;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:39:20:2:0:39:20:2:0 chr12 40930709 . G C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0706;QD=62.0171;RBI=0.0741167;REFB=0;REVB=-0.0734022;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000601705;OID=.;OPOS=40930709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr12 40931655 . G A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0231207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.707;QD=14.8329;RBI=0.0236841;REFB=-0.0219568;REVB=0.00513518;RO=44;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132383;STB=0.500784;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0285173;OID=.;OPOS=40931655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:48:34:34:0.414634:22:12:15:29:22:12:17:31 chr12 40932661 . G A 342.62 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0164579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.283;QD=15.0604;RBI=0.0190508;REFB=-0.00219152;REVB=-0.00959529;RO=53;SAF=21;SAR=16;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609767;STB=0.525292;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00345031;OID=.;OPOS=40932661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:37:38:0.417582:16:21:27:26:17:21:27:26 chr12 40933367 . G A 1164.94 PASS AF=0.412698;AO=127;DP=313;FAO=130;FDP=315;FR=.;FRO=185;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=81;FSRR=104;FWDB=0.0157952;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.856;QD=14.7929;RBI=0.0158339;REFB=-0.0106301;REVB=0.00110644;RO=178;SAF=61;SAR=66;SRF=80;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324097;STB=0.532024;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0131474;OID=.;OPOS=40933367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:315:178:185:127:130:0.412698:66:61:80:98:66:64:81:104 chr12 40943970 . G A 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0092895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.789;QD=20.0297;RBI=0.0352888;REFB=0.00752778;REVB=-0.0340441;RO=26;SAF=18;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239999;STB=0.513502;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00975005;OID=.;OPOS=40943970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:6:18:20:6:6:18:20:6 chr12 40951596 . A G 527.07 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.00180639;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.25;QD=17.569;RBI=0.0538588;REFB=-0.0165007;REVB=0.0538285;RO=64;SAF=32;SAR=24;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116157;STB=0.564334;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0216583;OID=.;OPOS=40951596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:64:64:56:56:0.466667:24:32:44:20:24:32:44:20 chr12 40951605 . G A 588.75 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.00572081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.959;QD=18.3985;RBI=0.0164747;REFB=-0.0040458;REVB=-0.0154495;RO=66;SAF=32;SAR=29;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120417;STB=0.569781;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00387953;OID=.;OPOS=40951605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:66:67:61:61:0.476562:29:32:43:23:29:32:44:23 chr12 40951950 . G A 262.82 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0212415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0373;QD=15.0181;RBI=0.0501861;REFB=-0.00913276;REVB=0.0454692;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857114;STB=0.504851;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00723401;OID=.;OPOS=40951950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:23:17:13:17:23:17 chr12 40957320 . T C 804.23 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0115641;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.356;QD=21.59;RBI=0.0121221;REFB=-0.0177876;REVB=-0.00363566;RO=70;SAF=44;SAR=35;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125861;STB=0.506895;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0175023;OID=.;OPOS=40957320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:70:70:79:79:0.530201:35:44:40:30:35:44:40:30 chr12 41587972 . T C 803.46 PASS AF=0.503067;AO=82;DP=163;FAO=82;FDP=163;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.0521582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9207;QD=19.7168;RBI=0.05226;REFB=-0.00350788;REVB=-0.00326071;RO=81;SAF=38;SAR=44;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160332;STB=0.58804;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00385295;OID=.;OPOS=41587972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:81:81:82:82:0.503067:44:38:52:29:44:38:52:29 chr12 42481545 . T C 518.72 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00116011;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.619;QD=24.7011;RBI=0.0175781;REFB=-0.00564207;REVB=0.0175398;RO=36;SAF=30;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122929;STB=0.567456;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00388956;OID=.;OPOS=42481545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:18:30:17:19:18:30:17:19 chr12 42481732 . G A 74.47 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0880734;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.169;QD=9.02656;RBI=0.0885555;REFB=-0.00704868;REVB=-0.00922791;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453476;STB=0.768666;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0272495;OID=.;OPOS=42481732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:33:22:23:10:10:0.30303:2:8:9:13:2:8:10:13 chr12 42503467 . T C 482.06 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0434391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.253;QD=16.0686;RBI=0.0436952;REFB=0.00427068;REVB=-0.00472402;RO=67;SAF=10;SAR=43;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322317;STB=0.682462;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00357855;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:43:10:30:37:43:10:30:37 chr12 42554505 . A G 200.93 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.033021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8567;QD=15.1642;RBI=0.0517283;REFB=-0.00400865;REVB=-0.0398175;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33585;STB=0.700849;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00281589;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:17:6:17:12:17:6:18:12 chr12 42599696 . T A 126.52 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0103853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.948;QD=11.502;RBI=0.0120519;REFB=-0.0149403;REVB=-0.00611487;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170345;STB=0.60047;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.02641;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:18:11:8:7:18:11 chr12 42629550 . T C 1377.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.834;QD=62.6133;RBI=0.0464936;REFB=0;REVB=0.0220662;RO=0;SAF=61;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07965e-05;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:27:61:0:0:27:61:0:0 chr12 42636124 . A G 689.29 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.962;QD=62.6624;RBI=0.0496112;REFB=0;REVB=0.0488819;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107011;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr12 42737665 . G A 347.62 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0221749;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.36;QD=16.9569;RBI=0.0296888;REFB=0.00901076;REVB=-0.0197408;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104335;STB=0.572147;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.015396;OID=.;OPOS=42737665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:45:37:37:0.45122:18:19:25:15:18:19:29:16 chr12 42839836 . A C 1704.05 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0541332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9843;QD=59.2712;RBI=0.0577646;REFB=-0.0946238;REVB=-0.0201582;RO=2;SAF=67;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201933;STB=0.505262;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00107206;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:2:1:113:114:0.991304:46:67:0:2:47:67:0:1 chr12 42853084 . C A 444.38 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000242838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.799;QD=23.0845;RBI=0.0125543;REFB=-0.014234;REVB=-0.012552;RO=33;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290079;STB=0.523388;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0118652;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:34:43:43:0.558442:25:18:15:18:25:18:16:18 chr12 42853520 . A G 641.26 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00373671;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.244;QD=59.652;RBI=0.00873975;REFB=-0.105109;REVB=0.00790065;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000235476;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:42:42:0.976744:16:26:0:0:16:26:1:0 chr12 43860526 . A G 473.71 PASS AF=0.439024;AO=42;DP=110;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.0114739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.627;QD=15.4053;RBI=0.0119976;REFB=-0.0101252;REVB=0.00350604;RO=62;SAF=25;SAR=17;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193998;STB=0.504853;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00998324;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:123:62:69:42:54:0.439024:17:25:38:24:20:34:44:25 chr12 44148259 . T C 700.65 PASS AF=0.388626;AO=82;DP=212;FAO=82;FDP=211;FR=.;FRO=129;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=0.00891883;FXX=0.00471676;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.6149;QD=13.2825;RBI=0.0136873;REFB=-0.00115894;REVB=-0.0103825;RO=127;SAF=45;SAR=37;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230645;STB=0.513325;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00142231;OID=.;OPOS=44148259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:127:129:82:82:0.388626:37:45:67:60:37:45:68:61 chr12 44148801 . C A 366.18 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0202385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.658;QD=16.2749;RBI=0.0224182;REFB=-0.00873628;REVB=-0.00964248;RO=49;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430382;STB=0.512814;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0122242;OID=.;OPOS=44148801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:49:51:39:39:0.433333:19:20:23:26:19:20:25:26 chr12 44180295 . G A 1058.76 PASS AF=0.502347;AO=106;DP=212;FAO=107;FDP=213;FR=.;FRO=106;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0362267;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.722;QD=19.8828;RBI=0.0364557;REFB=0.000255829;REVB=-0.00408009;RO=105;SAF=59;SAR=47;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988166;STB=0.558423;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000267539;OID=.;OPOS=44180295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:105:106:106:107:0.502347:47:59:47:58:47:60:47:59 chr12 44196125 . T C 255.72 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00772967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.652;QD=22.2366;RBI=0.0398337;REFB=-0.055993;REVB=0.0390766;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743672;STB=0.539739;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0312667;OID=.;OPOS=44196125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:22:23:24:0.521739:9:14:11:10:9:15:12:10 chr12 44404074 . A G 382.71 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0624183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.08;QD=17.8005;RBI=0.0780816;REFB=-0.0178258;REVB=0.0469115;RO=46;SAF=16;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030569;STB=0.517065;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.023176;OID=.;OPOS=44404074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:24:16:17:29:24:16:17:29 chr12 45269284 . C T 1377.4 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6116;QD=62.6089;RBI=0.0387387;REFB=0;REVB=-0.0114196;RO=0;SAF=58;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112416;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:30:58:0:0:30:58:0:0 chr12 45410075 . A G 2268.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153141;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.431;QD=59.7073;RBI=0.0319232;REFB=0;REVB=0.0280102;RO=0;SAF=97;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43438e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101955;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:152:0:0:146:152:1:49:97:0:0:49:103:0:0 chr12 45417666 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.487;QD=56.7064;RBI=0.0559677;REFB=0;REVB=0.0551451;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304651;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr12 45610426 . C T 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.000719491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.86;QD=13.7745;RBI=0.0165404;REFB=-0.00412124;REVB=0.0165248;RO=41;SAF=24;SAR=4;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278941;STB=0.662203;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00563807;OID=.;OPOS=45610426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:4:24:28:13:4:24:28:13 chr12 45610529 . C A 756.21 PASS AF=0.418719;AO=85;DP=203;FAO=85;FDP=203;FR=.;FRO=118;FSAF=64;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0237818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1623;QD=14.9007;RBI=0.0825787;REFB=-0.0220024;REVB=0.0790801;RO=116;SAF=64;SAR=21;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299192;STB=0.664635;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0242082;OID=.;OPOS=45610529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:116:118:85:85:0.418719:21:64:57:59:21:64:59:59 chr12 45824840 . A T 578.31 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00247637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4546;QD=18.655;RBI=0.0171024;REFB=-0.0175985;REVB=0.0169221;RO=64;SAF=28;SAR=32;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601948;STB=0.533322;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0205671;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:64:60:60:0.483871:32:28:34:30:32:28:34:30 chr12 45825730 . C G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0218403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.152;QD=17.753;RBI=0.0415974;REFB=-0.0081341;REVB=-0.0354026;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311104;STB=0.674563;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0111039;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:8:19:9:16:8:19 chr12 46300128 . C T 656.77 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0404126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.1;QD=19.7524;RBI=0.0408231;REFB=-0.00171549;REVB=0.00577462;RO=67;SAF=29;SAR=37;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215082;STB=0.511871;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00173972;OID=.;OPOS=46300128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:67:66:66:0.496241:37:29:31:36:37:29:31:36 chr12 46321514 . A T 150.45 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00368709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.215;QD=9.86531;RBI=0.0466118;REFB=-0.0162553;REVB=-0.0464658;RO=40;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280528;STB=0.660379;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0255092;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:5:15:21:19:5:15:22:19 chr12 46367939 . G T 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00433961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.544;QD=12.7897;RBI=0.00547936;REFB=-0.00685376;REVB=0.00334533;RO=45;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105203;STB=0.560396;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00329816;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:11:17:23:22:11:17:23:22 chr12 46367944 . A G 453.72 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00806612;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.307;QD=24.8615;RBI=0.0171222;REFB=0.00152543;REVB=0.0151032;RO=30;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413551;STB=0.522644;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00138239;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:30:43:43:0.589041:21:22:17:13:21:22:17:13 chr12 46385815 . C T 652.24 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.0295665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8477;QD=17.8695;RBI=0.0566664;REFB=-0.0174988;REVB=0.0483416;RO=77;SAF=19;SAR=48;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303392;STB=0.669619;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0233318;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:79:67:67:0.458904:48:19:45:32:48:19:46:33 chr12 46758494 . A G 268.32 PASS AF=0.439024;AO=15;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0121617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.519;QD=26.1773;RBI=0.0188976;REFB=-0.0163606;REVB=0.0144641;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212664;STB=0.612117;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0177138;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:15:18:0.439024:10:5:9:7:12:6:9:7 chr12 46759017 . T A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00101533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.038;QD=15.6511;RBI=0.0265739;REFB=-0.0126902;REVB=-0.0265545;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234155;STB=0.513497;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0117627;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:10:11:8:8:10:11 chr12 46761127 . G A 268.62 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00600274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.725;QD=22.3851;RBI=0.0222191;REFB=-0.0119552;REVB=-0.0213929;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678905;STB=0.538022;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0244062;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:16:9:10:13:16:9:10:13 chr12 47168898 . G A 1684.72 PASS AF=0.958333;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0256748;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.314;QD=56.1573;RBI=0.0293483;REFB=0.0384249;REVB=0.0142172;RO=4;SAF=64;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287538;STB=0.518794;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000860054;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:120:120:4:5:115:115:0.958333:51:64:4:0:51:64:5:0 chr12 47186770 . C T 475.58 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0402787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.498;QD=19.2152;RBI=0.0431869;REFB=-0.00660468;REVB=-0.0155801;RO=48;SAF=19;SAR=28;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126378;STB=0.590831;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00528044;OID=.;OPOS=47186770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:52:47:47:0.474747:28:19:26:22:28:19:30:22 chr12 47470223 . T TTACTA 251.21 PASS AF=0.39726;AO=27;DP=85;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0083072;FXX=0.0519413;HRUN=3;LEN=5;MLLD=287.838;QD=13.7651;RBI=0.00871522;REFB=-0.00564204;REVB=0.00263541;RO=55;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108371;STB=0.517034;STBP=0.822;TYPE=ins;VARB=0.00894958;OID=.;OPOS=47470224;OREF=-;OALT=TACTA;OMAPALT=TTACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39726:27:85:29:73:44:15:14:24:20:99:55:14:13:28:27 chr12 47581629 . T C 2404.83 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.429;QD=60.1207;RBI=0.0784423;REFB=-0.0587516;REVB=0.0643431;RO=0;SAF=89;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281201;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:160:0:0:147:160:1:58:89:0:0:66:94:0:0 chr12 47629368 . G T 851.64 PASS AF=0.389764;AO=99;DP=254;FAO=99;FDP=254;FR=.;FRO=155;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=82;FSRR=73;FWDB=0.00605955;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.776;QD=13.4116;RBI=0.01077;REFB=-0.00415041;REVB=0.00890366;RO=154;SAF=58;SAR=41;SRF=81;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659;STB=0.535291;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00623568;OID=.;OPOS=47629368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:154:155:99:99:0.389764:41:58:81:73:41:58:82:73 chr12 47629864 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0122635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.908;QD=24.1878;RBI=0.0138499;REFB=-0.0481226;REVB=0.00643636;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.599822;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0244279;OID=.;OPOS=47629864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:3:3:9:3:3:3 chr12 47740069 . C A 2077.22 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029497;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.097;QD=62.0064;RBI=0.0746457;REFB=0;REVB=0.0745873;RO=0;SAF=74;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131821;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:134:0:0:130:134:1:56:74:0:0:59:75:0:0 chr12 48144925 . T C 1451.01 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.182;QD=63.0873;RBI=0.0570407;REFB=0;REVB=0.0487611;RO=0;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41383e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:92:0:0:84:92:1:26:58:0:0:29:63:0:0 chr12 48176792 . C T 990.67 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3972;QD=59.1445;RBI=0.0883166;REFB=0;REVB=0.0861864;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694252;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr12 48176900 . T G 266.54 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0288963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9184;QD=42.6467;RBI=0.0670745;REFB=-0.0752147;REVB=-0.0605309;RO=3;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173683;STB=0.509425;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0180301;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:13:9:1:2:13:9:1:2 chr12 48177170 . C G 682.4 PASS AF=0.830769;AO=55;DP=66;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0150011;FXX=0.0151492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.379;QD=41.9935;RBI=0.0170541;REFB=-0.150643;REVB=-0.00811229;RO=6;SAF=37;SAR=18;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705545;STB=0.545376;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00176465;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:66:65:6:11:55:54:0.830769:18:37:6:0:17:37:10:1 chr12 48177238 . A G 1790.96 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.028;QD=60.7107;RBI=0.0375073;REFB=0;REVB=0.0373355;RO=0;SAF=71;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71435e-05;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:118:0:0:111:118:1:40:71:0:0:42:76:0:0 chr12 48185115 . G A 46.77 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00931437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.18;QD=10.3933;RBI=0.0134764;REFB=-8.234e-05;REVB=0.00973935;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267754;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=8.12274e-05;OID=.;OPOS=48185115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:9:11:7:7:0.388889:6:1:3:6:6:1:4:7 chr12 48189044 . T TG 35.66 PASS AF=0.357143;AO=7;DP=39;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.144432;FXX=0.151469;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.1457;QD=5.09383;RBI=0.195797;REFB=-0.0515451;REVB=0.132196;RO=26;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464916;STB=0.689235;STBP=0.181;TYPE=ins;VARB=0.0153971;OID=.;OPOS=48189045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:7:39:10:28:18:8:2:10:8:35:26:6:1:13:13 chr12 48189155 . GCCC GCC,GCCG 166.09 PASS AF=0.695652,0.173913;AO=9,4;DP=23;FAO=16,4;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=6,4;FSAR=10,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0181072,0.0577306;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.5929,14.146;QD=28.885;RBI=0.323113,0.250601;REFB=-0.161832,-0.109348;REVB=0.322605,0.243861;RO=6;SAF=4,4;SAR=5,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0.336364,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152681,0.684163;STB=0.599873,0.5;STBP=0.069,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0887234,0.0763342;OID=.,.;OPOS=48189156,48189158;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.695652,0.173913:9,4:23:16,4:23:3:6,4:10,0:3:0:14:6:4,4:5,0:4:2 chr12 48191198 . GTC GTCG,TCG 59.08 PASS AF=0.166667,0.0757576;AO=12,6;DP=66;FAO=11,5;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=9,4;FSAR=2,1;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0144619,0.0231962;FXX=0;HRUN=0,6;LEN=1,3;MLLD=13.6748,24.4585;QD=3.58052;RBI=0.0225288,0.102569;REFB=-0.0729677,-0.0334599;REVB=0.0172743,0.0999118;RO=47;SAF=10,5;SAR=2,1;SRF=23;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.453993,0.408002;STB=0.780806,0.780796;STBP=0.055,0.241;TYPE=ins,mnp;VARB=0.15862,0.171119;OID=.,.;OPOS=48191201,48191198;OREF=-,GTC;OALT=G,TCG;OMAPALT=GTCG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:66:66:47:50:12,6:11,5:0.166667,0.0757576:2,1:10,5:23:24:2,1:9,4:25:25 chr12 48272895 . A G 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.212;QD=59.9368;RBI=0.0161246;REFB=0;REVB=0.00950838;RO=0;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40281e-05;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:61:40:0:0:61:40:0:0 chr12 48359984 . C T 474.83 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00739127;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.929;QD=14.9552;RBI=0.0221621;REFB=-0.0255035;REVB=0.0208933;RO=74;SAF=23;SAR=30;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082854;STB=0.546577;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0355889;OID=.;OPOS=48359984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:30:23:38:36:30:23:38:36 chr12 48367976 . C T 393.45 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00409904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.218;QD=15.4296;RBI=0.0045542;REFB=-0.00971777;REVB=0.00198459;RO=58;SAF=17;SAR=26;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734887;STB=0.532772;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0123124;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:58:43:44:0.431373:26:17:27:31:26:18:27:31 chr12 48375568 . A G 113.96 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0152638;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.701;QD=7.99696;RBI=0.0262311;REFB=-0.004055;REVB=-0.0213327;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107314;STB=0.552983;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0114155;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:41:16:16:0.280702:7:9:26:14:7:9:26:15 chr12 48375965 . C T 101.5 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00975868;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9961;QD=14.4997;RBI=0.0288931;REFB=-0.0295624;REVB=0.0271952;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211339;STB=0.624777;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0472489;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:7:9:9:3:7:9 chr12 48376291 . G A 136.62 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0108857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2658;QD=14.0125;RBI=0.131642;REFB=-0.0288837;REVB=0.131191;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274841;STB=0.531205;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.030736;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:14:14:0.358974:8:6:10:12:8:6:11:12 chr12 48380682 . G A 556.84 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0120427;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.843;QD=22.728;RBI=0.0125615;REFB=-0.0221416;REVB=0.00357304;RO=47;SAF=22;SAR=29;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196528;STB=0.606491;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0154841;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:46:51:52:0.530612:29:22:31:16:30:22:30:16 chr12 48389643 . A C 804.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9136;QD=64.3217;RBI=0.0526138;REFB=0;REVB=0.0193949;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209271;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr12 48391416 . G T 609.13 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0119763;FXX=0.0404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=137.257;QD=25.6478;RBI=0.0125914;REFB=-0.0120632;REVB=0.00388755;RO=34;SAF=32;SAR=23;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475038;STB=0.507884;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0117656;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:34:40:55:55:0.578947:23:32:22:12:23:32:24:16 chr12 48398080 . T A,G 1049.01 PASS AF=0.907895,0.0657895;AO=68,5;DP=74;FAO=69,5;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=38,0;FSAR=31,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00193945,-0.0146891;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.588,59.6496;QD=55.2113;RBI=0.0262192,0.0554677;REFB=-0.0195127,-0.0122617;REVB=0.0261473,-0.0534874;RO=0;SAF=37,0;SAR=31,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.51562,0.5;STBP=0.155,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00127529,0.194948;OID=.,.;OPOS=48398080,48398080;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:74:76:0:2:68,5:69,5:0.907895,0.0657895:31,5:37,0:0:0:31,5:38,0:0:2 chr12 48413875 . G A 465.61 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00568812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.669;QD=17.7374;RBI=0.0235911;REFB=-0.0138611;REVB=-0.0228951;RO=51;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659747;STB=0.558116;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0164172;OID=.;OPOS=48413875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:51:55:50:50:0.47619:30:20:24:27:30:20:28:27 chr12 48413944 . C T 885.82 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0892596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3056;QD=56.2428;RBI=0.0909657;REFB=-0.146845;REVB=-0.0175351;RO=1;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994154;STB=0.505261;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00394171;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:47:15:0:1:47:15:0:1 chr12 48413950 . A C 741.65 PASS AF=0.933333;AO=53;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.057175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0321;QD=49.4435;RBI=0.116418;REFB=-0.131478;REVB=0.101411;RO=6;SAF=11;SAR=42;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12249;STB=0.549981;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.018197;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:60:60:6:4:53:56:0.933333:42:11:4:2:44:12:3:1 chr12 48418710 . T C 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=0.0235987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6296;QD=19.9753;RBI=0.0353892;REFB=0.00512356;REVB=-0.0263723;RO=39;SAF=36;SAR=4;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207717;STB=0.617075;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00425377;OID=.;OPOS=48418710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:4:36:31:8:4:36:31:8 chr12 48438140 . CAT CATAC,C,TAC 358.28 PASS AF=0.448276,0.517241,0;AO=13,9,5;DP=37;FAO=13,15,0;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7,10,0;FSAR=6,5,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0046972,0.0709767,-0.0123074;FXX=0.147016;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,3;MLLD=74.4167,74.1579,72.297;QD=49.4185;RBI=0.122858,0.0835297,0.103007;REFB=-0.0368566,-0.151803,-0.0561977;REVB=0.122769,0.04404,0.10227;RO=1;SAF=7,5,5;SAR=6,4,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0603742,-0.080744,0;STB=0.533282,0.523778,0.5;STBP=0.519,0.623,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0400127,0.0516931,0;OID=.,.,.;OPOS=48438143,48438141,48438140;OREF=-,AT,CAT;OALT=AC,-,TAC;OMAPALT=CATAC,C,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:37:29:1:1:13,9,5:13,15,0:0.448276,0.517241,0:6,4,0:7,5,5:1:0:6,5,0:7,10,0:1:0 chr12 48458912 . T C 330.31 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.016367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.145;QD=13.4821;RBI=0.023685;REFB=-0.00052024;REVB=0.0171202;RO=58;SAF=21;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015274;STB=0.514375;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.000634468;OID=.;OPOS=48458912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:61:37:37:0.377551:16:21:33:25:16:21:36:25 chr12 48501161 . A T 449.01 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00513797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.374;QD=16.9439;RBI=0.00780148;REFB=0.00872382;REVB=0.00587063;RO=56;SAF=33;SAR=16;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516172;STB=0.525151;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0135721;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:49:49:0.462264:16:33:35:21:16:33:36:21 chr12 48512285 . C A 1127.87 PASS AF=1;AO=66;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000847629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.455;QD=60.1529;RBI=0.0335297;REFB=0;REVB=0.033519;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133225;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:66:75:1:30:36:0:0:38:37:0:0 chr12 48527186 . C T 546.92 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0323397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.311;QD=17.3627;RBI=0.035694;REFB=-0.0154615;REVB=-0.0151066;RO=68;SAF=29;SAR=29;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128643;STB=0.571404;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0186161;OID=.;OPOS=48527186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:29:29:43:25:29:29:43:25 chr12 48578325 . A C 196.75 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00514519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.804;QD=18.3025;RBI=0.0264122;REFB=-0.032257;REVB=0.0259062;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752709;STB=0.542814;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0265635;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:12:11:8:12:12:11 chr12 48578442 . C T 254.63 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0446972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4208;QD=17.5604;RBI=0.0688701;REFB=0.00810701;REVB=0.0523952;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220455;STB=0.501237;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00507988;OID=.;OPOS=48578442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:14:16:15:13:14:16 chr12 48578809 . T C 397.73 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0177315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.917;QD=18.2862;RBI=0.0201939;REFB=-0.00736317;REVB=0.00966362;RO=46;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177651;STB=0.598842;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0168481;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:19:22:16:30:19:22:16:30 chr12 48579226 . C G 359.22 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0389677;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0911;QD=19.1585;RBI=0.0419367;REFB=-0.0650599;REVB=-0.0154986;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444088;STB=0.521728;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0430053;OID=.;OPOS=48579226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:37:38:38:0.506667:16:22:22:13:16:22:23:14 chr12 48596875 . C CA 543.3 PASS AF=0.505747;AO=86;DP=177;FAO=88;FDP=174;FR=.;FRO=86;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=25;FWDB=0.0154701;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3532;QD=12.4895;RBI=0.0212604;REFB=-0.0442271;REVB=0.0145835;RO=87;SAF=55;SAR=31;SRF=63;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863061;STB=0.539784;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=0.0406585;OID=.;OPOS=48596876;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505747:86:177:88:174:86:56:32:61:25:99:87:55:31:63:24 chr12 48723595 . G A 338.55 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00448768;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.564;QD=17.142;RBI=0.0567626;REFB=-0.0394282;REVB=0.056585;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108415;STB=0.551848;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0402087;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:43:36:36:0.455696:15:21:29:13:15:21:29:14 chr12 48723784 . C T 1090.58 PASS AF=0.484581;AO=64;DP=227;FAO=110;FDP=227;FR=.,HEALED;FRO=117;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.081981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3714;QD=19.2173;RBI=0.149318;REFB=-0.0412617;REVB=0.1248;RO=113;SAF=42;SAR=22;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156888;STB=0.538886;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0443343;OID=.;OPOS=48723784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:113:117:64:110:0.484581:22:42:59:54:60:50:62:55 chr12 48866585 . A C 543.18 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00231086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.049;QD=19.9332;RBI=0.0275904;REFB=0.00416313;REVB=0.0274934;RO=53;SAF=22;SAR=34;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121443;STB=0.567021;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00401772;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:34:22:28:25:34:22:28:25 chr12 48866792 . C T 193.87 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.047882;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.952;QD=16.1557;RBI=0.0478853;REFB=0.000598787;REVB=0.000560092;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156566;STB=0.5999;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00106868;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:28:20:20:0.416667:8:12:13:16:8:12:12:16 chr12 48879951 . T G 579.94 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00423638;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.99;QD=24.4186;RBI=0.0059884;REFB=-0.00888348;REVB=0.0042325;RO=42;SAF=31;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111626;STB=0.50612;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00731241;OID=.;OPOS=48879951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:42:42:53:53:0.557895:22:31:24:18:22:31:24:18 chr12 48888689 . C G 187.92 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0299689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.649;QD=19.7805;RBI=0.031141;REFB=-0.0042067;REVB=0.00846329;RO=17;SAF=15;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979281;STB=0.537807;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00816278;OID=.;OPOS=48888689;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:19:19:19:0.5:4:15:12:5:4:15:14:5 chr12 48919556 . A G 1289.16 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515277;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.758;QD=62.128;RBI=0.0519231;REFB=0;REVB=0.00639561;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190589;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:38:43:0:0:38:45:0:0 chr12 48919659 . TG CA 116.93 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00226449;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.469;QD=17.9897;RBI=0.00414811;REFB=0.000932702;REVB=-0.00347547;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=mnp;VARB=-0.000554468;OID=.;OPOS=48919659;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr12 48919793 . T C 281.58 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=36;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00522835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.273;QD=29.64;RBI=0.0228359;REFB=-0.0141384;REVB=-0.0222294;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177353;STB=0.521722;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00457216;OID=.;OPOS=48919793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:13:13:23:25:0.657895:10:13:7:6:10:15:7:6 chr12 48919796 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0238777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.16;QD=9.83033;RBI=0.0247725;REFB=-0.00600008;REVB=-0.00659798;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871856;STB=0.552545;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00831084;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:15:11:6:6:15:11 chr12 48954040 . A G 528.29 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0198554;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.907;QD=33.0183;RBI=0.0313072;REFB=-0.0137312;REVB=-0.0242054;RO=17;SAF=30;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966913;STB=0.545831;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00546071;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:17:18:46:46:0.71875:16:30:8:9:16:30:9:9 chr12 48954225 . G C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0110831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0741;QD=15.1601;RBI=0.0117242;REFB=-0.022165;REVB=0.00382393;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138257;STB=0.580538;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.022188;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:14:8:4:12:14:8 chr12 48962869 . A G 195.32 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00270575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2154;QD=12.601;RBI=0.0612546;REFB=-0.00791036;REVB=0.0611948;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560887;STB=0.532231;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0142937;OID=.;OPOS=48962869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:17:21:12:12:17:21 chr12 48963021 . T C 332.17 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0546055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.612;QD=18.981;RBI=0.0593459;REFB=-0.0152489;REVB=0.0232419;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796178;STB=0.528625;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0165902;OID=.;OPOS=48963021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:35:35:33:35:0.5:16:17:15:20:18:17:15:20 chr12 49048738 . G T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.15802e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.984;QD=58.6006;RBI=0.0211585;REFB=0;REVB=0.0211583;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42867e-05;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr12 49075811 . T G 784.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.831;QD=57.028;RBI=0.0331949;REFB=0;REVB=0.0262531;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34413e-05;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:19:35:0:0:20:35:0:0 chr12 49086963 . G A 1525.15 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0224759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.165;QD=57.5529;RBI=0.0242625;REFB=0.00253078;REVB=-0.00913784;RO=2;SAF=68;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256288;STB=0.513511;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-5.33152e-05;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:36:68:0:2:36:68:0:2 chr12 49222217 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.351;QD=33.4285;RBI=0.0733547;REFB=0;REVB=-0.0356323;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768525;OID=.;OPOS=49222217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 49255798 . G C 480.93 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0145577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1578;QD=22.9016;RBI=0.024978;REFB=-0.0270048;REVB=0.0202971;RO=38;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540964;STB=0.529768;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0205546;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:20:26:19:19:20:26:19:19 chr12 49332451 . T A,TGA 70.21 PASS AF=0.133333,0.466667;AO=6,3;DP=16;FAO=2,7;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2,3;FSAR=0,4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.092677,0.0221004;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=40.8408,165.426;QD=18.7227;RBI=0.125052,0.164412;REFB=-0.0803925,-0.0177207;REVB=0.083958,0.162919;RO=7;SAF=2,3;SAR=4,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.545924,0;STB=0.5,0.749421;STBP=1,0.128;TYPE=snp,ins;VARB=0.137325,0.0119234;OID=.,.;OPOS=49332451,49332452;OREF=T,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:16:15:7:6:6,3:2,7:0.133333,0.466667:4,0:2,3:7:0:0,4:2,3:6:0 chr12 49334757 . T TC 294.35 PASS AF=1;AO=14;DP=81;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317763;FXX=0.44439;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8502;QD=26.1643;RBI=0.0517588;REFB=-0.0718751;REVB=-0.0516612;RO=67;SAF=11;SAR=3;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453589;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0224428;OID=.;OPOS=49334758;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:81:45:45:0:6:39:0:0:4:67:11:3:28:39 chr12 49334762 . G C 1327.34 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.254;QD=61.7365;RBI=0.00845146;REFB=0;REVB=-0.00720896;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8833e-06;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:39:41:0:0:44:42:0:0 chr12 49390677 . T C 447.21 PASS AF=0.38806;AO=50;DP=133;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0157918;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.274;QD=13.3497;RBI=0.0160339;REFB=-0.0110645;REVB=-0.00277598;RO=79;SAF=27;SAR=23;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118032;STB=0.579638;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0199221;OID=.;OPOS=49390677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:79:82:50:52:0.38806:23:27:34:45:23:29:35:47 chr12 49391196 . TC CT,T 67.18 PASS AF=0.0740741,0.135802;AO=13,39;DP=154;FAO=12,22;FDP=162;FR=.;FRO=128;FSAF=0,7;FSAR=12,15;FSRF=94;FSRR=34;FWDB=-0.0149695,-0.102376;FXX=0.0181807;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=128.912,11.6656;QD=1.6587;RBI=0.0401274,0.121788;REFB=-0.0101867,-0.116691;REVB=-0.0372306,-0.0659659;RO=92;SAF=0,15;SAR=13,24;SRF=77;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.813581,-0.512985;STB=0.999453,0.815169;STBP=0,0.006;TYPE=mnp,del;VARB=0.151607,0.103702;OID=.,.;OPOS=49391196,49391197;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:154:162:92:128:13,39:12,22:0.0740741,0.135802:13,24:0,15:77:15:12,15:0,7:94:34 chr12 49424534 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0274342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.932;QD=14.0975;RBI=0.0313536;REFB=-0.00619584;REVB=0.0151794;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254806;STB=0.649248;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.012083;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:10:8:9:4:10:8 chr12 49425978 . T C 142.99 PASS AF=0.30303;AO=19;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00313272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8611;QD=8.66597;RBI=0.0134566;REFB=-0.0114763;REVB=0.0130868;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15907;STB=0.609175;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0180347;OID=.;OPOS=49425978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:46:46:19:20:0.30303:10:9:28:18:11:9:28:18 chr12 49427096 . GCCCC GCCCG,GCCC 205.63 PASS AF=0,0.655738;AO=4,22;DP=61;FAO=0,40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=0,23;FSAR=0,17;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0372094,0.0290572;FXX=0.031741;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=118.036,10.7552;QD=13.4839;RBI=0.0391938,0.179768;REFB=0.00855308,-0.0646787;REVB=0.0123134,0.177404;RO=25;SAF=0,19;SAR=4,3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.49697;SSSB=-0.697525,0.275648;STB=0.5,0.584655;STBP=1,0.081;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0643698;OID=.,.;OPOS=49427100,49427097;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCG,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.655738:4,22:61:0,40:61:21:0,23:0,17:17:4:83:25:0,19:4,3:17:8 chr12 49427652 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0378987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.207;QD=23.2183;RBI=0.0397544;REFB=0.015622;REVB=0.012004;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00522823;OID=.;OPOS=49427652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr12 49434074 . C A 53.21 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.232767;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=19.0302;QD=7.60076;RBI=0.23552;REFB=-0.0234373;REVB=0.0359057;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508503;STB=0.587425;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0661695;OID=.;OPOS=49434074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:27:28:14:19:4:8:0.285714:1:3:10:4:3:5:14:5 chr12 49444545 . G A 89.51 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.20787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9124;QD=15.5662;RBI=0.208506;REFB=0.0114559;REVB=-0.0162762;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316368;STB=0.650906;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00541926;OID=.;OPOS=49444545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:10:11:0.478261:4:6:3:9:5:6:3:9 chr12 49500398 . G A 1681.53 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915378;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.817;QD=60.5956;RBI=0.00951004;REFB=0;REVB=0.00257859;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027758;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr12 49500509 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.029;QD=59.679;RBI=0.02179;REFB=0;REVB=0.014577;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47876e-05;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr12 49522576 . G GC 162.28 PASS AF=1;AO=5;DP=35;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12226;FXX=0.117612;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.00794;QD=21.6379;RBI=0.217823;REFB=0;REVB=0.180276;RO=30;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00822596;OID=.;OPOS=49522577;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:35:30:30:0:15:15:0:0:4:30:4:1:15:15 chr12 49522578 . T C,G 481.89 PASS AF=0.852941,0.147059;AO=28,5;DP=33;FAO=29,5;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15,4;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109793,-0.0110525;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.4071,54.7075;QD=56.6934;RBI=0.159542,0.0815773;REFB=0,0;REVB=0.159163,0.0808251;RO=0;SAF=15,4;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00472674,0.10566;OID=.,.;OPOS=49522578,49522578;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:33:34:0:0:28,5:29,5:0.852941,0.147059:13,1:15,4:0:0:14,1:15,4:0:0 chr12 49522605 . C T 723.68 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00372702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3921;QD=59.076;RBI=0.0209483;REFB=-0.0699376;REVB=0.0206141;RO=2;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034276;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00162304;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:46:47:0.959184:21:25:1:1:22:25:1:1 chr12 49579696 . C G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.457;QD=64.4154;RBI=0.0531852;REFB=0;REVB=0.0421367;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102838;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr12 49580180 . T C 1490.82 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.08;QD=63.4393;RBI=0.0728948;REFB=0;REVB=-0.0439392;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70075e-05;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:57:36:0:0:58:36:0:0 chr12 49667103 . A T 1141.66 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0321554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.858;QD=57.8057;RBI=0.0338508;REFB=-0.0822773;REVB=-0.0105787;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502933;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000281861;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:0:2:76:77:0.974684:47:29:0:0:47:30:1:1 chr12 49937813 . A G 234.39 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0186458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.764;QD=13.3934;RBI=0.0204856;REFB=-0.0237194;REVB=-0.00848486;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148942;STB=0.574417;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0244024;OID=.;OPOS=49937813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:16:12:12:29:16:12:13:29 chr12 49951232 . T C 244.67 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0199625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4699;QD=15.5348;RBI=0.13221;REFB=-0.017496;REVB=-0.130694;RO=34;SAF=20;SAR=8;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100217;STB=0.561362;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0242695;OID=.;OPOS=49951232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:8:20:27:7:8:20:28:7 chr12 49952668 . G A 269.4 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0130942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.811;QD=25.0601;RBI=0.0309101;REFB=-0.0289381;REVB=0.0279996;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220502;STB=0.62708;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.021029;OID=.;OPOS=49952668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:8:16:7:11:8:17:7:11 chr12 49960551 . C A 168.25 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0160254;FXX=0.0555453;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.631;QD=13.1962;RBI=0.0258656;REFB=-0.0146065;REVB=0.0203031;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10265;STB=0.559061;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0159317;OID=.;OPOS=49960551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:11:20:11:9:11:20 chr12 49993678 . C T 446.32 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00441588;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.653;QD=18.0332;RBI=0.0714988;REFB=-5.64939e-05;REVB=-0.0713623;RO=52;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646844;STB=0.53794;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000211763;OID=.;OPOS=49993678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:54:45:45:0.454545:17:28:29:23:17:28:30:24 chr12 50026423 . C T 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00842208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.566;QD=16.9393;RBI=0.0150003;REFB=0.00439162;REVB=0.0124128;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372377;STB=0.521254;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0101931;OID=.;OPOS=50026423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:8:16:12:7:8:16 chr12 50037745 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.018147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.708;QD=19.1805;RBI=0.0298352;REFB=-0.0149827;REVB=-0.0236817;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126109;STB=0.571326;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0070288;OID=.;OPOS=50037745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:9:2:4:9:9:2 chr12 50152193 . G A 458.78 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0514666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.09;QD=16.9919;RBI=0.05157;REFB=-0.0187583;REVB=0.00326336;RO=58;SAF=27;SAR=23;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219339;STB=0.621664;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0278795;OID=.;OPOS=50152193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:23:27:18:40:23:27:18:40 chr12 50158434 . C CT 77.33 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.07966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7407;QD=4.01704;RBI=0.0805447;REFB=-0.0204719;REVB=-0.0119051;RO=49;SAF=20;SAR=5;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241971;STB=0.589071;STBP=0.299;TYPE=ins;VARB=-0.0394626;OID=.;OPOS=50158435;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324675:25:79:25:77:52:19:6:34:18:77:49:20:5:31:18 chr12 50158514 . A G 84.24 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0362473;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=145.697;QD=10.5304;RBI=0.0374732;REFB=-0.0117209;REVB=-0.0095065;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392792;STB=0.754331;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0058947;OID=.;OPOS=50158514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:9:2:10:10:9:2:11:10 chr12 50158515 . A G 52.64 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0350077;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=131.136;QD=6.79252;RBI=0.0352185;REFB=-0.0153876;REVB=0.00384714;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201057;STB=0.512788;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0147659;OID=.;OPOS=50158515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:9:14:5:3:9:14 chr12 50185334 . A G 484.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.061;QD=58.6937;RBI=0.0307717;REFB=0;REVB=0.000497444;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06415e-05;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr12 50189602 . A G 1365.39 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.656;QD=61.3661;RBI=0.0701669;REFB=0;REVB=0.00625297;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141064;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:89:0:0:80:89:1:51:29:0:0:53:36:0:0 chr12 50189807 . C A 323.34 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6132;QD=53.8904;RBI=0.0319274;REFB=0;REVB=0.0316596;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662773;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr12 50189834 . T G 203.19 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.382;QD=47.8085;RBI=0.0126039;REFB=0;REVB=0.0125631;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7255e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:15:17:1:3:12:0:0:4:13:0:0 chr12 50190653 . C T 411.66 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.023224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.123;QD=51.4573;RBI=0.0280739;REFB=-0.206443;REVB=0.0157731;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.531229;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00283342;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:32:32:1:2:30:30:0.9375:15:15:0:1:15:15:0:2 chr12 50190667 . A T 247.7 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000223262;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.416;QD=24.1662;RBI=0.00933912;REFB=-0.00636229;REVB=0.00933645;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173865;STB=0.59693;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00473475;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:7:11:9:14:7:11 chr12 50192207 . C CG,G 69.93 PASS AF=0.324324,0;AO=12,2;DP=35;FAO=12,0;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0688536,-0.076988;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=56.0896,179.973;QD=7.5602;RBI=0.0694529,0.0771028;REFB=-0.00773092,-0.00281135;REVB=0.00910447,-0.00420543;RO=19;SAF=2,2;SAR=10,0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283998,0.576337;STB=0.84006,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.153673,0;OID=.,.;OPOS=50192208,50192207;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:37:19:25:12,2:12,0:0.324324,0:10,0:2,2:7:12:11,0:1,0:11:14 chr12 50232169 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.006;QD=43.4861;RBI=0.049304;REFB=0;REVB=0.0480264;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236177;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr12 50348078 . T C 250.43 PASS AF=0.5;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0117873;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.93;QD=18.5504;RBI=0.0171248;REFB=-0.0335047;REVB=-0.0124225;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172002;STB=0.574532;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0358246;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:30:27:27:27:0.5:13:14:21:9:13:14:18:9 chr12 50352393 . G C 139.05 PASS AF=0.5;AO=17;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0743579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.121;QD=18.5399;RBI=0.0774087;REFB=-0.0306912;REVB=0.0215176;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107142;STB=0.608563;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0360012;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:17:15:0.5:6:11:10:3:6:9:12:3 chr12 50452708 . C G 1829.61 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0415501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.857;QD=59.4995;RBI=0.05368;REFB=-0.0415183;REVB=0.0339872;RO=2;SAF=74;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197816;STB=0.510415;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000256664;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:47:74:0:2:47:74:0:2 chr12 50476158 . G T 3048.61 PASS AF=0.990099;AO=200;DP=202;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165667;FXX=0.00980344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.518;QD=60.3685;RBI=0.0165714;REFB=0.111725;REVB=0.000396303;RO=2;SAF=123;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228854;STB=0.501201;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=9.67106e-05;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:202:202:2:2:200:200:0.990099:77:123:1:1:77:123:1:1 chr12 50499496 . T TG 33.44 PASS AF=0.5;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0195453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8683;QD=8.36028;RBI=0.0636803;REFB=-0.102451;REVB=-0.0606066;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257384;STB=0.590707;STBP=0.615;TYPE=ins;VARB=0.126946;OID=.;OPOS=50499497;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:17:8:16:8:6:2:7:1:33:10:5:2:9:1 chr12 50523947 . A G 869.93 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0365922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3193;QD=56.1248;RBI=0.0399218;REFB=-0.00329008;REVB=0.0159613;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192603;STB=0.510201;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00227597;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:24:37:0:1:24:37:0:1 chr12 50523964 . T C 851.08 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.86;QD=57.7004;RBI=0.0138045;REFB=0;REVB=-0.00305268;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91203e-05;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr12 50526814 . G A 520.1 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.898;QD=59.4404;RBI=0.0729753;REFB=0;REVB=0.0729226;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138628;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:8:26:0:0:8:27:0:0 chr12 50537815 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.46036e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.758;QD=62.9078;RBI=0.0287326;REFB=0;REVB=0.0287326;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70201e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr12 50650041 . A C 115.51 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0818021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.982;QD=10.745;RBI=0.100182;REFB=-0.0258925;REVB=0.0578347;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066706;STB=0.51019;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0468954;OID=.;OPOS=50650041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:27:29:14:14:0.325581:8:6:10:17:8:6:12:17 chr12 50650057 . T C 666.6 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0282199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8472;QD=57.9653;RBI=0.0450358;REFB=-0.0411389;REVB=0.0350979;RO=2;SAF=16;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119777;STB=0.50638;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00386731;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:28:16:1:1:28:16:1:1 chr12 50744119 . G A 687.72 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.666;QD=62.5196;RBI=0.00945784;REFB=0;REVB=-0.00893701;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75006e-05;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr12 50744171 . T C 823.04 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.294;QD=56.7616;RBI=0.0486665;REFB=0;REVB=0.00279813;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031703;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr12 50744753 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00497841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.856;QD=52.7696;RBI=0.0299509;REFB=-0.0593267;REVB=0.0295343;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00284524;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr12 50749221 . G C 471.47 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1824;QD=55.4672;RBI=0.0170094;REFB=-0.0889456;REVB=-0.0131457;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.038519;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr12 50749227 . T G 466.79 PASS AF=0.942857;AO=34;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0272213;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.043;QD=53.3476;RBI=0.0275037;REFB=-0.113232;REVB=0.00393085;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.541641;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000689726;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:0:2:34:33:0.942857:12:22:0:0:11:22:0:2 chr12 50754563 . T G 347.75 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.24;QD=51.5185;RBI=0.0145066;REFB=-0.064084;REVB=0.00724643;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000216926;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr12 50870145 . G A 3706.0 PASS AF=1;AO=233;DP=233;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.571;QD=63.3504;RBI=0.0261611;REFB=0;REVB=0.0131328;RO=0;SAF=131;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03884e-05;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:234:0:0:233:234:1:102:131:0:0:102:132:0:0 chr12 51135275 . T C 672.34 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00951725;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1113;QD=54.8851;RBI=0.0931093;REFB=-0.0245433;REVB=0.0926216;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00212838;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr12 51141883 . A G 1036.36 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.583;QD=56.787;RBI=0.0336868;REFB=0.11903;REVB=-0.0260229;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226602;STB=0.500969;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00162124;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:73:2:2:70:71:0.972603:38:32:1:1:38:33:1:1 chr12 51142351 . G A 309.21 PASS AF=0.421687;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00376453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.074;QD=14.9017;RBI=0.0257514;REFB=-0.00057864;REVB=-0.0254748;RO=42;SAF=27;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358136;STB=0.682237;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0020328;OID=.;OPOS=51142351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:42:48:33:35:0.421687:6:27:22:20:7:28:26:22 chr12 51235317 . A G,T 628.43 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=38,4;DP=42;FAO=38,4;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=14,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021568,-0.0326534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.424,71.4401;QD=59.8504;RBI=0.0239491,0.0772739;REFB=0,0;REVB=0.0104104,-0.0700358;RO=0;SAF=24,0;SAR=14,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.76123e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00116512,0.14247;OID=.,.;OPOS=51235317,51235317;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:42:42:0:0:38,4:38,4:0.904762,0.0952381:14,4:24,0:0:0:14,4:24,0:0:0 chr12 51236931 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.864;QD=37.4885;RBI=0.0776058;REFB=0;REVB=0.0773616;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905541;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr12 51333796 . C CA 644.03 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.532;QD=47.7058;RBI=0.127211;REFB=0;REVB=-0.0717425;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000840614;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:55:54:54:0:24:30:0:0:12:1:24:30:1:0 chr12 51402905 . T G 975.93 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195859;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.455;QD=59.1471;RBI=0.110052;REFB=0;REVB=0.108295;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446144;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr12 51442944 . G A 2133.11 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215502;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.043;QD=62.2805;RBI=0.0386221;REFB=-0.0538408;REVB=0.0320508;RO=1;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3072e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:138:137:1:0:136:137:1:79:57:0:1:80:57:0:0 chr12 51518787 . C G 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00703965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.59;QD=17.0592;RBI=0.0116123;REFB=-0.00513842;REVB=0.00923515;RO=38;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167101;STB=0.594001;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00619561;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:11:22:19:19:11:22:19:19 chr12 51636259 . C T 920.54 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.912;QD=58.447;RBI=0.0412975;REFB=0;REVB=0.0132456;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3904e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:28:35:0:0 chr12 51681903 . T C 1700.47 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000548435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.913;QD=60.1935;RBI=0.0196037;REFB=0;REVB=0.019596;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88707e-05;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:47:66:0:0:47:66:0:0 chr12 51685831 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0232086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.905;QD=20.0176;RBI=0.0319037;REFB=-0.0279041;REVB=-0.0218908;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144681;STB=0.58123;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.02816;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:4:13:11:7:4:13 chr12 51696500 . G A 278.77 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0106895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.735;QD=21.8643;RBI=0.0161286;REFB=0.00259841;REVB=0.0120776;RO=23;SAF=19;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367489;STB=0.703562;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00154229;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:9:19:5:18:9:19:5:18 chr12 51707626 . C T 492.29 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0209326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.745;QD=22.6338;RBI=0.0209359;REFB=-0.0200737;REVB=0.000369781;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144414;STB=0.573628;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0190984;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:46:47:0.54023:22:24:14:26:23:24:14:26 chr12 51722311 . C T 1299.7 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.546;QD=61.8903;RBI=0.0265173;REFB=0;REVB=-0.0162519;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08559e-05;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:40:44:0:0 chr12 51722409 . G GT 157.76 PASS AF=0.4;AO=26;DP=74;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0432818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3401;QD=9.01501;RBI=0.0472225;REFB=0.029574;REVB=-0.0188851;RO=47;SAF=10;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23279;STB=0.629536;STBP=0.091;TYPE=ins;VARB=-0.0446414;OID=.;OPOS=51722410;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:26:74:28:70:42:10:18:24:18:99:47:10:16:28:19 chr12 51723499 . T C 167.28 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.000797664;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.149;QD=12.8678;RBI=0.00951578;REFB=-0.00372917;REVB=-0.00948229;RO=30;SAF=17;SAR=3;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496342;STB=0.793007;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00431294;OID=.;OPOS=51723499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:32:20:20:0.384615:3:17:13:17:3:17:14:18 chr12 51733734 . G A 348.57 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0169205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6776;QD=14.9922;RBI=0.0273934;REFB=-0.0419885;REVB=-0.021543;RO=55;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284855;STB=0.516121;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0603307;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:19:19:26:29:19:19:26:29 chr12 51737607 . G A 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.03001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.268;QD=10.4713;RBI=0.0588819;REFB=-0.00804868;REVB=-0.0506604;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507935;STB=0.53056;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0165998;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:9:15:8:4:9:15 chr12 51739648 . C G 182.14 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0592033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3205;QD=16.9433;RBI=0.0592486;REFB=-0.0058304;REVB=0.00231634;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22926;STB=0.631571;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00282536;OID=.;OPOS=51739648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:11:13:6:13:11:13 chr12 51740387 . ACTGG A,AATGG 680.56 PASS AF=0.288889,0.711111;AO=13,30;DP=47;FAO=13,32;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11,19;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253106,0.00838059;FXX=0.0425441;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=188.781,78.6515;QD=60.4938;RBI=0.0299516,0.0409127;REFB=0,0;REVB=-0.0160146,0.0400452;RO=0;SAF=11,18;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0374294,0.00190958;OID=.,.;OPOS=51740388,51740388;OREF=CTGG,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.288889,0.711111:13,30:47:13,32:45:0:11,19:2,13:0:0:99:0:11,18:2,12:0:0 chr12 51740392 . ACCATATCCACTT AC,ACATATCCACTT 77.78 PASS AF=0.318182,0.0227273;AO=14,7;DP=44;FAO=14,1;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=12,1;FSAR=2,0;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0118452,-0.294218;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=11,1;MLLD=390.509,18.0277;QD=7.07049;RBI=0.0172854,0.310586;REFB=-0.0103177,-0.131052;REVB=-0.0125888,-0.099497;RO=21;SAF=12,7;SAR=2,0;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.468932,0.737783;STB=0.721849,0.987619;STBP=0.09,0.474;TYPE=del,del;VARB=0.0254018,0.0581932;OID=.,.;OPOS=51740394,51740393;OREF=CATATCCACTT,C;OALT=-,-;OMAPALT=AC,ACATATCCACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.0227273:14,7:44:14,1:44:29:12,1:2,0:18:11:75:21:12,7:2,0:10:11 chr12 51740409 . TA GG 114.25 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0169478;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.965;QD=9.52056;RBI=0.0190688;REFB=-0.00589055;REVB=-0.00874023;RO=30;SAF=12;SAR=2;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349215;STB=0.731319;STBP=0.063;TYPE=mnp;VARB=0.00919439;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:34:14:14:0.291667:2:12:19:11:2:12:21:13 chr12 51771040 . T C 405.84 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00272045;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3965;QD=17.0879;RBI=0.0182616;REFB=-0.00113839;REVB=0.0180578;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115924;STB=0.51999;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.000944134;OID=.;OPOS=51771040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:53:42:42:0.442105:26:16:20:31:26:16:22:31 chr12 51901390 . A G 1235.33 PASS AF=1;AO=70;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5102;QD=61.004;RBI=0.147722;REFB=0;REVB=0.0227737;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141451;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:70:81:1:44:26:0:0:48:33:0:0 chr12 51902249 . C T 1184.27 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.317;QD=60.7319;RBI=0.00252282;REFB=0;REVB=-0.00179742;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185879;OID=.;OPOS=51902249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:42:36:0:0 chr12 52080965 . C T 1134.31 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0249316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.551;QD=56.7154;RBI=0.0250005;REFB=-0.0639071;REVB=0.00185478;RO=3;SAF=31;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193814;STB=0.510249;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000206477;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:46:31:2:1:46:31:2:1 chr12 52184271 . T C 107.95 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0204543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.317;QD=13.0844;RBI=0.021419;REFB=0.00120178;REVB=-0.00635572;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349512;STB=0.704757;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00103726;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:13:7:9:4:13:7 chr12 52200742 . C A 99.15 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0468711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7875;QD=14.689;RBI=0.0659032;REFB=-0.0402594;REVB=-0.0463286;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484683;STB=0.528254;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0442542;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:8:7:5:7:8:7 chr12 52204246 . T C 333.51 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0151042;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.155;QD=16.0727;RBI=0.0569172;REFB=-0.0178973;REVB=0.0548765;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256597;STB=0.514451;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0239549;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:47:47:36:36:0.433735:19:17:21:26:19:17:21:26 chr12 52211942 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0154306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.857;QD=17.9405;RBI=0.0154401;REFB=0.000561945;REVB=0.000541396;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189485;STB=0.588523;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000669302;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:19:19:0.463415:13:6:3:17:13:6:4:18 chr12 52215102 . T G 45.57 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00706677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.132;QD=8.68061;RBI=0.0207162;REFB=-0.014062;REVB=0.0194736;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37647;STB=0.732681;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.018817;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:9:5:5:2:9:5 chr12 52284233 . T C 987.18 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253213;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.175;QD=58.9358;RBI=0.0308593;REFB=0;REVB=-0.0176388;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5489e-05;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:43:23:0:0:43:24:0:0 chr12 52448157 . G A 395.94 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00654667;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.59;QD=13.8926;RBI=0.0066929;REFB=-0.00240226;REVB=0.0013914;RO=67;SAF=19;SAR=27;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531488;STB=0.526099;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00408424;OID=.;OPOS=52448157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:67:68:46:46:0.403509:27:19:31:36:27:19:31:37 chr12 52564449 . C T 219.4 PASS AF=0.490566;AO=23;DP=49;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0897878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.6637;QD=16.5587;RBI=0.0984377;REFB=-0.024059;REVB=0.04035;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659676;STB=0.533726;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0434923;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:26:27:23:26:0.490566:9:14:16:10:9:17:16:11 chr12 52565321 . A AT 151.32 PASS AF=0.882353;AO=5;DP=18;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0501082;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.885;QD=35.6053;RBI=0.0746181;REFB=-0.0498613;REVB=-0.0552905;RO=13;SAF=5;SAR=0;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.641897;STB=0.535669;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=0.00822451;OID=.;OPOS=52565322;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:5:18:15:17:2:13:2:2:0:10:13:5:0:11:2 chr12 52565322 . G T 61.81 PASS AF=0.615385;AO=10;DP=17;FAO=8;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00915767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.359;QD=19.0197;RBI=0.0893781;REFB=-0.134829;REVB=-0.0889077;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21313;STB=0.631318;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00579741;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:17:13:5:5:10:8:0.615385:2:8:5:0:1:7:5:0 chr12 52585570 . C T 221.15 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00561748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1397;QD=19.2307;RBI=0.00609349;REFB=-0.0039738;REVB=0.00236105;RO=24;SAF=17;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799634;STB=0.545411;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00385527;OID=.;OPOS=52585570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:5:17:17:7:5:17:17:7 chr12 52602013 . C T 2016.57 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0203759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.508;QD=60.6487;RBI=0.0326049;REFB=-0.140022;REVB=0.0254538;RO=2;SAF=54;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172745;STB=0.50909;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000306346;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:131:131:0.984962:77:54:2:0:77:54:2:0 chr12 52631313 . A G 432.79 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.0316351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4816;QD=15.0535;RBI=0.0438235;REFB=-0.00639788;REVB=0.0303269;RO=65;SAF=38;SAR=11;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131161;STB=0.571129;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0103265;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:66:49:49:0.426087:11:38:44:21:11:38:45:21 chr12 52639302 . G C 250.16 PASS AF=0.52;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.062621;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0979;QD=20.0126;RBI=0.0633601;REFB=-0.0503602;REVB=0.00964967;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099446;STB=0.562453;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0445434;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:24:25:26:0.52:14:11:6:13:14:12:8:16 chr12 52642518 . G A 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0238201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8743;QD=21.3986;RBI=0.0522663;REFB=0.0103649;REVB=0.0465228;RO=26;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212478;STB=0.61284;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00710475;OID=.;OPOS=52642518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:28:34:34:0.548387:17:17:6:20:17:17:7:21 chr12 52649887 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.278;QD=58.6006;RBI=0.0592142;REFB=0;REVB=0.0111144;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89277e-05;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr12 52661192 . A G 1282.82 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0326787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9844;QD=60.3682;RBI=0.092124;REFB=-0.0435226;REVB=-0.0861333;RO=1;SAF=72;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653416;STB=0.503401;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.000185464;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:11:72:1:0:11:73:1:0 chr12 52661209 . T C 1118.38 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0820467;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.841;QD=60.453;RBI=0.0827734;REFB=0;REVB=0.0109445;RO=0;SAF=56;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389263;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:18:56:0:0:18:56:0:0 chr12 52661302 . C A 692.95 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475863;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1539;QD=62.9958;RBI=0.0491693;REFB=0;REVB=-0.0123759;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102419;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr12 52679937 . C G 90.6 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0130866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.657;QD=13.4225;RBI=0.0393449;REFB=-0.0223514;REVB=-0.0371047;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54036;STB=0.822234;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0765768;OID=.;OPOS=52679937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:26:27:15:15:11:12:0.444444:9:2:11:4:10:2:11:4 chr12 52681056 . C T 186.51 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0238884;FXX=0.0468677;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.452;QD=12.2302;RBI=0.0418145;REFB=-0.0210535;REVB=-0.0343191;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113208;STB=0.565552;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0488002;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:38:38:23:23:0.377049:15:8:17:21:15:8:17:21 chr12 52681080 . G A 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0353139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.159;QD=8.4359;RBI=0.0353635;REFB=-0.0050431;REVB=-0.00187398;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489291;STB=0.529377;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0116363;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:8:9:20:21:8:9:20:21 chr12 52681416 . T C 185.34 PASS AF=0.208333;AO=30;DP=144;FAO=30;FDP=144;FR=.;FRO=114;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.0166388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.827;QD=5.14841;RBI=0.0225776;REFB=-0.00842334;REVB=0.0152609;RO=114;SAF=19;SAR=11;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203585;STB=0.626774;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0293656;OID=.;OPOS=52681416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:114:114:30:30:0.208333:11:19:54:60:11:19:54:60 chr12 52681437 . A G 206.16 PASS AF=0.21519;AO=33;DP=152;FAO=34;FDP=158;FR=.;FRO=124;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=-0.00712754;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.833;QD=5.21934;RBI=0.0221076;REFB=-0.0131783;REVB=-0.0209271;RO=117;SAF=17;SAR=16;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10034;STB=0.573291;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0638383;OID=.;OPOS=52681437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:158:117:124:33:34:0.21519:16:17:51:66:16:18:54:70 chr12 52681925 . A C 1665.52 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178194;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9913;QD=60.5643;RBI=0.020191;REFB=0;REVB=-0.00949452;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108359;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:52:58:0:0:52:58:0:0 chr12 52699548 . T C 956.88 PASS AF=0.481675;AO=77;DP=194;FAO=92;FDP=191;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=64;FWDB=-0.00499375;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.14;QD=20.0395;RBI=0.0154128;REFB=-0.0498493;REVB=-0.0145813;RO=94;SAF=48;SAR=29;SRF=30;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295379;STB=0.598594;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.064613;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:191:94:95:77:92:0.481675:29:48:30:64:44:48:31:64 chr12 52708420 . G A 2175.13 PASS AF=0.979167;AO=139;DP=144;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0124806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.996;QD=60.4204;RBI=0.0476138;REFB=-0.070373;REVB=0.045949;RO=3;SAF=50;SAR=89;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157546;STB=0.508196;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00055615;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:144:144:3:3:139:141:0.979167:89:50:0:3:90:51:0:3 chr12 52708565 . A G 776.63 PASS AF=1;AO=49;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272425;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.579;QD=56.4822;RBI=0.0549423;REFB=0;REVB=0.0477127;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244996;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:49:55:1:23:26:0:0:27:28:0:0 chr12 52709880 . A G 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0658165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.991;QD=10.7151;RBI=0.0707591;REFB=-0.00147182;REVB=-0.0259815;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183728;STB=0.61001;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00455837;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:5:9:14:15:5:9:14:15 chr12 52709883 . T C 115.08 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.110362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7492;QD=10.7051;RBI=0.111306;REFB=-0.0134807;REVB=-0.0144663;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201963;STB=0.61001;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.02241;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:29:14:14:0.325581:5:9:13:15:5:9:14:15 chr12 52710309 . G A 1069.58 PASS AF=0.504673;AO=107;DP=213;FAO=108;FDP=214;FR=.;FRO=106;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=0.0112775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.687;QD=19.9922;RBI=0.0123099;REFB=-0.0383728;REVB=-0.00493478;RO=106;SAF=51;SAR=56;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388521;STB=0.523607;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0319583;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:106:106:107:108:0.504673:56:51:46:60:56:52:46:60 chr12 52710715 . G A 683.21 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00707323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1579;QD=19.9476;RBI=0.0111094;REFB=-0.00525453;REVB=-0.00856665;RO=67;SAF=40;SAR=28;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332256;STB=0.511912;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00719436;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:67:69:68:68:0.49635:28:40:37:30:28:40:39:30 chr12 52710721 . G C 652.79 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.0095768;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.923;QD=18.9214;RBI=0.0293264;REFB=-0.0105037;REVB=-0.0277186;RO=72;SAF=38;SAR=28;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343155;STB=0.518982;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0141865;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:72:72:66:66:0.478261:28:38:44:28:28:38:44:28 chr12 52711549 . G A 270.06 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0200941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.61;QD=14.5978;RBI=0.0236591;REFB=-0.00166208;REVB=0.0124892;RO=43;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235575;STB=0.51336;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00260877;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:13:18:24:19:13:18:24:19 chr12 52712975 . G A 480.85 PASS AF=0.430894;AO=52;DP=124;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0204095;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.87;QD=15.6373;RBI=0.0318688;REFB=-0.0231443;REVB=-0.024476;RO=67;SAF=29;SAR=23;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207111;STB=0.513374;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0334921;OID=.;OPOS=52712975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:67:70:52:53:0.430894:23:29:36:31:23:30:38:32 chr12 52753861 . C T 1478.48 PASS AF=1;AO=92;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204709;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5692;QD=62.9139;RBI=0.0518087;REFB=0;REVB=0.0475929;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259136;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:92:94:1:39:53:0:0:41:53:0:0 chr12 52774235 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3913;QD=56.9975;RBI=0.0134483;REFB=0;REVB=-0.00150366;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104112;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr12 52777502 . A G 680.97 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00356933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.365;QD=21.2803;RBI=0.013396;REFB=-0.0127215;REVB=-0.0129117;RO=60;SAF=43;SAR=24;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385906;STB=0.518067;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0129137;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:60:61:67:67:0.523438:24:43:36:24:24:43:37:24 chr12 52788928 . G A 236.41 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0108549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.701;QD=11.2575;RBI=0.0150198;REFB=-0.0012607;REVB=0.010381;RO=55;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136241;STB=0.507891;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00215678;OID=.;OPOS=52788928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:16:13:24:31:16:13:24:31 chr12 52789509 . T C 804.56 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.068;QD=64.365;RBI=0.0238348;REFB=0;REVB=0.00226502;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:30:18:0:0:31:19:0:0 chr12 52789597 . A G 385.69 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0257924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.43;QD=48.2108;RBI=0.0269355;REFB=-0.0273341;REVB=-0.00776341;RO=2;SAF=12;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071485;STB=0.524212;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00126993;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:2:3:29:29:0.90625:17:12:2:0:17:12:2:1 chr12 52789605 . T A 392.99 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.996;QD=56.142;RBI=0.0518251;REFB=0;REVB=0.00327049;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146471;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr12 52818504 . T G 491.77 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00312352;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.734;QD=17.2549;RBI=0.0345701;REFB=-0.0148905;REVB=-0.0344287;RO=43;SAF=32;SAR=21;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102569;STB=0.552264;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.02572;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:43:61:53:53:0.464912:21:32:31:12:21:32:31:30 chr12 52822258 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0129032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.827;QD=18.1543;RBI=0.0271545;REFB=-0.0144226;REVB=-0.023893;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165016;STB=0.594311;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0211049;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:15:6:11:14:15:6:11:14 chr12 52824352 . G A 529.43 PASS AF=0.394904;AO=61;DP=157;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.0162968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.974;QD=13.4886;RBI=0.0396609;REFB=-0.0185549;REVB=0.036158;RO=93;SAF=30;SAR=31;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124235;STB=0.566858;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0275316;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:93:95:61:62:0.394904:31:30:35:58:31:31:37:58 chr12 52825363 . G A 437.76 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00858848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0751;QD=24.3201;RBI=0.0193374;REFB=-0.0184244;REVB=-0.0173255;RO=29;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727105;STB=0.545917;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0138927;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:30:42:42:0.583333:20:22:18:11:20:22:19:11 chr12 52827818 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0285358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.357;QD=15.2374;RBI=0.0297135;REFB=-0.0254811;REVB=-0.0082824;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914161;STB=0.551849;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0321954;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:18:10:16:20:18:10:16:20 chr12 52841765 . G A 374.89 PASS AF=0.46988;AO=37;DP=81;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00468815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.588;QD=18.0671;RBI=0.0158376;REFB=0.00164473;REVB=-0.0151278;RO=44;SAF=10;SAR=27;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265742;STB=0.638423;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00240501;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:44:44:37:39:0.46988:27:10:23:21:28:11:23:21 chr12 52842736 . T C 112.23 PASS AF=0.283019;AO=13;DP=51;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0636376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6863;QD=8.46981;RBI=0.0803521;REFB=-0.0204079;REVB=0.0490584;RO=38;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077777;STB=0.590787;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.057705;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:38:38:13:15:0.283019:6:7:18:20:6:9:18:20 chr12 52843779 . T C 109.05 PASS AF=0.134409;AO=23;DP=181;FAO=25;FDP=186;FR=.;FRO=161;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=85;FSRR=76;FWDB=-0.0153456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.584;QD=2.34513;RBI=0.0436139;REFB=-0.00189727;REVB=0.0408251;RO=152;SAF=6;SAR=17;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314818;STB=0.679856;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0189017;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:186:152:161:23:25:0.134409:17:6:77:75:17:8:85:76 chr12 52844265 . T C 557.13 PASS AF=0.370787;AO=64;DP=175;FAO=66;FDP=178;FR=.;FRO=112;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=-0.0051482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.016;QD=12.5199;RBI=0.0062294;REFB=-0.0153346;REVB=-0.00350733;RO=111;SAF=21;SAR=43;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072646;STB=0.540971;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0315111;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:178:111:112:64:66:0.370787:43:21:43:68:44:22:44:68 chr12 52844378 . C G 276.11 PASS AF=0.275362;AO=38;DP=139;FAO=38;FDP=138;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0197801;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.883;QD=8.00331;RBI=0.0253887;REFB=0.00306667;REVB=0.0159165;RO=98;SAF=19;SAR=19;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497029;STB=0.52897;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00896089;OID=.;OPOS=52844378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:98:100:38:38:0.275362:19:19:45:53:19:19:46:54 chr12 52845801 . T C 163.04 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0144527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.716;QD=13.043;RBI=0.0764291;REFB=-0.0375483;REVB=-0.0750502;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29104;STB=0.671163;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0513933;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:5:13:15:17:5:13:15:17 chr12 52863038 . G A 417.79 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.004343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.016;QD=22.5834;RBI=0.0196826;REFB=-0.00898062;REVB=0.0191974;RO=30;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120319;STB=0.552152;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00895101;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:33:41:41:0.554054:17:24:22:8:17:24:23:10 chr12 52863213 . C T 697.71 PASS AF=0.496403;AO=67;DP=137;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0223897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.197;QD=20.0779;RBI=0.0232946;REFB=-0.0142305;REVB=-0.00642963;RO=68;SAF=35;SAR=32;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740207;STB=0.539572;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0138924;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:68:70:67:69:0.496403:32:35:30:38:34:35:30:40 chr12 52863621 . T G 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0208589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.243;QD=11.5764;RBI=0.0226137;REFB=-0.00601074;REVB=-0.00873431;RO=40;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323793;STB=0.51878;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0113311;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:15:8:15:25:15:8:15:25 chr12 52866060 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.638;QD=57.1761;RBI=0.0159831;REFB=0;REVB=0.0144869;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48331e-05;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr12 52885316 . A G 260.45 PASS AF=0.260563;AO=37;DP=142;FAO=37;FDP=142;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.00945208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6076;QD=7.33674;RBI=0.0359656;REFB=-0.00433209;REVB=-0.0347014;RO=104;SAF=25;SAR=12;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177774;STB=0.610671;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0190847;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:104:105:37:37:0.260563:12:25:56:48:12:25:56:49 chr12 52885339 . CC TT 167.13 PASS AF=0.188312;AO=28;DP=152;FAO=29;FDP=154;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=0.0206831;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.667;QD=4.34098;RBI=0.0336345;REFB=-0.0110339;REVB=-0.0265234;RO=124;SAF=16;SAR=12;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298881;STB=0.528317;STBP=0.749;TYPE=mnp;VARB=0.050577;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:124:125:28:29:0.188312:12:16:68:56:12:17:69:56 chr12 52885344 . G C 166.35 PASS AF=0.188312;AO=29;DP=154;FAO=29;FDP=154;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.0242887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0659;QD=4.32075;RBI=0.0441311;REFB=0.00597825;REVB=-0.0368459;RO=125;SAF=17;SAR=12;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445775;STB=0.528317;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0272127;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:125:125:29:29:0.188312:12:17:69:56:12:17:69:56 chr12 52885350 . T C 158.6 PASS AF=0.18125;AO=29;DP=160;FAO=29;FDP=160;FR=.;FRO=131;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=0.0190583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.427;QD=3.96501;RBI=0.0212549;REFB=-0.00529557;REVB=-0.00941036;RO=130;SAF=17;SAR=12;SRF=70;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620297;STB=0.536817;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0106039;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:130:131:29:29:0.18125:12:17:70:60:12:17:71:60 chr12 52885374 . G C 88.46 PASS AF=0.125;AO=20;DP=174;FAO=22;FDP=176;FR=.;FRO=154;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=-0.018186;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6343;QD=2.01036;RBI=0.0242025;REFB=-0.012156;REVB=-0.0159697;RO=154;SAF=9;SAR=11;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0730936;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:174:176:154:154:20:22:0.125:11:9:77:77:11:11:77:77 chr12 52885377 . A G 85.45 PASS AF=0.117978;AO=21;DP=178;FAO=21;FDP=178;FR=.;FRO=157;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=79;FWDB=-0.0112282;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.365;QD=1.9203;RBI=0.0180688;REFB=-0.00329064;REVB=-0.0141566;RO=157;SAF=11;SAR=10;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334347;STB=0.523787;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0258191;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:178:178:157:157:21:21:0.117978:10:11:78:79:10:11:78:79 chr12 52885381 . C T 92.59 PASS AF=0.122905;AO=22;DP=178;FAO=22;FDP=179;FR=.;FRO=157;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=79;FWDB=-0.0044057;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.36;QD=2.06902;RBI=0.0108335;REFB=0.000905257;REVB=-0.00989718;RO=156;SAF=11;SAR=11;SRF=78;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502791;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00847663;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:178:179:156:157:22:22:0.122905:11:11:78:78:11:11:78:79 chr12 52886478 . T C 272.84 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.000619026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.959;QD=12.5446;RBI=0.0102858;REFB=-0.0219081;REVB=-0.0102671;RO=53;SAF=23;SAR=9;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28344;STB=0.67483;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0265417;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:55:32:32:0.367816:9:23:25:28:9:23:25:30 chr12 52886490 . A G 362.36 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00166747;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.328;QD=14.4942;RBI=0.0183727;REFB=-0.0348996;REVB=-0.0182968;RO=56;SAF=27;SAR=13;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225224;STB=0.647163;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0242675;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:56:59:40:41:0.41:13:27:26:30:13:28:26:33 chr12 52912906 . G T 274.84 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0238644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4069;QD=12.9335;RBI=0.0424166;REFB=7.05611e-05;REVB=-0.0350665;RO=52;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187801;STB=0.517778;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.000986964;OID=.;OPOS=52912906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:53:32:32:0.376471:19:13:22:30:19:13:23:30 chr12 52912909 . G T 248.33 PASS AF=0.352941;AO=32;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00193598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.395;QD=11.686;RBI=0.0361924;REFB=-0.00491226;REVB=0.0361406;RO=53;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310242;STB=0.510001;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00727766;OID=.;OPOS=52912909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:55:32:30:0.352941:19:13:23:30:17:13:23:32 chr12 52938320 . C T 652.63 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=18;FWDB=-0.00201212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.303;QD=19.055;RBI=0.00201232;REFB=-0.00833309;REVB=-2.88521e-05;RO=71;SAF=39;SAR=26;SRF=53;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149407;STB=0.578723;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0094295;OID=.;OPOS=52938320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:65:66:0.481752:26:39:53:18:26:40:53:18 chr12 52938364 . T C 539.22 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.015256;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.508;QD=16.4646;RBI=0.0153504;REFB=-0.0108253;REVB=-0.00169998;RO=72;SAF=39;SAR=19;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138946;STB=0.574641;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00900457;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:73:58:58:0.442748:19:39:39:33:19:39:40:33 chr12 52938497 . A C 315.94 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0111309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.228;QD=25.2751;RBI=0.0309446;REFB=-0.036137;REVB=-0.0288733;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958142;STB=0.559958;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0303741;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:14:13:8:14:14:14:8:14 chr12 52939407 . AGAG A 78.85 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0240856;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.927;QD=8.08681;RBI=0.028234;REFB=-0.017482;REVB=0.0147323;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109862;STB=0.522347;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.0403795;OID=.;OPOS=52939408;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:10:38:11:39:28:4:7:11:17:78:26:3:7:10:16 chr12 52943144 . G A 359.57 PASS AF=0.475;AO=39;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0484868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9725;QD=17.9787;RBI=0.0776844;REFB=-0.01553;REVB=0.0606952;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347762;STB=0.512493;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0185416;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:42:39:38:0.475:19:20:18:20:19:19:22:20 chr12 52965173 . T G 1482.54 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00219341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.878;QD=61.1357;RBI=0.0139883;REFB=0.105674;REVB=-0.0138153;RO=2;SAF=56;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361052;STB=0.501904;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000333748;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:39:56:1:1:39:56:1:1 chr12 52965722 . T C 1080.92 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.231;QD=60.0509;RBI=0.0506673;REFB=0;REVB=0.0288787;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67662e-05;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:36:36:0:0 chr12 52965761 . C T 1183.56 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0835254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.68;QD=58.4474;RBI=0.088943;REFB=-0.0791466;REVB=0.0305672;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126212;STB=0.500469;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00209073;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:81:1:2:78:79:0.975309:41:37:1:0:41:38:1:1 chr12 52965782 . T C 1161.31 PASS AF=0.975;AO=75;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00420344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2286;QD=58.0656;RBI=0.0429657;REFB=0.0402005;REVB=-0.0427596;RO=2;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225198;STB=0.511361;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.010166;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:2:75:78:0.975:41:34:0:2:43:35:0:2 chr12 52966249 . T A 455.0 PASS AF=0.52809;AO=41;DP=88;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.07659;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6156;QD=20.4493;RBI=0.0895012;REFB=-0.0448705;REVB=0.0463081;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904574;STB=0.572216;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0485935;OID=.;OPOS=52966249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:41:42:41:47:0.52809:23:18:14:27:23:24:15:27 chr12 52966390 . A T 449.42 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00674797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.296;QD=18.9228;RBI=0.0224148;REFB=-0.0167251;REVB=0.0213749;RO=50;SAF=22;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671434;STB=0.537367;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0164352;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:23:22:28:22:23:22:28:22 chr12 52967436 . G A 375.36 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00591194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.979;QD=18.3101;RBI=0.0424079;REFB=-0.00842272;REVB=-0.0419938;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227443;STB=0.626801;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0153974;OID=.;OPOS=52967436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:24:15:27:16:24:15:27:16 chr12 52980761 . C T 164.36 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0428832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3898;QD=13.6968;RBI=0.0545313;REFB=-0.000892354;REVB=-0.0336852;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107493;STB=0.562432;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000795831;OID=.;OPOS=52980761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:18:12:9:9:18:12 chr12 52985293 . A G 1775.19 PASS AF=0.991667;AO=116;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263787;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2448;QD=59.173;RBI=0.0432678;REFB=-0.0487078;REVB=-0.0342967;RO=2;SAF=50;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226191;STB=0.503649;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00536593;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:120:2:1:116:119:0.991667:66:50:1:1:68:51:0:1 chr12 52986187 . T A,C 684.31 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,41;DP=44;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569042,0.00285244;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.5295,199.746;QD=60.8271;RBI=0.00569057,0.0353096;REFB=0,0;REVB=-4.09039e-05,0.0351942;RO=0;SAF=2,22;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0144198,-0.00043324;OID=.,.;OPOS=52986187,52986187;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:45:0:0:2,41:2,43:0.0444444,0.955556:0,19:2,22:0:0:0,19:2,24:0:0 chr12 52992812 . T C 1598.97 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0190391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4846;QD=57.106;RBI=0.021757;REFB=-0.0212723;REVB=0.01053;RO=3;SAF=64;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00417058;STB=0.502198;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00392669;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:3:3:109:109:0.973214:45:64:2:1:45:64:2:1 chr12 52994871 . G A 937.25 PASS AF=0.614815;AO=83;DP=136;FAO=83;FDP=135;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.019311;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.863;QD=27.7705;RBI=0.032057;REFB=-0.0502995;REVB=0.0255879;RO=51;SAF=42;SAR=41;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248979;STB=0.509725;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0250712;OID=.;OPOS=52994871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:51:52:83:83:0.614815:41:42:24:27:41:42:25:27 chr12 52994955 . G A 180.48 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0038996;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.345;QD=11.1061;RBI=0.0159667;REFB=-0.0119376;REVB=-0.0154832;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511613;STB=0.514044;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0177317;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:40:42:23:23:0.353846:12:11:21:19:12:11:21:21 chr12 53011955 . G A 571.92 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00569043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.516;QD=16.1104;RBI=0.0146247;REFB=0.00194942;REVB=0.0134722;RO=79;SAF=35;SAR=26;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068783;STB=0.538951;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00230085;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:79:81:61:61:0.429577:26:35:40:39:26:35:41:40 chr12 53045626 . T C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0108402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.978;QD=16.1062;RBI=0.0139698;REFB=-0.0255026;REVB=-0.00881166;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53382;STB=0.799631;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.021269;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:17:17:0.435897:14:3:15:6:14:3:15:7 chr12 53045777 . G A 66.05 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0275948;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.363;QD=9.78548;RBI=0.0301625;REFB=-0.0205494;REVB=-0.0121778;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119123;STB=0.581615;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0316842;OID=.;OPOS=53045777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:27:27:11:18:7:9:0.333333:6:1:1:10:8:1:3:15 chr12 53069014 . T C 517.91 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0289589;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3335;QD=20.3103;RBI=0.0316812;REFB=-0.0219671;REVB=-0.0128485;RO=49;SAF=41;SAR=11;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239682;STB=0.609621;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0215673;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:49:52:53:0.519608:11:41:28:21:12:41:29:20 chr12 53070121 . T G 1029.76 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0156292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1756;QD=58.0145;RBI=0.0339887;REFB=-0.0208062;REVB=-0.0301821;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00138453;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:36:34:0:0:36:34:1:0 chr12 53070145 . G A 260.38 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00275993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6444;QD=15.0946;RBI=0.0423575;REFB=-0.00925682;REVB=0.0422675;RO=39;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180467;STB=0.601847;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0216525;OID=.;OPOS=53070145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:13:17:15:24:13:17:15:24 chr12 53085089 . T C 541.69 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136177;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.366;QD=60.1873;RBI=0.016597;REFB=0;REVB=0.00948782;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34462e-05;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr12 53086645 . G A 324.48 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0194492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.153;QD=18.5418;RBI=0.0536019;REFB=-0.0227531;REVB=0.0499489;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172596;STB=0.585318;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0177652;OID=.;OPOS=53086645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:34:35:0.5:16:18:11:22:17:18:12:23 chr12 53088484 . C T 498.69 PASS AF=0.5;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.010846;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8271;QD=19.1804;RBI=0.0345765;REFB=0.0155786;REVB=-0.0328314;RO=51;SAF=38;SAR=14;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0137502;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:51:52:52:52:0.5:14:38:37:14:14:38:38:14 chr12 53090190 . C T 239.51 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0256141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4325;QD=14.299;RBI=0.070997;REFB=-0.00968688;REVB=-0.0662155;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194954;STB=0.60183;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0117391;OID=.;OPOS=53090190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:28:28:0.41791:13:15:13:25:13:15:14:25 chr12 53091566 . C A 380.01 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00465569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.561;QD=13.2177;RBI=0.0164556;REFB=-0.0164223;REVB=-0.0157833;RO=70;SAF=31;SAR=14;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137741;STB=0.57842;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0318983;OID=.;OPOS=53091566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:14:31:40:30:14:31:40:30 chr12 53096913 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.392;QD=55.656;RBI=0.0304922;REFB=0;REVB=0.00890221;RO=0;SAF=1;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07858e-05;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:26:1:0:0:26:1:0:0 chr12 53162528 . G A 1332.66 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023582;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.983;QD=59.8948;RBI=0.0457027;REFB=-0.120448;REVB=0.0391487;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00064288;OID=.;OPOS=53162528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:89:0:1:86:88:0.988764:35:51:0:0:36:52:1:0 chr12 53162773 . A G 490.84 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3049;QD=57.7461;RBI=0.0701001;REFB=0;REVB=-0.0145238;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409124;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:31:34:1:15:16:0:0:15:19:0:0 chr12 53165939 . GC AT,GT 951.96 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=4,62;DP=66;FAO=4,62;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=4,44;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535124,0.0331102;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=171.165,83.5379;QD=57.6943;RBI=0.0305091,0.0396591;REFB=0,0;REVB=0.0300362,0.0218302;RO=0;SAF=4,44;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.25982e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0690349,-1.16245e-05;OID=.,.;OPOS=53165939,53165940;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:66:66:0:0:4,62:4,62:0.0606061,0.939394:0,18:4,44:0:0:0,18:4,44:0:0 chr12 53166592 . C T 607.78 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.00454069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.302;QD=22.5105;RBI=0.00925568;REFB=-0.015574;REVB=0.00806535;RO=48;SAF=25;SAR=35;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233571;STB=0.627618;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0159806;OID=.;OPOS=53166592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:35:25:34:14:35:25:34:14 chr12 53167395 . C T 845.0 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6791;QD=56.3334;RBI=0.11304;REFB=0;REVB=-0.011631;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814806;OID=.;OPOS=53167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:57:60:1:28:29:0:0:30:30:0:0 chr12 53185492 . C T 209.45 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0237824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5946;QD=9.62985;RBI=0.0258144;REFB=-0.0232673;REVB=0.0100388;RO=60;SAF=9;SAR=18;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182855;STB=0.607918;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0475263;OID=.;OPOS=53185492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:18:9:29:31:18:9:29:31 chr12 53186122 . G A 293.42 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0280535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.659;QD=14.8567;RBI=0.0288079;REFB=-0.0116667;REVB=-0.00654935;RO=46;SAF=25;SAR=8;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542396;STB=0.53082;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0209485;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:8:25:33:13:8:25:33:13 chr12 53204614 . C T 274.22 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00197368;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.892;QD=19.5873;RBI=0.00996764;REFB=-0.0330516;REVB=-0.00977028;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187809;STB=0.630011;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0165315;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:26:28:29:0.517857:19:9:12:10:19:10:16:10 chr12 53238347 . G A 66.34 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0268056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.228;QD=16.5861;RBI=0.028087;REFB=-0.00916419;REVB=-0.00838696;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072991;OID=.;OPOS=53238347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:16:7:7:8:9:0.5625:5:3:3:4:5:4:3:4 chr12 53240584 . A G 225.87 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0400739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.151;QD=17.0471;RBI=0.0488542;REFB=0.00962962;REVB=-0.0279431;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108765;STB=0.50613;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0134031;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:12:16:14:11:12:16 chr12 53242579 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0115863;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.203;QD=20.838;RBI=0.0207361;REFB=-0.00671204;REVB=-0.0171972;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338781;STB=0.691926;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0032044;OID=.;OPOS=53242579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:0:5:4:5:0:5 chr12 53343493 . G A 287.64 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0752646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4985;QD=18.5573;RBI=0.0820795;REFB=-0.0135388;REVB=-0.0327459;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11796;STB=0.565914;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0355396;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:15:16:12:19:15:16 chr12 53433089 . C A 1556.23 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.018;QD=59.855;RBI=0.0431002;REFB=0;REVB=0.042655;RO=0;SAF=35;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18082e-05;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:69:35:0:0:69:35:0:0 chr12 53433486 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.492;QD=61.3364;RBI=0.00690872;REFB=0;REVB=-0.00548082;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0702e-06;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr12 53434105 . C A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00134311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9164;QD=36.3479;RBI=0.0748959;REFB=0.00817508;REVB=-0.0748838;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00488783;OID=.;OPOS=53434105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 251.45 PASS AF=0.690476;AO=28;DP=35;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00551126;FXX=0.142828;HRUN=2;LEN=11;MLLD=272.063;QD=23.9475;RBI=0.0240257;REFB=-0.0464352;REVB=0.023385;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.511103;STBP=0.895;TYPE=del;VARB=0.0183677;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.690476:28:35:29:42:13:23:6:10:3:67:0:23:5:0:0 chr12 53460186 . T TC 56.33 PASS AF=0.196078;AO=12;DP=53;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=39;FWDB=-0.0257183;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.2651;QD=4.41843;RBI=0.0276579;REFB=-0.00838516;REVB=-0.010175;RO=41;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536935;STB=0.745742;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.103529;OID=.;OPOS=53460187;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196078:12:53:10:51:41:2:8:2:39:56:41:3:9:1:40 chr12 53497402 . A G 1363.43 PASS AF=0.988764;AO=89;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.063999;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.567;QD=61.2776;RBI=0.129284;REFB=0.0471501;REVB=-0.112332;RO=0;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00704418;OID=.;OPOS=53497402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:0:1:89:88:0.988764:28:61:0:0:27:61:0:1 chr12 53497927 . C G 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646511;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.286;QD=59.8617;RBI=0.0201912;REFB=0;REVB=0.0191281;RO=0;SAF=30;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140878;OID=.;OPOS=53497927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:5:30:0:0:5:30:0:0 chr12 53509933 . C T 1716.23 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.306;QD=59.1805;RBI=0.0463872;REFB=0.00806786;REVB=0.0430257;RO=1;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798064;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=3.77999e-05;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:59:55:0:1:60:55:0:1 chr12 53563865 . G A 229.87 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.021757;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.878;QD=9.78159;RBI=0.0217625;REFB=-0.0177674;REVB=0.000488677;RO=64;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717923;STB=0.536058;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.038953;OID=.;OPOS=53563865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:64:65:29:29:0.308511:15:14:27:37:15:14:28:37 chr12 53574366 . C T 255.76 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=0;FWDB=0.018615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.931;QD=15.7392;RBI=0.121368;REFB=-0.0204377;REVB=0.119932;RO=33;SAF=26;SAR=3;SRF=33;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359117;STB=0.704456;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0272577;OID=.;OPOS=53574366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:36:29:29:0.446154:3:26:33:0:3:26:36:0 chr12 53604768 . A G 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.018046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.704;QD=36.006;RBI=0.022047;REFB=-0.0123914;REVB=0.0126653;RO=7;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367153;STB=0.535081;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000954921;OID=.;OPOS=53604768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:7:8:25:25:0.757576:13:12:4:3:13:12:5:3 chr12 53647373 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.651;QD=62.6708;RBI=0.0120266;REFB=0;REVB=0.00695605;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61418e-05;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr12 53662624 . C A 738.81 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.04;QD=54.7264;RBI=0.0259356;REFB=-0.118602;REVB=-0.0115185;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00028409;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:19:34:0:0:19:34:1:0 chr12 53670545 . C A 352.58 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0100148;FXX=0.0183469;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.8951;QD=13.1805;RBI=0.0119027;REFB=-0.0186496;REVB=0.00643262;RO=62;SAF=27;SAR=15;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171827;STB=0.603233;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0169845;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:62:65:42:42:0.392523:15:27:30:32:15:27:31:34 chr12 53681883 . A T 390.39 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.25;QD=55.7699;RBI=0.0165101;REFB=0;REVB=-0.0164165;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15159e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr12 53682326 . G A 751.37 PASS AF=0.424084;AO=81;DP=191;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=88;FSRR=22;FWDB=0.0562638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4453;QD=15.7355;RBI=0.0695095;REFB=-0.0155;REVB=0.0408162;RO=104;SAF=50;SAR=31;SRF=87;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25291;STB=0.617468;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0196261;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:104:110:81:81:0.424084:31:50:87:17:31:50:88:22 chr12 53682986 . C T 1396.25 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.704;QD=62.7526;RBI=0.0493929;REFB=0;REVB=0.0413636;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142437;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr12 53686703 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2031;QD=63.8705;RBI=0.0956027;REFB=0;REVB=0.0942633;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135993;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr12 53693532 . AA GC 98.0 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615864;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.77;QD=39.1993;RBI=0.00881419;REFB=0;REVB=0.00630563;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00244428;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr12 53700848 . C T 2131.98 PASS AF=0.985816;AO=137;DP=139;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0119915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8709;QD=60.4816;RBI=0.0414137;REFB=-0.0316614;REVB=0.0396396;RO=1;SAF=74;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638139;STB=0.500565;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00212498;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:141:1:2:137:139:0.985816:63:74:1:0:64:75:1:1 chr12 53700860 . A G 2388.5 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.455;QD=64.1209;RBI=0.0592915;REFB=0;REVB=0.0590432;RO=0;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89565e-05;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:73:76:0:0:73:76:0:0 chr12 53703021 . G A 934.6 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0310847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9086;QD=54.1795;RBI=0.0489488;REFB=-0.0873599;REVB=0.0378117;RO=3;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884326;STB=0.504684;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00448603;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:37:29:1:2:37:29:1:2 chr12 53722098 . A G 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.318;QD=58.1341;RBI=0.0345633;REFB=0;REVB=-0.030964;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92708e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr12 53722128 . G A 104.91 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0438542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5141;QD=14.4707;RBI=0.0521746;REFB=-0.0391996;REVB=0.0282666;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967959;STB=0.505609;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0625343;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:6:10:8:5:6:10 chr12 53822734 . C T 269.05 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0189447;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.942;QD=21.1021;RBI=0.0321551;REFB=-0.00586627;REVB=0.0259817;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127898;STB=0.576575;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00681387;OID=.;OPOS=53822734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:27:28:0.54902:18:9:11:12:19:9:11:12 chr12 54067544 . A G 152.34 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00703773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.788;QD=40.6236;RBI=0.0262583;REFB=-0.0461813;REVB=-0.0252976;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0088143;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:1:0:7:7:1:0 chr12 54105074 . T C 569.88 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00403697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.41;QD=16.0529;RBI=0.0109483;REFB=-0.0174565;REVB=-0.0101769;RO=80;SAF=36;SAR=25;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927045;STB=0.555641;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0347166;OID=.;OPOS=54105074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:81:61:61:0.429577:25:36:40:40:25:36:40:41 chr12 54109659 . C T 701.34 PASS AF=0.544;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0669659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2275;QD=22.443;RBI=0.0952943;REFB=-0.0160691;REVB=0.067798;RO=54;SAF=39;SAR=29;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0004507;STB=0.505641;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.014847;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:54:57:68:68:0.544:29:39:31:23:29:39:32:25 chr12 54109733 . A G 2755.08 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175231;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8692;QD=62.6155;RBI=0.0515497;REFB=0;REVB=-0.0484801;RO=0;SAF=98;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159624;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:175:176:1:77:98:0:0:77:99:0:0 chr12 54115875 . C T 321.74 PASS AF=0.617021;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0878713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.842;QD=27.3818;RBI=0.0952794;REFB=-0.0294735;REVB=0.0368348;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405033;STB=0.533609;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0244075;OID=.;OPOS=54115875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:18:18:27:29:0.617021:12:15:9:9:12:17:9:9 chr12 54340077 . G A 1659.62 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.817;QD=60.3498;RBI=0.00509289;REFB=0;REVB=0.00457106;RO=0;SAF=67;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10973e-06;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:42:67:0:0:42:68:0:0 chr12 54367061 . T G 1643.56 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.56;QD=59.2273;RBI=0.0319696;REFB=-0.039204;REVB=0.0114059;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000118494;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:57:53:0:0:57:53:1:0 chr12 54369667 . T TAGGGG,TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG 213.96 PASS AF=0,0.888889,0;AO=6,8,5;DP=35;FAO=0,16,0;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0202176,0.00568666,0.0216106;FXX=0.399867;HRUN=0,1,2;LEN=5,18,6;MLLD=92.1202,384.481,111.041;QD=47.5457;RBI=0.0284945,0.03439,0.0290835;REFB=-0.0155538,-0.00734369,-0.0151027;REVB=0.0200794,0.0339165,0.0194636;RO=4;SAF=6,0,5;SAR=0,8,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.812478,0,0.804028;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0,0.00138103,0;OID=.,.,.;OPOS=54369668,54369668,54369668;OREF=-,-,-;OALT=AGGGG,GCCCCACTACTTTAGGGG,TAGGGG;OMAPALT=TAGGGG,TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.888889,0:6,8,5:35:0,16,0:18:2:0,0,0:0,16,0:0:2:14:4:6,0,5:0,8,0:0:4 chr12 54385599 . C T 1511.81 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.372;QD=59.8737;RBI=0.0174929;REFB=0;REVB=0.0161086;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12726e-05;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr12 54406124 . CAAAAAAAAAAAAAAG CAAAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAGAA,CAAAAAAAAAAAGAAA,CAAAAAAAAAAGAAAAG,CAAAAAAAAAAGAAAG,CAAAAAAAAAGAAAAG 109.85 PASS AF=0.241379,0.62069,0,0,0.137931,0,0;AO=3,6,5,3,6,2,2;DP=36;FAO=7,18,0,0,4,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5,6,0,0,4,0,0;FSAR=2,12,0,0,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.24622,-0.355565,-0.14507,-0.100238,-0.109617,-0.116696,-0.106952;FXX=0.121175;HRUN=14,14,14,14,0,14,14;LEN=2,2,3,4,1,1,1;MLLD=9.50222,6.43089,14.1179,25.4658,156.683,159.092,158.697;QD=15.1521;RBI=0.256523,0.37095,0.155181,0.109103,0.113279,0.119724,0.111058;REFB=0,0,0,0,0,0,0;REVB=-0.0719699,-0.105721,-0.055097,-0.043078,-0.0285706,-0.026757,-0.0299173;RO=0;SAF=2,2,2,3,6,1,2;SAR=1,4,3,0,0,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp,ins,snp,snp;VARB=0.164983,-0.0624404,0,0,0.0934477,0,0;OID=.,.,.,.,.,.,.;OPOS=54406138,54406125,54406137,54406136,54406135,54406135,54406134;OREF=AG,AA,AAG,AAAG,-,A,A;OALT=GA,-,GAA,GAAA,G,G,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAGAA,CAAAAAAAAAAAGAAA,CAAAAAAAAAAGAAAAG,CAAAAAAAAAAGAAAG,CAAAAAAAAAGAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.241379,0.62069,0,0,0.137931,0,0:3,6,5,3,6,2,2:36:7,18,0,0,4,0,0:29:0:5,6,0,0,4,0,0:2,12,0,0,0,0,0:0:0:30:0:2,2,2,3,6,1,2:1,4,3,0,0,1,0:0:0 chr12 54406141 . A G 31.91 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0339431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.529;QD=2.5029;RBI=0.0345212;REFB=0.00050509;REVB=-0.00629149;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303991;STB=0.705313;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00258486;OID=.;OPOS=54406141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:51:39:45:6:6:0.117647:3:3:29:10:3:3:33:12 chr12 54406143 . G A 74.52 PASS AF=0.229167;AO=6;DP=44;FAO=11;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0336465;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.475;QD=6.2096;RBI=0.0343797;REFB=-0.0143347;REVB=0.0070622;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20236;STB=0.566257;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0636338;OID=.;OPOS=54406143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:44:48:30:35:6:11:0.229167:3:3:20:10:4:7:25:10 chr12 54496166 . G T 750.75 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199744;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7564;QD=63.894;RBI=0.0224835;REFB=0;REVB=-0.0103215;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224038;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr12 54496219 . A G 265.41 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00710556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.238;QD=27.2213;RBI=0.0183712;REFB=0.00827711;REVB=-0.0169414;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827004;STB=0.503223;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00426729;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:15:23:24:0.615385:11:12:8:7:11:13:8:7 chr12 54711574 . A G 78.92 PASS AF=0.9;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.158303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9141;QD=31.566;RBI=0.166447;REFB=-0.0420933;REVB=0.0514275;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0290898;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:8:9:0.9:6:2:0:1:6:3:0:1 chr12 54795212 . C T 384.62 PASS AF=0.405172;AO=42;DP=115;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00872348;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.263;QD=13.2628;RBI=0.0342354;REFB=0.00162173;REVB=0.0331054;RO=64;SAF=23;SAR=19;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00079945;STB=0.503191;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00147437;OID=.;OPOS=54795212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:64:69:42:47:0.405172:19:23:35:29:20:27:40:29 chr12 54799450 . A G 583.06 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155425;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.467;QD=61.3746;RBI=0.0165849;REFB=0;REVB=-0.00578717;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40346e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr12 54905815 . C G 877.47 PASS AF=0.969231;AO=60;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0886829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.502;QD=53.9982;RBI=0.0890177;REFB=-0.124696;REVB=0.00771378;RO=2;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392771;STB=0.520827;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00170085;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:60:63:0.969231:23:37:0:2:23:40:0:2 chr12 54970454 . T C 406.6 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.041525;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2448;QD=17.3019;RBI=0.0512189;REFB=-0.0446977;REVB=-0.0299843;RO=50;SAF=15;SAR=27;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200502;STB=0.602754;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0518247;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:50:52:42:42:0.446809:27:15:28:22:27:15:28:24 chr12 54971059 . GCCCCCCCA GCCCCCCAC 30.87 PASS AF=0.0846154;AO=10;DP=132;FAO=11;FDP=130;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=119;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=68;FSRR=51;FWDB=-0.00731004;FXX=0.0370343;HRUN=7;LEN=2;MLLD=67.5746;QD=0.949813;RBI=0.00732802;REFB=0.00245317;REVB=-0.000513013;RO=59;SAF=5;SAR=5;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115176;STB=0.65425;STBP=0.339;TYPE=mnp;VARB=-0.020516;OID=.;OPOS=54971066;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0846154:10:132:11:130:119:8:3:68:51:27:59:5:5:35:24 chr12 54972992 . T C 171.98 PASS AF=0.310811;AO=22;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0351141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.163;QD=9.29628;RBI=0.0490885;REFB=-0.00499778;REVB=-0.0343028;RO=51;SAF=4;SAR=18;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264176;STB=0.667566;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0231009;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:22:23:0.310811:18:4:18:33:19:4:18:33 chr12 54973623 . T C 1079.45 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.067;QD=59.9693;RBI=0.0104548;REFB=0;REVB=-0.00570136;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18559e-06;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:29:42:0:0:29:43:0:0 chr12 54975837 . T C 2066.02 PASS AF=0.971223;AO=135;DP=139;FAO=135;FDP=139;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0484664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2499;QD=59.4538;RBI=0.0701582;REFB=-0.102827;REVB=-0.0507265;RO=4;SAF=27;SAR=108;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455616;STB=0.524014;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00297916;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:139:4:4:135:135:0.971223:108:27:3:1:108:27:3:1 chr12 55248357 . G T 1496.59 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.604;QD=59.2711;RBI=0.0520524;REFB=0;REVB=0.0343357;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88475e-05;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:61:38:0:0:61:40:0:0 chr12 55250612 . A G 1512.68 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148411;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.052;QD=59.908;RBI=0.0328007;REFB=0;REVB=0.0292511;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010685;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:42:58:0:0:43:58:0:0 chr12 55344024 . G A 628.88 PASS AF=0.474453;AO=63;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0160609;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3258;QD=18.3616;RBI=0.102807;REFB=-0.00885484;REVB=0.101544;RO=71;SAF=32;SAR=31;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080057;STB=0.539799;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0109616;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:72:63:65:0.474453:31:32:42:29:32:33:42:30 chr12 55344133 . C G 988.8 PASS AF=0.497537;AO=101;DP=204;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.00274693;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.588;QD=19.4837;RBI=0.0121014;REFB=-0.00149501;REVB=0.0117855;RO=98;SAF=48;SAR=53;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236623;STB=0.517187;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0016725;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:98:102:101:101:0.497537:53:48:44:54:53:48:45:57 chr12 55355033 . C T 673.61 PASS AF=0.38806;AO=77;DP=199;FAO=78;FDP=201;FR=.;FRO=123;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.00959851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3051;QD=13.4052;RBI=0.0207333;REFB=0.00241513;REVB=-0.0183776;RO=122;SAF=36;SAR=41;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974202;STB=0.547907;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00406366;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:122:123:77:78:0.38806:41:36:68:54:41:37:68:55 chr12 55357635 . G T 823.47 PASS AF=0.589147;AO=75;DP=128;FAO=76;FDP=129;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=12;FWDB=0.016732;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.546;QD=25.534;RBI=0.0198638;REFB=-0.00534597;REVB=0.0107057;RO=52;SAF=38;SAR=37;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213797;STB=0.612375;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00348638;OID=.;OPOS=55357635;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:52:53:75:76:0.589147:37:38:41:11:38:38:41:12 chr12 55368245 . G A 866.63 PASS AF=0.427928;AO=95;DP=222;FAO=95;FDP=222;FR=.;FRO=127;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=0.0307067;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.819;QD=15.6149;RBI=0.0308683;REFB=-0.00730533;REVB=0.00315366;RO=127;SAF=55;SAR=40;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616579;STB=0.534384;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00950013;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:127:127:95:95:0.427928:40:55:66:61:40:55:66:61 chr12 55523586 . AT A 262.38 PASS AF=0.478632;AO=52;DP=118;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.154532;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2882;QD=8.97017;RBI=0.154712;REFB=0.0227203;REVB=0.00744703;RO=58;SAF=30;SAR=22;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258971;STB=0.509329;STBP=0.856;TYPE=del;VARB=0.00352594;OID=.;OPOS=55523587;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478632:52:118:56:117:61:33:23:37:24:99:58:30:22:35:23 chr12 55523685 . C T 1010.87 PASS AF=0.497585;AO=103;DP=208;FAO=103;FDP=207;FR=.;FRO=104;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.00658444;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.05;QD=19.5336;RBI=0.00735343;REFB=-0.0217833;REVB=0.00327386;RO=103;SAF=56;SAR=47;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882852;STB=0.546076;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0132804;OID=.;OPOS=55523685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:103:104:103:103:0.497585:47:56:46:57:47:56:47:57 chr12 55523860 . A C 304.99 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0252974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.075;QD=15.0614;RBI=0.0307438;REFB=-0.0170254;REVB=-0.0174706;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681818;STB=0.530285;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0308083;OID=.;OPOS=55523860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:47:34:34:0.419753:14:20:30:16:14:20:30:17 chr12 55524172 . G A 189.23 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.00244272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7025;QD=13.0505;RBI=0.0127353;REFB=-0.0121085;REVB=-0.0124988;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244847;STB=0.630812;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0114317;OID=.;OPOS=55524172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:35:23:23:0.396552:13:10:7:26:13:10:8:27 chr12 55524314 . T C 310.38 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0137895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.604;QD=21.4057;RBI=0.0177887;REFB=-0.00673635;REVB=0.0112378;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693361;STB=0.538437;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00401499;OID=.;OPOS=55524314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:11:21:15:11:11:21:15:11 chr12 55641075 . A G 218.97 PASS AF=0.393939;AO=17;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0132148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.775;QD=13.2711;RBI=0.0912035;REFB=-0.0205375;REVB=0.090241;RO=40;SAF=12;SAR=5;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107198;STB=0.598079;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0410057;OID=.;OPOS=55641075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:17:26:0.393939:5:12:25:15:14:12:25:15 chr12 55641255 . C T 402.17 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0110615;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.186;QD=13.4057;RBI=0.0134171;REFB=-0.0193905;REVB=-0.00759344;RO=72;SAF=23;SAR=24;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332069;STB=0.514371;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0267339;OID=.;OPOS=55641255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:72:73:47:47:0.391667:24:23:33:39:24:23:34:39 chr12 55641295 . A G 473.44 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00698537;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.751;QD=14.5673;RBI=0.0460709;REFB=-0.0188969;REVB=0.0455383;RO=77;SAF=28;SAR=25;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439449;STB=0.502475;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0423692;OID=.;OPOS=55641295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:77:77:53:53:0.407692:25:28:41:36:25:28:41:36 chr12 55641328 . G A 582.41 PASS AF=0.424658;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0347546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6101;QD=15.9564;RBI=0.0617135;REFB=0.0112149;REVB=-0.0509968;RO=84;SAF=35;SAR=27;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422448;STB=0.523664;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0189914;OID=.;OPOS=55641328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:84:84:62:62:0.424658:27:35:44:40:27:35:44:40 chr12 55641920 . G A 75.53 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00674757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.33;QD=13.1364;RBI=0.0187674;REFB=-0.0306285;REVB=-0.0175125;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488322;STB=0.796734;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0321585;OID=.;OPOS=55641920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:22:23:12:13:9:10:0.434783:1:8:6:6:1:9:7:6 chr12 55642071 . G A 265.97 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0201265;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7165;QD=13.1345;RBI=0.0372432;REFB=-0.0230475;REVB=-0.0313366;RO=49;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105978;STB=0.568042;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0300447;OID=.;OPOS=55642071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:50:31:31:0.382716:11:20:27:22:11:20:27:23 chr12 55688267 . G A 832.01 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.947;QD=57.3798;RBI=0.0176249;REFB=0;REVB=2.74284e-05;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93691e-05;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr12 55714772 . G A 135.92 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0105772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2289;QD=17.5384;RBI=0.0358995;REFB=-0.0044811;REVB=0.0343059;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146539;STB=0.583229;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0068361;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:4:12:9:6:4:12 chr12 55714876 . C G 505.46 PASS AF=0.521277;AO=47;DP=92;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0174941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7383;QD=21.5089;RBI=0.0352577;REFB=-0.00415737;REVB=0.0306115;RO=43;SAF=27;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115099;STB=0.571399;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00569864;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:43:45:47:49:0.521277:20:27:19:24:21:28:19:26 chr12 55715119 . G A 271.26 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0284132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.604;QD=16.9537;RBI=0.0285521;REFB=-0.00604525;REVB=0.00281302;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215268;STB=0.626967;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00831178;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:13:17:11:22:13:17:11:23 chr12 55725746 . A T 393.13 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.00760481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.491;QD=13.674;RBI=0.00958419;REFB=-0.00204592;REVB=-0.00583296;RO=66;SAF=18;SAR=28;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267434;STB=0.661187;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00424132;OID=.;OPOS=55725746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:69:46:46:0.4:28:18:43:23:28:18:46:23 chr12 55794976 . A G 415.95 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00603353;FXX=0.0253133;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.876;QD=21.6077;RBI=0.0190781;REFB=-0.0116733;REVB=0.0180989;RO=36;SAF=29;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119293;STB=0.566127;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0102566;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:36:36:41:41:0.532468:12:29:21:15:12:29:21:15 chr12 55805617 . A C 907.53 PASS AF=0.472637;AO=95;DP=198;FAO=95;FDP=201;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.00426868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.798;QD=18.0604;RBI=0.0121656;REFB=-0.0368121;REVB=0.0113921;RO=102;SAF=43;SAR=52;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035451;STB=0.536397;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0340979;OID=.;OPOS=55805617;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:102:106:95:95:0.472637:52:43:50:52:54:41:53:53 chr12 55805787 . C A 614.23 PASS AF=0.477273;AO=61;DP=130;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0128812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.818;QD=18.613;RBI=0.0161528;REFB=0.00143216;REVB=0.00974616;RO=69;SAF=36;SAR=25;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943726;STB=0.550069;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00148797;OID=.;OPOS=55805787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:69:69:61:63:0.477273:25:36:34:35:26:37:34:35 chr12 55805864 . T A 664.83 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0065035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.376;QD=19.1319;RBI=0.0143973;REFB=-0.00408765;REVB=-0.0128447;RO=71;SAF=37;SAR=30;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944817;STB=0.555777;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00443677;OID=.;OPOS=55805864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:72:67:67:0.482014:30:37:32:39:30:37:32:40 chr12 55806238 . A G 379.78 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0123981;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.222;QD=21.396;RBI=0.0175367;REFB=-0.022271;REVB=-0.0124026;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114775;STB=0.563347;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0202844;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:19:19:12:21:19:19:12:21 chr12 55806437 . T C 839.7 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=180;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.00901425;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.107;QD=18.557;RBI=0.0418909;REFB=-0.0067451;REVB=0.0409095;RO=94;SAF=42;SAR=44;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000936185;STB=0.503341;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00733159;OID=.;OPOS=55806437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:94:95:86:86:0.475138:44:42:46:48:44:42:47:48 chr12 55806558 . A G 546.96 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0282003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4108;QD=20.2579;RBI=0.0299145;REFB=-0.00390376;REVB=0.00998086;RO=50;SAF=15;SAR=41;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954166;STB=0.545988;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0017272;OID=.;OPOS=55806558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:52:56:56:0.518519:41:15:18:32:41:15:18:34 chr12 55806629 . G C 592.03 PASS AF=0.572816;AO=55;DP=99;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0723437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7606;QD=22.9916;RBI=0.0725016;REFB=0.0091434;REVB=0.00478277;RO=44;SAF=28;SAR=27;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994059;STB=0.537914;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0257854;OID=.;OPOS=55806629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:44:44:55:59:0.572816:27:28:17:27:31:28:17:27 chr12 55807293 . A G 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=0.0306186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0665;QD=14.6591;RBI=0.0541127;REFB=-0.0435901;REVB=0.0446171;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.716865;STB=0.904273;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0438421;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:17:0:11:2:17:0 chr12 55807493 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0150407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.803;QD=11.3237;RBI=0.0241077;REFB=-0.0263309;REVB=0.0188404;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16505;STB=0.595605;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0470809;OID=.;OPOS=55807493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:13:10:24:17:13:10:24:17 chr12 55808469 . C G 2208.22 PASS AF=0.986111;AO=137;DP=140;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0140729;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.614;QD=61.3395;RBI=0.047389;REFB=-0.110684;REVB=-0.0452512;RO=1;SAF=85;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905428;STB=0.501647;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00120672;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:144:1:2:137:142:0.986111:52:85:0:1:55:87:1:1 chr12 55820121 . C T 1401.09 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0204841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1533;QD=58.3786;RBI=0.0205808;REFB=0.0192559;REVB=-0.00199237;RO=4;SAF=53;SAR=39;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613891;STB=0.503242;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00861633;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:4:4:92:92:0.958333:39:53:2:2:39:53:2:2 chr12 55863381 . A G 449.91 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0662315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0602;QD=48.6385;RBI=0.0662736;REFB=-0.143127;REVB=0.00236296;RO=3;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962961;STB=0.539605;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0156337;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:37:37:3:4:33:33:0.891892:13:20:0:3:13:20:1:3 chr12 55863537 . C T 114.66 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.017037;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.397;QD=26.9788;RBI=0.0290687;REFB=-0.0174856;REVB=0.0235527;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157187;STB=0.588093;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00375546;OID=.;OPOS=55863537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:18:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:1:4:6:6:1:4 chr12 55886294 . G A 180.14 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0272089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.102;QD=20.0156;RBI=0.0748667;REFB=0.00281217;REVB=-0.0697474;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521373;STB=0.5045;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00657978;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:17:19:0.527778:8:9:10:7:8:11:10:7 chr12 55886379 . C T 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.031727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.208;QD=15.9162;RBI=0.031996;REFB=-0.0121496;REVB=-0.00414051;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0132864;OID=.;OPOS=55886379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:7:8:6:7:7:8 chr12 55945119 . A G 1070.36 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535456;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.577;QD=57.8575;RBI=0.0585468;REFB=0;REVB=0.023677;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134027;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:74:0:0:66:74:1:37:29:0:0:37:37:0:0 chr12 55945258 . T C 76.65 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0120768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.664;QD=12.7743;RBI=0.0121296;REFB=-0.0124874;REVB=0.00113099;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215705;STB=0.512794;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0217253;OID=.;OPOS=55945258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:3:11:8:2:3:11 chr12 55945856 . A G 431.33 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.041157;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0892;QD=35.2107;RBI=0.0487754;REFB=-0.0532309;REVB=0.026175;RO=15;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116124;STB=0.563071;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.020053;OID=.;OPOS=55945856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:16:18:11:4:16:18:11:4 chr12 56089357 . C T 1395.47 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.123;QD=62.7177;RBI=0.106634;REFB=0;REVB=0.04084;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191616;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr12 56115585 . C T 194.77 PASS AF=0.46;AO=18;DP=47;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0259749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7029;QD=15.5819;RBI=0.0259765;REFB=-0.0276169;REVB=0.000285987;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097203;STB=0.548343;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0375048;OID=.;OPOS=56115585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:22:27:18:23:0.46:5:13:14:8:6:17:18:9 chr12 56224607 . A ACG,G 123.36 PASS AF=0.25,0.046875;AO=13,7;DP=73;FAO=16,3;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=3,0;FSAR=13,3;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0730543,-0.0633618;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=112.588,57.0254;QD=7.70986;RBI=0.0757495,0.100955;REFB=-0.0394692,-0.0287758;REVB=-0.0200264,-0.0785956;RO=51;SAF=2,1;SAR=11,6;SRF=26;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.474896,-0.448293;STB=0.72366,0.996136;STBP=0.069,0.072;TYPE=ins,snp;VARB=0.0934374,0.212931;OID=.,.;OPOS=56224608,56224607;OREF=-,A;OALT=CG,G;OMAPALT=ACG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:64:51:45:13,7:16,3:0.25,0.046875:11,6:2,1:26:25:13,3:3,0:20:25 chr12 56224619 . A G 47.7 PASS AF=0.144928;AO=11;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.0818889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3011;QD=2.76519;RBI=0.0837217;REFB=-0.0161264;REVB=-0.0174222;RO=56;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371404;STB=0.695321;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.103942;OID=.;OPOS=56224619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:69:69:56:59:11:10:0.144928:5:6:14:42:5:5:16:43 chr12 56233518 . G A 113.08 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00372724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5101;QD=17.3967;RBI=0.0654141;REFB=0.0192669;REVB=-0.0653078;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288901;STB=0.669263;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0229826;OID=.;OPOS=56233518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:8:5:2:11:8:5 chr12 56236531 . A G 1981.8 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7046;QD=61.9312;RBI=0.0404413;REFB=0;REVB=0.0202865;RO=0;SAF=91;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110235;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:128:0:0:121:128:1:30:91:0:0:31:97:0:0 chr12 56295734 . A G 142.94 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.092;QD=43.9819;RBI=0.0654412;REFB=0;REVB=-0.045661;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498363;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:6:5:0:0:7:6:0:0 chr12 56330572 . G A 539.9 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0124235;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.203;QD=16.2374;RBI=0.0247341;REFB=-0.029131;REVB=0.0213876;RO=73;SAF=28;SAR=30;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444624;STB=0.531727;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0444191;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:75:58:58:0.43609:30:28:32:41:30:28:32:43 chr12 56335107 . A G 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00680112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.54;QD=16.0643;RBI=0.0194455;REFB=-0.0278987;REVB=0.0182174;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128966;STB=0.572946;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0148422;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:16:10:16:15:16:10:16:15 chr12 56348028 . G A 209.18 PASS AF=0.5;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0482282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8888;QD=19.922;RBI=0.0539365;REFB=0.0174014;REVB=0.0241492;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382695;STB=0.5479;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0104938;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:19:21:0.5:8:11:13:8:10:11:13:8 chr12 56351277 . G A 579.25 PASS AF=0.546296;AO=55;DP=104;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.011386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.705;QD=21.4538;RBI=0.0114224;REFB=-0.0212243;REVB=-0.000910677;RO=49;SAF=30;SAR=25;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00480711;STB=0.503953;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0162766;OID=.;OPOS=56351277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:49:49:55:59:0.546296:25:30:27:22:27:32:27:22 chr12 56351346 . G A 326.31 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00317546;FXX=0.0294074;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.122;QD=19.7765;RBI=0.0037332;REFB=-0.0093986;REVB=-0.00196296;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136583;STB=0.575714;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0126997;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:21:11:17:17:21:11 chr12 56388479 . A G 125.22 PASS AF=0.123675;AO=35;DP=299;FAO=35;FDP=283;FR=.,HEALED;FRO=248;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=116;FSRR=132;FWDB=-0.0496521;FXX=0.0566648;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.4403;QD=1.76983;RBI=0.062643;REFB=-0.0191168;REVB=-0.0381944;RO=196;SAF=9;SAR=26;SRF=88;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263099;STB=0.695517;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.148507;OID=.;OPOS=56388479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:283:196:248:35:35:0.123675:26:9:88:108:26:9:116:132 chr12 56398454 . G C 1510.36 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0468564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.43;QD=58.0907;RBI=0.0471484;REFB=0.0794024;REVB=0.00523986;RO=1;SAF=64;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123213;STB=0.506328;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00501519;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:38:64:0:1:39:64:0:1 chr12 56435929 . C G 330.43 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00582165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.593;QD=50.8348;RBI=0.00590485;REFB=-0.0712935;REVB=-0.000987781;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264929;STB=0.513503;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00260679;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:24:25:0.961538:7:17:1:0:7:18:1:0 chr12 56495720 . C G 189.89 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00287948;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=141.072;QD=11.3365;RBI=0.00291376;REFB=-0.0066449;REVB=0.000445615;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180016;STB=0.582023;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00738905;OID=.;OPOS=56495720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:43:24:24:0.358209:12:12:13:26:12:12:16:27 chr12 56516156 . A G 362.41 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0372267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3422;QD=20.7092;RBI=0.0372745;REFB=-0.00490648;REVB=-0.00188646;RO=33;SAF=12;SAR=25;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222345;STB=0.623423;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00290929;OID=.;OPOS=56516156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:25:12:19:14:25:12:19:14 chr12 56551339 . C A,CAA,CAAA 130.44 PASS AF=0,0.181818,0.204545;AO=2,7,6;DP=51;FAO=0,8,9;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=0,6,6;FSAR=0,2,3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00915377,0.00142417,0.00030121;FXX=0.0638162;HRUN=1,6,6;LEN=1,2,3;MLLD=254.175,14.5089,18.4011;QD=11.8583;RBI=0.0370734,0.11792,0.0817956;REFB=0.00425601,-0.0315825,-0.0212971;REVB=-0.0359256,0.117912,0.081795;RO=24;SAF=1,6,4;SAR=1,1,2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.464903,0.199998;STB=0.5,0.666223,0.588033;STBP=1,0.367,0.496;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0641566,0.0318099;OID=.,.,.;OPOS=56551339,56551340,56551340;OREF=C,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,CAA,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:38:51:44:24:27:2,7,6:0,8,9:0,0.181818,0.204545:1,1,2:1,6,4:12:12:0,2,3:0,6,6:15:12 chr12 56628694 . A C 322.05 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0223672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0494;QD=28.0044;RBI=0.0365716;REFB=-0.00468828;REVB=-0.0289342;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788871;STB=0.543447;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0035906;OID=.;OPOS=56628694;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:11:7:14:14:11:7 chr12 56630764 . G A 340.36 PASS AF=0.48;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0302764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.048;QD=18.1524;RBI=0.0311025;REFB=-0.0115421;REVB=-0.0071208;RO=38;SAF=11;SAR=25;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409877;STB=0.732543;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00808016;OID=.;OPOS=56630764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:36:36:0.48:25:11:29:9:25:11:30:9 chr12 56635079 . AG AC,GA 246.71 PASS AF=0.520833,0;AO=20,2;DP=48;FAO=25,0;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11,0;FSAR=14,0;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0478589,-0.0423274;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=40.3236,21.9064;QD=20.5592;RBI=0.0624349,0.105999;REFB=-0.0660878,-0.0330691;REVB=-0.0400953,-0.0971812;RO=14;SAF=9,0;SAR=11,2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.141557,-0.608678;STB=0.539332,0.5;STBP=0.602,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0324328,0;OID=.,.;OPOS=56635080,56635079;OREF=G,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:23:20,2:25,0:0.520833,0:11,2:9,0:9:5:14,0:11,0:12:11 chr12 56636975 . C G 108.79 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0161734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.485;QD=13.5991;RBI=0.0327449;REFB=-0.0129478;REVB=0.0284719;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192474;STB=0.630141;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0175095;OID=.;OPOS=56636975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:6:6:13:6:7:6:13:6 chr12 56647911 . G C 174.18 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.073778;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2258;QD=11.2373;RBI=0.0783701;REFB=-0.00563988;REVB=0.0264325;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231111;STB=0.624169;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.011522;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:40:22:22:0.354839:12:10:26:13:12:10:26:14 chr12 56649601 . A G 656.02 PASS AF=0.41954;AO=69;DP=171;FAO=73;FDP=174;FR=.;FRO=101;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.026621;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.87;QD=15.081;RBI=0.0269559;REFB=-0.0306164;REVB=-0.0042357;RO=101;SAF=46;SAR=23;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178865;STB=0.607307;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0469054;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:101:101:69:73:0.41954:23:46:51:50:24:49:50:51 chr12 56679751 . A G 377.23 PASS AF=0.434783;AO=26;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0541152;FXX=0.0212743;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3534;QD=16.4014;RBI=0.0618173;REFB=-0.0166142;REVB=0.0298818;RO=45;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300689;STB=0.537592;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.024995;OID=.;OPOS=56679751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:52:26:40:0.434783:8:18:19:26:22:18:20:32 chr12 56711371 . C T 753.85 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00219752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.426;QD=21.0867;RBI=0.0231105;REFB=-0.0207907;REVB=-0.0230058;RO=69;SAF=44;SAR=29;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991199;STB=0.55836;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0227824;OID=.;OPOS=56711371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:69:70:73:73:0.51049:29:44:34:35:29:44:34:36 chr12 56718422 . T C 519.17 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00115381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.872;QD=25.638;RBI=0.0185175;REFB=-0.0349205;REVB=0.0184815;RO=33;SAF=27;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035655;STB=0.519493;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0206463;OID=.;OPOS=56718422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:21:27:17:16:21:27:17:16 chr12 56722060 . T G 1020.7 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0699903;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9173;QD=54.4374;RBI=0.0811932;REFB=-0.0769207;REVB=0.0411546;RO=4;SAF=23;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020076;STB=0.510635;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00375848;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:75:75:4:4:71:71:0.946667:48:23:2:2:48:23:2:2 chr12 56733531 . G A 389.18 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00103111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.922;QD=15.1139;RBI=0.0219341;REFB=0.00469081;REVB=-0.0219099;RO=58;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230181;STB=0.517873;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00554927;OID=.;OPOS=56733531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:21:23:29:29:21:23:29:30 chr12 56740682 . C G 287.02 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0191382;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.246;QD=18.2234;RBI=0.0197227;REFB=-0.0169585;REVB=-0.00476599;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014659;STB=0.508191;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0250833;OID=.;OPOS=56740682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:16:15:16:16:16:15:16:16 chr12 56743367 . T C 448.79 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0212586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.019;QD=16.0283;RBI=0.0215296;REFB=-0.0274507;REVB=-0.00340515;RO=62;SAF=23;SAR=27;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103243;STB=0.557669;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0353176;OID=.;OPOS=56743367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:27:23:35:27:27:23:35:27 chr12 56755457 . G C 237.7 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00803073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.989;QD=18.643;RBI=0.0128686;REFB=-0.0227658;REVB=-0.0100552;RO=26;SAF=19;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393448;STB=0.722128;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0222983;OID=.;OPOS=56755457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:6:19:9:17:6:19:9:17 chr12 56755489 . C G 318.76 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0308612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3007;QD=21.9832;RBI=0.03494;REFB=-0.00722089;REVB=0.0163825;RO=24;SAF=22;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310976;STB=0.666921;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00528525;OID=.;OPOS=56755489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:25:32:33:0.568966:10:22:7:17:10:23:8:17 chr12 56814653 . G A 457.73 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0243567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.4819;QD=17.7759;RBI=0.0285976;REFB=-0.0113147;REVB=-0.0149858;RO=54;SAF=35;SAR=14;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053472;STB=0.529789;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0109346;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:14:35:36:18:14:35:36:18 chr12 56815922 . C T 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.03609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.041;QD=18.7631;RBI=0.0361274;REFB=-0.00600425;REVB=0.00164319;RO=45;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712897;STB=0.544641;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00671005;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:20:22:27:18:20:22:28:18 chr12 56818922 . C T 224.06 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0340785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.99;QD=13.5796;RBI=0.0340957;REFB=-0.0213893;REVB=0.00108095;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115646;STB=0.551687;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0328497;OID=.;OPOS=56818922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:39:26:27:0.409091:14:12:13:24:15:12:14:25 chr12 56822378 . T A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00576656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0036;QD=15.5699;RBI=0.0939727;REFB=-0.016281;REVB=0.0937956;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0189783;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:6:6:4:7:6:6 chr12 56825311 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00268641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.733;QD=19.6681;RBI=0.00877387;REFB=-0.00386864;REVB=0.00835248;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169787;STB=0.611643;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0028084;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:6:13:9:9:6:13:9:10 chr12 56827694 . C G 222.34 PASS AF=0.6;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0320939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7371;QD=25.4107;RBI=0.0331883;REFB=0.0191417;REVB=0.00845258;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141557;STB=0.566333;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0189551;OID=.;OPOS=56827694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:14:20:21:0.6:11:9:9:5:11:10:9:5 chr12 56862886 . T C,G 635.83 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=39,2;DP=41;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=28,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151454,-0.00815747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.791,48.4699;QD=60.5554;RBI=0.0304052,0.017523;REFB=0,0;REVB=-0.0303674,-0.0155084;RO=0;SAF=11,0;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000636948,0.0238711;OID=.,.;OPOS=56862886,56862886;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:42:0:0:39,2:39,3:0.928571,0.0714286:28,2:11,0:0:0:28,3:11,0:0:0 chr12 56956213 . T C 804.48 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.073;QD=55.4816;RBI=0.0138802;REFB=-0.154789;REVB=0.00176624;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00126859;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:27:30:0:0:27:30:0:1 chr12 56989729 . GTTTTTTTTA GTTTTTTA,GTTTTTTTA,GTTTTTTTAT 184.65 PASS AF=0,0.96875,0.03125;AO=5,21,2;DP=32;FAO=0,31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11668,-0.215417,-0.237756;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=8.35487,7.73376,16.9795;QD=23.0818;RBI=0.116689,0.215816,0.238024;REFB=-0.0367891,-0.0301673,-0.0225496;REVB=0.00146888,0.0131309,0.0112956;RO=2;SAF=3,7,1;SAR=2,14,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0491618,-0.0296733,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0161268,-0.0113619,0.0735254;OID=.,.,.;OPOS=56989730,56989730,56989737;OREF=TT,T,TA;OALT=-,-,AT;OMAPALT=GTTTTTTA,GTTTTTTTA,GTTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.96875,0.03125:5,21,2:32:0,31,1:32:0:0,13,0:0,18,1:0:0:4:2:3,7,1:2,14,1:1:1 chr12 57106660 . A T 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0328536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.619;QD=18.6397;RBI=0.0401707;REFB=-0.0031727;REVB=-0.0231155;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102556;STB=0.557811;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00108356;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:17:8:11:15:17:8:11:15 chr12 57108203 . A G 330.59 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0312439;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3663;QD=18.1143;RBI=0.031893;REFB=-0.0137962;REVB=0.00640183;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133098;STB=0.507435;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00708713;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:18:17:19:19:18:17:19:19 chr12 57109792 . A G 180.32 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00434209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.058;QD=17.1728;RBI=0.0325094;REFB=-0.0171072;REVB=-0.0322181;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896712;STB=0.531773;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0202193;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:7:11:12:11:8:11:12:11 chr12 57109931 . A T 32.06 PASS AF=0.357143;AO=7;DP=17;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00170248;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.102;QD=9.15934;RBI=0.0325131;REFB=-0.0253955;REVB=-0.0324685;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.529293;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0509967;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:17:14:7:9:7:5:0.357143:3:4:3:4:3:2:4:5 chr12 57111145 . TTG T 32.71 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0874203;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=26.9622;QD=6.88678;RBI=0.112543;REFB=-0.0588785;REVB=0.0708777;RO=14;SAF=2;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342111;STB=0.773411;STBP=0.162;TYPE=del;VARB=0.119543;OID=.;OPOS=57111146;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:5:20:6:19:13:2:4:10:3:32:14:2:3:10:4 chr12 57114100 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00853974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.971;QD=11.3692;RBI=0.0217404;REFB=0.00476381;REVB=-0.019993;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425741;STB=0.752497;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00958033;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:3:8:6:13:3:8:6:13 chr12 57114307 . A T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0694152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.855;QD=21.3765;RBI=0.0695223;REFB=0.00957544;REVB=-0.00385633;RO=22;SAF=18;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210058;STB=0.619052;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0215744;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:5:18:13:9:5:18:13:9 chr12 57133140 . T G 210.38 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00282341;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5513;QD=18.2941;RBI=0.0185689;REFB=0.01539;REVB=-0.018353;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134881;STB=0.584339;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0187553;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:9:12:17:7:9:12:18:7 chr12 57137828 . T A 386.84 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00855455;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.395;QD=23.4449;RBI=0.00945715;REFB=-0.00942628;REVB=0.00403204;RO=27;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618501;STB=0.54138;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00786054;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:20:18:15:12:20:18:16:12 chr12 57396805 . A AC 31.75 PASS AF=0.105263;AO=20;DP=118;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=33;FWDB=-0.0115299;FXX=0.0086949;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.9684;QD=1.11412;RBI=0.0322005;REFB=-0.0016297;REVB=-0.0300655;RO=97;SAF=7;SAR=13;SRF=64;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37862;STB=0.945354;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.0613556;OID=.;OPOS=57396806;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.105263:20:118:12:114:102:1:11:69:33:31:97:7:13:64:33 chr12 57430827 . T TC 61.05 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=75;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0417305;FXX=0.0270234;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.4524;QD=3.3915;RBI=0.0705848;REFB=0.00403184;REVB=-0.0569279;RO=59;SAF=2;SAR=10;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417834;STB=0.83287;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=-0.115121;OID=.;OPOS=57430828;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:12:75:16:72:56:2:14:28:28:61:59:2:10:28:31 chr12 57485460 . AG A 30.16 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.168204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3771;QD=8.04311;RBI=0.196387;REFB=-0.0183035;REVB=0.101367;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=del;VARB=0.113816;OID=.;OPOS=57485461;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:15:7:15:8:3:4:3:5:29:6:3:4:2:4 chr12 57489648 . C T 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8512;QD=59.8635;RBI=0.0461131;REFB=0;REVB=-0.0250962;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66779e-05;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:42:62:0:0:42:62:0:0 chr12 57489709 . T C 596.33 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00685569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.285;QD=25.3757;RBI=0.0128079;REFB=-0.0255572;REVB=0.0108185;RO=40;SAF=30;SAR=24;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437285;STB=0.502391;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0179276;OID=.;OPOS=57489709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:24:30:22:18:24:30:22:18 chr12 57548466 . C T 176.98 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.011005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.397;QD=10.4107;RBI=0.016313;REFB=-0.00860383;REVB=-0.0120417;RO=45;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372916;STB=0.715858;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0337349;OID=.;OPOS=57548466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:8:15:14:31:8:15:14:31 chr12 57567762 . C T 93.72 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0334224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.165;QD=14.4188;RBI=0.0791429;REFB=-0.0460341;REVB=0.0717394;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533172;STB=0.810268;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0335386;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:26:26:13:14:10:12:0.461538:8:2:10:3:10:2:10:4 chr12 57588433 . G A 811.86 PASS AF=0.437811;AO=89;DP=201;FAO=88;FDP=201;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=-0.00489052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.562;QD=16.1564;RBI=0.0171318;REFB=-0.00437139;REVB=-0.016419;RO=111;SAF=42;SAR=47;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104261;STB=0.549955;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00633358;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:111:113:89:88:0.437811:47:42:64:47:46:42:64:49 chr12 57589659 . C T 288.38 PASS AF=0.383721;AO=31;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0652321;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1123;QD=13.4131;RBI=0.0690358;REFB=-0.0304862;REVB=0.0225989;RO=52;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142577;STB=0.580736;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0341041;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:53:31:33:0.383721:11:20:27:25:12:21:27:26 chr12 57589784 . A C 446.11 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112583;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1002;QD=57.5631;RBI=0.114528;REFB=0;REVB=-0.0210196;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315547;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:27:31:1:15:12:0:0:15:16:0:0 chr12 57590797 . C T 1060.22 PASS AF=0.549451;AO=100;DP=183;FAO=100;FDP=182;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0207184;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.662;QD=23.3016;RBI=0.0209439;REFB=-0.0335316;REVB=-0.00306506;RO=81;SAF=48;SAR=52;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292731;STB=0.512999;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0239594;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:81:82:100:100:0.549451:52:48:36:45:52:48:37:45 chr12 57590869 . T C 3455.1 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173919;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.961;QD=62.2541;RBI=0.022127;REFB=0.00673691;REVB=-0.0136794;RO=1;SAF=110;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427335;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2554e-05;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:222:1:0:221:222:1:111:110:0:1:112:110:0:0 chr12 57593101 . G A 386.98 PASS AF=0.401786;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0280418;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3303;QD=13.8208;RBI=0.0536084;REFB=-0.00431219;REVB=-0.0456894;RO=63;SAF=35;SAR=9;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469957;STB=0.782158;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0104428;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:63:67:44:45:0.401786:9:35:23:40:9:36:23:44 chr12 57593720 . CCG CC,C 42.86 PASS AF=0.217391,0.173913;AO=7,4;DP=28;FAO=5,4;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1,1;FSAR=4,3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.12678,-0.0652432;FXX=0.11534;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.6772,18.9963;QD=7.45418;RBI=0.127341,0.121043;REFB=-0.071334,-0.028822;REVB=0.0119343,0.101955;RO=10;SAF=0,1;SAR=7,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0.352941,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.780699,-0.372583;STB=0.699117,0.655416;STBP=0.376,0.521;TYPE=del,del;VARB=0.145913,0.0329043;OID=.,.;OPOS=57593722,57593721;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.217391,0.173913:7,4:28:5,4:23:14:1,1:4,3:6:8:22:10:0,1:7,3:6:4 chr12 57619362 . G A 1164.46 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254861;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.571;QD=60.4916;RBI=0.0263231;REFB=0;REVB=0.00658496;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288064;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:36:41:0:0 chr12 57627074 . G T 1113.58 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.873;QD=56.3838;RBI=0.0464274;REFB=-0.035066;REVB=0.0308729;RO=0;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000490662;OID=.;OPOS=57627074;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:77:78:0.987342:52:25:0:0:51:27:0:1 chr12 57866322 . T C 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0252867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.127;QD=22.1266;RBI=0.109305;REFB=-0.00867146;REVB=-0.10634;RO=33;SAF=32;SAR=8;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522847;STB=0.528911;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00744905;OID=.;OPOS=57866322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:8:32:25:8:8:32:25:8 chr12 57873042 . T C 431.98 PASS AF=0.56;AO=39;DP=72;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0297114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.655;QD=23.0391;RBI=0.0298189;REFB=-0.00488309;REVB=0.00252941;RO=32;SAF=17;SAR=22;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158616;STB=0.580965;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00424019;OID=.;OPOS=57873042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:32:33:39:42:0.56:22:17:8:24:23:19:9:24 chr12 57911160 . G A 262.61 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00162931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1905;QD=15.0063;RBI=0.00612936;REFB=0.000862685;REVB=0.00590884;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106462;STB=0.514783;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.000585723;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:12:18:23:16:12:18:23:17 chr12 57923114 . TG T 68.3 PASS AF=0.517241;AO=10;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.180325;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1588;QD=9.42083;RBI=0.231817;REFB=-0.090262;REVB=0.145677;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.366667;SSSB=0.306545;STB=0.650959;STBP=0.121;TYPE=del;VARB=0.137235;OID=.;OPOS=57923115;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:10:27:15:29:14:10:5:5:9:62:15:7:3:6:9 chr12 57927805 . TG CT,T 87.28 PASS AF=0,0.351724;AO=8,41;DP=152;FAO=0,51;FDP=145;FR=.;FRO=94;FSAF=0,31;FSAR=0,20;FSRF=64;FSRR=30;FWDB=0.0357417,0.141403;FXX=0.0522842;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=19.336,6.68087;QD=2.40786;RBI=0.0850202,0.218491;REFB=-0.0407461,-0.0723195;REVB=0.0771426,0.166564;RO=58;SAF=5,23;SAR=3,18;SRF=41;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.110446,-0.157917;STB=0.5,0.550705;STBP=1,0.412;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0909866;OID=.,.;OPOS=57927805,57927806;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:89:152:145:58:94:8,41:0,51:0,0.351724:3,18:5,23:41:17:0,20:0,31:64:30 chr12 57958313 . A G 1187.51 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.667;QD=60.8982;RBI=0.036417;REFB=0;REVB=0.0216556;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09615e-05;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:34:42:0:0:35:43:0:0 chr12 57963828 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00437317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.235;QD=12.213;RBI=0.0186726;REFB=-0.00710007;REVB=0.0181533;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446525;STB=0.526276;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00971924;OID=.;OPOS=57963828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:16:6:4:9:16:6 chr12 57994679 . C G 2258.73 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000740189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.891;QD=63.1812;RBI=0.0427654;REFB=0;REVB=0.042759;RO=0;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02882e-05;OID=.;OPOS=57994679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:143:0:0:138:143:1:80:58:0:0:84:59:0:0 chr12 57994743 . T G 2111.3 PASS AF=0.965035;AO=139;DP=143;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0627462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8818;QD=59.0573;RBI=0.0801258;REFB=-0.0109046;REVB=-0.0498304;RO=2;SAF=62;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147189;STB=0.508821;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00222924;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:143:143:2:5:139:138:0.965035:77:62:1:1:76:62:1:4 chr12 57995089 . T A,C 802.07 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,54;DP=56;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622054,0.0093083;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.549,261.457;QD=56.2856;RBI=0.0255488,0.0321818;REFB=0,0;REVB=0.0247799,0.0308063;RO=0;SAF=1,27;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0900215,-0.000966758;OID=.,.;OPOS=57995089,57995089;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:56:57:0:0:2,54:3,54:0.0526316,0.947368:1,27:1,27:0:0:1,27:2,27:0:0 chr12 58015494 . G A 1074.59 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8227;QD=58.0861;RBI=0.0612252;REFB=-0.10312;REVB=0.049111;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00186321;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:30:43:0:0:30:43:1:0 chr12 58019472 . T G 605.24 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.868;QD=60.5241;RBI=0.0828169;REFB=0;REVB=-0.0405298;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100025;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:1:0:37:40:1:21:16:1:0:23:17:0:0 chr12 58026001 . G A 753.7 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4549;QD=54.8142;RBI=0.0573765;REFB=0.0171878;REVB=0.0441008;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254518;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00177236;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:18:35:0:1:18:36:0:1 chr12 58112189 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.463;QD=57.2377;RBI=0.0318306;REFB=0;REVB=-0.0129091;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75738e-05;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr12 58126234 . C A 469.57 PASS AF=0.463636;AO=50;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00646797;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.373;QD=17.0754;RBI=0.00648511;REFB=-0.0212107;REVB=-0.000471309;RO=57;SAF=31;SAR=19;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584917;STB=0.536239;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0231503;OID=.;OPOS=58126234;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:59:50:51:0.463636:19:31:32:25:20:31:32:27 chr12 58153059 . A G 430.96 PASS AF=0.484536;AO=44;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0395492;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.065;QD=17.7716;RBI=0.0396576;REFB=-0.0117058;REVB=0.00292976;RO=48;SAF=19;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644391;STB=0.526766;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0156075;OID=.;OPOS=58153059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:50:44:47:0.484536:25:19:24:24:25:22:26:24 chr12 58174306 . T C 423.42 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00954218;FXX=0.0617208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5429;QD=22.2851;RBI=0.00996329;REFB=-0.00245768;REVB=0.00286599;RO=35;SAF=10;SAR=31;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159548;STB=0.588562;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00285503;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:76:35:35:41:41:0.539474:31:10:14:21:31:10:14:21 chr12 58176614 . T C 176.62 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0652331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.62;QD=14.4182;RBI=0.0968151;REFB=0.00919655;REVB=-0.0715389;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980003;STB=0.556686;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0248539;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:13:17:9:10:13:17 chr12 58177437 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00523411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.25;QD=15.2589;RBI=0.0142944;REFB=-0.0110315;REVB=0.0133017;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00386037;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr12 58177943 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.215;QD=35.5757;RBI=0.0477099;REFB=0;REVB=0.0475241;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091181;OID=.;OPOS=58177943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 58204283 . T C 1474.26 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.10846;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.5519;QD=62.0742;RBI=0.108473;REFB=-0.1864;REVB=0.00167769;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000578954;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:0:1:94:94:0.989474:48:46:0:0:48:46:0:1 chr12 58204606 . C T 443.46 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0125921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2378;QD=25.708;RBI=0.033532;REFB=0.00559379;REVB=-0.0310779;RO=27;SAF=18;SAR=24;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383979;STB=0.520998;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00896369;OID=.;OPOS=58204606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:24:18:13:14:24:18:13:14 chr12 58220823 . C T 35.67 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=0.0109823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.207;QD=1.50197;RBI=0.0149593;REFB=0.00250434;REVB=0.0101573;RO=86;SAF=8;SAR=1;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349653;STB=0.794084;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0262311;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:95:86:86:9:9:0.0947368:1:8:56:30:1:8:56:30 chr12 58220841 . C T 35.4 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.013174;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.103;QD=1.4596;RBI=0.0275363;REFB=-0.00443628;REVB=-0.0241805;RO=89;SAF=8;SAR=1;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355662;STB=0.80407;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0215934;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:99:97:89:88:9:9:0.0927835:1:8:57:32:1:8:56:32 chr12 58220844 . C T 35.12 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=0.0178386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7835;QD=1.4483;RBI=0.0425867;REFB=-0.00472616;REVB=0.0386706;RO=88;SAF=8;SAR=1;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360148;STB=0.80407;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0445429;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:97:88:88:9:9:0.0927835:1:8:56:32:1:8:56:32 chr12 58220872 . C T 38.14 PASS AF=0.104651;AO=8;DP=84;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.000316523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1001;QD=1.77401;RBI=0.00957659;REFB=-0.00926474;REVB=-0.00957135;RO=76;SAF=7;SAR=1;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329608;STB=0.651805;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0708809;OID=.;OPOS=58220872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:86:76:77:8:9:0.104651:1:7:49:27:2:7:49:28 chr12 58335515 . GGC G,GG 253.04 PASS AF=0.350877,0.333333;AO=18,18;DP=64;FAO=20,19;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=13,16;FSAR=7,3;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0360481,-0.00295624;FXX=0.0499917;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=16.9052,13.0041;QD=17.7575;RBI=0.266263,0.0618649;REFB=-0.0514837,-0.0749501;REVB=-0.263811,-0.0617943;RO=21;SAF=10,16;SAR=8,2;SRF=18;SRR=3;SSEN=0.594203,0;SSEP=0,0.509542;SSSB=-0.304428,0.0704476;STB=0.601135,0.507928;STBP=0.265,0.992;TYPE=del,del;VARB=0.0566627,0.131833;OID=.,.;OPOS=58335516,58335517;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877,0.333333:18,18:64:20,19:57:18:13,16:7,3:15:3:77:21:10,16:8,2:18:3 chr12 58335626 . A T 833.85 PASS AF=0.512195;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=60;FSRR=20;FWDB=-0.00239246;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.278;QD=20.3378;RBI=0.0336535;REFB=-0.0197225;REVB=0.0335684;RO=78;SAF=51;SAR=33;SRF=58;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129876;STB=0.575384;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0199278;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:78:80:84:84:0.512195:33:51:58:20:33:51:60:20 chr12 58350631 . C T 603.38 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0345983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3717;QD=20.4537;RBI=0.0401449;REFB=-0.0252412;REVB=-0.020361;RO=57;SAF=25;SAR=36;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13372;STB=0.573641;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0324997;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:57:61:61:0.516949:36:25:32:25:36:25:32:25 chr12 59266456 . T C 653.62 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=0.00275456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5158;QD=19.2242;RBI=0.0348298;REFB=-0.0473747;REVB=0.0347207;RO=67;SAF=37;SAR=29;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162365;STB=0.581849;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.06136;OID=.;OPOS=59266456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:67:70:66:66:0.485294:29:37:49:18:29:37:50:20 chr12 59282648 . C T 303.9 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0442713;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.863;QD=18.7016;RBI=0.0443184;REFB=-0.0118319;REVB=0.00204229;RO=32;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158823;STB=0.573758;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00791496;OID=.;OPOS=59282648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:32:33:0.507692:23:9:14:18:23:10:14:18 chr12 59980579 . T A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00273734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.694;QD=21.3532;RBI=0.0143642;REFB=-0.00843949;REVB=-0.014101;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00485218;OID=.;OPOS=59980579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:4:5:6:7:4:5 chr12 60127590 . A T 259.44 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.000722058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.798;QD=14.2161;RBI=0.0108855;REFB=-0.0104742;REVB=0.0108615;RO=42;SAF=9;SAR=21;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433613;STB=0.749191;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0141337;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:21:9:31:11:21:9:32:11 chr12 60161941 . G GA 108.47 PASS AF=0.439394;AO=23;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0559052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.8815;QD=6.57397;RBI=0.0991703;REFB=-0.0304179;REVB=0.0819107;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501672;STB=0.504851;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=0.0237945;OID=.;OPOS=60161942;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439394:23:66:29:66:37:12:17:15:22:99:39:9:14:17:22 chr12 60173356 . A T 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0663195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.101;QD=8.11418;RBI=0.0664207;REFB=-0.00180918;REVB=-0.00366496;RO=38;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347621;STB=0.710245;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00413883;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:9:5:25:13:9:5:25:13 chr12 60735645 . A G 485.7 PASS AF=0.495238;AO=50;DP=104;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0156895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.606;QD=18.5028;RBI=0.0220573;REFB=-0.0279271;REVB=0.0155036;RO=54;SAF=25;SAR=25;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346304;STB=0.51428;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0275579;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:53:50:52:0.495238:25:25:29:25:26:26:28:25 chr12 62104219 . A C 198.31 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0727735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8602;QD=13.2207;RBI=0.088099;REFB=-0.0130121;REVB=0.0496534;RO=36;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115646;STB=0.566609;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0230571;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:17:7:14:22:17:7:14:22 chr12 62114671 . T C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00286069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4101;QD=15.2675;RBI=0.0447849;REFB=-0.0220975;REVB=0.0446934;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160372;STB=0.590958;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0286159;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:16:10:18:15:16:10:18:15 chr12 62696599 . C T 707.73 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0101526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.977;QD=18.5027;RBI=0.0303979;REFB=-0.023724;REVB=-0.0286523;RO=77;SAF=44;SAR=30;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106789;STB=0.559439;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.02576;OID=.;OPOS=62696599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:77:79:74:74:0.48366:30:44:37:40:30:44:38:41 chr12 62778065 . A G 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.379;QD=59.8528;RBI=0.0547391;REFB=0;REVB=0.0517533;RO=0;SAF=56;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08705e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583448;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:15:56:0:0:15:56:0:0 chr12 62810961 . AG A,AA 2250.43 PASS AF=0.151724,0.848276;AO=42,95;DP=138;FAO=22,123;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=12,55;FSAR=10,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014352,0.00262302;FXX=0.00684885;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=280.543,283.618;QD=62.0807;RBI=0.0176465,0.0197256;REFB=0,0;REVB=0.017588,0.0195505;RO=0;SAF=20,44;SAR=22,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00140485,0.00635602;OID=.,.;OPOS=62810962,62810962;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.151724,0.848276:42,95:138:22,123:145:0:12,55:10,68:0:0:25:0:20,44:22,51:0:0 chr12 62926398 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.738;QD=59.4356;RBI=0.0297044;REFB=0;REVB=0.0267337;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29694e-05;OID=.;OPOS=62926398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr12 62928633 . G A 1102.03 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178181;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.776;QD=60.3851;RBI=0.0193407;REFB=0;REVB=0.00752184;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61452e-06;OID=.;OPOS=62928633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr12 62986620 . G A 1605.11 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.899;QD=60.0042;RBI=0.106048;REFB=0;REVB=-0.00274018;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126769;OID=.;OPOS=62986620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:101:107:1:58:43:0:0:58:49:0:0 chr12 62990871 . C A 908.28 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108621;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.377;QD=58.5984;RBI=0.0111248;REFB=0;REVB=0.00240341;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78418e-05;OID=.;OPOS=62990871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 63083521 . G A 368.25 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=-0.0226371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.506;QD=12.9211;RBI=0.0265559;REFB=-0.0163036;REVB=-0.0138844;RO=70;SAF=25;SAR=19;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132756;STB=0.575009;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0183944;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:19:25:48:22:19:25:48:22 chr12 63359168 . G A 661.09 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=173;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.000658197;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.21;QD=15.3743;RBI=0.00732528;REFB=-0.00137292;REVB=-0.00729565;RO=98;SAF=38;SAR=35;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106202;STB=0.508926;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00191062;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:98:99:73:73:0.424419:35:38:50:48:35:38:50:49 chr12 63359409 . C A 306.45 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00303821;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.756;QD=22.7;RBI=0.0994735;REFB=-0.0201433;REVB=-0.0994271;RO=20;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599977;STB=0.502391;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0157152;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:23:31:31:0.574074:15:16:12:8:15:16:12:11 chr12 63544209 . A G 868.47 PASS AF=0.502857;AO=87;DP=175;FAO=88;FDP=175;FR=.;FRO=87;FSAF=60;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0288151;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2152;QD=19.8508;RBI=0.0372993;REFB=0.00475408;REVB=0.023684;RO=87;SAF=60;SAR=27;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126693;STB=0.564731;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00611725;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:87:87:87:88:0.502857:27:60:49:38:28:60:49:38 chr12 64062023 . A C 299.0 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0663108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.909;QD=14.2383;RBI=0.0666032;REFB=-0.00296307;REVB=0.0062341;RO=48;SAF=9;SAR=24;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076238;STB=0.545427;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00488366;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:50:33:34:0.404762:24:9:16:32:24:10:18:32 chr12 64062052 . G A 259.37 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00574656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.922;QD=14.212;RBI=0.00865309;REFB=-0.0181669;REVB=-0.00646939;RO=42;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010568;STB=0.503432;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0173538;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:19:11:15:27:19:11:16:27 chr12 64062065 . T C 261.57 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00968421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.639;QD=14.7365;RBI=0.0197928;REFB=-0.0166126;REVB=-0.0172618;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170688;STB=0.517591;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0230517;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:17:13:18:22:17:13:19:22 chr12 64472803 . A T 2007.5 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8886;QD=62.2482;RBI=0.0334679;REFB=0;REVB=-0.00709604;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80871e-05;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:69:60:0:0:69:60:0:0 chr12 64587633 . C A 732.01 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012721;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.502;QD=63.6526;RBI=0.0167222;REFB=0;REVB=0.0108539;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176577;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:16:30:0:0 chr12 64609562 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.927;QD=57.104;RBI=0.0278639;REFB=0;REVB=0.00460084;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42057e-05;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr12 64669090 . C A 3246.17 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8532;QD=61.8318;RBI=0.0940783;REFB=0;REVB=-0.088798;RO=0;SAF=117;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295919;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:210:210:1:93:117:0:0:93:117:0:0 chr12 64712511 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.678;QD=57.1758;RBI=0.0250366;REFB=0;REVB=-0.0088857;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67727e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr12 64712546 . A AGTT 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0183339;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.381;QD=15.6262;RBI=0.0191178;REFB=-0.013475;REVB=-0.00541862;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208009;STB=0.621162;STBP=0.233;TYPE=ins;VARB=0.0155037;OID=.;OPOS=64712547;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:19:46:19:46:27:15:4:17:10:99:27:15:4:17:10 chr12 64803798 . A C 465.02 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0191129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.653;QD=19.5799;RBI=0.0272403;REFB=-0.0117731;REVB=0.0194096;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115512;STB=0.564281;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00872508;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:17:29:25:24:17:29:25:24 chr12 65108160 . G C 774.72 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.613;QD=63.2427;RBI=0.0457758;REFB=0;REVB=0.0395813;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97418e-05;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr12 65146532 . C T 1902.03 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0985902;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0862;QD=61.3557;RBI=0.0988388;REFB=0;REVB=0.007005;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000701746;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:123:124:1:61:62:0:0:61:63:0:0 chr12 65150485 . C T 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9496;QD=59.1356;RBI=0.0813838;REFB=0;REVB=0.0469149;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174579;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr12 65154730 . C G 757.7 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3529;QD=56.126;RBI=0.0595173;REFB=0;REVB=-0.0055523;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199795;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr12 65448986 . G A 356.56 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0180495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.829;QD=19.2733;RBI=0.0285067;REFB=-0.0280882;REVB=0.0220646;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100306;STB=0.555861;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0299225;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:23:14:18:19:23:14:18:19 chr12 65514266 . T C 1236.77 PASS AF=0.933333;AO=84;DP=90;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0520589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2053;QD=54.9675;RBI=0.0661881;REFB=-0.150499;REVB=0.0408748;RO=6;SAF=56;SAR=28;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480952;STB=0.525418;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00917953;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:90:90:6:6:84:84:0.933333:28:56:6:0:28:56:6:0 chr12 65641020 . G T 462.82 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00599479;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5212;QD=18.3295;RBI=0.0105895;REFB=0.00783153;REVB=-0.00872925;RO=52;SAF=22;SAR=27;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100734;STB=0.555892;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0138816;OID=.;OPOS=65641020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:52:52:49:49:0.485149:27:22:29:23:27:22:29:23 chr12 65641985 . C T 961.76 PASS AF=0.497382;AO=94;DP=192;FAO=95;FDP=191;FR=.;FRO=96;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=0.0330539;FXX=0.00520806;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5837;QD=20.1415;RBI=0.0350827;REFB=-0.0159051;REVB=-0.0117571;RO=96;SAF=60;SAR=34;SRF=60;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131637;STB=0.509301;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0135662;OID=.;OPOS=65641985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:96:96:94:95:0.497382:34:60:60:36:34:61:60:36 chr12 65858631 . T C 98.93 PASS AF=0.267857;AO=13;DP=51;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.019698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.694;QD=7.06633;RBI=0.0415274;REFB=-0.0145782;REVB=-0.0365583;RO=37;SAF=9;SAR=4;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542339;STB=0.545395;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0407576;OID=.;OPOS=65858631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:56:37:41:13:15:0.267857:4:9:27:10:6:9:27:14 chr12 66358347 . C T 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.462;QD=60.3495;RBI=0.075547;REFB=0;REVB=-0.0142782;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246736;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr12 66359752 . C A 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381482;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.155;QD=58.4388;RBI=0.0106399;REFB=0;REVB=0.00993249;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51858e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr12 66532493 . A G 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0247449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.022;QD=11.6769;RBI=0.0281831;REFB=-0.0231021;REVB=0.01349;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256663;STB=0.501483;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0351533;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:14:13:23:25:14:13:23:25 chr12 66546100 . A G 284.49 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00487673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.141;QD=20.3206;RBI=0.0317916;REFB=-0.00456905;REVB=0.0314154;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038674;STB=0.513276;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00470923;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:13:17:13:12:13:17:14:12 chr12 66605228 . A G 166.26 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00571535;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.513;QD=9.77982;RBI=0.0115012;REFB=-0.00894915;REVB=-0.00998064;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0312732;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:45:46:22:22:0.323529:11:11:22:23:11:11:23:23 chr12 66725160 . C T 1344.85 PASS AF=0.967391;AO=87;DP=91;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00795121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.708;QD=58.4719;RBI=0.044153;REFB=-0.151273;REVB=-0.0434312;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517237;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000390221;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:0:3:87:89:0.967391:47:40:0:0:47:42:3:0 chr12 66731864 . C A 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0573648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.171;QD=55.5184;RBI=0.0577403;REFB=-0.0567911;REVB=0.00657457;RO=1;SAF=24;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190743;STB=0.510198;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00286678;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:9:24:1:0:9:24:1:0 chr12 66739539 . A G 1171.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.436;QD=60.8793;RBI=0.0460294;REFB=0;REVB=-0.0459455;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154233;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr12 66786091 . G C 538.52 PASS AF=1;AO=20;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.144;QD=59.8356;RBI=0.0195332;REFB=0;REVB=0.00748651;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150373;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:20:36:1:16:4:0:0:16:20:0:0 chr12 66814487 . C A 331.8 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0200669;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.552;QD=11.7452;RBI=0.0309698;REFB=-0.00542104;REVB=0.0235892;RO=72;SAF=20;SAR=21;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063919;STB=0.536547;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0102079;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:72:72:41:41:0.362832:21:20:31:41:21:20:31:41 chr12 67663571 . G A 1410.27 PASS AF=0.54321;AO=132;DP=243;FAO=132;FDP=243;FR=.;FRO=111;FSAF=82;FSAR=50;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.00192486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.442;QD=23.2143;RBI=0.00573124;REFB=-0.0186427;REVB=0.00539833;RO=108;SAF=82;SAR=50;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879816;STB=0.555117;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0179729;OID=.;OPOS=67663571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:108:111:132:132:0.54321:50:82:56:52:50:82:56:55 chr12 68045403 . G A 851.24 PASS AF=0.368613;AO=96;DP=268;FAO=101;FDP=274;FR=.;FRO=173;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=75;FSRR=98;FWDB=0.0169924;FXX=0.0108299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.076;QD=12.4269;RBI=0.0175224;REFB=-0.00928191;REVB=-0.00427687;RO=172;SAF=55;SAR=41;SRF=74;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160557;STB=0.601061;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0148288;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:274:172:173:96:101:0.368613:41:55:74:98:41:60:75:98 chr12 68052178 . G T 732.9 PASS AF=0.850746;AO=57;DP=67;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00474687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.887;QD=43.7554;RBI=0.0377274;REFB=-0.0735882;REVB=0.0374276;RO=8;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105564;STB=0.571628;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00178359;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:67:67:8:10:57:57:0.850746:24:33:1:7:24:33:1:9 chr12 68595787 . A G 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0102194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.208;QD=13.7733;RBI=0.0356232;REFB=-0.0126733;REVB=0.0341259;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10423;STB=0.548971;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.025979;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:10:10:12:18:10:10:13:18 chr12 69082805 . G A 187.66 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0278713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5594;QD=12.7223;RBI=0.03674;REFB=0.0235542;REVB=0.0239377;RO=36;SAF=17;SAR=6;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229041;STB=0.513196;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0205681;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:6:17:26:10:6:17:26:10 chr12 69115698 . G A 550.35 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0346472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9439;QD=14.5787;RBI=0.0627332;REFB=-0.00921093;REVB=-0.0522975;RO=88;SAF=25;SAR=37;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669753;STB=0.534694;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.015519;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:88:89:62:62:0.410596:37:25:41:47:37:25:41:48 chr12 69186904 . G A 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00638939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.377;QD=25.4507;RBI=0.0165005;REFB=-0.00955591;REVB=-0.0152132;RO=20;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119843;STB=0.565653;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00629996;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:15:17:14:6:15:17:14:6 chr12 69187427 . T A,G 712.25 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=47,3;DP=50;FAO=48,4;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=25,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254968,0.0252341;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.911,155.232;QD=54.7887;RBI=0.0297737,0.0361117;REFB=0,0;REVB=0.0153748,-0.025832;RO=0;SAF=22,0;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00075057,0.250866;OID=.,.;OPOS=69187427,69187427;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:50:52:0:0:47,3:48,4:0.923077,0.0769231:25,3:22,0:0:0:25,4:23,0:0:0 chr12 69187584 . AG AGA,GA 1132.82 PASS AF=0.974026,0.025974;AO=70,3;DP=78;FAO=75,2;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109235,-0.00757455;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=86.6244,67.0484;QD=58.8479;RBI=0.0352438,0.0312836;REFB=0,0;REVB=-0.0335082,-0.0303527;RO=2;SAF=37,3;SAR=33,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00150469,0.692188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00119741,0.00744967;OID=.,.;OPOS=69187586,69187584;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:78:77:2:0:70,3:75,2:0.974026,0.025974:33,0:37,3:1:1:35,0:40,2:0:0 chr12 69645864 . A G 149.89 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457942;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.691;QD=46.1197;RBI=0.0615974;REFB=0;REVB=0.0411962;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015616;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:2:13:1:0:2:0:0:4:9:0:0 chr12 69646914 . G A 555.76 PASS AF=0.95;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00334709;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.9;QD=55.5759;RBI=0.0130716;REFB=-0.0677719;REVB=0.0126358;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.526302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00133034;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:40:1:2:38:38:0.95:20:18:1:0:20:18:2:0 chr12 69794856 . G A 289.47 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.080224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.66;QD=14.8448;RBI=0.0825072;REFB=-0.0149739;REVB=-0.0192754;RO=42;SAF=11;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241334;STB=0.619395;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0266062;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:45:33:33:0.423077:22:11:24:18:22:11:24:21 chr12 69967862 . G A 686.56 PASS AF=0.479167;AO=68;DP=146;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.022154;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.046;QD=19.071;RBI=0.0260005;REFB=-0.0311047;REVB=-0.0136099;RO=73;SAF=31;SAR=37;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861234;STB=0.550006;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0372092;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:73:75:68:69:0.479167:37:31:40:33:37:32:42:33 chr12 69971500 . C T 391.0 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.857;QD=55.8572;RBI=0.0263152;REFB=0;REVB=0.0254581;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48257e-05;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:7:19:0:0:7:21:0:0 chr12 69971713 . C T 514.04 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0085761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.621;QD=14.3787;RBI=0.0127883;REFB=-0.0168252;REVB=-0.0094863;RO=86;SAF=47;SAR=10;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36696;STB=0.710061;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0280235;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:86:57:57:0.398601:10:47:47:39:10:47:47:39 chr12 69972227 . A T 375.8 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.0468026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.872;QD=14.5943;RBI=0.047319;REFB=-0.0255192;REVB=0.00697181;RO=54;SAF=22;SAR=21;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992422;STB=0.580916;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0489741;OID=.;OPOS=69972227;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:103:54:60:43:43:0.417476:21:22:33:21:21:22:39:21 chr12 69972381 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2452;QD=51.9111;RBI=0.00432905;REFB=0;REVB=0.00388187;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96534e-05;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr12 69973204 . A G 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.020375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.346;QD=8.66958;RBI=0.054718;REFB=0.0100836;REVB=0.050783;RO=42;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342523;STB=0.701921;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0117529;OID=.;OPOS=69973204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:7:11:13:29:7:11:13:29 chr12 70064295 . C T 301.09 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.000541464;FXX=0.0510152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.288;QD=12.9501;RBI=0.000804075;REFB=-0.018963;REVB=-0.000594435;RO=56;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941368;STB=0.555524;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0256783;OID=.;OPOS=70064295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:56:59:34:34:0.365591:19:15:20:36:19:15:21:38 chr12 70091432 . T C 726.8 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250968;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.627;QD=57.0039;RBI=0.0384046;REFB=0;REVB=0.02907;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012318;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr12 70210263 . T C 297.6 PASS AF=0.533333;AO=29;DP=57;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0359193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.578;QD=19.8402;RBI=0.0370021;REFB=0.00144044;REVB=0.00888611;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286964;STB=0.673989;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00173736;OID=.;OPOS=70210263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:27:28:29:32:0.533333:14:15:5:22:14:18:5:23 chr12 70321450 . C T 410.41 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.583;QD=54.7214;RBI=0.0302844;REFB=0;REVB=0.0112244;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162432;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:26:30:1:15:11:0:1:18:12:0:0 chr12 70330087 . A G 1404.08 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.187;QD=62.4035;RBI=0.0324238;REFB=0;REVB=0.021139;RO=0;SAF=65;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147424;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:23:65:0:0:24:66:0:0 chr12 70351684 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.053;QD=58.142;RBI=0.0231875;REFB=0;REVB=-0.00325965;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84731e-05;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr12 70352021 . C T 1729.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.306;QD=60.6767;RBI=0.0194107;REFB=0;REVB=-0.0161646;RO=0;SAF=73;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43626e-06;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:39:73:0:0:40:74:0:0 chr12 70912510 . C T 1564.46 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187188;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.547;QD=60.1716;RBI=0.0271609;REFB=0;REVB=0.0196805;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70298e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:104:0:0:104:104:1:47:57:0:0:47:57:0:0 chr12 70928616 . G A 1138.8 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127818;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.559;QD=60.736;RBI=0.0186399;REFB=0;REVB=0.0135673;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333152;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr12 70928724 . A G 1008.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.971;QD=59.3246;RBI=0.0256215;REFB=0;REVB=0.00633567;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44942e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr12 70954547 . G A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00794648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.226;QD=14.3995;RBI=0.0437363;REFB=0.0109392;REVB=0.0430084;RO=34;SAF=18;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182393;STB=0.604492;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0140562;OID=.;OPOS=70954547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:7:18:19:15:7:18:19:15 chr12 71016340 . C T 175.65 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0114573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.099;QD=11.9087;RBI=0.0286458;REFB=-0.00146323;REVB=-0.0262547;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480378;STB=0.527843;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00288274;OID=.;OPOS=71016340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:14:8:15:22:14:8:15:22 chr12 71029680 . A G 632.75 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0439186;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.232;QD=19.4693;RBI=0.06668;REFB=0.00428912;REVB=-0.0501736;RO=67;SAF=45;SAR=19;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2237;STB=0.619763;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00876712;OID=.;OPOS=71029680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:67:66:64:64:0.492308:19:45:32:35:19:45:32:34 chr12 71078528 . C T 215.92 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00755265;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.849;QD=8.90399;RBI=0.0721828;REFB=-0.00324502;REVB=-0.0717866;RO=69;SAF=13;SAR=15;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155041;STB=0.591609;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00988612;OID=.;OPOS=71078528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:69:69:28:28:0.28866:15:13:41:28:15:13:41:28 chr12 71139664 . T C 375.38 PASS AF=0.40367;AO=43;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00738922;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.16;QD=13.7753;RBI=0.0888373;REFB=-0.0319603;REVB=-0.0885295;RO=48;SAF=26;SAR=17;SRF=39;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21835;STB=0.524793;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0437348;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:48:65:43:44:0.40367:17:26:39:9:18:26:41:24 chr12 71509652 . T A 882.27 PASS AF=0.502825;AO=87;DP=173;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00501463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4247;QD=19.9382;RBI=0.0271625;REFB=-0.016783;REVB=-0.0266956;RO=86;SAF=50;SAR=37;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057749;STB=0.530955;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0131573;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:86:88:87:89:0.502825:37:50:44:42:39:50:44:44 chr12 71519096 . G C 341.81 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=8.97965e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.568;QD=15.8981;RBI=0.0154784;REFB=-0.0169911;REVB=-0.0154781;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159621;STB=0.594444;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0263198;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:19:18:31:17:19:18:32:17 chr12 71523134 . A C 320.8 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0424955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.668;QD=18.8705;RBI=0.0427073;REFB=-0.00327691;REVB=0.00424773;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170006;STB=0.594044;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00465441;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:20:14:8:26:20:14:8:26 chr12 71533534 . C G 653.94 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0157457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.618;QD=19.2335;RBI=0.0184876;REFB=-0.0121907;REVB=0.00968844;RO=69;SAF=28;SAR=38;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374383;STB=0.502278;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0120278;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:69:70:66:66:0.485294:38:28:29:40:38:28:30:40 chr12 71960208 . G A,T 1042.85 PASS AF=0.957746,0.0422535;AO=68,3;DP=71;FAO=68,3;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44,1;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993898,-0.00714375;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.837,118.041;QD=58.752;RBI=0.0205322,0.0305797;REFB=0,0;REVB=-0.0179663,-0.0297336;RO=0;SAF=44,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00024592,0.130951;OID=.,.;OPOS=71960208,71960208;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:71:0:0:68,3:68,3:0.957746,0.0422535:24,2:44,1:0:0:24,2:44,1:0:0 chr12 72013832 . A G 205.74 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0314386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.52;QD=14.6953;RBI=0.0393444;REFB=-0.0220075;REVB=0.0236558;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855785;STB=0.535685;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0261191;OID=.;OPOS=72013832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:12:11:18:14:12:12:18:14 chr12 72033252 . TAGTC T 728.42 PASS AF=0.408867;AO=83;DP=207;FAO=83;FDP=203;FR=.;FRO=120;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=-0.0285764;FXX=0.0193227;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.978;QD=14.353;RBI=0.0288318;REFB=-0.00951935;REVB=0.0038292;RO=119;SAF=30;SAR=53;SRF=50;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654153;STB=0.539787;STBP=0.365;TYPE=del;VARB=0.0144541;OID=.;OPOS=72033253;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408867:83:207:83:203:120:30:53:51:69:99:119:30:53:50:69 chr12 72071045 . A G 314.51 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00441066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.243;QD=14.9767;RBI=0.00677145;REFB=-0.00232965;REVB=0.00513796;RO=49;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14632;STB=0.582936;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00401112;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:13:22:24:25:13:22:24:25 chr12 72307616 . A G 689.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7651;QD=62.6366;RBI=0.032382;REFB=0;REVB=0.0216842;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37302e-05;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr12 72307637 . C G 595.99 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00624832;FXX=0.039208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.15;QD=48.6521;RBI=0.0114625;REFB=-0.0246137;REVB=0.00960975;RO=4;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470562;STB=0.525103;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0001743;OID=.;OPOS=72307637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:49:4:4:45:45:0.918367:20:25:1:3:20:25:1:3 chr12 72372862 . A G 370.21 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0220175;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.459;QD=22.1018;RBI=0.0223253;REFB=-0.0048624;REVB=0.00369449;RO=30;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715328;STB=0.545733;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00348811;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:30:36:37:0.552239:21:15:10:20:21:16:10:20 chr12 73058186 . G A 3117.82 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268068;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.052;QD=61.1338;RBI=0.00268893;REFB=-0.073373;REVB=-0.000210406;RO=1;SAF=114;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117731;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:204:204:1:0:203:204:1:89:114:0:1:90:114:0:0 chr12 74932159 . G C 1914.96 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.822;QD=61.773;RBI=0.033595;REFB=0;REVB=0.0239498;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92529e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:63:61:0:0:63:61:0:0 chr12 74932565 . T C 1328.74 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0573934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6022;QD=59.7185;RBI=0.0586035;REFB=0.020808;REVB=-0.0118477;RO=2;SAF=38;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273376;STB=0.501443;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00643954;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:49:38:1:1:49:38:1:1 chr12 74933166 . G A 1521.43 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.58;QD=56.8757;RBI=0.0385665;REFB=-0.068193;REVB=0.0313412;RO=3;SAF=41;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149906;STB=0.501945;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00162411;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:3:2:103:105:0.981308:62:41:2:1:63:42:1:1 chr12 74934634 . G A 766.74 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.269;QD=63.8946;RBI=0.0412502;REFB=0;REVB=0.0325776;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117935;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr12 74934637 . T C 666.89 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0139725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.309;QD=57.9907;RBI=0.0278287;REFB=-0.147653;REVB=0.0240666;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185832;STB=0.50099;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00113634;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:21:23:1:1:21:23:1:1 chr12 74934743 . G T 793.93 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.145;QD=63.5145;RBI=0.00422171;REFB=0;REVB=0.00304078;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224736;OID=.;OPOS=74934743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:19:31:0:0 chr12 74934937 . ATG AGT 49.61 PASS AF=0.15;AO=5;DP=42;FAO=6;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0191887;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=2;MLLD=53.4304;QD=4.96126;RBI=0.0694263;REFB=-0.0211255;REVB=-0.0667218;RO=28;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58118;STB=0.886029;STBP=0.108;TYPE=mnp;VARB=0.133301;OID=.;OPOS=74934938;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15:5:42:6:40:30:5:1:9:21:28:28:4:1:7:21 chr12 75698635 . C T 448.79 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00540963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.689;QD=18.6995;RBI=0.0179432;REFB=-0.00794937;REVB=-0.0171083;RO=46;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000910732;STB=0.533319;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00708411;OID=.;OPOS=75698635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:51:44:45:0.46875:21:23:24:22:21:24:24:27 chr12 75717011 . C A 474.92 PASS AF=0.350877;AO=58;DP=169;FAO=60;FDP=171;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.00850317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.457;QD=11.1093;RBI=0.00977751;REFB=-0.00626441;REVB=0.00482657;RO=108;SAF=31;SAR=27;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765641;STB=0.515525;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0111084;OID=.;OPOS=75717011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:108:111:58:60:0.350877:27:31:57:51:29:31:60:51 chr12 75760742 . G A 803.54 PASS AF=0.515924;AO=81;DP=162;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=0.00956011;FXX=0.0484819;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5258;QD=20.4723;RBI=0.0199442;REFB=-0.0314118;REVB=0.0175036;RO=74;SAF=42;SAR=39;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203647;STB=0.610096;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0282935;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:157:74:76:81:81:0.515924:39:42:21:53:39:42:22:54 chr12 76351726 . C G 124.88 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0309364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6676;QD=7.68471;RBI=0.0571413;REFB=0.0048459;REVB=0.0480423;RO=47;SAF=10;SAR=8;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754425;STB=0.545405;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00857743;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:8:10:29:18:8:10:29:18 chr12 76424937 . TTGC CTGT,T 261.7 PASS AF=0.0833333,0.666667;AO=8,15;DP=28;FAO=3,24;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=3,11;FSAR=0,13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0651556,0.0299168;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=196.501,112.683;QD=29.0782;RBI=0.0738144,0.0519032;REFB=-0.028513,-0.105029;REVB=0.0346887,0.0424138;RO=1;SAF=3,7;SAR=5,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.125393,-0.0607183;STB=0.995012,0.556628;STBP=0.192,0.312;TYPE=mnp,del;VARB=0.0596348,0.0371228;OID=.,.;OPOS=76424937,76424938;OREF=TTGC,TGC;OALT=CTGT,-;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:28:36:1:9:8,15:3,24:0.0833333,0.666667:5,8:3,7:1:0:0,13:3,11:6:3 chr12 76426110 . GGA G 203.6 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00939832;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.888;QD=12.3397;RBI=0.00960607;REFB=-0.0337191;REVB=-0.001987;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019029;STB=0.512356;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.0393145;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469697:30:63:31:66:35:14:17:15:20:99:27:14:16:12:15 chr12 76427547 . C CTTAAT 326.06 PASS AF=1;AO=22;DP=31;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342789;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=5;MLLD=253.397;QD=54.3432;RBI=0.0374881;REFB=0;REVB=-0.0151759;RO=7;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00024026;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:31:24:24:0:13:11:0:0:4:7:12:10:5:2 chr12 76449900 . T C 703.76 PASS AF=0.949153;AO=51;DP=57;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0472046;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.9376;QD=47.7127;RBI=0.048162;REFB=-0.135465;REVB=0.00955529;RO=5;SAF=23;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863434;STB=0.512311;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0141095;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:59:5:3:51:56:0.949153:28:23:2:3:32:24:2:1 chr12 76453966 . G A 1441.13 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278999;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.276;QD=63.3463;RBI=0.0280077;REFB=0;REVB=0.00245467;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78094e-05;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chr12 76709606 . T C 985.72 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109951;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.114;QD=58.8489;RBI=0.0123904;REFB=0;REVB=0.00571222;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32037e-06;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:36:31:0:0 chr12 76709610 . T C 987.78 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855065;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.496;QD=59.8652;RBI=0.029982;REFB=0;REVB=0.0287369;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347478;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr12 77256681 . T G 423.48 PASS AF=0.640625;AO=40;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0272706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8879;QD=26.4676;RBI=0.0299153;REFB=-0.0396138;REVB=-0.0122979;RO=23;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190507;STB=0.514257;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0355509;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:40:41:0.640625:18:22:12:11:18:23:12:11 chr12 77417509 . G T 402.38 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0273223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.55;QD=16.593;RBI=0.0282141;REFB=-0.00250768;REVB=-0.00703764;RO=47;SAF=25;SAR=17;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427343;STB=0.528953;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00380315;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:55:42:42:0.43299:17:25:30:17:17:25:30:25 chr12 77438435 . CT C,CC,CG 1824.66 PASS AF=0.22069,0.765517,0.0137931;AO=43,91,8;DP=142;FAO=32,111,2;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=4,90,1;FSAR=28,21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163717,-0.0102703,-0.013894;FXX=0.00684885;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=101.479,113.555,90.4172;QD=50.3354;RBI=0.132329,0.265643,0.0824037;REFB=0,0,0;REVB=0.131313,0.265444,0.081224;RO=0;SAF=10,81,4;SAR=33,10,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.22297e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.031413,0.00558808,-0.000462973;OID=.,.,.;OPOS=77438436,77438436,77438436;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.22069,0.765517,0.0137931:43,91,8:142:32,111,2:145:0:4,90,1:28,21,1:0:0:68:0:10,81,4:33,10,4:0:0 chr12 77449790 . A G 2568.1 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000339682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.16;QD=61.1453;RBI=0.0136746;REFB=-0.0864855;REVB=0.0136704;RO=1;SAF=91;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520129;STB=0.502732;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-1.56141e-05;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:168:1:1:167:167:0.994048:76:91:1:0:76:91:1:0 chr12 78225374 . A G 1271.32 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000894813;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7422;QD=62.0158;RBI=0.0283096;REFB=0;REVB=-0.0282955;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269249;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr12 78334179 . A G 856.69 PASS AF=0.463158;AO=88;DP=190;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.0168788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7654;QD=18.0355;RBI=0.0212203;REFB=-0.00102961;REVB=0.0128611;RO=102;SAF=62;SAR=26;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166635;STB=0.592649;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00142753;OID=.;OPOS=78334179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:102:102:88:88:0.463158:26:62:56:46:26:62:56:46 chr12 78530979 . G A 332.22 PASS AF=0.653061;AO=30;DP=51;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0156698;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.17;QD=27.1196;RBI=0.0156771;REFB=-0.0418671;REVB=-0.000480933;RO=15;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142402;STB=0.561588;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0211811;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:15:17:30:32:0.653061:15:15:11:4:17:15:11:6 chr12 78605628 . C T 394.25 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.034746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.645;QD=14.8774;RBI=0.0627791;REFB=-0.00253835;REVB=-0.052287;RO=61;SAF=22;SAR=23;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103508;STB=0.558133;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00402204;OID=.;OPOS=78605628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:23:22:36:25:23:22:36:25 chr12 79685913 . C A 871.13 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121719;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.215;QD=58.0752;RBI=0.0128933;REFB=0;REVB=-0.0128357;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25262e-05;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr12 80014907 . A T 600.33 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00920633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.153;QD=16.7924;RBI=0.017448;REFB=-0.00852314;REVB=-0.0148215;RO=80;SAF=40;SAR=23;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127037;STB=0.571011;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0110298;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:80:63:63:0.440559:23:40:41:39:23:40:41:39 chr12 80168461 . ATGG ATGA,A 454.22 PASS AF=0.0625,0.4375;AO=6,40;DP=93;FAO=6,42;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=2,19;FSAR=4,23;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0182138,-0.0181352;FXX=0.0103082;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=83.1289,159.209;QD=18.9258;RBI=0.0191327,0.0186262;REFB=-0.0135726,-0.013323;REVB=0.00585816,0.0042484;RO=42;SAF=2,18;SAR=4,22;SRF=25;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.299512,-0.133077;STB=0.713607,0.569514;STBP=0.302,0.236;TYPE=snp,del;VARB=0.0194058,0.0207263;OID=.,.;OPOS=80168464,80168462;OREF=G,TGG;OALT=A,-;OMAPALT=ATGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.4375:6,40:93:6,42:96:48:2,19:4,23:28:20:99:42:2,18:4,22:25:17 chr12 80712420 . G A 1876.68 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.93;QD=61.5306;RBI=0.0233905;REFB=0;REVB=0.00742462;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18035e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:52:70:0:0:52:70:0:0 chr12 80735771 . T C 885.69 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223689;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.344;QD=58.0778;RBI=0.0406653;REFB=0;REVB=0.0339603;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60018e-05;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:26:35:0:0 chr12 80737521 . C T 1379.85 PASS AF=0.939394;AO=92;DP=99;FAO=93;FDP=99;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00498891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.533;QD=55.7515;RBI=0.00899478;REFB=-0.107906;REVB=0.00748444;RO=7;SAF=44;SAR=48;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124722;STB=0.500978;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00140651;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:99:99:7:6:92:93:0.939394:48:44:4:3:48:45:3:3 chr12 80747242 . A G 891.81 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3496;QD=57.5358;RBI=0.170613;REFB=0;REVB=-0.00716068;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140387;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:60:62:1:33:27:1:0:33:29:0:0 chr12 80752660 . A G 1087.08 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054607;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3403;QD=60.3931;RBI=0.054817;REFB=0;REVB=-0.00479323;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116964;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr12 80761430 . G A 1346.05 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00830532;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.13;QD=61.1842;RBI=0.00841365;REFB=0.0320621;REVB=0.0013458;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=7.83398e-05;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:88:0:1:86:87:0.988636:45:41:0:0:46:41:0:1 chr12 80761465 . G A 1358.79 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181355;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8603;QD=61.0692;RBI=0.0541921;REFB=0.00423261;REVB=-0.0510675;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976975;STB=0.505049;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000495452;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:48:39:0:1:49:39:0:1 chr12 80765800 . A G 1320.9 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.986;QD=62.1599;RBI=0.0304687;REFB=0;REVB=0.00945951;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32434e-05;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:42:42:0:0:42:43:0:0 chr12 80771813 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.269;QD=60.7161;RBI=0.00473354;REFB=0;REVB=-0.00172233;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64089e-06;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr12 80816492 . C T 779.58 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000377104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0919;QD=56.6965;RBI=0.0363127;REFB=0;REVB=-0.0363108;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270898;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:20:33:0:0:21:34:0:0 chr12 80818876 . A G 2886.49 PASS AF=0.969231;AO=189;DP=195;FAO=189;FDP=195;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=98;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0264627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0958;QD=59.2101;RBI=0.0266579;REFB=-0.0273711;REVB=0.00322016;RO=4;SAF=91;SAR=98;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106027;STB=0.505703;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000591085;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:195:195:4:6:189:189:0.969231:98:91:3:1:98:91:4:2 chr12 80889829 . T A 776.16 PASS AF=0.493902;AO=80;DP=162;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00212115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.401;QD=18.9306;RBI=0.0118663;REFB=-0.0053941;REVB=-0.0116752;RO=82;SAF=43;SAR=37;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568902;STB=0.537142;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00528441;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:82:83:80:81:0.493902:37:43:39:43:37:44:39:44 chr12 80899901 . C A 83.65 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00395423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.318;QD=6.82864;RBI=0.00830707;REFB=-0.00251804;REVB=-0.00730557;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198959;STB=0.553175;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0093503;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:49:49:30:37:12:12:0.244898:7:5:13:17:7:5:18:19 chr12 80900397 . C G 349.87 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00735344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4113;QD=18.6595;RBI=0.0643305;REFB=-0.00474736;REVB=-0.0639089;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1279;STB=0.570692;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00557063;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:36:37:0.493333:25:11:16:21:26:11:16:22 chr12 80935345 . T C 1574.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224702;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.364;QD=59.9983;RBI=0.0355839;REFB=0;REVB=0.0355128;RO=0;SAF=63;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41969e-05;OID=.;OPOS=80935345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:42:63:0:0:42:63:0:0 chr12 80936026 . A G 249.51 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0109082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.259;QD=14.2578;RBI=0.0208874;REFB=-0.00714189;REVB=0.0178128;RO=41;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202391;STB=0.615303;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00878178;OID=.;OPOS=80936026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:10:19:19:22:10:19:19:22 chr12 80936082 . C T 990.5 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.444;QD=59.1344;RBI=0.0303399;REFB=0;REVB=0.0175371;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38672e-05;OID=.;OPOS=80936082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr12 81329536 . A C 361.1 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0613431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8638;QD=14.0233;RBI=0.0658974;REFB=-0.00456019;REVB=0.0240728;RO=60;SAF=24;SAR=18;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402146;STB=0.528076;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00890627;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:18:24:32:28:18:24:32:29 chr12 81661039 . G A 157.37 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0384627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0217;QD=14.6387;RBI=0.0562635;REFB=-0.0111873;REVB=-0.0410633;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174965;STB=0.612123;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.029138;OID=.;OPOS=81661039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:22:25:17:18:0.418605:10:7:13:9:10:8:16:9 chr12 81696487 . G A 647.04 PASS AF=0.454545;AO=71;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.016601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.89;QD=16.8063;RBI=0.0172609;REFB=-0.0220257;REVB=-0.00472698;RO=81;SAF=35;SAR=36;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034797;STB=0.505199;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.022777;OID=.;OPOS=81696487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:81:84:71:70:0.454545:36:35:37:44:36:34:40:44 chr12 81769581 . C T 429.14 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.0126482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7601;QD=17.339;RBI=0.0228742;REFB=-0.00854333;REVB=-0.0190593;RO=54;SAF=29;SAR=15;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711158;STB=0.531513;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0104106;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:15:29:39:15:15:29:39:16 chr12 81833745 . G T 471.79 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0150828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.291;QD=20.9684;RBI=0.0207358;REFB=-0.0124552;REVB=0.0142297;RO=44;SAF=24;SAR=22;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593255;STB=0.532804;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0111859;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:22:24:20:24:22:24:20:24 chr12 82617454 . T G 354.08 PASS AF=0.41;AO=39;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0105982;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.182;QD=14.1633;RBI=0.0350856;REFB=-0.0293477;REVB=0.0334466;RO=60;SAF=24;SAR=15;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125538;STB=0.570968;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.038459;OID=.;OPOS=82617454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:59:39:41:0.41:15:24:30:30:16:25:29:30 chr12 82783668 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.705;QD=62.0217;RBI=0.00660773;REFB=0;REVB=-0.00388726;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55092e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr12 82792787 . C A 573.02 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.824;QD=60.318;RBI=0.0419257;REFB=0;REVB=0.0413129;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00491e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:38:0:0:34:38:1:17:17:0:0:20:18:0:0 chr12 83415719 . G C 285.22 PASS AF=0.541667;AO=21;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0253682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6914;QD=23.7687;RBI=0.0279763;REFB=0.00641643;REVB=-0.0117951;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945353;STB=0.517671;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00475909;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:12:22:21:26:0.541667:10:11:8:4:14:12:11:11 chr12 85449465 . T A 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0260968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.669;QD=19.6676;RBI=0.0298347;REFB=-0.00377271;REVB=-0.014459;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1825;STB=0.604276;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00461341;OID=.;OPOS=85449465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:7:12:15:4:7:12 chr12 88380094 . T C 301.11 PASS AF=0.4;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0225147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.892;QD=14.1698;RBI=0.0229078;REFB=-0.0245049;REVB=-0.00422548;RO=51;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474315;STB=0.535249;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0384495;OID=.;OPOS=88380094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:33:34:0.4:17:16:27:24:18:16:27:24 chr12 88440676 . G C 527.04 PASS AF=0.397436;AO=61;DP=157;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0157138;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.436;QD=13.5138;RBI=0.0158062;REFB=-0.0121102;REVB=0.00170641;RO=90;SAF=32;SAR=29;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251276;STB=0.513056;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0199405;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:90:94:61:62:0.397436:29:32:47:43:29:33:48:46 chr12 88505078 . T C 210.56 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0384732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8346;QD=19.1417;RBI=0.0857418;REFB=-0.0412242;REVB=0.0766255;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242792;STB=0.636817;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0441278;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:16:7:12:9:16:7 chr12 88523494 . C G 479.58 PASS AF=0.481481;AO=33;DP=110;FAO=52;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0284515;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2222;QD=17.7621;RBI=0.0336141;REFB=0.0142758;REVB=-0.0179003;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011062;STB=0.570569;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.015447;OID=.;OPOS=88523494;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:46:56:33:52:0.481481:14:19:26:20:20:32:27:29 chr12 88523495 . T G 64.18 PASS AF=0.126126;AO=13;DP=101;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0125632;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=106.078;QD=2.31262;RBI=0.0334776;REFB=-0.00269487;REVB=0.0310309;RO=88;SAF=12;SAR=1;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580356;STB=0.830521;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00177769;OID=.;OPOS=88523495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:101:111:88:97:13:14:0.126126:1:12:41:47:2:12:49:48 chr12 88525014 . A T 53.15 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0159964;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=230.337;QD=7.33074;RBI=0.0164636;REFB=-0.00222188;REVB=0.00389427;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251243;STB=0.646665;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.004291;OID=.;OPOS=88525014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:6:2:9:11:6:2:9:12 chr12 88532977 . TTA T,TAA,TT 91.82 PASS AF=0.75,0,0;AO=5,6,3;DP=28;FAO=12,0,0;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0404952,0.155305,-0.0676011;FXX=0.0587889;HRUN=7,7,9;LEN=2,1,1;MLLD=17.8346,8.42707,7.31324;QD=22.9542;RBI=0.0406516,0.166986,0.102357;REFB=-0.0600984,-0.006818,-0.0398715;REVB=-0.00356181,0.0613578,-0.0768571;RO=7;SAF=3,6,0;SAR=2,0,3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.286688,0.787422,-0.618996;STB=0.610941,0.5,0.5;STBP=0.183,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0267367,0,0.0206849;OID=.,.,.;OPOS=88532978,88532978,88532979;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=T,TAA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0,0:5,6,3:28:12,0,0:16:4:5,0,0:7,0,0:0:4:18:7:3,6,0:2,0,3:2:5 chr12 88547277 . T C 1226.92 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.176;QD=61.3459;RBI=0.0298339;REFB=0;REVB=0.0241881;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119592;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr12 88589256 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0100426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.796;QD=7.95465;RBI=0.0170183;REFB=-0.00116846;REVB=0.0137392;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171661;STB=0.607206;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00436331;OID=.;OPOS=88589256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:10:9:5:3:10:9 chr12 89743223 . G A 3037.74 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574621;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.129;QD=63.6175;RBI=0.058213;REFB=0;REVB=0.0093198;RO=0;SAF=89;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131099;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:190:191:1:101:89:0:0:101:90:0:0 chr12 89745477 . C A 380.63 PASS AF=0.394737;AO=44;DP=113;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0678222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3421;QD=13.3553;RBI=0.0870292;REFB=0.0145766;REVB=0.0545365;RO=69;SAF=30;SAR=14;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119831;STB=0.572807;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0211251;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:69:69:44:45:0.394737:14:30:40:29:14:31:40:29 chr12 89853408 . G A 538.7 PASS AF=0.442953;AO=54;DP=137;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0157737;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6746;QD=14.4618;RBI=0.0328735;REFB=-0.00543948;REVB=-0.028842;RO=76;SAF=15;SAR=39;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288501;STB=0.574563;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0207134;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:149:76:83:54:66:0.442953:39:15:41:35:39:27:45:38 chr12 89866054 . TAGAAAGAAGA T 138.6 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00290674;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=10;MLLD=288.956;QD=13.2004;RBI=0.0259668;REFB=-0.00732428;REVB=0.0258035;RO=16;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960355;STB=0.504848;STBP=0.986;TYPE=del;VARB=0.0124885;OID=.;OPOS=89866055;OREF=AGAAAGAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:15:44:16:42:26:13:3:21:5:99:16:13:2:13:3 chr12 89917037 . GTTTTTC ATTTTTC,GTTTTC,GTTTTCT 562.59 PASS AF=0.38,0.49,0.03;AO=32,24,4;DP=99;FAO=38,49,3;FDP=100;FR=.;FRO=10;FSAF=26,19,3;FSAR=12,30,0;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0137495,0.171271,-0.00414888;FXX=0.0384578;HRUN=1,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=183.672,6.9184,94.2415;QD=22.5034;RBI=0.01439,0.281594,0.00681245;REFB=-0.0232133,-0.219565,-0.0121039;REVB=0.00424566,0.22352,-0.00540336;RO=24;SAF=23,8,4;SAR=9,16,0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.253082,-0.0806712,0.661284;STB=0.503815,0.554349,0.994885;STBP=0.956,0.07,0.225;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00168948,0.257431,-0.055854;OID=.,.,.;OPOS=89917037,89917038,89917042;OREF=G,T,TC;OALT=A,-,CT;OMAPALT=ATTTTTC,GTTTTC,GTTTTCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:99:100:24:10:32,24,4:38,49,3:0.38,0.49,0.03:9,16,0:23,8,4:10:14:12,30,0:26,19,3:7:3 chr12 89917518 . A G 216.23 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.121019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8597;QD=15.4449;RBI=0.122981;REFB=-0.00382098;REVB=0.0218752;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234234;STB=0.608427;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00886835;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:24:25:0.446429:13:11:21:9:13:12:21:10 chr12 91348786 . G T 1231.36 PASS AF=0.884615;AO=92;DP=104;FAO=92;FDP=104;FR=.;FRO=12;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0247104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.703;QD=47.3599;RBI=0.0247402;REFB=-0.217397;REVB=0.00121566;RO=11;SAF=61;SAR=31;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781911;STB=0.544767;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0024106;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:104:104:11:12:92:92:0.884615:31:61:11:0:31:61:12:0 chr12 91449990 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.472;QD=60.9775;RBI=0.0127564;REFB=0;REVB=-0.00871092;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03717e-05;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr12 92818482 . C T 153.53 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0109679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4344;QD=21.9332;RBI=0.0791015;REFB=0.0263531;REVB=-0.0783375;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154264;STB=0.587265;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0223958;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:11:5:6:6:11:5:6:6 chr12 92818786 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00359202;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.029;QD=17.8275;RBI=0.00467895;REFB=-0.00604997;REVB=0.00299832;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389112;STB=0.721873;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00558009;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:2:9:4:8:2:9 chr12 92818999 . G T 116.17 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0252561;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.673;QD=11.0638;RBI=0.0256462;REFB=-0.00585721;REVB=-0.00445619;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147214;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:28:13:14:0.333333:9:4:8:21:10:4:8:20 chr12 92819139 . A C 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0107301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6681;QD=14.1924;RBI=0.0122273;REFB=0.0105122;REVB=0.00586264;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872643;STB=0.561963;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0117398;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:15:15:0.405405:7:8:13:8:7:8:14:8 chr12 92819699 . A G 223.59 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0672082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.378;QD=26.3049;RBI=0.0677006;REFB=-0.0304832;REVB=0.00815067;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101145;STB=0.505613;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0216099;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:7:6:10:11:7:6 chr12 92821860 . CT C,CC 839.96 PASS AF=0.460733,0.0104712;AO=81,8;DP=191;FAO=88,2;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=43,1;FSAR=45,1;FSRF=61;FSRR=40;FWDB=0.0113004,0.00740104;FXX=0.00520806;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.2124,98.8015;QD=17.5908;RBI=0.0360095,0.0549399;REFB=-0.00326712,-0.00304205;REVB=-0.0341904,-0.0544391;RO=100;SAF=42,2;SAR=39,6;SRF=60;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0814674,-0.36544;STB=0.561474,0.600973;STBP=0.143,0.786;TYPE=del,snp;VARB=0.00457636,0.0433194;OID=.,.;OPOS=92821861,92821861;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460733,0.0104712:81,8:191:88,2:191:101:43,1:45,1:61:40:99:100:42,2:39,6:60:40 chr12 92822903 . G C 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0816451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.596;QD=22.7218;RBI=0.0816455;REFB=-0.0136463;REVB=-0.000235801;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186696;STB=0.604294;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00772269;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:11:5:11:9:11:5 chr12 93102295 . G A 550.62 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00754291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9113;QD=14.5858;RBI=0.0425495;REFB=0.0165106;REVB=-0.0418756;RO=88;SAF=29;SAR=33;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574426;STB=0.52895;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0232171;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:88:89:62:62:0.410596:33:29:46:42:33:29:46:43 chr12 93147907 . A T 566.1 PASS AF=0.408805;AO=64;DP=158;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=0.000435279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.155;QD=14.2416;RBI=0.021638;REFB=-0.0186903;REVB=0.0216336;RO=94;SAF=31;SAR=33;SRF=61;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173782;STB=0.592329;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0266785;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:94:94:64:65:0.408805:33:31:61:33:33:32:61:33 chr12 93150102 . T C 339.57 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00451886;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.046;QD=17.64;RBI=0.00496196;REFB=0.00218431;REVB=0.00204962;RO=38;SAF=25;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925179;STB=0.536726;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00226767;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:41:36:36:0.467532:11:25:23:15:11:25:26:15 chr12 93155535 . G A 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.363;QD=62.3118;RBI=0.0370706;REFB=0;REVB=0.0274615;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06792e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr12 93166538 . A G 1645.05 PASS AF=0.90625;AO=116;DP=128;FAO=116;FDP=128;FR=.;FRO=12;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0062871;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.569;QD=51.4079;RBI=0.0224031;REFB=-0.136093;REVB=0.0215028;RO=9;SAF=56;SAR=60;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993488;STB=0.509432;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000872592;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:128:128:9:12:116:116:0.90625:60:56:5:4:60:56:7:5 chr12 93181768 . C A 405.6 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00136369;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.82;QD=19.5468;RBI=0.00369694;REFB=-0.0129584;REVB=0.00343624;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765824;STB=0.542475;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.011829;OID=.;OPOS=93181768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:42:41:41:0.493976:18:23:27:15:18:23:27:15 chr12 93196422 . T G 540.07 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00452937;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=240.07;QD=51.435;RBI=0.0045376;REFB=-0.0312205;REVB=0.000273159;RO=3;SAF=22;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597159;STB=0.516787;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000154472;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:3:4:38:38:0.904762:16:22:3:0:16:22:3:1 chr12 93202801 . C T 837.43 PASS AF=0.521472;AO=77;DP=156;FAO=85;FDP=163;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0133388;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.236;QD=20.5503;RBI=0.0154411;REFB=-0.0226147;REVB=0.00777843;RO=79;SAF=47;SAR=30;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155344;STB=0.549894;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0222966;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:163:79:78:77:85:0.521472:30:47:35:44:38:47:35:43 chr12 93870771 . C T 247.67 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0144824;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0416;QD=11.3869;RBI=0.0594205;REFB=0.00174846;REVB=-0.0576286;RO=57;SAF=17;SAR=13;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261391;STB=0.526706;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00496355;OID=.;OPOS=93870771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:13:17:31:26:13:17:30:27 chr12 93967035 . A G 609.46 PASS AF=0.435897;AO=65;DP=156;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.00482832;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.825;QD=15.6271;RBI=0.0275984;REFB=-0.0200714;REVB=0.0271727;RO=89;SAF=24;SAR=41;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189444;STB=0.611078;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0230197;OID=.;OPOS=93967035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:89:88:65:68:0.435897:41:24:49:40:44:24:48:40 chr12 93967755 . T C 155.52 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00952729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.003;QD=15.9508;RBI=0.010697;REFB=-0.015466;REVB=0.00486374;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162584;STB=0.599877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0258162;OID=.;OPOS=93967755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:5:12:11:9:5:12:12:10 chr12 93968002 . T G 30.5 PASS AF=0.5;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0244734;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=141.038;QD=12.2002;RBI=0.0369375;REFB=-0.0103294;REVB=-0.0276664;RO=5;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320004;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00678148;OID=.;OPOS=93968002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:4:5:0.5:3:1:3:2:4:1:3:2 chr12 93968197 . T C 159.32 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.00129102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.741;QD=8.38509;RBI=0.00811606;REFB=-0.00235679;REVB=0.00801272;RO=53;SAF=15;SAR=7;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225262;STB=0.50276;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00528243;OID=.;OPOS=93968197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:7:15:37:16:7:15:37:17 chr12 93968256 . G A 197.67 PASS AF=0.317647;AO=24;DP=82;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=0.00858038;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.389;QD=9.30206;RBI=0.00925117;REFB=0.000354232;REVB=0.0034585;RO=56;SAF=16;SAR=8;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907527;STB=0.516937;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000113151;OID=.;OPOS=93968256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:56:58:24:27:0.317647:8:16:41:15:8:19:42:16 chr12 93968288 . C A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00508056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.14;QD=12.6195;RBI=0.0122105;REFB=-0.00147803;REVB=-0.0111033;RO=38;SAF=17;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181927;STB=0.605249;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00195224;OID=.;OPOS=93968288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:7:17:21:17:7:17:21:17 chr12 93968353 . C CT,T 227.16 PASS AF=0.411765,0.0147059;AO=21,4;DP=70;FAO=28,1;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=19,0;FSAR=9,1;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00881747,-0.0275254;FXX=0.0144907;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=60.5978,61.1665;QD=13.3625;RBI=0.0331787,0.0370254;REFB=-0.032676,-0.0298081;REVB=0.0319855,0.0247636;RO=43;SAF=14,1;SAR=7,3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.209427,-0.256855;STB=0.631133,0.989221;STBP=0.089,0.444;TYPE=ins,snp;VARB=0.0232245,-0.0268163;OID=.,.;OPOS=93968354,93968353;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:43:39:21,4:28,1:0.411765,0.0147059:7,3:14,1:21:22:9,1:19,0:18:21 chr12 94132186 . T A 353.45 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0113894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.996;QD=23.9627;RBI=0.0171309;REFB=0.00278415;REVB=0.0127964;RO=24;SAF=26;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327963;STB=0.518047;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00252896;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:9:26:17:7:9:26:17:7 chr12 94243853 . C T 1400.5 PASS AF=0.989247;AO=80;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.669;QD=60.2367;RBI=0.0725998;REFB=-0.0305068;REVB=0.0648075;RO=1;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172104;STB=0.506848;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00144415;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:80:92:0.989247:27:53:0:1:36:56:0:1 chr12 94645255 . A G 2197.52 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925558;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.34;QD=63.238;RBI=0.00952999;REFB=0;REVB=-0.00227046;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248891;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:138:139:1:69:69:0:0:69:70:0:0 chr12 94671743 . G C 1393.51 PASS AF=0.948454;AO=91;DP=96;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0186137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8024;QD=57.4643;RBI=0.0309126;REFB=-0.0459868;REVB=0.0246803;RO=5;SAF=52;SAR=39;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172014;STB=0.508642;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00330417;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:96:97:5:5:91:92:0.948454:39:52:2:3:40:52:2:3 chr12 94673509 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 143.33 PASS AF=0.758621,0;AO=14,2;DP=29;FAO=22,0;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=9,0;FSAR=13,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.214366,0.011476;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.0958,11.6119;QD=19.7695;RBI=0.215007,0.146453;REFB=0.00371156,-0.0454428;REVB=-0.0165955,-0.146003;RO=6;SAF=4,1;SAR=10,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.365854,0;SSSB=-0.131226,0;STB=0.50485,0.5;STBP=0.951,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0219899,0;OID=.,.;OPOS=94673510,94673514;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.758621,0:14,2:29:22,0:29:7:9,0:13,0:3:4:34:6:4,1:10,1:3:3 chr12 94769758 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.259;QD=60.5466;RBI=0.0179483;REFB=0;REVB=-0.0154961;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09877e-06;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr12 94955585 . T C 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00699527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.182;QD=20.1558;RBI=0.0610598;REFB=-0.00422559;REVB=-0.0606577;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341061;STB=0.666481;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0038065;OID=.;OPOS=94955585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:8:8:12:1:8:8:12:2 chr12 94955607 . G T 407.31 PASS AF=0.56338;AO=38;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0320336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.257;QD=22.947;RBI=0.0344519;REFB=-0.0131325;REVB=-0.0126801;RO=30;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148045;STB=0.573895;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.011425;OID=.;OPOS=94955607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:38:40:0.56338:21:17:19:11:21:19:20:11 chr12 94955644 . G T 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3785;QD=61.8507;RBI=0.04447;REFB=0;REVB=-0.0281079;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46769e-05;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr12 94963611 . C T 192.86 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0408104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5152;QD=23.3765;RBI=0.0440439;REFB=0.0261712;REVB=-0.0165643;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157268;STB=0.588141;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.018112;OID=.;OPOS=94963611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:8:6:12:7:8:6 chr12 94972290 . C T 209.77 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0627085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8828;QD=15.5388;RBI=0.070591;REFB=-0.0178728;REVB=0.0324151;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322693;STB=0.682776;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0328045;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:16:8:20:10:16:8:20:10 chr12 94975799 . G A 411.98 PASS AF=0.423423;AO=45;DP=109;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0104735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.497;QD=14.8461;RBI=0.0106281;REFB=0.00278898;REVB=0.00180597;RO=62;SAF=30;SAR=15;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12982;STB=0.583469;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00330609;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:62:64:45:47:0.423423:15:30:34:28:15:32:35:29 chr12 94976084 . T C 343.09 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0239981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.34;QD=16.1455;RBI=0.0252798;REFB=-0.0119151;REVB=-0.00794729;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354328;STB=0.511176;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0188472;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:36:37:0.435294:20:16:23:25:20:17:23:25 chr12 94976159 . T C 139.14 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0406879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.952;QD=12.3682;RBI=0.0408888;REFB=0.0054149;REVB=0.00404803;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108251;STB=0.549071;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0127397;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:29:16:16:0.355556:10:6:10:16:10:6:13:16 chr12 95470600 . A ATCTT 183.52 PASS AF=0.264706;AO=21;DP=116;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00116521;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.371;QD=7.19674;RBI=0.0151612;REFB=-0.0122257;REVB=-0.0151164;RO=88;SAF=5;SAR=16;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271556;STB=0.714484;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.030272;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:21:116:27:102:75:5:22:32:43:99:88:5:16:38:50 chr12 95500727 . C G 710.93 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0742354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1176;QD=54.6868;RBI=0.111867;REFB=-0.112127;REVB=0.0836861;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00468419;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:26:25:0:0:26:25:0:1 chr12 95604290 . T C 276.72 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=53;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00177505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.061;QD=20.1252;RBI=0.0447134;REFB=-0.00579636;REVB=-0.0446782;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847192;STB=0.560346;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00597352;OID=.;OPOS=95604290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:25:25:28:30:0.545455:14:14:10:15:14:16:10:15 chr12 95637234 . C T 204.43 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.102548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9641;QD=22.7142;RBI=0.10281;REFB=-0.02554;REVB=-0.0073329;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111828;STB=0.562439;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0229416;OID=.;OPOS=95637234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:5:11:11:9:5:11 chr12 95694394 . G A 257.93 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0141443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.598;QD=18.4232;RBI=0.0162993;REFB=-0.000800669;REVB=-0.00809977;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163202;STB=0.590847;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0013838;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:15:13:8:20:15:13:8:20 chr12 95695804 . C A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.025943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.133;QD=13.9114;RBI=0.0270814;REFB=-0.0039719;REVB=-0.00776948;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244127;STB=0.523787;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00680014;OID=.;OPOS=95695804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:11:10:15:15:11:10:16:15 chr12 95906603 . C A 319.33 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0275755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194;QD=17.2609;RBI=0.0306771;REFB=-0.0145224;REVB=-0.0134417;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128137;STB=0.580701;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0169363;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:39:34:35:0.472973:17:17:23:13:17:18:26:13 chr12 95927762 . T C 1350.87 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0704296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6935;QD=52.9752;RBI=0.0906277;REFB=-0.174109;REVB=0.0570355;RO=5;SAF=57;SAR=39;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201218;STB=0.504452;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00607428;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:5:6:96:96:0.941176:39:57:4:1:39:57:4:2 chr12 96266035 . T C 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00707461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.173;QD=19.5871;RBI=0.0182656;REFB=-0.00119301;REVB=0.0168399;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105951;STB=0.500506;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00124347;OID=.;OPOS=96266035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:44:44:0.488889:21:23:23:22:21:23:24:22 chr12 96284650 . A G 341.31 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0112233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.462;QD=21.3317;RBI=0.0163063;REFB=-0.0133798;REVB=-0.0118293;RO=28;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284475;STB=0.516507;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0141868;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:29:34:35:0.546875:22:12:9:19:23:12:9:20 chr12 96288860 . T C 896.12 PASS AF=0.46798;AO=95;DP=201;FAO=95;FDP=203;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0270773;FXX=0.00975562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.595;QD=17.6574;RBI=0.0303918;REFB=-0.0173321;REVB=0.0138016;RO=104;SAF=37;SAR=58;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116082;STB=0.565061;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0168376;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:104:108:95:95:0.46798:58:37:53:51:58:37:55:53 chr12 96337183 . A G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4409;QD=35.5669;RBI=0.112702;REFB=0;REVB=-0.0430429;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.012093;OID=.;OPOS=96337183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr12 96337225 . C T 31.5 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0119093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.666;QD=13.9994;RBI=0.0631418;REFB=-0.0663816;REVB=0.0620085;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0706321;OID=.;OPOS=96337225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr12 96346594 . T C 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0330943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8816;QD=12.7365;RBI=0.0334888;REFB=0.0102246;REVB=0.00512528;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293432;STB=0.51722;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0167423;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:9:7:13:15:9:7:13:15 chr12 96374563 . T C 936.63 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0013604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.895;QD=52.0352;RBI=0.0120157;REFB=-0.00803265;REVB=0.0119384;RO=4;SAF=24;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163026;STB=0.503149;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000409284;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:4:5:67:67:0.930556:43:24:2:2:43:24:2:3 chr12 96374614 . C T 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.517;QD=56.1876;RBI=0.0348748;REFB=0;REVB=0.0304361;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184288;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr12 96661610 . TAAAAG T 92.95 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-8.0011e-05;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=5;MLLD=257.248;QD=8.85241;RBI=0.000244696;REFB=-0.00555881;REVB=-0.000231245;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246545;STB=0.646878;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.00953271;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:15:43:16:42:26:6:10:16:10:92:27:6:9:17:10 chr12 96673764 . T C 140.66 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0342562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3825;QD=13.0843;RBI=0.0408637;REFB=-0.00851257;REVB=0.0222789;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154816;STB=0.591428;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0231168;OID=.;OPOS=96673764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:17:10:4:12:17:10 chr12 96676330 . C A 199.47 PASS AF=0.367647;AO=21;DP=64;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00245029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.724;QD=11.7338;RBI=0.00532468;REFB=-0.0132766;REVB=-0.00472739;RO=43;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237463;STB=0.670431;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0254824;OID=.;OPOS=96676330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:43:43:21:25:0.367647:17:4:15:28:21:4:15:28 chr12 96697149 . C T 283.17 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0676196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0718;QD=12.7268;RBI=0.0755289;REFB=-0.00182491;REVB=0.0336482;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145285;STB=0.587745;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00229425;OID=.;OPOS=96697149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:55:56:33:33:0.370787:17:16:34:21:17:16:35:21 chr12 96821251 . A T 1015.31 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0912593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1209;QD=55.6334;RBI=0.102685;REFB=-0.178438;REVB=0.0470743;RO=2;SAF=35;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262533;STB=0.500193;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00841897;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:2:2:71:71:0.972603:36:35:2:0:35:36:1:1 chr12 96927972 . A G 177.4 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0726242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.16;QD=39.4224;RBI=0.0827481;REFB=0.0830631;REVB=0.0396606;RO=2;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298627;STB=0.666419;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00670092;OID=.;OPOS=96927972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:2:14:0:2:2:14:0:2 chr12 96927986 . A T 121.6 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.103563;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=25.4063;QD=34.7419;RBI=0.107094;REFB=-0.0240064;REVB=-0.0272719;RO=2;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00704212;OID=.;OPOS=96927986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:2:1:12:13:0.928571:4:8:2:0:4:9:1:0 chr12 96974751 . A G 1009.73 PASS AF=0.46875;AO=105;DP=224;FAO=105;FDP=224;FR=.;FRO=119;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.00207031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.06;QD=18.0309;RBI=0.0170486;REFB=-0.00740336;REVB=-0.0169224;RO=119;SAF=59;SAR=46;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315895;STB=0.517452;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00849084;OID=.;OPOS=96974751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:119:119:105:105:0.46875:46:59:63:56:46:59:63:56 chr12 97098549 . T A,C 954.77 PASS AF=0.0147059,0.970588;AO=3,61;DP=68;FAO=1,66;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=0,34;FSAR=1,32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0407987,-0.0222102;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=122.956,50.916;QD=56.1626;RBI=0.0414504,0.046441;REFB=-0.014038,-0.0473965;REVB=-0.00732166,0.0407857;RO=1;SAF=0,31;SAR=3,30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.014984;STB=0.989913,0.507244;STBP=0.496,0.504;TYPE=snp,snp;VARB=0.0343538,0.00609966;OID=.,.;OPOS=97098549,97098549;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:68:68:1:1:3,61:1,66:0.0147059,0.970588:3,30:0,31:1:0:1,32:0,34:1:0 chr12 97102578 . G A 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0713116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9221;QD=44.0918;RBI=0.0856971;REFB=0.141216;REVB=-0.0475252;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316306;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0166052;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:14:3:0:1:14:3:0:1 chr12 97133737 . T G 1933.37 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.164;QD=61.8679;RBI=0.0306529;REFB=0;REVB=0.0195243;RO=1;SAF=78;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09315e-05;OID=.;OPOS=97133737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:1:0:124:125:1:46:78:0:1:47:78:0:0 chr12 97136218 . T C 817.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.842;QD=57.3774;RBI=0.107153;REFB=0;REVB=0.107145;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353291;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr12 97136239 . G A 1047.75 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159113;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.281;QD=59.8715;RBI=0.00224155;REFB=0;REVB=-0.00157888;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94995e-05;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr12 97254620 . G A 2083.82 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.973;QD=62.6712;RBI=0.0454957;REFB=0;REVB=0.0421782;RO=0;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89475e-05;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:131:133:1:70:61:0:0:70:63:0:0 chr12 98115538 . A T 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0810422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.038;QD=29.1641;RBI=0.0870699;REFB=-0.00563138;REVB=0.0318327;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125323;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00455202;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:4:7:2:1:4:7:2:1 chr12 98332904 . TCA T 184.89 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0115785;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.293;QD=18.9633;RBI=0.0274448;REFB=-0.00925015;REVB=-0.0248828;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238777;STB=0.643282;STBP=0.108;TYPE=del;VARB=0.0085722;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:18:41:19:39:20:12:7:7:13:99:20:11:7:7:13 chr12 98897361 . C G 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.000695794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.217;QD=6.39527;RBI=0.0264336;REFB=-0.00836505;REVB=-0.0264244;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334411;STB=0.711415;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0150014;OID=.;OPOS=98897361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:3:6:11:18:3:6:11:18 chr12 98897364 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0167376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.262;QD=6.3952;RBI=0.034176;REFB=0.0024432;REVB=-0.0297969;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334411;STB=0.711415;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0375444;OID=.;OPOS=98897364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:3:6:11:18:3:6:11:18 chr12 98940221 . A G 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00729707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4112;QD=5.37931;RBI=0.0503574;REFB=-0.0274221;REVB=0.0498259;RO=42;SAF=10;SAR=1;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55048;STB=0.863429;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0531907;OID=.;OPOS=98940221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:42:43:11:11:0.203704:1:10:22:20:1:10:23:20 chr12 99007623 . C T 361.28 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.006796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3235;QD=17.841;RBI=0.0401577;REFB=-0.0175461;REVB=-0.0395785;RO=43;SAF=28;SAR=10;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378472;STB=0.712067;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0302145;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:10:28:15:28:10:28:15:28 chr12 99477625 . T C 1258.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7192;QD=61.3997;RBI=0.0432178;REFB=0;REVB=-0.0385647;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434704;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr12 99640428 . T C 2294.43 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186032;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.76;QD=63.734;RBI=0.0236927;REFB=0;REVB=0.0146719;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69404e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:72:71:0:0:73:71:0:0 chr12 99640557 . T C 1841.31 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.976;QD=61.3769;RBI=0.0347985;REFB=0;REVB=0.0204959;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57776e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:63:56:0:0:63:57:0:0 chr12 100042040 . C G 309.09 PASS AF=0.411765;AO=32;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.000480278;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.136;QD=14.5455;RBI=0.0110711;REFB=-0.0127111;REVB=-0.0110607;RO=52;SAF=14;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886438;STB=0.542349;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0164728;OID=.;OPOS=100042040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:50:32:35:0.411765:18:14:27:25:20:15:25:25 chr12 100042163 . A G 345.8 PASS AF=0.398058;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00402067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.914;QD=13.4289;RBI=0.00515877;REFB=-0.0183857;REVB=0.00323219;RO=61;SAF=26;SAR=14;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682023;STB=0.523918;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0243443;OID=.;OPOS=100042163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:62:40:41:0.398058:14:26:36:25:15:26:37:25 chr12 100433407 . A C 659.85 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=54;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=8;FWDB=0.0217897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.048;QD=23.3575;RBI=0.0269746;REFB=-0.00524067;REVB=-0.0159009;RO=49;SAF=54;SAR=10;SRF=41;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104659;STB=0.505721;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.003497;OID=.;OPOS=100433407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:64:64:0.566372:10:54:41:8:10:54:41:8 chr12 100814410 . T C 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0275839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.836;QD=20.5451;RBI=0.0320056;REFB=-0.00715526;REVB=-0.0162322;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.56784;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0089131;OID=.;OPOS=100814410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:13:9:12:10:13:9 chr12 100893636 . C T 380.09 PASS AF=0.370968;AO=45;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0202934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0076;QD=12.261;RBI=0.0542036;REFB=0.00169531;REVB=-0.0502614;RO=78;SAF=20;SAR=25;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146334;STB=0.575281;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00350084;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:78:78:45:46:0.370968:25:20:45:33:25:21:45:33 chr12 101017445 . T C 1811.39 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0297308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.583;QD=59.39;RBI=0.0859983;REFB=-0.0653983;REVB=0.0806957;RO=1;SAF=63;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748055;STB=0.507811;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00111371;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:1:2:120:120:0.983607:57:63:1:0:57:63:2:0 chr12 101018014 . T C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0171525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.339;QD=24.0662;RBI=0.0286942;REFB=0.00239483;REVB=-0.0230032;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137454;STB=0.576829;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0095887;OID=.;OPOS=101018014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:3:7:8:8:3:7 chr12 101295602 . C G 303.95 PASS AF=0.548387;AO=29;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0271875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.056;QD=19.6095;RBI=0.0271893;REFB=-0.00889227;REVB=0.000315851;RO=26;SAF=21;SAR=8;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415772;STB=0.72786;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.023738;OID=.;OPOS=101295602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:26:28:29:34:0.548387:8:21:6:20:8:26:8:20 chr12 101552075 . G A 277.76 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0471615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2929;QD=13.7164;RBI=0.0472638;REFB=-0.0143814;REVB=0.00310901;RO=49;SAF=19;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210291;STB=0.501198;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0215971;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:13:19:29:20:13:19:29:20 chr12 101560328 . C A 269.66 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00145812;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9307;QD=14.0082;RBI=0.0516759;REFB=0.030118;REVB=-0.0516553;RO=47;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707245;STB=0.545424;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0324673;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:46:31:31:0.402597:21:10:18:29:21:10:18:28 chr12 101561940 . A T 169.58 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.018097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.437;QD=19.9501;RBI=0.0397565;REFB=-0.0286709;REVB=0.0353989;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131511;STB=0.584323;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0208294;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:9:8:10:6:10:8:10:6 chr12 101587518 . C T 381.78 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00448288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.094;QD=17.1587;RBI=0.0140659;REFB=-0.00782366;REVB=0.0133324;RO=49;SAF=11;SAR=29;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306796;STB=0.672724;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0162019;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:29:11:28:21:29:11:28:21 chr12 101683929 . C T 770.03 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284409;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.56;QD=64.1692;RBI=0.0284645;REFB=0;REVB=-0.00115986;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55137e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:41:48:1:19:22:0:0:23:25:0:0 chr12 101732670 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0270027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.321;QD=15.2589;RBI=0.0362095;REFB=-0.0504527;REVB=0.0241244;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23478;STB=0.642384;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00775804;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:2:4:6:1:2:4 chr12 101750814 . T A 888.79 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00604573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.745;QD=56.4311;RBI=0.00607174;REFB=0.0269076;REVB=0.000561414;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129354;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000248445;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:0:1:36:26:0:1 chr12 101755809 . T C 961.8 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00555765;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.057;QD=57.4207;RBI=0.044011;REFB=0.134851;REVB=0.0436587;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00129985;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:0:1:38:28:0:1 chr12 101787091 . AAT AA,TAT 127.83 PASS AF=0.222222,0.666667;AO=3,6;DP=22;FAO=4,12;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3,8;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0866802,0.00757382;FXX=0.181736;HRUN=11,3;LEN=1,1;MLLD=2.61762,229.1;QD=28.407;RBI=0.514602,0.0413834;REFB=-0.515025,-0.0522728;REVB=-0.507249,-0.0406844;RO=1;SAF=3,5;SAR=0,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.281147;STB=0.748744,0.599828;STBP=0.206,0.117;TYPE=del,snp;VARB=-0.0535341,0.0100907;OID=.,.;OPOS=101787093,101787091;OREF=T,A;OALT=-,T;OMAPALT=AA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:22:18:1:2:3,6:4,12:0.222222,0.666667:0,1:3,5:0:1:1,4:3,8:0:2 chr12 101790119 . G A 379.57 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00477453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.029;QD=22.0044;RBI=0.0167455;REFB=0.0019862;REVB=-0.0160504;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444881;STB=0.524527;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00157018;OID=.;OPOS=101790119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:20:18:13:18:20:18:13:18 chr12 101866174 . C A 981.22 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114443;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.481;QD=59.4676;RBI=0.0157129;REFB=0;REVB=-0.0107668;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394696;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr12 102036305 . C T 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0157042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.591;QD=19.0373;RBI=0.0162481;REFB=-0.0326777;REVB=0.00416892;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218551;STB=0.621303;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0291932;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:24:18:30:15:24:18:30:15 chr12 102064118 . T C 1130.51 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4859;QD=58.7277;RBI=0.0389513;REFB=-0.0113615;REVB=-0.0371866;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00174796;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:1:0:35:41:1:0 chr12 102079418 . G A 1491.79 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9576;QD=63.4804;RBI=0.0431848;REFB=0;REVB=0.04207;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94712e-05;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr12 102113252 . T C 505.9 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00122911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.512;QD=16.3193;RBI=0.00976051;REFB=-0.0034003;REVB=0.00968281;RO=69;SAF=30;SAR=25;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529629;STB=0.502958;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0043497;OID=.;OPOS=102113252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:25:30:38:31:25:30:38:31 chr12 102117589 . C T 1553.3 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160506;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.061;QD=64.0535;RBI=0.0114046;REFB=0;REVB=0.0112911;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16939e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:40:56:0:0:40:57:0:0 chr12 102158763 . T C 820.73 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358478;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.083;QD=57.5947;RBI=0.0360498;REFB=0;REVB=0.00381132;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94649e-05;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr12 102173654 . T C 1108.65 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4477;QD=59.1281;RBI=0.060507;REFB=-0.0658715;REVB=0.0459863;RO=1;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720007;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:1:0:74:75:1:45:29:0:1:46:29:0:0 chr12 102173975 . T C 399.29 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00161006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.366;QD=15.3574;RBI=0.00753941;REFB=-0.00599943;REVB=0.00736548;RO=59;SAF=29;SAR=16;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159452;STB=0.589703;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.010009;OID=.;OPOS=102173975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:16:29:29:30:16:29:29:30 chr12 102279193 . G A 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9971;QD=57.2341;RBI=0.0567261;REFB=0;REVB=-0.0461873;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000612694;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr12 102314984 . TTA T,TAA 118.03 PASS AF=0.418605,0;AO=7,11;DP=53;FAO=18,0;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0686085,-0.0109255;FXX=0.0444346;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.9378,17.173;QD=10.9792;RBI=0.163479,0.0807799;REFB=-0.0701479,0.016608;REVB=0.148386,0.0800377;RO=23;SAF=0,10;SAR=7,1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.777773,0.401462;STB=0.752397,0.5;STBP=0.014,1;TYPE=del,snp;VARB=0.123849,0;OID=.,.;OPOS=102314985,102314985;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605,0:7,11:53:18,0:43:25:4,0:14,0:16:9:99:23:0,10:7,1:16:7 chr12 102315359 . G T 810.09 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.315;QD=55.8682;RBI=0.036203;REFB=0;REVB=0.0203404;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500392;OID=.;OPOS=102315359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:58:0:0:46:58:1:18:28:0:0:26:32:0:0 chr12 102321182 . CT GT,TC 34.19 PASS AF=0.0891089,0;AO=9,5;DP=105;FAO=9,0;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=72;FSRR=20;FWDB=-0.00804162,0.0069775;FXX=0.0380916;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=70.6058,28.2419;QD=1.35389;RBI=0.0283687,0.0678243;REFB=0.00468773,0.000436011;REVB=0.027205,0.0674645;RO=84;SAF=2,3;SAR=7,2;SRF=67;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612319,-0.242608;STB=0.905033,0.5;STBP=0.077,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00682724,0;OID=.,.;OPOS=102321182,102321182;OREF=C,CT;OALT=G,TC;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:105:101:84:92:9,5:9,0:0.0891089,0:7,2:2,3:67:17:7,0:2,0:72:20 chr12 102321186 . CTTTT CTTTC,CT,CTT,TCTTT,TTCTT 534.08 PASS AF=0.182692,0.0865385,0.682692,0.0192308,0;AO=14,24,17,4,6;DP=104;FAO=19,9,71,2,0;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=4,7,51,2,0;FSAR=15,2,20,0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0207382,-0.09646,-0.144334,-0.233186,-0.117978;FXX=0.0458673;HRUN=15,15,15,1,1;LEN=1,3,2,2,3;MLLD=219.142,10.344,8.60013,11.0392,18.5513;QD=20.5416;RBI=0.0307077,0.116873,0.165986,0.238236,0.122537;REFB=-0.00692221,0.00629804,0.00916874,-0.0210457,-0.0119389;REVB=0.0226471,0.0659902,0.0819698,0.0487918,0.0331124;RO=8;SAF=3,21,16,3,5;SAR=11,3,1,1,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.139114,0.359767,0.581612,0.37999,0.46433;STB=0.636205,0.588061,0.514282,0.5,0.5;STBP=0.014,0.549,0.297,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp,mnp;VARB=0.0121208,0.0429352,0.0521854,-0.396395,0.0746986;OID=.,.,.,.,.;OPOS=102321190,102321187,102321187,102321186,102321186;OREF=T,TTT,TT,CT,CTT;OALT=C,-,-,TC,TTC;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT,TCTTT,TTCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:104:104:8:3:14,24,17,4,6:19,9,71,2,0:0.182692,0.0865385,0.682692,0.0192308,0:11,3,1,1,1:3,21,16,3,5:3:5:15,2,20,0,0:4,7,51,2,0:3:0 chr12 102321583 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0058992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5042;QD=23.8205;RBI=0.0896942;REFB=-0.0403302;REVB=-0.0895;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338162;STB=0.518851;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0300543;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:10:7:10:12:10:7 chr12 102455729 . G A 554.76 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0205653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.841;QD=24.9332;RBI=0.0241206;REFB=0.00705523;REVB=0.0126045;RO=38;SAF=20;SAR=31;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446405;STB=0.524453;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00566451;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:31:20:17:21:31:20:17:21 chr12 102517804 . G A 236.53 PASS AF=0.45;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0748527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9983;QD=15.7689;RBI=0.0755871;REFB=-0.0127671;REVB=-0.0105108;RO=32;SAF=19;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867227;STB=0.542825;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0195622;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:33:27:27:0.45:8:19:20:12:8:19:21:12 chr12 102545563 . A G 402.18 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00207438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.708;QD=21.7394;RBI=0.00261265;REFB=-0.00996293;REVB=-0.00158835;RO=34;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036552;STB=0.520157;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00838459;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:17:23:21:13:17:23:21:13 chr12 102611371 . T G 141.85 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0734436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5772;QD=11.1255;RBI=0.0735148;REFB=0.00038435;REVB=-0.00323562;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19722;STB=0.616303;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00183919;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:7:10:14:20:7:10:14:20 chr12 103237468 . G C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.463;QD=63.1949;RBI=0.0611441;REFB=0;REVB=-0.0607392;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03462e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr12 103246700 . C T 168.93 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0297309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.56;QD=16.8931;RBI=0.0464196;REFB=-0.0437234;REVB=0.035649;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.537314;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0534439;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:12:10:7:11:12:10 chr12 103248924 . C T 1149.38 PASS AF=0.589888;AO=104;DP=178;FAO=105;FDP=178;FR=.;FRO=73;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00581794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.261;QD=25.8288;RBI=0.014627;REFB=-0.0264824;REVB=-0.0134202;RO=71;SAF=56;SAR=48;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187902;STB=0.51345;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.022031;OID=.;OPOS=103248924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:71:73:104:105:0.589888:48:56:40:31:48:57:42:31 chr12 103307583 . A G 444.41 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00427752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.696;QD=20.4328;RBI=0.0675704;REFB=0.00996752;REVB=0.0674349;RO=43;SAF=24;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153709;STB=0.585024;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00690752;OID=.;OPOS=103307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:20:24:16:27:20:24:16:27 chr12 103670917 . A G 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0666108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.114;QD=17.6708;RBI=0.0666404;REFB=0.00655738;REVB=-0.00198533;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155328;STB=0.587137;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00464883;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:19:11:17:15:19:11:17:15 chr12 103696182 . T G 277.87 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0218021;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.631;QD=17.9271;RBI=0.0230294;REFB=-0.0201782;REVB=0.00741791;RO=28;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924903;STB=0.573126;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0183183;OID=.;OPOS=103696182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:28:32:30:30:0.483871:9:21:22:6:9:21:26:6 chr12 104067812 . C T 246.44 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0275658;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.707;QD=15.6469;RBI=0.0283895;REFB=-0.0172531;REVB=-0.006789;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201669;STB=0.620602;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0171743;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:27:28:0.444444:17:10:20:15:18:10:20:15 chr12 104086631 . C T 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0107623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.68;QD=19.4994;RBI=0.0112202;REFB=-4.59964e-05;REVB=0.00317253;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133004;STB=0.580596;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=3.59063e-05;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:16:16:10:19:16:16:10:20 chr12 104092996 . T C 706.92 PASS AF=0.396135;AO=82;DP=207;FAO=82;FDP=207;FR=.;FRO=125;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.0141736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3584;QD=13.6602;RBI=0.0152119;REFB=-0.0145754;REVB=0.00552353;RO=123;SAF=38;SAR=44;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780716;STB=0.538978;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0179971;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:123:125:82:82:0.396135:44:38:66:57:44:38:66:59 chr12 104100617 . C T 1326.54 PASS AF=0.524793;AO=126;DP=241;FAO=127;FDP=242;FR=.;FRO=115;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.0141725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.984;QD=21.9263;RBI=0.0193285;REFB=-0.0173761;REVB=-0.0131428;RO=115;SAF=74;SAR=52;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506692;STB=0.529219;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.01561;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:115:115:126:127:0.524793:52:74:61:54:52:75:61:54 chr12 104136316 . C T 773.63 PASS AF=0.457627;AO=80;DP=176;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.0181449;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.803;QD=17.4832;RBI=0.0189765;REFB=-0.0242055;REVB=0.00555624;RO=94;SAF=43;SAR=37;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366217;STB=0.510048;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.028002;OID=.;OPOS=104136316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:94:96:80:81:0.457627:37:43:47:47:39:42:48:48 chr12 104153004 . C G 955.29 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120446;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.747;QD=58.7872;RBI=0.0196562;REFB=0;REVB=0.0155336;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34725e-05;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:22:42:0:0:22:43:0:0 chr12 104186946 . G T 635.83 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141867;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.849;QD=62.032;RBI=0.0380948;REFB=0;REVB=-0.0353547;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237178;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr12 104235308 . C G 281.76 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=2;FWDB=0.027444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.221;QD=16.574;RBI=0.0291715;REFB=-0.0548223;REVB=-0.00988962;RO=37;SAF=29;SAR=2;SRF=35;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439023;STB=0.516119;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0676975;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:36:31:32:0.470588:2:29:35:2:2:30:34:2 chr12 104254932 . G A 918.59 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2301;QD=58.3229;RBI=0.0727544;REFB=0;REVB=-0.0693601;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432034;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr12 104254975 . C G 298.31 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00597888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.09;QD=13.5594;RBI=0.0222114;REFB=-0.00690384;REVB=0.0213916;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233532;STB=0.631503;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0159283;OID=.;OPOS=104254975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:54:34:34:0.386364:20:14:33:19:20:14:34:20 chr12 104260208 . C T 304.89 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0338785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.812;QD=26.5125;RBI=0.0385964;REFB=-0.0386075;REVB=-0.0184913;RO=19;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20536;STB=0.612929;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0118064;OID=.;OPOS=104260208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:13:14:15:4:13:14:15:4 chr12 104309383 . C T 266.5 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00997069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.524;QD=13.4935;RBI=0.0322917;REFB=-0.0175326;REVB=-0.0307138;RO=48;SAF=29;SAR=2;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57283;STB=0.839711;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0360587;OID=.;OPOS=104309383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:2:29:29:19:2:29:29:19 chr12 104309428 . G C 404.96 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0123912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9826;QD=17.2324;RBI=0.0543446;REFB=-0.057732;REVB=-0.0529131;RO=47;SAF=23;SAR=19;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171951;STB=0.570952;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0290033;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:47:52:42:42:0.446809:19:23:34:13:19:23:35:17 chr12 104325459 . G C 548.61 PASS AF=0.449612;AO=57;DP=127;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0305523;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0887;QD=17.0112;RBI=0.0862667;REFB=0.0130234;REVB=0.0806752;RO=70;SAF=36;SAR=21;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119914;STB=0.566987;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0112024;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:70:71:57:58:0.449612:21:36:36:34:21:37:37:34 chr12 104327979 . C T 595.19 PASS AF=0.424051;AO=67;DP=158;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0136192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.775;QD=15.0681;RBI=0.013629;REFB=0.00156091;REVB=-0.000517998;RO=91;SAF=33;SAR=34;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546045;STB=0.530538;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00216856;OID=.;OPOS=104327979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:91:91:67:67:0.424051:34:33:40:51:34:33:40:51 chr12 104341103 . C T 321.2 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0175559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.632;QD=16.2634;RBI=0.0217579;REFB=-0.020854;REVB=-0.0128528;RO=44;SAF=24;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127223;STB=0.57184;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0254209;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:11:24:25:19:11:24:25:19 chr12 104341187 . TGAA T 202.29 PASS AF=0.44;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0160974;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.424;QD=16.1834;RBI=0.0285626;REFB=-0.0294686;REVB=0.0235944;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136625;STB=0.555506;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=0.0359137;OID=.;OPOS=104341188;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:20:51:22:50:28:12:10:18:10:99:25:10:10:16:9 chr12 104349519 . C T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0114186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.971;QD=19.4209;RBI=0.011421;REFB=-0.00235509;REVB=-0.00023022;RO=27;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569673;STB=0.503174;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00213964;OID=.;OPOS=104349519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:12:17:16:11:12:17:16:11 chr12 104359779 . C T 136.97 PASS AF=0.34;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0169865;FXX=0.0565931;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.261;QD=10.9575;RBI=0.0171977;REFB=-0.0300017;REVB=0.00268718;RO=33;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338515;STB=0.701547;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0375709;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:33:33:17:17:0.34:4:13:16:17:4:13:16:17 chr12 104366815 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0144207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8301;QD=22.9571;RBI=0.0188195;REFB=-0.0207638;REVB=-0.012092;RO=11;SAF=14;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595972;STB=0.533294;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0126865;OID=.;OPOS=104366815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:2:14:10:1:2:14:10:1 chr12 104380734 . G A 253.37 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00365115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4055;QD=12.8288;RBI=0.00819519;REFB=-0.0239104;REVB=0.00733691;RO=49;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331247;STB=0.518975;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0279659;OID=.;OPOS=104380734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:15:15:23:26:15:15:23:26 chr12 104408794 . C T 153.67 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0239653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5936;QD=14.2953;RBI=0.0291504;REFB=-0.0121716;REVB=0.0165956;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118371;STB=0.568883;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0163294;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:14:12:6:11:14:12 chr12 104492191 . TTA T,TT,TTT 243.27 PASS AF=0.425532,0,0;AO=22,15,8;DP=100;FAO=40,0,0;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=14,0,0;FSAR=26,0,0;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0253853,0.0480291,0.0243234;FXX=0.0105252;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=19.4303,9.20262,13.0317;QD=10.3518;RBI=0.0308488,0.0527493,0.0247667;REFB=-0.103516,-0.15123,-0.0482055;REVB=-0.0175281,-0.0218105,-0.00466481;RO=39;SAF=6,1,1;SAR=16,14,7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.306612,-0.649644,-0.520953;STB=0.610206,0.5,0.5;STBP=0.075,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.156183,0.0464371,0;OID=.,.,.;OPOS=104492192,104492193,104492193;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532,0,0:22,15,8:100:40,0,0:94:54:14,0,0:26,0,0:29:25:99:39:6,1,1:16,14,7:21:18 chr12 104512832 . G A 287.37 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00428743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1466;QD=20.8996;RBI=0.0320732;REFB=-0.0464672;REVB=-0.0317853;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491545;STB=0.527255;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0195411;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:14:11:15:15:14:11 chr12 104512918 . T G 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00913545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.488;QD=18.6424;RBI=0.0199364;REFB=0.00368302;REVB=0.0177201;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219641;STB=0.625487;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00195424;OID=.;OPOS=104512918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:5:8:5:9:5:8 chr12 104645363 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.999;QD=60.547;RBI=0.0516861;REFB=0;REVB=0.0363901;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44878e-07;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr12 104645405 . T C 1191.74 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330616;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.326;QD=61.1146;RBI=0.0468447;REFB=0;REVB=0.0331867;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139301;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:48:29:0:0:49:29:0:0 chr12 104698582 . A G 746.86 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.424;QD=53.347;RBI=0.0639975;REFB=-0.189714;REVB=0.0626551;RO=1;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269107;STB=0.506664;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000708024;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:1:1:54:55:0.982143:17:37:0:1:18:37:1:0 chr12 105245665 . T C 412.46 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0653235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3164;QD=19.1842;RBI=0.0653332;REFB=-0.00882371;REVB=0.00112853;RO=44;SAF=17;SAR=24;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183976;STB=0.606344;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00693392;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:44:41:42:0.488372:24:17:27:17:25:17:27:17 chr12 105433523 . T A 1161.77 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762379;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.575;QD=61.1459;RBI=0.0150764;REFB=0;REVB=-0.0130067;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04312e-05;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr12 105434467 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.71;QD=58.6004;RBI=0.0729215;REFB=0;REVB=-0.0222503;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52435e-05;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr12 105440719 . C T 715.18 PASS AF=0.401961;AO=82;DP=204;FAO=82;FDP=204;FR=.;FRO=122;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=0.0104708;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.037;QD=14.0232;RBI=0.0225709;REFB=-0.00217632;REVB=-0.0199952;RO=120;SAF=39;SAR=43;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346684;STB=0.514597;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00491027;OID=.;OPOS=105440719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:120:122:82:82:0.401961:43:39:61:59:43:39:61:61 chr12 105546172 . G A 2316.4 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.166;QD=63.0313;RBI=0.0209082;REFB=-0.0927066;REVB=-0.016485;RO=1;SAF=74;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065597;STB=0.503448;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=3.27924e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:72:74:0:1:72:74:0:1 chr12 105561664 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.081;QD=56.9383;RBI=0.0195003;REFB=0;REVB=0.0191398;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99901e-05;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr12 105567068 . T A 1059.87 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.373;QD=59.7111;RBI=0.0209466;REFB=0;REVB=-0.0171179;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99131e-06;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:41:29:0:0:41:30:0:0 chr12 105567070 . T A 1062.58 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.174;QD=59.8636;RBI=0.0334067;REFB=0;REVB=0.0127027;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18926e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:41:28:0:0:41:30:0:0 chr12 105567089 . T A 876.91 PASS AF=0.90411;AO=61;DP=68;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0154827;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.4545;QD=48.0498;RBI=0.055102;REFB=-0.0099913;REVB=0.0528821;RO=6;SAF=29;SAR=32;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415181;STB=0.509776;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0061101;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:68:73:6:7:61:66:0.90411:32:29:3:3:35:31:4:3 chr12 105567131 . C T 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0069838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.512;QD=10.4168;RBI=0.0135543;REFB=-0.00627771;REVB=-0.0116166;RO=44;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324041;STB=0.695482;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0125368;OID=.;OPOS=105567131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:45:23:23:0.338235:7:16:18:26:7:16:18:27 chr12 105568122 . G A,T 3738.26 PASS AF=0.954918,0.0368852;AO=229,9;DP=240;FAO=233,9;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=99,0;FSAR=134,9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0560407,-0.00357295;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.2159,115.949;QD=61.283;RBI=0.0567988,0.00793624;REFB=-0.0785749,-0.0357487;REVB=0.009249,-0.00708647;RO=1;SAF=97,0;SAR=132,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00488744,-0.81244;STB=0.500654,0.99794;STBP=0.85,0.077;TYPE=snp,snp;VARB=0.00176322,0.078711;OID=.,.;OPOS=105568122,105568122;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:240:244:1:2:229,9:233,9:0.954918,0.0368852:132,9:97,0:1:0:134,9:99,0:1:1 chr12 105568176 . G A 2776.32 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384739;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.708;QD=62.7417;RBI=0.042164;REFB=0;REVB=-0.0172499;RO=0;SAF=64;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27308e-05;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:176:177:1:112:64:0:0:113:64:0:0 chr12 105583877 . G A 334.26 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0380896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.71;QD=16.7132;RBI=0.0380929;REFB=-0.0033115;REVB=0.000497108;RO=44;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378549;STB=0.521265;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00357167;OID=.;OPOS=105583877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:15:21:24:20:15:21:24:20 chr12 105589363 . CTCT C 544.93 PASS AF=0.581395;AO=44;DP=98;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00496773;FXX=0.0850973;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.258;QD=25.3455;RBI=0.0109048;REFB=-0.00549847;REVB=-0.00970756;RO=37;SAF=16;SAR=28;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860439;STB=0.520599;STBP=0.676;TYPE=del;VARB=0.00355787;OID=.;OPOS=105589364;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581395:44:98:50:86:36:16:34:10:26:99:37:16:28:10:27 chr12 105600935 . G A 369.32 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.000949374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.736;QD=19.6971;RBI=0.0385575;REFB=-0.0118069;REVB=0.0385458;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348999;STB=0.519393;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0188243;OID=.;OPOS=105600935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:14:24:22:15:14:24:22:15 chr12 106460938 . G C 1438.58 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0178672;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2602;QD=61.8746;RBI=0.0436833;REFB=0.00223258;REVB=0.0398622;RO=1;SAF=67;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702283;STB=0.503703;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000217755;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:1:1:90:92:0.989247:23:67:1:0:25:67:1:0 chr12 106633569 . C T 248.01 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.052751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8322;QD=14.1722;RBI=0.0530342;REFB=-0.0295544;REVB=0.00547255;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959267;STB=0.554418;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0554038;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:14:15:25:16:14:15:25:16 chr12 106647842 . C T 146.1 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0156899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0577;QD=16.6966;RBI=0.0195363;REFB=-0.0110077;REVB=-0.0116402;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390572;STB=0.722915;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0134965;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:14:5:11:5:14:5 chr12 106704974 . G A 482.19 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=110;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0583112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.216;QD=17.3763;RBI=0.0585177;REFB=0.00937108;REVB=0.00491211;RO=58;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380596;STB=0.511169;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00979391;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:58:59:51:52:0.468468:27:24:25:33:28:24:26:33 chr12 106838340 . T C 1271.1 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8067;QD=61.258;RBI=0.0456774;REFB=0;REVB=0.0424002;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291911;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:34:47:0:0:35:48:0:0 chr12 106893863 . G T 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.272;QD=64.0212;RBI=0.0531741;REFB=0;REVB=0.00843444;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111863;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr12 106893930 . A T 1461.97 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.516;QD=62.8804;RBI=0.0289266;REFB=0;REVB=-0.0021873;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201966;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:53:39:0:0:53:40:0:0 chr12 106903321 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.274;QD=59.1428;RBI=0.0418233;REFB=0;REVB=0.0369406;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93058e-05;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr12 107090201 . T C 617.55 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00922668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8631;QD=17.6442;RBI=0.0108221;REFB=-0.0145364;REVB=-0.00565567;RO=76;SAF=27;SAR=37;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642423;STB=0.535735;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0151528;OID=.;OPOS=107090201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:76:64:64:0.457143:37:27:37:39:37:27:37:39 chr12 107395106 . A G,T 579.65 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=36,3;DP=39;FAO=36,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23,3;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192846,-0.00053201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.39,64.9901;QD=59.4513;RBI=0.0193279,0.0139633;REFB=0,0;REVB=-0.00129316,-0.0139532;RO=0;SAF=23,3;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.21415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00340914,0.0720347;OID=.,.;OPOS=107395106,107395106;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:39:39:0:0:36,3:36,3:0.923077,0.0769231:13,0:23,3:0:0:13,0:23,3:0:0 chr12 107713696 . G A 374.75 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0302038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.438;QD=26.2979;RBI=0.0386777;REFB=-0.0225759;REVB=0.0241597;RO=21;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215842;STB=0.511804;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0147658;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:16:20:11:10:16:20:11:10 chr12 107937768 . G A 665.49 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00219455;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2135;QD=56.6378;RBI=0.0414923;REFB=-0.0154907;REVB=0.0414342;RO=3;SAF=40;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03395;STB=0.518064;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00315175;OID=.;OPOS=107937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:47:3:3:44:44:0.93617:4:40:3:0:4:40:3:0 chr12 108011124 . C T 766.26 PASS AF=0.496855;AO=79;DP=159;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.00531172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.18;QD=19.277;RBI=0.00585605;REFB=-0.00885214;REVB=0.00246556;RO=79;SAF=30;SAR=49;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163238;STB=0.587089;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00796812;OID=.;OPOS=108011124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:79:80:79:79:0.496855:49:30:44:35:49:30:44:36 chr12 108618630 . C T 497.23 PASS AF=0.402878;AO=55;DP=138;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0342195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.535;QD=14.3086;RBI=0.0343125;REFB=-0.00929552;REVB=0.00252465;RO=81;SAF=21;SAR=34;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146809;STB=0.582827;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0132674;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:81:83:55:56:0.402878:34:21:42:39:34:22:44:39 chr12 108643553 . C T 148.56 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00495651;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.047;QD=9.43247;RBI=0.00779114;REFB=-0.00296295;REVB=0.00601123;RO=42;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25401;STB=0.6426;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0122258;OID=.;OPOS=108643553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:42:43:20:20:0.31746:13:7:24:18:13:7:24:19 chr12 108913376 . AGTTTTAA AGTTT,AGTTTA,AGTTTAA,AGTTTAAA,TAGTTTAA 313.03 PASS AF=1,0,0,0,0;AO=11,5,4,7,3;DP=35;FAO=26,0,0,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0,0,0,0;FSAR=17,0,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.176424,-0.293021,-0.279333,0.0274267,-0.212487;FXX=0.0370233;HRUN=4,4,4,4,1;LEN=3,2,1,1,3;MLLD=21.8384,21.1553,19.0324,16.1697,17.3494;QD=48.1583;RBI=0.185699,0.298392,0.282231,0.105087,0.214354;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0579558,-0.0563576,0.0403433,0.101445,-0.0282277;RO=0;SAF=3,2,0,2,2;SAR=8,3,4,5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp,mnp;VARB=0.0397573,0.0473836,-0.00476191,0.115427,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=108913381,108913381,108913378,108913381,108913376;OREF=TAA,TA,T,T,AGT;OALT=-,-,-,A,TAG;OMAPALT=AGTTT,AGTTTA,AGTTTAA,AGTTTAAA,TAGTTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:26:0:0:11,5,4,7,3:26,0,0,0,0:1,0,0,0,0:8,3,4,5,1:3,2,0,2,2:0:0:17,0,0,0,0:9,0,0,0,0:0:0 chr12 108918146 . C T 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.146;QD=61.8754;RBI=0.00978858;REFB=0;REVB=0.00547149;RO=0;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74941e-06;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:56:69:0:0:56:69:0:0 chr12 108923950 . A G,T 459.76 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=29,2;DP=31;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365275,-0.0145556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.525,76.2329;QD=57.4693;RBI=0.0375211,0.0556367;REFB=0,0;REVB=-0.00857755,-0.053699;RO=0;SAF=17,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.0947e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00179557,0.108603;OID=.,.;OPOS=108923950,108923950;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:31:32:0:0:29,2:31,1:0.96875,0.03125:12,0:17,2:0:0:12,0:19,1:0:0 chr12 108954823 . C T 1011.54 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8331;QD=57.8024;RBI=0.0244299;REFB=-0.0499733;REVB=-0.0203584;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000851295;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:30:39:1:0:30:39:1:0 chr12 108955106 . C CT 350.1 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3382;QD=43.7624;RBI=0.0309566;REFB=0;REVB=0.0246934;RO=2;SAF=11;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775224;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000539853;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:32:32:0:12:20:0:0:7:2:11:20:2:0 chr12 108955158 . T A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.539;QD=46.8479;RBI=0.0295419;REFB=0;REVB=-0.0076265;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230715;OID=.;OPOS=108955158;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr12 108986138 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 47.63 PASS AF=0.3125,0;AO=15,3;DP=48;FAO=15,0;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9,0;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.217639,-0.149334;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.50077,114.547;QD=3.96885;RBI=0.220174,0.153036;REFB=-0.122708,-0.0147777;REVB=-0.033315,-0.0334555;RO=23;SAF=9,3;SAR=6,0;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.383171,0.713833;STB=0.677197,0.5;STBP=0.128,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.102684,0;OID=.,.;OPOS=108986139,108986143;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0:15,3:48:15,0:48:33:9,0:6,0:11:22:48:23:9,3:6,0:5:18 chr12 109182049 . T C 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0374383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.323;QD=25.4975;RBI=0.0381018;REFB=-0.0222971;REVB=-0.00707974;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767451;STB=0.542564;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0134955;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:10:6:11:12:10:6 chr12 109219903 . C G 598.43 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0303552;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9063;QD=17.9979;RBI=0.0352251;REFB=-0.00565696;REVB=-0.017871;RO=71;SAF=29;SAR=33;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648299;STB=0.535988;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00763421;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:71:71:62:62:0.466165:33:29:38:33:33:29:38:33 chr12 109277492 . C A 178.04 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0113784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.824;QD=14.2432;RBI=0.0153212;REFB=-0.00853064;REVB=0.0102601;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211899;STB=0.594787;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00952586;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:31:19:19:0.38:10:9:8:21:10:9:10:21 chr12 109309571 . C T 221.13 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0295792;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.009;QD=18.0517;RBI=0.0415334;REFB=-0.00250242;REVB=0.0291563;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710126;STB=0.540502;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.000697897;OID=.;OPOS=109309571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:6:16:18:9:6:16:18:9 chr12 109511256 . T C 957.96 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.178;QD=58.0579;RBI=0.0482737;REFB=0;REVB=0.0480022;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140689;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:66:0:0:61:66:1:27:34:0:0:31:35:0:0 chr12 109520769 . A G 161.45 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0525445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6515;QD=11.9591;RBI=0.0532197;REFB=-0.0129233;REVB=0.00845053;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157432;STB=0.538422;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0240503;OID=.;OPOS=109520769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:34:19:20:0.37037:6:13:14:12:6:14:22:12 chr12 109634834 . A G 283.73 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.02292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.528;QD=23.162;RBI=0.0239524;REFB=-0.0142386;REVB=0.00695633;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159056;STB=0.596084;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0126989;OID=.;OPOS=109634834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:14:12:6:16:14:12:6:17 chr12 109675029 . T C 1198.42 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.188;QD=60.6795;RBI=0.0166011;REFB=0;REVB=0.00768472;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05288e-06;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr12 109693982 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.472;QD=61.3351;RBI=0.0196898;REFB=0;REVB=-0.00788774;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64976e-05;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr12 109696838 . G A 1869.97 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333535;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.761;QD=60.812;RBI=0.0333867;REFB=0;REVB=0.00148813;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38384e-05;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:120:123:1:53:67:0:0:54:69:0:0 chr12 109717697 . A G 1043.97 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6893;QD=59.6555;RBI=0.0856674;REFB=0;REVB=0.0833151;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882457;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr12 110226796 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7001;QD=63.5783;RBI=0.097882;REFB=0;REVB=-0.0933097;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013414;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:18:29:0:0 chr12 110240838 . T G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.664;QD=57.2015;RBI=0.031795;REFB=0;REVB=0.0269646;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1196e-05;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr12 111348926 . G A 156.52 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00516667;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.303;QD=14.9064;RBI=0.00666551;REFB=-0.0151114;REVB=0.00421125;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695149;STB=0.540024;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0311643;OID=.;OPOS=111348926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:6:19:12:5:6:19 chr12 111375170 . A G 733.03 PASS AF=0.405797;AO=81;DP=207;FAO=84;FDP=207;FR=.;FRO=123;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=78;FSRR=45;FWDB=0.0139746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4716;QD=14.1648;RBI=0.044862;REFB=-0.00841797;REVB=-0.0426299;RO=124;SAF=23;SAR=58;SRF=79;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380414;STB=0.692492;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00986055;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:124:123:81:84:0.405797:58:23:79:45:58:26:78:45 chr12 111375172 . C T 711.43 PASS AF=0.4;AO=82;DP=205;FAO=82;FDP=205;FR=.;FRO=123;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=78;FSRR=45;FWDB=0.0127942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.587;QD=13.8815;RBI=0.0134375;REFB=-0.0110503;REVB=0.00410782;RO=123;SAF=25;SAR=57;SRF=78;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351055;STB=0.697138;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0146537;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:123:123:82:82:0.4:57:25:78:45:57:25:78:45 chr12 111747963 . C T 453.63 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00267093;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.0988;QD=28.3518;RBI=0.0121948;REFB=-0.00519443;REVB=0.0118987;RO=21;SAF=24;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117034;STB=0.571395;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00202024;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:22:42:42:0.65625:18:24:8:13:18:24:8:14 chr12 111760251 . G C 115.65 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0105071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0229;QD=11.0145;RBI=0.0527608;REFB=-0.00609194;REVB=-0.051704;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410956;STB=0.524441;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0104081;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:11:17:8:6:11:17 chr12 111785586 . T C 281.45 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00740178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.922;QD=26.8044;RBI=0.0929821;REFB=-0.0572406;REVB=0.092687;RO=16;SAF=19;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524606;STB=0.541032;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.036347;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:25:26:0.619048:6:19:13:3:7:19:13:3 chr12 111786082 . G C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5841;QD=47.8187;RBI=0.0498014;REFB=0;REVB=0.0331872;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155668;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 111786892 . T C 280.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0129862;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.753;QD=19.0058;RBI=0.0336426;REFB=-0.0198116;REVB=0.0310352;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445914;STB=0.52487;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0169148;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:15:14:16:14:15:14 chr12 111798553 . A G 645.81 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0200608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5392;QD=18.4516;RBI=0.026944;REFB=-0.0330074;REVB=-0.0179874;RO=71;SAF=38;SAR=28;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038597;STB=0.511696;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0245638;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:71:74:66:66:0.471429:28:38:38:33:28:38:41:33 chr12 111884608 . T C 1196.93 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172401;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.247;QD=61.381;RBI=0.0194067;REFB=0;REVB=-0.00891052;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146665;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:44:33:0:0:45:33:0:0 chr12 112375990 . A C 797.88 PASS AF=0.968254;AO=58;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0657963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1859;QD=50.6592;RBI=0.0963439;REFB=-0.244183;REVB=0.0703775;RO=4;SAF=34;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107681;STB=0.514281;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0204064;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:63:4:2:58:61:0.968254:24:34:2:2:27:34:2:0 chr12 112416586 . C T 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.74;QD=54.5073;RBI=0.0864182;REFB=0;REVB=0.0839441;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255452;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr12 112460749 . A G 1871.19 PASS AF=0.976378;AO=125;DP=125;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00646365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.305;QD=58.9352;RBI=0.0124793;REFB=-0.0110019;REVB=0.010675;RO=0;SAF=88;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22831e-08;STB=0.519997;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000262452;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:127:0:3:125:124:0.976378:37:88:0:0:36:88:0:3 chr12 112464893 . C T 804.29 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.153;QD=64.3428;RBI=0.0299424;REFB=0;REVB=0.0278527;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3577e-05;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:20:30:0:0 chr12 112479875 . T A 34.63 PASS AF=0.184211;AO=5;DP=36;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0216576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.8903;QD=3.64478;RBI=0.0404838;REFB=-0.0221166;REVB=-0.0342037;RO=31;SAF=5;SAR=0;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.75581;STB=0.919364;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.184559;OID=.;OPOS=112479875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:36:38:31:31:5:7:0.184211:0:5:7:24:1:6:7:24 chr12 112580071 . C T 1541.52 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.677;QD=62.2836;RBI=0.0355859;REFB=-0.0831455;REVB=-0.0220774;RO=1;SAF=27;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572946;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:99:1:0:97:99:1:70:27:1:0:70:29:0:0 chr12 112598321 . G A 892.77 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.933;QD=57.5981;RBI=0.0206723;REFB=0;REVB=-0.0172652;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07429e-05;OID=.;OPOS=112598321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:39:23:0:0 chr12 112622553 . GTG GT,TGG 142.09 PASS AF=0.541667,0.0625;AO=18,3;DP=48;FAO=26,3;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=17,3;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0285966,0.026591;FXX=0;HRUN=4,3;LEN=1,2;MLLD=9.52428,63.8902;QD=11.8405;RBI=0.278507,0.203973;REFB=-0.152956,0.0475357;REVB=0.277035,-0.202232;RO=23;SAF=14,3;SAR=4,0;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.249323,0.555009;STB=0.514275,0.995179;STBP=0.864,0.171;TYPE=del,mnp;VARB=0.042629,-0.0252069;OID=.,.;OPOS=112622555,112622553;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=GT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:48:48:23:19:18,3:26,3:0.541667,0.0625:4,0:14,3:13:10:9,0:17,3:13:6 chr12 112667675 . T G 940.83 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140184;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.66;QD=58.8021;RBI=0.0181676;REFB=0;REVB=0.0115563;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62362e-05;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr12 113313470 . C T 5045.67 PASS AF=0.955056;AO=339;DP=356;FAO=340;FDP=356;FR=.;FRO=16;FSAF=187;FSAR=153;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0155419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8668;QD=56.6929;RBI=0.067025;REFB=-0.0704298;REVB=0.0651981;RO=14;SAF=186;SAR=153;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00719026;STB=0.500567;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0255426;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:356:356:14:16:339:340:0.955056:153:186:9:5:153:187:9:7 chr12 113319600 . C T 997.05 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3155;QD=58.6497;RBI=0.0208092;REFB=0;REVB=0.00313923;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510272;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:30:36:0:0:30:38:0:0 chr12 113325629 . T C 1267.38 PASS AF=0.965909;AO=72;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00849629;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.042;QD=57.6081;RBI=0.011625;REFB=0.00262369;REVB=0.00793434;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504697;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-1.86913e-05;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:88:0:3:72:85:0.965909:39:33:0:0:40:45:2:1 chr12 113338145 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAGA 186.66 PASS AF=0.185185,0.222222,0.333333,0.259259;AO=4,3,3,5;DP=28;FAO=5,6,9,7;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6,0,7;FSAR=4,0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713242,-0.00508883,-0.0216379,-0.00298789;FXX=0.0357015;HRUN=17,1,17,0;LEN=1,1,5,1;MLLD=5.83781,157.006,18.0183,152.312;QD=27.6539;RBI=0.155375,0.00704713,0.0404987,0.00579928;REFB=-0.327613,-0.0391391,-0.153863,-0.0424434;REVB=0.155211,0.00487502,0.0342338,0.00497033;RO=1;SAF=1,3,0,5;SAR=3,0,3,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.119989,0.727144,0,0.767767;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,ins,del,ins;VARB=-0.233516,0.0415593,0.127974,-0.0550704;OID=.,.,.,.;OPOS=113338146,113338159,113338146,113338158;OREF=A,-,AAAAA,-;OALT=-,G,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.185185,0.222222,0.333333,0.259259:4,3,3,5:28:5,6,9,7:27:0:1,6,0,7:4,0,9,0:0:0:51:1:1,3,0,5:3,0,3,0:0:1 chr12 113348870 . G A 517.09 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00375342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3064;QD=17.8306;RBI=0.00587244;REFB=-0.00532668;REVB=0.00451635;RO=61;SAF=30;SAR=25;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122822;STB=0.567976;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00391954;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:25:30:41:20:25:30:41:20 chr12 113357193 . G A 70.48 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0439358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6041;QD=17.6202;RBI=0.1584;REFB=-0.0132276;REVB=-0.152184;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58021;STB=0.860661;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00330176;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:6:7:9:9:0.5625:1:8:1:5:1:8:1:6 chr12 113357209 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0247742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.808;QD=22.6322;RBI=0.0318124;REFB=-0.0211352;REVB=0.0199566;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37587;STB=0.71191;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0159027;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:1:7:4:9:1:7 chr12 113357237 . G C 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0105051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.788;QD=27.2322;RBI=0.0327554;REFB=-0.0056881;REVB=-0.0310251;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188606;STB=0.604236;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00660437;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:10:16:6:11:10:16:6:11 chr12 113357442 . G A 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0312427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0742;QD=20.8553;RBI=0.0315748;REFB=0.00201172;REVB=0.00456761;RO=39;SAF=27;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18429;STB=0.60212;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00145171;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:15:27:17:22:15:27:17:22 chr12 113369715 . TA T 435.41 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.019399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.903;QD=22.9163;RBI=0.0198893;REFB=-0.00157301;REVB=0.00438902;RO=32;SAF=16;SAR=27;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127413;STB=0.564251;STBP=0.217;TYPE=del;VARB=0.00129861;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565789:43:76:43:76:33:16:27:17:16:99:32:16:27:17:15 chr12 113369759 . G C 403.69 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00354253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2915;QD=22.12;RBI=0.0329199;REFB=-0.00686017;REVB=0.0327288;RO=33;SAF=15;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142933;STB=0.578907;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0092044;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:25:15:18:15:25:15:18:15 chr12 113376388 . G A 351.83 PASS AF=0.614035;AO=31;DP=53;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0264678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1931;QD=24.6895;RBI=0.113024;REFB=-0.038579;REVB=0.109881;RO=22;SAF=9;SAR=22;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647593;STB=0.535693;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0323484;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:22:22:31:35:0.614035:22:9:8:14:25:10:8:14 chr12 113376452 . C T 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.048313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.341;QD=26.3989;RBI=0.0487868;REFB=-0.0551701;REVB=0.0067828;RO=10;SAF=3;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221621;STB=0.624843;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0395921;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:15:3:4:6:15:3:4:6 chr12 113385873 . T TG 46.18 PASS AF=0.375;AO=4;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.129019;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.99;QD=7.69662;RBI=0.256208;REFB=-0.0794775;REVB=0.221352;RO=17;SAF=4;SAR=0;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.710033;STB=0.804666;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.154407;OID=.;OPOS=113385874;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:4:24:9:24:15:7:2:4:11:46:17:4:0:6:11 chr12 113386950 . T C 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.847;QD=59.8931;RBI=0.0202367;REFB=-0.017749;REVB=0.00590139;RO=1;SAF=16;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286624;STB=0.515148;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-1.14228e-05;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:79:80:0.987654:63:16:1:0:64:16:1:0 chr12 113398918 . CG C,CA 868.42 PASS AF=0.129032,0.870968;AO=8,54;DP=62;FAO=8,54;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=8,26;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528814,0.00203869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.262,116.324;QD=56.0274;RBI=0.0551084,0.0125475;REFB=0,0;REVB=-0.0155078,-0.0123808;RO=0;SAF=8,26;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.52846e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0401236,-0.00031897;OID=.,.;OPOS=113398919,113398919;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.129032,0.870968:8,54:62:8,54:62:0:8,26:0,28:0:0:38:0:8,26:0,28:0:0 chr12 113425154 . C G 306.77 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.99;QD=53.351;RBI=0.0720785;REFB=0;REVB=-0.0154289;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28069e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:19:2:0:0:20:3:0:0 chr12 113435450 . A T 1713.14 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5818;QD=60.6423;RBI=0.0305926;REFB=0;REVB=0.0255763;RO=0;SAF=79;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46119e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:34:79:0:0:34:79:0:0 chr12 113448288 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.999;QD=61.0487;RBI=0.0175796;REFB=0;REVB=0.0159595;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3991e-06;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr12 113553481 . C T 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0160466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.759;QD=12.6183;RBI=0.0217921;REFB=-0.00133329;REVB=0.0147446;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264108;STB=0.652046;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00107327;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:16:8:22:16:16:8:22:16 chr12 113565889 . G A 299.58 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.000853324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.005;QD=23.0447;RBI=0.0348433;REFB=-0.0234382;REVB=0.0348328;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139491;STB=0.576873;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0168748;OID=.;OPOS=113565889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:15:15:15:7:15:15:15:7 chr12 113640840 . T C 44.86 PASS AF=0.179487;AO=4;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0827227;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=20.8329;QD=4.60052;RBI=0.0843147;REFB=-0.0199358;REVB=-0.0163069;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220153;STB=0.591124;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.106222;OID=.;OPOS=113640840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:38:39:14:23:4:7:0.179487:1:3:8:6:2:5:14:9 chr12 113724816 . C T 189.11 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.037168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.825;QD=13.2709;RBI=0.0381692;REFB=-0.019149;REVB=0.00868487;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540264;STB=0.502956;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0268647;OID=.;OPOS=113724816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:34:22:23:0.403509:5:17:25:9:6:17:25:9 chr12 113753245 . C T 245.86 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00400537;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.13;QD=15.1296;RBI=0.00448745;REFB=-0.00724692;REVB=-0.00202341;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941356;STB=0.543328;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00729719;OID=.;OPOS=113753245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:30:37:28:28:0.430769:15:13:17:13:15:13:20:17 chr12 113796566 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.455;QD=48.7361;RBI=0.0781197;REFB=0;REVB=0.0727457;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412124;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr12 113821964 . C T 214.34 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00724398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.864;QD=12.7966;RBI=0.0123678;REFB=-0.00516247;REVB=-0.0100243;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20393;STB=0.617553;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00642924;OID=.;OPOS=113821964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:18:8:20:21:18:8:20:21 chr12 114362483 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.835;QD=57.8835;RBI=0.0216527;REFB=0;REVB=0.0215596;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8603e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr12 114374887 . T C 520.95 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0396324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.52;QD=19.6585;RBI=0.0475486;REFB=-0.0406837;REVB=0.0262705;RO=52;SAF=17;SAR=37;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318148;STB=0.517579;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0451328;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:37:17:18:34:37:17:18:34 chr12 114377835 . A G 471.0 PASS AF=0.468468;AO=50;DP=109;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00956976;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.138;QD=16.9728;RBI=0.0288128;REFB=-0.0125647;REVB=-0.0271771;RO=59;SAF=23;SAR=27;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799;STB=0.54292;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.019398;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:59:59:50:52:0.468468:27:23:32:27:28:24:32:27 chr12 114377877 . T C 489.87 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00357923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.401;QD=19.5949;RBI=0.00393376;REFB=-0.00630387;REVB=-0.00163203;RO=52;SAF=23;SAR=25;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733689;STB=0.540748;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00468829;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:25:23:29:23:25:23:29:23 chr12 114377899 . G C 1495.66 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0095607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.108;QD=62.3191;RBI=0.0511243;REFB=0.07367;REVB=0.0502224;RO=1;SAF=51;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920763;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00011628;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:44:51:1:0:44:51:1:0 chr12 114383651 . C T 367.67 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00522169;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.096;QD=15.9855;RBI=0.010522;REFB=0.00138948;REVB=-0.00913493;RO=53;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226371;STB=0.62713;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0017075;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:17:22:18:35:17:22:18:35 chr12 114386572 . C T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0130963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.441;QD=10.6292;RBI=0.0403057;REFB=-3.16879e-05;REVB=-0.0381187;RO=43;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140344;STB=0.5763;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-6.97195e-05;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:7:16:25:18:7:16:26:18 chr12 114386639 . A G 408.11 PASS AF=0.456522;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0283264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4632;QD=17.744;RBI=0.0301866;REFB=-0.00663251;REVB=-0.0104328;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106194;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:50:50:41:42:0.456522:21:20:25:25:21:21:25:25 chr12 114395651 . T C 650.02 PASS AF=0.433735;AO=65;DP=159;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.00829308;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.968;QD=15.6631;RBI=0.0893547;REFB=0.00216926;REVB=0.088969;RO=94;SAF=42;SAR=23;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331162;STB=0.518034;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00202897;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:166:94:94:65:72:0.433735:23:42:58:36:29:43:59:35 chr12 114793240 . C T 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.010923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.502;QD=9.62337;RBI=0.01183;REFB=-0.00722741;REVB=0.00454289;RO=37;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127107;STB=0.604544;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0173142;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:42:20:20:0.322581:7:13:20:17:7:13:21:21 chr12 114793297 . T C 359.18 PASS AF=0.697674;AO=21;DP=48;FAO=30;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.135414;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.307;QD=33.4118;RBI=0.142081;REFB=-0.160575;REVB=0.0430097;RO=20;SAF=2;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601274;STB=0.554258;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0514283;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:48:43:20:13:21:30:0.697674:19:2:13:7:19:11:7:6 chr12 114942966 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0530483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.432;QD=14.6495;RBI=0.0530777;REFB=0.014446;REVB=0.00176583;RO=19;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295477;STB=0.517216;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0263943;OID=.;OPOS=114942966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:12:2:3:16:12:2:3:16 chr12 115108136 . T C 176.01 PASS AF=0.395833;AO=16;DP=45;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0145788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.006;QD=14.6671;RBI=0.0162213;REFB=-0.0316167;REVB=-0.00711263;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378997;STB=0.63144;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0555965;OID=.;OPOS=115108136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:29:29:16:19:0.395833:12:4:17:12:12:7:17:12 chr12 116155595 . G A 685.76 PASS AF=0.433526;AO=77;DP=173;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=0.0180533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2123;QD=15.8558;RBI=0.0399087;REFB=-0.00726393;REVB=0.0355919;RO=94;SAF=33;SAR=44;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138439;STB=0.502936;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0123849;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:94:98:77:75:0.433526:44:33:39:55:44:31:41:57 chr12 116866116 . C A 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0122534;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.223;QD=8.69863;RBI=0.0134069;REFB=-0.0122604;REVB=-0.00544055;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00857342;OID=.;OPOS=116866116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:6:1:2:11:6:1:2:12 chr12 117014131 . G GA 78.93 PASS AF=0.595745;AO=21;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.173007;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.56865;QD=6.71726;RBI=0.226651;REFB=-0.0284239;REVB=-0.146422;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210959;STB=0.58176;STBP=0.174;TYPE=ins;VARB=0.0846541;OID=.;OPOS=117014132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.595745:21:48:28:47:19:12:16:12:7:35:21:8:13:13:8 chr12 117014373 . T TA,TTA 34.46 PASS AF=0.35,0;AO=3,3;DP=22;FAO=7,0;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3,0;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0417222,-0.0294444;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,2;MLLD=17.0528,25.6004;QD=6.89138;RBI=0.117258,0.042389;REFB=0.00554321,0.0443032;REVB=0.109584,-0.0304934;RO=15;SAF=2,0;SAR=1,3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.150204,-0.632481;STB=0.529329,0.5;STBP=0.861,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0208882,0.0224551;OID=.,.;OPOS=117014374,117014374;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0:3,3:22:7,0:20:13:3,0:4,0:5:8:31:15:2,0:1,3:8:7 chr12 117187907 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.669;QD=33.4265;RBI=0.0223089;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235673;OID=.;OPOS=117187907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 117217141 . T C 272.58 PASS AF=0.424658;AO=29;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0123725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.664;QD=14.9357;RBI=0.0127572;REFB=-0.0078503;REVB=0.00310889;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919567;STB=0.531894;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0107897;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:29:31:0.424658:15:14:24:18:15:16:24:18 chr12 117289599 . GGAAA G,GGAAG 127.88 PASS AF=0.230769,0.0961538;AO=6,13;DP=56;FAO=12,5;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=6,2;FSAR=6,3;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0041839,-0.0579494;FXX=0.0370302;HRUN=2,3;LEN=4,1;MLLD=125.698,45.6584;QD=9.83699;RBI=0.0509596,0.060141;REFB=-0.0105486,-0.00903522;REVB=-0.0507875,-0.0160875;RO=31;SAF=6,3;SAR=0,10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.671379,-0.3535;STB=0.574347,0.669259;STBP=0.541,0.54;TYPE=del,snp;VARB=0.0477715,0.0624325;OID=.,.;OPOS=117289600,117289603;OREF=GAAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0.0961538:6,13:56:12,5:52:35:6,2:6,3:21:14:52:31:6,3:0,10:16:15 chr12 117402583 . G C 491.87 PASS AF=0.4;AO=52;DP=137;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0534982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1382;QD=14.0534;RBI=0.0589859;REFB=-0.0212884;REVB=0.0248451;RO=83;SAF=20;SAR=32;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553868;STB=0.545438;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0354359;OID=.;OPOS=117402583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:83:84:52:56:0.4:32:20:36:47:36:20:36:48 chr12 117465857 . T C 1457.83 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129844;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.913;QD=63.3838;RBI=0.0373337;REFB=0;REVB=0.035003;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04099e-05;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:88:92:1:43:45:0:0:43:49:0:0 chr12 117584066 . G A 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0136534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.59;QD=19.0758;RBI=0.0178373;REFB=-0.00277834;REVB=0.0114784;RO=50;SAF=30;SAR=16;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081003;STB=0.502957;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00310616;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:16:30:33:17:16:30:33:18 chr12 117593387 . G A 931.28 PASS AF=0.419087;AO=101;DP=241;FAO=101;FDP=241;FR=.;FRO=140;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=87;FSRR=53;FWDB=0.00848665;FXX=0.00413206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.08;QD=15.4569;RBI=0.00863734;REFB=-0.0171181;REVB=0.00160639;RO=138;SAF=56;SAR=45;SRF=86;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727481;STB=0.539705;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.010283;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:138:140:101:101:0.419087:45:56:86:52:45:56:87:53 chr12 117593391 . A G 963.7 PASS AF=0.42623;AO=102;DP=243;FAO=104;FDP=244;FR=.;FRO=140;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=86;FSRR=54;FWDB=-0.0693047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.641;QD=15.7983;RBI=0.0703496;REFB=-0.0071689;REVB=-0.0120799;RO=138;SAF=57;SAR=45;SRF=85;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060287;STB=0.538621;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00938294;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:138:140:102:104:0.42623:45:57:85:53:47:57:86:54 chr12 117665264 . A G 216.04 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0235246;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.324;QD=16.6181;RBI=0.0247587;REFB=-0.0107697;REVB=0.00771912;RO=29;SAF=19;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247795;STB=0.627982;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0133579;OID=.;OPOS=117665264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:28:24:24:0.461538:5:19:17:12:5:19:17:11 chr12 117685270 . G A 270.66 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00419601;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.621;QD=14.2454;RBI=0.0126476;REFB=-0.00980838;REVB=0.0119312;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102386;STB=0.558022;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0118795;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:45:31:31:0.407895:14:17:29:16:14:17:29:16 chr12 117693817 . G A 230.89 PASS AF=0.547619;AO=16;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.165138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.1104;QD=21.9892;RBI=0.184771;REFB=0.0337217;REVB=0.0828847;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166101;STB=0.506324;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0160952;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:19:16:23:0.547619:11:5:7:7:13:10:8:11 chr12 117701714 . A G 1544.87 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.474;QD=58.2971;RBI=0.0949453;REFB=0.0952807;REVB=-0.0943623;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839887;STB=0.504424;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000426771;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:56:48:0:1:56:49:0:1 chr12 117890844 . A G 391.56 PASS AF=0.603175;AO=37;DP=62;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.027676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.003;QD=24.8607;RBI=0.0279555;REFB=-0.0421888;REVB=-0.00394291;RO=25;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445811;STB=0.528952;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0216805;OID=.;OPOS=117890844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:25:37:38:0.603175:20:17:13:12:21:17:13:12 chr12 117890947 . T C 1423.47 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.948;QD=62.5702;RBI=0.0259225;REFB=0;REVB=0.0258716;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113092;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:57:33:0:0:58:33:0:0 chr12 117891102 . C T 357.37 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0312565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9608;QD=15.3707;RBI=0.0587351;REFB=-0.0161985;REVB=-0.0497276;RO=53;SAF=21;SAR=18;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479583;STB=0.531756;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0218047;OID=.;OPOS=117891102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:18:21:31:22:18:21:32:22 chr12 117894232 . C G 671.5 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0148209;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.9;QD=21.488;RBI=0.014821;REFB=-0.0111689;REVB=6.06039e-05;RO=59;SAF=39;SAR=27;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129735;STB=0.507125;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00942196;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:27:39:34:25:27:39:34:25 chr12 117964947 . G A 368.16 PASS AF=0.513514;AO=35;DP=71;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0165014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.007;QD=19.9005;RBI=0.0325274;REFB=-0.0280783;REVB=-0.028031;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886509;STB=0.553164;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0217787;OID=.;OPOS=117964947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:36:36:35:38:0.513514:17:18:15:21:18:20:15:21 chr12 118020115 . G A 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0123841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.393;QD=22.7932;RBI=0.016926;REFB=-0.023102;REVB=0.0115379;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115271;STB=0.564151;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0201643;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:15:6:10:14:15:6 chr12 118199286 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.612;QD=57.6801;RBI=0.0683745;REFB=0;REVB=0.0206297;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190643;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr12 118467553 . A G,T 691.09 PASS AF=0.803922,0.196078;AO=40,7;DP=47;FAO=41,10;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24,5;FSAR=17,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191796,0.00391987;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.111,57.2656;QD=54.2029;RBI=0.0266749,0.0132822;REFB=0,0;REVB=-0.018539,-0.0126906;RO=0;SAF=24,2;SAR=16,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00212181,0.103943;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:58:47:51:0:0:40,7:41,10:0.803922,0.196078:16,5:24,2:0:0:17,5:24,5:0:0 chr12 118473054 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.928;QD=64.4152;RBI=0.0249747;REFB=0;REVB=0.0152321;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76304e-05;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr12 118506186 . A T 868.67 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00264689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.611;QD=54.2917;RBI=0.0294892;REFB=-0.0353611;REVB=0.0293702;RO=2;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871088;STB=0.50371;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000330589;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:2:2:60:62:0.96875:22:38:1:1:24:38:1:1 chr12 118839771 . T C 625.94 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.074755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.192;QD=18.6846;RBI=0.0748362;REFB=0.00691044;REVB=0.00348418;RO=68;SAF=27;SAR=37;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114325;STB=0.570805;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00586926;OID=.;OPOS=118839771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:70:64:64:0.477612:37:27:37:31:37:27:39:31 chr12 118855405 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.418;QD=64.2852;RBI=0.0348776;REFB=0;REVB=0.034665;RO=0;SAF=73;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46841e-06;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:27:73:0:0:27:73:0:0 chr12 119431750 . G T 379.31 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0102142;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.484;QD=21.6748;RBI=0.0142505;REFB=-0.0149659;REVB=0.00993706;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196915;STB=0.608034;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0119453;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:17:21:25:7:17:21:25:7 chr12 119866533 . A G 608.99 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0258364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.113;QD=52.9558;RBI=0.0373606;REFB=-0.110928;REVB=0.026987;RO=3;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653553;STB=0.511622;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00122578;OID=.;OPOS=119866533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:46:3:3:42:43:0.934783:20:22:0:3:21:22:1:2 chr12 119871266 . C T 622.88 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00279198;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5804;QD=24.1897;RBI=0.00644827;REFB=-0.0107142;REVB=-0.00581249;RO=43;SAF=35;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073667;STB=0.540216;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00880785;OID=.;OPOS=119871266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:43:60:60:0.582524:25:35:21:22:25:35:21:22 chr12 119942969 . C CG,G 37.25 PASS AF=0.0537634,0.0430108;AO=22,9;DP=187;FAO=10,8;FDP=186;FR=.;FRO=168;FSAF=9,5;FSAR=1,3;FSRF=88;FSRR=80;FWDB=-0.0731171,-0.0718238;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=21.1408,36.6643;QD=0.800977;RBI=0.0959033,0.100864;REFB=-0.00889628,-0.00363809;REVB=-0.062059,-0.0708161;RO=153;SAF=15,6;SAR=7,3;SRF=80;SRR=73;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.203658,0.144091;STB=0.881751,0.597736;STBP=0.018,0.632;TYPE=ins,snp;VARB=0.0621187,0.111742;OID=.,.;OPOS=119942970,119942969;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:187:186:153:168:22,9:10,8:0.0537634,0.0430108:7,3:15,6:80:73:1,3:9,5:88:80 chr12 120067561 . T C 372.11 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0243478;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.552;QD=12.1011;RBI=0.0258688;REFB=-0.0111457;REVB=0.00873943;RO=73;SAF=26;SAR=19;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122163;STB=0.557792;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0185046;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:78:45:45:0.365854:19:26:34:39:19:26:38:40 chr12 120114420 . CT CTC,TC 46.87 PASS AF=0.212766,0;AO=8,2;DP=47;FAO=10,0;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0331469,0.0370702;FXX=0;HRUN=0,5;LEN=1,2;MLLD=101.626,107.751;QD=3.98878;RBI=0.0405387,0.0423644;REFB=-0.00113709,-0.00205599;REVB=-0.0233381,-0.0205072;RO=35;SAF=1,0;SAR=7,2;SRF=7;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.165639,-0.333066;STB=0.648293,0.5;STBP=0.453,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0461473,0;OID=.,.;OPOS=120114422,120114420;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:47:47:35:37:8,2:10,0:0.212766,0:7,2:1,0:7:28:9,0:1,0:7:30 chr12 120171995 . T C 251.17 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0438618;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0614;QD=14.3524;RBI=0.0657559;REFB=0.0139367;REVB=-0.0489896;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147114;STB=0.583278;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0241016;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:41:41:29:29:0.414286:15:14:14:27:15:14:14:27 chr12 120189879 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0143804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.855;QD=21.5109;RBI=0.0224551;REFB=-0.0522337;REVB=0.0172463;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523917;STB=0.529384;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0402935;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:12:7:9:12:12:7 chr12 120189888 . T C 212.02 PASS AF=0.552632;AO=19;DP=36;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0166896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.739;QD=22.3181;RBI=0.0906371;REFB=-0.0389882;REVB=0.0890872;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892727;STB=0.514498;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0476695;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:17:17:19:21:0.552632:6:13:10:7:8:13:10:7 chr12 120575549 . A C 1262.76 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.059;QD=61.5981;RBI=0.0404797;REFB=0;REVB=0.0326306;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012236;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:43:39:0:0 chr12 120589063 . A AC 741.16 PASS AF=1;AO=8;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709041;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=13.1872;QD=36.6003;RBI=0.229584;REFB=0;REVB=-0.218361;RO=71;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00438881;OID=.;OPOS=120589064;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:80:81:81:0:29:52:0:0:16:71:4:4:25:46 chr12 120589064 . G C 1118.1 PASS AF=0.950617;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00287621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1258;QD=55.2149;RBI=0.0592087;REFB=0.0109919;REVB=-0.0591388;RO=4;SAF=25;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699029;STB=0.537027;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0122087;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:80:81:4:4:76:77:0.950617:51:25:4:0:52:25:4:0 chr12 120589160 . A G 638.54 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.394;QD=59.3986;RBI=0.0254536;REFB=0.0197993;REVB=0.0052824;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000153898;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:0:1:22:20:0:1 chr12 120591143 . A G 941.18 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185103;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.016;QD=58.8238;RBI=0.025358;REFB=0;REVB=0.017332;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349784;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr12 120608031 . A G 783.74 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.033;QD=56.9989;RBI=0.0128206;REFB=0;REVB=-0.00487923;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00829e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:29:24:0:0:30:25:0:0 chr12 120636549 . C A 803.0 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3037;QD=55.3794;RBI=0.119867;REFB=-0.100115;REVB=-0.116829;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00076807;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:32:25:0:0:32:25:1:0 chr12 120661977 . T C 304.97 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7216;QD=53.0378;RBI=0.0314991;REFB=0;REVB=0.0292761;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419033;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr12 120662505 . T C 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.111572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4261;QD=28.0204;RBI=0.117172;REFB=-0.0319728;REVB=-0.0357924;RO=18;SAF=21;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247644;STB=0.637395;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0226753;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:7:21:8:10:7:21:8:10 chr12 120729579 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00522602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.457;QD=12.4025;RBI=0.0106286;REFB=0.000635167;REVB=0.00925499;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832618;STB=0.549071;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000740586;OID=.;OPOS=120729579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:16:13:6:10:16:13 chr12 120730904 . C T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0111298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.425;QD=14.2605;RBI=0.0143888;REFB=-0.00310673;REVB=0.00911955;RO=24;SAF=15;SAR=1;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474669;STB=0.788986;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00247906;OID=.;OPOS=120730904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:1:15:17:7:1:15:17:7 chr12 120882217 . G T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00637254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.799;QD=9.49528;RBI=0.0113952;REFB=0.0075851;REVB=-0.00944681;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237362;STB=0.642612;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0181375;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:8:16:5:6:8:16 chr12 120882259 . GAAAAAAAG GAAAAA,GAAAAAAG 84.35 PASS AF=0.333333,0;AO=15,7;DP=48;FAO=15,0;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0104487,0.0350653;FXX=0.062487;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=245.879,8.65456;QD=7.49796;RBI=0.0105565,0.0553589;REFB=0.00271765,0.0258086;REVB=0.0015047,0.0428372;RO=18;SAF=7,4;SAR=8,3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.239574,0.390256;STB=0.56748,0.5;STBP=0.556,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00726766,0.0423701;OID=.,.;OPOS=120882265,120882260;OREF=AAG,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:15,7:48:15,0:45:30:7,0:8,0:11:19:82:18:7,4:8,3:4:14 chr12 120884328 . C T 161.48 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0121004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1039;QD=18.998;RBI=0.100131;REFB=-0.00938143;REVB=0.0993972;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060353;STB=0.534371;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0108741;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:11:6:5:12:11:6 chr12 120934407 . C T 327.57 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0382927;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.0321;QD=14.8897;RBI=0.0906754;REFB=-0.032086;REVB=0.082193;RO=50;SAF=22;SAR=15;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057165;STB=0.507983;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0492344;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:37:37:0.420455:15:22:30:20:15:22:31:20 chr12 120934624 . A C 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00797357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.312;QD=9.47461;RBI=0.0390464;REFB=-0.00686823;REVB=-0.0382236;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795232;STB=0.548291;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.013292;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:12:9:5:5:12:9 chr12 120941818 . C T 230.02 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0034421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.224;QD=16.7284;RBI=0.00361312;REFB=-0.0103905;REVB=-0.00109843;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147504;STB=0.507037;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0107823;OID=.;OPOS=120941818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:25:26:0.472727:12:13:15:13:12:14:16:13 chr12 120966921 . A G 138.78 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00205235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.391;QD=19.1421;RBI=0.0522907;REFB=-0.0215181;REVB=0.0522504;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954316;STB=0.52171;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0233195;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:14:14:13:15:0.517241:7:6:5:9:9:6:5:9 chr12 121015011 . C T 195.2 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0136686;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.053;QD=12.3936;RBI=0.0381817;REFB=-0.00940175;REVB=0.0356512;RO=39;SAF=19;SAR=4;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174664;STB=0.563951;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0152179;OID=.;OPOS=121015011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:39:23:24:0.380952:4:19:28:11:5:19:28:11 chr12 121017171 . A G 1895.96 PASS AF=0.992;AO=120;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6577;QD=60.6707;RBI=0.0394369;REFB=-0.0599679;REVB=0.00838858;RO=1;SAF=66;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714322;STB=0.503703;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000359786;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:1:1:120:124:0.992:54:66:1:0:57:67:1:0 chr12 121131891 . C T 389.06 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00525205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.022;QD=18.7501;RBI=0.036555;REFB=-0.0153641;REVB=-0.0361757;RO=43;SAF=27;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203979;STB=0.613965;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.016606;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:13:27:20:23:13:27:20:23 chr12 121174899 . T C 635.67 PASS AF=0.5;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0540189;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6508;QD=19.8648;RBI=0.0541313;REFB=-0.00172525;REVB=0.00348539;RO=64;SAF=28;SAR=36;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286431;STB=0.515805;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00215498;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:64:64:64:64:0.5:36:28:30:34:36:28:30:34 chr12 121175984 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0354758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.496;QD=20.8378;RBI=0.0536197;REFB=-0.0272526;REVB=0.0402062;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00825255;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:2:3:5:4:2:3 chr12 121176083 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00030746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.598;QD=14.0966;RBI=0.0165314;REFB=-0.0182347;REVB=-0.0165286;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299811;STB=0.678877;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0324315;OID=.;OPOS=121176083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:8:6:2:9:8:6 chr12 121176679 . C T 169.16 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0481094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.789;QD=13.0124;RBI=0.0547068;REFB=-0.0114271;REVB=-0.0260446;RO=32;SAF=17;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474857;STB=0.7795;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0281061;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:3:17:15:17:3:17:15:17 chr12 121416622 . C G 249.01 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0165843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.913;QD=12.7695;RBI=0.0175172;REFB=-0.0300823;REVB=0.00564045;RO=48;SAF=20;SAR=10;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967172;STB=0.555518;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0419671;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:10:20:28:20:10:20:28:20 chr12 121416650 . A C 252.55 PASS AF=0.375;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0162168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.964;QD=12.6277;RBI=0.030179;REFB=-0.0132982;REVB=-0.0254516;RO=48;SAF=20;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119748;STB=0.558518;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0354308;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:50:30:30:0.375:10:20:27:21:10:20:29:21 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 486.89 PASS AF=0.645161,0.0806452;AO=35,7;DP=62;FAO=40,5;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=26,5;FSAR=14,0;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00130143,-0.0181796;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=176.731,98.6557;QD=31.4121;RBI=0.00383644,0.0274506;REFB=-0.0494052,-0.0287757;REVB=-0.00360896,0.0205679;RO=17;SAF=22,6;SAR=13,1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0504146,0.254477;STB=0.518509,0.996914;STBP=0.707,0.092;TYPE=ins,snp;VARB=0.0183911,0.0310704;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:17:35,7:40,5:0.645161,0.0806452:13,1:22,6:12:5:14,0:26,5:12:5 chr12 121435342 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00790642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7485;QD=16.1983;RBI=0.162241;REFB=0.0262691;REVB=0.162048;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00134166;OID=.;OPOS=121435342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr12 121435427 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.01032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.912;QD=23.094;RBI=0.0212012;REFB=-0.0058722;REVB=0.01852;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143851;STB=0.580552;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00202721;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:8:4:9:8:8:4 chr12 121435475 . G A 364.97 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00625729;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.681;QD=33.1786;RBI=0.0282981;REFB=-0.0568088;REVB=0.0275976;RO=13;SAF=20;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315621;STB=0.508469;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0172678;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:14:30:30:0.681818:10:20:8:5:10:20:9:5 chr12 121435587 . G T 247.13 PASS AF=0.5;AO=22;DP=49;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00776245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.831;QD=18.3059;RBI=0.0465616;REFB=-0.0100081;REVB=0.04591;RO=26;SAF=17;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452881;STB=0.687881;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0080163;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:26:27:22:27:0.5:5:17:8:18:8:19:9:18 chr12 121437221 . T C 1271.46 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.117066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.264;QD=57.1443;RBI=0.11927;REFB=-0.0200991;REVB=0.0228235;RO=3;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00742845;STB=0.502405;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00242741;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:3:4:85:85:0.955056:47:38:1:2:47:38:2:2 chr12 121437382 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.969;QD=48.7373;RBI=0.0401546;REFB=0;REVB=0.0133437;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198462;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr12 121442064 . G A 501.2 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00484375;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1642;QD=17.135;RBI=0.00828818;REFB=0.0146503;REVB=0.00672548;RO=62;SAF=17;SAR=36;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214081;STB=0.62707;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0104144;OID=.;OPOS=121442064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:63:53:54:0.461538:36:17:33:29:37:17:34:29 chr12 121454257 . T A 979.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0354;QD=58.4959;RBI=0.0491861;REFB=0;REVB=0.0198955;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249424;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:23:43:0:0:24:43:0:0 chr12 121471337 . G A 300.25 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.000866368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.758;QD=11.66;RBI=0.0195689;REFB=-0.00936715;REVB=0.0195497;RO=66;SAF=16;SAR=21;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790169;STB=0.504536;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0178185;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:66:66:37:37:0.359223:21:16:29:37:21:16:29:37 chr12 121605355 . G A 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00701543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.246;QD=19.3459;RBI=0.0184071;REFB=-0.023302;REVB=-0.0170178;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499439;STB=0.528271;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0154226;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:7:11:10:8:7:11 chr12 121605383 . C T 168.03 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0464254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.567;QD=15.6305;RBI=0.0477582;REFB=-0.0344206;REVB=-0.0112038;RO=25;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271418;STB=0.659139;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0355889;OID=.;OPOS=121605383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:15:3:9:16:15:3:9:16 chr12 121622304 . A C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0462545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.23;QD=22.7238;RBI=0.0463707;REFB=-0.00795613;REVB=-0.00327984;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130169;STB=0.57296;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00674583;OID=.;OPOS=121622304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:7:9:8:12:7:9 chr12 121622520 . A T 526.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.167;QD=56.9443;RBI=0.0351489;REFB=-0.0632794;REVB=0.0229631;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021769;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0032481;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:21:15:0:1:21:15:0:1 chr12 121701681 . G A 181.19 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0217919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.423;QD=16.4714;RBI=0.0287067;REFB=-0.013324;REVB=0.0186865;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327711;STB=0.685733;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0112308;OID=.;OPOS=121701681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:19:6:11:8:19:6 chr12 121712077 . T A 242.32 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0117931;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1501;QD=21.5392;RBI=0.0191596;REFB=-0.00632087;REVB=0.0151001;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575055;STB=0.532331;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00350856;OID=.;OPOS=121712077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:22:23:23:0.511111:8:15:13:9:8:15:13:9 chr12 122017506 . CCA C,CAA 36.06 PASS AF=0.315789,0;AO=5,3;DP=23;FAO=6,0;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5,0;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0777527,0.0302128;FXX=0.173837;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=27.0989,19.7796;QD=7.59134;RBI=0.0868283,0.038017;REFB=-0.0918888,0.000651415;REVB=-0.038648,0.0230756;RO=14;SAF=4,0;SAR=1,3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.481903,-0.583079;STB=0.817086,0.5;STBP=0.086,1;TYPE=del,snp;VARB=0.145864,0;OID=.,.;OPOS=122017507,122017507;OREF=CA,C;OALT=-,A;OMAPALT=C,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789,0:5,3:23:6,0:19:13:5,0:1,0:5:8:36:14:4,0:1,3:5:9 chr12 122042844 . A G 321.59 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0634436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9206;QD=47.6432;RBI=0.145599;REFB=-0.137454;REVB=0.13105;RO=2;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264025;STB=0.511173;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0141471;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:27:2:2:24:25:0.925926:8:16:1:1:9:16:1:1 chr12 122079189 . C T 141.93 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0119254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.15;QD=13.8463;RBI=0.0146961;REFB=-0.0138821;REVB=-0.00858839;RO=24;SAF=15;SAR=1;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474669;STB=0.783835;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0293673;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:1:15:17:7:1:15:18:7 chr12 122079441 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0150885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.385;QD=20.8977;RBI=0.0269566;REFB=0.0320622;REVB=-0.0223382;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0123169;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:2:2:6:2:2:2 chr12 122079682 . A AT 38.23 PASS AF=0.392857;AO=9;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0846537;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1483;QD=5.46071;RBI=0.144495;REFB=-0.0287138;REVB=0.1171;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546755;STB=0.699657;STBP=0.091;TYPE=ins;VARB=0.0210802;OID=.;OPOS=122079683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:9:29:11:28:17:4:7:12:5:38:17:2:7:13:4 chr12 122107255 . G A 89.55 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0017174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9471;QD=15.5742;RBI=0.0384822;REFB=-0.0219404;REVB=-0.0384438;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394467;STB=0.730475;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0138231;OID=.;OPOS=122107255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:4:7:11:0:4:7:12:0 chr12 122186268 . C T 131.23 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00601093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4766;QD=14.1875;RBI=0.0224985;REFB=-0.0192438;REVB=0.0216806;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102929;STB=0.576817;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0382569;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:5:10:12:9:5:10:12:10 chr12 122186317 . G A 156.53 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.01633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6514;QD=16.0541;RBI=0.0711797;REFB=0.00506777;REVB=0.0692812;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589381;STB=0.53394;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00190764;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:13:9:6:11:13:9 chr12 122234089 . T A 904.41 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109093;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.449;QD=58.3489;RBI=0.0295445;REFB=0;REVB=0.0274565;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286638;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr12 122234191 . C A 329.97 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0296286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1704;QD=18.3318;RBI=0.0309999;REFB=-0.00765045;REVB=0.00911825;RO=37;SAF=23;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357835;STB=0.519988;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00537152;OID=.;OPOS=122234191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:12:23:23:14:12:23:23:14 chr12 122243905 . C T 1232.91 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.57;QD=60.8845;RBI=0.0608347;REFB=0;REVB=0.0156791;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141603;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:78:81:1:36:42:0:0:38:43:0:0 chr12 122248582 . C G 651.75 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0128827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.148;QD=54.3129;RBI=0.0158096;REFB=-0.200608;REVB=0.00916404;RO=3;SAF=4;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03395;STB=0.523799;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00118881;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:48:48:3:4:44:44:0.916667:40:4:0:3:40:4:0:4 chr12 122261456 . G A 2550.77 PASS AF=0.983425;AO=164;DP=170;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0551168;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.123;QD=56.3706;RBI=0.0625713;REFB=-0.128628;REVB=0.0296194;RO=5;SAF=73;SAR=91;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880967;STB=0.502577;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00250497;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:170:181:5:3:164:178:0.983425:91:73:3:2:91:87:1:2 chr12 122295335 . T C 727.24 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4679;QD=63.2379;RBI=0.038819;REFB=0;REVB=0.0363731;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260514;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:17:29:0:0 chr12 122326812 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1838;QD=58.1421;RBI=0.0181872;REFB=0;REVB=-0.0181126;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031812;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr12 122353795 . GA G,GG 610.92 PASS AF=0.0535714,0.910714;AO=9,37;DP=57;FAO=3,51;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=2,25;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.276768,-0.0797586;FXX=0.0344768;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.8704,19.4579;QD=43.6368;RBI=0.278141,0.095053;REFB=-0.059453,-0.0352356;REVB=0.0276022,0.0517072;RO=2;SAF=4,18;SAR=5,19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147719,0.0467732;STB=0.74849,0.518511;STBP=0.313,0.24;TYPE=del,snp;VARB=-0.0531999,0.0199655;OID=.,.;OPOS=122353796,122353796;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0535714,0.910714:9,37:57:3,51:56:2:2,25:1,26:0:2:11:2:4,18:5,19:0:2 chr12 122355716 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.921;QD=60.2306;RBI=0.0357464;REFB=0;REVB=0.0278749;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143054;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr12 122369762 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.384;QD=56.9376;RBI=0.0587959;REFB=0;REVB=-0.0360288;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668611;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr12 122396395 . C T 1830.62 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.604;QD=61.0207;RBI=0.0334149;REFB=0;REVB=-0.00546221;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46475e-06;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:115:120:1:62:53:0:0:62:58:0:0 chr12 122405912 . G T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8218;QD=56.1891;RBI=0.118874;REFB=0;REVB=-0.077714;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00364127;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr12 122497001 . T C 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0116071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.204;QD=17.5989;RBI=0.0128462;REFB=-0.0163929;REVB=-0.00550434;RO=44;SAF=14;SAR=24;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639753;STB=0.53584;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0209935;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:24:14:19:25:24:14:19:25 chr12 122623000 . T C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0097759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.935;QD=20.7548;RBI=0.0150557;REFB=-0.00935813;REVB=-0.0114502;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323297;STB=0.682686;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00541022;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:9:3:10:5:9:3 chr12 122626842 . G A 222.94 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.00663455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0405;QD=7.68755;RBI=0.00678798;REFB=-0.00154432;REVB=-0.00143507;RO=84;SAF=14;SAR=18;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860103;STB=0.550967;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00263958;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:84:84:32:32:0.275862:18:14:31:53:18:14:31:53 chr12 122627371 . G A 485.27 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.00520901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.858;QD=21.0988;RBI=0.00521038;REFB=-0.00210231;REVB=0.000119364;RO=45;SAF=23;SAR=23;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229631;STB=0.629493;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0028788;OID=.;OPOS=122627371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:45:46:47:0.51087:23:23:11:34:23:24:11:34 chr12 122628219 . T C 521.9 PASS AF=0.537634;AO=48;DP=92;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0166154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.385;QD=22.4472;RBI=0.0167995;REFB=-0.00825476;REVB=0.00248008;RO=42;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175159;STB=0.598172;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00876796;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:43:48:50:0.537634:26:22:28:14:27:23:29:14 chr12 122628516 . A T 470.41 PASS AF=0.49;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00245917;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9527;QD=18.8164;RBI=0.0438143;REFB=-0.0067762;REVB=-0.0437453;RO=49;SAF=24;SAR=25;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736547;STB=0.530167;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00660401;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:51:49:49:0.49:25:24:28:21:25:24:28:23 chr12 122657271 . G C 193.28 PASS AF=0.72;AO=15;DP=26;FAO=18;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0246649;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.738;QD=30.925;RBI=0.0290395;REFB=-0.0312185;REVB=0.0153276;RO=7;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223168;STB=0.633989;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0107745;OID=.;OPOS=122657271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:7:7:15:18:0.72:5:10:2:5:5:13:2:5 chr12 122674032 . C T 437.31 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.451;QD=54.6638;RBI=0.0250527;REFB=-0.0294281;REVB=0.022818;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000639884;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:30:31:0.96875:19:11:1:0:19:12:1:0 chr12 122674758 . G A 985.67 PASS AF=0.943662;AO=65;DP=70;FAO=67;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0378651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9568;QD=55.5308;RBI=0.0611889;REFB=-0.184031;REVB=0.0480658;RO=1;SAF=42;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111164;STB=0.50502;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00577951;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:1:2:65:67:0.943662:23:42:1:0:23:44:1:1 chr12 122676013 . A C 1135.56 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.871;QD=60.5633;RBI=0.00549059;REFB=0;REVB=-0.00269389;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76177e-07;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:33:40:0:0:34:41:0:0 chr12 122689159 . GCC GC,GCG 591.42 PASS AF=0.1,0.9;AO=5,34;DP=40;FAO=4,36;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4,25;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02217,0.0430787;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.479,44.7655;QD=59.1415;RBI=0.149859,0.202572;REFB=0,0;REVB=0.14821,0.197938;RO=0;SAF=4,25;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0320214,-0.00112149;OID=.,.;OPOS=122689160,122689161;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:5,34:40:4,36:40:0:4,25:0,11:0:0:15:0:4,25:1,9:0:0 chr12 122689181 . C G 726.47 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5722;QD=63.1712;RBI=0.104037;REFB=0;REVB=-0.021571;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108278;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:12:33:0:0:12:34:0:0 chr12 122689244 . C T 762.23 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1325;QD=56.4617;RBI=0.0794678;REFB=0;REVB=0.0679519;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746568;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:19:32:0:0:20:34:0:0 chr12 122691738 . C A,G 740.56 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=46,2;DP=48;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668657,-0.0131142;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.085,112.885;QD=61.7131;RBI=0.075551,0.0145281;REFB=0,0;REVB=0.03517,-0.00625182;RO=0;SAF=29,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0016255,0.108648;OID=.,.;OPOS=122691738,122691738;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:48:48:0:0:46,2:45,3:0.9375,0.0625:17,2:29,0:0:0:16,3:29,0:0:0 chr12 122692820 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.057;QD=42.1824;RBI=0.0661277;REFB=0;REVB=0.00573917;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813012;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr12 122756342 . G A 782.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.535;QD=63.879;RBI=0.027728;REFB=0;REVB=0.0276997;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21559e-05;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:18:27:0:0:22:27:0:0 chr12 122757369 . TTG T 287.49 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00481424;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=2;MLLD=213.848;QD=11.6155;RBI=0.00589663;REFB=-0.0258088;REVB=0.00340489;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125902;STB=0.56177;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.026967;OID=.;OPOS=122757370;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:43:100:44:99:55:24:20:36:19:99:53:23:20:35:18 chr12 122812503 . G C 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0201737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8048;QD=24.1893;RBI=0.0583562;REFB=-0.0609017;REVB=-0.0547583;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154316;STB=0.588073;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0254939;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:10:2:2:4:10:2:2:4 chr12 122860987 . A G 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0314756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.627;QD=16.5644;RBI=0.0325505;REFB=-0.0132179;REVB=-0.00829593;RO=48;SAF=24;SAR=14;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152843;STB=0.508582;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00871091;OID=.;OPOS=122860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:14:24:31:17:14:24:31:17 chr12 122989235 . A C 698.23 PASS AF=0.363636;AO=79;DP=225;FAO=84;FDP=231;FR=.;FRO=147;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=89;FSRR=58;FWDB=0.0075181;FXX=0.0170206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8122;QD=12.0905;RBI=0.07915;REFB=-0.00949478;REVB=0.0787921;RO=144;SAF=51;SAR=28;SRF=88;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420452;STB=0.501134;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0169742;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:231:144:147:79:84:0.363636:28:51:88:56:33:51:89:58 chr12 123087442 . A G 566.57 PASS AF=1;AO=27;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.208;QD=58.1093;RBI=0.111808;REFB=0;REVB=0.00373803;RO=0;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255706;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:27:39:1:25:2:0:0:26:13:0:0 chr12 123103016 . G T 114.88 PASS AF=0.590909;AO=7;DP=16;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0687518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.615;QD=20.8869;RBI=0.0714897;REFB=-0.0452246;REVB=0.0195949;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.522354;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0302632;OID=.;OPOS=123103016;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:16:22:9:9:7:13:0.590909:3:4:6:3:5:8:6:3 chr12 123105143 . C T 334.87 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0223771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.447;QD=14.4031;RBI=0.0248435;REFB=-0.00775634;REVB=0.0107918;RO=55;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236353;STB=0.50856;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0124656;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:56:37:37:0.397849:21:16:25:30:21:16:25:31 chr12 123185864 . A G 1086.72 PASS AF=0.595238;AO=99;DP=169;FAO=100;FDP=168;FR=.;FRO=68;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.00286038;FXX=0.011764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.584;QD=25.8744;RBI=0.00695152;REFB=-0.0168081;REVB=-0.00633576;RO=64;SAF=61;SAR=38;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519392;STB=0.509218;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00637834;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:64:68:99:100:0.595238:38:61:39:25:39:61:40:28 chr12 123185962 . T G 42.65 PASS AF=0.0809249;AO=14;DP=174;FAO=14;FDP=173;FR=.;FRO=159;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=82;FSRR=77;FWDB=-0.00912242;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2188;QD=0.986161;RBI=0.0206835;REFB=0.00271456;REVB=0.0185631;RO=160;SAF=6;SAR=8;SRF=83;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101977;STB=0.579787;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0323868;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:174:173:160:159:14:14:0.0809249:8:6:83:77:8:6:82:77 chr12 123200247 . G C 1595.37 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212463;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.711;QD=59.0879;RBI=0.0336848;REFB=-0.120166;REVB=-0.0261392;RO=1;SAF=77;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160815;STB=0.508473;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000197138;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:106:107:0.990741:29:77:0:1:29:78:0:1 chr12 123200334 . T C 136.14 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0121132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5872;QD=10.4722;RBI=0.016919;REFB=-0.000233412;REVB=-0.011812;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507454;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-2.08939e-05;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:6:11:22:12:6:11:23:12 chr12 123200693 . A G 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.018898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5586;QD=16.8806;RBI=0.0613466;REFB=-0.0107389;REVB=-0.0583633;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188518;STB=0.608547;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0180154;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:8:9:5:10:8:9 chr12 123200768 . T G 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0124999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.261;QD=13.1196;RBI=0.0125002;REFB=-0.00428292;REVB=8.65721e-05;RO=38;SAF=21;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27372;STB=0.659742;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00561389;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:4:21:25:13:4:21:25:13 chr12 123200937 . T G 269.14 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0427357;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2986;QD=21.9702;RBI=0.0453958;REFB=0.0194733;REVB=-0.0153115;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141537;STB=0.50793;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0111653;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:9:16:15:9:9:16:15:9 chr12 123246766 . AT AA,A 69.12 PASS AF=0.333333,0.611111;AO=3,9;DP=18;FAO=6,11;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3,6;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.211267,0.364595;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=16.2637,4.65665;QD=15.3591;RBI=0.222939,0.376958;REFB=0.136926,0.11301;REVB=-0.0711892,-0.0957477;RO=3;SAF=1,4;SAR=2,5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.483116,-0.240503;STB=0.571194,0.545372;STBP=0.508,0.563;TYPE=snp,del;VARB=-0.0843258,0.11589;OID=.,.;OPOS=123246767,123246767;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.611111:3,9:18:6,11:18:1:3,6:3,5:0:1:29:3:1,4:2,5:3:0 chr12 123253852 . T C 115.88 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0189649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9764;QD=6.01967;RBI=0.106671;REFB=7.66426e-06;REVB=0.104972;RO=58;SAF=14;SAR=4;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187145;STB=0.613002;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00122747;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:59:18:18:0.233766:4:14:38:20:4:14:39:20 chr12 123253856 . C CAT,T 1030.5 PASS AF=0.551724,0.333333;AO=48,29;DP=87;FAO=48,29;FDP=87;FR=.;FRO=10;FSAF=34,19;FSAR=14,10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0121008,-0.0381297;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=133.486,55.8316;QD=47.3792;RBI=0.0310342,0.107195;REFB=-0.148437,-0.0369765;REVB=0.0285778,-0.100184;RO=10;SAF=34,19;SAR=14,10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113663,0.12707;STB=0.56103,0.569239;STBP=0.063,0.173;TYPE=ins,snp;VARB=0.0495292,-0.00516721;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:87:87:10:10:48,29:48,29:0.551724,0.333333:14,10:34,19:4:6:14,10:34,19:4:6 chr12 123333065 . C T 581.98 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0286769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5804;QD=55.4263;RBI=0.0319222;REFB=-0.192695;REVB=0.0140238;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.526303;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00505518;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:42:1:2:39:40:0.952381:21:18:1:0:22:18:2:0 chr12 123339931 . GCCCCCCG GCCCCCG,GGCCCCCC,GGCCCCCG 44.92 PASS AF=0.243243,0.0540541,0;AO=11,2,3;DP=39;FAO=9,2,0;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7,0,0;FSAR=2,2,0;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.283699,-0.00128496,-0.136088;FXX=0.0263089;HRUN=6,6,6;LEN=1,7,1;MLLD=8.38278,262.182,15.636;QD=4.85667;RBI=0.293323,0.0063171,0.13613;REFB=-0.15872,-0.00467251,-0.0805937;REVB=0.0745192,0.00618503,0.00341331;RO=20;SAF=11,0,0;SAR=0,2,3;SRF=2;SRR=18;SSEN=0.513514,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.856924,-0.384132,-0.475577;STB=0.85491,0.992235,0.5;STBP=0.03,0.37,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.112135,0.0297963,0;OID=.,.,.;OPOS=123339932,123339932,123339932;OREF=C,CCCCCCG,C;OALT=-,GCCCCCC,G;OMAPALT=GCCCCCG,GGCCCCCC,GGCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243,0.0540541,0:11,2,3:39:9,2,0:37:26:7,0,0:2,2,0:6:20:36:20:11,0,0:0,2,3:2:18 chr12 123340453 . G GC 373.21 PASS AF=1;AO=21;DP=41;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664408;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5416;QD=43.9073;RBI=0.182831;REFB=0;REVB=0.170332;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00385281;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:41:34:34:0:22:12:0:0:7:19:12:9:13:6 chr12 123340455 . G C 33.72 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00395866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.3895;QD=3.74633;RBI=0.0547164;REFB=0.00166522;REVB=0.0545731;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309487;STB=0.778874;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0062198;OID=.;OPOS=123340455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:29:30:7:6:0.166667:4:3:20:9:4:2:21:9 chr12 123342706 . C T 212.58 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00994819;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.003;QD=16.0434;RBI=0.0118047;REFB=-0.0252364;REVB=0.00635486;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24199;STB=0.561007;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0223431;OID=.;OPOS=123342706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:29:24:24:0.45283:14:10:4:20:14:10:9:20 chr12 123345736 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.595;QD=51.1846;RBI=0.0194262;REFB=0;REVB=0.0172887;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010922;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 123350154 . CCTTT C 316.35 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.03565e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=118.423;QD=45.193;RBI=0.00553543;REFB=0;REVB=0.0055351;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000653578;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:28:28:0:17:11:0:0:6:0:17:10:0:0 chr12 123350746 . AGG A,AG 101.76 PASS AF=0,1;AO=2,14;DP=20;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731427,0.128253;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.797,7.18649;QD=19.3836;RBI=0.0980258,0.176564;REFB=-0.0465961,-0.0425647;REVB=-0.0652625,-0.12135;RO=3;SAF=0,5;SAR=2,9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.666583,-0.103575;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00915378;OID=.,.;OPOS=123350747,123350747;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,14:20:0,21:21:0:0,8:0,13:0:0:4:3:0,5:2,9:2:1 chr12 123460823 . A G 552.8 PASS AF=0.483607;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.00691132;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.455;QD=18.1246;RBI=0.00783568;REFB=-0.0535816;REVB=0.00369208;RO=58;SAF=35;SAR=23;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328757;STB=0.505334;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.061673;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:58:63:58:59:0.483607:23:35:37:21:24:35:38:25 chr12 123468633 . GCCCCA GCCCA,GCCCAG,GGCCCA 65.57 PASS AF=0.282051,0.0769231,0;AO=8,3,2;DP=39;FAO=11,3,0;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10,3,0;FSAR=1,0,0;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0216634,-0.00922585,-0.131929;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=12.1322,18.3706,17.9524;QD=6.72544;RBI=0.0622768,0.032632,0.132811;REFB=-0.0827487,-0.0471544,-0.0186667;REVB=0.0583875,0.0313006,0.0152784;RO=22;SAF=7,3,2;SAR=1,0,0;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.421684,0.551392,0.46253;STB=0.832593,0.995976,0.5;STBP=0.028,0.126,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.140934,0.0579273,0;OID=.,.,.;OPOS=123468634,123468637,123468634;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCCCA,GCCCAG,GGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051,0.0769231,0:8,3,2:39:11,3,0:39:25:10,3,0:1,0,0:14:11:41:22:7,3,2:1,0,0:13:9 chr12 123469647 . G T 440.15 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00140196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.301;QD=20.2366;RBI=0.00168822;REFB=-0.012037;REVB=0.000940524;RO=43;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301145;STB=0.516686;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0127685;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:25:19:20:23:25:19:20:23 chr12 123645803 . G A 1808.33 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132407;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.821;QD=61.2992;RBI=0.0135935;REFB=0;REVB=-0.00307695;RO=0;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06854e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:51:67:0:0:51:67:0:0 chr12 123664514 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0409454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.864;QD=12.9748;RBI=0.0410347;REFB=-0.0092252;REVB=-0.00270487;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061901;STB=0.536523;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00900377;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:7:11:8:4:7:11 chr12 123665695 . A G 1116.02 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00135724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.758;QD=56.5073;RBI=0.0186012;REFB=-0.0253424;REVB=0.0185516;RO=3;SAF=46;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298599;STB=0.515785;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00103065;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:79:3:3:75:76:0.962025:29:46:3:0:30:46:3:0 chr12 123665780 . A T 44.06 PASS AF=0.21875;AO=4;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.013638;FXX=0.0302939;HRUN=9;LEN=1;MLLD=19.5525;QD=5.50798;RBI=0.11108;REFB=-0.0358543;REVB=0.11024;RO=10;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457083;STB=0.76852;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0448946;OID=.;OPOS=123665780;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:33:32:10:14:4:7:0.21875:1:3:3:7:2:5:4:10 chr12 123705962 . C T 175.07 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0152813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.551;QD=20.0076;RBI=0.0203782;REFB=-0.0063553;REVB=-0.0134816;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.597378;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0069938;OID=.;OPOS=123705962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:17:17:18:0.514286:7:10:6:7:8:10:6:11 chr12 123738494 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0113727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0985;QD=14.6526;RBI=0.10175;REFB=0.0103331;REVB=0.101113;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323874;STB=0.687096;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0133655;OID=.;OPOS=123738494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:7:1:4:4:7:1 chr12 123746357 . C G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6618;QD=62.9812;RBI=0.127929;REFB=0;REVB=-0.0683062;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00237588;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr12 123789056 . T G 392.28 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00382691;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.428;QD=21.7934;RBI=0.0103055;REFB=0.00176664;REVB=0.00956863;RO=33;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156963;STB=0.508666;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00102707;OID=.;OPOS=123789056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:33:33:39:39:0.541667:17:22:18:15:17:22:18:15 chr12 123794104 . G T 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0302623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9782;QD=18.175;RBI=0.0302831;REFB=-0.0280978;REVB=-0.00112228;RO=32;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272691;STB=0.652298;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0115276;OID=.;OPOS=123794104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:20:11:21:11:20:11:21:11 chr12 123799938 . C T 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0029726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2514;QD=15.4183;RBI=0.0271652;REFB=0.0145009;REVB=-0.0270021;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369881;STB=0.502091;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.016761;OID=.;OPOS=123799938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:15:14:18:19:15:14:18:19 chr12 123799974 . A G 959.57 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396102;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7606;QD=59.0505;RBI=0.0549396;REFB=0;REVB=0.0380709;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89842e-05;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr12 123810873 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.027256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.824;QD=21.9445;RBI=0.028509;REFB=-0.017058;REVB=0.00835897;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232167;STB=0.642693;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00986503;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:8:8:2:9:8:8:2:10 chr12 123879666 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.016626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.232;QD=12.8732;RBI=0.0211965;REFB=-0.00303918;REVB=0.0131479;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184798;STB=0.60725;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00626813;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:19:13:11:8:19:13 chr12 123879668 . G C 179.02 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0170477;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.488;QD=14.3217;RBI=0.0334584;REFB=0.0475999;REVB=-0.0287896;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187564;STB=0.589198;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0389199;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:11:8:18:12:11:9:18:12 chr12 123879768 . AA CG 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.033151;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=125.321;QD=12.0517;RBI=0.0535285;REFB=0.0037325;REVB=0.0420275;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.951;TYPE=mnp;VARB=-0.00295207;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:6:7:5:4:6:7 chr12 123889492 . A C 106.74 PASS AF=0.157895;AO=21;DP=133;FAO=21;FDP=133;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.05654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.086;QD=3.21019;RBI=0.056601;REFB=-0.00302819;REVB=-0.00262682;RO=110;SAF=7;SAR=14;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288793;STB=0.682996;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0145344;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:110:112:21:21:0.157895:14:7:62:48:14:7:62:50 chr12 123892095 . T C 290.1 PASS AF=0.293233;AO=38;DP=131;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0264584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.126;QD=8.72494;RBI=0.0302509;REFB=-0.00989206;REVB=-0.0146654;RO=93;SAF=22;SAR=16;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127672;STB=0.56037;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0235818;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:93:94:38:39:0.293233:16:22:44:49:17:22:45:49 chr12 123892186 . T C 85.08 PASS AF=0.176471;AO=13;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.000497473;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.772;QD=4.00375;RBI=0.00923532;REFB=-0.00444807;REVB=-0.00922191;RO=71;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360615;STB=0.681591;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.020995;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:85:85:71:70:13:15:0.176471:4:9:28:43:6:9:26:44 chr12 123892235 . G A 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0299907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.56;QD=19.9734;RBI=0.0329669;REFB=0.000943072;REVB=0.0136885;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314054;STB=0.674846;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00526924;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:3:17:10:10:3:17 chr12 123892590 . C T 241.34 PASS AF=0.302752;AO=33;DP=109;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0123592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.27;QD=8.85642;RBI=0.0164678;REFB=-0.014521;REVB=-0.0108829;RO=75;SAF=11;SAR=22;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326421;STB=0.686636;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0240627;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:75:76:33:33:0.302752:22:11:46:29:22:11:46:30 chr12 123892824 . C CT,T 120.47 PASS AF=0.923077,0;AO=2,8;DP=13;FAO=12,0;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416219,0.023705;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=70.4542,61.422;QD=37.0686;RBI=0.0419,0.307155;REFB=0.0158285,0.0140056;REVB=0.00482,-0.306239;RO=1;SAF=2,1;SAR=0,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.286738;STB=0.55546,0.5;STBP=0.283,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0141022,0;OID=.,.;OPOS=123892825,123892824;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:13:13:1:1:2,8:12,0:0.923077,0:0,7:2,1:1:0:8,0:4,0:1:0 chr12 123893034 . T A 33.41 PASS AF=0.112903;AO=10;DP=60;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0266121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4995;QD=2.15571;RBI=0.0286444;REFB=-0.00676324;REVB=-0.0105971;RO=50;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832515;STB=0.559643;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0967795;OID=.;OPOS=123893034;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:60:62:50:55:10:7:0.112903:7:3:18:32:4:3:20:35 chr12 123893073 . CTTT CTT,CTTA 30.55 PASS AF=0.148148,0.0740741;AO=3,3;DP=28;FAO=4,2;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1,2;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0442989,-0.129483;FXX=0.0357015;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.4413,36.621;QD=4.52569;RBI=0.108761,0.132018;REFB=-0.0293911,-0.0138701;REVB=-0.0993301,-0.0257461;RO=20;SAF=0,3;SAR=3,0;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.528374,0.679095;STB=0.584914,0.996106;STBP=0.826,0.06;TYPE=del,snp;VARB=0.0214939,0.152015;OID=.,.;OPOS=123893074,123893076;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTT,CTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148148,0.0740741:3,3:28:4,2:27:21:1,2:3,0:7:14:19:20:0,3:3,0:6:14 chr12 123893830 . C T 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0104845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.84;QD=28.992;RBI=0.0205143;REFB=-0.0022839;REVB=0.0176327;RO=14;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203391;STB=0.612806;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00172089;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:19:6:7:7:19:6:7:7 chr12 124008073 . A G 715.56 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184134;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0101;QD=57.2448;RBI=0.0859372;REFB=0;REVB=-0.0839414;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109584;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr12 124069213 . T C 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458747;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5299;QD=51.9842;RBI=0.0508635;REFB=0;REVB=-0.0219685;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019214;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr12 124090453 . A G 1302.55 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.975;QD=62.026;RBI=0.0341025;REFB=0;REVB=-0.0183582;RO=0;SAF=25;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49213e-06;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:57:25:0:0:57:27:0:0 chr12 124171531 . A AC 30.07 PASS AF=0.148148;AO=13;DP=91;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0180763;FXX=0.0689576;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.921;QD=1.48493;RBI=0.0689969;REFB=-0.000129938;REVB=-0.0665869;RO=73;SAF=5;SAR=8;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234414;STB=0.693234;STBP=0.163;TYPE=ins;VARB=-0.0125021;OID=.;OPOS=124171532;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148148:13:91:12:81:69:4:8:39:30:30:73:5:8:42:31 chr12 124179490 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA 48.86 PASS AF=0,0.551724;AO=3,11;DP=27;FAO=0,16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=0,11;FSAR=0,5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.101111,-0.255513;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=195.734,10.0166;QD=6.7389;RBI=0.103493,0.275586;REFB=-0.00239456,-0.163331;REVB=-0.0220755,-0.103252;RO=9;SAF=3,6;SAR=0,5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.826066,0.421872;STB=0.5,0.730016;STBP=1,0.011;TYPE=del,del;VARB=0,0.0426955;OID=.,.;OPOS=124179495,124179491;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.551724:3,11:27:0,16:29:13:0,11:0,5:2:11:49:9:3,6:0,5:0:9 chr12 124209332 . T C 153.25 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498111;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.17;QD=47.1523;RBI=0.0509272;REFB=0;REVB=0.0106035;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453761;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr12 124210782 . T C 392.53 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.055003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.126;QD=50.6486;RBI=0.11406;REFB=-0.148482;REVB=0.0999223;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00498536;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:7:22:0:0:7:22:2:0 chr12 124212411 . C T 390.57 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0195948;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.387;QD=16.2737;RBI=0.0197643;REFB=-0.0175783;REVB=-0.00258269;RO=54;SAF=24;SAR=17;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106406;STB=0.552453;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0196722;OID=.;OPOS=124212411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:55:41:41:0.427083:17:24:37:17:17:24:37:18 chr12 124229429 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.153;QD=63.195;RBI=0.026438;REFB=0;REVB=0.0192344;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19261e-05;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr12 124243577 . T C 270.91 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0444046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1051;QD=12.0403;RBI=0.0444135;REFB=-0.0222896;REVB=-0.00088808;RO=56;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695138;STB=0.540477;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0417714;OID=.;OPOS=124243577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:56:58:32:32:0.355556:18:14:28:28:18:14:29:29 chr12 124243707 . T C 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.052;QD=57.3797;RBI=0.0569149;REFB=0;REVB=0.0288892;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208666;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr12 124265687 . T C 871.4 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0348935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.007;QD=54.4627;RBI=0.0714925;REFB=-0.0964337;REVB=0.0623988;RO=2;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471109;STB=0.523802;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00357161;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:64:2:2:60:62:0.96875:19:41:0:2:20:42:0:2 chr12 124267703 . T C 1802.95 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.124;QD=61.1168;RBI=0.0264591;REFB=0;REVB=0.0144947;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90287e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:62:54:0:0:62:56:0:0 chr12 124274474 . A G 1657.05 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.913;QD=59.7137;RBI=0.030817;REFB=0;REVB=0.0307225;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118387;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:50:59:0:0:50:61:0:0 chr12 124332532 . GCC GC,G 237.05 PASS AF=0.521277,0.12766;AO=36,12;DP=91;FAO=49,12;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=46,12;FSAR=3,0;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0223056,-0.00945659;FXX=0.059994;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.43104,17.105;QD=10.0873;RBI=0.214794,0.124753;REFB=-0.0361003,-0.0154134;REVB=0.213633,0.124394;RO=30;SAF=36,12;SAR=0,0;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.854904,0.762856;STB=0.759292,0.998741;STBP=0,0.002;TYPE=del,del;VARB=0.0259496,0.00261017;OID=.,.;OPOS=124332533,124332533;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521277,0.12766:36,12:91:49,12:94:33:46,12:3,0:22:11:98:30:36,12:0,0:17:13 chr12 124798801 . C T 725.16 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.255;QD=54.729;RBI=0.0301211;REFB=-0.172379;REVB=0.0265808;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000934299;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:0:1:52:52:0.981132:30:22:0:0:30:22:0:1 chr12 124813715 . G A,GA 32.65 PASS AF=0,0.235294;AO=8,6;DP=52;FAO=0,12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00374508,-0.153584;FXX=0.0192271;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=240.052,9.86643;QD=2.56073;RBI=0.00865548,0.159137;REFB=0.00124429,-0.0442718;REVB=0.00780332,0.0416684;RO=33;SAF=6,2;SAR=2,4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.329976,-0.183294;STB=0.5,0.509788;STBP=1,0.954;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0581153;OID=.,.;OPOS=124813715,124813716;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:52:51:33:39:8,6:0,12:0,0.235294:2,4:6,2:16:17:0,6:0,6:20:19 chr12 124821696 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.269;QD=33.4285;RBI=0.0139083;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187767;OID=.;OPOS=124821696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 124826598 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=7;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4316;QD=26.0265;RBI=0.0565457;REFB=-0.0967445;REVB=0.0389941;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0104534;OID=.;OPOS=124826598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:7:6:0.857143:1:6:0:0:1:5:1:0 chr12 124856660 . T A 310.72 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0242678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.993;QD=13.9651;RBI=0.0315881;REFB=-0.0405709;REVB=0.0202209;RO=53;SAF=21;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165815;STB=0.50467;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0585062;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:14:21:31:22:14:21:32:22 chr12 124968359 . C T 264.71 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0179022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5518;QD=24.0645;RBI=0.0195389;REFB=-0.0141789;REVB=-0.00782803;RO=18;SAF=20;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725101;STB=0.538429;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00965208;OID=.;OPOS=124968359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:24:25:0.568182:4:20:14:4:4:21:15:4 chr12 124979789 . T G 415.46 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00678263;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.03;QD=18.6725;RBI=0.00766945;REFB=-0.00875138;REVB=0.00358;RO=45;SAF=11;SAR=31;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195232;STB=0.60095;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0108111;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:31:11:20:25:31:11:20:27 chr12 125270773 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.826;QD=60.5472;RBI=0.0482809;REFB=0;REVB=0.0400825;RO=0;SAF=53;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25787e-05;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:22:53:0:0:22:53:0:0 chr12 125284748 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.777;QD=57.6805;RBI=0.0226292;REFB=0;REVB=-0.0184772;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145502;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chr12 125292413 . G A 341.84 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0157722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.737;QD=18.9912;RBI=0.0381981;REFB=-0.00228861;REVB=0.0347899;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141453;STB=0.582777;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0026115;OID=.;OPOS=125292413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:36:35:36:0.5:16:19:13:21:17:19:13:23 chr12 125324553 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.913;QD=44.6898;RBI=0.00270582;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01645e-06;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr12 125324570 . C T 182.31 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.7;QD=42.8966;RBI=0.0919683;REFB=-0.202738;REVB=0.0912323;RO=1;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338159;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0110337;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:15:16:0.941176:2:13:1:0:2:14:1:0 chr12 125386076 . T C 357.39 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.867;QD=54.9834;RBI=0.0675851;REFB=0;REVB=0.0658712;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431232;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr12 125386091 . A G 107.97 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0354054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5842;QD=13.087;RBI=0.0870249;REFB=0.00169097;REVB=0.0794971;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244114;STB=0.641996;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00291942;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:14:6:7:6:14:6 chr12 125386114 . T A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00879873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.524;QD=14.6658;RBI=0.0199803;REFB=-0.019877;REVB=0.0179387;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295003;STB=0.668886;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0136082;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:16:5:8:7:16:5 chr12 125396183 . A C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0301101;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=194.507;QD=14.3343;RBI=0.0328088;REFB=-0.013622;REVB=-0.0130308;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0158396;OID=.;OPOS=125396183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:6:4:3:6:6:4 chr12 125396185 . AC CA,CC 59.08 PASS AF=0,0.444444;AO=2,9;DP=19;FAO=0,8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00191711,0.0924589;FXX=0.0526039;HRUN=20,20;LEN=2,1;MLLD=17.0574,36.9508;QD=13.1295;RBI=0.0254921,0.0924595;REFB=-0.0531149,-0.0119571;REVB=-0.0254199,0.000341145;RO=8;SAF=2,6;SAR=0,3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.590874,0.14199;STB=0.5,0.514669;STBP=1,0.925;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0175553;OID=.,.;OPOS=125396185,125396185;OREF=AC,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:19:18:8:10:2,9:0,8:0,0.444444:0,3:2,6:4:4:0,3:0,5:6:4 chr12 125396377 . A G 241.66 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00795353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.433;QD=22.4802;RBI=0.0184363;REFB=-0.00180282;REVB=0.0166325;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809674;STB=0.533304;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00154742;OID=.;OPOS=125396377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:22:23:0.534884:12:10:11:9:12:11:11:9 chr12 125397750 . A G 563.52 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3259;QD=57.7965;RBI=0.0165142;REFB=0.0515689;REVB=-0.00673577;RO=1;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164445;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00175386;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:10:28:1:0:10:28:1:0 chr12 125398319 . G A 177.48 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0624491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.074;QD=21.5132;RBI=0.064335;REFB=-0.0240831;REVB=-0.015463;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22279;STB=0.62528;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0135997;OID=.;OPOS=125398319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:10:5:11:7:10:5 chr12 125398517 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.467;QD=54.5177;RBI=0.0110038;REFB=0;REVB=-0.00497526;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90671e-06;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr12 125398723 . G T 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00971947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.155;QD=6.54366;RBI=0.0472037;REFB=-0.0172288;REVB=-0.0461922;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350776;STB=0.725226;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0914912;OID=.;OPOS=125398723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:13:11:6:2:13:11 chr12 125398731 . T C 51.52 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.142773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6144;QD=6.6471;RBI=0.147974;REFB=-0.00584662;REVB=-0.0388852;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351349;STB=0.737102;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0150976;OID=.;OPOS=125398731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:30:31:22:23:8:8:0.258065:6:2:12:10:6:2:13:10 chr12 125399068 . C T 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6015;QD=59.0143;RBI=0.153916;REFB=0;REVB=0.136749;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310496;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr12 125399150 . G A 592.94 PASS AF=0.546296;AO=58;DP=106;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00476456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.253;QD=21.9607;RBI=0.019074;REFB=-0.0321811;REVB=-0.0184693;RO=48;SAF=34;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10654;STB=0.548891;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0121636;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:48:49:58:59:0.546296:24:34:22:26:25:34:23:26 chr12 125399171 . ACCC ACC,ACCA 407.59 PASS AF=0.401575,0.023622;AO=46,5;DP=126;FAO=51,3;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=22,1;FSAR=29,2;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0287513,-0.0047685;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.5877,26.9879;QD=12.8373;RBI=0.0345506,0.10057;REFB=-0.00405907,0.0150409;REVB=-0.0191601,0.100457;RO=67;SAF=20,3;SAR=26,2;SRF=39;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153924,0.0189418;STB=0.576493,0.710522;STBP=0.187,0.508;TYPE=del,snp;VARB=0.00929142,-0.0309742;OID=.,.;OPOS=125399172,125399174;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=ACC,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401575,0.023622:46,5:126:51,3:127:73:22,1:29,2:41:32:99:67:20,3:26,2:39:28 chr12 125424184 . G C 389.35 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0722;QD=55.6213;RBI=0.0997304;REFB=0;REVB=-0.0872673;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00276276;OID=.;OPOS=125424184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr12 125424189 . C G 338.03 PASS AF=0.931034;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.120871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2266;QD=46.6252;RBI=0.147938;REFB=-0.100769;REVB=0.0852982;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521157;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0241657;OID=.;OPOS=125424189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:29:0:2:24:27:0.931034:17:7:0:0:20:7:1:1 chr12 125424510 . T A 450.9 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200145;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.284;QD=58.1805;RBI=0.0222804;REFB=0;REVB=0.00978949;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47822e-05;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr12 125434580 . C T 1248.68 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0283417;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.554;QD=58.0782;RBI=0.0607851;REFB=-0.0538391;REVB=0.0537734;RO=3;SAF=49;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521279;STB=0.502754;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00145422;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:86:3:3:83:83:0.965116:34:49:2:1:34:49:2:1 chr12 125434716 . G A 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.000535314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.313;QD=19.5008;RBI=0.0110335;REFB=-0.0232287;REVB=-0.0110205;RO=35;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112613;STB=0.562613;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0220115;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:15:21:16:19:15:21:16:19 chr12 125437019 . T C 937.16 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9164;QD=58.5723;RBI=0.033767;REFB=0;REVB=-0.0223863;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198711;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr12 125438516 . T C 1009.19 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660077;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.313;QD=58.5041;RBI=0.012698;REFB=0;REVB=0.0108475;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428203;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:66:69:1:32:34:0:0:34:35:0:0 chr12 125438523 . C T 1025.71 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2831;QD=57.7866;RBI=0.158438;REFB=0;REVB=0.153754;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786612;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:71:1:0:64:71:1:33:31:1:0:34:37:0:0 chr12 125467158 . C T 418.8 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0075072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.408;QD=18.0127;RBI=0.0138045;REFB=-0.0189551;REVB=-0.0115847;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304355;STB=0.516992;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0216122;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:22:21:26:24:22:21:26:24 chr12 125562809 . G A 1200.33 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00801795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.334;QD=58.5528;RBI=0.0097497;REFB=-0.12601;REVB=0.00554699;RO=2;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326164;STB=0.517237;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000468904;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:28:52:0:2:28:52:0:2 chr12 125834395 . T C 1170.94 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2826;QD=60.8279;RBI=0.0371757;REFB=0;REVB=-0.00485487;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272492;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:36:39:0:0:38:39:0:0 chr12 126004147 . C T 695.72 PASS AF=0.454545;AO=74;DP=164;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0198125;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.835;QD=16.866;RBI=0.0198857;REFB=-0.00136797;REVB=0.00170493;RO=90;SAF=21;SAR=53;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210505;STB=0.619654;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00132074;OID=.;OPOS=126004147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:90:90:74:75:0.454545:53:21:43:47:54:21:43:47 chr12 126068417 . T C 1006.41 PASS AF=0.443515;AO=105;DP=240;FAO=106;FDP=239;FR=.;FRO=133;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=-0.00548831;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.074;QD=16.8437;RBI=0.0118857;REFB=0.000122286;REVB=-0.0105427;RO=132;SAF=65;SAR=40;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04544;STB=0.525543;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=5.99542e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:132:133:105:106:0.443515:40:65:76:56:40:66:77:56 chr12 126139525 . G A 210.61 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00341448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.958;QD=19.1466;RBI=0.0140864;REFB=-0.00764179;REVB=-0.0136663;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820088;STB=0.546392;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00767074;OID=.;OPOS=126139525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:13:10:11:10:13:10 chr12 127068865 . A G 410.91 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.845;QD=56.6766;RBI=0.0267902;REFB=0;REVB=0.0267711;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145202;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr12 127068892 . C T 734.11 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0066224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.662;QD=61.1758;RBI=0.0426516;REFB=-0.0221675;REVB=-0.0421344;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000507922;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:26:21:0:0:26:21:1:0 chr12 127650467 . G C 5570.5 PASS AF=0.9425;AO=375;DP=399;FAO=377;FDP=400;FR=.;FRO=23;FSAF=195;FSAR=182;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0198374;FXX=0.0024937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7617;QD=55.705;RBI=0.0254416;REFB=-0.0118024;REVB=0.0159296;RO=23;SAF=194;SAR=181;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196589;STB=0.510278;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000441425;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:399:400:23:23:375:377:0.9425:181:194:16:7:182:195:16:7 chr12 127650471 . AT GG 6275.99 PASS AF=0.95843;AO=372;DP=392;FAO=415;FDP=433;FR=.;FRO=18;FSAF=231;FSAR=184;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0288606;FXX=0.0045976;HRUN=1;LEN=2;MLLD=321.879;QD=57.9768;RBI=0.032166;REFB=-0.00527226;REVB=0.0142029;RO=18;SAF=193;SAR=179;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017923;STB=0.506984;STBP=0.199;TYPE=mnp;VARB=0.000772004;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:392:433:18:18:372:415:0.95843:179:193:13:5:184:231:13:5 chr12 127650538 . A G 12484.3 PASS AF=0.963615;AO=820;DP=852;FAO=821;FDP=852;FR=.;FRO=31;FSAF=383;FSAR=438;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0228081;FXX=0.00117232;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8989;QD=58.6119;RBI=0.0615285;REFB=-0.0211223;REVB=-0.057145;RO=30;SAF=383;SAR=437;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112369;STB=0.506524;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00114049;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:852:852:30:31:820:821:0.963615:437:383:19:11:438:383:20:11 chr12 127650583 . T G 10716.1 PASS AF=0.976157;AO=688;DP=706;FAO=696;FDP=713;FR=.;FRO=17;FSAF=336;FSAR=360;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0664364;FXX=0.00696369;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2796;QD=60.1182;RBI=0.0701136;REFB=-0.0298564;REVB=0.0224081;RO=17;SAF=336;SAR=352;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459842;STB=0.502517;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00086196;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:706:713:17:17:688:696:0.976157:352:336:10:7:360:336:10:7 chr12 127650599 . A G 8355.29 PASS AF=0.980072;AO=382;DP=560;FAO=541;FDP=552;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=252;FSAR=289;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0795357;FXX=0.0107525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.58;QD=60.5456;RBI=0.0823324;REFB=-0.10564;REVB=0.0212767;RO=15;SAF=103;SAR=279;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118461;STB=0.500225;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00170278;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:560:552:15:11:382:541:0.980072:279:103:6:9:289:252:5:6 chr12 127650616 . G A 1752.53 PASS AF=0.399185;AO=194;DP=490;FAO=196;FDP=491;FR=.;FRO=295;FSAF=81;FSAR=115;FSRF=115;FSRR=180;FWDB=-0.011608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.892;QD=14.2772;RBI=0.0126963;REFB=-0.006248;REVB=0.00514309;RO=294;SAF=81;SAR=113;SRF=114;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331933;STB=0.514589;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0116511;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:491:294:295:194:196:0.399185:113:81:114:180:115:81:115:180 chr12 127650639 . A G 3764.14 PASS AF=0.956667;AO=142;DP=291;FAO=287;FDP=300;FR=.;FRO=13;FSAF=90;FSAR=197;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0462123;FXX=0.0066223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.753;QD=50.1885;RBI=0.056323;REFB=-0.0735113;REVB=0.0321978;RO=4;SAF=69;SAR=73;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253388;STB=0.508088;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0045001;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:291:300:4:13:142:287:0.956667:73:69:0:4:197:90:2:11 chr12 127650662 . T C 772.57 PASS AF=0.919355;AO=56;DP=64;FAO=57;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0112189;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.161;QD=49.8433;RBI=0.0148962;REFB=0.017918;REVB=-0.00979961;RO=5;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595782;STB=0.531635;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000945572;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:64:62:5:5:56:57:0.919355:37:19:0:5:37:20:0:5 chr12 127650669 . A G 188.59 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0312509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.214;QD=39.7039;RBI=0.0313335;REFB=0.00886815;REVB=-0.00227411;RO=2;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701688;STB=0.538413;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00822312;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:15:15:0.789474:12:3:0:2:12:3:0:2 chr12 127650883 . G T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.603;QD=32.8196;RBI=0.167827;REFB=0.124535;REVB=0.16277;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00178004;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:1:8:0:1:1:8:0:1 chr12 127650890 . G C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.759;QD=36.3484;RBI=0.0281102;REFB=-0.0458909;REVB=-0.0261102;RO=1;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292301;STB=0.666293;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00494099;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:1:10:0:1:1:10:0:1 chr12 128778703 . G A 369.6 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0550763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.328;QD=13.3188;RBI=0.0660665;REFB=-0.00845637;REVB=0.036488;RO=67;SAF=21;SAR=23;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158849;STB=0.589704;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0140995;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:23:21:42:25:23:21:42:25 chr12 128900005 . G A 450.74 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136091;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.518;QD=58.1606;RBI=0.022796;REFB=0;REVB=0.018288;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24864e-05;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr12 129181810 . A G 3495.25 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141486;FXX=0.0132737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.452;QD=62.695;RBI=0.0302191;REFB=0;REVB=-0.0267022;RO=0;SAF=132;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60688e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019922;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:223:0:0:221:223:1:89:132:0:0:89:134:0:0 chr12 129181834 . A G 3859.74 PASS AF=1;AO=248;DP=249;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218745;FXX=0.0119517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3923;QD=62.2538;RBI=0.0243081;REFB=0;REVB=0.0106014;RO=0;SAF=147;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363621;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:248:0:0:248:248:1:101:147:0:0:101:147:0:0 chr12 129189941 . G A 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00290747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.793;QD=36.467;RBI=0.00486035;REFB=0.0054715;REVB=-0.00389483;RO=6;SAF=6;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105998;STB=0.558084;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00178463;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:16:6:3:3:16:6:3:3 chr12 129190021 . A G 246.49 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0276687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.515;QD=46.9512;RBI=0.0276912;REFB=-0.111966;REVB=0.00111461;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.538422;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00463353;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:6:14:0:0:6:14:0:1 chr12 129190474 . G A 661.61 PASS AF=0.475177;AO=66;DP=145;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.0110988;FXX=0.0342442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.987;QD=18.7692;RBI=0.0131977;REFB=-0.0162962;REVB=-0.00714124;RO=73;SAF=41;SAR=25;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229392;STB=0.512291;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0185114;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:141:73:74:66:67:0.475177:25:41:47:26:25:42:48:26 chr12 129293346 . C T 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.344;QD=57.3927;RBI=0.0305588;REFB=-0.0422561;REVB=0.00352363;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0023128;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chr12 129298735 . C G 1326.56 PASS AF=0.883929;AO=98;DP=111;FAO=99;FDP=112;FR=.;FRO=13;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.122367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5744;QD=47.3772;RBI=0.126229;REFB=-0.0947087;REVB=0.0309856;RO=13;SAF=62;SAR=36;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579689;STB=0.531028;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.024994;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:111:112:13:13:98:99:0.883929:36:62:5:8:36:63:5:8 chr12 129298777 . G A 102.72 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0257112;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4702;QD=3.73525;RBI=0.0282401;REFB=-0.0235287;REVB=0.0116805;RO=91;SAF=4;SAR=15;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443316;STB=0.789169;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.135734;OID=.;OPOS=129298777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:91:91:19:19:0.172727:15:4:51:40:15:4:51:40 chr12 129298797 . G A 143.69 PASS AF=0.19403;AO=26;DP=134;FAO=26;FDP=134;FR=.;FRO=108;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.0238636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5259;QD=4.28914;RBI=0.0260195;REFB=-0.0169924;REVB=-0.0103702;RO=107;SAF=9;SAR=17;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170512;STB=0.6049;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0748713;OID=.;OPOS=129298797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:107:108:26:26:0.19403:17:9:51:56:17:9:51:57 chr12 129298799 . T C 174.37 PASS AF=0.202797;AO=29;DP=143;FAO=29;FDP=143;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.00655904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6126;QD=4.87759;RBI=0.0486674;REFB=-0.0249921;REVB=-0.0482234;RO=113;SAF=9;SAR=20;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242265;STB=0.649245;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0628952;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:113:114:29:29:0.202797:20:9:56:57:20:9:56:58 chr12 129298815 . C G 38.99 PASS AF=0.0887097;AO=11;DP=123;FAO=11;FDP=124;FR=.;FRO=113;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.0318493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.934;QD=1.25788;RBI=0.0365765;REFB=-0.0120837;REVB=-0.017985;RO=112;SAF=1;SAR=10;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484389;STB=0.890954;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0950254;OID=.;OPOS=129298815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:123:124:112:113:11:11:0.0887097:10:1:55:57:10:1:55:58 chr12 129298819 . C T 896.57 PASS AF=0.72973;AO=77;DP=111;FAO=81;FDP=111;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0246968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1512;QD=32.3086;RBI=0.0491571;REFB=-0.123816;REVB=0.0425028;RO=32;SAF=33;SAR=44;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833182;STB=0.520886;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0334588;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:32:30:77:81:0.72973:44:33:9:23:48:33:10:20 chr12 129559421 . C T 2491.23 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.665;QD=60.7617;RBI=0.0226421;REFB=-0.0402527;REVB=0.0164316;RO=1;SAF=80;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057677;STB=0.502994;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0001857;OID=.;OPOS=129559421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:164:1:1:162:163:0.993902:82:80:0:1:83:80:0:1 chr12 129566340 . G A 430.76 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00818065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3329;QD=17.5819;RBI=0.0349934;REFB=-0.00213251;REVB=0.0340237;RO=52;SAF=15;SAR=29;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179537;STB=0.591794;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00367072;OID=.;OPOS=129566340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:54:44:44:0.44898:29:15:27:25:29:15:27:27 chr12 129566469 . C T 284.6 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0573023;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6927;QD=13.5524;RBI=0.066524;REFB=-0.0180102;REVB=-0.0337919;RO=52;SAF=3;SAR=30;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488;STB=0.790156;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0408289;OID=.;OPOS=129566469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:51:33:33:0.392857:30:3:20:32:30:3:20:31 chr12 130649316 . CTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA 456.52 PASS AF=0.166667,0.766667,0.0666667;AO=4,6,3;DP=58;FAO=10,46,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29,4;FSAR=9,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448188,0.388659,0.09852;FXX=0.0322529;HRUN=13,13,13;LEN=1,4,1;MLLD=135.417,10.1229,118.145;QD=30.4348;RBI=0.0542346,0.395885,0.0988379;REFB=0,0,0;REVB=0.0305396,0.0752922,0.00792052;RO=1;SAF=0,1,3;SAR=4,5,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.749895,-0.281147,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.0525754,0.0761821,-0.140558;OID=.,.,.;OPOS=130649319,130649317,130649327;OREF=T,TTTT,T;OALT=C,-,A;OMAPALT=CTTCTTTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.766667,0.0666667:4,6,3:58:10,46,4:60:0:1,29,4:9,17,0:0:0:53:1:0,1,3:4,5,0:1:0 chr12 130649543 . C G 1149.16 PASS AF=0.963855;AO=77;DP=82;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0651108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.991;QD=55.381;RBI=0.0681348;REFB=-0.150018;REVB=0.020073;RO=2;SAF=38;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000311094;STB=0.518514;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00310973;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:83:2:3:77:80:0.963855:39:38:1:1:39:41:0:3 chr12 130649687 . T C 373.6 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00908168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.501;QD=23.3503;RBI=0.00913563;REFB=-0.00861176;REVB=0.000991367;RO=24;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201888;STB=0.612188;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0113929;OID=.;OPOS=130649687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:24:27:37:37:0.578125:18:19:19:5:18:19:21:6 chr12 130650016 . G C 1115.51 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145166;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.111;QD=60.2978;RBI=0.145511;REFB=0;REVB=0.0100106;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779963;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:71:74:1:37:34:0:0:38:36:0:0 chr12 130650180 . A G 1358.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.487;QD=62.4615;RBI=0.0262146;REFB=0;REVB=0.00781258;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97871e-05;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr12 130912757 . C T 219.74 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0400297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7047;QD=17.5789;RBI=0.0445364;REFB=-0.00115831;REVB=-0.019522;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114534;STB=0.565158;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00218028;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:16:12:12:10:16:12 chr12 130935796 . C G 295.63 PASS AF=0.4;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00775184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.623;QD=13.9121;RBI=0.0248673;REFB=-0.0172068;REVB=-0.0236282;RO=51;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222542;STB=0.604878;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0259357;OID=.;OPOS=130935796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:51:51:32:34:0.4:18:14:33:18:18:16:33:18 chr12 131275484 . G A 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.989;QD=59.1394;RBI=0.0116055;REFB=0;REVB=-0.00105186;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25312e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr12 131276448 . G T 1805.64 PASS AF=0.968;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=125;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00544453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.548;QD=57.7806;RBI=0.0175191;REFB=-0.142939;REVB=-0.0166516;RO=4;SAF=66;SAR=55;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279181;STB=0.514703;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000746774;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:125:125:4:4:121:121:0.968:55:66:4:0:55:66:4:0 chr12 131296908 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.585;QD=40.7629;RBI=0.012855;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35475e-05;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr12 131299974 . A G 1080.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.345;QD=60.0226;RBI=0.00532018;REFB=0;REVB=-0.00410267;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14414e-05;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:35:37:0:0 chr12 131306314 . C G 1041.85 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3653;QD=59.5341;RBI=0.089195;REFB=0;REVB=0.0882124;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917294;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:39:29:0:0:41:29:0:0 chr12 131360715 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00533816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.487;QD=22.7239;RBI=0.0111239;REFB=-0.00728911;REVB=0.00975939;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318529;STB=0.677252;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.003996;OID=.;OPOS=131360715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:3:13:8:12:3:13 chr12 131466562 . T C 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.687;QD=62.0055;RBI=0.0134274;REFB=0;REVB=0.0122092;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65674e-05;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr12 131473974 . C T 617.44 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00842053;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.937;QD=18.9982;RBI=0.00891366;REFB=-0.0134176;REVB=-0.00292369;RO=51;SAF=44;SAR=19;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117053;STB=0.591368;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0150994;OID=.;OPOS=131473974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:51:67:63:63:0.484615:19:44:35:16:19:44:36:31 chr12 131474114 . T C 1007.24 PASS AF=0.462555;AO=106;DP=227;FAO=105;FDP=227;FR=.;FRO=122;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=0.00530932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.004;QD=17.7487;RBI=0.0160916;REFB=-0.0140469;REVB=-0.0151905;RO=116;SAF=58;SAR=48;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855354;STB=0.536283;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0157394;OID=.;OPOS=131474114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:116:122:106:105:0.462555:48:58:53:63:48:57:58:64 chr12 131590404 . G A 744.37 PASS AF=0.517986;AO=71;DP=136;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00278675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.503;QD=21.4206;RBI=0.0033931;REFB=-0.0138629;REVB=-0.00193577;RO=65;SAF=39;SAR=32;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063145;STB=0.530922;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0118108;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:65:67:71:72:0.517986:32:39:31:34:33:39:32:35 chr12 131620588 . A G 300.24 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00639001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4341;QD=14.2972;RBI=0.010353;REFB=-0.0282977;REVB=-0.00814565;RO=49;SAF=23;SAR=10;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531721;STB=0.524356;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0190605;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:50:33:34:0.404762:10:23:32:17:11:23:32:18 chr12 131622735 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.612;QD=62.9813;RBI=0.0171321;REFB=0;REVB=-0.00778547;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93054e-05;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr12 132237848 . T C 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.043;QD=57.1822;RBI=0.0480495;REFB=0;REVB=0.0114985;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221504;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr12 132271113 . T C 1380.87 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350412;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.827;QD=62.7669;RBI=0.0405514;REFB=0;REVB=0.0204091;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15641e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr12 132285934 . G A 132.48 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.081281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.166;QD=15.1409;RBI=0.0960619;REFB=-0.00666239;REVB=-0.0511986;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0032588;OID=.;OPOS=132285934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:11:9:6:9:11:9 chr12 132325239 . G A 788.56 PASS AF=0.496933;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00747215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.582;QD=19.3511;RBI=0.0218406;REFB=-0.0153087;REVB=0.0205227;RO=81;SAF=40;SAR=41;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224235;STB=0.509237;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0142912;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:81:82:81:81:0.496933:41:40:42:39:41:40:42:40 chr12 132325298 . C T 351.14 PASS AF=0.411765;AO=40;DP=99;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0162125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.757;QD=13.7703;RBI=0.0170053;REFB=0.00824622;REVB=-0.00513192;RO=59;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183478;STB=0.515457;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00812138;OID=.;OPOS=132325298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:59:60:40:42:0.411765:21:19:27:32:22:20:27:33 chr12 132396603 . C T 1174.3 PASS AF=0.478431;AO=121;DP=255;FAO=122;FDP=255;FR=.;FRO=133;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=81;FSRR=52;FWDB=-0.00371605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.425;QD=18.4203;RBI=0.0224766;REFB=-0.0311349;REVB=0.0221673;RO=125;SAF=52;SAR=69;SRF=73;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142318;STB=0.590445;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0417561;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:125:133:121:122:0.478431:69:52:73:52:69:53:81:52 chr12 132401566 . C T 181.55 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0154276;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.017;QD=12.103;RBI=0.0193348;REFB=-0.0158414;REVB=0.0116543;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625781;STB=0.535684;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0234145;OID=.;OPOS=132401566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:37:23:23:0.383333:10:13:20:12:10:13:23:14 chr12 132403161 . A G 820.38 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448604;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.39;QD=57.5703;RBI=0.0450006;REFB=0;REVB=-0.00354941;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78344e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr12 132562074 . G A 1184.45 PASS AF=0.466165;AO=124;DP=264;FAO=124;FDP=266;FR=.;FRO=142;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=63;FSRR=79;FWDB=0.00859203;FXX=0.00374518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.777;QD=17.8112;RBI=0.0267203;REFB=-0.0229427;REVB=0.0253012;RO=140;SAF=66;SAR=58;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926073;STB=0.547197;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0235625;OID=.;OPOS=132562074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:140:142:124:124:0.466165:58:66:61:79:58:66:63:79 chr12 132625431 . T C 362.47 PASS AF=0.528571;AO=38;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0319442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1053;QD=20.7126;RBI=0.0602524;REFB=0.0130869;REVB=-0.0510874;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103561;STB=0.543741;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0168993;OID=.;OPOS=132625431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:38:37:0.528571:19:19:20:12:18:19:20:13 chr12 132625437 . C T 392.39 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0025605;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.822;QD=20.9273;RBI=0.00545849;REFB=-0.036992;REVB=0.00482068;RO=31;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100894;STB=0.546644;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0231966;OID=.;OPOS=132625437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:31:35:39:40:0.533333:20:19:19:12:20:20:21:14 chr12 132626668 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.227;QD=57.6804;RBI=0.0511164;REFB=0;REVB=0.0486807;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159316;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:9:21:0:0:10:21:0:0 chr12 132630822 . C T 505.87 PASS AF=0.427481;AO=50;DP=125;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00299712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.952;QD=15.4464;RBI=0.0131763;REFB=-0.014193;REVB=0.0128309;RO=75;SAF=34;SAR=16;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180149;STB=0.551127;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0191172;OID=.;OPOS=132630822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:75:75:50:56:0.427481:16:34:39:36:22:34:39:36 chr12 132633369 . A G 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00761547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3101;QD=23.1604;RBI=0.0332273;REFB=0.00927699;REVB=-0.0323428;RO=23;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129189;STB=0.571378;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0105177;OID=.;OPOS=132633369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:6:20:20:3:6:20:20:3 chr12 132635521 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.122;QD=43.4862;RBI=0.027556;REFB=0;REVB=0.0237384;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010716;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr12 132682481 . T G 2510.1 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974622;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.471;QD=61.5977;RBI=0.0279081;REFB=0;REVB=0.026151;RO=0;SAF=89;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403296;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:161:163:1:72:89:0:0:72:91:0:0 chr12 132682484 . A G 2450.96 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863534;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.18;QD=60.8933;RBI=0.0896944;REFB=0;REVB=0.0242526;RO=0;SAF=88;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345995;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:161:0:0:158:161:1:70:88:0:0:71:90:0:0 chr12 132688137 . A G 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0073649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.098;QD=21.3985;RBI=0.0372952;REFB=-0.0162649;REVB=-0.0365608;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111131;STB=0.561401;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0221875;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:16:18:11:17:16:18:11:17 chr12 132862976 . G A 390.65 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00539247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.714;QD=32.5538;RBI=0.0183643;REFB=-0.0148409;REVB=0.0175547;RO=14;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00506814;STB=0.521039;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00823154;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:16:32:32:0.666667:18:14:6:8:18:14:8:8 chr12 133127989 . C A 205.41 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0612696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.098;QD=15.8007;RBI=0.0643183;REFB=-0.0187523;REVB=0.0195673;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363392;STB=0.711516;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0181788;OID=.;OPOS=133127989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:22:23:0.442308:15:7:20:9:16:7:20:9 chr12 133158014 . GCCCCCCCCA GCCCCCCCA,GCCCCCCCAG 99.47 PASS AF=0.380952,0.190476;AO=16,5;DP=42;FAO=16,8;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9,8;FSAR=7,0;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0716078,0.0958959;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.88701,25.3731;QD=9.4738;RBI=0.202471,0.151633;REFB=-0.1602,-0.095809;REVB=0.189385,0.117458;RO=16;SAF=10,5;SAR=6,0;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166872,0.718364;STB=0.562422,0.998462;STBP=0.514,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=0.193529,0.0645891;OID=.,.;OPOS=133158015,133158022;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=GCCCCCCCA,GCCCCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0.190476:16,5:42:16,8:42:18:9,8:7,0:8:10:46:16:10,5:6,0:7:9 chr12 133181399 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0220089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.963;QD=21.9721;RBI=0.0221895;REFB=-0.00913677;REVB=-0.00282469;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469798;STB=0.526293;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00758939;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:13:8:10:13:13:8 chr12 133196596 . T C 129.94 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00655061;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.535;QD=19.9901;RBI=0.00685644;REFB=0.00213393;REVB=0.00202492;RO=11;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266895;STB=0.688208;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00232012;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:11:12:14:14:0.538462:2:12:7:4:2:12:7:5 chr12 133201947 . T C 95.25 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0322355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.402;QD=11.5449;RBI=0.0452628;REFB=0.00681611;REVB=-0.0317741;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378983;STB=0.713915;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0192306;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:3:9:8:12:3:9:9:12 chr12 133208979 . T C 276.99 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0197952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.777;QD=13.5116;RBI=0.0256384;REFB=-0.0115377;REVB=-0.0162935;RO=48;SAF=22;SAR=10;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208427;STB=0.620889;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0188127;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:50:32:32:0.390244:10:22:24:24:10:22:25:25 chr12 133212582 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0446985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.093;QD=15.6455;RBI=0.0491594;REFB=0.00138416;REVB=-0.0204618;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111716;STB=0.592504;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00193389;OID=.;OPOS=133212582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:16:6:10:17:16:6:12:17 chr12 133219103 . G A 216.52 PASS AF=0.68;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0158232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.683;QD=34.6423;RBI=0.120836;REFB=-0.00471984;REVB=0.119795;RO=4;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476188;STB=0.530084;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000325729;OID=.;OPOS=133219103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:24:25:4:4:16:17:0.68:6:10:2:2:6:11:2:2 chr12 133242016 . C T 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0295004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.649;QD=14.6509;RBI=0.0296926;REFB=0.00953775;REVB=0.00337283;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320039;STB=0.685591;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00902908;OID=.;OPOS=133242016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:19:4:13:18:19:4:13:18 chr12 133253995 . G A 241.11 PASS AF=0.386667;AO=23;DP=71;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00595807;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.213;QD=12.8593;RBI=0.00628298;REFB=-0.0019889;REVB=-0.00199431;RO=47;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143376;STB=0.526742;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00275264;OID=.;OPOS=133253995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:47:46:23:29:0.386667:15:8:22:25:17:12:21:25 chr12 133272470 . G T 158.61 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0102149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.263;QD=17.1468;RBI=0.01221;REFB=-0.000704646;REVB=0.00668874;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935847;STB=0.534843;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.000474661;OID=.;OPOS=133272470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:13:6:7:10:13:7 chr12 133279107 . C T 365.86 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.014437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.066;QD=18.762;RBI=0.0232142;REFB=-9.35475e-05;REVB=-0.018179;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716168;STB=0.539898;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=6.98221e-05;OID=.;OPOS=133279107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:21:17:21:19:21:17:21:19 chr12 133294333 . C T 735.88 PASS AF=0.510638;AO=70;DP=141;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0508868;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6706;QD=20.876;RBI=0.0575869;REFB=-0.0207288;REVB=-0.0269589;RO=69;SAF=45;SAR=25;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606826;STB=0.530835;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0207535;OID=.;OPOS=133294333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:69:69:70:72:0.510638:25:45:40:29:26:46:40:29 chr12 133303973 . C G 247.89 PASS AF=0.631579;AO=19;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0080737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.2943;QD=26.0936;RBI=0.0616362;REFB=-0.0746038;REVB=0.0611051;RO=12;SAF=15;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117649;STB=0.541103;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0497342;OID=.;OPOS=133303973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:14:19:24:0.631579:4:15:8:4:5:19:10:4 chr12 133306589 . C T 427.94 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=105;FAO=48;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0280226;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.427;QD=16.782;RBI=0.071628;REFB=-0.00319086;REVB=-0.065919;RO=50;SAF=21;SAR=10;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452232;STB=0.532306;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00233057;OID=.;OPOS=133306589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:50:53:31:48:0.470588:10:21:32:18:21:27:33:20 chr12 133306590 . G T 76.01 PASS AF=0.141509;AO=12;DP=98;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=-0.0111062;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=144.419;QD=2.86844;RBI=0.0111477;REFB=-0.00739136;REVB=0.000960339;RO=86;SAF=4;SAR=8;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361025;STB=0.737804;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0333112;OID=.;OPOS=133306590;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:98:106:86:91:12:15:0.141509:8:4:55:31:10:5:57:34 chr12 133306710 . C T 284.65 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.061006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7007;QD=23.7205;RBI=0.0669549;REFB=-0.0296678;REVB=0.0275904;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835506;STB=0.55304;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0267991;OID=.;OPOS=133306710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:9:16:12:10:9:17:12:10 chr12 133324764 . C CG,G 38.74 PASS AF=0.0970149,0.0447761;AO=28,7;DP=135;FAO=13,6;FDP=134;FR=.;FRO=115;FSAF=7,6;FSAR=6,0;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=-0.110729,-0.0305682;FXX=0.00740686;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=9.19779,39.819;QD=1.15645;RBI=0.110765,0.0489041;REFB=-0.11982,-0.057566;REVB=-0.00279638,0.0381732;RO=95;SAF=22,7;SAR=6,0;SRF=49;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.367352,0.539187;STB=0.540085,0.997995;STBP=0.754,0.011;TYPE=ins,snp;VARB=0.128192,0.0245153;OID=.,.;OPOS=133324765,133324764;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:135:134:95:115:28,7:13,6:0.0970149,0.0447761:6,0:22,7:49:46:6,0:7,6:67:48 chr12 133331537 . G A 490.72 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0229169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.495;QD=22.3055;RBI=0.0273782;REFB=-0.0126973;REVB=-0.0149793;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348995;STB=0.519232;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0124317;OID=.;OPOS=133331537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:26:21:20:21:26:21:20:21 chr12 133363373 . AC AT,TT 286.3 PASS AF=0.577778,0;AO=21,2;DP=43;FAO=26,0;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14,0;FSAR=12,0;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0089383,-0.0185131;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.318,157.602;QD=25.4485;RBI=0.0167687,0.0193733;REFB=-0.0219156,-0.0125792;REVB=0.0141879,0.00570863;RO=17;SAF=9,2;SAR=12,0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127573,0.494586;STB=0.539762,0.5;STBP=0.527,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00917896,0;OID=.,.;OPOS=133363374,133363373;OREF=C,AC;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:17:19:21,2:26,0:0.577778,0:12,0:9,2:10:7:12,0:14,0:12:7 chr12 133363376 . G T 709.24 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.478;QD=63.0437;RBI=0.0477234;REFB=0;REVB=0.0112897;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107771;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:40:45:1:19:21:0:0:19:26:0:0 chr12 133378440 . C T 420.59 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0158502;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.065;QD=14.5031;RBI=0.0174582;REFB=0.00682539;REVB=0.00731853;RO=68;SAF=14;SAR=34;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275413;STB=0.655757;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00874146;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:68:68:48:48:0.413793:34:14:37:31:34:14:37:31 chr12 133411987 . G C 1482.75 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0139297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.685;QD=61.1442;RBI=0.0219892;REFB=-0.0474326;REVB=-0.0170143;RO=2;SAF=46;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201681;STB=0.510636;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=7.7881e-05;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:49:46:2:0:49:46:2:0 chr12 133417119 . T TA 54.95 PASS AF=0.465116;AO=10;DP=47;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0677797;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.95456;QD=5.11147;RBI=0.0685482;REFB=-0.0932428;REVB=-0.0102353;RO=33;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20955;STB=0.508227;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.130943;OID=.;OPOS=133417120;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:10:47:20:43:23:9:11:10:13:54:33:6:4:14:19 chr12 133417982 . T TAA 106.74 PASS AF=0.414634;AO=14;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0779154;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=30.4051;QD=10.4135;RBI=0.0958983;REFB=0.0209159;REVB=-0.0559078;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405333;STB=0.58964;STBP=0.362;TYPE=ins;VARB=-0.0280446;OID=.;OPOS=133417983;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:14:40:17:41:24:9:8:9:15:99:23:6:8:9:14 chr12 133433173 . T C 698.6 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.072923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7316;QD=54.7921;RBI=0.0797629;REFB=-0.082912;REVB=-0.0323163;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0024397;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:21:29:0:0:21:29:1:0 chr12 133433240 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0169091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.776;QD=12.7291;RBI=0.0315056;REFB=-0.0104151;REVB=0.0265835;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138405;STB=0.583135;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0245602;OID=.;OPOS=133433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:8:4:2:7:8:4 chr12 133433300 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0372656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4669;QD=20.8974;RBI=0.0641821;REFB=-0.0889834;REVB=0.0522553;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141787;STB=0.5831;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0517025;OID=.;OPOS=133433300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:3:1:1:7:3:1 chr12 133587980 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.412;QD=60.9783;RBI=0.0200507;REFB=0;REVB=0.00420712;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24804e-05;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr12 133634450 . AT CC,CT 175.98 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,12;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245634,0.0281416;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=112.379,138.531;QD=46.9273;RBI=0.0251299,0.028736;REFB=0,0;REVB=-0.00530563,-0.00581478;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0350332,0.000934869;OID=.,.;OPOS=133634450,133634450;OREF=AT,A;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:2,12:2,13:0.133333,0.866667:0,6:2,6:0:0:0,6:2,7:0:0 chr12 133660718 . A G,T 178.64 PASS AF=0.764706,0.176471;AO=12,3;DP=16;FAO=13,3;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9,2;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225202,0.00168383;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.208,136.048;QD=42.0324;RBI=0.0225212,0.0452491;REFB=0.0249246,-0.0451663;REVB=-0.000211487,0.0452177;RO=1;SAF=8,2;SAR=4,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0998765,0.266641;STB=0.555467,0.665547;STBP=0.281,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00626607,0.0716785;OID=.,.;OPOS=133660718,133660718;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:16:17:1:1:12,3:13,3:0.764706,0.176471:4,1:8,2:0:1:4,1:9,2:0:1 chr12 133781231 . GA G 792.22 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.4012;QD=45.2699;RBI=0.105694;REFB=0;REVB=0.0704864;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00272669;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:70:70:70:0:37:33:0:0:15:0:36:30:0:0 chr12 133781428 . A C 1416.84 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0316862;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.927;QD=55.0229;RBI=0.0316871;REFB=-0.172018;REVB=-0.000232315;RO=2;SAF=48;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000569493;STB=0.510298;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000706965;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:103:2:4:99:99:0.961165:51:48:1:1:51:48:3:1 chr12 133781605 . A G 902.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.965;QD=58.2267;RBI=0.0293582;REFB=0;REVB=0.0136516;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3511e-05;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr12 133795885 . G A 2838.81 PASS AF=0.970297;AO=190;DP=203;FAO=196;FDP=202;FR=.;FRO=6;FSAF=88;FSAR=108;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0454396;FXX=0.00980344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.012;QD=56.214;RBI=0.0464857;REFB=-0.145093;REVB=0.00980596;RO=3;SAF=84;SAR=106;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166994;STB=0.516482;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000999421;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:203:202:3:6:190:196:0.970297:106:84:3:0:108:88:6:0 chr12 133795960 . A G 1410.99 PASS AF=0.943396;AO=99;DP=105;FAO=100;FDP=106;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00450973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.927;QD=53.2448;RBI=0.004637;REFB=-0.0646283;REVB=0.00107895;RO=6;SAF=37;SAR=62;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145304;STB=0.507858;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00422014;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:106:6:6:99:100:0.943396:62:37:3:3:63:37:3:3 chr13 19600126 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.467;QD=62.0194;RBI=0.0303923;REFB=0;REVB=-0.00255029;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11737e-05;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr13 19600200 . C T 504.32 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367377;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.482;QD=59.3322;RBI=0.0800042;REFB=0;REVB=-0.0710705;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165004;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr13 19600475 . C A 1899.12 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0185001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4535;QD=60.7717;RBI=0.023661;REFB=-0.132804;REVB=0.014751;RO=1;SAF=74;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637774;STB=0.503355;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00119241;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:50:74:1:0:50:74:1:0 chr13 19761359 . T G 151.19 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00395322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.272;QD=12.0952;RBI=0.00645353;REFB=0.00274331;REVB=-0.00510099;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720787;STB=0.55101;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.005148;OID=.;OPOS=19761359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:8:9:19:13:8:9:20:13 chr13 19761398 . G A 109.19 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0248716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.236;QD=8.56408;RBI=0.0274824;REFB=-0.00949473;REVB=0.0116912;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278162;STB=0.669184;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0356224;OID=.;OPOS=19761398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:9:5:22:15:9:5:22:15 chr13 19761432 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=18;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0168836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.429;QD=10.6441;RBI=0.0261528;REFB=-0.0270091;REVB=0.0199729;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216102;STB=0.64985;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0383399;OID=.;OPOS=19761432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:18:20:0.344828:11:7:22:16:13:7:22:16 chr13 20000630 . T C 545.17 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.932;QD=57.3862;RBI=0.0232739;REFB=-0.0931966;REVB=0.0137209;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000491183;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr13 20038584 . A G 735.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.806;QD=62.5984;RBI=0.0256775;REFB=0;REVB=0.00884118;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10412e-05;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr13 20066994 . T C 58.08 PASS AF=0.104895;AO=15;DP=143;FAO=15;FDP=143;FR=.;FRO=128;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.0210824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.609;QD=1.62449;RBI=0.0230237;REFB=0.00236774;REVB=0.00925334;RO=127;SAF=4;SAR=11;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322397;STB=0.741141;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0310093;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:143:143:127:128:15:15:0.104895:11:4:68:59:11:4:69:59 chr13 20067011 . AGG A,AG,CGG 1233.98 PASS AF=0,0.902439,0.097561;AO=25,32,11;DP=123;FAO=0,111,12;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=0,58,2;FSAR=0,53,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.228316,-0.449534,-0.0596929;FXX=0.0314936;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,1;MLLD=13.3123,13.7475,172.11;QD=40.1293;RBI=0.474002,0.933913,0.0643681;REFB=-0.0465248,-0.0322561,-0.0462896;REVB=0.415391,0.818603,-0.0240834;RO=51;SAF=25,32,1;SAR=0,0,10;SRF=0;SRR=51;SSEN=0,0,0;SSEP=0.570681,0.570681,0;SSSB=0.899159,0.900579,0.65279;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0823199,0.0564957;OID=.,.,.;OPOS=20067012,20067012,20067011;OREF=GG,G,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AG,CGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:50:123:123:51:0:25,32,11:0,111,12:0,0.902439,0.097561:0,0,10:25,32,1:0:51:0,53,10:0,58,2:0:0 chr13 20277413 . T C 94.34 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0755116;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.937;QD=4.49258;RBI=0.0755117;REFB=-0.0104841;REVB=0.00010529;RO=67;SAF=7;SAR=9;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25372;STB=0.665025;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.050783;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:85:84:67:68:16:16:0.190476:9:7:43:24:9:7:44:24 chr13 20398669 . T C 432.73 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415455;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2411;QD=57.6979;RBI=0.0438213;REFB=0;REVB=0.0139384;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921144;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr13 20398742 . C T 427.72 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2836;QD=57.0288;RBI=0.0492527;REFB=0;REVB=0.0414384;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164483;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:10:17:0:0:13:17:0:0 chr13 20716533 . G T 374.56 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4826;QD=51.6628;RBI=0.181308;REFB=0;REVB=0.144086;RO=2;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0085477;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:29:2:0:25:29:1:14:11:0:2:18:11:0:0 chr13 21063524 . A G 121.4 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00740024;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.174;QD=12.4516;RBI=0.0460964;REFB=-0.0168998;REVB=-0.0454985;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592718;STB=0.545391;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0420548;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:6:8:15:9:6:8:16:9 chr13 21157165 . GAAAAAAATT GAAAAAAAAT,GAAAAAAT,GAAAAAATT,GAAATTAAAA 158.32 PASS AF=0,0,0.931034,0.0689655;AO=2,4,9,2;DP=38;FAO=0,0,27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,17,0;FSAR=0,0,10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.183251,0.0250299,0.209875,-0.00608605;FXX=0.17138;HRUN=8,7,7,7;LEN=1,2,1,6;MLLD=11.9066,8.93652,7.79496,218.019;QD=21.8375;RBI=0.201698,0.248514,0.247702,0.0661816;REFB=0.152632,0.268493,0.0811839,0.0794283;REVB=-0.0842675,-0.24725,-0.131562,-0.0659011;RO=9;SAF=0,3,8,0;SAR=2,1,1,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.602534,0.225088,0.419704,-0.602534;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,-0.256345,0.0162835,0.132007;OID=.,.,.,.;OPOS=21157173,21157172,21157166,21157169;OREF=T,AT,A,AAAATT;OALT=A,-,-,TTAAAA;OMAPALT=GAAAAAAAAT,GAAAAAAT,GAAAAAATT,GAAATTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.931034,0.0689655:2,4,9,2:38:0,0,27,2:29:0:0,0,17,0:0,0,10,2:0:0:11:9:0,3,8,0:2,1,1,2:5:4 chr13 21205192 . G A 988.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.147;QD=58.9899;RBI=0.0293061;REFB=0;REVB=0.0111532;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105253;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:32:35:0:0 chr13 21356650 . T A 3492.44 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182314;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.77;QD=62.365;RBI=0.0430546;REFB=-0.0438472;REVB=-0.043016;RO=0;SAF=116;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92123e-05;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:222:224:0:0:222:224:1:106:116:0:0:106:118:0:0 chr13 21562832 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.719;QD=57.2026;RBI=0.0237429;REFB=0;REVB=0.0230261;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141438;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr13 21620085 . T C 844.65 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00333676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.001;QD=54.4937;RBI=0.00952888;REFB=-0.102337;REVB=0.00892555;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314298;STB=0.516124;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000195282;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:62:2:2:59:60:0.967742:29:30:0:2:30:30:0:2 chr13 21732094 . C T 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.588;QD=55.4093;RBI=0.0140222;REFB=-0.0681876;REVB=-0.00737382;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.510201;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00019215;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:33:24:0:0:33:24:1:0 chr13 21735998 . T C 267.25 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0167455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.088;QD=18.4309;RBI=0.0275247;REFB=-0.0162843;REVB=0.0218448;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146761;STB=0.553468;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0145815;OID=.;OPOS=21735998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:29:28:29:0.5:18:10:14:13:18:11:14:15 chr13 21751528 . A AC,C 454.09 PASS AF=0.985507,0.0144928;AO=44,3;DP=71;FAO=68,1;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=43,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365895,-0.00116034;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,1;MLLD=8.65494,10.7931;QD=26.3242;RBI=0.121777,0.0151324;REFB=-0.00839031,-0.0177162;REVB=0.11615,0.0150879;RO=17;SAF=16,2;SAR=28,1;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0731639,0.458325;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000833309,0.0758241;OID=.,.;OPOS=21751529,21751528;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:69:17:0:44,3:68,1:0.985507,0.0144928:28,1:16,2:4:13:43,1:25,0:0:0 chr13 21752154 . G A 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.97;QD=64.135;RBI=0.023903;REFB=0;REVB=0.00959766;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89469e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr13 22113773 . GCCCCCCA GCCCCCAC 48.22 PASS AF=0.171429;AO=8;DP=71;FAO=12;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=56;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.169879;FXX=0.0277739;HRUN=6;LEN=2;MLLD=22.9533;QD=2.7555;RBI=0.185566;REFB=-0.0348852;REVB=-0.0746715;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26565;STB=0.70277;STBP=0.155;TYPE=mnp;VARB=0.0983333;OID=.;OPOS=22113779;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:8:71:12:70:56:9:3:29:27:40:30:5:3:12:18 chr13 22275394 . A G 1705.73 PASS AF=0.991453;AO=113;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.936;QD=58.3156;RBI=0.04121;REFB=-0.0268362;REVB=0.0308623;RO=3;SAF=61;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227762;STB=0.503936;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000257912;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:117:3:1:113:116:0.991453:52:61:3:0:53:63:1:0 chr13 22275583 . G A 1905.29 PASS AF=0.984127;AO=119;DP=125;FAO=124;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.926;QD=60.4853;RBI=0.0416279;REFB=0;REVB=-0.039721;RO=0;SAF=71;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104823;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:126:0:0:119:124:0.984127:48:71:0:0:51:73:0:0 chr13 23251016 . CTTTTG CTTTG,CTTTTT 150.91 PASS AF=0.62069,0;AO=17,2;DP=32;FAO=18,0;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12,0;FSAR=6,0;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0879155,-0.0250062;FXX=0;HRUN=4,3;LEN=1,1;MLLD=20.7121,36.806;QD=20.8147;RBI=0.0919787,0.0263295;REFB=-0.00422195,0.0120633;REVB=0.027036,0.00824194;RO=12;SAF=11,0;SAR=6,2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.289954,-0.481962;STB=0.650993,0.5;STBP=0.056,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00355496,0;OID=.,.;OPOS=23251017,23251021;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=CTTTG,CTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62069,0:17,2:32:18,0:29:11:12,0:6,0:3:8:74:12:11,0:6,2:3:9 chr13 23253313 . T A,C 941.02 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=3,63;DP=66;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,51;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102512,0.0320215;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.607,162.013;QD=57.0316;RBI=0.0706654,0.0616796;REFB=0,0;REVB=-0.0699179,0.0527162;RO=0;SAF=1,51;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.154722,0.00025544;OID=.,.;OPOS=23253313,23253313;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:66:66:0:0:3,63:1,65:0.0151515,0.984848:2,12:1,51:0:0:0,14:1,51:0:0 chr13 23824783 . T G 1766.74 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8809;QD=60.9221;RBI=0.0416321;REFB=0;REVB=0.0391147;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38443e-05;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:50:66:0:0:50:66:0:0 chr13 23898509 . T C 807.49 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0373677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8439;QD=21.6774;RBI=0.0373761;REFB=-0.0310842;REVB=-0.000790996;RO=72;SAF=40;SAR=37;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441217;STB=0.52422;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0361273;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:72:72:77:77:0.516779:37:40:41:31:37:40:41:31 chr13 23898664 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.389;QD=56.827;RBI=0.0243352;REFB=0.0882293;REVB=-0.00631034;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000295014;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:33:31:1:0:33:31:1:0 chr13 23907677 . C T 1840.78 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.501;QD=61.3593;RBI=0.0245958;REFB=0;REVB=-0.018698;RO=0;SAF=83;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.305e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:37:83:0:0:37:83:0:0 chr13 23908034 . A G 303.52 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.013776;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.366;QD=14.4534;RBI=0.0193769;REFB=0.00454145;REVB=0.0136266;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627826;STB=0.535693;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00730382;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:50:34:34:0.404762:13:21:28:22:13:21:28:22 chr13 23911748 . C T 272.26 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00212894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.493;QD=17.2865;RBI=0.00552469;REFB=-0.00745541;REVB=-0.00509803;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314135;STB=0.517635;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0124055;OID=.;OPOS=23911748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:20:10:12:21:20:10:12:21 chr13 23913827 . G A 194.11 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0120939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.364;QD=16.8794;RBI=0.0383577;REFB=0.00103817;REVB=-0.0364012;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145177;STB=0.571358;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00184242;OID=.;OPOS=23913827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:9:11:10:15:9:11:11:15 chr13 23929842 . T C 314.99 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0154213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.972;QD=19.9991;RBI=0.0321248;REFB=0.00694557;REVB=0.0281813;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152352;STB=0.584477;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00623348;OID=.;OPOS=23929842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:15:18:11:19:15:18:11:19 chr13 23985391 . T C 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0215093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.41;QD=12.8067;RBI=0.0244156;REFB=-0.0069824;REVB=0.011553;RO=45;SAF=9;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201341;STB=0.617676;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.012353;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:47:29:29:0.381579:20:9:22:23:20:9:23:24 chr13 24234517 . A G 482.0 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0216177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.45;QD=20.5106;RBI=0.022057;REFB=-0.0141445;REVB=-0.00437997;RO=47;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578463;STB=0.532046;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0132555;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:26:21:24:23:26:21:24:23 chr13 24243200 . T C 654.84 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424135;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.66;QD=62.3661;RBI=0.00424892;REFB=0;REVB=-0.000253412;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05965e-05;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr13 24243204 . G A 314.12 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0663465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2263;QD=30.6455;RBI=0.0663524;REFB=0.00152054;REVB=-0.000883835;RO=14;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791966;STB=0.504345;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0016564;OID=.;OPOS=24243204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:8:19:10:4:8:19:10:4 chr13 24411772 . T C 1610.63 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122413;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.478;QD=60.2106;RBI=0.044761;REFB=0;REVB=0.0430546;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77121e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:105:107:1:55:50:0:0:57:50:0:0 chr13 24465717 . A G 170.63 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0190872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5097;QD=10.8335;RBI=0.0227044;REFB=-0.0159238;REVB=-0.012295;RO=40;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384237;STB=0.715099;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0310069;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:7:15:13:27:7:15:14:27 chr13 24465743 . A G 771.62 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.942;QD=62.9892;RBI=0.00849412;REFB=0;REVB=-0.00381842;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520427;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr13 24468704 . G A 575.79 PASS AF=0.389535;AO=67;DP=172;FAO=67;FDP=172;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.0563195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3995;QD=13.3905;RBI=0.105015;REFB=0.00981854;REVB=0.0886361;RO=104;SAF=32;SAR=35;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448607;STB=0.528179;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0126362;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:104:105:67:67:0.389535:35:32:54:50:35:32:55:50 chr13 24471039 . T G 360.19 PASS AF=0.226721;AO=56;DP=247;FAO=56;FDP=247;FR=.;FRO=191;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=65;FSRR=126;FWDB=-0.00023825;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.721;QD=5.83295;RBI=0.0230382;REFB=0.000857021;REVB=-0.0230369;RO=189;SAF=29;SAR=27;SRF=65;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221743;STB=0.636084;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00372783;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:189:191:56:56:0.226721:27:29:65:124:27:29:65:126 chr13 24471048 . C T 420.03 PASS AF=0.252033;AO=62;DP=243;FAO=62;FDP=246;FR=.;FRO=184;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=66;FSRR=118;FWDB=-0.00219811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.252;QD=6.82974;RBI=0.0162435;REFB=-0.010227;REVB=-0.0160941;RO=180;SAF=35;SAR=27;SRF=66;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243892;STB=0.650428;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0125732;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:246:180:184:62:62:0.252033:27:35:66:114:27:35:66:118 chr13 24876752 . T C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.636;QD=59.8312;RBI=0.0516873;REFB=0;REVB=-0.0363475;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26885e-06;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr13 24895559 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9383;QD=53.9104;RBI=0.0635799;REFB=0;REVB=0.0632333;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141827;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr13 24895682 . A AG 739.18 PASS AF=1;AO=7;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0706;QD=42.8509;RBI=0.0507206;REFB=0;REVB=-0.029426;RO=62;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500525;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000458883;OID=.;OPOS=24895683;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:69:69:69:0:31:38:0:0:14:62:6:1:25:37 chr13 24895684 . A G 841.04 PASS AF=0.887324;AO=63;DP=71;FAO=63;FDP=71;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0407022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6872;QD=47.3824;RBI=0.0408986;REFB=-0.0369377;REVB=0.0040027;RO=8;SAF=26;SAR=37;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726563;STB=0.538659;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00345507;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:8:8:63:63:0.887324:37:26:6:2:37:26:6:2 chr13 25000617 . C G 767.16 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.522;QD=56.8268;RBI=0.0302615;REFB=0;REVB=-0.0219718;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203241;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:22:30:0:0:22:32:0:0 chr13 25008588 . A G 1685.05 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.937;QD=60.1802;RBI=0.0108322;REFB=0;REVB=-0.00547728;RO=0;SAF=72;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231914;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:38:72:0:0:39:73:0:0 chr13 25008630 . A G 2004.61 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.962;QD=62.1584;RBI=0.0486781;REFB=0;REVB=0.0484284;RO=1;SAF=84;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73185e-05;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:1:0:127:129:1:43:84:0:1:45:84:0:0 chr13 25008903 . G T 366.87 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0543032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.24;QD=47.3374;RBI=0.069196;REFB=-0.0716568;REVB=0.0428864;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00546837;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:2:3:28:28:0.903226:14:14:1:1:14:14:2:1 chr13 25009099 . A C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8202;QD=63.5806;RBI=0.0565979;REFB=0;REVB=-0.0565714;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548306;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr13 25009297 . G T 834.84 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0296436;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.3464;QD=49.1079;RBI=0.0506501;REFB=-0.156738;REVB=-0.0410693;RO=3;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514105;STB=0.507286;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.006281;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:68:68:3:6:62:62:0.911765:26:36:0:3:26:36:3:3 chr13 25009441 . C G 1261.35 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391989;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.675;QD=60.0642;RBI=0.0420353;REFB=-0.0456007;REVB=0.0151796;RO=1;SAF=53;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885259;STB=0.504586;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00188591;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:82:83:0.988095:29:53:1:0:29:54:1:0 chr13 25009485 . C G 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0770744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3392;QD=54.8818;RBI=0.0912351;REFB=-0.124536;REVB=0.0488199;RO=1;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269107;STB=0.51428;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00310627;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:17:37:0:1:17:37:0:1 chr13 25016008 . C T 1393.28 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176177;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.086;QD=61.9237;RBI=0.0199342;REFB=0;REVB=0.00932672;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195324;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:85:90:1:39:46:0:0:44:46:0:0 chr13 25016092 . C T 804.9 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8979;QD=64.3919;RBI=0.0242606;REFB=0;REVB=0.016316;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95093e-05;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr13 25016762 . G A 43.31 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.0146592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.03;QD=1.90375;RBI=0.01988;REFB=-0.00737738;REVB=-0.0134283;RO=80;SAF=5;SAR=5;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120559;STB=0.593226;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0385988;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:80:81:10:10:0.10989:5:5:48:32:5:5:49:32 chr13 25020863 . G A 557.58 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.57;QD=60.279;RBI=0.0306454;REFB=0;REVB=0.0057232;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70652e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr13 25021200 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.27;QD=52.6132;RBI=0.0209951;REFB=0;REVB=0.00396503;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6144e-05;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr13 25021211 . C T 237.76 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0257823;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.74;QD=41.3496;RBI=0.0396134;REFB=-0.00755891;REVB=0.0300748;RO=3;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282854;STB=0.515403;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00174427;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:23:3:3:20:20:0.869565:11:9:1:2:11:9:1:2 chr13 25021245 . A G 312.02 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0201622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7873;QD=43.0366;RBI=0.0206133;REFB=-0.0880879;REVB=-0.00428889;RO=4;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401477;STB=0.521722;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0130397;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:4:4:25:25:0.862069:15:10:1:3:15:10:1:3 chr13 25027744 . A G 1402.94 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064423;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.69;QD=63.0537;RBI=0.036854;REFB=0;REVB=-0.0362866;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168455;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr13 25029218 . C T 1320.32 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2415;QD=62.1329;RBI=0.0350549;REFB=0;REVB=-0.0346312;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213714;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr13 25356053 . T C 1195.1 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0015549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.515;QD=59.755;RBI=0.0132408;REFB=-0.162212;REVB=0.0131492;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.505262;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000814387;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:32:47:0:0:32:47:1:0 chr13 25367301 . C T 165.82 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0206327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6625;QD=11.6364;RBI=0.0290197;REFB=-0.0182456;REVB=-0.0204067;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241887;STB=0.638181;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.04208;OID=.;OPOS=25367301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:9:12:28:8:9:12:28:8 chr13 25367324 . TC AT 306.32 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00486586;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.384;QD=22.6903;RBI=0.0621992;REFB=-0.0203208;REVB=-0.0620086;RO=23;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12175;STB=0.571936;STBP=0.242;TYPE=mnp;VARB=0.0198007;OID=.;OPOS=25367324;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:30:31:0.574074:10:20:12:11:10:21:12:11 chr13 25419176 . A G 1189.52 PASS AF=0.975904;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0173603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.944;QD=57.3263;RBI=0.0295924;REFB=-0.149988;REVB=0.0239652;RO=3;SAF=34;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399503;STB=0.513885;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00146368;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:82:83:3:2:79:81:0.975904:45:34:3:0:46:35:2:0 chr13 25424583 . T C 304.24 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0207384;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.109;QD=14.6623;RBI=0.0230491;REFB=-0.0119598;REVB=0.0100589;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030421;STB=0.52339;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0148685;OID=.;OPOS=25424583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:18:16:24:24:18:16:25:24 chr13 25453420 . A G 186.16 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0344985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.308;QD=12.4108;RBI=0.0368384;REFB=-0.0161404;REVB=-0.0129196;RO=37;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035502;STB=0.520487;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0221779;OID=.;OPOS=25453420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:15:8:14:23:15:8:14:23 chr13 25460428 . A G 919.14 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00668869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.828;QD=54.0669;RBI=0.0212185;REFB=-0.0675179;REVB=0.0201366;RO=0;SAF=55;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571405;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000457153;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:68:0:3:64:65:0.955882:9:55:0:0:9:56:0:3 chr13 25466955 . T C 243.77 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00230776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.055;QD=10.7152;RBI=0.0328743;REFB=-0.0136451;REVB=-0.0327932;RO=61;SAF=22;SAR=8;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127696;STB=0.57486;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0263303;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:61:61:30:30:0.32967:8:22:39:22:8:22:39:22 chr13 25480145 . G A 90.99 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00512638;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7557;QD=15.824;RBI=0.0256235;REFB=-0.0199262;REVB=0.0251054;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411341;STB=0.74263;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.030481;OID=.;OPOS=25480145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:5:7:2:9:5:7 chr13 25487103 . T A 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0155304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.846;QD=14.2149;RBI=0.0156217;REFB=-0.00582956;REVB=-0.00168639;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152368;STB=0.580057;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0057354;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:43:30:30:0.410959:12:18:19:23:12:18:20:23 chr13 25671080 . A G 35.49 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0192779;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.979;QD=1.89304;RBI=0.0274496;REFB=-0.0057615;REVB=-0.0195408;RO=67;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392551;STB=0.791774;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0223613;OID=.;OPOS=25671080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:2:6:27:40:2:6:27:40 chr13 25671089 . G T 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0414667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.876;QD=2.19436;RBI=0.0495301;REFB=-0.00636735;REVB=0.0270878;RO=61;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422735;STB=0.804681;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0243649;OID=.;OPOS=25671089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:2:6:23:38:2:6:23:38 chr13 25671097 . A AT 52.83 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00476703;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=147.787;QD=3.15386;RBI=0.0477882;REFB=-0.00123558;REVB=-0.0475499;RO=57;SAF=7;SAR=3;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373188;STB=0.753069;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.00506462;OID=.;OPOS=25671098;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.149254:10:67:10:67:57:7:3:22:35:52:57:7:3:22:35 chr13 25671122 . C T 52.69 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00845742;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.182;QD=3.76378;RBI=0.0543313;REFB=0.00468446;REVB=-0.053669;RO=43;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41111;STB=0.800886;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0493401;OID=.;OPOS=25671122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:54:56:43:47:9:9:0.160714:2:7:19:24:2:7:19:28 chr13 25671143 . A G 40.99 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=51;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0720784;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.7694;QD=2.7787;RBI=0.118203;REFB=-0.000169355;REVB=-0.0936834;RO=36;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480713;STB=0.856124;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00083783;OID=.;OPOS=25671143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:59:59:36:51:7:7:0.118644:1:6:17:19:1:6:23:28 chr13 25671195 . A G 80.98 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00795689;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.076;QD=3.40963;RBI=0.0472982;REFB=-0.0121866;REVB=-0.0466241;RO=81;SAF=3;SAR=12;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363291;STB=0.751934;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0591737;OID=.;OPOS=25671195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:95:81:80:15:15:0.157895:12:3:38:43:12:3:38:42 chr13 25671200 . C T 95.37 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0100111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.919;QD=3.73997;RBI=0.0287233;REFB=-0.00326356;REVB=-0.0269222;RO=85;SAF=4;SAR=13;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340869;STB=0.727214;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0149592;OID=.;OPOS=25671200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:85:85:17:17:0.166667:13:4:42:43:13:4:42:43 chr13 25671206 . A G 126.34 PASS AF=0.193277;AO=22;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.00319177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.808;QD=4.24673;RBI=0.0122172;REFB=-0.0031769;REVB=0.0117929;RO=96;SAF=7;SAR=15;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235756;STB=0.662506;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0097617;OID=.;OPOS=25671206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:96:96:22:23:0.193277:15:7:48:48:16:7:48:48 chr13 25671210 . C T 131.13 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=118;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0150836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.119;QD=4.40762;RBI=0.0348823;REFB=0.00266523;REVB=-0.0314525;RO=93;SAF=7;SAR=16;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235693;STB=0.647196;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0189388;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:93:96:23:23:0.193277:16:7:45:48:16:7:46:50 chr13 25671214 . T G 127.89 PASS AF=0.186992;AO=22;DP=121;FAO=23;FDP=123;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.00314514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9122;QD=4.15914;RBI=0.0171314;REFB=-0.00924418;REVB=-0.0168403;RO=99;SAF=7;SAR=15;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193669;STB=0.633661;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0393423;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:99:100:22:23:0.186992:15:7:46:53:16:7:46:54 chr13 25671271 . A G 366.31 PASS AF=0.232653;AO=56;DP=243;FAO=57;FDP=245;FR=.;FRO=188;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=103;FSRR=85;FWDB=-0.00287622;FXX=0.00809684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.021;QD=5.9805;RBI=0.0147348;REFB=-0.00721841;REVB=-0.0144514;RO=187;SAF=21;SAR=35;SRF=102;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215933;STB=0.637211;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0285889;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:245:187:188:56:57:0.232653:35:21:102:85:36:21:103:85 chr13 25671274 . C T 400.26 PASS AF=0.243902;AO=57;DP=247;FAO=60;FDP=246;FR=.;FRO=186;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=102;FSRR=84;FWDB=-0.00333728;FXX=0.0159994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.131;QD=6.50828;RBI=0.0151854;REFB=0.000870131;REVB=-0.0148141;RO=185;SAF=21;SAR=36;SRF=102;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230828;STB=0.611614;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00536667;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:185:186:57:60:0.243902:36:21:102:83:36:24:102:84 chr13 25671292 . C T 442.46 PASS AF=0.232877;AO=68;DP=292;FAO=68;FDP=292;FR=.;FRO=224;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=126;FSRR=98;FWDB=-0.0303598;FXX=0.0101691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.727;QD=6.06107;RBI=0.0645778;REFB=-0.00784759;REVB=-0.0569963;RO=222;SAF=29;SAR=39;SRF=125;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172226;STB=0.603384;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0386334;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:222:224:68:68:0.232877:39:29:125:97:39:29:126:98 chr13 25671310 . TTATGA T 214.93 PASS AF=0.214511;AO=61;DP=320;FAO=68;FDP=317;FR=.;FRO=249;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=141;FSRR=108;FWDB=-0.00312537;FXX=0.0124607;HRUN=2;LEN=5;MLLD=310.692;QD=2.71211;RBI=0.00767818;REFB=-0.011805;REVB=-0.00701331;RO=246;SAF=24;SAR=37;SRF=139;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219215;STB=0.608616;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.0382576;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214511:61:320:68:317:249:29:39:141:108:99:246:24:37:139:107 chr13 25671320 . A G 357.95 PASS AF=0.195122;AO=63;DP=327;FAO=64;FDP=328;FR=.;FRO=264;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=148;FSRR=116;FWDB=0.0115484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8036;QD=4.36522;RBI=0.0568645;REFB=-0.0256424;REVB=-0.0556795;RO=262;SAF=25;SAR=38;SRF=148;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21508;STB=0.635149;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.11373;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:328:262:264:63:64:0.195122:38:25:148:114:39:25:148:116 chr13 25671332 . CA C 169.73 PASS AF=0.203647;AO=67;DP=335;FAO=67;FDP=329;FR=.;FRO=262;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=145;FSRR=117;FWDB=0.0546622;FXX=0.0208327;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.5965;QD=2.06353;RBI=0.0798234;REFB=0.0131856;REVB=-0.0581706;RO=242;SAF=28;SAR=39;SRF=131;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157609;STB=0.606986;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=-0.0344676;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203647:67:335:67:329:262:28:39:145:117:99:242:28:39:131:111 chr13 25671369 . G T 367.63 PASS AF=0.192308;AO=65;DP=341;FAO=65;FDP=338;FR=.;FRO=273;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=151;FSRR=122;FWDB=-0.0311279;FXX=0.0116956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4885;QD=4.3507;RBI=0.0334855;REFB=-0.00567605;REVB=-0.0123424;RO=270;SAF=27;SAR=38;SRF=150;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179935;STB=0.610215;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0207689;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:338:270:273:65:65:0.192308:38:27:150:120:38:27:151:122 chr13 25671398 . C T 204.04 PASS AF=0.145215;AO=44;DP=301;FAO=44;FDP=303;FR=.;FRO=259;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=146;FSRR=113;FWDB=-0.011611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.619;QD=2.69363;RBI=0.0153279;REFB=-0.0031171;REVB=-0.0100065;RO=256;SAF=18;SAR=26;SRF=144;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195237;STB=0.630152;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0175713;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:303:256:259:44:44:0.145215:26:18:144:112:26:18:146:113 chr13 25671429 . G T 64.12 PASS AF=0.0867769;AO=21;DP=246;FAO=21;FDP=242;FR=.;FRO=221;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=118;FSRR=103;FWDB=-0.00129574;FXX=0.0202421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.288;QD=1.05977;RBI=0.00996898;REFB=0.000790553;REVB=-0.00988441;RO=220;SAF=7;SAR=14;SRF=118;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235744;STB=0.681029;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00736506;OID=.;OPOS=25671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:246:242:220:221:21:21:0.0867769:14:7:118:102:14:7:118:103 chr13 25802676 . A G 207.45 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.052386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.073;QD=17.2873;RBI=0.0582417;REFB=-0.0186816;REVB=0.0254518;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495945;STB=0.550849;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0118631;OID=.;OPOS=25802676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:20:21:0.4375:11:9:13:13:12:9:14:13 chr13 25825889 . T C 1442.15 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0491692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0339;QD=58.8634;RBI=0.0492143;REFB=-0.168503;REVB=-0.00210641;RO=4;SAF=40;SAR=54;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013909;STB=0.507342;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00432834;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:98:98:4:4:94:94:0.959184:54:40:1:3:54:40:1:3 chr13 25831888 . T C 1936.7 PASS AF=0.977099;AO=126;DP=130;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0137516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9182;QD=59.136;RBI=0.0370462;REFB=-0.10099;REVB=-0.0343994;RO=3;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293608;STB=0.515461;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00476984;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:131:3:3:126:128:0.977099:47:79:0:3:47:81:0:3 chr13 25876011 . G A 1786.07 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.963;QD=61.0622;RBI=0.102634;REFB=0;REVB=0.0133484;RO=0;SAF=31;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16534e-05;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:83:31:0:0:84:33:0:0 chr13 26273385 . G C 2027.01 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1719;QD=62.3695;RBI=0.0414626;REFB=0;REVB=-0.0395537;RO=0;SAF=72;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123363;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:128:130:1:56:72:0:0:58:72:0:0 chr13 26273403 . C A 568.94 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.000156696;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.443;QD=17.1109;RBI=0.0278436;REFB=-0.0062339;REVB=0.0278432;RO=73;SAF=35;SAR=25;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103175;STB=0.557503;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00791299;OID=.;OPOS=26273403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:73:73:60:60:0.451128:25:35:35:38:25:35:35:38 chr13 26518801 . C T 283.68 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0136966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.274;QD=23.1576;RBI=0.0224472;REFB=-0.0319606;REVB=0.0177842;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597796;STB=0.533308;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0212627;OID=.;OPOS=26518801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:14:9:12:14:14:9 chr13 26620777 . G A 1457.9 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491558;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.932;QD=63.3868;RBI=0.00654332;REFB=0;REVB=0.00431881;RO=0;SAF=64;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47733e-05;OID=.;OPOS=26620777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:28:64:0:0:28:64:0:0 chr13 26620924 . G A 1552.41 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.396;QD=63.3639;RBI=0.0632582;REFB=0;REVB=0.0555639;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135457;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:49:45:0:0:51:47:0:0 chr13 26620978 . G T 1605.23 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6377;QD=64.2093;RBI=0.0778448;REFB=0;REVB=0.0487833;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666861;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:55:44:0:0:55:45:0:0 chr13 27250823 . T C 380.17 PASS AF=0.414141;AO=40;DP=100;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0349108;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.755;QD=15.3604;RBI=0.0349486;REFB=0.0220463;REVB=0.00162351;RO=58;SAF=26;SAR=14;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138001;STB=0.513301;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0236373;OID=.;OPOS=27250823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:58:58:40:41:0.414141:14:26:37:21:14:27:37:21 chr13 27257004 . C T 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0138049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.201;QD=16.5335;RBI=0.0510588;REFB=-0.0055682;REVB=0.0491571;RO=23;SAF=16;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416159;STB=0.745427;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00690378;OID=.;OPOS=27257004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:2:16:14:9:2:16:14:9 chr13 28009851 . G A 314.99 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0195722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3012;QD=19.6867;RBI=0.0213583;REFB=-0.00197092;REVB=-0.00855025;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189709;STB=0.608223;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00176803;OID=.;OPOS=28009851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:31:33:33:0.515625:17:16:20:8:17:16:22:9 chr13 28009920 . G C 297.49 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0234958;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5194;QD=18.0298;RBI=0.0255592;REFB=-0.0119627;REVB=-0.0100609;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11324;STB=0.564136;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00864349;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:34:32:32:0.484848:19:13:17:15:19:13:18:16 chr13 28537242 . A C 221.61 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0480387;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8106;QD=18.0904;RBI=0.153182;REFB=-0.0352349;REVB=-0.145454;RO=27;SAF=18;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355184;STB=0.685524;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0598428;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:4:18:14:13:4:18:15:12 chr13 28537317 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0315929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.906;QD=12.7369;RBI=0.0326261;REFB=-0.0221843;REVB=0.00814564;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175516;STB=0.603524;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0293772;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:15:13:5:11:15:13 chr13 28610183 . A G 927.3 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.924;QD=57.9565;RBI=0.0197306;REFB=0;REVB=-0.0123871;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50246e-06;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr13 28624294 . G A 1543.57 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112836;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.161;QD=59.9444;RBI=0.0141265;REFB=0;REVB=-0.00849922;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42598e-05;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr13 28636084 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.336;QD=59.5016;RBI=0.0278443;REFB=0;REVB=0.0186872;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89292e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr13 28835527 . T TC 2244.36 PASS AF=0.993421;AO=142;DP=157;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223178;FXX=0.0193536;HRUN=0;LEN=1;MLLD=260.137;QD=59.062;RBI=0.0249675;REFB=-0.0404773;REVB=-0.0111935;RO=8;SAF=84;SAR=58;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350596;STB=0.50289;STBP=0.493;TYPE=ins;VARB=0.000162883;OID=.;OPOS=28835528;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.993421:142:157:151:152:1:86:65:1:0:8:8:84:58:5:3 chr13 28883061 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.921;QD=60.2306;RBI=0.0175013;REFB=0;REVB=0.0174555;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21199e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr13 28970917 . C T 175.53 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8063;QD=46.8082;RBI=0.0543724;REFB=0;REVB=0.0220985;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109479;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr13 29274977 . T TA 111.37 PASS AF=0.4375;AO=24;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0579369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.2596;QD=6.96039;RBI=0.0846218;REFB=-0.0325121;REVB=-0.061678;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487319;STB=0.502425;STBP=0.982;TYPE=ins;VARB=0.00253288;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:24:65:28:64:36:10:18:13:23:99:35:10:14:13:22 chr13 29275102 . T C 619.09 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270456;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.37;QD=61.9088;RBI=0.0471001;REFB=0;REVB=-0.0385611;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024661;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr13 29275129 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0144128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2146;QD=12.7912;RBI=0.0180457;REFB=-0.0397161;REVB=-0.0108591;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107662;STB=0.50632;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0189791;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:8:15:9:5:8:15 chr13 29898768 . A C 531.58 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130639;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.355;QD=57.4682;RBI=0.0431338;REFB=-0.141725;REVB=0.0411079;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00211525;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:37:0:1:35:36:0.972973:15:20:0:0:15:21:1:0 chr13 30084173 . G A 1514.22 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238349;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.12;QD=63.7565;RBI=0.0239252;REFB=0;REVB=-0.00207672;RO=0;SAF=65;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14947e-06;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:30:65:0:0:30:65:0:0 chr13 30087778 . T A 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.404;QD=62.6656;RBI=0.00922511;REFB=0;REVB=0.00774726;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62842e-05;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr13 30091714 . G A 2071.47 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.31;QD=62.3;RBI=0.0198431;REFB=0;REVB=0.0198075;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79882e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:63:69:0:0:64:69:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 3044.45 PASS AF=0.964646,0,0.0353535;AO=41,34,115;DP=198;FAO=191,0,7;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=92,0,4;FSAR=99,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147334,0.0567429,0.0248056;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=179.055,173.975,167.152;QD=61.504;RBI=0.169168,0.104154,0.101276;REFB=0,0,0;REVB=-0.0831288,-0.0873399,-0.0981908;RO=0;SAF=39,33,23;SAR=2,1,92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.06652e-08,4.75711e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000799347,0.00246929,-0.00421791;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.964646,0,0.0353535:41,34,115:198:191,0,7:198:0:92,0,4:99,0,3:0:0:9:0:39,33,23:2,1,92:0:0 chr13 30107067 . G C 528.68 PASS AF=0.44186;AO=58;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0217162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.027;QD=16.3933;RBI=0.0217355;REFB=-0.00821345;REVB=0.000914137;RO=67;SAF=31;SAR=27;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691793;STB=0.522441;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00909188;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:72:58:57:0.44186:27:31:31:36:27:30:35:37 chr13 30340910 . A G 568.47 PASS AF=0.535354;AO=51;DP=98;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00745279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.232;QD=22.9685;RBI=0.0112282;REFB=-0.00312485;REVB=0.00839808;RO=46;SAF=25;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665439;STB=0.544711;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00331705;OID=.;OPOS=30340910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:46:46:51:53:0.535354:26:25:19:27:26:27:19:27 chr13 30438728 . G A 194.55 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0161739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8005;QD=26.835;RBI=0.0416212;REFB=0.0212472;REVB=-0.0383501;RO=10;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928171;STB=0.557459;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0200168;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:10:10:18:19:0.655172:13:5:4:6:14:5:4:6 chr13 31036681 . A G 841.65 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190037;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.461;QD=58.0446;RBI=0.0195292;REFB=0;REVB=-0.00450022;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13206e-05;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:29:29:0:0 chr13 31231806 . T C 435.16 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.01441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7372;QD=18.5176;RBI=0.0258018;REFB=0.00150712;REVB=0.021403;RO=49;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311508;STB=0.512095;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00186966;OID=.;OPOS=31231806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:21:23:24:25:21:23:25:25 chr13 31233063 . G A 266.09 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00997778;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.767;QD=26.6094;RBI=0.0287874;REFB=-0.00869816;REVB=-0.027003;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182494;STB=0.60118;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000792093;OID=.;OPOS=31233063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:16:24:24:0.6:15:9:10:6:15:9:10:6 chr13 31287978 . G GGTGT 430.68 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=70;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0131939;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=177.663;QD=28.7122;RBI=0.0328547;REFB=-0.113186;REVB=0.0300891;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415942;STB=0.542066;STBP=0.376;TYPE=ins;VARB=0.0537955;OID=.;OPOS=31287979;OREF=-;OALT=GTGT;OMAPALT=GGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:35:70:40:60:20:17:23:11:9:99:32:17:18:14:18 chr13 31480827 . A G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.714;QD=33.4223;RBI=0.0317971;REFB=0;REVB=-0.00338614;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768095;OID=.;OPOS=31480827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr13 31531009 . G A 451.02 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0121239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8612;QD=17.1817;RBI=0.0326153;REFB=-0.0322611;REVB=0.0302782;RO=53;SAF=25;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018366;STB=0.514957;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0374687;OID=.;OPOS=31531009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:53:56:49:49:0.466667:24:25:26:27:24:25:27:29 chr13 31728703 . T C 189.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0207664;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.046;QD=14.3158;RBI=0.0352136;REFB=-0.0264263;REVB=0.0284386;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904587;STB=0.540034;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0225911;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:31:22:22:0.415094:10:12:19:11:10:12:19:12 chr13 31821240 . C T 1363.14 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0591232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7165;QD=61.2645;RBI=0.0594431;REFB=-0.0547887;REVB=-0.00615856;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119943;STB=0.506171;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000915198;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:48:39:1:0:48:40:1:0 chr13 31821992 . T C 1091.1 PASS AF=0.95;AO=74;DP=78;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0215597;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.636;QD=54.5552;RBI=0.047604;REFB=-0.0642779;REVB=0.0424419;RO=4;SAF=42;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180496;STB=0.508793;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0011862;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:80:4:4:74:76:0.95:32:42:3:1:32:44:3:1 chr13 31891746 . G A 511.79 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0367204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.25;QD=24.0841;RBI=0.0417555;REFB=-0.0263944;REVB=0.019878;RO=37;SAF=18;SAR=30;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255359;STB=0.514013;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0181801;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:30:18:15:22:30:18:15:22 chr13 31905557 . C T 1126.75 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.014;QD=55.6418;RBI=0.254514;REFB=0;REVB=0.131872;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0299042;OID=.;OPOS=31905557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:45:33:0:0:45:36:0:0 chr13 32360547 . A G 576.36 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00769899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.133;QD=24.0148;RBI=0.0107283;REFB=-0.000713717;REVB=-0.00747145;RO=42;SAF=19;SAR=34;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138394;STB=0.581876;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000812197;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:43:53:53:0.552083:34:19:22:20:34:19:23:20 chr13 32360583 . A G 386.54 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0158263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.903;QD=18.1899;RBI=0.0181519;REFB=-0.0114139;REVB=0.00888925;RO=45;SAF=11;SAR=29;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264594;STB=0.648484;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0113319;OID=.;OPOS=32360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:29:11:24:21:29:11:24:21 chr13 32367137 . T A 30.62 PASS AF=0.0941176;AO=6;DP=81;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.000717761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.434;QD=1.44096;RBI=0.0266814;REFB=-0.00445138;REVB=-0.0266717;RO=73;SAF=6;SAR=0;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634772;STB=0.904127;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0631206;OID=.;OPOS=32367137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:81:85:73:77:6:8:0.0941176:0:6:25:48:1:7:29:48 chr13 32371361 . A G 1285.43 PASS AF=0.539474;AO=123;DP=228;FAO=123;FDP=228;FR=.;FRO=105;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.00800381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.504;QD=22.5513;RBI=0.0110197;REFB=-0.0151764;REVB=0.0075745;RO=103;SAF=66;SAR=57;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103416;STB=0.501505;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0141011;OID=.;OPOS=32371361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:103:105:123:123:0.539474:57:66:54:49:57:66:56:49 chr13 32376718 . A G 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0413637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3593;QD=13.4945;RBI=0.0413644;REFB=0.00121999;REVB=-0.000245566;RO=44;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10636;STB=0.560814;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00124541;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:18:11:21:23:18:11:21:23 chr13 32832149 . T C 343.89 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0011989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.523;QD=16.3756;RBI=0.0680257;REFB=-0.0110346;REVB=0.0680152;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340766;STB=0.51918;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0121435;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:24:13:18:29:24:13:18:29 chr13 32885654 . T C 377.79 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127924;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.245;QD=55.9683;RBI=0.128084;REFB=0;REVB=-0.00641015;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086106;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr13 32885658 . G A 252.17 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0255837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.707;QD=34.7815;RBI=0.0361023;REFB=-0.00855481;REVB=-0.0254726;RO=7;SAF=15;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547568;STB=0.530007;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0021607;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:7:15:4:3:7:15:4:3 chr13 32911888 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0214916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.384;QD=16.1153;RBI=0.0217858;REFB=-0.00558284;REVB=-0.00356798;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319525;STB=0.678821;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00941289;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:6:23:11:13:6:23 chr13 32912299 . T C 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0194126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4529;QD=18.913;RBI=0.0372772;REFB=0.0149861;REVB=0.0318236;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10815;STB=0.560345;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.027622;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:13:16:12:16:13:16:12:16 chr13 32913055 . A G 1625.08 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0339188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6747;QD=58.5615;RBI=0.0348434;REFB=-0.0695522;REVB=-0.00797324;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000998923;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:108:110:0.990991:53:55:0:0:53:57:0:1 chr13 32915005 . G C 1044.19 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000695256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8165;QD=59.6678;RBI=0.0213015;REFB=0;REVB=-0.0212902;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169448;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr13 32929232 . A G 192.35 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0395419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4976;QD=13.7392;RBI=0.0697694;REFB=-0.0141783;REVB=0.0574822;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26544;STB=0.650862;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0247067;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:10:23:10:13:10:23 chr13 32929387 . T C 152.37 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0328532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8342;QD=40.6307;RBI=0.0437215;REFB=-0.11404;REVB=0.0288484;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533286;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0147144;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:7:7:0:0:7:7:0:1 chr13 32976608 . A G 1150.39 PASS AF=0.513393;AO=88;DP=224;FAO=115;FDP=224;FR=.;FRO=109;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=0.0844322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6658;QD=20.5427;RBI=0.0847002;REFB=-0.00169896;REVB=0.00673301;RO=95;SAF=58;SAR=30;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426322;STB=0.542173;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00248394;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:95:109:88:115:0.513393:30:58:63:32:52:63:69:40 chr13 32976640 . TTTG T,TAAA,TTTC 264.08 PASS AF=0.306931,0.049505,0;AO=30,4,8;DP=112;FAO=31,5,0;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=9,0,0;FSAR=22,5,0;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0162825,-0.0181856,0.0160043;FXX=0.0380916;HRUN=3,3,1;LEN=3,3,1;MLLD=202.491,221.847,47.5411;QD=10.4584;RBI=0.0167387,0.0185193,0.0203281;REFB=0.00124784,0.000884961,0.00488215;REVB=-0.00388124,0.00349991,-0.0125337;RO=68;SAF=9,0,0;SAR=21,4,8;SRF=42;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.369947,-0.540611,-0.677214;STB=0.709542,0.998233,0.5;STBP=0.006,0.008,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00393238,0.102031,0;OID=.,.,.;OPOS=32976641,32976641,32976643;OREF=TTG,TTG,G;OALT=-,AAA,C;OMAPALT=T,TAAA,TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306931,0.049505,0:30,4,8:112:31,5,0:101:65:9,0,0:22,5,0:39:26:99:68:9,0,0:21,4,8:42:26 chr13 32976645 . T A 287.37 PASS AF=0.357895;AO=32;DP=97;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00385058;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.758;QD=12.0997;RBI=0.00547811;REFB=0.00129726;REVB=-0.0038965;RO=65;SAF=10;SAR=22;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314591;STB=0.674224;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00238763;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:65:61:32:34:0.357895:22:10:38:27:24:10:34:27 chr13 32976648 . G C 258.21 PASS AF=0.344444;AO=30;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.015845;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0327;QD=11.4761;RBI=0.0616733;REFB=0.0106563;REVB=-0.0596032;RO=53;SAF=10;SAR=20;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260585;STB=0.667521;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0239669;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:59:30:31:0.344444:20:10:30:23:21:10:34:25 chr13 32981142 . C T 128.97 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0289922;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.549;QD=11.9969;RBI=0.0311183;REFB=0.00177651;REVB=-0.0113048;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40251;STB=0.735004;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00877791;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:20:8:10:5:20:8 chr13 32981279 . T A 253.41 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00811678;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.727;QD=17.4766;RBI=0.0262474;REFB=-0.0204114;REVB=-0.0249609;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229767;STB=0.6299;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0210677;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:21:7:14:16:21:7:14:16 chr13 33590851 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.144;QD=59.8382;RBI=0.102319;REFB=0;REVB=-0.101932;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571481;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr13 33629393 . C T 800.41 PASS AF=0.428571;AO=89;DP=202;FAO=90;FDP=210;FR=.;FRO=120;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=-0.0362145;FXX=0.00943352;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.452;QD=15.2459;RBI=0.0370776;REFB=-0.0225207;REVB=-0.00795384;RO=112;SAF=51;SAR=38;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751052;STB=0.506492;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0447753;OID=.;OPOS=33629393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:210:112:120:89:90:0.428571:38:51:65:47:38:52:68:52 chr13 33634983 . C T 501.55 PASS AF=0.379747;AO=60;DP=158;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0159472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.31;QD=12.6974;RBI=0.0163832;REFB=0.00321539;REVB=0.00375482;RO=98;SAF=22;SAR=38;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171463;STB=0.597297;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00474239;OID=.;OPOS=33634983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:98:98:60:60:0.379747:38:22:51:47:38:22:51:47 chr13 33635463 . T C 503.54 PASS AF=0.429688;AO=54;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.00451161;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.192;QD=15.7357;RBI=0.00459314;REFB=-0.0228076;REVB=0.000861565;RO=74;SAF=18;SAR=36;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206953;STB=0.509769;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0301789;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:73:54:55:0.429688:36:18:26:48:37:18:25:48 chr13 33635835 . T C 863.39 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8523;QD=57.559;RBI=0.029948;REFB=0;REVB=0.0218347;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199909;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr13 33678505 . C T 229.47 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00283456;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.395;QD=16.1033;RBI=0.0250564;REFB=-0.0250831;REVB=0.0248956;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066703;STB=0.547134;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0317577;OID=.;OPOS=33678505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:25:26:0.45614:13:12:17:14:14:12:17:14 chr13 33700374 . T G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00515954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.92;QD=14.904;RBI=0.00516954;REFB=-0.0072447;REVB=-0.000321385;RO=34;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163987;STB=0.593674;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00750589;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:19:7:14:20:19:7:14:20 chr13 33703656 . T C 694.58 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00376611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.624;QD=23.1525;RBI=0.0170936;REFB=-0.001008;REVB=0.0166736;RO=52;SAF=38;SAR=29;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115343;STB=0.567144;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000791201;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:52:53:67:67:0.558333:29:38:22:30:29:38:22:31 chr13 33703752 . G A 193.17 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0306938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.619;QD=16.4399;RBI=0.0421614;REFB=-0.0210379;REVB=0.0289045;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.574395;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0260943;OID=.;OPOS=33703752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:10:17:10:10:10:17 chr13 33704065 . T C 56.56 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0261185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1133;QD=7.80184;RBI=0.128121;REFB=-0.0466841;REVB=0.125431;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278909;STB=0.705547;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0425673;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:28:29:20:20:8:9:0.310345:2:6:18:2:3:6:18:2 chr13 34674900 . C T 880.18 PASS AF=0.465;AO=93;DP=201;FAO=93;FDP=200;FR=.;FRO=107;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.00264532;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.549;QD=17.6036;RBI=0.0165792;REFB=-0.0164227;REVB=-0.0163668;RO=106;SAF=45;SAR=48;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299667;STB=0.513895;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0168101;OID=.;OPOS=34674900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:106:107:93:93:0.465:48:45:48:58:48:45:49:58 chr13 36048509 . TTAAA T 296.17 PASS AF=0.525641;AO=37;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0370783;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=194.456;QD=15.1883;RBI=0.0372688;REFB=-0.0439921;REVB=0.0037634;RO=36;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093987;STB=0.533317;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.0350567;OID=.;OPOS=36048510;OREF=TAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525641:37:79:41:78:37:25:16:25:12:99:36:22:15:25:11 chr13 36385031 . G T 717.83 PASS AF=0.47205;AO=75;DP=161;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.00425974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.929;QD=17.8344;RBI=0.00432691;REFB=0.00332143;REVB=-0.000759437;RO=85;SAF=35;SAR=40;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105017;STB=0.554093;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00372981;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:85:85:75:76:0.47205:40:35:49:36:40:36:49:36 chr13 36639771 . A C 1013.43 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0847636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5829;QD=52.6458;RBI=0.0923297;REFB=-0.0454476;REVB=0.0366046;RO=5;SAF=29;SAR=43;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000353808;STB=0.500187;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0109045;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:77:77:5:5:72:72:0.935065:43:29:2:3:43:29:2:3 chr13 36700098 . A C 554.16 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00428835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.535;QD=16.7926;RBI=0.0309894;REFB=-0.0132395;REVB=-0.0306913;RO=73;SAF=44;SAR=15;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277723;STB=0.655907;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.01545;OID=.;OPOS=36700098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:59:59:0.44697:15:44:36:37:15:44:36:37 chr13 36939688 . C T 1524.89 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0106023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.901;QD=57.5432;RBI=0.0346884;REFB=0.0311411;REVB=-0.0330284;RO=2;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186004;STB=0.509802;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00289924;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:50:54:0:2:50:54:0:2 chr13 36939758 . A G 2438.52 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.69;QD=61.3464;RBI=0.0323975;REFB=0;REVB=0.0314142;RO=0;SAF=79;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91632e-05;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:158:159:1:79:79:0:0:80:79:0:0 chr13 37269835 . G A 1715.28 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.618;QD=59.662;RBI=0.0316141;REFB=-0.11771;REVB=0.00189739;RO=1;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094022;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00216376;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:50:64:0:1:50:64:0:1 chr13 37271163 . C A 1119.87 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443446;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7701;QD=60.5333;RBI=0.0585954;REFB=0;REVB=0.0383011;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71376e-05;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr13 37271428 . GCACACACACACACACAC GCACACACACACACAC,GCACACACACACACATAA 342.12 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=18,4;DP=26;FAO=22,4;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502508,-0.0384629;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=106.913,88.3304;QD=52.6342;RBI=0.0781343,0.0439017;REFB=0,0;REVB=0.0598316,0.0211653;RO=0;SAF=5,0;SAR=13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0185555,0.0807304;OID=.,.;OPOS=37271429,37271443;OREF=CA,CAC;OALT=-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACAC,GCACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.846154,0.153846:18,4:26:22,4:26:0:9,0:13,4:0:0:20:0:5,0:13,4:0:0 chr13 37372429 . T C 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4202;QD=57.18;RBI=0.0968038;REFB=0;REVB=0.0933088;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141341;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr13 37393672 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG 32.77 PASS AF=0.12,0.2,0;AO=4,7,5;DP=32;FAO=3,5,0;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3,4,0;FSAR=0,1,0;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0247247,-0.0527887,-0.0369108;FXX=0.0740466;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.6103,13.7928,19.0726;QD=5.24385;RBI=0.26888,0.142536,0.404559;REFB=-0.0227069,-0.0358202,-0.0192151;REVB=-0.267741,0.1324,0.402871;RO=13;SAF=3,7,5;SAR=1,0,0;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.163891,0.69997,0.641897;STB=0.994354,0.529298,0.5;STBP=0.326,0.922,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0695877,0.102293,0;OID=.,.,.;OPOS=37393677,37393673,37393677;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12,0.2,0:4,7,5:32:3,5,0:25:17:3,4,0:0,1,0:14:3:18:13:3,7,5:1,0,0:11:2 chr13 37402982 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0556599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6623;QD=12.2127;RBI=0.0841951;REFB=-0.0264407;REVB=0.0631728;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17443;STB=0.604222;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0426473;OID=.;OPOS=37402982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:8:14:10:3:8:14 chr13 37580139 . G A 1755.29 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107734;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.663;QD=61.0536;RBI=0.0201304;REFB=0;REVB=0.0170049;RO=0;SAF=41;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78916e-06;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:115:115:1:74:41:0:0:74:41:0:0 chr13 37583831 . G A 555.67 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.123;QD=55.5674;RBI=0.189856;REFB=0;REVB=-0.00351107;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408188;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:40:1:0:36:40:1:26:10:1:0:26:14:0:0 chr13 37625601 . T C 484.28 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00631714;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.052;QD=52.3543;RBI=0.0108274;REFB=-0.103979;REVB=0.0087935;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491493;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000926431;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:34:35:0.945946:18:16:0:2:19:16:1:1 chr13 37679268 . G T 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8723;QD=61.3252;RBI=0.0859105;REFB=0;REVB=0.0837366;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152392;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:9:31:0:0:9:31:0:0 chr13 37679535 . G C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.269;QD=61.3756;RBI=0.0134967;REFB=0;REVB=0.0107058;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02174e-06;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr13 37679729 . C T 481.3 PASS AF=1;AO=30;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129287;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5853;QD=56.6231;RBI=0.131498;REFB=-0.0540221;REVB=0.0240116;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153782;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:34:0:0:30:34:1:15:15:0:0:17:17:0:0 chr13 37679776 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.32;QD=57.6804;RBI=0.0211535;REFB=0;REVB=0.0193618;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94637e-05;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr13 38357471 . G A 410.55 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0064312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.267;QD=14.6623;RBI=0.035034;REFB=-0.00765395;REVB=-0.0344386;RO=62;SAF=33;SAR=14;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203403;STB=0.621568;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0170476;OID=.;OPOS=38357471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:65:47:47:0.419643:14:33:32:30:14:33:33:32 chr13 38924083 . A T 2546.75 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3666;QD=61.3674;RBI=0.0228676;REFB=0;REVB=-0.0178452;RO=0;SAF=94;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102088;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:164:166:1:70:94:0:0:71:95:0:0 chr13 38924263 . T C 2179.19 PASS AF=0.993007;AO=138;DP=139;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00349566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8363;QD=60.9564;RBI=0.0399767;REFB=0.0214207;REVB=-0.0398236;RO=1;SAF=71;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664936;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00143385;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:143:1:1:138:142:0.993007:67:71:1:0:69:73:1:0 chr13 38932206 . A T 474.96 PASS AF=0.358209;AO=35;DP=177;FAO=72;FDP=201;FR=.;FRO=129;FSAF=68;FSAR=4;FSRF=86;FSRR=43;FWDB=0.00560228;FXX=0.0382757;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.423;QD=9.45197;RBI=0.0772951;REFB=-0.0104022;REVB=-0.0770918;RO=126;SAF=35;SAR=0;SRF=91;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.733235;STB=0.838277;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0242959;OID=.;OPOS=38932206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:201:126:129:35:72:0.358209:0:35:91:35:4:68:86:43 chr13 39262057 . G A 1362.53 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.718;QD=61.2374;RBI=0.0408619;REFB=-0.00193136;REVB=0.00137133;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101908;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=6.98413e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:46:42:0:1:46:42:0:1 chr13 39262166 . C T 93.65 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00276954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.616;QD=19.7152;RBI=0.00690902;REFB=-0.033408;REVB=0.00632963;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157347;OID=.;OPOS=39262166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:19:7:8:11:11:0.578947:7:4:3:4:7:4:3:5 chr13 39266484 . G A 385.33 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0312228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.501;QD=17.9224;RBI=0.0326187;REFB=-0.00688487;REVB=-0.0094401;RO=46;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15099;STB=0.584254;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0104854;OID=.;OPOS=39266484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:18:22:18:28:18:22:18:28 chr13 39343822 . C T 183.16 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0115106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3546;QD=17.4436;RBI=0.0336092;REFB=-0.00424769;REVB=0.0315766;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228552;STB=0.654089;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00583209;OID=.;OPOS=39343822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:16:3:7:15:16:3:8:15 chr13 39430314 . C T 675.78 PASS AF=0.405263;AO=76;DP=199;FAO=77;FDP=190;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.00772081;FXX=0.0547236;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.221;QD=14.2269;RBI=0.0514397;REFB=-0.00554582;REVB=-0.050857;RO=110;SAF=50;SAR=26;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219143;STB=0.620005;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0071782;OID=.;OPOS=39430314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:190:110:113:76:77:0.405263:26:50:50:60:27:50:51:62 chr13 39433606 . A G 507.88 PASS AF=0.414815;AO=56;DP=135;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0238045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.18;QD=15.0483;RBI=0.0245393;REFB=-0.0197346;REVB=-0.00595997;RO=79;SAF=33;SAR=23;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203363;STB=0.614114;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0293865;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:79:79:56:56:0.414815:23:33:31:48:23:33:31:48 chr13 39540589 . TC T 323.85 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0105001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.974;QD=14.3934;RBI=0.0128718;REFB=-0.00862071;REVB=-0.00744516;RO=53;SAF=15;SAR=21;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137187;STB=0.57245;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.0120191;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:36:90:36:90:54:15:21:29:25:99:53:15:21:29:24 chr13 39586343 . G C 642.61 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=152;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00773757;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.402;QD=17.0227;RBI=0.031734;REFB=-0.0117625;REVB=0.0307763;RO=81;SAF=34;SAR=35;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130489;STB=0.503934;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0139662;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:81:82:69:69:0.456954:35:34:41:40:35:34:41:41 chr13 39587677 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0026785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.937;QD=20.8968;RBI=0.0984414;REFB=-0.0133285;REVB=-0.0984049;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567155;STB=0.832405;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0141079;OID=.;OPOS=39587677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:4:0:7:1:4:0 chr13 39587865 . A C 66.13 PASS AF=0.208333;AO=9;DP=47;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00711808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.741;QD=5.51111;RBI=0.0071725;REFB=-0.00782662;REVB=-0.000881908;RO=38;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272951;STB=0.604327;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0399048;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:47:48:38:38:9:10:0.208333:2:7:22:16:3:7:22:16 chr13 39587889 . T C 145.76 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0118744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.796;QD=7.28817;RBI=0.0328475;REFB=-0.00724649;REVB=-0.0306261;RO=59;SAF=12;SAR=9;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486486;STB=0.529384;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0167036;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:59:21:21:0.2625:9:12:36:23:9:12:36:23 chr13 39608335 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC 108.58 PASS AF=0.708333,0.291667;AO=5,4;DP=24;FAO=17,7;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10,6;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281311,-0.0426681;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=4.76875,151.16;QD=18.0959;RBI=0.100034,0.0434164;REFB=0.276976,0.0614314;REVB=-0.0959966,-0.00802633;RO=2;SAF=4,3;SAR=1,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171367,-0.210252;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0409543,0.018235;OID=.,.;OPOS=39608336,39608346;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.708333,0.291667:5,4:24:17,7:24:0:10,6:7,1:0:0:45:2:4,3:1,1:2:0 chr13 40229847 . G T 223.05 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0841758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.2089;QD=26.2411;RBI=0.0892478;REFB=-0.01083;REVB=0.0296579;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163485;STB=0.590822;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00828723;OID=.;OPOS=40229847;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:8:13:5:8:8:13:5:8 chr13 40298623 . T C 132.52 PASS AF=0.75;AO=6;DP=12;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000856877;FXX=0.039984;HRUN=18;LEN=1;MLLD=124.813;QD=22.0869;RBI=0.0967868;REFB=-0.0128397;REVB=-0.096783;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.751961;STB=0.624843;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0063824;OID=.;OPOS=40298623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:12:24:5:6:6:18:0.75:0:6:3:2:3:15:3:3 chr13 40298625 . T C 35.89 PASS AF=0.291667;AO=3;DP=18;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00387961;FXX=0.039984;HRUN=18;LEN=1;MLLD=132.615;QD=5.98118;RBI=0.071284;REFB=-0.00264614;REVB=-0.0711784;RO=14;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528022;STB=0.666111;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0213569;OID=.;OPOS=40298625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:24:14:17:3:7:0.291667:0:3:12:2:1:6:12:5 chr13 41331026 . C G 260.21 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0124844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9465;QD=14.4558;RBI=0.0368716;REFB=0.0112402;REVB=0.0346937;RO=41;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661647;STB=0.531407;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.015181;OID=.;OPOS=41331026;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:12:18:22:19:12:18:23:19 chr13 41382711 . A T 219.78 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00372733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.249;QD=17.5826;RBI=0.00408952;REFB=-0.0084916;REVB=-0.00168263;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101902;STB=0.53157;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0100314;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:21:22:0.44:8:13:14:13:9:13:15:13 chr13 41634954 . G A 453.72 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0157453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.016;QD=25.2067;RBI=0.0157464;REFB=-0.00319019;REVB=0.000189292;RO=28;SAF=16;SAR=27;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159442;STB=0.503104;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00178094;OID=.;OPOS=41634954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:43:43:0.597222:27:16:11:17:27:16:11:18 chr13 41656960 . T A 455.16 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0344237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2478;QD=20.2292;RBI=0.0852639;REFB=0.00851705;REVB=-0.0780061;RO=44;SAF=15;SAR=30;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300574;STB=0.512391;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0100121;OID=.;OPOS=41656960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:45:45:45:0.5:30:15:16:28:30:15:16:29 chr13 41705495 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.386;QD=58.6486;RBI=0.05908;REFB=0.0132847;REVB=0.0513997;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000170831;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:16:24:1:0:16:24:1:0 chr13 41706800 . A C,G 726.24 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=3,49;DP=52;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=3,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884336,0.0176774;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.3449,249.411;QD=55.8647;RBI=0.0884688,0.0245177;REFB=0,0;REVB=0.00249731,0.0169891;RO=0;SAF=0,34;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.01675e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0739843,-0.000436086;OID=.,.;OPOS=41706800,41706800;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:52:52:0:0:3,49:3,49:0.0576923,0.942308:3,15:0,34:0:0:3,15:0,34:0:0 chr13 41814556 . A T 567.14 PASS AF=0.621951;AO=50;DP=81;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0337296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.654;QD=27.6655;RBI=0.0356833;REFB=-0.00719244;REVB=0.0116454;RO=31;SAF=26;SAR=24;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070601;STB=0.541531;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00564435;OID=.;OPOS=41814556;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:31:31:50:51:0.621951:24:26:13:18:24:27:13:18 chr13 41834744 . C T 1228.42 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000238737;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8823;QD=57.8079;RBI=0.0235697;REFB=-0.0209511;REVB=-0.0235685;RO=3;SAF=51;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203808;STB=0.501679;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.004882;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:85:3:3:82:82:0.964706:31:51:1:2:31:51:2:1 chr13 41902939 . T C 1003.37 PASS AF=0.971831;AO=60;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00979694;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5801;QD=56.5279;RBI=0.0209136;REFB=-0.00851126;REVB=0.018477;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.512817;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000877689;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:71:0:2:60:69:0.971831:31:29:0:0:31:38:2:0 chr13 42032572 . T C 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.374;QD=62.0069;RBI=0.0683592;REFB=0;REVB=0.0148247;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121848;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr13 42264380 . C T 555.89 PASS AF=0.487603;AO=57;DP=120;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0102548;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.924;QD=18.3766;RBI=0.0144157;REFB=-0.0169332;REVB=-0.0101318;RO=59;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947076;STB=0.554172;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0201803;OID=.;OPOS=42264380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:59:62:57:59:0.487603:31:26:33:26:31:28:36:26 chr13 42265489 . T G 782.09 PASS AF=0.530864;AO=75;DP=151;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0149052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1218;QD=19.3108;RBI=0.0235287;REFB=-0.00953928;REVB=0.0182054;RO=75;SAF=40;SAR=35;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484457;STB=0.504036;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0159813;OID=.;OPOS=42265489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:162:75:76:75:86:0.530864:35:40:36:39:46:40:36:40 chr13 42381889 . T C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00528343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.121;QD=15.0178;RBI=0.0289851;REFB=-0.00225143;REVB=0.0284995;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869363;STB=0.549084;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00314893;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:26:14:13:17:26:14 chr13 42385446 . T C 188.2 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00547542;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.027;QD=12.7593;RBI=0.0186101;REFB=-0.00146028;REVB=-0.0177864;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156588;STB=0.589966;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00212084;OID=.;OPOS=42385446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:15:21:10:13:15:21 chr13 42734176 . C T 510.91 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0155498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.803;QD=18.4113;RBI=0.0194319;REFB=-0.0257543;REVB=0.0116535;RO=57;SAF=20;SAR=33;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931512;STB=0.555226;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0203923;OID=.;OPOS=42734176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:57:53:54:0.486486:33:20:27:30:34:20:27:30 chr13 42772730 . G A 321.32 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00361122;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.884;QD=18.6273;RBI=0.0353273;REFB=-0.0126664;REVB=-0.0351422;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911528;STB=0.550745;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0185092;OID=.;OPOS=42772730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:18:16:13:22:18:16:13:22 chr13 42780279 . T C 177.01 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00100772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.541;QD=12.2077;RBI=0.00160176;REFB=-0.0195173;REVB=-0.00124505;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480403;STB=0.539899;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0363508;OID=.;OPOS=42780279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:21:22:0.37931:9:12:19:17:9:13:19:17 chr13 42784867 . C T 268.54 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00581274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.443;QD=11.6755;RBI=0.0139359;REFB=-0.00351052;REVB=-0.0126657;RO=60;SAF=19;SAR=12;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928608;STB=0.561759;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00655069;OID=.;OPOS=42784867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:60:31:32:0.347826:12:19:32:28:12:20:32:28 chr13 42803341 . T C 2646.05 PASS AF=0.977528;AO=174;DP=179;FAO=174;FDP=178;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0458852;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4867;QD=59.4618;RBI=0.0488435;REFB=-0.0561914;REVB=0.0167404;RO=4;SAF=76;SAR=98;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274574;STB=0.501443;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00121596;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:179:178:4:4:174:174:0.977528:98:76:2:2:98:76:2:2 chr13 43463388 . TAAAAAAAT AAAAAAAAT,TAAAAAAT,TAAAAAATA 43.39 PASS AF=0,0.205479,0.0273973;AO=4,18,5;DP=78;FAO=0,15,2;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=0,3,1;FSAR=0,12,1;FSRF=11;FSRR=45;FWDB=-0.00732162,-0.00731724,-0.145422;FXX=0.0394685;HRUN=1,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=218.573,9.79236,20.7577;QD=2.37779;RBI=0.0114102,0.098975,0.148402;REFB=0.0050647,-0.0231608,0.0015244;REVB=-0.00875142,0.0987042,0.0295901;RO=38;SAF=0,0,5;SAR=4,18,0;SRF=11;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.500774,-0.769973,0.709758;STB=0.5,0.504419,0.791189;STBP=1,0.986,0.713;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0122286,0.109502;OID=.,.,.;OPOS=43463388,43463389,43463395;OREF=T,A,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=AAAAAAAAT,TAAAAAAT,TAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:78:73:38:56:4,18,5:0,15,2:0,0.205479,0.0273973:4,18,0:0,0,5:11:27:0,12,1:0,3,1:11:45 chr13 43469157 . G A 1549.2 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.776;QD=63.8845;RBI=0.0495657;REFB=0;REVB=-0.0492505;RO=0;SAF=63;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104474;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:34:63:0:0:34:63:0:0 chr13 43469211 . G A 1572.91 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.01;QD=59.9205;RBI=0.0156171;REFB=0;REVB=-0.0149745;RO=0;SAF=69;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66403e-06;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:36:69:0:0:36:69:0:0 chr13 43597865 . A G 234.46 PASS AF=0.482143;AO=24;DP=53;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00938618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.211;QD=16.7473;RBI=0.0232123;REFB=-0.0414273;REVB=0.0212299;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147263;STB=0.573069;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0402052;OID=.;OPOS=43597865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:28:29:24:27:0.482143:14:10:16:12:15:12:17:12 chr13 43788158 . G A 267.77 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0334377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.446;QD=11.517;RBI=0.0346975;REFB=-0.0129832;REVB=-0.00926488;RO=60;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033256;STB=0.514277;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0231952;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:60:61:32:32:0.344086:14:18:32:28:14:18:33:28 chr13 44457925 . A G 633.57 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0305271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.469;QD=18.1019;RBI=0.0305375;REFB=-0.0210335;REVB=0.000796988;RO=75;SAF=29;SAR=36;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842341;STB=0.546761;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0240111;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:75:65:65:0.464286:36:29:40:35:36:29:40:35 chr13 45492146 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00112453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.133;QD=18.9481;RBI=0.0613179;REFB=-0.00970058;REVB=-0.0613076;RO=27;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921213;STB=0.551686;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0131239;OID=.;OPOS=45492146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:7:21:18:9:7:21:18:9 chr13 45515388 . CTTTTTTG CTTTTTGA,CTTTTTTA 350.0 PASS AF=0,0.45679;AO=3,31;DP=84;FAO=0,37;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=0,13;FSAR=0,24;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0329519,0.00289597;FXX=0.0240935;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=24.6028,155.938;QD=17.2837;RBI=0.0915143,0.00627417;REFB=-0.0326124,-0.0105999;REVB=-0.0853759,-0.00556584;RO=29;SAF=3,12;SAR=0,19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.543853,-0.115405;STB=0.5,0.569746;STBP=1,0.264;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00706102;OID=.,.;OPOS=45515394,45515395;OREF=TG,G;OALT=GA,A;OMAPALT=CTTTTTGA,CTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.45679:3,31:84:0,37:81:42:0,13:0,24:20:22:99:29:3,12:0,19:15:14 chr13 45563464 . G C 849.32 PASS AF=0.417778;AO=92;DP=222;FAO=94;FDP=225;FR=.;FRO=131;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=0.0101454;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.952;QD=15.099;RBI=0.0150863;REFB=-0.015642;REVB=0.0111655;RO=128;SAF=52;SAR=40;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357771;STB=0.512884;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0198069;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:225:128:131:92:94:0.417778:40:52:68:60:41:53:71:60 chr13 45580336 . GA G 30.18 PASS AF=0.323529;AO=13;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0299028;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=8.7749;QD=3.55058;RBI=0.196623;REFB=-0.102786;REVB=-0.194336;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418597;STB=0.662867;STBP=0.231;TYPE=del;VARB=0.190017;OID=.;OPOS=45580337;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:13:35:11:34:23:4:7:14:9:30:19:4:9:14:5 chr13 45697437 . C G 200.49 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0102853;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.082;QD=13.5925;RBI=0.010755;REFB=-0.00540881;REVB=0.00314373;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028483;STB=0.516298;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00720055;OID=.;OPOS=45697437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:18:17:11:13:18:17 chr13 45914701 . AGT AG,TAG 73.38 PASS AF=0.36,0.12;AO=9,3;DP=25;FAO=9,3;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7,0;FSAR=2,3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0173288,0.0391252;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=14.4388,59.9925;QD=11.7401;RBI=0.0706607,0.0398378;REFB=-0.103809,-0.0222471;REVB=-0.0685029,0.00750123;RO=13;SAF=7,0;SAR=2,3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.198262,-0.671217;STB=0.619962,0.996676;STBP=0.43,0.046;TYPE=del,mnp;VARB=0.159129,0.00326425;OID=.,.;OPOS=45914703,45914701;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:25:25:13:13:9,3:9,3:0.36,0.12:2,3:7,0:8:5:2,3:7,0:8:5 chr13 45914710 . GAAAAAC GAAAA,GAAAAC,GAAAACC 170.45 PASS AF=0,0.851852,0;AO=3,16,2;DP=28;FAO=0,23,0;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=0,11,0;FSAR=0,12,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0303987,0.200755,0.163935;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.39441,12.0759,8.42675;QD=25.2518;RBI=0.122244,0.212371,0.167329;REFB=0.142734,0.0708891,-0.0677354;REVB=0.118404,0.0692734,-0.0335279;RO=6;SAF=2,7,0;SAR=1,9,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.167835,-0.0310499,-0.606693;STB=0.5,0.503223,0.5;STBP=1,0.922,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0225709,0;OID=.,.,.;OPOS=45914715,45914711,45914715;OREF=AC,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=GAAAA,GAAAAC,GAAAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.851852,0:3,16,2:28:0,23,0:27:4:0,11,0:0,12,0:2:2:15:6:2,7,0:1,9,2:3:3 chr13 46039407 . G T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0584552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.283;QD=23.6745;RBI=0.0584564;REFB=-0.0216575;REVB=0.000381928;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285352;STB=0.660602;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0176139;OID=.;OPOS=46039407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:16:5:9:7:16:5:9:7 chr13 46077381 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0126617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.81;QD=11.6341;RBI=0.0128679;REFB=-0.000724021;REVB=0.00229413;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754431;STB=0.545359;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000797936;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:12:4:2:8:12:4 chr13 46103935 . A G 367.18 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0038218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.591;QD=19.0741;RBI=0.0775907;REFB=-0.0132313;REVB=0.0774965;RO=39;SAF=30;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254681;STB=0.643142;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00658409;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:8:30:22:17:8:30:22:17 chr13 46108853 . TG CA,CG 1457.39 PASS AF=0.403846,0.586538;AO=41,61;DP=106;FAO=42,61;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=23,25;FSAR=19,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00664777,-0.0327488;FXX=0.0188661;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=105.047,93.4325;QD=56.0536;RBI=0.00690805,0.0346125;REFB=-0.0868187,-0.0859876;REVB=-0.00187837,0.0112044;RO=0;SAF=22,25;SAR=19,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.510633,0.509801;STBP=0.5,0.295;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00603049,0.00124481;OID=.,.;OPOS=46108853,46108853;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:106:104:0:1:41,61:42,61:0.403846,0.586538:19,36:22,25:0:0:19,36:23,25:1:0 chr13 46154128 . AATT AA,A 168.44 PASS AF=0.0571429,0.357143;AO=8,19;DP=66;FAO=4,25;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=3,11;FSAR=1,14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00254913,-0.00149768;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=2,3;MLLD=328.363,326.213;QD=9.62497;RBI=0.00647075,0.00591298;REFB=-0.000311696,-0.000470325;REVB=-0.00594748,-0.00572016;RO=34;SAF=4,8;SAR=4,11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0713609,-0.0225486;STB=0.722988,0.544976;STBP=0.42,0.594;TYPE=del,del;VARB=0.00900073,-0.000418291;OID=.,.;OPOS=46154130,46154129;OREF=TT,ATT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0571429,0.357143:8,19:66:4,25:70:41:3,11:1,14:21:20:99:34:4,8:4,11:15:19 chr13 46154749 . A G 793.86 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.000550356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.454;QD=23.0104;RBI=0.0175557;REFB=-0.0254253;REVB=0.0175471;RO=63;SAF=43;SAR=32;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151167;STB=0.508272;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0186865;OID=.;OPOS=46154749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:63:75:75:0.543478:32:43:35:28:32:43:35:28 chr13 46170609 . C T 613.5 PASS AF=0.484615;AO=60;DP=128;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0318549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.914;QD=18.8769;RBI=0.0329003;REFB=-0.0184056;REVB=0.00822745;RO=63;SAF=32;SAR=28;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11131;STB=0.585712;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0192507;OID=.;OPOS=46170609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:63:67:60:63:0.484615:28:32:26:37:28:35:26:41 chr13 46170621 . A T 660.22 PASS AF=0.515385;AO=63;DP=125;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0370318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4462;QD=20.3145;RBI=0.0444367;REFB=-0.0125506;REVB=-0.0245615;RO=59;SAF=24;SAR=39;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173476;STB=0.589764;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0174193;OID=.;OPOS=46170621;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:59:63:63:67:0.515385:39:24:34:25:41:26:36:27 chr13 46170726 . A G 64.74 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.237402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9223;QD=10.358;RBI=0.237433;REFB=-0.0014678;REVB=-0.00382267;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104147;STB=0.562369;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0208753;OID=.;OPOS=46170726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:4:12:6:3:4:12 chr13 46541673 . T A 1150.93 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0262189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.347;QD=57.5464;RBI=0.0333006;REFB=-0.117782;REVB=0.0205305;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.502316;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000208315;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:0:2:77:78:0.975:31:46:0:0:32:46:1:1 chr13 46562935 . A G 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.282;QD=59.8932;RBI=0.0198098;REFB=-0.0681332;REVB=0.0134189;RO=1;SAF=54;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868828;STB=0.504586;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000622528;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:26:54:1:0:26:54:1:0 chr13 46629944 . A G,T 750.52 PASS AF=0.898305,0.0508475;AO=53,3;DP=59;FAO=53,3;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=27,3;FSAR=26,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0314715,0.0169966;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=153.305,32.4183;QD=50.8826;RBI=0.0369246,0.0787637;REFB=-0.0640824,0.000643007;REVB=0.0193125,0.0769079;RO=2;SAF=27,3;SAR=26,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0336247,0;STB=0.526306,0.5;STBP=0.09,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00304266,0.0014518;OID=.,.;OPOS=46629944,46629944;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:59:59:2:3:53,3:53,3:0.898305,0.0508475:26,0:27,3:2:0:26,0:27,3:3:0 chr13 46641466 . A G 457.18 PASS AF=0.480769;AO=48;DP=102;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00895644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.824;QD=17.584;RBI=0.0160454;REFB=-0.0179175;REVB=0.0133131;RO=53;SAF=32;SAR=16;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026412;STB=0.518737;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0194586;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:53:54:48:50:0.480769:16:32:34:19:16:34:35:19 chr13 46641481 . T C 1526.43 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122301;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.844;QD=58.7088;RBI=0.0139343;REFB=0.0297967;REVB=0.00667746;RO=1;SAF=69;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682791;STB=0.503596;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.000221375;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:34:69:1:0:34:69:1:0 chr13 46648094 . C T 320.35 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00427825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.245;QD=13.6319;RBI=0.0163579;REFB=-0.00105939;REVB=0.0157886;RO=55;SAF=23;SAR=13;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103818;STB=0.545542;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00172287;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:55:58:36:36:0.382979:13:23:30:25:13:23:33:25 chr13 46656669 . A G 2432.35 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.046;QD=61.1912;RBI=0.028995;REFB=0;REVB=0.0136506;RO=0;SAF=67;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49904e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63862e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:157:159:1:90:67:0:0:92:67:0:0 chr13 46700642 . G T 333.69 PASS AF=0.445783;AO=33;DP=81;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00032114;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.22;QD=16.0816;RBI=0.0240536;REFB=0.00390618;REVB=0.0240515;RO=46;SAF=23;SAR=10;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318353;STB=0.659543;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00373964;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:46:46:33:37:0.445783:10:23:18:28:12:25:18:28 chr13 46708291 . T C 1479.57 PASS AF=0.96;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000966662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.574;QD=59.1827;RBI=0.0290782;REFB=-0.0799178;REVB=0.0290622;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.503424;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000253987;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:100:100:1:4:96:96:0.96:56:40:1:0:56:40:2:2 chr13 46946157 . C T 802.75 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.543;QD=64.2198;RBI=0.0411686;REFB=0;REVB=0.0410872;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62685e-05;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr13 46948547 . C CA 357.91 PASS AF=1;AO=5;DP=39;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393767;FXX=0.128172;HRUN=0;LEN=1;MLLD=142.514;QD=42.1067;RBI=0.0417299;REFB=0;REVB=-0.013815;RO=33;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00129512;OID=.;OPOS=46948548;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:39:34:34:0:15:19:0:0:3:33:5:0:13:20 chr13 46948548 . G A 465.8 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0151738;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.762;QD=47.7739;RBI=0.0156419;REFB=-0.112859;REVB=0.00379812;RO=5;SAF=14;SAR=20;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140858;STB=0.575713;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0019397;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:39:39:5:5:34:34:0.871795:20:14:5:0:20:14:5:0 chr13 47127813 . C T 634.32 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.041483;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2663;QD=57.6656;RBI=0.0509234;REFB=-0.158235;REVB=0.0295356;RO=2;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084084;STB=0.514279;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00440601;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:2:1:42:43:0.977273:17:25:1:1:17:26:0:1 chr13 47260054 . T C 2219.14 PASS AF=0.968153;AO=153;DP=157;FAO=152;FDP=157;FR=.;FRO=5;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0388132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.281;QD=56.5385;RBI=0.0463318;REFB=0.0865414;REVB=-0.0253015;RO=3;SAF=80;SAR=73;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00527104;STB=0.508945;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00220103;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:157:157:3:5:153:152:0.968153:73:80:2:1:73:79:4:1 chr13 47273458 . G C,T 998.96 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=65,3;DP=68;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44,1;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428258,0.00610351;FXX=0.0285673;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.014,220.356;QD=58.7623;RBI=0.0200185,0.0100197;REFB=0,0;REVB=0.019555,-0.00794621;RO=0;SAF=44,1;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00105974,0.00586167;OID=.,.;OPOS=47273458,47273458;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:68:68:0:0:65,3:65,3:0.955882,0.0441176:21,2:44,1:0:0:21,2:44,1:0:0 chr13 47279454 . A G 2235.94 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.29;QD=63.4308;RBI=0.0105177;REFB=0;REVB=0.00773837;RO=0;SAF=78;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12561e-05;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:63:78:0:0:63:78:0:0 chr13 47308109 . A G 662.08 PASS AF=0.318519;AO=85;DP=271;FAO=86;FDP=270;FR=.;FRO=184;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=83;FSRR=101;FWDB=0.00308356;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6622;QD=9.80858;RBI=0.00606822;REFB=-0.00173991;REVB=0.00522637;RO=178;SAF=32;SAR=53;SRF=81;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956118;STB=0.547451;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00368131;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:178:184:85:86:0.318519:53:32:81:97:53:33:83:101 chr13 47315984 . T C 360.49 PASS AF=0.43299;AO=34;DP=89;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0241781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.918;QD=14.8656;RBI=0.0278396;REFB=-0.0266435;REVB=-0.0138009;RO=54;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282706;STB=0.56634;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0407357;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:97:54:55:34:42:0.43299:18:16:24:30:18:24:25:30 chr13 47354101 . C T 249.88 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0206664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7035;QD=12.0422;RBI=0.0506002;REFB=0.0103749;REVB=0.0461874;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263032;STB=0.650846;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.016692;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:18:12:34:19:18:12:34:19 chr13 47469940 . G A 2048.88 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.684;QD=61.6204;RBI=0.0232107;REFB=-0.00177039;REVB=0.0206385;RO=1;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725639;STB=0.503816;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=2.44305e-05;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:65:67:0:1:65:67:0:1 chr13 47470824 . C T 538.16 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3339;QD=59.7951;RBI=0.091115;REFB=0;REVB=0.0857673;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000979004;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr13 48033224 . G A 778.33 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0094;QD=56.606;RBI=0.0404807;REFB=0;REVB=-0.0274381;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434951;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:28:27:0:0 chr13 48547467 . A T 954.68 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2536;QD=58.7493;RBI=0.0471926;REFB=0;REVB=-0.00444556;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287861;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:42:23:0:0 chr13 48916895 . C T 318.02 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00455403;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.655;QD=17.9167;RBI=0.0074026;REFB=0.00268065;REVB=-0.00583604;RO=37;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225894;STB=0.512634;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00271429;OID=.;OPOS=48916895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:21:13:15:22:21:13:15:22 chr13 49051481 . T A 291.89 PASS AF=0.507042;AO=23;DP=73;FAO=36;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0335448;FXX=0.0273935;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.6691;QD=16.4443;RBI=0.121223;REFB=0.0386524;REVB=0.11649;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13598;STB=0.604337;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0130524;OID=.;OPOS=49051481;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:22:35:23:36:0.507042:9:14:10:12:14:22:14:21 chr13 49107241 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.054;QD=57.2023;RBI=0.0466159;REFB=0;REVB=0.00521213;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272133;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr13 49283031 . C T 434.35 PASS AF=0.538462;AO=40;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0039226;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.743;QD=22.2741;RBI=0.0208608;REFB=-0.03855;REVB=0.0204887;RO=36;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137319;STB=0.57287;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0305224;OID=.;OPOS=49283031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:36:40:42:0.538462:22:18:22:14:23:19:22:14 chr13 49794650 . C A 600.14 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0471818;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.396;QD=19.8395;RBI=0.0481356;REFB=-0.0225412;REVB=0.00953509;RO=60;SAF=27;SAR=34;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111384;STB=0.561431;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0230075;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:60:60:61:61:0.504132:34:27:34:26:34:27:34:26 chr13 49833526 . T C 463.48 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0226141;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.502;QD=17.4897;RBI=0.0233116;REFB=-0.0120778;REVB=0.00565972;RO=55;SAF=26;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240557;STB=0.508317;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0121858;OID=.;OPOS=49833526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:55:56:50:50:0.471698:24:26:30:25:24:26:30:26 chr13 49840024 . A G 1453.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000719203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9979;QD=63.1894;RBI=0.0198109;REFB=0;REVB=0.0197978;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127362;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:38:53:0:0:38:54:0:0 chr13 49866869 . G C 317.74 PASS AF=0.371134;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.000896935;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7067;QD=13.1028;RBI=0.00683228;REFB=-0.0117948;REVB=-0.00677315;RO=57;SAF=12;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167256;STB=0.59489;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0220628;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:61:35:36:0.371134:23:12:28:29:23:13:31:30 chr13 50008301 . A G 803.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00944731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.718;QD=55.4092;RBI=0.0196203;REFB=-0.0558702;REVB=0.0171961;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-1.02027e-05;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:30:27:0:0:30:27:1:0 chr13 50050620 . A G 1114.06 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.045023;FXX=0.0384566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1376;QD=59.4163;RBI=0.0540787;REFB=0.108823;REVB=0.0299574;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141198;STB=0.507461;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000655339;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:41:33:1:0:41:33:1:0 chr13 50057097 . G A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5074;QD=56.487;RBI=0.0386212;REFB=0.241761;REVB=-0.00310752;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00850429;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:1:0:16:19:1:0 chr13 50057633 . A G 994.04 PASS AF=0.42915;AO=104;DP=247;FAO=106;FDP=247;FR=.;FRO=141;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=91;FSRR=50;FWDB=-0.00700963;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.268;QD=16.0978;RBI=0.00872559;REFB=-0.0206417;REVB=0.00519624;RO=140;SAF=63;SAR=41;SRF=91;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048286;STB=0.530561;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0247464;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:140:141:104:106:0.42915:41:63:91:49:43:63:91:50 chr13 50080847 . A G 650.5 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8641;QD=61.9528;RBI=0.0909976;REFB=0;REVB=-0.0106569;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417099;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr13 50106561 . T G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000947612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.408;QD=16.8229;RBI=0.0316531;REFB=-0.00754788;REVB=0.0316389;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00684274;OID=.;OPOS=50106561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:2:3:3:4:2:3 chr13 50123622 . G C 335.36 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00665756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0523;QD=19.7272;RBI=0.0506102;REFB=-0.00851453;REVB=0.0501704;RO=33;SAF=24;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489021;STB=0.527205;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00817964;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:11:24:21:12:11:24:21:12 chr13 50123649 . G A 312.74 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0129236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8058;QD=14.2156;RBI=0.0483048;REFB=-0.0146566;REVB=0.0465439;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176777;STB=0.521115;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0212435;OID=.;OPOS=50123649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:48:53:35:35:0.397727:14:21:28:20:14:21:30:23 chr13 50123688 . G T 323.69 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.000675047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.419;QD=16.8152;RBI=0.0236999;REFB=-0.0220851;REVB=0.0236903;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969044;STB=0.555523;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0219371;OID=.;OPOS=50123688;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:40:42:35:35:0.454545:21:14:20:20:21:14:21:21 chr13 50126382 . G A 265.67 PASS AF=0.88;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0379217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2047;QD=42.5071;RBI=0.0379759;REFB=-0.0115529;REVB=0.00202741;RO=2;SAF=19;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159697;STB=0.612786;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0226806;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:25:2:3:21:22:0.88:2:19:1:1:3:19:1:2 chr13 50134099 . T C 234.37 PASS AF=0.383562;AO=29;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0542251;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.638;QD=12.8421;RBI=0.0542526;REFB=-0.00631654;REVB=0.00172737;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181002;STB=0.504603;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00722287;OID=.;OPOS=50134099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:45:29:28:0.383562:11:18:26:16:11:17:27:18 chr13 50134150 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00343876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2868;QD=13.0604;RBI=0.0188287;REFB=0.011088;REVB=-0.018512;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122887;STB=0.507037;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0117809;OID=.;OPOS=50134150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:22:18:12:14:22:18 chr13 50141345 . G A 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0208476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.147;QD=18.1748;RBI=0.0227022;REFB=-0.0248632;REVB=0.00898691;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506489;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.025844;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:19:12:12:19:19:12:12:20 chr13 50141362 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0399223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.703;QD=15.6535;RBI=0.0406084;REFB=-0.0164476;REVB=-0.00743318;RO=32;SAF=6;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140587;STB=0.580139;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0294205;OID=.;OPOS=50141362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:20:6:11:21:20:6:11:21 chr13 50204880 . G A 215.71 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00125994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.629;QD=15.1378;RBI=0.0278948;REFB=-0.0145317;REVB=0.0278664;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190972;STB=0.608305;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0142487;OID=.;OPOS=50204880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:10:15:13:19:10:15:13:19 chr13 50207657 . T C 320.5 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00497911;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.51;QD=22.1033;RBI=0.0137055;REFB=-0.0326625;REVB=0.0127691;RO=22;SAF=23;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181613;STB=0.584242;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0183411;OID=.;OPOS=50207657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:22:25:32:33:0.568966:9:23:11:11:10:23:13:12 chr13 50273831 . T C 727.17 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7345;QD=63.232;RBI=0.0720731;REFB=0;REVB=0.0176964;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076928;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:10:36:0:0:10:36:0:0 chr13 50273970 . C T 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.547;QD=58.2371;RBI=0.0215806;REFB=0;REVB=0.00280618;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1354e-05;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr13 50283819 . T C 1518.19 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.489;QD=59.5369;RBI=0.046336;REFB=0;REVB=0.0383736;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5316e-05;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:102:0:0:96:102:1:45:51:0:0:49:53:0:0 chr13 50296115 . C T 705.27 PASS AF=1;AO=33;DP=53;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630387;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5701;QD=62.691;RBI=0.0186906;REFB=0;REVB=-0.0175954;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371314;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:45:0:0:33:45:1:11:22:0:0:17:28:0:0 chr13 50296116 . G T 129.46 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0124255;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.165;QD=9.58982;RBI=0.073387;REFB=0.0159835;REVB=0.0723275;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141149;STB=0.583241;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00880541;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:7:10:26:11:7:10:26:11 chr13 50466615 . G C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0368106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2054;QD=10.3789;RBI=0.0418388;REFB=-0.0150538;REVB=-0.0198863;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265032;STB=0.662762;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0213655;OID=.;OPOS=50466615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:7:9:7:2:7:9 chr13 50466749 . C G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8861;QD=33.4183;RBI=0.00758412;REFB=0;REVB=-0.00758412;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000652586;OID=.;OPOS=50466749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr13 50466754 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.794;QD=33.4285;RBI=0.00919319;REFB=0;REVB=-0.00919319;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360508;OID=.;OPOS=50466754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr13 50467044 . G C 169.61 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=38;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0140652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.714;QD=16.153;RBI=0.0185248;REFB=-0.0163674;REVB=0.0120556;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157235;STB=0.564792;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0155728;OID=.;OPOS=50467044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:24:24:14:18:0.428571:9:5:12:12:11:7:12:12 chr13 50587718 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.298;QD=39.2068;RBI=0.0562125;REFB=0;REVB=0.0431504;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122064;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr13 50588494 . T C 207.23 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4479;QD=48.759;RBI=0.238276;REFB=0;REVB=0.230736;RO=1;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00779568;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:1:15:0:1:2:15:0:0 chr13 50588496 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3133;QD=49.5948;RBI=0.135693;REFB=0;REVB=-0.132153;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00272939;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr13 50590423 . G C 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0485543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.168;QD=20.2734;RBI=0.0494664;REFB=-0.0199632;REVB=-0.00945561;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598625;STB=0.533604;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0161046;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:18:6:7:16:18:6 chr13 50591480 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000369484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.972;QD=56.191;RBI=0.0586622;REFB=0;REVB=0.058661;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284839;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr13 50656582 . T A 746.74 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00951149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.826;QD=21.8026;RBI=0.00951737;REFB=-0.0285084;REVB=0.000334591;RO=65;SAF=43;SAR=29;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183531;STB=0.600701;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0308536;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:65:72:72:0.525547:29:43:25:40:29:43:25:40 chr13 50656601 . A T 703.99 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=161;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=0.00418845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.419;QD=15.9999;RBI=0.00819762;REFB=-0.00580055;REVB=-0.00704683;RO=94;SAF=28;SAR=37;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12871;STB=0.555605;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00988465;OID=.;OPOS=50656601;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:176:94:96:65:80:0.454545:37:28:52:42:44:36:53:43 chr13 51594741 . T G 434.03 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00597097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7299;QD=18.4693;RBI=0.0168242;REFB=-0.00874056;REVB=-0.015729;RO=39;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112761;STB=0.557685;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0114765;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:50:44:44:0.468085:25:19:22:17:25:19:27:23 chr13 51603768 . T C 422.67 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00630886;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0943;QD=17.7966;RBI=0.013012;REFB=-0.00198886;REVB=0.0113803;RO=50;SAF=25;SAR=18;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184636;STB=0.519222;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00299165;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:52:43:43:0.452632:18:25:30:20:18:25:32:20 chr13 52440130 . A G 588.96 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168208;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.72;QD=60.4065;RBI=0.0225098;REFB=0;REVB=0.0224469;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114254;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr13 52515354 . A G 1549.7 PASS AF=0.99;AO=72;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.517;QD=61.9879;RBI=0.107995;REFB=0;REVB=0.01983;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822375;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:0:72:99:0.99:42:30:0:0:55:44:0:0 chr13 52515982 . A AAC 1289.67 PASS AF=0.93;AO=88;DP=105;FAO=93;FDP=100;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00952756;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=274.316;QD=51.5868;RBI=0.0290277;REFB=-0.0337735;REVB=0.0274196;RO=15;SAF=46;SAR=42;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212516;STB=0.52536;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=0.00180269;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.93:88:105:93:100:7:46:47:6:1:22:15:46:42:9:6 chr13 52523808 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.755;QD=63.872;RBI=0.0222674;REFB=0;REVB=0.0161231;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28697e-05;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr13 52524488 . T C 1005.98 PASS AF=0.959459;AO=67;DP=72;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0087059;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8637;QD=54.3775;RBI=0.0162543;REFB=-0.0776185;REVB=-0.0137262;RO=4;SAF=27;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650175;STB=0.523803;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0100185;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:74:4:3:67:71:0.959459:40:27:4:0:41:30:3:0 chr13 52544805 . C G 592.37 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0222118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2952;QD=17.2955;RBI=0.0247951;REFB=0.00779784;REVB=-0.0110197;RO=74;SAF=23;SAR=39;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155919;STB=0.590737;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0113885;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:75:62:62:0.452555:39:23:39:35:39:23:40:35 chr13 52548140 . A C 423.89 PASS AF=0.357143;AO=52;DP=146;FAO=55;FDP=154;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=0.0161841;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2508;QD=11.01;RBI=0.0322915;REFB=-0.00528085;REVB=0.0279431;RO=83;SAF=28;SAR=24;SRF=58;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178811;STB=0.562478;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0185751;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:154:83:99:52:55:0.357143:24:28:58:25:27:28:60:39 chr13 52548141 . G C 30.99 PASS AF=0.0700637;AO=11;DP=147;FAO=11;FDP=157;FR=.;FRO=146;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=87;FSRR=59;FWDB=-0.00563308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3535;QD=0.789683;RBI=0.0298183;REFB=-0.0137792;REVB=-0.0292814;RO=136;SAF=1;SAR=10;SRF=85;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548698;STB=0.926596;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.111095;OID=.;OPOS=52548141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:147:157:136:146:11:11:0.0700637:10:1:85:51:10:1:87:59 chr13 52603194 . G T 582.47 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0238832;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.638;QD=18.7894;RBI=0.024689;REFB=0.00092608;REVB=0.00625621;RO=64;SAF=29;SAR=31;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282218;STB=0.51562;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000971779;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:64:64:60:60:0.483871:31:29:29:35:31:29:29:35 chr13 52603241 . A G 383.24 PASS AF=0.419048;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0222824;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0542;QD=14.5997;RBI=0.0446783;REFB=-0.0221084;REVB=0.0387253;RO=59;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367158;STB=0.513053;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0299822;OID=.;OPOS=52603241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:61:43:44:0.419048:24:19:24:35:25:19:25:36 chr13 52603775 . C T 303.28 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.013734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4771;QD=25.8112;RBI=0.0446924;REFB=-0.0395518;REVB=-0.0425299;RO=19;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10592;STB=0.550686;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0379344;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:19:8:8:11:19:8:8:12 chr13 52605675 . A G 109.17 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00193395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.655;QD=14.087;RBI=0.0356617;REFB=-0.0119192;REVB=-0.0356092;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170437;STB=0.613308;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0124726;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:18:13:13:0.419355:3:10:10:6:3:10:11:7 chr13 52607169 . T C 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0177544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6139;QD=17.5582;RBI=0.0347502;REFB=-0.0186247;REVB=0.0298724;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788839;STB=0.504499;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00741545;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:13:8:7:11:13:8 chr13 52676275 . T G 118.68 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00287994;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.004;QD=12.1723;RBI=0.0325576;REFB=-0.0226336;REVB=-0.03243;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18878;STB=0.57242;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0300366;OID=.;OPOS=52676275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:25:14:14:0.358974:6:8:17:6:6:8:17:8 chr13 52971893 . G A 83.09 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00764384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8024;QD=9.49613;RBI=0.042322;REFB=0.0130269;REVB=0.041626;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453271;STB=0.780019;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0358198;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:3:8:7:16:3:8:7:17 chr13 53035783 . T C 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.98;QD=63.2797;RBI=0.0261289;REFB=0;REVB=-0.0169931;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049745;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr13 53035925 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.102;QD=57.2016;RBI=0.0385187;REFB=0;REVB=-0.0143601;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43056e-05;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr13 53050479 . G A 309.44 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0708612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.298;QD=11.9017;RBI=0.0745366;REFB=-0.00658448;REVB=-0.0231168;RO=64;SAF=11;SAR=27;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293456;STB=0.660551;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0117989;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:66:38:38:0.365385:27:11:35:29:27:11:35:31 chr13 53422553 . A G 881.58 PASS AF=0.984127;AO=58;DP=60;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0533398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0898;QD=55.9736;RBI=0.0603093;REFB=-0.00179784;REVB=-0.0281438;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000255719;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:63:1:1:58:62:0.984127:34:24:1:0:36:26:1:0 chr13 53608632 . C T 807.65 PASS AF=0.935484;AO=55;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0203198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.99;QD=52.1064;RBI=0.0241935;REFB=0.00526328;REVB=-0.0131312;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.502403;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.000866195;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:1:3:55:58:0.935484:34:21:1:0:36:22:1:2 chr13 53624380 . A C 397.9 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0199572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3574;QD=20.9423;RBI=0.0298984;REFB=-0.00427927;REVB=0.0222626;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201038;STB=0.615981;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00567774;OID=.;OPOS=53624380;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:21:19:25:10:21:19:26:10 chr13 55748673 . T C 2022.94 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252388;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7063;QD=62.2444;RBI=0.0722454;REFB=0;REVB=0.0676934;RO=0;SAF=68;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866335;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:62:68:0:0:62:68:0:0 chr13 60348894 . C T 626.85 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.00401295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.705;QD=16.0731;RBI=0.022445;REFB=-0.0128853;REVB=0.0220833;RO=87;SAF=37;SAR=32;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08569;STB=0.547664;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0195329;OID=.;OPOS=60348894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:87:87:69:69:0.442308:32:37:54:33:32:37:54:33 chr13 60385058 . C CTAT 117.57 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=53;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00321111;FXX=0.207508;HRUN=1;LEN=3;MLLD=201.926;QD=11.1973;RBI=0.0156213;REFB=-0.00365342;REVB=-0.0152877;RO=39;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433803;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.00273423;OID=.;OPOS=60385059;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:53:14:42:28:9:5:12:16:99:39:9:3:15:24 chr13 60385059 . T TATTAC 55.53 PASS AF=0.169811;AO=8;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0116864;FXX=0;HRUN=7;LEN=5;MLLD=280.439;QD=4.19058;RBI=0.0355059;REFB=-0.0010854;REVB=-0.0335276;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335552;STB=0.756987;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.0081869;OID=.;OPOS=60385060;OREF=-;OALT=ATTAC;OMAPALT=TATTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169811:8:53:9:53:44:2:7:23:21:55:44:2:6:23:21 chr13 64413891 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.572;QD=50.4133;RBI=0.00905687;REFB=0;REVB=-0.00899187;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94199e-05;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr13 64415161 . T TG 30.29 PASS AF=0.352941;AO=4;DP=19;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0965558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.0341;QD=7.12783;RBI=0.117234;REFB=-0.0133083;REVB=-0.0664898;RO=15;SAF=1;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506051;STB=0.705311;STBP=0.303;TYPE=ins;VARB=0.0260955;OID=.;OPOS=64415162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:4:19:6:17:11:3:3:9:2:30:15:1:3:11:4 chr13 64415672 . AT A 897.95 PASS AF=0.532258;AO=127;DP=252;FAO=132;FDP=248;FR=.;FRO=116;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=71;FSRR=45;FWDB=-0.0277831;FXX=0.0158724;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5682;QD=14.4831;RBI=0.0404922;REFB=0.0114334;REVB=-0.029457;RO=114;SAF=59;SAR=68;SRF=69;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121363;STB=0.573293;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=-0.00996791;OID=.;OPOS=64415673;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532258:127:252:132:248:116:60:72:71:45:99:114:59:68:69:45 chr13 64417500 . C G 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0177742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.948;QD=13.8884;RBI=0.0188523;REFB=-0.00344138;REVB=-0.00628408;RO=65;SAF=19;SAR=26;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18474;STB=0.6082;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00438191;OID=.;OPOS=64417500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:66:45:45:0.405405:26:19:39:26:26:19:40:26 chr13 67800935 . G A 357.66 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0137627;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.629;QD=12.6603;RBI=0.0137946;REFB=-0.0069649;REVB=0.000936237;RO=69;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105731;STB=0.554888;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0106292;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:69:70:43:43:0.380531:22:21:27:42:22:21:28:42 chr13 67802339 . A T 2060.13 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=138;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0108959;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.945;QD=60.1497;RBI=0.0109234;REFB=-0.019601;REVB=-0.000774837;RO=3;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217567;STB=0.511449;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000133046;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:137:3:3:134:134:0.978102:64:70:0:3:64:70:0:3 chr13 69267981 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.616;QD=60.6103;RBI=0.0466071;REFB=0;REVB=0.0441776;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96286e-05;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:6:32:0:0:6:32:0:0 chr13 70377107 . A G 307.05 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0712286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8452;QD=13.0658;RBI=0.096756;REFB=-0.00144358;REVB=0.0654844;RO=59;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162795;STB=0.599943;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0051405;OID=.;OPOS=70377107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:59:59:34:35:0.37234:14:20:26:33:14:21:26:33 chr13 70377165 . C T 247.59 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0153175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.861;QD=11.5157;RBI=0.0243402;REFB=-0.0302618;REVB=-0.0189161;RO=55;SAF=17;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649392;STB=0.543653;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0516084;OID=.;OPOS=70377165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:56:30:30:0.348837:13:17:28:27:13:17:28:28 chr13 70681598 . T C 214.04 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0139594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.644;QD=13.8091;RBI=0.0172539;REFB=-0.0193929;REVB=0.0101406;RO=36;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477132;STB=0.535383;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.018221;OID=.;OPOS=70681598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:8:17:23:13:8:18:23:13 chr13 71033601 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-8.65456e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.805;QD=43.016;RBI=0.008566;REFB=-0.0374027;REVB=0.00856557;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00526252;OID=.;OPOS=71033601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:0:1:5:11:0:1 chr13 73280182 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000726145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.06;QD=59.8391;RBI=0.00546052;REFB=0;REVB=0.00541202;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79405e-05;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr13 73301655 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.869;QD=58.2396;RBI=0.0130285;REFB=0;REVB=0.0123966;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51206e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:27:35:0:0 chr13 73301728 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4547;QD=51.1812;RBI=0.0467011;REFB=0;REVB=-0.0252164;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000985029;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr13 73319171 . T C 354.53 PASS AF=0.341085;AO=42;DP=127;FAO=44;FDP=129;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0213354;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.345;QD=10.9933;RBI=0.0290556;REFB=-0.0058179;REVB=0.0197238;RO=84;SAF=21;SAR=21;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137343;STB=0.503874;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0148333;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:84:85:42:44:0.341085:21:21:41:43:22:22:42:43 chr13 73329358 . G A 140.6 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0201533;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.265;QD=12.2263;RBI=0.0201534;REFB=-0.0128824;REVB=-7.67855e-05;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223328;STB=0.630283;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0167983;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:8:8:21:9:8:8:21:9 chr13 73343039 . C T 447.18 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00603985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.538;QD=21.0435;RBI=0.0321444;REFB=-0.011287;REVB=-0.0315718;RO=40;SAF=18;SAR=25;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085232;STB=0.557252;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00701116;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:41:43:44:0.517647:25:18:13:27:25:19:13:28 chr13 73349359 . G C 562.52 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0020798;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.192;QD=19.3971;RBI=0.0152093;REFB=-0.0163929;REVB=-0.0150664;RO=57;SAF=25;SAR=33;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20923;STB=0.610715;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0225537;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:58:58:58:0.5:33:25:38:19:33:25:38:20 chr13 73369642 . A G 311.77 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0531388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0797;QD=16.6277;RBI=0.0658713;REFB=0.00834305;REVB=0.0389269;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512885;STB=0.528829;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0105902;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:20:14:19:22:20:14:19:22 chr13 73649915 . GC CG,G 248.01 PASS AF=0,0.533333;AO=3,26;DP=60;FAO=0,32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=0,29;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0555531,-0.102469;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=21.3802,18.5628;QD=16.5342;RBI=0.108764,0.187522;REFB=0.026321,-0.00309061;REVB=0.0935067,0.157049;RO=31;SAF=3,26;SAR=0,0;SRF=9;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.645896,0.861914;STB=0.5,0.848146;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.181379,0.0230761;OID=.,.;OPOS=73649915,73649916;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:60:60:31:28:3,26:0,32:0,0.533333:0,0:3,26:9:22:0,3:0,29:9:19 chr13 73650107 . ACAAAC AAAAAA,ACAAA,ACAAAA,CAAAAA 483.83 PASS AF=0,0,0.911765,0.0882353;AO=2,4,16,3;DP=35;FAO=0,0,31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,19,3;FSAR=0,0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198283,0.00573809,0.00590814,0.00187044;FXX=0;HRUN=1,1,1,5;LEN=5,1,1,6;MLLD=64.7857,205.158,209.964,200.092;QD=56.9211;RBI=0.0367121,0.00779915,0.015349,0.0178874;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0308969,-0.00528214,-0.0141663,-0.0177894;RO=0;SAF=2,3,10,3;SAR=0,1,6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0,0.0244969,0.0064449,-0.0513045;OID=.,.,.,.;OPOS=73650108,73650112,73650112,73650107;OREF=CAAAC,C,C,ACAAAC;OALT=AAAAA,-,A,CAAAAA;OMAPALT=AAAAAA,ACAAA,ACAAAA,CAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:15:35:34:0:0:2,4,16,3:0,0,31,3:0,0,0.911765,0.0882353:0,1,6,0:2,3,10,3:0:0:0,0,12,0:0,0,19,3:0:0 chr13 73650117 . G A 610.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000707601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.745;QD=61.0792;RBI=0.0153095;REFB=0;REVB=0.0152931;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61737e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:13:25:0:0:14:26:0:0 chr13 74339104 . G T 212.65 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00441429;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.793;QD=18.0976;RBI=0.01672;REFB=-0.016502;REVB=0.0161268;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507929;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0148238;OID=.;OPOS=74339104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:24:26:21:21:0.446809:7:14:16:8:7:14:17:9 chr13 74863339 . C A,T 966.7 PASS AF=0.925373,0.0746269;AO=62,5;DP=67;FAO=62,5;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=33,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000508799,0.0069252;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=154.426,17.2616;QD=57.7136;RBI=0.0613291,0.0618704;REFB=0,0;REVB=-0.061327,-0.0614816;RO=0;SAF=29,1;SAR=33,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.001118,0.10618;OID=.,.;OPOS=74863339,74863339;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:67:67:0:0:62,5:62,5:0.925373,0.0746269:33,4:29,1:0:0:33,4:29,1:0:0 chr13 74988714 . C T 2324.12 PASS AF=0.475709;AO=235;DP=496;FAO=235;FDP=494;FR=.;FRO=259;FSAF=158;FSAR=77;FSRF=160;FSRR=99;FWDB=-0.0168412;FXX=0.00403218;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.994;QD=18.8188;RBI=0.061875;REFB=-0.0384917;REVB=-0.059539;RO=246;SAF=158;SAR=77;SRF=160;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230003;STB=0.53176;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0418077;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:494:246:259:235:235:0.475709:77:158:160:86:77:158:160:99 chr13 75814018 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.477;QD=50.4135;RBI=0.0395712;REFB=0;REVB=0.0357158;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125854;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr13 75814384 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.627;QD=57.2371;RBI=0.0528548;REFB=0;REVB=-0.0508191;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352753;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr13 75876389 . G A 454.46 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.0135586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.59;QD=13.6679;RBI=0.0434273;REFB=0.0046396;REVB=0.0412565;RO=80;SAF=21;SAR=31;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208649;STB=0.621196;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00661136;OID=.;OPOS=75876389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:80:81:52:52:0.390977:31:21:48:32:31:21:49:32 chr13 75884216 . C T 1073.27 PASS AF=1;AO=63;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.132;QD=59.6258;RBI=0.0689804;REFB=0;REVB=0.026644;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289467;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:63:72:1:37:26:0:0:38:34:0:0 chr13 75936519 . C G 499.7 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0153494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.558;QD=54.0217;RBI=0.0206242;REFB=0.00538209;REVB=0.013775;RO=2;SAF=31;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292375;STB=0.515616;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-6.06127e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:4:31:2:0:4:31:2:0 chr13 76143572 . T C 256.46 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0213606;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.462;QD=15.7823;RBI=0.0221345;REFB=0.0146996;REVB=-0.00580155;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538874;STB=0.530366;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0155635;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:12:17:23:13:12:17:23:13 chr13 76164073 . GTCC G 377.58 PASS AF=0.449438;AO=35;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00537228;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.644;QD=16.9701;RBI=0.0161501;REFB=-0.00167159;REVB=-0.0152304;RO=47;SAF=18;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830646;STB=0.511939;STBP=0.854;TYPE=del;VARB=0.00273286;OID=.;OPOS=76164074;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449438:35:89:40:89:49:22:18:28:21:99:47:18:17:28:19 chr13 76335109 . A G 442.11 PASS AF=0.389313;AO=50;DP=130;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0140067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.324;QD=13.4996;RBI=0.0406744;REFB=-0.00234956;REVB=0.0381867;RO=78;SAF=29;SAR=21;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339543;STB=0.500463;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00358856;OID=.;OPOS=76335109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:78:80:50:51:0.389313:21:29:45:33:21:30:47:33 chr13 76378459 . T C 2415.25 PASS AF=0.964286;AO=162;DP=169;FAO=162;FDP=168;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0192558;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.326;QD=57.5061;RBI=0.0280715;REFB=-0.152013;REVB=0.020426;RO=2;SAF=91;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132132;STB=0.502237;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00109194;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:169:168:2:6:162:162:0.964286:71:91:0:2:71:91:3:3 chr13 76395342 . C T 562.82 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0225484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1151;QD=18.0103;RBI=0.0501013;REFB=0.00860197;REVB=-0.0447405;RO=65;SAF=33;SAR=26;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524496;STB=0.507411;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0120844;OID=.;OPOS=76395342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:66:59:59:0.472:26:33:36:29:26:33:36:30 chr13 76397731 . G A 186.15 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0295658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6139;QD=12.41;RBI=0.0323949;REFB=-0.029681;REVB=0.0132398;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581722;STB=0.526293;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0506334;OID=.;OPOS=76397731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:9:14:20:16:9:14:21:16 chr13 76423248 . T C 1246.66 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8537;QD=61.5637;RBI=0.0527192;REFB=0;REVB=0.0522189;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254977;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:42:37:0:0:44:37:0:0 chr13 76445316 . C T 655.79 PASS AF=0.528455;AO=66;DP=123;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.0264399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6211;QD=21.3264;RBI=0.0394315;REFB=-0.0138192;REVB=0.0292536;RO=57;SAF=36;SAR=30;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135358;STB=0.580868;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.020105;OID=.;OPOS=76445316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:58:66:65:0.528455:30:36:40:17:30:35:41:17 chr13 76457183 . T C 604.45 PASS AF=0.534483;AO=51;DP=107;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00435734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.015;QD=20.8431;RBI=0.0113948;REFB=-0.0119581;REVB=0.0105287;RO=54;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078656;STB=0.54082;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0129899;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:116:54:54:51:62:0.534483:24:27:24:30:29:33:24:30 chr13 76709108 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.988;QD=62.022;RBI=0.0452942;REFB=0;REVB=0.0239592;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32177e-05;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr13 76709223 . C A 1790.42 PASS AF=0.983471;AO=85;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0131107;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1307;QD=59.1874;RBI=0.0332175;REFB=-0.104672;REVB=0.0305207;RO=0;SAF=81;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512818;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00432094;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:0:2:85:119:0.983471:4:81:0:0:38:81:0:2 chr13 77458008 . C G 350.01 PASS AF=0.4;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00456721;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.404;QD=14.7374;RBI=0.00459206;REFB=0.00917794;REVB=0.000477068;RO=55;SAF=21;SAR=17;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129319;STB=0.559244;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00944081;OID=.;OPOS=77458008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:55:57:38:38:0.4:17:21:37:18:17:21:37:20 chr13 77570078 . T G 558.03 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00724465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.103;QD=18.9164;RBI=0.0216379;REFB=-0.00437931;REVB=0.0203891;RO=60;SAF=26;SAR=32;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160139;STB=0.500886;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00502045;OID=.;OPOS=77570078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:32:26:27:33:32:26:27:33 chr13 77574983 . A G,T 1116.37 PASS AF=0.911392,0.0632911;AO=72,5;DP=79;FAO=72,5;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32,5;FSAR=40,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0219917,0.0126813;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=201.616,156.048;QD=56.525;RBI=0.0320477,0.025604;REFB=-0.00787041,-0.119166;REVB=-0.0233114,-0.022243;RO=1;SAF=32,5;SAR=40,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0145499,0;STB=0.515147,0.5;STBP=0.153,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.45349e-05,0.0178399;OID=.,.;OPOS=77574983,77574983;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:79:79:1:2:72,5:72,5:0.911392,0.0632911:40,0:32,5:1:0:40,0:32,5:2:0 chr13 77738664 . A G 302.5 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0129615;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.043;QD=14.2351;RBI=0.0132659;REFB=-0.00539355;REVB=-0.00282574;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410104;STB=0.517809;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0085224;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:15:19:26:24:15:19:27:24 chr13 77751892 . C T 395.98 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.00889532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.435;QD=14.017;RBI=0.0129054;REFB=-0.0165821;REVB=0.00934996;RO=67;SAF=26;SAR=20;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132772;STB=0.57459;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0269776;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:20:26:46:21:20:26:46:21 chr13 77834627 . A C 585.45 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.00345192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.44;QD=15.0115;RBI=0.00864785;REFB=-0.0118998;REVB=0.00792904;RO=90;SAF=36;SAR=30;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811822;STB=0.545441;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.017802;OID=.;OPOS=77834627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:90:66:66:0.423077:30:36:42:48:30:36:42:48 chr13 78146301 . C T 1914.11 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.642;QD=61.7455;RBI=0.0922117;REFB=0;REVB=-0.0498775;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128409;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:69:55:0:0:69:55:0:0 chr13 78178550 . G A 217.5 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0791129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8243;QD=15.5358;RBI=0.113744;REFB=0.0216062;REVB=-0.0817242;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384064;STB=0.521792;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0294146;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:11:20:17:8:11:20 chr13 78192207 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0062426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.058;QD=12.4026;RBI=0.00926784;REFB=-0.00299781;REVB=-0.00685002;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19185;STB=0.616368;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0049767;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:29:16:16:0.355556:5:11:14:13:5:11:15:14 chr13 78216873 . A G 463.44 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0255543;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.366;QD=16.2611;RBI=0.0288352;REFB=-0.0011654;REVB=-0.0133585;RO=62;SAF=23;SAR=28;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11132;STB=0.566309;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00200018;OID=.;OPOS=78216873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:51:51:0.447368:28:23:35:27:28:23:36:27 chr13 78475313 . T C 493.15 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00819522;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6961;QD=24.9697;RBI=0.0103966;REFB=0.0141805;REVB=0.0063974;RO=32;SAF=21;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038125;STB=0.513613;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0131289;OID=.;OPOS=78475313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:33:46:46:0.582278:25:21:13:19:25:21:14:19 chr13 78477674 . A G 1222.04 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.279;QD=61.1021;RBI=0.0141807;REFB=0;REVB=-0.00301864;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65621e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:41:39:0:0 chr13 78521806 . T A 455.41 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00580776;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.794;QD=17.1854;RBI=0.00582965;REFB=-0.0148214;REVB=-0.00050467;RO=51;SAF=29;SAR=21;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20499;STB=0.589129;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0436339;OID=.;OPOS=78521806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:56:50:50:0.471698:21:29:18:33:21:29:23:33 chr13 78521890 . C A 75.7 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0469153;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8215;QD=10.441;RBI=0.0482567;REFB=-0.035064;REVB=-0.0112985;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978809;STB=0.55871;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0604276;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:13:6:4:6:13:6 chr13 80910786 . C A 162.91 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0237043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4647;QD=13.033;RBI=0.0243248;REFB=0.022956;REVB=0.00545909;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222376;STB=0.629813;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0563934;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:19:13:11:7:19:13 chr13 84455886 . GA AG 148.69 PASS AF=1;AO=3;DP=71;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426769;FXX=0.233256;HRUN=1;LEN=2;MLLD=13.2991;QD=25.8583;RBI=0.227335;REFB=0;REVB=-0.227295;RO=47;SAF=2;SAR=1;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.194715;OID=.;OPOS=84455886;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:23:47:0:3:23:1:1:2:35:12:22:1:0:0 chr13 86367009 . C A 359.9 PASS AF=0.40566;AO=38;DP=101;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0160527;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.504;QD=13.581;RBI=0.0203639;REFB=-0.0132347;REVB=-0.0125299;RO=62;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297065;STB=0.536497;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0181042;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:62:63:38:43:0.40566:24:14:23:39:29:14:24:39 chr13 86367973 . CT C 102.77 PASS AF=0.542857;AO=14;DP=31;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0178473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.317;QD=11.745;RBI=0.0946943;REFB=0.101471;REVB=-0.0929972;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179781;STB=0.546512;STBP=0.654;TYPE=del;VARB=-0.0699763;OID=.;OPOS=86367974;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542857:14:31:19:35:16:14:5:13:3:71:12:9:5:10:2 chr13 86369120 . C T 91.59 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0429733;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.618;QD=7.9647;RBI=0.0455924;REFB=-0.00507854;REVB=-0.0152304;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539548;STB=0.543406;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0155347;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:45:46:33:34:12:12:0.26087:6:6:18:15:6:6:19:15 chr13 88331241 . T TTGTA 285.43 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0294972;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=299.41;QD=31.7149;RBI=0.0296444;REFB=-0.015509;REVB=-0.00295076;RO=11;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313952;STB=0.511619;STBP=0.865;TYPE=ins;VARB=0.00402585;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.694444:24:37:25:36:11:15:10:7:4:82:11:14:10:7:4 chr13 95034749 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0193377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0498;QD=19.8257;RBI=0.0193469;REFB=-0.0156596;REVB=-0.000597227;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082199;STB=0.555514;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0148422;OID=.;OPOS=95034749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:12:15:11:13:12:15:11:14 chr13 95034763 . G A 201.2 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00395707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.539;QD=16.4248;RBI=0.00675638;REFB=-0.0260605;REVB=-0.00547634;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879897;STB=0.589657;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0341983;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:22:21:0.428571:13:9:13:13:13:8:15:13 chr13 95097956 . C T 265.38 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0658109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6051;QD=16.3313;RBI=0.0689086;REFB=-0.0155333;REVB=0.0204283;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289384;STB=0.661192;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.026379;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:14:16:8:27:14:16:8:27 chr13 95364046 . C G 436.42 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00891898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.586;QD=16.6257;RBI=0.00897912;REFB=-0.0136134;REVB=0.00103746;RO=57;SAF=35;SAR=12;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190005;STB=0.594268;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.016624;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:57:47:48:0.457143:12:35:33:24:13:35:33:24 chr13 95364337 . T G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0485391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.607;QD=9.44446;RBI=0.0588815;REFB=-0.0069051;REVB=-0.0333314;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467859;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0263427;OID=.;OPOS=95364337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:6:4:5:1:6:4 chr13 95672950 . A G 185.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00259373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.504;QD=19.0542;RBI=0.00780588;REFB=-0.00981002;REVB=0.00736236;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238133;STB=0.513499;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00889384;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:10:10:10:9:10:10 chr13 95673135 . C T 252.5 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0436311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8559;QD=21.4891;RBI=0.0440009;REFB=0.00783446;REVB=-0.00569311;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168354;STB=0.593562;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00937792;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:23:24:24:0.510638:10:14:8:13:10:14:9:14 chr13 95673518 . T C 3080.77 PASS AF=0.990196;AO=202;DP=204;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00976854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.71;QD=60.4073;RBI=0.0113093;REFB=-0.0872728;REVB=-0.00569871;RO=2;SAF=117;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110737;STB=0.505813;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=1.78219e-05;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:204:204:2:2:202:202:0.990196:85:117:0:2:85:117:0:2 chr13 95673938 . TA T,TG 2067.85 PASS AF=0.2,0.792857;AO=27,111;DP=142;FAO=28,111;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=12,63;FSAR=16,48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00473517,0.00704112;FXX=0.0070917;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.394,109.887;QD=59.0813;RBI=0.0135182,0.0182821;REFB=-0.039831,-0.00221646;REVB=0.0126618,0.0168718;RO=1;SAF=12,63;SAR=15,48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0371713,-0.00747675;STB=0.519986,0.503936;STBP=0.277,0.481;TYPE=del,snp;VARB=-0.00376271,0.00131826;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.792857:27,111:142:28,111:140:1:12,63:16,48:1:0:99:1:12,63:15,48:1:0 chr13 95714976 . C T 430.82 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.000793253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.988;QD=20.5153;RBI=0.0125956;REFB=0.00202391;REVB=-0.0125706;RO=41;SAF=32;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258176;STB=0.629777;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00168777;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:41:42:43:0.511905:10:32:21:20:11:32:21:20 chr13 95726541 . A G 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-2.69084e-08;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.163;QD=15.4223;RBI=0.0206485;REFB=-0.027134;REVB=0.0206485;RO=53;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486334;STB=0.527458;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0358701;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:19:19:29:24:19:19:29:24 chr13 95727780 . T C 619.35 PASS AF=0.604396;AO=54;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00328682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.879;QD=27.2241;RBI=0.0264789;REFB=-0.00679067;REVB=-0.0262741;RO=36;SAF=28;SAR=26;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272359;STB=0.518393;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00449765;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:54:55:0.604396:26:28:20:16:27:28:20:16 chr13 95861804 . A G 544.77 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0188461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.663;QD=18.6245;RBI=0.0301896;REFB=-0.0102117;REVB=-0.0235846;RO=59;SAF=26;SAR=31;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137691;STB=0.505433;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0134473;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:59:60:57:57:0.487179:31:26:27:32:31:26:28:32 chr13 95988412 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.564;QD=63.5825;RBI=0.022621;REFB=0;REVB=0.0190805;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66241e-05;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr13 96395158 . GT GG,G 56.61 PASS AF=0.0384615,0.288462;AO=2,17;DP=54;FAO=2,15;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=0,1;FSAR=2,14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0860806,0.0437757;FXX=0.0370302;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=23.2272,11.7135;QD=4.35423;RBI=0.0863496,0.102105;REFB=-0.080123,-0.132208;REVB=-0.00681044,-0.0922454;RO=30;SAF=0,1;SAR=2,16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0.431579;SSSB=-0.472075,-0.661867;STB=0.994909,0.894995;STBP=0.182,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.13426,0.105007;OID=.,.;OPOS=96395159,96395159;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0384615,0.288462:2,17:54:2,15:52:35:0,1:2,14:18:17:51:30:0,1:2,16:16:14 chr13 96540141 . T C 5158.35 PASS AF=0.979351;AO=329;DP=338;FAO=332;FDP=339;FR=.;FRO=7;FSAF=163;FSAR=169;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0119734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9924;QD=60.8655;RBI=0.0286104;REFB=0.00270138;REVB=0.0259845;RO=7;SAF=162;SAR=167;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313979;STB=0.501662;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000355391;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:338:339:7:7:329:332:0.979351:167:162:4:3:169:163:4:3 chr13 96540143 . T C 5333.16 PASS AF=1;AO=331;DP=333;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153965;FXX=0.0146623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.07;QD=63.49;RBI=0.059354;REFB=-0.113801;REVB=0.059334;RO=1;SAF=163;SAR=168;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8622e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:333:336:1:0:331:336:1:168:163:0:1:171:165:0:0 chr13 96638636 . A C 605.15 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0157384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.297;QD=19.0598;RBI=0.0179057;REFB=-0.00765984;REVB=0.00853912;RO=65;SAF=40;SAR=22;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104001;STB=0.557622;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00912428;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:65:62:62:0.488189:22:40:35:30:22:40:35:30 chr13 96821982 . G T 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00763508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.088;QD=22.404;RBI=0.00844928;REFB=-0.0195349;REVB=-0.00361883;RO=29;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13001;STB=0.571391;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0140959;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:16:21:21:8:16:21:21:8 chr13 97489457 . G A 506.83 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0104801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.892;QD=20.4778;RBI=0.0360475;REFB=-0.0024553;REVB=-0.0344904;RO=49;SAF=24;SAR=25;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554025;STB=0.525176;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0020489;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:49:49:0.494949:25:24:21:28:25:24:22:28 chr13 97639414 . C T 301.73 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0108516;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.836;QD=19.1572;RBI=0.0111735;REFB=0.00271918;REVB=-0.00266258;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152087;STB=0.508469;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00233551;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:17:14:15:17:17:14 chr13 98045158 . A G 528.59 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=-0.0100898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0006;QD=16.3903;RBI=0.0229446;REFB=-0.00763994;REVB=0.020607;RO=71;SAF=35;SAR=22;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509864;STB=0.531421;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0121393;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:72:57:57:0.44186:22:35:47:24:22:35:48:24 chr13 98645253 . A G 361.04 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00143161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.561;QD=20.3403;RBI=0.00861772;REFB=-0.0163325;REVB=-0.00849797;RO=34;SAF=24;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208616;STB=0.615799;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0144729;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:13:24:14:20:13:24:14:20 chr13 98829176 . T C 766.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.9;QD=63.8439;RBI=0.0517006;REFB=0;REVB=-0.0176635;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35042e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr13 98896776 . C T 276.1 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0103801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.24;QD=15.7772;RBI=0.0104222;REFB=-0.021476;REVB=-0.000936022;RO=39;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172375;STB=0.59758;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0274348;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:10:21:20:19:10:21:20:19 chr13 99090040 . T G 242.32 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00023726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.586;QD=12.5881;RBI=0.0087661;REFB=-0.0100516;REVB=0.00876288;RO=47;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619957;STB=0.528283;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0118411;OID=.;OPOS=99090040;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:15:14:20:27:15:14:21:27 chr13 99100547 . T C 624.35 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.005611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.726;QD=21.7163;RBI=0.0184246;REFB=-0.00807112;REVB=-0.0175494;RO=53;SAF=28;SAR=34;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803208;STB=0.544062;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00819302;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:62:62:0.53913:34:28:29:24:34:28:29:24 chr13 99112680 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.301;QD=43.4858;RBI=0.113631;REFB=0;REVB=0.0198662;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00469528;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr13 99324248 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.463;QD=37.4884;RBI=0.0661916;REFB=0;REVB=0.0660766;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177932;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr13 99324524 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9958;QD=59.8365;RBI=0.061108;REFB=0;REVB=0.01984;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863425;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr13 99356611 . CA CG,TG 2737.56 PASS AF=0.510989,0.489011;AO=92,88;DP=183;FAO=93,89;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=44,31;FSAR=49,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024874,-0.022887;FXX=0.010869;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=117.466,103.018;QD=60.1661;RBI=0.0268312,0.0232262;REFB=0,0;REVB=0.0100598,0.00395501;RO=0;SAF=44,30;SAR=48,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0183854,-0.00442985;OID=.,.;OPOS=99356612,99356611;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:183:182:0:0:92,88:93,89:0.510989,0.489011:48,58:44,30:0:0:49,58:44,31:0:0 chr13 99358401 . C G 560.52 PASS AF=0.595506;AO=49;DP=85;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.070099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7784;QD=25.192;RBI=0.0762791;REFB=0.00685202;REVB=0.030077;RO=36;SAF=25;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351199;STB=0.511069;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00345776;OID=.;OPOS=99358401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:36:36:49:53:0.595506:24:25:20:16:25:28:20:16 chr13 99373505 . G C 339.65 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0136257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.427;QD=29.5351;RBI=0.0155544;REFB=-0.0113374;REVB=-0.00750191;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132292;STB=0.582034;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00557569;OID=.;OPOS=99373505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:17:29:29:0.630435:15:14:11:5:15:14:12:5 chr13 99376181 . C T 357.07 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.000251073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.526;QD=16.8031;RBI=0.00711568;REFB=-0.00190514;REVB=-0.00711125;RO=46;SAF=27;SAR=11;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320441;STB=0.685614;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00148971;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:47:38:38:0.447059:11:27:18:28:11:27:18:29 chr13 99447005 . T C 1921.98 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0354186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0936;QD=60.0619;RBI=0.0404433;REFB=-0.156349;REVB=0.019524;RO=1;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826295;STB=0.500751;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00287964;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:1:2:125:126:0.984375:57:68:0:1:57:69:1:1 chr13 99448441 . T A 695.77 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00223821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.045;QD=60.5016;RBI=0.0056153;REFB=-0.181483;REVB=-0.00514995;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519991;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000468978;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:46:0:1:45:45:0.978261:12:33:0:0:12:33:0:1 chr13 99853443 . T G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5083;QD=48.7323;RBI=0.122755;REFB=0;REVB=-0.122222;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243979;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr13 99857984 . T C,G 563.94 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208109,0.0234206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.0291,154.804;QD=59.3616;RBI=0.0666573,0.0236254;REFB=0,0;REVB=0.0633253,-0.00310401;RO=0;SAF=24,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00582973,0.00418255;OID=.,.;OPOS=99857984,99857984;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:12,0:24,2:0:0:12,0:24,2:0:0 chr13 99948178 . C A 275.1 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0219841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.147;QD=13.1;RBI=0.0271199;REFB=-0.00239383;REVB=-0.0158805;RO=52;SAF=19;SAR=13;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269667;STB=0.501542;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00434747;OID=.;OPOS=99948178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:13:19:31:21:13:19:31:21 chr13 100188585 . A T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00960857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.054;QD=18.4898;RBI=0.0189956;REFB=-0.00222727;REVB=-0.0163863;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367064;STB=0.520814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00224784;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:12:14:11:11:12:14 chr13 100436131 . CAT C 1171.04 PASS AF=1;AO=73;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185171;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.098;QD=59.2932;RBI=0.0269755;REFB=0;REVB=0.0196161;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000720315;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:78:79:79:0:39:40:0:0:6:0:37:36:0:0 chr13 100436228 . G C 322.11 PASS AF=0.383838;AO=37;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0256409;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.803;QD=13.0147;RBI=0.025688;REFB=-0.0255438;REVB=-0.00155413;RO=59;SAF=14;SAR=23;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178469;STB=0.600373;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0345749;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:59:61:37:38:0.383838:23:14:32:27:23:15:34:27 chr13 100517189 . CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTG CTTTTCTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA 397.05 PASS AF=0.0253165,0.43038,0.101266;AO=15,21,5;DP=85;FAO=2,34,8;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=1,14,4;FSAR=1,20,4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.306489,-0.0271901,-0.04331;FXX=0.0813859;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=7.91623,131.105,88.4411;QD=20.1037;RBI=0.315425,0.0280585,0.043367;REFB=-0.1369,-0.0679111,-0.0573533;REVB=0.0745487,0.00692653,0.00222377;RO=18;SAF=10,6,3;SAR=5,15,2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.125057,-0.400919,-0.235063;STB=0.647303,0.622825,0.627608;STBP=0.698,0.05,0.485;TYPE=del,del,snp;VARB=0.255881,0.0428542,0.0788808;OID=.,.,.;OPOS=100517190,100517196,100517209;OREF=T,TG,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTCTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0253165,0.43038,0.101266:15,21,5:85:2,34,8:79:35:1,14,4:1,20,4:23:12:99:18:10,6,3:5,15,2:14:4 chr13 100518580 . A G 1617.96 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332457;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.06;QD=59.9245;RBI=0.0369118;REFB=0;REVB=-0.0160375;RO=0;SAF=67;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233467;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:40:67:0:0:40:68:0:0 chr13 100537232 . T C 933.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.888;QD=57.4421;RBI=0.0447669;REFB=0;REVB=0.0213583;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313176;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:29:36:0:0 chr13 100615984 . CT C 286.45 PASS AF=0.424242;AO=45;DP=129;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.0535056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.5961;QD=8.68023;RBI=0.133933;REFB=0.0347604;REVB=0.122781;RO=72;SAF=26;SAR=19;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529899;STB=0.519993;STBP=0.711;TYPE=del;VARB=-0.0424621;OID=.;OPOS=100615985;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:45:129:56:132:76:32:24:46:30:99:72:26:19:45:27 chr13 100945533 . G A 1619.85 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308689;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.212;QD=59.9945;RBI=0.0328722;REFB=0;REVB=-0.0113002;RO=0;SAF=66;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010152;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:41:66:0:0:42:66:0:0 chr13 101287340 . C T 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.498;QD=58.2367;RBI=0.0300661;REFB=0;REVB=0.00204859;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27595e-05;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr13 101287365 . T C 990.06 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113335;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.365;QD=59.1079;RBI=0.0147001;REFB=0;REVB=-0.0146563;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114459;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:32:33:0:0:33:34:0:0 chr13 101322622 . G C 770.69 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.882;QD=55.0492;RBI=0.0465434;REFB=-0.110078;REVB=0.0381545;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132799;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000569655;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:35:20:0:1:35:20:0:1 chr13 101720300 . T G 429.44 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0112943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4771;QD=14.5573;RBI=0.0112945;REFB=-0.00962254;REVB=6.25674e-05;RO=68;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128203;STB=0.567708;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0145499;OID=.;OPOS=101720300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:69:49:49:0.415254:22:27:29:39:22:27:30:39 chr13 101736075 . A G 382.33 PASS AF=0.401786;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0179007;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4183;QD=13.6547;RBI=0.0757342;REFB=-0.00684733;REVB=-0.0735882;RO=66;SAF=26;SAR=18;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119697;STB=0.545435;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00873536;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:66:67:44:45:0.401786:18:26:46:20:18:27:45:22 chr13 101747984 . G A 321.54 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00379907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.29;QD=17.3804;RBI=0.0208028;REFB=-0.00667311;REVB=0.020453;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237485;STB=0.50705;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00866869;OID=.;OPOS=101747984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:34:35:0.472973:21:13:14:25:22:13:14:25 chr13 101795317 . A C,T 682.21 PASS AF=0.893617,0.0851064;AO=42,3;DP=46;FAO=42,4;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21,3;FSAR=21,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00215197,-0.00663673;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.0355,174.487;QD=58.06;RBI=0.0325527,0.0204792;REFB=-0.102272,-0.171853;REVB=0.0324815,0.0193739;RO=1;SAF=21,2;SAR=21,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0218287,-0.163246;STB=0.511622,0.571096;STBP=0.502,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=0.00267262,0.0616741;OID=.,.;OPOS=101795317,101795317;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:46:47:1:1:42,3:42,4:0.893617,0.0851064:21,1:21,2:1:0:21,1:21,3:1:0 chr13 101795422 . A G 1189.89 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.639;QD=61.02;RBI=0.010632;REFB=0;REVB=0.00754758;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21332e-05;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr13 102220193 . G T 294.91 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000851516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.23;QD=16.3838;RBI=0.00457309;REFB=-0.0361261;REVB=-0.00449312;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11115;STB=0.562092;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0471337;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:32:33:0.458333:14:18:17:21:14:19:18:21 chr13 102366825 . A G 518.41 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=-0.0358686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2063;QD=19.3799;RBI=0.0590173;REFB=0.00134493;REVB=-0.0468667;RO=52;SAF=44;SAR=10;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376851;STB=0.51793;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00246007;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:53:54:54:0.504673:10:44:41:11:10:44:42:11 chr13 102431351 . G C 340.18 PASS AF=0.383178;AO=40;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.000100422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.93;QD=12.7168;RBI=0.0370803;REFB=-0.00267203;REVB=-0.0370802;RO=64;SAF=15;SAR=25;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298088;STB=0.665997;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00692996;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:66:40:41:0.383178:25:15:42:22:25:16:44:22 chr13 103275386 . T C 437.81 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00958498;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9124;QD=18.6301;RBI=0.0285665;REFB=-0.00131595;REVB=0.0269105;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024412;STB=0.513612;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00197221;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:20:24:26:24:20:24:26:24 chr13 103328660 . A G 373.81 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0199993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.949;QD=14.8044;RBI=0.0206204;REFB=-0.0213824;REVB=-0.00502279;RO=59;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168907;STB=0.595374;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0406868;OID=.;OPOS=103328660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:16:26:27:32:16:26:27:32 chr13 103339365 . A G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00940952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.113;QD=14.6975;RBI=0.0155359;REFB=0.00520237;REVB=0.0123622;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191041;STB=0.609651;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0104606;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:8:13:13:17:8:13:13:17 chr13 103346806 . C G 485.79 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00318942;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.183;QD=49.8242;RBI=0.00596339;REFB=0.00825426;REVB=0.00503882;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.513421;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-7.75694e-05;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:1:4:35:35:0.897436:22:13:0:1:22:13:1:3 chr13 103383417 . T C 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0231004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.97;QD=15.1037;RBI=0.0250165;REFB=0.00385461;REVB=-0.00960194;RO=41;SAF=24;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185333;STB=0.585311;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00536658;OID=.;OPOS=103383417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:45:33:33:0.423077:9:24:23:18:9:24:27:18 chr13 103384824 . G A 373.56 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0108789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.278;QD=23.3476;RBI=0.0165339;REFB=-0.00957794;REVB=-0.0124506;RO=27;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241526;STB=0.632212;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0186925;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:20:17:21:6:20:17:21:6 chr13 103385014 . TA T,TG 1992.14 PASS AF=0.0458015,0.954198;AO=21,110;DP=132;FAO=6,125;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=4,65;FSAR=2,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280704,0.00381317;FXX=0.00757518;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.205,198.689;QD=60.8288;RBI=0.0353307,0.0520943;REFB=0,0;REVB=0.035219,0.0519545;RO=0;SAF=4,64;SAR=17,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.45803e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0155819,-3.02732e-05;OID=.,.;OPOS=103385015,103385015;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0458015,0.954198:21,110:132:6,125:131:0:4,65:2,60:0:0:11:0:4,64:17,46:0:0 chr13 103385299 . A C 1143.86 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218682;FXX=0.0506265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.637;QD=61.0058;RBI=0.0337972;REFB=0;REVB=0.0257688;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478303;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr13 103385798 . T C 1023.8 PASS AF=0.972973;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0338246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.774;QD=55.3405;RBI=0.0432921;REFB=0.0629562;REVB=0.0270204;RO=3;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125488;STB=0.500753;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0014871;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:3:2:69:72:0.972973:35:34:1:2:38:34:1:1 chr13 103386116 . C G 659.62 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274818;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.676;QD=62.8209;RBI=0.0329056;REFB=0;REVB=0.0180978;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42513e-05;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr13 103386283 . A G 2702.52 PASS AF=0.994286;AO=173;DP=179;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00998031;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.174;QD=61.7719;RBI=0.0147573;REFB=0.0406516;REVB=0.0108706;RO=0;SAF=84;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-5.16631e-05;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:175:0:1:173:174:0.994286:89:84:0:0:89:85:0:1 chr13 103388220 . A G 1256.35 PASS AF=0.988235;AO=79;DP=80;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.916;QD=59.1226;RBI=0.0394208;REFB=-0.0458371;REVB=0.0203087;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00028549;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:85:0:1:79:84:0.988235:42:37:0:0:44:40:0:1 chr13 103388370 . C T 457.09 PASS AF=0.46;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0275205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6822;QD=18.2835;RBI=0.0354719;REFB=-0.00882162;REVB=0.0223802;RO=52;SAF=27;SAR=19;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243984;STB=0.643892;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00674253;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:54:46:46:0.46:19:27:17:35:19:27:17:37 chr13 103391634 . C T 171.25 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00649942;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3978;QD=16.7069;RBI=0.0557432;REFB=-0.0232854;REVB=-0.055363;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791737;STB=0.561333;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0157187;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:12:6:9:13:12:6:10:13 chr13 103392562 . C A 682.09 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00690779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.907;QD=19.7706;RBI=0.0369343;REFB=-0.00962633;REVB=-0.0362825;RO=69;SAF=35;SAR=33;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332593;STB=0.521936;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0103613;OID=.;OPOS=103392562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:70:68:68:0.492754:33:35:33:36:33:35:33:37 chr13 103394003 . G A 52.75 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0729815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.683;QD=9.59105;RBI=0.0830726;REFB=-0.0247104;REVB=-0.0396833;RO=14;SAF=6;SAR=0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.74999;STB=0.828027;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.105979;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:22:14:14:6:8:0.363636:0:6:6:8:1:7:6:8 chr13 103394239 . C T 632.43 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.00734779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.485;QD=16.4266;RBI=0.0134394;REFB=-0.0170454;REVB=-0.0112528;RO=83;SAF=25;SAR=44;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191677;STB=0.600855;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0167354;OID=.;OPOS=103394239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:83:85:69:69:0.448052:44:25:46:37:44:25:46:39 chr13 103394613 . T G 40.95 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0626493;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4448;QD=12.601;RBI=0.101068;REFB=0.0372056;REVB=0.0793085;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0417926;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:8:7:6:6:0.461538:2:4:6:2:2:4:5:2 chr13 103394716 . T C 325.24 PASS AF=0.422222;AO=36;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=0.00559272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.928;QD=14.455;RBI=0.0820835;REFB=-0.00930401;REVB=0.0818928;RO=52;SAF=34;SAR=2;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354503;STB=0.58928;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.012418;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:36:38:0.422222:2:34:43:9:4:34:43:9 chr13 103395819 . C T 1489.26 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.105;QD=61.4127;RBI=0.0128388;REFB=-0.104921;REVB=-0.00749097;RO=2;SAF=48;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193458;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=9.69503e-06;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:2:1:95:96:0.989691:47:48:2:0:47:49:1:0 chr13 103396716 . C G 382.72 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.0265706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.439;QD=25.5144;RBI=0.0335099;REFB=0.00101067;REVB=0.0204186;RO=23;SAF=20;SAR=17;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313222;STB=0.67011;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00168401;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:17:20:2:21:17:20:2:21 chr13 103397387 . T G 192.92 PASS AF=0.425532;AO=21;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0441546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1555;QD=16.4185;RBI=0.0856957;REFB=0.00579971;REVB=0.0734447;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587823;STB=0.50442;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0029286;OID=.;OPOS=103397387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:27:21:20:0.425532:8:13:14:11:8:12:16:11 chr13 103397583 . C G 626.3 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.019936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1253;QD=20.3673;RBI=0.0218334;REFB=-0.0145338;REVB=0.00890239;RO=59;SAF=32;SAR=31;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302815;STB=0.520531;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0137851;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:59:60:63:63:0.512195:31:32:32:27:31:32:33:27 chr13 103397937 . T G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0164082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.317;QD=13.5055;RBI=0.0164275;REFB=-0.0130178;REVB=0.000794721;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170437;STB=0.599834;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0168523;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:7:10:5:7:7:10 chr13 103400729 . G A 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00310824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.049;QD=20.8103;RBI=0.00687015;REFB=-0.0188635;REVB=0.00612681;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117074;STB=0.565658;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0106713;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:15:8:11:12:15:8 chr13 103402522 . C T 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.000757332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.975;QD=14.6053;RBI=0.0489253;REFB=-0.0172426;REVB=-0.0489194;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217929;STB=0.623098;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0203866;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:15:19:17:32:15:19:17:32 chr13 103420671 . T TA,TAA 49.3 PASS AF=0.5,0;AO=13,5;DP=43;FAO=19,0;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9,0;FSAR=10,0;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.18242,-0.0907284;FXX=0.0256345;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.49292,13.2984;QD=5.1899;RBI=0.189529,0.0949448;REFB=-0.0892583,-0.0538614;REVB=-0.0514244,-0.0279796;RO=24;SAF=6,2;SAR=7,3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00351636,-0.0692618;STB=0.553018,0.5;STBP=0.527,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0238896,0.00205534;OID=.,.;OPOS=103420672,103420672;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:13,5:43:19,0:38:19:9,0:10,0:7:12:44:24:6,2:7,3:11:13 chr13 103420680 . C A 185.86 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00284171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7318;QD=19.0627;RBI=0.0368796;REFB=-0.0295419;REVB=0.0367699;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.515136;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0143991;OID=.;OPOS=103420680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:10:8:9:11:11:8:9:11 chr13 103449202 . T C 551.58 PASS AF=0.4;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=34;FWDB=0.00541343;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.132;QD=13.7894;RBI=0.00561792;REFB=-0.00764943;REVB=0.00150194;RO=93;SAF=38;SAR=26;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690329;STB=0.532777;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.012352;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:96:64:64:0.4:26:38:61:32:26:38:62:34 chr13 103527849 . G C 791.01 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00116087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.669;QD=48.6777;RBI=0.0166261;REFB=-0.0344605;REVB=0.0165855;RO=6;SAF=24;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462821;STB=0.524617;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00623569;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:65:6:6:59:59:0.907692:35:24:4:2:35:24:4:2 chr13 103527930 . G C 958.23 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.167;QD=55.5493;RBI=0.0335189;REFB=-0.0285748;REVB=0.029501;RO=2;SAF=37;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248544;STB=0.513154;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00165217;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:2:2:66:67:0.971014:29:37:2:0:30:37:2:0 chr13 103528002 . G C 332.87 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0654088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8419;QD=19.0214;RBI=0.0830775;REFB=0.00645783;REVB=0.0512206;RO=35;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827249;STB=0.546147;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00646693;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:12:23:20:15:12:23:20:15 chr13 103528337 . G A 323.84 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0406955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.721;QD=10.7947;RBI=0.0416036;REFB=-0.00501381;REVB=0.00864464;RO=79;SAF=15;SAR=26;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773364;STB=0.544655;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.010957;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:79:79:41:41:0.341667:26:15:34:45:26:15:34:45 chr13 103705044 . A C 484.1 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0421801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.275;QD=17.765;RBI=0.0450685;REFB=-0.0233265;REVB=-0.0158747;RO=55;SAF=25;SAR=27;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243714;STB=0.50371;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0256894;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:55:57:52:52:0.477064:27:25:25:30:27:25:27:30 chr13 107144320 . G A 273.37 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00325491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.923;QD=12.7149;RBI=0.0240486;REFB=0.00389818;REVB=-0.0238273;RO=54;SAF=13;SAR=19;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103852;STB=0.559609;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00564199;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:19:13:27:27:19:13:27:27 chr13 107145463 . G C 2881.01 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.164;QD=62.973;RBI=0.0263937;REFB=0;REVB=0.0021186;RO=0;SAF=102;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.38229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67224e-06;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:179:183:0:0:179:183:1:77:102:0:0:79:104:0:0 chr13 108863591 . G A 387.27 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0195401;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.908;QD=14.7533;RBI=0.0195447;REFB=-0.00296224;REVB=-0.000422276;RO=52;SAF=21;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489641;STB=0.547507;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00467067;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:60:43:45:0.428571:22:21:28:24:24:21:33:27 chr13 108885972 . G T 363.67 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0068248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.495;QD=19.9272;RBI=0.0179843;REFB=-0.0176212;REVB=-0.0166391;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104279;STB=0.579648;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0165935;OID=.;OPOS=108885972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:35:37:38:0.520548:21:16:10:22:21:17:10:25 chr13 109438084 . T A 532.18 PASS AF=0.377246;AO=61;DP=169;FAO=63;FDP=167;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.0186518;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.002;QD=12.7467;RBI=0.0187008;REFB=-0.00731607;REVB=0.00135361;RO=102;SAF=32;SAR=29;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533199;STB=0.500765;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0119897;OID=.;OPOS=109438084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:102:104:61:63:0.377246:29:32:54:48:29:34:56:48 chr13 109518578 . T C 491.1 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.00514494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.812;QD=17.2316;RBI=0.00628749;REFB=-0.0104117;REVB=-0.00361416;RO=60;SAF=34;SAR=19;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846117;STB=0.510726;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.012072;OID=.;OPOS=109518578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:61:53:53:0.464912:19:34:38:22:19:34:38:23 chr13 109661359 . C G 727.64 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.585;QD=57.0695;RBI=0.028494;REFB=0;REVB=0.0271323;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108814;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr13 109717928 . A G 223.76 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.01088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.806;QD=26.3242;RBI=0.0209164;REFB=-0.0243561;REVB=0.0178639;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205605;STB=0.618934;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0128843;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:12:8:9:4:13:8:9:4 chr13 109779906 . C T 1362.21 PASS AF=0.952381;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0647368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4837;QD=51.8939;RBI=0.0669906;REFB=0.00763183;REVB=0.0172306;RO=5;SAF=53;SAR=46;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306181;STB=0.506207;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.000586013;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:105:5:5:99:100:0.952381:46:53:1:4:47:53:2:3 chr13 109793474 . T C 952.42 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0929866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6153;QD=58.6105;RBI=0.101823;REFB=0;REVB=-0.0414903;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101733;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr13 109793720 . A C 2414.5 PASS AF=1;AO=153;DP=156;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640258;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.858;QD=61.1267;RBI=0.0707695;REFB=0;REVB=0.03015;RO=0;SAF=54;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09008e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:158:0:0:153:158:1:99:54:0:0:101:57:0:0 chr13 110408608 . C T 1694.94 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.135;QD=60.5334;RBI=0.0107314;REFB=0;REVB=-0.00955546;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83646e-05;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:60:52:0:0 chr13 110435953 . A G 383.73 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.268;QD=52.9288;RBI=0.133792;REFB=-0.152251;REVB=-0.133063;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054642;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00107353;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:0:1:8:20:0:1 chr13 110436232 . G A 457.47 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0685285;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.058;QD=55.4506;RBI=0.0691989;REFB=-0.0822473;REVB=0.00960905;RO=1;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169852;STB=0.509085;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00103128;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:27:5:0:1:27:5:0:1 chr13 110813709 . G A 1539.65 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00614989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.079;QD=58.6533;RBI=0.0132809;REFB=-0.103132;REVB=0.0117712;RO=1;SAF=47;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099887;STB=0.505154;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-7.07934e-07;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:56:47:1:0:56:48:1:0 chr13 110818598 . T G 458.43 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.00187986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.661;QD=14.2149;RBI=0.0202275;REFB=-0.0202379;REVB=0.0201399;RO=77;SAF=28;SAR=24;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105416;STB=0.5593;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0261386;OID=.;OPOS=110818598;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:24:28:49:28:24:28:49:28 chr13 110819586 . G A 444.58 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0184672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.428;QD=15.1993;RBI=0.0187317;REFB=-0.0199422;REVB=-0.00313636;RO=67;SAF=21;SAR=29;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17953;STB=0.600639;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0335536;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:29:21:40:27:29:21:40:27 chr13 110827574 . T A 1320.5 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2916;QD=62.1413;RBI=0.0484777;REFB=0;REVB=0.0445589;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262607;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr13 110827580 . C T 1241.32 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00437275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.746;QD=55.7898;RBI=0.0058692;REFB=-0.160706;REVB=0.00391492;RO=5;SAF=33;SAR=51;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448474;STB=0.523724;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00167247;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:89:89:5:5:84:84:0.94382:51:33:4:1:51:33:4:1 chr13 110833702 . C T 1123.52 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00592309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.2797;QD=55.4824;RBI=0.0315327;REFB=-0.0863862;REVB=0.0309714;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133301;STB=0.502262;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00094968;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:1:4:77:77:0.950617:42:35:1:0:42:35:2:2 chr13 110838814 . AG GC,GG 238.85 PASS AF=0,0.360465;AO=4,20;DP=80;FAO=0,31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=0,15;FSAR=0,16;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.00946363,0.0122836;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=191.208,115.321;QD=11.1093;RBI=0.0548908,0.0125109;REFB=-0.00838187,-0.0375205;REVB=-0.0540688,0.00237387;RO=47;SAF=0,10;SAR=4,10;SRF=39;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.731735,-0.401884;STB=0.5,0.654184;STBP=1,0.043;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.062315;OID=.,.;OPOS=110838814,110838814;OREF=AG,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:86:47:55:4,20:0,31:0,0.360465:4,10:0,10:39:8:0,16:0,15:40:15 chr13 110839550 . T G 2058.81 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1238;QD=62.3881;RBI=0.0502987;REFB=0;REVB=-0.0112443;RO=0;SAF=49;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103231;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:132:0:0:126:132:1:77:49:0:0:77:55:0:0 chr13 110843985 . T C 738.75 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.778;QD=54.7223;RBI=0.0242678;REFB=-0.0628525;REVB=0.0191654;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00178058;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:30:22:0:1:30:23:0:1 chr13 110857895 . A G 339.01 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00459259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3847;QD=17.8424;RBI=0.0112304;REFB=-0.0156656;REVB=-0.0102484;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323734;STB=0.523796;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.024188;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:36:36:0.473684:20:16:16:23:20:16:16:24 chr13 110859069 . G C 504.4 PASS AF=0.454545;AO=53;DP=119;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.0575758;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6444;QD=16.6744;RBI=0.0751551;REFB=-0.0143204;REVB=-0.0483044;RO=66;SAF=35;SAR=18;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411585;STB=0.525987;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0224838;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:66:66:53:55:0.454545:18:35:46:20:19:36:46:20 chr13 110861785 . C G 888.29 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.205;QD=56.3993;RBI=0.0321129;REFB=-7.3268e-05;REVB=0.0185428;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=9.04169e-05;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:32:30:0:0:32:30:1:0 chr13 110862161 . C T 340.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0112237;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.104;QD=17.7083;RBI=0.0186209;REFB=0.00568001;REVB=-0.0148582;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611795;STB=0.534228;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00675037;OID=.;OPOS=110862161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:41:41:36:36:0.467532:17:19:19:22:17:19:19:22 chr13 110864225 . A T 968.55 PASS AF=0.505319;AO=94;DP=187;FAO=95;FDP=188;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.000614289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.79;QD=20.6074;RBI=0.0136934;REFB=-0.00924756;REVB=0.0136796;RO=93;SAF=49;SAR=45;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044183;STB=0.52683;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00902946;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:93:93:94:95:0.505319:45:49:53:40:46:49:53:40 chr13 110864264 . C T 760.94 PASS AF=0.48;AO=72;DP=164;FAO=84;FDP=175;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.00756448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.167;QD=17.393;RBI=0.0215509;REFB=-0.0245851;REVB=0.0201797;RO=91;SAF=35;SAR=37;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841592;STB=0.527718;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.021734;OID=.;OPOS=110864264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:175:91:91:72:84:0.48:37:35:45:46:46:38:46:45 chr13 111077197 . G A 2619.68 PASS AF=0.967033;AO=174;DP=182;FAO=176;FDP=182;FR=.;FRO=6;FSAF=81;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00349334;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.983;QD=57.5753;RBI=0.0318686;REFB=-0.251881;REVB=0.0316765;RO=3;SAF=81;SAR=93;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651589;STB=0.504212;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00185374;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:182:182:3:6:174:176:0.967033:93:81:2:1:95:81:2:4 chr13 111088456 . A T 266.41 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00965415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2041;QD=15.9048;RBI=0.0179803;REFB=-0.0222542;REVB=0.0151687;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540016;STB=0.510971;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0399456;OID=.;OPOS=111088456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:14:16:19:17:14:16:19:18 chr13 111090909 . T C 208.2 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0102946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7952;QD=11.408;RBI=0.0117049;REFB=0.00769543;REVB=-0.0055701;RO=47;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539742;STB=0.515563;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0225713;OID=.;OPOS=111090909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:47:25:26:0.356164:10:15:26:21:11:15:26:21 chr13 111090924 . G A 247.87 PASS AF=0.375;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00114378;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.659;QD=12.3935;RBI=0.00428401;REFB=-0.00963719;REVB=-0.0041285;RO=46;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855695;STB=0.563409;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00876945;OID=.;OPOS=111090924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:50:29:30:0.375:11:18:25:21:12:18:25:25 chr13 111098226 . C T 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0123609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.724;QD=18.6057;RBI=0.0141867;REFB=-0.0258781;REVB=-0.00696218;RO=41;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271903;STB=0.522376;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0240202;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:16:23:23:18:16:23:23:19 chr13 111102042 . G A 474.61 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00137768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.137;QD=27.1204;RBI=0.00240468;REFB=-0.00807444;REVB=0.00197091;RO=26;SAF=18;SAR=26;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631936;STB=0.534467;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00399502;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:26:18:13:13:26:18:13:13 chr13 111109157 . G A 298.34 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0125123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.483;QD=13.5607;RBI=0.0345358;REFB=-0.0187656;REVB=0.0321895;RO=54;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719604;STB=0.541188;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0203889;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:24:10:19:35:24:10:19:35 chr13 111109618 . G C 262.06 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0362536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1285;QD=25.5664;RBI=0.0364656;REFB=-0.0215739;REVB=-0.003927;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286416;STB=0.658553;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0117081;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:4:13:9:15:4:13 chr13 111109670 . A C 521.6 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00421169;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.195;QD=23.9816;RBI=0.00850543;REFB=-0.0375994;REVB=-0.00738946;RO=37;SAF=27;SAR=21;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187313;STB=0.599308;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0275443;OID=.;OPOS=111109670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:38:48:49:0.563218:21:27:12:25:21:28:13:25 chr13 111109859 . A G 442.06 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0126652;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1356;QD=16.0748;RBI=0.0126652;REFB=0.00667161;REVB=-2.37556e-05;RO=60;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629542;STB=0.5306;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0107505;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:60:61:49:49:0.445455:23:26:28:32:23:26:29:32 chr13 111111173 . G A 455.11 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.000727352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.358;QD=18.024;RBI=0.0158557;REFB=-0.00391055;REVB=0.015839;RO=53;SAF=36;SAR=12;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627771;STB=0.535017;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00427949;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:12:36:37:16:12:36:37:16 chr13 111111235 . G A 299.9 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0061985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.915;QD=16.4329;RBI=0.00622783;REFB=-0.021673;REVB=0.000603684;RO=40;SAF=23;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210243;STB=0.602465;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0300462;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:9:23:21:19:10:23:21:19 chr13 111119396 . G C 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0250759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.487;QD=14.406;RBI=0.0315205;REFB=-0.0153619;REVB=0.0190982;RO=46;SAF=11;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254323;STB=0.644497;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0249302;OID=.;OPOS=111119396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:21:11:27:19:21:11:27:19 chr13 111154058 . T A 768.86 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049721;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.358;QD=56.9527;RBI=0.0329523;REFB=0;REVB=-0.032575;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163115;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr13 111154061 . T C 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9455;QD=57.1023;RBI=0.0180644;REFB=0;REVB=0.00503778;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40605e-05;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr13 111155773 . T C,G 1086.7 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=68,6;DP=74;FAO=68,6;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39,6;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170977,0.00801033;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.114,154.964;QD=58.7407;RBI=0.00173464,0.00838037;REFB=0,0;REVB=-0.000292694,-0.00246277;RO=0;SAF=39,6;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00317425,-0.0307558;OID=.,.;OPOS=111155773,111155773;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:74:74:0:0:68,6:68,6:0.918919,0.0810811:29,0:39,6:0:0:29,0:39,6:0:0 chr13 111156499 . C T 2462.1 PASS AF=0.944134;AO=155;DP=165;FAO=169;FDP=179;FR=.;FRO=10;FSAF=98;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0913463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0286;QD=55.019;RBI=0.0913947;REFB=0.000768476;REVB=0.00297399;RO=10;SAF=85;SAR=70;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402861;STB=0.521625;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000502048;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:165:179:10:10:155:169:0.944134:70:85:2:8:71:98:2:8 chr13 111158874 . A G 286.39 PASS AF=0.438356;AO=26;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0418691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8356;QD=15.6928;RBI=0.0484504;REFB=-0.00561668;REVB=-0.0243808;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791394;STB=0.516785;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.012911;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:41:26:32:0.438356:15:11:18:18:15:17:23:18 chr13 111164380 . G A 350.3 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.044974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.359;QD=20.9134;RBI=0.0937635;REFB=-0.0274033;REVB=0.0822735;RO=29;SAF=10;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896422;STB=0.559146;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0321878;OID=.;OPOS=111164380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:29:31:35:36:0.537313:25:10:11:18:25:11:13:18 chr13 111176393 . A G 747.3 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.332;QD=54.349;RBI=0.0412506;REFB=-0.0356515;REVB=-0.0283023;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000262636;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:22:31:1:0:23:31:1:0 chr13 111268387 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.000106582;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=280.14;QD=12.7384;RBI=0.0057024;REFB=-0.00820446;REVB=-0.00570141;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647644;STB=0.538369;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0131618;OID=.;OPOS=111268387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:8:2:2:6:8:2 chr13 111315405 . G A 188.25 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.136878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0922;QD=37.6497;RBI=0.145981;REFB=0.0203997;REVB=0.0507439;RO=3;SAF=15;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833323;STB=0.545404;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00759824;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:2:15:3:0:2:15:3:0 chr13 111319754 . T C 1695.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.713;QD=60.5459;RBI=0.013814;REFB=0;REVB=-0.00556728;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31345e-06;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:60:52:0:0:60:52:0:0 chr13 111365104 . A G 1334.66 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4242;QD=62.077;RBI=0.0266378;REFB=0;REVB=0.0213218;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95704e-05;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:29:56:0:0:30:56:0:0 chr13 111368163 . CT C,CG 201.35 PASS AF=0.235294,0.764706;AO=4,12;DP=17;FAO=4,13;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353964,0.0209012;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.273,120.977;QD=47.3758;RBI=0.0374779,0.0313469;REFB=0,0;REVB=0.0123159,0.0233617;RO=0;SAF=1,4;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.034064,-0.00972082;OID=.,.;OPOS=111368164,111368164;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.764706:4,12:17:4,13:17:0:1,4:3,9:0:0:18:0:1,4:3,8:0:0 chr13 111531885 . C A 859.66 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.955;QD=57.3104;RBI=0.0133514;REFB=0;REVB=0.00381615;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00156e-05;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:54:60:1:25:29:0:0:27:33:0:0 chr13 111806245 . A G 834.32 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.34;QD=57.5393;RBI=0.0664622;REFB=0;REVB=0.0241171;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143484;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chr13 111870037 . T C 955.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4243;QD=58.774;RBI=0.0630958;REFB=0;REVB=0.0586424;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028544;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr13 111980537 . C T 2065.3 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111276;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.694;QD=62.5847;RBI=0.0309634;REFB=0;REVB=0.0288948;RO=0;SAF=77;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127965;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:55:77:0:0:55:77:0:0 chr13 112725791 . G A 219.68 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000451394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0731;QD=15.9768;RBI=0.0763401;REFB=-0.0198748;REVB=-0.0763388;RO=29;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244024;STB=0.648778;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0671637;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:7:18:14:15:7:18:14:16 chr13 113479820 . A G 1896.34 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3608;QD=61.6697;RBI=0.0113866;REFB=0;REVB=-0.00676226;RO=0;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4083e-06;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:52:71:0:0:52:71:0:0 chr13 113530199 . G A 427.38 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.00459479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.885;QD=16.9261;RBI=0.0153777;REFB=-0.00748293;REVB=0.0146752;RO=49;SAF=25;SAR=21;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255201;STB=0.616186;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00824209;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:49:55:46:46:0.455446:21:25:13:36:21:25:18:37 chr13 113534907 . T C 694.96 PASS AF=0.449102;AO=75;DP=165;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=-0.00590878;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.252;QD=16.6459;RBI=0.0443396;REFB=-0.0189998;REVB=-0.0439441;RO=88;SAF=34;SAR=41;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111923;STB=0.559268;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0202515;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:88:92:75:75:0.449102:41:34:30:58:41:34:32:60 chr13 113540649 . G T 265.16 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0104774;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.196;QD=15.3714;RBI=0.0147853;REFB=-0.0135354;REVB=-0.0104321;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119661;STB=0.561604;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0158393;OID=.;OPOS=113540649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:39:30:30:0.434783:14:16:26:14:14:16:25:14 chr13 113656216 . C T 449.79 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0042647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.042;QD=24.3131;RBI=0.00607873;REFB=-0.0160588;REVB=-0.00433167;RO=30;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262346;STB=0.521401;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00944791;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:30:31:43:43:0.581081:23:20:15:15:23:20:16:15 chr13 113720476 . C T 347.04 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0387393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2844;QD=51.4132;RBI=0.0517588;REFB=-0.11109;REVB=0.0343255;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0029595;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:17:9:0:0:17:9:0:1 chr13 113728781 . G A 3003.29 PASS AF=0.994792;AO=190;DP=192;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=130;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.906;QD=62.5686;RBI=0.0195663;REFB=-0.0990737;REVB=0.0165617;RO=0;SAF=129;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504065;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000164386;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:192:0:1:190:191:0.994792:61:129:0:0:61:130:0:1 chr13 113732718 . G A 1623.0 PASS AF=0.5;AO=160;DP=328;FAO=161;FDP=322;FR=.;FRO=161;FSAF=107;FSAR=54;FSRF=92;FSRR=69;FWDB=0.0209184;FXX=0.0242417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.702;QD=20.1615;RBI=0.0466135;REFB=-0.0247683;REVB=0.0416562;RO=158;SAF=106;SAR=54;SRF=92;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789265;STB=0.550502;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0196956;OID=.;OPOS=113732718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:322:158:161:160:161:0.5:54:106:92:66:54:107:92:69 chr13 113747124 . A G 648.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.876;QD=61.7784;RBI=0.0427406;REFB=0;REVB=0.0398603;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307398;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr13 113747135 . T C 516.13 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5777;QD=58.9863;RBI=0.0314988;REFB=0;REVB=-0.00229041;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223764;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr13 113792754 . T C 295.33 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00918543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.455;QD=20.3677;RBI=0.0156074;REFB=-0.0172092;REVB=0.0126182;RO=27;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198218;STB=0.510995;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0143168;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:11:20:18:9:11:20:18:9 chr13 113801737 . C T 190.15 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00871953;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.833;QD=9.27563;RBI=0.0111377;REFB=-0.00487624;REVB=-0.00692954;RO=55;SAF=16;SAR=9;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156794;STB=0.593705;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00944879;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:55:57:25:25:0.304878:9:16:28:27:9:16:29:28 chr13 113818900 . A G 1861.83 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8484;QD=60.5472;RBI=0.0262924;REFB=0.01616;REVB=-0.0163834;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000126364;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:121:122:0.99187:56:65:0:0:56:66:0:1 chr13 113897320 . C T 2045.5 PASS AF=1;AO=128;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.617;QD=61.5189;RBI=0.02968;REFB=0;REVB=0.0296513;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056607;OID=.;OPOS=113897320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:128:133:1:60:68:0:0:60:73:0:0 chr13 113909339 . A G 755.26 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.056467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.349;QD=52.0869;RBI=0.0568705;REFB=-0.228009;REVB=-0.00676318;RO=2;SAF=20;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448247;STB=0.522719;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0017708;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:58:2:2:55:56:0.965517:35:20:2:0:35:21:2:0 chr13 113965176 . C A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0177696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.788;QD=44.6062;RBI=0.0205533;REFB=-0.00831206;REVB=0.0103287;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10217;STB=0.555502;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00027371;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:2:0:13:8:2:0 chr13 114309226 . G A 617.0 PASS AF=0.521008;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0456685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.563;QD=20.7396;RBI=0.0537771;REFB=-0.022255;REVB=-0.0283965;RO=54;SAF=43;SAR=18;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191439;STB=0.606315;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0277852;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:54:57:61:62:0.521008:18:43:27:27:18:44:29:28 chr13 114312354 . T G 1293.33 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.835;QD=61.5873;RBI=0.0250682;REFB=0;REVB=-0.00746161;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21264e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:34:49:0:0:34:50:0:0 chr13 114322289 . A G 272.34 PASS AF=0.442857;AO=28;DP=67;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00557429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.844;QD=15.5625;RBI=0.0064614;REFB=-0.0145779;REVB=0.00326757;RO=39;SAF=23;SAR=5;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280188;STB=0.640924;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0131053;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:39:39:28:31:0.442857:5:23:24:15:6:25:24:15 chr13 114453605 . C CTGTGTGCACG 37.15 PASS AF=0.171429;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0352461;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=10;MLLD=204.972;QD=4.24604;RBI=0.0376171;REFB=-0.0119146;REVB=-0.0131435;RO=28;SAF=3;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117017;STB=0.627018;STBP=0.579;TYPE=ins;VARB=0.0637868;OID=.;OPOS=114453606;OREF=-;OALT=TGTGTGCACG;OMAPALT=CTGTGTGCACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:5:37:6:35:29:4:2:15:14:37:28:3:2:14:14 chr13 114453873 . G C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.0281762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.291;QD=19.6962;RBI=0.127402;REFB=-0.0120654;REVB=0.124247;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318563;STB=0.677056;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0173673;OID=.;OPOS=114453873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:19:3:10:11:19:3 chr13 114453912 . C T 268.65 PASS AF=0.538462;AO=26;DP=50;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0030965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.322;QD=20.6655;RBI=0.039943;REFB=-0.0157279;REVB=0.0398228;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303251;STB=0.64855;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0199088;OID=.;OPOS=114453912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:23:24:26:28:0.538462:14:12:19:4:15:13:19:5 chr13 114524944 . A G 2369.27 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.392;QD=61.1423;RBI=0.0371877;REFB=0;REVB=0.0196375;RO=0;SAF=92;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47576e-05;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:155:0:0:152:155:1:60:92:0:0:60:95:0:0 chr13 114530114 . G A 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.000112778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.658;QD=19.7361;RBI=0.0243798;REFB=-0.00656689;REVB=-0.0243796;RO=37;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103446;STB=0.505744;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00501967;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:16:22:21:16:16:22:21:16 chr13 114531565 . C G 174.4 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00901616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0425;QD=9.82545;RBI=0.0362656;REFB=0.018715;REVB=-0.035127;RO=47;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208543;STB=0.615285;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0455429;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:14:9:27:20:14:9:27:21 chr13 114545925 . A G 553.13 PASS AF=0.36413;AO=65;DP=188;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=81;FWDB=0.0212608;FXX=0.0212755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2861;QD=12.0245;RBI=0.0501082;REFB=-0.0201122;REVB=-0.0453741;RO=103;SAF=23;SAR=42;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167615;STB=0.525491;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0392507;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:184:103:117:65:67:0.36413:42:23:35:68:44:23:36:81 chr13 114623880 . G A 1011.27 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.597;QD=58.6241;RBI=0.0830988;REFB=0;REVB=0.00229087;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745513;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:69:0:0:62:69:1:22:40:0:0:23:46:0:0 chr13 114780764 . A G 1044.16 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.036;QD=59.6664;RBI=0.0438881;REFB=0;REVB=-0.00996937;RO=0;SAF=17;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5611e-05;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:53:17:0:0:53:17:0:0 chr13 115004914 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00183584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.703;QD=14.0965;RBI=0.0106097;REFB=0.00151075;REVB=-0.0104496;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148238;STB=0.565099;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00145332;OID=.;OPOS=115004914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:5:6:5:8:5:6:6:8 chr13 115004935 . T C 65.04 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.038898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0269;QD=10.8402;RBI=0.0401886;REFB=-0.0057926;REVB=-0.010103;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750523;STB=0.545351;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0179707;OID=.;OPOS=115004935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:9:6:3:6:9:6 chr14 19378020 . C A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00473492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.554;QD=7.95374;RBI=0.00490299;REFB=-0.0149692;REVB=0.0012727;RO=19;SAF=7;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177329;STB=0.613708;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0280868;OID=.;OPOS=19378020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:1:7:15:4:1:7:15:4 chr14 19378030 . T A 467.83 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0253699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.667;QD=49.2447;RBI=0.0501908;REFB=-0.0016732;REVB=0.0433069;RO=4;SAF=30;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592397;STB=0.531895;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000419808;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:4:30:3:1:4:30:3:1 chr14 19553764 . A G 96.05 PASS AF=0.375;AO=13;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.158781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2681;QD=12.0063;RBI=0.159516;REFB=-0.0370366;REVB=-0.0153009;RO=19;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218205;STB=0.610894;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0337244;OID=.;OPOS=19553764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:13:12:0.375:12:1:3:16:11:1:3:17 chr14 20002286 . A G 68.62 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0062127;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.693;QD=5.71806;RBI=0.0182093;REFB=-0.00307271;REVB=0.0171167;RO=38;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296881;STB=0.702623;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0133768;OID=.;OPOS=20002286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:9:1:9:29:9:1:9:29 chr14 20181502 . C T 173.85 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.000448136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6688;QD=12.8776;RBI=0.0945196;REFB=0.000873425;REVB=-0.0945186;RO=33;SAF=18;SAR=3;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334422;STB=0.697453;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00712302;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:3:18:21:12:3:18:21:12 chr14 20216298 . T C 1210.82 PASS AF=0.666667;AO=103;DP=158;FAO=106;FDP=159;FR=.;FRO=53;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0123493;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.579;QD=30.4608;RBI=0.0790603;REFB=-0.0358897;REVB=0.0780899;RO=53;SAF=59;SAR=44;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100059;STB=0.553807;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0228676;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:53:53:103:106:0.666667:44:59:22:31:45:61:22:31 chr14 20295834 . T C 2191.3 PASS AF=0.695817;AO=181;DP=262;FAO=183;FDP=263;FR=.;FRO=80;FSAF=88;FSAR=95;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00294472;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.988;QD=33.3278;RBI=0.0165743;REFB=0.00151424;REVB=0.0163106;RO=80;SAF=88;SAR=93;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135866;STB=0.505599;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.000549481;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:80:80:181:183:0.695817:93:88:37:43:95:88:37:43 chr14 20296278 . G A 489.06 PASS AF=0.31401;AO=65;DP=207;FAO=65;FDP=207;FR=.;FRO=142;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=93;FSRR=49;FWDB=-0.0301285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4496;QD=9.45039;RBI=0.0466142;REFB=-0.0139671;REVB=-0.035569;RO=141;SAF=33;SAR=32;SRF=93;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181521;STB=0.601313;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0386913;OID=.;OPOS=20296278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:141:142:65:65:0.31401:32:33:93:48:32:33:93:49 chr14 20389606 . G A 287.76 PASS AF=0.284672;AO=39;DP=137;FAO=39;FDP=137;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=73;FWDB=-0.0382932;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.784;QD=8.40161;RBI=0.0388242;REFB=-0.00869388;REVB=-0.00639968;RO=97;SAF=10;SAR=29;SRF=24;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143893;STB=0.501228;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0213662;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:97:98:39:39:0.284672:29:10:24:73:29:10:25:73 chr14 20389721 . G A 67.92 PASS AF=0.2;AO=9;DP=53;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00697334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.067;QD=4.93938;RBI=0.017371;REFB=-0.00906095;REVB=-0.0159099;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258473;STB=0.644475;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.037256;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:53:55:44:44:9:11:0.2:3:6:20:24:4:7:20:24 chr14 20404091 . G A 111.04 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0147149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.347;QD=7.52778;RBI=0.0165343;REFB=0.00369777;REVB=-0.00754013;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13084;STB=0.570736;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0111159;OID=.;OPOS=20404091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:7:9:19:23:7:9:20:23 chr14 20404238 . G A 209.78 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0084707;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.584;QD=9.6449;RBI=0.00878652;REFB=-0.0064393;REVB=0.00233455;RO=60;SAF=15;SAR=12;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937951;STB=0.554934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0108281;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:60:60:27:27:0.310345:12:15:38:22:12:15:38:22 chr14 20404614 . C A 258.2 PASS AF=0.225275;AO=41;DP=181;FAO=41;FDP=182;FR=.;FRO=141;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=77;FSRR=64;FWDB=-0.0183417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.183;QD=5.67462;RBI=0.0188413;REFB=-0.00655301;REVB=-0.00431025;RO=139;SAF=17;SAR=24;SRF=76;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166589;STB=0.60123;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0184643;OID=.;OPOS=20404614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:139:141:41:41:0.225275:24:17:76:63:24:17:77:64 chr14 20404735 . C T 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0344566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.777;QD=7.71904;RBI=0.0350146;REFB=-0.00639743;REVB=0.00622612;RO=38;SAF=5;SAR=8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319914;STB=0.695372;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0174257;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:8:5:25:13:8:5:25:13 chr14 20404736 . G A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00280222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.134;QD=12.143;RBI=0.0117642;REFB=-0.00180889;REVB=-0.0114255;RO=33;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293532;STB=0.672298;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00372575;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:5:14:16:17:5:14:16:17 chr14 20404767 . A G 114.73 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00413388;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.302;QD=9.76397;RBI=0.0202055;REFB=-0.00690953;REVB=-0.0197781;RO=33;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277397;STB=0.66854;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0269235;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:33:33:14:14:0.297872:4:10:16:17:4:10:16:17 chr14 20444490 . C T 871.33 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.221;QD=57.1361;RBI=0.0388008;REFB=0;REVB=0.0103579;RO=0;SAF=11;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187011;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:57:61:1:46:11:0:0:46:15:0:0 chr14 20470399 . G A 459.08 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0582943;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.598;QD=17.0028;RBI=0.0584104;REFB=-0.0132232;REVB=-0.00368028;RO=58;SAF=24;SAR=26;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148613;STB=0.582492;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0136707;OID=.;OPOS=20470399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:58:50:50:0.462963:26:24:19:39:26:24:19:39 chr14 20470737 . G A 471.94 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.00335025;FXX=0.0190458;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.001;QD=18.3278;RBI=0.0216117;REFB=0.00555123;REVB=0.0213504;RO=51;SAF=28;SAR=22;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118989;STB=0.553052;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00590695;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:51:53:50:50:0.485437:22:28:35:16:22:28:35:18 chr14 20470903 . T C 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00530938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.881;QD=16.2356;RBI=0.0106905;REFB=0.00398963;REVB=0.00927889;RO=52;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131189;STB=0.577909;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00565928;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:21:19:18:34:21:19:18:35 chr14 20482471 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.208;QD=48.7335;RBI=0.0677745;REFB=0;REVB=0.0677265;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040503;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr14 20502120 . C T 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0261532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.365;QD=23.1236;RBI=0.0277943;REFB=-0.00502875;REVB=-0.00940924;RO=22;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13208;STB=0.573225;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00260921;OID=.;OPOS=20502120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:9:21:12:10:9:21:12:10 chr14 20528207 . G A 161.89 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.000575027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8663;QD=11.9921;RBI=0.00682227;REFB=-0.029626;REVB=-0.00679799;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372346;STB=0.714338;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0501047;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:24:10:13:7:24:10 chr14 20528321 . A G 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0125366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.232;QD=15.2908;RBI=0.0261373;REFB=0.0141688;REVB=0.0229345;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238988;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0131864;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:6:3:5:3:6:3:6:3 chr14 20528359 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.785;QD=43.4856;RBI=0.0895878;REFB=0;REVB=-0.0829803;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00566112;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr14 20528362 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0109651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.63;QD=10.0336;RBI=0.013488;REFB=-0.00830339;REVB=0.00785439;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.078725;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 66.0 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0158189;FXX=0;HRUN=1;LEN=19;MLLD=494.098;QD=11.0008;RBI=0.0188827;REFB=-0.00167058;REVB=-0.0103111;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523804;STB=0.67699;STBP=0.224;TYPE=del;VARB=0.00217082;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:24:9:24:15:7:2:8:7:66:12:7:1:5:7 chr14 20528505 . T A 308.22 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0196475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.255;QD=20.8964;RBI=0.0383052;REFB=0.00624178;REVB=0.0328826;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132251;STB=0.57319;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0026069;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:17:15:17:10:17:15:17:10 chr14 20528528 . G A 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00907296;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.935;QD=19.5009;RBI=0.00964196;REFB=-0.0185321;REVB=-0.00326326;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154788;STB=0.5915;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0139207;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:18:18:23:11:18:18:24:11 chr14 20529019 . C T 531.2 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.022393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.925;QD=16.7305;RBI=0.0224814;REFB=-0.0119649;REVB=0.00199157;RO=65;SAF=24;SAR=33;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142046;STB=0.575077;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0137883;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:65:70:57:57:0.448819:33:24:37:28:33:24:39:31 chr14 20529043 . C G 373.43 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00210559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1215;QD=14.7894;RBI=0.043897;REFB=0.00117451;REVB=0.0438465;RO=58;SAF=16;SAR=26;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244615;STB=0.642058;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000594347;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:26:16:36:22:26:16:37:22 chr14 20586042 . G C 294.75 PASS AF=0.356436;AO=33;DP=98;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.00951653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.591;QD=11.6731;RBI=0.0136645;REFB=-0.00651589;REVB=-0.00980583;RO=57;SAF=14;SAR=19;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354885;STB=0.662836;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0119763;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:57:65:33:36:0.356436:19:14:43:14:21:15:44:21 chr14 20586432 . C T 448.46 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00682847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.796;QD=21.6127;RBI=0.0205804;REFB=-0.017484;REVB=0.0194146;RO=38;SAF=16;SAR=28;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433698;STB=0.510583;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0237324;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:28:16:14:24:28:16:15:24 chr14 20665887 . G C 244.83 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0381505;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1777;QD=17.4878;RBI=0.0386962;REFB=-0.0194359;REVB=-0.0064758;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646628;STB=0.536301;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0231133;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:13:16:13:14:13:16 chr14 20697600 . T G 1700.8 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8473;QD=58.6482;RBI=0.023997;REFB=-0.0305788;REVB=0.000782875;RO=2;SAF=67;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.002961;STB=0.501559;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00305165;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:47:67:1:1:47:67:1:1 chr14 20757804 . C A 185.36 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0101608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6658;QD=13.7305;RBI=0.0599702;REFB=-0.0214455;REVB=0.0591032;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17215;STB=0.59762;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0324806;OID=.;OPOS=20757804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:25:7:8:14:25:7 chr14 20764585 . A C 348.9 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.037733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.967;QD=22.8789;RBI=0.0732629;REFB=-0.0442244;REVB=-0.0627987;RO=24;SAF=17;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144735;STB=0.592786;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.027549;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:26:35:35:0.57377:18:17:7:17:18:17:7:19 chr14 20784431 . G A 433.14 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00882373;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.072;QD=17.8614;RBI=0.0189955;REFB=0.000401985;REVB=-0.0168217;RO=54;SAF=31;SAR=13;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143394;STB=0.573736;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.000520869;OID=.;OPOS=20784431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:53:44:44:0.453608:13:31:31:23:13:31:31:22 chr14 20784718 . G T 400.16 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0147144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.816;QD=48.504;RBI=0.0203506;REFB=-0.0330959;REVB=0.0140582;RO=3;SAF=10;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120973;STB=0.565173;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00377034;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:20:10:3:0:20:10:3:0 chr14 20811442 . C T 792.55 PASS AF=0.479532;AO=75;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0153042;FXX=0.01156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.66;QD=18.5391;RBI=0.0156778;REFB=-0.0202399;REVB=0.00340217;RO=66;SAF=24;SAR=51;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164583;STB=0.610768;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0199136;OID=.;OPOS=20811442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:66:89:75:82:0.479532:51:24:33:33:53:29:50:39 chr14 20815013 . C T 191.47 PASS AF=0.465116;AO=17;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0268215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.227;QD=17.8114;RBI=0.0283966;REFB=-0.0180823;REVB=0.00932618;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354395;STB=0.68335;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0226484;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:23:17:20:0.465116:13:4:13:10:15:5:13:10 chr14 20824181 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.832;QD=57.5429;RBI=0.0479399;REFB=0;REVB=-0.00358742;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178517;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr14 20837701 . G C 254.6 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0132332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.162;QD=15.6679;RBI=0.0132477;REFB=-0.0181359;REVB=-0.000619008;RO=36;SAF=4;SAR=25;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297087;STB=0.671002;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0218347;OID=.;OPOS=20837701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:25:4:12:24:25:4:12:24 chr14 20841707 . C T 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00367733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.192;QD=18.4888;RBI=0.0263701;REFB=-0.00996449;REVB=-0.0261125;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352189;STB=0.503813;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00921182;OID=.;OPOS=20841707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:26:22:22:0.458333:10:12:13:11:10:12:14:12 chr14 20846331 . G GC 83.43 PASS AF=0.558824;AO=16;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.108211;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.5447;QD=9.81531;RBI=0.116586;REFB=-0.125794;REVB=-0.0433913;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299989;STB=0.641859;STBP=0.098;TYPE=ins;VARB=0.116702;OID=.;OPOS=20846332;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:16:35:19:34:15:4:15:7:8:61:18:3:13:8:10 chr14 20847202 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0237336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.101;QD=12.8689;RBI=0.0256322;REFB=-0.0206105;REVB=0.0096813;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206151;STB=0.618934;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0276555;OID=.;OPOS=20847202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:13:8:19:14:13:8:19:14 chr14 20850093 . C T 472.63 PASS AF=0.417323;AO=52;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00541204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.289;QD=14.8858;RBI=0.0433483;REFB=-0.00261387;REVB=0.0430091;RO=73;SAF=30;SAR=22;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161988;STB=0.518388;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00375071;OID=.;OPOS=20850093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:74:52:53:0.417323:22:30:41:32:22:31:41:33 chr14 20850156 . C G 476.56 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0076965;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.122;QD=16.5759;RBI=0.0200986;REFB=-0.0238401;REVB=-0.0185666;RO=62;SAF=27;SAR=25;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285189;STB=0.511226;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0294807;OID=.;OPOS=20850156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:62:63:52:52:0.452174:25:27:34:28:25:27:34:29 chr14 20852029 . A G 191.01 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0195745;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.619;QD=21.2229;RBI=0.0201771;REFB=-0.0129401;REVB=0.00489413;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205733;STB=0.523784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0140216;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:17:19:19:0.527778:8:11:10:8:8:11:9:8 chr14 20852770 . G T 327.98 PASS AF=0.578947;AO=31;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0252643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.847;QD=23.0164;RBI=0.0387715;REFB=-0.0556919;REVB=0.02941;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455643;STB=0.511175;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.028084;OID=.;OPOS=20852770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:24:31:33:0.578947:15:16:11:13:17:16:11:13 chr14 20852817 . G A 192.95 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0871733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2451;QD=17.9487;RBI=0.0881863;REFB=-0.045674;REVB=0.0133276;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200944;STB=0.633998;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0987675;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:20:20:0.465116:16:4:8:14:16:4:9:14 chr14 20854734 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.151;QD=64.1538;RBI=0.00776095;REFB=0;REVB=-0.00269473;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80736e-06;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr14 20872881 . G T 156.33 PASS AF=0.367347;AO=15;DP=46;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.000614972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.659;QD=12.7619;RBI=0.0178826;REFB=-0.0122367;REVB=0.017872;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157202;STB=0.579959;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0225359;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:31:31:15:18:0.367347:11:4:12:19:13:5:12:19 chr14 20876305 . A G 192.92 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0289634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.587;QD=23.3838;RBI=0.030023;REFB=-0.053981;REVB=0.0079059;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196148;STB=0.608592;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0228362;OID=.;OPOS=20876305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:12:2:7:12:12:2 chr14 20897064 . C T 537.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108585;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.748;QD=59.719;RBI=0.016359;REFB=0;REVB=0.0122356;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646662;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr14 20897676 . T C 1625.96 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238215;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.76;QD=60.2208;RBI=0.0403593;REFB=0;REVB=0.0325793;RO=1;SAF=50;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.986e-05;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:1:0:102:108:1:52:50:1:0:56:52:0:0 chr14 20925851 . TTA T,TTT 62.35 PASS AF=0.333333,0;AO=11,6;DP=63;FAO=17,0;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6,0;FSAR=11,0;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.20054,-0.190168;FXX=0.0727141;HRUN=6,9;LEN=2,1;MLLD=13.3748,10.5975;QD=4.89029;RBI=0.286082,0.190347;REFB=-0.0499176,0.0286375;REVB=0.204026,0.00824523;RO=31;SAF=8,0;SAR=3,6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0.368071,0;SSSB=0.457606,-0.62472;STB=0.521172,0.5;STBP=0.848,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0965754,0;OID=.,.;OPOS=20925852,20925853;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:11,6:63:17,0:51:34:6,0:11,0:13:21:63:31:8,0:3,6:10:21 chr14 21081996 . C T 1995.34 PASS AF=0.963504;AO=131;DP=137;FAO=132;FDP=137;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00452503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.765;QD=58.258;RBI=0.0442928;REFB=-0.151122;REVB=0.044061;RO=5;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035161;STB=0.518516;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00134643;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:137:137:5:5:131:132:0.963504:65:66:0:5:65:67:0:5 chr14 21099310 . C T 213.92 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0556256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0973;QD=10.5638;RBI=0.0565643;REFB=-0.0167182;REVB=0.0102621;RO=54;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16816;STB=0.597755;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0299241;OID=.;OPOS=21099310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:12:15:22:32:12:15:22:32 chr14 21099313 . C T 214.33 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00802441;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.858;QD=10.455;RBI=0.00891887;REFB=-0.0105667;REVB=0.00389296;RO=55;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156806;STB=0.591331;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00991524;OID=.;OPOS=21099313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:55:55:27:27:0.329268:12:15:23:32:12:15:23:32 chr14 21099400 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00857746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.053;QD=16.5778;RBI=0.013388;REFB=-0.0203232;REVB=-0.0102794;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148572;STB=0.582966;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0221038;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:19:13:10:28:19:13:10:28 chr14 21101155 . C T 171.48 PASS AF=0.343284;AO=20;DP=64;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0126564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.66;QD=10.2379;RBI=0.0139436;REFB=-0.0240618;REVB=-0.00585154;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482634;STB=0.517226;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0449953;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:44:44:20:23:0.343284:9:11:26:18:10:13:26:18 chr14 21101236 . CCTTTA C 95.72 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0226128;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=5;MLLD=253.72;QD=5.46944;RBI=0.0285271;REFB=-0.00440634;REVB=0.0173914;RO=46;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067735;STB=0.558081;STBP=0.579;TYPE=del;VARB=0.0099916;OID=.;OPOS=21101237;OREF=CTTTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:20:72:20:70:50:8:12:24:26:95:46:8:12:21:25 chr14 21109141 . C T 277.34 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000133667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2832;QD=22.6399;RBI=0.0327046;REFB=-0.0238758;REVB=0.0327043;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143218;STB=0.565865;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0224181;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:25:26:0.530612:9:16:11:12:10:16:11:12 chr14 21109170 . T A 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9903;QD=58.2372;RBI=0.0371478;REFB=0;REVB=-0.032822;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282608;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr14 21109278 . A T 179.27 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00120536;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.146;QD=12.5807;RBI=0.0230028;REFB=-0.0160474;REVB=-0.0229712;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157816;STB=0.582325;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0325071;OID=.;OPOS=21109278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:35:22:22:0.385965:13:9:19:15:13:9:19:16 chr14 21109385 . C T 45.66 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00891086;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.279;QD=7.30622;RBI=0.0101771;REFB=-0.019539;REVB=0.00491629;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883077;STB=0.571233;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0518264;OID=.;OPOS=21109385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:25:17:18:7:7:0.28:4:3:6:11:4:3:6:12 chr14 21109671 . A G 244.56 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0146827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.596;QD=14.6006;RBI=0.0154257;REFB=-0.00208012;REVB=0.00472952;RO=34;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197635;STB=0.609676;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00732036;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:38:28:29:0.432836:20:8:16:18:21:8:17:21 chr14 21109726 . G A 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0131005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.085;QD=19.941;RBI=0.0134862;REFB=-0.0242841;REVB=0.0032023;RO=26;SAF=12;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251018;STB=0.515409;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0178744;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:29:32:32:0.52459:20:12:9:17:20:12:10:19 chr14 21149930 . T C 404.88 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0111694;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2484;QD=15.8775;RBI=0.0123729;REFB=0.00149509;REVB=0.00532285;RO=57;SAF=24;SAR=21;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636134;STB=0.535604;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00200748;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:57:57:45:45:0.441176:21:24:34:23:21:24:34:23 chr14 21151483 . T G 1324.34 PASS AF=0.461279;AO=134;DP=293;FAO=137;FDP=297;FR=.;FRO=160;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=96;FSRR=64;FWDB=0.0371702;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5965;QD=17.8362;RBI=0.0392878;REFB=-0.0237851;REVB=0.0127242;RO=158;SAF=52;SAR=82;SRF=94;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202574;STB=0.610637;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0288739;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:297:158:160:134:137:0.461279:82:52:94:64:83:54:96:64 chr14 21152167 . G C 364.01 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0145015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.809;QD=15.8263;RBI=0.0317679;REFB=-0.0151895;REVB=0.0282649;RO=53;SAF=25;SAR=14;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202557;STB=0.511426;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0278127;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:14:25:33:20:14:25:33:20 chr14 21167561 . C T 257.41 PASS AF=0.392405;AO=29;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00544599;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.601;QD=13.0334;RBI=0.0168568;REFB=-0.0181438;REVB=-0.0159528;RO=45;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019716;STB=0.528237;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0284793;OID=.;OPOS=21167561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:48:29:31:0.392405:16:13:21:24:16:15:21:27 chr14 21215923 . G T 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0337098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.047;QD=25.7314;RBI=0.0351372;REFB=0.00412845;REVB=-0.00991309;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702482;STB=0.538977;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00297503;OID=.;OPOS=21215923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:16:10:9:10:16:10:9:10 chr14 21216499 . C T 698.48 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1836;QD=62.0868;RBI=0.0286148;REFB=0;REVB=-0.0279423;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60363e-05;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:38:45:1:21:17:0:0:28:17:0:0 chr14 21238318 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0394073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2812;QD=9.49163;RBI=0.0420969;REFB=-0.00142418;REVB=-0.014806;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.576108;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00134849;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:6:12:5:4:6:12 chr14 21238322 . C G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.014647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0989;QD=26.3985;RBI=0.0533281;REFB=-0.00429895;REVB=0.0512772;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114781;STB=0.564029;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00407878;OID=.;OPOS=21238322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:12:6:5:5:12:6:5:5 chr14 21238767 . A G 309.37 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0138135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.07;QD=16.0711;RBI=0.0227839;REFB=-0.0099803;REVB=-0.0181188;RO=42;SAF=21;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517608;STB=0.519988;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0174984;OID=.;OPOS=21238767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:34:34:0.441558:13:21:28:14:13:21:28:15 chr14 21238798 . T C 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0124859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.432;QD=20.4487;RBI=0.0125974;REFB=-0.0148574;REVB=0.00167293;RO=43;SAF=28;SAR=16;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143287;STB=0.507933;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0180559;OID=.;OPOS=21238798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:16:28:28:15:16:28:28:15 chr14 21238862 . A G 425.55 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0155552;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.309;QD=18.303;RBI=0.0222877;REFB=-0.0128784;REVB=0.0159617;RO=48;SAF=26;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139919;STB=0.578618;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0221763;OID=.;OPOS=21238862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:48:50:43:43:0.462366:17:26:22:26:17:26:23:27 chr14 21239007 . A T 331.62 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00110191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1448;QD=21.3949;RBI=0.00545146;REFB=-0.0242585;REVB=0.00533893;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123473;STB=0.568099;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0171496;OID=.;OPOS=21239007;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:16:18:19:9:16:18:19:9 chr14 21239104 . G C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0270997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.832;QD=22.6786;RBI=0.0319724;REFB=-0.0260271;REVB=0.016966;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200612;STB=0.592391;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00778481;OID=.;OPOS=21239104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:4:5:10:10:0.666667:2:8:2:2:2:8:3:2 chr14 21250124 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00744782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.285;QD=15.2589;RBI=0.0149801;REFB=-0.024315;REVB=0.0129975;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372308;STB=0.726508;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0168659;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:3:3:6:1:3:3 chr14 21250366 . T C 1527.18 PASS AF=0.972222;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0209526;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0754;QD=56.5624;RBI=0.0301371;REFB=-0.103096;REVB=0.0216618;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.513041;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000764729;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:106:108:1:3:103:105:0.972222:54:49:0:1:56:49:0:3 chr14 21360215 . AC A,AG 1078.66 PASS AF=0.226667,0.773333;AO=18,56;DP=75;FAO=17,58;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=16,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158868,0.0141703;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.625,144.097;QD=57.5286;RBI=0.0191662,0.0639607;REFB=0,0;REVB=0.0107217,0.0623712;RO=0;SAF=1,38;SAR=17,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.76069e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0268042,-0.0020667;OID=.,.;OPOS=21360216,21360216;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.226667,0.773333:18,56:75:17,58:75:0:1,39:16,19:0:0:92:0:1,38:17,18:0:0 chr14 21387994 . A G 627.31 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00227366;FXX=0.0259723;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.436;QD=16.7283;RBI=0.0054431;REFB=-0.00170184;REVB=0.00494548;RO=81;SAF=31;SAR=37;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133125;STB=0.570432;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00275156;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:81:82:68:68:0.453333:37:31:48:33:37:31:48:34 chr14 21388266 . G C 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0187864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.96;QD=17.9503;RBI=0.0199167;REFB=-0.00754048;REVB=-0.00661415;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100449;STB=0.565937;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.010325;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:11:16:13:14:11:16:13:15 chr14 21458320 . CCCCG C 593.44 PASS AF=0.453659;AO=79;DP=207;FAO=93;FDP=205;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=76;FSRR=36;FWDB=0.0382269;FXX=0.0284347;HRUN=5;LEN=4;MLLD=247.688;QD=11.5793;RBI=0.0385093;REFB=0.00593039;REVB=0.00465549;RO=94;SAF=39;SAR=40;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110351;STB=0.589335;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=-0.00609699;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453659:79:207:93:205:112:48:45:76:36:99:94:39:40:57:37 chr14 21463050 . G C 583.08 PASS AF=0.403614;AO=67;DP=166;FAO=67;FDP=166;FR=.;FRO=99;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=0.027552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.82;QD=14.0501;RBI=0.0276251;REFB=-0.00612569;REVB=0.00200803;RO=99;SAF=21;SAR=46;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601407;STB=0.533893;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00811214;OID=.;OPOS=21463050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:99:67:67:0.403614:46:21:36:63:46:21:36:63 chr14 21467913 . T G 401.71 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00353221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.189;QD=16.3965;RBI=0.0320485;REFB=-0.00389;REVB=0.0318533;RO=55;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280548;STB=0.513612;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00767335;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:56:41:42:0.428571:19:22:28:27:20:22:28:28 chr14 21469268 . C T 257.86 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0399949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8732;QD=16.636;RBI=0.0752286;REFB=0.00289096;REVB=0.0637162;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150803;STB=0.567581;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000616469;OID=.;OPOS=21469268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:13:16:12:19:13:16:14:19 chr14 21486137 . G C 1308.91 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4301;QD=60.8795;RBI=0.100389;REFB=0;REVB=-0.0998478;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120318;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:81:86:1:33:48:0:0:33:53:0:0 chr14 21488068 . C T 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0126971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.221;QD=14.3844;RBI=0.021654;REFB=-0.00892729;REVB=0.0175407;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824947;STB=0.547023;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0141856;OID=.;OPOS=21488068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:50:34:34:0.404762:19:15:25:23:19:15:26:24 chr14 21500541 . T TA 87.79 PASS AF=0.444444;AO=17;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.015813;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.8483;QD=7.80374;RBI=0.0162859;REFB=-0.0369149;REVB=-0.003896;RO=27;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174484;STB=0.513076;STBP=0.879;TYPE=ins;VARB=0.0133657;OID=.;OPOS=21500542;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:17:46:20:45:25:6:14:8:17:87:27:4:13:10:17 chr14 21501095 . T C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0115607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.66;QD=11.1854;RBI=0.0742552;REFB=0.00138694;REVB=0.0733498;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764449;STB=0.5447;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00199619;OID=.;OPOS=21501095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:19:16:10:9:19:16 chr14 21501151 . G T 239.05 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0120004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1555;QD=20.7872;RBI=0.0291847;REFB=-0.00717925;REVB=0.0266033;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968126;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00997054;OID=.;OPOS=21501151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:9:14:11:11:9:14:11:12 chr14 21501195 . G A 188.16 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0482089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0443;QD=14.201;RBI=0.0510651;REFB=-0.0263977;REVB=-0.0168387;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179026;STB=0.610072;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0512198;OID=.;OPOS=21501195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:31:22:22:0.415094:10:12:11:19:10:12:11:20 chr14 21502345 . A G 814.19 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0083163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1922;QD=52.5281;RBI=0.0407367;REFB=-0.0485724;REVB=0.0398788;RO=3;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553977;STB=0.529402;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00817074;OID=.;OPOS=21502345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:3:3:59:59:0.951613:24:35:0:3:24:35:0:3 chr14 21511458 . G C 402.98 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0516864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.1855;QD=46.0551;RBI=0.0962663;REFB=-0.108454;REVB=-0.081214;RO=2;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548082;STB=0.526785;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0118632;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:35:35:2:4:31:31:0.885714:15:16:2:0:15:16:3:1 chr14 21511497 . C T 804.21 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598763;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.594;QD=57.4432;RBI=0.00676084;REFB=0;REVB=0.00313964;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71625e-06;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr14 21511789 . G A 1101.84 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991638;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3764;QD=60.3751;RBI=0.0830664;REFB=0;REVB=0.0824724;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862222;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr14 21526079 . C T 78.66 PASS AF=0.416667;AO=7;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00364754;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.841;QD=13.1108;RBI=0.0551473;REFB=-0.00944655;REVB=-0.0550265;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558176;STB=0.74022;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0199853;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:24:10:14:7:10:0.416667:6:1:7:3:8:2:8:6 chr14 21542753 . G A 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00938562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.308;QD=23.262;RBI=0.0270863;REFB=-0.0108679;REVB=-0.0254083;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638071;STB=0.535683;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0219691;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:11:8:8:15:11:8 chr14 21546603 . TG T,TGG 48.96 PASS AF=0.111111,0.555556;AO=3,8;DP=18;FAO=2,10;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=1,5;FSAR=1,5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0782183,0.0794593;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.277,8.64406;QD=10.8797;RBI=0.141397,0.118526;REFB=-0.0567623,0.0431831;REVB=-0.117792,0.0879466;RO=6;SAF=1,5;SAR=2,3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.213494;STB=0.623829,0.562377;STBP=0.78,0.562;TYPE=del,ins;VARB=0.0718583,0.044239;OID=.,.;OPOS=21546604,21546604;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.555556:3,8:18:2,10:18:6:1,5:1,5:2:4:18:6:1,5:2,3:2:4 chr14 21549893 . G C 115.31 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0185995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9711;QD=17.7397;RBI=0.0469729;REFB=-0.0490103;REVB=0.0431337;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233662;STB=0.546694;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0591678;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:3:9:10:3:4:9:10:3 chr14 21550473 . G GC 33.75 PASS AF=0.0867347;AO=30;DP=199;FAO=17;FDP=196;FR=.;FRO=179;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=116;FWDB=0.00497266;FXX=0.00507588;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.7383;QD=0.688692;RBI=0.0685744;REFB=-0.00777754;REVB=-0.0683938;RO=164;SAF=16;SAR=14;SRF=56;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246302;STB=0.706273;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=0.203875;OID=.;OPOS=21550474;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0867347:30:199:17:196:179:10:7:63:116:33:164:16:14:56:108 chr14 21551058 . G A 216.64 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0153006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.038;QD=12.9335;RBI=0.0153031;REFB=-0.0225026;REVB=-0.000273946;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508838;STB=0.529242;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0290422;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:25:16:9:17:25:16 chr14 21551069 . T C 179.42 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00579643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.369;QD=12.5911;RBI=0.00825391;REFB=-0.0189606;REVB=0.0058761;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857102;STB=0.542049;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0215542;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:8:14:19:15:8:14:20:15 chr14 21556963 . A AT 96.6 PASS AF=0.387755;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0529188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2541;QD=7.88588;RBI=0.130959;REFB=-0.0033054;REVB=0.119791;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152422;STB=0.520526;STBP=0.84;TYPE=ins;VARB=0.0136355;OID=.;OPOS=21556964;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:17:49:19:49:30:12:7:18:12:96:31:12:5:18:13 chr14 21562560 . T C 300.44 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=61;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00326696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.691;QD=19.0754;RBI=0.0263105;REFB=0.000415697;REVB=-0.0261068;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745867;STB=0.539394;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00119197;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:29:31:30:32:0.507937:18:12:14:15:20:12:14:17 chr14 21570273 . T C 272.82 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0532888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.693;QD=24.2506;RBI=0.0537703;REFB=-0.0148622;REVB=0.00717929;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134053;STB=0.587085;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0107303;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:9:16:9:10:9:16:9:11 chr14 21570614 . A C 478.05 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.000904173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.454;QD=19.7133;RBI=0.00314682;REFB=-0.0097723;REVB=-0.00301413;RO=50;SAF=23;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272779;STB=0.515145;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0175341;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:24:23:23:27:24:23:23:27 chr14 21623290 . T C 608.65 PASS AF=0.453237;AO=61;DP=138;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00513555;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.899;QD=17.5151;RBI=0.00589934;REFB=-0.0078734;REVB=-0.00290316;RO=75;SAF=34;SAR=27;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898907;STB=0.551983;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00777407;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:75:76:61:63:0.453237:27:34:35:40:28:35:35:41 chr14 21623303 . G T 546.42 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0220174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.814;QD=15.7244;RBI=0.0231276;REFB=-0.0244617;REVB=-0.0070796;RO=80;SAF=35;SAR=24;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135065;STB=0.575717;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0326321;OID=.;OPOS=21623303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:80:59:59:0.42446:24:35:37:43:24:35:37:43 chr14 21623489 . C T 476.71 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00940321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.278;QD=24.764;RBI=0.0314271;REFB=-0.0234005;REVB=-0.0299874;RO=30;SAF=12;SAR=33;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306437;STB=0.523799;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0248293;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:30:32:45:45:0.584416:33:12:9:21:33:12:10:22 chr14 21623648 . G A 50.11 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0468807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.258;QD=10.5491;RBI=0.0473465;REFB=0.00645493;REVB=-0.00662508;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.624653;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0195464;OID=.;OPOS=21623648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:19:8:11:6:7:0.368421:2:4:3:5:3:4:4:7 chr14 21623836 . G A 362.05 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0435264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.628;QD=13.2861;RBI=0.0643637;REFB=-0.030249;REVB=-0.0474146;RO=63;SAF=23;SAR=20;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556596;STB=0.524945;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0495394;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:63:66:43:43:0.394495:20:23:37:26:20:23:38:28 chr14 21770730 . A G 394.13 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0191301;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.128;QD=17.3244;RBI=0.0232204;REFB=-0.0183737;REVB=0.0131616;RO=49;SAF=15;SAR=26;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220985;STB=0.618654;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0160858;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:50:41:41:0.450549:26:15:29:20:26:15:29:21 chr14 21778717 . AAAT A 77.31 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0145553;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=270.972;QD=13.4446;RBI=0.01744;REFB=-0.0139427;REVB=0.00960717;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0.328205;SSEP=0;SSSB=-0.200531;STB=0.650906;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.0204536;OID=.;OPOS=21778718;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:11:23:11:23:12:5:6:9:3:76:10:5:6:7:3 chr14 21778792 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.457;QD=59.8394;RBI=0.0508648;REFB=0;REVB=0.0291766;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154942;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr14 21793513 . C G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00121314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.133;QD=17.0334;RBI=0.0100088;REFB=-0.0105123;REVB=0.009935;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974848;STB=0.580022;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0104522;OID=.;OPOS=21793513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:22:18:18:0.45:8:10:9:11:8:10:9:13 chr14 21796784 . G C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.056288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6102;QD=10.3903;RBI=0.0652368;REFB=0.00208544;REVB=0.0329772;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528175;STB=0.826582;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00245613;OID=.;OPOS=21796784;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:7:4:6:1:7:4 chr14 21829129 . C G 1779.34 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0164327;FXX=0.0319974;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.602;QD=58.8211;RBI=0.0171221;REFB=-0.116678;REVB=-0.00480953;RO=3;SAF=71;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196434;STB=0.510343;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00097441;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:121:3:3:118:118:0.975207:47:71:3:0:47:71:3:0 chr14 21831052 . T C 948.87 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0107449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.878;QD=55.8158;RBI=0.0575035;REFB=-0.00432315;REVB=0.0564907;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000410746;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:0:2:66:66:0.970588:30:36:0:0:30:36:2:0 chr14 21851834 . G A 416.06 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.0187289;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9241;QD=13.5303;RBI=0.0204064;REFB=-0.00947775;REVB=0.00810252;RO=75;SAF=22;SAR=26;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193927;STB=0.609467;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0135881;OID=.;OPOS=21851834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:75:48:48:0.390244:26:22:48:27:26:22:48:27 chr14 21871653 . C T 856.32 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9381;QD=57.0877;RBI=0.0508301;REFB=0;REVB=-0.0326853;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255643;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:22:37:0:0:22:38:0:0 chr14 21960816 . T C 994.15 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.885;QD=57.6316;RBI=0.0305306;REFB=-0.0385119;REVB=-0.0106035;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000474994;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:1:0:38:30:1:0 chr14 21960969 . G A 566.84 PASS AF=0.684932;AO=45;DP=68;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0425148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.416;QD=31.0599;RBI=0.0472409;REFB=0.00822475;REVB=-0.020596;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.575216;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00174483;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:0:23:45:50:0.684932:29:16:0:0:33:17:13:10 chr14 21990555 . G A 209.74 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.015085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.596;QD=18.6436;RBI=0.0205926;REFB=-0.0351014;REVB=-0.0140178;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100444;STB=0.556908;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0413351;OID=.;OPOS=21990555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:10:14:10:11:10:14 chr14 21993498 . G A 727.61 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5943;QD=63.2701;RBI=0.0881396;REFB=0;REVB=0.049211;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166696;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr14 22038450 . G A 221.46 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.034829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9387;QD=25.3096;RBI=0.052994;REFB=0.0025481;REVB=0.0399413;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359042;STB=0.519981;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0022723;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:8:6:8:13:8:6 chr14 22038525 . G T 753.54 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.854;QD=61.5135;RBI=0.0296146;REFB=-0.0945981;REVB=0.018095;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000391333;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:15:33:0:0:15:33:1:0 chr14 22038658 . CT C,CC 420.81 PASS AF=1,0;AO=8,21;DP=29;FAO=29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146367,-0.188553;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.174,145.39;QD=58.0423;RBI=0.161159,0.220991;REFB=0,0;REVB=-0.0674443,-0.11526;RO=0;SAF=5,13;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00193539,0;OID=.,.;OPOS=22038659,22038659;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,21:29:29,0:29:0:18,0:11,0:0:0:4:0:5,13:3,8:0:0 chr14 22102374 . T C 235.23 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.27;QD=49.5224;RBI=0.0174967;REFB=0;REVB=-0.00954996;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09739e-05;OID=.;OPOS=22102374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:8:11:0:0 chr14 22102439 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.336;QD=42.1826;RBI=0.0369454;REFB=0;REVB=-0.0364605;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263317;OID=.;OPOS=22102439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr14 22102592 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.211;QD=46.848;RBI=0.0805144;REFB=0;REVB=0.0417935;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194456;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr14 22102612 . T C 223.08 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7248;QD=49.5726;RBI=0.0829906;REFB=0;REVB=0.0816993;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019996;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr14 22102745 . C A 250.89 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00373799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.458;QD=19.678;RBI=0.00375786;REFB=-0.0226863;REVB=0.000385953;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876366;STB=0.548982;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0289642;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:10:15:13:13:10:15 chr14 22236771 . C T 423.63 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.035724;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.151;QD=17.6511;RBI=0.0359377;REFB=-0.00119826;REVB=-0.00391273;RO=52;SAF=26;SAR=17;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133761;STB=0.578197;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00102063;OID=.;OPOS=22236771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:53:43:43:0.447917:17:26:38:14:17:26:39:14 chr14 22237127 . C T 1524.91 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0079633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.446;QD=57.5439;RBI=0.0239758;REFB=-0.00146044;REVB=0.0226147;RO=1;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939623;STB=0.500363;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=3.15024e-05;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:104:104:0.981132:50:54:0:1:50:54:1:1 chr14 22237187 . C T 451.73 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.018927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.945;QD=24.7525;RBI=0.0207382;REFB=-0.0263247;REVB=0.00847592;RO=30;SAF=18;SAR=25;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160718;STB=0.588007;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0208713;OID=.;OPOS=22237187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:25:18:19:11:25:18:19:11 chr14 22320728 . T C 515.24 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0131129;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.364;QD=17.4658;RBI=0.013113;REFB=-0.00469949;REVB=-5.34386e-05;RO=62;SAF=38;SAR=17;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100275;STB=0.561682;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00454061;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:17:38:37:25:17:38:37:26 chr14 22321124 . T C 192.28 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0046286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.959;QD=8.01155;RBI=0.00464785;REFB=-0.00581976;REVB=-0.000422567;RO=67;SAF=15;SAR=11;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844627;STB=0.566669;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0179734;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:67:70:26:26:0.270833:11:15:34:33:11:15:34:36 chr14 22322690 . G A 407.53 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0187001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3307;QD=13.041;RBI=0.0209923;REFB=-0.0145791;REVB=-0.00953846;RO=75;SAF=33;SAR=15;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148835;STB=0.578279;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0237851;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:77:48:48:0.384:15:33:42:33:15:33:44:33 chr14 22337393 . G A 598.61 PASS AF=0.444444;AO=59;DP=140;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0290765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6587;QD=16.628;RBI=0.0340283;REFB=0.00655258;REVB=-0.017677;RO=80;SAF=18;SAR=41;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13598;STB=0.558555;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0098121;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:80:80:59:64:0.444444:41:18:34:46:43:21:34:46 chr14 22386449 . C T 3259.19 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.119;QD=61.7856;RBI=0.00790343;REFB=0;REVB=-0.00135313;RO=0;SAF=100;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76108e-06;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:211:0:0:209:211:1:109:100:0:0:109:102:0:0 chr14 22392303 . AGG AAG,AGA 842.3 PASS AF=0.885246,0.114754;AO=44,10;DP=61;FAO=54,7;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40,3;FSAR=14,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027745,-0.0524337;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=34.1902,13.7844;QD=55.2329;RBI=0.109558,0.0937909;REFB=0,0;REVB=-0.105987,-0.0777653;RO=0;SAF=31,5;SAR=13,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000486414,0.177454;OID=.,.;OPOS=22392304,22392305;OREF=G,G;OALT=A,A;OMAPALT=AAG,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.885246,0.114754:44,10:61:54,7:61:0:40,3:14,4:0:0:27:0:31,5:13,5:0:0 chr14 22392366 . C T 1286.79 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702676;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.742;QD=62.0139;RBI=0.0243699;REFB=0;REVB=0.0233349;RO=0;SAF=60;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36365e-05;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:23:60:0:0:23:60:0:0 chr14 22392626 . A C 1895.6 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3416;QD=61.6456;RBI=0.0242887;REFB=0;REVB=-0.0202874;RO=0;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32657e-05;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:52:71:0:0:52:71:0:0 chr14 22392703 . G C 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.224;QD=59.8328;RBI=0.0311831;REFB=0;REVB=0.0244081;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41576e-05;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr14 22447248 . A G 171.65 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0102785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.504;QD=12.4834;RBI=0.0112242;REFB=0.00435583;REVB=-0.00450952;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144325;STB=0.575149;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00508569;OID=.;OPOS=22447248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:21:21:0.381818:13:8:17:16:13:8:17:17 chr14 22509187 . TT CA,TC 733.61 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,43;DP=46;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000380151,-0.00355014;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=130.524,100.13;QD=62.4351;RBI=0.016825,0.0509304;REFB=0,0;REVB=-0.0168207,-0.0508065;RO=0;SAF=2,22;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0758896,-0.00678092;OID=.,.;OPOS=22509187,22509188;OREF=TT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:47:0:0:2,43:2,45:0.0425532,0.957447:0,21:2,22:0:0:0,21:2,24:0:0 chr14 22555013 . T C 429.0 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=0.00247078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9272;QD=17.6908;RBI=0.0199334;REFB=0.00163985;REVB=-0.0197797;RO=53;SAF=30;SAR=14;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625635;STB=0.534868;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00246498;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:14:30:39:14:14:30:39:14 chr14 22591988 . C A 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0233999;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.182;QD=14.3243;RBI=0.0240571;REFB=-0.0108307;REVB=-0.00558482;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570496;STB=0.525948;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0172459;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:11:17:21:17:11:17:22:17 chr14 22600863 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.777;QD=61.5363;RBI=0.0112949;REFB=0;REVB=0.00614255;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84273e-06;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr14 22616547 . A G 165.68 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.034187;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.695;QD=12.5042;RBI=0.0367823;REFB=-0.000839701;REVB=-0.0135716;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225609;STB=0.608914;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00158611;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:33:19:20:0.377358:12:7:19:14:12:8:19:14 chr14 22631678 . C T 438.27 PASS AF=0.530864;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.014187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.298;QD=21.6428;RBI=0.0182463;REFB=-0.0119664;REVB=0.0114741;RO=38;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660145;STB=0.501179;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0126567;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:38:42:43:0.530864:18:24:22:16:18:25:22:16 chr14 22636784 . A C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00886019;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.6;QD=14.3999;RBI=0.010331;REFB=-0.00501046;REVB=-0.00531279;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203737;STB=0.616137;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00592333;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:9:16:15:19:9:16:15:19 chr14 22636874 . C T 86.48 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00700777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1385;QD=11.5306;RBI=0.0117629;REFB=-0.0202335;REVB=-0.0094476;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106346;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0129336;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:30:18:19:11:11:0.366667:6:5:8:10:6:5:9:10 chr14 22670458 . C T 454.14 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0124725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6503;QD=16.3653;RBI=0.0284713;REFB=-0.0174204;REVB=0.025594;RO=60;SAF=37;SAR=13;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178628;STB=0.596986;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0147744;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:61:50:50:0.45045:13:37:35:25:13:37:36:25 chr14 22670975 . G A 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0485533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.876;QD=16.2689;RBI=0.0566199;REFB=-0.0469305;REVB=-0.0291272;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109898;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0534962;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:11:7:6:9:11:7 chr14 22690209 . A C 364.98 PASS AF=0.5;AO=35;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0326421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3743;QD=18.7167;RBI=0.0437856;REFB=-0.0328526;REVB=-0.0291834;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114337;STB=0.558794;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0221456;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:38:35:39:0.5:20:15:10:23:20:19:14:24 chr14 22695084 . C T 186.13 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0246408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3904;QD=19.5927;RBI=0.0795345;REFB=-0.0276174;REVB=0.0756212;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287827;STB=0.636739;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0332122;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:5:13:8:11:6:13:8:11 chr14 22739862 . A T 311.56 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0439119;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2266;QD=13.847;RBI=0.0566402;REFB=-0.0157535;REVB=-0.0357751;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282834;STB=0.51612;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0239646;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:55:55:35:35:0.388889:15:20:30:25:15:20:30:25 chr14 22740245 . A G 393.44 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0127121;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.098;QD=19.4293;RBI=0.0127355;REFB=-0.0184699;REVB=-0.000771356;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966915;STB=0.505374;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0171735;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:23:17:17:24:23:17:17:24 chr14 22740270 . G A 463.3 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00808884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.64;QD=21.8024;RBI=0.00899865;REFB=0.0104637;REVB=-0.00394289;RO=39;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029263;STB=0.521267;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0100176;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:25:20:16:23:25:20:16:24 chr14 22788610 . T C 646.54 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0265753;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.751;QD=26.9393;RBI=0.0370875;REFB=-0.0202943;REVB=0.0258697;RO=39;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155862;STB=0.584876;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.010122;OID=.;OPOS=22788610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:39:39:57:57:0.59375:31:26:26:13:31:26:26:13 chr14 22887459 . CG C 229.09 PASS AF=0.478261;AO=42;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0885692;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0358;QD=9.96054;RBI=0.0901226;REFB=0.0168263;REVB=0.0166609;RO=46;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=0.0131394;STB=0.507169;STBP=0.907;TYPE=del;VARB=-0.00268702;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:42:93:44:92:48:18:26:19:29:99:46:17:25:18:28 chr14 22891883 . G C 284.1 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00905982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1037;QD=21.8539;RBI=0.0365214;REFB=-0.0160944;REVB=-0.0353798;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588168;STB=0.532601;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0155774;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:11:12:13:16:11:12 chr14 22942890 . G T 501.08 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.0116751;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.542;QD=14.0162;RBI=0.0159374;REFB=-0.00425166;REVB=0.0108486;RO=86;SAF=19;SAR=37;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784292;STB=0.548944;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00622069;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:87:56:56:0.391608:37:19:35:51:37:19:36:51 chr14 22961854 . A G 1064.98 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0327599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8041;QD=58.3551;RBI=0.0416752;REFB=0.0565115;REVB=-0.0257607;RO=1;SAF=45;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103952;STB=0.505493;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00128038;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:27:45:1:0:27:45:1:0 chr14 22971293 . A T 529.66 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.048298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3813;QD=15.2421;RBI=0.0732615;REFB=-0.00329628;REVB=-0.0550868;RO=80;SAF=23;SAR=35;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233611;STB=0.633982;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00475616;OID=.;OPOS=22971293;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:81:58:58:0.417266:35:23:50:30:35:23:51:30 chr14 22972742 . G A 1825.18 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.389;QD=60.3367;RBI=0.0203634;REFB=-0.136283;REVB=0.0163939;RO=1;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748055;STB=0.503936;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000380633;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:63:57:0:1:63:57:0:1 chr14 22972783 . AC A 1387.34 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0075;QD=48.2553;RBI=0.159355;REFB=0;REVB=-0.155071;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00192004;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:114:115:115:0:53:62:0:0:25:0:52:59:0:0 chr14 22972815 . C T 1480.76 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.679;QD=63.0111;RBI=0.0206278;REFB=0;REVB=0.00606002;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141595;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:47:46:0:0:47:47:0:0 chr14 22975700 . T G 1884.7 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00336305;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.149;QD=60.7966;RBI=0.0051468;REFB=-0.116132;REVB=-0.00389608;RO=1;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840742;STB=0.504424;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-9.99506e-06;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:124:1:1:121:123:0.991935:56:65:0:1:56:67:0:1 chr14 22978335 . C T 2527.94 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274931;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3559;QD=60.9142;RBI=0.0286179;REFB=0;REVB=0.00794437;RO=0;SAF=83;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21923e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738811;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:166:0:0:162:166:1:79:83:0:0:79:87:0:0 chr14 22984586 . A C 1882.75 PASS AF=0.992537;AO=98;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00607771;FXX=0.0359686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.941;QD=56.2015;RBI=0.0387174;REFB=0.0679984;REVB=0.0382374;RO=0;SAF=78;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000519564;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:134:134:0:1:98:133:0.992537:20:78:0:0:55:78:1:0 chr14 22988972 . G C 1539.28 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755872;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.545;QD=59.7779;RBI=0.00764996;REFB=0;REVB=0.00117802;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45307e-05;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:46:56:0:0:47:56:0:0 chr14 22993278 . A AG 829.34 PASS AF=1;AO=84;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182859;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.914;QD=32.5233;RBI=0.0964938;REFB=0;REVB=-0.0947454;RO=12;SAF=39;SAR=45;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0001997;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:104:102:102:0:46:56:0:0:17:12:39:45:11:1 chr14 22997524 . A G 2477.17 PASS AF=0.976471;AO=152;DP=157;FAO=166;FDP=170;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0503579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6477;QD=58.2863;RBI=0.0508535;REFB=0.0121868;REVB=0.00708234;RO=4;SAF=69;SAR=83;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223688;STB=0.511235;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000183082;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:157:170:4:4:152:166:0.976471:83:69:0:4:87:79:0:4 chr14 22998589 . CAG CA,TCA 992.96 PASS AF=1,0;AO=64,3;DP=72;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235933,-0.0249609;FXX=0.013887;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=25.3426,61.9479;QD=55.9413;RBI=0.0208901,0.0303424;REFB=0,0;REVB=0.0207565,0.0172515;RO=1;SAF=41,3;SAR=23,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0113822,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0012902,0;OID=.,.;OPOS=22998591,22998589;OREF=G,CAG;OALT=-,TCA;OMAPALT=CA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:71:1:0:64,3:71,0:1,0:23,0:41,3:1:0:25,0:46,0:0:0 chr14 22998619 . AC A 770.19 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0976129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.9773;QD=45.9817;RBI=0.0976174;REFB=0;REVB=-0.000943813;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00181578;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:66:67:67:0:43:24:0:0:14:0:41:23:0:0 chr14 23000062 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5052;QD=57.7111;RBI=0.0340432;REFB=0;REVB=0.0279268;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019167;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr14 23025932 . A T 2925.84 PASS AF=0.989529;AO=187;DP=191;FAO=189;FDP=191;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0596088;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.598;QD=61.2741;RBI=0.0597274;REFB=-0.130676;REVB=0.003763;RO=4;SAF=72;SAR=115;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569082;STB=0.501321;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000550042;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:191:191:4:2:187:189:0.989529:115:72:1:3:117:72:1:1 chr14 23044002 . G T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.000710256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.031;QD=19.4666;RBI=0.0179891;REFB=0.00024228;REVB=-0.017975;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305004;STB=0.509041;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.000367242;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:7:15:15:8:7:15:16:8 chr14 23067042 . A G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0112178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.565;QD=13.9183;RBI=0.0155135;REFB=-0.00531486;REVB=-0.0107158;RO=36;SAF=22;SAR=4;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245528;STB=0.537747;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0126101;OID=.;OPOS=23067042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:4:22:30:6:4:22:30:7 chr14 23081223 . T C 1130.28 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.104444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7362;QD=56.5139;RBI=0.106071;REFB=-0.00197706;REVB=0.0185065;RO=1;SAF=27;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172021;STB=0.514848;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00098797;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:1:3:76:77:0.9625:49:27:1:0:49:28:0:3 chr14 23102784 . A G 155.39 PASS AF=0.377778;AO=12;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.000283937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.306;QD=13.8125;RBI=0.0328181;REFB=-0.032867;REVB=0.0328168;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526285;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.031822;OID=.;OPOS=23102784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:28:12:17:0.377778:6:6:9:9:8:9:16:12 chr14 23102882 . C A 80.91 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0194553;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.857;QD=7.35531;RBI=0.0269358;REFB=-0.00318293;REVB=-0.0186288;RO=34;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404881;STB=0.744504;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00895065;OID=.;OPOS=23102882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:34:33:11:11:0.25:8:3:21:13:8:3:20:13 chr14 23102896 . A G 68.96 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00529358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.27;QD=6.12978;RBI=0.030247;REFB=0.00341585;REVB=0.0297802;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504011;STB=0.819899;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0156388;OID=.;OPOS=23102896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:45:35:35:10:10:0.222222:8:2:22:13:8:2:22:13 chr14 23102969 . G A 113.41 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0514305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.541;QD=10.0804;RBI=0.0919003;REFB=0.00731002;REVB=0.0761615;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266974;STB=0.602683;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0111861;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:31:14:14:0.311111:10:4:13:12:10:4:13:18 chr14 23103040 . C T 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0273776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2073;QD=12.4553;RBI=0.0335058;REFB=-0.0155158;REVB=0.0193159;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122979;STB=0.571359;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0217369;OID=.;OPOS=23103040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:14:7:15:19:14:7:15:19 chr14 23103282 . T C 228.84 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.087399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9222;QD=24.0883;RBI=0.0983867;REFB=-0.00936461;REVB=0.0451814;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148256;STB=0.582824;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00694565;OID=.;OPOS=23103282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:15:7:8:8:15:7:8:8 chr14 23103347 . T C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00816604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.581;QD=26.3991;RBI=0.051984;REFB=-0.0191132;REVB=-0.0513386;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225274;STB=0.624866;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0136091;OID=.;OPOS=23103347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:10:8:8:2:10:8:8:2 chr14 23103354 . AC GT 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00170603;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.714;QD=22.831;RBI=0.0550216;REFB=-0.00208101;REVB=0.0549951;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234872;STB=0.631413;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=0.00137392;OID=.;OPOS=23103354;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:8:2:8:7:8:2 chr14 23235808 . G A 1085.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245564;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.124;QD=60.3189;RBI=0.0262878;REFB=0;REVB=0.00938244;RO=0;SAF=53;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28471e-05;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:18:53:0:0:19:53:0:0 chr14 23236524 . C T 715.86 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.894;QD=59.6546;RBI=0.0235872;REFB=0.0152644;REVB=0.0161624;RO=2;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153915;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=6.8365e-05;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:46:47:0.979167:15:31:1:1:16:31:1:0 chr14 23242828 . TT CG,CT,GT 640.28 PASS AF=0,0.891304,0.0652174;AO=2,41,4;DP=48;FAO=0,41,3;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=0,22,3;FSAR=0,19,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0379163,-0.0262219,-0.0643442;FXX=0.041658;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=141.401,54.4845,10.7179;QD=55.6764;RBI=0.0393539,0.0286492,0.0645199;REFB=-0.00599371,-0.034578,0.0265622;REVB=-0.0105395,0.0115407,-0.00475787;RO=1;SAF=2,22,4;SAR=0,19,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0208513,0;STB=0.5,0.521729,0.5;STBP=1,0.246,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0,0.0102281,0.0745141;OID=.,.,.;OPOS=23242828,23242828,23242828;OREF=TT,T,T;OALT=CG,C,G;OMAPALT=CG,CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:48:46:1:2:2,41,4:0,41,3:0,0.891304,0.0652174:0,19,0:2,22,4:1:0:0,19,0:0,22,3:2:0 chr14 23282110 . A G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0402185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.014;QD=10.7536;RBI=0.0403722;REFB=-0.0139151;REVB=-0.00351907;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0286899;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:10:16:8:5:10:16 chr14 23282449 . C T 227.16 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0306569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.383;QD=21.1313;RBI=0.041901;REFB=-0.0349009;REVB=0.0285631;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224708;STB=0.633078;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0286444;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:10:12:16:4:10:12:17:4 chr14 23299135 . G T 357.16 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0151977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.548;QD=13.606;RBI=0.0158041;REFB=-0.00137977;REVB=-0.00433582;RO=63;SAF=22;SAR=20;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847719;STB=0.547923;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00219902;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:20:22:38:25:20:22:38:25 chr14 23299286 . T C 799.47 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.15;QD=63.9576;RBI=0.017807;REFB=0;REVB=0.0127285;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11193e-05;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr14 23303641 . A C 739.2 PASS AF=0.982456;AO=49;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110597;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.696;QD=51.874;RBI=0.0436765;REFB=-0.108737;REVB=0.042253;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00182939;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:57:0:1:49:56:0.982456:13:36:0:0:20:36:1:0 chr14 23306047 . C CT 407.33 PASS AF=1;AO=5;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0900184;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=218.008;QD=52.5588;RBI=0.0994416;REFB=0;REVB=-0.0422532;RO=27;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000142317;OID=.;OPOS=23306048;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:33:31:31:0:2:29:0:0:4:27:0:5:2:25 chr14 23306048 . C T 316.82 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0244671;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=223.417;QD=38.4023;RBI=0.0262266;REFB=-0.0450804;REVB=0.00944446;RO=6;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103103;STB=0.563592;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000417166;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:33:33:6:7:26:26:0.787879:24:2:0:6:24:2:0:7 chr14 23312923 . T C 192.17 PASS AF=0.363636;AO=13;DP=68;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0476842;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7333;QD=11.6464;RBI=0.0481514;REFB=-0.0263609;REVB=-0.00669082;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129877;STB=0.507806;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0404911;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:35:42:13:24:0.363636:7:6:20:15:10:14:25:17 chr14 23321900 . G A 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.492;QD=62.9676;RBI=0.0181102;REFB=0;REVB=0.00948732;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56349e-05;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr14 23371255 . G C,GGGC 32.63 PASS AF=0,0.25;AO=3,5;DP=30;FAO=0,6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=0,2;FSAR=0,4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0971317,-0.0713983;FXX=0.0768935;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=58.5197,122.555;QD=5.43797;RBI=0.0983564,0.0779539;REFB=0.0170418,-0.0201463;REVB=-0.0154732,-0.0312906;RO=21;SAF=3,1;SAR=0,4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.617382,-0.299801;STB=0.5,0.5453;STBP=1,0.83;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.069196;OID=.,.;OPOS=23371255,23371256;OREF=G,-;OALT=C,GGC;OMAPALT=C,GGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:30:24:21:18:3,5:0,6:0,0.25:0,4:3,1:9:12:0,4:0,2:7:11 chr14 23371268 . A G 213.85 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0275394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.575;QD=20.863;RBI=0.0435966;REFB=-0.0391274;REVB=-0.0337971;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018883;STB=0.510628;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0756455;OID=.;OPOS=23371268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:9:11:12:9:9:11 chr14 23371285 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0803686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.071;QD=16.1723;RBI=0.0821809;REFB=-0.0103163;REVB=-0.0171633;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00629729;OID=.;OPOS=23371285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr14 23374435 . G A 1925.54 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757325;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.764;QD=61.6173;RBI=0.0250182;REFB=0;REVB=0.0238444;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104926;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:125:0:0:118:125:1:64:54:0:0:71:54:0:0 chr14 23374862 . C T 349.45 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.677;QD=53.7621;RBI=0.0354283;REFB=0;REVB=-0.0296928;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58099e-05;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:5:20:0:0:6:20:0:0 chr14 23398902 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.458;QD=61.334;RBI=0.08413;REFB=0;REVB=0.0685235;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378817;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr14 23398990 . T G 743.03 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0331539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.48;QD=59.4425;RBI=0.0334049;REFB=-0.141434;REVB=-0.0040876;RO=2;SAF=24;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375989;STB=0.519992;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00248255;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:24:24:2:0:24:24:2:0 chr14 23426182 . C A 207.5 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4883;QD=48.8245;RBI=0.0991584;REFB=0;REVB=0.023641;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990003;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:11:4:0:0:11:6:0:0 chr14 23512751 . C CT 58.53 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.146409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.4467;QD=6.68885;RBI=0.158327;REFB=0.00803154;REVB=-0.0602649;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15401;STB=0.555467;STBP=0.671;TYPE=ins;VARB=-0.0125304;OID=.;OPOS=23512752;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:12:36:12:35:23:4:8:6:17:58:23:4:8:5:18 chr14 23512922 . G A 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0616041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0195;QD=16.8783;RBI=0.0803922;REFB=-0.00153964;REVB=-0.0516512;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146539;STB=0.594477;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00287126;OID=.;OPOS=23512922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:6:9:12:4:6:9:13:4 chr14 23521255 . AA CT,GA 96.31 PASS AF=0.042735,0.128205;AO=5,16;DP=119;FAO=5,15;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=2,6;FSAR=3,9;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=-0.0176351,0.0111924;FXX=0.0168053;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=206.157,59.4487;QD=3.29272;RBI=0.0309827,0.0492052;REFB=-0.00231745,0.00204836;REVB=-0.0254741,-0.0479153;RO=97;SAF=2,7;SAR=3,9;SRF=61;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.209639,-0.237746;STB=0.707117,0.690486;STBP=0.439,0.152;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0403715,-0.00571521;OID=.,.;OPOS=23521255,23521255;OREF=AA,A;OALT=CT,G;OMAPALT=CT,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:119:117:97:97:5,16:5,15:0.042735,0.128205:3,9:2,7:61:36:3,9:2,6:61:36 chr14 23521258 . A T 67.24 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.0104953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.362;QD=2.27922;RBI=0.0192905;REFB=-0.00364037;REVB=-0.0161855;RO=97;SAF=7;SAR=8;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18907;STB=0.61661;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0316185;OID=.;OPOS=23521258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:118:118:97:103:15:15:0.127119:8:7:60:37:8:7:62:41 chr14 23521261 . TA CC 105.95 PASS AF=0.17094;AO=19;DP=117;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.00304189;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.868;QD=3.62232;RBI=0.0129627;REFB=-0.00159249;REVB=-0.0126008;RO=87;SAF=8;SAR=11;SRF=59;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320367;STB=0.628976;STBP=0.237;TYPE=mnp;VARB=0.0145598;OID=.;OPOS=23521261;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:87:97:19:20:0.17094:11:8:59:28:11:9:59:38 chr14 23521269 . C T 89.64 PASS AF=0.152542;AO=18;DP=118;FAO=18;FDP=118;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=-0.00944512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.585;QD=3.03863;RBI=0.0152532;REFB=-0.0061644;REVB=-0.0119771;RO=97;SAF=9;SAR=9;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124557;STB=0.576188;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0224432;OID=.;OPOS=23521269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:118:118:97:100:18:18:0.152542:9:9:58:39:9:9:59:41 chr14 23535239 . GA G,GG 122.55 PASS AF=0.416667,0.208333;AO=11,9;DP=46;FAO=20,10;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=12,5;FSAR=8,5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0305279,0.110541;FXX=0.020404;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.84335,14.2463;QD=10.2122;RBI=0.170822,0.20291;REFB=-0.160623,-0.0967076;REVB=0.168072,0.170157;RO=20;SAF=8,4;SAR=3,5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.310237,-0.00628668;STB=0.521717,0.535643;STBP=0.797,0.807;TYPE=del,snp;VARB=0.12256,0.0761475;OID=.,.;OPOS=23535240,23535240;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0.208333:11,9:46:20,10:48:18:12,5:8,5:10:8:56:20:8,4:3,5:9:11 chr14 23548783 . A AGAACGT,T 1431.76 PASS AF=0.576,0.296;AO=85,21;DP=125;FAO=72,37;FDP=125;FR=.;FRO=16;FSAF=45,7;FSAR=27,30;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0033875,-0.0121401;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=229.152,96.9243;QD=45.8164;RBI=0.00381789,0.0514503;REFB=-0.0645482,-0.0656341;REVB=-0.00176099,0.0499975;RO=16;SAF=43,7;SAR=42,14;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0915155,-0.362297;STB=0.549676,0.737564;STBP=0.071,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.0249765,-0.000656286;OID=.,.;OPOS=23548784,23548783;OREF=-,A;OALT=GAACGT,T;OMAPALT=AGAACGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:125:125:16:16:85,21:72,37:0.576,0.296:42,14:43,7:13:3:27,30:45,7:14:2 chr14 23549285 . G A 801.78 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.367;QD=57.2701;RBI=0.025738;REFB=0;REVB=-0.000364476;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63549e-05;OID=.;OPOS=23549285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:14:40:0:0:14:42:0:0 chr14 23549319 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.842;QD=57.3855;RBI=0.0411813;REFB=0;REVB=0.0223124;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140135;OID=.;OPOS=23549319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr14 23549379 . C G 954.83 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.52;QD=57.8682;RBI=0.160114;REFB=0;REVB=0.138078;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487972;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:26:37:0:0:28:38:0:0 chr14 23549383 . G T 925.86 PASS AF=0.984615;AO=58;DP=67;FAO=64;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033553;FXX=0.0298463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.887;QD=56.9762;RBI=0.03359;REFB=-0.0265646;REVB=0.00157578;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.506847;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00040305;OID=.;OPOS=23549383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:65:1:1:58:64:0.984615:29:29:1:0:28:36:1:0 chr14 23549785 . T C 1655.54 PASS AF=0.982609;AO=82;DP=113;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0656237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.94;QD=57.5841;RBI=0.0798942;REFB=-0.10464;REVB=0.0455698;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509432;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00062568;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:115:0:2:82:113:0.982609:50:32:0:0:61:52:2:0 chr14 23549878 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT,TTCTTCCTCCTCCTCCTCC 709.96 PASS AF=0.645833,0.270833,0.0833333;AO=24,11,6;DP=50;FAO=31,13,4;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10,11,3;FSAR=21,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451744,0.132905,-0.0616261;FXX=0.020404;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=148.921,46.2513,47.9133;QD=59.1632;RBI=0.0491629,0.134471,0.061892;REFB=0,0,0;REVB=0.0193974,-0.0204594,0.00573124;RO=0;SAF=7,9,4;SAR=17,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0226694,0.0659668,-0.00662722;OID=.,.,.;OPOS=23549879,23549896,23549881;OREF=TCC,C,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT,TTCTTCCTCCTCCTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.645833,0.270833,0.0833333:24,11,6:50:31,13,4:48:0:10,11,3:21,2,1:0:0:99:0:7,9,4:17,2,2:0:0 chr14 23568286 . AT GT,TG 683.4 PASS AF=0.934783,0.0434783;AO=43,2;DP=46;FAO=43,2;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000340874,-0.00916257;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=110.481,194.445;QD=59.4256;RBI=0.0267796,0.0215357;REFB=-0.0201336,-0.039146;REVB=-0.0267774,-0.0194893;RO=1;SAF=20,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0199809,0.697199;STB=0.510633,0.993266;STBP=0.493,0.227;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00892212,-0.0729594;OID=.,.;OPOS=23568286,23568286;OREF=A,AT;OALT=G,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:46:1:1:43,2:43,2:0.934783,0.0434783:23,0:20,2:0:1:23,0:20,2:0:1 chr14 23568376 . G A 708.27 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0140916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.493;QD=48.0184;RBI=0.0143648;REFB=-0.190654;REVB=0.00278829;RO=4;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722905;STB=0.547152;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00401747;OID=.;OPOS=23568376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:58:59:4:5:53:54:0.915254:24:29:0:4:24:30:0:5 chr14 23569025 . TC T,TG 695.31 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=6,39;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181258,0.0959215;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.9888,68.4492;QD=61.8053;RBI=0.0183416,0.0976634;REFB=0,0;REVB=0.00280499,0.0183632;RO=0;SAF=6,22;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0201173,0.00244037;OID=.,.;OPOS=23569026,23569026;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0444444,0.955556:6,39:45:2,43:45:0:2,26:0,17:0:0:5:0:6,22:0,17:0:0 chr14 23569106 . A G 849.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.527;QD=57.5736;RBI=0.0347419;REFB=0;REVB=0.0227162;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24309e-05;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr14 23571371 . G A 908.56 PASS AF=0.969697;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00289711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.28;QD=55.064;RBI=0.0979636;REFB=-0.189532;REVB=0.0979207;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178082;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.010972;OID=.;OPOS=23571371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:66:1:2:61:64:0.969697:26:35:0:1:29:35:1:1 chr14 23571609 . G A 834.71 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.411;QD=56.5908;RBI=0.150447;REFB=0;REVB=0.101689;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223512;OID=.;OPOS=23571609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:1:0:55:59:1:23:32:1:0:25:34:0:0 chr14 23571671 . A T 771.4 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882796;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.981;QD=57.1404;RBI=0.0149088;REFB=0;REVB=-0.0120141;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.433e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr14 23574095 . GGCA G,GGCG 153.11 PASS AF=0.76,0;AO=3,2;DP=19;FAO=19,0;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=6,0;FSAR=13,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0380864,-0.110176;FXX=0.0740466;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=129.927,73.7708;QD=24.4971;RBI=0.0656313,0.110178;REFB=-0.101428,-0.00374515;REVB=0.0534499,-0.000697849;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.549242,0.5;STBP=0.44,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0248055,0;OID=.,.;OPOS=23574096,23574098;OREF=GCA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.76,0:3,2:19:19,0:25:6:6,0:13,0:3:3:43:0:0,0:3,2:0:0 chr14 23595721 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0157948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.037;QD=17.7907;RBI=0.0237143;REFB=0.000606448;REVB=-0.0176887;RO=33;SAF=23;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859183;STB=0.548274;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00149544;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:8:23:22:11:8:23:22:11 chr14 23598952 . A G 1418.02 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035468;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.23;QD=63.0232;RBI=0.041376;REFB=0;REVB=0.021307;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110234;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:87:90:1:33:54:0:0:35:55:0:0 chr14 23598976 . G A 312.58 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.24;QD=14.3713;RBI=0.0299056;REFB=-0.0294924;REVB=0.0218675;RO=46;SAF=24;SAR=11;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863998;STB=0.594845;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0528981;OID=.;OPOS=23598976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:52:35:35:0.402299:11:24:28:18:11:24:28:24 chr14 23744800 . ACATCATCATCATCATCATCATCA ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT 424.38 PASS AF=0.8,0.2;AO=19,6;DP=34;FAO=24,6;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=22,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116692,0.124929;FXX=0.117612;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=99.3472,151.139;QD=56.5834;RBI=0.124232,0.130916;REFB=0,0;REVB=0.0426213,-0.0391362;RO=0;SAF=1,0;SAR=18,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00771475,0.0214132;OID=.,.;OPOS=23744801,23744823;OREF=CAT,A;OALT=-,T;OMAPALT=ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.2:19,6:34:24,6:30:0:2,0:22,6:0:0:37:0:1,0:18,6:0:0 chr14 23744932 . C T 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00694986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7044;QD=9.13159;RBI=0.014583;REFB=-0.0100716;REVB=0.0128205;RO=22;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.628843;STB=0.887344;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0274054;OID=.;OPOS=23744932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:1:9:8:14:1:9:8:14 chr14 23745533 . C T 1745.82 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6154;QD=60.7243;RBI=0.0416484;REFB=0;REVB=-0.0399576;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128177;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr14 23777374 . A G 2197.68 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.298;QD=63.2427;RBI=0.0308815;REFB=0;REVB=-0.0134964;RO=0;SAF=82;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.91576e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:57:82:0:0:57:82:0:0 chr14 23780569 . TTAA T,TA,TTTA 146.55 PASS AF=0.114286,0.428571,0;AO=5,9,3;DP=42;FAO=4,15,0;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=2,7,0;FSAR=2,8,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.132658,0.245158,-0.0838794;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=3,2,1;MLLD=23.1251,19.0986,7.94458;QD=16.7485;RBI=0.15201,0.271573,0.088083;REFB=0.018055,0.0462716,-0.0489937;REVB=0.0742216,0.116832,0.0268861;RO=18;SAF=2,6,0;SAR=3,3,3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0.391304,0.391304,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.235063,0.457998,-0.519291;STB=0.69916,0.613893,0.5;STBP=0.449,0.248,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0193694,-0.000874993,0;OID=.,.,.;OPOS=23780570,23780570,23780571;OREF=TAA,TA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TA,TTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.114286,0.428571,0:5,9,3:42:4,15,0:35:16:2,7,0:2,8,0:4:12:94:18:2,6,0:3,3,3:4:14 chr14 23794523 . GGAA AAGG,AGGA,GGAAA,GGA 45.71 PASS AF=0.115385,0,0.230769,0.423077;AO=3,2,3,6;DP=26;FAO=3,0,6,11;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,1,1;FSAR=3,0,5,10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0883674,-0.161546,0.226967,-0.201673;FXX=0.0370233;HRUN=2,2,7,7;LEN=4,3,1,1;MLLD=42.6779,17.8448,5.1558,6.85716;QD=7.0327;RBI=0.0891448,0.163282,0.240153,0.217134;REFB=-0.0240286,-0.0440569,0.0753148,-0.060792;REVB=-0.0117465,-0.0237424,0.0784828,-0.0804685;RO=6;SAF=0,0,0,3;SAR=3,2,3,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.672276,-0.606693,-0.672276,0;STB=0.996299,0.5,0.780223,0.805752;STBP=0.05,1,0.107,0.013;TYPE=mnp,mnp,ins,del;VARB=0.0411507,0,-0.16958,0.0162487;OID=.,.,.,.;OPOS=23794523,23794523,23794525,23794525;OREF=GGAA,GGA,-,A;OALT=AAGG,AGG,A,-;OMAPALT=AAGG,AGGA,GGAAA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:24:26:26:6:6:3,2,3,6:3,0,6,11:0.115385,0,0.230769,0.423077:3,2,3,3:0,0,0,3:3:3:3,0,5,10:0,0,1,1:4:2 chr14 23902753 . G A 206.64 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.0023871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.028;QD=11.0205;RBI=0.00295923;REFB=-0.00637937;REVB=0.00174895;RO=49;SAF=15;SAR=10;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221547;STB=0.616358;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0118081;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:25:26:0.346667:10:15:38:11:10:16:38:11 chr14 23944505 . G A 124.9 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.00604123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.367;QD=6.24507;RBI=0.01407;REFB=-0.00583076;REVB=0.012707;RO=61;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550351;STB=0.533778;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0201598;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:61:61:19:19:0.2375:12:7:20:41:12:7:20:41 chr14 23944514 . C A 98.4 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.00580608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.626;QD=5.24808;RBI=0.017329;REFB=-0.00615847;REVB=-0.0163273;RO=59;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487642;STB=0.530648;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0205774;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:10:6:20:39:10:6:20:39 chr14 23947374 . G A 327.42 PASS AF=0.373832;AO=39;DP=106;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00695241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.357;QD=12.2401;RBI=0.0103993;REFB=-0.002775;REVB=0.0077337;RO=65;SAF=23;SAR=16;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107668;STB=0.57732;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00557493;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:65:67:39:40:0.373832:16:23:32:33:16:24:32:35 chr14 23992742 . T G 400.51 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00079715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.13;QD=21.3607;RBI=0.0229425;REFB=-0.0191829;REVB=-0.0229286;RO=34;SAF=29;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158857;STB=0.597203;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00813185;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:11:29:19:15:11:29:19:16 chr14 23992753 . G T 305.04 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0197984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.337;QD=15.0639;RBI=0.0212109;REFB=-0.0157102;REVB=-0.00761074;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120219;STB=0.567862;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0320585;OID=.;OPOS=23992753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:17:17:29:18:17:17:29:18 chr14 23994517 . A G 1175.21 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353386;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.577;QD=61.0497;RBI=0.00425201;REFB=0;REVB=0.00236462;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91176e-06;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr14 23999627 . TA T 177.73 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0261113;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.9078;QD=13.4134;RBI=0.0263599;REFB=0.0270847;REVB=0.00361151;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496386;STB=0.527838;STBP=0.697;TYPE=del;VARB=-0.0244154;OID=.;OPOS=23999628;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566:26:54:26:53:27:14:12:16:11:99:27:14:12:16:11 chr14 24002602 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00326377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.949;QD=20.7547;RBI=0.0228558;REFB=-0.0513674;REVB=0.0226216;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207806;STB=0.617491;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.040724;OID=.;OPOS=24002602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:8:4:9:6:8:4 chr14 24004353 . A AC 32.76 PASS AF=0.225806;AO=8;DP=32;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00162483;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.4096;QD=4.22751;RBI=0.00800549;REFB=-0.0190526;REVB=0.00783887;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048886;STB=0.523297;STBP=0.949;TYPE=ins;VARB=0.123904;OID=.;OPOS=24004354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:8:32:7:31:24:3:4:11:13:32:24:4:4:11:13 chr14 24026493 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0242227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0149;QD=14.9786;RBI=0.0257815;REFB=0.0039063;REVB=-0.00882884;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13532;STB=0.578169;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00363813;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:2:9:7:3:2:9 chr14 24028159 . C G 385.78 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.018079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.569;QD=14.288;RBI=0.0412242;REFB=-0.0158587;REVB=0.0370484;RO=63;SAF=19;SAR=26;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170024;STB=0.595702;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0215657;OID=.;OPOS=24028159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:26:19:37:26:26:19:37:26 chr14 24037271 . AT AC,A,TA 34.11 PASS AF=0.05,0.275,0.025;AO=2,11,2;DP=41;FAO=2,11,1;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=0,4,1;FSAR=2,7,0;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0030941,0.0562852,-0.0400829;FXX=0.0243843;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=87.3343,9.33158,20.6292;QD=3.41148;RBI=0.0824453,0.118983,0.13905;REFB=-0.00767297,-0.0717257,-0.0238295;REVB=-0.0823872,-0.104828,-0.133148;RO=17;SAF=0,4,1;SAR=2,7,1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.516333,-0.113573,0.0291305;STB=0.994338,0.571296,0.990532;STBP=0.182,0.545,0.253;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0399678,0.153248,-0.153607;OID=.,.,.;OPOS=24037272,24037272,24037271;OREF=T,T,AT;OALT=C,-,TA;OMAPALT=AC,A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:41:40:17:26:2,11,2:2,11,1:0.05,0.275,0.025:2,7,1:0,4,1:8:9:2,7,0:0,4,1:12:14 chr14 24040428 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0205198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.201;QD=21.7448;RBI=0.0288618;REFB=-0.0121156;REVB=0.0202964;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286028;STB=0.656983;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00512582;OID=.;OPOS=24040428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:12:3:0:11:12:3:0:11 chr14 24042065 . C A 220.71 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0692386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.657;QD=16.0519;RBI=0.0727863;REFB=-0.00571965;REVB=-0.0224469;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361366;STB=0.503934;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00625727;OID=.;OPOS=24042065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:16:8:11:19:16:9:11:19 chr14 24458162 . G C 140.15 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0174911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3474;QD=10.3816;RBI=0.0921622;REFB=-0.00647942;REVB=-0.0904872;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127348;STB=0.575229;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00789548;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:7:11:18:18:7:11:18:18 chr14 24526206 . TG CG,T 276.01 PASS AF=0.612903,0.225806;AO=13,7;DP=31;FAO=19,7;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=14,7;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0294636,0.0279993;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=195.46,12.4805;QD=35.6135;RBI=0.0581459,0.0916279;REFB=-0.071914,-0.110133;REVB=0.0501282,-0.0872451;RO=5;SAF=8,7;SAR=5,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0.252469;SSEP=0,0.208773;SSSB=-0.0995427,0.751346;STB=0.517223,0.997333;STBP=0.772,0.183;TYPE=snp,del;VARB=0.0339151,0.0337868;OID=.,.;OPOS=24526206,24526207;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=CG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:48:31:31:5:5:13,7:19,7:0.612903,0.225806:5,0:8,7:4:1:5,0:14,7:4:1 chr14 24529890 . A G 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707324;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.079;QD=52.6748;RBI=0.0836485;REFB=0;REVB=0.0446542;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178027;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr14 24543808 . G C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.552;QD=57.2361;RBI=0.0314503;REFB=0;REVB=0.00825297;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20184e-05;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr14 24545366 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6298;QD=53.9078;RBI=0.0727063;REFB=0;REVB=-0.0338683;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000896585;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr14 24545835 . C T 179.39 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0847886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.503;QD=15.5993;RBI=0.0897084;REFB=-0.0121474;REVB=0.0292999;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216105;STB=0.624864;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0221531;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:13:14:6:13:13:14 chr14 24551796 . A AC,C 151.48 PASS AF=0.188235,0.0529412;AO=37,12;DP=176;FAO=32,9;FDP=170;FR=.;FRO=129;FSAF=3,3;FSAR=29,6;FSRF=55;FSRR=74;FWDB=-0.0563535,-0.0466404;FXX=0.0116272;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=70.3111,77.2325;QD=3.56428;RBI=0.0564693,0.0475714;REFB=-0.00640263,-0.00365046;REVB=-0.00361583,-0.00936517;RO=126;SAF=8,4;SAR=29,8;SRF=52;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.287346,-0.0961738;STB=0.844545,0.591627;STBP=0,0.575;TYPE=ins,snp;VARB=0.161007,0.0605205;OID=.,.;OPOS=24551797,24551796;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:170:126:129:37,12:32,9:0.188235,0.0529412:29,8:8,4:52:74:29,6:3,3:55:74 chr14 24563339 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.532;QD=33.4285;RBI=0.00633566;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6055e-05;OID=.;OPOS=24563339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr14 24567498 . A C 1818.73 PASS AF=0.991803;AO=118;DP=119;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00964601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2216;QD=59.6306;RBI=0.0610881;REFB=0.0187462;REVB=-0.0603217;RO=1;SAF=77;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612905;STB=0.503144;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00154336;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:122:1:1:118:121:0.991803:41:77:1:0:42:79:1:0 chr14 24567508 . T C 349.43 PASS AF=0.367521;AO=42;DP=118;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0240018;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8608;QD=11.9464;RBI=0.0281863;REFB=0.00954829;REVB=-0.0147777;RO=69;SAF=28;SAR=14;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857873;STB=0.546189;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0149697;OID=.;OPOS=24567508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:74:42:43:0.367521:14:28:41:28:14:29:45:29 chr14 24569418 . A G 349.72 PASS AF=0.393939;AO=32;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0640019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.158;QD=14.1302;RBI=0.0682883;REFB=-0.0242647;REVB=-0.0238129;RO=44;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210849;STB=0.551255;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0416415;OID=.;OPOS=24569418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:60:32:39:0.393939:11:21:20:24:15:24:32:28 chr14 24587639 . G A 1305.65 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765111;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.857;QD=62.1738;RBI=0.016782;REFB=0;REVB=0.0149364;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200978;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr14 24587667 . C T 1343.14 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326775;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.729;QD=62.4714;RBI=0.0343835;REFB=0;REVB=0.0106963;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1463e-05;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr14 24612645 . C T 364.3 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00731455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9124;QD=15.839;RBI=0.0386599;REFB=-0.00677401;REVB=-0.0379617;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654453;STB=0.531743;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00977229;OID=.;OPOS=24612645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:22:17:26:26:22:17:26:27 chr14 24612843 . G A 132.66 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00855713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.285;QD=15.1615;RBI=0.0343963;REFB=-0.00466949;REVB=0.0333149;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353374;STB=0.703442;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00631825;OID=.;OPOS=24612843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:6:14:5:10:6:14 chr14 24614361 . T G 1932.17 PASS AF=0.992126;AO=123;DP=124;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00468395;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.226;QD=60.8557;RBI=0.0493135;REFB=-0.138227;REVB=0.0490906;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00157306;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:127:0:1:123:126:0.992126:63:60:0:0:65:61:0:1 chr14 24615435 . T C 1534.44 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.34;QD=59.59;RBI=0.0220931;REFB=0;REVB=-0.0212874;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20057e-05;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:48:53:0:0:50:53:0:0 chr14 24617238 . C T 1243.06 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=80;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.594;QD=59.9067;RBI=0.0639688;REFB=-0.136586;REVB=0.0611926;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000539752;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:83:0:1:79:82:0.987952:44:35:0:0:47:35:0:1 chr14 24629744 . G A 503.88 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00798197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.141;QD=14.5002;RBI=0.0161947;REFB=-0.000782648;REVB=-0.014091;RO=80;SAF=32;SAR=24;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139804;STB=0.588925;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000853377;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:83:56:56:0.402878:24:32:35:45:24:32:35:48 chr14 24646406 . G GGAA 820.51 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=67;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00432703;FXX=0.0605969;HRUN=2;LEN=3;MLLD=249.158;QD=52.9361;RBI=0.0294621;REFB=-0.0478096;REVB=0.0291426;RO=7;SAF=40;SAR=18;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402587;STB=0.517641;STBP=0.306;TYPE=ins;VARB=1.26291e-06;OID=.;OPOS=24646407;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.951613:58:67:59:62:3:41:18:3:0:11:7:40:18:6:1 chr14 24647814 . T C 151.64 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00339068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.624;QD=8.54304;RBI=0.00453068;REFB=-0.00711221;REVB=0.00300505;RO=50;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481574;STB=0.528724;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0207004;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:13:8:21:29:13:8:21:29 chr14 24652470 . TC T,TG 66.67 PASS AF=0.52,0;AO=10,3;DP=25;FAO=13,0;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0201046,-0.148062;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.8426,108.303;QD=10.6674;RBI=0.0225919,0.148629;REFB=-0.0928937,-0.00942218;REVB=-0.0103053,-0.0129726;RO=11;SAF=9,3;SAR=1,0;SRF=3;SRR=8;SSEN=0.26291,0;SSEP=0,0;SSSB=0.623631,0.71899;STB=0.870278,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0769157,0;OID=.,.;OPOS=24652471,24652471;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52,0:10,3:25:13,0:25:12:12,0:1,0:4:8:65:11:9,3:1,0:3:8 chr14 24653965 . C T 253.89 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0673487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.879;QD=21.6072;RBI=0.0678176;REFB=-0.0127006;REVB=-0.00796108;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103831;STB=0.508467;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0163252;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:15:9:8:14:15:9:9:14 chr14 24654489 . T C 279.41 PASS AF=0.347368;AO=32;DP=94;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00733551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.462;QD=11.7646;RBI=0.00907655;REFB=-0.00764464;REVB=-0.00534547;RO=61;SAF=14;SAR=18;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189866;STB=0.621312;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0178182;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:61:62:32:33:0.347368:18:14:37:24:19:14:38:24 chr14 24657407 . T G 255.69 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=89;FAO=30;FDP=90;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=57;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0139283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.031;QD=11.364;RBI=0.106858;REFB=-0.0170289;REVB=0.105947;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=34;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592694;STB=0.525407;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0418857;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:34:57:13:30:0.333333:4:9:34:0:10:20:36:21 chr14 24682767 . C T 372.74 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0216287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2314;QD=14.3363;RBI=0.0369421;REFB=-0.0101902;REVB=0.0299486;RO=60;SAF=14;SAR=29;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908154;STB=0.501525;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0159218;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:61:43:43:0.413462:29:14:20:40:29:14:20:41 chr14 24702789 . C T 642.74 PASS AF=0.435583;AO=70;DP=162;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0168395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.01;QD=15.7727;RBI=0.0181569;REFB=-0.0120551;REVB=-0.00678989;RO=92;SAF=35;SAR=35;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331662;STB=0.522364;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0147614;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:92:92:70:71:0.435583:35:35:43:49:35:36:43:49 chr14 24728294 . G T 126.09 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0135736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.962;QD=10.9639;RBI=0.0207399;REFB=-0.00416398;REVB=0.0156812;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148844;STB=0.597574;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00951051;OID=.;OPOS=24728294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:8:7:18:12:8:7:19:12 chr14 24771256 . T C 2336.22 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.432;QD=61.0777;RBI=0.0705287;REFB=0;REVB=0.0662841;RO=0;SAF=77;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3898e-05;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:153:0:0:144:153:1:67:77:0:0:74:79:0:0 chr14 24786060 . G A 390.18 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0204635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.563;QD=14.4511;RBI=0.0289325;REFB=-0.0391332;REVB=-0.0204533;RO=60;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522803;STB=0.536105;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0704957;OID=.;OPOS=24786060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:63:45:45:0.416667:27:18:27:33:27:18:29:34 chr14 24786293 . T G 339.0 PASS AF=0.789474;AO=25;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0276282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.77;QD=35.6845;RBI=0.0380626;REFB=0.0028277;REVB=0.026181;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.65374;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00113125;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:38:0:8:25:30:0.789474:16:9:0:0:21:9:8:0 chr14 24786976 . T C 919.92 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.675;QD=58.4077;RBI=0.0476724;REFB=0;REVB=0.0432209;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195548;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr14 24793600 . G A 262.33 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0699847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3153;QD=47.6955;RBI=0.0906736;REFB=-0.0116758;REVB=0.0576528;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00439855;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:1:0 chr14 24795495 . G A 149.06 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00287141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.477;QD=18.6329;RBI=0.00403618;REFB=-0.0236378;REVB=0.00283651;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142319;STB=0.562423;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0158684;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:8:8:10:5:8:8:10:6 chr14 24801956 . G C 286.08 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00940532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.256;QD=16.5841;RBI=0.0139463;REFB=-0.0299717;REVB=0.0102975;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859695;STB=0.51361;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0388541;OID=.;OPOS=24801956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:31:32:0.463768:13:18:24:12:12:20:24:13 chr14 24802018 . G A 171.59 PASS AF=0.416667;AO=17;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00622759;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.117;QD=14.2991;RBI=0.0571923;REFB=-0.00910643;REVB=0.0568522;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864659;STB=0.561257;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00915707;OID=.;OPOS=24802018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:28:17:20:0.416667:11:6:10:13:14:6:11:17 chr14 24808168 . G A 154.31 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0091077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5983;QD=11.6464;RBI=0.0217448;REFB=-0.00364883;REVB=-0.0197456;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731003;STB=0.505715;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00265305;OID=.;OPOS=24808168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:34:18:19:0.358491:5:13:22:11:6:13:23:11 chr14 24839083 . G C 170.32 PASS AF=0.5;AO=20;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0114235;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.9134;QD=18.9241;RBI=0.0197613;REFB=-0.048095;REVB=0.0161249;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388861;STB=0.528271;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0323092;OID=.;OPOS=24839083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:18:20:18:0.5:9:11:9:6:8:10:11:7 chr14 24839090 . TG GG,T 40.97 PASS AF=0.0344828,0.482759;AO=3,12;DP=29;FAO=1,14;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=1,10;FSAR=0,4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00418833,0.102632;FXX=0.0333222;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=262.985,8.19912;QD=5.6505;RBI=0.0244759,0.148816;REFB=0.00171735,-0.0388392;REVB=-0.0241149,0.107763;RO=10;SAF=3,9;SAR=0,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.622111,0.144193;STB=0.985671,0.5;STBP=0.541,1;TYPE=snp,del;VARB=0.110206,0.125126;OID=.,.;OPOS=24839090,24839091;OREF=T,G;OALT=G,-;OMAPALT=GG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:29:29:10:14:3,12:1,14:0.0344828,0.482759:0,3:3,9:6:4:0,4:1,10:10:4 chr14 24839165 . C T 456.91 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0318819;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0263;QD=20.0837;RBI=0.0712993;REFB=0.0120402;REVB=-0.0637741;RO=46;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116987;STB=0.506491;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0101129;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:46:45:45:0.494505:19:26:26:20:19:26:26:20 chr14 24843620 . T C 334.43 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.000246911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.927;QD=19.387;RBI=0.0239132;REFB=0.00726758;REVB=-0.0239119;RO=34;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243331;STB=0.635237;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00439214;OID=.;OPOS=24843620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:13:22:12:22:13:22:12:22 chr14 24845841 . T C 81.92 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.002666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.55;QD=19.2746;RBI=0.00369228;REFB=-0.0299485;REVB=0.00255448;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193732;STB=0.624724;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0193788;OID=.;OPOS=24845841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:7:2:3:4:8:2:3:4 chr14 24846757 . A G 696.83 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.047;QD=61.9405;RBI=0.0255077;REFB=0;REVB=0.0219602;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421131;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:13:31:0:0:14:31:0:0 chr14 24878370 . C T 430.67 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0315191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.116;QD=20.031;RBI=0.0330288;REFB=-0.00206189;REVB=-0.00987159;RO=43;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426979;STB=0.523693;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00159829;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:18:25:23:20:18:25:23:20 chr14 24883887 . G A 290.76 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0139722;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7092;QD=19.0664;RBI=0.03994;REFB=0.0035391;REVB=0.0374163;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764215;STB=0.540629;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00157116;OID=.;OPOS=24883887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:30:31:31:0.508197:16:15:15:11:16:15:17:13 chr14 24888335 . T C 361.04 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=45;FWDB=0.021327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5933;QD=15.2015;RBI=0.026101;REFB=-0.00454781;REVB=-0.0150473;RO=55;SAF=6;SAR=33;SRF=10;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530512;STB=0.545165;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00707832;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:55:56:39:39:0.410526:33:6:10:45:33:6:11:45 chr14 24898558 . C T 1196.89 PASS AF=0.87619;AO=87;DP=101;FAO=92;FDP=105;FR=.;FRO=13;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0406401;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.238;QD=45.5959;RBI=0.0418114;REFB=-0.158032;REVB=-0.00982734;RO=5;SAF=37;SAR=50;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598386;STB=0.573018;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00569212;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:101:105:5:13:87:92:0.87619:50:37:5:0:54:38:13:0 chr14 24901248 . A AC 359.82 PASS AF=1;AO=11;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.032;QD=42.3318;RBI=0.0983203;REFB=0;REVB=-0.0123656;RO=21;SAF=11;SAR=0;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.773822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00156667;OID=.;OPOS=24901249;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:34:34:34:0:25:9:0:0:7:21:11:0:12:9 chr14 24901249 . A C 207.56 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0230487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.11;QD=24.4193;RBI=0.0524296;REFB=-0.00622212;REVB=0.0470916;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339237;STB=0.694285;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00249625;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:9:11:13:0:9:11:14:0 chr14 24901276 . G T 297.52 PASS AF=0.896552;AO=19;DP=27;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0410514;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.9651;QD=41.0377;RBI=0.27089;REFB=-0.0675122;REVB=0.267762;RO=2;SAF=17;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511457;STB=0.533309;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0108365;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:27:29:2:3:19:26:0.896552:2:17:2:0:5:21:3:0 chr14 24909362 . T C 1049.02 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256813;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.273;QD=59.9437;RBI=0.026973;REFB=0;REVB=-0.00824708;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96055e-05;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr14 24909475 . C G 320.98 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0127923;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.426;QD=45.8549;RBI=0.0446111;REFB=-0.038204;REVB=-0.0427376;RO=2;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661725;STB=0.515747;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00345596;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:28:2:3:25:25:0.892857:13:12:0:2:13:12:1:2 chr14 24909731 . C T 1071.77 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0906262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5714;QD=57.1609;RBI=0.0906273;REFB=-0.00778365;REVB=0.00045783;RO=2;SAF=17;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165947;STB=0.50877;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00345786;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:56:17:0:2:56:17:0:2 chr14 24910210 . C A 2046.66 PASS AF=0.940789;AO=143;DP=152;FAO=143;FDP=152;FR=.;FRO=9;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00993624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.132;QD=53.8594;RBI=0.0210689;REFB=-0.0784156;REVB=0.0185788;RO=1;SAF=64;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737208;STB=0.532842;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000768706;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:152:152:1:9:143:143:0.940789:79:64:1:0:79:64:9:0 chr14 24910973 . TT GA 1135.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420276;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=96.6842;QD=60.5798;RBI=0.0696607;REFB=0;REVB=0.0555545;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000256966;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:30:44:0:0:31:44:0:0 chr14 24970942 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1908;QD=59.4297;RBI=0.00978567;REFB=0;REVB=0.00957755;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71529e-05;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr14 24975435 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.873;QD=43.4862;RBI=0.0217605;REFB=0;REVB=0.00789609;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156253;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr14 25076836 . G A 50.64 PASS AF=0.0792952;AO=17;DP=227;FAO=18;FDP=227;FR=.;FRO=209;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=110;FSRR=99;FWDB=-0.00874459;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.401;QD=0.892364;RBI=0.0512491;REFB=-0.00287862;REVB=-0.0504976;RO=208;SAF=9;SAR=8;SRF=109;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603782;STB=0.527063;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0376637;OID=.;OPOS=25076836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:227:227:208:209:17:18:0.0792952:8:9:109:99:8:10:110:99 chr14 25100282 . A G 140.83 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0168677;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.715;QD=20.119;RBI=0.045835;REFB=-0.00213609;REVB=0.0426184;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381971;STB=0.507453;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00266627;OID=.;OPOS=25100282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:13:15:15:0.535714:9:6:5:9:9:6:5:8 chr14 25101218 . TGC CTG,TG 47.54 PASS AF=0,0.182692;AO=10,22;DP=107;FAO=0,19;FDP=104;FR=.;FRO=85;FSAF=0,3;FSAR=0,16;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0685448,-0.100012;FXX=0.0370336;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=24.9879,10.6601;QD=1.82862;RBI=0.10177,0.15771;REFB=-0.0406174,-0.0936229;REVB=-0.0752248,-0.121943;RO=60;SAF=0,13;SAR=10,9;SRF=32;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697878,0.0710148;STB=0.5,0.820159;STBP=1,0.004;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.102761;OID=.,.;OPOS=25101218,25101220;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:107:104:60:85:10,22:0,19:0,0.182692:10,9:0,13:32:28:0,16:0,3:45:40 chr14 25101548 . G A 41.23 PASS AF=0.0940171;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=71;FSRR=35;FWDB=0.0205568;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.967;QD=1.40951;RBI=0.0435907;REFB=-0.00222451;REVB=-0.0384391;RO=102;SAF=8;SAR=3;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702918;STB=0.561805;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0227537;OID=.;OPOS=25101548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:118:117:102:106:11:11:0.0940171:3:8:69:33:3:8:71:35 chr14 25101589 . G C 102.91 PASS AF=0.137725;AO=23;DP=168;FAO=23;FDP=167;FR=.;FRO=144;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=90;FSRR=54;FWDB=0.000362263;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.732;QD=2.46479;RBI=0.0287115;REFB=-0.00266297;REVB=-0.0287092;RO=143;SAF=17;SAR=6;SRF=90;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158258;STB=0.613613;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0154872;OID=.;OPOS=25101589;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:143:144:23:23:0.137725:6:17:90:53:6:17:90:54 chr14 25101629 . T C 180.37 PASS AF=0.179894;AO=32;DP=188;FAO=34;FDP=189;FR=.;FRO=155;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=79;FSRR=76;FWDB=0.0373524;FXX=0.00526288;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3769;QD=3.81727;RBI=0.0511394;REFB=-0.0030904;REVB=0.034929;RO=156;SAF=20;SAR=12;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145962;STB=0.589723;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.016159;OID=.;OPOS=25101629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:156:155:32:34:0.179894:12:20:80:76:13:21:79:76 chr14 25101878 . C CT 530.16 PASS AF=0.548872;AO=73;DP=139;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00972178;FXX=0.0499964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6421;QD=15.9445;RBI=0.0198531;REFB=0.00899109;REVB=0.0173099;RO=62;SAF=28;SAR=45;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731722;STB=0.538911;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=-0.00780884;OID=.;OPOS=25101879;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548872:73:139:73:133:60:28:45:28:32:99:62:28:45:29:33 chr14 25102160 . C T 379.41 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0304164;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5935;QD=24.4777;RBI=0.0351021;REFB=-0.00147466;REVB=0.0175214;RO=26;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234932;STB=0.621556;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000979729;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:25:37:37:0.596774:23:14:18:8:23:14:17:8 chr14 25103409 . T C 479.28 PASS AF=0.441667;AO=49;DP=118;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00694873;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.141;QD=15.9761;RBI=0.00842892;REFB=-0.019722;REVB=0.00477093;RO=68;SAF=20;SAR=29;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194872;STB=0.5238;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0235304;OID=.;OPOS=25103409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:68:67:49:53:0.441667:29:20:29:39:33:20:28:39 chr14 25103414 . G A 495.13 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.00925427;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.083;QD=16.2338;RBI=0.00941347;REFB=-0.0137377;REVB=-0.00172389;RO=68;SAF=19;SAR=34;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570242;STB=0.524412;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0117868;OID=.;OPOS=25103414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:53:54:0.442623:34:19:28:40:34:20:28:40 chr14 26916677 . TA T,TT 128.79 PASS AF=0.397059,0.0294118;AO=21,3;DP=64;FAO=27,2;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13,0;FSAR=14,2;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00086808,0.0533088;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.9752,18.7983;QD=7.57574;RBI=0.018365,0.0533769;REFB=-0.114311,-0.0845224;REVB=-0.0183444,-0.0026964;RO=35;SAF=9,0;SAR=12,3;SRF=24;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272452,-0.618058;STB=0.578714,0.995881;STBP=0.31,0.109;TYPE=del,snp;VARB=0.165204,-0.00330543;OID=.,.;OPOS=26916678,26916678;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397059,0.0294118:21,3:64:27,2:68:39:13,0:14,2:24:15:99:35:9,0:12,3:24:11 chr14 29261304 . TAAAAA TAAAA,TAAAAAAAC 217.39 PASS AF=0.274194,0.33871;AO=14,12;DP=67;FAO=17,21;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=12,5;FSAR=5,16;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0246932,-0.065904;FXX=0.0746157;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=5.86773,155.266;QD=14.025;RBI=0.112232,0.0700134;REFB=-0.0878879,-0.0351082;REVB=0.109482,0.0236336;RO=19;SAF=9,3;SAR=5,9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.168911,-0.525508;STB=0.531878,0.76962;STBP=0.753,0;TYPE=del,ins;VARB=0.0778439,0.0288933;OID=.,.;OPOS=29261305,29261310;OREF=A,-;OALT=-,AAC;OMAPALT=TAAAA,TAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.274194,0.33871:14,12:67:17,21:62:24:12,5:5,16:18:6:99:19:9,3:5,9:15:4 chr14 30066929 . A G 213.45 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0255163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7211;QD=16.1096;RBI=0.0306407;REFB=-0.0240363;REVB=0.0169639;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294854;STB=0.667614;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0196326;OID=.;OPOS=30066929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:17:7:17:12:17:7:17:12 chr14 30125660 . A G 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.061274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1641;QD=17.553;RBI=0.0810338;REFB=0.0107404;REVB=-0.053028;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426125;STB=0.529396;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0117145;OID=.;OPOS=30125660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:20:16:16:24:20:16:16:25 chr14 31059969 . G A 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246145;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8554;QD=57.2417;RBI=0.0244741;REFB=0;REVB=-0.02435;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203951;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr14 31099738 . A G 1422.09 PASS AF=0.927273;AO=102;DP=110;FAO=102;FDP=110;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0183914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5996;QD=51.7124;RBI=0.0370739;REFB=-0.0479889;REVB=0.0321906;RO=8;SAF=47;SAR=55;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742025;STB=0.539208;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0237078;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:110:110:8:8:102:102:0.927273:55:47:8:0:55:47:8:0 chr14 31108977 . T C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-6.63301e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.294;QD=56.0077;RBI=0.00256219;REFB=-0.0668811;REVB=0.00256133;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00122656;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:0:1:27:33:0:1 chr14 31191772 . T C 443.39 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0110909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.689;QD=15.0302;RBI=0.0116344;REFB=-0.00557737;REVB=0.00351446;RO=68;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157117;STB=0.5882;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00723039;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:21:29:29:39:21:29:29:39 chr14 31355096 . C G 437.29 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0137939;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.127;QD=15.4792;RBI=0.014099;REFB=-0.0155343;REVB=-0.00291725;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10951;STB=0.561328;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0194806;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:64:64:49:49:0.433628:23:26:27:37:23:26:27:37 chr14 31359847 . T A 930.7 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8057;QD=57.2739;RBI=0.108122;REFB=0;REVB=0.104608;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225772;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:62:65:1:19:43:0:0:21:44:0:0 chr14 31582380 . A G 740.17 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4401;QD=56.9362;RBI=0.101003;REFB=0;REVB=0.0488255;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155113;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr14 31598301 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0195373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.014;QD=10.4355;RBI=0.0203827;REFB=-0.00475117;REVB=-0.00580939;RO=32;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250402;STB=0.642875;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00419843;OID=.;OPOS=31598301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:15:15:0.3125:4:11:17:15:4:11:18:15 chr14 31612253 . TTA T,TT 119.84 PASS AF=0.736842,0;AO=9,3;DP=21;FAO=14,0;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=11,0;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.153999,-0.25185;FXX=0.0951928;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=28.5904,14.3187;QD=25.2297;RBI=0.154476,0.256397;REFB=-0.0585249,-0.0735194;REVB=0.012133,-0.0480728;RO=4;SAF=7,2;SAR=2,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.434082,0.541115;STB=0.681131,0.5;STBP=0.023,1;TYPE=del,del;VARB=0.0184599,0;OID=.,.;OPOS=31612254,31612255;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842,0:9,3:21:14,0:19:5:11,0:3,0:1:4:29:4:7,2:2,1:0:4 chr14 31819047 . C T 1148.0 PASS AF=0.987179;AO=72;DP=73;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.41;QD=58.8719;RBI=0.0108946;REFB=-0.0260198;REVB=0.00159315;RO=1;SAF=56;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286361;STB=0.51351;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000145578;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:78:1:1:72:77:0.987179:16:56:0:1:18:59:0:1 chr14 31819913 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.796;QD=54.5171;RBI=0.0359954;REFB=0;REVB=0.0260618;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15073e-05;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr14 31858209 . C T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0116061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0855;QD=18.7952;RBI=0.0184269;REFB=-0.000743225;REVB=0.0143125;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520547;STB=0.529387;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00175251;OID=.;OPOS=31858209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:7:20:16:7:7:20 chr14 31864485 . G C 1936.95 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853537;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.496;QD=61.9823;RBI=0.0198402;REFB=0;REVB=0.0179104;RO=0;SAF=74;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37428e-05;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:50:74:0:0:50:75:0:0 chr14 31926435 . GA G,GG 64.33 PASS AF=0.155172,0.137931;AO=18,7;DP=58;FAO=9,8;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=2,2;FSAR=7,6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.182167,-0.0988952;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.10134,23.8558;QD=4.43648;RBI=0.195887,0.101892;REFB=-0.135615,-0.0855761;REVB=-0.0720202,0.0245299;RO=27;SAF=12,1;SAR=6,6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.322289,0;SSSB=0.270465,-0.384073;STB=0.790673,0.77162;STBP=0.07,0.141;TYPE=del,snp;VARB=0.161588,0.0788929;OID=.,.;OPOS=31926436,31926436;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155172,0.137931:18,7:58:9,8:58:41:2,2:7,6:24:17:27:27:12,1:6,6:11:16 chr14 31952257 . A G 124.92 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00871606;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.798;QD=16.6557;RBI=0.0119008;REFB=0.00585376;REVB=0.00810308;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.624812;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00314714;OID=.;OPOS=31952257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:8:8:4:10:8:8 chr14 32071665 . G A 2354.03 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.525;QD=63.1954;RBI=0.035956;REFB=-0.0234534;REVB=-0.0134462;RO=1;SAF=83;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726089;STB=0.503816;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=5.14044e-05;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:65:83:0:1:65:83:0:1 chr14 32414145 . C A 979.84 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00468833;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.932;QD=57.6378;RBI=0.0298957;REFB=-0.137635;REVB=0.0295258;RO=1;SAF=43;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108646;STB=0.505745;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000481283;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:24:43:1:0:24:43:1:0 chr14 32419330 . AC A,AT 960.91 PASS AF=0.205882,0.794118;AO=13,54;DP=68;FAO=14,54;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=14,21;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189355,-0.00388689;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.7098,105.603;QD=56.5242;RBI=0.0209456,0.00952272;REFB=0,0;REVB=-0.00895359,0.00869335;RO=0;SAF=13,21;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.70667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0401953,0.00211017;OID=.,.;OPOS=32419331,32419331;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.205882,0.794118:13,54:68:14,54:68:0:14,21:0,33:0:0:48:0:13,21:0,33:0:0 chr14 32960254 . G A 1641.79 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7618;QD=60.2493;RBI=0.0150062;REFB=0;REVB=0.0139831;RO=0;SAF=35;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93528e-05;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:74:35:0:0:74:35:0:0 chr14 33014869 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.021755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.664;QD=16.8982;RBI=0.0346189;REFB=-0.0262705;REVB=-0.0269292;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214946;STB=0.627605;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0218186;OID=.;OPOS=33014869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:7:2:1:9:7:2 chr14 33015014 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0100179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.645;QD=13.2055;RBI=0.0121074;REFB=-0.0636567;REVB=-0.00679938;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372539;STB=0.713771;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0198315;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:6:0:2:4:6:0 chr14 33015082 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.020475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.967;QD=12.0517;RBI=0.0250301;REFB=-0.00877314;REVB=-0.0143973;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347481;STB=0.701206;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0258976;OID=.;OPOS=33015082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:1:8:8:4:1:8:9:4 chr14 33015694 . G A 370.2 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00372725;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8696;QD=19.4842;RBI=0.0047241;REFB=-0.0125163;REVB=-0.00290254;RO=37;SAF=25;SAR=13;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449804;STB=0.514744;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00959864;OID=.;OPOS=33015694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:13:25:26:11:13:25:26:12 chr14 33046388 . A G 832.44 PASS AF=0.924242;AO=60;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00146666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.041;QD=50.4512;RBI=0.025513;REFB=0.0828633;REVB=0.0254708;RO=5;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797439;STB=0.542359;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000541659;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:66:5:5:60:61:0.924242:27:33:0:5:27:34:0:5 chr14 33299153 . C A 356.02 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00207598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.765;QD=16.5591;RBI=0.0149557;REFB=-0.00487108;REVB=-0.0148109;RO=48;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126938;STB=0.571391;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00980134;OID=.;OPOS=33299153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:23:15:25:23:23:15:25:23 chr14 34393602 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1715;QD=51.9152;RBI=0.119162;REFB=0;REVB=0.0311731;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310649;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr14 34394733 . C T 900.49 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0135221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.346;QD=53.7607;RBI=0.01535;REFB=-0.000497393;REVB=-0.00726468;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337022;STB=0.526308;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=6.98794e-05;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:2:3:64:64:0.955224:27:37:0:2:27:37:0:3 chr14 35062312 . C T 115.71 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00322607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.455;QD=15.4277;RBI=0.00964196;REFB=-0.00871186;REVB=0.00908625;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135257;STB=0.591261;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00926337;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:4:9:9:7:4:10:9:7 chr14 35099099 . A G 600.84 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0661539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6745;QD=58.6182;RBI=0.0662914;REFB=0.0606386;REVB=0.00426731;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0229931;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:14:26:0:1:14:26:0:1 chr14 35591174 . T C 1607.47 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106723;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6975;QD=60.0923;RBI=0.029058;REFB=0;REVB=-0.0270272;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54629e-05;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:50:56:0:0:51:56:0:0 chr14 35592538 . C G 769.06 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.481;QD=56.9673;RBI=0.0288535;REFB=0;REVB=0.0176236;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049094;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr14 35592668 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.010479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.864;QD=18.3452;RBI=0.0107771;REFB=-0.0342127;REVB=-0.00251735;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130349;STB=0.574236;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0430253;OID=.;OPOS=35592668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:10:8:10:7:10:8 chr14 35761675 . C G 1025.99 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.638;QD=59.4778;RBI=0.0223862;REFB=0;REVB=0.0223548;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70639e-05;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr14 35871217 . G A 45.32 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00407866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.336;QD=8.2408;RBI=0.00409432;REFB=-0.0133234;REVB=0.000357697;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296779;STB=0.691662;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0367215;OID=.;OPOS=35871217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:5:10:6:1:5:10 chr14 35873770 . G A 3098.75 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391632;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2967;QD=63.2399;RBI=0.0723326;REFB=0.0217801;REVB=0.0608132;RO=0;SAF=87;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000133057;OID=.;OPOS=35873770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:196:0:1:195:195:0.994898:108:87:0:0:108:87:1:0 chr14 36003547 . GGCCCCA GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGGCCCA 225.17 PASS AF=0,0,0.966667,0;AO=8,5,6,6;DP=30;FAO=0,0,29,0;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,12,0;FSAR=0,0,17,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.111458,-0.192595,-0.193041,-0.138691;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,1;MLLD=9.00732,81.0159,10.979,7.01258;QD=30.0228;RBI=0.344391,0.19496,0.194488,0.38353;REFB=-0.0131663,0.00327029,-0.061098,-0.0653639;REVB=-0.325857,-0.030272,0.0236791,0.357576;RO=3;SAF=0,3,1,6;SAR=8,2,5,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.5,0,0,0;SSEP=0,0.533333,0.533333,0;SSSB=-0.78436,0.165639,-0.146968,0.778585;STB=0.5,0.5,0.519986,0.5;STBP=1,1,0.289,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0,0.0122708,0.0225584;OID=.,.,.,.;OPOS=36003548,36003552,36003549,36003549;OREF=GC,CA,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.966667,0:8,5,6,6:30:0,0,29,0:30:1:0,0,12,0:0,0,17,0:1:0:5:3:0,3,1,6:8,2,5,0:1:2 chr14 36004075 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2211;QD=43.4855;RBI=0.0385096;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000971176;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr14 36004247 . C CG 93.19 PASS AF=0.201087;AO=44;DP=187;FAO=37;FDP=184;FR=.;FRO=147;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=97;FWDB=-0.04924;FXX=0.0160419;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.191;QD=2.02591;RBI=0.0866444;REFB=-0.0112325;REVB=-0.0712929;RO=143;SAF=31;SAR=13;SRF=52;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415433;STB=0.847655;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.049906;OID=.;OPOS=36004248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.201087:44:187:37:184:147:30:7:50:97:93:143:31:13:52:91 chr14 36005056 . CTT C,CT 108.15 PASS AF=0.0952381,0.809524;AO=8,10;DP=21;FAO=2,17;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=1,10;FSAR=1,7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0689142,-0.127282;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=10.4329,8.21512;QD=20.6003;RBI=0.127881,0.237597;REFB=-0.0336978,-0.0437562;REVB=0.107724,0.200628;RO=3;SAF=6,5;SAR=2,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.226465,0.0680236;STB=0.5,0.509543;STBP=1,0.868;TYPE=del,del;VARB=0.0822693,-0.0159874;OID=.,.;OPOS=36005057,36005057;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0952381,0.809524:8,10:21:2,17:21:2:1,10:1,7:1:1:6:3:6,5:2,5:1:2 chr14 36789729 . T G 1340.22 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.116;QD=62.3359;RBI=0.0617139;REFB=0;REVB=-0.00613792;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16615e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:51:33:0:0:51:35:0:0 chr14 36789775 . A T 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.375;QD=56.4162;RBI=0.0213338;REFB=0.00486703;REVB=-0.0149892;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000124444;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:1:0:39:23:1:0 chr14 36789795 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.345;QD=57.2019;RBI=0.0563953;REFB=0;REVB=-0.0263221;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171949;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:24:5:0:0:25:5:0:0 chr14 36840650 . A T 1744.26 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000837913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.924;QD=60.147;RBI=0.0154541;REFB=0;REVB=0.0154314;RO=0;SAF=70;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75564e-05;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:116:0:0:115:116:1:45:70:0:0:46:70:0:0 chr14 36947081 . C T 937.44 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.594;QD=58.59;RBI=0.0514263;REFB=0;REVB=0.0210428;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200559;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr14 37051517 . C G 210.28 PASS AF=0.438596;AO=22;DP=54;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0189436;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.449;QD=14.7566;RBI=0.0283666;REFB=-0.0145907;REVB=0.0211141;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127027;STB=0.516299;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0200799;OID=.;OPOS=37051517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:31:32:22:25:0.438596:8:14:16:15:11:14:17:15 chr14 37063123 . C T 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.84;QD=62.3463;RBI=0.0716371;REFB=0;REVB=-0.00140184;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336077;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr14 37063294 . A G 498.6 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00416511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.964;QD=55.4003;RBI=0.0214742;REFB=-0.0164176;REVB=0.0210663;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000444115;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:17:17:0:1:18:17:0:1 chr14 37131315 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0432351;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.8553;QD=13.6306;RBI=0.0780653;REFB=-0.0301696;REVB=0.0649994;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165502;STB=0.517199;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0406571;OID=.;OPOS=37131315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:19:17:11:9:6:8:0.470588:1:5:8:3:1:7:8:1 chr14 37135753 . G C 1521.68 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.341;QD=59.0942;RBI=0.0541856;REFB=0;REVB=0.0157076;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69793e-05;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:103:0:0:99:103:1:54:45:0:0:54:49:0:0 chr14 37180685 . T C 1708.5 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.045527;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.236;QD=58.9138;RBI=0.0456391;REFB=-0.0482147;REVB=0.00319735;RO=2;SAF=60;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000863799;STB=0.500455;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000271842;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:116:2:2:114:114:0.982759:54:60:1:1:54:60:1:1 chr14 37203697 . G A 579.92 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.000633829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9157;QD=20.5283;RBI=0.00159832;REFB=-0.038829;REVB=-0.00146727;RO=54;SAF=34;SAR=25;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346576;STB=0.519077;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0310691;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:54:59:59:0.522124:25:34:29:25:25:34:29:25 chr14 37344229 . A AG 217.03 PASS AF=1;AO=15;DP=26;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534772;FXX=0.0526039;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.705;QD=48.2301;RBI=0.0535961;REFB=0;REVB=0.00356756;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000777021;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:26:18:18:0:6:12:0:0:4:9:5:10:5:4 chr14 37641880 . C A 100.41 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0223633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0786;QD=16.066;RBI=0.056602;REFB=-0.0147729;REVB=-0.0519968;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341381;STB=0.701369;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00774736;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:10:2:6:7:10:2:6:7 chr14 38061742 . C T 341.07 PASS AF=0.6;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0104211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.234;QD=27.2857;RBI=0.0533278;REFB=-0.0222881;REVB=0.0522996;RO=20;SAF=23;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269339;STB=0.652948;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0157343;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:20:29:30:0.6:6:23:10:10:6:24:10:10 chr14 38218343 . A G 421.27 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00772465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.074;QD=23.404;RBI=0.0292254;REFB=-0.0078048;REVB=-0.028186;RO=30;SAF=20;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162813;STB=0.515596;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00735074;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:31:41:41:0.569444:21:20:14:16:21:20:14:17 chr14 38260034 . T C 1775.39 PASS AF=0.991597;AO=114;DP=114;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.845;QD=59.6769;RBI=0.0416991;REFB=-0.0275923;REVB=0.0307879;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.504201;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=5.9329e-05;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:119:0:1:114:118:0.991597:56:58:0:0:59:59:0:1 chr14 38679047 . C A 412.07 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0216839;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.38;QD=18.113;RBI=0.0341448;REFB=-0.0304379;REVB=0.0263757;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130666;STB=0.572882;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0415073;OID=.;OPOS=38679047;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:22:20:30:19:22:20:30:19 chr14 38725285 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00520007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.848;QD=14.1696;RBI=0.0759381;REFB=0.000915841;REVB=0.0757599;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.000418362;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:8:4:5:5:8:4 chr14 39556185 . G C 630.42 PASS AF=0.445946;AO=64;DP=146;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.0997968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5481;QD=17.0384;RBI=0.100249;REFB=-0.00584359;REVB=0.00951465;RO=81;SAF=33;SAR=31;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525224;STB=0.5239;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00848961;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:81:82:64:66:0.445946:31:33:46:35:31:35:47:35 chr14 39618946 . A G 135.07 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0403475;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.381;QD=15.008;RBI=0.0403836;REFB=-0.0189306;REVB=-0.00170762;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.020457;OID=.;OPOS=39618946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:21:15:15:0.416667:8:7:10:10:8:7:10:11 chr14 39648629 . C T 211.4 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0106497;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.125;QD=18.7915;RBI=0.0118192;REFB=-0.00688608;REVB=0.00512622;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168346;STB=0.509545;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00836166;OID=.;OPOS=39648629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:11:13:11:10:11:13 chr14 39650234 . A T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00192148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4644;QD=32.821;RBI=0.00192331;REFB=-0.119048;REVB=-8.40685e-05;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0080024;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:3:6:0:0:3:6:1:0 chr14 39650819 . AGGGGCCG AGGGCCG,AGGGGC,AGGGGTCG 102.41 PASS AF=0,0.388889,0.333333;AO=2,2,3;DP=20;FAO=0,7,6;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=0,1,5;FSAR=0,6,1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.197269,-0.068472,0.0240793;FXX=0.09995;HRUN=4,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=11.8493,18.9389,79.25;QD=22.7581;RBI=0.44906,0.0964554,0.0692692;REFB=-0.115146,-0.0365335,-0.0442131;REVB=-0.403411,-0.0679354,-0.0649493;RO=3;SAF=0,0,2;SAR=2,2,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.402062,0,0;SSSB=-0.74993,-0.74993,-0.352427;STB=0.5,0.749164,0.651594;STBP=1,0.106,0.396;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.150136,0.0619223;OID=.,.,.;OPOS=39650820,39650825,39650824;OREF=G,CG,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=AGGGCCG,AGGGGC,AGGGGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.388889,0.333333:2,2,3:20:0,7,6:18:5:0,1,5:0,6,1:3:2:45:3:0,0,2:2,2,1:3:0 chr14 39650924 . A G 98.82 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.057463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.813;QD=14.6402;RBI=0.0617955;REFB=-0.00733717;REVB=-0.0227308;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35366;STB=0.713831;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0142586;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:12:12:0.444444:11:1:4:11:11:1:4:11 chr14 39703324 . A G 1691.0 PASS AF=0.936508;AO=117;DP=126;FAO=118;FDP=126;FR=.;FRO=8;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.038337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.473;QD=53.6826;RBI=0.0489297;REFB=-0.0356572;REVB=-0.0304038;RO=9;SAF=50;SAR=67;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236167;STB=0.50495;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000924727;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:126:126:9:8:117:118:0.936508:67:50:4:5:68:50:4:4 chr14 39716201 . A G 668.36 PASS AF=0.52381;AO=65;DP=125;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0307815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.164;QD=21.2176;RBI=0.030856;REFB=-0.00460873;REVB=-0.00214322;RO=59;SAF=32;SAR=33;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300496;STB=0.523802;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00382148;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:59:60:65:66:0.52381:33:32:27:32:33:33:27:33 chr14 39722023 . G C 178.12 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00859309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1004;QD=14.8431;RBI=0.043222;REFB=-0.00958513;REVB=0.0423592;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190523;STB=0.618925;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0239349;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:17:11:11:8:18:11 chr14 39736680 . T C 1007.37 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0376292;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.868;QD=55.9648;RBI=0.0397857;REFB=-0.0677592;REVB=0.0129209;RO=2;SAF=34;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269942;STB=0.514282;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0017956;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:69:70:0.972222:35:34:2:0:36:34:2:0 chr14 39777676 . G C 1472.18 PASS AF=0.447674;AO=151;DP=336;FAO=154;FDP=344;FR=.;FRO=190;FSAF=67;FSAR=87;FSRF=95;FSRR=95;FWDB=-0.0386545;FXX=0.0143262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6836;QD=17.1183;RBI=0.0425739;REFB=-0.0402969;REVB=0.0178428;RO=181;SAF=65;SAR=86;SRF=86;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446093;STB=0.536133;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0431975;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:344:181:190:151:154:0.447674:86:65:86:95:87:67:95:95 chr14 39784012 . A G 127.07 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0441423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.438;QD=6.77679;RBI=0.0603445;REFB=-0.0126232;REVB=-0.0411451;RO=55;SAF=15;SAR=4;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315015;STB=0.702513;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0564156;OID=.;OPOS=39784012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:56:19:19:0.253333:4:15:31:24:4:15:31:25 chr14 39784014 . A G 791.9 PASS AF=0.847222;AO=60;DP=72;FAO=61;FDP=72;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0421314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5742;QD=43.9944;RBI=0.0912319;REFB=-0.0515318;REVB=0.080921;RO=12;SAF=39;SAR=21;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104814;STB=0.54452;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00684356;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:12:11:60:61:0.847222:21:39:4:8:22:39:4:7 chr14 39818028 . A G 733.04 PASS AF=0.584746;AO=69;DP=119;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.000840724;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.689;QD=24.849;RBI=0.0433398;REFB=-0.0234969;REVB=0.0433316;RO=48;SAF=43;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802507;STB=0.548735;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0134669;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:48:49:69:69:0.584746:26:43:25:23:26:43:25:24 chr14 39819734 . T G 764.79 PASS AF=0.506494;AO=78;DP=154;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00736964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.791;QD=19.8647;RBI=0.0134866;REFB=-0.021769;REVB=0.011295;RO=76;SAF=40;SAR=38;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594938;STB=0.532702;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0214078;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:76:76:78:78:0.506494:38:40:44:32:38:40:44:32 chr14 39868646 . C A 180.35 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0113054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.699;QD=23.2712;RBI=0.0132587;REFB=-0.0371651;REVB=0.0069268;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829262;STB=0.548334;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0173165;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:12:13:17:18:0.580645:9:8:7:5:9:9:8:5 chr14 39870944 . T G 257.12 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0445596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4223;QD=13.7131;RBI=0.0662219;REFB=-0.0293329;REVB=0.0489876;RO=45;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176225;STB=0.599936;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0398473;OID=.;OPOS=39870944;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:15:15:15:30:15:15:15:30 chr14 42360633 . T C 530.52 PASS AF=0.475;AO=54;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=51;FWDB=0.00781293;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.458;QD=17.684;RBI=0.0207283;REFB=-0.0207812;REVB=0.0191995;RO=66;SAF=19;SAR=35;SRF=12;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197764;STB=0.589375;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0184621;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:63:54:57:0.475:35:19:12:54:38:19:12:51 chr14 42997963 . A G 359.09 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0360898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.707;QD=15.1195;RBI=0.039173;REFB=-0.00785235;REVB=-0.0152331;RO=57;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085462;STB=0.562469;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00969308;OID=.;OPOS=42997963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:56:38:39:0.410526:21:17:21:36:21:18:20:36 chr14 42998026 . T C 945.18 PASS AF=0.918919;AO=68;DP=74;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00748738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.648;QD=51.0909;RBI=0.0089781;REFB=-0.0818761;REVB=0.00495434;RO=3;SAF=30;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181978;STB=0.518454;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00288068;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:74:74:3:6:68:68:0.918919:38:30:2:1:38:30:4:2 chr14 44974922 . A T 310.36 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00399714;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.945;QD=13.9486;RBI=0.0124132;REFB=0.00575528;REVB=-0.011752;RO=53;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460332;STB=0.507768;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00683854;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:53:54:35:35:0.393258:16:19:29:24:16:19:30:24 chr14 44975510 . C T 53.58 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00414241;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.505;QD=6.91405;RBI=0.00988166;REFB=-0.0168721;REVB=-0.0089715;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326529;STB=0.709245;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00486041;OID=.;OPOS=44975510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:22:23:8:8:0.258065:4:4:5:17:4:4:5:18 chr14 44975511 . G A 231.82 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.016781;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.736;QD=29.912;RBI=0.0167887;REFB=-0.00861671;REVB=-0.000508312;RO=10;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24166;STB=0.634712;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0019185;OID=.;OPOS=44975511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:31:10:10:21:21:0.677419:17:4:5:5:17:4:5:5 chr14 47309495 . AG A,AT 1279.02 PASS AF=0.0116279,0.988372;AO=18,58;DP=88;FAO=1,85;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602202,-0.00599716;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.949,107.945;QD=59.4895;RBI=0.0109802,0.00691766;REFB=0,0;REVB=-0.00918149,0.00344792;RO=0;SAF=6,31;SAR=12,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.07727e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0159755,0.00160983;OID=.,.;OPOS=47309496,47309496;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0116279,0.988372:18,58:88:1,85:86:0:0,42:1,43:0:0:7:0:6,31:12,27:0:0 chr14 47341131 . C G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.173;QD=43.016;RBI=0.0508936;REFB=-0.0275985;REVB=-0.0464141;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000410657;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chr14 47528470 . T C 1443.43 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0311373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9605;QD=60.776;RBI=0.0392014;REFB=-0.136841;REVB=0.0238165;RO=2;SAF=36;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474171;STB=0.502501;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00184246;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:57:36:1:1:57:36:1:1 chr14 47528551 . T A 342.25 PASS AF=0.338583;AO=43;DP=127;FAO=43;FDP=127;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00478453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.284;QD=10.7795;RBI=0.00505218;REFB=-0.0144271;REVB=0.00162259;RO=82;SAF=14;SAR=29;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1243;STB=0.581557;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0253125;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:82:84:43:43:0.338583:29:14:35:47:29:14:37:47 chr14 48143852 . C T 295.63 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.031082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.036;QD=15.3574;RBI=0.0354827;REFB=-0.0438181;REVB=0.0171152;RO=43;SAF=21;SAR=12;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418023;STB=0.52848;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0602208;OID=.;OPOS=48143852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:12:21:29:14:12:21:30:14 chr14 50019345 . C CA 39.17 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0850308;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4738;QD=6.81205;RBI=0.132841;REFB=-0.0834803;REVB=0.102062;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169958;STB=0.681047;STBP=0.181;TYPE=ins;VARB=0.135318;OID=.;OPOS=50019346;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:8:24:10:23:13:7:3:5:8:39:15:5:3:7:8 chr14 50195679 . A G 2441.18 PASS AF=1;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154542;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.298;QD=61.4134;RBI=0.0167528;REFB=0;REVB=0.00646721;RO=0;SAF=79;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50933e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:158:159:1:79:79:0:0:79:80:0:0 chr14 50251369 . A G 911.15 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.465;QD=57.8511;RBI=0.014669;REFB=0;REVB=-0.00674849;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77356e-06;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:28:35:0:0 chr14 50298962 . T A 940.9 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0268193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.195;QD=55.3471;RBI=0.0271527;REFB=-0.093599;REVB=0.00424207;RO=2;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349541;STB=0.518513;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000628585;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:65:66:0.970588:26:39:0:2:26:40:0:2 chr14 50320391 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.3;QD=43.4862;RBI=0.0823397;REFB=0;REVB=-0.077507;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312873;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr14 50361100 . G A 144.07 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0117749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5379;QD=15.1649;RBI=0.0144913;REFB=-0.00834406;REVB=-0.00844684;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117301;STB=0.595478;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0150513;OID=.;OPOS=50361100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:19:22:16:16:0.421053:6:10:14:5:6:10:17:5 chr14 50477643 . G C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.744;QD=63.2828;RBI=0.0180734;REFB=0;REVB=-0.016719;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55412e-05;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:11:35:0:0:11:35:0:0 chr14 50575408 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0971;QD=46.8478;RBI=0.0412391;REFB=0;REVB=-0.0376426;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217165;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr14 50575411 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.395;QD=46.848;RBI=0.0196842;REFB=0;REVB=0.015672;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129617;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr14 50583083 . G T 576.0 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0451459;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2238;QD=56.1954;RBI=0.0589182;REFB=-0.00493558;REVB=0.0378577;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.527763;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00180933;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:1:2:39:39:0.95122:17:22:0:1:17:22:0:2 chr14 50585248 . C T 2215.42 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.641;QD=63.2976;RBI=0.0403061;REFB=0;REVB=0.0296957;RO=0;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57862e-05;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:68:72:0:0:68:72:0:0 chr14 50605449 . TTA T,TAA 80.39 PASS AF=0.464286,0;AO=11,9;DP=44;FAO=13,0;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6,0;FSAR=7,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0987147,-0.140765;FXX=0.096743;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=15.3028,11.948;QD=11.4844;RBI=0.103218,0.147333;REFB=-0.114912,0.0639128;REVB=-0.0301553,0.0435006;RO=17;SAF=4,9;SAR=7,0;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.285657,0.749583;STB=0.533283,0.5;STBP=0.756,1;TYPE=del,snp;VARB=0.14321,0;OID=.,.;OPOS=50605450,50605450;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286,0:11,9:44:13,0:28:15:6,0:7,0:6:9:80:17:4,9:7,0:11:6 chr14 50623657 . G A 1257.93 PASS AF=0.834783;AO=96;DP=115;FAO=96;FDP=115;FR=.;FRO=19;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0172241;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6171;QD=43.7543;RBI=0.0442351;REFB=-0.0408007;REVB=-0.040744;RO=19;SAF=55;SAR=41;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968844;STB=0.551493;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00645087;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:115:115:19:19:96:96:0.834783:41:55:5:14:41:55:5:14 chr14 50623669 . G A 110.52 PASS AF=0.18018;AO=20;DP=111;FAO=20;FDP=111;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0929651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.5;QD=3.98273;RBI=0.10423;REFB=-0.00427969;REVB=-0.0471324;RO=89;SAF=6;SAR=14;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353592;STB=0.71837;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0315833;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:89:91:20:20:0.18018:14:6:52:37:14:6:52:39 chr14 50623679 . G A 884.46 PASS AF=0.684211;AO=78;DP=114;FAO=78;FDP=114;FR=.;FRO=36;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0233873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1862;QD=31.0336;RBI=0.0320541;REFB=-0.0705136;REVB=-0.0219203;RO=36;SAF=47;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15898;STB=0.585615;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.031504;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:36:36:78:78:0.684211:31:47:12:24:31:47:12:24 chr14 50623683 . A G 708.67 PASS AF=0.634615;AO=66;DP=104;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0112918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3971;QD=27.2566;RBI=0.0369207;REFB=-0.0660039;REVB=0.0351516;RO=38;SAF=43;SAR=23;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230111;STB=0.624813;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0332962;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:38:38:66:66:0.634615:23:43:12:26:23:43:12:26 chr14 50704331 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.945;QD=55.6552;RBI=0.0259241;REFB=0;REVB=0.0128108;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268285;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr14 50713679 . T A,G 469.23 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=4,29;DP=33;FAO=4,29;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000526898,0.0121702;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.965,162.971;QD=56.8762;RBI=0.00218544,0.0288879;REFB=0,0;REVB=-0.00212097,0.0261992;RO=0;SAF=4,22;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0568317,-0.011718;OID=.,.;OPOS=50713679,50713679;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:33:33:0:0:4,29:4,29:0.121212,0.878788:0,7:4,22:0:0:0,7:4,22:0:0 chr14 50769717 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3541;QD=57.2004;RBI=0.0247867;REFB=0;REVB=-0.00403914;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329857;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 50778816 . A C 832.4 PASS AF=0.924242;AO=60;DP=65;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00140903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.063;QD=50.4486;RBI=0.00959107;REFB=-0.0726573;REVB=0.009487;RO=2;SAF=43;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214462;STB=0.527464;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000568084;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:66:2:5:60:61:0.924242:17:43:2:0:18:43:5:0 chr14 50786004 . A G 516.54 PASS AF=1;AO=25;DP=34;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539917;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.1586;QD=54.3724;RBI=0.100543;REFB=-0.0674767;REVB=0.0848161;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166135;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:38:1:0:25:38:1:12:13:1:0:24:14:0:0 chr14 50788213 . C T 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00593203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.415;QD=60.4126;RBI=0.0178973;REFB=0.034492;REVB=-0.0168856;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.506171;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-3.11101e-05;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:1:82:83:0.988095:39:43:0:0:40:43:0:1 chr14 50798743 . G A 547.95 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269776;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.479;QD=57.6794;RBI=0.0452189;REFB=-0.0376896;REVB=0.0362899;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00425044;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:35:37:0.973684:20:15:1:0:22:15:1:0 chr14 50799126 . G C 1230.2 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393777;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1106;QD=61.5098;RBI=0.00943374;REFB=0;REVB=0.00857259;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310858;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr14 50802727 . A C 895.4 PASS AF=0.970149;AO=59;DP=61;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00153574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8461;QD=53.4567;RBI=0.0648041;REFB=0.00618013;REVB=0.0647859;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263806;STB=0.50069;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00187304;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:67:2:2:59:65:0.970149:27:32:1:1:31:34:1:1 chr14 50802840 . A G 579.36 PASS AF=0.975;AO=35;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00329079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3148;QD=57.9355;RBI=0.0104167;REFB=-0.192513;REVB=0.00988327;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0040116;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:35:39:0.975:22:13:0:1:23:16:0:1 chr14 50824839 . G A 891.26 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.764;QD=57.5005;RBI=0.0361217;REFB=0;REVB=0.0358681;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452617;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:38:24:0:0 chr14 50901768 . G A 274.29 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0115913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8206;QD=19.9481;RBI=0.0152328;REFB=0.0114428;REVB=0.00988331;RO=26;SAF=21;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108765;STB=0.560787;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00968649;OID=.;OPOS=50901768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:8:21:16:10:8:21:16:10 chr14 50935150 . A G 1554.48 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0080819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.892;QD=62.8072;RBI=0.0136043;REFB=-0.131778;REVB=0.0109435;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000265728;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:0:1:98:98:0.989899:55:43:0:0:55:43:0:1 chr14 51057727 . G A 1537.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019987;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.937;QD=59.6941;RBI=0.0280383;REFB=0;REVB=0.0196638;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110187;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:50:50:0:0:52:51:0:0 chr14 51202311 . G C 168.7 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00734085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.007;QD=16.0663;RBI=0.00743811;REFB=0.000252175;REVB=-0.00119894;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280656;STB=0.516111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000487815;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:14:10:8:10:14:10 chr14 51223789 . C T 610.6 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00374181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.815;QD=56.7999;RBI=0.0103349;REFB=-0.138176;REVB=-0.00963372;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.51999;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000771206;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:24:17:0:1:24:17:0:2 chr14 51224374 . T G 989.35 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.069;QD=59.0658;RBI=0.00653304;REFB=0;REVB=0.00500163;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76601e-06;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr14 51224658 . T A 379.65 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115443;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.863;QD=56.2445;RBI=0.0248342;REFB=0;REVB=0.0219879;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14111e-06;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr14 51225132 . G C,T 1162.26 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=4,74;DP=78;FAO=4,74;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=4,35;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630616,0.019532;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=60.8607,199.284;QD=59.6032;RBI=0.00736162,0.0198664;REFB=0,0;REVB=-0.00379812,-0.0036296;RO=0;SAF=4,35;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.80413e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.184604,-0.000647087;OID=.,.;OPOS=51225132,51225132;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:78:78:0:0:4,74:4,74:0.0512821,0.948718:0,39:4,35:0:0:0,39:4,35:0:0 chr14 51237701 . A G 1523.77 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060337;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1255;QD=59.7558;RBI=0.0623957;REFB=0;REVB=0.0158958;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338479;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:100:102:1:41:59:0:0:41:61:0:0 chr14 51239067 . C G 1145.54 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.011152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3446;QD=58.0018;RBI=0.0187289;REFB=-0.0343849;REVB=-0.0150467;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114041;STB=0.500825;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000710491;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:1:2:77:77:0.974684:36:41:1:0:36:41:1:1 chr14 51352345 . G A 486.1 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0241312;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8331;QD=14.9569;RBI=0.0246919;REFB=-0.0109726;REVB=0.00523243;RO=76;SAF=24;SAR=30;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580428;STB=0.532634;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0106132;OID=.;OPOS=51352345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:76:76:54:54:0.415385:30:24:38:38:30:24:38:38 chr14 51368610 . A G 2268.96 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=156;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0306429;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.431;QD=58.5537;RBI=0.038228;REFB=-0.0729247;REVB=0.0228559;RO=1;SAF=78;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060597;STB=0.509433;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000111977;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:155:1:3:152:152:0.980645:74:78:1:0:74:78:3:0 chr14 51378590 . CTTT CCTT,CTT,CTTG 1904.35 PASS AF=0,1,0;AO=7,92,26;DP=132;FAO=0,143,0;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=0,95,0;FSAR=0,48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018432,0.0175352,-0.0875148;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=5.49674,19.4512,8.48485;QD=53.2686;RBI=0.170846,0.0561145,0.191682;REFB=-0.0397122,-0.0250203,-0.0167686;REVB=0.169849,0.0533043,-0.170538;RO=3;SAF=4,78,11;SAR=3,14,15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.122639,0.0570169,0.017655;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,0.000604363,0.00129327;OID=.,.,.;OPOS=51378591,51378591,51378593;OREF=T,T,T;OALT=C,-,G;OMAPALT=CCTT,CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:7,92,26:132:0,143,0:143:0:0,95,0:0,48,0:0:0:9:3:4,78,11:3,14,15:1:2 chr14 51383432 . G A 1382.14 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00197683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.005;QD=61.4283;RBI=0.00216412;REFB=-0.0736416;REVB=-0.000880672;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=6.79134e-05;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:50:39:0:0:50:39:1:0 chr14 51716187 . C CG 697.76 PASS AF=1;AO=6;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990531;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.14;QD=50.7464;RBI=0.0992465;REFB=0;REVB=-0.00619376;RO=48;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000144169;OID=.;OPOS=51716188;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:55:55:55:0:22:33:0:0:4:48:1:5:20:28 chr14 51716188 . T G 607.09 PASS AF=0.872727;AO=47;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0722434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.624;QD=44.1516;RBI=0.0724901;REFB=-0.180253;REVB=-0.00597571;RO=7;SAF=19;SAR=28;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300341;STB=0.517234;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00269547;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:55:55:7:7:47:48:0.872727:28:19:2:5:28:20:2:5 chr14 51716467 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.73;QD=57.5447;RBI=0.0651766;REFB=0;REVB=0.0208565;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168153;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr14 52384093 . G C 223.58 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0348116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.46;QD=14.9053;RBI=0.0359621;REFB=-0.0145154;REVB=-0.00902359;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155385;STB=0.593154;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.015367;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:10:16:25:8:10:16:26:8 chr14 52418655 . G A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0286486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.304;QD=13.4911;RBI=0.0286491;REFB=-0.00865593;REVB=-0.000166812;RO=46;SAF=9;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180185;STB=0.603376;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.010377;OID=.;OPOS=52418655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:21:9:21:25:21:9:21:25 chr14 52478315 . A G 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.462;QD=61.6933;RBI=0.00270203;REFB=0;REVB=-0.00243333;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77413e-06;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr14 52481916 . C CT 1174.32 PASS AF=1;AO=11;DP=101;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273081;FXX=0.0303;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.309;QD=48.9301;RBI=0.144145;REFB=0;REVB=-0.141534;RO=86;SAF=5;SAR=6;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000386201;OID=.;OPOS=52481917;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:101:96:96:0:43:53:0:0:7:86:5:6:37:49 chr14 52481917 . C T 1180.32 PASS AF=0.857143;AO=82;DP=99;FAO=84;FDP=98;FR=.;FRO=14;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0139676;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.412;QD=48.1763;RBI=0.0140739;REFB=-0.0281818;REVB=-0.00172699;RO=13;SAF=35;SAR=47;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912214;STB=0.510383;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0021714;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:99:98:13:14:82:84:0.857143:47:35:6:7:48:36:7:7 chr14 52481918 . C G 41.63 PASS AF=0.112245;AO=10;DP=96;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.000956348;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.055;QD=1.69907;RBI=0.0398083;REFB=-0.00143476;REVB=-0.0397968;RO=79;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827298;STB=0.587624;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.125551;OID=.;OPOS=52481918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:98:79:87:10:11:0.112245:6:4:37:42:7:4:40:47 chr14 52496387 . C A 1601.44 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0168142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.509;QD=57.1942;RBI=0.0229469;REFB=-0.0146149;REVB=0.0156154;RO=3;SAF=48;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116483;STB=0.506139;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=3.93866e-05;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:112:112:3:3:109:109:0.973214:61:48:2:1:61:48:2:1 chr14 52496407 . C T 1572.95 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.988;QD=59.9218;RBI=0.0531968;REFB=0;REVB=-0.0505741;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394407;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:58:47:0:0:58:47:0:0 chr14 52505517 . G A 491.56 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0380709;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.561;QD=20.0638;RBI=0.0388181;REFB=-0.0181818;REVB=-0.00757957;RO=49;SAF=28;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195346;STB=0.602998;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.028159;OID=.;OPOS=52505517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:49:50:48:48:0.489796:20:28:18:31:20:28:19:31 chr14 52507429 . A G 917.22 PASS AF=0.394737;AO=104;DP=266;FAO=105;FDP=266;FR=.;FRO=161;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=93;FSRR=68;FWDB=-0.00332644;FXX=0.011152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.952;QD=13.7927;RBI=0.0295993;REFB=-0.0161713;REVB=-0.0294117;RO=162;SAF=62;SAR=42;SRF=94;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178216;STB=0.514016;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0242213;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:162:161:104:105:0.394737:42:62:94:68:42:63:93:68 chr14 52509501 . T C 762.2 PASS AF=0.447514;AO=81;DP=179;FAO=81;FDP=181;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=-0.0341722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6037;QD=16.8441;RBI=0.0489523;REFB=-0.0361144;REVB=0.0350513;RO=98;SAF=48;SAR=33;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201572;STB=0.515768;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.047191;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:98:100:81:81:0.447514:33:48:60:38:33:48:62:38 chr14 52520368 . C T 521.52 PASS AF=0.6;AO=46;DP=76;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0109761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.699;QD=26.0761;RBI=0.0438566;REFB=-0.0574262;REVB=0.0424609;RO=28;SAF=30;SAR=16;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769132;STB=0.50943;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0324226;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:28:32:46:48:0.6:16:30:21:7:16:32:22:10 chr14 52520853 . A G 2388.96 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.142;QD=64.1331;RBI=0.0367059;REFB=0;REVB=0.0120439;RO=0;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94801e-05;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:149:0:0:143:149:1:73:70:0:0:74:75:0:0 chr14 52535648 . G T 740.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.776;QD=56.9864;RBI=0.0286229;REFB=0;REVB=0.0280378;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147123;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:20:32:0:0 chr14 52536512 . T C 1253.26 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6622;QD=61.1346;RBI=0.0254157;REFB=0;REVB=0.0169024;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369239;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:39:42:0:0:40:42:0:0 chr14 52906081 . T G 445.36 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00204169;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.174;QD=21.2078;RBI=0.00311822;REFB=-0.00174188;REVB=-0.00235686;RO=39;SAF=30;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393256;STB=0.530474;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00303478;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:40:44:44:0.52381:14:30:25:14:14:30:25:15 chr14 52907353 . C T 634.94 PASS AF=0.496124;AO=63;DP=128;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00563475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.153;QD=19.6881;RBI=0.00857815;REFB=-0.0104159;REVB=-0.00646795;RO=64;SAF=35;SAR=28;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793998;STB=0.535313;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00890892;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:64:65:63:64:0.496124:28:35:30:34:29:35:31:34 chr14 52937255 . C T 158.06 PASS AF=0.261364;AO=22;DP=87;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0394842;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.211;QD=7.18467;RBI=0.0434687;REFB=-0.00638271;REVB=-0.0181802;RO=63;SAF=14;SAR=8;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102757;STB=0.553145;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0159572;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:63:65:22:23:0.261364:8:14:35:28:9:14:35:30 chr14 53098902 . G A 539.84 PASS AF=0.357143;AO=64;DP=180;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=73;FSRR=44;FWDB=-0.0117341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1904;QD=11.8646;RBI=0.0124692;REFB=-0.00349882;REVB=0.00421798;RO=115;SAF=30;SAR=34;SRF=73;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186133;STB=0.593858;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00458541;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:115:117:64:65:0.357143:34:30:73:42:34:31:73:44 chr14 53124807 . C T 379.89 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.00608472;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.873;QD=31.0117;RBI=0.0115709;REFB=-0.00318635;REVB=-0.00984179;RO=14;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231028;STB=0.63258;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00365595;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:14:15:34:34:0.693878:17:17:1:13:17:17:1:14 chr14 53130507 . T C 343.85 PASS AF=0.48;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00432795;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.873;QD=18.3386;RBI=0.0869317;REFB=-0.00545446;REVB=0.0868239;RO=36;SAF=19;SAR=17;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22325;STB=0.626307;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00383026;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:36:39:36:36:0.48:17:19:10:26:17:19:11:28 chr14 53238110 . A G 218.03 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0534053;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8764;QD=22.3621;RBI=0.0783533;REFB=0.00635905;REVB=0.0573334;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145377;STB=0.581738;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.002406;OID=.;OPOS=53238110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:9:9:7:14:9:9 chr14 53345378 . G A 524.55 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419375;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.267;QD=59.9487;RBI=0.0440374;REFB=0;REVB=-0.0134364;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043668;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr14 53529669 . A T 1227.35 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.515;QD=61.3676;RBI=0.0223682;REFB=0;REVB=0.00527093;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89922e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:28:52:0:0:28:52:0:0 chr14 53619463 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.681;QD=50.412;RBI=0.0609238;REFB=0;REVB=0.048705;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100101;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 193.88 PASS AF=0.136364,0.681818;AO=3,14;DP=22;FAO=3,15;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=3,6;FSAR=0,9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0148278,-0.0373145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=75.5382,221.302;QD=35.251;RBI=0.0216171,0.0377249;REFB=-0.0309714,-0.107852;REVB=-0.0157301,0.0055492;RO=4;SAF=3,6;SAR=0,8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.225438;STB=0.5,0.624835;STBP=1,0.043;TYPE=snp,ins;VARB=0.0567685,0.00967703;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:22:22:4:4:3,14:3,15:0.136364,0.681818:0,8:3,6:4:0:0,9:3,6:4:0 chr14 53619500 . C G 246.24 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0122957;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.2;QD=23.4513;RBI=0.0355101;REFB=-0.000874827;REVB=-0.0333134;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158497;STB=0.588401;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000562381;OID=.;OPOS=53619500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:12:7:13:10:12:7 chr14 53619544 . G A 836.14 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0421321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.975;QD=53.9442;RBI=0.0532172;REFB=-0.0745791;REVB=0.0325109;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00527504;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:62:0:2:59:60:0.967742:30:29:0:0:31:29:2:0 chr14 54417522 . A G 1102.41 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0829253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.143;QD=58.795;RBI=0.083301;REFB=-0.0471062;REVB=0.0079027;RO=1;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901111;STB=0.504761;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000293517;OID=.;OPOS=54417522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:52:21:0:1:52:22:0:1 chr14 54875276 . C A 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1541;QD=60.2213;RBI=0.0355884;REFB=0;REVB=-0.0326779;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0004009;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr14 54875514 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4552;QD=59.0146;RBI=0.0752561;REFB=0;REVB=0.0263011;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100442;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr14 54941958 . G T 30.27 PASS AF=0.0952381;AO=6;DP=64;FAO=6;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0561886;FXX=0.0156226;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.9042;QD=1.92218;RBI=0.0684224;REFB=-0.014602;REVB=-0.0390444;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331289;STB=0.803525;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0971332;OID=.;OPOS=54941958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:64:63:41:56:6:6:0.0952381:5:1:17:24:5:1:27:29 chr14 55255673 . C T 719.36 PASS AF=0.493506;AO=73;DP=143;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0239137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.22;QD=18.6847;RBI=0.0255177;REFB=-0.0445484;REVB=-0.00890426;RO=68;SAF=33;SAR=40;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808515;STB=0.527099;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0402339;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:154:68:78:73:76:0.493506:40:33:37:31:43:33:38:40 chr14 55308770 . C A 1962.5 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0768595;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8359;QD=60.3847;RBI=0.0774707;REFB=-0.102233;REVB=-0.0097121;RO=2;SAF=53;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175918;STB=0.509258;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000981885;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:130:2:2:128:128:0.984615:75:53:2:0:75:53:2:0 chr14 55408294 . C T 371.91 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00867502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.367;QD=18.366;RBI=0.00925769;REFB=-0.00722307;REVB=-0.00323244;RO=36;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537241;STB=0.529168;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00709981;OID=.;OPOS=55408294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:36:42:38:39:0.481481:15:23:22:14:17:22:26:16 chr14 55511364 . T TTTTTC 488.58 PASS AF=0.457627;AO=43;DP=136;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0117382;FXX=0.0923006;HRUN=5;LEN=5;MLLD=215.324;QD=16.562;RBI=0.0156499;REFB=-0.00917448;REVB=-0.0103506;RO=81;SAF=19;SAR=24;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733095;STB=0.50476;STBP=0.927;TYPE=ins;VARB=0.0110341;OID=.;OPOS=55511365;OREF=-;OALT=TTTTC;OMAPALT=TTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627:43:136:54:118:64:24:30:29:35:99:81:19:24:41:40 chr14 55512273 . C A 163.19 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0488652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8715;QD=20.3982;RBI=0.0767032;REFB=0.00715424;REVB=-0.0591234;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10507;STB=0.559734;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00997327;OID=.;OPOS=55512273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:5:10:13:4:5:10 chr14 55513848 . G C 330.64 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0104967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.557;QD=32.2572;RBI=0.0280684;REFB=-0.0355642;REVB=0.0260317;RO=13;SAF=8;SAR=20;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117441;STB=0.564468;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.020706;OID=.;OPOS=55513848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:20:8:6:7:20:8:6:7 chr14 55604935 . C A 841.54 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=149;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=0.00583448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.985;QD=22.5917;RBI=0.00639802;REFB=-0.028111;REVB=-0.00262556;RO=69;SAF=56;SAR=23;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281637;STB=0.520925;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0241849;OID=.;OPOS=55604935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:69:70:79:79:0.530201:23:56:47:22:23:56:47:23 chr14 55605036 . A C 1504.58 PASS AF=1;AO=81;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.93;QD=59.5872;RBI=0.0654668;REFB=0;REVB=-0.00387011;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62381e-05;OID=.;OPOS=55605036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:81:101:1:40:41:0:0:40:61:0:0 chr14 55619311 . A G 124.39 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0316714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3659;QD=19.9032;RBI=0.0537928;REFB=-0.0409032;REVB=0.0434809;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243221;STB=0.584289;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0296274;OID=.;OPOS=55619311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:10:11:13:14:0.56:10:3:5:5:10:4:5:6 chr14 55625368 . GC AA 268.14 PASS AF=0.354839;AO=31;DP=91;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00233793;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=2;MLLD=312.955;QD=11.5329;RBI=0.0201675;REFB=-0.00125402;REVB=-0.0200315;RO=59;SAF=18;SAR=13;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440855;STB=0.548099;STBP=0.501;TYPE=mnp;VARB=0.00232306;OID=.;OPOS=55625368;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:59:60:31:33:0.354839:13:18:32:27:13:20:32:28 chr14 55643908 . A G 252.49 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.00500481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9538;QD=12.6246;RBI=0.0227208;REFB=-0.0158975;REVB=0.0221628;RO=50;SAF=20;SAR=10;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415704;STB=0.523794;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0165581;OID=.;OPOS=55643908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:10:20:35:15:10:20:35:15 chr14 55655692 . C T 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00966815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.544;QD=19.9735;RBI=0.0103899;REFB=-0.021716;REVB=0.00380476;RO=35;SAF=27;SAR=10;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169803;STB=0.509429;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0205427;OID=.;OPOS=55655692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:10:27:25:10:10:27:25:10 chr14 55817708 . T C 61.81 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0164351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.74;QD=7.27132;RBI=0.0178741;REFB=-0.00332962;REVB=0.00702637;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793601;STB=0.503304;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111557;OID=.;OPOS=55817708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:25:25:8:9:0.264706:3:5:14:11:4:5:14:11 chr14 55818517 . T A 380.97 PASS AF=0.5;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.021687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4433;QD=19.5371;RBI=0.0275609;REFB=-0.0305985;REVB=0.0170083;RO=37;SAF=25;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209683;STB=0.604784;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0296271;OID=.;OPOS=55818517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:39:39:39:0.5:14:25:15:22:14:25:17:22 chr14 55818706 . T C 550.21 PASS AF=0.609756;AO=48;DP=81;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00941534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.569;QD=26.8397;RBI=0.00945305;REFB=0.0069257;REVB=0.000843534;RO=32;SAF=23;SAR=25;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197499;STB=0.611818;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00444627;OID=.;OPOS=55818706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:32:32:48:50:0.609756:25:23:24:8:27:23:24:8 chr14 55834828 . T A,TAAA 188.22 PASS AF=0.046875,0.34375;AO=5,18;DP=73;FAO=3,22;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=0,12;FSAR=3,10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00198875,-0.0312429;FXX=0.0153822;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=164.784,36.7987;QD=11.7635;RBI=0.00754138,0.0416477;REFB=-7.1932e-05,-0.0121851;REVB=-0.00727443,-0.0275393;RO=42;SAF=1,9;SAR=4,9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.492142,-0.196839;STB=0.997626,0.596247;STBP=0.014,0.288;TYPE=snp,ins;VARB=0.0387047,0.0124606;OID=.,.;OPOS=55834828,55834829;OREF=T,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:73:64:42:39:5,18:3,22:0.046875,0.34375:4,9:1,9:28:14:3,10:0,12:27:12 chr14 55835773 . A AAAT 188.49 PASS AF=0.338028;AO=22;DP=83;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0166839;FXX=0.077912;HRUN=4;LEN=3;MLLD=237.287;QD=10.6191;RBI=0.0167158;REFB=-0.00472847;REVB=0.00103299;RO=59;SAF=12;SAR=10;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653093;STB=0.576407;STBP=0.352;TYPE=ins;VARB=0.00953586;OID=.;OPOS=55835774;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338028:22:83:24:71:47:14:10:22:25:99:59:12:10:29:30 chr14 55836545 . A C 211.7 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0617331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6198;QD=19.6931;RBI=0.0629091;REFB=-0.0277994;REVB=0.0121069;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018054;STB=0.510194;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0400458;OID=.;OPOS=55836545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:9:13:12:9:9:13 chr14 55864130 . A G 379.6 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.002862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.236;QD=16.6856;RBI=0.00750835;REFB=-0.0151957;REVB=0.00694148;RO=49;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169672;STB=0.507602;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0169831;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:51:40:40:0.43956:23:17:20:29:23:17:21:30 chr14 55907172 . C G 532.71 PASS AF=0.361111;AO=64;DP=181;FAO=65;FDP=180;FR=.;FRO=115;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=38;FWDB=-0.035143;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6399;QD=11.838;RBI=0.0363187;REFB=-0.00689885;REVB=0.00916576;RO=114;SAF=46;SAR=18;SRF=75;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808685;STB=0.528727;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0158439;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:114:115:64:65:0.361111:18:46:75:39:19:46:77:38 chr14 56105922 . CAGA C 209.51 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000198157;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=3;MLLD=246.133;QD=17.8307;RBI=0.00587469;REFB=-0.00690682;REVB=-0.00587135;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.508122;STBP=0.94;TYPE=del;VARB=0.00784575;OID=.;OPOS=56105923;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:21:46:21:47:26:11:10:14:12:99:24:11:10:12:12 chr14 56763886 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0231958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.083;QD=9.99288;RBI=0.0262503;REFB=-0.00514559;REVB=-0.0122896;RO=34;SAF=3;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442527;STB=0.753516;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00925736;OID=.;OPOS=56763886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:36:17:17:0.320755:14:3:18:16:14:3:18:18 chr14 56958247 . C T 1002.66 PASS AF=0.9;AO=72;DP=80;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0302341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.838;QD=50.1332;RBI=0.0342727;REFB=-0.00912661;REVB=0.0161406;RO=8;SAF=31;SAR=41;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842845;STB=0.544743;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0151433;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:8:8:72:72:0.9:41:31:7:1:41:31:7:1 chr14 56958248 . C A 33.49 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00176282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9346;QD=1.6743;RBI=0.0572242;REFB=-0.000458252;REVB=0.0571971;RO=71;SAF=7;SAR=1;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499497;STB=0.884617;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0283736;OID=.;OPOS=56958248;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:71:72:8:8:0.1:1:7:31:40:1:7:31:41 chr14 57072338 . C T 401.2 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0146669;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.711;QD=14.5891;RBI=0.0169023;REFB=-0.0156241;REVB=-0.00840048;RO=63;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014194;STB=0.512653;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0238424;OID=.;OPOS=57072338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:24:22:31:32:24:22:32:32 chr14 57099859 . G A 1306.2 PASS AF=1;AO=75;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.855;QD=61.4681;RBI=0.0333264;REFB=0;REVB=0.0108368;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122202;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:75:85:1:34:41:0:0:40:45:0:0 chr14 57101682 . A G 442.89 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.010248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6255;QD=14.8872;RBI=0.0103119;REFB=-0.00308858;REVB=0.00114639;RO=68;SAF=17;SAR=33;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07948;STB=0.541361;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00322689;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:68:69:50:50:0.420168:33:17:28:40:33:17:28:41 chr14 57115622 . C G 263.88 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0233864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.18;QD=17.89;RBI=0.0279735;REFB=-0.0229381;REVB=0.0153491;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515799;STB=0.55073;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0150955;OID=.;OPOS=57115622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:27:27:28:0.474576:11:16:15:8:11:17:19:8 chr14 57673740 . G A 685.98 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00372904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.593;QD=18.6661;RBI=0.00389079;REFB=0.00414694;REVB=-0.0011102;RO=77;SAF=39;SAR=30;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563839;STB=0.534874;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00788889;OID=.;OPOS=57673740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:78:69:69:0.469388:30:39:39:38:30:39:39:39 chr14 57866623 . A G 1334.06 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167539;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.286;QD=59.9577;RBI=0.0215845;REFB=0.0540865;REVB=0.0136088;RO=0;SAF=23;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506762;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000690587;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:89:0:2:87:87:0.977528:64:23:0:0:64:23:1:1 chr14 57876265 . G A 2086.55 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273902;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4942;QD=62.7533;RBI=0.0288323;REFB=0;REVB=0.00900417;RO=0;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25831e-05;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:69:64:0:0:69:64:0:0 chr14 57876575 . TTA CTA,TAA,T 1240.05 PASS AF=0.95122,0.0487805,0;AO=38,5,20;DP=75;FAO=78,4,0;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47,4,0;FSAR=31,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135067,-0.0360134,0.0039222;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=36.4687,8.49287,6.5796;QD=60.4902;RBI=0.297774,0.30924,0.363408;REFB=0,0,0;REVB=0.26538,0.307136,-0.363387;RO=0;SAF=34,5,0;SAR=4,0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.00300493,0.0145155,0;OID=.,.,.;OPOS=57876575,57876576,57876576;OREF=T,T,TA;OALT=C,A,-;OMAPALT=CTA,TAA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:75:82:0:0:38,5,20:78,4,0:0.95122,0.0487805,0:4,0,20:34,5,0:0:0:31,0,0:47,4,0:0:0 chr14 57938124 . C T 1079.78 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1295;QD=59.9876;RBI=0.020091;REFB=0;REVB=0.0196832;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194737;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr14 57938260 . T C 766.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7154;QD=63.8432;RBI=0.0231449;REFB=0;REVB=0.00214983;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109432;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr14 57945689 . G A 1343.66 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0763135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.509;QD=61.0753;RBI=0.0805707;REFB=0.0604051;REVB=0.0258434;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126337;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000504423;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:37:50:0:1:37:50:0:1 chr14 57948380 . T C 998.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.542;QD=58.7543;RBI=0.0580642;REFB=0;REVB=0.0198139;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200533;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:44:22:0:0:44:24:0:0 chr14 57957664 . T A 2319.28 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00314232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=339.758;QD=62.2626;RBI=0.00508821;REFB=0.0239047;REVB=-0.00400197;RO=2;SAF=86;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236212;STB=0.501275;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-1.76445e-06;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:146:147:0.986577:60:86:1:1:60:87:1:1 chr14 58563694 . G C 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0587195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1395;QD=11.8133;RBI=0.0591963;REFB=-0.0303305;REVB=-0.00749798;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324572;STB=0.686047;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0618286;OID=.;OPOS=58563694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:3:20:8:5:3:20 chr14 58706609 . C T 2219.23 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317416;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.613;QD=62.957;RBI=0.00465369;REFB=0;REVB=0.00340316;RO=0;SAF=99;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110367;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:141:141:0:0:140:141:1:41:99:0:0:41:100:0:0 chr14 58766617 . A G 384.35 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0118178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0005;QD=17.8766;RBI=0.0183913;REFB=-0.0157117;REVB=0.0140918;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196732;STB=0.501747;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0146722;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:39:40:0.465116:20:19:21:24:21:19:22:24 chr14 58831142 . A G 472.67 PASS AF=0.641791;AO=28;DP=68;FAO=43;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0237642;FXX=0.0147037;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.393;QD=28.219;RBI=0.023819;REFB=-0.0179281;REVB=0.00161534;RO=14;SAF=9;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724018;STB=0.538784;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00740738;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:14:23:28:43:0.641791:19:9:6:8:27:16:11:12 chr14 58838668 . A G 220.31 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0141602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.109;QD=16.0229;RBI=0.0287267;REFB=-0.000897019;REVB=-0.0249942;RO=29;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979891;STB=0.567512;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00113196;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:8:17:17:12:8:17:17:13 chr14 58838701 . C T 172.98 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0232895;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.339;QD=16.4738;RBI=0.027776;REFB=0.00306541;REVB=-0.0151363;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706433;STB=0.540496;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00397436;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:15:9:8:10:15:9 chr14 58839339 . A C 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.673;QD=57.603;RBI=0.0264648;REFB=0.129841;REVB=0.0117847;RO=2;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049111;STB=0.502617;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000521088;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:24:19:1:1:24:19:1:1 chr14 58840401 . T A,TA 38.16 PASS AF=0,0.236842;AO=2,6;DP=40;FAO=0,9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0123937,0.0574047;FXX=0.0256345;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=261.701,15.1881;QD=4.01658;RBI=0.0184066,0.131082;REFB=0.00344273,-0.0288173;REVB=0.0136088,0.117844;RO=31;SAF=1,4;SAR=1,2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.101479,0.323276;STB=0.5,0.606704;STBP=1,0.51;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0713423;OID=.,.;OPOS=58840401,58840402;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:40:38:31:29:2,6:0,9:0,0.236842:1,2:1,4:12:19:0,4:0,5:12:17 chr14 58917454 . G A 1139.01 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.19;QD=59.1694;RBI=0.0327563;REFB=-0.00868704;REVB=0.00990012;RO=1;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884626;STB=0.504672;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000236838;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:53:23:0:1:53:23:0:1 chr14 58937416 . T C 1509.7 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6553;QD=63.5662;RBI=0.0256582;REFB=0;REVB=-0.0250259;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169904;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:39:55:0:0:39:56:0:0 chr14 58953746 . C G 1171.8 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8002;QD=60.8727;RBI=0.0274687;REFB=0;REVB=-0.0166583;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18933e-05;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr14 58958923 . A G 289.95 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0151204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.367;QD=16.5683;RBI=0.0927747;REFB=-0.0109268;REVB=0.0915343;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113733;STB=0.569578;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00910809;OID=.;OPOS=58958923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:32:32:0.457143:17:15:13:24:17:15:13:25 chr14 59010649 . T C 332.03 PASS AF=0.439024;AO=34;DP=80;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0138937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.884;QD=16.1967;RBI=0.0176087;REFB=-0.00897752;REVB=0.010818;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442324;STB=0.539897;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00676181;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:46:46:34:36:0.439024:17:17:25:21:19:17:25:21 chr14 59112475 . C T 482.68 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=0.0151985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.725;QD=18.5645;RBI=0.025869;REFB=-0.01725;REVB=0.0209335;RO=53;SAF=35;SAR=16;SRF=42;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119659;STB=0.565892;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00860725;OID=.;OPOS=59112475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:16:35:42:11:16:35:42:11 chr14 59112732 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00778054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.194;QD=7.76205;RBI=0.00842636;REFB=0.0022107;REVB=0.00323524;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302036;STB=0.696919;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00477166;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:8:5:1:5:8:5 chr14 59113430 . G A 373.87 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0431838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.418;QD=15.5779;RBI=0.0434133;REFB=-0.0285245;REVB=-0.00445715;RO=55;SAF=26;SAR=14;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552388;STB=0.538012;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0338939;OID=.;OPOS=59113430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:56:40:40:0.416667:14:26:33:22:14:26:33:23 chr14 59114770 . C G 685.89 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0103706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.418;QD=18.6637;RBI=0.0247075;REFB=-0.021939;REVB=-0.0224257;RO=77;SAF=30;SAR=39;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105529;STB=0.561853;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0308013;OID=.;OPOS=59114770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:78:69:69:0.469388:39:30:42:35:39:30:43:35 chr14 59789727 . G A 1174.58 PASS AF=0.987342;AO=79;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0848275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6563;QD=59.4725;RBI=0.103797;REFB=0.099386;REVB=-0.0598179;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.021813;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:79:78:0.987342:41:38:0:0:40:38:0:1 chr14 59797235 . A G 884.17 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0251241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.196;QD=53.5863;RBI=0.0260493;REFB=-0.0206197;REVB=-0.00688045;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192676;STB=0.502296;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000444781;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:1:3:63:63:0.954545:24:39:0:1:24:39:2:1 chr14 59814321 . C G 133.32 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0338282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7484;QD=11.3462;RBI=0.139659;REFB=-0.0458493;REVB=-0.1355;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149984;STB=0.614829;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0827408;OID=.;OPOS=59814321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:28:31:15:16:0.340426:6:9:13:15:6:10:14:17 chr14 59835971 . A AC 417.02 PASS AF=1;AO=4;DP=36;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066785;FXX=0.0312402;HRUN=0;LEN=1;MLLD=211.833;QD=53.8084;RBI=0.0994128;REFB=0;REVB=-0.0736387;RO=32;SAF=2;SAR=2;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00215856;OID=.;OPOS=59835972;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:36:31:31:0:14:17:0:0:4:32:2:2:14:18 chr14 59835972 . A C 310.39 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00541005;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=205.769;QD=35.4734;RBI=0.021115;REFB=-0.122959;REVB=0.0204102;RO=6;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574782;STB=0.586139;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00256762;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:35:35:6:9:26:26:0.742857:17:9:3:3:17:9:6:3 chr14 60004844 . C A,T 813.76 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=2,55;DP=57;FAO=2,56;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324073,-0.0376061;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=51.8507,52.3769;QD=56.1216;RBI=0.0466781,0.0469986;REFB=0,0;REVB=-0.0335948,0.0281896;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.2233,-0.0047789;OID=.,.;OPOS=60004844,60004844;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:58:0:0:2,55:2,56:0.0344828,0.965517:0,31:2,24:0:0:0,31:2,25:0:0 chr14 60031996 . G A 2252.0 PASS AF=0.980645;AO=150;DP=154;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00584428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.793;QD=58.116;RBI=0.00900354;REFB=-0.0204188;REVB=0.00684895;RO=2;SAF=73;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128515;STB=0.503482;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=3.08738e-05;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:155:2:3:150:152:0.980645:77:73:2:0:78:74:2:1 chr14 60043422 . A G 2292.42 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.129;QD=63.6784;RBI=0.0284705;REFB=0;REVB=-0.00107624;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37276e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:69:74:0:0:69:75:0:0 chr14 60063472 . A G 2027.01 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8568;QD=62.3696;RBI=0.0196735;REFB=0;REVB=0.017827;RO=0;SAF=47;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105477;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:83:47:0:0:83:47:0:0 chr14 60574448 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.775;QD=61.5362;RBI=0.00478028;REFB=0;REVB=-0.00454104;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27879e-06;OID=.;OPOS=60574448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr14 60574539 . A G 1202.48 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8987;QD=60.8849;RBI=0.022081;REFB=0;REVB=-0.0188715;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58495e-05;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr14 60575801 . A G 1453.43 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.11;QD=63.1927;RBI=0.023323;REFB=0;REVB=0.0207191;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29942e-05;OID=.;OPOS=60575801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr14 60575831 . G T 1574.7 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781888;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.05;QD=59.9886;RBI=0.0472235;REFB=0;REVB=-0.0465718;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213011;OID=.;OPOS=60575831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr14 60581863 . G A 971.93 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0207738;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.4;QD=54.7567;RBI=0.0242914;REFB=0.0191173;REVB=0.0125906;RO=3;SAF=39;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195228;STB=0.510339;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.000982781;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:71:3:3:68:68:0.957746:29:39:1:2:29:39:1:2 chr14 60581935 . C T 1704.76 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.142;QD=60.3456;RBI=0.0127542;REFB=0;REVB=0.00551549;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56363e-05;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:51:60:0:0:52:61:0:0 chr14 60585131 . A G 1730.25 PASS AF=0.962121;AO=76;DP=131;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0369071;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=74.6415;QD=52.4317;RBI=0.0944446;REFB=-0.147248;REVB=0.0869348;RO=5;SAF=40;SAR=36;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147529;STB=0.513404;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00904062;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:132:5:5:76:127:0.962121:36:40:2:3:57:70:1:4 chr14 60591829 . T C 1775.36 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0235658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.253;QD=59.1788;RBI=0.0245233;REFB=-0.153371;REVB=-0.0067856;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.501301;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00070712;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:120:120:0:2:118:118:0.983333:50:68:0:0:50:68:1:1 chr14 60591887 . G A 1656.92 PASS AF=0.966102;AO=111;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0199785;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.67;QD=56.1668;RBI=0.0321726;REFB=-0.0196115;REVB=0.0252178;RO=4;SAF=70;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922495;STB=0.504779;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.000192588;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:118:4:4:111:114:0.966102:41:70:2:2:42:72:2:2 chr14 60601308 . G A 835.43 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.551;QD=57.6155;RBI=0.0373458;REFB=0;REVB=0.0106651;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8552e-05;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:34:21:0:0:37:21:0:0 chr14 60611585 . T C 1222.87 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.956;QD=61.1436;RBI=0.0559529;REFB=0;REVB=0.0515565;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570372;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:76:80:1:39:37:0:0:40:40:0:0 chr14 60611647 . TC T,TT 1705.12 PASS AF=0.0877193,0.912281;AO=19,91;DP=111;FAO=10,104;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=2,49;FSAR=8,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190242,0.0126217;FXX=0.0086949;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.723,252.562;QD=59.8289;RBI=0.0537595,0.0474322;REFB=0,0;REVB=0.0502808,0.0457221;RO=1;SAF=2,49;SAR=17,42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181817,-0.00957612;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0433684,-0.00203379;OID=.,.;OPOS=60611648,60611648;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0877193,0.912281:19,91:111:10,104:114:0:2,49:8,55:0:0:22:1:2,49:17,42:1:0 chr14 60611675 . G A 1697.19 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.448;QD=59.5507;RBI=0.0222159;REFB=0.0531431;REVB=-0.0172867;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000205931;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:113:113:0.991228:65:48:0:0:65:48:0:1 chr14 60615914 . C T 57.05 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.020438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4474;QD=28.5251;RBI=0.0500989;REFB=-0.0258068;REVB=0.0457404;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173072;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0216859;OID=.;OPOS=60615914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:1:0:5:2:1:0 chr14 60616042 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.77;QD=61.3746;RBI=0.0190829;REFB=0;REVB=0.0064962;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14789e-05;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr14 60923783 . C T 1052.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6526;QD=59.2853;RBI=0.0596386;REFB=0;REVB=0.0280442;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976055;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:46:24:0:0:46:25:0:0 chr14 60976537 . C A 2527.05 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513882;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.965;QD=61.6354;RBI=0.0636651;REFB=0;REVB=0.0375832;RO=0;SAF=84;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.36235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79735e-05;OID=.;OPOS=60976537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:163:164:1:79:84:0:0:79:85:0:0 chr14 61013237 . G T 360.72 PASS AF=0.46988;AO=35;DP=79;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00183782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.948;QD=17.3842;RBI=0.00630314;REFB=-0.0162028;REVB=0.00602925;RO=42;SAF=11;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214119;STB=0.57463;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0182434;OID=.;OPOS=61013237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:42:44:35:39:0.46988:24:11:22:20:24:15:23:21 chr14 61124940 . A G 421.34 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00640623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.955;QD=23.408;RBI=0.0065256;REFB=-0.00794679;REVB=0.00124245;RO=31;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665501;STB=0.536568;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00521073;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:19:22:14:17:19:22:14:17 chr14 61176485 . T C 140.91 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0150563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5589;QD=16.5781;RBI=0.0410761;REFB=0.0106423;REVB=0.0382172;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061658;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00432272;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:13:14:0.411765:5:8:10:8:5:9:10:8 chr14 61180657 . T G 280.54 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00820376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.061;QD=11.0016;RBI=0.0140341;REFB=-0.0114776;REVB=-0.0113865;RO=67;SAF=21;SAR=14;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123475;STB=0.571387;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0251087;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:67:35:35:0.343137:14:21:33:34:14:21:33:34 chr14 61184731 . AAAT A 80.24 PASS AF=0.5;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00117837;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=153.482;QD=14.5897;RBI=0.021233;REFB=-0.0569565;REVB=0.0212003;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.677128;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=0.0325711;OID=.;OPOS=61184732;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:23:11:22:11:5:6:9:2:76:6:5:5:2:4 chr14 61190953 . T C,TC 100.67 PASS AF=0.00900901,0.387387;AO=6,37;DP=113;FAO=1,43;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=0,16;FSAR=1,27;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0161381,0.0566653;FXX=0.00892777;HRUN=3,6;LEN=1,1;MLLD=18.6233,7.24993;QD=3.6277;RBI=0.090745,0.0576164;REFB=-0.0918795,-0.153787;REVB=-0.0892985,-0.0104257;RO=63;SAF=1,11;SAR=5,26;SRF=31;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.370179,-0.228026;STB=0.988773,0.538784;STBP=0.494,0.521;TYPE=snp,ins;VARB=0.0722637,0.174367;OID=.,.;OPOS=61190953,61190954;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:113:111:63:67:6,37:1,43:0.00900901,0.387387:5,26:1,11:31:32:1,27:0,16:29:38 chr14 61445967 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.61;QD=57.5452;RBI=0.0226351;REFB=0;REVB=0.0209845;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62768e-05;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr14 61449328 . T A 1920.47 PASS AF=0.916084;AO=131;DP=144;FAO=131;FDP=143;FR=.;FRO=12;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00893489;FXX=0.00694396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.094;QD=53.7194;RBI=0.00909335;REFB=-0.105129;REVB=0.0016902;RO=7;SAF=51;SAR=80;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468069;STB=0.538507;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00209784;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:144:143:7:12:131:131:0.916084:80:51:6:1:80:51:10:2 chr14 61509924 . T C 1120.87 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.081;QD=58.9932;RBI=0.0364103;REFB=-0.0793423;REVB=0.0103995;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000196139;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:40:35:0:0:40:35:1:0 chr14 61512802 . T C 411.5 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00068609;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3616;QD=14.6963;RBI=0.0072283;REFB=-0.000792918;REVB=0.00719567;RO=65;SAF=23;SAR=24;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189021;STB=0.510634;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00140843;OID=.;OPOS=61512802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:65:65:47:47:0.419643:24:23:33:32:24:23:33:32 chr14 61517256 . G A 558.09 PASS AF=0.414013;AO=63;DP=153;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0355355;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3253;QD=14.2187;RBI=0.0468677;REFB=-0.00862987;REVB=-0.0305583;RO=89;SAF=35;SAR=28;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018508;STB=0.506749;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0177318;OID=.;OPOS=61517256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:89:92:63:65:0.414013:28:35:51:38:29:36:52:40 chr14 61997226 . C T 2216.63 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.011;QD=63.3324;RBI=0.0110555;REFB=0;REVB=0.0109913;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07427e-05;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:67:72:0:0:67:73:0:0 chr14 62207557 . C T 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0101674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.098;QD=20.7521;RBI=0.0627234;REFB=-0.0273741;REVB=-0.0618939;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138827;STB=0.578839;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0188043;OID=.;OPOS=62207557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:6:6:5:10:6:6 chr14 62213848 . T C 365.13 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.000255231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.795;QD=16.0497;RBI=0.020855;REFB=-0.00394207;REVB=-0.0208534;RO=52;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196586;STB=0.511068;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00608468;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:21:18:23:29:21:18:23:29 chr14 62262148 . G C 252.48 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.032847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9839;QD=12.9474;RBI=0.0598725;REFB=-0.01138;REVB=-0.0500578;RO=48;SAF=20;SAR=10;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164609;STB=0.59453;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0170794;OID=.;OPOS=62262148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:10:20:25:23:10:20:25:23 chr14 62462766 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.195;QD=57.177;RBI=0.0284295;REFB=0;REVB=-0.0120208;RO=0;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97096e-05;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:41:10:0:0:41:10:0:0 chr14 62463129 . G T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.06;QD=59.5009;RBI=0.0301727;REFB=0;REVB=-0.0252567;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60182e-05;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr14 62463214 . C T 502.77 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.444;QD=54.3539;RBI=0.0324085;REFB=-0.141491;REVB=0.0257721;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00159213;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:37:37:1:1:35:36:0.972973:21:14:0:1:21:15:0:1 chr14 63174616 . T C 2229.92 PASS AF=0.972973;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=148;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0125052;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8866;QD=60.2682;RBI=0.0208928;REFB=0.0446422;REVB=-0.0167371;RO=1;SAF=71;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646993;STB=0.506571;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00177109;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:147:148:1:4:144:144:0.972973:73:71:0:1:73:71:1:3 chr14 63784407 . A AG,G 1308.26 PASS AF=0.936842,0.0631579;AO=65,24;DP=95;FAO=89,6;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60,2;FSAR=29,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487137,-0.0150781;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.6091,8.9725;QD=55.0845;RBI=0.0857024,0.281835;REFB=0,0;REVB=-0.0705116,-0.281432;RO=6;SAF=55,3;SAR=10,21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0526144,-0.326359;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00261398,-0.011734;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:95:95:6:0:65,24:89,6:0.936842,0.0631579:10,21:55,3:4:2:29,4:60,2:0:0 chr14 64423187 . C A 766.19 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.331;QD=63.849;RBI=0.0416093;REFB=0;REVB=-0.0168576;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55583e-05;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:13:34:0:0:14:34:0:0 chr14 64491695 . T C 1381.59 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100511;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.654;QD=62.7994;RBI=0.0303728;REFB=0;REVB=0.0286616;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47062e-05;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:32:55:0:0:33:55:0:0 chr14 64494278 . C T 1592.33 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131986;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.991;QD=60.0878;RBI=0.0137607;REFB=0;REVB=0.00389268;RO=0;SAF=72;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54774e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:34:72:0:0:34:72:0:0 chr14 64496749 . C T 937.55 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.534;QD=58.5971;RBI=0.048862;REFB=0;REVB=0.00112941;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118343;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:35:29:0:0 chr14 64497930 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000270081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.815;QD=57.2024;RBI=0.00289461;REFB=0;REVB=0.00288198;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98253e-06;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr14 64498037 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.416;QD=57.2026;RBI=0.0193284;REFB=0;REVB=-0.0176837;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.72947e-05;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:5:24:0:0:5:25:0:0 chr14 64519035 . A G 482.34 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0112;QD=58.4656;RBI=0.131834;REFB=0;REVB=-0.00379269;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152648;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:18:12:0:0:18:15:0:0 chr14 64519455 . A G 95.28 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4037;QD=34.6473;RBI=0.0741717;REFB=-0.120429;REVB=-0.0683469;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00320265;OID=.;OPOS=64519455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:0:1:2:8:0:1 chr14 64522674 . G C 613.88 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683086;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0503;QD=61.3884;RBI=0.0269868;REFB=0;REVB=0.026108;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135404;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr14 64522843 . A G 1094.67 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2138;QD=59.982;RBI=0.0991182;REFB=0;REVB=0.0883234;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611009;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr14 64540823 . A G 340.77 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00333629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.489;QD=15.6678;RBI=0.00458966;REFB=-0.00328867;REVB=0.00315185;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14437;STB=0.587825;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00363596;OID=.;OPOS=64540823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:50:36:37:0.425287:18:18:18:32:18:19:18:32 chr14 64551688 . C T 1804.49 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.717;QD=61.1691;RBI=0.0272433;REFB=0;REVB=0.0130246;RO=0;SAF=72;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79527e-05;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:114:118:1:42:72:0:0:43:75:0:0 chr14 64565582 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00948097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.144;QD=14.666;RBI=0.012536;REFB=-0.00768351;REVB=0.00820142;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781561;STB=0.545393;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0120179;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:10:11:9:6:10:11 chr14 64612845 . C T 123.04 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0176612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.019;QD=11.1851;RBI=0.0185914;REFB=-0.0164477;REVB=0.00580726;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194423;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0319963;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:29:14:15:0.340909:7:7:15:14:8:7:15:14 chr14 64612858 . C A 137.84 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0249874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.225;QD=11.7307;RBI=0.0657205;REFB=-0.0139354;REVB=-0.060785;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539783;STB=0.531875;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.052936;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:17:14:8:8:17:14 chr14 64630239 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0329823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.554;QD=24.0668;RBI=0.0331175;REFB=-0.0402136;REVB=-0.00298916;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268043;STB=0.646912;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0209633;OID=.;OPOS=64630239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:12:4:0:10:12:4:0:10 chr14 64637147 . C A 176.75 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00722747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4337;QD=13.3397;RBI=0.0114584;REFB=-0.0180889;REVB=0.00889151;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15937;STB=0.591897;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0204389;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:15:17:8:13:15:17 chr14 64640665 . C G 1622.83 PASS AF=0.485119;AO=161;DP=334;FAO=163;FDP=336;FR=.;FRO=173;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=95;FSRR=78;FWDB=-0.0810924;FXX=0.00296727;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7701;QD=19.3194;RBI=0.0810934;REFB=-0.000860274;REVB=0.000397142;RO=148;SAF=76;SAR=85;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030473;STB=0.542614;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000928455;OID=.;OPOS=64640665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:336:148:173:161:163:0.485119:85:76:75:73:87:76:95:78 chr14 64656855 . T C 130.05 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0158967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.69;QD=13.3384;RBI=0.0215503;REFB=-0.0215369;REVB=-0.0145502;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100968;STB=0.549931;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0330088;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:4:11:15:8:4:11:16:8 chr14 64657684 . C A 824.0 PASS AF=0.54;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=150;FR=.;FRO=69;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=-0.0210504;FXX=0.0196066;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.704;QD=21.9734;RBI=0.022271;REFB=-0.0133702;REVB=-0.00727161;RO=68;SAF=54;SAR=27;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232244;STB=0.507536;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0104956;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:68:69:81:81:0.54:27:54:47:21:27:54:47:22 chr14 64686125 . G T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.000206153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5105;QD=16.627;RBI=0.000206153;REFB=-0.0421613;REVB=0;RO=13;SAF=13;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0654482;OID=.;OPOS=64686125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:0:13:13:0:0:13:14:0 chr14 64804956 . AGGGGG AGGGG,AGGGGC 30.41 PASS AF=0.129032,0.0967742;AO=9,3;DP=31;FAO=4,3;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3,2;FSAR=1,1;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0424668,0.000777787;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=7.77342,27.9824;QD=3.92328;RBI=0.0803527,0.0461483;REFB=-0.11491,-0.0614294;REVB=0.0682138,0.0461417;RO=17;SAF=5,2;SAR=4,1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.21557,0.333327;STB=0.821193,0.771171;STBP=0.293,0.444;TYPE=del,snp;VARB=0.132271,0.106228;OID=.,.;OPOS=64804957,64804961;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129032,0.0967742:9,3:31:4,3:31:24:3,2:1,1:8:16:15:17:5,2:4,1:6:11 chr14 64882380 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00861578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.502;QD=12.4555;RBI=0.00927315;REFB=-0.0264935;REVB=0.00342922;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183959;STB=0.510628;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0394442;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:20:14:9:12:20:14 chr14 64908845 . G A 592.59 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00359378;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.546;QD=17.1766;RBI=0.016564;REFB=-0.0106249;REVB=-0.0161694;RO=74;SAF=32;SAR=30;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106726;STB=0.501637;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0118842;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:76:62:62:0.449275:30:32:39:35:30:32:39:37 chr14 64935720 . C T 293.39 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113747;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.626;QD=53.343;RBI=0.018204;REFB=0;REVB=0.0142127;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97234e-05;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr14 64988279 . A G 277.29 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0016788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.059;QD=26.4085;RBI=0.0277055;REFB=-0.0479531;REVB=-0.0276546;RO=16;SAF=19;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262456;STB=0.637465;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.011232;OID=.;OPOS=64988279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:6:19:7:9:6:19:8:9 chr14 64988924 . T C 362.93 PASS AF=0.41;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0341806;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.117;QD=14.517;RBI=0.0343453;REFB=-0.009573;REVB=-0.00335941;RO=59;SAF=17;SAR=24;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812886;STB=0.545971;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0121133;OID=.;OPOS=64988924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:59:59:41:41:0.41:24:17:29:30:24:17:29:30 chr14 65008251 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2784;QD=57.2012;RBI=0.0329053;REFB=0;REVB=-0.0282637;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75195e-05;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr14 65016702 . T G 528.54 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00837762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.779;QD=52.8539;RBI=0.0404252;REFB=-0.0447255;REVB=-0.0395476;RO=0;SAF=32;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615313;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00359153;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:0:3:37:37:0.925:5:32:0:0:5:32:0:3 chr14 65197791 . C A 493.15 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0346985;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.79;QD=23.2069;RBI=0.0346988;REFB=-0.049609;REVB=0.000129373;RO=34;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281124;STB=0.512116;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0364054;OID=.;OPOS=65197791;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:38:46:47:0.552941:26:20:16:18:26:21:18:20 chr14 65216120 . C T 547.6 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0272956;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.816;QD=25.7695;RBI=0.0456633;REFB=-0.0707908;REVB=0.0366071;RO=35;SAF=29;SAR=21;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830538;STB=0.545303;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.043656;OID=.;OPOS=65216120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:35:35:50:50:0.588235:21:29:24:11:21:29:24:11 chr14 65245956 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0155563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.239;QD=12.0157;RBI=0.023113;REFB=-0.0288436;REVB=-0.0170942;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505451;STB=0.809724;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0343549;OID=.;OPOS=65245956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:2:5:1:5:2:5 chr14 65246623 . T C 349.74 PASS AF=0.528571;AO=34;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.151264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7838;QD=19.985;RBI=0.164623;REFB=-0.0211799;REVB=-0.0649602;RO=22;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121627;STB=0.578273;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.01387;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:33:34:37:0.528571:13:21:17:5:16:21:24:9 chr14 65253232 . T C 356.54 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0363984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1984;QD=19.2724;RBI=0.0457738;REFB=-0.0399194;REVB=-0.027756;RO=37;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280471;STB=0.515577;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0277856;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:12:25:26:11:12:25:26:11 chr14 65260227 . T G 819.81 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000691965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.404;QD=55.5806;RBI=0.0102488;REFB=-0.0786226;REVB=0.0102254;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000419875;OID=.;OPOS=65260227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:25:33:0:0:25:33:0:1 chr14 65263300 . C T 490.95 PASS AF=0.5;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00566062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.341;QD=19.2528;RBI=0.0181729;REFB=-0.0291799;REVB=0.0172688;RO=50;SAF=23;SAR=28;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797664;STB=0.539276;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0269062;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:50:51:51:51:0.5:28:23:27:23:28:23:27:24 chr14 65263347 . C T 594.76 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00395868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.089;QD=17.6224;RBI=0.0132491;REFB=-0.00492479;REVB=0.0126439;RO=70;SAF=34;SAR=28;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073638;STB=0.537344;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00611732;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:73:62:62:0.459259:28:34:33:37:28:34:35:38 chr14 65412748 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237;QD=61.3364;RBI=0.0346219;REFB=0;REVB=-0.0108073;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60523e-05;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr14 65417070 . C A 440.06 PASS AF=0.475248;AO=45;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.125422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4907;QD=17.4282;RBI=0.131634;REFB=-0.0237715;REVB=0.0399618;RO=55;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598113;STB=0.528078;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0264416;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:55:53:45:48:0.475248:21:24:29:26:21:27:27:26 chr14 65419293 . A G 170.13 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0252291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.42;QD=17.013;RBI=0.0323996;REFB=0.0210691;REVB=-0.020328;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536527;STB=0.530692;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0300567;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:11:11:10:8:11:11 chr14 65494255 . A G 401.26 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0280475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.561;QD=18.8829;RBI=0.0327182;REFB=-0.00331432;REVB=0.0168468;RO=44;SAF=8;SAR=32;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127104;STB=0.553867;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00356285;OID=.;OPOS=65494255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:44:40:41:0.482353:32:8:13:31:32:9:13:31 chr14 65511429 . G A 548.6 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00404567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.869;QD=20.5083;RBI=0.00705625;REFB=-0.0121857;REVB=0.00578129;RO=51;SAF=27;SAR=29;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125473;STB=0.568981;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0131179;OID=.;OPOS=65511429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:29:27:32:19:29:27:32:19 chr14 65568304 . GAAA GAA,GA,GAAG 240.52 PASS AF=0.948276,0,0.0517241;AO=27,20,6;DP=125;FAO=110,0,6;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61,0,0;FSAR=49,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.208312,-0.101365,-0.0309617;FXX=0.12781;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=3.67754,7.24124,175.816;QD=8.29388;RBI=0.312763,0.160162,0.0923006;REFB=0,0,0;REVB=-0.233295,-0.124004,-0.0869528;RO=23;SAF=14,15,0;SAR=13,5,6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00266441,0.244069,-0.709446;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0211621,-0.149686,0.104927;OID=.,.,.;OPOS=65568305,65568305,65568307;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GAA,GA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.948276,0,0.0517241:27,20,6:125:110,0,6:116:0:61,0,0:49,0,6:0:0:21:23:14,15,0:13,5,6:12:11 chr14 65878807 . C T 251.44 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00109541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.703;QD=16.7626;RBI=0.0101981;REFB=-0.0267334;REVB=0.0101391;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447531;STB=0.521724;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0220714;OID=.;OPOS=65878807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:12:16:17:13:12:16:17:15 chr14 65879057 . GCCCCCTA GCCCCGTA,GCCCCTA,GCCCCTAC 191.81 PASS AF=0,0.490566,0.320755;AO=2,28,2;DP=53;FAO=0,26,17;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=0,21,17;FSAR=0,5,0;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0207178,0.210083,0.103269;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,3;MLLD=52.8933,6.50634,28.8475;QD=14.4759;RBI=0.0213006,0.298734,0.104581;REFB=-0.0241056,-0.246476,-0.0575113;REVB=-0.00494847,0.212385,0.0165154;RO=20;SAF=2,26,2;SAR=0,2,0;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0.303571,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.555074,0.60277,0.555074;STB=0.5,0.72753,0.999215;STBP=1,0.001,0;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.175876,0.121129;OID=.,.,.;OPOS=65879062,65879058,65879062;OREF=C,C,CTA;OALT=G,-,TAC;OMAPALT=GCCCCGTA,GCCCCTA,GCCCCTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.490566,0.320755:2,28,2:53:0,26,17:53:10:0,21,17:0,5,0:1:9:67:20:2,26,2:0,2,0:8:12 chr14 66028446 . A G 1368.79 PASS AF=0.988764;AO=76;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.194467;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.284;QD=61.5185;RBI=0.194767;REFB=-0.241325;REVB=0.0108055;RO=1;SAF=14;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757296;STB=0.504064;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000579201;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:76:88:0.988764:62:14:0:1:61:27:0:1 chr14 67462949 . GTG GTGT,TGT 42.58 PASS AF=0.161074,0;AO=28,7;DP=148;FAO=24,0;FDP=149;FR=.;FRO=125;FSAF=20,0;FSAR=4,0;FSRF=77;FSRR=48;FWDB=-0.0550065,-0.0220335;FXX=0.00666622;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=10.2297,95.7709;QD=1.14311;RBI=0.05834,0.0249037;REFB=-0.139301,-0.00539313;REVB=-0.0194383,-0.0116068;RO=107;SAF=25,7;SAR=3,0;SRF=59;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.519762,0.502082;STB=0.728075,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.140071,0;OID=.,.;OPOS=67462952,67462949;OREF=-,GTG;OALT=T,TGT;OMAPALT=GTGT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:148:149:107:125:28,7:24,0:0.161074,0:3,0:25,7:59:48:4,0:20,0:77:48 chr14 67850103 . C T 352.54 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0128962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.259;QD=18.3138;RBI=0.0138734;REFB=-0.0217613;REVB=0.0051144;RO=39;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918505;STB=0.546458;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0200478;OID=.;OPOS=67850103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:11:26:24:15:11:26:25:15 chr14 67938818 . G A 410.85 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.332;QD=56.6688;RBI=0.0293483;REFB=0;REVB=0.0279198;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29594e-05;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr14 67939483 . T C 434.58 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101587;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9213;QD=57.9446;RBI=0.102038;REFB=0;REVB=-0.00958121;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183969;OID=.;OPOS=67939483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr14 68035879 . A G 1237.24 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.307;QD=58.9164;RBI=0.0536647;REFB=-0.124552;REVB=-0.0512999;RO=2;SAF=55;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169091;STB=0.508926;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000709069;OID=.;OPOS=68035879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:27:55:2:0:27:55:2:0 chr14 68042255 . A G 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5722;QD=59.8451;RBI=0.0458967;REFB=0;REVB=0.00056246;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364775;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr14 68045935 . G A 1079.94 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.415;QD=59.9969;RBI=0.0908406;REFB=0;REVB=0.00217867;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356178;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr14 68053802 . T C 519.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6898;QD=59.4214;RBI=0.0286324;REFB=0;REVB=-0.0282262;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186701;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr14 68053850 . C A 47.32 PASS AF=0.2;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=26;FWDB=0;FXX=0.0540395;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.5675;QD=5.40757;RBI=0.0233449;REFB=-0.061045;REVB=-0.0233449;RO=18;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.152799;OID=.;OPOS=68053850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:37:35:18:26:7:7:0.2:7:0:0:18:7:0:0:26 chr14 68053977 . A C 1634.13 PASS AF=0.973684;AO=107;DP=113;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0050187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5441;QD=57.338;RBI=0.00504421;REFB=0.0125067;REVB=0.000506624;RO=4;SAF=37;SAR=70;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302088;STB=0.50052;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.000778842;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:114:4:3:107:111:0.973684:70:37:3:1:72:39:1:2 chr14 68055613 . C G 1280.91 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225718;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.994;QD=60.9958;RBI=0.0231543;REFB=-0.0899688;REVB=0.0051612;RO=0;SAF=57;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51495e-08;STB=0.509432;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000230938;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:84:0:1:83:83:0.988095:26:57:0:0:26:57:0:1 chr14 68213744 . G A 766.92 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4773;QD=55.7758;RBI=0.0504942;REFB=0;REVB=0.0214938;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323595;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:17:36:0:0:18:37:0:0 chr14 68214788 . T C 806.51 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518467;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.884;QD=57.6075;RBI=0.00524791;REFB=0;REVB=-0.000812237;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92271e-05;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr14 68218165 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0609847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.818;QD=14.0969;RBI=0.0765151;REFB=-0.0132141;REVB=-0.0462106;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147914;STB=0.586076;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0140794;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:11:7:7:6:11:7 chr14 68234539 . T C 804.13 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229845;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.041;QD=57.4378;RBI=0.0411356;REFB=0;REVB=0.0341153;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011126;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr14 68264867 . A G 287.88 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.761;QD=52.3414;RBI=0.0434947;REFB=0;REVB=-0.0133165;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011557;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:16:22:1:9:7:0:0:10:12:0:0 chr14 68616597 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0958028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1884;QD=18.2479;RBI=0.10485;REFB=0.00811653;REVB=0.0426067;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239512;STB=0.636165;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0104329;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:3:9:6:7:3:9 chr14 68703076 . C T 773.4 PASS AF=0.443243;AO=81;DP=184;FAO=82;FDP=185;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.00196658;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.832;QD=16.7222;RBI=0.0180243;REFB=-0.000430535;REVB=0.0179167;RO=102;SAF=43;SAR=38;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779241;STB=0.543453;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000485448;OID=.;OPOS=68703076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:102:103:81:82:0.443243:38:43:62:40:39:43:62:41 chr14 68935789 . T C 1641.73 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1007;QD=60.2469;RBI=0.0158479;REFB=0;REVB=-0.0137074;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24798e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:49:60:0:0:49:60:0:0 chr14 69012355 . C G 1047.67 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444451;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.932;QD=59.8671;RBI=0.047245;REFB=0;REVB=0.0160227;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8093e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr14 69117512 . T C 261.55 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0642218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8476;QD=17.1506;RBI=0.0681551;REFB=-0.00724804;REVB=0.0228186;RO=31;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759737;STB=0.520142;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0154879;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:28:29:0.47541:8:20:20:11:9:20:21:11 chr14 69262441 . A G 1043.1 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000879009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.428;QD=53.4925;RBI=0.0284312;REFB=-0.0433797;REVB=-0.0284176;RO=5;SAF=43;SAR=30;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235114;STB=0.512456;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000738608;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:5:5:73:73:0.935897:30:43:2:3:30:43:2:3 chr14 69263074 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3531;QD=59.0168;RBI=0.0546984;REFB=0;REVB=-0.0251444;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403512;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr14 69347632 . C T 515.7 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0108062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.124;QD=20.027;RBI=0.016172;REFB=-0.0115448;REVB=-0.0120316;RO=49;SAF=36;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193123;STB=0.612248;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0102408;OID=.;OPOS=69347632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:50:53:53:0.514563:17:36:23:26:17:36:23:27 chr14 69695792 . G A 272.1 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0701681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3187;QD=17.2762;RBI=0.0714298;REFB=-0.0111433;REVB=0.0133663;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271641;STB=0.515244;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0218671;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:19:11:13:20:19:11:13:20 chr14 69703158 . A G 950.37 PASS AF=0.480583;AO=99;DP=206;FAO=99;FDP=206;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=-0.00417405;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.739;QD=18.4538;RBI=0.0313119;REFB=0.00400664;REVB=-0.0310324;RO=103;SAF=42;SAR=57;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11996;STB=0.561453;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00451024;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:103:107:99:99:0.480583:57:42:57:46:57:42:58:49 chr14 69704553 . G T 1556.97 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0246096;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.637;QD=57.6655;RBI=0.0591706;REFB=-0.123748;REVB=0.0538101;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510202;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000765236;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:108:0:2:106:106:0.981481:48:58:0:0:48:58:0:2 chr14 69795199 . G A 421.31 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0123853;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.221;QD=17.5544;RBI=0.0134213;REFB=-0.0194733;REVB=-0.00517065;RO=53;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109424;STB=0.506128;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0270739;OID=.;OPOS=69795199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:19:24:29:24:19:24:29:24 chr14 69799892 . A G 124.22 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0165176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.295;QD=17.1337;RBI=0.0167314;REFB=-0.0147389;REVB=0.00266617;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127637;STB=0.551651;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0170651;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:7:6:9:6:7:7:9:6 chr14 70037611 . A T 544.06 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00914935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.167;QD=19.9654;RBI=0.0141504;REFB=0.000159884;REVB=0.0107946;RO=53;SAF=31;SAR=25;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280512;STB=0.515458;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000124514;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:25:31:31:22:25:31:31:22 chr14 70038786 . A G 404.79 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4103;QD=55.8334;RBI=0.0855762;REFB=0;REVB=0.00593953;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013563;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:20:7:0:0:20:9:0:0 chr14 70180778 . C G 490.94 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0205983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.286;QD=17.226;RBI=0.021635;REFB=-0.00656585;REVB=-0.00661698;RO=61;SAF=32;SAR=21;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078035;STB=0.543462;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0100944;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:21:32:32:29:21:32:32:29 chr14 70263648 . C T 269.61 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00833876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.609;QD=11.9825;RBI=0.0119991;REFB=-0.0153551;REVB=0.00862803;RO=58;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541991;STB=0.53123;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0340396;OID=.;OPOS=70263648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:17:15:30:28:17:15:30:28 chr14 70634087 . A G 2791.87 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=120;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.94;QD=62.0415;RBI=0.0775704;REFB=0.0570739;REVB=-0.0749969;RO=0;SAF=120;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000155891;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:180:0:1:179:179:0.994444:59:120:0:0:59:120:0:1 chr14 70634801 . T C 141.27 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0684981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4721;QD=13.4539;RBI=0.0861621;REFB=0.00332393;REVB=-0.0522678;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424836;STB=0.745477;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00464224;OID=.;OPOS=70634801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:19:7:11:5:19:7 chr14 70712880 . A C 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.909;QD=58.1304;RBI=0.023694;REFB=0;REVB=0.0231292;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28704e-05;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr14 70713156 . G A 671.73 PASS AF=0.585586;AO=64;DP=110;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00449354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.123;QD=24.2065;RBI=0.0412251;REFB=-0.0207157;REVB=-0.0409795;RO=46;SAF=30;SAR=34;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768229;STB=0.544756;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0152643;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:46:46:64:65:0.585586:34:30:17:29:34:31:17:29 chr14 70713305 . C T 62.69 PASS AF=0.0952381;AO=18;DP=191;FAO=18;FDP=189;FR=.;FRO=171;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=91;FSRR=80;FWDB=0.00961173;FXX=0.0307677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.841;QD=1.32681;RBI=0.0133413;REFB=1.98497e-05;REVB=-0.0092523;RO=150;SAF=8;SAR=10;SRF=78;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916552;STB=0.57886;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00022147;OID=.;OPOS=70713305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:191:189:150:171:18:18:0.0952381:10:8:78:72:10:8:91:80 chr14 70713858 . T C 357.4 PASS AF=0.335766;AO=34;DP=126;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=63;FWDB=0.0541742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.291;QD=10.435;RBI=0.0544821;REFB=-0.0131059;REVB=0.00578355;RO=91;SAF=8;SAR=26;SRF=28;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113072;STB=0.587811;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0307395;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:137:91:91:34:46:0.335766:26:8:28:63:26:20:28:63 chr14 70827773 . T C 1567.91 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418439;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5046;QD=63.9962;RBI=0.0419163;REFB=0;REVB=0.00246193;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311512;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:46:51:0:0:46:52:0:0 chr14 70839389 . A C 207.0 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0164932;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.491;QD=14.7855;RBI=0.0204387;REFB=-0.0138779;REVB=-0.0120712;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238533;STB=0.51767;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.015752;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:20:29:19:24:0.428571:5:14:10:10:10:14:16:13 chr14 70924249 . A G 381.41 PASS AF=0.386555;AO=41;DP=114;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0137713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.978;QD=12.8203;RBI=0.0253594;REFB=-0.0162427;REVB=-0.0212944;RO=71;SAF=30;SAR=11;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161449;STB=0.53274;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0242476;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:71:73:41:46:0.386555:11:30:43:28:16:30:44:29 chr14 70924462 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0116303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.075;QD=15.7819;RBI=0.0194929;REFB=-0.00301287;REVB=0.0156431;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918505;STB=0.55227;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00291778;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:15:14:9:14:15:14 chr14 70924501 . C G 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0182783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.004;QD=52.5802;RBI=0.0372143;REFB=-0.00800412;REVB=-0.0324162;RO=2;SAF=28;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324507;STB=0.517235;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000334205;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:23:28:2:0:23:28:2:0 chr14 70924507 . A C 218.48 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0212321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.745;QD=15.6054;RBI=0.049772;REFB=-0.0252036;REVB=0.0450161;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303397;STB=0.529903;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.026464;OID=.;OPOS=70924507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:10:14:19:12:11:14:19:12 chr14 70924566 . CA GT 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0199976;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.989;QD=4.50534;RBI=0.0274949;REFB=-0.00597139;REVB=-0.0188697;RO=48;SAF=5;SAR=6;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287898;STB=0.684385;STBP=0.264;TYPE=mnp;VARB=0.0274166;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:6:5:33:15:6:5:33:15 chr14 70924693 . T C 99.65 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00611854;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.019;QD=5.38663;RBI=0.0252377;REFB=-0.00400812;REVB=-0.0244848;RO=58;SAF=8;SAR=8;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644048;STB=0.54049;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0119532;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:58:58:16:16:0.216216:8:8:32:26:8:8:32:26 chr14 70924955 . A C 444.35 PASS AF=0.377778;AO=50;DP=135;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0044059;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.866;QD=13.166;RBI=0.0510384;REFB=-0.00645809;REVB=0.0508479;RO=83;SAF=26;SAR=24;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153521;STB=0.510913;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0101529;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:83:84:50:51:0.377778:24:26:42:41:24:27:43:41 chr14 70925257 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.82;QD=46.8476;RBI=0.0405594;REFB=0;REVB=0.0347103;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607208;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr14 70925289 . G A 38.87 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00814456;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.046;QD=9.14655;RBI=0.0164317;REFB=0.00326871;REVB=0.0142711;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359862;STB=0.730829;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00867951;OID=.;OPOS=70925289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:5:6:5:1:5:6 chr14 70991650 . A C 256.01 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=0.00858297;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.8059;QD=22.2619;RBI=0.0101999;REFB=-0.024135;REVB=0.00551103;RO=19;SAF=22;SAR=3;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278565;STB=0.661445;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0668961;OID=.;OPOS=70991650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:21:25:25:0.543478:3:22:19:0:3:22:21:0 chr14 71109153 . C G 382.8 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.153;QD=52.8002;RBI=0.0400256;REFB=-0.151805;REVB=0.0189909;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000801046;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:16:12:0:0:16:12:0:1 chr14 71199452 . G A 292.0 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=-0.00064632;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.423;QD=19.4664;RBI=0.0305575;REFB=-0.00881396;REVB=0.0305507;RO=18;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214684;STB=0.596559;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00557584;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:29:29:31:0.516667:8:21:17:1:9:22:25:4 chr14 71204973 . C T 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.0239457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.861;QD=16.4181;RBI=0.0284512;REFB=-0.0300526;REVB=0.0153646;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275346;STB=0.652875;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0222737;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:28:6:13:16:28:6 chr14 71374702 . G A 1116.8 PASS AF=0.52968;AO=104;DP=218;FAO=116;FDP=219;FR=.;FRO=103;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=70;FSRR=33;FWDB=0.0589615;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0486;QD=20.3981;RBI=0.0671774;REFB=-0.0226622;REVB=0.0321923;RO=99;SAF=54;SAR=50;SRF=68;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150715;STB=0.561563;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0203456;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:99:103:104:116:0.52968:50:54:68:31:52:64:70:33 chr14 71444788 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00837718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.536;QD=19.0179;RBI=0.00849107;REFB=-0.021307;REVB=-0.00138607;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156623;STB=0.588672;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0184768;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:10:4:7:8:10:4 chr14 71492869 . T C 774.85 PASS AF=0.47093;AO=81;DP=172;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0117543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.406;QD=18.0198;RBI=0.0122776;REFB=-0.00631799;REVB=0.00354626;RO=91;SAF=42;SAR=39;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191128;STB=0.510571;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00654697;OID=.;OPOS=71492869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:91:91:81:81:0.47093:39:42:49:42:39:42:49:42 chr14 71577480 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0271933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.52;QD=19.2741;RBI=0.0283409;REFB=-0.00221704;REVB=-0.00798317;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256217;STB=0.514256;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00230136;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:23:14:15:22:23:14:15:22 chr14 71915415 . T G,TGTG 681.91 PASS AF=0.145833,0.8125;AO=9,38;DP=50;FAO=7,39;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=0,24;FSAR=7,15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0632786,0.00255675;FXX=0.039992;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=50.6079,210.031;QD=56.8255;RBI=0.0756345,0.00380861;REFB=-0.0514275,-0.0643272;REVB=0.0414294,0.00282287;RO=3;SAF=0,24;SAR=9,14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.810396,-0.00516454;STB=0.997414,0.505926;STBP=0.096,0.758;TYPE=snp,ins;VARB=0.0568673,0.00957816;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:50:48:3:2:9,38:7,39:0.145833,0.8125:9,14:0,24:2:1:7,15:0,24:1:1 chr14 72055468 . A C,T 687.02 PASS AF=0.941176,0.0392157;AO=47,3;DP=51;FAO=48,2;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=22,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119622,-0.0139033;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.8079,41.727;QD=53.884;RBI=0.0682946,0.0309693;REFB=-0.0572037,-0.019204;REVB=0.0672388,0.027673;RO=1;SAF=26,0;SAR=21,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0177461,-0.727144;STB=0.50943,0.993266;STBP=0.51,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00492902,0.0560122;OID=.,.;OPOS=72055468,72055468;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:1:1:47,3:48,2:0.941176,0.0392157:21,3:26,0:1:0:22,2:26,0:1:0 chr14 72117156 . T C 845.94 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3794;QD=56.3961;RBI=0.0722978;REFB=0;REVB=0.0554534;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839073;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:59:60:1:28:31:0:1:29:31:0:0 chr14 73006865 . CTTTTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTC 96.68 PASS AF=0.25,0.571429,0,0.0714286;AO=2,5,3,2;DP=29;FAO=7,16,0,2;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=4,9,0,1;FSAR=3,7,0,1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00822226,0.140087,0.262958,0.218781;FXX=0.0666445;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,2,1,1;MLLD=170.556,5.26706,3.76046,12.5502;QD=13.8117;RBI=0.108894,0.501808,0.827024,0.627052;REFB=-0.0579257,-0.501777,-0.542879,-0.444357;REVB=-0.108583,-0.481857,-0.784106,-0.587647;RO=2;SAF=1,2,3,0;SAR=1,3,0,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.390188,-0.281149,0,-0.727176;STB=0.571224,0.536378,0.5,0.599037;STBP=0.617,0.469,1,0.764;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0135034,-0.0773823,0.0552479,-0.106575;OID=.,.,.,.;OPOS=73006868,73006866,73006866,73006879;OREF=T,TT,T,T;OALT=C,-,-,C;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.571429,0,0.0714286:2,5,3,2:29:7,16,0,2:28:3:4,9,0,1:3,7,0,1:1:2:50:2:1,2,3,0:1,3,0,2:2:0 chr14 73079291 . G GA,GAA 486.94 PASS AF=0,1;AO=17,19;DP=42;FAO=0,39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.370296,0.199109;FXX=0.0249938;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.2459,28.6601;QD=49.9424;RBI=0.470968,0.248831;REFB=0,0;REVB=0.291019,0.149239;RO=4;SAF=11,7;SAR=6,12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0395461,-0.125282;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0101747;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:17,19:42:0,39:39:0:0,20:0,19:0:0:8:4:11,7:6,12:3:1 chr14 73220020 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0687548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7182;QD=16.1717;RBI=0.0827395;REFB=0.0147981;REVB=-0.0460282;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353374;STB=0.675465;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0302843;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:15:16:0.444444:5:10:6:14:6:10:6:14 chr14 73358945 . A C 2495.57 PASS AF=0.97093;AO=165;DP=171;FAO=167;FDP=172;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=97;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0358096;FXX=0.022726;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.098;QD=58.0364;RBI=0.0375948;REFB=-0.0753505;REVB=-0.0114474;RO=4;SAF=70;SAR=95;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149723;STB=0.511325;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000430332;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:171:172:4:5:165:167:0.97093:95:70:3:1:97:70:4:1 chr14 73360819 . T TTGTC 585.57 PASS AF=0.777778;AO=48;DP=63;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00810852;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=280.993;QD=37.1791;RBI=0.0180944;REFB=-0.0181655;REVB=0.0161759;RO=14;SAF=4;SAR=44;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507335;STB=0.749607;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00254005;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:48:63:49:63:14:5:44:11:3:88:14:4:44:11:3 chr14 73404752 . G C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000890471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.062;QD=25.4982;RBI=0.00695373;REFB=-0.00164342;REVB=0.00689647;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185012;STB=0.602561;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000624862;OID=.;OPOS=73404752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:5:11:10:13:5:11 chr14 73422259 . C G 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00402911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.423;QD=19.0772;RBI=0.0247359;REFB=0.000940099;REVB=-0.0244056;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043943;STB=0.52446;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00247693;OID=.;OPOS=73422259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:18:13:15:17:18:13 chr14 73425436 . C T 229.38 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0293106;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.062;QD=16.991;RBI=0.0339562;REFB=-0.0421104;REVB=0.0171438;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607617;STB=0.526295;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0347962;OID=.;OPOS=73425436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:26:28:25:26:0.481481:16:9:11:15:17:9:11:17 chr14 73425462 . G A 219.22 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0606534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.806;QD=21.3869;RBI=0.0613264;REFB=-0.038669;REVB=0.00906026;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355486;STB=0.528276;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0301098;OID=.;OPOS=73425462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:13:8:8:11:14:8:8:11 chr14 73440864 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000952593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.14;QD=57.105;RBI=0.000968636;REFB=0;REVB=-0.000175562;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87065e-06;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr14 73448583 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0178219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5268;QD=14.7013;RBI=0.07519;REFB=-0.00590854;REVB=-0.0730474;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224736;STB=0.628946;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00914079;OID=.;OPOS=73448583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:12:3:5:7:12:3 chr14 73459917 . C T 2241.78 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787296;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.145;QD=63.5966;RBI=0.047954;REFB=0;REVB=0.0473033;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56523e-05;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:141:0:0:137:141:1:71:66:0:0:74:67:0:0 chr14 73465003 . A G 765.23 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0701976;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.027;QD=48.5863;RBI=0.0809653;REFB=-0.195637;REVB=0.0403444;RO=3;SAF=25;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217412;STB=0.528043;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00482796;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:63:63:3:5:57:58:0.920635:32:25:2:1:32:26:4:1 chr14 73581011 . A G 66.66 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000719074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0171;QD=12.6962;RBI=0.0186514;REFB=-0.0406561;REVB=-0.0186376;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286347;STB=0.723608;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0509933;OID=.;OPOS=73581011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:10:12:9:9:0.428571:2:7:5:5:2:7:5:7 chr14 73711394 . A G 205.1 PASS AF=0.342105;AO=24;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0248506;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.257;QD=10.7947;RBI=0.0249489;REFB=-0.00854939;REVB=0.00221316;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148099;STB=0.592037;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0208525;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:51:50:24:26:0.342105:12:12:32:19:13:13:32:18 chr14 73727509 . T G 111.38 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0109552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.017;QD=15.9114;RBI=0.0135025;REFB=-0.0247333;REVB=0.00789308;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832381;STB=0.529367;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0248044;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:5:7:10:5:5:8:10:5 chr14 73957772 . A G 214.2 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0671361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1492;QD=45.0953;RBI=0.0813451;REFB=-0.0383514;REVB=0.0459322;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0110956;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:1:0:5:13:1:0 chr14 73958375 . T C 770.76 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000567052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.268;QD=55.0542;RBI=0.00233291;REFB=-0.154749;REVB=0.00226294;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.506664;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000401314;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:18:37:0:0:18:37:1:0 chr14 73958812 . T C 384.83 PASS AF=0.512821;AO=35;DP=73;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00706898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.628;QD=19.7351;RBI=0.0101655;REFB=-0.0262802;REVB=-0.00730523;RO=34;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046102;STB=0.568909;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0253811;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:34:38:35:40:0.512821:13:22:23:11:17:23:27:11 chr14 73963383 . T C 971.3 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.09;QD=58.8667;RBI=0.0868052;REFB=0;REVB=0.0697117;RO=1;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125649;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:1:0:61:66:1:40:21:0:1:44:22:0:0 chr14 73989859 . C T 313.05 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0111485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.535;QD=16.9214;RBI=0.0237584;REFB=-0.0269301;REVB=0.0209802;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028365;STB=0.515914;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0313014;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:16:18:20:20:16:18:20:20 chr14 74060487 . G C 703.7 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0246807;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7843;QD=24.2656;RBI=0.0326476;REFB=0.00933578;REVB=-0.0213711;RO=49;SAF=35;SAR=32;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252602;STB=0.505153;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00843924;OID=.;OPOS=74060487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:49:49:67:67:0.577586:32:35:24:25:32:35:25:24 chr14 74061968 . T C 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0142504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.473;QD=20.736;RBI=0.0328931;REFB=-0.0118659;REVB=0.029646;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.586365;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00867148;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:7:9:13:5:7:9 chr14 74168625 . G A 267.74 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00115771;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.717;QD=16.7338;RBI=0.0324819;REFB=-0.00841342;REVB=-0.0324612;RO=33;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222606;STB=0.603743;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0126506;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:33:34:29:30:0.46875:10:19:14:19:11:19:15:19 chr14 74196686 . T C 423.99 PASS AF=0.447619;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0232588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.311;QD=16.1521;RBI=0.0238684;REFB=-0.0359028;REVB=0.00535979;RO=57;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316208;STB=0.528235;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0316471;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:58:46:47:0.447619:20:26:34:23:21:26:35:23 chr14 74196792 . T C 269.93 PASS AF=0.314286;AO=20;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0247988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4266;QD=15.4247;RBI=0.0318335;REFB=-0.044857;REVB=-0.0199598;RO=38;SAF=1;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631403;STB=0.745604;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0827394;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:20:22:0.314286:19:1:16:22:19:3:16:22 chr14 74196844 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00425774;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.058;QD=12.1202;RBI=0.00458286;REFB=-0.0117814;REVB=-0.00169538;RO=38;SAF=3;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398461;STB=0.735951;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.013469;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:20:3:15:23:20:3:15:23 chr14 74196872 . G C 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0186824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.527;QD=16.0334;RBI=0.019429;REFB=-0.00218945;REVB=-0.00533393;RO=28;SAF=3;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407848;STB=0.738853;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00304922;OID=.;OPOS=74196872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:17:3:13:15:17:3:13:15 chr14 74203789 . G A 170.51 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0312121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6139;QD=25.2609;RBI=0.0361722;REFB=0.0380368;REVB=-0.0182821;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.57768;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0237374;OID=.;OPOS=74203789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:10:10:16:17:0.62963:12:4:4:6:13:4:4:6 chr14 74203983 . T G 158.1 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0652398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.793;QD=11.2931;RBI=0.06658;REFB=-0.0157609;REVB=-0.0132911;RO=34;SAF=1;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508657;STB=0.837766;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0126322;OID=.;OPOS=74203983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:34:36:20:20:0.357143:19:1:9:25:19:1:11:25 chr14 74205878 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0208647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5355;QD=21.1694;RBI=0.03184;REFB=-0.0945909;REVB=0.0240509;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.024002;OID=.;OPOS=74205878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chr14 74206481 . T C 135.62 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0167985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0369;QD=11.0711;RBI=0.0169307;REFB=-0.0228496;REVB=-0.00211166;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511613;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0414278;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:7:9:18:14:7:9:18:15 chr14 74324807 . G A 923.42 PASS AF=0.883117;AO=67;DP=75;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0171038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8167;QD=47.9699;RBI=0.0302649;REFB=-0.010147;REVB=0.0249685;RO=8;SAF=33;SAR=34;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236058;STB=0.51779;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00213962;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:75:77:8:9:67:68:0.883117:34:33:3:5:35:33:3:6 chr14 74341268 . G T 106.73 PASS AF=0.325;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0315172;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.19;QD=10.6733;RBI=0.0316084;REFB=-0.00838443;REVB=-0.00239947;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128007;STB=0.563122;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0202464;OID=.;OPOS=74341268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:26:27:13:13:0.325:7:6:15:11:7:6:15:12 chr14 74360637 . TA T 41.32 PASS AF=0.294118;AO=8;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.144889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.2792;QD=4.8617;RBI=0.146245;REFB=0.0511634;REVB=0.019866;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207919;STB=0.699505;STBP=0.231;TYPE=del;VARB=-0.0859209;OID=.;OPOS=74360638;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:8:34:10:34:24:1:9:6:18:41:22:1:7:5:17 chr14 74489735 . G A 1719.51 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0529491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.404;QD=58.7867;RBI=0.0536203;REFB=-0.019809;REVB=0.00845716;RO=2;SAF=57;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000141119;STB=0.500074;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000832944;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:58:57:1:1:58:57:1:1 chr14 74514674 . A T 1415.07 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.046;QD=62.8922;RBI=0.0198345;REFB=0;REVB=-0.0195327;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26754e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr14 74539325 . C A 82.21 PASS AF=0.371429;AO=16;DP=60;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00571944;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.156;QD=9.3959;RBI=0.0157649;REFB=-0.0120756;REVB=-0.0146909;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170883;STB=0.662993;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0260101;OID=.;OPOS=74539325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:60:35:29:22:16:13:0.371429:8:8:19:10:3:10:12:10 chr14 74756782 . AC A,CA,GC 35.54 PASS AF=0.196078,0.0196078,0;AO=14,3,2;DP=51;FAO=10,1,0;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7,1,0;FSAR=3,0,0;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.217892,-0.0902242,-0.0163373;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=9.27345,43.1748,61.9663;QD=2.78732;RBI=0.221056,0.128012,0.163437;REFB=-0.130695,-0.0346588,-0.0170914;REVB=0.0372698,-0.0908109,-0.162619;RO=25;SAF=9,2,0;SAR=5,1,2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.261592,0.277399,-0.44242;STB=0.747625,0.992303,0.5;STBP=0.101,0.269,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.173327,0.0327334,0;OID=.,.,.;OPOS=74756783,74756782,74756782;OREF=C,AC,A;OALT=-,CA,G;OMAPALT=A,CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:51:51:25:40:14,3,2:10,1,0:0.196078,0.0196078,0:5,1,2:9,2,0:10:15:3,0,0:7,1,0:15:25 chr14 74759006 . C T 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.15;QD=62.3126;RBI=0.0911978;REFB=0;REVB=0.00333064;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100908;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:31:55:0:0:31:55:0:0 chr14 74759301 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9699;QD=51.1844;RBI=0.135023;REFB=0;REVB=0.134892;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240396;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr14 74759477 . C T 1403.48 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2787;QD=60.3648;RBI=0.0388559;REFB=0;REVB=0.0321821;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260309;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:93:0:0:87:93:1:35:52:0:0:39:54:0:0 chr14 74766352 . A G 881.72 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0122188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2073;QD=53.4374;RBI=0.0215125;REFB=-0.0364394;REVB=0.0177056;RO=4;SAF=23;SAR=39;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157158;STB=0.502296;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.02712;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:4:3:62:63:0.954545:39:23:2:2:39:24:1:2 chr14 74876181 . T G 2190.42 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00517716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8154;QD=60.8451;RBI=0.0224796;REFB=-0.0525305;REVB=-0.0218753;RO=3;SAF=76;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00818862;STB=0.504308;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00318855;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:144:3:3:141:141:0.979167:65:76:1:2:65:76:1:2 chr14 74991855 . A G 125.68 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00188737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.748;QD=10.6959;RBI=0.0373957;REFB=-0.0171642;REVB=-0.0373481;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334829;STB=0.519973;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0522555;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:18:14:7:8:18:14 chr14 75159007 . G A 376.33 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0297332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6665;QD=16.0139;RBI=0.0462197;REFB=-0.00973458;REVB=0.0353865;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441115;STB=0.524826;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00975253;OID=.;OPOS=75159007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:18:22:32:22:18:22:32:22 chr14 75179734 . C G 464.89 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0964531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4083;QD=22.1376;RBI=0.0974321;REFB=-0.026945;REVB=0.0137776;RO=39;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057862;STB=0.531901;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.018282;OID=.;OPOS=75179734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:25:20:20:19:25:20:20:19 chr14 75245368 . C T 182.85 PASS AF=0.4;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0885602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7454;QD=13.2984;RBI=0.0909817;REFB=-0.0196353;REVB=0.0208508;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24347;STB=0.62779;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0256179;OID=.;OPOS=75245368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:33:33:20:22:0.4:13:7:19:14:14:8:19:14 chr14 75248669 . G T 208.06 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0424464;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.62;QD=23.7781;RBI=0.0434764;REFB=-0.0158219;REVB=-0.00940751;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766705;STB=0.542815;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00681041;OID=.;OPOS=75248669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:9:6:10:10:9:6 chr14 75279395 . T A 1677.25 PASS AF=1;AO=93;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.35;QD=60.4414;RBI=0.0241003;REFB=0;REVB=0.0198313;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97792e-05;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:93:111:1:44:49:0:0:45:66:0:0 chr14 75359670 . G A 453.48 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=42;FWDB=0.0364302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.291;QD=19.9332;RBI=0.0383809;REFB=-0.00670657;REVB=0.0120803;RO=46;SAF=11;SAR=33;SRF=4;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228765;STB=0.630204;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0072698;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:46:46:44:45:0.494505:33:11:4:42:33:12:4:42 chr14 75373245 . A G 228.43 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0179137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.913;QD=12.0226;RBI=0.0612464;REFB=-0.0138565;REVB=-0.0585681;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183792;STB=0.605191;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0197551;OID=.;OPOS=75373245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:14:14:32:16:14:14:32:16 chr14 75373475 . T C 162.22 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00396673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.173;QD=9.01241;RBI=0.00510589;REFB=-0.00211335;REVB=0.00321484;RO=50;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368053;STB=0.716722;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00487587;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:7:15:18:32:7:15:18:32 chr14 75386576 . G A 374.59 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00709492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6239;QD=18.0525;RBI=0.0216148;REFB=-0.0345356;REVB=0.0204172;RO=42;SAF=27;SAR=11;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605762;STB=0.506132;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.046062;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:44:38:39:0.46988:11:27:32:10:11:28:32:12 chr14 75388183 . C T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0113092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.292;QD=16.0337;RBI=0.0114557;REFB=-0.00588684;REVB=0.00182622;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617371;STB=0.527;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0101404;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:13:7:11:16:13:7:11:17 chr14 75412908 . A C,G 1080.96 PASS AF=0.12987,0.857143;AO=9,66;DP=75;FAO=10,66;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=10,39;FSAR=0,27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010048,0.0125063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.5937,87.9629;QD=56.1537;RBI=0.0481826,0.0214029;REFB=-0.0561927,-0.138567;REVB=-0.0471232,-0.0173688;RO=0;SAF=9,40;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.506327;STBP=1,0.502;TYPE=snp,snp;VARB=0.153918,0.0134749;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:75:77:0:1:9,66:10,66:0.12987,0.857143:0,26:9,40:0:0:0,27:10,39:1:0 chr14 75483812 . T C 532.15 PASS AF=0.393333;AO=57;DP=146;FAO=59;FDP=150;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0301685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.95;QD=14.1906;RBI=0.0394993;REFB=-0.0141575;REVB=-0.0254961;RO=89;SAF=26;SAR=31;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137494;STB=0.571726;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.020511;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:89:91:57:59:0.393333:31:26:52:37:31:28:54:37 chr14 75513828 . G A 269.48 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00101883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1255;QD=18.9111;RBI=0.057608;REFB=0.0154902;REVB=-0.057599;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179264;STB=0.60045;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0433589;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:20:9:14:14:20:9:14:14 chr14 75513883 . T C 923.74 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3534;QD=56.8453;RBI=0.0417528;REFB=-0.1442;REVB=0.0245917;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146146;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:1:0:64:65:1:37:27:0:1:38:27:0:0 chr14 75590846 . A T 1286.86 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0475569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.049;QD=60.5582;RBI=0.0519068;REFB=-0.0432924;REVB=0.0208002;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137272;STB=0.507245;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0011914;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:1:0:50:34:1:0 chr14 75746690 . C T 244.05 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00923938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7922;QD=18.7729;RBI=0.0332176;REFB=-0.0228431;REVB=0.0319067;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123582;STB=0.561272;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0279855;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:9:17:13:12:9:17:14:12 chr14 75758885 . A G 755.66 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519777;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5767;QD=57.0307;RBI=0.0101929;REFB=0;REVB=0.00876807;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00317e-06;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:22:31:0:0 chr14 75759060 . C T 90.54 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0109127;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.899;QD=9.78779;RBI=0.0161825;REFB=-0.0048389;REVB=-0.0119494;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266107;STB=0.516102;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0309425;OID=.;OPOS=75759060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:39:37:23:25:11:12:0.324324:5:6:12:11:5:7:14:11 chr14 75904660 . A G 958.18 PASS AF=0.39781;AO=109;DP=274;FAO=109;FDP=274;FR=.;FRO=165;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=93;FSRR=72;FWDB=0.0083882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.412;QD=13.9881;RBI=0.074848;REFB=-0.0317007;REVB=-0.0743765;RO=160;SAF=71;SAR=38;SRF=91;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933616;STB=0.556178;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0420567;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:160:165:109:109:0.39781:38:71:91:69:38:71:93:72 chr14 75936875 . CTTTTTT C,CCTTTTT,CTTTTCC,TTCCTTT 309.46 PASS AF=0.617021,0.0212766,0.170213,0.0851064;AO=6,5,2,3;DP=51;FAO=29,1,8,4;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=20,1,3,4;FSAR=9,0,5,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.151107,0.494304,0.0335283,0.0325247;FXX=0.145428;HRUN=17,17,17,2;LEN=6,1,2,4;MLLD=11.1776,13.8735,116.042,124.668;QD=26.3373;RBI=0.170704,0.496693,0.0554151,0.0510413;REFB=-0.181235,-0.505424,-0.0416753,-0.0309456;REVB=-0.0794145,-0.0486633,-0.0441213,-0.0393365;RO=15;SAF=1,3,2,3;SAR=5,2,0,0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.633411,-0.260866,0.444178,0.534287;STB=0.555519,0.5,0.726763,0.5;STBP=0.205,1,0.083,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp;VARB=0.186746,-0.708863,-0.0706478,-0.022059;OID=.,.,.,.;OPOS=75936876,75936876,75936880,75936875;OREF=TTTTTT,T,TT,CTTT;OALT=-,C,CC,TTCC;OMAPALT=C,CCTTTTT,CTTTTCC,TTCCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:49:51:47:15:5:6,5,2,3:29,1,8,4:0.617021,0.0212766,0.170213,0.0851064:5,2,0,0:1,3,2,3:12:3:9,0,5,0:20,1,3,4:5:0 chr14 76045362 . T C 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.000363538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.543;QD=28.9921;RBI=0.00138052;REFB=-0.0133523;REVB=-0.00133179;RO=14;SAF=8;SAR=17;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081954;STB=0.544977;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.009652;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:17:8:3:11:17:8:3:11 chr14 76045691 . C T 301.7 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0124718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.683;QD=25.1418;RBI=0.0311685;REFB=-0.00337874;REVB=-0.0285645;RO=20;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046122;STB=0.51203;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00193841;OID=.;OPOS=76045691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:11:16:13:7:11:16:13:8 chr14 76045963 . C G 36.44 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0584695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9647;QD=6.94047;RBI=0.0791386;REFB=-0.00661959;REVB=-0.0533314;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423585;STB=0.763935;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00412551;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:11:4:4:2:11:4 chr14 76156609 . C T 269.6 PASS AF=0.538462;AO=23;DP=47;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00153227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.602;QD=20.7381;RBI=0.0515742;REFB=-0.00774449;REVB=0.0515515;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950555;STB=0.529134;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00683274;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:24:24:23:28:0.538462:10:13:16:8:11:17:16:8 chr14 76175565 . C A 389.02 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0179104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.968;QD=18.7481;RBI=0.0192447;REFB=-0.00696675;REVB=-0.00704104;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885476;STB=0.554928;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0062907;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:21:19:24:18:21:19:25:18 chr14 76175594 . G A 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00630867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.901;QD=18.1597;RBI=0.00636179;REFB=-0.0195118;REVB=-0.000820462;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119357;STB=0.506663;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0213963;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:18:18:20:19:18:18:20:19 chr14 76224153 . T A 508.47 PASS AF=0.5;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00189485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.351;QD=20.7538;RBI=0.00596305;REFB=0.00808139;REVB=-0.00565399;RO=48;SAF=33;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236769;STB=0.636463;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00597341;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:49:49:0.5:16:33:20:28:16:33:20:29 chr14 76330181 . G A 232.38 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0111258;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.775;QD=18.2258;RBI=0.013624;REFB=-0.0143727;REVB=0.00786317;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142266;STB=0.588075;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0146262;OID=.;OPOS=76330181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:24:25:0.490196:12:12:9:17:12:13:9:17 chr14 76368544 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0112563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.042;QD=16.5275;RBI=0.0236726;REFB=0.00299449;REVB=0.0208251;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253694;STB=0.514317;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00354129;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:17:12:11:14:17:12 chr14 76370530 . T C 490.62 PASS AF=0.534091;AO=40;DP=84;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0825503;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7776;QD=22.3007;RBI=0.0838636;REFB=-0.0195057;REVB=-0.0147838;RO=41;SAF=24;SAR=16;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232819;STB=0.64923;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0292265;OID=.;OPOS=76370530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:41:41:40:47:0.534091:16:24:14:27:16:31:14:27 chr14 76662370 . T C 471.57 PASS AF=0.375;AO=54;DP=144;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=0.000157157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.418;QD=13.0991;RBI=0.0112388;REFB=-0.00151335;REVB=0.0112377;RO=90;SAF=38;SAR=16;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368924;STB=0.709386;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00189655;OID=.;OPOS=76662370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:90:90:54:54:0.375:16:38:33:57:16:38:33:57 chr14 76662446 . C T 470.63 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.131784;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0473;QD=25.7878;RBI=0.13182;REFB=-0.00948201;REVB=-0.00310475;RO=27;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247918;STB=0.645415;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00351151;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:27:29:44:44:0.60274:24:20:22:5:24:20:24:5 chr14 76777257 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0262707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.042;QD=22.3411;RBI=0.0264635;REFB=0.0200046;REVB=0.003189;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135573;STB=0.576524;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0220727;OID=.;OPOS=76777257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:13:5:6:8:13:5:6:8 chr14 76957887 . T C 1116.46 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5545;QD=60.3494;RBI=0.0131633;REFB=0;REVB=0.00278894;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35322e-05;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr14 77236380 . C T 1414.97 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.112;QD=62.8877;RBI=0.0266106;REFB=0;REVB=-0.0114132;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00206e-05;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr14 77245286 . C T 3720.73 PASS AF=0.988142;AO=240;DP=247;FAO=250;FDP=253;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=136;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0743698;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4735;QD=58.8257;RBI=0.0928422;REFB=-0.0952258;REVB=0.0555769;RO=4;SAF=112;SAR=128;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167136;STB=0.506493;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00507048;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:247:253:4:3:240:250:0.988142:128:112:4:0:136:114:3:0 chr14 77269788 . A C 788.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283801;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.9;QD=64.3933;RBI=0.0284242;REFB=0;REVB=0.00158267;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151433;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr14 77293072 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.49;QD=56.1916;RBI=0.0299255;REFB=0;REVB=0.000534036;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24434e-05;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr14 77294876 . T C 910.16 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.191;QD=57.788;RBI=0.0512484;REFB=0;REVB=0.0475463;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197399;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:37:24:0:0:38:25:0:0 chr14 77323782 . G A 179.54 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0437781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1205;QD=15.9588;RBI=0.0437782;REFB=-0.00250053;REVB=7.72729e-05;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101041;STB=0.55834;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0027148;OID=.;OPOS=77323782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:17:9:5:14:17:9 chr14 77332367 . C T 329.69 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0100885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.759;QD=13.5955;RBI=0.0116218;REFB=-0.00357208;REVB=0.00576961;RO=58;SAF=14;SAR=23;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114968;STB=0.566726;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.006573;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:60:37:37:0.381443:23:14:28:30:23:14:29:31 chr14 77493647 . A G 197.51 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892535;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.284;QD=49.3784;RBI=0.0921948;REFB=0;REVB=-0.0231017;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193273;OID=.;OPOS=77493647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:13:2:0:0:13:3:0:0 chr14 77697967 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.291;QD=60.547;RBI=0.0565206;REFB=0;REVB=-0.0558384;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225361;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:46:28:0:0:46:29:0:0 chr14 77708804 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0180851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.253;QD=9.11005;RBI=0.0470369;REFB=-0.0203592;REVB=-0.0434211;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379089;STB=0.716828;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0473244;OID=.;OPOS=77708804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:9:6:6:2:9:7 chr14 77723259 . G C 742.57 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0375508;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.031;QD=53.0409;RBI=0.048812;REFB=-0.035659;REVB=0.0311857;RO=2;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553236;STB=0.529401;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000222306;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:16:38:0:2:16:38:0:2 chr14 77745193 . A C 1275.26 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0251887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.649;QD=59.3143;RBI=0.0252156;REFB=-0.155494;REVB=-0.0011658;RO=2;SAF=30;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667237;STB=0.503263;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00118709;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:83:84:0.976744:53:30:1:1:53:31:1:1 chr14 77746812 . T C 424.64 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0324862;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.212;QD=23.9232;RBI=0.0350057;REFB=-0.014651;REVB=0.01304;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378027;STB=0.527033;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0216507;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:30:41:41:0.577465:19:22:17:12:19:22:18:12 chr14 77751332 . T C 342.79 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.023498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.476;QD=16.1311;RBI=0.0358461;REFB=0.00927977;REVB=0.02707;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138727;STB=0.577905;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00565477;OID=.;OPOS=77751332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:18:19:18:30:18:19:18:30 chr14 77751925 . C T 1990.26 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=134;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0267824;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2572;QD=59.8575;RBI=0.0439301;REFB=-0.00578761;REVB=-0.0348218;RO=4;SAF=60;SAR=70;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164274;STB=0.500519;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000290532;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:134:133:4:2:130:131:0.984962:70:60:3:1:70:61:1:1 chr14 77794283 . T C 1914.27 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7859;QD=61.7505;RBI=0.035315;REFB=0;REVB=-0.0287253;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63171e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr14 77843814 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0142818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.619;QD=16.8984;RBI=0.0143169;REFB=-0.0151309;REVB=0.00100129;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0140331;OID=.;OPOS=77843814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr14 77844869 . A G 154.46 PASS AF=0.5;AO=12;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.034582;FXX=0.0302939;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.7854;QD=19.308;RBI=0.0757979;REFB=0.0474789;REVB=-0.0674493;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.55549;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0160782;OID=.;OPOS=77844869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:32:32:11:14:12:16:0.5:5:7:8:3:5:11:11:3 chr14 77845121 . A G 215.17 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00377883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.563;QD=21.5171;RBI=0.0404637;REFB=-0.0184926;REVB=0.0402868;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594314;STB=0.533302;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.016238;OID=.;OPOS=77845121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:13:6:8:13:13:6 chr14 77926011 . C T 401.69 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0261707;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9668;QD=18.6833;RBI=0.0288134;REFB=0.0227238;REVB=-0.0120544;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814636;STB=0.533508;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0182341;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:45:41:41:0.476744:22:19:17:28:22:19:18:27 chr14 77928525 . A G 823.87 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0026002;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.395;QD=55.8554;RBI=0.0185848;REFB=-0.100008;REVB=0.018402;RO=1;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116494;STB=0.506171;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=1.19983e-05;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:59:1:1:58:58:0.983051:40:18:0:1:40:18:0:1 chr14 77935520 . G A 344.48 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0307049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.059;QD=17.895;RBI=0.0362927;REFB=-0.0154824;REVB=-0.0193487;RO=40;SAF=10;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229429;STB=0.614265;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0190318;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:40:36:37:0.480519:26:10:20:20:26:11:20:20 chr14 77951124 . C T 183.55 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0237188;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.921;QD=11.8417;RBI=0.0240362;REFB=-0.0118449;REVB=0.00389309;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258271;STB=0.66469;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00459152;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:39:23:23:0.370968:12:11:26:10:12:11:29:10 chr14 77973270 . T C 324.74 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00779894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.175;QD=14.5953;RBI=0.0180175;REFB=-0.00337289;REVB=0.0162422;RO=53;SAF=26;SAR=10;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142841;STB=0.581482;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00882077;OID=.;OPOS=77973270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:10:26:32:21:10:26:32:21 chr14 77976325 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.557;QD=58.138;RBI=0.0453916;REFB=0;REVB=0.0432468;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207397;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 77978621 . A C 466.75 PASS AF=0.36;AO=54;DP=150;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=0.0101123;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.81;QD=12.4467;RBI=0.0130145;REFB=-0.0106941;REVB=-0.00819266;RO=96;SAF=34;SAR=20;SRF=60;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555574;STB=0.50317;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0178464;OID=.;OPOS=77978621;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:96:96:54:54:0.36:20:34:60:36:20:34:60:36 chr14 77987958 . C A 669.47 PASS AF=0.918367;AO=43;DP=48;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00457132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.166;QD=54.6505;RBI=0.048974;REFB=-0.00326787;REVB=-0.0487602;RO=4;SAF=26;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582965;STB=0.529399;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00018505;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:49:4:4:43:45:0.918367:17:26:1:3:18:27:1:3 chr14 78014103 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0113104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.384;QD=19.3697;RBI=0.0130837;REFB=-0.00187004;REVB=-0.00657696;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251235;STB=0.514268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00162505;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:8:7:7:9:8:7 chr14 78028803 . A G 618.33 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225112;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.608;QD=60.3248;RBI=0.0250264;REFB=0;REVB=-0.0109345;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048596;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:20:18:0:0:21:20:0:0 chr14 78174473 . A C 1553.59 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1513;QD=59.7536;RBI=0.040991;REFB=0;REVB=-0.0262753;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127635;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:100:104:1:57:43:0:0:57:47:0:0 chr14 78184566 . C A 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00118851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.454;QD=19.1823;RBI=0.0126309;REFB=-0.0153098;REVB=-0.0125748;RO=42;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982328;STB=0.547302;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0155685;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:22:19:15:27:22:19:16:27 chr14 78197365 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00785715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.63;QD=15.7844;RBI=0.012454;REFB=-0.0414102;REVB=-0.00966266;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287626;STB=0.668244;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.03512;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:3:11:9:8:3:11:9:8 chr14 78287414 . T C 320.09 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.033426;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.534;QD=20.9895;RBI=0.0427893;REFB=-0.0337714;REVB=0.0267138;RO=27;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160139;STB=0.597501;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0299977;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:21:12:15:12:21:12:16:12 chr14 78366967 . A G 92.2 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000785318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8818;QD=18.4409;RBI=0.10048;REFB=0.0326472;REVB=-0.100477;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0320614;OID=.;OPOS=78366967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:6:3:5:6:6:3 chr14 78709814 . T C 849.67 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292524;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.335;QD=57.6046;RBI=0.0401458;REFB=0;REVB=0.0274951;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463136;OID=.;OPOS=78709814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr14 79081400 . T C 2842.45 PASS AF=0.983871;AO=182;DP=187;FAO=183;FDP=186;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0477824;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7123;QD=61.1279;RBI=0.0531571;REFB=-0.111047;REVB=0.0232921;RO=3;SAF=99;SAR=83;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142062;STB=0.507388;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00219672;OID=.;OPOS=79081400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:187:186:3:3:182:183:0.983871:83:99:3:0:83:100:3:0 chr14 80669580 . T C 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00310446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.281;QD=20.6407;RBI=0.00513394;REFB=-0.0255787;REVB=0.00408897;RO=39;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631103;STB=0.523006;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0237753;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:41:43:43:0.511905:23:20:21:18:23:20:21:20 chr14 80963383 . A AGC 810.33 PASS AF=0.911765;AO=50;DP=85;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00459307;FXX=0.0933209;HRUN=0;LEN=2;MLLD=261.997;QD=47.6663;RBI=0.00627998;REFB=-0.0554233;REVB=0.00428273;RO=21;SAF=24;SAR=26;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282358;STB=0.525497;STBP=0.164;TYPE=ins;VARB=0.00112461;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:50:85:62:68:6:28:34:1:5:26:21:24:26:9:12 chr14 81251255 . T C 197.81 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0318229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.127;QD=14.6529;RBI=0.0530372;REFB=-0.0124894;REVB=-0.0424293;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853845;STB=0.562448;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0145235;OID=.;OPOS=81251255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:31:23:23:0.425926:9:14:20:9:9:14:22:9 chr14 81360958 . C T 105.83 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0239165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.593;QD=21.1652;RBI=0.0265811;REFB=-0.0251069;REVB=-0.0115999;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204835;STB=0.617437;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0292544;OID=.;OPOS=81360958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:3:9:4:4:3:9:4:4 chr14 81380682 . G A 784.76 PASS AF=0.510204;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00979961;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.833;QD=21.3539;RBI=0.0255594;REFB=-0.0169684;REVB=-0.0236062;RO=70;SAF=40;SAR=35;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794077;STB=0.550213;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0155253;OID=.;OPOS=81380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:70:72:75:75:0.510204:35:40:31:39:35:40:31:41 chr14 81422178 . C A 385.72 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0190899;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1177;QD=20.3009;RBI=0.0213583;REFB=-0.0176769;REVB=-0.00957885;RO=37;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115805;STB=0.564282;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0206187;OID=.;OPOS=81422178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:24:15:19:18:24:15:19:18 chr14 81574959 . A G 389.3 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0118636;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.433;QD=14.2862;RBI=0.041342;REFB=-0.00360248;REVB=-0.0396033;RO=62;SAF=22;SAR=23;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144136;STB=0.570526;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00585708;OID=.;OPOS=81574959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:64:45:45:0.412844:23:22:39:23:23:22:39:25 chr14 81575005 . C A 352.04 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00249947;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.106;QD=18.2879;RBI=0.0168216;REFB=-0.0104114;REVB=-0.0166349;RO=42;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723507;STB=0.519989;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.011498;OID=.;OPOS=81575005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:40:36:37:0.480519:19:17:23:19:19:18:21:19 chr14 81609948 . A G 54.07 PASS AF=0.163636;AO=8;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0995766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.263;QD=3.9322;RBI=0.100981;REFB=-0.00871905;REVB=-0.0167797;RO=45;SAF=0;SAR=8;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680681;STB=0.860112;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0822768;OID=.;OPOS=81609948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:45:46:8:9:0.163636:8:0:22:23:8:1:23:23 chr14 81610583 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2781;QD=61.6827;RBI=0.031493;REFB=0;REVB=-0.0102781;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182952;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr14 84642753 . G A 240.68 PASS AF=0.482143;AO=24;DP=53;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0100473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.722;QD=17.1913;RBI=0.0134925;REFB=-0.0276221;REVB=0.0090055;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188546;STB=0.595615;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0269714;OID=.;OPOS=84642753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:28:29:24:27:0.482143:15:9:16:12:17:10:16:13 chr14 86088056 . T C 1140.48 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.851;QD=60.0252;RBI=0.0341059;REFB=0;REVB=-0.0161716;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207172;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:39:37:0:0 chr14 86091415 . G A 1118.3 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435545;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9502;QD=60.4486;RBI=0.0476563;REFB=0;REVB=-0.0193424;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161791;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:44:30:0:0 chr14 86091614 . G A 146.32 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.03343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9696;QD=19.5096;RBI=0.0799604;REFB=-0.0196198;REVB=-0.0726368;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588234;STB=0.533292;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.016527;OID=.;OPOS=86091614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:6:8:8:8:6:8 chr14 86092246 . A G 427.91 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00557482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.293;QD=19.4504;RBI=0.0128302;REFB=-0.0193181;REVB=0.0115558;RO=45;SAF=21;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617521;STB=0.534303;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0171708;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:22:21:25:20:22:21:25:20 chr14 86093344 . C T 376.42 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00360391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.74;QD=16.0177;RBI=0.00931093;REFB=-0.00899856;REVB=-0.00858517;RO=54;SAF=17;SAR=23;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095894;STB=0.554041;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0125939;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:23:17:28:26:23:17:28:26 chr14 86093378 . C T 504.83 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.020261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.009;QD=16.1547;RBI=0.0203419;REFB=-0.0137676;REVB=-0.00181309;RO=69;SAF=27;SAR=28;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415321;STB=0.518921;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0175972;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:70:55:55:0.44:28:27:31:38:28:27:32:38 chr14 86094035 . G A 189.29 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0160067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1605;QD=13.0542;RBI=0.0189546;REFB=-0.00217412;REVB=-0.0101521;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066419;STB=0.503814;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00229649;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:20:15:10:13:20:15 chr14 88400353 . C T 185.18 PASS AF=0.407407;AO=18;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00311385;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.699;QD=13.7173;RBI=0.0062166;REFB=0.015401;REVB=-0.00538053;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30353;STB=0.608598;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0105604;OID=.;OPOS=88400353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:32:18:22:0.407407:13:5:16:13:13:9:19:13 chr14 88400449 . TG CA,CG 791.88 PASS AF=0.508772,0.491228;AO=29,28;DP=58;FAO=29,28;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=10,15;FSAR=19,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202121,0.0201266;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=158.9,82.4531;QD=55.5705;RBI=0.0234236,0.0566001;REFB=0,0;REVB=0.011838,0.0529007;RO=0;SAF=10,15;SAR=19,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0111724,-0.0016359;OID=.,.;OPOS=88400449,88400449;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:57:0:0:29,28:29,28:0.508772,0.491228:19,13:10,15:0:0:19,13:10,15:0:0 chr14 88400486 . A G 246.89 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0145255;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.119;QD=14.963;RBI=0.016421;REFB=0.000532389;REVB=-0.00765897;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258873;STB=0.635588;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000534589;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:33:38:28:28:0.424242:11:17:11:22:11:17:14:24 chr14 88401213 . T C 1233.37 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019557;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.711;QD=60.9074;RBI=0.177762;REFB=0;REVB=0.176683;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985694;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:47:32:0:0:48:33:0:0 chr14 88407875 . T A 2027.37 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.851;QD=62.3806;RBI=0.0363762;REFB=0;REVB=0.0136137;RO=0;SAF=80;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16563e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:127:130:1:47:80:0:0:49:81:0:0 chr14 88407888 . A G 565.55 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0435376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2086;QD=18.3919;RBI=0.0494897;REFB=-0.0218063;REVB=0.0235311;RO=64;SAF=39;SAR=20;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529809;STB=0.529402;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0302597;OID=.;OPOS=88407888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:20:39:39:25:20:39:39:25 chr14 88411947 . T C 2799.38 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6637;QD=62.5561;RBI=0.0442613;REFB=0;REVB=0.0398764;RO=0;SAF=109;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6202e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17602e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:178:179:1:69:109:0:0:70:109:0:0 chr14 88414211 . G A 401.4 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0622138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9799;QD=16.5527;RBI=0.0629765;REFB=0.018921;REVB=-0.00977151;RO=53;SAF=15;SAR=27;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399666;STB=0.507243;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0262905;OID=.;OPOS=88414211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:55:42:42:0.43299:27:15:17:36:27:15:19:36 chr14 88453422 . AGG AAG,AG,AGA 601.57 PASS AF=0.0681818,0.340909,0.590909;AO=3,14,22;DP=44;FAO=3,15,26;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,1;FSAR=3,13,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305473,-0.05602,0.143943;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.0795,20.629,22.4143;QD=54.6877;RBI=0.0562532,0.142936,0.146484;REFB=0,0,0;REVB=-0.0472365,-0.131501,-0.0271654;RO=0;SAF=0,2,1;SAR=3,12,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.62339e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00502497,-0.0515878,0.0782893;OID=.,.,.;OPOS=88453423,88453423,88453424;OREF=G,G,G;OALT=A,-,A;OMAPALT=AAG,AG,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0681818,0.340909,0.590909:3,14,22:44:3,15,26:44:0:0,2,1:3,13,25:0:0:24:0:0,2,1:3,12,21:0:0 chr14 88477413 . C T 1546.27 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0535325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3266;QD=56.7437;RBI=0.070677;REFB=0.041005;REVB=-0.0461466;RO=3;SAF=53;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870096;STB=0.504586;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00172631;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:3:3:106:106:0.972477:53:53:2:1:53:53:2:1 chr14 88477882 . A C 386.81 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0198343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.327;QD=15.3193;RBI=0.0275017;REFB=-0.0124866;REVB=-0.019051;RO=58;SAF=26;SAR=17;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160454;STB=0.590319;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0228147;OID=.;OPOS=88477882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:17:26:26:32:17:26:26:32 chr14 88651822 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA,TAAAACAC 479.46 PASS AF=0.603774,0,0.396226;AO=8,8,9;DP=70;FAO=32,0,21;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,5;FSAR=16,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.783613,0.360964,0.0657653;FXX=0.0535619;HRUN=5,5,0;LEN=1,2,1;MLLD=8.80562,9.78791,131.825;QD=36.1854;RBI=0.882165,0.365748,0.0758219;REFB=-0.0132928,-0.00955682,-0.0342754;REVB=0.405174,0.0589626,0.0377344;RO=25;SAF=2,0,2;SAR=6,8,7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.51654,-0.793984,-0.542697;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0161504,0,0.0535769;OID=.,.,.;OPOS=88651823,88651827,88651827;OREF=A,AC,-;OALT=-,CA,C;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA,TAAAACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.603774,0,0.396226:8,8,9:70:32,0,21:53:0:16,0,5:16,0,16:0:0:99:25:2,0,2:6,8,7:18:7 chr14 88652389 . C T 1335.33 PASS AF=0.552632;AO=125;DP=227;FAO=126;FDP=228;FR=.;FRO=102;FSAF=90;FSAR=36;FSRF=76;FSRR=26;FWDB=0.0016719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.475;QD=23.4268;RBI=0.0311341;REFB=-0.0231106;REVB=-0.0310891;RO=101;SAF=90;SAR=35;SRF=75;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232595;STB=0.517131;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.017808;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:101:102:125:126:0.552632:35:90:75:26:36:90:76:26 chr14 88693725 . G C 485.42 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0300662;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2248;QD=23.6792;RBI=0.0330253;REFB=-0.0177345;REVB=-0.0136635;RO=36;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173925;STB=0.50955;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0139506;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:36:36:46:46:0.560976:24:22:18:18:24:22:18:18 chr14 88792816 . T G 690.99 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0111011;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.978;QD=22.471;RBI=0.0129044;REFB=-0.0064741;REVB=-0.00657946;RO=55;SAF=31;SAR=36;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369799;STB=0.523872;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00638638;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:55:56:67:67:0.544715:36:31:23:32:36:31:23:33 chr14 88852279 . TG T,TT 986.13 PASS AF=0.880952,0.119048;AO=63,11;DP=80;FAO=74,10;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38,3;FSAR=36,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120584,0.0478972;FXX=0.0117633;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.0462,10.2942;QD=46.9586;RBI=0.0620768,0.0525477;REFB=0,0;REVB=-0.0608944,0.0216128;RO=1;SAF=35,3;SAR=28,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0165659,0.052924;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0103959,0.00594478;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.880952,0.119048:63,11:80:74,10:84:0:38,3:36,7:0:0:27:1:35,3:28,8:0:1 chr14 88963577 . T C 430.31 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0387581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8523;QD=15.9374;RBI=0.0574193;REFB=-0.0356612;REVB=-0.0423649;RO=59;SAF=25;SAR=23;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381048;STB=0.525551;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0440604;OID=.;OPOS=88963577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:48:48:0.444444:23:25:33:26:23:25:34:26 chr14 89094243 . G C 205.43 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00474068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.241;QD=12.8391;RBI=0.04893;REFB=-0.00732219;REVB=-0.0486998;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144176;STB=0.577123;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00931195;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:24:25:0.390625:10:14:27:11:10:15:28:11 chr14 89154624 . T C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.013229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.861;QD=23.4329;RBI=0.022371;REFB=0.00698529;REVB=-0.0180404;RO=20;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233968;STB=0.631461;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00579884;OID=.;OPOS=89154624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:6:18:10:10:6:18:10:10 chr14 89445481 . C T 766.95 PASS AF=0.684783;AO=63;DP=94;FAO=63;FDP=92;FR=.;FRO=29;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00943076;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4478;QD=33.3455;RBI=0.02695;REFB=-0.0417258;REVB=-0.025246;RO=29;SAF=43;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127555;STB=0.568975;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0192115;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:29:29:63:63:0.684783:20:43:14:15:20:43:14:15 chr14 89626896 . T C 262.08 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=94;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0256115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.777;QD=10.9198;RBI=0.0256517;REFB=-0.00803907;REVB=0.00143546;RO=62;SAF=17;SAR=14;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521039;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.018016;OID=.;OPOS=89626896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:62:64:31:32:0.333333:14:17:34:28:14:18:34:30 chr14 89627942 . C T 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.82;QD=45.796;RBI=0.0924932;REFB=0;REVB=0.0923325;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253802;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr14 89750819 . A G 386.1 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00236866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.44;QD=18.1692;RBI=0.0134622;REFB=-0.0254653;REVB=0.0132522;RO=44;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192986;STB=0.611712;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0379509;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:20:20:31:13:20:20:32:13 chr14 89867978 . T C 2277.0 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4239;QD=62.8137;RBI=0.0189269;REFB=-0.111196;REVB=0.00840039;RO=1;SAF=67;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704489;STB=0.503703;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00091948;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:77:67:1:0:77:67:1:0 chr14 90178913 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.807;QD=47.8169;RBI=0.0118647;REFB=0;REVB=0.00824671;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141998;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr14 90303383 . A G 373.08 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=86;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.000561969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.197;QD=15.7086;RBI=0.00851961;REFB=-0.0297976;REVB=0.00850106;RO=52;SAF=21;SAR=10;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299775;STB=0.600472;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0291618;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:95:52:55:31:40:0.421053:10:21:21:31:17:23:22:33 chr14 90303435 . T A 357.16 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00482111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=343.349;QD=13.606;RBI=0.00870606;REFB=-0.00114698;REVB=-0.0072493;RO=63;SAF=27;SAR=15;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228631;STB=0.629567;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0020817;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:15:27:27:36:15:27:27:36 chr14 90303445 . T C 335.29 PASS AF=0.383838;AO=37;DP=98;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00192925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.518;QD=13.5469;RBI=0.0113999;REFB=-0.00701445;REVB=0.0112355;RO=59;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213398;STB=0.610022;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0173968;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:61:37:38:0.383838:14:23:25:34:15:23:26:35 chr14 90341494 . G A 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7203;QD=63.0493;RBI=0.0893884;REFB=0;REVB=-0.066765;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81883e-05;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr14 90390968 . T A 205.79 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00404265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.785;QD=31.6595;RBI=0.0110701;REFB=-0.0147686;REVB=0.0103056;RO=7;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619832;STB=0.53421;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00998265;OID=.;OPOS=90390968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:6:13:4:3:6:13:4:3 chr14 90398907 . G A 781.05 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0356728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.675;QD=21.3986;RBI=0.0369154;REFB=-0.0197881;REVB=0.0094971;RO=71;SAF=44;SAR=31;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169763;STB=0.59327;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0223108;OID=.;OPOS=90398907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:71:75:75:0.513699:31:44:28:43:31:44:28:43 chr14 90450863 . A G 694.88 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0380635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2191;QD=21.5467;RBI=0.0394326;REFB=0.00377651;REVB=-0.0103008;RO=61;SAF=28;SAR=40;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983054;STB=0.554001;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00373827;OID=.;OPOS=90450863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:40:28:32:29:40:28:32:29 chr14 90730071 . C T 508.46 PASS AF=0.430769;AO=54;DP=127;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0213256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0602;QD=15.6448;RBI=0.0223561;REFB=-0.00991739;REVB=0.00670931;RO=73;SAF=29;SAR=25;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100865;STB=0.540852;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0127167;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:73:74:54:56:0.430769:25:29:32:41:27:29:33:41 chr14 90744546 . C T 467.45 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0163015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.562;QD=20.1054;RBI=0.0183349;REFB=-0.0189018;REVB=0.00839233;RO=47;SAF=17;SAR=29;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262231;STB=0.645278;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0226877;OID=.;OPOS=90744546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:29:17:31:16:29:17:31:16 chr14 90745422 . T C 388.3 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00160168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.13;QD=13.0521;RBI=0.0147753;REFB=-0.019406;REVB=0.0146882;RO=73;SAF=24;SAR=22;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135528;STB=0.507689;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0218553;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:73:46:46:0.386555:22:24:39:34:22:24:39:34 chr14 90756760 . A T 278.94 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00516412;FXX=0.0103082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=269.185;QD=11.6225;RBI=0.0103712;REFB=-0.00429498;REVB=-0.00899415;RO=60;SAF=10;SAR=23;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120805;STB=0.568861;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00748474;OID=.;OPOS=90756760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:63:33:33:0.34375:23:10:24:36:23:10:25:38 chr14 90767607 . C T 2020.49 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0452;QD=61.6943;RBI=0.0589719;REFB=0;REVB=0.0492913;RO=0;SAF=76;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40044e-05;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:131:0:0:127:131:1:51:76:0:0:54:77:0:0 chr14 90865462 . C G 962.28 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351771;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.805;QD=57.4498;RBI=0.0370407;REFB=-0.173602;REVB=-0.0116011;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108628;STB=0.505745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0006975;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:23:43:1:0:23:43:1:0 chr14 90871478 . T C 220.12 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00342634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.786;QD=15.7225;RBI=0.0184474;REFB=-0.0126818;REVB=-0.0181264;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196388;STB=0.619458;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0176087;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:22:24:0.428571:6:16:16:13:6:18:17:13 chr14 91123575 . T C,G 657.64 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=40,3;DP=43;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443972,-0.0460261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.029,45.7359;QD=61.1762;RBI=0.0613486,0.0819174;REFB=0,0;REVB=-0.0423384,-0.0677647;RO=0;SAF=16,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0035269,0.110183;OID=.,.;OPOS=91123575,91123575;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:43:43:0:0:40,3:42,1:0.976744,0.0232558:24,2:16,1:0:0:26,0:16,1:0:0 chr14 91161862 . C T 10149.8 PASS AF=1;AO=633;DP=639;FAO=637;FDP=637;FR=.;FRO=0;FSAF=417;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305976;FXX=0.00312984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.464;QD=63.7351;RBI=0.0238345;REFB=-0.11073;REVB=0.0236373;RO=1;SAF=415;SAR=218;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00114951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61701e-05;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:639:637:1:0:633:637:1:218:415:1:0:220:417:0:0 chr14 91165572 . G A 1568.05 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.878;QD=64.0022;RBI=0.0184354;REFB=0;REVB=-0.0109739;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86998e-06;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:47:51:0:0:47:51:0:0 chr14 91316481 . A G 426.12 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00229485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4894;QD=16.3891;RBI=0.0593696;REFB=-0.0157545;REVB=0.0593252;RO=57;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786104;STB=0.543841;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0173238;OID=.;OPOS=91316481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:26:21:21:36:26:21:21:36 chr14 91316521 . T C 371.82 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0159162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.804;QD=17.4972;RBI=0.016634;REFB=-0.0205315;REVB=-0.00483391;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202035;STB=0.511309;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0225897;OID=.;OPOS=91316521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:22:17:21:25:22:17:21:25 chr14 91666162 . G A 157.25 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0104993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.103;QD=7.96196;RBI=0.0111621;REFB=-0.00812411;REVB=-0.00378895;RO=57;SAF=13;SAR=9;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577019;STB=0.534633;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0183626;OID=.;OPOS=91666162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:9:13:31:26:9:13:31:26 chr14 91717334 . C T 674.96 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0125699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.766;QD=20.4532;RBI=0.013764;REFB=-0.00843873;REVB=0.00560768;RO=64;SAF=22;SAR=45;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133701;STB=0.578438;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00557123;OID=.;OPOS=91717334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:65:67:67:0.507576:45:22:30:34:45:22:31:34 chr14 91773568 . T C 258.6 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0431297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.765;QD=14.1699;RBI=0.0472181;REFB=-0.0192057;REVB=-0.0192193;RO=43;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191945;STB=0.609449;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0253911;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:10:20:21:22:10:20:21:22 chr14 91792386 . A G 202.95 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00899867;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6652;QD=12.2998;RBI=0.0094751;REFB=0.000601859;REVB=-0.00296674;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240649;STB=0.638984;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000511304;OID=.;OPOS=91792386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:41:25:25:0.378788:17:8:22:19:17:8:22:19 chr14 91883499 . G A 575.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.633;QD=60.5951;RBI=0.0624301;REFB=0;REVB=0.0127141;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031279;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr14 91942087 . AG A,AA,AT 310.49 PASS AF=0.916667,0.0833333,0;AO=20,2,2;DP=24;FAO=22,2,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283654,-0.0279748,-0.019602;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=38.1415,23.3133,16.6487;QD=51.749;RBI=0.129384,0.0895026,0.0566071;REFB=0,0,0;REVB=-0.126236,-0.0850184,-0.0531048;RO=0;SAF=13,1,1;SAR=7,1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00106529,-0.035849,0;OID=.,.,.;OPOS=91942088,91942088,91942088;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333,0:20,2,2:24:22,2,0:24:0:13,2,0:9,0,0:0:0:8:0:13,1,1:7,1,1:0:0 chr14 92040793 . C G 2143.45 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6326;QD=62.1289;RBI=0.0299407;REFB=-0.00106723;REVB=0.0240625;RO=0;SAF=84;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000135236;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:137:137:0.992754:53:84:0:0:53:84:0:1 chr14 92084004 . C G 615.2 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656699;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.689;QD=61.52;RBI=0.0700126;REFB=0;REVB=0.0242739;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181271;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:38:40:1:24:14:0:0:24:16:0:0 chr14 92088016 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.659;QD=56.9378;RBI=0.0424991;REFB=0;REVB=-0.0370912;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86056e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr14 92181405 . G A 1097.06 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.323;QD=60.113;RBI=0.0279804;REFB=0;REVB=-0.0226863;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56776e-05;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr14 92249101 . T C 847.79 PASS AF=0.480874;AO=84;DP=180;FAO=88;FDP=183;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.00675236;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.293;QD=18.5308;RBI=0.00686661;REFB=-0.0205042;REVB=-0.0012474;RO=94;SAF=43;SAR=41;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418253;STB=0.530894;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0235377;OID=.;OPOS=92249101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:94:95:84:88:0.480874:41:43:44:50:42:46:44:51 chr14 92249126 . G A 2293.18 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.687;QD=62.3994;RBI=0.0223229;REFB=0;REVB=0.0213604;RO=1;SAF=64;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168896;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:147:1:0:136:147:1:72:64:0:1:82:65:0:0 chr14 92268615 . T G 1171.67 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.033;QD=60.8658;RBI=0.0416836;REFB=0;REVB=0.0342294;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146086;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr14 92280037 . T C 186.98 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00935926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.329;QD=10.6845;RBI=0.0124922;REFB=0.00860412;REVB=0.00827406;RO=45;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569268;STB=0.526677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0167801;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:46:24:24:0.342857:10:14:24:21:10:14:25:21 chr14 92347680 . A G 276.04 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0231745;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1382;QD=15.3358;RBI=0.0291947;REFB=0.00673695;REVB=0.0177559;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11559;STB=0.571383;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0163506;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:41:31:31:0.430556:15:16:16:24:15:16:16:25 chr14 92441066 . C T 1512.2 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0273765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.774;QD=56.5308;RBI=0.027804;REFB=-0.194051;REVB=-0.00485684;RO=3;SAF=56;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00686164;STB=0.503617;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000876629;OID=.;OPOS=92441066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:3:3:104:104:0.971963:48:56:2:1:48:56:2:1 chr14 92530513 . C T 1153.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5507;QD=60.7107;RBI=0.0194029;REFB=0;REVB=-0.0177795;RO=0;SAF=51;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139022;OID=.;OPOS=92530513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:25:51:0:0:25:51:0:0 chr14 92537223 . G T 1210.59 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0402256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.363;QD=59.782;RBI=0.0596056;REFB=-0.110785;REVB=0.0439856;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.505617;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00135644;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:36:44:1:0:36:44:1:0 chr14 92537354 . C G 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0163467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.368;QD=51.2389;RBI=0.0225345;REFB=-0.0578579;REVB=0.0155109;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788608;STB=0.504234;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00250142;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:17:13:1:1:17:13:1:1 chr14 92537379 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000442133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.783;QD=36.3483;RBI=0.0339757;REFB=-0.0164201;REVB=-0.0339729;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000132132;OID=.;OPOS=92537379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr14 92537387 . TT GC 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246711;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=74.7135;QD=28.5364;RBI=0.0286748;REFB=0.0870751;REVB=-0.0146142;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=mnp;VARB=-0.0108072;OID=.;OPOS=92537387;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr14 92548785 . C T 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6865;QD=58.0562;RBI=0.0378366;REFB=0;REVB=-0.00746877;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285366;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr14 92549586 . G A 1066.68 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.634;QD=58.4485;RBI=0.0247319;REFB=-0.143389;REVB=-0.0223429;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000239133;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:38:34:0:0:38:34:0:1 chr14 92559678 . G A,C 1309.33 PASS AF=0.0681818,0.920455;AO=6,81;DP=88;FAO=6,81;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=5,31;FSAR=1,50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00647706,0.0473352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.962,163.285;QD=59.5149;RBI=0.0077728,0.0477067;REFB=0.128263,-0.0193105;REVB=0.00429699,0.00594192;RO=1;SAF=5,31;SAR=1,50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281147,0.00937721;STB=0.666027,0.504949;STBP=0.166,0.489;TYPE=snp,snp;VARB=0.0549805,-0.000616345;OID=.,.;OPOS=92559678,92559678;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:88:88:1:1:6,81:6,81:0.0681818,0.920455:1,50:5,31:0:1:1,50:5,31:0:1 chr14 92588002 . T G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0209899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5517;QD=9.56879;RBI=0.0406651;REFB=-0.0100504;REVB=-0.0348292;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.683772;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0165368;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:3:5:5:9:3:5:5:10 chr14 92792255 . G A 1139.53 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0271508;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0631;QD=59.1962;RBI=0.029551;REFB=-0.133486;REVB=-0.0116661;RO=1;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012289;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00165557;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:38:37:0:1:38:38:0:1 chr14 92909073 . T C,G 1042.68 PASS AF=0.930556,0.0694444;AO=64,5;DP=70;FAO=67,5;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39,4;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523676,0.00471528;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.386,195.854;QD=57.9267;RBI=0.044402,0.0201203;REFB=0,0;REVB=0.0440921,-0.01956;RO=0;SAF=38,4;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00633805,0.0540222;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:70:72:0:0:64,5:67,5:0.930556,0.0694444:26,1:38,4:0:0:28,1:39,4:0:0 chr14 92920371 . C T 2187.43 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.902;QD=61.6177;RBI=0.0191124;REFB=-0.0295565;REVB=0.0143017;RO=1;SAF=63;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748733;STB=0.507811;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=9.45553e-05;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:142:142:1:2:140:140:0.985915:77:63:1:0:77:63:2:0 chr14 92958522 . A C 525.11 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00995259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.914;QD=24.143;RBI=0.0149717;REFB=-0.026023;REVB=-0.0111847;RO=37;SAF=24;SAR=25;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188241;STB=0.596035;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0224821;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:37:38:49:49:0.563218:25:24:27:10:25:24:27:11 chr14 93118198 . C T 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0620423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.971;QD=9.11122;RBI=0.0658341;REFB=-0.00567202;REVB=0.0220199;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.599733;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0115653;OID=.;OPOS=93118198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:5:10:6:2:6:10 chr14 93118668 . C T 61.38 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.013179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.428;QD=7.67212;RBI=0.0520505;REFB=0.00854658;REVB=0.0503544;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171993;STB=0.666296;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00219917;OID=.;OPOS=93118668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:32:21:23:8:9:0.28125:3:5:10:11:3:6:10:13 chr14 93118669 . G A 216.19 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0016922;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.518;QD=27.8954;RBI=0.0143485;REFB=-0.0252264;REVB=-0.0142484;RO=9;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937307;STB=0.548339;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00729577;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:33:31:9:11:20:20:0.645161:10:10:6:3:10:10:7:4 chr14 93170693 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0135204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2841;QD=12.7821;RBI=0.0912591;REFB=0.0297349;REVB=0.090252;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518655;STB=0.768884;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.033837;OID=.;OPOS=93170693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:14:14:9:10:0.416667:4:5:14:0:4:6:14:0 chr14 93178191 . A G 1376.71 PASS AF=0.96;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0146423;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.213;QD=55.0683;RBI=0.0214294;REFB=-0.0520155;REVB=-0.0156468;RO=4;SAF=39;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735122;STB=0.50388;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00546381;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:100:4:4:96:96:0.96:57:39:2:2:57:39:2:2 chr14 93180727 . A G 225.84 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00287339;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.894;QD=13.6874;RBI=0.0074878;REFB=-0.00522391;REVB=-0.00691453;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232167;STB=0.6499;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00569879;OID=.;OPOS=93180727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:40:39:26:27:0.409091:12:14:30:10:13:14:30:9 chr14 93263982 . C G 463.81 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00214165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.545;QD=19.3254;RBI=0.00358694;REFB=-0.00686156;REVB=-0.00287741;RO=49;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128704;STB=0.576785;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00990502;OID=.;OPOS=93263982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:27:19:27:22:27:19:28:22 chr14 93275841 . A G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00191519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6582;QD=15.195;RBI=0.0531489;REFB=-0.017365;REVB=0.0531144;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207586;STB=0.620645;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0367091;OID=.;OPOS=93275841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:5:13:14:12:5:13:14:12 chr14 93276654 . T C 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0012807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.607;QD=59.7968;RBI=0.00873901;REFB=0.0190907;REVB=-0.00864466;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.57313e-05;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:1:0:19:24:1:0 chr14 93398031 . G C 428.51 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0062;QD=57.1349;RBI=0.0603624;REFB=0;REVB=0.0603446;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398592;OID=.;OPOS=93398031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr14 93401178 . A G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0593546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1174;QD=44.0921;RBI=0.0604763;REFB=-0.0216648;REVB=0.0115935;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00426953;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:1:0:7:10:1:0 chr14 93407062 . A G 775.06 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0389819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.061;QD=53.4526;RBI=0.0459421;REFB=-0.0032881;REVB=0.0243124;RO=2;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314096;STB=0.516661;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000139658;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:29:27:0:2:29:27:0:2 chr14 93412743 . G A 255.71 PASS AF=0.378049;AO=29;DP=79;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00611725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3609;QD=12.4736;RBI=0.0653292;REFB=-0.00936677;REVB=0.0650422;RO=50;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138981;STB=0.568676;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0192955;OID=.;OPOS=93412743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:50:51:29:31:0.378049:17:12:27:23:18:13:27:24 chr14 93673655 . G A 152.63 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00385092;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.941;QD=12.9902;RBI=0.0610076;REFB=-0.0198525;REVB=0.060886;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132633;STB=0.507763;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.033918;OID=.;OPOS=93673655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:30:17:17:0.361702:10:7:12:18:10:7:12:18 chr14 93694159 . G A 366.98 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0194415;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.49;QD=16.131;RBI=0.0195674;REFB=-0.0088273;REVB=0.00221657;RO=50;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110687;STB=0.562859;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0123736;OID=.;OPOS=93694159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:52:39:39:0.428571:23:16:26:24:23:16:27:25 chr14 93760327 . AGGGGCT AGGGCT,AGGGCTG 44.64 PASS AF=0.147541,0.0819672;AO=21,5;DP=61;FAO=9,5;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=8,5;FSAR=1,0;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00745318,-0.059628;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=9.99298,68.35;QD=2.92693;RBI=0.219839,0.0949299;REFB=-0.0589137,-0.00922149;REVB=0.219712,0.073866;RO=29;SAF=20,5;SAR=1,0;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.470588,0;SSSB=0.663371,0.645896;STB=0.82674,0.997547;STBP=0.061,0.025;TYPE=del,mnp;VARB=0.185932,-0.0109937;OID=.,.;OPOS=93760328,93760331;OREF=G,GCT;OALT=-,CTG;OMAPALT=AGGGCT,AGGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147541,0.0819672:21,5:61:9,5:61:47:8,5:1,0:27:20:20:29:20,5:1,0:15:14 chr14 93943998 . G A 2183.45 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073657;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5361;QD=63.2883;RBI=0.00797924;REFB=0;REVB=0.00306835;RO=0;SAF=63;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264901;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:75:63:0:0:75:63:0:0 chr14 94184981 . A T 281.31 PASS AF=0.666667;AO=2;DP=17;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.282163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2596;QD=28.852;RBI=0.294159;REFB=-0.131187;REVB=0.0831476;RO=15;SAF=1;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10165;STB=0.575696;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.153904;OID=.;OPOS=94184981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:17:39:15:13:2:26:0.666667:1:1:9:6:7:19:7:6 chr14 94187832 . C T 653.98 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614714;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.036;QD=62.2838;RBI=0.0257708;REFB=0;REVB=0.025027;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563864;OID=.;OPOS=94187832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:23:19:0:0 chr14 94401102 . C T 779.55 PASS AF=0.512987;AO=79;DP=154;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0149026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.96;QD=20.2481;RBI=0.0210215;REFB=-0.00632732;REVB=0.0148262;RO=74;SAF=42;SAR=37;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122628;STB=0.563835;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00644222;OID=.;OPOS=94401102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:74:75:79:79:0.512987:37:42:29:45:37:42:30:45 chr14 94417541 . A G 173.22 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0111627;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7911;QD=12.8314;RBI=0.0121381;REFB=-0.0137694;REVB=-0.0047674;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239783;STB=0.5027;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0186616;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:33:21:21:0.388889:9:12:19:13:9:12:19:14 chr14 94421488 . C T 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00610796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.029;QD=18.2369;RBI=0.00862542;REFB=-0.0136689;REVB=-0.00609022;RO=48;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735418;STB=0.540964;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0137405;OID=.;OPOS=94421488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:24:18:17:31:24:18:17:31 chr14 94510964 . T C 804.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8954;QD=64.3687;RBI=0.045061;REFB=0;REVB=0.0444943;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459037;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr14 94524216 . T C 344.78 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0214082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.975;QD=21.8908;RBI=0.0272065;REFB=-0.0315144;REVB=0.0167895;RO=28;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232157;STB=0.512813;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0282228;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:16:19:16:12:16:19:16:12 chr14 94528875 . C T 78.0 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0873275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.162;QD=28.3637;RBI=0.0876909;REFB=-0.0116816;REVB=0.0079756;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00577731;OID=.;OPOS=94528875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:7:8:0.727273:6:1:0:2:7:1:0:2 chr14 94564035 . A G 751.58 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9421;QD=56.7229;RBI=0.0280401;REFB=0;REVB=0.000436277;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12012e-05;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr14 94564039 . A G 277.56 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00224573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6371;QD=20.5598;RBI=0.0354208;REFB=-0.0159587;REVB=-0.0353496;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883878;STB=0.538435;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0191072;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:15:14:9:15:15:14:10:15 chr14 94564058 . G A 268.92 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0763351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4275;QD=22.4097;RBI=0.102249;REFB=-0.0262846;REVB=0.0680273;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207296;STB=0.521722;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0273549;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:13:11:10:13:13:12:10:13 chr14 94568224 . C T 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0180655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0106;QD=23.0364;RBI=0.0256708;REFB=-0.00109022;REVB=0.0182381;RO=33;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898033;STB=0.549427;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000933967;OID=.;OPOS=94568224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:25:17:17:16:25:17:17:16 chr14 94582130 . T C,TGGCCATGGC 615.15 PASS AF=0.0416667,0.895833;AO=2,38;DP=48;FAO=2,43;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=2,26;FSAR=0,17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0431878,0.016155;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,9;MLLD=137.597,262.686;QD=51.2628;RBI=0.04492,0.0229872;REFB=-0.0706858,-0.0383384;REVB=0.012354,0.0163533;RO=6;SAF=2,23;SAR=0,15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.562437,-0.016388;STB=0.993997,0.518354;STBP=0.153,0.379;TYPE=snp,ins;VARB=0.0704423,0.002433;OID=.,.;OPOS=94582130,94582131;OREF=T,-;OALT=C,GGCCATGGC;OMAPALT=C,TGGCCATGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:48:48:6:3:2,38:2,43:0.0416667,0.895833:0,15:2,23:4:2:0,17:2,26:1:2 chr14 94582926 . C G 653.61 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0196604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7299;QD=20.1109;RBI=0.0249414;REFB=-0.0186203;REVB=0.0153474;RO=61;SAF=36;SAR=30;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160374;STB=0.575777;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0232359;OID=.;OPOS=94582926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:64:66:66:0.507692:30:36:22:39:30:36:25:39 chr14 94756450 . T A 191.96 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0421922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.27;QD=11.8128;RBI=0.0429438;REFB=-0.0163584;REVB=0.00799918;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208464;STB=0.620155;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0344769;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:14:10:25:16:14:10:25:16 chr14 94756750 . T C 423.68 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00816191;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.122;QD=17.2931;RBI=0.0116312;REFB=-0.0382929;REVB=-0.00828664;RO=52;SAF=17;SAR=28;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697182;STB=0.510552;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0389292;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:52:53:45:45:0.459184:28:17:20:32:28:17:21:32 chr14 94756794 . T C 347.96 PASS AF=0.436782;AO=34;DP=82;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00198448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7938;QD=15.9983;RBI=0.0225965;REFB=-0.0355327;REVB=-0.0225092;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733315;STB=0.528721;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0553853;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:48:49:34:38:0.436782:18:16:26:22:19:19:27:22 chr14 94776221 . A C 2265.06 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360185;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.59;QD=60.4015;RBI=0.0363326;REFB=0;REVB=0.00476749;RO=0;SAF=68;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47228e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:147:150:1:79:68:0:0:80:70:0:0 chr14 94844843 . T G 1558.48 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114099;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5509;QD=59.9417;RBI=0.114548;REFB=0;REVB=-0.0101289;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601019;OID=.;OPOS=94844843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr14 94914578 . C T 716.11 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00890796;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.796;QD=22.5545;RBI=0.018209;REFB=-0.0162712;REVB=-0.0158813;RO=57;SAF=39;SAR=30;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713576;STB=0.534073;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0143371;OID=.;OPOS=94914578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:58:69:69:0.543307:30:39:37:20:30:39:37:21 chr14 94929541 . G A 645.91 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=164;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.0222166;FXX=0.0121944;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.171;QD=15.9485;RBI=0.0222314;REFB=-0.0111114;REVB=0.000810279;RO=90;SAF=46;SAR=25;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398479;STB=0.526348;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0148145;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:90:91:71:71:0.438272:25:46:55:35:25:46:55:36 chr14 94931105 . A G 328.04 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000479567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.638;QD=17.9746;RBI=0.0200126;REFB=0.0180557;REVB=-0.0200069;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378014;STB=0.521115;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0162794;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:18:17:20:18:18:17:20:18 chr14 94933473 . C A 386.1 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0138602;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.481;QD=17.958;RBI=0.0145382;REFB=-0.00709702;REVB=0.00438809;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807575;STB=0.54506;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0111765;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:46:46:40:40:0.465116:19:21:28:18:19:21:28:18 chr14 94933640 . A T 286.33 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0283923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.468;QD=15.6891;RBI=0.0384628;REFB=-0.0145024;REVB=-0.0259473;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.565329;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0227293;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:12:20:20:20:12:20:21:20 chr14 94933695 . G A 251.01 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0387448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0205;QD=17.0173;RBI=0.038747;REFB=0.0248338;REVB=-0.000410344;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141823;STB=0.579653;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0213153;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:13:18:12:16:13:18 chr14 95033356 . C T 321.4 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.013664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.199;QD=16.2735;RBI=0.013711;REFB=0.00165858;REVB=-0.00113462;RO=43;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143897;STB=0.574059;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00187981;OID=.;OPOS=95033356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:19:16:26:17:19:16:26:18 chr14 95080803 . G A 167.5 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9125;QD=41.8739;RBI=0.0359835;REFB=-0.132717;REVB=0.0275818;RO=1;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180145;STB=0.599849;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00431953;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:2:13:0:1:2:13:0:1 chr14 95107973 . C T 152.79 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0504476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5022;QD=10.3585;RBI=0.0618762;REFB=-0.022447;REVB=0.0358289;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266546;STB=0.655479;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0469109;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:12:8:25:14:12:8:25:14 chr14 95555205 . C T 1671.24 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148766;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8903;QD=60.2248;RBI=0.0255141;REFB=0;REVB=0.0207282;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184272;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:58:52:0:0:59:52:0:0 chr14 95660242 . A G 252.76 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.000143706;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.239;QD=12.3296;RBI=0.0207314;REFB=-0.0154921;REVB=0.0207309;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121044;STB=0.569533;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0226779;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:52:52:30:30:0.365854:16:14:30:22:16:14:30:22 chr14 95884323 . G A 257.66 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00912824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.79;QD=23.4235;RBI=0.0181058;REFB=-0.0266557;REVB=0.0156363;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184293;STB=0.603086;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0212203;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:16:8:11:9:16:8:11:9 chr14 95906321 . G A 4106.92 PASS AF=0.988889;AO=263;DP=267;FAO=267;FDP=270;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=181;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0271669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.629;QD=60.8432;RBI=0.0392336;REFB=-0.137196;REVB=0.0283061;RO=1;SAF=85;SAR=178;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557561;STB=0.508571;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000448786;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:267:270:1:3:263:267:0.988889:178:85:1:0:181:86:3:0 chr14 95918625 . T C 228.75 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0220202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3592;QD=11.7308;RBI=0.0247593;REFB=-0.000521239;REVB=0.0113196;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698979;STB=0.532053;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000819853;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:16:12:18:31:16:12:19:31 chr14 95921741 . C T 559.38 PASS AF=0.626506;AO=44;DP=77;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00871478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.353;QD=26.9581;RBI=0.0170594;REFB=-0.0362872;REVB=-0.0146655;RO=31;SAF=25;SAR=19;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345736;STB=0.508699;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0216462;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:31:31:44:52:0.626506:19:25:19:12:19:33:19:12 chr14 95923670 . A C 110.1 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.027674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.387;QD=15.1863;RBI=0.0286313;REFB=-0.0181732;REVB=-0.0073418;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391243;STB=0.559344;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0297842;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:16:16:11:13:0.448276:10:1:5:11:10:3:5:11 chr14 95999820 . T C 1839.23 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.26;QD=61.3077;RBI=0.018813;REFB=0;REVB=-0.00881301;RO=0;SAF=80;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5682e-05;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:40:80:0:0:40:80:0:0 chr14 96131432 . A G 304.09 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0709282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2101;QD=17.3767;RBI=0.0842895;REFB=0.0010564;REVB=-0.0455401;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467095;STB=0.502616;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00391268;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:18:15:17:20:18:15:17:20 chr14 96556914 . T C 1664.77 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00917776;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.495;QD=59.4562;RBI=0.0342005;REFB=-0.124317;REVB=0.0329461;RO=0;SAF=68;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58685e-08;STB=0.505746;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000391109;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:0:1:111:111:0.991071:43:68:0:0:43:68:0:1 chr14 96557121 . T C 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4572;QD=61.6709;RBI=0.00859387;REFB=0;REVB=-0.00542189;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70666e-06;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr14 96557873 . G T 852.63 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0150353;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0618;QD=52.4696;RBI=0.064315;REFB=-0.117861;REVB=0.0625328;RO=3;SAF=39;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349354;STB=0.518067;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00209953;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:61:62:0.953846:22:39:3:0:22:40:3:0 chr14 96558235 . T C 926.58 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2069;QD=57.9111;RBI=0.061836;REFB=0;REVB=0.0303716;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860586;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:22:40:0:0:23:41:0:0 chr14 96558881 . C G 1323.87 PASS AF=0.932039;AO=95;DP=103;FAO=96;FDP=103;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0155672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.211;QD=51.4125;RBI=0.0229435;REFB=-0.089543;REVB=0.0168543;RO=8;SAF=51;SAR=44;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605192;STB=0.526406;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000798412;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:103:103:8:7:95:96:0.932039:44:51:1:7:45:51:1:6 chr14 96559723 . G A 964.57 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00694113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.969;QD=55.9172;RBI=0.02143;REFB=-0.0016636;REVB=0.0202747;RO=2;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314702;STB=0.516662;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=2.6375e-05;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:66:67:0.971014:29:37:0:2:29:38:0:2 chr14 96559791 . C T 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.055;QD=57.1948;RBI=0.0459675;REFB=0;REVB=-0.00211579;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137786;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr14 96560092 . G A 1415.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2087;QD=62.9049;RBI=0.0272803;REFB=0;REVB=-0.0267498;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145709;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 440.02 PASS AF=0.606742;AO=48;DP=78;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0194733;FXX=0.101;HRUN=4;LEN=9;MLLD=262.356;QD=19.7762;RBI=0.03376;REFB=-0.0377502;REVB=0.0275776;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.547134;STBP=0.354;TYPE=del;VARB=0.0176467;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606742:48:78:54:89:35:38:16:28:7:99:0:32:16:0:0 chr14 96707457 . A G 972.55 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2189;QD=58.9424;RBI=0.0108349;REFB=0;REVB=-0.00971712;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30135e-05;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr14 96708667 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.125;QD=59.3217;RBI=0.00452789;REFB=0;REVB=-0.000791923;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74603e-06;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr14 96709230 . G A 935.84 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6561;QD=58.4897;RBI=0.0385148;REFB=0;REVB=0.0195761;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288208;OID=.;OPOS=96709230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:38:24:0:0:40:24:0:0 chr14 96709359 . A AC 641.69 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592643;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7421;QD=47.5324;RBI=0.137735;REFB=0;REVB=0.124332;RO=6;SAF=20;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00362157;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:59:54:54:0:21:33:0:0:12:6:20:32:2:4 chr14 96730142 . A G 2168.41 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103847;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.554;QD=62.4004;RBI=0.0113789;REFB=-0.0691424;REVB=-0.00465156;RO=1;SAF=64;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737074;STB=0.503875;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=7.1694e-06;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:74:64:1:0:74:64:1:0 chr14 96734831 . G T 436.87 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0214977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.127;QD=18.7901;RBI=0.0218492;REFB=-0.011305;REVB=-0.00390298;RO=49;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504113;STB=0.528077;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0120548;OID=.;OPOS=96734831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:23:21:26:23:23:21:26:23 chr14 96742603 . G A 355.41 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0292347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7537;QD=14.8089;RBI=0.0371542;REFB=-0.00270179;REVB=0.0229296;RO=55;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123705;STB=0.57078;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00426559;OID=.;OPOS=96742603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:57:38:39:0.40625:19:19:21:34:20:19:21:36 chr14 96751010 . T C 216.55 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0481399;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.22;QD=10.9644;RBI=0.060075;REFB=-0.0127978;REVB=-0.0359382;RO=47;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497013;STB=0.549259;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0182174;OID=.;OPOS=96751010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:52:27:27:0.341772:12:15:24:23:12:15:25:27 chr14 96751968 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA 52.8 PASS AF=0.186441,0.118644;AO=11,7;DP=65;FAO=11,7;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=6,6;FSAR=5,1;FSRF=36;FSRR=5;FWDB=0.162011,0.00707865;FXX=0.0483793;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.81862,54.5549;QD=3.57941;RBI=0.271565,0.0823;REFB=-0.175752,-0.0397526;REVB=-0.217946,-0.081995;RO=33;SAF=4,6;SAR=7,1;SRF=33;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.722124,-0.658843;STB=0.777445,0.538358;STBP=0.124,0.893;TYPE=del,mnp;VARB=0.112581,0.173894;OID=.,.;OPOS=96751969,96751974;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186441,0.118644:11,7:65:11,7:59:41:6,6:5,1:36:5:24:33:4,6:7,1:33:0 chr14 96771959 . A G 1708.33 PASS AF=0.991453;AO=114;DP=119;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264355;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.026;QD=58.4044;RBI=0.0346365;REFB=-0.116304;REVB=0.0223797;RO=2;SAF=60;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155634;STB=0.503999;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00167939;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:117:2:1:114:116:0.991453:54:60:2:0:54:62:1:0 chr14 96777468 . G C 1382.05 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163579;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.712;QD=62.8205;RBI=0.0366251;REFB=0;REVB=0.0327691;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51225e-05;OID=.;OPOS=96777468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr14 96781912 . T C 1908.64 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0352934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1472;QD=59.1826;RBI=0.0402688;REFB=-0.059071;REVB=-0.0193895;RO=3;SAF=45;SAR=81;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306216;STB=0.516126;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00559128;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:129:3:3:126:126:0.976744:81:45:3:0:81:45:3:0 chr14 96797724 . G A 1683.98 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.675;QD=60.1422;RBI=0.0195484;REFB=0;REVB=-0.00202093;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32078e-05;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:108:112:1:50:58:0:0:50:62:0:0 chr14 96829290 . G A 1491.21 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=105;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0123943;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.585;QD=57.3543;RBI=0.0138852;REFB=-0.0827111;REVB=-0.00625937;RO=2;SAF=40;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039983;STB=0.502173;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000567026;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:2:2:101:102:0.980769:61:40:1:1:62:40:1:1 chr14 96922752 . C G 1502.61 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074203;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.365;QD=63.9407;RBI=0.0866069;REFB=0;REVB=0.0862884;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234047;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr14 97033344 . T C 391.56 PASS AF=0.331034;AO=48;DP=145;FAO=48;FDP=145;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.0455075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3817;QD=10.8015;RBI=0.0531223;REFB=-0.0120654;REVB=0.0274052;RO=95;SAF=26;SAR=22;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420843;STB=0.524485;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0267178;OID=.;OPOS=97033344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:95:97:48:48:0.331034:22:26:48:47:22:26:49:48 chr14 97104758 . A G 246.32 PASS AF=0.336957;AO=25;DP=86;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00361167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.379;QD=10.7097;RBI=0.0127363;REFB=-0.0191125;REVB=0.0122134;RO=61;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150788;STB=0.560216;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0402218;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:61:61:25:31:0.336957:12:13:24:37:16:15:24:37 chr14 97299853 . A G 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0122665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3442;QD=13.0226;RBI=0.013835;REFB=-0.00675003;REVB=0.00639844;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17206;STB=0.598356;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0116921;OID=.;OPOS=97299853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:16:12:26:18:16:12:26:18 chr14 97321689 . C T 479.86 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0105705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1949;QD=14.2182;RBI=0.0364148;REFB=0.00613849;REVB=-0.0348469;RO=80;SAF=23;SAR=31;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131349;STB=0.577664;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0112511;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:81:54:54:0.4:31:23:44:36:31:23:45:36 chr14 97410013 . T C 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00131784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.265;QD=15.5748;RBI=0.0251248;REFB=-0.0186287;REVB=0.0250903;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412269;STB=0.516116;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0255144;OID=.;OPOS=97410013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:16:9:12:18:16:9:12:19 chr14 98112541 . T G 834.02 PASS AF=0.429907;AO=91;DP=214;FAO=92;FDP=214;FR=.;FRO=122;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=0.0414413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.498;QD=15.5892;RBI=0.0419152;REFB=-0.00985435;REVB=0.006285;RO=122;SAF=51;SAR=40;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117147;STB=0.509276;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0122277;OID=.;OPOS=98112541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:122:122:91:92:0.429907:40:51:67:55:40:52:67:55 chr14 98218276 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0503274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.199;QD=9.49144;RBI=0.053166;REFB=-0.00122623;REVB=0.01714;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14663;STB=0.588056;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00340532;OID=.;OPOS=98218276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:14:4:3:6:14:4 chr14 98435696 . T C 3579.32 PASS AF=1;AO=227;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131883;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.645;QD=62.7951;RBI=0.0494647;REFB=0;REVB=0.0476741;RO=0;SAF=114;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20954e-05;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:0:0:227:228:1:113:114:0:0:114:114:0:0 chr14 98444369 . T C 1264.3 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283991;FXX=0.0470533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.133;QD=62.4347;RBI=0.0159602;REFB=0;REVB=0.0157055;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274927;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr14 98817896 . T C 242.32 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.0304521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6777;QD=10.4224;RBI=0.0441199;REFB=0.00157442;REVB=0.0319255;RO=63;SAF=22;SAR=8;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153903;STB=0.59054;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00211426;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:8:22:39:24:8:22:39:24 chr14 99638736 . ATTTTTTTTTTTTTTA ATTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTATT 208.86 PASS AF=0.30303,0.30303,0.393939;AO=6,4,2;DP=35;FAO=10,10,13;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5,13;FSAR=9,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.220954,-0.326432,-0.0899521;FXX=0.0833102;HRUN=14,14,14;LEN=3,2,3;MLLD=7.02173,5.26226,86.178;QD=25.316;RBI=0.234024,0.353307,0.0904182;REFB=-0.0378113,-0.0460233,0.00392283;REVB=-0.0771153,-0.135161,-0.00916983;RO=1;SAF=1,2,2;SAR=5,2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.281147,-0.166656,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.131179,0.0824778,-0.155532;OID=.,.,.;OPOS=99638737,99638737,99638749;OREF=TTT,TT,TTA;OALT=-,-,ATT;OMAPALT=ATTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.30303,0.30303,0.393939:6,4,2:35:10,10,13:33:0:1,5,13:9,5,0:0:0:36:1:1,2,2:5,2,0:1:0 chr14 99642360 . C G 74.22 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0205516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7463;QD=10.2379;RBI=0.0347925;REFB=-0.0676376;REVB=-0.0280741;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737803;STB=0.551075;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0568586;OID=.;OPOS=99642360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:17:19:10:10:0.344828:3:7:12:5:3:7:12:7 chr14 100039109 . C G 620.45 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00846869;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.157;QD=19.3892;RBI=0.00906113;REFB=-0.00454694;REVB=-0.00322264;RO=63;SAF=33;SAR=30;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00403267;OID=.;OPOS=100039109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:63:65:63:63:0.492188:30:33:33:30:30:33:35:30 chr14 100070030 . G A 140.31 PASS AF=0.368421;AO=10;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0673538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.624;QD=14.7691;RBI=0.0695155;REFB=-0.00645147;REVB=-0.017201;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370656;STB=0.713979;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0373527;OID=.;OPOS=100070030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:10:14:0.368421:3:7:8:14:4:10:8:14 chr14 100141689 . T C 705.06 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990593;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.894;QD=62.6722;RBI=0.0391004;REFB=0;REVB=0.0378248;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228007;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:16:29:0:0 chr14 100331876 . T C 630.2 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00845472;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5251;QD=22.3079;RBI=0.013916;REFB=0.00397693;REVB=0.0110532;RO=50;SAF=40;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172319;STB=0.599262;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00470964;OID=.;OPOS=100331876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:50:51:62:62:0.548673:22:40:22:28:22:40:22:29 chr14 100375707 . C T 1132.11 PASS AF=0.561497;AO=105;DP=187;FAO=105;FDP=187;FR=.;FRO=82;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=25;FWDB=-0.0284912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2497;QD=24.2163;RBI=0.0285223;REFB=0.0134752;REVB=-0.00133306;RO=81;SAF=63;SAR=42;SRF=57;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883086;STB=0.544209;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0108475;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:81:82:105:105:0.561497:42:63:57:24:42:63:57:25 chr14 100380948 . T C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.592;QD=62.7621;RBI=0.0395862;REFB=0;REVB=-0.000138372;RO=0;SAF=24;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81282e-05;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:65:24:0:0:65:24:0:0 chr14 100411737 . C A 128.13 PASS AF=0.375;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00959085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7907;QD=12.8127;RBI=0.0490008;REFB=-0.0173997;REVB=0.048053;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202117;STB=0.657993;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0267858;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:23:25:15:15:0.375:3:12:15:8:3:12:15:10 chr14 100411767 . C T 110.83 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.072197;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.499;QD=14.3012;RBI=0.0816513;REFB=-0.0054266;REVB=-0.0381383;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11174;STB=0.576797;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00790597;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:19:18:13:13:0.419355:3:10:13:6:3:10:12:6 chr14 100411771 . T G 97.24 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0281006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.55;QD=12.9652;RBI=0.0286931;REFB=-0.00998269;REVB=0.00580093;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.644886;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0166965;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:16:18:12:12:0.4:2:10:10:6:2:10:12:6 chr14 100411774 . G A 470.09 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.403;QD=55.3051;RBI=0.0318945;REFB=-0.113444;REVB=0.016677;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190623;STB=0.509798;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00193014;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:8:24:1:0:8:25:1:0 chr14 100563943 . G A 388.66 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00348966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.668;QD=14.2626;RBI=0.00459587;REFB=0.00136033;REVB=-0.00299071;RO=62;SAF=29;SAR=16;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349714;STB=0.522168;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00185672;OID=.;OPOS=100563943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:62:64:45:45:0.412844:16:29:38:24:16:29:39:25 chr14 100615665 . T C 2050.7 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0142547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.9;QD=60.3146;RBI=0.0420509;REFB=-0.0820524;REVB=0.0395611;RO=2;SAF=74;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155787;STB=0.508196;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000285513;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:60:74:0:2:60:74:0:2 chr14 100625902 . C T 560.98 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198226;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0568;QD=60.6469;RBI=0.0966817;REFB=0;REVB=0.0946278;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961275;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr14 100758502 . G A 1708.93 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.447;QD=60.493;RBI=0.0400284;REFB=0;REVB=-0.000407085;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7333e-05;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:53:59:0:0:54:59:0:0 chr14 100759046 . C A 222.24 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0373143;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.594;QD=24.026;RBI=0.0388936;REFB=-0.0449892;REVB=0.0109707;RO=15;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149992;STB=0.592511;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0187601;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:8:13:12:3:8:13:13:3 chr14 100785617 . C T 223.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0407635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4703;QD=13.3723;RBI=0.0407669;REFB=-0.0181589;REVB=-0.000528219;RO=40;SAF=8;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275773;STB=0.658077;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0302538;OID=.;OPOS=100785617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:19:8:22:18:19:8:22:18 chr14 100792482 . C A 1544.5 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299961;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.87;QD=59.9808;RBI=0.0416048;REFB=0;REVB=0.0288304;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10535e-05;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:100:103:1:49:51:0:0:52:51:0:0 chr14 100795139 . G T 511.7 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000229354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1072;QD=56.8557;RBI=0.036566;REFB=-0.134819;REVB=0.0365653;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321415;OID=.;OPOS=100795139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:0:35:36:1:22:13:1:0:22:14:0:0 chr14 100808812 . CGCCCT CGCCCC,CGCCT,CGCCTG,CGCT,GCGCCT 216.57 PASS AF=0.05,0.55,0,0.125,0;AO=2,12,2,6,4;DP=38;FAO=2,22,0,5,0;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=2,15,0,5,0;FSAR=0,7,0,0,0;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00948858,-0.100142,-0.0270405,-0.0519539,-0.198133;FXX=0;HRUN=1,3,3,3,1;LEN=1,1,2,2,3;MLLD=55.3279,12.8367,12.7178,21.5416,15.3765;QD=21.657;RBI=0.0127223,0.110319,0.0454906,0.0574264,0.200171;REFB=0.0106077,-0.0400557,-0.0109064,-0.0218372,-0.0280833;REVB=0.00847484,0.0462821,-0.0365814,0.0244658,0.0284918;RO=11;SAF=2,8,0,6,4;SAR=0,4,2,0,0;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.831607,0.514915,0,0.848351,0.840896;STB=0.997685,0.694648,0.5,0.998498,0.5;STBP=0.013,0.005,1,0,1;TYPE=snp,del,mnp,del,mnp;VARB=-0.0639697,-0.0267052,0.0234491,0.0727456,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=100808817,100808814,100808816,100808814,100808812;OREF=T,C,CT,CC,CGC;OALT=C,-,TG,-,GCG;OMAPALT=CGCCCC,CGCCT,CGCCTG,CGCT,GCGCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:38:40:11:11:2,12,2,6,4:2,22,0,5,0:0.05,0.55,0,0.125,0:0,4,2,0,0:2,8,0,6,4:0:11:0,7,0,0,0:2,15,0,5,0:1:10 chr14 100808845 . G A 1194.11 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0675576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.836;QD=59.7055;RBI=0.0807469;REFB=-0.110674;REVB=0.0442271;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00265492;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:51:28:0:0:51:28:0:1 chr14 100832391 . T C 1244.96 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.906;QD=59.9979;RBI=0.0343195;REFB=-0.0409318;REVB=0.0300502;RO=1;SAF=48;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976474;STB=0.505153;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000237945;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:34:48:1:0:34:48:1:0 chr14 100847523 . T C 588.16 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0239;QD=60.324;RBI=0.0392049;REFB=0;REVB=0.0110658;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221818;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr14 100847707 . A G 1529.87 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.085;QD=63.7447;RBI=0.0244257;REFB=0;REVB=-0.01187;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3351e-06;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:48:47:0:0:48:48:0:0 chr14 100847930 . A G 1034.91 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231964;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.645;QD=58.3049;RBI=0.0233109;REFB=-0.131457;REVB=-0.0023074;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000854092;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:31:39:0:0:31:39:1:0 chr14 100996312 . T C 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0252061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.747;QD=28.8064;RBI=0.0323634;REFB=-0.0418272;REVB=-0.0202988;RO=17;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723562;STB=0.539735;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.015578;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:17:11:5:12:17:11:5:12 chr14 101005215 . T C 203.63 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0141502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.333;QD=12.1568;RBI=0.0218794;REFB=-0.0425523;REVB=-0.0166877;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125692;STB=0.50239;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0528532;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:42:24:25:0.373134:12:12:20:12:13:12:20:22 chr14 101005236 . A G 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0378503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.075;QD=12.4659;RBI=0.0402229;REFB=-0.0132215;REVB=-0.0136103;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140446;STB=0.572446;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0253189;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:12:8:17:15:12:8:17:16 chr14 101138230 . A C 1225.16 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0447255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3433;QD=59.0436;RBI=0.0729147;REFB=0.0484614;REVB=0.0575863;RO=2;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286724;STB=0.507461;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00020741;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:2:1:81:82:0.987952:32:49:0:2:33:49:0:1 chr14 101198417 . A G 1625.9 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.373;QD=59.1235;RBI=0.0289395;REFB=-0.116022;REVB=0.0249968;RO=0;SAF=68;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95179e-08;STB=0.503545;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000191749;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:110:0:1:107:109:0.990909:39:68:0:0:39:70:1:0 chr14 101200644 . T TC 123.68 PASS AF=1;AO=4;DP=30;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.55689e-13;FXX=0.466511;HRUN=0;LEN=1;MLLD=154.808;QD=30.9195;RBI=0.0446066;REFB=0;REVB=-0.0446066;RO=25;SAF=2;SAR=2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0245186;OID=.;OPOS=101200645;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:30:16:16:0:0:16:0:0:4:25:2:2:9:16 chr14 101200645 . T C,G 416.85 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=26,4;DP=30;FAO=26,4;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275619,-0.00862186;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=232.34,26.3499;QD=55.5794;RBI=0.035471,0.0549832;REFB=0,0;REVB=0.0353637,-0.054303;RO=0;SAF=10,1;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.71087e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00141784,-0.0134246;OID=.,.;OPOS=101200645,101200645;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:30:30:0:0:26,4:26,4:0.866667,0.133333:16,3:10,1:0:0:16,3:10,1:0:0 chr14 101349017 . A G 733.57 PASS AF=0.496774;AO=75;DP=153;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0175321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2831;QD=18.9308;RBI=0.0179246;REFB=0.00377113;REVB=-0.00373063;RO=78;SAF=43;SAR=32;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127085;STB=0.568248;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00370715;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:78:78:75:77:0.496774:32:43:34:44:33:44:34:44 chr14 101349764 . C T 354.77 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.022805;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.303;QD=17.5194;RBI=0.035241;REFB=0.00102609;REVB=-0.0268675;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131327;STB=0.573578;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-1.04625e-05;OID=.;OPOS=101349764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:44:44:37:37:0.45679:21:16:25:19:21:16:25:19 chr14 101350298 . T C 296.8 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0677334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4251;QD=18.5502;RBI=0.0682598;REFB=-0.00229215;REVB=0.0084606;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916211;STB=0.550282;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00111823;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:31:32:31:32:0.5:11:20:17:14:11:21:18:14 chr14 101350670 . C CTCT 474.66 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0160989;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.594;QD=14.4934;RBI=0.0199994;REFB=-0.0133365;REVB=0.0118659;RO=78;SAF=36;SAR=17;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172426;STB=0.597564;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.0212894;OID=.;OPOS=101350671;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=CTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40458:53:133:53:131:78:36:17:41:37:99:78:36:17:41:37 chr14 101522556 . T C 1576.76 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693034;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.727;QD=64.3577;RBI=0.0162461;REFB=0;REVB=0.0146937;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99664e-05;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:49:48:0:0:49:49:0:0 chr14 102024918 . A T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.023311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3343;QD=20.456;RBI=0.0255542;REFB=0.0101626;REVB=-0.0104697;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00326109;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00596159;OID=.;OPOS=102024918;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:8:7:8:9:8:7 chr14 102029358 . C CT 148.72 PASS AF=0.552632;AO=19;DP=40;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0411921;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.6564;QD=15.6551;RBI=0.0458891;REFB=-0.0229775;REVB=-0.0202241;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215067;STB=0.618944;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.0101195;OID=.;OPOS=102029359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552632:19:40:21:38:17:12:9:14:3:99:20:11:8:16:4 chr14 102198187 . C T 392.1 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0747016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1346;QD=14.6578;RBI=0.120344;REFB=-0.0141466;REVB=0.0943528;RO=61;SAF=16;SAR=29;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127885;STB=0.577454;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0245419;OID=.;OPOS=102198187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:62:45:45:0.420561:29:16:29:32:29:16:30:32 chr14 102391577 . G C 359.12 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0399374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8652;QD=15.1208;RBI=0.0513472;REFB=-0.0389896;REVB=-0.0322729;RO=56;SAF=12;SAR=27;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037928;STB=0.521484;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0531746;OID=.;OPOS=102391577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:27:12:19:37:27:12:19:37 chr14 102463407 . A G 2760.64 PASS AF=0.948187;AO=182;DP=192;FAO=183;FDP=193;FR=.;FRO=10;FSAF=96;FSAR=87;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0273761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.506;QD=57.2153;RBI=0.0304872;REFB=-0.0721408;REVB=-0.0134171;RO=2;SAF=96;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000570248;STB=0.519534;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00052361;OID=.;OPOS=102463407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:192:193:2:10:182:183:0.948187:86:96:1:1:87:96:9:1 chr14 102493761 . A G 1031.63 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.055094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1795;QD=57.3129;RBI=0.0568433;REFB=-0.126329;REVB=0.0139932;RO=1;SAF=26;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178357;STB=0.509088;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00149496;OID=.;OPOS=102493761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:44:26:1:0:44:27:1:0 chr14 102514227 . T C 991.05 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.653;QD=59.1672;RBI=0.0635532;REFB=0;REVB=0.0261763;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152987;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:30:37:0:0 chr14 102550803 . G A,T 665.81 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=39,5;DP=44;FAO=38,6;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=21,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607014,-0.0489045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.1248,173.704;QD=60.5285;RBI=0.0644701,0.0496442;REFB=0,0;REVB=-0.0217194,-0.00853789;RO=0;SAF=17,1;SAR=22,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0035028,0.0177177;OID=.,.;OPOS=102550803,102550803;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:44:44:0:0:39,5:38,6:0.863636,0.136364:22,4:17,1:0:0:21,5:17,1:0:0 chr14 102568296 . G A 1617.11 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00387423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.605;QD=57.2428;RBI=0.0733069;REFB=-0.0350713;REVB=-0.0732044;RO=1;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999333;STB=0.515461;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00028274;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:1:3:110:110:0.973451:47:63:0:1:47:63:0:3 chr14 102568367 . T A 1438.04 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221729;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.456;QD=63.2106;RBI=0.0385812;REFB=0;REVB=0.0315733;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6217e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:46:44:0:0:47:44:0:0 chr14 102808330 . C T 107.2 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0647663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2857;QD=22.5683;RBI=0.072423;REFB=0.00545281;REVB=0.0324101;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355891;STB=0.555469;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00431507;OID=.;OPOS=102808330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:5:7:12:12:0.631579:3:9:4:1:3:9:6:1 chr14 102808655 . G C 316.25 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0169221;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.194;QD=22.5894;RBI=0.0176984;REFB=-0.0202649;REVB=0.0051842;RO=23;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824742;STB=0.553538;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0144566;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:24:32:32:0.571429:16:16:9:14:16:16:9:15 chr14 102814945 . G A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0048518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.298;QD=13.314;RBI=0.0250722;REFB=-0.00608142;REVB=0.0245982;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969482;STB=0.545414;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00869505;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:11:11:13:19:11:11:14:19 chr14 102815042 . C T 312.08 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00690448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0028;QD=29.7222;RBI=0.0100502;REFB=-0.0135543;REVB=0.00730305;RO=15;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209991;STB=0.6153;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00658283;OID=.;OPOS=102815042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:16:11:11:4:16:11:11:4 chr14 102894593 . G A 932.72 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294756;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6659;QD=59.22;RBI=0.0413329;REFB=0;REVB=0.0289757;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131192;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr14 103161736 . A AG,G 1255.08 PASS AF=1,0;AO=81,6;DP=90;FAO=88,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217081,-0.0323795;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.725,4.31412;QD=57.0489;RBI=0.0954835,0.144478;REFB=0,0;REVB=-0.0954588,-0.140803;RO=2;SAF=48,2;SAR=33,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.01932,-0.284202;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00129083,0;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:2:0:81,6:88,0:1,0:33,4:48,2:2:0:38,0:50,0:0:0 chr14 103195365 . G C 617.2 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=156;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0025111;FXX=0.0128197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.632;QD=16.0311;RBI=0.0307131;REFB=-0.0260061;REVB=-0.0306103;RO=85;SAF=35;SAR=33;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880332;STB=0.50172;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0352894;OID=.;OPOS=103195365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:85:86:68:68:0.441558:33:35:43:42:33:35:44:42 chr14 103338324 . T A 491.68 PASS AF=0.469027;AO=41;DP=109;FAO=53;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0991437;FXX=0.0258598;HRUN=8;LEN=1;MLLD=20.7973;QD=17.4047;RBI=0.099346;REFB=-0.021169;REVB=0.00633696;RO=30;SAF=30;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015946;STB=0.50704;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0259007;OID=.;OPOS=103338324;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:30:43:41:53:0.469027:11:30:22:8:18:35:29:14 chr14 103342049 . T C 466.63 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0167503;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.992;QD=21.7038;RBI=0.0170515;REFB=-0.0110484;REVB=0.00319078;RO=40;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129071;STB=0.566636;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.013595;OID=.;OPOS=103342049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:40:41:45:45:0.523256:30:15:19:21:30:15:19:22 chr14 103370114 . CGGGGC CGGGC,CGGGGT 500.37 PASS AF=0.263158,0.561404;AO=15,30;DP=62;FAO=15,32;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=8,16;FSAR=7,16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0693659,0.0252404;FXX=0.065563;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=12.3587,158.335;QD=35.1138;RBI=0.0723281,0.027136;REFB=-0.0680512,-0.0264921;REVB=-0.0204871,0.00996423;RO=8;SAF=9,15;SAR=6,15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0162296,-0.0485695;STB=0.526846,0.523795;STBP=0.762,0.615;TYPE=del,snp;VARB=-0.0366221,0.0286972;OID=.,.;OPOS=103370115,103370119;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=CGGGC,CGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.263158,0.561404:15,30:62:15,32:57:10:8,16:7,16:6:4:99:8:9,15:6,15:5:3 chr14 103370163 . C T 486.8 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0146111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.702;QD=19.8693;RBI=0.0866019;REFB=-0.014064;REVB=0.0853604;RO=49;SAF=21;SAR=27;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103562;STB=0.562474;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0152717;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:27:21:27:22:27:21:28:22 chr14 103566785 . C T 650.8 PASS AF=0.428571;AO=70;DP=166;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0160781;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.376;QD=15.4953;RBI=0.0230711;REFB=-0.0134481;REVB=0.016546;RO=93;SAF=37;SAR=33;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456583;STB=0.53574;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0213558;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:93:96:70:72:0.428571:33:37:45:48:33:39:46:50 chr14 103566835 . C G 591.22 PASS AF=0.466165;AO=57;DP=128;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=22;FWDB=0.0196291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.98;QD=17.781;RBI=0.0199198;REFB=-0.0250444;REVB=-0.00339022;RO=71;SAF=32;SAR=25;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132787;STB=0.552825;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.032669;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:133:71:71:57:62:0.466165:25:32:49:22:25:37:49:22 chr14 103566904 . G A 608.52 PASS AF=0.516949;AO=62;DP=120;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00366167;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.866;QD=20.6279;RBI=0.00893705;REFB=-0.0124603;REVB=0.00815249;RO=56;SAF=45;SAR=17;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201737;STB=0.617184;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0109506;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:56:57:62:61:0.516949:17:45:29:27:16:45:30:27 chr14 103568614 . T A 778.16 PASS AF=0.479532;AO=78;DP=169;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.000953561;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.936;QD=18.2026;RBI=0.0140469;REFB=-0.012802;REVB=0.0140145;RO=87;SAF=33;SAR=45;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122906;STB=0.565339;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0162839;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:87:89:78:82:0.479532:45:33:48:39:48:34:48:41 chr14 103568981 . A C 88.95 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0115612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.486;QD=15.4698;RBI=0.0116827;REFB=-0.0217448;REVB=-0.00168083;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454407;STB=0.775324;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0063595;OID=.;OPOS=103568981;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:23:12:12:10:11:0.478261:8:2:8:4:9:2:8:4 chr14 103576395 . G A 691.02 PASS AF=0.417582;AO=76;DP=182;FAO=76;FDP=182;FR=.;FRO=106;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=68;FSRR=38;FWDB=0.00825324;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4984;QD=15.1872;RBI=0.0855709;REFB=-0.00797651;REVB=0.085172;RO=106;SAF=36;SAR=40;SRF=68;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173815;STB=0.59699;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0124111;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:106:106:76:76:0.417582:40:36:68:38:40:36:68:38 chr14 103576415 . A G 824.61 PASS AF=0.537931;AO=77;DP=144;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00859581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7716;QD=22.7479;RBI=0.00916316;REFB=-0.0389608;REVB=-0.00317418;RO=67;SAF=41;SAR=36;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859162;STB=0.501506;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0454527;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:67:67:77:78:0.537931:36:41:35:32:37:41:35:32 chr14 103576443 . TC CG 353.68 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0268793;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.725;QD=15.05;RBI=0.0284574;REFB=-0.0245016;REVB=-0.00934483;RO=54;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1039;STB=0.54464;STBP=0.491;TYPE=mnp;VARB=0.0325744;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:55:38:39:0.414894:18:20:23:31:19:20:24:31 chr14 103576775 . C T 380.28 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00603676;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.675;QD=19.2546;RBI=0.0147881;REFB=-0.0099151;REVB=0.0134998;RO=40;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571261;STB=0.531761;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00815104;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:20:19:22:18:20:19:22:18 chr14 103602278 . A G 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0109236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.686;QD=21.9986;RBI=0.0110019;REFB=-0.00767305;REVB=0.00131044;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154462;STB=0.58521;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00815292;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:17:6:13:16:17:6 chr14 103808153 . A G 286.54 PASS AF=0.349057;AO=35;DP=105;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.00700833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.139;QD=10.8126;RBI=0.0415519;REFB=-0.0103818;REVB=0.0409566;RO=69;SAF=26;SAR=9;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125387;STB=0.560405;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.016951;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:69:69:35:37:0.349057:9:26:45:24:10:27:45:24 chr14 103808199 . T TAAAC 135.2 PASS AF=0.253165;AO=19;DP=84;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0123374;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=4;MLLD=214.213;QD=6.84553;RBI=0.0140989;REFB=0.00239878;REVB=-0.00682404;RO=63;SAF=14;SAR=5;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126027;STB=0.595318;STBP=0.366;TYPE=ins;VARB=-0.00734813;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253165:19:84:20:79:59:15:5:38:21:99:63:14:5:41:22 chr14 103808472 . C T 127.79 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00267977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2617;QD=11.8872;RBI=0.00267985;REFB=-0.0174882;REVB=-2.1396e-05;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820829;STB=0.504848;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0229002;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:17:11:6:9:17:11 chr14 103809114 . G A 286.12 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00691801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9651;QD=18.1662;RBI=0.0138935;REFB=0.00208485;REVB=0.0120487;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130338;STB=0.571819;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0185077;OID=.;OPOS=103809114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:32:31:31:0.492063:17:14:18:12:17:14:19:13 chr14 103852725 . C T 328.12 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0429332;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.729;QD=14.9147;RBI=0.0429493;REFB=-0.00159334;REVB=0.00117462;RO=52;SAF=14;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196032;STB=0.611049;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00228099;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:22:14:30:22:22:14:30:22 chr14 103923475 . A G 248.77 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0525013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1782;QD=16.5845;RBI=0.0533141;REFB=-0.0423878;REVB=0.00927396;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634328;STB=0.535689;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.055352;OID=.;OPOS=103923475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:13:15:15:17:13:15:15:17 chr14 103934488 . T C 1997.01 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00072395;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.222;QD=60.5156;RBI=0.00294303;REFB=-0.102132;REVB=-0.0028526;RO=1;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655546;STB=0.506848;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-1.42775e-05;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:1:2:130:130:0.984848:72:58:0:1:72:58:0:2 chr14 103986255 . C T 608.75 PASS AF=0.560748;AO=57;DP=105;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.026963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.171;QD=22.7569;RBI=0.0323974;REFB=-0.0276468;REVB=0.0179607;RO=47;SAF=39;SAR=18;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172077;STB=0.509602;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0237654;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:47:47:57:60:0.560748:18:39:33:14:19:41:33:14 chr14 103996396 . G A 1557.04 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.15;QD=58.7561;RBI=0.0531574;REFB=-0.149167;REVB=0.021172;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102026;STB=0.505154;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000448579;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:102:105:0.990566:56:46:1:0:57:48:1:0 chr14 104001517 . G A 220.53 PASS AF=0.454545;AO=26;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00781647;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.231;QD=16.0389;RBI=0.00781689;REFB=-0.00510768;REVB=8.05668e-05;RO=30;SAF=20;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871683;STB=0.542822;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00477366;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:26:25:0.454545:6:20:21:9:6:19:21:9 chr14 104158686 . C T 711.34 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0029043;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.956;QD=22.057;RBI=0.00672265;REFB=-0.00754754;REVB=0.00606293;RO=54;SAF=41;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771679;STB=0.552394;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00529248;OID=.;OPOS=104158686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:54:60:69:69:0.534884:28:41:27:27:28:41:29:31 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 278.52 PASS AF=1;AO=19;DP=29;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010242;FXX=0.124948;HRUN=2;LEN=12;MLLD=428.841;QD=53.0516;RBI=0.00537628;REFB=0;REVB=-0.00527783;RO=7;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000169942;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:29:21:21:0:14:7:0:0:3:7:13:6:7:0 chr14 104194196 . C G 3346.8 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.037;QD=62.2661;RBI=0.0238694;REFB=0;REVB=0.0220049;RO=0;SAF=140;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35702e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:75:140:0:0:75:140:0:0 chr14 104201549 . C T 418.25 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0215917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.678;QD=17.4271;RBI=0.0228301;REFB=-0.0218805;REVB=-0.00741702;RO=53;SAF=21;SAR=22;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13221;STB=0.573879;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0272174;OID=.;OPOS=104201549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:22:21:33:20:22:21:33:20 chr14 104429453 . A G 1498.01 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.965;QD=63.0743;RBI=0.0540269;REFB=0;REVB=0.0395139;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141418;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:1:0:94:95:1:55:39:0:1:56:39:0:0 chr14 104465037 . T C 1949.41 PASS AF=0.929577;AO=132;DP=142;FAO=132;FDP=142;FR=.;FRO=10;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0192119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3239;QD=54.913;RBI=0.0839061;REFB=-0.00802066;REVB=0.081677;RO=10;SAF=58;SAR=74;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618983;STB=0.532655;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.007805;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:142:142:10:10:132:132:0.929577:74:58:9:1:74:58:9:1 chr14 104480201 . C A 1436.39 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7306;QD=61.7802;RBI=0.014474;REFB=-0.0259665;REVB=0.000419644;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117038;STB=0.506171;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000189886;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:52:40:1:0:52:40:1:0 chr14 104559552 . G C 168.49 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0265572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.004;QD=10.3687;RBI=0.0414451;REFB=-0.0175952;REVB=-0.0318184;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924245;STB=0.554202;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0341104;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:8:14:24:19:8:14:24:19 chr14 104559623 . T C 1798.06 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.946;QD=60.9513;RBI=0.0710739;REFB=0;REVB=0.0676463;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65286e-05;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:118:0:0:113:118:1:50:63:0:0:55:63:0:0 chr14 104559852 . T C 278.65 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0293044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6584;QD=16.3914;RBI=0.0614924;REFB=0.00353672;REVB=-0.0540608;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168717;STB=0.59484;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00623696;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:22:15:18:13:22:15 chr14 104559919 . T C 260.73 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.056873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.131;QD=17.9815;RBI=0.0576142;REFB=-0.00215107;REVB=0.00921199;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10815;STB=0.568673;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0045758;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:16:13:16:12:16:13:17:12 chr14 104559922 . C G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0418531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.178;QD=19.6924;RBI=0.0419781;REFB=-0.0151256;REVB=-0.00323632;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120775;STB=0.567516;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0212839;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:15:10:14:12:15:10 chr14 104563932 . G T 423.91 PASS AF=0.477778;AO=39;DP=87;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0076773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.381;QD=18.8406;RBI=0.0648438;REFB=-0.00415532;REVB=0.0643877;RO=48;SAF=15;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156337;STB=0.570507;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00615824;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:48:47:39:43:0.477778:24:15:26:22:25:18:26:21 chr14 104571054 . C G 698.25 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0558054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3222;QD=20.3868;RBI=0.109976;REFB=0.0264811;REVB=-0.0947649;RO=68;SAF=25;SAR=44;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193503;STB=0.606734;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0294063;OID=.;OPOS=104571054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:68:69:69:0.50365:44:25:39:29:44:25:39:29 chr14 104639699 . G A 789.09 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=133;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00268057;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.226;QD=23.9119;RBI=0.0108542;REFB=-0.0146092;REVB=0.010518;RO=58;SAF=50;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151456;STB=0.582907;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0107341;OID=.;OPOS=104639699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:58:58:74:74:0.560606:24:50:29:29:24:50:29:29 chr14 104641612 . T C 1035.94 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.443;QD=58.3628;RBI=0.0191819;REFB=0;REVB=0.0181325;RO=0;SAF=10;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56842e-05;OID=.;OPOS=104641612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:66:71:1:56:10:0:0:58:13:0:0 chr14 104642341 . A G 1480.44 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404469;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.088;QD=59.2174;RBI=0.00779855;REFB=0;REVB=0.00666767;RO=0;SAF=31;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160906;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:67:31:0:0:69:31:0:0 chr14 104642422 . A G 566.86 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5741;QD=59.6691;RBI=0.0215786;REFB=0;REVB=-0.0112071;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07246e-05;OID=.;OPOS=104642422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr14 104643409 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3529;QD=43.486;RBI=0.112057;REFB=0;REVB=0.0222142;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00346791;OID=.;OPOS=104643409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr14 104643592 . GGC G,GG 36.27 PASS AF=0.25,0.15;AO=5,5;DP=20;FAO=5,3;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3,3;FSAR=2,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0201926,-0.13211;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.3362,12.2095;QD=7.25351;RBI=0.023486,0.198071;REFB=-0.034638,-0.0685336;REVB=-0.0119939,0.147578;RO=9;SAF=3,5;SAR=2,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0.326531,0;SSEP=0,0.555556;SSSB=0.157037,0.739778;STB=0.512146,0.995574;STBP=0.997,0.118;TYPE=del,del;VARB=0.120135,0.0845577;OID=.,.;OPOS=104643593,104643594;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.15:5,5:20:5,3:20:12:3,3:2,0:7:5:21:9:3,5:2,0:4:5 chr14 104644147 . C T 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0749935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9334;QD=44.0892;RBI=0.132387;REFB=-0.042071;REVB=0.109098;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0152159;OID=.;OPOS=104644147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:6:11:0:0:6:11:1:0 chr14 104646326 . A C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.355;QD=59.0187;RBI=0.0364444;REFB=0;REVB=0.0312732;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105979;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr14 104646771 . T C 842.44 PASS AF=0.967742;AO=61;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00410846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.531;QD=54.3508;RBI=0.0705326;REFB=0.0868766;REVB=-0.0704128;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178082;STB=0.502187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0188156;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:61:60:0.967742:26:35:0:1:26:34:1:1 chr14 104647224 . C T 1377.41 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7534;QD=62.6094;RBI=0.0605575;REFB=0;REVB=-0.0245931;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532838;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr14 104710651 . C T 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8502;QD=57.6757;RBI=0.058468;REFB=0;REVB=-0.0579055;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00097601;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr14 105054934 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.542;QD=40.763;RBI=0.0572321;REFB=0;REVB=0.057015;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452767;OID=.;OPOS=105054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr14 105055118 . TGACGGGCAGGACGGGCAGGAC TGACGGGCAGGAC,TGACGGGCAGGACG 333.34 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=19,4;DP=36;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432991,0.0350987;FXX=0.249931;HRUN=3,3;LEN=9,8;MLLD=230.17,216.698;QD=49.3839;RBI=0.0595735,0.0448999;REFB=0,0;REVB=0.0409169,0.0280015;RO=0;SAF=15,3;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.00629e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=3.45144e-05,-0.00732352;OID=.,.;OPOS=105055119,105055132;OREF=GACGGGCAG,GGCAGGAC;OALT=-,-;OMAPALT=TGACGGGCAGGAC,TGACGGGCAGGACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.962963,0.037037:19,4:36:26,1:27:0:21,1:5,0:0:0:4:0:15,3:4,1:0:0 chr14 105167807 . C T 1030.21 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.796;QD=58.0401;RBI=0.023564;REFB=-0.171519;REVB=0.0114875;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000423397;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:38:32:0:0:38:32:1:0 chr14 105177351 . CA C,CG 2472.31 PASS AF=0.993976,0.0060241;AO=143,20;DP=166;FAO=165,1;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=97,0;FSAR=68,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611878,0.00773616;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.8411,57.7085;QD=59.5737;RBI=0.00738197,0.0224402;REFB=0,0;REVB=-0.00412966,-0.0210645;RO=0;SAF=94,2;SAR=49,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.19193e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000525999,0.0356868;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.993976,0.0060241:143,20:166:165,1:166:0:97,0:68,1:0:0:3:0:94,2:49,18:0:0 chr14 105179194 . T C 1606.54 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000293582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.639;QD=64.2616;RBI=0.0272762;REFB=0;REVB=0.0272747;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71148e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:42:57:0:0:42:58:0:0 chr14 105180565 . T C 1515.43 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1445;QD=58.8518;RBI=0.013681;REFB=0;REVB=-0.0121249;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4756e-05;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:46:53:0:0:46:57:0:0 chr14 105180706 . A C 975.27 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.562;QD=58.2251;RBI=0.0216564;REFB=0;REVB=0.0188211;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57629e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:30:33:0:0:31:36:0:0 chr14 105196230 . A C 34.19 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0268411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.209;QD=5.94524;RBI=0.063103;REFB=-0.0280189;REVB=-0.0571099;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385232;STB=0.738515;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0581071;OID=.;OPOS=105196230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:23:16:17:5:6:0.26087:2:3:14:2:3:3:14:3 chr14 105196235 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00130075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.142;QD=9.09932;RBI=0.0187089;REFB=-0.0013631;REVB=0.0186636;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705676;STB=0.555438;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00305621;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:18:19:9:9:0.321429:3:6:13:5:3:6:14:5 chr14 105196365 . T C 551.93 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0183557;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6624;QD=16.2333;RBI=0.0521795;REFB=0.00570162;REVB=-0.0488443;RO=77;SAF=25;SAR=34;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184154;STB=0.510299;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00753933;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:77:59:59:0.433824:34:25:34:43:34:25:34:43 chr14 105205649 . T TC 59.35 PASS AF=0.191489;AO=10;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0520832;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.9513;QD=5.05091;RBI=0.0938388;REFB=-0.00546976;REVB=-0.0780581;RO=38;SAF=2;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573332;STB=0.92724;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0592097;OID=.;OPOS=105205650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489:10:48:9:47:38:1:8:28:10:59:38:2:8:27:11 chr14 105211221 . C T 288.74 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00795747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.406;QD=15.6073;RBI=0.0108436;REFB=0.00268365;REVB=0.00736626;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27806;STB=0.644037;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00305307;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:32:33:0.445946:12:20:14:27:13:20:14:27 chr14 105213343 . A G 255.21 PASS AF=0.356322;AO=29;DP=85;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0570484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2411;QD=11.7339;RBI=0.0594801;REFB=-0.0219354;REVB=0.0168331;RO=56;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139091;STB=0.597283;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0419146;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:56:56:29:31:0.356322:16:13:32:24:18:13:32:24 chr14 105220209 . G GA 471.96 PASS AF=0.431655;AO=26;DP=154;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=60;FWDB=-0.0215641;FXX=0.0973963;HRUN=0;LEN=1;MLLD=218.524;QD=13.5815;RBI=0.0304842;REFB=0.00955149;REVB=-0.0215471;RO=127;SAF=22;SAR=4;SRF=44;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597544;STB=0.748893;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.016858;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431655:26:154:60:139:79:42:18:19:60:99:127:22:4:44:83 chr14 105220210 . G A 319.86 PASS AF=0.28481;AO=44;DP=157;FAO=45;FDP=158;FR=.;FRO=113;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=70;FWDB=0.032343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.114;QD=8.09761;RBI=0.0324328;REFB=-0.018033;REVB=0.00241262;RO=110;SAF=21;SAR=23;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117199;STB=0.577769;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.032177;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:110:113:44:45:0.28481:23:21:42:68:23:22:43:70 chr14 105222037 . C T 896.57 PASS AF=0.465686;AO=95;DP=205;FAO=95;FDP=204;FR=.;FRO=109;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.00676576;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.236;QD=17.5798;RBI=0.0195166;REFB=-0.00749983;REVB=0.0183064;RO=108;SAF=58;SAR=37;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729426;STB=0.538232;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00839389;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:108:109:95:95:0.465686:37:58:58:50:37:58:59:50 chr14 105239894 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00163065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.858;QD=16.6269;RBI=0.0453649;REFB=-0.00233473;REVB=0.0453356;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144167;STB=0.583803;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00355076;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:5:9:10:3:5:9 chr14 105268228 . G A 178.01 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00411416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0866;QD=29.6677;RBI=0.0537444;REFB=-0.0439435;REVB=0.0535867;RO=6;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751155;STB=0.502955;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178096;OID=.;OPOS=105268228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:24:24:6:7:17:17:0.708333:5:12:5:1:5:12:5:2 chr14 105268256 . GCCCCCA GCCCCAC 36.12 PASS AF=0.16129;AO=5;DP=33;FAO=5;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.243713;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=2;MLLD=20.3354;QD=4.6605;RBI=0.255059;REFB=-0.0467592;REVB=0.0752247;RO=14;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139653;STB=0.779956;STBP=0.297;TYPE=mnp;VARB=0.195794;OID=.;OPOS=105268261;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129:5:33:5:31:22:2:3:17:5:18:14:3:2:10:4 chr14 105269779 . T C 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0137043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.818;QD=27.3146;RBI=0.0137912;REFB=-0.0241165;REVB=-0.00154552;RO=12;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375201;STB=0.520813;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.016555;OID=.;OPOS=105269779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:6:15:8:4:6:15:8:4 chr14 105309966 . G A 74.09 PASS AF=0.6;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00534537;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.332;QD=19.7564;RBI=0.0126206;REFB=-0.0122293;REVB=-0.0114327;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102872;STB=0.559859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0174842;OID=.;OPOS=105309966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:6:6:9:9:0.6:7:2:2:4:7:2:2:4 chr14 105310163 . G A 118.8 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0105882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.347;QD=22.6285;RBI=0.122175;REFB=0.0494104;REVB=0.121715;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.592449;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0156652;OID=.;OPOS=105310163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:12:13:0.619048:5:7:3:5:5:8:3:5 chr14 105310498 . T C 242.74 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0448193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0642;QD=18.6723;RBI=0.152552;REFB=-0.00202462;REVB=-0.14582;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346149;STB=0.519388;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00205996;OID=.;OPOS=105310498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:15:11:12:14:15:11 chr14 105310677 . T G 98.63 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0355899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.945;QD=14.6123;RBI=0.0358439;REFB=-0.018702;REVB=0.00425915;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106446;STB=0.628946;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0233934;OID=.;OPOS=105310677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:27:14:15:10:12:0.444444:7:3:3:11:7:5:3:12 chr14 105312054 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0115916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.342;QD=12.8691;RBI=0.0117811;REFB=-0.0146462;REVB=0.00210448;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168967;STB=0.597108;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.027035;OID=.;OPOS=105312054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:10:11:12:21:10:11:12:21 chr14 105312067 . T C 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0207355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.052;QD=11.7413;RBI=0.0209106;REFB=0.00101984;REVB=0.00269974;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12681;STB=0.573288;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00397342;OID=.;OPOS=105312067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:13:23:11:10:13:23 chr14 105344293 . C T 241.68 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0341565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.966;QD=14.8728;RBI=0.0349115;REFB=-0.0154188;REVB=0.00722096;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223542;STB=0.51267;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0204288;OID=.;OPOS=105344293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:19:18:13:15:19:18 chr14 105344761 . C T 189.17 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0182541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.603;QD=13.0459;RBI=0.0231013;REFB=-0.0221584;REVB=-0.0141583;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976283;STB=0.556005;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0337918;OID=.;OPOS=105344761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:15:20:11:12:15:20 chr14 105349388 . A C 73.63 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0276478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.656;QD=13.3881;RBI=0.028974;REFB=-0.0238988;REVB=-0.0086657;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340422;STB=0.639755;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0186174;OID=.;OPOS=105349388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:20:22:12:12:8:10:0.454545:4:4:10:2:4:6:10:2 chr14 105350355 . A G 365.54 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00459801;FXX=0.0555494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.8;QD=17.2019;RBI=0.00986003;REFB=-0.00599008;REVB=-0.0087223;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183287;STB=0.503104;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.01277;OID=.;OPOS=105350355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:47:37:38:0.447059:19:18:22:25:20:18:22:25 chr14 105350564 . C T 50.43 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0455598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3279;QD=16.8083;RBI=0.115809;REFB=-0.0460646;REVB=0.10647;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0377296;OID=.;OPOS=105350564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:2:3:4:3:2:3 chr14 105354293 . A G 166.24 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0308094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.09;QD=9.63734;RBI=0.0327355;REFB=-0.0174686;REVB=-0.0110631;RO=45;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930023;STB=0.564637;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0442508;OID=.;OPOS=105354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:19:19:0.275362:12:7:20:25:12:7:21:25 chr14 105361934 . T C 102.49 PASS AF=0.317073;AO=11;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0284867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.755;QD=9.99892;RBI=0.0386588;REFB=-0.0131016;REVB=-0.0261345;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149752;STB=0.603613;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0355816;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:28:11:13:0.317073:5:6:9:13:5:8:13:15 chr14 105396428 . CG C 224.68 PASS AF=0.408602;AO=39;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0115586;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2764;QD=9.66343;RBI=0.0309791;REFB=-0.00838202;REVB=-0.028742;RO=53;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175357;STB=0.504286;STBP=0.96;TYPE=del;VARB=0.0174079;OID=.;OPOS=105396429;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408602:39:94:38:93:55:21:17:30:25:99:53:22:17:29:24 chr14 105405599 . G C 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.022;QD=56.212;RBI=0.024322;REFB=0.0254845;REVB=0.00840585;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-2.26394e-05;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:29:32:0:1:29:32:0:1 chr14 105405942 . G A 1027.98 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.107;QD=59.5932;RBI=0.102577;REFB=0;REVB=0.0222169;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158106;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:65:69:1:40:25:0:0:42:27:0:0 chr14 105406238 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.305;QD=47.8224;RBI=0.0336858;REFB=0;REVB=0.0231971;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254132;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr14 105407031 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.957;QD=51.9167;RBI=0.0218172;REFB=0;REVB=0.021687;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98012e-05;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr14 105407208 . T C 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5289;QD=59.0012;RBI=0.0166906;REFB=0;REVB=0.0138329;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247778;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr14 105407798 . T C 558.36 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00255049;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.601;QD=55.8357;RBI=0.0029185;REFB=-0.0227219;REVB=0.00141867;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467732;STB=0.523797;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00451935;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:19:18:0:2:20:18:0:2 chr14 105408030 . A G 784.6 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.44;QD=57.0618;RBI=0.00857322;REFB=0;REVB=0.00791057;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5674e-06;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr14 105408182 . T G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.171;QD=62.0185;RBI=0.0624729;REFB=0;REVB=0.0360617;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278713;OID=.;OPOS=105408182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr14 105408315 . TG CA,CG 1453.55 PASS AF=0.0416667,0.947917;AO=4,90;DP=96;FAO=4,91;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=0,47;FSAR=4,44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206157,-0.033904;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=78.9081,56.6333;QD=60.5645;RBI=0.021549,0.0339041;REFB=0.0560984,-0.0603495;REVB=0.00627312,9.47687e-05;RO=1;SAF=0,46;SAR=4,44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0106505;STB=0.5,0.505617;STBP=1,0.314;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0502853,0.001796;OID=.,.;OPOS=105408315,105408315;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:96:96:1:1:4,90:4,91:0.0416667,0.947917:4,44:0,46:0:1:4,44:0,47:0:1 chr14 105408811 . A G 773.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0322;QD=56.2521;RBI=0.0465149;REFB=0;REVB=-0.0334915;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411697;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr14 105408827 . A C 923.16 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2788;QD=56.8097;RBI=0.102245;REFB=-0.0501235;REVB=0.00075655;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125954;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00575094;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:27:37:1:0:27:37:1:0 chr14 105408955 . A G 924.67 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195986;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.529;QD=56.9027;RBI=0.072212;REFB=0.0107391;REVB=-0.0695016;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000184544;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:32:32:1:0:32:32:1:0 chr14 105409518 . A G 44.41 PASS AF=0.130435;AO=7;DP=68;FAO=9;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.032362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.981;QD=2.57439;RBI=0.0327683;REFB=-0.0058509;REVB=-0.00514453;RO=43;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440953;STB=0.54828;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0346889;OID=.;OPOS=105409518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:68:69:43:60:7:9:0.130435:2:5:14:29:4:5:30:30 chr14 105409907 . T C 497.85 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00361202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.703;QD=18.1037;RBI=0.0275105;REFB=-0.010267;REVB=0.0272723;RO=57;SAF=21;SAR=32;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123235;STB=0.568417;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00870392;OID=.;OPOS=105409907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:32:21:30:27:32:21:30:27 chr14 105409959 . G T 1592.58 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2407;QD=57.912;RBI=0.136369;REFB=0;REVB=0.108588;RO=1;SAF=44;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215618;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:110:1:0:103:110:1:59:44:1:0:60:50:0:0 chr14 105410183 . T C 511.0 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.028;QD=58.4004;RBI=0.060419;REFB=0;REVB=0.0134417;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042569;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:19:14:0:0:19:16:0:0 chr14 105410411 . C T 530.33 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00677603;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.115;QD=57.3334;RBI=0.00938905;REFB=-0.024773;REVB=-0.00649921;RO=1;SAF=29;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158718;STB=0.50847;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000879285;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:7:29:1:0:7:29:1:0 chr14 105410775 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.091;QD=60.6087;RBI=0.0437608;REFB=0;REVB=-0.0319424;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263265;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr14 105410827 . C T 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0167527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.105;QD=52.9621;RBI=0.0258457;REFB=0.00347606;REVB=0.0196811;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.502616;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000238718;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:18:15:1:0:18:15:1:1 chr14 105411153 . G A 153.56 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0164694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.0356;QD=21.9369;RBI=0.0222434;REFB=-0.0149861;REVB=-0.0149509;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221621;STB=0.624844;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0337603;OID=.;OPOS=105411153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:4:8:6:10:4:8 chr14 105411700 . A G 831.77 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4436;QD=57.3632;RBI=0.0428886;REFB=0;REVB=-0.0362583;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045758;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr14 105411781 . G A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6551;QD=56.936;RBI=0.0789058;REFB=0;REVB=0.077436;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679555;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr14 105411957 . G A 53.64 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0318147;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.261;QD=7.15174;RBI=0.0455948;REFB=0.000113605;REVB=0.0326605;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10556;STB=0.566503;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.000866272;OID=.;OPOS=105411957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:13:9:4:4:13:9 chr14 105412259 . GG CC 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109992;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=105.621;QD=55.6561;RBI=0.0110157;REFB=0;REVB=0.000603509;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.39769e-05;OID=.;OPOS=105412259;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr14 105412347 . C T 62.69 PASS AF=0.164384;AO=11;DP=72;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00531147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.147;QD=3.43487;RBI=0.00786748;REFB=-0.00542906;REVB=-0.00580392;RO=60;SAF=9;SAR=2;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278443;STB=0.609561;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0512371;OID=.;OPOS=105412347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:72:73:60:61:11:12:0.164384:2:9:38:22:3:9:39:22 chr14 105412541 . CA TG 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276814;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.613;QD=45.9661;RBI=0.0300965;REFB=0;REVB=0.0118128;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000181347;OID=.;OPOS=105412541;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr14 105412553 . GTC G,GC,GGC 110.42 PASS AF=0.0909091,0.181818,0.727273;AO=2,2,5;DP=11;FAO=1,2,8;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,2;FSAR=0,1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119234,0.0366071,-0.0667685;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=60.1185,67.3463,73.1433;QD=40.1538;RBI=0.132266,0.0674642,0.0854895;REFB=0,0,0;REVB=-0.0572503,-0.0566687,-0.0533894;RO=0;SAF=1,1,1;SAR=1,1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0867602,0.00330378,0.00721705;OID=.,.,.;OPOS=105412554,105412554,105412554;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0909091,0.181818,0.727273:2,2,5:11:1,2,8:11:0:1,1,2:0,1,6:0:0:7:0:1,1,1:1,1,4:0:0 chr14 105412561 . C T 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8383;QD=42.1741;RBI=0.0364106;REFB=0;REVB=0.0161837;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000935516;OID=.;OPOS=105412561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr14 105412703 . C G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00457023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7956;QD=17.064;RBI=0.0540165;REFB=-0.0204106;REVB=-0.0538228;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151567;STB=0.593032;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0184837;OID=.;OPOS=105412703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:15:12:9:22:15:13:9:22 chr14 105413142 . TG CA 30.85 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0244371;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.707;QD=1.3713;RBI=0.029346;REFB=-0.000167946;REVB=-0.0162485;RO=79;SAF=6;SAR=2;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21962;STB=0.686254;STBP=0.304;TYPE=mnp;VARB=0.00136292;OID=.;OPOS=105413142;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:79:82:8:8:0.0888889:2:6:45:34:2:6:46:36 chr14 105413204 . G T 1406.71 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0171699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.588;QD=60.5038;RBI=0.0418448;REFB=-0.175433;REVB=0.03816;RO=2;SAF=46;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201612;STB=0.510636;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000647812;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:45:46:2:0:45:46:2:0 chr14 105413223 . A G 1377.5 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.355;QD=62.6136;RBI=0.0158329;REFB=0;REVB=0.0156931;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16388e-05;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:45:42:0:0:46:42:0:0 chr14 105413790 . G A 531.25 PASS AF=0.486957;AO=55;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0060585;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.672;QD=18.4783;RBI=0.00769757;REFB=-0.00489084;REVB=0.00474838;RO=57;SAF=25;SAR=30;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145817;STB=0.582944;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00451192;OID=.;OPOS=105413790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:59:55:56:0.486957:30:25:35:22:30:26:37:22 chr14 105414230 . A G 106.65 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0121778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.003;QD=12.5474;RBI=0.0123589;REFB=-0.00669221;REVB=-0.00210793;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303663;STB=0.695852;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0122054;OID=.;OPOS=105414230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:2:10:13:8:2:11:13:8 chr14 105414238 . C A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0075099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.806;QD=23.5284;RBI=0.0241454;REFB=-0.00824725;REVB=0.0229478;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166735;STB=0.592506;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00695799;OID=.;OPOS=105414238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:12:3:8:12:12:3 chr14 105414252 . C T 233.99 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.185095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8462;QD=21.2717;RBI=0.190265;REFB=0.0574213;REVB=0.0440534;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685444;STB=0.533304;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0626821;OID=.;OPOS=105414252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:20:21:22:0.5:7:14:10:7:8:14:14:6 chr14 105414280 . T G 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7026;QD=61.6803;RBI=0.0767718;REFB=0;REVB=-0.0767592;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000707566;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr14 105414629 . G A 692.66 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192898;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.875;QD=62.9691;RBI=0.0351645;REFB=0;REVB=0.0294014;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48874e-07;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr14 105414790 . A G 907.62 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000971002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6695;QD=50.4233;RBI=0.0271517;REFB=0.010512;REVB=-0.0271343;RO=6;SAF=32;SAR=34;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546594;STB=0.529007;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0155299;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:72:6:6:66:66:0.916667:34:32:5:1:34:32:5:1 chr14 105414810 . C G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.777;QD=60.2042;RBI=0.0483956;REFB=0;REVB=0.0272055;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219333;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr14 105415200 . G C 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0189653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7828;QD=6.85055;RBI=0.0266114;REFB=0.00467038;REVB=0.0186677;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192755;STB=0.512171;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00863385;OID=.;OPOS=105415200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:16:15:5:5:16:15 chr14 105415229 . T C 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00975931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.086;QD=5.21426;RBI=0.015256;REFB=0.00205771;REVB=0.011726;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726847;STB=0.536819;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00791207;OID=.;OPOS=105415229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:3:5:17:13:3:5:18:13 chr14 105415250 . G C 32.9 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00881412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.774;QD=2.9913;RBI=0.0195904;REFB=-0.000942261;REVB=-0.0174956;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452259;STB=0.53322;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0222651;OID=.;OPOS=105415250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:2:4:24:14:2:4:24:14 chr14 105415410 . TG CC 46.19 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00686303;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.528;QD=2.25315;RBI=0.00766123;REFB=0.00259024;REVB=0.00340488;RO=68;SAF=5;SAR=5;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107962;STB=0.5852;STBP=0.611;TYPE=mnp;VARB=-0.0251262;OID=.;OPOS=105415410;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:68:72:10:10:0.121951:5:5:40:28:5:5:43:29 chr14 105415413 . G A 46.53 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00109085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.988;QD=2.29767;RBI=0.0131091;REFB=-0.00225334;REVB=0.0130636;RO=71;SAF=5;SAR=5;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111652;STB=0.580091;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0275583;OID=.;OPOS=105415413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:5:5:42:29:5:5:42:29 chr14 105415422 . G A 856.32 PASS AF=0.804878;AO=65;DP=82;FAO=66;FDP=82;FR=.;FRO=16;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0183858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.192;QD=41.7718;RBI=0.0205653;REFB=-0.0528688;REVB=-0.00921389;RO=16;SAF=40;SAR=25;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205313;STB=0.512096;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00811327;OID=.;OPOS=105415422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:16:16:65:66:0.804878:25:40:9:7:25:41:9:7 chr14 105415431 . C G 121.29 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.00675436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.219;QD=5.57662;RBI=0.00761407;REFB=0.00116939;REVB=0.00351463;RO=67;SAF=13;SAR=6;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793399;STB=0.557578;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00930366;OID=.;OPOS=105415431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:68:19:19:0.218391:6:13:42:25:6:13:42:26 chr14 105415433 . T C 132.98 PASS AF=0.238095;AO=19;DP=83;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0205016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.405;QD=6.33244;RBI=0.0267025;REFB=-0.00921609;REVB=-0.0171087;RO=62;SAF=13;SAR=6;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970394;STB=0.520651;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0114738;OID=.;OPOS=105415433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:62:64:19:20:0.238095:6:13:38:24:7:13:40:24 chr14 105415469 . T C 1303.0 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.020816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1103;QD=60.6045;RBI=0.020935;REFB=0.0158746;REVB=-0.00222843;RO=1;SAF=49;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956859;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000173186;OID=.;OPOS=105415469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:83:85:0.988372:34:49:1:0:36:49:1:0 chr14 105415497 . T C 242.82 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0134284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.35;QD=13.3052;RBI=0.0165392;REFB=-0.00636546;REVB=0.00965516;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900201;STB=0.551331;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00834777;OID=.;OPOS=105415497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:15:14:25:19:15:14:25:19 chr14 105415577 . G A 211.67 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0537061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0239;QD=20.1594;RBI=0.0538915;REFB=-0.00330548;REVB=0.00446632;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108214;STB=0.54925;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00523079;OID=.;OPOS=105415577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:9:11:14:7:9:12:14:7 chr14 105415587 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0101986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.267;QD=14.1393;RBI=0.0102489;REFB=0.00945584;REVB=0.00101368;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822685;STB=0.547759;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00914114;OID=.;OPOS=105415587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:13:7:6:8:13:7 chr14 105415607 . C G 36.17 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.021038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8824;QD=6.57605;RBI=0.0255151;REFB=0.00385608;REVB=0.0144369;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513116;STB=0.53322;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00100351;OID=.;OPOS=105415607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:10:6:2:4:10:6 chr14 105415608 . G C 120.43 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0432343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.334;QD=24.0864;RBI=0.0668334;REFB=-0.0475314;REVB=0.0509656;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306968;STB=0.516104;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00539802;OID=.;OPOS=105415608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:5:8:4:2:5:8:4:3 chr14 105415659 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0107611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6934;QD=21.1689;RBI=0.0151916;REFB=-0.00438773;REVB=0.0107231;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00395197;OID=.;OPOS=105415659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr14 105415933 . G A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0283094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.138;QD=22.1886;RBI=0.0283184;REFB=-0.0173935;REVB=-0.000715424;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276356;STB=0.655023;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0169138;OID=.;OPOS=105415933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:12:6:14:7:12:6 chr14 105416010 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.409;QD=59.4356;RBI=0.0129803;REFB=0;REVB=-0.0127792;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11415e-05;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr14 105416087 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0278153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5285;QD=19.1097;RBI=0.0500717;REFB=0.0055691;REVB=0.0416351;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166278;STB=0.564923;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00549014;OID=.;OPOS=105416087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:26:27:27:0.509434:11:16:9:14:11:16:12:14 chr14 105416220 . T A 1001.25 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.694;QD=58.8972;RBI=0.020516;REFB=0;REVB=0.00836154;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13261e-05;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:33:33:0:0:34:34:0:0 chr14 105416269 . T C 344.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0928145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3198;QD=19.1475;RBI=0.0951979;REFB=-0.00781471;REVB=-0.0211687;RO=36;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102198;STB=0.55693;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00550778;OID=.;OPOS=105416269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:14:22:18:18:14:22:18:18 chr14 105416649 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00733933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.812;QD=19.4209;RBI=0.0373646;REFB=-0.0158845;REVB=0.0366367;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595766;STB=0.533227;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0109877;OID=.;OPOS=105416649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:13:14:17:12:13:14 chr14 105416685 . C G 773.09 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170665;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1322;QD=55.2206;RBI=0.0398548;REFB=-0.110622;REVB=-0.0360158;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00139263;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:0:1:29:26:0:1 chr14 105416784 . A G 379.85 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0045318;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.544;QD=24.1177;RBI=0.0280543;REFB=-0.0188461;REVB=-0.0276859;RO=25;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144095;STB=0.502731;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0112819;OID=.;OPOS=105416784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:14:23:16:9:14:23:16:10 chr14 105416823 . G A 132.74 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0694901;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6225;QD=9.31517;RBI=0.0713444;REFB=-0.0208554;REVB=0.0161604;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00338631;STB=0.505922;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0462664;OID=.;OPOS=105416823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:39:18:18:0.315789:8:10:21:17:8:10:22:17 chr14 105416872 . T C 90.54 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0271987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2974;QD=8.04829;RBI=0.0434999;REFB=-0.0282207;REVB=-0.0339481;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779022;STB=0.548305;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0388119;OID=.;OPOS=105416872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:4:8:20:13:4:8:20:13 chr14 105416959 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5469;QD=45.8031;RBI=0.129161;REFB=0;REVB=-0.110297;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0079771;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr14 105416971 . T G 102.01 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00266279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.655;QD=29.1452;RBI=0.0330206;REFB=-0.0323125;REVB=-0.032913;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119933;STB=0.567442;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0110469;OID=.;OPOS=105416971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:4:7:1:2:4:7:1:2 chr14 105417054 . T C 34.0 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0679178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1474;QD=3.88567;RBI=0.085277;REFB=-0.0220813;REVB=-0.0515688;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144901;STB=0.59968;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0948248;OID=.;OPOS=105417054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:18:11:3:3:18:11 chr14 105417102 . TG CA,CG 523.16 PASS AF=0.289474,0.657895;AO=11,23;DP=36;FAO=11,25;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6,7;FSAR=5,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672089,0.0149345;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=98.4835,197.685;QD=55.0697;RBI=0.0154769,0.0156319;REFB=0,0;REVB=-0.0139414,0.00461674;RO=0;SAF=6,5;SAR=5,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00271293,0.0115848;OID=.,.;OPOS=105417102,105417102;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:85:36:38:0:0:11,23:11,25:0.289474,0.657895:5,18:6,5:0:0:5,18:6,7:0:0 chr14 105417147 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.552;QD=60.2298;RBI=0.0180049;REFB=0;REVB=0.0146425;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9403e-05;OID=.;OPOS=105417147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr14 105417766 . G A 240.31 PASS AF=1;AO=3;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.132;QD=50.5906;RBI=0.145961;REFB=0;REVB=0.116622;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896837;OID=.;OPOS=105417766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:3:19:1:0:3:0:0:9:10:0:0 chr14 105417768 . C A 239.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.958;QD=50.3874;RBI=0.0579192;REFB=0;REVB=0.0494643;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153274;OID=.;OPOS=105417768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr14 105417773 . CG AA,CA 258.72 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=2,15;DP=21;FAO=2,19;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310978,-0.0618956;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=79.9225,100.161;QD=49.2793;RBI=0.0330154,0.0644772;REFB=0,0;REVB=0.0110877,0.0180621;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0453083,-0.020837;OID=.,.;OPOS=105417773,105417774;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:2,15:2,19:0.0952381,0.904762:0,8:2,7:0:0:0,9:2,10:0:0 chr14 105417837 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.508;QD=55.6559;RBI=0.0394082;REFB=0;REVB=0.0392141;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165093;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr14 105417894 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.374;QD=51.9167;RBI=0.0653603;REFB=0;REVB=-0.000578686;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172322;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 105418166 . T C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000506249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.318;QD=8.51155;RBI=0.00878006;REFB=-0.00323383;REVB=0.00876545;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682721;STB=0.542084;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0116195;OID=.;OPOS=105418166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:11:13:6:4:11:13 chr14 105418170 . G C 51.43 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0337138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.549;QD=5.71477;RBI=0.0671865;REFB=0.0080456;REVB=0.0581154;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109243;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0269468;OID=.;OPOS=105418170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:13:15:5:3:13:15 chr14 105418234 . GA AT 57.21 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0460864;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.904;QD=4.57654;RBI=0.0491902;REFB=-0.00668437;REVB=-0.0171965;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357641;STB=0.594507;STBP=0.564;TYPE=mnp;VARB=0.0198063;OID=.;OPOS=105418234;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:17:41:9:9:0.18:5:4:7:10:5:4:23:18 chr14 105418260 . T C 113.08 PASS AF=0.325;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00143175;FXX=0.166632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.952;QD=11.3082;RBI=0.0207903;REFB=0.00195923;REVB=-0.020741;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193766;STB=0.51161;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00875964;OID=.;OPOS=105418260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:40:27:27:13:13:0.325:6:7:15:12:6:7:15:12 chr14 105418264 . G A,C 682.04 PASS AF=0.913043,0.0652174;AO=42,3;DP=46;FAO=42,3;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24,0;FSAR=18,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00493943,0.00120042;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.721,141.057;QD=59.3079;RBI=0.0123107,0.00475969;REFB=-0.0840124,-0.0471751;REVB=0.0112763,-0.00460582;RO=0;SAF=24,0;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.513507,0.5;STBP=0.298,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000301832,0.0454324;OID=.,.;OPOS=105418264,105418264;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:46:46:0:1:42,3:42,3:0.913043,0.0652174:18,3:24,0:0:0:18,3:24,0:0:1 chr14 105418269 . G A 49.19 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00981218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.419;QD=4.1863;RBI=0.0138472;REFB=-0.00100551;REVB=-0.00977063;RO=39;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227253;STB=0.654072;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0343109;OID=.;OPOS=105418269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:5:3:22:17:5:3:22:17 chr14 105418272 . C G 113.38 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.04295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.313;QD=9.64971;RBI=0.0434451;REFB=-0.0133289;REVB=0.00654057;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119819;STB=0.53982;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0176327;OID=.;OPOS=105418272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:33:13:14:0.297872:5:8:17:16:6:8:17:16 chr14 105418275 . T G 136.32 PASS AF=0.410256;AO=13;DP=45;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00171344;FXX=0.187461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.021;QD=13.9815;RBI=0.0172423;REFB=-0.0162147;REVB=0.017157;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188234;STB=0.524241;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0107557;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:39:21:23:13:16:0.410256:4:9:11:10:7:9:12:11 chr14 105418344 . T G 404.37 PASS AF=0.842105;AO=31;DP=37;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0261771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8899;QD=42.5649;RBI=0.0267169;REFB=-0.021827;REVB=0.00534366;RO=4;SAF=16;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0345937;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:37:38:4:6:31:32:0.842105:15:16:3:1:16:16:3:3 chr14 105418391 . C T 313.31 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0553216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.735;QD=43.2155;RBI=0.0710602;REFB=-0.16377;REVB=0.0445991;RO=3;SAF=13;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291362;STB=0.50276;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0041048;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:29:29:3:4:25:25:0.862069:12:13:2:1:12:13:2:2 chr14 105418481 . C T 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0126563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.544;QD=4.46172;RBI=0.0232389;REFB=-0.000145681;REVB=-0.0194901;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258062;STB=0.703447;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00481639;OID=.;OPOS=105418481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:1:5:16:8:1:5:16:9 chr14 105418502 . G T 52.53 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0110366;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.787;QD=6.00332;RBI=0.0135132;REFB=-0.00238117;REVB=-0.00779744;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29284;STB=0.691801;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0242722;OID=.;OPOS=105418502;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:14:13:2:6:14:13 chr14 105418504 . G T 189.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00638335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.906;QD=21.0037;RBI=0.0170212;REFB=-0.0100839;REVB=0.0157789;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0108424;OID=.;OPOS=105418504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:9:8:8:11:9:8 chr14 105418521 . G C 145.39 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0654068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.73;QD=13.2169;RBI=0.066838;REFB=-0.0213146;REVB=0.0137578;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342528;STB=0.686425;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0200941;OID=.;OPOS=105418521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:27:16:17:0.386364:11:5:15:8:12:5:16:11 chr14 105418638 . A G 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0105314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.199;QD=10.9434;RBI=0.0124312;REFB=-0.0177703;REVB=-0.00660497;RO=37;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169363;STB=0.599893;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0344079;OID=.;OPOS=105418638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:15:5:14:23:15:5:14:23 chr14 105419234 . T C 441.08 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0237029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.96;QD=22.3332;RBI=0.0332001;REFB=0.00404947;REVB=-0.0232469;RO=36;SAF=25;SAR=17;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138199;STB=0.513967;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0046343;OID=.;OPOS=105419234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:36:42:43:0.544304:17:25:22:14:18:25:22:14 chr14 105419557 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0056212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.193;QD=12.2129;RBI=0.0174977;REFB=-0.000169488;REVB=0.0165702;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358935;STB=0.713936;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000374251;OID=.;OPOS=105419557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:3:10:10:12:3:10:10:12 chr14 105419568 . A G 118.56 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00143982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.95;QD=13.1732;RBI=0.0163103;REFB=0.000161365;REVB=-0.0162466;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293359;STB=0.674255;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000964441;OID=.;OPOS=105419568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:3:11:12:10:3:11:12:10 chr14 105420215 . T C 396.93 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0104325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.454;QD=23.3486;RBI=0.0104604;REFB=-0.0103347;REVB=0.000763058;RO=29;SAF=14;SAR=25;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119671;STB=0.506576;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00673795;OID=.;OPOS=105420215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:25:14:10:19:25:14:10:19 chr14 105420927 . A G 656.04 PASS AF=0.461039;AO=66;DP=150;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0204064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2148;QD=17.04;RBI=0.021267;REFB=-0.00279073;REVB=0.00598869;RO=79;SAF=40;SAR=26;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124382;STB=0.545442;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00292788;OID=.;OPOS=105420927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:79:83:66:71:0.461039:26:40:38:41:30:41:41:42 chr14 105421050 . T G 285.58 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0234209;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9626;QD=17.8485;RBI=0.0234467;REFB=-0.0462181;REVB=0.0011002;RO=31;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645752;STB=0.529656;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0456689;OID=.;OPOS=105421050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:33:31:31:0.484375:20:11:9:22:20:11:10:23 chr14 105461067 . C T 287.65 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0165953;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.088;QD=15.7615;RBI=0.0175857;REFB=-0.00693237;REVB=0.00581811;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632268;STB=0.527129;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0128759;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:41:32:32:0.438356:18:14:15:25:18:14:16:25 chr14 105478102 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0147619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.034;QD=15.6508;RBI=0.0354078;REFB=0.00489712;REVB=0.0321838;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177126;STB=0.601881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0095379;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:13:8:9:7:13:8 chr14 105609335 . A G 203.18 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.000343308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.53;QD=14.2582;RBI=0.0976057;REFB=-0.0130708;REVB=-0.0976051;RO=32;SAF=19;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241779;STB=0.661004;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0147152;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:33:23:24:0.421053:4:19:21:11:4:20:21:12 chr14 105611282 . A G 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00594779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.985;QD=22.4373;RBI=0.00594785;REFB=-0.0153494;REVB=-2.68345e-05;RO=30;SAF=26;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464345;STB=0.525534;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0133722;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:12:26:22:8:12:26:22:8 chr14 105615648 . C T 253.1 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.039348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.228;QD=15.1104;RBI=0.040287;REFB=0.0103471;REVB=-0.00864743;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13035;STB=0.57372;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0152945;OID=.;OPOS=105615648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:16:22:13:16:16:22 chr14 105643619 . G A 100.64 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0232315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.209;QD=16.1019;RBI=0.0324947;REFB=-0.0294279;REVB=-0.0227201;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0324695;OID=.;OPOS=105643619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:7:6:5:7:7:6 chr14 105683996 . TGCCCCCG CTGCCCCG,TCGCCCCG,TGCCCCG,TGCCCCGC 277.61 PASS AF=0,0,0.79661,0;AO=5,5,25,4;DP=59;FAO=0,0,47,0;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,30,0;FSAR=0,0,17,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.115148,0.0470989,0.231774,0.0215045;FXX=0;HRUN=1,1,5,5;LEN=3,2,1,2;MLLD=13.4168,45.5254,9.7698,10.746;QD=18.8207;RBI=0.149339,0.0938793,0.273523,0.0272779;REFB=-0.0466679,-0.0780764,-0.177664,-0.110646;REVB=0.0950956,-0.0812097,0.145243,0.0167822;RO=13;SAF=0,4,21,3;SAR=5,1,4,1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.722799,0.324286,0.272921,0.252798;STB=0.5,0.5,0.51202,0.5;STBP=1,1,0.75,1;TYPE=mnp,mnp,del,mnp;VARB=0,0.014464,0.114469,0;OID=.,.,.,.;OPOS=105683996,105683997,105683998,105684002;OREF=TGC,GC,C,CG;OALT=CTG,CG,-,GC;OMAPALT=CTGCCCCG,TCGCCCCG,TGCCCCG,TGCCCCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:26:59:59:13:12:5,5,25,4:0,0,47,0:0,0,0.79661,0:5,1,4,1:0,4,21,3:7:6:0,0,17,0:0,0,30,0:7:5 chr14 105849721 . ACCCCCGT ACCCCGTC 38.61 PASS AF=0.109489;AO=7;DP=150;FAO=15;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=122;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=77;FWDB=-0.110012;FXX=0.0927091;HRUN=5;LEN=3;MLLD=24.6666;QD=1.12731;RBI=0.110401;REFB=-0.00383621;REVB=0.00926107;RO=86;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519128;STB=0.948217;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0357354;OID=.;OPOS=105849726;OREF=CGT;OALT=GTC;OMAPALT=ACCCCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109489:7:150:15:137:122:14:1:45:77:38:86:6:1:29:57 chr14 105916420 . C T 1459.89 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.026887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5754;QD=58.9856;RBI=0.0562471;REFB=-0.0220043;REVB=0.0494047;RO=4;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040299;STB=0.521272;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000482766;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:99:4:4:95:95:0.959596:45:50:0:4:45:50:0:4 chr14 105930406 . G A 874.35 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.535;QD=57.3347;RBI=0.0545477;REFB=0;REVB=0.00623586;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93361e-05;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:31:28:0:0:31:30:0:0 chr14 105935824 . G A 703.56 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000423614;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.156;QD=51.1678;RBI=0.0166557;REFB=-0.0307665;REVB=0.0166503;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.5306;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00407374;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:55:1:3:52:52:0.945455:23:29:0:1:23:29:0:3 chr14 105953595 . T C 69.24 PASS AF=0.888889;AO=9;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0208344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.495;QD=30.772;RBI=0.0456328;REFB=0.0724215;REVB=-0.0405991;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00277175;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:9:8:0.888889:3:6:0:0:3:5:1:0 chr14 105962234 . T C 1130.31 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272448;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.166;QD=60.2834;RBI=0.0316326;REFB=0;REVB=-0.0160731;RO=0;SAF=58;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137872;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:73:75:1:15:58:0:0:16:59:0:0 chr14 105962369 . A G 1295.92 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166808;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.867;QD=61.7104;RBI=0.0220976;REFB=0;REVB=-0.0220346;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93522e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr14 105995534 . G A 67.39 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0238512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8383;QD=13.4779;RBI=0.0501897;REFB=-0.0200413;REVB=0.0441603;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529144;STB=0.809878;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0255015;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:2:9:2:7:2:9 chr14 106053491 . C G,T 656.9 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=2,41;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683577,0.0177017;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.2655,108.266;QD=61.1065;RBI=0.06836,0.0497826;REFB=0,0;REVB=-0.000557919,0.0465291;RO=0;SAF=0,21;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.02085e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151325,-0.00039854;OID=.,.;OPOS=106053491,106053491;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:2,41:2,41:0.0465116,0.953488:2,20:0,21:0:0:2,20:0,21:0:0 chr14 106053559 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.77;QD=35.5759;RBI=0.112049;REFB=0;REVB=0.00223685;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248177;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr14 106053975 . G A 389.41 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0444595;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2523;QD=16.3963;RBI=0.0503759;REFB=-0.0107019;REVB=0.0236872;RO=54;SAF=27;SAR=14;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116167;STB=0.506535;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00900815;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:14:27:35:19:14:27:35:19 chr14 106054428 . C G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0460246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9853;QD=5.95764;RBI=0.0523504;REFB=0.0136773;REVB=0.024946;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.041363;OID=.;OPOS=106054428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:17:18:6:6:0.25:4:2:5:12:4:2:6:12 chr14 106054456 . A G 103.21 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0863131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0657;QD=9.82963;RBI=0.0876043;REFB=0.00382995;REVB=-0.0149853;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552878;STB=0.533283;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0216033;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:12:17:7:6:12:17 chr14 106054568 . A G 687.6 PASS AF=0.507463;AO=67;DP=133;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0390443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.492;QD=20.5253;RBI=0.04489;REFB=-0.0329652;REVB=-0.0221508;RO=62;SAF=40;SAR=27;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12836;STB=0.581279;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0316136;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:62:66:67:68:0.507463:27:40:28:34:27:41:29:37 chr14 106066454 . T C 823.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.843;QD=55.8133;RBI=0.0183693;REFB=-0.112405;REVB=0.0179102;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681288;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr14 106067298 . T C 716.8 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.185;QD=54.0982;RBI=0.0199815;REFB=-0.155847;REVB=9.69599e-05;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00167422;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:23:28:0:1:23:29:0:1 chr14 106067958 . C G,T 2080.6 PASS AF=0.0696203,0.873418;AO=11,138;DP=158;FAO=11,138;FDP=158;FR=.;FRO=9;FSAF=2,64;FSAR=9,74;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0197942,0.0130066;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.7692,222.135;QD=52.6735;RBI=0.0476987,0.0159409;REFB=-0.0466398,-0.0316059;REVB=-0.0433977,0.00921639;RO=3;SAF=2,64;SAR=9,74;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.376076,-0.0217602;STB=0.658211,0.501189;STBP=0.18,0.939;TYPE=snp,snp;VARB=0.24267,0.000181041;OID=.,.;OPOS=106067958,106067958;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:158:158:3:9:11,138:11,138:0.0696203,0.873418:9,74:2,64:3:0:9,74:2,64:4:5 chr14 106090823 . A G 36.06 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=135;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=78;FSRR=45;FWDB=-0.00332465;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.576;QD=1.07643;RBI=0.00436468;REFB=-0.00272776;REVB=0.00282792;RO=124;SAF=3;SAR=8;SRF=78;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385568;STB=0.802494;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0152189;OID=.;OPOS=106090823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:135:134:124:123:11:11:0.0820896:8:3:78:46:8:3:78:45 chr14 106090846 . T C 2658.78 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.821;QD=62.1937;RBI=0.0459431;REFB=0;REVB=0.0206428;RO=0;SAF=96;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42707e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:75:96:0:0:75:96:0:0 chr14 106090927 . G T 5164.09 PASS AF=1;AO=322;DP=323;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=198;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030106;FXX=0.00609737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.09;QD=63.3631;RBI=0.0301094;REFB=0;REVB=0.000453307;RO=0;SAF=198;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.92569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00597e-05;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:323:326:0:0:322:326:1:124:198:0:0:128:198:0:0 chr14 106091329 . G C 2368.23 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.605;QD=60.337;RBI=0.0261879;REFB=-0.0332655;REVB=0.0145624;RO=1;SAF=83;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569762;STB=0.502994;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000288258;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:73:83:1:0:73:83:1:0 chr14 106091504 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.418;QD=60.3767;RBI=0.0167143;REFB=0;REVB=0.0144246;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58538e-06;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr14 106091555 . C T 784.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.739;QD=57.0464;RBI=0.0561282;REFB=0;REVB=0.0456897;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125845;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:24:28:0:0:26:29:0:0 chr14 106091696 . A AC 264.96 PASS AF=1;AO=9;DP=39;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112233;FXX=0.263089;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.4929;QD=37.8517;RBI=0.115074;REFB=0;REVB=0.0254142;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00744251;OID=.;OPOS=106091697;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:39:28:28:0:20:8:0:0:3:27:5:4:16:11 chr14 106091697 . T C,G 546.83 PASS AF=0.684211,0.315789;AO=26,11;DP=37;FAO=26,12;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15,6;FSAR=11,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711084,0.0197679;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.9214,156.232;QD=57.561;RBI=0.0726042,0.0328678;REFB=0,0;REVB=0.0146615,0.0262587;RO=0;SAF=15,6;SAR=11,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000887421,0.0272955;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:37:38:0:0:26,11:26,12:0.684211,0.315789:11,5:15,6:0:0:11,6:15,6:0:0 chr14 106091743 . CA C,GC,TC 635.05 PASS AF=1,0,0;AO=35,2,3;DP=41;FAO=41,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153868,-0.0286539,-0.0162758;FXX=0.0238039;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=154.445,22.1773,131.366;QD=61.9557;RBI=0.0350868,0.0288146,0.0374639;REFB=0,0,0;REVB=0.031533,-0.00303922,0.0337437;RO=0;SAF=24,2,1;SAR=11,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=6.4633e-06,0,0;OID=.,.,.;OPOS=106091744,106091743,106091743;OREF=A,CA,CA;OALT=-,GC,TC;OMAPALT=C,GC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:35,2,3:41,0,0:1,0,0:11,0,2:24,2,1:0:0:14,0,0:27,0,0:0:0 chr14 106092152 . G A 2503.88 PASS AF=0.987952;AO=160;DP=164;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0109131;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.052;QD=60.3345;RBI=0.039162;REFB=-0.108015;REVB=0.0376107;RO=2;SAF=83;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011326;STB=0.505882;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00034024;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:166:2:2:160:164:0.987952:77:83:2:0:80:84:2:0 chr14 106109752 . A C 2788.16 PASS AF=1;AO=177;DP=180;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457917;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.921;QD=62.6552;RBI=0.0459935;REFB=0;REVB=-0.00430409;RO=0;SAF=67;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193241;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:178:0:0:177:178:1:110:67:0:0:111:67:0:0 chr14 106110137 . C T 2903.33 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.954;QD=63.1158;RBI=0.0291696;REFB=0;REVB=0.018801;RO=0;SAF=95;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28324e-05;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:88:95:0:0:88:96:0:0 chr14 106110914 . G T 2869.76 PASS AF=0.989362;AO=184;DP=188;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00124727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.314;QD=61.0586;RBI=0.0405966;REFB=-0.128261;REVB=0.0405774;RO=2;SAF=95;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105779;STB=0.500114;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000417976;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:188:2:2:184:186:0.989362:89:95:0:2:91:95:1:1 chr14 106173790 . A G 429.64 PASS AF=0.640625;AO=40;DP=63;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0327909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5481;QD=26.8525;RBI=0.0537507;REFB=-0.0103945;REVB=-0.0425899;RO=23;SAF=24;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112195;STB=0.554673;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00575931;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:23:23:40:41:0.640625:16:24:10:13:17:24:10:13 chr14 106188230 . C T 508.54 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0848548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.854;QD=56.5048;RBI=0.0851054;REFB=-0.132845;REVB=-0.00652557;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00124766;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:1:0:19:16:1:0 chr14 106204113 . C T 2202.2 PASS AF=0.955696;AO=150;DP=158;FAO=151;FDP=158;FR=.;FRO=7;FSAF=78;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0236142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.816;QD=55.752;RBI=0.024324;REFB=-0.0601163;REVB=0.00583316;RO=2;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128515;STB=0.51023;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000283494;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:158:158:2:7:150:151:0.955696:73:77:0:2:73:78:2:5 chr14 106207843 . T C 1190.97 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0149608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.376;QD=53.5269;RBI=0.0392859;REFB=-0.050347;REVB=0.0363257;RO=7;SAF=45;SAR=37;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248837;STB=0.513173;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00394943;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:89:89:7:7:82:82:0.921348:37:45:5:2:37:45:5:2 chr14 106209119 . T C 1641.55 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.681;QD=60.2405;RBI=0.0402119;REFB=0;REVB=0.0302138;RO=0;SAF=78;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44458e-05;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:31:78:0:0:31:78:0:0 chr14 106209289 . C T 30.08 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=62;FWDB=-0.0135849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.525;QD=1.29358;RBI=0.0137067;REFB=-9.48339e-05;REVB=-0.00182347;RO=82;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264095;STB=0.709246;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0025654;OID=.;OPOS=106209289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:82:85:8:8:0.0860215:4:4:23:59:4:4:23:62 chr14 106209340 . T C,G 1355.9 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=83,4;DP=88;FAO=86,2;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=54,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00011514,-0.0129369;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.287,94.6581;QD=61.6318;RBI=0.0242355,0.0148185;REFB=0,0;REVB=0.0242352,0.00722663;RO=0;SAF=29,2;SAR=54,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000306017,0.148175;OID=.,.;OPOS=106209340,106209340;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:88:88:0:0:83,4:86,2:0.977273,0.0227273:54,2:29,2:0:0:54,2:32,0:0:0 chr14 106209362 . T C 31.53 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=66;FWDB=-0.0163202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2623;QD=1.14666;RBI=0.0251883;REFB=-0.000755183;REVB=0.019186;RO=100;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355899;STB=0.770431;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00993358;OID=.;OPOS=106209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:110:100:101:9:9:0.0818182:3:6:34:66:3:6:35:66 chr14 106209368 . G C 36.75 PASS AF=0.0892857;AO=10;DP=112;FAO=10;FDP=112;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=68;FWDB=0.0208479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.757;QD=1.31251;RBI=0.0334798;REFB=8.9369e-05;REVB=-0.0261965;RO=101;SAF=7;SAR=3;SRF=34;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400673;STB=0.801108;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00198049;OID=.;OPOS=106209368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:112:112:101:102:10:10:0.0892857:3:7:34:67:3:7:34:68 chr14 106209373 . T C 50.62 PASS AF=0.109091;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=110;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=65;FWDB=-0.0163255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.923;QD=1.84064;RBI=0.0321133;REFB=-0.00515545;REVB=-0.027654;RO=95;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321122;STB=0.709835;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0604605;OID=.;OPOS=106209373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:110:110:95:98:12:12:0.109091:5:7:30:65:5:7:33:65 chr14 106237499 . G A 111.41 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0305605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.643;QD=5.12214;RBI=0.0330109;REFB=-0.00321714;REVB=-0.0124809;RO=68;SAF=17;SAR=1;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613711;STB=0.903392;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0230378;OID=.;OPOS=106237499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:68:69:18:18:0.206897:1:17:38:30:1:17:39:30 chr14 106237624 . C T 293.11 PASS AF=0.92;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0269529;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.398;QD=46.8982;RBI=0.0271447;REFB=-0.0585398;REVB=0.00322131;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0024213;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:25:1:2:23:23:0.92:12:11:1:0:12:11:1:1 chr14 106237642 . T G 340.94 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.587;QD=54.5511;RBI=0.0275401;REFB=0;REVB=-0.0193545;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15344e-07;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:11:14:0:0 chr14 106303846 . C T 962.13 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04206;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.401;QD=59.2079;RBI=0.0527862;REFB=0;REVB=0.0318958;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442996;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:21:44:0:0:21:44:0:0 chr14 106307418 . G A 893.22 PASS AF=0.406639;AO=98;DP=242;FAO=98;FDP=241;FR=.;FRO=143;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=87;FSRR=56;FWDB=0.00282704;FXX=0.00823011;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.469;QD=14.8253;RBI=0.01276;REFB=-0.0118342;REVB=0.0124428;RO=141;SAF=37;SAR=61;SRF=85;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236431;STB=0.635977;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0149848;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:141:143:98:98:0.406639:61:37:85:56:61:37:87:56 chr14 106321590 . C A 1539.67 PASS AF=0.955357;AO=107;DP=113;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0185656;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.021;QD=54.9883;RBI=0.104488;REFB=-0.0815102;REVB=0.102825;RO=5;SAF=72;SAR=35;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446746;STB=0.523583;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000676497;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:113:112:5:5:107:107:0.955357:35:72:1:4:35:72:1:4 chr14 106321913 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.026013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.309;QD=17.0334;RBI=0.0456937;REFB=-0.0304432;REVB=0.0375665;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611687;STB=0.519752;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.034367;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:10:8:8:13:10:8:9:13 chr14 106324349 . C T 37.35 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0906911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.887;QD=9.96007;RBI=0.0924686;REFB=-0.00966087;REVB=0.0180434;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518874;STB=0.799356;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0323747;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:9:9:5:6:0.4:3:2:0:9:3:3:0:9 chr14 106329435 . T G 940.79 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00625512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9266;QD=53.0023;RBI=0.062433;REFB=0.0054331;REVB=-0.0621188;RO=4;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169577;STB=0.508985;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.000856897;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:71:71:4:4:67:67:0.943662:40:27:1:3:40:27:1:3 chr14 106329451 . GTA ACC 784.63 PASS AF=1;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398433;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.784;QD=57.064;RBI=0.0412578;REFB=0;REVB=0.0107106;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00013324;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:34:21:0:0 chr14 106370603 . G C 1017.6 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0853791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1256;QD=56.5331;RBI=0.0870422;REFB=-0.0448825;REVB=-0.0169337;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129528;STB=0.51351;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00667178;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:36:34:0:1:36:34:0:2 chr14 106385332 . G C 1516.29 PASS AF=0.972222;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.017601;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5168;QD=56.1588;RBI=0.0176213;REFB=-0.137561;REVB=0.000845567;RO=2;SAF=50;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185991;STB=0.514283;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00426484;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:108:2:3:103:105:0.972222:53:50:2:0:54:51:3:0 chr14 106436780 . A G 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00649336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.054;QD=60.8511;RBI=0.0364049;REFB=0.064936;REVB=0.0358211;RO=1;SAF=34;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136301;STB=0.507243;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00419101;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:12:34:1:0:12:34:1:0 chr14 106437036 . TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA T,TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAA 35.37 PASS AF=0.214286,0;AO=6,3;DP=28;FAO=6,0;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0123954,0.0328496;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=38,1;MLLD=1203.27,13.9841;QD=5.05304;RBI=0.0129924,0.0798585;REFB=-0.000921383,-0.0224191;REVB=-0.00389303,-0.0727893;RO=16;SAF=2,0;SAR=4,3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.207018,-0.524001;STB=0.646651,0.5;STBP=0.558,1;TYPE=del,del;VARB=0.00286875,0;OID=.,.;OPOS=106437037,106437070;OREF=CATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0:6,3:28:6,0:28:22:2,0:4,0:4:18:35:16:2,0:4,3:3:13 chr14 106452690 . G A 175.15 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0192592;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.307;QD=25.9476;RBI=0.0235926;REFB=-0.0155602;REVB=-0.013627;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471163;STB=0.526285;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0132877;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:29:27:10:10:17:17:0.62963:9:8:4:6:9:8:4:6 chr14 106452766 . T A 199.38 PASS AF=0.357143;AO=24;DP=69;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00600338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.548;QD=11.3929;RBI=0.066909;REFB=-0.0246298;REVB=0.0666391;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343489;STB=0.53162;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0415916;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:45:24:25:0.357143:11:13:23:22:11:14:23:22 chr14 106452817 . A G 412.9 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0108735;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6554;QD=21.1741;RBI=0.0338061;REFB=-0.00409164;REVB=-0.0320097;RO=37;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738513;STB=0.540777;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00504263;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:37:37:41:41:0.525641:19:22:23:14:19:22:23:14 chr14 106471268 . A G 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4388;QD=63.8682;RBI=0.0348009;REFB=0;REVB=-0.029851;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351719;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr14 106471273 . C T 698.39 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0091185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8943;QD=54.7755;RBI=0.0195963;REFB=-0.012627;REVB=0.0173455;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00154967;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:25:24:1:0:25:25:1:0 chr14 106471353 . C T 1766.04 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1788;QD=59.8659;RBI=0.0268242;REFB=-0.0912024;REVB=-0.020789;RO=1;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904526;STB=0.504761;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000977887;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:116:117:0.991525:52:64:0:1:52:65:0:1 chr14 106471388 . C A 1899.73 PASS AF=0.992;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00989287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.824;QD=60.7914;RBI=0.0413176;REFB=-0.107395;REVB=0.0401157;RO=1;SAF=64;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736537;STB=0.503875;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000286758;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:1:1:122:124:0.992:58:64:1:0:60:64:1:0 chr14 106471528 . C A 594.49 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0260763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8558;QD=52.8432;RBI=0.0277267;REFB=0.0542456;REVB=-0.00942314;RO=4;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208891;STB=0.511158;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00539119;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:26:15:1:3:26:15:1:3 chr14 106471534 . A C,G 569.38 PASS AF=0.047619,0.904762;AO=2,37;DP=41;FAO=2,38;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=1,12;FSAR=1,26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00766999,-0.00926128;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.058,54.205;QD=54.2264;RBI=0.0149311,0.0256167;REFB=0.130007,-0.090052;REVB=-0.0128105,-0.023884;RO=2;SAF=1,12;SAR=1,25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.390188,-0.0718399;STB=0.748096,0.538441;STBP=0.689,0.089;TYPE=snp,snp;VARB=0.0138657,0.00658624;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:42:2:2:2,37:2,38:0.047619,0.904762:1,25:1,12:2:0:1,26:1,12:2:0 chr14 106471547 . A G 537.95 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7636;QD=59.772;RBI=0.129701;REFB=0;REVB=0.129218;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137665;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:21:13:0:0:23:13:0:0 chr14 106471685 . G A 455.37 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0221776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.878;QD=22.7685;RBI=0.0231592;REFB=-0.0202787;REVB=0.0066709;RO=36;SAF=22;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181876;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:22:22:18:18:22:22:18:18 chr14 106471689 . A C 331.14 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00584007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.462;QD=16.3528;RBI=0.00881559;REFB=-0.0196947;REVB=-0.00660365;RO=45;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109768;STB=0.506169;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0170879;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:18:18:22:23:18:18:22:23 chr14 106478137 . C T 1595.15 PASS AF=0.918033;AO=112;DP=124;FAO=112;FDP=122;FR=.;FRO=10;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0137114;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.866;QD=52.2998;RBI=0.0169092;REFB=-0.045826;REVB=0.00989535;RO=9;SAF=54;SAR=58;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103471;STB=0.509664;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00734777;OID=.;OPOS=106478137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:122:9:10:112:112:0.918033:58:54:5:4:58:54:6:4 chr14 106478194 . C T 3065.07 PASS AF=0.994845;AO=192;DP=198;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0504452;FXX=0.0251244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.281;QD=63.1972;RBI=0.0729643;REFB=-0.0767845;REVB=0.0527169;RO=0;SAF=90;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502732;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000822691;OID=.;OPOS=106478194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:194:0:1:192:193:0.994845:102:90:0:0:102:91:1:0 chr14 106478311 . A ACCACTG 1172.68 PASS AF=0.781513;AO=85;DP=120;FAO=93;FDP=119;FR=.;FRO=26;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0102668;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=284.762;QD=39.4178;RBI=0.0208667;REFB=-0.0351947;REVB=0.0181663;RO=27;SAF=36;SAR=49;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043523;STB=0.51908;STBP=0.405;TYPE=ins;VARB=0.0108333;OID=.;OPOS=106478312;OREF=-;OALT=CCACTG;OMAPALT=ACCACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.781513:85:120:93:119:26:42:51:14:12:99:27:36:49:14:13 chr14 106478355 . CC GT 580.76 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0155391;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.8;QD=52.7967;RBI=0.0156351;REFB=-0.0216591;REVB=-0.00173016;RO=4;SAF=14;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277492;STB=0.514844;STBP=0.585;TYPE=mnp;VARB=0.00339836;OID=.;OPOS=106478355;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:44:4:4:40:40:0.909091:26:14:2:2:26:14:2:2 chr14 106478401 . G A 104.48 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00444831;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.128;QD=18.1696;RBI=0.0183827;REFB=-0.0265519;REVB=0.0178364;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.010992;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:7:4:5:7:7:4 chr14 106478513 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.037;QD=57.6802;RBI=0.0229247;REFB=0;REVB=-0.00272506;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0229e-05;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr14 106494269 . T C 1842.42 PASS AF=1;AO=98;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.236872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6329;QD=60.4073;RBI=0.238916;REFB=0;REVB=-0.0311852;RO=0;SAF=28;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119231;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:98:122:1:70:28:0:0:73:49:0:0 chr14 106552493 . T C 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00714048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.244;QD=13.3417;RBI=0.00767533;REFB=8.56707e-05;REVB=-0.00281499;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407358;STB=0.523443;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.000175258;OID=.;OPOS=106552493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:18:14:10:11:18:14 chr14 106573248 . C A 83.62 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0143219;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.756;QD=6.43251;RBI=0.0192162;REFB=-0.000574276;REVB=-0.012812;RO=42;SAF=2;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444524;STB=0.798079;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00239654;OID=.;OPOS=106573248;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:54:52:42:40:12:12:0.230769:10:2:21:21:10:2:21:19 chr14 106573251 . G A 80.8 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00519977;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.31;QD=5.98543;RBI=0.0251517;REFB=-0.0119551;REVB=-0.0246084;RO=42;SAF=2;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444524;STB=0.787151;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0175198;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:55:54:42:42:12:12:0.222222:10:2:21:21:10:2:21:21 chr14 106573311 . C T 99.81 PASS AF=0.195402;AO=16;DP=88;FAO=17;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0232129;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.151;QD=4.58883;RBI=0.0514602;REFB=-0.0176416;REVB=-0.0459273;RO=57;SAF=6;SAR=10;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290567;STB=0.630992;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.064383;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:88:87:57:70:16:17:0.195402:10:6:35:22:11:6:36:34 chr14 106610570 . C T 63.34 PASS AF=0.310345;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0364018;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=90.518;QD=8.73703;RBI=0.0383013;REFB=0.00283554;REVB=-0.0119123;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196632;STB=0.60296;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0179999;OID=.;OPOS=106610570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:29:12:20:7:9:0.310345:4:3:3:9:5:4:6:14 chr14 106780634 . G A 738.77 PASS AF=0.42328;AO=80;DP=189;FAO=80;FDP=189;FR=.;FRO=109;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.0130141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.679;QD=15.6354;RBI=0.018315;REFB=-0.020613;REVB=0.0128868;RO=108;SAF=36;SAR=44;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384606;STB=0.505071;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0243729;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:108:109:80:80:0.42328:44:36:49:59:44:36:50:59 chr14 106780817 . A C 689.4 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.607;QD=62.6725;RBI=0.0896359;REFB=0;REVB=-0.00699757;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190254;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:20:19:0:0:21:23:0:0 chr14 106780956 . AG A 160.73 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00197547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2027;QD=8.34974;RBI=0.0841695;REFB=0.00667448;REVB=0.0841463;RO=45;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266715;STB=0.604872;STBP=0.157;TYPE=del;VARB=-0.00671017;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38961:29:77:30:77:47:14:16:14:33:99:45:15:14:12:33 chr14 106791006 . C T 647.07 PASS AF=0.567568;AO=61;DP=109;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00224954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.616;QD=23.3178;RBI=0.00237495;REFB=-0.0274568;REVB=-0.000761559;RO=48;SAF=31;SAR=30;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942706;STB=0.5507;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0201005;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:48:48:61:63:0.567568:30:31:30:18:31:32:30:18 chr14 106791119 . A G 942.69 PASS AF=0.479592;AO=93;DP=196;FAO=94;FDP=196;FR=.;FRO=102;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.0338859;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.86;QD=19.2385;RBI=0.0363211;REFB=-0.00970162;REVB=0.0130754;RO=99;SAF=56;SAR=37;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546087;STB=0.530178;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00854462;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:99:102:93:94:0.479592:37:56:54:45:38:56:55:47 chr14 106791131 . A G 208.27 PASS AF=0.18408;AO=37;DP=200;FAO=37;FDP=201;FR=.;FRO=164;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=80;FWDB=0.00843111;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8249;QD=4.14459;RBI=0.0161096;REFB=-0.00871165;REVB=-0.0137271;RO=161;SAF=25;SAR=12;SRF=82;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219019;STB=0.637396;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0497946;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:161:164:37:37:0.18408:12:25:82:79:12:25:84:80 chr14 106791200 . GC AG 589.84 PASS AF=0.517241;AO=59;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0262444;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.71;QD=20.3393;RBI=0.0317809;REFB=-0.0285987;REVB=-0.0179236;RO=56;SAF=32;SAR=27;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021768;STB=0.51562;STBP=0.757;TYPE=mnp;VARB=0.0285049;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:59:60:0.517241:27:32:29:27:27:33:29:27 chr14 106805212 . C G 179.95 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0363861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9181;QD=11.0736;RBI=0.0480413;REFB=-0.0315961;REVB=0.0313691;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777825;STB=0.529386;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0365651;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:12:10:22:20:12:11:22:20 chr14 106805236 . C T 346.96 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0125954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.826;QD=14.609;RBI=0.0144612;REFB=-0.0286356;REVB=0.00710506;RO=53;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608316;STB=0.531756;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0364698;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:57:38:38:0.4:20:18:22:31:20:18:24:33 chr14 106805278 . A G 533.94 PASS AF=0.397436;AO=62;DP=157;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.00361451;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.68;QD=13.6907;RBI=0.0206192;REFB=0.000599462;REVB=-0.0202999;RO=93;SAF=33;SAR=29;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857349;STB=0.538624;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.000637513;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:93:94:62:62:0.397436:29:33:42:51:29:33:44:50 chr14 106805299 . A G 63.24 PASS AF=0.0896861;AO=20;DP=222;FAO=20;FDP=223;FR=.;FRO=203;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=94;FSRR=109;FWDB=-0.00880232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.108;QD=1.13437;RBI=0.00880464;REFB=-6.48573e-05;REVB=0.000201988;RO=202;SAF=8;SAR=12;SRF=93;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721627;STB=0.558335;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000449212;OID=.;OPOS=106805299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:222:223:202:203:20:20:0.0896861:12:8:93:109:12:8:94:109 chr14 106805341 . G A 129.51 PASS AF=0.125;AO=31;DP=248;FAO=31;FDP=248;FR=.;FRO=217;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=96;FSRR=121;FWDB=-0.0500994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.054;QD=2.08886;RBI=0.0502961;REFB=-0.000713496;REVB=0.00444425;RO=213;SAF=13;SAR=18;SRF=93;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222215;STB=0.520549;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0077361;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:213:217:31:31:0.125:18:13:93:120:18:13:96:121 chr14 106805343 . A G 129.19 PASS AF=0.124498;AO=31;DP=247;FAO=31;FDP=249;FR=.;FRO=218;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=97;FSRR=121;FWDB=-0.0183983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5029;QD=2.07529;RBI=0.0213777;REFB=0.000713528;REVB=-0.0108863;RO=216;SAF=13;SAR=18;SRF=96;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321631;STB=0.522826;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0065753;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:249:216:218:31:31:0.124498:18:13:96:120:18:13:97:121 chr14 106805380 . GT GG,TG 1024.2 PASS AF=0.382353,0.147059;AO=72,30;DP=204;FAO=78,30;FDP=204;FR=.;FRO=96;FSAF=26,11;FSAR=52,19;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0187812,-0.0613606;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=276.952,34.2856;QD=20.0823;RBI=0.0192743,0.0613932;REFB=-0.0137341,-0.0211128;REVB=-0.00433201,0.00200205;RO=93;SAF=25,11;SAR=47,19;SRF=41;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100549,-0.0961213;STB=0.573751,0.57224;STBP=0.099,0.389;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0226958,-0.0269451;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:93:96:72,30:78,30:0.382353,0.147059:47,19:25,11:41:52:52,19:26,11:44:52 chr14 106805386 . G C 192.38 PASS AF=0.174757;AO=36;DP=206;FAO=36;FDP=206;FR=.;FRO=170;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=68;FSRR=102;FWDB=-0.0115641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7752;QD=3.73557;RBI=0.0562637;REFB=0.0103341;REVB=0.0550625;RO=170;SAF=13;SAR=23;SRF=68;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530186;STB=0.534098;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0519192;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:170:170:36:36:0.174757:23:13:68:102:23:13:68:102 chr14 106805395 . G A 572.3 PASS AF=0.342857;AO=72;DP=209;FAO=72;FDP=210;FR=.;FRO=138;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=78;FWDB=-0.0239057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.137;QD=10.9009;RBI=0.0257512;REFB=-0.0020641;REVB=-0.00957288;RO=134;SAF=22;SAR=50;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149433;STB=0.592801;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0066558;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:134:138:72:72:0.342857:50:22:57:77:50:22:60:78 chr14 106805402 . T G 182.5 PASS AF=0.169082;AO=35;DP=206;FAO=35;FDP=207;FR=.;FRO=172;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=108;FWDB=-0.0307257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.995;QD=3.52662;RBI=0.0347467;REFB=0.00056459;REVB=-0.0162255;RO=171;SAF=16;SAR=19;SRF=64;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109431;STB=0.572032;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00306884;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:171:172:35:35:0.169082:19:16:64:107:19:16:64:108 chr14 106805408 . C T 519.63 PASS AF=0.33;AO=66;DP=201;FAO=66;FDP=200;FR=.;FRO=134;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=76;FWDB=0.0170619;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.937;QD=10.3926;RBI=0.0191742;REFB=-0.00507407;REVB=0.0087489;RO=133;SAF=22;SAR=44;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118483;STB=0.571406;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00759594;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:133:134:66:66:0.33:44:22:57:76:44:22:58:76 chr14 106805439 . TA CG,TG 2292.3 PASS AF=0.187919,0.812081;AO=28,120;DP=149;FAO=28,121;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=14,53;FSAR=14,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252921,0.0173869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=59.6949,128.154;QD=61.5381;RBI=0.00337831,0.0245598;REFB=0,0;REVB=0.00223966,0.0173458;RO=0;SAF=14,52;SAR=14,68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0212674,0.00509291;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:149:149:0:0:28,120:28,121:0.187919,0.812081:14,68:14,52:0:0:14,68:14,53:0:0 chr14 106805508 . G A 630.59 PASS AF=0.954545;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0643278;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.139;QD=57.3261;RBI=0.0736673;REFB=-0.148348;REVB=0.0358999;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00881258;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:44:0:2:35:42:0.954545:15:20:0:0:20:22:1:1 chr14 106866565 . C A 868.09 PASS AF=0.56338;AO=79;DP=136;FAO=80;FDP=142;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.00328537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.822;QD=24.4532;RBI=0.013204;REFB=-0.0421627;REVB=0.0127888;RO=56;SAF=24;SAR=55;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000203759;STB=0.503344;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0256256;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:56:62:79:80:0.56338:55:24:17:39:56:24:19:43 chr14 106877551 . A C 726.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3631;QD=55.9145;RBI=0.07046;REFB=0;REVB=0.0646882;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123868;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:28:22:0:0:29:23:0:0 chr14 106926328 . A C 1158.52 PASS AF=0.963855;AO=77;DP=81;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0242372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9685;QD=55.8321;RBI=0.034376;REFB=-0.127419;REVB=0.0243776;RO=4;SAF=34;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552546;STB=0.50891;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0157047;OID=.;OPOS=106926328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:81:83:4:3:77:80:0.963855:43:34:2:2:46:34:2:1 chr14 106926362 . C T 954.71 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0304981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.697;QD=54.5546;RBI=0.0308182;REFB=-0.129766;REVB=0.00442974;RO=3;SAF=27;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00643733;STB=0.503729;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.000484227;OID=.;OPOS=106926362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:66:67:0.957143:39:27:1:2:39:28:1:2 chr14 106926388 . T C 821.48 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155118;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.453;QD=57.6476;RBI=0.0187163;REFB=0;REVB=0.0104731;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425864;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr14 106926456 . A C 175.71 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9803;QD=46.8559;RBI=0.119002;REFB=0;REVB=-0.00766256;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0039633;OID=.;OPOS=106926456;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:6:9:0:0 chr14 106926649 . C A 565.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.904;QD=59.4873;RBI=0.0591578;REFB=0;REVB=0.00242925;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115654;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:14:24:0:0 chr14 106963101 . C T 1969.03 PASS AF=0.903846;AO=141;DP=161;FAO=141;FDP=156;FR=.;FRO=15;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00429754;FXX=0.031054;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.979;QD=50.4879;RBI=0.00441885;REFB=0.0202988;REVB=-0.00102828;RO=14;SAF=65;SAR=76;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671121;STB=0.50699;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00200858;OID=.;OPOS=106963101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:161:156:14:15:141:141:0.903846:76:65:7:7:76:65:8:7 chr14 106963102 . G T 46.54 PASS AF=0.0864198;AO=14;DP=162;FAO=14;FDP=162;FR=.;FRO=148;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=82;FWDB=-0.0128986;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.4058;QD=1.14921;RBI=0.0700898;REFB=0.00623127;REVB=0.0688927;RO=148;SAF=7;SAR=7;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625632;STB=0.549313;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0070432;OID=.;OPOS=106963102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:162:162:148:148:14:14:0.0864198:7:7:66:82:7:7:66:82 chr14 106993845 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.766;QD=33.4282;RBI=0.195492;REFB=0;REVB=0.0175131;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00714878;OID=.;OPOS=106993845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr14 106993886 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.763;QD=51.1846;RBI=0.0631332;REFB=0;REVB=0.0298198;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325856;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr14 106993945 . T C 539.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.856;QD=59.9044;RBI=0.0737355;REFB=0;REVB=0.0731957;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412569;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:25:11:0:0 chr14 106994009 . GCT TTC 688.88 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101795;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.753;QD=62.6256;RBI=0.107917;REFB=0;REVB=0.0358318;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000311796;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:40:44:1:28:12:0:0:29:15:0:0 chr14 106994015 . G A 709.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.332;QD=63.041;RBI=0.0902456;REFB=0;REVB=-4.26721e-05;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241066;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:29:16:0:0 chr14 106994063 . C T 536.22 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000196936;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.663;QD=54.9965;RBI=0.0013826;REFB=-0.0591685;REVB=0.0013685;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129717;STB=0.500693;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000234514;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:19:18:1:1:19:18:1:1 chr14 107013129 . A C 638.69 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0280467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3192;QD=59.4132;RBI=0.0280521;REFB=-0.124101;REVB=0.000553516;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.508768;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00277545;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:28:14:0:1:28:14:0:1 chr14 107048702 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.521;QD=63.5827;RBI=0.0420153;REFB=0;REVB=0.00530236;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143256;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr14 107048749 . C G 761.21 PASS AF=0.842857;AO=59;DP=70;FAO=59;FDP=70;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0229104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3294;QD=43.4979;RBI=0.0230015;REFB=0.0315063;REVB=-0.00204512;RO=11;SAF=33;SAR=26;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106012;STB=0.556477;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00359978;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:11:11:59:59:0.842857:26:33:10:1:26:33:10:1 chr14 107048885 . C T 121.96 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0315479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.52;QD=15.7364;RBI=0.0345322;REFB=-0.00225197;REVB=-0.0140429;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246747;STB=0.64335;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00438767;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:8:9:4:10:8:9 chr14 107083662 . A G 32.71 PASS AF=0.0733333;AO=13;DP=150;FAO=11;FDP=150;FR=.;FRO=139;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=78;FSRR=61;FWDB=-0.0437731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6969;QD=0.872266;RBI=0.07907;REFB=-0.00390797;REVB=-0.0658481;RO=137;SAF=5;SAR=8;SRF=78;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210211;STB=0.597665;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0387018;OID=.;OPOS=107083662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:150:150:137:139:13:11:0.0733333:8:5:78:59:6:5:78:61 chr14 107095294 . T C 49.51 PASS AF=1;AO=2;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8074;QD=33.0052;RBI=0.0675079;REFB=0;REVB=0.0675079;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00528674;OID=.;OPOS=107095294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:2:6:1:2:0:0:0:6:0:0:0 chr14 107095326 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.797;QD=35.5758;RBI=0.0360181;REFB=0;REVB=0.0360181;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103506;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr14 107095338 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9009;QD=35.5744;RBI=0.0218989;REFB=0;REVB=0.0218989;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011844;OID=.;OPOS=107095338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr14 107095553 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.45;QD=35.5759;RBI=0.0140338;REFB=0;REVB=0.00470874;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127068;OID=.;OPOS=107095553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr14 107113851 . C T 829.62 PASS AF=1;AO=53;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483237;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.397;QD=57.2152;RBI=0.0545775;REFB=0;REVB=0.0253678;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994585;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:53:58:1:27:26:0:0:28:30:0:0 chr14 107114009 . T C 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00952494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3985;QD=45.1012;RBI=0.0317566;REFB=0.0105687;REVB=-0.0302945;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0054061;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr14 107114193 . A G 669.67 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.045148;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.773;QD=58.2322;RBI=0.0533443;REFB=-0.015069;REVB=0.0284126;RO=2;SAF=15;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585942;STB=0.531236;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000191529;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:29:15:2:0:29:15:2:0 chr14 107131164 . A C 255.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.582;QD=51.0575;RBI=0.0619278;REFB=0;REVB=-0.0136274;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452046;OID=.;OPOS=107131164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr14 107131410 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0059;QD=58.5857;RBI=0.0938337;REFB=0;REVB=-0.0366419;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089761;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr14 107170055 . G A 1123.86 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9616;QD=59.1503;RBI=0.0372368;REFB=-0.113947;REVB=0.0215257;RO=1;SAF=46;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813559;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:1:0:75:76:1:29:46:1:0:29:47:0:0 chr14 107170062 . A G 1025.22 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0505697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2989;QD=53.2579;RBI=0.0522396;REFB=-0.14664;REVB=-0.0131028;RO=4;SAF=45;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133001;STB=0.50173;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0075524;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:77:77:4:5:72:72:0.935065:27:45:3:1:27:45:3:2 chr14 107170077 . C T 1112.62 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.115082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4677;QD=57.7987;RBI=0.115099;REFB=-0.175974;REVB=0.00202241;RO=2;SAF=46;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201268;STB=0.505262;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00556681;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:29:46:2:0:29:47:1:0 chr14 107170128 . C T 1044.75 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.39;QD=58.0416;RBI=0.0399399;REFB=-0.118307;REVB=-0.00720443;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.511625;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000645181;OID=.;OPOS=107170128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:0:1:70:71:0.986111:21:49:0:0:21:50:0:1 chr14 107170207 . C T 538.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7438;QD=59.8108;RBI=0.0482304;REFB=0;REVB=-0.0180338;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209973;OID=.;OPOS=107170207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr14 107170219 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.734;QD=62.3509;RBI=0.0292687;REFB=0;REVB=0.00657216;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102639;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr14 107178832 . A G 2645.43 PASS AF=0.982955;AO=171;DP=175;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00585944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0293;QD=60.1233;RBI=0.0708231;REFB=0.0445113;REVB=-0.0705803;RO=2;SAF=97;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126881;STB=0.509676;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000871749;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:176:2:3:171:173:0.982955:74:97:0:2:76:97:0:3 chr14 107178941 . T A 2032.4 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9827;QD=60.2191;RBI=0.0592177;REFB=-0.0167205;REVB=0.0120552;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233974;OID=.;OPOS=107178941;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:129:135:0:0:128:135:1:70:58:0:0:70:65:0:0 chr14 107178965 . A C 1562.74 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.629;QD=59.5328;RBI=0.0971017;REFB=0;REVB=0.0115157;RO=1;SAF=42;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117101;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:102:105:1:60:42:1:0:62:43:0:0 chr14 107179013 . A G 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7454;QD=60.5442;RBI=0.0433778;REFB=0;REVB=0.0425248;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382515;OID=.;OPOS=107179013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr14 107179017 . A G 1098.66 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.952;QD=60.2006;RBI=0.0115101;REFB=0;REVB=0.00969714;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15297e-05;OID=.;OPOS=107179017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:28:44:0:0:28:45:0:0 chr14 107179106 . C T 1485.99 PASS AF=0.907563;AO=109;DP=119;FAO=108;FDP=119;FR=.;FRO=11;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0353139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2021;QD=49.9494;RBI=0.03584;REFB=-0.126974;REVB=0.00611847;RO=10;SAF=58;SAR=51;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429042;STB=0.527003;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.011318;OID=.;OPOS=107179106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:119:119:10:11:109:108:0.907563:51:58:8:2:51:57:9:2 chr14 107211211 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.871;QD=56.7063;RBI=0.0359519;REFB=0;REVB=0.0199679;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13453e-05;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr14 107282846 . G A 43.91 PASS AF=0.0697674;AO=18;DP=258;FAO=18;FDP=258;FR=.;FRO=240;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=130;FSRR=110;FWDB=-0.00960862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.154;QD=0.680796;RBI=0.0129092;REFB=-0.00230806;REVB=-0.00862098;RO=230;SAF=7;SAR=11;SRF=130;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193785;STB=0.640034;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0495592;OID=.;OPOS=107282846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:258:258:230:240:18:18:0.0697674:11:7:130:100:11:7:130:110 chr14 107282852 . T C 41.56 PASS AF=0.0669145;AO=18;DP=268;FAO=18;FDP=269;FR=.;FRO=251;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=135;FSRR=116;FWDB=-0.00941212;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.196;QD=0.618007;RBI=0.0175905;REFB=-0.00233347;REVB=-0.0148606;RO=250;SAF=8;SAR=10;SRF=134;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989397;STB=0.586451;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0396952;OID=.;OPOS=107282852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:268:269:250:251:18:18:0.0669145:10:8:134:116:10:8:135:116 chr14 107282859 . G A 39.28 PASS AF=0.0645161;AO=18;DP=279;FAO=18;FDP=279;FR=.;FRO=261;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=138;FSRR=123;FWDB=0.0317918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2575;QD=0.563198;RBI=0.0416228;REFB=-0.00300805;REVB=-0.0268653;RO=259;SAF=8;SAR=10;SRF=138;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094493;STB=0.57836;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0482018;OID=.;OPOS=107282859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:279:279:259:261:18:18:0.0645161:10:8:138:121:10:8:138:123 chr14 107282872 . T A 41.41 PASS AF=0.0673759;AO=18;DP=281;FAO=19;FDP=282;FR=.;FRO=263;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=135;FSRR=128;FWDB=-0.00337728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.89;QD=0.587445;RBI=0.0159779;REFB=-0.00303162;REVB=-0.0156169;RO=260;SAF=7;SAR=11;SRF=134;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135154;STB=0.585757;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0362979;OID=.;OPOS=107282872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:281:282:260:263:18:19:0.0673759:11:7:134:126:11:8:135:128 chr14 107282909 . T C 46.9 PASS AF=0.071161;AO=19;DP=267;FAO=19;FDP=267;FR=.;FRO=248;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=128;FSRR=120;FWDB=-0.0129861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3483;QD=0.702662;RBI=0.0226993;REFB=0.000468582;REVB=0.0186177;RO=246;SAF=7;SAR=12;SRF=126;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159062;STB=0.636649;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0173847;OID=.;OPOS=107282909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:267:267:246:248:19:19:0.071161:12:7:126:120:12:7:128:120 chr14 107282926 . A T 38.09 PASS AF=0.0666667;AO=16;DP=254;FAO=17;FDP=255;FR=.;FRO=238;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=121;FSRR=117;FWDB=-0.0245711;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.614;QD=0.597467;RBI=0.0313883;REFB=-0.00274882;REVB=-0.0195316;RO=235;SAF=7;SAR=9;SRF=120;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077561;STB=0.590028;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0259264;OID=.;OPOS=107282926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:254:255:235:238:16:17:0.0666667:9:7:120:115:10:7:121:117 chr14 107282935 . A T 43.81 PASS AF=0.0726496;AO=17;DP=234;FAO=17;FDP=234;FR=.;FRO=217;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=110;FSRR=107;FWDB=-0.0569813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6677;QD=0.748857;RBI=0.0570327;REFB=-0.00242757;REVB=0.00242121;RO=210;SAF=7;SAR=10;SRF=106;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104005;STB=0.588132;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0486672;OID=.;OPOS=107282935;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:234:234:210:217:17:17:0.0726496:10:7:106:104:10:7:110:107 chr14 107282973 . G C 34.3 PASS AF=0.0731707;AO=12;DP=163;FAO=12;FDP=164;FR=.;FRO=152;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=73;FSRR=79;FWDB=-0.0748179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.736;QD=0.836617;RBI=0.0755773;REFB=0.00112716;REVB=-0.0106869;RO=151;SAF=7;SAR=5;SRF=72;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11677;STB=0.594984;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0195084;OID=.;OPOS=107282973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:163:164:151:152:12:12:0.0731707:5:7:72:79:5:7:73:79 chr14 107283156 . A G 396.94 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0139442;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.188;QD=51.2181;RBI=0.0181909;REFB=-0.0458843;REVB=0.011682;RO=2;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774095;STB=0.541638;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00339248;OID=.;OPOS=107283156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:31:2:2:29:29:0.935484:11:18:0:2:11:18:0:2 chr14 107283160 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.383;QD=57.6799;RBI=0.0286571;REFB=0;REVB=0.0232155;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107394;OID=.;OPOS=107283160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr15 20301177 . A G 458.15 PASS AF=0.25;AO=63;DP=270;FAO=69;FDP=276;FR=.;FRO=207;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=133;FSRR=74;FWDB=0.0847525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3713;QD=6.63987;RBI=0.0928942;REFB=-0.00187967;REVB=0.0380308;RO=206;SAF=33;SAR=30;SRF=132;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151094;STB=0.58105;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0069395;OID=.;OPOS=20301177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:276:206:207:63:69:0.25:30:33:132:74:32:37:133:74 chr15 20362835 . G C 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0188698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1326;QD=7.48128;RBI=0.0650496;REFB=-0.0147947;REVB=0.0622526;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126789;STB=0.578793;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0487378;OID=.;OPOS=20362835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:11:17:5:5:11:17 chr15 20462603 . G T 202.41 PASS AF=0.244094;AO=30;DP=126;FAO=31;FDP=127;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.00540523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.94;QD=6.37509;RBI=0.0339421;REFB=-0.00634725;REVB=0.0335089;RO=95;SAF=20;SAR=10;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898696;STB=0.533167;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0434417;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:95:96:30:31:0.244094:10:20:57:38:11:20:58:38 chr15 20476906 . T C 500.26 PASS AF=0.314286;AO=65;DP=209;FAO=66;FDP=210;FR=.;FRO=144;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=86;FSRR=58;FWDB=0.0103201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.879;QD=9.52881;RBI=0.0303184;REFB=-0.00694007;REVB=0.0285079;RO=143;SAF=44;SAR=21;SRF=84;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115242;STB=0.551708;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0130094;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:143:144:65:66:0.314286:21:44:84:59:22:44:86:58 chr15 20476981 . G T 469.29 PASS AF=0.33908;AO=59;DP=175;FAO=59;FDP=174;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=72;FSRR=43;FWDB=-0.000766334;FXX=0.00571396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.7815;QD=10.7883;RBI=0.00771553;REFB=-0.00318277;REVB=0.00767738;RO=109;SAF=28;SAR=31;SRF=70;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189508;STB=0.599349;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00675851;OID=.;OPOS=20476981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:109:115:59:59:0.33908:31:28:70:39:31:28:72:43 chr15 20588705 . C A 489.26 PASS AF=0.315;AO=63;DP=200;FAO=63;FDP=200;FR=.;FRO=137;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=-0.00199665;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5894;QD=9.78525;RBI=0.0321441;REFB=-0.013544;REVB=-0.032082;RO=134;SAF=31;SAR=32;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170309;STB=0.517072;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0242755;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:134:137:63:63:0.315:32:31:64:70:32:31:64:73 chr15 20643927 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.115597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8266;QD=10.0339;RBI=0.115702;REFB=-0.00129293;REVB=-0.00492418;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.7397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0119683;OID=.;OPOS=20643927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:4:3:4:1:4:3 chr15 20645827 . A G 138.93 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0202627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.776;QD=7.5096;RBI=0.0209217;REFB=-0.00307967;REVB=-0.00520993;RO=51;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302812;STB=0.654617;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00872906;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:54:20:20:0.27027:9:11:15:36:9:11:18:36 chr15 20874897 . A G 8465.9 PASS AF=1;AO=529;DP=533;FAO=531;FDP=531;FR=.;FRO=0;FSAF=284;FSAR=247;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467686;FXX=0.00375227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.589;QD=63.7733;RBI=0.0497857;REFB=0;REVB=-0.0170679;RO=0;SAF=283;SAR=246;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37348e-06;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:533:531:0:0:529:531:1:246:283:0:0:247:284:0:0 chr15 20874927 . T A 1051.5 PASS AF=0.286822;AO=132;DP=502;FAO=148;FDP=516;FR=.;FRO=368;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=181;FSRR=187;FWDB=-0.00107144;FXX=0.00578024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.2;QD=8.15113;RBI=0.0104243;REFB=-0.00383687;REVB=0.0103691;RO=355;SAF=75;SAR=57;SRF=170;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110992;STB=0.549316;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0099672;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:516:355:368:132:148:0.286822:57:75:170:185:65:83:181:187 chr15 20876515 . A G 5559.19 PASS AF=0.991713;AO=356;DP=361;FAO=359;FDP=362;FR=.;FRO=3;FSAF=202;FSAR=157;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0332237;FXX=0.00275475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.055;QD=61.4275;RBI=0.0442701;REFB=-0.102216;REVB=0.029258;RO=4;SAF=200;SAR=156;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00133013;STB=0.50193;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.000235642;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:361:362:4:3:356:359:0.991713:156:200:2:2:157:202:1:2 chr15 22016194 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0239073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.477;QD=13.631;RBI=0.0239422;REFB=-0.0126962;REVB=-0.00129213;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00924856;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr15 22368862 . G A 3705.83 PASS AF=0.783562;AO=286;DP=365;FAO=286;FDP=365;FR=.;FRO=79;FSAF=158;FSAR=128;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0380368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5195;QD=40.6118;RBI=0.0510603;REFB=-0.00660753;REVB=-0.034064;RO=76;SAF=158;SAR=128;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314204;STB=0.515581;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00180884;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:76:79:286:286:0.783562:128:158:36:40:128:158:38:41 chr15 22368905 . G A 2585.81 PASS AF=0.771863;AO=202;DP=262;FAO=203;FDP=263;FR=.;FRO=60;FSAF=122;FSAR=81;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.026887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.266;QD=39.328;RBI=0.0297118;REFB=-0.0297547;REVB=0.0126444;RO=58;SAF=122;SAR=80;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451476;STB=0.519891;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00998722;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:58:60:202:203:0.771863:80:122:29:29:81:122:31:29 chr15 22369248 . T C 1759.69 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0184107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.804;QD=58.6564;RBI=0.0472291;REFB=-0.154256;REVB=0.0434929;RO=2;SAF=55;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169547;STB=0.50877;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000588483;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:117:118:0.983333:62:55:2:0:62:56:2:0 chr15 22369290 . A G 573.98 PASS AF=0.317797;AO=72;DP=234;FAO=75;FDP=236;FR=.;FRO=161;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=-0.00666953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4304;QD=9.72847;RBI=0.0398767;REFB=-0.00728477;REVB=0.039315;RO=159;SAF=20;SAR=52;SRF=82;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296939;STB=0.648277;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0303657;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:159:161:72:75:0.317797:52:20:82:77:52:23:83:78 chr15 22369426 . G A 3413.01 PASS AF=0.714286;AO=274;DP=385;FAO=275;FDP=385;FR=.;FRO=110;FSAF=151;FSAR=124;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.00430461;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.154;QD=35.4598;RBI=0.0180142;REFB=-0.00616243;REVB=-0.0174923;RO=108;SAF=151;SAR=123;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223602;STB=0.514122;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0023029;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:108:110:274:275:0.714286:123:151:55:53:124:151:55:55 chr15 22382655 . A C 128.18 PASS AF=0.158228;AO=23;DP=159;FAO=25;FDP=158;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=65;FWDB=-0.0122415;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.361;QD=3.24495;RBI=0.0355617;REFB=-0.0146434;REVB=-0.0333883;RO=123;SAF=6;SAR=17;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299854;STB=0.663112;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0777259;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:123:133:23:25:0.158228:17:6:60:63:17:8:68:65 chr15 22382728 . C T 126.01 PASS AF=0.178295;AO=23;DP=131;FAO=23;FDP=129;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.0213749;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4726;QD=3.90715;RBI=0.0491361;REFB=-0.00352332;REVB=-0.0442433;RO=107;SAF=12;SAR=11;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811614;STB=0.541014;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0125747;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:107:106:23:23:0.178295:11:12:49:58:11:12:50:56 chr15 22382739 . A G 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106599;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.426;QD=59.8323;RBI=0.014674;REFB=0;REVB=0.0100843;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17635e-05;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr15 22382821 . G C 161.06 PASS AF=0.136531;AO=37;DP=271;FAO=37;FDP=271;FR=.;FRO=234;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=132;FSRR=102;FWDB=-0.0265608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.041;QD=2.37725;RBI=0.0300308;REFB=-0.0022928;REVB=0.0140133;RO=234;SAF=26;SAR=11;SRF=132;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187287;STB=0.628242;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0139547;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:234:234:37:37:0.136531:11:26:132:102:11:26:132:102 chr15 22382828 . C A 193.87 PASS AF=0.145833;AO=42;DP=286;FAO=42;FDP=288;FR=.;FRO=246;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=136;FSRR=110;FWDB=0.0186904;FXX=0.00346009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.921;QD=2.69263;RBI=0.0234277;REFB=0.000520054;REVB=0.0141255;RO=244;SAF=31;SAR=11;SRF=136;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248699;STB=0.671174;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00458877;OID=.;OPOS=22382828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:288:244:246:42:42:0.145833:11:31:136:108:11:31:136:110 chr15 22383064 . C A 309.96 PASS AF=0.210744;AO=51;DP=242;FAO=51;FDP=242;FR=.;FRO=191;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=112;FSRR=79;FWDB=0.0125268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.81;QD=5.12331;RBI=0.0274956;REFB=-0.00285403;REVB=0.0244763;RO=191;SAF=28;SAR=23;SRF=112;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487218;STB=0.529942;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0143401;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:191:191:51:51:0.210744:23:28:112:79:23:28:112:79 chr15 22383066 . A G 3760.02 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176399;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3186;QD=63.1937;RBI=0.0176713;REFB=-0.0809624;REVB=0.00105414;RO=1;SAF=137;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109539;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:238:1:0:237:238:1:100:137:1:0:101:137:0:0 chr15 22383189 . G A 2065.39 PASS AF=0.686992;AO=168;DP=246;FAO=169;FDP=246;FR=.;FRO=77;FSAF=102;FSAR=67;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0188615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.285;QD=33.5836;RBI=0.0279923;REFB=-0.00697126;REVB=0.0206836;RO=75;SAF=101;SAR=67;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716793;STB=0.539571;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00333726;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:75:77:168:169:0.686992:67:101:36:39:67:102:37:40 chr15 22383482 . GA G 914.71 PASS AF=0.755319;AO=71;DP=94;FAO=71;FDP=94;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00455235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.189;QD=38.9237;RBI=0.0109338;REFB=-0.0189636;REVB=0.00994102;RO=23;SAF=25;SAR=46;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103015;STB=0.555257;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.00548591;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.755319:71:94:71:94:23:25:46:13:10:99:23:25:46:13:10 chr15 22413700 . A G 2428.32 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0193364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4921;QD=59.2273;RBI=0.0201269;REFB=-0.0280074;REVB=-0.00558528;RO=2;SAF=84;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121971;STB=0.503451;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000103584;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:164:2:3:161:161:0.981707:77:84:0:2:77:84:1:2 chr15 22413825 . C T 3112.87 PASS AF=0.582645;AO=282;DP=485;FAO=282;FDP=484;FR=.;FRO=202;FSAF=161;FSAR=121;FSRF=120;FSRR=82;FWDB=-0.00394189;FXX=0.00206181;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.357;QD=25.7262;RBI=0.0596766;REFB=-0.0180233;REVB=-0.0595463;RO=202;SAF=161;SAR=121;SRF=120;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182893;STB=0.509882;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0139069;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:484:202:202:282:282:0.582645:121:161:120:82:121:161:120:82 chr15 22413940 . T C 601.21 PASS AF=0.212185;AO=101;DP=476;FAO=101;FDP=476;FR=.;FRO=375;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=223;FSRR=152;FWDB=-0.00813133;FXX=0.00209639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.202;QD=5.05222;RBI=0.017065;REFB=-0.00881439;REVB=-0.0150032;RO=375;SAF=63;SAR=38;SRF=223;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394051;STB=0.524122;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0296962;OID=.;OPOS=22413940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:476:476:375:375:101:101:0.212185:38:63:223:152:38:63:223:152 chr15 22414262 . C T 304.27 PASS AF=0.235897;AO=45;DP=195;FAO=46;FDP=195;FR=.;FRO=149;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=98;FSRR=51;FWDB=-0.0298827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.085;QD=6.24146;RBI=0.0299443;REFB=-0.00426576;REVB=-0.00192054;RO=146;SAF=30;SAR=15;SRF=95;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224564;STB=0.513935;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0153796;OID=.;OPOS=22414262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:146:149:45:46:0.235897:15:30:95:51:15:31:98:51 chr15 22440297 . A G 282.5 PASS AF=0.369565;AO=31;DP=89;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00593106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.915;QD=12.2826;RBI=0.00805164;REFB=-0.0378194;REVB=0.00544531;RO=58;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402331;STB=0.550991;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0524097;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:58:58:31:34:0.369565:16:15:26:32:16:18:26:32 chr15 22440322 . A G 79.09 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00960045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.281;QD=3.1637;RBI=0.013903;REFB=-0.00859737;REVB=-0.010056;RO=85;SAF=10;SAR=5;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285882;STB=0.692559;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0425048;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:100:85:85:15:15:0.15:5:10:37:48:5:10:37:48 chr15 22440816 . A G 324.29 PASS AF=0.232877;AO=51;DP=220;FAO=51;FDP=219;FR=.;FRO=168;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=75;FSRR=93;FWDB=-0.0196005;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.709;QD=5.92314;RBI=0.0330877;REFB=-0.0109303;REVB=-0.0266574;RO=167;SAF=14;SAR=37;SRF=74;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231537;STB=0.643985;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0513895;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:167:168:51:51:0.232877:37:14:74:93:37:14:75:93 chr15 22448405 . C T 112.39 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0169635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.913;QD=5.28897;RBI=0.0171993;REFB=-0.00774919;REVB=-0.00283837;RO=66;SAF=8;SAR=10;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318016;STB=0.526286;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.027644;OID=.;OPOS=22448405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:66:67:18:18:0.211765:10:8:31:35:10:8:32:35 chr15 22840279 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.504;QD=59.0187;RBI=0.0232339;REFB=0;REVB=-0.00561;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41971e-05;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr15 22873784 . C T 868.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000675426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.222;QD=57.8676;RBI=0.0661018;REFB=0;REVB=0.0660983;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277961;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr15 22921687 . CG C 40.37 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.282517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.5145;QD=7.68957;RBI=0.299194;REFB=-0.0763635;REVB=-0.0984947;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.551606;STBP=0.697;TYPE=del;VARB=0.116098;OID=.;OPOS=22921688;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:7:20:9:21:12:3:6:5:7:40:12:2:5:6:6 chr15 22926229 . G A 1491.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7031;QD=63.4739;RBI=0.0269734;REFB=0;REVB=-0.0260424;RO=0;SAF=69;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62216e-05;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:25:69:0:0:25:69:0:0 chr15 23006358 . CT C 38.92 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.108813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6512;QD=3.70661;RBI=0.127267;REFB=-0.0327121;REVB=-0.0660039;RO=27;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.301724;SSSB=0.415807;STB=0.648383;STBP=0.276;TYPE=del;VARB=0.0498361;OID=.;OPOS=23006359;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:12:41:12:42:30:9:3:17:13:38:27:10:2:14:13 chr15 23006364 . GAAAAG GAAAG,GAAAGA,GTAAAG 122.52 PASS AF=0.75,0,0;AO=13,4,2;DP=38;FAO=27,0,0;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=18,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.134025,-0.0892256,-0.00423075;FXX=0.0270197;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=8.30837,12.9721,33.9086;QD=13.6129;RBI=0.18382,0.142544,0.0537863;REFB=-0.212678,-0.117745,-0.0700111;REVB=0.125805,0.111165,0.0536196;RO=16;SAF=7,4,2;SAR=6,0,0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0.326087,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0230345,0.648636,0.510523;STB=0.559954,0.5,0.5;STBP=0.245,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.18982,0,0;OID=.,.,.;OPOS=23006365,23006368,23006365;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,T;OMAPALT=GAAAG,GAAAGA,GTAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0,0:13,4,2:38:27,0,0:36:9:18,0,0:9,0,0:4:5:25:16:7,4,2:6,0,0:9:7 chr15 23052632 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.55465e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.502;QD=64.1506;RBI=0.00115078;REFB=0;REVB=-0.00114988;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64665e-06;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr15 23059394 . C T 727.3 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.093;QD=63.2436;RBI=0.0178644;REFB=0;REVB=0.0028908;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52476e-05;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr15 23098401 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.607;QD=62.021;RBI=0.0691676;REFB=0;REVB=0.0669082;RO=0;SAF=40;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342281;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:2:40:0:0:2:40:0:0 chr15 23098449 . C T 1088.82 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0140499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.868;QD=55.13;RBI=0.0411869;REFB=-0.0497045;REVB=0.0387164;RO=3;SAF=67;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490396;STB=0.518482;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00279637;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:79:3:4:74:75:0.949367:7:67:2:1:8:67:3:1 chr15 23098503 . G T 81.12 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=131;FAO=12;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=90;FSRR=19;FWDB=-0.00343991;FXX=0.0294096;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.595;QD=2.45808;RBI=0.141325;REFB=-0.0129629;REVB=0.141284;RO=76;SAF=8;SAR=1;SRF=61;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185311;STB=0.512174;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0223439;OID=.;OPOS=23098503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:131:132:76:109:9:12:0.0909091:1:8:61:15:2:10:90:19 chr15 23098518 . G A 48.55 PASS AF=0.0992366;AO=13;DP=131;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=96;FSRR=22;FWDB=-8.48715e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1611;QD=1.48252;RBI=0.0378853;REFB=-0.00688471;REVB=0.0378852;RO=117;SAF=10;SAR=3;SRF=95;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776998;STB=0.559774;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0463943;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:131:131:117:118:13:13:0.0992366:3:10:95:22:3:10:96:22 chr15 23158293 . A C 545.59 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00764872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.799;QD=21.1879;RBI=0.00824597;REFB=-0.0316041;REVB=0.00308108;RO=48;SAF=35;SAR=20;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279983;STB=0.515379;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0227694;OID=.;OPOS=23158293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:20:35:32:16:20:35:32:16 chr15 23158337 . G GC 221.11 PASS AF=0.440678;AO=13;DP=120;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.132002;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.7873;QD=7.49509;RBI=0.188739;REFB=-0.0286237;REVB=-0.134899;RO=105;SAF=11;SAR=2;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437923;STB=0.60255;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0428815;OID=.;OPOS=23158338;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440678:13:120:52:118:66:33:19:30:36:99:105:11:2:52:53 chr15 23158339 . G C 327.08 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0384666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6212;QD=10.9944;RBI=0.158796;REFB=-0.0242246;REVB=-0.154066;RO=72;SAF=24;SAR=18;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488328;STB=0.542353;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0419601;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:72:77:42:42:0.352941:18:24:38:34:18:24:39:38 chr15 23259835 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0130619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.22;QD=18.6445;RBI=0.0272108;REFB=-0.0102995;REVB=0.0238708;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00716267;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:5:8:7:7:5:8 chr15 23261950 . A G 620.69 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0268688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6041;QD=55.172;RBI=0.04585;REFB=-0.0326719;REVB=-0.0371522;RO=3;SAF=21;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208155;STB=0.511106;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.012358;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:21:21:2:1:21:21:2:1 chr15 23326356 . G C 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0101486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.395;QD=7.68759;RBI=0.0140555;REFB=-0.00153195;REVB=-0.00972441;RO=46;SAF=13;SAR=5;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978459;STB=0.55369;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00415243;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:47:18:18:0.276923:5:13:30:16:5:13:31:16 chr15 23685004 . G GCAT 92.74 PASS AF=0.578947;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0513367;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=3;MLLD=170.881;QD=19.5242;RBI=0.0925853;REFB=-0.106451;REVB=0.0770492;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586203;STB=0.705499;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.0500949;OID=.;OPOS=23685005;OREF=-;OALT=CAT;OMAPALT=GCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:9:23:11:19:8:3:8:6:2:58:11:2:7:10:1 chr15 23686598 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1069;QD=33.4285;RBI=0.0847585;REFB=0;REVB=0.000458536;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0073531;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr15 23686673 . G A 212.32 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00343941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9452;QD=44.6985;RBI=0.113866;REFB=-0.0616469;REVB=0.113814;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1013;STB=0.545402;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00976381;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:19:1:1:17:18:0.947368:4:13:0:1:5:13:0:1 chr15 23687214 . C G 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5611;QD=61.2759;RBI=0.0271254;REFB=0;REVB=-0.0250772;RO=0;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181327;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:61:23:0:0:62:23:0:0 chr15 23688944 . A G 1485.24 PASS AF=1;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494858;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5409;QD=60.0098;RBI=0.0207529;REFB=0;REVB=-0.0201543;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27102e-05;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:97:99:1:37:60:0:0:37:62:0:0 chr15 23690543 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.353;QD=39.2061;RBI=0.0565948;REFB=0;REVB=-0.0323145;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000820294;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr15 23811592 . C T 676.73 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197207;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.435;QD=60.154;RBI=0.0197287;REFB=-0.0433814;REVB=0.000562654;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000190833;OID=.;OPOS=23811592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:1:0:24:20:1:0 chr15 23889033 . G T 156.23 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00258775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.792;QD=15.6228;RBI=0.0222393;REFB=0.00196666;REVB=-0.0220882;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037855;STB=0.531112;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00194527;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:11:6:7:15:11:6:7:16 chr15 23892574 . C G 33.08 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0109226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.0173;QD=6.01479;RBI=0.0268318;REFB=-0.0105062;REVB=-0.024508;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467764;STB=0.805374;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.11449;OID=.;OPOS=23892574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:7:9:1:5:7:9 chr15 23931507 . G A 611.8 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0118665;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.439;QD=47.0614;RBI=0.0294272;REFB=-0.0878475;REVB=0.0269286;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517062;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00130669;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:52:52:0:5:47:47:0.903846:20:27:0:0:20:27:2:3 chr15 24921771 . G C 248.97 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0301573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4109;QD=11.7164;RBI=0.0302556;REFB=0.0141381;REVB=-0.00243696;RO=53;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577143;STB=0.531625;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.02759;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:55:30:30:0.352941:16:14:22:31:16:14:23:32 chr15 24921802 . CT TC 60.86 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=0.000245394;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=2;MLLD=58.0109;QD=2.58987;RBI=0.083767;REFB=-0.0127524;REVB=-0.0837667;RO=71;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59138;STB=0.941758;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.191301;OID=.;OPOS=24921802;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:95:94:71:80:12:12:0.12766:2:10:22:49:1:11:26:54 chr15 24922208 . C G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.005127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.692;QD=12.0714;RBI=0.0178906;REFB=-0.0137557;REVB=0.0171402;RO=40;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108519;STB=0.506264;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0178547;OID=.;OPOS=24922208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:17:7:12:28:17:7:12:28 chr15 24922230 . C G 205.06 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.0267676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6316;QD=16.405;RBI=0.032865;REFB=-0.0097813;REVB=0.0190684;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250335;STB=0.645556;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0250254;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:15:6:3:25:15:6:3:26 chr15 24923336 . TG T,TT 61.21 PASS AF=0.3125,0.09375;AO=7,4;DP=31;FAO=10,3;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=1,0;FSAR=9,3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0338226,0.0294528;FXX=0.0302939;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.9184,16.7687;QD=7.65088;RBI=0.0371671,0.0512584;REFB=0.0408821,-0.0354146;REVB=0.0154086,0.0419518;RO=14;SAF=1,0;SAR=6,4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0.514563,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550754,-0.718275;STB=0.863181,0.99668;STBP=0.011,0.056;TYPE=del,snp;VARB=-0.0268557,-0.0594953;OID=.,.;OPOS=24923337,24923337;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0.09375:7,4:31:10,3:32:19:1,0:9,3:11:8:38:14:1,0:6,4:9:5 chr15 24923390 . C T 190.87 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0423974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5168;QD=12.1189;RBI=0.0881507;REFB=-0.0207329;REVB=0.0772852;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182305;STB=0.596252;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0379865;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:38:39:23:24:0.380952:10:13:15:23:11:13:15:24 chr15 24924663 . T C 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0249969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.791;QD=14.6054;RBI=0.0325509;REFB=-0.0226253;REVB=-0.0208498;RO=46;SAF=26;SAR=8;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640323;STB=0.523978;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0303203;OID=.;OPOS=24924663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:49:34:34:0.409639:8:26:33:13:8:26:36:13 chr15 24924729 . T C 339.46 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0209579;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.94;QD=17.6341;RBI=0.0212076;REFB=-0.00865986;REVB=0.00324486;RO=40;SAF=25;SAR=11;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934272;STB=0.556315;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00910641;OID=.;OPOS=24924729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:11:25:31:9:11:25:32:9 chr15 24926402 . A G 89.47 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0402668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4459;QD=15.5602;RBI=0.0459041;REFB=-0.0244499;REVB=-0.0220402;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0128646;OID=.;OPOS=24926402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:6:6:4:7:6:6 chr15 24926963 . T TA 46.51 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=62;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0806964;FXX=0.058812;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.664;QD=3.87587;RBI=0.141299;REFB=-0.0459537;REVB=-0.115989;RO=45;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334224;STB=0.662357;STBP=0.363;TYPE=ins;VARB=0.162302;OID=.;OPOS=24926964;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:10:62:8:48:40:2:6:17:23:46:45:2:8:20:25 chr15 25307562 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.593;QD=62.9829;RBI=0.0342807;REFB=0;REVB=0.0140178;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67022e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr15 25328575 . G A 908.4 PASS AF=0.4;AO=99;DP=248;FAO=100;FDP=250;FR=.;FRO=150;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=73;FSRR=77;FWDB=-0.0179288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.905;QD=14.5343;RBI=0.0179669;REFB=-0.0177371;REVB=0.00117019;RO=147;SAF=56;SAR=43;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812611;STB=0.550272;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0182787;OID=.;OPOS=25328575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:250:147:150:99:100:0.4:43:56:72:75:43:57:73:77 chr15 25328802 . C T 237.23 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0396253;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.782;QD=15.8152;RBI=0.0431947;REFB=-0.021315;REVB=0.0171934;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327958;STB=0.501853;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0129763;OID=.;OPOS=25328802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:14:13:16:17:14:13:16:17 chr15 25330550 . T A 249.18 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0116178;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.243;QD=16.3395;RBI=0.0117536;REFB=-0.0126807;REVB=0.00178205;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727414;STB=0.540955;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0169338;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:14:19:14:14:14:19 chr15 25924539 . T C 1668.82 PASS AF=0.541528;AO=145;DP=284;FAO=163;FDP=301;FR=.;FRO=138;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=0.0212314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.11;QD=22.177;RBI=0.0489274;REFB=0.0165436;REVB=0.0440808;RO=137;SAF=77;SAR=68;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373317;STB=0.503205;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0123455;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:301:137:138:145:163:0.541528:68:77:67:70:85:78:67:71 chr15 25926179 . C T 694.71 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=153;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00114829;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.956;QD=18.2819;RBI=0.0013104;REFB=-0.015417;REVB=-0.000631338;RO=76;SAF=41;SAR=32;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117669;STB=0.561627;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0253621;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:76:79:73:73:0.480263:32:41:33:43:32:41:35:44 chr15 25926186 . G A 609.96 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0167575;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.753;QD=17.6799;RBI=0.0210817;REFB=-0.00732686;REVB=-0.0127916;RO=74;SAF=35;SAR=28;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106427;STB=0.562681;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00952345;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:74:75:63:63:0.456522:28:35:33:41:28:35:33:42 chr15 25961964 . A G 1206.59 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.764;QD=61.0933;RBI=0.044097;REFB=0;REVB=0.0439602;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62193e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr15 27017536 . G A 1012.59 PASS AF=0.597315;AO=89;DP=149;FAO=89;FDP=149;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.00386758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.073;QD=27.1837;RBI=0.00978724;REFB=-0.0283528;REVB=0.00899066;RO=60;SAF=42;SAR=47;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168367;STB=0.591175;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0158387;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:60:60:89:89:0.597315:47:42:42:18:47:42:42:18 chr15 27018797 . G A 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.00274068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.419;QD=15.1037;RBI=0.00926634;REFB=-0.0201718;REVB=-0.00885176;RO=45;SAF=21;SAR=12;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111055;STB=0.562464;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0263795;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:12:21:33:12:12:21:33:12 chr15 27182357 . T C 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00471268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.225;QD=15.3079;RBI=0.0142996;REFB=-0.00602362;REVB=0.0135007;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157894;STB=0.508923;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00813006;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:15:19:25:21:15:19:25:21 chr15 27184435 . C T 332.0 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0396564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5544;QD=13.8333;RBI=0.0398409;REFB=0.00587161;REVB=0.00383068;RO=59;SAF=16;SAR=21;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207652;STB=0.617928;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0110851;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:21:16:37:22:21:16:37:22 chr15 27184482 . C T 186.49 PASS AF=0.342857;AO=23;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0193638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.298;QD=10.6567;RBI=0.027742;REFB=-0.0132087;REVB=-0.0198661;RO=45;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233766;STB=0.638183;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0247224;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:46:23:24:0.342857:14:9:27:18:15:9:27:19 chr15 27184517 . G A 212.06 PASS AF=0.376812;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00971324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.481;QD=12.293;RBI=0.0199111;REFB=-0.000619741;REVB=-0.0173812;RO=43;SAF=8;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377816;STB=0.722177;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00109993;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:25:26:0.376812:17:8:29:14:18:8:29:14 chr15 27188459 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0210597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.801;QD=26.3129;RBI=0.0334421;REFB=-0.00535127;REVB=0.0259782;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169239;STB=0.593659;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00298939;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:3:9:10:10:3:9 chr15 27516740 . GAGTC G 206.2 PASS AF=0.444444;AO=21;DP=57;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00170514;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=4;MLLD=323.756;QD=15.2743;RBI=0.00425858;REFB=-0.00570818;REVB=0.00390231;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505244;STB=0.504946;STBP=0.965;TYPE=del;VARB=0.00686568;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:21:57:24:54:30:9:15:11:19:99:27:8:13:9:18 chr15 27772676 . C T 795.79 PASS AF=0.439791;AO=84;DP=191;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00580176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.552;QD=16.6657;RBI=0.0167767;REFB=-0.00287145;REVB=0.0157415;RO=107;SAF=40;SAR=44;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898444;STB=0.504999;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00360357;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:107:107:84:84:0.439791:44:40:50:57:44:40:50:57 chr15 28090173 . C T 2312.64 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.969;QD=63.7969;RBI=0.0409804;REFB=0;REVB=0.0172407;RO=0;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03669e-05;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:70:75:0:0:70:75:0:0 chr15 28211921 . G A 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0444476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.54;QD=14.0472;RBI=0.0450863;REFB=-0.0226177;REVB=-0.00756219;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769453;STB=0.523783;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0265646;OID=.;OPOS=28211921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:8:10:13:14:8:10:15:14 chr15 28231793 . T C 1815.31 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466715;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.209;QD=61.5358;RBI=0.0276106;REFB=0;REVB=0.0272133;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207127;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:115:118:1:55:60:0:0:55:63:0:0 chr15 28235773 . C T 294.23 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0279837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.79;QD=17.5657;RBI=0.0286641;REFB=-0.011171;REVB=0.00620831;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955372;STB=0.553455;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.011888;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:15:17:15:20:15:17:15:20 chr15 28362459 . G A 831.58 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.21;QD=57.3501;RBI=0.0181254;REFB=0;REVB=0.0172797;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81652e-05;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:25:31:0:0:27:31:0:0 chr15 28414665 . T C 1316.12 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4846;QD=61.9351;RBI=0.0987331;REFB=0;REVB=0.0901062;RO=0;SAF=60;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658036;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:25:60:0:0:25:60:0:0 chr15 28419587 . G A 344.66 PASS AF=0.269231;AO=49;DP=178;FAO=49;FDP=182;FR=.;FRO=133;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=76;FWDB=0.00583122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.321;QD=7.57483;RBI=0.0649118;REFB=-0.0128198;REVB=-0.0646493;RO=127;SAF=26;SAR=23;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118925;STB=0.574139;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0329953;OID=.;OPOS=28419587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:182:127:133:49:49:0.269231:23:26:55:72:23:26:57:76 chr15 28419746 . G A 629.31 PASS AF=0.492424;AO=63;DP=130;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0617276;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.142;QD=19.07;RBI=0.0620926;REFB=-0.0114488;REVB=0.00672221;RO=67;SAF=18;SAR=45;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197378;STB=0.593879;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00980126;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:67:67:63:65:0.492424:45:18:32:35:45:20:32:35 chr15 28502279 . A G 1256.18 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230573;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.658;QD=62.0334;RBI=0.0234754;REFB=0;REVB=0.00441066;RO=0;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87184e-05;OID=.;OPOS=28502279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:27:53:0:0:28:53:0:0 chr15 28517436 . T C 665.71 PASS AF=0.421965;AO=73;DP=178;FAO=73;FDP=173;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.00904292;FXX=0.0388867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.117;QD=15.3921;RBI=0.0116728;REFB=-0.00288738;REVB=-0.00738109;RO=91;SAF=42;SAR=31;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398909;STB=0.502756;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00244082;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:173:91:100:73:73:0.421965:31:42:52:39:31:42:58:42 chr15 28517454 . G T 182.19 PASS AF=0.184358;AO=33;DP=180;FAO=33;FDP=179;FR=.;FRO=146;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=87;FSRR=59;FWDB=-0.000246329;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.817;QD=4.07134;RBI=0.0135648;REFB=-0.00656386;REVB=-0.0135626;RO=146;SAF=15;SAR=18;SRF=87;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180312;STB=0.613775;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0252164;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:146:146:33:33:0.184358:18:15:87:59:18:15:87:59 chr15 28632793 . G A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.022611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.453;QD=5.0179;RBI=0.0306759;REFB=-0.0112898;REVB=-0.0207304;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214616;STB=0.648157;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0392308;OID=.;OPOS=28632793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:1:6:20:7:1:6:20:7 chr15 29034198 . C T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00319122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.665;QD=23.8998;RBI=0.0166706;REFB=-0.0109864;REVB=0.0163623;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163914;STB=0.591479;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00990307;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:9:18:11:12:9:18:11:12 chr15 29368316 . T C 1003.95 PASS AF=0.5;AO=98;DP=196;FAO=98;FDP=196;FR=.;FRO=98;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.00193105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.721;QD=20.4888;RBI=0.0161896;REFB=-0.00901913;REVB=-0.016074;RO=97;SAF=60;SAR=38;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522307;STB=0.526538;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00853114;OID=.;OPOS=29368316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:97:98:98:98:0.5:38:60:54:43:38:60:55:43 chr15 29415560 . G A 521.58 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377572;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.866;QD=59.6092;RBI=0.0526581;REFB=0;REVB=0.0367052;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336633;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:13:22:0:0 chr15 29415698 . A G 1607.63 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201146;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.989;QD=59.5419;RBI=0.0204043;REFB=0;REVB=0.00342597;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124163;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:43:63:0:0:43:65:0:0 chr15 29418520 . C T 823.06 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484743;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1708;QD=55.8009;RBI=0.0518784;REFB=-0.136131;REVB=0.0184827;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00328411;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:0:1:58:58:0.983051:18:40:0:0:18:40:1:0 chr15 29418573 . AT GC 771.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262495;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.236;QD=57.1382;RBI=0.0270054;REFB=0;REVB=0.0268775;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.74213e-05;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr15 29544656 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.997;QD=57.0004;RBI=0.0402501;REFB=0;REVB=0.00297855;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136227;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr15 30008856 . C A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.79;QD=58.9626;RBI=0.0409241;REFB=0;REVB=0.0408721;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12264e-05;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr15 30008889 . G A 1223.69 PASS AF=0.943182;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0207718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.152;QD=55.6223;RBI=0.0208152;REFB=-0.134456;REVB=-0.00134351;RO=5;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397528;STB=0.521003;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00186589;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:88:88:5:5:83:83:0.943182:57:26:0:5:57:26:0:5 chr15 30011145 . C T 884.87 PASS AF=0.517647;AO=88;DP=170;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0234442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.177;QD=20.8206;RBI=0.0239195;REFB=-0.0142341;REVB=0.0047445;RO=82;SAF=36;SAR=52;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113247;STB=0.562148;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0089211;OID=.;OPOS=30011145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:82:82:88:88:0.517647:52:36:44:38:52:36:44:38 chr15 30018627 . T C 1153.36 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.755;QD=60.7034;RBI=0.023813;REFB=0;REVB=0.022018;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12622e-05;OID=.;OPOS=30018627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr15 30516460 . GA G,GC 372.18 PASS AF=1,0;AO=6,22;DP=28;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204497,-0.0873764;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.6285,63.1682;QD=53.1685;RBI=0.0205571,0.451037;REFB=0,0;REVB=0.00209823,-0.442493;RO=0;SAF=6,8;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000183876,0;OID=.,.;OPOS=30516461,30516461;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:6,22:28:28,0:28:0:14,0:14,0:0:0:4:0:6,8:0,14:0:0 chr15 30516531 . A G 194.3 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.029921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5376;QD=12.3367;RBI=0.0334267;REFB=-0.0101139;REVB=0.0149022;RO=39;SAF=18;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228617;STB=0.632909;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0161498;OID=.;OPOS=30516531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:6:18:22:17:6:18:22:17 chr15 30664452 . G GT 148.49 PASS AF=0.95;AO=2;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.108704;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.8255;QD=29.6987;RBI=0.111348;REFB=-0.129293;REVB=0.024118;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111109;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=0.0305186;OID=.;OPOS=30664453;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:2:20:19:20:1:12:7:0:1:6:18:1:1:11:7 chr15 30664453 . C T 208.62 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00636447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9945;QD=41.7238;RBI=0.029737;REFB=-0.131135;REVB=0.0290479;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.571347;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0113626;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:6:12:0:1:6:12:0:2 chr15 31197564 . G A 175.58 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0451894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.417;QD=13.7709;RBI=0.0538736;REFB=-0.0192578;REVB=-0.0293306;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348209;STB=0.71112;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0271032;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:15:5:17:13:15:5:18:13 chr15 31229420 . T C 590.13 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.000822038;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0883;QD=15.3279;RBI=0.043722;REFB=0.00861857;REVB=0.0437142;RO=88;SAF=34;SAR=32;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775061;STB=0.504333;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0107414;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:88:88:66:66:0.428571:32:34:46:42:32:34:46:42 chr15 31231190 . T C 672.82 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.24;QD=58.5061;RBI=0.0227292;REFB=-0.150224;REVB=-0.0046868;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00399723;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:44:45:0.978261:27:17:0:0:27:18:1:0 chr15 31267123 . A T 365.35 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0812171;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8726;QD=26.5712;RBI=0.0843883;REFB=-0.0438001;REVB=-0.0229166;RO=20;SAF=24;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110678;STB=0.50605;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0282491;OID=.;OPOS=31267123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:11:24:14:6:11:24:14:6 chr15 31267147 . C T 126.78 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0102252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.669;QD=8.04973;RBI=0.0143724;REFB=-0.00591254;REVB=-0.0101;RO=45;SAF=12;SAR=6;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577759;STB=0.534844;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0163704;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:6:12:28:17:6:12:28:17 chr15 31294654 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5543;QD=40.762;RBI=0.114823;REFB=0;REVB=-0.110747;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00809649;OID=.;OPOS=31294654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr15 31330280 . A G 2253.78 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782672;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.014;QD=60.9129;RBI=0.0213184;REFB=0;REVB=0.0198297;RO=0;SAF=83;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739054;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:146:148:1:63:83:0:0:63:85:0:0 chr15 31342744 . C G,T 1216.82 PASS AF=0.0357143,0.940476;AO=3,79;DP=84;FAO=3,79;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=1,16;FSAR=2,63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0761525,0.0360258;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.1454,106.58;QD=57.9438;RBI=0.081062,0.0472648;REFB=-0.0368092,-0.105066;REVB=-0.0277819,-0.0305958;RO=2;SAF=1,16;SAR=2,63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.39997,-0.0555623;STB=0.74849,0.529404;STBP=0.297,0.025;TYPE=snp,snp;VARB=0.0527249,0.00126009;OID=.,.;OPOS=31342744,31342744;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:84:2:2:3,79:3,79:0.0357143,0.940476:2,63:1,16:2:0:2,63:1,16:2:0 chr15 31362352 . C T 749.72 PASS AF=0.979592;AO=29;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.064773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.653;QD=61.2021;RBI=0.0727685;REFB=-0.0347966;REVB=0.033162;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00113563;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:29:48:0.979592:16:13:0:0:22:26:1:0 chr15 31362654 . G A 400.24 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00215449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.663;QD=53.3658;RBI=0.0275895;REFB=-0.105437;REVB=0.0275053;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000739103;OID=.;OPOS=31362654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr15 31369123 . A G 1990.09 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6435;QD=62.1902;RBI=0.0477637;REFB=0;REVB=0.0174644;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222429;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:58:69:0:0:58:70:0:0 chr15 32450704 . G A 278.87 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0065887;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3641;QD=13.7715;RBI=0.0198987;REFB=-0.0162786;REVB=0.0187763;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449333;STB=0.530787;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.037423;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:14:18:29:19:14:18:30:19 chr15 32450712 . A G 269.68 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0357888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.535;QD=14.3828;RBI=0.0360755;REFB=-0.00493088;REVB=-0.00453918;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831517;STB=0.552598;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.01317;OID=.;OPOS=32450712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:14:17:27:16:14:17:28:16 chr15 32890282 . C T 31.42 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0158003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.243;QD=2.41709;RBI=0.0161212;REFB=0.000457811;REVB=-0.00320055;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343903;STB=0.77106;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0105507;OID=.;OPOS=32890282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:5:1:20:26:5:1:20:26 chr15 32890375 . C G 78.67 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00877014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.294;QD=6.55588;RBI=0.0087728;REFB=-0.0146965;REVB=0.000216005;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267056;STB=0.666389;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0503841;OID=.;OPOS=32890375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:5:6:12:25:5:6:12:25 chr15 33010412 . G A 701.87 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.026398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4775;QD=58.4895;RBI=0.0520624;REFB=-0.107285;REVB=0.0448736;RO=1;SAF=33;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140367;STB=0.511057;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0035174;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:1:2:46:46:0.958333:13:33:1:0:13:33:1:1 chr15 33010736 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.963;QD=44.6898;RBI=0.0667386;REFB=0;REVB=-0.017383;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303185;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 33023670 . C T 853.56 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.396;QD=55.9708;RBI=0.0210565;REFB=-0.0608246;REVB=0.0166257;RO=1;SAF=39;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011949;STB=0.506327;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=2.62331e-05;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:21:39:1:0:21:39:1:0 chr15 33023685 . A C 1084.84 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516215;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6328;QD=60.2691;RBI=0.0564974;REFB=0;REVB=0.0229603;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598427;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:34:38:0:0 chr15 33023951 . T C 831.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.969;QD=56.4052;RBI=0.0852102;REFB=0;REVB=0.0683536;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844601;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:26:33:0:0 chr15 33023985 . A G 554.96 PASS AF=0.888889;AO=39;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0190227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6183;QD=49.3298;RBI=0.0464758;REFB=-0.0118736;REVB=0.0424044;RO=5;SAF=19;SAR=20;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108583;STB=0.555528;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00523807;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:5:5:39:40:0.888889:20:19:5:0:20:20:5:0 chr15 33025627 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.91;QD=62.9827;RBI=0.00425065;REFB=0;REVB=0.0011173;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02872e-06;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:18:27:0:0 chr15 33025979 . C T 545.2 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0521452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0733;QD=57.3899;RBI=0.0775002;REFB=0.0354455;REVB=-0.0573337;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0034025;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:1:0:19:18:1:0 chr15 33096555 . TAAAAAT TAAAATT,TTAAAAA 239.34 PASS AF=0.446429,0;AO=24,4;DP=74;FAO=25,0;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=15,0;FSAR=10,0;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.106142,-0.124644;FXX=0.0819538;HRUN=5,5;LEN=1,6;MLLD=15.5857,23.2518;QD=17.0958;RBI=0.168769,0.129538;REFB=-0.0395395,-0.00992689;REVB=-0.131213,0.0352684;RO=22;SAF=17,0;SAR=7,4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0197695,-0.726834;STB=0.532085,0.5;STBP=0.658,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0257427,0;OID=.,.;OPOS=33096560,33096556;OREF=A,AAAAAT;OALT=T,TAAAAA;OMAPALT=TAAAATT,TTAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446429,0:24,4:74:25,0:56:21:15,0:10,0:14:7:99:22:17,0:7,4:16:6 chr15 33187448 . T A 858.44 PASS AF=0.491525;AO=87;DP=177;FAO=87;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0105578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9044;QD=19.3998;RBI=0.0298158;REFB=-0.022899;REVB=0.027884;RO=90;SAF=39;SAR=48;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109095;STB=0.56008;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.022371;OID=.;OPOS=33187448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:90:90:87:87:0.491525:48:39:51:39:48:39:51:39 chr15 33191023 . A G 1461.44 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129319;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.236;QD=62.8575;RBI=0.0134671;REFB=0;REVB=0.00375884;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77373e-05;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:91:93:1:48:43:0:0:49:44:0:0 chr15 33261232 . G A 160.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.97;QD=45.7849;RBI=0.0691104;REFB=0;REVB=0.0680693;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625944;OID=.;OPOS=33261232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr15 33359574 . C A 1008.61 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4582;QD=59.3302;RBI=0.115709;REFB=0;REVB=-0.0674984;RO=0;SAF=48;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024356;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:16:48:0:0:16:52:0:0 chr15 33840414 . A G 1256.59 PASS AF=0.90625;AO=87;DP=96;FAO=87;FDP=96;FR=.;FRO=9;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0731773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6186;QD=52.3579;RBI=0.0732579;REFB=-0.0127554;REVB=-0.00343455;RO=6;SAF=49;SAR=38;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782734;STB=0.511281;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00808749;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:96:96:6:9:87:87:0.90625:38:49:3:3:38:49:4:5 chr15 33872177 . C T 291.39 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0608062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.716;QD=16.8922;RBI=0.0837308;REFB=0.0270837;REVB=0.0575625;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247485;STB=0.637989;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0323468;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:15:17:10:27:15:17:10:27 chr15 33954652 . C T 1229.32 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0486664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.967;QD=57.8505;RBI=0.0533283;REFB=-0.10574;REVB=0.0218058;RO=1;SAF=48;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976474;STB=0.509998;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00165349;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:85:85:1:2:82:83:0.976471:34:48:1:0:34:49:2:0 chr15 34014753 . T C 1066.07 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7487;QD=58.4149;RBI=0.0175873;REFB=-0.0851985;REVB=0.00228819;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.509088;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00124798;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:27:45:0:0:27:45:0:1 chr15 34014913 . C T 1153.33 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.738;QD=60.7014;RBI=0.0460838;REFB=0;REVB=0.045362;RO=0;SAF=54;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71438e-05;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:21:54:0:0:22:54:0:0 chr15 34016274 . G A 884.17 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00835051;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.477;QD=53.5859;RBI=0.0140937;REFB=0.0103404;REVB=0.0113534;RO=3;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136152;STB=0.507216;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.000109883;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:32:31:1:2:32:31:1:2 chr15 34032131 . G A 1060.42 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255223;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.714;QD=58.9121;RBI=0.0390188;REFB=-0.0217569;REVB=-0.029514;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000470184;OID=.;OPOS=34032131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:72:0:1:71:71:0.986111:49:22:0:0:49:22:1:0 chr15 34113536 . A G 1476.35 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.751;QD=62.1622;RBI=0.0227023;REFB=-0.0504993;REVB=0.00745662;RO=1;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870024;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00140461;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:54:40:0:1:54:40:0:1 chr15 34158266 . A G 2105.37 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9822;QD=61.9225;RBI=0.0466486;REFB=-0.135794;REVB=0.0345249;RO=0;SAF=80;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78419e-08;STB=0.504504;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000642116;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:136:0:1:135:135:0.992647:55:80:0:0:55:80:0:1 chr15 34356988 . G A 1205.23 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016913;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.311;QD=61.0245;RBI=0.0330695;REFB=0;REVB=0.0330262;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126521;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:36:40:0:0:39:40:0:0 chr15 34357259 . T A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.72;QD=57.8246;RBI=0.0153173;REFB=-0.0418303;REVB=-0.000379284;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000307862;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:25:13:1:0:25:13:1:0 chr15 34522985 . C G 1770.81 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102743;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.693;QD=61.0624;RBI=0.037054;REFB=0;REVB=0.0356011;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93895e-06;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:114:116:1:56:58:0:0:56:60:0:0 chr15 34524995 . G T 1171.52 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.241;QD=60.8582;RBI=0.00570685;REFB=0;REVB=-0.000132287;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49976e-06;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:47:28:0:0:48:29:0:0 chr15 34525035 . T C 852.86 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1607;QD=56.8576;RBI=0.0643515;REFB=0;REVB=-0.0337472;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139827;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:33:26:1:0:33:27:0:0 chr15 34528948 . G A 794.45 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0470156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6321;QD=52.0953;RBI=0.0562081;REFB=-0.0773921;REVB=0.0308039;RO=3;SAF=36;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280569;STB=0.514894;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0303571;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:58:58:0.95082:22:36:1:2:22:36:1:2 chr15 34640218 . C T 2399.92 PASS AF=0.932203;AO=165;DP=177;FAO=165;FDP=177;FR=.;FRO=12;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.012754;FXX=0.00561766;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.6805;QD=54.2355;RBI=0.0253287;REFB=-0.178406;REVB=0.0218833;RO=9;SAF=88;SAR=77;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131716;STB=0.503406;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00308219;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:177:177:9:12:165:165:0.932203:77:88:6:3:77:88:7:5 chr15 34640377 . AT AC,CG 498.9 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=29,2;DP=34;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267888,-0.010419;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.296,133.291;QD=57.0175;RBI=0.0274533,0.0105916;REFB=0,0;REVB=0.00600351,0.00190442;RO=0;SAF=11,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00071584,-0.00986143;OID=.,.;OPOS=34640378,34640377;OREF=T,AT;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:35:0:0:29,2:33,2:0.942857,0.0571429:18,0:11,2:0:0:21,0:12,2:0:0 chr15 34649247 . C G 213.44 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0411485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7689;QD=16.1088;RBI=0.0524495;REFB=-0.0110123;REVB=0.0325231;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.581331;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00901544;OID=.;OPOS=34649247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:21:8:10:14:21:8 chr15 34654971 . C T 137.54 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0160158;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.045;QD=17.1923;RBI=0.0694888;REFB=-0.0197185;REVB=0.0676179;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414199;STB=0.521711;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0212553;OID=.;OPOS=34654971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:14:15:0.46875:4:10:12:4:4:11:13:4 chr15 34659229 . A AG,G 66.71 PASS AF=0.5,0;AO=4,5;DP=37;FAO=17,0;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0;FSAR=12,0;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0188422,-0.0227233;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=9.32624,15.2514;QD=7.84847;RBI=0.150359,0.0789284;REFB=-0.107891,-0.0625648;REVB=0.149173,0.0755866;RO=28;SAF=3,1;SAR=1,4;SRF=3;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.680482,0.21293;STB=0.61632,0.5;STBP=0.304,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.158579,0;OID=.,.;OPOS=34659230,34659229;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:37:34:28:17:4,5:17,0:0.5,0:1,4:3,1:3:25:12,0:5,0:2:15 chr15 34673255 . G A 52.12 PASS AF=0.235294;AO=6;DP=32;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00147468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.167;QD=6.13172;RBI=0.00148513;REFB=-0.00774302;REVB=0.000175888;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589263;STB=0.790988;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0327815;OID=.;OPOS=34673255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:34:21:26:6:8:0.235294:5:1:15:6:6:2:17:9 chr15 34673722 . C T 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00955903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.332;QD=3.43671;RBI=0.0106567;REFB=0.014152;REVB=0.00471066;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216954;STB=0.654652;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0691996;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:16:17:2:4:16:17 chr15 35045276 . G A 163.66 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.00227341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.075;QD=20.4571;RBI=0.00851748;REFB=-0.0342166;REVB=-0.00820848;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350416;STB=0.69415;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00826308;OID=.;OPOS=35045276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:1:14:9:8:1:14 chr15 35045312 . T A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0169494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.813;QD=14.2619;RBI=0.0240805;REFB=-0.000913208;REVB=0.0171052;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275068;STB=0.658351;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00121907;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:7:17:7:9:7:17 chr15 35082422 . AGGC AG,AGC 438.37 PASS AF=0,0.672727;AO=28,46;DP=111;FAO=0,74;FDP=110;FR=.;FRO=36;FSAF=0,4;FSAR=0,70;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=0.00326774,-0.0926167;FXX=0.0090082;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=71.7726,15.9849;QD=15.9409;RBI=0.0400052,0.116114;REFB=-0.0116967,-0.105316;REVB=-0.0398715,-0.0700331;RO=37;SAF=4,0;SAR=24,46;SRF=30;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.651667,-0.887157;STB=0.5,0.886601;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.0635526;OID=.,.;OPOS=35082424,35082423;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.672727:28,46:111:0,74:110:36:0,4:0,70:30:6:99:37:4,0:24,46:30:7 chr15 35149008 . C T 1321.44 PASS AF=0.936842;AO=88;DP=98;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00425222;FXX=0.0306091;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.875;QD=55.6396;RBI=0.020908;REFB=0.00727173;REVB=-0.020471;RO=6;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497968;STB=0.52631;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000598773;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:98:95:6:6:88:89:0.936842:54:34:0:6:54:35:0:6 chr15 35230934 . A ATAGT,T 513.94 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=31,4;DP=36;FAO=33,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152195,0.00660928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=178.701,51.6566;QD=57.1042;RBI=0.024697,0.0107528;REFB=0,0;REVB=0.0194502,0.0084817;RO=1;SAF=18,3;SAR=13,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0345339,0.272709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00181214,-0.0072466;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:36:36:1:0:31,4:33,3:0.916667,0.0833333:13,1:18,3:0:1:14,1:19,2:0:0 chr15 35256624 . C G 1098.47 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.74;QD=60.1904;RBI=0.0195958;REFB=0;REVB=0.01924;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79978e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:69:73:1:24:45:0:0:26:47:0:0 chr15 35272234 . C G 62.21 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.732;QD=35.5494;RBI=0.0448057;REFB=0;REVB=-0.00027083;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558261;OID=.;OPOS=35272234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr15 35609789 . G GAA 30.8 PASS AF=0.225;AO=7;DP=49;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00800581;FXX=0.166632;HRUN=1;LEN=2;MLLD=26.0938;QD=3.08042;RBI=0.0502211;REFB=-0.0239019;REVB=-0.0495788;RO=39;SAF=0;SAR=7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.650297;STB=0.841242;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.11764;OID=.;OPOS=35609790;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225:7:49:9:40:31:1:8:15:16:30:39:0:7:16:23 chr15 36946303 . C G 915.31 PASS AF=0.461905;AO=97;DP=213;FAO=97;FDP=210;FR=.;FRO=113;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.018824;FXX=0.0140838;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.536;QD=17.4344;RBI=0.0188277;REFB=-0.0338274;REVB=0.000371718;RO=112;SAF=47;SAR=50;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322743;STB=0.520216;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0382927;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:210:112:113:97:97:0.461905:50:47:58:54:50:47:59:54 chr15 36983962 . T C 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0178868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.062;QD=21.6259;RBI=0.0184417;REFB=-0.014743;REVB=0.00448959;RO=38;SAF=16;SAR=27;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274943;STB=0.515163;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0131213;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:27:16:13:25:27:16:13:25 chr15 37183609 . CTTTTTTTTG CTTTTTTG,CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT 1348.97 PASS AF=0,0.981818,0;AO=25,136,15;DP=221;FAO=0,216,0;FDP=220;FR=.;FRO=4;FSAF=0,122,0;FSAR=0,94,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0283629,0.0597385,-0.0043508;FXX=0.0178563;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=8.62158,9.25401,9.85651;QD=24.5268;RBI=0.0449403,0.0934728,0.028117;REFB=0.0417942,0.0734352,0.0366039;REVB=-0.0348594,-0.0718921,-0.0277784;RO=31;SAF=5,86,15;SAR=20,50,0;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.330311,0.0549254,0.79939;STB=0.5,0.508064,0.5;STBP=1,0.1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0518362,0.017416,-0.0196833;OID=.,.,.;OPOS=37183610,37183610,37183617;OREF=TT,T,TG;OALT=-,-,GT;OMAPALT=CTTTTTTG,CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.981818,0:25,136,15:221:0,216,0:220:4:0,122,0:0,94,0:4:0:6:31:5,86,15:20,50,0:15:16 chr15 37343040 . C G 948.28 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000566419;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0145;QD=58.3557;RBI=0.063364;REFB=0;REVB=-0.0633615;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138888;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:62:65:1:36:26:0:0:38:27:0:0 chr15 38233869 . T C 1465.39 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.566;QD=63.0276;RBI=0.0114745;REFB=0;REVB=0.00530696;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20434e-05;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:91:93:1:43:48:0:0:44:49:0:0 chr15 38243248 . G GT 41.89 PASS AF=0.239437;AO=27;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.197981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.9825;QD=2.35974;RBI=0.230377;REFB=-0.0743865;REVB=-0.1178;RO=44;SAF=23;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439499;STB=0.802578;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.105406;OID=.;OPOS=38243249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.239437:27:71:17:71:54:15:2:31:23:41:44:23:4:23:21 chr15 38614525 . G A 1749.44 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346;QD=60.8501;RBI=0.0224267;REFB=0;REVB=0.015872;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00332e-08;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:111:115:1:51:60:0:0:53:62:0:0 chr15 38643574 . T C 1283.16 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.34;QD=61.839;RBI=0.0355978;REFB=0;REVB=0.0291787;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57269e-05;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:51:31:0:0:51:32:0:0 chr15 39545032 . T G 2476.74 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.427;QD=60.7789;RBI=0.022167;REFB=-0.0521743;REVB=0.0125845;RO=0;SAF=81;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=8.5099e-05;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:0:1:162:162:0.993865:81:81:0:0:81:81:0:1 chr15 39545148 . C T 286.45 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00978728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.643;QD=24.3785;RBI=0.0161087;REFB=-0.00509916;REVB=0.0127945;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157104;STB=0.586856;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00456575;OID=.;OPOS=39545148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:16:5:11:15:16:5 chr15 39545268 . G A 1025.85 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.657;QD=59.4693;RBI=0.0178352;REFB=0;REVB=-0.0157379;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.983e-05;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr15 39546114 . A G 213.93 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00331198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5273;QD=14.7539;RBI=0.0165997;REFB=0.00191893;REVB=0.0162659;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147307;STB=0.508373;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0038862;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:18:15:11:14:18:15 chr15 40226495 . T C 983.22 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00338601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.105;QD=51.7486;RBI=0.0148955;REFB=0.00517403;REVB=0.0145056;RO=5;SAF=47;SAR=23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184531;STB=0.514626;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=1.31425e-05;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:75:76:5:6:70:70:0.921053:23:47:4:1:23:47:5:1 chr15 40259848 . A C 420.68 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0210157;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.119;QD=14.6324;RBI=0.023073;REFB=-0.00298317;REVB=0.00952385;RO=66;SAF=25;SAR=23;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725827;STB=0.535842;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00591476;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:66:67:48:48:0.417391:23:25:39:27:23:25:39:28 chr15 40265799 . A G 680.43 PASS AF=0.92;AO=45;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00568776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2232;QD=54.4347;RBI=0.0256292;REFB=0.100202;REVB=-0.0249901;RO=4;SAF=8;SAR=37;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481574;STB=0.524989;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0309312;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:45:46:0.92:37:8:0:4:38:8:0:4 chr15 40268998 . G C,GGACGAC 321.54 PASS AF=0.0634921,0.277778;AO=8,34;DP=130;FAO=8,35;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=6,19;FSAR=2,16;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0490768,-0.0255918;FXX=0.0078734;HRUN=2,2;LEN=1,6;MLLD=102.466,203.945;QD=10.2077;RBI=0.0555211,0.0428679;REFB=-0.0122864,-0.0234183;REVB=-0.0259628,-0.0343906;RO=86;SAF=6,18;SAR=2,16;SRF=37;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.349653,0.119661;STB=0.769399,0.567946;STBP=0.132,0.357;TYPE=snp,ins;VARB=0.060265,0.0467086;OID=.,.;OPOS=40268998,40268999;OREF=G,-;OALT=C,GACGAC;OMAPALT=C,GGACGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:130:126:86:83:8,34:8,35:0.0634921,0.277778:2,16:6,18:37:49:2,16:6,19:37:46 chr15 40327290 . A G 1591.41 PASS AF=0.451613;AO=166;DP=368;FAO=168;FDP=372;FR=.;FRO=204;FSAF=112;FSAR=56;FSRF=116;FSRR=88;FWDB=0.0140377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.451;QD=17.1119;RBI=0.0145554;REFB=-0.0124321;REVB=-0.00384765;RO=201;SAF=111;SAR=55;SRF=115;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1035;STB=0.558132;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0171141;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:372:201:204:166:168:0.451613:55:111:115:86:56:112:116:88 chr15 40327301 . G A 1543.34 PASS AF=0.454039;AO=162;DP=361;FAO=163;FDP=359;FR=.;FRO=196;FSAF=108;FSAR=55;FSRF=113;FSRR=83;FWDB=-0.0281395;FXX=0.0137359;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0391;QD=17.196;RBI=0.0546928;REFB=8.01696e-05;REVB=-0.0468986;RO=189;SAF=108;SAR=54;SRF=110;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896648;STB=0.55079;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000175087;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:359:189:196:162:163:0.454039:54:108:110:79:55:108:113:83 chr15 40327793 . CCTGCTGC CCTGCTGCT,CCTGC 696.87 PASS AF=0,0.365217;AO=26,63;DP=236;FAO=0,84;FDP=230;FR=.;FRO=146;FSAF=0,38;FSAR=0,46;FSRF=58;FSRR=88;FWDB=0.0866672,-0.00104797;FXX=0.0295346;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=11.0604,282.755;QD=12.1194;RBI=0.325523,0.0268951;REFB=0.00855579,-0.0213085;REVB=-0.313774,-0.0268747;RO=106;SAF=0,27;SAR=26,36;SRF=48;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749843,-0.02724;STB=0.5,0.535541;STBP=1,0.432;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0346915;OID=.,.;OPOS=40327801,40327794;OREF=-,CTG;OALT=T,-;OMAPALT=CCTGCTGCT,CCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.365217:26,63:236:0,84:230:146:0,38:0,46:58:88:99:106:0,27:26,36:48:58 chr15 40328575 . G C 1870.15 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373697;FXX=0.0241916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.138;QD=61.8232;RBI=0.0558851;REFB=0;REVB=0.0415531;RO=0;SAF=69;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58072e-05;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:120:121:1:51:69:0:0:51:70:0:0 chr15 40328665 . G A 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.010678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.873;QD=13.5535;RBI=0.0239781;REFB=-0.019634;REVB=-0.0214693;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102946;STB=0.534036;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0340344;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:40:27:27:0.402985:19:8:8:29:19:8:10:30 chr15 40330564 . C T 619.64 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00480946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1178;QD=52.7351;RBI=0.0822365;REFB=0.00528143;REVB=-0.0820957;RO=4;SAF=22;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780579;STB=0.541647;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00198815;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:43:43:0.914894:21:22:4:0:21:22:4:0 chr15 40383347 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.121;QD=64.1539;RBI=0.0227929;REFB=0;REVB=0.0171199;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88592e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr15 40383779 . A C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00784973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.489;QD=26.399;RBI=0.0110044;REFB=-0.0137086;REVB=0.00771225;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951104;STB=0.552788;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00526382;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:10:8:3:7:10:8:3:7 chr15 40426913 . C A 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.617;QD=63.8658;RBI=0.0301496;REFB=0;REVB=0.00307945;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69675e-05;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr15 40462780 . G A 217.73 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0143015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.036;QD=13.6081;RBI=0.0656609;REFB=-0.0226755;REVB=0.0640845;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109595;STB=0.562453;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0345135;OID=.;OPOS=40462780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:13:13:15:23:13:13:15:23 chr15 40477831 . G A 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1422;QD=59.8528;RBI=0.0302112;REFB=0;REVB=0.0293061;RO=0;SAF=51;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163826;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:20:51:0:0:20:51:0:0 chr15 40488851 . G A 445.62 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0353893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.652;QD=26.213;RBI=0.0368443;REFB=-0.0385748;REVB=0.0102518;RO=26;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166844;STB=0.509112;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.028096;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:20:22:13:13:20:22:13:13 chr15 40544493 . A G 366.79 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0115432;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.28;QD=18.3393;RBI=0.0281474;REFB=-0.0146883;REVB=-0.0256716;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09731;STB=0.554348;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0174793;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:22:16:22:20:22:16:22:20 chr15 40544520 . G C 222.93 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0867581;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8182;QD=16.5132;RBI=0.0987104;REFB=0.0122605;REVB=0.0470827;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658518;STB=0.526696;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.015537;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:29:25:25:0.462963:15:10:14:16:15:10:13:16 chr15 40544617 . G A 238.52 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0860258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2433;QD=27.259;RBI=0.104242;REFB=-0.0323153;REVB=-0.0588718;RO=13;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127962;STB=0.571358;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0207994;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:4:18:9:4:4:18:9:4 chr15 40558064 . A G 152.03 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0135034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3419;QD=11.4737;RBI=0.0505567;REFB=-0.0205862;REVB=-0.0487199;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10295;STB=0.551048;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0358735;OID=.;OPOS=40558064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:34:19:19:0.358491:11:8:17:16:11:8:17:17 chr15 40558482 . A G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0317342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.667;QD=13.8994;RBI=0.0420319;REFB=0.00168717;REVB=-0.0275612;RO=34;SAF=21;SAR=3;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357376;STB=0.709249;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00220398;OID=.;OPOS=40558482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:3:21:22:12:3:21:22:12 chr15 40564576 . C T 270.26 PASS AF=0.705882;AO=20;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0276967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.527;QD=31.7956;RBI=0.0315232;REFB=-0.0582877;REVB=0.0150534;RO=10;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165876;STB=0.537324;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0155377;OID=.;OPOS=40564576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:20:24:0.705882:16:4:4:6:17:7:4:6 chr15 40568685 . A T 515.38 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00961389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.219;QD=24.8374;RBI=0.0117544;REFB=-0.0201766;REVB=-0.00676313;RO=34;SAF=27;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477758;STB=0.532612;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0121484;OID=.;OPOS=40568685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:34:35:48:48:0.578313:21:27:17:17:21:27:17:18 chr15 40568823 . C A 406.73 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.101637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2421;QD=20.0856;RBI=0.116939;REFB=0.00128238;REVB=0.0578326;RO=40;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337111;STB=0.518688;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000981676;OID=.;OPOS=40568823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:20:21:22:18:20:21:22:18 chr15 40573716 . A G 1472.31 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8813;QD=63.3252;RBI=0.0544277;REFB=0;REVB=-0.0540495;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222102;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr15 40583876 . T G 398.26 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476389;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9017;QD=56.8935;RBI=0.106974;REFB=0;REVB=0.0957811;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165437;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr15 40589002 . A G 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00252822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.099;QD=15.7532;RBI=0.0105449;REFB=0.000268358;REVB=-0.0102374;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506171;STB=0.528555;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.000420184;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:15:20:24:22:15:20:24:22 chr15 40590134 . G A 825.94 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00609;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.646;QD=55.996;RBI=0.02404;REFB=-0.0372728;REVB=-0.0232559;RO=1;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192485;STB=0.510201;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-8.16759e-05;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:59:1:1:58:58:0.983051:24:34:0:1:24:34:0:1 chr15 40655845 . C G 77.34 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0507998;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.3058;QD=13.4499;RBI=0.0517994;REFB=-0.0401704;REVB=-0.0101269;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242655;STB=0.653583;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0486879;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:6:4:2:10:6:4:2:11 chr15 40655873 . G C 120.12 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0361537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0471;QD=14.1317;RBI=0.0503739;REFB=0.00368469;REVB=-0.0350776;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452819;STB=0.526279;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0114513;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:10:4:5:15:10:4:5:15 chr15 40659476 . G A 335.53 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0277177;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.564;QD=20.0317;RBI=0.0296933;REFB=-0.0271846;REVB=-0.0106497;RO=32;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18557;STB=0.592761;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0297333;OID=.;OPOS=40659476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:34:35:0.522388:13:21:13:19:14:21:13:19 chr15 40662052 . C T 152.59 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0102592;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.618;QD=12.7159;RBI=0.0102982;REFB=-0.00394645;REVB=-0.00089495;RO=29;SAF=2;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409745;STB=0.755031;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00722861;OID=.;OPOS=40662052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:31:17:17:0.354167:15:2:11:18:15:2:12:19 chr15 40750740 . A G 321.95 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.0275146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3075;QD=16.5103;RBI=0.0626496;REFB=-0.039217;REVB=-0.0562842;RO=43;SAF=25;SAR=9;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736486;STB=0.535695;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0338447;OID=.;OPOS=40750740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:43:34:35:0.448718:9:25:34:9:9:26:34:9 chr15 40751555 . C A 193.23 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0383567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3626;QD=14.8639;RBI=0.0456609;REFB=-0.00468793;REVB=0.0247726;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256009;STB=0.63166;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00897936;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:30:21:22:0.423077:10:11:23:7:10:12:23:7 chr15 40820934 . C T 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00983366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.896;QD=12.5473;RBI=0.015714;REFB=-0.00417234;REVB=-0.0122568;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28253;STB=0.661768;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00424214;OID=.;OPOS=40820934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:17:10:28:16:17:10:28:16 chr15 40849408 . C T 328.37 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00497064;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0878;QD=17.0584;RBI=0.0351748;REFB=-0.0153285;REVB=-0.0348218;RO=41;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175896;STB=0.502616;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0215772;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:16:19:23:18:16:19:23:19 chr15 40856989 . C T 300.55 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0434132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.284;QD=44.526;RBI=0.0435795;REFB=-0.149003;REVB=-0.00380396;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.588158;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00199009;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:27:1:3:24:24:0.888889:17:7:1:0:17:7:3:0 chr15 40861965 . G C 658.04 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=-0.0094801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1783;QD=16.3488;RBI=0.0189145;REFB=-0.0144676;REVB=-0.0163672;RO=83;SAF=40;SAR=32;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163075;STB=0.601065;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0220606;OID=.;OPOS=40861965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:89:72:72:0.447205:32:40:32:51:32:40:33:56 chr15 40886017 . C T 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000774968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.381;QD=17.49;RBI=0.0195034;REFB=-0.00695785;REVB=0.019488;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245072;STB=0.638194;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00610928;OID=.;OPOS=40886017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:8:20:14:16:8:20:14:16 chr15 40886020 . C G 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0209754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7121;QD=16.6607;RBI=0.0347977;REFB=0.00586476;REVB=-0.0277653;RO=32;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220779;STB=0.624906;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00781159;OID=.;OPOS=40886020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:8:20:16:16:8:20:16:16 chr15 40898643 . G C 453.5 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0335053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.916;QD=19.7174;RBI=0.0340496;REFB=-0.00542142;REVB=0.00606413;RO=47;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219499;STB=0.51219;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00960611;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:25:20:22:25:25:20:22:25 chr15 40903684 . A G 676.05 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.00739823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.201;QD=16.9013;RBI=0.0145083;REFB=-0.00931348;REVB=-0.0124802;RO=87;SAF=27;SAR=46;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045477;STB=0.525278;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0081302;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:87:73:73:0.45625:46:27:36:51:46:27:36:51 chr15 40913840 . G T 750.95 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00293057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1543;QD=20.7158;RBI=0.0301976;REFB=0.00209784;REVB=-0.0300551;RO=72;SAF=37;SAR=36;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312136;STB=0.517185;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00128528;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:72:73:73:0.503448:36:37:34:38:36:37:34:38 chr15 40914177 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0157694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.181;QD=18.6446;RBI=0.0244929;REFB=-0.0044782;REVB=0.0187411;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281696;STB=0.659579;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00532423;OID=.;OPOS=40914177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:10:3:8:6:10:3 chr15 40914772 . C T 234.83 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0152145;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.979;QD=23.4832;RBI=0.0216395;REFB=0.00286531;REVB=-0.0153879;RO=19;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199829;STB=0.503244;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00183835;OID=.;OPOS=40914772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:18:22:22:0.55:5:17:15:4:5:17:14:4 chr15 40915045 . T G 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0220388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.348;QD=12.393;RBI=0.0220885;REFB=-0.0131557;REVB=-0.00148105;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347296;STB=0.689521;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0302832;OID=.;OPOS=40915045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:9:5:16:7:9:5:16:8 chr15 40915894 . T C 477.76 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00804722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2877;QD=22.2215;RBI=0.00822099;REFB=-0.000794127;REVB=0.00168133;RO=38;SAF=17;SAR=29;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175174;STB=0.597279;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00066832;OID=.;OPOS=40915894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:40:46:46:0.534884:29:17:22:16:29:17:23:17 chr15 41036410 . G T 307.16 PASS AF=0.478261;AO=34;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0516553;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7657;QD=17.8063;RBI=0.0608529;REFB=0.00477771;REVB=-0.0321685;RO=36;SAF=25;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077546;STB=0.538437;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0101236;OID=.;OPOS=41036410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:34:33:0.478261:9:25:24:12:9:24:24:12 chr15 41063244 . C T 276.52 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125098;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.835;QD=52.6712;RBI=0.026395;REFB=0;REVB=0.0232423;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88725e-05;OID=.;OPOS=41063244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr15 41102101 . G A 238.84 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0660765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9403;QD=16.1923;RBI=0.0660871;REFB=-0.0405646;REVB=0.00118555;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123257;STB=0.543177;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0328622;OID=.;OPOS=41102101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:28:32:26:27:0.457627:8:18:16:12:9:18:19:13 chr15 41105926 . T G 143.71 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00965039;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.146;QD=11.4967;RBI=0.0429508;REFB=-0.0124551;REVB=-0.0418527;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150898;STB=0.588683;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0225279;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:33:17:17:0.34:8:9:13:20:8:9:13:20 chr15 41146668 . T C,TC 35.74 PASS AF=0,0.142857;AO=3,9;DP=78;FAO=0,11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=0,1;FSAR=0,10;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0612935,0.0393275;FXX=0.0128189;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=39.5753,22.9327;QD=1.85642;RBI=0.156877,0.0997043;REFB=-0.0110481,-0.0315733;REVB=-0.144408,-0.0916204;RO=62;SAF=0,0;SAR=3,9;SRF=38;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.489998,-0.705933;STB=0.5,0.918562;STBP=1,0.002;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.115554;OID=.,.;OPOS=41146668,41146669;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:78:77:62:66:3,9:0,11:0,0.142857:3,9:0,0:38:24:0,10:0,1:40:26 chr15 41148163 . C T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.02387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9631;QD=21.0063;RBI=0.0343062;REFB=-0.0166257;REVB=0.0246402;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144674;STB=0.581311;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0379136;OID=.;OPOS=41148163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:11:6:10:9:11:6 chr15 41148199 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.129;QD=55.654;RBI=0.0364599;REFB=0;REVB=0.0283971;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364406;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr15 41148250 . C T 93.17 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0420727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3793;QD=19.6138;RBI=0.0451871;REFB=-0.00628708;REVB=0.016485;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300156;STB=0.67464;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00192068;OID=.;OPOS=41148250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:4:4:9:2:4:4 chr15 41149161 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.208;QD=50.4135;RBI=0.00881428;REFB=0;REVB=0.00739061;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0802e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr15 41186990 . C T 1218.97 PASS AF=0.53125;AO=118;DP=221;FAO=119;FDP=224;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.00596541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.068;QD=21.7673;RBI=0.017625;REFB=-0.0209091;REVB=0.0165848;RO=103;SAF=53;SAR=65;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220034;STB=0.502915;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0195474;OID=.;OPOS=41186990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:224:103:105:118:119:0.53125:65:53:46:57:65:54:47:58 chr15 41190989 . A G 118.07 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0300797;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2445;QD=26.2377;RBI=0.0927328;REFB=-0.0672731;REVB=0.0877188;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510973;STB=0.528799;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0351101;OID=.;OPOS=41190989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:4:2:5:7:4:2 chr15 41192558 . T C 298.92 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0245331;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.47;QD=20.977;RBI=0.0261079;REFB=-0.0315671;REVB=0.00893021;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390347;STB=0.535188;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0254191;OID=.;OPOS=41192558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:26:30:31:0.54386:18:12:12:15:19:12:12:14 chr15 41271718 . C T 2038.88 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.277;QD=61.7841;RBI=0.0382635;REFB=0;REVB=0.0344059;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117232;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:132:0:0:125:132:1:70:55:0:0:72:60:0:0 chr15 41476209 . T C 269.36 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00357935;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.92;QD=21.9883;RBI=0.00785456;REFB=0.0144202;REVB=0.0069916;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134466;STB=0.574984;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00574491;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:7:17:14:11:7:17 chr15 41476465 . G A 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0125473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.642;QD=15.6169;RBI=0.0125546;REFB=-0.02332;REVB=0.000428242;RO=43;SAF=24;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259681;STB=0.647425;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0299488;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:9:24:21:22:9:24:21:22 chr15 41484287 . C A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0247094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.181;QD=7.3277;RBI=0.0247509;REFB=-0.00631651;REVB=-0.00143217;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345563;STB=0.726589;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0164084;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:7:1:7:14:7:1:7:14 chr15 41509288 . T A 45.03 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.000268644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.285;QD=7.83077;RBI=0.000352713;REFB=-0.00451992;REVB=0.000228554;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183097;STB=0.616089;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00782403;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:9:7:2:5:9:7 chr15 41805237 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00920546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.72;QD=15.1602;RBI=0.064001;REFB=2.27331e-05;REVB=-0.0633355;RO=19;SAF=14;SAR=2;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665021;STB=0.567475;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000134946;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:22:16:16:0.421053:2:14:16:3:2:14:18:4 chr15 41815516 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.817;QD=60.031;RBI=0.0291256;REFB=0;REVB=0.00929116;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31266e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr15 41819716 . C T 436.04 PASS AF=0.4;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0110192;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.24;QD=13.9533;RBI=0.0112089;REFB=-0.00591303;REVB=-0.00205367;RO=75;SAF=31;SAR=19;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178552;STB=0.600929;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.017101;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:75:75:50:50:0.4:19:31:34:41:19:31:34:41 chr15 41820200 . C T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0068979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.207;QD=16.4441;RBI=0.00695276;REFB=-0.00752424;REVB=-0.000871687;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20808;STB=0.640116;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0127776;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:27:20:20:0.425532:13:7:14:11:13:7:16:11 chr15 41821752 . T C 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0165203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0628;QD=15.173;RBI=0.0178388;REFB=-0.00613831;REVB=0.00673057;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273807;STB=0.657935;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00595313;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:15:9:11:6:15:9 chr15 41829230 . A G 175.51 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00921253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.553;QD=20.0587;RBI=0.0262388;REFB=-0.0394729;REVB=0.0245684;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122168;STB=0.511615;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0252713;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:11:7:6:10:11:7:7:10 chr15 41857303 . T C 224.11 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.073387;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.766;QD=18.6755;RBI=0.0742737;REFB=-0.00412461;REVB=-0.0114419;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152576;STB=0.586389;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00820746;OID=.;OPOS=41857303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:10:16:10:12:10:16 chr15 41991315 . A T 212.23 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00909986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9462;QD=12.6706;RBI=0.0141966;REFB=-0.00679899;REVB=0.0108967;RO=36;SAF=19;SAR=7;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514695;STB=0.758965;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0039665;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:41:26:26:0.38806:7:19:7:29:7:19:12:29 chr15 42026764 . C T 602.61 PASS AF=0.398844;AO=65;DP=169;FAO=69;FDP=173;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.00281301;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.284;QD=13.9332;RBI=0.00346243;REFB=-0.0224927;REVB=0.00201877;RO=100;SAF=32;SAR=33;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619717;STB=0.538991;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0334057;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:100:104:65:69:0.398844:33:32:55:45:35:34:58:46 chr15 42041712 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.040046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.888;QD=14.6539;RBI=0.0418365;REFB=-0.0164481;REVB=0.0121085;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439457;STB=0.749529;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0188633;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:0:8:4:4:0:8 chr15 42103822 . C T 459.6 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00198742;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6519;QD=15.7129;RBI=0.0114014;REFB=-0.0075607;REVB=-0.0112269;RO=66;SAF=36;SAR=15;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146413;STB=0.582359;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0198469;OID=.;OPOS=42103822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:66:51:51:0.435897:15:36:38:28:15:36:38:28 chr15 42105918 . C G 377.81 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00364645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0074;QD=18.8904;RBI=0.00640604;REFB=-0.000175289;REVB=0.00526695;RO=37;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290998;STB=0.510633;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000193598;OID=.;OPOS=42105918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:41:39:39:0.4875:16:23:23:14:16:23:25:16 chr15 42109223 . T C 734.17 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00888014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9517;QD=61.1809;RBI=0.0196579;REFB=0.0934841;REVB=-0.0175378;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016502;STB=0.508768;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00197411;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:19:28:1:0:19:28:1:0 chr15 42111745 . C CA,G 198.16 PASS AF=0.941176,0;AO=6,2;DP=27;FAO=16,0;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=16,0;FSAR=0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279335,-0.00749442;FXX=0.319872;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=98.7715,89.3949;QD=46.6251;RBI=0.0279335,0.00749442;REFB=-0.0313472,0.0334025;REVB=0,0;RO=16;SAF=6,2;SAR=0,0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000233526,0;OID=.,.;OPOS=42111746,42111745;OREF=-,C;OALT=A,G;OMAPALT=CA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:17:16:1:6,2:16,0:0.941176,0:0,0:6,2:16:0:0,0:16,0:1:0 chr15 42111746 . G A 62.66 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0225315;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=97.7967;QD=9.28293;RBI=0.0225315;REFB=-0.0228129;REVB=0;RO=18;SAF=9;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233688;OID=.;OPOS=42111746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:27:27:18:18:9:9:0.333333:0:9:18:0:0:9:18:0 chr15 42117783 . G C 146.03 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00345951;FXX=0.0769034;HRUN=6;LEN=1;MLLD=119.624;QD=16.2259;RBI=0.039204;REFB=-0.015917;REVB=0.0390511;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185962;STB=0.609251;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0261271;OID=.;OPOS=42117783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:15:20:13:16:0.444444:6:7:11:4:6:10:16:4 chr15 42119900 . T C 912.27 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00935553;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.721;QD=56.1395;RBI=0.0105232;REFB=-0.00905013;REVB=0.00481777;RO=2;SAF=34;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269675;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00186744;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:65:2:1:63:64:0.984615:29:34:2:0:29:35:1:0 chr15 42135988 . C T 975.4 PASS AF=0.478673;AO=101;DP=216;FAO=101;FDP=211;FR=.;FRO=110;FSAF=69;FSAR=32;FSRF=86;FSRR=24;FWDB=0.00148303;FXX=0.0276485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.83;QD=18.4911;RBI=0.0199414;REFB=-0.0192911;REVB=0.0198862;RO=110;SAF=69;SAR=32;SRF=86;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113217;STB=0.562092;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0186836;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:211:110:110:101:101:0.478673:32:69:86:24:32:69:86:24 chr15 42138321 . A G 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00675482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.388;QD=12.7805;RBI=0.0165206;REFB=-0.0391776;REVB=0.0150765;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481956;STB=0.7994;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0192949;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:2:8:4:9:2:8:4:10 chr15 42138456 . G A 448.95 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0029099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.163;QD=16.9415;RBI=0.0632133;REFB=0.0146071;REVB=0.0631463;RO=56;SAF=31;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114038;STB=0.559542;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0166673;OID=.;OPOS=42138456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:57:49:49:0.462264:18:31:29:27:18:31:30:27 chr15 42143533 . T G 885.53 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0256887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1638;QD=54.4939;RBI=0.0485611;REFB=0.102155;REVB=-0.0412101;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178116;STB=0.518513;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00626952;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:1:2:62:63:0.969231:36:26:1:0:37:26:2:0 chr15 42145936 . G C 358.74 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=135;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.011138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3496;QD=10.6294;RBI=0.0899515;REFB=-0.0254565;REVB=0.0892593;RO=88;SAF=17;SAR=28;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512879;STB=0.538629;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.05238;OID=.;OPOS=42145936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:88:90:45:45:0.333333:28:17:37:51:28:17:39:51 chr15 42149472 . T C 619.72 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0186614;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.739;QD=18.7794;RBI=0.0208531;REFB=-0.0217316;REVB=0.00930613;RO=66;SAF=33;SAR=30;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220512;STB=0.523802;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0221185;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:132:66:69:63:63:0.477273:30:33:33:33:30:33:33:36 chr15 42149506 . G C 1561.09 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.185;QD=63.7181;RBI=0.00733116;REFB=0;REVB=0.00278271;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36797e-05;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:57:40:0:0:57:41:0:0 chr15 42149596 . C G 495.97 PASS AF=0.413534;AO=53;DP=132;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0637678;FXX=0.00746213;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.1716;QD=14.9165;RBI=0.0661757;REFB=-0.0167036;REVB=0.0176887;RO=76;SAF=21;SAR=32;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551476;STB=0.537023;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0270606;OID=.;OPOS=42149596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:76:78:53:55:0.413534:32:21:34:42:33:22:36:42 chr15 42159290 . C T 66.48 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0231725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.272;QD=12.0879;RBI=0.025054;REFB=-0.0163872;REVB=-0.00952565;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0382184;OID=.;OPOS=42159290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:7:6:4:5:7:6 chr15 42166500 . C T 951.2 PASS AF=0.519126;AO=93;DP=183;FAO=95;FDP=183;FR=.;FRO=88;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=26;FWDB=-0.0528788;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.632;QD=20.7913;RBI=0.0528868;REFB=-0.0519241;REVB=0.000923596;RO=84;SAF=57;SAR=36;SRF=59;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835956;STB=0.54354;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0400815;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:84:88:93:95:0.519126:36:57:59:25:36:59:62:26 chr15 42168400 . C T 449.73 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.102706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.288;QD=24.3099;RBI=0.102748;REFB=-0.0062017;REVB=0.00291539;RO=31;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704124;STB=0.538589;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00431795;OID=.;OPOS=42168400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:22:21:18:13:22:21:18:13 chr15 42171462 . C T 768.34 PASS AF=0.460227;AO=81;DP=176;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=0.00502277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.006;QD=17.4622;RBI=0.013049;REFB=-0.00873871;REVB=-0.0120436;RO=95;SAF=40;SAR=41;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165011;STB=0.591186;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0135546;OID=.;OPOS=42171462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:95:95:81:81:0.460227:41:40:63:32:41:40:63:32 chr15 42171537 . A G 2827.52 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.806;QD=62.8338;RBI=0.0606163;REFB=0;REVB=0.0592741;RO=0;SAF=120;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36366e-05;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:180:0:0:177:180:1:57:120:0:0:60:120:0:0 chr15 42178155 . T C 2008.37 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2942;QD=62.2751;RBI=0.0315404;REFB=0;REVB=0.0305726;RO=0;SAF=72;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86951e-05;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:56:72:0:0:56:73:0:0 chr15 42187492 . T C 326.46 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0856273;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.798;QD=22.5145;RBI=0.0857224;REFB=0.00439775;REVB=0.00403739;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114642;STB=0.562462;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00286304;OID=.;OPOS=42187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:23:25:33:33:0.568966:18:15:14:9:18:15:15:10 chr15 42211486 . A G 729.47 PASS AF=0.514286;AO=70;DP=135;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0139178;FXX=0.0140835;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.404;QD=20.8419;RBI=0.144278;REFB=-0.0139627;REVB=-0.143606;RO=61;SAF=46;SAR=24;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166663;STB=0.526264;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.011138;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:140:61:68:70:72:0.514286:24:46:39:22:26:46:40:28 chr15 42281719 . G A 1522.0 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439608;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3732;QD=62.7627;RBI=0.0489402;REFB=-0.0904076;REVB=0.021508;RO=1;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903306;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605911;OID=.;OPOS=42281719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:97:1:0:96:97:1:52:44:0:1:53:44:0:0 chr15 42284974 . G A 399.98 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0126432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.34;QD=18.8227;RBI=0.0126932;REFB=-0.0165152;REVB=0.00112646;RO=44;SAF=28;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201746;STB=0.612709;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0211409;OID=.;OPOS=42284974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:13:28:21:23:13:28:21:23 chr15 42287578 . G A 333.65 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0372331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2768;QD=24.2651;RBI=0.0403645;REFB=0.003505;REVB=0.0155882;RO=22;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155694;STB=0.585316;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00300886;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:16:17:16:6:16:17:16:6 chr15 42287606 . T C 174.78 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0065219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.454;QD=12.054;RBI=0.0179547;REFB=-0.00937583;REVB=-0.0167283;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145895;STB=0.584666;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.01886;OID=.;OPOS=42287606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:7:15:20:16:7:15:20:16 chr15 42297112 . GCCCC GCCC,GCCCG,GGCCC 1254.41 PASS AF=1,0,0;AO=78,8,16;DP=104;FAO=106,0,0;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0,0;FSAR=56,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0839698,-0.105122,-0.0126519;FXX=0.00934492;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=17.8813,6.16439,8.05094;QD=47.3363;RBI=0.0997489,0.127173,0.0139158;REFB=-0.0437511,-0.106565,-0.00492293;REVB=0.0538417,-0.0715715,-0.00579464;RO=0;SAF=40,3,3;SAR=38,5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.42134e-08,-4.46938e-08,3.78418e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000386652,0,0;OID=.,.,.;OPOS=42297113,42297116,42297113;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:78,8,16:104:106,0,0:106:0:50,0,0:56,0,0:0:0:6:0:40,3,3:38,5,13:0:0 chr15 42302337 . CA C,CC,CG 123.5 PASS AF=0,0.833333,0.166667;AO=2,8,2;DP=12;FAO=0,10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=0,10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=186.8,188.545,37.4381;QD=41.165;RBI=0.0129715,0.0131535,0.0118785;REFB=0,0,0;REVB=0.0129715,0.0131535,-0.0118785;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=2,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0399525,0.00283236,-0.143119;OID=.,.,.;OPOS=42302338,42302338,42302338;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.833333,0.166667:2,8,2:12:0,10,2:12:0:0,0,0:0,10,2:0:0:9:0:0,0,0:2,8,2:0:0 chr15 42302433 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.94;QD=51.916;RBI=0.0523386;REFB=0;REVB=0.0229215;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232636;OID=.;OPOS=42302433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr15 42302437 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.111;QD=51.9157;RBI=0.0708669;REFB=0;REVB=0.00576137;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543943;OID=.;OPOS=42302437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr15 42371752 . A T 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.708;QD=60.6054;RBI=0.0353458;REFB=0;REVB=0.00575582;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166466;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr15 42373810 . G C 3759.67 PASS AF=0.980237;AO=247;DP=252;FAO=248;FDP=253;FR=.;FRO=5;FSAF=104;FSAR=144;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0205602;FXX=0.00393685;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.066;QD=59.4414;RBI=0.0637631;REFB=-0.104935;REVB=0.0603574;RO=5;SAF=104;SAR=143;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000816286;STB=0.500393;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000427608;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:252:253:5:5:247:248:0.980237:143:104:2:3:144:104:2:3 chr15 42377744 . C G 920.4 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.501;QD=58.4381;RBI=0.0330091;REFB=0;REVB=0.0215713;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36022e-05;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:23:40:0:0 chr15 42434254 . G A 712.1 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747415;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.843;QD=63.2976;RBI=0.0267526;REFB=0;REVB=0.0256873;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76338e-06;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr15 42434336 . G C 717.77 PASS AF=0.887097;AO=55;DP=62;FAO=55;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0130974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.024;QD=46.3074;RBI=0.0157685;REFB=-0.0231462;REVB=0.0087809;RO=5;SAF=31;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579373;STB=0.515434;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000507643;OID=.;OPOS=42434336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:5:7:55:55:0.887097:24:31:3:2:24:31:3:4 chr15 42434837 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.583;QD=56.1915;RBI=0.0744119;REFB=0;REVB=0.0283088;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130476;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr15 42439376 . G A 1662.28 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294309;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.447;QD=60.4464;RBI=0.111592;REFB=0;REVB=0.111553;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191111;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr15 42529739 . T C 170.98 PASS AF=0.45;AO=16;DP=38;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0126977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.941;QD=17.0982;RBI=0.0412479;REFB=-0.031472;REVB=0.0392449;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198429;STB=0.633989;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0321136;OID=.;OPOS=42529739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:22:22:16:18:0.45:11:5:11:11:13:5:11:11 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 418.96 PASS AF=1,0,0;AO=12,13,4;DP=29;FAO=30,0,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132991,0.0127317,0.0100391;FXX=0.0322477;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=321.455,318.233,312.948;QD=55.8608;RBI=0.0362942,0.0389566,0.040009;REFB=0,0,0;REVB=-0.0337699,-0.0368174,-0.038729;RO=0;SAF=6,4,0;SAR=6,9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000902557,0.0143204,0;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:12,13,4:29:30,0,0:30:0:13,0,0:17,0,0:0:0:3:0:6,4,0:6,9,4:0:0 chr15 42568547 . C G,T 636.61 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=38,2;DP=43;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021037,-0.00164503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.671,83.6163;QD=59.2197;RBI=0.0218424,0.00864301;REFB=0,0;REVB=0.00587653,0.00848501;RO=0;SAF=14,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.76123e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00324452,0.0955967;OID=.,.;OPOS=42568547,42568547;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:43:43:0:0:38,2:40,3:0.930233,0.0697674:24,1:14,1:0:0:24,1:16,2:0:0 chr15 42570718 . A G 727.22 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.743;QD=63.2366;RBI=0.0569408;REFB=0;REVB=0.0434413;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181774;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr15 42575963 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.845;QD=56.9564;RBI=0.0749141;REFB=0;REVB=0.0641289;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011212;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr15 42579948 . T C 1286.2 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317587;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.688;QD=61.9858;RBI=0.0334658;REFB=0;REVB=0.0105521;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51151e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:44:38:0:0:45:38:0:0 chr15 42805592 . CTT CT,CTC 68.91 PASS AF=0.363636,0;AO=10,2;DP=33;FAO=12,0;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0361381,-0.0544236;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.7809,197.519;QD=8.35279;RBI=0.0494549,0.0544614;REFB=-0.0971449,0.00320848;REVB=-0.0337613,0.00202797;RO=21;SAF=1,0;SAR=9,2;SRF=2;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0149549,-0.376781;STB=0.523768,0.5;STBP=0.951,1;TYPE=del,snp;VARB=0.165635,0.0809816;OID=.,.;OPOS=42805593,42805594;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0:10,2:33:12,0:33:21:1,0:11,0:2:19:59:21:1,0:9,2:2:19 chr15 42834962 . C T 172.4 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0319789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.974;QD=12.0984;RBI=0.0330825;REFB=-0.00766209;REVB=-0.00847367;RO=35;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320103;STB=0.691192;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00790695;OID=.;OPOS=42834962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:13:8:24:11:14:8:24:11 chr15 42957532 . T G 695.49 PASS AF=0.662921;AO=59;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0689931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3013;QD=31.2578;RBI=0.0730636;REFB=-0.00899754;REVB=0.0240464;RO=30;SAF=18;SAR=41;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443297;STB=0.524011;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00292793;OID=.;OPOS=42957532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:30:59:59:0.662921:41:18:11:19:41:18:11:19 chr15 42961460 . C T 315.42 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00811744;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.11;QD=19.7137;RBI=0.0348167;REFB=-0.00449422;REVB=0.0338572;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095981;STB=0.545427;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00468691;OID=.;OPOS=42961460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:15:18:13:17:15:18:14:17 chr15 42977526 . A C 219.2 PASS AF=0.617647;AO=19;DP=32;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0691022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9757;QD=25.7887;RBI=0.070197;REFB=-0.0153388;REVB=0.0123493;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885881;STB=0.523787;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0101015;OID=.;OPOS=42977526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:13:13:19:21:0.617647:9:10:7:6:11:10:7:6 chr15 42977676 . G A 134.13 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00582131;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.316;QD=13.0856;RBI=0.0307475;REFB=-0.0125863;REVB=-0.0301914;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255303;STB=0.621474;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0269678;OID=.;OPOS=42977676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:25:14:16:0.390244:7:7:15:5:9:7:16:9 chr15 42979146 . A G 419.06 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0287078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3146;QD=20.4419;RBI=0.0318554;REFB=-0.00174003;REVB=0.0138069;RO=39;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152573;STB=0.588756;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00209049;OID=.;OPOS=42979146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:19:23:28:11:19:23:29:11 chr15 42981022 . A G 366.57 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00501487;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.269;QD=15.9377;RBI=0.0144136;REFB=-0.01826;REVB=-0.013513;RO=52;SAF=13;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176919;STB=0.606005;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0183961;OID=.;OPOS=42981022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:26:13:26:26:26:13:27:26 chr15 42981806 . G A 501.07 PASS AF=0.602564;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00872837;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.547;QD=25.6957;RBI=0.0165388;REFB=0.00394372;REVB=0.014048;RO=31;SAF=20;SAR=26;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115762;STB=0.511057;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00126619;OID=.;OPOS=42981806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:31:31:46:47:0.602564:26:20:13:18:26:21:13:18 chr15 42982340 . C T 401.36 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0138114;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2501;QD=20.8497;RBI=0.0142637;REFB=-0.00117774;REVB=-0.00356344;RO=36;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665916;STB=0.534989;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00203774;OID=.;OPOS=42982340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:36:37:39:40:0.519481:17:22:23:13:18:22:23:14 chr15 42983923 . A G 264.33 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0334144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6647;QD=15.7809;RBI=0.0363521;REFB=-0.0120724;REVB=0.0143163;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597474;STB=0.53372;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.02083;OID=.;OPOS=42983923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:12:18:20:17:12:18:20:17 chr15 43017426 . T G 148.85 PASS AF=0.247191;AO=21;DP=85;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0103639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9563;QD=6.68987;RBI=0.0296746;REFB=-0.00686756;REVB=-0.027806;RO=64;SAF=10;SAR=11;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100978;STB=0.516839;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0164838;OID=.;OPOS=43017426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:64:67:21:22:0.247191:11:10:31:33:11:11:32:35 chr15 43020236 . G A 68.13 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00976944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6855;QD=14.3422;RBI=0.0105403;REFB=-0.0361631;REVB=0.00395664;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243059;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0336178;OID=.;OPOS=43020236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:10:9:9:0.473684:4:5:2:6:4:5:4:6 chr15 43023482 . T C 345.79 PASS AF=0.507042;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0153021;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.121;QD=19.4809;RBI=0.0157051;REFB=-0.000855583;REVB=0.00353474;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169006;STB=0.505744;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.000894808;OID=.;OPOS=43023482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:35:35:34:36:0.507042:13:21:21:14:14:22:21:14 chr15 43023886 . C G 38.0 PASS AF=0.258065;AO=6;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0227656;FXX=0.0312402;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.8389;QD=4.90284;RBI=0.111094;REFB=-0.00644266;REVB=0.108736;RO=24;SAF=6;SAR=0;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636354;STB=0.708233;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0774285;OID=.;OPOS=43023886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:30:31:24:23:6:8:0.258065:0:6:18:6:1:7:16:7 chr15 43028592 . G A 120.3 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0611828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.798;QD=24.0594;RBI=0.0652862;REFB=0.0106628;REVB=-0.0227805;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285713;STB=0.516104;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00280174;OID=.;OPOS=43028592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:4:3:5:8:4:3 chr15 43170793 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.991;QD=55.0986;RBI=0.0355222;REFB=0;REVB=0.0354736;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251974;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr15 43170823 . C T 90.27 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0372208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2254;QD=16.4132;RBI=0.0401323;REFB=-0.0350045;REVB=-0.0150071;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0370702;OID=.;OPOS=43170823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:7:4:3:8:7:4 chr15 43237572 . T C 246.66 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0404185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2676;QD=15.9138;RBI=0.0447532;REFB=0.0108163;REVB=-0.0192144;RO=34;SAF=4;SAR=24;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305823;STB=0.675909;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0106574;OID=.;OPOS=43237572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:24:4:12:22:24:4:12:22 chr15 43545728 . G A 270.63 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.010652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.13;QD=18.9914;RBI=0.0474979;REFB=-0.0233809;REVB=0.046288;RO=26;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012452;STB=0.525674;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0143753;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:28:29:29:0.508772:10:19:17:9:10:19:17:11 chr15 43552360 . G A 468.02 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0142177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.766;QD=22.8303;RBI=0.0165591;REFB=0.000732477;REVB=0.00848886;RO=36;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109333;STB=0.552609;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000798438;OID=.;OPOS=43552360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:24:21:12:24:24:21:13:24 chr15 43571390 . C G 288.17 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0469955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8992;QD=11.191;RBI=0.0504231;REFB=-0.00100066;REVB=0.0182733;RO=67;SAF=12;SAR=24;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120049;STB=0.569405;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0029767;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:67:36:36:0.349515:24:12:29:38:24:12:29:38 chr15 43579566 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0365648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.801;QD=13.5766;RBI=0.0396197;REFB=0.0143545;REVB=0.0152557;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.524235;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.014664;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:11:8:6:7:11:8 chr15 43621947 . A G 645.14 PASS AF=0.528926;AO=63;DP=120;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0065639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.965;QD=21.327;RBI=0.0183855;REFB=-0.0137393;REVB=0.0171738;RO=55;SAF=35;SAR=28;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00867262;STB=0.500525;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0124478;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:55:57:63:64:0.528926:28:35:30:25:28:36:32:25 chr15 43632549 . T C 266.15 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.010208;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.216;QD=14.1946;RBI=0.010362;REFB=-0.00654574;REVB=-0.00177952;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568187;STB=0.535187;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0122563;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:45:30:30:0.4:19:11:18:25:19:11:19:26 chr15 43650384 . G A 151.1 PASS AF=0.418605;AO=14;DP=38;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00872101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.489;QD=14.0553;RBI=0.00996585;REFB=0.000722787;REVB=0.00482307;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280665;STB=0.55021;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.000249011;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:43:24:25:14:18:0.418605:5:9:16:8:8:10:16:9 chr15 43661802 . T C 238.51 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00706203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.384;QD=16.1702;RBI=0.0165215;REFB=-0.0128229;REVB=-0.0149361;RO=31;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130859;STB=0.585368;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0138906;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:8:19:18:13:8:19:18:14 chr15 43712876 . T C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00520745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.135;QD=17.289;RBI=0.0343146;REFB=-0.000257575;REVB=-0.0339172;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547038;STB=0.536562;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00011558;OID=.;OPOS=43712876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:11:19:22:10:11:19:23:10 chr15 43724646 . T G 620.63 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00433435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.066;QD=25.0758;RBI=0.00985571;REFB=-0.00710515;REVB=0.00885147;RO=43;SAF=29;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497794;STB=0.522891;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00634476;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:55:56:0.565657:26:29:20:23:27:29:20:23 chr15 43748304 . A G 306.12 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0104254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.852;QD=15.3059;RBI=0.0107196;REFB=-0.0138996;REVB=-0.00249407;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442324;STB=0.524985;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0178081;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:17:17:21:25:17:17:21:25 chr15 43762196 . C T 323.83 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.00217979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.316;QD=14.3923;RBI=0.0209211;REFB=-0.00268698;REVB=-0.0208072;RO=54;SAF=27;SAR=9;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086347;STB=0.549267;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00348614;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:9:27:37:17:9:27:37:17 chr15 43767774 . G C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0146137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6451;QD=11.2609;RBI=0.0146469;REFB=0.00338451;REVB=-0.000985808;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221887;STB=0.631407;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0135943;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:18:12:9:6:18:12 chr15 43816917 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0100512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.795;QD=12.3945;RBI=0.0454837;REFB=-0.0117395;REVB=0.0443592;RO=24;SAF=12;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300359;STB=0.681514;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0189554;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:2:12:16:8:2:12:16:8 chr15 43817406 . T C 62.53 PASS AF=0.25;AO=8;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0440272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.373;QD=6.2529;RBI=0.0469701;REFB=-0.0195768;REVB=-0.0163645;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145794;STB=0.646773;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0695119;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:40:40:29:30:8:10:0.25:4:4:18:11:6:4:18:12 chr15 43818052 . G A 30.97 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0333243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1934;QD=12.3885;RBI=0.0497445;REFB=-0.0106049;REVB=0.0369325;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145306;OID=.;OPOS=43818052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr15 43892847 . G C 515.65 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00441734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.791;QD=20.0252;RBI=0.0136585;REFB=-0.0286435;REVB=-0.0129245;RO=49;SAF=35;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120349;STB=0.572402;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0255814;OID=.;OPOS=43892847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:50:53:53:0.514563:18:35:26:23:18:35:26:24 chr15 43893072 . G A 282.06 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0121343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.965;QD=22.5646;RBI=0.0501919;REFB=-0.00848519;REVB=0.048703;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924322;STB=0.559954;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0073538;OID=.;OPOS=43893072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:12:13:15:9:13:13:15:9 chr15 43897499 . T C 352.17 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.042782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7082;QD=28.7485;RBI=0.0428551;REFB=0.00350779;REVB=0.0025015;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159342;STB=0.580059;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00308392;OID=.;OPOS=43897499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:29:30:0.612245:14:15:14:5:14:16:14:5 chr15 43939642 . C T 171.02 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0105801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.03;QD=12.4378;RBI=0.0215996;REFB=-0.0102415;REVB=-0.0188309;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088128;STB=0.550902;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0185472;OID=.;OPOS=43939642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:19:15:11:10:19:15 chr15 44038899 . C T 605.06 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.015993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.959;QD=24.447;RBI=0.0194421;REFB=-0.0258099;REVB=0.0110554;RO=43;SAF=35;SAR=20;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539933;STB=0.52208;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0154972;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:44:55:55:0.555556:20:35:30:13:20:35:30:14 chr15 44043793 . C G 460.55 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0131183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.789;QD=23.9245;RBI=0.0182585;REFB=-0.00309831;REVB=-0.0126998;RO=32;SAF=26;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468975;STB=0.533157;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00194827;OID=.;OPOS=44043793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:18:26:17:15:18:26:17:16 chr15 44061802 . C T 292.75 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0365053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6966;QD=17.2207;RBI=0.0374826;REFB=-0.00936012;REVB=0.00850359;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247488;STB=0.6386;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0151443;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:23:13:20:12:23:13 chr15 44063612 . A AT 149.13 PASS AF=0.636364;AO=18;DP=35;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0606904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.5789;QD=18.0765;RBI=0.159886;REFB=0.0156708;REVB=-0.147919;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621057;STB=0.534851;STBP=0.651;TYPE=ins;VARB=-0.0123363;OID=.;OPOS=44063613;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:18:35:21:33:12:14:7:9:3:65:15:12:6:11:4 chr15 44069069 . G C 537.53 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00705168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4071;QD=17.6238;RBI=0.033121;REFB=-0.00542009;REVB=-0.0323617;RO=64;SAF=23;SAR=34;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137546;STB=0.580579;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00658273;OID=.;OPOS=44069069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:65:57:57:0.467213:34:23:35:29:34:23:36:29 chr15 44089414 . A AAG 227.23 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00686194;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=74.983;QD=15.6713;RBI=0.00688362;REFB=-0.0186775;REVB=-0.000545922;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189095;STB=0.582146;STBP=0.281;TYPE=ins;VARB=0.0302238;OID=.;OPOS=44089415;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:26:63:26:58:32:10:16:17:15:99:35:10:16:20:15 chr15 44093927 . T C 229.52 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0181916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.707;QD=14.124;RBI=0.0494668;REFB=-0.0185665;REVB=0.0460004;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998573;STB=0.556776;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0297461;OID=.;OPOS=44093927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:14:13:22:16:14:13:22:16 chr15 44102010 . A C 700.85 PASS AF=0.416216;AO=77;DP=185;FAO=77;FDP=185;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=-0.0128885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.362;QD=15.1535;RBI=0.0136563;REFB=-0.00876559;REVB=-0.00451457;RO=107;SAF=35;SAR=42;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148378;STB=0.580058;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00918516;OID=.;OPOS=44102010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:107:108:77:77:0.416216:42:35:64:43:42:35:64:44 chr15 44106833 . AT A 36.85 PASS AF=0.344828;AO=13;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.139309;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.55756;QD=5.0827;RBI=0.139718;REFB=-0.132585;REVB=-0.0106838;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.33042;SSEP=0;SSSB=0.0692208;STB=0.621967;STBP=0.398;TYPE=del;VARB=0.143136;OID=.;OPOS=44106834;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:13:29:10:29:19:7:3:10:9:36:13:8:5:7:6 chr15 44120559 . T G 783.55 PASS AF=1;AO=41;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103635;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.471;QD=54.9856;RBI=0.104397;REFB=0;REVB=0.012588;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905026;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:41:57:1:16:25:0:0:26:31:0:0 chr15 44120560 . C G 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0367143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.2997;QD=5.82265;RBI=0.0388608;REFB=-0.0483284;REVB=0.0127366;RO=45;SAF=3;SAR=10;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487287;STB=0.803582;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0470785;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:10:3:29:16:10:3:29:16 chr15 44198049 . A G 513.39 PASS AF=0.526882;AO=48;DP=92;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00266054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.005;QD=22.0813;RBI=0.00521496;REFB=-0.0151672;REVB=-0.00448524;RO=44;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106847;STB=0.563317;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0122483;OID=.;OPOS=44198049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:44:44:48:49:0.526882:27:21:14:30:27:22:14:30 chr15 44751350 . C T 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00437696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.077;QD=19.0373;RBI=0.00514772;REFB=0.00711631;REVB=-0.00270946;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705678;STB=0.539214;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0101548;OID=.;OPOS=44751350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:23:19:17:28:23:19:17:28 chr15 44944341 . G A 308.07 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0364935;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4958;QD=18.1215;RBI=0.0398742;REFB=0.00119376;REVB=0.0160679;RO=35;SAF=26;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274333;STB=0.65488;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0034272;OID=.;OPOS=44944341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:35:33:33:0.485294:7:26:19:16:7:26:19:16 chr15 44949329 . T C 655.82 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00178241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.712;QD=21.1554;RBI=0.0324257;REFB=-0.00652394;REVB=-0.0323767;RO=58;SAF=27;SAR=38;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117801;STB=0.568841;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00795926;OID=.;OPOS=44949329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:58:59:65:65:0.524194:38:27:32:26:38:27:33:26 chr15 44966389 . T C 375.04 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5196;QD=55.5612;RBI=0.0688178;REFB=0;REVB=-0.0448848;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021966;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr15 44967847 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0143339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.737;QD=11.0198;RBI=0.018375;REFB=-0.030114;REVB=0.0114969;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0287857;OID=.;OPOS=44967847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:3:3:2:5:3:3:3:5 chr15 45028932 . AC ACT,CT 33.78 PASS AF=0.118644,0.0508475;AO=7,3;DP=59;FAO=7,3;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=6,3;FSAR=1,0;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0788084,0.0571137;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=18.818,37.2434;QD=2.29;RBI=0.0804491,0.0712436;REFB=-0.0267559,-0.0170539;REVB=0.0161646,0.0425872;RO=48;SAF=6,3;SAR=1,0;SRF=21;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.493489,0.505654;STB=0.856124,0.996812;STBP=0.068,0.049;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0825663,0.0640628;OID=.,.;OPOS=45028934,45028932;OREF=-,AC;OALT=T,CT;OMAPALT=ACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:59:59:48:49:7,3:7,3:0.118644,0.0508475:1,0:6,3:21:27:1,0:6,3:22:27 chr15 45047573 . C T 729.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.133;QD=57.2097;RBI=0.135749;REFB=0;REVB=0.0133563;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264324;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:38:12:0:0:39:12:0:0 chr15 45361180 . A T 211.66 PASS AF=0.280374;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0280354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.77;QD=7.91267;RBI=0.0294521;REFB=-0.00508511;REVB=0.00902468;RO=76;SAF=13;SAR=17;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205386;STB=0.616396;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0113365;OID=.;OPOS=45361180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:76:77:30:30:0.280374:17:13:46:30:17:13:46:31 chr15 45365605 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0117405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1142;QD=7.83715;RBI=0.0259906;REFB=-0.024053;REVB=0.0231877;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591176;STB=0.850335;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0113423;OID=.;OPOS=45365605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:2:14:2:5:2:14 chr15 45365638 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0240943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.507;QD=7.25914;RBI=0.0263779;REFB=-0.00493483;REVB=-0.0107359;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295578;STB=0.682826;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0335449;OID=.;OPOS=45365638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:4:6:10:19:4:6:10:19 chr15 45365683 . G A 95.07 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00164352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.395;QD=5.76191;RBI=0.00192872;REFB=-0.0070582;REVB=-0.00100935;RO=49;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18448;STB=0.614306;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00751226;OID=.;OPOS=45365683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:66:66:49:51:15:15:0.227273:6:9:22:27:6:9:23:28 chr15 45365696 . C A 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0223922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.682;QD=5.26462;RBI=0.022658;REFB=-0.00351571;REVB=0.00346001;RO=54;SAF=9;SAR=6;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147249;STB=0.599867;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0169874;OID=.;OPOS=45365696;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:70:54:55:15:15:0.214286:6:9:26:28:6:9:26:29 chr15 45365724 . C T 86.75 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.026617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.012;QD=4.3375;RBI=0.0336987;REFB=-0.0056117;REVB=0.0206673;RO=65;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191489;STB=0.623599;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0352646;OID=.;OPOS=45365724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:65:65:15:15:0.1875:6:9:29:36:6:9:29:36 chr15 45365730 . G A 95.32 PASS AF=0.197531;AO=16;DP=81;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0215402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.9;QD=4.70727;RBI=0.0215624;REFB=0.00329266;REVB=-0.000977433;RO=63;SAF=10;SAR=6;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224276;STB=0.642026;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0294789;OID=.;OPOS=45365730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:81:81:63:65:16:16:0.197531:6:10:28:35:6:10:29:36 chr15 45392075 . G A 989.1 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9541;QD=59.0506;RBI=0.0683252;REFB=0;REVB=0.0443648;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682208;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:30:35:0:0:30:37:0:0 chr15 45400358 . C G 1090.64 PASS AF=0.973684;AO=59;DP=74;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00561061;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.808;QD=57.402;RBI=0.0333703;REFB=0.0399742;REVB=0.0328952;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.509613;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.000123887;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:76:0:2:59:74:0.973684:21:38:0:0:23:51:2:0 chr15 45404066 . G A 1760.51 PASS AF=0.930769;AO=121;DP=130;FAO=121;FDP=130;FR=.;FRO=9;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0296241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.886;QD=54.1695;RBI=0.039341;REFB=-0.147284;REVB=0.0258868;RO=6;SAF=60;SAR=61;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153043;STB=0.519509;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000860335;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:130:130:6:9:121:121:0.930769:61:60:4:2:61:60:7:2 chr15 45408414 . C G 762.47 PASS AF=1;AO=30;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6791;QD=57.5446;RBI=0.27571;REFB=0;REVB=0.270854;RO=0;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266966;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:30:53:1:4:26:0:0:25:28:0:0 chr15 45408933 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.121;QD=57.5452;RBI=0.0537557;REFB=0;REVB=0.0229997;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91169e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr15 45444518 . A G 737.82 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7315;QD=62.7934;RBI=0.0704176;REFB=0;REVB=0.0353631;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623592;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:21:23:0:0:21:26:0:0 chr15 45446156 . C T 1341.12 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.635;QD=59.6055;RBI=0.0957819;REFB=-0.0291025;REVB=0.0940037;RO=1;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965031;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:90:1:0:85:90:1:32:53:0:1:36:54:0:0 chr15 45457519 . T G 2082.16 PASS AF=0.985507;AO=126;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709581;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.068;QD=60.3525;RBI=0.0808109;REFB=0;REVB=0.0386698;RO=2;SAF=40;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00623668;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105922;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:138:2:0:126:136:0.985507:86:40:1:1:87:49:0:0 chr15 45467540 . C G 683.44 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.062;QD=60.7504;RBI=0.0535289;REFB=-0.0414807;REVB=0.0119184;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101715;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:45:0:0:43:45:1:26:17:0:0:26:19:0:0 chr15 45545478 . C G,T 543.03 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=2,34;DP=36;FAO=3,34;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155965,-0.000914175;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.3222,147.176;QD=58.7061;RBI=0.0262064,0.0192014;REFB=0,0;REVB=-0.02616,0.0191796;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0357263,-0.000283832;OID=.,.;OPOS=45545478,45545478;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:37:0:0:2,34:3,34:0.0810811,0.918919:0,18:2,16:0:0:0,18:3,16:0:0 chr15 45554267 . C A 2262.38 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417268;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.938;QD=63.2835;RBI=0.0433367;REFB=0;REVB=0.0117023;RO=0;SAF=58;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474849;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:83:58:0:0:85:58:0:0 chr15 45654327 . A G 1789.52 PASS AF=0.945736;AO=122;DP=129;FAO=122;FDP=129;FR=.;FRO=7;FSAF=87;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00324814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8119;QD=55.4889;RBI=0.00399507;REFB=-0.0244098;REVB=-0.00232598;RO=7;SAF=87;SAR=35;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176667;STB=0.509319;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00751525;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:129:129:7:7:122:122:0.945736:35:87:4:3:35:87:4:3 chr15 45661678 . T A 2233.91 PASS AF=0.974194;AO=150;DP=155;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00667512;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.642;QD=57.6492;RBI=0.0200089;REFB=-0.0763912;REVB=0.0188626;RO=4;SAF=74;SAR=76;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120189;STB=0.506198;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00273263;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:155:155:4:4:150:151:0.974194:76:74:1:3:77:74:1:3 chr15 45694768 . G T 420.9 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.759;QD=56.1198;RBI=0.0766801;REFB=0;REVB=0.0266228;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113041;OID=.;OPOS=45694768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:17:11:0:0:17:13:0:0 chr15 45694983 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.4145;QD=42.1824;RBI=0.0156795;REFB=0;REVB=-0.0137247;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137252;OID=.;OPOS=45694983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr15 45695612 . C T 2355.91 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001392;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.024;QD=61.1926;RBI=0.0512303;REFB=0;REVB=0.0512114;RO=0;SAF=91;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12618e-05;OID=.;OPOS=45695612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:152:154:1:61:91:0:0:62:92:0:0 chr15 45695695 . G A 2391.22 PASS AF=0.952941;AO=162;DP=172;FAO=162;FDP=170;FR=.;FRO=8;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.055283;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9795;QD=56.2639;RBI=0.0679082;REFB=-0.076673;REVB=0.0394376;RO=3;SAF=80;SAR=82;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597858;STB=0.505593;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00326173;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:172:170:3:8:162:162:0.952941:82:80:2:1:82:80:3:5 chr15 45968435 . T C 231.46 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00604292;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.054;QD=16.5329;RBI=0.018266;REFB=-0.0196554;REVB=-0.0172374;RO=30;SAF=20;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377075;STB=0.714111;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0162457;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:6:20:12:18:6:20:12:18 chr15 48053229 . C A 238.89 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0173811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2308;QD=14.0525;RBI=0.0391628;REFB=-0.0420217;REVB=-0.0350945;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456088;STB=0.519637;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0363997;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:11:17:22:17:11:17:23:17 chr15 48058071 . G A 370.89 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0270914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.095;QD=20.048;RBI=0.0401513;REFB=-0.0297146;REVB=-0.0296341;RO=36;SAF=25;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262242;STB=0.645547;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0322701;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:13:25:13:23:13:25:13:23 chr15 48063076 . T C 815.37 PASS AF=0.494118;AO=81;DP=168;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00427672;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.698;QD=19.1853;RBI=0.0131036;REFB=-0.0201026;REVB=-0.0123861;RO=85;SAF=54;SAR=27;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135789;STB=0.577387;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0236707;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:85:86:81:84:0.494118:27:54:45:40:28:56:45:41 chr15 48426484 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.962;QD=57.8847;RBI=0.0143121;REFB=0;REVB=0.0135543;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7942e-05;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr15 48441554 . T C 555.35 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.00754056;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5816;QD=16.7024;RBI=0.0102406;REFB=-0.0104432;REVB=-0.00692892;RO=74;SAF=28;SAR=31;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791046;STB=0.536647;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00801975;OID=.;OPOS=48441554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:74:59:59:0.443609:31:28:41:33:31:28:40:34 chr15 48443699 . T C 1162.94 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.012313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4368;QD=58.1471;RBI=0.027213;REFB=-0.0249996;REVB=-0.0242681;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01088;STB=0.501295;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000942928;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:1:2:77:78:0.975:43:34:0:1:43:35:1:1 chr15 48460927 . C T 2421.68 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.039;QD=60.5421;RBI=0.0293179;REFB=-0.110766;REVB=-0.0177847;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000182215;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:0:1:159:159:0.99375:78:81:0:0:78:81:1:0 chr15 48495508 . C T 316.49 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00349686;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.039;QD=17.3421;RBI=0.0278985;REFB=-0.0200996;REVB=0.0276784;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113832;STB=0.544978;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0210809;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:39:33:34:0.465753:15:18:27:14:15:19:25:14 chr15 48539587 . T C 488.41 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.00886669;FXX=0.0542594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0402;QD=16.0133;RBI=0.0103093;REFB=-0.00023014;REVB=0.00525968;RO=67;SAF=35;SAR=18;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231754;STB=0.637911;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000438007;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:122:67:69:53:53:0.434426:18:35:29:38:18:35:29:40 chr15 48580713 . T C 632.63 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00267472;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.526;QD=57.5114;RBI=0.00423508;REFB=-0.0564421;REVB=0.00328357;RO=2;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293296;STB=0.515618;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00148057;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:2:2:42:42:0.954545:31:11:0:2:31:11:0:2 chr15 48595192 . G T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4684;QD=57.6723;RBI=0.0105957;REFB=0;REVB=-0.004905;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150459;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr15 48701029 . C T 180.16 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0131071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.264;QD=16.0138;RBI=0.0176892;REFB=-0.0141517;REVB=-0.011879;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252584;STB=0.65451;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0196868;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:18:19:0.422222:6:12:11:15:6:13:11:15 chr15 48702457 . C A 413.86 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0101866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.114;QD=13.7954;RBI=0.0202729;REFB=-0.0135263;REVB=0.0175278;RO=72;SAF=22;SAR=26;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146632;STB=0.582725;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0166193;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:72:48:48:0.4:26:22:43:29:26:22:43:29 chr15 48797307 . A G 489.98 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0341637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.492;QD=17.0426;RBI=0.0344116;REFB=0.000528216;REVB=-0.00412312;RO=61;SAF=31;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118288;STB=0.574249;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000374279;OID=.;OPOS=48797307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:52:53:0.46087:21:31:29:32:21:32:29:33 chr15 48807637 . C T 1994.53 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341503;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.651;QD=62.3292;RBI=0.023476;REFB=0;REVB=0.0232263;RO=0;SAF=71;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683659;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:57:71:0:0:57:71:0:0 chr15 49118087 . C T 379.7 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000862983;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.099;QD=21.697;RBI=0.123977;REFB=-0.0113135;REVB=-0.123974;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517323;STB=0.528556;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0103702;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:19:19:18:14:19:19:18:14 chr15 49160089 . G C 119.51 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00533055;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.56;QD=12.58;RBI=0.0236393;REFB=-0.0199287;REVB=0.0230305;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474737;STB=0.795984;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0255132;OID=.;OPOS=49160089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:24:14:14:0.368421:12:2:12:11:12:2:13:11 chr15 49168841 . G A 1793.38 PASS AF=0.390805;AO=204;DP=520;FAO=204;FDP=522;FR=.;FRO=318;FSAF=132;FSAR=72;FSRF=210;FSRR=108;FWDB=0.00769848;FXX=0.0187966;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3434;QD=13.7424;RBI=0.00883469;REFB=-0.00924363;REVB=0.0043342;RO=312;SAF=132;SAR=72;SRF=207;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195438;STB=0.508928;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0122245;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:520:522:312:318:204:204:0.390805:72:132:207:105:72:132:210:108 chr15 49172317 . T G 54.04 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00660928;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9112;QD=16.6279;RBI=0.0179923;REFB=-0.0223043;REVB=0.0167344;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00340228;OID=.;OPOS=49172317;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:15:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:1:5:6:1:1:5 chr15 49288160 . A G 353.68 PASS AF=0.431818;AO=39;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00908865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1659;QD=16.0765;RBI=0.039226;REFB=-0.0172186;REVB=0.0381585;RO=49;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106921;STB=0.577024;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0225061;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:39:38:0.431818:24:15:24:25:24:14:25:25 chr15 49491143 . G A 1121.99 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.038;QD=59.0524;RBI=0.0874759;REFB=-0.0911629;REVB=0.0838919;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137127;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000827927;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:0:1:34:41:0:1 chr15 49716845 . T C 804.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125522;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.977;QD=57.4448;RBI=0.0952586;REFB=0;REVB=0.094428;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333305;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr15 49777900 . C T 115.49 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4956;QD=41.9944;RBI=0.101969;REFB=0;REVB=-0.0974503;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383778;OID=.;OPOS=49777900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:4:7:0:0 chr15 50152583 . G T 2144.65 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109904;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.708;QD=63.0779;RBI=0.0111486;REFB=0;REVB=-0.00187145;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127517;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:62:73:0:0:62:74:0:0 chr15 50189448 . C A 370.14 PASS AF=0.427083;AO=32;DP=88;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00849389;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.779;QD=15.4226;RBI=0.0167014;REFB=-0.014183;REVB=0.0143803;RO=55;SAF=18;SAR=14;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422244;STB=0.505854;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0193283;OID=.;OPOS=50189448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:96:55:55:32:41:0.427083:14:18:33:22:16:25:33:22 chr15 50311135 . C A 1149.53 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7427;QD=58.9503;RBI=0.0474587;REFB=-0.136573;REVB=0.0324532;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.506327;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00208468;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:78:1:1:75:77:0.987179:37:38:0:1:39:38:0:1 chr15 50311148 . A G 1135.18 PASS AF=0.939759;AO=77;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0118387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.256;QD=54.7076;RBI=0.0143285;REFB=-0.0303975;REVB=-0.00807165;RO=3;SAF=37;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132118;STB=0.507581;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000401117;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:83:83:3:5:77:78:0.939759:40:37:2:1:41:37:3:2 chr15 50474766 . A C 114.3 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.027509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.135;QD=10.1603;RBI=0.053194;REFB=-0.0321218;REVB=-0.0455286;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298295;STB=0.501728;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0527613;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:31:14:14:0.311111:5:9:20:10:5:9:20:11 chr15 50534454 . T G 460.83 PASS AF=0.464646;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0119639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.947;QD=18.6192;RBI=0.0142139;REFB=-0.011324;REVB=-0.00767463;RO=53;SAF=28;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183971;STB=0.60654;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0158519;OID=.;OPOS=50534454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:53:45:46:0.464646:17:28:23:30:17:29:23:30 chr15 50534514 . T G 400.9 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00406527;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.832;QD=14.5781;RBI=0.011326;REFB=-0.0139353;REVB=-0.0105713;RO=63;SAF=22;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184854;STB=0.505544;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0193583;OID=.;OPOS=50534514;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:24:22:29:34:24:22:30:34 chr15 50534703 . C T 124.04 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0198983;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.067;QD=16.0057;RBI=0.0213281;REFB=-0.0164795;REVB=0.00767778;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251864;STB=0.677198;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0168653;OID=.;OPOS=50534703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:17:14:14:0.451613:7:7:11:3:7:7:14:3 chr15 50534832 . A G 396.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00150677;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.909;QD=19.8054;RBI=0.00812144;REFB=0.00570607;REVB=0.00798044;RO=39;SAF=26;SAR=14;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419992;STB=0.513844;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00260324;OID=.;OPOS=50534832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:39:40:40:40:0.5:14:26:27:12:14:26:27:13 chr15 50773755 . G A 867.88 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.329;QD=57.8585;RBI=0.0219312;REFB=0;REVB=0.0203226;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62936e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr15 50853015 . G A 453.65 PASS AF=0.442478;AO=49;DP=116;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00629712;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.393;QD=16.0583;RBI=0.00968272;REFB=-0.00789279;REVB=0.00735536;RO=60;SAF=26;SAR=23;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792884;STB=0.544376;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0161557;OID=.;OPOS=50853015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:60:63:49:50:0.442478:23:26:27:33:23:27:29:34 chr15 50867082 . G A 202.0 PASS AF=0.526316;AO=16;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.12597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1403;QD=21.2632;RBI=0.130784;REFB=-0.0307443;REVB=-0.0351569;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938147;STB=0.590824;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0120292;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:16:20:0.526316:12:4:3:14:12:8:4:14 chr15 50981098 . T C 128.62 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00397325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.993;QD=12.5486;RBI=0.0152686;REFB=-0.000687718;REVB=0.0147425;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331411;STB=0.679021;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00218587;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:9:6:18:7:9:6:18:8 chr15 51217361 . T C 1809.12 PASS AF=0.983607;AO=113;DP=115;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00244369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.59;QD=59.3154;RBI=0.00839737;REFB=0.0201465;REVB=0.00803394;RO=2;SAF=62;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150689;STB=0.507574;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.000151378;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:122:2:2:113:120:0.983607:51:62:2:0:55:65:2:0 chr15 51294832 . G A 432.06 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0102061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.967;QD=14.8987;RBI=0.035898;REFB=0.000522327;REVB=-0.0344166;RO=66;SAF=22;SAR=27;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414157;STB=0.518194;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0021754;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:67:49:49:0.422414:27:22:27:39:27:22:28:39 chr15 51295934 . G A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0777864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.436;QD=17.4007;RBI=0.0902062;REFB=0.00172379;REVB=-0.0456775;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991777;STB=0.539815;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0156818;OID=.;OPOS=51295934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:8:5:6:6:8:5:6:7 chr15 51349946 . C T 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0294859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.48;QD=21.5311;RBI=0.0299663;REFB=-0.028475;REVB=-0.00534417;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042927;STB=0.52372;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0249879;OID=.;OPOS=51349946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:21:16:15:16:21:16:15:16 chr15 51397262 . C T 659.48 PASS AF=0.447205;AO=71;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.00160978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.792;QD=16.3847;RBI=0.0298764;REFB=-0.0151539;REVB=-0.029833;RO=89;SAF=43;SAR=28;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681305;STB=0.540972;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0200236;OID=.;OPOS=51397262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:89:89:71:72:0.447205:28:43:48:41:28:44:48:41 chr15 51502844 . A C 2946.72 PASS AF=0.943925;AO=199;DP=211;FAO=202;FDP=214;FR=.;FRO=12;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0226926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8831;QD=55.0788;RBI=0.145798;REFB=-0.159529;REVB=0.144021;RO=12;SAF=94;SAR=105;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024145;STB=0.512153;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0081991;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:211:214:12:12:199:202:0.943925:105:94:3:9:108:94:3:9 chr15 51502986 . G A 3223.62 PASS AF=1;AO=209;DP=211;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598205;FXX=0.00947822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.342;QD=61.6961;RBI=0.00990098;REFB=0.122309;REVB=0.00788953;RO=1;SAF=120;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114399;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:209:1:0:209:209:1:89:120:1:0:89:120:0:0 chr15 51503881 . T A 1058.29 PASS AF=1;AO=65;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.18;QD=57.9884;RBI=0.0694364;REFB=0;REVB=0.068253;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307563;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:65:73:1:26:39:0:0:34:39:0:0 chr15 51503897 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.062985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.851;QD=56.6223;RBI=0.0643721;REFB=0.0382676;REVB=-0.0132912;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000927356;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:28:35:0:1:28:35:0:1 chr15 51529112 . T C 2334.87 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136302;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3967;QD=63.969;RBI=0.0172027;REFB=0;REVB=0.0104952;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53833e-06;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:75:71:0:0:75:71:0:0 chr15 51675625 . C T 656.61 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0147592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.504;QD=19.6003;RBI=0.0150643;REFB=0.000309576;REVB=0.00301653;RO=67;SAF=26;SAR=40;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132632;STB=0.569832;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000259904;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:67:68:66:66:0.492537:40:26:36:31:40:26:36:32 chr15 51689772 . G A 1136.78 PASS AF=0.416393;AO=126;DP=303;FAO=127;FDP=305;FR=.;FRO=178;FSAF=45;FSAR=82;FSRF=54;FSRR=124;FWDB=0.0341441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.53;QD=14.9085;RBI=0.0344124;REFB=-0.00226098;REVB=0.0042885;RO=173;SAF=45;SAR=81;SRF=51;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723268;STB=0.533121;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00336763;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:305:173:178:126:127:0.416393:81:45:51:122:82:45:54:124 chr15 51696856 . G A 261.07 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0169156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.146;QD=12.2857;RBI=0.0314756;REFB=-0.0197469;REVB=-0.0265438;RO=54;SAF=21;SAR=9;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254386;STB=0.653188;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.043493;OID=.;OPOS=51696856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:54:54:30:31:0.364706:9:21:26:28:9:22:26:28 chr15 51698922 . C T 417.68 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.00186971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.808;QD=22.5772;RBI=0.0171501;REFB=-0.0100222;REVB=-0.0170479;RO=32;SAF=17;SAR=24;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139211;STB=0.58126;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00654246;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:24:17:8:24:24:17:8:25 chr15 51783820 . T C 644.96 PASS AF=0.422857;AO=70;DP=172;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.00881642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.496;QD=14.7419;RBI=0.00928345;REFB=-0.0243792;REVB=0.00290744;RO=97;SAF=15;SAR=55;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252567;STB=0.607649;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0374112;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:175:97:101:70:74:0.422857:55:15:40:57:55:19:42:59 chr15 51795172 . G A 407.78 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00439817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.89;QD=14.3081;RBI=0.00881653;REFB=0.00245559;REVB=0.00764115;RO=65;SAF=26;SAR=21;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945105;STB=0.544484;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00413195;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:67:47:47:0.412281:21:26:30:35:21:26:32:35 chr15 51868373 . A G 101.59 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0446626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.616;QD=9.91107;RBI=0.0473435;REFB=-0.000784135;REVB=0.0157054;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164281;STB=0.598365;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00321786;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:11:17:6:7:11:17 chr15 51914662 . G A 1312.98 PASS AF=0.441595;AO=136;DP=314;FAO=155;FDP=351;FR=.;FRO=196;FSAF=96;FSAR=59;FSRF=103;FSRR=93;FWDB=0.071046;FXX=0.00284083;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.3688;QD=14.9627;RBI=0.0752212;REFB=-0.0375344;REVB=0.0247123;RO=176;SAF=88;SAR=48;SRF=89;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149245;STB=0.554127;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0569205;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:351:176:196:136:155:0.441595:48:88:89:87:59:96:103:93 chr15 51914716 . T C 1343.27 PASS AF=0.472603;AO=127;DP=281;FAO=138;FDP=292;FR=.;FRO=154;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=74;FSRR=80;FWDB=0.0339058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.318;QD=18.401;RBI=0.0373159;REFB=-0.0251865;REVB=-0.0155845;RO=153;SAF=55;SAR=72;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439903;STB=0.501193;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.026945;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:292:153:154:127:138:0.472603:72:55:73:80:72:66:74:80 chr15 52186094 . T G 294.82 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.02328;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.842;QD=12.0334;RBI=0.0233818;REFB=-0.00894698;REVB=-0.00217892;RO=57;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321409;STB=0.504082;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0251242;OID=.;OPOS=52186094;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:57:63:35:35:0.357143:18:17:26:31:18:17:31:32 chr15 52539673 . C T 1523.24 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4223;QD=59.155;RBI=0.0544688;REFB=0;REVB=0.0470625;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747585;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:99:103:1:45:54:0:0:46:57:0:0 chr15 52556429 . A G 1226.98 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.326;QD=61.3488;RBI=0.0363315;REFB=0;REVB=-0.0316663;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80165e-05;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 380.7 PASS AF=1;AO=23;DP=41;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256977;FXX=0.235225;HRUN=3;LEN=9;MLLD=256.082;QD=58.5692;RBI=0.0275345;REFB=0;REVB=0.00988826;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00012623;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:41:26:26:0:12:14:0:0:3:15:9:14:7:8 chr15 52611451 . A G 3529.53 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.42;QD=62.4696;RBI=0.0427979;REFB=0;REVB=0.0205105;RO=0;SAF=119;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149614;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:226:0:0:222:226:1:103:119:0:0:107:119:0:0 chr15 52667552 . G A 1453.42 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.458;QD=63.192;RBI=0.0173122;REFB=0;REVB=0.0146296;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30942e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chr15 52689526 . T C 1462.54 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4413;QD=62.2356;RBI=0.0367787;REFB=-0.0775346;REVB=0.0145941;RO=1;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948417;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:1:0:93:94:1:56:37:0:1:57:37:0:0 chr15 52689631 . T G 1820.78 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7354;QD=60.1912;RBI=0.0743573;REFB=0.0517922;REVB=-0.0732565;RO=1;SAF=44;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106722;STB=0.505494;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000787032;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:119:120:0.991736:75:44:1:0:75:45:1:0 chr15 52901283 . TT CC 773.89 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347755;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=2;MLLD=82.1246;QD=57.325;RBI=0.0681462;REFB=0;REVB=0.0586051;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000540123;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:21:33:0:0 chr15 53994493 . A G 413.51 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0365014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.428;QD=16.5405;RBI=0.0366218;REFB=-0.0174985;REVB=-0.00296633;RO=56;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242855;STB=0.518389;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0205729;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:57:43:43:0.43:22:21:26:30:22:21:26:31 chr15 54003091 . G A 463.35 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0236198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5839;QD=21.8049;RBI=0.0314209;REFB=0.0063421;REVB=0.0207215;RO=39;SAF=31;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284892;STB=0.652386;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00920867;OID=.;OPOS=54003091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:40:45:45:0.529412:14:31:14:25:14:31:15:25 chr15 54008795 . T C 432.64 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0628573;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.017;QD=16.0236;RBI=0.0909263;REFB=-0.0104489;REVB=0.0657005;RO=58;SAF=28;SAR=20;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556547;STB=0.538569;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0147315;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:60:48:48:0.444444:20:28:37:21:20:28:39:21 chr15 54008845 . T C 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.254;QD=59.9222;RBI=0.0209611;REFB=0;REVB=-0.0209209;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42364e-05;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr15 54008889 . GA G 327.53 PASS AF=0.55;AO=42;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0576172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3283;QD=16.3764;RBI=0.0777328;REFB=-0.0145043;REVB=-0.052179;RO=36;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632048;STB=0.543458;STBP=0.397;TYPE=del;VARB=0.0123214;OID=.;OPOS=54008890;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:42:80:44:80:36:19:25:19:17:99:36:19:23:19:17 chr15 54306925 . G A 779.32 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0569465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6642;QD=54.6893;RBI=0.0596933;REFB=-0.00486127;REVB=0.0178994;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229779;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00227441;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:1:1:54:56:0.982456:20:34:0:1:21:35:0:1 chr15 54307378 . T A 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0531607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.593;QD=18.2467;RBI=0.0556226;REFB=-0.00552815;REVB=0.016365;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359999;STB=0.706139;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0100904;OID=.;OPOS=54307378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:10:5:11:4:10:5 chr15 54709083 . G A 724.8 PASS AF=0.48125;AO=73;DP=161;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0144646;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.276;QD=18.12;RBI=0.024702;REFB=-0.00289942;REVB=-0.0200242;RO=80;SAF=44;SAR=29;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220886;STB=0.509227;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00331827;OID=.;OPOS=54709083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:80:83:73:77:0.48125:29:44:50:30:31:46:51:32 chr15 54786879 . T C 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.014281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.698;QD=24.78;RBI=0.0227623;REFB=0.0248799;REVB=-0.017725;RO=26;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638256;STB=0.527722;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0128879;OID=.;OPOS=54786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:40:40:0.597015:18:22:12:14:18:22:13:14 chr15 54841874 . A G 96.51 PASS AF=0.26;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0238626;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.721;QD=7.72044;RBI=0.030493;REFB=0.00111718;REVB=0.0189842;RO=35;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251942;STB=0.652339;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00221476;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:53:50:35:37:13:13:0.26:5:8:14:21:5:8:15:22 chr15 54847677 . C T 471.18 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0208035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3327;QD=15.9722;RBI=0.0375035;REFB=-0.00746619;REVB=-0.0312045;RO=66;SAF=20;SAR=32;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249168;STB=0.639122;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00686209;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:32:20:42:24:32:20:42:24 chr15 54919047 . A G 623.25 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0483858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7809;QD=19.9438;RBI=0.0570944;REFB=0.0138884;REVB=0.0303082;RO=62;SAF=31;SAR=32;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218875;STB=0.512067;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0213262;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:32:31:29:33:32:31:29:33 chr15 55489065 . G A 527.57 PASS AF=0.44186;AO=55;DP=127;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00588327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.474;QD=16.3588;RBI=0.00589472;REFB=-0.00189716;REVB=0.000367315;RO=66;SAF=20;SAR=35;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181324;STB=0.605923;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00257824;OID=.;OPOS=55489065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:66:72:55:57:0.44186:35:20:36:30:36:21:40:32 chr15 55619796 . T C 1048.77 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251157;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.431;QD=59.9296;RBI=0.0256568;REFB=0;REVB=0.00524173;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389038;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:42:26:0:0:43:27:0:0 chr15 55632859 . G T 1393.79 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0402108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3717;QD=55.1998;RBI=0.064577;REFB=-0.124657;REVB=-0.05053;RO=3;SAF=51;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825146;STB=0.505876;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00452831;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:3:3:98:98:0.970297:47:51:2:1:46:52:1:2 chr15 55759193 . T C 527.32 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0652966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5867;QD=47.9384;RBI=0.0665826;REFB=-0.140425;REVB=0.013023;RO=5;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706924;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237504;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:44:44:5:6:38:38:0.863636:18:20:1:4:19:19:3:3 chr15 55970041 . A G 171.28 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00127973;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2464;QD=9.01461;RBI=0.058737;REFB=-0.00114926;REVB=0.0587231;RO=53;SAF=9;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204644;STB=0.621056;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00286911;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:53:53:23:23:0.302632:14:9:30:23:14:9:30:23 chr15 55972797 . T C 704.68 PASS AF=0.46875;AO=75;DP=160;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0169924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.457;QD=17.6171;RBI=0.0228797;REFB=-0.00785048;REVB=0.0153212;RO=85;SAF=45;SAR=30;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136662;STB=0.575737;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00642712;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:85:75:75:0.46875:30:45:39:46:30:45:39:46 chr15 56120962 . T C 125.21 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00938846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.324;QD=10.4345;RBI=0.00956722;REFB=-0.00603795;REVB=0.0018408;RO=33;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396452;STB=0.740394;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0120283;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:12:3:17:16:12:3:17:16 chr15 56122741 . A C 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.010994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.139;QD=20.4176;RBI=0.0122894;REFB=-0.0126305;REVB=-0.00549203;RO=39;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000550445;STB=0.500305;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010896;OID=.;OPOS=56122741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:21:20:19:20:21:20:19:20 chr15 56134300 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00463204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.118;QD=12.8366;RBI=0.00582906;REFB=-0.0102305;REVB=0.00353866;RO=39;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112384;STB=0.564653;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0161998;OID=.;OPOS=56134300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:9:16:21:18:9:16:21:18 chr15 56139153 . T C 738.79 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0393741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.832;QD=54.7252;RBI=0.099456;REFB=-0.125717;REVB=0.0913301;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.510634;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00119857;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:23:30:0:1:23:30:0:1 chr15 56152729 . T C 423.36 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00336391;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.125;QD=16.128;RBI=0.0198581;REFB=0.000830879;REVB=-0.0195711;RO=58;SAF=17;SAR=30;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107094;STB=0.560008;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00162892;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:30:17:27:31:30:17:27:31 chr15 56152872 . C T 451.64 PASS AF=0.382353;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0104906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8907;QD=13.2834;RBI=0.038334;REFB=-0.00186492;REVB=-0.0368706;RO=82;SAF=24;SAR=28;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10713;STB=0.553027;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00288011;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:82:84:52:52:0.382353:28:24:46:36:28:24:46:38 chr15 56207811 . T G 381.45 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00442824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.698;QD=22.4381;RBI=0.00776155;REFB=-0.0195981;REVB=0.00637436;RO=29;SAF=26;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142579;STB=0.572842;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0140799;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:12:26:15:14:12:26:16:14 chr15 56207983 . C T 441.47 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0234126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.154;QD=22.3531;RBI=0.0266413;REFB=0.00521831;REVB=0.0127124;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163125;STB=0.583641;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00402732;OID=.;OPOS=56207983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:36:42:43:0.544304:21:21:25:11:21:22:25:11 chr15 56208535 . G A 252.89 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0191841;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.966;QD=14.8758;RBI=0.0192357;REFB=-0.0133903;REVB=0.00140714;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654506;STB=0.537106;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0161536;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:39:29:29:0.426471:16:13:20:19:16:13:20:19 chr15 56258659 . A T 315.48 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0124898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.334;QD=16.3888;RBI=0.0248706;REFB=-0.0213288;REVB=0.021507;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064419;STB=0.526301;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0305581;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:42:34:35:0.454545:20:14:20:22:20:15:20:22 chr15 56285721 . G A 307.3 PASS AF=0.492537;AO=29;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0581773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7541;QD=18.346;RBI=0.0686416;REFB=-0.0138162;REVB=0.0364291;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362829;STB=0.568958;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0206084;OID=.;OPOS=56285721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:34:29:33:0.492537:10:19:23:14:14:19:24:10 chr15 56322148 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0850767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5106;QD=11.4394;RBI=0.0895543;REFB=0.00730824;REVB=0.027963;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198262;STB=0.604686;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0146121;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:7:2:5:8:7:2:5:9 chr15 56322156 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0192891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8537;QD=15.8821;RBI=0.0193675;REFB=0.00457942;REVB=0.00174078;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308745;STB=0.68252;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00315017;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:5:5:8:2:5:5 chr15 56386577 . T G 1525.54 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.511;QD=59.8252;RBI=0.0176467;REFB=0;REVB=-0.000264815;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94914e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:56:46:0:0:56:46:0:0 chr15 56387859 . T C 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.884;QD=59.8494;RBI=0.0243892;REFB=0;REVB=0.0101453;RO=0;SAF=16;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38911e-05;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:55:16:0:0:55:16:0:0 chr15 56387931 . C T 712.09 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199798;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.539;QD=63.297;RBI=0.0472256;REFB=0;REVB=-0.042791;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295316;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:46:45:1:31:15:0:0:30:15:0:0 chr15 56388033 . T C 1478.15 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00321627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.704;QD=56.3104;RBI=0.0100543;REFB=0.0775209;REVB=0.00952601;RO=1;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771525;STB=0.50784;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=5.79626e-05;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:1:3:102:102:0.971429:61:41:0:1:61:41:2:1 chr15 56471448 . ATAT A,AGAT 1036.97 PASS AF=0.197368,0.802632;AO=8,52;DP=70;FAO=15,61;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=15,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013035,0.0549054;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=205.754,47.6026;QD=54.5774;RBI=0.0247562,0.147615;REFB=0,0;REVB=0.0210465,0.137024;RO=0;SAF=0,40;SAR=8,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0842849,-0.0155324;OID=.,.;OPOS=56471449,56471449;OREF=TAT,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.197368,0.802632:8,52:70:15,61:76:0:0,43:15,18:0:0:66:0:0,40:8,12:0:0 chr15 56721264 . G A 728.24 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874594;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.234;QD=63.3254;RBI=0.0152358;REFB=0;REVB=-0.0124755;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07833e-05;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr15 56923714 . G A,T 1132.49 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=73,3;DP=76;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013617,-0.0409663;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.181,122.638;QD=59.6049;RBI=0.0187084,0.0439881;REFB=0,0;REVB=-0.012829,-0.0160225;RO=0;SAF=43,1;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000402507,0.0134484;OID=.,.;OPOS=56923714,56923714;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:0:0:73,3:73,3:0.960526,0.0394737:30,2:43,1:0:0:30,2:43,1:0:0 chr15 56946980 . T G 481.29 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0126696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8246;QD=16.1778;RBI=0.0559934;REFB=-0.0059867;REVB=0.0545412;RO=65;SAF=30;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122187;STB=0.511579;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.010884;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:66:53:53:0.445378:23:30:36:29:23:30:36:30 chr15 56959028 . C T 768.21 PASS AF=0.50641;AO=78;DP=156;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0334592;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.094;QD=19.6977;RBI=0.0384344;REFB=-0.0193311;REVB=-0.0189126;RO=76;SAF=37;SAR=41;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124519;STB=0.500244;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.027573;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:77:78:79:0.50641:41:37:35:41:41:38:37:40 chr15 57210512 . CGGGGG CGGGG,CGGGGC 33.67 PASS AF=0.175,0.075;AO=8,3;DP=37;FAO=7,3;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3,3;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.101039,0.0234096;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.3956,29.7657;QD=3.36745;RBI=0.127315,0.0663028;REFB=-0.0878922,-0.0498362;REVB=0.077461,0.0620327;RO=24;SAF=2,3;SAR=6,0;SRF=4;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.14571,0.742961;STB=0.699546,0.998184;STBP=0.319,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.1399,0.0237385;OID=.,.;OPOS=57210513,57210517;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175,0.075:8,3:37:7,3:40:30:3,3:4,0:6:24:21:24:2,3:6,0:4:20 chr15 57731335 . A C 651.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.042;QD=62.0017;RBI=0.0559114;REFB=0;REVB=0.0458067;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357255;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr15 57731573 . C T 72.58 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0277389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6867;QD=8.79772;RBI=0.0898996;REFB=-0.00466592;REVB=0.0855132;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.515121;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0182952;OID=.;OPOS=57731573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:12:11:5:5:12:11 chr15 57731728 . A G 374.46 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.000115197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.52;QD=20.8034;RBI=0.000223413;REFB=-0.0112175;REVB=-0.000191424;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129741;STB=0.571603;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0128108;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:20:18:11:23:20:18:11:23 chr15 57918069 . A G 361.77 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0368441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.854;QD=15.2322;RBI=0.0382958;REFB=-0.00604479;REVB=-0.0104439;RO=56;SAF=29;SAR=9;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291321;STB=0.670296;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00906126;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:56:38:39:0.410526:9:29:29:27:9:30:29:27 chr15 57918090 . A G 1208.41 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5291;QD=61.1854;RBI=0.0400362;REFB=0;REVB=0.0223372;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426055;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr15 57925836 . C T 479.18 PASS AF=0.48;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.022801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.071;QD=19.1671;RBI=0.0913189;REFB=-0.0229221;REVB=-0.0884266;RO=52;SAF=28;SAR=19;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145593;STB=0.584838;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0240097;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:47:48:0.48:19:28:23:29:19:29:23:29 chr15 57967219 . T C 2254.46 PASS AF=0.993056;AO=139;DP=142;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.857;QD=62.6238;RBI=0.0205893;REFB=-0.0224794;REVB=0.0147092;RO=0;SAF=79;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=4.76936e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:144:0:1:139:143:0.993056:60:79:0:0:60:83:0:1 chr15 58256127 . C T 774.54 PASS AF=0.528571;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0188095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.193;QD=22.1298;RBI=0.0188903;REFB=-0.0187004;REVB=0.00174566;RO=61;SAF=37;SAR=37;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677131;STB=0.521423;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0106305;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:61:66:74:74:0.528571:37:37:31:30:37:37:36:30 chr15 58444720 . A T 708.4 PASS AF=0.544;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0145785;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.271;QD=22.6689;RBI=0.0294126;REFB=-0.00377606;REVB=-0.0255454;RO=59;SAF=43;SAR=25;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502861;STB=0.534151;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0031704;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:59:57:68:68:0.544:25:43:34:25:25:43:32:25 chr15 58471368 . C T 1603.9 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.202;QD=59.9588;RBI=0.0175571;REFB=0;REVB=0.0168692;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05926e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:107:0:0:97:107:1:50:47:0:0:54:53:0:0 chr15 58476281 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.42;QD=58.9612;RBI=0.0241125;REFB=0;REVB=-0.0119308;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43454e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr15 58834741 . G T 420.37 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.029766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.46;QD=18.6829;RBI=0.0363348;REFB=-0.01902;REVB=0.0208375;RO=47;SAF=24;SAR=19;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978681;STB=0.554352;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0158987;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:19:24:31:16:19:24:31:16 chr15 58837957 . A G 1640.87 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440921;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1283;QD=59.1306;RBI=0.026609;REFB=0;REVB=0.0262412;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247626;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:111:0:0:103:111:1:50:53:0:0:54:57:0:0 chr15 58838010 . A G 1768.73 PASS AF=0.930769;AO=121;DP=133;FAO=121;FDP=130;FR=.;FRO=9;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00496818;FXX=0.0370343;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.038;QD=54.4225;RBI=0.00503397;REFB=-0.0132391;REVB=0.000811216;RO=9;SAF=60;SAR=61;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359116;STB=0.518949;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0025087;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:133:130:9:9:121:121:0.930769:61:60:2:7:61:60:2:7 chr15 58853079 . C A 465.27 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.292;QD=58.1588;RBI=0.0527793;REFB=0;REVB=0.0512019;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154459;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:26:32:1:5:21:0:0:7:25:0:0 chr15 58853109 . A G 553.51 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.992;QD=59.8389;RBI=0.0973936;REFB=0;REVB=0.0926572;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333993;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr15 58983318 . G C 739.82 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00731791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.095;QD=54.8011;RBI=0.0429893;REFB=-0.172608;REVB=0.0423619;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00274802;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr15 58983425 . G C 842.21 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.332;QD=57.099;RBI=0.0340845;REFB=0;REVB=-0.00176024;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116179;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr15 58983588 . T A 1153.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2659;QD=60.7108;RBI=0.035106;REFB=0;REVB=-0.0231408;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58102e-05;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr15 58985163 . GTT GGT,GT,GTG 733.45 PASS AF=0,1,0;AO=28,23,7;DP=61;FAO=0,62,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.299938,-0.0592019,-0.0520282;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.26236,16.0296,7.11983;QD=47.3193;RBI=0.304389,0.0674876,0.0546716;REFB=0,0,0;REVB=-0.051865,0.0323993,-0.0167943;RO=1;SAF=21,3,3;SAR=7,20,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0618951,0.0225969,0.0971198;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0209344,-0.000796058,0.0683724;OID=.,.,.;OPOS=58985164,58985164,58985165;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGT,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:28,23,7:61:0,62,0:62:0:0,29,0:0,33,0:0:0:4:1:21,3,3:7,20,4:0:1 chr15 59147037 . A T 426.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.347;QD=56.8044;RBI=0.0487608;REFB=0;REVB=0.033722;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392775;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr15 59147413 . T A 508.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00955839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.723;QD=56.4826;RBI=0.010336;REFB=0.0308818;REVB=0.00393323;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000172978;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:0:1:22:13:0:1 chr15 59347929 . C A 1430.84 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00930451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6002;QD=56.1112;RBI=0.0399394;REFB=0.0393277;REVB=-0.0388404;RO=1;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958248;STB=0.504753;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0105097;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:1:3:99:99:0.970588:49:50:0:1:49:50:2:1 chr15 59368167 . G A 1573.93 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1256;QD=58.8385;RBI=0.0465987;REFB=-0.129323;REVB=0.0451728;RO=1;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106624;STB=0.505493;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000578668;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:104:106:0.990654:44:60:0:1:45:61:0:1 chr15 59499179 . G A 326.85 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0140026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.499;QD=12.3339;RBI=0.0140126;REFB=-0.0275999;REVB=0.000528918;RO=65;SAF=20;SAR=19;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095927;STB=0.556576;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0615169;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:66:39:40:0.377358:19:20:39:26:20:20:39:27 chr15 59499228 . C T 488.1 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00507948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.222;QD=16.8312;RBI=0.00602718;REFB=-0.0100784;REVB=0.00324436;RO=63;SAF=26;SAR=27;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171603;STB=0.595296;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0103491;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:27:26:42:21:27:26:42:21 chr15 59499274 . C A 477.14 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00468649;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.917;QD=16.453;RBI=0.00498532;REFB=-0.0169801;REVB=0.00170007;RO=64;SAF=29;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573122;STB=0.532009;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0202054;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:64:64:52:52:0.448276:23:29:32:32:23:29:32:32 chr15 59500116 . T C 258.35 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0132542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9598;QD=13.9646;RBI=0.0132799;REFB=0.00351297;REVB=-0.000827008;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106;STB=0.560399;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00579279;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:18:12:22:22:18:12:22:22 chr15 59510189 . G A 444.66 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.000737953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.391;QD=15.2021;RBI=0.00952653;REFB=-0.00537655;REVB=0.00949791;RO=67;SAF=19;SAR=31;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235349;STB=0.631956;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00749818;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:31:19:41:26:31:19:41:26 chr15 59682428 . G A 1134.23 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00861579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.665;QD=56.7117;RBI=0.00882592;REFB=0.0036042;REVB=-0.00191443;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111359;STB=0.517237;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=1.98005e-05;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:1:3:77:77:0.9625:35:42:1:0:35:42:3:0 chr15 59682486 . G GT 637.27 PASS AF=1;AO=70;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.2633;QD=31.8633;RBI=0.115731;REFB=0;REVB=-0.0575484;RO=8;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00189177;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:81:80:80:0:39:41:0:0:14:8:37:33:1:7 chr15 59784493 . C T 1283.84 PASS AF=0.925532;AO=86;DP=94;FAO=87;FDP=94;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0186055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.325;QD=54.6317;RBI=0.0243695;REFB=-0.0105667;REVB=0.0157387;RO=7;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881145;STB=0.546656;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000554354;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:94:94:7:7:86:87:0.925532:34:52:0:7:34:53:0:7 chr15 59911892 . G T 1672.91 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0129817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.256;QD=57.6866;RBI=0.0670719;REFB=-0.13099;REVB=0.0658036;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.508927;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00101343;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:116:0:2:113:114:0.982759:54:59:0:0:55:59:0:2 chr15 59912253 . A C 723.99 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0190236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2378;QD=59.1011;RBI=0.0512019;REFB=-0.117341;REVB=0.0475367;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.526304;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00374153;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:18:29:0:1:18:29:0:2 chr15 59912625 . G A 692.99 PASS AF=1;AO=35;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.881;QD=60.2604;RBI=0.0968221;REFB=0;REVB=0.0958642;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160719;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:35:46:1:13:22:0:0:18:28:0:0 chr15 59961519 . A C 476.52 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.000177587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.001;QD=15.2487;RBI=0.0231543;REFB=-0.00172211;REVB=0.0231536;RO=72;SAF=28;SAR=25;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100393;STB=0.556212;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00325301;OID=.;OPOS=59961519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:25:28:45:27:25:28:45:27 chr15 59963488 . A G 198.0 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00732752;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.833;QD=11.0002;RBI=0.0457264;REFB=-0.0108574;REVB=0.0451355;RO=47;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103485;STB=0.56039;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0186343;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:47:25:25:0.347222:8:17:28:19:8:17:28:19 chr15 60678298 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.364;QD=52.613;RBI=0.0625507;REFB=0;REVB=-0.00245177;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141258;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr15 60690089 . A G 108.51 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105948;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7833;QD=43.4046;RBI=0.0428642;REFB=0;REVB=-0.0415342;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00884017;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr15 60715800 . T G 372.05 PASS AF=0.882353;AO=23;DP=33;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.048388;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=56.9876;QD=43.77;RBI=0.153348;REFB=-0.0844928;REVB=0.145513;RO=3;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12022;STB=0.562459;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00771566;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:34:3:4:23:30:0.882353:10:13:0:3:14:16:0:4 chr15 60724118 . CT GC,GT 677.8 PASS AF=0.0681818,0.931818;AO=3,30;DP=45;FAO=3,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355186,0.00908779;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=101.41,156.077;QD=61.6183;RBI=0.0333912,0.0228396;REFB=0,0;REVB=0.0332018,0.0209538;RO=0;SAF=3,20;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00509783,0.000975892;OID=.,.;OPOS=60724118,60724118;OREF=CT,C;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:45:44:0:0:3,30:3,41:0.0681818,0.931818:0,10:3,20:0:0:0,11:3,30:0:0 chr15 60734697 . A G 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.886;QD=57.1668;RBI=0.0469588;REFB=0;REVB=0.00686744;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144904;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr15 60789798 . G T 1135.2 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6708;QD=60.544;RBI=0.0366121;REFB=0;REVB=-0.0226132;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201967;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:41:34:0:0 chr15 62165553 . T C 555.43 PASS AF=0.464567;AO=58;DP=126;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0275218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.822;QD=17.494;RBI=0.0469834;REFB=-0.0153505;REVB=0.0380788;RO=66;SAF=26;SAR=32;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642644;STB=0.547628;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0215281;OID=.;OPOS=62165553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:66:68:58:59:0.464567:32:26:34:32:33:26:36:32 chr15 62165577 . G A 524.96 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0181062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.862;QD=18.9174;RBI=0.0355217;REFB=-0.0151602;REVB=-0.0305607;RO=55;SAF=24;SAR=30;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058293;STB=0.52243;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0116957;OID=.;OPOS=62165577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:55:56:54:55:0.495495:30:24:21:34:31:24:22:34 chr15 62172907 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00085538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.744;QD=14.1955;RBI=0.0309794;REFB=-0.0058095;REVB=0.0309676;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126392;STB=0.57338;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00820552;OID=.;OPOS=62172907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:9:13:7:8:9:13 chr15 62174894 . A G 172.77 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.0192852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1741;QD=9.46666;RBI=0.0360444;REFB=0.00377016;REVB=-0.0304513;RO=50;SAF=12;SAR=11;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261488;STB=0.651635;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00920534;OID=.;OPOS=62174894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:11:12:37:13:11:12:37:13 chr15 62202482 . C T 3076.63 PASS AF=0.587002;AO=277;DP=473;FAO=280;FDP=477;FR=.;FRO=197;FSAF=136;FSAR=144;FSRF=119;FSRR=78;FWDB=-0.000974947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.05;QD=25.7999;RBI=0.00240388;REFB=0.0154032;REVB=-0.0021973;RO=182;SAF=134;SAR=143;SRF=108;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805286;STB=0.548777;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00993471;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:477:182:197:277:280:0.587002:143:134:108:74:144:136:119:78 chr15 62214607 . C T 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0089554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.762;QD=17.5642;RBI=0.0283181;REFB=-0.0107939;REVB=-0.0268647;RO=35;SAF=26;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16911;STB=0.595622;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0143827;OID=.;OPOS=62214607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:6:26:24:11:6:26:24:11 chr15 62243197 . T C 711.67 PASS AF=0.486842;AO=72;DP=152;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00157222;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.97;QD=18.728;RBI=0.00811265;REFB=-0.0356033;REVB=-0.00795885;RO=77;SAF=43;SAR=29;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985586;STB=0.556753;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0320745;OID=.;OPOS=62243197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:78:72:74:0.486842:29:43:38:39:29:45:39:39 chr15 62253791 . T C 558.51 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00275854;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.55;QD=25.3868;RBI=0.00594111;REFB=0.00232317;REVB=0.00526186;RO=36;SAF=28;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792338;STB=0.549;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00109562;OID=.;OPOS=62253791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:36:37:51:51:0.579545:23:28:16:20:23:28:16:21 chr15 62259637 . C T 698.98 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00028496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7317;QD=48.2054;RBI=0.0348077;REFB=0.0201496;REVB=-0.0348065;RO=5;SAF=29;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00863861;STB=0.504597;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0173303;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:5:5:53:53:0.913793:24:29:3:2:24:29:3:2 chr15 62359914 . C T 1081.18 PASS AF=0.539683;AO=102;DP=190;FAO=102;FDP=189;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.044942;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.481;QD=22.8821;RBI=0.044956;REFB=-0.0367447;REVB=0.0011208;RO=87;SAF=40;SAR=62;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390606;STB=0.521341;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0293978;OID=.;OPOS=62359914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:87:87:102:102:0.539683:62:40:38:49:62:40:38:49 chr15 62539781 . A G 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00781448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.141;QD=14.2411;RBI=0.0399245;REFB=0.00579392;REVB=-0.0391523;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332943;STB=0.519021;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0120668;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:7:15:22:9:7:15:22:9 chr15 63009804 . C T 740.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.679;QD=56.9887;RBI=0.0608758;REFB=0;REVB=0.0513443;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262117;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr15 63047778 . C T 695.17 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0595676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9499;QD=21.5558;RBI=0.0735098;REFB=-0.0383209;REVB=0.0430743;RO=60;SAF=30;SAR=38;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679997;STB=0.500693;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0162103;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:61:68:68:0.527132:38:30:26:34:38:30:27:34 chr15 63047793 . C T 542.81 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0597377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.391;QD=18.4002;RBI=0.0605056;REFB=-0.0138743;REVB=-0.00960887;RO=61;SAF=22;SAR=35;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391958;STB=0.521731;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0160532;OID=.;OPOS=63047793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:35:22:26:35:35:22:26:35 chr15 63341073 . C A 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00522498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.131;QD=15.0169;RBI=0.00989487;REFB=-0.0307699;REVB=-0.00840286;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176536;STB=0.599933;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0350305;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:18:12:23:17:18:12:23:17 chr15 63351840 . C A 121.29 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0249837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1298;QD=15.1617;RBI=0.0347606;REFB=-0.0564958;REVB=-0.0241684;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866726;STB=0.549931;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0461241;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:13:5:5:9:13:5 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=61;DP=154;LEN=5;RO=93;SAF=40;SAR=35;SRF=43;SRR=36;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:154:93:61:35:40:43:36 chr15 63433766 . G A 1158.43 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5943;QD=57.9217;RBI=0.0296029;REFB=-0.00130433;REVB=0.0184226;RO=2;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156148;STB=0.500642;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00106118;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:2:77:78:0.975:36:41:1:1:37:41:1:1 chr15 63446199 . CAAAATT CA,C 446.03 PASS AF=0,1;AO=5,33;DP=42;FAO=0,38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609701,0.000170479;FXX=0.116252;HRUN=4,4;LEN=5,6;MLLD=237.582,250.37;QD=46.9505;RBI=0.0150305,0.0178144;REFB=0,0;REVB=0.0137384,0.0178136;RO=0;SAF=5,22;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00714436,9.45224e-05;OID=.,.;OPOS=63446201,63446200;OREF=AAATT,AAAATT;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,33:42:0,38:38:0:0,27:0,11:0:0:8:0:5,22:0,11:0:0 chr15 63548787 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.601;QD=64.4154;RBI=0.0311558;REFB=0;REVB=0.014164;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91506e-05;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr15 64200675 . C T 383.7 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0200287;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.295;QD=19.9327;RBI=0.0251983;REFB=-0.0361837;REVB=0.0152907;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149888;STB=0.583125;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0490344;OID=.;OPOS=64200675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:22:17:23:15:22:17:23:15 chr15 64214954 . G C 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0354628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2719;QD=20.4554;RBI=0.0480942;REFB=0.0216742;REVB=0.0324876;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216459;STB=0.621681;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0127728;OID=.;OPOS=64214954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:4:11:8:9:4:11 chr15 64214993 . G C 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0112075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.326;QD=19.2751;RBI=0.0175764;REFB=-0.00767549;REVB=0.0135396;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16417;STB=0.592514;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00547387;OID=.;OPOS=64214993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:9:17:11:12:9:17 chr15 64215375 . G C 1208.7 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8719;QD=61.2001;RBI=0.0466618;REFB=0;REVB=-0.0441932;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300307;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:35:44:0:0 chr15 64367745 . T C 48.24 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0693469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.507;QD=12.8631;RBI=0.072494;REFB=0.0185205;REVB=0.0211277;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402505;STB=0.740074;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00984812;OID=.;OPOS=64367745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:6:2:5:2:6:2 chr15 64385851 . T C 738.28 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5359;QD=62.8326;RBI=0.0393366;REFB=0;REVB=-0.0181713;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000672171;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:19:28:0:0 chr15 64418397 . G A 394.29 PASS AF=0.761905;AO=29;DP=40;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0197718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6949;QD=37.5512;RBI=0.0199905;REFB=-0.015064;REVB=0.00294904;RO=7;SAF=4;SAR=25;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370558;STB=0.504851;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00320804;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:42:7:10:29:32:0.761905:25:4:1:6:26:6:2:8 chr15 64430607 . T C 124.08 PASS AF=0.538462;AO=2;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00335576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.156;QD=19.0896;RBI=0.014546;REFB=-0.0380968;REVB=-0.0141536;RO=8;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128706;STB=0.529369;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.039608;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:26:26:8:12:2:14:0.538462:1:1:3:5:9:5:5:7 chr15 64446697 . C A 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00722947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.368;QD=15.7838;RBI=0.0139373;REFB=-0.00855281;REVB=0.0119157;RO=17;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613655;STB=0.535661;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0119623;OID=.;OPOS=64446697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:12:2:3:14:12:2:3:14 chr15 64462643 . C T 306.77 PASS AF=0.492537;AO=31;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00758382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2591;QD=18.3146;RBI=0.0077506;REFB=-0.00746898;REVB=0.00159921;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134961;STB=0.553701;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00610909;OID=.;OPOS=64462643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:31:33:0.492537:19:12:18:16:19:14:18:16 chr15 64463365 . TTA T,TT,TTT 107.26 PASS AF=0.684211,0,0;AO=8,4,4;DP=31;FAO=13,0,0;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=2,0,0;FSAR=11,0,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.105171,-0.0367877,0.0623206;FXX=0.136302;HRUN=8,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=18.7421,12.1637,10.3913;QD=22.5807;RBI=0.188529,0.140487,0.319011;REFB=0.13265,0.233524,0.119296;REVB=0.156468,-0.135585,-0.312865;RO=11;SAF=2,0,0;SAR=6,4,4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.450024,-0.751254,-0.751254;STB=0.717002,0.5,0.5;STBP=0.03,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0433139,-0.0339206,0;OID=.,.,.;OPOS=64463366,64463367,64463367;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211,0,0:8,4,4:31:13,0,0:19:6:2,0,0:11,0,0:4:2:37:11:2,0,0:6,4,4:8:3 chr15 64508763 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0158327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.451;QD=15.2187;RBI=0.0312227;REFB=-0.0111673;REVB=-0.0269107;RO=41;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.571383;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0159263;OID=.;OPOS=64508763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:15:16:16:25:15:16:16:25 chr15 64634884 . C A 746.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.403;QD=63.5539;RBI=0.051237;REFB=0;REVB=-0.0458339;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389087;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:22:25:0:0 chr15 64710827 . T C 528.86 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00502335;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.07;QD=22.0358;RBI=0.0106496;REFB=-0.0244683;REVB=-0.00939037;RO=46;SAF=23;SAR=27;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1286;STB=0.570867;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0230805;OID=.;OPOS=64710827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:27:23:28:18:27:23:28:18 chr15 64737225 . G A 739.36 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.463;QD=62.9245;RBI=0.0237122;REFB=0;REVB=0.0199739;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8989e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:15:30:0:0:15:32:0:0 chr15 64792896 . G A 1178.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024544;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.647;QD=60.4149;RBI=0.0283788;REFB=0;REVB=-0.0142461;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505384;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:37:38:0:0:38:40:0:0 chr15 64793617 . A G 953.3 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.602;QD=58.6647;RBI=0.0290923;REFB=0;REVB=0.0129547;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65129e-05;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:37:28:0:0 chr15 64915106 . C T 1245.19 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3894;QD=61.4911;RBI=0.041578;REFB=0;REVB=0.0415096;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329382;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr15 64977358 . GTTTTTTTA GTTTTTATA,GTTTTTTA,GTTTTTTAT 99.31 PASS AF=0.101695,0.389831,0;AO=5,16,3;DP=75;FAO=6,23,0;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=5,9,0;FSAR=1,14,0;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0811662,-0.166587,-0.13619;FXX=0.144907;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=139.391,6.75102,16.0507;QD=6.73309;RBI=0.0853144,0.168733,0.160881;REFB=-0.0151969,-0.156015,-0.0681347;REVB=-0.0262794,-0.0268234,-0.0856435;RO=29;SAF=4,4,2;SAR=1,12,1;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.498578,-0.126882,0.327297;STB=0.8471,0.50515,0.5;STBP=0.102,0.949,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0545567,0.0546898,-0.141288;OID=.,.,.;OPOS=64977364,64977359,64977365;OREF=T,T,TA;OALT=A,-,AT;OMAPALT=GTTTTTATA,GTTTTTTA,GTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.101695,0.389831,0:5,16,3:75:6,23,0:59:30:5,9,0:1,14,0:12:18:55:29:4,4,2:1,12,1:10:19 chr15 65042560 . G A 426.5 PASS AF=0.505882;AO=41;DP=83;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00597315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.607;QD=20.0706;RBI=0.053836;REFB=-0.00220297;REVB=0.0535036;RO=42;SAF=29;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437061;STB=0.532349;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0024675;OID=.;OPOS=65042560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:42:42:41:43:0.505882:12:29:28:14:12:31:28:14 chr15 65160135 . G A 178.33 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00448231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9806;QD=8.80649;RBI=0.00531403;REFB=0.00028808;REVB=0.00285444;RO=57;SAF=19;SAR=5;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353512;STB=0.712585;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.000817343;OID=.;OPOS=65160135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:5:19:30:27:5:19:30:27 chr15 65235776 . A G 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0532285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.897;QD=21.0119;RBI=0.0532668;REFB=0.0718217;REVB=0.00202022;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0300025;OID=.;OPOS=65235776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:3:4:5:6:3:4 chr15 65236875 . T C 1572.63 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.648;QD=59.9096;RBI=0.0386181;REFB=0;REVB=0.0339186;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85766e-05;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:49:56:0:0:49:56:0:0 chr15 65294903 . A G 143.7 PASS AF=0.576923;AO=12;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00569665;FXX=0.0370233;HRUN=9;LEN=1;MLLD=291.745;QD=22.1077;RBI=0.00838444;REFB=-0.012853;REVB=0.006152;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471732;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00783792;OID=.;OPOS=65294903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:26:2:11:12:15:0.576923:8:4:1:1:9:6:7:4 chr15 65295505 . C T 565.32 PASS AF=0.542056;AO=50;DP=101;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.000750184;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.48;QD=21.1335;RBI=0.00484013;REFB=-0.017838;REVB=0.00478164;RO=51;SAF=27;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263291;STB=0.507615;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0145619;OID=.;OPOS=65295505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:51:49:50:58:0.542056:23:27:29:22:27:31:27:22 chr15 65313896 . C T 206.57 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0208174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.93;QD=13.1158;RBI=0.0226037;REFB=-0.00489926;REVB=-0.00880705;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357629;STB=0.520496;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00774849;OID=.;OPOS=65313896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:20:18:11:14:20:18 chr15 65370353 . T C 1957.69 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208996;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2008;QD=61.1778;RBI=0.0329248;REFB=-0.00556378;REVB=0.0254411;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.503401;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000301184;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:128:0:1:127:127:0.992188:54:73:0:0:54:73:1:0 chr15 65448070 . T C 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00419879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.091;QD=22.3058;RBI=0.0111829;REFB=-0.0101065;REVB=0.0103647;RO=41;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698726;STB=0.538445;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00782943;OID=.;OPOS=65448070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:21:26:26:15:21:26:26:15 chr15 65449169 . C T 1491.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.954;QD=63.464;RBI=0.025863;REFB=0;REVB=0.0201317;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79079e-06;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:89:94:1:33:56:0:0:33:61:0:0 chr15 65489128 . C T 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0545226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.171;QD=54.0132;RBI=0.073169;REFB=-0.0854061;REVB=0.0487955;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583611;STB=0.531232;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00130724;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:20:15:2:0:20:15:2:0 chr15 65489688 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.6;QD=60.5472;RBI=0.0512048;REFB=0;REVB=-0.0500028;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68921e-05;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr15 65490901 . T C 704.98 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000774788;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.594;QD=58.7479;RBI=0.0280862;REFB=0.0731008;REVB=-0.0280755;RO=2;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010919;STB=0.505811;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.000847263;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:17:29:1:1:17:29:1:1 chr15 65619427 . T A 86.82 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.177;QD=38.5858;RBI=0.0206674;REFB=0;REVB=0.0206674;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439858;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:8:0:0:0:9:0:0:0 chr15 65620156 . C T 635.17 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0844699;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3209;QD=50.8137;RBI=0.102969;REFB=-0.143297;REVB=0.0588843;RO=3;SAF=14;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00476432;STB=0.502537;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00276485;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:3:3:47:47:0.94:33:14:1:2:33:14:1:2 chr15 65621441 . C A 374.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.942;QD=55.486;RBI=0.146806;REFB=0;REVB=0.146799;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908904;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:13:12:0:0:15:12:0:0 chr15 65621857 . T C 568.35 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0973973;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2356;QD=58.2927;RBI=0.108246;REFB=-0.135796;REVB=0.0472329;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00154756;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:0:1:37:38:0.974359:26:11:0:0:27:11:0:1 chr15 65667724 . A G 657.97 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0797618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.943;QD=59.8156;RBI=0.0797618;REFB=0.143664;REVB=2.39414e-05;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000797205;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:1:0:18:25:1:0 chr15 65676617 . T C 80.19 PASS AF=0.454545;AO=11;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0350561;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.327;QD=14.5801;RBI=0.0397175;REFB=-0.044337;REVB=-0.0186695;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932099;STB=0.509415;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0307981;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:22:8:12:11:10:0.454545:4:7:6:2:4:6:7:5 chr15 65676726 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00327917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.019;QD=20.7546;RBI=0.0150986;REFB=-0.0213672;REVB=-0.0147382;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138827;STB=0.578839;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00873212;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:6:6:5:10:6:6 chr15 65748564 . ATTT ATTA,ATT 579.42 PASS AF=0.0724638,0.898551;AO=6,42;DP=68;FAO=5,62;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=5,51;FSAR=0,11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.057201,-0.0724819;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=175.934,13.1254;QD=33.5896;RBI=0.129862,0.911864;REFB=0.0285214,-0.0531578;REVB=0.116586,0.908979;RO=12;SAF=6,42;SAR=0,0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.774871,0.883391;STB=0.5,0.509612;STBP=1,0.6;TYPE=snp,del;VARB=0.121309,0.0110661;OID=.,.;OPOS=65748567,65748565;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0724638,0.898551:6,42:68:5,62:69:2:5,51:0,11:2:0:17:12:6,42:0,0:4:8 chr15 65916527 . A T 1914.87 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.414;QD=61.7699;RBI=0.0309936;REFB=0;REVB=0.0206048;RO=0;SAF=75;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40207e-06;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:49:75:0:0:49:75:0:0 chr15 65917737 . A AC,C 32.63 PASS AF=0.346154,0.0384615;AO=8,2;DP=27;FAO=9,1;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2,1;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.062668,-0.0138904;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.97408,186.008;QD=5.01944;RBI=0.153878,0.0181282;REFB=-0.0261985,0.00778849;REVB=0.140539,-0.0116485;RO=15;SAF=2,2;SAR=6,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10912,0.61514;STB=0.576289,0.993011;STBP=0.624,0.233;TYPE=ins,snp;VARB=0.0421532,0.108519;OID=.,.;OPOS=65917738,65917737;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:27:26:15:16:8,2:9,1:0.346154,0.0384615:6,0:2,2:5:10:7,0:2,1:5:11 chr15 66011630 . A G 1350.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.158;QD=62.1102;RBI=0.0402235;REFB=0;REVB=0.0275833;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93496e-05;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:53:32:0:0:53:34:0:0 chr15 66023799 . G A,T 702.03 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,47;DP=49;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500542,-0.00589984;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.906,61.5361;QD=56.1626;RBI=0.0213036,0.0253399;REFB=0,0;REVB=-0.0207073,-0.0246435;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0845372,-0.00984296;OID=.,.;OPOS=66023799,66023799;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:49:50:0:0:2,47:2,48:0.04,0.96:1,24:1,23:0:0:1,25:1,23:0:0 chr15 66257408 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0839981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0429;QD=59.4347;RBI=0.091983;REFB=0;REVB=0.0374858;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486163;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr15 66274690 . T C 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.932;QD=59.0091;RBI=0.0543644;REFB=0;REVB=-0.0220344;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122785;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr15 66629403 . C A 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00985236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.892;QD=17.6606;RBI=0.0111638;REFB=-0.00544445;REVB=0.00524995;RO=51;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297348;STB=0.510443;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00633013;OID=.;OPOS=66629403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:19:24:30:21:19:24:30:22 chr15 66640619 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.567;QD=55.0987;RBI=0.0188833;REFB=0;REVB=0.00321172;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95628e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr15 66641732 . G C 372.81 PASS AF=0.483871;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0193109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.449;QD=24.0522;RBI=0.0224044;REFB=-0.0328241;REVB=-0.0113598;RO=15;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271655;STB=0.573725;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00319452;OID=.;OPOS=66641732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:15:18:28:30:0.483871:18:10:0:15:20:10:3:15 chr15 66644521 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.827;QD=55.0983;RBI=0.0318706;REFB=0;REVB=0.0178028;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184769;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr15 66850204 . A G 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00252775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.711;QD=8.69832;RBI=0.00252782;REFB=-0.0103906;REVB=-1.87389e-05;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00793155;OID=.;OPOS=66850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:6:8:4:3:6:8 chr15 66850362 . C T 86.68 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0217757;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1527;QD=11.1849;RBI=0.0235556;REFB=0.0100985;REVB=-0.00898238;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139686;STB=0.582641;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0427465;OID=.;OPOS=66850362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:5:15:7:4:5:15 chr15 67234251 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.757;QD=61.5363;RBI=0.0311078;REFB=0;REVB=0.0227294;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81506e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr15 67457335 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.248;QD=61.6946;RBI=0.0125427;REFB=0;REVB=-0.00161478;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09836e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:31:51:0:0:31:51:0:0 chr15 67484297 . C T 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00662629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.815;QD=15.3942;RBI=0.00914191;REFB=-0.00527749;REVB=-0.00629816;RO=52;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504197;STB=0.507809;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00723118;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:59:41:41:0.41:21:20:28:24:21:20:28:31 chr15 67528374 . T G 1351.01 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4733;QD=62.1153;RBI=0.0955882;REFB=0;REVB=0.046333;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742366;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:40:45:0:0:40:47:0:0 chr15 67547301 . C A 879.05 PASS AF=0.562092;AO=86;DP=153;FAO=86;FDP=153;FR=.;FRO=67;FSAF=62;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00788566;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.4024;QD=22.9817;RBI=0.0110074;REFB=-0.0327811;REVB=0.00767983;RO=67;SAF=62;SAR=24;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204483;STB=0.611953;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0309014;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:67:67:86:86:0.562092:24:62:33:34:24:62:33:34 chr15 67574440 . C G 923.39 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.743;QD=56.8241;RBI=0.0211134;REFB=0.0469538;REVB=0.0174417;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=6.14404e-05;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:31:33:0:0:31:33:1:0 chr15 67692502 . T C 2210.0 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.485;QD=63.1429;RBI=0.0301121;REFB=0;REVB=-0.0293329;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84672e-05;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:72:67:0:0:72:68:0:0 chr15 67768151 . G C 1986.8 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301578;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.739;QD=62.5764;RBI=0.0720565;REFB=0;REVB=0.0654419;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01855e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:127:127:1:68:59:0:0:68:59:0:0 chr15 67951150 . G T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.127;QD=57.2374;RBI=0.00887103;REFB=0;REVB=-0.00860517;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35576e-05;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr15 68117300 . T A 1540.51 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.065;QD=59.8256;RBI=0.0346469;REFB=0;REVB=0.0138968;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65852e-05;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:47:56:0:0:47:56:0:0 chr15 68583175 . T C 2064.92 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.383;QD=62.5733;RBI=0.0553665;REFB=0;REVB=0.037452;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18293e-05;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:71:61:0:0:71:61:0:0 chr15 68596160 . T C,TC 56.74 PASS AF=0,0.110599;AO=8,27;DP=222;FAO=0,24;FDP=217;FR=.;FRO=193;FSAF=0,18;FSAR=0,6;FSRF=80;FSRR=113;FWDB=-0.141317,0.000398256;FXX=0.0225215;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=207.552,150.416;QD=1.04598;RBI=0.142,0.0129312;REFB=-0.000438877,-0.000100003;REVB=-0.0139089,-0.0129251;RO=181;SAF=8,19;SAR=0,8;SRF=70;SRR=111;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.507403,0.385395;STB=0.5,0.784392;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0122254;OID=.,.;OPOS=68596160,68596161;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:222:217:181:193:8,27:0,24:0,0.110599:0,8:8,19:70:111:0,6:0,18:80:113 chr15 68603625 . C T 1656.79 PASS AF=0.934959;AO=114;DP=123;FAO=115;FDP=123;FR=.;FRO=8;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.039197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.575;QD=53.8795;RBI=0.0516065;REFB=-0.0467632;REVB=0.0335682;RO=6;SAF=63;SAR=51;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109443;STB=0.512781;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.001804;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:123:123:6:8:114:115:0.934959:51:63:4:2:51:64:6:2 chr15 68605169 . G A 860.62 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0258802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.872;QD=53.7885;RBI=0.0324758;REFB=-0.132753;REVB=0.0196187;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209702;STB=0.504938;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000568868;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:61:62:0.96875:22:39:0:1:22:40:1:1 chr15 68612556 . T C 1962.47 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208981;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.07;QD=61.8099;RBI=0.0253301;REFB=0;REVB=0.0143137;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367292;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:127:0:0:125:127:1:52:73:0:0:54:73:0:0 chr15 68624290 . G A,C 1199.83 PASS AF=0.95,0.05;AO=76,4;DP=80;FAO=76,4;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28,4;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594873,-0.0624637;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.96,26.4356;QD=59.9916;RBI=0.0630405,0.0637835;REFB=0,0;REVB=0.0208655,0.0129083;RO=0;SAF=28,4;SAR=48,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.86654e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000702122,-0.061565;OID=.,.;OPOS=68624290,68624290;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:80:80:0:0:76,4:76,4:0.95,0.05:48,0:28,4:0:0:48,0:28,4:0:0 chr15 68624396 . A C 670.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230108;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.584;QD=62.338;RBI=0.0342159;REFB=0;REVB=0.0253225;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271615;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr15 68628143 . C T 1572.67 PASS AF=0.903226;AO=112;DP=124;FAO=112;FDP=124;FR=.;FRO=12;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0641203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.553;QD=50.7314;RBI=0.0708289;REFB=-0.107751;REVB=0.0300886;RO=9;SAF=51;SAR=61;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045567;STB=0.536625;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0029908;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:124:124:9:12:112:112:0.903226:61:51:7:2:61:51:10:2 chr15 68649587 . G A 1287.35 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.75;QD=60.581;RBI=0.0216556;REFB=-0.0143538;REVB=-0.00844283;RO=1;SAF=48;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976682;STB=0.505153;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=7.73424e-05;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:36:48:1:0:36:48:1:0 chr15 69019582 . G C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.014871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.474;QD=9.84386;RBI=0.014871;REFB=-0.00652011;REVB=1.09718e-05;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563151;STB=0.534177;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.019443;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:9:11:6:4:9:11 chr15 69238445 . G A 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0284524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.942;QD=36.4672;RBI=0.0325126;REFB=-0.0332471;REVB=0.0157331;RO=6;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567167;STB=0.531006;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00913119;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:14:8:3:3:14:8:3:3 chr15 69325581 . C T 1285.14 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5125;QD=59.7738;RBI=0.0754834;REFB=-0.0287294;REVB=0.0577333;RO=1;SAF=57;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00601415;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:86:1:0:84:86:1:27:57:0:1:29:57:0:0 chr15 69327825 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.6;QD=58.2396;RBI=0.0299911;REFB=0;REVB=0.0280386;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92165e-05;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr15 69328226 . C T 390.09 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0411089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4039;QD=19.2639;RBI=0.0528296;REFB=-0.0416959;REVB=-0.0331817;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553308;STB=0.530725;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.050634;OID=.;OPOS=69328226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:18:22:25:16:18:22:25:16 chr15 69683945 . C G 1003.04 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7785;QD=58.1474;RBI=0.0863117;REFB=0;REVB=-0.0616973;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454869;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:67:69:1:29:38:0:0:29:40:0:0 chr15 69697756 . G A 722.65 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.425;QD=62.8388;RBI=0.0207361;REFB=0;REVB=0.0205954;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37138e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:31:14:0:0:32:14:0:0 chr15 69728949 . A G 2865.91 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.072;QD=62.9871;RBI=0.0152011;REFB=0;REVB=-0.0114698;RO=0;SAF=92;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33001e-05;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:181:182:1:89:92:0:0:89:93:0:0 chr15 69732736 . C T 1153.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.575;QD=60.7047;RBI=0.0249358;REFB=0;REVB=0.0094548;RO=0;SAF=58;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81143e-05;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:18:58:0:0:18:58:0:0 chr15 69740350 . A G 1135.54 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605829;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6132;QD=59.7652;RBI=0.105478;REFB=0;REVB=0.086344;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813292;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:1:0:75:76:1:36:39:1:0:36:40:0:0 chr15 70345626 . C T 591.71 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0194075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.717;QD=17.2761;RBI=0.0204386;REFB=-0.0141131;REVB=-0.0064097;RO=73;SAF=31;SAR=31;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733155;STB=0.54743;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0107758;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:75:62:62:0.452555:31:31:42:31:31:31:44:31 chr15 70346923 . C T 186.9 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0352661;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4877;QD=17.8001;RBI=0.0410979;REFB=-0.0284216;REVB=0.0211031;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113777;STB=0.583241;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0325024;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:22:23:19:19:0.452381:14:5:8:14:14:5:9:14 chr15 70347362 . C A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6628;QD=40.7615;RBI=0.0805675;REFB=0;REVB=0.0619922;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279392;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr15 70347816 . A AG 387.68 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335032;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=138.051;QD=55.3826;RBI=0.0429433;REFB=0;REVB=0.0268637;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000405006;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:28:28:0:11:17:0:0:4:1:11:15:1:0 chr15 70347920 . T C 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.267;QD=60.8808;RBI=0.0730506;REFB=0;REVB=-0.0730292;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12829e-05;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr15 70351788 . T C 497.21 PASS AF=0.466102;AO=50;DP=115;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00887907;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.574;QD=16.8547;RBI=0.00939162;REFB=-0.028938;REVB=0.00306018;RO=63;SAF=29;SAR=21;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023813;STB=0.510634;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0315902;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:63:63:50:55:0.466102:21:29:38:25:22:33:39:24 chr15 70368432 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00205669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.465;QD=20.5466;RBI=0.135416;REFB=0.0249806;REVB=-0.1354;RO=21;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168711;STB=0.58768;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.014259;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:5:17:13:8:5:17:14:8 chr15 70960068 . G A 137.0 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.101267;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.523;QD=17.1247;RBI=0.101955;REFB=-0.00949559;REVB=0.01182;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278882;STB=0.681163;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00470732;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:17:15:15:0.46875:11:4:8:6:11:4:10:7 chr15 70991925 . G C 887.54 PASS AF=0.553459;AO=82;DP=161;FAO=88;FDP=159;FR=.;FRO=71;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0105123;FXX=0.0185174;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.566;QD=22.3281;RBI=0.0241911;REFB=-0.00162628;REVB=-0.0217877;RO=71;SAF=44;SAR=38;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228846;STB=0.502183;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00164407;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:71:71:82:88:0.553459:38:44:40:31:38:50:40:31 chr15 71125093 . G A 193.16 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0375816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4997;QD=16.4391;RBI=0.0684942;REFB=-0.00737561;REVB=0.0572633;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947808;STB=0.569306;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0181245;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:6:14:16:10:6:14:16:11 chr15 71125204 . A G 264.18 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0533041;FXX=0.059988;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.4172;QD=22.4834;RBI=0.0534391;REFB=-0.0510121;REVB=0.00379645;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596409;STB=0.531888;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0126737;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:21:23:24:24:0.510638:12:12:9:12:12:12:10:13 chr15 71184278 . G T 301.23 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.000664459;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7424;QD=16.2825;RBI=0.0297506;REFB=0.0144962;REVB=0.0297432;RO=41;SAF=9;SAR=24;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10192;STB=0.556971;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0147669;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:41:33:33:0.445946:24:9:8:33:24:9:8:33 chr15 71184495 . A G 416.14 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.017431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.12;QD=12.7065;RBI=0.0503264;REFB=-0.0309211;REVB=-0.0472113;RO=49;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370782;STB=0.514045;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0492322;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:49:82:49:49:0.374046:22:27:25:24:22:27:47:35 chr15 71276480 . GCAA G 555.31 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207077;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.024;QD=60.0338;RBI=0.0288289;REFB=0;REVB=0.0287544;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000251799;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:38:37:37:0:21:16:0:0:4:0:20:13:0:0 chr15 71433913 . TTTTAAAAAAAC AATTTTAAAAAC,TAATTTTAAAAC,TTAAAAAATAAC,TTTTAAAAAACA,TTTTTAAAAAAC 151.88 PASS AF=0.107143,0,0,0.857143,0;AO=4,2,2,3,2;DP=32;FAO=3,0,0,24,0;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,0,10,0;FSAR=3,0,0,14,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0458952,-0.0492844,-0.137138,0.205047,0.113586;FXX=0.124961;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=6,6,7,2,1;MLLD=94.206,101.186,92.4089,8.63277,3.99139;QD=21.6968;RBI=0.232697,0.211857,0.176114,0.252358,0.324187;REFB=0.0649246,0.067473,0.0365929,-0.210458,-0.0566111;REVB=-0.228127,-0.206045,-0.110497,-0.147107,-0.303637;RO=2;SAF=0,0,2,3,0;SAR=4,2,0,0,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.767801,-0.727176,0,0,-0.727176;STB=0.5,0.5,0.5,0.517227,0.5;STBP=1,1,1,0.519,1;TYPE=mnp,mnp,mnp,mnp,snp;VARB=-0.0188108,0,0,0.0791453,0.0712228;OID=.,.,.,.,.;OPOS=71433913,71433914,71433915,71433923,71433917;OREF=TTTTAA,TTTAAA,TTAAAAA,AC,A;OALT=AATTTT,AATTTT,AAAAAAT,CA,T;OMAPALT=AATTTTAAAAAC,TAATTTTAAAAC,TTAAAAAATAAC,TTTTAAAAAACA,TTTTTAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:15:32:28:2:1:4,2,2,3,2:3,0,0,24,0:0.107143,0,0,0.857143,0:4,2,0,0,2:0,0,2,3,0:2:0:3,0,0,14,0:0,0,0,10,0:0:1 chr15 71704074 . G A 203.32 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00433578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.27;QD=14.2678;RBI=0.0189424;REFB=-0.0122709;REVB=0.0184395;RO=33;SAF=22;SAR=2;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416002;STB=0.745499;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00964711;OID=.;OPOS=71704074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:2:22:23:10:2:22:23:10 chr15 71953045 . G A 400.19 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00754246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.766;QD=15.8492;RBI=0.00860727;REFB=-0.0116717;REVB=0.00414686;RO=57;SAF=28;SAR=15;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268833;STB=0.64087;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0164355;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:43:44:0.435644:15:28:22:35:16:28:22:35 chr15 72070075 . G A 638.17 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462187;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6556;QD=62.2608;RBI=0.0525438;REFB=0;REVB=0.0249936;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251339;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr15 72105928 . AC A 846.89 PASS AF=0.988095;AO=68;DP=75;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0560947;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.9686;QD=40.328;RBI=0.0773571;REFB=0.00580975;REVB=-0.0532683;RO=3;SAF=32;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156806;STB=0.506171;STBP=0.318;TYPE=del;VARB=-0.000295763;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988095:68:75:83:84:1:43:40:0:1:9:3:32:36:2:1 chr15 72191073 . T C 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0124256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.062;QD=18.6405;RBI=0.0171892;REFB=-0.0182433;REVB=-0.0118775;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071161;STB=0.549257;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0213709;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:13:12:14:11:13:12:15:11 chr15 72191266 . C T 1466.69 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0338402;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1381;QD=55.3467;RBI=0.055671;REFB=-0.11049;REVB=0.0442053;RO=3;SAF=47;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112121;STB=0.501488;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00583725;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:3:4:102:102:0.962264:55:47:2:1:55:47:2:2 chr15 72432583 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.457;QD=63.283;RBI=0.0832765;REFB=0;REVB=-0.00853113;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312796;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr15 72433144 . A G 447.65 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00358496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.967;QD=21.0657;RBI=0.00883319;REFB=-0.0152717;REVB=-0.008073;RO=40;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599288;STB=0.508461;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0128452;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:41:44:44:0.517647:25:19:17:23:25:19:17:24 chr15 72433182 . C T 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00369561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.551;QD=17.7162;RBI=0.00880907;REFB=-0.0169601;REVB=-0.00799638;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295415;STB=0.523533;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0213296;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:21:16:19:22:21:16:20:22 chr15 72502141 . G A 514.54 PASS AF=0.5;AO=53;DP=111;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0197183;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8542;QD=18.7107;RBI=0.0201248;REFB=0.00158923;REVB=0.00402452;RO=53;SAF=22;SAR=31;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348773;STB=0.518388;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0010825;OID=.;OPOS=72502141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:53:55:53:55:0.5:31:22:24:29:31:24:26:29 chr15 72637795 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.052;QD=58.5999;RBI=0.0248146;REFB=0;REVB=-0.0117791;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91836e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr15 72638892 . T C 984.22 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164729;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.063;QD=58.7591;RBI=0.0167646;REFB=0;REVB=-0.00311419;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266131;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:29:38:0:0 chr15 72668305 . G A 217.31 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0141337;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168;QD=17.7397;RBI=0.0189086;REFB=-0.0312055;REVB=0.0125608;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447306;STB=0.696909;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0224586;OID=.;OPOS=72668305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:26:21:23:0.469388:15:6:21:7:15:8:19:7 chr15 72879653 . A ATTG 622.82 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=50;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00700884;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=3;MLLD=292.971;QD=50.8422;RBI=0.0157753;REFB=-0.0227896;REVB=-0.0141329;RO=6;SAF=17;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248941;STB=0.513321;STBP=0.647;TYPE=ins;VARB=0.00216671;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.877551:43:50:43:49:6:17:26:3:3:32:6:17:26:3:3 chr15 72987588 . G T 800.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5528;QD=57.1543;RBI=0.12914;REFB=0;REVB=-0.0183135;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159639;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr15 73002035 . G A 769.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.737;QD=56.9893;RBI=0.0135834;REFB=0;REVB=0.0132189;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97516e-05;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:18:35:0:0:18:36:0:0 chr15 73023937 . T C 1478.6 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.029677;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0631;QD=57.4213;RBI=0.0305637;REFB=-0.115849;REVB=0.00730867;RO=2;SAF=49;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000547441;STB=0.500289;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000982889;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:52:49:1:1:52:49:1:1 chr15 73027478 . T C 415.29 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0269013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7604;QD=19.3157;RBI=0.0292867;REFB=-0.00347236;REVB=0.0115773;RO=44;SAF=30;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173563;STB=0.596966;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00268544;OID=.;OPOS=73027478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:12:30:24:20:12:30:24:20 chr15 73044575 . G A 436.57 PASS AF=0.5;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0281021;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.809;QD=20.3055;RBI=0.0293294;REFB=-0.0104357;REVB=-0.00839546;RO=39;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152392;STB=0.523435;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0201163;OID=.;OPOS=73044575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:39:43:43:43:0.5:18:25:22:17:19:24:22:21 chr15 73067234 . T C 921.24 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.453;QD=57.5778;RBI=0.07021;REFB=0;REVB=0.0701762;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313629;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:23:39:0:0:25:39:0:0 chr15 73414888 . A G 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00788374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.611;QD=24.8144;RBI=0.011706;REFB=-0.00885773;REVB=0.00865321;RO=34;SAF=18;SAR=29;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202902;STB=0.611122;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00269493;OID=.;OPOS=73414888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:29:18:22:12:29:18:22:12 chr15 73545732 . T C 438.71 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0217161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.725;QD=50.1381;RBI=0.0218601;REFB=-0.0192904;REVB=-0.002505;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.526299;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000177616;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:35:35:1:3:32:32:0.914286:20:12:0:1:20:12:2:1 chr15 73614114 . T C,G 769.77 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=46,3;DP=50;FAO=46,3;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589288,-0.00891762;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.2426,199.401;QD=62.8387;RBI=0.0635464,0.0173333;REFB=0,0;REVB=0.0237811,0.0148633;RO=0;SAF=24,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00010086,0.222317;OID=.,.;OPOS=73614114,73614114;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:49:0:0:46,3:46,3:0.938776,0.0612245:22,3:24,0:0:0:22,3:24,0:0:0 chr15 73614834 . T C 249.0 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.637;QD=49.7993;RBI=0.0341996;REFB=0;REVB=0.0330855;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231465;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:16:3:0:0:17:3:0:0 chr15 73855618 . TTA T,TTT 41.39 PASS AF=0.119565,0;AO=11,4;DP=101;FAO=11,0;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0315432,0.033272;FXX=0.0416623;HRUN=6,5;LEN=2,1;MLLD=24.76,21.0106;QD=1.79938;RBI=0.0316426,0.0776793;REFB=-0.0124778,-0.00264327;REVB=0.0025056,-0.0701929;RO=73;SAF=2,0;SAR=9,4;SRF=34;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.373542,-0.453985;STB=0.869818,0.5;STBP=0.015,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0747552,0;OID=.,.;OPOS=73855619,73855620;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.119565,0:11,4:101:11,0:92:81:1,0:10,0:36:45:42:73:2,0:9,4:34:39 chr15 74006160 . T C 320.13 PASS AF=0.55;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0188817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5032;QD=21.3422;RBI=0.0486234;REFB=-0.0243336;REVB=0.0448075;RO=26;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19616;STB=0.620721;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0205648;OID=.;OPOS=74006160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:26:27:32:33:0.55:20:12:16:10:21:12:17:10 chr15 74032783 . A G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00212761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.184;QD=22.3965;RBI=0.00957335;REFB=-0.0418027;REVB=0.00933394;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219162;STB=0.622935;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0154102;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:8:17:10:13:8:17:10:13 chr15 74177199 . C T 359.44 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0075999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.424;QD=19.9686;RBI=0.0425253;REFB=-0.0237679;REVB=-0.0418407;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000676741;STB=0.500375;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.021826;OID=.;OPOS=74177199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:19:18:17:18:19:18:17:18 chr15 74244278 . C G 799.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.576;QD=63.9717;RBI=0.0783925;REFB=0;REVB=0.0633866;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176611;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:31:15:0:0:35:15:0:0 chr15 74244344 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.658;QD=54.5177;RBI=0.016246;REFB=0;REVB=0.0130823;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09994e-06;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr15 74277795 . T C 3105.39 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.096;QD=61.7988;RBI=0.0585321;REFB=0;REVB=-0.00717028;RO=0;SAF=108;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61243e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:200:201:1:92:108:0:0:93:108:0:0 chr15 74327699 . A AC 39.27 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0848661;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8316;QD=8.26812;RBI=0.141793;REFB=0.0292263;REVB=-0.113592;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=ins;VARB=-0.0914148;OID=.;OPOS=74327700;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:6:19:8:19:11:2:6:6:5:39:11:2:4:6:5 chr15 74328116 . A G 733.9 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0411199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1789;QD=61.1579;RBI=0.114916;REFB=0.219865;REVB=-0.107308;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00806076;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:26:21:0:0:26:21:0:1 chr15 74328141 . G T 211.64 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0776912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7535;QD=19.6875;RBI=0.0892042;REFB=0.0056803;REVB=0.0438347;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158925;STB=0.590075;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00968733;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:14:7:11:11:14:7:11:11 chr15 74328206 . G C 58.54 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.164814;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.648;QD=12.3247;RBI=0.164962;REFB=-0.00148806;REVB=-0.00697318;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09343;STB=0.555425;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00479157;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:2:9:6:2:2:9 chr15 74368293 . A G 532.25 PASS AF=0.620253;AO=48;DP=80;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00652213;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1449;QD=26.9495;RBI=0.0565285;REFB=0.030749;REVB=-0.056151;RO=29;SAF=19;SAR=29;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627472;STB=0.535641;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0158137;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:29:30:48:49:0.620253:29:19:9:20:30:19:9:21 chr15 74368297 . C G 568.43 PASS AF=0.597701;AO=51;DP=86;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0187201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1067;QD=26.1347;RBI=0.0310781;REFB=0.0021259;REVB=0.0248074;RO=35;SAF=19;SAR=32;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02383;STB=0.517884;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00242807;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:35:35:51:52:0.597701:32:19:12:23:32:20:12:23 chr15 74467856 . G A 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.974;QD=50.838;RBI=0.0225085;REFB=-0.0350864;REVB=0.0144898;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000632674;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:10:15:0:0:10:15:0:1 chr15 74468402 . A AG 39.11 PASS AF=0.341463;AO=8;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0263423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.88538;QD=3.81529;RBI=0.0374803;REFB=-0.0996539;REVB=-0.0266619;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284167;STB=0.517217;STBP=0.878;TYPE=ins;VARB=0.126678;OID=.;OPOS=74468403;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463:8:41:14:41:27:9:5:18:9:39:33:4:4:24:9 chr15 74468423 . GCCCCCA CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAG 251.42 PASS AF=0,0.638889,0.25;AO=4,11,3;DP=33;FAO=0,23,9;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=0,10,9;FSAR=0,13,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0647015,0.297952,0.311005;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=48.2801,12.433,14.284;QD=27.9359;RBI=0.13483,0.299152,0.312546;REFB=-0.0216219,-0.0653033,-0.0678251;REVB=-0.118292,0.0267682,0.0310051;RO=9;SAF=0,4,3;SAR=4,7,0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.738373,-0.236841,0.612869;STB=0.5,0.528029,0.998283;STBP=1,0.478,0.002;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0814261,0.0829325,0.058582;OID=.,.,.;OPOS=74468423,74468424,74468428;OREF=GC,C,CA;OALT=CG,-,AG;OMAPALT=CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:35:33:36:9:4:4,11,3:0,23,9:0,0.638889,0.25:4,7,0:0,4,3:6:3:0,13,0:0,10,9:1:3 chr15 74536400 . TAAG T 231.52 PASS AF=0.45;AO=34;DP=82;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0094923;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.268;QD=11.5762;RBI=0.0221328;REFB=-0.0184617;REVB=-0.0199939;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120612;STB=0.547593;STBP=0.469;TYPE=del;VARB=0.0190786;OID=.;OPOS=74536401;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:34:82:36:80:44:19:17:27:17:99:40:17:17:25:15 chr15 74703929 . T C 407.99 PASS AF=0.423423;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.031935;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7811;QD=14.7024;RBI=0.0335993;REFB=-0.032017;REVB=-0.0104435;RO=62;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109978;STB=0.557616;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0539532;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:64:46:47:0.423423:21:25:27:35:21:26:29:35 chr15 74710593 . C T 285.24 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0113235;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.068;QD=23.7696;RBI=0.0123046;REFB=-0.0307527;REVB=-0.00481486;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578887;STB=0.503223;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0174172;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:10:12:14:12:10:12 chr15 74749015 . A G 211.15 PASS AF=0.366197;AO=23;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.118042;FXX=0.013887;HRUN=7;LEN=1;MLLD=94.8681;QD=11.896;RBI=0.13427;REFB=-0.016794;REVB=-0.0639879;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195499;STB=0.595112;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0337968;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:19:45:23:26:0.366197:9:14:12:7:10:16:21:24 chr15 74783370 . C T 233.72 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00464865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8121;QD=24.6018;RBI=0.00930602;REFB=-0.00939987;REVB=0.00806176;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457773;STB=0.512304;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00692684;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:13:8:7:9:13:9:7:9 chr15 74836316 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0546072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.634;QD=19.646;RBI=0.0567503;REFB=-0.0507582;REVB=-0.0154483;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.64333;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0560839;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:1:7:6:5:1:7 chr15 74888196 . A G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00455744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6154;QD=6.85029;RBI=0.0421503;REFB=-0.00923258;REVB=0.0419032;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176654;STB=0.611428;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0323775;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:6:4:17:14:6:4:17:14 chr15 74889163 . C T 433.55 PASS AF=0.45283;AO=46;DP=110;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.106611;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0083;QD=16.3602;RBI=0.106637;REFB=0.00205045;REVB=0.0023519;RO=59;SAF=35;SAR=11;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646773;STB=0.54697;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0033191;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:106:59:58:46:48:0.45283:11:35:42:17:11:37:41:17 chr15 75012985 . T C 218.53 PASS AF=0.346154;AO=28;DP=77;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0218208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.565;QD=11.2067;RBI=0.0219617;REFB=-0.0235334;REVB=-0.00248377;RO=48;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115852;STB=0.607061;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0271183;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:48:51:28:27:0.346154:10:18:26:22:9:18:26:25 chr15 75091247 . C T 198.18 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0644237;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.432;QD=17.2331;RBI=0.0644686;REFB=-0.0133678;REVB=0.00240355;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015897;STB=0.509082;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0189496;OID=.;OPOS=75091247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:10:16:12:8:10:16 chr15 75091664 . G A 253.33 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.000983823;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.728;QD=12.0633;RBI=0.0127286;REFB=-0.0147458;REVB=0.0126905;RO=54;SAF=16;SAR=14;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165529;STB=0.509548;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0154033;OID=.;OPOS=75091664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:54:54:30:30:0.357143:14:16:28:26:14:16:28:26 chr15 75131661 . A G 72.7 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00628652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.962;QD=8.8117;RBI=0.0364325;REFB=0.00119119;REVB=-0.035886;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889948;STB=0.585194;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00465599;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:23:23:9:10:0.30303:5:4:12:11:6:4:12:11 chr15 75336729 . A G 1576.4 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139361;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.582;QD=64.3428;RBI=0.0173409;REFB=0;REVB=-0.0103195;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518789;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:95:98:1:48:47:0:0:48:50:0:0 chr15 75498548 . A G 1547.53 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.485;QD=63.8157;RBI=0.0318066;REFB=0;REVB=0.00823252;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27506e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:45:50:0:0:46:51:0:0 chr15 75499602 . C A 734.88 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2174;QD=56.5293;RBI=0.0732621;REFB=0;REVB=0.0466525;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807199;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:47:52:1:32:15:0:0:34:18:0:0 chr15 75499619 . T C 747.35 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.32;QD=56.4041;RBI=0.0193172;REFB=0;REVB=-0.0173272;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01243e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:34:17:0:0:34:19:0:0 chr15 75499861 . G A 700.02 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00793392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.5495;QD=54.9038;RBI=0.0377042;REFB=-0.0772635;REVB=0.03686;RO=1;SAF=37;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125559;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00172668;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:13:37:1:0:13:37:1:0 chr15 75499995 . T G 503.64 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.0169573;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.947;QD=14.187;RBI=0.0182927;REFB=-0.0161434;REVB=-0.00686104;RO=82;SAF=42;SAR=14;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162344;STB=0.597421;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0229209;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:82:86:56:56:0.394366:14:42:51:31:14:42:53:33 chr15 75503147 . G A 1250.0 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0688185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.618;QD=60.2409;RBI=0.0707682;REFB=-0.00265949;REVB=0.0164973;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000209861;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:43:39:1:0:43:39:1:0 chr15 75650836 . G A 376.46 PASS AF=0.52;AO=37;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0141038;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.418;QD=20.0778;RBI=0.0214983;REFB=-0.0134405;REVB=0.0162253;RO=35;SAF=14;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171188;STB=0.583233;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0110128;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:37:39:0.52:23:14:20:15:23:16:21:15 chr15 75932129 . G T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00674184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.952;QD=20.738;RBI=0.0107394;REFB=-0.00803987;REVB=0.00835963;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261939;STB=0.65606;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00581371;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:13:4:8:8:14:4:8:8 chr15 75970070 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00713252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.664;QD=9.76026;RBI=0.0251296;REFB=-0.0228445;REVB=0.0240961;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324104;STB=0.69515;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00367527;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:9:3:4:3:9:3 chr15 75971505 . T C 111.34 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00288358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.875;QD=15.9052;RBI=0.0349289;REFB=-0.0194735;REVB=0.0348097;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253868;STB=0.642681;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.018422;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:14:1:3:10:14:1 chr15 75971676 . G T 228.21 PASS AF=0.298077;AO=32;DP=104;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=57;FWDB=-0.0893294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.45;QD=8.77722;RBI=0.0938732;REFB=-0.0174469;REVB=-0.0288521;RO=69;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198815;STB=0.588183;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0453997;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:69:73:32:31:0.298077:21:11:14:55:21:10:16:57 chr15 75977920 . A G 379.19 PASS AF=0.411215;AO=42;DP=106;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00411477;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6723;QD=14.1753;RBI=0.0405145;REFB=-0.0162525;REVB=-0.040305;RO=62;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1352;STB=0.58211;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0191489;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:62:63:42:44:0.411215:17:25:29:33:17:27:30:33 chr15 75979782 . G T 460.02 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.0564777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.876;QD=15.8626;RBI=0.0595054;REFB=-0.0212946;REVB=0.0187393;RO=64;SAF=30;SAR=21;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709886;STB=0.543023;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0315406;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:65:51:51:0.439655:21:30:42:22:21:30:43:22 chr15 75980112 . A G 217.58 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00122306;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.888;QD=12.6131;RBI=0.0041185;REFB=-0.00428732;REVB=0.0039327;RO=43;SAF=18;SAR=8;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231314;STB=0.633696;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00608389;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:8:18:21:22:8:18:21:22 chr15 75981507 . A G 83.1 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0191571;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.421;QD=8.98365;RBI=0.022242;REFB=-0.00102344;REVB=-0.0113009;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221813;STB=0.85813;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00147854;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:16:26:11:11:0.297297:10:1:3:13:10:1:13:13 chr15 75982058 . T A 125.69 PASS AF=0.121094;AO=31;DP=256;FAO=31;FDP=256;FR=.;FRO=225;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=104;FSRR=121;FWDB=-0.0343001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.532;QD=1.9639;RBI=0.041943;REFB=-0.00456829;REVB=-0.0241396;RO=221;SAF=4;SAR=27;SRF=104;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467337;STB=0.831007;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0372871;OID=.;OPOS=75982058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:221:225:31:31:0.121094:27:4:104:117:27:4:104:121 chr15 75982428 . C T 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00759669;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.6719;QD=14.0391;RBI=0.0334805;REFB=0.0307223;REVB=0.0326073;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00312883;OID=.;OPOS=75982428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr15 76030993 . A G 66.75 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.316;QD=16.6887;RBI=0.0415539;REFB=-0.0280766;REVB=0.0415539;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0317015;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:17:16:7:7:8:9:0.5625:8:0:0:7:9:0:0:7 chr15 76031008 . C T 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3394;QD=22.5783;RBI=0.0936135;REFB=-0.0174348;REVB=0.0936135;RO=7;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145047;OID=.;OPOS=76031008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:12:0:0:7:12:0:0:7 chr15 76031200 . C T 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00104307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.715;QD=11.1008;RBI=0.0180018;REFB=-0.00620237;REVB=0.0179716;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357723;STB=0.708624;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0489385;OID=.;OPOS=76031200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:9:1:3:4:9:1 chr15 76067987 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0835206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9135;QD=10.3901;RBI=0.0837357;REFB=-0.0138647;REVB=-0.00599821;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734487;STB=0.545316;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0129142;OID=.;OPOS=76067987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:2:9:6:1:2:9 chr15 76073218 . C A 745.23 PASS AF=0.459302;AO=79;DP=172;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0105564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.12;QD=17.3309;RBI=0.0182056;REFB=-0.0218804;REVB=-0.0148326;RO=92;SAF=33;SAR=46;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122588;STB=0.565194;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0207362;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:92:93:79:79:0.459302:46:33:50:42:46:33:50:43 chr15 76074518 . T G 68.91 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0253449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.203;QD=5.99187;RBI=0.0365257;REFB=-0.0116095;REVB=-0.0263015;RO=36;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205578;STB=0.630192;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0241108;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:5:5:12:24:5:5:12:24 chr15 76191802 . G A 1549.07 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898513;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9542;QD=63.879;RBI=0.0147856;REFB=0;REVB=-0.0117423;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92945e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr15 76222227 . C G 301.73 PASS AF=0.4;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=11;FWDB=-0.00540089;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.85;QD=14.199;RBI=0.00625663;REFB=-0.012444;REVB=0.00315845;RO=49;SAF=19;SAR=13;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21132;STB=0.641695;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0222903;OID=.;OPOS=76222227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:49:51:32:34:0.4:13:19:38:11:15:19:40:11 chr15 76430225 . C T 213.88 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00664528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.877;QD=12.3986;RBI=0.012617;REFB=-0.00434021;REVB=0.0107251;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689375;STB=0.539539;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00779199;OID=.;OPOS=76430225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:10:16:29:14:10:16:29:14 chr15 76496232 . G A 194.95 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0381769;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1928;QD=16.5919;RBI=0.0415168;REFB=0.0158302;REVB=0.0163145;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709175;STB=0.540501;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0218162;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:18:9:8:12:18:9 chr15 76496977 . G C 1767.62 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.844;QD=60.9523;RBI=0.011886;REFB=0;REVB=-0.00833525;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59206e-08;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:69:47:0:0:69:47:0:0 chr15 76630303 . T C 297.2 PASS AF=0.26875;AO=42;DP=162;FAO=43;FDP=160;FR=.;FRO=117;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.06347;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.826;QD=7.43;RBI=0.0644297;REFB=-0.00660648;REVB=0.0110793;RO=112;SAF=16;SAR=26;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190287;STB=0.627848;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.01471;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:112:117:42:43:0.26875:26:16:60:52:27:16:64:53 chr15 76630717 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0352597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.221;QD=22.7944;RBI=0.0398277;REFB=-0.0206505;REVB=-0.0185203;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147688;STB=0.582165;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0166462;OID=.;OPOS=76630717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:6:15:13:11:6:15 chr15 76634680 . T C 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00365574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.79;QD=16.7137;RBI=0.00993671;REFB=-0.000659331;REVB=0.00923979;RO=44;SAF=28;SAR=8;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270235;STB=0.65324;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000917352;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:8:28:24:20:8:28:24:20 chr15 76673716 . T C 672.02 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0126144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.159;QD=23.3745;RBI=0.018424;REFB=-0.017848;REVB=-0.0134283;RO=50;SAF=31;SAR=34;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129326;STB=0.57057;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0185447;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:34:31:32:18:34:31:32:18 chr15 76726465 . G T 388.74 PASS AF=0.309524;AO=51;DP=167;FAO=52;FDP=168;FR=.;FRO=116;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=67;FSRR=49;FWDB=-0.0434015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5447;QD=9.2558;RBI=0.0847086;REFB=-0.00259299;REVB=-0.0727452;RO=108;SAF=27;SAR=24;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108225;STB=0.527279;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00519119;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:108:116:51:52:0.309524:24:27:67:41:24:28:67:49 chr15 77328157 . CT CTC,TC 44.38 PASS AF=0.160494,0;AO=13,3;DP=81;FAO=13,0;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.008951,-0.0290249;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=34.4616,42.3854;QD=2.19168;RBI=0.0613064,0.060997;REFB=0.00186096,0.0054101;REVB=-0.0606495,-0.0536487;RO=65;SAF=11,2;SAR=2,1;SRF=36;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.413301,0.0962271;STB=0.886145,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0281439,0;OID=.,.;OPOS=77328159,77328157;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:81:81:65:68:13,3:13,0:0.160494,0:2,1:11,2:36:29:1,0:12,0:37:31 chr15 77907145 . G A 452.12 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0238371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.71;QD=22.0545;RBI=0.0238585;REFB=-0.0299313;REVB=-0.00101101;RO=38;SAF=17;SAR=27;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112674;STB=0.561872;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.021971;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:27:17:10:28:27:17:10:28 chr15 77907535 . C G 517.71 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00427627;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.642;QD=17.852;RBI=0.025619;REFB=-0.0127636;REVB=-0.0252596;RO=60;SAF=25;SAR=30;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360601;STB=0.51505;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0130355;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:60:61:55:55:0.474138:30:25:25:35:30:25:26:35 chr15 77907775 . T C 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0197392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.788;QD=11.6768;RBI=0.0229322;REFB=-0.00182437;REVB=0.0116725;RO=48;SAF=20;SAR=7;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151434;STB=0.588166;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00613864;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:7:20:30:18:7:20:30:18 chr15 77907784 . G A 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00259326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.415;QD=13.0716;RBI=0.0423958;REFB=-0.0108198;REVB=0.0423164;RO=50;SAF=20;SAR=11;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606439;STB=0.50347;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0151493;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:11:20:32:18:11:20:32:18 chr15 78207625 . A G 49.95 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.5385;QD=33.2972;RBI=0.00565777;REFB=0;REVB=-0.00565777;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516568;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr15 78208880 . G A 1208.62 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9749;QD=61.1962;RBI=0.0537635;REFB=0;REVB=0.0499645;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034662;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:51:28:0:0:51:28:0:0 chr15 78209131 . T C 95.32 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0270235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7544;QD=34.6602;RBI=0.0499836;REFB=-0.0475427;REVB=0.0420487;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0378892;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:9:10:0.909091:3:6:0:0:3:7:1:0 chr15 78209436 . C G,T 753.27 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,51;DP=54;FAO=3,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=3,29;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693663,0.0118724;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=103.474,221.036;QD=55.7977;RBI=0.0281415,0.0175061;REFB=0,0;REVB=-0.0272732,-0.0128651;RO=0;SAF=3,29;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150055,1.88386e-05;OID=.,.;OPOS=78209436,78209436;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:54:54:0:0:3,51:3,51:0.0555556,0.944444:0,22:3,29:0:0:0,22:3,29:0:0 chr15 78211345 . A G 493.94 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00298642;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0703;QD=56.4503;RBI=0.00526637;REFB=-0.124068;REVB=-0.00433774;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00332503;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr15 78233843 . C T 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.03328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2295;QD=11.9714;RBI=0.0342769;REFB=0.00815254;REVB=-0.00820664;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492153;STB=0.529079;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.015119;OID=.;OPOS=78233843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:11:6:13:20:11:6:13:20 chr15 78276594 . AC CA 235.02 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0156537;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=178.034;QD=14.689;RBI=0.0174719;REFB=-0.0050371;REVB=0.00776072;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217077;STB=0.506844;STBP=0.941;TYPE=mnp;VARB=0.00745794;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:27:28:0.4375:11:16:20:15:12:16:21:15 chr15 78276660 . A G 1012.71 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.401;QD=57.869;RBI=0.0158829;REFB=-0.108377;REVB=-0.0109389;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000430962;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:27:42:0:0:27:42:1:0 chr15 78369815 . G A 447.29 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.028603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.965;QD=23.8555;RBI=0.0294608;REFB=-0.0295771;REVB=0.00705748;RO=31;SAF=24;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117821;STB=0.561769;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0188944;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:32:42:43:0.573333:18:24:13:18:18:25:14:18 chr15 78403004 . A G 724.91 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0305294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.686;QD=59.1761;RBI=0.0571561;REFB=-0.138997;REVB=0.0483195;RO=1;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032403;STB=0.533319;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00159;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:49:1:2:47:47:0.959184:14:33:0:1:14:33:0:2 chr15 78466127 . T C 167.34 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00971186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.857;QD=11.743;RBI=0.0108357;REFB=-0.00340503;REVB=0.00480542;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170183;STB=0.576718;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.006609;OID=.;OPOS=78466127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:20:21:0.368421:13:7:18:18:13:8:18:18 chr15 78474476 . C T 425.25 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00777962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.083;QD=21.5315;RBI=0.042752;REFB=-0.0316538;REVB=-0.0420382;RO=37;SAF=23;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029088;STB=0.516063;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0268195;OID=.;OPOS=78474476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:19:23:19:18:19:23:19:18 chr15 78565478 . C T 573.13 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00381891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.032;QD=23.3931;RBI=0.00725863;REFB=-0.0220767;REVB=0.00617281;RO=44;SAF=22;SAR=31;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21795;STB=0.614287;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0177252;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:45:53:53:0.540816:31:22:30:14:31:22:30:15 chr15 78573619 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0038918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.808;QD=16.8965;RBI=0.034556;REFB=-0.0552006;REVB=0.0343361;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275003;STB=0.514256;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0328369;OID=.;OPOS=78573619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:9:10:0.526316:1:8:7:1:1:9:8:1 chr15 78587910 . A G 2319.31 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.747;QD=61.0345;RBI=0.0348829;REFB=0;REVB=0.0202302;RO=0;SAF=62;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42805e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:90:62:0:0:90:62:0:0 chr15 78633595 . T G 229.77 PASS AF=0.409091;AO=24;DP=64;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0143445;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.168;QD=13.9255;RBI=0.0360346;REFB=-0.0181001;REVB=0.0330564;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140625;STB=0.599927;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0229146;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:38:39:24:27:0.409091:12:12:24:14:15:12:24:15 chr15 78758677 . G C 1377.12 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116613;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.608;QD=61.893;RBI=0.0116646;REFB=0;REVB=0.000274611;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253149;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:84:89:1:44:40:0:0:44:45:0:0 chr15 78780104 . T C 1200.39 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.628;QD=58.5556;RBI=0.0185265;REFB=-0.0432249;REVB=0.000953601;RO=2;SAF=47;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197198;STB=0.510414;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000162958;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:33:47:2:0:33:47:2:0 chr15 78834965 . GA G 154.14 PASS AF=0.771429;AO=20;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.263586;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.3017;QD=17.6164;RBI=0.269144;REFB=0.145166;REVB=0.0544134;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.387255;SSSB=-0.00315393;STB=0.541371;STBP=0.382;TYPE=del;VARB=0.00526;OID=.;OPOS=78834966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.771429:20:35:27:35:8:15:12:3:5:18:9:11:9:5:4 chr15 78841220 . T C 728.3 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.894;QD=57.1216;RBI=0.0257895;REFB=0;REVB=0.0163441;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58429e-05;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr15 78873119 . C T 670.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6136;QD=62.3354;RBI=0.0569735;REFB=0;REVB=-0.0509918;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000832227;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr15 78887709 . G GTCTC 1169.16 PASS AF=0.910112;AO=80;DP=94;FAO=81;FDP=89;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0335205;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=4;MLLD=254.151;QD=52.5466;RBI=0.0445417;REFB=-0.0922623;REVB=0.0293316;RO=12;SAF=37;SAR=43;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502108;STB=0.537619;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.00793797;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910112:80:94:81:89:8:37:44:7:1:31:12:37:43:8:4 chr15 78893893 . C T 696.19 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0018102;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1636;QD=21.5874;RBI=0.110804;REFB=-0.0524359;REVB=-0.110789;RO=55;SAF=31;SAR=37;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584668;STB=0.509288;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0475375;OID=.;OPOS=78893893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:129:55:61:68:68:0.527132:37:31:29:26:37:31:29:32 chr15 78909452 . T C 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000422629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.978;QD=47.8134;RBI=0.0505522;REFB=0;REVB=-0.0505505;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579324;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr15 78917399 . A G 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.075;QD=60.4469;RBI=0.0260885;REFB=0;REVB=0.00908968;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0202e-05;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr15 79045517 . G A 76.89 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0128085;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.253;QD=4.59024;RBI=0.035257;REFB=0.00672354;REVB=0.0328481;RO=56;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123206;STB=0.564605;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0442503;OID=.;OPOS=79045517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:69:67:56:54:13:13:0.19403:5:8:29:27:5:8:29:25 chr15 79045521 . T C 67.6 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0119196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.223;QD=3.9767;RBI=0.0386782;REFB=-0.0013578;REVB=-0.0367957;RO=56;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820894;STB=0.554364;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00439361;OID=.;OPOS=79045521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:5:7:29:27:5:7:29:27 chr15 79054900 . C G 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0708322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2527;QD=10.1711;RBI=0.107518;REFB=0.0120517;REVB=-0.0808886;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0177001;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr15 79058013 . C T 116.7 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0434647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.087;QD=11.6697;RBI=0.0439086;REFB=-0.019765;REVB=0.00622774;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978275;STB=0.581605;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0322664;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:11:3:7:18:11:3:8:18 chr15 79058040 . CGGGGGG CGGGGG,CGGGGGC 65.43 PASS AF=0.525,0.025;AO=12,3;DP=39;FAO=21,1;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8,1;FSAR=13,0;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.139622,0.132407;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.12202,9.75881;QD=6.54349;RBI=0.209659,0.132734;REFB=-0.0901327,-0.111013;REVB=-0.156404,-0.009306;RO=15;SAF=5,2;SAR=7,1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.363636,0;SSSB=-0.0484683,0.218871;STB=0.523538,0.992713;STBP=0.801,0.235;TYPE=del,snp;VARB=0.0199637,0.162603;OID=.,.;OPOS=79058041,79058046;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGGG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525,0.025:12,3:39:21,1:40:18:8,1:13,0:6:12:58:15:5,2:7,1:7:8 chr15 79058571 . C CG 194.19 PASS AF=1;AO=3;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873945;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.0378;QD=40.8823;RBI=0.0875324;REFB=0;REVB=0.00491042;RO=16;SAF=1;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000790589;OID=.;OPOS=79058572;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:19:19:19:0:12:7:0:0:4:16:1:2:11:5 chr15 79058572 . T G 255.36 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5814;QD=51.0713;RBI=0.0707439;REFB=0;REVB=0.0604146;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122037;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr15 79058923 . G A 665.18 PASS AF=0.896552;AO=51;DP=57;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0135331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.4554;QD=45.8743;RBI=0.031838;REFB=-0.111909;REVB=0.0288186;RO=4;SAF=34;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625459;STB=0.520052;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0029582;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:57:58:4:6:51:52:0.896552:17:34:1:3:17:35:3:3 chr15 79089007 . T C 253.63 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0220828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9893;QD=17.4914;RBI=0.0360104;REFB=-0.0264653;REVB=0.0284446;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219434;STB=0.622086;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0340339;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:23:7:13:15:23:7 chr15 79152897 . T C 497.02 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00487983;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.621;QD=17.9107;RBI=0.00988895;REFB=-0.0157401;REVB=-0.00860108;RO=59;SAF=39;SAR=14;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224729;STB=0.61996;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.01995;OID=.;OPOS=79152897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:58:53:53:0.477477:14:39:31:28:14:39:31:27 chr15 79152963 . C T 525.93 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00569505;FXX=0.00746213;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.677;QD=15.8174;RBI=0.0301191;REFB=-0.00957011;REVB=-0.0295758;RO=72;SAF=37;SAR=20;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113133;STB=0.573617;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00998319;OID=.;OPOS=79152963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:72:76:57:57:0.428571:20:37:39:33:20:37:40:36 chr15 79191209 . C T 255.3 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00751309;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.06;QD=15.2415;RBI=0.00793024;REFB=-0.00514887;REVB=-0.00253814;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276586;STB=0.515647;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00701194;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:22:16:13:16:22:16 chr15 79217690 . G C 694.85 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4193;QD=60.4213;RBI=0.0447738;REFB=-0.0582806;REVB=-0.0322286;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218451;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00593694;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:23:21:1:0:23:22:1:0 chr15 79224743 . C T 402.14 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0197075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.459;QD=21.7373;RBI=0.0197185;REFB=-0.00915706;REVB=0.000659654;RO=34;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322684;STB=0.517799;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00618281;OID=.;OPOS=79224743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:18:22:20:14:18:22:20:14 chr15 79231478 . T C 292.15 PASS AF=0.4;AO=32;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00277507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.183;QD=13.7481;RBI=0.00798008;REFB=-0.0093072;REVB=0.00748202;RO=51;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168287;STB=0.58942;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.014142;OID=.;OPOS=79231478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:51:51:32:34:0.4:12:20:24:27:13:21:24:27 chr15 79231518 . A G 313.54 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.000197877;FXX=0.0338926;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.091;QD=22.0029;RBI=0.00612333;REFB=-0.0124757;REVB=-0.00612014;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162157;STB=0.578899;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0102621;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:32:32:0.561404:16:16:17:7:16:16:17:8 chr15 79231526 . A AG 233.48 PASS AF=0.5;AO=17;DP=55;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00215153;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=269.194;QD=20.3024;RBI=0.00310542;REFB=-0.027164;REVB=0.00223932;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12843;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=ins;VARB=0.0216905;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:17:55:23:46:23:14:9:11:12:99:36:8:9:21:15 chr15 79231527 . A G 30.43 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00673522;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=188.207;QD=2.21272;RBI=0.00823078;REFB=-0.00172641;REVB=-0.00473101;RO=49;SAF=5;SAR=1;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3704;STB=0.793648;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00750172;OID=.;OPOS=79231527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:1:5:26:23:1:5:26:23 chr15 79237293 . C T 252.68 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0645987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.012;QD=19.4369;RBI=0.0653691;REFB=-0.0381828;REVB=0.0100063;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189848;STB=0.611734;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0440775;OID=.;OPOS=79237293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:26:27:0.519231:12:14:8:17:12:15:8:17 chr15 79271213 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00436538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0698;QD=12.083;RBI=0.0541158;REFB=-0.000241667;REVB=0.0539395;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410746;STB=0.523787;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00143455;OID=.;OPOS=79271213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:10:11:17:18:10:11:17:18 chr15 79277247 . A C 2326.83 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213431;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.628;QD=63.3152;RBI=0.0218637;REFB=0;REVB=0.0047428;RO=0;SAF=87;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69507e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:0:0:145:147:1:58:87:0:0:58:89:0:0 chr15 79277298 . T C 410.92 PASS AF=0.465347;AO=40;DP=92;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0311628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.983;QD=16.2741;RBI=0.0311825;REFB=-0.0042457;REVB=-0.00110609;RO=44;SAF=10;SAR=30;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304576;STB=0.624416;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00416479;OID=.;OPOS=79277298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:101:44:54:40:47:0.465347:30:10:24:20:30:17:32:22 chr15 79277511 . A G 198.98 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0171512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.792;QD=13.4904;RBI=0.0297325;REFB=-0.0046582;REVB=-0.024287;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144522;STB=0.576209;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0096968;OID=.;OPOS=79277511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:23:24:0.40678:12:11:21:13:12:12:22:13 chr15 79296172 . G A 252.77 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0196965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.202;QD=21.0644;RBI=0.0303772;REFB=-0.0223385;REVB=-0.0231263;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268513;STB=0.523057;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0165618;OID=.;OPOS=79296172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:23:24:0.5:8:15:15:9:8:16:15:9 chr15 79586361 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.424;QD=51.1846;RBI=0.0207277;REFB=0;REVB=0.017359;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16508e-05;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr15 79588710 . C T 1400.64 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0742629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.168;QD=61.5667;RBI=0.0745148;REFB=-0.116809;REVB=-0.00612214;RO=1;SAF=26;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178778;STB=0.509432;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000336727;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:64:26:1:0:64:26:1:0 chr15 79589174 . C G 306.52 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.931;QD=53.3086;RBI=0.0509982;REFB=0;REVB=0.0490769;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151893;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr15 79590208 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.8;QD=60.6085;RBI=0.0224166;REFB=0;REVB=0.00491265;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38461e-05;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr15 79606137 . G A 1472.51 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.299;QD=63.3339;RBI=0.0222662;REFB=0;REVB=0.0220374;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25206e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr15 79614418 . A G 1963.4 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.237;QD=61.8393;RBI=0.0145592;REFB=0;REVB=0.0127224;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39841e-05;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:62:64:0:0:63:64:0:0 chr15 79749155 . C T 436.6 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00518473;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.381;QD=18.1917;RBI=0.0183842;REFB=-0.0127663;REVB=0.0176379;RO=52;SAF=25;SAR=19;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066387;STB=0.53702;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00946088;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:52:52:44:44:0.458333:19:25:33:19:19:25:33:19 chr15 79750127 . A G 172.47 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=36;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.014245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.98;QD=18.1543;RBI=0.0180219;REFB=-0.0247398;REVB=0.0110393;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259529;STB=0.550843;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0185609;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:20:20:16:18:0.473684:6:10:13:7:8:10:13:7 chr15 79750256 . A G 162.49 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0157768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9602;QD=19.6962;RBI=0.0346103;REFB=-0.0270612;REVB=-0.0308053;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193005;STB=0.608575;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0222798;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:12:4:8:9:12:4 chr15 79750307 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8529;QD=54.515;RBI=0.0715113;REFB=0;REVB=-0.0714997;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000972245;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr15 79761231 . T C 405.85 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00114989;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.278;QD=15.0315;RBI=0.0122695;REFB=-0.01576;REVB=-0.0122154;RO=62;SAF=33;SAR=13;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208061;STB=0.617593;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0306047;OID=.;OPOS=79761231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:13:33:33:29:13:33:33:29 chr15 79764055 . TGTTTTTTTTTTTG TGTTTTTTTTTTG,TTGTTTTTTTTTTG,TTTTTTTTTTTTG,TTTTTTTTTTTTGA,TTTTTTTTTTTTTG 419.17 PASS AF=0.4875,0,0.4875,0,0.025;AO=14,6,11,3,7;DP=85;FAO=39,0,39,0,2;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0,23,0,2;FSAR=19,0,16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860383,0.150919,0.0130665,0.0129299,0.0127437;FXX=0.101112;HRUN=11,1,1,1,1;LEN=1,2,1,13,1;MLLD=3.30953,9.0797,137.486,138.111,137.425;QD=20.9587;RBI=0.637676,0.50654,0.140157,0.137269,0.137059;REFB=0.252576,0.16892,-0.00694345,-0.00680289,-0.00954916;REVB=-0.631845,-0.483535,0.139546,0.136659,0.136465;RO=25;SAF=7,2,9,3,7;SAR=7,4,2,0,0;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.196687,0.0179101,0.551349,0.650786,0.769499;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,mnp,snp;VARB=0.41468,-0.014305,0.00882768,0,0.0178198;OID=.,.,.,.,.;OPOS=79764057,79764056,79764056,79764056,79764056;OREF=T,GT,G,GTTTTTTTTTTTG,G;OALT=-,TG,-,TTTTTTTTTTTGA,T;OMAPALT=TGTTTTTTTTTTG,TTGTTTTTTTTTTG,TTTTTTTTTTTTG,TTTTTTTTTTTTGA,TTTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4875,0,0.4875,0,0.025:14,6,11,3,7:85:39,0,39,0,2:80:0:20,0,23,0,2:19,0,16,0,0:0:0:99:25:7,2,9,3,7:7,4,2,0,0:8:17 chr15 79764365 . AGT A 479.59 PASS AF=0.406015;AO=52;DP=137;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0107463;FXX=0.029195;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.611;QD=14.4237;RBI=0.0137712;REFB=-0.0150188;REVB=-0.00861179;RO=77;SAF=32;SAR=20;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131337;STB=0.563597;STBP=0.254;TYPE=del;VARB=0.0222134;OID=.;OPOS=79764366;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406015:52:137:54:133:79:33:21:40:39:99:77:32:20:38:39 chr15 80215146 . C T 375.8 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1164;QD=55.6741;RBI=0.0874918;REFB=0;REVB=0.0678625;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027472;OID=.;OPOS=80215146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr15 80216015 . C A 1804.08 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6819;QD=61.1552;RBI=0.0512817;REFB=0;REVB=0.0482202;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246085;OID=.;OPOS=80216015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:52:65:0:0:53:65:0:0 chr15 80216199 . G A 608.18 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774733;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.672;QD=59.3345;RBI=0.0777202;REFB=0;REVB=0.00618953;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218557;OID=.;OPOS=80216199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:38:41:1:21:17:0:0:22:19:0:0 chr15 80259964 . C T 853.58 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1576;QD=55.9722;RBI=0.0134004;REFB=-0.0152699;REVB=-0.00781047;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00129079;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:1:0:32:28:1:0 chr15 80260014 . T C 769.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9065;QD=56.9805;RBI=0.0501632;REFB=0;REVB=-0.00794553;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344448;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr15 80263345 . A C 1068.64 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.741;QD=58.5555;RBI=0.0235601;REFB=0;REVB=-0.00633405;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00216576;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:67:73:1:28:39:0:0:29:44:0:0 chr15 80263406 . C T 594.06 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6401;QD=60.9288;RBI=0.0193749;REFB=0;REVB=-0.00434929;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223734;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr15 80454707 . G A 470.66 PASS AF=0.494737;AO=43;DP=92;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0254637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8949;QD=19.8171;RBI=0.0381274;REFB=-0.0150302;REVB=-0.0283777;RO=47;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666279;STB=0.515448;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0144318;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:47:48:43:47:0.494737:25:18:20:27:26:21:20:28 chr15 80672506 . T C 292.76 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0221511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1378;QD=17.2209;RBI=0.0236834;REFB=-0.00468988;REVB=-0.00838056;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126809;STB=0.556784;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00679082;OID=.;OPOS=80672506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:36:32:32:0.470588:18:14:10:23:18:14:12:24 chr15 80690335 . C T 404.2 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.013123;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.006;QD=19.2474;RBI=0.0131557;REFB=-0.0266824;REVB=-0.000926788;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109584;STB=0.560946;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0188128;OID=.;OPOS=80690335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:43:41:41:0.488095:18:23:19:24:18:23:19:24 chr15 81212608 . G A 648.95 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.73;QD=61.8046;RBI=0.0230778;REFB=0;REVB=-0.0212217;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97056e-05;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:24:18:0:0 chr15 81271557 . C A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0159269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.754;QD=21.1302;RBI=0.017735;REFB=-0.0306008;REVB=0.00780162;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183632;STB=0.603353;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0311054;OID=.;OPOS=81271557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:9:12:8:14:9:12 chr15 81429012 . C T 419.9 PASS AF=0.525;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0104688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6927;QD=20.9949;RBI=0.0111285;REFB=0.0051879;REVB=-0.00377453;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105984;STB=0.511318;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0043638;OID=.;OPOS=81429012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:38:41:42:0.525:20:21:19:19:20:22:19:19 chr15 81440818 . C T 627.15 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=54;FWDB=-0.00398937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.654;QD=18.8615;RBI=0.00532872;REFB=-0.0191742;REVB=-0.00353273;RO=67;SAF=28;SAR=36;SRF=15;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208036;STB=0.619435;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0210195;OID=.;OPOS=81440818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:69:64:64:0.481203:36:28:15:52:36:28:15:54 chr15 81575077 . G C 325.41 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00958053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.32;QD=22.442;RBI=0.0250218;REFB=-0.0192717;REVB=0.023115;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793711;STB=0.536666;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0157776;OID=.;OPOS=81575077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:16:16:15:10:16:17:15:10 chr15 81578133 . C A 625.78 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0137346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8224;QD=18.68;RBI=0.0139254;REFB=0.000274064;REVB=0.00229712;RO=70;SAF=24;SAR=40;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187163;STB=0.603741;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000194071;OID=.;OPOS=81578133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:40:24:40:30:40:24:40:30 chr15 81578139 . C T 1905.4 PASS AF=0.962121;AO=127;DP=132;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0218022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.437;QD=57.7394;RBI=0.0228534;REFB=0.0726235;REVB=0.00685166;RO=5;SAF=59;SAR=68;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977922;STB=0.505151;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000314993;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:132:5:5:127:127:0.962121:68:59:3:2:68:59:3:2 chr15 81582868 . G A 1549.39 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.065;QD=58.4676;RBI=0.0409953;REFB=-0.0494687;REVB=0.0338657;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088696;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000814849;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:53:51:0:1:53:52:0:1 chr15 81584925 . C T 130.73 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00795963;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.632;QD=10.6719;RBI=0.0814755;REFB=0.00280099;REVB=0.0810858;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424159;STB=0.551119;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00470952;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:30:33:16:16:0.326531:7:9:18:12:7:9:21:12 chr15 81600995 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.026;QD=56.9537;RBI=0.0393419;REFB=0;REVB=-0.00692845;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2891e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr15 81624768 . C T 396.82 PASS AF=0.655172;AO=33;DP=53;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0125192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.24;QD=27.3666;RBI=0.0372599;REFB=-0.0146313;REVB=0.0350937;RO=19;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202722;STB=0.603178;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00954286;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:19:20:33:38:0.655172:17:16:15:4:21:17:15:5 chr15 81625385 . C T 288.1 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0129084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.685;QD=18.5871;RBI=0.0415468;REFB=-0.0309417;REVB=-0.0394907;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11609;STB=0.564812;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.026626;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:13:18:14:17:13:18:14:17 chr15 81636267 . C T 1040.57 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.431;QD=59.4609;RBI=0.0539756;REFB=0;REVB=0.0106349;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56544e-05;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:44:22:0:0:46:24:0:0 chr15 81637284 . G A 763.67 PASS AF=0.417476;AO=86;DP=206;FAO=86;FDP=206;FR=.;FRO=120;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=78;FSRR=42;FWDB=-0.00566821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.806;QD=14.8286;RBI=0.00960181;REFB=-0.00878974;REVB=0.00775023;RO=119;SAF=48;SAR=38;SRF=77;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949994;STB=0.554925;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0108414;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:119:120:86:86:0.417476:38:48:77:42:38:48:78:42 chr15 81650500 . G A 287.68 PASS AF=0.458333;AO=26;DP=65;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00760232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.581;QD=15.9823;RBI=0.0175553;REFB=-0.0145941;REVB=0.0158238;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538234;STB=0.517756;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0179748;OID=.;OPOS=81650500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:72:39:39:26:33:0.458333:12:14:19:20:18:15:19:20 chr15 82387862 . G C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.0221342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0262;QD=16.0641;RBI=0.0588787;REFB=-0.0213398;REVB=0.0545598;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331091;STB=0.684088;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.029339;OID=.;OPOS=82387862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:26:5:13:13:26:5 chr15 82443939 . G A 374.52 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00377809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.971;QD=20.8065;RBI=0.00982032;REFB=-0.0209103;REVB=-0.00906448;RO=34;SAF=26;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16864;STB=0.59365;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0150224;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:12:26:17:17:12:26:17:17 chr15 82444437 . A G 1116.58 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028885;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.301;QD=58.7672;RBI=0.0311822;REFB=0;REVB=-0.0117465;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139765;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:72:76:1:26:46:0:0:27:49:0:0 chr15 82512118 . G A 310.36 PASS AF=0.354545;AO=37;DP=108;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0129472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.534;QD=11.2857;RBI=0.0129513;REFB=-0.01719;REVB=-0.000327452;RO=71;SAF=24;SAR=13;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.598674;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0233559;OID=.;OPOS=82512118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:71:71:37:39:0.354545:13:24:37:34:13:26:37:34 chr15 82512429 . C G 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0128;QD=60.0286;RBI=0.0369332;REFB=0;REVB=-0.0312726;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54704e-05;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr15 82533686 . T G 436.0 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00549679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.756;QD=15.4337;RBI=0.0135636;REFB=-0.0108249;REVB=0.0123999;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01651;STB=0.509252;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0168867;OID=.;OPOS=82533686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:23:26:35:29:23:26:35:29 chr15 82558034 . G C 245.99 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00463732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.25;QD=11.1813;RBI=0.00511348;REFB=-0.00311301;REVB=0.00215475;RO=58;SAF=13;SAR=17;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286122;STB=0.664352;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00517724;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:17:13:40:18:17:13:40:18 chr15 82563991 . C T 385.85 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00696538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.498;QD=15.5897;RBI=0.0178843;REFB=-0.00825189;REVB=-0.0164722;RO=57;SAF=24;SAR=17;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800067;STB=0.540521;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0125827;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:58:41:41:0.414141:17:24:29:28:17:24:30:28 chr15 82636940 . T C 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2527;QD=39.1899;RBI=0.0913834;REFB=0;REVB=-0.0913834;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00695189;OID=.;OPOS=82636940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr15 82636963 . G A 86.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.058587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.679;QD=12.3264;RBI=0.0585871;REFB=-0.0163727;REVB=5.35547e-05;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435505;STB=0.768609;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0605273;OID=.;OPOS=82636963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:10:1:6:11:10:1:6:11 chr15 82637061 . C T 590.25 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0918162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.208;QD=45.4039;RBI=0.118591;REFB=-0.181187;REVB=0.0750574;RO=6;SAF=17;SAR=29;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104211;STB=0.555724;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00780745;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:6:6:46:46:0.884615:29:17:5:1:29:17:5:1 chr15 82637078 . C CT 484.33 PASS AF=1;AO=7;DP=51;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421833;FXX=0.259948;HRUN=0;LEN=1;MLLD=131.281;QD=52.3596;RBI=0.128846;REFB=0;REVB=-0.121745;RO=44;SAF=7;SAR=0;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.731736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0237823;OID=.;OPOS=82637079;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:51:37:37:0:20:17:0:0:3:44:7:0:14:30 chr15 82637079 . C T 614.52 PASS AF=0.86;AO=43;DP=50;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.033521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.693;QD=49.1616;RBI=0.0340625;REFB=-0.0952277;REVB=0.00604936;RO=7;SAF=13;SAR=30;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197427;STB=0.606009;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00322872;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:50:50:7:7:43:43:0.86:30:13:7:0:30:13:7:0 chr15 83215251 . T C 102.41 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0235285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.911;QD=17.8108;RBI=0.0343603;REFB=0.0147758;REVB=-0.0250408;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139753;STB=0.581247;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0121181;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:2:10:8:3:2:10:8:3 chr15 83224696 . C T 2229.81 PASS AF=0.986928;AO=149;DP=152;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00841808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.155;QD=58.2958;RBI=0.0292621;REFB=-0.100222;REVB=0.0280251;RO=3;SAF=66;SAR=83;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168783;STB=0.505813;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000840828;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:153:3:2:149:151:0.986928:83:66:0:3:85:66:0:2 chr15 83297138 . C T 278.07 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00293471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.895;QD=22.6992;RBI=0.0326056;REFB=-0.0480779;REVB=0.0324733;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114202;STB=0.554099;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0387998;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:23:25:26:0.530612:13:12:8:15:14:12:8:15 chr15 83680287 . A G 2407.85 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0356611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.709;QD=59.8224;RBI=0.0358222;REFB=-0.0817544;REVB=0.00339318;RO=2;SAF=92;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00190466;STB=0.501001;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000147226;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:161:161:2:2:159:159:0.987578:67:92:1:1:67:92:1:1 chr15 83698984 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0277972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.967;QD=15.9166;RBI=0.0277985;REFB=-0.00425947;REVB=-0.000268065;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121144;STB=0.569728;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00387593;OID=.;OPOS=83698984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:10:5:6:7:10:5 chr15 83781598 . CT TG 837.07 PASS AF=0.494253;AO=85;DP=175;FAO=86;FDP=174;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=0.0343589;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=2;MLLD=76.2354;QD=19.2431;RBI=0.0372315;REFB=-0.00837733;REVB=0.0143404;RO=88;SAF=36;SAR=49;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184683;STB=0.597697;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.00811088;OID=.;OPOS=83781598;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:88:88:85:86:0.494253:49:36:55:33:49:37:55:33 chr15 84488636 . A G 1806.0 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03439;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.748;QD=61.2202;RBI=0.0352504;REFB=0;REVB=-0.00774069;RO=0;SAF=48;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08729e-05;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:116:118:1:68:48:0:0:69:49:0:0 chr15 84493651 . T C 3188.69 PASS AF=0.985849;AO=208;DP=211;FAO=209;FDP=212;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0582466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1482;QD=60.164;RBI=0.0627561;REFB=-0.138798;REVB=-0.0233593;RO=3;SAF=107;SAR=101;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412686;STB=0.502124;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00568926;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:211:212:3:3:208:209:0.985849:101:107:2:1:101:108:2:1 chr15 84539619 . C G 1195.61 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311505;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9498;QD=61.3134;RBI=0.0344028;REFB=0;REVB=0.0146013;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58854e-05;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr15 84581889 . G A 187.45 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0350035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.126;QD=14.702;RBI=0.039314;REFB=-0.00136376;REVB=0.0178983;RO=28;SAF=19;SAR=2;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255021;STB=0.638498;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00147946;OID=.;OPOS=84581889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:30:21:21:0.411765:2:19:22:6:2:19:24:6 chr15 84581904 . T C 743.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4849;QD=56.1342;RBI=0.137073;REFB=0;REVB=0.134827;RO=0;SAF=43;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115999;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:9:43:0:0:9:44:0:0 chr15 84582124 . G T 1153.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.668;QD=60.7218;RBI=0.023476;REFB=0;REVB=0.023449;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19944e-05;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:46:28:0:0:48:28:0:0 chr15 84651185 . C A 579.12 PASS AF=0.611765;AO=52;DP=85;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0135781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.162;QD=27.2527;RBI=0.0187064;REFB=0.00513774;REVB=0.0128671;RO=32;SAF=15;SAR=37;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210001;STB=0.6218;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00378433;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:32:33:52:52:0.611765:37:15:18:14:37:15:19:14 chr15 84651290 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.946;QD=58.1399;RBI=0.0398363;REFB=0;REVB=0.0269447;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83104e-06;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr15 84651381 . C T 200.71 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0176903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5311;QD=20.5857;RBI=0.033614;REFB=-0.0198849;REVB=0.0285824;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132154;STB=0.589242;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0204807;OID=.;OPOS=84651381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:7:13:9:9:7:13:9:10 chr15 84706461 . C T 347.63 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0202356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3685;QD=19.8646;RBI=0.0224504;REFB=0.00187608;REVB=-0.00972325;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488821;STB=0.527141;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00105468;OID=.;OPOS=84706461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:20:16:17:17:20:16:17:17 chr15 84909385 . G A 118.93 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0486136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5474;QD=33.9807;RBI=0.0486141;REFB=-0.0471532;REVB=0.000228118;RO=2;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812822;STB=0.545376;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0102978;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:3:9:1:1:3:9:1:1 chr15 84958359 . G A 73.36 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0259097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.935;QD=9.46541;RBI=0.0651056;REFB=-0.00864017;REVB=-0.0597279;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240053;STB=0.645287;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0176379;OID=.;OPOS=84958359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:8:13:4:6:8:13 chr15 84958367 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0107989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.589;QD=6.52648;RBI=0.0185305;REFB=-0.0039043;REVB=-0.0150587;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572649;STB=0.864963;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00926777;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:1:6:7:13:1:6:7:13 chr15 85149771 . G T 654.17 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3933;QD=59.4702;RBI=0.0386457;REFB=-0.143688;REVB=0.0212409;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.507933;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00270685;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:12:30:0:0:12:31:1:0 chr15 85163998 . G C 445.07 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00231668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.111;QD=52.361;RBI=0.0521836;REFB=-0.0467627;REVB=0.0521322;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.526299;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00191135;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:32:32:0.941176:18:14:0:1:18:14:0:2 chr15 85188994 . T C 665.71 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315109;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3841;QD=61.9268;RBI=0.0320718;REFB=0;REVB=0.00597172;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124887;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chr15 85198362 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.401;QD=52.6132;RBI=0.012596;REFB=0;REVB=-0.010242;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45946e-06;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr15 85333953 . A G 1749.26 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.553;QD=60.8439;RBI=0.0132128;REFB=0;REVB=0.0126512;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3064e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:47:68:0:0:47:68:0:0 chr15 85341859 . G A 308.65 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00722483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.345;QD=15.8281;RBI=0.0155492;REFB=-0.0171897;REVB=0.0137688;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291083;STB=0.509086;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0213888;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:41:44:33:34:0.435897:16:17:21:20:16:18:24:20 chr15 85360101 . T C 1659.54 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.298;QD=60.3469;RBI=0.0131501;REFB=0;REVB=-0.0107093;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69696e-06;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr15 85383839 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.09;QD=61.5363;RBI=0.0359868;REFB=0;REVB=0.00693976;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2077e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr15 85401259 . C T 1275.44 PASS AF=0.946809;AO=85;DP=93;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.016058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6582;QD=54.274;RBI=0.0298265;REFB=-0.0155388;REVB=0.0251349;RO=6;SAF=43;SAR=42;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000733135;STB=0.517469;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00599789;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:93:94:6:5:85:89:0.946809:42:43:3:3:42:47:1:4 chr15 85401419 . T C 1358.43 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525609;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.749;QD=62.4564;RBI=0.0539102;REFB=0;REVB=0.0119858;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03427e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:83:87:1:34:49:0:0:38:49:0:0 chr15 85401548 . CCG C 30.58 PASS AF=0.22;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0334161;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=2;MLLD=18.9844;QD=2.44667;RBI=0.153754;REFB=-0.0550871;REVB=0.150079;RO=43;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=25;SSEN=0.555556;SSEP=0;SSSB=0.464608;STB=0.710721;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=0.186299;OID=.;OPOS=85401549;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22:10:59:11:50:39:8:3:18:21:30:43:8:2:18:25 chr15 85411941 . A G 754.58 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.064;QD=54.8783;RBI=0.0631332;REFB=-0.0248919;REVB=-0.0370884;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000341189;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr15 85467275 . C T 1036.98 PASS AF=0.96;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0166872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3876;QD=55.3056;RBI=0.0183403;REFB=-0.17486;REVB=-0.00760948;RO=3;SAF=33;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410635;STB=0.521121;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00464743;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:75:3:3:71:72:0.96:38:33:3:0:38:34:3:0 chr15 85476441 . G A 719.27 PASS AF=1;AO=45;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275011;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.969;QD=56.413;RBI=0.0441968;REFB=0;REVB=0.0345983;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:45:51:1:35:10:0:0:40:11:0:0 chr15 85478410 . A G 1032.99 PASS AF=1;AO=59;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2011;QD=56.6021;RBI=0.1005;REFB=0;REVB=-0.05387;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106951;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:59:73:1:36:23:0:0:40:33:0:0 chr15 85478696 . C T 1491.5 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6099;QD=63.4679;RBI=0.0102492;REFB=0;REVB=-0.000368939;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56991e-05;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:36:58:0:0:36:58:0:0 chr15 85607670 . G T 267.5 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00317091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2204;QD=13.7178;RBI=0.0118277;REFB=-0.00858093;REVB=-0.0113947;RO=47;SAF=12;SAR=19;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198002;STB=0.61283;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00890495;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:19:12:27:20:19:12:27:20 chr15 86087309 . T C 346.54 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00935998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.581;QD=12.488;RBI=0.0151413;REFB=-0.00743251;REVB=-0.0119017;RO=68;SAF=15;SAR=27;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128218;STB=0.56928;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0121156;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:68:69:42:42:0.378378:27:15:32:36:27:15:32:37 chr15 86122654 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.727;QD=50.4118;RBI=0.0105902;REFB=0;REVB=-0.00875363;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12112e-05;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr15 86122779 . T C 1302.78 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.869;QD=60.5945;RBI=0.034366;REFB=-0.132843;REVB=0.0139666;RO=1;SAF=61;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770317;STB=0.503999;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000365703;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:84:85:0.988372:23:61:1:0:23:62:1:0 chr15 86122916 . T C 961.98 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0466077;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.821;QD=57.432;RBI=0.0478559;REFB=-0.0207573;REVB=0.0108585;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.509801;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000113842;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:25:41:0:0:25:41:0:1 chr15 86123019 . C T 519.37 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.683;QD=59.3564;RBI=0.0489226;REFB=0;REVB=0.0224889;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275558;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr15 86123170 . G T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0205627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.718;QD=19.3688;RBI=0.0250963;REFB=-0.00207351;REVB=0.0143875;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207621;STB=0.620002;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000990399;OID=.;OPOS=86123170;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:4:3:7:3:4:3 chr15 86123462 . T C 267.49 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0173398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.646;QD=21.8356;RBI=0.02536;REFB=0.0119973;REVB=-0.0185057;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175445;STB=0.598808;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0110293;OID=.;OPOS=86123462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:18:7:11:13:18:7:11:13 chr15 86123833 . T C 752.37 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.201;QD=56.7823;RBI=0.0108871;REFB=0;REVB=0.00818199;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75948e-06;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr15 86123924 . C T 874.82 PASS AF=0.914286;AO=64;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00947562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.489;QD=49.9897;RBI=0.0101112;REFB=-0.00893573;REVB=-0.00352822;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122684;STB=0.5083;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=6.16901e-05;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:70:1:6:64:64:0.914286:26:38:1:0:26:38:3:3 chr15 86123988 . G A 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1002;QD=57.7018;RBI=0.0443239;REFB=0;REVB=0.020234;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162117;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr15 86124419 . C T 746.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000158463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.573;QD=63.5618;RBI=0.00264133;REFB=0;REVB=0.00263658;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0691e-05;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr15 86124483 . C G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0501;QD=54.746;RBI=0.0761154;REFB=-0.0782663;REVB=-0.0729457;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000840446;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:20:33:1:0:20:33:1:0 chr15 86124555 . G A 926.11 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0496302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.029;QD=56.9917;RBI=0.0570964;REFB=-0.0993485;REVB=0.0282285;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00109979;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:65:0:1:62:64:0.984615:25:37:0:0:27:37:0:1 chr15 86124946 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.338;QD=58.5874;RBI=0.0318753;REFB=0;REVB=-0.0138601;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74262e-05;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr15 86124968 . G A 629.22 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0186202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.526;QD=57.2019;RBI=0.0654314;REFB=-0.0845898;REVB=0.0627261;RO=2;SAF=29;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188382;STB=0.510045;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00110775;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:13:29:1:1:13:29:1:1 chr15 86125031 . G A 1156.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020298;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.097;QD=60.892;RBI=0.0214611;REFB=0;REVB=0.00696918;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94451e-05;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:77:76:1:28:49:0:0:27:49:0:0 chr15 86207863 . C T 337.17 PASS AF=0.411111;AO=35;DP=88;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0187779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.325;QD=14.9852;RBI=0.0219741;REFB=-0.00706707;REVB=-0.0114127;RO=53;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693517;STB=0.551696;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0118615;OID=.;OPOS=86207863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:53:53:35:37:0.411111:22:13:23:30:24:13:23:30 chr15 86278309 . G A 639.38 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0146276;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.668;QD=18.3994;RBI=0.0183281;REFB=-0.0193956;REVB=0.0110431;RO=74;SAF=25;SAR=40;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478193;STB=0.526551;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0205132;OID=.;OPOS=86278309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:74:65:65:0.467626:40:25:32:42:40:25:32:42 chr15 86284577 . C T 173.28 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0689986;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4559;QD=14.7471;RBI=0.070889;REFB=-0.00988326;REVB=-0.0162618;RO=28;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240483;STB=0.643504;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0252582;OID=.;OPOS=86284577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:29:17:18:0.382979:4:13:16:12:4:14:17:12 chr15 86287867 . G A 329.3 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.029065;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9829;QD=20.5812;RBI=0.0305171;REFB=-0.0233018;REVB=-0.00930139;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158074;STB=0.57808;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0141964;OID=.;OPOS=86287867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:30:34:34:0.53125:17:17:20:9:17:17:20:10 chr15 86288518 . G C 424.18 PASS AF=0.567568;AO=40;DP=72;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.014916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7738;QD=22.9288;RBI=0.0299114;REFB=-0.0304419;REVB=-0.0259269;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907465;STB=0.537257;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0112791;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:32:32:40:42:0.567568:22:18:18:14:22:20:18:14 chr15 86290940 . A C 189.22 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0109767;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.941;QD=9.46116;RBI=0.0120754;REFB=-0.00413947;REVB=-0.00503251;RO=46;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207145;STB=0.587869;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0089934;OID=.;OPOS=86290940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:46:55:25:25:0.3125:15:10:27:19:15:10:29:26 chr15 86292324 . G C 319.88 PASS AF=0.372727;AO=39;DP=107;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00452339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.212;QD=11.6319;RBI=0.00663786;REFB=-0.0111544;REVB=0.004858;RO=68;SAF=18;SAR=21;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107634;STB=0.569877;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0264344;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:68:69:39:41:0.372727:21:18:38:30:23:18:38:31 chr15 86311695 . G A 683.44 PASS AF=0.623762;AO=55;DP=93;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00446622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.831;QD=27.067;RBI=0.0128952;REFB=-0.0102007;REVB=0.012097;RO=32;SAF=35;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750713;STB=0.511953;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00610086;OID=.;OPOS=86311695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:32:38:55:63:0.623762:20:35:17:15:23:40:23:15 chr15 86312681 . G A 343.35 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0341247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.776;QD=18.8135;RBI=0.0343111;REFB=-0.0101143;REVB=0.00357119;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229716;STB=0.520264;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0112618;OID=.;OPOS=86312681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:37:35:36:0.493151:19:16:16:21:19:17:16:21 chr15 86313048 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.882;QD=62.0218;RBI=0.0228793;REFB=0;REVB=-0.00719351;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57147e-05;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr15 86368898 . G A 318.25 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0139219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.627;QD=18.1858;RBI=0.0174356;REFB=-0.0114371;REVB=-0.0104968;RO=36;SAF=23;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667687;STB=0.537361;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.011949;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:11:23:22:14:11:23:22:14 chr15 86368959 . A T 525.27 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0286841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1483;QD=17.9579;RBI=0.0291716;REFB=-0.00863771;REVB=0.00531106;RO=60;SAF=33;SAR=23;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103499;STB=0.509329;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0180138;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:61:56:56:0.478632:23:33:36:24:23:33:37:24 chr15 86807761 . A G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0104892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.474;QD=21.2649;RBI=0.0117544;REFB=-0.0165433;REVB=0.00530484;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143471;STB=0.579927;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0166831;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:3:15:14:6:3:15 chr15 86814866 . A G 530.73 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0126499;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3798;QD=22.3466;RBI=0.0244734;REFB=-0.013758;REVB=0.0209506;RO=45;SAF=31;SAR=19;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244653;STB=0.634715;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0176347;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:45:45:50:50:0.526316:19:31:15:30:19:31:15:30 chr15 86940622 . T C 2776.14 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393088;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.688;QD=62.7377;RBI=0.0309737;REFB=0;REVB=0.0307232;RO=0;SAF=91;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08152e-05;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:0:0:174:177:1:83:91:0:0:86:91:0:0 chr15 87217613 . A G 754.73 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.949;QD=54.8893;RBI=0.051362;REFB=-0.0151347;REVB=-0.0421421;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00106016;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:25:28:1:0:25:29:1:0 chr15 87531281 . A C 1843.74 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.516;QD=60.4506;RBI=0.0785607;REFB=-0.165167;REVB=0.0760577;RO=2;SAF=64;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104249;STB=0.504424;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00190476;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:2:1:120:121:0.991803:56:64:1:1:56:65:0:1 chr15 88476365 . G A 429.44 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0111729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.529;QD=19.7444;RBI=0.0189698;REFB=-0.0235811;REVB=-0.0153304;RO=44;SAF=32;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165694;STB=0.592547;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0176317;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:11:32:26:18:11:32:26:18 chr15 88679785 . G A 1900.34 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022519;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.668;QD=61.7998;RBI=0.0372381;REFB=0;REVB=0.0296576;RO=0;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14028e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:66:56:0:0:67:56:0:0 chr15 88680684 . G A 393.26 PASS AF=0.477778;AO=31;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0367988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1723;QD=17.478;RBI=0.0760912;REFB=-0.0455376;REVB=0.0666012;RO=47;SAF=22;SAR=9;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247541;STB=0.534868;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0619882;OID=.;OPOS=88680684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:31:43:0.477778:9:22:23:24:20:23:22:25 chr15 89074337 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.0144748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4003;QD=12.8731;RBI=0.0792153;REFB=-0.00809775;REVB=0.0778816;RO=32;SAF=16;SAR=3;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569271;STB=0.533297;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0118533;OID=.;OPOS=89074337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:3:16:26:6:3:16:26:6 chr15 89169858 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00062723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.251;QD=56.1914;RBI=0.000737827;REFB=0;REVB=0.00038855;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84009e-06;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr15 89172558 . G C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.76;QD=58.0588;RBI=0.018584;REFB=0;REVB=-0.00236325;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00867e-05;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr15 89173657 . A T 707.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.496;QD=61.5251;RBI=0.0254296;REFB=0;REVB=0.0248324;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179826;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:16:28:0:0:17:29:0:0 chr15 89173732 . T C 1079.97 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6202;QD=59.9982;RBI=0.016898;REFB=0;REVB=0.0168482;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157794;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr15 89174748 . G C 1041.18 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6;QD=57.8431;RBI=0.0496592;REFB=-0.0413505;REVB=0.00957945;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00589511;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:69:72:1:35:34:1:0:36:36:0:0 chr15 89193497 . A T 1059.49 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531603;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5893;QD=59.6898;RBI=0.00983106;REFB=0;REVB=-0.0082698;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82071e-05;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr15 89195178 . G C 1503.17 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.928;QD=59.5315;RBI=0.0134388;REFB=0;REVB=0.00893296;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149386;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:46:52:0:0:48:53:0:0 chr15 89195245 . C T 1058.49 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4162;QD=59.633;RBI=0.0812348;REFB=0;REVB=0.00496355;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659052;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr15 89195526 . A G 1714.58 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148381;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.234;QD=60.6931;RBI=0.015077;REFB=0;REVB=0.00267351;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181245;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:64:49:0:0:64:49:0:0 chr15 89386652 . G A 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0242518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.267;QD=16.0413;RBI=0.0299027;REFB=-0.0158385;REVB=0.0174935;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318023;STB=0.681634;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0193799;OID=.;OPOS=89386652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:8:18:7:12:8:18 chr15 89391160 . C A 512.6 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00574777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.767;QD=20.3011;RBI=0.00607429;REFB=-0.00256204;REVB=-0.00196474;RO=49;SAF=25;SAR=27;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795682;STB=0.543883;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00245345;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:27:25:28:21:27:25:28:21 chr15 89392745 . T C 3279.17 PASS AF=1;AO=210;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019564;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3421;QD=61.8711;RBI=0.0248477;REFB=0.0035644;REVB=-0.0153185;RO=0;SAF=105;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09969e-06;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:212:0:0:210:212:1:105:105:0:0:106:106:0:0 chr15 89398105 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0177064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.97;QD=15.7842;RBI=0.0202917;REFB=-0.0157373;REVB=-0.00991142;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339042;STB=0.698104;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0201027;OID=.;OPOS=89398105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:11:3:9:8:11:3:9:8 chr15 89398330 . G A 84.85 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000820111;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.986;QD=10.2851;RBI=0.0148531;REFB=0.00144106;REVB=0.0148304;RO=22;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497324;STB=0.812299;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00674136;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:33:22:22:11:11:0.333333:10:1:9:13:10:1:9:13 chr15 89398605 . G T 322.91 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0526234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5016;QD=19.2781;RBI=0.0549851;REFB=-0.0146211;REVB=0.0159417;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134131;STB=0.566395;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0195407;OID=.;OPOS=89398605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:18:16:20:12:18:16:20:13 chr15 89398631 . T A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.010078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.824;QD=13.2306;RBI=0.0249556;REFB=-0.0138836;REVB=-0.0228301;RO=29;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383413;STB=0.72336;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0330055;OID=.;OPOS=89398631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:12:5:19:10:12:5:19:10 chr15 89400339 . A C 502.35 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00438367;FXX=0.0422476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.012;QD=29.5502;RBI=0.00844523;REFB=-0.0157958;REVB=-0.00721841;RO=23;SAF=17;SAR=28;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173171;STB=0.594122;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0111791;OID=.;OPOS=89400339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:23:23:45:45:0.661765:28:17:15:8:28:17:15:8 chr15 89401109 . A G 862.3 PASS AF=0.568345;AO=78;DP=139;FAO=79;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0344611;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.8;QD=24.8145;RBI=0.0360994;REFB=0.00218149;REVB=0.0107518;RO=58;SAF=42;SAR=36;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705905;STB=0.540722;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00185634;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:58:60:78:79:0.568345:36:42:26:32:36:43:27:33 chr15 89401615 . T G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0301145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.092;QD=14.3342;RBI=0.0303961;REFB=-0.0133396;REVB=0.00412745;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47116;STB=0.786112;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00992383;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:5:5:8:1:5:5 chr15 89402239 . T C 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.035717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.83;QD=21.2912;RBI=0.0359153;REFB=-0.0158643;REVB=0.00376916;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142805;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:17:8:8:17:17:8 chr15 89402596 . T G 380.76 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0147392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.175;QD=20.5813;RBI=0.0249432;REFB=-0.0266807;REVB=-0.0201226;RO=29;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974507;STB=0.531234;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0262706;OID=.;OPOS=89402596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:29:35:39:39:0.527027:22:17:13:16:22:17:13:22 chr15 89417238 . A G 291.07 PASS AF=0.590909;AO=27;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0207355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.776;QD=26.4613;RBI=0.0371594;REFB=-0.0301907;REVB=0.030836;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152875;STB=0.557957;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0145504;OID=.;OPOS=89417238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:27:26:0.590909:17:10:3:14:17:9:4:14 chr15 89421327 . A G 301.17 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0053004;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8869;QD=14.008;RBI=0.0212094;REFB=-0.0184084;REVB=-0.0205364;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744294;STB=0.542395;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0341969;OID=.;OPOS=89421327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:52:34:34:0.395349:20:14:25:27:20:14:25:27 chr15 89422286 . C T 250.66 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0114809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.367;QD=20.0528;RBI=0.027498;REFB=-0.0310639;REVB=-0.0249865;RO=26;SAF=19;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185698;STB=0.61214;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0310693;OID=.;OPOS=89422286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:4:19:18:8:4:20:18:8 chr15 89430506 . C T 216.05 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0316278;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.699;QD=10.4121;RBI=0.0316298;REFB=-0.00533087;REVB=0.000354713;RO=50;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395541;STB=0.732664;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0212938;OID=.;OPOS=89430506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:83:50:56:27:27:0.325301:9:18:15:35:9:18:17:39 chr15 89436244 . T C 325.94 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0155917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1878;QD=20.0581;RBI=0.0234577;REFB=-0.0297855;REVB=-0.0175261;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804935;STB=0.544566;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0264264;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:20:14:10:21:20:14:10:21 chr15 89436295 . G A 261.31 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00572013;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.643;QD=16.8589;RBI=0.00708889;REFB=-0.00265266;REVB=0.00418718;RO=33;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218691;STB=0.623672;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00295492;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:21:8:16:17:21:8:16:17 chr15 89450003 . G A 156.34 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.036818;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5616;QD=23.1617;RBI=0.0368292;REFB=-0.0435742;REVB=0.000906623;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232282;STB=0.637504;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0298272;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:27:11:11:15:16:0.592593:10:5:7:4:11:5:7:4 chr15 89450546 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000803588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.198;QD=13.4055;RBI=0.0316411;REFB=-0.0219794;REVB=0.0316309;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675485;STB=0.503873;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0408812;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:19:15:10:13:19:15 chr15 89450587 . G T 151.3 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0197846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.506;QD=12.8764;RBI=0.0437399;REFB=-0.0110131;REVB=0.0390096;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970616;STB=0.556894;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0262454;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:7:10:15:15:7:10:15:15 chr15 89739259 . G C 204.11 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0577033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.245;QD=12.5607;RBI=0.0577531;REFB=0.00323959;REVB=0.00239692;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077537;STB=0.552362;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00680902;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:11:14:19:20:11:14:19:21 chr15 89740094 . G A 505.09 PASS AF=0.474138;AO=53;DP=112;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0157672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0654;QD=17.417;RBI=0.0359024;REFB=-0.034062;REVB=-0.0322548;RO=58;SAF=30;SAR=23;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280531;STB=0.505422;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0306035;OID=.;OPOS=89740094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:58:61:53:55:0.474138:23:30:33:25:24:31:35:26 chr15 89740373 . G C 296.64 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0396445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.173;QD=18.5397;RBI=0.0396627;REFB=-0.0125624;REVB=0.00120114;RO=32;SAF=22;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632908;STB=0.535376;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0124056;OID=.;OPOS=89740373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:10:22:20:12:10:22:20:12 chr15 89740384 . T G 303.74 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0662993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3958;QD=17.8671;RBI=0.0663491;REFB=-0.00948632;REVB=-0.00257049;RO=35;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208152;STB=0.511621;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0104408;OID=.;OPOS=89740384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:12:21:23:12:12:21:23:12 chr15 89740469 . T C 375.54 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0188135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.697;QD=19.7655;RBI=0.0209891;REFB=-0.0261158;REVB=-0.00930554;RO=37;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665902;STB=0.531438;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0159622;OID=.;OPOS=89740469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:37:38:39:0.513158:15:23:25:12:15:24:25:12 chr15 89740616 . G A 2024.7 PASS AF=1;AO=126;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470011;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3046;QD=61.3547;RBI=0.0480249;REFB=0;REVB=0.00986341;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209854;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:126:132:1:63:63:0:0:67:65:0:0 chr15 89744476 . G T 2973.49 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.792;QD=62.9309;RBI=0.0362031;REFB=0;REVB=0.00329055;RO=0;SAF=93;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64175e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:189:0:0:181:189:1:88:93:0:0:89:100:0:0 chr15 89804043 . C T 1011.39 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623842;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3861;QD=59.4938;RBI=0.0652481;REFB=0;REVB=0.0191186;RO=0;SAF=63;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779378;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:5:63:0:0:5:63:0:0 chr15 89806710 . C T 651.69 PASS AF=0.87931;AO=51;DP=58;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0421072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5677;QD=44.9442;RBI=0.0421145;REFB=-0.124874;REVB=-0.000788479;RO=6;SAF=32;SAR=19;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829889;STB=0.511268;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0119508;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:58:6:7:51:51:0.87931:19:32:4:2:19:32:5:2 chr15 89836228 . G C 743.43 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157343;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5947;QD=57.1866;RBI=0.0300984;REFB=0;REVB=-0.0256582;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042466;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:53:52:1:27:26:0:0:26:26:0:0 chr15 89838236 . G A 1567.95 PASS AF=0.990826;AO=102;DP=104;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.052001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4815;QD=57.5394;RBI=0.0531695;REFB=0.00502663;REVB=0.0110858;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102026;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000155255;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:109:1:1:102:108:0.990826:56:46:1:0:60:48:1:0 chr15 89838318 . A T 273.89 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0453104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.887;QD=15.216;RBI=0.045486;REFB=-0.00786414;REVB=-0.00399364;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130998;STB=0.573614;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00907458;OID=.;OPOS=89838318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:19:12:11:30:19:12:11:30 chr15 89858602 . T C 742.87 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131624;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.027;QD=57.1438;RBI=0.0280391;REFB=0;REVB=0.0247577;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77987e-05;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr15 89878377 . A T 2026.84 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=137;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.037042;FXX=0.029195;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.546;QD=60.9575;RBI=0.0615479;REFB=-0.0192457;REVB=-0.0491531;RO=1;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725611;STB=0.500057;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000123436;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:133:1:2:131:131:0.984962:65:66:0:1:65:66:1:1 chr15 90167658 . G A 137.73 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0266044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.815;QD=11.4771;RBI=0.0470895;REFB=-0.0121329;REVB=-0.0388539;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186267;STB=0.610967;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0276167;OID=.;OPOS=90167658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:17:15:5:11:17:15 chr15 90210257 . G A 608.73 PASS AF=0.420732;AO=66;DP=162;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.00039762;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.112;QD=14.8472;RBI=0.00346956;REFB=-0.0243462;REVB=-0.0034467;RO=96;SAF=32;SAR=34;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105526;STB=0.574154;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0226362;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:96:95:66:69:0.420732:34:32:37:59:34:35:36:59 chr15 90210263 . A G 637.38 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=157;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=0.00976087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.058;QD=15.1758;RBI=0.0107233;REFB=-0.0415442;REVB=0.0044402;RO=85;SAF=32;SAR=31;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171204;STB=0.573151;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0139211;OID=.;OPOS=90210263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:168:85:96:63:72:0.428571:31:32:29:56:35:37:37:59 chr15 90213229 . G C 322.59 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00151864;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.626;QD=19.2592;RBI=0.0814231;REFB=-0.0239398;REVB=0.0814089;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160503;STB=0.588736;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0302107;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:14:20:25:8:14:20:25:8 chr15 90226947 . C A 448.97 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0076634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4466;QD=16.9421;RBI=0.0547948;REFB=-0.00876002;REVB=-0.0542563;RO=57;SAF=30;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119108;STB=0.566456;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.010983;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:19:30:28:29:19:30:28:29 chr15 90320496 . T C 611.44 PASS AF=0.415663;AO=69;DP=167;FAO=69;FDP=166;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0454418;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7588;QD=14.7334;RBI=0.0454764;REFB=0.0113206;REVB=0.00177365;RO=98;SAF=32;SAR=37;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005907;STB=0.500088;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0158043;OID=.;OPOS=90320496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:98:97:69:69:0.415663:37:32:46:52:37:32:45:52 chr15 90344352 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0314039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.301;QD=20.5428;RBI=0.037083;REFB=-0.0145584;REVB=-0.0197217;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246224;STB=0.638771;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0161254;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:10:15:8:16:10:15 chr15 90346861 . C T 131.5 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0528068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.326;QD=14.2159;RBI=0.0534363;REFB=-0.0360593;REVB=0.00817759;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305018;STB=0.673874;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0139271;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:18:4:7:8:18:4 chr15 90349558 . C T 575.47 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0113647;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.8;QD=21.1182;RBI=0.0417063;REFB=-0.0163628;REVB=0.040128;RO=50;SAF=35;SAR=23;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146265;STB=0.511786;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0140125;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:50:51:58:58:0.53211:23:35:31:19:23:35:32:19 chr15 90617539 . C T 39.38 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00344142;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.002;QD=9.84622;RBI=0.0254282;REFB=-0.00751054;REVB=0.0251943;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.719306;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0104449;OID=.;OPOS=90617539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:9:10:6:6:0.375:4:2:7:2:4:2:7:3 chr15 90623052 . T C 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.322;QD=57.173;RBI=0.0206841;REFB=0;REVB=0.0120513;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51206e-05;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr15 90628536 . C CA 341.66 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777448;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.6608;QD=48.8085;RBI=0.0920008;REFB=0;REVB=0.0491924;RO=25;SAF=1;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00125316;OID=.;OPOS=90628537;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:28:28:0:18:10:0:0:4:25:1:2:17:8 chr15 90628537 . G A 312.04 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0204749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.555;QD=43.0403;RBI=0.0376738;REFB=-0.062752;REVB=0.0316242;RO=4;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515075;STB=0.527928;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0240393;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:4:4:25:25:0.862069:8:17:2:2:8:17:2:2 chr15 90673809 . G C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00563776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.026;QD=11.5972;RBI=0.0111865;REFB=-0.000688154;REVB=-0.00966192;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527134;STB=0.515126;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00166673;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:6:6:9:11:6:6:10:11 chr15 90760991 . T C 353.94 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00344765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.237;QD=16.0881;RBI=0.0130886;REFB=-0.0167196;REVB=-0.0126263;RO=48;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511358;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0246712;OID=.;OPOS=90760991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:48:50:38:38:0.431818:19:19:24:24:19:19:24:26 chr15 90768320 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.00606698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.096;QD=17.0891;RBI=0.0201372;REFB=-0.032362;REVB=0.0192016;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175204;STB=0.597492;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0335381;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:18:7:4:24:18:7:4:24 chr15 90768959 . A C 652.37 PASS AF=0.547009;AO=63;DP=117;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0479458;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.238;QD=22.3033;RBI=0.0539612;REFB=-0.016947;REVB=-0.0247592;RO=54;SAF=32;SAR=31;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713657;STB=0.53845;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0121996;OID=.;OPOS=90768959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:53:63:64:0.547009:31:32:32:22:32:32:31:22 chr15 90771240 . GC CC,GCC,G 36.46 PASS AF=0.0869565,0.304348,0.26087;AO=2,5,6;DP=22;FAO=2,7,6;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=1,2,6;FSAR=1,5,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0184833,0.0911171,-0.0835583;FXX=0;HRUN=4,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=27.7178,8.10651,10.0591;QD=6.34126;RBI=0.0211324,0.0992064,0.0918568;REFB=0.0460182,0.0779699,-0.0802121;REVB=0.0102443,0.0392377,-0.0381533;RO=6;SAF=1,0,6;SAR=1,5,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.416667;SSSB=-0.168213,-0.764618,0.740222;STB=0.698321,0.740074,0.997126;STBP=0.742,0.117,0.152;TYPE=snp,ins,del;VARB=-0.00593891,0.186593,0.206704;OID=.,.,.;OPOS=90771240,90771241,90771241;OREF=G,-,C;OALT=C,C,-;OMAPALT=CC,GCC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:22:23:6:8:2,5,6:2,7,6:0.0869565,0.304348,0.26087:1,5,0:1,0,6:4:2:1,5,0:1,2,6:6:2 chr15 90771704 . G A 269.54 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0106513;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.469;QD=22.0029;RBI=0.0575316;REFB=-0.0140224;REVB=-0.056537;RO=24;SAF=20;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11463;STB=0.564651;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0142267;OID=.;OPOS=90771704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:5:20:17:7:5:20:17:7 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 1368.55 PASS AF=0.569892,0,0.430108;AO=17,22,52;DP=92;FAO=53,0,40;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0,20;FSAR=27,0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149369,0.0113093,0.00746928;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=78.7958,66.7258,79.0287;QD=58.8622;RBI=0.0176824,0.0120547,0.00757201;REFB=0,0,0;REVB=0.00946339,0.00417316,0.00124303;RO=1;SAF=1,21,24;SAR=16,1,28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0278054,0.301654,0.016526;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00496377,0,0.00381525;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.569892,0,0.430108:17,22,52:92:53,0,40:93:0:26,0,20:27,0,20:0:0:99:1:1,21,24:16,1,28:0:1 chr15 90772156 . A G 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00307589;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=356.068;QD=16.0926;RBI=0.00419413;REFB=0.00122127;REVB=0.00285126;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174545;STB=0.598086;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00153033;OID=.;OPOS=90772156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:14:24:14:17:14:24 chr15 90772200 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0135187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.415;QD=20.5627;RBI=0.0142295;REFB=-0.0287091;REVB=-0.00444114;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930115;STB=0.551688;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0269957;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:14:11:16:13:14:11 chr15 90772831 . C T 582.9 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229374;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4779;QD=61.3577;RBI=0.0504578;REFB=0;REVB=-0.0449429;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342615;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr15 90774259 . G C 144.75 PASS AF=0.34;AO=14;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0153214;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.515;QD=11.5798;RBI=0.0163585;REFB=-0.000181903;REVB=0.00573211;RO=27;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385887;STB=0.683978;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000697351;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:33:14:17:0.34:12:2:11:16:13:4:16:17 chr15 90774447 . TAGAG T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360832;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=294.541;QD=54.5177;RBI=0.0525314;REFB=0;REVB=0.038178;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000267697;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:25:25:0:8:17:0:0:4:0:8:17:0:0 chr15 90784207 . A G 1766.4 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.128;QD=60.3898;RBI=0.0359963;REFB=0;REVB=0.0337486;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07419e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:107:117:0:0:104:117:1:39:65:0:0:50:67:0:0 chr15 90784250 . T C 1531.71 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128426;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.315;QD=60.067;RBI=0.0144665;REFB=0;REVB=0.00665941;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191488;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr15 90794102 . G A 138.46 PASS AF=0.555556;AO=12;DP=25;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0310785;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.897;QD=20.5132;RBI=0.0459088;REFB=-0.0499173;REVB=0.0337896;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341381;STB=0.627263;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0310583;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:13:12:12:15:0.555556:10:2:6:7:12:3:5:7 chr15 90794757 . T G 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00596271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.753;QD=14.8512;RBI=0.0349966;REFB=-0.0145575;REVB=0.0344849;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27936;STB=0.669354;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0109577;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:7:12:10:18:7:12:10:19 chr15 90794845 . G A 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0357874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.262;QD=15.1709;RBI=0.0368173;REFB=-0.000321631;REVB=-0.00864721;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476703;STB=0.771827;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00302544;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:5:19:5:12:5:19 chr15 90796558 . G A 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0123088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.395;QD=4.42035;RBI=0.0145318;REFB=-0.00108988;REVB=0.0077245;RO=37;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17877;STB=0.623047;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00401506;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:2:6:23:14:2:6:23:14 chr15 90800408 . C G 240.83 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00162578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8443;QD=12.6754;RBI=0.00244228;REFB=0.013843;REVB=-0.00182251;RO=47;SAF=18;SAR=11;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020292;STB=0.51162;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0203881;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:11:18:30:17:11:18:30:17 chr15 90800449 . C T 275.97 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0711098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4541;QD=13.2999;RBI=0.0894853;REFB=-0.0103639;REVB=-0.0543231;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192081;STB=0.51097;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0159448;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:15:17:28:23:15:17:28:23 chr15 90809633 . G A 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2113;QD=60.2224;RBI=0.0648685;REFB=0;REVB=0.0265659;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739459;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr15 90818400 . A T 92.68 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0030086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6547;QD=19.5106;RBI=0.0625491;REFB=-0.0610054;REVB=0.0624767;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224559;STB=0.608486;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.020251;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:3:8:3:4:3:8:4:4 chr15 90818469 . C T 199.33 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00728673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.482;QD=19.9328;RBI=0.0834929;REFB=-0.0376822;REVB=0.0831743;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0352199;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:12:8:8:12:12:8 chr15 90818641 . G C 263.71 PASS AF=0.6;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0320313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4315;QD=26.3714;RBI=0.0578991;REFB=-0.0328197;REVB=-0.0482317;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743596;STB=0.533727;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0164774;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:23:24:0.6:10:13:10:5:11:13:10:6 chr15 90818827 . G A 36.9 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0334038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7136;QD=8.20106;RBI=0.0351403;REFB=-0.029993;REVB=0.0109101;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104655;STB=0.565012;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0554176;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:9:3:2:4:9:3 chr15 90819132 . C T 186.28 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00357006;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.056;QD=21.9147;RBI=0.0327438;REFB=-0.0353776;REVB=-0.0325486;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318274;STB=0.550954;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0271384;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:17:15:15:16:0.470588:4:11:12:5:4:12:10:5 chr15 90819641 . A C 574.83 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8037;QD=60.5087;RBI=0.0273356;REFB=0;REVB=0.026737;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328789;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr15 90819876 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9907;QD=53.9102;RBI=0.0755383;REFB=0;REVB=0.0727633;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243111;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr15 90820063 . T C 179.1 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0165077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.72;QD=19.3619;RBI=0.03429;REFB=-0.0218654;REVB=-0.030055;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788801;STB=0.545396;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00666607;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:15:16:0.432432:5:10:10:7:5:11:11:7 chr15 90820721 . C T 131.98 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00558408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.78;QD=14.6649;RBI=0.00893798;REFB=0.00320416;REVB=-0.00697893;RO=21;SAF=1;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639574;STB=0.804847;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00974821;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:13:1:12:9:13:2:12:9 chr15 90892293 . C T 1665.1 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00726891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2555;QD=58.4246;RBI=0.0170761;REFB=-0.0641456;REVB=0.0154517;RO=2;SAF=25;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013184;STB=0.506946;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00682381;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:87:25:1:1:87:25:1:1 chr15 90903311 . A G 490.19 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.254;QD=56.0217;RBI=0.0389281;REFB=-0.0696998;REVB=0.0316629;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000596049;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:17:17:0:0:17:17:0:1 chr15 91185971 . G A 93.35 PASS AF=0.3;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00596804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8136;QD=9.33507;RBI=0.0224936;REFB=-0.0147732;REVB=0.0216874;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171304;STB=0.643824;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0370117;OID=.;OPOS=91185971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:40:25:28:12:12:0.3:8:4:12:13:8:4:15:13 chr15 91185994 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.59;QD=61.3363;RBI=0.0244116;REFB=0;REVB=0.00193891;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33006e-05;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr15 91425200 . C G 39.95 PASS AF=0.0727273;AO=5;DP=57;FAO=4;FDP=55;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.107106;FXX=0.0677851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8018;QD=2.90561;RBI=0.123904;REFB=-0.00327959;REVB=-0.0622938;RO=30;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391983;STB=0.756624;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0937781;OID=.;OPOS=91425200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:57:55:30:43:5:4:0.0727273:1:4:14:16:1:3:20:23 chr15 91428290 . C T 540.48 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0183792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.644;QD=51.4742;RBI=0.0368042;REFB=-0.0249569;REVB=0.0318866;RO=4;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109757;STB=0.558792;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000299099;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:42:42:4:4:38:38:0.904762:15:23:0:4:15:23:0:4 chr15 91428589 . T G 1589.45 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813247;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.839;QD=59.9792;RBI=0.0170065;REFB=0;REVB=0.014936;RO=0;SAF=64;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115317;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:40:64:0:0:40:66:0:0 chr15 91428636 . G A 1408.34 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0125283;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.799;QD=60.5736;RBI=0.0651566;REFB=-0.279662;REVB=0.0639408;RO=1;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117028;STB=0.512192;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00547151;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:93:1:2:91:91:0.978495:40:51:0:1:40:51:0:2 chr15 91430436 . T C 1472.96 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.857;QD=63.3532;RBI=0.0338852;REFB=0;REVB=0.033823;RO=0;SAF=28;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85653e-05;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:63:28:0:0:64:29:0:0 chr15 91452595 . A G 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0257553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.332;QD=18.3164;RBI=0.0389245;REFB=-0.00165166;REVB=-0.0291854;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221856;STB=0.59771;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00159213;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:43:39:39:0.47561:19:20:10:28:19:20:14:29 chr15 91474236 . T C 229.8 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00542047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.774;QD=14.1415;RBI=0.0124589;REFB=-0.014021;REVB=0.011218;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873679;STB=0.541494;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0139535;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:13:14:16:21:13:14:17:21 chr15 91474738 . G C 912.92 PASS AF=0.623077;AO=81;DP=130;FAO=81;FDP=130;FR=.;FRO=49;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00452156;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.287;QD=28.0899;RBI=0.0143921;REFB=-0.0217667;REVB=0.0136633;RO=45;SAF=54;SAR=27;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110812;STB=0.579215;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0141318;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:45:49:81:81:0.623077:27:54:23:22:27:54:23:26 chr15 91475002 . CCGGG CCGG,CGG,CGGGC 149.85 PASS AF=0,0.436364,0.0181818;AO=8,8,2;DP=56;FAO=0,24,1;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=0,13,1;FSAR=0,11,0;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.320746,0.0584835,-0.056971;FXX=0.017854;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,4;MLLD=11.5189,19.8862,202.559;QD=10.8978;RBI=0.321433,0.0814561,0.0639053;REFB=-0.144791,-0.160303,-0.0252102;REVB=-0.0210172,0.0566991,-0.0289516;RO=24;SAF=1,3,2;SAR=7,5,0;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0.316456,0,0;SSSB=-0.465288,-0.100486,0.505776;STB=0.5,0.55995,0.991111;STBP=1,0.455,0.26;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.104786,0.183977,0.0507072;OID=.,.,.;OPOS=91475004,91475003,91475003;OREF=G,CG,CGGG;OALT=-,-,GGGC;OMAPALT=CCGG,CGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.436364,0.0181818:8,8,2:56:0,24,1:55:30:0,13,1:0,11,0:13:17:99:24:1,3,2:7,5,0:11:13 chr15 91478544 . A C 63.16 PASS AF=0.310345;AO=10;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0297857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7015;QD=8.71173;RBI=0.0641994;REFB=0.00122871;REVB=-0.0568716;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084162;STB=0.647789;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0108966;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:10:9:0.310345:7:3:7:12:7:2:8:12 chr15 91509592 . T C 354.71 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0683982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4224;QD=21.4977;RBI=0.0688256;REFB=-0.0294813;REVB=-0.00765872;RO=29;SAF=23;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158473;STB=0.595801;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0148936;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:36:36:0.545455:13:23:13:16:13:23:13:17 chr15 91524841 . G T 1511.45 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.438;QD=59.8596;RBI=0.0143162;REFB=0;REVB=-0.00998033;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20362e-05;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:46:54:0:0:47:54:0:0 chr15 91525197 . C T 91.79 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0404476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.903;QD=8.74181;RBI=0.0421285;REFB=-0.000729507;REVB=-0.0117814;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591692;STB=0.536229;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00182796;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:16:14:5:7:16:14 chr15 91543761 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0082737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.935;QD=18.1178;RBI=0.0251926;REFB=-0.0239313;REVB=0.0237952;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271526;STB=0.642696;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0203927;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:7:12:6:12:8:12 chr15 91548601 . G A 265.64 PASS AF=0.508772;AO=27;DP=55;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00190355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.752;QD=18.6412;RBI=0.0269033;REFB=0.000302533;REVB=0.0268358;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137136;STB=0.507037;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-4.92988e-05;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:28:27:29:0.508772:16:11:11:17:18:11:11:17 chr15 91795124 . G A 405.67 PASS AF=0.461538;AO=39;DP=88;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00292227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.548;QD=17.8318;RBI=0.0553609;REFB=0.000289209;REVB=0.0552837;RO=49;SAF=11;SAR=28;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318643;STB=0.688413;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00014824;OID=.;OPOS=91795124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:49:49:39:42:0.461538:28:11:29:20:31:11:29:20 chr15 91825027 . C T 256.83 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0236711;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.107;QD=15.8047;RBI=0.0238033;REFB=-0.0181374;REVB=-0.00250502;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384514;STB=0.521724;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0249186;OID=.;OPOS=91825027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:36:29:29:0.446154:18:11:15:21:18:11:15:21 chr15 91827264 . C T 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00600544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.088;QD=14.8587;RBI=0.0104498;REFB=-0.0139134;REVB=-0.0085518;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299508;STB=0.524627;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0159974;OID=.;OPOS=91827264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:13:20:26:19:13:20:26:20 chr15 91836645 . G A 385.58 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00809678;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.549;QD=14.8301;RBI=0.0135501;REFB=-0.00178494;REVB=-0.0108649;RO=59;SAF=19;SAR=25;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129707;STB=0.577559;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00170459;OID=.;OPOS=91836645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:59:60:44:44:0.423077:25:19:33:26:25:19:34:26 chr15 91836683 . T C 1324.72 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.954;QD=60.9068;RBI=0.0411512;REFB=0.00462963;REVB=0.0368068;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=6.60547e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:1:0:44:42:1:0 chr15 92638193 . G A 661.59 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.033628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.433;QD=18.6364;RBI=0.0348841;REFB=-0.0207121;REVB=0.00927641;RO=73;SAF=24;SAR=43;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268063;STB=0.654594;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0245074;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:73:75:67:67:0.471831:43:24:47:26:43:24:49:26 chr15 92647645 . G C 667.66 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.58;QD=62.1075;RBI=0.0361222;REFB=0;REVB=-0.0113784;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51391e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:28:13:0:0:30:13:0:0 chr15 93015427 . G A 347.4 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00441414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5814;QD=17.1557;RBI=0.0227785;REFB=0.0106658;REVB=-0.0223468;RO=44;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918141;STB=0.551317;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0148432;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:16:21:29:15:16:21:29:15 chr15 93198671 . A G 1324.54 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0854301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8467;QD=60.8982;RBI=0.0857457;REFB=-0.00300929;REVB=-0.00734992;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000602953;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:41:45:1:0:41:45:1:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 750.97 PASS AF=0.727273,0.272727;AO=32,13;DP=54;FAO=40,15;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23,3;FSAR=17,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265973,-0.0261775;FXX=0.0677851;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=192.393,150.319;QD=54.6162;RBI=0.0333145,0.0262811;REFB=0,0;REVB=0.0200609,-0.00233032;RO=0;SAF=16,3;SAR=16,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00284338,0.0073143;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.272727:32,13:54:40,15:55:0:23,3:17,12:0:0:99:0:16,3:16,10:0:0 chr15 93447631 . T G 1125.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.801;QD=60.0263;RBI=0.0354377;REFB=0;REVB=0.00564558;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29059e-05;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:75:0:0:67:75:1:25:42:0:0:27:48:0:0 chr15 93510603 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.258;QD=63.1954;RBI=0.035884;REFB=0;REVB=0.0161968;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69934e-05;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr15 93521604 . A G 1161.17 PASS AF=0.951807;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0240187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.089;QD=55.9601;RBI=0.02598;REFB=-0.00502759;REVB=-0.00990248;RO=4;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524907;STB=0.52702;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=8.20444e-05;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:83:4:4:78:79:0.951807:34:44:0:4:35:44:0:4 chr15 93536197 . C T 239.98 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0371133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.809;QD=16.5504;RBI=0.0501125;REFB=-0.0288498;REVB=-0.0336729;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948121;STB=0.568074;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0346656;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:31:27:27:0.465517:14:13:11:18:14:13:11:20 chr15 93567864 . A C 355.36 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=53;FWDB=0.0336263;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.866;QD=13.9358;RBI=0.0359172;REFB=-0.0164515;REVB=-0.0126222;RO=61;SAF=9;SAR=32;SRF=8;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151021;STB=0.584379;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0219902;OID=.;OPOS=93567864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:32:9:8:53:32:9:8:53 chr15 93568466 . A AGGG 65.79 PASS AF=0.342857;AO=8;DP=37;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.000426347;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=33.657;QD=7.51829;RBI=0.115097;REFB=0.0128258;REVB=0.115097;RO=24;SAF=8;SAR=0;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687607;STB=0.694328;STBP=0.25;TYPE=ins;VARB=-0.0274696;OID=.;OPOS=93568467;OREF=-;OALT=GGG;OMAPALT=AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:8:37:12:35:23:11:1:18:5:65:24:8:0:18:6 chr15 93570241 . T C 2529.67 PASS AF=0.971098;AO=168;DP=173;FAO=168;FDP=173;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=104;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00109226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.208;QD=58.4896;RBI=0.0101964;REFB=-0.111215;REVB=0.0101377;RO=1;SAF=64;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737804;STB=0.518795;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000307205;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:173:173:1:5:168:168:0.971098:104:64:1:0:104:64:5:0 chr15 93586633 . G A 1714.03 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282267;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2398;QD=60.6735;RBI=0.030555;REFB=0;REVB=0.0116986;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061738;OID=.;OPOS=93586633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:45:67:0:0:45:68:0:0 chr15 93588289 . G A 286.32 PASS AF=1;AO=15;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047294;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=117.283;QD=52.0573;RBI=0.0822922;REFB=0;REVB=0.0673445;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222403;OID=.;OPOS=93588289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:1:0:15:22:1:4:11:1:0:6:16:0:0 chr15 93588336 . A C 1011.77 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637456;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.218;QD=59.5157;RBI=0.0116279;REFB=0;REVB=0.00972481;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125983;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr15 93609460 . A T 1976.95 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126395;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.231;QD=61.3008;RBI=0.0569205;REFB=-0.145258;REVB=-0.0554994;RO=1;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748343;STB=0.503936;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000321125;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:129:1:1:128:128:0.992248:63:65:0:1:63:65:0:1 chr15 93616933 . C G 755.35 PASS AF=0.5;AO=76;DP=157;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0118384;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.747;QD=19.1227;RBI=0.0338126;REFB=0.000743756;REVB=0.0316725;RO=79;SAF=37;SAR=39;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640568;STB=0.538008;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-1.10661e-06;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:79:79:76:79:0.5:39:37:33:46:40:39:33:46 chr15 93616975 . A G 467.78 PASS AF=0.494624;AO=44;DP=91;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=-0.0469205;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.963;QD=20.1195;RBI=0.0469627;REFB=0.000297694;REVB=-0.0019917;RO=44;SAF=14;SAR=30;SRF=6;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206978;STB=0.585361;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000365667;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:44:47:44:46:0.494624:30:14:6:38:32:14:8:39 chr15 93632123 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9937;QD=40.7587;RBI=0.0395599;REFB=0;REVB=-0.0295592;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241744;OID=.;OPOS=93632123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr15 93750256 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.264;QD=60.6096;RBI=0.0385537;REFB=0;REVB=0.0308223;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188875;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr15 94304132 . C T 213.77 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=6;FWDB=-0.0104507;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0358;QD=11.2509;RBI=0.0132527;REFB=-0.0094111;REVB=0.00814962;RO=49;SAF=18;SAR=8;SRF=43;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282292;STB=0.650828;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0232298;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:49:26:27:0.355263:8:18:43:6:8:19:43:6 chr15 94304189 . T C 457.21 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0166948;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.079;QD=20.3206;RBI=0.0275024;REFB=-0.0438012;REVB=-0.0218556;RO=44;SAF=27;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0641256;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:44:45:45:45:0.5:18:27:26:18:18:27:27:18 chr15 94841691 . G A 416.34 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=54;FWDB=-0.0522176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.347;QD=16.1684;RBI=0.0535693;REFB=-0.0118284;REVB=0.0119578;RO=57;SAF=6;SAR=40;SRF=3;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201134;STB=0.61035;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0223369;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:40:6:3:54:40:6:3:54 chr15 94884108 . G C 736.11 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0229336;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5409;QD=18.4026;RBI=0.0259959;REFB=-0.00592855;REVB=-0.0122409;RO=83;SAF=43;SAR=34;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128063;STB=0.570717;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0085891;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:83:83:77:77:0.48125:34:43:35:48:34:43:35:48 chr15 94945704 . A G 458.19 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0266563;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9949;QD=21.0662;RBI=0.0351048;REFB=-0.0124739;REVB=0.0228427;RO=41;SAF=28;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134049;STB=0.572294;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0178945;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:42:44:45:0.517241:16:28:20:21:17:28:20:22 chr15 94945719 . G T 1514.19 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254411;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.613;QD=63.7555;RBI=0.00578114;REFB=0;REVB=0.00519125;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33392e-06;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr15 97896933 . A C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=8.03126e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.135;QD=17.4231;RBI=0.01072;REFB=2.57427e-05;REVB=0.0107197;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524063;STB=0.529393;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-1.1743e-06;OID=.;OPOS=97896933;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:19:12:15:19:19:12:15:19 chr15 98015489 . A G 960.97 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.078298;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.726;QD=57.3714;RBI=0.0784958;REFB=-0.10673;REVB=-0.00556924;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00124014;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:1:0:38:28:1:0 chr15 98301844 . GC G,GG,GT 711.75 PASS AF=0,0.0740741,0.907407;AO=8,3,39;DP=53;FAO=0,4,49;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=0,4,37;FSAR=0,0,12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000609623,0.00156457,-0.00294857;FXX=0.0181785;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=101.173,88.7129,112.954;QD=52.7219;RBI=0.0460624,0.0580545,0.112255;REFB=-0.127125,-0.128561,-0.153437;REVB=0.0460584,0.0580334,0.112216;RO=1;SAF=2,3,36;SAR=6,0,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0679981,0.727144,0.132947;STB=0.5,0.995941,0.519992;STBP=1,0.099,0.158;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,-0.0107732,0.00480014;OID=.,.,.;OPOS=98301845,98301845,98301845;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=G,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0740741,0.907407:8,3,39:53:0,4,49:54:1:0,4,37:0,0,12:0:1:17:1:2,3,36:6,0,3:0:1 chr15 98513845 . T C 1588.64 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.455;QD=64.1876;RBI=0.0435533;REFB=0;REVB=0.0308972;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96977e-05;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:46:52:0:0:46:53:0:0 chr15 98995081 . A G 1820.54 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.727;QD=61.1947;RBI=0.0559161;REFB=0;REVB=0.0535437;RO=0;SAF=78;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62019e-05;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:119:0:0:113:119:1:35:78:0:0:35:84:0:0 chr15 99023968 . T G 379.74 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00556869;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.16;QD=19.7265;RBI=0.00688466;REFB=-0.0198952;REVB=-0.00404823;RO=38;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989422;STB=0.505492;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0162672;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:16:23:22:16:16:23:22:16 chr15 99478225 . G A 279.96 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.00165972;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.154;QD=11.0874;RBI=0.0145366;REFB=-0.0180439;REVB=-0.0144415;RO=68;SAF=15;SAR=20;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229485;STB=0.623886;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0333661;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:68:66:35:35:0.346535:20:15:43:25:20:15:41:25 chr15 99503199 . GGT G 47.18 PASS AF=0.25;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0339672;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=133.208;QD=4.28886;RBI=0.0652774;REFB=-0.013345;REVB=-0.0557437;RO=23;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60491;STB=0.873015;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.066398;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:11:40:11:44:33:10:1:16:17:47:23:10:1:10:13 chr15 99504437 . C T 917.58 PASS AF=0.445946;AO=99;DP=221;FAO=99;FDP=222;FR=.;FRO=123;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=0.0106738;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.605;QD=16.5329;RBI=0.0118769;REFB=0.00635622;REVB=0.00520856;RO=120;SAF=57;SAR=42;SRF=68;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918044;STB=0.503767;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00995437;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:120:123:99:99:0.445946:42:57:68:52:42:57:70:53 chr15 99504671 . C T 390.09 PASS AF=0.410714;AO=43;DP=109;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.000424402;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4974;QD=13.9319;RBI=0.0489224;REFB=-0.00757656;REVB=0.0489206;RO=63;SAF=21;SAR=22;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120561;STB=0.562473;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0109626;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:63:66:43:46:0.410714:22:21:38:25:23:23:40:26 chr15 99507440 . AAT AA,A 99.55 PASS AF=0.333333,0.444444;AO=5,7;DP=25;FAO=9,12;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=4,9;FSAR=5,3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0519066,-0.247288;FXX=0.0357015;HRUN=7,9;LEN=1,2;MLLD=6.81092,10.3782;QD=14.748;RBI=0.0725577,0.265038;REFB=-0.0590756,-0.0214664;REVB=0.0506983,0.0953614;RO=7;SAF=1,6;SAR=4,1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112423,0.52454;STB=0.545355,0.655971;STBP=0.729,0.08;TYPE=del,del;VARB=0.123992,-0.0284196;OID=.,.;OPOS=99507442,99507441;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.444444:5,7:25:9,12:27:6:4,9:5,3:2:4:21:7:1,6:4,1:2:5 chr15 99511793 . C G 515.41 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00528718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.379;QD=17.6209;RBI=0.0163818;REFB=-0.0132693;REVB=-0.0155051;RO=60;SAF=34;SAR=21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129542;STB=0.572764;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0121456;OID=.;OPOS=99511793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:60:62:55:55:0.470085:21:34:29:31:21:34:30:32 chr15 99511804 . A AC 278.55 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=107;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0794261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1578;QD=11.0316;RBI=0.0895362;REFB=-0.0106808;REVB=0.0413307;RO=62;SAF=23;SAR=21;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235892;STB=0.557869;STBP=0.317;TYPE=ins;VARB=0.0174029;OID=.;OPOS=99511805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445545:44:107:45:101:56:24:21:24:32:99:62:23:21:31:31 chr15 99511873 . G A 275.8 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0227452;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.966;QD=24.5155;RBI=0.0267374;REFB=0.00158626;REVB=-0.0140551;RO=19;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172229;STB=0.58842;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00154467;OID=.;OPOS=99511873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:20:25:25:0.555556:19:6:8:11:19:6:8:12 chr15 99653800 . T C 332.31 PASS AF=0.385417;AO=38;DP=97;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0250547;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2906;QD=13.8464;RBI=0.0803114;REFB=-0.00284945;REVB=0.0763032;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556205;STB=0.550844;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00270668;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:59:38:37:0.385417:18:20:27:30:17:20:27:32 chr15 99670989 . T C 315.81 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0353628;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.712;QD=27.4613;RBI=0.0355419;REFB=-0.0558538;REVB=-0.00356422;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806243;STB=0.558781;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0260176;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:18:27:28:0.608696:17:10:9:10:18:10:9:9 chr15 99671760 . T C 733.14 PASS AF=0.5;AO=70;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0104377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.528;QD=20.3651;RBI=0.0620072;REFB=-0.00620989;REVB=-0.0611224;RO=72;SAF=34;SAR=36;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636525;STB=0.541655;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00607232;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:72:70:72:0.5:36:34:30:42:36:36:30:42 chr15 99672722 . A G 241.94 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-8.18519e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.264;QD=21.9949;RBI=0.0299136;REFB=-0.0284822;REVB=0.0299135;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161987;STB=0.587551;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0263332;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:22:23:0.522727:14:8:11:9:15:8:11:10 chr15 99715352 . A G 1030.01 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00880263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.822;QD=58.0288;RBI=0.0343851;REFB=-7.33041e-05;REVB=-0.0332392;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00016145;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:39:31:1:0:39:31:1:0 chr15 100230790 . A G 194.93 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0324656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.544;QD=20.519;RBI=0.0349108;REFB=-0.0256082;REVB=0.0128355;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804767;STB=0.552579;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.023885;OID=.;OPOS=100230790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:18:20:0.526316:10:8:6:11:10:10:7:11 chr15 100246936 . T C 1130.32 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.051;QD=60.2836;RBI=0.0236552;REFB=0;REVB=0.0233357;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06413e-05;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr15 100246942 . G A 1294.12 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.116;QD=61.6246;RBI=0.0079538;REFB=0;REVB=-0.00586804;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48907e-06;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:43:39:0:0:43:41:0:0 chr15 100257596 . T G 251.49 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00710067;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8233;QD=14.5792;RBI=0.0105219;REFB=-0.0163947;REVB=0.00776478;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102264;STB=0.550572;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.018913;OID=.;OPOS=100257596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:41:40:29:29:0.42029:12:17:20:21:12:17:20:20 chr15 100269796 . A G 618.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.974;QD=60.3381;RBI=0.0168431;REFB=0;REVB=0.00537625;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190513;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:19:22:0:0 chr15 100332743 . A G 129.24 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0226629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.21;QD=21.5401;RBI=0.0347446;REFB=-0.0404371;REVB=-0.0263359;RO=10;SAF=13;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379168;STB=0.721809;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0448976;OID=.;OPOS=100332743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:1:13:7:3:1:13:7:3 chr15 100332877 . T C 43.78 PASS AF=0.269231;AO=5;DP=24;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00345382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.961;QD=6.73607;RBI=0.0364088;REFB=-0.0213979;REVB=-0.0362447;RO=19;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321749;STB=0.772481;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0577975;OID=.;OPOS=100332877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:26:19:19:5:7:0.269231:2:3:6:13:2:5:6:13 chr15 100333075 . C T 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0076468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.626;QD=12.7323;RBI=0.0177229;REFB=-0.00902501;REVB=0.0159883;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141412;STB=0.571253;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00884922;OID=.;OPOS=100333075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:8:1:2:9:8:1:2:10 chr15 100512047 . A G 110.36 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0641588;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.006;QD=13.3765;RBI=0.0654952;REFB=-0.0118735;REVB=0.0131632;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.553406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0104941;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:7:6:10:9:7:6:11:9 chr15 100512079 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0251011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.423;QD=19.6459;RBI=0.0301834;REFB=-0.0246957;REVB=-0.0167621;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0149377;OID=.;OPOS=100512079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:4:4:6:5:4:4 chr15 100513117 . G A 291.51 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0117753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.976;QD=19.4342;RBI=0.0225311;REFB=-0.0303115;REVB=-0.0192092;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871137;STB=0.548356;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0308289;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:29:31:31:0.516667:14:17:12:15:14:17:13:16 chr15 100514417 . CC TG 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00500482;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=198.496;QD=17.2001;RBI=0.0112211;REFB=0.000893762;REVB=0.0100432;RO=56;SAF=19;SAR=30;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209669;STB=0.61671;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=-0.000715563;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:30:19:34:22:30:19:34:22 chr15 100514614 . T C 287.21 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00622413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.208;QD=19.147;RBI=0.00690342;REFB=-0.0312871;REVB=-0.00298622;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417262;STB=0.519987;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0304403;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:26:29:30:31:0.516667:13:17:16:10:13:18:18:11 chr15 100672237 . T G 592.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.046;QD=60.7969;RBI=0.023996;REFB=0;REVB=0.0207647;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04565e-05;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr15 100794363 . C T 763.38 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0306514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9633;QD=51.7548;RBI=0.0527215;REFB=-0.0332237;REVB=-0.0428957;RO=3;SAF=26;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194452;STB=0.510324;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0115847;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:30:26:2:1:30:26:2:1 chr15 100801698 . G A 330.17 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0162142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.524;QD=15.0075;RBI=0.02566;REFB=-0.000809558;REVB=-0.019888;RO=50;SAF=31;SAR=5;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356533;STB=0.684096;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00167346;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:36:37:0.420455:5:31:31:19:6:31:31:20 chr15 100821467 . G A 822.81 PASS AF=0.409639;AO=89;DP=247;FAO=102;FDP=249;FR=.;FRO=147;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=97;FSRR=50;FWDB=-0.0404904;FXX=0.0119043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.296;QD=13.2178;RBI=0.0573783;REFB=-0.0492349;REVB=0.0406547;RO=100;SAF=49;SAR=40;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101997;STB=0.550052;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0736852;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:249:100:147:89:102:0.409639:40:49:54:46:43:59:97:50 chr15 100821576 . G A 771.4 PASS AF=0.561538;AO=69;DP=126;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0086766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.773;QD=23.7354;RBI=0.0122053;REFB=-0.0308784;REVB=0.008584;RO=44;SAF=27;SAR=42;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965468;STB=0.501618;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0166937;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:44:57:69:73:0.561538:42:27:23:21:42:31:24:33 chr15 100942962 . T C 604.66 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.365;QD=60.4658;RBI=0.0497898;REFB=0;REVB=0.0257911;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160576;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:19:18:0:0:21:19:0:0 chr15 101041896 . T C 1133.47 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.976;QD=60.4519;RBI=0.0420414;REFB=0;REVB=0.0419196;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197455;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:25:49:0:0:26:49:0:0 chr15 101109818 . G A 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0101162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.993;QD=14.6634;RBI=0.0107499;REFB=-0.00913089;REVB=0.00363636;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385756;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0106674;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:12:9:7:8:12:9 chr15 101110096 . T C 447.57 PASS AF=0.413223;AO=46;DP=119;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0341366;FXX=0.0319974;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.868;QD=14.7956;RBI=0.039338;REFB=-0.00183792;REVB=0.0195491;RO=70;SAF=21;SAR=25;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464716;STB=0.543308;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00432206;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:70:71:46:50:0.413223:25:21:35:35:29:21:35:36 chr15 101113862 . C T 3308.39 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978348;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.69;QD=62.1294;RBI=0.0297985;REFB=0;REVB=0.0281466;RO=0;SAF=140;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61723e-05;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:213:0:0:211:213:1:71:140:0:0:73:140:0:0 chr15 101324497 . A T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0515846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8714;QD=17.3211;RBI=0.0570729;REFB=0.00660063;REVB=0.0244202;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102873;STB=0.558751;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00508974;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:11:7:8:8:11:7 chr15 101421673 . G A 378.09 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.00798391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.609;QD=18.9043;RBI=0.0389273;REFB=-0.0250936;REVB=-0.0380998;RO=41;SAF=21;SAR=18;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290322;STB=0.660302;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.023535;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:18:21:9:32:18:21:9:32 chr15 101562793 . G A 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0280742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.616;QD=26.3145;RBI=0.0286437;REFB=-0.00299658;REVB=0.00568353;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306391;STB=0.668972;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00199746;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:2:12:9:13:2:12 chr15 101565121 . G A 417.52 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0011046;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.858;QD=15.4636;RBI=0.0718723;REFB=-0.0129856;REVB=0.0718638;RO=60;SAF=24;SAR=23;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106472;STB=0.510634;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0176275;OID=.;OPOS=101565121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:61:47:47:0.435185:23:24:30:30:23:24:30:31 chr15 101591923 . A G 972.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.244;QD=58.9485;RBI=0.0452231;REFB=0;REVB=0.044843;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06933e-05;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr15 101595257 . G A 1493.42 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.357;QD=59.1455;RBI=0.0398228;REFB=0;REVB=0.0121296;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128061;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:41:58:0:0:42:59:0:0 chr15 101606261 . C T 170.33 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0739017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.946;QD=34.0664;RBI=0.0871584;REFB=-0.0670682;REVB=0.0462073;RO=3;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693073;STB=0.514688;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0035139;OID=.;OPOS=101606261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:20:20:3:4:16:16:0.8:11:5:1:2:11:5:1:3 chr15 101607450 . T C 850.73 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.148;QD=57.6769;RBI=0.0351233;REFB=0;REVB=-0.025682;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122588;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:33:26:0:0 chr15 101607535 . C G 166.91 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0298897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1005;QD=12.139;RBI=0.0321197;REFB=-0.0206656;REVB=0.0117591;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211379;STB=0.632531;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0358838;OID=.;OPOS=101607535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:34:20:21:0.381818:9:11:12:22:9:12:12:22 chr15 101716224 . CAT C 149.52 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00753947;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.4;QD=12.2055;RBI=0.0134419;REFB=-0.00744867;REVB=0.0111284;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162068;STB=0.529378;STBP=0.796;TYPE=del;VARB=0.0120994;OID=.;OPOS=101716225;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346939:16:49:17:49:32:11:6:22:10:99:30:11:5:21:9 chr15 101716287 . TAAG T 88.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00657746;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=174.164;QD=10.375;RBI=0.00885761;REFB=-0.00157103;REVB=-0.00593247;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269144;STB=0.655527;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.00336424;OID=.;OPOS=101716288;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:14:36:14:34:20:6:8:14:6:88:20:6:8:14:6 chr15 101717680 . G T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.072;QD=63.0525;RBI=0.0183535;REFB=0;REVB=0.0175693;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41761e-05;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:35:56:0:0:35:56:0:0 chr15 101718106 . G A 246.21 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00819444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6462;QD=20.0985;RBI=0.0108324;REFB=-0.00725353;REVB=-0.00708462;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191387;STB=0.593143;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00618765;OID=.;OPOS=101718106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:25:23:24:0.489796:13:10:15:8:14:10:15:10 chr15 101718529 . T C 990.95 PASS AF=0.606897;AO=87;DP=145;FAO=88;FDP=145;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0180557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.477;QD=27.3365;RBI=0.0189145;REFB=-0.0324832;REVB=-0.0056348;RO=57;SAF=43;SAR=44;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105975;STB=0.503447;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0209763;OID=.;OPOS=101718529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:57:57:87:88:0.606897:44:43:29:28:44:44:29:28 chr15 101775569 . T C 235.63 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0218339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.639;QD=18.8505;RBI=0.0364294;REFB=-0.0110816;REVB=0.0291613;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177218;STB=0.608601;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0136084;OID=.;OPOS=101775569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:13:9:16:11:14:9:16:11 chr15 101827855 . C T 477.38 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0163153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.117;QD=18.0142;RBI=0.0193886;REFB=-0.00592374;REVB=-0.0104752;RO=55;SAF=31;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729919;STB=0.544453;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0074855;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:55:50:51:0.481132:19:31:30:25:19:32:30:25 chr15 101910550 . G A 1423.03 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.906;QD=62.5508;RBI=0.0312145;REFB=0;REVB=0.00427042;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17899e-05;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:91:0:0:86:91:1:33:53:0:0:37:54:0:0 chr15 102192548 . A C 239.45 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.66;QD=50.4111;RBI=0.0763573;REFB=0;REVB=-0.0202872;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345079;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:7:8:0:0:8:11:0:0 chr15 102223771 . G A,C 1722.43 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=109,6;DP=116;FAO=110,6;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65,0;FSAR=45,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0807932,-0.00505308;FXX=0.00854628;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.2856,22.7055;QD=59.3941;RBI=0.0818108,0.0770075;REFB=0,0;REVB=0.012863,-0.0768416;RO=0;SAF=64,0;SAR=45,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.64032e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00344072,0.200013;OID=.,.;OPOS=102223771,102223771;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:116:116:0:0:109,6:110,6:0.948276,0.0517241:45,6:64,0:0:0:45,6:65,0:0:0 chr15 102224341 . G A 1507.24 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00974295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.337;QD=58.5336;RBI=0.0110024;REFB=-0.0561388;REVB=-0.00511154;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00023483;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:39:63:0:0:39:63:0:1 chr15 102516350 . G A 35.76 PASS AF=0.102564;AO=9;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0634299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.819;QD=1.8341;RBI=0.072172;REFB=-0.00570764;REVB=0.0344302;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143408;STB=0.671461;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0545339;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:78:78:69:70:9:8:0.102564:4:5:30:39:3:5:30:40 chr16 103517 . A C 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.472;QD=61.6946;RBI=0.0185343;REFB=0;REVB=-0.0168558;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62961e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr16 108585 . T C 235.51 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0111687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.172;QD=15.7003;RBI=0.0178413;REFB=-0.0181214;REVB=-0.013913;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255395;STB=0.518973;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0225583;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:33:26:27:0.45:9:17:17:8:9:18:23:10 chr16 113042 . G A 250.34 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0531627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.805;QD=20.027;RBI=0.0549428;REFB=-0.0217675;REVB=-0.0138723;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153553;STB=0.586661;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0250406;OID=.;OPOS=113042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:14:12:15:9:14:12 chr16 113883 . G GCC 460.93 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054952;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=48.8292;QD=47.2752;RBI=0.0619162;REFB=0;REVB=0.0285288;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00018438;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:41:39:39:0:23:16:0:0:8:1:23:15:1:0 chr16 113886 . GC G 383.94 PASS AF=1;AO=36;DP=44;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096883;FXX=0.0908884;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.1439;QD=38.3939;RBI=0.204381;REFB=0;REVB=0.179959;RO=3;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103552;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00995573;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:44:40:40:0:24:16:0:0:7:3:24:12:0:3 chr16 310601 . C T 286.17 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0767313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.917;QD=18.1692;RBI=0.083151;REFB=-0.0178096;REVB=0.0320374;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456629;STB=0.525531;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0188479;OID=.;OPOS=310601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:17:15:13:18:17:15 chr16 322934 . C T 483.12 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.877;QD=58.5605;RBI=0.102855;REFB=0;REVB=0.00515034;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354195;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr16 324052 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000626524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.806;QD=40.763;RBI=0.00653258;REFB=0;REVB=0.00650247;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23911e-05;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr16 336660 . G A 417.85 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00547424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.377;QD=53.9161;RBI=0.0256171;REFB=-0.0495782;REVB=0.0250254;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.512187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00341217;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:10:20:1:0:10:20:1:0 chr16 419092 . A G 236.49 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0267901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.718;QD=13.5137;RBI=0.0295923;REFB=0.00754246;REVB=0.0125696;RO=42;SAF=20;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217481;STB=0.624906;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.011162;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:8:20:22:20:8:20:22:20 chr16 449345 . G C 469.38 PASS AF=0.611111;AO=43;DP=71;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0179024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1658;QD=26.0768;RBI=0.0337499;REFB=-0.0355352;REVB=0.0286105;RO=28;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336212;STB=0.522011;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0205649;OID=.;OPOS=449345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:28:28:43:44:0.611111:18:25:15:13:18:26:15:13 chr16 449659 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0209235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.221;QD=18.0506;RBI=0.0215607;REFB=0.0250893;REVB=-0.00520272;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505321;STB=0.52935;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00406336;OID=.;OPOS=449659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:1:9:7:1:1:9:7:1 chr16 450165 . T C 62.64 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0805648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5315;QD=8.08219;RBI=0.103097;REFB=-0.0343685;REVB=-0.0643303;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197645;STB=0.624698;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0713557;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:7:2:8:14:7:2:8:14 chr16 450309 . C T 46.34 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0254277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.542;QD=13.2404;RBI=0.0284193;REFB=-0.083185;REVB=0.0126921;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0169795;OID=.;OPOS=450309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:13:14:7:7:6:7:0.5:4:2:2:5:4:3:2:5 chr16 456416 . T G 306.56 PASS AF=0.542373;AO=30;DP=56;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00801303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.924;QD=20.7838;RBI=0.0472048;REFB=-0.0145355;REVB=0.0465198;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113167;STB=0.564065;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0178228;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:26:27:30:32:0.542373:9:21:21:5:11:21:21:6 chr16 547297 . T C 307.2 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00296575;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.305;QD=20.4802;RBI=0.0168532;REFB=0.000362158;REVB=0.0165902;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05093;STB=0.521263;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=1.48455e-05;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:17:14:11:17:18:14:11:17 chr16 570557 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.134;QD=60.6103;RBI=0.0237574;REFB=0;REVB=0.0142784;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7951e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr16 601632 . T C 2138.84 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1596;QD=62.9072;RBI=0.0179762;REFB=0;REVB=0.0160119;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64408e-05;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:73:63:0:0:73:63:0:0 chr16 602313 . C A 404.16 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470161;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.498;QD=53.8875;RBI=0.0593462;REFB=-0.065604;REVB=-0.036214;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00855671;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:0:1:13:16:0:1 chr16 603471 . A G 224.04 PASS AF=0.380282;AO=20;DP=73;FAO=27;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.05342;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.903;QD=12.622;RBI=0.0543431;REFB=-0.00781103;REVB=0.00997385;RO=28;SAF=2;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384491;STB=0.661203;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00424971;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:28:44:20:27:0.380282:18:2:9:19:23:4:14:30 chr16 615169 . A AC,C 33.83 PASS AF=0.222222,0;AO=7,3;DP=46;FAO=10,0;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0249465,-0.00193378;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=13.0434,276.686;QD=3.00679;RBI=0.0471447,0.0131758;REFB=-0.0487605,2.15076e-05;REVB=-0.0400037,-0.0130332;RO=33;SAF=2,2;SAR=5,1;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247774,0.184396;STB=0.511089,0.5;STBP=0.94,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.108214,0;OID=.,.;OPOS=615170,615169;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:46:45:33:35:7,3:10,0:0.222222,0:5,1:2,2:16:17:5,0:5,0:17:18 chr16 622565 . A G 964.22 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7548;QD=56.7186;RBI=0.0601945;REFB=-0.153076;REVB=-0.0300524;RO=2;SAF=55;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168704;STB=0.504347;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00211445;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:2:1:65:67:0.985294:10:55:2:0:10:57:1:0 chr16 624713 . C T 1026.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.634;QD=59.4902;RBI=0.0353656;REFB=0;REVB=0.0248631;RO=0;SAF=11;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06321e-05;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:58:11:0:0:58:11:0:0 chr16 632073 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.444;QD=56.9998;RBI=0.0181079;REFB=0;REVB=-0.00110159;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62573e-05;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr16 632115 . G A 968.72 PASS AF=1;AO=53;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.179;QD=58.7103;RBI=0.0631316;REFB=0;REVB=0.0515047;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729746;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:1:0:53:66:1:21:32:1:0:27:39:0:0 chr16 632138 . C T 905.67 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222814;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.198;QD=58.4304;RBI=0.0483445;REFB=0;REVB=0.0429037;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186331;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:33:29:0:0 chr16 632180 . G C 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.838;QD=59.6765;RBI=0.0325478;REFB=0;REVB=-0.00562506;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99453e-05;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr16 632198 . TG AC,AG,CG,GG 917.35 PASS AF=0.0151515,0.909091,0.030303,0.0454545;AO=4,50,4,4;DP=63;FAO=1,60,2,3;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22,2,0;FSAR=0,38,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122397,0.0334278,-0.0436049,-0.019371;FXX=0.0294074;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=96.8434,90.1054,69.6494,111.826;QD=55.5972;RBI=0.0124151,0.0341423,0.051849,0.0277238;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00207945,0.00694831,-0.0280523,-0.0198337;RO=0;SAF=4,13,3,1;SAR=0,37,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,5.32377e-08,4.86674e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp,snp;VARB=0.066814,0.00115961,0.080674,0.0211335;OID=.,.,.,.;OPOS=632198,632198,632198,632198;OREF=TG,T,T,T;OALT=AC,A,C,G;OMAPALT=AC,AG,CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:11:63:66:0:0:4,50,4,4:1,60,2,3:0.0151515,0.909091,0.030303,0.0454545:0,37,1,3:4,13,3,1:0:0:0,38,0,3:1,22,2,0:0:0 chr16 632225 . T C 727.26 PASS AF=1;AO=43;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7019;QD=61.8947;RBI=0.133207;REFB=0;REVB=0.0313392;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016849;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:43:47:1:34:9:0:0:35:12:0:0 chr16 632230 . CG C,CC 649.16 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=34,7;DP=41;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531261,0.0169001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=272.057,257.917;QD=60.3868;RBI=0.0531304,0.0173175;REFB=0,0;REVB=-0.000675544,-0.00377927;RO=0;SAF=6,3;SAR=28,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.73777e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00100302,-0.019227;OID=.,.;OPOS=632231,632231;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.976744,0.0232558:34,7:41:42,1:43:0:10,0:32,1:0:0:8:0:6,3:28,4:0:0 chr16 632233 . T C 600.85 PASS AF=0.953488;AO=38;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0490225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5604;QD=55.8927;RBI=0.0578884;REFB=0.0393688;REVB=-0.0307874;RO=5;SAF=7;SAR=31;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135466;STB=0.515617;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0209675;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:5:2:38:41:0.953488:31:7:3:2:31:10:0:2 chr16 633125 . T C 2952.31 PASS AF=1;AO=185;DP=188;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.213;QD=61.5064;RBI=0.0662807;REFB=-0.083125;REVB=0.0631518;RO=2;SAF=101;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421003;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:188:192:2:0:185:192:1:84:101:0:2:90:102:0:0 chr16 633353 . TG CA 2512.94 PASS AF=1;AO=161;DP=164;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377224;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.691;QD=61.6671;RBI=0.0383091;REFB=0;REVB=-0.00667927;RO=0;SAF=78;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.40892e-05;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:163:0:0:161:163:1:83:78:0:0:84:79:0:0 chr16 633764 . G A 1506.7 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0117822;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.243;QD=55.8036;RBI=0.012191;REFB=0.0120896;REVB=0.00313038;RO=4;SAF=25;SAR=79;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234199;STB=0.512343;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00104306;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:108:4:4:104:104:0.962963:79:25:0:4:79:25:0:4 chr16 678843 . C T 2225.52 PASS AF=0.974194;AO=149;DP=153;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.144671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.193;QD=57.4329;RBI=0.146617;REFB=-0.16577;REVB=0.0238107;RO=3;SAF=79;SAR=70;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514175;STB=0.500772;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00155357;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:153:155:3:4:149:151:0.974194:70:79:2:1:71:80:2:2 chr16 679814 . T C 2193.79 PASS AF=0.986014;AO=138;DP=141;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00673049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4164;QD=61.3646;RBI=0.00854813;REFB=-0.178891;REVB=-0.00526983;RO=3;SAF=61;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919639;STB=0.507811;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00288614;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:143:3:2:138:141:0.986014:77:61:2:1:78:63:2:0 chr16 681280 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.081;QD=53.2771;RBI=0.0567536;REFB=0;REVB=-0.0375872;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02199e-05;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:5:17:0:0:5:18:0:0 chr16 701656 . C T 946.89 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00170378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.337;QD=55.6995;RBI=0.00840026;REFB=0.0250998;REVB=0.00822566;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430369;STB=0.502278;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000175286;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:28:38:1:1:28:38:1:1 chr16 705360 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.771;QD=51.1835;RBI=0.0122922;REFB=0;REVB=0.00664206;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62482e-05;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr16 705844 . T C 576.61 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0536396;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5245;QD=56.2542;RBI=0.0583844;REFB=-0.0118802;REVB=-0.0230549;RO=3;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440361;STB=0.507439;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0072357;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:3:2:39:39:0.95122:25:14:2:1:25:14:1:1 chr16 705920 . G C 724.68 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1006;QD=63.0158;RBI=0.0155427;REFB=0;REVB=-0.0146264;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39434e-05;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr16 706010 . C CA 232.42 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3917;QD=46.4848;RBI=0.0156929;REFB=0;REVB=-0.00404314;RO=4;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0018878;OID=.;OPOS=706011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:21:20:20:0:8:12:0:0:4:4:8:9:0:4 chr16 708275 . C A 1903.96 PASS AF=0.992126;AO=121;DP=122;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0867604;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0338;QD=59.9671;RBI=0.114596;REFB=-0.0140064;REVB=0.074865;RO=1;SAF=55;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085588;STB=0.504347;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00134642;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:127:1:1:121:126:0.992126:66:55:1:0:69:57:1:0 chr16 709001 . C A 403.63 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.081378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.175;QD=48.9247;RBI=0.0832085;REFB=-0.15056;REVB=0.0173577;RO=2;SAF=22;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.531894;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0029025;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:2:3:30:30:0.909091:8:22:2:0:8:22:3:0 chr16 711712 . C T 2441.87 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.408;QD=60.6675;RBI=0.141468;REFB=-0.0556283;REVB=0.101103;RO=1;SAF=92;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463881;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:161:161:1:0:160:161:1:68:92:1:0:68:93:0:0 chr16 711905 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.993;QD=58.0604;RBI=0.00578096;REFB=0;REVB=-0.00553043;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04712e-05;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr16 712867 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.464;QD=56.937;RBI=0.0269311;REFB=0;REVB=0.0112428;RO=1;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26015e-05;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:17:35:0:1:18:35:0:0 chr16 715990 . G A,C 1347.59 PASS AF=0.88764,0.11236;AO=79,10;DP=89;FAO=79,10;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=26,9;FSAR=53,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102954,0.00668638;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.0989,211.836;QD=60.5657;RBI=0.108365,0.0142274;REFB=0,0;REVB=0.107875,-0.0125583;RO=0;SAF=26,9;SAR=53,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.77523e-08,3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000862747,0.127658;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:89:89:0:0:79,10:79,10:0.88764,0.11236:53,1:26,9:0:0:53,1:26,9:0:0 chr16 717523 . G T 868.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.759;QD=57.877;RBI=0.0436709;REFB=0;REVB=0.0418351;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57454e-05;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:26:34:0:0 chr16 720986 . G A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.049;QD=56.4877;RBI=0.0389453;REFB=-0.0932303;REVB=0.0257254;RO=1;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000805099;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:10:25:0:1:10:25:0:1 chr16 722331 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.457;QD=62.0187;RBI=0.0471826;REFB=0;REVB=0.01952;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131067;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr16 722548 . AC CG,GC 552.05 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,34;DP=36;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225283,0.0185911;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.064,127.225;QD=58.1107;RBI=0.0225824,0.018609;REFB=0,0;REVB=-0.0224698,-0.000814846;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.179723,0.000291475;OID=.,.;OPOS=722548,722548;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:36:38:0:0:2,34:2,36:0.0526316,0.947368:2,21:0,13:0:0:2,22:0,14:0:0 chr16 735921 . T C 347.39 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.092;QD=53.4441;RBI=0.0623829;REFB=0;REVB=0.0529537;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173448;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr16 740404 . C G 597.48 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227169;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3992;QD=61.2797;RBI=0.0742842;REFB=0;REVB=0.0707255;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146693;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:32:39:1:16:16:0:0:20:19:0:0 chr16 740405 . T G 41.71 PASS AF=0.170732;AO=6;DP=40;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0237959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2145;QD=4.06929;RBI=0.0247716;REFB=-0.0926025;REVB=-0.00688389;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348747;STB=0.53511;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0531083;OID=.;OPOS=740405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:41:34:34:6:7:0.170732:3:3:16:18:4:3:16:18 chr16 746884 . A C 2911.5 PASS AF=0.989474;AO=180;DP=183;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0079239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8618;QD=61.2948;RBI=0.0277066;REFB=0.0207942;REVB=0.0265493;RO=3;SAF=92;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00554921;STB=0.500056;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00034737;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:190:3:2:180:188:0.989474:88:92:1:2:95:93:1:1 chr16 746914 . G A 2627.93 PASS AF=0.977528;AO=173;DP=178;FAO=174;FDP=178;FR=.;FRO=4;FSAF=93;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00977188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.438;QD=59.0546;RBI=0.0121798;REFB=-0.0502752;REVB=0.00727029;RO=4;SAF=93;SAR=80;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919218;STB=0.504869;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00094036;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:178:178:4:4:173:174:0.977528:80:93:3:1:81:93:3:1 chr16 772061 . C T 1169.57 PASS AF=0.834862;AO=89;DP=109;FAO=91;FDP=109;FR=.;FRO=18;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00728425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.299;QD=42.9198;RBI=0.0138328;REFB=-0.010509;REVB=0.0117595;RO=15;SAF=49;SAR=40;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772374;STB=0.533891;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000536044;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:109:109:15:18:89:91:0.834862:40:49:4:11:42:49:6:12 chr16 772062 . G T 38.22 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.0432711;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.8496;QD=1.41545;RBI=0.0436307;REFB=-0.00914589;REVB=-0.00559012;RO=98;SAF=3;SAR=7;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264986;STB=0.707309;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0174909;OID=.;OPOS=772062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:108:98:98:10:10:0.0925926:7:3:52:46:7:3:52:46 chr16 772141 . G C 1478.3 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.656;QD=62.9065;RBI=0.0177645;REFB=0;REVB=0.01764;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85634e-05;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:39:54:0:0:39:55:0:0 chr16 773291 . GCC GC,G,GGC 94.84 PASS AF=0.888889,0,0.0555556;AO=8,3,4;DP=18;FAO=16,0,1;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0,0;FSAR=7,0,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.166887,0.093513,-0.0143577;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=8.12021,8.30903,8.37227;QD=21.0761;RBI=0.195378,0.105076,0.0286525;REFB=0.00413053,0.00147574,-0.0313175;REVB=-0.101594,-0.0479207,-0.0247956;RO=3;SAF=4,1,2;SAR=4,2,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.239249,-0.483116,-0.357477;STB=0.526283,0.5,0.989913;STBP=0.504,1,0.496;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000487988,0.0205899,0.157752;OID=.,.,.;OPOS=773292,773292,773292;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889,0,0.0555556:8,3,4:18:16,0,1:18:1:9,0,0:7,0,1:1:0:5:3:4,1,2:4,2,2:3:0 chr16 773341 . G A 276.52 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0253093;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.072;QD=46.0867;RBI=0.0436237;REFB=-0.0870081;REVB=0.0355312;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921477;STB=0.549954;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0025787;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:24:2:2:22:22:0.916667:9:13:0:2:9:13:0:2 chr16 774692 . A G 1547.09 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1891;QD=59.5036;RBI=0.0402243;REFB=0;REVB=-0.0355301;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221405;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr16 774760 . T C 148.87 PASS AF=0.255319;AO=22;DP=89;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=54;FWDB=0.0367751;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.4594;QD=6.33483;RBI=0.0635753;REFB=-0.045509;REVB=-0.0518596;RO=64;SAF=20;SAR=2;SRF=13;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.754219;STB=0.889305;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.134946;OID=.;OPOS=774760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:64:70:22:24:0.255319:2:20:13:51:4:20:16:54 chr16 778024 . T C 820.21 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0515004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.418;QD=55.6074;RBI=0.0518083;REFB=-0.110648;REVB=0.00563968;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000666587;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:34:24:0:0:34:24:0:1 chr16 778820 . G A 1481.48 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00276201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4987;QD=58.0973;RBI=0.0141655;REFB=-0.0944658;REVB=0.0138937;RO=0;SAF=73;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00306537;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:0:1:100:101:0.990196:27:73:0:0:27:74:1:0 chr16 780575 . C T 1214.61 PASS AF=0.531532;AO=117;DP=221;FAO=118;FDP=222;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=0.011502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3214;QD=21.885;RBI=0.0140816;REFB=0.00354625;REVB=0.00812379;RO=102;SAF=43;SAR=74;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043876;STB=0.504377;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00319287;OID=.;OPOS=780575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:102:104:117:118:0.531532:74:43:37:65:75:43:37:67 chr16 781633 . G A 1117.64 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597805;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.07;QD=58.8232;RBI=0.0862729;REFB=-0.094831;REVB=0.0622038;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183716;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:76:0:0:74:76:1:40:34:0:0:40:36:0:0 chr16 783353 . G A 425.0 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00321396;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.612;QD=15.1787;RBI=0.00956279;REFB=0.00689511;REVB=0.00900652;RO=64;SAF=27;SAR=21;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653089;STB=0.536598;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00794367;OID=.;OPOS=783353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:64:48:48:0.428571:21:27:40:24:21:27:40:24 chr16 784765 . C T 360.7 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4333;QD=53.4375;RBI=0.213503;REFB=0;REVB=-0.0418462;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274361;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr16 813650 . G A 1349.78 PASS AF=0.532258;AO=132;DP=253;FAO=132;FDP=248;FR=.;FRO=116;FSAF=91;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0162265;FXX=0.0236211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3918;QD=21.7707;RBI=0.0223964;REFB=-0.0350939;REVB=0.0154369;RO=97;SAF=91;SAR=41;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164794;STB=0.591836;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0371821;OID=.;OPOS=813650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:248:97:116:132:132:0.532258:41:91:48:49:41:91:59:57 chr16 818559 . A G 86.09 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0216492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.442;QD=12.2985;RBI=0.0302004;REFB=-0.0233444;REVB=-0.0210565;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568094;STB=0.8467;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0374144;OID=.;OPOS=818559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:1:10:8:9:1:10:8:9 chr16 818802 . G A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00539767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.258;QD=21.0078;RBI=0.0149326;REFB=-0.0182494;REVB=0.013923;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.526288;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0093566;OID=.;OPOS=818802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:10:8:9:8:10:9:9:8 chr16 820622 . G A 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0225205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8385;QD=18.7418;RBI=0.13301;REFB=-0.0325353;REVB=0.131089;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0484223;OID=.;OPOS=820622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:7:7:0.636364:3:4:1:2:3:4:1:3 chr16 820888 . T C 652.8 PASS AF=0.430168;AO=57;DP=162;FAO=77;FDP=179;FR=.;FRO=102;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0288872;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.921;QD=14.5878;RBI=0.0313608;REFB=-0.0150241;REVB=-0.0122076;RO=95;SAF=53;SAR=4;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606857;STB=0.589855;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0197727;OID=.;OPOS=820888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:179:95:102:57:77:0.430168:4:53:52:43:23:54:57:45 chr16 820944 . T A 648.72 PASS AF=0.416185;AO=71;DP=176;FAO=72;FDP=173;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.00577485;FXX=0.0280883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5272;QD=14.9993;RBI=0.0124218;REFB=-0.0306198;REVB=-0.0109979;RO=97;SAF=40;SAR=31;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144622;STB=0.583537;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0334997;OID=.;OPOS=820944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:173:97:101:71:72:0.416185:31:40:41:56:31:41:43:58 chr16 835298 . C T 212.67 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00174716;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.212;QD=16.0503;RBI=0.0127438;REFB=-0.00911892;REVB=-0.0126235;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461679;STB=0.53671;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0106703;OID=.;OPOS=835298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:29:24:24:0.45283:10:14:15:13:10:14:15:14 chr16 839084 . A C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0359274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9759;QD=15.3783;RBI=0.132884;REFB=-0.0137352;REVB=-0.127935;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428589;STB=0.524957;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0106144;OID=.;OPOS=839084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:10:4:3:9:10:4 chr16 839262 . A G 2662.13 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6315;QD=61.91;RBI=0.119536;REFB=0;REVB=-0.016143;RO=0;SAF=82;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262307;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:165:172:0:0:165:172:1:83:82:0:0:83:89:0:0 chr16 839996 . T C 90.35 PASS AF=0.26087;AO=11;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0237001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.113;QD=7.85613;RBI=0.0240677;REFB=-0.0233235;REVB=0.00419001;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266149;STB=0.68541;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0173067;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:11:12:0.26087:7:4:20:14:8:4:20:14 chr16 840014 . A C 104.3 PASS AF=0.291667;AO=11;DP=45;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00601624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.185;QD=8.69136;RBI=0.0283873;REFB=-0.0118997;REVB=-0.0277425;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217491;STB=0.642653;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0245125;OID=.;OPOS=840014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:33:34:11:14:0.291667:7:4:18:15:9:5:19:15 chr16 840378 . A G 90.81 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0260054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9284;QD=8.25521;RBI=0.0799869;REFB=-0.0184508;REVB=-0.0756414;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738568;STB=0.545379;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0444065;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:14:18:6:6:14:18 chr16 840409 . T C 103.42 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0231622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.496;QD=10.342;RBI=0.0487944;REFB=-0.015337;REVB=-0.0429465;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268377;STB=0.516104;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0297569;OID=.;OPOS=840409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:11:16:8:5:11:16 chr16 842450 . C T 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0680421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.007;QD=20.2729;RBI=0.0682222;REFB=-0.0198088;REVB=0.00495365;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132543;STB=0.574522;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0196782;OID=.;OPOS=842450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:15:9:12:11:15:9 chr16 846971 . G GC 33.53 PASS AF=0.407407;AO=8;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.230149;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.08785;QD=4.96695;RBI=0.232549;REFB=-0.0402823;REVB=0.0333225;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351886;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=ins;VARB=0.0211424;OID=.;OPOS=846972;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:8:28:11:27:16:6:5:5:11:33:17:5:3:5:12 chr16 847743 . C T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=61;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0201961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.607;QD=13.6198;RBI=0.0310078;REFB=-0.01721;REVB=-0.0235288;RO=35;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298228;STB=0.56997;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0293885;OID=.;OPOS=847743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:35:38:13:26:0.40625:3:10:19:16:16:10:19:19 chr16 855514 . TGGGGCAGCT TGGG,TGGGCAGCT 31.92 PASS AF=0.166667,0.0208333;AO=8,8;DP=49;FAO=8,1;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3,0;FSAR=5,1;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00536325,-0.222516;FXX=0.020404;HRUN=4,4;LEN=6,1;MLLD=283.31,13.4994;QD=2.66014;RBI=0.0128455,0.244701;REFB=-0.0143248,-0.0834257;REVB=-0.0116723,-0.10181;RO=30;SAF=3,5;SAR=5,3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.228093,0.0726847;STB=0.691855,0.992114;STBP=0.24,0.253;TYPE=del,del;VARB=0.0464586,0.10715;OID=.,.;OPOS=855518,855515;OREF=GCAGCT,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGCAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.0208333:8,8:49:8,1:48:39:3,0:5,1:24:15:28:30:3,5:5,3:17:13 chr16 855676 . A G 450.6 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00519732;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.679;QD=17.8457;RBI=0.011016;REFB=-0.0142024;REVB=-0.00971291;RO=53;SAF=24;SAR=24;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623255;STB=0.534639;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0120585;OID=.;OPOS=855676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:53:53:48:48:0.475248:24:24:23:30:24:24:23:30 chr16 855717 . C G 452.38 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0317197;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.613;QD=21.8013;RBI=0.0320781;REFB=0.00160518;REVB=-0.00478177;RO=39;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00844564;STB=0.504661;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.000826613;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:21:23:20:19:21:23:20:19 chr16 863336 . T C 101.55 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0259105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.984;QD=16.9257;RBI=0.0594756;REFB=-0.0325218;REVB=-0.053535;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0515022;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:2:10:10:2:2:10:10:2 chr16 929711 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00483983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.661;QD=19.4668;RBI=0.00808088;REFB=-0.018245;REVB=-0.00647122;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114441;STB=0.564459;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0202131;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:16:8:10:12:16:8 chr16 943317 . C CT 161.02 PASS AF=0.4;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=0.0496527;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.569;QD=8.58769;RBI=0.0496737;REFB=0.0103889;REVB=0.00144706;RO=46;SAF=5;SAR=24;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113357;STB=0.528791;STBP=0.739;TYPE=ins;VARB=-0.0240604;OID=.;OPOS=943318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:29:76:30:75:45:7:23:9:36:99:46:5:24:11:35 chr16 943361 . T C 402.94 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=0.0320431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8646;QD=14.9237;RBI=0.0320583;REFB=-0.0243576;REVB=-0.000986966;RO=62;SAF=8;SAR=38;SRF=14;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858231;STB=0.548534;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.03285;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:38:8:14:48:38:8:14:48 chr16 952432 . G A 476.89 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0261617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.759;QD=24.7733;RBI=0.0290362;REFB=-0.012062;REVB=-0.0125963;RO=31;SAF=34;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260006;STB=0.651183;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00700778;OID=.;OPOS=952432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:32:45:45:0.584416:11:34:14:17:11:34:14:18 chr16 952552 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00399366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.785;QD=16.2716;RBI=0.0120038;REFB=-0.00559135;REVB=0.01132;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312891;STB=0.679762;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00421195;OID=.;OPOS=952552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:6:12:5:10:6:12 chr16 952559 . G T 121.43 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0041948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1795;QD=15.1784;RBI=0.00432083;REFB=-0.0138361;REVB=-0.00103595;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295851;STB=0.670813;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0391097;OID=.;OPOS=952559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:6:12:5:9:6:12 chr16 952569 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0414749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.909;QD=14.6579;RBI=0.0467735;REFB=-0.0101918;REVB=-0.0216239;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379309;STB=0.719671;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00551053;OID=.;OPOS=952569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:5:12:4:9:5:12 chr16 961051 . C T 263.15 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0282201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.604;QD=15.7105;RBI=0.0340402;REFB=-0.00529474;REVB=0.0190358;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112371;STB=0.512492;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0247476;OID=.;OPOS=961051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:37:30:30:0.447761:12:18:22:14:12:18:23:14 chr16 961054 . C T 279.07 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0153752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.451;QD=16.4157;RBI=0.0158386;REFB=-0.0247102;REVB=0.00380343;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890371;STB=0.505007;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0202025;OID=.;OPOS=961054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:12:19:23:14:12:19:23:14 chr16 984113 . C A 226.28 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0286572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.756;QD=18.8568;RBI=0.0292941;REFB=-0.0219548;REVB=-0.00607564;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321358;STB=0.639874;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0425567;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:22:23:0.479167:6:16:10:15:7:16:11:14 chr16 1004554 . C T 397.83 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.017844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.005;QD=23.7511;RBI=0.0194847;REFB=-0.0256473;REVB=0.00782599;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203277;STB=0.516121;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0156245;OID=.;OPOS=1004554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:28:38:39:0.58209:18:20:14:14:18:21:14:14 chr16 1034834 . T C 1324.67 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00778746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1678;QD=60.9044;RBI=0.021163;REFB=-0.0604172;REVB=-0.0196781;RO=1;SAF=55;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853642;STB=0.504503;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000579389;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:30:55:1:0:31:55:1:0 chr16 1115495 . T C 85.55 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0257249;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.841;QD=19.0108;RBI=0.033768;REFB=-0.0132232;REVB=0.0218748;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784731;STB=0.545363;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00695629;OID=.;OPOS=1115495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:20:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:4:4:6:4:4:4 chr16 1116169 . A G 190.34 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=56;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0212407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.171;QD=13.1266;RBI=0.0224108;REFB=-0.032599;REVB=0.00714666;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222312;STB=0.608604;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0339327;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:33:34:22:24:0.413793:8:14:14:19:9:15:15:19 chr16 1116445 . A G 321.35 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.642;QD=53.5576;RBI=0.097225;REFB=0;REVB=0.0947579;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190978;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:19:24:1:8:11:0:0:11:13:0:0 chr16 1129872 . C T 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0206776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.753;QD=18.7432;RBI=0.110024;REFB=-0.00215773;REVB=0.108063;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429216;STB=0.749316;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00536908;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:4:0:5:2:4:0 chr16 1129912 . A G 107.31 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279072;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.569;QD=42.9228;RBI=0.0375061;REFB=0;REVB=0.0250578;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192498;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr16 1131181 . C T 556.5 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0238299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.504;QD=22.7144;RBI=0.0242572;REFB=-0.0168865;REVB=-0.00453316;RO=46;SAF=40;SAR=12;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128994;STB=0.571399;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0202344;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:12:40:30:16:12:40:30:16 chr16 1252369 . C T 226.98 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00417139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.388;QD=15.6537;RBI=0.0212824;REFB=-0.015012;REVB=0.0208696;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814413;STB=0.534456;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0172585;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:25:26:0.448276:12:13:14:18:13:13:14:18 chr16 1254210 . C T 472.01 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=102;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=43;FWDB=0.0317054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.578;QD=18.3306;RBI=0.0317067;REFB=-0.00377326;REVB=-0.000288693;RO=53;SAF=8;SAR=41;SRF=10;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419973;STB=0.507489;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00377197;OID=.;OPOS=1254210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:53:49:50:0.485437:41:8:10:43:41:9:10:43 chr16 1260481 . T C 725.91 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.507;QD=63.1224;RBI=0.0252429;REFB=0;REVB=-0.0245977;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63961e-05;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr16 1261219 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.555;QD=63.6147;RBI=0.0617049;REFB=0;REVB=0.000318985;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139616;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr16 1261222 . A G 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6735;QD=63.614;RBI=0.0370172;REFB=0;REVB=-0.0360101;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018326;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr16 1261282 . T C 1036.09 PASS AF=0.972603;AO=69;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.609;QD=56.7723;RBI=0.0201318;REFB=-0.0430004;REVB=0.0161146;RO=2;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000385837;STB=0.500193;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=9.70405e-05;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:69:71:0.972603:35:34:1:1:35:36:1:1 chr16 1265600 . G A 169.89 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00301758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.612;QD=17.8836;RBI=0.0209318;REFB=-0.0156745;REVB=0.0207131;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271526;STB=0.642696;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0173679;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:7:12:6:12:8:12 chr16 1268494 . C T 184.46 PASS AF=0.809524;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00991759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.491;QD=35.1345;RBI=0.00993418;REFB=-0.0857841;REVB=-0.000573926;RO=3;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143723;STB=0.590807;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0196483;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:21:3:4:16:17:0.809524:8:8:3:0:8:9:4:0 chr16 1269029 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00351971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.68;QD=47.8138;RBI=0.0128883;REFB=0.0130783;REVB=-0.0123984;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000443759;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr16 1270162 . G A 1044.23 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6759;QD=59.6701;RBI=0.0458573;REFB=0;REVB=0.029314;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22589e-05;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:49:21:0:0:49:21:0:0 chr16 1270349 . T C 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.326;QD=45.797;RBI=0.0474776;REFB=0;REVB=0.0209668;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736871;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 1271890 . G T 525.23 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3288;QD=55.2869;RBI=0.200515;REFB=0;REVB=0.189388;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144231;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:35:38:1:17:18:0:0:20:18:0:0 chr16 1272038 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.548;QD=57.679;RBI=0.0297127;REFB=0;REVB=0.028587;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217835;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr16 1272865 . G A 3330.73 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171559;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.456;QD=61.9671;RBI=0.0208345;REFB=0.0402886;REVB=0.0207638;RO=0;SAF=116;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16837e-05;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:215:0:0:213:215:1:97:116:0:0:98:117:0:0 chr16 1278683 . G C 220.35 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0237193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7603;QD=16.0252;RBI=0.0252555;REFB=-0.010599;REVB=0.00867385;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243689;STB=0.636785;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0135608;OID=.;OPOS=1278683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:8:22:12:13:8:22 chr16 1278744 . C T 172.55 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00806505;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.659;QD=17.2546;RBI=0.0595682;REFB=-0.0401084;REVB=0.0590197;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225419;STB=0.628278;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.032787;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:7:15:8:10:7:15 chr16 1278767 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0386022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.435;QD=16.6272;RBI=0.039066;REFB=-0.00488357;REVB=-0.0060022;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954316;STB=0.55483;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00672701;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:5:9:7:6:5:9 chr16 1279574 . C G 72.44 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00184598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.769;QD=8.78067;RBI=0.048051;REFB=-0.0170214;REVB=-0.0480155;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902872;STB=0.555443;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0445806;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:11:12:6:4:11:12 chr16 1279584 . T C 81.95 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0355288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.217;QD=8.62654;RBI=0.0606522;REFB=-0.00544439;REVB=-0.0491568;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139846;STB=0.586047;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.023996;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:13:14:7:4:13:14 chr16 1279623 . G A 155.76 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00225488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4574;QD=11.5379;RBI=0.024824;REFB=-0.00870817;REVB=-0.0247213;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270961;STB=0.626358;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0170531;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:33:15:18:0.333333:11:4:13:13:13:5:15:18 chr16 1291188 . C T 89.8 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0167419;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9416;QD=12.3865;RBI=0.0178215;REFB=-0.00455282;REVB=0.00610832;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53211;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00970635;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:30:29:16:17:10:12:0.413793:5:5:8:8:5:7:9:8 chr16 1291597 . C G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0200745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.055;QD=7.9657;RBI=0.0225358;REFB=-0.00596543;REVB=0.010241;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109862;STB=0.568607;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0138336;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:10:16:7:3:10:16 chr16 1291621 . CA TG 69.95 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00132758;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.044;QD=7.77254;RBI=0.0219545;REFB=-0.00402157;REVB=-0.0219143;RO=26;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466506;STB=0.692905;STBP=0.195;TYPE=mnp;VARB=0.0109508;OID=.;OPOS=1291621;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:36:36:26:26:9:10:0.277778:8:1:11:15:8:2:11:15 chr16 1292145 . G C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0107614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.568;QD=14.7986;RBI=0.0392092;REFB=-0.0266842;REVB=-0.0377035;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264456;STB=0.65544;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.029794;OID=.;OPOS=1292145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:6:7:3:8:6:7 chr16 1306346 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0323502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.765;QD=22.9159;RBI=0.0530205;REFB=-0.00314173;REVB=0.0420076;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00109396;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:2:2:4:5:2:2 chr16 1306355 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.474;QD=43.4844;RBI=0.0733082;REFB=0;REVB=0.0598252;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327305;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 1306559 . AG AC,A 157.32 PASS AF=0,0.555556;AO=2,15;DP=36;FAO=0,20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=0,11;FSAR=0,9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0135529,0.0988633;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=60.1956,17.4077;QD=17.48;RBI=0.0742076,0.101431;REFB=0.000384627,0.0616022;REVB=-0.0729595,-0.0226791;RO=14;SAF=0,9;SAR=2,6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.497441,0.204528;STB=0.5,0.577271;STBP=1,0.306;TYPE=snp,del;VARB=0.0176847,0.0130704;OID=.,.;OPOS=1306560,1306560;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.555556:2,15:36:0,20:36:16:0,11:0,9:6:10:99:14:0,9:2,6:5:9 chr16 1306671 . G A 134.35 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.039342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4757;QD=9.42811;RBI=0.0462227;REFB=-0.0191255;REVB=0.024264;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120192;STB=0.578862;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0321498;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:38:39:17:18:0.315789:8:9:24:14:9:9:24:15 chr16 1306680 . C T 381.13 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0616837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5303;QD=31.1127;RBI=0.0643294;REFB=-0.00427639;REVB=0.018259;RO=17;SAF=20;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634461;STB=0.534737;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00271037;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:12:20:9:8:12:20:9:8 chr16 1306681 . G A 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0372801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.956;QD=13.035;RBI=0.0447045;REFB=0.00784464;REVB=0.0246716;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778687;STB=0.545405;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0105892;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:20:12:8:10:20:12 chr16 1306817 . G A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.022673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.34;QD=5.53976;RBI=0.0822861;REFB=0.00913257;REVB=0.0791008;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721645;STB=0.503588;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0111707;OID=.;OPOS=1306817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:22:29:8:8:0.216216:5:3:7:15:5:3:11:18 chr16 1306918 . C T 111.44 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00478115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.637;QD=5.12371;RBI=0.00509109;REFB=-0.00165871;REVB=-0.00174925;RO=63;SAF=7;SAR=11;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909493;STB=0.560716;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0121823;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:69:18:18:0.206897:11:7:29:34:11:7:32:37 chr16 1306921 . G A 120.37 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00551341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.55;QD=5.40998;RBI=0.0128242;REFB=-0.000864658;REVB=-0.0115785;RO=70;SAF=8;SAR=11;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816418;STB=0.551258;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00370779;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:70:19:19:0.213483:11:8:34:36:11:8:34:36 chr16 1306927 . C T 111.92 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0234819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.474;QD=5.20551;RBI=0.0569902;REFB=-0.00186736;REVB=0.0519277;RO=67;SAF=7;SAR=11;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149371;STB=0.599888;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00337789;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:67:68:18:18:0.209302:11:7:34:33:11:7:35:33 chr16 1306971 . A G 75.94 PASS AF=0.164706;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00856702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.895;QD=3.57345;RBI=0.0159978;REFB=-0.00166818;REVB=0.0135106;RO=71;SAF=9;SAR=5;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138356;STB=0.592586;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.018543;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:85:71:71:14:14:0.164706:5:9:38:33:5:9:38:33 chr16 1306973 . A G 76.34 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0402965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5511;QD=3.63505;RBI=0.0491893;REFB=0.000915766;REVB=-0.0282094;RO=69;SAF=9;SAR=5;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137169;STB=0.59776;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00970733;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:69:70:14:14:0.166667:5:9:37:32:5:9:37:33 chr16 1306981 . G A 294.66 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0093712;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.758;QD=14.5513;RBI=0.0197196;REFB=0.000130027;REVB=0.0173505;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810171;STB=0.504598;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00222832;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:48:48:33:33:0.407407:14:19:28:20:14:19:28:20 chr16 1306986 . C T 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0349052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0131;QD=3.14447;RBI=0.0415133;REFB=0.00116191;REVB=0.0224718;RO=67;SAF=7;SAR=5;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392775;STB=0.526837;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0033728;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:5:7:37:30:5:7:37:30 chr16 1307050 . C T 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00913384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.128;QD=2.50864;RBI=0.026864;REFB=0.00172332;REVB=-0.0252636;RO=49;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245088;STB=0.537206;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00470165;OID=.;OPOS=1307050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:49:51:7:7:0.12069:4:3:22:27:4:3:24:27 chr16 1307060 . A G 38.89 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0381121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.795;QD=2.93539;RBI=0.0558185;REFB=0.0020576;REVB=-0.040782;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722171;STB=0.543354;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0290033;OID=.;OPOS=1307060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:53:45:46:7:7:0.132075:4:3:22:23:4:3:22:24 chr16 1308336 . G A 229.49 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0402218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2887;QD=19.9553;RBI=0.0490766;REFB=0.00191934;REVB=0.0281198;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100024;STB=0.565161;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0021638;OID=.;OPOS=1308336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:10:12:10:13:10:13:10:13 chr16 1311333 . A G 354.85 PASS AF=0.481013;AO=34;DP=75;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0143976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.213;QD=17.9673;RBI=0.0144271;REFB=-0.0328797;REVB=0.000922315;RO=40;SAF=25;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152815;STB=0.54326;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0375396;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:40:41:34:38:0.481013:9:25:24:16:12:26:25:16 chr16 1311361 . C T 311.79 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0216042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.786;QD=16.8534;RBI=0.0485721;REFB=-0.0076499;REVB=0.043503;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759469;STB=0.552137;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0140035;OID=.;OPOS=1311361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:40:34:34:0.459459:16:18:22:14:16:18:25:15 chr16 1312546 . T A 353.76 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00376188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.272;QD=18.6188;RBI=0.00453636;REFB=-0.00105927;REVB=-0.00253513;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130849;STB=0.573094;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00146943;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:13:24:20:19:13:24:20:19 chr16 1312826 . A G 374.32 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.000464084;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.338;QD=15.1241;RBI=0.0120714;REFB=-0.00909556;REVB=-0.0120625;RO=58;SAF=23;SAR=17;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644932;STB=0.500775;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0231375;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:59:40:40:0.40404:17:23:33:25:17:23:34:25 chr16 1370597 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.653;QD=62.3509;RBI=0.0388879;REFB=0;REVB=0.0369534;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35455e-05;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr16 1370614 . C G 465.08 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.508;QD=58.1355;RBI=0.0419891;REFB=0;REVB=0.0413971;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159087;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr16 1370630 . A G 313.32 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8644;QD=50.1307;RBI=0.0469454;REFB=-0.0255849;REVB=-0.0328378;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0104099;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:0:1:10:14:0:1 chr16 1374818 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00969633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.986;QD=56.4877;RBI=0.018027;REFB=0.115514;REVB=0.0151972;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=4.48052e-05;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:19:15:0:1:19:16:0:1 chr16 1389153 . C A 980.63 PASS AF=0.878049;AO=71;DP=82;FAO=72;FDP=82;FR=.;FRO=10;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0159409;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3505;QD=47.8355;RBI=0.0912961;REFB=-0.160712;REVB=0.0898936;RO=10;SAF=43;SAR=28;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136904;STB=0.500352;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0206562;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:82:82:10:10:71:72:0.878049:28:43:6:4:29:43:6:4 chr16 1389196 . C T 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00121947;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.296;QD=12.6153;RBI=0.0108411;REFB=-0.00583632;REVB=0.0107722;RO=56;SAF=17;SAR=22;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104127;STB=0.587783;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00872579;OID=.;OPOS=1389196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:64:39:39:0.378641:22:17:30:26:22:17:37:27 chr16 1391871 . C G 1190.35 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.491;QD=61.0436;RBI=0.0244004;REFB=0;REVB=0.00103744;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79121e-05;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:26:51:0:0:27:51:0:0 chr16 1394507 . A C 1414.94 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.048;QD=62.8862;RBI=0.0441512;REFB=0;REVB=0.00920067;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109952;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:35:51:0:0:38:52:0:0 chr16 1419947 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.375;QD=54.5175;RBI=0.0178366;REFB=0;REVB=-0.0119131;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86924e-06;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr16 1433766 . T C 1573.69 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140298;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.635;QD=59.9503;RBI=0.0196335;REFB=0;REVB=0.0137346;RO=0;SAF=70;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59008e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:104:105:1:34:70:0:0:34:71:0:0 chr16 1447278 . A G 657.11 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249897;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.589;QD=62.582;RBI=0.0306808;REFB=0;REVB=0.0177997;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98385e-05;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr16 1484392 . G C 321.68 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0208561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.543;QD=16.7109;RBI=0.0778727;REFB=-0.0162289;REVB=0.0750278;RO=41;SAF=10;SAR=25;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382052;STB=0.708835;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.036816;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:25:10:28:13:25:10:28:14 chr16 1484473 . A G 1216.46 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110621;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.692;QD=60.8229;RBI=0.0126511;REFB=0;REVB=-0.00613845;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07768e-05;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:44:36:0:0 chr16 1484528 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0238531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.988;QD=18.3452;RBI=0.0259024;REFB=-0.00959655;REVB=0.0100977;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225855;STB=0.627764;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00706536;OID=.;OPOS=1484528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:5:13:8:9:5:13 chr16 1484791 . C T 517.0 PASS AF=0.388889;AO=61;DP=163;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.113297;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.432;QD=12.7655;RBI=0.113562;REFB=-0.0176841;REVB=0.00775979;RO=96;SAF=24;SAR=37;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106034;STB=0.554893;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0233422;OID=.;OPOS=1484791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:96:99:61:63:0.388889:37:24:47:49:38:25:48:51 chr16 1488646 . A G 181.91 PASS AF=0.315789;AO=23;DP=75;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0471422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3478;QD=9.57392;RBI=0.0685091;REFB=-0.00164041;REVB=-0.0497102;RO=50;SAF=13;SAR=10;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655437;STB=0.551183;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00297769;OID=.;OPOS=1488646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:50:52:23:24:0.315789:10:13:31:19:11:13:32:20 chr16 1536323 . A G 46.01 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00495047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0479;QD=9.68651;RBI=0.0216122;REFB=0.0135092;REVB=-0.0210376;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293282;STB=0.69515;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0245928;OID=.;OPOS=1536323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:4:3:8:3:4:3:9:3 chr16 1536380 . G T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.020363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.69;QD=17.6428;RBI=0.0227644;REFB=-0.00536902;REVB=0.0101767;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00434691;OID=.;OPOS=1536380;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:5:2:5:4:5:2 chr16 1536499 . G T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0320817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.365;QD=12.9744;RBI=0.0725944;REFB=-0.00153838;REVB=0.0651208;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421622;OID=.;OPOS=1536499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:9:9:6:6:9:9 chr16 1536535 . C T 45.91 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0744083;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9634;QD=7.65219;RBI=0.078412;REFB=-0.0256667;REVB=-0.0247355;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812293;STB=0.530034;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0673645;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:18:17:7:7:0.291667:3:4:9:9:3:4:9:8 chr16 1537455 . T C 98.27 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0714799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.675;QD=15.1186;RBI=0.0716099;REFB=-0.00671001;REVB=0.00431192;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486332;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00336457;OID=.;OPOS=1537455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:26:13:14:10:12:0.461538:9:1:6:7:9:3:7:7 chr16 1537458 . G T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0234178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.254;QD=13.4416;RBI=0.0298837;REFB=-0.0043147;REVB=0.0185646;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.599791;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0121595;OID=.;OPOS=1537458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:6:7:7:3:6:7 chr16 1537601 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00476463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.487;QD=12.3956;RBI=0.0495877;REFB=-0.0153245;REVB=0.0493582;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331615;STB=0.691764;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0255004;OID=.;OPOS=1537601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:5:0:1:4:5:0 chr16 1537839 . G A 506.81 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0128062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.325;QD=20.4772;RBI=0.0249906;REFB=-0.0049194;REVB=0.02146;RO=50;SAF=29;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793351;STB=0.537022;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00527211;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:48:49:0.494949:19:29:26:24:20:29:26:24 chr16 1538363 . C A 585.51 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00370674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.088;QD=15.0132;RBI=0.0112117;REFB=-0.0267929;REVB=0.0105812;RO=90;SAF=49;SAR=17;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231302;STB=0.630393;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0452316;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:90:66:66:0.423077:17:49:49:41:17:49:49:41 chr16 1538433 . A G 394.37 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0547887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4832;QD=13.8375;RBI=0.0607216;REFB=-0.0102504;REVB=-0.0261784;RO=68;SAF=28;SAR=18;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116794;STB=0.566067;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0137074;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:18:28:34:34:18:28:34:34 chr16 1538464 . C T 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00104824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.331;QD=12.5923;RBI=0.00119004;REFB=-0.0138484;REVB=0.000563366;RO=48;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242151;STB=0.63877;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0260849;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:11:18:19:29:11:18:19:29 chr16 1544301 . GA CG 325.0 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00404207;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.83;QD=30.9524;RBI=0.00407903;REFB=-0.0186717;REVB=0.00054783;RO=14;SAF=17;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128897;STB=0.574414;STBP=0.158;TYPE=mnp;VARB=0.010978;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:14:14:27:28:0.666667:10:17:6:8:10:18:6:8 chr16 1545448 . A G 2334.18 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00271006;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0673;QD=60.237;RBI=0.00741672;REFB=-0.0766688;REVB=-0.00690386;RO=1;SAF=89;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726234;STB=0.503816;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000826325;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:65:89:0:1:65:89:0:1 chr16 1545511 . TG T 477.54 PASS AF=0.643312;AO=89;DP=158;FAO=101;FDP=157;FR=.;FRO=56;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=11;FWDB=0.149876;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.3765;QD=12.1667;RBI=0.154781;REFB=-0.0516702;REVB=-0.0386594;RO=58;SAF=43;SAR=46;SRF=46;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.372913;SSSB=-0.224889;STB=0.603689;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.069184;OID=.;OPOS=1545512;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.643312:89:158:101:157:56:52:49:45:11:99:58:43:46:46:12 chr16 1555589 . A G 598.17 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423463;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.707;QD=61.3503;RBI=0.0426235;REFB=0;REVB=0.00485286;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75652e-05;OID=.;OPOS=1555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr16 1559838 . T C 1713.47 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.839;QD=60.654;RBI=0.0717105;REFB=0;REVB=0.0696115;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7578e-05;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:50:61:0:0:52:61:0:0 chr16 1574863 . G A 1008.22 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2101;QD=59.3068;RBI=0.0658707;REFB=0;REVB=0.0120811;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513033;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr16 1591962 . G A 2364.34 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.683;QD=63.0492;RBI=0.0290676;REFB=-0.0185995;REVB=0.019913;RO=1;SAF=85;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556289;STB=0.50289;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000304616;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:148:149:0.993333:63:85:1:0:63:86:1:0 chr16 1608082 . A G 1339.36 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.564;QD=62.2959;RBI=0.0136522;REFB=0;REVB=-0.0109127;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73895e-06;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:46:38:0:0:47:39:0:0 chr16 1614097 . A G 2017.85 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.51;QD=62.0876;RBI=0.0710319;REFB=0;REVB=0.00687519;RO=0;SAF=87;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04042e-05;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:43:87:0:0:43:87:0:0 chr16 1682281 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6767;QD=59.8357;RBI=0.0389344;REFB=0;REVB=0.0166112;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065781;OID=.;OPOS=1682281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr16 1727605 . GCCCCG GCCCGC 39.77 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0548969;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=34.7055;QD=3.69933;RBI=0.242047;REFB=-0.0277249;REVB=-0.235739;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307269;STB=0.802185;STBP=0.125;TYPE=mnp;VARB=0.0834567;OID=.;OPOS=1727609;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:7:44:7:43:35:6:1:19:16:36:30:6:1:20:10 chr16 1797138 . G A 311.23 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0366083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6325;QD=21.8404;RBI=0.0370463;REFB=-0.0186104;REVB=-0.00567969;RO=23;SAF=21;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174466;STB=0.598569;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00704601;OID=.;OPOS=1797138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:25:32:32:0.561404:11:21:10:13:11:21:11:14 chr16 1812972 . G C 188.66 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0834449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.938;QD=14.2384;RBI=0.0841119;REFB=-6.56018e-05;REVB=-0.0105717;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444422;STB=0.52546;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0024529;OID=.;OPOS=1812972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:14:17:13:9:14:17 chr16 1814391 . T C 264.71 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=32;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0026356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.562;QD=29.4123;RBI=0.0107388;REFB=-0.033151;REVB=-0.0104104;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205732;STB=0.571368;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00884961;OID=.;OPOS=1814391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:32:36:12:12:20:24:0.666667:6:14:5:7:9:15:5:7 chr16 1814440 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0311422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.549;QD=6.52645;RBI=0.0319225;REFB=-0.0168792;REVB=0.00701487;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195617;STB=0.624653;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0636909;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:12:8:4:3:12:8 chr16 1815986 . C T 940.4 PASS AF=0.486911;AO=85;DP=193;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.00398409;FXX=0.0255089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.541;QD=19.6942;RBI=0.00842088;REFB=-0.0177232;REVB=0.00741877;RO=49;SAF=49;SAR=36;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247957;STB=0.554155;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00958165;OID=.;OPOS=1815986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:49:98:85:93:0.486911:36:49:10:39:36:57:50:48 chr16 1818503 . G C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0135854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.497;QD=25.362;RBI=0.03226;REFB=-0.004153;REVB=0.02926;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136952;STB=0.576372;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00143448;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:6:2:7:8:6:2 chr16 1827836 . T C 329.77 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.002061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.265;QD=20.9375;RBI=0.00672594;REFB=-0.00848728;REVB=0.00640238;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525415;STB=0.529058;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00826607;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:15:19:18:11:15:19:18:11 chr16 1838037 . C G 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00402374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.11;QD=10.7147;RBI=0.0351344;REFB=-0.0174249;REVB=-0.0349032;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573915;STB=0.534198;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0487925;OID=.;OPOS=1838037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:18:11:6:8:18:11 chr16 1838640 . T C 776.05 PASS AF=0.42132;AO=82;DP=198;FAO=83;FDP=197;FR=.;FRO=114;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=71;FSRR=43;FWDB=0.00606328;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.842;QD=15.7573;RBI=0.00925645;REFB=-0.0141405;REVB=-0.00699418;RO=108;SAF=56;SAR=26;SRF=70;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401953;STB=0.541651;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0211419;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:108:114:82:83:0.42132:26:56:70:38:26:57:71:43 chr16 1841618 . C T 100.7 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0685422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5221;QD=16.1123;RBI=0.0686799;REFB=-0.000664866;REVB=0.00434805;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103051;STB=0.559345;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00253454;OID=.;OPOS=1841618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:9:4:5:7:9:4 chr16 1842209 . A G 69.15 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0346632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.594;QD=6.14702;RBI=0.0477072;REFB=-0.0134179;REVB=-0.0327786;RO=35;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496623;STB=0.831578;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0415337;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:1:9:20:15:1:9:20:15 chr16 1859429 . A AC,G 221.81 PASS AF=1,0;AO=4,2;DP=37;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.093858,-0.0866992;FXX=0.0555401;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=7.70635,85.6231;QD=26.0955;RBI=0.201517,0.0885376;REFB=0,0;REVB=-0.178325,-0.0179484;RO=31;SAF=1,0;SAR=3,2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.204028,-0.41949;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00310181,0;OID=.,.;OPOS=1859430,1859429;OREF=-,A;OALT=C,G;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:34:31:0:4,2:34,0:1,0:3,2:1,0:13:18:20,0:14,0:0:0 chr16 1859432 . G C 505.27 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0550717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6873;QD=56.1414;RBI=0.0575489;REFB=0.0767193;REVB=0.0167026;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0279817;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:0:1:21:14:0:1 chr16 1859440 . C A 275.08 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00567519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8993;QD=32.3619;RBI=0.0160807;REFB=0.0573904;REVB=0.015046;RO=10;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700319;STB=0.538429;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0242798;OID=.;OPOS=1859440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:15:9:5:5:15:9:5:5 chr16 1872312 . G A 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00299915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.137;QD=11.2146;RBI=0.012414;REFB=-0.0180486;REVB=0.0120463;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195515;STB=0.511613;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0377305;OID=.;OPOS=1872312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:7:9:18:15:7:9:18:15 chr16 1872922 . C G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00969915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.012;QD=13.8995;RBI=0.0108372;REFB=-0.00146311;REVB=0.00483443;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517647;STB=0.502956;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00245136;OID=.;OPOS=1872922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:10:14:20:14:10:14:20:14 chr16 1888037 . G A 192.89 PASS AF=0.5;AO=18;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.037788;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0526;QD=18.3706;RBI=0.0405166;REFB=8.75827e-05;REVB=-0.0146171;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314421;STB=0.694256;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00467082;OID=.;OPOS=1888037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:21:18:21:0.5:6:12:6:13:6:15:7:14 chr16 1894912 . C T 197.89 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0534242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2411;QD=19.3064;RBI=0.0710434;REFB=-0.00775024;REVB=-0.0468297;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151886;STB=0.594492;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00327767;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:15:4:7:14:16:4:7:14 chr16 1912021 . T G 569.22 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0509548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2672;QD=21.6844;RBI=0.0525117;REFB=0.00759006;REVB=0.0126918;RO=48;SAF=32;SAR=25;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154426;STB=0.584688;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00558093;OID=.;OPOS=1912021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:25:32:18:30:25:32:18:30 chr16 1918125 . T G 1509.17 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238999;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.949;QD=63.544;RBI=0.0242899;REFB=0;REVB=-0.00433533;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20951e-05;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr16 1961674 . G C 183.47 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.113651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.429;QD=17.8991;RBI=0.114595;REFB=0.00393835;REVB=0.0146786;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101532;STB=0.557582;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00516353;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:7:15:11:8:7:15 chr16 1990994 . T C 234.96 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00950621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.271;QD=15.4071;RBI=0.0206101;REFB=-0.00988817;REVB=-0.0182868;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325867;STB=0.501844;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0138203;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:19:15:12:15:19:15 chr16 2014283 . A G 238.08 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0118895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.839;QD=20.2623;RBI=0.0198693;REFB=-0.0368903;REVB=0.0159194;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167894;STB=0.577793;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0538625;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:8:14:11:13:9:14:11:13 chr16 2024131 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0504412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6532;QD=7.52583;RBI=0.0548235;REFB=0.00406877;REVB=-0.0214781;RO=23;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151388;STB=0.588015;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0225849;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:1:8:19:4:1:8:20:4 chr16 2024389 . G T 292.78 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0340476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2298;QD=22.9628;RBI=0.0405237;REFB=0.0172776;REVB=-0.0219757;RO=22;SAF=6;SAR=23;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438014;STB=0.743938;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00835271;OID=.;OPOS=2024389;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:23:6:16:6:23:6:16:6 chr16 2027994 . G A 52.57 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0144654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.953;QD=6.78379;RBI=0.0148435;REFB=-0.00545533;REVB=0.00332904;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675123;STB=0.905592;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0399741;OID=.;OPOS=2027994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:22:23:8:8:0.258065:1:7:5:17:1:7:6:17 chr16 2049882 . GTCC G 50.16 PASS AF=0.296296;AO=6;DP=30;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00232181;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=3;MLLD=149.664;QD=7.43133;RBI=0.0147635;REFB=-0.0399637;REVB=0.0145797;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143816;STB=0.512164;STBP=0.98;TYPE=del;VARB=0.0702603;OID=.;OPOS=2049883;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:6:30:8:27:19:2:6:5:14:50:16:1:5:4:12 chr16 2152427 . G A 65.76 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0216771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.937;QD=11.4371;RBI=0.125428;REFB=-0.0216478;REVB=0.123541;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377757;STB=0.728627;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0229367;OID=.;OPOS=2152427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:6:8:2:7:6:8 chr16 2257105 . C G 1403.76 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00213117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.047;QD=55.0495;RBI=0.0107291;REFB=-0.135679;REVB=0.0105153;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500801;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00101635;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:102:102:0:4:98:98:0.960784:51:47:0:0:51:47:2:2 chr16 2260567 . C T 1924.12 PASS AF=0.962963;AO=121;DP=127;FAO=130;FDP=135;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0654784;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.705;QD=57.011;RBI=0.0726797;REFB=-0.025237;REVB=0.0315423;RO=5;SAF=53;SAR=68;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182469;STB=0.508734;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000880106;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:127:135:5:5:121:130:0.962963:68:53:1:4:74:56:1:4 chr16 2260612 . T C 1146.35 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.258;QD=60.3341;RBI=0.023583;REFB=0;REVB=0.0155378;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61955e-05;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:42:32:0:0:43:33:0:0 chr16 2263146 . A G 933.81 PASS AF=1;AO=52;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288142;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1163;QD=57.4655;RBI=0.233257;REFB=0;REVB=0.23147;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437389;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:52:65:1:17:35:0:0:27:38:0:0 chr16 2263516 . A G 192.67 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0873891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7204;QD=40.5627;RBI=0.14029;REFB=-0.00509466;REVB=0.109748;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101507;STB=0.55549;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00748417;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:9:8:2:0:9:8:2:0 chr16 2282256 . G A 482.17 PASS AF=1;AO=18;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9696;QD=56.7258;RBI=0.241553;REFB=0;REVB=0.231033;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296743;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:18:34:1:14:4:0:0:22:12:0:0 chr16 2285357 . C T 990.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.979;QD=59.1404;RBI=0.034919;REFB=0;REVB=0.0341767;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8386e-05;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:22:44:0:0:23:44:0:0 chr16 2331430 . A G 903.47 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.507;QD=57.3631;RBI=0.0310875;REFB=0;REVB=0.0276748;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6558e-05;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:32:28:0:0:33:30:0:0 chr16 2512523 . G A 208.51 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0387443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.626;QD=41.7019;RBI=0.0555337;REFB=-0.0267855;REVB=0.0397854;RO=2;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764328;STB=0.541621;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00112752;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:11:7:0:2:11:7:0:2 chr16 2578131 . C T 97.63 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00268579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.425;QD=10.0135;RBI=0.030063;REFB=-0.018722;REVB=0.0299428;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.042341;OID=.;OPOS=2578131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:37:39:23:26:11:13:0.333333:5:6:9:14:7:6:12:14 chr16 2812647 . C T 877.82 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.843;QD=57.562;RBI=0.0383023;REFB=0;REVB=0.0273392;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133487;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:56:61:1:28:28:0:0:31:30:0:0 chr16 2815237 . A C 923.39 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.228;QD=56.8243;RBI=0.0278706;REFB=-0.111645;REVB=0.0231814;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000278639;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:31:33:0:0:31:33:1:0 chr16 2815594 . C T 237.97 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.114656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6809;QD=11.6084;RBI=0.118975;REFB=0.0308032;REVB=0.0317662;RO=53;SAF=16;SAR=13;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125196;STB=0.571997;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0509092;OID=.;OPOS=2815594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:13:16:35:18:13:16:35:18 chr16 2819886 . A C 82.7 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2965;QD=9.72935;RBI=0.00321825;REFB=-0.0903828;REVB=-0.00321825;RO=22;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.177416;OID=.;OPOS=2819886;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:33:34:22:23:11:11:0.323529:11:0:0:22:11:0:0:23 chr16 2835174 . T TG 89.83 PASS AF=0.708333;AO=11;DP=30;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.180423;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.34507;QD=14.9711;RBI=0.210144;REFB=-0.147225;REVB=0.10774;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278876;STB=0.519976;STBP=0.798;TYPE=ins;VARB=0.131757;OID=.;OPOS=2835175;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.708333:11:30:17:24:7:13:4:5:2:16:18:9:2:11:7 chr16 2891212 . G A 179.93 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00819041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.584;QD=16.3568;RBI=0.0257385;REFB=0.024341;REVB=-0.0244006;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285067;STB=0.681608;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0309851;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:25:18:19:0.431818:4:14:14:12:4:15:13:12 chr16 2983483 . C G 275.86 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0671165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4663;QD=13.2943;RBI=0.0814784;REFB=0.0350658;REVB=0.0461965;RO=51;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278066;STB=0.515894;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0520524;OID=.;OPOS=2983483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:19:13:22:29:19:13:22:29 chr16 2986840 . G C 181.08 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0547143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.402;QD=16.4614;RBI=0.0547229;REFB=-0.00735857;REVB=-0.000970452;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114392;STB=0.565686;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00514502;OID=.;OPOS=2986840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:13:12:7:12:13:12 chr16 2988244 . G A 524.25 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0333301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3664;QD=17.3304;RBI=0.0378637;REFB=-0.0146267;REVB=-0.0179658;RO=65;SAF=28;SAR=28;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00742705;STB=0.504131;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0134859;OID=.;OPOS=2988244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:28:28:32:33:28:28:32:33 chr16 3017852 . G A 381.46 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0177897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.854;QD=27.7424;RBI=0.0233237;REFB=-0.0273897;REVB=-0.0150838;RO=19;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146334;STB=0.579387;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00944991;OID=.;OPOS=3017852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:13:23:16:3:13:23:16:3 chr16 3065924 . G A 1208.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4164;QD=61.2093;RBI=0.0144337;REFB=0;REVB=0.0141159;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21915e-05;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr16 3097522 . CG C 163.08 PASS AF=0.54386;AO=27;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0386344;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8691;QD=11.4444;RBI=0.0934097;REFB=-0.09221;REVB=-0.0850456;RO=25;SAF=4;SAR=23;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234638;STB=0.598017;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.0999375;OID=.;OPOS=3097523;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54386:27:57:31:57:26:6:25:9:17:99:25:4:23:8:17 chr16 3119167 . T C 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.000112383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5204;QD=5.53892;RBI=0.0429838;REFB=0.00905652;REVB=-0.0429837;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620516;STB=0.54044;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0368747;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:16:13:4:4:16:13 chr16 3119304 . A G 45.73 PASS AF=0.145455;AO=7;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00987869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2458;QD=3.32607;RBI=0.0122375;REFB=-0.00107868;REVB=0.00722272;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562805;STB=0.507228;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00347993;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:7:8:0.145455:4:3:18:29:5:3:18:29 chr16 3131663 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0143561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.127;QD=16.4544;RBI=0.0171422;REFB=-0.0304018;REVB=0.00936805;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0242726;OID=.;OPOS=3131663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:3:1:1:5:3:1 chr16 3132197 . A G 647.73 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00882837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.768;QD=27.5628;RBI=0.0711689;REFB=-0.0292222;REVB=-0.0706192;RO=35;SAF=27;SAR=30;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127887;STB=0.568538;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0259979;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:37:57:57:0.606383:30:27:23:12:30:27:24:13 chr16 3170188 . C T 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.851;QD=42.1718;RBI=0.0573682;REFB=0;REVB=0.00421814;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904982;OID=.;OPOS=3170188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr16 3207446 . G A 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.881;QD=58.2262;RBI=0.0255044;REFB=-0.0936569;REVB=0.0156101;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000278177;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:1:0:33:38:1:0 chr16 3208911 . G A 123.1 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.291;QD=41.0315;RBI=0.0567672;REFB=0;REVB=0.0171688;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211032;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:10:12:1:3:7:0:0:4:8:0:0 chr16 3208914 . T C 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00549165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.546;QD=30.5914;RBI=0.0217774;REFB=-0.0355219;REVB=-0.0210736;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680994;STB=0.538382;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0024288;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:3:7:1:1:3:7:1:1 chr16 3230588 . G A 78.31 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00558906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.54;QD=9.21322;RBI=0.0164366;REFB=-0.00992882;REVB=-0.0154571;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741239;STB=0.574334;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.020318;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:33:34:23:23:10:11:0.323529:5:5:13:10:6:5:13:10 chr16 3254470 . T C 277.77 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.043042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.126;QD=21.7857;RBI=0.100449;REFB=-0.0264472;REVB=-0.09076;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243085;STB=0.63476;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0188124;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:16:7:17:11:16:7 chr16 3254972 . T C 312.95 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0249421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.358;QD=16.9161;RBI=0.0250395;REFB=-0.0193913;REVB=0.00220617;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104794;STB=0.558789;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0300096;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:22:18:19:15:22:18 chr16 3266071 . A G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0370448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8309;QD=13.0146;RBI=0.0495978;REFB=-0.00336885;REVB=-0.0329791;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472756;STB=0.527317;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00365663;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:19:13:9:11:19:13 chr16 3293888 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0108481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.499;QD=19.8255;RBI=0.0470224;REFB=-0.00172049;REVB=0.0457539;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198962;STB=0.610951;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00147969;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:11:16:9:16:11:16:9:16 chr16 3293922 . A T 292.11 PASS AF=0.44;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00480792;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=35.9368;QD=15.5792;RBI=0.0903914;REFB=-0.0156368;REVB=0.0902634;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190078;STB=0.595123;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0215479;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:42:32:33:0.44:13:19:16:24:14:19:17:25 chr16 3297073 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00372996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.296;QD=15.2296;RBI=0.0220745;REFB=-0.0148281;REVB=-0.021757;RO=28;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194849;STB=0.613275;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0332866;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:5:14:16:12:5:14:16:12 chr16 3297175 . T C 368.26 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0350827;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.711;QD=16.5508;RBI=0.0352241;REFB=-0.00395252;REVB=-0.00315296;RO=48;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082866;STB=0.555528;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0038766;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:50:39:39:0.438202:17:22:31:17:17:22:33:17 chr16 3297181 . C T 392.27 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0199371;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8485;QD=16.6924;RBI=0.0418652;REFB=-0.00148393;REVB=0.0368131;RO=54;SAF=23;SAR=18;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110411;STB=0.568795;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00253883;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:53:41:41:0.43617:18:23:36:18:18:23:36:17 chr16 3299749 . G A 402.09 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.031903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5539;QD=21.7343;RBI=0.0483404;REFB=-0.0198635;REVB=0.0363179;RO=34;SAF=24;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041206;STB=0.522716;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0233562;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:16:24:22:12:16:24:22:12 chr16 3405994 . A G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.906;QD=62.3147;RBI=0.0463433;REFB=0;REVB=0.0268897;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42702e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr16 3406387 . C G 709.24 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397445;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3282;QD=52.5365;RBI=0.0775133;REFB=0;REVB=-0.0665483;RO=0;SAF=36;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106538;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:45:54:1:9:36:0:0:18:36:0:0 chr16 3419934 . G T 569.31 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.642;QD=59.9271;RBI=0.0281042;REFB=0;REVB=0.00478343;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146797;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:12:23:0:0:13:25:0:0 chr16 3452193 . T C,G 865.59 PASS AF=0.0655738,0.934426;AO=3,58;DP=61;FAO=4,57;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=4,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221141,-0.0564659;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.851,50.1602;QD=56.7599;RBI=0.0223725,0.0564788;REFB=0,0;REVB=0.00339041,-0.00120966;RO=0;SAF=0,38;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.38905e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0917537,-0.000981223;OID=.,.;OPOS=3452193,3452193;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:61:61:0:0:3,58:4,57:0.0655738,0.934426:3,20:0,38:0:0:4,19:0,38:0:0 chr16 3486285 . C A 1742.84 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373136;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.353;QD=60.6205;RBI=0.0479118;REFB=0;REVB=0.0300539;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96641e-05;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:115:0:0:115:115:1:57:58:0:0:57:58:0:0 chr16 3490922 . G C 801.04 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5298;QD=57.2171;RBI=0.0365578;REFB=0;REVB=-0.0144174;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544234;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr16 3534892 . G A 354.18 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.593;QD=50.5972;RBI=0.0454776;REFB=-0.0837057;REVB=0.0327653;RO=1;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189727;STB=0.509797;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00495557;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:24:2:0:1:25:2:0:1 chr16 3535116 . T C 2604.68 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.037667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.11;QD=61.2865;RBI=0.0380655;REFB=-0.0902311;REVB=-0.00549408;RO=1;SAF=102;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464347;STB=0.502439;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000195992;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:1:1:169:169:0.994118:67:102:1:0:67:102:1:0 chr16 3535540 . G A 853.22 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037211;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.416;QD=57.8454;RBI=0.0642946;REFB=0;REVB=0.0524322;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347091;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr16 3536872 . G A 538.6 PASS AF=1;AO=24;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.004;QD=59.844;RBI=0.0592024;REFB=0;REVB=0.0577238;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425567;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:24:36:1:18:6:0:0:28:8:0:0 chr16 3586230 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00759823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.85;QD=20.1561;RBI=0.00767177;REFB=-0.0231715;REVB=-0.00105971;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496446;STB=0.511525;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0202245;OID=.;OPOS=3586230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:13:15:13:11:13:15:14:11 chr16 3639139 . A G 526.95 PASS AF=0.514019;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00108422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.293;QD=19.6991;RBI=0.0218365;REFB=-0.0241353;REVB=-0.0218096;RO=52;SAF=24;SAR=30;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153464;STB=0.503423;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0185134;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:52:52:54:55:0.514019:30:24:24:28:30:25:24:28 chr16 3640853 . G A 198.47 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.000660639;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.289;QD=13.2312;RBI=0.0147396;REFB=-0.0201658;REVB=0.0147248;RO=33;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203667;STB=0.637683;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0202119;OID=.;OPOS=3640853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:36:24:24:0.4:19:5:12:21:19:5:14:22 chr16 3707747 . G A 562.12 PASS AF=0.508772;AO=56;DP=112;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00578405;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1402;QD=19.7235;RBI=0.0302745;REFB=-0.0101438;REVB=0.0297168;RO=56;SAF=25;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328264;STB=0.510201;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0108187;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:56:56:56:58:0.508772:31:25:23:33:33:25:23:33 chr16 3721773 . G C 681.01 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0286658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.032;QD=21.2814;RBI=0.051388;REFB=-0.00338559;REVB=0.0426497;RO=61;SAF=31;SAR=36;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820364;STB=0.54506;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00292951;OID=.;OPOS=3721773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:36:31:34:27:36:31:34:27 chr16 3724465 . G C 812.91 PASS AF=0.491124;AO=82;DP=169;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.000383916;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5432;QD=19.2404;RBI=0.000483843;REFB=0.00721015;REVB=0.00029447;RO=86;SAF=39;SAR=43;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119404;STB=0.568249;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00568704;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:86:82:83:0.491124:43:39:52:34:44:39:52:34 chr16 3781313 . G A 571.45 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00173955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.176;QD=23.089;RBI=0.00981943;REFB=-0.0341211;REVB=0.00966412;RO=46;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094846;STB=0.552151;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0286688;OID=.;OPOS=3781313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:29:24:26:20:29:24:26:20 chr16 4013467 . C T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0138052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.721;QD=27.3088;RBI=0.0195603;REFB=-0.010601;REVB=0.0138572;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491134;STB=0.527068;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00736759;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:12:17:13:7:12:17:13:7 chr16 4015313 . A G 557.6 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.254;QD=60.2806;RBI=0.0759502;REFB=0;REVB=0.0160904;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533802;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:21:12:0:0:21:16:0:0 chr16 4015316 . A G 538.22 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.849;QD=59.8016;RBI=0.068467;REFB=0;REVB=-0.0487954;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30152e-05;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:20:15:1:0:20:16:0:0 chr16 4016676 . A G 997.65 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00906292;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.811;QD=57.835;RBI=0.00910285;REFB=0.0516707;REVB=-0.000851739;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160134;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000323911;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:66:68:0.985507:29:37:0:1:31:37:0:1 chr16 4027605 . C T 320.78 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0574497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7019;QD=21.3854;RBI=0.0667668;REFB=-0.00369848;REVB=0.0340197;RO=27;SAF=25;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947367;STB=0.552632;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00494056;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:8:25:18:9:8:25:18:9 chr16 4033436 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00595153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.711;QD=21.8421;RBI=0.00908467;REFB=0.0101556;REVB=0.00686371;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00690295;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr16 4164364 . C T 632.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7058;QD=61.6614;RBI=0.0509471;REFB=0;REVB=-0.0373929;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10378e-05;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:14:27:0:0 chr16 4165432 . T C,G 576.96 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=32,6;DP=39;FAO=36,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344361,-0.0104895;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.6435,163.542;QD=59.1755;RBI=0.0855593,0.0215448;REFB=0,0;REVB=0.08549,-0.0188188;RO=0;SAF=13,6;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00711757,0.0610486;OID=.,.;OPOS=4165432,4165432;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:39:39:0:0:32,6:36,3:0.923077,0.0769231:19,0:13,6:0:0:19,1:17,2:0:0 chr16 4242028 . A T 506.27 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102456;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.299;QD=59.5616;RBI=0.0104515;REFB=0;REVB=-0.0020642;RO=0;SAF=4;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222189;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:30:4:0:0:30:4:0:0 chr16 4242093 . C T 954.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2648;QD=58.7407;RBI=0.117891;REFB=0;REVB=-0.0808936;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8958e-05;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr16 4245607 . A G 131.25 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0263925;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.365;QD=12.8048;RBI=0.026417;REFB=-0.0111671;REVB=-0.00113785;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314981;STB=0.509079;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0199815;OID=.;OPOS=4245607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:10:5:9:16:10:5:9:17 chr16 4245693 . A G 1098.53 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.856;QD=60.1932;RBI=0.0438722;REFB=0;REVB=0.0330984;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115057;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr16 4257281 . A C 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.104059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3726;QD=30.8204;RBI=0.10525;REFB=0.020341;REVB=-0.0157882;RO=3;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243419;STB=0.636132;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00225934;OID=.;OPOS=4257281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:8:4:3:0:8:4:3:0 chr16 4257286 . T C 87.88 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0401569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.657;QD=25.1098;RBI=0.0440299;REFB=-0.0176289;REVB=0.0180569;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.63608;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00282442;OID=.;OPOS=4257286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:14:14:3:4:10:10:0.714286:7:3:3:0:7:3:3:1 chr16 4257686 . A G 87.75 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00966967;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.202;QD=13.0006;RBI=0.0187661;REFB=-0.027109;REVB=-0.016083;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388826;STB=0.74129;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0493908;OID=.;OPOS=4257686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:27:13:16:11:11:0.407407:3:8:4:9:3:8:5:11 chr16 4257729 . C T 140.42 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0220142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.513;QD=13.0619;RBI=0.0232146;REFB=-0.0258768;REVB=-0.00736825;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475257;STB=0.527824;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0380572;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:14:13:7:9:14:13 chr16 4307646 . A G 1310.42 PASS AF=0.978022;AO=87;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0715307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0644;QD=57.6009;RBI=0.0774241;REFB=-0.0921038;REVB=0.0296286;RO=3;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026551;STB=0.509257;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0446529;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:3:2:87:89:0.978022:52:35:0:3:53:36:0:2 chr16 4310468 . C G 2010.9 PASS AF=0.985075;AO=128;DP=132;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0270203;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.472;QD=60.0269;RBI=0.031658;REFB=-0.187908;REVB=0.0164963;RO=2;SAF=79;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189977;STB=0.509998;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000752847;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:134:2:2:128:132:0.985075:49:79:0:2:49:83:0:2 chr16 4385312 . C T 57.29 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0141406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6494;QD=12.7318;RBI=0.049155;REFB=-0.0141722;REVB=0.0470772;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38401;STB=0.721775;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0113731;OID=.;OPOS=4385312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:9:1:4:4:9:1 chr16 4386814 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.716;QD=63.7517;RBI=0.0219464;REFB=0;REVB=0.0210193;RO=0;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63972e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:35:61:0:0:35:61:0:0 chr16 4411206 . C G 73.77 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00702269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.51;QD=9.83657;RBI=0.090167;REFB=-0.00765483;REVB=-0.0898931;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449895;STB=0.777284;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0204013;OID=.;OPOS=4411206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:7:3:14:5:7:3:15:5 chr16 4414987 . G A 102.41 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0194893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.072;QD=17.81;RBI=0.020778;REFB=-0.032499;REVB=0.00720364;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200054;STB=0.612742;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0198625;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:10:1:3:9:10:1 chr16 4431202 . A G 855.27 PASS AF=0.458333;AO=87;DP=190;FAO=88;FDP=192;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=0.0309051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.389;QD=17.8182;RBI=0.0321048;REFB=-0.00210625;REVB=-0.00869461;RO=103;SAF=42;SAR=45;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736989;STB=0.540807;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00255509;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:103:104:87:88:0.458333:45:42:42:61:45:43:43:61 chr16 4432029 . A C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0249689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.319;QD=11.623;RBI=0.0278053;REFB=-0.0092184;REVB=-0.0122349;RO=36;SAF=1;SAR=21;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482297;STB=0.787133;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.014016;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:38:22:22:0.366667:21:1:8:28:21:1:8:30 chr16 4445327 . C T 371.21 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00239061;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.294;QD=22.4974;RBI=0.0296917;REFB=-0.0168594;REVB=0.0295953;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155038;STB=0.58532;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.018038;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:29:37:37:0.560606:20:17:19:10:20:17:19:10 chr16 4476089 . T C 383.7 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.000724722;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.91;QD=19.9325;RBI=0.00293055;REFB=-0.0174863;REVB=0.00283953;RO=36;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539378;STB=0.518819;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0181997;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:36:38:39:39:0.506494:15:24:20:16:15:24:22:16 chr16 4484396 . A T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0419221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5161;QD=12.0501;RBI=0.0728966;REFB=0.00353905;REVB=-0.059636;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555787;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0192871;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:5:8:6:3:5:8 chr16 4496973 . T A 394.63 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000484057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.278;QD=20.2372;RBI=0.0129841;REFB=-0.00478304;REVB=0.0129751;RO=38;SAF=25;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153506;STB=0.589288;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00418001;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:38:39:40:0.512821:14:25:18:20:14:26:18:20 chr16 4625470 . C G 158.71 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0167143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7133;QD=11.7565;RBI=0.0750562;REFB=-0.00762645;REVB=-0.0731714;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860063;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0267903;OID=.;OPOS=4625470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:9:11:16:18:9:11:16:18 chr16 4708959 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0264207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.852;QD=11.9196;RBI=0.0264233;REFB=0.00928143;REVB=0.000371111;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162992;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0629818;OID=.;OPOS=4708959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:1:6:6:2:1:6:6:3 chr16 4709131 . C A 103.48 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0119116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9376;QD=18.8144;RBI=0.0463517;REFB=-0.0253554;REVB=-0.044795;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297241;STB=0.668853;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0207963;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:8:2:7:5:8:2 chr16 4721468 . T C 311.35 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00148322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.041;QD=14.1523;RBI=0.00244901;REFB=-0.00731378;REVB=0.00194877;RO=53;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152341;STB=0.59289;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0127932;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:53:53:34:35:0.397727:22:12:26:27:23:12:26:27 chr16 4736316 . C T 384.16 PASS AF=0.41;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0309741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4608;QD=15.3665;RBI=0.0313119;REFB=-0.00554066;REVB=-0.00458715;RO=56;SAF=18;SAR=22;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885451;STB=0.526611;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00804274;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:56:59:40:41:0.41:22:18:30:26:22:19:30:29 chr16 4748825 . C T 190.42 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0456172;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1248;QD=15.5448;RBI=0.0527409;REFB=-0.0129823;REVB=0.0264702;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160258;STB=0.571359;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0231553;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:10:19:10:10:11:18 chr16 4752134 . A G 260.54 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00984468;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.885;QD=14.2759;RBI=0.0546484;REFB=-0.0184694;REVB=-0.0537544;RO=43;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814981;STB=0.546342;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0332924;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:13:17:21:22:13:17:21:22 chr16 4790273 . G A 165.84 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0672832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8979;QD=11.4375;RBI=0.103258;REFB=-0.00111605;REVB=0.0783268;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203895;STB=0.618931;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00470079;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:7:14:18:19:7:14:18:19 chr16 4790503 . C T 437.51 PASS AF=0.494382;AO=42;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00300159;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.171;QD=19.6634;RBI=0.00408921;REFB=-0.0153897;REVB=0.00277707;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485996;STB=0.539401;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0162676;OID=.;OPOS=4790503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:45:42:44:0.494382:18:24:28:17:20:24:28:17 chr16 4794873 . C T 531.48 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00317783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.651;QD=22.8593;RBI=0.00532351;REFB=-0.0303236;REVB=0.00427097;RO=43;SAF=33;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715818;STB=0.539451;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0243607;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:17:33:25:18:17:33:25:18 chr16 4796393 . A G 746.07 PASS AF=0.598291;AO=67;DP=114;FAO=70;FDP=117;FR=.;FRO=47;FSAF=55;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.00702253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.064;QD=25.5066;RBI=0.0443678;REFB=-0.00713289;REVB=0.0438085;RO=44;SAF=53;SAR=14;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487869;STB=0.523803;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00749007;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:44:47:67:70:0.598291:14:53:35:9:15:55:35:12 chr16 4797457 . C T 885.65 PASS AF=0.502825;AO=89;DP=178;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.017559;FXX=0.00561766;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1118;QD=20.0146;RBI=0.0195598;REFB=0.0147137;REVB=0.00861791;RO=88;SAF=60;SAR=29;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104427;STB=0.557546;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0174702;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:88:88:89:89:0.502825:29:60:50:38:29:60:50:38 chr16 4802386 . G T 420.8 PASS AF=0.398374;AO=47;DP=121;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0467751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3354;QD=13.6845;RBI=0.0577119;REFB=-0.00888468;REVB=0.0338046;RO=74;SAF=25;SAR=22;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387306;STB=0.510077;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.014758;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:74:74:47:49:0.398374:22:25:42:32:22:27:42:32 chr16 4815608 . A G 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8204;QD=56.6965;RBI=0.097163;REFB=0;REVB=-0.0964622;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000818025;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr16 4861709 . G C 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.763;QD=60.2044;RBI=0.0187658;REFB=0;REVB=0.0172017;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77021e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:24:48:0:0:24:49:0:0 chr16 4933939 . G C 375.95 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.982;QD=55.6957;RBI=0.063022;REFB=0;REVB=0.025897;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147894;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:13:10:0:0:15:12:0:0 chr16 4934549 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.433;QD=44.6889;RBI=0.154425;REFB=0;REVB=0.0407764;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022123;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr16 4934564 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.47;QD=46.8475;RBI=0.0217654;REFB=0;REVB=0.0213087;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202151;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr16 4938160 . T G 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.407;QD=59.6775;RBI=0.0153358;REFB=0;REVB=0.0142411;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74964e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr16 4940809 . A G 1797.4 PASS AF=0.991667;AO=116;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.037916;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8552;QD=59.9134;RBI=0.0514315;REFB=-0.0772178;REVB=-0.0347503;RO=1;SAF=48;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693323;STB=0.503596;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=7.44715e-05;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:116:119:0.991667:68:48:0:1:69:50:0:1 chr16 4942099 . C G,T 1391.03 PASS AF=0.0326087,0.956522;AO=4,87;DP=92;FAO=3,88;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=3,39;FSAR=0,49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000988754,0.0179127;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.0296,225.807;QD=60.4796;RBI=0.0124925,0.0222189;REFB=-0.0866557,-0.141911;REVB=0.0124533,0.013146;RO=0;SAF=4,38;SAR=0,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.506328;STBP=1,0.283;TYPE=snp,snp;VARB=0.0253126,0.000473334;OID=.,.;OPOS=4942099,4942099;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:92:92:0:1:4,87:3,88:0.0326087,0.956522:0,49:4,38:0:0:0,49:3,39:1:0 chr16 4944518 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.195;QD=57.6806;RBI=0.0518433;REFB=0;REVB=-0.00177237;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44476e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr16 5068152 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0334395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7615;QD=10.3901;RBI=0.0337875;REFB=-0.029137;REVB=-0.00483645;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.624653;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.039676;OID=.;OPOS=5068152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:7:4:4:3:7:4 chr16 5074952 . C T 457.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.647;QD=55.4032;RBI=0.00465104;REFB=-0.125626;REVB=0.00395664;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340858;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:33:0:0:32:33:1:8:24:0:0:8:25:0:0 chr16 5075542 . G A 358.85 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0142966;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.113;QD=16.6905;RBI=0.0143005;REFB=0.00391359;REVB=-0.000333464;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093123;STB=0.536551;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0054833;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:48:38:38:0.44186:15:23:23:22:15:23:26:22 chr16 5075633 . G A 467.17 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0482477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2933;QD=28.3131;RBI=0.0482593;REFB=-0.0218179;REVB=-0.00106011;RO=23;SAF=22;SAR=21;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104752;STB=0.556936;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0120245;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:21:22:8:15:21:22:8:15 chr16 5097947 . A G 401.54 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.016573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0473;QD=27.2228;RBI=0.0518697;REFB=0.00398582;REVB=0.0491509;RO=21;SAF=16;SAR=22;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366263;STB=0.519989;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00174264;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:22:16:10:11:22:16:10:11 chr16 5106184 . C T 541.03 PASS AF=0.487603;AO=52;DP=124;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00152104;FXX=0.0546832;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.6337;QD=17.8853;RBI=0.0301494;REFB=-0.00831236;REVB=-0.030111;RO=35;SAF=32;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983364;STB=0.510788;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00958419;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:35:62:52:59:0.487603:20:32:17:18:25:34:37:25 chr16 5132636 . C T 872.86 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.324;QD=57.2367;RBI=0.0417267;REFB=0;REVB=0.0233163;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046558;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:25:34:0:0:25:36:0:0 chr16 5139217 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.753;QD=50.4135;RBI=0.0348042;REFB=0;REVB=0.0322232;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30174e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr16 5517199 . T C 30.44 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0145308;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=89.3325;QD=7.61032;RBI=0.0783727;REFB=-0.0153987;REVB=-0.0770139;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0449751;OID=.;OPOS=5517199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:16:4:10:5:6:0.375:4:1:3:1:5:1:6:4 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 673.03 PASS AF=1;AO=43;DP=64;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248474;FXX=0.113186;HRUN=1;LEN=7;MLLD=326.262;QD=57.279;RBI=0.0260781;REFB=0;REVB=0.00791661;RO=14;SAF=26;SAR=17;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.81678e-06;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:64:47:47:0:29:18:0:0:4:14:26:17:10:4 chr16 6533549 . C A 310.31 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0527759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.719;QD=21.4005;RBI=0.0574885;REFB=-0.0145895;REVB=-0.0227955;RO=26;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312556;STB=0.517316;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0182071;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:10:22:17:9:10:22:17:9 chr16 6923966 . A G 457.73 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0160235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6339;QD=17.7761;RBI=0.0181246;REFB=-0.0135651;REVB=0.00847035;RO=54;SAF=28;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504909;STB=0.528078;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.018444;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:21:28:28:26:21:28:28:26 chr16 7102036 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAT 1386.86 PASS AF=0.0347826,0.956522,0;AO=15,73,5;DP=110;FAO=4,110,0;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=4,70,0;FSAR=0,40,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00704157,0.0471074,-0.0124965;FXX=0.0254216;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=7.82346,18.0016,6.47553;QD=48.2385;RBI=0.219216,0.295197,0.0213431;REFB=-0.092758,0.00619235,-0.0826575;REVB=0.219102,0.291414,0.0173021;RO=7;SAF=10,58,2;SAR=5,15,3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.298268,0.148616,0.275355;STB=0.5,0.503545,0.5;STBP=1,0.505,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0174933,0.00701058,0;OID=.,.,.;OPOS=7102037,7102037,7102038;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAT;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0347826,0.956522,0:15,73,5:110:4,110,0:115:1:4,70,0:0,40,0:1:0:5:7:10,58,2:5,15,3:1:6 chr16 7760884 . T G 564.13 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00140603;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0396;QD=22.7932;RBI=0.012487;REFB=-0.000410572;REVB=0.0124076;RO=40;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878614;STB=0.568574;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00136888;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:40:44:55:55:0.555556:31:24:22:18:31:24:26:18 chr16 7761529 . C T 568.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164127;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.494;QD=61.4381;RBI=0.0320958;REFB=0;REVB=0.027582;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867546;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr16 8728953 . C T 2258.28 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360901;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.059;QD=60.2207;RBI=0.0366114;REFB=-0.072097;REVB=-0.00615596;RO=0;SAF=83;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84869e-08;STB=0.502994;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000152659;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:0:1:149:149:0.993333:66:83:0:0:66:83:1:0 chr16 8736028 . T C 2277.95 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0277056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1784;QD=61.9849;RBI=0.0531349;REFB=0.0421432;REVB=-0.0453401;RO=2;SAF=77;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000806001;STB=0.500424;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00163202;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:68:77:1:1:68:77:1:1 chr16 8738427 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.898;QD=59.6788;RBI=0.0379578;REFB=0;REVB=0.0361125;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39818e-05;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr16 8738499 . G A 1379.85 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511836;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2326;QD=62.7206;RBI=0.0541665;REFB=0;REVB=0.0177273;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156879;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr16 8738579 . A G 546.05 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.916;QD=57.4793;RBI=0.0430443;REFB=-0.168212;REVB=0.0221769;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00154763;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:37:37:0.973684:24:13:0:1:24:13:0:1 chr16 8739953 . T TA 354.22 PASS AF=1;AO=8;DP=78;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661268;FXX=0.499936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.6389;QD=36.3299;RBI=0.0824949;REFB=0;REVB=0.049322;RO=69;SAF=0;SAR=8;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659001;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00515135;OID=.;OPOS=8739954;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:78:39:39:0:39:0:0:0:3:69:0:8:40:29 chr16 8739954 . G A,T 1165.41 PASS AF=0.886076,0.113924;AO=70,8;DP=78;FAO=70,9;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=29,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131438,-0.00400915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.7902,240.944;QD=59.0079;RBI=0.0135618,0.0173536;REFB=0,0;REVB=-0.00334122,-0.0168841;RO=0;SAF=41,0;SAR=29,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0096486,0.0153745;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:78:79:0:0:70,8:70,9:0.886076,0.113924:29,8:41,0:0:0:29,8:41,1:0:0 chr16 8740015 . A C 1175.51 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0410315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3419;QD=59.5194;RBI=0.060212;REFB=0.0102559;REVB=-0.044067;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122936;STB=0.506492;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000848903;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:38:40:0:1:38:40:0:1 chr16 8740138 . A G 441.82 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-5.64411e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.371;QD=19.8573;RBI=0.00669704;REFB=-0.00315032;REVB=-0.0066968;RO=45;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450168;STB=0.517858;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00395189;OID=.;OPOS=8740138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:43:44:0.494382:18:25:24:21:19:25:24:21 chr16 8740418 . T C 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6587;QD=59.139;RBI=0.0295576;REFB=0;REVB=-0.022016;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227461;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr16 8740503 . G A 627.02 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.316;QD=61.1725;RBI=0.0446534;REFB=0;REVB=0.0291041;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110699;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:13:26:0:0:15:26:0:0 chr16 8839954 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.146;QD=56.9568;RBI=0.0359235;REFB=0;REVB=0.0358496;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88855e-05;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr16 8841960 . T C 1540.54 PASS AF=1;AO=88;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.784;QD=59.8268;RBI=0.0927957;REFB=0;REVB=0.0774107;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432914;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:88:103:1:35:53:0:0:48:55:0:0 chr16 8868776 . C A 142.59 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0162567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.089;QD=8.26607;RBI=0.0170737;REFB=0.00202656;REVB=-0.00521835;RO=48;SAF=15;SAR=5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337388;STB=0.697467;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00779888;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:48:49:20:20:0.289855:5:15:23:25:5:15:24:25 chr16 8875171 . G T 416.55 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00729742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2317;QD=19.6024;RBI=0.0341059;REFB=-0.0207284;REVB=0.0333161;RO=43;SAF=23;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03115;STB=0.517292;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0222709;OID=.;OPOS=8875171;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:19:23:25:18:19:23:25:18 chr16 8877832 . C T 215.61 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00365581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.85;QD=21.5614;RBI=0.0485765;REFB=-0.00201816;REVB=-0.0484387;RO=18;SAF=19;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635099;STB=0.869083;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000882639;OID=.;OPOS=8877832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:19:20:21:0.525:1:19:9:9:1:20:10:9 chr16 8877854 . C G 487.45 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100461;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7054;QD=59.0842;RBI=0.0765859;REFB=0;REVB=-0.0759241;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000802393;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr16 8948433 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00281299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.673;QD=16.8221;RBI=0.0141393;REFB=0.00974696;REVB=-0.0138567;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292301;STB=0.666293;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.013138;OID=.;OPOS=8948433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:0:5:5:2:0:5 chr16 8948437 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0144207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.041;QD=15.2591;RBI=0.0163001;REFB=-0.0196826;REVB=0.00759843;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329175;STB=0.6871;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00510334;OID=.;OPOS=8948437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:0:6:5:2:0:6 chr16 8952248 . A G 734.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.399;QD=56.5282;RBI=0.0194727;REFB=0;REVB=0.00858165;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78564e-05;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr16 8953081 . C G 2063.6 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.741;QD=62.5333;RBI=0.026012;REFB=0;REVB=0.0201593;RO=0;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20148e-05;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:72:60:0:0:72:60:0:0 chr16 8979046 . A G 1479.9 PASS AF=0.990099;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.263;QD=58.6101;RBI=0.119874;REFB=-0.0539719;REVB=-0.118998;RO=1;SAF=61;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771294;STB=0.503936;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00132133;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:101:1:1:98:100:0.990099:37:61:1:0:37:63:1:0 chr16 9030444 . C G 708.21 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0191973;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1467;QD=59.0172;RBI=0.0920926;REFB=-0.18946;REVB=0.0900695;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52173;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00751767;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:48:0:2:46:46:0.958333:22:24:0:0:22:24:0:2 chr16 9916204 . C G 584.94 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.00103942;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.971;QD=19.3369;RBI=0.00104157;REFB=-0.0165839;REVB=-6.6874e-05;RO=60;SAF=39;SAR=21;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0156581;OID=.;OPOS=9916204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:61:60:60:0.495868:21:39:39:21:21:39:40:21 chr16 9943666 . C T 689.54 PASS AF=0.511278;AO=66;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0029196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.847;QD=20.738;RBI=0.0283806;REFB=-0.0122527;REVB=0.02823;RO=65;SAF=37;SAR=29;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504211;STB=0.528208;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0132755;OID=.;OPOS=9943666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:66:68:0.511278:29:37:40:25:30:38:40:25 chr16 10315838 . T C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0292812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6995;QD=22.1885;RBI=0.0380152;REFB=0.0174704;REVB=-0.024244;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960261;STB=0.553528;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0179308;OID=.;OPOS=10315838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:15:9:6:16:15:9:6:16 chr16 10315905 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0175222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4528;QD=20.456;RBI=0.0300368;REFB=-0.0259265;REVB=-0.0243964;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352672;STB=0.519976;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0268715;OID=.;OPOS=10315905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:4:11:13:4:4:11 chr16 10524656 . GGAC G 434.11 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395761;FXX=0.0769034;HRUN=2;LEN=3;MLLD=189.26;QD=48.2343;RBI=0.0678837;REFB=0;REVB=0.0551537;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000333344;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:39:36:36:0:16:20:0:0:8:0:16:15:0:0 chr16 10531964 . C A 206.79 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00610581;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.681;QD=22.9762;RBI=0.0143688;REFB=-0.00733009;REVB=0.013007;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809967;STB=0.550266;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00479524;OID=.;OPOS=10531964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:16:19:20:0.555556:6:13:13:4:7:13:12:4 chr16 10574796 . C T 482.56 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.975;QD=53.6178;RBI=0.0210758;REFB=-0.115797;REVB=0.0179076;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000598214;OID=.;OPOS=10574796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:1:2:34:34:0.944444:16:18:0:1:16:18:1:1 chr16 10574813 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.505;QD=55.6515;RBI=0.0234;REFB=0;REVB=-0.0194997;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106444;OID=.;OPOS=10574813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr16 10769958 . T C,G 1217.79 PASS AF=0.950617,0.0493827;AO=77,4;DP=81;FAO=77,4;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=62,2;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134741,-0.00170642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.357,124.621;QD=60.1379;RBI=0.0277613,0.0266788;REFB=0,0;REVB=0.0242722,0.0266242;RO=0;SAF=62,2;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58984e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000304252,0.0225637;OID=.,.;OPOS=10769958,10769958;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:81:81:0:0:77,4:77,4:0.950617,0.0493827:15,2:62,2:0:0:15,2:62,2:0:0 chr16 10775855 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0243637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.674;QD=6.57342;RBI=0.0263678;REFB=0.00444373;REVB=0.0100831;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2144;STB=0.635943;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0165158;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:11:5:3:3:11:5 chr16 10788406 . G T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0198337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.95;QD=16.6269;RBI=0.0201675;REFB=-0.0158386;REVB=-0.00365408;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144167;STB=0.583803;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0129666;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:3:10:9:5:3:10:9:5 chr16 10788558 . A G 558.02 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.026845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.99;QD=18.9158;RBI=0.0280183;REFB=-0.0244441;REVB=0.00802301;RO=58;SAF=37;SAR=21;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341678;STB=0.506664;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0230793;OID=.;OPOS=10788558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:60:58:58:0.491525:21:37:39:19:21:37:39:21 chr16 10813648 . C T 363.25 PASS AF=0.475;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00387829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.327;QD=18.1625;RBI=0.0100265;REFB=-0.00908377;REVB=-0.00924601;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104345;STB=0.547921;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0149545;OID=.;OPOS=10813648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:40:42:37:38:0.475:15:22:28:12:16:22:28:14 chr16 10862964 . A G 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0543593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6794;QD=49.3969;RBI=0.0543843;REFB=-0.0985125;REVB=0.00164736;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00205964;OID=.;OPOS=10862964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:14:9:0:0:14:9:1:0 chr16 10867272 . T C 76.16 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000545557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.619;QD=12.1861;RBI=0.0137666;REFB=-0.0140146;REVB=-0.0137557;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310035;STB=0.682555;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0250657;OID=.;OPOS=10867272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:14:15:9:10:0.4:3:6:5:9:3:7:6:9 chr16 10989219 . C G 352.26 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0826226;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.9339;QD=16.3843;RBI=0.0847688;REFB=-0.00438734;REVB=0.018954;RO=43;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286507;STB=0.673747;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0184441;OID=.;OPOS=10989219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:48:38:38:0.44186:14:24:14:29:14:24:15:33 chr16 10995933 . A G 538.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.801;QD=59.7793;RBI=0.0394614;REFB=0;REVB=0.0296133;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138079;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr16 11002133 . C G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6476;QD=58.1404;RBI=0.0213837;REFB=0;REVB=0.0203093;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39593e-05;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr16 11002904 . G A 1254.4 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=91;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0344915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7226;QD=55.1386;RBI=0.100088;REFB=-0.0495256;REVB=0.0939568;RO=5;SAF=51;SAR=34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043354;STB=0.529405;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.002122;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:91:91:5:6:85:85:0.934066:34:51:1:4:34:51:1:5 chr16 11002927 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.276;QD=62.6143;RBI=0.0279478;REFB=0;REVB=0.0278942;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64226e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr16 11016045 . C T 1169.41 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.803;QD=60.7486;RBI=0.0602989;REFB=0;REVB=0.0528264;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188143;OID=.;OPOS=11016045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr16 11056378 . C T 433.92 PASS AF=0.361702;AO=51;DP=141;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0184351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.585;QD=12.3099;RBI=0.0202296;REFB=-0.00176713;REVB=0.00832967;RO=90;SAF=23;SAR=28;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707837;STB=0.540318;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00404295;OID=.;OPOS=11056378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:90:90:51:51:0.361702:28:23:35:55:28:23:35:55 chr16 11154770 . G A 248.55 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0115342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.666;QD=14.003;RBI=0.0174499;REFB=-0.00783457;REVB=0.0130943;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188245;STB=0.613956;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0158282;OID=.;OPOS=11154770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:11:18:18:23:11:18:18:24 chr16 11361895 . C G 447.6 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.000700291;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.673;QD=15.4345;RBI=0.0139031;REFB=-0.0134432;REVB=-0.0138854;RO=66;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095652;STB=0.553487;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0179733;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:66:50:50:0.431034:28:22:23:43:28:22:23:43 chr16 11362729 . G A 338.99 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00787031;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.914;QD=15.0662;RBI=0.0408228;REFB=-0.0127528;REVB=0.040057;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114936;STB=0.56474;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0239167;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:15:22:37:16:15:22:37:16 chr16 11367143 . G A 674.75 PASS AF=0.92;AO=45;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0348557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.804;QD=53.9797;RBI=0.0453484;REFB=-0.0913775;REVB=0.0290096;RO=3;SAF=23;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816574;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:50:50:3:4:45:46:0.92:22:23:2:1:23:23:2:2 chr16 11367154 . C T 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-5.8873e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.433;QD=11.1268;RBI=0.023686;REFB=-0.0121952;REVB=-0.023686;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066221;STB=0.539124;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0150894;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:9:8:18:16:9:8:18:16 chr16 11367195 . G C 170.42 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0146915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6137;QD=13.3664;RBI=0.03627;REFB=-0.0265919;REVB=-0.0331614;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12709;STB=0.58478;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0267601;OID=.;OPOS=11367195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:7:13:16:14:7:13:16:15 chr16 11374866 . G T 362.27 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0342248;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4777;QD=14.4908;RBI=0.0351515;REFB=-0.00658131;REVB=0.00801806;RO=59;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525577;STB=0.529661;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00804039;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:23:18:23:36:23:18:23:36 chr16 11387117 . A G 2342.9 PASS AF=0.975155;AO=157;DP=161;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0196346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.837;QD=58.2086;RBI=0.0200098;REFB=-0.00186732;REVB=-0.00385704;RO=4;SAF=72;SAR=85;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993162;STB=0.505222;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=3.42756e-05;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:161:161:4:4:157:157:0.975155:85:72:1:3:85:72:1:3 chr16 11387129 . C A 1007.28 PASS AF=0.607843;AO=93;DP=155;FAO=93;FDP=153;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00401416;FXX=0.0129024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.927;QD=26.3341;RBI=0.0153398;REFB=-0.0215598;REVB=-0.0148053;RO=59;SAF=46;SAR=47;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630436;STB=0.530589;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.012194;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:59:60:93:93:0.607843:47:46:24:35:47:46:25:35 chr16 11387164 . T C 433.36 PASS AF=0.393701;AO=49;DP=126;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00116102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.804;QD=13.649;RBI=0.0165345;REFB=-0.00362161;REVB=0.0164937;RO=77;SAF=22;SAR=27;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622003;STB=0.54049;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0123582;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:77:77:49:50:0.393701:27:22:39:38:28:22:39:38 chr16 11540712 . T C 771.43 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.844;QD=64.2858;RBI=0.0867103;REFB=0;REVB=6.91816e-05;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356578;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:26:14:0:0:26:22:0:0 chr16 11541896 . G A,C 714.04 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514206,0.0169485;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.7022,170.193;QD=62.0907;RBI=0.0572318,0.0237916;REFB=0,0;REVB=0.0251276,-0.0166969;RO=0;SAF=25,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0036121,0.141255;OID=.,.;OPOS=11541896,11541896;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:46:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:19,0:25,2:0:0:19,0:25,2:0:0 chr16 11542894 . C T 334.97 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.049877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.186;QD=16.9606;RBI=0.0505742;REFB=-0.0193896;REVB=0.00836878;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198573;STB=0.611051;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0340036;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:16:20:15:28:16:20:15:28 chr16 11544509 . C G 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0189023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.163;QD=15.229;RBI=0.0307265;REFB=-0.0037589;REVB=0.0242245;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271912;STB=0.515679;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00599591;OID=.;OPOS=11544509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:14:14:9:10:14:14 chr16 11544673 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00815642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.096;QD=13.2053;RBI=0.0251959;REFB=-0.00449029;REVB=-0.0238392;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396745;STB=0.736113;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00158542;OID=.;OPOS=11544673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:1:5:2:4:1:5 chr16 11769948 . C T 110.27 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0170529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.087;QD=14.7021;RBI=0.0331961;REFB=-0.0163453;REVB=0.0284812;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664503;STB=0.505147;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0128785;OID=.;OPOS=11769948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:17:13:13:0.433333:6:7:7:8:6:7:9:8 chr16 11769963 . C T 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0283463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.585;QD=19.3444;RBI=0.0309707;REFB=-0.0243095;REVB=0.0124769;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.556898;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.031007;OID=.;OPOS=11769963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:9:9:7:11:9:9 chr16 11770777 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0244176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.117;QD=17.8274;RBI=0.0303269;REFB=-0.00300067;REVB=-0.0179861;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190057;STB=0.608523;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00223173;OID=.;OPOS=11770777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:8:3:6:6:8:3 chr16 11771094 . C G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0195038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5015;QD=19.3694;RBI=0.0547766;REFB=-0.00688648;REVB=-0.0511867;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0054016;OID=.;OPOS=11771094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:7:8:8:8:7:8 chr16 11771353 . C A 240.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0130681;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.004;QD=20.8958;RBI=0.0150295;REFB=0.0151409;REVB=-0.00742359;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174177;STB=0.607385;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.016526;OID=.;OPOS=11771353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:23:23:23:0.5:13:10:14:8:13:10:15:8 chr16 11772599 . GT GTTCTGA,G 193.46 PASS AF=0.463415,0.0243902;AO=16,6;DP=44;FAO=19,1;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14,0;FSAR=5,1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00258646,-0.00119936;FXX=0.0681663;HRUN=6,6;LEN=5,1;MLLD=287.289,9.63226;QD=18.8744;RBI=0.0091019,0.0936215;REFB=-0.00718018,-0.0444498;REVB=-0.00872668,0.0936138;RO=14;SAF=11,4;SAR=5,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0.588235;SSEP=0,0.450617;SSSB=0.105752,0.11111;STB=0.57405,0.991927;STBP=0.441,0.245;TYPE=ins,del;VARB=0.00557973,0.0738947;OID=.,.;OPOS=11772601,11772600;OREF=-,T;OALT=TCTGA,-;OMAPALT=GTTCTGA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415,0.0243902:16,6:44:19,1:41:21:14,0:5,1:13:8:99:14:11,4:5,2:8:6 chr16 11773662 . C G 37.77 PASS AF=0.25;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0199471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.966;QD=6.2943;RBI=0.0202163;REFB=-0.00656308;REVB=0.00328826;RO=16;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522492;STB=0.873907;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0396936;OID=.;OPOS=11773662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:24:16:18:5:6:0.25:4:1:11:5:5:1:13:5 chr16 11852354 . A C 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0769038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7636;QD=21.7433;RBI=0.0794729;REFB=0.0128687;REVB=-0.0200436;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591671;STB=0.533298;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00812368;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:9:7:7:12:9:7 chr16 11940390 . T C 227.97 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00159002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.188;QD=13.8164;RBI=0.00777143;REFB=-0.00618336;REVB=-0.00760703;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123599;STB=0.570418;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0132846;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:15:12:22:17:15:12:22:17 chr16 11969724 . G C 175.31 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.026482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5057;QD=10.0179;RBI=0.0326164;REFB=0.0038671;REVB=-0.0190403;RO=47;SAF=15;SAR=8;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647246;STB=0.537783;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0115735;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:8:15:33:14:8:15:33:14 chr16 12009304 . C A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00515258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.932;QD=26.0262;RBI=0.0174364;REFB=-0.0764179;REVB=0.0166577;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0154599;OID=.;OPOS=12009304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr16 12021332 . G A 81.98 PASS AF=0.555556;AO=7;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0571145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.781;QD=18.2177;RBI=0.0571351;REFB=-0.0339721;REVB=-0.00153549;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.526974;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.032609;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:7:10:0.555556:3:4:6:2:3:7:6:2 chr16 12027474 . CAT C,CGT 400.63 PASS AF=1,0;AO=28,2;DP=30;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010218,-0.012356;FXX=0.0666445;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=211.7,58.6558;QD=57.2329;RBI=0.0104012,0.028279;REFB=0,0;REVB=-0.00194396,-0.0254368;RO=0;SAF=7,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=1.76083e-05,0;OID=.,.;OPOS=12027475,12027475;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:28,2:30:28,0:28:0:7,0:21,0:0:0:4:0:7,0:21,2:0:0 chr16 12060163 . A G 1063.71 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.634;QD=57.4979;RBI=0.0382334;REFB=-0.132372;REVB=0.0256609;RO=1;SAF=45;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103923;STB=0.505262;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000617632;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:74:1:1:70:73:0.986486:25:45:1:0:26:47:1:0 chr16 12162969 . A G 1332.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246903;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.886;QD=62.7254;RBI=0.0109057;REFB=0;REVB=-0.0106225;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101075;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr16 12621176 . C G 1050.22 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.865;QD=57.5463;RBI=0.0248055;REFB=-0.135044;REVB=0.00618081;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00131421;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:0:1:70:72:0.986301:40:30:0:0:42:30:1:0 chr16 12662487 . C G 255.83 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0839565;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.286;QD=15.5046;RBI=0.0903585;REFB=-0.0133581;REVB=0.0334062;RO=37;SAF=6;SAR=23;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157185;STB=0.589677;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.014814;OID=.;OPOS=12662487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:37:29:29:0.439394:23:6:12:25:23:6:12:25 chr16 12666984 . T A 726.97 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3188;QD=54.8655;RBI=0.048479;REFB=-0.142236;REVB=0.0447094;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360715;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:53:1:0:51:53:1:22:29:1:0:22:31:0:0 chr16 12757346 . GTTTTTTA GTTTTT,GTTTTTA,GTTTTTAA 146.02 PASS AF=0.357143,0,0;AO=12,14,9;DP=89;FAO=30,0,0;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=22,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.111828,-0.0293727,-0.142399;FXX=0.0117633;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=17.5133,9.29919,14.3405;QD=6.95346;RBI=0.111831,0.0575748,0.151227;REFB=-0.0544028,-0.0667911,-0.0147759;REVB=-0.000753795,0.0495187,0.0509134;RO=43;SAF=7,14,7;SAR=5,0,2;SRF=15;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.28263,0.80223,0.496603;STB=0.723766,0.5,0.5;STBP=0.005,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.127863,0,0;OID=.,.,.;OPOS=12757352,12757347,12757352;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTA,GTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0,0:12,14,9:89:30,0,0:84:54:22,0,0:8,0,0:21:33:99:43:7,14,7:5,0,2:15:28 chr16 12758966 . T C 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0148847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.23;QD=25.1494;RBI=0.0149054;REFB=-0.00407949;REVB=-0.00078582;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137052;STB=0.575981;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00316454;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:12:15:8:13:12:15:8:13 chr16 12897578 . G T 1658.0 PASS AF=0.608333;AO=146;DP=242;FAO=146;FDP=240;FR=.;FRO=94;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.00567594;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3731;QD=27.6333;RBI=0.0537654;REFB=-0.0132934;REVB=0.0534649;RO=92;SAF=82;SAR=64;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756435;STB=0.536866;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00800519;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:240:92:94:146:146:0.608333:64:82:42:50:64:82:44:50 chr16 13002359 . T C 1139.38 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390632;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.357;QD=60.767;RBI=0.00390962;REFB=0;REVB=0.000160486;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27299e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:34:41:0:0 chr16 14041958 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.688;QD=57.177;RBI=0.0273052;REFB=0;REVB=-0.023948;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181911;OID=.;OPOS=14041958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:22:27:0:0:23:28:0:0 chr16 14046149 . AT A 606.77 PASS AF=1;AO=72;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249187;FXX=0.00892777;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.81366;QD=21.8657;RBI=0.185324;REFB=0.138412;REVB=0.185307;RO=12;SAF=44;SAR=28;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0117466;OID=.;OPOS=14046150;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:112:111:111:0:71:40:0:0:6:12:44:28:5:7 chr16 14742400 . T G 399.29 PASS AF=0.533333;AO=38;DP=73;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0169141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.928;QD=21.2956;RBI=0.0702459;REFB=-0.0180507;REVB=0.0681791;RO=33;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940279;STB=0.505008;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0119459;OID=.;OPOS=14742400;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:33:35:38:40:0.533333:20:18:16:17:21:19:17:18 chr16 14749034 . C T 272.78 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0540171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.15;QD=24.2471;RBI=0.0541962;REFB=0.0071264;REVB=0.00440287;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145851;STB=0.580585;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00314994;OID=.;OPOS=14749034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:16:9:4:16:16:9:4:16 chr16 14989420 . C T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.431;QD=23.2134;RBI=0.0577046;REFB=-0.0841713;REVB=0.0541377;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00505666;OID=.;OPOS=14989420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr16 15082865 . C T 228.65 PASS AF=0.48;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0338529;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2985;QD=18.2918;RBI=0.0714556;REFB=-0.0585846;REVB=0.0629276;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148724;STB=0.559951;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0568892;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:24:26:24:24:0.48:12:12:16:8:12:12:16:10 chr16 15083131 . A T 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00408683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.954;QD=3.89755;RBI=0.0335567;REFB=-0.00190536;REVB=0.0333069;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579156;STB=0.539901;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00966271;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:4:4:19:23:4:4:19:23 chr16 15091601 . G C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0221164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.596;QD=15.5709;RBI=0.0250509;REFB=-0.00257894;REVB=-0.0117649;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659151;STB=0.874429;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0107367;OID=.;OPOS=15091601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:0:12:2:9:0:12 chr16 15095675 . C A 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00634009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7512;QD=14.7;RBI=0.0109371;REFB=-0.0355029;REVB=0.00891196;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234649;STB=0.638051;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0560644;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:8:7:3:9:8:7 chr16 15098047 . C G 152.43 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00680317;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.978;QD=10.5124;RBI=0.0161968;REFB=-0.011122;REVB=-0.0146988;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519212;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0189767;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:38:19:20:0.344828:11:8:16:22:11:9:16:22 chr16 15111218 . C T 367.42 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0311223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3967;QD=22.268;RBI=0.0359205;REFB=-0.0104682;REVB=-0.0179357;RO=29;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143253;STB=0.515781;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0116908;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:13:23:19:10:14:23:19:10 chr16 15116625 . G T 153.93 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.005487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.938;QD=15.0173;RBI=0.00854668;REFB=-0.0416388;REVB=0.00655276;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182119;STB=0.628348;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0172412;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:16:17:0.414634:6:10:18:5:7:10:19:5 chr16 15129970 . A G 282.23 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0111742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.142;QD=22.5782;RBI=0.0131074;REFB=-0.0216593;REVB=-0.00685134;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172071;STB=0.596199;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00816716;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:10:14:10:16:10:14 chr16 15131962 . A G 142.09 PASS AF=0.244444;AO=20;DP=87;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0219097;FXX=0.0322546;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7132;QD=6.31511;RBI=0.071385;REFB=0.00778532;REVB=-0.0679396;RO=66;SAF=12;SAR=8;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502443;STB=0.583256;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00451833;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:66:68:20:22:0.244444:8:12:37:29:8:14:36:32 chr16 15131974 . G T 153.63 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0158044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9737;QD=7.22967;RBI=0.0188953;REFB=0.00551342;REVB=-0.0103563;RO=62;SAF=14;SAR=8;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111279;STB=0.574211;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0170916;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:63:22:22:0.258824:8:14:34:28:8:14:34:29 chr16 15133889 . T G 754.56 PASS AF=0.454545;AO=80;DP=176;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.00515168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.474;QD=17.149;RBI=0.00517345;REFB=-0.0109009;REVB=0.000474075;RO=96;SAF=50;SAR=30;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324333;STB=0.518013;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0133616;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:96:96:80:80:0.454545:30:50:57:39:30:50:57:39 chr16 15178499 . G A 255.82 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0186804;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.905;QD=9.56327;RBI=0.0283818;REFB=-0.0140871;REVB=-0.0213675;RO=74;SAF=9;SAR=25;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265399;STB=0.659769;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0281957;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:74:73:34:34:0.317757:25:9:35:39:25:9:35:38 chr16 15221957 . T C 154.25 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00449829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.77;QD=9.07352;RBI=0.06819;REFB=-0.0101011;REVB=-0.0680414;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153783;STB=0.509108;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0222763;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:11:10:23:24:11:10:23:24 chr16 15675079 . G A,GA 49.05 PASS AF=0,0.282609;AO=5,5;DP=50;FAO=0,13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=0,8;FSAR=0,5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00574935,-0.0116694;FXX=0.09802;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=226.376,8.73131;QD=4.26484;RBI=0.0058926,0.0152509;REFB=0.00110061,-0.135213;REVB=0.00129138,0.00981906;RO=39;SAF=1,4;SAR=4,1;SRF=29;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.565834,0.089361;STB=0.5,0.539509;STBP=1,0.802;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0816657;OID=.,.;OPOS=15675079,15675080;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:50:46:39:33:5,5:0,13:0,0.282609:4,1:1,4:29:10:0,5:0,8:22:11 chr16 15696479 . GA AG,GAAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG 59.53 PASS AF=0.0769231,0.769231;AO=2,4;DP=15;FAO=1,10;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=1,8;FSAR=0,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0201058,0.0198078;FXX=0.133244;HRUN=2,2;LEN=2,23;MLLD=291.741,164.878;QD=18.3158;RBI=0.0280542,0.0456113;REFB=-0.0496569,-0.0390854;REVB=0.0195652,0.0410858;RO=9;SAF=1,3;SAR=1,1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.467969,-0.233048;STB=0.986712,0.571275;STBP=0.515,0.367;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0985192,0.0300859;OID=.,.;OPOS=15696479,15696481;OREF=GA,-;OALT=AG,AGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG;OMAPALT=AG,GAAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:15:13:9:2:2,4:1,10:0.0769231,0.769231:1,1:1,3:8:1:0,2:1,8:1:1 chr16 15820863 . C T 1661.57 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.69;QD=59.3418;RBI=0.0507129;REFB=-0.137463;REVB=0.0129149;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000371523;OID=.;OPOS=15820863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:62:49:0:0:62:49:0:1 chr16 15839034 . G A 375.49 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5019;QD=55.6283;RBI=0.0925531;REFB=0;REVB=0.0605758;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293507;OID=.;OPOS=15839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 15843899 . G A 224.24 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0030698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.08;QD=42.7125;RBI=0.0162615;REFB=-0.207512;REVB=-0.0159691;RO=2;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182147;STB=0.599885;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00111317;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:4:15:0:2:4:15:0:2 chr16 15850204 . A G 666.75 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000283335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.517;QD=62.0236;RBI=0.0164029;REFB=0;REVB=0.0164004;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62444e-05;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr16 15959756 . G A 142.94 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0462468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.525;QD=14.2935;RBI=0.0462553;REFB=-1.57835e-05;REVB=-0.000887584;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143153;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00042782;OID=.;OPOS=15959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:15:16:0.4:7:8:16:8:8:8:16:8 chr16 15959776 . G T 106.62 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0107135;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.862;QD=11.2228;RBI=0.0161922;REFB=-0.00469901;REVB=-0.0121412;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.5678;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00746218;OID=.;OPOS=15959776;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:16:9:6:7:16:9 chr16 15961351 . T C 368.35 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00686936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.949;QD=16.7434;RBI=0.00951779;REFB=-0.00818538;REVB=0.00658788;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430382;STB=0.524158;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.011741;OID=.;OPOS=15961351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:20:19:26:23:20:19:26:23 chr16 15961356 . C T 338.55 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00315044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9301;QD=15.2157;RBI=0.0140585;REFB=0.0113613;REVB=0.0137009;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139632;STB=0.507894;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0244711;OID=.;OPOS=15961356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:18:19:26:26:18:19:26:26 chr16 15961369 . G A 291.56 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00362146;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.6;QD=14.2223;RBI=0.0394653;REFB=-0.0271731;REVB=-0.0392988;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475687;STB=0.533313;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.050156;OID=.;OPOS=15961369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:49:33:33:0.402439:18:15:24:24:18:15:25:24 chr16 15967361 . T A,TCTA 268.71 PASS AF=0.038961,0.376623;AO=3,28;DP=77;FAO=3,29;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=2,21;FSAR=1,8;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0185694,-0.0143909;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=89.5697,237.624;QD=13.9589;RBI=0.0190473,0.0295559;REFB=-0.0112618,-0.0214833;REVB=-0.00423998,-0.0258158;RO=45;SAF=2,20;SAR=1,8;SRF=30;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0606089;STB=0.5,0.542058;STBP=1,0.624;TYPE=snp,ins;VARB=0.00637634,0.0310511;OID=.,.;OPOS=15967361,15967362;OREF=T,-;OALT=A,CTA;OMAPALT=A,TCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:77:77:45:45:3,28:3,29:0.038961,0.376623:1,8:2,20:30:15:1,8:2,21:30:15 chr16 15971028 . C A,G 794.22 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=6,50;DP=56;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3,29;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284384,-0.0130169;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.3757,60.7469;QD=55.7347;RBI=0.0284815,0.0495565;REFB=0,0;REVB=0.0015669,0.0478164;RO=0;SAF=6,25;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.122806,-0.000412285;OID=.,.;OPOS=15971028,15971028;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:56:57:0:0:6,50:3,54:0.0526316,0.947368:0,25:6,25:0:0:0,25:3,29:0:0 chr16 15973653 . TG AT,TT 602.15 PASS AF=0.452381,0.547619;AO=19,23;DP=42;FAO=19,23;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6,15;FSAR=13,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087727,-0.0220601;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.35,153.291;QD=57.348;RBI=0.05775,0.0223209;REFB=0,0;REVB=0.0570797,0.00340229;RO=0;SAF=6,15;SAR=13,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.094644,-0.00119789;OID=.,.;OPOS=15973653,15973654;OREF=TG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:42:0:0:19,23:19,23:0.452381,0.547619:13,8:6,15:0:0:13,8:6,15:0:0 chr16 16162019 . T C 432.01 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0362345;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4483;QD=19.8627;RBI=0.0838469;REFB=-0.0328559;REVB=0.0756132;RO=44;SAF=29;SAR=13;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033253;STB=0.508768;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0353368;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:44:42:43:0.494253:13:29:29:15:14:29:29:15 chr16 16236650 . T C 524.33 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00955625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.271;QD=17.3333;RBI=0.00965552;REFB=-0.00791473;REVB=-0.00138099;RO=64;SAF=38;SAR=18;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896921;STB=0.555535;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00822375;OID=.;OPOS=16236650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:65:56:56:0.46281:18:38:38:26:18:38:38:27 chr16 16263663 . G A 449.73 PASS AF=0.518072;AO=36;DP=84;FAO=43;FDP=83;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=34;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0235029;FXX=0.0119033;HRUN=6;LEN=1;MLLD=154.729;QD=21.6735;RBI=0.0395751;REFB=-0.0649129;REVB=-0.0318403;RO=22;SAF=12;SAR=24;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481275;STB=0.527015;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0405593;OID=.;OPOS=16263663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:22:34:36:43:0.518072:24:12:6:16:28:15:10:24 chr16 16271357 . T C 1396.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000441761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.571;QD=62.7589;RBI=0.00088284;REFB=0;REVB=0.000764365;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49892e-06;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr16 16272670 . T C 1235.54 PASS AF=1;AO=59;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7454;QD=60.2701;RBI=0.100753;REFB=0;REVB=0.0963361;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0059571;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:59:82:1:19:40:0:0:39:43:0:0 chr16 16278050 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0175206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.832;QD=9.11036;RBI=0.0226463;REFB=-0.00081658;REVB=-0.0143487;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135949;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0175734;OID=.;OPOS=16278050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:10:6:4:4:10:6 chr16 16291983 . A G 1344.3 PASS AF=0.507576;AO=133;DP=262;FAO=134;FDP=264;FR=.;FRO=130;FSAF=51;FSAR=83;FSRF=54;FSRR=76;FWDB=-0.0034568;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.342;QD=20.3682;RBI=0.00353135;REFB=-0.010697;REVB=0.000721782;RO=124;SAF=50;SAR=83;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025456;STB=0.518007;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00870326;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:264:124:130:133:134:0.507576:83:50:50:74:83:51:54:76 chr16 16468294 . C T 51.18 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00642685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.915;QD=2.92479;RBI=0.0202284;REFB=-0.00449813;REVB=-0.0191803;RO=60;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261329;STB=0.679221;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0344204;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:6:4:37:23:6:4:37:23 chr16 17196433 . G C 260.51 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0345343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.653;QD=18.9463;RBI=0.0345458;REFB=0.0209785;REVB=-0.000890258;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11762;STB=0.565909;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00337007;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:9:19:15:12:9:19:15:12 chr16 17196621 . A ATTC 90.08 PASS AF=0.461538;AO=3;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0243478;FXX=0.0370233;HRUN=8;LEN=3;MLLD=299.175;QD=13.8578;RBI=0.0445199;REFB=-0.0259855;REVB=0.0372721;RO=23;SAF=1;SAR=2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530917;STB=0.624819;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=0.0467526;OID=.;OPOS=17196622;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:3:27:12:26:14:8:4:12:2:90:23:1:2:19:4 chr16 17196622 . T TTC 62.73 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00361518;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=321.223;QD=9.29378;RBI=0.0120186;REFB=-0.00698343;REVB=-0.011462;RO=19;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28397;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0159205;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:27:9:27:18:7:2:14:4:62:19:6:1:13:6 chr16 18823379 . T C 1413.07 PASS AF=0.911504;AO=102;DP=113;FAO=103;FDP=113;FR=.;FRO=10;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0228402;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=174.638;QD=50.0202;RBI=0.0241672;REFB=-0.110618;REVB=0.00789795;RO=5;SAF=54;SAR=48;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114882;STB=0.51189;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000625998;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:113:113:5:10:102:103:0.911504:48:54:2:3:48:55:4:6 chr16 18844389 . C T 521.6 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0112689;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.591;QD=19.683;RBI=0.0485756;REFB=-0.00396175;REVB=-0.0472503;RO=51;SAF=25;SAR=29;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413199;STB=0.518213;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00403718;OID=.;OPOS=18844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:51:52:54:54:0.509434:29:25:26:25:29:25:26:26 chr16 19041595 . G A 982.43 PASS AF=0.921053;AO=69;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00827347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.039;QD=51.7069;RBI=0.0141204;REFB=0.0166355;REVB=0.0114427;RO=6;SAF=33;SAR=36;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535116;STB=0.527415;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000312725;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:76:6:6:69:70:0.921053:36:33:5:1:36:34:5:1 chr16 19067933 . G A 1147.96 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.017975;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2308;QD=56.6893;RBI=0.0370415;REFB=-0.122101;REVB=0.0323878;RO=3;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104572;STB=0.505238;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00270482;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:77:78:0.962963:40:37:1:2:41:37:1:2 chr16 19080184 . C T 919.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6871;QD=58.4107;RBI=0.0275631;REFB=0;REVB=0.0220092;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249809;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr16 19080227 . C CTG 704.42 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044807;FXX=0.0384541;HRUN=0;LEN=2;MLLD=325.582;QD=56.3536;RBI=0.00528651;REFB=0;REVB=0.00280543;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.18648e-06;OID=.;OPOS=19080228;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:53:50:50:0:25:25:0:0:4:1:23:23:0:1 chr16 19085298 . C T 2729.92 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.721;QD=62.3982;RBI=0.0056286;REFB=0;REVB=-0.00309036;RO=0;SAF=86;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36328e-06;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:175:0:0:171:175:1:85:86:0:0:88:87:0:0 chr16 19131105 . G A 327.6 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0092521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9397;QD=22.9894;RBI=0.0267112;REFB=-0.0206837;REVB=0.0250577;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272779;STB=0.630837;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0148124;OID=.;OPOS=19131105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:24:32:33:0.578947:20:12:17:6:20:13:17:7 chr16 19297219 . T G 1141.54 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692202;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1266;QD=60.8822;RBI=0.0131146;REFB=0;REVB=-0.011139;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281026;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr16 19310092 . T C 341.13 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00331125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.883;QD=22.3691;RBI=0.0111042;REFB=-0.0325924;REVB=-0.010599;RO=26;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130384;STB=0.576115;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0222346;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:14:20:11:15:14:21:11:15 chr16 19509938 . G GCA 1079.74 PASS AF=0.831579;AO=78;DP=97;FAO=79;FDP=95;FR=.;FRO=16;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0258255;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.952;QD=45.4628;RBI=0.0279882;REFB=-0.00852137;REVB=0.0107882;RO=16;SAF=51;SAR=27;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195123;STB=0.60096;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.000560109;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.831579:78:97:79:95:16:51:28:1:15:90:16:51:27:1:15 chr16 19509941 . GT CA 79.12 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.0118975;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.317;QD=3.1648;RBI=0.0120127;REFB=-0.00838086;REVB=-0.00165985;RO=85;SAF=1;SAR=14;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.664705;STB=0.942095;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0329866;OID=.;OPOS=19509941;OREF=GT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:100:85:85:15:15:0.15:14:1:53:32:14:1:53:32 chr16 19509943 . G GT 63.88 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=-0.0068395;FXX=0.010203;HRUN=0;LEN=1;MLLD=160.419;QD=2.63409;RBI=0.0253968;REFB=-0.0207988;REVB=-0.0244586;RO=85;SAF=1;SAR=12;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637571;STB=0.937165;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0494239;OID=.;OPOS=19509944;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134021:13:98:13:97:84:1:12:53:31:63:85:1:12:53:32 chr16 19514483 . C T 424.26 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00926049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5875;QD=18.649;RBI=0.030266;REFB=-0.0251426;REVB=-0.0288145;RO=48;SAF=19;SAR=24;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171995;STB=0.595701;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0105669;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:24:19:30:18:24:19:30:18 chr16 19547357 . A G 551.1 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0115022;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.862;QD=17.7774;RBI=0.0659867;REFB=-0.00833385;REVB=0.0649765;RO=63;SAF=33;SAR=25;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175357;STB=0.600297;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00661779;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:63:66:58:58:0.467742:25:33:24:39:25:33:25:41 chr16 19547503 . C T 457.47 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0213663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.547;QD=20.5604;RBI=0.0242267;REFB=-0.0153312;REVB=0.0114199;RO=41;SAF=19;SAR=26;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284355;STB=0.506664;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0139207;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:44:45:45:0.505618:26:19:16:25:26:19:18:26 chr16 19547747 . C G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0527094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1868;QD=10.3903;RBI=0.0543693;REFB=-0.0311299;REVB=-0.013332;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.042036;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:3:8:4:3:3:8 chr16 19548740 . A G 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00896587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9809;QD=13.3677;RBI=0.00937475;REFB=-0.00571246;REVB=-0.00273847;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237241;STB=0.638732;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00873764;OID=.;OPOS=19548740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:17:14:12:6:17:14 chr16 19627443 . T C 371.41 PASS AF=0.304878;AO=50;DP=164;FAO=50;FDP=164;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.00823599;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.382;QD=9.05873;RBI=0.0146518;REFB=0.00230989;REVB=0.0121179;RO=110;SAF=12;SAR=38;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33317;STB=0.707306;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00460821;OID=.;OPOS=19627443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:110:114:50:50:0.304878:38:12:55:55:38:12:59:55 chr16 19868687 . G C 1450.43 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00730549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.798;QD=58.0173;RBI=0.0167859;REFB=-0.0182154;REVB=-0.0151128;RO=5;SAF=48;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897001;STB=0.504737;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00122674;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:100:5:5:95:95:0.95:47:48:3:2:47:48:3:2 chr16 20043330 . T C 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9549;QD=59.8537;RBI=0.0336565;REFB=0;REVB=0.0198002;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201788;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr16 20334679 . C T 2325.03 PASS AF=0.97546;AO=154;DP=160;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=102;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0242957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.993;QD=57.0561;RBI=0.0327787;REFB=-0.136511;REVB=0.0220037;RO=4;SAF=54;SAR=100;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209595;STB=0.516947;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000870275;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:160:163:4:4:154:159:0.97546:100:54:3:1:102:57:4:0 chr16 20360101 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0230801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4056;QD=15.293;RBI=0.0411862;REFB=-0.031649;REVB=0.0341118;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0305938;OID=.;OPOS=20360101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:3:6:6:3:3:6 chr16 20376817 . G A 1006.49 PASS AF=0.434783;AO=109;DP=253;FAO=110;FDP=253;FR=.;FRO=143;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=-0.005479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.684;QD=15.9129;RBI=0.00738394;REFB=-0.00193912;REVB=-0.00495006;RO=142;SAF=52;SAR=57;SRF=67;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053368;STB=0.503562;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00275886;OID=.;OPOS=20376817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:142:143:109:110:0.434783:57:52:67:75:57:53:68:75 chr16 20439199 . G A 472.96 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0481506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.996;QD=17.517;RBI=0.0481816;REFB=0.0062198;REVB=0.00172557;RO=57;SAF=33;SAR=18;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12023;STB=0.566983;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00784844;OID=.;OPOS=20439199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:18:33:30:27:18:33:30:27 chr16 20441020 . G A 41.06 PASS AF=0.131148;AO=7;DP=60;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=4.03189e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6881;QD=2.69254;RBI=0.0663522;REFB=-0.00893453;REVB=0.0663521;RO=53;SAF=1;SAR=6;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547431;STB=0.811339;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0670829;OID=.;OPOS=20441020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:60:61:53:53:7:8:0.131148:6:1:34:19:6:2:34:19 chr16 20441077 . A G 69.83 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0277232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.378;QD=3.49127;RBI=0.0637729;REFB=-0.0019036;REVB=-0.0574317;RO=64;SAF=1;SAR=12;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621937;STB=0.922426;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0368618;OID=.;OPOS=20441077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:64:67:13:13:0.1625:12:1:36:28:12:1:39:28 chr16 20441084 . T C 79.25 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0262204;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.817;QD=4.11704;RBI=0.030127;REFB=0.000113806;REVB=0.0148366;RO=61;SAF=1;SAR=13;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.645261;STB=0.9226;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00175232;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:78:77:61:63:14:14:0.181818:13:1:35:26:13:1:36:27 chr16 20476852 . T C 314.47 PASS AF=0.416667;AO=33;DP=82;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00763633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.251;QD=14.9746;RBI=0.036076;REFB=-0.00985157;REVB=-0.0352585;RO=46;SAF=24;SAR=9;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117182;STB=0.564235;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0143456;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:46:49:33:35:0.416667:9:24:29:17:9:26:32:17 chr16 20488696 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.024618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.42;QD=11.104;RBI=0.0273632;REFB=-0.0220325;REVB=-0.0119458;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352313;STB=0.709151;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0233905;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:2:8:3:4:2:8 chr16 20494408 . C T 791.05 PASS AF=0.449198;AO=84;DP=187;FAO=84;FDP=187;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.010681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2154;QD=16.9208;RBI=0.0135036;REFB=-0.00611747;REVB=-0.00826222;RO=100;SAF=45;SAR=39;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562511;STB=0.500959;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00909818;OID=.;OPOS=20494408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:100:103:84:84:0.449198:39:45:53:47:39:45:55:48 chr16 20552075 . G T 667.5 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00425946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.203;QD=17.0065;RBI=0.00792831;REFB=-0.00478185;REVB=-0.00668693;RO=81;SAF=29;SAR=43;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135321;STB=0.569313;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00586162;OID=.;OPOS=20552075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:85:72:72:0.458599:43:29:44:37:43:29:45:40 chr16 20570661 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.673;QD=37.4885;RBI=0.0772298;REFB=0;REVB=0.0124844;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104175;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr16 20576048 . C A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00536266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.135;QD=13.0883;RBI=0.016737;REFB=-0.00712175;REVB=0.0158546;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117265;STB=0.568775;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0291602;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:14:13:6:10:14:13 chr16 20635418 . C T 2368.14 PASS AF=1;AO=119;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.865;QD=64.0038;RBI=0.211232;REFB=0;REVB=0.201728;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012652;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:119:148:1:53:66:0:0:76:72:0:0 chr16 20636814 . G A 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.538;QD=63.575;RBI=0.0680978;REFB=0;REVB=0.0670545;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144961;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr16 20638576 . A T 1465.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0711;QD=62.3614;RBI=0.0866491;REFB=0;REVB=0.0318793;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060525;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:94:0:0:88:94:1:56:32:0:0:58:36:0:0 chr16 20748331 . C A 454.5 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0545279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1008;QD=19.978;RBI=0.0557803;REFB=-0.0228078;REVB=0.0117541;RO=46;SAF=16;SAR=29;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117107;STB=0.565099;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0259418;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:29:16:22:24:29:16:22:24 chr16 20753123 . T C 2239.77 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969598;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.875;QD=63.5396;RBI=0.0181654;REFB=0;REVB=0.0153614;RO=0;SAF=82;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202557;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:142:141:1:60:82:0:0:60:81:0:0 chr16 20796387 . G C 330.09 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0150079;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1033;QD=12.4563;RBI=0.0272478;REFB=0.0155658;REVB=0.0227421;RO=66;SAF=23;SAR=17;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195843;STB=0.611419;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0260459;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:66:66:40:40:0.377358:17:23:26:40:17:23:26:40 chr16 20809283 . C A 410.03 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00969453;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5993;QD=18.0233;RBI=0.0479591;REFB=-0.0120785;REVB=-0.046969;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266418;STB=0.522282;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00850936;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:46:49:42:42:0.461538:18:24:25:21:18:24:26:23 chr16 20811681 . C T 166.42 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00569116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.731;QD=14.7931;RBI=0.0496108;REFB=-0.00356867;REVB=0.0492833;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116022;STB=0.55993;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00436206;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:4:14:18:8:4:14:19:8 chr16 20855309 . A G 1796.87 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0318208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3965;QD=58.4349;RBI=0.0384877;REFB=-0.0612656;REVB=-0.0216504;RO=2;SAF=77;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215769;STB=0.508138;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00735565;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:2:3:120:120:0.97561:43:77:0:2:43:77:1:2 chr16 20873767 . T G 370.45 PASS AF=0.590164;AO=29;DP=63;FAO=36;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0240591;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.312;QD=24.2915;RBI=0.0271262;REFB=-0.00889074;REVB=-0.0125295;RO=17;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269367;STB=0.612835;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00940924;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:17:25:29:36:0.590164:21:8:11:6:28:8:11:14 chr16 21008690 . T C 1452.82 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992505;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.583;QD=63.1662;RBI=0.0109213;REFB=0;REVB=0.00455713;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16396e-06;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr16 21181926 . G A 439.03 PASS AF=0.5375;AO=41;DP=78;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0323798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6243;QD=21.9514;RBI=0.0614298;REFB=-0.0372297;REVB=0.0522032;RO=37;SAF=16;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848354;STB=0.5319;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0329167;OID=.;OPOS=21181926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:37:37:41:43:0.5375:25:16:18:19:25:18:18:19 chr16 21190853 . A C 708.19 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=60;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0171114;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.927;QD=48.0126;RBI=0.0173519;REFB=-0.0328645;REVB=-0.00287919;RO=5;SAF=24;SAR=29;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885932;STB=0.547152;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00542322;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:59:5:5:53:54:0.915254:29:24:5:0:30:24:5:0 chr16 21215672 . A G 266.37 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0125149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.536;QD=13.487;RBI=0.019039;REFB=-0.00446573;REVB=0.0143478;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393216;STB=0.522435;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00644232;OID=.;OPOS=21215672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:15:16:23:25:15:16:23:25 chr16 21217061 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00787964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1824;QD=13.7269;RBI=0.0132931;REFB=-0.00411223;REVB=0.010706;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320019;STB=0.518295;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00421997;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:16:9:14:22:16:9:14:22 chr16 21222672 . C A 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00966862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.496;QD=20.342;RBI=0.0121495;REFB=-0.0121492;REVB=-0.0073572;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110889;STB=0.561424;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00920317;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:20:14:20:17:20:14 chr16 21222941 . C A 231.9 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00152576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.51;QD=14.2706;RBI=0.0138521;REFB=-0.0139647;REVB=0.0137678;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175558;STB=0.607762;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.016326;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:17:10:20:17:17:10:21:17 chr16 21272591 . G C 473.37 PASS AF=0.377622;AO=53;DP=143;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.00856236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7353;QD=13.241;RBI=0.0138546;REFB=0.0121752;REVB=0.010892;RO=88;SAF=29;SAR=24;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233558;STB=0.503936;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0243914;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:88:89:53:54:0.377622:24:29:50:38:24:30:50:39 chr16 21531133 . C G 275.6 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0296395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3767;QD=11.8539;RBI=0.0333095;REFB=-0.00727322;REVB=0.0151995;RO=58;SAF=23;SAR=10;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415061;STB=0.73621;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0254283;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:60:33:33:0.354839:10:23:18:40:10:23:19:41 chr16 21531154 . G C 503.98 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0270981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.336;QD=18.8404;RBI=0.0278509;REFB=-0.0111472;REVB=-0.00643162;RO=54;SAF=35;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186826;STB=0.60363;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0199147;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:18:35:25:29:18:35:25:29 chr16 21531457 . T C 186.89 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0107349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1461;QD=12.6706;RBI=0.0350801;REFB=0.000754745;REVB=-0.0333973;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339156;STB=0.519484;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0030474;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:9:14:23:13:9:14:23:13 chr16 21531473 . G A 226.86 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0122165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.2627;QD=13.5438;RBI=0.0281015;REFB=0.00214367;REVB=0.0253071;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101542;STB=0.557781;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00156873;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:26:14:12:15:26:14 chr16 21531494 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.662;QD=61.3756;RBI=0.0285388;REFB=0;REVB=0.0145702;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58112e-05;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr16 21531609 . C T 227.13 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0716086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.542;QD=36.3404;RBI=0.0795482;REFB=-0.0284184;REVB=0.0346429;RO=5;SAF=4;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19683;STB=0.608576;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00255234;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:16:4:3:2:16:4:3:2 chr16 21658389 . G A 112.01 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.017858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3014;QD=9.1435;RBI=0.0975883;REFB=-0.0302778;REVB=-0.0959404;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503821;STB=0.530569;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0694849;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:7:7:19:16:7:7:19:16 chr16 21666714 . C T 536.42 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00864053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.62;QD=23.8408;RBI=0.00867993;REFB=-0.00865065;REVB=-0.000826061;RO=40;SAF=20;SAR=30;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861275;STB=0.547151;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00657286;OID=.;OPOS=21666714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:30:20:12:28:30:20:12:28 chr16 21690225 . C A 282.04 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00161044;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.866;QD=31.3375;RBI=0.014142;REFB=0.000859647;REVB=0.01405;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202762;STB=0.611023;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000389062;OID=.;OPOS=21690225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:38:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:10:2:12:12:10:2 chr16 21690559 . G A 201.76 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0234763;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3207;QD=23.0587;RBI=0.0659246;REFB=-0.0131638;REVB=-0.0616029;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140035;STB=0.507197;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0131298;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:10:15:19:20:0.571429:10:9:7:3:11:9:7:8 chr16 21730449 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0227615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.214;QD=20.2739;RBI=0.0290752;REFB=-0.026721;REVB=-0.0180909;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152842;STB=0.58648;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0306378;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:13:11:7:16:13:11 chr16 21742188 . G A 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0173732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.953;QD=19.9748;RBI=0.0345375;REFB=-0.0185691;REVB=-0.0298497;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360501;STB=0.699832;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0310883;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:18:2:10:10:18:2 chr16 21747633 . A C 322.12 PASS AF=0.344538;AO=38;DP=118;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00580258;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.162;QD=10.8276;RBI=0.00788299;REFB=-0.00897558;REVB=0.00533588;RO=79;SAF=18;SAR=20;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966207;STB=0.565682;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0208746;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:79:78:38:41:0.344538:20:18:44:35:22:19:44:34 chr16 21747639 . G T 390.46 PASS AF=0.358779;AO=47;DP=132;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.00830922;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.023;QD=11.9226;RBI=0.0439388;REFB=-0.00401573;REVB=-0.0431459;RO=83;SAF=23;SAR=24;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858496;STB=0.544905;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00338564;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:83:84:47:47:0.358779:24:23:47:36:24:23:47:37 chr16 21747662 . G A 493.44 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=145;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0382678;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.799;QD=13.8996;RBI=0.0382738;REFB=-0.0203085;REVB=0.000675557;RO=84;SAF=28;SAR=27;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668606;STB=0.533202;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.024914;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:142:84:87:55:55:0.387324:27:28:48:36:27:28:49:38 chr16 22111704 . G A 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00831903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.827;QD=7.08575;RBI=0.0106489;REFB=-0.00765306;REVB=-0.00664777;RO=34;SAF=1;SAR=10;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428611;STB=0.78366;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0156156;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:10:1:11:23:10:1:11:23 chr16 22144318 . C T 369.04 PASS AF=0.965517;AO=24;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.156803;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.4224;QD=50.9019;RBI=0.172769;REFB=-0.18084;REVB=0.0725405;RO=4;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167347;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0231232;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:4:1:24:28:0.965517:15:9:4:0:15:13:1:0 chr16 22155629 . A G 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0428163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.879;QD=18.3094;RBI=0.0429352;REFB=-0.00627111;REVB=0.00319304;RO=40;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206835;STB=0.61543;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00370934;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:23:14:24:16:23:14:24:16 chr16 22161136 . T C 800.49 PASS AF=1;AO=37;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189856;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4488;QD=57.1779;RBI=0.197874;REFB=0;REVB=0.0557561;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144429;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:37:56:1:31:6:0:0:32:24:0:0 chr16 22178256 . G A 878.87 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8801;QD=55.8014;RBI=0.149423;REFB=-0.101839;REVB=0.148793;RO=1;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233188;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:0:61:63:1:19:42:0:1:21:42:0:0 chr16 22189497 . C T 174.96 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.010653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.741;QD=20.5839;RBI=0.0696752;REFB=-0.00193293;REVB=0.068856;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146424;STB=0.582689;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00404689;OID=.;OPOS=22189497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:9:7:11:7:9:7 chr16 22192896 . G A 369.7 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00553616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.759;QD=17.6048;RBI=0.00783775;REFB=-0.00515033;REVB=0.00554809;RO=45;SAF=10;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263984;STB=0.652268;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00914538;OID=.;OPOS=22192896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:45:38:39:0.464286:28:10:23:22:29:10:23:22 chr16 22207121 . C T 211.74 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0609057;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.522;QD=25.6654;RBI=0.0609065;REFB=0.0337815;REVB=-0.000301169;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860085;STB=0.538424;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00792918;OID=.;OPOS=22207121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:19:20:0.606061:11:8:4:9:12:8:4:9 chr16 22237118 . A G 301.42 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00590434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8378;QD=16.7456;RBI=0.0133529;REFB=-0.00633441;REVB=-0.0119766;RO=38;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934546;STB=0.559158;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00546894;OID=.;OPOS=22237118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:15:18:17:21:15:18:17:22 chr16 22237273 . C G 255.19 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0118232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.357;QD=22.1903;RBI=0.0138936;REFB=-0.012309;REVB=0.00729689;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388191;STB=0.521721;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0106156;OID=.;OPOS=22237273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:10:12:12:12:10:12 chr16 22262514 . C A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.053;QD=59.8369;RBI=0.0177678;REFB=0;REVB=-0.0059196;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7689e-05;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr16 22269867 . A G 754.68 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.816;QD=54.8855;RBI=0.0365852;REFB=-0.134578;REVB=-0.0124834;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136612;STB=0.507244;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00038301;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:20:34:1:0:20:34:1:0 chr16 22357850 . C CAG,G 1087.71 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=68,3;DP=80;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29,2;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867945,-0.0223884;FXX=0.0874891;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=230.833,56.3047;QD=59.6007;RBI=0.0166193,0.0293284;REFB=0,0;REVB=0.0141728,-0.0189451;RO=6;SAF=28,2;SAR=40,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0138769,0.167835;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00130171,-0.0312044;OID=.,.;OPOS=22357851,22357850;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:80:73:6:0:68,3:70,3:0.958904,0.0410959:40,1:28,2:3:3:41,1:29,2:0:0 chr16 22563785 . G A 184.24 PASS AF=0.174359;AO=34;DP=195;FAO=34;FDP=195;FR=.;FRO=161;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=85;FSRR=76;FWDB=0.00888156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1847;QD=3.77924;RBI=0.0125409;REFB=0.00220057;REVB=0.00885397;RO=159;SAF=21;SAR=13;SRF=85;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108938;STB=0.575563;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00448702;OID=.;OPOS=22563785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:159:161:34:34:0.174359:13:21:85:74:13:21:85:76 chr16 22826339 . A G 475.65 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0143016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.014;QD=15.0998;RBI=0.0210649;REFB=-0.0270792;REVB=-0.015466;RO=72;SAF=28;SAR=25;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424941;STB=0.519415;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0286802;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:73:53:53:0.420635:25:28:41:31:25:28:41:32 chr16 23080634 . C A 184.27 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0349793;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.718;QD=17.9775;RBI=0.0365636;REFB=-0.0119231;REVB=0.0106464;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.548335;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0216345;OID=.;OPOS=23080634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:18:19:0.463415:7:11:12:10:7:12:12:10 chr16 23098413 . C T 30.62 PASS AF=0.0659898;AO=20;DP=196;FAO=13;FDP=197;FR=.;FRO=184;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=91;FSRR=93;FWDB=0.00498464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5069;QD=0.621644;RBI=0.0494369;REFB=-0.00658985;REVB=-0.0491849;RO=159;SAF=16;SAR=4;SRF=73;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41734;STB=0.915665;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.088568;OID=.;OPOS=23098413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:196:197:159:184:20:13:0.0659898:4:16:73:86:1:12:91:93 chr16 23102027 . C A 1090.79 PASS AF=0.460905;AO=112;DP=243;FAO=112;FDP=243;FR=.;FRO=131;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=-0.00343838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.619;QD=17.9554;RBI=0.00698073;REFB=-0.00128736;REVB=-0.0060752;RO=131;SAF=51;SAR=61;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019937;STB=0.51102;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00170876;OID=.;OPOS=23102027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:131:131:112:112:0.460905:61:51:57:74:61:51:57:74 chr16 23224416 . G A 107.49 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00623685;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5159;QD=9.99895;RBI=0.0675469;REFB=-0.00321569;REVB=0.0672584;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172263;STB=0.564366;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0103044;OID=.;OPOS=23224416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:13:14:0.325581:9:4:13:16:9:5:13:16 chr16 23226787 . C G 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.095741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6716;QD=24.0717;RBI=0.105638;REFB=0.0121466;REVB=-0.0446445;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25301;STB=0.63982;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0139884;OID=.;OPOS=23226787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:9:4:0:7:9:4:0:7 chr16 23360199 . TG CC,CG 350.7 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298305,0.0293085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.421,141.634;QD=53.9535;RBI=0.0306066,0.038397;REFB=0,0;REVB=-0.00684894,-0.0248061;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0147274,-0.00175706;OID=.,.;OPOS=23360199,23360199;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:2,9:0,15:0:0:2,9:0,15:0:0 chr16 23477997 . CCA C 157.57 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.000740129;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=2;MLLD=243.53;QD=9.40742;RBI=0.0182422;REFB=-0.0225432;REVB=-0.0182272;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796197;STB=0.555637;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=0.0357664;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:25:65:27:67:40:13:14:23:17:99:34:12:13:19:15 chr16 23489711 . C G 271.08 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0141211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.669;QD=30.1203;RBI=0.0318525;REFB=-0.0270875;REVB=-0.0285513;RO=12;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200216;STB=0.610001;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0108487;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:10:14:3:9:10:14:3:9 chr16 23536684 . T C 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00208017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.934;QD=22.583;RBI=0.0280212;REFB=-0.0240517;REVB=-0.0279438;RO=24;SAF=21;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32493;STB=0.68375;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0172013;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:5:21:12:12:5:21:12:12 chr16 23546561 . G C 318.84 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0217306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9249;QD=26.5701;RBI=0.0306358;REFB=-0.0242491;REVB=-0.0215947;RO=20;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08253;STB=0.545424;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.023071;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:8:20:16:4:8:20:16:4 chr16 23563501 . C T 719.94 PASS AF=0.455621;AO=76;DP=169;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=61;FSRF=13;FSRR=79;FWDB=0.012668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.891;QD=17.0401;RBI=0.0145141;REFB=-0.0111426;REVB=0.0070838;RO=92;SAF=16;SAR=60;SRF=13;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110763;STB=0.558729;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0141515;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:92:76:77:0.455621:60:16:13:79:61:16:13:79 chr16 23582153 . G A 339.72 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0217004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7877;QD=15.442;RBI=0.022278;REFB=0.00567418;REVB=-0.00504014;RO=50;SAF=21;SAR=16;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549163;STB=0.535673;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0122752;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:37:37:0.420455:16:21:31:19:16:21:32:19 chr16 23585061 . T C 923.38 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=2.80464e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.914;QD=56.8231;RBI=0.00887412;REFB=0.0124642;REVB=0.00887412;RO=0;SAF=11;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43321e-08;STB=0.504671;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-7.29756e-05;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:53:11:0:0:53:11:0:1 chr16 23607501 . GCAG CGCG,GCAC,GCGC 195.61 PASS AF=0,0.418182,0;AO=3,19,4;DP=55;FAO=0,23,0;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=0,12,0;FSAR=0,11,0;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00149124,0.0219553,-0.00836467;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,2;MLLD=174.714,50.1373,36.466;QD=14.2259;RBI=0.179286,0.0654616,0.215993;REFB=-0.00748367,-0.00446653,-0.0130441;REVB=-0.17928,0.0616699,-0.215831;RO=26;SAF=0,12,0;SAR=3,7,4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697524,-0.157223,-0.736836;STB=0.5,0.560458,0.5;STBP=1,0.465,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.0822939,0.010294,0;OID=.,.,.;OPOS=23607501,23607504,23607503;OREF=GCA,G,AG;OALT=CGC,C,GC;OMAPALT=CGCG,GCAC,GCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:55:26:32:3,19,4:0,23,0:0,0.418182,0:3,7,4:0,12,0:20:6:0,11,0:0,12,0:20:12 chr16 23646191 . T C 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0260297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5282;QD=17.0688;RBI=0.0262444;REFB=-0.00634739;REVB=-0.00335011;RO=34;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989389;STB=0.549967;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00450537;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:9:22:21:13:9:22:22:13 chr16 23677006 . A G 314.03 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00248174;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.914;QD=16.5276;RBI=0.00293982;REFB=-0.00524405;REVB=0.00157593;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652261;STB=0.53664;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00594932;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:18:16:17:25:18:16:17:25 chr16 23701538 . A G 147.75 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0203474;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1265;QD=16.4167;RBI=0.0270171;REFB=-0.0469358;REVB=-0.0177738;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513688;STB=0.527743;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0368126;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:20:16:16:0.444444:8:8:8:10:8:8:9:11 chr16 23711925 . C G 417.12 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00429429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.077;QD=15.4487;RBI=0.0140232;REFB=-0.00600732;REVB=-0.0133495;RO=61;SAF=20;SAR=27;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000718337;STB=0.500403;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00864265;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:27:20:26:35:27:20:26:35 chr16 24166130 . T C 430.75 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00283347;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.395;QD=19.3597;RBI=0.00324179;REFB=-0.00923696;REVB=-0.00157501;RO=45;SAF=20;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114712;STB=0.550837;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0115105;OID=.;OPOS=24166130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:46:42:43:0.483146:22:20:27:18:22:21:27:19 chr16 24564879 . GTA G 264.65 PASS AF=0.821429;AO=13;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0346968;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.015;QD=37.8077;RBI=0.105092;REFB=-0.136171;REVB=0.0991992;RO=5;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109637;STB=0.572967;STBP=0.155;TYPE=del;VARB=0.0279986;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.821429:13:27:23:28:5:6:17:3:2:27:5:3:10:2:3 chr16 24581031 . G A 239.37 PASS AF=0.307692;AO=33;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0121291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.53;QD=9.20668;RBI=0.0241684;REFB=-0.0176004;REVB=-0.0209044;RO=68;SAF=19;SAR=14;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543174;STB=0.504875;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0345873;OID=.;OPOS=24581031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:72:33:32:0.307692:14:19:36:32:14:18:40:32 chr16 24582299 . C G 136.84 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000175483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5246;QD=18.2459;RBI=0.0344762;REFB=0.0339163;REVB=-0.0344757;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0364868;OID=.;OPOS=24582299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:7:8:8:7:7:8 chr16 24583406 . A G 219.92 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0288124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.1272;QD=20.4575;RBI=0.0508073;REFB=-0.0207534;REVB=-0.0418477;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106966;STB=0.558087;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0187877;OID=.;OPOS=24583406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:21:21:22:0.511628:10:11:8:12:11:11:8:13 chr16 24788434 . C A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0430452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.649;QD=19.0583;RBI=0.0505064;REFB=-0.0296157;REVB=0.0264198;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204864;STB=0.61588;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0179386;OID=.;OPOS=24788434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:13:7:11:8:13:7 chr16 24788645 . T A 243.77 PASS AF=0.371429;AO=18;DP=72;FAO=26;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0269194;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.377;QD=13.9297;RBI=0.0323136;REFB=-0.0146451;REVB=0.0178751;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289586;STB=0.560594;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0289688;OID=.;OPOS=24788645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:40:41:18:26:0.371429:9:9:21:19:14:12:23:18 chr16 24801737 . G A 278.87 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00680676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.317;QD=27.2073;RBI=0.0244326;REFB=-0.0239194;REVB=-0.0234653;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581605;STB=0.532138;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0109383;OID=.;OPOS=24801737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:12:13:7:9:12:13:7:9 chr16 24802325 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00388981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.416;QD=24.0291;RBI=0.00422291;REFB=0.00982776;REVB=0.00164388;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306606;STB=0.517218;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0061001;OID=.;OPOS=24802325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:6:9:5:4:6:9:5:4 chr16 24902194 . T C 1788.29 PASS AF=1;AO=118;DP=123;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015916;FXX=0.0243883;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.217;QD=59.6097;RBI=0.0197645;REFB=-0.15949;REVB=0.0117181;RO=1;SAF=62;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612107;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:120:1:0:118:120:1:56:62:1:0:56:64:0:0 chr16 25043277 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00927751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2286;QD=13.6602;RBI=0.0509235;REFB=-0.0216468;REVB=0.0500713;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0585241;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:15:6:4:10:15:6 chr16 25137289 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.212;QD=61.6838;RBI=0.0308842;REFB=0;REVB=0.00506494;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98984e-05;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr16 25137385 . G A 259.63 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0130234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.722;QD=9.89063;RBI=0.0296161;REFB=0.0091801;REVB=-0.026599;RO=71;SAF=25;SAR=9;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15628;STB=0.591659;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0212064;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:9:25:44:27:9:25:44:27 chr16 25137449 . A T 289.37 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0106395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.683;QD=11.6916;RBI=0.0157743;REFB=-0.0144444;REVB=-0.011646;RO=62;SAF=26;SAR=8;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165631;STB=0.596976;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0228518;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:62:65:34:34:0.343434:8:26:40:22:8:26:42:23 chr16 25239805 . G C 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0296315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4274;QD=20.1552;RBI=0.0474309;REFB=0.017785;REVB=0.0370359;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241257;STB=0.63262;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0147985;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:16:19:26:6:16:19:26:6 chr16 25255506 . C T 254.12 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00396261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.803;QD=15.4009;RBI=0.010107;REFB=-0.0163265;REVB=0.00929778;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314732;STB=0.506325;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0221391;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:37:28:29:0.439394:12:16:20:17:13:16:20:17 chr16 25258035 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0103709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.451;QD=10.39;RBI=0.0797026;REFB=-0.0261387;REVB=0.0790249;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0396293;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:8:3:2:5:8:3 chr16 25263278 . G A 339.24 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0329338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2249;QD=20.56;RBI=0.0414362;REFB=-0.0229703;REVB=-0.0251461;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289497;STB=0.516036;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0195822;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:17:14:17:18:17:14 chr16 25268368 . A G 144.19 PASS AF=0.681818;AO=13;DP=20;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00328329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.696;QD=26.2169;RBI=0.00764692;REFB=-0.0244525;REVB=-0.00690619;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681814;STB=0.512179;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0124899;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:22:7:7:13:15:0.681818:7:6:4:3:7:8:4:3 chr16 27238110 . C T 1589.89 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.122;QD=59.9958;RBI=0.0241112;REFB=0;REVB=-0.0235732;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36603e-05;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:44:60:0:0:44:62:0:0 chr16 27356203 . A G 222.47 PASS AF=0.421875;AO=25;DP=62;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00669625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.931;QD=13.9044;RBI=0.027163;REFB=-0.00120381;REVB=-0.0263247;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540223;STB=0.544154;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00140936;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:36:37:25:27:0.421875:11:14:22:14:13:14:22:15 chr16 27371158 . C T 902.05 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6021;QD=58.1966;RBI=0.0512049;REFB=0;REVB=-0.0109222;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317332;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr16 27454293 . T TC 40.45 PASS AF=0.428571;AO=4;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00375288;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.987;QD=7.70542;RBI=0.194773;REFB=-0.0221345;REVB=0.194737;RO=14;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437041;STB=0.548286;STBP=0.795;TYPE=ins;VARB=0.0606239;OID=.;OPOS=27454294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:4:21:9:21:12:2:7:2:10:40:14:2:2:2:12 chr16 27475972 . G A 591.44 PASS AF=0.526786;AO=42;DP=113;FAO=59;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0211762;FXX=0.00884877;HRUN=7;LEN=1;MLLD=107.237;QD=21.123;RBI=0.0392027;REFB=-0.0399085;REVB=-0.0329913;RO=11;SAF=22;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966068;STB=0.622776;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0158448;OID=.;OPOS=27475972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:11:50:42:59:0.526786:20:22:3:8:22:37:18:32 chr16 27476065 . G A 561.53 PASS AF=0.401235;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.000191322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.746;QD=13.865;RBI=0.00537691;REFB=-0.019513;REVB=-0.0053735;RO=96;SAF=20;SAR=45;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236918;STB=0.637045;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0339432;OID=.;OPOS=27476065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:96:97:65:65:0.401235:45:20:50:46:45:20:51:46 chr16 27585240 . C A 412.52 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0371526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5452;QD=21.4297;RBI=0.0411284;REFB=-0.00973705;REVB=-0.0176417;RO=36;SAF=28;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142346;STB=0.578871;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00842075;OID=.;OPOS=27585240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:13:28:19:17:13:28:19:17 chr16 27763110 . T C 1588.83 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.858;QD=59.9558;RBI=0.0495017;REFB=0;REVB=0.0386231;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85838e-05;OID=.;OPOS=27763110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:103:106:1:49:54:0:0:52:54:0:0 chr16 27772901 . G A 683.03 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0301411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.292;QD=52.5406;RBI=0.0314678;REFB=-0.0950558;REVB=-0.00904112;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154349;STB=0.516123;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000455327;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:20:30:1:0:20:30:2:0 chr16 27789278 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.597;QD=56.7066;RBI=0.0462972;REFB=0;REVB=0.043617;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144849;OID=.;OPOS=27789278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr16 27974487 . T C,G 1013.43 PASS AF=0.917808,0.0547945;AO=68,3;DP=73;FAO=67,4;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=34,3;FSAR=33,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0483767,-0.0107786;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.7952,132.151;QD=55.5302;RBI=0.121064,0.0180451;REFB=-0.150293,-0.0730566;REVB=-0.110979,-0.0144723;RO=1;SAF=35,2;SAR=33,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0133132,-0.163246;STB=0.514281,0.624469;STBP=0.23,0.679;TYPE=snp,snp;VARB=0.00280396,0.0408039;OID=.,.;OPOS=27974487,27974487;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:73:73:1:2:68,3:67,4:0.917808,0.0547945:33,1:35,2:1:0:33,1:34,3:2:0 chr16 28354090 . C G 61.33 PASS AF=0.12381;AO=10;DP=101;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=23;FWDB=-0.0614735;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4962;QD=2.33657;RBI=0.0669706;REFB=-0.00496384;REVB=-0.026572;RO=87;SAF=9;SAR=1;SRF=66;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27297;STB=0.631953;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0631186;OID=.;OPOS=28354090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:101:105:87:92:10:13:0.12381:1:9:66:21:2:11:69:23 chr16 28354093 . T C 52.91 PASS AF=0.114286;AO=11;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=71;FSRR=22;FWDB=0.0392574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0838;QD=2.01557;RBI=0.0611333;REFB=-0.00417262;REVB=-0.046863;RO=93;SAF=9;SAR=2;SRF=71;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964624;STB=0.596836;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0310775;OID=.;OPOS=28354093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:105:105:93:93:11:12:0.114286:2:9:71:22:2:10:71:22 chr16 28503036 . C T 150.26 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0425472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8878;QD=12.2659;RBI=0.044284;REFB=-0.0318711;REVB=0.0122802;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672013;STB=0.539522;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0762881;OID=.;OPOS=28503036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:15:17:8:9:15:17 chr16 28506872 . A G 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0286778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8588;QD=13.9568;RBI=0.0383332;REFB=-0.0194242;REVB=-0.0254366;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351206;STB=0.705362;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0157373;OID=.;OPOS=28506872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:6:1:4:3:6:1 chr16 28508048 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0262523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9623;QD=13.205;RBI=0.0262927;REFB=-0.00986657;REVB=0.0014565;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550714;STB=0.83222;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0117462;OID=.;OPOS=28508048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:5:1:5:1:5:1 chr16 28508447 . A G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0106429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.024;QD=10.8837;RBI=0.011411;REFB=-0.0303648;REVB=0.00411564;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.62828;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0626743;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:6:3:7:7:6:3:8:7 chr16 28508491 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0334001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1861;QD=13.4857;RBI=0.0438039;REFB=-0.0185342;REVB=-0.028341;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0232451;OID=.;OPOS=28508491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:6:5:4:5:6:5 chr16 28508716 . T C 230.29 PASS AF=0.95;AO=14;DP=18;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.191;QD=46.0574;RBI=0.0519781;REFB=-0.0829279;REVB=0.0180094;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00114491;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:20:0:1:14:19:0.95:4:10:0:0:6:13:1:0 chr16 28510999 . C A 196.36 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0645097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8524;QD=19.1575;RBI=0.114709;REFB=0.00104212;REVB=0.0948508;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138568;STB=0.592311;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00315023;OID=.;OPOS=28510999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:20:20:0.487805:7:13:10:10:7:13:10:11 chr16 28603393 . T C 365.69 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0763;QD=52.242;RBI=0.0166634;REFB=-0.0428886;REVB=-0.00965857;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.533308;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00141632;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:0:1:27:27:0.964286:20:7:0:0:20:7:1:0 chr16 28603655 . T G 669.76 PASS AF=0.48227;AO=64;DP=137;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=0.0160679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1826;QD=19.0002;RBI=0.114063;REFB=-0.0127505;REVB=0.112926;RO=73;SAF=42;SAR=22;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136709;STB=0.505956;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0154412;OID=.;OPOS=28603655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:73:73:64:68:0.48227:22:42:48:25:24:44:48:25 chr16 28617485 . C T 1791.56 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00632729;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.769;QD=60.2204;RBI=0.0180952;REFB=-0.0558509;REVB=0.0169529;RO=1;SAF=70;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097919;STB=0.505154;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000186153;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:48:70:0:1:48:70:0:1 chr16 28617507 . C T 87.84 PASS AF=0.141791;AO=19;DP=134;FAO=19;FDP=134;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.0248626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.282;QD=2.62197;RBI=0.0349977;REFB=-0.0050172;REVB=-0.0246311;RO=115;SAF=10;SAR=9;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605224;STB=0.541097;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0820026;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:134:134:115:115:19:19:0.141791:9:10:66:49:9:10:66:49 chr16 28617552 . C G 156.22 PASS AF=0.18239;AO=28;DP=158;FAO=29;FDP=159;FR=.;FRO=130;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=-2.73381e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.139;QD=3.92998;RBI=0.000937612;REFB=-0.00320845;REVB=-0.000937213;RO=124;SAF=13;SAR=15;SRF=69;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117496;STB=0.579506;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0145961;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:124:130:28:29:0.18239:15:13:69:55:16:13:71:59 chr16 28619911 . T C 136.64 PASS AF=0.171233;AO=25;DP=145;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.0254573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.04;QD=3.74365;RBI=0.0277643;REFB=-0.000324692;REVB=-0.0110805;RO=119;SAF=14;SAR=11;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177949;STB=0.519077;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00205619;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:119:121:25:25:0.171233:11:14:65:54:11:14:65:56 chr16 28619920 . A G 160.34 PASS AF=0.201493;AO=27;DP=133;FAO=27;FDP=134;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.0123059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.023;QD=4.78616;RBI=0.0214244;REFB=-0.0019455;REVB=-0.0175377;RO=105;SAF=15;SAR=12;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647077;STB=0.540735;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0146819;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:105:107:27:27:0.201493:12:15:53:52:12:15:54:53 chr16 28621311 . T C 669.12 PASS AF=0.50365;AO=57;DP=132;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=51;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=12;FWDB=0.0220203;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.438;QD=19.5363;RBI=0.0237352;REFB=-0.0357818;REVB=0.00885797;RO=68;SAF=40;SAR=17;SRF=56;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153178;STB=0.557276;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0301503;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:137:68:68:57:69:0.50365:17:40:56:12:18:51:56:12 chr16 28649787 . G A 68.87 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0120747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.002;QD=15.305;RBI=0.0400611;REFB=-0.016884;REVB=0.0381981;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136468;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr16 28734477 . G T 213.98 PASS AF=0.538462;AO=18;DP=36;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0033798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.14;QD=21.947;RBI=0.0542839;REFB=-0.0142009;REVB=0.0541786;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337366;STB=0.677798;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0238914;OID=.;OPOS=28734477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:18:18:18:21:0.538462:12:6:13:5:14:7:13:5 chr16 28842311 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.052;QD=56.7066;RBI=0.0228034;REFB=0;REVB=0.0225558;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63707e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:5:24:0:0:5:24:0:0 chr16 28844448 . C A 212.29 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0461634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.305;QD=44.6917;RBI=0.0901217;REFB=0.0254552;REVB=-0.0774006;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0296516;OID=.;OPOS=28844448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:2:16:0:0:2:16:1:0 chr16 28846506 . A AC 54.05 PASS AF=0.266667;AO=17;DP=61;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0573473;FXX=0.0163908;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.4688;QD=3.60318;RBI=0.0574902;REFB=-0.00107838;REVB=-0.004051;RO=44;SAF=5;SAR=12;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328517;STB=0.672777;STBP=0.118;TYPE=ins;VARB=0.023337;OID=.;OPOS=28846507;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:17:61:16:60:44:5:11:24:20:54:44:5:12:25:19 chr16 28846866 . G A 180.58 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627354;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.789;QD=48.1543;RBI=0.120633;REFB=0;REVB=0.103037;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300947;OID=.;OPOS=28846866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr16 28847567 . G GC 637.95 PASS AF=1;AO=6;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698349;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=218.117;QD=54.2937;RBI=0.0817786;REFB=0;REVB=-0.0425539;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00179918;OID=.;OPOS=28847568;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:49:47:47:0:32:15:0:0:4:42:3:3:29:13 chr16 28847568 . G C 600.29 PASS AF=0.875;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0241468;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.963;QD=50.024;RBI=0.0454403;REFB=-0.00840983;REVB=0.0384936;RO=5;SAF=28;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148323;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181325;OID=.;OPOS=28847568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:48:5:6:42:42:0.875:14:28:3:2:14:28:4:2 chr16 28883241 . A G 307.19 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0673815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.635;QD=47.2603;RBI=0.0673818;REFB=0.00729619;REVB=-0.000191531;RO=2;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462387;STB=0.522709;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000509;OID=.;OPOS=28883241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:22:24:0.923077:19:3:0:2:21:3:0:2 chr16 28893137 . G A 55.83 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254526;FXX=0.249688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.949;QD=37.2196;RBI=0.0254756;REFB=0;REVB=-0.00108242;RO=1;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047668;OID=.;OPOS=28893137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:8:6:1:0:4:6:1:2:2:1:0:4:2:0:0 chr16 28898793 . T C 561.91 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189527;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.573;QD=60.7465;RBI=0.105623;REFB=0;REVB=0.103909;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206408;OID=.;OPOS=28898793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:9:27:0:0:10:27:0:0 chr16 28915527 . G A 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.224;QD=59.499;RBI=0.017256;REFB=0;REVB=0.0168065;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07685e-05;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr16 28944396 . C G 738.76 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00627979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4688;QD=54.723;RBI=0.00638792;REFB=0.0136106;REVB=-0.00117036;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000314257;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:1:0 chr16 28995757 . C A 654.29 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124407;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7469;QD=62.3135;RBI=0.0707956;REFB=0;REVB=-0.0696939;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662883;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr16 28997075 . A G 576.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.895;QD=60.6346;RBI=0.0326675;REFB=0;REVB=-0.0216909;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01056e-06;OID=.;OPOS=28997075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr16 29057392 . A G 335.44 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0516988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.007;QD=16.9844;RBI=0.0521452;REFB=0.000105191;REVB=0.00680848;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203098;STB=0.613716;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000298063;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:15:21:16:27:15:21:16:27 chr16 29097556 . C CAT 101.94 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.153628;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=58.9388;QD=40.7752;RBI=0.156375;REFB=0;REVB=0.0291816;RO=2;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00704038;OID=.;OPOS=29097557;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:12:10:10:0:3:7:0:0:4:2:2:7:2:0 chr16 29124421 . T C 1658.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.272;QD=60.3133;RBI=0.0206568;REFB=0;REVB=0.00889282;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18083e-05;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr16 29580611 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0807801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.141;QD=59.018;RBI=0.0917332;REFB=0;REVB=-0.0434691;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00213159;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr16 29624734 . A G 604.91 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00963832;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4154;QD=59.0153;RBI=0.00963835;REFB=-0.0880828;REVB=2.50179e-05;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000869021;OID=.;OPOS=29624734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:0:1:22:18:0:1 chr16 29679239 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.374;QD=35.5758;RBI=0.122409;REFB=0;REVB=0.104063;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00629057;OID=.;OPOS=29679239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr16 29679989 . A G 702.48 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.566;QD=58.5396;RBI=0.0484995;REFB=-0.079899;REVB=0.00136912;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00766011;STB=0.513508;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000987137;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:48:2:1:44:47:0.979167:26:18:1:1:29:18:1:0 chr16 29680256 . T G 191.05 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.576;QD=47.7625;RBI=0.0722024;REFB=0;REVB=0.0215687;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101407;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr16 29680463 . TA T,TT 2598.78 PASS AF=0.0231214,0.976879;AO=54,136;DP=194;FAO=4,169;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=1,102;FSAR=3,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117001,0.0117605;FXX=0.0335177;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=270.301,277.085;QD=60.0874;RBI=0.0357611,0.0355519;REFB=0,0;REVB=0.033793,0.0335504;RO=3;SAF=36,79;SAR=18,57;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00361525;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00186077,0.00267536;OID=.,.;OPOS=29680464,29680464;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0231214,0.976879:54,136:194:4,169:173:0:1,102:3,67:0:0:7:3:36,79:18,57:2:1 chr16 29708350 . A G 469.62 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191788;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1032;QD=58.702;RBI=0.136039;REFB=0;REVB=-0.134681;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019331;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr16 29790864 . G A 1044.63 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4458;QD=59.6934;RBI=0.108665;REFB=0;REVB=0.107464;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119776;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:1:0:68:70:1:31:37:0:1:33:37:0:0 chr16 29791561 . T G 1121.06 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493448;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3836;QD=60.5977;RBI=0.0330768;REFB=0;REVB=-0.0327067;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64921e-05;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr16 29791721 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9758;QD=59.4352;RBI=0.00667685;REFB=0;REVB=-0.00114745;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53731e-05;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr16 29811319 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.044;QD=40.7627;RBI=0.028912;REFB=0;REVB=-0.00847374;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017244;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 29814234 . G A 1540.89 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.537;QD=61.6356;RBI=0.0430988;REFB=-0.0285557;REVB=0.0358547;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104228;STB=0.500822;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000594425;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:97:98:0.98:52:45:1:0:53:45:1:1 chr16 29821744 . G A 1268.6 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.831;QD=60.4097;RBI=0.0168227;REFB=-0.0600503;REVB=-0.0058094;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123005;STB=0.506492;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000470716;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:45:38:1:0:45:38:1:0 chr16 29825015 . G C 30.65 PASS AF=0.285714;AO=2;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.00448852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.0709;QD=5.83832;RBI=0.0617351;REFB=-0.0549431;REVB=-0.0615717;RO=3;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.74993;STB=0.864112;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00342176;OID=.;OPOS=29825015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:21:21:3:15:2:6:0.285714:0:2:0:3:2:4:1:14 chr16 29825126 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000136997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2672;QD=58.5996;RBI=0.009067;REFB=0;REVB=0.00906596;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32429e-05;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr16 29825908 . TCCCCCT TCCCC,TCCCCT,TCCCCTC 162.18 PASS AF=0.0123457,0.604938,0;AO=17,27,3;DP=81;FAO=1,49,0;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=1,28,0;FSAR=0,21,0;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0388527,-0.0995057,0.0663333;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=153.617,7.84409,7.91497;QD=8.00901;RBI=0.0450708,0.105515,0.0905707;REFB=0.0181251,-0.146293,-0.158168;REVB=0.0228439,0.0351013,0.0616681;RO=30;SAF=14,11,3;SAR=3,16,0;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0.407407,0.407407,0;SSSB=0.235885,-0.239201,0.485213;STB=0.986586,0.542418,0.5;STBP=0.487,0.371,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0524488,0.161008,-0.0268886;OID=.,.,.;OPOS=29825913,29825909,29825913;OREF=CT,C,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=TCCCC,TCCCCT,TCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0123457,0.604938,0:17,27,3:81:1,49,0:81:31:1,28,0:0,21,0:21:10:99:30:14,11,3:3,16,0:20:10 chr16 29826538 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.156;QD=35.5756;RBI=0.0406619;REFB=0;REVB=0.0405188;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601735;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr16 29876150 . CA C 137.59 PASS AF=0.730159;AO=34;DP=62;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0115432;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.95617;QD=8.73587;RBI=0.0869929;REFB=-0.0565906;REVB=-0.0862237;RO=18;SAF=18;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538181;STB=0.535575;STBP=0.375;TYPE=del;VARB=0.0715975;OID=.;OPOS=29876151;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730159:34:62:46:63:17:21:25:10:7:33:18:18:16:8:10 chr16 29908433 . C G 216.42 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.102953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5175;QD=17.3135;RBI=0.103564;REFB=0.0173493;REVB=0.0112303;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098829;STB=0.525524;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.024218;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:28:22:22:0.44:10:12:11:14:10:12:14:14 chr16 29994922 . C T 242.19 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0123445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.978;QD=16.9954;RBI=0.0215824;REFB=-0.0226785;REVB=0.0177034;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114429;STB=0.56389;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0200326;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:19:8:6:24:19:8:6:24 chr16 30004876 . T G,TG 42.07 PASS AF=0,0.219512;AO=5,5;DP=42;FAO=0,9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0360965,-0.0227081;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=158.838,65.1989;QD=4.10433;RBI=0.0396591,0.0279952;REFB=-0.0033716,-0.00831196;REVB=-0.0164281,-0.0163729;RO=32;SAF=4,5;SAR=1,0;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.331143,0.629974;STB=0.5,0.835744;STBP=1,0.052;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.190823;OID=.,.;OPOS=30004876,30004877;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:42:41:32:32:5,5:0,9:0,0.219512:1,0:4,5:17:15:0,1:0,8:17:15 chr16 30016548 . G C,GC 81.99 PASS AF=0.00961538,0.201923;AO=4,23;DP=113;FAO=1,21;FDP=104;FR=.;FRO=82;FSAF=1,12;FSAR=0,9;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.056403,-0.0753659;FXX=0.0545405;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=37.1186,23.4615;QD=3.15359;RBI=0.0615245,0.0756252;REFB=-0.0154889,-0.0272035;REVB=-0.0245757,-0.00625755;RO=86;SAF=1,19;SAR=3,4;SRF=36;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153612,0.516568;STB=0.990302,0.566603;STBP=0.3,0.522;TYPE=snp,ins;VARB=0.0484227,0.16402;OID=.,.;OPOS=30016548,30016549;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:113:104:86:82:4,23:1,21:0.00961538,0.201923:3,4:1,19:36:50:0,9:1,12:40:42 chr16 30034986 . G A 115.86 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00737417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.432;QD=20.1503;RBI=0.0152457;REFB=-0.0271543;REVB=0.0133437;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.526986;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.017827;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:10:10:12:13:0.565217:6:6:4:6:7:6:4:6 chr16 30080947 . T C 31.37 PASS AF=0.101449;AO=6;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0459527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2598;QD=1.81877;RBI=0.0495697;REFB=0.00555503;REVB=-0.0185879;RO=56;SAF=6;SAR=0;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623629;STB=0.852538;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0735392;OID=.;OPOS=30080947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:56:62:6:7:0.101449:0:6:25:31:1:6:29:33 chr16 30081367 . G T 279.13 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00233375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.472;QD=12.0056;RBI=0.00490018;REFB=-0.0220177;REVB=0.00430876;RO=58;SAF=20;SAR=13;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579502;STB=0.541642;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0431089;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:60:33:33:0.354839:13:20:38:20:13:20:40:20 chr16 30097630 . C T 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0217274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.129;QD=16.8188;RBI=0.0346547;REFB=-0.0145391;REVB=-0.0269976;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00494582;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:2:3:2:5:2:3 chr16 30119525 . C A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.374;QD=64.4137;RBI=0.0232357;REFB=0;REVB=0.00632747;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55808e-05;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr16 30198151 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.588;QD=53.2772;RBI=0.00952173;REFB=0;REVB=-0.00548836;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30258e-06;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr16 30393660 . G A 669.93 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.559;QD=62.319;RBI=0.0162251;REFB=0;REVB=-0.0074899;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72256e-06;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr16 30408765 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6742;QD=58.2387;RBI=0.0350304;REFB=0;REVB=-0.0104891;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142274;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr16 30536672 . A G 168.12 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00419774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.785;QD=15.6386;RBI=0.0077476;REFB=-0.000364447;REVB=-0.00651185;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387792;STB=0.55021;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=4.51208e-05;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:17:18:0.418605:10:7:9:15:10:8:9:16 chr16 30536994 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0135691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.108;QD=9.11038;RBI=0.036493;REFB=-0.00866021;REVB=-0.0338765;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0178102;OID=.;OPOS=30536994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:9:7:3:5:9:7 chr16 30724070 . G T 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5629;QD=61.3742;RBI=0.0516988;REFB=0;REVB=-0.0160716;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr16 30734963 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.573;QD=60.2307;RBI=0.0598949;REFB=0;REVB=0.011973;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105381;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr16 30762640 . C T 646.87 PASS AF=0.892857;AO=51;DP=57;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.013358;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.974;QD=46.2051;RBI=0.0146008;REFB=-0.0519288;REVB=-0.0058947;RO=5;SAF=20;SAR=31;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704715;STB=0.550275;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000612953;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:57:56:5:6:51:50:0.892857:31:20:4:1:31:19:5:1 chr16 30779713 . TTCA TCGG 2693.61 PASS AF=1;AO=11;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172751;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=3;MLLD=191.234;QD=64.1335;RBI=0.240421;REFB=0;REVB=0.167211;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000421762;OID=.;OPOS=30779714;OREF=TCA;OALT=CGG;OMAPALT=TCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:168:168:168:0:59:109:0:0:14:0:0:11:0:0 chr16 30780828 . A G 416.9 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462581;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.209;QD=57.5037;RBI=0.046524;REFB=0;REVB=0.00496694;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394235;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr16 30793621 . C T 628.66 PASS AF=0.421687;AO=70;DP=166;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=0.00273994;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.822;QD=15.1485;RBI=0.0164307;REFB=-0.00833343;REVB=0.0162007;RO=94;SAF=36;SAR=34;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290363;STB=0.509821;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.012128;OID=.;OPOS=30793621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:94:96:70:70:0.421687:34:36:51:43:34:36:51:45 chr16 30886643 . T C 50.5 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0156559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6767;QD=5.04988;RBI=0.0373165;REFB=-0.0268452;REVB=0.0338735;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437053;STB=0.785041;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0522699;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:6:2:20:12:6:2:20:12 chr16 30936081 . G A 433.89 PASS AF=0.364286;AO=51;DP=140;FAO=51;FDP=140;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.0687842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.8247;QD=12.3968;RBI=0.0717498;REFB=-0.00574145;REVB=0.0204149;RO=87;SAF=21;SAR=30;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374027;STB=0.519643;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0105541;OID=.;OPOS=30936081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:89:51:51:0.364286:30:21:33:54:30:21:34:55 chr16 30964940 . A G 983.55 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0659912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2336;QD=54.6414;RBI=0.0735151;REFB=-0.12368;REVB=0.032398;RO=3;SAF=34;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398918;STB=0.520542;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.025371;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:68:69:0.958333:34:34:3:0:34:35:3:0 chr16 30999462 . T C 427.32 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.092316;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3083;QD=21.9139;RBI=0.106875;REFB=0.0071696;REVB=-0.0538523;RO=35;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208059;STB=0.618759;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00555085;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:35:36:42:42:0.538462:20:22:27:8:20:22:28:8 chr16 31075175 . G A 216.0 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.012327;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.315;QD=27.8714;RBI=0.0167076;REFB=0.0188587;REVB=0.0112778;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562032;STB=0.531117;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0123758;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:7:4:9:11:7:4 chr16 31075708 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.446;QD=50.4127;RBI=0.0108885;REFB=0;REVB=-0.0102456;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97702e-05;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr16 31088347 . G A 455.53 PASS AF=0.55;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0167586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7601;QD=22.7766;RBI=0.0245911;REFB=-0.0213673;REVB=0.0179964;RO=35;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528042;STB=0.535171;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0160142;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:35:36:44:44:0.55:23:21:19:16:23:21:20:16 chr16 31088625 . A G 171.35 PASS AF=0.62963;AO=15;DP=25;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0157346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.967;QD=25.3858;RBI=0.0172819;REFB=-0.0341138;REVB=-0.00714745;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269184;STB=0.502615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180148;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:27:10:10:15:17:0.62963:5:10:7:3:5:12:7:3 chr16 31090407 . G C 296.61 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0155797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.462;QD=20.8144;RBI=0.0281491;REFB=-0.0317895;REVB=0.0234445;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307015;STB=0.669499;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0182996;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:20:6:19:12:20:6 chr16 31091209 . T C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0104565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5901;QD=15.2903;RBI=0.0148583;REFB=-0.050072;REVB=-0.010556;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540293;STB=0.813304;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0522156;OID=.;OPOS=31091209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:1:8:2:7:1:8 chr16 31092075 . G A 84.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00416666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8831;QD=24.1632;RBI=0.00431848;REFB=0.0204195;REVB=0.001135;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344363;STB=0.699437;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00529931;OID=.;OPOS=31092075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:14:14:4:4:6:6:0.428571:3:3:4:0:3:3:4:0 chr16 31093892 . A C,G 752.96 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,44;DP=46;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083697,0.00138407;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.3723,84.6735;QD=61.4657;RBI=0.0286978,0.0485175;REFB=0,0;REVB=-0.0274502,0.0484978;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175718,0.00214138;OID=.,.;OPOS=31093892,31093892;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:49:0:0:2,44:2,47:0.0408163,0.959184:0,19:2,25:0:0:0,22:2,25:0:0 chr16 31093954 . C T 443.81 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00718575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.582;QD=25.7283;RBI=0.0119414;REFB=-0.00408365;REVB=0.00953742;RO=27;SAF=28;SAR=14;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301695;STB=0.516476;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00239549;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:14:28:19:8:14:28:19:8 chr16 31094897 . A AG 30.78 PASS AF=0.209302;AO=10;DP=44;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0214789;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.4789;QD=2.86303;RBI=0.0215564;REFB=-0.0510492;REVB=-0.00182686;RO=33;SAF=9;SAR=1;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304988;STB=0.678764;STBP=0.379;TYPE=ins;VARB=0.132727;OID=.;OPOS=31094898;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302:10:44:9:43:34:8:1:26:8:30:33:9:1:25:8 chr16 31096164 . G C 49.44 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0224049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.151;QD=15.2114;RBI=0.0229372;REFB=-0.021962;REVB=0.00491281;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258094;STB=0.680376;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0275491;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:3:4:1:4:3:4:1:5 chr16 31099000 . C CG,G 32.47 PASS AF=0.152174,0.0434783;AO=6,5;DP=48;FAO=7,2;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5,2;FSAR=2,0;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.116893,-0.0203446;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=10.5757,35.8915;QD=2.82377;RBI=0.287015,0.193967;REFB=-0.0508109,-0.0442945;REVB=0.262133,0.192897;RO=35;SAF=6,4;SAR=0,1;SRF=23;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.615012,0.200347;STB=0.56372,0.993409;STBP=0.747,0.31;TYPE=ins,snp;VARB=0.0528264,0.0267973;OID=.,.;OPOS=31099001,31099000;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:48:46:35:37:6,5:7,2:0.152174,0.0434783:0,1:6,4:23:12:2,0:5,2:24:13 chr16 31099011 . T C 261.78 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0275421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.71;QD=17.166;RBI=0.0606915;REFB=-0.013763;REVB=-0.0540822;RO=32;SAF=21;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760371;STB=0.542827;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00900933;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:8:21:21:11:8:21:21:11 chr16 31102321 . C T 393.62 PASS AF=0.436893;AO=43;DP=104;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0141364;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7502;QD=15.2861;RBI=0.0279975;REFB=-0.0418227;REVB=-0.0241666;RO=52;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489641;STB=0.532627;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0674956;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:58:43:45:0.436893:21:22:24:28:23:22:25:33 chr16 31121793 . G A 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00148505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.495;QD=32.9751;RBI=0.0842538;REFB=-0.0387622;REVB=0.0842407;RO=5;SAF=16;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123863;STB=0.567496;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0115366;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:1:16:5:0:1:16:5:0 chr16 31141826 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.214;QD=54.5174;RBI=0.0452024;REFB=0;REVB=0.0106969;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651887;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr16 31141880 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000605527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.73;QD=50.4123;RBI=0.010848;REFB=0;REVB=0.0108311;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2936e-05;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr16 31142836 . GT G 30.58 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00838977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2553;QD=5.82444;RBI=0.0262635;REFB=-0.00915541;REVB=-0.0248874;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.665385;STB=0.906039;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.117825;OID=.;OPOS=31142837;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:21:7:21:14:6:1:2:12:30:14:5:1:2:12 chr16 31153105 . A G 842.43 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0738155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9425;QD=54.3504;RBI=0.0877263;REFB=-0.00636604;REVB=-0.0474043;RO=1;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020075;STB=0.503971;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.000230397;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:23:37:0:1:23:37:1:1 chr16 31193942 . C A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0226241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.984;QD=16.7548;RBI=0.0245686;REFB=-0.0092648;REVB=-0.00957931;RO=28;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145956;STB=0.583259;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0123462;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:19:5:9:19:19:5:9:19 chr16 31195279 . C T 215.95 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0405641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.887;QD=15.1543;RBI=0.0467646;REFB=-0.0228071;REVB=0.0232698;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246949;STB=0.647927;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0302333;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:32:25:25:0.438596:16:9:19:12:16:9:20:12 chr16 31230463 . C T 210.98 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0078209;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.791;QD=18.7537;RBI=0.00964123;REFB=-0.019549;REVB=-0.00563799;RO=24;SAF=19;SAR=0;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.827471;STB=0.81061;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0206141;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:19:21:0.466667:0:19:12:12:2:19:12:12 chr16 31336719 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00660419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.268;QD=20.2681;RBI=0.0266229;REFB=0.00260912;REVB=-0.0257907;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215563;STB=0.620583;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00173652;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:5:16:11:10:5:16 chr16 31336888 . C T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00176325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.816;QD=21.4299;RBI=0.00804501;REFB=-0.00516396;REVB=0.0078494;RO=29;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732694;STB=0.540517;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00378382;OID=.;OPOS=31336888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:20:15:15:14:20:15:15:14 chr16 31343005 . C T 304.11 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=10;FWDB=0.0800507;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.893;QD=14.4813;RBI=0.15436;REFB=-0.0246702;REVB=0.131981;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418383;STB=0.719346;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0464273;OID=.;OPOS=31343005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:49:34:35:0.416667:21:13:40:10:21:14:39:10 chr16 31374535 . C G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0185493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.022;QD=22.5856;RBI=0.0185522;REFB=-0.0118037;REVB=-0.000329846;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364473;STB=0.710095;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00723425;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:2:4:2:9:2:4 chr16 31422429 . T C 756.4 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580686;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.069;QD=64.3744;RBI=0.0417993;REFB=0;REVB=0.0413939;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023911;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr16 31476458 . C T 437.87 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0119692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.1;QD=21.623;RBI=0.0154823;REFB=0.00777078;REVB=-0.00982034;RO=38;SAF=26;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456948;STB=0.525241;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00920747;OID=.;OPOS=31476458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:17:26:21:17:17:26:21:17 chr16 31477460 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00740857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.551;QD=17.0329;RBI=0.0114982;REFB=-0.0332674;REVB=0.00879326;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131387;STB=0.574919;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.036274;OID=.;OPOS=31477460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:14:8:9:9:14:8 chr16 31539934 . G T 67.42 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.1204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3391;QD=14.1932;RBI=0.130931;REFB=0.0134541;REVB=-0.0514465;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400842;STB=0.729911;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.011118;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:1:9:4:5:1:9 chr16 31724836 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0400778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.093;QD=13.4421;RBI=0.0464296;REFB=-0.00469938;REVB=-0.023441;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.620451;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00409939;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:8:5:6:4:8:5 chr16 31765840 . G T 148.09 PASS AF=0.386364;AO=14;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00320549;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8915;QD=13.4626;RBI=0.0697006;REFB=0.00493782;REVB=-0.0696268;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198995;STB=0.618914;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0111817;OID=.;OPOS=31765840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:27:14:17:0.386364:8:6:12:7:9:8:18:9 chr16 31770723 . T A 356.96 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=6;FWDB=-0.00330388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4728;QD=14.4227;RBI=0.036742;REFB=-0.0171981;REVB=-0.0365931;RO=60;SAF=35;SAR=4;SRF=54;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748596;STB=0.504247;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0320864;OID=.;OPOS=31770723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:4:35:54:6:4:35:54:6 chr16 31926619 . G A 322.37 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558822;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.227;QD=53.7285;RBI=0.0564052;REFB=0;REVB=0.00766355;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188164;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:13:11:0:0 chr16 32077537 . G T 974.44 PASS AF=0.449782;AO=103;DP=230;FAO=103;FDP=229;FR=.;FRO=126;FSAF=76;FSAR=27;FSRF=80;FSRR=46;FWDB=0.00113044;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.326;QD=17.0207;RBI=0.00115617;REFB=-0.0121224;REVB=-0.000242541;RO=125;SAF=76;SAR=27;SRF=78;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134496;STB=0.568429;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0125392;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:125:126:103:103:0.449782:27:76:78:47:27:76:80:46 chr16 32077580 . A G 806.09 PASS AF=0.396552;AO=92;DP=232;FAO=92;FDP=232;FR=.;FRO=140;FSAF=64;FSAR=28;FSRF=85;FSRR=55;FWDB=-0.0102129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3247;QD=13.898;RBI=0.0152634;REFB=-0.0250459;REVB=0.0113432;RO=140;SAF=64;SAR=28;SRF=85;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106585;STB=0.560088;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0409121;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:140:140:92:92:0.396552:28:64:85:55:28:64:85:55 chr16 32191941 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0116449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.254;QD=10.6681;RBI=0.0499637;REFB=-0.0028119;REVB=-0.0485878;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302984;STB=0.67826;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00565364;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:14:4:5:5:14:4 chr16 33020706 . A T 637.24 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0121759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8142;QD=47.203;RBI=0.0188383;REFB=-0.0282576;REVB=-0.0143746;RO=5;SAF=39;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988546;STB=0.552867;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00134612;OID=.;OPOS=33020706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:10:39:2:3:10:39:2:3 chr16 33629700 . G A 1177.16 PASS AF=0.495763;AO=117;DP=233;FAO=117;FDP=236;FR=.;FRO=119;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=0.0108733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.161;QD=19.9518;RBI=0.0158609;REFB=-0.00866573;REVB=-0.0115474;RO=116;SAF=66;SAR=51;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819992;STB=0.547351;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00921143;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:236:116:119:117:117:0.495763:51:66:55:61:51:66:56:63 chr16 33629846 . T A 489.94 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.000155063;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.454;QD=16.75;RBI=0.0151024;REFB=-0.0227684;REVB=0.0151016;RO=63;SAF=35;SAR=17;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712732;STB=0.504609;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.014215;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:63:64:52:53:0.452991:17:35:42:21:17:36:43:21 chr16 33629950 . G T 631.95 PASS AF=0.457746;AO=64;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=10;FWDB=-0.00205797;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.639;QD=17.8015;RBI=0.00758587;REFB=-0.00350076;REVB=0.00730138;RO=77;SAF=24;SAR=40;SRF=67;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459831;STB=0.746386;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00657978;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:64:65:0.457746:40:24:67:10:40:25:67:10 chr16 33629973 . G A 578.81 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=17;FWDB=-0.0546186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.84;QD=17.0237;RBI=0.0549241;REFB=-0.0376676;REVB=0.00578483;RO=73;SAF=23;SAR=38;SRF=56;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368408;STB=0.708664;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0227462;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:75:61:61:0.448529:38:23:56:17:38:23:58:17 chr16 33630022 . A T 593.08 PASS AF=0.402367;AO=67;DP=169;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.00111418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.983;QD=14.0375;RBI=0.0160807;REFB=-0.00966701;REVB=-0.016042;RO=102;SAF=23;SAR=44;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184407;STB=0.593924;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.01266;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:102:101:67:68:0.402367:44:23:52:50:44:24:51:50 chr16 33961249 . CC CG,TG 52.85 PASS AF=0.0519481,0.103896;AO=4,6;DP=76;FAO=4,8;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=2,2;FSAR=2,6;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0424589,-0.0108199;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=47.9571,150.912;QD=2.74543;RBI=0.0450307,0.0132353;REFB=-0.00256511,-0.0032191;REVB=0.0150004,0.00762253;RO=64;SAF=2,2;SAR=2,4;SRF=32;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.184202;STB=0.50721,0.73367;STBP=0.907,0.188;TYPE=snp,mnp;VARB=0.118123,0.0200047;OID=.,.;OPOS=33961250,33961249;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:76:77:64:65:4,6:4,8:0.0519481,0.103896:2,4:2,2:32:32:2,6:2,2:33:32 chr16 33961317 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0271719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.515;QD=6.31777;RBI=0.0482493;REFB=-0.00520189;REVB=0.0398708;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311174;STB=0.689894;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0255706;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:4:21:5:3:4:21 chr16 33961327 . G T 52.9 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0243281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.559;QD=7.05348;RBI=0.0298398;REFB=-0.00113097;REVB=-0.0172789;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327875;STB=0.705494;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00239737;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:21:22:8:8:0.266667:5:3:3:18:5:3:3:19 chr16 33961370 . A C 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.018215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.94;QD=18.7634;RBI=0.0265826;REFB=-0.0128055;REVB=-0.0193611;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173071;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0102391;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:4:2:0:2:4:2:0:3 chr16 33961386 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0678005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3495;QD=19.1341;RBI=0.0820221;REFB=-0.0573452;REVB=0.0461597;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0273362;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr16 33961628 . A G 36.07 PASS AF=0.304348;AO=5;DP=21;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00178554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.105;QD=6.27286;RBI=0.0354418;REFB=-0.00965419;REVB=-0.0353968;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222219;STB=0.538354;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.103967;OID=.;OPOS=33961628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:23:15:16:5:7:0.304348:2:3:6:9:4:3:6:10 chr16 33961768 . T G 45.4 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00642786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.906;QD=12.9725;RBI=0.0350878;REFB=-0.0128228;REVB=-0.034494;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345446;STB=0.705189;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0201006;OID=.;OPOS=33961768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:14:14:6:7:6:7:0.5:1:5:3:3:1:6:4:3 chr16 33961772 . G A 47.81 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.021946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.435;QD=11.9533;RBI=0.128678;REFB=0.0149984;REVB=0.126793;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0134314;OID=.;OPOS=33961772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:9:9:6:7:0.4375:1:5:6:3:1:6:6:3 chr16 33961779 . C A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0181569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.707;QD=15.2931;RBI=0.046244;REFB=-0.018928;REVB=-0.0425304;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419704;STB=0.754021;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0140659;OID=.;OPOS=33961779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:5:4:1:8:5:4 chr16 33961855 . T G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0258699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.14;QD=11.1041;RBI=0.0273092;REFB=-0.0221575;REVB=0.0087486;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129519;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0195852;OID=.;OPOS=33961855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:6:7:0.411765:4:2:2:7:4:3:3:7 chr16 33961902 . C A 32.77 PASS AF=0.272727;AO=3;DP=12;FAO=3;FDP=11;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0424265;FXX=0.0832639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.079;QD=11.9148;RBI=0.0462349;REFB=-0.00747017;REVB=-0.0183753;RO=3;SAF=1;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255936;STB=0.614596;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000334041;OID=.;OPOS=33961902;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:12:11:3:6:3:3:0.272727:2:1:2:1:2:1:3:3 chr16 33962412 . A C 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8538;QD=36.3445;RBI=0.0384163;REFB=0.158007;REVB=0.0358154;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473806;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00825104;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:1:0:2:9:1:0 chr16 33962416 . G A,C 134.9 PASS AF=0.785714,0.142857;AO=11,2;DP=14;FAO=11,2;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9,2;FSAR=2,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157894,-0.0362359;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=150.249,21.2082;QD=38.544;RBI=0.137749,0.159132;REFB=-0.0194667,0.0516478;REVB=0.136841,-0.154952;RO=1;SAF=9,2;SAR=2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0473806,0;STB=0.526269,0.5;STBP=0.669,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0185619,0.00457471;OID=.,.;OPOS=33962416,33962416;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:1:1:11,2:11,2:0.785714,0.142857:2,0:9,2:1:0:2,0:9,2:1:0 chr16 33962422 . C A 115.55 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0217936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.129;QD=30.8126;RBI=0.0218909;REFB=-0.0667976;REVB=0.00206141;RO=3;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.565118;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0183593;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:2:10:3:0:2:10:3:0 chr16 33962435 . G A 179.96 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3262;QD=42.3441;RBI=0.0734692;REFB=-0.0646209;REVB=0.0726101;RO=1;SAF=12;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365123;STB=0.519974;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0369083;OID=.;OPOS=33962435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:15:15:0.882353:3:12:1:0:3:12:1:0 chr16 33962560 . AGG ACA 347.75 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0231097;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.956;QD=25.7589;RBI=0.0262042;REFB=-0.0208669;REVB=0.0123533;RO=14;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307165;STB=0.638209;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.00558737;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537037:29:54:29:54:16:15:14:2:14:99:14:15:14:0:14 chr16 33962570 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0185682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.459;QD=16.5274;RBI=0.0237876;REFB=-0.00324207;REVB=-0.0148685;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302481;STB=0.517074;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00311963;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:13:16:13:12:13:16 chr16 33962619 . G A 74.53 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0334234;FXX=0.0769034;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.245;QD=8.28161;RBI=0.0351203;REFB=-0.00723885;REVB=-0.0107849;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16099;STB=0.5998;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0145024;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:39:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:14:12:6:4:14:12 chr16 33962641 . G T 62.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0393298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2566;QD=7.79634;RBI=0.0423259;REFB=-0.00274053;REVB=-0.0156414;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116534;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011899;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:10:12:5:4:10:13 chr16 33962682 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0900255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.153;QD=11.257;RBI=0.090113;REFB=-0.00134032;REVB=-0.0039702;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139534;STB=0.583139;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00211458;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:3:9:5:3:3:9 chr16 33962697 . C T 65.51 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0535487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4676;QD=12.478;RBI=0.0546377;REFB=-0.0243727;REVB=0.010854;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242422;STB=0.555438;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0119091;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:21:12:12:8:9:0.428571:5:3:2:10:6:3:3:9 chr16 33962709 . C G 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0237412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.081;QD=10.3881;RBI=0.0237768;REFB=-0.00951167;REVB=-0.00130035;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0156729;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:3:8:4:3:3:8 chr16 33962750 . C T 59.49 PASS AF=0.4;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0315723;FXX=0.0908678;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.299;QD=11.8983;RBI=0.0325745;REFB=-0.0142613;REVB=-0.00801825;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.52696;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0238427;OID=.;OPOS=33962750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:22:20:10:12:8:8:0.4:5:3:4:6:5:3:4:8 chr16 33962757 . T G 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0132588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.187;QD=8.2465;RBI=0.0479986;REFB=-0.0100923;REVB=-0.046131;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27463;STB=0.666262;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00462661;OID=.;OPOS=33962757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:3:12:4:3:3:12 chr16 33962761 . TA AG 46.5 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0398321;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.222;QD=9.29913;RBI=0.0467252;REFB=0.00876813;REVB=-0.0244264;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239788;STB=0.691863;STBP=0.312;TYPE=mnp;VARB=-0.0103881;OID=.;OPOS=33962761;OREF=TA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:10:13:7:7:0.35:4:3:2:8:4:3:2:11 chr16 33962770 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.017332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.072;QD=9.56952;RBI=0.0354702;REFB=-0.00449584;REVB=-0.0309473;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216346;STB=0.629345;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00549898;OID=.;OPOS=33962770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:3:12:5:3:3:12 chr16 33962779 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0771334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.807;QD=6.57332;RBI=0.0771467;REFB=0.000354376;REVB=-0.0014329;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368595;STB=0.726671;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000600045;OID=.;OPOS=33962779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:3:13:3:3:3:13 chr16 33962891 . A T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0170208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.025;QD=5.8575;RBI=0.0378845;REFB=0.00211165;REVB=0.0338456;RO=32;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295188;STB=0.519083;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00448754;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:4:5:17:15:4:5:17:15 chr16 33962907 . A T 43.73 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0118326;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.866;QD=4.85897;RBI=0.0340261;REFB=-0.00928479;REVB=-0.0319024;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440454;STB=0.540869;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0123678;OID=.;OPOS=33962907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:38:36:28:29:7:7:0.194444:3:4:17:11:3:4:18:11 chr16 33962910 . A G 62.28 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=38;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00427753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.33;QD=6.38785;RBI=0.00438953;REFB=-0.00916215;REVB=-0.000985227;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316313;STB=0.534807;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0461787;OID=.;OPOS=33962910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:38:39:30:30:8:9:0.230769:3:5:18:12:4:5:18:12 chr16 33962923 . G A 55.93 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00933193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.641;QD=4.22149;RBI=0.0100515;REFB=0.0014776;REVB=0.00373468;RO=44;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124898;STB=0.508456;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00600803;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:5:4:20:24:5:4:20:24 chr16 33962930 . G T 68.58 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0177482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.959;QD=4.81295;RBI=0.0188978;REFB=-0.000290798;REVB=-0.00649059;RO=45;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970912;STB=0.551856;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00155757;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:45:46:11:11:0.192982:6:5:17:28:6:5:18:28 chr16 33962978 . AT GC 37.44 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00550337;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.328;QD=2.13939;RBI=0.00755919;REFB=0.000382859;REVB=0.00518211;RO=62;SAF=5;SAR=3;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166842;STB=0.624688;STBP=0.504;TYPE=mnp;VARB=-0.00208868;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:71:70:62:62:8:8:0.114286:3:5:30:32:3:5:30:32 chr16 33962996 . TG CG,CT 403.05 PASS AF=0.603175,0;AO=39,6;DP=70;FAO=38,0;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=16,0;FSAR=22,0;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0074383,-0.00608533;FXX=0.0999857;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=287.824,163.683;QD=25.5906;RBI=0.00763151,0.00943243;REFB=-0.00963201,-0.00577288;REVB=0.00170633,0.0072069;RO=25;SAF=17,3;SAR=22,3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.117061,-0.118992;STB=0.571152,0.5;STBP=0.191,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00396776,0.0960947;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:63:25:25:39,6:38,0:0.603175,0:22,3:17,3:15:10:22,0:16,0:15:10 chr16 33963000 . T C 392.74 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00351801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.698;QD=22.442;RBI=0.0187392;REFB=0.00949323;REVB=0.018406;RO=31;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108354;STB=0.56407;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00466949;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:38:39:0.557143:21:17:18:13:22:17:18:13 chr16 33963002 . G A 96.49 PASS AF=0.222222;AO=15;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0161896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.949;QD=5.36055;RBI=0.0227918;REFB=0.00356481;REVB=-0.0160425;RO=50;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114486;STB=0.57603;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0311429;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:72:72:50:56:15:16:0.222222:8:7:28:22:9:7:30:26 chr16 33963003 . A G 157.82 PASS AF=0.30137;AO=17;DP=68;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00763035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.558;QD=8.64748;RBI=0.0327379;REFB=-0.00533468;REVB=0.0318363;RO=51;SAF=12;SAR=5;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293103;STB=0.617021;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00580033;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:51:51:17:22:0.30137:5:12:24:27:8:14:24:27 chr16 33963004 . G A 37.41 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0180309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.374;QD=1.70056;RBI=0.026614;REFB=-0.00194381;REVB=-0.0195753;RO=79;SAF=2;SAR=7;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289353;STB=0.726242;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0793289;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:7:2:36:43:7:2:36:43 chr16 33963015 . T C 1166.21 PASS AF=0.680851;AO=96;DP=143;FAO=96;FDP=141;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00453815;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.384;QD=33.0839;RBI=0.0329348;REFB=-0.0282912;REVB=0.0326206;RO=45;SAF=37;SAR=59;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905212;STB=0.548701;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0105234;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:45:45:96:96:0.680851:59:37:24:21:59:37:24:21 chr16 33963020 . C A 1901.35 PASS AF=0.801105;AO=122;DP=182;FAO=145;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=53;FSAR=92;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0460241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.379;QD=42.0189;RBI=0.0478003;REFB=-0.0205464;REVB=0.0129093;RO=37;SAF=35;SAR=87;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127169;STB=0.534146;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00528334;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:37:36:122:145:0.801105:87:35:20:17:92:53:19:17 chr16 33963046 . T C 6931.4 PASS AF=0.914286;AO=429;DP=478;FAO=480;FDP=525;FR=.;FRO=45;FSAF=239;FSAR=241;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00226469;FXX=0.00379499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.117;QD=52.8107;RBI=0.0932644;REFB=-0.0251128;REVB=0.0932369;RO=44;SAF=236;SAR=193;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489016;STB=0.503036;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00424359;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:525:44:45:429:480:0.914286:193:236:23:21:241:239:24:21 chr16 33963086 . A G 8405.27 PASS AF=0.929967;AO=571;DP=614;FAO=571;FDP=614;FR=.;FRO=43;FSAF=274;FSAR=297;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0579088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0394;QD=54.7575;RBI=0.0586591;REFB=-0.0214869;REVB=0.00935216;RO=35;SAF=274;SAR=297;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565463;STB=0.502228;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00655846;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:614:614:35:43:571:571:0.929967:297:274:15:20:297:274:22:21 chr16 33963106 . T C 8730.64 PASS AF=0.960199;AO=578;DP=609;FAO=579;FDP=603;FR=.;FRO=24;FSAF=270;FSAR=309;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0185231;FXX=0.00985205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.936;QD=57.9147;RBI=0.0214732;REFB=-0.094309;REVB=0.0108623;RO=22;SAF=269;SAR=309;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151905;STB=0.508001;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00230848;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:609:603:22:24:578:579:0.960199:309:269:15:7:309:270:16:8 chr16 33963108 . A G 8823.73 PASS AF=0.963576;AO=569;DP=591;FAO=582;FDP=604;FR=.;FRO=22;FSAF=280;FSAR=302;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00509023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.485;QD=58.4353;RBI=0.00514738;REFB=-0.0154878;REVB=0.000764939;RO=21;SAF=271;SAR=298;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324634;STB=0.500969;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00121925;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:591:604:21:22:569:582:0.963576:298:271:9:12:302:280:10:12 chr16 33963175 . C G 7550.5 PASS AF=0.976331;AO=491;DP=508;FAO=495;FDP=507;FR=.;FRO=12;FSAF=245;FSAR=250;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0178269;FXX=0.00588224;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.576;QD=59.57;RBI=0.0308114;REFB=0.00623492;REVB=-0.0251305;RO=12;SAF=242;SAR=249;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726415;STB=0.505799;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00021152;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:508:507:12:12:491:495:0.976331:249:242:4:8:250:245:3:9 chr16 33963202 . A G 5008.08 PASS AF=0.990741;AO=315;DP=318;FAO=321;FDP=324;FR=.;FRO=3;FSAF=136;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0152453;FXX=0.00917403;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.955;QD=61.8282;RBI=0.0296535;REFB=-0.0758256;REVB=0.0254345;RO=3;SAF=133;SAR=182;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077968;STB=0.504021;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000590478;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:318:324:3:3:315:321:0.990741:182:133:0:3:185:136:0:3 chr16 33963210 . AT GC 3812.85 PASS AF=0.988048;AO=248;DP=256;FAO=248;FDP=251;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00286816;FXX=0.0346141;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.687;QD=60.7626;RBI=0.00799855;REFB=-0.0585936;REVB=-0.00746662;RO=3;SAF=94;SAR=154;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919397;STB=0.504823;STBP=0.193;TYPE=mnp;VARB=0.000639653;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:256:251:3:3:248:248:0.988048:154:94:0:3:154:94:0:3 chr16 33963224 . T C 2799.48 PASS AF=0.968254;AO=181;DP=186;FAO=183;FDP=189;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=104;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0124233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2477;QD=59.2483;RBI=0.0193954;REFB=0.0341966;REVB=-0.0148944;RO=2;SAF=78;SAR=103;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915397;STB=0.502208;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00117415;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:186:189:2:6:181:183:0.968254:103:78:0:2:104:79:3:3 chr16 33963248 . T C 1795.97 PASS AF=0.918519;AO=123;DP=135;FAO=124;FDP=135;FR=.;FRO=11;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00126345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.588;QD=53.214;RBI=0.0292021;REFB=-0.0136748;REVB=0.0291747;RO=11;SAF=60;SAR=63;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517408;STB=0.502392;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0013206;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:135:135:11:11:123:124:0.918519:63:60:5:6:64:60:5:6 chr16 33963279 . T C 1782.84 PASS AF=0.887324;AO=130;DP=141;FAO=126;FDP=142;FR=.;FRO=16;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00527949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6966;QD=50.2209;RBI=0.0260282;REFB=-0.034947;REVB=0.0254872;RO=11;SAF=62;SAR=68;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02359;STB=0.500894;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00846223;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:141:142:11:16:130:126:0.887324:68:62:7:4:64:62:8:8 chr16 33963283 . C CGG,G 1748.96 PASS AF=0.894737,0.0451128;AO=93,11;DP=144;FAO=119,6;FDP=133;FR=.;FRO=8;FSAF=57,6;FSAR=62,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00925569,-0.0107012;FXX=0.0148137;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=33.8365,178.153;QD=52.6002;RBI=0.0168578,0.0107019;REFB=-0.0174409,0.0176639;REVB=0.0140896,0.000122076;RO=33;SAF=40,7;SAR=53,4;SRF=24;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.14513,-0.123978;STB=0.506565,0.997856;STBP=0.588,0.003;TYPE=ins,snp;VARB=0.00155858,0.0123739;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:144:133:33:8:93,11:119,6:0.894737,0.0451128:53,4:40,7:24:9:62,0:57,6:3:5 chr16 33963288 . CA CG,GG 1935.76 PASS AF=0.930556,0;AO=120,9;DP=144;FAO=134,0;FDP=144;FR=.;FRO=10;FSAF=70,0;FSAR=64,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00678633,-0.00268844;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=134.949,101.389;QD=53.7712;RBI=0.0114033,0.00876464;REFB=-0.00527135,-0.00217073;REVB=0.00916415,0.00834214;RO=10;SAF=57,9;SAR=63,0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00365041,0.790552;STB=0.501557,0.5;STBP=0.936,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000505129,0;OID=.,.;OPOS=33963289,33963288;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:144:144:10:10:120,9:134,0:0.930556,0:63,0:57,9:5:5:64,0:70,0:5:5 chr16 33963329 . T C 1901.9 PASS AF=0.875;AO=138;DP=158;FAO=140;FDP=160;FR=.;FRO=20;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00579323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4488;QD=47.5474;RBI=0.0161599;REFB=-0.00424618;REVB=0.0150858;RO=19;SAF=73;SAR=65;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478826;STB=0.527854;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00192629;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:158:160:19:20:138:140:0.875:65:73:14:5:66:74:15:5 chr16 33963332 . A G 1926.96 PASS AF=0.865854;AO=141;DP=164;FAO=142;FDP=164;FR=.;FRO=22;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0151745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0707;QD=46.9991;RBI=0.0175785;REFB=-0.0312246;REVB=0.00887362;RO=22;SAF=77;SAR=64;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586631;STB=0.5313;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00565559;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:164:164:22:22:141:142:0.865854:64:77:17:5:65:77:17:5 chr16 33963395 . AT TC 1340.74 PASS AF=0.79845;AO=92;DP=119;FAO=103;FDP=129;FR=.;FRO=26;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0113522;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=2;MLLD=306.68;QD=41.5733;RBI=0.0464701;REFB=-0.0288582;REVB=0.0450621;RO=26;SAF=49;SAR=43;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665763;STB=0.541621;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.00662357;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:129:26:26:92:103:0.79845:43:49:18:8:53:50:18:8 chr16 33963424 . A G 899.76 PASS AF=0.684211;AO=73;DP=110;FAO=78;FDP=114;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0130002;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.644;QD=31.5707;RBI=0.0130139;REFB=-0.0106941;REVB=-0.000598431;RO=37;SAF=33;SAR=40;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122117;STB=0.5645;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00178024;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:37:36:73:78:0.684211:40:33:24:13:42:36:24:12 chr16 33963427 . T C 695.17 PASS AF=0.66055;AO=53;DP=96;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00503417;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.962;QD=25.5109;RBI=0.0500189;REFB=-0.0371361;REVB=0.0497649;RO=29;SAF=28;SAR=25;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379499;STB=0.550445;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00606694;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:109:29:37:53:72:0.66055:25:28:17:12:36:36:24:13 chr16 33963437 . T C 1287.6 PASS AF=0.744526;AO=102;DP=137;FAO=102;FDP=137;FR=.;FRO=35;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0217665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6867;QD=37.5942;RBI=0.0240428;REFB=0.0106457;REVB=-0.0102115;RO=35;SAF=40;SAR=62;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115268;STB=0.561648;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0127317;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:35:35:102:102:0.744526:62:40:22:13:62:40:22:13 chr16 33963445 . A G 1422.16 PASS AF=0.748299;AO=109;DP=146;FAO=110;FDP=147;FR=.;FRO=37;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0049592;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6741;QD=38.6982;RBI=0.0446459;REFB=0.0158881;REVB=-0.0443696;RO=37;SAF=41;SAR=68;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120003;STB=0.562043;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0041545;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:37:37:109:110:0.748299:68:41:23:14:68:42:23:14 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1278.31 PASS AF=0.666667,0.113636;AO=85,15;DP=135;FAO=88,15;FDP=132;FR=.;FRO=29;FSAF=14,8;FSAR=74,7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0190649,0.0426189;FXX=0.0294096;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=203.66,100.368;QD=38.7368;RBI=0.0265655,0.0513608;REFB=-7.58245e-05,-0.014531;REVB=0.0185001,0.0286629;RO=28;SAF=14,8;SAR=71,7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.309327,-0.122836;STB=0.665499,0.558206;STBP=0,0.598;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0021659,-0.0233815;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:132:28:29:85,15:88,15:0.666667,0.113636:71,7:14,8:18:10:74,7:14,8:18:11 chr16 33963490 . T C 958.23 PASS AF=0.664;AO=82;DP=125;FAO=83;FDP=125;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=67;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00562176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2505;QD=30.6635;RBI=0.0642076;REFB=0.015889;REVB=0.063961;RO=42;SAF=16;SAR=66;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328656;STB=0.679334;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00668274;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:42:42:82:83:0.664:66:16:26:16:67:16:26:16 chr16 33963528 . T C 801.57 PASS AF=0.698925;AO=63;DP=91;FAO=65;FDP=93;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00075011;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.768;QD=34.476;RBI=0.00999857;REFB=-0.00466977;REVB=0.00997039;RO=27;SAF=15;SAR=48;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333852;STB=0.669195;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00280381;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:27:28:63:65:0.698925:48:15:21:6:49:16:21:7 chr16 33963563 . G C 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.00951628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.694;QD=18.6733;RBI=0.0102724;REFB=0.00923672;REVB=0.00386822;RO=36;SAF=6;SAR=29;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565541;STB=0.81604;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00915927;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:29:6:28:8:29:6:28:8 chr16 33963571 . T C 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.00278609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.79;QD=20.7238;RBI=0.00690127;REFB=-0.00309122;REVB=0.00631389;RO=32;SAF=10;SAR=27;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446538;STB=0.751561;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00457521;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:27:10:26:6:27:10:27:6 chr16 33963588 . G A 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00237739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.453;QD=2.35836;RBI=0.00806104;REFB=0.00408498;REVB=-0.00770249;RO=52;SAF=6;SAR=1;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32257;STB=0.749168;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0284877;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:52:53:7:7:0.116667:1:6:33:19:1:6:34:19 chr16 33963591 . T C 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=0.0123067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.966;QD=3.20533;RBI=0.0169114;REFB=-0.00428384;REVB=0.0115991;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436104;STB=0.790844;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0398306;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:42:43:7:7:0.14:4:3:33:9:4:3:34:9 chr16 33963595 . A G 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=0.00493517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.864;QD=7.47062;RBI=0.060549;REFB=0.00420397;REVB=-0.0603476;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36241;STB=0.714;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0172447;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:4:7:28:4:4:7:28:4 chr16 33963597 . C T 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=0.0243062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.43;QD=7.47121;RBI=0.0311275;REFB=0.000998506;REVB=0.0194456;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36241;STB=0.714;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000919383;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:4:7:28:4:4:7:28:4 chr16 33963605 . T C 131.64 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=2;FWDB=-0.00345814;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0645;QD=11.4472;RBI=0.0268514;REFB=-0.0252627;REVB=-0.0266278;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=28;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427566;STB=0.740053;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0259838;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:6:10:28:2:6:10:28:2 chr16 33963624 . T C 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=6;FWDB=-0.00427288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.671;QD=4.6373;RBI=0.0188747;REFB=-0.00160956;REVB=0.0183847;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=44;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515736;STB=0.806132;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00456104;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:6:6:44:6:6:6:44:6 chr16 33963636 . AA GG 60.97 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=64;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=-0.000618044;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.634;QD=3.69522;RBI=0.0104235;REFB=-0.00650655;REVB=-0.0104052;RO=54;SAF=4;SAR=6;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45939;STB=0.726972;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=0.0311502;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:64:66:54:54:10:12:0.181818:6:4:42:12:6:6:42:12 chr16 33963643 . CAA C,TAA 75.93 PASS AF=0.15,0.0666667;AO=8,4;DP=64;FAO=9,4;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7,4;FSAR=2,0;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0405106,-0.00160528;FXX=0.0624902;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=40.5591,242.393;QD=5.06221;RBI=0.0530583,0.0369785;REFB=-0.00671246,-0.00723838;REVB=-0.0342647,-0.0369437;RO=46;SAF=7,4;SAR=1,0;SRF=32;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.307684,0.474996;STB=0.603811,0.99649;STBP=0.615,0.111;TYPE=del,snp;VARB=0.0360814,0.00969189;OID=.,.;OPOS=33963644,33963643;OREF=AA,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:64:60:46:47:8,4:9,4:0.15,0.0666667:1,0:7,4:32:14:2,0:7,4:32:15 chr16 33963661 . A G 31.21 PASS AF=0.130435;AO=3;DP=63;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00239515;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.787;QD=1.80915;RBI=0.00364644;REFB=-0.0110588;REVB=0.0027495;RO=58;SAF=0;SAR=3;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516055;STB=0.64638;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0968713;OID=.;OPOS=33963661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:63:69:58:60:3:9:0.130435:3:0:37:21:5:4:37:23 chr16 33963678 . C T 428.81 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0104328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.113;QD=23.823;RBI=0.0107333;REFB=-0.0133816;REVB=0.00252208;RO=27;SAF=20;SAR=21;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222738;STB=0.537631;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0108688;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:30:41:42:0.583333:21:20:14:13:22:20:17:13 chr16 33963708 . GT AC 33.36 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0176276;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.003;QD=2.08493;RBI=0.0213249;REFB=-0.00180422;REVB=-0.0120007;RO=56;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290388;STB=0.713674;STBP=0.3;TYPE=mnp;VARB=0.0480939;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:66:64:56:57:7:7:0.109375:2:5:26:30:2:5:27:30 chr16 33963722 . C G 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00875936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.951;QD=5.49678;RBI=0.0271525;REFB=-0.00208129;REVB=-0.0257008;RO=53;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296252;STB=0.518639;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0130992;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:7:8:27:26:7:8:27:26 chr16 33963732 . A C 70.22 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00127994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.239;QD=4.13044;RBI=0.00296597;REFB=0.00163636;REVB=0.00267557;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458916;STB=0.531582;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0120641;OID=.;OPOS=33963732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:68:68:55:55:10:10:0.147059:4:6:31:24:4:6:31:24 chr16 33963737 . GC AT,G,GG 239.88 PASS AF=0.190476,0.222222,0.047619;AO=12,14,3;DP=65;FAO=12,14,3;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=5,9,0;FSAR=7,5,3;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0149233,-0.000938279,-0.00189625;FXX=0.0307645;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=121.381,187.469,188.194;QD=15.2305;RBI=0.0177391,0.00210426,0.00258935;REFB=-0.00501063,0.00353773,0.00125141;REVB=-0.00959018,-0.00188349,-0.00176323;RO=33;SAF=5,9,0;SAR=7,5,3;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.256372,0.00818261,-0.597696;STB=0.665233,0.503242,0.997307;STBP=0.222,0.977,0.016;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.015428,0.000726333,0.0329229;OID=.,.,.;OPOS=33963737,33963738,33963738;OREF=GC,C,C;OALT=AT,-,G;OMAPALT=AT,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:65:63:33:34:12,14,3:12,14,3:0.190476,0.222222,0.047619:7,5,3:5,9,0:21:12:7,5,3:5,9,0:22:12 chr16 33963758 . T C 32.14 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00969632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.832;QD=2.57155;RBI=0.021969;REFB=0.00325689;REVB=-0.0197134;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183642;STB=0.648148;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0133734;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:43:44:6:6:0.12:2:4:22:21:2:4:22:22 chr16 33963769 . C A 262.64 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0162831;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.838;QD=31.8355;RBI=0.023283;REFB=-0.00199242;REVB=0.0166421;RO=10;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120007;STB=0.506591;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.000645555;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:33:10:10:23:23:0.69697:12:11:5:5:12:11:5:5 chr16 33963775 . G C 228.3 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0105837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3379;QD=21.7429;RBI=0.0220118;REFB=0.011235;REVB=0.0193004;RO=7;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12202;STB=0.592936;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0331626;OID=.;OPOS=33963775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:7:20:22:22:0.52381:15:7:4:3:15:7:10:10 chr16 33963783 . G C,T 669.67 PASS AF=0.435484,0.435484;AO=27,26;DP=61;FAO=27,27;FDP=62;FR=.;FRO=8;FSAF=6,11;FSAR=21,16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00494162,0.00989503;FXX=0.0158705;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=130.394,147.061;QD=43.2043;RBI=0.0214731,0.0161054;REFB=0.0061737,0.00246298;REVB=0.0208968,0.0127072;RO=8;SAF=6,11;SAR=21,15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.211755,-0.0879631;STB=0.615907,0.5505;STBP=0.027,0.26;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00269002,-0.000326072;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:61:62:8:8:27,26:27,27:0.435484,0.435484:21,15:6,11:5:3:21,16:6,11:5:3 chr16 33963788 . A C 55.32 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.000530805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.35;QD=2.8737;RBI=0.00726855;REFB=-0.00368682;REVB=-0.00724914;RO=65;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521147;STB=0.54692;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0199581;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:65:66:11:11:0.142857:8:3:20:45:8:3:21:45 chr16 33963809 . G C 1102.67 PASS AF=0.828571;AO=85;DP=103;FAO=87;FDP=105;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=68;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0172614;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2066;QD=42.0065;RBI=0.0836811;REFB=-0.0566134;REVB=0.0818815;RO=17;SAF=19;SAR=66;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104284;STB=0.553333;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.015365;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:17:18:85:87:0.828571:66:19:8:9:68:19:8:10 chr16 33963816 . TG GA 1230.77 PASS AF=0.75969;AO=97;DP=129;FAO=98;FDP=129;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=71;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00851007;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.163;QD=38.1633;RBI=0.0250845;REFB=-0.0219899;REVB=0.0235968;RO=31;SAF=27;SAR=70;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093224;STB=0.550585;STBP=0.056;TYPE=mnp;VARB=0.0112901;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:31:31:97:98:0.75969:70:27:14:17:71:27:14:17 chr16 33963822 . A G 1776.5 PASS AF=0.814371;AO=136;DP=167;FAO=136;FDP=167;FR=.;FRO=31;FSAF=41;FSAR=95;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00751096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.79;QD=42.5508;RBI=0.0333965;REFB=-0.00553063;REVB=-0.0325409;RO=30;SAF=41;SAR=95;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077507;STB=0.538947;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0014438;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:30:31:136:136:0.814371:95:41:15:15:95:41:15:16 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 3274.62 PASS AF=0.785211,0.0774648;AO=208,22;DP=285;FAO=223,22;FDP=284;FR=.;FRO=39;FSAF=85,22;FSAR=138,0;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00030811,-0.0128026;FXX=0.00350865;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=184.899,98.4211;QD=46.1214;RBI=0.00555586,0.0469406;REFB=-0.0399263,-0.026073;REVB=-0.00554731,-0.0451609;RO=39;SAF=78,22;SAR=130,0;SRF=18;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0273448,0.824313;STB=0.512603,0.999404;STBP=0.357,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.010757,-0.0338606;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:39:39:208,22:223,22:0.785211,0.0774648:130,0:78,22:18:21:138,0:85,22:18:21 chr16 33963855 . T C 6447.01 PASS AF=0.90101;AO=444;DP=495;FAO=446;FDP=495;FR=.;FRO=49;FSAF=178;FSAR=268;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0180185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8138;QD=52.0971;RBI=0.0370922;REFB=0.000209055;REVB=0.0324217;RO=48;SAF=178;SAR=266;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309819;STB=0.515577;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-2.73852e-05;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:495:495:48:49:444:446:0.90101:266:178:27:21:268:178:27:22 chr16 33963875 . A G 10514.8 PASS AF=0.978261;AO=668;DP=683;FAO=675;FDP=690;FR=.;FRO=15;FSAF=314;FSAR=361;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0162628;FXX=0.00289013;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9469;QD=60.9555;RBI=0.0936266;REFB=0.0330212;REVB=-0.0922034;RO=15;SAF=313;SAR=355;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553011;STB=0.502944;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00112023;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:683:690:15:15:668:675:0.978261:355:313:9:6:361:314:9:6 chr16 33963881 . C G 9902.3 PASS AF=0.929167;AO=668;DP=726;FAO=669;FDP=720;FR=.;FRO=51;FSAF=300;FSAR=369;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.000532721;FXX=0.00962848;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.142;QD=55.0128;RBI=0.062874;REFB=0.0210919;REVB=-0.0628717;RO=51;SAF=300;SAR=368;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189521;STB=0.509988;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00141264;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:726:720:51:51:668:669:0.929167:368:300:30:21:369:300:30:21 chr16 33963912 . T C 13207.2 PASS AF=0.967306;AO=856;DP=887;FAO=858;FDP=887;FR=.;FRO=29;FSAF=397;FSAR=461;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00500448;FXX=0.00224969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0721;QD=59.559;RBI=0.0261512;REFB=-0.059354;REVB=0.0256679;RO=27;SAF=395;SAR=461;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00769466;STB=0.504058;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00117284;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:887:887:27:29:856:858:0.967306:461:395:16:11:461:397:17:12 chr16 33963961 . C G 14090.0 PASS AF=0.94165;AO=934;DP=996;FAO=936;FDP=994;FR=.;FRO=58;FSAF=401;FSAR=535;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0462805;FXX=0.00400798;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.075;QD=56.7003;RBI=0.0465476;REFB=-0.0578615;REVB=-0.00497909;RO=52;SAF=399;SAR=535;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232005;STB=0.513456;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00218177;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:996:994:52:58:934:936:0.94165:535:399:34:18:535:401:38:20 chr16 33963975 . A G 12649.6 PASS AF=0.907484;AO=872;DP=963;FAO=873;FDP=962;FR=.;FRO=89;FSAF=384;FSAR=489;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0107264;FXX=0.00103841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.747;QD=52.5971;RBI=0.0114722;REFB=-0.0101673;REVB=0.0040689;RO=88;SAF=383;SAR=489;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187625;STB=0.510366;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00068577;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:963:962:88:89:872:873:0.907484:489:383:48:40:489:384:49:40 chr16 33963991 . A G 12725.3 PASS AF=0.946128;AO=842;DP=892;FAO=843;FDP=891;FR=.;FRO=48;FSAF=379;FSAR=464;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0361926;FXX=0.00223962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.446;QD=57.128;RBI=0.03629;REFB=-0.0309762;REVB=-0.00265788;RO=47;SAF=379;SAR=463;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126431;STB=0.507268;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00162861;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:892:891:47:48:842:843:0.946128:463:379:27:20:464:379:28:20 chr16 33964017 . A G 9562.75 PASS AF=0.932203;AO=630;DP=683;FAO=660;FDP=708;FR=.;FRO=48;FSAF=288;FSAR=372;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0270685;FXX=0.00281686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4681;QD=54.0268;RBI=0.0282709;REFB=-0.00517123;REVB=-0.00815709;RO=47;SAF=273;SAR=357;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160962;STB=0.508673;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000520212;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:683:708:47:48:630:660:0.932203:357:273:26:21:372:288:27:21 chr16 33964025 . C T 62.7 PASS AF=0.057971;AO=36;DP=686;FAO=40;FDP=690;FR=.;FRO=650;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=298;FSRR=352;FWDB=0.0610843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.22;QD=0.363498;RBI=0.0651431;REFB=-0.000997534;REVB=-0.0226346;RO=647;SAF=19;SAR=17;SRF=298;SRR=349;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675429;STB=0.539111;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0253851;OID=.;OPOS=33964025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:686:690:647:650:36:40:0.057971:17:19:298:349:20:20:298:352 chr16 33964028 . G A 51.03 PASS AF=0.0541353;AO=36;DP=665;FAO=36;FDP=665;FR=.;FRO=629;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=289;FSRR=340;FWDB=-0.0428687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2892;QD=0.306919;RBI=0.0586291;REFB=-0.00175432;REVB=-0.0399955;RO=625;SAF=18;SAR=18;SRF=285;SRR=340;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449391;STB=0.538325;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0330015;OID=.;OPOS=33964028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:665:665:625:629:36:36:0.0541353:18:18:285:340:18:18:289:340 chr16 33964048 . G A 50.33 PASS AF=0.0575139;AO=31;DP=539;FAO=31;FDP=539;FR=.;FRO=508;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=222;FSRR=286;FWDB=-0.00272685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1992;QD=0.373501;RBI=0.0201609;REFB=0.000690741;REVB=0.0199756;RO=507;SAF=21;SAR=10;SRF=221;SRR=286;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247018;STB=0.71881;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00769116;OID=.;OPOS=33964048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:539:539:507:508:31:31:0.0575139:10:21:221:286:10:21:222:286 chr16 33964050 . G A 57.4 PASS AF=0.0614203;AO=32;DP=521;FAO=32;FDP=521;FR=.;FRO=489;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=204;FSRR=285;FWDB=-0.00350419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.873;QD=0.440706;RBI=0.00498069;REFB=0.000372382;REVB=0.00353948;RO=488;SAF=22;SAR=10;SRF=204;SRR=284;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28093;STB=0.741573;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0103979;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:521:521:488:489:32:32:0.0614203:10:22:204:284:10:22:204:285 chr16 33964062 . C T 136.28 PASS AF=0.104712;AO=39;DP=380;FAO=40;FDP=382;FR=.;FRO=342;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=93;FSRR=249;FWDB=-0.0596653;FXX=0.0026109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.609;QD=1.42701;RBI=0.0658582;REFB=-0.0139948;REVB=0.0278811;RO=340;SAF=16;SAR=23;SRF=92;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192761;STB=0.646288;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0709517;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:382:340:342:39:40:0.104712:23:16:92:248:23:17:93:249 chr16 33964064 . TG CC,CG 2945.77 PASS AF=0.0461095,0.67147;AO=16,233;DP=352;FAO=16,233;FDP=347;FR=.;FRO=98;FSAF=1,34;FSAR=15,199;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.0150896,0.0169887;FXX=0.0142041;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=68.1999,84.3081;QD=33.9569;RBI=0.0161459,0.0215717;REFB=-0.0217036,-0.0298947;REVB=-0.0057442,-0.0132937;RO=96;SAF=1,34;SAR=15,199;SRF=55;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639148,-0.34209;STB=0.936953,0.686083;STBP=0,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00863215,0.00912056;OID=.,.;OPOS=33964064,33964064;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:352:347:96:98:16,233:16,233:0.0461095,0.67147:15,199:1,34:55:41:15,199:1,34:56:42 chr16 33964070 . AG GC 2407.42 PASS AF=0.662379;AO=203;DP=313;FAO=206;FDP=311;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=172;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=0.00549378;FXX=0.012698;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.312;QD=30.9636;RBI=0.0199533;REFB=-0.047115;REVB=0.0191821;RO=100;SAF=33;SAR=170;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335793;STB=0.679997;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0173341;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:311:100:105:203:206:0.662379:170:33:56:44:172:34:58:47 chr16 33964082 . T C 2224.12 PASS AF=0.645051;AO=187;DP=294;FAO=189;FDP=293;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=152;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0171419;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.045;QD=30.3634;RBI=0.0173208;REFB=-0.0129759;REVB=-0.0024832;RO=101;SAF=37;SAR=150;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238918;STB=0.638121;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00913292;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:293:101:104:187:189:0.645051:150:37:48:53:152:37:51:53 chr16 33964091 . T C 3400.95 PASS AF=0.846154;AO=214;DP=274;FAO=231;FDP=273;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=54;FSAR=177;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0253238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.631;QD=49.8307;RBI=0.0253253;REFB=-0.0292067;REVB=-0.00027988;RO=29;SAF=39;SAR=175;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159399;STB=0.557914;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00632924;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:29:28:214:231:0.846154:175:39:19:10:177:54:18:10 chr16 33964108 . G C 1278.8 PASS AF=0.532468;AO=123;DP=219;FAO=123;FDP=231;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=88;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=0.014924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.358;QD=22.1438;RBI=0.0215346;REFB=-0.0153561;REVB=0.0155246;RO=96;SAF=35;SAR=88;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951095;STB=0.580471;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00942628;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:231:96:108:123:123:0.532468:88:35:37:59:88:35:47:61 chr16 33964119 . A G 148.24 PASS AF=0.153061;AO=30;DP=197;FAO=30;FDP=196;FR=.;FRO=166;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=102;FWDB=0.0029127;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.894;QD=3.0253;RBI=0.00507247;REFB=-0.00484979;REVB=-0.00415285;RO=161;SAF=15;SAR=15;SRF=62;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148465;STB=0.596877;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0291106;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:161:166:30:30:0.153061:15:15:62:99:15:15:64:102 chr16 33964134 . G C 428.9 PASS AF=0.346154;AO=53;DP=154;FAO=54;FDP=156;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.0402109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.742;QD=10.9973;RBI=0.0409674;REFB=0.00178928;REVB=0.00783648;RO=101;SAF=18;SAR=35;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227186;STB=0.624351;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0156383;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:101:102:53:54:0.346154:35:18:54:47:35:19:55:47 chr16 33964143 . T C 380.17 PASS AF=0.328671;AO=47;DP=143;FAO=47;FDP=143;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0630088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1721;QD=10.6342;RBI=0.107482;REFB=0.0156984;REVB=-0.0870758;RO=96;SAF=18;SAR=29;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196747;STB=0.613662;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0321858;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:96:96:47:47:0.328671:29:18:53:43:29:18:53:43 chr16 33964153 . G T 174.6 PASS AF=0.21875;AO=27;DP=128;FAO=28;FDP=128;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.00623027;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.341;QD=5.45614;RBI=0.0077083;REFB=-0.0052877;REVB=-0.00453891;RO=101;SAF=13;SAR=14;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798196;STB=0.558913;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0186234;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:101:100:27:28:0.21875:14:13:55:46:15:13:54:46 chr16 33964154 . C T 182.9 PASS AF=0.226562;AO=28;DP=127;FAO=29;FDP=128;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.00228469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.505;QD=5.71554;RBI=0.00758472;REFB=-0.00402979;REVB=-0.00723244;RO=93;SAF=12;SAR=16;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136422;STB=0.608691;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0139509;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:93:99:28:29:0.226562:16:12:50:43:17:12:55:44 chr16 33964168 . G A 154.16 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=113;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.0200988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.202;QD=5.45694;RBI=0.0225593;REFB=-0.00359826;REVB=0.0102449;RO=87;SAF=12;SAR=13;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147816;STB=0.585848;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0154592;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:88:25:25:0.221239:13:12:52:35:13:12:52:36 chr16 33964196 . T C 233.43 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.000719944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.102;QD=10.6105;RBI=0.0178034;REFB=-0.00655669;REVB=-0.0177889;RO=58;SAF=13;SAR=16;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31167;STB=0.67216;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0157901;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:59:29:29:0.329545:16:13:42:16:16:13:42:17 chr16 33964202 . C T 474.09 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.00695098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.361;QD=22.5759;RBI=0.00923303;REFB=-0.00970035;REVB=0.00607724;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276345;STB=0.650912;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0132598;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:24:22:31:7:24:22:31:7 chr16 33964204 . T G 122.76 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=-0.0375671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.331;QD=5.84555;RBI=0.0383851;REFB=-0.00244917;REVB=0.0078825;RO=62;SAF=9;SAR=10;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293705;STB=0.666508;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0220681;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:62:65:19:19:0.22619:10:9:44:18:10:9:45:20 chr16 33964233 . C T 74.88 PASS AF=0.20339;AO=11;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.014173;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.654;QD=5.07635;RBI=0.0141788;REFB=-0.00254232;REVB=-0.000405107;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325242;STB=0.677707;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00657039;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:46:47:11:12:0.20339:6:5:33:13:6:6:34:13 chr16 33964237 . CT CG,TG 160.76 PASS AF=0.230769,0.153846;AO=12,8;DP=52;FAO=12,8;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7,4;FSAR=5,4;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0262511,-0.0373644;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=171.74,228.494;QD=12.3659;RBI=0.0290712,0.0374483;REFB=-0.00379037,0.00106916;REVB=-0.0124906,-0.00250617;RO=27;SAF=7,4;SAR=5,4;SRF=23;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.350129,-0.448817;STB=0.629888,0.69958;STBP=0.319,0.279;TYPE=snp,mnp;VARB=0.026008,-0.0198952;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:52:52:27:32:12,8:12,8:0.230769,0.153846:5,4:7,4:23:4:5,4:7,4:24:8 chr16 33964242 . CA CG,GG 144.58 PASS AF=0.196078,0.156863;AO=10,8;DP=51;FAO=10,8;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5,4;FSAR=5,4;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0220503,-0.0280325;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=115.508,212.063;QD=11.3395;RBI=0.0244626,0.0320556;REFB=-0.022039,-0.00914404;REVB=-0.0105925,-0.015548;RO=31;SAF=5,4;SAR=5,4;SRF=25;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.383467,-0.391535;STB=0.697341,0.706888;STBP=0.202,0.277;TYPE=snp,mnp;VARB=0.01318,0.0147505;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:51:51:31:33:10,8:10,8:0.196078,0.156863:5,4:5,4:25:6:5,4:5,4:25:8 chr16 33964249 . G A 112.04 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0137311;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.485;QD=9.14656;RBI=0.0232454;REFB=-0.0133698;REVB=0.0187564;RO=34;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127993;STB=0.570365;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0169219;OID=.;OPOS=33964249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:34:35:14:14:0.285714:4:10:21:13:4:10:22:13 chr16 33964252 . G A 32.37 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0057321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.794;QD=2.6425;RBI=0.0168923;REFB=-0.00100624;REVB=-0.01589;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240368;STB=0.672961;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00882768;OID=.;OPOS=33964252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:30:13:3:3:30:13 chr16 33964276 . A G 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0460929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5657;QD=4.78741;RBI=0.0782402;REFB=-0.00395541;REVB=-0.0632216;RO=31;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188897;STB=0.599734;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0135065;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:31:34:8:8:0.190476:2:6:19:12:2:6:22:12 chr16 33964293 . G A 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0215973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.522;QD=4.41817;RBI=0.0358328;REFB=-0.00666286;REVB=-0.0285929;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13539;STB=0.592941;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0111075;OID=.;OPOS=33964293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:19:12:2:5:19:12 chr16 33965449 . G C 145.45 PASS AF=0.221154;AO=23;DP=103;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0160136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9307;QD=5.59406;RBI=0.0184889;REFB=-0.0158128;REVB=0.00924135;RO=80;SAF=10;SAR=13;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193408;STB=0.507633;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0585079;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:80:81:23:23:0.221154:13:10:36:44:13:10:36:45 chr16 33965456 . T C 246.03 PASS AF=0.311321;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00726785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4171;QD=9.28428;RBI=0.0222994;REFB=-0.00496085;REVB=0.0210817;RO=73;SAF=14;SAR=19;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332737;STB=0.519476;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00965984;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:73:73:33:33:0.311321:19:14:33:40:19:14:33:40 chr16 33965459 . C T 162.28 PASS AF=0.235849;AO=24;DP=104;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.00531282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0717;QD=6.12364;RBI=0.0445904;REFB=-0.00723389;REVB=-0.0442728;RO=80;SAF=10;SAR=14;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581475;STB=0.544366;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.022787;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:80:81:24:25:0.235849:14:10:37:43:15:10:37:44 chr16 33965507 . G C 198.35 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0311096;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.778;QD=7.27878;RBI=0.0524359;REFB=-0.00644631;REVB=-0.0422103;RO=79;SAF=19;SAR=10;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216023;STB=0.625477;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0352533;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:79:80:29:29:0.266055:10:19:38:41:10:19:39:41 chr16 33965533 . A C 280.09 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.000484958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3362;QD=11.9186;RBI=0.00559838;REFB=-0.00151727;REVB=-0.00557734;RO=60;SAF=23;SAR=10;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349813;STB=0.69685;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00127009;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:61:33:33:0.351064:10:23:23:37:10:23:24:37 chr16 33965536 . GCA GCG,GTG 280.31 PASS AF=0.275862,0.103448;AO=24,9;DP=89;FAO=24,9;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=18,5;FSAR=6,4;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.000764716,0.00591497;FXX=0.0224694;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=102.587,108.666;QD=12.888;RBI=0.0292931,0.0302765;REFB=-0.0258687,-0.0242989;REVB=-0.0292831,-0.0296931;RO=37;SAF=18,5;SAR=6,4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.249848,0.0184587;STB=0.734495,0.620179;STBP=0.007,0.46;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00070415,0.000703594;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0.103448:24,9:89:24,9:87:51:18,5:6,4:21:30:99:37:18,5:6,4:20:17 chr16 33965539 . G GC 82.63 PASS AF=0.285714;AO=21;DP=89;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0325158;FXX=0.0722804;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.0767;QD=4.29264;RBI=0.0712074;REFB=-0.0415249;REVB=-0.0633499;RO=66;SAF=16;SAR=5;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419652;STB=0.664519;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=0.0279548;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:21:89:22:77:55:15:7:25:30:82:66:16:5:28:38 chr16 33965554 . A G 293.38 PASS AF=0.3;AO=9;DP=75;FAO=21;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=0.00481083;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.278;QD=16.7647;RBI=0.00487183;REFB=-0.00380904;REVB=-0.000768505;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533347;STB=0.828898;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0340205;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:70:28:29:9:21:0.3:6:3:1:27:6:15:2:27 chr16 33965560 . TT AC,AT 244.05 PASS AF=0.287671,0.123288;AO=21,9;DP=74;FAO=21,9;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15,6;FSAR=6,3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.000354206,-0.000427172;FXX=0.0135117;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=224.76,242.713;QD=13.3728;RBI=0.00917616,0.00781053;REFB=-0.0113621,-0.0133529;REVB=-0.00916932,-0.00779884;RO=42;SAF=15,6;SAR=6,3;SRF=16;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.37621,0.339658;STB=0.714082,0.715594;STBP=0.019,0.176;TYPE=mnp,snp;VARB=0.02462,0.0179129;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:43:21,9:21,9:0.287671,0.123288:6,3:15,6:16:26:6,3:15,6:17:26 chr16 34980705 . T TG 45.21 PASS AF=0.247059;AO=20;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0522384;FXX=0.0116266;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.3038;QD=2.12764;RBI=0.0702821;REFB=-0.0130859;REVB=-0.0470184;RO=62;SAF=7;SAR=13;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281074;STB=0.681999;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.189413;OID=.;OPOS=34980706;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.247059:20:85:21:85:64:7:14:37:27:45:62:7:13:36:26 chr16 46565019 . T G 1302.46 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000593346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.971;QD=62.0219;RBI=0.00877106;REFB=0;REVB=0.00875096;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35941e-06;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:39:45:0:0 chr16 46590024 . T C 726.72 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8531;QD=52.8521;RBI=0.0838337;REFB=-0.106695;REVB=-0.0799886;RO=2;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074118;STB=0.503936;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00303898;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:21:32:1:1:21:32:1:1 chr16 46602819 . C T 130.17 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.191852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4186;QD=17.3553;RBI=0.19283;REFB=-0.0683764;REVB=0.0193968;RO=16;SAF=1;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.673637;STB=0.812031;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0619448;OID=.;OPOS=46602819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:15:14:15:0.5:13:1:11:5:13:2:10:5 chr16 46655210 . A G 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.368;QD=60.8514;RBI=0.0196188;REFB=0.00796482;REVB=-0.00547108;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303064;STB=0.516122;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000207619;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:15:31:0:1:15:31:0:1 chr16 46696284 . G A 955.26 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.002;QD=58.785;RBI=0.0142173;REFB=0;REVB=-0.0108569;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60732e-05;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:36:29:0:0 chr16 46723079 . C T 289.36 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00607092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.4769;QD=25.721;RBI=0.0195429;REFB=-0.0475056;REVB=0.018576;RO=19;SAF=3;SAR=23;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738047;STB=0.541143;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0220377;OID=.;OPOS=46723079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:23:3:3:16:23:3:3:16 chr16 46773999 . C A 451.16 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0388199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4295;QD=18.6044;RBI=0.0640959;REFB=0.00727333;REVB=0.051003;RO=51;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126342;STB=0.501824;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00877476;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:51:45:46:0.474227:25:20:22:29:26:20:22:29 chr16 47347646 . C T 331.23 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00596102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.269;QD=18.6609;RBI=0.00679156;REFB=-0.019349;REVB=-0.00325446;RO=35;SAF=22;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08037;STB=0.553196;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0210338;OID=.;OPOS=47347646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:13:22:19:16:13:22:19:17 chr16 48122582 . G A 878.28 PASS AF=0.547771;AO=84;DP=155;FAO=86;FDP=157;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0342118;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.353;QD=22.3765;RBI=0.0429312;REFB=-0.0142356;REVB=0.0259353;RO=70;SAF=40;SAR=44;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397033;STB=0.504298;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0172131;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:70:71:84:86:0.547771:44:40:33:37:44:42:34:37 chr16 48145742 . T A 449.86 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0462887;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.737;QD=15.7844;RBI=0.0463731;REFB=-0.0199643;REVB=-0.00279574;RO=63;SAF=23;SAR=27;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000318414;STB=0.503885;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.022656;OID=.;OPOS=48145742;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:63:64:50:50:0.438596:27:23:29:34:27:23:29:35 chr16 48180286 . C T 523.46 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=111;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00538319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.362;QD=18.6952;RBI=0.0390563;REFB=-0.00630982;REVB=-0.0386836;RO=56;SAF=43;SAR=11;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169166;STB=0.604836;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00557989;OID=.;OPOS=48180286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:56:57:54:55:0.491071:11:43:37:19:11:44:37:20 chr16 48201432 . T C 182.32 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0235852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8482;QD=11.5758;RBI=0.0339407;REFB=-0.0128316;REVB=-0.0244072;RO=38;SAF=5;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317077;STB=0.702934;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0221939;OID=.;OPOS=48201432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:40:23:23:0.365079:18:5:18:20:18:5:20:20 chr16 48204051 . G T 503.85 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0230475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.677;QD=17.5252;RBI=0.056049;REFB=-0.0162641;REVB=0.0510911;RO=60;SAF=29;SAR=25;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351771;STB=0.515342;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0171856;OID=.;OPOS=48204051;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:61:54:54:0.469565:25:29:30:30:25:29:31:30 chr16 48226479 . C T 371.42 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0130121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.386;QD=17.4788;RBI=0.0158397;REFB=-0.00262025;REVB=-0.0090323;RO=45;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410206;STB=0.528401;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00353435;OID=.;OPOS=48226479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:19:20:25:20:19:20:26:20 chr16 48227862 . G A 223.69 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0166281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7918;QD=20.3352;RBI=0.0326161;REFB=-0.015803;REVB=-0.0280591;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040868;STB=0.522992;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00741804;OID=.;OPOS=48227862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:13:9:10:12:13:9 chr16 48248918 . T C 500.73 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0144611;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.677;QD=16.9739;RBI=0.0147505;REFB=-1.99559e-05;REVB=0.00290755;RO=64;SAF=21;SAR=33;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304758;STB=0.51696;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-4.67497e-06;OID=.;OPOS=48248918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:33:21:23:41:33:21:23:41 chr16 48250026 . G T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0011453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.704;QD=18.1182;RBI=0.0207844;REFB=-0.00227487;REVB=0.0207528;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114925;STB=0.523783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00482141;OID=.;OPOS=48250026;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:7:10:12:8:8:10:12:8 chr16 48256602 . T C 553.63 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0148616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4043;QD=18.3018;RBI=0.0306512;REFB=0.00605052;REVB=0.0268073;RO=63;SAF=22;SAR=36;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940371;STB=0.552194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00886825;OID=.;OPOS=48256602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:36:22:30:33:36:22:30:33 chr16 48265777 . C T 472.51 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0032456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.529;QD=17.5002;RBI=0.0349257;REFB=-0.00902328;REVB=0.0347746;RO=57;SAF=22;SAR=29;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114122;STB=0.563229;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00735728;OID=.;OPOS=48265777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:29:22:18:39:29:22:18:39 chr16 48575878 . G A 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0575377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.663;QD=9.64354;RBI=0.0578825;REFB=-0.000109076;REVB=0.00630893;RO=49;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105469;STB=0.561746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-7.7155e-05;OID=.;OPOS=48575878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:13:10:17:32:13:10:17:32 chr16 48577133 . GC G 84.86 PASS AF=0.590909;AO=10;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.199596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1033;QD=15.4287;RBI=0.276662;REFB=-0.0692725;REVB=0.191581;RO=9;SAF=10;SAR=0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0.41519;SSEP=0;SSSB=0.830303;STB=0.791502;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0983342;OID=.;OPOS=48577134;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:10:22:13:22:9:11:2:2:7:32:9:10:0:2:7 chr16 49671177 . T C 263.85 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0713916;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.165;QD=17.3013;RBI=0.0720405;REFB=0.0166295;REVB=0.00964707;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217698;STB=0.622667;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.012131;OID=.;OPOS=49671177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:20:9:17:15:20:9:17:15 chr16 49671218 . C T 206.25 PASS AF=0.488889;AO=19;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00357726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.071;QD=18.333;RBI=0.0177218;REFB=-0.0153057;REVB=0.017357;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494088;STB=0.519982;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0142002;OID=.;OPOS=49671218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:19:22:0.488889:14:5:7:16:16:6:7:16 chr16 49672520 . A G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1785;QD=61.3265;RBI=0.105064;REFB=0;REVB=-0.0924896;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00236851;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr16 50059279 . C A 207.11 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0302741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.71;QD=39.4501;RBI=0.0387545;REFB=-0.205268;REVB=0.0241948;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528271;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00254727;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:21:21:0:2:18:19:0.904762:13:5:0:0:14:5:1:1 chr16 50069312 . C G,T 819.1 PASS AF=0.883333,0.1;AO=53,7;DP=61;FAO=53,6;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35,5;FSAR=18,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102696,-0.00157233;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.2986,174.316;QD=54.6063;RBI=0.042367,0.00241861;REFB=-0.0119577,0.0808747;REVB=-0.0411035,-0.00183778;RO=0;SAF=35,6;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50704,0.54531;STBP=0.634,0.659;TYPE=snp,snp;VARB=0.0143694,0.0187179;OID=.,.;OPOS=50069312,50069312;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:61:60:0:1:53,7:53,6:0.883333,0.1:18,1:35,6:0:0:18,1:35,5:1:0 chr16 50069772 . A G 1529.58 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000223364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.357;QD=63.7324;RBI=0.0183865;REFB=0;REVB=-0.0183851;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26608e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:42:54:0:0:42:54:0:0 chr16 50071010 . TC AG,TCTTTAG 305.14 PASS AF=0.0882353,0.794118;AO=3,17;DP=34;FAO=3,27;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=3,9;FSAR=0,18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0242456,0.0313679;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=2,5;MLLD=217.666,215.45;QD=35.8993;RBI=0.0242641,0.0320606;REFB=0.0170753,-0.0876269;REVB=-0.000946419,-0.00662838;RO=7;SAF=3,3;SAR=0,14;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.481121;STB=0.5,0.59084;STBP=1,0.018;TYPE=mnp,ins;VARB=0.111923,0.00128236;OID=.,.;OPOS=50071010,50071012;OREF=TC,-;OALT=AG,TTTAG;OMAPALT=AG,TCTTTAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:34:34:7:4:3,17:3,27:0.0882353,0.794118:0,14:3,3:7:0:0,18:3,9:4:0 chr16 50106594 . T C 1818.31 PASS AF=0.96124;AO=123;DP=129;FAO=124;FDP=129;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0573555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8668;QD=56.3816;RBI=0.0596198;REFB=-0.0211924;REVB=-0.0162747;RO=3;SAF=39;SAR=84;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000848542;STB=0.521469;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00252895;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:129:129:3:5:123:124:0.96124:84:39:1:2:85:39:4:1 chr16 50263762 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.629;QD=50.4135;RBI=0.0517201;REFB=0;REVB=0.0217691;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284031;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr16 50265818 . C T 784.56 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6966;QD=57.0591;RBI=0.0569133;REFB=0;REVB=-0.0559864;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720284;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr16 50326661 . A G 1572.37 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.088;QD=62.8947;RBI=0.0303769;REFB=-0.077787;REVB=0.0131668;RO=1;SAF=46;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102003;STB=0.505375;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000343911;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:53:46:1:0:53:46:1:0 chr16 50342662 . CT CTG,TG 33.67 PASS AF=0.0933333,0.0666667;AO=16,5;DP=76;FAO=7,5;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=6,5;FSAR=1,0;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.152484,-0.060139;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=20.1903,38.0617;QD=1.79574;RBI=0.15298,0.0681803;REFB=-0.0614718,-0.0323632;REVB=-0.0123147,0.0321224;RO=55;SAF=15,5;SAR=1,0;SRF=24;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.667389,0.594404;STB=0.825666,0.997772;STBP=0.125,0.031;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0825051,0.126245;OID=.,.;OPOS=50342664,50342662;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:76:75:55:63:16,5:7,5:0.0933333,0.0666667:1,0:15,5:24:31:1,0:6,5:33:30 chr16 50357569 . C T 505.44 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-6.01647e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.072;QD=19.8212;RBI=0.0433472;REFB=-0.0089371;REVB=-0.0433471;RO=50;SAF=30;SAR=21;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02954;STB=0.521765;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00822146;OID=.;OPOS=50357569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:50:50:51:52:0.509804:21:30:31:19:22:30:31:19 chr16 50368663 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.006904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.572;QD=17.1565;RBI=0.00789519;REFB=-0.0218173;REVB=0.00382998;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0217257;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:11:9:9:8:11:9 chr16 50642201 . G C 1202.88 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00828335;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8588;QD=59.4016;RBI=0.0160157;REFB=-0.0507466;REVB=-0.0137072;RO=1;SAF=28;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166052;STB=0.508472;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000504325;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:79:80:0.987654:51:28:1:0:51:29:1:0 chr16 51171175 . C T 2369.81 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5404;QD=63.6191;RBI=0.0173352;REFB=0;REVB=-0.0172759;RO=0;SAF=80;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45991e-05;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:68:80:0:0:68:81:0:0 chr16 51173558 . CG C,CA 1056.81 PASS AF=0.109589,0.890411;AO=8,64;DP=73;FAO=8,65;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=3,35;FSAR=5,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000988339,-0.00443076;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.729,153.267;QD=57.9075;RBI=0.0920609,0.0753905;REFB=0,0;REVB=0.0920556,0.0752602;RO=0;SAF=3,35;SAR=5,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00565929,-0.000255389;OID=.,.;OPOS=51173559,51173559;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109589,0.890411:8,64:73:8,65:73:0:3,35:5,30:0:0:28:0:3,35:5,29:0:0 chr16 51705448 . C T 708.18 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.515;QD=62.9494;RBI=0.0145943;REFB=0;REVB=-0.0144218;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27304e-05;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 1163.38 PASS AF=0.80531;AO=86;DP=119;FAO=91;FDP=113;FR=.;FRO=22;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00324833;FXX=0.0341851;HRUN=3;LEN=5;MLLD=272.205;QD=41.1818;RBI=0.0184405;REFB=-0.0201452;REVB=-0.0181521;RO=24;SAF=48;SAR=38;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024014;STB=0.50536;STBP=0.814;TYPE=ins;VARB=0.00366145;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.80531:86:119:91:113:22:48:43:11:11:99:24:48:38:12:12 chr16 52472578 . GA G,GG 33.06 PASS AF=0.175,0.05;AO=13,2;DP=40;FAO=7,2;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3,1;FSAR=4,1;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0252771,0.0060863;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.97449,28.3124;QD=3.306;RBI=0.028859,0.0550145;REFB=-0.0820439,-0.0444944;REVB=0.0139252,0.0546768;RO=21;SAF=7,1;SAR=6,1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164083,0.116694;STB=0.571225,0.515001;STBP=0.737,0.864;TYPE=del,snp;VARB=0.0847653,-0.0011148;OID=.,.;OPOS=52472579,52472579;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175,0.05:13,2:40:7,2:40:31:3,1:4,1:16:15:24:21:7,1:6,1:8:13 chr16 52478206 . C T 402.57 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00623633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.81;QD=15.6337;RBI=0.0125735;REFB=-0.00272083;REVB=-0.010918;RO=57;SAF=26;SAR=19;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052067;STB=0.524781;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0039402;OID=.;OPOS=52478206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:19:26:30:27:19:26:31:27 chr16 52478215 . C T 441.17 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00790356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.224;QD=16.0426;RBI=0.0206189;REFB=-0.00448069;REVB=0.0190439;RO=61;SAF=30;SAR=19;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893424;STB=0.550017;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00807937;OID=.;OPOS=52478215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:19:30:32:29:19:30:32:29 chr16 53243677 . G GA 62.63 PASS AF=0.347826;AO=10;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0185419;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.4679;QD=5.44615;RBI=0.0568238;REFB=-0.000122304;REVB=-0.0537135;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121838;STB=0.68722;STBP=0.122;TYPE=ins;VARB=0.0063057;OID=.;OPOS=53243678;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:10:47:16:46:30:2:14:9:21:62:33:2:8:9:24 chr16 53341748 . T G 290.78 PASS AF=0.423529;AO=28;DP=83;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0438665;FXX=0.0659268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0256;QD=13.6839;RBI=0.0475041;REFB=-0.028484;REVB=0.0182309;RO=44;SAF=5;SAR=23;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2907;STB=0.516482;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0341825;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:44:49:28:36:0.423529:23:5:17:27:23:13:19:30 chr16 53341749 . C G 30.61 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=-0.0348138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.878;QD=1.34547;RBI=0.0353179;REFB=-0.00399613;REVB=0.00594615;RO=80;SAF=7;SAR=1;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61046;STB=0.927292;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0287133;OID=.;OPOS=53341749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:88:91:80:83:8:8:0.0879121:1:7:22:58:1:7:25:58 chr16 53396356 . T C 1464.47 PASS AF=0.989474;AO=91;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6178;QD=61.6619;RBI=0.0376683;REFB=-0.132066;REVB=0.0344351;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00342661;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:91:94:0.989474:38:53:0:0:40:54:0:1 chr16 53404203 . C A 832.4 PASS AF=0.952381;AO=61;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0592537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2287;QD=52.8509;RBI=0.0710523;REFB=-0.0318128;REVB=-0.0392101;RO=2;SAF=23;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392848;STB=0.531904;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0060748;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:61:60:0.952381:38:23:2:0:38:22:3:0 chr16 53476647 . A G 554.36 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=47;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00198603;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.566;QD=19.7986;RBI=0.00874104;REFB=-0.00890719;REVB=0.00851242;RO=56;SAF=47;SAR=10;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302525;STB=0.662473;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00993018;OID=.;OPOS=53476647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:56:55:57:57:0.508929:10:47:32:24:10:47:32:23 chr16 53503934 . G A 597.26 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00376212;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0953;QD=20.7741;RBI=0.0506158;REFB=-0.0151016;REVB=0.0504758;RO=55;SAF=40;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129451;STB=0.571404;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0142556;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:55:55:60:60:0.521739:20:40:29:26:20:40:29:26 chr16 53504721 . T C 403.11 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0142122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.712;QD=22.0882;RBI=0.0232786;REFB=-0.00195938;REVB=0.0184366;RO=33;SAF=9;SAR=30;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224557;STB=0.609697;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00232081;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:30:9:15:18:30:10:15:18 chr16 53513055 . T C 265.47 PASS AF=0.5;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0389674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9368;QD=21.2377;RBI=0.0504519;REFB=-0.0387332;REVB=0.0320459;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143842;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0394473;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:23:25:25:25:0.5:14:11:14:9:14:11:14:11 chr16 53639438 . C T 811.29 PASS AF=0.518987;AO=80;DP=156;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=0.0650489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5867;QD=20.539;RBI=0.0659552;REFB=0.018907;REVB=0.0108961;RO=74;SAF=40;SAR=40;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154194;STB=0.581519;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0131367;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:74:76:80:82:0.518987:40:40:24:50:40:42:26:50 chr16 53671754 . C T 110.29 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0180991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4802;QD=15.213;RBI=0.0647802;REFB=-0.0132144;REVB=-0.0622005;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763811;STB=0.533926;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0221895;OID=.;OPOS=53671754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:11:2:3:12:11:2:3:13 chr16 53945351 . G A 412.82 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0114247;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.643;QD=12.6053;RBI=0.0162659;REFB=-0.0145561;REVB=-0.0115783;RO=82;SAF=20;SAR=29;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345647;STB=0.519641;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.030595;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:82:82:49:49:0.374046:29:20:31:51:29:20:31:51 chr16 54147706 . A AT,T 102.59 PASS AF=0.561404,0;AO=15,3;DP=64;FAO=32,0;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19,0;FSAR=13,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0385611,-0.0576045;FXX=0.065563;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=8.0415,97.2218;QD=7.1996;RBI=0.0839762,0.0576086;REFB=-0.160341,-0.0183328;REVB=0.0745992,0.000686849;RO=41;SAF=12,2;SAR=3,1;SRF=14;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.530865,0.310343;STB=0.585205,0.5;STBP=0.164,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.155578,0.0814322;OID=.,.;OPOS=54147707,54147706;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:64:57:41:25:15,3:32,0:0.561404,0:3,1:12,2:14:27:13,0:19,0:10:15 chr16 54147711 . CT TC,TT 30.96 PASS AF=0.0806452,0.0483871;AO=3,4;DP=59;FAO=5,3;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3,1;FSAR=2,2;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0481061,0.0050329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=33.0403,196.449;QD=1.99729;RBI=0.0770196,0.0134688;REFB=-0.00405642,-0.00532167;REVB=0.0601484,-0.0124931;RO=47;SAF=1,1;SAR=2,3;SRF=25;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.183447,-0.290518;STB=0.607679,0.641896;STBP=0.662,0.668;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0177741,0.0962091;OID=.,.;OPOS=54147711,54147711;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:59:62:47:54:3,4:5,3:0.0806452,0.0483871:2,3:1,1:25:22:2,2:3,1:26:28 chr16 54967096 . C A 292.93 PASS AF=0.516129;AO=30;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0579041;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.55;QD=18.8984;RBI=0.0584815;REFB=0.00793209;REVB=0.00819769;RO=30;SAF=8;SAR=22;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389908;STB=0.529394;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00534364;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:30:30:32:0.516129:22:8:7:23:23:9:7:23 chr16 55325460 . T C 264.6 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00120699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.323;QD=14.4984;RBI=0.0092441;REFB=-0.00997057;REVB=0.00916496;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00658774;STB=0.503729;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0127935;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:19:12:16:26:19:12:16:26 chr16 55361727 . A C 256.91 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=51;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0228803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.053;QD=19.0307;RBI=0.0762392;REFB=0.00678767;REVB=0.0727249;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1317;STB=0.534734;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00441941;OID=.;OPOS=55361727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:26:26:25:28:0.518519:9:16:13:13:12:16:13:13 chr16 55519607 . C T 417.02 PASS AF=0.376923;AO=47;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0110651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.685;QD=12.8313;RBI=0.0316111;REFB=0.0132586;REVB=0.0296113;RO=81;SAF=29;SAR=18;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706489;STB=0.523186;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.026085;OID=.;OPOS=55519607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:81:47:49:0.376923:18:29:45:36:20:29:45:36 chr16 55523705 . T C 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.284;QD=60.7123;RBI=0.0294221;REFB=0;REVB=0.0271797;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17681e-05;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr16 55527113 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0070899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.189;QD=10.4729;RBI=0.0417385;REFB=-0.0170831;REVB=0.0411319;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19085;STB=0.61153;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0438112;OID=.;OPOS=55527113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:7:10:26:9:7:10:26:9 chr16 55536727 . C T 599.65 PASS AF=0.670886;AO=51;DP=77;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0582543;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.9711;QD=30.3618;RBI=0.114945;REFB=-0.0146985;REVB=0.0990893;RO=26;SAF=28;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546762;STB=0.540874;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00784818;OID=.;OPOS=55536727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:26:26:51:53:0.670886:23:28:12:14:24:29:11:15 chr16 55539614 . A C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0018435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.755;QD=17.5418;RBI=0.00185654;REFB=-0.0039501;REVB=-0.000219619;RO=16;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43636;STB=0.755411;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00566512;OID=.;OPOS=55539614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:13:2:8:8:13:2:8:8 chr16 55562466 . G A 940.77 PASS AF=0.387097;AO=106;DP=276;FAO=108;FDP=279;FR=.;FRO=171;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=77;FSRR=94;FWDB=-0.0242629;FXX=0.0035713;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.528;QD=13.4877;RBI=0.0341873;REFB=-0.0137407;REVB=-0.0240849;RO=168;SAF=53;SAR=53;SRF=77;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454211;STB=0.524818;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.021626;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:279:168:171:106:108:0.387097:53:53:77:91:55:53:77:94 chr16 55601388 . A G 488.29 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00513931;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.367;QD=18.6014;RBI=0.0116733;REFB=-0.0306838;REVB=-0.0104811;RO=52;SAF=30;SAR=22;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104852;STB=0.56289;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.032725;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:53:52:52:0.495238:22:30:24:28:22:30:24:29 chr16 55844927 . A C 221.43 PASS AF=0.645161;AO=23;DP=33;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000237359;FXX=0.114253;HRUN=14;LEN=1;MLLD=156.163;QD=28.5716;RBI=0.00149832;REFB=-0.00629651;REVB=-0.0014794;RO=9;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864641;STB=0.565851;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00074954;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:31:9:11:23:20:0.645161:9:14:4:5:9:11:4:7 chr16 55880480 . A C 153.23 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=2;FWDB=0.0211088;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.6447;QD=11.5648;RBI=0.0453034;REFB=-0.0133102;REVB=0.0400852;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=31;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389473;STB=0.721764;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0507679;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:6:13:31:2:6:13:32:2 chr16 55880534 . G C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.0259645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.877;QD=17.9529;RBI=0.0332007;REFB=-0.0152203;REVB=0.0206913;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230988;STB=0.627371;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0177724;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:8:19:25:3:8:19:25:3 chr16 55883618 . T C 1923.99 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154346;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.517;QD=61.5676;RBI=0.01602;REFB=0;REVB=0.00429104;RO=0;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51215e-05;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:123:125:1:54:69:0:0:55:70:0:0 chr16 55897289 . C T 682.91 PASS AF=0.283019;AO=52;DP=213;FAO=60;FDP=212;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=0.117949;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.34;QD=12.8851;RBI=0.122818;REFB=-0.00724781;REVB=0.034236;RO=115;SAF=13;SAR=39;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304998;STB=0.603886;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0146141;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:115:118:52:60:0.283019:39:13:56:59:40:20:57:61 chr16 55905636 . A G 1533.83 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1596;QD=63.2507;RBI=0.0450589;REFB=0;REVB=-0.0184472;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73425e-05;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:36:59:0:0:37:60:0:0 chr16 56228066 . A G 1501.11 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179957;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.293;QD=61.9016;RBI=0.0189086;REFB=-0.130796;REVB=-0.00580415;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000737486;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:0:1:94:96:0.989691:41:53:0:0:42:54:0:1 chr16 56228098 . GC CG 53.23 PASS AF=0.116279;AO=11;DP=87;FAO=10;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00599061;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.3857;QD=2.47569;RBI=0.0501774;REFB=-0.0436136;REVB=-0.0498185;RO=47;SAF=8;SAR=3;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278173;STB=0.688738;STBP=0.247;TYPE=mnp;VARB=0.139295;OID=.;OPOS=56228098;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:87:86:47:68:11:10:0.116279:3:8:24:23:3:7:33:35 chr16 56368689 . C T 1088.48 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0314117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.912;QD=55.1128;RBI=0.0370215;REFB=-0.104558;REVB=0.0195934;RO=4;SAF=39;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191603;STB=0.501014;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00112687;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:79:79:4:4:75:75:0.949367:36:39:2:2:36:39:2:2 chr16 56379451 . G C 122.15 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0967677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.129;QD=13.2057;RBI=0.102541;REFB=-0.0771356;REVB=0.0339223;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219017;STB=0.618239;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0472092;OID=.;OPOS=56379451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:15:16:0.432432:9:6:4:16:9:7:5:16 chr16 56379496 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0572892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.68;QD=14.6571;RBI=0.0578694;REFB=0.00153557;REVB=0.00817399;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167528;STB=0.596717;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00186807;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:5:12:7:6:5:12 chr16 56395610 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.197;QD=59.6793;RBI=0.0461559;REFB=0;REVB=0.0414692;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104196;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chr16 56396486 . C T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00533123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.025;QD=20.4401;RBI=0.0207951;REFB=-0.0278542;REVB=-0.0201001;RO=29;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104844;STB=0.558246;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0234104;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:21:12:14:15:21:12:14:15 chr16 56401352 . T C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00919354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.398;QD=24.3901;RBI=0.00921579;REFB=-0.0386073;REVB=-0.000640059;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343833;STB=0.519211;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0215619;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:5:15:10:4:5:15:10:4 chr16 56485554 . C G 362.01 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0627725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0465;QD=22.6256;RBI=0.10311;REFB=-0.0203572;REVB=-0.0818006;RO=26;SAF=28;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260813;STB=0.529461;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0156273;OID=.;OPOS=56485554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:27:37:37:0.578125:9:28:19:7:9:28:19:8 chr16 56500132 . C T 736.08 PASS AF=0.478528;AO=77;DP=162;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.00682746;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8827;QD=18.0633;RBI=0.00811902;REFB=-0.0246986;REVB=0.00439366;RO=85;SAF=45;SAR=32;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373253;STB=0.505536;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0236344;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:85:85:77:78:0.478528:32:45:50:35:32:46:51:34 chr16 56500176 . T A 761.47 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.00918612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9649;QD=20.4422;RBI=0.0342759;REFB=0.0104643;REVB=-0.033022;RO=75;SAF=43;SAR=31;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320728;STB=0.517684;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0101645;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:75:75:74:74:0.496644:31:43:41:34:31:43:41:34 chr16 56510299 . A C 650.85 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6292;QD=61.9859;RBI=0.0399824;REFB=0;REVB=-0.0139319;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266384;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr16 56545175 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0209086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.977;QD=20.6006;RBI=0.0398385;REFB=-0.0125747;REVB=0.0339108;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252895;STB=0.643095;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00882589;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:14:6:11:8:14:6:11:8 chr16 56548501 . C T 775.95 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.145;QD=56.4327;RBI=0.074894;REFB=0;REVB=0.073647;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259359;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr16 56601720 . A G 1463.26 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0568726;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.032;QD=61.6111;RBI=0.0568726;REFB=-0.106561;REVB=2.4209e-05;RO=2;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175518;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00038561;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:2:1:92:94:0.989474:53:39:0:2:54:40:0:1 chr16 56601722 . T C 1387.41 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0338321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6286;QD=60.3221;RBI=0.0348439;REFB=-0.111868;REVB=0.00833582;RO=1;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938573;STB=0.509802;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00118951;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:50:40:0:1:50:40:0:2 chr16 56667282 . C A 180.86 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0321346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.58;QD=19.5525;RBI=0.0344414;REFB=-0.0134464;REVB=0.0123926;RO=18;SAF=16;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479051;STB=0.782061;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0143929;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:2:16:9:9:2:17:9:9 chr16 56673227 . C A 90.69 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.160153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3522;QD=17.2744;RBI=0.160409;REFB=-0.0224414;REVB=-0.00905838;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197016;STB=0.613825;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0288555;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:6:4:7:4:6:4 chr16 56673249 . T C 89.74 PASS AF=0.55;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00973536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9185;QD=17.9473;RBI=0.0672716;REFB=-0.0465284;REVB=0.0665634;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0417354;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:20:20:9:9:9:11:0.55:6:3:6:3:7:4:6:3 chr16 56673828 . A G 242.41 PASS AF=0.560976;AO=20;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0105113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.784;QD=23.6496;RBI=0.0247418;REFB=-0.0552642;REVB=-0.0223979;RO=9;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937307;STB=0.558089;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0280987;OID=.;OPOS=56673828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:9:18:20:23:0.560976:10:10:6:3:11:12:7:11 chr16 56686470 . C T 492.52 PASS AF=1;AO=26;DP=70;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567665;FXX=0.457078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.8741;QD=51.8438;RBI=0.158993;REFB=0;REVB=0.148514;RO=33;SAF=21;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0818156;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:38:33:0:26:38:1:5:21:22:11:15:23:0:0 chr16 56686471 . G T 304.15 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0150408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.527;QD=17.3798;RBI=0.0170821;REFB=-0.00133176;REVB=0.00809786;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468817;STB=0.5263;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0154869;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:11:22:23:14:11:22:23:14 chr16 56701294 . T A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00952782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.831;QD=12.7383;RBI=0.0203552;REFB=-0.012182;REVB=-0.0179876;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0129583;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr16 56839439 . C T 447.38 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0148573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2949;QD=21.0533;RBI=0.0286085;REFB=-0.0229238;REVB=-0.024448;RO=40;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476575;STB=0.531439;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0208202;OID=.;OPOS=56839439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:41:44:44:0.517647:20:24:24:16:20:24:25:16 chr16 56855496 . C G 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.164;QD=64.408;RBI=0.0426661;REFB=0;REVB=0.0369578;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279919;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr16 56868700 . A G 309.93 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0873519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9724;QD=19.3707;RBI=0.0874295;REFB=-0.019862;REVB=-0.00368211;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552866;STB=0.530729;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.014942;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:16:17:14:17:16:17:14:17 chr16 56904587 . C G 884.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2606;QD=57.9697;RBI=0.0407769;REFB=0;REVB=-0.0402204;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324031;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr16 56918023 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0267209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.934;QD=13.4556;RBI=0.0270945;REFB=-0.000363051;REVB=-0.00448405;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119577;STB=0.507029;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000773286;OID=.;OPOS=56918023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:7:8:6:5:7:8 chr16 56966011 . G A 316.35 PASS AF=0.539683;AO=32;DP=60;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0313004;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.334;QD=20.086;RBI=0.0347421;REFB=-0.0216582;REVB=0.0150764;RO=23;SAF=23;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20236;STB=0.675567;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0148522;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:23:29:32:34:0.539683:9:23:11:12:9:25:11:18 chr16 56966043 . CGGGG CGGGC,CGGG,GCGGG 102.91 PASS AF=0.0851064,0.404255,0.0212766;AO=4,20,3;DP=48;FAO=4,19,1;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=1,7,0;FSAR=3,12,1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.040361,0.0713605,0.0132579;FXX=0.020829;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=191.211,9.00657,23.7281;QD=8.75819;RBI=0.0620434,0.0847382,0.12337;REFB=-0.013907,-0.115525,-0.035479;REVB=-0.0471208,-0.0456973,-0.122655;RO=17;SAF=1,8,0;SAR=3,12,3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.26482,-0.0592807,-0.599987;STB=0.672549,0.538218,0.98857;STBP=0.533,0.664,0.468;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.044256,0.0935426,0.076096;OID=.,.,.;OPOS=56966047,56966044,56966043;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,GC;OMAPALT=CGGGC,CGGG,GCGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:76:48:47:17:23:4,20,3:4,19,1:0.0851064,0.404255,0.0212766:3,12,3:1,8,0:8:9:3,12,1:1,7,0:10:13 chr16 56966071 . T G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0299919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.408;QD=16.8737;RBI=0.0323446;REFB=-0.0227164;REVB=-0.0121102;RO=26;SAF=2;SAR=18;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128373;STB=0.574385;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0302735;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:18:2:4:22:18:2:4:22 chr16 57005301 . C T 196.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00939403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1868;QD=18.7336;RBI=0.0378034;REFB=-0.0124953;REVB=-0.0366176;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14424;STB=0.582006;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0204259;OID=.;OPOS=57005301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:11:11:13:7:11:11 chr16 57015545 . C T 199.45 PASS AF=0.4;AO=20;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00958993;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.363;QD=13.2968;RBI=0.0214636;REFB=-0.0123391;REVB=-0.019202;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929098;STB=0.518503;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0173988;OID=.;OPOS=57015545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:36:20:24:0.4:13:7:11:14:16:8:13:23 chr16 57016092 . G A 454.5 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000573891;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8252;QD=22.171;RBI=0.0402326;REFB=0.00673569;REVB=0.0402285;RO=37;SAF=32;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176828;STB=0.60601;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00471483;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:37:38:44:44:0.536585:12:32:20:17:12:32:20:18 chr16 57060340 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0989;QD=54.514;RBI=0.0662073;REFB=0;REVB=0.0148153;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115199;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr16 57060353 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.122;QD=52.6132;RBI=0.041148;REFB=0;REVB=0.0100642;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507664;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr16 57068106 . AC GT 803.89 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104973;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.497;QD=57.4205;RBI=0.0111199;REFB=0;REVB=-0.00366875;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000192045;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr16 57071113 . TA CG,TG 583.0 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=21,17;DP=40;FAO=21,18;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13,6;FSAR=8,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482055,-0.0315672;FXX=0.0930016;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=100.486,96.9072;QD=59.7944;RBI=0.0639639,0.0373865;REFB=0,0;REVB=-0.063782,-0.0200316;RO=0;SAF=13,6;SAR=8,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0118635,0.01739;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:39:0:0:21,17:21,18:0.538462,0.461538:8,11:13,6:0:0:8,12:13,6:0:0 chr16 57073683 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=34;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.607;QD=57.0004;RBI=0.0585992;REFB=0;REVB=-0.0439285;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55467e-05;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:34:54:1:18:16:0:0:20:34:0:0 chr16 57091977 . T C 236.77 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=83;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00866769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9588;QD=11.2745;RBI=0.0370687;REFB=-0.0106987;REVB=-0.0360411;RO=55;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933405;STB=0.542428;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0275893;OID=.;OPOS=57091977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:55:28:29:0.345238:14:14:32:23:14:15:32:23 chr16 57096110 . T C 212.92 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0276323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.214;QD=12.5245;RBI=0.0306387;REFB=-0.0128687;REVB=-0.0132358;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051181;STB=0.529389;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0205739;OID=.;OPOS=57096110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:13:13:19:23:13:13:19:23 chr16 57101340 . T C 165.97 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0450331;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.796;QD=11.4465;RBI=0.0496572;REFB=0.00969705;REVB=0.0209249;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105215;STB=0.551733;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0150279;OID=.;OPOS=57101340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:37:21:21:0.362069:8:13:20:18:8:13:20:17 chr16 57101373 . A G 146.89 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00218844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.952;QD=11.2989;RBI=0.0235603;REFB=-0.0233865;REVB=-0.0234585;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268941;STB=0.649183;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0325054;OID=.;OPOS=57101373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:6:12:14:19:6:12:15:19 chr16 57111232 . C T 125.5 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00804904;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.382;QD=16.733;RBI=0.0213671;REFB=-0.000887641;REVB=0.0197931;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183335;OID=.;OPOS=57111232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:8:8:7:7:8:8 chr16 57392733 . A C,G 223.15 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=15,3;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361714,-0.0100707;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.134,75.4176;QD=49.5888;RBI=0.0787956,0.0188424;REFB=0,0;REVB=0.0700027,-0.0159254;RO=0;SAF=7,2;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00741299,0.108847;OID=.,.;OPOS=57392733,57392733;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:15,3:16,2:0.888889,0.111111:8,1:7,2:0:0:9,0:7,2:0:0 chr16 57595999 . A G 954.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.358;QD=58.7669;RBI=0.0208036;REFB=0;REVB=-0.0204717;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87102e-05;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr16 57601792 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00214716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.657;QD=14.0975;RBI=0.0050401;REFB=-0.0181034;REVB=-0.00455986;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312129;STB=0.679364;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0273574;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:14:4:7:6:14:4 chr16 57689385 . C G 1547.47 PASS AF=1;AO=80;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.009;QD=63.1622;RBI=0.0456768;REFB=0;REVB=0.0346718;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018005;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:80:98:1:35:45:0:0:39:59:0:0 chr16 57689883 . T C 1024.54 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292426;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8235;QD=59.3938;RBI=0.0534645;REFB=0;REVB=-0.0447586;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301159;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr16 57702274 . G T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00928623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.865;QD=12.9748;RBI=0.0155851;REFB=-0.023716;REVB=-0.0125164;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282827;STB=0.666389;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0297581;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:7:11:4:8:7:11 chr16 57722328 . C T 347.34 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0637025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2445;QD=17.1526;RBI=0.0738808;REFB=-0.00996438;REVB=0.0374214;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142204;STB=0.579435;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0136593;OID=.;OPOS=57722328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:19:18:15:29:19:18:15:29 chr16 57723752 . A G 290.1 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0538663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3964;QD=19.3402;RBI=0.089702;REFB=-0.0207613;REVB=-0.0717278;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775928;STB=0.547914;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0230268;OID=.;OPOS=57723752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:29:31:0.516667:11:18:15:13:11:20:16:13 chr16 57786711 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0124499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.109;QD=15.2931;RBI=0.0147537;REFB=-0.00823771;REVB=0.00791661;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219741;STB=0.695121;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00572814;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:8:1:2:6:8:1:3:6 chr16 57787906 . C T 2411.61 PASS AF=1;AO=152;DP=156;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202663;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.34;QD=60.6696;RBI=0.0207449;REFB=0;REVB=0.00443018;RO=0;SAF=76;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107721;OID=.;OPOS=57787906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:159:0:0:152:159:1:76:76:0:0:79:80:0:0 chr16 57795394 . G A 785.94 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8819;QD=64.1582;RBI=0.0177534;REFB=0;REVB=0.0167243;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45055e-05;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:13:35:0:0:14:35:0:0 chr16 57805176 . A G 1969.4 PASS AF=0.956204;AO=130;DP=136;FAO=131;FDP=137;FR=.;FRO=6;FSAF=76;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0148747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.965;QD=57.5008;RBI=0.0538626;REFB=-0.0955984;REVB=0.0517679;RO=6;SAF=76;SAR=54;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708196;STB=0.503893;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00354377;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:136:137:6:6:130:131:0.956204:54:76:4:2:55:76:4:2 chr16 57937856 . G C 1563.18 PASS AF=0.940678;AO=109;DP=117;FAO=111;FDP=118;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.103286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5784;QD=52.9893;RBI=0.10761;REFB=-0.186727;REVB=0.0301979;RO=8;SAF=52;SAR=57;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515013;STB=0.522518;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0116327;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:117:118:8:7:109:111:0.940678:57:52:7:1:58:53:6:1 chr16 57945668 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00329629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.657;QD=20.7372;RBI=0.0107868;REFB=-0.014249;REVB=0.0102708;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432109;STB=0.756463;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00727154;OID=.;OPOS=57945668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:4:14:4:11:4:14:4:12 chr16 57994369 . A AC 54.43 PASS AF=0.354167;AO=11;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0308769;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.8668;QD=4.53578;RBI=0.0371556;REFB=-0.0861874;REVB=0.0206678;RO=32;SAF=1;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680088;STB=0.823149;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.166813;OID=.;OPOS=57994370;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354167:11:48:17:48:31:3:14:21:10:54:32:1:10:22:10 chr16 57996932 . G A 341.65 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700883;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.545;QD=54.6645;RBI=0.0108579;REFB=0;REVB=-0.00829278;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305721;OID=.;OPOS=57996932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr16 57996960 . C T 252.42 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388984;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.713;QD=48.0803;RBI=0.0406477;REFB=-0.0580437;REVB=0.0117961;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00157612;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr16 58019396 . G A 1427.71 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178631;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.632;QD=63.4537;RBI=0.17872;REFB=0;REVB=0.00562833;RO=0;SAF=3;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113582;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:90:0:0:89:90:1:86:3:0:0:86:4:0:0 chr16 58030634 . C T 1027.41 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.665;QD=59.5602;RBI=0.0562556;REFB=0;REVB=0.00669079;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61543e-05;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:46:21:0:0:46:23:0:0 chr16 58080009 . C T 43.24 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0451492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8802;QD=6.17659;RBI=0.107897;REFB=-0.0301423;REVB=0.0979963;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197999;STB=0.666111;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.09532;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:21:21:6:7:0.25:5:1:6:15:6:1:6:15 chr16 58191966 . C T 769.58 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122915;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5715;QD=64.1319;RBI=0.0829116;REFB=0;REVB=0.0819955;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539126;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr16 58318604 . T C 343.37 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0148778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.897;QD=13.8734;RBI=0.0242659;REFB=-0.0108632;REVB=-0.0191699;RO=60;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607537;STB=0.538611;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0174771;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:61:38:38:0.383838:22:16:22:38:22:16:22:39 chr16 58327646 . A G 527.79 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0204234;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1901;QD=19.1924;RBI=0.023518;REFB=-0.0190199;REVB=-0.0116612;RO=55;SAF=36;SAR=19;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070834;STB=0.539215;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0134199;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:55:55:55:55:0.5:19:36:32:23:19:36:32:23 chr16 58545426 . A G 2239.3 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.553;QD=62.6378;RBI=0.0265565;REFB=-0.0694018;REVB=0.010875;RO=0;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000125818;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:143:0:1:142:142:0.993007:71:71:0:0:72:70:1:0 chr16 58549932 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8026;QD=48.7372;RBI=0.0793765;REFB=0;REVB=0.0660211;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255833;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr16 58552921 . G A 940.99 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.65;QD=57.0295;RBI=0.0383096;REFB=-0.0444074;REVB=0.00668037;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00107797;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:38:27:0:1:38:27:0:1 chr16 58568302 . A T 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00543188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.773;QD=30.648;RBI=0.0209313;REFB=-0.0131289;REVB=0.0202142;RO=14;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147011;STB=0.580702;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00590985;OID=.;OPOS=58568302;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:16:11:9:5:16:11:9:5 chr16 58577315 . GAAAAAAAAAAAAAC GAAAAAAAAAAAAC,GAAAAAAAAAAAACA,GAAAAAAAAAAAC,GAAAAAAAAAAACAC,GAAAAAAAAAAC 282.24 PASS AF=0.193548,0.0483871,0.5,0.145161,0.112903;AO=13,3,10,6,12;DP=64;FAO=12,3,31,9,7;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1,19,1,5;FSAR=6,2,12,8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.252547,-0.199089,-0.107327,-0.102297,-0.0794723;FXX=0.0312451;HRUN=13,13,13,13,13;LEN=1,2,2,1,3;MLLD=3.48524,14.2939,6.28377,173.322,8.66216;QD=18.2089;RBI=0.369069,0.225202,0.174913,0.102962,0.121284;REFB=0.398146,0.241959,0.322875,0.0318818,0.245692;REVB=0.269132,0.10526,0.138114,0.0116798,0.0916191;RO=4;SAF=6,1,6,1,9;SAR=7,2,4,5,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.0162773,-0.149914,0.0516928,-0.297985,0.136204;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp,del;VARB=0.0288636,0.118119,0.055398,0.000785483,0.00457208;OID=.,.,.,.,.;OPOS=58577316,58577328,58577316,58577327,58577316;OREF=A,AC,AA,A,AAA;OALT=-,CA,-,C,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAAAAC,GAAAAAAAAAAAACA,GAAAAAAAAAAAC,GAAAAAAAAAAACAC,GAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.193548,0.0483871,0.5,0.145161,0.112903:13,3,10,6,12:64:12,3,31,9,7:62:0:6,1,19,1,5:6,2,12,8,2:0:0:64:4:6,1,6,1,9:7,2,4,5,3:2:2 chr16 58577421 . C T 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.035;QD=56.9545;RBI=0.0175617;REFB=0;REVB=0.00955802;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44748e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr16 58579274 . C T 3134.43 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.456;QD=61.4595;RBI=0.0570117;REFB=0;REVB=0.0518858;RO=0;SAF=119;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08096e-05;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:204:0:0:193:204:1:74:119:0:0:81:123:0:0 chr16 58743454 . A C 362.31 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0185561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.16;QD=17.892;RBI=0.0234102;REFB=0.00249484;REVB=0.0142727;RO=43;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241287;STB=0.520145;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00364187;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:43:37:38:0.469136:18:19:21:22:18:20:21:22 chr16 58757668 . A C 75.8 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=8;FWDB=0.0174115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.578;QD=5.2279;RBI=0.0348055;REFB=-0.000725875;REVB=0.0301374;RO=46;SAF=6;SAR=6;SRF=38;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427531;STB=0.758305;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00266656;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:6:6:38:8:6:6:38:8 chr16 58757683 . A G 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=-0.0155562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.346;QD=5.7482;RBI=0.0157102;REFB=-0.0037465;REVB=-0.00219473;RO=48;SAF=7;SAR=7;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374503;STB=0.72555;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0103764;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:7:7:38:10:7:7:38:10 chr16 58778177 . A G 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00893693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.979;QD=21.5448;RBI=0.0475002;REFB=-0.00774306;REVB=-0.0466519;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314951;STB=0.678749;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00338082;OID=.;OPOS=58778177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:3:7:4:10:3:7 chr16 58804449 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0859742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5679;QD=15.1967;RBI=0.108557;REFB=0.00705425;REVB=0.06628;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114896;STB=0.566911;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00942458;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:11:7:4:10:11:7 chr16 61777311 . C A 378.0 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0286736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2724;QD=18.8997;RBI=0.0288841;REFB=-0.00292248;REVB=-0.00348038;RO=41;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180959;STB=0.600584;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0035516;OID=.;OPOS=61777311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:22:17:26:15:22:17:26:15 chr16 61777330 . C A 252.22 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0163053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.71;QD=16.539;RBI=0.0234426;REFB=-0.0101802;REVB=0.0168432;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122181;STB=0.575876;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0104923;OID=.;OPOS=61777330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:28:29:0.47541:15:13:19:13:16:13:19:13 chr16 64980818 . C T 245.24 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0055889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.847;QD=11.0222;RBI=0.00844378;REFB=-0.0033762;REVB=0.00632942;RO=57;SAF=17;SAR=13;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141737;STB=0.517996;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0070749;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:59:30:30:0.337079:13:17:33:24:13:17:35:24 chr16 65016087 . A C 566.29 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0157431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0693;QD=21.3694;RBI=0.0401962;REFB=-0.0357526;REVB=-0.036985;RO=49;SAF=24;SAR=33;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413907;STB=0.522742;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0332258;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:33:24:23:26:33:24:23:26 chr16 66420885 . C T 707.32 PASS AF=0.611111;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=108;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0157054;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9128;QD=26.197;RBI=0.0169663;REFB=-0.00586331;REVB=-0.00641836;RO=41;SAF=20;SAR=46;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108039;STB=0.555256;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00243471;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:41:42:66:66:0.611111:46:20:18:23:46:20:18:24 chr16 66432423 . TC CT 196.52 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.013957;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.105;QD=18.2808;RBI=0.0477959;REFB=-0.0131788;REVB=0.0457127;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391343;STB=0.720416;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.00901473;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:18:5:13:7:18:5 chr16 66519419 . G A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00108753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.223;QD=12.9223;RBI=0.0260566;REFB=-0.0113393;REVB=0.0260339;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375886;STB=0.718099;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0129272;OID=.;OPOS=66519419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:5:17:15:19:5:17:15:19 chr16 66654738 . TTA T,TAA 71.67 PASS AF=0.372093,0;AO=6,7;DP=53;FAO=16,0;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=14,0;FSAR=2,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.110356,0.0145885;FXX=0.139972;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=20.1435,12.2392;QD=6.66726;RBI=0.188166,0.0692486;REFB=-0.0341907,-0.0501588;REVB=-0.152408,0.0676944;RO=20;SAF=4,7;SAR=2,0;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.431373,0;SSSB=0.141693,0.723973;STB=0.805313,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0774885,0;OID=.,.;OPOS=66654739,66654739;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093,0:6,7:53:16,0:43:27:14,0:2,0:13:14:72:20:4,7:2,0:11:9 chr16 66765067 . G A 1156.73 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292861;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.361;QD=60.8807;RBI=0.0545022;REFB=0;REVB=0.0459654;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95878e-05;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr16 66792714 . T C 296.4 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0516368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1939;QD=49.3996;RBI=0.0530944;REFB=0.0329203;REVB=0.0123553;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000447916;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:15:8:0:0:15:8:0:1 chr16 66812797 . C T 1044.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.31;QD=59.6758;RBI=0.0915022;REFB=0;REVB=-0.0020543;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162277;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr16 66946471 . G A 300.6 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00698376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.983;QD=23.1228;RBI=0.0133666;REFB=-0.0165556;REVB=0.0113971;RO=22;SAF=26;SAR=4;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749745;STB=0.541637;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0195482;OID=.;OPOS=66946471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:4:26:18:4:4:26:18:4 chr16 67181999 . A G 710.31 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029981;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.114;QD=54.639;RBI=0.0567553;REFB=-0.0311253;REVB=0.0481903;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254383;STB=0.513508;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000102101;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:18:33:0:1:18:33:0:1 chr16 67210323 . AG A 45.42 PASS AF=0.27957;AO=32;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.221966;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.73842;QD=1.95347;RBI=0.22206;REFB=-0.0793414;REVB=0.00644228;RO=49;SAF=29;SAR=3;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.355556;SSSB=0.441966;STB=0.668949;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=0.0765839;OID=.;OPOS=67210324;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27957:32:93:26:93:67:22:4:46:21:45:49:29:3:32:17 chr16 67233266 . A C 1522.42 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7961;QD=59.7026;RBI=0.109702;REFB=0;REVB=-0.108157;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00071612;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr16 67691194 . C T 76.11 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0809805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6234;QD=12.1769;RBI=0.081222;REFB=0.014114;REVB=-0.00625945;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430131;STB=0.758071;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00405573;OID=.;OPOS=67691194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:9:6:8:2:9:6 chr16 67691668 . A G 689.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.058;QD=62.656;RBI=0.103212;REFB=0;REVB=-0.028996;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313005;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr16 68025801 . G C 738.88 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1829;QD=54.7317;RBI=0.0542024;REFB=0.023969;REVB=0.051333;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00131783;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:0:1:24:29:0:1 chr16 68057096 . T C 1101.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411626;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8879;QD=59.5438;RBI=0.0486268;REFB=0;REVB=0.0258884;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340662;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:40:34:0:0 chr16 68100461 . C T 909.26 PASS AF=0.942029;AO=66;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0232867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1402;QD=52.7108;RBI=0.0827549;REFB=-0.10971;REVB=0.079411;RO=3;SAF=29;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188791;STB=0.518764;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0296113;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:69:69:3:4:66:65:0.942029:37:29:2:1:37:28:3:1 chr16 68156563 . A G 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0231574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.534;QD=29.0927;RBI=0.0238353;REFB=-0.0284982;REVB=0.00564408;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998667;STB=0.55501;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0176653;OID=.;OPOS=68156563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:11:13:5:8:11:13:5:8 chr16 68328648 . CT CC,C 189.41 PASS AF=0,0.428571;AO=3,31;DP=71;FAO=0,30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=0,28;FSAR=0,2;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.213254,-0.256638;FXX=0.0140825;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.2357,14.1718;QD=10.8232;RBI=0.218455,0.282275;REFB=0.00573485,-0.0354172;REVB=0.0473853,0.117544;RO=34;SAF=2,31;SAR=1,0;SRF=18;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140863,0.845453;STB=0.5,0.817588;STBP=1,0.005;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0324879;OID=.,.;OPOS=68328649,68328649;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.428571:3,31:71:0,30:70:40:0,28:0,2:25:15:99:34:2,31:1,0:18:16 chr16 68344696 . C T 236.5 PASS AF=0.45;AO=21;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.012232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.081;QD=15.7663;RBI=0.0187803;REFB=-0.00196155;REVB=-0.0142505;RO=29;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352658;STB=0.726925;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0049895;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:33:21:27:0.45:4:17:15:14:4:23:18:15 chr16 68389772 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0883776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.315;QD=28.4027;RBI=0.088452;REFB=-0.055578;REVB=0.00362575;RO=10;SAF=2;SAR=19;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260028;STB=0.637428;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0241797;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:10:11:21:21:0.65625:19:2:3:7:19:2:3:8 chr16 68398924 . C T 161.52 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0317899;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3902;QD=15.7585;RBI=0.0450949;REFB=-0.0299053;REVB=-0.0319836;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.591298;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.051669;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:17:18:0.439024:10:7:12:9:10:8:14:9 chr16 68569440 . T G 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00758022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.55;QD=16.1058;RBI=0.00863077;REFB=-0.000940946;REVB=-0.0041268;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161818;STB=0.592708;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00250962;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:14:8:9:8:14:8 chr16 68569459 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0247553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.534;QD=15.6261;RBI=0.0273276;REFB=-0.0174401;REVB=0.0115746;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359294;STB=0.520686;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0224181;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:13:10:8:9:13:10 chr16 68573745 . T A 985.62 PASS AF=0.513228;AO=92;DP=184;FAO=97;FDP=189;FR=.;FRO=92;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.00573835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.076;QD=20.8597;RBI=0.0496708;REFB=-0.0328977;REVB=0.0493383;RO=88;SAF=55;SAR=37;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887902;STB=0.543317;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0277001;OID=.;OPOS=68573745;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:189:88:92:92:97:0.513228:37:55:44:44:39:58:47:45 chr16 68598007 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0190532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9158;QD=16.4796;RBI=0.0217969;REFB=-0.00229385;REVB=0.0105868;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157769;STB=0.600845;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00271785;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:14:10:11:8:15:10 chr16 68732049 . A C 168.63 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0100955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.616;QD=16.06;RBI=0.0218351;REFB=-0.0275206;REVB=-0.0193611;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239599;STB=0.638566;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0316577;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:13:5:12:12:13:5:12:12 chr16 68771372 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0011781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.366;QD=13.2053;RBI=0.00405925;REFB=-0.0297297;REVB=0.00388453;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0403653;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:4:2:3:3:4:2 chr16 68847376 . A G 350.02 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.000798287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.447;QD=15.2182;RBI=0.0113537;REFB=-0.000872126;REVB=0.0113256;RO=54;SAF=14;SAR=23;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241957;STB=0.625785;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00166459;OID=.;OPOS=68847376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:23:14:33:21:23:15:33:21 chr16 68857441 . T C 836.93 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011051;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.274;QD=57.7194;RBI=0.0261588;REFB=0;REVB=0.0237099;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06356e-05;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:29:29:0:0 chr16 68869449 . A G 406.55 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321419;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.446;QD=54.2065;RBI=0.0321837;REFB=0.0366778;REVB=0.00164075;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000458541;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:20:9:0:1:20:9:0:1 chr16 68919559 . T C 372.92 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0297922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.723;QD=17.7582;RBI=0.0315853;REFB=-0.0113482;REVB=-0.0104906;RO=45;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977712;STB=0.554703;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0121619;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:16:23:22:23:16:23:22:23 chr16 69143577 . A G 206.21 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0244454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.06;QD=20.1184;RBI=0.0254302;REFB=-0.0107208;REVB=0.00700858;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901606;STB=0.559751;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0127248;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:8:12:10:10:8:13:10:10 chr16 69499731 . T C 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000890407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2125;QD=57.8228;RBI=0.0560697;REFB=-0.0859843;REVB=-0.0560626;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183767;STB=0.509799;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00158365;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:13:25:1:0:13:25:1:0 chr16 69704122 . C CTG 344.63 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365018;FXX=0.0740466;HRUN=5;LEN=2;MLLD=244.933;QD=55.1411;RBI=0.0648266;REFB=0;REVB=0.0535735;RO=5;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083318;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000160249;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:27:25:25:0:15:10:0:0:4:5:12:9:4:1 chr16 69704204 . CTT C,CT 66.44 PASS AF=0,0.76;AO=3,12;DP=25;FAO=0,19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=0,9;FSAR=0,10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0762789,-0.139513;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=11.9026,6.59398;QD=10.6302;RBI=0.152579,0.285755;REFB=-0.0454016,-0.0774921;REVB=0.132143,0.249383;RO=9;SAF=2,7;SAR=1,5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.23456,0.104918;STB=0.5,0.54617;STBP=1,0.433;TYPE=del,del;VARB=0.0317489,0.100528;OID=.,.;OPOS=69704205,69704205;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.76:3,12:25:0,19:25:6:0,9:0,10:4:2:15:9:2,7:1,5:4:5 chr16 69733460 . G A 1529.65 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.995;QD=63.7353;RBI=0.022022;REFB=0;REVB=-0.0218751;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07618e-05;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr16 69733665 . T G 1083.25 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.042358;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5249;QD=56.2727;RBI=0.0466817;REFB=-0.111715;REVB=0.019621;RO=2;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325921;STB=0.511866;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00143042;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:2:3:74:74:0.961039:28:46:0:2:28:46:1:2 chr16 69735271 . T A 1986.72 PASS AF=0.992308;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.341;QD=61.13;RBI=0.0744629;REFB=-0.0949771;REVB=0.0623713;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.503703;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000908733;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:130:0:1:126:129:0.992308:62:64:0:0:62:67:1:0 chr16 69748869 . G A 225.45 PASS AF=0.538462;AO=11;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0408362;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.628;QD=23.1235;RBI=0.0417933;REFB=-0.0161211;REVB=0.00889304;RO=6;SAF=0;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.804;STB=0.612488;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0147321;OID=.;OPOS=69748869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:6:18:11:21:0.538462:11:0:2:4:11:10:13:5 chr16 69963355 . G A 393.85 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.483;QD=56.2648;RBI=0.0169129;REFB=0;REVB=0.016785;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57569e-05;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:7:20:0:0:8:20:0:0 chr16 69967897 . T C 851.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.66;QD=57.7033;RBI=0.0333514;REFB=0;REVB=-0.0158132;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06891e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr16 69970329 . A G 695.86 PASS AF=0.978261;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0656224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.513;QD=60.5094;RBI=0.0754375;REFB=0.0254104;REVB=0.0372091;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000346603;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:46:45:0.978261:23:23:0:0:22:23:0:1 chr16 69973297 . C T 697.22 PASS AF=0.535433;AO=67;DP=126;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0260254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.857;QD=21.9597;RBI=0.0260489;REFB=-0.0181813;REVB=-0.00110567;RO=59;SAF=27;SAR=40;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771425;STB=0.544966;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0147388;OID=.;OPOS=69973297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:59:59:67:68:0.535433:40:27:29:30:41:27:29:30 chr16 69988373 . T C 764.61 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3702;QD=63.7173;RBI=0.0655895;REFB=0;REVB=0.0451773;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89505e-05;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr16 69988472 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0528795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.549;QD=17.8275;RBI=0.0605861;REFB=-0.0381498;REVB=0.0295709;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387892;STB=0.726841;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.01717;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:6:5:10:2:6:5 chr16 70010516 . ATGT A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0111461;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.936;QD=13.4559;RBI=0.0397718;REFB=-0.0105153;REVB=0.038178;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139848;STB=0.504417;STBP=0.989;TYPE=del;VARB=0.0139122;OID=.;OPOS=70010517;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:11:29:11:26:15:8:3:11:4:87:18:8:3:11:7 chr16 70010589 . T C 585.89 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.00219096;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.733;QD=16.2748;RBI=0.0275421;REFB=-0.0120956;REVB=0.0274548;RO=81;SAF=33;SAR=29;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514728;STB=0.532248;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0153609;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:81:82:62:62:0.430556:29:33:39:42:29:33:39:43 chr16 70010610 . C T 660.8 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.029912;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.154;QD=16.4174;RBI=0.0494213;REFB=-0.000287132;REVB=-0.0393413;RO=87;SAF=39;SAR=33;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580709;STB=0.532391;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000340188;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:87:89:72:72:0.447205:33:39:42:45:33:39:43:46 chr16 70016573 . G A 2803.9 PASS AF=0.983696;AO=180;DP=184;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0210151;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.422;QD=60.9543;RBI=0.0420226;REFB=-0.0254316;REVB=0.0363904;RO=3;SAF=79;SAR=101;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139286;STB=0.507316;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000422938;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:184:184:3:3:180:181:0.983696:101:79:0:3:101:80:0:3 chr16 70161263 . T C 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0142298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.874;QD=4.41834;RBI=0.017496;REFB=0.00330179;REVB=-0.0101795;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367919;STB=0.734639;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0196957;OID=.;OPOS=70161263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:2:5:12:18:2:5:13:18 chr16 70164334 . A G 217.85 PASS AF=0.218182;AO=35;DP=164;FAO=36;FDP=165;FR=.;FRO=129;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=72;FSRR=57;FWDB=-0.00126261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.558;QD=5.28116;RBI=0.0105222;REFB=-0.00364965;REVB=0.0104462;RO=129;SAF=15;SAR=20;SRF=72;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16383;STB=0.588187;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0151633;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:129:129:35:36:0.218182:20:15:72:57:20:16:72:57 chr16 70165914 . T C 94.37 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.00233857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6804;QD=4.54802;RBI=0.0124923;REFB=-0.0069194;REVB=-0.0122715;RO=66;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478563;STB=0.804125;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0440294;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:66:67:16:16:0.192771:4:12:23:43:4:12:23:44 chr16 70170222 . G T 248.42 PASS AF=0.21978;AO=40;DP=183;FAO=40;FDP=182;FR=.;FRO=142;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=79;FWDB=-0.0471584;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.671;QD=5.45969;RBI=0.0471987;REFB=-0.00736025;REVB=-0.00194925;RO=141;SAF=23;SAR=17;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161977;STB=0.601585;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0348605;OID=.;OPOS=70170222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:141:142:40:40:0.21978:17:23:63:78:17:23:63:79 chr16 70172890 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00751805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0385;QD=13.7528;RBI=0.0160646;REFB=0.0118198;REVB=0.0141968;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827523;STB=0.548322;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0180102;OID=.;OPOS=70172890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:12:11:6:9:12:11 chr16 70180088 . A T 218.2 PASS AF=0.297872;AO=29;DP=96;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0138158;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.536;QD=9.28503;RBI=0.0138198;REFB=-0.0073551;REVB=-0.00033448;RO=64;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972078;STB=0.571378;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0146285;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:64:66:29:28:0.297872:13:16:30:34:12:16:31:35 chr16 70191029 . T G 182.58 PASS AF=0.224806;AO=29;DP=129;FAO=29;FDP=129;FR=.;FRO=100;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0329756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.961;QD=5.66152;RBI=0.0418454;REFB=-0.0121971;REVB=-0.0257614;RO=100;SAF=15;SAR=14;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469047;STB=0.528826;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.044718;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:100:100:29:29:0.224806:14:15:48:52:14:15:48:52 chr16 70191161 . C T 205.06 PASS AF=0.22069;AO=32;DP=145;FAO=32;FDP=145;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=-0.0316183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7949;QD=5.65675;RBI=0.0372927;REFB=-0.00810631;REVB=-0.0197744;RO=113;SAF=12;SAR=20;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310138;STB=0.519114;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0219537;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:113:113:32:32:0.22069:20:12:45:68:20:12:45:68 chr16 70191333 . T C 427.31 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.000982329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.731;QD=15.5384;RBI=0.011443;REFB=-0.0213889;REVB=-0.0114007;RO=62;SAF=26;SAR=22;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122527;STB=0.568599;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.031701;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:22:26:26:36:22:26:26:36 chr16 70191556 . G A 94.53 PASS AF=0.157025;AO=19;DP=119;FAO=19;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0311021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.637;QD=3.12492;RBI=0.0316925;REFB=-0.00148298;REVB=0.00608881;RO=85;SAF=11;SAR=8;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15137;STB=0.574834;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00279875;OID=.;OPOS=70191556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:119:121:85:102:19:19:0.157025:8:11:39:46:8:11:50:52 chr16 70191566 . A G 307.3 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0167901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7826;QD=9.99335;RBI=0.0172399;REFB=-0.00590739;REVB=-0.00391232;RO=79;SAF=19;SAR=21;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692266;STB=0.512814;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0154198;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:83:40:40:0.325203:21:19:38:41:21:19:41:42 chr16 70211218 . G A 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0038002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.344;QD=8.30556;RBI=0.0177713;REFB=0.0152292;REVB=0.0173602;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618928;STB=0.538366;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0305276;OID=.;OPOS=70211218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:8:10:4:4:8:10 chr16 70287177 . A G 783.94 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1181;QD=63.9948;RBI=0.117993;REFB=0;REVB=-0.00215788;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110313;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:47:49:1:22:25:1:0:23:26:0:0 chr16 70298943 . G A 666.07 PASS AF=0.519685;AO=64;DP=126;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00258019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.236;QD=20.9784;RBI=0.0178491;REFB=-0.0398804;REVB=-0.0176616;RO=61;SAF=37;SAR=27;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868422;STB=0.540935;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.038013;OID=.;OPOS=70298943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:61:61:64:66:0.519685:27:37:41:20:27:39:41:20 chr16 70432197 . G A 58.22 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0289266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.502;QD=4.85199;RBI=0.031367;REFB=0.00516594;REVB=-0.0121302;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426303;STB=0.52824;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0159145;OID=.;OPOS=70432197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:4:5:23:16:4:5:23:16 chr16 70506907 . T C 236.68 PASS AF=0.522727;AO=21;DP=42;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0327775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.887;QD=21.516;RBI=0.0475064;REFB=-0.0336041;REVB=0.0343874;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369793;STB=0.694505;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0162111;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:21:21:21:23:0.522727:12:9:18:3:13:10:18:3 chr16 70546234 . G A 722.92 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282075;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.836;QD=56.6997;RBI=0.030535;REFB=0;REVB=0.011693;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204694;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:23:28:0:0 chr16 70548297 . G A 1101.62 PASS AF=1;AO=63;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1938;QD=57.9798;RBI=0.107411;REFB=0;REVB=0.107188;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129928;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:63:76:1:23:40:0:0:36:40:0:0 chr16 70569215 . A T 1508.4 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.542;QD=59.7386;RBI=0.029543;REFB=0;REVB=-0.0238463;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9425e-06;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:57:43:0:0:58:43:0:0 chr16 70602221 . C T 1373.06 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823865;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2892;QD=62.4118;RBI=0.0480899;REFB=0;REVB=-0.047379;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288396;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:86:88:1:44:42:0:0:44:44:0:0 chr16 70680850 . C G 145.98 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0390755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5926;QD=16.6829;RBI=0.0411434;REFB=-0.00300086;REVB=-0.0128798;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228247;STB=0.666444;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00635516;OID=.;OPOS=70680850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:19:16:16:0.457143:4:12:9:8:4:12:9:10 chr16 70680856 . CCG C 56.01 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.105025;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=2;MLLD=19.4479;QD=8.61721;RBI=0.108596;REFB=-0.0956144;REVB=-0.027617;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482718;STB=0.793558;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.103206;OID=.;OPOS=70680857;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:9:26:11:26:15:9:2:5:10:56:16:7:2:5:11 chr16 70680886 . C CG 43.38 PASS AF=0.416667;AO=4;DP=27;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0561523;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.8571;QD=7.22921;RBI=0.0721426;REFB=0.00290984;REVB=-0.0452933;RO=21;SAF=2;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271012;STB=0.7994;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=-0.00298356;OID=.;OPOS=70680887;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:4:27:10:24:14:2:8:10:4:43:21:2:2:11:10 chr16 70690989 . G C 890.98 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467217;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.273;QD=56.5703;RBI=0.0521489;REFB=-0.147977;REVB=0.0231644;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00093802;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:62:62:0.984127:33:29:0:0:33:29:0:1 chr16 70694000 . C A 129.08 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.163054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0127;QD=15.646;RBI=0.164854;REFB=-0.0456735;REVB=0.0242928;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183111;STB=0.583235;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0680517;OID=.;OPOS=70694000;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:18:14:15:0.454545:11:3:2:17:12:3:2:16 chr16 70696626 . A G 199.87 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0290679;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.277;QD=15.0845;RBI=0.0304759;REFB=-0.01441;REVB=0.00915637;RO=29;SAF=2;SAR=20;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123459;STB=0.614946;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0161941;OID=.;OPOS=70696626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:22:23:0.433962:20:2:4:25:21:2:5:25 chr16 70697414 . T G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000647945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.647;QD=22.9576;RBI=0.0121832;REFB=-0.00971253;REVB=-0.0121659;RO=11;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256079;STB=0.645758;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00499286;OID=.;OPOS=70697414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:3:13:6:5:3:13:6:5 chr16 70699373 . GT GTG,TG 46.91 PASS AF=0.285714,0.0408163;AO=14,2;DP=49;FAO=14,2;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=12,2;FSAR=2,0;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0650882,0.000807873;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=8.56322,42.6834;QD=3.82952;RBI=0.270971,0.139677;REFB=-0.106252,-0.0531981;REVB=0.263038,0.139674;RO=28;SAF=14,2;SAR=0,0;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.772786,0.411757;STB=0.717582,0.993501;STBP=0.083,0.209;TYPE=ins,mnp;VARB=0.145479,0.0205862;OID=.,.;OPOS=70699375,70699373;OREF=-,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:49:49:28:33:14,2:14,2:0.285714,0.0408163:0,0:14,2:18:10:2,0:12,2:21:12 chr16 70710858 . C T 192.74 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0107113;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.491;QD=11.8608;RBI=0.0115533;REFB=-0.0212182;REVB=0.00432978;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143969;STB=0.582591;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0475573;OID=.;OPOS=70710858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:29:12:10:14:29:12 chr16 70726795 . C A 1087.88 PASS AF=0.536842;AO=102;DP=195;FAO=102;FDP=190;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00869702;FXX=0.0256397;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.287;QD=22.9027;RBI=0.0326382;REFB=-0.0217903;REVB=0.0314581;RO=86;SAF=58;SAR=44;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483099;STB=0.521535;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0158989;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:190:86:88:102:102:0.536842:44:58:44:42:44:58:46:42 chr16 70796515 . G A 459.87 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00399656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.454;QD=15.8577;RBI=0.0237572;REFB=-0.0211666;REVB=-0.0234186;RO=65;SAF=27;SAR=24;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678957;STB=0.537979;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0257428;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:24:27:30:35:24:27:30:35 chr16 70818759 . A G 641.6 PASS AF=0.482014;AO=54;DP=127;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.012555;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.216;QD=18.4632;RBI=0.0224287;REFB=-0.0444906;REVB=0.0185854;RO=63;SAF=20;SAR=34;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121521;STB=0.519994;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0331965;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:139:63:72:54:67:0.482014:34:20:31:32:37:30:35:37 chr16 70883694 . G A 485.34 PASS AF=0.26087;AO=72;DP=275;FAO=72;FDP=276;FR=.;FRO=204;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=121;FSRR=83;FWDB=-0.0350319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.021;QD=7.03395;RBI=0.0372054;REFB=-0.00300612;REVB=-0.0125302;RO=201;SAF=47;SAR=25;SRF=119;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806381;STB=0.547205;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00776796;OID=.;OPOS=70883694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:201:204:72:72:0.26087:25:47:119:82:25:47:121:83 chr16 70884524 . C G 478.61 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=138;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00394624;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.772;QD=13.8726;RBI=0.0211599;REFB=-0.0161227;REVB=-0.0207886;RO=84;SAF=18;SAR=36;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235777;STB=0.633613;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.017548;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:84:84:54:54:0.391304:36:18:46:38:36:18:46:38 chr16 70884534 . T A 430.27 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-5.12648e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.342;QD=13.2391;RBI=0.00406756;REFB=-0.00446503;REVB=-0.00406724;RO=80;SAF=17;SAR=33;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244631;STB=0.638919;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00205932;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:80:50:50:0.384615:33:17:45:35:33:17:45:35 chr16 70886630 . C T 352.74 PASS AF=0.413043;AO=36;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0218333;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1431;QD=15.3365;RBI=0.0314868;REFB=-0.00294179;REVB=0.0226876;RO=56;SAF=28;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281216;STB=0.632077;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00511787;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:54:36:38:0.413043:8:28:31:25:9:29:31:23 chr16 70889147 . A G 1514.96 PASS AF=0.733728;AO=123;DP=168;FAO=124;FDP=169;FR=.;FRO=45;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0090117;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.882;QD=35.8571;RBI=0.0146829;REFB=-0.0247863;REVB=-0.0115921;RO=44;SAF=58;SAR=65;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070018;STB=0.538924;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0111198;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:44:45:123:124:0.733728:65:58:27:17:65:59:28:17 chr16 70894087 . T C 746.22 PASS AF=0.351145;AO=92;DP=264;FAO=92;FDP=262;FR=.;FRO=170;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=67;FSRR=103;FWDB=0.00673876;FXX=0.0113203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.061;QD=11.3926;RBI=0.0187504;REFB=-0.00596515;REVB=0.0174977;RO=169;SAF=44;SAR=48;SRF=67;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938998;STB=0.55495;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00809283;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:262:169:170:92:92:0.351145:48:44:67:102:48:44:67:103 chr16 70896015 . GA G 392.0 PASS AF=0.4;AO=81;DP=199;FAO=78;FDP=195;FR=.;FRO=117;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=-0.199713;FXX=0.0249988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2743;QD=8.04099;RBI=0.201825;REFB=-0.0322892;REVB=-0.0291201;RO=109;SAF=49;SAR=32;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767771;STB=0.507858;STBP=0.857;TYPE=del;VARB=0.0246909;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:81:199:78:195:117:45:33:66:51:99:109:49:32:58:51 chr16 70896118 . A G 868.87 PASS AF=0.419214;AO=96;DP=229;FAO=96;FDP=229;FR=.;FRO=133;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=-0.0158153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7716;QD=15.1767;RBI=0.0278989;REFB=-0.0011207;REVB=-0.0229831;RO=133;SAF=53;SAR=43;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348441;STB=0.519461;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00172063;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:133:133:96:96:0.419214:43:53:69:64:43:53:69:64 chr16 70896122 . A C 258.58 PASS AF=0.199115;AO=45;DP=226;FAO=45;FDP=226;FR=.;FRO=181;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=93;FSRR=88;FWDB=-0.027604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0396;QD=4.57666;RBI=0.027639;REFB=-0.00700501;REVB=-0.00139122;RO=178;SAF=28;SAR=17;SRF=93;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130433;STB=0.588313;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0384151;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:178:181:45:45:0.199115:17:28:93:85:17:28:93:88 chr16 70897039 . C G 620.06 PASS AF=0.471014;AO=63;DP=136;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=18;FWDB=0.00263139;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.77;QD=17.9726;RBI=0.0184222;REFB=-0.00768162;REVB=0.0182333;RO=73;SAF=37;SAR=26;SRF=55;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172206;STB=0.587475;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0099784;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:73:73:63:65:0.471014:26:37:55:18:26:39:55:18 chr16 70902541 . G A 373.0 PASS AF=0.176768;AO=70;DP=398;FAO=70;FDP=396;FR=.;FRO=326;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=135;FSRR=191;FWDB=-0.0157331;FXX=0.005025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.396;QD=3.76764;RBI=0.0261278;REFB=-0.00330187;REVB=-0.0208598;RO=325;SAF=33;SAR=37;SRF=135;SRR=190;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735602;STB=0.547585;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0154847;OID=.;OPOS=70902541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:396:325:326:70:70:0.176768:37:33:135:190:37:33:135:191 chr16 70902559 . C T 957.27 PASS AF=0.353659;AO=116;DP=326;FAO=116;FDP=328;FR=.;FRO=212;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=88;FSRR=124;FWDB=0.00849022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.578;QD=11.674;RBI=0.0120157;REFB=-0.00642103;REVB=-0.00850249;RO=207;SAF=55;SAR=61;SRF=85;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723968;STB=0.53841;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0136187;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:328:207:212:116:116:0.353659:61:55:85:122:61:55:88:124 chr16 70902568 . C T 983.92 PASS AF=0.376206;AO=116;DP=310;FAO=117;FDP=311;FR=.;FRO=194;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=74;FSRR=120;FWDB=0.0103896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.677;QD=12.6549;RBI=0.013385;REFB=0.00663356;REVB=0.00843883;RO=192;SAF=57;SAR=59;SRF=72;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129365;STB=0.566214;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00907251;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:192:194:116:117:0.376206:59:57:72:120:60:57:74:120 chr16 70902683 . G A 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0141176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.7;QD=18.4824;RBI=0.0149962;REFB=-0.00612293;REVB=0.00505741;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284301;STB=0.516112;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00313519;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:15:4:4:17:15:4:4:17 chr16 70908239 . G A 260.91 PASS AF=0.253425;AO=35;DP=145;FAO=37;FDP=146;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.00682459;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.723;QD=7.14829;RBI=0.0269992;REFB=-0.00477699;REVB=0.0261225;RO=110;SAF=23;SAR=12;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145874;STB=0.548014;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0158357;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:110:109:35:37:0.253425:12:23:60:50:14:23:61:48 chr16 70908736 . A G 381.78 PASS AF=0.335664;AO=48;DP=148;FAO=48;FDP=143;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=-0.000553548;FXX=0.083328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.096;QD=10.6793;RBI=0.0122031;REFB=-0.00587074;REVB=-0.0121906;RO=93;SAF=42;SAR=6;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373979;STB=0.716872;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0157174;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:143:93:95:48:48:0.335664:6:42:61:32:6:42:63:32 chr16 70913386 . G A 647.48 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=-0.00296668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.144;QD=16.1871;RBI=0.0161405;REFB=-0.0171932;REVB=-0.0158655;RO=89;SAF=38;SAR=33;SRF=27;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229644;STB=0.627246;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0238828;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:89:71:71:0.44375:33:38:27:62:33:38:27:62 chr16 70917855 . A G 638.86 PASS AF=0.402235;AO=72;DP=180;FAO=72;FDP=179;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0244305;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7865;QD=14.2762;RBI=0.0306721;REFB=-0.0106722;REVB=-0.0185452;RO=105;SAF=33;SAR=39;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189596;STB=0.505385;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0137761;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:105:107:72:72:0.402235:39:33:50:55:39:33:50:57 chr16 70917931 . C G 789.31 PASS AF=0.48538;AO=77;DP=167;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=0.0109036;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.879;QD=18.4634;RBI=0.0245481;REFB=-0.0111213;REVB=0.0219936;RO=89;SAF=41;SAR=36;SRF=59;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128245;STB=0.573032;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00977135;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:171:89:88:77:83:0.48538:36:41:59:30:40:43:58:30 chr16 70926334 . G C 202.85 PASS AF=0.140244;AO=46;DP=328;FAO=46;FDP=328;FR=.;FRO=282;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=156;FSRR=126;FWDB=0.000322831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.272;QD=2.47372;RBI=0.0160186;REFB=-0.00136674;REVB=0.0160154;RO=278;SAF=24;SAR=22;SRF=156;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508893;STB=0.527145;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00683589;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:278:282:46:46:0.140244:22:24:156:122:22:24:156:126 chr16 70934974 . T C 119.52 PASS AF=0.189189;AO=21;DP=111;FAO=21;FDP=111;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=-0.00234646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.073;QD=4.30714;RBI=0.0338661;REFB=-0.0017251;REVB=-0.0337847;RO=90;SAF=12;SAR=9;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520042;STB=0.533125;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00835033;OID=.;OPOS=70934974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:90:90:21:21:0.189189:9:12:55:35:9:12:55:35 chr16 70937582 . G A 201.06 PASS AF=0.208589;AO=33;DP=163;FAO=34;FDP=163;FR=.;FRO=129;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=0.0173158;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.347;QD=4.93401;RBI=0.0173508;REFB=0.00113756;REVB=0.00110156;RO=129;SAF=15;SAR=18;SRF=75;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160979;STB=0.609563;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00488832;OID=.;OPOS=70937582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:129:129:33:34:0.208589:18:15:75:54:19:15:75:54 chr16 70942688 . A C 703.5 PASS AF=0.392344;AO=82;DP=209;FAO=82;FDP=209;FR=.;FRO=127;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=-0.0289773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.511;QD=13.4642;RBI=0.0356273;REFB=-0.00114811;REVB=-0.0207273;RO=126;SAF=44;SAR=38;SRF=67;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523581;STB=0.505509;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00178311;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:126:127:82:82:0.392344:38:44:67:59:38:44:67:60 chr16 70954513 . T C 161.97 PASS AF=0.235849;AO=26;DP=106;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.033896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7576;QD=6.1121;RBI=0.086345;REFB=-0.0122201;REVB=-0.0794136;RO=80;SAF=10;SAR=16;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834755;STB=0.534856;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0470152;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:80:81:26:25:0.235849:16:10:36:44:15:10:36:45 chr16 70954571 . CT TA 127.2 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=113;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0107233;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.561;QD=4.50271;RBI=0.0116598;REFB=-0.00141236;REVB=-0.00457856;RO=88;SAF=8;SAR=14;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146953;STB=0.607103;STBP=0.27;TYPE=mnp;VARB=0.0046345;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:88:91:22:22:0.19469:14:8:42:46:14:8:45:46 chr16 70954606 . C T 76.34 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0636194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.915;QD=3.63521;RBI=0.0642936;REFB=-0.0110151;REVB=-0.0092864;RO=70;SAF=4;SAR=10;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157453;STB=0.605902;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0567161;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:70:70:14:14:0.166667:10:4:28:42:10:4:28:42 chr16 70954691 . T C 72.23 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0548862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.625;QD=8.49795;RBI=0.103792;REFB=-0.0138732;REVB=-0.0880919;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682721;STB=0.542084;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.022684;OID=.;OPOS=70954691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:11:13:6:4:11:13 chr16 70954717 . GT AG 35.67 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00531941;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.565;QD=4.91966;RBI=0.005411;REFB=-0.00520555;REVB=0.000991358;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223454;STB=0.650654;STBP=0.442;TYPE=mnp;VARB=0.0342062;OID=.;OPOS=70954717;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:12:11:4:2:12:11 chr16 70954774 . A G 140.06 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0268409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.552;QD=12.7329;RBI=0.126712;REFB=-0.0204011;REVB=-0.123836;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994351;STB=0.568098;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0265178;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:8:8:11:16:8:8:11:17 chr16 70954809 . C A 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00417946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.929;QD=9.37517;RBI=0.00689721;REFB=-0.00755707;REVB=0.00548667;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187845;STB=0.610996;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0194715;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:8:11:17:24:8:11:17:24 chr16 70954915 . G T 1434.4 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0230696;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.038;QD=56.251;RBI=0.0236537;REFB=-0.216692;REVB=-0.00522382;RO=3;SAF=41;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464643;STB=0.502451;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000435924;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:3:3:99:99:0.970588:58:41:1:2:58:41:1:2 chr16 70954945 . T A 448.07 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00183704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.928;QD=18.6694;RBI=0.00284841;REFB=-0.0205842;REVB=-0.00217687;RO=51;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255733;STB=0.519016;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0213027;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:51:44:45:0.46875:27:17:21:30:28:17:21:30 chr16 70972595 . T C 326.26 PASS AF=0.286667;AO=43;DP=150;FAO=43;FDP=150;FR=.;FRO=107;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.0251216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1883;QD=8.70023;RBI=0.0255382;REFB=-0.00291389;REVB=0.00459382;RO=107;SAF=20;SAR=23;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430581;STB=0.525317;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00702952;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:107:107:43:43:0.286667:23:20:46:61:23:20:46:61 chr16 70972620 . G C 495.65 PASS AF=0.430769;AO=52;DP=127;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00402637;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.94;QD=15.2507;RBI=0.00876579;REFB=-0.0241142;REVB=-0.00778636;RO=74;SAF=18;SAR=34;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124586;STB=0.572695;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0257547;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:74:74:52:56:0.430769:34:18:34:40:37:19:34:40 chr16 70975565 . T C 221.66 PASS AF=0.193878;AO=38;DP=195;FAO=38;FDP=196;FR=.;FRO=158;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=85;FSRR=73;FWDB=-0.00188948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.808;QD=4.52358;RBI=0.0222775;REFB=-0.00968662;REVB=0.0221972;RO=152;SAF=26;SAR=12;SRF=81;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202039;STB=0.623874;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0329293;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:152:158:38:38:0.193878:12:26:81:71:12:26:85:73 chr16 70975667 . T C 727.06 PASS AF=0.493151;AO=70;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0107264;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.005;QD=19.9194;RBI=0.014908;REFB=-0.0142447;REVB=0.0103533;RO=73;SAF=37;SAR=33;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743719;STB=0.500382;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.016401;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:73:74:70:72:0.493151:33:37:38:35:34:38:39:35 chr16 70986480 . G A 1110.74 PASS AF=0.460938;AO=118;DP=257;FAO=118;FDP=256;FR=.;FRO=138;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=53;FSRR=85;FWDB=0.0368577;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8075;QD=17.3554;RBI=0.03706;REFB=0.00614202;REVB=-0.00386703;RO=139;SAF=47;SAR=71;SRF=54;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100399;STB=0.508036;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0079655;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:139:138:118:118:0.460938:71:47:54:85:71:47:53:85 chr16 70989299 . C T 724.84 PASS AF=0.405128;AO=78;DP=192;FAO=79;FDP=195;FR=.;FRO=116;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=0.0132829;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.057;QD=14.8685;RBI=0.0284739;REFB=-0.0135302;REVB=0.0251858;RO=109;SAF=33;SAR=45;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760944;STB=0.556989;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0176632;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:195:109:116:78:79:0.405128:45:33:54:55:45:34:61:55 chr16 70989335 . G A 948.63 PASS AF=0.441048;AO=102;DP=227;FAO=101;FDP=229;FR=.;FRO=128;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=70;FSRR=58;FWDB=-0.00567435;FXX=0.0129305;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.847;QD=16.57;RBI=0.00568312;REFB=-0.0174401;REVB=0.000315587;RO=122;SAF=41;SAR=61;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129901;STB=0.579215;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.024559;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:122:128:102:101:0.441048:61:41:65:57:60:41:70:58 chr16 70993566 . A G 2535.68 PASS AF=0.706897;AO=204;DP=290;FAO=205;FDP=290;FR=.;FRO=85;FSAF=112;FSAR=93;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.00624023;FXX=0.00684908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5591;QD=34.9749;RBI=0.013075;REFB=-0.00747549;REVB=0.0114898;RO=85;SAF=111;SAR=93;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508601;STB=0.526425;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00351259;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:85:85:204:205:0.706897:93:111:54:31:93:112:54:31 chr16 71008169 . T C 882.89 PASS AF=0.483696;AO=89;DP=183;FAO=89;FDP=184;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.0151975;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.315;QD=19.1932;RBI=0.015954;REFB=-0.0174833;REVB=0.0048544;RO=93;SAF=35;SAR=54;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251912;STB=0.514936;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0190871;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:93:95:89:89:0.483696:54:35:39:54:54:35:40:55 chr16 71012855 . T C 933.04 PASS AF=0.538462;AO=90;DP=168;FAO=91;FDP=169;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=22;FWDB=-0.00477292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.184;QD=22.0837;RBI=0.0182342;REFB=-0.00983188;REVB=0.0175984;RO=77;SAF=44;SAR=46;SRF=55;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189934;STB=0.607526;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0115394;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:77:78:90:91:0.538462:46:44:55:22:47:44:56:22 chr16 71015329 . G T 651.87 PASS AF=0.280864;AO=91;DP=325;FAO=91;FDP=324;FR=.;FRO=233;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=119;FSRR=114;FWDB=-0.00884413;FXX=0.00307683;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.341;QD=8.04773;RBI=0.00889955;REFB=-0.00188118;REVB=-0.000991679;RO=232;SAF=45;SAR=46;SRF=118;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017324;STB=0.511663;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00486945;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:232:233:91:91:0.280864:46:45:118:114:46:45:119:114 chr16 71025245 . C T 319.66 PASS AF=0.375;AO=36;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00023275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.369;QD=12.2947;RBI=0.0141969;REFB=-0.00302961;REVB=-0.014195;RO=65;SAF=24;SAR=12;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810759;STB=0.564322;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00496657;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:65:65:36:39:0.375:12:24:39:26:12:27:39:26 chr16 71026076 . C G 397.11 PASS AF=0.43299;AO=39;DP=94;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=0.0400103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.266;QD=16.3756;RBI=0.0462999;REFB=-0.0257817;REVB=-0.0232994;RO=54;SAF=26;SAR=13;SRF=43;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160549;STB=0.576866;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0358516;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:54:55:39:42:0.43299:13:26:43:11:13:29:44:11 chr16 71026098 . C T 209.89 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.013084;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.282;QD=14.2296;RBI=0.0152578;REFB=-0.0214871;REVB=-0.00784906;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101226;STB=0.581478;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0240935;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:34:25:25:0.423729:9:16:22:8:9:16:26:8 chr16 71054178 . T C 562.37 PASS AF=0.358289;AO=66;DP=187;FAO=67;FDP=187;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.00773795;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.519;QD=12.0294;RBI=0.0122814;REFB=-0.00425767;REVB=0.00953711;RO=120;SAF=36;SAR=30;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609617;STB=0.529318;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00752263;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:120:120:66:67:0.358289:30:36:59:61:31:36:59:61 chr16 71061495 . A G 1324.23 PASS AF=0.440994;AO=142;DP=322;FAO=142;FDP=322;FR=.;FRO=180;FSAF=103;FSAR=39;FSRF=96;FSRR=84;FWDB=-0.000402613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.373;QD=16.45;RBI=0.0214223;REFB=-0.0184918;REVB=-0.0214185;RO=171;SAF=103;SAR=39;SRF=88;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229919;STB=0.6201;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.021094;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:171:180:142:142:0.440994:39:103:88:83:39:103:96:84 chr16 71098649 . T C 905.03 PASS AF=0.451163;AO=97;DP=216;FAO=97;FDP=215;FR=.;FRO=118;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=72;FSRR=46;FWDB=0.00708819;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9792;QD=16.8377;RBI=0.0231634;REFB=0.00347103;REVB=0.0220522;RO=118;SAF=46;SAR=51;SRF=72;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134048;STB=0.574222;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00677454;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:118:118:97:97:0.451163:51:46:72:46:51:46:72:46 chr16 71100830 . T C 201.18 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0203555;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.341;QD=9.58017;RBI=0.020682;REFB=-0.00512109;REVB=-0.00366012;RO=57;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243883;STB=0.639045;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0121602;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:58:26:26:0.309524:8:18:28:29:8:18:29:29 chr16 71100838 . T C 369.17 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00137575;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.649;QD=19.1775;RBI=0.0028526;REFB=-0.0155429;REVB=0.00249893;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105517;STB=0.55859;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.018111;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:39:38:38:0.493506:18:20:25:14:18:20:25:14 chr16 71101200 . T C 447.54 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00653422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.212;QD=21.0609;RBI=0.0213826;REFB=0.000756214;REVB=0.0203598;RO=41;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917767;STB=0.550756;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.000763388;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:25:19:22:19:25:19:22:19 chr16 71101270 . C T 323.71 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.036057;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.18;QD=16.6003;RBI=0.0372277;REFB=0.00519905;REVB=-0.0092627;RO=43;SAF=13;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207124;STB=0.616452;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00766284;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:43:35:35:0.448718:22:13:25:18:22:13:25:18 chr16 71103269 . T C 1987.25 PASS AF=0.475524;AO=204;DP=430;FAO=204;FDP=429;FR=.;FRO=225;FSAF=103;FSAR=101;FSRF=106;FSRR=119;FWDB=0.00511335;FXX=0.00232553;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.107;QD=18.5291;RBI=0.00813141;REFB=-0.0103391;REVB=-0.00632247;RO=224;SAF=103;SAR=101;SRF=106;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301648;STB=0.517716;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0110878;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:429:224:225:204:204:0.475524:101:103:106:118:101:103:106:119 chr16 71103393 . G T 226.13 PASS AF=0.261905;AO=33;DP=126;FAO=33;FDP=126;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0601143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2735;QD=7.17868;RBI=0.0603304;REFB=0.0122635;REVB=-0.00510211;RO=93;SAF=14;SAR=19;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100374;STB=0.560137;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0320395;OID=.;OPOS=71103393;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:93:93:33:33:0.261905:19:14:47:46:19:14:47:46 chr16 71109904 . C A 526.58 PASS AF=0.370588;AO=61;DP=172;FAO=63;FDP=170;FR=.;FRO=107;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=68;FWDB=0.00576549;FXX=0.01734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.219;QD=12.39;RBI=0.00723913;REFB=-0.0153852;REVB=0.00437767;RO=107;SAF=25;SAR=36;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531049;STB=0.521442;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0274828;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:107:107:61:63:0.370588:36:25:39:68:38:25:39:68 chr16 71113780 . C T 523.33 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=85;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0282165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.083;QD=23.7878;RBI=0.0283682;REFB=-0.0143808;REVB=-0.00292921;RO=37;SAF=32;SAR=16;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135824;STB=0.558832;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00517749;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:37:39:48:49:0.556818:16:32:30:7:17:32:30:9 chr16 71122408 . C T 186.98 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0451984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0434;QD=10.6846;RBI=0.0461412;REFB=0.0054614;REVB=-0.00927973;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470615;STB=0.527423;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0126947;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:13:11:23:23:13:11:23:23 chr16 71163579 . C T 756.95 PASS AF=0.481707;AO=74;DP=160;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.0152639;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.104;QD=18.4622;RBI=0.0534628;REFB=-0.0225865;REVB=0.0512375;RO=86;SAF=49;SAR=25;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608116;STB=0.504658;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0231716;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:164:86:85:74:79:0.481707:25:49:52:34:30:49:52:33 chr16 71163606 . C T 742.25 PASS AF=0.47561;AO=78;DP=164;FAO=78;FDP=164;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.00147349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.182;QD=18.1036;RBI=0.0173603;REFB=-0.0259335;REVB=-0.0172977;RO=86;SAF=46;SAR=32;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00816503;STB=0.504515;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0356118;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:86:86:78:78:0.47561:32:46:50:36:32:46:50:36 chr16 71318577 . T C 329.36 PASS AF=0.37;AO=36;DP=99;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0062341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.203;QD=13.1743;RBI=0.0221348;REFB=-0.00799238;REVB=0.0212387;RO=63;SAF=17;SAR=19;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747187;STB=0.550431;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0158055;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:63:63:36:37:0.37:19:17:34:29:20:17:34:29 chr16 71319539 . C T 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000468039;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.093;QD=15.7541;RBI=0.00434837;REFB=-0.00493125;REVB=0.00432311;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312418;STB=0.682725;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0108717;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:27:19:19:0.413043:5:14:11:14:5:14:12:15 chr16 71319646 . G A 543.91 PASS AF=0.421429;AO=58;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00622889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9417;QD=15.5403;RBI=0.00869816;REFB=-0.0033197;REVB=-0.00607115;RO=80;SAF=22;SAR=36;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140346;STB=0.568585;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00621634;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:81:58:59:0.421429:36:22:41:39:36:23:41:40 chr16 71668634 . T G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00318165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.871;QD=18.2489;RBI=0.0179819;REFB=-0.00068827;REVB=-0.0176982;RO=12;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330015;STB=0.69527;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0010026;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:1:12:9:3:1:12:9:3 chr16 71674882 . C G 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0579962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7659;QD=8.8087;RBI=0.0785683;REFB=0.00893219;REVB=0.0530039;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304026;STB=0.686738;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0220169;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:13:10:7:3:13:10 chr16 71678932 . T C 349.73 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00833343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.801;QD=17.7078;RBI=0.0173163;REFB=-0.00521349;REVB=-0.0151792;RO=41;SAF=26;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26059;STB=0.652712;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00320025;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:11:26:18:23:11:26:18:24 chr16 71679057 . C T 278.98 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0204148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0616;QD=27.2176;RBI=0.0644976;REFB=0.0552794;REVB=-0.0611815;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954355;STB=0.562014;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0331187;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:16:24:25:0.609756:17:7:3:13:17:8:3:13 chr16 71800383 . GT GA,TA 184.36 PASS AF=0.407407,0;AO=22,2;DP=55;FAO=22,0;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000822476,-0.00688905;FXX=0.0181785;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=226.902,257.04;QD=13.6564;RBI=0.0117358,0.0168004;REFB=-0.0140318,-0.0142303;REVB=-0.0117069,-0.015323;RO=30;SAF=10,2;SAR=12,0;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112788,0.429555;STB=0.581866,0.5;STBP=0.347,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0185676,0;OID=.,.;OPOS=71800384,71800383;OREF=T,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=GA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:32:22,2:22,0:0.407407,0:12,0:10,2:17:13:12,0:10,0:19:13 chr16 71885482 . G C 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0078997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.146;QD=14.9756;RBI=0.0110711;REFB=-0.00585047;REVB=0.0077566;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422378;STB=0.749464;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00949952;OID=.;OPOS=71885482;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:7:4:8:2:7:4 chr16 71886530 . T A 275.87 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00137698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.374;QD=26.2731;RBI=0.0277833;REFB=-0.0108096;REVB=-0.0277492;RO=17;SAF=19;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409405;STB=0.703531;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00664655;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:24:25:0.595238:5:19:5:12:6:19:5:12 chr16 71889173 . C T 351.77 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00789576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.797;QD=14.5062;RBI=0.0126786;REFB=-0.00139621;REVB=-0.00991988;RO=58;SAF=24;SAR=14;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125466;STB=0.576883;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00185082;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:58:38:39:0.402062:14:24:30:28:14:25:30:28 chr16 71890489 . C G 444.95 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0175205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.618;QD=17.9776;RBI=0.0187552;REFB=-0.0133518;REVB=0.00669248;RO=53;SAF=27;SAR=18;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816074;STB=0.538445;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0138983;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:18:27:36:17:18:27:36:18 chr16 71981414 . C CTTTG 153.1 PASS AF=0.237113;AO=22;DP=99;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00468855;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=4;MLLD=267.328;QD=6.31356;RBI=0.00749306;REFB=-0.00536825;REVB=-0.00584494;RO=74;SAF=11;SAR=11;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845054;STB=0.557591;STBP=0.51;TYPE=ins;VARB=0.0166351;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237113:22:99:23:97:74:11:12:41:33:99:74:11:11:42:32 chr16 71983769 . CAAG CAAC,CAG 626.75 PASS AF=0.591549,0.239437;AO=42,15;DP=73;FAO=42,17;FDP=71;FR=.;FRO=12;FSAF=20,17;FSAR=22,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0193685,0.0371914;FXX=0.013887;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=156.676,18.991;QD=35.31;RBI=0.0207677,0.0513437;REFB=-0.0117458,-0.127167;REVB=0.00749384,-0.0353975;RO=14;SAF=20,15;SAR=22,0;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0554407,0.838413;STB=0.5319,0.999147;STBP=0.436,0;TYPE=snp,del;VARB=0.000892918,0.21542;OID=.,.;OPOS=71983772,71983770;OREF=G,A;OALT=C,-;OMAPALT=CAAC,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.591549,0.239437:42,15:73:42,17:71:12:20,17:22,0:4:8:99:14:20,15:22,0:5:9 chr16 71986946 . A G 380.94 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00436573;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7375;QD=16.7444;RBI=0.0268008;REFB=0.00709611;REVB=-0.0264428;RO=51;SAF=23;SAR=17;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953258;STB=0.553372;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00936887;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:17:23:34:17:17:23:34:17 chr16 71986995 . G A 237.69 PASS AF=0.490909;AO=23;DP=51;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0112648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.465;QD=17.2864;RBI=0.0266513;REFB=-0.00628938;REVB=-0.0241536;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288886;STB=0.510197;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00680311;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:28:28:23:27:0.490909:10:13:15:13:12:15:15:13 chr16 71988106 . C T 417.65 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0223099;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.071;QD=19.2024;RBI=0.0313042;REFB=-0.00690709;REVB=0.0219596;RO=43;SAF=26;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220971;STB=0.615971;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0145923;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:43:45:41:42:0.482759:15:26:17:26:15:27:19:26 chr16 72007232 . G A 1102.5 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.03042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.18;QD=58.8001;RBI=0.0311379;REFB=0.0823768;REVB=0.00664789;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011681;STB=0.506171;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000274596;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:40:34:0:1:40:34:0:1 chr16 72032231 . T A 240.04 PASS AF=0.430769;AO=23;DP=60;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.000457386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.269;QD=14.7719;RBI=0.0334575;REFB=-0.0291595;REVB=0.0334544;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044006;STB=0.594407;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0302892;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:37:37:23:28:0.430769:7:16:27:10:12:16:27:10 chr16 72042682 . A C 362.21 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00415585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.787;QD=15.0921;RBI=0.00516525;REFB=-0.0215608;REVB=0.00306736;RO=54;SAF=13;SAR=26;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19767;STB=0.598488;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0298408;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:54:57:39:39:0.40625:26:13:28:26:26:13:28:29 chr16 72162610 . G C 660.62 PASS AF=0.458599;AO=69;DP=152;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0324466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2747;QD=16.831;RBI=0.0352273;REFB=-0.031753;REVB=0.0137179;RO=82;SAF=27;SAR=42;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036097;STB=0.532639;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0544438;OID=.;OPOS=72162610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:157:82:85:69:72:0.458599:42:27:35:47:44:28:38:47 chr16 72818965 . T A,TA 592.8 PASS AF=0,0.492857;AO=5,54;DP=140;FAO=0,69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=0,29;FSAR=0,40;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.01273,-0.0728227;FXX=0.0070917;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=283.993,19.8582;QD=16.9372;RBI=0.013213,0.0741028;REFB=0.0010836,0.0279356;REVB=-0.00354006,0.0137139;RO=76;SAF=3,22;SAR=2,32;SRF=42;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0476688,-0.151386;STB=0.5,0.586631;STBP=1,0.065;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0369095;OID=.,.;OPOS=72818965,72818966;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:140:140:76:71:5,54:0,69:0,0.492857:2,32:3,22:42:34:0,40:0,29:42:29 chr16 72827758 . T C 1115.09 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.715;QD=60.2749;RBI=0.0205103;REFB=0;REVB=0.00499995;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30011e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:32:41:0:0:32:42:0:0 chr16 72828403 . A G 84.27 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0453589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9322;QD=10.534;RBI=0.0593096;REFB=0.0239394;REVB=-0.0382125;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280966;STB=0.666389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0435225;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:6:15:5:6:6:15 chr16 72829630 . A G 317.77 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.016099;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8364;QD=20.5015;RBI=0.0167964;REFB=-0.0148979;REVB=-0.00478969;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337403;STB=0.511459;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0147168;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:28:29:33:33:0.532258:14:19:15:13:14:19:16:13 chr16 72831357 . CTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGT CTTGTTGTTGTTGTTGTTGT,CTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGC 98.65 PASS AF=0.321429,0.107143;AO=9,2;DP=30;FAO=9,3;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5,2;FSAR=4,1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.023944,0.032324;FXX=0.096743;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=162.939,129.997;QD=14.0935;RBI=0.0295407,0.0378484;REFB=-0.0465952,-0.0520601;REVB=0.0173013,-0.019689;RO=12;SAF=5,1;SAR=4,1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.13278,0.0855427;STB=0.535635,0.641894;STBP=0.769,0.639;TYPE=del,snp;VARB=0.0539567,0.119448;OID=.,.;OPOS=72831358,72831382;OREF=TTGTTG,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTGTTGTTGTTGTTGTTGT,CTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429,0.107143:9,2:30:9,3:28:16:5,2:4,1:8:8:60:12:5,1:4,1:5:7 chr16 72831652 . G A 117.76 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00338473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.507;QD=12.396;RBI=0.0137154;REFB=-0.00762384;REVB=0.0132912;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987965;STB=0.545389;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0158375;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:6:8:11:12:6:8:12:12 chr16 72832135 . T A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.731;QD=59.5015;RBI=0.0390202;REFB=0;REVB=0.0168367;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96149e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr16 72991660 . C G 792.44 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6474;QD=56.6029;RBI=0.0414533;REFB=0;REVB=0.0399178;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225326;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:25:28:0:0:26:30:0:0 chr16 73143401 . AC ACAGA,GA 623.98 PASS AF=0.854167,0.0625;AO=38,3;DP=48;FAO=41,3;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=32,3;FSAR=9,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0411429,0.00349885;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=137.296,132.384;QD=51.9979;RBI=0.0485453,0.00777368;REFB=-0.0353556,-0.0231504;REVB=-0.0257664,0.00694177;RO=5;SAF=29,3;SAR=9,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102292,0.698233;STB=0.563844,0.996186;STBP=0.026,0.049;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00635661,-0.0867981;OID=.,.;OPOS=73143403,73143401;OREF=-,AC;OALT=AGA,GA;OMAPALT=ACAGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:48:5:4:38,3:41,3:0.854167,0.0625:9,0:29,3:2:3:9,0:32,3:1:3 chr16 74366531 . A C 93.98 PASS AF=0.245902;AO=12;DP=58;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=0.0224721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.65;QD=6.16288;RBI=0.0230948;REFB=-0.00935797;REVB=-0.00532689;RO=44;SAF=4;SAR=8;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482449;STB=0.716176;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0189663;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:61:44:46:12:15:0.245902:8:4:33:11:8:7:35:11 chr16 74394671 . T C 57.51 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0279922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.271;QD=2.09128;RBI=0.0300707;REFB=-0.00569172;REVB=-0.0109856;RO=97;SAF=5;SAR=8;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159464;STB=0.615207;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0343652;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:110:97:97:13:13:0.118182:8:5:50:47:8:5:50:47 chr16 74425314 . G A 148.45 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=10;FWDB=-0.017167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.862;QD=6.2507;RBI=0.0888315;REFB=-0.00160674;REVB=0.0871569;RO=71;SAF=15;SAR=7;SRF=61;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29882;STB=0.681521;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00603093;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:71:73:22:22:0.231579:7:15:61:10:7:15:63:10 chr16 74425358 . G A 321.22 PASS AF=0.273256;AO=45;DP=171;FAO=47;FDP=172;FR=.;FRO=125;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=105;FSRR=20;FWDB=-0.00635051;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.224;QD=7.47027;RBI=0.0478691;REFB=0.00026302;REVB=-0.047446;RO=125;SAF=29;SAR=16;SRF=105;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299487;STB=0.660941;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00117329;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:125:125:45:47:0.273256:16:29:105:20:16:31:105:20 chr16 74425548 . A G 1271.07 PASS AF=0.712418;AO=108;DP=154;FAO=109;FDP=153;FR=.;FRO=44;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00633651;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8206;QD=33.2306;RBI=0.0502306;REFB=-0.0350282;REVB=0.0498293;RO=44;SAF=58;SAR=50;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00776906;STB=0.505368;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0123074;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:44:44:108:109:0.712418:50:58:23:21:50:59:23:21 chr16 74425569 . C T 114.32 PASS AF=0.162963;AO=21;DP=136;FAO=22;FDP=135;FR=.;FRO=113;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-0.0131367;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.167;QD=3.38717;RBI=0.0404775;REFB=-0.0136845;REVB=-0.0382865;RO=113;SAF=10;SAR=11;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918732;STB=0.540704;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0665146;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:113:113:21:22:0.162963:11:10:62:51:11:11:62:51 chr16 74425702 . GG AA 270.41 PASS AF=0.223744;AO=30;DP=202;FAO=49;FDP=219;FR=.;FRO=170;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=107;FWDB=-0.00483166;FXX=0.0135129;HRUN=2;LEN=2;MLLD=152.722;QD=4.93906;RBI=0.0060223;REFB=-0.0125781;REVB=0.00359488;RO=166;SAF=23;SAR=7;SRF=61;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485128;STB=0.622764;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.0342531;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:219:166:170:30:49:0.223744:7:23:61:105:23:26:63:107 chr16 74425732 . G T 469.87 PASS AF=0.286996;AO=62;DP=227;FAO=64;FDP=223;FR=.,HEALED;FRO=158;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=66;FSRR=92;FWDB=0.0031834;FXX=0.0176204;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.957;QD=8.42809;RBI=0.0676047;REFB=-0.031249;REVB=-0.0675297;RO=121;SAF=34;SAR=28;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225805;STB=0.591122;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.066958;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:223:121:158:62:64:0.286996:28:34:64:57:29:35:66:92 chr16 74425769 . C T 380.79 PASS AF=0.266667;AO=56;DP=211;FAO=56;FDP=210;FR=.;FRO=154;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=86;FWDB=0.0387759;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9033;QD=7.25306;RBI=0.0540653;REFB=-0.0236463;REVB=-0.037676;RO=153;SAF=31;SAR=25;SRF=67;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142279;STB=0.581614;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0759266;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:153:154:56:56:0.266667:25:31:67:86:25:31:68:86 chr16 74425787 . G T 322.31 PASS AF=0.288462;AO=45;DP=156;FAO=45;FDP=156;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.021548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.337;QD=8.26435;RBI=0.0263378;REFB=-0.0171031;REVB=-0.0151446;RO=111;SAF=23;SAR=22;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189008;STB=0.511106;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0486119;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:111:111:45:45:0.288462:22:23:55:56:22:23:55:56 chr16 74425793 . T C 376.94 PASS AF=0.317568;AO=47;DP=144;FAO=47;FDP=148;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0211346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.237;QD=10.1876;RBI=0.0373762;REFB=-0.0192468;REVB=-0.0308271;RO=95;SAF=25;SAR=22;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552786;STB=0.545331;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0505995;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:148:95:101:47:47:0.317568:22:25:46:49:22:25:47:54 chr16 74425795 . G A 342.77 PASS AF=0.314685;AO=43;DP=145;FAO=45;FDP=143;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.00904853;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2946;QD=9.5881;RBI=0.0303976;REFB=-0.0525652;REVB=-0.0290196;RO=89;SAF=23;SAR=20;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992149;STB=0.528559;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0233177;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:89:98:43:45:0.314685:20:23:40:49:22:23:46:52 chr16 74425826 . G A 168.44 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0281396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.387;QD=10.3654;RBI=0.0332473;REFB=-0.00782555;REVB=-0.0177071;RO=43;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644977;STB=0.537768;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0195648;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:9:13:23:20:9:13:23:20 chr16 74443542 . G C 205.8 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00397772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.871;QD=10.8313;RBI=0.0122624;REFB=-0.00934704;REVB=0.0115994;RO=50;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915845;STB=0.553488;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0171109;OID=.;OPOS=74443542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:18:8:19:31:18:8:19:31 chr16 74499589 . G A 176.05 PASS AF=0.247525;AO=24;DP=100;FAO=25;FDP=101;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00123136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4304;QD=6.9724;RBI=0.0369099;REFB=-0.00542571;REVB=-0.0368894;RO=76;SAF=4;SAR=20;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467937;STB=0.755147;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.016292;OID=.;OPOS=74499589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:76:76:24:25:0.247525:20:4:39:37:20:5:39:37 chr16 74537591 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0188603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.914;QD=12.8732;RBI=0.0199058;REFB=-0.00847269;REVB=-0.00636625;RO=32;SAF=14;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185027;STB=0.510742;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0150093;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:5:14:24:8:5:14:24:8 chr16 74664810 . A T 279.18 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0650312;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3794;QD=13.7867;RBI=0.0654885;REFB=-0.0291292;REVB=0.00772581;RO=47;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748478;STB=0.544158;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0370676;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:49:31:32:0.395062:18:13:23:24:18:14:25:24 chr16 74670458 . C T 225.55 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.017995;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2632;QD=26.5353;RBI=0.0627223;REFB=-0.00508028;REVB=-0.0600855;RO=13;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342186;STB=0.691163;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00689647;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:13:21:21:0.617647:16:5:9:4:16:5:9:4 chr16 74695079 . G T 521.37 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0047127;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1813;QD=19.4904;RBI=0.0230113;REFB=-0.0106395;REVB=-0.0225235;RO=53;SAF=22;SAR=32;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109619;STB=0.560594;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0139281;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:53:53:54:54:0.504673:32:22:28:25:32:22:28:25 chr16 74750405 . G A 388.98 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0204815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3448;QD=24.3114;RBI=0.0440905;REFB=-0.0320435;REVB=0.0390446;RO=23;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199124;STB=0.628576;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0247006;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:23:26:38:38:0.59375:21:17:17:6:21:17:20:6 chr16 75204946 . G A 226.94 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0368065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.466;QD=15.6508;RBI=0.0430677;REFB=-0.00396996;REVB=-0.0223631;RO=31;SAF=6;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310124;STB=0.686413;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00441899;OID=.;OPOS=75204946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:20:6:16:15:20:6:17:15 chr16 75238103 . C T 1422.29 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363817;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.963;QD=63.2131;RBI=0.0405791;REFB=0;REVB=0.0179733;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512871;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr16 75269003 . G A 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0284059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.681;QD=11.1967;RBI=0.0291896;REFB=-0.0285882;REVB=-0.00671818;RO=22;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477917;STB=0.79775;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0388763;OID=.;OPOS=75269003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:11:1:8:14:11:1:8:14 chr16 75269267 . A G 726.63 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.991;QD=56.9902;RBI=0.0191902;REFB=0;REVB=0.0107789;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115914;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr16 75269534 . C T 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0111393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.199;QD=17.3192;RBI=0.0274396;REFB=-0.0369127;REVB=0.0250769;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596367;STB=0.52378;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0429258;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:18:16:16:0.470588:6:10:11:5:6:10:12:6 chr16 75272029 . G A 267.62 PASS AF=0.581395;AO=6;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00215535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9429;QD=24.8944;RBI=0.0485707;REFB=-0.0991227;REVB=-0.0485229;RO=12;SAF=6;SAR=0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696463;STB=0.629028;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0386551;OID=.;OPOS=75272029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:12:18:6:25:0.581395:0:6:9:3:19:6:9:9 chr16 75281964 . A C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00944671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.353;QD=9.13225;RBI=0.0149543;REFB=-0.01314;REVB=0.0115927;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106085;STB=0.50648;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0249211;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:13:9:4:6:13:9 chr16 75327916 . A G 1227.22 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.766;QD=61.3608;RBI=0.0209657;REFB=0;REVB=0.0195134;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52137e-05;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr16 75481528 . G A 676.26 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00949789;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.245;QD=21.9922;RBI=0.0105156;REFB=-0.0137162;REVB=0.00451316;RO=57;SAF=33;SAR=33;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222337;STB=0.512191;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0126081;OID=.;OPOS=75481528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:57:57:66:66:0.536585:33:33:30:27:33:33:30:27 chr16 75563408 . A G 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00976761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.697;QD=14.6995;RBI=0.0350085;REFB=-0.0104603;REVB=-0.0336183;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350607;STB=0.705523;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0148786;OID=.;OPOS=75563408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:6:9:3:9:6:9 chr16 75565242 . A C 38.87 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00753512;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=250.682;QD=11.9594;RBI=0.0237726;REFB=0.0154682;REVB=0.0225468;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439131;STB=0.761136;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00916061;OID=.;OPOS=75565242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:6:1:4:2:6:1 chr16 75565284 . G A 312.64 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.285;QD=50.0218;RBI=0.0716113;REFB=0.0581086;REVB=0.0703433;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0045725;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:9:15:1:0:9:15:1:0 chr16 75565420 . A G 650.96 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0305623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.464;QD=54.2466;RBI=0.0355294;REFB=0.0132864;REVB=-0.0181187;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.547597;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000647771;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:0:4:44:44:0.916667:19:25:0:0:19:25:0:4 chr16 75574030 . C T 771.3 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.636;QD=55.0928;RBI=0.0296221;REFB=-0.155162;REVB=-0.00235856;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000521431;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:56:0:1:53:55:0.982143:29:24:0:0:29:26:0:1 chr16 75590092 . G C 529.46 PASS AF=0.467742;AO=52;DP=116;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.00322835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8444;QD=17.0795;RBI=0.0437559;REFB=-0.0559978;REVB=0.0436367;RO=64;SAF=27;SAR=25;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10531;STB=0.574366;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0890304;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:124:64:66:52:58:0.467742:25:27:40:24:31:27:40:26 chr16 75590113 . C G 571.24 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00812106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9551;QD=19.2012;RBI=0.00833242;REFB=-0.024331;REVB=0.00186483;RO=59;SAF=33;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770023;STB=0.546841;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0302511;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:59:60:59:59:0.495798:26:33:28:31:26:33:28:32 chr16 75646576 . G T 1106.09 PASS AF=0.639456;AO=93;DP=145;FAO=94;FDP=147;FR=.;FRO=53;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00126335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.376;QD=30.0976;RBI=0.0274701;REFB=-0.0164971;REVB=-0.0274411;RO=49;SAF=57;SAR=36;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680646;STB=0.54716;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00889426;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:49:53:93:94:0.639456:36:57:25:24:36:58:26:27 chr16 75646685 . G T 192.45 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0545422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5433;QD=14.8042;RBI=0.0633755;REFB=0.0104091;REVB=-0.0322739;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196388;STB=0.62488;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0168862;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:22:22:0.423077:16:6:13:16:16:6:14:16 chr16 75728368 . A G 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00116191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9261;QD=15.017;RBI=0.00971848;REFB=0.00290626;REVB=0.00964877;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147885;STB=0.589733;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00434654;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:14:16:15:24:14:16:15:25 chr16 76311602 . G GT 719.34 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8875;QD=46.4092;RBI=0.0577166;REFB=0;REVB=0.0477319;RO=3;SAF=31;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00178871;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:64:62:62:0:31:31:0:0:13:3:31:30:2:1 chr16 76486581 . A G 619.93 PASS AF=0.481752;AO=55;DP=125;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0166467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.82;QD=18.1002;RBI=0.0173561;REFB=-0.01788;REVB=-0.00491134;RO=59;SAF=28;SAR=27;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469598;STB=0.505939;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0183941;OID=.;OPOS=76486581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:137:59:71:55:66:0.481752:27:28:33:26:29:37:39:32 chr16 76532583 . A G 391.95 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0131744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.451;QD=16.8581;RBI=0.014427;REFB=-0.00609075;REVB=0.00588007;RO=46;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757952;STB=0.531218;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00688412;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:52:41:41:0.44086:22:19:25:21:22:19:27:25 chr16 76587202 . T G 761.08 PASS AF=0.503226;AO=77;DP=154;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=57;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0144787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2061;QD=19.6408;RBI=0.0316688;REFB=-0.00042763;REVB=-0.0281652;RO=77;SAF=57;SAR=20;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153992;STB=0.578095;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=9.61738e-05;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:77:77:77:78:0.503226:20:57:46:31:21:57:46:31 chr16 76587331 . T C 867.25 PASS AF=0.534161;AO=86;DP=159;FAO=86;FDP=161;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0808594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.034;QD=21.5466;RBI=0.0823356;REFB=-0.00284583;REVB=-0.0155215;RO=73;SAF=44;SAR=42;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049994;STB=0.520931;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0026396;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:73:75:86:86:0.534161:42:44:33:40:42:44:35:40 chr16 76902847 . T C 157.09 PASS AF=0.227273;AO=25;DP=110;FAO=25;FDP=110;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0321261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.915;QD=5.71243;RBI=0.0454556;REFB=-0.00243815;REVB=0.0321578;RO=84;SAF=18;SAR=7;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325718;STB=0.697305;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00641737;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:85:25:25:0.227273:7:18:39:45:7:18:40:45 chr16 76902850 . G A 159.46 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.000279338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.073;QD=5.90603;RBI=0.00178399;REFB=0.00194736;REVB=-0.00176199;RO=83;SAF=18;SAR=7;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319379;STB=0.696878;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00923789;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:83:83:25:25:0.231481:7:18:39:44:7:18:39:44 chr16 77228389 . A T 267.53 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0275756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.871;QD=13.7192;RBI=0.0353701;REFB=0.00592067;REVB=-0.0221503;RO=46;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201327;STB=0.609065;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00618772;OID=.;OPOS=77228389;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:11:20:21:25:11:20:22:25 chr16 77228629 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5229;QD=51.912;RBI=0.0193843;REFB=0;REVB=0.012876;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47578e-05;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr16 77228866 . T C 774.98 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.167736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.482;QD=53.4467;RBI=0.16878;REFB=-0.0939832;REVB=0.0187362;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.523801;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000344212;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:0:2:56:56:0.965517:36:20:0:0:36:20:2:0 chr16 77232746 . A C 232.68 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0108449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.251;QD=14.102;RBI=0.0117309;REFB=-0.00781361;REVB=-0.00447262;RO=38;SAF=21;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393629;STB=0.701462;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0179701;OID=.;OPOS=77232746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:6:21:16:22:7:21:16:22 chr16 77233338 . C T 2365.67 PASS AF=0.479208;AO=242;DP=508;FAO=242;FDP=505;FR=.;FRO=263;FSAF=107;FSAR=135;FSRF=128;FSRR=135;FWDB=0.00559527;FXX=0.00980373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.338;QD=18.738;RBI=0.0111472;REFB=-0.0147059;REVB=0.00964127;RO=259;SAF=107;SAR=135;SRF=128;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493831;STB=0.523383;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0156331;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:505:259:263:242:242:0.479208:135:107:128:131:135:107:128:135 chr16 77233394 . A G 5366.01 PASS AF=1;AO=335;DP=335;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.14;QD=63.6915;RBI=0.0803179;REFB=0;REVB=0.0361339;RO=0;SAF=131;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.36455e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89431e-05;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:335:337:0:0:335:337:1:204:131:0:0:204:133:0:0 chr16 77246218 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0370579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.243;QD=11.1041;RBI=0.0415839;REFB=-0.022504;REVB=0.0188663;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0348279;OID=.;OPOS=77246218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:8:2:1:6:8:2 chr16 77246795 . C G 197.12 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.06122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6669;QD=12.9256;RBI=0.0733414;REFB=-0.0185055;REVB=-0.0403864;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217949;STB=0.632543;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0221892;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:15:9:21:15:15:9:22:15 chr16 77316023 . T C 969.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8459;QD=58.7593;RBI=0.0740184;REFB=0;REVB=0.0707096;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239639;OID=.;OPOS=77316023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:31:33:0:0:33:33:0:0 chr16 77317591 . T C 1531.27 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973826;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.208;QD=57.7838;RBI=0.137306;REFB=-0.0309637;REVB=0.0967963;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187204;OID=.;OPOS=77317591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:106:0:0:103:106:1:50:53:0:0:53:53:0:0 chr16 77323235 . C G 1416.29 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754725;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.603;QD=62.946;RBI=0.0367886;REFB=0;REVB=-0.0360061;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296041;OID=.;OPOS=77323235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:39:51:0:0 chr16 77389956 . A G 1047.55 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305344;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.94;QD=59.8599;RBI=0.00306907;REFB=0;REVB=0.000309368;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1305e-06;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr16 77769369 . C T 3770.92 PASS AF=1;AO=238;DP=241;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644905;FXX=0.0124476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.626;QD=63.3768;RBI=0.0662837;REFB=-0.0472395;REVB=0.0153134;RO=1;SAF=98;SAR=140;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96711e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:241:238:1:0:238:238:1:140:98:1:0:140:98:0:0 chr16 77769834 . G A 349.99 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.0112478;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.568;QD=12.8435;RBI=0.0160398;REFB=-0.0146015;REVB=-0.0114351;RO=65;SAF=31;SAR=11;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136637;STB=0.571318;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0174867;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:65:67:42:42:0.385321:11:31:41:24:11:31:43:24 chr16 78013123 . C T 1280.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.546;QD=61.7166;RBI=0.0125523;REFB=0;REVB=-0.0104419;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59024e-06;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:42:40:0:0:43:40:0:0 chr16 78063000 . T C 657.71 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6537;QD=59.7921;RBI=0.0790926;REFB=-0.139978;REVB=0.0559815;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00348756;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:0:1:24:19:0:1 chr16 78063064 . G T 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.186;QD=59.0132;RBI=0.0318571;REFB=0;REVB=-0.0316239;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632436;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr16 78065139 . A G 1088.31 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000269685;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.798;QD=55.1044;RBI=0.0136616;REFB=-0.0810139;REVB=0.0136589;RO=3;SAF=52;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303724;STB=0.525858;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000329405;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:79:3:4:75:75:0.949367:23:52:1:2:23:52:1:3 chr16 78312497 . C A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.143;QD=59.6795;RBI=0.0257242;REFB=0;REVB=0.0245474;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82728e-05;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr16 78420775 . G A 286.68 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0113744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5182;QD=13.3338;RBI=0.0119174;REFB=3.72499e-05;REVB=0.00355612;RO=52;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162442;STB=0.503524;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=5.37748e-05;OID=.;OPOS=78420775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:53:33:33:0.383721:17:16:26:26:17:16:26:27 chr16 78458915 . C G 1017.21 PASS AF=0.483871;AO=104;DP=216;FAO=105;FDP=217;FR=.;FRO=112;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=0.0159272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.966;QD=18.7504;RBI=0.0179222;REFB=-0.0259104;REVB=0.00821766;RO=112;SAF=51;SAR=53;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667151;STB=0.539042;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0275392;OID=.;OPOS=78458915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:112:112:104:105:0.483871:53:51:47:65:53:52:47:65 chr16 78466437 . C G 731.58 PASS AF=0.406091;AO=80;DP=197;FAO=80;FDP=197;FR=.;FRO=117;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.00537498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.339;QD=14.8543;RBI=0.0159047;REFB=0.000518156;REVB=-0.0149689;RO=117;SAF=53;SAR=27;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156966;STB=0.588315;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.000578726;OID=.;OPOS=78466437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:117:117:80:80:0.406091:27:53:61:56:27:53:61:56 chr16 78586531 . T C 1854.19 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5827;QD=60.7932;RBI=0.0614337;REFB=0;REVB=-0.0248419;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297492;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:56:66:0:0:56:66:0:0 chr16 79245956 . C G 315.37 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=11;FWDB=-0.00342269;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.488;QD=11.7895;RBI=0.0214151;REFB=-0.00105377;REVB=-0.0211398;RO=68;SAF=29;SAR=10;SRF=57;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151149;STB=0.585393;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00241748;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:68:68:39:39:0.364486:10:29:57:11:10:29:57:11 chr16 79245961 . T C 331.91 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=12;FWDB=0.00979468;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5724;QD=11.749;RBI=0.0110534;REFB=-0.00150758;REVB=-0.00512258;RO=72;SAF=31;SAR=10;SRF=60;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126468;STB=0.571576;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00138044;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:72:41:41:0.362832:10:31:60:12:10:31:60:12 chr16 79630802 . G A 234.32 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0813233;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2541;QD=24.0326;RBI=0.0814232;REFB=-0.0237865;REVB=-0.00403155;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116966;STB=0.553143;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0138736;OID=.;OPOS=79630802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:9:13:7:9:9:13:8:9 chr16 79630983 . A G 1076.45 PASS AF=0.519417;AO=107;DP=210;FAO=107;FDP=206;FR=.;FRO=99;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0302073;FXX=0.0236956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6219;QD=20.9019;RBI=0.0619025;REFB=0.0158245;REVB=0.0540318;RO=98;SAF=59;SAR=48;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272685;STB=0.512666;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0132832;OID=.;OPOS=79630983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:206:98:99:107:107:0.519417:48:59:51:47:48:59:52:47 chr16 79633805 . TGCC T 242.79 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992493;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.542;QD=51.1127;RBI=0.110178;REFB=0;REVB=0.0478421;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000616718;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:20:19:19:0:4:15:0:0:4:0:4:13:0:0 chr16 79634579 . A C 549.62 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0412085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1479;QD=23.8964;RBI=0.0463865;REFB=0.0046975;REVB=0.0212971;RO=41;SAF=33;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234072;STB=0.516123;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00242774;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:50:51:0.554348:17:33:26:15:17:34:26:15 chr16 80718879 . A G 437.06 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0428158;FXX=0.0363603;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.393;QD=16.4927;RBI=0.0434972;REFB=-0.00629182;REVB=0.00766883;RO=56;SAF=29;SAR=19;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170155;STB=0.604123;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00837856;OID=.;OPOS=80718879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:106:56:58:48:48:0.45283:19:29:24:32:19:29:24:34 chr16 81050965 . A T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.172;QD=58.7809;RBI=0.0194972;REFB=0;REVB=-0.0112037;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08041e-06;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:19:46:0:0:19:46:0:0 chr16 81061827 . G A 1543.15 PASS AF=0.955357;AO=108;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0206434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.766;QD=55.1124;RBI=0.0275586;REFB=-0.0714574;REVB=0.0182573;RO=3;SAF=56;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950428;STB=0.505516;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0103976;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:112:112:3:5:108:107:0.955357:52:56:1:2:51:56:2:3 chr16 81062171 . C T 829.85 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.511;QD=57.2311;RBI=0.0278535;REFB=0;REVB=0.0276563;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53584e-05;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:25:33:0:0 chr16 81077915 . T C 289.71 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.728;QD=52.6753;RBI=0.112213;REFB=0;REVB=0.0112336;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967277;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:16:6:0:0 chr16 81095363 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.623;QD=48.7371;RBI=0.0454849;REFB=0;REVB=-0.0413884;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230607;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr16 81142257 . T C 725.87 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9135;QD=56.9306;RBI=0.0749773;REFB=0;REVB=0.0219276;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471906;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:30:17:0:0:31:20:0:0 chr16 81145807 . C G 531.02 PASS AF=0.417266;AO=57;DP=138;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00601198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0262;QD=15.2812;RBI=0.0100333;REFB=0.0106516;REVB=0.00803261;RO=77;SAF=44;SAR=13;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38042;STB=0.712452;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0154709;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:77:81:57:58:0.417266:13:44:33:44:13:45:36:45 chr16 81151122 . A C 1043.86 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4956;QD=59.649;RBI=0.0212732;REFB=0;REVB=0.0158349;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19321e-05;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr16 81157324 . G A 720.89 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00692366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2183;QD=49.7162;RBI=0.0521292;REFB=-0.134627;REVB=-0.0516674;RO=4;SAF=19;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145494;STB=0.507733;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0164248;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:4:4:54:54:0.931034:35:19:1:3:35:19:1:3 chr16 81157385 . G T 785.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4737;QD=64.1418;RBI=0.0748467;REFB=0;REVB=0.0747574;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757337;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 129.35 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=41;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.00123775;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=22;MLLD=357.511;QD=13.6152;RBI=0.00997302;REFB=-0.0133651;REVB=0.00989591;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092227;STB=0.576829;STBP=0.537;TYPE=ins;VARB=0.0151541;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:13:41:15:38:23:11:4:19:4:99:23:10:3:19:4 chr16 81161552 . C T 276.65 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451763;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.809;QD=52.6959;RBI=0.0459917;REFB=0;REVB=0.00862173;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465742;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr16 81161569 . T G 243.58 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312026;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.572;QD=51.2801;RBI=0.0668765;REFB=0;REVB=-0.0591512;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000555379;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr16 81161571 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0779;QD=51.1829;RBI=0.0269457;REFB=0;REVB=0.0257327;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741203;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr16 81161578 . G A 178.22 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0183914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.017;QD=39.605;RBI=0.0436047;REFB=-0.17052;REVB=0.0395363;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151283;STB=0.583225;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00752539;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:0:2:5:11:0:2 chr16 81161608 . T C 301.38 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.588;QD=52.4144;RBI=0.0408067;REFB=0;REVB=-0.00368433;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737253;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:12:9:0:0:12:11:0:0 chr16 81173136 . T C 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4755;QD=58.7751;RBI=0.0780773;REFB=0;REVB=-0.0718965;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000692309;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr16 81174978 . A G 703.95 PASS AF=0.480519;AO=72;DP=153;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.0163878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.19;QD=18.2843;RBI=0.0170765;REFB=-0.0217434;REVB=0.00480059;RO=78;SAF=33;SAR=39;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170599;STB=0.604797;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0178735;OID=.;OPOS=81174978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:78:80:72:74:0.480519:39:33:50:28:41:33:52:28 chr16 81174992 . G T 681.91 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.00863726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.068;QD=17.3734;RBI=0.0147502;REFB=-0.0153698;REVB=0.0119569;RO=84;SAF=29;SAR=44;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223693;STB=0.623864;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0153252;OID=.;OPOS=81174992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:84:84:73:73:0.464968:44:29:53:31:44:29:53:31 chr16 81174999 . A G 740.67 PASS AF=0.490566;AO=72;DP=163;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0122154;FXX=0.0591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.061;QD=18.6331;RBI=0.0123088;REFB=-0.0217711;REVB=0.0015127;RO=91;SAF=29;SAR=43;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158503;STB=0.617499;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0290652;OID=.;OPOS=81174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:159:91:81:72:78:0.490566:43:29:51:40:47:31:51:30 chr16 81181097 . G T 124.13 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.023625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.957;QD=9.93053;RBI=0.0357466;REFB=-0.00848592;REVB=-0.0268268;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830793;STB=0.540928;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0368047;OID=.;OPOS=81181097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:6:9:18:16:6:9:19:16 chr16 81183325 . T A 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00252913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.152;QD=16.8917;RBI=0.00534228;REFB=-0.00148094;REVB=-0.00470568;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928927;STB=0.549973;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00226226;OID=.;OPOS=81183325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:45:37:37:0.45122:19:18:24:17:19:18:26:19 chr16 81185416 . A G 818.74 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0810625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9943;QD=54.5829;RBI=0.0912174;REFB=-0.0919164;REVB=0.0418268;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00301017;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:0:1:57:59:0.983333:29:28:0:0:31:28:0:1 chr16 81187634 . GG CT 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0031633;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=196.569;QD=13.486;RBI=0.045384;REFB=-0.00141629;REVB=0.0452736;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176743;STB=0.604168;STBP=0.424;TYPE=mnp;VARB=0.00226773;OID=.;OPOS=81187634;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:7:4:5:4:7:4 chr16 81187709 . T A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00176142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2212;QD=10.8227;RBI=0.042711;REFB=0.0202736;REVB=0.0426747;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938032;STB=0.517213;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0340766;OID=.;OPOS=81187709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:21:23:12:12:0.342857:5:7:14:7:5:7:14:9 chr16 81190601 . T C 1062.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.004;QD=59.8362;RBI=0.0362397;REFB=0;REVB=0.034472;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61426e-05;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr16 81190613 . A G 1063.53 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9408;QD=58.2755;RBI=0.083656;REFB=0.012709;REVB=0.081991;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000578953;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:1:1:70:72:0.986301:37:33:1:0:39:33:1:0 chr16 81194382 . T C 397.27 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00540448;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.322;QD=12.6117;RBI=0.0122127;REFB=-0.00161267;REVB=-0.0109517;RO=77;SAF=19;SAR=28;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098887;STB=0.556903;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00316184;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:77:79:47:47:0.373016:28:19:38:39:28:19:39:40 chr16 81198306 . C A 343.78 PASS AF=0.546875;AO=30;DP=60;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0515852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.875;QD=21.4864;RBI=0.0540125;REFB=-0.0223114;REVB=-0.0160098;RO=29;SAF=25;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359596;STB=0.716835;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0381454;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:29:29:30:35:0.546875:5:25:15:14:5:30:15:14 chr16 81199520 . T C 432.79 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708832;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2084;QD=57.7058;RBI=0.071103;REFB=0;REVB=0.0055863;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156798;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr16 81199538 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4804;QD=55.655;RBI=0.0325676;REFB=0;REVB=0.0245184;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848428;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 81199544 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.356;QD=52.6124;RBI=0.0760174;REFB=0;REVB=0.0571272;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765839;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr16 81199554 . CA TG 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147748;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.657;QD=49.5992;RBI=0.14869;REFB=0;REVB=-0.0167115;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00123352;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr16 81208175 . C T 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0281083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.084;QD=22.4803;RBI=0.0290792;REFB=-0.0203603;REVB=-0.0074513;RO=31;SAF=25;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243495;STB=0.513421;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0167725;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:14:25:19:12:14:25:19:12 chr16 81208515 . G A 179.95 PASS AF=0.540541;AO=17;DP=34;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0225438;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.075;QD=19.4543;RBI=0.02347;REFB=-0.01565;REVB=0.006528;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183655;STB=0.563279;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0172577;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:16:17:17:20:0.540541:11:6:9:7:11:9:10:7 chr16 81209207 . T C 63.31 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0296588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.436;QD=8.7328;RBI=0.0437449;REFB=-0.00926153;REVB=-0.0321555;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27891;STB=0.677087;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0101705;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:4:5:15:4:4:5:16:4 chr16 81213378 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.338;QD=57.6803;RBI=0.0532662;REFB=0;REVB=0.0502311;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113197;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr16 81224271 . C G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0446498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3168;QD=16.941;RBI=0.0751661;REFB=-0.0198484;REVB=0.0604676;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138984;STB=0.579127;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0114206;OID=.;OPOS=81224271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:16:8:9:10:16:8 chr16 81232275 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.484;QD=49.5991;RBI=0.043514;REFB=0;REVB=0.0426907;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292616;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr16 81232564 . T G 2570.27 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00538746;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5016;QD=60.477;RBI=0.0214509;REFB=-0.00171483;REVB=-0.0207634;RO=1;SAF=75;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630338;STB=0.506578;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-8.36499e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:170:1:2:168:168:0.988235:93:75:1:0:93:75:2:0 chr16 81241098 . C T 1171.56 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.334;QD=60.86;RBI=0.0184527;REFB=0;REVB=0.0167318;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61283e-05;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr16 81241100 . G C 1176.34 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00496796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.476;QD=59.5615;RBI=0.028809;REFB=-0.0240635;REVB=0.0283775;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-1.96281e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:45:33:0:0:45:33:0:1 chr16 81242102 . G A 627.67 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00912656;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.93;QD=58.3875;RBI=0.0408938;REFB=-0.0656705;REVB=-0.0398624;RO=1;SAF=36;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128602;STB=0.506846;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00133849;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:5:36:1:0:6:36:1:0 chr16 81242194 . T C 731.04 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.523;QD=56.2338;RBI=0.0509322;REFB=0;REVB=0.0328578;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106024;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:15:34:0:0:17:35:0:0 chr16 81248716 . C T 878.52 PASS AF=0.475936;AO=89;DP=186;FAO=89;FDP=187;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.00267156;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1092;QD=18.7919;RBI=0.0292988;REFB=-0.00577532;REVB=-0.0291768;RO=93;SAF=48;SAR=41;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110916;STB=0.568406;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00603563;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:93:98:89:89:0.475936:41:48:39:54:41:48:40:58 chr16 81248745 . A G 824.74 PASS AF=0.494118;AO=82;DP=169;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0407458;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.452;QD=19.4055;RBI=0.0410135;REFB=-0.0329905;REVB=-0.00467891;RO=83;SAF=35;SAR=47;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105787;STB=0.553704;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0333419;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:83:86:82:84:0.494118:47:35:45:38:47:37:47:39 chr16 81249954 . T A 521.58 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00527836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.898;QD=23.4418;RBI=0.0052786;REFB=-0.0362005;REVB=-5.1067e-05;RO=40;SAF=27;SAR=22;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125213;STB=0.568582;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0293782;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:22:27:28:12:22:27:28:12 chr16 81253745 . C G 454.92 PASS AF=0.46789;AO=47;DP=106;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00923143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.802;QD=16.6942;RBI=0.0110071;REFB=-0.0250255;REVB=-0.00599468;RO=56;SAF=26;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121002;STB=0.592636;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0290561;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:56:58:47:51:0.46789:21:26:24:32:21:30:24:34 chr16 81253759 . A G 468.44 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.000993338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8492;QD=18.0168;RBI=0.0043927;REFB=-0.0197384;REVB=-0.00427892;RO=54;SAF=29;SAR=21;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144042;STB=0.579968;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0164094;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:21:29:23:31:21:29:23:31 chr16 81253917 . A G 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00903451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.678;QD=11.6171;RBI=0.0109087;REFB=-0.00688116;REVB=-0.00611373;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183754;STB=0.510718;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0182459;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:12:7:12:22:12:7:12:22 chr16 81314496 . C T 339.07 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0049127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3152;QD=17.8457;RBI=0.0123985;REFB=-0.0220041;REVB=-0.0113837;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132434;STB=0.521897;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0203821;OID=.;OPOS=81314496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:35:36:0.473684:13:22:24:15:13:23:24:16 chr16 81497952 . A G 276.65 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0026083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.058;QD=16.0377;RBI=0.00469341;REFB=-0.0104616;REVB=0.0039019;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00696865;STB=0.512233;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0126729;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:14:16:20:18:14:17:20:18 chr16 81679151 . A G 965.43 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.283;QD=58.511;RBI=0.0340398;REFB=0;REVB=-0.00822862;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54554e-05;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:33:33:0:0 chr16 81819676 . A T 477.61 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.00911971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9906;QD=15.4068;RBI=0.00916436;REFB=0.0057757;REVB=-0.000903585;RO=71;SAF=19;SAR=34;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252309;STB=0.641456;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00663894;OID=.;OPOS=81819676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:71:53:53:0.427419:34:19:43:28:34:19:43:28 chr16 81819768 . T C 288.81 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.593;QD=16.2707;RBI=0.0172835;REFB=-0.0215471;REVB=-0.00405987;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.549265;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0299204;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:16:15:23:16:16:16:23:16 chr16 81892708 . T A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00330083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.572;QD=17.7321;RBI=0.00838238;REFB=-0.0282518;REVB=-0.00770511;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08752;STB=0.56693;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0273411;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:6:11:10:8:6:11:10:9 chr16 81902079 . T C 650.95 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0261;QD=61.9954;RBI=0.0460214;REFB=0;REVB=-0.0127414;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242172;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr16 81902139 . G C 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1533;QD=57.1019;RBI=0.0629479;REFB=0;REVB=0.0395518;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949559;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr16 81929488 . C T 2601.11 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=173;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312845;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.584;QD=60.8447;RBI=0.0320909;REFB=-0.141303;REVB=0.00714881;RO=2;SAF=102;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923981;STB=0.502415;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000390786;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:173:171:2:1:168:170:0.994152:66:102:2:0:67:103:1:0 chr16 81941319 . C T 508.58 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.404;QD=56.5086;RBI=0.0338643;REFB=-0.150152;REVB=0.0303549;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00106446;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:18:17:0:0:18:17:0:1 chr16 81971403 . T C 62.73 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0170597;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.196;QD=6.96948;RBI=0.0225341;REFB=-0.0109928;REVB=-0.0147226;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523057;STB=0.850193;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0571782;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:36:22:27:9:9:0.25:8:1:11:11:8:1:14:13 chr16 82487990 . C G 635.17 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.013247;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.43;QD=21.3504;RBI=0.077329;REFB=-0.0102948;REVB=-0.0761859;RO=55;SAF=50;SAR=13;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178765;STB=0.596065;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00649962;OID=.;OPOS=82487990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:56:63:63:0.529412:13:50:35:20:13:50:36:20 chr16 82673047 . C T 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00202516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.843;QD=62.0197;RBI=0.0373366;REFB=-0.00994312;REVB=0.0372816;RO=1;SAF=45;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104194;STB=0.505493;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=4.41271e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:48:45:1:0:48:45:1:0 chr16 82902965 . TC CT,T 36.41 PASS AF=0,0.411765;AO=4,2;DP=15;FAO=0,7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.130925,0.0061661;FXX=0;HRUN=14,1;LEN=2,1;MLLD=40.7702,202.367;QD=8.56648;RBI=0.131056,0.00622377;REFB=0.0107574,-0.00577706;REVB=0.00585832,-0.000845315;RO=9;SAF=0,0;SAR=4,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.711769,-0.602534;STB=0.5,0.806717;STBP=1,0.08;TYPE=mnp,del;VARB=0.0188485,0.0102815;OID=.,.;OPOS=82902965,82902966;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:15:17:9:10:4,2:0,7:0,0.411765:4,2:0,0:5:4:0,6:0,1:6:4 chr16 82903030 . A C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0493296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5362;QD=8.24615;RBI=0.0493947;REFB=-0.0196471;REVB=-0.00253343;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611001;STB=0.538348;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0460899;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:5:10:5:2:5:10 chr16 83065664 . G A 888.79 PASS AF=0.57047;AO=84;DP=151;FAO=85;FDP=149;FR=.;FRO=64;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.00922637;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.241;QD=23.8601;RBI=0.0254718;REFB=-0.0214574;REVB=0.0237421;RO=66;SAF=53;SAR=31;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008414;STB=0.515076;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0205765;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:66:64:84:85:0.57047:31:53:41:25:32:53:42:22 chr16 83817019 . A G 156.38 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0151678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.571;QD=16.0384;RBI=0.0152421;REFB=-0.00479602;REVB=0.00150314;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217118;STB=0.658497;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00574765;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:16:17:0.435897:6:10:8:12:6:11:8:14 chr16 83983071 . C T 224.04 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00427894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.951;QD=19.4818;RBI=0.00825069;REFB=-0.0385425;REVB=-0.00705441;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237076;STB=0.632544;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0486289;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:5:19:12:10:5:19 chr16 83984776 . A C 388.74 PASS AF=0.493827;AO=41;DP=85;FAO=40;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=39;FWDB=-0.060418;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9692;QD=19.1968;RBI=0.100253;REFB=-0.113114;REVB=-0.0800021;RO=34;SAF=10;SAR=31;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194861;STB=0.657082;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.052892;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:81:34:41:41:40:0.493827:31:10:3:31:30:10:2:39 chr16 83984844 . A C 335.73 PASS AF=0.384615;AO=39;DP=102;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0181444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.359;QD=12.9129;RBI=0.0200747;REFB=-0.0124968;REVB=-0.00858919;RO=63;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597772;STB=0.531235;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0175398;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:63:64:39:40:0.384615:24:15:21:42:25:15:21:43 chr16 83984850 . C G 342.4 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00764329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.609;QD=13.6958;RBI=0.0081389;REFB=-0.0128057;REVB=0.00279674;RO=62;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648694;STB=0.536894;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0188867;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:23:15:21:41:23:15:21:41 chr16 83999000 . C G 221.94 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00100361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.984;QD=25.3649;RBI=0.0083891;REFB=-0.00600231;REVB=-0.00832885;RO=12;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20658;STB=0.625278;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0029603;OID=.;OPOS=83999000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:14:21:21:0.6:16:5:6:6:16:5:7:7 chr16 83999033 . A G 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0370138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.712;QD=20.7691;RBI=0.041923;REFB=-0.01719;REVB=-0.0196856;RO=23;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270327;STB=0.642967;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0122312;OID=.;OPOS=83999033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:19:8:14:9:19:8:14:10 chr16 84012104 . T C 309.15 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.030019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.442;QD=13.5888;RBI=0.0371278;REFB=-0.00524436;REVB=-0.0218478;RO=56;SAF=19;SAR=16;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110158;STB=0.562625;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00904765;OID=.;OPOS=84012104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:16:19:36:20:16:19:36:20 chr16 84014482 . C G 228.87 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0184247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.712;QD=16.0613;RBI=0.0236693;REFB=-0.0119921;REVB=-0.0148583;RO=31;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987766;STB=0.556053;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.014732;OID=.;OPOS=84014482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:7:19:20:11:7:19:20:11 chr16 84035446 . C G 1014.4 PASS AF=0.605442;AO=89;DP=147;FAO=89;FDP=147;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0106242;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.81;QD=27.6027;RBI=0.0108426;REFB=-0.00562162;REVB=-0.00216548;RO=54;SAF=51;SAR=38;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038624;STB=0.536004;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00439591;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:54:58:89:89:0.605442:38:51:28:26:38:51:28:30 chr16 84067004 . C T 213.35 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00257137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.563;QD=19.3958;RBI=0.0223712;REFB=-0.0171898;REVB=0.0222229;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281394;STB=0.648489;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.014694;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:22:19:20:0.454545:14:5:11:9:15:5:11:11 chr16 84070500 . C G 800.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.435;QD=64.0532;RBI=0.103247;REFB=0;REVB=-0.0811858;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77768e-05;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr16 84100173 . C T 919.06 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.327;QD=58.3528;RBI=0.0202932;REFB=0;REVB=-0.0117047;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64781e-06;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr16 84115483 . G A 2163.5 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349016;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.1;QD=63.1679;RBI=0.0350251;REFB=0;REVB=0.00293906;RO=0;SAF=73;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14252e-05;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:63:73:0:0:63:74:0:0 chr16 84208256 . G A 486.89 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00439199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.027;QD=16.6459;RBI=0.0370148;REFB=-0.0265878;REVB=0.0367533;RO=63;SAF=23;SAR=30;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133667;STB=0.570205;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0287572;OID=.;OPOS=84208256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:63:64:53:53:0.452991:30:23:36:27:30:23:36:28 chr16 84217062 . C T 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.697;QD=62.6626;RBI=0.0376484;REFB=0;REVB=-0.00180718;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53718e-05;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr16 84228199 . G T 725.32 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353278;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.02;QD=54.741;RBI=0.0557529;REFB=-0.112814;REVB=0.0431316;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.512816;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000552904;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:51:52:0.981132:19:32:0:0:19:33:0:1 chr16 84228237 . A C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.998;QD=56.7036;RBI=0.0193738;REFB=0;REVB=0.01179;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133496;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 84228770 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.524;QD=62.9829;RBI=0.0378958;REFB=0;REVB=0.0377224;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30152e-05;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr16 84229559 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.357;QD=56.7048;RBI=0.0629123;REFB=0;REVB=0.0374467;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169745;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 84230376 . T C 306.27 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.927;QD=53.2643;RBI=0.025062;REFB=0;REVB=-0.0196476;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77837e-05;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:20:2:0:0:21:2:0:0 chr16 84230500 . A C 2089.74 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.625;QD=62.3804;RBI=0.00872903;REFB=0;REVB=0.00820744;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67649e-06;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:132:134:1:74:58:0:0:74:60:0:0 chr16 84360533 . A G 152.71 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0456308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.728;QD=13.5746;RBI=0.0456407;REFB=-0.0313817;REVB=-0.000954656;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178843;STB=0.615861;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0521119;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:14:13:11:6:15:13 chr16 84402275 . G C 389.65 PASS AF=0.322785;AO=24;DP=154;FAO=51;FDP=158;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=20;FWDB=-0.0124754;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.164;QD=9.86455;RBI=0.0307664;REFB=-0.0137716;REVB=-0.0281236;RO=71;SAF=17;SAR=7;SRF=59;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206741;STB=0.511975;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0270695;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:158:71:107:24:51:0.322785:7:17:59:12:9:42:87:20 chr16 84438505 . C T 262.01 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00686176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.752;QD=25.5617;RBI=0.0814387;REFB=0.0135483;REVB=-0.0811491;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125279;STB=0.569302;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0107755;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:5:12:13:11:5:12 chr16 84438512 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1356;QD=62.3501;RBI=0.0422723;REFB=0;REVB=-0.0377809;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147295;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr16 84444349 . A C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.933;QD=59.3227;RBI=0.0223242;REFB=0;REVB=0.0212917;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72004e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr16 84476200 . A T 198.34 PASS AF=0.612903;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00517647;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.838;QD=25.5928;RBI=0.00839144;REFB=-0.0172827;REVB=0.00660458;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167584;STB=0.577693;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0104616;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:31:12:12:17:19:0.612903:12:5:6:6:13:6:6:6 chr16 84485573 . C A 1088.75 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2219;QD=59.6573;RBI=0.13072;REFB=0;REVB=0.127589;RO=1;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078822;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:1:0:70:73:1:24:46:0:1:26:47:0:0 chr16 84493144 . C G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.147;QD=56.9383;RBI=0.0225787;REFB=0;REVB=0.0222977;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4662e-05;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr16 84494020 . G T 638.53 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00939099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.742;QD=59.3981;RBI=0.0257438;REFB=-0.0644578;REVB=-0.0239698;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000298466;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:1:0:26:16:1:0 chr16 84494275 . C T 351.44 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00646969;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.087;QD=18.0226;RBI=0.011526;REFB=-0.0172684;REVB=0.00953893;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139329;STB=0.5721;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0147639;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:14:23:19:21:14:23:20:21 chr16 84494362 . C G 283.57 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0487255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9871;QD=19.8997;RBI=0.0621729;REFB=0.00233888;REVB=-0.0386172;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164353;STB=0.591555;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00178393;OID=.;OPOS=84494362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:15:12:19:11:15:12 chr16 84516309 . G A 1292.92 PASS AF=1;AO=71;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8147;QD=60.8433;RBI=0.0769904;REFB=0;REVB=0.00371426;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530598;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:71:85:1:37:34:0:0:36:49:0:0 chr16 84520325 . T C 158.46 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.99;QD=45.2745;RBI=0.0629128;REFB=0;REVB=0.0509929;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001072;OID=.;OPOS=84520325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr16 84520396 . A G 770.0 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868328;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.368;QD=64.167;RBI=0.0468766;REFB=0;REVB=-0.0460653;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116108;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr16 84520537 . T C 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.418;QD=64.2839;RBI=0.0222702;REFB=0;REVB=-0.00476485;RO=0;SAF=64;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47834e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:36:64:0:0:36:64:0:0 chr16 84522897 . G C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8678;QD=62.3494;RBI=0.021858;REFB=0;REVB=0.00783446;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033647;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr16 84778685 . A G 109.48 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0344967;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.757;QD=13.2698;RBI=0.0348186;REFB=-0.00852774;REVB=0.00472349;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257812;STB=0.651933;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.016299;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:9:11:4:9:9:11 chr16 84778762 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0452279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.419;QD=22.5805;RBI=0.0706434;REFB=0.0174938;REVB=0.0542672;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.538396;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0163951;OID=.;OPOS=84778762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:3:4:8:4:3:4 chr16 84796603 . A G 247.92 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0267686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2019;QD=16.2569;RBI=0.0269839;REFB=-0.0199679;REVB=0.00340174;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313006;STB=0.517649;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0235327;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:11:17:19:14:11:17:19:14 chr16 84879464 . A G 815.66 PASS AF=0.482955;AO=83;DP=174;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0409672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.595;QD=18.5377;RBI=0.042267;REFB=-0.0209484;REVB=-0.0104013;RO=91;SAF=40;SAR=43;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926883;STB=0.550767;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0218534;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:91:91:83:85:0.482955:43:40:35:56:44:41:35:56 chr16 84883102 . C T 808.58 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0668073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.899;QD=53.9053;RBI=0.0672674;REFB=-0.0112749;REVB=-0.00785449;RO=2;SAF=22;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803624;STB=0.504262;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000467966;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:36:22:1:1:36:22:1:1 chr16 84906098 . C G 3037.66 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.815;QD=63.6159;RBI=0.00519049;REFB=0;REVB=-0.00491165;RO=0;SAF=108;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23826e-06;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:191:0:0:190:191:1:82:108:0:0:82:109:0:0 chr16 84922859 . C T 975.94 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407207;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.153;QD=59.1477;RBI=0.0562771;REFB=0;REVB=0.038845;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252638;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr16 84942638 . T G 283.54 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0218219;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.697;QD=22.6835;RBI=0.0282512;REFB=-0.0181639;REVB=0.0179426;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142941;STB=0.56582;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0121303;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:18:9:11:11:18:10:11:11 chr16 85009463 . T C 218.39 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00562597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.053;QD=15.5994;RBI=0.0119791;REFB=-0.0222032;REVB=0.0105758;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205188;STB=0.511619;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0164525;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:13:18:14:11:13:18 chr16 85009970 . A G 442.97 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0021127;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.21;QD=19.6874;RBI=0.00216606;REFB=0.00522474;REVB=0.000477849;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162856;STB=0.590023;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00782024;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:46:44:44:0.488889:20:24:33:13:20:24:33:13 chr16 85010734 . GCC GC,GCA 37.2 PASS AF=0.175439,0.0350877;AO=16,3;DP=57;FAO=10,2;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=8,0;FSAR=2,2;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0819376,-0.0381493;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.4782,27.2862;QD=2.61073;RBI=0.216637,0.0889115;REFB=-0.0631379,-0.0338844;REVB=-0.200544,-0.0803111;RO=37;SAF=8,1;SAR=8,2;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.110338,-0.254384;STB=0.755361,0.994939;STBP=0.097,0.183;TYPE=del,snp;VARB=0.103743,0.106846;OID=.,.;OPOS=85010735,85010736;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GC,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175439,0.0350877:16,3:57:10,2:57:45:8,0:2,2:23:22:36:37:8,1:8,2:22:15 chr16 85015541 . G A 524.83 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0271833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.573;QD=24.1299;RBI=0.0303615;REFB=-0.0228926;REVB=-0.0135238;RO=37;SAF=26;SAR=23;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119073;STB=0.570466;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0169933;OID=.;OPOS=85015541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:37:38:49:49:0.563218:23:26:14:23:23:26:14:24 chr16 85112002 . T G 380.93 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0426009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4939;QD=14.3748;RBI=0.0540884;REFB=-0.00461244;REVB=-0.0333274;RO=61;SAF=13;SAR=31;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184287;STB=0.610069;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00626651;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:62:44:44:0.415094:31:13:28:33:31:13:29:33 chr16 85705880 . C T 502.44 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0229107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.64;QD=24.812;RBI=0.0315229;REFB=0.0141334;REVB=0.0216517;RO=34;SAF=26;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410201;STB=0.522465;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0142769;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:21:26:17:17:21:26:17:17 chr16 85705901 . G A 540.28 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0179769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.696;QD=22.0522;RBI=0.018858;REFB=-0.00371678;REVB=-0.00569707;RO=47;SAF=24;SAR=27;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769015;STB=0.542356;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00305422;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:27:24:18:29:27:24:18:29 chr16 85706047 . A C 294.78 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0290505;FXX=0.03571;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.2198;QD=14.5571;RBI=0.0327181;REFB=-0.00716526;REVB=-0.0150514;RO=47;SAF=6;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380585;STB=0.725654;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0209414;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:47:48:33:33:0.407407:27:6:23:24:27:6:24:24 chr16 85707289 . C G 203.51 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00959742;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.972;QD=14.2811;RBI=0.0185453;REFB=-0.0043989;REVB=0.0158688;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176723;STB=0.608606;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00590592;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:14:10:19:13:14:10:20:13 chr16 85813231 . A C 382.98 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00706202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0693;QD=22.8643;RBI=0.064711;REFB=0.0153379;REVB=0.0643245;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000721205;STB=0.500397;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0106257;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:17:21:16:13:17:21:16:13 chr16 85814899 . T TAGTC 489.57 PASS AF=0.770833;AO=35;DP=49;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00568595;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=261.527;QD=40.7972;RBI=0.00599781;REFB=-0.0314656;REVB=0.00190883;RO=11;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176081;STB=0.591119;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.00624576;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.770833:35:49:37:48:11:19:18:10:1:79:11:18:17:10:1 chr16 85834818 . G A 647.97 PASS AF=0.5;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0096541;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.946;QD=19.9376;RBI=0.00979519;REFB=-0.0131856;REVB=-0.00165655;RO=64;SAF=32;SAR=33;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14751;STB=0.58439;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00910096;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:64:65:65:65:0.5:33:32:42:22:33:32:43:22 chr16 85838653 . T C 1861.84 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00772926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.009;QD=60.5475;RBI=0.03841;REFB=0.0219963;REVB=0.0376243;RO=1;SAF=66;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714392;STB=0.503759;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00019507;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:56:66:1:0:56:66:1:0 chr16 85839211 . G C 356.08 PASS AF=0.4;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.010696;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.995;QD=13.5649;RBI=0.019484;REFB=-0.0128913;REVB=-0.0162856;RO=60;SAF=26;SAR=16;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745811;STB=0.549272;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0196462;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:60:63:42:42:0.4:16:26:33:27:16:26:34:29 chr16 86069722 . A G 631.34 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9614;QD=61.5941;RBI=0.0725499;REFB=0;REVB=-0.0620431;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100159;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr16 86069738 . C G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.285;QD=62.3487;RBI=0.0196058;REFB=0;REVB=0.00518705;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111009;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr16 86069788 . GT TG 600.18 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037741;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.18;QD=60.0175;RBI=0.0382355;REFB=0;REVB=0.00612974;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0012977;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:38:40:1:17:21:0:0:19:21:0:0 chr16 86069827 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.507;QD=57.1062;RBI=0.0137793;REFB=0;REVB=0.0135852;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14165e-05;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr16 86546789 . A G 930.4 PASS AF=0.575342;AO=84;DP=146;FAO=84;FDP=146;FR=.;FRO=62;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0102087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.877;QD=25.4903;RBI=0.0437426;REFB=0.00634383;REVB=-0.0425346;RO=61;SAF=55;SAR=29;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541642;STB=0.534067;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00357218;OID=.;OPOS=86546789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:61:62:84:84:0.575342:29:55:36:25:29:55:36:26 chr16 86547496 . C T 240.5 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=89;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0242753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9657;QD=10.6888;RBI=0.0244279;REFB=0.0118055;REVB=-0.00272642;RO=60;SAF=18;SAR=11;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451646;STB=0.535187;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0211994;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:60:60:29:30:0.333333:11:18:35:25:11:19:35:25 chr16 86564671 . G T 140.74 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0342791;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6442;QD=9.38267;RBI=0.0779609;REFB=-0.000642671;REVB=-0.0700203;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119383;STB=0.562544;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0051401;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:41:19:19:0.316667:8:11:19:21:8:11:20:21 chr16 86565826 . C G 955.47 PASS AF=0.932432;AO=68;DP=73;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00631013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.3804;QD=51.6468;RBI=0.00632348;REFB=-0.155802;REVB=-0.000410731;RO=4;SAF=48;SAR=20;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377745;STB=0.524265;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00317044;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:73:74:4:5:68:69:0.932432:20:48:4:0:20:49:5:0 chr16 86566039 . C T 254.93 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0198473;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.843;QD=15.2194;RBI=0.0198768;REFB=-0.00329938;REVB=0.00108192;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046196;STB=0.519481;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00502296;OID=.;OPOS=86566039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:17:12:17:20:17:12:17:21 chr16 86566042 . G A 281.68 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00514898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.791;QD=17.0713;RBI=0.0138273;REFB=-0.00753197;REVB=0.0128329;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363895;STB=0.520425;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0147865;OID=.;OPOS=86566042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:18:13:16:19:18:13:16:19 chr16 86574818 . C G 128.12 PASS AF=0.56;AO=11;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00828147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.328;QD=20.4996;RBI=0.015794;REFB=0.0011011;REVB=0.0134487;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593282;STB=0.55165;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.000687221;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:25:8:11:11:14:0.56:5:6:5:3:8:6:6:5 chr16 86575737 . C T 207.54 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0044845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3819;QD=17.6633;RBI=0.0228543;REFB=-0.0250364;REVB=-0.02241;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986659;STB=0.505613;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0311726;OID=.;OPOS=86575737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:5:16:20:6:5:16:20:6 chr16 86614583 . C T 54.68 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00472259;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.344;QD=12.1518;RBI=0.0397391;REFB=0.0128568;REVB=-0.0394575;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298237;STB=0.728476;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0100326;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:17:18:9:10:8:8:0.444444:1:7:6:3:1:7:6:4 chr16 87350773 . C A 1065.24 PASS AF=0.83871;AO=78;DP=93;FAO=78;FDP=93;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0233483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.649;QD=45.8169;RBI=0.0398851;REFB=-0.0740208;REVB=0.032337;RO=8;SAF=21;SAR=57;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762054;STB=0.598827;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00904314;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:93:93:8:15:78:78:0.83871:57:21:5:3:57:21:12:3 chr16 87417621 . G A 1700.56 PASS AF=0.974576;AO=113;DP=117;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00366781;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.754;QD=57.6462;RBI=0.00901347;REFB=-0.157298;REVB=0.00823346;RO=2;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160896;STB=0.512395;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000575978;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:118:2:3:113:115:0.974576:58:55:0:2:59:56:0:3 chr16 87436720 . G T 715.56 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021926;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.938;QD=57.2446;RBI=0.0275526;REFB=0;REVB=0.0166852;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114969;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr16 87436764 . A G 959.03 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.661;QD=57.2554;RBI=0.0423924;REFB=0;REVB=-0.00365362;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45463e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:25:37:0:0:25:42:0:0 chr16 87442258 . CTA ACT,CTAA 44.11 PASS AF=0,0.342105;AO=2,9;DP=39;FAO=0,13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=0,9;FSAR=0,4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0786811,0.177622;FXX=0.0256345;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=21.2782,6.87985;QD=4.64346;RBI=0.1439,0.188726;REFB=-0.00365836,0.00177586;REVB=-0.120484,0.06378;RO=18;SAF=2,8;SAR=0,1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.461523,0.372062;STB=0.5,0.509419;STBP=1,0.98;TYPE=mnp,ins;VARB=0,-0.00721738;OID=.,.;OPOS=87442258,87442260;OREF=CTA,-;OALT=ACT,A;OMAPALT=ACT,CTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:39:38:18:25:2,9:0,13:0,0.342105:0,1:2,8:12:6:0,4:0,9:17:8 chr16 87493737 . T C 613.46 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8998;QD=61.3461;RBI=0.0296378;REFB=0;REVB=0.00426349;RO=0;SAF=35;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218253;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:4:35:0:0:4:36:0:0 chr16 87723838 . T C 854.24 PASS AF=0.418719;AO=69;DP=203;FAO=85;FDP=203;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=57;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=38;FWDB=-0.00307356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.784;QD=16.8324;RBI=0.0166313;REFB=-0.0043243;REVB=-0.0163448;RO=103;SAF=49;SAR=20;SRF=65;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971316;STB=0.514072;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0123588;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:103:108:69:85:0.418719:20:49:65:38:28:57:70:38 chr16 87729334 . C CA 52.05 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00292512;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=204.765;QD=6.1241;RBI=0.0116934;REFB=-0.0186994;REVB=-0.0113217;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369951;STB=0.523751;STBP=0.875;TYPE=ins;VARB=0.0550632;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:8:34:8:34:26:3:5:9:17:52:26:3:5:9:17 chr16 87729699 . C T 284.31 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0302825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8254;QD=19.9517;RBI=0.0346489;REFB=-0.051381;REVB=-0.0168378;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472987;STB=0.526298;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0253904;OID=.;OPOS=87729699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:15:12:15:15:15:12 chr16 87729743 . T C 129.82 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0313636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.881;QD=16.7507;RBI=0.0348362;REFB=-0.00724135;REVB=0.0151619;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300812;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00381283;OID=.;OPOS=87729743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:14:15:0.483871:9:5:11:5:9:6:11:5 chr16 87735527 . G A 297.85 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0188657;FXX=0.0569059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6912;QD=10.2705;RBI=0.0378126;REFB=-0.0103806;REVB=-0.0327701;RO=71;SAF=23;SAR=15;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341003;STB=0.510864;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0238254;OID=.;OPOS=87735527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:71:78:38:38:0.327586:15:23:45:26:15:23:46:32 chr16 87737628 . C G 167.35 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0399099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.79;QD=15.567;RBI=0.0409086;REFB=-0.00833731;REVB=0.00898425;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036135;STB=0.52081;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0107449;OID=.;OPOS=87737628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:12:13:10:8:12:13 chr16 87738853 . T C 166.02 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0748634;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.844;QD=11.4494;RBI=0.0756443;REFB=-0.00336755;REVB=-0.0108408;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668407;STB=0.568957;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0061877;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:37:21:21:0.362069:13:8:15:19:13:8:18:19 chr16 87741662 . C A 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.095223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.482;QD=21.1704;RBI=0.0968775;REFB=-0.000778873;REVB=0.0178277;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00346437;OID=.;OPOS=87741662;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:3:5:5:7:3:5 chr16 87788864 . G A 591.6 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00757093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.697;QD=20.4001;RBI=0.0076101;REFB=-0.0298619;REVB=0.000771152;RO=55;SAF=31;SAR=29;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092307;STB=0.500575;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0271135;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:56:60:60:0.517241:29:31:29:26:29:31:29:27 chr16 87866138 . G C 210.6 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.0502008;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2273;QD=24.7761;RBI=0.0511856;REFB=-0.0150745;REVB=-0.00999223;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320361;STB=0.674861;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0180397;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:0:14:13:7:0:14 chr16 88052161 . C A 2283.46 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.935;QD=63.4295;RBI=0.019468;REFB=0;REVB=0.0131386;RO=0;SAF=83;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044183;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:60:83:0:0:60:84:0:0 chr16 88061150 . C T 167.78 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0102791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5065;QD=15.2527;RBI=0.0694007;REFB=-0.0159534;REVB=0.0686353;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214113;STB=0.559521;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0184534;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:25:26:17:18:0.409091:8:9:8:17:10:8:9:17 chr16 88066717 . C T 123.05 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0982762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6685;QD=16.4061;RBI=0.106326;REFB=-0.00806049;REVB=-0.0405834;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157511;STB=0.591261;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0117912;OID=.;OPOS=88066717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:9:7:4:10:9:7 chr16 88105725 . G A 1376.05 PASS AF=0.925234;AO=98;DP=106;FAO=99;FDP=107;FR=.;FRO=8;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0453398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9777;QD=51.4412;RBI=0.102675;REFB=-0.0702207;REVB=0.0921216;RO=4;SAF=50;SAR=48;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364402;STB=0.53703;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00371121;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:106:107:4:8:98:99:0.925234:48:50:4:0:49:50:8:0 chr16 88123598 . C G 806.5 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.043827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4378;QD=54.6779;RBI=0.0452717;REFB=-0.110219;REVB=0.0113456;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00299828;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:57:58:0.983051:25:32:0:0:25:33:1:0 chr16 88123697 . C A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00487784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9302;QD=56.4867;RBI=0.072488;REFB=-0.0787467;REVB=0.0723237;RO=1;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549101;STB=0.529394;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00405925;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:8:27:0:1:8:27:0:1 chr16 88124525 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.284;QD=40.7628;RBI=0.0315551;REFB=0;REVB=-0.0313429;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430724;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr16 88134285 . A G 731.6 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5002;QD=62.2637;RBI=0.115747;REFB=0;REVB=-0.0555114;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128843;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:1:0:45:47:1:20:25:1:0:20:27:0:0 chr16 88494947 . T C 621.29 PASS AF=0.875;AO=52;DP=56;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00036959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.956;QD=44.3777;RBI=0.0181019;REFB=0.00034406;REVB=0.0180982;RO=3;SAF=28;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478316;STB=0.543445;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000306915;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:3:7:52:49:0.875:24:28:3:0:24:25:6:1 chr16 88494976 . A C 1184.53 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.313;QD=60.745;RBI=0.0318021;REFB=0;REVB=0.00638892;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51338e-05;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:1:0:74:78:1:38:36:1:0:40:38:0:0 chr16 88495367 . G A 77.31 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0104647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.19;QD=13.4459;RBI=0.0304986;REFB=-0.00931811;REVB=0.0286471;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499266;STB=0.783502;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00375008;OID=.;OPOS=88495367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:23:11:13:9:10:0.434783:6:3:10:1:7:3:11:2 chr16 88495654 . A G 411.01 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6329;QD=56.6906;RBI=0.0413885;REFB=0;REVB=0.0385041;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038612;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:23:29:1:15:8:0:0:18:11:0:0 chr16 88496008 . T C 937.04 PASS AF=1;AO=45;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.72;QD=58.5651;RBI=0.146767;REFB=0;REVB=0.0277981;RO=0;SAF=4;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543052;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:45:64:1:41:4:0:0:48:16:0:0 chr16 88497446 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.887;QD=46.8431;RBI=0.0189065;REFB=0;REVB=0.0174007;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33804e-05;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr16 88498221 . C T 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.411;QD=57.3933;RBI=0.0161849;REFB=-0.0559778;REVB=-0.012067;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445302;STB=0.523796;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-8.11884e-06;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:27:10:1:0:27:10:1:0 chr16 88498297 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.286;QD=43.4862;RBI=0.136723;REFB=0;REVB=-0.0499948;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873934;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr16 88499539 . C G 2096.36 PASS AF=0.941935;AO=146;DP=155;FAO=146;FDP=155;FR=.;FRO=9;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0179263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.258;QD=54.0996;RBI=0.018413;REFB=-0.00498039;REVB=-0.00420551;RO=1;SAF=85;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773242;STB=0.527851;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=9.06904e-06;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:155:155:1:9:146:146:0.941935:61:85:0:1:61:85:1:8 chr16 88501034 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.9914;QD=45.8051;RBI=0.0698921;REFB=0;REVB=-0.0684895;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131665;OID=.;OPOS=88501034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr16 88501971 . T A 534.07 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000213064;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5094;QD=59.3407;RBI=0.0844401;REFB=0;REVB=0.0844398;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135363;OID=.;OPOS=88501971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:31:36:1:10:21:0:0:15:21:0:0 chr16 88502505 . A G 340.6 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.906;QD=54.4956;RBI=0.0479014;REFB=0;REVB=-0.0317262;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95277e-05;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr16 88504849 . T TC 477.43 PASS AF=0.980392;AO=17;DP=65;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365158;FXX=0.190446;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.6966;QD=37.4456;RBI=0.0632793;REFB=-0.0663199;REVB=-0.0516805;RO=42;SAF=0;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.822817;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=0.0142072;OID=.;OPOS=88504850;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980392:17:65:50:51:1:23:27:0:1:6:42:0:17:28:14 chr16 88504850 . G C 480.48 PASS AF=0.730159;AO=38;DP=56;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0340111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6025;QD=30.5066;RBI=0.0872624;REFB=-0.123536;REVB=0.0803615;RO=17;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364807;STB=0.644009;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0337728;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:63:17:17:38:46:0.730159:13:25:0:17:21:25:0:17 chr16 88504868 . A G 1026.18 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.566;QD=59.489;RBI=0.0700037;REFB=0;REVB=-0.0470037;RO=0;SAF=12;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2646e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:57:12:0:0:57:12:0:0 chr16 88505277 . GGC G 36.81 PASS AF=0.238095;AO=6;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.131598;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=2;MLLD=26.4967;QD=3.50546;RBI=0.1316;REFB=-0.0306646;REVB=-0.000599613;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=17;SSEN=0.625;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529352;STBP=0.827;TYPE=del;VARB=0.0886086;OID=.;OPOS=88505278;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:6:43:10:42:32:4:6:14:18:36:34:3:3:17:17 chr16 88505722 . G A,GA 41.03 PASS AF=0,0.21875;AO=2,5;DP=33;FAO=0,7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00710268,-0.0388738;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=334.992,22.407;QD=5.12845;RBI=0.00741253,0.123019;REFB=0.00790213,-0.0137382;REVB=0.00212072,0.116715;RO=26;SAF=0,2;SAR=2,3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.445644,-0.0277626;STB=0.5,0.5997;STBP=1,0.641;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0542181;OID=.,.;OPOS=88505722,88505723;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:33:32:26:25:2,5:0,7:0,0.21875:2,3:0,2:11:15:0,5:0,2:10:15 chr16 88505734 . C T 418.08 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.100634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.767;QD=53.9464;RBI=0.101351;REFB=-0.115359;REVB=-0.0120392;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00106981;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:19:11:0:0:19:11:0:1 chr16 88620148 . C G 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00403255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.721;QD=10.853;RBI=0.0129862;REFB=-0.00161802;REVB=-0.0123442;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121503;STB=0.570371;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0026575;OID=.;OPOS=88620148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:8:13:28:11:8:13:28:11 chr16 88620195 . T G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.969;QD=61.5363;RBI=0.0608198;REFB=0;REVB=0.0598913;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9407e-05;OID=.;OPOS=88620195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr16 88620312 . T C 218.09 PASS AF=0.355263;AO=28;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0563183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4723;QD=11.4784;RBI=0.0609987;REFB=-0.0216546;REVB=-0.0234325;RO=48;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101487;STB=0.54249;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0404163;OID=.;OPOS=88620312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:28:27:0.355263:12:16:23:25:12:15:24:25 chr16 88633052 . G C 854.14 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016873;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.025;QD=57.9077;RBI=0.0453469;REFB=0;REVB=0.0420909;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08344e-06;OID=.;OPOS=88633052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr16 88644005 . A G 600.48 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0353911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3443;QD=54.5888;RBI=0.0370377;REFB=-0.0476134;REVB=0.0109207;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390505;STB=0.505718;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00170753;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:44:2:3:40:41:0.931818:17:23:2:0:17:24:2:1 chr16 88691096 . C T 361.75 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0326834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.675;QD=17.8641;RBI=0.0328121;REFB=-0.0206066;REVB=0.0029037;RO=41;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048813;STB=0.517478;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0266492;OID=.;OPOS=88691096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:43:38:38:0.469136:25:13:16:25:25:13:16:27 chr16 88697819 . AG GA 95.12 PASS AF=0.261538;AO=12;DP=63;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.0276435;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=37.7357;QD=5.85339;RBI=0.0460229;REFB=-0.00109014;REVB=0.0367959;RO=38;SAF=1;SAR=11;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.718435;STB=0.913043;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00253334;OID=.;OPOS=88697819;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:63:65:38:48:12:17:0.261538:11:1:28:10:15:2:36:12 chr16 88713236 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.135;QD=62.3509;RBI=0.00415017;REFB=0;REVB=-0.00183914;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17971e-06;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr16 88717386 . T C 1126.94 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0231969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.252;QD=57.7916;RBI=0.0265807;REFB=-0.055407;REVB=-0.0129784;RO=2;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127989;STB=0.500676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00113452;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:36:40:1:1:36:40:1:1 chr16 88724347 . G T 183.79 PASS AF=0.42;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0222677;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.986;QD=14.703;RBI=0.0231408;REFB=-0.0256899;REVB=-0.00629649;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719406;STB=0.531761;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0337416;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:28:29:21:21:0.42:12:9:14:14:12:9:14:15 chr16 88767769 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1857;QD=63.5828;RBI=0.0106239;REFB=0;REVB=-0.00846907;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87951e-05;OID=.;OPOS=88767769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr16 88778615 . G A 435.26 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0109372;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.573;QD=15.2721;RBI=0.0299922;REFB=-0.0277425;REVB=-0.0279269;RO=65;SAF=31;SAR=18;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996938;STB=0.556031;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0384529;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:65:65:49:49:0.429825:18:31:35:30:18:31:35:30 chr16 88779739 . A G 615.31 PASS AF=0.516667;AO=61;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=0.00507185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.111;QD=20.5103;RBI=0.0563075;REFB=-0.00511634;REVB=-0.0560786;RO=57;SAF=37;SAR=24;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141042;STB=0.576764;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00768835;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:58:61:62:0.516667:24:37:43:14:24:38:44:14 chr16 88781040 . A G 253.48 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0162977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.443;QD=12.8343;RBI=0.0164841;REFB=-0.00769904;REVB=-0.00247195;RO=49;SAF=24;SAR=6;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101808;STB=0.558782;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.014859;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:6:24:36:13:6:24:36:13 chr16 88781125 . T C 558.59 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.105615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.882;QD=57.291;RBI=0.11858;REFB=-0.115754;REVB=0.0539136;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00249593;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:19:18:1:0:20:18:1:0 chr16 88781614 . G C 307.9 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00477555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.622;QD=10.9964;RBI=0.0229104;REFB=-0.00902653;REVB=-0.0224072;RO=73;SAF=25;SAR=14;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186314;STB=0.607421;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0158052;OID=.;OPOS=88781614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:73:39:39:0.348214:14:25:35:38:14:25:35:38 chr16 88782247 . G A 245.59 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0398371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.708;QD=23.9603;RBI=0.0398933;REFB=-0.00839295;REVB=0.0021171;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707973;STB=0.539412;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00686884;OID=.;OPOS=88782247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:11:7:11:12:11:7 chr16 88782676 . A G 1112.68 PASS AF=0.986667;AO=63;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.207;QD=59.3431;RBI=0.0360688;REFB=0;REVB=0.00307054;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317839;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:0:63:74:0.986667:36:27:0:0:40:34:0:0 chr16 88783100 . T C 421.68 PASS AF=0.462366;AO=41;DP=91;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0225832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.085;QD=18.1366;RBI=0.0243962;REFB=-0.027424;REVB=-0.00922889;RO=49;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079198;STB=0.533521;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0304307;OID=.;OPOS=88783100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:49:50:41:43:0.462366:25:16:23:26:25:18:24:26 chr16 88783449 . C G 256.2 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00847256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.056;QD=18.6328;RBI=0.0397123;REFB=-0.0049862;REVB=0.0387979;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202463;STB=0.521724;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00653573;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:26:27:28:0.509091:11:16:16:3:12:16:16:10 chr16 88783521 . T C 885.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3941;QD=58.0491;RBI=0.027856;REFB=0;REVB=-0.00166527;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301782;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr16 88787607 . CCTT C 92.58 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00705969;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=3;MLLD=250.102;QD=6.2763;RBI=0.039769;REFB=-0.0127903;REVB=-0.0391374;RO=38;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212694;STB=0.640493;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.0228328;OID=.;OPOS=88787608;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:18:60:18:59:41:13:5:22:19:92:38:13:5:21:17 chr16 88787673 . G A 281.33 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00837963;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.396;QD=12.1;RBI=0.00946047;REFB=-0.0118108;REVB=-0.00439117;RO=59;SAF=21;SAR=12;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705732;STB=0.53621;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.023167;OID=.;OPOS=88787673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:59:60:33:33:0.354839:12:21:34:25:12:21:35:25 chr16 88787704 . G C 1514.71 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0334296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5139;QD=62.4624;RBI=0.0420129;REFB=-0.120817;REVB=0.025447;RO=1;SAF=57;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082479;STB=0.504347;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000466964;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:39:57:1:0:39:57:1:0 chr16 88787727 . C T 393.62 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0258214;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.992;QD=17.6908;RBI=0.0258889;REFB=-0.0177598;REVB=0.00186709;RO=45;SAF=25;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687792;STB=0.529055;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0180184;OID=.;OPOS=88787727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:45:48:40:41:0.460674:15:25:25:20:15:26:28:20 chr16 88787781 . C T 325.79 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0181924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3003;QD=20.0487;RBI=0.0182111;REFB=-0.0525899;REVB=-0.000824152;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430795;STB=0.502391;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0642588;OID=.;OPOS=88787781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:13:21:19:12:13:21:19:12 chr16 88791458 . G A 296.07 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0732958;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2892;QD=14.9909;RBI=0.0756879;REFB=-0.0335339;REVB=-0.018878;RO=46;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310175;STB=0.680574;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0488246;OID=.;OPOS=88791458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:46:32:33:0.417722:10:22:18:28:10:23:18:28 chr16 88792047 . A G 985.04 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307824;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9859;QD=57.9434;RBI=0.0317364;REFB=0;REVB=0.00772279;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396303;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:27:38:0:0:30:38:0:0 chr16 88792097 . A G 800.75 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.788;QD=57.1963;RBI=0.0128308;REFB=0;REVB=0.0113439;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57427e-05;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:27:29:0:0 chr16 88803124 . T C 360.75 PASS AF=0.387931;AO=41;DP=114;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0225557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8708;QD=12.4398;RBI=0.0822591;REFB=-0.00499435;REVB=-0.0791063;RO=65;SAF=11;SAR=30;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308586;STB=0.651095;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0112786;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:65:71:41:45:0.387931:30:11:35:30:30:15:41:30 chr16 88803982 . C G 276.22 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0477079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3014;QD=20.4611;RBI=0.0607049;REFB=-0.0245666;REVB=0.0375372;RO=24;SAF=22;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249861;STB=0.657023;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0155115;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:25:28:29:0.537037:6:22:13:11:6:23:13:12 chr16 88804734 . A G 594.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.818;QD=60.929;RBI=0.0619227;REFB=0;REVB=0.0454807;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523459;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr16 88805183 . G A 85.02 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0635688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7814;QD=22.6719;RBI=0.0809662;REFB=-0.0467777;REVB=0.0501452;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.571292;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0299864;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:1:4:6:4:1:4 chr16 88805231 . G A 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0778328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7416;QD=28.5318;RBI=0.115335;REFB=-0.0389349;REVB=0.085113;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0220797;OID=.;OPOS=88805231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr16 88805236 . G A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.233;QD=28.5374;RBI=0.0253596;REFB=-0.0551886;REVB=-0.00436361;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0281992;OID=.;OPOS=88805236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr16 88808743 . A G 490.05 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.347;QD=56.0057;RBI=0.0413754;REFB=-0.0651535;REVB=0.0385977;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00158976;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:11:23:1:0:11:23:1:0 chr16 88809368 . G T 446.37 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0366347;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.703;QD=17.5048;RBI=0.0366362;REFB=0.0156053;REVB=-0.000322542;RO=54;SAF=32;SAR=16;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166729;STB=0.593063;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0245144;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:54:54:48:48:0.470588:16:32:27:27:16:32:27:27 chr16 88809434 . A G 468.48 PASS AF=0.395522;AO=54;DP=135;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.00701217;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.179;QD=13.9845;RBI=0.101808;REFB=-0.0296033;REVB=-0.101566;RO=78;SAF=30;SAR=24;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204182;STB=0.623742;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0540827;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:78:81:54:53:0.395522:24:30:28:50:23:30:29:52 chr16 88809480 . A G 365.78 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=48;FWDB=0.0280104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0595;QD=16.2568;RBI=0.0407082;REFB=-0.0308888;REVB=-0.0295394;RO=51;SAF=15;SAR=24;SRF=3;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391979;STB=0.714204;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0238962;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:24:15:3:48:24:15:3:48 chr16 88809686 . T C 402.77 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.00555861;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6733;QD=18.9538;RBI=0.141795;REFB=-0.0106743;REVB=-0.141686;RO=45;SAF=35;SAR=6;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126938;STB=0.555526;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00892243;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:45:44:41:41:0.482353:6:35:35:10:6:35:35:9 chr16 88809773 . G C 1176.74 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442714;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.25;QD=61.1292;RBI=0.0595485;REFB=0;REVB=0.0398254;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159187;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:34:43:0:0 chr16 88809893 . GG AC 222.61 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0111791;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=2;MLLD=295.024;QD=24.7346;RBI=0.0194435;REFB=-0.0256107;REVB=-0.0159085;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=mnp;VARB=0.0162262;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:8:7:11:10:8:7 chr16 88872145 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9355;QD=57.2354;RBI=0.0243631;REFB=0;REVB=0.00508825;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325571;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr16 88872229 . A G 224.76 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=5.31315e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.447;QD=13.0293;RBI=0.0232656;REFB=-0.00901218;REVB=-0.0232655;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701769;STB=0.540163;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.012397;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:13:14:19:23:13:14:19:23 chr16 88872511 . T C 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.193;QD=58.9602;RBI=0.0225575;REFB=0;REVB=0.0221796;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72769e-05;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr16 88874632 . C G 780.13 PASS AF=0.434555;AO=81;DP=189;FAO=83;FDP=191;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.055906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3149;QD=16.3378;RBI=0.058358;REFB=0.0169246;REVB=0.0167384;RO=108;SAF=37;SAR=44;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727152;STB=0.539559;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0149332;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:108:108:81:83:0.434555:44:37:57:51:45:38:57:51 chr16 88884435 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0237462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.061;QD=21.1298;RBI=0.0417545;REFB=-0.0136817;REVB=-0.0343446;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183632;STB=0.603353;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.012122;OID=.;OPOS=88884435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:9:12:8:14:9:12 chr16 88884466 . C T 636.58 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0574717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1166;QD=55.3545;RBI=0.0579534;REFB=-0.0716073;REVB=0.00745635;RO=3;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217931;STB=0.511622;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0421575;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:46:46:3:3:43:43:0.934783:21:22:1:2:21:22:1:2 chr16 88902183 . G A 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0128322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.011;QD=15.8996;RBI=0.0262501;REFB=-0.0240607;REVB=0.0228999;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422939;STB=0.513611;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0256267;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:49:37:37:0.430233:15:22:26:21:15:22:28:21 chr16 88921634 . C G 228.73 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0131832;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.416;QD=21.2771;RBI=0.0147533;REFB=-0.00884454;REVB=-0.00662296;RO=21;SAF=17;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132566;STB=0.507456;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00851059;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:5:17:16:5:5:17:16:5 chr16 88942648 . T A,TTA 33.36 PASS AF=0,0.119565;AO=4,12;DP=112;FAO=0,11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=0,1;FSAR=0,10;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.129857,-0.0491819;FXX=0.0315756;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=13.7337,13.8567;QD=1.45045;RBI=0.258289,0.153677;REFB=0.0228485,-0.00257258;REVB=0.223272,-0.145595;RO=79;SAF=4,4;SAR=0,8;SRF=29;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.523347,-0.045449;STB=0.5,0.834837;STBP=1,0.035;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00864859;OID=.,.;OPOS=88942648,88942649;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:112:92:79:81:4,12:0,11:0,0.119565:0,8:4,4:29:50:0,10:0,1:30:51 chr16 88945792 . C T 441.01 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0285238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.568;QD=22.3296;RBI=0.078755;REFB=-0.00201506;REVB=0.073408;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142834;STB=0.583641;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00242103;OID=.;OPOS=88945792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:21:22:24:11:21:22:25:11 chr16 89119108 . C CG,G 32.53 PASS AF=0.181818,0;AO=5,2;DP=45;FAO=8,0;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0450281,-0.0307464;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=116.433,136.078;QD=2.9576;RBI=0.0452372,0.0308098;REFB=-0.00299938,-0.000155394;REVB=0.00434441,-0.00197523;RO=38;SAF=5,1;SAR=0,1;SRF=12;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697112,0.163202;STB=0.916631,0.5;STBP=0.045,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.11881,0;OID=.,.;OPOS=89119109,89119108;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:44:38:36:5,2:8,0:0.181818,0:0,1:5,1:12:26:1,0:7,0:10:26 chr16 89167094 . T C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=10;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0191383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.169;QD=8.73707;RBI=0.0480348;REFB=0.00082412;REVB=0.0440575;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382526;STB=0.788843;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00402348;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:18:20:10:9:0.310345:7:3:12:6:7:2:13:7 chr16 89167140 . G C 151.43 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0120443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.791;QD=14.0865;RBI=0.0621472;REFB=-0.0254897;REVB=0.0609689;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221035;STB=0.540935;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0756337;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:26:16:17:0.395349:8:8:12:11:9:8:14:12 chr16 89167395 . C T 255.16 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00431358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3506;QD=13.2552;RBI=0.0360285;REFB=-0.046633;REVB=0.0357693;RO=47;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134885;STB=0.577249;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0591406;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:11:19:24:23:11:19:24:23 chr16 89167404 . T C 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0109592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.289;QD=11.8835;RBI=0.0110328;REFB=-0.00415914;REVB=-0.00127213;RO=46;SAF=18;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212117;STB=0.616734;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00671828;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:47:27:27:0.364865:9:18:22:24:9:18:23:24 chr16 89167431 . G C 303.34 PASS AF=0.404762;AO=31;DP=81;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0164093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.402;QD=14.4449;RBI=0.0733602;REFB=0.01864;REVB=0.0715014;RO=49;SAF=23;SAR=8;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272727;STB=0.598898;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00918389;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:49:50:31:34:0.404762:8:23:25:24:11:23:26:24 chr16 89167443 . T C 327.69 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00965481;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.386;QD=14.7275;RBI=0.01693;REFB=-0.0245837;REVB=0.0139072;RO=53;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120678;STB=0.568601;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0315363;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:53:53:36:36:0.404494:13:23:28:25:13:23:28:25 chr16 89167458 . C A 397.41 PASS AF=0.445652;AO=29;DP=94;FAO=41;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.013287;FXX=0.0315756;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.577;QD=17.2789;RBI=0.0588455;REFB=-0.0321689;REVB=-0.0573258;RO=38;SAF=24;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324252;STB=0.619097;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0335068;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:38:51:29:41:0.445652:5:24:22:16:12:29:26:25 chr16 89180883 . G A,C 788.99 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=54,2;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354256,-0.0216342;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.795,90.2824;QD=56.3563;RBI=0.03642,0.0278455;REFB=0,0;REVB=0.00845265,-0.0175309;RO=0;SAF=31,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.6027e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000696845,0.156231;OID=.,.;OPOS=89180883,89180883;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:56:56:0:0:54,2:54,2:0.964286,0.0357143:23,0:31,2:0:0:23,0:31,2:0:0 chr16 89211662 . C G 287.17 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00651792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.639;QD=15.5227;RBI=0.0227598;REFB=-0.0183968;REVB=0.0218065;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119807;STB=0.567526;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0169366;OID=.;OPOS=89211662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:16:16:16:26:16:16:16:26 chr16 89217507 . C T 221.41 PASS AF=0.375;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0017112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.341;QD=12.3007;RBI=0.0171723;REFB=-0.0138639;REVB=0.0170868;RO=44;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024775;STB=0.53235;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0187786;OID=.;OPOS=89217507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:44:45:26:27:0.375:13:13:21:23:13:14:21:24 chr16 89235184 . T G 308.23 PASS AF=0.584906;AO=29;DP=51;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0262437;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.982;QD=23.2624;RBI=0.0289186;REFB=-0.0181326;REVB=-0.0121473;RO=18;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153337;STB=0.548275;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0132156;OID=.;OPOS=89235184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:18:22:29:31:0.584906:19:10:10:8:19:12:11:11 chr16 89245890 . G T 211.26 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0161475;FXX=0.0605969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1165;QD=13.6296;RBI=0.0410394;REFB=-0.0124573;REVB=0.0377292;RO=37;SAF=7;SAR=18;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40751;STB=0.732641;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0169393;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:37:37:25:25:0.403226:18:7:25:12:18:7:25:12 chr16 89246670 . T C 218.8 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00818727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.872;QD=15.6285;RBI=0.055281;REFB=-0.00948234;REVB=-0.0546713;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284233;STB=0.516116;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0123585;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:12:19:16:9:12:19 chr16 89251851 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.146105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6893;QD=9.5696;RBI=0.150362;REFB=-0.00922681;REVB=-0.0355244;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173784;STB=0.659903;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00368707;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:7:1:3:11:7:1:4:11 chr16 89256695 . G A 310.26 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0115064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.379;QD=16.3295;RBI=0.0174042;REFB=-0.0244421;REVB=-0.0130579;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702027;STB=0.539451;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0278686;OID=.;OPOS=89256695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:18:24:17:17:18:24 chr16 89259993 . A G 436.76 PASS AF=0.518072;AO=44;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0607266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8492;QD=21.0484;RBI=0.0633812;REFB=-0.0305741;REVB=0.0181512;RO=39;SAF=6;SAR=38;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370758;STB=0.702614;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0174875;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:44:43:0.518072:38:6:17:22:37:6:17:23 chr16 89262431 . G A 254.22 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0231597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1538;QD=15.644;RBI=0.0252642;REFB=-0.00413988;REVB=-0.0100948;RO=36;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158542;STB=0.589737;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00400304;OID=.;OPOS=89262431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:19:10:18:18:19:10:18:18 chr16 89265087 . A G 475.85 PASS AF=0.434426;AO=48;DP=115;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0497687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8814;QD=15.6018;RBI=0.0514406;REFB=-0.0447483;REVB=-0.013008;RO=67;SAF=32;SAR=16;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20274;STB=0.611322;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0545512;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:122:67:69:48:53:0.434426:16:32:32:35:17:36:34:35 chr16 89265100 . GC AT 464.78 PASS AF=0.42623;AO=49;DP=128;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00712456;FXX=0.0468713;HRUN=4;LEN=2;MLLD=222.089;QD=15.2388;RBI=0.0122174;REFB=-0.00911992;REVB=0.00992498;RO=67;SAF=33;SAR=16;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224004;STB=0.641105;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.0156451;OID=.;OPOS=89265100;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:122:67:70:49:52:0.42623:16:33:31:36:16:36:32:38 chr16 89265466 . A G 104.52 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0329322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.828;QD=9.08848;RBI=0.0454569;REFB=-0.031244;REVB=-0.0313337;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949309;STB=0.576728;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0773237;OID=.;OPOS=89265466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:46:46:31:32:8:8:0.173913:5:3:14:17:5:3:15:17 chr16 89291210 . G GGTGA 641.88 PASS AF=0.864407;AO=49;DP=60;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0296335;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=292.212;QD=43.5175;RBI=0.0298564;REFB=-0.0573511;REVB=-0.00364141;RO=10;SAF=35;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00552348;STB=0.504186;STBP=0.917;TYPE=ins;VARB=0.00577701;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.864407:49:60:51:59:8:37:14:6:2:43:10:35:14:7:3 chr16 89291951 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.497;QD=59.4356;RBI=0.00581468;REFB=0;REVB=-0.00280117;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62078e-06;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr16 89293271 . A C 1626.2 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0177213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235;QD=59.1346;RBI=0.0354426;REFB=-0.148634;REVB=0.0306942;RO=1;SAF=64;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735994;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000114929;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:45:64:1:0:45:64:1:0 chr16 89293614 . A G 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.022628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.669;QD=55.0347;RBI=0.0229745;REFB=-0.0257352;REVB=0.00397543;RO=2;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00624921;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000395549;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:25:38:1:1:25:38:1:1 chr16 89294184 . G A 665.78 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.586;QD=61.9332;RBI=0.0143196;REFB=0;REVB=0.00684177;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105578;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:22:21:0:0 chr16 89294381 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3554;QD=55.6558;RBI=0.0638635;REFB=0;REVB=0.0384798;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191886;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr16 89294439 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.385;QD=39.2067;RBI=0.025232;REFB=0;REVB=0.00136295;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517856;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 89294511 . C T 379.53 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119853;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.934;QD=56.2265;RBI=0.0267844;REFB=0;REVB=0.0239532;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183011;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr16 89294595 . C T 273.95 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00878689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.034;QD=24.9049;RBI=0.0191476;REFB=-0.0253947;REVB=0.0170124;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139064;STB=0.602947;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0238117;OID=.;OPOS=89294595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:19:25:25:0.568182:11:14:12:4:11:14:15:4 chr16 89294697 . C T 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6257;QD=59.0131;RBI=0.0567621;REFB=0;REVB=0.0550819;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103636;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr16 89299200 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.914;QD=47.8224;RBI=0.0375018;REFB=0;REVB=0.0373966;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408056;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 89299227 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1479;QD=49.5983;RBI=0.109268;REFB=0;REVB=0.102998;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029958;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr16 89299280 . T A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.102;QD=54.5174;RBI=0.0470596;REFB=0;REVB=0.0310996;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788964;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr16 89299383 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.522;QD=33.4285;RBI=0.0737204;REFB=0;REVB=-0.0175824;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00363422;OID=.;OPOS=89299383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 89300147 . A G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2315;QD=40.758;RBI=0.0394816;REFB=0;REVB=-0.0165852;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673185;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr16 89345122 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0293121;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.731;QD=19.646;RBI=0.0321824;REFB=-0.00865479;REVB=0.0132858;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00710375;OID=.;OPOS=89345122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:5:3:5:6:5:3 chr16 89345408 . G A 242.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0427108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0497;QD=17.3111;RBI=0.057226;REFB=-0.02626;REVB=0.0380868;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102931;STB=0.560394;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0367201;OID=.;OPOS=89345408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:29:27:27:0.482143:17:10:13:14:17:10:14:15 chr16 89350038 . G A 109.21 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.02126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7489;QD=14.092;RBI=0.0849301;REFB=-0.0185527;REVB=0.0822261;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366376;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0581032;OID=.;OPOS=89350038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:18:13:13:0.419355:7:6:8:8:7:6:10:8 chr16 89350178 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.626;QD=61.8141;RBI=0.0278409;REFB=0.0138959;REVB=0.0089071;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140455;STB=0.507243;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=4.56051e-05;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:33:15:0:1:34:15:0:1 chr16 89760652 . C T 798.28 PASS AF=0.69697;AO=68;DP=100;FAO=69;FDP=99;FR=.;FRO=30;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00877598;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.043;QD=32.2538;RBI=0.00877867;REFB=-0.0347373;REVB=0.000217161;RO=29;SAF=38;SAR=30;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0039955;STB=0.505318;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.015384;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:29:30:68:69:0.69697:30:38:16:13:31:38:16:14 chr16 89760712 . G A 316.43 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0149556;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.307;QD=24.3409;RBI=0.0222456;REFB=-0.0252439;REVB=0.016468;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102684;STB=0.556385;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0126223;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:21:21:31:31:0.596154:13:18:15:6:13:18:15:6 chr16 89763214 . T C 264.96 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000912163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2641;QD=21.197;RBI=0.00989414;REFB=-0.0290655;REVB=-0.009852;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120584;STB=0.618953;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0209031;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:22:25:22:25:0.5:10:12:9:13:10:15:9:16 chr16 89764237 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0768536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.279;QD=22.9153;RBI=0.0776905;REFB=0.0244847;REVB=0.0113733;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212429;STB=0.512168;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0294376;OID=.;OPOS=89764237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:1:3:7:2:1:3 chr16 89764549 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0149794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.594;QD=11.0199;RBI=0.0267066;REFB=0.00044205;REVB=0.0221102;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.571195;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.000524497;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:5:3:3:3:5:3 chr16 89777761 . C T 1292.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.795;QD=61.532;RBI=0.0302098;REFB=0;REVB=0.0301743;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2697e-05;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:41:43:0:0 chr16 89782988 . GAA GAG,GA,GGA 773.71 PASS AF=0,0.0892857,0.910714;AO=3,7,41;DP=57;FAO=0,5,51;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,18;FSAR=0,2,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594866,-0.133605,-0.129206;FXX=0.0175408;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=14.2902,24.0621,32.2958;QD=55.2652;RBI=0.138268,0.159103,0.137616;REFB=0,0,0;REVB=-0.124817,-0.0863928,-0.0473685;RO=0;SAF=0,2,17;SAR=3,5,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,6.2194e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-0.0247861,0.0198353;OID=.,.,.;OPOS=89782990,89782989,89782989;OREF=A,A,A;OALT=G,-,G;OMAPALT=GAG,GA,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0892857,0.910714:3,7,41:57:0,5,51:56:0:0,3,18:0,2,33:0:0:17:0:0,2,17:3,5,24:0:0 chr16 89783187 . C T 917.76 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9049;QD=58.2707;RBI=0.0597794;REFB=0;REVB=0.0556321;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222387;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:35:23:0:0:38:25:0:0 chr16 89789897 . A AC 486.94 PASS AF=1;AO=12;DP=120;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105817;FXX=0.399965;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.5929;QD=28.2282;RBI=0.110535;REFB=0;REVB=0.0319513;RO=103;SAF=12;SAR=0;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00814031;OID=.;OPOS=89789898;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:120:69:69:0:61:8:0:0:4:103:12:0:56:47 chr16 89789898 . T C,G 1733.46 PASS AF=0.871795,0.128205;AO=100,13;DP=113;FAO=102,15;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55,15;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244334,0.00737768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.0208,134.779;QD=59.2637;RBI=0.040456,0.0359732;REFB=0,0;REVB=0.0322444,0.0352085;RO=0;SAF=53,13;SAR=47,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00270771,0.0177826;OID=.,.;OPOS=89789898,89789898;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:113:117:0:0:100,13:102,15:0.871795,0.128205:47,0:53,13:0:0:47,0:55,15:0:0 chr16 89805967 . A G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00606068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.53;QD=14.7348;RBI=0.0142645;REFB=-0.00884662;REVB=-0.0129129;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281902;STB=0.516002;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00757214;OID=.;OPOS=89805967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:17:19:15:12:17:19 chr16 89806347 . A T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.162;QD=57.8843;RBI=0.012552;REFB=0;REVB=-0.00535327;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3419e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr16 89836323 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.113;QD=61.6834;RBI=0.0555081;REFB=0;REVB=0.0545328;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176089;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr16 89845194 . AC GC,GT 775.39 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270229,0.014827;FXX=0.017854;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=200.019,190.778;QD=56.3916;RBI=0.0326986,0.0150178;REFB=0,0;REVB=-0.0184108,-0.00238644;RO=0;SAF=32,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.81969e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00222103,-0.0492961;OID=.,.;OPOS=89845194,89845194;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:21,0:32,2:0:0:21,0:32,2:0:0 chr16 89849480 . C T 660.26 PASS AF=0.9375;AO=42;DP=45;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0058276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7997;QD=55.0213;RBI=0.0343886;REFB=-0.0266392;REVB=0.0338912;RO=2;SAF=33;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276073;STB=0.507459;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00323023;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:45:48:2:3:42:45:0.9375:9:33:2:0:11:34:2:1 chr16 89866043 . T C 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8241;QD=60.6016;RBI=0.107789;REFB=0;REVB=0.100251;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847596;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr16 89986154 . G A 626.55 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5836;QD=61.1266;RBI=0.135905;REFB=0;REVB=0.0699214;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248041;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:35:41:1:15:20:0:0:16:25:0:0 chr16 90037828 . G A,T 455.48 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148357,-0.0149206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.1554,169.332;QD=56.9344;RBI=0.0287208,0.0149369;REFB=0,0;REVB=0.0286825,-0.000697261;RO=0;SAF=19,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00725131,0.0637365;OID=.,.;OPOS=90037828,90037828;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:11,0:19,2:0:0:11,0:19,2:0:0 chr16 90038786 . C A 833.78 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.881;QD=57.5022;RBI=0.0182526;REFB=0;REVB=0.00459475;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17576e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr16 90095484 . C T 2145.49 PASS AF=0.979021;AO=139;DP=143;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0106456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.544;QD=60.0138;RBI=0.0509135;REFB=-0.0316365;REVB=0.0497881;RO=1;SAF=78;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773038;STB=0.504752;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000162146;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:143:143:1:3:139:140:0.979021:61:78:0:1:62:78:1:2 chr16 90096052 . CCTT C,GCTC 1042.56 PASS AF=0.861111,0.138889;AO=61,11;DP=78;FAO=62,10;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18,4;FSAR=44,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269901,-0.0132538;FXX=0.0769132;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=202.153,136.737;QD=57.9202;RBI=0.0290697,0.0132586;REFB=0,0;REVB=0.0107973,-0.000356013;RO=0;SAF=17,5;SAR=44,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.89926e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00686161,0.016776;OID=.,.;OPOS=90096053,90096052;OREF=CTT,CCTT;OALT=-,GCTC;OMAPALT=C,GCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:78:72:0:0:61,11:62,10:0.861111,0.138889:44,6:17,5:0:0:44,6:18,4:0:0 chr16 90097748 . C T 298.74 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368439;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2215;QD=54.3171;RBI=0.0852988;REFB=0;REVB=0.0769312;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268655;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr16 90109711 . A G 440.48 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9094;QD=56.8363;RBI=0.104562;REFB=0;REVB=-0.0809775;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290979;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr16 90110027 . G A 727.85 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.84;QD=59.4162;RBI=0.029093;REFB=-0.0602937;REVB=0.0177463;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177403;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00267222;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:46:47:0.959184:26:20:0:1:27:20:0:1 chr16 90110284 . G A 111.64 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0107696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.039;QD=17.1752;RBI=0.0135965;REFB=-0.0125074;REVB=0.00829952;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692208;STB=0.539815;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0148279;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:6:7:8:5:6:7 chr16 90110289 . C A 271.84 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.812;QD=49.426;RBI=0.0832645;REFB=0;REVB=0.057249;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435853;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:10:10:0:0:12:10:0:0 chr16 90110950 . C T 402.76 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0216451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.374;QD=19.1791;RBI=0.023131;REFB=-0.0254338;REVB=0.00815666;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193324;STB=0.607297;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0357646;OID=.;OPOS=90110950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:18:23:15:28:18:23:15:28 chr16 90130136 . C T 359.6 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.000547156;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.632;QD=22.4752;RBI=0.00339944;REFB=-0.0153894;REVB=-0.00335512;RO=29;SAF=25;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036743;STB=0.508126;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0146612;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:28:36:36:0.5625:11:25:19:10:11:25:19:9 chr16 90141355 . A C 163.01 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0353015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.174;QD=13.0411;RBI=0.0839189;REFB=-0.0190385;REVB=-0.0761327;RO=31;SAF=17;SAR=1;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475915;STB=0.809052;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.018155;OID=.;OPOS=90141355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:1:17:23:8:1:17:23:9 chr16 90160238 . C T 115.79 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.548;QD=42.1053;RBI=0.0777515;REFB=0;REVB=0.0764415;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132186;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 90160246 . G A 195.58 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338509;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.608;QD=48.8952;RBI=0.0482339;REFB=0;REVB=-0.0482327;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003116;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 90160793 . G C 130.13 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0679308;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1503;QD=20.8203;RBI=0.0762605;REFB=-0.0433095;REVB=-0.0346564;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731378;STB=0.541344;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0285395;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:5:9:8:3:5:9:8:3 chr16 90160953 . T C 143.09 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.252;QD=44.0266;RBI=0.0439286;REFB=0;REVB=0.0435337;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416282;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:2:11:0:0 chr16 90161033 . AC A,AA 511.85 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=9,25;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327645,0.0343621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.219,235.567;QD=58.4969;RBI=0.0405573,0.0424159;REFB=0,0;REVB=0.0239036,0.0248667;RO=0;SAF=9,21;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00623209,0.00385872;OID=.,.;OPOS=90161034,90161034;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0571429,0.942857:9,25:35:2,33:35:0:2,28:0,5:0:0:7:0:9,21:0,4:0:0 chr16 90161065 . A T 669.97 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8165;QD=62.3227;RBI=0.0267372;REFB=0;REVB=0.00368103;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191987;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:10:33:0:0:10:33:0:0 chr16 90161231 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9881;QD=57.2018;RBI=0.0556272;REFB=0;REVB=-0.052614;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140282;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr16 90161578 . G A 91.82 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0565725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8094;QD=30.6075;RBI=0.0952655;REFB=-0.121908;REVB=0.0766491;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0183615;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:2:0:4:6:2:0 chr16 90161585 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.977;QD=42.1807;RBI=0.0404205;REFB=0;REVB=0.0403813;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429429;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr16 90232832 . A C 590.24 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0321893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.344;QD=26.8292;RBI=0.0364022;REFB=-0.0346222;REVB=-0.0169991;RO=33;SAF=17;SAR=36;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125826;STB=0.559562;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0296649;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:33:35:53:53:0.602273:36:17:16:17:36:17:16:19 chr17 6115 . G C 638.65 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0159227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.288;QD=18.7837;RBI=0.0214821;REFB=-0.0176925;REVB=0.0144204;RO=71;SAF=25;SAR=40;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144243;STB=0.579952;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.020016;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:40:25:38:33:40:25:38:33 chr17 6157 . A G 456.21 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0113495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.23;QD=20.276;RBI=0.0114154;REFB=-0.0154936;REVB=-0.00122501;RO=45;SAF=15;SAR=30;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207582;STB=0.615332;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.013845;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:30:15:25:20:30:15:25:20 chr17 171098 . T G 197.78 PASS AF=0.305882;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00827453;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.235;QD=9.30726;RBI=0.0201608;REFB=-0.0175379;REVB=-0.0183845;RO=60;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258501;STB=0.626629;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0305817;OID=.;OPOS=171098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:59:25:26:0.305882:8:17:28:32:9:17:28:31 chr17 181474 . T C 2367.82 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.904;QD=61.1049;RBI=0.0433388;REFB=0;REVB=-0.0248047;RO=0;SAF=80;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71126e-05;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:75:80:0:0:75:80:0:0 chr17 182990 . A C 42.14 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000988047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5389;QD=18.7309;RBI=0.00990721;REFB=-0.0355893;REVB=0.00985781;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0436409;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:1:3:6:6:0.666667:3:3:0:1:3:3:2:1 chr17 292759 . C T 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00517217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.524;QD=19.6669;RBI=0.0204673;REFB=0.0177035;REVB=0.019803;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188272;STB=0.606628;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0270007;OID=.;OPOS=292759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:7:12:8:11:7:12:8:11 chr17 505129 . A C 538.95 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.037906;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.389;QD=17.6705;RBI=0.0379859;REFB=-0.0236286;REVB=0.00246276;RO=62;SAF=25;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429166;STB=0.537024;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0288882;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:62:65:57:57:0.467213:32:25:30:32:32:25:33:32 chr17 636266 . A AGGGCC 58.6 PASS AF=0.7;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.01614;FXX=0.166528;HRUN=3;LEN=5;MLLD=232.201;QD=23.4403;RBI=0.0352788;REFB=-0.00300536;REVB=0.0313703;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219787;STB=0.599755;STBP=0.678;TYPE=ins;VARB=0.00115867;OID=.;OPOS=636267;OREF=-;OALT=GGGCC;OMAPALT=AGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:7:12:7:10:3:6:1:3:0:17:4:6:1:4:0 chr17 636320 . T TCTC 127.0 PASS AF=0.441176;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0288886;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.927;QD=14.9417;RBI=0.0304208;REFB=-0.0463416;REVB=0.00953284;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187185;STB=0.63981;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=0.0453488;OID=.;OPOS=636321;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:12:38:15:34:19:10:5:8:11:99:22:8:4:11:11 chr17 644986 . A C 619.43 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0161756;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.909;QD=27.5301;RBI=0.0197197;REFB=-0.00663229;REVB=0.0112791;RO=33;SAF=23;SAR=32;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829562;STB=0.542073;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00430443;OID=.;OPOS=644986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:35:55:55:0.611111:32:23:10:23:32:23:11:24 chr17 648157 . G A 154.13 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00109355;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.929;QD=13.7003;RBI=0.0881198;REFB=-0.0145168;REVB=0.088113;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23012;STB=0.598842;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0158709;OID=.;OPOS=648157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:28:16:17:0.377778:6:10:12:17:7:10:12:16 chr17 648186 . G A 337.17 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00285442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9649;QD=24.9755;RBI=0.0312324;REFB=-0.0211404;REVB=0.0311017;RO=21;SAF=11;SAR=22;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176862;STB=0.597342;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0116607;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:22:11:12:9:22:11:12:9 chr17 648498 . C T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.541;QD=58.1363;RBI=0.0089021;REFB=0;REVB=0.00862788;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00512e-05;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr17 649232 . C T 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0111063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.424;QD=20.5644;RBI=0.0125614;REFB=-0.00642871;REVB=0.00586846;RO=44;SAF=31;SAR=14;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733612;STB=0.504063;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00653745;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:14:31:30:14:14:31:30:14 chr17 649505 . T A 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00320476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.876;QD=19.6954;RBI=0.0173548;REFB=-0.0249785;REVB=-0.0170563;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238914;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0230532;OID=.;OPOS=649505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:10:12:12:9:10:12 chr17 649547 . G C 267.84 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0327955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6159;QD=28.9554;RBI=0.0540193;REFB=-0.048848;REVB=0.0429249;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268616;STB=0.647459;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.029791;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:10:14:2:11:10:14:2:11 chr17 649935 . G C 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0998;QD=47.8068;RBI=0.0579071;REFB=0;REVB=-0.0228305;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156423;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr17 650206 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0386599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1287;QD=18.8202;RBI=0.0390171;REFB=-0.0290585;REVB=0.00526707;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22735;STB=0.631344;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0377163;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:5:5:9:3:5:5 chr17 685640 . G T 155.81 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=2.7479e-05;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0554;QD=22.258;RBI=0.0573034;REFB=0.0143175;REVB=0.0573034;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802345;STB=0.545395;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00833931;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:12:16:16:0.571429:12:4:4:8:12:4:4:8 chr17 685752 . G A 282.19 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0427976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4554;QD=17.3656;RBI=0.0590746;REFB=0.00188987;REVB=0.0407206;RO=34;SAF=22;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294491;STB=0.516473;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.000848333;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:9:22:25:9:9:22:25:9 chr17 704017 . A G 554.55 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.024408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.319;QD=55.4546;RBI=0.0331844;REFB=0.0623315;REVB=0.0224823;RO=2;SAF=27;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334545;STB=0.517848;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00416843;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:11:27:2:0:11:27:2:0 chr17 908502 . A G 44.39 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0736619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1027;QD=8.0713;RBI=0.0755223;REFB=0.00923881;REVB=0.0166596;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258431;STB=0.516084;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0100804;OID=.;OPOS=908502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:4:11:5:2:4:11 chr17 925764 . A G 690.59 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0375012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.465;QD=20.927;RBI=0.0421218;REFB=0.00667474;REVB=-0.0191808;RO=64;SAF=24;SAR=44;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121565;STB=0.56699;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00534374;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:64:68:68:0.515152:44:24:31:33:44:24:31:33 chr17 970413 . C T 88.09 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.229;QD=39.1518;RBI=0.017825;REFB=0;REVB=0.00434233;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121201;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr17 1028516 . AC A 54.01 PASS AF=0.6875;AO=8;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.14831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2961;QD=13.5034;RBI=0.185608;REFB=-0.0670667;REVB=0.1116;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.493197;SSSB=0.0651668;STB=0.509417;STBP=0.999;TYPE=del;VARB=0.00637529;OID=.;OPOS=1028517;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:8:16:11:16:5:9:2:4:1:24:6:7:1:5:1 chr17 1384065 . CA C,CC,CG 742.57 PASS AF=0.037037,0.0185185,0.944444;AO=7,2,42;DP=54;FAO=2,1,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,30;FSAR=0,1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041361,-0.00544864,0.012708;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=118.025,119.95,117.911;QD=55.0048;RBI=0.00457634,0.0135676,0.040609;REFB=0,0,0;REVB=0.00195845,0.0124254,-0.0385694;RO=0;SAF=3,1,25;SAR=4,1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-2.98888e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0258561,0.0453062,-0.000660969;OID=.,.,.;OPOS=1384066,1384066,1384066;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.037037,0.0185185,0.944444:7,2,42:54:2,1,51:54:0:2,0,30:0,1,21:0:0:7:0:3,1,25:4,1,17:0:0 chr17 1424948 . A G 817.19 PASS AF=0.818182;AO=64;DP=78;FAO=63;FDP=77;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00738756;FXX=0.0128189;HRUN=7;LEN=1;MLLD=253.214;QD=42.4516;RBI=0.016127;REFB=0.0143368;REVB=-0.0143355;RO=14;SAF=33;SAR=31;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292598;STB=0.514422;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00132204;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:78:77:14:14:64:63:0.818182:31:33:6:8:31:32:6:8 chr17 1489088 . C G 594.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4531;QD=60.9596;RBI=0.0216784;REFB=0;REVB=-0.0191285;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13688e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr17 1516480 . T C 1064.07 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342006;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.042;QD=59.9473;RBI=0.0344993;REFB=0;REVB=0.00453027;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2613e-05;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:65:71:1:31:34:0:0:34:37:0:0 chr17 1538302 . C A 860.58 PASS AF=0.451777;AO=89;DP=197;FAO=89;FDP=197;FR=.;FRO=108;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=-0.0255392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0888;QD=17.4737;RBI=0.0485138;REFB=-0.0278559;REVB=0.0412473;RO=108;SAF=53;SAR=36;SRF=64;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298485;STB=0.501656;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0395454;OID=.;OPOS=1538302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:108:108:89:89:0.451777:36:53:64:44:36:53:64:44 chr17 1538546 . C T 723.69 PASS AF=0.486486;AO=69;DP=149;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=0.0043527;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.82;QD=19.5592;RBI=0.0182546;REFB=-0.0136334;REVB=0.0177281;RO=74;SAF=32;SAR=37;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184354;STB=0.601239;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0235553;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:74:76:69:72:0.486486:37:32:49:25:38:34:51:25 chr17 1538628 . C G 580.02 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0116597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.498;QD=17.314;RBI=0.051615;REFB=-0.0238203;REVB=-0.0502808;RO=70;SAF=43;SAR=18;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185711;STB=0.617185;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0187636;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:73:61:61:0.455224:18:43:37:33:18:43:37:36 chr17 1542153 . G A 197.64 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000584164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2539;QD=18.8225;RBI=0.0203472;REFB=-0.0158193;REVB=-0.0203389;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143925;STB=0.573452;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0483866;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:15:5:8:13:15:5:8:14 chr17 1542190 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.012006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.115;QD=18.6449;RBI=0.0181819;REFB=-0.0460264;REVB=0.0136542;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106175;STB=0.560356;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0234592;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:4:9:8:6:4:9 chr17 1550220 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00844169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.199;QD=10.0752;RBI=0.0162493;REFB=0.00479599;REVB=0.0138844;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198042;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00674719;OID=.;OPOS=1550220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:4:4:9:4:4:4:9:5 chr17 1552171 . C T 162.36 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.173018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6857;QD=38.2032;RBI=0.175724;REFB=-0.0351153;REVB=0.0307191;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221381;STB=0.512179;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0132297;OID=.;OPOS=1552171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:1:1:9:6:1:1 chr17 1554770 . A G 552.98 PASS AF=0.508929;AO=54;DP=109;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0156483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.428;QD=19.7492;RBI=0.0231471;REFB=-0.0168967;REVB=-0.0170563;RO=50;SAF=39;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853322;STB=0.555767;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0192502;OID=.;OPOS=1554770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:50:55:54:57:0.508929:15:39:32:18:18:39:32:23 chr17 1578939 . C T 217.38 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00797752;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9147;QD=13.3775;RBI=0.0979283;REFB=0.00679559;REVB=-0.0976028;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905172;STB=0.551959;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0147892;OID=.;OPOS=1578939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:26:26:0.4:8:18:24:15:8:18:24:15 chr17 1580929 . G C 297.19 PASS AF=1;AO=16;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296648;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4917;QD=54.0336;RBI=0.084022;REFB=0;REVB=-0.078611;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141883;OID=.;OPOS=1580929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:22:0:0:16:22:1:8:8:0:0:9:13:0:0 chr17 1584324 . A G 500.01 PASS AF=0.481818;AO=52;DP=109;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0527631;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.087;QD=18.182;RBI=0.060858;REFB=-0.00276503;REVB=0.0303274;RO=57;SAF=20;SAR=32;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199854;STB=0.603734;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00297815;OID=.;OPOS=1584324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:57:57:52:53:0.481818:32:20:34:23:32:21:34:23 chr17 1585130 . A G 249.2 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0137208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.4;QD=11.8666;RBI=0.0140502;REFB=-0.0113791;REVB=-0.00302464;RO=53;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577143;STB=0.526383;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0159199;OID=.;OPOS=1585130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:54:30:30:0.357143:14:16:31:22:14:16:31:23 chr17 1611433 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.594;QD=40.7629;RBI=0.100625;REFB=0;REVB=0.000740946;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126464;OID=.;OPOS=1611433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 1630950 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0363271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6012;QD=26.6016;RBI=0.0580425;REFB=0.00685235;REVB=-0.0452688;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00745961;OID=.;OPOS=1630950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:1:1:4:4:1:1 chr17 1637074 . A G 267.21 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.0856818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6885;QD=13.7029;RBI=0.0948118;REFB=-0.0138627;REVB=-0.0405943;RO=45;SAF=17;SAR=15;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238314;STB=0.638219;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0176563;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:15:17:34:11:15:17:35:11 chr17 1637302 . A G 549.69 PASS AF=0.5;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0574566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.975;QD=19.2873;RBI=0.0583982;REFB=-0.028336;REVB=0.0104447;RO=53;SAF=33;SAR=23;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202025;STB=0.596457;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0155303;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:114:53:57:56:57:0.5:23:33:19:34:23:34:23:34 chr17 1648635 . C T 62.78 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.143495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4239;QD=20.9281;RBI=0.143534;REFB=-0.0761847;REVB=-0.00332638;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.681335;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0514286;OID=.;OPOS=1648635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:2:5:1:3:2:6:1:3 chr17 1673276 . C T 1108.44 PASS AF=0.962963;AO=74;DP=80;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0368851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0971;QD=54.7378;RBI=0.100304;REFB=-0.167497;REVB=0.093276;RO=6;SAF=19;SAR=55;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488687;STB=0.512394;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0126449;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:81:6:3:74:78:0.962963:55:19:0:6:59:19:0:3 chr17 1680002 . T C 192.76 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.034262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1563;QD=23.3644;RBI=0.0411584;REFB=0.00719232;REVB=-0.0228064;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209385;STB=0.617239;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00203657;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:9:5:12:7:9:5 chr17 1686410 . T C 211.91 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0488244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.151;QD=16.6206;RBI=0.0488281;REFB=-0.0270632;REVB=-0.000599986;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125279;STB=0.547129;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0248462;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:28:23:23:0.45098:12:11:9:17:12:11:11:17 chr17 1703543 . G C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00892084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.351;QD=14.6577;RBI=0.0177027;REFB=0.00737984;REVB=0.0152906;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.56561;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0258752;OID=.;OPOS=1703543;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:7:10:9:4:7:10 chr17 1704296 . C A 266.11 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0468331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0587;QD=21.2887;RBI=0.047666;REFB=-0.0260139;REVB=-0.00887211;RO=25;SAF=20;SAR=5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237748;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:5:20:20:5:5:20:20:5 chr17 1731268 . T C 1145.88 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00311399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.814;QD=58.0192;RBI=0.00712015;REFB=-0.169173;REVB=0.0064031;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510414;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000506389;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:0:2:77:77:0.974684:30:47:0:0:30:47:2:0 chr17 1733399 . A G 130.38 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6097;QD=43.4615;RBI=0.0343702;REFB=0;REVB=-0.0342418;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109453;OID=.;OPOS=1733399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr17 1801144 . C T 501.95 PASS AF=0.397163;AO=55;DP=141;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.00932705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.487;QD=14.2397;RBI=0.0109739;REFB=-0.00232375;REVB=-0.005782;RO=85;SAF=23;SAR=32;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218039;STB=0.615959;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00480475;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:85:55:56:0.397163:32:23:53:32:32:24:53:32 chr17 1839674 . G C 1434.15 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5775;QD=63.0394;RBI=0.0296596;REFB=0;REVB=-0.0296069;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019251;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr17 1840468 . C T 1863.81 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164235;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.178;QD=61.6136;RBI=0.0405209;REFB=0;REVB=0.0370434;RO=0;SAF=82;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22277e-05;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:120:121:1:38:82:0:0:38:83:0:0 chr17 1940232 . A G 401.39 PASS AF=0.482353;AO=39;DP=83;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0256171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.641;QD=18.8889;RBI=0.034188;REFB=-0.00872297;REVB=-0.0226404;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114292;STB=0.510199;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00923402;OID=.;OPOS=1940232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:44:44:39:41:0.482353:23:16:18:26:25:16:18:26 chr17 1943888 . T C 576.67 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.357;QD=60.7019;RBI=0.0654728;REFB=0;REVB=0.0478721;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320043;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:14:22:0:0:16:22:0:0 chr17 1962682 . CA C 548.97 PASS AF=0.461538;AO=85;DP=201;FAO=90;FDP=195;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.0626127;FXX=0.0298493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4099;QD=11.261;RBI=0.0843212;REFB=-0.00140959;REVB=-0.0564776;RO=99;SAF=42;SAR=43;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482949;STB=0.511975;STBP=0.755;TYPE=del;VARB=0.00363473;OID=.;OPOS=1962683;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:85:201:90:195:105:44:46:49:56:99:99:42:43:44:55 chr17 2091765 . C T 888.92 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=141;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0559048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.728;QD=25.2176;RBI=0.0573678;REFB=-0.00268629;REVB=-0.012873;RO=60;SAF=44;SAR=37;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124457;STB=0.567725;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00283254;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:60:81:81:0.574468:37:44:23:37:37:44:23:37 chr17 2203025 . T G 992.72 PASS AF=0.972603;AO=41;DP=68;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.138511;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.0591;QD=54.3955;RBI=0.139495;REFB=-0.215548;REVB=0.0165457;RO=1;SAF=6;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132221;STB=0.501363;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00342026;OID=.;OPOS=2203025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:73:1:2:41:71:0.972603:35:6:0:1:39:32:1:1 chr17 2203167 . T G 387.2 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0120869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7931;QD=23.8279;RBI=0.0290888;REFB=0.00231575;REVB=-0.0264587;RO=27;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893233;STB=0.549126;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00455018;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:14:24:14:13:14:24:14:13 chr17 2203175 . C G 231.89 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0129966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.273;QD=14.7228;RBI=0.0136691;REFB=-0.00393151;REVB=0.00423442;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093833;STB=0.553153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00520311;OID=.;OPOS=2203175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:22:14:13:14:22:14 chr17 2203348 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0359;QD=43.486;RBI=0.0607466;REFB=0;REVB=-0.0528307;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119159;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr17 2203453 . A G 172.62 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.064477;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.545;QD=16.8412;RBI=0.0682947;REFB=-0.0253781;REVB=-0.0225142;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290186;STB=0.673317;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0202711;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:12:5:2:21:12:6:2:21 chr17 2238152 . T C 530.3 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0686731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4133;QD=20.3962;RBI=0.0687133;REFB=-0.0117283;REVB=0.00234976;RO=50;SAF=24;SAR=30;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.564437;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0146528;OID=.;OPOS=2238152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:49:54:55:0.528846:30:24:30:20:30:25:29:20 chr17 2266799 . G A 577.64 PASS AF=0.445255;AO=59;DP=135;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0559048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3398;QD=16.8653;RBI=0.127561;REFB=-0.0325708;REVB=0.114658;RO=76;SAF=36;SAR=23;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327627;STB=0.506414;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0415481;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:76:76:59:61:0.445255:23:36:44:32:25:36:44:32 chr17 2266812 . T C 618.74 PASS AF=0.453901;AO=67;DP=143;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.118068;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.201;QD=17.553;RBI=0.119326;REFB=-0.0457487;REVB=-0.0172811;RO=74;SAF=41;SAR=26;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437432;STB=0.505271;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.050333;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:74:77:67:64:0.453901:26:41:42:32:26:38:45:32 chr17 2268311 . G A 780.43 PASS AF=0.539568;AO=74;DP=135;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0107537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.604;QD=22.4585;RBI=0.0112496;REFB=-0.0193188;REVB=0.00330319;RO=59;SAF=48;SAR=26;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174399;STB=0.595748;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0171158;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:59:64:74:75:0.539568:26:48:26:33:26:49:29:35 chr17 2275734 . C G 446.26 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0545445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1119;QD=20.7565;RBI=0.0547247;REFB=-0.0159182;REVB=-0.00443673;RO=34;SAF=18;SAR=26;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713247;STB=0.521682;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0080351;OID=.;OPOS=2275734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:42:44:44:0.511628:26:18:11:23:26:18:19:23 chr17 2289611 . GA G,GG 120.17 PASS AF=0.236842,0.157895;AO=8,6;DP=37;FAO=9,6;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6,5;FSAR=3,1;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0075916,0.0069488;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.87,207.395;QD=12.649;RBI=0.049382,0.0601545;REFB=-0.0190542,-0.0184941;REVB=0.048795,0.0597518;RO=23;SAF=6,5;SAR=2,1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0166673,0.164016;STB=0.560847,0.61361;STBP=0.741,0.6;TYPE=del,snp;VARB=0.0431483,0.0325383;OID=.,.;OPOS=2289612,2289612;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842,0.157895:8,6:37:9,6:38:23:6,5:3,1:17:6:59:23:6,5:2,1:17:6 chr17 2297571 . G A,GCA 204.64 PASS AF=0.230769,0.5;AO=9,9;DP=32;FAO=6,13;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=2,4;FSAR=4,9;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0235328,-0.00854551;FXX=0.187441;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=81.2828,65.9933;QD=31.4833;RBI=0.023552,0.283792;REFB=-0.0327023,-0.116206;REVB=-0.000951883,0.283663;RO=11;SAF=2,3;SAR=7,6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.586203,-0.499266;STB=0.817378,0.732991;STBP=0.109,0.009;TYPE=snp,ins;VARB=0.0762038,0.120352;OID=.,.;OPOS=2297571,2297572;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:32:26:11:7:9,9:6,13:0.230769,0.5:7,6:2,3:10:1:4,9:2,4:7:0 chr17 2298615 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0441849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.225;QD=14.9776;RBI=0.0441849;REFB=0.0046199;REVB=0;RO=11;SAF=10;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00794566;OID=.;OPOS=2298615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:0:10:11:0:0:10:11:0 chr17 2593952 . GC G,GG 271.05 PASS AF=0.673077,0.0961538;AO=25,6;DP=53;FAO=35,5;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=23,2;FSAR=12,3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0582795,-0.0562259;FXX=0.0188644;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.9896,12.9287;QD=20.8502;RBI=0.20635,0.0965082;REFB=-0.0542719,-0.0754054;REVB=0.197949,0.0784378;RO=13;SAF=20,3;SAR=5,3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.401575,0.298785;STB=0.607484,0.614966;STBP=0.02,0.669;TYPE=del,snp;VARB=0.050104,0.112485;OID=.,.;OPOS=2593953,2593953;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.673077,0.0961538:25,6:53:35,5:52:12:23,2:12,3:3:9:53:13:20,3:5,3:3:10 chr17 2606715 . G A 2798.7 PASS AF=0.994444;AO=178;DP=181;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109271;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9101;QD=62.1933;RBI=0.012095;REFB=-0.0987931;REVB=0.00518523;RO=0;SAF=88;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000414741;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:180:0:1:178:179:0.994444:90:88:0:0:90:89:1:0 chr17 2868935 . T C 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00973231;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.489;QD=19.1081;RBI=0.0117614;REFB=-0.025655;REVB=-0.00660393;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.576854;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0295862;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:25:22:22:0.468085:12:10:15:8:12:10:15:10 chr17 2883588 . C A 156.15 PASS AF=0.36;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.000957129;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9902;QD=12.4918;RBI=0.00628918;REFB=-0.0132094;REVB=-0.00621592;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212603;STB=0.608183;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0402645;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:32:18:18:0.36:8:10:23:8:8:10:23:9 chr17 2929392 . G A 126.3 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00828954;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.102;QD=10.5246;RBI=0.0149348;REFB=-0.0106713;REVB=0.0124231;RO=33;SAF=12;SAR=3;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200567;STB=0.622043;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0224313;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:33:33:15:15:0.3125:3:12:22:11:3:12:22:11 chr17 2929674 . T C 399.26 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.03609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.001;QD=18.7887;RBI=0.0362797;REFB=-0.00981389;REVB=-0.00370507;RO=43;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650114;STB=0.522377;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00967772;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:44:40:41:0.482353:15:25:24:19:16:25:25:19 chr17 2930339 . G A 193.64 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00189969;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.411;QD=18.8916;RBI=0.0104684;REFB=-0.0378101;REVB=-0.0102946;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151944;STB=0.537859;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0514;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:21:18:20:0.487805:7:11:10:12:9:11:10:11 chr17 2940720 . C A 224.66 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0112188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.1579;QD=19.9699;RBI=0.020197;REFB=-0.0273332;REVB=0.0167946;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798932;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0458013;OID=.;OPOS=2940720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:20:23:22:22:0.488889:9:13:12:8:9:13:13:10 chr17 2940759 . A G 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.901;QD=62.761;RBI=0.0104251;REFB=0;REVB=-0.00468736;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37554e-06;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr17 2966032 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4364;QD=44.6896;RBI=0.0363317;REFB=0;REVB=0.015764;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00079534;OID=.;OPOS=2966032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 2966545 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0218035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.187;QD=12.3942;RBI=0.0329083;REFB=-0.016008;REVB=0.0246488;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0241916;OID=.;OPOS=2966545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:12:12:7:7:12:12 chr17 3100827 . T C 841.96 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00571546;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.992;QD=55.2103;RBI=0.0280513;REFB=-0.0200268;REVB=0.0274629;RO=1;SAF=44;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348923;STB=0.516124;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=8.25407e-05;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:61:1:1:57:60:0.983607:13:44:0:1:15:45:0:1 chr17 3101076 . G C 1125.94 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00138188;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.897;QD=55.6018;RBI=0.0071162;REFB=-0.0971365;REVB=0.00698074;RO=3;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436187;STB=0.530295;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-4.35712e-05;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:81:3:4:77:77:0.950617:31:46:0:3:31:46:0:4 chr17 3101578 . G T 1446.77 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219755;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.016;QD=57.298;RBI=0.0291107;REFB=0.0315013;REVB=-0.0190922;RO=2;SAF=47;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00095076;STB=0.500501;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000466231;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:101:2:2:99:99:0.980198:52:47:1:1:52:47:1:1 chr17 3101691 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.09;QD=57.2026;RBI=0.00727451;REFB=0;REVB=0.00113704;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09911e-05;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr17 3119008 . T C 1230.87 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0014956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5499;QD=60.0425;RBI=0.0307735;REFB=-0.075111;REVB=0.0307372;RO=1;SAF=63;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745827;STB=0.503936;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0108864;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:18:63:1:0:18:63:1:0 chr17 3195503 . C T 1495.13 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378873;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.164;QD=63.6226;RBI=0.010959;REFB=0;REVB=0.0102832;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7291e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr17 3300934 . A T 1559.43 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.574;QD=58.8465;RBI=0.0571211;REFB=-0.101737;REVB=0.0418231;RO=1;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050536;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:1:0:105:106:1:47:58:0:1:48:58:0:0 chr17 3337057 . A G 1007.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1255;QD=59.2604;RBI=0.0803047;REFB=0;REVB=-0.0760666;RO=0;SAF=49;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385603;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:19:49:0:0:19:49:0:0 chr17 3343519 . T C 554.69 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00706335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7489;QD=24.9298;RBI=0.0406087;REFB=-0.00321145;REVB=-0.0399897;RO=38;SAF=22;SAR=29;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15546;STB=0.585055;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00381384;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:29:22:24:14:29:22:24:14 chr17 3352294 . A G 348.07 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.015316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.867;QD=12.6571;RBI=0.0157875;REFB=-0.0126479;REVB=0.00382964;RO=65;SAF=26;SAR=16;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279156;STB=0.669121;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.011947;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:68:42:42:0.381818:16:26:23:42:16:26:23:45 chr17 3352331 . C T 298.85 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0125042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.101;QD=12.7169;RBI=0.0128359;REFB=-0.00282047;REVB=-0.00289913;RO=59;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315858;STB=0.685236;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00669105;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:59:59:34:35:0.37234:12:22:21:38:12:23:21:38 chr17 3416555 . C A 200.5 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0104882;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6012;QD=19.5612;RBI=0.011135;REFB=0.00926048;REVB=0.00373973;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116316;STB=0.565398;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00516933;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:16:5:7:13:16:5 chr17 3422032 . G A 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.66;QD=64.0193;RBI=0.00866494;REFB=0;REVB=0.00597817;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13951e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:44:54:0:0:44:54:0:0 chr17 3422077 . G A 640.86 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00948463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4481;QD=26.1576;RBI=0.0273299;REFB=-0.00586544;REVB=0.0256314;RO=41;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184182;STB=0.600252;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00437247;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:29:28:30:11:29:28:30:11 chr17 3436080 . C T 197.72 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0239514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4696;QD=14.6458;RBI=0.0282894;REFB=-0.0132128;REVB=0.0150539;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110308;STB=0.563084;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00734325;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:8:15:17:14:8:15:17:14 chr17 3445901 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.696;QD=56.9567;RBI=0.0462071;REFB=0;REVB=-0.00336733;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015498;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr17 3446884 . CT C,CC 757.74 PASS AF=0.145455,0.854545;AO=9,45;DP=54;FAO=8,47;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=6,10;FSAR=2,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185403,0.025862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.338,258.685;QD=55.1082;RBI=0.0342885,0.0357713;REFB=0,0;REVB=0.0288437,0.0247132;RO=0;SAF=5,10;SAR=4,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.64128e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0112722,0.00085867;OID=.,.;OPOS=3446885,3446885;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.145455,0.854545:9,45:54:8,47:55:0:6,10:2,37:0:0:24:0:5,10:4,35:0:0 chr17 3458072 . T C,G 769.7 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=51,2;DP=53;FAO=52,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175257,-0.0110089;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.24,103.651;QD=55.9784;RBI=0.0222027,0.0168767;REFB=0,0;REVB=-0.0136313,-0.0127917;RO=0;SAF=30,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00437903,0.125937;OID=.,.;OPOS=3458072,3458072;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:55:0:0:51,2:52,3:0.945455,0.0545455:21,2:30,0:0:0:22,3:30,0:0:0 chr17 3486701 . AG A,AA,AT 435.63 PASS AF=0,0.903226,0.0967742;AO=6,23,3;DP=32;FAO=0,28,3;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,3;FSAR=0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201505,-0.00212724,-0.00146549;FXX=0.0312402;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=168.06,191.226,160.383;QD=56.2097;RBI=0.016957,0.0125789,0.0395119;REFB=0,0,0;REVB=0.0168368,0.0123977,0.0394847;RO=0;SAF=2,15,3;SAR=4,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0464433,-0.000590872,0.0218996;OID=.,.,.;OPOS=3486702,3486702,3486702;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.903226,0.0967742:6,23,3:32:0,28,3:31:0:0,16,3:0,12,0:0:0:11:0:2,15,3:4,8,0:0:0 chr17 3493200 . C G 459.99 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=48;FWDB=0.0424995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.766;QD=16.1399;RBI=0.0425764;REFB=0.00052341;REVB=-0.00255827;RO=63;SAF=23;SAR=27;SRF=15;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229096;STB=0.621578;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.000802916;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:63:63:50:51:0.447368:27:23:15:48:28:23:15:48 chr17 3494310 . C T 610.85 PASS AF=0.670886;AO=52;DP=79;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0034969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.794;QD=30.9289;RBI=0.0279481;REFB=0.00320615;REVB=-0.0277285;RO=24;SAF=38;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164945;STB=0.502145;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00177959;OID=.;OPOS=3494310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:24:26:52:53:0.670886:14:38:17:7:14:39:19:7 chr17 3494361 . G A 186.22 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=0.0317346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.205;QD=9.0838;RBI=0.0324391;REFB=-0.0187916;REVB=0.00672358;RO=56;SAF=18;SAR=7;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726477;STB=0.530411;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0309586;OID=.;OPOS=3494361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:7:18:43:13:7:18:43:14 chr17 3495374 . G A 215.72 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0121246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.409;QD=21.5722;RBI=0.0223954;REFB=-0.0265935;REVB=0.0188295;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772962;STB=0.555504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0219201;OID=.;OPOS=3495374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:20:21:0.525:8:12:13:6:9:12:13:6 chr17 3514028 . G C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1512;QD=56.936;RBI=0.037365;REFB=0;REVB=-0.00443218;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303765;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr17 3526637 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0135743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.007;QD=18.6757;RBI=0.0153315;REFB=-0.0144125;REVB=0.00712703;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162261;OID=.;OPOS=3526637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:15:17:17:14:15:17:17:15 chr17 3553526 . A G 727.38 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.561;QD=63.2503;RBI=0.0460568;REFB=0;REVB=0.0376794;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136652;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 3559823 . G A 394.28 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=0.00305902;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.749;QD=18.1281;RBI=0.00305944;REFB=-0.0156415;REVB=5.0838e-05;RO=42;SAF=26;SAR=14;SRF=35;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199777;STB=0.588568;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0136698;OID=.;OPOS=3559823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:42:46:40:41:0.471264:14:26:35:7:15:26:36:10 chr17 3561396 . C T 1070.1 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00134902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.974;QD=54.8769;RBI=0.0247176;REFB=-0.0869863;REVB=0.0246808;RO=4;SAF=39;SAR=35;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216908;STB=0.511479;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000992144;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:78:4:4:74:74:0.948718:35:39:3:1:35:39:3:1 chr17 3563963 . C G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00836603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.825;QD=22.3979;RBI=0.0317363;REFB=-0.027535;REVB=-0.0306137;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653289;STB=0.536552;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0275639;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:11:11:11:8:11:11:11:8 chr17 3564068 . G A 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0551415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7601;QD=25.4939;RBI=0.0638936;REFB=-0.0306044;REVB=-0.032277;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179477;STB=0.599866;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0129465;OID=.;OPOS=3564068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:1:6:8:6:1:6 chr17 3564073 . A G 83.62 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00715249;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9386;QD=18.5826;RBI=0.0166601;REFB=-0.0136008;REVB=-0.0150466;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25827;STB=0.66637;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0361029;OID=.;OPOS=3564073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:7:8:10:10:0.555556:5:5:1:6:5:5:1:7 chr17 3564084 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0286512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.784;QD=19.3685;RBI=0.0450625;REFB=-0.00591731;REVB=-0.0347812;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318367;STB=0.681477;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00571072;OID=.;OPOS=3564084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:1:6:4:6:1:6 chr17 3564378 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00821632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.422;QD=22.3968;RBI=0.00909007;REFB=-0.0396854;REVB=-0.00388861;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147024;STB=0.582025;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0364778;OID=.;OPOS=3564378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:15:8:13:12:15:8 chr17 3564400 . TT AG,TG 660.79 PASS AF=0.386364,0.613636;AO=16,27;DP=45;FAO=17,27;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9,12;FSAR=8,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416389,-0.0538381;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=48.4237,83.2185;QD=60.072;RBI=0.0533204,0.054179;REFB=0,0;REVB=0.0333057,0.00606817;RO=0;SAF=9,12;SAR=7,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.015536,0.0358982;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:44:0:0:16,27:17,27:0.386364,0.613636:7,15:9,12:0:0:8,15:9,12:0:0 chr17 3568012 . A G 184.26 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0420639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.462;QD=17.9769;RBI=0.0440073;REFB=-0.0225182;REVB=0.0129333;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121947;STB=0.578858;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0225096;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:14:4:7:15:15:4:7:15 chr17 3627840 . G A 539.41 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.334;QD=59.9348;RBI=0.0496046;REFB=0;REVB=0.0179681;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227604;OID=.;OPOS=3627840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:19:17:0:0 chr17 3628212 . T C 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.23;QD=56.693;RBI=0.0455684;REFB=0;REVB=0.0161987;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157813;OID=.;OPOS=3628212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr17 3628361 . GT G,GC 217.59 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,16;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02561,0.0396615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=32.3593,52.8223;QD=48.3528;RBI=0.0618248,0.0697186;REFB=0,0;REVB=-0.0562711,-0.057338;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0134685,0.000403702;OID=.,.;OPOS=3628362,3628362;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:2,16:18:2,16:18:0:0,9:2,7:0:0:10:0:0,9:2,7:0:0 chr17 3629698 . A G 1153.43 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.587;QD=60.7071;RBI=0.049681;REFB=0;REVB=0.0491763;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104541;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:38:38:0:0 chr17 3629848 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.531;QD=60.2302;RBI=0.0526556;REFB=0;REVB=-0.0381095;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58122e-05;OID=.;OPOS=3629848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr17 3629867 . G A 446.24 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.938;QD=57.5794;RBI=0.0465982;REFB=0;REVB=-0.00993875;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252052;OID=.;OPOS=3629867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr17 3632836 . G A 795.53 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00167343;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.728;QD=51.3245;RBI=0.00329472;REFB=-0.0987683;REVB=0.0028381;RO=4;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448735;STB=0.523801;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00100946;OID=.;OPOS=3632836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:62:4:4:58:58:0.935484:40:18:0:4:40:18:0:4 chr17 3818788 . G A 716.28 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029513;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.376;QD=56.179;RBI=0.0340466;REFB=0;REVB=0.0169752;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186856;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:1:0:50:51:1:25:25:1:0:25:26:0:0 chr17 3818830 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.476;QD=57.1768;RBI=0.0103853;REFB=0;REVB=-0.0084736;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010872;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr17 3819002 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=28;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.915;QD=59.8359;RBI=0.0398456;REFB=0;REVB=0.0381179;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88649e-05;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:28:36:1:8:20:0:0:11:25:0:0 chr17 3909404 . C A 276.42 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0196253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4951;QD=13.6506;RBI=0.0210411;REFB=-0.00599861;REVB=0.00758794;RO=49;SAF=24;SAR=7;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212435;STB=0.627932;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0118132;OID=.;OPOS=3909404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:49:31:32:0.395062:7:24:30:19:7:25:30:19 chr17 3916823 . G A 316.93 PASS AF=0.692308;AO=26;DP=40;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0202986;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.031;QD=32.5055;RBI=0.0293723;REFB=-0.0336137;REVB=-0.0212296;RO=10;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260651;STB=0.655056;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0187826;OID=.;OPOS=3916823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:39:10:12:26:27:0.692308:18:8:8:2:18:9:10:2 chr17 3926110 . C G 106.34 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0115736;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0626;QD=10.9065;RBI=0.0227316;REFB=0.00975791;REVB=0.0195647;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239631;STB=0.63464;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0135229;OID=.;OPOS=3926110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:26:13:13:0.333333:9:4:12:11:9:4:13:13 chr17 3947644 . T C 427.01 PASS AF=0.471154;AO=44;DP=96;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0274938;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8358;QD=16.4235;RBI=0.0284252;REFB=-0.043021;REVB=0.00721698;RO=51;SAF=25;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000436688;STB=0.506796;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.041577;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:104:51:55:44:49:0.471154:19:25:29:22:19:30:33:22 chr17 3953083 . T C 248.03 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00458244;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.354;QD=11.2738;RBI=0.0209113;REFB=-0.0030423;REVB=-0.020403;RO=58;SAF=17;SAR=13;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12535;STB=0.572281;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00612624;OID=.;OPOS=3953083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:58:58:30:30:0.340909:13:17:39:19:13:17:39:19 chr17 3953102 . A G 278.14 PASS AF=0.383721;AO=30;DP=83;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0142079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.95;QD=12.9365;RBI=0.0271731;REFB=-0.0153812;REVB=0.0231628;RO=50;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.596017;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0294545;OID=.;OPOS=3953102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:50:53:30:33:0.383721:14:16:32:18:17:16:34:19 chr17 3966064 . A G 559.17 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00914762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.166;QD=20.5198;RBI=0.00916276;REFB=-0.0175353;REVB=0.000526479;RO=51;SAF=29;SAR=28;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102229;STB=0.55095;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.012062;OID=.;OPOS=3966064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:52:57:57:0.522936:28:29:32:19:28:29:32:20 chr17 3981290 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0229744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.221;QD=12.791;RBI=0.0269522;REFB=-0.0337217;REVB=0.0140925;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387345;STB=0.522789;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0621473;OID=.;OPOS=3981290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:9:14:9:5:9:14 chr17 4015997 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00764672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.15;QD=12.3283;RBI=0.00974676;REFB=-0.00521742;REVB=0.00604377;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452116;STB=0.770897;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0109506;OID=.;OPOS=4015997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:10:7:9:2:10:7 chr17 4067315 . G A 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0131201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.355;QD=23.3817;RBI=0.0247359;REFB=-0.0413437;REVB=-0.0209698;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739392;STB=0.541358;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0268396;OID=.;OPOS=4067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:8:6:10:9:8:6 chr17 4088291 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.399;QD=57.3843;RBI=0.0578361;REFB=0;REVB=0.0103269;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316332;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr17 4352636 . G A 321.13 PASS AF=0.487179;AO=25;DP=75;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.143492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.5701;QD=16.4681;RBI=0.144277;REFB=-0.0196517;REVB=-0.0150294;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221053;STB=0.680518;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0494862;OID=.;OPOS=4352636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:36:40:25:38:0.487179:12:13:11:25:13:25:12:28 chr17 4440907 . A G 406.92 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0614078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7165;QD=20.3462;RBI=0.0709944;REFB=0.00121591;REVB=-0.035627;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177596;STB=0.598141;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00232948;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:22:19:26:13:22:19:26:13 chr17 4446457 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.02644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.25;QD=19.0583;RBI=0.0379631;REFB=-0.0168183;REVB=0.0272419;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13202;STB=0.575139;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0156999;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:11:9:6:13:11:9 chr17 4449007 . G A 312.12 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00291718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.01;QD=29.7253;RBI=0.00544128;REFB=-0.0450008;REVB=0.00459322;RO=15;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185947;STB=0.60202;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.013199;OID=.;OPOS=4449007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:15:12:11:4:15:12:11:4 chr17 4451453 . C T 966.67 PASS AF=0.615942;AO=85;DP=139;FAO=85;FDP=138;FR=.;FRO=53;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.0442094;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.047;QD=28.0194;RBI=0.0642726;REFB=-0.0513717;REVB=0.046653;RO=53;SAF=49;SAR=36;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103995;STB=0.556194;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0194645;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:53:53:85:85:0.615942:36:49:38:15:36:49:38:15 chr17 4452651 . T G 325.69 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00391588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.948;QD=14.8041;RBI=0.0183398;REFB=-0.0155181;REVB=-0.0179169;RO=51;SAF=21;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156104;STB=0.515495;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0239408;OID=.;OPOS=4452651;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:15:21:29:22:15:21:29:23 chr17 4455500 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.544;QD=58.2387;RBI=0.0240277;REFB=0;REVB=-0.00277556;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44653e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr17 4458598 . G C 314.08 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00329974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.455;QD=18.751;RBI=0.0133929;REFB=-0.0210891;REVB=0.01298;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449335;STB=0.539061;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0222526;OID=.;OPOS=4458598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:32:33:33:34:0.507463:19:14:12:20:19:15:12:21 chr17 4461748 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.565;QD=47.8223;RBI=0.0631172;REFB=0;REVB=0.0268163;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297382;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr17 4463023 . G A 631.27 PASS AF=0.396648;AO=71;DP=186;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=68;FSRR=40;FWDB=0.00192414;FXX=0.0376324;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.822;QD=14.1067;RBI=0.0217286;REFB=-0.0196901;REVB=-0.0216432;RO=107;SAF=39;SAR=32;SRF=68;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941976;STB=0.549409;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0312881;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:179:107:108:71:71:0.396648:32:39:68:39:32:39:68:40 chr17 4463699 . G A 311.47 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0146255;FXX=0.0336106;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.748;QD=10.8337;RBI=0.0246426;REFB=-0.00530792;REVB=0.0198332;RO=74;SAF=20;SAR=19;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469793;STB=0.526349;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00817754;OID=.;OPOS=4463699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:74:76:39:39:0.33913:19:20:41:33:19:20:42:34 chr17 4495682 . G A 316.74 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0134329;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7194;QD=20.4347;RBI=0.0336387;REFB=-0.0121102;REVB=0.0308402;RO=29;SAF=25;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24119;STB=0.6154;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0155834;OID=.;OPOS=4495682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:32:33:0.532258:7:25:16:13:8:25:16:13 chr17 4495740 . G A 165.82 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00152268;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.116;QD=11.6368;RBI=0.0392959;REFB=-0.0129096;REVB=0.0392664;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117371;STB=0.581078;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0228693;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:36:21:21:0.368421:9:12:23:11:9:12:25:11 chr17 4497160 . T C 131.2 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0150399;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.054;QD=8.74654;RBI=0.0325078;REFB=-0.00680047;REVB=0.0288194;RO=40;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434253;STB=0.511615;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0104463;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:42:18:18:0.3:7:11:23:17:7:11:25:17 chr17 4498611 . G A 88.46 PASS AF=0.407407;AO=12;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0158818;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.06;QD=13.1058;RBI=0.0165146;REFB=-0.0129086;REVB=0.00452808;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422461;STB=0.54786;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0170793;OID=.;OPOS=4498611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:12:11:0.407407:7:5:6:10:6:5:6:10 chr17 4545581 . C T 342.96 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.121183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.2;QD=48.9948;RBI=0.121317;REFB=-0.154533;REVB=-0.00570286;RO=2;SAF=10;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841887;STB=0.545419;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00331187;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:2:2:26:26:0.928571:16:10:2:0:16:10:2:0 chr17 4575283 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.823;QD=51.9147;RBI=0.0186728;REFB=0;REVB=0.0179769;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72955e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr17 4620497 . C T 676.69 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0745297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8387;QD=60.1499;RBI=0.0867204;REFB=0.00292404;REVB=0.0443368;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00134932;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:0:1:20:24:0:1 chr17 4622638 . C T 575.66 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.192;QD=60.5961;RBI=0.0656788;REFB=0;REVB=-0.0468086;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54515e-05;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:19:17:0:0:19:19:0:0 chr17 4637886 . G A 376.44 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.01081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.624;QD=16.0185;RBI=0.0188055;REFB=-0.0187193;REVB=0.015388;RO=52;SAF=26;SAR=14;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475711;STB=0.534589;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0168898;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:54:40:40:0.425532:14:26:36:16:14:26:38:16 chr17 4638484 . T C 769.74 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.134;QD=61.5793;RBI=0.00107533;REFB=0;REVB=-7.49003e-05;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020183;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:20:27:0:0:21:29:0:0 chr17 4638563 . G A 850.41 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1299;QD=57.6547;RBI=0.00451461;REFB=0;REVB=-0.00438201;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82497e-05;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr17 4638737 . A G 574.67 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170296;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.99;QD=58.9405;RBI=0.0171714;REFB=-0.0571147;REVB=-0.00220195;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384907;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr17 4641755 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263776;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.896;QD=60.6103;RBI=0.0196684;REFB=0;REVB=0.0194907;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42535e-05;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 4645324 . T C 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0176874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5686;QD=19.1721;RBI=0.0229518;REFB=0.00678847;REVB=0.0146267;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677145;STB=0.537713;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00792217;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:19:14:16:16:19:14:16:16 chr17 4684095 . G A 194.81 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-5.07949e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.07;QD=14.1678;RBI=0.0116225;REFB=0.000978957;REVB=0.0116224;RO=31;SAF=21;SAR=2;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484719;STB=0.781602;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00141841;OID=.;OPOS=4684095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:32:23:23:0.418182:2:21:19:12:2:21:20:12 chr17 4686414 . A C 1499.53 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782184;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.551;QD=59.9814;RBI=0.0815858;REFB=0;REVB=0.0231976;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53473e-05;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:0:0:92:100:1:49:43:0:0:50:50:0:0 chr17 4686463 . A ACGCCTACCTGGCT 97.24 PASS AF=0.265306;AO=9;DP=50;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0367521;FXX=0;HRUN=1;LEN=13;MLLD=283.397;QD=7.93827;RBI=0.0485458;REFB=-0.0235618;REVB=0.0317171;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487304;STB=0.851208;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.0382824;OID=.;OPOS=4686464;OREF=-;OALT=CGCCTACCTGGCT;OMAPALT=ACGCCTACCTGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306:9:50:13:49:36:3:10:28:8:97:37:3:6:28:9 chr17 4689572 . T C 727.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.577;QD=63.2652;RBI=0.0512144;REFB=0;REVB=-0.00127168;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217366;OID=.;OPOS=4689572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 4692559 . G T 111.98 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=29;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00348757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.981;QD=14.4486;RBI=0.00419927;REFB=-0.0137286;REVB=-0.00233895;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224736;STB=0.614827;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0295884;OID=.;OPOS=4692559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:15:17:12:14:0.451613:5:7:12:3:5:9:14:3 chr17 4693170 . T C 127.54 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.438;QD=42.5143;RBI=0.0330087;REFB=0;REVB=-0.0292671;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383385;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr17 4699552 . G A 140.12 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0199904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.841;QD=20.7587;RBI=0.07244;REFB=-0.016864;REVB=0.0696271;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102052;OID=.;OPOS=4699552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:11:12:15:15:0.555556:5:10:8:3:5:10:8:4 chr17 4712395 . A T 88.13 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0440012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.428;QD=14.1015;RBI=0.0484731;REFB=-0.0305371;REVB=-0.0203355;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198913;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0464326;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:12:14:11:11:0.44:4:7:5:7:4:7:6:8 chr17 4718776 . G A 78.83 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0268284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1809;QD=6.70934;RBI=0.0268578;REFB=-0.0324647;REVB=0.00125569;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416571;STB=0.767069;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.104979;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:46:47:35:36:11:11:0.234043:8:3:22:13:8:3:23:13 chr17 4720469 . C T 64.39 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0856575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5971;QD=9.90619;RBI=0.0860682;REFB=-0.0090223;REVB=-0.00839873;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217481;STB=0.601558;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0310318;OID=.;OPOS=4720469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:5:4:4:12:5:4:5:12 chr17 4796271 . C T 250.86 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0123894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.789;QD=12.2371;RBI=0.0134842;REFB=-0.033459;REVB=-0.00532229;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789701;STB=0.539973;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0320629;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:12:18:27:24:12:18:28:24 chr17 4796274 . T C 1245.58 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5078;QD=61.51;RBI=0.0222411;REFB=0;REVB=-0.0193063;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15277e-05;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr17 4796286 . C T 996.69 PASS AF=0.888889;AO=71;DP=81;FAO=72;FDP=81;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0160655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.313;QD=49.2192;RBI=0.022076;REFB=-0.129191;REVB=0.0151409;RO=4;SAF=35;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258767;STB=0.530856;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00164628;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:81:81:4:9:71:72:0.888889:36:35:3:1:36:36:7:2 chr17 4797305 . G A 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0750269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3433;QD=25.8975;RBI=0.0751077;REFB=-0.00553276;REVB=-0.00348336;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376673;STB=0.53059;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00439209;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:14:14:9:11:14:14:9:12 chr17 4801125 . CC AG,GC 71.69 PASS AF=0,0.578947;AO=2,8;DP=18;FAO=0,11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.149226,-0.129048;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=170.068,153.946;QD=15.0932;RBI=0.149316,0.12907;REFB=0.000819774,0.00122764;REVB=-0.00518672,-0.00233409;RO=7;SAF=2,1;SAR=0,7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67228,-0.226064;STB=0.5,0.553098;STBP=1,0.637;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00149283;OID=.,.;OPOS=4801125,4801125;OREF=CC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:18:19:7:8:2,8:0,11:0,0.578947:0,7:2,1:2:5:0,7:0,4:2:6 chr17 4836973 . A G 104.55 PASS AF=0.371429;AO=10;DP=33;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0167556;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.623;QD=11.9491;RBI=0.0210678;REFB=-0.0188652;REVB=0.0127711;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326888;STB=0.736947;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0525964;OID=.;OPOS=4836973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:22:22:10:13:0.371429:3:7:9:13:3:10:9:13 chr17 4849284 . G A 230.29 PASS AF=0.472727;AO=24;DP=53;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0922274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3172;QD=16.7487;RBI=0.129218;REFB=-0.0357296;REVB=0.0905066;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236853;STB=0.509084;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0467892;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:29:29:24:26:0.472727:13:11:14:15:13:13:14:15 chr17 4856376 . A G 365.74 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0284393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2813;QD=18.7561;RBI=0.0302177;REFB=0.00513537;REVB=-0.0102134;RO=40;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208719;STB=0.511622;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00727772;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:17:21:23:17:17:21:23:17 chr17 4859893 . T TG 65.58 PASS AF=0.491525;AO=23;DP=61;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.203134;FXX=0.0166639;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.99524;QD=4.44577;RBI=0.217594;REFB=-0.0879433;REVB=-0.0779988;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322148;STB=0.62855;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.123923;OID=.;OPOS=4859894;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525:23:61:29:59:30:11:18:19:11:65:33:8:15:22:11 chr17 4862630 . T TCA 109.65 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0551697;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.1647;QD=12.9003;RBI=0.0944056;REFB=-0.0647013;REVB=-0.0766075;RO=28;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433961;STB=0.772499;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.16739;OID=.;OPOS=4862631;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:12:42:13:34:21:11:2:10:11:99:28:10:2:14:14 chr17 4862810 . A AC,C 62.37 PASS AF=0.135593,0.101695;AO=8,6;DP=64;FAO=8,6;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7,6;FSAR=1,0;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0077767,-0.0176189;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=66.9069,78.4188;QD=4.22855;RBI=0.0118996,0.0210802;REFB=-8.98414e-05,0.0013532;REVB=-0.00900682,-0.0115736;RO=48;SAF=7,6;SAR=1,0;SRF=22;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.513533,0.640025;STB=0.893362,0.998499;STBP=0.032,0.001;TYPE=ins,snp;VARB=0.0942615,0.16059;OID=.,.;OPOS=4862811,4862810;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:64:59:48:45:8,6:8,6:0.135593,0.101695:1,0:7,6:22:26:1,0:7,6:17:28 chr17 4863410 . A G 178.68 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0644201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0521;QD=22.3354;RBI=0.0683629;REFB=0.0408745;REVB=0.0228809;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865826;STB=0.548455;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0337974;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:10:4:7:11:10:4 chr17 4875566 . T C 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0353764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.936;QD=12.78;RBI=0.0356806;REFB=-0.00710797;REVB=-0.00464935;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0101441;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:9:5:3:7:9:5 chr17 4883045 . C T 71.16 PASS AF=0.4;AO=7;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0298736;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.072;QD=11.3859;RBI=0.033871;REFB=-0.0290622;REVB=-0.015963;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421483;STB=0.567444;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0532407;OID=.;OPOS=4883045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:24:25:16:15:7:10:0.4:1:6:14:2:2:8:13:2 chr17 4890932 . C A 39.23 PASS AF=0.21875;AO=4;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0256428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2672;QD=4.90336;RBI=0.0500323;REFB=-0.0270839;REVB=0.0429613;RO=17;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377241;STB=0.555401;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.099804;OID=.;OPOS=4890932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:32:32:17:25:4:7:0.21875:3:1:10:7:3:4:16:9 chr17 4890939 . A AC,ACC 32.06 PASS AF=0,0.257143;AO=11,4;DP=35;FAO=0,9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=0,6;FSAR=0,3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.182214,-0.0946737;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=5.37238,9.84741;QD=3.66358;RBI=0.230344,0.121206;REFB=-0.0153047,-0.00795296;REVB=-0.140913,-0.0756814;RO=15;SAF=10,3;SAR=1,1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.467914,0.190249;STB=0.5,0.521692;STBP=1,0.904;TYPE=ins,ins;VARB=-0.109071,-0.148314;OID=.,.;OPOS=4890940,4890940;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.257143:11,4:35:0,9:35:26:0,6:0,3:18:8:20:15:10,3:1,1:9:6 chr17 4926882 . A G 961.5 PASS AF=0.487179;AO=95;DP=197;FAO=95;FDP=195;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0056124;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.642;QD=19.723;RBI=0.0136015;REFB=-0.0309989;REVB=-0.0123896;RO=98;SAF=48;SAR=47;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424948;STB=0.523198;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0300137;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:98:100:95:95:0.487179:47:48:45:53:47:48:46:54 chr17 4936898 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0252109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.349;QD=19.1807;RBI=0.0449789;REFB=0.010155;REVB=-0.0372493;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575094;STB=0.532662;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00670788;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:9:2:3:10:9:2 chr17 4937575 . T C 36.88 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0479862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5413;QD=7.76317;RBI=0.0498525;REFB=-0.0150328;REVB=-0.013513;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298785;STB=0.683679;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0239506;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:10:3:3:3:10:3 chr17 4996915 . AC A 287.16 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698477;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.713;QD=52.2112;RBI=0.0702885;REFB=0;REVB=-0.00785938;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000484892;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:22:22:0:10:12:0:0:4:0:10:11:0:0 chr17 4997039 . G C 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00272429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.408;QD=20.4037;RBI=0.0596708;REFB=0.0412731;REVB=0.0596086;RO=28;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757535;STB=0.542156;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0349294;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:9:23:18:10:9:23:18:10 chr17 4997433 . G A 274.96 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00391144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3886;QD=27.4964;RBI=0.00783792;REFB=-0.042606;REVB=0.00679217;RO=15;SAF=18;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192341;STB=0.606652;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.028204;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:7:18:7:8:7:18:7:8 chr17 4997787 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.549;QD=57.1054;RBI=0.0113442;REFB=0;REVB=0.0105646;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39036e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:14:41:0:0:14:41:0:0 chr17 4998586 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.582;QD=43.4861;RBI=0.0303904;REFB=0;REVB=0.0144518;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730941;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr17 4998852 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.474;QD=54.5176;RBI=0.0237469;REFB=0;REVB=0.0206575;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141647;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 5036224 . C G 33.41 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.0377378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4753;QD=1.28506;RBI=0.0558053;REFB=-0.00310226;REVB=-0.0411107;RO=95;SAF=6;SAR=3;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306033;STB=0.738907;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0374084;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:95:95:9:9:0.0865385:3:6:37:58:3:6:37:58 chr17 5036249 . G T 36.43 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00665651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.62;QD=1.58397;RBI=0.00674078;REFB=0.00020849;REVB=-0.00106249;RO=82;SAF=6;SAR=3;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274049;STB=0.712835;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00188384;OID=.;OPOS=5036249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:82:83:9:9:0.0978261:3:6:35:47:3:6:35:48 chr17 5036274 . C A 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0211472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.267;QD=2.0929;RBI=0.026986;REFB=-0.00717404;REVB=-0.0167642;RO=69;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288144;STB=0.710296;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0450338;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:3:6:29:40:3:6:29:40 chr17 5036281 . G C 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0375383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.423;QD=1.93509;RBI=0.039087;REFB=0.000832358;REVB=-0.0108934;RO=66;SAF=6;SAR=2;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402154;STB=0.796785;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00435762;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:2:6:26:40:2:6:26:40 chr17 5037281 . T C 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0330335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.388;QD=18.9384;RBI=0.0330484;REFB=0.00110989;REVB=0.000992182;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886896;STB=0.549282;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00143823;OID=.;OPOS=5037281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:21:8:11:19:21:8 chr17 5042422 . G A 370.18 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0138516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.143;QD=30.2187;RBI=0.0523097;REFB=-0.0168637;REVB=-0.0504425;RO=17;SAF=12;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234068;STB=0.520995;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.010263;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:18:31:31:0.632653:19:12:6:11:19:12:6:12 chr17 5042894 . T C 1513.59 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.671;QD=59.944;RBI=0.00180384;REFB=0;REVB=0.000461877;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53645e-06;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:44:56:0:0:45:56:0:0 chr17 5044794 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0170121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.871;QD=22.6;RBI=0.0174263;REFB=-0.0149592;REVB=0.00377689;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043852;STB=0.524568;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0139271;OID=.;OPOS=5044794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:16:7:7:13:16:7:7:13 chr17 5071261 . G A 462.4 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0289089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.441;QD=14.6795;RBI=0.0482348;REFB=-0.0222362;REVB=-0.0386117;RO=71;SAF=17;SAR=35;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2755;STB=0.665989;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0379436;OID=.;OPOS=5071261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:71:74:52:52:0.412698:35:17:42:29:35:17:45:29 chr17 5074195 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0284549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.41;QD=14.7986;RBI=0.0290895;REFB=-0.00585213;REVB=-0.00604327;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140286;STB=0.581059;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00747249;OID=.;OPOS=5074195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:3:10:7:4:3:10 chr17 5084763 . G A 450.62 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379991;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.646;QD=58.1442;RBI=0.0186396;REFB=0;REVB=0.0182482;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630377;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr17 5085857 . C T 609.93 PASS AF=0.594595;AO=41;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0262196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.546;QD=32.969;RBI=0.0273638;REFB=-0.0275446;REVB=-0.00783013;RO=20;SAF=14;SAR=27;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627855;STB=0.539168;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0121625;OID=.;OPOS=5085857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:20:20:41:44:0.594595:27:14:5:15:28:16:5:15 chr17 5126674 . A G 124.87 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0252248;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.191;QD=13.1441;RBI=0.0252453;REFB=-0.0186649;REVB=0.00101843;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404825;STB=0.535662;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0240954;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:22:24:14:14:0.368421:4:10:15:7:4:10:16:8 chr17 5280440 . T C 785.45 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6454;QD=64.1182;RBI=0.0444631;REFB=0;REVB=0.0392266;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577604;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr17 5284698 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.006;QD=56.1915;RBI=0.0183454;REFB=0;REVB=-0.00889635;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11796e-05;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:9:18:0:0:9:19:0:0 chr17 5284719 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.218;QD=57.2006;RBI=0.0412978;REFB=0;REVB=0.0410727;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126535;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 5284770 . G A 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.856;QD=58.1324;RBI=0.0273411;REFB=0;REVB=0.000347731;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3548e-05;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr17 5287297 . AG A 581.48 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.4589;QD=46.5181;RBI=0.182633;REFB=0;REVB=-0.152643;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00612634;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:50:50:50:0:23:27:0:0:11:0:22:26:0:0 chr17 5288760 . A G,T 533.62 PASS AF=0.947368,0.0263158;AO=34,2;DP=37;FAO=36,1;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0965499,0.0332956;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.1806,55.0076;QD=56.1708;RBI=0.117436,0.0519165;REFB=-0.0787049,-0.0197635;REVB=0.0668534,-0.0398337;RO=0;SAF=16,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512188,0.989913;STBP=0.51,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=0.000888736,0.0806406;OID=.,.;OPOS=5288760,5288760;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:38:0:1:34,2:36,1:0.947368,0.0263158:18,1:16,1:0:0:20,0:16,1:0:1 chr17 5288769 . CA C 539.38 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5165;QD=55.3205;RBI=0.0255239;REFB=0;REVB=0.0158751;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000281693;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:39:39:39:0:17:22:0:0:4:0:15:22:0:0 chr17 5288794 . G C 712.15 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136561;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6;QD=63.3024;RBI=0.0726246;REFB=0;REVB=-0.0713291;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132856;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr17 5289580 . A G 677.87 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.275;QD=58.9448;RBI=0.0297437;REFB=-0.00614499;REVB=0.00788744;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00148707;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:1:0:23:22:1:0 chr17 5290033 . T C 709.15 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0696613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4884;QD=54.5497;RBI=0.0778351;REFB=-0.136559;REVB=0.0347217;RO=1;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285164;STB=0.515146;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00313188;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:16:35:0:1:16:35:0:1 chr17 5290703 . G A 1375.21 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.046;QD=62.5094;RBI=0.0307642;REFB=0;REVB=-0.0306859;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56451e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:43:44:0:0:43:45:0:0 chr17 5294976 . T A 846.89 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066051;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.456;QD=57.4165;RBI=0.0190537;REFB=0;REVB=-0.0178722;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122638;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:28:31:0:0 chr17 5308377 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.607;QD=60.3767;RBI=0.0287445;REFB=0;REVB=0.0278222;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8194e-05;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr17 5326089 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.057;QD=56.9378;RBI=0.0133638;REFB=0;REVB=0.0119872;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90192e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr17 5326145 . C G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.298;QD=64.4151;RBI=0.0561768;REFB=0;REVB=0.0118203;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161375;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr17 5326162 . G A 708.49 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5197;QD=62.9768;RBI=0.0684517;REFB=0;REVB=-0.0059041;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000487147;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:18:27:0:0 chr17 5328633 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.303;QD=51.5084;RBI=0.0166014;REFB=-0.047417;REVB=-0.00241776;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.529389;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000513266;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:8:18:0:0:8:18:0:1 chr17 5328660 . TTT TCT,TCTT,TTC 232.34 PASS AF=0.105263,0,0.894737;AO=2,2,2;DP=19;FAO=2,0,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,7;FSAR=0,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054743,-0.00411589,-0.00561522;FXX=0;HRUN=14,0,14;LEN=1,1,1;MLLD=180.684,177.322,189.44;QD=48.9138;RBI=0.0479186,0.0189524,0.0117991;REFB=0,0,0;REVB=-0.0476048,-0.0185001,-0.0103773;RO=0;SAF=0,2,2;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,snp;VARB=-0.00256352,0.00217514,-0.00370021;OID=.,.,.;OPOS=5328661,5328661,5328662;OREF=T,-,T;OALT=C,C,C;OMAPALT=TCT,TCTT,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.105263,0,0.894737:2,2,2:19:2,0,17:19:0:2,0,7:0,0,10:0:0:7:0:0,2,2:2,0,0:0:0 chr17 5328748 . T C 50.1 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.059;QD=33.3989;RBI=0.0338816;REFB=0;REVB=0.0126245;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728715;OID=.;OPOS=5328748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 5334850 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3277;QD=62.9809;RBI=0.0576831;REFB=0;REVB=0.0567865;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527136;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr17 5334873 . GA G,GG 726.75 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=53,3;DP=59;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0804611,-0.0914245;FXX=0.0338926;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.7172,6.71664;QD=51;RBI=0.0948436,0.0914392;REFB=0,0;REVB=-0.0502128,0.00164494;RO=0;SAF=24,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00781347,0.0186894;OID=.,.;OPOS=5334874,5334874;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947368,0.0526316:53,3:59:54,3:57:0:25,1:29,2:0:0:8:0:24,1:29,2:0:0 chr17 5347576 . G A 972.76 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1347;QD=57.2214;RBI=0.057002;REFB=-0.0380937;REVB=0.0200194;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000739126;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:34:32:1:0:34:33:1:0 chr17 5487164 . C G 3205.96 PASS AF=0.985915;AO=210;DP=213;FAO=210;FDP=213;FR=.;FRO=3;FSAF=125;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0322874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6422;QD=60.2058;RBI=0.0940983;REFB=-0.110105;REVB=0.0883856;RO=1;SAF=125;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055714;STB=0.50867;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00110751;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:213:213:1:3:210:210:0.985915:85:125:0:1:85:125:0:3 chr17 5991344 . C T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.847;QD=57.2345;RBI=0.0479858;REFB=-0.0651163;REVB=0.0260622;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000802934;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:23:43:0:0:23:43:1:0 chr17 6014176 . A G 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.91;QD=59.3206;RBI=0.0316629;REFB=0;REVB=-0.0312145;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14726e-05;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr17 6110582 . AC A,AA 399.74 PASS AF=0.206897,0.793103;AO=7,22;DP=29;FAO=6,23;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=4,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055406,0.00478448;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.618,262.846;QD=55.1366;RBI=0.0248598,0.0226543;REFB=0,0;REVB=0.0242345,0.0221433;RO=0;SAF=3,18;SAR=4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00667953,-0.000511202;OID=.,.;OPOS=6110583,6110583;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.206897,0.793103:7,22:29:6,23:29:0:2,19:4,4:0:0:23:0:3,18:4,4:0:0 chr17 6110585 . T A 37.04 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.181117;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=21.102;QD=5.10885;RBI=0.184379;REFB=-0.0217685;REVB=0.0345294;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407997;STB=0.777181;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0459478;OID=.;OPOS=6110585;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:26:29:19:22:7:7:0.241379:4:3:15:4:4:3:18:4 chr17 6330068 . T C 139.42 PASS AF=0.358491;AO=16;DP=50;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0115953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.805;QD=10.5219;RBI=0.01218;REFB=-0.0227814;REVB=-0.00372856;RO=34;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17648;STB=0.66575;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0367106;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:34:34:16:19:0.358491:12:4:5:29:12:7:5:29 chr17 6353679 . A C 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0084002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.211;QD=12.9138;RBI=0.0259546;REFB=-0.0152288;REVB=-0.0245577;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231038;STB=0.632543;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0202574;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:15:22:9:15:15:22 chr17 6364753 . A G 518.53 PASS AF=0.407143;AO=45;DP=141;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0265033;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.976;QD=14.815;RBI=0.0307686;REFB=-0.0129233;REVB=-0.0156295;RO=67;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841891;STB=0.540526;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0178809;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:67:83:45:57:0.407143:24:21:26:41:27:30:38:45 chr17 6381939 . G A 225.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0298917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.912;QD=15.2665;RBI=0.0327255;REFB=-0.00372621;REVB=-0.0133208;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510507;STB=0.528973;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00626827;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:20:13:9:17:20:13 chr17 6406883 . C T 518.93 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00665731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.886;QD=15.1513;RBI=0.0193752;REFB=0.00412287;REVB=-0.0181956;RO=79;SAF=33;SAR=24;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759714;STB=0.539286;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00425998;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:79:80:57:57:0.416058:24:33:40:39:24:33:41:39 chr17 6483046 . T C 521.12 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00129166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.334;QD=19.6647;RBI=0.0068277;REFB=-0.00685303;REVB=-0.00670441;RO=51;SAF=19;SAR=35;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019834;STB=0.517431;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00577009;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:52:54:54:0.509434:35:19:19:32:35:19:20:32 chr17 6493198 . T C 1112.66 PASS AF=0.466135;AO=115;DP=250;FAO=117;FDP=251;FR=.;FRO=134;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=65;FWDB=0.0182391;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5457;QD=17.7316;RBI=0.0190051;REFB=0.00129547;REVB=-0.00534123;RO=133;SAF=61;SAR=54;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113274;STB=0.512613;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0016502;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:133:134:115:117:0.466135:54:61:69:64:54:63:69:65 chr17 6511781 . A G 329.09 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0113514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.913;QD=13.4322;RBI=0.0339156;REFB=-0.00464309;REVB=0.0319596;RO=61;SAF=14;SAR=22;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20268;STB=0.604339;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00816544;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:61:61:36:37:0.377551:22:14:35:26:22:15:35:26 chr17 6515387 . A G 348.55 PASS AF=0.361345;AO=42;DP=118;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0128581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.477;QD=11.7161;RBI=0.013491;REFB=-0.0134735;REVB=-0.00408354;RO=74;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101598;STB=0.572284;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0238577;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:74:76:42:43:0.361345:20:22:32:42:20:23:32:44 chr17 6515454 . C T 218.3 PASS AF=0.38806;AO=20;DP=61;FAO=26;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0119608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.864;QD=13.0325;RBI=0.0128032;REFB=-0.0110241;REVB=0.00456729;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288674;STB=0.507457;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0147831;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:32:41:20:26:0.38806:7:13:20:12:13:13:21:20 chr17 6531648 . A G 747.71 PASS AF=0.410628;AO=85;DP=207;FAO=85;FDP=207;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.0392491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.709;QD=14.4485;RBI=0.0403212;REFB=-0.00507513;REVB=-0.00923639;RO=122;SAF=47;SAR=38;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472305;STB=0.502645;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00712876;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:122:122:85:85:0.410628:38:47:68:54:38:47:68:54 chr17 6538355 . G A 493.44 PASS AF=0.368098;AO=60;DP=163;FAO=60;FDP=163;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0389803;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3091;QD=12.109;RBI=0.0496672;REFB=-0.00177937;REVB=0.0307794;RO=102;SAF=33;SAR=27;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447514;STB=0.522509;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0022457;OID=.;OPOS=6538355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:102:103:60:60:0.368098:27:33:52:50:27:33:53:50 chr17 6546259 . T C 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155845;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.049;QD=59.7165;RBI=0.0157441;REFB=-0.0496976;REVB=0.0022364;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=1.39103e-05;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:1:0:35:44:1:0 chr17 6555544 . CGCGGC CGCGGG,CGCGGGC,GCGGGC 933.14 PASS AF=0,1,0;AO=3,55,5;DP=80;FAO=0,80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,0;FSAR=0,43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090789,0.141598,0.0932508;FXX=0;HRUN=2,2,4;LEN=1,1,3;MLLD=7.37824,18.3639,9.84531;QD=46.6571;RBI=0.138305,0.244582,0.163025;REFB=-0.071556,-0.0500078,0.0299967;REVB=0.104335,0.199425,0.133721;RO=11;SAF=2,26,2;SAR=1,29,3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.604151,0.120413,0.403186;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0,0.0202123,0;OID=.,.,.;OPOS=6555549,6555547,6555544;OREF=C,-,CGC;OALT=G,G,GCG;OMAPALT=CGCGGG,CGCGGGC,GCGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:80:80:11:0:3,55,5:0,80,0:0,1,0:1,29,3:2,26,2:1:10:0,43,0:0,37,0:0:0 chr17 6556022 . A G 446.48 PASS AF=0.46729;AO=43;DP=102;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0229821;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.515;QD=16.6909;RBI=0.0231379;REFB=-0.011923;REVB=-0.00268069;RO=58;SAF=18;SAR=25;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237941;STB=0.579408;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00986402;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:58:57:43:50:0.46729:25:18:38:20:25:25:37:20 chr17 6556194 . T TAGAAG 294.06 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0104314;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=291.57;QD=12.6475;RBI=0.0183903;REFB=-0.000810501;REVB=0.0151456;RO=58;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890269;STB=0.556083;STBP=0.436;TYPE=ins;VARB=0.00144119;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365591:34:93:34:93:59:18:16:26:33:99:58:18:16:26:32 chr17 6556326 . G A 197.59 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00438659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.179;QD=9.08448;RBI=0.0200378;REFB=-0.00730394;REVB=-0.0195517;RO=61;SAF=11;SAR=15;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252278;STB=0.648119;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0181935;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:61:26:26:0.298851:15:11:39:22:15:11:39:22 chr17 6556538 . G C 410.76 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0001123;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5247;QD=21.6191;RBI=0.00955274;REFB=-0.0236678;REVB=0.00955208;RO=35;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093997;STB=0.5517;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0250032;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:35:41:41:0.539474:16:25:25:10:16:25:25:10 chr17 6556541 . A T 415.19 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00986049;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.185;QD=21.5683;RBI=0.0112316;REFB=-0.0120179;REVB=0.0053777;RO=36;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076874;STB=0.542353;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0125854;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:36:36:41:41:0.532468:16:25:25:11:16:25:25:11 chr17 6558768 . C T 95.16 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00105542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5479;QD=12.2784;RBI=0.0618842;REFB=-0.0334257;REVB=0.0618752;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606762;STB=0.509788;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0575383;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:31:20:19:11:12:0.387097:2:9:17:3:2:10:16:3 chr17 6663895 . C G 295.72 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00383546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.402;QD=22.3186;RBI=0.00755153;REFB=-0.0138689;REVB=0.00650499;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771863;STB=0.542685;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00836675;OID=.;OPOS=6663895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:13:10:16:14:13:10 chr17 6683215 . C T 212.25 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0145754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.9568;QD=27.387;RBI=0.0319657;REFB=-0.0137635;REVB=-0.0284493;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873047;STB=0.548339;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0203035;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:4:7:10:10:4:7 chr17 6690161 . C T 402.6 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.020166;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3924;QD=16.1041;RBI=0.0384006;REFB=0.00208816;REVB=-0.0326793;RO=57;SAF=28;SAR=16;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201285;STB=0.617593;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00205283;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:56:44:44:0.44:16:28:25:32:16:28:24:32 chr17 6716242 . G A 448.8 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0324237;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.748;QD=18.6998;RBI=0.0345219;REFB=-0.0253598;REVB=0.0118518;RO=51;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908522;STB=0.55054;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0301137;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:51:51:45:45:0.46875:21:24:32:19:21:24:32:19 chr17 6733672 . T C 688.39 PASS AF=0.459627;AO=73;DP=161;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0282306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4229;QD=17.103;RBI=0.05467;REFB=-0.00552058;REVB=0.0468171;RO=87;SAF=37;SAR=36;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012332;STB=0.510407;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00726619;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:87:87:73:74:0.459627:36:37:43:44:36:38:43:44 chr17 6902743 . G A 213.05 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00607315;FXX=0.0555401;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.885;QD=25.0649;RBI=0.00767153;REFB=-0.022537;REVB=0.00468713;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376191;STB=0.707677;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0121894;OID=.;OPOS=6902743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:1:13:8:12:1:13 chr17 6902760 . A G 182.24 PASS AF=0.62069;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0440843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.418;QD=25.1369;RBI=0.0511011;REFB=-0.0312364;REVB=0.0258437;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372875;STB=0.671467;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0177382;OID=.;OPOS=6902760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:29:11:11:16:18:0.62069:6:10:1:10:8:10:1:10 chr17 6904934 . A G 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00135072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.214;QD=13.0313;RBI=0.0018018;REFB=-0.0214508;REVB=0.0011925;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162315;STB=0.585512;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0307608;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:42:27:27:0.391304:11:16:17:22:11:16:19:23 chr17 6905061 . T G 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.020836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.45;QD=28.7489;RBI=0.0276026;REFB=-0.0231806;REVB=0.0181043;RO=19;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136387;STB=0.57529;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0164163;OID=.;OPOS=6905061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:21:9:9:10:21:9:9:10 chr17 6919093 . T C 239.33 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.572;QD=50.3856;RBI=0.016499;REFB=0;REVB=0.0155086;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257323;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 6928018 . TC AG,TCCAG 128.83 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,7;DP=13;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704802,0.0527915;FXX=0.117578;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=255.027,71.8525;QD=34.3542;RBI=0.146509,0.168733;REFB=0,0;REVB=0.128442,0.160261;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.180378,0.0478709;OID=.,.;OPOS=6928018,6928020;OREF=TC,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=AG,TCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:13:15:0:0:2,7:1,14:0.0666667,0.933333:2,1:0,6:0:0:1,3:0,11:0:0 chr17 6929924 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.795;QD=60.5471;RBI=0.048825;REFB=0;REVB=-0.0360411;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145329;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr17 6942108 . C T 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0117536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.037;QD=6.71685;RBI=0.018374;REFB=-0.0177618;REVB=-0.0141229;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170379;STB=0.60719;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0642762;OID=.;OPOS=6942108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:4:9:23:18:4:9:23:18 chr17 6943266 . G A 491.64 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0616167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.18;QD=51.7517;RBI=0.0617714;REFB=-0.208555;REVB=-0.00436903;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.536565;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00217711;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:1:3:35:35:0.921053:19:16:0:1:19:16:0:3 chr17 7011144 . G A 394.35 PASS AF=0.967742;AO=25;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8647;QD=50.8832;RBI=0.266991;REFB=-0.0375675;REVB=0.24455;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238057;STB=0.51162;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0114535;OID=.;OPOS=7011144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:1:1:25:30:0.967742:6:19:1:0:9:21:1:0 chr17 7120418 . G GT 99.76 PASS AF=0.517241;AO=5;DP=31;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0099987;FXX=0.0644953;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.733;QD=13.7603;RBI=0.0216139;REFB=0.00602552;REVB=-0.0191621;RO=21;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197248;STB=0.648456;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=-0.00882974;OID=.;OPOS=7120419;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:5:31:15:29:14:6:9:10:4:92:21:2:3:12:9 chr17 7120419 . C T 127.18 PASS AF=0.5;AO=9;DP=28;FAO=15;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0296782;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=35.9483;QD=16.9575;RBI=0.0909311;REFB=-0.00607184;REVB=-0.0859515;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318917;STB=0.695398;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.060256;OID=.;OPOS=7120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:16:15:9:15:0.5:5:4:12:4:10:5:11:4 chr17 7128727 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0133904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.691;QD=10.429;RBI=0.028759;REFB=-0.0140171;REVB=-0.0254515;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184367;STB=0.611343;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0279373;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:4:10:17:13:4:10:17:13 chr17 7132556 . C T 242.29 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0238577;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.337;QD=11.9648;RBI=0.0259331;REFB=-0.0228923;REVB=0.0101654;RO=51;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25454;STB=0.645477;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0282257;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:52:28:29:0.358025:14:14:14:37:14:15:15:37 chr17 7134129 . A G 349.96 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00870814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0007;QD=22.9484;RBI=0.0207417;REFB=0.000795735;REVB=0.0188252;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116598;STB=0.555109;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-1.2742e-05;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:26:35:35:0.57377:18:17:16:9:18:17:16:10 chr17 7142614 . T TC 66.91 PASS AF=0.647059;AO=9;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0336829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.7944;QD=15.7428;RBI=0.03418;REFB=-0.11282;REVB=0.00580846;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378665;STB=0.754127;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=0.102996;OID=.;OPOS=7142615;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:9:18:11:17:6:1:10:3:3:23:7:1:8:3:4 chr17 7147350 . T TC 206.12 PASS AF=0.471264;AO=36;DP=96;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0178834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.366;QD=9.47655;RBI=0.0692748;REFB=0.0313559;REVB=-0.0669267;RO=56;SAF=22;SAR=14;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635851;STB=0.509365;STBP=0.891;TYPE=ins;VARB=-0.0495124;OID=.;OPOS=7147351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471264:36:96:41:87:46:23:18:25:21:99:56:22:14:31:25 chr17 7154534 . G A 351.64 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00687794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.96;QD=18.0328;RBI=0.0142744;REFB=-0.00650132;REVB=-0.0125081;RO=41;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148215;STB=0.5721;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00657366;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:41:36:37:0.474359:13:23:20:21:14:23:20:21 chr17 7158203 . T G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0262533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.344;QD=18.7439;RBI=0.0330512;REFB=-0.0124327;REVB=0.0200786;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219787;STB=0.62471;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.010747;OID=.;OPOS=7158203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:0:4:6:1:0:4 chr17 7163723 . A C 269.3 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0380425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.203;QD=22.9193;RBI=0.0498325;REFB=-0.00759599;REVB=-0.0321877;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325547;STB=0.51472;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0111011;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:25:25:0.531915:11:14:12:8:11:14:13:9 chr17 7163739 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00764675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.716;QD=21.9718;RBI=0.00795671;REFB=-0.000335078;REVB=0.00219919;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180819;STB=0.52172;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00030664;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:11:12:10:10:11:12:10:11 chr17 7185788 . T C 752.15 PASS AF=1;AO=50;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345557;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.744;QD=55.7145;RBI=0.0411456;REFB=0;REVB=0.0223353;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527758;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:50:54:1:38:12:0:0:42:12:0:0 chr17 7187123 . T C 578.98 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309456;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9316;QD=60.9451;RBI=0.0448947;REFB=0;REVB=0.0447879;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466344;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr17 7213773 . GGTGT GGT,GGTTT,G,GTGGT 298.92 PASS AF=1,0,0,0;AO=14,3,3,3;DP=27;FAO=23,0,0,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,0,0;FSAR=16,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036516,0.0289518,0.0297322,-0.0642817;FXX=0.0416493;HRUN=1,1,2,2;LEN=2,1,4,2;MLLD=246.945,229.512,212.141,42.5423;QD=51.9859;RBI=0.0485114,0.0632954,0.0312287,0.133624;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0319364,0.0562859,-0.00955123,0.117147;RO=0;SAF=4,0,1,2;SAR=10,3,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-3.63386e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.00152425,0,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=7213774,7213776,7213774,7213774;OREF=GT,G,GTGT,GT;OALT=-,T,-,TG;OMAPALT=GGT,GGTTT,G,GTGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0,0:14,3,3,3:27:23,0,0,0:23:0:7,0,0,0:16,0,0,0:0:0:4:0:4,0,1,2:10,3,2,1:0:0 chr17 7216540 . G A 481.36 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.837;QD=58.3467;RBI=0.032088;REFB=0;REVB=0.0184875;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108025;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:16:15:0:0:17:16:0:0 chr17 7219230 . A G 632.02 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8591;QD=61.6606;RBI=0.0597209;REFB=0;REVB=-0.0585686;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000640858;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr17 7220880 . G GT 448.37 PASS AF=1;AO=9;DP=87;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868944;FXX=0.344788;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.3761;QD=31.4645;RBI=0.0329258;REFB=0;REVB=-0.0317585;RO=72;SAF=2;SAR=7;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268596;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00248876;OID=.;OPOS=7220881;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:87:57:57:0:8:49:0:0:4:72:2:7:31:41 chr17 7220881 . C G,T 1273.92 PASS AF=0.0930233,0.906977;AO=9,74;DP=83;FAO=8,78;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=7,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470967,0.00320659;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.752,79.3622;QD=59.2522;RBI=0.0318914,0.0116205;REFB=0,0;REVB=-0.0315417,-0.0111693;RO=0;SAF=2,31;SAR=7,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0762471,-0.00175952;OID=.,.;OPOS=7220881,7220881;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:83:86:0:0:9,74:8,78:0.0930233,0.906977:7,43:2,31:0:0:7,43:1,35:0:0 chr17 7221385 . G A 947.1 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.851;QD=55.7119;RBI=0.0385467;REFB=-0.1452;REVB=0.0351936;RO=2;SAF=50;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185257;STB=0.509801;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00063286;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:16:50:2:0:16:50:2:0 chr17 7226957 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.442;QD=60.7157;RBI=0.0256469;REFB=0;REVB=0.0179242;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5705e-05;OID=.;OPOS=7226957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr17 7246850 . A AT 133.43 PASS AF=0.425532;AO=5;DP=49;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0696919;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=124.657;QD=11.3557;RBI=0.0709441;REFB=-0.0490819;REVB=-0.0132706;RO=41;SAF=3;SAR=2;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261951;STB=0.569306;STBP=0.449;TYPE=ins;VARB=0.0536298;OID=.;OPOS=7246851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:5:49:20:47:27:6:14:11:16:99:41:3:2:15:26 chr17 7246851 . C T 113.02 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00230989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.231;QD=9.41842;RBI=0.0101348;REFB=-0.0336891;REVB=-0.00986803;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317026;STB=0.687207;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0531115;OID=.;OPOS=7246851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:34:14:14:0.291667:11:3:15:18:11:3:15:19 chr17 7246852 . C G 40.43 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0153436;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6206;QD=3.44094;RBI=0.0434332;REFB=-0.0150147;REVB=-0.0406327;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331731;STB=0.681877;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.181949;OID=.;OPOS=7246852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:34:40:7:7:0.148936:3:4:10:24:3:4:14:26 chr17 7257185 . C T 206.78 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0119662;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.674;QD=22.9753;RBI=0.0211366;REFB=-0.0237774;REVB=-0.0174231;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204748;OID=.;OPOS=7257185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:16:19:20:0.555556:10:9:9:8:10:10:8:8 chr17 7257669 . C A 214.45 PASS AF=0.461538;AO=21;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.11741;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.882;QD=16.4959;RBI=0.117724;REFB=-0.0133298;REVB=0.00859512;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390249;STB=0.620155;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0182418;OID=.;OPOS=7257669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:28:21:24:0.461538:8:13:3:17:10:14:10:18 chr17 7257871 . TG T 94.2 PASS AF=0.481481;AO=5;DP=47;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0179602;FXX=0.128991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4577;QD=13.9555;RBI=0.0308281;REFB=-0.145786;REVB=-0.025056;RO=41;SAF=4;SAR=1;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292765;STB=0.695879;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=0.131103;OID=.;OPOS=7257872;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:5:47:13:27:14:10:3:6:8:94:41:4:1:23:18 chr17 7286266 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.264;QD=56.1916;RBI=0.0595887;REFB=0;REVB=0.0533981;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231383;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr17 7290695 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0283518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.787;QD=18.8198;RBI=0.0289645;REFB=-0.0296596;REVB=0.00592631;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104918;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0236053;OID=.;OPOS=7290695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:5:7:4:5:5:7:5:5 chr17 7292107 . G A 323.23 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=0.00706163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.758;QD=16.7913;RBI=0.0625398;REFB=-0.0141972;REVB=0.0621398;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201276;STB=0.611707;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.019584;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:13:22:34:8:13:22:34:8 chr17 7296839 . A C 160.72 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0440135;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0382;QD=11.9049;RBI=0.0464282;REFB=-0.00673369;REVB=-0.0147778;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139706;STB=0.582007;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0286091;OID=.;OPOS=7296839;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:30:34:20:20:0.37037:12:8:16:14:12:8:18:16 chr17 7318396 . C T 861.52 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.421;QD=57.4344;RBI=0.0365331;REFB=0;REVB=0.0291096;RO=0;SAF=44;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304321;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:16:44:0:0:16:44:0:0 chr17 7320581 . C T 289.42 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0183055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.711;QD=25.7258;RBI=0.0249859;REFB=-0.0192122;REVB=0.0170061;RO=17;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567236;STB=0.545421;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00976596;OID=.;OPOS=7320581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:19:26:26:0.577778:6:20:14:3:6:20:16:3 chr17 7322087 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0256526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.507;QD=21.5102;RBI=0.110506;REFB=-0.00298822;REVB=0.107488;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125134;STB=0.570392;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0232257;OID=.;OPOS=7322087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:9:6:10:8:9:6 chr17 7322245 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.499;QD=57.2015;RBI=0.0273646;REFB=0;REVB=0.00991161;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5632e-05;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr17 7329632 . T G 130.94 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0296958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6063;QD=10.2701;RBI=0.0355723;REFB=-0.0224794;REVB=0.0195843;RO=35;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36185;STB=0.719811;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.047985;OID=.;OPOS=7329632;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:13:3:16:19:13:3:16:19 chr17 7363088 . T C 195.9 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00701565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.66;QD=25.2768;RBI=0.00705866;REFB=0.00459841;REVB=-0.000778023;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262914;STB=0.646312;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00092818;OID=.;OPOS=7363088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:3:9:7:12:3:9 chr17 7363430 . ATTTTTTTTTTTG ATTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTGTG,ATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTGT 135.48 PASS AF=0.121951,0.097561,0.536585,0.121951;AO=7,3,12,2;DP=44;FAO=5,4,22,5;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=0,4,11,5;FSAR=5,0,11,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0485771,-0.0206209,0.0999951,-0.00626845;FXX=0.0888691;HRUN=11,11,11,11;LEN=2,1,1,2;MLLD=7.5742,193.826,5.02709,14.1385;QD=13.2174;RBI=0.14837,0.0233752,0.306516,0.195466;REFB=-0.0554122,-0.024359,-0.105849,-0.0745614;REVB=-0.140193,-0.0110082,-0.289747,-0.195365;RO=3;SAF=0,3,7,2;SAR=7,0,5,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.812474,0,-0.158797,0;STB=0.997996,0.5,0.592511,0.5;STBP=0,1,0.069,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.155773,0.0551025,-0.0306354,-0.267518;OID=.,.,.,.;OPOS=7363431,7363440,7363431,7363441;OREF=TT,T,T,TG;OALT=-,G,-,GT;OMAPALT=ATTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTGTG,ATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.121951,0.097561,0.536585,0.121951:7,3,12,2:44:5,4,22,5:41:5:0,4,11,5:5,0,11,0:5:0:19:3:0,3,7,2:7,0,5,0:3:0 chr17 7366651 . C G 37.46 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0148973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.402;QD=8.81431;RBI=0.0237481;REFB=-0.0406202;REVB=0.0184944;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0413944;OID=.;OPOS=7366651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:5:5:4:2:5:6 chr17 7385454 . G A 286.2 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00215769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.691;QD=18.1715;RBI=0.0266783;REFB=-0.025622;REVB=0.0265909;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422491;STB=0.523599;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0223242;OID=.;OPOS=7385454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:15:16:18:14:15:16:18:14 chr17 7386055 . C T 2126.34 PASS AF=0.943038;AO=148;DP=158;FAO=149;FDP=158;FR=.;FRO=9;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0135918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.543;QD=53.8314;RBI=0.0213066;REFB=-0.137942;REVB=0.0164084;RO=7;SAF=65;SAR=83;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238721;STB=0.519236;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0018191;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:158:158:7:9:148:149:0.943038:83:65:5:2:83:66:7:2 chr17 7386279 . TG CA 796.22 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00956283;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.729;QD=53.9813;RBI=0.0267318;REFB=-0.0268575;REVB=-0.0249628;RO=2;SAF=33;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277265;STB=0.514701;STBP=0.245;TYPE=mnp;VARB=-7.48535e-05;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:57:57:0.966102:24:33:2:0:24:33:2:0 chr17 7400137 . T C 836.9 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108405;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7056;QD=57.717;RBI=0.0233205;REFB=0;REVB=0.0206478;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35451e-05;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr17 7402600 . T C 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.845;QD=59.8302;RBI=0.0256375;REFB=0;REVB=0.0252135;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246774;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr17 7404107 . T C 1245.89 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6947;QD=61.5256;RBI=0.0470101;REFB=0;REVB=-0.000285294;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117625;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr17 7404991 . T C 1301.95 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0134;QD=61.9977;RBI=0.0277622;REFB=0;REVB=-0.0276084;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97281e-05;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr17 7405937 . C T 256.35 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0376974;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.072;QD=17.9897;RBI=0.0420021;REFB=-0.0113254;REVB=-0.0185225;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119218;STB=0.506489;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0144265;OID=.;OPOS=7405937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:29:28:28:0.491228:9:19:18:9:9:19:20:9 chr17 7416683 . A G 211.18 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477433;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.885;QD=49.6891;RBI=0.127196;REFB=0;REVB=0.117896;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195561;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 7417086 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5977;QD=40.7629;RBI=0.0356503;REFB=0;REVB=-0.0356503;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000907966;OID=.;OPOS=7417086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr17 7460517 . G C 833.1 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6811;QD=57.4552;RBI=0.0964027;REFB=0;REVB=-0.0734003;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85082e-05;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr17 7460559 . T G 666.55 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.566;QD=62.0051;RBI=0.0562033;REFB=0;REVB=0.0316243;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201763;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:22:18:0:0:25:18:0:0 chr17 7462555 . G A 714.99 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-2.42571e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.42;QD=22.5193;RBI=0.0100904;REFB=-0.031885;REVB=0.0100903;RO=55;SAF=22;SAR=47;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892755;STB=0.564828;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0240959;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:55:58:69:69:0.543307:47:22:23:32:47:22:26:32 chr17 7462969 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0172804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1214;QD=24.1057;RBI=0.0430721;REFB=-0.0258871;REVB=-0.0394537;RO=19;SAF=18;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474745;STB=0.767445;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00596381;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:5:18:4:15:5:19:4:15 chr17 7470285 . CA C 1349.87 PASS AF=1;AO=109;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.2923;QD=46.5472;RBI=0.0396738;REFB=0;REVB=-0.03965;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000357955;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:115:116:116:0:59:57:0:0:25:0:59:50:0:0 chr17 7475151 . ACTTT AACTT,ACATT,ACTT,CTTTA 138.92 PASS AF=0,0.015625,0.40625,0;AO=4,3,15,4;DP=72;FAO=0,1,26,0;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=0,1,6,0;FSAR=0,0,20,0;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=-0.0565492,-0.0507234,-0.120624,-0.120921;FXX=0.111096;HRUN=1,4,4,3;LEN=2,1,1,5;MLLD=17.5387,110.528,14.8295,216.658;QD=8.68266;RBI=0.0862915,0.050923,0.157565,0.120921;REFB=-0.0393182,0.00813038,-0.0199825,0.0035175;REVB=0.0651798,-0.00450478,0.101373,0.000135669;RO=40;SAF=0,2,4,1;SAR=4,1,11,3;SRF=5;SRR=35;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.4468,0.584513,0.2555,0.235424;STB=0.5,0.99685,0.586407,0.5;STBP=1,0.071,0.372,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0,0.094864,0.0415528,0;OID=.,.,.,.;OPOS=7475152,7475153,7475153,7475151;OREF=CT,T,T,ACTTT;OALT=AC,A,-,CTTTA;OMAPALT=AACTT,ACATT,ACTT,CTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:72:64:40:37:4,3,15,4:0,1,26,0:0,0.015625,0.40625,0:4,1,11,3:0,2,4,1:5:35:0,0,20,0:0,1,6,0:5:32 chr17 7477938 . G C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00529588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.682;QD=14.2306;RBI=0.0325558;REFB=-0.00380089;REVB=0.0321222;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222127;STB=0.512648;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00537647;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:15:11:16:20:15:11:16:20 chr17 7483317 . AC A 34.38 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.1324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.9285;QD=7.64027;RBI=0.132655;REFB=-0.080254;REVB=-0.00821575;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354212;STB=0.856122;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0844834;OID=.;OPOS=7483318;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:7:18:7:18:11:6:1:3:8:34:9:5:2:3:6 chr17 7484101 . C A 775.89 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0353608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.647;QD=22.3277;RBI=0.0380061;REFB=-0.0245815;REVB=0.013931;RO=64;SAF=46;SAR=28;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119386;STB=0.562308;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0174471;OID=.;OPOS=7484101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:65:74:74:0.532374:28:46:31:33:28:46:32:33 chr17 7490810 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00267381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.435;QD=19.6682;RBI=0.0172022;REFB=-0.00465753;REVB=-0.0169931;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163049;STB=0.604287;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00521183;OID=.;OPOS=7490810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:11:8:11:7:11:8:12:7 chr17 7536527 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00583067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.943;QD=14.7942;RBI=0.0298564;REFB=-0.0111565;REVB=-0.0292816;RO=27;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436496;STB=0.753554;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0192123;OID=.;OPOS=7536527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:4:14:10:17:4:14:10:17 chr17 7557419 . A G 425.99 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0196965;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.956;QD=18.9327;RBI=0.0223853;REFB=-0.0139411;REVB=-0.0106371;RO=48;SAF=9;SAR=33;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219021;STB=0.618122;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0151535;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:47:42:43:0.477778:33:9:19:29:34:9:18:29 chr17 7560835 . T G 205.04 PASS AF=0.436364;AO=21;DP=52;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0285653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5292;QD=14.9121;RBI=0.0316943;REFB=-0.0457232;REVB=0.0137313;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124161;STB=0.574406;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0749322;OID=.;OPOS=7560835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:31:31:21:24:0.436364:9:12:14:17:10:14:14:17 chr17 7578115 . T C 446.4 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.749;QD=57.5994;RBI=0.044854;REFB=0;REVB=-0.0447385;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280983;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr17 7579472 . G C 176.33 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00505353;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.39;QD=20.7452;RBI=0.0093856;REFB=-0.0173725;REVB=0.00790894;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949381;STB=0.553631;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0113266;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:8:8:11:7:8:8 chr17 7592168 . C G 97.71 PASS AF=0.533333;AO=9;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0878357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3678;QD=26.0554;RBI=0.0968499;REFB=-0.0245214;REVB=0.0408019;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236511;STB=0.776952;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0470832;OID=.;OPOS=7592168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:15:15:3:4:9:8:0.533333:7:2:2:1:7:1:3:1 chr17 7592560 . C T 336.21 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00277103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.719;QD=22.4139;RBI=0.0115031;REFB=-0.010194;REVB=0.0111644;RO=25;SAF=11;SAR=22;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123089;STB=0.568038;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00704553;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:33:34:0.566667:22:11:5:20:23:11:5:21 chr17 7606722 . C G 126.09 PASS AF=0.424242;AO=4;DP=38;FAO=14;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0160777;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.53;QD=15.283;RBI=0.0178385;REFB=0.00878484;REVB=-0.00772786;RO=9;SAF=0;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.738373;STB=0.726176;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00414835;OID=.;OPOS=7606722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:38:33:9:19:4:14:0.424242:4:0:6:3:10:4:13:6 chr17 7673928 . C G 923.17 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00656745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8892;QD=56.8102;RBI=0.0123175;REFB=0.076805;REVB=0.0104207;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000615083;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:36:28:1:0:36:28:1:0 chr17 7681412 . C G 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9403;QD=56.9482;RBI=0.00616541;REFB=0;REVB=0.00095758;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60387e-05;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 7722047 . C A 1279.51 PASS AF=0.537118;AO=122;DP=228;FAO=123;FDP=229;FR=.;FRO=106;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=40;FWDB=0.0272136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.457;QD=22.3495;RBI=0.0272143;REFB=-0.00618561;REVB=0.000195567;RO=105;SAF=71;SAR=51;SRF=65;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325087;STB=0.517878;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00635845;OID=.;OPOS=7722047;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:105:106:122:123:0.537118:51:71:65:40:51:72:66:40 chr17 7722365 . C T 544.74 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00161954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.59;QD=18.6235;RBI=0.0291786;REFB=-0.0147335;REVB=0.0291337;RO=60;SAF=24;SAR=33;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585077;STB=0.532409;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0150687;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:33:24:29:31:33:24:29:31 chr17 7735063 . T G 277.94 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0214607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4781;QD=16.1123;RBI=0.0214809;REFB=-0.0119599;REVB=-0.00093158;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129215;STB=0.578502;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0144732;OID=.;OPOS=7735063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:16:15:13:24:16:15:13:25 chr17 7735934 . G A 1051.16 PASS AF=0.534759;AO=100;DP=187;FAO=100;FDP=187;FR=.;FRO=87;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.0251782;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.707;QD=22.4848;RBI=0.0259066;REFB=-0.00814375;REVB=0.00609975;RO=86;SAF=64;SAR=36;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733762;STB=0.543469;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00771553;OID=.;OPOS=7735934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:86:87:100:100:0.534759:36:64:48:38:36:64:48:39 chr17 7750232 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.004;QD=45.806;RBI=0.0682758;REFB=0;REVB=0.0667795;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355416;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 7751388 . C A 462.26 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=45;FWDB=0.00326468;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.344;QD=18.1279;RBI=0.00752779;REFB=-0.0120866;REVB=0.00678303;RO=53;SAF=12;SAR=37;SRF=8;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128475;STB=0.570739;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0126744;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:37:12:8:45:37:12:8:45 chr17 7751751 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0264568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.406;QD=9.44485;RBI=0.0514904;REFB=0.0136483;REVB=0.0441735;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173695;STB=0.608323;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0140805;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:5:5:2:4:5:5 chr17 7751778 . G A 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0298839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.994;QD=18.8841;RBI=0.0486367;REFB=-0.0305941;REVB=0.038373;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258785;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0231496;OID=.;OPOS=7751778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:3:2:6:2:3:2 chr17 7760397 . G A 624.67 PASS AF=0.40113;AO=71;DP=177;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=0.0547899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6231;QD=14.1168;RBI=0.0567853;REFB=-0.0192764;REVB=0.0149213;RO=103;SAF=43;SAR=28;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147319;STB=0.507057;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0260498;OID=.;OPOS=7760397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:103:106:71:71:0.40113:28:43:61:42:28:43:63:43 chr17 7760704 . A G 1776.65 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740753;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.315;QD=61.2639;RBI=0.0740773;REFB=0;REVB=-0.00054971;RO=0;SAF=38;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191665;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:112:116:1:74:38:0:0:74:42:0:0 chr17 7761512 . C A 153.91 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0168729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0824;QD=11.6157;RBI=0.144462;REFB=-0.0114106;REVB=0.143473;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597303;STB=0.509544;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0175673;OID=.;OPOS=7761512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:6:12:21:13:7:12:21:13 chr17 7829363 . C A 35.33 PASS AF=0.148936;AO=6;DP=48;FAO=7;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.186805;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.8823;QD=3.00643;RBI=0.188276;REFB=-0.00362381;REVB=0.0234874;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272497;STB=0.668291;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00907649;OID=.;OPOS=7829363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:47:26:40:6:7:0.148936:5:1:9:17:5:2:19:21 chr17 7843053 . C T 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.974;QD=51.9032;RBI=0.0983229;REFB=0;REVB=0.0344546;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123544;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr17 7847955 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6763;QD=56.1913;RBI=0.0253187;REFB=0;REVB=-0.0253187;RO=0;SAF=0;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00053768;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:28:0:0:0:28:0:0:0 chr17 7849087 . C G 1503.5 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00617683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9306;QD=61.3675;RBI=0.0294885;REFB=-0.120667;REVB=-0.0288343;RO=1;SAF=38;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123156;STB=0.506328;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00298033;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:98:1:1:96:97:0.989796:58:38:1:0:58:39:1:0 chr17 7917229 . A AC 59.59 PASS AF=0.196581;AO=25;DP=119;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.149563;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.0244;QD=2.03714;RBI=0.149706;REFB=-0.0328714;REVB=0.00652516;RO=89;SAF=22;SAR=3;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589892;STB=0.899631;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0215112;OID=.;OPOS=7917230;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196581:25:119:23:117:94:21:2:42:52:59:89:22:3:38:51 chr17 7948175 . C T 81.6 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0129099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.749;QD=9.32562;RBI=0.0146111;REFB=-0.0152034;REVB=0.00684235;RO=24;SAF=10;SAR=1;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388751;STB=0.747092;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0492323;OID=.;OPOS=7948175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:35:35:24:24:11:11:0.314286:1:10:17:7:1:10:17:7 chr17 7950952 . C A 70.79 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00929165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.442;QD=7.26038;RBI=0.0379305;REFB=-0.0160921;REVB=0.0367748;RO=29;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173467;STB=0.610867;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0441925;OID=.;OPOS=7950952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:2:8:20:9:2:8:20:9 chr17 7951149 . C T 147.3 PASS AF=0.484848;AO=12;DP=29;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0190426;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.572;QD=17.8543;RBI=0.0330492;REFB=-0.0235533;REVB=-0.0270116;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.581292;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0226352;OID=.;OPOS=7951149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:33:16:17:12:16:0.484848:5:7:7:9:6:10:8:9 chr17 7951819 . A G 414.91 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00407755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.268;QD=16.7639;RBI=0.0179517;REFB=-0.00272413;REVB=-0.0174825;RO=52;SAF=33;SAR=10;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14138;STB=0.600654;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00299746;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:56:43:43:0.434343:10:33:34:18:10:33:35:21 chr17 7951878 . A G 270.02 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0607953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.961;QD=12.1359;RBI=0.0631657;REFB=-0.00833753;REVB=0.0171416;RO=56;SAF=23;SAR=8;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327908;STB=0.665816;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0285742;OID=.;OPOS=7951878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:57:31:32:0.359551:8:23:26:30:9:23:27:30 chr17 7983681 . G A 447.95 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0226853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2025;QD=18.6644;RBI=0.022752;REFB=-0.011536;REVB=-0.00174029;RO=51;SAF=16;SAR=29;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572737;STB=0.531964;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0198719;OID=.;OPOS=7983681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:29:16:21:30:29:16:21:30 chr17 7983799 . A G 421.57 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00791814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.174;QD=19.6077;RBI=0.00897944;REFB=-0.014841;REVB=0.00423478;RO=41;SAF=13;SAR=29;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104351;STB=0.565318;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0151813;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:41:43:42:43:0.5:29:13:17:24:30:13:18:25 chr17 7983969 . G C 683.91 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.031044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.23;QD=21.7115;RBI=0.0315065;REFB=-0.0228082;REVB=-0.00537858;RO=58;SAF=33;SAR=34;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037483;STB=0.516354;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0210546;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:59:67:67:0.531746:34:33:26:32:34:33:27:32 chr17 7984610 . C G 47.6 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.00595462;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8732;QD=2.02561;RBI=0.0114383;REFB=0.000971737;REVB=0.00976614;RO=79;SAF=10;SAR=1;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479944;STB=0.854982;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0124142;OID=.;OPOS=7984610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:95:94:79:83:11:11:0.117021:1:10:45:34:1:10:49:34 chr17 8023057 . A C 317.06 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.444;QD=52.8431;RBI=0.176267;REFB=0;REVB=0.128249;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281623;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:24:0:0:20:24:1:7:13:0:0:9:15:0:0 chr17 8023059 . A C 314.19 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.05;QD=52.3643;RBI=0.028057;REFB=0;REVB=0.024604;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304222;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr17 8023061 . C T 284.4 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248811;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.741;QD=49.4605;RBI=0.0289795;REFB=-0.0450689;REVB=0.0148573;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000871865;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:1:0:8:14:1:0 chr17 8023143 . G A 437.69 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0232;QD=56.4755;RBI=0.0303278;REFB=0;REVB=0.00352645;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99817e-05;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:20:11:0:0 chr17 8024237 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0652;QD=61.3749;RBI=0.0681436;REFB=0;REVB=-0.0445873;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532377;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:54:26:0:0:54:26:0:0 chr17 8046154 . C G 56.07 PASS AF=0.104167;AO=7;DP=49;FAO=5;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0107997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.753;QD=4.67246;RBI=0.0741821;REFB=-0.0108379;REVB=-0.0733917;RO=37;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262326;STB=0.504931;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.214342;OID=.;OPOS=8046154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:49:48:37:37:7:5:0.104167:4:3:24:13:2:3:22:15 chr17 8046772 . C G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00701409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.142;QD=12.782;RBI=0.0212724;REFB=-0.0174726;REVB=-0.0200828;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274629;STB=0.642516;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0383852;OID=.;OPOS=8046772;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:12:14:10:10:0.416667:1:9:9:3:1:9:11:3 chr17 8048169 . T C 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00471825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5433;QD=15.2287;RBI=0.0240277;REFB=-0.0435324;REVB=0.0235599;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300374;STB=0.517303;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0376389;OID=.;OPOS=8048169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:17:11:8:11:17:11 chr17 8062583 . A G 215.56 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0136574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.693;QD=10.9145;RBI=0.0141925;REFB=-0.00337771;REVB=-0.00386027;RO=52;SAF=22;SAR=5;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309958;STB=0.68324;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00758711;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:5:22:31:21:5:22:31:21 chr17 8076778 . C T 256.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00501958;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.478;QD=15.29;RBI=0.00924874;REFB=-0.0101246;REVB=-0.00776808;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142316;STB=0.580257;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0149696;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:38:38:29:29:0.432836:15:14:13:25:15:14:13:25 chr17 8076802 . T A 268.58 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00228587;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2081;QD=16.0346;RBI=0.00784565;REFB=-0.0160273;REVB=-0.00750527;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15087;STB=0.596953;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0223765;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:37:30:30:0.447761:15:15:12:23:15:15:12:25 chr17 8076898 . C T 143.69 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0362922;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.61;QD=14.3686;RBI=0.036824;REFB=0.00555895;REVB=-0.0062355;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133721;STB=0.576834;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00748773;OID=.;OPOS=8076898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:16:16:0.4:11:5:5:19:11:5:5:19 chr17 8079029 . G C 153.39 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.100864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5002;QD=13.9443;RBI=0.101994;REFB=-0.0292837;REVB=0.0151367;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249203;STB=0.645714;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.039529;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:5:12:13:14:5:12:13:14 chr17 8090908 . A G 319.41 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.000255199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7769;QD=18.5166;RBI=0.0290295;REFB=0.00248743;REVB=-0.0290284;RO=34;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16827;STB=0.602467;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00593568;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:11:23:17:17:11:23:17:18 chr17 8092694 . T G 219.91 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00393366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.452;QD=14.4201;RBI=0.0671879;REFB=0.002883;REVB=-0.0670727;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803453;STB=0.559539;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00321;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:35:25:26:0.42623:10:15:15:14:10:16:18:17 chr17 8108331 . A G 51.14 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0518306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.681;QD=6.01607;RBI=0.0584076;REFB=-0.0216411;REVB=-0.0269265;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137633;STB=0.588022;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0692967;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:16:10:4:4:16:10 chr17 8108339 . G A 61.14 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0104657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0806;QD=6.79378;RBI=0.0359833;REFB=-0.0218799;REVB=0.0344277;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875417;STB=0.555432;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0543559;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:14:13:5:4:14:13 chr17 8126230 . G A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0194817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.75;QD=8.37076;RBI=0.019622;REFB=-0.012921;REVB=-0.00234219;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176595;STB=0.608104;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0379473;OID=.;OPOS=8126230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:11:17:5:6:11:17 chr17 8132763 . T C 40.12 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0245499;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.155;QD=12.3444;RBI=0.0343179;REFB=-0.0103219;REVB=-0.0239796;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0136748;OID=.;OPOS=8132763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:14:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr17 8135061 . T C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.514;QD=61.6743;RBI=0.0192699;REFB=0;REVB=-0.00608323;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85738e-05;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr17 8141707 . T C 741.01 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4445;QD=63.0644;RBI=0.0266605;REFB=0;REVB=-0.00556987;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205657;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr17 8157310 . C T 329.58 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.00541248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.662;QD=13.3163;RBI=0.0177064;REFB=-9.84396e-05;REVB=0.0168588;RO=62;SAF=26;SAR=11;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119242;STB=0.506819;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000192342;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:11:26:43:19:11:26:43:19 chr17 8161149 . C T 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00316692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.579;QD=20.6789;RBI=0.0107714;REFB=0.00228141;REVB=0.0102953;RO=45;SAF=30;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713265;STB=0.539551;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00228137;OID=.;OPOS=8161149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:16:30:26:19:16:30:26:19 chr17 8167600 . TG CG,GC 222.98 PASS AF=0.387755,0.0816327;AO=13,4;DP=50;FAO=19,4;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6,3;FSAR=13,1;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0148391,-0.0131329;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=147.925,146.467;QD=18.2026;RBI=0.0151558,0.013168;REFB=-0.0244138,-0.0259489;REVB=0.00308244,0.000960125;RO=23;SAF=1,3;SAR=12,1;SRF=4;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.259238,0.603934;STB=0.531823,0.855784;STBP=0.742,0.294;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0257076,0.0295332;OID=.,.;OPOS=8167600,8167600;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:26:13,4:19,4:0.387755,0.0816327:12,1:1,3:4:19:13,1:6,3:7:19 chr17 8168224 . T C 128.07 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0143201;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.603;QD=18.2957;RBI=0.0275067;REFB=0.00367686;REVB=-0.0234851;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245508;STB=0.673038;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00352765;OID=.;OPOS=8168224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:4:10:6:8:3:11 chr17 8172732 . A G 214.38 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0851825;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.526;QD=17.15;RBI=0.0864466;REFB=-0.0078217;REVB=-0.0147289;RO=27;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14578;STB=0.583255;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0075641;OID=.;OPOS=8172732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:18:5:9:18:18:5:9:18 chr17 8215534 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0354895;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.412;QD=23.3999;RBI=0.0414139;REFB=-0.0669688;REVB=0.021345;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156255;STB=0.588042;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0212197;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:0:3:7:1:0:3 chr17 8216468 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0348943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.357;QD=13.4591;RBI=0.0349718;REFB=-0.0158294;REVB=-0.00232592;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284533;STB=0.666455;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0287904;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:15:11:11:5:15:11 chr17 8224276 . T C 182.25 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.00924627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9835;QD=16.9538;RBI=0.00945752;REFB=-0.0136328;REVB=0.00198774;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848091;STB=0.538423;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00988958;OID=.;OPOS=8224276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:14:4:4:20:15:4:4:20 chr17 8232991 . A AT 350.67 PASS AF=0.526316;AO=51;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.01695;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7725;QD=12.3043;RBI=0.0827956;REFB=0.0231843;REVB=-0.0810421;RO=54;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582223;STB=0.502779;STBP=0.97;TYPE=ins;VARB=-0.0279853;OID=.;OPOS=8232992;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:51:114:60:114:54:23:37:21:33:99:54:22:29:20:34 chr17 8243469 . T C 150.76 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0181198;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.627;QD=18.2742;RBI=0.0715641;REFB=-0.00675566;REVB=-0.0692322;RO=16;SAF=15;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308711;STB=0.673881;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0100106;OID=.;OPOS=8243469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:1:15:13:3:1:15:14:3 chr17 8243661 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0263438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.741;QD=21.5102;RBI=0.0275504;REFB=-0.000878238;REVB=0.00806424;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263513;STB=0.648707;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.000691219;OID=.;OPOS=8243661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:11:8:15:6:11:8 chr17 8243785 . A G 205.78 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0172767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.091;QD=10.8308;RBI=0.0177074;REFB=0.00262332;REVB=0.00388142;RO=50;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13218;STB=0.576864;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0080981;OID=.;OPOS=8243785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:11:15:23:27:11:15:23:27 chr17 8272719 . C A 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0926811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.856;QD=29.5042;RBI=0.0929833;REFB=-0.00567967;REVB=-0.00748971;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606462;STB=0.533311;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00427345;OID=.;OPOS=8272719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:14:16:8:10:14:16:8:10 chr17 8296440 . G A 57.1 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.562;QD=28.552;RBI=0.0366861;REFB=-0.121796;REVB=0.0313626;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00383348;OID=.;OPOS=8296440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr17 8339283 . C G,T 725.17 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,44;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000659644,0.0547734;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.9775,135.147;QD=61.7163;RBI=0.0116469,0.0910591;REFB=0,0;REVB=0.0116282,0.0727436;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.227758,-0.00164313;OID=.,.;OPOS=8339283,8339283;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:2,44:2,45:0.0425532,0.957447:2,22:0,22:0:0:2,23:0,22:0:0 chr17 8339307 . G A 651.77 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0590635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.642;QD=54.3139;RBI=0.0882137;REFB=-0.113028;REVB=0.0655222;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391107;STB=0.539982;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00281048;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:48:48:2:4:44:44:0.916667:23:21:0:2:23:21:0:4 chr17 8378932 . A G 1555.86 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6934;QD=59.8409;RBI=0.0600143;REFB=0;REVB=0.058607;RO=0;SAF=69;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41531e-05;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:35:69:0:0:35:69:0:0 chr17 8383894 . A G 726.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.388;QD=57.0108;RBI=0.0373441;REFB=0;REVB=0.0372207;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148175;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr17 8402669 . C T 315.25 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.137465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.422;QD=21.3727;RBI=0.140153;REFB=-0.0423008;REVB=-0.0273184;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118306;STB=0.557343;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0200678;OID=.;OPOS=8402669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:32:33:0.559322:17:15:16:10:17:16:16:10 chr17 8416901 . C T 1328.57 PASS AF=0.988764;AO=84;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.125391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.515;QD=59.7111;RBI=0.159555;REFB=-0.0985131;REVB=0.098665;RO=2;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021042;STB=0.505881;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00674141;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:89:2:1:84:88:0.988764:44:40:0:2:46:42:1:0 chr17 8424270 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.415;QD=62.0219;RBI=0.0160771;REFB=0;REVB=0.00587712;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52876e-05;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr17 8450357 . C A 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.115;QD=57.2256;RBI=0.030935;REFB=0;REVB=0.0182118;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4098e-05;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr17 8701116 . G A 257.73 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0291312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.655;QD=16.6274;RBI=0.0446917;REFB=-0.0353689;REVB=0.0338929;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243191;STB=0.620606;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.05089;OID=.;OPOS=8701116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:33:29:29:0.467742:18:11:20:11:18:11:20:13 chr17 8701799 . G T 284.08 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00500148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.317;QD=15.1511;RBI=0.0151062;REFB=-0.0235124;REVB=0.0142542;RO=30;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218951;STB=0.532106;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0250129;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:43:32:32:0.426667:11:21:19:11:11:21:26:17 chr17 8725213 . CAGGA AGGGA,CAGGG,CAGGGA 354.87 PASS AF=0,0,1;AO=2,4,20;DP=29;FAO=0,0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13;FSAR=0,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037749,-0.145961,0.0545137;FXX=0;HRUN=1,3,2;LEN=2,1,1;MLLD=79.6867,5.93562,20.0774;QD=48.9474;RBI=0.0377769,0.14793,0.0602722;REFB=0,0,0;REVB=-0.0014518,0.0240565,-0.0257098;RO=1;SAF=0,4,8;SAR=2,0,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,0,-0.0541413;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0,0.000969331;OID=.,.,.;OPOS=8725213,8725217,8725215;OREF=CA,A,-;OALT=AG,G,G;OMAPALT=AGGGA,CAGGG,CAGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:29:29:1:0:2,4,20:0,0,29:0,0,1:2,0,12:0,4,8:1:0:0,0,16:0,0,13:0:0 chr17 8792029 . A G 133.41 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0571545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7041;QD=15.695;RBI=0.0574575;REFB=-0.0143184;REVB=0.00589233;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148075;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0194879;OID=.;OPOS=8792029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:9:6:10:8:9:6:10:9 chr17 8792514 . G A 329.62 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0276254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7984;QD=20.9285;RBI=0.0322178;REFB=0.0267067;REVB=0.0165779;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112178;STB=0.561924;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0164719;OID=.;OPOS=8792514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:15:19:20:9:15:19:20:9 chr17 9066248 . C T 302.75 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00578109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.494;QD=14.5901;RBI=0.0619027;REFB=-0.0192227;REVB=0.0616322;RO=49;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103441;STB=0.558704;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.03029;OID=.;OPOS=9066248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:20:14:25:24:20:14:25:24 chr17 9066254 . T C 279.95 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0380212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.815;QD=14.1745;RBI=0.0401914;REFB=-0.0235547;REVB=-0.0130284;RO=47;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883151;STB=0.55025;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0151578;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:19:13:23:24:19:13:23:24 chr17 9086712 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0285376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.54;QD=17.3781;RBI=0.0285699;REFB=-0.0180653;REVB=0.00135884;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310257;STB=0.675404;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.01546;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:1:9:6:5:1:9 chr17 9395231 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0154857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.251;QD=17.8005;RBI=0.018661;REFB=-0.0148291;REVB=0.0104127;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289837;STB=0.673964;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0254065;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:24:20:20:0.454545:16:4:10:12:16:4:11:13 chr17 9471711 . T G 456.08 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0194744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.15;QD=50.675;RBI=0.0215762;REFB=-0.114765;REVB=0.00928864;RO=3;SAF=19;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682414;STB=0.536564;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00105513;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:14:19:3:0:14:19:3:0 chr17 9479098 . C A 699.24 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.821;QD=51.7958;RBI=0.0664175;REFB=-0.205795;REVB=0.0644451;RO=2;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294139;STB=0.515146;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00194599;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:2:2:51:52:0.962963:31:20:0:2:32:20:0:2 chr17 9515777 . G A 837.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595108;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0913;QD=57.745;RBI=0.0681153;REFB=0;REVB=-0.0331385;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253647;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:24:34:0:0 chr17 9549441 . C T 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00585856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.179;QD=32.8033;RBI=0.00737682;REFB=-0.031677;REVB=-0.00448272;RO=9;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224381;STB=0.62316;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00779082;OID=.;OPOS=9549441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:8:15:2:7:8:15:2:7 chr17 9586165 . C T 205.23 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00897154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.846;QD=15.787;RBI=0.00911559;REFB=-0.0152351;REVB=-0.00161416;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223326;STB=0.626756;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0185161;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:11:18:9:14:11:18 chr17 9632247 . A G 451.66 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0086226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.987;QD=20.2991;RBI=0.00928008;REFB=-0.0169364;REVB=-0.00343084;RO=44;SAF=19;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414726;STB=0.516365;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0182232;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:44:44:45:0.505618:25:19:21:23:25:20:21:23 chr17 9674922 . A G 657.06 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0083177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.781;QD=21.3677;RBI=0.0280227;REFB=-0.00150593;REVB=-0.0267598;RO=58;SAF=32;SAR=33;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660459;STB=0.503627;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00144365;OID=.;OPOS=9674922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:58:65:65:0.528455:33:32:29:29:33:32:29:29 chr17 9674976 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=27;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00933209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.421;QD=14.5588;RBI=0.0247027;REFB=-0.0103521;REVB=-0.0228722;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227644;STB=0.656127;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0196609;OID=.;OPOS=9674976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:27:26:0.42623:18:9:19:15:18:8:20:15 chr17 9705939 . G C 261.89 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0319447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.084;QD=12.4711;RBI=0.0319817;REFB=-0.0289623;REVB=-0.00153655;RO=53;SAF=12;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176601;STB=0.601479;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0355661;OID=.;OPOS=9705939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:19:12:29:24:19:12:29:24 chr17 9725101 . G A 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0282752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.133;QD=17.9914;RBI=0.0285876;REFB=-0.0226729;REVB=-0.00421465;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13916;STB=0.577906;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0178542;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:17:13:17:12:17:13 chr17 9725338 . G A 646.72 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0197135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.424;QD=21.5572;RBI=0.0580949;REFB=-0.0193275;REVB=0.054648;RO=56;SAF=28;SAR=36;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383371;STB=0.521046;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0131065;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:64:64:0.533333:36:28:27:29:36:28:27:29 chr17 9725347 . A G 596.16 PASS AF=0.525862;AO=58;DP=113;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0144032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.535;QD=20.5573;RBI=0.016398;REFB=-0.0259688;REVB=0.00783858;RO=51;SAF=25;SAR=33;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000293279;STB=0.504903;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0332026;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:51:55:58:61:0.525862:33:25:22:29:35:26:24:31 chr17 9813948 . AT A,AA 62.71 PASS AF=0.5,0;AO=7,2;DP=19;FAO=9,0;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.000493958,-0.00744907;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.862,215.766;QD=13.935;RBI=0.0137668,0.016571;REFB=-0.00828138,-0.00479563;REVB=0.0137579,0.0148024;RO=10;SAF=6,2;SAR=1,0;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.092698,0.463326;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00295537,0.0577479;OID=.,.;OPOS=9813949,9813949;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:7,2:19:9,0:18:9:8,0:1,0:8:1:53:10:6,2:1,0:9:1 chr17 10216510 . G A 2527.49 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544065;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.456;QD=61.6462;RBI=0.0745701;REFB=0;REVB=0.0509963;RO=0;SAF=94;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40181e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66907e-05;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:164:0:0:160:164:1:66:94:0:0:69:95:0:0 chr17 10223714 . T C 914.03 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122322;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.098;QD=58.0338;RBI=0.0967398;REFB=0;REVB=0.0959633;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564932;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr17 10236465 . G A 1025.37 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.903;QD=58.5924;RBI=0.0366979;REFB=0;REVB=-0.0121952;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163443;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:0:0:68:70:1:32:36:0:0:34:36:0:0 chr17 10243717 . G A 806.27 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592322;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.056;QD=57.5907;RBI=0.0618156;REFB=0;REVB=0.0176836;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615375;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr17 10309612 . T C 187.22 PASS AF=0.342857;AO=23;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00364589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.368;QD=10.6982;RBI=0.0039585;REFB=-0.0155315;REVB=0.00154182;RO=46;SAF=16;SAR=7;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323258;STB=0.69622;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0263737;OID=.;OPOS=10309612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:46:23:24:0.342857:7:16:19:27:7:17:19:27 chr17 10312472 . G A 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0174193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9033;QD=22.7217;RBI=0.0299803;REFB=0.00290733;REVB=-0.0244005;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173878;STB=0.597601;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00407444;OID=.;OPOS=10312472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:7:13:7:9:7:13:7:9 chr17 10318636 . A G 1763.8 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676724;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.026;QD=60.301;RBI=0.0835302;REFB=0;REVB=0.0489668;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457652;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:117:0:0:111:117:1:49:62:0:0:49:68:0:0 chr17 10346781 . T C 1463.28 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0856518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.155;QD=60.97;RBI=0.08635;REFB=-0.0690936;REVB=-0.0109584;RO=1;SAF=19;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628114;STB=0.506578;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00182502;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:75:19:0:1:75:19:0:2 chr17 10348354 . T C 252.83 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0118911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.653;QD=10.5347;RBI=0.011941;REFB=-0.0085203;REVB=0.00109063;RO=64;SAF=17;SAR=14;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560947;STB=0.527647;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0195968;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:65:31:31:0.322917:14:17:32:32:14:17:33:32 chr17 10350385 . ATTTTC ATTC,ATTTC,ATTTCT 1087.98 PASS AF=0,0.903704,0.0962963;AO=22,27,6;DP=134;FAO=0,122,13;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=0,58,13;FSAR=0,64,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.227866,-0.459101,-0.0952644;FXX=0.0217376;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=9.95725,9.76828,205.13;QD=32.2363;RBI=0.553862,1.06605,0.143682;REFB=0.0326732,0.0225941,-0.00962067;REVB=0.504816,0.96213,0.10756;RO=60;SAF=22,26,6;SAR=0,1,0;SRF=0;SRR=60;SSEN=0.452899,0.452899,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.90039,0.873608,0.896633;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.00314971,0.166919;OID=.,.,.;OPOS=10350386,10350386,10350389;OREF=TT,T,TC;OALT=-,-,CT;OMAPALT=ATTC,ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.903704,0.0962963:22,27,6:134:0,122,13:135:0:0,58,13:0,64,0:0:0:40:60:22,26,6:0,1,0:0:60 chr17 10355371 . C T 676.84 PASS AF=0.927273;AO=47;DP=52;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0279985;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.725;QD=49.2246;RBI=0.271245;REFB=-0.291177;REVB=0.269796;RO=5;SAF=33;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212864;STB=0.52856;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0265222;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:52:55:5:4:47:51:0.927273:14:33:4:1:18:33:4:0 chr17 10355763 . T C 2460.14 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00571069;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.825;QD=60.7441;RBI=0.0263088;REFB=-0.0802224;REVB=0.0256816;RO=0;SAF=96;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50259;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=1.42995e-05;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:161:161:0.993827:65:96:0:0:65:96:1:0 chr17 10363410 . A G 3713.99 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391607;FXX=0.0291655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.077;QD=63.7595;RBI=0.0425676;REFB=0;REVB=-0.0166866;RO=0;SAF=110;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23825e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119197;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:233:0:0:229:233:1:119:110:0:0:119:114:0:0 chr17 10402142 . G A 291.32 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0367889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.874;QD=14.3859;RBI=0.0377878;REFB=-0.00705763;REVB=0.00863125;RO=48;SAF=10;SAR=22;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523874;STB=0.542832;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0126097;OID=.;OPOS=10402142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:48:32:33:0.407407:22:10:13:35:22:11:13:35 chr17 10415840 . A G 895.08 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0276357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.222;QD=55.0815;RBI=0.0314548;REFB=-0.0981757;REVB=0.0150224;RO=2;SAF=16;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184422;STB=0.508909;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000494151;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:46:16:1:1:46:17:1:1 chr17 10417429 . G A 603.66 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00226437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.413;QD=20.463;RBI=0.00991325;REFB=-0.0215151;REVB=0.00965117;RO=55;SAF=30;SAR=31;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462417;STB=0.516661;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0233071;OID=.;OPOS=10417429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:57:61:61:0.516949:31:30:30:25:31:30:30:27 chr17 10427924 . G A 380.93 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0241395;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.16;QD=18.1395;RBI=0.0288034;REFB=-0.0333385;REVB=0.0157136;RO=39;SAF=14;SAR=25;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492819;STB=0.572481;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0379919;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:45:39:39:0.464286:25:14:16:23:25:14:22:23 chr17 10432319 . G A 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0440628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.27;QD=1.68352;RBI=0.0440851;REFB=-0.00122635;REVB=0.00140203;RO=63;SAF=1;SAR=6;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339055;STB=0.781689;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00981651;OID=.;OPOS=10432319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:63:65:7:7:0.0972222:6:1:25:38:6:1:26:39 chr17 10438464 . G A 593.59 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.020988;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.425;QD=18.2643;RBI=0.0213774;REFB=-0.00188823;REVB=0.00406156;RO=69;SAF=40;SAR=21;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106826;STB=0.559421;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00246573;OID=.;OPOS=10438464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:69:69:61:61:0.469231:21:40:38:31:21:40:38:31 chr17 10448769 . A T 718.9 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0275713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3253;QD=21.4595;RBI=0.0291108;REFB=0.000771901;REVB=-0.00934124;RO=63;SAF=27;SAR=43;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024403;STB=0.518067;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.000553015;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:64:70:70:0.522388:43:27:26:37:43:27:27:37 chr17 10450816 . T C 2800.67 PASS AF=0.983696;AO=179;DP=182;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00925386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.372;QD=60.8841;RBI=0.0150069;REFB=-0.0973916;REVB=-0.0118141;RO=3;SAF=96;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00411272;STB=0.502231;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-6.68022e-06;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:182:184:3:3:179:181:0.983696:83:96:2:1:85:96:2:1 chr17 10533647 . C G 461.07 PASS AF=0.456311;AO=34;DP=104;FAO=47;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0597626;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.694;QD=17.9055;RBI=0.0715592;REFB=-0.0465288;REVB=0.0393594;RO=51;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145072;STB=0.524827;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0524041;OID=.;OPOS=10533647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:51:53:34:47:0.456311:20:14:28:23:20:27:28:25 chr17 10533659 . G A 403.56 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0193248;FXX=0.0377323;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.884;QD=15.8258;RBI=0.0282452;REFB=-0.0480402;REVB=0.0205997;RO=56;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236826;STB=0.505911;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0387716;OID=.;OPOS=10533659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:56:57:45:45:0.441176:21:24:30:26:21:24:31:26 chr17 10533674 . A G 456.48 PASS AF=0.459459;AO=48;DP=107;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00835147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.115;QD=16.4499;RBI=0.0226332;REFB=-0.0315992;REVB=-0.0210361;RO=59;SAF=26;SAR=22;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06621;STB=0.555297;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.034223;OID=.;OPOS=10533674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:59:60:48:51:0.459459:22:26:28:31:22:29:28:32 chr17 10537389 . G A 602.45 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0127152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.263;QD=18.6807;RBI=0.0159198;REFB=-0.00121973;REVB=0.00957936;RO=66;SAF=39;SAR=23;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179345;STB=0.595843;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00100109;OID=.;OPOS=10537389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:66:67:62:62:0.48062:23:39:29:37:23:39:30:37 chr17 10538701 . T C 945.84 PASS AF=0.574324;AO=85;DP=149;FAO=85;FDP=148;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.0519269;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6927;QD=25.5632;RBI=0.0687416;REFB=-0.0273908;REVB=0.0450446;RO=64;SAF=42;SAR=43;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152554;STB=0.580048;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0222864;OID=.;OPOS=10538701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:64:63:85:85:0.574324:43:42:44:20:43:42:43:20 chr17 10539089 . G A 1027.75 PASS AF=0.532609;AO=98;DP=186;FAO=98;FDP=184;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.00851842;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.904;QD=22.3424;RBI=0.00926051;REFB=-0.0128686;REVB=0.00363231;RO=83;SAF=46;SAR=52;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131387;STB=0.568324;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0139627;OID=.;OPOS=10539089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:83:86:98:98:0.532609:52:46:52:31:52:46:53:33 chr17 10541515 . C T 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0560821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3331;QD=14.1722;RBI=0.0583867;REFB=-0.00209465;REVB=-0.0162419;RO=46;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254323;STB=0.638823;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0037023;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:11:21:19:27:11:21:20:27 chr17 10542471 . T G 423.34 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0169691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.258;QD=20.159;RBI=0.0231873;REFB=-0.0146829;REVB=0.0158019;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660733;STB=0.547242;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0156044;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:42:43:0.511905:21:21:23:17:22:21:24:17 chr17 10542765 . A G 406.83 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00536755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.105;QD=20.0906;RBI=0.00755236;REFB=-0.0194322;REVB=0.00531296;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770139;STB=0.542699;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0137253;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:22:19:22:18:22:19:22:18 chr17 10542886 . T C 249.56 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00114988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.232;QD=13.1347;RBI=0.01571;REFB=-0.0147744;REVB=0.0156679;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0269178;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:46:29:30:0.394737:15:14:23:23:15:15:23:23 chr17 10543463 . T C 635.94 PASS AF=0.454545;AO=67;DP=151;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0239497;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1801;QD=16.5179;RBI=0.0259295;REFB=-0.0304032;REVB=-0.00993741;RO=78;SAF=37;SAR=30;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879245;STB=0.552224;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0459379;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:78:84:67:70:0.454545:30:37:36:42:30:40:40:44 chr17 10544416 . G T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0125587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.951;QD=15.7815;RBI=0.0174566;REFB=-0.0104606;REVB=-0.0121248;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774274;STB=0.55168;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0199928;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:13:10:10:18:13:10:10:19 chr17 10727999 . C CT 258.51 PASS AF=0.473684;AO=41;DP=98;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0522206;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4222;QD=10.8848;RBI=0.0599767;REFB=-0.00670268;REVB=-0.0294993;RO=52;SAF=25;SAR=16;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141776;STB=0.510912;STBP=0.838;TYPE=ins;VARB=-0.00277207;OID=.;OPOS=10728000;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:41:98:45:95:50:27:18:29:21:99:52:25:16:31:21 chr17 11511457 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.023595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.89;QD=10.1416;RBI=0.0239666;REFB=-0.0078744;REVB=0.00420411;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20082;STB=0.627828;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0165476;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:7:5:6:18:7:5:6:19 chr17 11523082 . A G 959.79 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.023;QD=58.1689;RBI=0.066047;REFB=0;REVB=-0.0660384;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171607;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:30:33:0:0:30:36:0:0 chr17 11532835 . A G 408.91 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0161943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1562;QD=17.9741;RBI=0.0250931;REFB=0.0049444;REVB=-0.0191679;RO=48;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227657;STB=0.518316;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0109346;OID=.;OPOS=11532835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:49:42:42:0.461538:22:20:24:24:22:20:25:24 chr17 11554476 . G A 374.79 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0108297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5598;QD=18.9766;RBI=0.0174723;REFB=-0.0308461;REVB=-0.0137113;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18635;STB=0.608047;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0289748;OID=.;OPOS=11554476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:40:38:39:0.493671:18:20:29:11:19:20:29:11 chr17 11583089 . T C 2142.81 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259232;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.213;QD=63.0237;RBI=0.059705;REFB=0;REVB=0.0537836;RO=0;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.761e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:64:71:0:0:65:71:0:0 chr17 11648332 . C T 812.76 PASS AF=0.926471;AO=55;DP=60;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0425011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7537;QD=47.8093;RBI=0.0425178;REFB=-0.0634257;REVB=-0.00119113;RO=4;SAF=22;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783234;STB=0.53967;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00206141;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:60:68:4:5:55:63:0.926471:33:22:4:0:34:29:5:0 chr17 11672607 . G T 194.23 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0385405;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.615;QD=16.5299;RBI=0.0385492;REFB=0.00255154;REVB=-0.000821979;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251202;STB=0.642871;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0023004;OID=.;OPOS=11672607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:19:8:11:9:19:8 chr17 11757556 . C G 283.0 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=0.0340382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6824;QD=12.5779;RBI=0.0383578;REFB=0.00832539;REVB=0.0176838;RO=56;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1078;STB=0.56518;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0104121;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:57:33:33:0.366667:22:11:14:42:22:11:14:43 chr17 11786951 . T C 610.37 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000665157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.517;QD=56.7787;RBI=0.000952601;REFB=0.0648555;REVB=0.000681921;RO=2;SAF=25;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360683;STB=0.519221;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00229435;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:16:25:2:0:16:25:2:0 chr17 11787936 . A G 758.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.73;QD=61.9416;RBI=0.0246428;REFB=-0.0427751;REVB=-0.0035293;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120763;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr17 11833287 . A G 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0175694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.797;QD=12.402;RBI=0.0218237;REFB=-0.0146975;REVB=-0.0129458;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158041;STB=0.593102;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.025714;OID=.;OPOS=11833287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:14:15:6:10:14:15 chr17 11833365 . G A 46.78 PASS AF=0.368421;AO=3;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.220467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.346;QD=9.84838;RBI=0.221383;REFB=-0.0185295;REVB=-0.0201216;RO=9;SAF=0;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.640421;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0373495;OID=.;OPOS=11833365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:9:12:3:7:0.368421:3:0:4:5:3:4:4:8 chr17 11835331 . G A 547.81 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.0125786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2478;QD=19.0543;RBI=0.0174956;REFB=0.00566618;REVB=-0.0121603;RO=56;SAF=37;SAR=20;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657415;STB=0.532594;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00697453;OID=.;OPOS=11835331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:58:57:57:0.495652:20:37:40:16:20:37:41:17 chr17 12898295 . T C 217.75 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0041095;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.9;QD=11.0254;RBI=0.00456345;REFB=-0.00808551;REVB=0.00198421;RO=52;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149151;STB=0.586529;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0154306;OID=.;OPOS=12898295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:12:15:22:30:12:15:22:30 chr17 12899963 . T C 504.25 PASS AF=0.505155;AO=47;DP=94;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0750519;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.498;QD=20.7938;RBI=0.0806152;REFB=-0.00829072;REVB=-0.0294284;RO=47;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785243;STB=0.547135;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00663909;OID=.;OPOS=12899963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:47:48:47:49:0.505155:26:21:17:30:26:23:18:30 chr17 12915009 . G A 514.36 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=28;FWDB=-0.0308829;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.179;QD=14.3876;RBI=0.031244;REFB=-0.0136567;REVB=0.00473624;RO=83;SAF=35;SAR=22;SRF=58;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968761;STB=0.538975;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.013754;OID=.;OPOS=12915009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:83:86:57:57:0.398601:22:35:58:25:22:35:58:28 chr17 12916606 . A G 214.51 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0176046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1143;QD=14.7938;RBI=0.0373204;REFB=-0.0199713;REVB=0.0329073;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485689;STB=0.50276;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0224139;OID=.;OPOS=12916606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:12:13:17:16:12:13:17:16 chr17 12920260 . A G 514.06 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=24;FWDB=0.00101334;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=332.927;QD=14.3793;RBI=0.0018172;REFB=-0.00622646;REVB=0.00150842;RO=85;SAF=49;SAR=8;SRF=62;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228676;STB=0.638381;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00765605;OID=.;OPOS=12920260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:86:57:57:0.398601:8:49:62:23:8:49:62:24 chr17 13399616 . A T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.252;QD=60.2294;RBI=0.0181821;REFB=0;REVB=0.00325069;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72478e-05;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr17 13980350 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.369;QD=43.486;RBI=0.0372818;REFB=0;REVB=-0.034842;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000651069;OID=.;OPOS=13980350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr17 14005439 . G A 820.29 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00968822;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0742;QD=22.9453;RBI=0.0533853;REFB=0.00143232;REVB=0.0524989;RO=66;SAF=43;SAR=34;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110825;STB=0.506067;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00079501;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:66:77:77:0.538462:34:43:36:30:34:43:36:30 chr17 14095309 . A G 553.99 PASS AF=0.415584;AO=62;DP=154;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0132329;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.295;QD=14.3894;RBI=0.0247975;REFB=-0.00794904;REVB=-0.0209716;RO=88;SAF=30;SAR=32;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307098;STB=0.525966;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0118229;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:88:90:62:64:0.415584:32:30:40:48:32:32:41:49 chr17 14139891 . A C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.095;QD=37.4835;RBI=0.0251552;REFB=0;REVB=-0.025118;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000543499;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr17 14140103 . A G 953.15 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7781;QD=58.6556;RBI=0.0377141;REFB=0;REVB=0.0117707;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218174;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr17 14248423 . T C 88.6 PASS AF=0.276596;AO=10;DP=43;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0249078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.676;QD=7.54048;RBI=0.0354321;REFB=-0.0239962;REVB=-0.0251999;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43054;STB=0.625215;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0527806;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:43:47:33:34:10:13:0.276596:8:2:18:15:8:5:19:15 chr17 14249167 . C T 395.08 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00836694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.803;QD=17.7566;RBI=0.00836953;REFB=-0.0215756;REVB=-0.000208362;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777218;STB=0.536824;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0262767;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:40:41:0.460674:19:21:29:19:19:22:29:19 chr17 15207364 . T G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.204;QD=58.6006;RBI=0.045262;REFB=0;REVB=0.0231909;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35658e-05;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr17 15215660 . T C 928.99 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0117028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.094;QD=55.4619;RBI=0.0122418;REFB=-0.0238704;REVB=-0.00359264;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.503105;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000910857;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:1:2:64:65:0.970149:39:25:0:1:39:26:1:1 chr17 15311975 . G A 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0513;QD=54.5136;RBI=0.0305962;REFB=0;REVB=0.0285488;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542405;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr17 15341183 . A C 472.18 PASS AF=0.366667;AO=54;DP=149;FAO=55;FDP=150;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.0173362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4841;QD=12.5914;RBI=0.0227442;REFB=-0.00220814;REVB=0.0147226;RO=94;SAF=21;SAR=33;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905818;STB=0.540969;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00483106;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:94:95:54:55:0.366667:33:21:44:50:33:22:44:51 chr17 15343524 . C CCTT 612.42 PASS AF=0.893617;AO=41;DP=49;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0423076;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=3;MLLD=199.215;QD=52.1208;RBI=0.0423181;REFB=-0.0123289;REVB=0.000944505;RO=7;SAF=2;SAR=39;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771703;STB=0.529398;STBP=0.622;TYPE=ins;VARB=0.00266607;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.893617:41:49:42:47:5:2:40:0:5:26:7:2:39:0:7 chr17 15441486 . G A 732.47 PASS AF=1;AO=35;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.726;QD=56.3435;RBI=0.0784354;REFB=0;REVB=0.0215635;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391895;OID=.;OPOS=15441486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:35:52:1:22:13:0:0:29:23:0:0 chr17 15443734 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.469;QD=59.8374;RBI=0.0297515;REFB=0;REVB=0.0294828;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256087;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:14:23:0:0:18:23:0:0 chr17 15443742 . C G 585.31 PASS AF=0.97619;AO=38;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00234678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.82;QD=55.744;RBI=0.0231131;REFB=-0.0150387;REVB=0.0229936;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00166839;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:1:1:38:41:0.97619:14:24:0:1:17:24:0:1 chr17 15477417 . A G 55.33 PASS AF=0.266667;AO=6;DP=28;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00619759;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.386;QD=7.37785;RBI=0.0297406;REFB=-0.0146571;REVB=0.0290876;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835743;STB=0.560192;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0344046;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:28:30:21:22:6:8:0.266667:3:3:12:9:3:5:12:10 chr17 15492409 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.281;QD=42.1826;RBI=0.0440446;REFB=0;REVB=0.0380211;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132274;OID=.;OPOS=15492409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 15496730 . A G 679.43 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=0.0176058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8842;QD=17.2008;RBI=0.0222907;REFB=-0.00577067;REVB=-0.0136715;RO=85;SAF=35;SAR=38;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123874;STB=0.568541;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00650597;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:85:85:73:73:0.462025:38:35:30:55:38:35:30:55 chr17 15498181 . A G 77.75 PASS AF=0.22;AO=10;DP=49;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0212174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.922;QD=6.21987;RBI=0.0333886;REFB=-0.00692888;REVB=-0.0257803;RO=39;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374633;STB=0.689811;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0265917;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:49:50:39:39:10:11:0.22:3:7:15:24:4:7:15:24 chr17 15532147 . G A 413.75 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0175809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.529;QD=16.3859;RBI=0.0345857;REFB=-0.00956971;REVB=0.0297839;RO=56;SAF=22;SAR=23;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134651;STB=0.57522;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0148807;OID=.;OPOS=15532147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:23:22:35:21:23:22:35:21 chr17 15554561 . C A 280.74 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0420274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.499;QD=28.0738;RBI=0.0423263;REFB=-0.0097939;REVB=0.00502063;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466417;STB=0.525752;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00687855;OID=.;OPOS=15554561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:10:15:8:7:10:15:8:7 chr17 15611495 . T C 1492.12 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.837;QD=63.4947;RBI=0.0433812;REFB=0;REVB=0.0431003;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56677e-05;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:37:56:0:0:38:56:0:0 chr17 15620647 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8901;QD=64.4127;RBI=0.0421451;REFB=0;REVB=-0.031366;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01814e-05;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr17 15644506 . C T 531.89 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00764829;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.707;QD=20.2623;RBI=0.0170282;REFB=0.00147523;REVB=0.0152139;RO=46;SAF=34;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129522;OID=.;OPOS=15644506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:50:55:55:0.52381:21:34:29:17:22:33:30:20 chr17 15645289 . G A 137.82 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0252257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1053;QD=12.8207;RBI=0.0483803;REFB=-0.00659414;REVB=0.0412834;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203795;STB=0.618767;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0164442;OID=.;OPOS=15645289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:10:17:7:9:10:17 chr17 15690281 . C T 280.67 PASS AF=0.517241;AO=27;DP=56;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00787672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2035;QD=19.3567;RBI=0.120733;REFB=-0.0302764;REVB=0.120476;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811688;STB=0.56892;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0221902;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:28:28:27:30:0.517241:12:15:18:10:15:15:18:10 chr17 15690793 . T C 2572.66 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317798;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.04;QD=61.9917;RBI=0.0334887;REFB=0;REVB=0.0105614;RO=0;SAF=50;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91289e-05;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:165:166:1:115:50:0:0:115:51:0:0 chr17 15690863 . T A 657.92 PASS AF=0.528;AO=57;DP=116;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0112414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.428;QD=21.0534;RBI=0.0344277;REFB=-0.0369035;REVB=0.0325407;RO=59;SAF=18;SAR=39;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125581;STB=0.591567;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0387936;OID=.;OPOS=15690863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:125:59:59:57:66:0.528:39:18:26:33:48:18:26:33 chr17 16068340 . C T 438.47 PASS AF=0.279279;AO=55;DP=215;FAO=62;FDP=222;FR=.;FRO=160;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=71;FWDB=-0.00638675;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.299;QD=7.90028;RBI=0.0205813;REFB=-0.0107473;REVB=-0.0195652;RO=151;SAF=42;SAR=13;SRF=85;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279656;STB=0.593263;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0267521;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:222:151:160:55:62:0.279279:13:42:85:66:20:42:89:71 chr17 16068343 . G A 459.45 PASS AF=0.281938;AO=64;DP=224;FAO=64;FDP=227;FR=.;FRO=163;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=74;FWDB=-0.0304548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3175;QD=8.09601;RBI=0.0460267;REFB=-0.0305276;REVB=-0.0345104;RO=159;SAF=44;SAR=20;SRF=87;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181859;STB=0.608558;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.034815;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:227:159:163:64:64:0.281938:20:44:87:72:20:44:89:74 chr17 16068362 . C T 638.4 PASS AF=0.321705;AO=83;DP=259;FAO=83;FDP=258;FR=.;FRO=175;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=98;FSRR=77;FWDB=-0.000467444;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.331;QD=9.8976;RBI=0.0221703;REFB=-0.00771467;REVB=-0.0221653;RO=175;SAF=55;SAR=28;SRF=98;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.574094;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0144341;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:175:175:83:83:0.321705:28:55:98:77:28:55:98:77 chr17 16068377 . C G 676.78 PASS AF=0.33463;AO=86;DP=258;FAO=86;FDP=257;FR=.;FRO=171;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=94;FSRR=77;FWDB=0.00577678;FXX=0.00387582;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.339;QD=10.5335;RBI=0.00647829;REFB=0.00425824;REVB=-0.00293207;RO=160;SAF=56;SAR=30;SRF=90;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106974;STB=0.571085;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00622757;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:160:171:86:86:0.33463:30:56:90:70:30:56:94:77 chr17 16068383 . G A 754.45 PASS AF=0.360465;AO=88;DP=258;FAO=93;FDP=258;FR=.;FRO=165;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=90;FSRR=75;FWDB=-0.00839282;FXX=0.0152666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.203;QD=11.6969;RBI=0.00851462;REFB=-0.00390753;REVB=0.00143503;RO=168;SAF=58;SAR=30;SRF=92;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135133;STB=0.551892;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00663566;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:168:165:88:93:0.360465:30:58:92:76:35:58:90:75 chr17 16068396 . G A 986.61 PASS AF=0.406593;AO=109;DP=271;FAO=111;FDP=273;FR=.;FRO=162;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=84;FSRR=78;FWDB=-0.0159165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.838;QD=14.4559;RBI=0.0218869;REFB=-0.00444385;REVB=0.0150234;RO=155;SAF=67;SAR=42;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789324;STB=0.551617;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0144307;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:273:155:162:109:111:0.406593:42:67:84:71:44:67:84:78 chr17 16068463 . C T 146.58 PASS AF=0.131783;AO=34;DP=258;FAO=34;FDP=258;FR=.;FRO=224;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=114;FSRR=110;FWDB=-0.0376385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.887;QD=2.27249;RBI=0.0379907;REFB=-0.00665372;REVB=-0.0051614;RO=224;SAF=20;SAR=14;SRF=114;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101134;STB=0.569289;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0428174;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:224:224:34:34:0.131783:14:20:114:110:14:20:114:110 chr17 16097870 . C A 30.04 PASS AF=0.06875;AO=10;DP=159;FAO=11;FDP=160;FR=.;FRO=149;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=98;FWDB=0.00721667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3652;QD=0.751109;RBI=0.0107671;REFB=-0.00318124;REVB=-0.00799061;RO=149;SAF=3;SAR=7;SRF=51;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497343;STB=0.575855;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0519248;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:159:160:149:149:10:11:0.06875:7:3:51:98:8:3:51:98 chr17 16350239 . A G 152.38 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0448751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4943;QD=21.0173;RBI=0.048307;REFB=-0.0787258;REVB=0.0178828;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299269;STB=0.653304;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0196783;OID=.;OPOS=16350239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:13:15:16:0.551724:6:9:12:1:6:10:12:1 chr17 16524929 . C A 191.29 PASS AF=0.320513;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0198591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.615;QD=9.80993;RBI=0.0206541;REFB=-0.00487964;REVB=-0.00567523;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223499;STB=0.505648;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0094526;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:53:24:25:0.320513:12:12:25:27:13:12:25:28 chr17 16527795 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.454;QD=40.7629;RBI=0.0453231;REFB=0;REVB=0.0450163;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580379;OID=.;OPOS=16527795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr17 16537207 . C T 646.6 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=22;FWDB=0.0049382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7155;QD=16.7948;RBI=0.00707501;REFB=-0.0196344;REVB=-0.00506655;RO=82;SAF=39;SAR=31;SRF=61;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189513;STB=0.60232;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0183167;OID=.;OPOS=16537207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:84:70:70:0.454545:31:39:61:21:31:39:62:22 chr17 16635962 . A G 120.14 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0281128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7675;QD=14.562;RBI=0.118511;REFB=-0.0132819;REVB=0.115128;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317097;STB=0.683291;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0255583;OID=.;OPOS=16635962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:6:13:5:9:6:13 chr17 16635980 . G A 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0332095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0065;QD=12.9722;RBI=0.0638213;REFB=-0.0159464;REVB=-0.0545003;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304347;STB=0.677144;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0237297;OID=.;OPOS=16635980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:5:13:5:7:5:13 chr17 16640908 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00919497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.79;QD=11.9197;RBI=0.0263867;REFB=-0.0192105;REVB=-0.0247328;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45597;STB=0.781686;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0140334;OID=.;OPOS=16640908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:4:5:1:6:4:5 chr17 16692262 . C T 86.11 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0867642;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0288;QD=11.1114;RBI=0.0895235;REFB=-0.00452731;REVB=0.0220553;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548323;STB=0.827003;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0145987;OID=.;OPOS=16692262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:31:20:20:11:11:0.354839:2:9:6:14:2:9:6:14 chr17 16735618 . G A 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0417546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.409;QD=40.5912;RBI=0.0954526;REFB=-0.0333684;REVB=0.0858356;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114072;STB=0.562426;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00338978;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:0:2:7:10:0:2 chr17 16746358 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.12;QD=58.1409;RBI=0.050745;REFB=0;REVB=0.00132319;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274829;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr17 16829159 . C T 153.08 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0123202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.286;QD=10.378;RBI=0.0164353;REFB=-0.00116492;REVB=-0.0108781;RO=38;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551748;STB=0.815484;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00393185;OID=.;OPOS=16829159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:39:20:20:0.338983:4:16:11:27:4:16:12:27 chr17 16842912 . A G 320.74 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=63;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00712993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.736;QD=19.7376;RBI=0.0809005;REFB=-0.00820845;REVB=-0.0805857;RO=30;SAF=25;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995253;STB=0.5263;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0128472;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:30:30:33:35:0.538462:8:25:20:10:10:25:20:10 chr17 16855878 . C T 636.51 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.152321;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.1512;QD=54.1713;RBI=0.158614;REFB=-0.0994166;REVB=0.0442372;RO=4;SAF=18;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935443;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00852678;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:47:4:1:42:46:0.978723:24:18:4:0:24:22:0:1 chr17 16892265 . G A 320.12 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0623493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4239;QD=13.622;RBI=0.0683096;REFB=0.0133412;REVB=-0.0279064;RO=58;SAF=13;SAR=23;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294905;STB=0.667737;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0227149;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:23:13:37:21:23:13:37:21 chr17 16892273 . A G 322.53 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0174619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1009;QD=14.177;RBI=0.0203934;REFB=-0.0158177;REVB=0.0105344;RO=55;SAF=14;SAR=22;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241182;STB=0.636837;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0350851;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:22:14:34:21:22:14:34:21 chr17 17046024 . C A 733.11 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0939574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8136;QD=61.0921;RBI=0.0951304;REFB=-0.0998215;REVB=0.0148927;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0186361;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:1:0:26:21:1:0 chr17 17062241 . C G 5080.38 PASS AF=0.85514;AO=367;DP=430;FAO=366;FDP=428;FR=.;FRO=62;FSAF=177;FSAR=189;FSRF=51;FSRR=11;FWDB=0.00797032;FXX=0.0069604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.664;QD=47.4801;RBI=0.0229817;REFB=-0.123737;REVB=0.0215554;RO=52;SAF=179;SAR=188;SRF=47;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978297;STB=0.548996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0028216;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:428:52:62:367:366:0.85514:188:179:47:5:189:177:51:11 chr17 17069105 . G A 786.87 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.25;QD=55.2189;RBI=0.0233738;REFB=-0.0321468;REVB=0.0012155;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00167539;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:24:32:1:0:24:32:1:0 chr17 17168164 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.386;QD=61.3364;RBI=0.059963;REFB=0;REVB=0.0076797;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100804;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr17 17179481 . G A 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.124003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.627;QD=60.8516;RBI=0.124551;REFB=0.088941;REVB=0.0116749;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00261913;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:0:1:21:25:0:1 chr17 17326363 . G A 256.75 PASS AF=0.510638;AO=10;DP=49;FAO=24;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0496923;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0937;QD=21.8514;RBI=0.0594768;REFB=-0.00947817;REVB=0.0326827;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299338;STB=0.51281;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0137935;OID=.;OPOS=17326363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:9:23:10:24:0.510638:9:1:0:9:10:14:14:9 chr17 17326604 . CA TG 389.47 PASS AF=0.43;AO=37;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00234812;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.651;QD=15.5789;RBI=0.00243594;REFB=-0.0134829;REVB=0.00064817;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130966;STB=0.501628;STBP=0.967;TYPE=mnp;VARB=0.0176469;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:44:57:37:43:0.43:19:18:22:22:22:21:28:29 chr17 17363784 . A C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0121054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.13;QD=14.2704;RBI=0.0160593;REFB=-0.0107496;REVB=-0.0105527;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15022;STB=0.586132;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0135381;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:7:17:19:14:7:17:19:14 chr17 17394611 . G A 555.07 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00411661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.989;QD=22.427;RBI=0.0148571;REFB=-0.0181939;REVB=0.0142754;RO=47;SAF=30;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944518;STB=0.552055;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0160353;OID=.;OPOS=17394611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:22:30:22:25:22:30:22:25 chr17 17397818 . G C 426.68 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00329655;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.397;QD=20.5627;RBI=0.00612346;REFB=-0.0161018;REVB=0.00516038;RO=41;SAF=25;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971751;STB=0.55391;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0212604;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:41:41:42:42:0.506024:17:25:20:21:17:25:20:21 chr17 17397982 . T C 1460.87 PASS AF=0.944954;AO=103;DP=109;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0604261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.098;QD=53.61;RBI=0.0604262;REFB=-0.102054;REVB=-0.000109924;RO=4;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371667;STB=0.51969;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00144887;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:109:109:4:6:103:103:0.944954:49:54:0:4:49:54:1:5 chr17 17412167 . C CG,G 77.07 PASS AF=0.282609,0;AO=12,2;DP=47;FAO=13,0;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0193888,0.0152576;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=22.5183,199.31;QD=6.70192;RBI=0.179699,0.0255189;REFB=-0.0392071,-0.000568859;REVB=-0.17865,-0.0204553;RO=33;SAF=9,2;SAR=3,0;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232262,0.412208;STB=0.874846,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0820286,0;OID=.,.;OPOS=17412168,17412167;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:47:46:33:33:12,2:13,0:0.282609,0:3,0:9,2:19:14:1,0:12,0:17:16 chr17 17682484 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.987;QD=59.0183;RBI=0.024328;REFB=0;REVB=0.00525972;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22682e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr17 17696531 . G C 804.36 PASS AF=0.936508;AO=58;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000971305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4219;QD=51.0702;RBI=0.0411596;REFB=-0.00505752;REVB=0.0411482;RO=4;SAF=41;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633514;STB=0.502958;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000472326;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:4:4:58:59:0.936508:17:41:3:1:17:42:3:1 chr17 17696755 . C A 1398.42 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0436845;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.353;QD=59.5072;RBI=0.0469765;REFB=-0.214156;REVB=-0.0172758;RO=1;SAF=36;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129844;STB=0.509009;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00187497;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:1:3:91:91:0.968085:55:36:1:0:55:36:2:1 chr17 17697099 . G A 747.73 PASS AF=1;AO=3;DP=40;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.221032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.357;QD=62.3106;RBI=0.290447;REFB=0;REVB=0.188426;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161173;OID=.;OPOS=17697099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:48:0:0:3:48:1:0:3:0:0:17:31:0:0 chr17 17715101 . G A 850.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.134;QD=57.6905;RBI=0.0106751;REFB=0;REVB=6.08875e-05;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84322e-05;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr17 17896089 . TCC TC,TCG,TTC 1117.65 PASS AF=0.869048,0,0.130952;AO=56,4,8;DP=78;FAO=73,0,11;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=73,0,7;FSAR=0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110797,0.0299894,0.214966;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=20.2836,4.47064,10.6036;QD=53.2216;RBI=0.125039,0.0418499,0.215228;REFB=0,0,0;REVB=-0.0579558,-0.0291899,-0.0106108;RO=0;SAF=56,4,4;SAR=0,0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00832392,0.0181081,-0.0265927;OID=.,.,.;OPOS=17896090,17896091,17896090;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=TC,TCG,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.869048,0,0.130952:56,4,8:78:73,0,11:84:0:73,0,7:0,0,4:0:0:42:0:56,4,4:0,0,4:0:0 chr17 17896205 . C T 1609.44 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531349;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.087;QD=60.1662;RBI=0.0570646;REFB=0;REVB=0.0208098;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174217;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr17 18003671 . T G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00485266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.98;QD=13.0888;RBI=0.0123956;REFB=-0.00711149;REVB=-0.0114063;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345303;STB=0.703437;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0130671;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:12:15:4:12:12:15 chr17 18041507 . C T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00720993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3379;QD=13.031;RBI=0.0168956;REFB=0.0207602;REVB=0.01528;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449147;STB=0.532304;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0312383;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:13:14:23:18:13:14:24:18 chr17 18046898 . T C 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0511088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7752;QD=18.7432;RBI=0.0511088;REFB=-0.0556266;REVB=0;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0399638;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:0:7:4:0:0:7:4:0 chr17 18047189 . G A 414.91 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00418543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.777;QD=24.7708;RBI=0.0203174;REFB=-0.0138873;REVB=0.0198816;RO=27;SAF=18;SAR=22;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876142;STB=0.547922;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00803476;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:22:18:9:18:22:18:9:18 chr17 18052867 . T C 723.63 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0415418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3402;QD=54.6133;RBI=0.0415528;REFB=-0.0523329;REVB=0.000957216;RO=1;SAF=42;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110858;STB=0.50588;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00040225;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:10:42:1:0:10:42:1:0 chr17 18077175 . T C 487.19 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0216226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.625;QD=18.044;RBI=0.0221118;REFB=-0.00378121;REVB=-0.00462563;RO=53;SAF=30;SAR=22;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147331;STB=0.567831;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00362898;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:53:56:52:52:0.481481:22:30:22:31:22:30:25:31 chr17 18082157 . G C,GC 53.22 PASS AF=0,0.276596;AO=7,19;DP=93;FAO=0,13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=0,4;FSAR=0,9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0116633,0.198916;FXX=0.465856;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=199.311,8.30987;QD=4.52971;RBI=0.0116849,0.202;REFB=-0.0012925,-0.0295461;REVB=0.000710755,0.0351594;RO=58;SAF=7,1;SAR=0,18;SRF=23;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.668614,-0.604165;STB=0.5,0.604074;STBP=1,0.381;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0708087;OID=.,.;OPOS=18082157,18082158;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:93:47:58:34:7,19:0,13:0,0.276596:0,18:7,1:23:35:0,9:0,4:15:19 chr17 18082164 . A G 374.34 PASS AF=0.449438;AO=36;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00519663;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.693;QD=16.8242;RBI=0.00942551;REFB=0.00353828;REVB=-0.00786354;RO=47;SAF=9;SAR=27;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183672;STB=0.554959;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00316965;OID=.;OPOS=18082164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:49:36:40:0.449438:27:9:19:28:28:12:19:30 chr17 18087299 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0233105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.417;QD=17.2298;RBI=0.0289295;REFB=-0.00594907;REVB=-0.0171328;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00349838;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr17 18137141 . A G 2312.53 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.135;QD=63.7941;RBI=0.0353649;REFB=0;REVB=0.0125963;RO=0;SAF=83;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84614e-05;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:61:83:0:0:61:84:0:0 chr17 18148049 . CA CG,GG 144.05 PASS AF=0.5,0.388889;AO=5,6;DP=14;FAO=9,7;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9,7;FSAR=0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0387044,0.0253258;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=61.0034,211.833;QD=32.0099;RBI=0.0387044,0.0253258;REFB=-0.0755078,-0.00958707;REVB=0,0;RO=2;SAF=5,6;SAR=0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00771201,0.0486999;OID=.,.;OPOS=18148050,18148049;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:14:18:2:2:5,6:9,7:0.5,0.388889:0,0:5,6:2:0:0,0:9,7:2:0 chr17 18219420 . ATCC A 166.12 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0291513;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.574;QD=16.2072;RBI=0.0294167;REFB=-0.0149009;REVB=0.00394236;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515388;STB=0.511932;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.0169088;OID=.;OPOS=18219421;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439024:17:40:18:41:23:13:5:17:6:99:20:12:5:15:5 chr17 18243407 . G A 238.83 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.110129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.101;QD=16.1915;RBI=0.110537;REFB=-0.0239008;REVB=0.00948704;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304601;STB=0.506913;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0219779;OID=.;OPOS=18243407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:13:13:17:15:13:14:17:15 chr17 18380154 . A G 336.22 PASS AF=0.286585;AO=47;DP=165;FAO=47;FDP=164;FR=.;FRO=117;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=-0.0149732;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.101;QD=8.20056;RBI=0.0205776;REFB=-0.0103632;REVB=-0.0141153;RO=118;SAF=31;SAR=16;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13885;STB=0.578451;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0331168;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:118:117:47:47:0.286585:16:31:65:53:16:31:65:52 chr17 18390993 . C T 105.55 PASS AF=0.181818;AO=15;DP=96;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.00413035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5222;QD=4.26465;RBI=0.0403337;REFB=-0.000849785;REVB=0.0401216;RO=78;SAF=6;SAR=9;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335763;STB=0.554682;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0092713;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:78:81:15:18:0.181818:9:6:31:47:12:6:32:49 chr17 18391003 . G A 103.69 PASS AF=0.172727;AO=18;DP=109;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.0068218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7082;QD=3.77053;RBI=0.00890556;REFB=-0.00252994;REVB=0.0057247;RO=91;SAF=6;SAR=12;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040785;STB=0.543361;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0187999;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:91:91:18:19:0.172727:12:6:33:58:13:6:33:58 chr17 18528623 . A G 1715.21 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5881;QD=59.6595;RBI=0.0686577;REFB=-0.01391;REVB=-0.0599679;RO=1;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772123;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00130223;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:61:53:0:1:61:53:0:1 chr17 18542519 . T G 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0815746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6458;QD=14.8497;RBI=0.0815747;REFB=-0.017764;REVB=-0.000114982;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261106;STB=0.650602;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0506834;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:18:11:12:7:18:11 chr17 18565915 . G A 175.59 PASS AF=0.32;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0124118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.194;QD=9.36471;RBI=0.0126507;REFB=-0.00869805;REVB=0.00244715;RO=51;SAF=10;SAR=13;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155315;STB=0.574524;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0150383;OID=.;OPOS=18565915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:51:23:24:0.32:13:10:29:22:13:11:29:22 chr17 18566055 . C T 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0188836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.782;QD=9.26212;RBI=0.0197642;REFB=0.00191846;REVB=-0.00583411;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216025;STB=0.627764;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00418361;OID=.;OPOS=18566055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:9:8:25:13:9:8:25:13 chr17 18566386 . G A 486.96 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0267153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.839;QD=13.7171;RBI=0.0308505;REFB=-0.0190052;REVB=0.0154287;RO=86;SAF=22;SAR=33;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194861;STB=0.606703;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.03915;OID=.;OPOS=18566386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:86:87:55:55:0.387324:33:22:50:36:33:22:50:37 chr17 18584106 . T C 743.04 PASS AF=0.481481;AO=77;DP=161;FAO=78;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0183542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6293;QD=18.3468;RBI=0.0341294;REFB=-0.0352969;REVB=0.028774;RO=84;SAF=44;SAR=33;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230315;STB=0.516479;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0371254;OID=.;OPOS=18584106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:84:84:77:78:0.481481:33:44:50:34:34:44:50:34 chr17 18610134 . T G 704.76 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0425973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8013;QD=21.1957;RBI=0.0454485;REFB=-0.0052832;REVB=0.0158441;RO=63;SAF=27;SAR=42;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061939;STB=0.53845;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00561949;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:64:69:69:0.518797:42:27:29:34:42:27:30:34 chr17 18630995 . G A 330.41 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00313937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7024;QD=13.6254;RBI=0.0232326;REFB=-0.00821481;REVB=0.0230195;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169341;STB=0.596305;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0136917;OID=.;OPOS=18630995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:17:20:23:37:17:20:23:37 chr17 18638287 . T C,TC 80.54 PASS AF=0,0.346939;AO=4,14;DP=50;FAO=0,17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=0,15;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0481813,-0.0109118;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=238.307,13.802;QD=6.57471;RBI=0.055643,0.0513667;REFB=0.00408147,-0.0956783;REVB=-0.0278335,-0.0501943;RO=30;SAF=3,13;SAR=1,1;SRF=11;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.409338,0.684151;STB=0.5,0.848605;STBP=1,0.002;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.166586;OID=.,.;OPOS=18638287,18638288;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:50:49:30:32:4,14:0,17:0,0.346939:1,1:3,13:11:19:0,2:0,15:13:19 chr17 18638325 . G A 245.5 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00845056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.426;QD=23.3809;RBI=0.0101368;REFB=-0.0132503;REVB=-0.00559853;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231663;STB=0.652042;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0135451;OID=.;OPOS=18638325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:17:19:23:23:0.547619:8:15:6:11:8:15:6:13 chr17 18653145 . C G 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=-0.0334794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.361;QD=2.9573;RBI=0.0360886;REFB=0.000607099;REVB=-0.0134727;RO=55;SAF=6;SAR=3;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14585;STB=0.5998;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00333698;OID=.;OPOS=18653145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:3:6:42:13:3:6:42:13 chr17 18675965 . A G 83.07 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00145967;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.787;QD=10.069;RBI=0.00725213;REFB=-0.00406789;REVB=-0.00710371;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830401;STB=0.589985;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00874291;OID=.;OPOS=18675965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:33:24:22:10:11:0.333333:2:8:18:6:2:9:16:6 chr17 18681913 . G A 445.37 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.042626;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8202;QD=20.4767;RBI=0.0452806;REFB=-0.00377295;REVB=0.0152761;RO=42;SAF=25;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816345;STB=0.551158;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00548657;OID=.;OPOS=18681913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:42:43:44:44:0.505747:19:25:20:22:19:25:20:23 chr17 18694277 . G A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.392;QD=55.0448;RBI=0.0522256;REFB=-0.0891422;REVB=0.0348874;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00203595;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:1:0:25:30:1:0 chr17 18702220 . T C 700.27 PASS AF=0.38785;AO=82;DP=212;FAO=83;FDP=214;FR=.;FRO=131;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=0.0427901;FXX=0.00465095;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4308;QD=13.0891;RBI=0.0766447;REFB=0.00243779;REVB=0.0635879;RO=130;SAF=33;SAR=49;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132334;STB=0.587523;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00387525;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:130:131:82:83:0.38785:49:33:68:62:51:32:69:62 chr17 18855611 . T C 77.72 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0138861;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.214;QD=12.4351;RBI=0.015396;REFB=-0.000548841;REVB=-0.00664925;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367645;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:15:15:10:10:0.4:4:6:9:6:4:6:9:6 chr17 18874685 . C CGGT 46.12 PASS AF=0.153846;AO=7;DP=54;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=5;FWDB=0.00770271;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=3;MLLD=284.966;QD=3.54772;RBI=0.0171069;REFB=-0.0014283;REVB=-0.0152746;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=38;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443057;STB=0.681484;STBP=0.469;TYPE=ins;VARB=0.00829974;OID=.;OPOS=18874686;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:7:54:8:52:44:6:2:39:5:46:41:5:2:38:3 chr17 18874720 . C G 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=-0.0354436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1834;QD=10.629;RBI=0.0391645;REFB=0.00132255;REVB=0.0166617;RO=43;SAF=17;SAR=6;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116733;STB=0.571885;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00289337;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:6:17:35:8:6:17:36:8 chr17 18880268 . C A 543.31 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0405732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.316;QD=22.6377;RBI=0.057013;REFB=-0.0352709;REVB=0.0400536;RO=45;SAF=17;SAR=33;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03567;STB=0.523068;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0320476;OID=.;OPOS=18880268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:45:50:51:0.53125:33:17:17:28:34:17:17:28 chr17 18880986 . C T 245.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0122095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.388;QD=15.5671;RBI=0.0576764;REFB=-0.0116811;REVB=0.0563693;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143247;STB=0.587241;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0189647;OID=.;OPOS=18880986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:14:14:22:12:14:14:23:12 chr17 18907029 . A G 904.49 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000968609;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.312;QD=58.3542;RBI=0.0316858;REFB=0;REVB=-0.031671;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86828e-05;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr17 18918396 . G C 329.96 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0278152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8594;QD=31.4244;RBI=0.0916422;REFB=-0.0207625;REVB=0.087319;RO=14;SAF=8;SAR=20;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147862;STB=0.581334;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.011747;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:20:8:7:7:20:8:7:7 chr17 18923124 . G A 536.08 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00200196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.104;QD=17.4336;RBI=0.0314259;REFB=-0.0261755;REVB=0.0313621;RO=65;SAF=33;SAR=24;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953519;STB=0.501754;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.030173;OID=.;OPOS=18923124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:66:57:57:0.463415:24:33:37:28:24:33:38:28 chr17 18997015 . T C 108.24 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1364;QD=39.3614;RBI=0.120643;REFB=0;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00947937;OID=.;OPOS=18997015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:1:0:7:11:1:0:7:1:0:0:11:0:0 chr17 19216917 . T C 128.87 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7308;QD=42.9579;RBI=0.168927;REFB=0;REVB=-0.051032;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110289;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:7:5:0:0 chr17 19232078 . T C 1478.95 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478415;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5769;QD=63.6107;RBI=0.0780401;REFB=0;REVB=-0.0778933;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233251;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:35:58:0:0:35:58:0:0 chr17 19238078 . G A 304.27 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0530067;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2195;QD=14.6634;RBI=0.0647919;REFB=-0.0103056;REVB=-0.0372598;RO=47;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178811;STB=0.588267;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0138386;OID=.;OPOS=19238078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:49:34:34:0.409639:15:19:18:29:15:19:20:29 chr17 19238179 . G A 238.69 PASS AF=0.31;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-3.10261e-05;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.544;QD=9.54761;RBI=0.0033635;REFB=-0.00128773;REVB=-0.00336335;RO=67;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193018;STB=0.622272;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00496509;OID=.;OPOS=19238179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:67:69:31:31:0.31:12:19:30:37:12:19:30:39 chr17 19240997 . C A 324.16 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00516484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.281;QD=29.4689;RBI=0.00517585;REFB=-0.0064898;REVB=-0.000337415;RO=16;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099467;STB=0.554755;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00314446;OID=.;OPOS=19240997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:18:10:8:8:18:10:8:8 chr17 19265992 . C T 509.86 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0185852;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.809;QD=18.2092;RBI=0.0233135;REFB=-0.00379567;REVB=0.0140752;RO=58;SAF=10;SAR=44;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227167;STB=0.627362;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00376842;OID=.;OPOS=19265992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:58:58:54:54:0.482143:44:10:21:37:44:10:21:37 chr17 19284071 . G C 991.26 PASS AF=0.497537;AO=102;DP=203;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=69;FSRR=33;FWDB=0.00197566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.44;QD=19.5322;RBI=0.0029285;REFB=0.0233778;REVB=-0.00216169;RO=101;SAF=50;SAR=52;SRF=68;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165747;STB=0.595652;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0202199;OID=.;OPOS=19284071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:101:102:102:101:0.497537:52:50:68:33:52:49:69:33 chr17 19284650 . C T 52.58 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0024934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.023;QD=6.785;RBI=0.00609009;REFB=0.00176268;REVB=-0.00555627;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761304;STB=0.548267;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0155877;OID=.;OPOS=19284650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:10:13:4:4:10:13 chr17 19286463 . C T 212.42 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0306734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.226;QD=14.4011;RBI=0.0318624;REFB=-0.0212206;REVB=0.00862294;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115074;STB=0.565167;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0438571;OID=.;OPOS=19286463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:10:24:15:10:10:24 chr17 19290440 . T C,TC 284.95 PASS AF=0.0121212,0.539394;AO=21,47;DP=217;FAO=2,89;FDP=165;FR=.;FRO=74;FSAF=1,32;FSAR=1,57;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0527284,-0.0250102;FXX=0.249989;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=21.1137,10.2488;QD=6.90796;RBI=0.0718492,0.0310251;REFB=-0.0483899,-0.155844;REVB=-0.048806,0.0183587;RO=142;SAF=13,27;SAR=8,20;SRF=53;SRR=89;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.301001,0.248186;STB=0.617312,0.50923;STBP=0.767,0.794;TYPE=snp,ins;VARB=0.102818,0.084641;OID=.,.;OPOS=19290440,19290441;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:217:165:142:74:21,47:2,89:0.0121212,0.539394:8,20:13,27:53:89:1,57:1,32:28:46 chr17 19290446 . G C 863.32 PASS AF=0.426667;AO=85;DP=220;FAO=96;FDP=225;FR=.;FRO=129;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0147952;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.557;QD=15.348;RBI=0.0228657;REFB=-0.0205334;REVB=0.017434;RO=124;SAF=38;SAR=47;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00375852;STB=0.522131;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0237885;OID=.;OPOS=19290446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:225:124:129:85:96:0.426667:47:38:55:69:55:41:60:69 chr17 19319374 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.002238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.933;QD=19.1341;RBI=0.002238;REFB=-0.0613719;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418966;OID=.;OPOS=19319374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr17 19411482 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00535185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.307;QD=15.9167;RBI=0.00739305;REFB=-0.012563;REVB=0.00510048;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477241;STB=0.502758;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00634732;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:7:8:7:6:7:8 chr17 19454725 . G C 324.23 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0236063;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.386;QD=19.3572;RBI=0.0458634;REFB=-0.025682;REVB=-0.0393216;RO=32;SAF=11;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163908;STB=0.585245;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0270486;OID=.;OPOS=19454725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:23:11:16:16:23:11:16:17 chr17 19454733 . G A 356.49 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0103446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.222;QD=19.2698;RBI=0.0107486;REFB=-0.0214384;REVB=-0.00291927;RO=37;SAF=12;SAR=25;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179706;STB=0.600254;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0275925;OID=.;OPOS=19454733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:25:12:19:18:25:12:19:18 chr17 19459097 . TCCCCCCCA TCCCCCCAC,TCCCCCCCC 38.38 PASS AF=0.222222,0;AO=3,2;DP=41;FAO=8,0;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.107156,-0.0463758;FXX=0.0769034;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=23.4793,230.784;QD=4.26486;RBI=0.15598,0.0487285;REFB=-0.0278889,0.000313749;REVB=-0.113347,-0.0149583;RO=17;SAF=3,0;SAR=0,2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.642845,-0.494586;STB=0.839068,0.5;STBP=0.062,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.220537,0;OID=.,.;OPOS=19459104,19459105;OREF=CA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=TCCCCCCAC,TCCCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0:3,2:41:8,0:36:27:7,0:1,0:13:14:37:17:3,0:0,2:7:10 chr17 19460972 . G A 119.78 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000754214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.173;QD=7.985;RBI=0.00527178;REFB=0.00243428;REVB=-0.00521755;RO=43;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487105;STB=0.529377;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00655077;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:8:9:21:22:8:9:21:22 chr17 19578873 . A T 1286.79 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283489;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.582;QD=62.0139;RBI=0.00947797;REFB=0;REVB=-0.00904407;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27519e-05;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr17 19608773 . G A 1080.71 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0391634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.262;QD=56.141;RBI=0.0553839;REFB=-0.124324;REVB=0.0391613;RO=3;SAF=46;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352894;STB=0.501867;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00129328;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:77:3:3:74:74:0.961039:28:46:2:1:28:46:2:1 chr17 19617236 . G T 919.79 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233596;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.098;QD=55.7447;RBI=0.054088;REFB=0.0521024;REVB=0.0487835;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000414748;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:1:1:62:65:0.984848:33:29:1:0:33:32:1:0 chr17 19642952 . G C 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0175619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.56;QD=21.839;RBI=0.0199239;REFB=-0.00697062;REVB=0.0094096;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560467;STB=0.53147;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0057076;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:16:8:7:18:16:8 chr17 19644472 . A T 344.26 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00764554;FXX=0.104639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.794;QD=17.8835;RBI=0.0105391;REFB=-0.00272977;REVB=-0.00725387;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214774;STB=0.502922;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0024075;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:77:37:41:35:36:0.467532:19:16:17:20:20:16:18:23 chr17 19645938 . A C 800.02 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310412;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.589;QD=57.144;RBI=0.0642706;REFB=0;REVB=-0.0562774;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12667e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr17 19678475 . G A 374.93 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.41;QD=55.5454;RBI=0.0399381;REFB=0;REVB=0.0241637;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247668;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr17 19713740 . C T 2023.1 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7242;QD=60.8452;RBI=0.101902;REFB=0;REVB=-0.0115336;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513372;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:133:0:0:125:133:1:60:65:0:0:63:70:0:0 chr17 19729495 . T C 413.3 PASS AF=0.423423;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0132827;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.366;QD=14.8937;RBI=0.0227913;REFB=-0.0103901;REVB=0.0185207;RO=63;SAF=26;SAR=20;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755614;STB=0.539775;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0112303;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:63:64:46:47:0.423423:20:26:31:32:21:26:31:33 chr17 19764178 . T C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0379966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.463;QD=15.2919;RBI=0.0428104;REFB=0.0490462;REVB=0.0197227;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0108168;OID=.;OPOS=19764178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:8:1:1:8:8:1 chr17 19768088 . ATTTTTA AATTTTA,ATTTT,ATTTTA 60.31 PASS AF=0.010101,0.171717,0;AO=5,17,11;DP=107;FAO=1,17,0;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=1,8,0;FSAR=0,9,0;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0132947,0.0324765,-0.0224094;FXX=0.0480723;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=16.3796,16.0627,7.7261;QD=2.43664;RBI=0.0645352,0.0382838,0.101735;REFB=-0.036182,-0.0411277,-0.0589476;REVB=-0.063151,-0.0202713,-0.0992366;RO=53;SAF=5,8,4;SAR=0,9,7;SRF=26;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.576382,-0.0245418,-0.159365;STB=0.991127,0.521714,0.5;STBP=0.283,0.852,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0730078,0.0883316,0;OID=.,.,.;OPOS=19768089,19768093,19768089;OREF=T,TA,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=AATTTTA,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.010101,0.171717,0:5,17,11:107:1,17,0:99:81:1,8,0:0,9,0:36:45:59:53:5,8,4:0,9,7:26:27 chr17 20107773 . T C 1353.04 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0601;QD=62.2088;RBI=0.0520631;REFB=0;REVB=-0.0438594;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518169;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:36:50:0:0:37:50:0:0 chr17 20108239 . A T 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290974;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.298;QD=61.7013;RBI=0.0296681;REFB=0;REVB=0.00579125;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51093e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr17 20109189 . C T 1266.93 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491635;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7601;QD=61.8017;RBI=0.0274962;REFB=0;REVB=0.0270531;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115709;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr17 20163529 . A G 878.93 PASS AF=1;AO=44;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.254278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.558;QD=57.6348;RBI=0.254328;REFB=0;REVB=0.00502356;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705901;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:44:61:1:29:15:0:0:31:30:0:0 chr17 20244264 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.905;QD=51.9166;RBI=0.0461659;REFB=0;REVB=0.0423593;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422551;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr17 20268754 . A G 69.14 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7344;QD=30.7282;RBI=0.049607;REFB=0.0134342;REVB=0.0402939;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000718406;OID=.;OPOS=20268754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr17 20370735 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.436;QD=35.5754;RBI=0.0258539;REFB=0;REVB=-0.0150951;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153127;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:5:2:0:0 chr17 20769862 . T A 67.98 PASS AF=0.2;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00869966;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.125;QD=5.43819;RBI=0.055522;REFB=-0.00245504;REVB=-0.0548362;RO=39;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170269;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:52:50:39:40:10:10:0.2:5:5:19:20:5:5:20:20 chr17 20769866 . G A 62.57 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00504832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4434;QD=4.55079;RBI=0.0246976;REFB=0.00124291;REVB=-0.0241761;RO=45;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163612;STB=0.608479;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0196346;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:6:4:24:21:6:4:24:21 chr17 20769896 . G T 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0153343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.214;QD=9.46369;RBI=0.0163246;REFB=-0.0191881;REVB=-0.00559938;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110283;STB=0.506506;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0264627;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:10:11:24:21:10:11:24:21 chr17 20769899 . G T 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00748429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2111;QD=9.46365;RBI=0.038346;REFB=-0.0195584;REVB=-0.0376085;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124551;STB=0.506506;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0373122;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:21:21:0.318182:10:11:23:21:10:11:24:21 chr17 20769904 . G A 142.59 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0170275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6435;QD=8.26591;RBI=0.0349839;REFB=0.00205664;REVB=0.0305604;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122312;STB=0.500731;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00534335;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:9:11:27:22:9:11:27:22 chr17 20769954 . T G 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0345746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.008;QD=7.68759;RBI=0.0349666;REFB=-0.00568431;REVB=0.0052214;RO=47;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892686;STB=0.553787;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.011321;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:9:9:27:20:9:9:27:20 chr17 20769964 . C A 99.21 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0391944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5982;QD=6.50539;RBI=0.0392079;REFB=-0.0149794;REVB=0.00103073;RO=46;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391731;STB=0.524197;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0455338;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:7:8:26:20:7:8:26:20 chr17 20769968 . G A 91.63 PASS AF=0.245902;AO=12;DP=58;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0303078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.531;QD=6.00852;RBI=0.0324052;REFB=-0.0128857;REVB=-0.011469;RO=46;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18173;STB=0.524197;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0552033;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:58:61:46:46:12:15:0.245902:7:5:26:20:7:8:26:20 chr17 20769995 . C T 69.48 PASS AF=0.232558;AO=8;DP=42;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0597729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.221;QD=6.46279;RBI=0.0597798;REFB=0.000165831;REVB=0.000904886;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096868;STB=0.650888;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00265373;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:43:33:33:8:10:0.232558:3:5:23:10:5:5:23:10 chr17 20770002 . CC AG 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00156719;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.935;QD=6.85052;RBI=0.00624914;REFB=-0.00904484;REVB=0.00604944;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215255;STB=0.633897;STBP=0.355;TYPE=mnp;VARB=0.0299307;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:21:10:5:5:21:10 chr17 20797873 . G GCAT 81.66 PASS AF=0.153061;AO=14;DP=100;FAO=15;FDP=98;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00371765;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=3;MLLD=297.586;QD=3.33325;RBI=0.00453232;REFB=-0.00256865;REVB=0.0025925;RO=81;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231178;STB=0.502729;STBP=0.975;TYPE=ins;VARB=0.0140834;OID=.;OPOS=20797874;OREF=-;OALT=CAT;OMAPALT=GCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153061:14:100:15:98:83:7:8:39:44:81:81:7:7:39:42 chr17 20799119 . A G 1015.51 PASS AF=0.985915;AO=58;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.538;QD=57.2119;RBI=0.0695148;REFB=-0.220303;REVB=0.0685023;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00640426;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:58:70:0.985915:32:26:1:0:39:31:1:0 chr17 20799194 . A G 219.22 PASS AF=0.321839;AO=27;DP=86;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00177486;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0486;QD=10.079;RBI=0.0206105;REFB=0.0042102;REVB=-0.0205339;RO=58;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282669;STB=0.521724;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0179444;OID=.;OPOS=20799194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:58:59:27:28:0.321839:16:11:25:33:17:11:25:34 chr17 20903068 . C A 386.41 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0070892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5544;QD=16.9849;RBI=0.0381909;REFB=-0.0397743;REVB=-0.0375272;RO=47;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160213;STB=0.598466;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0211901;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:47:50:40:41:0.450549:18:22:18:29:18:23:19:31 chr17 20911204 . G T 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0257587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.143;QD=16.5332;RBI=0.0280321;REFB=-0.0206289;REVB=0.0110582;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254701;STB=0.501465;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0215697;OID=.;OPOS=20911204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:43:35:35:0.448718:17:18:20:21:17:18:22:21 chr17 20924523 . G A 866.38 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.616;QD=57.7586;RBI=0.0113159;REFB=0;REVB=-0.0110207;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57e-05;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr17 21117589 . C A 57.39 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0723024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.634;QD=12.7523;RBI=0.0844836;REFB=0.0356978;REVB=0.0437018;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647644;STB=0.538369;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0120048;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:8:2:2:6:8:2 chr17 21132915 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0481823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.649;QD=17.8274;RBI=0.0497419;REFB=-0.0164159;REVB=0.0123579;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0150831;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:6:5:5:7:6:5 chr17 21144074 . G A 401.72 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00198402;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.256;QD=18.6845;RBI=0.00340967;REFB=0.00314398;REVB=0.00277299;RO=45;SAF=23;SAR=17;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226166;STB=0.629754;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0027415;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:45:40:41:0.476744:17:23:15:30:17:24:15:30 chr17 21144155 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.037034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5758;QD=14.9798;RBI=0.0385715;REFB=-0.0206551;REVB=-0.0107817;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515122;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0170423;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:8:2:2:8:8:2:2:9 chr17 21144352 . G A 144.0 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00848617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.648;QD=15.1576;RBI=0.013829;REFB=0.00470712;REVB=-0.0109191;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363461;STB=0.709421;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00816145;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:5:11:7:15:5:11:7:15 chr17 21194769 . C T 161.91 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0290205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1507;QD=8.99485;RBI=0.0344919;REFB=-0.00634741;REVB=-0.0186414;RO=49;SAF=10;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206066;STB=0.626755;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0136786;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:50:22:22:0.305556:12:10:31:18:12:10:32:18 chr17 21194771 . A T 36.53 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0132642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4679;QD=2.02938;RBI=0.0187113;REFB=-0.00796728;REVB=-0.0131975;RO=64;SAF=3;SAR=5;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271028;STB=0.699534;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0719671;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:64:64:8:8:0.111111:5:3:39:25:5:3:39:25 chr17 21194785 . T C 163.62 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00874392;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.615;QD=9.08995;RBI=0.0147768;REFB=0.000533418;REVB=-0.011912;RO=49;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15554;STB=0.597137;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00240852;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:49:50:22:22:0.305556:11:11:31:18:11:11:32:18 chr17 21194820 . G A 181.25 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00660051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.96;QD=9.41578;RBI=0.00684424;REFB=-0.00893736;REVB=-0.00181023;RO=51;SAF=10;SAR=14;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19674;STB=0.602066;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0165967;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:53:24:24:0.311688:14:10:30:21:14:10:30:23 chr17 21194843 . T C 176.05 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0479684;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.184;QD=10.2055;RBI=0.0483705;REFB=-0.0169985;REVB=-0.00622356;RO=46;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772324;STB=0.55803;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0429208;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:22:23:0.333333:12:10:24:22:13:10:24:22 chr17 21194852 . G A 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0178916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.443;QD=10.6293;RBI=0.0213543;REFB=-0.00625993;REVB=-0.0116574;RO=44;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173923;STB=0.601474;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00998881;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:14:9:24:20:14:9:24:20 chr17 21194859 . G A 166.52 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0707297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7795;QD=9.94134;RBI=0.0738085;REFB=0.0137395;REVB=-0.0210952;RO=45;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16706;STB=0.598017;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0326966;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:13:9:25:20:13:9:25:20 chr17 21199037 . G A 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00848391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4156;QD=11.0155;RBI=0.0506627;REFB=-0.0102394;REVB=-0.0499473;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392964;STB=0.744913;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0281164;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:28:14:14:0.333333:5:9:7:19:5:9:7:21 chr17 21199390 . C T 174.54 PASS AF=0.241071;AO=27;DP=112;FAO=27;FDP=112;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0124975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7774;QD=6.23364;RBI=0.0142622;REFB=0.00719004;REVB=-0.00687185;RO=84;SAF=18;SAR=9;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955945;STB=0.564054;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0513279;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:84:85:27:27:0.241071:9:18:50:34:9:18:50:35 chr17 21199403 . C T 152.0 PASS AF=0.215517;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=116;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.00843752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.639;QD=5.24139;RBI=0.0928157;REFB=-0.00638016;REVB=-0.0924313;RO=90;SAF=16;SAR=9;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965551;STB=0.565195;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0188183;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:90:91:25:25:0.215517:9:16:51:39:9:16:51:40 chr17 21201719 . T C 502.36 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0925062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8911;QD=15.948;RBI=0.0940452;REFB=-0.0204483;REVB=-0.0169445;RO=70;SAF=29;SAR=26;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559168;STB=0.527263;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0281259;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:71:55:55:0.436508:26:29:33:37:26:29:34:37 chr17 21202191 . C A 434.57 PASS AF=0.459459;AO=49;DP=98;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.001039;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=37.8744;QD=15.6602;RBI=0.0337014;REFB=-0.0440844;REVB=0.0336854;RO=49;SAF=36;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362919;STB=0.668103;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0848422;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:111:49:60:49:51:0.459459:13:36:17:32:14:37:26:34 chr17 21202237 . G C 519.84 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0103254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.266;QD=23.104;RBI=0.0173047;REFB=-0.0244098;REVB=-0.0138867;RO=39;SAF=31;SAR=18;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260867;STB=0.642864;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0248179;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:41:49:49:0.544444:18:31:12:27:18:31:13:28 chr17 21203893 . T C 374.41 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0151268;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.041;QD=17.8289;RBI=0.0154678;REFB=-0.000882423;REVB=0.00323034;RO=46;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902918;STB=0.557592;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00106115;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:45:39:39:0.464286:21:18:17:29:21:18:16:29 chr17 21203907 . T C 381.8 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00160681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.907;QD=18.8544;RBI=0.00164248;REFB=-0.0235376;REVB=-0.000340433;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04572;STB=0.530725;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00985626;OID=.;OPOS=21203907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:22:18:16:24:22:18:16:25 chr17 21203934 . G A 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.01664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.473;QD=21.8821;RBI=0.0216143;REFB=-0.0113678;REVB=0.0137945;RO=27;SAF=17;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103966;STB=0.557344;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00866924;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:17:17:10:17:17:17:10:17 chr17 21203941 . G A 315.45 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0714261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0171;QD=22.5321;RBI=0.0745374;REFB=-0.00891329;REVB=0.0213105;RO=23;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138461;STB=0.584206;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00963225;OID=.;OPOS=21203941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:15:17:8:15:15:17:8:16 chr17 21203949 . C T 295.68 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00810752;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5634;QD=22.3157;RBI=0.00857509;REFB=-0.0169352;REVB=0.0027929;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20354;STB=0.612349;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0160121;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:13:17:7:16:13:17:7:16 chr17 21203964 . C G 69.39 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00340552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6575;QD=6.30798;RBI=0.13261;REFB=0.0117869;REVB=-0.132566;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462953;STB=0.538386;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0468773;OID=.;OPOS=21203964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:33:34:10:10:0.227273:6:4:12:21:6:4:12:22 chr17 21204187 . G T 324.08 PASS AF=0.4;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0190948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.876;QD=14.4035;RBI=0.0201813;REFB=-0.0063491;REVB=0.00653241;RO=53;SAF=22;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286997;STB=0.511621;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0160955;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:54:36:36:0.4:14:22:31:22:14:22:32:22 chr17 21204192 . C T 332.16 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00333939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.925;QD=13.8401;RBI=0.00702281;REFB=0.00305722;REVB=0.00617806;RO=57;SAF=22;SAR=15;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209845;STB=0.509959;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00531618;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:59:37:37:0.385417:15:22:34:23:15:22:36:23 chr17 21204210 . C T 278.2 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0164487;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5844;QD=10.9097;RBI=0.0534891;REFB=0.0157036;REVB=0.0508972;RO=67;SAF=20;SAR=15;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474482;STB=0.527362;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0328266;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:67:67:35:35:0.343137:15:20:41:26:15:20:41:26 chr17 21204257 . G A 275.05 PASS AF=0.305785;AO=37;DP=121;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.0214643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.143;QD=9.09258;RBI=0.0217538;REFB=0.000363673;REVB=0.00353732;RO=84;SAF=23;SAR=14;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329092;STB=0.519275;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.000598219;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:84:84:37:37:0.305785:14:23:50:34:14:23:50:34 chr17 21204266 . T C 242.56 PASS AF=0.285714;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=119;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.013302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.319;QD=8.15327;RBI=0.0284264;REFB=-0.00581593;REVB=-0.025122;RO=80;SAF=20;SAR=14;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145388;STB=0.508695;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0148807;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:80:85:34:34:0.285714:14:20:48:32:14:20:51:34 chr17 21204290 . G C 211.6 PASS AF=0.267857;AO=29;DP=109;FAO=30;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0482382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.909;QD=7.55722;RBI=0.0639325;REFB=-0.0110214;REVB=-0.0419575;RO=67;SAF=17;SAR=12;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502042;STB=0.500917;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0269802;OID=.;OPOS=21204290;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:67:81:29:30:0.267857:12:17:39:28:13:17:46:35 chr17 21204308 . G T 201.1 PASS AF=0.271028;AO=29;DP=107;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.025737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.186;QD=7.5176;RBI=0.0258249;REFB=0.00610482;REVB=-0.0021297;RO=78;SAF=16;SAR=13;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163085;STB=0.509746;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0119147;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:78:78:29:29:0.271028:13:16:42:36:13:16:42:36 chr17 21205460 . C T 179.54 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00934386;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.548;QD=12.5991;RBI=0.00946487;REFB=-0.0319818;REVB=0.00150868;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116998;STB=0.559944;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0549107;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:35:22:22:0.385965:8:14:18:16:8:14:19:16 chr17 21206556 . C T 152.22 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0109092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.593;QD=8.82414;RBI=0.0296966;REFB=-0.00712747;REVB=0.0276202;RO=47;SAF=3;SAR=18;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244746;STB=0.662158;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.022131;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:18:3:13:34:18:3:14:34 chr17 21207813 . T G 77.87 PASS AF=0.104478;AO=22;DP=201;FAO=21;FDP=201;FR=.;FRO=180;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=90;FSRR=90;FWDB=-0.0258387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.898;QD=1.54964;RBI=0.0258928;REFB=-0.00141647;REVB=-0.00167279;RO=177;SAF=7;SAR=15;SRF=90;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235246;STB=0.650862;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00891694;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:201:201:177:180:22:21:0.104478:15:7:90:87:14:7:90:90 chr17 21207834 . C T 609.29 PASS AF=0.371728;AO=71;DP=192;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=-0.0041893;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.306;QD=12.76;RBI=0.00512822;REFB=-0.0220616;REVB=-0.00295778;RO=120;SAF=35;SAR=36;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754956;STB=0.542744;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0315229;OID=.;OPOS=21207834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:120:120:71:71:0.371728:36:35:51:69:36:35:51:69 chr17 21207835 . G A 117.61 PASS AF=0.136126;AO=25;DP=191;FAO=26;FDP=191;FR=.;FRO=165;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=79;FSRR=86;FWDB=0.0255632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9719;QD=2.46313;RBI=0.0259292;REFB=-0.00108378;REVB=-0.00434149;RO=165;SAF=7;SAR=18;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258989;STB=0.689591;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0118777;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:165:165:25:26:0.136126:18:7:79:86:19:7:79:86 chr17 21208413 . C T 203.52 PASS AF=0.325;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00199566;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.642;QD=10.1758;RBI=0.00797075;REFB=-0.00464019;REVB=-0.00771688;RO=54;SAF=13;SAR=13;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171806;STB=0.599926;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00953497;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:54:54:26:26:0.325:13:13:35:19:13:13:35:19 chr17 21208449 . G T 148.47 PASS AF=0.322034;AO=17;DP=61;FAO=19;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0157093;FXX=0.0327815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.704;QD=10.0657;RBI=0.0161262;REFB=-0.0105735;REVB=-0.00364324;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191353;STB=0.577902;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.019828;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:25:39:17:19:0.322034:7:10:19:6:9:10:25:14 chr17 21215483 . C T 734.67 PASS AF=0.461538;AO=78;DP=169;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.00554967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.782;QD=17.3885;RBI=0.00765456;REFB=-0.0157026;REVB=-0.00527195;RO=89;SAF=45;SAR=33;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12297;STB=0.568216;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0162862;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:89:91:78:78:0.461538:33:45:40:49:33:45:41:50 chr17 21215537 . C A 427.3 PASS AF=0.34;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.000912622;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.086;QD=11.3945;RBI=0.0037229;REFB=-0.0102788;REVB=0.00360931;RO=98;SAF=37;SAR=14;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317914;STB=0.680783;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0136685;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:98:99:51:51:0.34:14:37:45:53:14:37:46:53 chr17 21215552 . C T 493.54 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00483344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.848;QD=13.7095;RBI=0.0138013;REFB=-0.0105859;REVB=0.0129272;RO=85;SAF=33;SAR=23;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115129;STB=0.555229;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0220434;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:88:56:56:0.388889:23:33:41:44:23:33:44:44 chr17 21215557 . G A 535.17 PASS AF=0.412587;AO=57;DP=144;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0053655;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.224;QD=14.9697;RBI=0.0105562;REFB=-0.00483983;REVB=-0.00909094;RO=77;SAF=33;SAR=24;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883585;STB=0.541572;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0066728;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:77:84:57:59:0.412587:24:33:38:39:24:35:44:40 chr17 21216788 . C T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0027855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.09;QD=10.3431;RBI=0.0544226;REFB=-0.0046158;REVB=0.0543513;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957667;STB=0.556206;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00802276;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:8:13:22:19:8:13:22:19 chr17 21216846 . G C 194.1 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.032832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6575;QD=12.3239;RBI=0.0489933;REFB=-0.00851764;REVB=0.0363648;RO=39;SAF=18;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228617;STB=0.632909;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0157875;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:6:18:22:17:6:18:22:17 chr17 21217513 . G A 183.31 PASS AF=0.262626;AO=25;DP=100;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00235065;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1835;QD=7.40625;RBI=0.0550598;REFB=-0.0102986;REVB=0.0550096;RO=74;SAF=11;SAR=14;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13999;STB=0.601311;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0235464;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:74:73:25:26:0.262626:14:11:41:33:15:11:41:32 chr17 21217547 . T C 96.15 PASS AF=0.188889;AO=15;DP=91;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00881058;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.739;QD=4.27324;RBI=0.0186602;REFB=-0.00232988;REVB=-0.0164492;RO=69;SAF=9;SAR=6;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756347;STB=0.560037;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0159358;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:91:90:69:73:15:17:0.188889:6:9:41:28:8:9:44:29 chr17 21217586 . G T 137.46 PASS AF=0.223404;AO=20;DP=95;FAO=21;FDP=94;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00529726;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.435;QD=5.84916;RBI=0.00995559;REFB=-0.0070676;REVB=-0.00842929;RO=67;SAF=13;SAR=7;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893624;STB=0.575683;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0216327;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:67:73:20:21:0.223404:7:13:39:28:7:14:42:31 chr17 21217596 . C G 124.13 PASS AF=0.218391;AO=18;DP=91;FAO=19;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0183263;FXX=0.0645092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.462;QD=5.70728;RBI=0.0250464;REFB=-0.0198715;REVB=-0.0170725;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679603;STB=0.535676;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0491632;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:87:45:68:18:19:0.218391:7:11:25:20:7:12:40:28 chr17 21217660 . C T 164.23 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.000284815;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.696;QD=7.63855;RBI=0.0249275;REFB=-0.00326185;REVB=0.0249259;RO=63;SAF=13;SAR=10;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674738;STB=0.540506;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0110681;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:63:63:23:23:0.267442:10:13:39:24:10:13:39:24 chr17 21217690 . C T 172.16 PASS AF=0.269663;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0386927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9975;QD=7.73745;RBI=0.0416438;REFB=-0.033772;REVB=0.0153975;RO=65;SAF=13;SAR=11;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149271;STB=0.508963;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.10135;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:65:65:24:24:0.269663:11:13:36:29:11:13:36:29 chr17 21217727 . T C 104.93 PASS AF=0.258065;AO=15;DP=63;FAO=16;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.121503;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.794;QD=6.76971;RBI=0.121716;REFB=-0.00959222;REVB=-0.0071842;RO=37;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184538;STB=0.62907;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0275619;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:46:15:16:0.258065:11:4:15:22:11:5:22:24 chr17 21217749 . G C 80.27 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0764743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9396;QD=7.46688;RBI=0.0778611;REFB=-0.00966429;REVB=-0.0146298;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249543;STB=0.657233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0325052;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:8:3:15:17:8:3:15:17 chr17 21318663 . G A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0251622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.508;QD=10.5418;RBI=0.0251955;REFB=-0.0150489;REVB=0.00129527;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237364;STB=0.51426;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0263395;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:10:11:6:5:10:11 chr17 21318698 . C T 99.53 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0159607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0838;QD=8.29388;RBI=0.0259053;REFB=0.000841746;REVB=0.0204044;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13356;STB=0.579497;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=8.98822e-05;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:35:13:13:0.270833:6:7:14:19:6:7:15:20 chr17 21318782 . G A 367.26 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0216929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8373;QD=13.8587;RBI=0.0373033;REFB=-0.0252569;REVB=0.0303472;RO=63;SAF=21;SAR=22;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128155;STB=0.507243;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0498065;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:22:21:30:33:22:21:30:33 chr17 21318821 . A C 345.93 PASS AF=0.302632;AO=46;DP=152;FAO=46;FDP=152;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.00316737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.272;QD=9.1033;RBI=0.0401621;REFB=-0.0141708;REVB=-0.040037;RO=106;SAF=22;SAR=24;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597051;STB=0.534842;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0353934;OID=.;OPOS=21318821;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:106:106:46:46:0.302632:24:22:56:50:24:22:56:50 chr17 21318867 . G A 467.18 PASS AF=0.351515;AO=58;DP=165;FAO=58;FDP=165;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=0.0424693;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6825;QD=11.3255;RBI=0.0445999;REFB=0.0098166;REVB=-0.0136202;RO=105;SAF=32;SAR=26;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100996;STB=0.506327;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0209269;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:105:107:58:58:0.351515:26:32:57:48:26:32:58:49 chr17 21318897 . G C 402.91 PASS AF=0.296703;AO=54;DP=181;FAO=54;FDP=182;FR=.;FRO=128;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=72;FSRR=56;FWDB=-0.0332187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.851;QD=8.85519;RBI=0.0535694;REFB=-0.0305584;REVB=-0.0420262;RO=127;SAF=31;SAR=23;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183915;STB=0.508299;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0568275;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:127:128:54:54:0.296703:23:31:71:56:23:31:72:56 chr17 21318918 . G A 444.01 PASS AF=0.331395;AO=56;DP=172;FAO=57;FDP=172;FR=.;FRO=115;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=0.0565776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1216;QD=10.3259;RBI=0.0569785;REFB=-0.00562347;REVB=0.00674725;RO=113;SAF=26;SAR=30;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128291;STB=0.572448;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0122852;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:113:115:56:57:0.331395:30:26:65:48:30:27:67:48 chr17 21318948 . C T 371.06 PASS AF=0.335766;AO=44;DP=135;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.0819655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3293;QD=10.8339;RBI=0.0819677;REFB=-0.0109661;REVB=0.000610263;RO=91;SAF=22;SAR=22;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10898;STB=0.547872;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0230157;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:91:91:44:46:0.335766:22:22:54:37:22:24:54:37 chr17 21318951 . CA CG,TG 857.19 PASS AF=0.27907,0.348837;AO=36,45;DP=129;FAO=36,45;FDP=129;FR=.;FRO=48;FSAF=21,24;FSAR=15,21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0550826,-0.0449808;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.9215,176.68;QD=26.5795;RBI=0.0550948,0.0451394;REFB=-0.0247221,-0.0183831;REVB=0.00115911,-0.00378092;RO=48;SAF=21,24;SAR=15,21;SRF=28;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0468143;STB=0.5,0.526;STBP=1,0.659;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0289832,0.00961772;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:129:129:48:48:36,45:36,45:0.27907,0.348837:15,21:21,24:28:20:15,21:21,24:28:20 chr17 21318969 . C T 295.95 PASS AF=0.314516;AO=40;DP=123;FAO=39;FDP=124;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.00744663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4899;QD=9.54667;RBI=0.0231585;REFB=-0.00304018;REVB=-0.0219286;RO=82;SAF=18;SAR=22;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114264;STB=0.562391;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0146645;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:82:85:40:39:0.314516:22:18:45:37:21:18:47:38 chr17 21318981 . C T 256.77 PASS AF=0.3125;AO=34;DP=111;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0169893;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2188;QD=9.17021;RBI=0.0176216;REFB=-0.0190477;REVB=-0.00467822;RO=75;SAF=16;SAR=18;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136084;STB=0.567612;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0389679;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:75:77:34:35:0.3125:18:16:44:31:18:17:45:32 chr17 21319007 . GG AC,GC 656.56 PASS AF=0.348214,0.241071;AO=38,27;DP=112;FAO=39,27;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=22,9;FSAR=17,18;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=3.5672e-05,-0.00539776;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=225.276,210.749;QD=23.4486;RBI=0.02238,0.0223543;REFB=-0.0171566,-0.021574;REVB=0.02238,0.0216928;RO=45;SAF=22,9;SAR=16,18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0433216,-0.311246;STB=0.524679,0.6726;STBP=0.713,0.032;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0139055,0.00982199;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:46:38,27:39,27:0.348214,0.241071:16,18:22,9:28:17:17,18:22,9:28:18 chr17 21319069 . G A 195.87 PASS AF=0.207547;AO=33;DP=159;FAO=33;FDP=159;FR=.;FRO=126;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=0.00468389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8179;QD=4.92747;RBI=0.0217829;REFB=0.00225813;REVB=0.0212734;RO=125;SAF=13;SAR=20;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141125;STB=0.590889;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.006032;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:125:126:33:33:0.207547:20:13:63:62:20:13:64:62 chr17 21319079 . C A 231.24 PASS AF=0.228395;AO=36;DP=161;FAO=37;FDP=162;FR=.;FRO=125;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.0305405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.699;QD=5.70966;RBI=0.0306691;REFB=-0.00130939;REVB=-0.00280602;RO=125;SAF=13;SAR=23;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183408;STB=0.598055;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00466168;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:125:125:36:37:0.228395:23:13:63:62:23:14:63:62 chr17 21319087 . G A 250.65 PASS AF=0.239264;AO=39;DP=163;FAO=39;FDP=163;FR=.;FRO=124;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=0.0167194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.842;QD=6.15089;RBI=0.0184037;REFB=-0.000639014;REVB=0.00769143;RO=124;SAF=16;SAR=23;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113517;STB=0.568766;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00230899;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:124:124:39:39:0.239264:23:16:62:62:23:16:62:62 chr17 21319110 . G A 237.32 PASS AF=0.235669;AO=37;DP=157;FAO=37;FDP=157;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.0662718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5791;QD=6.04645;RBI=0.0672069;REFB=-0.00697583;REVB=-0.0111722;RO=120;SAF=16;SAR=21;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644925;STB=0.539188;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00967597;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:120:120:37:37:0.235669:21:16:58:62:21:16:58:62 chr17 21319121 . C T 566.5 PASS AF=0.412162;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0271911;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.1729;QD=15.3108;RBI=0.0618626;REFB=-0.00639345;REVB=-0.0555664;RO=84;SAF=28;SAR=33;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00547783;STB=0.514014;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0126837;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:84:87:61:61:0.412162:33:28:39:45:33:28:42:45 chr17 21319171 . G A 207.33 PASS AF=0.228571;AO=31;DP=138;FAO=32;FDP=140;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=0.0119371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5968;QD=5.92386;RBI=0.01412;REFB=-0.00767291;REVB=-0.00754184;RO=107;SAF=15;SAR=16;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498157;STB=0.538335;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0288124;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:107:108:31:32:0.228571:16:15:56:51:17:15:56:52 chr17 21319208 . C T 181.24 PASS AF=0.241379;AO=28;DP=117;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0250662;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.329;QD=6.2498;RBI=0.0285305;REFB=-0.00955225;REVB=-0.0136263;RO=88;SAF=13;SAR=15;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304168;STB=0.518505;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0232084;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:88:88:28:28:0.241379:15:13:43:45:15:13:43:45 chr17 21319230 . G C 270.09 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0662016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.492;QD=12.004;RBI=0.0663433;REFB=-0.0367622;REVB=0.00433345;RO=58;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156994;STB=0.509047;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0369736;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:15:17:30:28:15:17:30:28 chr17 21319251 . C T 118.32 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=86;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0134028;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.148;QD=5.56822;RBI=0.0210559;REFB=-0.0031061;REVB=0.0162393;RO=66;SAF=12;SAR=7;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129411;STB=0.580805;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0119111;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:66:66:19:19:0.223529:7:12:35:31:7:12:35:31 chr17 21319272 . C T 136.18 PASS AF=0.21875;AO=20;DP=95;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0156901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.686;QD=5.67396;RBI=0.0392077;REFB=-0.00677183;REVB=-0.0359314;RO=74;SAF=14;SAR=6;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194945;STB=0.640885;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0411271;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:74:75:20:21:0.21875:6:14:41:33:6:15:41:34 chr17 21319285 . C T 147.95 PASS AF=0.220183;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=109;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0242463;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5447;QD=5.42927;RBI=0.0307888;REFB=-0.0132024;REVB=0.0189754;RO=85;SAF=17;SAR=7;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236802;STB=0.647885;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0545072;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:85:85:24:24:0.220183:7:17:45:40:7:17:45:40 chr17 21319302 . T C 1020.73 PASS AF=0.690476;AO=69;DP=127;FAO=87;FDP=126;FR=.;FRO=39;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.000192613;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.846;QD=32.4043;RBI=0.00187644;REFB=-0.0117469;REVB=0.00186653;RO=37;SAF=49;SAR=20;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867901;STB=0.504764;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00958414;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:37:39:69:87:0.690476:20:49:22:15:37:50:23:16 chr17 21319311 . C T 177.71 PASS AF=0.208633;AO=29;DP=138;FAO=29;FDP=139;FR=.;FRO=110;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=0.0257239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.337;QD=5.11384;RBI=0.0337109;REFB=-0.00427301;REVB=0.0217877;RO=108;SAF=20;SAR=9;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214104;STB=0.627852;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0198307;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:108:110:29:29:0.208633:9:20:57:51:9:20:59:51 chr17 21319369 . G A 147.33 PASS AF=0.171779;AO=28;DP=164;FAO=28;FDP=163;FR=.;FRO=135;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=58;FWDB=-0.00888304;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.137;QD=3.61542;RBI=0.0149306;REFB=-0.0087415;REVB=0.0120006;RO=136;SAF=16;SAR=12;SRF=77;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685376;STB=0.500894;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.027185;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:136:135:28:28:0.171779:12:16:77:59:12:16:77:58 chr17 21319392 . G A 134.77 PASS AF=0.158824;AO=26;DP=167;FAO=27;FDP=170;FR=.;FRO=143;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=81;FSRR=62;FWDB=-0.0298033;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.35;QD=3.17099;RBI=0.0303118;REFB=-0.00426894;REVB=0.00552891;RO=140;SAF=14;SAR=12;SRF=79;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333092;STB=0.540452;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0442376;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:140:143:26:27:0.158824:12:14:79:61:13:14:81:62 chr17 21319407 . C T 121.89 PASS AF=0.152439;AO=25;DP=163;FAO=25;FDP=164;FR=.;FRO=139;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=60;FWDB=0.0551887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0004;QD=2.97296;RBI=0.063269;REFB=0.00968884;REVB=-0.0309382;RO=137;SAF=14;SAR=11;SRF=78;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01211;STB=0.507183;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0171355;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:137:139:25:25:0.152439:11:14:78:59:11:14:79:60 chr17 21319436 . G A 83.15 PASS AF=0.136364;AO=18;DP=132;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0309356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.123;QD=2.51975;RBI=0.0328304;REFB=-0.0044181;REVB=-0.0109918;RO=112;SAF=7;SAR=11;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140118;STB=0.589186;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0234898;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:132:132:112:114:18:18:0.136364:11:7:56:56:11:7:56:58 chr17 21319439 . T G 83.15 PASS AF=0.136364;AO=18;DP=132;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.00418461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.098;QD=2.5198;RBI=0.00490108;REFB=-0.00313736;REVB=-0.00255141;RO=113;SAF=7;SAR=11;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134635;STB=0.589186;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0131227;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:132:132:113:114:18:18:0.136364:11:7:56:57:11:7:56:58 chr17 21319452 . G A 74.05 PASS AF=0.134454;AO=16;DP=120;FAO=16;FDP=119;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0110021;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4133;QD=2.48914;RBI=0.0196266;REFB=0.000217903;REVB=-0.0162529;RO=98;SAF=6;SAR=10;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132681;STB=0.604963;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000884259;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:120:119:98:103:16:16:0.134454:10:6:47:51:10:6:51:52 chr17 21319465 . T C 57.48 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=108;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.0701189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.11;QD=2.09007;RBI=0.0896147;REFB=-0.00271792;REVB=-0.0558044;RO=95;SAF=5;SAR=8;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110299;STB=0.580245;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0130717;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:108:110:95:97:13:13:0.118182:8:5:45:50:8:5:46:51 chr17 21319470 . T C 64.02 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.00271846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3898;QD=2.30696;RBI=0.0253152;REFB=-0.00718586;REVB=-0.0251689;RO=96;SAF=6;SAR=8;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755556;STB=0.549152;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0286552;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:111:96:97:14:14:0.126126:8:6:47:49:8:6:47:50 chr17 21319473 . G A 348.22 PASS AF=0.392523;AO=41;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0142024;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.727;QD=13.0175;RBI=0.0143775;REFB=-0.00992475;REVB=-0.00223703;RO=64;SAF=19;SAR=22;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575205;STB=0.500446;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152311;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:65:41:42:0.392523:22:19:30:34:22:20:31:34 chr17 21319488 . C T 58.66 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.00402219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.591;QD=2.17242;RBI=0.00649326;REFB=-0.00130326;REVB=0.00509749;RO=94;SAF=9;SAR=4;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296731;STB=0.715158;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.014253;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:107:108:94:95:13:13:0.12037:4:9:42:52:4:9:42:53 chr17 21319519 . G C 93.9 PASS AF=0.152;AO=19;DP=125;FAO=19;FDP=125;FR=.;FRO=106;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.0166055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.671;QD=3.00478;RBI=0.018285;REFB=-0.00816541;REVB=-0.00765479;RO=106;SAF=15;SAR=4;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444778;STB=0.797034;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.042277;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:125:125:106:106:19:19:0.152:4:15:46:60:4:15:46:60 chr17 21319523 . C T 136.15 PASS AF=0.190476;AO=24;DP=124;FAO=24;FDP=126;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.00919106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.957;QD=4.32223;RBI=0.0180075;REFB=0.00320006;REVB=-0.0154853;RO=99;SAF=20;SAR=4;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513628;STB=0.833056;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0113077;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:99:102:24:24:0.190476:4:20:43:56:4:20:43:59 chr17 21319527 . C T 131.95 PASS AF=0.177778;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=0.0126564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.17;QD=3.90973;RBI=0.0245728;REFB=0.000247962;REVB=-0.0210626;RO=111;SAF=20;SAR=4;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520688;STB=0.835103;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00120285;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:111:111:24:24:0.177778:4:20:47:64:4:20:47:64 chr17 21319543 . G A 196.41 PASS AF=0.21831;AO=31;DP=142;FAO=31;FDP=142;FR=.;FRO=111;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=0.00561339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.629;QD=5.53258;RBI=0.016376;REFB=-0.00508455;REVB=-0.0153838;RO=111;SAF=21;SAR=10;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32795;STB=0.701432;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0288815;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:111:111:31:31:0.21831:10:21:46:65:10:21:46:65 chr17 21319560 . G T 186.89 PASS AF=0.202532;AO=32;DP=158;FAO=32;FDP=158;FR=.;FRO=126;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=-0.00112257;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0566;QD=4.73141;RBI=0.0581989;REFB=0.0149674;REVB=0.0581881;RO=126;SAF=22;SAR=10;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33559;STB=0.708723;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.062005;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:126:126:32:32:0.202532:10:22:53:73:10:22:53:73 chr17 21319650 . CGAG C 298.65 PASS AF=0.224771;AO=43;DP=216;FAO=49;FDP=218;FR=.;FRO=169;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=79;FSRR=90;FWDB=-0.00363519;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.739;QD=5.47973;RBI=0.00475728;REFB=-0.0108479;REVB=0.00306873;RO=162;SAF=22;SAR=21;SRF=76;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543211;STB=0.564574;STBP=0.333;TYPE=del;VARB=0.0389214;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224771:43:216:49:218:169:27:22:79:90:99:162:22:21:76:86 chr17 21319682 . C T 360.53 PASS AF=0.240343;AO=55;DP=234;FAO=56;FDP=233;FR=.;FRO=177;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=82;FSRR=95;FWDB=0.010635;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9488;QD=6.18927;RBI=0.0114257;REFB=-0.0053487;REVB=-0.00417673;RO=178;SAF=27;SAR=28;SRF=83;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311924;STB=0.527887;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0138526;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:178:177:55:56:0.240343:28:27:83:95:28:28:82:95 chr17 21319716 . G A 227.03 PASS AF=0.2;AO=38;DP=194;FAO=38;FDP=190;FR=.;FRO=152;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=-0.00343292;FXX=0.0306107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6565;QD=4.77949;RBI=0.00813768;REFB=0.00543537;REVB=0.00737814;RO=139;SAF=22;SAR=16;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141476;STB=0.589131;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00797614;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:190:139:152:38:38:0.2:16:22:65:74:16:22:71:81 chr17 21319728 . T C 240.13 PASS AF=0.205128;AO=38;DP=194;FAO=40;FDP=195;FR=.;FRO=155;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=-0.0782682;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2563;QD=4.92573;RBI=0.0810344;REFB=-0.0164006;REVB=-0.0209918;RO=152;SAF=21;SAR=17;SRF=71;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109308;STB=0.54285;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0608997;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:152:155:38:40:0.205128:17:21:71:81:19:21:73:82 chr17 21319743 . A G 216.74 PASS AF=0.2;AO=37;DP=185;FAO=37;FDP=185;FR=.;FRO=148;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=73;FSRR=75;FWDB=-0.0109106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.921;QD=4.68615;RBI=0.0239544;REFB=-0.0091861;REVB=-0.0213254;RO=148;SAF=19;SAR=18;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259557;STB=0.516205;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0281082;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:148:148:37:37:0.2:18:19:73:75:18:19:73:75 chr17 21319767 . C T 500.65 PASS AF=0.423077;AO=54;DP=170;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0450091;FXX=0.239752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.207;QD=15.4045;RBI=0.0452661;REFB=-0.0109305;REVB=0.00481635;RO=75;SAF=29;SAR=25;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864898;STB=0.54257;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0135623;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:130:75:75:54:55:0.423077:25:29:34:41:26:29:34:41 chr17 21319785 . C T 355.35 PASS AF=0.289941;AO=49;DP=170;FAO=49;FDP=169;FR=.;FRO=120;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.029253;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.549;QD=8.41058;RBI=0.0294306;REFB=-0.0039238;REVB=-0.00322864;RO=120;SAF=28;SAR=21;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106849;STB=0.562686;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00725662;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:120:120:49:49:0.289941:21:28:58:62:21:28:58:62 chr17 21319786 . G A 308.09 PASS AF=0.263158;AO=45;DP=171;FAO=45;FDP=171;FR=.;FRO=126;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=0.0130092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8666;QD=7.20678;RBI=0.0174266;REFB=0.00694753;REVB=-0.0115951;RO=125;SAF=23;SAR=22;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00879079;STB=0.502339;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0244032;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:125:126:45:45:0.263158:22:23:63:62:22:23:64:62 chr17 21319845 . C T 268.94 PASS AF=0.286822;AO=37;DP=129;FAO=37;FDP=129;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.0195482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.203;QD=8.33935;RBI=0.0203202;REFB=-0.0179611;REVB=0.00554797;RO=92;SAF=21;SAR=16;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105056;STB=0.506196;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0281958;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:92:92:37:37:0.286822:16:21:53:39:16:21:53:39 chr17 21319860 . C T 391.64 PASS AF=0.5;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0856846;FXX=0.285689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9591;QD=19.582;RBI=0.0897566;REFB=-0.017852;REVB=0.0267282;RO=39;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147118;STB=0.586914;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0332332;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:80:39:40:40:40:0.5:21:19:25:14:21:19:26:14 chr17 21319868 . G T 146.45 PASS AF=0.216495;AO=20;DP=102;FAO=21;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0215605;FXX=0.0490148;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.404;QD=6.03923;RBI=0.0217202;REFB=-0.0143122;REVB=0.00262917;RO=56;SAF=12;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057833;STB=0.512184;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0451328;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:97:56:75:20:21:0.216495:8:12:31:25:9:12:44:31 chr17 21319908 . C T 207.53 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0463785;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.588;QD=10.9228;RBI=0.0475059;REFB=-0.00942387;REVB=0.0102882;RO=50;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423972;STB=0.524672;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0309928;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:50:50:26:26:0.342105:11:15:27:23:11:15:27:23 chr17 21319943 . A G 187.9 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.002796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.371;QD=13.186;RBI=0.00691116;REFB=-0.0197575;REVB=0.00632033;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150851;STB=0.568198;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0137578;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:34:19:20:0.350877:11:8:19:15:11:9:19:15 chr17 21319955 . G A 154.29 PASS AF=0.358491;AO=17;DP=51;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0764165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0535;QD=11.6443;RBI=0.0764491;REFB=-0.00883275;REVB=-0.00223265;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991854;STB=0.588026;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0266957;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:34:34:17:19:0.358491:8:9:15:19:8:11:15:19 chr17 21319989 . C A 86.68 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00927533;FXX=0.235225;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.728;QD=13.3356;RBI=0.0254991;REFB=-0.0219513;REVB=0.0237523;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290505;STB=0.523762;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.021646;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:26:14:16:10:10:0.384615:6:4:6:8:6:4:7:9 chr17 21319993 . T C 139.96 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0104091;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.472;QD=19.3053;RBI=0.0109437;REFB=-0.00521304;REVB=-0.00337857;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420945;STB=0.583221;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00548461;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:11:14:15:15:0.517241:6:9:6:5:6:9:6:8 chr17 21320008 . C T 111.26 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0270156;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.146;QD=14.8346;RBI=0.0325996;REFB=-0.0160473;REVB=-0.0182453;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0365863;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:9:8:6:7:9:8 chr17 21320012 . C T 115.68 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0387662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8762;QD=15.4237;RBI=0.038795;REFB=-0.00343906;REVB=-0.00149553;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00548716;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:13:14:0.466667:6:7:8:8:6:8:8:8 chr17 21320041 . G A 217.7 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0033538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.374;QD=22.9154;RBI=0.00375584;REFB=-0.00496964;REVB=0.00169067;RO=16;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133981;STB=0.593127;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0029372;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:15:6:7:9:15:6:8:9 chr17 21320197 . G C 301.08 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00487165;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.847;QD=14.1685;RBI=0.00487358;REFB=-0.00752485;REVB=-0.000137349;RO=51;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101629;STB=0.557963;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0101408;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:23:11:21:30:23:11:21:30 chr17 21320210 . C T 306.19 PASS AF=0.4;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00184566;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.341;QD=14.4089;RBI=0.00588117;REFB=-0.0041571;REVB=0.00558405;RO=45;SAF=9;SAR=25;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1102;STB=0.61452;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00261973;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:45:51:34:34:0.4:25:9:16:29:25:9:22:29 chr17 21320212 . A G 654.86 PASS AF=0.640449;AO=54;DP=86;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00523315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.536;QD=29.4319;RBI=0.0109865;REFB=-0.0033457;REVB=-0.00966004;RO=28;SAF=27;SAR=27;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180535;STB=0.581312;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00198911;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:28:32:54:57:0.640449:27:27:6:22:30:27:8:24 chr17 21320252 . G T 330.02 PASS AF=0.330709;AO=42;DP=126;FAO=42;FDP=127;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.00104073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.989;QD=10.3944;RBI=0.0128807;REFB=-0.0073563;REVB=0.0128386;RO=84;SAF=18;SAR=24;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177245;STB=0.605741;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.01864;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:84:85:42:42:0.330709:24:18:49:35:24:18:50:35 chr17 21320263 . T C 225.68 PASS AF=0.259843;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.00247485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.419;QD=7.10788;RBI=0.041593;REFB=-0.0166095;REVB=-0.0415193;RO=94;SAF=21;SAR=12;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158461;STB=0.595249;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.04128;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:94:94:33:33:0.259843:12:21:48:46:12:21:48:46 chr17 21320279 . C T 372.77 PASS AF=0.317568;AO=46;DP=145;FAO=47;FDP=148;FR=.;FRO=101;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=61;FSRR=40;FWDB=-0.0098077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5417;QD=10.0747;RBI=0.0418273;REFB=-0.00578971;REVB=-0.0406611;RO=99;SAF=21;SAR=25;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186372;STB=0.591973;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0184025;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:99:101:46:47:0.317568:25:21:61:38:25:22:61:40 chr17 21320350 . G A 310.54 PASS AF=0.29927;AO=41;DP=137;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=0.000793668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.368;QD=9.06687;RBI=0.0187935;REFB=-0.000985508;REVB=-0.0187767;RO=96;SAF=23;SAR=18;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010777;STB=0.506312;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00201599;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:96:96:41:41:0.29927:18:23:53:43:18:23:53:43 chr17 21320365 . T C 316.08 PASS AF=0.317829;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0306928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6933;QD=9.80087;RBI=0.0312065;REFB=0.00348747;REVB=-0.00563882;RO=88;SAF=21;SAR=20;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793613;STB=0.546053;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0115811;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:88:88:41:41:0.317829:20:21:51:37:20:21:51:37 chr17 21320787 . G A 343.78 PASS AF=0.242009;AO=52;DP=218;FAO=53;FDP=219;FR=.;FRO=166;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=129;FWDB=-0.0271349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.376;QD=6.27907;RBI=0.0323022;REFB=-0.0056018;REVB=-0.0175251;RO=166;SAF=15;SAR=37;SRF=37;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10753;STB=0.575239;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0192603;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:166:166:52:53:0.242009:37:15:37:129:37:16:37:129 chr17 21320796 . C T 1109.79 PASS AF=0.534314;AO=109;DP=204;FAO=109;FDP=204;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=92;FSRF=27;FSRR=68;FWDB=-0.0137002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.524;QD=21.7607;RBI=0.0145523;REFB=-0.0143136;REVB=-0.00490654;RO=94;SAF=17;SAR=92;SRF=26;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168004;STB=0.598089;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0126862;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:94:95:109:109:0.534314:92:17:26:68:92:17:27:68 chr17 21320798 . G C 998.29 PASS AF=0.559406;AO=107;DP=201;FAO=113;FDP=202;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=95;FSRF=25;FSRR=64;FWDB=0.0301212;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.383;QD=19.7682;RBI=0.0534309;REFB=-0.0597324;REVB=0.0441313;RO=90;SAF=18;SAR=89;SRF=26;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158354;STB=0.588006;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0796585;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:90:89:107:113:0.559406:89:18:26:64:95:18:25:64 chr17 21320980 . C G 758.63 PASS AF=0.586777;AO=71;DP=121;FAO=71;FDP=121;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0076791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.362;QD=25.0788;RBI=0.0127821;REFB=-0.0197148;REVB=-0.0102183;RO=48;SAF=33;SAR=38;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673309;STB=0.535377;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0149507;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:48:50:71:71:0.586777:38:33:18:30:38:33:19:31 chr17 21320991 . C T 195.73 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0123393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.151;QD=7.45637;RBI=0.0151689;REFB=-0.0212073;REVB=-0.00882254;RO=75;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462683;STB=0.536057;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0521633;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:75:77:28:28:0.266667:15:13:32:43:15:13:32:45 chr17 21320993 . G T 641.69 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0307203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.862;QD=26.1914;RBI=0.0337744;REFB=-0.0471996;REVB=-0.0140346;RO=41;SAF=26;SAR=31;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132304;STB=0.507223;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.036627;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:31:26:18:23:31:26:18:23 chr17 21321005 . C A 162.88 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0587723;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0658;QD=7.40373;RBI=0.082131;REFB=-0.0183295;REVB=0.0573699;RO=61;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962728;STB=0.514619;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.056164;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:61:65:23:23:0.261364:13:10:27:34:13:10:27:38 chr17 21321016 . T C 423.1 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0479078;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.538;QD=23.5053;RBI=0.0479345;REFB=-0.0262176;REVB=0.00159847;RO=31;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238051;STB=0.513086;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0200669;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:25:16:13:18:25:16:13:18 chr17 21322972 . GT CC 148.34 PASS AF=0.354167;AO=15;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00109122;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.638;QD=12.3618;RBI=0.0413714;REFB=0.00437067;REVB=0.041357;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598134;STB=0.512301;STBP=0.918;TYPE=mnp;VARB=0.00167212;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:15:17:0.354167:6:9:17:14:8:9:17:14 chr17 21322975 . G A 76.67 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00316272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.815;QD=6.01298;RBI=0.00336213;REFB=0.0151783;REVB=-0.00114065;RO=40;SAF=9;SAR=2;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463933;STB=0.799436;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0149326;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:51:51:40:40:11:11:0.215686:2:9:18:22:2:9:18:22 chr17 21323001 . C T 172.94 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00759018;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.47;QD=10.9801;RBI=0.0212564;REFB=-0.0114855;REVB=-0.019855;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278579;STB=0.521719;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0252586;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:35:41:22:22:0.349206:10:12:19:16:10:12:21:20 chr17 21323049 . C T 276.48 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=98;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0380102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.397;QD=11.1711;RBI=0.0394987;REFB=-0.0105596;REVB=-0.0107412;RO=66;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158949;STB=0.600183;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0365326;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:66:66:32:33:0.333333:14:18:28:38:14:19:28:38 chr17 21323056 . G T 39.37 PASS AF=0.0952381;AO=10;DP=105;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0295849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.499;QD=1.49989;RBI=0.0545043;REFB=-0.00584198;REVB=-0.0457761;RO=95;SAF=2;SAR=8;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380278;STB=0.796338;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0441863;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:105:95:95:10:10:0.0952381:8:2:50:45:8:2:50:45 chr17 21323096 . G A 409.34 PASS AF=0.379845;AO=47;DP=131;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00752217;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.999;QD=12.6927;RBI=0.0182069;REFB=-0.00862266;REVB=-0.0165803;RO=68;SAF=26;SAR=21;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405798;STB=0.526738;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0109744;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:68:80:47:49:0.379845:21:26:35:33:23:26:39:41 chr17 21323107 . A G 342.49 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=129;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.00986527;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.874;QD=10.7029;RBI=0.0195948;REFB=-0.00125406;REVB=-0.0169302;RO=78;SAF=25;SAR=18;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120763;STB=0.573736;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00326814;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:78:85:43:43:0.335938:18:25:37:41:18:25:40:45 chr17 21825565 . G T 1007.19 PASS AF=0.479263;AO=104;DP=217;FAO=104;FDP=217;FR=.;FRO=113;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=-0.0148976;FXX=0.009132;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.9;QD=18.5657;RBI=0.0158733;REFB=-0.01446;REVB=0.00547931;RO=110;SAF=59;SAR=45;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105495;STB=0.551392;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0138498;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:110:113:104:104:0.479263:45:59:50:60:45:59:53:60 chr17 21826256 . A G 420.15 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.000202055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.388;QD=18.6732;RBI=0.00154048;REFB=-0.0101387;REVB=-0.00152717;RO=46;SAF=29;SAR=13;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323951;STB=0.674337;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0108824;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:47:42:43:0.477778:13:29:16:30:14:29:16:31 chr17 22023528 . G C 420.16 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0115002;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.142;QD=19.772;RBI=0.0115509;REFB=-0.0110456;REVB=-0.00108161;RO=45;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359028;STB=0.517253;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.01232;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:45:43:41:42:0.494118:17:24:28:17:17:25:27:16 chr17 22023591 . T C 481.65 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0212235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.016;QD=17.3567;RBI=0.0214636;REFB=-0.00534371;REVB=0.00320118;RO=58;SAF=17;SAR=35;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124131;STB=0.565551;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00955032;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:35:17:26:32:35:17:26:33 chr17 22023598 . C T 528.19 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0261919;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.936;QD=19.207;RBI=0.0266192;REFB=-0.013483;REVB=-0.00475087;RO=54;SAF=26;SAR=29;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143718;STB=0.582775;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0264193;OID=.;OPOS=22023598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:55:55:55:0.5:29:26:17:37:29:26:17:38 chr17 25909816 . C T 254.65 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=31;FWDB=0.0415857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1114;QD=16.9766;RBI=0.0721132;REFB=-0.0342735;REVB=0.0589147;RO=32;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35233;STB=0.682269;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0159952;OID=.;OPOS=25909816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:31:28:29:0.483333:26:2:0:32:27:2:0:31 chr17 25932609 . C T 504.9 PASS AF=0.387097;AO=58;DP=153;FAO=60;FDP=155;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=0.0831057;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.18;QD=13.0296;RBI=0.0841326;REFB=-0.00520761;REVB=0.0131054;RO=95;SAF=31;SAR=27;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108034;STB=0.560956;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0054209;OID=.;OPOS=25932609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:95:95:58:60:0.387097:27:31:60:35:28:32:60:35 chr17 25958304 . G A 550.38 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0237624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.706;QD=21.5836;RBI=0.0299503;REFB=-0.0151281;REVB=0.018231;RO=47;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269276;STB=0.514796;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00989609;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:31:24:22:25:31:24:22:25 chr17 25970633 . G A 363.6 PASS AF=0.372881;AO=43;DP=117;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00430777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.243;QD=12.3255;RBI=0.0065131;REFB=-0.00877464;REVB=0.00488503;RO=74;SAF=26;SAR=17;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218918;STB=0.615215;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0190516;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:74:74:43:44:0.372881:17:26:30:44:18:26:30:44 chr17 26089867 . T C 1428.25 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.266;QD=61.4301;RBI=0.0329657;REFB=-0.0127178;REVB=-0.0284405;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00016118;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:0:1:91:92:0.989247:38:53:0:0:38:54:0:1 chr17 26092631 . A G 1673.45 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.921;QD=59.7661;RBI=0.0392717;REFB=0;REVB=-0.0147678;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0479e-05;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:46:64:0:0:46:66:0:0 chr17 26116637 . G A 149.34 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0123876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.324;QD=13.2748;RBI=0.0132697;REFB=-0.0114474;REVB=-0.00475743;RO=28;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282786;STB=0.677963;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.028863;OID=.;OPOS=26116637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:28:16:17:0.377778:3:13:17:11:3:14:17:11 chr17 26522553 . T TA 38.65 PASS AF=0.339623;AO=12;DP=69;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0421469;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.11184;QD=2.91681;RBI=0.085984;REFB=-0.0587647;REVB=0.0749459;RO=52;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564785;STB=0.601991;STBP=0.317;TYPE=ins;VARB=0.0447052;OID=.;OPOS=26522554;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339623:12:69:18:53:35:11:7:16:19:38:52:7:5:28:24 chr17 26654991 . A C 407.7 PASS AF=0.625;AO=37;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000386024;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.319;QD=25.4814;RBI=0.011898;REFB=0.00295098;REVB=-0.0118918;RO=24;SAF=24;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112484;STB=0.559572;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000672293;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:37:40:0.625:13:24:12:12:14:26:12:12 chr17 26671945 . A AG 1029.83 PASS AF=1;AO=91;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1593;QD=37.4484;RBI=0.197523;REFB=0;REVB=0.0912091;RO=14;SAF=73;SAR=18;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.005213;OID=.;OPOS=26671946;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:110:110:110:0:83:27:0:0:17:14:73:18:8:6 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 84.47 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0241486;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=311.79;QD=5.82534;RBI=0.0305844;REFB=0.0034557;REVB=-0.0187684;RO=42;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241379;STB=0.66187;STBP=0.206;TYPE=del;VARB=-0.0106623;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224138:13:58:13:58:45:9:4:22:23:84:42:9:4:21:21 chr17 26674151 . CTG C 91.23 PASS AF=0.233333;AO=13;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00282008;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.186;QD=6.08168;RBI=0.0055724;REFB=-0.0121639;REVB=-0.00480612;RO=45;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382935;STB=0.686002;STBP=0.149;TYPE=del;VARB=0.0326289;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:13:60:14:60:46:10:4:22:24:91:45:10:3:21:24 chr17 26676135 . C T 346.24 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0623819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0043;QD=16.8899;RBI=0.0630404;REFB=0.00969751;REVB=0.00908801;RO=45;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196002;STB=0.61002;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.010436;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:14:23:19:26:14:23:19:26 chr17 26684394 . T G 105.07 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.143596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8773;QD=32.3294;RBI=0.162679;REFB=-0.0317699;REVB=0.0764495;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128043;STB=0.571303;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00347069;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:2:0:5:6:2:0 chr17 26686416 . G A 454.69 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0404083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.322;QD=15.1564;RBI=0.0404209;REFB=-0.0131754;REVB=0.00100827;RO=67;SAF=24;SAR=27;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222746;STB=0.504423;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0191174;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:69:51:51:0.425:27:24:33:34:27:24:33:36 chr17 26691321 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.83;QD=35.5759;RBI=0.00103353;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73416e-05;OID=.;OPOS=26691321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr17 26691916 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0323933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.431;QD=17.5601;RBI=0.0324266;REFB=-0.00234281;REVB=-0.00146989;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112459;STB=0.564032;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00344902;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:8:13:9:9:8:13 chr17 26694483 . A G 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00224736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.649;QD=16.4727;RBI=0.0146734;REFB=-0.000832048;REVB=-0.0145002;RO=58;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831436;STB=0.551;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0010042;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:58:59:49:49:0.453704:22:27:27:31:22:27:27:32 chr17 26694861 . G A 304.12 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00611021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4897;QD=17.3784;RBI=0.0615966;REFB=0.00116806;REVB=0.0612928;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752676;STB=0.542112;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.000889599;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:16:17:22:15:16:17:22:15 chr17 26699367 . G GC 173.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.9764;QD=46.2907;RBI=0.0219392;REFB=0;REVB=0.00317103;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00142382;OID=.;OPOS=26699368;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:8:7:0:0:4:0:8:7:0:0 chr17 26708300 . T C 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.638;QD=64.2841;RBI=0.0220359;REFB=0;REVB=0.0214528;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83289e-05;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr17 26708302 . G T 1502.57 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0552734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.63;QD=61.3293;RBI=0.0576507;REFB=-0.142672;REVB=0.0163844;RO=2;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000617816;STB=0.500213;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000469977;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:95:96:0.979592:49:46:1:1:49:47:1:1 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 1511.23 PASS AF=1;AO=70;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230627;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=2;MLLD=39.1757;QD=62.3187;RBI=0.287637;REFB=0;REVB=-0.17189;RO=0;SAF=20;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00177666;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:98:97:97:0:46:51:0:0:8:0:20:50:0:0 chr17 26727721 . GA G 1084.4 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0681328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.4198;QD=47.6661;RBI=0.0904647;REFB=-0.0195066;REVB=-0.0595129;RO=1;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106485;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=-0.00172967;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989011:88:90:90:91:1:46:44:0:1:13:1:44:44:0:1 chr17 26824156 . A G 289.38 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.712;QD=52.6147;RBI=0.02035;REFB=0;REVB=-0.00336754;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4251e-05;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr17 26851602 . C T 404.1 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0223171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.275;QD=19.4748;RBI=0.0245851;REFB=-0.0132995;REVB=-0.0103137;RO=42;SAF=31;SAR=10;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153286;STB=0.585711;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0180916;OID=.;OPOS=26851602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:10:31:26:16:10:31:26:16 chr17 26857788 . T C 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0227981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.079;QD=19.5763;RBI=0.0282713;REFB=-0.0136717;REVB=0.0167186;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526423;STB=0.529281;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0231291;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:15:16:19:14:15:16 chr17 26864302 . G C 746.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.397;QD=63.5196;RBI=0.0257553;REFB=0;REVB=0.00893446;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80959e-05;OID=.;OPOS=26864302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:25:20:0:0:25:22:0:0 chr17 26965551 . T C 427.32 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00426792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.527;QD=16.9235;RBI=0.00581039;REFB=-0.0112655;REVB=-0.00394278;RO=55;SAF=29;SAR=17;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315097;STB=0.517612;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0135484;OID=.;OPOS=26965551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:17:29:33:22:17:29:33:22 chr17 27030952 . T C 60.32 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.116697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.8258;QD=6.52082;RBI=0.188837;REFB=-0.0457628;REVB=0.148463;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.74375;STB=0.92985;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.097579;OID=.;OPOS=27030952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:37:37:16:27:8:8:0.216216:1:7:1:15:1:7:5:22 chr17 27065211 . T C 327.61 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0098468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.003;QD=12.2471;RBI=0.0238293;REFB=-0.00974627;REVB=-0.0216997;RO=65;SAF=24;SAR=16;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134876;STB=0.57732;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00832034;OID=.;OPOS=27065211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:67:40:40:0.373832:16:24:31:34:16:24:32:35 chr17 27074858 . CAG AGC,CAGC 60.97 PASS AF=0.05,0.325;AO=4,9;DP=40;FAO=2,13;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=2,8;FSAR=0,5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00866543,0.0416128;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=3,1;MLLD=43.4183,36.6639;QD=6.09726;RBI=0.00993619,0.0636067;REFB=-0.0345852,-0.0414726;REVB=-0.00486192,-0.048106;RO=25;SAF=3,4;SAR=1,5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.188394,-0.180355;STB=0.994493,0.564215;STBP=0.174,0.537;TYPE=mnp,ins;VARB=0.202684,0.139076;OID=.,.;OPOS=27074858,27074861;OREF=CAG,-;OALT=AGC,C;OMAPALT=AGC,CAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:40:40:25:25:4,9:2,13:0.05,0.325:1,5:3,4:15:10:0,5:2,8:13:12 chr17 27185827 . C T 1080.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.395;QD=60.0254;RBI=0.0169253;REFB=0;REVB=-0.016175;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10047e-05;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr17 27207571 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.601;QD=61.5363;RBI=0.0309768;REFB=0;REVB=0.00141181;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40097e-05;OID=.;OPOS=27207571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr17 27225586 . A T 65.85 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00442101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.951;QD=11.4528;RBI=0.0243072;REFB=-0.0253715;REVB=-0.0239018;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373608;STB=0.721757;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0412697;OID=.;OPOS=27225586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:4:10:3:6:4:10 chr17 27225750 . A G 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0204245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.6883;QD=20.1588;RBI=0.0324876;REFB=0.00779409;REVB=0.0252642;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281733;STB=0.658351;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00486095;OID=.;OPOS=27225750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:3:11:7:9:3:11 chr17 27284443 . A G 640.01 PASS AF=0.574074;AO=61;DP=107;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0176831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.158;QD=23.7041;RBI=0.0186414;REFB=-0.00797674;REVB=-0.00590011;RO=46;SAF=18;SAR=43;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289028;STB=0.50976;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00507097;OID=.;OPOS=27284443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:46:46:61:62:0.574074:43:18:15:31:43:19:15:31 chr17 27286750 . G A 285.2 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00365446;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.735;QD=15.2107;RBI=0.0433827;REFB=-0.00958717;REVB=0.0432285;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533196;STB=0.502091;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00979871;OID=.;OPOS=27286750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:43:32:32:0.426667:17:15:19:22:17:15:20:23 chr17 27286851 . T C 1580.08 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5754;QD=59.0685;RBI=0.0531298;REFB=0;REVB=0.0210813;RO=1;SAF=51;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683052;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:107:107:1:0:106:107:1:55:51:1:0:55:52:0:0 chr17 27290968 . CT CTG,TG 556.99 PASS AF=1,0;AO=32,4;DP=72;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186129,-0.000307916;FXX=0.013887;HRUN=3,4;LEN=1,2;MLLD=11.2609,9.02138;QD=31.3798;RBI=0.190933,0.132784;REFB=-0.0742608,-0.0199307;REVB=0.0425586,0.132784;RO=17;SAF=20,4;SAR=12,0;SRF=15;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.184093,0.563062;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0226957,0;OID=.,.;OPOS=27290970,27290968;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:17:0:32,4:71,0:1,0:12,0:20,4:15:2:20,0:51,0:0:0 chr17 27422053 . C T 710.5 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.126513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8502;QD=60.4683;RBI=0.126549;REFB=-0.0926041;REVB=0.00303205;RO=2;SAF=17;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521232;STB=0.513508;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00140836;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:2:1:45:46:0.978723:28:17:2:0:28:18:1:0 chr17 27424316 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000873297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.493;QD=12.2128;RBI=0.00213941;REFB=-0.0100969;REVB=0.00195305;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673734;STB=0.539937;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0152993;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:14:8:4:9:14:8 chr17 27438469 . G A 576.14 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0273997;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.6831;QD=52.376;RBI=0.0303637;REFB=-0.0413777;REVB=0.0130847;RO=1;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492729;STB=0.503245;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.000546002;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:44:1:4:40:40:0.909091:9:31:0:1:9:31:3:1 chr17 27441076 . TC T,TG 318.81 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=4,20;DP=25;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156085,0.0327468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144,154.043;QD=53.1355;RBI=0.0257312,0.0348382;REFB=0,0;REVB=0.0204565,0.011889;RO=0;SAF=3,9;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00860174,0.0196685;OID=.,.;OPOS=27441077,27441077;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:4,20:25:1,23:24:0:0,13:1,10:0:0:7:0:3,9:1,11:0:0 chr17 27446418 . G T 350.35 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0226225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4336;QD=20.6088;RBI=0.0324325;REFB=0.0217677;REVB=0.0232399;RO=24;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202911;STB=0.514698;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.019015;OID=.;OPOS=27446418;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:24:32:35:36:0.529412:17:18:13:11:18:18:15:17 chr17 27580756 . C T 208.73 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-8.32661e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.113;QD=12.4617;RBI=0.00414999;REFB=-0.0188401;REVB=0.00414915;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387526;STB=0.536239;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0255349;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:41:25:26:0.38806:10:15:26:15:11:15:26:15 chr17 27588806 . C A 224.8 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0184678;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.7228;QD=28.0998;RBI=0.064613;REFB=-0.000687569;REVB=0.0619176;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105197;STB=0.558226;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000953608;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:32:11:11:21:21:0.65625:8:13:5:6:8:13:5:6 chr17 27588980 . CAG C 73.09 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00903105;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.202;QD=17.1984;RBI=0.00991769;REFB=0.0045139;REVB=-0.00409885;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341417;STB=0.695816;STBP=0.134;TYPE=del;VARB=-0.00263004;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:9:19:9:17:8:5:4:1:7:62:8:5:4:1:7 chr17 27835138 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.457;QD=48.737;RBI=0.0200508;REFB=0;REVB=0.0113875;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173392;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr17 27889578 . T C 631.23 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=24;FWDB=-0.0120438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.202;QD=17.7812;RBI=0.0160241;REFB=-0.0211651;REVB=0.0105697;RO=77;SAF=33;SAR=32;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177493;STB=0.598232;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0222859;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:32:33:53:24:32:33:53:24 chr17 27889986 . T C 256.24 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0245233;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.456;QD=15.5295;RBI=0.0286559;REFB=-0.00728906;REVB=0.0148245;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500693;STB=0.528282;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00922664;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:21:16:14:15:21:16 chr17 27901975 . A G 614.15 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.587;QD=59.9171;RBI=0.0195624;REFB=0;REVB=-0.0134163;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215795;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:13:26:0:0:15:26:0:0 chr17 27904711 . G A 726.37 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1142;QD=55.8743;RBI=0.0540996;REFB=0;REVB=0.0530437;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262676;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:33:19:0:0 chr17 28268800 . A C 1127.13 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0651229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5448;QD=57.8015;RBI=0.0651366;REFB=-0.151586;REVB=0.00133612;RO=2;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315159;STB=0.516662;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00347562;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:29:47:0:2:29:47:0:2 chr17 28296327 . T G 569.27 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2019;QD=59.9234;RBI=0.133463;REFB=0;REVB=0.0420594;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307282;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:34:38:1:19:15:0:0:21:17:0:0 chr17 28320248 . T A 1318.67 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.447;QD=62.0552;RBI=0.0155278;REFB=0;REVB=-0.00496719;RO=0;SAF=66;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71664e-06;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:18:66:0:0:19:66:0:0 chr17 28444183 . A C 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.652;QD=60.5927;RBI=0.0863549;REFB=0;REVB=-0.0667015;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016111;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 28511978 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.566;QD=57.2026;RBI=0.0473024;REFB=0;REVB=0.0343091;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246189;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 28576076 . T C 530.78 PASS AF=0.435115;AO=56;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0139807;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2095;QD=16.207;RBI=0.0142392;REFB=-0.0123546;REVB=0.00270095;RO=72;SAF=29;SAR=27;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380388;STB=0.523417;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0149455;OID=.;OPOS=28576076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:74:56:57:0.435115:27:29:40:32:27:30:42:32 chr17 28612448 . G C 626.04 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=51;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.002206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4596;QD=16.4746;RBI=0.0094321;REFB=0.00755927;REVB=0.0091705;RO=84;SAF=51;SAR=17;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169914;STB=0.595208;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00960638;OID=.;OPOS=28612448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:84:68:68:0.447368:17:51:51:33:17:51:51:33 chr17 28687518 . G T 98.08 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0381897;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.162;QD=10.6031;RBI=0.0387492;REFB=-0.00254141;REVB=0.00656097;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022417;STB=0.513491;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00525557;OID=.;OPOS=28687518;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:38:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:13:12:6:6:13:12 chr17 28712037 . C T 778.37 PASS AF=0.432292;AO=82;DP=191;FAO=83;FDP=192;FR=.;FRO=109;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.00362714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.731;QD=16.2159;RBI=0.00382193;REFB=-0.00330316;REVB=0.00120458;RO=109;SAF=39;SAR=43;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577534;STB=0.535298;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00443386;OID=.;OPOS=28712037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:109:109:82:83:0.432292:43:39:58:51:44:39:58:51 chr17 28794020 . A G 498.08 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0492134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5209;QD=16.7423;RBI=0.0648253;REFB=-0.00478144;REVB=0.0421944;RO=64;SAF=35;SAR=19;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00800439;STB=0.510339;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00847252;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:19:35:41:23:19:35:41:24 chr17 28853530 . A C 312.06 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0208158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.943;QD=27.1355;RBI=0.0214923;REFB=-0.0262205;REVB=0.00535006;RO=18;SAF=20;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356291;STB=0.514696;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0143038;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:7:20:14:4:7:21:14:4 chr17 28900708 . G T 211.18 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000510212;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.274;QD=42.2352;RBI=0.0140621;REFB=-0.179082;REVB=0.0140528;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.555494;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00259054;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:20:20:1:2:18:18:0.9:8:10:0:1:8:10:0:2 chr17 29231103 . A AT 31.34 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0783607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.6888;QD=3.91775;RBI=0.09226;REFB=-0.0372033;REVB=0.0486981;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579931;STB=0.884252;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.0839975;OID=.;OPOS=29231104;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:7:33:7:32:25:1:6:17:8:31:26:1:6:17:9 chr17 29486152 . G A 1524.44 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.726;QD=63.5182;RBI=0.0806498;REFB=0;REVB=-0.0235315;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73552e-05;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:93:96:1:49:44:0:0:50:46:0:0 chr17 29496819 . C T 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4074;QD=56.6927;RBI=0.0186113;REFB=0;REVB=0.0175795;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235154;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr17 29508775 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.59;QD=59.5013;RBI=0.056576;REFB=0;REVB=-0.000128599;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95376e-05;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr17 29552200 . A G 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00128603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.482;QD=15.8126;RBI=0.0042964;REFB=0.00406705;REVB=0.00409941;RO=44;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191385;STB=0.608628;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00434288;OID=.;OPOS=29552200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:25:9:19:25:25:9:19:25 chr17 29646032 . G A 2236.52 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.69;QD=63.0005;RBI=0.0262544;REFB=0;REVB=0.0117732;RO=0;SAF=61;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95973e-05;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:140:142:1:79:61:0:0:81:61:0:0 chr17 29705947 . T C 902.57 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.622;QD=58.23;RBI=0.00935183;REFB=0;REVB=0.00547267;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20611e-05;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr17 29859016 . G A 198.14 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0102513;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8097;QD=10.8568;RBI=0.092776;REFB=-0.00709661;REVB=0.0922079;RO=48;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16198;STB=0.594518;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0148416;OID=.;OPOS=29859016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:48:25:25:0.342466:9:16:24:24:9:16:24:24 chr17 29859506 . G T 102.84 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0253366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7667;QD=9.56657;RBI=0.0836319;REFB=-0.021247;REVB=0.0797016;RO=29;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504061;STB=0.807641;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0435831;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:3:10:9:20:3:10:9:21 chr17 29890808 . C T 341.31 PASS AF=0.622642;AO=32;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00294788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3052;QD=25.7592;RBI=0.0434154;REFB=-0.0397338;REVB=-0.0433152;RO=20;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185705;STB=0.605198;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0235768;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:20:32:33:0.622642:11:21:8:12:11:22:8:12 chr17 30040819 . T G 257.91 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00336882;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.242;QD=14.7378;RBI=0.00537498;REFB=-0.00735204;REVB=-0.00418825;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656734;STB=0.538436;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0146635;OID=.;OPOS=30040819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:40:29:30:0.428571:13:16:24:15:14:16:24:16 chr17 30183857 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.989;QD=63.2864;RBI=0.0112992;REFB=0;REVB=-0.00516163;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75397e-05;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr17 30625205 . G A 908.91 PASS AF=0.557047;AO=82;DP=149;FAO=83;FDP=149;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00898098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.216;QD=24.4003;RBI=0.0327193;REFB=-0.0131504;REVB=0.0314626;RO=65;SAF=48;SAR=34;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388445;STB=0.521648;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00896273;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:65:66:82:83:0.557047:34:48:35:30:35:48:35:31 chr17 31268378 . C T 355.52 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0122787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.999;QD=14.969;RBI=0.0254523;REFB=-0.00675025;REVB=-0.0222947;RO=56;SAF=30;SAR=8;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21959;STB=0.606002;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0161393;OID=.;OPOS=31268378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:56:38:39:0.410526:8:30:35:21:9:30:35:21 chr17 31340682 . C T 1353.57 PASS AF=0.988889;AO=84;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174096;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3766;QD=60.1584;RBI=0.0513145;REFB=-0.0123868;REVB=0.0482709;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111448;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00221148;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:84:89:0.988889:42:42:0:1:46:43:0:1 chr17 31340747 . T C 660.72 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=62;FWDB=-0.023083;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5374;QD=18.2268;RBI=0.0238682;REFB=0.0105299;REVB=0.00607184;RO=77;SAF=30;SAR=37;SRF=16;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242606;STB=0.635666;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0173634;OID=.;OPOS=31340747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:77:78:67:67:0.462069:37:30:16:61:37:30:16:62 chr17 31618732 . A G 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0245755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.99;QD=26.0465;RBI=0.136834;REFB=-0.0217502;REVB=-0.134609;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981189;STB=0.555458;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00743495;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:3:9:3:2:3:9:3:2 chr17 32483237 . A G 494.03 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0196496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.993;QD=22.7139;RBI=0.0227749;REFB=-0.00335104;REVB=-0.0115147;RO=39;SAF=20;SAR=28;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538344;STB=0.502957;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0024764;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:28:20:16:23:28:20:16:23 chr17 32483270 . C G 464.25 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0458105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1434;QD=24.7599;RBI=0.0468369;REFB=-0.00282563;REVB=-0.00975131;RO=31;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498655;STB=0.502731;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00109141;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:21:23:16:15:21:23:16:15 chr17 32583269 . T C 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00034406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.489;QD=17.4083;RBI=0.00653553;REFB=-0.0167848;REVB=0.00652647;RO=48;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085055;STB=0.547595;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0218455;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:21:19:27:21:21:19:27:21 chr17 32583911 . C T 600.18 PASS AF=0.638554;AO=53;DP=83;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0482621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0198;QD=28.9244;RBI=0.0488202;REFB=-0.0297661;REVB=0.00736043;RO=29;SAF=22;SAR=31;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952558;STB=0.536889;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00647661;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:29:30:53:53:0.638554:31:22:8:21:32:21:9:21 chr17 32612894 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0634305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2069;QD=12.942;RBI=0.0709087;REFB=-0.00697963;REVB=0.0316956;RO=25;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120418;STB=0.571326;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.010006;OID=.;OPOS=32612894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:12:3:7:18:12:3:7:18 chr17 32904586 . C T 1301.87 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0241;QD=61.9937;RBI=0.0183596;REFB=0;REVB=0.0087159;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185656;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr17 32906008 . C G 407.86 PASS AF=0.412281;AO=46;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0150793;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.2061;QD=14.3109;RBI=0.0247832;REFB=0.0082281;REVB=-0.0196678;RO=62;SAF=31;SAR=15;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279654;STB=0.651587;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0204616;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:67:46:47:0.412281:15:31:25:37:16:31:27:40 chr17 32953258 . G A 685.78 PASS AF=0.981481;AO=47;DP=50;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0739394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.2222;QD=50.7985;RBI=0.264743;REFB=-0.0434028;REVB=0.254208;RO=3;SAF=30;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346402;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00575098;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:54:3:1:47:53:0.981481:17:30:2:1:22:31:1:0 chr17 33286664 . A G 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0105383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.938;QD=15.9781;RBI=0.0114604;REFB=-0.0141401;REVB=0.00450376;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213678;STB=0.620201;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0187332;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:19:13:25:15:19:13:25:15 chr17 33288363 . C T 3639.6 PASS AF=0.949807;AO=246;DP=263;FAO=246;FDP=259;FR=.;FRO=13;FSAF=69;FSAR=177;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0257524;FXX=0.0189387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.05;QD=56.2101;RBI=0.0258591;REFB=0.00220403;REVB=-0.00234628;RO=8;SAF=69;SAR=177;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521181;STB=0.529596;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-5.71878e-05;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:263:259:8:13:246:246:0.949807:177:69:8:0:177:69:10:3 chr17 33288649 . C A 435.2 PASS AF=0.350993;AO=52;DP=150;FAO=53;FDP=151;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.0141667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.21;QD=11.5283;RBI=0.018242;REFB=-0.00743032;REVB=-0.0114924;RO=98;SAF=30;SAR=22;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201907;STB=0.607818;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0138923;OID=.;OPOS=33288649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:98:98:52:53:0.350993:22:30:39:59:23:30:39:59 chr17 33288882 . T G 1885.71 PASS AF=1;AO=107;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634404;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.483;QD=59.8639;RBI=0.0645549;REFB=0;REVB=0.0119435;RO=0;SAF=34;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306412;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:126:0:0:107:126:1:73:34:0:0:78:48:0:0 chr17 33289046 . G C 331.09 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0135179;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9619;QD=29.4302;RBI=0.0394101;REFB=0.0216834;REVB=-0.0370192;RO=17;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144129;STB=0.579651;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00252866;OID=.;OPOS=33289046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:8:20:9:8:8:20:9:8 chr17 33289937 . A T 1447.93 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.164;QD=62.9534;RBI=0.0183191;REFB=0;REVB=-0.00623274;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4684e-05;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:88:92:1:38:50:0:0:39:53:0:0 chr17 33336914 . T G 635.92 PASS AF=0.426036;AO=71;DP=168;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.0123934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.532;QD=15.0513;RBI=0.0323548;REFB=-0.00425106;REVB=0.029887;RO=97;SAF=42;SAR=29;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179015;STB=0.514777;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00558665;OID=.;OPOS=33336914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:97:97:71:72:0.426036:29:42:59:38:30:42:59:38 chr17 33448818 . T C 947.23 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.787;QD=56.5509;RBI=0.0232537;REFB=-0.0472367;REVB=-0.0186732;RO=2;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00130335;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=2.90614e-05;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:2:1:65:66:0.985075:31:34:1:1:32:34:1:0 chr17 33454415 . C A 385.2 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0848186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.403;QD=51.3602;RBI=0.0874302;REFB=-0.0962384;REVB=0.0212095;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00119246;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:18:10:0:1:18:11:0:1 chr17 33464864 . C T 657.28 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7367;QD=58.4246;RBI=0.089622;REFB=-0.132425;REVB=0.0893704;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492074;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:24:21:0:0 chr17 33469279 . G C 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0897912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5539;QD=45.1035;RBI=0.0902718;REFB=0.0487971;REVB=0.00930286;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0371982;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:12:6:0:0:12:6:0:1 chr17 33592621 . C T 368.72 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00104658;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.072;QD=19.1541;RBI=0.0114734;REFB=-0.00799702;REVB=-0.0114255;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476146;STB=0.519221;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0093737;OID=.;OPOS=33592621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:39:38:38:0.493506:18:20:22:16:18:20:22:17 chr17 33680807 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3256;QD=43.4857;RBI=0.0849278;REFB=0;REVB=-0.0777594;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00478173;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 33680811 . C A 46.71 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00588069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.138;QD=10.3809;RBI=0.0582848;REFB=-0.00795949;REVB=0.0579874;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528175;STB=0.826582;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0194329;OID=.;OPOS=33680811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:7:4:6:1:7:4 chr17 33680840 . T C 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9181;QD=57.6701;RBI=0.0348574;REFB=0;REVB=0.0309922;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306661;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr17 33689926 . T C 2373.5 PASS AF=0.981366;AO=156;DP=160;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=112;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0453676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2623;QD=58.9689;RBI=0.0463996;REFB=-0.103656;REVB=0.00973191;RO=2;SAF=111;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00849469;STB=0.506607;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000970544;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:160:161:2:3:156:158:0.981366:45:111:2:0:46:112:3:0 chr17 33690466 . C A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0108104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.716;QD=17.1002;RBI=0.0171437;REFB=-0.0184265;REVB=0.0133058;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161168;STB=0.590797;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0212168;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:12:2:1:14:12:2:1:14 chr17 33749546 . A G 187.61 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0041516;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.892;QD=12.1037;RBI=0.0146699;REFB=-0.000955006;REVB=-0.0140701;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185273;STB=0.573469;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00112056;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:23:24:0.387097:13:10:22:14:13:11:22:16 chr17 33749919 . A C 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00715891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.005;QD=20.4368;RBI=0.0112786;REFB=-0.0147396;REVB=0.00871536;RO=26;SAF=8;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152881;STB=0.585374;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.012229;OID=.;OPOS=33749919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:22:8:11:15:22:8:11:15 chr17 33768334 . T G 292.15 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00387072;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=116.493;QD=16.6941;RBI=0.00455487;REFB=-0.0118434;REVB=-0.00240091;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780232;STB=0.537385;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0130274;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:32:32:0.457143:19:13:18:19:19:13:18:20 chr17 33768354 . C T 242.93 PASS AF=0.489796;AO=20;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0259923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.099;QD=19.8311;RBI=0.0269669;REFB=-0.00357898;REVB=0.00718416;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324818;STB=0.530362;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00187242;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:25:25:20:24:0.489796:13:7:8:17:15:9:8:17 chr17 33769034 . G A 639.76 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=90;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00101742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6034;QD=28.4338;RBI=0.008519;REFB=0.00784356;REVB=0.00845803;RO=34;SAF=30;SAR=26;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367941;STB=0.519993;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00546116;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:34:56:56:0.622222:26:30:20:14:26:30:20:14 chr17 33769038 . C A 434.75 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00051465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.109;QD=18.5;RBI=0.0462322;REFB=-0.0163349;REVB=0.0462293;RO=48;SAF=26;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472354;STB=0.538444;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0160565;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:50:44:44:0.468085:18:26:26:22:18:26:26:24 chr17 33771996 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0169567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.329;QD=21.839;RBI=0.0171091;REFB=-0.0328662;REVB=0.00227874;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127161;STB=0.57137;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0267134;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:9:16:12:12:9:16:12:12 chr17 33805150 . T C 673.21 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0149587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4773;QD=21.893;RBI=0.0423948;REFB=-0.0157668;REVB=0.039668;RO=56;SAF=18;SAR=48;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850416;STB=0.553175;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0198035;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:56:57:66:66:0.536585:48:18:20:36:48:18:21:36 chr17 33880003 . C G 202.89 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0021245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.047;QD=21.9345;RBI=0.0148118;REFB=-0.00105583;REVB=0.0146586;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317187;STB=0.51779;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.000936795;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:10:7:9:11:10:7 chr17 33881631 . T C 1691.61 PASS AF=0.95082;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00313324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.349;QD=55.4627;RBI=0.00761892;REFB=-0.0604621;REVB=0.00694483;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503669;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000285214;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:122:122:0:6:116:116:0.95082:69:47:0:0:69:47:2:4 chr17 33881718 . G A 1189.66 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0579893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6912;QD=57.3328;RBI=0.0596181;REFB=-0.0353897;REVB=-0.0138407;RO=3;SAF=28;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480598;STB=0.525417;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00435904;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:3:3:80:80:0.963855:52:28:3:0:52:28:3:0 chr17 33884804 . T C 425.51 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00211101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.946;QD=17.9161;RBI=0.00574576;REFB=-0.00784232;REVB=-0.00534391;RO=50;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117408;STB=0.56298;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00896754;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:43:44:0.463158:18:25:23:27:19:25:23:28 chr17 33901917 . TTAAG T 106.56 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00140785;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=326.558;QD=10.1485;RBI=0.00322362;REFB=-0.0143459;REVB=-0.00289995;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283057;STB=0.664523;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=0.0221429;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:17:42:17:42:25:5:12:14:11:99:25:5:12:14:11 chr17 33901965 . C G 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00896439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.322;QD=27.2644;RBI=0.0368386;REFB=-0.0247159;REVB=0.0357313;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189007;STB=0.604557;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0053779;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:9:13:4:9:9:13:4:9 chr17 33954527 . C G 127.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00205422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1502;QD=11.5626;RBI=0.00912331;REFB=0.00527879;REVB=-0.00888904;RO=28;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313514;STB=0.68392;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0098336;OID=.;OPOS=33954527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:13:2:9:19:13:2:9:20 chr17 33998802 . G C 146.81 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00917378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.582;QD=16.7777;RBI=0.0217261;REFB=-0.0216647;REVB=0.0196943;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320951;STB=0.503812;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0215684;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:6:9:12:7:6:10:12:7 chr17 34072898 . C T 656.11 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00768213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.712;QD=26.5094;RBI=0.0103124;REFB=-0.0175434;REVB=0.0068797;RO=41;SAF=35;SAR=23;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244824;STB=0.513351;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0137367;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:41:58:58:0.585859:23:35:26:15:23:35:26:15 chr17 34100350 . G C,GC 768.95 PASS AF=0,1;AO=5,45;DP=59;FAO=0,55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263068,-0.00269722;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=180.171,203.428;QD=55.9234;RBI=0.0348363,0.0382556;REFB=0,0;REVB=0.0228368,0.0381604;RO=5;SAF=0,22;SAR=5,23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.783108,-0.0582056;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000123954;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:59:55:5:0:5,45:0,55:0,1:5,23:0,22:4:1:0,31:0,24:0:0 chr17 34192377 . T TG 37.28 PASS AF=0.416667;AO=6;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000739851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0195;QD=6.21331;RBI=0.138903;REFB=-0.0775924;REVB=0.138901;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515236;STB=0.583171;STBP=0.513;TYPE=ins;VARB=0.135148;OID=.;OPOS=34192378;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:6:25:10:24:14:5:5:5:9:37:16:5:1:6:10 chr17 34304605 . C A 332.86 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00491781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.274;QD=16.4374;RBI=0.0124117;REFB=-0.00504119;REVB=-0.0113958;RO=44;SAF=25;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162282;STB=0.572041;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0113826;OID=.;OPOS=34304605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:45:35:36:0.444444:10:25:25:19:11:25:26:19 chr17 34304680 . C T 382.72 PASS AF=0.4375;AO=39;DP=94;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00706696;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.19;QD=15.9466;RBI=0.0562242;REFB=-0.00969076;REVB=-0.0557783;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387732;STB=0.537172;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0120548;OID=.;OPOS=34304680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:46:54:39:42:0.4375:13:26:29:17:16:26:30:24 chr17 34328461 . A G 905.73 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440733;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.635;QD=58.4343;RBI=0.0470106;REFB=0;REVB=-0.0163565;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38042e-05;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr17 34340284 . C T 498.21 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0172981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.177;QD=16.7466;RBI=0.0172996;REFB=-0.0121433;REVB=-0.000229071;RO=65;SAF=22;SAR=32;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216755;STB=0.620646;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0159154;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:32:22:41:24:32:22:41:24 chr17 34416537 . G A 1774.24 PASS AF=0.97561;AO=118;DP=122;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00373976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.906;QD=57.6987;RBI=0.0172258;REFB=-0.147538;REVB=0.0168149;RO=4;SAF=61;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00105568;STB=0.503863;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0006286;OID=.;OPOS=34416537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:123:4:3:118:120:0.97561:57:61:2:2:59:61:2:1 chr17 34431287 . G T 1623.8 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.217;QD=59.5889;RBI=0.0208408;REFB=0;REVB=0.0162406;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144659;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:103:109:1:58:45:0:0:60:49:0:0 chr17 34431961 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.31;QD=42.1774;RBI=0.0151224;REFB=0;REVB=0.0095168;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150114;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 34432663 . AT GA 524.62 PASS AF=0.448;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00271994;FXX=0.0310053;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.925;QD=16.7879;RBI=0.00273767;REFB=-0.00324;REVB=0.000311129;RO=69;SAF=27;SAR=29;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391604;STB=0.521843;STBP=0.685;TYPE=mnp;VARB=0.00344213;OID=.;OPOS=34432663;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:125:69:69:56:56:0.448:29:27:36:33:29:27:36:33 chr17 34437572 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0247814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.785;QD=19.0179;RBI=0.0249239;REFB=-0.0433928;REVB=-0.00266138;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186396;STB=0.510624;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.033582;OID=.;OPOS=34437572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:3:11:12:3:3:11 chr17 34854280 . G A 646.64 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0470409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6405;QD=26.9432;RBI=0.0490877;REFB=0.0073171;REVB=0.0140269;RO=38;SAF=27;SAR=30;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193457;STB=0.515911;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00282757;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:39:57:57:0.59375:30:27:19:19:30:27:20:19 chr17 34942595 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0336164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.574;QD=6.81341;RBI=0.0358303;REFB=-0.0175668;REVB=-0.0123994;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008787;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0460161;OID=.;OPOS=34942595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:8:11:4:3:8:11 chr17 34956585 . CCA C 221.75 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0101358;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.711;QD=10.5595;RBI=0.011644;REFB=-0.0147744;REVB=-0.00573146;RO=44;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=0.0307167;STB=0.524678;STBP=0.734;TYPE=del;VARB=0.0184772;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:36:84:36:84:48:15:21:18:30:99:44:15:21:17:27 chr17 35444171 . CA TT 662.71 PASS AF=0.477707;AO=6;DP=158;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0699533;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.046;QD=16.8843;RBI=0.0817243;REFB=-0.0632909;REVB=0.0422541;RO=80;SAF=1;SAR=5;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283651;STB=0.52739;STBP=0.516;TYPE=mnp;VARB=0.0952412;OID=.;OPOS=35444171;OREF=CA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:80:82:6:75:0.477707:5:1:33:47:40:35:34:48 chr17 35478362 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.722;QD=59.3218;RBI=0.00577447;REFB=0;REVB=0.00341188;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19858e-06;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr17 35609866 . C T 257.34 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0126595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.224;QD=13.7245;RBI=0.0166455;REFB=-0.0221247;REVB=-0.0108079;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111124;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0306825;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:14:16:23:21:14:16:24:21 chr17 35696804 . G A 172.65 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0108461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.946;QD=18.6643;RBI=0.0115976;REFB=-0.00457691;REVB=0.00410695;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483181;STB=0.76799;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00483736;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:19:17:18:0.486486:4:13:4:14:4:14:5:14 chr17 35696820 . AAAAG A,AAGAG 71.61 PASS AF=0.25,0.107143;AO=6,3;DP=29;FAO=7,3;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5,3;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0150926,-0.00574774;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=4,1;MLLD=195.14,128.627;QD=10.2293;RBI=0.0158303,0.00691105;REFB=-0.0171734,-0.0142519;REVB=0.00477619,-0.00383745;RO=15;SAF=5,3;SAR=1,0;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.677355,0.774868;STB=0.815583,0.99778;STBP=0.077,0.016;TYPE=del,snp;VARB=0.0213169,0.0247615;OID=.,.;OPOS=35696821,35696822;OREF=AAAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.107143:6,3:29:7,3:28:18:5,3:2,0:4:14:48:15:5,3:1,0:2:13 chr17 35771468 . C T 446.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.251;QD=57.6512;RBI=0.0522666;REFB=0;REVB=0.0116099;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000773958;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 35873399 . TA T 1348.48 PASS AF=1;AO=109;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146337;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.2056;QD=47.7337;RBI=0.0371519;REFB=-0.0383433;REVB=-0.0341484;RO=1;SAF=64;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00112205;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:114:113:113:0:66:47:0:0:19:1:64:45:1:0 chr17 35896123 . T C 1944.39 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00686657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.153;QD=60.7623;RBI=0.00828579;REFB=-0.110599;REVB=0.0046373;RO=0;SAF=92;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36089e-08;STB=0.502673;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000454567;OID=.;OPOS=35896123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:0:1:126:127:0.992188:34:92:0:0:34:93:1:0 chr17 35956391 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.881;QD=56.7066;RBI=0.0209258;REFB=0;REVB=-0.0200686;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170901;OID=.;OPOS=35956391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr17 35984410 . T C 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.139;QD=63.8609;RBI=0.0202865;REFB=0;REVB=0.0172451;RO=0;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44382e-05;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:41:7:0:0:41:7:0:0 chr17 35988672 . C T 1071.93 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00838063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0608;QD=57.942;RBI=0.0134246;REFB=0.0522196;REVB=0.0104874;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160282;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00118664;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:43:29:1:0:44:29:1:0 chr17 35995638 . T A 2265.54 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00624322;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.967;QD=62.0697;RBI=0.0133133;REFB=-0.0115095;REVB=0.0117586;RO=2;SAF=76;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123485;STB=0.506493;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=2.99168e-06;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:147:146:2:2:144:144:0.986301:68:76:2:0:68:76:2:0 chr17 36003359 . A G 958.41 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0258903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.331;QD=57.2187;RBI=0.0317086;REFB=-0.118586;REVB=0.0183065;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00594599;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:26:40:0:1:26:40:0:1 chr17 36358847 . T A 8595.71 PASS AF=1;AO=536;DP=541;FAO=543;FDP=543;FR=.;FRO=0;FSAF=300;FSAR=243;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389288;FXX=0.00366966;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0286;QD=63.3201;RBI=0.0767916;REFB=-0.0224314;REVB=0.0661929;RO=4;SAF=297;SAR=239;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468107;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:541:543:4:0:536:543:1:239:297:3:1:243:300:0:0 chr17 36365172 . C T 145.99 PASS AF=0.142857;AO=32;DP=223;FAO=32;FDP=224;FR=.;FRO=192;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=116;FSRR=76;FWDB=-0.0293435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.229;QD=2.60698;RBI=0.0309426;REFB=-0.00457245;REVB=0.00981863;RO=187;SAF=14;SAR=18;SRF=111;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197792;STB=0.63996;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0304507;OID=.;OPOS=36365172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:187:192:32:32:0.142857:18:14:111:76:18:14:116:76 chr17 36489255 . C T 158.15 PASS AF=0.318182;AO=20;DP=69;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0068159;FXX=0.043472;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.927;QD=9.58486;RBI=0.00952097;REFB=-0.00470771;REVB=0.00664774;RO=43;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402551;STB=0.538868;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00753459;OID=.;OPOS=36489255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:43:45:20:21:0.318182:10:10:20:23:10:11:21:24 chr17 36617210 . A G 641.29 PASS AF=0.463087;AO=68;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=20;FWDB=-0.0372027;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.866;QD=17.2158;RBI=0.0394;REFB=-0.0220612;REVB=-0.0129738;RO=80;SAF=42;SAR=26;SRF=60;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142227;STB=0.582465;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0286637;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:80:80:68:69:0.463087:26:42:60:20:27:42:60:20 chr17 36635721 . C T 788.98 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011013;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3449;QD=64.4065;RBI=0.0344081;REFB=0;REVB=0.032598;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209754;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr17 36646386 . A G 3112.94 PASS AF=0.985577;AO=205;DP=208;FAO=205;FDP=208;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00942473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.25;QD=59.8642;RBI=0.039314;REFB=-0.109178;REVB=0.0381676;RO=0;SAF=123;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508981;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000117931;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:208:208:0:3:205:205:0.985577:82:123:0:0:82:123:0:3 chr17 36830727 . G A 81.01 PASS AF=0.5;AO=7;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0688227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9819;QD=16.2015;RBI=0.234013;REFB=-0.0336229;REVB=0.223664;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334227;STB=0.650903;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0427554;OID=.;OPOS=36830727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:20:8:9:7:10:0.5:1:6:7:1:4:6:8:1 chr17 36861983 . T C 740.38 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7613;QD=56.9521;RBI=0.0423724;REFB=0;REVB=-0.020559;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641676;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr17 36890949 . T C 129.18 PASS AF=0.325581;AO=12;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0338642;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.759;QD=12.0171;RBI=0.0376867;REFB=-0.0142544;REVB=0.0165379;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418302;STB=0.521708;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0171724;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:26:12:14:0.325581:5:7:12:10:6:8:14:12 chr17 36894839 . G A 164.87 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.020222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.776;QD=14.0315;RBI=0.0279363;REFB=-0.00419787;REVB=0.0192745;RO=29;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776908;STB=0.545402;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.014884;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:14:4:8:21:14:4:8:21 chr17 36906480 . G A 454.18 PASS AF=0.732143;AO=39;DP=53;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.113085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.4801;QD=32.4411;RBI=0.144788;REFB=-0.0164214;REVB=0.0904182;RO=14;SAF=11;SAR=28;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845585;STB=0.52516;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00837929;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:53:56:14:15:39:41:0.732143:28:11:6:8:28:13:6:9 chr17 36909061 . A G 898.88 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.791;QD=57.9922;RBI=0.0646644;REFB=0;REVB=-0.0159181;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01415e-05;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:24:34:0:0:24:38:0:0 chr17 36922196 . A G 163.57 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0290115;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.291;QD=10.9047;RBI=0.0298126;REFB=-0.0050211;REVB=0.00686486;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221518;STB=0.619607;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0274196;OID=.;OPOS=36922196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:39:21:21:0.35:9:12:14:24:9:12:15:24 chr17 36922839 . C G 273.02 PASS AF=0.4;AO=30;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=6.16033e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.724;QD=13.6509;RBI=0.0782882;REFB=-0.00728973;REVB=-0.0782881;RO=48;SAF=17;SAR=13;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135697;STB=0.577623;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0126896;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:48:30:32:0.4:13:17:33:15:14:18:33:15 chr17 36926731 . T G 367.07 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0355819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3877;QD=16.4974;RBI=0.0358004;REFB=-0.0019945;REVB=0.00394931;RO=46;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990149;STB=0.582047;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00256785;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:50:39:39:0.438202:14:25:25:21:14:25:25:25 chr17 36926767 . G A 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.016159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.041;QD=19.9752;RBI=0.0166528;REFB=-0.0050335;REVB=-0.00402527;RO=38;SAF=26;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669672;STB=0.545308;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00463793;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:14:26:22:16:14:26:22:17 chr17 37017969 . T G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9242;QD=58.4169;RBI=0.00447158;REFB=0;REVB=0.00255113;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99104e-05;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:19:44:0:0:19:44:0:0 chr17 37023896 . G A 463.59 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.908;QD=56.1932;RBI=0.0586592;REFB=0;REVB=0.0585266;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519515;OID=.;OPOS=37023896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:16:14:0:0:18:15:0:0 chr17 37054772 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.219;QD=63.8698;RBI=0.0232236;REFB=0;REVB=0.0104921;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126088;OID=.;OPOS=37054772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr17 37054884 . A C,G 716.95 PASS AF=0.145833,0.854167;AO=6,40;DP=46;FAO=7,41;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=4,25;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013154,0.00415728;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.664,132.236;QD=59.7458;RBI=0.0210349,0.0409009;REFB=0,0;REVB=-0.0164146,-0.0406891;RO=0;SAF=3,25;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0220143,0.000339443;OID=.,.;OPOS=37054884,37054884;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:46:48:0:0:6,40:7,41:0.145833,0.854167:3,15:3,25:0:0:3,16:4,25:0:0 chr17 37070658 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5012;QD=63.5785;RBI=0.0813345;REFB=0;REVB=-0.0157148;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122395;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr17 37074932 . C T 423.56 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00443227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.013;QD=29.7234;RBI=0.00503826;REFB=0.00794532;REVB=0.00239564;RO=17;SAF=24;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116619;STB=0.555527;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0043482;OID=.;OPOS=37074932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:18:39:39:0.684211:15:24:7:10:15:24:8:10 chr17 37076331 . G A 365.05 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.104;QD=52.1499;RBI=0.0609257;REFB=0.19675;REVB=-0.0434268;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00201701;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr17 37101380 . T C 1185.0 PASS AF=0.952381;AO=69;DP=85;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0180865;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.568;QD=56.4288;RBI=0.036891;REFB=-0.0918956;REVB=0.0321532;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500595;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.000478618;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:84:0:4:69:80:0.952381:31:38:0:0:39:41:2:2 chr17 37213317 . C A 140.15 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00147662;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1109;QD=16.017;RBI=0.101796;REFB=-0.0211006;REVB=0.101785;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117088;STB=0.578843;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0227961;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:11:4:7:12:12:4:7:12 chr17 37224211 . C T 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0131936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.568;QD=27.2507;RBI=0.0181321;REFB=-0.000313692;REVB=-0.0124379;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806132;STB=0.544521;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=5.13159e-05;OID=.;OPOS=37224211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:12:15:8:10:12:15:8:10 chr17 37228765 . A G 763.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6306;QD=63.5942;RBI=0.0541303;REFB=0;REVB=-0.0208368;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233953;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr17 37243927 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0438907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.667;QD=14.834;RBI=0.0441012;REFB=-0.0136276;REVB=-0.00430371;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112788;STB=0.564402;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0172484;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:17:13:12:10:17:13 chr17 37313176 . A G 186.26 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0120192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3933;QD=19.1032;RBI=0.101276;REFB=-0.0253602;REVB=0.100561;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224918;STB=0.601046;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0201257;OID=.;OPOS=37313176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:5:13:10:10:6:13:10:10 chr17 37316988 . T C 370.53 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00765171;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.828;QD=19.7615;RBI=0.0136875;REFB=-0.0150873;REVB=0.0113489;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124537;STB=0.573873;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0139612;OID=.;OPOS=37316988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:14:23:18:19:14:24:18:19 chr17 37319029 . T G 261.76 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0184736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.429;QD=17.1647;RBI=0.0273808;REFB=-0.0126691;REVB=0.0202099;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1617;STB=0.59049;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0151501;OID=.;OPOS=37319029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:14:15:11:21:14:15:11:21 chr17 37319065 . C T 257.71 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00204392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.41;QD=18.4076;RBI=0.0222827;REFB=-0.0092223;REVB=0.0221887;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117005;STB=0.572489;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00902276;OID=.;OPOS=37319065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:15:13:9:18:15:13:9:19 chr17 37319103 . T C 238.16 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0128571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.421;QD=20.2685;RBI=0.0128651;REFB=-0.00418604;REVB=-0.00045466;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217433;STB=0.621263;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0052066;OID=.;OPOS=37319103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:5:19:13:10:5:19 chr17 37321961 . C T 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0115994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.472;QD=20.7691;RBI=0.0119;REFB=-0.0134048;REVB=0.00265767;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112972;STB=0.562657;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0100982;OID=.;OPOS=37321961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:17:10:6:18:17:10:6:18 chr17 37358646 . C A 35.73 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0271004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9946;QD=2.55197;RBI=0.0360723;REFB=-0.00214386;REVB=0.0238072;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410342;STB=0.817192;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0897328;OID=.;OPOS=37358646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:56:56:48:49:7:7:0.125:6:1:22:26:6:1:23:26 chr17 37410892 . C A,G 1529.22 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=4,100;DP=104;FAO=4,100;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=1,49;FSAR=3,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541371,-0.0215381;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.164,169.638;QD=58.8161;RBI=0.0113419,0.023853;REFB=0,0;REVB=-0.00996643,-0.0102505;RO=0;SAF=1,49;SAR=3,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,4.18771e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.014861,0.00139768;OID=.,.;OPOS=37410892,37410892;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:104:104:0:0:4,100:4,100:0.0384615,0.961538:3,51:1,49:0:0:3,51:1,49:0:0 chr17 37830900 . A G 339.52 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.036964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.238;QD=19.9717;RBI=0.0442697;REFB=-0.0309297;REVB=0.0243613;RO=25;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152101;STB=0.559145;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0181635;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:33:33:35:0.514706:10:23:13:12:11:24:19:14 chr17 37879588 . A G 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0238566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.432;QD=10.5909;RBI=0.0433853;REFB=-0.0139638;REVB=-0.0362374;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022469;STB=0.513145;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0358939;OID=.;OPOS=37879588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:13:8:16:24:13:8:16:24 chr17 37883748 . G GC 40.98 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.108051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2582;QD=10.9278;RBI=0.108088;REFB=-0.119458;REVB=0.00280689;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404365;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=0.121109;OID=.;OPOS=37883749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:16:7:15:8:6:1:5:3:40:8:6:1:4:4 chr17 37884037 . C G 271.73 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0808198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8351;QD=17.2524;RBI=0.0886047;REFB=0.0262327;REVB=0.0363173;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146362;STB=0.515244;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0277196;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:29:30:0.47619:18:11:13:20:19:11:13:20 chr17 37898543 . T C 708.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.991;QD=62.9666;RBI=0.0953525;REFB=0;REVB=0.0315827;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115137;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr17 37922259 . G A 987.58 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00588507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.372;QD=56.4331;RBI=0.0236272;REFB=0.0220239;REVB=0.0228825;RO=1;SAF=43;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108664;STB=0.505745;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000124093;OID=.;OPOS=37922259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:25:43:1:0:26:43:1:0 chr17 38020419 . T C 537.14 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.183;QD=59.682;RBI=0.0477425;REFB=0;REVB=-0.00738137;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64625e-05;OID=.;OPOS=38020419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:11:23:0:0:11:25:0:0 chr17 38024626 . C T 2593.45 PASS AF=0.982659;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.033749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3029;QD=59.9642;RBI=0.0747765;REFB=-0.0100345;REVB=0.0667272;RO=3;SAF=88;SAR=82;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159461;STB=0.508379;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00110025;OID=.;OPOS=38024626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:173:3:3:170:170:0.982659:82:88:3:0:82:88:3:0 chr17 38028634 . G T 885.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.526;QD=58.0492;RBI=0.0379847;REFB=0;REVB=-0.0203156;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115972;OID=.;OPOS=38028634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr17 38031674 . C T 889.84 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.638;QD=56.4975;RBI=0.0854913;REFB=0;REVB=-0.0117998;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069914;OID=.;OPOS=38031674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:42:19:0:0:42:21:0:0 chr17 38033277 . A C 563.65 PASS AF=0.974359;AO=29;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0576105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.843;QD=57.8104;RBI=0.0625763;REFB=0.0285244;REVB=0.0244299;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000646374;OID=.;OPOS=38033277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:29:38:0.974359:16:13:0:0:24:14:0:1 chr17 38062196 . G A 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00284586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.468;QD=59.5374;RBI=0.0138181;REFB=-0.151742;REVB=-0.0135219;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108815;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00106739;OID=.;OPOS=38062196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:35:43:1:0:35:43:1:0 chr17 38062217 . C G,T 1155.37 PASS AF=0.0379747,0.949367;AO=3,74;DP=78;FAO=3,75;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=1,38;FSAR=2,37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00487277,-0.00659087;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.8172,83.589;QD=58.4996;RBI=0.0395829,0.00759578;REFB=0.00925644,-0.197865;REVB=-0.0392819,-0.00377576;RO=0;SAF=1,37;SAR=2,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665547,0.506492;STBP=0.558,0.525;TYPE=snp,snp;VARB=0.0293143,0.00134133;OID=.,.;OPOS=38062217,38062217;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:78:79:0:1:3,74:3,75:0.0379747,0.949367:2,37:1,37:0:0:2,37:1,38:1:0 chr17 38064405 . C T 704.13 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.673;QD=62.589;RBI=0.038135;REFB=0;REVB=0.035807;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.745e-05;OID=.;OPOS=38064405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr17 38064469 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.797;QD=62.022;RBI=0.0514669;REFB=0;REVB=0.0427817;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111395;OID=.;OPOS=38064469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr17 38121993 . G A 603.3 PASS AF=0.445161;AO=65;DP=150;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00722038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.19;QD=15.569;RBI=0.0117591;REFB=-0.00924631;REVB=-0.00928126;RO=84;SAF=29;SAR=36;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635551;STB=0.507309;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0154987;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:155:84:86:65:69:0.445161:36:29:38:46:36:33:40:46 chr17 38122680 . G T 83.75 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.046997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.083;QD=11.9643;RBI=0.0478171;REFB=-0.021308;REVB=0.00881773;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298559;STB=0.680301;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0430595;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:28:17:17:11:11:0.392857:2:9:10:7:2:9:10:7 chr17 38122686 . G A 76.53 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0894228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6225;QD=12.7542;RBI=0.102427;REFB=-0.00228329;REVB=0.0499484;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872281;STB=0.50998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0120763;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:3:7:9:4:3:7:10:4 chr17 38137364 . G A 588.83 PASS AF=0.907407;AO=46;DP=52;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.112546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.3964;QD=43.6168;RBI=0.132183;REFB=-0.108121;REVB=0.0693233;RO=2;SAF=29;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031325;STB=0.537299;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0257807;OID=.;OPOS=38137364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:52:54:2:5:46:49:0.907407:17:29:2:0:18:31:5:0 chr17 38146154 . T C 222.7 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0569649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.165;QD=12.5467;RBI=0.0570776;REFB=0.00390584;REVB=0.00358518;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894867;STB=0.551245;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00971772;OID=.;OPOS=38146154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:16:28:15:12:16:28 chr17 38154084 . G C 339.9 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0073461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.919;QD=29.5566;RBI=0.0382898;REFB=-0.0121827;REVB=-0.0375785;RO=17;SAF=24;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182636;STB=0.601289;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00670102;OID=.;OPOS=38154084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:5:24:11:6:5:24:11:6 chr17 38173143 . G A 101.59 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0178298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.05;QD=6.77249;RBI=0.0348188;REFB=-0.008941;REVB=0.0299073;RO=44;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949672;STB=0.567477;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0201439;OID=.;OPOS=38173143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:45:15:15:0.25:6:9:23:21:6:9:23:22 chr17 38175866 . G A 646.31 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.025635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.515;QD=18.2059;RBI=0.029263;REFB=-0.00856513;REVB=0.0141128;RO=76;SAF=38;SAR=28;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111544;STB=0.561919;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00952302;OID=.;OPOS=38175866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:76:66:66:0.464789:28:38:35:41:28:38:35:41 chr17 38176256 . A T 73.11 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.148825;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.996;QD=15.391;RBI=0.149095;REFB=-0.040872;REVB=0.00896079;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0520586;OID=.;OPOS=38176256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:19:8:10:9:9:0.473684:5:4:3:5:5:4:3:7 chr17 38179492 . A G 457.07 PASS AF=0.55;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00840146;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.842;QD=22.8533;RBI=0.00840167;REFB=0.00803097;REVB=5.97891e-05;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055511;STB=0.535171;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00680658;OID=.;OPOS=38179492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:43:44:0.55:22:21:20:16:23:21:20:16 chr17 38186106 . C T 666.19 PASS AF=0.550847;AO=64;DP=117;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0100092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.697;QD=22.5827;RBI=0.0114261;REFB=-0.0371948;REVB=-0.00551122;RO=53;SAF=25;SAR=39;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691624;STB=0.533091;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0288493;OID=.;OPOS=38186106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:53:53:64:65:0.550847:39:25:25:28:39:26:25:28 chr17 38240216 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0233874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.514;QD=19.0172;RBI=0.0419013;REFB=0.0102224;REVB=-0.0347671;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156623;STB=0.588672;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0121016;OID=.;OPOS=38240216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:4:10:8:7:4:10 chr17 38245791 . C A 83.92 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0101815;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=204.47;QD=10.1721;RBI=0.010575;REFB=-0.0208618;REVB=0.00285776;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.563101;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.033845;OID=.;OPOS=38245791;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:10:12:7:4:10:12 chr17 38246286 . A G 285.79 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.01741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.514;QD=21.9835;RBI=0.0346288;REFB=-0.0177439;REVB=0.0299341;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309802;STB=0.506036;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0183563;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:23:29:29:0.557692:16:13:9:13:16:13:10:13 chr17 38273561 . A G 184.8 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0155645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.942;QD=26.3995;RBI=0.0223584;REFB=-0.0138415;REVB=0.0160512;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359018;STB=0.519978;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00874857;OID=.;OPOS=38273561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:8:10:5:5:8:10:5:5 chr17 38319901 . G C 566.45 PASS AF=0.422222;AO=50;DP=137;FAO=57;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=17;FWDB=0.12578;FXX=0.0145975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.7448;QD=16.7836;RBI=0.182692;REFB=0.0152152;REVB=0.132498;RO=56;SAF=25;SAR=25;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20456;STB=0.626445;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0261365;OID=.;OPOS=38319901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:56:69:50:57:0.422222:25:25:40:16:27:30:52:17 chr17 38513802 . GGGGCC CGGGCC,G,GC,GG,GGC,GGCTCC 1256.21 PASS AF=0,0.240964,0,0.710843,0.0240964,0.0240964;AO=6,18,11,9,9,3;DP=82;FAO=0,20,0,59,2,2;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0,30,2,2;FSAR=0,4,0,29,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.185847,-0.0376907,-0.0926118,-0.00134508,-0.0817883,-0.0173052;FXX=0.0674082;HRUN=4,4,4,4,4,4;LEN=1,5,4,4,3,2;MLLD=4.11419,35.2365,27.0891,40.7134,31.071,65.5386;QD=60.5402;RBI=0.190211,0.274889,0.256905,0.38657,0.387231,0.0214101;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=-0.0405099,0.272293,0.239632,0.386568,0.378495,0.0126065;RO=1;SAF=0,18,11,8,6,3;SAR=6,0,0,1,3,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0.445946,0.445946,0.445946,0.445946,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.782178,0,0,-0.0524171,-0.0684198,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,del,mnp;VARB=0,0.0415379,0.126041,-0.00788063,0.0862342,0.155251;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=38513802,38513803,38513803,38513804,38513804,38513804;OREF=G,GGGCC,GGGC,GGCC,GGC,GG;OALT=C,-,-,-,-,CT;OMAPALT=CGGGCC,G,GC,GG,GGC,GGCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:57:82:83:1:0:6,18,11,9,9,3:0,20,0,59,2,2:0,0.240964,0,0.710843,0.0240964,0.0240964:6,0,0,1,3,0:0,18,11,8,6,3:1:0:0,4,0,29,0,0:0,16,0,30,2,2:0:0 chr17 38609244 . C T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0236385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.272;QD=13.6198;RBI=0.0290391;REFB=-0.0203233;REVB=0.0168668;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668972;STB=0.526972;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0238977;OID=.;OPOS=38609244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:10:16:25:12:10:16:25:13 chr17 38634605 . T C 62.08 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00170135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.599;QD=7.52525;RBI=0.0090852;REFB=-0.00349894;REVB=0.00892448;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123874;STB=0.565068;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0123365;OID=.;OPOS=38634605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:3:6:13:10:3:6:14:10 chr17 38784927 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.801;QD=50.413;RBI=0.0159098;REFB=0;REVB=0.0142692;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101986;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 38801818 . TA T,TT 57.62 PASS AF=0.321429,0.107143;AO=10,3;DP=27;FAO=9,3;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7,3;FSAR=2,0;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.160203,-0.0265402;FXX=0.0344709;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.1045,19.2686;QD=8.23124;RBI=0.170468,0.0413431;REFB=-0.188588,-0.13084;REVB=-0.0582617,0.0316997;RO=13;SAF=8,3;SAR=2,0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0443574,0.556789;STB=0.533262,0.994405;STBP=0.859,0.29;TYPE=del,snp;VARB=0.14053,0.102754;OID=.,.;OPOS=38801819,38801819;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429,0.107143:10,3:27:9,3:28:16:7,3:2,0:13:3:39:13:8,3:2,0:10:3 chr17 38855772 . T C 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.425;QD=62.1589;RBI=0.0508282;REFB=0;REVB=0.0495531;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248001;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr17 38857446 . C A 1931.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.82;QD=61.805;RBI=0.0309272;REFB=0;REVB=0.0301672;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34629e-05;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:55:68:0:0:57:68:0:0 chr17 38858134 . CA C 1247.12 PASS AF=1;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054631;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.58;QD=59.3866;RBI=0.0586316;REFB=0;REVB=-0.0212867;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.64581e-06;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:86:84:84:0:29:55:0:0:7:0:27:55:0:0 chr17 38911212 . G A 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00688963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7137;QD=16.6604;RBI=0.0425071;REFB=-0.02305;REVB=-0.0419451;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871658;STB=0.558352;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0183895;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:17:11:15:16:17:11:16:16 chr17 38911327 . C G 245.21 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0145547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4794;QD=23.9232;RBI=0.0148039;REFB=-0.0405712;REVB=-0.00270456;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126327;STB=0.507036;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0551927;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:8:15:12:6:8:15:12:6 chr17 38928014 . A G 507.23 PASS AF=0.5;AO=53;DP=107;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00506259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.624;QD=18.7862;RBI=0.0206956;REFB=-0.00980554;REVB=0.0200669;RO=53;SAF=27;SAR=26;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119308;STB=0.573744;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00935662;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:53:54:53:54:0.5:26:27:20:33:26:28:20:34 chr17 38935812 . A G 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0266516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.006;QD=15.3078;RBI=0.0278057;REFB=-0.00109298;REVB=0.00792783;RO=46;SAF=10;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245555;STB=0.639413;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00219005;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:24:10:24:22:24:10:24:22 chr17 38938316 . C T 46.37 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0333722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.751;QD=9.76118;RBI=0.033408;REFB=-0.0034216;REVB=0.00154694;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408238;STB=0.742287;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00282612;OID=.;OPOS=38938316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:2:10:3:4:2:10 chr17 38938557 . G A 231.88 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.028568;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.892;QD=21.0796;RBI=0.0288799;REFB=-0.00726787;REVB=-0.00423295;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610948;STB=0.525677;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00734384;OID=.;OPOS=38938557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:21:22:22:22:0.5:15:7:8:13:15:7:8:14 chr17 38938591 . C G 582.79 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00844178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.785;QD=58.2794;RBI=0.0358062;REFB=-0.0886285;REVB=0.0347968;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000269913;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:23:15:0:1:23:16:0:1 chr17 38950272 . T C 1364.81 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343128;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.493;QD=62.7497;RBI=0.0351563;REFB=0;REVB=0.00765473;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44686e-05;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr17 38955961 . G A 325.87 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0255191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.416;QD=29.6243;RBI=0.0266282;REFB=-0.00421743;REVB=0.00760501;RO=15;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914342;STB=0.540105;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00335918;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:16:28:28:0.636364:11:17:7:8:11:17:8:8 chr17 38978536 . A C 355.35 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.72;QD=54.6685;RBI=0.0315152;REFB=0;REVB=0.000154723;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05477e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:18:7:0:0:19:7:0:0 chr17 38990833 . TG T,TC 1453.82 PASS AF=0.0215054,0.978495;AO=18,74;DP=92;FAO=2,91;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=2,49;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569744,0.00597024;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.105,251.998;QD=62.5298;RBI=0.0578821,0.0732741;REFB=0,0;REVB=0.057601,0.0730305;RO=0;SAF=3,47;SAR=15,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.32e-08,4.09191e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0123029,0.000885549;OID=.,.;OPOS=38990834,38990834;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0215054,0.978495:18,74:92:2,91:93:0:2,49:0,42:0:0:3:0:3,47:15,27:0:0 chr17 38991003 . T C 891.25 PASS AF=0.465686;AO=93;DP=203;FAO=95;FDP=204;FR=.;FRO=109;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.00075328;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.94;QD=17.4754;RBI=0.00611914;REFB=-0.0168889;REVB=0.00607259;RO=109;SAF=43;SAR=50;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306377;STB=0.517213;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0136166;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:109:109:93:95:0.465686:50:43:47:62:51:44:47:62 chr17 38991032 . T A 826.47 PASS AF=0.433333;AO=90;DP=208;FAO=91;FDP=210;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=0.0471122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5422;QD=15.7424;RBI=0.0490871;REFB=-0.0202992;REVB=0.0137833;RO=116;SAF=40;SAR=50;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392278;STB=0.503342;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0247429;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:116:119:90:91:0.433333:50:40:52:64:51:40:53:66 chr17 39081713 . A G 759.06 PASS AF=0.462428;AO=79;DP=172;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0330449;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.498;QD=17.5506;RBI=0.0341669;REFB=-0.0133603;REVB=-0.00868416;RO=92;SAF=36;SAR=43;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431447;STB=0.523093;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0152989;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:92:93:79:80:0.462428:43:36:46:46:43:37:47:46 chr17 39084504 . T C 505.25 PASS AF=0.515789;AO=43;DP=89;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.027293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.961;QD=21.2736;RBI=0.0429834;REFB=-0.0302026;REVB=0.0332064;RO=46;SAF=11;SAR=32;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214593;STB=0.621321;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0256337;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:46:46:43:49:0.515789:32:11:21:25:37:12:21:25 chr17 39135205 . A G 439.7 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00386506;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.765;QD=21.4487;RBI=0.00481997;REFB=-0.0142466;REVB=0.00287983;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153041;STB=0.583061;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0141816;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:39:42:43:0.52439:23:19:24:14:23:20:25:14 chr17 39135207 . A G 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00404701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.27;QD=22.056;RBI=0.00851138;REFB=-0.0237263;REVB=-0.00748768;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147928;STB=0.581461;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0133601;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:24:20:24:14:24:20:24:14 chr17 39137297 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0224504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.575;QD=20.3165;RBI=0.0247743;REFB=-0.00871705;REVB=0.0104758;RO=18;SAF=15;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592806;STB=0.5333;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0101719;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:4:15:15:3:4:15:15:3 chr17 39150167 . G A 377.76 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=0.0252958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.723;QD=24.3716;RBI=0.0309808;REFB=-0.014443;REVB=0.0178867;RO=24;SAF=35;SAR=2;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196984;STB=0.605469;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00423126;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:25:37:37:0.596774:2:35:21:3:2:35:22:3 chr17 39150284 . A G 316.61 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.016916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.644;QD=13.4726;RBI=0.0812022;REFB=-0.0318317;REVB=-0.0794206;RO=58;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170677;STB=0.597137;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0481406;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:16:20:23:35:16:20:23:35 chr17 39150357 . A G 358.04 PASS AF=0.397959;AO=38;DP=97;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0435301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.577;QD=14.6139;RBI=0.0454315;REFB=-0.0114868;REVB=-0.0130059;RO=59;SAF=12;SAR=26;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283242;STB=0.521728;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0311224;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:59:59:38:39:0.397959:26:12:20:39:27:12:20:39 chr17 39156027 . G A 186.02 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00687848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.808;QD=10.4799;RBI=0.0229854;REFB=-0.0174207;REVB=-0.0219321;RO=47;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179528;STB=0.604894;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0290853;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:9:15:22:25:9:15:22:25 chr17 39186031 . C T 336.62 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0248462;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.835;QD=16.6233;RBI=0.027884;REFB=-0.0214227;REVB=-0.0126563;RO=38;SAF=13;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586096;STB=0.509972;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0226897;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:38:45:36:36:0.444444:23:13:16:22:23:13:17:28 chr17 39186168 . A C 327.99 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00435127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.319;QD=30.5106;RBI=0.0321568;REFB=-0.0121522;REVB=-0.031861;RO=15;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165791;STB=0.59148;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00862851;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:21:7:7:8:21:7:7:8 chr17 39186220 . G A 370.42 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0157816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.144;QD=29.0523;RBI=0.0489641;REFB=-0.0259083;REVB=0.0463511;RO=17;SAF=14;SAR=20;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373722;STB=0.520372;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0130136;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:20:14:6:11:20:14:6:11 chr17 39190758 . T C 196.7 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0292929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.499;QD=18.2977;RBI=0.0925588;REFB=0.00357038;REVB=-0.0878012;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00599063;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:12:11:10:10:12:11 chr17 39190953 . GG CA 33.13 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0495008;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=140.493;QD=6.30979;RBI=0.0924067;REFB=-0.0350236;REVB=0.07803;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518512;STB=0.832538;STBP=0.139;TYPE=mnp;VARB=0.0492452;OID=.;OPOS=39190953;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:21:21:15:15:5:6:0.285714:3:2:13:2:4:2:13:2 chr17 39197176 . G A 80.49 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0418615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.916;QD=9.19847;RBI=0.0496033;REFB=-0.0164915;REVB=0.0266101;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191843;STB=0.555457;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0491719;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:34:35:21:24:11:11:0.314286:6:5:6:15:6:5:9:15 chr17 39197499 . G A 130.65 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.000932991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.138;QD=22.7219;RBI=0.0287789;REFB=-0.0295988;REVB=-0.0287638;RO=9;SAF=13;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277569;STB=0.66073;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0189967;OID=.;OPOS=39197499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:1:13:7:2:1:13:7:2 chr17 39203490 . G C 67.88 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0729736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9056;QD=14.2895;RBI=0.0878171;REFB=-0.0240576;REVB=0.0488538;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.617362;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0449476;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:6:4:2:7:6:4 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G 60.97 PASS AF=0.4;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00768656;FXX=0.130378;HRUN=1;LEN=13;MLLD=271.367;QD=12.1939;RBI=0.090668;REFB=-0.0169042;REVB=-0.0903416;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398438;STB=0.749249;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=0.0248741;OID=.;OPOS=39203522;OREF=TGGTGTCTGAGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:22:8:20:12:7:1:7:5:60:9:7:1:5:4 chr17 39216252 . T TC 32.91 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0270878;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.66177;QD=4.24668;RBI=0.115992;REFB=-0.157853;REVB=0.112784;RO=17;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227667;STB=0.639739;STBP=0.432;TYPE=ins;VARB=0.177858;OID=.;OPOS=39216253;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:12:31:13:31:18:12:1:15:3:32:17:11:1:14:3 chr17 39216302 . T TG 109.17 PASS AF=0.354839;AO=17;DP=60;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.132881;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.9221;QD=7.04296;RBI=0.195273;REFB=-0.0232153;REVB=-0.143087;RO=40;SAF=16;SAR=1;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51238;STB=0.668833;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=-0.00205515;OID=.;OPOS=39216303;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:17:60:22:62:40:19:3:28:12:99:40:16:1:28:12 chr17 39240504 . A G 47.66 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000828977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.381;QD=11.9154;RBI=0.105744;REFB=0.0109172;REVB=-0.105741;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490059;STB=0.555401;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0120406;OID=.;OPOS=39240504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:8:9:7:7:0.4375:4:3:3:5:4:3:3:6 chr17 39240511 . A T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.036042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2689;QD=11.1039;RBI=0.0500779;REFB=-0.0134534;REVB=-0.0347673;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0196466;OID=.;OPOS=39240511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:4:6:4:3:4:6 chr17 39240661 . C G 40.33 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0595957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.327;QD=14.665;RBI=0.0661925;REFB=-0.0580824;REVB=-0.0288063;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0251789;OID=.;OPOS=39240661;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr17 39253815 . G A 54.78 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.153334;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.71;QD=10.9558;RBI=0.165892;REFB=-0.0370004;REVB=-0.0633155;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247224;STB=0.583117;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0512196;OID=.;OPOS=39253815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:20:8:11:6:7:0.35:2:4:7:1:2:5:9:2 chr17 39253835 . C T 39.93 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0475268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3827;QD=7.98669;RBI=0.0507815;REFB=-0.0402051;REVB=-0.0178875;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603259;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.191572;OID=.;OPOS=39253835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:20:13:13:6:7:0.35:2:4:8:5:2:5:8:5 chr17 39254335 . A AT 503.75 PASS AF=0.4;AO=90;DP=231;FAO=92;FDP=230;FR=.;FRO=138;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=0.0716832;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.981;QD=8.76091;RBI=0.125345;REFB=-0.00169393;REVB=0.102824;RO=139;SAF=45;SAR=45;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349477;STB=0.521734;STBP=0.611;TYPE=ins;VARB=0.00526128;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:90:231:92:230:138:46:46:64:74:99:139:45:45:65:74 chr17 39258027 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000104208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.58;QD=15.8813;RBI=0.124179;REFB=-0.0113726;REVB=-0.124179;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.599808;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.015034;OID=.;OPOS=39258027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:7:3:5:5:7:3 chr17 39258293 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0180675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.568;QD=19.1328;RBI=0.0180675;REFB=-0.0413007;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.060697;OID=.;OPOS=39258293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr17 39274069 . G C 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0871456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4386;QD=8.80935;RBI=0.105314;REFB=-0.0252639;REVB=0.0591335;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471991;STB=0.784921;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.055117;OID=.;OPOS=39274069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:9:2:4:2:9:2 chr17 39274518 . C T 645.71 PASS AF=0.426036;AO=69;DP=166;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.0182151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.483;QD=15.2831;RBI=0.051661;REFB=-0.00509713;REVB=0.0483433;RO=96;SAF=39;SAR=30;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142956;STB=0.578106;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0045626;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:96:97:69:72:0.426036:30:39:41:55:31:41:42:55 chr17 39334456 . G A 228.05 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0558513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6523;QD=13.6148;RBI=0.157848;REFB=-0.0277162;REVB=0.147637;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212339;STB=0.592038;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.043636;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:40:40:25:27:0.402985:10:15:16:24:12:15:16:24 chr17 39340707 . C T 141.93 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00857765;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.168;QD=13.2028;RBI=0.0326911;REFB=-0.0253838;REVB=-0.0315458;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366029;STB=0.521445;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0412484;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:16:11:6:10:16:11 chr17 39341158 . G A 158.53 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0074537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1613;QD=8.34387;RBI=0.0167205;REFB=0.0108848;REVB=-0.0149672;RO=53;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335759;STB=0.526292;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0250123;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:11:11:25:28:11:11:25:29 chr17 39341266 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0705298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.045;QD=7.95451;RBI=0.0712053;REFB=-0.00790593;REVB=-0.00978479;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00792354;STB=0.504938;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200186;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:12:7:3:5:12:7 chr17 39341294 . T A 71.6 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0120095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.245;QD=10.2279;RBI=0.0142019;REFB=-0.00656723;REVB=-0.00758061;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705676;STB=0.517207;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.012191;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:27:28:18:18:9:10:0.357143:3:6:13:5:3:7:13:5 chr17 39341473 . G C 214.76 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00524426;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0148;QD=14.8109;RBI=0.00550431;REFB=-0.009351;REVB=-0.00167189;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111469;STB=0.50276;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0138108;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:33:25:25:0.431034:13:12:15:17:13:12:16:17 chr17 39346518 . T C 36.58 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00116744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.793;QD=7.31521;RBI=0.00370993;REFB=-0.0193695;REVB=-0.00352146;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606052;STB=0.538337;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0593268;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:10:4:2:4:10:4 chr17 39383335 . C G 81.94 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0490016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9395;QD=8.62498;RBI=0.049156;REFB=-0.00776109;REVB=-0.00389223;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407976;STB=0.765433;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.028647;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:2:9:13:13:2:9:13:14 chr17 39394674 . A G 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0469575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.468;QD=10.429;RBI=0.0471163;REFB=-0.0208648;REVB=0.00386502;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15241;STB=0.590784;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0336036;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:19:11:7:7:19:11 chr17 39406291 . T C 86.45 PASS AF=0.131034;AO=18;DP=144;FAO=19;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0131997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.764;QD=2.38489;RBI=0.0400498;REFB=-0.00668426;REVB=-0.0378121;RO=125;SAF=7;SAR=11;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949558;STB=0.54147;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0521925;OID=.;OPOS=39406291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:144:145:125:126:18:19:0.131034:11:7:58:67:11:8:59:67 chr17 39406299 . A G 376.82 PASS AF=0.317568;AO=47;DP=148;FAO=47;FDP=148;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.0109183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.798;QD=10.1843;RBI=0.0446979;REFB=-0.0114553;REVB=0.0433438;RO=101;SAF=23;SAR=24;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399634;STB=0.523169;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0240126;OID=.;OPOS=39406299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:101:101:47:47:0.317568:24:23:46:55:24:23:46:55 chr17 39406343 . A G 328.24 PASS AF=0.271676;AO=47;DP=173;FAO=47;FDP=173;FR=.;FRO=126;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.0114498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.721;QD=7.58941;RBI=0.0146944;REFB=-0.0135025;REVB=-0.00921027;RO=124;SAF=21;SAR=26;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00595335;STB=0.501741;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0450641;OID=.;OPOS=39406343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:124:126:47:47:0.271676:26:21:56:68:26:21:56:70 chr17 39406356 . C G 36.8 PASS AF=0.0707071;AO=14;DP=198;FAO=14;FDP=198;FR=.;FRO=184;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=89;FSRR=95;FWDB=-0.0151683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2321;QD=0.743378;RBI=0.0178473;REFB=0.00207927;REVB=0.00940461;RO=184;SAF=6;SAR=8;SRF=89;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604644;STB=0.55145;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0131554;OID=.;OPOS=39406356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:198:198:184:184:14:14:0.0707071:8:6:89:95:8:6:89:95 chr17 39406409 . C A 1374.95 PASS AF=0.602871;AO=126;DP=209;FAO=126;FDP=209;FR=.;FRO=83;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.00176974;FXX=0.00947822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7615;QD=26.3149;RBI=0.0413798;REFB=-0.0331539;REVB=0.041342;RO=80;SAF=76;SAR=50;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147398;STB=0.57769;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0301985;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:80:83:126:126:0.602871:50:76:32:48:50:76:34:49 chr17 39406419 . T C 325.75 PASS AF=0.227074;AO=52;DP=227;FAO=52;FDP=229;FR=.;FRO=177;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=93;FSRR=84;FWDB=-0.0275102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.449;QD=5.68995;RBI=0.02761;REFB=-0.00379818;REVB=-0.00234587;RO=175;SAF=30;SAR=22;SRF=92;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657163;STB=0.540249;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0211157;OID=.;OPOS=39406419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:175:177:52:52:0.227074:22:30:92:83:22:30:93:84 chr17 39406427 . T C 250.13 PASS AF=0.182927;AO=45;DP=246;FAO=45;FDP=246;FR=.;FRO=201;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=110;FSRR=91;FWDB=0.011477;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.475;QD=4.06709;RBI=0.0114963;REFB=-0.00380823;REVB=-0.000666504;RO=201;SAF=25;SAR=20;SRF=110;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108112;STB=0.506846;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0204247;OID=.;OPOS=39406427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:201:201:45:45:0.182927:20:25:110:91:20:25:110:91 chr17 39406447 . A G 967.97 PASS AF=0.421053;AO=104;DP=247;FAO=104;FDP=247;FR=.;FRO=143;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=0.0132489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.644;QD=15.6755;RBI=0.0189339;REFB=-0.00706704;REVB=0.0135262;RO=143;SAF=68;SAR=36;SRF=64;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218319;STB=0.621993;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00882428;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:143:143:104:104:0.421053:36:68:64:79:36:68:64:79 chr17 39406461 . C A 209.68 PASS AF=0.162698;AO=41;DP=251;FAO=41;FDP=252;FR=.;FRO=211;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=117;FSRR=94;FWDB=-0.0339136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.578;QD=3.32828;RBI=0.0363643;REFB=-0.0060662;REVB=-0.0131236;RO=210;SAF=22;SAR=19;SRF=116;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205203;STB=0.515109;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0260281;OID=.;OPOS=39406461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:210:211:41:41:0.162698:19:22:116:94:19:22:117:94 chr17 39406474 . C A 176.72 PASS AF=0.148594;AO=37;DP=248;FAO=37;FDP=249;FR=.;FRO=212;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=115;FSRR=97;FWDB=0.0301863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.14;QD=2.83888;RBI=0.0325777;REFB=-0.00258022;REVB=-0.0122513;RO=201;SAF=19;SAR=18;SRF=106;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178249;STB=0.524677;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0295932;OID=.;OPOS=39406474;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:249:201:212:37:37:0.148594:18:19:106:95:18:19:115:97 chr17 39406492 . T C 155.84 PASS AF=0.136719;AO=35;DP=256;FAO=35;FDP=256;FR=.;FRO=221;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=121;FSRR=100;FWDB=-0.0200908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.986;QD=2.43506;RBI=0.0203898;REFB=-0.00128421;REVB=-0.00347911;RO=221;SAF=18;SAR=17;SRF=121;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424673;STB=0.528737;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0145506;OID=.;OPOS=39406492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:221:221:35:35:0.136719:17:18:121:100:17:18:121:100 chr17 39406567 . C A 887.15 PASS AF=0.473684;AO=90;DP=190;FAO=90;FDP=190;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0153995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.751;QD=18.6768;RBI=0.0168479;REFB=-0.0206591;REVB=-0.00683436;RO=100;SAF=44;SAR=46;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486601;STB=0.526876;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0189469;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:100:100:90:90:0.473684:46:44:54:46:46:44:54:46 chr17 39406589 . A G 769.28 PASS AF=0.460227;AO=80;DP=176;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.035186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.999;QD=17.4837;RBI=0.0354866;REFB=-0.0152233;REVB=0.00460943;RO=92;SAF=37;SAR=43;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362977;STB=0.519523;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0125509;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:92:95:80:81:0.460227:43:37:46:46:43:38:48:47 chr17 39412372 . G C 323.72 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00800457;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0605;QD=17.0381;RBI=0.00889364;REFB=-0.0108145;REVB=0.00387603;RO=40;SAF=27;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274091;STB=0.650219;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00827282;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:41:35:35:0.460526:8:27:21:19:8:27:22:19 chr17 39422677 . C T 1165.07 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.038;QD=60.5231;RBI=0.114807;REFB=0;REVB=0.0108708;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265727;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:37:36:0:0:37:40:0:0 chr17 39432562 . A T 132.0 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0296517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.123;QD=14.6669;RBI=0.0386716;REFB=-0.0114705;REVB=-0.0248247;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33866;STB=0.740551;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0253571;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:2:13:12:7:2:13:12:9 chr17 39458765 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.518;QD=55.0986;RBI=0.0233728;REFB=0;REVB=0.0193539;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38397e-05;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 39535859 . A G 3558.39 PASS AF=0.958848;AO=233;DP=245;FAO=233;FDP=243;FR=.;FRO=10;FSAF=130;FSAR=103;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0242622;FXX=0.00816293;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.218;QD=58.5744;RBI=0.0242658;REFB=-0.0146896;REVB=0.000418226;RO=9;SAF=130;SAR=103;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078092;STB=0.505933;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00047763;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:245:243:9:10:233:233:0.958848:103:130:6:3:103:130:7:3 chr17 39580559 . T A 317.45 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00372668;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.688;QD=15.1164;RBI=0.0139054;REFB=0.00365083;REVB=0.0133967;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179235;STB=0.504798;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0048145;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:34:35:0.416667:19:15:22:26:19:16:22:27 chr17 39580562 . T C 227.2 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00701876;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.029;QD=11.2198;RBI=0.0192307;REFB=-0.00186869;REVB=0.0179041;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108108;STB=0.555516;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00505716;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:52:53:28:28:0.345679:14:14:21:31:14:14:22:31 chr17 39580587 . GCCCA GCC,GCCA 127.0 PASS AF=0,0.54;AO=6,23;DP=52;FAO=0,27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=0,4;FSAR=0,23;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0362489,-0.0742672;FXX=0.019604;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=225.584,13.0434;QD=10.1597;RBI=0.0383799,0.0745822;REFB=0.00860801,-0.129213;REVB=-0.0126111,0.00684801;RO=20;SAF=5,0;SAR=1,23;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.300628,0.300628;SSSB=0.0647405,-0.869554;STB=0.5,0.818516;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.105358;OID=.,.;OPOS=39580590,39580588;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.54:6,23:52:0,27:50:23:0,4:0,23:18:5:99:20:5,0:1,23:16:4 chr17 39580660 . T C 182.25 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00604336;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.178;QD=23.5166;RBI=0.00718465;REFB=-0.0186616;REVB=-0.00388547;RO=13;SAF=14;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220761;STB=0.624849;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00693846;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:18:18:0.580645:4:14:7:6:4:14:7:6 chr17 39580739 . C A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00873752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.768;QD=19.976;RBI=0.0112756;REFB=-0.0424674;REVB=-0.00712702;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109942;STB=0.562434;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0423536;OID=.;OPOS=39580739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:5:15:13:7:5:15:13:7 chr17 39593768 . A G 1071.55 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0434835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.17;QD=57.1496;RBI=0.055394;REFB=0.0383027;REVB=-0.0343173;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012613;STB=0.513154;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00394584;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:37:36:0:1:37:36:0:2 chr17 39616430 . G T 812.59 PASS AF=0.9375;AO=59;DP=66;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0471831;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6132;QD=50.7869;RBI=0.0678972;REFB=-0.138676;REVB=0.0488241;RO=3;SAF=43;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445714;STB=0.516429;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00631164;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:66:64:3:4:59:60:0.9375:16:43:1:2:17:43:2:2 chr17 39619093 . GT AC 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0155264;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.66;QD=21.0649;RBI=0.0186423;REFB=-0.0255764;REVB=0.0103183;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237824;STB=0.634211;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.02948;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:17:7:13:11:17:7:13:11 chr17 39619115 . G A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.020511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.109;QD=15.2681;RBI=0.0225872;REFB=-0.00372482;REVB=0.00945924;RO=33;SAF=8;SAR=18;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326111;STB=0.684896;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00229813;OID=.;OPOS=39619115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:18:8:21:12:18:8:21:12 chr17 39619219 . G A 735.33 PASS AF=0.6;AO=67;DP=114;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00599054;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.98;QD=25.5765;RBI=0.0292101;REFB=-0.0219559;REVB=0.0285892;RO=45;SAF=33;SAR=34;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684663;STB=0.537637;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0138165;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:45:46:67:69:0.6:34:33:18:27:34:35:19:27 chr17 39620399 . C T 437.1 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00119904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3829;QD=19.0042;RBI=0.00236483;REFB=-0.0112995;REVB=0.00203832;RO=48;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966734;STB=0.553707;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0193243;OID=.;OPOS=39620399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:23:21:18:30:23:21:18:30 chr17 39620565 . C T 245.09 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0367116;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.347;QD=13.0713;RBI=0.0430797;REFB=-0.0130936;REVB=-0.0225414;RO=46;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12602;STB=0.572349;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0192794;OID=.;OPOS=39620565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:46:46:29:29:0.386667:10:19:25:21:10:19:25:21 chr17 39622068 . G T 827.13 PASS AF=0.549296;AO=77;DP=142;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.000870495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.92;QD=23.2995;RBI=0.0213667;REFB=-0.0216792;REVB=-0.0213489;RO=64;SAF=35;SAR=42;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766724;STB=0.538452;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0121362;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:64:64:77:78:0.549296:42:35:35:29:42:36:35:29 chr17 39623363 . T C 303.0 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0142708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.88;QD=14.6022;RBI=0.0142886;REFB=-0.017229;REVB=-0.000713038;RO=49;SAF=23;SAR=11;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963799;STB=0.554831;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0267508;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:11:23:29:20:11:23:29:20 chr17 39624240 . G C 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00107694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.709;QD=17.0584;RBI=0.0226187;REFB=-0.000289651;REVB=-0.0225931;RO=38;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839076;STB=0.547141;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000206536;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:12:21:21:17:12:21:21:17 chr17 39624326 . G C 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0211914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.471;QD=19.401;RBI=0.0234926;REFB=-0.0165312;REVB=0.0101404;RO=38;SAF=26;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534536;STB=0.529765;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0194902;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:12:26:24:14:12:26:24:14 chr17 39633317 . A G 98.53 PASS AF=0.413793;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0217439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0885;QD=13.5899;RBI=0.0645118;REFB=0.0108862;REVB=-0.0607369;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.575637;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.015907;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:29:12:17:9:12:0.413793:3:6:8:4:5:7:12:5 chr17 39633349 . G C 184.88 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00990045;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.656;QD=18.4881;RBI=0.0109941;REFB=-0.0225412;REVB=0.0047804;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578687;STB=0.57405;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0227936;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:19:19:0.475:5:14:13:6:5:14:13:8 chr17 39634625 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0061513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.847;QD=23.8208;RBI=0.0167575;REFB=-0.0420621;REVB=-0.0155877;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338162;STB=0.518851;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0293363;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:7:10:12:10:7:10 chr17 39637244 . A G 456.13 PASS AF=0.475248;AO=45;DP=98;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00171889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.043;QD=18.0644;RBI=0.0387724;REFB=-0.048141;REVB=0.0387343;RO=53;SAF=19;SAR=26;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302007;STB=0.519385;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0514848;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:53:53:45:48:0.475248:26:19:24:29:28:20:24:29 chr17 39643646 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0227458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.973;QD=10.715;RBI=0.0255694;REFB=-0.0114748;REVB=-0.0116801;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170694;STB=0.51019;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0165627;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:17:12:6:8:17:12 chr17 39646021 . A G 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0170236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.449;QD=13.0364;RBI=0.0331964;REFB=-0.0135054;REVB=0.028499;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284762;STB=0.666481;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0158537;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:6:12:13:19:6:12:13:19 chr17 39659194 . T C,G 792.3 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=51,6;DP=57;FAO=51,6;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31,6;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974955,-0.0149958;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.885,139.718;QD=55.6003;RBI=0.0123497,0.0161813;REFB=0,0;REVB=-0.00758038,0.00607931;RO=0;SAF=31,6;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.13361e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00293396,0.123697;OID=.,.;OPOS=39659194,39659194;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:57:57:0:0:51,6:51,6:0.894737,0.105263:20,0:31,6:0:0:20,0:31,6:0:0 chr17 39659913 . G A 1356.11 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00911206;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2439;QD=60.9485;RBI=0.0280113;REFB=0.00865225;REVB=0.0264878;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108921;STB=0.505617;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00192586;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:1:1:87:88:0.988764:44:43:1:0:44:44:1:0 chr17 39661689 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=14;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00276116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.485;QD=45.1042;RBI=0.0177808;REFB=-0.00129092;REVB=-0.0175651;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-2.91171e-05;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:14:18:0.947368:8:6:0:0:11:7:1:0 chr17 39670912 . G C 1007.18 PASS AF=0.958904;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0787557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1612;QD=55.1878;RBI=0.0797752;REFB=0.0086488;REVB=-0.0127135;RO=3;SAF=17;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916438;STB=0.50408;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00348333;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:69:70:0.958904:52:17:1:2:52:18:1:2 chr17 39674641 . T C 1517.44 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00178164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.924;QD=55.6858;RBI=0.0054909;REFB=-0.0445002;REVB=0.00519382;RO=4;SAF=57;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145385;STB=0.507666;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00196924;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:48:57:3:1:48:57:3:1 chr17 39681475 . A G 769.58 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8201;QD=55.9697;RBI=0.0484049;REFB=0;REVB=0.00514698;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561225;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:51:55:1:29:22:0:0:31:24:0:0 chr17 39684321 . G C 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0428977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.185;QD=23.216;RBI=0.0437066;REFB=-0.0985424;REVB=0.00836957;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00546695;OID=.;OPOS=39684321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr17 39723990 . T A 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.384;QD=51.9057;RBI=0.0430802;REFB=0;REVB=0.00622055;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369901;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr17 39727816 . T C,G 748.42 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,45;DP=48;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809041,0.0642957;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.773,82.8027;QD=62.3686;RBI=0.0104109,0.0712025;REFB=0,0;REVB=0.00655219,0.0305918;RO=0;SAF=1,19;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.15971e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0596222,-0.00463085;OID=.,.;OPOS=39727816,39727816;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:3,45:3,45:0.0625,0.9375:2,26:1,19:0:0:2,26:1,19:0:0 chr17 39728050 . G A 348.78 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4011;QD=53.6591;RBI=0.00725313;REFB=0;REVB=-0.00725313;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854655;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:25:0:0:0:26:0:0:0 chr17 39742718 . A G 1144.97 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193642;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.901;QD=61.0653;RBI=0.0194772;REFB=0;REVB=-0.00209456;RO=0;SAF=23;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033127;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:52:23:0:0:52:23:0:0 chr17 39742894 . G A,C 331.24 PASS AF=0.8,0.2;AO=20,5;DP=25;FAO=20,5;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1;FSAR=17,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411198,0.00286496;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.694,158.405;QD=52.9988;RBI=0.0412414,0.00580366;REFB=0,0;REVB=-0.00316538,-0.00504723;RO=0;SAF=3,1;SAR=17,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0088676,-0.0111892;OID=.,.;OPOS=39742894,39742894;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:25:25:0:0:20,5:20,5:0.8,0.2:17,4:3,1:0:0:17,4:3,1:0:0 chr17 39742898 . GC AT 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01435;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.309;QD=54.5177;RBI=0.0200859;REFB=0;REVB=0.0140542;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.47793e-06;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr17 39743081 . G A 849.0 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0292353;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.059;QD=54.7744;RBI=0.0783702;REFB=-0.171433;REVB=0.072713;RO=2;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428388;STB=0.52272;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00202718;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:62:2:2:60:60:0.967742:21:39:0:2:21:39:0:2 chr17 39766504 . A G 95.24 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00742456;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.1496;QD=34.6325;RBI=0.0754442;REFB=0.163637;REVB=-0.075078;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0292448;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:2:8:0:0:2:8:0:1 chr17 39767744 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7051;QD=53.9111;RBI=0.055643;REFB=0;REVB=-0.0125792;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112574;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr17 39871700 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.749;QD=62.6697;RBI=0.0502564;REFB=0;REVB=-0.0050665;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307408;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr17 39874267 . T A 1401.0 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.993;QD=60.9131;RBI=0.0277675;REFB=-0.0639854;REVB=0.0244501;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000220358;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:0:1:89:91:0.98913:40:49:0:0:40:51:1:0 chr17 39874283 . T A 1433.81 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7776;QD=63.0246;RBI=0.040936;REFB=0;REVB=-0.0321102;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341062;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGG 212.17 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=13,2;DP=19;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368539,-0.0881916;FXX=0.09995;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=247.315,40.8598;QD=47.1496;RBI=0.0187511,0.158865;REFB=0,0;REVB=-0.0183854,-0.132138;RO=0;SAF=10,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00608424,0.0450347;OID=.,.;OPOS=39879730,39879732;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:13,2:19:16,2:18:0:12,2:4,0:0:0:8:0:10,2:3,0:0:0 chr17 39880340 . A C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.913;QD=52.1523;RBI=0.0265204;REFB=-0.0984998;REVB=0.00843222;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00583146;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:1:0:8:19:1:0 chr17 39880545 . C T 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.868;QD=57.878;RBI=0.0473206;REFB=0;REVB=0.00603822;RO=0;SAF=9;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61653e-05;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:51:9:0:0:51:9:0:0 chr17 39880573 . G A,C 586.97 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=35,2;DP=37;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620408,-0.0344127;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=126.132,22.1307;QD=60.2016;RBI=0.0622157,0.0663168;REFB=0,0;REVB=0.00466149,-0.0566893;RO=0;SAF=3,0;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00155964,0.130555;OID=.,.;OPOS=39880573,39880573;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:39:0:0:35,2:38,1:0.974359,0.025641:32,2:3,0:0:0:33,1:5,0:0:0 chr17 39881289 . G C 859.28 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00531217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.519;QD=54.5572;RBI=0.0265506;REFB=-0.191279;REVB=-0.0260137;RO=2;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255026;STB=0.513509;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00231526;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:2:2:61:61:0.968254:36:25:0:2:36:25:0:2 chr17 39883559 . G A 43.91 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00354785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.81;QD=7.02637;RBI=0.0344813;REFB=-0.00366381;REVB=0.0342983;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143116;STB=0.590651;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0121655;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:10:8:4:3:10:8 chr17 39883595 . T C 111.82 PASS AF=0.368421;AO=12;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0260943;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.525;QD=11.7706;RBI=0.0265035;REFB=0.00296439;REVB=-0.00463924;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158921;STB=0.571326;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00352212;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:24:12:14:0.368421:6:6:7:13:6:8:11:13 chr17 39883672 . G A 250.8 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00503379;FXX=0.078416;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.904;QD=21.3449;RBI=0.00534721;REFB=-0.0334608;REVB=0.00180375;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213863;STB=0.511936;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.032667;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:12:10:12:13:12:10 chr17 39884065 . C A 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.00635093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.28;QD=15.2636;RBI=0.0243872;REFB=-0.00785027;REVB=0.0235458;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363239;STB=0.699802;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00568008;OID=.;OPOS=39884065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:1:12:16:0:1:12:16:0 chr17 39884091 . G C 481.48 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00548549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.987;QD=53.4978;RBI=0.0099483;REFB=-0.000925852;REVB=-0.00829928;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34157e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:33:34:0.944444:16:17:1:1:17:17:1:1 chr17 39884583 . G A 1395.03 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0757748;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6961;QD=61.3202;RBI=0.120091;REFB=-0.0872677;REVB=0.0931666;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977167;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00224265;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:91:1:1:89:90:0.989011:48:41:0:1:49:41:0:1 chr17 39890715 . A T 1033.6 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262591;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.249;QD=59.9191;RBI=0.0344064;REFB=0;REVB=0.022232;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160386;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:66:69:1:31:35:0:0:33:36:0:0 chr17 39925925 . A G 185.43 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00100635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2594;QD=10.4468;RBI=0.0048298;REFB=-0.0226624;REVB=-0.00472379;RO=46;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125509;STB=0.577552;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0451299;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:46:47:23:24:0.338028:9:14:23:23:9:15:24:23 chr17 39959189 . C G 617.04 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.366;QD=61.7041;RBI=0.0333351;REFB=0;REVB=0.0295207;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351757;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:32:40:1:15:17:0:0:16:24:0:0 chr17 39983808 . G C 838.49 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324234;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4152;QD=57.8267;RBI=0.0324234;REFB=0;REVB=4.99776e-05;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491104;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr17 39983820 . G A 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.294;QD=56.9968;RBI=0.00806959;REFB=0;REVB=0.00799153;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15749e-05;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr17 39983849 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2845;QD=61.3355;RBI=0.0540829;REFB=0;REVB=0.0259127;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104817;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr17 39987130 . T C 698.88 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000260296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5061;QD=54.8137;RBI=0.00728326;REFB=-0.0621619;REVB=0.00727861;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0112062;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:23:27:0:0:23:27:0:1 chr17 39991867 . A ATATC 756.89 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864219;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=4;MLLD=287.236;QD=55.0467;RBI=0.0124298;REFB=0;REVB=0.00893383;RO=3;SAF=25;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531864;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000112886;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:59:55:55:0:29:26:0:0:4:3:25:24:3:0 chr17 39998141 . C T 657.97 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00325667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.328;QD=59.815;RBI=0.00465942;REFB=-0.17294;REVB=-0.00333232;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00184913;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:28:15:0:0:28:15:0:1 chr17 40010979 . G A 815.64 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.617;QD=57.238;RBI=0.0378037;REFB=0;REVB=0.0320875;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64326e-05;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:25:30:0:0:27:30:0:0 chr17 40048613 . A G 1304.38 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.935;QD=61.3824;RBI=0.0307083;REFB=0;REVB=0.022055;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404528;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:51:33:0:0:52:33:0:0 chr17 40054075 . C T 263.59 PASS AF=0.568182;AO=23;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0691508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0565;QD=23.9625;RBI=0.0729636;REFB=-0.0187455;REVB=0.0232779;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019894;STB=0.520941;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0172582;OID=.;OPOS=40054075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:19:23:25:0.568182:15:8:7:13:16:9:6:13 chr17 40125864 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597224;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.687;QD=53.2749;RBI=0.0597234;REFB=0;REVB=-0.00034756;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000767268;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:1:0:17:23:1:10:7:0:1:15:8:0:0 chr17 40126133 . G A 597.69 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=27;FWDB=-0.0277154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.938;QD=15.7287;RBI=0.0321142;REFB=-0.0203216;REVB=-0.0162228;RO=86;SAF=36;SAR=30;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146356;STB=0.581372;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0327808;OID=.;OPOS=40126133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:86:66:66:0.434211:30:36:59:27:30:36:59:27 chr17 40146970 . G A 573.07 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00201165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.286;QD=55.9092;RBI=0.0126943;REFB=0.070663;REVB=-0.0125339;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.524987;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00560059;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:19:20:0:1:19:20:0:2 chr17 40173851 . A C 655.92 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.825;QD=61.0162;RBI=0.0443413;REFB=0;REVB=0.0391366;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015753;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr17 40322252 . T C 423.92 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0241241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5317;QD=19.2692;RBI=0.103869;REFB=-0.0394545;REVB=-0.101028;RO=44;SAF=29;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12673;STB=0.577652;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0346394;OID=.;OPOS=40322252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:45:43:43:0.488636:14:29:24:20:14:29:24:21 chr17 40344455 . C T 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0794965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0709;QD=28.0294;RBI=0.0864369;REFB=-0.0385245;REVB=0.033936;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246634;STB=0.635663;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0140649;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:16:11:13:4:16:11:13:4 chr17 40459562 . A G 844.72 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.475;QD=57.2693;RBI=0.0634411;REFB=0;REVB=0.0628321;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184394;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:55:59:1:25:30:0:0:27:32:0:0 chr17 40459737 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.914;QD=57.6767;RBI=0.053441;REFB=0;REVB=0.0264284;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446482;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr17 40475650 . G GA 296.04 PASS AF=1;AO=33;DP=50;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.49452;QD=25.7423;RBI=0.143857;REFB=0;REVB=0.0169913;RO=14;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0102444;OID=.;OPOS=40475651;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:50:46:46:0:21:25:0:0:7:14:13:20:9:5 chr17 40689455 . T C 1108.82 PASS AF=0.974684;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0631449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7223;QD=56.1428;RBI=0.110209;REFB=-0.0418512;REVB=0.0903261;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129601;STB=0.51351;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00194488;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:79:1:2:74:77:0.974684:38:36:1:0:41:36:2:0 chr17 40696233 . C G 386.7 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.100892;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.4553;QD=29.7458;RBI=0.101216;REFB=-0.0515269;REVB=-0.00809874;RO=10;SAF=11;SAR=25;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885819;STB=0.566787;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.03552;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:10:16:36:36:0.692308:25:11:5:5:25:11:8:8 chr17 40699291 . G A 558.74 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.988;QD=60.4045;RBI=0.156622;REFB=0;REVB=0.155931;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650424;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:6:28:0:0:9:28:0:0 chr17 40699332 . T C,G 697.7 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710336,-0.00277485;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.879,140.561;QD=55.8157;RBI=0.0417631,0.00835391;REFB=0,0;REVB=0.0411546,0.00787959;RO=0;SAF=35,1;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.04037e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00253816,0.100193;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:50:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:12,2:35,1:0:0:12,2:35,1:0:0 chr17 40705100 . C T 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0356286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.444;QD=22.5818;RBI=0.0357205;REFB=-0.0173473;REVB=0.00256151;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206397;STB=0.615296;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0179569;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:9:15:10:16:9:15 chr17 40706906 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.056341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.139;QD=11.9196;RBI=0.078119;REFB=0.0145902;REVB=0.0541135;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131013;STB=0.58039;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0176426;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:7:2:1:6:7:2 chr17 40714804 . C A 43.69 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0778443;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8493;QD=17.4746;RBI=0.101498;REFB=0.01669;REVB=0.0651313;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0130908;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr17 40716520 . A G 353.3 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.030684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.974;QD=16.2438;RBI=0.0336423;REFB=-0.0177093;REVB=-0.0137949;RO=49;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084411;STB=0.540868;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0194571;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:49:37:38:0.436782:22:15:16:33:23:15:16:33 chr17 40722029 . A G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00140307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.05;QD=15.2375;RBI=0.00654593;REFB=-0.00752668;REVB=-0.00639379;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221996;STB=0.50234;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00977877;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:11:17:22:13:11:17:22:14 chr17 40722162 . G A 487.85 PASS AF=0.481818;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0224265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5194;QD=17.7401;RBI=0.0488825;REFB=-0.00663154;REVB=0.0434345;RO=55;SAF=34;SAR=18;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269686;STB=0.652116;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00848589;OID=.;OPOS=40722162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:55:57:52:53:0.481818:18:34:20:35:18:35:21:36 chr17 40731597 . T A 632.55 PASS AF=0.516129;AO=63;DP=123;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00106976;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.763;QD=20.4048;RBI=0.0127876;REFB=-0.0022131;REVB=-0.0127427;RO=58;SAF=40;SAR=23;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2241;STB=0.633123;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00350459;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:58:60:63:64:0.516129:23:40:22:36:23:41:22:38 chr17 40766546 . C G 65.36 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00193821;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.159;QD=8.71409;RBI=0.00889973;REFB=-0.00455483;REVB=0.00868611;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168149;STB=0.604412;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00981756;OID=.;OPOS=40766546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:10:11:6:3:10:11 chr17 40811919 . A G 82.64 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0645975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8909;QD=8.26372;RBI=0.0762466;REFB=-0.00984295;REVB=-0.0405057;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17736;STB=0.576747;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0186275;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:40:40:25:28:9:9:0.225:3:6:13:12:3:6:16:12 chr17 40818451 . G A 117.45 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.012375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.319;QD=21.3552;RBI=0.013911;REFB=-0.00409619;REVB=-0.00635411;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214541;STB=0.512176;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00170876;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:3:6:9:4:3:6 chr17 40818699 . A G 529.56 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0175396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.389;QD=22.5345;RBI=0.0303558;REFB=-0.0125523;REVB=-0.0247758;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00081175;STB=0.506894;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0108432;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:44:50:50:0.531915:28:22:18:23:28:22:20:24 chr17 40835922 . A C 850.16 PASS AF=0.458333;AO=88;DP=192;FAO=88;FDP=192;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.052286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1598;QD=17.7117;RBI=0.0734599;REFB=-0.00763617;REVB=-0.0515996;RO=102;SAF=43;SAR=45;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205223;STB=0.516564;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0108071;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:102:104:88:88:0.458333:45:43:52:50:45:43:54:50 chr17 40854534 . G GT 284.0 PASS AF=0.547945;AO=33;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.124297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.5397;QD=15.5617;RBI=0.15865;REFB=-0.0112902;REVB=0.0985902;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111998;STB=0.596967;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=0.016121;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547945:33:74:40:73:33:22:18:11:22:99:40:17:16:16:24 chr17 40914767 . CAG AGC,CAGC 34.3 PASS AF=0.056338,0.0704225;AO=4,9;DP=74;FAO=4,5;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=4,4;FSAR=0,1;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0257378,-0.0318969;FXX=0.0273935;HRUN=6,0;LEN=3,1;MLLD=165.544,160.999;QD=1.93216;RBI=0.0263455,0.0322539;REFB=-0.000709015,-0.000915811;REVB=0.00562584,0.00478561;RO=59;SAF=4,7;SAR=0,2;SRF=19;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.599032,0.513663;STB=0.998186,0.876366;STBP=0.004,0.173;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0271657,0.137684;OID=.,.;OPOS=40914767,40914770;OREF=CAG,-;OALT=AGC,C;OMAPALT=AGC,CAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:74:71:59:62:4,9:4,5:0.056338,0.0704225:0,2:4,7:19:40:0,1:4,4:20:42 chr17 41020775 . A T 386.57 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0153425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9346;QD=21.1818;RBI=0.0182496;REFB=-0.0228839;REVB=-0.00988202;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148744;STB=0.562733;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0138373;OID=.;OPOS=41020775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:34:39:39:0.534247:20:19:22:11:19:20:22:12 chr17 41116234 . G A 444.66 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9205;QD=57.3757;RBI=0.0508886;REFB=0;REVB=0.0387428;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456446;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr17 41121209 . GGC G,GG,GGG,GGT 320.82 PASS AF=0.576923,0,0,0.423077;AO=5,8,3,6;DP=22;FAO=15,0,0,11;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,0,4;FSAR=13,0,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347757,-0.0359059,-0.0348785,0.0371723;FXX=0;HRUN=5,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=162.403,161.94,159.734,53.1969;QD=49.3571;RBI=0.0468442,0.0480042,0.0467465,0.0389464;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0313851,0.0318617,0.0311243,0.0116208;RO=0;SAF=0,3,1,2;SAR=5,5,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.46938e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=0.00298616,0.00295951,0.0395726,-0.0148358;OID=.,.,.,.;OPOS=41121210,41121211,41121211,41121211;OREF=GC,C,C,C;OALT=-,-,G,T;OMAPALT=G,GG,GGG,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.576923,0,0,0.423077:5,8,3,6:22:15,0,0,11:26:0:2,0,0,4:13,0,0,7:0:0:78:0:0,3,1,2:5,5,2,4:0:0 chr17 41121216 . G A 44.67 PASS AF=0.28;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0383215;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=113.306;QD=7.14764;RBI=0.0403294;REFB=-0.027276;REVB=-0.0125667;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185376;STB=0.654033;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0072396;OID=.;OPOS=41121216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:6:7:0.28:5:1:5:13:6:1:5:13 chr17 41121217 . G A 157.95 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0193844;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=245.093;QD=25.2714;RBI=0.0234798;REFB=0.00184451;REVB=0.0132493;RO=9;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126109;STB=0.577672;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00071594;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:12:3:3:6:13:3:3:6 chr17 41133071 . T C 276.9 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036066;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.055;QD=52.7425;RBI=0.0365456;REFB=0;REVB=-0.00590113;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15596e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr17 41150021 . A G 194.7 PASS AF=0.337838;AO=23;DP=72;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0712621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3049;QD=10.5243;RBI=0.0720048;REFB=-0.00357337;REVB=0.0103158;RO=48;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12277;STB=0.533451;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00973974;OID=.;OPOS=41150021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:48:49:23:25:0.337838:13:10:26:22:13:12:26:23 chr17 41154708 . C G 281.44 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00678404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.78;QD=17.0571;RBI=0.00741586;REFB=0.000820264;REVB=-0.0029953;RO=35;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226756;STB=0.627103;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00136357;OID=.;OPOS=41154708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:12:19:13:22:12:19:13:22 chr17 41165493 . AT GT,TC 732.42 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344227,0.0297511;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=146.326,99.1594;QD=62.3333;RBI=0.0345259,0.0300149;REFB=0,0;REVB=0.00266789,-0.00397092;RO=0;SAF=24,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.30465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00276063,-0.0388386;OID=.,.;OPOS=41165493,41165493;OREF=A,AT;OALT=G,TC;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:0:44,2:45,2:0.957447,0.0425532:20,2:24,0:0:0:20,2:25,0:0:0 chr17 41165878 . C T 487.5 PASS AF=1;AO=27;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495571;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7799;QD=55.7144;RBI=0.0587103;REFB=0;REVB=0.03148;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00412817;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:27:35:1:13:14:0:0:18:17:0:0 chr17 41174025 . A C 275.65 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0275724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3956;QD=32.429;RBI=0.0289557;REFB=-0.0993454;REVB=-0.00884276;RO=10;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315983;STB=0.517312;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0322201;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:11:13:6:4:11:13:6:4 chr17 41196408 . G A 215.43 PASS AF=0.387097;AO=17;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00482245;FXX=0.0312451;HRUN=7;LEN=1;MLLD=86.4252;QD=13.8989;RBI=0.00650987;REFB=-0.00168582;REVB=-0.00437292;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145897;STB=0.551845;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00735985;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:22:34:17:24:0.387097:7:10:16:6:9:15:24:10 chr17 41223094 . T C 324.31 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00766542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.682;QD=11.9012;RBI=0.00767967;REFB=-0.0214076;REVB=-0.000467636;RO=69;SAF=12;SAR=28;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195277;STB=0.612267;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0325687;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:69:40:40:0.366972:28:12:32:37:28:12:32:37 chr17 41234470 . A G 397.88 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0178913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9269;QD=15.3031;RBI=0.0460095;REFB=-0.00666266;REVB=-0.0423884;RO=59;SAF=28;SAR=17;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118051;STB=0.566373;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0116741;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:17:28:30:29:17:28:30:29 chr17 41244000 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0246436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.46;QD=20.5465;RBI=0.0255305;REFB=-0.0247068;REVB=0.00667099;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125399;STB=0.57075;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0261364;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:8:14:11:11:8:14:11:11 chr17 41244435 . T C 224.64 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0611606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7957;QD=19.9682;RBI=0.0738818;REFB=-0.016433;REVB=0.0414477;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821771;STB=0.555506;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0280308;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:12:10:8:14:12:10:8:15 chr17 41244936 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0294161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.972;QD=18.4983;RBI=0.0306366;REFB=-0.00255025;REVB=0.00856121;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230904;STB=0.628482;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00150418;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:20:7:14:13:20:7 chr17 41245237 . A G 149.58 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0397017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8489;QD=11.9667;RBI=0.0524918;REFB=-0.00758797;REVB=0.034339;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626668;STB=0.5368;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0157407;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:11:6:10:23:11:6:10:23 chr17 41245466 . G A 476.3 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0111563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2464;QD=21.8988;RBI=0.02311;REFB=-0.00612761;REVB=0.0202388;RO=40;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218703;STB=0.614498;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00623026;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:41:46:46:0.528736:27:19:27:13:27:19:27:14 chr17 41245711 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0366022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.998;QD=16.4544;RBI=0.0388885;REFB=0.0338013;REVB=-0.0131374;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0284348;OID=.;OPOS=41245711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:1:3:3:3:1:3 chr17 41291953 . C G 303.05 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0120301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.586;QD=14.6048;RBI=0.0774582;REFB=-0.00918947;REVB=-0.0765183;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151155;STB=0.59031;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00917175;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:17:17:31:17:17:17:32:17 chr17 41330024 . T C 727.09 PASS AF=0.575;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0438376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1512;QD=24.2363;RBI=0.0525561;REFB=-0.0155411;REVB=0.0289897;RO=50;SAF=38;SAR=31;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102014;STB=0.558887;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00990888;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:51:69:69:0.575:31:38:34:16:31:38:35:16 chr17 41331460 . G A 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0812883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.518;QD=16.1061;RBI=0.083593;REFB=0.00568253;REVB=-0.0194939;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407305;STB=0.50908;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0114445;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:9:8:9:12:9:8:10:12 chr17 41332804 . T C,TC 541.26 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=33,4;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160653,0.0828152;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=44.1648,21.3635;QD=56.9743;RBI=0.17488,0.135714;REFB=-0.00132853,-0.0546579;REVB=0.0690916,0.107517;RO=1;SAF=16,4;SAR=17,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0266901,0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00775616,0.16981;OID=.,.;OPOS=41332804,41332805;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:38:38:1:0:33,4:36,2:0.947368,0.0526316:17,0:16,4:0:1:17,1:19,1:0:0 chr17 41361960 . A G 277.69 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0100085;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.168;QD=20.5699;RBI=0.0122191;REFB=-0.0167298;REVB=0.00700962;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902144;STB=0.549967;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0163981;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:11:18:18:7:11:18:18:7 chr17 41362272 . C G 352.6 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.014529;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.355;QD=17.8532;RBI=0.0200491;REFB=-0.00616627;REVB=0.0138158;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140432;STB=0.582409;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0125197;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:41:42:37:37:0.468354:23:14:10:31:23:14:10:32 chr17 41445410 . A T 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.01697;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=241.1;QD=10.2413;RBI=0.0230764;REFB=-0.00510007;REVB=0.0156378;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084162;STB=0.551075;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00829867;OID=.;OPOS=41445410;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:7:12:7:3:7:12 chr17 41454935 . T C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0345113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.433;QD=24.8022;RBI=0.0346991;REFB=0.0121622;REVB=0.00360515;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802204;STB=0.545366;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00923927;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:3:1:4:6:3:1 chr17 41478455 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00500621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.87;QD=18.2512;RBI=0.0115382;REFB=-0.00404803;REVB=-0.0103955;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255473;STB=0.646851;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00607812;OID=.;OPOS=41478455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:8:7:11:4:8:7 chr17 41489846 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00518549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.566;QD=19.976;RBI=0.00538284;REFB=-0.0227727;REVB=0.00144418;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189453;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:10:10:10:10:10:10 chr17 41522213 . T A 1029.7 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00752201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8756;QD=58.011;RBI=0.0529845;REFB=0.0202014;REVB=0.0524479;RO=1;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171877;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-1.21929e-05;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:27:43:0:1:27:43:0:1 chr17 41603882 . T C 249.95 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.0271927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.155;QD=12.0458;RBI=0.0276687;REFB=-0.0138246;REVB=-0.0051101;RO=53;SAF=21;SAR=9;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484962;STB=0.527841;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.021959;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:9:21:39:14:9:21:39:14 chr17 41843979 . C G 243.06 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.112192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9999;QD=12.7928;RBI=0.113085;REFB=0.00354117;REVB=0.0141801;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906924;STB=0.577564;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00766978;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:43:47:29:29:0.381579:16:13:23:20:16:13:27:20 chr17 41846508 . A G 1223.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.246;QD=61.1609;RBI=0.107639;REFB=0;REVB=0.107416;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129662;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:75:80:1:31:44:0:0:32:48:0:0 chr17 41891437 . G A 607.78 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0132831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.07;QD=22.5105;RBI=0.0192158;REFB=-0.0151438;REVB=-0.0138855;RO=48;SAF=17;SAR=43;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245243;STB=0.634852;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0185623;OID=.;OPOS=41891437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:43:17:27:21:43:17:27:21 chr17 41959808 . T C 5411.6 PASS AF=0.967391;AO=356;DP=369;FAO=356;FDP=368;FR=.;FRO=12;FSAF=175;FSAR=181;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0096955;FXX=0.00270995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.578;QD=58.8218;RBI=0.0229039;REFB=-0.0470177;REVB=-0.0207506;RO=11;SAF=175;SAR=181;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186603;STB=0.511143;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00191816;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:369:368:11:12:356:356:0.967391:181:175:9:2:181:175:10:2 chr17 41960343 . T C 207.44 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.52;QD=48.8089;RBI=0.0134071;REFB=0;REVB=0.0131228;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90267e-05;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr17 41960633 . CG GC 2105.49 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=139;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391947;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.526;QD=61.4742;RBI=0.0392698;REFB=-0.138651;REVB=-0.00242758;RO=0;SAF=83;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8773e-08;STB=0.504672;STBP=0.276;TYPE=mnp;VARB=0.000837297;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:137:0:1:135:136:0.992701:52:83:0:0:53:83:0:1 chr17 41961451 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.07;QD=59.0173;RBI=0.0126847;REFB=0;REVB=0.0114936;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52019e-05;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:20:12:0:0:21:13:0:0 chr17 41994794 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.766;QD=58.0602;RBI=0.0148978;REFB=0;REVB=0.0101907;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76988e-05;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:23:37:0:0:23:38:0:0 chr17 42030531 . G C 514.44 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126624;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.621;QD=58.7929;RBI=0.0316893;REFB=0;REVB=0.0290496;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015386;OID=.;OPOS=42030531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr17 42030743 . G C 863.96 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685208;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0533;QD=57.5975;RBI=0.0592882;REFB=0;REVB=0.0588909;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492545;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:21:37:0:0:23:37:0:0 chr17 42085972 . C T 223.61 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0586708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0444;QD=19.4446;RBI=0.0857382;REFB=-0.0728454;REVB=0.0625202;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316005;STB=0.65611;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0727393;OID=.;OPOS=42085972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:24:22:22:0.478261:8:14:6:16:8:14:8:16 chr17 42152103 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.014755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.57;QD=14.8341;RBI=0.0219864;REFB=0.00711566;REVB=0.0163;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126135;STB=0.572117;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0123861;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:14:16:9:13:14:16 chr17 42154470 . A G 236.31 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0231552;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.206;QD=20.549;RBI=0.024531;REFB=-0.0374336;REVB=-0.00809994;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327202;STB=0.632068;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0449401;OID=.;OPOS=42154470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:23:21:23:0.5:6:15:9:15:8:15:9:14 chr17 42155403 . CGGGGG CGGGGA,CGGG 262.17 PASS AF=0.4,0.355556;AO=14,11;DP=43;FAO=18,16;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=9,1;FSAR=9,15;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0055315,-0.00274787;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=190.74,12.7886;QD=23.3037;RBI=0.0228752,0.0263114;REFB=-0.0601569,-0.210217;REVB=-0.0221963,-0.0261675;RO=8;SAF=8,0;SAR=6,11;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0.611111;SSEP=0,0.408163;SSSB=-0.301148,-0.854471;STB=0.620563,0.897602;STBP=0.114,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0371654,0.0652222;OID=.,.;OPOS=42155408,42155404;OREF=G,GG;OALT=A,-;OMAPALT=CGGGGA,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.355556:14,11:43:18,16:45:11:9,1:9,15:9:2:99:8:8,0:6,11:8:0 chr17 42164885 . G C 106.32 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.10702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.628;QD=11.8134;RBI=0.108542;REFB=-0.0294608;REVB=-0.0181129;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181833;STB=0.624792;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0162441;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:12:13:0.361111:9:3:9:14:10:3:9:14 chr17 42213347 . G A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.017417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.481;QD=11.2834;RBI=0.0331737;REFB=-0.0105648;REVB=-0.0282337;RO=50;SAF=20;SAR=7;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227668;STB=0.633083;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0169817;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:7:20:28:22:7:20:28:22 chr17 42225547 . A C 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0962384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.12;QD=23.0925;RBI=0.103405;REFB=-0.00386116;REVB=0.0378243;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165672;STB=0.592488;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00485279;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:3:9:9:8:3:9 chr17 42248346 . A T 469.92 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471772;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9354;QD=58.7397;RBI=0.0101947;REFB=0;REVB=0.00903743;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.80447e-06;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:23:7:0:0:25:7:0:0 chr17 42254527 . T G 144.88 PASS AF=0.377778;AO=15;DP=43;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00420978;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.974;QD=12.878;RBI=0.0515688;REFB=0.0127995;REVB=-0.0513966;RO=23;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42476;STB=0.775317;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0107295;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:23:28:15:17:0.377778:1:14:17:6:1:16:21:7 chr17 42255097 . T C 199.75 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00630127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.047;QD=15.0751;RBI=0.0147042;REFB=-0.0115052;REVB=-0.0132856;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104577;STB=0.531887;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0154465;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:22:23:0.433962:15:7:12:17:15:8:12:18 chr17 42267995 . A AC 33.39 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0224992;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0999;QD=5.80627;RBI=0.121849;REFB=-0.0969702;REVB=0.119754;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=0.136069;OID=.;OPOS=42267996;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:9:23:9:23:14:5:4:8:6:33:13:5:4:7:6 chr17 42270291 . A G 340.51 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00187023;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.285;QD=17.9213;RBI=0.0208715;REFB=-0.01929;REVB=0.0207875;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525798;STB=0.529395;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0225382;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:16:20:20:20:16:20:20:20 chr17 42271191 . G A 66.86 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0332239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.304;QD=13.3712;RBI=0.0400736;REFB=-0.0228017;REVB=0.0224069;RO=11;SAF=0;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.757949;STB=0.726652;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0311292;OID=.;OPOS=42271191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:20:11:11:8:9:0.45:8:0:4:7:8:1:4:7 chr17 42287519 . C T 507.82 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00579265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.374;QD=23.8975;RBI=0.0299567;REFB=-0.00160587;REVB=-0.0293913;RO=35;SAF=19;SAR=29;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158292;STB=0.598485;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00247094;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:37:48:48:0.564706:29:19:21:14:29:19:23:14 chr17 42338998 . T G 748.93 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0326198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6625;QD=18.841;RBI=0.0331887;REFB=-0.00579333;REVB=0.0061188;RO=81;SAF=43;SAR=35;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646637;STB=0.535665;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00803853;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:81:78:78:0.490566:35:43:39:42:35:43:39:42 chr17 42392622 . T C 876.36 PASS AF=0.491713;AO=88;DP=181;FAO=89;FDP=181;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0193279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.032;QD=19.367;RBI=0.0689085;REFB=-0.0262265;REVB=-0.0661423;RO=92;SAF=51;SAR=37;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238663;STB=0.515568;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.027341;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:92:92:88:89:0.491713:37:51:51:41:37:52:51:41 chr17 42398052 . A G 111.67 PASS AF=0.65;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00578211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.893;QD=22.3334;RBI=0.00690989;REFB=-0.0384034;REVB=-0.00378336;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303269;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0299231;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:20:7:7:12:13:0.65:3:9:5:2:4:9:5:2 chr17 42398757 . C A 119.33 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00976535;FXX=0.128991;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.536;QD=17.6791;RBI=0.0218519;REFB=-0.0283557;REVB=-0.0195485;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230409;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0395285;OID=.;OPOS=42398757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:5:9:5:8:5:9 chr17 42427630 . T C 318.74 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00528958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3613;QD=20.9012;RBI=0.00600999;REFB=0.00283312;REVB=-0.00285314;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639571;STB=0.535354;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00300856;OID=.;OPOS=42427630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:13:20:19:9:13:20:19:9 chr17 42449580 . AG A 33.65 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0302523;FXX=0.0333222;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.65951;QD=4.64133;RBI=0.186415;REFB=-0.0933701;REVB=-0.183943;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.589338;STBP=0.426;TYPE=del;VARB=0.0958674;OID=.;OPOS=42449581;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:11:30:13:29:16:7:6:6:10:33:13:5:6:6:7 chr17 42458266 . G C 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.044819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.31;QD=11.4906;RBI=0.0475294;REFB=-0.00390637;REVB=0.0158209;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109337;STB=0.564438;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00732755;OID=.;OPOS=42458266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:21:11:7:9:21:11 chr17 42475899 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC 93.98 PASS AF=0.0666667,0.24,0;AO=9,17,3;DP=75;FAO=5,18,0;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=5,10,0;FSAR=0,8,0;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0155723,0.0863314,0.0907902;FXX=0.0131562;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.7274,11.3264,16.7616;QD=5.01228;RBI=0.103188,0.131664,0.0920745;REFB=-0.0208071,-0.0746873,-0.0460371;REVB=-0.102006,-0.0994102,-0.0153252;RO=39;SAF=7,9,0;SAR=2,8,3;SRF=27;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.133294,-0.194932,-0.608582;STB=0.997274,0.575083,0.5;STBP=0.046,0.472,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.101744,0.0860373,0;OID=.,.,.;OPOS=42475904,42475900,42475904;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.24,0:9,17,3:75:5,18,0:75:52:5,10,0:0,8,0:34:18:57:39:7,9,0:2,8,3:27:12 chr17 42475983 . G C 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0109513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.625;QD=22.9891;RBI=0.0182999;REFB=-0.0202159;REVB=-0.0146613;RO=32;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738123;STB=0.540611;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0143121;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:18:23:15:17:18:23:15:17 chr17 42744238 . A C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0304493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9797;QD=12.0841;RBI=0.0447543;REFB=-0.0205348;REVB=0.0327993;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280622;STB=0.664693;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0336071;OID=.;OPOS=42744238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:19:11:10:6:19:11 chr17 42745385 . A G 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00744631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4579;QD=20.0297;RBI=0.0222984;REFB=0.0127062;REVB=0.0210184;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543959;STB=0.539967;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.019421;OID=.;OPOS=42745385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:12:12:11:14:12:12:11:15 chr17 42829321 . G A 220.61 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00977314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.937;QD=21.0108;RBI=0.0171934;REFB=-0.0195701;REVB=0.0141456;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329301;STB=0.533304;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0193221;OID=.;OPOS=42829321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:21:22:0.52381:14:7:6:14:14:8:6:14 chr17 42851729 . C T 59.42 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0144973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.478;QD=13.2039;RBI=0.0189457;REFB=-0.0230088;REVB=-0.012197;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0360106;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:4:6:3:5:4:6 chr17 42852061 . C T 190.55 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0628694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3455;QD=13.372;RBI=0.0987573;REFB=0.00378107;REVB=0.0761607;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678824;STB=0.512966;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0030473;OID=.;OPOS=42852061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:12:11:16:17:12:11:17:17 chr17 42852604 . G T 291.6 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0608956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6568;QD=21.6002;RBI=0.0762762;REFB=-0.0337599;REVB=0.0459324;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011567;STB=0.507552;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0176588;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:17:13:10:13:17:13:10:14 chr17 42852610 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.484;QD=56.9568;RBI=0.0619831;REFB=0;REVB=-0.0521043;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395593;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr17 42854610 . T C 379.08 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00743371;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2561;QD=22.9747;RBI=0.0107456;REFB=0.0285246;REVB=0.0077593;RO=29;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143253;STB=0.503149;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00591388;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:66:29:29:36:37:0.560606:13:23:19:10:13:24:19:10 chr17 42855554 . T C 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0463593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.474;QD=17.5642;RBI=0.056299;REFB=-0.0361498;REVB=0.0319436;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564896;STB=0.536196;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0323686;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:35:32:32:0.477612:15:17:19:13:15:17:21:14 chr17 42857430 . G A 492.27 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00354631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.766;QD=22.6332;RBI=0.00354737;REFB=-0.00339298;REVB=-8.68298e-05;RO=40;SAF=27;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837231;STB=0.546108;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.000889088;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:20:27:19:21:20:27:19:21 chr17 42857517 . C T 256.48 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0256445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.11;QD=20.9372;RBI=0.0259008;REFB=-0.0290366;REVB=-0.00363489;RO=24;SAF=19;SAR=5;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506324;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.041412;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:24:25:0.510204:5:19:19:5:5:20:19:5 chr17 42880753 . C T 188.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0078737;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2529;QD=19.8775;RBI=0.0239958;REFB=0.000241131;REVB=-0.0226673;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688096;STB=0.526732;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.000640491;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:19:19:19:0.5:11:8:9:9:11:8:9:10 chr17 42925559 . C T 213.09 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00112293;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.874;QD=14.2056;RBI=0.00474016;REFB=0.000481876;REVB=-0.00460523;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294627;STB=0.516765;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000270629;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:35:35:25:25:0.416667:7:18:26:9:7:18:26:9 chr17 42927721 . G A 272.74 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0417064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.854;QD=24.2435;RBI=0.0525743;REFB=0.00809238;REVB=-0.0320099;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00951105;OID=.;OPOS=42927721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:12:8:10:15:12:8 chr17 42937821 . G A 536.47 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0119098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.164;QD=18.9902;RBI=0.0224748;REFB=-0.0010303;REVB=0.0190598;RO=57;SAF=25;SAR=31;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136292;STB=0.575311;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00102412;OID=.;OPOS=42937821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:31:25:34:23:31:25:34:23 chr17 42961009 . C T 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0113128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.328;QD=28.7483;RBI=0.0115708;REFB=0.00300776;REVB=-0.00242998;RO=19;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164476;STB=0.590014;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.002999;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:13:17:15:4:13:17:15:4 chr17 42983095 . G A 173.93 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.101911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.271;QD=19.325;RBI=0.118636;REFB=-0.0132362;REVB=0.060735;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114369;STB=0.565142;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0212318;OID=.;OPOS=42983095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:7:11:13:5:7:11 chr17 43003484 . T C 432.47 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=3;FWDB=-0.0456161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5771;QD=23.6968;RBI=0.051787;REFB=-0.0247914;REVB=0.0245166;RO=31;SAF=24;SAR=18;SRF=28;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276321;STB=0.649938;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0247411;OID=.;OPOS=43003484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:18:24:28:3:18:24:28:3 chr17 43011906 . G A 568.49 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.0341141;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.422;QD=15.4691;RBI=0.0525986;REFB=0.0138125;REVB=0.0400355;RO=86;SAF=49;SAR=12;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301214;STB=0.67117;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0241247;OID=.;OPOS=43011906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:86:86:61:61:0.414966:12:49:49:37:12:49:49:37 chr17 43011908 . G A 609.86 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=51;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00358537;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.947;QD=16.372;RBI=0.00754889;REFB=0.00241736;REVB=-0.00664311;RO=84;SAF=51;SAR=13;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283143;STB=0.65775;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00331481;OID=.;OPOS=43011908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:84:85:64:64:0.42953:13:51:48:36:13:51:49:36 chr17 43111688 . G A 246.78 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0016152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.514;QD=17.9474;RBI=0.0111761;REFB=-0.0109448;REVB=0.0110587;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853658;STB=0.547909;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0114911;OID=.;OPOS=43111688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:14:14:11:16:14:14 chr17 43171154 . C T 348.7 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0281673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0187;QD=14.9977;RBI=0.0380904;REFB=-0.00558367;REVB=-0.0256414;RO=55;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369956;STB=0.52094;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0116742;OID=.;OPOS=43171154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:20:18:28:27:20:18:28:27 chr17 43176804 . C T 205.83 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00989612;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.268;QD=12.4743;RBI=0.02568;REFB=-0.0044242;REVB=0.0236966;RO=41;SAF=7;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290705;STB=0.668234;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00735012;OID=.;OPOS=43176804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:18:7:22:19:18:7:22:19 chr17 43181287 . A G 851.81 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.964;QD=57.7497;RBI=0.0316681;REFB=0;REVB=0.0294383;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34112e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:22:35:0:0:22:37:0:0 chr17 43183028 . G A 417.85 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00582282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.724;QD=12.9567;RBI=0.0150036;REFB=-0.0110912;REVB=-0.0138276;RO=80;SAF=26;SAR=23;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606779;STB=0.534458;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00808103;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:80:49:49:0.379845:23:26:38:42:23:26:38:42 chr17 43183108 . G A 789.91 PASS AF=0.476744;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=172;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=-0.0185051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.298;QD=18.37;RBI=0.0190787;REFB=-0.000804598;REVB=-0.00464329;RO=88;SAF=47;SAR=35;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215261;STB=0.623574;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00100381;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:88:90:82:82:0.476744:35:47:30:58:35:47:30:60 chr17 43183420 . C T 682.78 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.0013278;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.13;QD=21.3368;RBI=0.023886;REFB=-0.0131975;REVB=0.023849;RO=61;SAF=44;SAR=23;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000940938;STB=0.500517;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0145838;OID=.;OPOS=43183420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:61:61:67:67:0.523438:23:44:40:21:23:44:40:21 chr17 43192548 . GT GTC,TC 378.48 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=25,2;DP=31;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322103,0.109041;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=19.9181,6.93597;QD=48.8362;RBI=0.104016,0.111642;REFB=0,0;REVB=0.0989034,-0.0239564;RO=3;SAF=12,0;SAR=13,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0369702,-0.666583;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00643469,-0.063063;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:31:31:3:0:25,2:30,1:0.967742,0.0322581:13,2:12,0:2:1:15,1:15,0:0:0 chr17 43227763 . GGCT GGCTTTGG,TTGG 675.68 PASS AF=0.980392,0;AO=45,2;DP=53;FAO=50,0;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368419,-0.0108644;FXX=0.0377287;HRUN=3,2;LEN=4,4;MLLD=168.313,197.926;QD=52.9946;RBI=0.0391853,0.0122932;REFB=0.0351106,-0.00617787;REVB=-0.0133478,0.00575223;RO=3;SAF=26,2;SAR=19,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0292202,0.666583;STB=0.510634,0.5;STBP=0.325,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.000702844,0;OID=.,.;OPOS=43227767,43227763;OREF=-,GGCT;OALT=TTGG,TTGG;OMAPALT=GGCTTTGG,TTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:51:3:1:45,2:50,0:0.980392,0:19,0:26,2:1:2:23,0:27,0:0:1 chr17 43227766 . T TTTGG 50.0 PASS AO=33;DP=85;LEN=4;RO=52;SAF=27;SAR=22;SRF=11;SRR=25;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:85:52:33:22:27:11:25 chr17 43316360 . G A 405.53 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.006328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.093;QD=15.16;RBI=0.0203462;REFB=-0.0165933;REVB=-0.0193371;RO=61;SAF=27;SAR=19;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976098;STB=0.554847;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0229578;OID=.;OPOS=43316360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:19:27:30:31:19:27:30:31 chr17 43318777 . G GC 341.96 PASS AF=1;AO=4;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0938738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.269;QD=41.4497;RBI=0.0961644;REFB=0;REVB=0.020864;RO=28;SAF=4;SAR=0;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496644;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00211792;OID=.;OPOS=43318778;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:33:33:33:0:30:3:0:0:7:28:4:0:25:3 chr17 43318778 . GC CG 357.98 PASS AF=0.794118;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00956458;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=190.935;QD=42.1152;RBI=0.0254296;REFB=0.0142619;REVB=0.0235623;RO=4;SAF=23;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757338;STB=0.533307;STBP=0.637;TYPE=mnp;VARB=0.000538364;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:34:34:4:5:26:27:0.794118:3:23:3:1:3:24:4:1 chr17 43364293 . C CG 392.5 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.9551;QD=38.2923;RBI=0.0433025;REFB=0;REVB=-0.0178879;RO=3;SAF=22;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000904658;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:41:41:0:25:16:0:0:8:3:22:16:3:0 chr17 43923180 . G A 761.65 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312474;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.42;QD=57.4828;RBI=0.0506772;REFB=0;REVB=0.039897;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324196;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr17 43923898 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.878;QD=54.5171;RBI=0.0235968;REFB=0;REVB=-0.00704571;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232583;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr17 43924412 . T C 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.568;QD=59.9232;RBI=0.0273704;REFB=0;REVB=0.00728193;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62196e-05;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:61:44:0:0:61:44:0:0 chr17 44067382 . T C 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.077108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8056;QD=56.4856;RBI=0.0789542;REFB=-0.0847519;REVB=-0.016974;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00115198;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:23:12:0:0:23:12:0:1 chr17 44077044 . T C 84.65 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181031;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3377;QD=37.6211;RBI=0.0355904;REFB=0;REVB=0.0355443;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00484694;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:8:1:0:0 chr17 44101441 . T C 729.75 PASS AF=0.441341;AO=77;DP=178;FAO=79;FDP=179;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0341141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6629;QD=16.3072;RBI=0.038276;REFB=-0.0109479;REVB=-0.0173574;RO=100;SAF=37;SAR=40;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020846;STB=0.504688;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0196786;OID=.;OPOS=44101441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:100:100:77:79:0.441341:40:37:46:54:42:37:46:54 chr17 44109474 . G A 221.97 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00339317;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.408;QD=16.4425;RBI=0.00613304;REFB=-0.025728;REVB=0.00510887;RO=28;SAF=19;SAR=5;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575683;STB=0.501013;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0262242;OID=.;OPOS=44109474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:24:25:0.462963:5:19:21:7:6:19:22:7 chr17 44144993 . C G 724.19 PASS AF=1;AO=45;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.858;QD=56.7988;RBI=0.0611251;REFB=0;REVB=0.0589336;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258864;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:45:51:1:21:24:0:0:22:29:0:0 chr17 44606164 . G T 154.51 PASS AF=0.4;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0511113;FXX=0.183636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8607;QD=15.4506;RBI=0.0538783;REFB=0.0225601;REVB=-0.0170444;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648571;STB=0.537688;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0333479;OID=.;OPOS=44606164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:40:24:24:16:16:0.4:9:7:12:12:9:7:12:12 chr17 44998563 . G A 2126.08 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8848;QD=62.0752;RBI=0.0851287;REFB=-0.0785286;REVB=-0.0565013;RO=1;SAF=65;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98401e-05;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:137:137:1:0:136:137:1:71:65:1:0:71:66:0:0 chr17 45000547 . G C 1389.03 PASS AF=0.958333;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00521142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3666;QD=57.8762;RBI=0.0393844;REFB=-0.108519;REVB=-0.0390381;RO=4;SAF=57;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321061;STB=0.516663;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00427232;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:95:96:4:4:91:92:0.958333:34:57:4:0:34:58:4:0 chr17 45214564 . A T 61.02 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0145922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.83;QD=6.59645;RBI=0.0598092;REFB=-0.0162259;REVB=-0.0580018;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138175;STB=0.576747;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.038736;OID=.;OPOS=45214564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:37:27:28:9:9:0.243243:3:6:15:12:3:6:16:12 chr17 45214606 . G T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0103171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.74;QD=6.59521;RBI=0.010326;REFB=-0.0264566;REVB=0.00042856;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930455;STB=0.629336;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0558165;OID=.;OPOS=45214606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:37:22:28:9:9:0.243243:3:6:13:9:3:6:14:14 chr17 45214631 . G A 53.64 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0108472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.064;QD=6.7044;RBI=0.05296;REFB=-0.0128052;REVB=-0.0518373;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195377;STB=0.624688;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0358831;OID=.;OPOS=45214631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:11:13:3:5:11:13 chr17 45214643 . A C 36.04 PASS AF=0.2;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0277859;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.481;QD=4.80514;RBI=0.0314004;REFB=-0.00104209;REVB=0.0146262;RO=24;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513138;OID=.;OPOS=45214643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:31:30:24:24:5:6:0.2:3:2:12:12:3:3:12:12 chr17 45234298 . G C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=4.00993e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4644;QD=15.2927;RBI=0.035585;REFB=-0.0257991;REVB=0.035585;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400241;STB=0.736288;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0506623;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:6:3:7:2:6:3 chr17 45234343 . T G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0109221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.403;QD=9.82172;RBI=0.0123668;REFB=-0.00459531;REVB=0.00580047;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414735;STB=0.749559;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00841224;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:15:8:8:3:15:8 chr17 45234360 . A C 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0172012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.322;QD=8.23042;RBI=0.0394821;REFB=-0.00492889;REVB=-0.0355381;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434185;STB=0.770517;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.009447;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:8:2:14:11:8:2:14:11 chr17 45234403 . TT GG 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00413559;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=111.225;QD=5.37247;RBI=0.0059763;REFB=0.00474962;REVB=-0.00431428;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570558;STB=0.874063;STBP=0.035;TYPE=mnp;VARB=-0.0179341;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:7:1:18:12:7:1:18:12 chr17 45234406 . CA C 52.34 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0566003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.462;QD=6.75296;RBI=0.0620439;REFB=-0.00281717;REVB=-0.0254136;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236656;STB=0.668882;STBP=0.32;TYPE=del;VARB=0.00727945;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:8:34:8:31:23:3:5:14:9:52:26:3:5:15:11 chr17 45234417 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0209705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.255;QD=4.62976;RBI=0.0370831;REFB=-0.00832717;REVB=-0.0305842;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148935;STB=0.59968;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0313375;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:15:9:3:3:15:9 chr17 45234420 . T G 54.21 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0228556;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1574;QD=7.47691;RBI=0.0404483;REFB=0.00235961;REVB=0.033372;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337897;STB=0.702009;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00238402;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:19:21:8:8:0.275862:5:3:13:6:5:3:14:7 chr17 45266522 . T C 134.17 PASS AF=0.283582;AO=20;DP=66;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.067547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2965;QD=8.00998;RBI=0.0858695;REFB=-0.0275373;REVB=-0.0530187;RO=45;SAF=6;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206995;STB=0.608577;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0509255;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:48:20:19:0.283582:14:6:21:24:13:6:22:26 chr17 45266535 . T C 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0137548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.794;QD=11.8203;RBI=0.0455604;REFB=-0.00585646;REVB=-0.0434345;RO=43;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16877;STB=0.597909;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0153326;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:17:8:20:23:17:8:20:23 chr17 45266571 . T A 176.84 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.00103787;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.407;QD=10.2518;RBI=0.0142551;REFB=0.0151954;REVB=-0.0142172;RO=43;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451394;STB=0.776215;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00697433;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:46:23:23:0.333333:6:17:14:29:6:17:14:32 chr17 45388586 . T A 1829.34 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014115;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5562;QD=59.4908;RBI=0.0618895;REFB=-0.0851201;REVB=0.0602584;RO=2;SAF=78;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021578;STB=0.511362;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00677223;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:123:2:2:121:121:0.98374:43:78:0:2:43:78:0:2 chr17 45447832 . A G 383.12 PASS AF=0.338129;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=139;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.0150396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1733;QD=11.0249;RBI=0.0153467;REFB=-0.00876447;REVB=0.00305519;RO=92;SAF=22;SAR=25;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639003;STB=0.536736;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0281789;OID=.;OPOS=45447832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:92:92:47:47:0.338129:25:22:38:54:25:22:38:54 chr17 45451894 . G A 740.59 PASS AF=0.490446;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.0614658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6342;QD=18.8686;RBI=0.0617388;REFB=0.000784974;REVB=-0.0057998;RO=78;SAF=40;SAR=37;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111195;STB=0.56067;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00122744;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:80:77:77:0.490446:37:40:31:47:37:40:32:48 chr17 45468842 . A T 158.83 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0124175;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.521;QD=16.2906;RBI=0.0127834;REFB=-0.00172013;REVB=0.00303642;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786889;STB=0.545399;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00177004;OID=.;OPOS=45468842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:14:8:5:12:14:8 chr17 45490251 . C T 349.63 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0455845;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.311;QD=12.7139;RBI=0.0502642;REFB=-0.000974546;REVB=-0.0211788;RO=68;SAF=16;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163154;STB=0.56619;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00152774;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:68:68:42:42:0.381818:26:16:36:32:26:16:33:35 chr17 45569815 . A G 271.37 PASS AF=0.793103;AO=21;DP=27;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00251892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.039;QD=37.4303;RBI=0.00352755;REFB=-0.00970437;REVB=0.00246955;RO=4;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166784;STB=0.558231;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00262044;OID=.;OPOS=45569815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:29:4:6:21:23:0.793103:9:12:0:4:9:14:2:4 chr17 45663702 . CA AA,AC 116.64 PASS AF=0.288462,0;AO=13,2;DP=52;FAO=15,0;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0108577,-0.0133757;FXX=0.0370302;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=95.7326,119.122;QD=8.97198;RBI=0.0114888,0.10164;REFB=-0.00816092,0.00881963;REVB=0.00375546,-0.100756;RO=36;SAF=7,2;SAR=6,0;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0127938,0.418334;STB=0.51412,0.5;STBP=0.951,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0146705,0;OID=.,.;OPOS=45663702,45663702;OREF=C,CA;OALT=A,AC;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:13,2:15,0:0.288462,0:6,0:7,2:19:17:7,0:8,0:19:18 chr17 45664593 . C T 47.15 PASS AF=0.107843;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.00656355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7207;QD=1.84883;RBI=0.0225688;REFB=-0.000227084;REVB=-0.0215933;RO=91;SAF=10;SAR=1;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525339;STB=0.898118;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00242741;OID=.;OPOS=45664593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:102:91:91:11:11:0.107843:1:10:44:47:1:10:44:47 chr17 45669367 . A G 48.0 PASS AF=0.0681818;AO=21;DP=308;FAO=21;FDP=308;FR=.;FRO=287;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=176;FSRR=111;FWDB=-0.0219086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.968;QD=0.623364;RBI=0.0286453;REFB=-0.00368676;REVB=-0.0184545;RO=286;SAF=12;SAR=9;SRF=175;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459957;STB=0.540192;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0385662;OID=.;OPOS=45669367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:308:308:286:287:21:21:0.0681818:9:12:175:111:9:12:176:111 chr17 45700384 . C CCTA 723.07 PASS AF=0.850746;AO=53;DP=69;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0179527;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=3;MLLD=195.744;QD=43.1682;RBI=0.0181607;REFB=-0.0637119;REVB=-0.00274045;RO=14;SAF=32;SAR=21;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045488;STB=0.516141;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.0184783;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.850746:53:69:57:67:10:34:23:7:3:53:14:32:21:10:4 chr17 45700388 . A C 30.59 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0396655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.431;QD=1.72324;RBI=0.048048;REFB=-0.00247716;REVB=-0.0271157;RO=63;SAF=5;SAR=2;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190887;STB=0.646115;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.116257;OID=.;OPOS=45700388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:63:64:7:7:0.0985915:2:5:35:28:2:5:36:28 chr17 45727666 . C CG,G 61.98 PASS AF=0.28125,0.046875;AO=14,6;DP=65;FAO=18,3;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=15,3;FSAR=3,0;FSRF=38;FSRR=5;FWDB=0.088472,-0.0036811;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=7.69066,31.1725;QD=3.87379;RBI=0.275467,0.102214;REFB=-0.129495,-0.0362083;REVB=0.260873,0.102148;RO=43;SAF=13,5;SAR=1,1;SRF=38;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163223,-0.12399;STB=0.569823,0.9941;STBP=0.659,0.385;TYPE=ins,snp;VARB=0.153623,0.15101;OID=.,.;OPOS=45727667,45727666;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:65:64:43:43:14,6:18,3:0.28125,0.046875:1,1:13,5:38:5:3,0:15,3:38:5 chr17 45735975 . G A 391.31 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0125097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8874;QD=16.4761;RBI=0.0175465;REFB=-0.00679853;REVB=-0.0123039;RO=53;SAF=11;SAR=30;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227385;STB=0.634942;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00670093;OID=.;OPOS=45735975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:53:54:41:41:0.431579:30:11:25:28:30:11:26:28 chr17 45750468 . T C 515.01 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.027776;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.248;QD=18.8996;RBI=0.0334756;REFB=-0.0150363;REVB=-0.0186845;RO=56;SAF=29;SAR=25;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505233;STB=0.523314;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0170613;OID=.;OPOS=45750468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:56:55:54:54:0.495413:25:29:27:29:25:29:27:28 chr17 45760349 . T C 1382.22 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.791;QD=61.4318;RBI=0.0284709;REFB=-0.161626;REVB=0.00214234;RO=0;SAF=59;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04906e-08;STB=0.504131;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000235088;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:88:89:0.988889:29:59:0:0:29:60:1:0 chr17 45760429 . T C 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.997;QD=59.425;RBI=0.0448425;REFB=0.000496358;REVB=0.0348381;RO=1;SAF=36;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128654;STB=0.506846;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000181814;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:6:36:1:0:6:36:1:0 chr17 45760433 . T C 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00102154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.289;QD=59.425;RBI=0.0395828;REFB=-0.0704645;REVB=0.0395696;RO=1;SAF=36;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128654;STB=0.506846;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00190662;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:6:36:1:0:6:36:1:0 chr17 45822117 . G A 147.7 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0214524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.968;QD=17.3766;RBI=0.0289899;REFB=-0.0132168;REVB=0.019499;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102873;STB=0.558751;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0140445;OID=.;OPOS=45822117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:7:11:8:8:7:11 chr17 45885687 . A G 1293.73 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425578;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.886;QD=61.6061;RBI=0.0428823;REFB=0;REVB=-0.00526595;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6831e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:81:84:1:40:41:0:0:41:43:0:0 chr17 45885756 . C T 640.97 PASS AF=0.547009;AO=63;DP=117;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0281621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.185;QD=21.9135;RBI=0.0285209;REFB=-0.0282917;REVB=0.00450975;RO=51;SAF=35;SAR=28;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211237;STB=0.601344;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0213899;OID=.;OPOS=45885756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:53:63:64:0.547009:28:35:15:36:29:35:17:36 chr17 45901689 . T C 240.3 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.0105607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.333;QD=16.5721;RBI=0.0107745;REFB=-0.0113326;REVB=0.00213596;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264383;STB=0.658532;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0161736;OID=.;OPOS=45901689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:26:27:0.465517:11:15:25:5:12:15:26:5 chr17 45915788 . T C 444.49 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9963;QD=57.3529;RBI=0.0301456;REFB=0;REVB=0.00610232;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225479;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:12:16:0:0:13:18:0:0 chr17 45994044 . C T 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6261;QD=58.7751;RBI=0.0734025;REFB=0;REVB=0.0670707;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315947;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:18:47:0:0:18:47:0:0 chr17 45994094 . T C 1380.7 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0920026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7479;QD=61.3644;RBI=0.0923021;REFB=0.0973682;REVB=-0.00742958;RO=1;SAF=74;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636265;STB=0.503355;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00513891;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:15:74:1:0:15:74:1:0 chr17 45994154 . G A 510.54 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8992;QD=58.3475;RBI=0.0798562;REFB=0;REVB=-0.0431137;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011259;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:32:35:1:22:10:0:0:22:13:0:0 chr17 46002744 . G T 1189.77 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.301;QD=61.0138;RBI=0.00743482;REFB=0;REVB=0.00374968;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41839e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:33:45:0:0 chr17 46005792 . A ACT 1264.53 PASS AF=0.924731;AO=84;DP=95;FAO=86;FDP=93;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00225544;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.734;QD=54.3883;RBI=0.00763352;REFB=-0.0301786;REVB=0.00729271;RO=8;SAF=41;SAR=43;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224738;STB=0.506252;STBP=0.628;TYPE=ins;VARB=0.00280119;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.924731:84:95:86:93:7:42:44:4:3:24:8:41:43:5:3 chr17 46026156 . A G 369.29 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0232493;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.417;QD=52.7553;RBI=0.131632;REFB=-0.103722;REVB=-0.129562;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000392705;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr17 46029962 . ACTCT A 257.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00774394;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=4;MLLD=261.813;QD=14.6895;RBI=0.0105608;REFB=-0.0333955;REVB=-0.00718062;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127091;STB=0.510302;STBP=0.912;TYPE=del;VARB=0.0348979;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:27:71:30:70:40:19:11:26:14:99:39:17:10:25:14 chr17 46059071 . T C 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0165358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.281;QD=28.0796;RBI=0.0186968;REFB=-0.0140838;REVB=0.00872581;RO=15;SAF=17;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243604;STB=0.634744;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00738992;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:8:17:5:10:8:17:5:10 chr17 46136133 . G C 220.89 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.051577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.941;QD=18.0315;RBI=0.0519706;REFB=-0.00484138;REVB=-0.00638395;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563503;STB=0.510195;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00457021;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:27:22:22:0.44898:11:11:14:11:11:11:14:13 chr17 46137055 . GCTGGAC G 323.15 PASS AF=0.478873;AO=32;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00279422;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=6;MLLD=290.975;QD=18.2054;RBI=0.0170962;REFB=-0.0309114;REVB=0.0168663;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139654;STB=0.621861;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0297201;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478873:32:71:34:71:37:20:14:13:24:99:28:19:13:12:16 chr17 46166073 . G A 539.6 PASS AF=0.331658;AO=66;DP=199;FAO=66;FDP=199;FR=.;FRO=133;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=86;FWDB=-0.0148899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.449;QD=10.8463;RBI=0.0166433;REFB=-0.014259;REVB=-0.00743559;RO=131;SAF=25;SAR=41;SRF=47;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248207;STB=0.518193;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0316411;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:131:133:66:66:0.331658:41:25:47:84:41:25:47:86 chr17 46262171 . C T 390.96 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00364383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.048;QD=16.6367;RBI=0.0040929;REFB=0.00545783;REVB=0.00186395;RO=53;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839646;STB=0.547227;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00563654;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:16:25:28:25:16:25:28:25 chr17 46607021 . T C 2444.52 PASS AF=0.981818;AO=161;DP=164;FAO=162;FDP=165;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0214379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9119;QD=59.261;RBI=0.0290886;REFB=-0.0118747;REVB=0.0196612;RO=3;SAF=84;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00505397;STB=0.502588;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00200955;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:165:3:3:161:162:0.981818:77:84:2:1:77:85:2:1 chr17 46607817 . C T 776.93 PASS AF=0.6;AO=72;DP=120;FAO=72;FDP=120;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00753254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5148;QD=25.8975;RBI=0.0207837;REFB=-0.0199784;REVB=0.0193707;RO=48;SAF=31;SAR=41;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172692;STB=0.593767;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0166872;OID=.;OPOS=46607817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:48:48:72:72:0.6:41:31:32:16:41:31:32:16 chr17 46607958 . T A 191.11 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0490442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0737;QD=14.7006;RBI=0.0717516;REFB=-0.0526154;REVB=-0.0523733;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119288;STB=0.52172;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0708039;OID=.;OPOS=46607958;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:29:21:23:0.442308:10:11:15:13:12:11:15:14 chr17 46608030 . G A 114.01 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0209849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.804;QD=18.2415;RBI=0.0235151;REFB=-0.0168949;REVB=0.0106109;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0419426;OID=.;OPOS=46608030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:5:7:7:6:5:7 chr17 46608183 . TGGGGCGCTGTGGGCGCTGTA GTGGGCGCTGTGGGCGCTGTA,TGGGGCGCTGTGGGCGCTGTG,TGGGGCGCTGTGGGCGCTGTGGGCGCTGTA 145.55 PASS AF=0,0.0149254,0.298507;AO=5,3,14;DP=76;FAO=0,1,20;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=0,1,19;FSAR=0,0,1;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00334428,-0.0209758,0.00172651;FXX=0.118405;HRUN=2,1,0;LEN=2,1,9;MLLD=278.599,94.7935,274.86;QD=8.68963;RBI=0.0405974,0.0969459,0.0229263;REFB=-0.00409746,-0.0144902,-0.00087449;REVB=-0.0404594,-0.0946495,-0.0228612;RO=38;SAF=5,3,14;SAR=0,0,0;SRF=23;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.582876,0.471153,0.756754;STB=0.5,0.988347,0.891506;STBP=1,0.49,0.002;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,-0.0592036,0.00255686;OID=.,.,.;OPOS=46608183,46608203,46608185;OREF=TG,A,-;OALT=GT,G,GGGCGCTGT;OMAPALT=GTGGGCGCTGTGGGCGCTGTA,TGGGGCGCTGTGGGCGCTGTG,TGGGGCGCTGTGGGCGCTGTGGGCGCTGTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:76:67:38:46:5,3,14:0,1,20:0,0.0149254,0.298507:0,0,0:5,3,14:23:15:0,0,1:0,1,19:27:19 chr17 46620095 . G T 425.03 PASS AF=0.381679;AO=49;DP=132;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0184961;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7247;QD=12.9781;RBI=0.0441489;REFB=-0.0159015;REVB=-0.0400877;RO=80;SAF=23;SAR=26;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128446;STB=0.561753;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0139761;OID=.;OPOS=46620095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:80:81:49:50:0.381679:26:23:47:33:26:24:47:34 chr17 46620111 . T C 226.08 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.079338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.776;QD=8.61247;RBI=0.0794969;REFB=-0.00862749;REVB=0.0050242;RO=74;SAF=18;SAR=13;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000534637;STB=0.500315;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233385;OID=.;OPOS=46620111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:74:31:31:0.295238:13:18:43:31:13:18:43:31 chr17 46626811 . G GGACA 400.53 PASS AF=0.837838;AO=29;DP=41;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0112692;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=348.924;QD=43.3003;RBI=0.0219177;REFB=-0.0226364;REVB=-0.0187987;RO=7;SAF=19;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13956;STB=0.55347;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=0.00482165;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.837838:29:41:31:37:6:20:11:2:4:33:7:19:10:2:5 chr17 46629593 . G T 354.76 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0442886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.401;QD=18.9207;RBI=0.0465342;REFB=-0.0140339;REVB=0.0142811;RO=34;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137465;STB=0.519845;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0158011;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:38:37:37:0.493333:19:18:16:18:19:18:17:21 chr17 46651177 . GCCCG CGCCC,CGCCG,GCC,GCCAC,GCCG,GCGCC,GGCCC 70.97 PASS AF=0,0.0540541,0,0.0540541,0.324324,0.027027,0;AO=2,7,7,2,6,2,2;DP=44;FAO=0,2,0,2,12,1,0;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=0,0,0,0,10,0,0;FSAR=0,2,0,2,2,1,0;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0740825,-0.0823231,-0.18973,-0.0746553,-0.162973,-0.0819294,-0.0639805;FXX=0.177738;HRUN=1,1,3,3,3,3,3;LEN=5,2,2,2,1,3,4;MLLD=86.4829,86.7726,15.8409,94.249,10.0309,85.4365,20.2985;QD=7.67195;RBI=0.15596,0.0849818,0.213692,0.0838308,0.210031,0.138306,0.274481;REFB=-0.0157794,-0.0157228,-0.101604,-0.0231405,-0.173486,-0.0181946,-0.00612178;REVB=-0.137241,-0.0210907,-0.0983194,-0.0381338,0.132487,-0.111427,-0.26692;RO=13;SAF=0,0,6,0,6,0,0;SAR=2,7,1,2,0,2,2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.490041,-0.724122,0.576917,-0.490041,0.778902,-0.490041,-0.490041;STB=0.5,0.993251,0.5,0.993251,0.814671,0.986969,0.5;STBP=1,0.3,1,0.3,0.009,0.46,1;TYPE=mnp,mnp,del,mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.216947,0.0878293,0.08908,0.165795,0.148296,0;OID=.,.,.,.,.,.,.;OPOS=46651177,46651177,46651180,46651180,46651178,46651179,46651178;OREF=GCCCG,GC,CG,CG,C,CCG,CCCG;OALT=CGCCC,CG,-,AC,-,GCC,GCCC;OMAPALT=CGCCC,CGCCG,GCC,GCCAC,GCCG,GCGCC,GGCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/5:42:44:37:13:20:2,7,7,2,6,2,2:0,2,0,2,12,1,0:0,0.0540541,0,0.0540541,0.324324,0.027027,0:2,7,1,2,0,2,2:0,0,6,0,6,0,0:4:9:0,2,0,2,2,1,0:0,0,0,0,10,0,0:7:13 chr17 46670520 . T C 884.2 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00738322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.353;QD=53.5879;RBI=0.0345612;REFB=-0.0591748;REVB=-0.0337634;RO=3;SAF=51;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632944;STB=0.533621;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00212332;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:12:51:1:2:12:51:1:2 chr17 46688256 . T C 652.67 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2121;QD=62.1587;RBI=0.0903061;REFB=0;REVB=0.0882107;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100577;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:22:18:0:0:24:18:0:0 chr17 46842983 . T C 194.16 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000697224;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7756;QD=15.228;RBI=0.0189289;REFB=0.00512105;REVB=0.018916;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860723;STB=0.54931;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00711874;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:6:16:19:10:6:16:19:10 chr17 46877063 . G A 678.8 PASS AF=0.440476;AO=74;DP=168;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.00442525;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.449;QD=16.1618;RBI=0.0205428;REFB=-0.00832231;REVB=-0.0200605;RO=93;SAF=39;SAR=35;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539946;STB=0.526692;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00953315;OID=.;OPOS=46877063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:93:94:74:74:0.440476:35:39:54:39:35:39:54:40 chr17 46881748 . T C 211.76 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0121799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.544;QD=19.6982;RBI=0.0188501;REFB=-0.00363541;REVB=0.0143866;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117528;STB=0.566601;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00366751;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:12:10:7:14:12:10 chr17 46923384 . G A,C 1368.72 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=85,4;DP=91;FAO=87,3;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44,3;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100933,-0.0495999;FXX=0.0109878;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.89,18.0462;QD=60.832;RBI=0.0302943,0.0807953;REFB=0,0;REVB=-0.0285634,-0.0637787;RO=0;SAF=43,4;SAR=42,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000238031,0.219413;OID=.,.;OPOS=46923384,46923384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:91:90:0:0:85,4:87,3:0.966667,0.0333333:42,0:43,4:0:0:43,0:44,3:0:0 chr17 46926615 . G A 740.76 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8609;QD=60.4703;RBI=0.127933;REFB=-0.0662571;REVB=0.127853;RO=2;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00505542;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:2:0:47:49:1:16:31:0:2:18:31:0:0 chr17 46934007 . A C 740.22 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.531;QD=56.9398;RBI=0.0547859;REFB=0;REVB=0.0389617;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253155;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr17 46970836 . A G 1151.69 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.342;QD=60.6151;RBI=0.0550109;REFB=0;REVB=0.0482509;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77443e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:30:43:0:0:33:43:0:0 chr17 46971140 . G A 361.29 PASS AF=0.878788;AO=27;DP=31;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00199854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1925;QD=43.7926;RBI=0.0720764;REFB=-0.0741101;REVB=0.0720486;RO=4;SAF=21;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807558;STB=0.539974;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0503981;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:31:33:4:4:27:29:0.878788:6:21:4:0:6:23:4:0 chr17 46972479 . ATCTC A 597.54 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540467;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.312;QD=61.2863;RBI=0.0554974;REFB=0;REVB=0.0126059;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000151362;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:39:39:0:8:31:0:0:4:0:7:31:0:0 chr17 47000251 . C T 1627.8 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291225;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.667;QD=59.1928;RBI=0.0291253;REFB=-0.0927071;REVB=0.000398388;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.504131;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.000112907;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:49:60:0:0:49:60:1:0 chr17 47014675 . C T 482.45 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1444;QD=58.4789;RBI=0.0469266;REFB=0;REVB=0.0294203;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787736;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr17 47026800 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0351843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.707;QD=16.4266;RBI=0.0352129;REFB=-0.0139714;REVB=-0.00141713;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307182;STB=0.677107;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0161601;OID=.;OPOS=47026800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:8:3:7:4:8:3 chr17 47026836 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4986;QD=53.9095;RBI=0.0256168;REFB=0;REVB=-0.0131447;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269093;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr17 47039132 . T C 600.63 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.885;QD=58.5979;RBI=0.0227802;REFB=-0.120714;REVB=0.00517876;RO=1;SAF=28;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164521;STB=0.50847;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000753931;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:11:28:1:0:11:29:1:0 chr17 47076549 . TCG CTT,TCT 132.35 PASS AF=0,0.380952;AO=2,4;DP=45;FAO=0,16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=0,11;FSAR=0,5;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00514272,0.00270814;FXX=0.10636;HRUN=4,8;LEN=3,1;MLLD=63.3523,58.6701;QD=12.6047;RBI=0.0924365,0.16119;REFB=-0.0211419,-0.024581;REVB=0.0922933,0.161167;RO=24;SAF=2,2;SAR=0,2;SRF=20;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.376832,-0.424866;STB=0.5,0.592488;STBP=1,0.426;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0306672;OID=.,.;OPOS=47076549,47076551;OREF=TCG,G;OALT=CTT,T;OMAPALT=CTT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:42:24:26:2,4:0,16:0,0.380952:0,2:2,2:20:4:0,5:0,11:21:5 chr17 47210429 . A G 754.13 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0921768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2257;QD=56.9156;RBI=0.0953107;REFB=0;REVB=-0.02424;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100768;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr17 47210469 . G A 158.4 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0123823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3346;QD=10.057;RBI=0.105423;REFB=-0.00476134;REVB=0.104693;RO=42;SAF=4;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351012;STB=0.709397;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0239884;OID=.;OPOS=47210469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:17:4:19:23:17:4:19:23 chr17 47241604 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.929;QD=58.0604;RBI=0.022441;REFB=0;REVB=0.019012;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49426e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr17 47297297 . T C 1651.52 PASS AF=0.974138;AO=111;DP=117;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0328428;FXX=0.0169477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.025;QD=56.9489;RBI=0.0328458;REFB=-0.0764341;REVB=-0.000446736;RO=2;SAF=48;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231145;STB=0.506124;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.000755557;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:117:116:2:3:111:113:0.974138:63:48:1:1:64:49:2:1 chr17 47297537 . C A 571.56 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=57;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=12;FWDB=-0.0069258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.336;QD=19.2121;RBI=0.00892444;REFB=-0.0192368;REVB=0.00562841;RO=59;SAF=57;SAR=2;SRF=47;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509301;STB=0.791524;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0194185;OID=.;OPOS=47297537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:60:59:59:0.495798:2:57:47:12:2:57:48:12 chr17 47375088 . AAT AAA,AA,AATT,A 57.3 PASS AF=0,0.425532,0,0;AO=2,12,6,5;DP=48;FAO=0,20,0,0;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=0,13,0,0;FSAR=0,7,0,0;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.031212,0.0355993,-0.0380896,0.00468038;FXX=0;HRUN=7,7,7,5;LEN=1,1,1,2;MLLD=12.5099,9.65372,7.44828,16.3164;QD=4.87634;RBI=0.120517,0.0808738,0.0914078,0.0432267;REFB=-0.0482889,-0.00153515,-0.00181969,0.0476111;REVB=0.116405,0.0726172,-0.0830937,-0.0429725;RO=18;SAF=0,11,2,3;SAR=2,1,4,2;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.705868,0.212119,-0.537648,-0.322201;STB=0.5,0.534572,0.5,0.5;STBP=1,0.728,1,1;TYPE=snp,del,ins,del;VARB=0,0.0252472,0,-0.104899;OID=.,.,.,.;OPOS=47375090,47375090,47375090,47375089;OREF=T,T,-,AT;OALT=A,-,T,-;OMAPALT=AAA,AA,AATT,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.425532,0,0:2,12,6,5:48:0,20,0,0:47:27:0,13,0,0:0,7,0,0:19:8:58:18:0,11,2,3:2,1,4,2:15:3 chr17 47588000 . C T 241.49 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.050266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.681;QD=21.9537;RBI=0.0552296;REFB=-0.0432989;REVB=-0.0228831;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307167;STB=0.517226;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0179914;OID=.;OPOS=47588000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:8:15:13:8:8:15:13:8 chr17 47888852 . A G 491.32 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.117;QD=56.1512;RBI=0.0708391;REFB=-0.119144;REVB=0.0674358;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00725164;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:35:1:1:32:34:0.971429:17:15:0:1:19:15:0:1 chr17 47903381 . C T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0380283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.162;QD=17.9427;RBI=0.0382069;REFB=-0.0112078;REVB=0.0036905;RO=29;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165419;STB=0.59315;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0172907;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:8:20:16:13:8:20:16:13 chr17 48067439 . G A 283.7 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0303346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8136;QD=42.0291;RBI=0.0307581;REFB=-0.106246;REVB=0.00508657;RO=4;SAF=10;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863134;STB=0.565163;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0170715;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:4:3:23:24:0.888889:13:10:3:1:14:10:3:0 chr17 48067953 . T C 1076.69 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0275576;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.977;QD=57.4233;RBI=0.0718842;REFB=-0.0653291;REVB=0.0663922;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.517237;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000662763;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:0:2:73:73:0.973333:28:45:0:0:28:45:0:2 chr17 48149386 . C T 1182.88 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2327;QD=60.6604;RBI=0.0155772;REFB=0;REVB=-0.00317892;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2285e-05;OID=.;OPOS=48149386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:40:35:0:0:41:37:0:0 chr17 48151353 . T C 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1586;QD=60.0291;RBI=0.0401606;REFB=0;REVB=0.006998;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010305;OID=.;OPOS=48151353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr17 48155425 . G A 1230.94 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2423;QD=60.046;RBI=0.0363454;REFB=-0.0746857;REVB=0.00373324;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00120107;OID=.;OPOS=48155425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:35:46:1:0:35:46:1:0 chr17 48165699 . AG AC,A 45.6 PASS AF=0.032967,0.153846;AO=5,21;DP=93;FAO=3,14;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=3,12;FSAR=0,2;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0311186,-0.091609;FXX=0.0215031;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=70.1101,9.86143;QD=2.00424;RBI=0.0344928,0.244474;REFB=-0.0132006,-0.0498517;REVB=0.014879,0.226661;RO=52;SAF=5,18;SAR=0,3;SRF=23;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0.376812;SSSB=0.600072,0.534666;STB=0.996814,0.845129;STBP=0.049,0.013;TYPE=snp,del;VARB=0.142312,0.0438663;OID=.,.;OPOS=48165700,48165700;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.032967,0.153846:5,21:93:3,14:91:74:3,12:0,2:34:40:33:52:5,18:0,3:23:29 chr17 48166980 . C T 641.41 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00628448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.198;QD=58.3103;RBI=0.00680592;REFB=-0.0134375;REVB=-0.00261263;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=9.73721e-06;OID=.;OPOS=48166980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:42:43:0.977273:17:25:0:0:18:25:1:0 chr17 48174908 . C T 2182.66 PASS AF=0.959459;AO=142;DP=149;FAO=142;FDP=148;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0443256;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.732;QD=58.9909;RBI=0.0550339;REFB=-0.164219;REVB=0.0326186;RO=1;SAF=83;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569488;STB=0.503432;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00178804;OID=.;OPOS=48174908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:149:148:1:6:142:142:0.959459:59:83:1:0:59:83:4:2 chr17 48211533 . T G 101.96 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.339;QD=40.7849;RBI=0.010227;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.065e-05;OID=.;OPOS=48211533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:0:9:0:0:0:10:0:0 chr17 48226811 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.805;QD=57.6801;RBI=0.0461092;REFB=0;REVB=0.00258279;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001709;OID=.;OPOS=48226811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr17 48258140 . T C 808.56 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0213274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.97;QD=53.9038;RBI=0.0549056;REFB=-0.0271574;REVB=0.0505942;RO=2;SAF=35;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261941;STB=0.513884;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000661656;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:23:35:2:0:23:35:2:0 chr17 48258321 . C T 837.49 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335631;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.771;QD=57.7582;RBI=0.0249461;REFB=0;REVB=0.0247193;RO=0;SAF=54;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155349;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:4:54:0:0:4:54:0:0 chr17 48265495 . T C 302.59 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.675;QD=52.6236;RBI=0.0219559;REFB=0;REVB=0.00404444;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87772e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr17 48267291 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.325;QD=50.413;RBI=0.0649576;REFB=0;REVB=0.0212356;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010405;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr17 48268223 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.379;QD=61.8141;RBI=0.0205044;REFB=-0.103635;REVB=0.00302348;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000363916;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:48:49:0.98:26:22:0:0:26:23:0:1 chr17 48276971 . G C 492.43 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00404862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.337;QD=20.099;RBI=0.00723126;REFB=-0.0205701;REVB=-0.00599164;RO=50;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15019;STB=0.583299;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0184543;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:28:20:29:21:28:20:29:21 chr17 48356260 . G C 291.7 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0141735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.811;QD=21.6075;RBI=0.0397013;REFB=-0.0151699;REVB=0.0370851;RO=23;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116833;STB=0.578892;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0100917;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:8:22:14:9:8:22:14:10 chr17 48431032 . G A 327.77 PASS AF=0.479452;AO=36;DP=71;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0478461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0301;QD=17.96;RBI=0.0515465;REFB=-0.0452894;REVB=-0.0191777;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373201;STB=0.521115;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.057262;OID=.;OPOS=48431032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:38:36:35:0.479452:19:17:18:17:18:17:20:18 chr17 48431197 . C T 160.54 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00811919;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.955;QD=18.3477;RBI=0.00907482;REFB=-0.0115087;REVB=0.00405352;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205826;STB=0.599886;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0113253;OID=.;OPOS=48431197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:9:8:12:5:9:8:12:6 chr17 48432324 . G C 325.8 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0106119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.917;QD=24.589;RBI=0.0115375;REFB=-0.0118538;REVB=-0.00452789;RO=21;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120232;STB=0.565997;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00579732;OID=.;OPOS=48432324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:16:16:14:7:16:16:14:7 chr17 48433958 . T C 538.05 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00314348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.731;QD=24.1822;RBI=0.00332359;REFB=-0.0141664;REVB=0.00107925;RO=39;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11705;STB=0.559644;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.011922;OID=.;OPOS=48433958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:39:39:49:50:0.561798:22:27:27:12:22:28:27:12 chr17 48437456 . C G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00419888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6955;QD=19.4207;RBI=0.0226724;REFB=-0.00941317;REVB=0.0222802;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427534;STB=0.523793;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00880899;OID=.;OPOS=48437456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:18:9:11:18:18:9 chr17 48445674 . CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGC CCTGGTCAGCTGGTCAGC,CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGT 372.78 PASS AF=0.25,0.75;AO=6,17;DP=28;FAO=7,21;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=4,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143903,-0.00142979;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=283.277,46.6987;QD=53.2536;RBI=0.0329228,0.0109761;REFB=0,0;REVB=0.0296113,-0.0108826;RO=0;SAF=3,9;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00560226,-0.0063477;OID=.,.;OPOS=48445675,48445699;OREF=CTGGTCAG,C;OALT=-,T;OMAPALT=CCTGGTCAGCTGGTCAGC,CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:6,17:28:7,21:28:0:3,12:4,9:0:0:42:0:3,9:3,8:0:0 chr17 48452776 . A C 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424464;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.571;QD=60.2525;RBI=0.0346933;REFB=0;REVB=0.0344327;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114989;OID=.;OPOS=48452776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr17 48452978 . A AAGC 189.29 PASS AF=0.4;AO=19;DP=65;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00248563;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=294.643;QD=12.6197;RBI=0.0189645;REFB=-0.0121194;REVB=0.0188009;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962204;STB=0.59992;STBP=0.244;TYPE=ins;VARB=0.0201016;OID=.;OPOS=48452979;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:19:65:24:60:36:12:12:24:12:99:41:11:8:27:14 chr17 48455985 . A T 478.4 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0163418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.459;QD=16.9347;RBI=0.0180088;REFB=-0.00124629;REVB=-0.00756726;RO=60;SAF=19;SAR=33;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354934;STB=0.516181;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00160637;OID=.;OPOS=48455985;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:61:52:52:0.460177:33:19:24:36:33:19:24:37 chr17 48456193 . T C 897.16 PASS AF=0.561644;AO=82;DP=146;FAO=82;FDP=146;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0184626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.876;QD=24.5798;RBI=0.0197952;REFB=-0.0245892;REVB=-0.00714018;RO=64;SAF=36;SAR=46;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114845;STB=0.506263;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.018621;OID=.;OPOS=48456193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:64:64:82:82:0.561644:46:36:29:35:46:36:29:35 chr17 48458184 . C T 337.53 PASS AF=0.39;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0172993;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3329;QD=13.5014;RBI=0.0511477;REFB=0.000448851;REVB=0.0481334;RO=61;SAF=27;SAR=12;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275492;STB=0.65706;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000137838;OID=.;OPOS=48458184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:61:61:39:39:0.39:12:27:27:34:12:27:27:34 chr17 48472270 . C T 745.63 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2037;QD=60.8674;RBI=0.0522157;REFB=0;REVB=-0.00767678;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100755;OID=.;OPOS=48472270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:49:0:0:44:49:1:30:14:0:0:30:19:0:0 chr17 48539035 . T C 119.11 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0323254;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.356;QD=12.5377;RBI=0.0323691;REFB=-0.00346398;REVB=0.00168125;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263109;STB=0.669041;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00358298;OID=.;OPOS=48539035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:14:14:0.368421:10:4:12:11:10:4:13:11 chr17 48557326 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0195901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8366;QD=17.8268;RBI=0.0381009;REFB=-0.0207559;REVB=-0.0326789;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0345888;OID=.;OPOS=48557326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr17 48557348 . T C 106.92 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.000824701;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.979;QD=20.365;RBI=0.00766513;REFB=-0.0219557;REVB=0.00762063;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10909;STB=0.599822;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0126959;OID=.;OPOS=48557348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:8:9:12:12:0.571429:3:9:5:3:3:9:5:4 chr17 48559559 . A G 114.3 PASS AF=0.318182;AO=12;DP=41;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.0150773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.703;QD=10.3912;RBI=0.015885;REFB=-0.0116426;REVB=-0.00500091;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359027;STB=0.718072;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0284273;OID=.;OPOS=48559559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:29:30:12:14:0.318182:4:8:26:3:6:8:26:4 chr17 48595017 . C T 276.59 PASS AF=0.346939;AO=30;DP=94;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00484189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8049;QD=11.2892;RBI=0.0526154;REFB=-0.0105768;REVB=-0.0523921;RO=63;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0315894;OID=.;OPOS=48595017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:63:64:30:34:0.346939:17:13:31:32:17:17:32:32 chr17 48595988 . G C 183.25 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0232507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.461;QD=12.0164;RBI=0.025732;REFB=-0.0124027;REVB=-0.0110246;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141468;STB=0.589158;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00994851;OID=.;OPOS=48595988;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:13:10:21:16:13:10:22:16 chr17 48597114 . C T 422.29 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0246235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6831;QD=20.8537;RBI=0.02499;REFB=-0.00725672;REVB=0.00426444;RO=38;SAF=18;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106931;STB=0.56534;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00557602;OID=.;OPOS=48597114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:24:18:21:17:24:18:22:17 chr17 48598785 . G A 479.92 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0564021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.632;QD=17.14;RBI=0.0564043;REFB=-0.0193335;REVB=0.000491579;RO=60;SAF=27;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458205;STB=0.52549;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0196879;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:25:27:34:26:25:27:34:26 chr17 48599450 . A T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0137572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.463;QD=12.4026;RBI=0.0168414;REFB=0.00207933;REVB=0.00971453;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275023;STB=0.666481;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00299819;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:8:8:7:21:8:8:7:22 chr17 48606537 . C G 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.000499478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7351;QD=8.73536;RBI=0.0266502;REFB=-0.0120482;REVB=0.0266455;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10924;STB=0.566785;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0286771;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:13:7:4:5:13:7 chr17 48608717 . T C 525.7 PASS AF=0.466667;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00317158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.21;QD=17.5235;RBI=0.0100863;REFB=0.00183091;REVB=-0.00957472;RO=64;SAF=31;SAR=24;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769736;STB=0.537024;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00172685;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:55:56:0.466667:24:31:31:33:25:31:31:33 chr17 48610272 . G C 512.53 PASS AF=0.5;AO=51;DP=105;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.00184205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.332;QD=18.9827;RBI=0.0114847;REFB=-0.0199312;REVB=0.011336;RO=54;SAF=39;SAR=12;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748209;STB=0.523551;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0188518;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:54:54:51:54:0.5:12:39:38:16:14:40:38:16 chr17 48613837 . A G 352.78 PASS AF=0.37069;AO=42;DP=114;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00183585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.688;QD=12.1647;RBI=0.00747224;REFB=-0.0118735;REVB=-0.00724321;RO=72;SAF=23;SAR=19;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220747;STB=0.515181;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0233407;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:72:73:42:43:0.37069:19:23:38:34:19:24:39:34 chr17 48618360 . C T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.231117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.14;QD=17.8265;RBI=0.231118;REFB=-0.00650994;REVB=0.000672744;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320624;STB=0.677208;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00823058;OID=.;OPOS=48618360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:0:11:10:2:0:11 chr17 48628160 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0280191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.296;QD=9.11043;RBI=0.0282905;REFB=-0.00871735;REVB=-0.00390983;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452226;STB=0.768678;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.011453;OID=.;OPOS=48628160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:3:13:3:5:3:13 chr17 48628470 . T A 530.49 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.00260279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3483;QD=15.1569;RBI=0.0133179;REFB=-0.00958631;REVB=-0.0130611;RO=80;SAF=32;SAR=26;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278118;STB=0.508943;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0218961;OID=.;OPOS=48628470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:82:58:58:0.414286:26:32:42:38:26:32:44:38 chr17 48629458 . A G 1357.46 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9278;QD=62.4119;RBI=0.0162208;REFB=0;REVB=-0.00191906;RO=0;SAF=71;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.89571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99206e-05;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:15:71:0:0:16:71:0:0 chr17 48653354 . C A 232.77 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0392667;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.459;QD=14.7793;RBI=0.0416002;REFB=-0.00602291;REVB=0.0137368;RO=34;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322129;STB=0.669373;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00553826;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:36:27:27:0.428571:19:8:21:13:19:8:21:15 chr17 48703752 . T C 600.37 PASS AF=0.512605;AO=59;DP=117;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0232593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6013;QD=20.1806;RBI=0.0450258;REFB=-0.0272723;REVB=0.038553;RO=56;SAF=28;SAR=31;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116762;STB=0.570035;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0227464;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:56:58:59:61:0.512605:31:28:34:22:33:28:35:23 chr17 48712705 . G A 870.83 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655826;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3879;QD=58.0553;RBI=0.0759404;REFB=0;REVB=0.0382865;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487107;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:38:22:0:0 chr17 48712711 . C G 795.99 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0229794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4404;QD=52.1962;RBI=0.0328502;REFB=-0.104983;REVB=0.0234751;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519993;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00148514;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:0:3:58:58:0.95082:36:22:0:0:36:22:0:3 chr17 48753423 . C T 172.34 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0430303;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0127;QD=11.1187;RBI=0.0435035;REFB=-0.00757834;REVB=-0.00639905;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742444;STB=0.543244;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0128447;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:21:19:9:13:21:19 chr17 48755388 . C T 502.72 PASS AF=0.509615;AO=50;DP=102;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0489561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.897;QD=19.3354;RBI=0.104526;REFB=-0.0284006;REVB=0.0923525;RO=52;SAF=23;SAR=27;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124696;STB=0.566449;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0285084;OID=.;OPOS=48755388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:52:51:50:53:0.509615:27:23:31:21:28:25:31:20 chr17 48761105 . C T 60.34 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.000639895;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5871;QD=15.0859;RBI=0.0302525;REFB=0.00544809;REVB=-0.0302457;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0082569;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:8:8:8:8:0.5:3:5:3:5:3:5:3:5 chr17 48834023 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0123789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.76;QD=14.9781;RBI=0.0130272;REFB=0.00765358;REVB=0.00405828;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0145049;OID=.;OPOS=48834023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:8:3:6:4:8:3 chr17 48834032 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00648763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.957;QD=15.5715;RBI=0.0138685;REFB=-0.0147914;REVB=-0.0122574;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268832;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0043984;OID=.;OPOS=48834032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:8:4:7:4:8:4 chr17 48834080 . A G 84.06 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000478461;FXX=0;HRUN=27;LEN=1;MLLD=26.0339;QD=12.9326;RBI=0.00476742;REFB=-0.00158923;REVB=0.00474335;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938929;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0702925;OID=.;OPOS=48834080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:22:26:9:12:13:14:0.538462:7:6:3:6:8:6:4:8 chr17 48917333 . C T 409.04 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00930542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.673;QD=23.3739;RBI=0.0169249;REFB=-0.0104852;REVB=0.0141373;RO=29;SAF=23;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975623;STB=0.546806;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00626118;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:17:23:13:16:17:23:14:16 chr17 48940422 . T C 695.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.922;QD=60.509;RBI=0.0370843;REFB=0.0363151;REVB=0.0351699;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00397302;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:1:0:24:21:1:0 chr17 49042105 . T C 241.67 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0161177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.13;QD=21.9702;RBI=0.0315111;REFB=-0.00165116;REVB=0.0270771;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52172;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00134317;OID=.;OPOS=49042105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:22:23:0.522727:11:11:10:10:12:11:11:10 chr17 49082554 . T G 327.37 PASS AF=0.523077;AO=32;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0362353;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9853;QD=20.1456;RBI=0.0375915;REFB=0.00819423;REVB=-0.0100062;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267327;STB=0.624814;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00712172;OID=.;OPOS=49082554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:31:32:34:0.523077:21:11:20:11:21:13:20:11 chr17 49233036 . C A 693.31 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=143;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00285712;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.215;QD=19.5298;RBI=0.00616047;REFB=-0.0127221;REVB=-0.00545786;RO=67;SAF=45;SAR=24;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162358;STB=0.578383;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0109021;OID=.;OPOS=49233036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:67:73:69:69:0.485915:24:45:32:35:24:45:37:36 chr17 49255306 . TTAA T 35.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00400527;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=3;MLLD=257.655;QD=3.93916;RBI=0.00972333;REFB=-0.00808007;REVB=-0.00886008;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72236e-08;STB=0.655833;STBP=0.383;TYPE=del;VARB=0.0283585;OID=.;OPOS=49255307;OREF=TAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:8:34:8:36:28:2:6:12:16:35:16:2:6:4:12 chr17 49338257 . C T 491.22 PASS AF=0.625;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00726548;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.28;QD=27.2899;RBI=0.00732759;REFB=-0.0296578;REVB=-0.000952018;RO=27;SAF=9;SAR=36;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964601;STB=0.552821;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.015065;OID=.;OPOS=49338257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:27:27:45:45:0.625:36:9:8:19:36:9:8:19 chr17 49365941 . C T 526.3 PASS AF=0.604938;AO=47;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00817458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.856;QD=25.9901;RBI=0.0222547;REFB=-0.00422963;REVB=-0.020699;RO=31;SAF=28;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106342;STB=0.570372;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00336709;OID=.;OPOS=49365941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:32:47:49:0.604938:19:28:14:17:19:30:14:18 chr17 49713300 . G A 613.25 PASS AF=0.420732;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.0400886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.814;QD=14.9572;RBI=0.0422099;REFB=-0.017725;REVB=0.013213;RO=94;SAF=38;SAR=31;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849936;STB=0.501963;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0236771;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:94:95:69:69:0.420732:31:38:51:43:31:38:52:43 chr17 51900729 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0184261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.595;QD=21.944;RBI=0.0233859;REFB=-0.0250705;REVB=0.0144007;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340719;STB=0.687315;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0109512;OID=.;OPOS=51900729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:0:12:10:6:0:12 chr17 51901084 . A G 608.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00786108;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.407;QD=59.3303;RBI=0.0168015;REFB=0.0327552;REVB=-0.014849;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183934;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-6.55914e-05;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:25:15:0:1:25:15:0:1 chr17 51901385 . C T 266.2 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00890954;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.7;QD=10.7555;RBI=0.0138014;REFB=-0.0016263;REVB=0.0105403;RO=66;SAF=15;SAR=18;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523344;STB=0.510098;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00407589;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:66:66:33:33:0.333333:18:15:33:33:17:16:33:33 chr17 51901643 . C T 1120.74 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.042;QD=58.9863;RBI=0.0203228;REFB=-0.0387929;REVB=-0.0107574;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114011;STB=0.506022;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000784746;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:1:0:34:41:1:0 chr17 51901703 . C G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.692;QD=59.4346;RBI=0.105318;REFB=0;REVB=-0.105108;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243766;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 51902252 . C T 1555.55 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000113897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.525;QD=58.7001;RBI=0.0373803;REFB=-0.0330084;REVB=0.0373801;RO=1;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759284;STB=0.503936;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=7.17889e-05;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:62:42:0:1:63:42:0:1 chr17 51902492 . A AAAT 152.93 PASS AF=1;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902034;FXX=0.133244;HRUN=3;LEN=3;MLLD=249.231;QD=47.0541;RBI=0.0405007;REFB=0;REVB=-0.0394835;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000237879;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:29:13:13:0:10:3:0:0:3:16:10:3:12:4 chr17 53038654 . A C 307.03 PASS AF=0.6;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0519929;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4284;QD=27.2914;RBI=0.057976;REFB=0.00973961;REVB=0.0256507;RO=17;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100692;STB=0.566453;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00818007;OID=.;OPOS=53038654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:27:27:0.6:12:15:7:10:12:15:7:11 chr17 53076799 . G A 338.49 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00921012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.569;QD=26.5485;RBI=0.0175391;REFB=-0.0209284;REVB=-0.0149262;RO=19;SAF=15;SAR=17;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141922;STB=0.577593;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0159636;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:17:15:5:14:17:15:5:14 chr17 53076986 . G A 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0499046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.802;QD=13.5754;RBI=0.0513685;REFB=-0.0172827;REVB=0.012176;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.554371;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0229209;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:8:5:8:10:8:5:9:10 chr17 53121020 . A G 391.51 PASS AF=0.324841;AO=51;DP=161;FAO=51;FDP=157;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=0.0231503;FXX=0.0248432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8934;QD=9.97481;RBI=0.0458782;REFB=-0.00919734;REVB=-0.039609;RO=102;SAF=22;SAR=29;SRF=35;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106228;STB=0.550832;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0324719;OID=.;OPOS=53121020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:157:102:106:51:51:0.324841:29:22:35:67:29:22:38:68 chr17 53158492 . G A 509.06 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=47;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=-0.0705733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.735;QD=19.3926;RBI=0.0705879;REFB=0.00762607;REVB=0.00143649;RO=52;SAF=6;SAR=47;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238181;STB=0.633724;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00462696;OID=.;OPOS=53158492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:47:6:13:39:47:6:13:39 chr17 53238728 . G A 1204.17 PASS AF=0.48583;AO=120;DP=247;FAO=120;FDP=247;FR=.;FRO=127;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=0.0161019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0827;QD=19.5007;RBI=0.0380789;REFB=-0.0112966;REVB=0.034507;RO=122;SAF=65;SAR=55;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11314;STB=0.567674;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0126013;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:122:127:120:120:0.48583:55:65:51:71:55:65:52:75 chr17 53851228 . C T 1829.88 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6742;QD=60.9959;RBI=0.072907;REFB=0;REVB=0.0306829;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042559;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:115:120:1:51:64:0:0:54:66:0:0 chr17 54450038 . C A 759.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.702;QD=63.292;RBI=0.0451814;REFB=0;REVB=0.0450053;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100827;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:21:24:0:0:22:26:0:0 chr17 54450134 . G A 744.33 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.489;QD=55.1354;RBI=0.0529173;REFB=-0.0649516;REVB=0.00679111;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230363;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:54:0:0:51:54:1:27:24:0:0:28:26:0:0 chr17 54534634 . G A 623.28 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.245;QD=60.8081;RBI=0.0530675;REFB=0;REVB=-0.0529928;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0014e-05;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:15:26:0:0 chr17 54921494 . A C 801.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.047;QD=57.2144;RBI=0.0224582;REFB=0;REVB=0.00202914;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5944e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr17 55027850 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.863;QD=61.3358;RBI=0.027503;REFB=0;REVB=0.0136546;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277555;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr17 55062822 . C T 271.52 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0291525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.751;QD=19.3943;RBI=0.0292337;REFB=0.00210821;REVB=0.00217643;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886973;STB=0.556637;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00151423;OID=.;OPOS=55062822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:16:13:9:17:16:13:9:18 chr17 55182811 . CT C 491.72 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.552;QD=42.7586;RBI=0.0941857;REFB=0;REVB=0.06127;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00441897;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:44:46:46:0:26:20:0:0:9:1:22:19:1:0 chr17 55183203 . T C 575.89 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.436;QD=60.6202;RBI=0.0558301;REFB=0;REVB=0.0076613;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330179;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr17 55183716 . T C 1304.94 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808464;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.556;QD=62.1402;RBI=0.0184118;REFB=0;REVB=0.0165419;RO=0;SAF=58;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13439e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:25:58:0:0:25:59:0:0 chr17 55334496 . C G 47.85 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=44;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0263603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8345;QD=3.98749;RBI=0.0462934;REFB=-0.00937476;REVB=-0.0380554;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861082;STB=0.541563;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0524038;OID=.;OPOS=55334496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:44:48:36:40:7:8:0.166667:3:4:18:18:4:4:18:22 chr17 56270442 . A G 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0277862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.216;QD=18.4674;RBI=0.031675;REFB=-0.0330564;REVB=-0.0152063;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370154;STB=0.520661;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0333701;OID=.;OPOS=56270442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:14:26:27:17:14:26:27:17 chr17 56271094 . G C 125.88 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0222804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1903;QD=18.6482;RBI=0.0303455;REFB=-0.0589605;REVB=0.0206019;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249743;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0129028;OID=.;OPOS=56271094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:8:5:5:9:8:5 chr17 56272390 . A G 564.01 PASS AF=0.340909;AO=44;DP=134;FAO=45;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0156464;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.821;QD=17.0913;RBI=0.0304567;REFB=-0.0180418;REVB=0.0261305;RO=69;SAF=34;SAR=10;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262775;STB=0.631278;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0128444;OID=.;OPOS=56272390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:69:70:44:45:0.340909:10:34:39:30:11:34:40:30 chr17 56327999 . A G 211.27 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00230695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.054;QD=20.1206;RBI=0.0126429;REFB=-0.0253647;REVB=0.0124307;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244222;STB=0.652023;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0308063;OID=.;OPOS=56327999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:21:21:19:21:0.5:13:6:12:9:15:6:12:9 chr17 56344867 . G A 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0078297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.884;QD=14.1943;RBI=0.0423668;REFB=-0.00996342;REVB=-0.041637;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393032;STB=0.731371;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00770766;OID=.;OPOS=56344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:3:12:10:12:3:12:10:12 chr17 56357818 . C A 507.31 PASS AF=0.61039;AO=44;DP=74;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0157726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.843;QD=26.354;RBI=0.015837;REFB=-0.0127509;REVB=0.0014265;RO=30;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131855;STB=0.580771;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00705487;OID=.;OPOS=56357818;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:30:30:44:47:0.61039:24:20:19:11:27:20:19:11 chr17 56383744 . T C 240.7 PASS AF=0.367089;AO=30;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0145744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.76;QD=12.1873;RBI=0.0146716;REFB=-0.0224596;REVB=-0.00168626;RO=49;SAF=12;SAR=18;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310112;STB=0.695088;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0214196;OID=.;OPOS=56383744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:30:29:0.367089:18:12:34:15:18:11:35:15 chr17 56386118 . A G 671.9 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.00790137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.708;QD=18.4083;RBI=0.00818219;REFB=-0.0475122;REVB=-0.00212523;RO=76;SAF=35;SAR=33;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137476;STB=0.581622;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0658417;OID=.;OPOS=56386118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:76:78:68:68:0.465753:33:35:50:26:33:35:52:26 chr17 56386358 . T A 538.82 PASS AF=0.369318;AO=63;DP=176;FAO=65;FDP=176;FR=.;FRO=111;FSAF=61;FSAR=4;FSRF=89;FSRR=22;FWDB=0.00256067;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.094;QD=12.2459;RBI=0.0281749;REFB=0.00499462;REVB=0.0280583;RO=111;SAF=61;SAR=2;SRF=89;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547734;STB=0.725435;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00764159;OID=.;OPOS=56386358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:111:111:63:65:0.369318:2:61:89:22:4:61:89:22 chr17 56388238 . C G 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0266079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3695;QD=19.6908;RBI=0.0348303;REFB=0.0162553;REVB=-0.022476;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139675;STB=0.567516;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0330673;OID=.;OPOS=56388238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:14:12:15:9:14:12:15:10 chr17 56388303 . T A 284.75 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00343209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4787;QD=23.7294;RBI=0.0555863;REFB=-0.0486556;REVB=0.0554802;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288928;STB=0.636691;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0432686;OID=.;OPOS=56388303;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:22:26:26:0.541667:15:11:16:4:15:11:16:6 chr17 56389631 . A G 131.13 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0253347;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.945;QD=20.98;RBI=0.0502653;REFB=0.0213316;REVB=-0.0434137;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.024529;OID=.;OPOS=56389631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:9:5:4:7:9:5:4:7 chr17 56389732 . T C 476.24 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0274723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.93;QD=21.896;RBI=0.0294832;REFB=-0.0183487;REVB=0.0107021;RO=41;SAF=27;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12705;STB=0.570105;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0161281;OID=.;OPOS=56389732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:19:27:18:23:19:27:18:23 chr17 56389836 . C T 394.11 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00316722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.616;QD=17.3237;RBI=0.0348561;REFB=-0.016161;REVB=0.0347119;RO=47;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196465;STB=0.604463;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0264304;OID=.;OPOS=56389836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:50:41:41:0.450549:16:25:19:28:16:25:21:29 chr17 56396587 . T C 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0046813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.105;QD=8.02176;RBI=0.0256774;REFB=-0.010213;REVB=-0.025247;RO=37;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308409;STB=0.688155;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0264767;OID=.;OPOS=56396587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:8:5:24:13:8:5:24:13 chr17 56435885 . G T 730.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.161;QD=62.1637;RBI=0.0469634;REFB=0;REVB=0.0411354;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625901;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:14:31:0:0:15:32:0:0 chr17 56435954 . G A 124.5 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0692038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4177;QD=18.4447;RBI=0.0750111;REFB=0.0188677;REVB=0.0289396;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0127908;OID=.;OPOS=56435954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:13:14:0.518519:5:8:8:5:5:9:8:5 chr17 56492800 . T C 453.65 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00215108;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0392;QD=19.5119;RBI=0.0359565;REFB=0.00363796;REVB=0.0358921;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777421;STB=0.543264;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0031543;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:48:45:45:0.483871:28:17:22:26:28:17:22:26 chr17 56540267 . C T 392.54 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.00691077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.081;QD=12.6626;RBI=0.0191152;REFB=-0.00118663;REVB=0.0178223;RO=77;SAF=24;SAR=23;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808636;STB=0.545904;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00218999;OID=.;OPOS=56540267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:77:47:47:0.379032:23:24:45:32:23:24:45:32 chr17 56544280 . T G 884.07 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0153731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2286;QD=53.5802;RBI=0.0157942;REFB=-0.00878413;REVB=0.0036227;RO=3;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177751;STB=0.509422;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00150296;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:29:34:1:2:29:34:1:2 chr17 56568680 . C T 494.21 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0271189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2279;QD=20.5919;RBI=0.0494668;REFB=-0.0164155;REVB=-0.0413706;RO=47;SAF=38;SAR=9;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348885;STB=0.685482;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0167503;OID=.;OPOS=56568680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:47:48:47:48:0.5:9:38:23:24:10:38:23:25 chr17 56584205 . A C 201.91 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0171671;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.171;QD=14.1691;RBI=0.0173196;REFB=-0.01493;REVB=0.00229377;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376383;STB=0.540026;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0215878;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:33:23:24:0.421053:10:13:18:16:10:14:17:16 chr17 56585872 . G C 736.59 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0104386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.658;QD=20.4608;RBI=0.0136078;REFB=-0.00886704;REVB=-0.00872969;RO=72;SAF=31;SAR=41;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509703;STB=0.528095;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00963176;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:72:72:72:0.5:41:31:35:37:41:31:35:37 chr17 56598439 . T C 550.37 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0260838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.335;QD=21.583;RBI=0.0333282;REFB=-0.00200598;REVB=0.0207461;RO=46;SAF=23;SAR=31;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152567;STB=0.591296;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00126669;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:46:47:54:55:0.539216:31:23:28:18:32:23:29:18 chr17 56620167 . C T 101.7 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0244674;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.821;QD=15.6461;RBI=0.0267476;REFB=0.00699123;REVB=-0.0108065;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38095;STB=0.725377;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00440329;OID=.;OPOS=56620167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:14:12:12:0.461538:10:2:7:7:10:2:7:7 chr17 56620501 . A G 727.89 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0149679;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.103;QD=20.6493;RBI=0.0155989;REFB=-0.0185126;REVB=0.00439174;RO=66;SAF=39;SAR=32;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301185;STB=0.517486;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0217436;OID=.;OPOS=56620501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:66:70:71:71:0.503546:32:39:34:32:32:39:36:34 chr17 56621286 . G T 805.69 PASS AF=1;AO=40;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.5023;QD=55.5649;RBI=0.142311;REFB=0;REVB=0.0219388;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037108;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:1:0:40:58:1:19:21:1:0:25:33:0:0 chr17 56621359 . T C,G 1013.56 PASS AF=0.917808,0.0547945;AO=63,4;DP=69;FAO=67,4;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=35,3;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118451,0.00329892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.964,106.367;QD=55.5376;RBI=0.0754084,0.0963947;REFB=0.0104655,0.0814391;REVB=0.0744723,0.0963382;RO=2;SAF=35,3;SAR=28,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0325365,0.407562;STB=0.515147,0.748744;STBP=0.166,0.206;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00103845,0.0279041;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:69:73:2:2:63,4:67,4:0.917808,0.0547945:28,1:35,3:0:2:32,1:35,3:0:2 chr17 56636854 . T C 1103.25 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00628618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.131;QD=58.8401;RBI=0.0255361;REFB=-0.128815;REVB=0.0247502;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00027203;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:30:44:0:0:30:44:1:0 chr17 56643109 . A G 308.58 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0142966;FXX=0.0543419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.458;QD=14.1877;RBI=0.0152325;REFB=-0.0123118;REVB=0.00525715;RO=52;SAF=14;SAR=19;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1629;STB=0.58692;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0239778;OID=.;OPOS=56643109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:52:53:33:34:0.390805:19:14:30:22:19:15:31:22 chr17 56659018 . C T 422.33 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00403649;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.952;QD=15.7878;RBI=0.00944461;REFB=0.00118808;REVB=-0.00853858;RO=59;SAF=26;SAR=21;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751245;STB=0.536264;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00118433;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:59:60:47:47:0.439252:21:26:37:22:21:26:37:23 chr17 56676683 . CA C 30.99 PASS AF=0.305556;AO=13;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.156013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.6943;QD=3.44285;RBI=0.173858;REFB=-0.0924526;REVB=-0.0767233;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278075;STB=0.5998;STBP=0.527;TYPE=del;VARB=0.0955777;OID=.;OPOS=56676684;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:13:36:11:36:25:2:9:7:18:30:19:4:9:2:17 chr17 56709034 . G A 100.07 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0192214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.691;QD=14.825;RBI=0.0201009;REFB=0.016003;REVB=-0.00588075;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662048;STB=0.555464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0226171;OID=.;OPOS=56709034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:8:6:6:6:9:6 chr17 56709058 . G C 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0348272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.391;QD=17.9385;RBI=0.0353341;REFB=0.00273966;REVB=0.00596362;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032624;STB=0.527245;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00989611;OID=.;OPOS=56709058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:6:13:15:6:6:13:16:6 chr17 56709077 . A G 225.08 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0273364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.285;QD=19.156;RBI=0.0446019;REFB=-0.00939846;REVB=0.0352428;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449535;STB=0.525401;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0144158;OID=.;OPOS=56709077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:17:8:8:14:17:8 chr17 56709103 . CAAAT C 147.59 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00233788;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=4;MLLD=247.824;QD=10.9329;RBI=0.00390568;REFB=0.00023064;REVB=0.00312868;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252909;STB=0.649561;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.000562764;OID=.;OPOS=56709104;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:23:57:23:54:31:11:12:23:8:99:30:11:12:22:8 chr17 56736547 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0706329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.014;QD=7.03199;RBI=0.0716838;REFB=-0.00315731;REVB=0.0122294;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331568;STB=0.731281;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00502997;OID=.;OPOS=56736547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:8:9:0.257143:4:4:20:6:5:4:20:6 chr17 56755092 . TA T 154.96 PASS AF=0.5;AO=23;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.121306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.5586;QD=12.3966;RBI=0.13873;REFB=0.0529813;REVB=0.0673118;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0548274;OID=.;OPOS=56755093;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:23:50:25:50:25:11:14:11:14:99:25:10:13:11:14 chr17 56756977 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0803222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2882;QD=19.1093;RBI=0.0842314;REFB=0.000433722;REVB=0.0253627;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129459;STB=0.572014;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00195361;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:19:7:11:16:19:7 chr17 56771096 . C T 73.47 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0429886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.733;QD=9.47994;RBI=0.0448031;REFB=-0.00480729;REVB=-0.0126216;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230451;STB=0.627321;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0125838;OID=.;OPOS=56771096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:3:7:10:10:3:7:11:10 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 1227.02 PASS AF=0.964706,0.0352941;AO=60,19;DP=85;FAO=82,3;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43,3;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588309,-0.052998;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.5573,14.5339;QD=57.7423;RBI=0.0617696,0.244426;REFB=0,0;REVB=-0.0188258,-0.238612;RO=0;SAF=40,4;SAR=20,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.00629e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00173917,-0.037915;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964706,0.0352941:60,19:85:82,3:85:0:43,3:39,0:0:0:6:0:40,4:20,15:0:0 chr17 57287454 . A G 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00631385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.452;QD=13.9499;RBI=0.0148859;REFB=-0.0104734;REVB=-0.0134805;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736482;STB=0.541919;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.01446;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:14:17:22:24:14:17:22:24 chr17 57290383 . G A 336.25 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00037672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.052;QD=28.0211;RBI=0.00683186;REFB=-0.0273107;REVB=-0.00682146;RO=19;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136009;STB=0.574421;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0237053;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:9:20:16:3:9:20:16:3 chr17 57477235 . T G 84.05 PASS AF=0.235294;AO=11;DP=50;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00160435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.366;QD=6.59245;RBI=0.00922832;REFB=-0.00294009;REVB=0.00908779;RO=39;SAF=9;SAR=2;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914295;STB=0.578804;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0164262;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:50:51:39:39:11:12:0.235294:2:9:30:9:2:10:30:9 chr17 57477616 . G A 1507.33 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.679;QD=63.4665;RBI=0.0163292;REFB=0;REVB=0.000909766;RO=0;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67964e-05;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:61:31:0:0:64:31:0:0 chr17 57478276 . T A 727.68 PASS AF=0.48;AO=71;DP=149;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0312931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.392;QD=19.4048;RBI=0.0328297;REFB=-0.00558128;REVB=0.00992605;RO=77;SAF=41;SAR=30;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140049;STB=0.576816;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00709784;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:77:78:71:72:0.48:30:41:33:44:30:42:34:44 chr17 57951973 . G A 85.25 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00834741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.254;QD=11.3672;RBI=0.0303155;REFB=-0.00635296;REVB=-0.0291436;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.59984;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0266804;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:3:16:8:3:3:16 chr17 57963537 . A G 373.94 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00558009;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1371;QD=28.222;RBI=0.00890824;REFB=0.00297503;REVB=-0.00694402;RO=16;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690926;STB=0.513804;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00327783;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:16:18:35:35:0.660377:15:20:11:5:15:20:11:7 chr17 58024275 . A G 96.12 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00361106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.328;QD=12.015;RBI=0.00671544;REFB=-0.00830609;REVB=0.00566192;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328087;STB=0.693562;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0162762;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:13:7:8:4:13:7 chr17 58024324 . A G 268.52 PASS AF=0.395833;AO=14;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00915073;FXX=0.020404;HRUN=9;LEN=1;MLLD=255.04;QD=22.3767;RBI=0.0191443;REFB=0.00600818;REVB=0.0168158;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197756;STB=0.542328;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00561446;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:49:48:10:12:14:19:0.395833:6:8:3:7:9:10:5:7 chr17 58031412 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0102291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.701;QD=14.262;RBI=0.0104755;REFB=-0.0209356;REVB=-0.00225836;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28395;STB=0.666444;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0281776;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:12:12:12:4:12:12 chr17 58180009 . C T 143.73 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0112503;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.224;QD=6.60837;RBI=0.0116392;REFB=-0.000801576;REVB=-0.00298385;RO=60;SAF=6;SAR=15;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113016;STB=0.604291;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00258951;OID=.;OPOS=58180009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:60:66:21:21:0.241379:15:6:22:38:15:6:27:39 chr17 58508618 . T C 149.68 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0120708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.366;QD=28.5102;RBI=0.0134507;REFB=-0.0545554;REVB=0.00593438;RO=6;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691076;STB=0.538411;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0152835;OID=.;OPOS=58508618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:8:7:2:4:8:7:2:4 chr17 58773889 . A G 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0303897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.423;QD=26.6369;RBI=0.0848458;REFB=-0.0120203;REVB=0.0792167;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714671;STB=0.523779;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00634753;OID=.;OPOS=58773889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:7:8:16:16:0.666667:5:11:4:3:5:11:5:3 chr17 58786625 . A G 519.98 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0165361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5228;QD=18.245;RBI=0.024864;REFB=-0.0154815;REVB=0.0185682;RO=59;SAF=33;SAR=22;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552927;STB=0.530675;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.019624;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:22:33:32:27:22:33:32:27 chr17 58824567 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.164;QD=57.236;RBI=0.0732692;REFB=0;REVB=0.00877122;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091565;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr17 58969056 . T C 337.28 PASS AF=0.325758;AO=43;DP=132;FAO=43;FDP=132;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0157876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.859;QD=10.2207;RBI=0.0171903;REFB=-0.00644584;REVB=-0.0068014;RO=89;SAF=18;SAR=25;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127717;STB=0.573968;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0130608;OID=.;OPOS=58969056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:89:89:43:43:0.325758:25:18:47:42:25:18:47:42 chr17 58969070 . A G 364.84 PASS AF=0.346154;AO=45;DP=130;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.014329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9578;QD=11.2257;RBI=0.0176605;REFB=0.00427996;REVB=0.0103235;RO=85;SAF=19;SAR=26;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958044;STB=0.555072;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00710496;OID=.;OPOS=58969070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:85:85:45:45:0.346154:26:19:43:42:26:19:43:42 chr17 58977482 . A T 115.03 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0255976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.959;QD=19.1713;RBI=0.0358598;REFB=-0.039448;REVB=-0.0251135;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0228794;OID=.;OPOS=58977482;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:5:6:8:5:5:6 chr17 59477903 . C A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.026681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.958;QD=16.6272;RBI=0.0271125;REFB=-0.0480075;REVB=0.00481791;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508418;STB=0.529366;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0390534;OID=.;OPOS=59477903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:5:9:9:4:5:9 chr17 59482169 . C G 172.03 PASS AF=0.431818;AO=21;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0162627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.065;QD=15.6393;RBI=0.0179173;REFB=-0.0229038;REVB=-0.00752037;RO=17;SAF=20;SAR=1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348458;STB=0.739385;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0475627;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:25:21:19:0.431818:1:20:14:3:1:18:20:5 chr17 59482173 . G A 131.15 PASS AF=0.320755;AO=18;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.00290636;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=236.909;QD=9.89804;RBI=0.0362362;REFB=-0.00534378;REVB=-0.0361195;RO=35;SAF=16;SAR=2;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248274;STB=0.765534;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00723611;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:35:36:18:17:0.320755:2:16:27:8:1:16:28:8 chr17 59482300 . G C 697.19 PASS AF=0.5;AO=66;DP=139;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=21;FWDB=0.0289572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.067;QD=19.3664;RBI=0.051751;REFB=-0.0285696;REVB=-0.0428911;RO=72;SAF=36;SAR=30;SRF=51;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157901;STB=0.572212;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.030859;OID=.;OPOS=59482300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:144:72:72:66:72:0.5:30:36:51:21:31:41:51:21 chr17 59485555 . C T 196.14 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0117881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.517;QD=17.8309;RBI=0.0155846;REFB=-0.0133598;REVB=-0.0101941;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803399;STB=0.563046;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0142115;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:24:20:20:0.454545:8:12:15:7:8:12:17:7 chr17 59490461 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00564548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.35;QD=10.0339;RBI=0.0298431;REFB=-0.012778;REVB=-0.0293043;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158244;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0154731;OID=.;OPOS=59490461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:1:4:4:2:1:4:5:2 chr17 59533868 . G C 994.42 PASS AF=0.448718;AO=104;DP=233;FAO=105;FDP=234;FR=.;FRO=129;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.000681966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3423;QD=16.9987;RBI=0.00135035;REFB=-0.0323009;REVB=0.00116549;RO=128;SAF=44;SAR=60;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014655;STB=0.507461;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.031099;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:128:129:104:105:0.448718:60:44:56:72:60:45:57:72 chr17 59534987 . T G 283.69 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00434431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.58;QD=23.1582;RBI=0.00802325;REFB=-0.0378391;REVB=-0.00674532;RO=22;SAF=20;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343188;STB=0.709014;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0204222;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:25:26:0.530612:5:20:10:12:5:21:10:13 chr17 59557600 . C T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0349284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4755;QD=16.4441;RBI=0.0542221;REFB=0.0128242;REVB=0.0414734;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222387;STB=0.512748;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0142012;OID=.;OPOS=59557600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:10:17:13:7:10:17 chr17 59560463 . C T 357.84 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.010704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3536;QD=19.6077;RBI=0.0172061;REFB=-0.0246148;REVB=-0.0134711;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915308;STB=0.574868;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0394171;OID=.;OPOS=59560463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:33:36:36:37:0.506849:18:18:13:20:18:19:13:23 chr17 59561204 . G A 352.15 PASS AF=0.404255;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00188586;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.179;QD=14.9851;RBI=0.0154369;REFB=-0.0159549;REVB=0.0153213;RO=56;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460826;STB=0.510633;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0220134;OID=.;OPOS=59561204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:56:37:38:0.404255:18:19:29:27:19:19:29:27 chr17 59763465 . T C 962.25 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00335751;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.373;QD=57.4479;RBI=0.018214;REFB=-0.136646;REVB=0.0179019;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108628;STB=0.505745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000499062;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:23:43:1:0:23:43:1:0 chr17 59955426 . T G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.092;QD=58.4194;RBI=0.019052;REFB=0;REVB=0.0110151;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09184e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr17 59969000 . T C 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4668;QD=57.1672;RBI=0.0773901;REFB=0;REVB=0.0453547;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107389;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:14:37:0:0:14:37:0:0 chr17 60020136 . AAAAG A,AA,AAA 362.25 PASS AF=0,1,0;AO=5,20,4;DP=31;FAO=0,31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934078,-0.00675715,-0.00436189;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=4,3,2;MLLD=200.749,207.189,200.547;QD=46.7424;RBI=0.0130037,0.0194179,0.0247354;REFB=0,0,0;REVB=-0.00904691,-0.0182043,-0.0243478;RO=0;SAF=3,14,3;SAR=2,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.5931e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0224336,2.77657e-05,-0.00953576;OID=.,.,.;OPOS=60020137,60020138,60020139;OREF=AAAG,AAG,AG;OALT=-,-,-;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:5,20,4:31:0,31,0:31:0:0,20,0:0,11,0:0:0:6:0:3,14,3:2,6,1:0:0 chr17 60043884 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.969;QD=58.9615;RBI=0.0148329;REFB=0;REVB=-0.0147124;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62156e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr17 60348325 . G A 542.96 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.019451;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2843;QD=16.7065;RBI=0.0228235;REFB=-0.0128304;REVB=0.0119402;RO=71;SAF=33;SAR=25;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056148;STB=0.50027;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0155729;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:71:72:58:58:0.446154:25:33:40:31:25:33:41:31 chr17 60351433 . C A 943.47 PASS AF=0.492147;AO=93;DP=190;FAO=94;FDP=191;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0312608;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0107;QD=19.7586;RBI=0.0934123;REFB=-0.0059825;REVB=0.0880263;RO=97;SAF=47;SAR=46;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384168;STB=0.523709;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00713928;OID=.;OPOS=60351433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:97:97:93:94:0.492147:46:47:45:52:46:48:45:52 chr17 60351457 . G A 994.94 PASS AF=0.490385;AO=102;DP=210;FAO=102;FDP=208;FR=.;FRO=106;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.0199374;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4886;QD=19.1335;RBI=0.0204788;REFB=-0.0209123;REVB=0.0046777;RO=105;SAF=48;SAR=54;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403226;STB=0.519815;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0282802;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:105:106:102:102:0.490385:54:48:54:51:54:48:54:52 chr17 60503892 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5584;QD=33.4282;RBI=0.100826;REFB=0;REVB=0.0833265;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423606;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 60525047 . C T 607.23 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00414325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.966;QD=23.5816;RBI=0.0695262;REFB=0.000675584;REVB=-0.0694026;RO=44;SAF=28;SAR=31;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730674;STB=0.539914;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000944381;OID=.;OPOS=60525047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:44:59:59:0.572816:31:28:25:19:31:28:25:19 chr17 60683503 . A G 1548.66 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.407;QD=63.8622;RBI=0.0341454;REFB=0;REVB=0.0313205;RO=0;SAF=64;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56565e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:33:64:0:0:33:64:0:0 chr17 60753904 . A C 291.4 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0452407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0822;QD=19.4266;RBI=0.0455668;REFB=-0.00759535;REVB=0.00544099;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491545;STB=0.533959;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00655298;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:29:30:31:0.516667:15:15:11:14:16:15:12:17 chr17 60758273 . G C 742.83 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0128654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6511;QD=59.4267;RBI=0.019312;REFB=-0.0247782;REVB=-0.0144026;RO=2;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408602;STB=0.52173;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00260614;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:26:22:2:0:26:22:2:0 chr17 60766224 . A G 1513.36 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.018;QD=59.935;RBI=0.0296081;REFB=0;REVB=-0.0170692;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69571e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr17 60767015 . G A 1286.34 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.965;QD=60.5337;RBI=0.090344;REFB=-0.0747802;REVB=0.0885765;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116948;STB=0.506171;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00179468;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:44:40:1:0:44:40:1:0 chr17 60768428 . G A 223.57 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0695739;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2274;QD=18.6312;RBI=0.0743389;REFB=-0.0257811;REVB=0.0261866;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164312;STB=0.593796;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0403403;OID=.;OPOS=60768428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:6:16:15:11:6:16:15:11 chr17 60769803 . A G 275.13 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.011296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.568;QD=15.5002;RBI=0.0117386;REFB=-0.0162602;REVB=-0.00319268;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234729;STB=0.513258;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0176403;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:17:14:19:21:17:14:19:21 chr17 61499679 . TTA T,TAA,TTT 48.62 PASS AF=0.243902,0,0;AO=9,2,2;DP=52;FAO=10,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.155411,-0.0307106,0.029487;FXX=0.0465008;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=21.5317,18.4173,18.3043;QD=4.74333;RBI=0.155773,0.0308853,0.0298623;REFB=-0.0444632,-0.0167623,0.0156629;REVB=-0.0106151,-0.00328053,0.00471924;RO=35;SAF=3,1,0;SAR=6,1,2;SRF=7;SRR=28;SSEN=0.456311,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.204703,0.308958,-0.333066;STB=0.673627,0.5,0.5;STBP=0.306,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.138747,0,0;OID=.,.,.;OPOS=61499680,61499680,61499681;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TAA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902,0,0:9,2,2:52:10,0,0:41:31:4,0,0:6,0,0:6:25:50:35:3,1,0:6,1,2:7:28 chr17 61515442 . T G,TG 60.04 PASS AF=0,0.340426;AO=2,9;DP=47;FAO=0,16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=0,9;FSAR=0,7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0010518,0.0414676;FXX=0.020829;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=96.4421,8.06509;QD=5.10999;RBI=0.0582081,0.234224;REFB=-0.000239148,-0.100756;REVB=-0.0581986,0.230524;RO=32;SAF=2,7;SAR=0,2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.461894,0.385053;STB=0.5,0.530792;STBP=1,0.818;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.143272;OID=.,.;OPOS=61515442,61515443;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:47:47:32:31:2,9:0,16:0,0.340426:0,2:2,7:15:17:0,7:0,9:16:15 chr17 61559923 . C T 301.75 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0179055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.029;QD=25.1454;RBI=0.0321031;REFB=-0.00720353;REVB=0.0266459;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628184;STB=0.534858;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00543203;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:12:15:10:11:12:15:10:11 chr17 61562309 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00898526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.615;QD=15.1968;RBI=0.012963;REFB=0.0131044;REVB=0.0093437;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837908;STB=0.562412;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0126127;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:7:7:10:7:7:7:11:7 chr17 61562774 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0272119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.357;QD=21.5108;RBI=0.0291266;REFB=-0.0228901;REVB=-0.0103861;RO=18;SAF=4;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166611;STB=0.617038;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0224832;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:17:4:6:12:17:4:7:12 chr17 61564052 . A G 225.6 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00553897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.1;QD=17.6945;RBI=0.034277;REFB=-0.0392225;REVB=-0.0338265;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219854;STB=0.592757;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0269573;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:27:24:24:0.470588:10:14:8:16:10:14:11:16 chr17 61566031 . G A 302.23 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0114584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.402;QD=19.4985;RBI=0.0168901;REFB=-0.012628;REVB=0.0124089;RO=29;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660001;STB=0.542406;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0131448;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:30:32:32:0.516129:11:21:21:8:11:21:22:8 chr17 61573761 . T C 204.62 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.037028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8424;QD=22.735;RBI=0.0499174;REFB=0.0252559;REVB=-0.0334765;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173878;STB=0.597601;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0126388;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:9:7:13:7:9:7 chr17 61607708 . T C 285.46 PASS AF=0.469697;AO=32;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0187127;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.073;QD=17.3006;RBI=0.0233433;REFB=-0.0300745;REVB=-0.0139551;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970047;STB=0.53123;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0347597;OID=.;OPOS=61607708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:35:32:31:0.469697:15:17:14:19:15:16:16:19 chr17 61611423 . T C 209.21 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0362102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.688;QD=18.5965;RBI=0.03708;REFB=-0.0117177;REVB=-0.00798394;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140318;STB=0.578878;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0138669;OID=.;OPOS=61611423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:19:5:7:14:19:5 chr17 61766211 . G A 342.21 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0038357;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.558;QD=20.7403;RBI=0.0363293;REFB=-0.0307544;REVB=0.0361262;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101927;STB=0.556489;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0327073;OID=.;OPOS=61766211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:31:31:35:35:0.530303:20:15:17:14:20:15:17:14 chr17 61805698 . A C 118.46 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0562698;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.643;QD=20.6011;RBI=0.0564146;REFB=0.000705862;REVB=0.00403947;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225945;STB=0.644528;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0029394;OID=.;OPOS=61805698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:9:10:13:13:0.565217:6:7:2:7:6:7:2:8 chr17 61805747 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0158574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.803;QD=9.47555;RBI=0.019252;REFB=-0.0120906;REVB=0.0109171;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348953;STB=0.715943;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0243457;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:10:11:8:2:10:11 chr17 61838259 . G A 200.49 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0117141;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3203;QD=13.3662;RBI=0.0504252;REFB=-0.00534258;REVB=-0.0490457;RO=35;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2167;STB=0.618079;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0068295;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:24:24:0.4:17:7:17:18:17:7:17:19 chr17 61896606 . G A 241.66 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0117053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.855;QD=10.2836;RBI=0.0144795;REFB=0.00177831;REVB=0.00852295;RO=63;SAF=21;SAR=9;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251926;STB=0.643399;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00314023;OID=.;OPOS=61896606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:64:30:30:0.319149:9:21:31:32:9:21:32:32 chr17 61901197 . T A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0155492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.779;QD=20.5629;RBI=0.0156081;REFB=-0.00891364;REVB=-0.00135445;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930115;STB=0.551688;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0114505;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:14:11:16:13:14:11 chr17 61903445 . G C 548.55 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0112833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.051;QD=16.016;RBI=0.0476357;REFB=0.00147783;REVB=-0.0462801;RO=78;SAF=35;SAR=24;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109115;STB=0.561101;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00187008;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:78:59:59:0.430657:24:35:38:40:24:35:38:40 chr17 61906846 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0116821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.452;QD=10.1854;RBI=0.016197;REFB=-0.00326942;REVB=-0.0112192;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173587;STB=0.603639;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00525883;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:8:7:21:13:8:7:21:13 chr17 61908271 . C T 448.72 PASS AF=0.463918;AO=46;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0203903;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.913;QD=18.5038;RBI=0.0264298;REFB=-0.0139575;REVB=-0.0168158;RO=52;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508317;STB=0.522135;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0111908;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:52:46:45:0.463918:21:25:31:21:20:25:31:21 chr17 61908556 . C T 279.22 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0327664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.077;QD=15.512;RBI=0.0425269;REFB=-0.0200102;REVB=-0.0271091;RO=39;SAF=22;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282728;STB=0.671422;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0474426;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:31:32:0.444444:9:22:17:22:9:23:17:23 chr17 61910167 . G A 745.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.541;QD=63.4508;RBI=0.0313942;REFB=0;REVB=0.0258139;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72155e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:15:30:0:0:16:31:0:0 chr17 61986988 . A G 284.44 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0100745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8223;QD=15.3752;RBI=0.0133178;REFB=-0.0171331;REVB=0.00871032;RO=40;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288767;STB=0.651471;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0184007;OID=.;OPOS=61986988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:42:32:32:0.432432:10:22:16:24:10:22:18:24 chr17 61987570 . G T 522.75 PASS AF=0.707692;AO=45;DP=64;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00586168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.683;QD=32.1689;RBI=0.00620154;REFB=-0.0113736;REVB=0.00202478;RO=19;SAF=20;SAR=25;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162047;STB=0.505048;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00442489;OID=.;OPOS=61987570;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:19:19:45:46:0.707692:25:20:9:10:25:21:9:10 chr17 61987576 . G A 556.65 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0163382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0738;QD=30.9249;RBI=0.0268979;REFB=-0.0246183;REVB=-0.0213672;RO=23;SAF=24;SAR=25;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188399;STB=0.5102;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0112034;OID=.;OPOS=61987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:49:49:0.680556:25:24:12:11:25:24:12:11 chr17 61988014 . G A 199.41 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0331224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1333;QD=15.6402;RBI=0.0504383;REFB=-0.00600649;REVB=-0.0380384;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138237;STB=0.589661;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00534721;OID=.;OPOS=61988014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:8:14:14:14:8:14:14:15 chr17 62007498 . A G 274.55 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0310431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.439;QD=18.0034;RBI=0.0312361;REFB=-0.0256095;REVB=-0.00346742;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894736;STB=0.542692;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0239948;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:11:18:22:9:11:19:22:9 chr17 62018773 . T C 543.45 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=96;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0151805;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.762;QD=22.4104;RBI=0.0158542;REFB=-0.0143049;REVB=0.00457252;RO=46;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912423;STB=0.554098;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0120865;OID=.;OPOS=62018773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:46:46:50:51:0.525773:27:23:26:20:28:23:26:20 chr17 62020348 . T C 348.81 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.00217873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.014;QD=13.2879;RBI=0.0105789;REFB=-0.0125263;REVB=-0.0103521;RO=63;SAF=22;SAR=20;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136281;STB=0.576888;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0229476;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:20:22:41:22:20:22:41:22 chr17 62041068 . T C 2336.5 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255539;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.936;QD=64.0136;RBI=0.052686;REFB=0;REVB=0.0460739;RO=0;SAF=79;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158384;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:66:79:0:0:66:80:0:0 chr17 62076077 . C G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.319;QD=22.9156;RBI=0.0238215;REFB=0.00411804;REVB=0.0238215;RO=4;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239016;OID=.;OPOS=62076077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:9:0:0:4:9:0:0:4 chr17 62079286 . G A 291.78 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0106254;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.571;QD=16.6734;RBI=0.0108194;REFB=-0.000227717;REVB=-0.00203936;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277647;STB=0.521442;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000575618;OID=.;OPOS=62079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:13:19:23:14:13:19:24:14 chr17 62079334 . A G 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0711092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.297;QD=17.9912;RBI=0.0711996;REFB=-0.00486438;REVB=0.00358661;RO=30;SAF=21;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224454;STB=0.626367;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0040755;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:8:21:15:15:8:21:15:15 chr17 62121480 . T A,C 737.07 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,45;DP=48;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=3,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100481,0.0402468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.3428,153.123;QD=61.4224;RBI=0.0192086,0.0731554;REFB=0,0;REVB=-0.0163708,0.0610894;RO=0;SAF=0,30;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.190994,0.000632475;OID=.,.;OPOS=62121480,62121480;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:48:48:0:0:3,45:3,45:0.0625,0.9375:3,15:0,30:0:0:3,15:0,30:0:0 chr17 62125272 . A G 1578.36 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098703;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.641;QD=60.1282;RBI=0.0103091;REFB=0;REVB=-0.00297573;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217018;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:47:58:0:0:47:58:0:0 chr17 62141455 . A G 1910.42 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=128;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0518205;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3953;QD=60.6482;RBI=0.0621734;REFB=0.0137954;REVB=-0.0343537;RO=1;SAF=57;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826253;STB=0.504273;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00113212;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:126:1:1:124:125:0.992063:67:57:1:0:67:58:1:0 chr17 62541852 . G A 50.76 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=19;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0165284;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=148.843;QD=9.22904;RBI=0.0166115;REFB=-0.000302713;REVB=0.00165941;RO=13;SAF=5;SAR=0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.722799;STB=0.660047;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000978991;OID=.;OPOS=62541852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:19:22:13:12:5:10:0.454545:0:5:6:7:3:7:5:7 chr17 62782689 . T C 1276.45 PASS AF=0.977011;AO=80;DP=82;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00358062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1102;QD=58.6872;RBI=0.0563289;REFB=-0.0361966;REVB=0.0562149;RO=2;SAF=34;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353986;STB=0.502092;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00399345;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:87:2:2:80:85:0.977011:46:34:1:1:50:35:1:1 chr17 63533768 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.014218;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.274;QD=13.4559;RBI=0.0220077;REFB=-0.0157913;REVB=-0.0167984;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22789;STB=0.629946;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0255686;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:2:9:14:1:2:9:14:1 chr17 63533789 . T C 453.81 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00553177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.501;QD=55.0072;RBI=0.0693884;REFB=0.0239504;REVB=0.0691676;RO=1;SAF=24;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190495;STB=0.509798;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=4.28657e-05;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:7:24:1:0:7:25:1:0 chr17 63534250 . T C 1161.34 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186489;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.858;QD=59.5558;RBI=0.0556968;REFB=-0.139866;REVB=0.0524819;RO=1;SAF=46;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101759;STB=0.505375;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000643311;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:75:77:0.987179:29:46:1:0:31:46:1:0 chr17 63554591 . G A 165.9 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0312327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3971;QD=22.1206;RBI=0.0552782;REFB=-0.0509383;REVB=0.0456091;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842929;STB=0.547271;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0261228;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:10:7:4:9:10:7:4:9 chr17 64023642 . A G 418.47 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0162409;FXX=0.0325177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.48;QD=14.0661;RBI=0.0182021;REFB=-0.00815024;REVB=-0.0082189;RO=71;SAF=19;SAR=29;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445251;STB=0.525161;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0103257;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:71:71:48:48:0.403361:29:19:31:40:29:19:31:40 chr17 64208230 . G A 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.513;QD=63.0518;RBI=0.0164465;REFB=0;REVB=-0.00182374;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28179e-05;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:35:56:0:0:35:56:0:0 chr17 64210757 . C A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0807819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7603;QD=16.8836;RBI=0.0824764;REFB=-0.0112222;REVB=-0.0166327;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512395;STB=0.529373;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00887711;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:10:7:7:8:10:7 chr17 64222164 . C T 371.58 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0482588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1882;QD=22.8663;RBI=0.0634282;REFB=0.0219728;REVB=0.0411609;RO=27;SAF=27;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370562;STB=0.698165;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0152929;OID=.;OPOS=64222164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:28:37:37:0.569231:10:27:7:20:10:27:8:20 chr17 64783081 . G A 1250.1 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749441;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2828;QD=61.7335;RBI=0.0194479;REFB=0;REVB=0.0179459;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514734;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr17 64801021 . A G 610.17 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0687;QD=61.0173;RBI=0.0628706;REFB=0;REVB=0.0130096;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718823;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:38:40:1:14:24:0:0:14:26:0:0 chr17 64881075 . A G 437.66 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.000791073;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.754;QD=18.4277;RBI=0.0206765;REFB=-0.0227972;REVB=-0.0206613;RO=49;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289471;STB=0.505261;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.015011;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:49:51:44:44:0.463158:22:22:23:26:22:22:25:26 chr17 65027740 . G C 276.72 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105967;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.507;QD=52.7087;RBI=0.0210199;REFB=0;REVB=0.0181535;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07316e-06;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr17 65066879 . A G,T 868.55 PASS AF=0.934426,0.0655738;AO=58,4;DP=62;FAO=57,4;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326559,-0.00357056;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.075,110.081;QD=56.9541;RBI=0.0299924,0.0151654;REFB=0,0;REVB=0.0298141,0.014739;RO=0;SAF=28,2;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000250567,0.018293;OID=.,.;OPOS=65066879,65066879;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:62:61:0:0:58,4:57,4:0.934426,0.0655738:30,2:28,2:0:0:29,2:28,2:0:0 chr17 65104666 . T G 1843.74 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352883;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.647;QD=60.95;RBI=0.043274;REFB=0;REVB=0.0250474;RO=1;SAF=70;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673805;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22524e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:1:0:120:121:1:50:70:1:0:50:71:0:0 chr17 65104743 . G A 1546.65 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.736;QD=63.7796;RBI=0.0767206;REFB=0;REVB=0.0613424;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166854;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:97:0:0:92:97:1:39:53:0:0:43:54:0:0 chr17 65116109 . CT TC,TT 84.92 PASS AF=0,0.708333;AO=7,3;DP=24;FAO=0,17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=0,16;FSAR=0,1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0133891,-0.00586403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=77.6229,122.991;QD=14.1526;RBI=0.0485115,0.0374682;REFB=-0.0414895,-0.0272024;REVB=0.0466272,0.0370065;RO=13;SAF=6,3;SAR=1,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.413297,0.620235;STB=0.5,0.86765;STBP=1,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00898877;OID=.,.;OPOS=65116109,65116109;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:24:24:13:7:7,3:0,17:0,0.708333:1,0:6,3:7:6:0,1:0,16:1:6 chr17 65146242 . C T 30.9 PASS AF=0.181818;AO=3;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00463574;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.553;QD=3.74532;RBI=0.0139044;REFB=0.00606639;REVB=-0.0131089;RO=28;SAF=2;SAR=1;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141505;STB=0.684226;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0113846;OID=.;OPOS=65146242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:32:33:28:27:3:6:0.181818:1:2:19:9:1:5:18:9 chr17 65353523 . G A 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0112373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.676;QD=15.6035;RBI=0.0219619;REFB=-0.000315156;REVB=-0.0188692;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520833;STB=0.529392;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.000263208;OID=.;OPOS=65353523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:15:15:17:21:15:15:17:21 chr17 65404916 . AAG A,GAA 415.74 PASS AF=1,0;AO=25,3;DP=32;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125687,-0.0247977;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=32.7206,139.363;QD=53.6432;RBI=0.00165773,0.0708939;REFB=0,0;REVB=0.00108089,-0.0664155;RO=1;SAF=10,1;SAR=15,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0299354,0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000274611,0;OID=.,.;OPOS=65404917,65404916;OREF=AG,AAG;OALT=-,GAA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:1:0:25,3:31,0:1,0:15,2:10,1:0:1:21,0:10,0:0:0 chr17 65453288 . C T 375.32 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0716846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6143;QD=15.8028;RBI=0.0821058;REFB=-0.00216452;REVB=-0.0400336;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377627;STB=0.515782;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00116976;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:20:20:29:25:20:20:29:26 chr17 65574283 . A G,T 956.95 PASS AF=0.821429,0.0357143;AO=69,3;DP=84;FAO=69,3;FDP=84;FR=.;FRO=12;FSAF=31,2;FSAR=38,1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.000882778,-0.0117435;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=87.4844,45.1873;QD=45.5689;RBI=0.00882432,0.0454415;REFB=-0.170478,-0.00499758;REVB=0.00878006,-0.0438978;RO=3;SAF=31,2;SAR=38,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0358657,0.483116;STB=0.544595,0.57846;STBP=0.051,0.881;TYPE=snp,snp;VARB=0.00970025,0.129364;OID=.,.;OPOS=65574283,65574283;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:84:84:3:12:69,3:69,3:0.821429,0.0357143:38,1:31,2:0:3:38,1:31,2:9:3 chr17 65739627 . A G 225.24 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.00428212;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.969;QD=12.6894;RBI=0.00615534;REFB=0.00485137;REVB=0.00442173;RO=44;SAF=18;SAR=9;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760063;STB=0.543447;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00677539;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:9:18:32:12:9:18:32:12 chr17 65907814 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0154563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.14;QD=21.377;RBI=0.0160199;REFB=-0.00668209;REVB=-0.00421191;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965742;STB=0.554216;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00550432;OID=.;OPOS=65907814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:12:10:13:10:12:10 chr17 65978851 . T G 791.83 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.118091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9272;QD=53.6835;RBI=0.127315;REFB=-0.104364;REVB=0.0475772;RO=2;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168586;STB=0.500894;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00394017;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:27:30:1:1:27:30:1:1 chr17 65988049 . T C 408.23 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00129984;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3336;QD=20.1597;RBI=0.0168431;REFB=-0.0112611;REVB=-0.0167929;RO=40;SAF=29;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222988;STB=0.624203;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.016529;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:12:29:19:21:12:29:19:21 chr17 65989048 . T C 519.09 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7488;QD=59.3251;RBI=0.0644982;REFB=0;REVB=-0.0644252;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371648;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr17 66016006 . T C 171.03 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0187824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.914;QD=11.0343;RBI=0.0244966;REFB=-0.0166289;REVB=-0.0157259;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203388;STB=0.65173;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0188432;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:40:22:22:0.354839:12:10:25:14:13:9:26:14 chr17 66016096 . C T 144.51 PASS AF=0.298507;AO=18;DP=66;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0667974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1488;QD=8.62765;RBI=0.0747532;REFB=-0.0128825;REVB=0.0335581;RO=48;SAF=6;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229111;STB=0.629219;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0340231;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:48:47:18:20:0.298507:12:6:25:23:13:7:25:22 chr17 66039350 . A G 858.79 PASS AF=0.556338;AO=78;DP=142;FAO=79;FDP=142;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0471288;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3278;QD=24.1913;RBI=0.0480384;REFB=-0.00301712;REVB=-0.00930431;RO=61;SAF=38;SAR=40;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300788;STB=0.513366;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00405374;OID=.;OPOS=66039350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:61:63:78:79:0.556338:40:38:32:29:40:39:33:30 chr17 66246416 . A G 1181.32 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00512405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.992;QD=58.337;RBI=0.00600645;REFB=-0.0900268;REVB=0.00313394;RO=2;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459753;STB=0.502429;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000116097;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:32:47:1:1:32:47:1:1 chr17 66253095 . T A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0198682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.796;QD=14.1319;RBI=0.0204342;REFB=-0.000758251;REVB=0.00477581;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128751;STB=0.574392;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00269917;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:11:20:10:9:11:20 chr17 66264567 . TTA TAT,T 937.97 PASS AF=0,0.412245;AO=8,81;DP=132;FAO=0,101;FDP=245;FR=.;FRO=144;FSAF=0,20;FSAR=0,81;FSRF=98;FSRR=46;FWDB=-0.0307194,-0.0712596;FXX=0.0277767;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=32.2147,93.3886;QD=15.3138;RBI=0.0682041,0.0864146;REFB=-0.0622074,-0.0729579;REVB=0.0608943,0.0488831;RO=3;SAF=0,18;SAR=8,63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.801673,-0.0423028;STB=0.5,0.789989;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0110724,0.0755645;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.412245:8,81:132:0,101:245:144:0,20:0,81:98:46:99:3:0,18:8,63:2:1 chr17 66267650 . T G 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00338402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.187;QD=13.5124;RBI=0.0153842;REFB=-0.0116247;REVB=0.0150074;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223789;STB=0.519072;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0184315;OID=.;OPOS=66267650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:15:17:25:24:15:17:25:25 chr17 66267691 . A T 534.69 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0280148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.965;QD=23.5026;RBI=0.0384673;REFB=0.00284092;REVB=-0.026361;RO=41;SAF=25;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030002;STB=0.516477;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.002862;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:25:25:22:19:25:25:22:19 chr17 66270082 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00131292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.859;QD=14.0975;RBI=0.0154314;REFB=-0.001387;REVB=-0.0153755;RO=18;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194978;STB=0.615799;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00142191;OID=.;OPOS=66270082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:2:11:13:5:2:11:13:5 chr17 66390978 . C T 303.16 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0279644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.407;QD=17.5744;RBI=0.0299258;REFB=-0.0131037;REVB=-0.0106559;RO=36;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188756;STB=0.610936;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0123863;OID=.;OPOS=66390978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:32:33:0.478261:10:22:18:18:10:23:18:18 chr17 66449122 . G A 521.42 PASS AF=0.459016;AO=55;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.00141103;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.48;QD=17.0956;RBI=0.0253499;REFB=-0.00132609;REVB=0.0253106;RO=66;SAF=28;SAR=27;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140203;STB=0.581939;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00138544;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:55:56:0.459016:27:28:43:23:28:28:43:23 chr17 66533655 . A G 275.58 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0146319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.023;QD=18.0708;RBI=0.0381653;REFB=-0.0234378;REVB=-0.0352491;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181926;STB=0.610114;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0173719;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:31:30:30:0.491803:11:19:13:17:11:19:13:18 chr17 66537003 . G A 737.57 PASS AF=0.6;AO=68;DP=114;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00575779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.104;QD=25.6547;RBI=0.0303817;REFB=-0.00794586;REVB=0.0298312;RO=46;SAF=34;SAR=34;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968213;STB=0.55498;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00640771;OID=.;OPOS=66537003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:46:46:68:69:0.6:34:34:17:29:34:35:17:29 chr17 66538239 . G T 288.25 PASS AF=0.44;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0345324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0806;QD=15.3735;RBI=0.0436508;REFB=-0.0169041;REVB=0.0267002;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064882;STB=0.528239;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0218547;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:42:32:33:0.44:15:17:25:17:15:18:25:17 chr17 66596463 . C T 2474.78 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4337;QD=61.4852;RBI=0.0380329;REFB=0;REVB=0.0343426;RO=0;SAF=81;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36666e-05;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:80:81:0:0:80:81:0:0 chr17 66872802 . G C 2268.3 PASS AF=0.986395;AO=143;DP=145;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.033938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8899;QD=61.7225;RBI=0.0563805;REFB=-0.123894;REVB=-0.0450219;RO=2;SAF=63;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158105;STB=0.500907;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00126408;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:147:2:2:143:145:0.986395:80:63:1:1:82:63:1:1 chr17 66873743 . G A 326.13 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0331823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.971;QD=20.0698;RBI=0.0344332;REFB=-0.0092774;REVB=0.00919693;RO=31;SAF=5;SAR=29;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239719;STB=0.634945;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00816598;OID=.;OPOS=66873743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:29:5:10:21:29:5:10:21 chr17 66880538 . C CA 30.52 PASS AF=0.15534;AO=20;DP=109;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.00907859;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.1585;QD=1.18519;RBI=0.017741;REFB=-0.00452065;REVB=-0.0152421;RO=85;SAF=12;SAR=8;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105428;STB=0.638382;STBP=0.244;TYPE=ins;VARB=0.177054;OID=.;OPOS=66880539;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15534:20:109:16:103:87:6:10:47:40:30:85:12:8:44:41 chr17 67031457 . C T 1495.02 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178137;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.581;QD=63.6177;RBI=0.0255383;REFB=0;REVB=-0.0254761;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102909;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr17 67081830 . T C 1533.15 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0221549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9664;QD=57.314;RBI=0.0275338;REFB=0.0824935;REVB=0.0163485;RO=1;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713638;STB=0.502569;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00226279;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:104:105:0.981308:66:38:0:1:66:39:1:1 chr17 67101718 . C T 433.53 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.036019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.478;QD=15.0794;RBI=0.0439115;REFB=-0.0276456;REVB=-0.0251168;RO=65;SAF=14;SAR=35;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986002;STB=0.552303;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0339327;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:66:49:49:0.426087:35:14:24:41:35:14:24:42 chr17 67108362 . C G 126.11 PASS AF=0.32;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0023137;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2424;QD=10.0885;RBI=0.0242289;REFB=0.0298437;REVB=0.0241182;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358045;STB=0.679804;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0108828;OID=.;OPOS=67108362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:26:34:15:16:0.32:8:7:4:22:8:8:8:26 chr17 67109833 . T A 621.77 PASS AF=0.394444;AO=71;DP=180;FAO=71;FDP=180;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=0.0721708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3982;QD=13.8171;RBI=0.0735238;REFB=-0.00181638;REVB=-0.01404;RO=108;SAF=32;SAR=39;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141419;STB=0.582067;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00268134;OID=.;OPOS=67109833;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:108:109:71:71:0.394444:39:32:63:45:39:32:64:45 chr17 67125840 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.385;QD=59.8383;RBI=0.0179381;REFB=0;REVB=0.0175465;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95755e-05;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr17 67145190 . TGA T 407.45 PASS AF=0.396694;AO=45;DP=123;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0145925;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.256;QD=13.4695;RBI=0.0436185;REFB=-0.0151257;REVB=-0.0411051;RO=69;SAF=19;SAR=26;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606462;STB=0.533805;STBP=0.532;TYPE=del;VARB=0.025334;OID=.;OPOS=67145191;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396694:45:123:48:121:73:21:27:36:37:99:69:19:26:33:36 chr17 67145241 . G A 359.41 PASS AF=0.40566;AO=36;DP=100;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00140732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.526;QD=13.5624;RBI=0.00470916;REFB=-0.00772268;REVB=0.00449396;RO=62;SAF=12;SAR=24;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649396;STB=0.52315;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0114945;OID=.;OPOS=67145241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:106:62:63:36:43:0.40566:24:12:24:38:25:18:24:39 chr17 67149973 . G A 609.15 PASS AF=0.5;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0095687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2291;QD=19.65;RBI=0.076718;REFB=-0.0129214;REVB=-0.0761189;RO=60;SAF=37;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730242;STB=0.54121;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00993163;OID=.;OPOS=67149973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:60:62:62:62:0.5:25:37:31:29:25:37:32:30 chr17 67150118 . C T 909.95 PASS AF=0.494565;AO=91;DP=183;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.0358436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.602;QD=19.7815;RBI=0.0378088;REFB=-0.00643424;REVB=0.0120309;RO=92;SAF=47;SAR=44;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446664;STB=0.527066;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00817346;OID=.;OPOS=67150118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:92:93:91:91:0.494565:44:47:52:40:44:47:53:40 chr17 67178316 . A G 1585.54 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030242;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.82;QD=59.8317;RBI=0.0336412;REFB=0;REVB=0.0147361;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131199;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:105:106:1:55:50:0:0:55:51:0:0 chr17 67189973 . T C 414.21 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.027846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.27;QD=12.7448;RBI=0.0288542;REFB=-0.0127092;REVB=-0.00756068;RO=79;SAF=27;SAR=22;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625334;STB=0.535733;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0224933;OID=.;OPOS=67189973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:81:49:49:0.376923:22:27:39:40:22:27:40:41 chr17 67190536 . AACAG A 237.64 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00679443;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=4;MLLD=316.599;QD=10.006;RBI=0.0106458;REFB=-0.00884632;REVB=0.00819562;RO=57;SAF=18;SAR=21;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861874;STB=0.554092;STBP=0.386;TYPE=del;VARB=0.0123976;OID=.;OPOS=67190537;OREF=ACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410526:39:98:39:95:56:18:21:31:25:99:57:18:21:31:26 chr17 67210992 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0191558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.906;QD=12.7299;RBI=0.0534208;REFB=-0.0196421;REVB=0.0498682;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311955;STB=0.551606;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0172611;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:6:3:4:7:6:3:5:7 chr17 67212031 . A G 250.72 PASS AF=0.42029;AO=30;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0379467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.703;QD=14.5346;RBI=0.0386548;REFB=-0.0181815;REVB=0.00736502;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798469;STB=0.56491;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0172258;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:30:29:0.42029:17:13:20:19:17:12:21:19 chr17 67212423 . G A 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000680457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.106;QD=26.2143;RBI=0.00340487;REFB=-0.00256935;REVB=-0.00333618;RO=26;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014678;STB=0.508014;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00162743;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:17:25:16:10:17:25:16:10 chr17 67215712 . C T 381.82 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0174836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.364;QD=20.6387;RBI=0.0215789;REFB=-0.0181308;REVB=-0.012648;RO=35;SAF=25;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204128;STB=0.616761;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0130928;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:35:38:39:0.527027:13:25:15:20:13:26:15:20 chr17 67219768 . C T 540.17 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0075821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.274;QD=18.0057;RBI=0.0159071;REFB=-0.0183984;REVB=0.0139838;RO=63;SAF=28;SAR=29;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150299;STB=0.583134;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0130211;OID=.;OPOS=67219768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:29:28:21:42:29:28:21:42 chr17 67260926 . A G 656.0 PASS AF=0.426901;AO=73;DP=172;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=53;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.027997;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6776;QD=15.3451;RBI=0.0618938;REFB=-0.0110945;REVB=0.0551997;RO=95;SAF=53;SAR=20;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24488;STB=0.647427;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.012346;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:95:98:73:73:0.426901:20:53:48:47:20:53:48:50 chr17 67267317 . T C 302.96 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0258055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.54;QD=22.0335;RBI=0.0259226;REFB=-0.00513242;REVB=0.00246059;RO=24;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108005;STB=0.559404;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00493172;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:10:21:19:5:10:21:19:5 chr17 67273882 . C A 636.01 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0200979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.293;QD=20.0319;RBI=0.0258941;REFB=-0.00659619;REVB=-0.0163273;RO=60;SAF=42;SAR=22;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201687;STB=0.616048;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00758204;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:63:64:64:0.503937:22:42:26:34:22:42:27:36 chr17 67290840 . T C 1010.62 PASS AF=0.507772;AO=97;DP=193;FAO=98;FDP=193;FR=.;FRO=95;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.030384;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.319;QD=20.9455;RBI=0.0320978;REFB=-0.0330775;REVB=0.010348;RO=95;SAF=52;SAR=45;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656993;STB=0.533186;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0293663;OID=.;OPOS=67290840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:95:95:97:98:0.507772:45:52:44:51:46:52:44:51 chr17 67304447 . C T 528.7 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00970449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.531;QD=16.3939;RBI=0.0286751;REFB=-0.00821813;REVB=-0.0269831;RO=71;SAF=32;SAR=25;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123792;STB=0.572798;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00625378;OID=.;OPOS=67304447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:72:57:57:0.44186:25:32:31:40:25:32:31:41 chr17 67982157 . C T 1415.38 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.926;QD=62.9059;RBI=0.027818;REFB=0;REVB=0.00926133;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26636e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:40:50:0:0 chr17 68173731 . A G 131.91 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000219973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.472;QD=15.5189;RBI=0.0811577;REFB=-0.0152536;REVB=0.0811574;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445112;STB=0.525658;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0167081;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:11:8:7:8:11:8 chr17 68174168 . CTTTTTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTTA 59.71 PASS AF=0.269231,0.230769,0.307692;AO=4,4,2;DP=32;FAO=7,6,8;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=7,6,8;FSAR=0,0,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.202615,-0.391546,-0.164837;FXX=0.187441;HRUN=17,17,17;LEN=2,1,1;MLLD=4.81316,1.98594,14.7055;QD=9.18547;RBI=0.202615,0.391546,0.164837;REFB=-0.179488,-0.307909,-0.139363;REVB=-5.47714e-18,-2.73858e-18,-2.80716e-18;RO=5;SAF=4,4,2;SAR=0,0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0529095,0.00588208,0.086844;OID=.,.,.;OPOS=68174169,68174169,68174185;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.269231,0.230769,0.307692:4,4,2:32:7,6,8:26:5:7,6,8:0,0,0:5:0:24:5:4,4,2:0,0,0:5:0 chr17 70660158 . T C 366.84 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0519759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9188;QD=19.0567;RBI=0.0544812;REFB=-0.0327687;REVB=-0.016331;RO=39;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115494;STB=0.564423;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0329626;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:25:13:18:21:25:13:18:21 chr17 70943990 . T C 499.37 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1711;QD=58.7491;RBI=0.0474477;REFB=0;REVB=0.00843853;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243914;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr17 71027782 . G A 140.17 PASS AF=0.551724;AO=12;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0147114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0029;QD=19.3331;RBI=0.0524961;REFB=-0.0110261;REVB=0.0503926;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144848;STB=0.5793;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.10257;OID=.;OPOS=71027782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:12:16:0.551724:6:6:8:4:9:7:8:5 chr17 71166701 . A G 399.27 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0246865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5571;QD=15.3564;RBI=0.026926;REFB=0.00184696;REVB=-0.0107509;RO=58;SAF=24;SAR=21;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360366;STB=0.524537;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00213378;OID=.;OPOS=71166701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:21:24:33:25:21:24:34:25 chr17 71167102 . T C 146.32 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0232261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5742;QD=16.7219;RBI=0.023683;REFB=-0.00188466;REVB=0.00462987;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181939;STB=0.604112;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0025214;OID=.;OPOS=71167102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:7:12:7:9:7:12 chr17 71167133 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.209933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4698;QD=14.3342;RBI=0.212166;REFB=0.036551;REVB=0.0306957;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404446;STB=0.726923;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0550888;OID=.;OPOS=71167133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:0:10:6:3:0:10 chr17 71167541 . G A 45.42 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0114485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7472;QD=8.65149;RBI=0.017693;REFB=-0.00757972;REVB=-0.0134898;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301111;STB=0.68373;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0142793;OID=.;OPOS=71167541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:4:10:3:4:4:10 chr17 71232804 . C A 826.47 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4362;QD=56.9978;RBI=0.0211572;REFB=0;REVB=-0.00488796;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64165e-05;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:23:33:0:0:25:33:0:0 chr17 71239087 . G T 543.26 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.000148198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.869;QD=18.4157;RBI=0.0167345;REFB=0.0060814;REVB=-0.0167339;RO=61;SAF=35;SAR=22;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859882;STB=0.547697;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0050531;OID=.;OPOS=71239087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:22:35:32:29:22:35:32:29 chr17 71244630 . C T 315.18 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.00895829;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.197;QD=17.0369;RBI=0.00942765;REFB=-0.0218389;REVB=0.00293764;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186053;STB=0.608119;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0138314;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:14:20:30:9:14:20:31:9 chr17 71354114 . C T 213.5 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0263593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.706;QD=21.3496;RBI=0.0267291;REFB=-0.0179933;REVB=-0.00443125;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211786;STB=0.618934;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0181098;OID=.;OPOS=71354114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:12:7:13:8:12:7 chr17 71365314 . A G 1677.59 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271437;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.711;QD=60.4537;RBI=0.0286934;REFB=0;REVB=0.00930213;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72917e-05;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:107:111:1:51:56:0:0:52:59:0:0 chr17 71386577 . G T 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.484;QD=64.0212;RBI=0.0438947;REFB=0;REVB=0.0314719;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62319e-05;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr17 71410891 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0178994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.901;QD=18.7129;RBI=0.0335893;REFB=-0.00182931;REVB=-0.0284227;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513498;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0020191;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:9:9:9:9:9:9:10:9 chr17 71429894 . CG C 53.13 PASS AF=0.35;AO=23;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0367228;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2083;QD=3.54198;RBI=0.0372261;REFB=-0.0455803;REVB=-0.00610086;RO=35;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391754;STB=0.686093;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0567229;OID=.;OPOS=71429895;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:23:61:21:60:39:15:6:17:22:53:35:17:6:13:22 chr17 71437046 . T C,TC 40.16 PASS AF=0,0.2;AO=3,24;DP=78;FAO=0,15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=0,13;FSAR=0,2;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0175251,-0.0391781;FXX=0.0131562;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=175.845,50.4338;QD=2.14169;RBI=0.0493885,0.060923;REFB=-0.0056487,-0.00737499;REVB=-0.0461746,-0.046655;RO=49;SAF=3,22;SAR=0,2;SRF=17;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.552236,0.686588;STB=0.5,0.835773;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.142728;OID=.,.;OPOS=71437046,71437047;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:78:75:49:60:3,24:0,15:0,0.2:0,2:3,22:17:32:0,2:0,13:29:31 chr17 71746427 . G A 183.49 PASS AF=0.389831;AO=21;DP=57;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0596019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7554;QD=12.4398;RBI=0.0680488;REFB=0.0175102;REVB=0.0328366;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189435;STB=0.581862;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00633127;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:36:36:21:23:0.389831:10:11:25:11:10:13:25:11 chr17 71746435 . C T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0279783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.695;QD=12.0711;RBI=0.029724;REFB=-0.0151314;REVB=-0.0100363;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137653;STB=0.56891;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.01618;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:11:13:26:13:11:13:26:14 chr17 71746479 . C G 351.12 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00484406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0422;QD=13.0043;RBI=0.0253314;REFB=-0.00358528;REVB=-0.0248639;RO=66;SAF=18;SAR=24;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157617;STB=0.589431;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00525814;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:24:18:38:28:24:18:38:28 chr17 71746508 . T C 400.67 PASS AF=0.405172;AO=45;DP=112;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0105708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.942;QD=13.8163;RBI=0.01174;REFB=-0.00627217;REVB=0.00510762;RO=67;SAF=18;SAR=27;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176803;STB=0.603978;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00663725;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:67:69:45:47:0.405172:27:18:38:29:28:19:40:29 chr17 71746796 . A G 491.73 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0267825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6625;QD=25.217;RBI=0.0285051;REFB=0.00924762;REVB=0.00975894;RO=32;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468593;STB=0.52563;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00569223;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:23:23:14:18:23:23:14:18 chr17 71747278 . G C 537.71 PASS AF=0.39375;AO=63;DP=160;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.0117637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.922;QD=13.4427;RBI=0.0169485;REFB=-0.00880163;REVB=-0.0122011;RO=97;SAF=30;SAR=33;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130418;STB=0.573437;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.013725;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:97:97:63:63:0.39375:33:30:58:39:33:30:58:39 chr17 71747323 . T C 317.35 PASS AF=0.378641;AO=36;DP=100;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.020671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.263;QD=12.3241;RBI=0.0288254;REFB=-0.0217826;REVB=-0.0200901;RO=59;SAF=18;SAR=18;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101519;STB=0.50526;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0402475;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:59:64:36:39:0.378641:18:18:35:24:18:21:35:29 chr17 71747336 . G A 269.58 PASS AF=0.344086;AO=30;DP=94;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0121682;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0179;QD=11.595;RBI=0.019168;REFB=0.00460388;REVB=0.0148104;RO=61;SAF=16;SAR=14;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027868;STB=0.537611;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00697041;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:61:61:30:32:0.344086:14:16:34:27:16:16:34:27 chr17 71747394 . C T 318.45 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0150806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2021;QD=13.1321;RBI=0.0406877;REFB=0.018769;REVB=0.0377898;RO=61;SAF=22;SAR=14;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253718;STB=0.644791;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0175995;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:14:22:23:38:14:22:23:38 chr17 71747397 . G A 345.51 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0095058;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5609;QD=14.1026;RBI=0.0112183;REFB=-0.000898317;REVB=0.00595728;RO=60;SAF=24;SAR=14;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264535;STB=0.650294;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000987881;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:14:24:23:37:14:24:23:37 chr17 71752500 . C CT 1864.23 PASS AF=1;AO=119;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205195;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=223.753;QD=59.6554;RBI=0.0221755;REFB=0;REVB=0.00840838;RO=6;SAF=81;SAR=38;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.25408e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:119:127:125:125:0:83:42:0:0:10:6:81:38:2:4 chr17 72209858 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.686;QD=56.9371;RBI=0.115856;REFB=0;REVB=-0.0145072;RO=0;SAF=10;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529446;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:43:10:0:0:43:10:0:0 chr17 72301432 . A G 183.29 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00498011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.169;QD=9.90772;RBI=0.016349;REFB=0.000884012;REVB=-0.015572;RO=50;SAF=12;SAR=12;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185492;STB=0.608022;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00214811;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:12:12:33:17:12:12:33:17 chr17 72303449 . G A 685.25 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.0232446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.507;QD=18.6463;RBI=0.03668;REFB=-0.020228;REVB=0.0283745;RO=77;SAF=43;SAR=26;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388454;STB=0.525796;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0215207;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:78:69:69:0.469388:26:43:45:32:26:43:45:33 chr17 72305534 . C T 600.15 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0324754;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.304;QD=22.4353;RBI=0.0369416;REFB=-0.0324613;REVB=0.0176076;RO=46;SAF=32;SAR=28;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809076;STB=0.500626;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0158462;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:47:60:60:0.560748:28:32:25:21:28:32:25:22 chr17 72305688 . T C 101.67 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0500154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.0157;QD=8.84063;RBI=0.0506424;REFB=0.000559122;REVB=0.00794458;RO=33;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11183;STB=0.568664;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00220844;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:9:4:13:20:9:4:13:20 chr17 72308307 . G A 220.52 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00809358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.809;QD=12.0835;RBI=0.0164563;REFB=-0.0090414;REVB=-0.0143284;RO=45;SAF=15;SAR=12;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124693;STB=0.576748;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0111258;OID=.;OPOS=72308307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:12:15:30:15:12:15:31:15 chr17 72308319 . G A 1016.35 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112637;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7128;QD=59.7851;RBI=0.0367853;REFB=0;REVB=0.0350183;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127889;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr17 72349040 . C T 254.52 PASS AF=0.4;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=0.0267785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.293;QD=13.5745;RBI=0.0267944;REFB=-0.0113437;REVB=0.000923894;RO=45;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217527;STB=0.614145;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0136251;OID=.;OPOS=72349040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:45:29:30:0.4:18:11:9:36:19:11:9:36 chr17 72350402 . G A 382.65 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0238351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9928;QD=20.1394;RBI=0.0488292;REFB=-0.00972773;REVB=0.0426166;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142871;STB=0.577426;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00671672;OID=.;OPOS=72350402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:38:39:0.513158:17:21:14:22:18:21:14:23 chr17 72351024 . T C 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.000338223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.387;QD=11.1268;RBI=0.0344452;REFB=0.00459858;REVB=0.0344436;RO=29;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423869;STB=0.727214;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00590105;OID=.;OPOS=72351024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:34:17:17:0.333333:4:13:11:18:4:13:15:19 chr17 72351406 . C T 510.8 PASS AF=0.397163;AO=55;DP=140;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=62;FWDB=-0.0130963;FXX=0.0408136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1855;QD=14.4908;RBI=0.0574995;REFB=-0.0222252;REVB=0.0559882;RO=73;SAF=10;SAR=45;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140433;STB=0.565176;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0204411;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:73:85:55:56:0.397163:45:10:20:53:45:11:23:62 chr17 72351761 . A G 376.34 PASS AF=0.411215;AO=40;DP=103;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.000983991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.256;QD=14.0688;RBI=0.00500092;REFB=-0.00985612;REVB=-0.00490316;RO=63;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021459;STB=0.517234;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0142899;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:63:63:40:44:0.411215:24:16:24:39:26:18:24:39 chr17 72353745 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0113252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.374;QD=18.767;RBI=0.0461969;REFB=-0.0783542;REVB=0.0447872;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.044645;OID=.;OPOS=72353745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr17 72366695 . C A 725.56 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9507;QD=52.7683;RBI=0.0119299;REFB=-0.169745;REVB=0.000272435;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0079772;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:53:53:0.963636:25:28:0:0:25:28:2:0 chr17 72368550 . T C 242.05 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0682813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3164;QD=16.9858;RBI=0.068882;REFB=0.0028554;REVB=-0.00907724;RO=29;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096789;STB=0.568667;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00545806;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:20:7:10:19:20:7:11:19 chr17 72429869 . C T 217.24 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0189084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4597;QD=11.2849;RBI=0.0516376;REFB=-0.011052;REVB=-0.0480512;RO=50;SAF=18;SAR=9;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104394;STB=0.560701;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0189361;OID=.;OPOS=72429869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:9:18:29:21:9:18:29:21 chr17 72439700 . T G 175.93 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.591;QD=46.9146;RBI=0.0351078;REFB=0;REVB=0.0348855;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13984e-05;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr17 72439773 . AGGGGG AGGG,AGGGG,AGGGGC 278.07 PASS AF=0.205128,0.794872,0;AO=6,9,9;DP=39;FAO=8,31,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=4,20,0;FSAR=4,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223152,-0.0384659,0.0571319;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=11.1173,8.99571,5.69848;QD=28.5202;RBI=0.036839,0.0714895,0.251291;REFB=0.0973344,0.078954,-0.000795946;REVB=-0.0293112,-0.0602588,-0.24471;RO=2;SAF=5,5,2;SAR=1,4,7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.414179,0.414179,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.144764,-0.147719,-0.290717;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0158558,-0.0476908,-0.00346382;OID=.,.,.;OPOS=72439774,72439774,72439778;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.205128,0.794872,0:6,9,9:39:8,31,0:39:0:4,20,0:4,11,0:0:0:33:2:5,5,2:1,4,7:2:0 chr17 72439808 . TG T,TT 1322.44 PASS AF=0.945652,0.0434783;AO=81,5;DP=93;FAO=87,4;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41,3;FSAR=46,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.223431,-0.124521;FXX=0.0107515;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.0689,7.22101;QD=57.4973;RBI=0.242552,0.133709;REFB=0.0110331,0.0371173;REVB=-0.0943922,-0.0487106;RO=1;SAF=36,3;SAR=45,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.010407,0.169284;STB=0.505375,0.665771;STBP=0.502,0.288;TYPE=del,snp;VARB=-0.00395183,0.018049;OID=.,.;OPOS=72439809,72439809;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.945652,0.0434783:81,5:93:87,4:92:1:41,3:46,1:0:1:8:1:36,3:45,2:0:1 chr17 72439875 . A G 713.42 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00495429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.853;QD=20.6788;RBI=0.00572907;REFB=-0.00563514;REVB=-0.00287703;RO=68;SAF=32;SAR=38;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778327;STB=0.542845;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00392499;OID=.;OPOS=72439875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:68:70:70:0.507246:38:32:37:31:38:32:37:31 chr17 72469958 . A G 821.04 PASS AF=0.467033;AO=85;DP=181;FAO=85;FDP=182;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.0301927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9367;QD=18.0448;RBI=0.0599544;REFB=-0.0172854;REVB=-0.051797;RO=96;SAF=43;SAR=42;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543504;STB=0.527099;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.012974;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:96:97:85:85:0.467033:42:43:54:42:42:43:54:43 chr17 72519798 . C T 953.9 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1322;QD=58.7018;RBI=0.0317836;REFB=0;REVB=0.0130389;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108496;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr17 72521897 . G A 768.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.087;QD=56.9471;RBI=0.0260287;REFB=0;REVB=-0.0180893;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51407e-06;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:24:30:0:0 chr17 72588326 . A C 711.69 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107719;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.724;QD=56.9349;RBI=0.0281232;REFB=0;REVB=0.0259785;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77539e-05;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr17 72589196 . T C 602.08 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0362818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.363;QD=54.7341;RBI=0.0408371;REFB=-0.174018;REVB=0.018743;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.507325;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00126764;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:1:3:41:41:0.931818:23:18:1:0:23:18:1:2 chr17 72589264 . G T 665.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.577;QD=61.8857;RBI=0.0239977;REFB=0;REVB=-0.014688;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48407e-06;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr17 72590267 . T C 156.99 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0227676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.401;QD=16.1015;RBI=0.0231441;REFB=-0.00846818;REVB=0.00415751;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895113;STB=0.505149;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0118038;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:14:3:4:18:14:3:4:18 chr17 72613589 . T G 111.67 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0504046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.321;QD=15.9531;RBI=0.0504321;REFB=-0.0261492;REVB=-0.00166443;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526274;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00777472;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:15:12:13:0.464286:10:2:2:10:10:3:4:11 chr17 72615293 . C T 134.89 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.132785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4224;QD=16.8611;RBI=0.133205;REFB=-0.00694249;REVB=0.0105671;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155927;STB=0.590117;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0143649;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:7:10:11:4:7:10 chr17 72691928 . T C 1108.43 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130276;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.2941;QD=59.1164;RBI=0.0160017;REFB=-0.056843;REVB=0.00929178;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190075;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:75:1:0:73:75:1:32:41:0:1:34:41:0:0 chr17 72700943 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0969535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.439;QD=11.2568;RBI=0.0985074;REFB=-0.00388104;REVB=0.0174276;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00555071;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:5:7:5:3:5:7 chr17 72815981 . C T 458.06 PASS AF=0.576923;AO=43;DP=77;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00596791;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.032;QD=23.4903;RBI=0.00854738;REFB=-0.0404098;REVB=-0.00611897;RO=33;SAF=22;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140701;STB=0.596568;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0345472;OID=.;OPOS=72815981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:33:43:45:0.576923:21:22:11:22:21:24:10:23 chr17 72889685 . G A 634.53 PASS AF=0.626374;AO=33;DP=98;FAO=57;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=46;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=33;FWDB=0.0856974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5736;QD=27.8916;RBI=0.0867625;REFB=-0.0346632;REVB=-0.0135533;RO=52;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286523;STB=0.796431;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0286543;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:91:52:34:33:57:0.626374:12:21:19:33:11:46:1:33 chr17 72889696 . A G 277.87 PASS AF=0.5;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=31;FWDB=-0.0427946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0801;QD=17.9271;RBI=0.0471181;REFB=-0.0445682;REVB=-0.0197165;RO=28;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.668068;STB=0.860265;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0230822;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:28:31:30:31:0.5:5:25:0:28:6:25:0:31 chr17 72927123 . G T 686.64 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0612916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.825;QD=53.8539;RBI=0.062788;REFB=-0.0192004;REVB=0.0136259;RO=1;SAF=5;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108188;STB=0.505745;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000521002;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:1:1:48:50:0.980392:43:5:0:1:43:7:0:1 chr17 72937605 . G A 375.06 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0409447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.444;QD=24.5944;RBI=0.04324;REFB=-0.00705813;REVB=-0.0139007;RO=23;SAF=26;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312466;STB=0.667185;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00741177;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:23:24:36:37:0.606557:10:26:7:16:11:26:7:17 chr17 72937851 . G A 398.95 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00452733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9275;QD=23.8176;RBI=0.00468069;REFB=-0.0394309;REVB=-0.00118834;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564873;STB=0.531019;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0220642;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:21:18:15:13:21:18:15:13 chr17 72938100 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.873;QD=58.4197;RBI=0.0328903;REFB=0;REVB=0.0135685;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88516e-05;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr17 72939446 . C T 57.53 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.041087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.969;QD=12.7855;RBI=0.0571055;REFB=-0.00551177;REVB=0.0396598;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.610847;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00340349;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:9:10:7:8:0.444444:3:4:3:6:4:4:3:7 chr17 72948369 . A G 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6821;QD=60.6029;RBI=0.0294854;REFB=0;REVB=0.0227914;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77158e-05;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr17 72949167 . T C 83.54 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00653903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1269;QD=20.885;RBI=0.0299368;REFB=-0.0173833;REVB=-0.0292139;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422407;STB=0.749373;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0319319;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:9:1:3:3:9:1:3:3 chr17 72949649 . C T 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0131395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.213;QD=11.8831;RBI=0.0135457;REFB=-0.00566574;REVB=0.00329227;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725985;STB=0.52868;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.011587;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:47:27:27:0.364865:15:12:23:22:15:12:23:24 chr17 72952017 . A G 825.65 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0939;QD=56.9416;RBI=0.0584262;REFB=0;REVB=0.0096935;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392479;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:27:29:0:0:27:31:0:0 chr17 72999773 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0466092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.664;QD=21.0072;RBI=0.0476012;REFB=-0.00321764;REVB=0.00966709;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799136;STB=0.5045;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00369865;OID=.;OPOS=72999773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:7:10:11:8:7:10 chr17 73000061 . A G 457.55 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.00899366;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.692;QD=13.9712;RBI=0.00936213;REFB=-0.00953166;REVB=-0.00260066;RO=79;SAF=17;SAR=35;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312307;STB=0.67636;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0147161;OID=.;OPOS=73000061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:79:79:52:52:0.396947:35:17:49:30:35:17:49:30 chr17 73016621 . C T 171.3 PASS AF=0.343284;AO=22;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00471786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.726;QD=10.2267;RBI=0.0228049;REFB=-0.0193655;REVB=0.0223116;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25413;STB=0.670728;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0381462;OID=.;OPOS=73016621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:22:23:0.343284:13:9:28:16:14:9:29:15 chr17 73037868 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.912;QD=59.4351;RBI=0.0479344;REFB=0;REVB=0.045123;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102012;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr17 73085975 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00122245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.295;QD=9.49166;RBI=0.0190531;REFB=-0.034572;REVB=-0.0190139;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515523;STB=0.823899;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0604135;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:9:9:8:1:9:9 chr17 73089524 . G A 129.53 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0203097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3409;QD=8.6356;RBI=0.0498704;REFB=-0.00386495;REVB=0.0455475;RO=40;SAF=12;SAR=6;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109123;STB=0.518967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0150516;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:42:18:18:0.3:6:12:27:13:6:12:29:13 chr17 73089706 . G A 50.97 PASS AF=0.307692;AO=6;DP=24;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00424287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9127;QD=7.84189;RBI=0.0878729;REFB=-0.0302238;REVB=0.0877704;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480808;STB=0.758384;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0849956;OID=.;OPOS=73089706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:24:26:18:18:6:8:0.307692:2:4:4:14:3:5:4:14 chr17 73089852 . T C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0651884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1318;QD=11.5971;RBI=0.0652224;REFB=-0.00814932;REVB=0.00210704;RO=21;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490545;STB=0.804229;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0276919;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:11:1:8:13:11:1:8:13 chr17 73110279 . C T 1359.87 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356636;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.73;QD=62.5227;RBI=0.0561023;REFB=0;REVB=0.0433079;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277973;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:83:87:1:45:38:0:0:50:37:0:0 chr17 73127217 . G C 289.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2098;QD=52.6419;RBI=0.114121;REFB=0;REVB=0.112682;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361237;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:10:12:0:0 chr17 73221439 . C G,T 1505.33 PASS AF=0.037037,0.944444;AO=4,100;DP=107;FAO=4,102;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=4,62;FSAR=0,40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0255498,0.0152109;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.6853,128.61;QD=55.7529;RBI=0.0348178,0.0284932;REFB=-0.00156986,-0.0848532;REVB=0.0236536,0.0240934;RO=2;SAF=4,61;SAR=0,39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0152987;STB=0.5,0.507935;STBP=1,0.289;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00634566,0.000540186;OID=.,.;OPOS=73221439,73221439;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:107:108:2:2:4,100:4,102:0.037037,0.944444:0,39:4,61:2:0:0,40:4,62:2:0 chr17 73222847 . C T 554.73 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.259;QD=59.9708;RBI=0.0509282;REFB=0;REVB=0.0286258;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00686426;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:15:18:0:0:19:18:0:0 chr17 73222865 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.636;QD=59.0187;RBI=0.0378921;REFB=0;REVB=-0.00435328;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34701e-05;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 73230856 . C T 1785.18 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.081;QD=61.0318;RBI=0.0469433;REFB=0;REVB=0.0319489;RO=0;SAF=52;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161047;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:65:52:0:0:65:52:0:0 chr17 73257986 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.226;QD=37.4885;RBI=0.0422452;REFB=0;REVB=0.0417181;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302264;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 73258479 . C T 957.45 PASS AF=0.931507;AO=69;DP=74;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0102016;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.116;QD=52.4629;RBI=0.030648;REFB=-0.0712818;REVB=0.0289003;RO=5;SAF=48;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014303;STB=0.507271;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.000915418;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:73:5:5:69:68:0.931507:21:48:3:2:21:47:3:2 chr17 73269530 . A G 1194.16 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8751;QD=59.708;RBI=0.0377482;REFB=-0.0941478;REVB=-0.0356609;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00108219;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:38:41:0:0:38:41:0:1 chr17 73269676 . C T 1149.57 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319544;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0984;QD=60.5036;RBI=0.0345935;REFB=0;REVB=0.0132522;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400075;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:40:36:0:0 chr17 73279624 . A G 778.78 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.765;QD=62.3026;RBI=0.0553577;REFB=0;REVB=-0.0162304;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413147;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:23:24:0:0:23:27:0:0 chr17 73315368 . C T 1160.87 PASS AF=0.930233;AO=80;DP=86;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0153768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.498;QD=53.9939;RBI=0.0230022;REFB=0.0611872;REVB=0.0171072;RO=6;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832639;STB=0.544106;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00900739;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:86:86:6:6:80:80:0.930233:31:49:0:6:31:49:0:6 chr17 73402246 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8;QD=37.4885;RBI=0.144568;REFB=0;REVB=-0.0402435;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0129811;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr17 73488794 . C T 689.03 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.592;QD=62.6392;RBI=0.063339;REFB=0;REVB=-0.00751383;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177426;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr17 73493880 . GCCCCCCCAT GCCCCCCAT,GCCCCCCATG,GCCCCCCCCAT 33.28 PASS AF=0,0.0217391,0.282609;AO=6,2,14;DP=45;FAO=0,1,13;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=0,1,2;FSAR=0,0,11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.15894,-0.202865,0.132712;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=9.39659,66.8824,7.06617;QD=2.89425;RBI=0.167243,0.204961,0.14322;REFB=0.0532031,0.0279133,-0.0623241;REVB=0.0520409,0.0292407,-0.0538453;RO=19;SAF=5,2,2;SAR=1,0,12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.295833,0.466529,-0.535397;STB=0.5,0.98583,0.87249;STBP=1,0.503,0.003;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0366242,-0.00595565,0.16612;OID=.,.,.;OPOS=73493881,73493887,73493881;OREF=C,CAT,-;OALT=-,ATG,C;OMAPALT=GCCCCCCAT,GCCCCCCATG,GCCCCCCCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0217391,0.282609:6,2,14:45:0,1,13:46:32:0,1,2:0,0,11:23:9:34:19:5,2,2:1,0,12:12:7 chr17 73495692 . C G 1200.69 PASS AF=1;AO=53;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.1043;QD=57.8648;RBI=0.181348;REFB=-0.0465146;REVB=0.021958;RO=3;SAF=8;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257765;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:83:3:0:53:83:1:45:8:0:3:50:33:0:0 chr17 73496522 . A G 277.38 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0219151;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.472;QD=20.5463;RBI=0.027832;REFB=0.00468912;REVB=0.0171566;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133537;STB=0.51479;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00497212;OID=.;OPOS=73496522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:28:29:0.537037:15:13:12:13:16:13:12:13 chr17 73498623 . A G 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00759832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.081;QD=16.979;RBI=0.0388862;REFB=-0.00807721;REVB=-0.0381366;RO=29;SAF=20;SAR=6;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321474;STB=0.518059;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0101927;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:6:20:23:6:6:20:23:6 chr17 73518203 . G C 218.39 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0120493;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.905;QD=15.5993;RBI=0.0120561;REFB=-0.0397363;REVB=-0.000404879;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266507;STB=0.521792;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.036458;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:31:25:25:0.446429:17:8:11:21:17:8:11:20 chr17 73518284 . G C 122.1 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00623242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.178;QD=15.7555;RBI=0.0266796;REFB=-0.0231367;REVB=0.0259414;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748824;STB=0.543414;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0332984;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:6:11:10:4:6:11 chr17 73519413 . C T 165.45 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0177717;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2538;QD=9.73225;RBI=0.0827527;REFB=-0.0115664;REVB=0.0808219;RO=46;SAF=11;SAR=11;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176031;STB=0.602852;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0258138;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:11:11:30:16:11:11:30:16 chr17 73519798 . C T 608.33 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00478161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.551;QD=25.0856;RBI=0.0170063;REFB=-0.0269667;REVB=0.0163202;RO=42;SAF=29;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161575;STB=0.508841;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0205312;OID=.;OPOS=73519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:26:29:23:19:26:29:23:19 chr17 73552185 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0354596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5742;QD=14.9787;RBI=0.0367959;REFB=-0.00654954;REVB=0.00982643;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279975;STB=0.666296;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00834844;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:5:6:8:2:5:6 chr17 73565171 . T C 159.74 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.122948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2744;QD=18.2564;RBI=0.123726;REFB=-0.0145836;REVB=-0.0138565;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104816;STB=0.571347;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0107215;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:18:17:17:0.485714:8:9:11:6:8:9:12:6 chr17 73566561 . G A 104.61 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0133795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.647;QD=19.926;RBI=0.013802;REFB=-0.0169308;REVB=-0.00338912;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205008;STB=0.615215;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0132952;OID=.;OPOS=73566561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:1:8:8:4:1:8 chr17 73567846 . C T 705.67 PASS AF=0.396135;AO=81;DP=204;FAO=82;FDP=207;FR=.;FRO=125;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=77;FSRR=48;FWDB=-0.0345829;FXX=0.014285;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4023;QD=13.6361;RBI=0.0405014;REFB=-0.0363177;REVB=-0.0210804;RO=119;SAF=34;SAR=47;SRF=71;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186267;STB=0.620083;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0507955;OID=.;OPOS=73567846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:207:119:125:81:82:0.396135:47:34:71:48:48:34:77:48 chr17 73568055 . C T 245.49 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0101226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.28;QD=23.9498;RBI=0.0105435;REFB=-0.00895313;REVB=-0.00294932;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877846;STB=0.548976;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0248592;OID=.;OPOS=73568055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:14:9:9:9:14:9:9:9 chr17 73570718 . C G 192.23 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0224155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7961;QD=21.359;RBI=0.0462471;REFB=-0.0113341;REVB=-0.0404517;RO=17;SAF=18;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639002;STB=0.879121;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0270092;OID=.;OPOS=73570718;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:16:19:20:0.555556:1:18:8:9:1:19:7:9 chr17 73570756 . G T 83.71 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0629815;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.0843;QD=20.9287;RBI=0.0872601;REFB=-0.0240898;REVB=-0.0603959;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526264;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00557424;OID=.;OPOS=73570756;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:16:5:6:10:10:0.625:6:4:2:3:6:4:2:4 chr17 73571030 . A G 36.06 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0377933;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.049;QD=6.00941;RBI=0.0425921;REFB=0.00307162;REVB=-0.0196406;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420114;STB=0.780226;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0133017;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:24:18:18:6:6:0.25:5:1:9:9:5:1:9:9 chr17 73571200 . C CT 43.5 PASS AF=0.203704;AO=14;DP=115;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=66;FWDB=-0.0181688;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=95.6884;QD=1.61101;RBI=0.018758;REFB=-0.00044043;REVB=0.00466464;RO=92;SAF=11;SAR=3;SRF=27;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557842;STB=0.866841;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0194836;OID=.;OPOS=73571201;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203704:14:115:22:108:86:17:5:20:66:43:92:11:3:27:65 chr17 73587268 . C T 150.95 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0250719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2257;QD=14.0416;RBI=0.0332966;REFB=-0.00962506;REVB=0.0219103;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106944;STB=0.576832;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0158943;OID=.;OPOS=73587268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:26:16:17:0.395349:9:7:14:12:10:7:14:12 chr17 73587784 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.134;QD=61.0492;RBI=0.0289619;REFB=0;REVB=0.0227806;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39879e-06;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr17 73588058 . G T 1048.06 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.058457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3999;QD=58.2256;RBI=0.0615044;REFB=-0.1022;REVB=-0.0191198;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108712;STB=0.505746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00430483;OID=.;OPOS=73588058;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:43:28:0:1:43:28:0:1 chr17 73588067 . A G 1138.82 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227696;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5403;QD=60.7372;RBI=0.0243832;REFB=0;REVB=-0.00872256;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431983;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:45:30:0:0 chr17 73590817 . C T 1012.22 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00548692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.058;QD=57.8411;RBI=0.0220605;REFB=-0.113784;REVB=0.0213673;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000383822;OID=.;OPOS=73590817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:27:42:1:0:27:42:1:0 chr17 73590830 . T G 1098.09 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.889;QD=60.1693;RBI=0.0403057;REFB=0;REVB=0.0142899;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57575e-05;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr17 73597544 . A G 727.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6563;QD=63.2733;RBI=0.0889386;REFB=0;REVB=0.0108076;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114289;OID=.;OPOS=73597544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr17 73602081 . G A,C 688.37 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=41,3;DP=44;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16,4;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832964,0.0435188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.1412,176.939;QD=61.1887;RBI=0.0843398,0.0441958;REFB=0,0;REVB=-0.013225,0.00770597;RO=0;SAF=16,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.1719e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00990773,0.0932411;OID=.,.;OPOS=73602081,73602081;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:44:45:0:0:41,3:41,4:0.911111,0.0888889:25,0:16,3:0:0:25,0:16,4:0:0 chr17 73609112 . G A 558.09 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.017886;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.112;QD=55.8093;RBI=0.021978;REFB=-0.0647678;REVB=0.0127719;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.527763;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00168686;OID=.;OPOS=73609112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:38:38:0.95:17:21:0:0:17:21:0:2 chr17 73612642 . A AT 248.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.83;QD=49.7639;RBI=0.0980945;REFB=0;REVB=0.0975753;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00510665;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:20:20:0:18:2:0:0:4:0:18:2:0:0 chr17 73625430 . G A 1112.28 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643242;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4896;QD=59.3214;RBI=0.0863743;REFB=0;REVB=0.0576448;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810614;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:75:1:0:74:75:1:35:39:0:1:36:39:0:0 chr17 73625478 . T C 1553.03 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.25;QD=62.7487;RBI=0.033911;REFB=-0.0360925;REVB=0.00541561;RO=1;SAF=50;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093921;STB=0.504949;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000101957;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:48:50:1:0:48:50:1:0 chr17 73626922 . G GT,GTGT 128.46 PASS AF=0.285714,0.642857;AO=4,4;DP=13;FAO=4,9;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4,9;FSAR=0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00659889,0.0291241;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=137.29,214.815;QD=36.7035;RBI=0.00659889,0.0291241;REFB=-0.0421628,-0.0616447;REVB=0,0;RO=5;SAF=4,4;SAR=0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0243974,0.0174443;OID=.,.;OPOS=73626923,73626923;OREF=-,-;OALT=T,TGT;OMAPALT=GT,GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.642857:4,4:13:4,9:14:1:4,9:0,0:1:0:22:5:4,4:0,0:5:0 chr17 73627565 . A G 1152.89 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458699;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2199;QD=60.6782;RBI=0.0472754;REFB=0;REVB=-0.0114419;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010411;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:48:27:0:0:49:27:0:0 chr17 73698557 . C T 803.76 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00819621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.829;QD=55.4314;RBI=0.0287808;REFB=-0.160521;REVB=0.0275891;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00133944;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:31:26:0:0:31:26:0:1 chr17 73724501 . T C 251.2 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0183675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.954;QD=19.7021;RBI=0.0197914;REFB=-0.0120483;REVB=-0.00737104;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102403;STB=0.56727;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00966274;OID=.;OPOS=73724501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:15:11:13:11:15:11:14:11 chr17 73737114 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 46.59 PASS AF=0.363636,0;AO=7,2;DP=22;FAO=8,0;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0112971,-0.100091;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=17.0793,21.2639;QD=8.47016;RBI=0.0342804,0.124581;REFB=-0.0283425,0.0110256;REVB=0.0323654,-0.0741776;RO=12;SAF=6,0;SAR=1,2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.651775,-0.460273;STB=0.839307,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0321111,0;OID=.,.;OPOS=73737115,73737119;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0:7,2:22:8,0:22:14:6,0:2,0:2:12:46:12:6,0:1,2:2:10 chr17 73773735 . ACC AC,ACA 278.22 PASS AF=0.438356,0.0410959;AO=31,3;DP=73;FAO=32,3;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19,2;FSAR=13,1;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0401731,-0.00286083;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.3102,24.7277;QD=15.2447;RBI=0.0480113,0.0321808;REFB=0.0207563,-0.00769964;REVB=-0.0262909,-0.0320534;RO=37;SAF=18,2;SAR=13,1;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0138848,0.0754092;STB=0.506489,0.560985;STBP=0.941,0.9;TYPE=del,snp;VARB=-0.0034112,-0.14059;OID=.,.;OPOS=73773736,73773737;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438356,0.0410959:31,3:73:32,3:73:38:19,2:13,1:23:15:99:37:18,2:13,1:22:15 chr17 73812909 . A G 1218.8 PASS AF=0.463768;AO=122;DP=270;FAO=128;FDP=276;FR=.;FRO=148;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=63;FSRR=85;FWDB=0.0122189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.851;QD=17.6637;RBI=0.0137925;REFB=-0.0144344;REVB=-0.00639778;RO=147;SAF=68;SAR=54;SRF=63;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126841;STB=0.577389;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0160897;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:276:147:148:122:128:0.463768:54:68:63:84:55:73:63:85 chr17 73816026 . A G 65.6 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0237721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.708;QD=26.2417;RBI=0.0243317;REFB=-0.00414996;REVB=-0.00518817;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00235875;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:10:10:2:2:6:7:0.7:2:4:1:1:2:5:1:1 chr17 73819525 . C T 486.37 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0305484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.761;QD=18.8883;RBI=0.0311335;REFB=-0.0132823;REVB=0.00600776;RO=51;SAF=23;SAR=28;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179261;STB=0.514258;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0167538;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:52:51:51:0.495146:28:23:22:29:28:23:22:30 chr17 73824121 . T C 742.22 PASS AF=0.503448;AO=72;DP=144;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0441906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1459;QD=20.4751;RBI=0.0503554;REFB=-0.0201271;REVB=-0.0241424;RO=72;SAF=38;SAR=34;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378288;STB=0.523929;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0193351;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:72:72:72:73:0.503448:34:38:35:37:34:39:35:37 chr17 73827205 . T C 654.59 PASS AF=0.405556;AO=73;DP=183;FAO=73;FDP=180;FR=.;FRO=107;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.0373234;FXX=0.0163925;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.47;QD=14.5465;RBI=0.0374747;REFB=-0.0149716;REVB=-0.00336429;RO=100;SAF=43;SAR=30;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621674;STB=0.550843;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0287807;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:180:100:107:73:73:0.405556:30:43:53:47:30:43:54:53 chr17 73831016 . G A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00712544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.531;QD=18.1181;RBI=0.00731471;REFB=-0.0133992;REVB=0.00165322;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035158;STB=0.519978;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0187553;OID=.;OPOS=73831016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:14:6:6:12:14:6 chr17 73836162 . C G 135.86 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0633525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8887;QD=17.5301;RBI=0.0635262;REFB=-0.0213498;REVB=-0.00469485;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147222;STB=0.584302;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0305154;OID=.;OPOS=73836162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:9:7:9:6:9:7 chr17 73839137 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0547731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.292;QD=13.9591;RBI=0.0548065;REFB=-0.0243421;REVB=-0.00191323;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456174;STB=0.76852;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0165262;OID=.;OPOS=73839137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:1:6:2:5:1:6 chr17 73923579 . AGACGGAAGT A 731.88 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016477;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=9;MLLD=271.253;QD=63.6417;RBI=0.0256534;REFB=0;REVB=0.0196622;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.46798e-05;OID=.;OPOS=73923580;OREF=GACGGAAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:46:46:46:0:19:27:0:0:4:0:17:25:0:0 chr17 73949540 . G C 895.35 PASS AF=1;AO=47;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.33;QD=57.7645;RBI=0.12582;REFB=0;REVB=-0.125198;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675434;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:47:62:1:18:29:0:0:19:43:0:0 chr17 73997474 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.986;QD=55.655;RBI=0.0215543;REFB=0;REVB=0.018043;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49165e-05;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 74014628 . G A 1409.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3187;QD=62.6392;RBI=0.0331357;REFB=0;REVB=0.028924;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360013;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:41:49:0:0 chr17 74014668 . T C 878.86 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2302;QD=57.6302;RBI=0.0588473;REFB=0;REVB=0.0568409;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226672;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:25:32:0:0:29:32:0:0 chr17 74017554 . G T 122.72 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0251902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.634;QD=5.84382;RBI=0.0291873;REFB=-0.0090666;REVB=0.0147429;RO=65;SAF=10;SAR=9;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15237;STB=0.593814;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0178659;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:9:10:42:23:9:10:42:23 chr17 74017573 . C G 113.94 PASS AF=0.219512;AO=17;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0502939;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.879;QD=5.55806;RBI=0.0523168;REFB=-0.00817145;REVB=0.0144074;RO=63;SAF=8;SAR=9;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185027;STB=0.573091;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0268695;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:64:17:18:0.219512:9:8:39:24:9:9:38:26 chr17 74017594 . A G 106.23 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0221499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3901;QD=5.4477;RBI=0.0269518;REFB=-0.00931371;REVB=-0.0153551;RO=60;SAF=8;SAR=9;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119154;STB=0.567489;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0224009;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:60:61:17:17:0.217949:9:8:34:26:9:8:34:27 chr17 74076415 . G A 516.99 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7743;QD=59.0845;RBI=0.00959955;REFB=0;REVB=0.00951106;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100374;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr17 74076642 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.522;QD=44.6892;RBI=0.0993185;REFB=0;REVB=0.0987879;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121628;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr17 74383475 . T C 215.41 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00496293;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.511;QD=21.0156;RBI=0.00676348;REFB=-0.0308962;REVB=-0.00459498;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355486;STB=0.535075;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0225424;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:13:8:8:11:13:8:9:11 chr17 74387284 . C T 595.24 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0042886;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.539;QD=24.0502;RBI=0.0161264;REFB=-0.0243043;REVB=0.0155457;RO=41;SAF=38;SAR=19;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277185;STB=0.511274;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0207093;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:41:42:57:57:0.575758:19:38:26:15:19:38:27:15 chr17 74465813 . G A 490.33 PASS AF=0.630137;AO=45;DP=72;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0125604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3643;QD=26.8674;RBI=0.0382208;REFB=-0.0326601;REVB=0.036098;RO=25;SAF=17;SAR=28;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122848;STB=0.562016;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0356928;OID=.;OPOS=74465813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:25:27:45:46:0.630137:28:17:14:11:28:18:15:12 chr17 74467017 . G C 296.19 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0230083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.879;QD=20.427;RBI=0.0264054;REFB=-0.0259484;REVB=0.0129561;RO=27;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10344;STB=0.543744;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0173941;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:30:31:0.534483:21:9:11:16:21:10:11:16 chr17 74472998 . G A 1071.36 PASS AF=0.446154;AO=115;DP=263;FAO=116;FDP=260;FR=.;FRO=144;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=98;FSRR=46;FWDB=0.00819244;FXX=0.0114064;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5953;QD=16.4825;RBI=0.0622003;REFB=-0.0310559;REVB=0.0616584;RO=143;SAF=59;SAR=56;SRF=97;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16673;STB=0.591113;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0271352;OID=.;OPOS=74472998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:260:143:144:115:116:0.446154:56:59:97:46:56:60:98:46 chr17 74475024 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00529845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.002;QD=21.3528;RBI=0.0207578;REFB=-0.0305686;REVB=0.0200701;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.608515;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0209454;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:8:9:13:13:0.590909:3:10:4:4:3:10:5:4 chr17 74475849 . G A 99.08 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00547645;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.048;QD=23.3128;RBI=0.057185;REFB=0.00515116;REVB=0.0569222;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224874;STB=0.624814;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00263731;OID=.;OPOS=74475849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:6:0:2:9:6:0 chr17 74475975 . C A 322.74 PASS AF=0.603774;AO=28;DP=49;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00589808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.211;QD=24.3576;RBI=0.103911;REFB=-0.0343867;REVB=0.103744;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461096;STB=0.547389;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0213793;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:21:21:28:32:0.603774:15:13:11:10:19:13:11:10 chr17 74540492 . C T 42.79 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.11819;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1767;QD=13.1665;RBI=0.118304;REFB=-0.035865;REVB=0.00521041;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0505099;OID=.;OPOS=74540492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:15:13:6:7:6:6:0.461538:2:4:4:2:2:4:5:2 chr17 74540917 . A C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00774769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.631;QD=23.4331;RBI=0.0224327;REFB=0.0110064;REVB=-0.0210523;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105204;STB=0.558774;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0104137;OID=.;OPOS=74540917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:10:10:9:15:10:10 chr17 74541129 . A G 115.47 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0602738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6292;QD=30.7931;RBI=0.0602738;REFB=-0.0417431;REVB=0;RO=3;SAF=12;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00622203;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:0:12:3:0:0:12:3:0 chr17 74555106 . T C 251.71 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0119165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3013;QD=17.0648;RBI=0.0533088;REFB=-0.0304627;REVB=0.0519598;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154838;STB=0.594172;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0184105;OID=.;OPOS=74555106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:27:28:0.474576:13:14:11:20:13:15:11:20 chr17 74574826 . C T 206.36 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000617121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3487;QD=13.102;RBI=0.0431211;REFB=0.00045559;REVB=0.0431166;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136461;STB=0.57137;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00033955;OID=.;OPOS=74574826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:9:16:19:18:9:16:20:18 chr17 74622400 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00356786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.94;QD=24.8183;RBI=0.00397518;REFB=0.0107975;REVB=0.00175284;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472351;STB=0.526294;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00617136;OID=.;OPOS=74622400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:8:16:11:7:8:16:11:7 chr17 74732507 . A G 773.19 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00045738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9287;QD=61.8556;RBI=0.0142471;REFB=-0.172246;REVB=0.0142398;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229468;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00180663;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:0:1:20:29:0:1 chr17 74733099 . G A 3862.04 PASS AF=0.988235;AO=249;DP=255;FAO=252;FDP=255;FR=.;FRO=3;FSAF=126;FSAR=126;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0329861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.059;QD=60.581;RBI=0.0431675;REFB=-0.00455299;REVB=0.0278452;RO=2;SAF=123;SAR=126;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768701;STB=0.501961;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=2.425e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:255:255:2:3:249:252:0.988235:126:123:2:0:126:126:2:1 chr17 74857676 . A G 1176.1 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314045;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.724;QD=61.0963;RBI=0.0406301;REFB=0;REVB=0.025779;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83218e-05;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr17 74878259 . G A 2808.46 PASS AF=1;AO=174;DP=179;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.722;QD=61.3871;RBI=0.0739372;REFB=-0.0824437;REVB=0.0730489;RO=1;SAF=110;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270218;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:179:183:1:0:174:183:1:64:110:0:1:71:112:0:0 chr17 74922706 . C G,T 2042.39 PASS AF=0.0300752,0.969925;AO=6,127;DP=133;FAO=4,129;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=3,60;FSAR=1,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645721,0.0120884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=12.708,52.001;QD=61.4251;RBI=0.0686562,0.0456195;REFB=0,0;REVB=0.0233265,0.0439888;RO=0;SAF=5,58;SAR=1,69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.144552,0.000268849;OID=.,.;OPOS=74922706,74922706;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:133:133:0:0:6,127:4,129:0.0300752,0.969925:1,69:5,58:0:0:1,69:3,60:0:0 chr17 74928758 . C T 709.36 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00814613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.193;QD=52.5449;RBI=0.0264676;REFB=-0.0812733;REVB=0.0251829;RO=2;SAF=31;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294139;STB=0.515146;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000462187;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:2:2:51:52:0.962963:20:31:2:0:20:32:2:0 chr17 74936576 . G A 328.51 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0181855;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8674;QD=16.6334;RBI=0.0283684;REFB=-0.00669063;REVB=0.0217727;RO=41;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291596;STB=0.514843;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0140462;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:33:34:0.43038:20:13:15:26:21:13:15:27 chr17 74942478 . C T 557.23 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00837587;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.88;QD=18.8891;RBI=0.00851245;REFB=-0.00997939;REVB=0.00151876;RO=57;SAF=28;SAR=30;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714888;STB=0.525196;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0128196;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:57:60:58:58:0.491525:30:28:23:34:30:28:26:34 chr17 75085434 . G A 527.42 PASS AF=0.375;AO=63;DP=166;FAO=63;FDP=168;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0123633;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.089;QD=12.5575;RBI=0.0382136;REFB=-0.0110306;REVB=-0.0361584;RO=103;SAF=36;SAR=27;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522613;STB=0.536071;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0154992;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:103:105:63:63:0.375:27:36:54:49:27:36:54:51 chr17 75085441 . G C 493.13 PASS AF=0.378205;AO=56;DP=153;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0412878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.587;QD=12.6444;RBI=0.0456267;REFB=-0.0294854;REVB=0.0194195;RO=95;SAF=33;SAR=23;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105654;STB=0.551012;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0552857;OID=.;OPOS=75085441;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:95:97:56:59:0.378205:23:33:47:48:25:34:48:49 chr17 75158213 . T G 646.45 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0121917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.229;QD=21.5485;RBI=0.0122252;REFB=-0.0213253;REVB=-0.000904053;RO=56;SAF=37;SAR=27;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824061;STB=0.545249;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0197295;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:64:64:0.533333:27:37:27:29:27:37:27:29 chr17 75158256 . C T 283.33 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00663016;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.252;QD=14.5296;RBI=0.00778868;REFB=-0.00314951;REVB=0.00408711;RO=46;SAF=21;SAR=11;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100704;STB=0.557326;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00550199;OID=.;OPOS=75158256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:46:46:32:32:0.410256:11:21:26:20:11:21:26:20 chr17 75158261 . C G 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00286491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.28;QD=15.5557;RBI=0.0222604;REFB=-0.0193928;REVB=-0.0220753;RO=45;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420548;STB=0.523758;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0264939;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:13:21:26:19:13:21:26:19 chr17 75190846 . A C 1067.28 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.846;QD=59.2932;RBI=0.0807115;REFB=0;REVB=0.0743599;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027186;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:23:46:0:0:24:48:0:0 chr17 75190962 . C T 209.17 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0819275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.88;QD=18.5933;RBI=0.0820056;REFB=-0.0297495;REVB=0.00357851;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353336;STB=0.506487;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0189069;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:9:14:12:9:10:14 chr17 75209816 . G C 163.11 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0207995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.618;QD=24.1646;RBI=0.0680327;REFB=-0.0384532;REVB=0.0647752;RO=10;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937528;STB=0.543429;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0245031;OID=.;OPOS=75209816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:10:10:16:17:0.62963:5:11:8:2:5:12:8:2 chr17 75303298 . T C 832.94 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.142;QD=57.444;RBI=0.0390101;REFB=0;REVB=0.0259913;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35342e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:20:37:0:0:21:37:0:0 chr17 75316450 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0226375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.69;QD=6.31778;RBI=0.0318916;REFB=-0.01662;REVB=-0.0224637;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246785;STB=0.660587;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0496722;OID=.;OPOS=75316450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:11:14:6:2:11:14 chr17 75443144 . C T 351.41 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0642122;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.712;QD=16.9353;RBI=0.064937;REFB=0.00648226;REVB=-0.00967556;RO=43;SAF=10;SAR=27;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335012;STB=0.652703;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00562753;OID=.;OPOS=75443144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:45:37:38:0.457831:27:10:26:17:27:11:25:20 chr17 75494705 . A G 1286.68 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132207;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.577;QD=62.0087;RBI=0.0458505;REFB=0;REVB=0.0439031;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86968e-05;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr17 75495065 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.487;QD=55.6535;RBI=0.0378747;REFB=0;REVB=0.000317633;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123607;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr17 75495397 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1226;QD=51.1827;RBI=0.0322437;REFB=0;REVB=0.024573;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886135;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr17 75496342 . T C 130.27 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7114;QD=43.4224;RBI=0.0457436;REFB=0;REVB=-0.0455322;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121797;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 75496361 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.731;QD=43.4848;RBI=0.033748;REFB=0;REVB=-0.00801842;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364584;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 75559019 . C T 153.38 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0048091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.808;QD=13.9433;RBI=0.0101608;REFB=-0.0080104;REVB=-0.00895066;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077585;STB=0.511614;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0137277;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:6:11:17:9:6:11:17:10 chr17 76121318 . G A 1044.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.343;QD=59.6688;RBI=0.14906;REFB=0;REVB=0.0240104;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265686;OID=.;OPOS=76121318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:39:31:0:0 chr17 76130575 . A T 980.41 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.906;QD=58.5318;RBI=0.0361;REFB=0;REVB=0.0360859;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90738e-05;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr17 76131070 . G A 1064.65 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685766;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0536;QD=59.9802;RBI=0.0536243;REFB=0;REVB=0.053184;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646374;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:37:34:0:0 chr17 76134828 . C A 474.19 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0309303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.524;QD=51.2641;RBI=0.0319416;REFB=-0.0192619;REVB=0.00797406;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.535295;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000783924;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:1:3:34:34:0.918919:24:10:1:0:24:10:2:1 chr17 76135148 . G T 836.94 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370417;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.893;QD=57.7199;RBI=0.0374959;REFB=0;REVB=0.00581851;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124381;OID=.;OPOS=76135148;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr17 76157266 . T C 546.31 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6835;QD=59.0608;RBI=0.0510504;REFB=0;REVB=0.0508736;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335801;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr17 76157271 . G A 523.4 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481533;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.477;QD=59.8176;RBI=0.0629265;REFB=0;REVB=0.0405092;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84993e-05;OID=.;OPOS=76157271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr17 76166939 . C G 812.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.666;QD=57.0422;RBI=0.0390195;REFB=0;REVB=0.00243923;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05699e-05;OID=.;OPOS=76166939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:51:57:0:0:51:57:1:23:28:0:0:23:34:0:0 chr17 76178748 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.773;QD=62.0217;RBI=0.0602147;REFB=0;REVB=0.037919;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5074e-05;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr17 76178751 . C T 591.5 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0907769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8412;QD=56.3334;RBI=0.105704;REFB=-0.0505753;REVB=0.0541569;RO=2;SAF=15;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585022;STB=0.531234;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0146837;OID=.;OPOS=76178751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:25:15:2:0:25:15:2:0 chr17 76183043 . A G 483.83 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.718;QD=58.6455;RBI=0.0160235;REFB=0;REVB=-0.00372987;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09088e-05;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:13:20:0:0 chr17 76210367 . G C 1580.33 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0866;QD=59.6352;RBI=0.0580964;REFB=0;REVB=-0.0505317;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021823;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:39:67:0:0:39:67:0:0 chr17 76219591 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000628317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7041;QD=54.4807;RBI=0.0441806;REFB=-0.014314;REVB=0.0441761;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0128186;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:32:31:0.96875:15:17:0:0:15:16:1:0 chr17 76230428 . G A 362.51 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414384;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.518;QD=55.7701;RBI=0.069829;REFB=0;REVB=0.0562044;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639682;OID=.;OPOS=76230428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr17 76354379 . C CG 586.17 PASS AF=0.549618;AO=19;DP=136;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0173592;FXX=0.0296274;HRUN=0;LEN=1;MLLD=199.754;QD=17.8984;RBI=0.0177354;REFB=-0.0301529;REVB=-0.00363325;RO=112;SAF=14;SAR=5;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335089;STB=0.503816;STBP=0.908;TYPE=ins;VARB=0.0200982;OID=.;OPOS=76354380;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.549618:19:136:72:131:59:36:36:30:29:99:112:14:5:53:59 chr17 76354380 . T G 530.62 PASS AF=0.408451;AO=58;DP=142;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.000536692;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.218;QD=14.947;RBI=0.0163748;REFB=-0.0162283;REVB=-0.016366;RO=83;SAF=27;SAR=31;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14264;STB=0.576266;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0176611;OID=.;OPOS=76354380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:84:58:58:0.408451:31:27:50:33:31:27:50:34 chr17 76354382 . T C 94.18 PASS AF=0.143836;AO=22;DP=145;FAO=21;FDP=146;FR=.;FRO=125;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=63;FWDB=0.00149098;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5358;QD=2.58026;RBI=0.126093;REFB=-0.0110217;REVB=-0.126084;RO=108;SAF=17;SAR=5;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380761;STB=0.735898;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.101541;OID=.;OPOS=76354382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:145:146:108:125:22:21:0.143836:5:17:52:56:5:16:62:63 chr17 76367106 . G A 409.58 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.000201615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2944;QD=20.7383;RBI=0.00125429;REFB=-0.0127138;REVB=-0.00123798;RO=36;SAF=24;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143037;STB=0.579169;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0111382;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:38:41:41:0.518987:17:24:15:21:17:24:16:22 chr17 76367136 . C T 154.16 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0393582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.944;QD=14.3406;RBI=0.0515439;REFB=-0.0284528;REVB=-0.0332822;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997197;STB=0.566399;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0371213;OID=.;OPOS=76367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:10:7:8:17:10:7:8:18 chr17 76394195 . T C 304.12 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0308139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.187;QD=17.3785;RBI=0.0326623;REFB=-0.0115847;REVB=0.0108319;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179721;STB=0.600286;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0169931;OID=.;OPOS=76394195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:16:17:12:25:16:17:12:25 chr17 76395430 . C T 256.33 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00720636;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8998;QD=13.316;RBI=0.0522806;REFB=-0.0139602;REVB=-0.0517815;RO=43;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093201;STB=0.581097;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0171975;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:43:47:30:30:0.38961:12:18:22:21:12:18:22:25 chr17 76415702 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000333948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.84;QD=13.7844;RBI=0.00960877;REFB=-0.0114045;REVB=0.00960297;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129261;STB=0.574067;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0118913;OID=.;OPOS=76415702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:17:16:14:9:17:16 chr17 76423097 . G A 1563.18 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.382;QD=63.8034;RBI=0.0138823;REFB=0;REVB=-0.0138276;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07855e-05;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:48:49:0:0:48:50:0:0 chr17 76433898 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.205;QD=60.2044;RBI=0.0293513;REFB=0;REVB=0.0259527;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111541;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr17 76449505 . G C 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.868;QD=56.9941;RBI=0.00129086;REFB=0;REVB=8.51543e-05;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46719e-06;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr17 76451921 . A G 1030.91 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221382;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.805;QD=59.7627;RBI=0.0265653;REFB=0;REVB=0.0146837;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021306;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr17 76462770 . G A 1462.39 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367095;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.39;QD=62.2295;RBI=0.0448683;REFB=-0.0457496;REVB=0.0257988;RO=1;SAF=64;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735132;STB=0.503875;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000456344;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:1:1:93:93:0.989362:29:64:1:0:29:64:1:0 chr17 76468839 . C T 38.28 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0562277;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.276;QD=10.2087;RBI=0.0566796;REFB=-0.0510169;REVB=0.00714323;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.644611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.076185;OID=.;OPOS=76468839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:3:6:5:1:3:6 chr17 76468843 . C T 47.71 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0572617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.922;QD=12.7215;RBI=0.0574009;REFB=-0.0360319;REVB=0.00399451;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197466;STB=0.68509;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0887731;OID=.;OPOS=76468843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:6:1:2:5:6:1:3:5 chr17 76471366 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0408954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.592;QD=14.1954;RBI=0.0410009;REFB=-0.00514409;REVB=0.00293889;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219383;STB=0.629453;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00750181;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:22:15:15:0.405405:10:5:11:9:10:5:12:10 chr17 76472768 . G A 393.04 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0223339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.344;QD=19.6519;RBI=0.0312331;REFB=0.00280659;REVB=-0.0218335;RO=40;SAF=12;SAR=28;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773694;STB=0.543081;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0031078;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:28:12:15:25:28:12:15:25 chr17 76481693 . C G 376.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0707171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4149;QD=21.196;RBI=0.0781411;REFB=0.0239737;REVB=0.0332432;RO=31;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562216;STB=0.545633;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0139055;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:33:38:38:0.535211:21:17:16:15:21:17:18:15 chr17 76482432 . A G 770.62 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3362;QD=55.0445;RBI=0.0452081;REFB=0.13247;REVB=-0.0392267;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00412229;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:56:55:0.982143:37:19:0:0:36:19:0:1 chr17 76491127 . TG CC 1571.86 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242561;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.103;QD=64.1577;RBI=0.0307112;REFB=0;REVB=-0.0188367;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.22659e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr17 76496492 . A G 2361.11 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.888;QD=63.3856;RBI=0.0581055;REFB=0;REVB=0.0422931;RO=0;SAF=38;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36402e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:133:149:0:0:133:149:1:95:38:0:0:106:43:0:0 chr17 76497920 . C A 1034.61 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0361667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3339;QD=56.6911;RBI=0.0372607;REFB=-0.0754428;REVB=0.00896294;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.51136;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00271878;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:0:2:71:71:0.972603:43:28:0:0:43:28:0:2 chr17 76498406 . A G 807.83 PASS AF=0.966667;AO=59;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0363863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4931;QD=53.8552;RBI=0.0429167;REFB=-0.00528787;REVB=0.022757;RO=1;SAF=12;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993569;STB=0.516478;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00387643;OID=.;OPOS=76498406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:59:58:0.966667:47:12:0:1:47:11:1:1 chr17 76498692 . C T 834.95 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.28;QD=57.5824;RBI=0.0687118;REFB=0;REVB=-0.00252778;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467455;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:52:58:1:32:20:0:0:32:26:0:0 chr17 76503624 . C T 1701.65 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.813;QD=60.2354;RBI=0.0517487;REFB=0;REVB=0.0268212;RO=0;SAF=39;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133617;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:113:0:0:106:113:1:67:39:0:0:69:44:0:0 chr17 76525565 . A G 717.92 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1308;QD=61.0996;RBI=0.0712643;REFB=-0.0978223;REVB=-0.0664197;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00528973;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:1:0:46:47:1:24:22:1:0:24:23:0:0 chr17 76525757 . AGG AG,AGC 225.02 PASS AF=0.367647,0.0882353;AO=23,7;DP=69;FAO=25,6;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=2,6;FSAR=23,0;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.101233,-0.135818;FXX=0.0144907;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.6658,26.2421;QD=13.2367;RBI=0.110994,0.153727;REFB=-0.00165292,-0.0299153;REVB=-0.0455146,0.0720116;RO=36;SAF=0,7;SAR=23,0;SRF=8;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0.407583,0;SSSB=-0.792488,0.785029;STB=0.712459,0.998838;STBP=0.053,0;TYPE=del,snp;VARB=-0.0234018,0.0632985;OID=.,.;OPOS=76525758,76525759;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367647,0.0882353:23,7:69:25,6:68:37:2,6:23,0:9:28:99:36:0,7:23,0:8:28 chr17 76528591 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0244149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.771;QD=10.1414;RBI=0.038033;REFB=-0.00910048;REVB=-0.0291619;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126958;STB=0.576791;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0153872;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:14:11:4:8:14:11 chr17 76528790 . A G 409.11 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00809257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.791;QD=17.9829;RBI=0.0160621;REFB=-0.0144767;REVB=-0.0138744;RO=49;SAF=28;SAR=14;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146581;STB=0.508193;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.01664;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:14:28:32:17:14:28:32:17 chr17 76535948 . T C 333.91 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00430684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.762;QD=22.6378;RBI=0.018459;REFB=-0.00828101;REVB=0.0179496;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350971;STB=0.542348;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0139098;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:33:34:0.576271:16:17:14:11:17:17:15:10 chr17 76547634 . T C 110.02 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00280843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.373;QD=14.6689;RBI=0.0194542;REFB=-0.015273;REVB=0.0192505;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21212;STB=0.624792;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00467751;OID=.;OPOS=76547634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:7:10:10:3:7:10 chr17 76557862 . T C 446.19 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00823876;FXX=0.0181802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.2399;QD=16.5255;RBI=0.079071;REFB=-0.0103639;REVB=-0.0786406;RO=57;SAF=28;SAR=21;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985492;STB=0.516122;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0085469;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:59:49:49:0.453704:21:28:32:25:21:28:32:27 chr17 76557943 . G A 512.56 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0117383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.64;QD=17.2288;RBI=0.0120826;REFB=-0.0190777;REVB=0.00286377;RO=64;SAF=27;SAR=28;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540522;STB=0.530065;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0246613;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:28:27:35:29:28:27:35:29 chr17 76567707 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.719;QD=58.5871;RBI=0.0308595;REFB=0;REVB=0.00330386;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224414;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr17 76672002 . T C 171.47 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00928142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.065;QD=27.4354;RBI=0.0302264;REFB=-0.0335038;REVB=0.0287662;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230969;STB=0.628418;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0127971;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:25:25:8:8:17:17:0.68:6:11:2:6:6:11:2:6 chr17 76795805 . G C 298.1 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0501197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7313;QD=20.9196;RBI=0.077752;REFB=-0.0393129;REVB=-0.0594423;RO=26;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528766;STB=0.535188;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0285734;OID=.;OPOS=76795805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:30:31:0.54386:18:12:12:14:19:12:12:14 chr17 76798548 . TTTTTTC T 62.94 PASS AF=0.234375;AO=11;DP=49;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0127749;FXX=0.219485;HRUN=7;LEN=6;MLLD=180.977;QD=3.93346;RBI=0.0152277;REFB=-0.00927308;REVB=0.00828772;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.509791;STBP=0.949;TYPE=del;VARB=0.0333155;OID=.;OPOS=76798549;OREF=TTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234375:11:49:15:64:49:6:9:19:30:62:14:6:5:5:9 chr17 76799795 . G A 729.21 PASS AF=0.579832;AO=69;DP=119;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00147242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.553;QD=24.5114;RBI=0.0347204;REFB=-0.0473359;REVB=0.0346892;RO=50;SAF=30;SAR=39;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116128;STB=0.506327;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0361542;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:50:50:69:69:0.579832:39:30:21:29:39:30:21:29 chr17 76799835 . C A 296.58 PASS AF=0.33913;AO=28;DP=111;FAO=39;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0398557;FXX=0.0416632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.1743;QD=10.3158;RBI=0.113853;REFB=-0.0362399;REVB=0.106649;RO=58;SAF=8;SAR=20;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184965;STB=0.56124;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0772608;OID=.;OPOS=76799835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:58:76:28:39:0.33913:20:8:25:33:25:14:34:42 chr17 76799860 . T C,G 1470.47 PASS AF=0.785047,0.205607;AO=76,23;DP=99;FAO=84,22;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=37,6;FSAR=47,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000228164,-0.000558904;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.807,102.889;QD=54.9707;RBI=0.0012016,0.000727042;REFB=-0.0353845,0.0555553;REVB=0.00117974,-0.00046499;RO=0;SAF=30,7;SAR=46,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505262,0.515138;STBP=0.503,0.615;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00178295,0.0240293;OID=.,.;OPOS=76799860,76799860;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:99:107:0:1:76,23:84,22:0.785047,0.205607:46,16:30,7:0:0:47,16:37,6:0:1 chr17 76799898 . A G 1480.23 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.751;QD=58.623;RBI=0.0271041;REFB=0.0202395;REVB=0.000922939;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-1.85018e-05;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:62:38:0:0:62:38:1:0 chr17 76817090 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0172712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.746;QD=10.6681;RBI=0.0404037;REFB=-0.0163633;REVB=-0.0365262;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0210043;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:8:10:4:6:8:10 chr17 76823227 . T G 216.4 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.029725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.633;QD=29.8485;RBI=0.0322997;REFB=-0.0248019;REVB=0.012637;RO=9;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192011;STB=0.60844;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0091695;OID=.;OPOS=76823227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:9:9:19:20:0.689655:11:8:1:8:11:9:1:8 chr17 76823260 . A C 171.14 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00884496;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.868;QD=24.4484;RBI=0.00888615;REFB=-0.0330975;REVB=0.000854642;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103035;STB=0.557457;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0136385;OID=.;OPOS=76823260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:3:8:10:7:3:8 chr17 76867017 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0407558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7598;QD=6.01588;RBI=0.0749452;REFB=0.0131246;REVB=0.0628947;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339937;STB=0.728959;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0502768;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:1:6:14:8:1:6:14:8 chr17 76970879 . A G 1437.99 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626373;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.864;QD=63.2086;RBI=0.0109606;REFB=0;REVB=-0.00899441;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53126e-05;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr17 76988785 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.038706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.611;QD=12.2161;RBI=0.0389141;REFB=-0.00415956;REVB=0.00401876;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903583;STB=0.553326;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00908124;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:14:13:6:9:14:13 chr17 76989782 . G A 253.15 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0225705;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.116;QD=17.1625;RBI=0.0255417;REFB=-0.000161206;REVB=-0.0119564;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216363;STB=0.627034;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000625903;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:14:14:8:22:14:14:8:23 chr17 76993546 . A G 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0192737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.095;QD=10.4292;RBI=0.0273388;REFB=-0.0165802;REVB=0.0193891;RO=30;SAF=11;SAR=3;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031351;STB=0.51884;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0534741;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:3:11:23:7:3:11:23:7 chr17 77039762 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0317237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.501;QD=8.81066;RBI=0.0436496;REFB=-0.00570104;REVB=-0.0299815;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61859;STB=0.876102;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0121746;OID=.;OPOS=77039762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:2:9:1:5:2:9 chr17 77039835 . G A 220.58 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0152817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0411;QD=12.0868;RBI=0.0872858;REFB=0.00159953;REVB=0.0859376;RO=46;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115098;STB=0.56618;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00130198;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:13:14:19:27:13:14:19:27 chr17 77039852 . G A 244.06 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0244245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.699;QD=10.7279;RBI=0.0246088;REFB=-0.0249044;REVB=0.00300558;RO=61;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103984;STB=0.5604;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0422683;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:61:61:30:30:0.32967:15:15:25:36:15:15:25:36 chr17 77040128 . T C 60.33 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.189469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.244;QD=17.2371;RBI=0.190844;REFB=-0.0154381;REVB=0.0228719;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666346;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.019855;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:6:7:8:0.571429:6:1:1:6:6:2:0:6 chr17 77040185 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0586059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.547;QD=16.199;RBI=0.0719335;REFB=-0.0210538;REVB=0.0417107;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00773484;OID=.;OPOS=77040185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:0:3:2:3:0:3 chr17 77042718 . C T 368.46 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00411334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.819;QD=14.7383;RBI=0.00998951;REFB=-0.00284309;REVB=0.00910333;RO=59;SAF=15;SAR=25;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108126;STB=0.556966;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00753338;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:25:15:28:31:25:15:28:32 chr17 77073566 . G A 663.13 PASS AF=0.478261;AO=64;DP=141;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0017093;FXX=0.0416638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.415;QD=19.221;RBI=0.00467324;REFB=-0.00286052;REVB=-0.00434942;RO=70;SAF=28;SAR=36;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191866;STB=0.6038;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00338501;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:70:72:64:66:0.478261:36:28:45:25:38:28:45:27 chr17 77075670 . C T 356.76 PASS AF=0.380531;AO=42;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00429583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.271;QD=12.6285;RBI=0.0110797;REFB=-0.00876458;REVB=0.010213;RO=68;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233014;STB=0.500625;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00872582;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:70:42:43:0.380531:24:18:29:39:24:19:31:39 chr17 77075673 . A G 397.21 PASS AF=0.410714;AO=44;DP=110;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.011501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.956;QD=14.186;RBI=0.0122868;REFB=-0.00240719;REVB=-0.00432341;RO=63;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343846;STB=0.510184;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0101602;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:63:66:44:46:0.410714:23:21:28:35:25:21:29:37 chr17 77076440 . G T 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0587434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.105;QD=17.8594;RBI=0.0588603;REFB=-0.00631366;REVB=-0.00370841;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635794;STB=0.512634;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00577891;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:21:13:14:22:21:13:15:22 chr17 77078109 . A G 745.72 PASS AF=0.423469;AO=72;DP=185;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=-0.0169322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.149;QD=15.2187;RBI=0.0246501;REFB=-0.0241589;REVB=0.0179145;RO=104;SAF=44;SAR=28;SRF=69;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589531;STB=0.510307;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0344272;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:196:104:113:72:83:0.423469:28:44:69:35:33:50:70:43 chr17 77081423 . C T 1179.21 PASS AF=0.485944;AO=121;DP=252;FAO=121;FDP=249;FR=.;FRO=128;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=75;FSRR=53;FWDB=0.00146732;FXX=0.0235285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.968;QD=18.9431;RBI=0.00881986;REFB=-0.00582982;REVB=0.00869695;RO=127;SAF=64;SAR=57;SRF=74;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504075;STB=0.529501;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00670729;OID=.;OPOS=77081423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:249:127:128:121:121:0.485944:57:64:74:53:57:64:75:53 chr17 77087005 . C CA 423.85 PASS AF=0.46875;AO=34;DP=98;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00397936;FXX=0.0103082;HRUN=0;LEN=1;MLLD=180.662;QD=17.6605;RBI=0.0174058;REFB=-0.0153073;REVB=-0.0169448;RO=54;SAF=8;SAR=26;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240524;STB=0.61203;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.0297362;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:34:98:45:96:51:12:33:23:28:99:54:8:26:23:31 chr17 77093768 . T C 141.28 PASS AF=0.410256;AO=14;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0557424;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8982;QD=14.4902;RBI=0.148359;REFB=-0.0420294;REVB=-0.137489;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352939;STB=0.536354;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0257258;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:23:14:16:0.410256:11:3:5:16:11:5:6:17 chr17 77758218 . GGC G,GG 99.21 PASS AF=0.612903,0;AO=6,8;DP=35;FAO=19,0;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=15,0;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.168143,-0.0194525;FXX=0.0312402;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=18.7611,8.7949;QD=12.801;RBI=0.260346,0.294962;REFB=0.0257708,0.135968;REVB=0.198766,0.29432;RO=10;SAF=4,7;SAR=2,1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.30137,0.588235;SSEP=0,0.604651;SSSB=0.267756,0.51755;STB=0.673268,0.5;STBP=0.036,1;TYPE=del,del;VARB=0.00204788,0;OID=.,.;OPOS=77758219,77758220;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903,0:6,8:35:19,0:31:12:15,0:4,0:5:7:68:10:4,7:2,1:4:6 chr17 77758620 . G A 750.76 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0131498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.324;QD=20.7106;RBI=0.0761607;REFB=-0.0161085;REVB=0.0750169;RO=72;SAF=44;SAR=29;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567062;STB=0.531247;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0176586;OID=.;OPOS=77758620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:72:73:73:0.503448:29:44:39:33:29:44:39:33 chr17 77758691 . G A 593.55 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00818022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.835;QD=17.4573;RBI=0.00934946;REFB=-0.000342858;REVB=-0.0045273;RO=73;SAF=33;SAR=29;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380808;STB=0.524921;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00029895;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:74:62:62:0.455882:29:33:36:37:29:33:36:38 chr17 77768654 . C A 666.42 PASS AF=0.483333;AO=33;DP=124;FAO=58;FDP=120;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0140906;FXX=0.0322555;HRUN=8;LEN=1;MLLD=236.128;QD=22.2141;RBI=0.014835;REFB=-0.00708382;REVB=-0.00464008;RO=22;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130641;STB=0.531588;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0134703;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:120:22:42:33:58:0.483333:11:22:18:4:22:36:29:13 chr17 77772068 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00440152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.147;QD=15.197;RBI=0.0200574;REFB=-0.0326652;REVB=0.0195685;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0380462;OID=.;OPOS=77772068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:8:10:8:6:8:10 chr17 77917849 . C T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0382884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2885;QD=17.7527;RBI=0.0389218;REFB=-0.0149684;REVB=-0.00699328;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210285;STB=0.618227;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0135309;OID=.;OPOS=77917849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:17:10:15:10:17:10 chr17 77925393 . G A 315.32 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0334587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.076;QD=17.5175;RBI=0.0359536;REFB=-0.0136476;REVB=0.0131598;RO=37;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100895;STB=0.538438;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0226167;OID=.;OPOS=77925393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:33:34:0.472222:22:11:16:21:22:12:16:22 chr17 78013724 . G C 384.31 PASS AF=0.704545;AO=30;DP=43;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0487047;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0587;QD=34.9371;RBI=0.0488828;REFB=-0.0499817;REVB=0.00416981;RO=13;SAF=20;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160802;STB=0.505047;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0175177;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:13:13:30:31:0.704545:10:20:9:4:10:21:9:4 chr17 78022378 . C G 62.11 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00158719;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.439;QD=7.52845;RBI=0.00506237;REFB=0.000225095;REVB=0.00480712;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897431;STB=0.570314;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000563276;OID=.;OPOS=78022378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:21:24:9:9:0.272727:5:4:11:10:5:4:13:11 chr17 78041353 . C T 631.2 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00243713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.42;QD=21.0399;RBI=0.0188895;REFB=-0.0225189;REVB=0.0187316;RO=56;SAF=38;SAR=25;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358213;STB=0.523005;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0190144;OID=.;OPOS=78041353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:57:63:63:0.525:25:38:36:20:25:38:37:20 chr17 78064015 . G C 270.71 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=31;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00549438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7402;QD=17.4654;RBI=0.0219382;REFB=-0.0751338;REVB=-0.021239;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871115;STB=0.611669;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0545889;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:22:31:28:31:0.5:11:17:11:11:13:18:11:20 chr17 78071052 . T C 295.79 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0234969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.746;QD=22.3236;RBI=0.0270125;REFB=-0.0178455;REVB=-0.0133255;RO=22;SAF=23;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128071;STB=0.58686;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0117014;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:7:23:14:8:7:23:14:9 chr17 78078633 . A AC,C 38.44 PASS AF=0.115942,0.0289855;AO=8,3;DP=70;FAO=8,2;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=2,0;FSAR=6,2;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0494756,-0.0439313;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.698,49.8899;QD=2.22862;RBI=0.0927911,0.0557242;REFB=-0.0200873,-0.0147728;REVB=-0.0785007,-0.0342816;RO=59;SAF=2,0;SAR=6,3;SRF=23;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.186086,-0.397057;STB=0.640648,0.993841;STBP=0.408,0.215;TYPE=ins,snp;VARB=0.0101833,0.175407;OID=.,.;OPOS=78078634,78078633;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:69:59:59:8,3:8,2:0.115942,0.0289855:6,3:2,0:23:36:6,2:2,0:23:36 chr17 78078709 . T C 495.46 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00350903;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.892;QD=16.2446;RBI=0.0450806;REFB=-0.0191229;REVB=-0.0449438;RO=67;SAF=28;SAR=25;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357443;STB=0.510324;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0225861;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:68:53:54:0.442623:25:28:33:34:26:28:34:34 chr17 78091405 . G A 559.31 PASS AF=0.541667;AO=50;DP=94;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00526164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.909;QD=23.3047;RBI=0.00530189;REFB=-0.024765;REVB=-0.000652052;RO=44;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437324;STB=0.515479;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0243409;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:44:44:50:52:0.541667:27:23:18:26:29:23:18:26 chr17 78091513 . G A 761.65 PASS AF=0.490683;AO=78;DP=159;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0309081;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2784;QD=18.9229;RBI=0.0329942;REFB=-0.014361;REVB=0.0115458;RO=74;SAF=27;SAR=51;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212956;STB=0.619535;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0151815;OID=.;OPOS=78091513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:74:82:78:79:0.490683:51:27:43:31:51:28:48:34 chr17 78093133 . G A 239.49 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0814919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6246;QD=11.8267;RBI=0.0814941;REFB=-0.0224935;REVB=0.000604632;RO=52;SAF=9;SAR=19;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3273;STB=0.694781;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0294151;OID=.;OPOS=78093133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:52:28:29:0.358025:19:9:32:20:20:9:32:20 chr17 78157995 . G A 174.86 PASS AF=0.285714;AO=23;DP=87;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0272012;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.292;QD=8.3265;RBI=0.0344127;REFB=-0.00735846;REVB=-0.0210791;RO=64;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178649;STB=0.646085;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0191541;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:64:60:23:24:0.285714:11:12:24:40:11:13:20:40 chr17 78162170 . G A 460.97 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0143185;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7742;QD=23.34;RBI=0.0493374;REFB=-0.0300885;REVB=0.0472139;RO=34;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197585;STB=0.613586;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0346217;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:34:35:44:44:0.556962:24:20:24:10:24:20:25:10 chr17 78169391 . GCC GAG,G 2000.51 PASS AF=0.0719424,0.913669;AO=10,72;DP=139;FAO=10,127;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=10,76;FSAR=0,51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0924567,-0.169145;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,2;MLLD=136.511,28.4961;QD=57.5685;RBI=0.116683,0.941696;REFB=0.0985915,0.128915;REVB=0.0711806,0.926381;RO=52;SAF=10,72;SAR=0,0;SRF=2;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0.342294;SSSB=0.87706,0.903394;STB=0.5,0.506492;STBP=1,0.307;TYPE=mnp,del;VARB=0.0846976,-0.00845799;OID=.,.;OPOS=78169392,78169392;OREF=CC,CC;OALT=AG,-;OMAPALT=GAG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0719424,0.913669:10,72:139:10,127:139:2:10,76:0,51:2:0:29:52:10,72:0,0:2:50 chr17 78171942 . AGG AG,AGC 92.29 PASS AF=0.272727,0.151515;AO=9,4;DP=34;FAO=9,5;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2,2;FSAR=7,3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.13347,-0.073417;FXX=0.0294031;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.6047,27.8743;QD=11.1868;RBI=0.148306,0.0960232;REFB=-0.0319495,0.000400051;REVB=-0.0646559,-0.0618902;RO=18;SAF=2,2;SAR=7,2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.278378,0;SSSB=-0.154457,0.193689;STB=0.623463,0.526212;STBP=0.449,0.969;TYPE=del,snp;VARB=0.050594,-0.045247;OID=.,.;OPOS=78171943,78171944;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727,0.151515:9,4:34:9,5:33:19:2,2:7,3:7:12:45:18:2,2:7,2:6:12 chr17 78178893 . C T 281.89 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0494046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3829;QD=22.5509;RBI=0.0639737;REFB=-0.0438991;REVB=0.0406426;RO=24;SAF=5;SAR=21;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124498;STB=0.570078;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0419679;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:21:5:7:17:21:5:7:17 chr17 78184393 . C T 849.05 PASS AF=0.44878;AO=91;DP=205;FAO=92;FDP=205;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=0.0292957;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2479;QD=16.5668;RBI=0.029833;REFB=0.00707259;REVB=-0.00563636;RO=111;SAF=41;SAR=50;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115574;STB=0.560359;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0104341;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:111:113:91:92:0.44878:50:41:63:48:50:42:64:49 chr17 78187954 . A G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0426191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.746;QD=19.3698;RBI=0.0431915;REFB=-0.0410179;REVB=0.00700832;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833065;STB=0.54745;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.029981;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:6:9:11:5:6:9 chr17 78215566 . T G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0115709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.889;QD=26.3129;RBI=0.0121678;REFB=-0.00472123;REVB=-0.00376414;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169239;STB=0.593659;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00243699;OID=.;OPOS=78215566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:3:9:10:10:3:9 chr17 78219065 . C A 629.08 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0146094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.885;QD=57.1887;RBI=0.0243101;REFB=-0.155886;REVB=0.0194306;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.517233;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0035314;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:28:14:0:1:28:14:0:2 chr17 78293189 . A T 389.17 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0125556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.911;QD=15.1134;RBI=0.0125558;REFB=-0.0191409;REVB=-6.95363e-05;RO=59;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619216;STB=0.540618;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0227237;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:43:44:0.427184:23:20:31:28:24:20:31:28 chr17 78298938 . A G 974.98 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3399;QD=57.3518;RBI=0.0586923;REFB=0.22443;REVB=-0.0543652;RO=1;SAF=7;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628163;STB=0.529403;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0022439;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:59:7:1:0:59:8:1:0 chr17 78444161 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0018285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.694;QD=20.7547;RBI=0.0453193;REFB=-0.022841;REVB=-0.0452824;RO=12;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351671;STB=0.701457;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0115964;OID=.;OPOS=78444161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:3:12:5:7:3:12:5:7 chr17 78444658 . T G 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7051;QD=56.1843;RBI=0.0698457;REFB=0;REVB=0.0630166;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337521;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr17 78445702 . A G 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0111037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.297;QD=15.4179;RBI=0.0273009;REFB=-0.00436152;REVB=-0.0249409;RO=37;SAF=8;SAR=21;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00696375;STB=0.503934;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00435424;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:21:8:10:27:21:8:10:27 chr17 78820329 . C T 493.12 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00132501;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.01;QD=17.3026;RBI=0.00485672;REFB=-0.0161877;REVB=0.00467248;RO=61;SAF=23;SAR=30;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10311;STB=0.557377;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0186021;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:61:61:53:53:0.464912:30:23:33:28:30:23:33:28 chr17 78865546 . T C 871.27 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00324329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.445;QD=56.2112;RBI=0.0131555;REFB=-0.0778737;REVB=0.0127495;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000454442;OID=.;OPOS=78865546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:35:26:0:1:35:26:0:1 chr17 78865630 . A G 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4244;QD=56.9523;RBI=0.0723981;REFB=0;REVB=-0.071558;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000614761;OID=.;OPOS=78865630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr17 78919558 . C T 640.06 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=152;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.000476099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.497;QD=16.8437;RBI=0.0268011;REFB=0.000317801;REVB=0.0267969;RO=83;SAF=32;SAR=37;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135553;STB=0.575253;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000224468;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:83:83:69:69:0.453947:37:32:50:33:37:32:50:33 chr17 78938134 . C T 335.94 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0176963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.976;QD=19.7614;RBI=0.0194649;REFB=-0.00823801;REVB=0.00810699;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630844;STB=0.556853;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00939691;OID=.;OPOS=78938134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:33:34:35:0.514706:14:20:16:15:14:21:16:17 chr17 78978654 . A G 275.73 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00648342;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.957;QD=20.8097;RBI=0.00648523;REFB=-0.0203125;REVB=-0.000153365;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466917;STB=0.542344;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0152279;OID=.;OPOS=78978654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:28:29:0.54717:13:15:11:12:13:16:11:13 chr17 79006850 . T C 359.53 PASS AF=0.528571;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0211093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.865;QD=20.5444;RBI=0.0218637;REFB=-0.0208219;REVB=0.00569378;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465469;STB=0.535695;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0243819;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:33:33:34:37:0.528571:13:21:22:11:15:22:22:11 chr17 79059230 . C T 3293.02 PASS AF=1;AO=212;DP=216;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179421;FXX=0.0138882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.258;QD=61.8408;RBI=0.0220332;REFB=-0.0852028;REVB=0.0127884;RO=1;SAF=85;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233128;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:213:1:0:212:213:1:127:85:0:1:127:86:0:0 chr17 79077498 . C T 437.93 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0185217;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.056;QD=21.6261;RBI=0.0187749;REFB=-0.0159463;REVB=0.00307288;RO=38;SAF=30;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089163;STB=0.549355;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0102747;OID=.;OPOS=79077498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:13:30:23:15:13:30:23:15 chr17 79082861 . CG C,CA 420.18 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=6,23;DP=30;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765933,0.0425458;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.9905,89.1838;QD=56.0235;RBI=0.0651739,0.0615108;REFB=0,0;REVB=-0.0647222,0.0444234;RO=0;SAF=3,6;SAR=3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.9951e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0106255,0.0017396;OID=.,.;OPOS=79082862,79082862;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:6,23:30:1,29:30:0:1,8:0,21:0:0:5:0:3,6:3,17:0:0 chr17 79091103 . G T 638.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000205172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.205;QD=60.7815;RBI=0.00418453;REFB=0;REVB=0.0041795;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30665e-05;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:19:20:0:0:21:21:0:0 chr17 79093822 . A G 575.72 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6566;QD=60.6016;RBI=0.0428947;REFB=0;REVB=0.0335492;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6442e-05;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:36:38:1:13:23:1:0:13:25:0:0 chr17 79095144 . G A 918.93 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0319835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.272;QD=51.7705;RBI=0.0417445;REFB=-0.0580352;REVB=0.0268265;RO=5;SAF=45;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715684;STB=0.538008;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00565171;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:71:5:5:66:66:0.929577:21:45:1:4:21:45:1:4 chr17 79095629 . C A 386.53 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526043;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.229;QD=53.3143;RBI=0.0700376;REFB=-0.155015;REVB=0.046239;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492981;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:29:1:0:28:29:1:9:19:0:1:10:19:0:0 chr17 79139473 . C G 289.51 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.633;QD=46.3221;RBI=0.0455937;REFB=-0.119584;REVB=0.0441572;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660323;STB=0.535684;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00168145;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:13:10:0:2:13:10:0:2 chr17 79140505 . C CG,G 1003.96 PASS AF=0.148649,0.824324;AO=12,55;DP=78;FAO=11,61;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=9,47;FSAR=2,14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0209005,0.0282337;FXX=0.0263123;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=104.78,102.564;QD=54.2679;RBI=0.0735879,0.14152;REFB=-0.0681889,-0.150879;REVB=-0.0705574,-0.138675;RO=7;SAF=12,40;SAR=0,15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.805606,0.00346174;STB=0.549915,0.510413;STBP=0.653,0.541;TYPE=ins,snp;VARB=0.00220092,0.00671331;OID=.,.;OPOS=79140506,79140505;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:78:74:7:2:12,55:11,61:0.148649,0.824324:0,15:12,40:5:2:2,14:9,47:2:0 chr17 79171967 . A G 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.392;QD=61.6743;RBI=0.114921;REFB=0;REVB=-0.113997;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462953;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr17 79173184 . T C 302.13 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1975;QD=52.5443;RBI=0.00740339;REFB=0;REVB=-0.0055651;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465055;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:7:16:0:0 chr17 79173223 . G GC 84.89 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230518;FXX=0.439824;HRUN=0;LEN=1;MLLD=126.667;QD=24.2554;RBI=0.0258567;REFB=0;REVB=0.0117125;RO=21;SAF=2;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00659766;OID=.;OPOS=79173224;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:25:14:14:0:6:8:0:0:4:21:2:1:12:9 chr17 79173224 . T C,G 305.68 PASS AF=0.84,0.12;AO=21,4;DP=25;FAO=21,3;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13,2;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201065,-0.02059;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.861,142.375;QD=48.9083;RBI=0.0207138,0.0240596;REFB=-0.00187527,-0.00481409;REVB=0.00497887,-0.0124465;RO=0;SAF=12,3;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.529383,0.665547;STBP=0.276,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.000530744,0.139745;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:25:0:1:21,4:21,3:0.84,0.12:9,1:12,3:0:0:8,1:13,2:0:1 chr17 79174221 . T C 2175.69 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338202;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.098;QD=63.0633;RBI=0.0373535;REFB=0;REVB=0.0158581;RO=0;SAF=56;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744227;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:137:138:1:81:56:0:0:81:57:0:0 chr17 79182778 . T C 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1721;QD=57.8802;RBI=0.0294724;REFB=0;REVB=0.0115288;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164918;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr17 79202956 . T C,G 638.31 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=35,3;DP=38;FAO=41,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449216,0.0269907;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.425,168.102;QD=60.7909;RBI=0.0470115,0.0279414;REFB=0,0;REVB=0.013861,0.00722649;RO=0;SAF=3,1;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000162047,0.0264047;OID=.,.;OPOS=79202956,79202956;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:38:42:0:0:35,3:41,1:0.97619,0.0238095:32,2:3,1:0:0:36,1:5,0:0:0 chr17 79219500 . AATG A 1301.16 PASS AF=0.851351;AO=118;DP=156;FAO=126;FDP=148;FR=.;FRO=22;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.014442;FXX=0.069178;HRUN=2;LEN=3;MLLD=274.481;QD=35.1665;RBI=0.0150754;REFB=0.0046059;REVB=-0.00432397;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.515149;STBP=0.372;TYPE=del;VARB=-0.000914039;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851351:118:156:126:148:22:56:70:12:10:48:0:50:68:0:0 chr17 79220224 . G C 881.82 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.2553;QD=55.9882;RBI=0.143823;REFB=0;REVB=0.121301;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382459;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:52:63:1:29:23:0:0:32:31:0:0 chr17 79279017 . C G 222.51 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0278081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.3098;QD=18.9371;RBI=0.0505817;REFB=-0.0336946;REVB=-0.0422519;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136153;STB=0.576406;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0367924;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:20:5:7:15:20:5 chr17 79427932 . G A 156.05 PASS AF=0.377778;AO=11;DP=39;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00196609;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.24;QD=13.871;RBI=0.00196682;REFB=-0.01679;REVB=-5.33477e-05;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744983;STB=0.582074;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0318786;OID=.;OPOS=79427932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:45:25:27:11:17:0.377778:5:6:12:13:6:11:14:13 chr17 79477356 . C T 377.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0168247;FXX=0.0344788;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.235;QD=17.9522;RBI=0.056379;REFB=-0.016119;REVB=0.05381;RO=46;SAF=11;SAR=28;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229507;STB=0.633749;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0195365;OID=.;OPOS=79477356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:46:45:39:39:0.464286:28:11:23:23:28:11:23:22 chr17 79478019 . G A 763.27 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.081;QD=61.0618;RBI=0.0534681;REFB=0;REVB=0.00818385;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007145;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:1:0:48:50:1:22:26:1:0:22:28:0:0 chr17 79507106 . CCGGG CCCGG,CCGG,CCGGC,CGG 531.96 PASS AF=0,0,0.166667,0.833333;AO=17,6,11,9;DP=44;FAO=0,0,7,35;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,12;FSAR=0,0,0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348382,0.0558066,-0.0955137,0.0234535;FXX=0.0666519;HRUN=3,3,3,9;LEN=1,1,1,2;MLLD=12.2208,17.5063,8.00718,19.0847;QD=50.6624;RBI=0.378361,0.0809913,0.105341,0.449756;REFB=-0.0342766,-0.0150677,-0.0796411,0.00692243;REVB=-0.376754,0.058696,-0.0444287,0.449144;RO=0;SAF=4,1,10,4;SAR=13,5,1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=-0.0122155,0.0442379,0.0802285,0.0146804;OID=.,.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507110,79507107;OREF=G,G,G,CG;OALT=C,-,C,-;OMAPALT=CCCGG,CCGG,CCGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.166667,0.833333:17,6,11,9:44:0,0,7,35:42:0:0,0,7,12:0,0,0,23:0:0:24:0:4,1,10,4:13,5,1,5:0:0 chr17 79507170 . T C,G 721.87 PASS AF=0.903846,0.0961538;AO=44,5;DP=49;FAO=47,5;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21,5;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349781,-0.0447214;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.596,105.133;QD=55.5281;RBI=0.0621713,0.0661707;REFB=0,0;REVB=0.0513985,0.0487704;RO=0;SAF=21,5;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2717e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00112846,0.247446;OID=.,.;OPOS=79507170,79507170;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:49:52:0:0:44,5:47,5:0.903846,0.0961538:23,0:21,5:0:0:26,0:21,5:0:0 chr17 79508400 . T C 1098.7 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.629;QD=60.2025;RBI=0.0746956;REFB=0;REVB=0.0224163;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59062e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:32:40:0:0:33:40:0:0 chr17 79511135 . A G 1139.94 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017239;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.867;QD=60.797;RBI=0.0320466;REFB=0;REVB=-0.0270148;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.149e-05;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr17 79514129 . G A 94.76 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.974;QD=37.9057;RBI=0.0621309;REFB=0;REVB=0.0552746;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230663;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:1:8:0:0:1:9:0:0 chr17 79514832 . G A 498.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.949;QD=58.656;RBI=0.0798832;REFB=0;REVB=0.0797124;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358683;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr17 79525118 . T G 691.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.4;QD=61.4402;RBI=0.0311706;REFB=0;REVB=0.0101372;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188555;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:20:25:0:0 chr17 79589242 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.533;QD=61.6952;RBI=0.0371048;REFB=0;REVB=0.00748074;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74444e-05;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr17 79596811 . C G,T 606.86 PASS AF=0.047619,0.928571;AO=2,39;DP=42;FAO=2,39;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=0,16;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177047,-0.000510989;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.7463,290.891;QD=57.7965;RBI=0.0524179,0.00716017;REFB=0.0742366,-0.0896732;REVB=-0.0493374,-0.00714192;RO=1;SAF=0,16;SAR=2,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0199479;STB=0.5,0.510633;STBP=1,0.515;TYPE=snp,snp;VARB=0.14292,0.000207796;OID=.,.;OPOS=79596811,79596811;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:1:1:2,39:2,39:0.047619,0.928571:2,23:0,16:0:1:2,23:0,16:0:1 chr17 79609410 . G T 465.47 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.126;QD=58.1839;RBI=0.0726873;REFB=0;REVB=0.0137617;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131859;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr17 79612161 . C T 1286.03 PASS AF=0.897959;AO=90;DP=100;FAO=88;FDP=98;FR=.;FRO=10;FSAF=65;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00111917;FXX=0.019998;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.231;QD=52.4911;RBI=0.0266824;REFB=-0.0966687;REVB=0.0266589;RO=10;SAF=67;SAR=23;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138855;STB=0.50817;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.000630875;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:100:98:10:10:90:88:0.897959:23:67:8:2:23:65:8:2 chr17 79612333 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.454;QD=46.8479;RBI=0.0813872;REFB=0;REVB=-0.0812742;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290772;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr17 79612382 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3316;QD=44.6872;RBI=0.0370792;REFB=0;REVB=-0.0267812;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57753e-05;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 79612397 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000261425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.699;QD=49.5978;RBI=0.0178315;REFB=0;REVB=-0.0178295;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109167;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr17 79612413 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.928;QD=57.2019;RBI=0.0405095;REFB=0;REVB=0.0376221;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172234;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr17 79612443 . T C,G 729.6 PASS AF=0.924528,0.0754717;AO=46,4;DP=50;FAO=49,4;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29,4;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214859,-0.00370435;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.557,102.788;QD=55.0638;RBI=0.0843662,0.0541041;REFB=0,0;REVB=0.0843388,0.0539772;RO=0;SAF=29,4;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00407659,0.0207065;OID=.,.;OPOS=79612443,79612443;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:50:53:0:0:46,4:49,4:0.924528,0.0754717:17,0:29,4:0:0:20,0:29,4:0:0 chr17 79614481 . A G 288.28 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.225;QD=52.4145;RBI=0.0518254;REFB=0;REVB=-0.0194801;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124095;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:9:11:0:0:9:13:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 385.56 PASS AF=0.970588;AO=30;DP=36;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00702006;FXX=0.105235;HRUN=3;LEN=4;MLLD=268.171;QD=45.3604;RBI=0.0177913;REFB=-0.035325;REVB=-0.0163478;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.0017438;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.970588:30:36:33:34:1:12:21:1:0:3:0:11:19:0:0 chr17 79637349 . T C 1717.06 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347575;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.852;QD=60.2478;RBI=0.00907825;REFB=0;REVB=0.00838653;RO=0;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167563;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:0:0:112:114:1:67:45:0:0:67:47:0:0 chr17 79637474 . CA C 47.35 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.10296;FXX=0.0333222;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.69846;QD=6.53114;RBI=0.137876;REFB=-0.121972;REVB=0.091701;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.521244;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.144273;OID=.;OPOS=79637475;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:13:30:13:29:16:7:6:8:8:44:15:7:6:8:7 chr17 79682558 . T C 305.13 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0619363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1674;QD=17.6887;RBI=0.0685109;REFB=-0.0124378;REVB=-0.0292855;RO=36;SAF=28;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368971;STB=0.709997;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0264983;OID=.;OPOS=79682558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:5:28:20:16:5:28:20:16 chr17 79769447 . CT TC 97.33 PASS AF=0.5;AO=5;DP=22;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.126388;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=28.427;QD=19.4661;RBI=0.225756;REFB=-0.0889943;REVB=0.18706;RO=11;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310964;STB=0.71747;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=0.0958117;OID=.;OPOS=79769447;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:20:11:8:5:10:0.5:1:4:6:5:2:8:3:5 chr17 79825897 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.614;QD=57.2026;RBI=0.0295699;REFB=0;REVB=0.0203728;RO=0;SAF=27;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103378;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:3:27:0:0:3:27:0:0 chr17 79872241 . A G 749.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.335;QD=62.454;RBI=0.0264871;REFB=0;REVB=0.00178465;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127784;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:31:16:0:0:31:17:0:0 chr17 79891147 . T C 720.35 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000372756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.216;QD=56.4979;RBI=0.0193126;REFB=0;REVB=-0.019309;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884249;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:19:32:0:0 chr17 79892901 . C T 445.97 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.00890625;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1862;QD=15.2467;RBI=0.0236275;REFB=-0.0235681;REVB=-0.0218847;RO=66;SAF=27;SAR=23;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147383;STB=0.586325;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.021327;OID=.;OPOS=79892901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:67:50:50:0.42735:23:27:26:40:23:27:26:41 chr17 79954544 . T A 225.36 PASS AF=0.325581;AO=26;DP=90;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00372268;FXX=0.11339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.529;QD=10.4816;RBI=0.0102195;REFB=-0.00609589;REVB=0.00951737;RO=50;SAF=9;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179187;STB=0.576069;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0147966;OID=.;OPOS=79954544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:86:50:58:26:28:0.325581:17:9:25:25:18:10:27:31 chr17 79974731 . T C 149.62 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0212615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.445;QD=11.9692;RBI=0.042243;REFB=-0.021618;REVB=0.0365023;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206758;STB=0.620125;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0276638;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:25:8:7:10:25:8 chr17 79980756 . C A 269.33 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0980873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8954;QD=28.3501;RBI=0.130593;REFB=-0.0588532;REVB=0.0862171;RO=14;SAF=5;SAR=18;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655464;STB=0.530701;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0254775;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:13:23:25:0.657895:18:5:4:10:19:6:4:9 chr17 80006957 . A C 214.14 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00889967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4668;QD=20.8912;RBI=0.0324091;REFB=-0.0196;REVB=-0.0311632;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181962;STB=0.583843;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0319192;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:20:21:0.512195:7:13:9:11:8:13:9:11 chr17 80013235 . A G 1292.03 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.16;QD=61.525;RBI=0.039613;REFB=0;REVB=-0.00776203;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139238;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:35:48:0:0:35:49:0:0 chr17 80045086 . G C 174.02 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0537276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7214;QD=19.3354;RBI=0.0542912;REFB=0.0365902;REVB=0.00780227;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.556898;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0372181;OID=.;OPOS=80045086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:9:9:7:11:9:9 chr17 80099639 . C A 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2475;QD=57.8821;RBI=0.0858509;REFB=0;REVB=-0.0746173;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033624;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr17 80103737 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.248;QD=58.2393;RBI=0.0317755;REFB=0;REVB=0.0316713;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3853e-05;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:46:16:0:0:46:16:0:0 chr17 80136418 . C T 669.53 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2007;QD=62.2821;RBI=0.0957984;REFB=0;REVB=0.0711553;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136741;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr17 80151881 . G A 2201.06 PASS AF=0.986014;AO=140;DP=144;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0235364;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.744;QD=61.5681;RBI=0.054592;REFB=-0.207581;REVB=0.0492577;RO=1;SAF=78;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760704;STB=0.507811;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0012131;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:143:1:2:140:141:0.986014:62:78:0:1:63:78:0:2 chr17 80159566 . T C 849.66 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0437821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2464;QD=53.1039;RBI=0.105975;REFB=0.00534074;REVB=-0.0965086;RO=3;SAF=18;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723999;STB=0.538449;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00645851;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:43:18:3:0:43:18:3:0 chr17 80195581 . G GC 429.79 PASS AF=1;AO=4;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726702;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.645;QD=46.464;RBI=0.0741713;REFB=0;REVB=0.0148469;RO=33;SAF=0;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00257207;OID=.;OPOS=80195582;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:37:37:37:0:20:17:0:0:4:33:0:4:20:13 chr17 80195582 . TT CG,CT,TG 503.55 PASS AF=0,0.885714,0.114286;AO=2,30,4;DP=36;FAO=0,31,4;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=0,12,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129075,0.00732787,-0.00776455;FXX=0.0277701;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=125.222,128.891,79.7625;QD=57.5491;RBI=0.0139725,0.0101289,0.0750682;REFB=0,0,0;REVB=-0.00535054,0.00699264,-0.0746655;RO=0;SAF=0,19,0;SAR=2,11,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0,0.00300456,0.133424;OID=.,.,.;OPOS=80195582,80195582,80195583;OREF=TT,T,T;OALT=CG,C,G;OMAPALT=CG,CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:17:36:35:0:0:2,30,4:0,31,4:0,0.885714,0.114286:2,11,4:0,19,0:0:0:0,12,4:0,19,0:0:0 chr17 80320561 . G A 236.21 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0129161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3569;QD=17.4968;RBI=0.0147334;REFB=-0.0231198;REVB=0.00708851;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200658;STB=0.612591;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0185586;OID=.;OPOS=80320561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:10:18:11:15:10:18 chr17 80350331 . G A 499.07 PASS AF=0.375;AO=60;DP=161;FAO=60;FDP=160;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.0533076;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.286;QD=12.4767;RBI=0.0616366;REFB=-0.0192348;REVB=0.0309413;RO=99;SAF=21;SAR=39;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207444;STB=0.626861;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0281222;OID=.;OPOS=80350331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:99:100:60:60:0.375:39:21:53:46:39:21:55:45 chr17 80373452 . C T 190.04 PASS AF=0.387097;AO=22;DP=59;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0570677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.697;QD=12.2609;RBI=0.058352;REFB=-0.0173328;REVB=0.0121752;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259785;STB=0.523079;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0410562;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:37:38:22:24:0.387097:9:13:21:16:11:13:22:16 chr17 80377690 . T G 128.24 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0194446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.239;QD=12.2136;RBI=0.0580975;REFB=-0.000981309;REVB=0.054747;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216769;STB=0.626798;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00296705;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:18:9:8:7:18:9 chr17 80391684 . A G 696.63 PASS AF=0.53125;AO=67;DP=127;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.047588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3453;QD=21.7698;RBI=0.0631362;REFB=-0.00921731;REVB=-0.0414917;RO=60;SAF=30;SAR=37;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417669;STB=0.519657;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0077045;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:60:60:67:68:0.53125:37:30:24:36:38:30:24:36 chr17 80394530 . G T 166.0 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00185318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5079;QD=22.1331;RBI=0.0713031;REFB=-0.0762606;REVB=0.071279;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148243;STB=0.583573;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0588478;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:6:7:6:11:6:7 chr17 80573681 . A G 98.8 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00472472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8806;QD=15.1999;RBI=0.0129144;REFB=-0.0226818;REVB=0.0120191;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0455446;OID=.;OPOS=80573681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:7:7:5:7:7:7 chr17 80575231 . G A 427.1 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00475744;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.364;QD=18.9823;RBI=0.0230549;REFB=-0.00637975;REVB=0.0225587;RO=46;SAF=22;SAR=21;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131384;STB=0.577547;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00572768;OID=.;OPOS=80575231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:21:22:30:16:21:22:31:16 chr17 80614933 . T C 234.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0285204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2491;QD=18.7938;RBI=0.0636764;REFB=-0.00115022;REVB=-0.0569321;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611233;STB=0.534678;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.000532204;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:11:16:15:8:11:16 chr17 80615040 . A C 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.207;QD=60.8821;RBI=0.0245898;REFB=0;REVB=-0.0126091;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59308e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr17 80674643 . C G 421.29 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265021;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.822;QD=54.3594;RBI=0.0334984;REFB=-0.021814;REVB=-0.0204886;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.512187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000764031;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:30:30:0.967742:10:20:1:0:10:20:1:0 chr17 80696410 . A C 890.99 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461107;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.253;QD=58.4258;RBI=0.0451532;REFB=0;REVB=0.0449171;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428893;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr17 80700592 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.057;QD=62.6146;RBI=0.0493928;REFB=0;REVB=0.023947;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34693e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr17 80706928 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0250218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3921;QD=24.0663;RBI=0.0252536;REFB=0.016431;REVB=0.00341352;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150202;STB=0.583239;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0096724;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:4:12:9:1:4:12:9:1 chr17 80708601 . C G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00270911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.632;QD=10.3903;RBI=0.00890881;REFB=0.00250236;REVB=0.00848691;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464204;STB=0.723655;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00398925;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:9:11:7:7:0.388889:4:3:0:9:4:3:1:10 chr17 80789628 . T C 56.27 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0176829;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3932;QD=8.33555;RBI=0.0407869;REFB=-0.0103057;REVB=0.0367544;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293402;STB=0.745926;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00991165;OID=.;OPOS=80789628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:29:27:17:19:8:8:0.296296:1:7:12:5:1:7:12:7 chr17 80887451 . A G 238.05 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0221623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.918;QD=11.612;RBI=0.0355668;REFB=-0.0209334;REVB=-0.0278178;RO=52;SAF=16;SAR=13;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050294;STB=0.534223;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0383664;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:13:16:31:21:13:16:32:21 chr17 80895745 . T C 529.18 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00917504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.268;QD=19.4196;RBI=0.0143972;REFB=-0.0122132;REVB=0.011095;RO=52;SAF=32;SAR=23;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217479;STB=0.522618;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0129354;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:54:55:55:0.504587:23:32:29:23:23:32:29:25 chr17 80895769 . A G 448.46 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0107445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7051;QD=18.686;RBI=0.0316822;REFB=-0.0150066;REVB=-0.0298047;RO=50;SAF=25;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427797;STB=0.517639;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0159135;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:51:45:45:0.46875:20:25:30:20:20:25:30:21 chr17 80895933 . A G 96.65 PASS AF=0.392857;AO=9;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0205393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.37;QD=13.8072;RBI=0.0226751;REFB=-0.0253676;REVB=0.00960726;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461932;STB=0.610474;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0401656;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:28:16:16:9:11:0.392857:1:8:9:7:3:8:9:7 chr17 80923536 . C T 148.93 PASS AF=0.472222;AO=9;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.186812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5807;QD=16.5479;RBI=0.195823;REFB=-0.0213338;REVB=0.058721;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.56693;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0394773;OID=.;OPOS=80923536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:19:9:17:0.472222:5:4:8:9:6:11:10:9 chr17 80992932 . A C 335.28 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.04192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.623;QD=12.1919;RBI=0.0420992;REFB=-0.00664097;REVB=-0.0038805;RO=68;SAF=19;SAR=22;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104083;STB=0.563573;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00984324;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:69:41:41:0.372727:22:19:38:30:22:19:39:30 chr17 81006629 . C T 450.9 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.000573393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.495;QD=19.3937;RBI=0.00122648;REFB=0.00126031;REVB=0.00108419;RO=47;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522328;STB=0.527965;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00181222;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:47:48:44:45:0.483871:20:24:23:24:21:24:23:25 chr17 81009595 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0865499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1712;QD=30.5919;RBI=0.0867431;REFB=-0.0659814;REVB=-0.005786;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125826;STB=0.571275;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0191389;OID=.;OPOS=81009595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:2:8:1:1:2:8:1:1 chr17 81043039 . A G 298.54 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.905;QD=51.9197;RBI=0.0357941;REFB=0;REVB=0.0353471;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41846e-05;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:18:4:0:0:19:4:0:0 chr17 81050982 . G C 708.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.093;QD=62.9748;RBI=0.0545403;REFB=0;REVB=0.0221923;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244674;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr18 48104 . T C 115.72 PASS AF=0.19;AO=19;DP=100;FAO=19;FDP=100;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.0120274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7899;QD=4.62878;RBI=0.0539477;REFB=-0.00758859;REVB=0.0525898;RO=81;SAF=10;SAR=9;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149526;STB=0.594787;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0393433;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:81:81:19:19:0.19:9:10:52:29:9:10:52:29 chr18 49546 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9194;QD=23.2178;RBI=0.00856962;REFB=0.103468;REVB=0.00856962;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0291486;OID=.;OPOS=49546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:5:0:0:0:5:0:0:1 chr18 49548 . TT GC 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=256.323;QD=33.4285;RBI=0.0243629;REFB=0;REVB=-0.0243629;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000338861;OID=.;OPOS=49548;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr18 224131 . G A 415.75 PASS AF=0.472527;AO=41;DP=89;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00087452;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.455;QD=18.2748;RBI=0.00109063;REFB=-0.0117537;REVB=0.000651674;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201227;STB=0.607853;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.01917;OID=.;OPOS=224131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:48:48:41:43:0.472527:24:17:30:18:25:18:30:18 chr18 252559 . G A 820.73 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338457;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.663;QD=57.5952;RBI=0.0338692;REFB=0;REVB=-0.00126219;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160026;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr18 319446 . C A 2475.39 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5963;QD=60.7458;RBI=0.0545536;REFB=0;REVB=-0.00135535;RO=0;SAF=90;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842634;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:155:163:0:0:155:163:1:65:90:0:0:71:92:0:0 chr18 334758 . T C 2259.16 PASS AF=1;AO=144;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000199578;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.576;QD=60.2442;RBI=0.0348524;REFB=0;REVB=0.0348518;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129134;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:144:150:1:68:76:0:0:71:79:0:0 chr18 334994 . A G 278.32 PASS AF=0.336449;AO=35;DP=106;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.024166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.682;QD=10.4045;RBI=0.0401256;REFB=-0.0123666;REVB=-0.0320323;RO=67;SAF=29;SAR=6;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229761;STB=0.670887;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0231003;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:67:71:35:36:0.336449:6:29:46:21:6:30:46:25 chr18 346821 . C T 700.4 PASS AF=0.598214;AO=66;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0224522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1037;QD=25.0141;RBI=0.0259953;REFB=-0.0542234;REVB=-0.0131015;RO=46;SAF=31;SAR=35;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556296;STB=0.537302;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0360396;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:45:66:67:0.598214:35:31:25:21:36:31:25:20 chr18 580623 . T C 462.99 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0134912;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6485;QD=24.3678;RBI=0.0256441;REFB=-0.00492916;REVB=-0.0218084;RO=32;SAF=22;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479957;STB=0.526304;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00346743;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:32:32:44:44:0.578947:22:22:14:18:22:22:14:18 chr18 581016 . AC A 53.92 PASS AF=0.239583;AO=31;DP=98;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0251843;FXX=0.0204061;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0265;QD=2.24646;RBI=0.0467798;REFB=-0.0704465;REVB=-0.0394221;RO=60;SAF=14;SAR=17;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0.37931;SSSB=-0.0172441;STB=0.647562;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=0.0892393;OID=.;OPOS=581017;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.239583:31:98:23:96:73:14:9:30:43:53:60:14:17:28:32 chr18 581201 . T A 707.99 PASS AF=0.40099;AO=81;DP=202;FAO=81;FDP=202;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.0560606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4872;QD=14.0197;RBI=0.0567157;REFB=0.00537291;REVB=0.00859554;RO=121;SAF=31;SAR=50;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123343;STB=0.569373;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00641632;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:121:121:81:81:0.40099:50:31:60:61:50:31:60:61 chr18 581203 . TT GA 654.86 PASS AF=0.381443;AO=74;DP=198;FAO=74;FDP=194;FR=.;FRO=120;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=0.0236513;FXX=0.020201;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.833;QD=13.5024;RBI=0.0237764;REFB=-0.00251807;REVB=0.00243515;RO=119;SAF=30;SAR=44;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10005;STB=0.554188;STBP=0.24;TYPE=mnp;VARB=0.00344722;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:194:119:120:74:74:0.381443:44:30:59:60:44:30:59:61 chr18 586700 . T C 523.57 PASS AF=0.5;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0485191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1598;QD=20.9427;RBI=0.0889102;REFB=-0.0065781;REVB=-0.0745046;RO=48;SAF=24;SAR=26;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109788;STB=0.54986;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00399668;OID=.;OPOS=586700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:50:50:50:0.5:26:24:29:19:26:24:29:21 chr18 586714 . A G 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0154119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.401;QD=20.0986;RBI=0.0179916;REFB=-0.0352221;REVB=0.00928292;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463034;STB=0.520043;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.029362;OID=.;OPOS=586714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:23:25:28:21:23:25:28:22 chr18 586736 . C T 1206.71 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00869947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.88;QD=59.5904;RBI=0.0239835;REFB=-0.0547227;REVB=-0.0223502;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114068;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-3.88166e-05;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:38:41:1:0:38:42:1:0 chr18 658064 . G C 529.14 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-7.48218e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.071;QD=19.4181;RBI=0.00302195;REFB=-0.0138543;REVB=-0.00302102;RO=54;SAF=29;SAR=26;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787006;STB=0.504346;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0113933;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:26:29:28:26:26:29:28:26 chr18 722009 . TAA T 172.85 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00406058;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.41;QD=10.9747;RBI=0.00560514;REFB=-0.0130198;REVB=0.00386385;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16427;STB=0.563591;STBP=0.401;TYPE=del;VARB=0.0225655;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:27:64:28:63:35:16:12:16:19:99:31:16:11:13:18 chr18 722402 . T C 306.75 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0444039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.463;QD=22.7221;RBI=0.067512;REFB=-0.0962919;REVB=0.0508543;RO=22;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796855;STB=0.536375;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0371207;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:11:20:12:10:11:20:13:10 chr18 724612 . A G 632.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2337;QD=61.6699;RBI=0.0565722;REFB=0;REVB=0.050849;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904568;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr18 907675 . G A 461.73 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0363342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2424;QD=18.1072;RBI=0.0411569;REFB=-0.0259721;REVB=0.0193319;RO=45;SAF=9;SAR=40;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253904;STB=0.69886;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0401947;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:53:49:49:0.480392:40:9:18:27:40:9:26:27 chr18 907710 . A G 261.63 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=-0.0505556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.15;QD=14.7395;RBI=0.0509377;REFB=0.0138407;REVB=-0.00622765;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317662;STB=0.676578;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0212747;OID=.;OPOS=907710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:6:35:17:13:6:35 chr18 2538644 . G A 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0410978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2748;QD=16.0713;RBI=0.0670138;REFB=0.00770807;REVB=-0.0529322;RO=34;SAF=10;SAR=19;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338796;STB=0.696205;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0131209;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:19:10:24:10:19:10:25:10 chr18 2539016 . C G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6375;QD=57.5433;RBI=0.0827459;REFB=0;REVB=0.0826836;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807476;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr18 2547500 . G T 384.47 PASS AF=0.43;AO=40;DP=97;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0048993;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.354;QD=15.3788;RBI=0.019698;REFB=-0.00598582;REVB=0.019079;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188785;STB=0.5383;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0078136;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:54:57:40:43:0.43:20:20:28:26:19:24:28:29 chr18 2578995 . G A 368.84 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.000540087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4326;QD=12.829;RBI=0.00584575;REFB=-0.00871008;REVB=-0.00582075;RO=70;SAF=19;SAR=25;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895214;STB=0.546698;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0162701;OID=.;OPOS=2578995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:70:71:44:44:0.382609:25:19:36:34:25:19:36:35 chr18 2595443 . G T 193.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0356867;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7679;QD=12.2753;RBI=0.03591;REFB=-0.0153286;REVB=-0.00399831;RO=38;SAF=5;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353474;STB=0.714091;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.019285;OID=.;OPOS=2595443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:39:24:24:0.380952:19:5:19:19:19:5:20:19 chr18 2616457 . G C 811.15 PASS AF=0.389831;AO=92;DP=237;FAO=92;FDP=236;FR=.;FRO=144;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=-0.00200823;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.777;QD=13.7483;RBI=0.00343936;REFB=-0.00829656;REVB=-0.00279217;RO=138;SAF=34;SAR=58;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143074;STB=0.590033;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0164343;OID=.;OPOS=2616457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:138:144:92:92:0.389831:58:34:69:69:58:34:74:70 chr18 2705700 . A G 701.01 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255288;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.513;QD=54.9814;RBI=0.0262951;REFB=0.0620737;REVB=0.00630198;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000233859;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:0:1:48:50:0.980392:19:29:0:0:20:30:0:1 chr18 2707619 . G A 2138.07 PASS AF=0.978723;AO=138;DP=142;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0241545;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.382;QD=60.6546;RBI=0.0266681;REFB=0.0764963;REVB=-0.0113024;RO=3;SAF=67;SAR=71;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208082;STB=0.510947;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000364375;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:141:3:3:138:138:0.978723:71:67:3:0:71:67:3:0 chr18 2724930 . A T 982.38 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.236;QD=56.1361;RBI=0.0239713;REFB=-8.79099e-05;REVB=-0.0105123;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.503067;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-1.96207e-05;OID=.;OPOS=2724930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:1:2:68:68:0.971429:41:27:0:1:41:27:1:1 chr18 2763697 . C T 1922.7 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.371;QD=61.5264;RBI=0.0171504;REFB=0;REVB=0.0170674;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28058e-05;OID=.;OPOS=2763697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:125:0:0:118:125:1:47:71:0:0:54:71:0:0 chr18 2778979 . G T 1512.61 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0941322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8201;QD=61.1156;RBI=0.0943039;REFB=0.0191778;REVB=-0.00568694;RO=3;SAF=48;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997346;STB=0.510414;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00440136;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:3:2:95:97:0.979798:47:48:1:2:47:50:0:2 chr18 2891847 . C T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0121342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.22;QD=26.4135;RBI=0.0142592;REFB=-0.0187601;REVB=-0.00748909;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119251;STB=0.575757;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0117693;OID=.;OPOS=2891847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:13:12:5:11:13:12:5:12 chr18 2909700 . C T 475.62 PASS AF=0.45614;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00236349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4717;QD=16.6884;RBI=0.00975664;REFB=-0.0260394;REVB=-0.00946604;RO=61;SAF=39;SAR=12;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206027;STB=0.624948;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0380114;OID=.;OPOS=2909700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:61:62:51:52:0.45614:12:39:36:25:12:40:36:26 chr18 2913431 . T C 436.57 PASS AF=0.448598;AO=45;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.029241;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5046;QD=16.3204;RBI=0.0304699;REFB=-0.00951797;REVB=-0.00856624;RO=58;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185702;STB=0.532697;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.014009;OID=.;OPOS=2913431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:45:48:0.448598:24:21:26:32:24:24:26:33 chr18 2914073 . TA T 106.92 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0440262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.8316;QD=8.72786;RBI=0.0948288;REFB=0.00171451;REVB=0.0839893;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989897;STB=0.549248;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.00212226;OID=.;OPOS=2914074;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:18:49:21:49:28:8:13:13:15:99:26:6:12:11:15 chr18 2920288 . G A 189.2 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0206519;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.591;QD=12.8268;RBI=0.0335291;REFB=-0.0195636;REVB=0.026414;RO=36;SAF=18;SAR=5;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007482;STB=0.504307;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0409147;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:5:18:28:8:5:18:28:8 chr18 2946163 . G A 3608.15 PASS AF=0.987288;AO=230;DP=234;FAO=233;FDP=236;FR=.;FRO=3;FSAF=131;FSAR=102;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0108881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.287;QD=61.155;RBI=0.0278478;REFB=-0.100906;REVB=0.0256311;RO=4;SAF=128;SAR=102;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146561;STB=0.50566;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000458658;OID=.;OPOS=2946163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:234:236:4:3:230:233:0.987288:102:128:4:0:102:131:3:0 chr18 2946291 . C T 2460.07 PASS AF=0.987805;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0180315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5922;QD=60.0018;RBI=0.0418592;REFB=-0.053686;REVB=-0.0377764;RO=2;SAF=84;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000508522;STB=0.500226;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00139536;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:164:2:2:161:162:0.987805:77:84:1:1:78:84:1:1 chr18 3025464 . A G 1128.82 PASS AF=0.951807;AO=75;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.299205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.432;QD=54.401;RBI=0.299759;REFB=-0.08739;REVB=-0.01821;RO=8;SAF=32;SAR=43;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135853;STB=0.522217;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00130141;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:8:4:75:79:0.951807:43:32:4:4:43:36:0:4 chr18 3067278 . A G 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00189112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.445;QD=21.8717;RBI=0.0457836;REFB=-0.0231447;REVB=-0.0457446;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959093;STB=0.553154;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0238923;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:15:8:13:15:15:8 chr18 3075503 . C A,CAAA 1119.22 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=3,65;DP=81;FAO=2,72;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=2,41;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696493,0.00438755;FXX=0.0864091;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=55.8898,208.799;QD=60.4983;RBI=0.0698269,0.0215341;REFB=0,0;REVB=-0.00497698,0.0210823;RO=7;SAF=3,35;SAR=0,30;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.722194,0.0463387;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0753563,0.000198147;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:81:74:7:0:3,65:2,72:0.027027,0.972973:0,30:3,35:2:5:0,31:2,41:0:0 chr18 3075712 . C A 523.26 PASS AF=0.514286;AO=53;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0486879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.513;QD=19.9338;RBI=0.0610694;REFB=-0.00234866;REVB=-0.0368642;RO=48;SAF=25;SAR=28;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960702;STB=0.579361;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00512227;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:51:53:54:0.514286:28:25:28:20:29:25:32:19 chr18 3075746 . G A 558.74 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0983081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.255;QD=25.9879;RBI=0.108357;REFB=-0.0140968;REVB=-0.0455704;RO=35;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228981;STB=0.624728;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00813968;OID=.;OPOS=3075746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:35:51:51:0.593023:29:22:26:9:29:22:26:9 chr18 3075778 . A C 295.78 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00855767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.803;QD=22.3227;RBI=0.0116036;REFB=0.00913376;REVB=0.0078365;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174586;STB=0.584851;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00381227;OID=.;OPOS=3075778;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:15:15:16:6:15:15:16:7 chr18 3089522 . G T 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.804;QD=60.1981;RBI=0.00786655;REFB=0;REVB=-0.00442114;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27854e-05;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr18 3126811 . A G 615.95 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=144;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0210339;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.806;QD=17.2293;RBI=0.0246944;REFB=-0.00939952;REVB=0.0129378;RO=78;SAF=33;SAR=31;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280621;STB=0.519111;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0134982;OID=.;OPOS=3126811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:78:79:64:64:0.447552:31:33:38:40:31:33:38:41 chr18 3126888 . T C 458.74 PASS AF=0.485149;AO=46;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0193943;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.129;QD=18.1678;RBI=0.0328498;REFB=-0.0234687;REVB=0.0265135;RO=48;SAF=24;SAR=22;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153589;STB=0.564222;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0118224;OID=.;OPOS=3126888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:48:52:46:49:0.485149:22:24:17:31:25:24:19:33 chr18 3176040 . C G 849.59 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00524425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.14;QD=53.0993;RBI=0.00965514;REFB=-0.0130033;REVB=0.00810675;RO=3;SAF=31;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043513;STB=0.523069;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000597068;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:30:31:3:0:30:31:3:0 chr18 3188976 . A G 2159.43 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.458;QD=63.0491;RBI=0.0314545;REFB=0;REVB=0.0128211;RO=0;SAF=46;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.02998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47606e-05;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:91:46:0:0:91:46:0:0 chr18 3571217 . T C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0224314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6935;QD=17.2887;RBI=0.0840484;REFB=0.010049;REVB=0.0809997;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453053;STB=0.525407;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00806684;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:14:16:16:17:14:16:16:17 chr18 3597864 . A G 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0368809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.101;QD=17.6939;RBI=0.0371386;REFB=-0.0032019;REVB=0.00436785;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131721;STB=0.573728;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00717899;OID=.;OPOS=3597864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:14:21:18:21:14:21:18:21 chr18 3598067 . G A 205.88 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0115917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.359;QD=23.5288;RBI=0.0140953;REFB=-0.0376607;REVB=0.00801934;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370888;STB=0.535781;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0246572;OID=.;OPOS=3598067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:11:9:7:7:11:9:8:7 chr18 5233105 . C G 199.23 PASS AF=0.371429;AO=24;DP=64;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0705302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6632;QD=11.3843;RBI=0.0711047;REFB=-0.0529233;REVB=0.00902019;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00926027;STB=0.509926;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0588338;OID=.;OPOS=5233105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:40:44:24:26:0.371429:10:14:23:17:12:14:23:21 chr18 5237575 . G T 251.64 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00939715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.651;QD=17.0603;RBI=0.00948823;REFB=-0.0054219;REVB=0.00131151;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114913;STB=0.549033;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00976614;OID=.;OPOS=5237575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:11:17:14:15:11:17:16:15 chr18 5237612 . G A 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0278513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.176;QD=7.96581;RBI=0.0295367;REFB=-0.0047802;REVB=-0.00983456;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18386;STB=0.626125;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0103323;OID=.;OPOS=5237612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:6:4:14:11:6:4:15:11 chr18 5292030 . A G 740.76 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0346519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8596;QD=21.0145;RBI=0.0384299;REFB=0.0198838;REVB=0.0166165;RO=68;SAF=38;SAR=34;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245747;STB=0.517155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.024114;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:68:69:72:72:0.510638:34:38:34:34:34:38:34:35 chr18 5396258 . G A 733.98 PASS AF=0.478261;AO=76;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.00878415;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.41;QD=18.2355;RBI=0.0142393;REFB=0.00114565;REVB=0.0112069;RO=84;SAF=43;SAR=33;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131261;OID=.;OPOS=5396258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:84:84:76:77:0.478261:33:43:48:36:33:44:48:36 chr18 5397378 . G A 210.88 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00709452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7151;QD=14.0588;RBI=0.00762544;REFB=-0.000783271;REVB=-0.00279557;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499562;STB=0.519984;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0012639;OID=.;OPOS=5397378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:13:12:18:16:13:12:18:17 chr18 5410574 . A G 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.46;QD=61.0475;RBI=0.0250598;REFB=0;REVB=-0.0151795;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97181e-06;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr18 5630531 . G A 2277.03 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284238;FXX=0.0136977;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.626;QD=63.2509;RBI=0.0408961;REFB=0;REVB=0.0294037;RO=0;SAF=83;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92594e-05;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:144:0:0:143:144:1:60:83:0:0:61:83:0:0 chr18 5960165 . G A 790.23 PASS AF=0.430693;AO=87;DP=201;FAO=87;FDP=202;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=-0.010114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.716;QD=15.6482;RBI=0.0334212;REFB=-0.0233833;REVB=-0.0318541;RO=113;SAF=36;SAR=51;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128459;STB=0.571706;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0354751;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:113:115:87:87:0.430693:51:36:61:52:51:36:62:53 chr18 6046717 . T C 940.9 PASS AF=0.473684;AO=99;DP=210;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=0.00539203;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9309;QD=18.0076;RBI=0.00948415;REFB=0.00228601;REVB=0.00780225;RO=107;SAF=57;SAR=42;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500634;STB=0.525908;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00341489;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:107:110:99:99:0.473684:42:57:56:51:42:57:58:52 chr18 6455000 . C T 1702.19 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8648;QD=60.2544;RBI=0.0616176;REFB=0;REVB=0.0593696;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677783;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:58:54:0:0:58:55:0:0 chr18 6455037 . T C 1609.11 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208121;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.78;QD=60.1538;RBI=0.00621742;REFB=0;REVB=0.00585874;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52611e-05;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr18 6928138 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.368;QD=46.848;RBI=0.0382079;REFB=0;REVB=0.0113905;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232468;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr18 6928180 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.214;QD=48.7373;RBI=0.0338345;REFB=0;REVB=-0.00479319;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217779;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr18 6943264 . G A 2860.86 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257578;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.471;QD=62.8761;RBI=0.0288515;REFB=0;REVB=0.0129978;RO=0;SAF=68;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68765e-05;OID=.;OPOS=6943264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:181:182:1:113:68:0:0:113:69:0:0 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 132.78 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0330282;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=12;MLLD=301.145;QD=9.00226;RBI=0.0339477;REFB=-0.00531425;REVB=-0.00784777;RO=28;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415986;STB=0.719146;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0145509;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:18:58:18:59:41:15:3:24:17:99:28:15:3:14:14 chr18 6980523 . T C 1052.32 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.010256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.545;QD=54.6657;RBI=0.0116788;REFB=-0.101495;REVB=-0.00558634;RO=3;SAF=36;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012943;STB=0.513337;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00163739;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:3:4:73:73:0.948052:37:36:2:1:37:36:3:1 chr18 6983194 . G T 396.7 PASS AF=0.476744;AO=39;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0324422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5083;QD=18.451;RBI=0.0485062;REFB=-0.00981911;REVB=0.0360604;RO=44;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687495;STB=0.515971;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00916269;OID=.;OPOS=6983194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:45:39:41:0.476744:24:15:20:24:24:17:20:25 chr18 6985270 . C T 424.62 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0191159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.511;QD=15.1649;RBI=0.0253238;REFB=0.000545998;REVB=-0.0166095;RO=64;SAF=19;SAR=29;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170183;STB=0.595554;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00138054;OID=.;OPOS=6985270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:29:19:36:28:29:19:36:28 chr18 6985631 . C T 154.75 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0281417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.489;QD=14.7385;RBI=0.0408085;REFB=-0.00918551;REVB=0.029553;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191353;STB=0.609491;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0087699;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:19:6:7:10:19:6 chr18 6986259 . G A 515.43 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=148;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.00317179;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.217;QD=14.2188;RBI=0.0242722;REFB=-0.00741328;REVB=0.0240641;RO=85;SAF=29;SAR=28;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102953;STB=0.546625;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0113815;OID=.;OPOS=6986259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:145:85:88:57:57:0.393103:28:29:35:50:28:29:38:50 chr18 7567803 . C G 248.25 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00945296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.833;QD=47.285;RBI=0.0690678;REFB=-0.182117;REVB=0.0684179;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00203022;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:21:0:1:20:20:0.952381:13:7:0:0:13:7:1:0 chr18 8069868 . C T 183.69 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0126246;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4079;QD=17.0873;RBI=0.0159007;REFB=-0.018518;REVB=0.00966692;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460803;STB=0.51469;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0145472;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:24:19:19:0.44186:9:10:11:12:9:10:12:12 chr18 8387195 . G A 695.72 PASS AF=0.47619;AO=68;DP=145;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0126556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.566;QD=18.9313;RBI=0.031263;REFB=-0.0269608;REVB=0.0285869;RO=76;SAF=23;SAR=45;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186216;STB=0.587914;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0234162;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:76:77:68:70:0.47619:45:23:40:36:45:25:40:37 chr18 8387219 . G C 1813.72 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4516;QD=60.9652;RBI=0.0244057;REFB=0;REVB=0.0162151;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224193;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:64:54:0:0:64:55:0:0 chr18 8471976 . A G 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7046;QD=57.8821;RBI=0.0483036;REFB=0;REVB=-0.0107832;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379966;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr18 8472047 . C T 185.87 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0333287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3038;QD=19.0638;RBI=0.0524981;REFB=-0.00475573;REVB=-0.0405617;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281394;STB=0.660588;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00621604;OID=.;OPOS=8472047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:11:9:14:5:11:9 chr18 8545736 . A G 458.94 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0299315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.228;QD=18.3577;RBI=0.0299744;REFB=-0.0417492;REVB=0.00160446;RO=54;SAF=15;SAR=31;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862602;STB=0.548258;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.047519;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:31:15:22:32:31:15:22:32 chr18 8545785 . A G 417.86 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00197192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2454;QD=19.8979;RBI=0.00925096;REFB=0.0120617;REVB=-0.00903835;RO=42;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231659;STB=0.512861;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00909222;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:27:15:16:26:27:15:16:26 chr18 8545823 . T C 218.45 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00126669;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2369;QD=13.653;RBI=0.0485446;REFB=-0.0139474;REVB=-0.0485281;RO=37;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198977;STB=0.505614;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0131378;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:38:26:26:0.40625:18:8:12:25:18:8:12:26 chr18 8545859 . A G 248.37 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0188086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5759;QD=13.9927;RBI=0.0188457;REFB=0.0109908;REVB=0.00118265;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207456;STB=0.511803;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0220495;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:16:13:18:24:16:13:18:24 chr18 8720368 . C T 436.57 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00446192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.252;QD=16.6312;RBI=0.0183986;REFB=-0.0099718;REVB=-0.0178494;RO=56;SAF=30;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106871;STB=0.565083;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.013258;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:57:48:48:0.457143:18:30:29:27:18:30:29:28 chr18 8783835 . T C 129.65 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0465605;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.892;QD=11.7861;RBI=0.0664052;REFB=-0.00534349;REVB=-0.0473473;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379469;STB=0.733022;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00987828;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:29:15:15:0.340909:4:11:10:16:4:11:11:18 chr18 8784370 . A G 1861.96 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00272799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.05;QD=60.5515;RBI=0.030934;REFB=0.0844061;REVB=-0.0308135;RO=1;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082617;STB=0.504347;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000313678;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:57:65:0:1:57:65:0:1 chr18 8809445 . G C 2322.87 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349867;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2214;QD=63.2073;RBI=0.0869229;REFB=0;REVB=0.0795709;RO=0;SAF=90;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191308;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:143:147:1:53:90:0:0:54:93:0:0 chr18 8813046 . A C 570.26 PASS AF=0.542857;AO=56;DP=104;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0157845;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.192;QD=21.7241;RBI=0.0158933;REFB=-0.0223025;REVB=0.00185596;RO=47;SAF=39;SAR=17;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356169;STB=0.529791;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0249491;OID=.;OPOS=8813046;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:47:48:56:57:0.542857:17:39:31:16:17:40:31:17 chr18 8826083 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.889;QD=62.3509;RBI=0.0512505;REFB=0;REVB=0.0313279;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137439;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr18 9117867 . T C 1406.62 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652279;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.086;QD=63.2187;RBI=0.0295571;REFB=0;REVB=0.0288284;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56269e-05;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr18 9255718 . G A 67.19 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00576932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9182;QD=14.9316;RBI=0.00578627;REFB=0.0113431;REVB=0.000442511;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0120764;OID=.;OPOS=9255718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:9:8:8:8:0.444444:4:4:5:4:4:4:4:4 chr18 9255982 . A G 464.88 PASS AF=0.42623;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0136665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.41;QD=15.242;RBI=0.0481829;REFB=-0.0087901;REVB=-0.0462041;RO=68;SAF=27;SAR=24;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299996;STB=0.530291;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00846093;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:70:51:52:0.42623:24:27:34:34:24:28:34:36 chr18 9518126 . G A 691.19 PASS AF=0.4625;AO=73;DP=161;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0151408;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7252;QD=17.2798;RBI=0.0160325;REFB=-0.016533;REVB=0.00527222;RO=86;SAF=41;SAR=32;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830232;STB=0.541655;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0193212;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:86:86:73:74:0.4625:32:41:41:45:33:41:41:45 chr18 9618005 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000689635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7374;QD=52.6119;RBI=0.0661055;REFB=0;REVB=0.0661019;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176005;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr18 9618049 . C T 408.0 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.299;QD=56.2764;RBI=0.0299611;REFB=0;REVB=-0.0253169;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141175;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr18 9887394 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0607321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.683;QD=18.7668;RBI=0.0858405;REFB=-0.0312462;REVB=-0.0606647;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0353748;OID=.;OPOS=9887394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:1:2:4:2:1:2 chr18 9888069 . A G 2076.15 PASS AF=0.929936;AO=146;DP=157;FAO=146;FDP=157;FR=.;FRO=11;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00957384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1512;QD=52.8955;RBI=0.0139573;REFB=-0.00146158;REVB=-0.0101562;RO=11;SAF=62;SAR=84;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00406121;STB=0.502141;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00224604;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:157:157:11:11:146:146:0.929936:84:62:5:6:84:62:5:6 chr18 9954785 . TAAAAAAAAAT TAAAAAAAAT,TAAAAAAATAA 286.39 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=20,4;DP=79;FAO=68,8;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28,8;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106226,0.016526;FXX=0.0129853;HRUN=9,9;LEN=1,3;MLLD=5.68133,21.8732;QD=15.0731;RBI=0.76384,0.190905;REFB=0.0188308,0.0246021;REVB=0.756418,0.190189;RO=31;SAF=10,4;SAR=10,0;SRF=8;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.257471,0.710521;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00526757,0.0702299;OID=.,.;OPOS=9954786,9954793;OREF=A,AAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=TAAAAAAAAT,TAAAAAAATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.894737,0.105263:20,4:79:68,8:76:0:28,8:40,0:0:0:32:31:10,4:10,0:8:23 chr18 9955960 . A G 1920.38 PASS AF=0.984615;AO=126;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0870196;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.959;QD=59.0887;RBI=0.0871943;REFB=-0.18753;REVB=0.00551708;RO=2;SAF=51;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018266;STB=0.501361;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00132825;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:130:2:2:126:128:0.984615:75:51:2:0:75:53:1:1 chr18 10454960 . C G 635.22 PASS AF=0.977273;AO=38;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0500983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3331;QD=57.7474;RBI=0.101692;REFB=-0.0211492;REVB=0.0884949;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00560209;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:38:43:0.977273:17:21:0:1:19:24:0:1 chr18 10487918 . C T 687.12 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0280413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6625;QD=18.8253;RBI=0.0409664;REFB=-0.008884;REVB=0.0298652;RO=76;SAF=36;SAR=33;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454792;STB=0.521733;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0114357;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:76:77:69:69:0.472603:33:36:36:40:33:36:37:40 chr18 10741011 . G A 1198.02 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0113168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.901;QD=56.3776;RBI=0.0158163;REFB=0.0227301;REVB=0.0110493;RO=4;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402465;STB=0.521271;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00010434;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:4:4:81:81:0.952941:45:36:0:4:45:36:0:4 chr18 10748603 . A T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.304;QD=63.5816;RBI=0.0228701;REFB=0;REVB=0.0156805;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30731e-05;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr18 10752666 . C T 766.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.752;QD=63.8445;RBI=0.034421;REFB=0;REVB=-0.0201564;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49835e-05;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr18 10758023 . G A 2456.88 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00272156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.302;QD=60.6637;RBI=0.0184922;REFB=-0.032523;REVB=-0.0182908;RO=1;SAF=96;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726396;STB=0.503816;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-1.52708e-05;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:65:96:0:1:65:96:0:1 chr18 10762962 . G A 1424.26 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0312223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1656;QD=57.5458;RBI=0.0376323;REFB=-0.0204093;REVB=0.0210086;RO=5;SAF=64;SAR=30;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727213;STB=0.538453;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0135061;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:5:5:94:94:0.949495:30:64:0:5:30:64:0:5 chr18 10763007 . T C 1373.43 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4412;QD=61.0415;RBI=0.0189667;REFB=-0.0399819;REVB=0.0156187;RO=0;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04997e-08;STB=0.504347;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000864714;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:87:89:0.988889:30:57:0:0:32:57:1:0 chr18 10787047 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.774;QD=61.6804;RBI=0.062869;REFB=0;REVB=-0.00235944;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88673e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr18 11609904 . A G 959.06 PASS AF=0.513661;AO=94;DP=183;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0282464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.636;QD=20.963;RBI=0.0415664;REFB=-0.0232618;REVB=-0.0304944;RO=88;SAF=49;SAR=45;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287933;STB=0.513086;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0223401;OID=.;OPOS=11609904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:88:89:94:94:0.513661:45:49:43:45:45:49:44:45 chr18 11610162 . G A 955.2 PASS AF=0.626866;AO=83;DP=133;FAO=84;FDP=134;FR=.;FRO=50;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00178168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.495;QD=28.5134;RBI=0.0848554;REFB=-0.00964247;REVB=0.0848367;RO=50;SAF=46;SAR=37;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379225;STB=0.517866;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00617399;OID=.;OPOS=11610162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:50:50:83:84:0.626866:37:46:25:25:38:46:25:25 chr18 11610349 . G A 195.38 PASS AF=0.201183;AO=29;DP=164;FAO=34;FDP=169;FR=.;FRO=135;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=0.0320298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8121;QD=4.6243;RBI=0.132621;REFB=-0.0048949;REVB=0.128695;RO=135;SAF=18;SAR=11;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178736;STB=0.538225;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0254345;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:169:135:135:29:34:0.201183:11:18:65:70:16:18:65:70 chr18 11610382 . C A 116.91 PASS AF=0.170543;AO=22;DP=130;FAO=22;FDP=129;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=0.0436751;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6679;QD=3.62507;RBI=0.0504038;REFB=-0.00275078;REVB=0.0251601;RO=107;SAF=9;SAR=13;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869007;STB=0.548989;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0163132;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:107:107:22:22:0.170543:13:9:51:56:13:9:50:57 chr18 11619552 . C T 210.76 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467662;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.406;QD=49.5894;RBI=0.0480282;REFB=0;REVB=-0.0109379;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662728;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:14:17:1:4:10:0:0:4:13:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 1082.75 PASS AF=0.973684;AO=70;DP=80;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0370094;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.956;QD=56.9871;RBI=0.057176;REFB=0.0282402;REVB=0.0435821;RO=2;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020113;STB=0.510414;STBP=0.309;TYPE=del;VARB=-0.000376255;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.973684:70:80:74:76:2:27:47:0:2:5:2:24:46:0:2 chr18 11619908 . A G 72.07 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401972;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.264;QD=32.0326;RBI=0.0419733;REFB=0.00652061;REVB=0.0120804;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000799956;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:0:1:6:2:0:1 chr18 11625886 . T C 1560.35 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0104253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7368;QD=57.7908;RBI=0.0174136;REFB=-0.0319274;REVB=-0.013948;RO=2;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00133349;STB=0.500703;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00111364;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:57:49:1:1:57:49:1:1 chr18 11639356 . G C 823.44 PASS AF=0.390756;AO=94;DP=239;FAO=93;FDP=238;FR=.;FRO=145;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=83;FSRR=62;FWDB=-0.0110276;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.945;QD=13.8394;RBI=0.011852;REFB=-0.0131223;REVB=0.0043429;RO=143;SAF=58;SAR=36;SRF=81;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565694;STB=0.525686;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0197472;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:143:145:94:93:0.390756:36:58:81:62:36:57:83:62 chr18 11853053 . A G 752.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.644;QD=56.8212;RBI=0.0253553;REFB=0;REVB=0.025296;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82872e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr18 11853731 . A G 1325.5 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550731;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.818;QD=62.3764;RBI=0.0171465;REFB=0;REVB=-0.016238;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298931;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr18 11886563 . C G 458.95 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00488724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.625;QD=20.8615;RBI=0.00492779;REFB=-0.0207515;REVB=0.000630837;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385348;STB=0.521327;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0239021;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:26:19:20:23:26:19:20:23 chr18 12274104 . G T 220.03 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0196015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.037;QD=14.6686;RBI=0.0197158;REFB=0.00164225;REVB=0.00212043;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885415;STB=0.549963;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00134032;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:8:18:26:8:8:18:26:8 chr18 12304091 . TA T 104.95 PASS AF=0.45098;AO=5;DP=33;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.146031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.92812;QD=8.23105;RBI=0.167115;REFB=-0.0590028;REVB=0.0812544;RO=26;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.598374;STB=0.538429;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.139864;OID=.;OPOS=12304092;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:5:33:23:51:28:8:15:8:20:72:26:4:1:6:20 chr18 12348285 . T C 239.67 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0221288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9098;QD=14.7486;RBI=0.0328665;REFB=-0.00510768;REVB=-0.0243006;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155324;STB=0.577928;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00540085;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:27:28:0.430769:15:12:11:26:16:12:11:26 chr18 12351342 . C T 624.36 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0151851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.356;QD=21.7168;RBI=0.0157166;REFB=-0.00793496;REVB=0.00405282;RO=50;SAF=37;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145042;STB=0.567108;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00741333;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:53:62:62:0.53913:25:37:21:29:25:37:24:29 chr18 12760740 . T A 272.77 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0340678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0333;QD=14.9461;RBI=0.0624078;REFB=-0.0204191;REVB=-0.0522888;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611244;STB=0.541566;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0229243;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:14:17:20:21:14:17:20:22 chr18 12984144 . C A 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3326;QD=56.9456;RBI=0.0411755;REFB=0;REVB=-0.0125407;RO=0;SAF=10;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107222;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:42:10:0:0:42:10:0:0 chr18 13042261 . T G 715.64 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0353133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9929;QD=17.6702;RBI=0.0353289;REFB=-0.00593713;REVB=-0.00104953;RO=85;SAF=37;SAR=39;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267678;STB=0.511545;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00751347;OID=.;OPOS=13042261;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:86:76:76:0.469136:39:37:39:46:39:37:40:46 chr18 13056682 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0239191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.125;QD=5.717;RBI=0.0258765;REFB=-0.00420721;REVB=-0.00987245;RO=28;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451102;STB=0.788797;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0247038;OID=.;OPOS=13056682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:2:6:10:18:2:6:10:18 chr18 13068109 . G A 448.76 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.000827742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.497;QD=15.746;RBI=0.0508231;REFB=0.0108648;REVB=0.0508163;RO=64;SAF=36;SAR=14;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161405;STB=0.590834;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0111298;OID=.;OPOS=13068109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:14:36:37:27:14:36:37:27 chr18 13068132 . T C 1766.44 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.054;QD=60.9116;RBI=0.0823691;REFB=0;REVB=0.0106071;RO=0;SAF=63;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0168e-05;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:116:0:0:105:116:1:42:63:0:0:42:74:0:0 chr18 13069782 . C T 787.26 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333529;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.631;QD=57.2554;RBI=0.0590292;REFB=0;REVB=0.0487035;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153499;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr18 13095591 . G A 894.29 PASS AF=0.494505;AO=87;DP=178;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.0185122;FXX=0.010869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7886;QD=19.6548;RBI=0.0185833;REFB=-0.023784;REVB=-0.00162408;RO=91;SAF=46;SAR=41;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604573;STB=0.527325;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0279444;OID=.;OPOS=13095591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:182:91:92:87:90:0.494505:41:46:54:37:41:49:55:37 chr18 13095609 . T C 2668.31 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731909;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.296;QD=62.0538;RBI=0.081355;REFB=0;REVB=0.0355208;RO=0;SAF=98;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53374e-06;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:172:0:0:171:172:1:73:98:0:0:74:98:0:0 chr18 13116432 . G T 3735.63 PASS AF=0.976285;AO=246;DP=252;FAO=247;FDP=253;FR=.;FRO=6;FSAF=128;FSAR=119;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00766648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.452;QD=59.0614;RBI=0.00898524;REFB=-0.161535;REVB=0.00468609;RO=1;SAF=127;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398872;STB=0.507487;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000424218;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:252:253:1:6:246:247:0.976285:119:127:0:1:119:128:5:1 chr18 13666602 . C A 343.67 PASS AF=0.417582;AO=34;DP=87;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00351235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.409;QD=15.1064;RBI=0.0106081;REFB=-0.0175301;REVB=0.0100097;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126049;STB=0.527458;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0247829;OID=.;OPOS=13666602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:53:53:34:38:0.417582:15:19:29:24:19:19:29:24 chr18 13681750 . C T 443.04 PASS AF=0.443478;AO=34;DP=117;FAO=51;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0169957;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.8952;QD=15.4102;RBI=0.0514603;REFB=-0.00310895;REVB=0.0485727;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127837;STB=0.571009;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0191006;OID=.;OPOS=13681750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:47:63:34:51:0.443478:18:16:28:19:26:25:39:24 chr18 13760290 . T C 475.99 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00528992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9559;QD=15.2317;RBI=0.0326321;REFB=-0.018362;REVB=-0.0322004;RO=71;SAF=23;SAR=30;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893358;STB=0.546265;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0236249;OID=.;OPOS=13760290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:72:53:53:0.424:30:23:37:34:30:23:37:35 chr18 13826088 . C T 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00383607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.302;QD=17.3242;RBI=0.00433203;REFB=-0.0222922;REVB=0.00201273;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732557;STB=0.528189;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0296476;OID=.;OPOS=13826088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:11:9:9:15:11:9:10:15 chr18 13826256 . C G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0263519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2955;QD=18.7626;RBI=0.0263563;REFB=0.0141319;REVB=-0.000477737;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00580086;OID=.;OPOS=13826256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr18 13826508 . C T 598.75 PASS AF=0.504132;AO=60;DP=120;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.00322124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.351;QD=19.7933;RBI=0.0124209;REFB=-0.0138314;REVB=0.011996;RO=60;SAF=26;SAR=34;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194344;STB=0.601737;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0156298;OID=.;OPOS=13826508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:60:60:60:61:0.504132:34:26:39:21:34:27:39:21 chr18 13826837 . A C 57.04 PASS AF=0.238095;AO=7;DP=41;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00703705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.208;QD=5.4323;RBI=0.0176507;REFB=-0.0114736;REVB=0.0161873;RO=29;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53061;STB=0.767114;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.039889;OID=.;OPOS=13826837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:41:42:29:32:7:10:0.238095:6:1:17:12:8:2:17:15 chr18 14105016 . C A 586.92 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418335;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.096;QD=60.1969;RBI=0.0424513;REFB=0;REVB=-0.00721608;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00424157;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr18 14105853 . C A 1274.71 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641679;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2949;QD=62.1807;RBI=0.0204705;REFB=0;REVB=-0.0194388;RO=0;SAF=60;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94507e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65821e-06;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:22:60:0:0:22:60:0:0 chr18 14105923 . T C 1346.99 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0209209;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=281.868;QD=57.9352;RBI=0.0209277;REFB=-0.0844125;REVB=0.000533876;RO=2;SAF=57;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016338;STB=0.506533;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000221678;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:2:4:89:89:0.956989:32:57:2:0:32:57:2:2 chr18 14183978 . TG CA 33.19 PASS AF=0.162162;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0401177;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.282;QD=3.58779;RBI=0.067737;REFB=-0.0050954;REVB=-0.0545791;RO=31;SAF=2;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231831;STB=0.567347;STBP=0.762;TYPE=mnp;VARB=0.0664799;OID=.;OPOS=14183978;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:5:6:0.162162:3:2:13:18:3:3:13:18 chr18 14186497 . G C 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.975;QD=57.0996;RBI=0.00464656;REFB=0;REVB=0.00284918;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26471e-05;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr18 14187255 . A T 76.71 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00259405;FXX=0.124969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3261;QD=8.76721;RBI=0.013096;REFB=-0.0109949;REVB=-0.0128365;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069353;STB=0.542772;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0214452;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:39:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:11:14:5:5:11:14 chr18 14187273 . C G 178.35 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0110089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.293;QD=14.559;RBI=0.0284148;REFB=-0.00874028;REVB=-0.0261954;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516112;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0259393;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:9:9:15:15:9:10:15:15 chr18 14187304 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0104906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.944;QD=11.1849;RBI=0.0192125;REFB=0.00447748;REVB=-0.0160956;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449356;STB=0.526288;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.010733;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:18:17:10:9:18:17 chr18 14187327 . T G 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0201911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.907;QD=7.01179;RBI=0.0204067;REFB=-0.000970388;REVB=0.00295816;RO=40;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228245;STB=0.641619;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0021709;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:8:5:23:17:8:5:23:17 chr18 14524966 . T C 175.39 PASS AF=0.162791;AO=35;DP=215;FAO=35;FDP=215;FR=.;FRO=180;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=114;FWDB=0.0253703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2843;QD=3.26306;RBI=0.0298213;REFB=0.00494433;REVB=0.0156735;RO=177;SAF=18;SAR=17;SRF=66;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182783;STB=0.622755;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0306295;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:177:180:35:35:0.162791:17:18:66:111:17:18:66:114 chr18 14537949 . A G 546.22 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0144904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.576;QD=20.2303;RBI=0.0144953;REFB=-0.0149471;REVB=0.000375713;RO=51;SAF=21;SAR=35;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157652;STB=0.514701;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0133959;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:52:56:56:0.518519:35:21:20:31:35:21:21:31 chr18 14542812 . TC T 54.27 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0953248;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.5326;QD=6.38455;RBI=0.121828;REFB=-0.0753062;REVB=-0.0758627;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554898;STB=0.590783;STBP=0.493;TYPE=del;VARB=0.10172;OID=.;OPOS=14542813;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:14:34:13:34:21:4:9:4:17:54:17:3:11:3:14 chr18 14543057 . T G 372.52 PASS AF=0.464286;AO=35;DP=82;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0128964;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.228;QD=17.7391;RBI=0.0140896;REFB=-0.0208593;REVB=0.00567448;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942724;STB=0.518086;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0220683;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:44:45:35:39:0.464286:16:19:28:16:16:23:28:17 chr18 14543098 . C T 306.55 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00553593;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.016;QD=12.1404;RBI=0.0162109;REFB=-0.0119489;REVB=-0.0152364;RO=60;SAF=22;SAR=15;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608682;STB=0.500555;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0166909;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:60:64:37:37:0.366337:15:22:36:24:15:22:38:26 chr18 14543139 . T C 278.23 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=92;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00899088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8857;QD=11.8396;RBI=0.0358237;REFB=-0.0345548;REVB=-0.0346771;RO=60;SAF=17;SAR=15;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402621;STB=0.51858;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0640007;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:60:61:32:33:0.351064:15:17:34:26:15:18:35:26 chr18 14752957 . G A 401.88 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0189719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.564;QD=14.748;RBI=0.0190881;REFB=1.1216e-05;REVB=-0.00210311;RO=63;SAF=27;SAR=19;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162461;STB=0.591358;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=3.25288e-05;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:19:27:27:36:19:27:27:36 chr18 14779969 . C G 1308.05 PASS AF=0.923077;AO=94;DP=102;FAO=96;FDP=104;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0109293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.395;QD=50.3096;RBI=0.0364762;REFB=-0.0127935;REVB=0.0348004;RO=8;SAF=45;SAR=49;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154184;STB=0.50803;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000710659;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:102:104:8:8:94:96:0.923077:49:45:3:5:50:46:3:5 chr18 14780019 . G T 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0218062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.063;QD=1.08954;RBI=0.0346096;REFB=-0.0039281;REVB=-0.0268759;RO=104;SAF=3;SAR=6;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175732;STB=0.646377;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0480866;OID=.;OPOS=14780019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:104:104:9:9:0.079646:6:3:51:53:6:3:51:53 chr18 14780024 . T C 31.62 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.0561332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.87;QD=1.14979;RBI=0.0631612;REFB=-0.00113751;REVB=0.0289552;RO=101;SAF=3;SAR=6;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171479;STB=0.641655;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0193413;OID=.;OPOS=14780024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:101:101:9:9:0.0818182:6:3:49:52:6:3:49:52 chr18 14780037 . C A 33.96 PASS AF=0.0882353;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.036805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.888;QD=1.33163;RBI=0.0368137;REFB=-0.00225895;REVB=-0.00079928;RO=92;SAF=3;SAR=6;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179373;STB=0.648672;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.032901;OID=.;OPOS=14780037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:102:102:92:93:9:9:0.0882353:6:3:45:47:6:3:46:47 chr18 14796214 . G T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.153;QD=57.3848;RBI=0.0208363;REFB=0;REVB=0.0155264;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3214e-05;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr18 14814651 . G T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00257047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.927;QD=28.5395;RBI=0.0291437;REFB=-0.0168578;REVB=-0.0290301;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=6.07683e-05;OID=.;OPOS=14814651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:5:2:0:0:5:2:1:0 chr18 14848821 . G A 666.52 PASS AF=0.957447;AO=32;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00197614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.949;QD=56.7252;RBI=0.108246;REFB=0.00566193;REVB=-0.108228;RO=2;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145609;STB=0.504423;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000940554;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:32:45:0.957447:20:12:1:1:27:18:1:1 chr18 14850375 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.249;QD=52.6132;RBI=0.0294758;REFB=0;REVB=-0.00410722;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73786e-05;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr18 18529872 . A G 289.87 PASS AF=0.477612;AO=28;DP=63;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0148909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.084;QD=17.3054;RBI=0.0214009;REFB=-0.0158621;REVB=0.0153708;RO=35;SAF=23;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439704;STB=0.660945;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0244781;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:35:35:28:32:0.477612:5:23:15:20:9:23:15:20 chr18 18529880 . G A 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0063175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.536;QD=18.0545;RBI=0.0238894;REFB=-0.0217827;REVB=-0.023039;RO=35;SAF=24;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293219;STB=0.664652;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0255192;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:9:24:15:20:9:24:15:20 chr18 19034556 . T C 1831.9 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.703;QD=61.0635;RBI=0.0763932;REFB=0;REVB=-0.00231929;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36933e-05;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:67:52:0:0:67:53:0:0 chr18 19048751 . T G 144.53 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0332689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.66;QD=15.6253;RBI=0.0581325;REFB=-0.036738;REVB=0.0476714;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222638;STB=0.627753;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0355973;OID=.;OPOS=19048751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:7:14:7:9:7:14 chr18 19079853 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.181;QD=61.6951;RBI=0.0297029;REFB=0;REVB=0.00307573;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32771e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 361.35 PASS AF=0.52;AO=35;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0259403;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=158.685;QD=19.2721;RBI=0.0326784;REFB=-0.0291614;REVB=-0.0198741;RO=38;SAF=4;SAR=31;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577966;STB=0.822586;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0323266;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:35:74:39:75:36:4:35:22:14:99:38:4:31:24:14 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 982.94 PASS AF=0.893333,0.08;AO=41,13;DP=75;FAO=67,6;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=33,4;FSAR=34,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.262493,-0.00588469;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=81.2314,53.5859;QD=52.4236;RBI=0.276027,0.0321144;REFB=-0.0814144,-0.0806472;REVB=0.0853692,0.0315706;RO=6;SAF=12,11;SAR=29,2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.186071,-0.194202;STB=0.514701,0.599697;STBP=0.252,0.553;TYPE=del,snp;VARB=0.00603633,0.117056;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.893333,0.08:41,13:75:67,6:75:2:33,4:34,2:2:0:28:6:12,11:29,2:6:0 chr18 19153494 . C T 1453.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0844;QD=63.1928;RBI=0.0178707;REFB=0;REVB=0.00731075;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78919e-05;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:42:50:0:0 chr18 19154143 . G A 323.87 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.913;QD=53.9785;RBI=0.0255528;REFB=0;REVB=-0.0174106;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80693e-05;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr18 19373962 . T TATG 925.98 PASS AF=1;AO=62;DP=67;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154829;FXX=0.0307645;HRUN=0;LEN=3;MLLD=243.224;QD=58.7923;RBI=0.00161915;REFB=0;REVB=-0.000473762;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.81352e-06;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:67:63:63:0:29:34:0:0:5:2:29:33:2:0 chr18 19450386 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.684;QD=56.7061;RBI=0.0190846;REFB=0;REVB=0.0108763;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99313e-05;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr18 19508949 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.189;QD=53.2767;RBI=0.00841954;REFB=0;REVB=-0.00806325;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29295e-05;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr18 19710668 . A C 311.53 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0267963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0602;QD=19.1708;RBI=0.0296788;REFB=0.0172855;REVB=0.0127589;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149822;STB=0.583283;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0161136;OID=.;OPOS=19710668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:20:12:18:15:20:12 chr18 19840623 . A G 1567.69 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3257;QD=63.9874;RBI=0.0667288;REFB=0;REVB=0.0351657;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342606;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:63:35:0:0:63:35:0:0 chr18 19995753 . T C 610.31 PASS AF=0.560748;AO=58;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0110672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.267;QD=22.8153;RBI=0.0184342;REFB=-0.00500821;REVB=-0.0147423;RO=45;SAF=25;SAR=33;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821723;STB=0.551164;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00360479;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:47:58:60:0.560748:33:25:24:21:35:25:25:22 chr18 20584764 . G T 255.65 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0531728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6922;QD=17.9404;RBI=0.0561334;REFB=-0.0198423;REVB=0.017989;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240277;STB=0.634664;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0205582;OID=.;OPOS=20584764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:18:10:18:11:18:10:18:11 chr18 20838286 . G T 184.83 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0362105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5362;QD=16.0719;RBI=0.062407;REFB=-0.0240954;REVB=-0.0508275;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318023;STB=0.688377;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.032708;OID=.;OPOS=20838286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:26:19:20:0.434783:7:12:8:18:7:13:8:18 chr18 20953720 . G A 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7129;QD=60.9713;RBI=0.110516;REFB=0;REVB=0.087461;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241845;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr18 21017836 . T C 792.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.874;QD=63.3702;RBI=0.0220005;REFB=0;REVB=0.012391;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74057e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:28:20:0:0:29:21:0:0 chr18 21100240 . C T 1689.23 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0142476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.169;QD=57.2619;RBI=0.0146628;REFB=-0.130189;REVB=0.00346442;RO=3;SAF=56;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247556;STB=0.512818;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000838073;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:3:3:114:115:0.974576:58:56:3:0:58:57:3:0 chr18 21109250 . T C 777.87 PASS AF=1;AO=19;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.62;QD=63.4994;RBI=0.0417912;REFB=0;REVB=0.0162107;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18236e-05;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:19:49:1:9:10:0:0:22:27:0:0 chr18 21119777 . G A 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.001;QD=57.1028;RBI=0.0169939;REFB=0;REVB=0.0112379;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77119e-06;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr18 21120444 . T C 795.45 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.567;QD=63.6359;RBI=0.0450901;REFB=0;REVB=0.0400681;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259255;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr18 21124945 . C G 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2917;QD=62.9777;RBI=0.0124621;REFB=0;REVB=0.0084683;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214965;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr18 21140432 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.853;QD=60.6096;RBI=0.0148091;REFB=0;REVB=0.00619335;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67414e-05;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr18 21413869 . T C 708.73 PASS AF=0.401015;AO=70;DP=191;FAO=79;FDP=197;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=0.0101614;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.224;QD=14.3905;RBI=0.013513;REFB=-0.0307711;REVB=0.00890774;RO=119;SAF=42;SAR=28;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153711;STB=0.546809;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0430917;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:197:119:118:70:79:0.401015:28:42:55:64:36:43:55:63 chr18 21481233 . C G 224.59 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00289952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.207;QD=17.6153;RBI=0.0138804;REFB=-0.0518449;REVB=-0.0135742;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130542;STB=0.573709;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.04571;OID=.;OPOS=21481233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:12:15:10:14:12:15 chr18 21511034 . C A 619.67 PASS AF=0.508065;AO=62;DP=125;FAO=63;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0843614;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6903;QD=19.9893;RBI=0.0857002;REFB=0.0545367;REVB=-0.015089;RO=45;SAF=33;SAR=29;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505713;STB=0.524684;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0542748;OID=.;OPOS=21511034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:45:61:62:63:0.508065:29:33:21:24:30:33:35:26 chr18 21511089 . A G 2156.43 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416554;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.238;QD=62.9613;RBI=0.0429891;REFB=0;REVB=-0.0106249;RO=1;SAF=73;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646763;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19575e-05;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:1:0:135:137:1:62:73:1:0:62:75:0:0 chr18 21513768 . C T 462.02 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0216287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4322;QD=14.7846;RBI=0.024132;REFB=-0.0118017;REVB=-0.0107031;RO=73;SAF=30;SAR=22;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161988;STB=0.50911;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0126016;OID=.;OPOS=21513768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:73:52:52:0.416:22:30:41:32:22:30:41:32 chr18 21710321 . C T 3438.62 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.513;QD=62.5204;RBI=0.0296327;REFB=0;REVB=-0.016691;RO=0;SAF=100;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18968e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:220:220:1:120:100:0:0:120:100:0:0 chr18 21736933 . T G 1525.55 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01116;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.28;QD=59.8257;RBI=0.0111658;REFB=0;REVB=-0.000359939;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61797e-05;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr18 21739725 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=9.27707e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.391;QD=21.0649;RBI=0.0104078;REFB=0.00860349;REVB=-0.0104074;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553909;STB=0.520888;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00887411;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:11:13:11:12:11:13:12:12 chr18 21759055 . G C 1589.43 PASS AF=1;AO=78;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0796048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.131;QD=63.5772;RBI=0.0866688;REFB=0;REVB=0.0342717;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132912;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:78:100:1:33:45:0:0:45:55:0:0 chr18 21759190 . G C 405.94 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0156792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1623;QD=52.3795;RBI=0.0180756;REFB=-0.104942;REVB=-0.00899384;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00326819;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:14:16:0:0:14:16:0:1 chr18 22009559 . CTTAA C 561.25 PASS AF=0.650485;AO=60;DP=109;FAO=67;FDP=103;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00466227;FXX=0.112059;HRUN=2;LEN=4;MLLD=215.138;QD=21.7962;RBI=0.0270694;REFB=-0.0171314;REVB=0.0266649;RO=34;SAF=24;SAR=36;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122946;STB=0.5045;STBP=0.907;TYPE=del;VARB=0.00455878;OID=.;OPOS=22009560;OREF=TTAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.650485:60:109:67:103:36:25:42:13:23:99:34:24:36:13:21 chr18 22020543 . C G 534.11 PASS AF=0.483051;AO=55;DP=116;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0287141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.09;QD=18.1055;RBI=0.0287465;REFB=0.00126466;REVB=-0.00136425;RO=59;SAF=17;SAR=38;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214076;STB=0.625553;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00113045;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:59:61:55:57:0.483051:38:17:31:28:40:17:32:29 chr18 22775185 . C T 244.63 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00232976;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.979;QD=15.2892;RBI=0.0186043;REFB=-0.00540846;REVB=-0.0184578;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650725;STB=0.545838;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00429347;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:28:28:0.4375:11:17:19:16:11:17:19:17 chr18 23597811 . T C 1115.95 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00776408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.192;QD=57.9713;RBI=0.0933172;REFB=-0.0785626;REVB=0.0929937;RO=1;SAF=54;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230622;STB=0.511108;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00171686;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:77:1:1:74:76:0.987013:20:54:0:1:22:54:0:1 chr18 23854692 . C T 377.93 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0120543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.536;QD=21.596;RBI=0.0205683;REFB=-0.0276658;REVB=-0.0166658;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991106;STB=0.554694;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0222343;OID=.;OPOS=23854692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:18:20:13:19:18:20:13:19 chr18 23866349 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0170411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1935;QD=12.0157;RBI=0.0574289;REFB=0.020393;REVB=0.0548423;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215036;STB=0.631131;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0171076;OID=.;OPOS=23866349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:3:4:2:4:3:4 chr18 23873463 . T C 969.74 PASS AF=0.490196;AO=88;DP=207;FAO=100;FDP=204;FR=.;FRO=104;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=68;FWDB=-0.0033694;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.122;QD=19.0145;RBI=0.0222375;REFB=-0.0046773;REVB=0.0219808;RO=87;SAF=45;SAR=43;SRF=27;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181603;STB=0.568707;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00392918;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:204:87:104:88:100:0.490196:43:45:27:60:52:48:36:68 chr18 23879134 . T C 123.66 PASS AF=0.619048;AO=15;DP=23;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0152938;FXX=0.0869187;HRUN=10;LEN=1;MLLD=317.385;QD=23.5534;RBI=0.0154647;REFB=0.00213432;REVB=-0.0022924;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636683;STB=0.580516;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00101108;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:23:21:8:8:15:13:0.619048:6:9:4:4:4:9:4:4 chr18 23879142 . T A 137.05 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0213484;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.9743;QD=19.5788;RBI=0.165616;REFB=-0.056161;REVB=0.164234;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131368;STB=0.507453;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0314854;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:8:5:6:9:8:5 chr18 24035399 . A G 911.41 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00434348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4179;QD=55.2372;RBI=0.00860386;REFB=-0.134553;REVB=0.00742701;RO=2;SAF=21;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428634;STB=0.521732;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.015194;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:63:64:0.969697:42:21:2:0:42:22:2:0 chr18 24269386 . G A 589.77 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=53;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.000385372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9114;QD=20.1632;RBI=0.00999155;REFB=-0.0173167;REVB=-0.00998412;RO=57;SAF=7;SAR=53;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244381;STB=0.636757;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0188515;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:53:7:15:42:53:7:15:42 chr18 25531125 . CTTTT CTTTC,C,CT 383.23 PASS AF=0.162791,0.837209,0;AO=2,7,8;DP=42;FAO=7,36,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0;FSAR=7,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494972,0.264829,0.35608;FXX=0.0652032;HRUN=15,15,15;LEN=1,4,3;MLLD=171.385,15.8144,13.0581;QD=35.6493;RBI=0.0646241,0.265738,0.357496;REFB=-0.0530434,-0.153956,-0.154473;REVB=-0.0415488,-0.021973,-0.0317864;RO=1;SAF=0,1,3;SAR=2,6,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.2842,-0.125393;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0410259,0.00280159,0.270548;OID=.,.,.;OPOS=25531129,25531126,25531126;OREF=T,TTTT,TTT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTC,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.162791,0.837209,0:2,7,8:42:7,36,0:43:0:0,12,0:7,24,0:0:0:42:1:0,1,3:2,6,5:1:0 chr18 25543387 . G A 856.73 PASS AF=0.549669;AO=83;DP=151;FAO=83;FDP=151;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0333458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.196;QD=22.6948;RBI=0.0333647;REFB=-0.0259625;REVB=0.0011233;RO=67;SAF=33;SAR=50;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918094;STB=0.553823;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0152002;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:67:68:83:83:0.549669:50:33:34:33:50:33:35:33 chr18 25565082 . A G 2942.67 PASS AF=0.989474;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239543;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.004;QD=61.9509;RBI=0.0483354;REFB=-0.115896;REVB=0.0419821;RO=1;SAF=103;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460077;STB=0.500508;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000460691;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:190:190:1:2:188:188:0.989474:85:103:1:0:85:103:1:1 chr18 25570228 . G C 2764.87 PASS AF=0.929648;AO=185;DP=200;FAO=185;FDP=199;FR=.;FRO=14;FSAF=113;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00241258;FXX=0.00499975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.527;QD=55.5752;RBI=0.0079697;REFB=-0.0409834;REVB=0.00759576;RO=14;SAF=113;SAR=72;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353291;STB=0.518611;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000329846;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:200:199:14:14:185:185:0.929648:72:113:5:9:72:113:5:9 chr18 25616451 . A T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00636716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.35;QD=28.0163;RBI=0.00642952;REFB=-0.0215841;REVB=-0.000893329;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122903;STB=0.506771;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0173616;OID=.;OPOS=25616451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:17:13:9:11:17:13:9:11 chr18 28570025 . G T 1585.16 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0052;QD=64.0469;RBI=0.0606268;REFB=0;REVB=0.0216722;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146591;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:47:49:0:0:50:49:0:0 chr18 28586964 . A G 2121.95 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.82;QD=62.8726;RBI=0.0355402;REFB=0;REVB=0.0354103;RO=0;SAF=84;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40109e-05;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:50:84:0:0:51:84:0:0 chr18 28610988 . C T 1209.2 PASS AF=0.903226;AO=83;DP=91;FAO=84;FDP=93;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00726388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1211;QD=52.0087;RBI=0.0117631;REFB=0.0275442;REVB=-0.00925244;RO=5;SAF=41;SAR=42;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328631;STB=0.516125;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.023997;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:93:5:9:83:84:0.903226:42:41:4:1:42:42:6:3 chr18 28611061 . A C,T 2279.21 PASS AF=0.0451613,0.954839;AO=9,143;DP=153;FAO=7,148;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=6,74;FSAR=1,74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103408,0.0278371;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=17.0746,59.2272;QD=58.8183;RBI=0.0447508,0.0500804;REFB=0,0;REVB=0.0435396,0.0416311;RO=0;SAF=8,70;SAR=1,73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.12326e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0754747,0.00427008;OID=.,.;OPOS=28611061,28611061;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:153:155:0:0:9,143:7,148:0.0451613,0.954839:1,73:8,70:0:0:1,74:6,74:0:0 chr18 28611139 . A C 1124.65 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0318197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1754;QD=53.5547;RBI=0.0405949;REFB=-0.0889797;REVB=0.0252081;RO=3;SAF=34;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399456;STB=0.516683;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00224086;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:84:84:3:6:78:78:0.928571:44:34:3:0:44:34:4:2 chr18 28720147 . C T 3285.45 PASS AF=1;AO=211;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835568;FXX=0.0138882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.665;QD=61.6986;RBI=0.0104389;REFB=-0.0979695;REVB=-0.0062572;RO=0;SAF=113;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82455e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47781e-05;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:214:213:0:0:211:213:1:98:113:0:0:100:113:0:0 chr18 28722039 . G A 1436.38 PASS AF=0.980198;AO=97;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0418974;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8813;QD=56.8862;RBI=0.0472419;REFB=-0.00635914;REVB=0.0218266;RO=1;SAF=53;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886502;STB=0.500907;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00027028;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:101:1:2:97:99:0.980198:44:53:1:0:45:54:1:1 chr18 28722103 . T C 1513.29 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261243;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.589;QD=57.6491;RBI=0.0357653;REFB=0;REVB=0.024427;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733226;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:105:0:0:98:105:1:58:40:0:0:58:47:0:0 chr18 28734749 . A G 1190.11 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.85;QD=61.0312;RBI=0.0525227;REFB=0;REVB=-0.00318998;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163172;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:29:46:0:0:30:48:0:0 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 3095.61 PASS AF=0.0336538,0.966346;AO=29,171;DP=208;FAO=7,201;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=2,102;FSAR=5,99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648187,-0.0365815;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.1217,42.923;QD=59.531;RBI=0.125278,0.191056;REFB=0,0;REVB=0.107206,0.187521;RO=2;SAF=2,99;SAR=27,72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0332793,0.0130355;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0819044,0.00885534;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0336538,0.966346:29,171:208:7,201:208:0:2,102:5,99:0:0:5:2:2,99:27,72:0:2 chr18 28968959 . C T 1564.27 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1189;QD=63.8478;RBI=0.06464;REFB=0;REVB=0.0393139;RO=0;SAF=32;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78214e-05;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:65:32:0:0:65:33:0:0 chr18 28986333 . A C 932.78 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422207;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.423;QD=58.2986;RBI=0.0561809;REFB=0;REVB=0.0370636;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139568;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:36:27:0:0:37:27:0:0 chr18 28993183 . A G 655.27 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0019;QD=58.2461;RBI=0.11342;REFB=-0.161473;REVB=0.103644;RO=2;SAF=33;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035337;STB=0.507243;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00389781;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:2:1:42:44:0.977778:9:33:1:1:10:34:1:0 chr18 28993501 . C A 209.62 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.022395;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.3934;QD=39.928;RBI=0.0370883;REFB=-0.14187;REVB=0.0295636;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437188;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0225864;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:21:1:2:18:19:0.904762:10:8:0:1:11:8:1:1 chr18 29055957 . A G 1952.93 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145106;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9039;QD=61.9978;RBI=0.0564845;REFB=0;REVB=0.0545888;RO=0;SAF=81;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.76837e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48721e-05;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:45:81:0:0:45:81:0:0 chr18 29104698 . C T 260.11 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0452106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.055;QD=16.7809;RBI=0.0517784;REFB=-0.000905225;REVB=0.0252391;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158265;STB=0.508891;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000942449;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:21:12:11:18:21:12 chr18 29122799 . G A 176.58 PASS AF=0.473684;AO=13;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00198519;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.447;QD=18.5872;RBI=0.0499827;REFB=-0.0154136;REVB=0.0499432;RO=20;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370619;STB=0.550966;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0198772;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:13:18:0.473684:1:12:15:5:6:12:15:5 chr18 29125854 . A G 315.52 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.021818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.229;QD=25.2419;RBI=0.0271087;REFB=-0.0193362;REVB=0.0160891;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222625;STB=0.623789;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0272059;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:19:9:13:9:19:9:13:9 chr18 29126670 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.489;QD=58.6004;RBI=0.0506979;REFB=0;REVB=0.0377023;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011385;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr18 29178554 . C T 496.88 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00342615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.025;QD=16.5628;RBI=0.0244494;REFB=-0.00764854;REVB=0.0242081;RO=60;SAF=27;SAR=27;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473853;STB=0.549982;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00989591;OID=.;OPOS=29178554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:66:54:54:0.45:27:27:33:27:27:27:39:27 chr18 29339910 . G T 147.91 PASS AF=0.823529;AO=15;DP=18;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00456606;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.972;QD=34.8018;RBI=0.00505899;REFB=0.0234778;REVB=-0.00217819;RO=3;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118736;STB=0.571332;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0028487;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:18:17:3:3:15:14:0.823529:5:10:3:0:5:9:3:0 chr18 29410479 . T A 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0148511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.446;QD=17.2231;RBI=0.0160796;REFB=-0.0124876;REVB=-0.00616417;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414206;STB=0.523241;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00807392;OID=.;OPOS=29410479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:15:21:20:12:15:21 chr18 29497573 . A G 1389.0 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.135;QD=61.7334;RBI=0.0392147;REFB=-0.0434866;REVB=0.0332764;RO=1;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036703;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:90:1:0:88:90:1:37:51:0:1:39:51:0:0 chr18 29710880 . A AAG 1033.57 PASS AF=0.903614;AO=68;DP=86;FAO=75;FDP=83;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0224795;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=2;MLLD=320.493;QD=49.8105;RBI=0.0237651;REFB=-0.000552645;REVB=-0.00771045;RO=10;SAF=29;SAR=39;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666484;STB=0.515294;STBP=0.41;TYPE=ins;VARB=-0.00039501;OID=.;OPOS=29710881;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903614:68:86:75:83:8:35:40:5:3:32:10:29:39:7:3 chr18 29788107 . G A 707.97 PASS AF=0.522727;AO=68;DP=132;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0160622;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.937;QD=21.4535;RBI=0.0550186;REFB=0.0012331;REVB=-0.0526218;RO=62;SAF=28;SAR=40;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119499;STB=0.557382;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00122841;OID=.;OPOS=29788107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:62:63:68:69:0.522727:40:28:34:28:40:29:34:29 chr18 29795076 . T C 418.71 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0120894;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.62;QD=14.1935;RBI=0.0195376;REFB=0.00206261;REVB=0.0153481;RO=64;SAF=28;SAR=20;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109286;STB=0.518998;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00331883;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:70:48:48:0.40678:20:28:38:26:20:28:43:27 chr18 29795101 . T C 1696.29 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.822;QD=60.582;RBI=0.063568;REFB=0;REVB=0.0614096;RO=0;SAF=68;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45057e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:41:68:0:0:44:68:0:0 chr18 29797921 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.018048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.425;QD=17.0591;RBI=0.026287;REFB=-0.0154707;REVB=0.0191122;RO=38;SAF=10;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151342;STB=0.585243;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.014255;OID=.;OPOS=29797921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:23:10:17:21:23:10:17:21 chr18 29848028 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0123002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.461;QD=18.7119;RBI=0.0125052;REFB=0.00558729;REVB=0.00225519;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197068;STB=0.612662;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00518927;OID=.;OPOS=29848028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:10:9:5:13:10:9 chr18 30253010 . TA CA,T,TCA 425.28 PASS AF=0.0454545,0.121212,0.530303;AO=7,7,29;DP=66;FAO=3,8,35;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0,27;FSAR=2,8,8;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0245844,0.112689,0.0421543;FXX=0.0149231;HRUN=4,2,0;LEN=1,1,1;MLLD=81.5863,17.8631,77.9834;QD=25.7745;RBI=0.0263356,0.125848,0.0427003;REFB=0.0049914,-0.0108518,-0.00816915;REVB=-0.00944321,0.0560275,-0.00680632;RO=19;SAF=4,0,23;SAR=3,7,6;SRF=16;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.352803,-0.823208,-0.0557211;STB=0.876604,0.999017,0.54235;STBP=0.534,0,0.509;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.00932454,-0.0425099,0.0154794;OID=.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011;OREF=T,A,-;OALT=C,-,C;OMAPALT=CA,T,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:66:66:19:20:7,7,29:3,8,35:0.0454545,0.121212,0.530303:3,7,6:4,0,23:16:3:2,8,8:1,0,27:17:3 chr18 30563247 . GAAAA GAAA,GAAAT 39.72 PASS AF=0.175439,0;AO=10,7;DP=57;FAO=10,0;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.116819,-0.151694;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.5958,22.6036;QD=2.78715;RBI=0.18039,0.152565;REFB=-0.0538451,-0.0400014;REVB=-0.137454,-0.0162762;RO=36;SAF=4,7;SAR=6,0;SRF=18;SRR=18;SSEN=0.36,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122344,0.686626;STB=0.657232,0.5;STBP=0.302,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00145992,0.120511;OID=.,.;OPOS=30563248,30563251;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175439,0:10,7:57:10,0:57:47:4,0:6,0:28:19:40:36:4,7:6,0:18:18 chr18 30804756 . C T 779.27 PASS AF=0.893939;AO=62;DP=65;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0682788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0345;QD=47.2287;RBI=0.0825727;REFB=-0.023514;REVB=-0.0464356;RO=2;SAF=36;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487824;STB=0.502392;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00278547;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:66:2:7:62:59:0.893939:26:36:1:1:24:35:4:3 chr18 30804758 . A C 389.1 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00553285;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.731;QD=23.5818;RBI=0.0221009;REFB=-0.0197455;REVB=-0.0213972;RO=28;SAF=25;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100784;STB=0.555526;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0124842;OID=.;OPOS=30804758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:13:25:15:13:13:25:15:13 chr18 30846895 . A T 1510.25 PASS AF=1;AO=90;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190662;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.173;QD=59.2254;RBI=0.0273393;REFB=0;REVB=-0.0195938;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425105;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:90:102:1:52:38:0:0:55:47:0:0 chr18 30847180 . C T 471.47 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00154729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.5;QD=18.3096;RBI=0.00198843;REFB=-0.0041458;REVB=-0.0012489;RO=53;SAF=33;SAR=17;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568161;STB=0.531568;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00372124;OID=.;OPOS=30847180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:17:33:32:21:17:33:32:21 chr18 30908046 . GA G,GT,TG 283.37 PASS AF=0.565217,0.304348,0.130435;AO=6,14,4;DP=24;FAO=13,7,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8,4,0;FSAR=5,3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984448,0.00938625,0.000631964;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=173.157,172.775,114.233;QD=49.2809;RBI=0.0115383,0.0118646,0.00172882;REFB=0,0,0;REVB=-0.00601813,0.00725727,0.00160917;RO=0;SAF=2,9,1;SAR=4,5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00566039,0.00739383,0.0178452;OID=.,.,.;OPOS=30908047,30908047,30908046;OREF=A,A,GA;OALT=-,T,TG;OMAPALT=G,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:24:23:0:0:6,14,4:13,7,3:0.565217,0.304348,0.130435:4,5,3:2,9,1:0:0:5,3,3:8,4,0:0:0 chr18 31320229 . A G 458.0 PASS AF=0.489362;AO=44;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0200677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7781;QD=19.4892;RBI=0.069166;REFB=-0.0430267;REVB=0.0661909;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210903;STB=0.501906;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0498348;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:48:44:46:0.489362:18:26:25:19:19:27:28:20 chr18 31324934 . A G 219.47 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0177769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.546;QD=18.2891;RBI=0.0243521;REFB=-0.00716528;REVB=0.0166436;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125413;STB=0.555504;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00748018;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:26:21:22:0.458333:14:7:11:13:14:8:12:14 chr18 32834095 . T C 427.89 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00648967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.72;QD=19.4496;RBI=0.116033;REFB=-0.0198069;REVB=0.115851;RO=43;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637939;STB=0.512815;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0136306;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:45:43:43:0.488636:18:25:22:21:19:24:24:21 chr18 32834186 . T G 163.61 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0497154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7418;QD=13.356;RBI=0.0680535;REFB=-0.0114909;REVB=0.0464722;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179866;STB=0.591738;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0197735;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:9:9:20:10:9:9:20:11 chr18 32889193 . C T 540.05 PASS AF=0.504505;AO=55;DP=110;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0160649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.81;QD=19.4613;RBI=0.0163625;REFB=-0.0349889;REVB=-0.00310663;RO=55;SAF=31;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166722;STB=0.513084;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0281041;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:55:55:55:56:0.504505:24:31:30:25:24:32:30:25 chr18 32916162 . T C 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0016501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.619;QD=7.27378;RBI=0.00776793;REFB=-0.00187977;REVB=0.00759065;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00554727;OID=.;OPOS=32916162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:4:7:21:12:4:7:21:12 chr18 32917644 . T C 231.32 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0225673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.16;QD=18.883;RBI=0.041061;REFB=-0.0264459;REVB=0.0343033;RO=26;SAF=20;SAR=3;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174197;STB=0.599902;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0323081;OID=.;OPOS=32917644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:3:20:20:6:3:20:20:6 chr18 32947616 . A ATTTTAT,T 591.51 PASS AF=0.914894,0;AO=32,5;DP=47;FAO=43,0;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=24,0;FSAR=19,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00129806,0.00122734;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=6,1;MLLD=251.429,47.5839;QD=50.3414;RBI=0.0190642,0.0270849;REFB=-0.000168821,0.00319784;REVB=-0.0190199,-0.0270571;RO=6;SAF=19,0;SAR=13,5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0738963,-0.791225;STB=0.516609,0.5;STBP=0.49,1;TYPE=ins,snp;VARB=-1.16808e-06,0;OID=.,.;OPOS=32947617,32947616;OREF=-,A;OALT=TTTTAT,T;OMAPALT=ATTTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:47:47:6:4:32,5:43,0:0.914894,0:13,5:19,0:5:1:19,0:24,0:3:1 chr18 33290678 . C CTGAT 333.01 PASS AF=0.369369;AO=39;DP=112;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0181104;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=4;MLLD=279.929;QD=12.0003;RBI=0.021853;REFB=-0.00530922;REVB=0.0122298;RO=70;SAF=15;SAR=24;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313028;STB=0.672135;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.00917648;OID=.;OPOS=33290679;OREF=-;OALT=TGAT;OMAPALT=CTGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369369:39:112:41:111:70:16:25:47:23:99:70:15:24:47:23 chr18 33557466 . A G 439.43 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00346401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.597;QD=15.8353;RBI=0.00396653;REFB=0.0055564;REVB=0.00193235;RO=62;SAF=21;SAR=28;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198112;STB=0.610643;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00787385;OID=.;OPOS=33557466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:28:21:39:23:28:21:39:23 chr18 33647254 . A C 619.79 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.175;QD=59.0277;RBI=0.0210507;REFB=-0.0410084;REVB=0.0124264;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000759562;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:41:41:0.97619:19:22:0:0:19:22:0:1 chr18 33706614 . C G 1626.63 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245133;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.415;QD=60.2456;RBI=0.0545382;REFB=0;REVB=0.054483;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33395e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:105:108:1:45:60:0:0:46:62:0:0 chr18 33721325 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5305;QD=58.5852;RBI=0.0668102;REFB=0;REVB=0.0534117;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923608;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr18 33721376 . G C 310.29 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100894;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.902;QD=53.9632;RBI=0.0397287;REFB=0;REVB=0.0384262;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31084e-05;OID=.;OPOS=33721376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:24:23:1:7:17:0:0:7:16:0:0 chr18 33779821 . C A 1687.4 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6634;QD=60.2643;RBI=0.0171514;REFB=0;REVB=-0.0129533;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029987;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:49:62:0:0:49:63:0:0 chr18 33779855 . C T 1089.53 PASS AF=0.926829;AO=76;DP=82;FAO=76;FDP=82;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000867875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.734;QD=53.1479;RBI=0.0125775;REFB=-0.155422;REVB=-0.0125475;RO=6;SAF=45;SAR=31;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106821;STB=0.505658;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00177298;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:82:82:6:6:76:76:0.926829:31:45:4:2:31:45:4:2 chr18 33779896 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.462;QD=59.3229;RBI=0.026444;REFB=0;REVB=-0.00872463;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35252e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr18 33780020 . A G 900.72 PASS AF=1;AO=42;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1782;QD=57.1884;RBI=0.0147165;REFB=0;REVB=0.0132806;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525945;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:42:63:1:14:28:0:0:22:41:0:0 chr18 33780021 . C G 148.21 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0509384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.2625;QD=9.40989;RBI=0.071408;REFB=-0.0841035;REVB=0.0500439;RO=43;SAF=12;SAR=8;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918218;STB=0.554002;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0264717;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:8:12:29:14:8:12:29:14 chr18 33785093 . G A 1448.82 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160608;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.04;QD=62.9921;RBI=0.0328421;REFB=0;REVB=0.0286471;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56286e-05;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:47:43:0:0:49:43:0:0 chr18 33785185 . A G 1212.82 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.918;QD=59.8922;RBI=0.023069;REFB=0.0611194;REVB=-0.0205283;RO=1;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101822;STB=0.505375;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000362977;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:46:34:0:1:46:34:0:1 chr18 33848581 . T C 444.0 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.0134599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.079;QD=16.4445;RBI=0.0197312;REFB=-0.0190304;REVB=0.0144274;RO=59;SAF=14;SAR=35;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425574;STB=0.5238;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0190073;OID=.;OPOS=33848581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:35:14:19:40:35:14:19:40 chr18 34156497 . A G 1040.12 PASS AF=0.6;AO=96;DP=162;FAO=96;FDP=160;FR=.;FRO=64;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00407624;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.52;QD=26.003;RBI=0.02433;REFB=-0.0126589;REVB=0.0239861;RO=63;SAF=52;SAR=44;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595692;STB=0.535446;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00669162;OID=.;OPOS=34156497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:63:64:96:96:0.6:44:52:29:34:44:52:29:35 chr18 34310668 . C T 666.19 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00386802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.503;QD=22.5828;RBI=0.0461996;REFB=-0.00432952;REVB=-0.0460374;RO=53;SAF=27;SAR=38;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12425;STB=0.568036;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00452127;OID=.;OPOS=34310668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:38:27:30:23:38:27:30:23 chr18 34324091 . G A 525.49 PASS AF=0.576471;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0195444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6935;QD=24.7289;RBI=0.0195452;REFB=-0.00523419;REVB=-0.000172688;RO=36;SAF=34;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880159;STB=0.539961;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00259172;OID=.;OPOS=34324091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:36:36:48:49:0.576471:14:34:22:14:15:34:22:14 chr18 34824102 . A AT,T 261.72 PASS AF=0.25,0;AO=31,15;DP=276;FAO=66,0;FDP=264;FR=.;FRO=198;FSAF=43,0;FSAR=23,0;FSRF=133;FSRR=65;FWDB=-0.167764,-0.00968936;FXX=0.0258293;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.8529,250.497;QD=3.96545;RBI=0.167764,0.00970575;REFB=-0.0475392,-0.00862033;REVB=-0.000328002,0.00056372;RO=218;SAF=20,12;SAR=11,3;SRF=147;SRR=71;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.040938,0.16326;STB=0.516849,0.5;STBP=0.767,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0904349,0;OID=.,.;OPOS=34824103,34824102;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:264:218:198:31,15:66,0:0.25,0:11,3:20,12:147:71:23,0:43,0:133:65 chr18 34824530 . G T 76.41 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=106;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-0.00265262;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.334;QD=2.99632;RBI=0.0213057;REFB=-0.00241938;REVB=0.0211399;RO=74;SAF=3;SAR=15;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521915;STB=0.867896;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0272429;OID=.;OPOS=34824530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:106:102:74:84:18:18:0.176471:15:3:43:31:15:3:55:29 chr18 34824537 . T G 46.74 PASS AF=0.10084;AO=12;DP=119;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.0218498;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=246.526;QD=1.57099;RBI=0.0232908;REFB=-0.00120874;REVB=-0.00806518;RO=104;SAF=2;SAR=10;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45037;STB=0.839664;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00605263;OID=.;OPOS=34824537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:119:119:104:107:12:12:0.10084:10:2:57:47:10:2:59:48 chr18 34824539 . G GT,T 115.35 PASS AF=0.333333,0.00925926;AO=13,32;DP=121;FAO=36,1;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=17,1;FSAR=19,0;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0904419,0.00528028;FXX=0.135989;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.20804,185.788;QD=4.27239;RBI=0.222995,0.0189366;REFB=-0.10218,-0.00714626;REVB=-0.203831,-0.0181855;RO=69;SAF=4,16;SAR=9,16;SRF=40;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.332891,-0.0933389;STB=0.560236,0.988853;STBP=0.362,0.464;TYPE=ins,snp;VARB=0.0654882,0.0375012;OID=.,.;OPOS=34824540,34824539;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:108:69:71:13,32:36,1:0.333333,0.00925926:9,16:4,16:40:29:19,0:17,1:40:31 chr18 39761310 . A G 1671.32 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0293279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.821;QD=57.6316;RBI=0.0439467;REFB=-0.0940857;REVB=0.032729;RO=3;SAF=49;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281805;STB=0.514849;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00051237;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:113:113:0.974138:64:49:3:0:64:49:3:0 chr18 39761342 . C T 348.14 PASS AF=0.4;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0200326;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.63;QD=14.6587;RBI=0.0215792;REFB=0.00279973;REVB=0.00802226;RO=55;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109436;STB=0.578471;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00530747;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:57:37:38:0.4:17:20:24:31:17:21:24:33 chr18 40323497 . G T 447.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.533;QD=57.7829;RBI=0.0255184;REFB=0;REVB=-0.00324718;RO=0;SAF=27;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19428e-05;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:2:27:0:0:2:29:0:0 chr18 42456653 . G A,T 1065.13 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=68,3;DP=71;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=16,3;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294745,-0.00729972;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.5827,129.227;QD=58.3633;RBI=0.030346,0.0272579;REFB=0,0;REVB=-0.00722035,-0.0262623;RO=0;SAF=14,3;SAR=54,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.42547e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00317185,0.135957;OID=.,.;OPOS=42456653,42456653;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:73:0:0:68,3:70,3:0.958904,0.0410959:54,0:14,3:0:0:54,0:16,3:0:0 chr18 42456670 . C CTCTT,T 926.49 PASS AF=0.784615,0.215385;AO=47,14;DP=74;FAO=51,14;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=34,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459835,-0.00523931;FXX=0.0972087;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=240.301,55.8318;QD=57.015;RBI=0.0461563,0.0101428;REFB=0,0;REVB=-0.00398992,0.00868481;RO=12;SAF=16,2;SAR=31,12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0386732,-0.152821;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0072557,0.0745031;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:88:74:65:12:0:47,14:51,14:0.784615,0.215385:31,12:16,2:3:9:34,12:17,2:0:0 chr18 42456671 . A T 36.38 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=-0.0157366;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.075;QD=1.99325;RBI=0.0374924;REFB=-0.000690712;REVB=-0.0340299;RO=65;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622527;STB=0.547702;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0503238;OID=.;OPOS=42456671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:6:2:19:46:6:2:19:46 chr18 42532606 . G A 1951.67 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.471;QD=61.9577;RBI=0.0118796;REFB=0;REVB=0.00730117;RO=0;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72082e-06;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:69:57:0:0:69:57:0:0 chr18 42533130 . A G 1153.12 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.036;QD=60.6904;RBI=0.0235343;REFB=0;REVB=0.0193027;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58829e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:33:43:0:0 chr18 43206985 . A G 721.73 PASS AF=0.455621;AO=76;DP=168;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0235228;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.671;QD=17.0824;RBI=0.0249049;REFB=-0.0033531;REVB=-0.00818126;RO=90;SAF=33;SAR=43;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101566;STB=0.502258;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00316188;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:90:92:76:77:0.455621:43:33:40:50:43:34:41:51 chr18 43246156 . G A 461.15 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.013652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.209;QD=18.8226;RBI=0.0218268;REFB=-0.0060866;REVB=-0.0170304;RO=51;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221936;STB=0.516765;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00705705;OID=.;OPOS=43246156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:51:52:46:46:0.469388:26:20:21:30:26:20:21:31 chr18 43247001 . C G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4199;QD=56.9376;RBI=0.0288902;REFB=0;REVB=0.01929;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025117;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr18 43262359 . G A 387.1 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0549135;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4517;QD=17.7976;RBI=0.063436;REFB=-0.0018323;REVB=-0.0317589;RO=46;SAF=6;SAR=34;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349878;STB=0.707079;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00235817;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:47:40:40:0.45977:34:6:19:27:34:6:20:27 chr18 43307246 . C T 308.3 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00354187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.125;QD=15.8101;RBI=0.134575;REFB=-0.0139313;REVB=-0.134528;RO=43;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102907;STB=0.566462;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0161147;OID=.;OPOS=43307246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:44:34:34:0.435897:11:23:25:18:11:23:25:19 chr18 43307338 . C A 424.55 PASS AF=0.505747;AO=38;DP=81;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00610824;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.45;QD=19.5195;RBI=0.00715394;REFB=-0.0415808;REVB=0.003724;RO=41;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131618;STB=0.539918;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0333501;OID=.;OPOS=43307338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:87:41:43:38:44:0.505747:18:20:21:20:18:26:22:21 chr18 43316538 . A G 487.9 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0383426;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.87;QD=21.4463;RBI=0.0384266;REFB=-0.020879;REVB=-0.00253954;RO=44;SAF=9;SAR=38;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13255;STB=0.573748;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0162625;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:38:9:13:31:38:9:13:31 chr18 43319519 . G A 429.91 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.014811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5632;QD=22.6269;RBI=0.0484598;REFB=-0.0035263;REVB=0.0461409;RO=34;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102716;STB=0.556589;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00276475;OID=.;OPOS=43319519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:17:25:16:18:17:25:16:18 chr18 43416974 . T A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0248328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.901;QD=13.3417;RBI=0.0250767;REFB=-0.00456257;REVB=0.00348906;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15937;STB=0.591897;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00529822;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:13:8:17:15:13:8:17:15 chr18 43420177 . G A 192.21 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00697138;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.058;QD=13.2555;RBI=0.00753022;REFB=-0.0402435;REVB=-0.00284677;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183309;STB=0.650443;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0445912;OID=.;OPOS=43420177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:35:22:23:0.396552:6:16:17:13:6:17:18:17 chr18 43497710 . A G 542.45 PASS AF=0.847826;AO=38;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0326257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.987;QD=47.1692;RBI=0.0361249;REFB=-0.03431;REVB=0.0155104;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530711;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00693607;OID=.;OPOS=43497710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:0:7:38:39:0.847826:19:19:0:0:19:20:5:2 chr18 43547127 . TGG T,TG 434.08 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=6,37;DP=50;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639002,-0.117219;FXX=0.0961354;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=11.0406,15.1895;QD=36.9431;RBI=0.0889171,0.170604;REFB=-0.0138434,-0.00793537;REVB=-0.0618306,-0.123958;RO=1;SAF=4,20;SAR=2,17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.47619,0.47619;SSEP=0,0;SSSB=0.171372,0.0267496;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0651541,-0.0165646;OID=.,.;OPOS=43547128,43547128;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0212766,0.978723:6,37:50:1,46:47:0:1,25:0,21:0:0:4:1:4,20:2,17:0:1 chr18 43671668 . C G 378.76 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.04163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.679;QD=33.6674;RBI=0.0428906;REFB=-0.00185938;REVB=0.0103219;RO=14;SAF=21;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110461;STB=0.560399;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00151056;OID=.;OPOS=43671668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:10:21:7:7:10:21:7:7 chr18 43833701 . T TCTG 1506.05 PASS AF=0.873016;AO=108;DP=127;FAO=110;FDP=126;FR=.;FRO=16;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0130345;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.68;QD=47.811;RBI=0.0187219;REFB=-0.0435991;REVB=-0.0134392;RO=17;SAF=53;SAR=55;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853004;STB=0.548694;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.00520935;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.873016:108:127:110:126:16:54:56:14:2:70:17:53:55:14:3 chr18 43843736 . T G 598.64 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390745;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2672;QD=61.3987;RBI=0.0824214;REFB=0;REVB=0.0725704;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177351;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr18 44035968 . A AG 47.97 PASS AF=0.25974;AO=25;DP=76;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0384318;FXX=0.0128189;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.1334;QD=2.49205;RBI=0.0773576;REFB=-0.0181703;REVB=-0.0671357;RO=46;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115294;STB=0.618439;STBP=0.207;TYPE=ins;VARB=0.187993;OID=.;OPOS=44035969;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25974:25:76:20:77:57:12:8:25:32:47:46:14:11:21:25 chr18 44040177 . C T 39.45 PASS AF=0.0701754;AO=8;DP=112;FAO=8;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.00536842;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.768;QD=1.38408;RBI=0.00818463;REFB=-0.000605087;REVB=-0.00617804;RO=89;SAF=3;SAR=5;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290791;STB=0.669919;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0138962;OID=.;OPOS=44040177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:112:114:89:103:8:8:0.0701754:5:3:57:32:5:3:58:45 chr18 44040330 . C A,CA 68.65 PASS AF=0,0.294118;AO=15,22;DP=110;FAO=0,30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=0,18;FSAR=0,12;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00631725,-0.171855;FXX=0.0285687;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=218.547,8.44172;QD=2.69198;RBI=0.0082552,0.192753;REFB=-0.00882522,-0.132912;REVB=-0.0053142,-0.0872899;RO=70;SAF=13,11;SAR=2,11;SRF=37;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.474974,-0.0354492;STB=0.5,0.512187;STBP=1,0.894;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.189185;OID=.,.;OPOS=44040330,44040331;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:110:102:70:72:15,22:0,30:0,0.294118:2,11:13,11:37:33:0,12:0,18:42:30 chr18 44040660 . T C 403.88 PASS AF=0.555556;AO=41;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0147729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.571;QD=22.4377;RBI=0.0484552;REFB=-0.00238631;REVB=0.0461483;RO=30;SAF=26;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158457;STB=0.571392;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00188237;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:32:41:40:0.555556:15:26:13:17:15:25:15:17 chr18 44063598 . G A 1010.48 PASS AF=0.470852;AO=105;DP=223;FAO=105;FDP=223;FR=.;FRO=118;FSAF=70;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.0124263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9537;QD=18.1251;RBI=0.0127836;REFB=-0.0110475;REVB=0.00300155;RO=118;SAF=70;SAR=35;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151934;STB=0.58411;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0114318;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:118:118:105:105:0.470852:35:70:61:57:35:70:61:57 chr18 44126909 . T C 1734.59 PASS AF=1;AO=99;DP=117;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354175;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.328;QD=60.8629;RBI=0.0521406;REFB=0;REVB=0.0382655;RO=0;SAF=65;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043282;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:114:0:0:99:114:1:34:65:0:0:46:68:0:0 chr18 44135143 . T C 752.2 PASS AF=0.506944;AO=72;DP=143;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0121249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.603;QD=20.8946;RBI=0.0126948;REFB=-0.015669;REVB=-0.00376123;RO=68;SAF=34;SAR=38;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275619;STB=0.514211;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0153148;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:68:71:72:73:0.506944:38:34:30:38:38:35:32:39 chr18 44560300 . C T 303.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3096;QD=52.7382;RBI=0.0831367;REFB=0;REVB=-0.000443799;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132888;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr18 44560429 . C A 769.34 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.197;QD=62.8033;RBI=0.0607727;REFB=0;REVB=0.0606367;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168509;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:15:30:0:0:17:32:0:0 chr18 44560875 . C A 1434.29 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.119;QD=63.0456;RBI=0.024861;REFB=0;REVB=0.0107;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50412e-05;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:36:53:0:0:37:54:0:0 chr18 44561100 . C G 138.99 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00204666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8453;QD=39.7106;RBI=0.0502609;REFB=-0.144151;REVB=0.0502192;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571311;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00681463;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:14:14:1:1:13:13:0.928571:3:10:0:1:3:10:0:1 chr18 44561516 . C G 115.94 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0832;QD=42.161;RBI=0.108093;REFB=0;REVB=-0.0967766;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00757456;OID=.;OPOS=44561516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr18 44561795 . C T 398.5 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275885;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.694;QD=56.9284;RBI=0.0284962;REFB=0;REVB=0.00713516;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990353;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr18 44585955 . G A 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.361;QD=57.3825;RBI=0.0222245;REFB=0;REVB=-0.0188858;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10441e-05;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr18 45696158 . G A 607.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.603;QD=60.7296;RBI=0.0729584;REFB=0;REVB=-0.00221085;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57687e-05;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:22:14:0:0:23:17:0:0 chr18 45696204 . T C 775.23 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.404;QD=63.2841;RBI=0.0418971;REFB=0;REVB=-0.00783779;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433705;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr18 45696256 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.509;QD=61.6832;RBI=0.014505;REFB=0;REVB=0.0104168;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8887e-05;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr18 45711740 . T C 602.18 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00989286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.576;QD=26.4693;RBI=0.0162309;REFB=-0.0150108;REVB=0.0128675;RO=36;SAF=17;SAR=36;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129965;STB=0.504465;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0102397;OID=.;OPOS=45711740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:37:53:54:0.593407:36:17:11:25:37:17:12:25 chr18 46001932 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.003;QD=63.3368;RBI=0.00649719;REFB=0;REVB=0.00620044;RO=0;SAF=84;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98245e-06;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:9:84:0:0:9:84:0:0 chr18 46284587 . T C 1154.66 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452922;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5372;QD=60.7715;RBI=0.0486407;REFB=0;REVB=0.0177352;RO=0;SAF=54;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9182e-05;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:21:54:0:0:22:54:0:0 chr18 46343666 . C T 179.63 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0547561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4158;QD=15.6195;RBI=0.0547808;REFB=0.000799195;REVB=0.00164341;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102876;STB=0.559429;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000731582;OID=.;OPOS=46343666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:11:16:13:6:11:16 chr18 46446589 . T C 489.43 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00395619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1572;QD=15.5374;RBI=0.00568728;REFB=-0.0172448;REVB=0.0040858;RO=72;SAF=36;SAR=18;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232161;STB=0.630385;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0240768;OID=.;OPOS=46446589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:18:36:32:40:18:36:32:40 chr18 46468946 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.181;QD=59.1432;RBI=0.0434649;REFB=0;REVB=0.0314581;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53676e-05;OID=.;OPOS=46468946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:34:32:1:0:34:33:0:0 chr18 46474746 . C T 122.63 PASS AF=0.3125;AO=13;DP=46;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0287249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.102;QD=10.219;RBI=0.0288058;REFB=-0.0117297;REVB=0.00215744;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13111;STB=0.59988;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0162501;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:32:33:13:15:0.3125:4:9:25:7:5:10:26:7 chr18 46545924 . A G 3174.57 PASS AF=1;AO=196;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316924;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.591;QD=63.8104;RBI=0.0323935;REFB=-0.0730418;REVB=0.00670303;RO=1;SAF=113;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108585;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:199:1:0:196:199:1:83:113:1:0:84:115:0:0 chr18 47093864 . C T 604.49 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0183401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.272;QD=16.013;RBI=0.0199016;REFB=-0.0477673;REVB=0.00772752;RO=83;SAF=38;SAR=28;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10629;STB=0.566002;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0539341;OID=.;OPOS=47093864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:83:85:66:66:0.437086:28:38:39:44:28:38:39:46 chr18 47313647 . A C 67.92 PASS AF=0.0891473;AO=17;DP=247;FAO=23;FDP=258;FR=.;FRO=235;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=177;FWDB=0.000488478;FXX=0;HRUN=23;LEN=1;MLLD=172.54;QD=1.05305;RBI=0.000502215;REFB=0.000568321;REVB=0.000116659;RO=223;SAF=14;SAR=3;SRF=54;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586917;STB=0.938718;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00625179;OID=.;OPOS=47313647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:247:258:223:235:17:23:0.0891473:3:14:54:169:3:20:58:177 chr18 47352639 . A C 30.85 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00298943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.463;QD=1.37089;RBI=0.00320309;REFB=-0.00287163;REVB=0.00115025;RO=81;SAF=2;SAR=6;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29338;STB=0.740964;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.033904;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:81:82:8:8:0.0888889:6:2:41:40:6:2:42:40 chr18 47369758 . C T 734.77 PASS AF=0.578512;AO=65;DP=116;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0216782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.259;QD=24.29;RBI=0.0219947;REFB=-0.0183088;REVB=0.00371842;RO=50;SAF=17;SAR=48;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293508;STB=0.637437;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0118726;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:121:50:51:65:70:0.578512:48:17:30:20:49:21:31:20 chr18 47383243 . C T 187.01 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0255395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5437;QD=13.8522;RBI=0.0950603;REFB=-0.0282761;REVB=0.0915652;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956672;STB=0.563701;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0398222;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:12:10:17:14:12:10:18:14 chr18 47500836 . G A 1012.6 PASS AF=0.464602;AO=103;DP=226;FAO=105;FDP=226;FR=.;FRO=121;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=0.00560027;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.128;QD=17.9221;RBI=0.0203509;REFB=-0.0167731;REVB=0.0195652;RO=118;SAF=63;SAR=40;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142614;STB=0.574225;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0154925;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:118:121:103:105:0.464602:40:63:55:63:42:63:56:65 chr18 47563299 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8797;QD=57.5441;RBI=0.0114128;REFB=0;REVB=-0.00872507;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155247;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr18 47733498 . G T 269.32 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0133106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.979;QD=16.5735;RBI=0.0207105;REFB=-0.00378378;REVB=-0.0158667;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.540956;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.004352;OID=.;OPOS=47733498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:35:29:30:0.461538:16:13:18:15:16:14:19:16 chr18 47777244 . C T 852.03 PASS AF=0.447115;AO=90;DP=205;FAO=93;FDP=208;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.00256766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.729;QD=16.3852;RBI=0.00741333;REFB=-0.0284738;REVB=-0.00695446;RO=113;SAF=36;SAR=54;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123785;STB=0.552274;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0357381;OID=.;OPOS=47777244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:208:113:115:90:93:0.447115:54:36:59:54:54:39:59:56 chr18 47777937 . G A 457.71 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0839866;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2326;QD=28.1668;RBI=0.0883182;REFB=-0.00447381;REVB=0.0273194;RO=23;SAF=31;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22387;STB=0.622532;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00445809;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:23:23:42:42:0.646154:11:31:10:13:11:31:10:13 chr18 47795629 . C A 1863.88 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00283755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2764;QD=59.6443;RBI=0.0175856;REFB=-0.0351341;REVB=-0.0173552;RO=2;SAF=87;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758318;STB=0.503992;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000436398;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:36:87:1:1:36:87:1:1 chr18 47801800 . G A 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.005803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5523;QD=19.5221;RBI=0.0859011;REFB=-0.00515848;REVB=0.0857049;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398313;STB=0.728565;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00728807;OID=.;OPOS=47801800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:8:4:11:3:8:4 chr18 47803354 . C T 539.99 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00510894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.117;QD=22.0405;RBI=0.0119607;REFB=-0.00222194;REVB=-0.0108147;RO=47;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856937;STB=0.542356;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00216744;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:47:50:51:0.520408:24:26:29:18:24:27:29:18 chr18 47809871 . G T 215.81 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00546159;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8773;QD=21.0543;RBI=0.0410903;REFB=-0.0279383;REVB=-0.0407257;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110453;STB=0.562003;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0186812;OID=.;OPOS=47809871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:7:13:11:10:7:13 chr18 47810251 . C G 546.27 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0288756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.36;QD=20.2324;RBI=0.0289221;REFB=-0.0340103;REVB=0.00163959;RO=52;SAF=34;SAR=22;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957888;STB=0.552826;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0370976;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:22:34:26:26:22:34:26:26 chr18 47810351 . A G 1172.13 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.097;QD=60.8897;RBI=0.0600841;REFB=0;REVB=0.0599509;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97908e-05;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:72:77:1:29:43:0:0:34:43:0:0 chr18 47811374 . G A 79.89 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0553022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5444;QD=11.0189;RBI=0.0566943;REFB=-0.0264497;REVB=-0.0124867;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272686;STB=0.669074;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.072449;OID=.;OPOS=47811374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:29:17:18:10:11:0.37931:2:8:10:7:2:9:11:7 chr18 47908556 . G A 397.59 PASS AF=0.460674;AO=39;DP=87;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00226668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.137;QD=17.8693;RBI=0.00503528;REFB=0.00312532;REVB=0.00449624;RO=48;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738169;STB=0.557234;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00606103;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:48:48:39:41:0.460674:25:14:14:34:25:16:14:34 chr18 48190412 . C T 771.63 PASS AF=0.423645;AO=86;DP=202;FAO=86;FDP=203;FR=.;FRO=117;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=0.0213321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.527;QD=15.2045;RBI=0.021396;REFB=-0.0162356;REVB=-0.00165164;RO=111;SAF=33;SAR=53;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230461;STB=0.510902;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0252395;OID=.;OPOS=48190412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:111:117:86:86:0.423645:53:33:45:66:53:33:47:70 chr18 48248453 . T C 288.72 PASS AF=0.508197;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0286244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.348;QD=18.9323;RBI=0.0287185;REFB=-0.0354958;REVB=0.00232304;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308283;STB=0.524297;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0243837;OID=.;OPOS=48248453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:29:31:0.508197:15:14:15:14:16:15:16:14 chr18 48256614 . A G 205.44 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.000678735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.037;QD=14.6744;RBI=0.0527541;REFB=-0.0144135;REVB=-0.0527497;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221102;STB=0.624902;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0346746;OID=.;OPOS=48256614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:23:9:12:12:23:9 chr18 48325430 . T G 676.64 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00659692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2136;QD=20.6606;RBI=0.103058;REFB=-0.0299484;REVB=0.102847;RO=62;SAF=38;SAR=29;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451099;STB=0.517778;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0261828;OID=.;OPOS=48325430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:64:67:67:0.51145:29:38:32:30:29:38:34:30 chr18 48327815 . G A 369.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0163393;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.47;QD=14.6468;RBI=0.0163714;REFB=-0.00498864;REVB=-0.00102548;RO=56;SAF=14;SAR=28;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344961;STB=0.503702;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00658044;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:56:59:42:42:0.415842:28:14:17:39:28:14:20:39 chr18 48331553 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6917;QD=57.2363;RBI=0.0540064;REFB=0;REVB=0.0472103;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585714;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr18 48578977 . GT G 37.13 PASS AF=0.357143;AO=16;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0282172;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.49108;QD=3.53605;RBI=0.0890798;REFB=-0.0980767;REVB=-0.0844926;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234155;STB=0.599867;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.12842;OID=.;OPOS=48578978;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:16:42:15:42:27:9:6:12:15:37:21:8:8:10:11 chr18 48723217 . C T 376.89 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.694;QD=55.8361;RBI=0.049874;REFB=0;REVB=0.0481362;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312333;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:6:18:0:0:6:21:0:0 chr18 49072801 . C T 459.5 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0368817;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.065;QD=17.0187;RBI=0.0401849;REFB=0.0129013;REVB=-0.0159553;RO=58;SAF=29;SAR=21;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233006;STB=0.512972;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0174022;OID=.;OPOS=49072801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:58:50:50:0.462963:21:29:35:23:21:29:35:23 chr18 49867224 . T C 4249.47 PASS AF=0.98913;AO=272;DP=275;FAO=273;FDP=276;FR=.;FRO=3;FSAF=118;FSAR=155;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0226067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.974;QD=61.5865;RBI=0.0228093;REFB=-0.0313821;REVB=0.00303337;RO=1;SAF=117;SAR=155;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405779;STB=0.506276;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000366398;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:275:276:1:3:272:273:0.98913:155:117:1:0:155:118:3:0 chr18 50936994 . T C 476.36 PASS AF=0.359756;AO=58;DP=163;FAO=59;FDP=164;FR=.;FRO=105;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=0.00650196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.179;QD=11.6185;RBI=0.0065693;REFB=-0.0160772;REVB=0.000938221;RO=103;SAF=23;SAR=35;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248813;STB=0.644378;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0215832;OID=.;OPOS=50936994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:103:105:58:59:0.359756:35:23:64:39:36:23:65:40 chr18 50942653 . C T 722.86 PASS AF=0.493056;AO=72;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.0223838;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.303;QD=20.0793;RBI=0.0602841;REFB=-0.0270044;REVB=-0.0559744;RO=72;SAF=48;SAR=24;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140957;STB=0.510201;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.016822;OID=.;OPOS=50942653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:73:72:71:0.493056:24:48:47:25:24:47:47:26 chr18 51795957 . GCGACGAC GCGAC,GCGA,GCGGCGAC 909.37 PASS AF=0.935484,0,0.0645161;AO=35,15,5;DP=65;FAO=58,0,4;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0,2;FSAR=29,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729916,-0.00801568,0.0212545;FXX=0.0882223;HRUN=1,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=146.004,158.906,55.5443;QD=58.6691;RBI=0.0919724,0.0219487,0.041519;REFB=0,0,0;REVB=0.0559567,0.0204327,0.0356662;RO=0;SAF=25,0,4;SAR=10,15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.03206e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00306499,0,-0.0105695;OID=.,.,.;OPOS=51795958,51795961,51795960;OREF=CGA,CGAC,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCGAC,GCGA,GCGGCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.935484,0,0.0645161:35,15,5:65:58,0,4:62:0:29,0,2:29,0,2:0:0:16:0:25,0,4:10,15,1:0:0 chr18 51820210 . C G 320.19 PASS AF=0.625;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00305801;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.081;QD=26.6821;RBI=0.0135248;REFB=0.0249803;REVB=0.0131746;RO=18;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113872;STB=0.562459;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0168852;OID=.;OPOS=51820210;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:18:18:30:30:0.625:15:15:12:6:15:15:12:6 chr18 51820805 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.586;QD=56.1911;RBI=0.0827649;REFB=0;REVB=0.00631036;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457784;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr18 52265308 . A C 1207.95 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00982867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4023;QD=57.5213;RBI=0.0173203;REFB=0.0385783;REVB=0.0142615;RO=2;SAF=36;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255771;STB=0.519995;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00453444;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:2:3:81:81:0.964286:45:36:2:0:45:36:3:0 chr18 52265365 . G A 194.87 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0621493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6165;QD=17.3214;RBI=0.0730209;REFB=-0.00510135;REVB=-0.0383343;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156291;STB=0.589196;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00682084;OID=.;OPOS=52265365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:14:11:12:8:14:11 chr18 52570281 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.039;QD=57.1769;RBI=0.0419445;REFB=0;REVB=0.0413315;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29085e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr18 52889967 . T C 138.85 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0147299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.957;QD=7.40548;RBI=0.0148507;REFB=0.00504218;REVB=0.00188975;RO=53;SAF=15;SAR=5;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31017;STB=0.701916;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0175421;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:55:20:20:0.266667:5:15:27:26:5:15:27:28 chr18 52890940 . CTTTTTTT CTTTTTTC,CTTTTTTTCT,CTTTTTTTCTT,CTTTT 278.63 PASS AF=0.114286,0.457143,0,0.285714;AO=3,6,5,4;DP=38;FAO=4,16,0,10;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=4,5,0,5;FSAR=0,11,0,5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00207162,-0.00172349,-0.0032145,0.0634876;FXX=0.102538;HRUN=13,0,0,13;LEN=1,2,3,3;MLLD=190.672,197.905,193.528,10.3182;QD=31.8435;RBI=0.00573732,0.00327271,0.0034533,0.0948011;REFB=-0.0374502,-0.0339834,-0.029746,-0.127168;REVB=0.00535026,0.00278212,0.00126185,0.070403;RO=3;SAF=3,3,1,2;SAR=0,3,4,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.28674,-0.496916,-0.357477;STB=0.5,0.666455,0.5,0.666369;STBP=1,0.019,1,0.094;TYPE=snp,ins,ins,del;VARB=-0.0147422,0.00885122,-0.0106293,0.118263;OID=.,.,.,.;OPOS=52890947,52890947,52890946,52890941;OREF=T,-,-,TTT;OALT=C,TC,TTC,-;OMAPALT=CTTTTTTC,CTTTTTTTCT,CTTTTTTTCTT,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.114286,0.457143,0,0.285714:3,6,5,4:38:4,16,0,10:35:5:4,5,0,5:0,11,0,5:5:0:67:3:3,3,1,2:0,3,4,2:3:0 chr18 52895060 . C CT 71.18 PASS AF=0.5;AO=11;DP=59;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.189444;FXX=0.0943218;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.8579;QD=5.93188;RBI=0.199603;REFB=-0.128405;REVB=-0.0628676;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219045;STB=0.565641;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.167876;OID=.;OPOS=52895061;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:59:24:48:24:10:14:7:17:68:42:5:6:12:30 chr18 52895531 . T C 388.82 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00222659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.198;QD=16.2008;RBI=0.00316183;REFB=-0.0126661;REVB=0.00224488;RO=54;SAF=24;SAR=17;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12429;STB=0.564963;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0166003;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:17:24:25:29:17:24:26:29 chr18 53070914 . G A 241.96 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.017293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.12;QD=12.5694;RBI=0.0218099;REFB=-0.00846797;REVB=-0.01329;RO=47;SAF=13;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11288;STB=0.57087;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0121295;OID=.;OPOS=53070914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:16:13:26:21:16:13:27:21 chr18 53177774 . G C 117.22 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.048024;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4665;QD=19.5361;RBI=0.0530785;REFB=-0.0135487;REVB=-0.0226058;RO=11;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400481;STB=0.732918;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0115189;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:11:11:13:13:0.541667:2:11:5:6:2:11:5:6 chr18 53303101 . C G 1698.91 PASS AF=0.990991;AO=64;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351288;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.57;QD=61.2221;RBI=0.150913;REFB=0;REVB=0.150872;RO=0;SAF=60;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65739e-05;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:111:0:0:64:110:0.990991:4:60:0:0:50:60:0:0 chr18 54293658 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0422153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.995;QD=15.101;RBI=0.0427049;REFB=-0.00748848;REVB=-0.00644809;RO=31;SAF=21;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539224;STB=0.811856;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0148709;OID=.;OPOS=54293658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:3:21:13:18:3:21:13:18 chr18 54339818 . C G 1962.56 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.017611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3136;QD=59.4715;RBI=0.025062;REFB=-0.0174536;REVB=0.0178313;RO=3;SAF=59;SAR=70;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235475;STB=0.512395;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00417518;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:3:3:129:129:0.977273:70:59:3:0:70:59:3:0 chr18 54448778 . G A 398.29 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00521728;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.104;QD=17.5072;RBI=0.0871436;REFB=-0.0294351;REVB=0.0869873;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013922;STB=0.514279;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.034806;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:49:50:41:41:0.450549:17:24:28:21:17:24:28:22 chr18 55019963 . TCACACACACACA TCACA,T 33.87 PASS AF=0.25,0.375;AO=2,3;DP=9;FAO=2,3;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2,3;FSAR=0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00299978,0.00656594;FXX=0.110988;HRUN=1,1;LEN=8,12;MLLD=52.5291,104.619;QD=16.9329;RBI=0.00299978,0.00656594;REFB=-0.00946654,-0.0177792;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0671384,0.134902;OID=.,.;OPOS=55019964,55019964;OREF=CACACACA,CACACACACACA;OALT=-,-;OMAPALT=TCACA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.25,0.375:2,3:9:2,3:8:3:2,3:0,0:3:0:18:0:2,3:0,0:0:0 chr18 55021725 . A C 894.44 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0164483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.814;QD=55.0424;RBI=0.017144;REFB=-0.0225321;REVB=0.00483432;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=3.65921e-05;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:0:2:63:63:0.969231:32:31:0:0:32:31:2:0 chr18 55027334 . G T 715.36 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147857;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9732;QD=57.2289;RBI=0.0409244;REFB=0;REVB=0.03816;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166625;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:18:32:0:0 chr18 55034359 . T C 607.79 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00223032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.96;QD=22.5106;RBI=0.00937065;REFB=-0.0127686;REVB=0.00910136;RO=48;SAF=27;SAR=33;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238414;STB=0.513055;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0105396;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:33:27:23:25:33:27:23:25 chr18 55035072 . C T 119.13 PASS AF=0.326087;AO=13;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=3;FWDB=0.0537101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3666;QD=10.3588;RBI=0.0715638;REFB=0.0231584;REVB=-0.0472928;RO=23;SAF=11;SAR=2;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293783;STB=0.624864;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0581326;OID=.;OPOS=55035072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:31:13:15:0.326087:2:11:22:1:3:12:28:3 chr18 55124087 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.576;QD=47.8224;RBI=0.0886204;REFB=0;REVB=0.0881259;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230858;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr18 55143766 . C T 1213.53 PASS AF=0.987654;AO=77;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427284;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.754;QD=59.9275;RBI=0.0549778;REFB=-0.03453;REVB=0.0345954;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.507245;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000343872;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:77:80:0.987654:32:45:0:1:34:46:0:1 chr18 55144035 . C T 777.76 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00728357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.613;QD=54.5797;RBI=0.0151199;REFB=0.0404812;REVB=-0.01325;RO=1;SAF=16;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285458;STB=0.514281;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-7.25867e-05;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:39:16:1:0:39:17:1:0 chr18 55144045 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9551;QD=57.3851;RBI=0.0486339;REFB=0;REVB=-0.0483376;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363583;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr18 55144748 . G A 2124.56 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0045575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.087;QD=62.0308;RBI=0.0182476;REFB=0.0318277;REVB=0.0176693;RO=1;SAF=71;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664882;STB=0.503496;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-3.46308e-05;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:65:71:1:0:65:71:1:0 chr18 55145575 . C G,T 1120.1 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=70,4;DP=75;FAO=73,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=39,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182773,-0.0214675;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.7419,152.412;QD=59.7388;RBI=0.050366,0.0229214;REFB=0,0;REVB=0.0469327,-0.00803345;RO=0;SAF=33,0;SAR=37,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00695717,0.111958;OID=.,.;OPOS=55145575,55145575;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:75:75:0:0:70,4:73,2:0.973333,0.0266667:37,4:33,0:0:0:39,2:34,0:0:0 chr18 55145765 . G C 724.1 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00240559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.744;QD=59.11;RBI=0.00878248;REFB=-0.0423255;REVB=0.0084466;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058354;STB=0.503104;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000286593;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:27:20:1:1:27:20:1:1 chr18 55145906 . C T 771.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0535;QD=62.9719;RBI=0.0210374;REFB=0;REVB=-0.0125319;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205849;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:37:11:0:0:38:11:0:0 chr18 55146261 . G A 1608.22 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.654;QD=59.0172;RBI=0.0376635;REFB=-0.0548912;REVB=-0.000408129;RO=1;SAF=56;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840107;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000338823;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:52:56:1:0:52:56:1:0 chr18 55150271 . A C 631.95 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.532;QD=61.654;RBI=0.0292529;REFB=0;REVB=0.0151436;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203604;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:11:29:0:0:11:30:0:0 chr18 55151334 . G A 908.79 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011828;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.206;QD=58.6317;RBI=0.0139498;REFB=0;REVB=0.00739575;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4342e-06;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:30:30:0:0:30:32:0:0 chr18 55153371 . T C 551.62 PASS AF=0.95;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.834;QD=55.1618;RBI=0.0280836;REFB=0.0231882;REVB=0.0147924;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519265;STB=0.527763;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00087363;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:40:2:2:36:38:0.95:19:17:2:0:21:17:2:0 chr18 55155489 . A G 1268.11 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350216;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.536;QD=61.859;RBI=0.0352545;REFB=0;REVB=0.00404563;RO=0;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54758e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:27:55:0:0:27:55:0:0 chr18 55155711 . C G 905.23 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.178;QD=56.5765;RBI=0.0145143;REFB=-0.141143;REVB=5.14532e-05;RO=1;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219527;STB=0.511624;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000603058;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:21:42:0:1:21:42:0:1 chr18 55155870 . G A 2115.93 PASS AF=0.992701;AO=133;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0643862;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.615;QD=61.779;RBI=0.0670371;REFB=0.106454;REVB=-0.0186652;RO=1;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714764;STB=0.503759;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000897038;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:133:136:0.992701:66:67:0:1:66:70:0:1 chr18 55158489 . A AATTCTGC 550.42 PASS AF=0.716418;AO=43;DP=68;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0182122;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=7;MLLD=251.103;QD=32.8608;RBI=0.0190771;REFB=-0.0230856;REVB=0.00567907;RO=20;SAF=18;SAR=25;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778355;STB=0.540321;STBP=0.313;TYPE=ins;VARB=0.00895266;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.716418:43:68:48:67:19:21:27:11:8:99:20:18:25:11:9 chr18 55221648 . T C 667.25 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=29;FWDB=-0.0126167;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.989;QD=16.8923;RBI=0.0149779;REFB=-0.010226;REVB=-0.00807195;RO=85;SAF=33;SAR=39;SRF=56;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193895;STB=0.609981;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0118257;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:85:86:72:72:0.455696:39:33:56:29:39:33:57:29 chr18 55226383 . G C 405.2 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.00744288;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4403;QD=16.8833;RBI=0.0171243;REFB=0.0219762;REVB=0.0154223;RO=54;SAF=30;SAR=12;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330358;STB=0.51851;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0303825;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:12:30:40:14:12:30:40:14 chr18 55317676 . C T 683.45 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3738;QD=60.7514;RBI=0.0251873;REFB=0;REVB=-0.0185206;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192558;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:19:24:0:0:21:24:0:0 chr18 55335366 . G T 55.08 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0568584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0249;QD=10.0142;RBI=0.0730883;REFB=0.0258022;REVB=-0.0459241;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477517;STB=0.799127;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0391077;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:7:7:1:7:7:7 chr18 55346232 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0402;QD=55.0986;RBI=0.0378761;REFB=0;REVB=0.0258847;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122198;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr18 55362532 . T G 1510.74 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.538;QD=63.6101;RBI=0.0483731;REFB=0;REVB=0.0249184;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42694e-05;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:55:39:0:0:55:40:0:0 chr18 55364852 . A G 1717.38 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855976;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.663;QD=60.792;RBI=0.0104359;REFB=0;REVB=0.00596982;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00887e-05;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr18 55816791 . G A 609.2 PASS AF=0.413174;AO=68;DP=167;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=-0.00409587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5168;QD=14.5916;RBI=0.0277592;REFB=0.0243952;REVB=0.0274553;RO=99;SAF=38;SAR=30;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290532;STB=0.524491;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0369559;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:99:98:68:69:0.413174:30:38:58:41:31:38:58:40 chr18 56148796 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.236;QD=56.7064;RBI=0.0230906;REFB=0;REVB=0.0180989;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100598;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr18 56149099 . T C 1435.27 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.060093;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.162;QD=57.4108;RBI=0.0605212;REFB=-0.177002;REVB=0.00718668;RO=2;SAF=28;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326721;STB=0.517238;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000805851;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:70:28:2:0:70:28:2:0 chr18 56202418 . T C 313.17 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00144166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9839;QD=50.1072;RBI=0.00439589;REFB=-0.10761;REVB=0.00415276;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00226257;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr18 56202982 . A T 1175.34 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142591;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.506;QD=61.0566;RBI=0.0143567;REFB=0;REVB=0.00167147;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32335e-05;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr18 56203411 . G C 536.94 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00867891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.925;QD=55.071;RBI=0.0094706;REFB=-0.264178;REVB=0.00379062;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.535695;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00498144;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:1:2:37:37:0.948718:13:24:0:1:13:24:0:2 chr18 56203447 . A G 676.71 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9812;QD=60.1521;RBI=0.041571;REFB=-0.0917457;REVB=0.0239818;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.509087;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0014788;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:17:27:0:0:17:27:1:0 chr18 56203891 . G T 786.72 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00706257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.783;QD=55.2081;RBI=0.0416845;REFB=-0.0888773;REVB=0.0410818;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000369519;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:0:1:28:28:0:1 chr18 56203898 . T G 785.73 PASS AF=1;AO=45;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.137;QD=57.1438;RBI=0.0409374;REFB=0;REVB=-0.00366174;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285539;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:45:55:1:29:16:0:0:30:25:0:0 chr18 56204250 . A C 919.54 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2409;QD=58.3838;RBI=0.0297089;REFB=0;REVB=0.0296605;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272845;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr18 56204644 . T G 803.76 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.12;QD=56.4038;RBI=0.0660737;REFB=0;REVB=0.0654621;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279958;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:22:32:0:0:24:33:0:0 chr18 56204747 . G A 1523.13 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00126503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.549;QD=58.5818;RBI=0.00323925;REFB=0.101985;REVB=-0.00298202;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000146618;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:102:103:0.990385:58:44:0:0:59:44:1:0 chr18 56246439 . CTTT CTT,CTTC 789.54 PASS AF=0.383333,0.616667;AO=19,26;DP=60;FAO=23,37;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=10,19;FSAR=13,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918695,0.0271541;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.3973,22.0508;QD=52.6363;RBI=0.152053,0.211301;REFB=0,0;REVB=-0.121162,-0.209548;RO=0;SAF=9,12;SAR=10,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33753e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0527604,0.07099;OID=.,.;OPOS=56246440,56246442;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTT,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.383333,0.616667:19,26:60:23,37:60:0:10,19:13,18:0:0:42:0:9,12:10,14:0:0 chr18 56247180 . T C 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.431;QD=56.9534;RBI=0.0363227;REFB=0;REVB=0.0252308;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015908;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr18 56247567 . A G 505.04 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145372;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.99;QD=59.4164;RBI=0.0146251;REFB=0;REVB=0.00160055;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56662e-05;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr18 56247600 . C A 456.26 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0237399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.009;QD=50.6954;RBI=0.0243897;REFB=-0.0948386;REVB=-0.00559261;RO=2;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118058;STB=0.505297;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00206913;OID=.;OPOS=56247600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:2:3:33:33:0.916667:13:20:1:1:13:20:2:1 chr18 56279025 . T G 875.09 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527218;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.281;QD=57.3828;RBI=0.0295769;REFB=-0.07687;REVB=0.0291032;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95924e-05;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr18 56470255 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7134;QD=39.2062;RBI=0.0170452;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118224;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr18 56887507 . C A 287.82 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00862285;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.275;QD=44.2792;RBI=0.0299616;REFB=-0.0801803;REVB=0.028694;RO=3;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309352;STB=0.516764;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00968568;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:26:3:3:23:23:0.884615:12:11:1:2:12:11:1:2 chr18 56936395 . T C 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0675385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5479;QD=24.3264;RBI=0.0994179;REFB=-0.0207308;REVB=-0.0729552;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.631145;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00155039;OID=.;OPOS=56936395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:1:1:6:1:1:1 chr18 56940307 . G T 226.47 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.104685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5806;QD=23.2272;RBI=0.11411;REFB=-0.0272414;REVB=0.0454106;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365461;STB=0.673103;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0258342;OID=.;OPOS=56940307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:17:20:22:0.564103:5:15:5:11:6:16:6:11 chr18 59166541 . C T 849.51 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.469;QD=57.5939;RBI=0.0184461;REFB=0;REVB=0.0163417;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23764e-05;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr18 59170304 . C G 1440.9 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019805;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.65;QD=61.9743;RBI=0.0239881;REFB=0.0629506;REVB=0.0135348;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000165016;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:44:48:0:0:44:48:1:0 chr18 59805532 . T C 1048.16 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0386738;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7411;QD=56.6575;RBI=0.0513371;REFB=-0.0927411;REVB=0.0337615;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437595;STB=0.502314;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00332071;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:72:72:0.972973:42:30:1:1:42:30:1:1 chr18 59807635 . T C 145.21 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0193941;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.162;QD=23.2329;RBI=0.0313812;REFB=0.0860519;REVB=0.0246708;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162296;STB=0.542318;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00546402;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:8:10:15:15:0.6:9:6:3:5:9:6:3:7 chr18 59810563 . A G 445.27 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00266401;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.104;QD=15.2228;RBI=0.0297175;REFB=-0.0121857;REVB=0.0295978;RO=66;SAF=20;SAR=30;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118331;STB=0.562475;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0158007;OID=.;OPOS=59810563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:67:50:50:0.42735:30:20:34:32:30:20:34:33 chr18 59814268 . G A 1116.81 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.588;QD=60.3683;RBI=0.0318987;REFB=0;REVB=0.0248773;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07717e-05;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:39:32:0:0:39:35:0:0 chr18 59814324 . G C 901.49 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.973;QD=58.1608;RBI=0.0302741;REFB=0;REVB=-0.0100844;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56803e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr18 59821843 . T C 314.4 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0484924;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.9351;QD=19.6501;RBI=0.0487051;REFB=0.00220223;REVB=0.00454674;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130892;STB=0.579001;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00257983;OID=.;OPOS=59821843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:17:16:10:20:17:16:10:21 chr18 59899576 . T C 281.44 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00609145;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.739;QD=16.8024;RBI=0.0115153;REFB=-0.0210706;REVB=0.0097722;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255473;STB=0.642635;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.022609;OID=.;OPOS=59899576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:26:10:17:14:26:10 chr18 60027241 . C T 1477.7 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510087;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.72;QD=63.5571;RBI=0.00750169;REFB=0;REVB=0.00550059;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123066;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr18 60036083 . A G 523.78 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139786;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0553;QD=59.8602;RBI=0.0141768;REFB=0;REVB=-0.00236227;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188909;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr18 60111488 . G A 914.48 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1317;QD=58.0622;RBI=0.0453697;REFB=0;REVB=-0.0366005;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476896;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr18 60191428 . G A 62.18 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9345;QD=35.5327;RBI=0.170992;REFB=0;REVB=0.170847;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131306;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr18 60237388 . A G 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0823;QD=62.6123;RBI=0.0201908;REFB=0;REVB=0.0168666;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02939e-05;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr18 60241732 . C T 663.56 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.035878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.554;QD=53.0848;RBI=0.0359255;REFB=-0.188208;REVB=-0.00184682;RO=3;SAF=41;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081748;STB=0.532452;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00208277;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:50:50:3:5:45:45:0.9:4:41:2:1:4:41:4:1 chr18 60244856 . A G 3458.7 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210038;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.749;QD=62.0395;RBI=0.0512446;REFB=0.0699736;REVB=0.0467424;RO=1;SAF=111;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10001e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:217:223:1:0:216:223:1:105:111:1:0:107:116:0:0 chr18 60562298 . A T 1632.0 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541447;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.057;QD=60.4443;RBI=0.057975;REFB=0;REVB=-0.0207234;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130253;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr18 60795607 . CTTTTTTT CTTTTTTA,CTTTTTT,TCTTTTTT 49.93 PASS AF=0,0.28169,0;AO=4,21,3;DP=72;FAO=0,20,0;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=0,12,0;FSAR=0,8,0;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0196905,-0.0696171,-0.109797;FXX=0.013887;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=73.4925,9.67288,29.465;QD=2.81305;RBI=0.0331335,0.117787,0.130875;REFB=-0.00825316,-0.0849532,-0.0233272;REVB=-0.0266479,-0.0950112,-0.0712255;RO=38;SAF=4,12,2;SAR=0,9,1;SRF=19;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.574832,0.0794425,0.164651;STB=0.5,0.537534,0.5;STBP=1,0.705,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0833706,0;OID=.,.,.;OPOS=60795614,60795608,60795607;OREF=T,T,CT;OALT=A,-,TC;OMAPALT=CTTTTTTA,CTTTTTT,TCTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:72:71:38:51:4,21,3:0,20,0:0,0.28169,0:0,9,1:4,12,2:19:19:0,8,0:0,12,0:28:23 chr18 60985879 . T C 199.45 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0970902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.376;QD=15.6434;RBI=0.0974434;REFB=-0.0109086;REVB=-0.00828895;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13618;STB=0.576942;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0156637;OID=.;OPOS=60985879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:15:7:6:23:15:7:6:23 chr18 61022791 . C T 326.28 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00733612;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.306;QD=29.0028;RBI=0.0119568;REFB=-0.00540855;REVB=-0.00944168;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116859;STB=0.564059;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00344531;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:11:17:13:4:11:17:13:4 chr18 61156606 . G C 399.25 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00361067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7159;QD=19.0117;RBI=0.0225235;REFB=-0.00569799;REVB=0.0222323;RO=42;SAF=24;SAR=16;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886795;STB=0.535299;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00869077;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:43:40:41:0.488095:16:24:29:13:16:25:29:14 chr18 61160287 . T C 650.34 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.00748781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1316;QD=18.9881;RBI=0.0153061;REFB=0.0259497;REVB=-0.0133495;RO=71;SAF=39;SAR=27;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233897;STB=0.629131;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0299808;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:27:39:24:47:27:39:24:47 chr18 61160385 . T C 560.75 PASS AF=0.55;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00552521;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.312;QD=22.43;RBI=0.0273617;REFB=-0.00743807;REVB=0.026798;RO=45;SAF=36;SAR=19;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048583;STB=0.526681;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00918034;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:45:45:55:55:0.55:19:36:27:18:19:36:27:18 chr18 61170721 . T C 573.84 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7373;QD=60.4046;RBI=0.0511086;REFB=0;REVB=0.0410086;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863818;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr18 61170782 . A G 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.325;QD=57.1711;RBI=0.0273352;REFB=0;REVB=0.0271024;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15904e-05;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr18 61170925 . T C 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.722;QD=63.75;RBI=0.0246083;REFB=0;REVB=0.0164294;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31403e-06;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr18 61233907 . C T 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.000732271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4285;QD=21.0134;RBI=0.0424198;REFB=0.0486572;REVB=-0.0424135;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171681;STB=0.596299;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0175879;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:3:10:9:7:3:10 chr18 61234004 . G C 524.66 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0313607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4078;QD=24.1222;RBI=0.0317261;REFB=-0.0107218;REVB=0.00480093;RO=38;SAF=23;SAR=26;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102594;STB=0.556165;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00565586;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:26:23:13:25:26:23:13:25 chr18 61264298 . G A 2385.94 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145;QD=61.1779;RBI=0.0268908;REFB=0;REVB=0.0224298;RO=0;SAF=79;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46824e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31699e-06;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:77:79:0:0:77:79:0:0 chr18 61264468 . C T 1560.53 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00655424;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.658;QD=58.8881;RBI=0.0150802;REFB=-0.137726;REVB=0.0135814;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000187664;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:106:0:1:105:105:0.990566:44:61:0:0:44:61:1:0 chr18 61322995 . T C 939.83 PASS AF=0.525714;AO=92;DP=175;FAO=92;FDP=175;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0351006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.1;QD=21.4819;RBI=0.0352435;REFB=-0.000557399;REVB=-0.0031701;RO=83;SAF=44;SAR=48;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177423;STB=0.509714;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000642668;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:83:83:92:92:0.525714:48:44:38:45:48:44:38:45 chr18 61326597 . A C 740.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372242;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.794;QD=56.983;RBI=0.0372242;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=52;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148519;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:0:52:0:0:0:52:0:0 chr18 61326602 . A G 786.93 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00139911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.761;QD=55.2228;RBI=0.00139911;REFB=-0.0905506;REVB=0;RO=1;SAF=56;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389045;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:0:56:1:0:0:56:1:0 chr18 61326609 . T G 912.97 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0186587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.134;QD=55.3317;RBI=0.045399;REFB=-0.067061;REVB=0.0413875;RO=1;SAF=62;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755798;STB=0.50781;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00073399;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:66:1:2:63:64:0.969697:1:62:1:0:1:63:2:0 chr18 61377579 . A C 1343.45 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0374198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.78;QD=61.0657;RBI=0.0496569;REFB=-0.0689696;REVB=0.032643;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108921;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000764716;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:44:43:1:0:44:43:1:0 chr18 61379838 . T G 1089.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136774;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.169;QD=60.5064;RBI=0.0165798;REFB=0;REVB=0.00937109;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138557;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:42:29:0:0:43:29:0:0 chr18 61383354 . C T 555.13 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00557117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.568;QD=22.4295;RBI=0.00863937;REFB=-0.00603935;REVB=0.00660309;RO=47;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12197;STB=0.567046;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00509721;OID=.;OPOS=61383354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:25:27:31:16:25:27:31:16 chr18 61387312 . G A 1618.7 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.55;QD=59.9519;RBI=0.0283286;REFB=0;REVB=-0.0260183;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77855e-05;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:53:54:0:0:53:55:0:0 chr18 61387333 . T A 1524.86 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.492;QD=59.7984;RBI=0.0332172;REFB=0;REVB=0.0322381;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94014e-05;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:52:50:0:0:52:50:0:0 chr18 61387389 . G A 1096.23 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0602183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.804;QD=58.4657;RBI=0.0603468;REFB=-0.114015;REVB=-0.00393577;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00254327;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:71:74:0.986667:35:36:0:1:35:39:0:1 chr18 61390316 . C A 724.09 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00581149;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.488;QD=59.1091;RBI=0.0073837;REFB=-0.0973568;REVB=-0.00455473;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515618;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.000598592;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:0:2:47:47:0.959184:16:31:0:0:16:31:2:0 chr18 61390332 . C T 825.04 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.176;QD=56.899;RBI=0.0222266;REFB=0;REVB=0.019468;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031954;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:15:42:0:0:16:42:0:0 chr18 61390361 . T C 984.44 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.044;QD=58.7724;RBI=0.0227187;REFB=0;REVB=0.0154744;RO=0;SAF=50;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66038e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:16:50:0:0:17:50:0:0 chr18 61390570 . T G 629.43 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0176788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.341;QD=57.2211;RBI=0.0253197;REFB=-0.00868495;REVB=0.0181259;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390665;STB=0.520823;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=7.12869e-05;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:2:2:41:42:0.954545:18:23:2:0:19:23:2:0 chr18 61564394 . A G 619.25 PASS AF=0.564815;AO=53;DP=102;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0337322;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8962;QD=22.9352;RBI=0.124095;REFB=-0.0798279;REVB=0.119423;RO=49;SAF=35;SAR=18;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190955;STB=0.570612;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0630337;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:49:47:53:61:0.564815:18:35:22:27:24:37:21:26 chr18 61570503 . C G 362.08 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0263254;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6202;QD=12.0692;RBI=0.0344509;REFB=-0.00881182;REVB=0.0222225;RO=74;SAF=28;SAR=16;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182768;STB=0.596854;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0215816;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:120:74:76:44:44:0.366667:16:28:35:39:16:28:37:39 chr18 61570529 . C G 227.17 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00783733;FXX=0.0449388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.543;QD=10.6903;RBI=0.0246693;REFB=-0.00696525;REVB=0.0233913;RO=56;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03259e-08;STB=0.506325;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0174317;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:85:56:57:28:28:0.329412:15:13:26:30:15:13:27:30 chr18 61575213 . T G 1134.78 PASS AF=0.48927;AO=114;DP=233;FAO=114;FDP=233;FR=.;FRO=119;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.0105318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.632;QD=19.4813;RBI=0.0107424;REFB=-0.0150232;REVB=-0.00211655;RO=116;SAF=68;SAR=46;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663383;STB=0.539426;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0176136;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:116:119:114:114:0.48927:46:68:61:55:46:68:62:57 chr18 61575232 . A G 1193.4 PASS AF=0.486056;AO=122;DP=251;FAO=122;FDP=251;FR=.;FRO=129;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=0.0151369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.083;QD=19.0184;RBI=0.0156428;REFB=-0.0106652;REVB=-0.00394625;RO=129;SAF=69;SAR=53;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436189;STB=0.524001;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0128015;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:129:129:122:122:0.486056:53:69:67:62:53:69:67:62 chr18 61582867 . A G 634.14 PASS AF=0.5;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0028947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.791;QD=19.8168;RBI=0.0224734;REFB=-0.00466188;REVB=0.0222862;RO=63;SAF=36;SAR=28;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351734;STB=0.523661;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00666347;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:63:64:64:64:0.5:28:36:33:30:28:36:33:31 chr18 61587053 . G A 372.97 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00290795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.404;QD=17.7606;RBI=0.0098844;REFB=-0.0106459;REVB=-0.00944697;RO=45;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774967;STB=0.54322;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0110473;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:23:16:15:30:23:16:15:30 chr18 61587067 . C T 402.88 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00815547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.859;QD=19.1847;RBI=0.0126301;REFB=-0.00971773;REVB=-0.00964401;RO=42;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055257;STB=0.535299;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0130938;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:43:41:41:0.488095:25:16:14:28:25:16:14:29 chr18 61600384 . C T 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00120349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.123;QD=13.9986;RBI=0.00272105;REFB=-0.0068514;REVB=0.00244043;RO=55;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303073;STB=0.512188;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0135216;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:20:16:26:29:20:16:26:30 chr18 61650865 . G A 483.54 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0119094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.983;QD=19.1502;RBI=0.0267901;REFB=-0.009423;REVB=-0.0239974;RO=51;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629764;STB=0.534832;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.010928;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:22:28:32:19:22:28:32:19 chr18 61654297 . A G 537.99 PASS AF=0.6125;AO=48;DP=79;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0097521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8246;QD=26.8993;RBI=0.00978501;REFB=-0.011064;REVB=0.000801856;RO=31;SAF=30;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577657;STB=0.525746;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00815484;OID=.;OPOS=61654297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:31:31:48:49:0.6125:18:30:17:14:19:30:17:14 chr18 62036875 . G A 1978.66 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.266;QD=61.8331;RBI=0.0278023;REFB=0;REVB=-0.0112627;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010257;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:128:0:0:125:128:1:65:60:0:0:65:63:0:0 chr18 63489378 . C T 1579.92 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5758;QD=59.6196;RBI=0.0257857;REFB=0;REVB=-0.0136114;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75071e-05;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:54:50:0:0:55:51:0:0 chr18 63530016 . A G 1539.64 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.452;QD=58.6528;RBI=0.0507442;REFB=-0.0679807;REVB=-0.0118383;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092139;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000242501;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:53:51:1:0:53:51:1:0 chr18 65178103 . G GCA 132.54 PASS AF=0.283582;AO=16;DP=78;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00728555;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.812;QD=7.91306;RBI=0.0258569;REFB=-0.0551932;REVB=0.0248092;RO=58;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085964;STB=0.578044;STBP=0.447;TYPE=ins;VARB=0.129845;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283582:16:78:19:67:48:9:10:28:20:99:58:8:8:33:25 chr18 65179829 . G A 594.23 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00256529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.059;QD=19.1688;RBI=0.0470774;REFB=-0.0215081;REVB=-0.0470074;RO=62;SAF=38;SAR=23;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115469;STB=0.560329;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0175518;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:63:61:61:0.491935:23:38:31:31:23:38:32:31 chr18 66504093 . A C 2184.44 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.026;QD=62.4125;RBI=0.0525259;REFB=0;REVB=0.0355085;RO=0;SAF=82;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227864;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:140:0:0:128:140:1:46:82:0:0:55:85:0:0 chr18 66504459 . A T 1306.1 PASS AF=0.926316;AO=87;DP=96;FAO=88;FDP=95;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00297404;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.577;QD=54.9938;RBI=0.0835773;REFB=-0.222258;REVB=0.0835244;RO=4;SAF=49;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053401;STB=0.501091;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00189288;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:96:95:4:7:87:88:0.926316:38:49:2:2:39:49:4:3 chr18 66513615 . A G 202.29 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0516631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9446;QD=13.9511;RBI=0.0678852;REFB=-0.0223997;REVB=0.0440377;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330859;STB=0.522708;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0305727;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:24:24:0.413793:9:15:19:13:9:15:20:14 chr18 66513662 . T C 276.29 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00063394;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.302;QD=14.9347;RBI=0.0265744;REFB=-0.000131371;REVB=0.0265669;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201005;STB=0.623301;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000259148;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:36:43:31:31:0.418919:15:16:11:25:15:16:13:30 chr18 66526176 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.546;QD=40.7626;RBI=0.0542731;REFB=0;REVB=0.0346549;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172023;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr18 66542006 . G T 423.66 PASS AF=0.5;AO=37;DP=80;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0280483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.035;QD=19.7049;RBI=0.0282415;REFB=-0.0242393;REVB=-0.00329786;RO=43;SAF=21;SAR=16;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293375;STB=0.647897;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.028139;OID=.;OPOS=66542006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:43:43:37:43:0.5:16:21:11:32:19:24:11:32 chr18 67345034 . T C 1989.47 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.994;QD=62.1711;RBI=0.0405554;REFB=0;REVB=0.03696;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37926e-05;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:63:64:0:0:64:64:0:0 chr18 67365668 . A G 1270.32 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353589;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.739;QD=61.9667;RBI=0.0601192;REFB=0;REVB=0.0486217;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110677;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:44:37:0:0:44:38:0:0 chr18 67531642 . T C 1822.66 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.502;QD=60.7554;RBI=0.0731491;REFB=0;REVB=0.0625041;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142142;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:120:0:0:114:120:1:57:57:0:0:57:63:0:0 chr18 67718688 . A G 1718.53 PASS AF=0.983051;AO=113;DP=117;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0210693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180;QD=58.2553;RBI=0.0281199;REFB=0.110454;REVB=0.0186229;RO=2;SAF=57;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163668;STB=0.500146;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000323181;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:118:2:2:113:116:0.983051:56:57:2:0:57:59:1:1 chr18 67728588 . T C 617.54 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0206292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0971;QD=19.1486;RBI=0.0445081;REFB=-0.0194551;REVB=0.0394387;RO=66;SAF=35;SAR=28;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516952;STB=0.528587;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0165072;OID=.;OPOS=67728588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:66:63:63:0.488372:28:35:33:33:28:35:33:33 chr18 67863850 . T TCTC 437.85 PASS AF=0.722222;AO=38;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00855693;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.55;QD=32.4334;RBI=0.0315178;REFB=-0.0512417;REVB=0.0303339;RO=15;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148486;STB=0.575033;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.0135587;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:38:54:39:54:15:18:21:11:4:99:15:17:21:11:4 chr18 67871343 . A C 1274.16 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293915;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4274;QD=60.6741;RBI=0.0417986;REFB=-0.104508;REVB=0.0297198;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00155965;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:0:1:42:41:0:1 chr18 67994632 . A AATT 372.49 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00697858;FXX=0.0405351;HRUN=3;LEN=3;MLLD=295.917;QD=20.9856;RBI=0.00697878;REFB=-0.0128391;REVB=-5.23108e-05;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060878;STB=0.519278;STBP=0.757;TYPE=ins;VARB=0.0117648;OID=.;OPOS=67994633;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535211:37:78:38:71:33:18:20:17:16:99:38:17:20:20:18 chr18 70209177 . C T 1725.34 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.668;QD=59.4943;RBI=0.0889131;REFB=0;REVB=0.0457098;RO=2;SAF=54;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211795;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:116:2:0:114:116:1:60:54:2:0:60:56:0:0 chr18 70417304 . C T 527.83 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00269403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.217;QD=22.2246;RBI=0.0218829;REFB=0.000495159;REVB=-0.0217165;RO=45;SAF=30;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153646;STB=0.584712;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.000380867;OID=.;OPOS=70417304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:20:30:19:26:20:30:19:26 chr18 70417396 . C T 1106.41 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.608;QD=59.8057;RBI=0.0495978;REFB=0;REVB=-0.021281;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388751;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:25:47:0:0:25:49:0:0 chr18 70532840 . T G 444.91 PASS AF=0.345679;AO=56;DP=161;FAO=56;FDP=162;FR=.;FRO=106;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.00827599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.303;QD=10.9853;RBI=0.0286195;REFB=-0.0134142;REVB=-0.0273967;RO=104;SAF=28;SAR=28;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109437;STB=0.561707;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.022442;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:104:106:56:56:0.345679:28:28:62:42:28:28:63:43 chr18 71412428 . C T 223.83 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00233955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.891;QD=19.4638;RBI=0.010826;REFB=-0.0195469;REVB=0.0105702;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204856;STB=0.615893;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0170288;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:14:10:14:8:14:10 chr18 71894984 . A G 157.29 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0347829;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.506;QD=23.3024;RBI=0.0355655;REFB=-0.00865166;REVB=-0.0074197;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165224;STB=0.592481;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0142943;OID=.;OPOS=71894984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:3:8:8:8:3:8 chr18 72021717 . T C 541.83 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146106;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7097;QD=60.2029;RBI=0.0302437;REFB=0;REVB=0.0264804;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112092;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr18 72103782 . T C 677.92 PASS AF=0.391753;AO=76;DP=194;FAO=76;FDP=194;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.0187864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6233;QD=13.9777;RBI=0.0241235;REFB=0.00370792;REVB=0.0151333;RO=118;SAF=39;SAR=37;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683835;STB=0.538483;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00551889;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:118:118:76:76:0.391753:37:39:68:50:37:39:68:50 chr18 72114455 . C T 878.62 PASS AF=1;AO=44;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579603;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.667;QD=58.5745;RBI=0.160136;REFB=0;REVB=0.149279;RO=0;SAF=38;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394697;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:44:60:1:6:38:0:0:23:37:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 653.53 PASS AF=0.927273;AO=45;DP=57;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0573751;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=3;MLLD=209.988;QD=47.5297;RBI=0.0901466;REFB=-0.143882;REVB=0.0695306;RO=11;SAF=25;SAR=20;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300351;STB=0.513489;STBP=0.554;TYPE=ins;VARB=0.00896632;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927273:45:57:51:55:4:29:22:3:1:18:11:25:20:7:4 chr18 72228124 . A G 2329.33 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049546;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9931;QD=63.3832;RBI=0.0570152;REFB=-0.000473961;REVB=-0.0282122;RO=1;SAF=79;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070454;STB=0.503703;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000230482;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:1:1:146:146:0.993197:67:79:0:1:67:79:0:1 chr18 72234635 . C T 264.14 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00340422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.941;QD=15.5376;RBI=0.0199521;REFB=-0.0252049;REVB=0.0196595;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396924;STB=0.514696;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0182054;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:15:15:17:20:15:15:18:20 chr18 72343008 . T C 708.99 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.822;QD=63.0217;RBI=0.0520225;REFB=0;REVB=-0.00371734;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149297;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr18 72343181 . A G 129.27 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00697706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.957;QD=12.9269;RBI=0.0155636;REFB=-0.0012993;REVB=-0.0139121;RO=25;SAF=14;SAR=1;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450978;STB=0.777283;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00153168;OID=.;OPOS=72343181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:1:14:18:7:1:14:18:7 chr18 72344223 . T C 595.99 PASS AF=0.462687;AO=61;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=0.00722056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.694;QD=17.7907;RBI=0.00730067;REFB=-0.00640515;REVB=0.00107859;RO=72;SAF=29;SAR=32;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198738;STB=0.613114;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0065842;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:61:62:0.462687:32:29:49:23:33:29:49:23 chr18 72345890 . A C 367.78 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0281778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.7319;QD=16.1659;RBI=0.0287188;REFB=-0.00154282;REVB=0.00554797;RO=51;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146414;STB=0.587256;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0011567;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:39:40:0.43956:26:13:24:27:27:13:24:27 chr18 72347482 . T C 493.44 PASS AF=0.514851;AO=45;DP=103;FAO=52;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00343893;FXX=0.0194156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.664;QD=19.542;RBI=0.00527199;REFB=-0.0287887;REVB=-0.00399595;RO=35;SAF=20;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331332;STB=0.503277;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.020484;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:35:49:45:52:0.514851:25:20:17:18:29:23:22:27 chr18 72776074 . A G 492.43 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0494725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.451;QD=20.0992;RBI=0.0514555;REFB=-0.0425425;REVB=0.0141471;RO=50;SAF=18;SAR=30;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999696;STB=0.555532;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0312792;OID=.;OPOS=72776074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:30:18:24:26:30:18:24:26 chr18 72776121 . G A 986.91 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000641411;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.49;QD=58.9197;RBI=0.0385679;REFB=0;REVB=0.0385626;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231398;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr18 72776958 . ATTTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTA 126.32 PASS AF=0,0.860465,0.139535;AO=9,13,4;DP=44;FAO=0,37,6;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,4;FSAR=0,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119761,0.250387,0.163476;FXX=0.0444346;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=6.13724,3.94661,22.5685;QD=11.7506;RBI=0.225619,0.381044,0.263278;REFB=0.0491845,0.0390797,0.0386613;REVB=-0.19121,-0.287229,-0.206376;RO=8;SAF=5,7,3;SAR=4,6,1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.393626,-0.327194,-0.490298;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.148286,0.0483251,-0.141902;OID=.,.,.;OPOS=72776959,72776959,72776970;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.860465,0.139535:9,13,4:44:0,37,6:43:0:0,26,4:0,11,2:0:0:29:8:5,7,3:4,6,1:8:0 chr18 74090957 . CGGGGGGGC CGGGGGGC,CGGGGGGCG 65.21 PASS AF=0.323077,0;AO=21,3;DP=68;FAO=21,0;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=14,0;FSAR=7,0;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.165982,-0.208431;FXX=0.0579626;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.30124,18.0713;QD=4.0132;RBI=0.166467,0.208431;REFB=-0.0764952,-0.0383723;REVB=-0.0126998,4.55551e-05;RO=28;SAF=13,3;SAR=8,0;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0496812,0.527771;STB=0.571359,0.5;STBP=0.459,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0713136,0;OID=.,.;OPOS=74090958,74090964;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323077,0:21,3:68:21,0:65:44:14,0:7,0:25:19:66:28:13,3:8,0:16:12 chr18 74208487 . G C 43.11 PASS AF=0.179487;AO=2;DP=29;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0129388;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=147.299;QD=4.4211;RBI=0.0162738;REFB=-0.00603993;REVB=-0.00987036;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.65672;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0204468;OID=.;OPOS=74208487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:39:0:32:2:7:0.179487:2:0:0:0:4:3:20:12 chr18 74208573 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.069;QD=39.205;RBI=0.203474;REFB=0;REVB=0.203346;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121183;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr18 74611127 . A G 192.94 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.029975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.801;QD=10.0229;RBI=0.0303164;REFB=-0.00314656;REVB=-0.00453739;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156809;STB=0.59168;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00638011;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:11:14:22:30:11:14:22:30 chr18 74671768 . T C 1422.12 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00998271;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.383;QD=63.2052;RBI=0.0299224;REFB=0;REVB=-0.0282081;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124495;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr18 74680208 . C T 255.39 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00163894;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.967;QD=17.3144;RBI=0.0135403;REFB=-0.0205096;REVB=0.0134408;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619424;STB=0.534858;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0286871;OID=.;OPOS=74680208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:59:31:31:28:28:0.474576:18:10:13:18:18:10:13:18 chr18 74680259 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.789;QD=57.5451;RBI=0.0103581;REFB=0;REVB=-0.00262072;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87608e-05;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr18 74682214 . C T 388.24 PASS AF=0.326797;AO=50;DP=153;FAO=50;FDP=153;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0212017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5102;QD=10.15;RBI=0.0727222;REFB=-0.0207648;REVB=-0.0695629;RO=102;SAF=19;SAR=31;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153077;STB=0.591848;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0269527;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:102:103:50:50:0.326797:31:19:52:50:31:19:53:50 chr18 74701984 . G A 892.4 PASS AF=0.434978;AO=96;DP=222;FAO=97;FDP=223;FR=.;FRO=126;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=0.0237947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.182;QD=16.0072;RBI=0.0239037;REFB=-0.00815017;REVB=-0.00227979;RO=125;SAF=57;SAR=39;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108758;STB=0.554629;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0138661;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:125:126:96:97:0.434978:39:57:61:64:40:57:62:64 chr18 74980809 . GT AT,TA 593.35 PASS AF=0.95,0.05;AO=25,2;DP=38;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442309,0.0513131;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=53.7743,28.8642;QD=59.3346;RBI=0.0725426,0.0715625;REFB=0,0;REVB=-0.0574983,-0.0498815;RO=0;SAF=9,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00736333,0.0959;OID=.,.;OPOS=74980809,74980809;OREF=G,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:38:40:0:0:25,2:38,2:0.95,0.05:16,0:9,2:0:0:21,0:17,2:0:0 chr18 75796809 . G A 90.19 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0905369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1849;QD=16.3983;RBI=0.0914158;REFB=-0.0125636;REVB=0.0126458;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254322;STB=0.648363;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0464127;OID=.;OPOS=75796809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:5:6:3:8:5:6 chr18 76753768 . C G 61.73 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.1131;QD=35.2742;RBI=0.011072;REFB=0;REVB=-0.0108331;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343997;OID=.;OPOS=76753768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr18 76754466 . C T 745.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.896;QD=56.2286;RBI=0.0774313;REFB=0;REVB=0.073544;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233365;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:33:17:0:0:34:19:0:0 chr18 76870397 . G A 428.54 PASS AF=0.545455;AO=43;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0206001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.982;QD=22.2616;RBI=0.0252259;REFB=-0.036208;REVB=-0.0145596;RO=34;SAF=25;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185451;STB=0.524464;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.02763;OID=.;OPOS=76870397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:43:42:0.545455:18:25:19:15:17:25:19:16 chr18 77171061 . T G 181.04 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.19;QD=45.2603;RBI=0.0291783;REFB=0;REVB=0.0236113;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144148;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr18 77211764 . T C 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00591536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.26;QD=15.1109;RBI=0.0351367;REFB=-0.00939434;REVB=-0.0346352;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855978;STB=0.534567;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0113468;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:38:29:29:0.432836:12:17:18:18:12:17:20:18 chr18 77227476 . A G 387.25 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00805027;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.685;QD=17.8045;RBI=0.00947455;REFB=-0.00631907;REVB=0.00499601;RO=43;SAF=29;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153618;STB=0.59335;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00683619;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:43:47:40:40:0.45977:11:29:25:18:11:29:27:20 chr18 77246406 . T G 354.63 PASS AF=0.376068;AO=42;DP=116;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0120292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.548;QD=12.1239;RBI=0.0211754;REFB=-0.0127102;REVB=-0.0174268;RO=70;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906364;STB=0.550232;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.019815;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:70:73:42:44:0.376068:23:19:26:44:23:21:29:44 chr18 77420703 . C G 383.95 PASS AF=0.412844;AO=42;DP=106;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0126114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6625;QD=14.0899;RBI=0.0319404;REFB=-0.0244776;REVB=-0.0293452;RO=59;SAF=24;SAR=18;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305395;STB=0.522717;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00730184;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:59:64:42:45:0.412844:18:24:32:27:18:27:36:28 chr18 77473127 . C T 314.1 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.000678211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1892;QD=25.1283;RBI=0.0245524;REFB=-0.0173941;REVB=-0.024543;RO=21;SAF=1;SAR=27;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441412;STB=0.749749;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.024348;OID=.;OPOS=77473127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:27:1:4:17:27:1:4:18 chr18 77513721 . T C 2074.7 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266364;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.167;QD=61.9314;RBI=0.0266365;REFB=-0.0100947;REVB=7.02824e-05;RO=1;SAF=68;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693903;STB=0.503649;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00013231;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:134:1:1:133:133:0.992537:65:68:1:0:65:68:1:0 chr18 77728135 . G T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00469822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.988;QD=58.6484;RBI=0.0159977;REFB=0.0288087;REVB=-0.0152923;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000447643;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:14:26:0:1:14:26:0:1 chr18 77736735 . T C 593.42 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0100317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7926;QD=56.5163;RBI=0.0101544;REFB=-0.100549;REVB=0.00157345;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446131;STB=0.523798;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00822629;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:2:0:20:20:2:0 chr18 77773006 . A G 116.4 PASS AF=0.188679;AO=20;DP=106;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0235132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.691;QD=4.39256;RBI=0.0249434;REFB=-0.000979227;REVB=0.00832477;RO=85;SAF=8;SAR=12;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155866;STB=0.503933;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0121879;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:85:86:20:20:0.188679:12:8:33:52:12:8:34:52 chr18 77773035 . G A 124.88 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00293062;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.2;QD=6.16693;RBI=0.0080984;REFB=-0.0027805;REVB=-0.00754954;RO=62;SAF=8;SAR=11;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982462;STB=0.56072;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00946303;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:62:62:19:19:0.234568:11:8:31:31:11:8:31:31 chr18 77805856 . A C 218.59 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00402662;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6599;QD=15.6134;RBI=0.0334677;REFB=0.016029;REVB=0.0332246;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205188;STB=0.511619;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.017727;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:18:13:11:14:18:13 chr18 77896242 . C T 422.89 PASS AF=0.569444;AO=36;DP=69;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00393842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9163;QD=23.4939;RBI=0.0569448;REFB=-0.0415819;REVB=0.0568084;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193211;STB=0.526748;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0520849;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:30:31:36:41:0.569444:14:22:19:11:17:24:20:11 chr18 77918221 . C T 171.82 PASS AF=0.388889;AO=18;DP=51;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00571948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.282;QD=12.7276;RBI=0.0134287;REFB=-0.0197112;REVB=0.0121498;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141457;STB=0.57887;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0363241;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:33:33:18:21:0.388889:6:12:18:15:7:14:18:15 chr19 371250 . G A 203.19 PASS AF=0.525;AO=19;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00190838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7242;QD=20.3191;RBI=0.00944531;REFB=-0.0159551;REVB=0.00925051;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252995;STB=0.618934;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00497049;OID=.;OPOS=371250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:19:19:21:0.525:12:7:13:7:13:8:12:7 chr19 372661 . C A 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0168532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.03;QD=6.01581;RBI=0.042765;REFB=-0.00618061;REVB=-0.0393042;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239723;STB=0.65343;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.047837;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:14:8:4:3:14:8 chr19 407783 . A AC 44.08 PASS AF=0.529412;AO=6;DP=20;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0261687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6058;QD=10.3722;RBI=0.0935809;REFB=-0.0698442;REVB=0.0898476;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302036;STB=0.583142;STBP=0.575;TYPE=ins;VARB=0.0916615;OID=.;OPOS=407784;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:6:20:9:17:8:3:6:4:4:37:13:1:5:5:8 chr19 407900 . A G 153.92 PASS AF=0.3;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0229025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.151;QD=8.79552;RBI=0.0238725;REFB=-0.0216456;REVB=-0.00673568;RO=46;SAF=12;SAR=9;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976618;STB=0.544262;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0522564;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:49:21:21:0.3:9:12:30:16:9:12:31:18 chr19 440880 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0295487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.748;QD=19.0582;RBI=0.0295734;REFB=-0.0353808;REVB=0.00120893;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.563967;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0267979;OID=.;OPOS=440880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:13:7:9:10:13:7 chr19 453160 . A G 1026.07 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175289;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.566;QD=59.4823;RBI=0.0184888;REFB=0;REVB=-0.00587997;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57859e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:31:36:0:0:32:37:0:0 chr19 463528 . G A 2656.35 PASS AF=0.977528;AO=175;DP=177;FAO=174;FDP=178;FR=.;FRO=4;FSAF=102;FSAR=72;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0570546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6418;QD=59.6932;RBI=0.0661166;REFB=-0.0342391;REVB=0.0334092;RO=2;SAF=104;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00906558;STB=0.509614;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00087185;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:177:178:2:4:175:174:0.977528:71:104:2:0:72:102:4:0 chr19 498524 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.29;QD=60.2291;RBI=0.0432102;REFB=0;REVB=0.00899701;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76488e-05;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr19 501719 . T C 246.61 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.921;QD=46.9724;RBI=0.030714;REFB=-0.00383523;REVB=-0.00593416;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00143962;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:11:8:0:1:12:8:0:1 chr19 501725 . G A 47.16 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0738769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.721;QD=11.0954;RBI=0.0738816;REFB=-0.0120506;REVB=0.000834892;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0528366;OID=.;OPOS=501725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr19 532066 . C T 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00481112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.838;QD=10.6444;RBI=0.0110007;REFB=0.000717142;REVB=-0.00989285;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147769;STB=0.586123;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00149821;OID=.;OPOS=532066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:10:10:24:14:10:10:24:14 chr19 542009 . A T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00764874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.612;QD=10.9363;RBI=0.00773355;REFB=-0.0181404;REVB=-0.00114221;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256034;STB=0.639539;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0327174;OID=.;OPOS=542009;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:9:7:22:11:9:7:22:12 chr19 549080 . A G 545.51 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0192664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3605;QD=21.1847;RBI=0.0600525;REFB=0.0455631;REVB=-0.0568781;RO=47;SAF=32;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148887;STB=0.586504;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0479317;OID=.;OPOS=549080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:48:55:55:0.533981:23:32:19:28:23:32:19:29 chr19 549678 . A G 375.11 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.366;QD=55.5718;RBI=0.0430888;REFB=0;REVB=0.0221361;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78311e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 549725 . TCCC CCCG 76.42 PASS AF=0.47619;AO=4;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0213116;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=4;MLLD=257.387;QD=14.5559;RBI=0.037884;REFB=-0.0124528;REVB=-0.0313211;RO=8;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538383;STBP=0.768;TYPE=mnp;VARB=0.0215177;OID=.;OPOS=549725;OREF=TCCC;OALT=CCCG;OMAPALT=CCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:21:8:11:4:10:0.47619:2:2:4:4:7:3:4:7 chr19 579010 . G A 48.2 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.021925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4455;QD=12.8525;RBI=0.0363313;REFB=0.000439098;REVB=0.02897;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300057;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00308528;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:5:3:1:6:5:3 chr19 579035 . C T 76.18 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00313828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.854;QD=12.1884;RBI=0.0606201;REFB=-0.0378646;REVB=-0.0605388;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253839;STB=0.739126;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0477528;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:13:15:10:10:0.4:1:9:10:3:1:9:10:5 chr19 580665 . T C 281.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.000235299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.654;QD=19.4064;RBI=0.00361045;REFB=-0.0247158;REVB=0.00360277;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25804;STB=0.642267;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0332461;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:14:16:23:5:14:16:23:5 chr19 582505 . G A 83.79 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0390615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2803;QD=10.1568;RBI=0.0558547;REFB=-0.0157622;REVB=-0.0399244;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444184;STB=0.761451;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0550667;OID=.;OPOS=582505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:20:22:11:11:0.333333:8:3:14:6:8:3:15:7 chr19 582775 . A G 140.37 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0320764;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.771;QD=12.2063;RBI=0.0348862;REFB=-0.018944;REVB=0.0137169;RO=30;SAF=14;SAR=2;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951223;STB=0.556741;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0212522;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:2:14:25:5:2:14:25:5 chr19 582927 . T A 338.0 PASS AF=0.433735;AO=29;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00299675;FXX=0.0119033;HRUN=7;LEN=1;MLLD=231.742;QD=16.2893;RBI=0.00464614;REFB=-0.0109758;REVB=0.00355051;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1353;STB=0.592379;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0120884;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:32:41:29:36:0.433735:16:13:19:13:22:14:23:18 chr19 605171 . T C 2474.78 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.223;QD=61.1056;RBI=0.113367;REFB=0;REVB=6.72759e-05;RO=0;SAF=72;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130333;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:162:0:0:158:162:1:86:72:0:0:87:75:0:0 chr19 613307 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0209436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.05;QD=21.5949;RBI=0.0210102;REFB=-0.0192204;REVB=0.00167217;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891529;STB=0.54928;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0113044;OID=.;OPOS=613307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:23:15:16:16:23:15:16:16 chr19 613898 . T C 1453.59 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8052;QD=62.5198;RBI=0.0617463;REFB=0;REVB=0.0615941;RO=0;SAF=75;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338569;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:18:75:0:0:18:75:0:0 chr19 619021 . G C 140.47 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00587954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.674;QD=31.2145;RBI=0.046589;REFB=-0.0578173;REVB=0.0462165;RO=3;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118465;STB=0.583225;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.018929;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:18:3:4:14:14:0.777778:4:10:3:0:4:10:4:0 chr19 621712 . A G 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0954574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8806;QD=3.54608;RBI=0.123356;REFB=-0.00386642;REVB=-0.0781321;RO=38;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318579;STB=0.73106;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0124371;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:38:39:7:7:0.152174:2:5:17:21:2:5:17:22 chr19 622336 . T G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0156035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.169;QD=19.1339;RBI=0.0574846;REFB=-0.0627864;REVB=-0.0553264;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0167821;OID=.;OPOS=622336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr19 625198 . A G 268.9 PASS AF=0.43662;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0238374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.466;QD=15.1491;RBI=0.0267885;REFB=-0.0192623;REVB=-0.0122229;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225554;STB=0.638596;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0266593;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:38:40:29:31:0.43662:18:11:23:15:20:11:24:16 chr19 632915 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0148924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.405;QD=24.9293;RBI=0.0169819;REFB=-0.0168974;REVB=0.00816098;RO=19;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163679;STB=0.509084;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0139421;OID=.;OPOS=632915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:18:7:5:14:18:7:5:14 chr19 641215 . T C 175.87 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0148113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.361;QD=12.7905;RBI=0.0353568;REFB=-0.0206978;REVB=-0.0321049;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797329;STB=0.509083;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0290982;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:33:21:22:0.4:11:10:15:16:11:11:17:16 chr19 652238 . A G 265.1 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00963299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.929;QD=15.5943;RBI=0.0112757;REFB=0.00497384;REVB=0.0058607;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284818;STB=0.664974;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00445307;OID=.;OPOS=652238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:17:13:27:10:17:13:28:10 chr19 687142 . G A 34.86 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4471;QD=23.2414;RBI=0.0337445;REFB=-0.118406;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0191316;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr19 804327 . C T 706.84 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-0.0201438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.356;QD=17.782;RBI=0.0434627;REFB=-0.00329886;REVB=0.0385128;RO=83;SAF=48;SAR=27;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109628;STB=0.5085;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00420615;OID=.;OPOS=804327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:83:84:75:75:0.471698:27:48:54:29:27:48:55:29 chr19 804612 . C T 373.5 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00346983;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.504;QD=36.4395;RBI=0.0351143;REFB=-0.0208279;REVB=0.0349425;RO=11;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142162;STB=0.576875;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00496824;OID=.;OPOS=804612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:41:11:11:30:30:0.731707:10:20:10:1:10:20:10:1 chr19 810573 . C A 406.97 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00771483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.769;QD=20.3487;RBI=0.0272425;REFB=-0.00401926;REVB=-0.0261273;RO=39;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130939;STB=0.576705;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00287815;OID=.;OPOS=810573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:39:40:41:0.5125:13:27:21:18:13:28:21:18 chr19 815086 . A G 336.34 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0109165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.31;QD=19.7849;RBI=0.0166888;REFB=-0.00944051;REVB=-0.0126232;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997018;STB=0.532449;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00855116;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:33:34:35:0.514706:20:14:9:21:20:15:12:21 chr19 815319 . C T 63.36 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0326799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.215;QD=8.73869;RBI=0.0328866;REFB=-0.0154669;REVB=-0.00368183;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207664;STB=0.512792;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0373847;OID=.;OPOS=815319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:13:7:3:6:13:7 chr19 829568 . C T 147.27 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0195594;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.028;QD=20.3126;RBI=0.0244207;REFB=-0.0259299;REVB=-0.0146218;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046223;STB=0.504581;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0260914;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:13:15:16:0.551724:10:5:5:8:10:6:5:8 chr19 830854 . T C 537.44 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0210653;FXX=0.023254;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.901;QD=17.0614;RBI=0.0210654;REFB=-0.00999654;REVB=-7.06101e-05;RO=61;SAF=26;SAR=31;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180798;STB=0.543844;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0100792;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:61:69:57:57:0.452381:31:26:29:32:31:26:37:32 chr19 844020 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0164005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.167;QD=17.56;RBI=0.0187158;REFB=0.00400384;REVB=0.00901709;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673223;STB=0.52827;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00425114;OID=.;OPOS=844020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:12:6:8:12:12:6:8:13 chr19 880066 . G A 437.97 PASS AF=0.565789;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0126627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.046;QD=23.0509;RBI=0.0192567;REFB=-0.0157933;REVB=0.0145079;RO=34;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102716;STB=0.542448;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0122441;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:33:42:43:0.565789:17:25:16:18:18:25:16:17 chr19 885818 . A G 238.36 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.125508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8604;QD=14.2306;RBI=0.125949;REFB=-0.00256396;REVB=-0.010524;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235024;STB=0.513359;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000916603;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:13:15:20:19:13:15:20:19 chr19 965043 . T C 328.24 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532062;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.528;QD=54.7058;RBI=0.0543328;REFB=0;REVB=0.0110069;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785383;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 966693 . C T 871.93 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00221272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.094;QD=55.3606;RBI=0.0310363;REFB=-0.0586599;REVB=0.0309573;RO=2;SAF=44;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.505493;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000635844;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:2:1:61:62:0.984127:17:44:2:0:17:45:1:0 chr19 971949 . G A 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.244;QD=44.6772;RBI=0.125367;REFB=0;REVB=0.0756496;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213969;OID=.;OPOS=971949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 984537 . A G 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.941;QD=61.326;RBI=0.0156275;REFB=0;REVB=0.00160792;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.61987e-05;OID=.;OPOS=984537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr19 990281 . G A 718.76 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0246269;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.303;QD=51.3403;RBI=0.0249538;REFB=-0.0554908;REVB=-0.00402611;RO=3;SAF=43;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830564;STB=0.544414;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000358411;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:52:53:0.946429:9:43:1:2:9:44:1:2 chr19 991063 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.229;QD=48.7355;RBI=0.00817653;REFB=0;REVB=-0.00586358;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15837e-07;OID=.;OPOS=991063;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr19 991129 . G A 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.088;QD=40.6387;RBI=0.0180297;REFB=0.0137878;REVB=0.00264709;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00155065;OID=.;OPOS=991129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:0:1:5:9:0:1 chr19 1003172 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.308;QD=59.9374;RBI=0.0210818;REFB=0;REVB=0.00417967;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15027e-05;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:56:44:0:0:56:45:0:0 chr19 1010745 . C CG,G 136.82 PASS AF=0.90625,0.0625;AO=13,2;DP=32;FAO=29,2;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=25,2;FSAR=4,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.222867,0.00239516;FXX=0.0302939;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=7.25492,32.5712;QD=17.1019;RBI=0.249395,0.0454546;REFB=-0.139236,-0.0523547;REVB=0.11193,0.0453915;RO=17;SAF=13,2;SAR=0,0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.777768,0.439097;STB=0.509797,0.5;STBP=0.652,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.198019,0.00983321;OID=.,.;OPOS=1010746,1010745;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:32:32:17:1:13,2:29,2:0.90625,0.0625:0,0:13,2:13:4:4,0:25,2:1:0 chr19 1036552 . T C 1630.91 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05757;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.743;QD=60.4041;RBI=0.0597266;REFB=0;REVB=0.0159048;RO=0;SAF=70;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25913e-05;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:38:70:0:0:38:70:0:0 chr19 1038995 . A C 4116.71 PASS AF=1;AO=258;DP=258;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.351;QD=62.3744;RBI=0.0149672;REFB=0;REVB=-0.00370175;RO=0;SAF=142;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25396e-06;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:258:264:0:0:258:264:1:116:142:0:0:120:144:0:0 chr19 1041352 . A G 502.25 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.097;QD=59.0879;RBI=0.0599849;REFB=0;REVB=-0.0192614;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103894;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:11:21:0:0:11:23:0:0 chr19 1047002 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2123;QD=57.6792;RBI=0.08317;REFB=0;REVB=-0.0827118;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124661;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr19 1047160 . GA G,GG 1580.39 PASS AF=0.0280374,0.971963;AO=15,91;DP=106;FAO=3,104;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=1,52;FSAR=2,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272288,0.0319658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.711,212.255;QD=59.0801;RBI=0.0307437,0.0337228;REFB=0,0;REVB=-0.0142747,-0.0107432;RO=0;SAF=11,41;SAR=4,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0132594,0.00130862;OID=.,.;OPOS=1047161,1047161;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0280374,0.971963:15,91:106:3,104:107:0:1,52:2,52:0:0:6:0:11,41:4,50:0:0 chr19 1049269 . G A 3458.49 PASS AF=0.978261;AO=224;DP=231;FAO=225;FDP=230;FR=.;FRO=5;FSAF=146;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00543458;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.539;QD=60.1476;RBI=0.0421955;REFB=-0.0520944;REVB=0.041844;RO=3;SAF=146;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880659;STB=0.505916;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000195911;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:231:230:3:5:224:225:0.978261:78:146:1:2:79:146:2:3 chr19 1052005 . C T 515.45 PASS AF=0.526316;AO=48;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=42;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.007994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.561;QD=21.7032;RBI=0.0287313;REFB=-0.0227289;REVB=-0.0275968;RO=45;SAF=40;SAR=8;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241218;STB=0.63953;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0243436;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:48:50:0.526316:8:40:29:16:8:42:29:16 chr19 1054060 . A G 320.08 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-9.16869e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.062;QD=16.0041;RBI=0.0185214;REFB=-0.0153639;REVB=-0.0185214;RO=45;SAF=23;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107914;STB=0.56094;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0315572;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:12:23:25:20:12:23:25:20 chr19 1055191 . G A 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.030687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.148;QD=11.1008;RBI=0.0308332;REFB=-0.0286488;REVB=0.00299911;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0428939;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:6:4:3:4:6:4 chr19 1056065 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0358334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.004;QD=12.8606;RBI=0.0364388;REFB=-0.0113599;REVB=-0.00661467;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0222025;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr19 1056492 . G C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.053942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4221;QD=11.0911;RBI=0.15608;REFB=-0.0402199;REVB=-0.146462;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596316;STB=0.826352;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0465249;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:4:1:5:0:4:1:5:1 chr19 1059004 . A G 339.72 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00617485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5379;QD=29.5411;RBI=0.0642482;REFB=-0.03709;REVB=0.0639508;RO=16;SAF=23;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135387;STB=0.574944;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0144612;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:16:17:28:29:0.630435:5:23:11:5:6:23:11:6 chr19 1064193 . G A 739.99 PASS AF=0.46988;AO=76;DP=165;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00532424;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.239;QD=17.8312;RBI=0.0175435;REFB=-0.0139608;REVB=0.0167161;RO=88;SAF=46;SAR=30;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818965;STB=0.536223;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0146716;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:88:88:76:78:0.46988:30:46:46:42:32:46:46:42 chr19 1068734 . T C 807.12 PASS AF=0.542857;AO=76;DP=137;FAO=76;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.00976043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.918;QD=23.0605;RBI=0.0318829;REFB=-0.0421996;REVB=-0.0303521;RO=61;SAF=52;SAR=24;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295571;STB=0.652469;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0212475;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:61:64:76:76:0.542857:24:52:20:41:24:52:23:41 chr19 1068738 . G A 772.52 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0448262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.047;QD=21.9154;RBI=0.0521773;REFB=-0.0137907;REVB=0.0267036;RO=67;SAF=50;SAR=24;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291129;STB=0.659894;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0050668;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:67:67:74:74:0.524823:24:50:23:44:24:50:23:44 chr19 1074000 . A T 316.43 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00526163;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.021;QD=11.8292;RBI=0.0112596;REFB=-0.0106607;REVB=-0.00995455;RO=68;SAF=28;SAR=11;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145156;STB=0.583608;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0318879;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:68:68:39:39:0.364486:11:28:41:27:11:28:41:27 chr19 1077985 . A G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.00970972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7835;QD=10.9407;RBI=0.0313841;REFB=-0.00906788;REVB=0.0298443;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278661;STB=0.660787;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00869934;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:18:2:3:8:18:2 chr19 1080311 . G C 74.51 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0251779;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2702;QD=11.4626;RBI=0.0292431;REFB=-0.0239815;REVB=0.014874;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194738;STB=0.615166;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0464675;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:5:11:5:5:5:11 chr19 1094004 . G A 1710.26 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.679;QD=60.5401;RBI=0.0302417;REFB=0;REVB=0.00632547;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39602e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:0:0:110:113:1:45:65:0:0:46:67:0:0 chr19 1106615 . T C 198.37 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0632321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.173;QD=44.0831;RBI=0.0707857;REFB=0.00727007;REVB=0.0318169;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515134;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0013223;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:16:1:0:0:16:1:0:1 chr19 1109213 . A G 438.62 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.342;QD=54.8269;RBI=0.0819186;REFB=0;REVB=0.0147834;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141837;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr19 1109215 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.000547304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.026;QD=11.1978;RBI=0.00744124;REFB=-0.00491586;REVB=0.00742109;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49196;STB=0.785318;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00986815;OID=.;OPOS=1109215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:4:18:4:8:4:18 chr19 1110829 . G A 185.56 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0377147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.958;QD=35.3445;RBI=0.0447428;REFB=-0.03649;REVB=0.0240731;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119205;STB=0.583241;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0159694;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:20:21:3:4:17:17:0.809524:10:7:0:3:10:7:0:4 chr19 1112943 . G C 210.9 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0267815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6203;QD=16.5414;RBI=0.0585027;REFB=-0.0365934;REVB=-0.0520126;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388699;STB=0.719814;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0497883;OID=.;OPOS=1112943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:16:7:20:8:16:7:20:8 chr19 1122731 . G C 118.56 PASS AF=0.384615;AO=13;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00649764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3813;QD=12.1603;RBI=0.0123752;REFB=8.373e-05;REVB=0.0105322;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23931;STB=0.621466;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000733359;OID=.;OPOS=1122731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:24:13:15:0.384615:7:6:17:8:8:7:16:8 chr19 1231141 . GT CG,GC 961.11 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=8,62;DP=74;FAO=2,64;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120329,0.0344008;FXX=0.108094;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=72.5388,97.5485;QD=58.2492;RBI=0.0359055,0.0467762;REFB=0,0;REVB=0.0358853,0.0316955;RO=0;SAF=2,53;SAR=6,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.236773,0.00337321;OID=.,.;OPOS=1231141,1231142;OREF=GT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:74:66:0:0:8,62:2,64:0.030303,0.969697:6,9:2,53:0:0:2,9:0,55:0:0 chr19 1256998 . C T 1741.18 PASS AF=0.975;AO=116;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0289957;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.389;QD=58.0392;RBI=0.0309995;REFB=0.0435903;REVB=0.0109642;RO=3;SAF=68;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397124;STB=0.501988;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-5.28849e-05;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:116:117:0.975:48:68:2:1:48:69:2:1 chr19 1272040 . T C 1877.74 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.196;QD=61.5653;RBI=0.0199542;REFB=0;REVB=-0.0162545;RO=0;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60196e-06;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:65:57:0:0:65:57:0:0 chr19 1277275 . G C 566.86 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6637;QD=56.6859;RBI=0.0661753;REFB=0;REVB=0.0636535;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100441;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:36:40:1:7:29:0:0:9:31:0:0 chr19 1357082 . T C 2161.7 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=137;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.996;QD=62.2072;RBI=0.0369622;REFB=-0.000876603;REVB=0.0299876;RO=1;SAF=83;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888477;STB=0.504504;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=2.0811e-05;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:139:1:1:136:138:0.992806:53:83:0:1:55:83:0:1 chr19 1358726 . C T 1182.13 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0190292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.63;QD=58.3767;RBI=0.019876;REFB=-0.127821;REVB=0.00573957;RO=2;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000295811;STB=0.500156;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000299183;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:40:39:1:1:40:39:1:1 chr19 1360575 . G A 1274.22 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0535491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2474;QD=59.2659;RBI=0.0853326;REFB=0.0275233;REVB=0.0664391;RO=2;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021042;STB=0.511108;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00935619;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:44:40:0:2:44:40:0:2 chr19 1370675 . C G 1114.62 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.841;QD=60.2497;RBI=0.020827;REFB=0;REVB=-0.00986623;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108804;OID=.;OPOS=1370675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr19 1383572 . C T 154.94 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0696364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7309;QD=22.9546;RBI=0.0701082;REFB=-0.0164724;REVB=0.00811941;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785172;STB=0.544131;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0171927;OID=.;OPOS=1383572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:6:5:9:7:6:5 chr19 1388538 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0146233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.337;QD=25.1494;RBI=0.0152059;REFB=-0.0157785;REVB=-0.00416883;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127627;STB=0.592524;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0135542;OID=.;OPOS=1388538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:21:27:27:0.5625:11:16:7:10:11:16:8:13 chr19 1389043 . CAT C 101.61 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0101909;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.995;QD=16.935;RBI=0.0118085;REFB=-0.036203;REVB=0.00596549;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.542183;STBP=0.643;TYPE=del;VARB=0.0320807;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:25:12:24:12:5:7:6:6:98:11:5:7:6:5 chr19 1389064 . G T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00975066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.749;QD=14.3343;RBI=0.0224233;REFB=-0.0189864;REVB=0.0201923;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0238115;OID=.;OPOS=1389064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:4:6:4:5:4:6 chr19 1389517 . C A 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00207549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.795;QD=12.339;RBI=0.00787061;REFB=-0.00858607;REVB=-0.00759202;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11324;STB=0.565163;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0144408;OID=.;OPOS=1389517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:13:11:22:17:13:11:22:17 chr19 1394466 . G GTGC 131.1 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0309472;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.776;QD=13.8;RBI=0.0315368;REFB=-0.0266025;REVB=-0.00606966;RO=23;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549206;STB=0.824918;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0475052;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:15:38:15:38:23:2:13:14:9:99:23:2:13:14:9 chr19 1495634 . G A 328.6 PASS AF=0.538462;AO=32;DP=63;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0428348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4619;QD=20.2214;RBI=0.0490769;REFB=-0.0479471;REVB=0.0239524;RO=29;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955577;STB=0.560821;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0307406;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:30:32:35:0.538462:11:21:16:13:11:24:17:13 chr19 1497543 . A G 167.94 PASS AF=0.413043;AO=17;DP=44;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00482378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.893;QD=14.6032;RBI=0.019082;REFB=-0.0402225;REVB=-0.0184622;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352677;STB=0.514004;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.050167;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:27:27:17:19:0.413043:10:7:12:15:11:8:12:15 chr19 1510661 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5408;QD=42.1826;RBI=0.0753644;REFB=0;REVB=0.0751333;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274527;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 1535179 . G A 477.56 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.0127377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.013;QD=15.4052;RBI=0.0188901;REFB=-0.0128007;REVB=0.0139495;RO=70;SAF=32;SAR=21;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21982;STB=0.626648;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0296408;OID=.;OPOS=1535179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:71:53:53:0.427419:21:32:27:43:21:32:27:44 chr19 1609267 . A G 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0202765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.251;QD=45.4849;RBI=0.0210224;REFB=0.00424712;REVB=-0.00554989;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51206e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:22:22:0.916667:11:11:1:0:11:11:1:1 chr19 1624007 . A G 904.87 PASS AF=0.4125;AO=100;DP=237;FAO=99;FDP=240;FR=.;FRO=141;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=83;FSRR=58;FWDB=-0.0172006;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5775;QD=15.0812;RBI=0.0631744;REFB=-0.0139495;REVB=-0.0607877;RO=137;SAF=61;SAR=39;SRF=81;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203118;STB=0.510659;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0244976;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:240:137:141:100:99:0.4125:39:61:81:56:39:60:83:58 chr19 1783261 . C T 690.94 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.166945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9157;QD=52.1464;RBI=0.167287;REFB=-0.115821;REVB=0.0106842;RO=2;SAF=34;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268895;STB=0.515146;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00344611;OID=.;OPOS=1783261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:2:1:50:52:0.981132:16:34:2:0:16:36:0:1 chr19 1784890 . A G 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.178;QD=56.9944;RBI=0.0383677;REFB=0;REVB=0.00935966;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34781e-05;OID=.;OPOS=1784890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr19 1784943 . C CG 257.43 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625917;FXX=0.114253;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.5483;QD=33.2167;RBI=0.07807;REFB=0;REVB=0.0466605;RO=31;SAF=0;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.30997e-05;OID=.;OPOS=1784944;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:35:31:31:0:14:17:0:0:3:31:0:4:14:17 chr19 1784944 . A G 519.73 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.109;QD=59.3981;RBI=0.0314774;REFB=0;REVB=0.0285664;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022655;OID=.;OPOS=1784944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr19 1796166 . C T 238.36 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0080802;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.772;QD=15.8906;RBI=0.0127936;REFB=-0.00945384;REVB=0.00991899;RO=33;SAF=21;SAR=6;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067729;STB=0.538432;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00956311;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:6:21:24:9:6:21:24:9 chr19 1810605 . T C 239.29 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.746;QD=50.3771;RBI=0.0525766;REFB=0;REVB=-0.0328865;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34416e-05;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr19 1811547 . A G 242.33 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00812189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1068;QD=29.3729;RBI=0.0119727;REFB=0.0120543;REVB=0.00879655;RO=11;SAF=14;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221305;STB=0.62211;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00408682;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:8:14:3:8:8:14:3:8 chr19 1819112 . A G 214.23 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=0.00220653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.428;QD=8.74414;RBI=0.0244397;REFB=-0.0207777;REVB=-0.0243399;RO=70;SAF=21;SAR=7;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964008;STB=0.557649;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0559122;OID=.;OPOS=1819112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:70:70:28:28:0.285714:7:21:48:22:7:21:48:22 chr19 1821637 . A G 117.42 PASS AF=0.358974;AO=15;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.032686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.348;QD=12.043;RBI=0.0329819;REFB=-0.0127085;REVB=-0.00440784;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100968;STB=0.555473;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0222515;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:25:15:14:0.358974:11:4:8:15:10:4:9:16 chr19 1827647 . T G 31.05 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0763765;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.033;QD=5.17417;RBI=0.249347;REFB=-0.0418145;REVB=-0.237362;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107451;STB=0.780226;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0607993;OID=.;OPOS=1827647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:23:24:9:18:6:6:0.25:1:5:8:1:1:5:9:9 chr19 1828005 . GCCCCG GCCC,GCCCG 125.87 PASS AF=0.615385,0;AO=7,8;DP=26;FAO=16,0;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=14,0;FSAR=2,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.239837,0.123963;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=29.2599,16.8927;QD=19.3648;RBI=0.240725,0.226254;REFB=-0.102508,-0.094397;REVB=-0.0206582,0.189272;RO=9;SAF=6,8;SAR=1,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.45597,0.788558;STB=0.720256,0.5;STBP=0.019,1;TYPE=del,del;VARB=0.0597508,0;OID=.,.;OPOS=1828009,1828006;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385,0:7,8:26:16,0:26:10:14,0:2,0:5:5:53:9:6,8:1,0:4:5 chr19 1854557 . A G 76.18 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00398627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.113;QD=12.6969;RBI=0.0283355;REFB=0.00276147;REVB=-0.0280537;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166059;STB=0.639632;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000150551;OID=.;OPOS=1854557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:24:24:10:13:9:9:0.375:1:8:8:2:1:8:10:3 chr19 1880950 . T C 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.017419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.701;QD=18.3353;RBI=0.0175507;REFB=-0.0356736;REVB=-0.00214556;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787748;STB=0.543975;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.037513;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:20:15:19:18:20:15:19:18 chr19 1925942 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00167608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.151;QD=22.3412;RBI=0.00945733;REFB=-0.00619402;REVB=0.00930762;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899025;STB=0.505045;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00541004;OID=.;OPOS=1925942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:3:11:14:4:3:11 chr19 1925970 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0124985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.156;QD=15.1718;RBI=0.0125267;REFB=0.00756764;REVB=0.00084067;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752274;STB=0.543673;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00883652;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:7:17:13:4:7:17 chr19 1986520 . G A 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0393909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6181;QD=24.0848;RBI=0.0504912;REFB=-0.00713714;REVB=0.0315867;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274901;STB=0.515111;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00685978;OID=.;OPOS=1986520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:19:15:11:12:19:15:11:12 chr19 1997363 . A G 274.19 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00529973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8168;QD=17.6894;RBI=0.0221628;REFB=-0.00337501;REVB=0.0215198;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998232;STB=0.562001;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00408927;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:9:20:19:13:9:21:19:13 chr19 2041032 . T C 142.05 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0130991;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.497;QD=13.2135;RBI=0.0222442;REFB=0.00266238;REVB=-0.0179783;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256496;STB=0.515031;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0039558;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:18:9:5:11:18:9 chr19 2046695 . AG GA 46.47 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.073854;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=53.1209;QD=4.04092;RBI=0.0787913;REFB=-0.0242055;REVB=-0.027453;RO=34;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546372;STB=0.879129;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.20785;OID=.;OPOS=2046695;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:47:46:34:37:9:9:0.195652:8:1:18:16:8:1:21:16 chr19 2099250 . G A 272.89 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0217578;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1251;QD=16.793;RBI=0.0774066;REFB=-0.0203112;REVB=0.0742858;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065408;STB=0.529393;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0197448;OID=.;OPOS=2099250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:35:30:30:0.461538:10:20:24:9:10:20:25:10 chr19 2138654 . T G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8557;QD=53.2712;RBI=0.052128;REFB=0;REVB=-0.011405;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910203;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr19 2226676 . G A 123.16 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0975414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.421;QD=37.8939;RBI=0.10574;REFB=-0.0714357;REVB=0.0408243;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00391258;OID=.;OPOS=2226676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr19 2249477 . G C,T 1284.19 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=3,81;DP=84;FAO=2,82;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=2,61;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881957,0.00870369;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.1933,190.208;QD=61.1519;RBI=0.0491061,0.081974;REFB=0,0;REVB=0.0483076,0.0815106;RO=0;SAF=3,60;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0766567,-0.00253942;OID=.,.;OPOS=2249477,2249477;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:84:84:0:0:3,81:2,82:0.0238095,0.97619:0,21:3,60:0:0:0,21:2,61:0:0 chr19 2251817 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0877;QD=60.6063;RBI=0.0102569;REFB=0;REVB=-0.00811;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22706e-06;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr19 2278755 . C T 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.691;QD=54.5104;RBI=0.0258649;REFB=0;REVB=0.0127212;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100095;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr19 2337468 . G A 1491.67 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0559114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.384;QD=57.3721;RBI=0.0604278;REFB=-0.109064;REVB=0.0229224;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886767;STB=0.509257;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00111238;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:101:102:0.980769:48:53:1:0:49:53:2:0 chr19 2339958 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.926;QD=62.9823;RBI=0.0406188;REFB=0;REVB=0.0200872;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139152;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr19 2340154 . G GC 1273.61 PASS AF=1;AO=109;DP=153;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178219;FXX=0.0202689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.5318;QD=35.134;RBI=0.289379;REFB=0;REVB=0.227988;RO=41;SAF=55;SAR=54;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288208;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00449853;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:153:145:145:0:73:72:0:0:26:41:55:54:23:18 chr19 2341060 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.94;QD=51.9153;RBI=0.0545965;REFB=0;REVB=-0.0111481;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299993;OID=.;OPOS=2341060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr19 2341577 . G A,C 753.0 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=45,2;DP=47;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338043,0.0127808;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.886,121.339;QD=61.4695;RBI=0.0387765,0.0256;REFB=0,0;REVB=0.0386288,-0.0221814;RO=0;SAF=27,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000303459,-0.00444128;OID=.,.;OPOS=2341577,2341577;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:49:0:0:45,2:48,1:0.979592,0.0204082:18,1:27,1:0:0:18,1:30,0:0:0 chr19 2353150 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.693;QD=50.4134;RBI=0.0331843;REFB=0;REVB=0.0137319;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130628;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 2398849 . A G 1400.27 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.146;QD=62.2343;RBI=0.00320911;REFB=0;REVB=7.84921e-05;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190203;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:46:44:0:0 chr19 2405456 . C T 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.808;QD=58.0318;RBI=0.0435138;REFB=-0.0343382;REVB=-0.0423406;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-7.13333e-05;OID=.;OPOS=2405456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:1:0:35:35:1:0 chr19 2410332 . T C 799.39 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2653;QD=63.9509;RBI=0.0367068;REFB=0;REVB=-0.0291084;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00062888;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr19 2413961 . G C 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.512;QD=60.2242;RBI=0.0301371;REFB=0;REVB=-0.0088284;RO=0;SAF=7;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16247e-05;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:30:7:0:0:30:7:0:0 chr19 2418031 . C G,T 473.23 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,31;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543999,-0.00376316;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.4393,100.266;QD=57.3612;RBI=0.0170957,0.00647075;REFB=0,0;REVB=0.0162071,0.00526395;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0364237,-0.000730253;OID=.,.;OPOS=2418031,2418031;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:2,31:2,31:0.0606061,0.939394:2,14:0,17:0:0:2,14:0,17:0:0 chr19 2433890 . A C,G 787.15 PASS AF=0.0862069,0.913793;AO=7,49;DP=56;FAO=5,53;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=3,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123648,0.0498866;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.2848,133.996;QD=54.286;RBI=0.0446273,0.0673782;REFB=0,0;REVB=-0.0428801,-0.0452896;RO=0;SAF=4,14;SAR=3,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.22152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.120404,0.00169516;OID=.,.;OPOS=2433890,2433890;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:56:58:0:0:7,49:5,53:0.0862069,0.913793:3,35:4,14:0:0:3,35:2,18:0:0 chr19 2512174 . A G 283.06 PASS AF=0.568182;AO=20;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0175796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1128;QD=25.7329;RBI=0.0486943;REFB=-0.0514469;REVB=-0.0454103;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592807;STB=0.514913;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0240437;OID=.;OPOS=2512174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:20:25:0.568182:8:12:9:8:12:13:10:8 chr19 2512175 . C G 42.66 PASS AF=0.173913;AO=7;DP=42;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0416833;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.644;QD=3.70974;RBI=0.0444017;REFB=-0.0336989;REVB=0.0152974;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170555;STB=0.565057;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0228684;OID=.;OPOS=2512175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:42:46:35:38:7:8:0.173913:4:3:20:15:4:4:22:16 chr19 2538760 . A T 94.24 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.000921717;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.908;QD=13.4622;RBI=0.00845417;REFB=-0.0120612;REVB=-0.00840378;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351885;STB=0.704695;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0173771;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:27:28:14:16:11:12:0.428571:1:10:10:4:1:11:12:4 chr19 2714720 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.063;QD=49.5992;RBI=0.0251959;REFB=0;REVB=0.0204946;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3064e-05;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 2714771 . T C 520.39 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5409;QD=57.8208;RBI=0.039748;REFB=0;REVB=0.0195039;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77011e-05;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:36:0:0:32:36:1:13:19:0:0:15:21:0:0 chr19 2732986 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.511;QD=47.8223;RBI=0.0222417;REFB=0;REVB=0.022139;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211752;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr19 2733394 . GA AG,G 1502.15 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=7,67;DP=118;FAO=6,120;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=0,73;FSAR=6,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855937,0.490611;FXX=0.0078734;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=127.887,16.7478;QD=47.6874;RBI=0.124113,0.562881;REFB=0,0;REVB=-0.123817,0.275927;RO=40;SAF=0,40;SAR=7,27;SRF=31;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.778097,-0.131471;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.166086,0.021165;OID=.,.;OPOS=2733394,2733395;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:118:126:40:0:7,67:6,120:0.047619,0.952381:7,27:0,40:31:9:6,47:0,73:0:0 chr19 2762585 . A C 756.91 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354389;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.587;QD=55.0476;RBI=0.042604;REFB=-0.1588;REVB=0.0236472;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00139242;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:30:24:0:0:30:24:0:1 chr19 2767192 . G T 1287.08 PASS AF=0.946809;AO=82;DP=88;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0133672;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.3724;QD=54.7694;RBI=0.0362584;REFB=-0.0796832;REVB=0.0337044;RO=4;SAF=48;SAR=34;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014959;STB=0.513438;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00514294;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:94:4:5:82:89:0.946809:34:48:3:1:40:49:4:1 chr19 2833802 . A G 177.61 PASS AF=0.338235;AO=19;DP=64;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00127386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.134;QD=10.4479;RBI=0.0102362;REFB=-0.0150474;REVB=0.0101567;RO=45;SAF=11;SAR=8;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528479;STB=0.521539;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0315893;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:45:45:19:23:0.338235:8:11:28:17:8:15:28:17 chr19 2833864 . G A 320.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.015863;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2042;QD=15.803;RBI=0.0339536;REFB=0.0101992;REVB=-0.0300202;RO=42;SAF=21;SAR=14;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438493;STB=0.518124;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0118849;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:46:35:35:0.432099:14:21:27:15:14:21:29:17 chr19 2834808 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0307318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0887;QD=12.8607;RBI=0.0311647;REFB=0.00154675;REVB=-0.00517661;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000120101;OID=.;OPOS=2834808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:3:4:4:3:3:5 chr19 2852530 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00472981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.098;QD=15.1567;RBI=0.029165;REFB=-0.0265903;REVB=-0.0287789;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105835;STB=0.568573;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0326876;OID=.;OPOS=2852530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:14:11:17:14:14:11:18:14 chr19 2853566 . A G 498.9 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.716;QD=58.6939;RBI=0.0517227;REFB=0;REVB=-0.0106939;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313825;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr19 2896818 . C T 446.82 PASS AF=0.517241;AO=43;DP=85;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.023539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2775;QD=20.5437;RBI=0.056031;REFB=-0.00783339;REVB=-0.0508467;RO=42;SAF=25;SAR=18;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148047;STB=0.571398;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00896489;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:42:42:43:45:0.517241:18:25:31:11:18:27:31:11 chr19 2896948 . T C 480.93 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.0279637;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3363;QD=15.7682;RBI=0.0290672;REFB=-0.00160834;REVB=-0.00793281;RO=67;SAF=36;SAR=17;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257845;STB=0.510726;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00187697;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:67:69:53:53:0.434426:17:36:47:20:17:36:48:21 chr19 2896953 . A G 486.15 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=7.51292e-05;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.715;QD=16.2049;RBI=0.00892417;REFB=-0.00977727;REVB=0.00892385;RO=67;SAF=35;SAR=18;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466222;STB=0.526006;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0109998;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:67:67:53:53:0.441667:18:35:47:20:18:35:47:20 chr19 2915738 . T A 601.44 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=90;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00151766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.677;QD=26.437;RBI=0.0061083;REFB=-0.0222114;REVB=0.00591676;RO=35;SAF=28;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102476;STB=0.508969;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0170561;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:35:37:53:54:0.593407:25:28:18:17:26:28:20:17 chr19 2917186 . T C 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0153954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.26;QD=20.3317;RBI=0.0199005;REFB=-0.0157474;REVB=-0.01261;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435796;STB=0.529592;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0153846;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:21:22:23:18:21:22:24:18 chr19 2917287 . C A 265.17 PASS AF=0.43662;AO=26;DP=68;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0753537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9906;QD=14.9389;RBI=0.0835215;REFB=-0.0122313;REVB=-0.0360231;RO=42;SAF=10;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200697;STB=0.573723;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0222367;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:42:40:26:31:0.43662:16:10:24:18:18:13:22:18 chr19 2917612 . T C 182.32 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00572934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.387;QD=11.576;RBI=0.0181238;REFB=0.00626556;REVB=-0.0171944;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187821;STB=0.60102;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0082851;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:9:14:17:22:9:14:18:22 chr19 2993427 . T C 726.01 PASS AF=0.538462;AO=69;DP=129;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00155745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.671;QD=22.3386;RBI=0.00162844;REFB=-0.0101422;REVB=-0.000475556;RO=58;SAF=41;SAR=28;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108668;STB=0.570073;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00969973;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:58:60:69:70:0.538462:28:41:27:31:28:42:27:33 chr19 3028853 . GC G,GG 128.01 PASS AF=0.44,0.4;AO=7,9;DP=22;FAO=11,10;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10,8;FSAR=1,2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0472795,-0.02592;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.83027,12.5186;QD=20.481;RBI=0.415151,0.054956;REFB=-0.0780838,-0.00277608;REVB=-0.41245,0.0484595;RO=4;SAF=7,8;SAR=0,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.17833;STB=0.583201,0.599827;STBP=0.664,0.433;TYPE=del,snp;VARB=-0.00617201,0.0108615;OID=.,.;OPOS=3028854,3028854;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.44,0.4:7,9:22:11,10:25:4:10,8:1,2:4:0:35:4:7,8:0,1:4:0 chr19 3062857 . T C 2276.62 PASS AF=0.945783;AO=155;DP=169;FAO=157;FDP=166;FR=.;FRO=9;FSAF=65;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0108277;FXX=0.0177504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3862;QD=54.8582;RBI=0.0430826;REFB=-0.0194776;REVB=0.0416997;RO=8;SAF=64;SAR=91;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400015;STB=0.510753;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00119573;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:169:166:8:9:155:157:0.945783:91:64:0:8:92:65:2:7 chr19 3150238 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00052061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.586;QD=63.5794;RBI=0.00592779;REFB=0;REVB=-0.00590489;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91844e-05;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr19 3155902 . G A 340.99 PASS AF=0.48;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00258339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.854;QD=18.1862;RBI=0.00260697;REFB=-0.0247789;REVB=0.000349786;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520045;STB=0.507791;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0260451;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:37:39:35:36:0.48:16:19:18:19:17:19:20:19 chr19 3186085 . G T 449.85 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00822296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.937;QD=21.6793;RBI=0.0439891;REFB=-0.0308085;REVB=-0.0432137;RO=39;SAF=32;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627991;STB=0.534743;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0270432;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:12:32:26:13:12:32:26:13 chr19 3201593 . C T 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0220633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.289;QD=11.5764;RBI=0.0308351;REFB=-0.0283578;REVB=0.0215409;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184262;STB=0.599911;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0399049;OID=.;OPOS=3201593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:8:15:19:20:8:15:20:20 chr19 3207422 . T C 191.01 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0176794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2266;QD=22.4713;RBI=0.0761796;REFB=-0.0306057;REVB=0.0740998;RO=15;SAF=2;SAR=16;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434616;STB=0.531215;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0204912;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:15:18:19:0.558824:16:2:2:13:17:2:2:13 chr19 3207646 . A G 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0213303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4404;QD=9.10765;RBI=0.0241605;REFB=-0.0101672;REVB=-0.0113468;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847122;STB=0.552494;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0201304;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:5:11:6:2:5:11 chr19 3208890 . T C 465.9 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=102;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=44;FWDB=-0.0381518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5875;QD=17.9194;RBI=0.0395477;REFB=-0.0254383;REVB=0.0104143;RO=53;SAF=19;SAR=30;SRF=10;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208202;STB=0.613126;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0228552;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:53:54:49:50:0.480769:30:19:10:43:31:19:10:44 chr19 3224896 . G C 570.82 PASS AF=0.537037;AO=52;DP=102;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0180705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.081;QD=21.1413;RBI=0.0195189;REFB=-0.0329906;REVB=0.00737855;RO=48;SAF=19;SAR=33;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157414;STB=0.612594;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0241676;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:48:50:52:58:0.537037:33:19:26:22:39:19:28:22 chr19 3534842 . G A 149.0 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0452279;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.697;QD=17.5298;RBI=0.045236;REFB=-0.00037394;REVB=0.000854502;RO=18;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247324;STB=0.644525;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000285058;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:14:2:5:13:14:2:5:13 chr19 3543397 . C T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00197405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.961;QD=8.37079;RBI=0.00652155;REFB=-0.000522255;REVB=0.00621561;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995307;STB=0.597918;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.001373;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:10:11:0.282051:6:4:9:19:6:5:9:19 chr19 3576314 . CCTT C 235.19 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0069429;FXX=0.054787;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.729;QD=13.6344;RBI=0.00700367;REFB=-0.0249131;REVB=0.00092066;RO=29;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15767;STB=0.588074;STBP=0.171;TYPE=del;VARB=0.0267971;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492754:32:70:34:69:35:11:23:17:18:99:29:10:22:14:15 chr19 3578653 . C T 446.31 PASS AF=0.52381;AO=37;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0712026;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.2822;QD=21.2529;RBI=0.0712153;REFB=0.0301326;REVB=0.00134908;RO=26;SAF=11;SAR=26;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615958;STB=0.508471;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0444038;OID=.;OPOS=3578653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:40:37:44:0.52381:26:11:6:20:29:15:13:27 chr19 3592171 . T C 151.31 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0318727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9669;QD=21.6151;RBI=0.0341308;REFB=-0.0323456;REVB=-0.0122082;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269184;STB=0.558753;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0151651;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:10:12:15:16:0.571429:10:5:3:7:10:6:3:9 chr19 3592855 . A C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0160947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.191;QD=18.8858;RBI=0.0308288;REFB=-0.0212722;REVB=0.026294;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0067112;OID=.;OPOS=3592855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr19 3593004 . A G 232.13 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0207045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7309;QD=23.8077;RBI=0.104278;REFB=-0.0403416;REVB=-0.102202;RO=17;SAF=4;SAR=18;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705632;STB=0.503933;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.028548;OID=.;OPOS=3593004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:18:4:3:14:18:4:3:14 chr19 3595794 . A G 304.06 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00274491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.731;QD=19.9381;RBI=0.00365153;REFB=-0.0405717;REVB=-0.00240814;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178237;STB=0.603998;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0211724;OID=.;OPOS=3595794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:31:32:0.52459:16:15:20:9:17:15:20:9 chr19 3595923 . G A 130.0 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0363341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.038;QD=13.3337;RBI=0.0452183;REFB=-0.0222779;REVB=0.0269171;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.571334;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0401767;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:10:14:7:8:10:14 chr19 3600390 . G A 535.98 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0198122;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.829;QD=13.9217;RBI=0.0239381;REFB=-0.0131329;REVB=-0.0134353;RO=91;SAF=39;SAR=23;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134189;STB=0.579182;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0236946;OID=.;OPOS=3600390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:91:92:62:62:0.402597:23:39:46:45:23:39:46:46 chr19 3611348 . C T 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0209003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.681;QD=17.5005;RBI=0.0213186;REFB=-0.0185681;REVB=-0.00420237;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10436;STB=0.558694;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0219878;OID=.;OPOS=3611348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:15:13:15:11:15:13 chr19 3611765 . A G 60.12 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.000373521;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.273;QD=6.1664;RBI=0.00078997;REFB=-0.0061178;REVB=-0.000696085;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357126;STB=0.670336;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0147542;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:39:32:30:8:9:0.230769:4:4:25:7:4:5:23:7 chr19 3614403 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.273;QD=63.2862;RBI=0.0480175;REFB=0;REVB=0.0477058;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013402;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr19 3630697 . T G 313.28 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.171701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1102;QD=28.4796;RBI=0.172086;REFB=-0.0864977;REVB=0.0115146;RO=16;SAF=0;SAR=27;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.86491;STB=0.8996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0590493;OID=.;OPOS=3630697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:16:27:28:0.636364:27:0:10:6:27:1:10:6 chr19 3653525 . C T 216.45 PASS AF=0.438596;AO=21;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0238742;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.014;QD=15.1892;RBI=0.0242036;REFB=-0.00947832;REVB=-0.00397956;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825909;STB=0.515139;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.013215;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:32:21:25:0.438596:15:6:8:14:17:8:11:21 chr19 3728609 . G A 181.39 PASS AF=0.385965;AO=15;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00311191;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.098;QD=12.7288;RBI=0.056048;REFB=-0.0114224;REVB=0.0559615;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173256;STB=0.544553;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0188565;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:35:15:22:0.385965:12:3:3:24:15:7:9:26 chr19 3730041 . C T 233.28 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0190539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8676;QD=16.966;RBI=0.0386838;REFB=0.0251763;REVB=0.0336658;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152838;STB=0.585305;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0157195;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:23:6:9:17:23:6 chr19 3735934 . G A 37.29 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0186183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.917;QD=8.77375;RBI=0.0190693;REFB=-0.000697369;REVB=-0.00412314;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597745;STB=0.876102;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00182393;OID=.;OPOS=3735934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:1:5:2:8:1:5:2:9 chr19 3738649 . A C 281.18 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00618461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5379;QD=17.3034;RBI=0.0478205;REFB=-0.0247578;REVB=-0.0474189;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401565;STB=0.529393;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0266548;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:18:12:15:19:19:12:15:19 chr19 3738971 . A G 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0359926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5046;QD=7.01166;RBI=0.0381911;REFB=0.00277429;REVB=-0.0127709;RO=40;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044755;STB=0.527817;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0244153;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:6:7:23:17:6:7:23:17 chr19 3740658 . T G 520.27 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0219684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.607;QD=20.4026;RBI=0.0247284;REFB=-0.0200843;REVB=0.0113527;RO=49;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596514;STB=0.53284;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0211466;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:23:30:31:18:23:30:31:18 chr19 3746087 . G A 352.24 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0245064;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.47;QD=20.7201;RBI=0.0257057;REFB=0.00961953;REVB=0.00776006;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366736;STB=0.520293;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00826471;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:15:21:20:12:15:21:20:12 chr19 3762698 . C T 976.33 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0462283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.262;QD=57.4311;RBI=0.0470128;REFB=0.0415967;REVB=0.0085524;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00105502;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:22:45:0:0:22:45:0:1 chr19 3767265 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.49;QD=59.0185;RBI=0.0393663;REFB=0;REVB=0.0247979;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01532e-05;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 3820191 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.011238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.147;QD=14.6503;RBI=0.0297808;REFB=-0.0118173;REVB=-0.027579;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0242167;OID=.;OPOS=3820191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr19 3831448 . C CA 113.22 PASS AF=0.8;AO=4;DP=17;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0573074;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.593;QD=30.1926;RBI=0.068002;REFB=-0.103373;REVB=-0.0366078;RO=12;SAF=3;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.644885;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=0.0216795;OID=.;OPOS=3831449;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:4:17:12:15:3:10:2:1:2:15:12:3:1:9:3 chr19 3831449 . G A 59.41 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00835171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.552;QD=15.842;RBI=0.066763;REFB=-0.0638313;REVB=-0.0662386;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359217;STB=0.717291;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0251194;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:4:3:1:7:4:3 chr19 3831525 . C A 261.91 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0371697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4776;QD=25.5517;RBI=0.0793922;REFB=-0.0255964;REVB=0.0701536;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110278;STB=0.561351;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.021186;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:8:16:9:8:8:16:9:8 chr19 3831709 . C T 137.45 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0140478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.883;QD=18.9581;RBI=0.0364466;REFB=-0.0499842;REVB=-0.0336306;RO=12;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351671;STB=0.709369;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.034558;OID=.;OPOS=3831709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:14:15:15:0.517241:3:12:5:7:3:12:6:8 chr19 3831765 . G A 267.28 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0255032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.187;QD=18.4332;RBI=0.0267513;REFB=-0.0139068;REVB=0.00807594;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109198;STB=0.568674;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0112677;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:15:14:17:11:15:14:18:11 chr19 3963617 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 62.15 PASS AF=0.131579,0.157895;AO=9,20;DP=85;FAO=10,12;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=7,4;FSAR=3,8;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.045833,0.0764284;FXX=0.0256377;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.5707,10.7819;QD=3.27094;RBI=0.0458931,0.156062;REFB=-0.0270029,-0.0542446;REVB=-0.00234923,-0.136066;RO=44;SAF=9,3;SAR=0,17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0.311111,0.311111;SSEP=0,0;SSSB=0.679902,-0.542078;STB=0.672724,0.638939;STBP=0.266,0.306;TYPE=del,del;VARB=0.127691,-0.00648356;OID=.,.;OPOS=3963622,3963618;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.131579,0.157895:9,20:85:10,12:76:54:7,4:3,8:27:27:24:44:9,3:0,17:26:18 chr19 3977486 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.48;QD=50.4131;RBI=0.0981688;REFB=0;REVB=0.0847792;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357094;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr19 3979408 . A G 594.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1043;QD=60.9584;RBI=0.0218067;REFB=0;REVB=-0.0217623;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222496;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr19 4028783 . C T 585.8 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0522887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.917;QD=53.2543;RBI=0.0527354;REFB=-0.219501;REVB=-0.00684903;RO=1;SAF=6;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719083;STB=0.588188;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00503988;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:44:44:1:3:40:41:0.931818:34:6:1:0:34:7:3:0 chr19 4033462 . T C 2252.53 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=153;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0574226;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.827;QD=59.6696;RBI=0.057712;REFB=0.106634;REVB=0.00577226;RO=1;SAF=74;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629973;STB=0.503355;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0001742;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:151:1:1:149:150:0.993377:75:74:0:1:76:74:1:0 chr19 4042858 . G A 713.13 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370339;FXX=0.059988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8046;QD=60.6919;RBI=0.0917776;REFB=0.0707637;REVB=0.083974;RO=1;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.516122;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00105481;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:14:31:0:1:15:31:0:1 chr19 4042923 . A G 972.76 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5642;QD=58.9551;RBI=0.0578142;REFB=0;REVB=-0.0533074;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272179;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr19 4043024 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.707;QD=58.2368;RBI=0.0644942;REFB=0;REVB=-0.0167132;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011092;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr19 4045518 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.513;QD=33.4285;RBI=0.00522424;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78036e-05;OID=.;OPOS=4045518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 4101062 . G T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0722889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.885;QD=19.825;RBI=0.0742085;REFB=-0.0362139;REVB=-0.0167693;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105362;STB=0.558697;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0401787;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:9:16:14:13:9:16 chr19 4217207 . T G 803.84 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154388;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.488;QD=57.4174;RBI=0.0272766;REFB=0;REVB=0.0224868;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08477e-06;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr19 4229629 . T TG 276.71 PASS AF=0.962264;AO=10;DP=65;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.205329;FXX=0.116647;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3105;QD=20.8835;RBI=0.206886;REFB=-0.0278564;REVB=0.0253307;RO=55;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260835;STB=0.5238;STBP=0.136;TYPE=ins;VARB=0.0416309;OID=.;OPOS=4229630;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962264:10:65:51:53:2:31:20:0:2:3:55:7:3:27:28 chr19 4236996 . G A 1519.66 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021783;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.05;QD=58.4483;RBI=0.021804;REFB=-0.0913163;REVB=-0.000955843;RO=1;SAF=51;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921324;STB=0.504853;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000348462;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:52:51:1:0:52:51:1:0 chr19 4237067 . A G 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.518;QD=55.0446;RBI=0.0677773;REFB=-0.0857577;REVB=-0.0534363;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00282395;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:1:0:30:25:1:0 chr19 4251069 . T C 1525.24 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402038;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8497;QD=63.5517;RBI=0.041666;REFB=0;REVB=0.0109409;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67577e-05;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:93:96:1:56:37:0:0:58:38:0:0 chr19 4254375 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.469;QD=58.142;RBI=0.0446283;REFB=0;REVB=0.0329764;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206688;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr19 4280186 . C T 578.16 PASS AF=0.558824;AO=54;DP=99;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00683246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7722;QD=22.673;RBI=0.0446452;REFB=0.00121623;REVB=0.0441193;RO=45;SAF=34;SAR=20;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655937;STB=0.503815;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.000626389;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:45:45:54:57:0.558824:20:34:28:17:22:35:28:17 chr19 4288332 . A G 133.52 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0156631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.836;QD=15.7078;RBI=0.0170058;REFB=-0.00317764;REVB=-0.00662305;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353611;STB=0.685439;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00601019;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:19:15:15:0.441176:12:3:9:8:12:3:9:10 chr19 4292841 . C G 119.39 PASS AF=0.302632;AO=13;DP=63;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0533637;FXX=0.0256377;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.6005;QD=6.28397;RBI=0.0591494;REFB=-0.0692283;REVB=0.025514;RO=49;SAF=13;SAR=0;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.726012;STB=0.90988;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.04452;OID=.;OPOS=4292841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:76:49:53:13:23:0.302632:0:13:29:20:1:22:30:23 chr19 4306311 . T C 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0170048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.513;QD=18.6434;RBI=0.0229991;REFB=-0.0267137;REVB=0.0154854;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228752;STB=0.629457;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0219672;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:10:3:7:7:10:3 chr19 4325433 . G A 66.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0162112;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.576;QD=12.7262;RBI=0.024341;REFB=-0.00389754;REVB=0.0181572;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372698;STB=0.723608;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0119502;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:7:5:7:2:7:5 chr19 4333711 . C T 495.89 PASS AF=0.384106;AO=57;DP=149;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00691537;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8723;QD=13.1361;RBI=0.0445484;REFB=-0.00972118;REVB=0.0440084;RO=92;SAF=32;SAR=25;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672775;STB=0.528673;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0150633;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:92:93:57:58:0.384106:25:32:46:46:26:32:47:46 chr19 4352959 . A G 163.14 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3055;QD=43.5031;RBI=0.0738753;REFB=0;REVB=0.0660237;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152753;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:10:15:1:1:9:0:0:1:14:0:0 chr19 4357555 . A G 1182.71 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2204;QD=60.652;RBI=0.0125482;REFB=0;REVB=-0.0102891;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48039e-05;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:39:39:0:0 chr19 4359199 . G A 276.62 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0315708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7171;QD=15.8067;RBI=0.0316302;REFB=-0.00742481;REVB=-0.00193731;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271372;STB=0.631884;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00930383;OID=.;OPOS=4359199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:39:30:31:0.442857:20:10:23:15:20:11:23:16 chr19 4362691 . G C 755.4 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0298945;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.057;QD=20.8386;RBI=0.0304405;REFB=-0.0130936;REVB=-0.00573937;RO=70;SAF=40;SAR=33;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173654;STB=0.517007;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0160172;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:70:72:73:73:0.503448:33:40:37:33:33:40:37:35 chr19 4442336 . C T 314.91 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0170638;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.409;QD=13.996;RBI=0.0214082;REFB=-0.0260374;REVB=-0.0129282;RO=52;SAF=18;SAR=17;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457998;STB=0.530218;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0382755;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:55:35:35:0.388889:17:18:29:23:17:18:31:24 chr19 4442999 . T G 327.12 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0400043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.94;QD=18.6923;RBI=0.0473008;REFB=-0.00436888;REVB=-0.0252394;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117091;STB=0.557345;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00791153;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:17:17:13:22:18:17:13:22 chr19 4443046 . T C 366.09 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.0032823;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.768;QD=13.6857;RBI=0.00775316;REFB=-0.0116891;REVB=-0.0070241;RO=64;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106926;STB=0.560294;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0121041;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:64:64:43:43:0.401869:24:19:22:42:24:19:22:42 chr19 4446617 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.044417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.233;QD=16.5271;RBI=0.0455728;REFB=-0.036604;REVB=-0.0101985;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797048;STB=0.504501;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0391352;OID=.;OPOS=4446617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:14:11:13:16:14:11:13:16 chr19 4457650 . C T 68.69 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0176143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.018;QD=7.23046;RBI=0.0203064;REFB=-0.0083533;REVB=-0.0101038;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601152;STB=0.512633;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0341602;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:36:38:27:28:9:10:0.263158:7:2:7:20:7:3:8:20 chr19 4493708 . A G 470.05 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=25;FWDB=-0.0298416;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.907;QD=14.0312;RBI=0.0305891;REFB=-0.0301572;REVB=0.00672114;RO=75;SAF=25;SAR=28;SRF=53;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243343;STB=0.631181;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0227669;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:81:53:53:0.395522:28:25:53:22:28:25:56:25 chr19 4504602 . G A 52.71 PASS AF=0.347826;AO=5;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.017078;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.533;QD=9.1663;RBI=0.0264401;REFB=-0.0153832;REVB=-0.0201846;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555549;STB=0.651828;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.05372;OID=.;OPOS=4504602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:24:23:15:15:5:8:0.347826:4:1:11:4:4:4:11:4 chr19 4508945 . A G 902.63 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.122;QD=58.2339;RBI=0.0361688;REFB=0;REVB=0.0355888;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29787e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:49:62:1:24:25:0:0:27:35:0:0 chr19 4510744 . A AC 31.47 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0289292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5936;QD=3.93421;RBI=0.0405854;REFB=-0.0197122;REVB=0.0284654;RO=25;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570089;STB=0.874063;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.0531799;OID=.;OPOS=4510745;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:8:33:8:32:24:7:1:9:15:31:25:7:1:10:15 chr19 4511281 . G A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0283644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9046;QD=6.02726;RBI=0.0301867;REFB=-0.00752207;REVB=0.0103294;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45983;STB=0.79396;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00966469;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:7:2:19:12:7:2:19:12 chr19 4511350 . T A 199.16 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0676664;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2897;QD=18.5269;RBI=0.0676794;REFB=-0.00490029;REVB=-0.00132908;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372633;STB=0.722662;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00983736;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:20:20:0.465116:15:5:14:8:15:5:15:8 chr19 4511453 . G A 110.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0355189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0097;QD=17.6073;RBI=0.0798123;REFB=-0.0670724;REVB=0.0714732;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10936;STB=0.562406;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0677081;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:4:8:7:6:4:8 chr19 4511525 . A G 117.81 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00153343;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.537;QD=21.4206;RBI=0.0104258;REFB=-0.00711335;REVB=0.0103124;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00599351;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:23:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:4:5:6:7:4:5 chr19 4511647 . C G 284.64 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0419395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4022;QD=23.7197;RBI=0.0720994;REFB=-0.00455741;REVB=-0.0586464;RO=20;SAF=17;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312383;STB=0.690483;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00328248;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:22:26:26:0.541667:9:17:5:15:9:17:5:17 chr19 4511677 . A G 48.73 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0274028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.066;QD=3.89805;RBI=0.0318466;REFB=-0.00674884;REVB=-0.0162262;RO=42;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431592;STB=0.810083;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0365678;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:7:1:18:24:7:1:18:24 chr19 4511725 . T C 167.84 PASS AF=0.452381;AO=15;DP=38;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0118653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4054;QD=15.9844;RBI=0.0243788;REFB=-0.0637863;REVB=0.0212965;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157214;STB=0.535678;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0357748;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:23:23:15:19:0.452381:9:6:6:17:13:6:6:17 chr19 4511730 . T C 242.1 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0291337;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.451;QD=21.5202;RBI=0.0304287;REFB=0.00093865;REVB=-0.00878236;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255163;STB=0.507456;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00117927;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:22:23:23:0.511111:17:6:5:16:17:6:6:16 chr19 4511746 . A T 137.87 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0148528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.812;QD=11.4893;RBI=0.0213472;REFB=-0.0118984;REVB=0.015333;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201785;STB=0.617516;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00810152;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:10:6:7:25:10:6:7:25 chr19 4511791 . A C 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00183292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.314;QD=8.04982;RBI=0.0175;REFB=-0.00538228;REVB=-0.0174037;RO=44;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703311;STB=0.548683;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0122685;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:10:8:17:27:10:8:17:28 chr19 4511830 . A G 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0044919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.442;QD=6.95176;RBI=0.0134903;REFB=-0.00233563;REVB=-0.0127205;RO=46;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101931;STB=0.562422;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0105696;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:7:9:22:24:7:9:22:24 chr19 4511955 . T C 388.7 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00554754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.6;QD=16.196;RBI=0.0317377;REFB=-0.0191993;REVB=-0.0312491;RO=53;SAF=28;SAR=13;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677098;STB=0.530106;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0212305;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:55:41:41:0.427083:13:28:33:20:13:28:35:20 chr19 4512185 . C A 266.92 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00562364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3028;QD=15.9353;RBI=0.0102976;REFB=0.00272838;REVB=0.0086264;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998059;STB=0.563594;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0026249;OID=.;OPOS=4512185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:37:29:30:0.447761:12:17:18:19:12:18:18:19 chr19 4512669 . T C 759.91 PASS AF=0.586777;AO=71;DP=122;FAO=71;FDP=121;FR=.;FRO=50;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0284847;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.085;QD=25.1211;RBI=0.0347422;REFB=-0.00533971;REVB=0.0198907;RO=50;SAF=46;SAR=25;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207601;STB=0.613155;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00585542;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:50:50:71:71:0.586777:25:46:19:31:25:46:19:31 chr19 4513143 . CA TG 257.42 PASS AF=0.814815;AO=20;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0260056;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=141.735;QD=38.1362;RBI=0.143984;REFB=-0.114974;REVB=0.141616;RO=5;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169833;STB=0.592511;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.0102591;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:20:22:0.814815:9:11:5:0:11:11:5:0 chr19 4513559 . A G 569.38 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268797;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9049;QD=58.3975;RBI=0.0269006;REFB=-0.170593;REVB=-0.00106135;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00280104;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:39:0:1:38:38:0.974359:29:9:0:0:29:9:0:1 chr19 4525046 . A G 288.91 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.322;QD=52.5291;RBI=0.0246117;REFB=0;REVB=0.020975;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195929;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr19 4538599 . G A 502.09 PASS AF=0.363095;AO=61;DP=167;FAO=61;FDP=168;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=0.0119957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.284;QD=11.9545;RBI=0.015069;REFB=-0.00874388;REVB=-0.00912025;RO=105;SAF=35;SAR=26;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191649;STB=0.613998;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0144541;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:105:107:61:61:0.363095:26:35:42:63:26:35:42:65 chr19 4542916 . TG T 35.4 PASS AF=0.424242;AO=11;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0554777;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.88033;QD=4.29121;RBI=0.0759629;REFB=-0.0497515;REVB=0.0518902;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435331;STB=0.51513;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.0170534;OID=.;OPOS=4542917;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:11:32:14:33:19:7:7:9:10:35:14:6:5:7:7 chr19 4558431 . C G 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0367733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.727;QD=26.4932;RBI=0.0417101;REFB=-0.00429878;REVB=-0.0196838;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208503;STB=0.511614;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00213684;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:4:5:10:7:4:5 chr19 4652822 . C G 148.49 PASS AF=0.341463;AO=10;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00194747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6464;QD=14.4871;RBI=0.0215644;REFB=-0.00101623;REVB=0.0214763;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146277;STB=0.655718;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00781559;OID=.;OPOS=4652822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:10:14:0.341463:3:7:14:10:3:11:14:10 chr19 4653351 . C G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00134485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.312;QD=6.73512;RBI=0.0296431;REFB=-0.00272494;REVB=-0.0296126;RO=35;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670135;STB=0.529359;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.013377;OID=.;OPOS=4653351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:6:5:14:21:6:5:15:21 chr19 4653370 . C G 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0204483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0482;QD=5.00001;RBI=0.0742402;REFB=0.00318541;REVB=-0.0713686;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621851;STB=0.540973;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0213243;OID=.;OPOS=4653370;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:15:23:5:4:15:23 chr19 4653420 . A G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0242438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2245;QD=4.0175;RBI=0.0431528;REFB=0.00423779;REVB=-0.0356988;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850691;STB=0.55863;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0240367;OID=.;OPOS=4653420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:12:16:3:3:12:16 chr19 4654163 . A C 252.69 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0383425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7916;QD=21.0571;RBI=0.0438329;REFB=-0.032191;REVB=-0.021241;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438416;STB=0.52467;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0161855;OID=.;OPOS=4654163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:17:7:8:16:17:7:8:16 chr19 4655166 . A G 138.76 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0270011;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.548;QD=18.5015;RBI=0.0441925;REFB=-0.0290791;REVB=0.0349846;RO=14;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186396;STB=0.548951;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0541366;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:15:15:15:0.5:3:12:11:3:3:12:11:4 chr19 4658047 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00287173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.12;QD=12.4824;RBI=0.00327649;REFB=0.000296177;REVB=0.00157751;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510538;STB=0.80406;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000826317;OID=.;OPOS=4658047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:10:2:12:7:10:2:12:7 chr19 4685259 . G A 328.44 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0240884;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.489;QD=15.2764;RBI=0.0435415;REFB=-0.0109803;REVB=0.0362714;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239073;STB=0.634446;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0236323;OID=.;OPOS=4685259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:36:36:0.418605:20:16:34:16:20:16:34:16 chr19 4685276 . A C 489.28 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.00805576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6595;QD=19.5713;RBI=0.0142222;REFB=0.0193591;REVB=-0.0117208;RO=51;SAF=25;SAR=23;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155405;STB=0.589956;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0296095;OID=.;OPOS=4685276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:48:48:0.48:23:25:35:16:23:25:36:16 chr19 4724069 . G A 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=5;FWDB=0.00415311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.128;QD=11.3457;RBI=0.0147798;REFB=-0.0124574;REVB=0.0141843;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316046;STB=0.678316;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0311299;OID=.;OPOS=4724069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:8:14:34:5:8:14:34:5 chr19 4724157 . G A 162.21 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0110404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.552;QD=12.0153;RBI=0.0135998;REFB=0.000132431;REVB=0.00794129;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318603;STB=0.5185;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-5.1953e-07;OID=.;OPOS=4724157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:18:16:10:10:18:16 chr19 4769740 . C A 235.39 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0190845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.862;QD=13.2611;RBI=0.0242725;REFB=-0.00876294;REVB=0.0149979;RO=43;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191676;STB=0.609777;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0220618;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:10:18:20:23:10:18:20:23 chr19 4772202 . A C 106.69 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0762533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3384;QD=12.5515;RBI=0.120239;REFB=-0.00340266;REVB=-0.0929665;RO=21;SAF=1;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603412;STB=0.866782;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0038115;OID=.;OPOS=4772202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:12:1:11:10:12:1:11:10 chr19 4794257 . T G 619.34 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.499;QD=58.9847;RBI=0.0297656;REFB=-0.0411544;REVB=-0.00211193;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00111688;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:18:22:0:1:18:23:0:1 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575433;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=8;MLLD=282.358;QD=39.6144;RBI=0.0609611;REFB=0;REVB=0.0201255;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000659937;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:8:8:0:2:6:0:0:4:0:2:6:0:0 chr19 4847713 . A G 704.48 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.618;QD=62.6207;RBI=0.0141491;REFB=0;REVB=0.0124611;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70634e-05;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:40:45:1:18:22:0:0:20:25:0:0 chr19 4847874 . A G 1123.85 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6006;QD=59.9387;RBI=0.0680092;REFB=0;REVB=0.0157139;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49977e-05;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:42:31:0:0:43:32:0:0 chr19 4852106 . A G 1434.23 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.486;QD=63.0429;RBI=0.01635;REFB=0;REVB=0.00749144;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57984e-06;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr19 4852137 . C T 1249.46 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0415587;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.196;QD=58.1144;RBI=0.045421;REFB=-0.13063;REVB=0.0183287;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.504782;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000960196;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:86:0:3:83:83:0.965116:44:39:0:0:44:39:1:2 chr19 4945914 . A C 125.42 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0130496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.994;QD=8.95864;RBI=0.029475;REFB=-0.0046212;REVB=-0.0264288;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491499;STB=0.529377;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0144873;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:20:19:9:8:20:19 chr19 4945917 . C T 109.5 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0249036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.006;QD=8.1108;RBI=0.027287;REFB=-0.00106152;REVB=-0.0111529;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651906;STB=0.514832;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.010988;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:39:15:15:0.277778:7:8:19:17:7:8:20:19 chr19 4945974 . T C 259.36 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394135;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.832;QD=51.8728;RBI=0.110906;REFB=0;REVB=0.110836;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178031;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr19 4954454 . C T 1058.47 PASS AF=0.986301;AO=67;DP=69;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.253;QD=57.9984;RBI=0.0266284;REFB=-0.0472157;REVB=0.0167382;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000113072;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:73:0:1:67:72:0.986301:30:37:0:0:32:40:1:0 chr19 4954679 . G C,GC 584.07 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=2,28;DP=55;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432577,0.0437249;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=5.50178,20.6492;QD=43.2645;RBI=0.0842996,0.0469186;REFB=0,0;REVB=-0.0841886,-0.0170143;RO=24;SAF=1,23;SAR=1,5;SRF=2;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.549852,0.598965;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.035584,0.000829655;OID=.,.;OPOS=4954679,4954680;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:54:24:0:2,28:1,53:0.0185185,0.981481:1,5:1,23:2:22:0,29:1,24:0:0 chr19 5041178 . T C 1623.92 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5303;QD=60.1454;RBI=0.0708265;REFB=0;REVB=0.0702972;RO=0;SAF=65;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191498;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:43:65:0:0:43:65:0:0 chr19 5110794 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0561005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5374;QD=18.7766;RBI=0.0709024;REFB=-0.0014418;REVB=-0.0433577;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158493;STB=0.599615;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00163316;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:17:9:13:12:17:9:14:12 chr19 5114116 . T G 627.36 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=-0.0169397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.939;QD=18.8679;RBI=0.0179399;REFB=-0.00907736;REVB=0.00590651;RO=69;SAF=31;SAR=33;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156927;STB=0.58664;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00808664;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:69:64:64:0.481203:33:31:45:24:33:31:45:24 chr19 5114409 . C T 88.75 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0174442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2872;QD=14.7908;RBI=0.0354255;REFB=-0.0069941;REVB=0.0308329;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299066;STB=0.673766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00817589;OID=.;OPOS=5114409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:4:9:4:7:4:9 chr19 5135392 . A G 1364.62 PASS AF=0.941748;AO=97;DP=104;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=76;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0144324;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.304;QD=52.9949;RBI=0.0154129;REFB=-0.0492054;REVB=0.00540957;RO=5;SAF=76;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247146;STB=0.509916;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000943085;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:104:103:5:6:97:97:0.941748:21:76:3:2:21:76:4:2 chr19 5206775 . A G 170.89 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0522917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1879;QD=17.5269;RBI=0.0720168;REFB=0.00231441;REVB=-0.0495176;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00573629;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:10:11:10:8:10:11 chr19 5210782 . G A 266.12 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0135318;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.71;QD=16.8966;RBI=0.0157152;REFB=-0.0372468;REVB=0.00799102;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338554;STB=0.504828;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0346926;OID=.;OPOS=5210782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:63:32:34:29:29:0.460317:10:19:22:10:10:19:22:12 chr19 5212380 . C T 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00372562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.985;QD=12.9215;RBI=0.00749821;REFB=-0.00760173;REVB=-0.00650714;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468447;STB=0.767572;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0119461;OID=.;OPOS=5212380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:16:6:25:9:16:6:25:9 chr19 5212482 . G A 395.85 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00550477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.49;QD=20.3001;RBI=0.0300234;REFB=-0.00177526;REVB=0.0295144;RO=38;SAF=12;SAR=28;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380372;STB=0.710556;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00333758;OID=.;OPOS=5212482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:28:12:28:10:28:12:28:10 chr19 5214697 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.97;QD=57.5451;RBI=0.0481745;REFB=0;REVB=-0.0477413;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178304;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr19 5455611 . C T 747.46 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5105;QD=63.6134;RBI=0.155684;REFB=0;REVB=0.0724328;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029588;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:41:47:1:13:28:0:0:14:33:0:0 chr19 5455735 . G A 265.02 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0325443;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4642;QD=19.6312;RBI=0.113404;REFB=-0.0127424;REVB=0.108634;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191975;STB=0.607066;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00648921;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:26:28:28:0.518519:11:17:10:16:11:17:10:16 chr19 5455796 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.813;QD=57.1768;RBI=0.0697122;REFB=0;REVB=-0.0188144;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74518e-05;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr19 5455800 . G A 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.011135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.717;QD=16.0335;RBI=0.0197554;REFB=-0.022769;REVB=0.0163183;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146258;STB=0.508395;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0273778;OID=.;OPOS=5455800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:13:15:11:9:13:15 chr19 5455971 . G T 1322.19 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654568;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6554;QD=62.2208;RBI=0.0802292;REFB=0;REVB=0.046391;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416103;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr19 5455978 . T C 1457.78 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0291532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.549;QD=62.0331;RBI=0.0382275;REFB=-0.155035;REVB=0.0247272;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000424678;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:47:46:0:0:47:46:0:1 chr19 5455989 . C T 494.29 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0697356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.722;QD=20.5954;RBI=0.0736652;REFB=0.000515907;REVB=0.0237384;RO=48;SAF=26;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938864;STB=0.551971;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000364884;OID=.;OPOS=5455989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:22:26:21:27:22:26:21:27 chr19 5456037 . G A 533.56 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0216989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.258;QD=19.9463;RBI=0.033172;REFB=-0.0385527;REVB=0.0250906;RO=52;SAF=32;SAR=23;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442755;STB=0.502442;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0347181;OID=.;OPOS=5456037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:23:32:30:22:23:32:30:22 chr19 5456450 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.46;QD=56.9995;RBI=0.0460414;REFB=0;REVB=0.0230506;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04004e-05;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr19 5456810 . G A 349.57 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00980597;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.958;QD=17.7;RBI=0.010937;REFB=-0.00979126;REVB=-0.00484376;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426337;STB=0.529396;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00985555;OID=.;OPOS=5456810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:17:20:24:17:17:20:25:17 chr19 5587144 . T C 224.42 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0119842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.103;QD=11.221;RBI=0.0164823;REFB=-0.00351044;REVB=0.0113157;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864197;STB=0.549965;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00627869;OID=.;OPOS=5587144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:14:14:22:30:14:14:22:30 chr19 5590291 . G T 288.59 PASS AF=0.578947;AO=28;DP=52;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.108538;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.7457;QD=20.2519;RBI=0.128808;REFB=-0.172257;REVB=0.0693608;RO=23;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670451;STB=0.528036;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0346793;OID=.;OPOS=5590291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:23:24:28:33:0.578947:10:18:13:10:13:20:13:11 chr19 5591735 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00787967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6611;QD=18.0871;RBI=0.0117139;REFB=-0.0255333;REVB=-0.00866755;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13946;STB=0.569679;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00744886;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:10:16:12:14:10:16:13:14 chr19 5616266 . C T 244.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00738399;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.004;QD=15.2996;RBI=0.0176869;REFB=-0.00342423;REVB=0.0160718;RO=36;SAF=7;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326996;STB=0.6863;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00166037;OID=.;OPOS=5616266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:21:7:20:16:21:7:20:16 chr19 5654449 . G A 636.72 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0239675;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.439;QD=18.1919;RBI=0.0242456;REFB=0.00478812;REVB=-0.00366196;RO=75;SAF=35;SAR=30;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049751;STB=0.502762;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00491083;OID=.;OPOS=5654449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:75:75:65:65:0.464286:30:35:40:35:30:35:40:35 chr19 5678497 . C T 720.61 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=174;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.0030711;FXX=0.0171419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.173;QD=16.7583;RBI=0.0153997;REFB=-0.0145953;REVB=0.0150904;RO=90;SAF=29;SAR=48;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155058;STB=0.590019;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0170421;OID=.;OPOS=5678497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:90:95:77:77:0.447674:48:29:48:42:48:29:51:44 chr19 5692192 . C T 413.69 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00106532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.748;QD=16.3838;RBI=0.00109183;REFB=-0.0256514;REVB=0.000239129;RO=55;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773579;STB=0.538242;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0301299;OID=.;OPOS=5692192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:56:45:45:0.445545:21:24:25:30:21:24:26:30 chr19 5696101 . C T 174.12 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0123522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1379;QD=19.3466;RBI=0.0134052;REFB=-0.000810276;REVB=-0.00520779;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980718;STB=0.555495;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00123361;OID=.;OPOS=5696101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:7:11:9:9:7:11 chr19 5729888 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00777762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.782;QD=6.52626;RBI=0.0429017;REFB=-0.00308133;REVB=0.0421908;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265835;STB=0.676826;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00688012;OID=.;OPOS=5729888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:1:6:14:6:1:6:14:6 chr19 5766090 . T C 348.72 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9472;QD=53.6485;RBI=0.0784217;REFB=0;REVB=0.0418391;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002283;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr19 5772950 . G A 155.45 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=55;FAO=20;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00966511;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=93.2907;QD=10.3631;RBI=0.0298886;REFB=-0.00149828;REVB=0.0282827;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121036;STB=0.512183;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00506559;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:17:39:15:20:0.333333:9:6:9:8:13:7:13:26 chr19 5783634 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.071612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.651;QD=21.8421;RBI=0.0730501;REFB=0.010398;REVB=-0.0144237;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.599697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00892763;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:4:2:0:1:4:2:0:2 chr19 5783905 . G A 151.79 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0543346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4122;QD=20.2391;RBI=0.0929268;REFB=-0.0519804;REVB=0.0753866;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124619;STB=0.521711;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0464162;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:14:15:16:0.533333:3:12:9:4:4:12:10:4 chr19 5784370 . C T 117.38 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00860237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.564;QD=21.3418;RBI=0.0134947;REFB=-0.00967111;REVB=-0.0103974;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00881127;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:9:9:12:13:0.590909:6:6:5:4:7:6:5:4 chr19 5786815 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00649105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.634;QD=15.6508;RBI=0.0181911;REFB=-0.0110158;REVB=-0.0169936;RO=21;SAF=14;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45728;STB=0.770239;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0133188;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:2:14:11:10:2:14:11:10 chr19 5789565 . T C 179.05 PASS AF=0.4;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0319915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.553;QD=13.0216;RBI=0.0320224;REFB=-0.0160848;REVB=0.00140631;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445368;STB=0.762498;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0225549;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:33:33:20:22:0.4:13:7:26:7:15:7:26:7 chr19 5831840 . C T 164.38 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00408769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.141;QD=13.6985;RBI=0.0168756;REFB=-0.00533615;REVB=0.0163731;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270343;STB=0.668922;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0134926;OID=.;OPOS=5831840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:13:5:15:14:13:5:16:14 chr19 5832209 . G A 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0140425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.827;QD=20.4952;RBI=0.0150251;REFB=-0.0330705;REVB=-0.00534435;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192766;STB=0.606497;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0221834;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:21:9:18:16:21:9 chr19 5843784 . A T 185.14 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=34;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00537766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.143;QD=20.0153;RBI=0.0116473;REFB=-0.040724;REVB=-0.0103315;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265217;STB=0.539731;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.037427;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:17:18:16:19:0.513514:8:8:8:9:9:10:8:10 chr19 5844537 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.438;QD=57.1773;RBI=0.00745511;REFB=0;REVB=-0.005646;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35511e-06;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr19 5844649 . G A 221.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.108;QD=49.1381;RBI=0.0364304;REFB=0;REVB=0.0355992;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629066;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr19 5844792 . A C 105.17 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0214508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8458;QD=11.0705;RBI=0.0546744;REFB=-0.00241147;REVB=-0.0502907;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214029;STB=0.630345;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00294938;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:2:11:18:7:2:11:18:7 chr19 5866654 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.784;QD=49.5979;RBI=0.0336854;REFB=0;REVB=0.031911;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244352;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr19 5867177 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.028809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.008;QD=15.2589;RBI=0.0352934;REFB=-0.0249854;REVB=0.0203879;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0201808;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:3:3:2:5:3:3 chr19 5867748 . G T 74.94 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.533;QD=37.4719;RBI=0.102266;REFB=0;REVB=0.0762073;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303399;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 5892954 . T C 184.38 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0409128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.409;QD=18.4377;RBI=0.0428902;REFB=-0.00969633;REVB=0.0128731;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284676;STB=0.662025;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0119481;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:6:13:8:13:6:13:8:13 chr19 5914950 . G GC 90.29 PASS AF=0.7;AO=11;DP=31;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.171377;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.11507;QD=12.0391;RBI=0.289294;REFB=-0.0983219;REVB=0.233068;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100581;STB=0.551677;STBP=0.437;TYPE=ins;VARB=0.111712;OID=.;OPOS=5914951;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:11:31:21:30:9:13:8:7:2:20:18:7:4:13:5 chr19 6042059 . C T 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00466516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.941;QD=17.5872;RBI=0.0200124;REFB=0.00215121;REVB=0.019461;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554061;STB=0.53157;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00356759;OID=.;OPOS=6042059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:13:15:13:9:13:15 chr19 6047451 . C T 1095.23 PASS AF=0.613497;AO=100;DP=163;FAO=100;FDP=163;FR=.;FRO=63;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.0157935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.567;QD=26.8769;RBI=0.0428604;REFB=-0.0521665;REVB=0.0398444;RO=59;SAF=63;SAR=37;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103961;STB=0.515317;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0347868;OID=.;OPOS=6047451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:59:63:100:100:0.613497:37:63:38:21:37:63:42:21 chr19 6156483 . T C 305.49 PASS AF=0.492537;AO=30;DP=64;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0131106;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.489;QD=18.238;RBI=0.0485131;REFB=-0.0163434;REVB=0.0467079;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019272;STB=0.52259;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0205088;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:32:34:30:33:0.492537:14:16:17:15:17:16:18:16 chr19 6312290 . T C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0135316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0455;QD=12.4553;RBI=0.0144676;REFB=0.00017926;REVB=-0.00511933;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088128;STB=0.550902;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.000175673;OID=.;OPOS=6312290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:19:15:11:10:19:15 chr19 6375831 . G A 281.43 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0451593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.835;QD=22.5146;RBI=0.0452695;REFB=-0.0109592;REVB=0.00315702;RO=24;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269776;STB=0.652047;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0122385;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:20:6:12:12:20:6:12:12 chr19 6376722 . A G 513.73 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0214119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5549;QD=21.861;RBI=0.0543473;REFB=-0.0144556;REVB=-0.0499515;RO=44;SAF=30;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079206;STB=0.539067;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0127789;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:45:49:49:0.521277:19:30:23:21:19:30:24:21 chr19 6378573 . A T 89.51 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00215654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9047;QD=15.567;RBI=0.0504294;REFB=-0.00257412;REVB=0.0503833;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275208;STB=0.662823;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00537106;OID=.;OPOS=6378573;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:7:5:2:9:7:5 chr19 6411830 . C G 1985.88 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.003;QD=61.5776;RBI=0.02377;REFB=0;REVB=0.0108422;RO=0;SAF=78;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110469;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:49:78:0:0:50:79:0:0 chr19 6415443 . T C 635.65 PASS AF=1;AO=30;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314561;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3003;QD=62.0143;RBI=0.030148;REFB=0;REVB=0.0299834;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106587;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:30:41:1:11:19:0:0:19:22:0:0 chr19 6477250 . AGGGGGG AGGGGG,AGGGGGT 180.4 PASS AF=0.294118,0.441176;AO=6,13;DP=36;FAO=10,15;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=3,8;FSAR=7,7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0182494,-0.00214382;FXX=0.0555401;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=4.65349,272.292;QD=21.2239;RBI=0.148463,0.0152155;REFB=-0.0443891,-0.025149;REVB=-0.147337,-0.0150637;RO=7;SAF=3,6;SAR=3,7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.191087,-0.155931;STB=0.721216,0.593102;STBP=0.061,0.267;TYPE=del,snp;VARB=-0.062745,0.0162922;OID=.,.;OPOS=6477251,6477256;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.294118,0.441176:6,13:36:10,15:34:9:3,8:7,7:7:2:48:7:3,6:3,7:5:2 chr19 6495736 . A G 62.21 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0856842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4177;QD=35.5479;RBI=0.11986;REFB=0;REVB=0.0838131;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225818;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr19 6535080 . T C 1515.84 PASS AF=0.558233;AO=139;DP=249;FAO=139;FDP=249;FR=.;FRO=110;FSAF=100;FSAR=39;FSRF=71;FSRR=39;FWDB=0.00440275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.886;QD=24.3509;RBI=0.0394502;REFB=-0.0186286;REVB=-0.0392038;RO=109;SAF=100;SAR=39;SRF=70;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744124;STB=0.539078;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00868506;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:109:110:139:139:0.558233:39:100:70:39:39:100:71:39 chr19 6586268 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0122032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.744;QD=17.9407;RBI=0.0275418;REFB=-0.0381051;REVB=-0.0246908;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751474;STB=0.542812;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0387151;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:11:11:8:11:11:11 chr19 6665020 . T C 800.73 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1767;QD=57.195;RBI=0.123856;REFB=0;REVB=-0.0207983;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164819;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr19 6677989 . G A 1653.12 PASS AF=0.982906;AO=110;DP=112;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0181578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.786;QD=56.517;RBI=0.0381584;REFB=-0.03264;REVB=0.0335613;RO=2;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197694;STB=0.510415;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000468768;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:117:2:2:110:115:0.982906:47:63:0:2:47:68:0:2 chr19 6679511 . C T 739.88 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7971;QD=56.9141;RBI=0.0616599;REFB=0;REVB=0.034958;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396193;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:46:52:1:24:22:0:0:30:22:0:0 chr19 6696597 . G A 238.64 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.403;QD=50.2411;RBI=0.0173357;REFB=0;REVB=-0.0156412;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57509e-05;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 6697406 . A G 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.286;QD=59.8316;RBI=0.0208316;REFB=0;REVB=-0.0166841;RO=0;SAF=70;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15744e-06;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:32:70:0:0:32:70:0:0 chr19 6702157 . C G 1216.82 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204989;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.048;QD=60.0897;RBI=0.141144;REFB=-0.0640336;REVB=0.139648;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.504853;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00125015;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:51:29:0:0:51:29:0:1 chr19 6709704 . C T 289.04 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.861;QD=52.5521;RBI=0.00671145;REFB=0;REVB=0.00414159;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12005e-05;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 6713291 . C T 545.24 PASS AF=0.973684;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.104612;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6619;QD=57.3934;RBI=0.173129;REFB=-0.132726;REVB=0.137948;RO=2;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618158;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00862451;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:2:1:34:37:0.973684:15:19:1:1:16:21:0:1 chr19 6731057 . T C 207.38 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0511233;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1718;QD=16.9288;RBI=0.0562985;REFB=-0.0121826;REVB=0.0235782;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134752;STB=0.589309;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0153287;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:28:21:21:0.428571:10:11:19:10:10:11:19:9 chr19 6735929 . C T 127.07 PASS AF=0.764706;AO=11;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00682097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6058;QD=29.8979;RBI=0.0578148;REFB=-0.0194451;REVB=0.057411;RO=4;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211081;STB=0.550939;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00532836;OID=.;OPOS=6735929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:11:13:0.764706:2:9:2:2:4:9:2:2 chr19 6737481 . T C 366.34 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.935;QD=54.2723;RBI=0.0228554;REFB=0;REVB=0.0159828;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168386;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr19 6737509 . G A 416.34 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541674;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.083;QD=57.4266;RBI=0.0614157;REFB=0;REVB=0.0289445;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421913;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 6833777 . A G 1377.34 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.275;QD=62.6065;RBI=0.0126327;REFB=0;REVB=0.0106901;RO=0;SAF=58;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71832e-05;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:30:58:0:0:30:58:0:0 chr19 6833989 . G T 477.72 PASS AF=0.972222;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00262605;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.779;QD=53.0797;RBI=0.0303967;REFB=-0.106322;REVB=-0.0302831;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00842347;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:36:0:1:31:35:0.972222:17:14:0:0:19:16:0:1 chr19 6896483 . G A 343.74 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0651552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5903;QD=31.2494;RBI=0.136661;REFB=-0.0157947;REVB=-0.120129;RO=15;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567647;STB=0.531126;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00421284;OID=.;OPOS=6896483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:11:18:8:7:11:18:8:7 chr19 6897464 . C G 246.88 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0403141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.24;QD=17.0262;RBI=0.0493759;REFB=-0.029449;REVB=0.0285088;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795481;STB=0.552788;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0321686;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:30:27:28:0.482759:13:14:13:17:13:15:13:17 chr19 6901891 . G A 309.14 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0463594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0002;QD=13.5888;RBI=0.0611533;REFB=0.00796423;REVB=-0.0398814;RO=56;SAF=19;SAR=16;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103742;STB=0.55914;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0131057;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:16:19:25:31:16:19:25:31 chr19 6903920 . A G 307.35 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0182053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2927;QD=15.5618;RBI=0.0490539;REFB=-0.0153316;REVB=-0.0455506;RO=44;SAF=10;SAR=22;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310433;STB=0.675969;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0120098;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:32:32:0.405063:22:10:27:17:22:10:27:17 chr19 6904137 . C T 298.69 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00767634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.316;QD=23.8949;RBI=0.00915011;REFB=0.00655366;REVB=0.0049798;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266441;STB=0.501483;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00300655;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:13:14:12:11:13:14:12:11 chr19 6913811 . A G 1100.91 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000504607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8818;QD=59.5087;RBI=0.0550785;REFB=0;REVB=-0.0550762;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582926;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:28:43:0:0:28:46:0:0 chr19 6919624 . A C 1126.5 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251831;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1387;QD=60.8921;RBI=0.0623736;REFB=0;REVB=-0.0570638;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368285;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr19 6919753 . A G 744.91 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.969;QD=62.0762;RBI=0.0733788;REFB=0;REVB=-0.00415955;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525543;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:26:20:0:0:26:22:0:0 chr19 6974564 . C T 639.05 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.766;QD=59.4467;RBI=0.0410585;REFB=0;REVB=0.00082964;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636254;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:43:0:0:40:43:1:19:21:0:0:20:23:0:0 chr19 7005905 . T A,C 617.45 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=38,2;DP=40;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105307,0.0635151;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.5816,60.4706;QD=60.2389;RBI=0.0194026,0.0742221;REFB=0,0;REVB=0.0162962,-0.0384025;RO=0;SAF=16,2;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00902376,-0.00106313;OID=.,.;OPOS=7005905,7005905;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:41:0:0:38,2:39,2:0.95122,0.0487805:22,0:16,2:0:0:22,0:17,2:0:0 chr19 7006048 . G A 258.02 PASS AF=0.519231;AO=25;DP=49;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0188576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.5;QD=19.848;RBI=0.0478977;REFB=-0.0334181;REVB=0.0440293;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436815;STB=0.755059;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0207273;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:24:25:25:27:0.519231:18:7:19:5:20:7:20:5 chr19 7076418 . C A 347.97 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.000399823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1158;QD=13.7812;RBI=0.0399711;REFB=0.000889266;REVB=-0.0399691;RO=60;SAF=24;SAR=16;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107424;STB=0.566232;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00252566;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:61:40:40:0.39604:16:24:30:30:16:24:30:31 chr19 7125297 . G A 132.04 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0196479;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.512;QD=13.2035;RBI=0.0255179;REFB=-0.00803575;REVB=-0.0162826;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251641;STB=0.646868;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0177221;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:9:16:6:9:9:16 chr19 7166376 . C T 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.345;QD=57.708;RBI=0.00906016;REFB=0;REVB=0.00580991;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68349e-05;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr19 7524846 . C T 503.52 PASS AF=0.387755;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.0542293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2284;QD=13.7013;RBI=0.0548668;REFB=-0.0121113;REVB=0.00833961;RO=90;SAF=37;SAR=20;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571186;STB=0.532363;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0191254;OID=.;OPOS=7524846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:90:90:57:57:0.387755:20:37:54:36:20:37:54:36 chr19 7524855 . C T 496.77 PASS AF=0.383562;AO=56;DP=146;FAO=56;FDP=146;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0337718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4245;QD=13.6101;RBI=0.108139;REFB=-0.00100488;REVB=0.10273;RO=90;SAF=35;SAR=21;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786633;STB=0.544627;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00309093;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:90:90:56:56:0.383562:21:35:50:40:21:35:50:40 chr19 7527216 . C T 327.88 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0473756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3028;QD=23.0089;RBI=0.0478743;REFB=-0.0329438;REVB=-0.00689252;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072026;STB=0.539624;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0177196;OID=.;OPOS=7527216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:19:14:8:16:19:14:8:16 chr19 7528734 . A G 271.67 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00457616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9416;QD=19.4051;RBI=0.0621492;REFB=-0.0145437;REVB=-0.0619805;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047259;STB=0.517229;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0105889;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:15:14:14:12:15:14:14:13 chr19 7532252 . G C 332.47 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0355097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2125;QD=21.801;RBI=0.0362788;REFB=-0.000804138;REVB=0.00743055;RO=27;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325901;STB=0.518003;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=2.6753e-05;OID=.;OPOS=7532252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:19:15:13:14:19:15:13:14 chr19 7533767 . T G 112.38 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0401619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.209;QD=9.17374;RBI=0.0404781;REFB=-0.0249712;REVB=0.00504918;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107347;STB=0.530569;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0518084;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:13:14:0.285714:6:7:18:16:7:7:19:16 chr19 7533850 . A G 198.83 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0443038;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0543;QD=9.14156;RBI=0.0454676;REFB=-0.0152549;REVB=-0.0102217;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478167;STB=0.513359;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0350164;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:57:61:26:26:0.298851:14:12:24:33:14:12:27:34 chr19 7538039 . A G 423.67 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0077821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.931;QD=16.1399;RBI=0.0100007;REFB=-0.005144;REVB=0.00628115;RO=58;SAF=17;SAR=30;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239272;STB=0.633832;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00764358;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:30:17:35:23:30:17:35:23 chr19 7542118 . G A 223.51 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00529212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9216;QD=26.2953;RBI=0.0359103;REFB=-0.0270334;REVB=0.0355182;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183545;STB=0.510194;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0307306;OID=.;OPOS=7542118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:15:6:4:9:15:6:4:9 chr19 7547074 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.148;QD=55.0987;RBI=0.0233507;REFB=0;REVB=0.00820247;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46552e-05;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 7550844 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0027075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.351;QD=14.8515;RBI=0.00828611;REFB=-0.00475038;REVB=0.00783129;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411065;STB=0.735615;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00629272;OID=.;OPOS=7550844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:6:13:8:21:6:13:8:21 chr19 7570978 . T C 330.95 PASS AF=0.615385;AO=29;DP=47;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.133577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5259;QD=25.4575;RBI=0.136064;REFB=-0.00358259;REVB=0.0258931;RO=18;SAF=5;SAR=24;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219246;STB=0.665374;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000403663;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:18:20:29:32:0.615385:24:5:7:11:27:5:9:11 chr19 7584223 . A G 434.92 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0131051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.246;QD=15.2605;RBI=0.0200258;REFB=0.000601575;REVB=0.0151423;RO=65;SAF=32;SAR=17;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153923;STB=0.586571;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00103019;OID=.;OPOS=7584223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:17:32:33:32:17:32:33:32 chr19 7593589 . C T 586.66 PASS AF=0.43662;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0101264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.689;QD=16.5255;RBI=0.0274162;REFB=-0.00112492;REVB=0.0254776;RO=77;SAF=19;SAR=43;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133919;STB=0.574031;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00146091;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:80:62:62:0.43662:43:19:33:44:43:19:34:46 chr19 7675771 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00364246;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.033;QD=15.2589;RBI=0.0655317;REFB=-0.000863172;REVB=0.0654304;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637124;STB=0.873989;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00266791;OID=.;OPOS=7675771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:6:0:6:1:6:0 chr19 7685843 . G A 220.55 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0643306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.563;QD=14.2291;RBI=0.0643307;REFB=-0.0151988;REVB=0.000128359;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183179;STB=0.615399;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0218955;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:19:7:15:20:19:7:16:20 chr19 7692182 . G A 247.94 PASS AF=0.44186;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.021224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.532;QD=23.0638;RBI=0.044746;REFB=-0.0288428;REVB=0.0393922;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211913;STB=0.636739;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0232606;OID=.;OPOS=7692182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:17:19:0.44186:6:11:8:11:6:13:8:11 chr19 7703605 . C T 265.27 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0150449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.843;QD=15.6039;RBI=0.0275781;REFB=-0.0254423;REVB=-0.0231128;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194566;STB=0.518652;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0265814;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:16:14:18:19:16:14:19:19 chr19 7705440 . C CTG 80.91 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0172988;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.625;QD=17.0343;RBI=0.0402837;REFB=-0.0568116;REVB=0.0363803;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=ins;VARB=0.0516204;OID=.;OPOS=7705441;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:10:19:10:19:9:4:6:5:4:63:9:4:6:5:4 chr19 7706656 . C T 244.82 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0911048;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0532;QD=17.4873;RBI=0.101401;REFB=-0.0249718;REVB=0.0445204;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948121;STB=0.553153;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0222423;OID=.;OPOS=7706656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:11:18:14:13:11:18 chr19 7711221 . T C 428.77 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00148223;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.469;QD=19.0562;RBI=0.00467887;REFB=-0.00335492;REVB=0.00443788;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00928225;STB=0.519991;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00400822;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:44:47:43:43:0.477778:19:24:25:19:19:24:28:19 chr19 7712277 . A G 1594.61 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032741;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.486;QD=60.174;RBI=0.0349349;REFB=0;REVB=-0.0121849;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46771e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:40:65:0:0:41:65:0:0 chr19 7747445 . G A 393.17 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.00322782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.518;QD=13.6753;RBI=0.0236033;REFB=-0.0146831;REVB=0.0233816;RO=69;SAF=22;SAR=24;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15326;STB=0.586429;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0185624;OID=.;OPOS=7747445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:24:22:43:26:24:22:43:26 chr19 7755056 . G A 52.77 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000710099;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1044;QD=6.20864;RBI=0.0556122;REFB=0.000426797;REVB=0.0556077;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137633;STB=0.588022;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.000793282;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:10:16:4:4:10:16 chr19 7761667 . A G 211.86 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0567894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0723;QD=16.6162;RBI=0.058249;REFB=0.0149245;REVB=-0.0129581;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248795;STB=0.642721;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0324067;OID=.;OPOS=7761667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:5:18:16:12:5:18:16:12 chr19 7763248 . G A 112.29 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0109513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.127;QD=16.6353;RBI=0.0211197;REFB=-0.00727482;REVB=0.0180586;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331631;STB=0.699733;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0076879;OID=.;OPOS=7763248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:2:11:6:7:2:12 chr19 7796655 . GC TT 178.51 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0130075;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=2;MLLD=236.88;QD=21.0008;RBI=0.0139234;REFB=-0.00986343;REVB=0.00496664;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342335;STB=0.691625;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.00675935;OID=.;OPOS=7796655;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:3:13:7:11:3:13 chr19 7913974 . T C 405.31 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0553852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.479;QD=19.7713;RBI=0.0565936;REFB=0.0111678;REVB=-0.0116325;RO=41;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18673;STB=0.604008;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0093388;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:28:13:21:20:28:13:21:20 chr19 7916620 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0469609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.418;QD=19.7032;RBI=0.0478503;REFB=-0.0196642;REVB=-0.00918267;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589725;STB=0.51611;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0135852;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:8:9:9:6:8:9:9:7 chr19 7928462 . T C 955.4 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.584;QD=58.7938;RBI=0.0323986;REFB=0;REVB=0.0168684;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27783e-05;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:40:23:0:0:41:24:0:0 chr19 7928788 . A C 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123342;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9031;QD=53.9637;RBI=0.123364;REFB=0;REVB=0.00232292;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177053;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 7936208 . A G 107.27 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00731073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.111;QD=22.5825;RBI=0.0279011;REFB=0.0137496;REVB=0.0269263;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148255;STB=0.583205;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00618428;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:6:1:4:8:6:1 chr19 7938305 . CAGGT AGGGT,CAGGG,CAGGGT 448.37 PASS AF=0,0.0294118,0.970588;AO=2,4,21;DP=34;FAO=0,1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,25;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287613,-0.0826925,-0.092643;FXX=0;HRUN=2,3,2;LEN=2,1,1;MLLD=9.96747,5.61638,22.0636;QD=52.7494;RBI=0.0397179,0.211468,0.132893;REFB=0,0,0;REVB=-0.0273915,-0.19463,-0.0952771;RO=0;SAF=1,2,19;SAR=1,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.98875e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0.109206,-0.0115232;OID=.,.,.;OPOS=7938305,7938309,7938307;OREF=CA,T,-;OALT=AG,G,G;OMAPALT=AGGGT,CAGGG,CAGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:3:34:34:0:0:2,4,21:0,1,33:0,0.0294118,0.970588:1,2,2:1,2,19:0:0:0,0,8:0,1,25:0:0 chr19 7944348 . TC T 255.3 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10668;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.4328;QD=44.3992;RBI=0.113582;REFB=0;REVB=-0.0389882;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00459089;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:23:23:0:10:13:0:0:5:1:9:13:1:0 chr19 7944447 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00589875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.868;QD=18.0505;RBI=0.0170789;REFB=-0.00735567;REVB=-0.0160279;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.666296;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0125806;OID=.;OPOS=7944447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:4:4:8:2:4:4 chr19 7944700 . A G 354.86 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0297077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0779;QD=12.4513;RBI=0.0327627;REFB=-0.00179019;REVB=-0.0138147;RO=71;SAF=25;SAR=18;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157878;STB=0.589869;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00209873;OID=.;OPOS=7944700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:71:43:43:0.377193:18:25:31:40:18:25:31:40 chr19 7963914 . A C 631.94 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.002;QD=61.6522;RBI=0.0828511;REFB=0;REVB=0.0455879;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012354;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr19 7963949 . A G 45.03 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0923123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2726;QD=7.83093;RBI=0.098706;REFB=-0.0197006;REVB=-0.0349473;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425239;STB=0.761037;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0321806;OID=.;OPOS=7963949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:15:16:7:7:0.304348:6:1:7:8:6:1:7:9 chr19 7963976 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.000858585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.69;QD=11.1042;RBI=0.00512448;REFB=-0.0288432;REVB=0.00505204;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092698;STB=0.555409;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0360207;OID=.;OPOS=7963976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:1:9:6:1:1:9 chr19 7964727 . G A 67.42 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000770376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.103;QD=15.8635;RBI=0.0256737;REFB=-0.0175739;REVB=0.0256622;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.592997;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0280976;OID=.;OPOS=7964727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:8:8:7:9:0.529412:2:5:5:3:2:7:5:3 chr19 7965339 . C T 842.2 PASS AF=0.592308;AO=76;DP=129;FAO=77;FDP=130;FR=.;FRO=53;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0152524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.503;QD=25.9138;RBI=0.0156148;REFB=-0.00307501;REVB=0.00334455;RO=53;SAF=45;SAR=31;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780923;STB=0.544478;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00208481;OID=.;OPOS=7965339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:53:53:76:77:0.592308:31:45:26:27:31:46:26:27 chr19 7975586 . C T 140.3 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0523134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5225;QD=20.7851;RBI=0.066022;REFB=-0.0219569;REVB=0.0402766;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277455;STB=0.61781;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0330631;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:11:3:6:6:11:4:6:6 chr19 7976127 . C G 282.86 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0266824;FXX=0.0605877;HRUN=8;LEN=1;MLLD=206.869;QD=36.498;RBI=0.0284513;REFB=-0.0283173;REVB=-0.00987555;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945495;STB=0.520487;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00620737;OID=.;OPOS=7976127;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:40:31:12:7:23:23:0.741935:9:14:9:3:8:15:4:3 chr19 7986316 . C T 320.44 PASS AF=0.492754;AO=29;DP=64;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00665927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.401;QD=18.576;RBI=0.0235835;REFB=-0.0106009;REVB=0.0226238;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148622;STB=0.570619;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.012295;OID=.;OPOS=7986316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:33:35:29:34:0.492754:9:20:18:15:12:22:18:17 chr19 7986638 . C G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0146763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.951;QD=21.5108;RBI=0.0149174;REFB=-0.0202641;REVB=0.00267082;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189201;STB=0.605948;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0192445;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:4:11:9:9:4:11 chr19 7987614 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0872854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0376;QD=19.1322;RBI=0.0902442;REFB=0.0302502;REVB=0.0229191;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00174402;OID=.;OPOS=7987614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr19 8122737 . G A 105.07 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0084812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0628;QD=7.93003;RBI=0.0817385;REFB=-0.00704522;REVB=-0.0812973;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048774;STB=0.536185;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0336534;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:38:15:15:0.283019:5:10:26:11:5:10:27:11 chr19 8122767 . T C 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00259767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.246;QD=7.81287;RBI=0.00391799;REFB=-0.00786678;REVB=-0.00293304;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126677;STB=0.549233;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0217196;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:40:15:15:0.272727:5:10:28:9:5:10:29:11 chr19 8138054 . C A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0383372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7538;QD=12.0844;RBI=0.0392106;REFB=-0.00783724;REVB=-0.00822985;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148021;STB=0.586851;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0134419;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:8:8:11:19:8:8:11:19 chr19 8145921 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.056585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2926;QD=16.1187;RBI=0.0570729;REFB=0.00706178;REVB=-0.00744717;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122788;STB=0.571306;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0127515;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:7:6:4:8:7:6 chr19 8152725 . A G 376.22 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0232911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.854;QD=21.1954;RBI=0.0255895;REFB=0.0117065;REVB=-0.0105993;RO=33;SAF=29;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318165;STB=0.677131;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0110422;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:9:29:14:19:9:29:14:19 chr19 8154984 . G A 114.97 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00285148;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.122;QD=10.9493;RBI=0.0245939;REFB=-0.00703446;REVB=0.024428;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239502;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0122289;OID=.;OPOS=8154984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:12:16:5:9:12:16 chr19 8159362 . G T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00742989;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.806;QD=13.456;RBI=0.00811325;REFB=0.00750496;REVB=-0.00325906;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210453;STB=0.624759;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00843893;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:8:7:3:8:8:7 chr19 8159409 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.172;QD=53.9112;RBI=0.0210843;REFB=0;REVB=0.0136421;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124929;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:6:14:0:0:10:14:0:0 chr19 8160334 . G A 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0512632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2659;QD=22.5793;RBI=0.0567206;REFB=0.0106206;REVB=0.0242757;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191823;STB=0.608516;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00252247;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:5:2:7:5:5:2 chr19 8160957 . G A 346.4 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0185057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.995;QD=29.481;RBI=0.0189031;REFB=-0.0141068;REVB=0.00385605;RO=17;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425387;STB=0.52982;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0107701;OID=.;OPOS=8160957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:12:17:11:6:13:17:11:6 chr19 8161450 . C T 229.45 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.018377;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.678;QD=17.65;RBI=0.0215654;REFB=-0.00612893;REVB=0.011285;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110845;STB=0.56245;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00626736;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:14:13:15:10:14:13 chr19 8165868 . G A 414.12 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0106292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.304;QD=19.0399;RBI=0.0188213;REFB=-0.0283051;REVB=-0.0155326;RO=44;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915194;STB=0.557534;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0299074;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:26:16:21:23:26:16:22:23 chr19 8176009 . C T 310.15 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0536823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.743;QD=28.8507;RBI=0.0536903;REFB=-0.0283731;REVB=-0.000929891;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546842;STB=0.530098;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0150548;OID=.;OPOS=8176009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:13:14:7:9:13:14:7:9 chr19 8176569 . G A 93.89 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0118109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3242;QD=10.7303;RBI=0.015097;REFB=-0.0234807;REVB=0.00940334;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177397;STB=0.51062;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0693516;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:8:15:8:4:8:15 chr19 8176640 . C T 173.95 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00830237;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.153;QD=18.3106;RBI=0.0106728;REFB=-0.0214089;REVB=-0.00670669;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895477;STB=0.550843;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0184777;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:7:13:10:8:7:13 chr19 8176919 . C T 445.46 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0095598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.062;QD=52.4065;RBI=0.0188295;REFB=0.0240166;REVB=0.0162222;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.000121576;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:0:2:32:32:0.941176:17:15:0:0:17:15:1:1 chr19 8176945 . T C 74.66 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0275638;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.501;QD=9.63364;RBI=0.0505543;REFB=-0.000248627;REVB=0.0423789;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861957;STB=0.552525;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00149091;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:10:11:6:4:10:11 chr19 8191184 . C T 121.83 PASS AF=0.375;AO=13;DP=38;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.031706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.0493;QD=12.183;RBI=0.0730378;REFB=-0.0240119;REVB=0.065797;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111091;STB=0.538412;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0556194;OID=.;OPOS=8191184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:25:13:15:0.375:5:8:17:7:5:10:18:7 chr19 8191238 . C T 553.85 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2979;QD=59.876;RBI=0.0771072;REFB=0;REVB=0.0672327;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116375;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:13:22:0:0:15:22:0:0 chr19 8191248 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.599;QD=59.0186;RBI=0.0226608;REFB=0;REVB=0.0199406;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48179e-05;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr19 8194178 . G A 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0908826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.819;QD=11.6656;RBI=0.0921543;REFB=-0.013665;REVB=0.0152565;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0241377;OID=.;OPOS=8194178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:13:13:7:7:13:13 chr19 8196444 . C T 867.02 PASS AF=1;AO=43;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.644;QD=57.8011;RBI=0.0586194;REFB=0;REVB=0.0585493;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284905;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:43:60:1:11:32:0:0:22:38:0:0 chr19 8201279 . C T 120.24 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0110596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.236;QD=15.03;RBI=0.0121788;REFB=-0.0117682;REVB=0.00509971;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223717;STB=0.642653;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0161207;OID=.;OPOS=8201279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:8:5:11:7:9:5:11:7 chr19 8203188 . G A 334.25 PASS AF=0.6;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00467967;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.331;QD=24.3089;RBI=0.0566685;REFB=-0.0190967;REVB=0.0564749;RO=22;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698323;STB=0.538438;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00936277;OID=.;OPOS=8203188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:22:33:33:0.6:12:21:12:10:12:21:12:10 chr19 8203328 . G A 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00835627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.271;QD=20.0826;RBI=0.0160792;REFB=0.000791242;REVB=-0.0137373;RO=36;SAF=29;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242714;STB=0.635673;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00126433;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:9:29:19:17:9:29:19:17 chr19 8321182 . A T 259.27 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0442052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5159;QD=14.2066;RBI=0.058853;REFB=-0.0121105;REVB=-0.0388532;RO=42;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798112;STB=0.554418;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0293877;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:20:10:17:25:20:10:18:25 chr19 8321946 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0202384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.376;QD=17.6172;RBI=0.0266711;REFB=-0.0177086;REVB=-0.017371;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130542;STB=0.573709;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0176009;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:12:15:10:14:12:15 chr19 8326904 . G A 683.12 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00387097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.527;QD=52.5478;RBI=0.062984;REFB=-0.0594173;REVB=0.062865;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159576;STB=0.51666;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00179871;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:21:29:1:0:21:29:2:0 chr19 8367033 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2907;QD=51.1824;RBI=0.0197591;REFB=0;REVB=0.018398;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163043;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 8367264 . G C 266.56 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.000586043;FXX=0.0769083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.497;QD=22.2131;RBI=0.0242275;REFB=-0.0139745;REVB=-0.0242204;RO=18;SAF=18;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382383;STB=0.684797;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00346415;OID=.;OPOS=8367264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:48:18:21:26:27:0.5625:8:18:3:15:9:18:5:16 chr19 8367424 . G A 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00787559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.005;QD=9.85751;RBI=0.0164062;REFB=-0.0210162;REVB=0.0143923;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180958;STB=0.608534;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.045349;OID=.;OPOS=8367424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:11:18:6:7:11:18 chr19 8376431 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0129763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.681;QD=24.8186;RBI=0.0142731;REFB=0.00127212;REVB=0.00594441;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000870662;OID=.;OPOS=8376431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:12:12:9:9:12:12:9:9 chr19 8387207 . G A 1180.98 PASS AF=0.911111;AO=79;DP=88;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0614903;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.591;QD=52.4879;RBI=0.0615109;REFB=-0.087941;REVB=-0.00158985;RO=7;SAF=51;SAR=28;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821512;STB=0.551008;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113926;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:88:90:7:8:79:82:0.911111:28:51:1:6:28:54:1:7 chr19 8398714 . A G 760.64 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.235;QD=63.3863;RBI=0.0697835;REFB=0;REVB=0.0697078;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163564;OID=.;OPOS=8398714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:11:35:0:0:13:35:0:0 chr19 8398949 . CTCGCTGTCGCCA C 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106574;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=12;MLLD=269.77;QD=51.2603;RBI=0.0458387;REFB=0;REVB=0.0445826;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000267919;OID=.;OPOS=8398950;OREF=TCGCTGTCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:10:9:0:0:4:0:10:9:0:0 chr19 8468337 . C T 514.96 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0703849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.882;QD=19.9985;RBI=0.0712105;REFB=-0.0176567;REVB=-0.0108124;RO=50;SAF=30;SAR=23;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761454;STB=0.542019;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0223052;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:23:30:24:26:23:30:24:26 chr19 8503864 . AC A,CA 96.52 PASS AF=0.425,0;AO=11,2;DP=39;FAO=17,0;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8,0;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.135506,-0.0283114;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=15.1704,19.1743;QD=9.65174;RBI=0.154362,0.0705784;REFB=-0.0167367,-0.0160194;REVB=0.0739306,0.0646512;RO=22;SAF=3,1;SAR=8,1;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.308176,0;SSSB=-0.11734,0.133582;STB=0.571347,0.5;STBP=0.458,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0179748,0.0197687;OID=.,.;OPOS=8503865,8503864;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:40:22:23:11,2:17,0:0.425,0:8,1:3,1:8:14:9,0:8,0:8:15 chr19 8553630 . C G,T 1820.58 PASS AF=0.0330579,0.966942;AO=5,116;DP=121;FAO=4,117;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=4,54;FSAR=0,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626092,-0.00356146;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.659,119.601;QD=60.1845;RBI=0.0112071,0.0252952;REFB=0,0;REVB=-0.00929521,0.0250432;RO=0;SAF=4,54;SAR=1,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.13529e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.101142,1.6015e-05;OID=.,.;OPOS=8553630,8553630;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:121:121:0:0:5,116:4,117:0.0330579,0.966942:1,62:4,54:0:0:0,63:4,54:0:0 chr19 8563456 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0194;QD=35.5744;RBI=0.00992787;REFB=0;REVB=-0.00261572;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544077;OID=.;OPOS=8563456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr19 8612914 . G A 243.59 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0124422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.509;QD=22.6596;RBI=0.0309384;REFB=-0.00551077;REVB=0.0283263;RO=18;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122844;STB=0.595214;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00757889;OID=.;OPOS=8612914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:23:24:0.55814:18:5:6:12:19:5:7:12 chr19 8612943 . C G 243.48 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0235141;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.16;QD=21.1724;RBI=0.0289277;REFB=-0.00252352;REVB=-0.0168492;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204137;STB=0.61377;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00522364;OID=.;OPOS=8612943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:5:18:13:10:5:18 chr19 8645786 . A C 787.08 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.846;QD=64.2512;RBI=0.0512563;REFB=0;REVB=0.0391487;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160803;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:23:18:0:0:28:21:0:0 chr19 8649879 . C T 407.76 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0161266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.016;QD=28.6148;RBI=0.01795;REFB=-0.0148778;REVB=0.00788245;RO=19;SAF=14;SAR=24;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342454;STB=0.518654;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00603076;OID=.;OPOS=8649879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:24:14:8:11:24:14:8:11 chr19 8651082 . C A 326.57 PASS AF=0.636364;AO=16;DP=46;FAO=28;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0725987;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7936;QD=29.6881;RBI=0.0731902;REFB=-0.0404096;REVB=0.00928603;RO=6;SAF=16;SAR=0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.840067;STB=0.58935;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0186366;OID=.;OPOS=8651082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:46:44:6:14:16:28:0.636364:0:16:3:3:9:19:6:8 chr19 8651562 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0169685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.06;QD=23.5284;RBI=0.0223794;REFB=-0.017829;REVB=0.0145913;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264418;STB=0.662555;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0158226;OID=.;OPOS=8651562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:14:6:9:5:14:6:10:5 chr19 8660751 . G T 286.46 PASS AF=0.525424;AO=20;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00629697;FXX=0.0166639;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.6376;QD=19.4209;RBI=0.0233863;REFB=-0.0130904;REVB=-0.0225226;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512063;STB=0.517149;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00109662;OID=.;OPOS=8660751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:17:26:20:31:0.525424:7:13:12:5:12:19:15:11 chr19 8669931 . G C 1288.62 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.992;QD=61.3627;RBI=0.0596459;REFB=0;REVB=0.0231621;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07328e-05;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:83:84:1:49:34:0:1:50:34:0:0 chr19 8670528 . G A 155.48 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00724422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.864;QD=15.169;RBI=0.068034;REFB=0.00362915;REVB=0.0676472;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138692;STB=0.580546;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00531721;OID=.;OPOS=8670528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:10:14:12:5:10:14 chr19 8808184 . G A 659.04 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0183491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8268;QD=27.177;RBI=0.0606042;REFB=0.00689249;REVB=0.0577596;RO=38;SAF=30;SAR=28;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888913;STB=0.53607;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00245507;OID=.;OPOS=8808184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:39:58:58:0.597938:28:30:15:23:29:29:16:23 chr19 8808373 . G T 348.39 PASS AF=0.404255;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0803667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7491;QD=14.8251;RBI=0.108672;REFB=-0.00557368;REVB=0.0731484;RO=56;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532043;STB=0.520846;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0105066;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:56:37:38:0.404255:21:16:27:29:21:17:27:29 chr19 8808942 . A G 130.53 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.595;QD=43.5108;RBI=0.0736579;REFB=0;REVB=0.0361872;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144337;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:1:10:0:0:2:10:0:0 chr19 8953801 . T C 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9636;QD=58.776;RBI=0.0318191;REFB=0;REVB=-0.0310079;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139988;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr19 8953922 . C T 713.45 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0395096;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.026;QD=52.8482;RBI=0.0411827;REFB=-0.119093;REVB=0.0116192;RO=2;SAF=24;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037641;STB=0.519992;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00189208;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:2:2:52:52:0.962963:28:24:2:0:28:24:2:0 chr19 8961981 . C G 2440.9 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0176382;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5429;QD=59.8993;RBI=0.0455088;REFB=-0.153332;REVB=0.0419517;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.506023;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00172409;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:163:0:2:160:161:0.98773:78:82:0:0:79:82:2:0 chr19 8999429 . G T 108.37 PASS AF=0.162791;AO=21;DP=129;FAO=21;FDP=129;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=-0.0253756;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.8147;QD=3.36029;RBI=0.0257697;REFB=-0.00225921;REVB=-0.00448982;RO=102;SAF=7;SAR=14;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317298;STB=0.709809;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0299106;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:102:108:21:21:0.162791:14:7:60:42:14:7:64:44 chr19 8999438 . A T 152.06 PASS AF=0.198473;AO=26;DP=131;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=41;FWDB=-0.0262888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4729;QD=4.64316;RBI=0.0263914;REFB=0.00129562;REVB=0.00232489;RO=105;SAF=7;SAR=19;SRF=64;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420497;STB=0.762385;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00461507;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:105:105:26:26:0.198473:19:7:64:41:19:7:64:41 chr19 8999449 . G T 134.67 PASS AF=0.186047;AO=24;DP=126;FAO=24;FDP=129;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=66;FSRR=39;FWDB=-0.0469772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1798;QD=4.17572;RBI=0.0658322;REFB=-0.0109786;REVB=-0.0461196;RO=102;SAF=5;SAR=19;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503126;STB=0.822811;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0470815;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:102:105:24:24:0.186047:19:5:63:39:19:5:66:39 chr19 8999453 . C T 1075.25 PASS AF=0.703125;AO=87;DP=124;FAO=90;FDP=128;FR=.;FRO=38;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0203182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.966;QD=33.6017;RBI=0.0226668;REFB=-0.021968;REVB=0.0100476;RO=36;SAF=57;SAR=30;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182079;STB=0.596799;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0131598;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:36:38:87:90:0.703125:30:57:12:24:31:59:13:25 chr19 8999474 . T C 31.48 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=40;FWDB=-0.0526721;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.398;QD=1.12444;RBI=0.0542291;REFB=-0.00207553;REVB=0.0129016;RO=101;SAF=5;SAR=4;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556309;STB=0.552731;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0281577;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:101:103:9:9:0.0803571:4:5:61:40:4:5:63:40 chr19 8999478 . T C 59.77 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=-0.0310541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.946;QD=2.25546;RBI=0.0371706;REFB=-0.00459523;REVB=-0.0204278;RO=88;SAF=3;SAR=10;SRF=57;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483683;STB=0.835065;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0467956;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:106:106:88:93:13:13:0.122642:10:3:57:31:10:3:61:32 chr19 9001822 . A G 322.67 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.427;QD=53.7787;RBI=0.0348789;REFB=0;REVB=0.0343385;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236693;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:11:13:0:0 chr19 9001833 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.737;QD=55.656;RBI=0.0132913;REFB=0;REVB=0.00906631;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53382e-05;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 9001835 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.444;QD=56.1914;RBI=0.0239566;REFB=0;REVB=-0.00568643;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194735;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 9002504 . T C 173.64 PASS AF=0.238938;AO=27;DP=113;FAO=27;FDP=113;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0189274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3296;QD=6.14641;RBI=0.0363387;REFB=-0.00627639;REVB=-0.0310202;RO=85;SAF=15;SAR=12;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911738;STB=0.551143;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.018685;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:86:27:27:0.238938:12:15:41:44:12:15:42:44 chr19 9002519 . G C 155.16 PASS AF=0.216667;AO=24;DP=118;FAO=26;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0174074;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.727;QD=5.17205;RBI=0.0708123;REFB=-0.0177099;REVB=0.0686394;RO=86;SAF=12;SAR=12;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146376;STB=0.513503;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0588887;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:86:94:24:26:0.216667:12:12:42:44:12:14:49:45 chr19 9002576 . T C 84.17 PASS AF=0.141732;AO=18;DP=127;FAO=18;FDP=127;FR=.;FRO=109;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=-0.0142099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5601;QD=2.65117;RBI=0.0928225;REFB=-0.0078178;REVB=-0.0917284;RO=108;SAF=10;SAR=8;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058376;STB=0.543811;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0749046;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:127:127:108:109:18:18:0.141732:8:10:55:53:8:10:55:54 chr19 9002587 . C T 61.03 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.020405;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8;QD=2.08664;RBI=0.0331442;REFB=-0.00538152;REVB=-0.0261185;RO=102;SAF=8;SAR=6;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995697;STB=0.567141;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0370675;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:118:117:102:103:14:14:0.119658:6:8:50:52:6:8:51:52 chr19 9002597 . C T 59.01 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0278443;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4599;QD=2.16541;RBI=0.0279731;REFB=-0.00601188;REVB=-0.00268101;RO=96;SAF=7;SAR=6;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046953;STB=0.533846;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0511569;OID=.;OPOS=9002597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:109:109:96:96:13:13:0.119266:6:7:48:48:6:7:48:48 chr19 9003618 . C T 2263.44 PASS AF=0.986301;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0208184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.849;QD=62.012;RBI=0.0246739;REFB=0.0856707;REVB=-0.0132436;RO=2;SAF=76;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000828616;STB=0.500478;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000276049;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:146:2:2:143:144:0.986301:67:76:1:1:67:77:1:1 chr19 9003645 . G A 558.92 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0113397;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9117;QD=18.7872;RBI=0.0147332;REFB=-0.0129024;REVB=0.00940633;RO=63;SAF=34;SAR=24;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894925;STB=0.557357;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0150162;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:63:61:58:58:0.487395:24:34:31:32:24:34:29:32 chr19 9005674 . G A 241.76 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0491957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.942;QD=17.2682;RBI=0.0505691;REFB=-0.0252836;REVB=0.0117054;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661219;STB=0.503417;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0107452;OID=.;OPOS=9005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:29:27:27:0.482143:16:11:10:15:16:11:12:17 chr19 9005719 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.818;QD=62.3487;RBI=0.0325775;REFB=0;REVB=-0.0190207;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259722;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr19 9006370 . A G 81.43 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0422195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.866;QD=4.46177;RBI=0.0575908;REFB=-0.0144076;REVB=-0.039169;RO=57;SAF=2;SAR=12;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520778;STB=0.831429;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0522662;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:57:59:14:14:0.191781:12:2:31:26:12:2:31:28 chr19 9006415 . TT CA,TA 104.42 PASS AF=0.20339,0.0677966;AO=12,4;DP=59;FAO=12,4;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=3,1;FSAR=9,3;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0168035,0.00955967;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=160.908,76.539;QD=7.07926;RBI=0.0173278,0.0156641;REFB=-0.00605881,-0.0155139;REVB=-0.00423011,-0.0124087;RO=43;SAF=3,1;SAR=9,3;SRF=20;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283655,-0.235483;STB=0.682845,0.706784;STBP=0.19,0.515;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0304994,-0.0114233;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:59:59:43:43:12,4:12,4:0.20339,0.0677966:9,3:3,1:20:23:9,3:3,1:20:23 chr19 9006418 . G A 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0212946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.564;QD=7.08116;RBI=0.026639;REFB=-0.0114855;REVB=-0.0160055;RO=43;SAF=4;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231355;STB=0.643563;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0354582;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:11:4:19:24:11:4:19:24 chr19 9012840 . G A 92.94 PASS AF=0.0947712;AO=29;DP=306;FAO=29;FDP=306;FR=.;FRO=277;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=154;FSRR=123;FWDB=-0.00670802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.017;QD=1.21489;RBI=0.0109887;REFB=-0.00196779;REVB=0.00870369;RO=276;SAF=13;SAR=16;SRF=154;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131334;STB=0.596496;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0189387;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:306:306:276:277:29:29:0.0947712:16:13:154:122:16:13:154:123 chr19 9019605 . C G 1000.37 PASS AF=0.56213;AO=95;DP=169;FAO=95;FDP=169;FR=.;FRO=74;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.0121255;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.698;QD=23.6774;RBI=0.0122951;REFB=-0.0251075;REVB=0.00203519;RO=74;SAF=49;SAR=46;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129477;STB=0.564404;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.019455;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:74:74:95:95:0.56213:46:49:50:24:46:49:49:25 chr19 9020154 . A G 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0075038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.645;QD=18.7957;RBI=0.00778061;REFB=-0.0192921;REVB=0.00205691;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168347;STB=0.595583;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0254261;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:14:13:15:8:14:13 chr19 9021075 . T C 34.08 PASS AF=0.0774648;AO=11;DP=142;FAO=11;FDP=142;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=52;FWDB=-0.00432007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.522;QD=0.959946;RBI=0.0188077;REFB=-0.00220371;REVB=-0.0183048;RO=129;SAF=6;SAR=5;SRF=78;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678261;STB=0.554011;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0436674;OID=.;OPOS=9021075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:142:142:129:131:11:11:0.0774648:5:6:78:51:5:6:79:52 chr19 9024871 . C T 304.56 PASS AF=0.485294;AO=30;DP=65;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00316838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.202;QD=17.9152;RBI=0.0108768;REFB=-0.0140744;REVB=-0.0104051;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063531;STB=0.532049;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0139538;OID=.;OPOS=9024871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:34:35:30:33:0.485294:13:17:17:17:14:19:18:17 chr19 9025584 . T G 37.5 PASS AF=0.0863309;AO=12;DP=139;FAO=12;FDP=139;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=0.00804791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6079;QD=1.07903;RBI=0.0210323;REFB=0.00588764;REVB=-0.0194317;RO=127;SAF=10;SAR=2;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408324;STB=0.826698;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0662373;OID=.;OPOS=9025584;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:139:139:127:127:12:12:0.0863309:2:10:61:66:2:10:61:66 chr19 9025604 . A G 45.71 PASS AF=0.0915493;AO=13;DP=143;FAO=13;FDP=142;FR=.;FRO=129;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.00460338;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.212;QD=1.28774;RBI=0.0178082;REFB=-0.00173535;REVB=-0.0172029;RO=128;SAF=11;SAR=2;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390474;STB=0.809463;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.019205;OID=.;OPOS=9025604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:143:142:128:129:13:13:0.0915493:2:11:68:60:2:11:69:60 chr19 9026257 . G A 877.57 PASS AF=0.398438;AO=101;DP=255;FAO=102;FDP=256;FR=.;FRO=154;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=-0.00817841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.588;QD=13.712;RBI=0.0218889;REFB=-0.00950393;REVB=0.0203037;RO=153;SAF=46;SAR=55;SRF=77;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514627;STB=0.529596;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0138655;OID=.;OPOS=9026257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:153:154:101:102:0.398438:55:46:77:76:56:46:77:77 chr19 9026318 . A G 591.58 PASS AF=0.354369;AO=73;DP=207;FAO=73;FDP=206;FR=.;FRO=133;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=75;FWDB=-0.0181351;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.25;QD=11.4871;RBI=0.0190876;REFB=-0.0123101;REVB=-0.00595438;RO=133;SAF=26;SAR=47;SRF=58;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095412;STB=0.554479;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.020808;OID=.;OPOS=9026318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:133:133:73:73:0.354369:47:26:58:75:47:26:58:75 chr19 9046876 . G T 664.19 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.010947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.903;QD=22.3258;RBI=0.0359135;REFB=-0.00193883;REVB=0.0342044;RO=52;SAF=40;SAR=25;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164251;STB=0.502046;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0021525;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:54:65:65:0.546218:25:40:31:21:25:40:33:21 chr19 9048320 . C T 201.42 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0367302;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1992;QD=16.4421;RBI=0.0376342;REFB=-0.0305289;REVB=0.00819932;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142763;STB=0.589309;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0533675;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:18:9:10:11:19:9 chr19 9048342 . C T 260.79 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0173305;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5708;QD=18.9668;RBI=0.0179661;REFB=-0.0152657;REVB=0.00473686;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.029505;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:27:28:28:0.509091:12:16:16:12:12:16:16:11 chr19 9048421 . T C 173.84 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0277797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.524;QD=19.3153;RBI=0.0323886;REFB=-0.0144612;REVB=0.0166526;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014413;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:9:9:9:9:9:9 chr19 9048525 . G A 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0136237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.519;QD=11.3455;RBI=0.0136735;REFB=-0.00809356;REVB=-0.00116552;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774881;STB=0.5045;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0139425;OID=.;OPOS=9048525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:10:12:21:18:10:12:21:18 chr19 9049339 . C G 775.71 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.04053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.461;QD=20.0183;RBI=0.0415533;REFB=-0.0115659;REVB=0.00916494;RO=75;SAF=39;SAR=40;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587684;STB=0.535326;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00767031;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:75:76:79:79:0.509677:40:39:42:33:40:39:43:33 chr19 9049726 . G A 405.95 PASS AF=0.525641;AO=39;DP=76;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.026704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.525;QD=20.818;RBI=0.0290376;REFB=-0.0216756;REVB=0.0114053;RO=37;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440403;STB=0.504514;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0177285;OID=.;OPOS=9049726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:37:39:41:0.525641:16:23:22:15:17:24:22:15 chr19 9049910 . C T 666.59 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0294492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.799;QD=19.3214;RBI=0.0303681;REFB=-0.009923;REVB=-0.00741404;RO=70;SAF=27;SAR=40;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130543;STB=0.568783;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00690642;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:71:67:67:0.485507:40:27:38:32:40:27:38:33 chr19 9056982 . G A 412.01 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.022602;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2318;QD=18.943;RBI=0.0263531;REFB=-0.0107443;REVB=-0.0135512;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157804;STB=0.587237;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0194912;OID=.;OPOS=9056982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:44:43:43:0.494253:23:20:13:31:23:20:13:31 chr19 9056989 . C G 421.1 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0171679;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2468;QD=20.2939;RBI=0.0265785;REFB=-0.000288757;REVB=-0.02029;RO=36;SAF=13;SAR=29;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750142;STB=0.570759;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=5.96047e-05;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:41:42:42:0.506024:29:13:14:22:29:13:18:23 chr19 9057408 . A G 695.51 PASS AF=0.518797;AO=65;DP=130;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0224164;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.716;QD=20.9177;RBI=0.0237034;REFB=-0.0139221;REVB=0.0077041;RO=65;SAF=48;SAR=17;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301725;STB=0.649765;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0189135;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:65:64:65:69:0.518797:17:48:28:37:19:50:28:36 chr19 9057687 . A G 415.85 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00299918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4956;QD=19.8025;RBI=0.00867745;REFB=-0.00254898;REVB=0.00814267;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758663;STB=0.547597;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00318278;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:41:42:0.5:21:20:17:25:21:21:17:25 chr19 9057721 . C T 260.14 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00325106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.364;QD=16.783;RBI=0.0204034;REFB=-0.0336494;REVB=-0.0201428;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030655;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.024341;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:15:14:17:16:15:14:17:16 chr19 9058624 . G A 1003.09 PASS AF=0.5;AO=98;DP=196;FAO=98;FDP=196;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0126229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5065;QD=20.4713;RBI=0.0130191;REFB=-0.024106;REVB=-0.00318739;RO=98;SAF=50;SAR=48;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055814;STB=0.530657;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0262073;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:98:98:98:98:0.5:48:50:56:42:48:50:56:42 chr19 9058942 . C T 361.96 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00217358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.426;QD=17.8744;RBI=0.00657963;REFB=-0.00734868;REVB=0.00621023;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170039;STB=0.509503;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00847369;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:20:23:21:17:20:23 chr19 9059808 . A G 676.4 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0144558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.226;QD=20.6534;RBI=0.0144708;REFB=-0.015557;REVB=-0.000658148;RO=61;SAF=42;SAR=25;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485024;STB=0.525119;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0136374;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:64:67:67:0.51145:25:42:35:26:25:42:37:27 chr19 9060085 . C T 802.67 PASS AF=0.454054;AO=84;DP=185;FAO=84;FDP=185;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.00967006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.475;QD=17.3551;RBI=0.0158716;REFB=-0.0104534;REVB=-0.0125857;RO=101;SAF=41;SAR=43;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457816;STB=0.525396;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0170789;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:101:101:84:84:0.454054:43:41:54:47:43:41:54:47 chr19 9060541 . C T 418.74 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=106;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00279956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.443;QD=15.6537;RBI=0.0223386;REFB=-0.0199209;REVB=-0.0221625;RO=60;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151769;STB=0.578411;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0305136;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:60:60:46:47:0.439252:23:23:21:39:24:23:21:39 chr19 9060572 . G A 438.29 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=116;FAO=49;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0114606;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.847;QD=15.3786;RBI=0.0119351;REFB=-0.0241935;REVB=0.0033319;RO=44;SAF=30;SAR=18;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104689;STB=0.60384;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0318548;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:44:65:48:49:0.429825:18:30:27:17:19:30:28:37 chr19 9060605 . G A 616.78 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00335845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.647;QD=19.1249;RBI=0.011297;REFB=-0.00401199;REVB=-0.0107862;RO=65;SAF=39;SAR=24;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105315;STB=0.562622;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00408009;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:66:63:63:0.488372:24:39:33:32:24:39:33:33 chr19 9060812 . T C 361.64 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0104276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.506;QD=20.3741;RBI=0.0137743;REFB=-0.0253103;REVB=-0.00899979;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474912;STB=0.511493;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0244714;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:34:36:37:0.521127:21:15:12:21:22:15:13:21 chr19 9061559 . C G 349.8 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00618877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.663;QD=15.2088;RBI=0.0277307;REFB=-0.012531;REVB=-0.0270313;RO=53;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195603;STB=0.615543;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0180503;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:54:38:38:0.413043:15:23:22:31:15:23:22:32 chr19 9062415 . T G 451.93 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0302724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2812;QD=20.0855;RBI=0.0393382;REFB=-0.0120948;REVB=0.0251213;RO=45;SAF=16;SAR=29;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278954;STB=0.654495;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00760792;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:29:16:30:15:29:16:30:15 chr19 9062544 . T G 157.02 PASS AF=0.375;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.105193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9308;QD=13.0851;RBI=0.105313;REFB=0.00458821;REVB=-0.00502822;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161133;STB=0.596225;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0101827;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:29:30:17:18:0.375:8:9:11:18:8:10:12:18 chr19 9066874 . G T 1018.5 PASS AF=0.464912;AO=106;DP=228;FAO=106;FDP=228;FR=.;FRO=122;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=-0.0147095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.101;QD=17.8684;RBI=0.0462348;REFB=-0.0231584;REVB=-0.0438325;RO=122;SAF=60;SAR=46;SRF=70;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762787;STB=0.504215;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0272365;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:122:122:106:106:0.464912:46:60:70:52:46:60:70:52 chr19 9069892 . A C 790.28 PASS AF=0.430693;AO=87;DP=202;FAO=87;FDP=202;FR=.;FRO=115;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=0.00110267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.684;QD=15.6491;RBI=0.00588377;REFB=-0.00054346;REVB=-0.00577953;RO=113;SAF=52;SAR=35;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235775;STB=0.514;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0006865;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:113:115:87:87:0.430693:35:52:65:48:35:52:66:49 chr19 9070194 . A G 386.7 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0178353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.939;QD=20.9027;RBI=0.0215573;REFB=-0.0170633;REVB=-0.0121088;RO=35;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16151;STB=0.589427;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0263009;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:24:15:20:15:24:15:20:15 chr19 9070225 . G C 540.31 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0536528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9191;QD=22.0534;RBI=0.0633798;REFB=0.00858992;REVB=0.0337399;RO=47;SAF=22;SAR=29;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878728;STB=0.548472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00630091;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:29:22:25:22:29:22:25:22 chr19 9070837 . G A 493.28 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0183064;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4444;QD=17.617;RBI=0.0478609;REFB=-0.0243958;REVB=-0.0442215;RO=53;SAF=37;SAR=16;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132851;STB=0.590317;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0319719;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:59:53:53:0.473214:16:37:30:23:16:37:32:27 chr19 9071763 . T A 503.95 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.000190112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.48;QD=17.5287;RBI=0.0127662;REFB=-0.0130508;REVB=-0.0127648;RO=61;SAF=18;SAR=36;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112117;STB=0.562476;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0157547;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:36:18:27:34:36:18:27:34 chr19 9071834 . G C 209.31 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.000599698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.932;QD=13.7251;RBI=0.0288759;REFB=-0.0125665;REVB=0.0288697;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032135;STB=0.518385;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0186783;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:11:25:18:7:11:25 chr19 9072221 . G A 192.58 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00280757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6631;QD=12.4248;RBI=0.00476784;REFB=-0.0162554;REVB=0.00385355;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113082;STB=0.583264;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0419547;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:23:24:0.387097:10:13:17:20:10:14:17:21 chr19 9072875 . G A 435.01 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0146747;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.844;QD=20.7147;RBI=0.0149019;REFB=-0.00771548;REVB=-0.00259199;RO=42;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127071;STB=0.514279;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00433603;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:42:41:43:43:0.511905:18:25:25:17:18:25:25:16 chr19 9072975 . G A 503.22 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00156256;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.194;QD=16.9148;RBI=0.0381327;REFB=-0.0120485;REVB=0.0381007;RO=63;SAF=31;SAR=23;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182512;STB=0.519765;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.013996;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:63:65:54:54:0.453782:23:31:35:28:23:31:35:30 chr19 9074073 . G A 431.14 PASS AF=0.558442;AO=39;DP=73;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0359342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4025;QD=22.3968;RBI=0.0488972;REFB=-0.0413265;REVB=0.0331613;RO=33;SAF=21;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14434;STB=0.577234;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0401534;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:33:34:39:43:0.558442:18:21:12:21:19:24:13:21 chr19 9077581 . G T 774.29 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=162;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.00581265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.22;QD=19.1182;RBI=0.0440156;REFB=-0.0115087;REVB=-0.0436302;RO=82;SAF=44;SAR=36;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558278;STB=0.530733;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0119494;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:82:82:80:80:0.493827:36:44:50:32:36:44:50:32 chr19 9080462 . C G 1140.29 PASS AF=0.549223;AO=105;DP=193;FAO=106;FDP=193;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.00136114;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.644;QD=23.6329;RBI=0.0132662;REFB=-0.011435;REVB=0.0131962;RO=87;SAF=35;SAR=70;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180224;STB=0.599754;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0125834;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:87:87:105:106:0.549223:70:35:47:40:71:35:47:40 chr19 9083427 . A G 564.51 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00511882;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6925;QD=24.0216;RBI=0.012632;REFB=-0.00533005;REVB=-0.0115484;RO=42;SAF=29;SAR=23;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111374;STB=0.560953;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00463435;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:23:29:29:13:23:29:29:13 chr19 9083457 . C T 551.26 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0139726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.464;QD=24.2313;RBI=0.0183541;REFB=-0.00940302;REVB=-0.0119012;RO=39;SAF=25;SAR=26;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119151;STB=0.559117;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00743925;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:40:51:51:0.56044:26:25:25:14:26:25:25:15 chr19 9083791 . G A 269.24 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0389057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8978;QD=16.5685;RBI=0.0554767;REFB=0.0198527;REVB=0.0395477;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966765;STB=0.548988;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0270643;OID=.;OPOS=9083791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:35:30:30:0.461538:12:18:23:10:12:18:24:11 chr19 9084183 . G A 913.04 PASS AF=0.523256;AO=90;DP=172;FAO=90;FDP=172;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0197558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.912;QD=21.2334;RBI=0.0254464;REFB=-0.0245458;REVB=-0.0160384;RO=82;SAF=48;SAR=42;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713899;STB=0.539108;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0198282;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:82:82:90:90:0.523256:42:48:37:45:42:48:37:45 chr19 9084299 . T C 339.26 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0180772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8936;QD=20.5614;RBI=0.022727;REFB=-0.00242145;REVB=-0.0137743;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700325;STB=0.538871;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00257894;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:23:12:13:18:23:12:13:18 chr19 9085004 . T C 242.24 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0228846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.435;QD=12.5839;RBI=0.0419985;REFB=-0.0104431;REVB=0.0352161;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529714;STB=0.523708;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0170691;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:14:15:22:25:14:15:23:25 chr19 9085643 . A G 256.04 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.000823608;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.78;QD=10.8952;RBI=0.000927503;REFB=-0.0124813;REVB=0.000426535;RO=65;SAF=12;SAR=19;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124219;STB=0.561141;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0323246;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:65:63:31:31:0.329787:19:12:32:33:19:12:30:33 chr19 9085958 . A G 1085.72 PASS AF=0.509259;AO=100;DP=206;FAO=110;FDP=216;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0151574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.061;QD=20.106;RBI=0.0151782;REFB=-0.0157237;REVB=-0.000795252;RO=105;SAF=46;SAR=54;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328857;STB=0.517763;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0156994;OID=.;OPOS=9085958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:216:105:106:100:110:0.509259:54:46:52:53:60:50:52:54 chr19 9086145 . G C 196.19 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0041119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.8;QD=18.6846;RBI=0.0136241;REFB=-0.00981759;REVB=-0.0129888;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166684;STB=0.507805;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0203939;OID=.;OPOS=9086145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:7:13:14:7:7:13:14:8 chr19 9086318 . G A 192.3 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0013165;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.143;QD=21.9775;RBI=0.030674;REFB=-0.0327804;REVB=0.0306457;RO=17;SAF=18;SAR=1;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294564;STB=0.653728;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0280934;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:16:19:19:0.542857:1:18:17:0:1:18:16:0 chr19 9086819 . G A 331.21 PASS AF=0.548387;AO=32;DP=60;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00655079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.635;QD=21.3684;RBI=0.0318269;REFB=-0.0357821;REVB=0.0311454;RO=26;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196994;STB=0.602447;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0262258;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:26:28:32:34:0.548387:23:9:13:13:24:10:14:14 chr19 9087615 . T A 1105.15 PASS AF=0.929412;AO=76;DP=82;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0438713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7427;QD=52.0071;RBI=0.0558304;REFB=-0.0852188;REVB=0.0345304;RO=6;SAF=40;SAR=36;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426284;STB=0.523094;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00560153;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:82:85:6:6:76:79:0.929412:36:40:5:1:39:40:5:1 chr19 9087758 . G A 807.19 PASS AF=0.40625;AO=91;DP=224;FAO=91;FDP=224;FR=.;FRO=133;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=73;FSRR=60;FWDB=0.0070022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.789;QD=14.4141;RBI=0.00867409;REFB=-0.0144254;REVB=0.00511948;RO=132;SAF=46;SAR=45;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042263;STB=0.525768;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0189601;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:132:133:91:91:0.40625:45:46:72:60:45:46:73:60 chr19 9088017 . T G 1041.5 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0263542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6579;QD=54.8158;RBI=0.0601283;REFB=-0.053653;REVB=0.0540451;RO=4;SAF=42;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850491;STB=0.503692;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00211529;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:76:76:4:3:72:73:0.960526:30:42:2:2:31:42:2:1 chr19 9088330 . G A 444.79 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.00625913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0209;QD=17.9713;RBI=0.0399221;REFB=-0.0369218;REVB=0.0394284;RO=54;SAF=25;SAR=20;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130643;STB=0.572717;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0226538;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:20:25:37:17:20:25:37:17 chr19 9088772 . T C 664.25 PASS AF=0.523438;AO=60;DP=122;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00666224;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.552;QD=20.7579;RBI=0.00825475;REFB=-0.0122999;REVB=0.00487396;RO=60;SAF=32;SAR=28;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603604;STB=0.501051;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0141257;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:60:61:60:67:0.523438:28:32:28:32:35:32:29:32 chr19 9090182 . T C 227.0 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0273346;FXX=0.0526177;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.544;QD=25.2225;RBI=0.0306356;REFB=-0.00800606;REVB=0.0138333;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150202;STB=0.508372;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00680103;OID=.;OPOS=9090182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:13:8:6:9:13:8:6:9 chr19 9090784 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.000990568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.142;QD=18.3009;RBI=0.02026;REFB=-0.00947013;REVB=0.0202357;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833629;STB=0.554861;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0100477;OID=.;OPOS=9090784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:6:14:17:5:6:14:18:5 chr19 9204307 . A G 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.183;QD=58.7783;RBI=0.0241286;REFB=0;REVB=-0.0235489;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09631e-05;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr19 9213026 . T C 582.35 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.043993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6296;QD=58.2351;RBI=0.0461635;REFB=-0.026771;REVB=-0.0139889;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.81835e-05;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:1:0:16:23:1:0 chr19 9213079 . A C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4756;QD=57.6794;RBI=0.0603036;REFB=0;REVB=0.0316951;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171903;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr19 9213132 . A G 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4962;QD=52.5949;RBI=0.0647232;REFB=0;REVB=0.0433963;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181116;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr19 9251220 . C T 134.0 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0176035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.32;QD=8.12094;RBI=0.0195497;REFB=-0.00353525;REVB=0.00850327;RO=46;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972688;STB=0.512302;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00917146;OID=.;OPOS=9251220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:11:8:19:27:11:8:19:28 chr19 9251258 . T C 109.32 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0513834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.387;QD=8.57442;RBI=0.0562753;REFB=-0.00884754;REVB=-0.0229492;RO=37;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158042;STB=0.597338;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0163356;OID=.;OPOS=9251258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:10:4:15:22:10:4:15:22 chr19 9267292 . G A 225.82 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=-0.0220365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.826;QD=13.2836;RBI=0.0222465;REFB=-0.00530142;REVB=-0.00304955;RO=41;SAF=19;SAR=8;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173729;STB=0.597961;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00919051;OID=.;OPOS=9267292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:8:19:34:7:8:19:34:7 chr19 9271969 . C A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0204509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9362;QD=15.2296;RBI=0.0287095;REFB=-0.0131045;REVB=0.0201493;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307775;STB=0.679792;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0267828;OID=.;OPOS=9271969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:4:15:15:13:4:15:15:13 chr19 9273800 . A G 533.7 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0140835;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.804;QD=20.9292;RBI=0.0443839;REFB=-0.0263797;REVB=-0.0420902;RO=48;SAF=40;SAR=14;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353334;STB=0.519473;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0225005;OID=.;OPOS=9273800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:48:48:54:54:0.529412:14:40:34:14:14:40:34:14 chr19 9298167 . CTTTTTTTA CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTT 73.0 PASS AF=0.666667,0,0;AO=3,4,2;DP=19;FAO=12,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0713413,-0.222398,0.401173;FXX=0.0526039;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=12.2991,6.47563,6.67504;QD=16.2213;RBI=0.0729565,0.658576,0.718265;REFB=-0.0240731,-0.0613588,0.0181781;REVB=-0.0152667,0.619888,-0.595789;RO=4;SAF=1,4,0;SAR=2,0,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0848588,0.755207,-0.569412;STB=0.555464,0.5,0.5;STBP=0.523,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0104983,0.120008,0;OID=.,.,.;OPOS=9298174,9298168,9298175;OREF=TA,T,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0,0:3,4,2:19:12,0,0:18:6:6,0,0:6,0,0:2:4:21:4:1,4,0:2,0,2:1:3 chr19 9346427 . T C 418.45 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0665969;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.383;QD=53.9936;RBI=0.0853464;REFB=-0.161209;REVB=0.0533747;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00159068;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr19 9346599 . C G 208.39 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.00528561;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7272;QD=11.2641;RBI=0.0181369;REFB=-0.000647804;REVB=-0.0173496;RO=48;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224095;STB=0.62782;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00066424;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:48:48:26:26:0.351351:16:10:10:38:16:10:10:38 chr19 9346762 . T G 126.88 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.09555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3933;QD=19.5203;RBI=0.0987022;REFB=-0.0237811;REVB=0.0247451;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361458;STB=0.520519;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0145844;OID=.;OPOS=9346762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:3:9:10:4:3:9 chr19 9362343 . C T 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0128052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.83;QD=17.954;RBI=0.014273;REFB=-0.00847837;REVB=0.00630433;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243709;STB=0.638925;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0115976;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:6:11:6:10:6:11 chr19 9362443 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0187976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.261;QD=12.9421;RBI=0.0187998;REFB=-0.00451195;REVB=0.000283702;RO=25;SAF=14;SAR=1;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345759;STB=0.711497;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00878429;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:1:14:20:5:1:14:20:5 chr19 9362799 . T G 165.23 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0181212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.606;QD=12.4704;RBI=0.0181381;REFB=-0.00831151;REVB=-0.000784436;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946778;STB=0.554552;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.01242;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:7:13:24:9:7:13:24:9 chr19 9452026 . ACT ACA,A 730.87 PASS AF=0.0638298,0.93617;AO=3,41;DP=48;FAO=3,44;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228954,0.0123435;FXX=0.040808;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=44.1317,211.435;QD=62.2013;RBI=0.0629644,0.0124354;REFB=0,0;REVB=-0.0586542,-0.00150935;RO=0;SAF=3,24;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.2194e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.124758,-0.000222066;OID=.,.;OPOS=9452028,9452027;OREF=T,CT;OALT=A,-;OMAPALT=ACA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0638298,0.93617:3,41:48:3,44:47:0:3,27:0,17:0:0:13:0:3,24:0,17:0:0 chr19 9490814 . C T 815.68 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187785;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.765;QD=57.2409;RBI=0.0211226;REFB=0;REVB=0.00967122;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909441;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:40:17:0:0 chr19 9492141 . C T 896.45 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4332;QD=57.8353;RBI=0.039857;REFB=0;REVB=0.0204402;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101618;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:30:32:0:0 chr19 9492370 . A T 458.08 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.181;QD=57.2603;RBI=0.0313193;REFB=0;REVB=0.0123918;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214718;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr19 9524185 . A G 1667.89 PASS AF=0.839744;AO=130;DP=156;FAO=131;FDP=156;FR=.;FRO=25;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0934398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.6874;QD=42.7663;RBI=0.102653;REFB=-0.209656;REVB=0.0425035;RO=14;SAF=57;SAR=73;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904883;STB=0.544555;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0373683;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:14:25:130:131:0.839744:73:57:13:1:73:58:18:7 chr19 9721401 . A T 491.62 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.007492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.621;QD=28.0926;RBI=0.0201136;REFB=-0.00955024;REVB=-0.0186662;RO=25;SAF=19;SAR=26;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649914;STB=0.535377;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00726912;OID=.;OPOS=9721401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:26:19:13:12:26:19:13:12 chr19 9801440 . TCTCTC T 345.65 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00950767;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=305.375;QD=16.8612;RBI=0.0214212;REFB=-0.00860077;REVB=0.0191957;RO=43;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105501;STB=0.562466;STBP=0.301;TYPE=del;VARB=0.00963078;OID=.;OPOS=9801441;OREF=CTCTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45122:36:82:37:82:45:23:14:23:22:99:43:23:13:23:20 chr19 9804424 . T G 480.8 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00572964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1844;QD=22.8953;RBI=0.015153;REFB=-0.0206084;REVB=0.014028;RO=38;SAF=29;SAR=17;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257222;STB=0.6414;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0165416;OID=.;OPOS=9804424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:17:29:12:26:17:29:12:26 chr19 9868278 . T C 426.89 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0224995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7338;QD=21.8917;RBI=0.0634301;REFB=-0.0106743;REVB=0.0593056;RO=34;SAF=13;SAR=28;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161722;STB=0.582289;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00983314;OID=.;OPOS=9868278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:34:36:41:42:0.538462:28:13:17:17:29:13:17:19 chr19 9868404 . C T 201.99 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00331176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.949;QD=21.2624;RBI=0.00684922;REFB=-0.00021554;REVB=-0.00599534;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858625;STB=0.548338;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=6.33758e-05;OID=.;OPOS=9868404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:9:9:12:8:9:9 chr19 9922223 . G A 69.06 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00355378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4749;QD=12.0109;RBI=0.0734244;REFB=-0.0400976;REVB=0.0733383;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.101296;OID=.;OPOS=9922223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:23:23:14:13:9:10:0.434783:4:5:7:7:5:5:7:6 chr19 10071063 . T C 239.31 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5747;QD=50.3808;RBI=0.0383365;REFB=0;REVB=-0.0104014;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00064264;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr19 10077419 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.585;QD=16.4544;RBI=0.0019764;REFB=0.00797888;REVB=-0.0019764;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00611306;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr19 10078589 . T C 510.12 PASS AF=0.574713;AO=40;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00593821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.118;QD=23.4537;RBI=0.0467192;REFB=0.0133734;REVB=0.0463403;RO=32;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813212;STB=0.551704;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00700615;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:37:40:50:0.574713:19:21:20:12:25:25:23:14 chr19 10085062 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0696572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8643;QD=12.7385;RBI=0.0715984;REFB=-0.00519191;REVB=0.0165591;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545356;STB=0.847546;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0235928;OID=.;OPOS=10085062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:7:1:6:3:7:1:7:3 chr19 10089262 . G A 362.43 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00194743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.1614;QD=32.9483;RBI=0.00459024;REFB=-0.00369137;REVB=0.00415666;RO=14;SAF=18;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222731;STB=0.621541;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00072742;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:12:18:3:11:12:18:3:11 chr19 10090649 . A G 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0355807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6587;QD=24.0276;RBI=0.0568049;REFB=0.0254135;REVB=-0.044281;RO=9;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321265;STB=0.683919;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0284961;OID=.;OPOS=10090649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:13:2:4:5:13:2:4:5 chr19 10100061 . C A 514.49 PASS AF=0.714286;AO=45;DP=63;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0116263;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.088;QD=32.6659;RBI=0.0202138;REFB=9.4821e-05;REVB=-0.0165357;RO=17;SAF=20;SAR=25;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780693;STB=0.548715;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000589108;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:17:18:45:45:0.714286:25:20:5:12:25:20:5:13 chr19 10102676 . A G 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0500442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.146;QD=8.81022;RBI=0.0500546;REFB=-0.0227149;REVB=0.00102097;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0458285;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:6:5:3:3:6:5 chr19 10104322 . A C 390.27 PASS AF=0.711111;AO=31;DP=44;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0208042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.794;QD=34.6903;RBI=0.0210992;REFB=-0.0609173;REVB=0.00351628;RO=13;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091538;STB=0.545427;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0138099;OID=.;OPOS=10104322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:13:13:31:32:0.711111:12:19:10:3:12:20:10:3 chr19 10106936 . G C 283.33 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0280834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4902;QD=19.8825;RBI=0.0494599;REFB=-0.00882771;REVB=0.0407137;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284182;STB=0.657433;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0193742;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:18:12:20:7:18:12:20:7 chr19 10112346 . T C 439.36 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0330957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.059;QD=24.7527;RBI=0.0341456;REFB=-0.0312197;REVB=0.00840202;RO=29;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697362;STB=0.50382;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0220329;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:17:25:17:12:17:25:17:12 chr19 10116375 . G T 289.31 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0236693;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4978;QD=31.2762;RBI=0.0393505;REFB=-0.0147816;REVB=0.0314361;RO=12;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140041;STB=0.507686;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00525925;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:37:12:12:25:25:0.675676:14:11:5:7:14:11:5:7 chr19 10131999 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.669;QD=58.0606;RBI=0.0282292;REFB=0;REVB=0.0231636;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19517e-05;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:16:45:0:0:16:45:0:0 chr19 10132289 . TC CT,T,TT 736.77 PASS AF=0.0384615,0,0.961538;AO=2,22,26;DP=52;FAO=2,0,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,26;FSAR=0,0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268349,0.0322162,0.0472952;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=183.373,209.601,232.047;QD=56.6749;RBI=0.0618258,0.0711256,0.0718926;REFB=0,0,0;REVB=0.0556985,0.0634111,0.0541453;RO=0;SAF=2,21,3;SAR=0,1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.62339e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0239472,0,0.00279617;OID=.,.,.;OPOS=10132289,10132290,10132290;OREF=TC,C,C;OALT=CT,-,T;OMAPALT=CT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:7:52:52:0:0:2,22,26:2,0,50:0.0384615,0,0.961538:0,1,23:2,21,3:0:0:0,0,24:2,0,26:0:0 chr19 10132859 . T A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.674;QD=53.275;RBI=0.0793772;REFB=0;REVB=0.000501818;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109797;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr19 10204185 . G C,GC 36.4 PASS AF=0.0681818,0.204545;AO=4,5;DP=49;FAO=3,9;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3,2;FSAR=0,7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0732585,-0.0881652;FXX=0;HRUN=2,7;LEN=1,1;MLLD=22.7805,7.20086;QD=3.30888;RBI=0.0915922,0.255108;REFB=-0.0277587,-0.0341996;REVB=0.0549757,0.239388;RO=34;SAF=3,1;SAR=1,4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.388764,-0.24411;STB=0.996966,0.668381;STBP=0.043,0.321;TYPE=snp,ins;VARB=0.0624615,-0.149621;OID=.,.;OPOS=10204185,10204186;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:49:44:34:32:4,5:3,9:0.0681818,0.204545:1,4:3,1:13:21:0,7:3,2:13:19 chr19 10218408 . G A 173.37 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0016234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.849;QD=18.7428;RBI=0.0430632;REFB=-0.0167334;REVB=-0.0430326;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329705;STB=0.697424;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0127027;OID=.;OPOS=10218408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:19:18:18:0.486486:11:7:1:16:11:7:1:18 chr19 10265312 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.571;QD=62.9822;RBI=0.0271626;REFB=0;REVB=0.00750299;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51768e-05;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr19 10265725 . G A 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00619104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.304;QD=17.7995;RBI=0.0126058;REFB=-0.00755627;REVB=-0.0109807;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109375;STB=0.562436;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0123309;OID=.;OPOS=10265725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:13:7:11:13:13:7:11:13 chr19 10267077 . T C 1608.58 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.788;QD=59.577;RBI=0.0402646;REFB=0;REVB=0.0402193;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1063e-05;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:0:0:101:108:1:52:49:0:0:54:54:0:0 chr19 10271034 . C G 300.58 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000934464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.733;QD=23.1212;RBI=0.0175862;REFB=-0.0110175;REVB=-0.0175614;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113316;STB=0.571381;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0100648;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:16:14:13:8:16:14:14:8 chr19 10292698 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00935283;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.431;QD=18.8284;RBI=0.0111112;REFB=-0.0109312;REVB=-0.00599863;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132146;STB=0.54995;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0117445;OID=.;OPOS=10292698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:20:20:0.47619:9:11:8:12:9:11:10:12 chr19 10334663 . T G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.202;QD=37.4867;RBI=0.0703841;REFB=0;REVB=0.00609047;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463484;OID=.;OPOS=10334663;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 10370490 . T A 747.42 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.887;QD=63.6103;RBI=0.052517;REFB=0;REVB=0.0122318;RO=0;SAF=2;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102546;OID=.;OPOS=10370490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:44:2:0:0:45:2:0:0 chr19 10395683 . A G 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.439;QD=46.8395;RBI=0.0891405;REFB=0;REVB=-0.0846129;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000704682;OID=.;OPOS=10395683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr19 10402938 . G A 554.66 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0802525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.924;QD=55.4656;RBI=0.0802528;REFB=-0.0697006;REVB=0.000234667;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.518509;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00342405;OID=.;OPOS=10402938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:38:38:0.95:12:26:0:0:12:26:2:0 chr19 10403368 . G A 706.83 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373325;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.5258;QD=61.4632;RBI=0.0647253;REFB=0;REVB=0.052874;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812992;OID=.;OPOS=10403368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:46:1:0:45:46:1:20:25:0:1:21:25:0:0 chr19 10404519 . G A 200.13 PASS AF=0.558824;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0269911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.8803;QD=23.5444;RBI=0.0957853;REFB=-0.0480739;REVB=0.0919038;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152038;STB=0.673347;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0260086;OID=.;OPOS=10404519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:10:14:17:19:0.558824:12:5:5:5:14:5:9:5 chr19 10426628 . T C 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0660145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7445;QD=13.6258;RBI=0.111009;REFB=-0.0138057;REVB=-0.0892478;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502688;STB=0.770771;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00611659;OID=.;OPOS=10426628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:9:8:8:0.470588:6:2:7:1:6:2:7:2 chr19 10428991 . GGC G 41.61 PASS AF=0.175926;AO=14;DP=133;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.0624767;FXX=0.0357111;HRUN=5;LEN=2;MLLD=18.014;QD=1.54119;RBI=0.0666515;REFB=-0.0602351;REVB=-0.0232181;RO=96;SAF=12;SAR=2;SRF=39;SRR=57;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=0.537222;STB=0.777503;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.180839;OID=.;OPOS=10428992;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175926:14:133:19:108:89:14:5:34:55:41:96:12:2:39:57 chr19 10449392 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.15;QD=59.0187;RBI=0.0359292;REFB=0;REVB=0.0303708;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95977e-05;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:11:23:0:0 chr19 10461519 . G A 132.25 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0240903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0204;QD=7.77921;RBI=0.0497417;REFB=-0.0244048;REVB=0.0435189;RO=49;SAF=12;SAR=7;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054961;STB=0.532961;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0519506;OID=.;OPOS=10461519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:7:12:33:16:7:12:33:16 chr19 10475652 . C A 1179.72 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0959077;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.034;QD=59.7326;RBI=0.103079;REFB=-0.0577614;REVB=0.0377752;RO=1;SAF=18;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255586;STB=0.512192;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000188743;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:76:78:0.987342:58:18:1:0:58:20:1:0 chr19 10579474 . T G 577.4 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410875;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3143;QD=60.7792;RBI=0.0792984;REFB=0;REVB=0.0678238;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993209;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:35:38:1:16:19:0:0:19:19:0:0 chr19 10579834 . T C 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0343542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.103;QD=50.6202;RBI=0.0365819;REFB=-0.0673862;REVB=0.0125707;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.555516;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00303362;OID=.;OPOS=10579834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:21:8:0:0:21:8:2:0 chr19 10599965 . G A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.787;QD=59.0135;RBI=0.0189389;REFB=0;REVB=0.0155408;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174017;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 10600442 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.358;QD=53.9108;RBI=0.0240389;REFB=0;REVB=0.00298881;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.358e-05;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 10659659 . C T 509.75 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00901984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8946;QD=21.0206;RBI=0.0155132;REFB=-0.0192674;REVB=0.0126215;RO=48;SAF=19;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462741;STB=0.525614;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.011856;OID=.;OPOS=10659659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:30:19:21:27:30:19:21:27 chr19 10668383 . T C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0155351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.318;QD=27.2218;RBI=0.0227722;REFB=-0.0226003;REVB=-0.0166503;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786119;STB=0.545416;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0146761;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:15:24:24:0.615385:14:10:7:6:14:10:8:7 chr19 10668451 . C CG 219.73 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513754;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.8536;QD=46.2598;RBI=0.0920698;REFB=0;REVB=-0.0764029;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000445925;OID=.;OPOS=10668452;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:9:10:0:0:4:17:1:1:8:9 chr19 10668452 . A G 208.36 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.704;QD=41.6715;RBI=0.145521;REFB=-0.0420829;REVB=-0.143814;RO=2;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520696;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:9:9:1:1:9:9:1:1 chr19 10668673 . A G 154.95 PASS AF=0.425;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0133307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.104;QD=15.4946;RBI=0.0209614;REFB=-0.0236461;REVB=0.0161763;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120601;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.030035;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:23:23:15:17:0.425:7:8:12:11:9:8:12:11 chr19 10668717 . C T 298.33 PASS AF=0.65;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.012229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.719;QD=29.8328;RBI=0.0256768;REFB=-0.0488708;REVB=-0.0225776;RO=14;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274601;STB=0.519984;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0288776;OID=.;OPOS=10668717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:14:25:26:0.65:17:8:5:9:18:8:5:9 chr19 10670184 . C G 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0292394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9118;QD=9.89817;RBI=0.0392141;REFB=-0.0256735;REVB=0.0261305;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468902;STB=0.528261;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0372761;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:17:15:6:8:17:15 chr19 10670992 . C T 46.73 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0649878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8893;QD=10.3849;RBI=0.0703295;REFB=0.00120557;REVB=-0.0268853;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00144424;OID=.;OPOS=10670992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:6:5:5:2:6:5 chr19 10676423 . G A 132.39 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0250302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.995;QD=14.7102;RBI=0.0494424;REFB=-0.0163861;REVB=0.0426385;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386799;STB=0.69066;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0179241;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:4:10:7:14:5:10:7:14 chr19 10679240 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.418;QD=33.4285;RBI=0.0578775;REFB=0;REVB=-0.0370974;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139356;OID=.;OPOS=10679240;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 10683477 . A G 876.47 PASS AF=1;AO=53;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.434;QD=57.4733;RBI=0.0292604;REFB=0;REVB=0.00430026;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05363e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:53:61:1:29:24:0:0:30:31:0:0 chr19 10692000 . T C 421.76 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00256673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.97;QD=26.3598;RBI=0.00491197;REFB=0.00326313;REVB=-0.004188;RO=24;SAF=20;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285981;STB=0.515617;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00214892;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:20:20:13:11:20:20:13:11 chr19 10736346 . G A 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0206775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.98;QD=21.8714;RBI=0.023983;REFB=-0.0160924;REVB=0.0121501;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151686;STB=0.584086;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.014705;OID=.;OPOS=10736346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:15:8:15:13:15:8 chr19 10738415 . T C 169.23 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0108302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4548;QD=13.0179;RBI=0.0272775;REFB=-0.00640028;REVB=-0.0250354;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10423;STB=0.557635;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00669486;OID=.;OPOS=10738415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:32:20:20:0.384615:10:10:18:12:10:10:19:13 chr19 10738639 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5941;QD=59.8359;RBI=0.0254918;REFB=0;REVB=-0.00647322;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150288;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 10742170 . A G 198.52 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.049;QD=44.1163;RBI=0.0469803;REFB=0.0126964;REVB=-0.0351772;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000495992;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr19 10763024 . CT TC 65.28 PASS AF=1;AO=2;DP=38;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18096;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=2;MLLD=43.5976;QD=29.0153;RBI=0.18096;REFB=0;REVB=-2.92255e-08;RO=28;SAF=1;SAR=1;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00387576;OID=.;OPOS=10763024;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:9:28:0:2:9:1:1:1:13:15:0:9:0:0 chr19 10794123 . GAAAA GAAAC,GAAA 67.13 PASS AF=0.0666667,0.24;AO=6,19;DP=75;FAO=5,18;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=0,11;FSAR=5,7;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0629636,-0.0881422;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=81.4101,12.2089;QD=3.5802;RBI=0.0632175,0.0904449;REFB=-0.0107578,-0.106814;REVB=-0.0056606,0.0202791;RO=45;SAF=0,9;SAR=6,10;SRF=20;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0.326531;SSSB=-0.612974,0.0345895;STB=0.997483,0.650927;STBP=0.036,0.163;TYPE=snp,del;VARB=0.154496,0.168658;OID=.,.;OPOS=10794127,10794124;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=GAAAC,GAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.24:6,19:75:5,18:75:52:0,11:5,7:21:31:43:45:0,9:6,10:20:25 chr19 10794630 . G T 1480.33 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.485;QD=58.6268;RBI=0.0418812;REFB=-0.0991484;REVB=0.0317625;RO=1;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111598;STB=0.505881;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000251996;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:42:57:0:1:42:58:0:1 chr19 10959165 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00610066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.519;QD=14.9787;RBI=0.0182874;REFB=-0.00549572;REVB=-0.0172398;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362236;STB=0.708714;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00735033;OID=.;OPOS=10959165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:2:9:4:6:2:9 chr19 11224265 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000678885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.004;QD=16.0341;RBI=0.00670616;REFB=-0.0175734;REVB=0.00667171;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362745;STB=0.520813;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0215251;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:13:15:10:10:13:15 chr19 11227602 . C T 71.05 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00820457;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6227;QD=9.47349;RBI=0.0485149;REFB=-0.0322075;REVB=-0.0478162;RO=18;SAF=1;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18379;STB=0.838183;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0345598;OID=.;OPOS=11227602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:29:30:18:20:3:10:0.333333:2:1:9:9:9:1:10:10 chr19 11230881 . T C 388.99 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0308409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9387;QD=18.7467;RBI=0.0471914;REFB=0.0229721;REVB=-0.0357193;RO=43;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608923;STB=0.503391;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0257554;OID=.;OPOS=11230881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:17:23:25:18:17:23:25:18 chr19 11233941 . A G 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.128;QD=56.6913;RBI=0.0266936;REFB=0;REVB=-0.0126377;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83599e-05;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 11242044 . G A 324.24 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00491326;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.244;QD=19.3578;RBI=0.0101971;REFB=-0.00283862;REVB=0.00893539;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387519;STB=0.52157;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00240133;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:20:14:15:18:20:14:15:18 chr19 11242765 . A G 35.78 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0930219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9424;QD=7.15594;RBI=0.0932687;REFB=-0.00510876;REVB=-0.00678059;RO=11;SAF=0;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.712192;STB=0.802499;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000977798;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:20:11:14:5:6:0.3:5:0:5:6:5:1:8:6 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 320.23 PASS AF=0.482759,0.413793;AO=13,11;DP=27;FAO=14,12;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=12,4;FSAR=2,8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0418299,0.178293;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=127.456,53.8781;QD=44.1697;RBI=0.0501241,0.182351;REFB=-0.181887,-0.0700422;REVB=-0.0276168,0.0382562;RO=1;SAF=12,3;SAR=1,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.294909,0.052924;STB=0.562403,0.571306;STBP=0.384,0.279;TYPE=del,snp;VARB=0.0277599,0.000101428;OID=.,.;OPOS=11244188,11244202;OREF=TA,T;OALT=-,C;OMAPALT=TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.482759,0.413793:13,11:27:14,12:29:3:12,4:2,8:2:1:99:1:12,3:1,8:0:1 chr19 11303468 . CC CG,GC 217.24 PASS AF=0.380952,0.52381;AO=2,2;DP=20;FAO=8,11;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=4,1;FSAR=4,10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00570715,-0.00577589;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=178.187,186.057;QD=41.3782;RBI=0.0095288,0.0101933;REFB=-0.0556924,-0.0621451;REVB=-0.00763063,-0.00839892;RO=1;SAF=0,1;SAR=2,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.25849;STB=0.5,0.644841;STBP=1,0.167;TYPE=snp,snp;VARB=0.00460733,0.00872743;OID=.,.;OPOS=11303469,11303468;OREF=C,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:58:20:21:1:2:2,2:8,11:0.380952,0.52381:2,1:0,1:0:1:4,10:4,1:1:1 chr19 11303943 . A G 200.47 PASS AF=0.857143;AO=16;DP=20;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0348172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2596;QD=38.1842;RBI=0.0360462;REFB=-0.0119426;REVB=0.0093326;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229225;STB=0.516111;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0197077;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:21:4:3:16:18:0.857143:7:9:2:2:8:10:2:1 chr19 11348911 . A G 191.93 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0329184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0933;QD=23.9907;RBI=0.0459336;REFB=-0.036033;REVB=0.0320356;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170469;STB=0.601898;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0273443;OID=.;OPOS=11348911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:7:11:5:8:7:12:5:8 chr19 11350340 . C G 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0183683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.396;QD=14.1373;RBI=0.0183754;REFB=-0.0264086;REVB=-0.000507934;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151967;STB=0.588113;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0305741;OID=.;OPOS=11350340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:7:13:7:7:7:13 chr19 11363146 . A T 327.83 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0184804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.245;QD=20.4896;RBI=0.0189172;REFB=-0.0110179;REVB=0.00404168;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175767;STB=0.596961;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0116331;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:8:22:18:16:8:22 chr19 11411868 . C A 1825.84 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093738;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7855;QD=61.3729;RBI=0.0199824;REFB=0;REVB=0.0176473;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017587;OID=.;OPOS=11411868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:57:62:0:0:57:62:0:0 chr19 11459665 . G GA 158.31 PASS AF=0.5;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0448983;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.7778;QD=11.7263;RBI=0.0924047;REFB=-0.0194207;REVB=0.0807637;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189356;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.0254746;OID=.;OPOS=11459666;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:56:27:54:27:16:11:11:16:99:29:16:10:12:17 chr19 11526759 . G A 252.34 PASS AF=0.32;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.000786403;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1549;QD=10.0935;RBI=0.011402;REFB=-0.0267257;REVB=-0.0113748;RO=65;SAF=19;SAR=13;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220838;STB=0.641019;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0113285;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:65:68:32:32:0.32:13:19:26:39:13:19:26:42 chr19 11526765 . G T 560.12 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0157688;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.865;QD=23.3383;RBI=0.0169595;REFB=-0.0023134;REVB=0.00624271;RO=39;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910367;STB=0.546099;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00214919;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:44:52:52:0.541667:30:22:21:18:30:22:23:21 chr19 11558509 . A AC 40.7 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.192807;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.8019;QD=10.1742;RBI=0.193456;REFB=-0.00675657;REVB=-0.0158293;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.82253;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.0998699;OID=.;OPOS=11558510;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:17:7:16:9:6:1:3:6:40:10:5:2:5:5 chr19 11563383 . C CT,T 31.47 PASS AF=0.25,0;AO=8,4;DP=45;FAO=11,0;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=10,0;FSAR=1,0;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00989507,0.00764712;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.7152,82.1376;QD=2.86113;RBI=0.0446835,0.0176659;REFB=-0.0608631,-0.0135687;REVB=0.0435741,0.015925;RO=29;SAF=7,4;SAR=1,0;SRF=22;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232818,0.526452;STB=0.745701,0.5;STBP=0.134,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0902405,0;OID=.,.;OPOS=11563384,11563383;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:44:29:33:8,4:11,0:0.25,0:1,0:7,4:22:7:1,0:10,0:24:9 chr19 11564674 . GTT GTG,GT 51.94 PASS AF=0.2,0.6;AO=3,6;DP=17;FAO=3,9;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=1,4;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0480159,-0.523252;FXX=0.117578;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=222.665,6.2679;QD=13.8506;RBI=0.0480165,0.526763;REFB=-0.0189588,-0.117839;REVB=0.000245649,0.0607183;RO=3;SAF=1,2;SAR=2,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.352427,0.236104;STB=0.713247,0.615147;STBP=0.737,0.237;TYPE=snp,del;VARB=0.0236082,0.0264879;OID=.,.;OPOS=11564676,11564675;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.6:3,6:17:3,9:15:3:1,4:2,5:0:3:17:3:1,2:2,4:0:3 chr19 11569316 . G A 733.67 PASS AF=0.96;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.140183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6043;QD=58.6939;RBI=0.149749;REFB=-0.137562;REVB=0.0526638;RO=2;SAF=34;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268574;STB=0.51428;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0063072;OID=.;OPOS=11569316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:50:2:2:46:48:0.96:12:34:2:0:14:34:2:0 chr19 11664068 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.584;QD=46.848;RBI=0.0737664;REFB=0;REVB=0.0659015;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660934;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr19 11687195 . C T 470.7 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.709;QD=57.054;RBI=0.055698;REFB=0;REVB=0.0471768;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629987;OID=.;OPOS=11687195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:17:16:0:0 chr19 11687351 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.37;QD=45.8063;RBI=0.0246229;REFB=0;REVB=-0.0110455;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83928e-05;OID=.;OPOS=11687351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 11891003 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.194;QD=57.0006;RBI=0.0127927;REFB=0;REVB=8.81726e-05;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37298e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr19 11892935 . G C 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00582568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1481;QD=8.32845;RBI=0.0287325;REFB=0.00354069;REVB=-0.0281357;RO=46;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165789;STB=0.509923;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0275585;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:8:11:26:20:8:11:26:20 chr19 11892968 . A G 119.61 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0161512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.104;QD=6.64476;RBI=0.0164164;REFB=-0.00526979;REVB=-0.00293849;RO=54;SAF=11;SAR=7;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163577;OID=.;OPOS=11892968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:7:11:33:21:7:11:33:21 chr19 11943697 . G A 248.78 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.13;QD=49.7557;RBI=0.055753;REFB=0;REVB=0.0544351;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464889;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr19 12187020 . G A 486.46 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0209123;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.933;QD=21.6203;RBI=0.0225643;REFB=-0.0247532;REVB=0.00847482;RO=42;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224352;STB=0.522718;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0241053;OID=.;OPOS=12187020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:43:46:47:0.522222:22:24:23:19:23:24:24:19 chr19 12222381 . C G 793.86 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.841;QD=63.5085;RBI=0.0460394;REFB=0;REVB=0.0460188;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197819;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:24:23:0:0:26:24:0:0 chr19 12256358 . T G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.97;QD=61.3353;RBI=0.0652475;REFB=0;REVB=0.0545298;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238786;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr19 12502457 . A G 924.82 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716359;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.321;QD=58.719;RBI=0.0716366;REFB=0;REVB=0.000321936;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249304;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:35:26:0:0:35:28:0:0 chr19 12541214 . G T 681.39 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180389;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3219;QD=60.5677;RBI=0.105215;REFB=-0.12206;REVB=-0.103657;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00272344;OID=.;OPOS=12541214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:1:0:21:23:1:0 chr19 12541532 . C A 1080.84 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.968;QD=60.0466;RBI=0.018342;REFB=0;REVB=0.00212766;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45365e-05;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:42:29:0:0:42:30:0:0 chr19 12541542 . C T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.512;QD=59.322;RBI=0.0164812;REFB=0;REVB=0.0115137;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9068e-05;OID=.;OPOS=12541542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr19 12541544 . A C 1007.76 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.778;QD=59.2802;RBI=0.02456;REFB=0;REVB=0.0232907;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44854e-05;OID=.;OPOS=12541544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr19 12541795 . C A 1266.77 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.119;QD=61.0492;RBI=0.0323937;REFB=0;REVB=-0.0198287;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113363;OID=.;OPOS=12541795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:80:83:1:38:42:0:0:40:43:0:0 chr19 12542355 . A G 878.35 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00143936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.086;QD=54.8971;RBI=0.0478046;REFB=-0.0913995;REVB=0.047783;RO=2;SAF=40;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00931961;STB=0.504938;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000293438;OID=.;OPOS=12542355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:62:62:0.96875:22:40:1:1:22:40:1:1 chr19 12542653 . TT GA 1299.96 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272765;FXX=0.0232531;HRUN=5;LEN=2;MLLD=269.318;QD=61.9028;RBI=0.0289499;REFB=0;REVB=0.00970006;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.02558e-05;OID=.;OPOS=12542653;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:37:45:0:0:37:47:0:0 chr19 12551715 . A C 766.07 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.878;QD=56.7457;RBI=0.0524623;REFB=0;REVB=0.0351994;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115549;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:37:14:0:0:40:14:0:0 chr19 12774561 . C T 204.18 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0150861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.018;QD=12.5649;RBI=0.0151908;REFB=-0.0177325;REVB=0.00178004;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160923;STB=0.592518;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0160372;OID=.;OPOS=12774561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:22:18:15:10:22:18 chr19 12777403 . A G 30.39 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=69;FAO=10;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.211528;FXX=0.0410903;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.9365;QD=1.73634;RBI=0.211913;REFB=-0.0377558;REVB=0.0127709;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139712;STB=0.799401;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.216422;OID=.;OPOS=12777403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:69:70:32:60:11:10:0.142857:8:3:12:20:8:2:33:27 chr19 12832219 . G C,GC 34.33 PASS AF=0,0.333333;AO=3,5;DP=27;FAO=0,8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0,2;FSAR=0,6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.105364,0.261307;FXX=0.039984;HRUN=2,5;LEN=1,1;MLLD=27.5282,11.6332;QD=5.7209;RBI=0.112127,0.266346;REFB=-0.0580802,-0.0553772;REVB=0.0383536,0.0515642;RO=18;SAF=0,2;SAR=3,3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550424,0.0823023;STB=0.5,0.552494;STBP=1,0.706;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.125749;OID=.,.;OPOS=12832219,12832220;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:27:24:18:16:3,5:0,8:0,0.333333:3,3:0,2:6:12:0,6:0,2:5:11 chr19 12841560 . AG A 67.8 PASS AF=0.484848;AO=13;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.22942;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.0832;QD=8.218;RBI=0.230437;REFB=-0.0580221;REVB=0.0216284;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045606;STB=0.511097;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.0838087;OID=.;OPOS=12841561;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:13:32:16:33:17:11:5:12:5:54:15:9:4:11:4 chr19 12958697 . T C 262.07 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0202927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3659;QD=25.5679;RBI=0.0580435;REFB=-0.00213725;REVB=-0.0543807;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181102;STB=0.605979;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000783835;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:9:14:14:3:10:14:14:3 chr19 12963143 . T C 203.36 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0318715;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1553;QD=15.6434;RBI=0.052074;REFB=-0.0258865;REVB=0.0411814;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242687;STB=0.638969;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0393021;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:17:6:14:15:17:6:14:15 chr19 12985576 . A G 285.28 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00932855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.894;QD=18.1127;RBI=0.0268899;REFB=-0.0253726;REVB=0.0252199;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507242;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0229373;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:32:31:31:0.492063:17:14:14:17:17:14:14:18 chr19 12989289 . C T 292.88 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0283549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.068;QD=17.4855;RBI=0.0422825;REFB=0.00393025;REVB=-0.0313657;RO=35;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20795;STB=0.603708;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00234495;OID=.;OPOS=12989289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:11:20:15:20:12:20:15:20 chr19 12989560 . G A 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.015825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.363;QD=13.8884;RBI=0.0240221;REFB=-0.00649518;REVB=0.0180729;RO=65;SAF=30;SAR=15;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174291;STB=0.603726;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0139075;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:66:45:45:0.405405:15:30:33:32:15:30:33:33 chr19 12996740 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0386308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.416;QD=7.32293;RBI=0.0409741;REFB=-0.00528118;REVB=-0.0136578;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275858;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0143347;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:9:5:1:5:9:5 chr19 13010520 . A G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00399674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.234;QD=21.0082;RBI=0.0134129;REFB=-0.0165529;REVB=-0.0128036;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926203;STB=0.538436;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.016286;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:18:12:7:17:18:12:8:17 chr19 13317490 . GTTA G 31.5 PASS AF=0.25;AO=5;DP=22;FAO=5;FDP=20;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00679389;FXX=0.166597;HRUN=2;LEN=3;MLLD=259.204;QD=6.29944;RBI=0.013292;REFB=-0.00242704;REVB=0.0114245;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.735039;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.00606664;OID=.;OPOS=13317491;OREF=TTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:5:22:5:20:15:2:3:11:4:31:7:2:3:5:2 chr19 13445208 . C T 763.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.887;QD=56.5395;RBI=0.0214766;REFB=0;REVB=0.00503972;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107876;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr19 13868669 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7624;QD=55.6551;RBI=0.0611382;REFB=0;REVB=0.0605979;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812899;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 13885309 . C T 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.874;QD=62.018;RBI=0.107224;REFB=0;REVB=0.103066;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264397;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr19 13885484 . A G 405.34 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030669;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6719;QD=55.9082;RBI=0.0495738;REFB=0;REVB=0.0389483;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151947;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:17:11:0:1:18:11:0:0 chr19 13900981 . G A 1730.44 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907827;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6981;QD=60.7171;RBI=0.0933609;REFB=0;REVB=0.0217891;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264808;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:58:55:0:0:59:55:0:0 chr19 13942221 . A G 72.76 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00293449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8744;QD=10.0362;RBI=0.00661926;REFB=-0.000470059;REVB=-0.00593324;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180374;STB=0.64836;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000942888;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:29:18:19:9:10:0.344828:4:5:7:11:4:6:7:12 chr19 13947292 . T C 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00140853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.232;QD=13.912;RBI=0.0191364;REFB=-0.00127064;REVB=-0.0190845;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141242;STB=0.580981;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00127949;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:19:12:11:10:19:12 chr19 14040896 . G A 114.44 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.033;QD=41.6134;RBI=0.0476861;REFB=0;REVB=0.0465148;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644818;OID=.;OPOS=14040896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 14073254 . GCCCCG CGCCCG,GCCCG,GCCCGC,GCCG 291.02 PASS AF=0,0.875,0,0.09375;AO=2,16,3,5;DP=35;FAO=0,28,0,3;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25,0,3;FSAR=0,3,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0468962,-0.0641405,-0.13405,-0.0362322;FXX=0.0856898;HRUN=1,4,4,4;LEN=2,1,2,2;MLLD=18.8091,13.3404,6.19729,12.8467;QD=36.3776;RBI=0.338856,0.0641521,0.13435,0.0362348;REFB=-0.0619226,-0.108122,-0.114177,-0.0822544;REVB=-0.335595,0.00121902,0.00897437,0.000437782;RO=2;SAF=0,16,3,5;SAR=2,0,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0.333333,0,0.333333;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.727176,0,0,0;STB=0.5,0.509797,0.5,0.5;STBP=1,0.645,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,del;VARB=-0.0181106,-0.0125048,0.144809,0.0349039;OID=.,.,.,.;OPOS=14073254,14073255,14073258,14073255;OREF=GC,C,CG,CC;OALT=CG,-,GC,-;OMAPALT=CGCCCG,GCCCG,GCCCGC,GCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:12:35:32:2:1:2,16,3,5:0,28,0,3:0,0.875,0,0.09375:2,0,0,0:0,16,3,5:2:0:0,3,0,0:0,25,0,3:1:0 chr19 14083761 . T C 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0435241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7672;QD=14.0949;RBI=0.100991;REFB=-0.0187934;REVB=-0.0911309;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376723;STB=0.71668;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0190954;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:4:14:5:8:4:14 chr19 14141116 . T TCATG 1255.19 PASS AF=0.885714;AO=92;DP=108;FAO=93;FDP=105;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0109031;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=4;MLLD=317.154;QD=47.8169;RBI=0.010992;REFB=0.00329571;REVB=0.00139538;RO=13;SAF=46;SAR=46;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269375;STB=0.510135;STBP=0.601;TYPE=ins;VARB=-0.000271668;OID=.;OPOS=14141117;OREF=-;OALT=CATG;OMAPALT=TCATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.885714:92:108:93:105:12:46:47:7:5:52:13:46:46:8:5 chr19 14153293 . T C 510.33 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.819;QD=55.1704;RBI=0.0248842;REFB=-0.0231182;REVB=-0.00811289;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000962373;OID=.;OPOS=14153293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:37:0:1:33:36:0.972973:21:12:0:0:21:15:1:0 chr19 14185226 . T C 165.09 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0449861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.543;QD=12.4596;RBI=0.0451522;REFB=-0.0301515;REVB=0.00386938;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13436;STB=0.577784;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0367833;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:14:19:9:11:14:19 chr19 14200109 . T C 190.25 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0254323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6717;QD=21.7422;RBI=0.0275821;REFB=-0.00512044;REVB=0.0106756;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068284;STB=0.52784;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00704032;OID=.;OPOS=14200109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:18:19:0.542857:11:7:5:11:12:7:5:11 chr19 14231325 . C G 303.47 PASS AF=0.433735;AO=32;DP=79;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0170333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.712;QD=14.6249;RBI=0.0721873;REFB=-0.0334439;REVB=-0.070149;RO=47;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152142;STB=0.551063;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0341489;OID=.;OPOS=14231325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:47:47:32:36:0.433735:22:10:21:26:23:13:21:26 chr19 14231330 . A G 212.45 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0599009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1313;QD=10.2388;RBI=0.0784489;REFB=-0.00746751;REVB=-0.0506567;RO=56;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174582;STB=0.510197;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0124803;OID=.;OPOS=14231330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:16:11:22:34:16:11:22:34 chr19 14262121 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.000356708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.961;QD=12.7822;RBI=0.028459;REFB=-0.0109816;REVB=0.0284567;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0167417;OID=.;OPOS=14262121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr19 14268799 . G A 499.3 PASS AF=0.505155;AO=46;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0304435;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9022;QD=20.5898;RBI=0.032929;REFB=-0.0172123;REVB=-0.0125503;RO=48;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116255;STB=0.566248;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0167815;OID=.;OPOS=14268799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:48:46:49:0.505155:25:21:28:20:27:22:28:20 chr19 14273641 . A G 423.8 PASS AF=0.525;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0112662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.774;QD=21.1897;RBI=0.0116538;REFB=-0.0121099;REVB=0.0029807;RO=38;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546959;STB=0.523798;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0175444;OID=.;OPOS=14273641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:41:42:0.525:22:19:20:18:22:20:20:18 chr19 14512488 . C CA 490.1 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706276;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.52;QD=56.0112;RBI=0.070787;REFB=0;REVB=0.00474816;RO=29;SAF=2;SAR=2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00022;OID=.;OPOS=14512489;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:35:35:35:0:17:18:0:0:4:29:2:2:13:16 chr19 14512489 . G A 401.18 PASS AF=0.885714;AO=29;DP=33;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00145247;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.0729;QD=45.8498;RBI=0.00571588;REFB=-0.148336;REVB=0.00552825;RO=4;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117333;STB=0.501844;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00460612;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:33:35:4:4:29:31:0.885714:16:13:2:2:16:15:2:2 chr19 14582468 . G A 39.65 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00138244;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.278;QD=10.5721;RBI=0.0240817;REFB=-0.0117154;REVB=-0.024042;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374671;STB=0.749249;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.029509;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:8:9:6:6:0.4:4:2:6:2:4:2:7:2 chr19 14589378 . C T 331.96 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00184534;FXX=0.0645057;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.481;QD=22.8939;RBI=0.00650117;REFB=-0.00936459;REVB=-0.00623377;RO=23;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647921;STB=0.520595;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00616216;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:23:25:33:33:0.568966:20:13:11:12:20:13:11:14 chr19 14590236 . C T 381.05 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0102748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.058;QD=19.5412;RBI=0.032037;REFB=-0.0197059;REVB=0.0303447;RO=39;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130083;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:14:25:25:14:14:25:25:14 chr19 14593642 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0026172;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=133.194;QD=18.767;RBI=0.00793049;REFB=-0.0138447;REVB=0.00748619;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200664;STB=0.615062;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00597859;OID=.;OPOS=14593642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:3:0:1:5:3:0 chr19 14600305 . C T 235.25 PASS AF=0.46;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0549119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5711;QD=18.8201;RBI=0.0603532;REFB=-0.0191075;REVB=-0.0250439;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726558;STB=0.518309;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0161458;OID=.;OPOS=14600305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:25:27:23:23:0.46:11:12:15:10:11:12:15:12 chr19 14600563 . T C 227.34 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.011272;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=133.89;QD=26.7455;RBI=0.0128933;REFB=-0.0118063;REVB=0.00625944;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819794;STB=0.583252;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0093053;OID=.;OPOS=14600563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:11:13:21:21:0.617647:7:14:6:5:7:14:6:7 chr19 14626567 . C G 454.72 PASS AF=0.36;AO=34;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0283694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5655;QD=18.1889;RBI=0.0372305;REFB=0.000111782;REVB=-0.0241099;RO=51;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185236;STB=0.601592;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00487016;OID=.;OPOS=14626567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:34:36:0.36:16:18:18:33:17:19:18:33 chr19 14626569 . A G 54.82 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.00453296;FXX=0.009999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.4744;QD=2.21476;RBI=0.0506499;REFB=-0.0322026;REVB=-0.0504467;RO=72;SAF=9;SAR=4;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290618;STB=0.729391;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.213185;OID=.;OPOS=14626569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:100:99:72:86:13:13:0.131313:4:9:33:39:4:9:36:50 chr19 14626911 . A G 287.49 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00784152;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.492;QD=15.753;RBI=0.00799034;REFB=-0.00843725;REVB=0.00153495;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432631;STB=0.524406;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0107564;OID=.;OPOS=14626911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:15:17:20:21:15:17:20:21 chr19 14640399 . G C 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0233735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9067;QD=17.4263;RBI=0.0407943;REFB=-1.79081e-05;REVB=0.0334344;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211944;STB=0.620226;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000355136;OID=.;OPOS=14640399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:16:7:10:9:16:7 chr19 14640435 . T C 227.91 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0429911;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8013;QD=15.4515;RBI=0.0430658;REFB=-0.0371176;REVB=0.00253596;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117542;STB=0.576214;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0496674;OID=.;OPOS=14640435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:25:26:0.440678:12:13:21:12:13:13:21:12 chr19 14682804 . G C 302.82 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00065438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.016;QD=14.5937;RBI=0.0306578;REFB=-0.0138031;REVB=-0.0306508;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797259;STB=0.558704;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0225676;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:33:34:0.409639:14:19:24:24:14:20:24:25 chr19 14699452 . A G 335.28 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00669594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.521;QD=22.3521;RBI=0.0134302;REFB=-0.0245868;REVB=0.0116419;RO=25;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823322;STB=0.558789;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0150231;OID=.;OPOS=14699452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:33:34:0.566667:15:18:11:14:15:19:11:15 chr19 14705509 . T C 341.65 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00580103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.685;QD=18.4673;RBI=0.0441993;REFB=-0.00785546;REVB=-0.043817;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134965;STB=0.500753;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00724436;OID=.;OPOS=14705509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:17:19:20:18:17:19:20:18 chr19 14752325 . C T 387.76 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0172005;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.62;QD=13.9732;RBI=0.033921;REFB=-0.0157157;REVB=-0.0292366;RO=65;SAF=28;SAR=17;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579624;STB=0.528954;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0241964;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:65:66:45:45:0.405405:17:28:37:28:17:28:38:28 chr19 14758168 . G A 78.04 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0630612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.844;QD=14.1896;RBI=0.0631164;REFB=-0.0290589;REVB=-0.00264114;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198747;STB=0.617401;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.029167;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:6:6:7:3:6:6 chr19 14769339 . C G 3122.61 PASS AF=1;AO=193;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446543;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5778;QD=63.7268;RBI=0.0558873;REFB=0;REVB=0.0336062;RO=0;SAF=151;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33578e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134027;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:193:196:1:42:151:0:0:44:152:0:0 chr19 14817548 . T A 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.106;QD=64.1498;RBI=0.028548;REFB=0;REVB=0.0229287;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4976e-05;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr19 14829749 . C T 381.95 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0123429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.324;QD=17.1665;RBI=0.0523443;REFB=-0.0339946;REVB=-0.0508682;RO=49;SAF=26;SAR=14;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401381;STB=0.522522;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0440151;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:14:26:30:19:14:26:30:19 chr19 14847013 . G C 88.08 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.1061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7291;QD=14.0935;RBI=0.107694;REFB=0.0174771;REVB=0.0184571;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.599808;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0139056;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:6:8:8:3:6:8 chr19 14862278 . G A 162.97 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0920809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0101;QD=9.18113;RBI=0.0926345;REFB=-0.0072019;REVB=0.0101128;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104122;STB=0.561303;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.018857;OID=.;OPOS=14862278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:10:12:31:18:10:12:31:18 chr19 14862430 . C G 765.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7781;QD=56.6997;RBI=0.0342229;REFB=0;REVB=-0.0165857;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93677e-05;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr19 14877043 . C T 746.34 PASS AF=0.434783;AO=80;DP=185;FAO=80;FDP=184;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=66;FSRR=38;FWDB=0.0474985;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.358;QD=16.2248;RBI=0.0500712;REFB=0.00499382;REVB=-0.0158436;RO=105;SAF=37;SAR=43;SRF=67;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177511;STB=0.596394;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00446199;OID=.;OPOS=14877043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:105:104:80:80:0.434783:43:37:67:38:43:37:66:38 chr19 14910210 . C G 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0124261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.403;QD=14.1312;RBI=0.0313261;REFB=-0.0241107;REVB=-0.0287561;RO=30;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209929;STB=0.616304;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0394438;OID=.;OPOS=14910210;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:4:15:19:11:4:15:20:11 chr19 14910321 . A G 227.67 PASS AF=0.511111;AO=21;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0328271;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7874;QD=20.2374;RBI=0.0345222;REFB=-0.0352949;REVB=0.0106849;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285203;STB=0.63988;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.03535;OID=.;OPOS=14910321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:22:21:23:0.511111:13:8:16:7:14:9:15:7 chr19 14910438 . C T 813.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.029;QD=56.1038;RBI=0.0476111;REFB=0;REVB=0.0225251;RO=0;SAF=8;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393449;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:58:0:0:54:58:1:46:8:0:0:48:10:0:0 chr19 14910573 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.037;QD=59.0186;RBI=0.0277;REFB=0;REVB=0.0177956;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98551e-05;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr19 14910654 . T C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0287999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.913;QD=27.3836;RBI=0.0747778;REFB=-0.00350916;REVB=0.0690093;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110339;STB=0.562373;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00161343;OID=.;OPOS=14910654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:1:2:4:6:1:2 chr19 14938616 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00018479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.344;QD=58.4191;RBI=0.0447157;REFB=0;REVB=-0.0447153;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94598e-05;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr19 14951898 . G T 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00731447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7238;QD=11.5948;RBI=0.011616;REFB=-0.046854;REVB=0.00902391;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26677;STB=0.651885;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0815675;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:20:21:12:12:0.363636:10:2:7:13:10:2:7:14 chr19 14974930 . G A 1129.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.236;QD=60.2238;RBI=0.00693068;REFB=0;REVB=0.00669364;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39572e-06;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr19 14975040 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0134886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.577;QD=13.037;RBI=0.0151462;REFB=0.000542243;REVB=-0.00688965;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778687;STB=0.545405;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00126518;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:12:20:10:8:12:20 chr19 14975368 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1466;QD=37.4884;RBI=0.0456576;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171127;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 14991643 . G A 224.39 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0130173;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.083;QD=18.6991;RBI=0.0131299;REFB=-0.0266996;REVB=0.00171578;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957355;STB=0.5822;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0143896;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:24:19:21:0.4375:10:9:10:7:12:9:14:10 chr19 14991963 . C A 158.1 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0059132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.669;QD=17.5668;RBI=0.00954833;REFB=-0.0249526;REVB=0.00749697;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1459;STB=0.594481;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.018772;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:6:10:9:10:6:11:9:10 chr19 15052983 . T TATC 570.12 PASS AF=0.810345;AO=46;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0244168;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.742;QD=39.3187;RBI=0.024437;REFB=-0.00414427;REVB=-0.000992279;RO=11;SAF=7;SAR=39;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787162;STB=0.543459;STBP=0.319;TYPE=ins;VARB=0.000510376;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.810345:46:58:47:58:11:7:40:3:8:67:11:7:39:3:8 chr19 15063757 . A G 187.87 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0680455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9098;QD=14.735;RBI=0.103029;REFB=0.0144376;REVB=-0.0773609;RO=30;SAF=16;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224985;STB=0.593872;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0254813;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:4:16:19:11:5:16:19:11 chr19 15131330 . G A 769.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7652;QD=56.9882;RBI=0.051278;REFB=0;REVB=0.00826736;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386329;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr19 15133762 . G C 1320.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0694;QD=61.4349;RBI=0.0321409;REFB=0;REVB=-0.0309813;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212036;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:48:37:0:0:48:38:0:0 chr19 15133787 . C A 362.64 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00291883;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.255;QD=20.1468;RBI=0.0125821;REFB=-0.0233755;REVB=0.0122388;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432152;STB=0.542146;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0166719;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:30:35:37:37:0.513889:19:18:13:17:19:18:14:21 chr19 15198263 . A G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.191;QD=44.684;RBI=0.0272961;REFB=0;REVB=0.0220139;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105405;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 15198292 . C G 78.83 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0134312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.297;QD=28.6657;RBI=0.0786859;REFB=0.0204987;REVB=0.0775311;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241727;STB=0.63963;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00706826;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:1:8:1:1:1:8:1:1 chr19 15198507 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00221702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7159;QD=14.9781;RBI=0.0469688;REFB=-0.0159231;REVB=-0.0469164;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0151774;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:6:5:4:6:6:5 chr19 15198631 . A C 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0154998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.122;QD=14.1722;RBI=0.04211;REFB=-0.00285051;REVB=-0.0391537;RO=47;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175606;STB=0.59978;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00350515;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:13:19:20:27:13:19:20:27 chr19 15198720 . A T 395.98 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00878618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1486;QD=20.3064;RBI=0.0266455;REFB=-0.00677646;REVB=-0.0251552;RO=38;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764479;STB=0.504235;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00518498;OID=.;OPOS=15198720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:26:14:13:25:26:14:13:25 chr19 15198764 . T C 1080.4 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.838;QD=60.0221;RBI=0.0210011;REFB=0;REVB=-0.0188177;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06537e-05;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:42:28:0:0:43:29:0:0 chr19 15225348 . T C 345.09 PASS AF=0.962963;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00857995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0234;QD=51.1244;RBI=0.111015;REFB=0.0021459;REVB=-0.110683;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00159825;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:20:26:0.962963:13:7:0:1:14:12:0:1 chr19 15225358 . T A 243.62 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652802;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.552;QD=51.2892;RBI=0.0090164;REFB=0;REVB=-0.00621936;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27409e-05;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 15226970 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3806;QD=61.6822;RBI=0.127071;REFB=0;REVB=0.0273522;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021255;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr19 15227030 . G A 254.81 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0168;QD=50.962;RBI=0.0467324;REFB=0;REVB=0.0378405;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037361;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:7:13:0:0 chr19 15233581 . C A 109.49 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0221735;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.854;QD=13.2712;RBI=0.031571;REFB=-0.0147207;REVB=-0.0224737;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.678966;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.035656;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:21:20:13:13:0.393939:4:9:9:12:4:9:8:12 chr19 15271135 . T A,G 170.28 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,13;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693513,-0.00220322;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.018,83.9962;QD=45.4081;RBI=0.0082463,0.0183142;REFB=0,0;REVB=-0.00446155,0.0181812;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000209938,-0.000386014;OID=.,.;OPOS=15271135,15271135;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:15:15:0:0:2,13:2,13:0.133333,0.866667:2,7:0,6:0:0:2,7:0,6:0:0 chr19 15278057 . A G 1011.33 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000235139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.348;QD=58.6279;RBI=0.0326497;REFB=0;REVB=-0.0326489;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200129;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:36:31:0:0:36:33:0:0 chr19 15285052 . T C 474.54 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.515;QD=57.5198;RBI=0.0188512;REFB=0;REVB=0.0107548;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45228e-05;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:13:18:0:0:14:19:0:0 chr19 15292437 . T C 298.1 PASS AF=0.402299;AO=31;DP=83;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0319686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.69;QD=13.7057;RBI=0.0408565;REFB=-0.0268337;REVB=-0.0254414;RO=51;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231718;STB=0.659627;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0425135;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:51:52:31:35:0.402299:10:21:24:27:10:25:24:28 chr19 15295134 . G A 1420.29 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0719492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4634;QD=61.7519;RBI=0.0753602;REFB=-0.0985437;REVB=0.0224159;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011421;STB=0.506023;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00125045;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:92:1:1:91:91:0.98913:41:50:0:1:41:50:0:1 chr19 15302844 . T C 362.2 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318893;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1285;QD=55.7236;RBI=0.0322168;REFB=0;REVB=0.00458149;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183989;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr19 15418976 . T G 70.91 PASS AF=0.692308;AO=3;DP=9;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0767165;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.992;QD=21.8183;RBI=0.159073;REFB=-0.0939855;REVB=-0.139351;RO=6;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208152;STB=0.599811;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0527541;OID=.;OPOS=15418976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:9:13:6:4:3:9:0.692308:1:2:5:1:1:8:4:0 chr19 15465786 . G T 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00401449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.799;QD=16.0322;RBI=0.0401644;REFB=-0.00267746;REVB=0.0399633;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590962;STB=0.533865;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00625019;OID=.;OPOS=15465786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:11:17:11:9:11:17 chr19 15490485 . C T 593.22 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.0328201;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.804;QD=15.8193;RBI=0.0489093;REFB=-0.0366101;REVB=0.0362623;RO=83;SAF=41;SAR=24;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222943;STB=0.618224;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0436614;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:85:65:65:0.433333:24:41:34:49:24:41:36:49 chr19 15508362 . G C 1877.87 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.813;QD=61.5694;RBI=0.0122499;REFB=0;REVB=-0.0100023;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10116e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:65:56:0:0:65:57:0:0 chr19 15533821 . A G 739.71 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.581;QD=54.7931;RBI=0.0291538;REFB=-0.177125;REVB=-0.0178787;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0017182;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:34:19:1:0:34:19:1:0 chr19 15549939 . C T 592.18 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.190365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8421;QD=56.3983;RBI=0.219016;REFB=-0.139014;REVB=0.108301;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.504948;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0112116;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:1:2:40:40:0.952381:16:24:1:0:16:24:1:1 chr19 15580290 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00510612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6008;QD=13.959;RBI=0.00510612;REFB=-0.0198059;REVB=0;RO=7;SAF=7;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195247;OID=.;OPOS=15580290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:0:7:7:0:0:7:7:0 chr19 15582863 . C T 288.85 PASS AF=0.545455;AO=26;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0371015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.546;QD=21.007;RBI=0.037426;REFB=-0.0170226;REVB=-0.00491731;RO=18;SAF=19;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150946;STB=0.553829;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0153991;OID=.;OPOS=15582863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:25:26:30:0.545455:7:19:10:8:11:19:13:12 chr19 15586672 . A T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0350819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.988;QD=14.169;RBI=0.0356519;REFB=-0.0121854;REVB=0.00634942;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654152;STB=0.57128;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0259513;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:3:7:7:4:3:7:7:5 chr19 15587185 . C T 299.24 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00817668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.467;QD=21.763;RBI=0.0125697;REFB=-0.00030693;REVB=0.00954669;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011567;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417421;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:30:31:0.563636:17:13:10:13:18:13:10:14 chr19 15587345 . T C 243.28 PASS AF=0.482143;AO=24;DP=53;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0108436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.711;QD=17.3772;RBI=0.0121699;REFB=-0.0173036;REVB=0.00552463;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18401;STB=0.571378;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0170489;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:29:29:24:27:0.482143:12:12:9:20:15:12:9:20 chr19 15648715 . G A 255.74 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0352544;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.715;QD=21.7647;RBI=0.0586745;REFB=-0.013242;REVB=-0.0469023;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177342;STB=0.598833;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0144267;OID=.;OPOS=15648715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:6:17:13:11:6:17 chr19 15726487 . G T 65.0 PASS AF=0.375;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00998934;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.288;QD=10.8328;RBI=0.016448;REFB=-0.0325561;REVB=0.0130672;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108749;STB=0.571275;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0599857;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:24:15:15:7:9:0.375:3:4:10:5:4:5:10:5 chr19 15729056 . C G 227.62 PASS AF=0.415385;AO=23;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=34;FWDB=0.000253188;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.3105;QD=14.0077;RBI=0.00476663;REFB=-0.0366804;REVB=-0.0047599;RO=30;SAF=2;SAR=21;SRF=1;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204239;STB=0.613965;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0268369;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:37:23:27:0.415385:21:2:1:29:22:5:3:34 chr19 15730498 . G GC 1831.7 PASS AF=1;AO=116;DP=132;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414705;FXX=0.0314936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.185;QD=59.5674;RBI=0.0682535;REFB=0;REVB=-0.0542102;RO=15;SAF=40;SAR=76;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000405973;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:116:132:123:123:0:41:82:0:0:10:15:40:76:10:5 chr19 15739597 . A C 722.27 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133928;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.621;QD=62.8058;RBI=0.0359924;REFB=0;REVB=0.0334078;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5257e-05;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:43:46:1:18:25:0:0:20:26:0:0 chr19 15757927 . T C 389.09 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00223279;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.713;QD=14.2785;RBI=0.00325061;REFB=-0.0243052;REVB=-0.00236244;RO=63;SAF=27;SAR=18;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161546;STB=0.586677;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0322271;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:64:45:45:0.412844:18:27:28:35:18:27:29:35 chr19 15763721 . G A 356.49 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.020897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.843;QD=19.2696;RBI=0.0219603;REFB=-0.0177318;REVB=-0.00675062;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112487;STB=0.555862;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0154605;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:20:16:12:25:21:16:12:25 chr19 15769379 . G C 187.94 PASS AF=0.409091;AO=10;DP=49;FAO=18;FDP=44;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0116819;FXX=0.119976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.365;QD=17.0854;RBI=0.0118216;REFB=0.00184615;REVB=0.00181219;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.504499;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00689447;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:44:14:21:10:18:0.409091:8:2:4:10:11:7:8:13 chr19 15769529 . GC TT 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00048546;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.56;QD=9.73954;RBI=0.00273792;REFB=-0.00179182;REVB=-0.00269453;RO=45;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215226;STB=0.631465;STBP=0.154;TYPE=mnp;VARB=0.0042105;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:46:22:22:0.323529:10:12:16:29:10:12:16:30 chr19 15769625 . A G 120.06 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0263267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.275;QD=9.41647;RBI=0.0271508;REFB=-0.000430749;REVB=-0.00663851;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447945;STB=0.749722;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00174464;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:6:9:7:28:6:9:8:28 chr19 15784061 . C A 727.98 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9849;QD=63.3025;RBI=0.0557728;REFB=0;REVB=-0.0104547;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460127;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr19 15784386 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4484;QD=62.0196;RBI=0.0290317;REFB=0;REVB=0.0266255;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152852;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 15789098 . A G 1267.47 PASS AF=0.988095;AO=80;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0923574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5154;QD=60.3556;RBI=0.0934427;REFB=-0.0727988;REVB=0.0142004;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111399;STB=0.505617;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00260572;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:84:1:1:80:83:0.988095:38:42:1:0:39:44:1:0 chr19 15789140 . A G 1492.42 PASS AF=0.990196;AO=102;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00394234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.236;QD=58.5262;RBI=0.00679447;REFB=-0.0802091;REVB=-0.00553379;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000823204;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:102:101:0.990196:50:52:0:0:50:51:1:0 chr19 15791180 . C T 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.07;QD=60.1979;RBI=0.0747392;REFB=0;REVB=0.058722;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343584;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr19 15793235 . T C 468.44 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0408307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.357;QD=18.017;RBI=0.0443503;REFB=-0.00464663;REVB=0.0173148;RO=54;SAF=23;SAR=27;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851085;STB=0.547173;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0055;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:27:23:20:34:27:23:20:34 chr19 15807884 . A G 453.32 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0139627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8622;QD=20.3737;RBI=0.0341964;REFB=-0.0241905;REVB=-0.031216;RO=44;SAF=8;SAR=37;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299824;STB=0.668143;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0207989;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:37:8:19:25:37:8:19:25 chr19 15838967 . G A 423.6 PASS AF=0.417391;AO=47;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.028386;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.701;QD=14.7338;RBI=0.0350488;REFB=-0.00419495;REVB=0.0205586;RO=66;SAF=16;SAR=31;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259485;STB=0.516587;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00534115;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:67:47:48:0.417391:31:16:21:45:31:17:22:45 chr19 15839174 . C T 198.66 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.105048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.752;QD=22.7044;RBI=0.105054;REFB=-0.0128498;REVB=-0.00108959;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185471;STB=0.610516;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0107681;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:11:8:3:12:11:9:3:12 chr19 15839365 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0414582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4849;QD=19.3696;RBI=0.0453643;REFB=-0.00666969;REVB=0.0184156;RO=7;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619789;STB=0.862193;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00352051;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:1:9:1:6:1:9:1:6 chr19 15852223 . A C 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00417849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9401;QD=12.8978;RBI=0.0255415;REFB=0.0195667;REVB=-0.0251974;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16479;STB=0.596783;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0506948;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:15:15:6:11:15:15 chr19 15852242 . C A 341.05 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0224681;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1057;QD=23.5203;RBI=0.0453714;REFB=-0.0499862;REVB=0.0394177;RO=24;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15701;STB=0.586158;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0577394;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:24:24:34:34:0.586207:17:17:17:7:17:17:17:7 chr19 15852872 . G A 631.83 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=4.38754e-05;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3043;QD=16.411;RBI=0.0653959;REFB=-0.016475;REVB=0.0653959;RO=82;SAF=46;SAR=23;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135432;STB=0.58713;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0192834;OID=.;OPOS=15852872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:154:82:85:69:69:0.448052:23:46:44:38:23:46:44:41 chr19 15881953 . A G 429.37 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=17;FWDB=-0.0128046;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.742;QD=14.3124;RBI=0.0129929;REFB=-0.0125921;REVB=-0.00220407;RO=70;SAF=28;SAR=21;SRF=53;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206354;STB=0.618046;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.018369;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:70:71:49:49:0.408333:21:28:53:17:21:28:54:17 chr19 15905002 . T C 534.88 PASS AF=0.459677;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.032332;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.343;QD=17.2543;RBI=0.0346351;REFB=-0.026257;REVB=-0.0124192;RO=67;SAF=21;SAR=35;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189623;STB=0.598597;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0267465;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:56:57:0.459677:35:21:38:29:35:22:38:29 chr19 15905431 . T C 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.046315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.794;QD=15.5559;RBI=0.0485037;REFB=-0.0195056;REVB=-0.0144059;RO=45;SAF=23;SAR=11;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282282;STB=0.659528;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0197779;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:11:23:18:27:11:23:18:27 chr19 15905529 . C A 226.63 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0180152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.439;QD=20.6029;RBI=0.0704194;REFB=-0.00675529;REVB=0.068076;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103559;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0141356;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:11:10:13:9:11:11:13:9 chr19 15918455 . G A 271.12 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00421444;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.559;QD=19.0262;RBI=0.00443873;REFB=-0.00896024;REVB=-0.00139315;RO=30;SAF=4;SAR=25;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48364;STB=0.757367;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0113969;OID=.;OPOS=15918455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:30:28:29:29:0.508772:25:4:17:13:25:4:15:13 chr19 15989696 . G C 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0182561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.346;QD=1.80339;RBI=0.0448516;REFB=-0.00495006;REVB=-0.040968;RO=69;SAF=7;SAR=1;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427477;STB=0.839069;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.026537;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:1:7:37:32:1:7:37:32 chr19 15989730 . T C 45.24 PASS AF=0.117647;AO=11;DP=84;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0169731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.365;QD=2.12873;RBI=0.0192333;REFB=-0.00846441;REVB=0.00904633;RO=73;SAF=8;SAR=3;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261592;STB=0.653246;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0399141;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:85:73:75:11:10:0.117647:3:8:38:35:3:7:40:35 chr19 15990431 . C T 322.98 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0440957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0492;QD=21.8966;RBI=0.0771798;REFB=-0.0117181;REVB=-0.0633427;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269981;STB=0.648508;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0095332;OID=.;OPOS=15990431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:19:14:20:6:19:14:20:6 chr19 16034714 . A G 1514.9 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00712453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.243;QD=62.4702;RBI=0.00890192;REFB=-0.112319;REVB=0.00533715;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.504347;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000399224;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:39:57:0:0:39:57:1:0 chr19 16045141 . T C 1388.55 PASS AF=1;AO=61;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.541;QD=63.1158;RBI=0.118509;REFB=0;REVB=0.0133806;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255327;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:61:88:1:46:15:0:0:50:38:0:0 chr19 16136923 . T C 623.02 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00253316;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.799;QD=59.3349;RBI=0.00796873;REFB=-0.191399;REVB=-0.00755538;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000777485;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:40:41:0.97619:15:25:0:0:15:26:0:1 chr19 16145539 . G A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00145578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.876;QD=11.5763;RBI=0.00340545;REFB=0.00258428;REVB=-0.0030786;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160304;STB=0.592514;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0204;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:15:25:11:12:15:25 chr19 16145653 . G A 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0280431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.644;QD=16.05;RBI=0.0282171;REFB=-0.000773955;REVB=0.00312928;RO=52;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14939;STB=0.5839;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000864205;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:19:20:19:33:19:20:19:33 chr19 16145731 . C A 259.14 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0436945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9155;QD=16.7187;RBI=0.0436957;REFB=-0.000910139;REVB=0.000320706;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139034;STB=0.538435;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000418986;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:33:29:29:0.467742:17:12:16:12:17:12:16:17 chr19 16146400 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.82;QD=59.996;RBI=0.0161901;REFB=0;REVB=0.00217161;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30417e-05;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:39:67:0:0:39:67:0:0 chr19 16238279 . C T 135.65 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0178248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.831;QD=20.0964;RBI=0.0178248;REFB=0.00345;REVB=9.85519e-07;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301834;STB=0.701457;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00252765;OID=.;OPOS=16238279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:11:12:14:15:0.555556:11:3:6:5:12:3:7:5 chr19 16244326 . G C 586.43 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0308972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5258;QD=26.0635;RBI=0.0323359;REFB=-0.0389647;REVB=-0.00953794;RO=37;SAF=34;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121833;STB=0.566641;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0228376;OID=.;OPOS=16244326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:19:34:18:19:19:34:18:19 chr19 16268207 . TAA TA,T 296.55 PASS AF=1,0;AO=27,8;DP=38;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106231,-0.0556485;FXX=0.0263089;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.6659,8.75273;QD=32.0592;RBI=0.170374,0.0901546;REFB=0,0;REVB=-0.133201,-0.0709303;RO=0;SAF=15,6;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00457871,0.0423577;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:27,8:38:37,0:37:0:23,0:14,0:0:0:6:0:15,6:12,2:0:0 chr19 16275655 . C T 568.91 PASS AF=0.590361;AO=29;DP=92;FAO=49;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0160137;FXX=0.0978155;HRUN=8;LEN=1;MLLD=146.262;QD=27.4174;RBI=0.0458495;REFB=-0.0202423;REVB=0.042962;RO=16;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482714;STB=0.565313;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0181969;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:83:16:24:29:49:0.590361:16:13:6:10:25:24:7:17 chr19 16284288 . G T 205.56 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0185281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.137;QD=12.8476;RBI=0.0301468;REFB=-0.00283965;REVB=-0.0237811;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132922;STB=0.576599;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00190092;OID=.;OPOS=16284288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:17:8:17:22:17:8:17:22 chr19 16301312 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.579;QD=63.2826;RBI=0.0816667;REFB=0;REVB=0.0816184;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388247;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr19 16339715 . C T 424.89 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0606566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9613;QD=19.535;RBI=0.0613426;REFB=-0.0167704;REVB=0.00914802;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681535;STB=0.542539;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0231385;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:44:42:43:0.494253:17:25:23:21:17:26:23:21 chr19 16591464 . G A 424.02 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.062229;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.907;QD=23.5566;RBI=0.0638191;REFB=-0.0173901;REVB=0.0141575;RO=30;SAF=9;SAR=31;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14359;STB=0.577577;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0127422;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:30:31:40:41:0.569444:31:9:11:19:32:9:11:20 chr19 16593552 . G A 301.48 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0268456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4399;QD=16.7486;RBI=0.0269;REFB=-0.0264996;REVB=-0.00171019;RO=38;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839076;STB=0.541308;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0424043;OID=.;OPOS=16593552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:12:21:21:17:12:21:22:17 chr19 16601194 . C T 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0290309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7974;QD=10.3775;RBI=0.0310378;REFB=-0.00759942;REVB=0.0109797;RO=50;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687539;STB=0.540161;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0153323;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:14:11:25:25:14:11:25:25 chr19 16611978 . T C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00936864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.981;QD=21.1302;RBI=0.0290772;REFB=0.00946983;REVB=-0.0275265;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103525;STB=0.558087;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00925787;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:13:8:11:11:13:8 chr19 16612011 . T C 174.7 PASS AF=0.475;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00498299;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.93;QD=17.4697;RBI=0.0268957;REFB=0.00575147;REVB=0.0264301;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311609;STB=0.676743;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00460003;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:17:19:0.475:10:7:15:5:12:7:15:6 chr19 16633950 . T C 120.2 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266527;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.354;QD=43.7076;RBI=0.0689572;REFB=0;REVB=0.0635982;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533651;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr19 16638978 . CCG C,CGG 92.92 PASS AF=0.6,0;AO=7,2;DP=21;FAO=12,0;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=10,0;FSAR=2,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0933666,-0.229824;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.3434,13.0712;QD=18.5835;RBI=0.16732,0.25851;REFB=-0.154885,0.0401541;REVB=-0.138848,0.118355;RO=11;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.138499,0.473103;STB=0.624765,0.5;STBP=0.301,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0905738,0;OID=.,.;OPOS=16638979,16638979;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:7,2:21:12,0:20:8:10,0:2,0:5:3:47:11:5,2:2,0:9:2 chr19 16667760 . C T 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00989491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.614;QD=8.74508;RBI=0.0386225;REFB=-0.0115117;REVB=-0.0373335;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17573;STB=0.599829;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0207582;OID=.;OPOS=16667760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:27:30:12:12:0.285714:4:8:14:13:4:8:16:14 chr19 16685939 . G A 505.96 PASS AF=0.371951;AO=61;DP=163;FAO=61;FDP=164;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.00916254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.919;QD=12.3406;RBI=0.0270432;REFB=-0.00948491;REVB=-0.0254437;RO=98;SAF=33;SAR=28;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110984;STB=0.55908;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0202779;OID=.;OPOS=16685939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:98:103:61:61:0.371951:28:33:43:55:28:33:46:57 chr19 16688029 . TG T 35.11 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0313981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.795;QD=8.77861;RBI=0.0970577;REFB=-0.0784357;REVB=-0.0918387;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0.406915;SSEP=0;SSSB=-0.39381;STB=0.749373;STBP=0.194;TYPE=del;VARB=0.113987;OID=.;OPOS=16688030;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:15:6:16:10:3:3:9:1:35:9:3:3:8:1 chr19 16757546 . T C 225.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00965338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0499;QD=15.2663;RBI=0.0278172;REFB=0.0013423;REVB=-0.0260884;RO=28;SAF=23;SAR=3;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324154;STB=0.661722;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00280478;OID=.;OPOS=16757546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:33:26:26:0.440678:3:23:19:9:3:23:24:9 chr19 16770761 . C CCTA 88.59 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00757339;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=256.568;QD=15.4065;RBI=0.0105248;REFB=-0.0239402;REVB=0.00730861;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198747;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=ins;VARB=0.0240495;OID=.;OPOS=16770762;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:10:24:11:23:12:8:3:6:6:88:12:7:3:6:6 chr19 16855265 . A G 277.17 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.032057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.345;QD=16.5474;RBI=0.0419222;REFB=-0.0270046;REVB=-0.0270151;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07576;STB=0.529393;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0262572;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:36:30:31:0.462687:11:19:24:10:11:20:25:11 chr19 16860105 . G A 689.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.273;QD=62.6399;RBI=0.0365067;REFB=0;REVB=0.0224663;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130239;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr19 16884078 . G C,GC 35.73 PASS AF=0.0625,0.125;AO=4,9;DP=70;FAO=4,8;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=3,5;FSAR=1,3;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0177387,-0.0191672;FXX=0.0153822;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=147.121,130.67;QD=2.23293;RBI=0.0250316,0.0277357;REFB=-0.00785599,-0.00835828;REVB=-0.0176613,-0.0200471;RO=56;SAF=3,6;SAR=1,3;SRF=25;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296409,0.264985;STB=0.798633,0.685044;STBP=0.318,0.32;TYPE=snp,ins;VARB=0.149732,0.266934;OID=.,.;OPOS=16884078,16884079;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:70:64:56:52:4,9:4,8:0.0625,0.125:1,3:3,6:25:31:1,3:3,5:21:31 chr19 16899838 . A T 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.448;QD=63.1944;RBI=0.0509503;REFB=0;REVB=-0.0344001;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43175e-06;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr19 16976286 . A G 753.9 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000340906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.875;QD=56.8978;RBI=0.0101231;REFB=0;REVB=-0.0101174;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05377e-05;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr19 17004049 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0177846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.247;QD=17.6173;RBI=0.0179762;REFB=-0.012484;REVB=0.00261765;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103144;STB=0.558326;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0131009;OID=.;OPOS=17004049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:13:14:15:9:13:14 chr19 17006697 . C A 640.99 PASS AF=0.452229;AO=71;DP=157;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.0195897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.243;QD=16.331;RBI=0.0224904;REFB=-0.03797;REVB=0.0110481;RO=86;SAF=48;SAR=23;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101907;STB=0.556806;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0441701;OID=.;OPOS=17006697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:86:86:71:71:0.452229:23:48:50:36:23:48:50:36 chr19 17006700 . G T 690.72 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=154;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.00510846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7539;QD=17.9407;RBI=0.0487636;REFB=-0.0726997;REVB=0.0484953;RO=79;SAF=50;SAR=23;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119059;STB=0.560896;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0816172;OID=.;OPOS=17006700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:81:73:73:0.474026:23:50:45:34:23:50:47:34 chr19 17006734 . A G 60.85 PASS AF=0.103226;AO=16;DP=155;FAO=16;FDP=155;FR=.;FRO=139;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=85;FSRR=54;FWDB=-0.0506103;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3307;QD=1.57039;RBI=0.0507198;REFB=-0.00888963;REVB=-0.00333149;RO=139;SAF=11;SAR=5;SRF=85;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992011;STB=0.574748;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0802593;OID=.;OPOS=17006734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:155:155:139:139:16:16:0.103226:5:11:85:54:5:11:85:54 chr19 17006736 . A G 69.58 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=153;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=84;FSRR=52;FWDB=-0.0149364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6738;QD=1.81909;RBI=0.0350658;REFB=-0.0106023;REVB=-0.0317256;RO=136;SAF=12;SAR=5;SRF=84;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118613;STB=0.587521;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0754887;OID=.;OPOS=17006736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:153:153:136:136:17:17:0.111111:5:12:84:52:5:12:84:52 chr19 17006738 . A G 86.78 PASS AF=0.131579;AO=20;DP=152;FAO=20;FDP=152;FR=.;FRO=132;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=82;FSRR=50;FWDB=-0.0460474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4173;QD=2.28367;RBI=0.0595436;REFB=-0.025659;REVB=-0.0377503;RO=122;SAF=13;SAR=7;SRF=78;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146459;STB=0.527;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.128224;OID=.;OPOS=17006738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:152:152:122:132:20:20:0.131579:7:13:78:44:7:13:82:50 chr19 17006747 . T C 224.47 PASS AF=0.255474;AO=46;DP=137;FAO=35;FDP=137;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.141938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.695;QD=6.55381;RBI=0.159924;REFB=-0.0565946;REVB=-0.0736852;RO=82;SAF=41;SAR=5;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558212;STB=0.805561;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.17087;OID=.;OPOS=17006747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:82:102:46:35:0.255474:5:41:40:42:5:30:51:51 chr19 17006752 . C G 33.52 PASS AF=0.0819672;AO=7;DP=122;FAO=10;FDP=122;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=-0.0459392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.851;QD=1.09909;RBI=0.0690397;REFB=-0.00684856;REVB=-0.0515371;RO=112;SAF=7;SAR=0;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496027;STB=0.649176;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.093345;OID=.;OPOS=17006752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:122:122:112:112:7:10:0.0819672:0:7:61:51:3:7:61:51 chr19 17006787 . G A 394.16 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0708556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.642;QD=17.7148;RBI=0.0715271;REFB=-0.0271581;REVB=0.00977813;RO=45;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107028;STB=0.553282;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0423493;OID=.;OPOS=17006787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:48:41:41:0.460674:19:22:19:26:19:22:21:27 chr19 17008578 . G C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0058881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.022;QD=10.3792;RBI=0.0225185;REFB=-0.0236636;REVB=-0.021735;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145075;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0433942;OID=.;OPOS=17008578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:11:5:4:5:11:5 chr19 17025292 . G A 107.08 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0271777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.802;QD=12.5976;RBI=0.0271949;REFB=-0.0254654;REVB=-0.000966925;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0254696;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:11:9:7:6:11:10 chr19 17081790 . G A 232.41 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0157237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.636;QD=12.5624;RBI=0.0157766;REFB=-0.00923517;REVB=-0.00129152;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845102;STB=0.504851;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0136907;OID=.;OPOS=17081790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:13:15:25:21:13:15:25:21 chr19 17088299 . T C 538.25 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.951;QD=59.805;RBI=0.0493078;REFB=0;REVB=0.0300894;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285604;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:24:12:0:0 chr19 17088319 . G T 76.12 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.060141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8701;QD=12.1793;RBI=0.0635576;REFB=-0.00915473;REVB=0.0205579;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538234;STB=0.856326;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0106575;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:13:15:10:10:0.4:9:1:7:6:9:1:9:6 chr19 17091368 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.23;QD=57.7124;RBI=0.0311132;REFB=0;REVB=0.0296922;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01211e-05;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr19 17100552 . A G 736.83 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.869;QD=56.6789;RBI=0.0430066;REFB=0;REVB=0.0303746;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29941e-05;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:14:38:0:0:14:38:0:0 chr19 17108135 . C T 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244869;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.259;QD=58.6148;RBI=0.0320498;REFB=0;REVB=0.020678;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36409e-05;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr19 17111297 . A G,T 760.9 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,2;DP=53;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690257,-0.00759795;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.5705,119.997;QD=56.3631;RBI=0.078919,0.0172283;REFB=0,0;REVB=-0.0382578,-0.0154624;RO=0;SAF=21,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000377149,0.0550923;OID=.,.;OPOS=17111297,17111297;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:54:0:0:51,2:52,2:0.962963,0.037037:30,2:21,0:0:0:30,2:22,0:0:0 chr19 17170885 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0193593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.288;QD=16.4171;RBI=0.0195288;REFB=-0.0262401;REVB=0.00256788;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510947;STB=0.52937;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0276374;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:10:6:6:8:10:6 chr19 17273893 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.787;QD=56.7066;RBI=0.0551971;REFB=0;REVB=0.05486;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189667;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr19 17301998 . C T 211.86 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0883503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0905;QD=16.6166;RBI=0.0904147;REFB=-0.0204518;REVB=0.0192105;RO=28;SAF=1;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.645213;STB=0.882258;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.036822;OID=.;OPOS=17301998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:22:1:12:16:22:1:12:16 chr19 17303774 . T G 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.771;QD=60.2542;RBI=0.0283945;REFB=0;REVB=-0.00876598;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9109e-05;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr19 17305440 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.428;QD=63.2857;RBI=0.0512839;REFB=0;REVB=0.0494822;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214183;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr19 17312992 . C T 594.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.208;QD=61.0043;RBI=0.049862;REFB=0;REVB=0.0112331;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259771;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr19 17316782 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.553;QD=60.2307;RBI=0.0631135;REFB=0;REVB=0.0565394;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002279;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr19 17317955 . A G 1597.95 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.538;QD=63.9181;RBI=0.0881275;REFB=0;REVB=-0.0128548;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383199;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr19 17330060 . T C 1451.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6697;QD=63.1062;RBI=0.0287175;REFB=0;REVB=-0.0284291;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188109;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:57:35:0:0:57:35:0:0 chr19 17366278 . T C 501.51 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.286;QD=59.0008;RBI=0.0162263;REFB=0;REVB=0.00381253;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42676e-05;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr19 17547292 . A G 246.38 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0222845;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.664;QD=10.9503;RBI=0.0264977;REFB=-0.0160687;REVB=-0.0143363;RO=59;SAF=16;SAR=14;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069125;STB=0.544881;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0226385;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:59:60:30:30:0.333333:14:16:35:24:14:16:36:24 chr19 17556054 . A G 299.63 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0179628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.57;QD=24.4598;RBI=0.0492666;REFB=-0.0210656;REVB=0.0458753;RO=21;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120648;STB=0.579649;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0344921;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:9:18:11:10:9:18:11:11 chr19 17566634 . T A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0378615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.75;QD=13.6309;RBI=0.0426198;REFB=-0.0538753;REVB=0.0195692;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.596769;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0416917;OID=.;OPOS=17566634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:5:4:5:3:5:4 chr19 17611490 . T G 139.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0272234;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.196;QD=19.2926;RBI=0.0286834;REFB=-0.00544402;REVB=-0.00903455;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204528;STB=0.616284;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00763626;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:5:9:6:9:5:9 chr19 17616171 . G A 371.88 PASS AF=0.392523;AO=35;DP=108;FAO=42;FDP=107;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=61;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0553091;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4844;QD=13.9021;RBI=0.0693049;REFB=-0.0253181;REVB=0.0417621;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815118;STB=0.521357;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0265275;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:44:61:35:42:0.392523:18:17:25:19:18:24:37:24 chr19 17628587 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00998159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0918;QD=12.4555;RBI=0.0199561;REFB=-0.00399994;REVB=0.0172804;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345303;STB=0.519981;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00583369;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:20:14:8:13:20:14 chr19 17648350 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.97;QD=51.1846;RBI=0.0270594;REFB=0;REVB=0.0241394;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26498e-05;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 17651370 . A G 306.2 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.095;QD=53.2526;RBI=0.0888692;REFB=0;REVB=0.0159395;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507901;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:14:9:0:0 chr19 17660300 . G A 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0645876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3913;QD=11.8131;RBI=0.0645946;REFB=-0.000287195;REVB=0.000949255;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250481;STB=0.646847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00180669;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:16:7:7:6:16:7 chr19 17692324 . T G 221.04 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.874;QD=49.1188;RBI=0.0365366;REFB=0;REVB=0.00995346;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128236;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr19 17741047 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0174157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.151;QD=13.5806;RBI=0.0178767;REFB=0.006396;REVB=-0.00403329;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184183;STB=0.51074;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0108785;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:16:12:7:10:16:12 chr19 17746946 . GA G,GG 1711.24 PASS AF=0.0173913,0.982609;AO=33,72;DP=108;FAO=2,113;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=1,49;FSAR=1,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324888,0.038995;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=270.465,279.497;QD=59.5212;RBI=0.0399268,0.0449663;REFB=0,0;REVB=0.0232084,0.0223911;RO=0;SAF=15,25;SAR=18,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00607322,0.00266269;OID=.,.;OPOS=17746947,17746947;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0173913,0.982609:33,72:108:2,113:115:0:1,49:1,64:0:0:6:0:15,25:18,47:0:0 chr19 17766900 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00616717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.361;QD=24.3901;RBI=0.0171019;REFB=-0.0118345;REVB=-0.0159512;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158894;STB=0.589191;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0101953;OID=.;OPOS=17766900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:5:15:8:6:5:15:8:6 chr19 17777508 . C G 708.25 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2169;QD=62.9557;RBI=0.0359019;REFB=0;REVB=-0.02076;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330006;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr19 17837968 . GCCCCCCCAG CGCCCCCCAG,GCCCCCCAG,GCCCCCCAGC,GCCCCCCCCAG 38.69 PASS AF=0.0588235,0.382353,0,0.0294118;AO=3,11,2,4;DP=34;FAO=2,13,0,1;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=0,9,0,1;FSAR=2,4,0,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0190356,-0.0944974,-0.102295,0.071168;FXX=0;HRUN=1,7,7,7;LEN=2,1,3,1;MLLD=133.607,7.04599,103.535,7.65701;QD=4.55178;RBI=0.174018,0.157225,0.127443,0.152556;REFB=-0.00570046,-0.0090486,0.00154749,0.024836;REVB=-0.172973,-0.125658,-0.0760091,0.134939;RO=6;SAF=0,7,2,3;SAR=3,4,0,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.672276,0.0886587,0.606693,0.254893;STB=0.994543,0.618857,0.5,0.989658;STBP=0.186,0.308,1,0.46;TYPE=mnp,del,mnp,ins;VARB=0.014205,0.0497009,0.0727737,0.100508;OID=.,.,.,.;OPOS=17837968,17837969,17837975,17837969;OREF=GC,C,CAG,-;OALT=CG,-,AGC,C;OMAPALT=CGCCCCCCAG,GCCCCCCAG,GCCCCCCAGC,GCCCCCCCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:34:34:6:18:3,11,2,4:2,13,0,1:0.0588235,0.382353,0,0.0294118:3,4,0,1:0,7,2,3:3:3:2,4,0,0:0,9,0,1:9:9 chr19 17885270 . A G 211.95 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0196333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.051;QD=16.6235;RBI=0.0202508;REFB=-0.0330173;REVB=0.00496279;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555195;STB=0.531489;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0516967;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:13:15:11:12:13:15 chr19 17886940 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00335962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.604;QD=19.3861;RBI=0.00341295;REFB=-0.00748865;REVB=-0.000600998;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234273;STB=0.633659;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00954402;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:5:15:11:10:5:15:11:10 chr19 17887024 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.563;QD=55.4104;RBI=0.0585838;REFB=-0.11129;REVB=0.0536281;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00427001;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:55:57:0.982759:24:31:1:0:24:33:1:0 chr19 17892591 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.374;QD=45.8064;RBI=0.0663782;REFB=0;REVB=0.0160533;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996392;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 17895552 . CA AC,CC 43.53 PASS AF=0.1875,0.25;AO=3,4;DP=16;FAO=3,4;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1,1;FSAR=2,3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0130276,-0.0088767;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=96.7984,142.443;QD=10.8825;RBI=0.017631,0.0101395;REFB=-0.0256203,-0.0234808;REVB=0.01188,-0.00490033;RO=8;SAF=1,1;SAR=2,3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.047266,-0.149602;STB=0.5,0.571052;STBP=1,0.815;TYPE=mnp,snp;VARB=0.037684,0.0945232;OID=.,.;OPOS=17895552,17895553;OREF=CA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:16:16:8:9:3,4:3,4:0.1875,0.25:2,3:1,1:3:5:2,3:1,1:3:6 chr19 17922795 . G A 240.67 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00958526;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4978;QD=19.2535;RBI=0.0118877;REFB=-0.0264997;REVB=-0.00703131;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148206;STB=0.582718;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0399329;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:11:14:18:7:11:14:18:7 chr19 17945780 . CGG CGC,C,CG 317.59 PASS AF=0.157895,0,0.842105;AO=4,4,6;DP=38;FAO=6,0,32;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,22;FSAR=6,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042683,0.474475,0.84869;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=225.843,9.69304,9.84541;QD=33.43;RBI=0.108099,0.545029,0.998467;REFB=0,0,0;REVB=-0.0993156,-0.268199,-0.525986;RO=20;SAF=0,0,2;SAR=4,4,4;SRF=20;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.865846,-0.865846,-0.732402;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.120638,0,-0.0588916;OID=.,.,.;OPOS=17945782,17945781,17945781;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=CGC,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.157895,0,0.842105:4,4,6:38:6,0,32:38:0:0,0,22:6,0,10:0:0:34:20:0,0,2:4,4,4:20:0 chr19 17948828 . GCCCC GCCC,GCCCG 94.8 PASS AF=0.542857,0.0571429;AO=18,2;DP=35;FAO=19,2;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=13,2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.026626,0.00890831;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.7799,15.4452;QD=10.8341;RBI=0.261857,0.176565;REFB=-0.11793,-0.0803556;REVB=-0.2605,-0.176341;RO=14;SAF=5,0;SAR=13,2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0.533333,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.395323,-0.685297;STB=0.670786,0.996262;STBP=0.038,0.043;TYPE=del,snp;VARB=0.0998261,-0.108607;OID=.,.;OPOS=17948829,17948832;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542857,0.0571429:18,2:35:19,2:35:14:6,0:13,2:10:4:79:14:5,0:13,2:11:3 chr19 17955124 . GGC G,GGG 43.03 PASS AF=0.2,0;AO=7,2;DP=54;FAO=9,0;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0637744,-0.0884553;FXX=0.081616;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.0153,17.8993;QD=3.82513;RBI=0.0671455,0.0890085;REFB=-0.0553098,-0.00289279;REVB=0.0210081,-0.00990826;RO=36;SAF=1,2;SAR=6,0;SRF=14;SRR=22;SSEN=0.395939,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.361153,0.485583;STB=0.69952,0.5;STBP=0.203,1;TYPE=del,snp;VARB=0.180536,0;OID=.,.;OPOS=17955125,17955126;OREF=GC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0:7,2:54:9,0:45:36:2,0:7,0:16:20:43:36:1,2:6,0:14:22 chr19 17972138 . ACCCCC ACCCC,ACCCCA 140.57 PASS AF=0.9,0.1;AO=13,2;DP=19;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131343,0.194247;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1798,12.1176;QD=28.1146;RBI=0.263884,0.24873;REFB=-0.0102795,-0.0146934;REVB=0.228875,0.155354;RO=4;SAF=2,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.139462,0.767801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0385507,-0.0226037;OID=.,.;OPOS=17972139,17972143;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=ACCCC,ACCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:13,2:19:18,2:20:0:2,2:16,0:0:0:10:4:2,2:11,0:0:4 chr19 18047283 . T G 371.55 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00667587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.045;QD=15.8108;RBI=0.0576748;REFB=-0.0217126;REVB=-0.0572872;RO=50;SAF=27;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144778;STB=0.591502;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0197273;OID=.;OPOS=18047283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:54:39:40:0.425532:12:27:28:22:12:28:30:24 chr19 18234441 . C T 512.31 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186309;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.305;QD=56.9228;RBI=0.0869295;REFB=-0.063551;REVB=0.0849095;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00167954;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:0:1:19:16:0:1 chr19 18245512 . C T 413.26 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188146;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.047;QD=55.1016;RBI=0.0242699;REFB=0;REVB=0.0153309;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104209;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:27:30:1:8:19:0:0:8:22:0:0 chr19 18248146 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.697;QD=57.2026;RBI=0.0127072;REFB=0;REVB=0.0115408;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011773;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr19 18255358 . C CA 936.79 PASS AF=1;AO=8;DP=76;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.250583;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.5647;QD=52.7769;RBI=0.251429;REFB=0;REVB=0.020605;RO=67;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000527064;OID=.;OPOS=18255359;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:76:71:71:0:26:45:0:0:6:67:3:5:26:41 chr19 18255359 . G A 822.51 PASS AF=0.873239;AO=62;DP=72;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0328456;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7545;QD=46.3385;RBI=0.0422153;REFB=-0.0519533;REVB=0.0265197;RO=9;SAF=23;SAR=39;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962453;STB=0.505123;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0103781;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:71:9:9:62:62:0.873239:39:23:3:6:39:23:3:6 chr19 18257750 . C T 1377.57 PASS AF=0.925926;AO=98;DP=106;FAO=100;FDP=108;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.012839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.853;QD=51.021;RBI=0.0229872;REFB=-0.0108811;REVB=0.0190675;RO=8;SAF=51;SAR=47;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508248;STB=0.525722;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=6.47117e-05;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:106:108:8:8:98:100:0.925926:47:51:7:1:47:53:7:1 chr19 18273046 . CT C,CC 319.54 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=3,21;DP=24;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449354,0.030526;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.425,194.611;QD=53.2568;RBI=0.0561399,0.041705;REFB=0,0;REVB=0.0336526,0.028416;RO=0;SAF=1,7;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0525733,0.00180978;OID=.,.;OPOS=18273047,18273047;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:3,21:24:1,23:24:0:0,8:1,15:0:0:4:0:1,7:2,14:0:0 chr19 18279638 . T C 2182.63 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824305;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8848;QD=63.2645;RBI=0.0109059;REFB=0;REVB=-0.00714085;RO=0;SAF=83;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287101;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:54:83:0:0:54:84:0:0 chr19 18313515 . C T 267.11 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0216146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9562;QD=21.8046;RBI=0.0282302;REFB=-0.00471259;REVB=0.0181591;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175445;STB=0.598808;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00409445;OID=.;OPOS=18313515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:18:7:11:13:18:7:11:13 chr19 18359037 . G A 724.31 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.826;QD=54.665;RBI=0.0338535;REFB=-0.1409;REVB=0.0137727;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000341746;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:26:26:0:1:26:26:0:1 chr19 18370160 . A AG 53.72 PASS AF=0.588235;AO=6;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00938566;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2815;QD=12.6412;RBI=0.0682324;REFB=-0.0393107;REVB=-0.0675838;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33738;STB=0.685302;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.0363495;OID=.;OPOS=18370161;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:6:17:10:17:7:8:2:3:4:23:9:5:1:5:4 chr19 18371394 . C T 88.15 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.306;QD=39.1786;RBI=0.0266766;REFB=0;REVB=0.00189029;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263284;OID=.;OPOS=18371394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 18390949 . AG A 38.15 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0067645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0037;QD=8.97543;RBI=0.0310267;REFB=-0.118594;REVB=-0.0302803;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.676948;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=0.142641;OID=.;OPOS=18390950;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:7:16:8:17:9:2:6:5:4:38:9:2:5:5:4 chr19 18444360 . T G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4067;QD=44.6845;RBI=0.0285663;REFB=0;REVB=0.00402246;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558812;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 18497024 . G C 141.41 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00333249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.953;QD=21.7556;RBI=0.0937907;REFB=-0.0157951;REVB=-0.0937315;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241875;STB=0.636185;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00689144;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:3:8:6:9:3:8 chr19 18497141 . T A 256.12 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0216288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4822;QD=22.766;RBI=0.0592615;REFB=-0.0304981;REVB=-0.0551735;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050581;STB=0.528278;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0168824;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:11:10:10:14:11:10 chr19 18499238 . G T 122.38 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00358737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2325;QD=15.7913;RBI=0.0606482;REFB=-0.0269135;REVB=0.0605421;RO=17;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406953;STB=0.740338;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0314505;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:12:2:8:9:12:2:8:9 chr19 18502835 . G A 229.69 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00944017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.736;QD=11.9317;RBI=0.0147107;REFB=-0.00458128;REVB=-0.0112822;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230812;STB=0.513299;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00774656;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:16:12:20:29:16:12:20:29 chr19 18538742 . A C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00741976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5981;QD=16.5358;RBI=0.0202103;REFB=-0.00334294;REVB=-0.0187991;RO=23;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44983;STB=0.76158;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0104218;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:3:15:10:13:3:15:10:13 chr19 18546678 . T C 288.51 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0154854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.286;QD=13.7384;RBI=0.0181342;REFB=0.0121586;REVB=0.00943681;RO=51;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125132;STB=0.571385;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0129386;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:13:20:25:26:13:20:25:26 chr19 18547305 . T A 220.33 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0320067;FXX=0.0961354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0684;QD=18.7514;RBI=0.0361156;REFB=-0.0110462;REVB=-0.0167305;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687588;STB=0.508764;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0259644;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:47:19:24:23:23:0.489362:9:14:10:9:9:14:15:9 chr19 18553580 . CAGAT C 183.79 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0261428;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=4;MLLD=324.692;QD=17.0966;RBI=0.0348242;REFB=-0.018681;REVB=0.023006;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150284;STB=0.50859;STBP=0.932;TYPE=del;VARB=0.0258513;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:19:45:19:43:24:10:9:13:11:99:24:10:9:13:11 chr19 18562438 . C T 211.09 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0331169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.527;QD=14.311;RBI=0.0349906;REFB=-0.0306372;REVB=0.0112965;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131337;STB=0.558573;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0364219;OID=.;OPOS=18562438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:24:25:0.423729:9:15:17:17:10:15:17:17 chr19 18679379 . C G 123.73 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0584785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.702;QD=16.4978;RBI=0.0737281;REFB=-0.0404727;REVB=0.044901;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123893;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0496884;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:7:9:6:8:7:9 chr19 18684563 . C T 70.63 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0118588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.489;QD=15.696;RBI=0.0124605;REFB=0.0186467;REVB=-0.00382507;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341417;STB=0.713877;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0085999;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:8:9:9:9:0.5:5:4:7:1:5:4:8:1 chr19 18700047 . A G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00202282;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.757;QD=12.0149;RBI=0.00242508;REFB=-0.00837149;REVB=0.00133762;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258019;STB=0.64985;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0189371;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:20:14:13:7:20:14 chr19 18710535 . G A 230.61 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0161499;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9203;QD=14.1914;RBI=0.0339322;REFB=-0.0115554;REVB=0.0298425;RO=37;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136035;STB=0.570063;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00823417;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:11:16:17:20:11:16:18:20 chr19 18726856 . T C 566.32 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00650398;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.452;QD=19.8707;RBI=0.0172061;REFB=-0.0161966;REVB=-0.0159295;RO=56;SAF=24;SAR=34;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202351;STB=0.611473;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0145449;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:56:56:58:58:0.508772:34:24:36:20:34:24:36:20 chr19 18775077 . C T 1078.65 PASS AF=0.478261;AO=110;DP=231;FAO=110;FDP=230;FR=.;FRO=120;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.0287594;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.808;QD=18.7591;RBI=0.0317542;REFB=-0.0354826;REVB=0.0134621;RO=116;SAF=62;SAR=48;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517502;STB=0.524748;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0430003;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:116:120:110:110:0.478261:48:62:59:57:48:62:62:58 chr19 18876309 . A G 235.73 PASS AF=0.371795;AO=27;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.016871;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.955;QD=12.0885;RBI=0.0500938;REFB=-0.0116657;REVB=-0.0471673;RO=45;SAF=10;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24784;STB=0.622953;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0332912;OID=.;OPOS=18876309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:49:27:29:0.371795:17:10:27:18:17:12:30:19 chr19 18965450 . G T 299.43 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00835326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8622;QD=14.4302;RBI=0.0174455;REFB=-0.00468156;REVB=-0.0153156;RO=49;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721056;STB=0.540901;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00740406;OID=.;OPOS=18965450;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:19:15:25:24:19:15:25:24 chr19 18977937 . G C 224.48 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00266211;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.616;QD=10.4409;RBI=0.0347367;REFB=-0.00406493;REVB=0.0346345;RO=58;SAF=14;SAR=14;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059748;STB=0.534859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0131886;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:58:58:28:28:0.325581:14:14:26:32:14:14:26:32 chr19 19017862 . G A 535.99 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0121438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.812;QD=26.4686;RBI=0.0387031;REFB=0.0134439;REVB=0.0367486;RO=32;SAF=33;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202465;STB=0.610741;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00681243;OID=.;OPOS=19017862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:16:33:13:19:16:33:13:19 chr19 19033089 . G A 475.57 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0113687;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.674;QD=18.6496;RBI=0.0172363;REFB=-0.0106595;REVB=-0.0129554;RO=51;SAF=35;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114672;STB=0.570455;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0103171;OID=.;OPOS=19033089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:52:50:50:0.490196:15:35:30:21:15:35:30:22 chr19 19035428 . G T 105.89 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0204908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.724;QD=21.1788;RBI=0.022332;REFB=-0.0339313;REVB=0.00887942;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0183477;OID=.;OPOS=19035428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:8:8:11:12:0.6:5:6:4:4:6:6:4:4 chr19 19040312 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0761518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9586;QD=35.5759;RBI=0.0768141;REFB=0;REVB=-0.0100649;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0070758;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 19136541 . C T 911.62 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00657718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.969;QD=55.2496;RBI=0.0621178;REFB=0.00676931;REVB=0.0617686;RO=2;SAF=42;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987156;STB=0.505228;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-4.37174e-05;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:22:42:1:1:22:42:1:1 chr19 19230868 . A G 2314.76 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.218;QD=62.9866;RBI=0.0291783;REFB=0;REVB=0.0235751;RO=1;SAF=87;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251691;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:147:1:0:139:147:1:52:87:0:1:59:88:0:0 chr19 19243175 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0025719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.259;QD=7.5259;RBI=0.00316691;REFB=-0.0175565;REVB=0.00184788;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646411;STB=0.54045;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0487024;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:12:12:4:5:12:12 chr19 19267910 . G A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0295286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5231;QD=19.3857;RBI=0.03372;REFB=-0.00155709;REVB=0.0162819;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238541;STB=0.5135;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00235445;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:11:10:9:11:11:10 chr19 19304899 . G C 155.52 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0116842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.558;QD=15.1731;RBI=0.0132455;REFB=-0.0188287;REVB=-0.0062388;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11135;STB=0.543673;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0219989;OID=.;OPOS=19304899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:16:17:0.414634:13:3:6:17:13:4:7:17 chr19 19379549 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0180509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.595;QD=20.1601;RBI=0.0510167;REFB=-0.00636054;REVB=0.0477166;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105752;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00242699;OID=.;OPOS=19379549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:6:8:11:5:6:8 chr19 19380996 . G T 210.44 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0357675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8437;QD=19.5759;RBI=0.0431246;REFB=-0.031333;REVB=-0.0240918;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18687;STB=0.620317;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0423863;OID=.;OPOS=19380996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:21:21:0.488372:6:15:11:10:6:15:11:11 chr19 19446936 . G A 749.18 PASS AF=0.663366;AO=66;DP=102;FAO=67;FDP=101;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0346316;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0827;QD=29.6703;RBI=0.0346485;REFB=-0.0427443;REVB=0.00108262;RO=32;SAF=38;SAR=28;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103122;STB=0.562278;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0184129;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:32:34:66:67:0.663366:28:38:13:19:29:38:13:21 chr19 19449686 . G T 271.95 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0293755;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.017;QD=12.2226;RBI=0.0331731;REFB=-0.00627863;REVB=-0.015412;RO=57;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795682;STB=0.54581;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0110746;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:57:57:32:32:0.359551:14:18:28:29:14:18:28:29 chr19 19467085 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.609;QD=49.5992;RBI=0.0488568;REFB=0;REVB=-0.0249873;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17367e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr19 19467545 . C T 277.88 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00683744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.725;QD=20.5833;RBI=0.0141265;REFB=-0.0288473;REVB=0.0123616;RO=25;SAF=6;SAR=23;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170899;STB=0.595783;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0300368;OID=.;OPOS=19467545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:23:6:9:16:23:6:9:16 chr19 19467937 . T C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0236258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4065;QD=6.52615;RBI=0.0410416;REFB=-0.0046097;REVB=-0.0335595;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335398;STB=0.723656;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.01325;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:18:20:7:7:0.259259:3:4:15:3:3:4:17:3 chr19 19467996 . T A 142.83 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00835295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6827;QD=22.8519;RBI=0.00939559;REFB=-0.0133541;REVB=0.00430178;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337141;STB=0.692023;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00213277;OID=.;OPOS=19467996;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:25:10:10:15:15:0.6:3:12:4:6:3:12:4:6 chr19 19468655 . C T 279.85 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0282805;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.1;QD=15.9911;RBI=0.0283849;REFB=-0.0120753;REVB=-0.00243242;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988037;STB=0.505573;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0119986;OID=.;OPOS=19468655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:18:21:17:14:18:21 chr19 19468710 . C G 267.18 PASS AF=0.555556;AO=22;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0117273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.301;QD=23.7497;RBI=0.0119846;REFB=-0.0361832;REVB=-0.00247009;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242902;STB=0.592519;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0277934;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:20:20:22:25:0.555556:14:8:13:7:14:11:13:7 chr19 19468734 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00095243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.291;QD=22.1441;RBI=0.0160351;REFB=-0.0434402;REVB=-0.0160068;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0224644;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:8:5:8:9:8:5 chr19 19606634 . G A 201.61 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00227833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4609;QD=13.9041;RBI=0.0712591;REFB=0.00201904;REVB=0.0712226;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419086;STB=0.507219;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0014433;OID=.;OPOS=19606634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:24:24:0.413793:11:13:16:16:11:13:18:16 chr19 19625547 . A G 275.99 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=79;FAO=27;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0133784;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.154;QD=14.1532;RBI=0.0136235;REFB=-0.0252082;REVB=-0.0025727;RO=43;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726538;STB=0.551152;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0394169;OID=.;OPOS=19625547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:45:26:27:0.346154:12:14:26:17:13:14:27:18 chr19 19735257 . G T 726.96 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0302739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.206;QD=52.8696;RBI=0.0427655;REFB=-0.112272;REVB=0.0302056;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5147;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000663948;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:0:2:53:53:0.963636:33:20:0:0:33:20:0:2 chr19 19756073 . AGCC A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0172131;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=316.965;QD=12.3961;RBI=0.0188557;REFB=-0.0012714;REVB=-0.00769719;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=del;VARB=0.00147274;OID=.;OPOS=19756074;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:10:5:10:5:2:3:1:4:27:5:2:3:1:4 chr19 19789528 . A G 296.17 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00242567;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.819;QD=19.7448;RBI=0.00690099;REFB=-0.00644935;REVB=0.00646063;RO=28;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221013;STB=0.63202;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00713586;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:29:31:31:0.516667:10:21:12:16:10:21:12:17 chr19 19843717 . C T 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0046172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.842;QD=14.4732;RBI=0.0182272;REFB=-0.00920207;REVB=0.0176327;RO=42;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170881;STB=0.597493;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0104514;OID=.;OPOS=19843717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:9:21:23:19:9:21:23:19 chr19 19855654 . C T 346.04 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0147415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.044;QD=19.4953;RBI=0.016101;REFB=-0.0189359;REVB=-0.00647543;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115209;STB=0.56415;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0269391;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:23:13:17:18:23:13:17:18 chr19 20003109 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00584927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.714;QD=14.6525;RBI=0.0737273;REFB=0.035122;REVB=0.0734949;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344857;STB=0.70522;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00602278;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:1:4:2:4:1:4 chr19 20044886 . T C 475.77 PASS AF=0.522727;AO=44;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0612535;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8607;QD=21.6258;RBI=0.0631689;REFB=-0.000958775;REVB=0.0154377;RO=42;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000956739;STB=0.509439;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00109194;OID=.;OPOS=20044886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:42:44:46:0.522727:23:21:20:22:25:21:20:22 chr19 20150125 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.616;QD=54.5174;RBI=0.0242204;REFB=0;REVB=0.013395;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07776e-05;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr19 20150175 . G C 374.9 PASS AF=0.933333;AO=30;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0156433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.327;QD=49.987;RBI=0.0224901;REFB=0.0146442;REVB=0.0161583;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524983;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000274057;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:30:28:0.933333:21:9:0:0:19:9:0:2 chr19 20229486 . G A 250.4 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.25;QD=47.6942;RBI=0.050633;REFB=-0.111435;REVB=-0.0214001;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941663;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:21:1:0:20:21:1:8:12:1:0:8:13:0:0 chr19 20369503 . C G 2903.95 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368519;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.623;QD=63.1294;RBI=0.0344113;REFB=0;REVB=-0.0342134;RO=0;SAF=82;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07493e-05;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:183:184:1:101:82:0:0:101:83:0:0 chr19 20727463 . T C 131.24 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.10503;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.321;QD=21.8725;RBI=0.105693;REFB=-0.0399092;REVB=0.0118243;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147608;STB=0.583217;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0211186;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:7:3:7:7:7:3 chr19 20728045 . AG AA,A 148.68 PASS AF=0.030303,0.69697;AO=3,19;DP=34;FAO=1,23;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=1,21;FSAR=0,2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0261567,0.0775366;FXX=0.0294031;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=11.4486,10.3144;QD=18.0221;RBI=0.0874894,0.0777261;REFB=-0.122698,-0.200052;REVB=0.0834879,-0.00542411;RO=9;SAF=3,18;SAR=0,1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.200669;SSSB=0.640421,0.516059;STB=0.988208,0.707637;STBP=0.507,0.015;TYPE=snp,del;VARB=-0.07487,0.116822;OID=.,.;OPOS=20728046,20728046;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.030303,0.69697:3,19:34:1,23:33:9:1,21:0,2:5:4:31:9:3,18:0,1:5:4 chr19 20748408 . TCCCCCT TCCCCT,TCCCCTC 44.01 PASS AF=0.333333,0.121212;AO=10,4;DP=34;FAO=11,4;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6,4;FSAR=5,0;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0608098,-0.0864408;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.55059,21.2931;QD=5.33485;RBI=0.0627497,0.0975952;REFB=-0.125272,-0.0639312;REVB=0.015482,-0.0453081;RO=16;SAF=7,4;SAR=3,0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.154872,0.648636;STB=0.541327,0.996602;STBP=0.758,0.085;TYPE=del,mnp;VARB=0.15679,0.0184344;OID=.,.;OPOS=20748409,20748413;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=TCCCCT,TCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.121212:10,4:34:11,4:33:18:6,4:5,0:11:7:27:16:7,4:3,0:9:7 chr19 20808149 . A G 511.87 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0307436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.643;QD=24.0881;RBI=0.0426775;REFB=-0.0231894;REVB=0.0296006;RO=37;SAF=24;SAR=24;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965852;STB=0.552919;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0152241;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:24:24:14:23:24:24:14:23 chr19 21607878 . ATAAT A 785.29 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543312;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.973;QD=57.1122;RBI=0.0567805;REFB=0;REVB=0.016497;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000153515;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:55:55:55:0:29:26:0:0:4:0:29:25:0:0 chr19 21608263 . CT CC,C 764.52 PASS AF=0,1;AO=30,24;DP=60;FAO=0,57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.48786,0.0361246;FXX=0.0499917;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=6.11418,21.5772;QD=53.6505;RBI=0.488508,0.0559564;REFB=0,0;REVB=-0.0251608,0.0427333;RO=3;SAF=29,0;SAR=1,24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.540194,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.00186587;OID=.,.;OPOS=21608264,21608264;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:30,24:60:0,57:57:0:0,29:0,28:0:0:4:3:29,0:1,24:0:3 chr19 21608269 . AC GT,TT 720.26 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=52;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585415,-0.00459501;FXX=0.0192271;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=221.819,50.2498;QD=56.491;RBI=0.0258285,0.016478;REFB=0,0;REVB=0.0251563,-0.0158244;RO=0;SAF=22,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.30731e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.000171193,0.0793978;OID=.,.;OPOS=21608269,21608269;OREF=AC,AC;OALT=GT,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:27,2:22,0:0:0:28,1:22,0:0:0 chr19 21608272 . A T 709.1 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.24;QD=55.6156;RBI=0.0217636;REFB=0;REVB=0.0214429;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66897e-05;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:28:22:0:1:29:22:0:0 chr19 21608275 . C T 685.64 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00744337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1193;QD=53.776;RBI=0.117596;REFB=0.0789765;REVB=0.11736;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0247765;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:28:21:1:0:29:21:1:0 chr19 21608280 . T A,C 718.11 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367767,0.0333128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.546,141.353;QD=56.3222;RBI=0.0445991,0.0441036;REFB=0,0;REVB=0.02523,0.028903;RO=0;SAF=22,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.30731e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00455634,0.0432911;OID=.,.;OPOS=21608280,21608280;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:27,0:22,2:0:0:27,0:22,2:0:0 chr19 21608283 . A C 751.49 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770843;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.94;QD=63.9566;RBI=0.0780923;REFB=0;REVB=0.0125066;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300906;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr19 21608287 . G C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7161;QD=57.1763;RBI=0.0439252;REFB=0;REVB=0.0433686;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412026;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr19 21608311 . G A 765.69 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0928;QD=63.8076;RBI=0.048718;REFB=0;REVB=0.0444402;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219941;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr19 21608319 . A C 661.53 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0186977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.3713;QD=51.8846;RBI=0.0228954;REFB=-0.135256;REVB=-0.0132134;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5004;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00594612;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:48:49:0.960784:24:24:0:1:25:24:1:1 chr19 22115982 . A G 347.72 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.074153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1246;QD=51.5135;RBI=0.0863211;REFB=-0.0163686;REVB=0.044189;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000125784;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:14:12:0:0:14:12:1:0 chr19 22115990 . G A 118.01 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00613222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3629;QD=15.7347;RBI=0.0126755;REFB=0.00491593;REVB=-0.0110934;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251107;STB=0.656332;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00221077;OID=.;OPOS=22115990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:9:4:9:7:10:4:9:7 chr19 22153495 . A T 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0205655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5953;QD=14.7942;RBI=0.032762;REFB=-0.00500583;REVB=-0.0255031;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576169;STB=0.533296;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00480557;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:15:12:9:9:15:12 chr19 22154732 . T C 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0826941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.594;QD=12.5458;RBI=0.0856586;REFB=-0.0377507;REVB=-0.0223403;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323635;STB=0.679494;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0325907;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:18:8:25:16:18:8:25:17 chr19 22154954 . C T 119.72 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00911416;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.642;QD=12.9428;RBI=0.0431905;REFB=-0.00576156;REVB=-0.0422179;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36351;STB=0.702329;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00689202;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:24:23:14:14:0.378378:5:9:7:17:5:9:7:16 chr19 22155520 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.926;QD=23.2183;RBI=0.0386716;REFB=0.0840974;REVB=0.0140192;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00818497;OID=.;OPOS=22155520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr19 22156585 . G T 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1506;QD=49.5928;RBI=0.0486578;REFB=0;REVB=0.0399821;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019505;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 22157302 . G A 667.55 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0030838;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.694;QD=24.0559;RBI=0.0102699;REFB=0.00586864;REVB=-0.00979602;RO=47;SAF=31;SAR=33;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203812;STB=0.51112;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00466558;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:47:47:64:64:0.576577:33:31:24:23:33:31:24:23 chr19 22235478 . G C 135.97 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00579523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.534;QD=17.544;RBI=0.0269407;REFB=-0.0137173;REVB=0.02631;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255473;STB=0.664884;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0150238;OID=.;OPOS=22235478;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:4:11:7:8:4:11:7:9 chr19 22363445 . A T 150.06 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00566532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.126;QD=19.3621;RBI=0.110455;REFB=-0.0351338;REVB=-0.110309;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326017;STB=0.518496;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0424679;OID=.;OPOS=22363445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:9:6:7:9:9:6 chr19 22363493 . G A 33.98 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.02765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8958;QD=3.88289;RBI=0.12169;REFB=-0.0205407;REVB=-0.118507;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204699;STB=0.514238;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0580586;OID=.;OPOS=22363493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:14:15:3:3:14:15 chr19 22363508 . G A 34.32 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00906098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5179;QD=4.28961;RBI=0.0184395;REFB=-0.0026892;REVB=-0.0160597;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0456177;OID=.;OPOS=22363508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:13:13:3:3:13:13 chr19 22363796 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0346698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.691;QD=21.1692;RBI=0.0360746;REFB=-0.0417548;REVB=-0.00996913;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0132103;OID=.;OPOS=22363796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr19 22363826 . G C 41.11 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0332443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.936;QD=16.4433;RBI=0.056605;REFB=-0.0382047;REVB=-0.0458142;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147928;OID=.;OPOS=22363826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:5:6:0.6:3:2:2:2:3:3:2:2 chr19 22375868 . C T 1472.52 PASS AF=0.945946;AO=98;DP=104;FAO=105;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0301536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1269;QD=53.0636;RBI=0.0302698;REFB=0.0068892;REVB=-0.00265004;RO=6;SAF=51;SAR=47;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204463;STB=0.510841;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00816533;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:104:111:6:6:98:105:0.945946:47:51:2:4:49:56:2:4 chr19 22498943 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.66;QD=44.6875;RBI=0.0484431;REFB=0;REVB=0.0176579;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369093;OID=.;OPOS=22498943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 22499925 . A G 37.02 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00582013;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.379;QD=6.43838;RBI=0.0380188;REFB=-0.00176003;REVB=0.0375706;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393166;STB=0.761737;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0175787;OID=.;OPOS=22499925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:8:9:5:1:8:9 chr19 22575488 . C T 112.94 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.012695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4034;QD=9.41183;RBI=0.0354615;REFB=0.0070972;REVB=-0.0331113;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783025;STB=0.555478;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0252113;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:6:8:21:12:6:8:22:12 chr19 22586192 . A G 39.41 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0298459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.836;QD=6.30519;RBI=0.0299213;REFB=-0.0111968;REVB=-0.0021236;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370753;STB=0.770536;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0399925;OID=.;OPOS=22586192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:24:25:18:18:6:7:0.28:5:1:8:10:6:1:8:10 chr19 22817278 . T G 93.73 PASS AF=0.35;AO=11;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0476154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.618;QD=9.37263;RBI=0.0573992;REFB=-0.0475776;REVB=0.0320538;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123187;STB=0.649805;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.145501;OID=.;OPOS=22817278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:40:26:26:11:14:0.35:7:4:7:19:7:7:7:19 chr19 22846697 . T C 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00647492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.06;QD=3.33783;RBI=0.00647918;REFB=-0.00221558;REVB=0.00023488;RO=34;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306665;STB=0.728299;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.011249;OID=.;OPOS=22846697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:1:5:21:13:1:5:21:13 chr19 22848028 . G C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0664413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.191;QD=12.0157;RBI=0.0674893;REFB=-0.0117166;REVB=-0.0118476;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0213791;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr19 22868096 . A G 250.55 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0219104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.273;QD=14.5245;RBI=0.0249887;REFB=-0.00491132;REVB=-0.0120154;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849804;STB=0.54816;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0116923;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:15:14:16:24:15:14:16:24 chr19 22868147 . G A 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.010894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.937;QD=13.4159;RBI=0.0161004;REFB=-0.0110618;REVB=-0.0118551;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677094;STB=0.503873;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0116918;OID=.;OPOS=22868147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:18:19:13:12:18:19 chr19 22868205 . T C 95.63 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0458043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1486;QD=7.96932;RBI=0.0462888;REFB=-0.00589628;REVB=-0.00668001;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092208;STB=0.554371;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00739;OID=.;OPOS=22868205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:47:48:33:35:12:13:0.270833:7:5:14:19:8:5:16:19 chr19 22868445 . C T 206.86 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0196097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3686;QD=17.2383;RBI=0.0203769;REFB=-0.0111988;REVB=-0.00553849;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134722;STB=0.565156;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0147674;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:11:10:16:10:11:10:16:11 chr19 22868470 . G T 169.42 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0323873;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.429;QD=15.7597;RBI=0.0402715;REFB=0.00493256;REVB=0.0239344;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155977;STB=0.589645;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0137433;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:15:10:10:8:15:10 chr19 22868479 . C T 167.87 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0146078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.719;QD=15.616;RBI=0.0215952;REFB=-0.00664861;REVB=-0.0159048;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137426;STB=0.566936;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0110598;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:10:8:14:10:10:8:14:11 chr19 22868484 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0182628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.938;QD=15.6196;RBI=0.0261747;REFB=-0.0262297;REVB=-0.0187506;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116321;STB=0.566936;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0276236;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:14:11:10:8:14:11 chr19 22868541 . G A 39.33 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0127242;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5398;QD=8.27936;RBI=0.0623402;REFB=-0.00973647;REVB=0.0610278;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154555;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0269813;OID=.;OPOS=22868541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:21:19:15:13:6:6:0.315789:4:2:7:8:4:2:5:8 chr19 22868896 . A T 65.87 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0535496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.3036;QD=26.3495;RBI=0.0535496;REFB=-0.0836577;REVB=0;RO=2;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179855;OID=.;OPOS=22868896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:0:8:2:0:0:8:2:0 chr19 22868965 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.351;QD=47.8177;RBI=0.0608242;REFB=0;REVB=0.0279083;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126569;OID=.;OPOS=22868965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr19 22937148 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0125685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.003;QD=12.2128;RBI=0.0602557;REFB=-0.00579037;REVB=0.0589303;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775116;STB=0.545388;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00933098;OID=.;OPOS=22937148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:3:10:18:4:3:10:18:4 chr19 22937238 . T C 459.43 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.00475048;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.229;QD=14.2459;RBI=0.060941;REFB=-0.0183337;REVB=0.0607555;RO=76;SAF=29;SAR=23;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197391;STB=0.606797;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0185194;OID=.;OPOS=22937238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:77:52:52:0.403101:23:29:28:48:23:29:29:48 chr19 22937334 . G T 421.0 PASS AF=0.357143;AO=49;DP=139;FAO=50;FDP=140;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.00782466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.37;QD=12.0285;RBI=0.0231933;REFB=-0.0108805;REVB=-0.0218335;RO=90;SAF=26;SAR=23;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122104;STB=0.575254;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0246354;OID=.;OPOS=22937334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:90:90:49:50:0.357143:23:26:38:52:23:27:38:52 chr19 22939096 . T G 228.7 PASS AF=0.430769;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0156756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.7018;QD=14.0738;RBI=0.0446343;REFB=-0.0323875;REVB=0.0417911;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130495;STB=0.561156;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0403172;OID=.;OPOS=22939096;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:34:37:26:28:0.430769:9:17:18:16:10:18:20:17 chr19 22939326 . G A 77.9 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0274147;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.803;QD=12.984;RBI=0.0274576;REFB=-0.0197547;REVB=-0.00153359;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310035;STB=0.6996;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0349132;OID=.;OPOS=22939326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:24:14:14:9:10:0.416667:3:6:5:9:3:7:5:9 chr19 22940046 . C A 39.15 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0301261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.863;QD=12.0455;RBI=0.0373373;REFB=-0.0111704;REVB=-0.0220565;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0216784;OID=.;OPOS=22940046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr19 22940192 . A AG 52.08 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0253355;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=88.7107;QD=10.9642;RBI=0.0284368;REFB=-0.0081959;REVB=0.0129137;RO=11;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.769917;STB=0.802399;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=0.058776;OID=.;OPOS=22940193;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:7:19:8:19:11:7:1:5:6:52:11:7:0:5:6 chr19 22940659 . C T 139.47 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0683745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0878;QD=12.3969;RBI=0.092977;REFB=-0.0283536;REVB=-0.0630052;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241101;STB=0.538414;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.042574;OID=.;OPOS=22940659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:29:15:16:0.355556:6:9:18:11:7:9:18:11 chr19 22940694 . C T 293.85 PASS AF=0.434211;AO=30;DP=72;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0419423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2563;QD=15.4657;RBI=0.0591466;REFB=-0.0285829;REVB=-0.0417033;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218683;STB=0.590637;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.050795;OID=.;OPOS=22940694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:41:43:30:33:0.434211:16:14:28:13:16:17:29:14 chr19 22940827 . T C 105.09 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0787707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0038;QD=21.017;RBI=0.0914078;REFB=-0.0106431;REVB=0.0463741;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176469;STB=0.59984;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0143186;OID=.;OPOS=22940827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:2:6:6:6:2:6 chr19 22940899 . G A 57.22 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0522854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.515;QD=28.6101;RBI=0.0673536;REFB=-0.182441;REVB=0.0424588;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00669412;OID=.;OPOS=22940899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr19 22941071 . T C 39.76 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00876483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.096;QD=14.4572;RBI=0.0092681;REFB=-0.00177476;REVB=-0.00301254;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474419;STB=0.77699;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000771708;OID=.;OPOS=22941071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:0:5:2:4:0:5 chr19 22941591 . A T 132.63 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0391399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.826;QD=26.525;RBI=0.0867594;REFB=-0.0289589;REVB=-0.077429;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525104;STB=0.521709;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00994563;OID=.;OPOS=22941591;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:3:10:5:1:3:11:5:1 chr19 22942061 . A C 225.73 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000716733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4068;QD=20.5206;RBI=0.0296111;REFB=-0.0253481;REVB=0.0296024;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807409;STB=0.545414;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0424327;OID=.;OPOS=22942061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:9:13:11:11:9:13 chr19 22942325 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.233;QD=59.4354;RBI=0.0271927;REFB=0;REVB=-0.0242341;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61417e-05;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr19 22942335 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0304921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.148;QD=27.2344;RBI=0.0305177;REFB=0.00334601;REVB=0.00124849;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148729;STB=0.508228;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00164072;OID=.;OPOS=22942335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:12:11:7:7:12:11:7:7 chr19 22952110 . C CG 93.91 PASS AF=0.382353;AO=6;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.072533;FXX=0.0285633;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.0966;QD=11.0481;RBI=0.0763139;REFB=0.0522895;REVB=0.023723;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160416;STB=0.581262;STBP=0.506;TYPE=ins;VARB=-0.0378977;OID=.;OPOS=22952111;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:6:35:13:34:21:3:10:7:14:93:28:2:4:9:19 chr19 22952111 . A G 52.59 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.021857;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0541;QD=6.18678;RBI=0.0222527;REFB=0.0143969;REVB=0.00417793;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851702;STB=0.55541;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0173506;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:8:18:6:2:8:18 chr19 23159486 . T C 394.89 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0138062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.079;QD=22.8924;RBI=0.0516681;REFB=-0.0156329;REVB=0.0497894;RO=30;SAF=24;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127881;STB=0.507039;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0113288;OID=.;OPOS=23159486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:15:24:18:12:15:24:18:12 chr19 23328940 . G A 237.12 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00119467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.141;QD=19.76;RBI=0.0174493;REFB=-0.0206285;REVB=-0.0174083;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939972;STB=0.540948;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0193119;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:22:23:0.479167:11:11:10:15:12:11:10:15 chr19 23405457 . T G 103.72 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0361283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1449;QD=29.6333;RBI=0.12491;REFB=-0.232845;REVB=0.119572;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119933;STB=0.567442;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0590549;OID=.;OPOS=23405457;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:14:14:3:3:11:11:0.785714:4:7:1:2:4:7:1:2 chr19 23406165 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.99;QD=52.6071;RBI=0.064489;REFB=0;REVB=0.0644155;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033243;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr19 23406801 . G C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.993;QD=47.8148;RBI=0.0117165;REFB=-0.0514679;REVB=-0.00562399;RO=1;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249712;STB=0.513501;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000447861;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:18:3:0:1:18:3:0:1 chr19 23432997 . C G 186.76 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0101287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.34;QD=19.6585;RBI=0.0347943;REFB=-0.0447724;REVB=0.0332874;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.553018;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0690853;OID=.;OPOS=23432997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:12:7:9:10:12:7 chr19 23445130 . G A 369.44 PASS AF=0.36;AO=44;DP=124;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0141884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.589;QD=11.8219;RBI=0.0498727;REFB=-0.00518791;REVB=-0.0478118;RO=80;SAF=18;SAR=26;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131125;STB=0.580609;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0116248;OID=.;OPOS=23445130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:80:80:44:45:0.36:26:18:42:38:27:18:42:38 chr19 23542290 . AG GC 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.000539665;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.685;QD=17.791;RBI=0.00426895;REFB=0.00285789;REVB=-0.00423471;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156537;STB=0.579108;STBP=0.234;TYPE=mnp;VARB=-0.00331835;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:17:14:20:12:17:14:20:13 chr19 23542697 . G C 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00617809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.329;QD=18.0355;RBI=0.00854678;REFB=-0.00518039;REVB=-0.00590581;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410622;STB=0.540502;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00483349;OID=.;OPOS=23542697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:6:16:18:8:6:16:18:9 chr19 23543834 . C T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00783775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.349;QD=26.0488;RBI=0.0467403;REFB=-0.0282604;REVB=0.0460785;RO=5;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165238;STB=0.594412;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0129916;OID=.;OPOS=23543834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:11:1:1:4:11:1:1:4 chr19 23545004 . G A 36.09 PASS AF=0.235294;AO=4;DP=17;FAO=4;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.029095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.298;QD=8.49198;RBI=0.0298025;REFB=-0.00374371;REVB=-0.00645507;RO=10;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372583;STB=0.722985;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0146794;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:17:17:10:11:4:4:0.235294:3:1:6:4:3:1:6:5 chr19 23837365 . A C 272.54 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5867;QD=51.9118;RBI=0.0657622;REFB=0;REVB=-0.0626822;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241089;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:10:10:1:0:10:11:0:0 chr19 23927468 . AA GA,GT 761.24 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,2;DP=56;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120322,0.00187243;FXX=0.0357079;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=148.602,91.2609;QD=56.3878;RBI=0.0231463,0.0142365;REFB=0,0;REVB=0.0197731,0.0141128;RO=0;SAF=32,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.2152e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000519775,0.0110179;OID=.,.;OPOS=23927468,23927468;OREF=A,AA;OALT=G,GT;OMAPALT=GA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:54:0:0:51,2:52,2:0.962963,0.037037:19,2:32,0:0:0:19,2:33,0:0:0 chr19 24184114 . A G 46.74 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0140615;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.324;QD=2.87627;RBI=0.0147916;REFB=-0.00573461;REVB=0.00458977;RO=55;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173907;STB=0.616755;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0296947;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:65:55:56:9:9:0.138462:3:6:29:26:3:6:30:26 chr19 29724209 . A G 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5183;QD=62.16;RBI=0.0350805;REFB=0;REVB=-0.0062496;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102657;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr19 30156601 . G C 622.79 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0163384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6185;QD=51.8991;RBI=0.143264;REFB=-0.155009;REVB=0.142329;RO=5;SAF=33;SAR=10;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660368;STB=0.535196;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0208416;OID=.;OPOS=30156601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:48:48:5:5:43:43:0.895833:10:33:5:0:10:33:5:0 chr19 30193721 . G A 1006.99 PASS AF=0.507772;AO=98;DP=193;FAO=98;FDP=193;FR=.;FRO=95;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.00943023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.548;QD=20.8703;RBI=0.0140154;REFB=-0.0216116;REVB=0.0103683;RO=95;SAF=57;SAR=41;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409408;STB=0.52248;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0203564;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:95:95:98:98:0.507772:41:57:51:44:41:57:51:44 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1679.33 PASS AF=0.824561,0.175439;AO=83,19;DP=118;FAO=94,20;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47,8;FSAR=47,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481775,0.012833;FXX=0.0338954;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=117.583,93.7413;QD=58.924;RBI=0.0871688,0.0171035;REFB=0,0;REVB=0.0726452,-0.0113067;RO=0;SAF=43,10;SAR=40,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0159397,0.0396172;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.824561,0.175439:83,19:118:94,20:114:0:47,8:47,12:0:0:99:0:43,10:40,9:0:0 chr19 31038995 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.493;QD=61.6838;RBI=0.0143275;REFB=0;REVB=0.0122362;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29509e-05;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:9:31:0:0:10:31:0:0 chr19 31039146 . A G 276.2 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00133713;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.308;QD=25.1091;RBI=0.0248024;REFB=-0.0188916;REVB=0.0247663;RO=19;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207455;STB=0.594961;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.015729;OID=.;OPOS=31039146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:24:25:0.568182:18:6:9:10:18:7:9:10 chr19 31769763 . G A 726.56 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.107;QD=56.9854;RBI=0.1122;REFB=0;REVB=0.111648;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314409;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr19 32083696 . T C 2278.13 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115789;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.198;QD=63.7238;RBI=0.0165032;REFB=0;REVB=-0.0117595;RO=0;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2151e-06;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:73:70:0:0:73:70:0:0 chr19 32873698 . A G 676.37 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.475;QD=61.4879;RBI=0.0281636;REFB=0;REVB=0.0165543;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349661;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:26:15:0:0:26:18:0:0 chr19 32930069 . G A 115.82 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.041267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8853;QD=11.0305;RBI=0.0648341;REFB=-0.00312202;REVB=-0.0500049;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270869;STB=0.64267;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00167788;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:14:14:0.333333:7:7:20:7:7:7:20:8 chr19 33096786 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000939427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.217;QD=55.0947;RBI=0.0438661;REFB=0;REVB=0.043856;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200983;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr19 33096816 . C T 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.378;QD=55.6438;RBI=0.0327571;REFB=0;REVB=0.032457;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342573;OID=.;OPOS=33096816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 33099277 . T C 181.87 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201048;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.833;QD=48.4976;RBI=0.0417205;REFB=0;REVB=-0.0365567;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384886;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 33099305 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.272;QD=56.7045;RBI=0.0323105;REFB=0;REVB=0.0276628;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226049;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr19 33099336 . A G 417.96 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496434;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9475;QD=57.6496;RBI=0.032837;REFB=0;REVB=0.0324596;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297608;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr19 33106621 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.316;QD=58.6483;RBI=0.0249206;REFB=-0.086924;REVB=0.00784378;RO=1;SAF=30;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153811;STB=0.508193;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000725538;OID=.;OPOS=33106621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:10:30:1:0:10:30:1:0 chr19 33117666 . T C 1062.49 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.484;QD=59.8584;RBI=0.0184957;REFB=0;REVB=0.0181242;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29926e-05;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:32:37:0:0:34:37:0:0 chr19 33119653 . C T 433.25 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0130458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.452;QD=18.052;RBI=0.0423835;REFB=0.00516199;REVB=0.0403258;RO=52;SAF=37;SAR=7;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397239;STB=0.725372;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00639291;OID=.;OPOS=33119653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:7:37:27:25:7:37:27:25 chr19 33167208 . C G 538.75 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0142646;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.9;QD=21.3365;RBI=0.0142778;REFB=-0.0358517;REVB=-0.000613105;RO=46;SAF=24;SAR=30;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119042;STB=0.560417;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0298043;OID=.;OPOS=33167208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:46:47:54:54:0.534653:30:24:27:19:30:24:27:20 chr19 33167879 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0208868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153;QD=26.3057;RBI=0.0210615;REFB=-0.0492005;REVB=0.00270694;RO=13;SAF=16;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633674;STB=0.535281;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0308504;OID=.;OPOS=33167879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:5:16:9:4:5:16:9:4 chr19 33168383 . T G 450.69 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00927153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.961;QD=21.7199;RBI=0.0329066;REFB=-0.0176696;REVB=0.0315735;RO=38;SAF=13;SAR=31;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165656;STB=0.587008;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0155775;OID=.;OPOS=33168383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:38:39:44:44:0.53012:31:13:18:20:31:13:18:21 chr19 33168412 . C T 1048.62 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.862;QD=58.2566;RBI=0.0232249;REFB=-0.144612;REVB=0.0122108;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000228762;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:44:27:0:0:44:27:1:0 chr19 33168605 . G A 441.44 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0401016;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.924;QD=19.404;RBI=0.0401069;REFB=-0.0278514;REVB=0.000652398;RO=47;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582491;STB=0.532419;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0265721;OID=.;OPOS=33168605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:47:47:44:44:0.483516:17:27:26:21:17:27:26:21 chr19 33168641 . C T 271.4 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0104799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.71;QD=14.67;RBI=0.0116525;REFB=-0.00371548;REVB=0.00509431;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176172;STB=0.599935;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00757167;OID=.;OPOS=33168641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:19:12:24:19:19:12:24:19 chr19 33169003 . A C 221.84 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=-0.00597445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.908;QD=18.487;RBI=0.0543676;REFB=-0.00136783;REVB=0.0540383;RO=26;SAF=18;SAR=3;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148636;STB=0.575832;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0016616;OID=.;OPOS=33169003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:3:18:24:2:3:19:24:2 chr19 33169097 . G T 298.46 PASS AF=0.533333;AO=30;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0126744;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.493;QD=19.8975;RBI=0.0645322;REFB=-0.0103751;REVB=-0.0632753;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309414;STB=0.53123;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00926866;OID=.;OPOS=33169097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:30:32:0.533333:15:15:13:15:15:17:13:15 chr19 33239450 . C G 436.67 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596615;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.499;QD=56.3445;RBI=0.0596924;REFB=0;REVB=0.00192161;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260372;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:21:10:0:0 chr19 33281924 . A G 1871.93 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0303475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9223;QD=58.9584;RBI=0.0375647;REFB=0.0223015;REVB=-0.0221391;RO=3;SAF=68;SAR=56;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204966;STB=0.51079;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000488775;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:3:3:124:124:0.976378:56:68:3:0:56:68:3:0 chr19 33293948 . G A 129.92 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0152352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0681;QD=13.3248;RBI=0.0467138;REFB=-0.00821837;REVB=0.0441595;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.571334;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0106999;OID=.;OPOS=33293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:10:14:7:8:10:14 chr19 33390796 . G A 1445.77 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159032;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9995;QD=62.1838;RBI=0.0337325;REFB=0;REVB=-0.0297485;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403148;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:89:93:1:46:43:0:0:49:44:0:0 chr19 33414420 . A G 1072.98 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931107;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.908;QD=59.6101;RBI=0.0932285;REFB=0;REVB=0.00468505;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217607;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:26:46:0:0:26:46:0:0 chr19 33430816 . T G 470.71 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0100703;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2958;QD=15.433;RBI=0.0108283;REFB=-0.0376947;REVB=0.00398009;RO=69;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959246;STB=0.557355;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0412733;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:69:70:52:52:0.42623:26:26:28:41:26:26:28:42 chr19 33444519 . A G 68.66 PASS AF=0.122137;AO=16;DP=132;FAO=16;FDP=131;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=47;FWDB=0.0254684;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1786;QD=2.09634;RBI=0.0356843;REFB=0.00145764;REVB=-0.0249946;RO=114;SAF=11;SAR=5;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131733;STB=0.591402;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0149889;OID=.;OPOS=33444519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:132:131:114:115:16:16:0.122137:5:11:67:47:5:11:68:47 chr19 33444556 . T C 495.61 PASS AF=0.378378;AO=56;DP=146;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0160474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6714;QD=13.395;RBI=0.0502031;REFB=0.00615159;REVB=-0.0475693;RO=87;SAF=42;SAR=14;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267014;STB=0.652613;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0156357;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:87:92:56:56:0.378378:14:42:46:41:14:42:49:43 chr19 33444576 . C T 356.22 PASS AF=0.295181;AO=49;DP=166;FAO=49;FDP=166;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=0.00790779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.336;QD=8.58353;RBI=0.0080551;REFB=-0.00789079;REVB=-0.00153347;RO=115;SAF=37;SAR=12;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267391;STB=0.659173;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0145685;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:115:117:49:49:0.295181:12:37:64:51:12:37:65:52 chr19 33444588 . T G 323.8 PASS AF=0.275449;AO=46;DP=170;FAO=46;FDP=167;FR=.;FRO=121;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.00120703;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.728;QD=7.75566;RBI=0.0148147;REFB=0.00157641;REVB=0.0147655;RO=106;SAF=38;SAR=8;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422712;STB=0.75621;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0104106;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:167:106:121:46:46:0.275449:8:38:55:51:8:38:63:58 chr19 33444707 . C T 241.2 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.109148;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.34;QD=16.6343;RBI=0.110084;REFB=-0.0172656;REVB=-0.0143267;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203962;STB=0.581865;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0203318;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:26:31:27:27:0.465517:20:7:12:14:20:7:12:19 chr19 33467357 . G A 168.17 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00142841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.7;QD=10.5108;RBI=0.0167749;REFB=-0.0129954;REVB=-0.016714;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445314;STB=0.519213;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0256374;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:41:42:21:22:0.34375:9:12:25:16:9:13:26:16 chr19 33467515 . T C 91.97 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0264565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.311;QD=8.97282;RBI=0.0322335;REFB=-0.00932257;REVB=-0.0184135;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875624;STB=0.553105;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0333581;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:19:10:5:7:19:10 chr19 33470874 . A G 338.15 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00553346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.006;QD=19.6031;RBI=0.0232947;REFB=-0.0126438;REVB=0.022628;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161217;STB=0.592276;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00993162;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:33:35:36:0.521739:19:16:19:10:19:17:22:11 chr19 33487071 . G C,T 411.33 PASS AF=0.65625,0.3125;AO=21,10;DP=32;FAO=21,10;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=4,5;FSAR=17,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.101247,0.0347598;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=94.1259,27.015;QD=51.4162;RBI=0.104732,0.0349069;REFB=-0.170936,-0.0581673;REVB=0.0267934,-0.00320028;RO=1;SAF=4,5;SAR=17,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102024,-0.0811734;STB=0.555499,0.545364;STBP=0.132,0.505;TYPE=snp,snp;VARB=0.0179544,-0.0180552;OID=.,.;OPOS=33487071,33487071;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:32:32:1:1:21,10:21,10:0.65625,0.3125:17,5:4,5:1:0:17,5:4,5:1:0 chr19 33490566 . T C 134.75 PASS AF=0.190476;AO=22;DP=125;FAO=24;FDP=126;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.000739283;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.102;QD=4.27765;RBI=0.043623;REFB=-0.00579234;REVB=-0.0436168;RO=99;SAF=11;SAR=11;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966528;STB=0.596252;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0294935;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:99:102:22:24:0.190476:11:11:42:57:11:13:43:59 chr19 33490585 . G A 358.33 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0081789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.796;QD=11.6529;RBI=0.0253838;REFB=0.00497219;REVB=0.0240301;RO=78;SAF=19;SAR=25;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463994;STB=0.507325;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0148275;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:78:79:44:44:0.357724:25:19:34:44:25:19:35:44 chr19 33498978 . A G 255.09 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00542479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8977;QD=22.1819;RBI=0.0265717;REFB=-0.00595851;REVB=-0.0260121;RO=22;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163314;STB=0.592024;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00421941;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:18:6:9:13:18:6:9:13 chr19 33517515 . C T 273.47 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0312151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.294;QD=15.4069;RBI=0.0402719;REFB=-0.0233962;REVB=-0.0254449;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119839;STB=0.572978;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0310695;OID=.;OPOS=33517515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:14:17:26:13:14:17:27:13 chr19 33579128 . T C 348.58 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0533402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4369;QD=18.3462;RBI=0.0639041;REFB=0.0116436;REVB=0.0351932;RO=37;SAF=24;SAR=12;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182982;STB=0.519989;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0105833;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:39:36:37:0.486842:12:24:24:13:12:25:25:14 chr19 33586739 . G C 286.48 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0435803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0666;QD=24.3809;RBI=0.0435812;REFB=-0.0103786;REVB=0.000277093;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261391;STB=0.645052;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00741261;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:15:6:16:10:15:6 chr19 33600764 . T C 184.15 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00534722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.314;QD=13.6405;RBI=0.0196593;REFB=-0.0152549;REVB=-0.0189181;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244156;STB=0.648651;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.02868;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:14:7:18:14:15:7:18:14 chr19 33605300 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.514;QD=55.0979;RBI=0.0771795;REFB=0;REVB=0.0142629;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100205;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr19 33605312 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.976;QD=54.5174;RBI=0.00871258;REFB=0;REVB=-0.00673333;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24865e-06;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 33617583 . C T 186.69 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00496957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.282;QD=19.6515;RBI=0.0236291;REFB=-0.0471719;REVB=-0.0231006;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481396;STB=0.527192;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0522227;OID=.;OPOS=33617583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:12:7:8:11:12:7 chr19 33635761 . C T 106.81 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00346261;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.642;QD=8.3774;RBI=0.00688178;REFB=-0.00214827;REVB=-0.00594721;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184924;STB=0.58089;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00734475;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:37:14:14:0.27451:6:8:14:20:6:8:17:20 chr19 33647379 . T C 260.91 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0045094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.117;QD=23.719;RBI=0.0229795;REFB=-0.0133461;REVB=0.0225327;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2462;STB=0.654563;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0172587;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:19:24:25:0.568182:12:12:4:16:12:13:3:16 chr19 33655144 . C T 316.5 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0126684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.117;QD=17.8312;RBI=0.0144094;REFB=-0.0285437;REVB=-0.00686593;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105163;STB=0.547955;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0301219;OID=.;OPOS=33655144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:21:13:10:26:21:13:11:26 chr19 33668046 . G A 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0037433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.653;QD=23.3805;RBI=0.00375723;REFB=-0.00454157;REVB=-0.000323206;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103608;STB=0.558077;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00206152;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:7:7:12:7:7:7 chr19 33696136 . C T 735.55 PASS AF=0.407767;AO=81;DP=205;FAO=84;FDP=206;FR=.;FRO=122;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=-0.00433439;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.249;QD=14.2826;RBI=0.0174622;REFB=-0.00783919;REVB=0.0169157;RO=116;SAF=42;SAR=39;SRF=68;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715124;STB=0.524843;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0113211;OID=.;OPOS=33696136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:116:122:81:84:0.407767:39:42:68:48:40:44:69:53 chr19 33696708 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0361627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.042;QD=8.25446;RBI=0.0406365;REFB=-0.0167408;REVB=-0.0185361;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.022292;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:5:7:2:4:5:7 chr19 33696897 . C T 473.86 PASS AF=0.576923;AO=43;DP=76;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0103312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5508;QD=24.3005;RBI=0.014264;REFB=-0.0186228;REVB=-0.0098351;RO=33;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111019;STB=0.549466;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0141464;OID=.;OPOS=33696897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:33:33:43:45:0.576923:23:20:20:13:23:22:20:13 chr19 33698291 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.079067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.693;QD=13.2307;RBI=0.0790673;REFB=-0.0113059;REVB=0.000226927;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030743;STB=0.517984;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0197664;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:11:18:11:6:11:18 chr19 33699695 . CTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTC,TCTTTTTTT 36.2 PASS AF=0.214286,0.0714286,0.0357143;AO=5,2,3;DP=31;FAO=6,2,1;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4,2,1;FSAR=2,0,0;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.189148,-0.0139492,-0.113943;FXX=0.096743;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=9.31374,28.0463,13.3359;QD=5.1717;RBI=0.194174,0.0255331,0.113962;REFB=-0.0482474,-0.0348759,-0.0439148;REVB=0.0438916,0.021386,0.00210568;RO=14;SAF=3,2,3;SAR=2,0,0;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.236698,0.455784,0.545187;STB=0.612571,0.991988,0.984409;STBP=0.579,0.377,0.543;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.02756,0.0299874,0.0781563;OID=.,.,.;OPOS=33699696,33699703,33699695;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTC,TCTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:31:28:14:19:5,2,3:6,2,1:0.214286,0.0714286,0.0357143:2,0,0:3,2,3:11:3:2,0,0:4,2,1:15:4 chr19 33702099 . T C,TC 34.8 PASS AF=0,0.344828;AO=2,7;DP=31;FAO=0,10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0175785,0.0637205;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=252.647,9.03973;QD=4.79981;RBI=0.0177821,0.0754853;REFB=-0.00469634,-0.136609;REVB=-0.00268301,-0.0404688;RO=22;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.563482,-0.396867;STB=0.5,0.684939;STBP=1,0.155;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.14568;OID=.,.;OPOS=33702099,33702100;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:31:29:22:19:2,7:0,10:0,0.344828:2,5:0,2:14:8:0,7:0,3:11:8 chr19 33702245 . A G 308.86 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0788269;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8086;QD=20.9394;RBI=0.115606;REFB=-0.00909541;REVB=-0.0845643;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715829;STB=0.539658;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00434355;OID=.;OPOS=33702245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:17:15:15:12:17:15:15:12 chr19 33791386 . G A 749.11 PASS AF=0.559055;AO=71;DP=128;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0455481;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4907;QD=23.594;RBI=0.0480522;REFB=-0.0124508;REVB=0.0153097;RO=55;SAF=34;SAR=37;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821546;STB=0.548559;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00783514;OID=.;OPOS=33791386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:55:56:71:71:0.559055:37:34:32:23:37:34:33:23 chr19 33882222 . G A 946.68 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=196;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=32;FWDB=0.0205682;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3036;QD=19.5191;RBI=0.0206114;REFB=-0.00307505;REVB=0.00133333;RO=98;SAF=43;SAR=51;SRF=66;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198452;STB=0.613303;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00377882;OID=.;OPOS=33882222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:98:100:94:94:0.484536:51:43:66:32:51:43:68:32 chr19 34302280 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.43;QD=56.7066;RBI=0.0461723;REFB=0;REVB=0.0461316;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106691;OID=.;OPOS=34302280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr19 34304260 . A AT 546.73 PASS AF=1;AO=50;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1751;QD=37.0667;RBI=0.0921891;REFB=-0.0549141;REVB=0.066115;RO=9;SAF=28;SAR=22;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0122272;OID=.;OPOS=34304261;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:60:59:59:0:33:26:0:0:7:9:28:22:5:4 chr19 34584137 . A G 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0101196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.152;QD=28.8051;RBI=0.0116775;REFB=-0.0311155;REVB=0.00582719;RO=17;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15317;STB=0.584553;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0198406;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:9:19:8:9:9:19:8:9 chr19 34706073 . A G 228.57 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00730832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1854;QD=16.0402;RBI=0.027196;REFB=-0.0289925;REVB=0.0261956;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271517;STB=0.647288;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0320469;OID=.;OPOS=34706073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:7:19:14:16:7:19:15:16 chr19 34842488 . T C 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0154137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.351;QD=12.3072;RBI=0.0191696;REFB=-0.00917895;REVB=-0.0113971;RO=40;SAF=6;SAR=19;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831212;STB=0.561379;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0104025;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:19:6:12:28:19:6:13:28 chr19 34959979 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.309;QD=58.1421;RBI=0.0372082;REFB=0;REVB=0.0320304;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138427;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr19 34972146 . G C 321.95 PASS AF=0.896552;AO=24;DP=27;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0561735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.9447;QD=44.4074;RBI=0.0574829;REFB=-0.175992;REVB=-0.0121991;RO=3;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120349;STB=0.565166;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0221514;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:29:3:3:24:26:0.896552:14:10:3:0:16:10:3:0 chr19 35424607 . A T 187.01 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0071219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.147;QD=12.6784;RBI=0.0464009;REFB=-0.0169245;REVB=0.0458511;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173422;STB=0.573466;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0214929;OID=.;OPOS=35424607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:36:22:23:0.389831:9:13:14:19:10:13:16:20 chr19 35434238 . A G 572.41 PASS AF=0.590909;AO=51;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00416137;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.429;QD=26.0185;RBI=0.0140452;REFB=-0.0192873;REVB=0.0134145;RO=37;SAF=21;SAR=30;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141017;STB=0.576893;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0151367;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:36:51:52:0.590909:30:21:22:15:30:22:22:14 chr19 35434512 . T C 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0177835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.011;QD=20.8894;RBI=0.0183174;REFB=0.0014779;REVB=0.00439059;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406892;STB=0.522785;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00117237;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:27:32:32:0.542373:17:15:13:12:17:15:14:13 chr19 35435006 . G A 203.32 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00217105;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.076;QD=15.6399;RBI=0.00765399;REFB=-0.00154749;REVB=0.00733962;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652416;STB=0.527003;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0017898;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:29:23:23:0.442308:13:10:15:15:13:10:14:15 chr19 35449409 . G A 133.31 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00349717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.767;QD=15.683;RBI=0.0289992;REFB=-0.0191115;REVB=0.0287876;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00861072;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:10:9:9:6:10:9 chr19 35449760 . G C 295.29 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.000214467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3462;QD=17.8965;RBI=0.00965235;REFB=0.00105852;REVB=-0.00964996;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525676;STB=0.502939;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.000689973;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:20:14:13:19:20:14 chr19 35450229 . C T 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0154957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.156;QD=13.8305;RBI=0.0218137;REFB=-0.00684994;REVB=-0.0153532;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151769;STB=0.585222;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00852805;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:39:27:27:0.409091:12:15:15:22:12:15:16:23 chr19 35510102 . G C 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0622713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.606;QD=20.9185;RBI=0.0625485;REFB=-0.0276621;REVB=-0.00588159;RO=26;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132702;STB=0.507357;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0197122;OID=.;OPOS=35510102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:15:16:13:13:15:16:13:13 chr19 35530938 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 143.05 PASS AF=1,0;AO=7,8;DP=19;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126667,-0.224534;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.1957,6.50585;QD=30.1164;RBI=0.244452,0.299029;REFB=0,0;REVB=0.209074,0.197491;RO=2;SAF=5,8;SAR=2,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.365854,0;SSSB=0.0955799,0.793829;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0259621,0;OID=.,.;OPOS=35530939,35530943;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,8:19:19,0:19:0:16,0:3,0:0:0:3:2:5,8:2,0:1:1 chr19 35590180 . T A 713.36 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194027;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.082;QD=54.8737;RBI=0.0531825;REFB=-0.0947736;REVB=0.0495168;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00071708;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:0:1:51:51:0.980769:27:24:0:0:27:24:1:0 chr19 35597352 . T C,G 444.91 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=28,2;DP=30;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013998,-0.0113229;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.926,104.774;QD=55.6142;RBI=0.0281466,0.0113593;REFB=0,0;REVB=0.024419,0.000907773;RO=0;SAF=9,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.62669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00454011,0.0663497;OID=.,.;OPOS=35597352,35597352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:32:0:0:28,2:30,2:0.9375,0.0625:19,0:9,2:0:0:21,0:9,2:0:0 chr19 35610245 . A G 736.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3268;QD=62.6396;RBI=0.0196563;REFB=0;REVB=0.00730278;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119128;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:19:28:0:0 chr19 35612046 . C A 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0168778;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.506;QD=2.49553;RBI=0.017343;REFB=-0.00335218;REVB=-0.00398968;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559961;STB=0.542711;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0192235;OID=.;OPOS=35612046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:2:4:28:17:2:4:28:17 chr19 35612159 . C G 98.11 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0548072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4751;QD=13.0819;RBI=0.0845416;REFB=0.0016271;REVB=0.0643696;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891716;STB=0.552241;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0066767;OID=.;OPOS=35612159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:12:6:5:7:12:6 chr19 35612168 . T A 83.6 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00356978;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.681;QD=18.5772;RBI=0.00688054;REFB=-0.010433;REVB=-0.00588205;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051088;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00665608;OID=.;OPOS=35612168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:18:7:8:10:10:0.555556:5:5:4:3:5:5:5:3 chr19 35614336 . T C 643.65 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0690074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0548;QD=52.5432;RBI=0.0723134;REFB=-0.000292857;REVB=-0.0216151;RO=5;SAF=20;SAR=24;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660835;STB=0.5353;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000601875;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:5:5:44:44:0.897959:24:20:4:1:24:20:4:1 chr19 35614534 . A T 237.92 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.114684;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4324;QD=19.4223;RBI=0.128067;REFB=-0.0130048;REVB=0.0569982;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514116;STB=0.578483;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.117241;OID=.;OPOS=35614534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:14:21:0.428571:3:11:15:5:8:13:16:5 chr19 35616315 . GC AT 157.03 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0403753;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.048;QD=27.3101;RBI=0.0425497;REFB=0.00773059;REVB=0.0134279;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0029646;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:23:23:7:7:14:14:0.608696:8:6:3:4:8:6:3:4 chr19 35616663 . A G 265.72 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0184406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.536;QD=21.2578;RBI=0.0288074;REFB=-0.0719396;REVB=0.0221316;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231461;STB=0.618205;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0413664;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:11:14:7:17:11:14:8:17 chr19 35616692 . C T 162.21 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0395216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7909;QD=12.0155;RBI=0.0406607;REFB=-0.00898171;REVB=0.00955685;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15661;STB=0.5999;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0177415;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:34:20:20:0.37037:8:12:15:18:8:12:15:19 chr19 35617122 . A G 141.92 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0526026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3158;QD=13.8455;RBI=0.101698;REFB=0.00863873;REVB=-0.0870365;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265522;STB=0.501546;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0256174;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:11:14:9:7:11:14 chr19 35617270 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0162347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.79;QD=17.8275;RBI=0.0164166;REFB=-0.0127919;REVB=0.00243716;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116603;STB=0.567449;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0127831;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:7:4:3:9:7:4 chr19 35622695 . A G 786.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.922;QD=64.1923;RBI=0.0591382;REFB=0;REVB=-0.0238595;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173566;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:19:30:0:0 chr19 35648365 . T G 1526.65 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543842;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.676;QD=59.2875;RBI=0.0682207;REFB=0;REVB=0.0411877;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253608;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:46:55:0:0:46:57:0:0 chr19 35649324 . C G 534.57 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.145;QD=59.3965;RBI=0.0296122;REFB=0;REVB=0.00488967;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129601;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:23:10:0:0:23:13:0:0 chr19 35655151 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00613456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.342;QD=43.0156;RBI=0.0265831;REFB=-0.0404985;REVB=0.0258656;RO=1;SAF=1;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297837;STB=0.666403;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000666733;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:15:1:1:0:15:1:1:0 chr19 35660508 . G A 526.68 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8067;QD=56.938;RBI=0.0283527;REFB=-0.127707;REVB=0.0255982;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00399217;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chr19 35719020 . C T 287.87 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.015687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.092;QD=18.5721;RBI=0.0233234;REFB=-0.0217318;REVB=0.0172598;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172969;STB=0.596213;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0262675;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:16:15:21:10:16:15:21:10 chr19 35719106 . A G 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0280714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4111;QD=20.3972;RBI=0.0436724;REFB=-0.0252846;REVB=0.0334556;RO=27;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529193;STB=0.529393;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.010165;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:18:13:13:14:18:13:13:14 chr19 35741375 . C T 479.92 PASS AF=0.434426;AO=52;DP=121;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.032952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.073;QD=15.7351;RBI=0.0352481;REFB=-0.00793058;REVB=0.0125138;RO=58;SAF=31;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433243;STB=0.571939;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0079134;OID=.;OPOS=35741375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:58:69:52:53:0.434426:21:31:32:26:21:32:33:36 chr19 35741456 . T C 1144.51 PASS AF=0.506667;AO=113;DP=224;FAO=114;FDP=225;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.0413503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6925;QD=20.3469;RBI=0.0879664;REFB=0.0253959;REVB=-0.0776418;RO=104;SAF=52;SAR=61;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119978;STB=0.515128;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0257586;OID=.;OPOS=35741456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:104:111:113:114:0.506667:61:52:48:56:61:53:55:56 chr19 35757427 . G A 301.55 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0099509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.972;QD=25.1288;RBI=0.0114241;REFB=-0.00344325;REVB=0.00561156;RO=21;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116783;STB=0.565166;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00204249;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:21:6:7:14:21:6:7:14 chr19 35758275 . G GGGA 686.81 PASS AF=0.489655;AO=68;DP=150;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.000649522;FXX=0.0397325;HRUN=3;LEN=3;MLLD=214.647;QD=18.9465;RBI=0.0243819;REFB=-0.0244536;REVB=-0.0243732;RO=77;SAF=50;SAR=18;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206904;STB=0.585531;STBP=0.063;TYPE=ins;VARB=0.0221873;OID=.;OPOS=35758276;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489655:68:150:71:145:74:50:21:41:33:99:77:50:18:42:35 chr19 35770056 . G A 391.88 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0048853;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.468;QD=21.7709;RBI=0.0144522;REFB=-0.00435512;REVB=0.0136015;RO=33;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547683;STB=0.536894;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00593452;OID=.;OPOS=35770056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:38:39:0.541667:15:23:22:11:16:23:22:11 chr19 35770614 . G T 31.6 PASS AF=0.119048;AO=5;DP=44;FAO=5;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=2;FWDB=-0.0202499;FXX=0.0454442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.0646;QD=3.00947;RBI=0.072464;REFB=-0.0398958;REVB=0.0695771;RO=24;SAF=4;SAR=1;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284119;STB=0.912413;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.116277;OID=.;OPOS=35770614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:44:42:24:35:5:5:0.119048:1:4:22:2:3:2:33:2 chr19 35786868 . C T 311.82 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=0.0142125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.215;QD=11.4431;RBI=0.0163725;REFB=-0.00838285;REVB=-0.00812781;RO=69;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108091;STB=0.565142;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0223382;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:70:39:39:0.357798:23:16:22:47:23:16:22:48 chr19 35790503 . G A 312.32 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0391148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4777;QD=25.4959;RBI=0.0447309;REFB=-0.0128586;REVB=0.0216999;RO=21;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267014;STB=0.65206;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.016022;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:21:27:28:0.571429:8:19:8:13:8:20:8:13 chr19 35820741 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0185959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.675;QD=11.4396;RBI=0.0209218;REFB=-0.00513022;REVB=0.00958713;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322518;STB=0.519201;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00887757;OID=.;OPOS=35820741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:8:16:9:4:8:16 chr19 35836600 . C A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0112422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.858;QD=14.4116;RBI=0.0191378;REFB=-0.0183428;REVB=0.0154877;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199842;STB=0.613923;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0189551;OID=.;OPOS=35836600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:23:5:6:12:23:5 chr19 35843086 . G A 502.37 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000674373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4797;QD=55.8192;RBI=0.184061;REFB=-0.117052;REVB=0.18406;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622008;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00480775;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:2:1:34:35:0.972222:14:20:0:2:15:20:0:1 chr19 35843347 . C A 463.68 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0134539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.637;QD=27.2755;RBI=0.0153481;REFB=-0.0231346;REVB=-0.00738623;RO=24;SAF=14;SAR=29;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911272;STB=0.536725;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0141133;OID=.;OPOS=35843347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:24:25:43:43:0.632353:29:14:5:19:29:14:6:19 chr19 35849928 . C T 301.76 PASS AF=0.202335;AO=52;DP=257;FAO=52;FDP=257;FR=.;FRO=205;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=95;FSRR=110;FWDB=-0.00659066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.159;QD=4.69668;RBI=0.0315644;REFB=-0.0153711;REVB=-0.0308687;RO=201;SAF=25;SAR=27;SRF=91;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361513;STB=0.513873;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0549534;OID=.;OPOS=35849928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:201:205:52:52:0.202335:27:25:91:110:27:25:95:110 chr19 35850572 . C T 361.38 PASS AF=0.185915;AO=66;DP=355;FAO=66;FDP=355;FR=.;FRO=289;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=138;FSRR=151;FWDB=0.00511672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.795;QD=4.07186;RBI=0.00542328;REFB=-0.000417847;REVB=0.00179754;RO=288;SAF=33;SAR=33;SRF=137;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314908;STB=0.518304;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00144179;OID=.;OPOS=35850572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:355:288:289:66:66:0.185915:33:33:137:151:33:33:138:151 chr19 35850672 . T C 104.7 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0171771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.544;QD=19.9419;RBI=0.0274175;REFB=-0.0266714;REVB=0.0213698;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295756;STB=0.666419;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0270739;OID=.;OPOS=35850672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:8:1:6:6:8:1 chr19 35850893 . G A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00782821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.829;QD=46.9596;RBI=0.0632644;REFB=-0.0206402;REVB=0.0627782;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00049704;OID=.;OPOS=35850893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:0:1:11:9:0:1 chr19 35851200 . C A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.040886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.764;QD=4.6299;RBI=0.0410396;REFB=-0.00821945;REVB=-0.00354743;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.029656;OID=.;OPOS=35851200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:12:12:3:3:12:12 chr19 35863707 . G A 44.27 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00130068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.007;QD=6.81116;RBI=0.00767312;REFB=-0.0118023;REVB=0.00756208;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114368;STB=0.526239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.024146;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:17:19:7:7:0.269231:5:2:5:12:5:2:6:13 chr19 35898796 . T TC 202.73 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0510333;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.905;QD=10.9585;RBI=0.0724666;REFB=0.0043486;REVB=-0.0514491;RO=44;SAF=25;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2243;STB=0.628543;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=-0.00568387;OID=.;OPOS=35898797;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445946:33:77:33:74:41:25:8:23:18:99:44:25:8:25:19 chr19 35898899 . A G 381.68 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0568176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5923;QD=19.8274;RBI=0.0927078;REFB=0.000689377;REVB=-0.0732564;RO=37;SAF=27;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170099;STB=0.602537;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00284959;OID=.;OPOS=35898899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:38:39:39:0.506494:12:27:19:18:12:27:19:19 chr19 35899969 . GCCT GCCTC,GCT,GCTC 230.52 PASS AF=0,0.410959,0;AO=10,21,8;DP=74;FAO=0,30,0;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=0,13,0;FSAR=0,17,0;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.202795,0.053711,-0.082115;FXX=0.0135117;HRUN=4,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=11.81,22.2447,23.2948;QD=12.6313;RBI=0.46707,0.134549,0.28034;REFB=-0.0357479,0.00464846,-0.0158452;REVB=-0.420747,-0.123363,-0.268045;RO=32;SAF=3,11,2;SAR=7,10,6;SRF=23;SRR=9;SSEN=0,0.347542,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.472644,-0.208863,-0.524215;STB=0.5,0.599934,0.5;STBP=1,0.175,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0271633,-0.00584129,0;OID=.,.,.;OPOS=35899973,35899970,35899971;OREF=-,C,CT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=GCCTC,GCT,GCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.410959,0:10,21,8:74:0,30,0:73:43:0,13,0:0,17,0:26:17:99:32:3,11,2:7,10,6:23:9 chr19 35979745 . G A 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00516167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.738;QD=22.1266;RBI=0.0104938;REFB=-0.00187029;REVB=0.00913653;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961318;STB=0.553046;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00181243;OID=.;OPOS=35979745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:24:16:17:16:24:16:17:16 chr19 35991442 . T G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.473;QD=58.0608;RBI=0.055686;REFB=0;REVB=-0.0204809;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110982;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr19 35998362 . T G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00814881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5999;QD=6.81323;RBI=0.0446932;REFB=0.0135375;REVB=0.0439441;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008787;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0173024;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:8:11:4:3:8:11 chr19 36002381 . C T 103.53 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00531213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.762;QD=18.8232;RBI=0.00606905;REFB=-0.00318645;REVB=0.00293508;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513399;STB=0.804228;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00100741;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:1:11:5:5:1:11:5:5 chr19 36002710 . C A 382.07 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0190399;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.722;QD=19.5933;RBI=0.0192722;REFB=-0.00608097;REVB=-0.0029834;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142031;STB=0.551155;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00686334;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:39:39:39:0.5:18:21:13:22:18:21:17:22 chr19 36004106 . A G 764.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5403;QD=63.6984;RBI=0.046842;REFB=0;REVB=-0.0387141;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477959;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr19 36004171 . C A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0332242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.235;QD=17.9562;RBI=0.03368;REFB=-0.0306381;REVB=0.00552195;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295272;STB=0.641277;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0141926;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:9:7:2:14:9:7:3:14 chr19 36050969 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000156715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.328;QD=56.1915;RBI=0.0175243;REFB=0;REVB=-0.0175236;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3364e-05;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr19 36053448 . G A 800.05 PASS AF=0.584615;AO=65;DP=120;FAO=76;FDP=130;FR=.;FRO=54;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0153317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.348;QD=24.6169;RBI=0.0241437;REFB=-0.0444464;REVB=0.0186509;RO=54;SAF=42;SAR=23;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313924;STB=0.527658;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0286801;OID=.;OPOS=36053448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:130:54:54:65:76:0.584615:23:42:33:21:25:51:33:21 chr19 36066570 . A G 2548.02 PASS AF=0.805907;AO=190;DP=236;FAO=191;FDP=237;FR=.;FRO=46;FSAF=81;FSAR=110;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0010772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.714;QD=43.0046;RBI=0.00272039;REFB=-0.00249848;REVB=0.00249803;RO=46;SAF=81;SAR=109;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275551;STB=0.515012;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000588748;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:46:46:190:191:0.805907:109:81:23:23:110:81:23:23 chr19 36066577 . A G 2446.13 PASS AF=0.800866;AO=184;DP=230;FAO=185;FDP=231;FR=.;FRO=46;FSAF=81;FSAR=104;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0037405;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.377;QD=42.3572;RBI=0.0519723;REFB=0.0182076;REVB=0.0518375;RO=46;SAF=81;SAR=103;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145186;STB=0.508159;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0029746;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:46:46:184:185:0.800866:103:81:22:24:104:81:22:24 chr19 36066634 . A G 2005.75 PASS AF=0.832402;AO=148;DP=178;FAO=149;FDP=179;FR=.;FRO=30;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0157614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6693;QD=44.8211;RBI=0.0162905;REFB=0.00174301;REVB=-0.00411815;RO=30;SAF=73;SAR=75;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845242;STB=0.503901;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.000769121;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:30:30:148:149:0.832402:75:73:14:16:76:73:14:16 chr19 36066642 . A G 1709.46 PASS AF=0.809816;AO=132;DP=163;FAO=132;FDP=163;FR=.;FRO=31;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0421942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.918;QD=41.9499;RBI=0.0423944;REFB=0.00754289;REVB=0.00411521;RO=31;SAF=67;SAR=65;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146198;STB=0.507764;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00230363;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:31:31:132:132:0.809816:65:67:17:14:65:67:17:14 chr19 36066645 . A G 1720.35 PASS AF=0.825;AO=131;DP=159;FAO=132;FDP=160;FR=.;FRO=28;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0168356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.037;QD=43.0089;RBI=0.0168623;REFB=-0.0367834;REVB=0.000949112;RO=27;SAF=67;SAR=64;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142193;STB=0.509862;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00902844;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:27:28:131:132:0.825:64:67:15:12:64:68:16:12 chr19 36066661 . A G 1097.89 PASS AF=0.716535;AO=87;DP=124;FAO=91;FDP=127;FR=.;FRO=36;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0121552;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.953;QD=34.5793;RBI=0.0161631;REFB=0.00608911;REVB=-0.0106536;RO=36;SAF=49;SAR=38;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735156;STB=0.544776;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00244846;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:36:36:87:91:0.716535:38:49:25:11:42:49:25:11 chr19 36066667 . A G 885.74 PASS AF=0.655462;AO=79;DP=120;FAO=78;FDP=119;FR=.;FRO=41;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00448336;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.625;QD=29.7727;RBI=0.0123412;REFB=-0.000897496;REVB=-0.011498;RO=40;SAF=46;SAR=33;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437455;STB=0.529051;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000382122;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:40:41:79:78:0.655462:33:46:26:14:33:45:27:14 chr19 36066744 . C T 49.66 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=111;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=0.0106795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.177;QD=1.78962;RBI=0.010724;REFB=0.000320014;REVB=0.000976091;RO=99;SAF=1;SAR=11;SRF=60;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595421;STB=0.929996;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00402897;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:111:111:99:99:12:12:0.108108:11:1:60:39:11:1:60:39 chr19 36124121 . G C,GC 44.06 PASS AF=0,0.384615;AO=2,6;DP=26;FAO=0,10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0287549,0.030998;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.792,14.4977;QD=6.77888;RBI=0.0421027,0.0514505;REFB=-0.0010421,-0.110724;REVB=-0.0307537,-0.0410643;RO=17;SAF=1,6;SAR=1,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0291305,0.731242;STB=0.5,0.848246;STBP=1,0.015;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.113905;OID=.,.;OPOS=36124121,36124122;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:26:26:17:16:2,6:0,10:0,0.384615:1,0:1,6:8:9:0,1:0,9:7:9 chr19 36159368 . T G 321.73 PASS AF=0.493151;AO=33;DP=71;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0586012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2358;QD=17.6291;RBI=0.0748536;REFB=-0.0305098;REVB=0.0465721;RO=33;SAF=27;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257253;STB=0.564065;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0390712;OID=.;OPOS=36159368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:33:37:33:36:0.493151:6:27:20:13:9:27:24:13 chr19 36168872 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0146341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.216;QD=24.4124;RBI=0.0746191;REFB=0.00194002;REVB=0.07317;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188919;STB=0.606552;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000806409;OID=.;OPOS=36168872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:1:4:5:6:1:4 chr19 36168914 . T C 201.34 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00377624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.268;QD=28.7633;RBI=0.0301361;REFB=-0.0152391;REVB=-0.0298986;RO=9;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141679;STB=0.583582;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00369574;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:18:19:0.678571:6:12:4:5:6:13:4:5 chr19 36205537 . G C,GC 44.94 PASS AF=0,0.428571;AO=2,8;DP=30;FAO=0,12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=0,9;FSAR=0,3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00209467,-0.046339;FXX=0.0344709;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=157.407,7.98056;QD=6.42041;RBI=0.0251903,0.0777532;REFB=0.000168093,-0.0753256;REVB=-0.0251031,-0.062436;RO=18;SAF=2,5;SAR=0,3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.428552,-0.196438;STB=0.5,0.549921;STBP=1,0.769;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0549886;OID=.,.;OPOS=36205537,36205538;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:30:28:18:16:2,8:0,12:0,0.428571:0,3:2,5:14:4:0,3:0,9:13:3 chr19 36206050 . A C 223.42 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00771612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.475;QD=14.8949;RBI=0.0681066;REFB=-0.0078641;REVB=0.0676681;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282672;STB=0.652284;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0151029;OID=.;OPOS=36206050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:25:26:0.433333:14:11:24:9:14:12:25:9 chr19 36214632 . A AG 1771.56 PASS AF=1;AO=145;DP=166;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165806;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.3676;QD=43.4737;RBI=0.166195;REFB=0;REVB=-0.011362;RO=11;SAF=63;SAR=82;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00119095;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:145:166:163:163:0:69:94:0:0:34:11:63:82:8:3 chr19 36214865 . CGGGGGCCCCCCTG CGGGGCCCCCCTG,CGGGGCCCCCTG,CGGGGGCCCCCTG,CGGGGGCCCCCTGC 1174.91 PASS AF=0,0,0.972477,0.0275229;AO=43,45,32,10;DP=222;FAO=0,0,212,6;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,90,6;FSAR=0,0,122,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171531,0.000822031,0.15563,0.0305574;FXX=0.0180172;HRUN=5,5,6,6;LEN=1,2,1,3;MLLD=9.01315,8.29476,7.62271,6.67218;QD=21.558;RBI=0.666588,0.0870806,0.707492,0.283368;REFB=-0.026246,-0.0145317,0.0113047,0.000536859;REVB=-0.644141,-0.0870768,0.690162,0.281715;RO=40;SAF=0,14,26,10;SAR=43,31,6,0;SRF=11;SRR=29;SSEN=0,0,0.479769,0;SSEP=0,0,0.633333,0;SSSB=-0.843987,0.0365185,0.538036,0.794977;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,-0.0828677,0.000830333,0.174295;OID=.,.,.,.;OPOS=36214866,36214870,36214871,36214876;OREF=G,GC,C,CTG;OALT=-,-,-,TGC;OMAPALT=CGGGGCCCCCCTG,CGGGGCCCCCTG,CGGGGGCCCCCTG,CGGGGGCCCCCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.972477,0.0275229:43,45,32,10:222:0,0,212,6:218:0:0,0,90,6:0,0,122,0:0:0:5:40:0,14,26,10:43,31,6,0:11:29 chr19 36222857 . C T 404.52 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0112558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4006;QD=13.9489;RBI=0.0185615;REFB=-0.016329;REVB=-0.0147593;RO=68;SAF=31;SAR=16;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966291;STB=0.551143;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0259154;OID=.;OPOS=36222857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:69:47:47:0.405172:16:31:39:29:16:31:40:29 chr19 36223747 . A G 190.67 PASS AF=0.328947;AO=22;DP=73;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=5;FWDB=-0.00569242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.276;QD=10.035;RBI=0.0553336;REFB=-0.00867489;REVB=-0.05504;RO=46;SAF=19;SAR=3;SRF=42;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137013;STB=0.536814;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0163311;OID=.;OPOS=36223747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:46:51:22:25:0.328947:3:19:42:4:3:22:46:5 chr19 36224705 . A G 246.7 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.0177834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.883;QD=15.9159;RBI=0.0186504;REFB=-0.0213286;REVB=-0.00562036;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104406;STB=0.55678;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0259967;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:27:28:0.451613:20:7:6:27:21:7:6:28 chr19 36230767 . A G 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0217322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.016;QD=8.36974;RBI=0.0221637;REFB=-0.000192352;REVB=-0.00435225;RO=28;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351233;STB=0.716582;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00239426;OID=.;OPOS=36230767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:3:8:12:16:3:8:12:16 chr19 36243089 . T C 986.84 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3279;QD=58.0491;RBI=0.0620204;REFB=0;REVB=-0.0446119;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108643;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:65:68:1:18:47:0:0:19:49:0:0 chr19 36243813 . G A 1804.89 PASS AF=0.968;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=125;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00410383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.784;QD=57.7564;RBI=0.00809334;REFB=-0.0686617;REVB=0.00697572;RO=4;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372062;STB=0.519605;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000391204;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:125:125:4:4:121:121:0.968:49:72:0:4:49:72:0:4 chr19 36255965 . C G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00150254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7515;QD=11.9536;RBI=0.0764786;REFB=-0.0165922;REVB=0.0764638;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240651;STB=0.639715;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0178927;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:1:10:6:2:1:10 chr19 36258721 . C T 677.31 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=168;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.00201539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.109;QD=16.0309;RBI=0.0262781;REFB=-0.0138864;REVB=0.0262007;RO=94;SAF=42;SAR=32;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254834;STB=0.511527;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0203099;OID=.;OPOS=36258721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:94:95:74:74:0.43787:32:42:51:43:32:42:52:43 chr19 36258842 . G C 444.77 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0122933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.654;QD=20.4493;RBI=0.0123237;REFB=-0.00617563;REVB=-0.000865266;RO=42;SAF=12;SAR=32;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893061;STB=0.558576;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00600814;OID=.;OPOS=36258842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:43:44:44:0.505747:32:12:15:27:32:12:16:27 chr19 36258937 . AGGG AGG,AGGC 480.73 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=30,2;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.229644,-0.155326;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.3671,6.86757;QD=54.9409;RBI=0.229702,0.168076;REFB=0,0;REVB=-0.0051608,0.0642145;RO=0;SAF=21,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00921212,-0.0536757;OID=.,.;OPOS=36258938,36258940;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.942857,0.0571429:30,2:35:33,2:35:0:24,2:9,0:0:0:9:0:21,2:9,0:0:0 chr19 36259415 . G A 513.28 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0523249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9899;QD=17.3995;RBI=0.0524113;REFB=-0.025418;REVB=-0.00300702;RO=62;SAF=32;SAR=23;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243507;STB=0.638404;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0325621;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:23:32:20:42:23:32:20:43 chr19 36268771 . C T 1061.63 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00203009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.591;QD=55.8754;RBI=0.019094;REFB=-0.0367773;REVB=0.0189858;RO=3;SAF=33;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410692;STB=0.521733;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00101184;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:76:3:3:72:73:0.960526:39:33:3:0:40:33:3:0 chr19 36270052 . A G 375.37 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6797;QD=55.61;RBI=0.0161241;REFB=0;REVB=-0.0157114;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26756e-05;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr19 36271139 . C T 206.77 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0285633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2861;QD=17.2311;RBI=0.0438752;REFB=-0.0133534;REVB=0.0333042;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687895;STB=0.550849;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.022414;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:11:9:14:13:12:9:14:13 chr19 36273308 . G A 257.75 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0349624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5882;QD=23.4314;RBI=0.0430582;REFB=-0.0202499;REVB=0.0251324;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158497;STB=0.583264;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0123753;OID=.;OPOS=36273308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:23:24:0.545455:10:13:7:12:10:14:8:12 chr19 36278470 . C G 620.6 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.406;QD=59.1046;RBI=0.0408893;REFB=-0.154602;REVB=0.00540006;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000867818;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:13:28:0:0:13:28:1:0 chr19 36302921 . T C 545.37 PASS AF=0.453846;AO=57;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.0104604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.735;QD=16.7805;RBI=0.0136179;REFB=-0.0136517;REVB=-0.00871934;RO=71;SAF=31;SAR=26;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623107;STB=0.525803;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0189469;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:57:59:0.453846:26:31:43:28:26:33:43:28 chr19 36304178 . C T 200.77 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00509716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6381;QD=20.5913;RBI=0.00513107;REFB=-0.00514114;REVB=-0.000588896;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117349;STB=0.566405;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00963704;OID=.;OPOS=36304178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:14:6:8:11:14:6:8:11 chr19 36322270 . C T 785.06 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.005;QD=56.0755;RBI=0.0399625;REFB=0;REVB=0.0271088;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122549;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr19 36342212 . C T 598.64 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039714;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.234;QD=61.3986;RBI=0.0838239;REFB=0;REVB=0.073819;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820313;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:10:28:0:0:10:29:0:0 chr19 36355595 . A G 635.67 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0522263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9627;QD=54.0997;RBI=0.06029;REFB=-0.0771483;REVB=-0.0301213;RO=4;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814345;STB=0.5319;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00851766;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:47:47:4:3:43:44:0.93617:21:22:0:4:22:22:0:3 chr19 36486445 . G C 357.19 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.359;QD=54.9523;RBI=0.0801528;REFB=0;REVB=0.0462713;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361457;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:10:16:0:0 chr19 36497358 . C G 1572.17 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.061693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.046;QD=62.8866;RBI=0.0617169;REFB=-0.00746205;REVB=-0.00171945;RO=1;SAF=34;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137446;STB=0.507041;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00010185;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:64:34:1:0:64:35:1:0 chr19 36499171 . C CT 184.69 PASS AF=1;AO=5;DP=31;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0837225;FXX=0.161238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.4854;QD=28.414;RBI=0.150474;REFB=0;REVB=0.125032;RO=26;SAF=5;SAR=0;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00447722;OID=.;OPOS=36499172;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:31:26:26:0:20:6:0:0:4:26:5:0:15:11 chr19 36499173 . C G,T 405.66 PASS AF=0.16129,0.83871;AO=5,24;DP=29;FAO=5,26;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5,15;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263708,-0.0628323;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.6818,83.7177;QD=52.3432;RBI=0.0306157,0.0796271;REFB=0,0;REVB=0.0155532,0.048914;RO=0;SAF=5,15;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.113884,0.00757754;OID=.,.;OPOS=36499173,36499173;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:29:31:0:0:5,24:5,26:0.16129,0.83871:0,9:5,15:0:0:0,11:5,15:0:0 chr19 36530428 . G A 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4304;QD=46.8371;RBI=0.123662;REFB=0;REVB=0.11814;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00633851;OID=.;OPOS=36530428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr19 36590329 . T C 506.82 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360487;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.636;QD=59.6255;RBI=0.0372479;REFB=0;REVB=-0.00937533;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486648;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr19 36594659 . AG GC,TG 264.37 PASS AF=0.0909091,0.863636;AO=2,17;DP=23;FAO=2,19;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8;FSAR=2,11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010184,-0.0163126;FXX=0.0832986;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=57.9159,75.9289;QD=48.067;RBI=0.0118747,0.017897;REFB=-0.0560808,-0.0309765;REVB=-0.00610691,0.00736226;RO=1;SAF=0,8;SAR=2,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0538535;STB=0.993266,0.529381;STBP=0.232,0.33;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0552304,0.00671225;OID=.,.;OPOS=36594659,36594659;OREF=AG,A;OALT=GC,T;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:22:1:1:2,17:2,19:0.0909091,0.863636:2,9:0,8:1:0:2,11:0,8:1:0 chr19 36595436 . A C 906.57 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.703;QD=57.56;RBI=0.0273948;REFB=0;REVB=-0.00553494;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82198e-05;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:29:30:0:0:32:31:0:0 chr19 36602729 . G C 850.98 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0899;QD=57.6935;RBI=0.0590856;REFB=0;REVB=0.0404268;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76381e-05;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr19 36603703 . T A 1001.25 PASS AF=1;AO=62;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042709;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.219;QD=58.0434;RBI=0.0484733;REFB=0;REVB=0.022926;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550648;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:69:0:0:62:69:1:31:31:0:0:34:35:0:0 chr19 36603843 . A T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0368046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.275;QD=17.9407;RBI=0.0383902;REFB=-0.00701538;REVB=0.0109192;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.510298;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00700088;OID=.;OPOS=36603843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:10:12:10:9:10:12 chr19 36605770 . G T 30.08 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00380944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.586;QD=10.0268;RBI=0.0782282;REFB=-0.0209856;REVB=0.0781353;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.03714;OID=.;OPOS=36605770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:3:2:4:2:3:2:5:2 chr19 36642884 . T C 196.5 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00434952;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.915;QD=27.1034;RBI=0.00436515;REFB=-0.00283956;REVB=-0.000369065;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172439;STB=0.595568;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00299645;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:3:7:8:11:3:7 chr19 36674305 . A G 204.06 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0341946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0295;QD=22.6729;RBI=0.0347764;REFB=-0.0292469;REVB=-0.00633505;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956088;STB=0.562441;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0511286;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:6:14:12:3:6:14:13:3 chr19 36727365 . G A 251.82 PASS AF=0.3875;AO=25;DP=79;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00288995;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.612;QD=12.591;RBI=0.00396737;REFB=-0.0143577;REVB=0.00271813;RO=54;SAF=15;SAR=10;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894862;STB=0.526431;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0246315;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:54:49:25:31:0.3875:10:15:32:22:12:19:28:21 chr19 36885067 . A T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00799232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.191;QD=16.1191;RBI=0.0188347;REFB=0.00399637;REVB=0.0170549;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318548;STB=0.683908;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00567014;OID=.;OPOS=36885067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:9:4:8:4:9:4 chr19 36939572 . C T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00680006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.468;QD=12.3075;RBI=0.0143029;REFB=-0.00235462;REVB=-0.012583;RO=40;SAF=18;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252684;STB=0.654416;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0044255;OID=.;OPOS=36939572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:7:18:20:20:7:18:20:21 chr19 36940760 . G T 98.57 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0752707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7905;QD=14.0811;RBI=0.0774535;REFB=0.00669657;REVB=0.0182584;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149152;STB=0.576783;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0119697;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:2:10:11:4:2:10:12:4 chr19 37038092 . T C 285.83 PASS AF=0.884615;AO=20;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0520247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4662;QD=43.9735;RBI=0.0605013;REFB=-0.191305;REVB=0.0308842;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.532843;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0242293;OID=.;OPOS=37038092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:26:26:0:3:20:23:0.884615:9:11:0:0:9:14:1:2 chr19 37039069 . A C 1368.31 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0513228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.542;QD=60.1453;RBI=0.0516869;REFB=-0.0643124;REVB=-0.00612403;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.500619;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00397647;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:1:2:89:89:0.978022:42:47:0:1:42:47:1:1 chr19 37068081 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.805;QD=55.6549;RBI=0.0353007;REFB=0;REVB=0.0332252;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145844;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr19 37118440 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0409117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.67;QD=12.1823;RBI=0.0412049;REFB=-0.0148679;REVB=-0.00490713;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0172401;OID=.;OPOS=37118440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:7:8:7:3:7:8 chr19 37129580 . GGGA G 754.88 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=73;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0168116;FXX=0.0410903;HRUN=3;LEN=3;MLLD=257.315;QD=43.1358;RBI=0.0201766;REFB=-0.0289805;REVB=0.0111565;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.50536;STBP=0.748;TYPE=del;VARB=0.00179915;OID=.;OPOS=37129581;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:66:73:66:70:4:39:27:2:2:4:1:39:27:0:1 chr19 37129768 . A G 1120.74 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00120441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2943;QD=58.9866;RBI=0.00466591;REFB=-0.0196234;REVB=0.00450778;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137127;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000182273;OID=.;OPOS=37129768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:0:1:34:41:0:1 chr19 37210805 . C T 594.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4208;QD=60.9681;RBI=0.0384533;REFB=0;REVB=-0.0353012;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214153;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr19 37241141 . A G 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.795;QD=60.9726;RBI=0.0380628;REFB=0;REVB=0.0338944;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183979;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr19 37310679 . C A 918.05 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112688;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.804;QD=58.2888;RBI=0.0194116;REFB=0;REVB=0.0158058;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61226e-05;OID=.;OPOS=37310679;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:22:41:0:0 chr19 37310886 . G A 556.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7867;QD=60.2033;RBI=0.0275231;REFB=0;REVB=-0.000881233;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199345;OID=.;OPOS=37310886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr19 37369454 . T G 1144.9 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0249991;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8237;QD=55.8487;RBI=0.0285501;REFB=-0.0122945;REVB=0.0137897;RO=3;SAF=36;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378197;STB=0.526309;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0017719;OID=.;OPOS=37369454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:3:4:78:78:0.95122:42:36:3:0:42:36:4:0 chr19 37441111 . C T 893.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.905;QD=57.6178;RBI=0.0326433;REFB=0;REVB=0.0253098;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651185;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr19 37465310 . T A 1472.47 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.746;QD=63.3319;RBI=0.0229553;REFB=0;REVB=0.0210786;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79416e-05;OID=.;OPOS=37465310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:1:0:91:93:1:41:50:1:0:41:52:0:0 chr19 37488481 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8638;QD=39.2047;RBI=0.132346;REFB=0;REVB=-0.0594773;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036702;OID=.;OPOS=37488481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 37618208 . A G 1417.28 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00499952;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.777;QD=56.1298;RBI=0.0547981;REFB=-0.135499;REVB=0.0545696;RO=3;SAF=38;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016469;STB=0.508688;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0114481;OID=.;OPOS=37618208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:103:101:3:3:98:98:0.970297:60:38:2:1:60:38:2:1 chr19 37619945 . A G 920.02 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4018;QD=58.4137;RBI=0.0190161;REFB=0;REVB=0.0187709;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185134;OID=.;OPOS=37619945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:34:29:0:0 chr19 37620041 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.896;QD=63.8719;RBI=0.0212572;REFB=0;REVB=-0.0211753;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71661e-05;OID=.;OPOS=37620041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr19 37621022 . G C 1061.2 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.854;QD=59.7857;RBI=0.03208;REFB=0;REVB=-0.00711297;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97117e-06;OID=.;OPOS=37621022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr19 37621057 . T A 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.42;QD=58.0319;RBI=0.0329137;REFB=-0.121658;REVB=0.0104517;RO=1;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974824;STB=0.505049;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000760037;OID=.;OPOS=37621057;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:48:21:0:1:49:21:0:1 chr19 37642917 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1292;QD=59.3221;RBI=0.0337185;REFB=0;REVB=0.0335921;RO=0;SAF=63;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273014;OID=.;OPOS=37642917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:5:63:0:0:5:63:0:0 chr19 37642922 . C T 959.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023589;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.575;QD=59.0261;RBI=0.0243102;REFB=0;REVB=-0.00587758;RO=0;SAF=62;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89536e-05;OID=.;OPOS=37642922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:3:62:0:0:3:62:0:0 chr19 37676896 . T C 277.6 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0466572;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.587;QD=13.2189;RBI=0.0507262;REFB=-0.0329486;REVB=0.019906;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989378;STB=0.562461;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0644149;OID=.;OPOS=37676896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:14:18:24:27:14:18:24:28 chr19 37690420 . C T 296.48 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.351;QD=49.4134;RBI=0.0557383;REFB=-0.168103;REVB=0.0503544;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00105558;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:10:13:0:0:10:13:1:0 chr19 37835658 . C T 218.23 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=80;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00391167;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.832;QD=11.1914;RBI=0.0235728;REFB=-0.00817847;REVB=-0.023246;RO=49;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14319;STB=0.567543;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0214779;OID=.;OPOS=37835658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:49:51:26:27:0.346154:16:10:25:24:16:11:26:25 chr19 37854040 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0299673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.411;QD=15.5723;RBI=0.029969;REFB=0.00234526;REVB=-0.000325661;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555448;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00568447;OID=.;OPOS=37854040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:9:2:2:9:9:2:3:9 chr19 37854235 . G T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0140916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.342;QD=16.4544;RBI=0.0409951;REFB=-0.0397446;REVB=0.0384971;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0203663;OID=.;OPOS=37854235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr19 37879589 . A G 169.05 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0132215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.643;QD=24.1503;RBI=0.0277018;REFB=-0.0298214;REVB=0.0243429;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125162;STB=0.506322;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0215514;OID=.;OPOS=37879589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:11:11:16:17:0.607143:9:7:5:6:9:8:5:6 chr19 37879965 . T C 387.12 PASS AF=0.445545;AO=33;DP=91;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0614855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7429;QD=15.3314;RBI=0.0614932;REFB=-0.043423;REVB=0.000978238;RO=56;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557593;STB=0.523714;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0422306;OID=.;OPOS=37879965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:101:56:56:33:45:0.445545:17:16:30:26:19:26:30:26 chr19 37879966 . T C 46.85 PASS AF=0.107843;AO=8;DP=99;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00617454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.134;QD=1.83718;RBI=0.0216677;REFB=-4.32637e-05;REVB=-0.0207693;RO=91;SAF=8;SAR=0;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579944;STB=0.890707;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000995945;OID=.;OPOS=37879966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:99:102:91:91:8:11:0.107843:0:8:46:45:1:10:46:45 chr19 38028579 . G A 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0157562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3217;QD=13.5513;RBI=0.0170051;REFB=-0.0187164;REVB=0.00639657;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728923;STB=0.533211;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0206146;OID=.;OPOS=38028579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:13:11:18:16:13:11:18:17 chr19 38030265 . G A 255.79 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0148932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.745;QD=15.7409;RBI=0.0210404;REFB=-0.0146779;REVB=-0.0148625;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148123;STB=0.583725;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0162042;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:11:18:17:19:11:18:17:19 chr19 38033251 . C T 65.55 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00385333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4913;QD=11.4002;RBI=0.00762146;REFB=-0.0203374;REVB=0.0065756;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.605818;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0315191;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:7:7:6:3:7:7 chr19 38034016 . TTA T,TTT 90.29 PASS AF=0.377778,0;AO=10,6;DP=53;FAO=17,0;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=3,0;FSAR=14,0;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0505865,0.166516;FXX=0.0217344;HRUN=5,7;LEN=2,1;MLLD=19.714,13.6576;QD=8.02585;RBI=0.0809053,0.169301;REFB=-0.0201864,0.0127517;REVB=0.0631401,0.030584;RO=25;SAF=2,0;SAR=8,6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0678729,-0.629459;STB=0.50224,0.5;STBP=0.999,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0656159,0;OID=.,.;OPOS=38034017,38034018;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778,0:10,6:53:17,0:45:28:3,0:14,0:5:23:91:25:2,0:8,6:6:19 chr19 38046967 . G A 146.44 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.013294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.088;QD=11.2642;RBI=0.0208581;REFB=-0.00693685;REVB=0.0160726;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672013;STB=0.574386;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0201435;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:34:17:18:0.346154:9:8:17:15:10:8:19:15 chr19 38055612 . A T 662.38 PASS AF=0.610526;AO=57;DP=94;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0065724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.498;QD=27.8899;RBI=0.0264111;REFB=-0.0208915;REVB=-0.0255803;RO=34;SAF=25;SAR=32;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122961;STB=0.556906;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0131989;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:34:37:57:58:0.610526:32:25:21:13:32:26:22:15 chr19 38056574 . T A 261.62 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.071104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6359;QD=14.7392;RBI=0.0729754;REFB=-0.00405453;REVB=-0.0164204;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372541;STB=0.521113;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00815211;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:15:15:22:19:15:15:22:19 chr19 38091932 . A T 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0177457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.399;QD=19.7617;RBI=0.0182052;REFB=0.00952315;REVB=-0.00406472;RO=25;SAF=18;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286857;STB=0.663618;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0116579;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:5:18:13:12:5:18:13:12 chr19 38189440 . T C 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00484063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.344;QD=19.8667;RBI=0.0048503;REFB=-0.0110618;REVB=0.000306093;RO=34;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473124;STB=0.526301;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0113194;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:12:24:21:13:12:24:21:13 chr19 38189616 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0182422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.457;QD=11.1312;RBI=0.0367909;REFB=0.00619704;REVB=-0.0319498;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167304;STB=0.617414;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.019201;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:7:9:4:6:7:10 chr19 38202516 . A C 341.37 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.378;QD=54.619;RBI=0.193158;REFB=0;REVB=0.1922;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108263;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:12:13:0:0 chr19 38229824 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9943;QD=51.9165;RBI=0.0483158;REFB=0;REVB=0.0389676;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233422;OID=.;OPOS=38229824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr19 38230720 . C G 431.84 PASS AF=0.723404;AO=33;DP=46;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0106199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.457;QD=36.7521;RBI=0.0267751;REFB=-0.0266499;REVB=0.0245789;RO=12;SAF=21;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278855;STB=0.522922;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0110534;OID=.;OPOS=38230720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:12:13:33:34:0.723404:12:21:7:5:13:21:7:6 chr19 38315089 . G A 377.85 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00773666;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.316;QD=18.659;RBI=0.00794541;REFB=-0.0247796;REVB=0.00180933;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136896;STB=0.50763;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0271387;OID=.;OPOS=38315089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:42:39:39:0.481481:18:21:22:20:18:21:22:20 chr19 38375666 . C T 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0257751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.887;QD=9.49397;RBI=0.0310879;REFB=-0.0121745;REVB=0.0173811;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.675404;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0339248;OID=.;OPOS=38375666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:5:6:18:5:5:6:19:5 chr19 38376485 . T A 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00274433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.101;QD=28.1261;RBI=0.023914;REFB=-0.00620246;REVB=0.023756;RO=14;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411789;STB=0.522709;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0028893;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:10:14:9:5:10:14:9:5 chr19 38377564 . T C 191.68 PASS AF=0.425926;AO=24;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.023145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0159;QD=14.1988;RBI=0.0262429;REFB=-0.022263;REVB=-0.0123692;RO=29;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489142;STB=0.524454;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0622546;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:31:24:23:0.425926:16:8:11:18:15:8:12:19 chr19 38378539 . G C 340.58 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00487788;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.918;QD=17.6927;RBI=0.015836;REFB=-0.0258679;REVB=-0.0150661;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823459;STB=0.543976;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0304529;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:39:41:36:36:0.467532:17:19:24:15:17:19:25:16 chr19 38379446 . C T 253.07 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=51;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0100423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.198;QD=18.746;RBI=0.0103399;REFB=-0.00650391;REVB=0.00246283;RO=23;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117188;STB=0.606813;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00642119;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:23:26:25:28:0.518519:19:6:8:15:22:6:10:16 chr19 38382328 . C T 620.33 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.029058;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3449;QD=19.2349;RBI=0.0376627;REFB=0.0108019;REVB=-0.0239606;RO=62;SAF=24;SAR=39;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954465;STB=0.509431;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0104668;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:62:66:63:63:0.488372:39:24:23:39:39:24:24:42 chr19 38573149 . G C 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0115015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.635;QD=14.1402;RBI=0.0118171;REFB=-0.0148513;REVB=-0.00271266;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.58683;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0174075;OID=.;OPOS=38573149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:10:10:5:9:10:10 chr19 38698997 . G T 124.83 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00499185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.373;QD=17.833;RBI=0.0231623;REFB=-0.0172123;REVB=0.022618;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190444;STB=0.609216;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.040658;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:8:6:9:5:8:6 chr19 38702777 . C T 327.83 PASS AF=0.515152;AO=25;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.053158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.435;QD=19.8683;RBI=0.0534085;REFB=-0.00516956;REVB=-0.00516698;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127416;STB=0.543802;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00974834;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:20:32:25:34:0.515152:11:14:8:12:15:19:15:17 chr19 38706989 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0140881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.165;QD=19.1085;RBI=0.014471;REFB=-0.00813173;REVB=0.003307;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.522338;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00464234;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:3:3:4:5:3:3 chr19 38709568 . C T 97.79 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0172894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.963;QD=13.4879;RBI=0.0370607;REFB=-0.028478;REVB=0.0327806;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664552;STB=0.538858;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0279093;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:6:11:7:5:6:11 chr19 38794895 . T C 613.43 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0270787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.947;QD=18.5889;RBI=0.0393305;REFB=-0.0230382;REVB=-0.0285242;RO=68;SAF=34;SAR=29;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180893;STB=0.505812;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0261963;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:69:63:63:0.477273:29:34:38:30:29:34:38:31 chr19 38798086 . T C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0356156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.678;QD=15.5711;RBI=0.0440544;REFB=-0.0189901;REVB=-0.025929;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254322;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0190329;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:3:8:5:6:3:8:6:6 chr19 38817486 . T C 220.01 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0987704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.688;QD=17.9601;RBI=0.107186;REFB=-0.00292903;REVB=-0.0416312;RO=26;SAF=17;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452881;STB=0.750245;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0106715;OID=.;OPOS=38817486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:5:17:8:18:5:17:9:18 chr19 38817876 . G A 220.77 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00064322;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.239;QD=16.0557;RBI=0.0221431;REFB=-0.0166488;REVB=0.0221338;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19213;STB=0.608609;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0195214;OID=.;OPOS=38817876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:18:12:15:10:18:12 chr19 38827960 . T C 197.74 PASS AF=0.47619;AO=14;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00906138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.444;QD=18.8328;RBI=0.0312457;REFB=-0.0169487;REVB=0.0299029;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142661;STB=0.62252;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0265619;OID=.;OPOS=38827960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:14:20:0.47619:7:7:14:8:12:8:14:8 chr19 38847431 . T C 880.82 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.328;QD=57.7586;RBI=0.0672577;REFB=0;REVB=0.0663211;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146219;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:21:37:0:0:24:37:0:0 chr19 38852357 . T G 768.13 PASS AF=0.488095;AO=76;DP=162;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00368076;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4404;QD=18.2887;RBI=0.00446839;REFB=-0.0247891;REVB=0.00253346;RO=83;SAF=31;SAR=45;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482879;STB=0.532379;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0180554;OID=.;OPOS=38852357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:168:83:86:76:82:0.488095:45:31:38:45:48:34:41:45 chr19 38865586 . G A 571.25 PASS AF=0.535354;AO=52;DP=98;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0101748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.257;QD=23.0809;RBI=0.0182379;REFB=-0.0187643;REVB=0.0151359;RO=46;SAF=22;SAR=30;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175787;STB=0.599508;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0133817;OID=.;OPOS=38865586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:46:46:52:53:0.535354:30:22:29:17:31:22:29:17 chr19 38877168 . A G 451.97 PASS AF=0.402985;AO=48;DP=129;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00842818;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.164;QD=13.4916;RBI=0.0157165;REFB=0.000690849;REVB=0.0132655;RO=74;SAF=21;SAR=27;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110376;STB=0.555658;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000572155;OID=.;OPOS=38877168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:74:80:48:54:0.402985:27:21:40:34:28:26:46:34 chr19 38905683 . A G 362.9 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0536549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3987;QD=15.6086;RBI=0.0551187;REFB=-0.00285164;REVB=-0.0126184;RO=52;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142514;STB=0.569348;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00201409;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:54:39:39:0.419355:17:22:22:30:17:22:24:30 chr19 38912764 . A G 853.79 PASS AF=1;AO=37;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3631;QD=56.9191;RBI=0.0511762;REFB=0;REVB=-0.0290202;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000839445;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:37:60:1:22:15:0:0:35:25:0:0 chr19 38912765 . T G 174.38 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0298042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.066;QD=11.6252;RBI=0.0556569;REFB=-0.0603528;REVB=0.0470042;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664062;STB=0.538427;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00760876;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:12:10:15:23:12:10:15:23 chr19 38939408 . T C 851.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.407;QD=57.6986;RBI=0.0192539;REFB=0;REVB=-0.0152356;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50342e-05;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr19 38946182 . G A 435.44 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00567496;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.566;QD=18.1432;RBI=0.0227721;REFB=0.0141812;REVB=0.0220537;RO=52;SAF=15;SAR=29;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142762;STB=0.579963;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0177736;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:29:15:25:27:29:15:25:27 chr19 38949904 . C T 86.26 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00450959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.425;QD=12.323;RBI=0.00602582;REFB=-0.0143686;REVB=0.00399677;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383176;STB=0.726859;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0205463;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:11:6:8:3:11:6 chr19 38956803 . G A 1061.55 PASS AF=0.520408;AO=98;DP=192;FAO=102;FDP=196;FR=.;FRO=94;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.00686077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.519;QD=21.6643;RBI=0.0108943;REFB=-0.0332393;REVB=0.0084626;RO=89;SAF=60;SAR=38;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104981;STB=0.563251;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0275851;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:196:89:94:98:102:0.520408:38:60:44:45:38:64:47:47 chr19 38956839 . C T 787.78 PASS AF=0.493902;AO=81;DP=165;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=0.0173866;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6014;QD=19.2142;RBI=0.0398288;REFB=-0.000760497;REVB=0.0358335;RO=83;SAF=36;SAR=45;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187656;STB=0.603192;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00140142;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:83:83:81:81:0.493902:45:36:54:29:45:36:54:29 chr19 38957016 . C T 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.108797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.623;QD=18.6416;RBI=0.109043;REFB=0.0201131;REVB=0.00733007;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864829;STB=0.560452;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0105927;OID=.;OPOS=38957016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:12:11:12:9:13:11 chr19 38959680 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0672035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.228;QD=15.6257;RBI=0.0680418;REFB=-0.0099701;REVB=-0.0106482;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559472;STB=0.503222;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.032524;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:8:15:11:6:8:15 chr19 38991516 . G A 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00635512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.377;QD=18.9985;RBI=0.0313168;REFB=-0.0120463;REVB=0.0306652;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108843;STB=0.561969;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00823217;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:8:9:11:6:8:9 chr19 38991543 . G A 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0159718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.578;QD=16.1702;RBI=0.022478;REFB=-0.00489257;REVB=-0.0158165;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122295;STB=0.507033;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00533525;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:11:9:7:9:11:9 chr19 38993547 . C T 495.53 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0135423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.431;QD=16.6566;RBI=0.0161287;REFB=-0.013889;REVB=0.00876014;RO=64;SAF=34;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685618;STB=0.534718;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0135449;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:20:34:36:28:20:34:37:28 chr19 38994910 . G A 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0117503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.076;QD=14.0544;RBI=0.0199392;REFB=-0.0170473;REVB=-0.016109;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243239;STB=0.507199;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0244128;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:16:9:13:21:16:9:13:22 chr19 38995438 . T C 192.91 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.020538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.89;QD=12.0568;RBI=0.0205384;REFB=-0.0215265;REVB=0.000137484;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117821;STB=0.568006;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0516547;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:10:14:19:21:10:14:19:21 chr19 38995510 . T C 109.51 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00171053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.472;QD=14.1298;RBI=0.0124853;REFB=-0.0231544;REVB=-0.0123676;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.568421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0401373;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:9:9:5:8:9:9 chr19 38995975 . G A 196.89 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.000473731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.193;QD=12.9107;RBI=0.00288405;REFB=-0.0124047;REVB=0.00284487;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095561;STB=0.598026;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0219185;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:36:37:23:24:0.393443:11:12:22:14:13:11:23:14 chr19 38996990 . T C 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00234792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.317;QD=17.5577;RBI=0.00240056;REFB=0.00147535;REVB=0.000499981;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390224;STB=0.721079;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00436535;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:5:16:6:12:5:16 chr19 39002725 . A G 292.41 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00219844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.119;QD=14.6206;RBI=0.00682224;REFB=-0.00969314;REVB=-0.00645831;RO=47;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114039;STB=0.564389;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0172158;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:19:14:15:32:19:14:15:32 chr19 39010053 . C T 298.19 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00726044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.011;QD=20.9253;RBI=0.0329235;REFB=-0.0122063;REVB=0.032113;RO=26;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358317;STB=0.519843;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0128592;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:12:19:17:9:12:19:17:9 chr19 39086604 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0519213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2934;QD=8.81174;RBI=0.0788991;REFB=-0.0127123;REVB=-0.0594074;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309981;STB=0.699503;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0121844;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:10:11:6:6:0.352941:2:4:9:1:2:4:10:1 chr19 39100594 . G A 710.05 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305885;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.354;QD=59.1706;RBI=0.0312076;REFB=-0.104313;REVB=0.00618554;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323812;STB=0.515145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000616565;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:45:47:0.979167:31:14:1:0:31:16:1:0 chr19 39101870 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3614;QD=54.516;RBI=0.110001;REFB=0;REVB=0.041526;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225816;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:20:4:0:0:20:5:0:0 chr19 39101879 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.564;QD=53.9112;RBI=0.0349429;REFB=0;REVB=0.0284913;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287032;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr19 39212400 . C T 618.53 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186519;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.133;QD=58.908;RBI=0.188031;REFB=0;REVB=0.023795;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433522;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:39:42:1:20:19:1:0:20:22:0:0 chr19 39224413 . A G 488.12 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206425;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.449;QD=59.1656;RBI=0.0354708;REFB=0;REVB=-0.0288456;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32497e-05;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 39224946 . G C,GC 53.16 PASS AF=0.142857,0.428571;AO=3,7;DP=21;FAO=3,9;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3,3;FSAR=0,6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00153707,-0.0556686;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=206.449,8.06074;QD=10.126;RBI=0.0403041,0.0615557;REFB=-0.00785473,-0.0445061;REVB=-0.0402748,0.0262701;RO=10;SAF=2,3;SAR=1,4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.181792,-0.0695696;STB=0.996121,0.559863;STBP=0.07,0.649;TYPE=snp,ins;VARB=0.000523261,0.0665401;OID=.,.;OPOS=39224946,39224947;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:21:21:10:9:3,7:3,9:0.142857,0.428571:1,4:2,3:5:5:0,6:3,3:4:5 chr19 39233146 . A G 1605.26 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1327;QD=60.0097;RBI=0.0262308;REFB=0;REVB=0.0244911;RO=0;SAF=38;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104649;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:68:38:0:0:69:38:0:0 chr19 39322087 . T G 660.23 PASS AF=0.528455;AO=66;DP=123;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00196035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.315;QD=21.4709;RBI=0.0190854;REFB=-0.00733275;REVB=-0.0189845;RO=57;SAF=33;SAR=33;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667293;STB=0.544214;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00557964;OID=.;OPOS=39322087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:58:66:65:0.528455:33:33:24:33:32:33:24:34 chr19 39367111 . T C 187.36 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0165156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3311;QD=10.8615;RBI=0.0528864;REFB=-0.029332;REVB=-0.0502415;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182348;STB=0.605649;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0673911;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:11:13:17:28:11:13:17:28 chr19 39385531 . CT C,CC 575.3 PASS AF=1,0;AO=18,20;DP=38;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247781,-0.00132964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.575,136.235;QD=60.5583;RBI=0.0873782,0.0921092;REFB=0,0;REVB=-0.0837914,-0.0920996;RO=0;SAF=15,5;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.32e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000551068,0.0504855;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,20:38:38,0:38:0:20,0:18,0:0:0:4:0:15,5:3,15:0:0 chr19 39432783 . T C 1324.24 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295194;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.942;QD=62.3171;RBI=0.0373082;REFB=0;REVB=0.0228146;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7693e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr19 39433299 . A G 708.21 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011055;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.091;QD=62.9524;RBI=0.0122612;REFB=0;REVB=-0.00530325;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21325e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr19 39515821 . G C 33.34 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0329807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.397;QD=3.92193;RBI=0.0706091;REFB=0.000184351;REVB=-0.0624333;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508686;STB=0.847942;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0216779;OID=.;OPOS=39515821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:34:28:28:6:6:0.176471:5:1:17:11:5:1:17:11 chr19 39515823 . GC GCC,G,GG 49.25 PASS AF=0,0.333333,0.2;AO=3,6,6;DP=28;FAO=0,10,6;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=0,6,1;FSAR=0,4,5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0101737,0.00380926,0.170108;FXX=0.0322477;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=7.80118,7.37138,17.1555;QD=6.56636;RBI=0.0400578,0.0403481,0.173311;REFB=0.101278,-0.12924,-0.0890458;REVB=0.0387443,-0.0401679,0.0331674;RO=7;SAF=2,3,1;SAR=1,3,5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.240731,0.0631528,-0.303121;STB=0.5,0.559202,0.768237;STBP=1,0.626,0.148;TYPE=ins,del,snp;VARB=0,0.119246,0.105503;OID=.,.,.;OPOS=39515824,39515824,39515824;OREF=-,C,C;OALT=C,-,G;OMAPALT=GCC,G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333,0.2:3,6,6:28:0,10,6:30:14:0,6,1:0,4,5:7:7:24:7:2,3,1:1,3,5:3:4 chr19 39592138 . C T 711.67 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.04266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.445;QD=52.7159;RBI=0.046115;REFB=-0.170393;REVB=0.0175134;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348587;STB=0.518511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00140062;OID=.;OPOS=39592138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:26:26:0:2:26:26:0:2 chr19 39888511 . G A 78.32 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0132741;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.706;QD=11.6026;RBI=0.0180938;REFB=-0.0356067;REVB=0.0122957;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359789;STB=0.714905;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0631306;OID=.;OPOS=39888511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:29:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:11:6:7:3:11:6 chr19 39891161 . T C 356.79 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0111918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.131;QD=13.5919;RBI=0.019943;REFB=-0.00115322;REVB=0.0165065;RO=63;SAF=14;SAR=28;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240204;STB=0.636297;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00245062;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:28:14:35:28:28:14:35:28 chr19 39891219 . C T 344.31 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0200146;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.839;QD=12.9928;RBI=0.0224407;REFB=-0.00498779;REVB=-0.0101491;RO=64;SAF=13;SAR=28;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206253;STB=0.613679;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00851727;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:65:41:41:0.386792:28:13:32:32:28:13:32:33 chr19 39913634 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.44;QD=55.6553;RBI=0.0345111;REFB=0;REVB=0.00819585;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237021;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 39914748 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.78;QD=49.5992;RBI=0.00969541;REFB=0;REVB=0.00951863;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2135e-05;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr19 39915758 . C G 267.48 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00429564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.995;QD=42.7968;RBI=0.045204;REFB=-0.157574;REVB=0.0449995;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.525524;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00314534;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:1:3:22:22:0.88:12:10:0:1:12:10:2:1 chr19 39916110 . GGGA G 666.45 PASS AF=1;AO=50;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383901;FXX=0.065563;HRUN=3;LEN=3;MLLD=145.174;QD=46.7682;RBI=0.0384308;REFB=0;REVB=-0.00176879;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000520997;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:59:57:57:0:25:32:0:0:12:0:24:26:0:0 chr19 39926509 . A C 854.35 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158695;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.712;QD=57.922;RBI=0.0163699;REFB=0;REVB=0.00401644;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118782;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr19 39926521 . G A 726.88 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0149288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.163;QD=52.864;RBI=0.0149453;REFB=-0.0283661;REVB=-0.000701812;RO=2;SAF=16;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553097;STB=0.5294;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000213062;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:37:16:2:0:37:16:2:0 chr19 39932023 . T C 1834.35 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.006;QD=61.1451;RBI=0.054372;REFB=0;REVB=0.0524517;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55729e-05;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:56:61:0:0:59:61:0:0 chr19 39932066 . T C 1390.45 PASS AF=0.978495;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0168903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.91;QD=59.8042;RBI=0.0528648;REFB=-0.00754396;REVB=0.050094;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.511109;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000335334;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:93:0:2:87:91:0.978495:45:42:0:0:47:44:2:0 chr19 39944082 . C T 773.78 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386091;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.38;QD=57.3171;RBI=0.0801434;REFB=0;REVB=0.0702303;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564786;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr19 39967318 . T C 462.5 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.27285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3002;QD=52.8568;RBI=0.275413;REFB=-0.15986;REVB=0.0374857;RO=2;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444293;STB=0.523795;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0200503;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:32:33:0.942857:20:12:0:2:20:13:0:2 chr19 39967320 . T C 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507365;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.529;QD=59.043;RBI=0.0287898;REFB=0;REVB=0.0283392;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182446;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr19 39967322 . T C 415.71 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5596;QD=55.4286;RBI=0.169278;REFB=0;REVB=0.122491;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335602;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:16:13:0:1:17:13:0:0 chr19 39994711 . T C 980.25 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286382;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.226;QD=58.5226;RBI=0.0186697;REFB=0;REVB=0.0184487;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681594;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:21:45:0:0:21:46:0:0 chr19 40009396 . A G 46.73 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0181928;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.7478;QD=10.3834;RBI=0.124731;REFB=0.0318817;REVB=0.123397;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734487;STB=0.545316;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0433106;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:9:2:1:6:9:2 chr19 40023308 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.814;QD=26.0262;RBI=0.0311232;REFB=-0.0184391;REVB=0.000838365;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00344976;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr19 40030654 . G C 295.96 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0338238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.789;QD=20.4108;RBI=0.0382399;REFB=-0.0382477;REVB=0.0178394;RO=27;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529193;STB=0.529393;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0368112;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:13:18:14:13:13:18:14:13 chr19 40030704 . C T 395.39 PASS AF=0.483146;AO=39;DP=86;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0318489;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.126;QD=17.7705;RBI=0.0328178;REFB=-0.0584139;REVB=-0.00791562;RO=44;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146485;STB=0.550837;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0383328;OID=.;OPOS=40030704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:44:46:39:43:0.483146:17:22:18:26:21:22:19:27 chr19 40149297 . T A 1169.82 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6598;QD=60.7701;RBI=0.0509306;REFB=0;REVB=0.0500418;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277082;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:40:37:0:0 chr19 40170053 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0105465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.072;QD=18.0506;RBI=0.0259381;REFB=-0.0222371;REVB=0.0236972;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345755;STB=0.6996;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0169125;OID=.;OPOS=40170053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:6:2:7:3:6:2 chr19 40363020 . G A 286.38 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0354705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.749;QD=24.3731;RBI=0.0354947;REFB=-0.0256923;REVB=0.00131106;RO=19;SAF=19;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399773;STB=0.738878;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0445796;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:21:26:26:0.553191:7:19:4:15:7:19:4:17 chr19 40363926 . C G 182.12 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00660185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.93;QD=13.0089;RBI=0.0139692;REFB=-0.00343284;REVB=0.0123108;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628013;STB=0.519982;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00159672;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:34:22:22:0.392857:9:13:17:15:9:13:19:15 chr19 40366362 . G C 184.82 PASS AF=0.320513;AO=22;DP=74;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00631877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.055;QD=9.47812;RBI=0.00962802;REFB=-0.0207818;REVB=0.00726442;RO=52;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989499;STB=0.587558;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0502458;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:52:53:22:25:0.320513:10:12:24:28:10:15:25:28 chr19 40368327 . CTTC CTC,CTTT 455.35 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=18,5;DP=45;FAO=40,6;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15831,-0.0275609;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=14.029,146.245;QD=39.5956;RBI=0.654283,0.044795;REFB=0,0;REVB=0.634842,0.0353127;RO=20;SAF=17,4;SAR=1,1;SRF=2;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.779878,0.704291;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0871262,0.0555251;OID=.,.;OPOS=40368328,40368330;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=CTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:18,5:45:40,6:46:0:21,4:19,2:0:0:31:20:17,4:1,1:2:18 chr19 40368376 . A T 31.85 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0594492;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8998;QD=1.48161;RBI=0.0611949;REFB=0.000183238;REVB=0.0145122;RO=76;SAF=5;SAR=3;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548008;STB=0.533452;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00280451;OID=.;OPOS=40368376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:86:76:78:8:8:0.0930233:3:5:44:32:3:5:46:32 chr19 40368395 . C T 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0144432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.991;QD=16.7134;RBI=0.0146292;REFB=-0.00287075;REVB=-0.00232482;RO=44;SAF=24;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149182;STB=0.584023;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00566235;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:12:24:23:21:12:24:23:21 chr19 40368498 . AA CC,CG 636.46 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=39,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246874,0.0238628;FXX=0.0232504;HRUN=3,3;LEN=2,2;MLLD=244.042,229.532;QD=60.6148;RBI=0.0392554,0.0239633;REFB=0,0;REVB=0.0305208,0.00219151;RO=0;SAF=25,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.000862509,0.0478972;OID=.,.;OPOS=40368498,40368498;OREF=AA,AA;OALT=CC,CG;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:39,2:40,2:0.952381,0.047619:14,0:25,2:0:0:15,0:25,2:0:0 chr19 40368520 . G C 43.77 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0288593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1463;QD=6.25252;RBI=0.0297499;REFB=-0.00220894;REVB=0.00722504;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21781e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.008146;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:15:6:2:5:15:6 chr19 40376880 . T C 195.77 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0107069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.924;QD=17.7972;RBI=0.0451257;REFB=0.0179612;REVB=-0.0438371;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206343;STB=0.628902;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0288921;OID=.;OPOS=40376880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:7:13:10:13:7:13:10:14 chr19 40392482 . A G 149.97 PASS AF=0.484848;AO=17;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0453076;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9722;QD=18.1777;RBI=0.0485473;REFB=0.000155777;REVB=0.0174371;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15818;STB=0.576379;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.000964979;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:17:16:0.484848:8:9:12:5:7:9:12:5 chr19 40392631 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.017694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.476;QD=14.1695;RBI=0.0511697;REFB=-0.0283678;REVB=0.0480131;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0423644;OID=.;OPOS=40392631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:7:5:4:6:7:5 chr19 40406019 . G A 276.49 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0155093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.425;QD=15.7993;RBI=0.0187599;REFB=-0.036942;REVB=-0.0105544;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260719;STB=0.508848;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0406274;OID=.;OPOS=40406019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:17:13:17:22:17:14:17:22 chr19 40408821 . C G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0282642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.274;QD=11.4388;RBI=0.0730979;REFB=0.0323616;REVB=0.0674124;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0286928;OID=.;OPOS=40408821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:7:7:5:4:7:7 chr19 40721215 . G A 174.4 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0660169;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9301;QD=11.6265;RBI=0.0661256;REFB=-0.0332443;REVB=-0.00379029;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107184;STB=0.544546;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0303999;OID=.;OPOS=40721215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:38:22:22:0.366667:13:9:11:24:13:9:13:25 chr19 40721393 . T TG,TGG 38.4 PASS AF=0.55,0;AO=7,3;DP=20;FAO=11,0;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.197601,-0.106906;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.89014,11.836;QD=7.68091;RBI=0.197625,0.106906;REFB=-0.0520765,-0.0283058;REVB=-0.00307657,-0.000321064;RO=9;SAF=6,3;SAR=1,0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.267754,0.612869;STB=0.52936,0.5;STBP=0.848,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00235715,0;OID=.,.;OPOS=40721394,40721394;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55,0:7,3:20:11,0:20:9:8,0:3,0:7:2:34:9:6,3:1,0:6:3 chr19 40739513 . A G 111.41 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0611023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.088;QD=9.9032;RBI=0.0613553;REFB=-0.00784018;REVB=0.00556631;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519801;STB=0.545388;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0252059;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:9:5:12:18:9:5:13:18 chr19 40781188 . ACG AC,GAC 34.82 PASS AF=0.205128,0;AO=7,3;DP=40;FAO=8,0;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0888668,0.0455703;FXX=0.0249938;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=17.1911,41.6501;QD=3.57107;RBI=0.0970993,0.14872;REFB=-0.0452103,-0.00774389;REVB=-0.0391277,-0.141567;RO=29;SAF=1,0;SAR=6,3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.356481,0;SSSB=-0.449791,-0.543853;STB=0.813056,0.5;STBP=0.081,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.124972,0;OID=.,.;OPOS=40781190,40781188;OREF=G,ACG;OALT=-,GAC;OMAPALT=AC,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:40:39:29:31:7,3:8,0:0.205128,0:6,3:1,0:14:15:7,0:1,0:14:17 chr19 40900865 . C T 565.53 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00367481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.034;QD=22.1776;RBI=0.00988496;REFB=-0.0251858;REVB=0.00917651;RO=45;SAF=28;SAR=28;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632354;STB=0.539202;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0234932;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:46:56:56:0.54902:28:28:26:19:28:28:27:19 chr19 40901604 . A G 40.99 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0268953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.169;QD=16.3963;RBI=0.049803;REFB=-0.0433079;REVB=0.0419164;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.025183;OID=.;OPOS=40901604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:5:6:0.6:2:3:2:2:2:4:2:2 chr19 40901614 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0557663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2407;QD=16.8229;RBI=0.0735541;REFB=0.0228675;REVB=-0.0479617;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0265874;OID=.;OPOS=40901614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:2:3:3:4:2:3 chr19 40928944 . A G 224.17 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00355225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.607;QD=19.0785;RBI=0.0133081;REFB=-0.0160145;REVB=-0.0128253;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284033;STB=0.507805;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0117082;OID=.;OPOS=40928944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:25:21:22:0.468085:9:12:13:11:10:12:14:11 chr19 40929363 . T C 311.53 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0477176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.464;QD=19.1709;RBI=0.0480775;REFB=-0.0193439;REVB=-0.00587187;RO=31;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515749;STB=0.522713;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0158868;OID=.;OPOS=40929363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:11:22:19:12:11:22:20:12 chr19 40964312 . G A 362.93 PASS AF=0.481481;AO=34;DP=75;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00471584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.145;QD=17.9223;RBI=0.00480859;REFB=-0.0452142;REVB=-0.000939903;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236797;STB=0.59264;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.033777;OID=.;OPOS=40964312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:41:42:34:39:0.481481:20:14:27:14:20:19:28:14 chr19 41008049 . A G 1033.18 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4414;QD=58.2075;RBI=0.0300078;REFB=0;REVB=0.0162704;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66092e-06;OID=.;OPOS=41008049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:66:71:1:31:35:0:0:35:36:0:0 chr19 41012190 . C T 229.78 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0134428;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7109;QD=11.7834;RBI=0.0148294;REFB=-0.0151146;REVB=0.00626101;RO=50;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618179;STB=0.535689;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0244683;OID=.;OPOS=41012190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:50:50:28:28:0.358974:13:15:24:26:13:15:24:26 chr19 41038574 . G A 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00703623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.212;QD=15.1611;RBI=0.0181732;REFB=-0.0290384;REVB=-0.0167558;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108015;STB=0.562422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0428718;OID=.;OPOS=41038574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:10:12:7:9:10:12 chr19 41078220 . G C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0185013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.781;QD=12.782;RBI=0.0186067;REFB=-0.00845228;REVB=0.0019776;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0116043;OID=.;OPOS=41078220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr19 41086309 . G C 571.56 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0099817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.856;QD=19.212;RBI=0.0185981;REFB=-0.0178792;REVB=-0.0156925;RO=60;SAF=33;SAR=26;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392498;STB=0.521694;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0149533;OID=.;OPOS=41086309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:26:33:31:29:26:33:31:29 chr19 41089390 . G C 300.5 PASS AF=0.485294;AO=31;DP=66;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0103712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.798;QD=17.6767;RBI=0.0733857;REFB=-0.0175721;REVB=0.0726491;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495286;STB=0.528438;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0200452;OID=.;OPOS=41089390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:35:31:33:0.485294:14:17:21:14:15:18:21:14 chr19 41096189 . A G 199.01 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00484243;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.459;QD=13.2674;RBI=0.0294099;REFB=-0.029253;REVB=-0.0290085;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583321;STB=0.525049;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0438692;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:36:24:24:0.4:11:13:18:19:11:13:18:18 chr19 41097276 . C G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0109058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.442;QD=15.2556;RBI=0.013277;REFB=-0.00988395;REVB=0.00757255;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12709;STB=0.573454;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0166081;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:14:16:13:7:14:16 chr19 41111069 . G A 252.57 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.122983;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4491;QD=19.0618;RBI=0.124879;REFB=-0.0203798;REVB=0.0216794;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487898;STB=0.527306;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0170087;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:11:15:17:10:11:15 chr19 41117869 . A G 179.95 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0362774;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8807;QD=21.8126;RBI=0.058744;REFB=-0.00116774;REVB=-0.046204;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148665;STB=0.583245;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00120225;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:11:4:8:10:11:4 chr19 41118056 . A G 113.5 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00264461;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.232;QD=16.8152;RBI=0.0277643;REFB=-0.0115368;REVB=-0.027638;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268155;STB=0.664572;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0139912;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:12:13:0.481481:6:6:3:11:6:7:3:11 chr19 41123093 . A AG,G 429.04 PASS AF=1,0;AO=29,2;DP=36;FAO=33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494091,-0.0860854;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=20.559,139.058;QD=52.0045;RBI=0.272987,0.0903368;REFB=0,0;REVB=-0.268478,-0.0273867;RO=3;SAF=16,0;SAR=13,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0796686,-0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0110508,0;OID=.,.;OPOS=41123094,41123093;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:33:3:0:29,2:33,0:1,0:13,2:16,0:3:0:17,0:16,0:0:0 chr19 41129842 . C T 124.74 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0115377;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.631;QD=19.9581;RBI=0.0398379;REFB=-0.0429243;REVB=-0.0381306;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798372;STB=0.545388;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0621166;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:6:5:5:9:6:5 chr19 41173880 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0211831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.616;QD=18.767;RBI=0.160732;REFB=-0.0260011;REVB=0.15933;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.66617;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0218215;OID=.;OPOS=41173880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:3:0:3:3:3:0 chr19 41186879 . A G 244.23 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0337794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7101;QD=23.2598;RBI=0.0364481;REFB=-0.0111068;REVB=0.01369;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158497;STB=0.588401;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00507086;OID=.;OPOS=41186879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:12:7:13:10:12:7 chr19 41198129 . G A 101.37 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00256874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.937;QD=16.2188;RBI=0.00945959;REFB=-0.00042659;REVB=0.00910414;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222009;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000323223;OID=.;OPOS=41198129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:8:4:7:5:8:4:8:5 chr19 41209477 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0226561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.87;QD=19.4668;RBI=0.0259721;REFB=-0.00277792;REVB=-0.0126984;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217472;STB=0.512304;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00343687;OID=.;OPOS=41209477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:17:7:6:16:17:7 chr19 41211056 . T C 124.81 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0667138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.047;QD=17.8295;RBI=0.0667561;REFB=-0.0103138;REVB=0.00237489;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00718041;OID=.;OPOS=41211056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:8:6:6:8:8:6 chr19 41248009 . C T 174.88 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00636901;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.411;QD=18.9059;RBI=0.0349668;REFB=-0.0263765;REVB=-0.0343819;RO=19;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138673;STB=0.579613;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0310033;OID=.;OPOS=41248009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:3:15:14:5:3:15:14:5 chr19 41255500 . C G 70.17 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0461483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7309;QD=17.5418;RBI=0.0461672;REFB=0.00224972;REVB=0.00132047;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00761201;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:6:7:8:9:0.5625:2:6:3:3:3:6:4:3 chr19 41289756 . G A 72.58 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.0143501;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.013;QD=10.3679;RBI=0.0210654;REFB=-0.00814345;REVB=-0.0154216;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437516;STB=0.749726;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0219013;OID=.;OPOS=41289756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:28:17:18:10:10:0.357143:1:9:17:0:1:9:18:0 chr19 41316355 . T C 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0454444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1516;QD=23.1626;RBI=0.0514515;REFB=0.00618323;REVB=0.024126;RO=22;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318975;STB=0.688482;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00586212;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:26:26:0.530612:19:7:14:8:19:7:15:8 chr19 41316370 . T C 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0189678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.267;QD=19.3446;RBI=0.0218932;REFB=-0.0213224;REVB=-0.0109332;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317057;STB=0.690701;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0195113;OID=.;OPOS=41316370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:12:6:12:5:12:6:13:5 chr19 41350664 . A T 709.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.125333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.54;QD=60.3417;RBI=0.126302;REFB=0.124634;REVB=0.0156126;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000329521;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:0:1:24:22:0:1 chr19 41497274 . C T 141.84 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0023713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9879;QD=11.1247;RBI=0.0490038;REFB=-0.000194345;REVB=0.0489464;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170102;STB=0.600829;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00150124;OID=.;OPOS=41497274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:17:17:6:11:17:17 chr19 41512841 . G T 393.4 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.028829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0335;QD=15.4275;RBI=0.0328769;REFB=-0.0161945;REVB=-0.0158045;RO=57;SAF=22;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264572;STB=0.519599;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0200797;OID=.;OPOS=41512841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:44:44:0.431373:22:22:30:27:22:22:31:27 chr19 41531522 . G T 398.2 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00800208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2229;QD=15.928;RBI=0.0461517;REFB=-0.0212455;REVB=0.0454527;RO=57;SAF=20;SAR=22;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122618;STB=0.563537;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0243696;OID=.;OPOS=41531522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:58:42:42:0.42:22:20:34:23:22:20:34:24 chr19 41531597 . C G 631.42 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0120385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.436;QD=19.4282;RBI=0.0120859;REFB=-0.00115735;REVB=0.0010695;RO=66;SAF=39;SAR=25;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319576;STB=0.501765;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00109335;OID=.;OPOS=41531597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:66:64:64:0.492308:25:39:40:26:25:39:40:26 chr19 41531656 . A C 560.32 PASS AF=0.472;AO=57;DP=123;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=0.0115258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.049;QD=17.9301;RBI=0.0129786;REFB=-0.0196897;REVB=0.00596667;RO=66;SAF=39;SAR=18;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316036;STB=0.510799;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0253629;OID=.;OPOS=41531656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:66:66:57:59:0.472:18:39:47:19:18:41:47:19 chr19 41531705 . G A 510.77 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=1;FWDB=0.00697015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.73;QD=23.7567;RBI=0.0286238;REFB=-0.0160084;REVB=0.0277621;RO=36;SAF=29;SAR=19;SRF=36;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355868;STB=0.68369;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00398919;OID=.;OPOS=41531705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:38:48:48:0.55814:19:29:36:0:19:29:37:1 chr19 41533009 . T C 42.66 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0244345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.065;QD=5.01856;RBI=0.0741155;REFB=-0.00714899;REVB=-0.0699718;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243322;STB=0.663232;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0156055;OID=.;OPOS=41533009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:2:5:14:13:2:5:14:13 chr19 41533028 . C T 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0443822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3085;QD=4.41753;RBI=0.06751;REFB=-0.00645244;REVB=0.0508706;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246737;STB=0.668791;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.053508;OID=.;OPOS=41533028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:16:15:2:5:16:15 chr19 41533049 . G A 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00918874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1249;QD=4.28885;RBI=0.0333883;REFB=-0.00564429;REVB=0.032099;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401422;STB=0.744009;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0273163;OID=.;OPOS=41533049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:30:32:7:7:0.179487:2:5:11:19:2:5:13:19 chr19 41533087 . T C 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.101765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7729;QD=4.11608;RBI=0.103699;REFB=0.00270119;REVB=-0.0199375;RO=50;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263675;STB=0.665411;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0183912;OID=.;OPOS=41533087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:61:62:50:51:11:11:0.177419:4:7:21:29:4:7:22:29 chr19 41533112 . C T 72.16 PASS AF=0.193548;AO=10;DP=60;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0103885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.303;QD=4.65532;RBI=0.0223147;REFB=-0.0143747;REVB=0.0197491;RO=50;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295652;STB=0.598767;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0384545;OID=.;OPOS=41533112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:60:62:50:50:10:12:0.193548:3:7:23:27:5:7:23:27 chr19 41596414 . C T 764.67 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.00299291;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.087;QD=17.9923;RBI=0.021459;REFB=-0.00212198;REVB=-0.0212493;RO=88;SAF=40;SAR=40;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970091;STB=0.552928;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00319733;OID=.;OPOS=41596414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:88:90:80:80:0.470588:40:40:35:53:40:40:36:54 chr19 41622107 . G C,GC 144.83 PASS AF=0.102041,0.265306;AO=5,13;DP=53;FAO=5,13;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=5,6;FSAR=0,7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0138254,0.0228531;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.879,27.3279;QD=11.8229;RBI=0.0676089,0.0389078;REFB=-0.00205734,0.0206734;REVB=-0.0661802,0.031489;RO=34;SAF=5,6;SAR=0,7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.594068,-0.183328;STB=0.997342,0.605379;STBP=0.052,0.37;TYPE=snp,ins;VARB=0.00159573,-0.0220788;OID=.,.;OPOS=41622107,41622108;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:49:34:31:5,13:5,13:0.102041,0.265306:0,7:5,6:21:13:0,7:5,6:19:12 chr19 41622189 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0142536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.709;QD=13.3343;RBI=0.0146331;REFB=-0.0161893;REVB=-0.00331092;RO=39;SAF=19;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223971;STB=0.629034;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0208031;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:7:19:21:18:7:19:21:18 chr19 41700493 . G C 769.49 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.911;QD=56.9991;RBI=0.0737363;REFB=0;REVB=0.0366242;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012692;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:27:25:0:0:28:26:0:0 chr19 41743861 . A G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00444614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.213;QD=59.425;RBI=0.019134;REFB=-0.0627649;REVB=-0.0186102;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00042815;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:0:1:24:18:0:1 chr19 41838174 . C T 566.7 PASS AF=0.565217;AO=51;DP=91;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00432099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.346;QD=24.639;RBI=0.0142999;REFB=-0.00769296;REVB=0.0136315;RO=40;SAF=37;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182501;STB=0.602843;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00606863;OID=.;OPOS=41838174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:40:40:51:52:0.565217:14:37:21:19:14:38:21:19 chr19 41848139 . GC G 109.62 PASS AF=0.933333;AO=10;DP=16;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.137285;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.6959;QD=29.2308;RBI=0.293151;REFB=-0.0706462;REVB=0.259018;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.397173;SSEP=0;SSSB=0.163937;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=del;VARB=0.0363715;OID=.;OPOS=41848140;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:10:16:14:15:1:9:5:1:0:5:3:7:3:1:2 chr19 41869392 . T C 254.77 PASS AF=0.38961;AO=27;DP=74;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00991582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.001;QD=13.2348;RBI=0.01589;REFB=-0.0111226;REVB=-0.0124164;RO=47;SAF=17;SAR=10;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357592;STB=0.558601;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0140135;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:47:47:27:30:0.38961:10:17:31:16:13:17:31:16 chr19 41889748 . T C 721.17 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0194937;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1492;QD=21.6893;RBI=0.0200456;REFB=-0.0293612;REVB=-0.00467136;RO=63;SAF=38;SAR=32;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667082;STB=0.528917;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0297087;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:63:63:70:70:0.526316:32:38:39:24:32:38:38:25 chr19 41903220 . G A 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00528083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.681;QD=18.4949;RBI=0.0052991;REFB=-0.0364843;REVB=-0.00043965;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282668;STB=0.666543;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0298139;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:9:18:9:17:9:18:9:18 chr19 41928652 . C T 111.37 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0579086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3924;QD=15.9099;RBI=0.0585049;REFB=-0.0183777;REVB=-0.00833187;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.580879;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0304039;OID=.;OPOS=41928652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:7:8:5:8:7:8 chr19 41930396 . A G 181.23 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0381733;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3039;QD=12.9452;RBI=0.0384822;REFB=-0.0127616;REVB=0.00486637;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112948;STB=0.58091;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0223827;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:34:22:22:0.392857:15:7:13:18:15:7:15:19 chr19 41932084 . G T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000354128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.89;QD=13.9591;RBI=0.00729011;REFB=-0.00156116;REVB=0.0072815;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00247021;OID=.;OPOS=41932084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:4:3:2:5:4:3 chr19 41932275 . T C 76.57 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0218154;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.818;QD=11.3432;RBI=0.0318861;REFB=-0.0326389;REVB=-0.0232553;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406201;STB=0.685368;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0785087;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:27:18:17:9:10:0.37037:6:3:13:5:6:4:12:5 chr19 41937095 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0274678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.332;QD=14.3998;RBI=0.0279325;REFB=-0.0390646;REVB=0.00507391;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220483;STB=0.625958;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0523665;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:17:8:18:16:17:8:18:16 chr19 41939297 . C G 317.22 PASS AF=0.454545;AO=31;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.014143;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.031;QD=16.4788;RBI=0.017284;REFB=-0.039454;REVB=0.00993539;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179184;STB=0.61532;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0497292;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:43:42:31:35:0.454545:14:17:16:27:15:20:15:27 chr19 41944237 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0212426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.671;QD=14.5584;RBI=0.0315109;REFB=-0.0181264;REVB=-0.0232741;RO=35;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299961;STB=0.670817;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0228335;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:8:18:14:21:8:18:14:21 chr19 41945837 . T A 296.46 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0162293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.546;QD=17.1863;RBI=0.0163589;REFB=-0.02384;REVB=0.00205553;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192051;STB=0.510746;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00686179;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:19:14:16:20:19:14:16:20 chr19 42070360 . C T 1175.61 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0715224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7056;QD=58.7803;RBI=0.0832043;REFB=-0.149154;REVB=0.0425148;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099631;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00144721;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:76:79:0.9875:29:47:1:0:29:50:1:0 chr19 42070528 . G C 994.06 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166878;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.194;QD=59.3468;RBI=0.0173095;REFB=0;REVB=0.00459742;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89255e-07;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:24:42:0:0:24:43:0:0 chr19 42071289 . T C 2369.16 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0139546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6215;QD=59.6016;RBI=0.0151328;REFB=0.00530163;REVB=-0.00585423;RO=1;SAF=98;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799518;STB=0.508332;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-9.71293e-05;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:1:2:157:157:0.987421:59:98:0:1:59:98:0:2 chr19 42082695 . G T 64.12 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0101462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.045;QD=11.1513;RBI=0.0467815;REFB=-0.042636;REVB=0.045668;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247851;STB=0.650796;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0256052;OID=.;OPOS=42082695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:8:6:2:7:8:6 chr19 42083849 . C A 1628.67 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0643639;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.204;QD=58.1668;RBI=0.0643777;REFB=-0.129911;REVB=-0.0013371;RO=2;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160847;STB=0.508332;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00157414;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:112:2:2:108:110:0.982143:58:50:0:2:59:51:0:2 chr19 42085873 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.064;QD=60.3763;RBI=0.0360018;REFB=0;REVB=0.0237158;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08973e-05;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr19 42132314 . G C 86.19 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0084771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.805;QD=18.1457;RBI=0.0428599;REFB=-0.0248005;REVB=0.0420132;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371898;STB=0.723682;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.041853;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:10:11:0.578947:8:2:5:3:9:2:5:3 chr19 42190859 . A T 548.31 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0125745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6656;QD=20.6909;RBI=0.0176519;REFB=-0.0160692;REVB=-0.0123883;RO=49;SAF=32;SAR=24;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164049;STB=0.593189;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0286819;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:50:56:56:0.528302:24:32:37:12:24:32:38:12 chr19 42221607 . A G 730.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772976;FXX=0.061212;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.316;QD=63.5134;RBI=0.0774761;REFB=0;REVB=-0.00525624;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208822;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr19 42224111 . C T 167.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0304787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.601;QD=23.091;RBI=0.0305199;REFB=0.00474465;REVB=-0.0015857;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758887;STB=0.564025;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00318397;OID=.;OPOS=42224111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:11:12:17:17:0.586207:11:6:5:6:11:6:6:6 chr19 42260569 . G A 546.98 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00451046;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0358;QD=15.4078;RBI=0.0057127;REFB=0.012223;REVB=0.00350581;RO=81;SAF=17;SAR=42;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241327;STB=0.643792;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0134193;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:81:83:59:59:0.415493:42:17:41:40:42:17:43:40 chr19 42265889 . G T 343.44 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0294902;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6991;QD=15.9742;RBI=0.0449321;REFB=-0.0123994;REVB=-0.0339002;RO=44;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263777;STB=0.513611;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0173948;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:44:49:37:37:0.430233:15:22:25:19:15:22:28:21 chr19 42315281 . G T 270.78 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00520453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.601;QD=16.924;RBI=0.0258416;REFB=-0.0163613;REVB=0.0253121;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164288;STB=0.578222;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00994827;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:11:19:26:7:11:19:26:8 chr19 42342319 . A G 166.08 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0145469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.311;QD=20.7601;RBI=0.0490175;REFB=-0.0103768;REVB=0.0468093;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813096;STB=0.515677;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00846696;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:17:17:0.53125:5:12:10:4:5:12:11:4 chr19 42354629 . T C 188.48 PASS AF=0.363636;AO=21;DP=63;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.034243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.339;QD=11.4231;RBI=0.0388858;REFB=-0.00546773;REVB=-0.0184261;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102856;STB=0.52656;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0088253;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:35:42:21:24:0.363636:10:11:18:17:13:11:21:21 chr19 42392130 . T C 483.71 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.489;QD=58.6311;RBI=0.0242098;REFB=0;REVB=0.0187927;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54008e-05;OID=.;OPOS=42392130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:10:20:0:0:12:21:0:0 chr19 42392310 . C T 677.65 PASS AF=1;AO=36;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.954;QD=61.6048;RBI=0.0774282;REFB=0;REVB=0.0282326;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00561578;OID=.;OPOS=42392310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:36:44:1:22:14:0:0:26:18:0:0 chr19 42402680 . CA AC,CAC 108.8 PASS AF=0.0740741,0.133333;AO=13,15;DP=139;FAO=10,18;FDP=135;FR=.;FRO=107;FSAF=10,14;FSAR=0,4;FSRF=37;FSRR=70;FWDB=-0.0258308,-0.0329835;FXX=0.0145975;HRUN=6,0;LEN=2,1;MLLD=75.7113,67.4522;QD=3.2236;RBI=0.0345565,0.0424755;REFB=-0.00686442,-0.00645405;REVB=-0.0229548,-0.026763;RO=106;SAF=13,10;SAR=0,5;SRF=38;SRR=68;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.709062,0.366848;STB=0.999197,0.835157;STBP=0,0.006;TYPE=mnp,ins;VARB=0.153724,0.128464;OID=.,.;OPOS=42402680,42402682;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:139:135:106:107:13,15:10,18:0.0740741,0.133333:0,5:13,10:38:68:0,4:10,14:37:70 chr19 42463447 . C T 672.69 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.887;QD=62.5758;RBI=0.140107;REFB=0;REVB=0.0559886;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380966;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:23:16:0:0:25:18:0:0 chr19 42471050 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209677;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.8;QD=43.4862;RBI=0.0209677;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05094e-05;OID=.;OPOS=42471050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr19 42489516 . A C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.947;QD=64.0213;RBI=0.0463748;REFB=0;REVB=0.0296808;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31526e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr19 42572987 . C G,T 655.4 PASS AF=0.02,0.98;AO=2,43;DP=47;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887281,0.0410561;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.0439,84.5629;QD=52.432;RBI=0.0454748,0.124987;REFB=0,0;REVB=0.0446008,0.118052;RO=1;SAF=1,28;SAR=1,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.0302739;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0348084,0.00393902;OID=.,.;OPOS=42572987,42572987;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:50:1:0:2,43:1,49:0.02,0.98:1,15:1,28:0:1:0,17:1,32:0:0 chr19 42736267 . A G 1062.08 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.707;QD=59.8357;RBI=0.0386561;REFB=0;REVB=0.0172246;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76364e-05;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr19 42814856 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.000795804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.478;QD=19.3862;RBI=0.00423335;REFB=0.0165898;REVB=0.00415788;RO=21;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106327;STB=0.559531;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0182336;OID=.;OPOS=42814856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:17:3:2:19:17:3:2:19 chr19 42854443 . C T 230.39 PASS AF=0.5;AO=23;DP=49;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0326636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0978;QD=17.7221;RBI=0.0472525;REFB=-0.0302152;REVB=0.0341451;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210828;STB=0.653728;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0243168;OID=.;OPOS=42854443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:24:26:23:26:0.5:14:9:15:9:17:9:17:9 chr19 42855399 . GCC GCA,GC 225.13 PASS AF=0,0.884615;AO=2,18;DP=26;FAO=0,23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=0,22;FSAR=0,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0724644,0.0334021;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=93.5964,17.8454;QD=34.6354;RBI=0.10415,0.0933707;REFB=-0.0204336,-0.0371961;REVB=0.0748079,0.0871917;RO=4;SAF=2,18;SAR=0,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0.296226;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,0.848795;STB=0.5,0.646897;STBP=1,0.103;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0207091;OID=.,.;OPOS=42855401,42855400;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCA,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.884615:2,18:26:0,23:26:3:0,22:0,1:2:1:13:4:2,18:0,0:2:2 chr19 42882825 . GCCCTA GCCCT,GCCTA 81.55 PASS AF=0.366667,0;AO=7,4;DP=30;FAO=11,0;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4,0;FSAR=7,0;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.111922,-0.419624;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=119.658,19.7808;QD=10.8733;RBI=0.112458,0.424974;REFB=0.00042329,0.0295944;REVB=0.0109664,0.0672235;RO=15;SAF=0,4;SAR=7,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.385093;SSSB=-0.744308,0.681029;STB=0.636116,0.5;STBP=0.284,1;TYPE=del,del;VARB=0.00161226,0;OID=.,.;OPOS=42882830,42882826;OREF=A,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCT,GCCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667,0:7,4:30:11,0:30:19:4,0:7,0:11:8:81:15:0,4:7,0:7:8 chr19 43233304 . C A 750.13 PASS AF=0.410628;AO=84;DP=207;FAO=85;FDP=207;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.0158416;FXX=0.0372076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.978;QD=14.4953;RBI=0.0166447;REFB=-0.0187305;REVB=0.00510764;RO=117;SAF=47;SAR=37;SRF=70;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411867;STB=0.517361;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0301271;OID=.;OPOS=43233304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:117:122:84:85:0.410628:37:47:70:47:38:47:71:51 chr19 43234049 . A T 622.75 PASS AF=0.346847;AO=77;DP=223;FAO=77;FDP=222;FR=.;FRO=145;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=87;FSRR=58;FWDB=-0.0283477;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0585;QD=11.2207;RBI=0.0332722;REFB=-0.00192029;REVB=-0.0174196;RO=143;SAF=51;SAR=26;SRF=86;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752794;STB=0.544196;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00304516;OID=.;OPOS=43234049;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:143:145:77:77:0.346847:26:51:86:57:26:51:87:58 chr19 43243217 . AA GG 3941.04 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253875;FXX=0.00392141;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.178;QD=62.0636;RBI=0.0233354;REFB=0;REVB=0.0231969;RO=0;SAF=123;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47455e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.18438e-05;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:254:0:0:249:254:1:126:123:0:0:130:124:0:0 chr19 43243238 . A G 2980.65 PASS AF=0.961722;AO=200;DP=209;FAO=201;FDP=209;FR=.;FRO=8;FSAF=94;FSAR=107;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00806389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.04;QD=57.0459;RBI=0.015759;REFB=-0.0117002;REVB=-0.0135396;RO=8;SAF=93;SAR=107;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257287;STB=0.501243;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00122505;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:209:209:8:8:200:201:0.961722:107:93:4:4:107:94:4:4 chr19 43244484 . AG A,AC 1468.71 PASS AF=0.02,0.98;AO=16,78;DP=100;FAO=2,98;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=2,66;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189687,0.0152573;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.514,226.64;QD=58.7482;RBI=0.0685996,0.0535996;REFB=0,0;REVB=0.0659249,0.0513822;RO=0;SAF=12,54;SAR=4,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.07465e-08,-4.01268e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00689488,0.00258018;OID=.,.;OPOS=43244485,43244485;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:16,78:100:2,98:100:0:2,66:0,32:0:0:4:0:12,54:4,24:0:0 chr19 43258605 . A G 1325.85 PASS AF=0.44375;AO=140;DP=320;FAO=142;FDP=320;FR=.;FRO=178;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=95;FSRR=83;FWDB=-0.00711394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.284;QD=16.5732;RBI=0.0108643;REFB=-0.00361617;REVB=-0.00821121;RO=178;SAF=59;SAR=81;SRF=95;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113848;STB=0.558119;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00385007;OID=.;OPOS=43258605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:178:178:140:142:0.44375:81:59:95:83:81:61:95:83 chr19 43259184 . T G 624.02 PASS AF=0.35;AO=77;DP=220;FAO=77;FDP=220;FR=.;FRO=143;FSAF=57;FSAR=20;FSRF=98;FSRR=45;FWDB=0.0453488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2903;QD=11.3459;RBI=0.0518716;REFB=0.00866991;REVB=0.0251824;RO=143;SAF=57;SAR=20;SRF=98;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077604;STB=0.544441;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0132234;OID=.;OPOS=43259184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:143:143:77:77:0.35:20:57:98:45:20:57:98:45 chr19 43268069 . A G 571.19 PASS AF=0.527273;AO=56;DP=108;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00970731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.65;QD=20.7707;RBI=0.00974985;REFB=-0.0153696;REVB=0.000909802;RO=52;SAF=29;SAR=27;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180395;STB=0.50189;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0147861;OID=.;OPOS=43268069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:52:52:56:58:0.527273:27:29:28:24:27:31:28:24 chr19 43268140 . AG A 474.35 PASS AF=0.522059;AO=66;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0496854;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.7772;QD=13.9516;RBI=0.101094;REFB=-0.031044;REVB=-0.0880414;RO=63;SAF=36;SAR=30;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615577;STB=0.541992;STBP=0.339;TYPE=del;VARB=0.0260485;OID=.;OPOS=43268141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522059:66:136:71:136:65:39:32:30:35:99:63:36:30:30:33 chr19 43268216 . T G 521.09 PASS AF=0.474138;AO=43;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.040136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.463;QD=17.9687;RBI=0.0401504;REFB=-0.0241311;REVB=0.00107687;RO=59;SAF=12;SAR=31;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185873;STB=0.507216;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0359079;OID=.;OPOS=43268216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:43:55:0.474138:31:12:26:33:31:24:27:33 chr19 43268235 . A C 486.56 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00484316;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.21;QD=17.6931;RBI=0.00890961;REFB=0.00796197;REVB=-0.00747829;RO=56;SAF=23;SAR=29;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02075;STB=0.512363;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00698214;OID=.;OPOS=43268235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:56:58:52:52:0.472727:29:23:26:30:29:23:27:31 chr19 43268385 . A G 668.29 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=-0.00259673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.584;QD=17.9406;RBI=0.0166455;REFB=-0.0145248;REVB=-0.0164417;RO=80;SAF=40;SAR=28;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102016;STB=0.551852;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0170909;OID=.;OPOS=43268385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:80:81:68:68:0.456376:28:40:55:25:28:40:55:26 chr19 43269699 . C T 1269.73 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323074;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.124;QD=59.7519;RBI=0.0348221;REFB=-0.0774836;REVB=0.0129927;RO=2;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000806099;STB=0.500426;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00227855;OID=.;OPOS=43269699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:85:2:2:83:83:0.976471:40:43:1:1:40:43:1:1 chr19 43269704 . TG CA 1404.93 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253924;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.269;QD=63.1431;RBI=0.0483407;REFB=0;REVB=0.0411346;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000145003;OID=.;OPOS=43269704;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr19 43371292 . A T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=336.513;QD=36.3486;RBI=0.0121141;REFB=-0.107142;REVB=0.00302335;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00114455;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr19 43372386 . T C 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.993;QD=60.8497;RBI=0.0143133;REFB=0;REVB=-0.00714727;RO=0;SAF=73;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01649e-06;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:42:73:0:0:42:73:0:0 chr19 43372941 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.635;QD=60.6095;RBI=0.0167097;REFB=0;REVB=0.0162914;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103379;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:6:32:0:0:6:32:0:0 chr19 43382368 . T G 1733.52 PASS AF=0.944444;AO=117;DP=126;FAO=119;FDP=126;FR=.;FRO=7;FSAF=91;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0384105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2132;QD=55.0324;RBI=0.0387592;REFB=-0.0022044;REVB=0.00518772;RO=6;SAF=89;SAR=28;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526381;STB=0.525248;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00206162;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:126:126:6:7:117:119:0.944444:28:89:2:4:28:91:3:4 chr19 43382374 . C G 1990.69 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.351;QD=61.2521;RBI=0.0322351;REFB=-0.0306291;REVB=0.0274174;RO=1;SAF=95;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497681;STB=0.502617;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=8.68888e-05;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:34:95:1:0:34:95:1:0 chr19 43383680 . G T 816.55 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9515;QD=57.3015;RBI=0.0139061;REFB=0;REVB=-0.0112623;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163598;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:55:57:1:18:37:0:0:20:37:0:0 chr19 43414682 . C T 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00164401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.844;QD=40.5912;RBI=0.0379875;REFB=0.0237434;REVB=-0.0379519;RO=2;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704611;STB=0.538418;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000571488;OID=.;OPOS=43414682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:5:12:2:0:5:12:2:0 chr19 43420451 . G C 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.378;QD=62.9073;RBI=0.0257656;REFB=0;REVB=0.0163593;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70506e-05;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr19 43433736 . C A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2767;QD=57.2016;RBI=0.0542869;REFB=0;REVB=0.05002;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333847;OID=.;OPOS=43433736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr19 43433805 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.062866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.157;QD=60.1584;RBI=0.0631591;REFB=-0.0821137;REVB=0.00607718;RO=1;SAF=2;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110585;STB=0.50588;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000176595;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:42:2:0:1:42:2:0:1 chr19 43439793 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.998;QD=61.6952;RBI=0.0164464;REFB=0;REVB=0.016061;RO=0;SAF=61;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35332e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:21:61:0:0:21:61:0:0 chr19 43519442 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.95;QD=60.3767;RBI=0.0620953;REFB=0;REVB=0.0434606;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141394;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr19 43575874 . T C 1055.75 PASS AF=0.444015;AO=114;DP=258;FAO=115;FDP=259;FR=.;FRO=144;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=79;FSRR=65;FWDB=0.00916048;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.019;QD=16.305;RBI=0.0198542;REFB=0.00195172;REVB=0.0176146;RO=144;SAF=60;SAR=54;SRF=79;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225162;STB=0.514986;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00231213;OID=.;OPOS=43575874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:144:144:114:115:0.444015:54:60:79:65:55:60:79:65 chr19 43575905 . C T 1652.97 PASS AF=0.52862;AO=156;DP=296;FAO=157;FDP=297;FR=.;FRO=140;FSAF=84;FSAR=73;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=0.0136329;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.167;QD=22.2622;RBI=0.0249368;REFB=-0.0149502;REVB=-0.0208803;RO=138;SAF=83;SAR=73;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033873;STB=0.516554;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0138006;OID=.;OPOS=43575905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:297:138:140:156:157:0.52862:73:83:68:70:73:84:70:70 chr19 43579642 . A G 612.41 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0239686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2493;QD=24.016;RBI=0.0260786;REFB=0.0361621;REVB=-0.0102763;RO=43;SAF=27;SAR=32;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775815;STB=0.542359;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0288098;OID=.;OPOS=43579642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:59:59:0.578431:32:27:24:19:32:27:24:19 chr19 43579679 . T A 319.13 PASS AF=0.378947;AO=35;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=46;FWDB=0.0713132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.678;QD=13.4372;RBI=0.0716817;REFB=-0.0196071;REVB=0.00725879;RO=56;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305658;STB=0.673599;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0420461;OID=.;OPOS=43579679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:59:35:36:0.378947:17:18:13:43:18:18:13:46 chr19 43585111 . C G 580.61 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0102882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.446;QD=18.8816;RBI=0.0104392;REFB=-0.0179183;REVB=-0.00176864;RO=63;SAF=33;SAR=27;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538312;STB=0.529786;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0195493;OID=.;OPOS=43585111;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:27:33:31:32:27:33:31:32 chr19 43585325 . G A 947.77 PASS AF=0.383803;AO=109;DP=284;FAO=109;FDP=284;FR=.;FRO=175;FSAF=76;FSAR=33;FSRF=109;FSRR=66;FWDB=-0.0072823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.819;QD=13.3488;RBI=0.01432;REFB=-0.00210465;REVB=-0.01233;RO=175;SAF=76;SAR=33;SRF=109;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921433;STB=0.552048;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00366454;OID=.;OPOS=43585325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:175:175:109:109:0.383803:33:76:109:66:33:76:109:66 chr19 43586664 . C G 1395.14 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.823;QD=62.0062;RBI=0.0180432;REFB=0;REVB=0.0134739;RO=1;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2804e-05;OID=.;OPOS=43586664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:36:53:0:1:37:53:0:0 chr19 43679410 . A G 2883.2 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724957;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.136;QD=63.0207;RBI=0.0690861;REFB=0;REVB=0.0687047;RO=0;SAF=107;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87762e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:177:183:0:0:177:183:1:70:107:0:0:75:108:0:0 chr19 43680051 . C T 2486.57 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00125722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.97;QD=60.6481;RBI=0.00559824;REFB=-0.014207;REVB=0.00545525;RO=1;SAF=110;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430666;STB=0.502262;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=7.21522e-07;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:53:110:1:0:53:110:1:0 chr19 43680147 . C T 903.88 PASS AF=0.573333;AO=86;DP=152;FAO=86;FDP=150;FR=.;FRO=64;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0480082;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.516;QD=24.1036;RBI=0.0577903;REFB=-0.0460128;REVB=0.0321703;RO=64;SAF=54;SAR=32;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372919;STB=0.520277;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0257346;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:64:64:86:86:0.573333:32:54:43:21:32:54:43:21 chr19 43689004 . G A 594.94 PASS AF=0.425676;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0117678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7994;QD=16.0795;RBI=0.0139563;REFB=-0.00964414;REVB=0.00750307;RO=85;SAF=23;SAR=40;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148492;STB=0.58327;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0153685;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:85:85:63:63:0.425676:40:23:43:42:40:23:43:42 chr19 43690506 . G C 424.81 PASS AF=0.429825;AO=41;DP=106;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00597272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.344;QD=14.9055;RBI=0.0515726;REFB=-0.0160474;REVB=0.0512256;RO=61;SAF=25;SAR=16;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354461;STB=0.525521;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0219772;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:114:61:65:41:49:0.429825:16:25:37:24:19:30:37:28 chr19 43699198 . G A 821.79 PASS AF=0.459459;AO=85;DP=187;FAO=85;FDP=185;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.00629585;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.665;QD=17.7683;RBI=0.00636316;REFB=-0.00220779;REVB=-0.000923127;RO=93;SAF=52;SAR=33;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307271;STB=0.53459;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00354773;OID=.;OPOS=43699198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:93:100:85:85:0.459459:33:52:54:39:33:52:55:45 chr19 43699278 . A G 704.79 PASS AF=0.5;AO=67;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00479457;FXX=0.0340113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.045;QD=19.8531;RBI=0.00479627;REFB=-0.00833178;REVB=-0.000127392;RO=68;SAF=34;SAR=33;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100888;STB=0.563262;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00767975;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:68:71:67:71:0.5:33:34:42:26:36:35:44:27 chr19 43699336 . T C 1990.64 PASS AF=0.963504;AO=131;DP=138;FAO=132;FDP=137;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0236777;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.561;QD=58.1209;RBI=0.0455519;REFB=-0.0638382;REVB=0.0389146;RO=4;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249948;STB=0.516127;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00406155;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:138:137:4:5:131:132:0.963504:74:57:0:4:75:57:0:5 chr19 43699417 . A G 2547.28 PASS AF=1;AO=159;DP=163;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0825687;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6871;QD=61.0127;RBI=0.101315;REFB=0;REVB=0.0587117;RO=0;SAF=79;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57436e-05;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:167:0:0:159:167:1:80:79:0:0:88:79:0:0 chr19 43702342 . C T 887.57 PASS AF=0.420601;AO=96;DP=234;FAO=98;FDP=233;FR=.;FRO=135;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=-0.0328618;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.309;QD=15.2372;RBI=0.0354807;REFB=-0.0116634;REVB=-0.0133785;RO=132;SAF=51;SAR=45;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246035;STB=0.517274;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0165553;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:132:135:96:98:0.420601:45:51:67:65:45:53:69:66 chr19 43708245 . G C 830.73 PASS AF=0.423963;AO=92;DP=217;FAO=92;FDP=217;FR=.;FRO=125;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=0.0173022;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.94;QD=15.3129;RBI=0.0303854;REFB=-0.00192773;REVB=-0.0249782;RO=124;SAF=59;SAR=33;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108834;STB=0.558876;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00242123;OID=.;OPOS=43708245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:124:125:92:92:0.423963:33:59:67:57:33:59:68:57 chr19 43708926 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000630829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.351;QD=53.2771;RBI=0.00598689;REFB=0;REVB=-0.00595357;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04587e-05;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 43708968 . T C 411.79 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.328;QD=56.7989;RBI=0.0307509;REFB=0;REVB=0.0296394;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57981e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:10:17:0:0:12:17:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 390.91 PASS AF=0,0.892857,0.107143;AO=3,16,10;DP=30;FAO=0,25,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,2;FSAR=0,10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000606108,0.000162398,-0.00018463;FXX=0.0666445;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=246.273,258.26,255.538;QD=55.8442;RBI=0.0124516,0.0106447,0.00969598;REFB=0,0,0;REVB=0.0124368,0.0106435,0.00969422;RO=0;SAF=0,12,5;SAR=3,4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.07465e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0027696,0.00668846;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.892857,0.107143:3,16,10:30:0,25,3:28:0:0,15,2:0,10,1:0:0:16:0:0,12,5:3,4,5:0:0 chr19 43709619 . C T 1355.87 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000546319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9269;QD=57.0893;RBI=0.0660205;REFB=0.0367019;REVB=0.0660182;RO=5;SAF=59;SAR=31;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00611261;STB=0.50323;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00156856;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:95:95:5:5:90:90:0.947368:31:59:3:2:31:59:3:2 chr19 43709647 . G A 1426.55 PASS AF=0.943925;AO=99;DP=105;FAO=101;FDP=107;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0388831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4405;QD=53.3289;RBI=0.0819628;REFB=-0.0183356;REVB=0.0721527;RO=6;SAF=71;SAR=28;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285585;STB=0.514398;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00168493;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:107:6:6:99:101:0.943925:28:71:3:3:29:72:3:3 chr19 43709654 . C A 1586.06 PASS AF=0.973214;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000928883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.885;QD=56.6451;RBI=0.0624403;REFB=-0.00975491;REVB=0.0624334;RO=4;SAF=77;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174744;STB=0.501282;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.000194331;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:4:3:108:109:0.973214:31:77:2:2:32:77:2:1 chr19 43709656 . C G 1616.9 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0201724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.909;QD=57.2355;RBI=0.0455752;REFB=0.0732533;REVB=0.0408678;RO=2;SAF=78;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120167;STB=0.501363;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.000786361;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:2:3:110:110:0.973451:32:78:2:0:32:78:2:1 chr19 43773599 . T C 1449.43 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00052644;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.564;QD=57.4033;RBI=0.0131216;REFB=-0.0436295;REVB=0.013111;RO=1;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123185;STB=0.512818;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00281177;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:101:1:2:99:99:0.980198:38:61:0:1:38:61:0:2 chr19 43857873 . G C 1652.94 PASS AF=0.990909;AO=87;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890526;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.366;QD=60.1069;RBI=0.0890549;REFB=0;REVB=0.000643745;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418687;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:110:0:0:87:109:0.990909:41:46:0:0:39:70:0:0 chr19 43865692 . G A 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.689;QD=56.1768;RBI=0.135911;REFB=0;REVB=0.11406;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202636;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr19 43910649 . G T 134.3 PASS AF=0.736842;AO=12;DP=17;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000886967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.879;QD=28.274;RBI=0.0500705;REFB=-0.0372308;REVB=0.0500627;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157187;STB=0.596878;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0221708;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:19:5:5:12:14:0.736842:6:6:4:1:8:6:4:1 chr19 43910764 . A G 668.69 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.932;QD=62.2037;RBI=0.0424393;REFB=0;REVB=0.0422842;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228024;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:19:22:0:0:21:22:0:0 chr19 43922061 . A G 476.75 PASS AF=0.534884;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0193374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8911;QD=22.1745;RBI=0.0194115;REFB=-0.00503335;REVB=0.00169513;RO=40;SAF=28;SAR=17;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251487;STB=0.630574;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00878391;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:45:46:0.534884:17:28:13:27:18:28:13:27 chr19 43965029 . G A 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.015849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9792;QD=12.5687;RBI=0.024019;REFB=-0.0042869;REVB=-0.0180478;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132467;STB=0.577458;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0072828;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:9:17:8:7:9:17 chr19 43979589 . G T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.139;QD=62.9819;RBI=0.0419917;REFB=0;REVB=0.041732;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016705;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr19 43999432 . A T 164.79 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00653159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.892;QD=13.4525;RBI=0.00923565;REFB=-0.00878779;REVB=-0.00652959;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221559;STB=0.641809;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0198126;OID=.;OPOS=43999432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:5:13:16:14:5:13:16:15 chr19 44001345 . C T 251.31 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0155442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1293;QD=17.0378;RBI=0.041532;REFB=-0.0200002;REVB=0.0385135;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215515;STB=0.627154;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0447231;OID=.;OPOS=44001345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:15:13:21:9:15:13:22:9 chr19 44047550 . T C 563.67 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6683;QD=57.8118;RBI=0.0241179;REFB=-0.111649;REVB=0.0213288;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00169681;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:23:15:1:0 chr19 44047826 . T A 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.661;QD=62.665;RBI=0.0510467;REFB=0;REVB=0.00327079;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122873;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 44055726 . T C 994.39 PASS AF=1;AO=54;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605041;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.747;QD=59.3664;RBI=0.0744658;REFB=0;REVB=0.0434098;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176461;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:1:0:54:67:1:32:22:1:0:35:32:0:0 chr19 44057574 . G A 442.02 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0196048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.098;QD=31.0188;RBI=0.0198828;REFB=-0.045674;REVB=0.00331368;RO=17;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672796;STB=0.503648;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0215981;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:24:16:7:10:24:16:7:10 chr19 44081287 . C CG 156.77 PASS AF=1;AO=4;DP=33;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134322;FXX=0.242351;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.5808;QD=25.0837;RBI=0.0388547;REFB=0.00283831;REVB=-0.0364591;RO=26;SAF=3;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0293859;OID=.;OPOS=44081288;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:33:25:25:0:15:10:0:0:4:26:3:1:16:10 chr19 44081288 . A C,G 461.52 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=4,27;DP=31;FAO=4,29;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=4,17;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832795,0.000377207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.593,63.8215;QD=55.9415;RBI=0.0134124,0.0104033;REFB=0,0;REVB=-0.0105137,0.0103965;RO=0;SAF=4,16;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.03417,-0.00134755;OID=.,.;OPOS=44081288,44081288;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:31:33:0:0:4,27:4,29:0.121212,0.878788:0,11:4,16:0:0:0,12:4,17:0:0 chr19 44082945 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.749;QD=51.1833;RBI=0.0604213;REFB=0;REVB=0.0600447;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003625;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 44098963 . C G 512.43 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.000202335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.868;QD=19.7089;RBI=0.0055636;REFB=-0.0456869;REVB=0.00555992;RO=49;SAF=27;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526415;STB=0.538224;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0407299;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:51:53:53:0.509615:26:27:22:27:26:27:22:29 chr19 44102989 . TGGGGG TGGGG,TGGGGC 282.4 PASS AF=0.771429,0;AO=36,3;DP=70;FAO=54,0;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=28,0;FSAR=26,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0940996,0.075867;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.39571,8.57237;QD=16.1369;RBI=0.114026,0.0863011;REFB=-0.0267609,0.0220228;REVB=0.064398,-0.0411349;RO=14;SAF=15,0;SAR=21,3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0808907,-0.650928;STB=0.510071,0.5;STBP=0.774,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0599951,-0.0870737;OID=.,.;OPOS=44102990,44102994;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.771429,0:36,3:70:54,0:70:16:28,0:26,0:9:7:40:14:15,0:21,3:8:6 chr19 44118188 . A C 52.89 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0196453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.685;QD=21.1567;RBI=0.0258877;REFB=-0.0349791;REVB=-0.0168593;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175667;STB=0.599755;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0169305;OID=.;OPOS=44118188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:3:0:1:6:3:0 chr19 44118353 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00153537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8187;QD=19.8497;RBI=0.00415594;REFB=-0.0354581;REVB=-0.00386193;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191154;STB=0.56863;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0196897;OID=.;OPOS=44118353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:14:15:0.535714:6:8:4:8:7:8:5:8 chr19 44126738 . G A 548.59 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.764;QD=59.307;RBI=0.0453851;REFB=0;REVB=0.0265468;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003017;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:12:23:0:0:13:24:0:0 chr19 44156435 . A G 377.33 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0190484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6084;QD=21.5617;RBI=0.0645646;REFB=0.00559326;REVB=-0.0616907;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117531;STB=0.56492;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00615542;OID=.;OPOS=44156435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:16:22:14:18:16:22:14:18 chr19 44303066 . C G 105.34 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0178926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.643;QD=12.0392;RBI=0.0434938;REFB=-0.029547;REVB=0.039643;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153944;STB=0.573876;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0497539;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:11:13:0.371429:4:7:11:11:5:8:11:11 chr19 44341340 . A G 489.83 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0454853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.226;QD=19.5931;RBI=0.0455061;REFB=0.00319361;REVB=-0.00137806;RO=52;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108108;STB=0.559975;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00363447;OID=.;OPOS=44341340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:24:24:20:32:24:24:20:32 chr19 44351694 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0183308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.393;QD=9.49162;RBI=0.0378762;REFB=-0.0126153;REVB=-0.0331449;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331472;STB=0.695299;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0188069;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:15:3:4:5:15:3 chr19 44351836 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0446793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.509;QD=21.0081;RBI=0.0470558;REFB=-0.0193957;REVB=-0.0147654;RO=25;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250963;STB=0.643579;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0233261;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:29:30:0.545455:20:9:15:10:21:9:15:10 chr19 44351860 . T C 271.96 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0184219;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6452;QD=19.0847;RBI=0.0270707;REFB=-0.0214835;REVB=0.0198357;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21641;STB=0.628827;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0143133;OID=.;OPOS=44351860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:27:28:29:29:0.508772:18:11:17:10:18:11:18:10 chr19 44352665 . T C 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0170543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.449;QD=24.8184;RBI=0.0208888;REFB=0.0058021;REVB=0.0120621;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112762;STB=0.56245;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00250854;OID=.;OPOS=44352665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:13:5:10:14:13:5 chr19 44377357 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00215034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.565;QD=53.9321;RBI=0.00215096;REFB=0.06205;REVB=5.19217e-05;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000769871;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:1:0:17:13:1:0 chr19 44377669 . G A 255.57 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0400974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3364;QD=17.9346;RBI=0.0406703;REFB=-0.0305766;REVB=0.0068022;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127608;STB=0.562769;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0149534;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:12:16:12:16:12:16:13:16 chr19 44417575 . A G 367.97 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0121573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3454;QD=22.3012;RBI=0.0176437;REFB=0.00736417;REVB=-0.0127868;RO=29;SAF=26;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123669;STB=0.506819;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00811064;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:11:26:20:9:11:26:20:9 chr19 44418077 . C T 420.22 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0256189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2904;QD=16.4791;RBI=0.0256443;REFB=-0.00118749;REVB=0.00114236;RO=56;SAF=30;SAR=16;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663803;STB=0.537174;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00187918;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:16:30:33:23:16:30:33:23 chr19 44418343 . C T 485.35 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00348035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.494;QD=21.1023;RBI=0.00425636;REFB=-0.0216946;REVB=0.00245025;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184408;STB=0.5102;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0123035;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:44:45:46:47:0.51087:21:25:23:21:22:25:23:22 chr19 44418544 . A G 507.87 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0143207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9466;QD=20.9429;RBI=0.0161878;REFB=-0.0122888;REVB=-0.00754721;RO=47;SAF=25;SAR=24;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561116;STB=0.525641;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0247912;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:48:49:49:0.505155:24:25:21:26:24:25:22:26 chr19 44418680 . G C 83.01 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.077305;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.928;QD=8.73839;RBI=0.0780598;REFB=-0.0107138;REVB=-0.0108291;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522814;STB=0.519196;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0263347;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:38:26:27:11:11:0.289474:5:6:13:13:5:6:14:13 chr19 44418693 . T C 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0438139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.638;QD=16.4782;RBI=0.0555812;REFB=-0.00763547;REVB=-0.0341996;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114392;STB=0.565686;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0143981;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:13:12:7:12:13:12 chr19 44418824 . C T 308.08 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0250094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.293;QD=13.3946;RBI=0.061029;REFB=-0.0115537;REVB=-0.0556693;RO=57;SAF=15;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833646;STB=0.504759;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0207518;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:20:15:24:33:20:15:24:33 chr19 44419030 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.057;QD=58.2389;RBI=0.0229151;REFB=0;REVB=-0.00598841;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38745e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr19 44470189 . TT AC,AT 712.68 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,44;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908617,-0.0289023;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=109.398,158.043;QD=61.9719;RBI=0.013978,0.0301108;REFB=0,0;REVB=0.010622,0.00844521;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0394946,0.00141416;OID=.,.;OPOS=44470189,44470189;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:2,44:2,44:0.0434783,0.956522:1,29:1,15:0:0:1,29:1,15:0:0 chr19 44470420 . T C 1047.98 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836789;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.583;QD=59.8848;RBI=0.0435877;REFB=0;REVB=0.0427769;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410829;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr19 44470548 . A G 834.1 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000805236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0807;QD=57.5242;RBI=0.0610591;REFB=0;REVB=0.0610537;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557507;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr19 44470663 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.769;QD=58.4197;RBI=0.0114844;REFB=0;REVB=-0.0104386;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67144e-06;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:27:36:0:0 chr19 44471209 . T A 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9654;QD=56.9544;RBI=0.0415493;REFB=0;REVB=0.035435;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81236e-05;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr19 44471323 . G A 1133.86 PASS AF=0.9875;AO=70;DP=73;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00798689;FXX=0.0243873;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.833;QD=56.6928;RBI=0.0408794;REFB=-0.0774591;REVB=0.0400916;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119697;STB=0.505262;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00344981;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:80:1:1:70:79:0.9875:31:39:1:0:32:47:1:0 chr19 44471324 . G A 31.8 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0275216;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.9367;QD=1.49635;RBI=0.0275526;REFB=-0.0204404;REVB=0.00130585;RO=76;SAF=6;SAR=2;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238866;STB=0.697593;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0964404;OID=.;OPOS=44471324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:84:85:76:77:8:8:0.0941176:2:6:42:34:2:6:42:35 chr19 44494215 . T C 313.35 PASS AF=0.448718;AO=33;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0524075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2896;QD=16.0694;RBI=0.0743846;REFB=-0.0194995;REVB=0.0527875;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157122;STB=0.572479;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0376213;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:43:33:35:0.448718:15:18:30:13:15:20:30:13 chr19 44496070 . A G 296.03 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.000652911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.578;QD=15.5804;RBI=0.0215069;REFB=-0.0243088;REVB=-0.021497;RO=43;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733688;STB=0.541376;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0313828;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:16:17:19:24:16:17:19:24 chr19 44500478 . A T 904.69 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.415;QD=57.4406;RBI=0.0568908;REFB=0;REVB=0.0380457;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236302;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:58:63:1:39:19:0:0:41:22:0:0 chr19 44500761 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.991;QD=62.6145;RBI=0.00696269;REFB=0;REVB=0.00045182;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73976e-06;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr19 44501116 . A G 633.03 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.502;QD=61.7591;RBI=0.0369382;REFB=0;REVB=0.0179509;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07173e-05;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr19 44501227 . A G 880.61 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0447113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7491;QD=55.9116;RBI=0.0574871;REFB=0.110831;REVB=0.036134;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178082;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00110155;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:35:26:1:0:35:27:1:0 chr19 44501518 . G A 712.46 PASS AF=0.514706;AO=68;DP=134;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.018816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.247;QD=20.9546;RBI=0.023926;REFB=-0.022005;REVB=0.0147788;RO=65;SAF=28;SAR=40;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451858;STB=0.519986;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0181022;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:65:66:68:70:0.514706:40:28:30:35:41:29:30:36 chr19 44501627 . T C 368.51 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0101309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.814;QD=19.3952;RBI=0.0164035;REFB=-0.010549;REVB=0.0129012;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11941;STB=0.556351;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0109568;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:23:15:10:27:23:15:11:27 chr19 44511202 . A T 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0100525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.456;QD=17.9231;RBI=0.0259012;REFB=-0.0187778;REVB=-0.0238709;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316064;STB=0.523244;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0232982;OID=.;OPOS=44511202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:20:20:24:21:20:20:25:21 chr19 44511223 . T G 1399.64 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00635927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7348;QD=61.5225;RBI=0.0276709;REFB=-0.0765508;REVB=0.0269302;RO=1;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114199;STB=0.506023;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000308348;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:41:49:0:1:41:49:0:1 chr19 44515352 . T G 635.54 PASS AF=0.516129;AO=62;DP=122;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0202993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.627;QD=20.5013;RBI=0.0203132;REFB=-0.000893345;REVB=-0.000751608;RO=59;SAF=41;SAR=21;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230394;STB=0.626503;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000629716;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:59:60:62:64:0.516129:21:41:24:35:22:42:24:36 chr19 44515514 . C A 538.7 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0318562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7935;QD=21.7655;RBI=0.041633;REFB=0.00215881;REVB=-0.0268046;RO=48;SAF=16;SAR=35;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119614;STB=0.566217;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00265808;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:35:16:21:27:35:16:21:27 chr19 44535999 . G T 185.54 PASS AF=0.487179;AO=15;DP=37;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0125868;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.442;QD=19.03;RBI=0.0127405;REFB=-0.0127901;REVB=-0.00197247;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342877;STB=0.509424;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0139976;OID=.;OPOS=44535999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:20:15:19:0.487179:5:10:14:8:6:13:14:6 chr19 44564981 . G A 1810.9 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00849573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.999;QD=59.3736;RBI=0.0137609;REFB=0.025125;REVB=0.0108252;RO=2;SAF=58;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000519508;STB=0.500273;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=8.23986e-06;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:62:58:1:1:62:58:1:1 chr19 44570393 . C A 422.53 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=105;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00771524;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.873;QD=16.2513;RBI=0.0239979;REFB=-0.0189289;REVB=-0.0227239;RO=57;SAF=23;SAR=23;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955182;STB=0.558571;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0248088;OID=.;OPOS=44570393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:57:57:46:47:0.451923:23:23:23:34:23:24:23:34 chr19 44570551 . G A 538.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5118;QD=59.8283;RBI=0.0446037;REFB=0;REVB=0.0167958;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611204;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr19 44570714 . T C 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0161616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.432;QD=25.4294;RBI=0.0384551;REFB=-0.0262377;REVB=-0.0348941;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890102;STB=0.504946;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.021516;OID=.;OPOS=44570714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:12:10:7:8:12:10:7:8 chr19 44571154 . T C 184.08 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00617595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4349;QD=26.297;RBI=0.0495466;REFB=0.00732134;REVB=-0.0491602;RO=10;SAF=15;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468429;STB=0.763562;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00514857;OID=.;OPOS=44571154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:3:15:2:8:3:15:2:8 chr19 44571333 . G GA 42.59 PASS AF=0.129032;AO=9;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00482589;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.6556;QD=2.74763;RBI=0.0070172;REFB=-0.0011994;REVB=0.0050943;RO=53;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262459;STB=0.814634;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.0425035;OID=.;OPOS=44571334;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129032:9:62:8:62:54:1:7:23:31:42:53:2:7:22:31 chr19 44589999 . TCTC T,TCAC 230.08 PASS AF=0.489796,0;AO=24,4;DP=53;FAO=24,0;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9,0;FSAR=15,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00827618,-0.0166006;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=207.138,80.5879;QD=18.7816;RBI=0.0144906,0.0203938;REFB=-0.0377202,-0.0204309;REVB=-0.0118947,-0.011846;RO=24;SAF=9,0;SAR=15,4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.58992;STB=0.513502,0.5;STBP=0.839,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0331077,0;OID=.,.;OPOS=44590000,44590001;OREF=CTC,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796,0:24,4:53:24,0:49:25:9,0:15,0:10:15:99:24:9,0:15,4:9:15 chr19 44590558 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00999633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2862;QD=14.6567;RBI=0.05695;REFB=-0.0134339;REVB=-0.0560658;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122807;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0176326;OID=.;OPOS=44590558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:7:10:6:7:7:10 chr19 44591360 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.905;QD=57.7114;RBI=0.0166251;REFB=0;REVB=0.0161687;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5426e-05;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr19 44610665 . A G 919.95 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.557;QD=58.4095;RBI=0.0156631;REFB=0;REVB=0.00453428;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55421e-05;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr19 44610798 . A T 877.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1879;QD=57.5729;RBI=0.038095;REFB=0;REVB=0.00564911;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129553;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:37:24:0:0 chr19 44611066 . T A,C 582.62 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,37;DP=39;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655852,0.0499338;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.894,77.1658;QD=59.7561;RBI=0.0409371,0.0853552;REFB=0,0;REVB=0.0404083,0.0692252;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0295534,0.00930824;OID=.,.;OPOS=44611066,44611066;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:39:0:0:2,37:2,37:0.0512821,0.948718:2,20:0,17:0:0:2,20:0,17:0:0 chr19 44611420 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.933;QD=64.4144;RBI=0.00863699;REFB=0;REVB=0.00798547;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15321e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr19 44612004 . GA G,GG 1047.58 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=8,62;DP=70;FAO=6,66;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=3,36;FSAR=3,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017018,0.0175546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.722,271.844;QD=58.1988;RBI=0.0328405,0.027699;REFB=0,0;REVB=0.028087,0.021426;RO=0;SAF=5,32;SAR=3,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0173256,0.0017403;OID=.,.;OPOS=44612005,44612005;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:8,62:70:6,66:72:0:3,36:3,30:0:0:9:0:5,32:3,30:0:0 chr19 44612014 . A T 1127.78 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.197;QD=60.1485;RBI=0.0639274;REFB=0;REVB=0.00921141;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41314e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:72:75:1:33:39:0:0:34:41:0:0 chr19 44612231 . A G 672.55 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0264832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.671;QD=51.7344;RBI=0.0500205;REFB=-0.191092;REVB=0.0424346;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361667;STB=0.519223;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00396571;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:25:24:0:2:25:25:0:2 chr19 44652954 . G A 458.39 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.00660096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.427;QD=14.2136;RBI=0.0271099;REFB=-0.0244035;REVB=0.026294;RO=77;SAF=36;SAR=16;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181891;STB=0.603052;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0304418;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:16:36:41:36:16:36:41:36 chr19 44660967 . A G 178.57 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00825757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4263;QD=23.0407;RBI=0.00955793;REFB=-0.0136988;REVB=-0.00481315;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570112;STB=0.512182;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0137333;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:11:13:17:18:0.580645:12:5:4:7:12:6:4:9 chr19 44721699 . C T 316.86 PASS AF=0.367347;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0137913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.857;QD=12.9329;RBI=0.0396939;REFB=-0.0153742;REVB=0.037221;RO=62;SAF=17;SAR=18;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159313;STB=0.581589;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.037415;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:62:62:35:36:0.367347:18:17:39:23:18:18:39:23 chr19 44739399 . T C 42.35 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00727142;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.295;QD=12.0998;RBI=0.0542504;REFB=-0.00815373;REVB=-0.0537608;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0246608;OID=.;OPOS=44739399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:14:14:7:7:5:5:0.357143:1:4:5:2:1:4:5:2 chr19 44764064 . A G 1877.51 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4039;QD=61.5577;RBI=0.0448093;REFB=0;REVB=-0.0165184;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214001;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:63:59:0:0:63:59:0:0 chr19 44778405 . A C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.883;QD=55.0097;RBI=0.0481104;REFB=-0.00503634;REVB=0.0435749;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000171993;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:1:0:17:15:1:0 chr19 44778796 . G A 67.63 PASS AF=0.27451;AO=2;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00683821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4085;QD=5.30444;RBI=0.0127345;REFB=-0.00110496;REVB=-0.0107427;RO=33;SAF=1;SAR=1;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393263;STB=0.54895;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00209215;OID=.;OPOS=44778796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:51:33:37:2:14:0.27451:1:1:18:15:7:7:21:16 chr19 44778797 . T A 87.7 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00540278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.142;QD=6.8782;RBI=0.00708025;REFB=-0.0032968;REVB=-0.004576;RO=39;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779829;STB=0.548939;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0220762;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:6:6:22:17:6:6:22:17 chr19 44778799 . G A 89.0 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0687161;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6192;QD=7.26568;RBI=0.0690364;REFB=-0.00140635;REVB=-0.00664276;RO=37;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816724;STB=0.550936;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00348131;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:6:6:21:16:6:6:21:16 chr19 44792701 . T G 359.56 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0427702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.307;QD=17.3283;RBI=0.0586454;REFB=-0.00305288;REVB=0.0401247;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209991;STB=0.617201;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00479312;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:21:17:30:15:21:17:30:15 chr19 44792810 . G C 541.03 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0328043;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2656;QD=16.395;RBI=0.0362795;REFB=0.000336929;REVB=0.0154944;RO=74;SAF=30;SAR=28;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579251;STB=0.532348;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000878768;OID=.;OPOS=44792810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:74:74:58:58:0.439394:28:30:34:40:28:30:34:40 chr19 44792969 . G A 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4812;QD=53.2666;RBI=0.0318278;REFB=0;REVB=-0.0241838;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39694e-05;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 44831989 . T G 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00561427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.448;QD=19.0168;RBI=0.0221813;REFB=-0.00022066;REVB=0.0214591;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149262;STB=0.585249;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000570943;OID=.;OPOS=44831989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:7:7:5:10:7:7 chr19 44832684 . T G 1208.7 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.87;QD=61.2;RBI=0.0396566;REFB=0;REVB=-0.00017487;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67275e-05;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr19 44832875 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.99;QD=58.0596;RBI=0.0119228;REFB=0;REVB=0.0106018;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07745e-05;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr19 44832992 . C G 870.77 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00170442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1076;QD=56.1789;RBI=0.0164202;REFB=-0.0896866;REVB=0.0163315;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512816;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000138417;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:42:19:0:0:42:19:1:0 chr19 44833506 . C T 1380.68 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2065;QD=61.3636;RBI=0.0333958;REFB=-0.0488751;REVB=0.0295555;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000766745;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:40:49:0:0:40:49:1:0 chr19 44833851 . G C 1662.46 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103769;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.678;QD=59.9086;RBI=0.0645474;REFB=0;REVB=0.0637078;RO=0;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664742;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:108:111:1:41:67:0:0:44:67:0:0 chr19 44840789 . T C 1664.34 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.305;QD=59.9764;RBI=0.0308384;REFB=0;REVB=0.0247382;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45542e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:106:111:1:48:58:0:0:50:61:0:0 chr19 44890697 . A G 242.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0372848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.185;QD=22.5974;RBI=0.0437048;REFB=-0.00697966;REVB=0.0228025;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331488;STB=0.685551;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00809938;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:7:16:6:14:7:16:6:14 chr19 44891784 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.579;QD=63.5818;RBI=0.0242496;REFB=0;REVB=0.0160708;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109085;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr19 44930880 . G A 1117.67 PASS AF=0.362162;AO=133;DP=372;FAO=134;FDP=370;FR=.;FRO=236;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=103;FSRR=133;FWDB=-0.0296763;FXX=0.013333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8468;QD=12.0829;RBI=0.0312098;REFB=-0.00203972;REVB=-0.00966253;RO=231;SAF=68;SAR=65;SRF=100;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879146;STB=0.549948;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00287319;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:370:231:236:133:134:0.362162:65:68:100:131:65:69:103:133 chr19 44934489 . G A 354.99 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0180838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8407;QD=12.4556;RBI=0.0335254;REFB=-0.00988053;REVB=0.0282299;RO=70;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155651;STB=0.583903;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0188594;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:70:71:43:43:0.377193:19:24:29:41:19:24:30:41 chr19 44981318 . G A 163.68 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0115483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.744;QD=20.4595;RBI=0.011555;REFB=-0.00633042;REVB=-0.000393446;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.591136;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00491453;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:10:5:9:8:10:5 chr19 44981883 . C G 228.08 PASS AF=0.35;AO=27;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0077384;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.257;QD=11.4041;RBI=0.0174164;REFB=-0.0107807;REVB=-0.0156028;RO=52;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293655;STB=0.65374;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0249736;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:52:27:28:0.35:10:17:19:33:11:17:19:33 chr19 44983567 . C G 490.4 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0045606;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.169;QD=13.912;RBI=0.0152811;REFB=-0.00165054;REVB=0.0145847;RO=85;SAF=27;SAR=28;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344709;STB=0.505544;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00218482;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:85:86:55:55:0.390071:28:27:42:43:28:27:43:43 chr19 45001346 . G A 352.35 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00100689;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1999;QD=18.0692;RBI=0.036119;REFB=-0.0194242;REVB=-0.036105;RO=38;SAF=28;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848945;STB=0.565371;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0169504;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:41:37:37:0.474359:9:28:26:12:9:28:27:14 chr19 45016990 . CT CC,C 2646.27 PASS AF=0.0505618,0.949438;AO=11,167;DP=179;FAO=9,169;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=7,86;FSAR=2,83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759139,-0.0177218;FXX=0.00558628;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.73931,26.7071;QD=59.4668;RBI=0.0849478,0.120432;REFB=0,0;REVB=0.0846079,0.119121;RO=0;SAF=8,85;SAR=3,82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02973e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00567242,-0.000314766;OID=.,.;OPOS=45016991,45016991;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0505618,0.949438:11,167:179:9,169:178:0:7,86:2,83:0:0:14:0:8,85:3,82:0:0 chr19 45021210 . G A 292.62 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0438506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3371;QD=17.2127;RBI=0.087981;REFB=-0.00327145;REVB=0.0762744;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246802;STB=0.523241;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00606088;OID=.;OPOS=45021210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:20:12:14:21:20:12:15:21 chr19 45029208 . G A 563.44 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.031755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5483;QD=22.7651;RBI=0.0325925;REFB=-0.0203515;REVB=0.00734093;RO=46;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749707;STB=0.541161;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0221861;OID=.;OPOS=45029208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:23:30:30:16:23:30:30:16 chr19 45121424 . G A 331.95 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00116901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.033;QD=16.1926;RBI=0.00470577;REFB=-0.0290096;REVB=-0.00455825;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148012;STB=0.582946;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0436067;OID=.;OPOS=45121424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:17:19:31:15:17:19:31:15 chr19 45153329 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0019309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.172;QD=17.4275;RBI=0.0118521;REFB=-0.0115189;REVB=0.0116937;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460803;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0180265;OID=.;OPOS=45153329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:11:12:9:10:11:12 chr19 45162038 . A G 1327.57 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000541368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9733;QD=61.7475;RBI=0.0292057;REFB=0;REVB=0.0292007;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018997;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:85:86:1:36:49:0:1:37:49:0:0 chr19 45315755 . G A 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.00904752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4423;QD=8.32883;RBI=0.0188916;REFB=-0.0169572;REVB=-0.0165842;RO=46;SAF=11;SAR=8;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175398;STB=0.603672;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.017805;OID=.;OPOS=45315755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:8:11:33:13:8:11:33:13 chr19 45389224 . A G 848.26 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324717;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.052;QD=55.6235;RBI=0.0342663;REFB=-0.135278;REVB=0.0109437;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000587016;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:1:59:60:0.983607:39:20:0:0:40:20:0:1 chr19 45392254 . C T 192.89 PASS AF=0.59375;AO=10;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0217782;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.2131;QD=24.1109;RBI=0.138148;REFB=-0.0899236;REVB=0.136421;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339259;STB=0.580567;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0709535;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:10:19:0.59375:5:5:2:11:13:6:2:11 chr19 45395714 . T C 378.43 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00209791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8268;QD=13.1626;RBI=0.0163744;REFB=-0.0026863;REVB=-0.0162395;RO=69;SAF=27;SAR=18;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852947;STB=0.544464;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00444718;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:70:45:45:0.391304:18:27:36:33:18:27:37:33 chr19 45396144 . C T 242.47 PASS AF=0.451613;AO=24;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.158937;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.539;QD=15.643;RBI=0.159063;REFB=0.0114428;REVB=0.00632209;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134608;STB=0.611033;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0104041;OID=.;OPOS=45396144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:25:33:24:28:0.451613:15:9:13:12:16:12:21:12 chr19 45409167 . C G 162.42 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0243098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.044;QD=19.6873;RBI=0.0243098;REFB=-0.0163171;REVB=0;RO=15;SAF=17;SAR=0;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120926;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:0:17:15:0:0:17:16:0 chr19 45411941 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0222032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.171;QD=16.3859;RBI=0.0303715;REFB=-0.0268335;REVB=0.0207231;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238988;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.015914;OID=.;OPOS=45411941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:5:3:6:3:5:3 chr19 45448036 . T C 895.16 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.154;QD=57.7521;RBI=0.0293873;REFB=0;REVB=-0.0293402;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60204e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:34:28:0:0 chr19 45448465 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.589;QD=55.0986;RBI=0.0255792;REFB=0;REVB=-0.0093984;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28217e-05;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr19 45452694 . G GT 387.27 PASS AF=0.5;AO=37;DP=85;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0122267;FXX=0.0370325;HRUN=0;LEN=1;MLLD=272.242;QD=19.8601;RBI=0.015293;REFB=-0.0170572;REVB=0.00918598;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16754;STB=0.551155;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.0196868;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:37:85:39:78:39:19:20:23:16:99:46:17:20:29:17 chr19 45476422 . T C 1531.39 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.433;QD=63.1501;RBI=0.0206269;REFB=0;REVB=-0.0113127;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479252;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:97:0:0:92:97:1:49:43:0:0:50:47:0:0 chr19 45488567 . T C 164.48 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112893;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.805;QD=46.9954;RBI=0.048312;REFB=0;REVB=0.0469745;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193631;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr19 45490570 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0570453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9278;QD=16.7313;RBI=0.0765579;REFB=-0.0288705;REVB=-0.0510582;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513682;STB=0.528874;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0576247;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:17:19:18:13:17:19 chr19 45490636 . T C 268.56 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00626554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0203;QD=19.8936;RBI=0.0360494;REFB=-0.0207489;REVB=-0.0355007;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173418;STB=0.603102;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0259799;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:25:28:29:0.537037:18:10:13:10:19:10:14:11 chr19 45561063 . A G 791.57 PASS AF=0.966102;AO=49;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0406971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9699;QD=53.666;RBI=0.0480496;REFB=0.0281755;REVB=-0.0255443;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513153;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00410946;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:49:57:0.966102:29:20:0:0:37:20:0:2 chr19 45790001 . T A 46.34 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.120289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3336;QD=9.75574;RBI=0.172046;REFB=-0.00805395;REVB=0.123006;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104655;STB=0.528223;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0136949;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:6:7:0.368421:2:4:9:3:2:5:9:3 chr19 45790439 . C T 188.64 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0252295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.395;QD=29.0214;RBI=0.0709922;REFB=0.0200479;REVB=0.0663579;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236915;STB=0.63143;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00362054;OID=.;OPOS=45790439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:6:12:2:6:6:12:2:6 chr19 45801018 . T C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2786;QD=33.4187;RBI=0.0108267;REFB=0;REVB=-0.00983049;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000956138;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr19 45806609 . A G 185.76 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0639848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4857;QD=19.0522;RBI=0.0724797;REFB=0.0151835;REVB=-0.0340478;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293844;STB=0.664736;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0300435;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:4:16:9:10:4:16 chr19 45810035 . A G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0224911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.519;QD=18.7114;RBI=0.0266719;REFB=-0.00190341;REVB=-0.0143367;RO=19;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314214;STB=0.680337;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0013707;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:4:14:9:10:4:14:9:10 chr19 45818835 . A G 199.67 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0237504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.014;QD=15.069;RBI=0.030373;REFB=0.0145386;REVB=-0.0189326;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630218;STB=0.506573;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0223139;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:22:23:0.433962:10:12:16:13:11:12:16:14 chr19 45868309 . T G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0017117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.558;QD=23.0938;RBI=0.00397308;REFB=-0.0269881;REVB=0.00358545;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661604;STB=0.537146;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0261431;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:6:6:10:7:6:6 chr19 45882962 . T A 142.65 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00958968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8854;QD=11.1882;RBI=0.0180747;REFB=0.00182127;REVB=0.015321;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488152;STB=0.539859;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00186554;OID=.;OPOS=45882962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:10:7:15:18:10:7:16:18 chr19 45911871 . GA G 113.35 PASS AF=0.775;AO=19;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.121849;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.14891;QD=11.335;RBI=0.274139;REFB=-0.0315058;REVB=0.245571;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065238;STB=0.50888;STBP=0.837;TYPE=del;VARB=0.114362;OID=.;OPOS=45911872;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.775:19:40:31:40:9:15:16:4:5:16:13:9:10:5:8 chr19 45923653 . A G 441.91 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0566971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.99;QD=19.2134;RBI=0.0573123;REFB=-0.0352383;REVB=0.00837465;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619185;STB=0.522486;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0325945;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:47:44:45:0.48913:20:24:22:24:21:24:23:24 chr19 45978375 . A G 210.79 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0316305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4108;QD=14.053;RBI=0.0461538;REFB=0.00750484;REVB=-0.0336108;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25956;STB=0.639888;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0181486;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:16:9:21:13:16:9:21:14 chr19 45988684 . CG C 243.79 PASS AF=0.553846;AO=34;DP=67;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.113529;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7336;QD=15.0026;RBI=0.134096;REFB=-0.00492345;REVB=0.0713636;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152674;STB=0.593169;STBP=0.111;TYPE=del;VARB=0.0170665;OID=.;OPOS=45988685;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553846:34:67:36:65:29:16:20:19:10:99:29:16:18:19:10 chr19 45998247 . A G 136.65 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0118442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.734;QD=10.9317;RBI=0.0144305;REFB=0.00114325;REVB=-0.00824349;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440834;STB=0.526283;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0035199;OID=.;OPOS=45998247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:20:14:6:10:20:14 chr19 46003068 . A G 482.37 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.055581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9364;QD=23.247;RBI=0.0665189;REFB=-0.0150191;REVB=0.0365446;RO=37;SAF=29;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308834;STB=0.516984;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.019522;OID=.;OPOS=46003068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:17:29:22:15:17:29:22:15 chr19 46026970 . T A 282.19 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0307988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1068;QD=22.575;RBI=0.0311313;REFB=0.0559089;REVB=0.00453757;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118371;STB=0.565868;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0458838;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:11:15:17:7:11:15:17:7 chr19 46027125 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0106832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.822;QD=19.1804;RBI=0.0134945;REFB=-0.0221776;REVB=0.00824447;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332207;STB=0.693347;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.016976;OID=.;OPOS=46027125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:5:6:11:2:5:6 chr19 46029811 . GAAAAAAAAAT GAAAAAAAAT,GAAAAAAAATA,GAAAAAAAT,GAAAAAAATAT 312.76 PASS AF=0.6,0,0.107692,0.215385;AO=18,4,10,9;DP=71;FAO=39,0,7,14;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=27,0,7,11;FSAR=12,0,0,3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.123129,-0.197991,-0.0728135,-0.0509057;FXX=0.133316;HRUN=9,9,9,9;LEN=1,2,2,1;MLLD=7.13505,12.6453,10.9353,204.776;QD=19.247;RBI=0.238682,0.242667,0.128414,0.0509295;REFB=-0.103644,-0.055606,-0.0532001,-0.00767942;REVB=0.20447,0.14031,0.105775,0.00155822;RO=12;SAF=9,4,9,7;SAR=9,0,1,2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.685298,0.506153,0.303064;STB=0.586161,0.5,0.99833,0.726924;STBP=0.005,1,0.001,0.007;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=-0.0359861,0,0.0338203,0.0302106;OID=.,.,.,.;OPOS=46029812,46029820,46029812,46029819;OREF=A,AT,AA,A;OALT=-,TA,-,T;OMAPALT=GAAAAAAAAT,GAAAAAAAATA,GAAAAAAAT,GAAAAAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.6,0,0.107692,0.215385:18,4,10,9:71:39,0,7,14:65:5:27,0,7,11:12,0,0,3:0:5:90:12:9,4,9,7:9,0,1,2:6:6 chr19 46029981 . T C 928.17 PASS AF=0.505495;AO=92;DP=182;FAO=92;FDP=182;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=0.00550948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4793;QD=20.3992;RBI=0.00709402;REFB=0.0106277;REVB=-0.00446885;RO=90;SAF=40;SAR=52;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734174;STB=0.540266;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0072183;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:90:92:92:0.505495:52:40:32:58:52:40:32:58 chr19 46057081 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.194;QD=60.2289;RBI=0.0225704;REFB=0;REVB=0.0156806;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134043;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr19 46094597 . G A 281.44 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00340506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.277;QD=19.4096;RBI=0.00949049;REFB=-0.0290994;REVB=0.00885861;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598126;STB=0.533311;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0176779;OID=.;OPOS=46094597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:14:16:13:15:14:16:13:15 chr19 46095651 . A G 482.57 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.813;QD=58.4929;RBI=0.0271009;REFB=0;REVB=0.00297772;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91317e-05;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:12:21:0:0 chr19 46124517 . C T 100.96 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00407269;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.798;QD=25.2399;RBI=0.00917979;REFB=-0.0172348;REVB=0.00822689;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306644;STB=0.674367;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00486592;OID=.;OPOS=46124517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:1:4:3:8:1:4 chr19 46129999 . C A 103.62 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.159619;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.5191;QD=15.941;RBI=0.161371;REFB=-0.00097837;REVB=0.0237143;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.651902;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0126766;OID=.;OPOS=46129999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:6:14:6:12:0.461538:3:3:2:4:3:9:7:7 chr19 46154806 . T C,G 408.82 PASS AF=0.903226,0.0645161;AO=28,2;DP=31;FAO=28,2;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225181,0.0214546;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=148.82,29.3689;QD=52.751;RBI=0.0598628,0.0216807;REFB=0.127223,0.0139186;REVB=0.0554661,-0.00312281;RO=0;SAF=16,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.519986,0.993266;STBP=0.304,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00699598,0.044042;OID=.,.;OPOS=46154806,46154806;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:1:28,2:28,2:0.903226,0.0645161:12,0:16,2:0:0:12,0:16,2:0:1 chr19 46154820 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7867;QD=61.3317;RBI=0.0407099;REFB=0;REVB=0.000386419;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308404;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr19 46154902 . G GC 762.75 PASS AF=1;AO=61;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04266;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=227.905;QD=47.6721;RBI=0.0441591;REFB=0;REVB=-0.0114083;RO=2;SAF=31;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294805;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.87883e-05;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:66:64:64:0:33:31:0:0:14:2:31:30:2:0 chr19 46154906 . C CT 752.54 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.912;QD=47.7804;RBI=0.0105033;REFB=0;REVB=0.00940231;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.81386e-05;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:63:63:63:0:33:30:0:0:14:0:30:30:0:0 chr19 46155049 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7816;QD=46.8479;RBI=0.00786927;REFB=0;REVB=0.00325605;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383938;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr19 46181392 . G C 256.13 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0131364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.074;QD=29.272;RBI=0.0539355;REFB=-0.013509;REVB=0.0523114;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291635;STB=0.522593;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0109693;OID=.;OPOS=46181392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:12:12:22:23:0.657143:12:10:6:6:13:10:6:6 chr19 46206262 . G A 360.51 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0182609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.475;QD=17.5857;RBI=0.0191056;REFB=-0.00906203;REVB=0.0056179;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343421;STB=0.519195;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0104389;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:22:16:17:27:22:16:17:27 chr19 46214244 . A G 179.13 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0115612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.046;QD=15.2449;RBI=0.0307977;REFB=0.0103348;REVB=-0.0285453;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243285;STB=0.526168;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0144055;OID=.;OPOS=46214244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:8:11:15:12:8:11:15:13 chr19 46262286 . C A 182.87 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0817817;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5678;QD=15.2387;RBI=0.091369;REFB=-0.0393815;REVB=-0.0407436;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832917;STB=0.508395;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0696165;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:27:28:19:20:0.416667:10:9:15:12:9:11:15:13 chr19 46268902 . C T 88.15 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0161249;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.157;QD=6.4108;RBI=0.0189071;REFB=0.00210326;REVB=-0.00987255;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174496;STB=0.603569;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00234352;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:56:55:39:42:13:13:0.236364:8:5:10:29:8:5:11:31 chr19 46269076 . G A 227.02 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0312385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.112;QD=21.118;RBI=0.0313834;REFB=-0.0494409;REVB=0.00301196;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254163;STB=0.514273;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0318794;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:8:13:13:9:8:13 chr19 46275976 . G C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0234653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.448;QD=17.7317;RBI=0.0238263;REFB=-0.0201564;REVB=0.00413165;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179243;STB=0.513602;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0128705;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:12:5:5:13:12:5:6:13 chr19 46287200 . C G 140.77 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0230212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.397;QD=21.6566;RBI=0.0249412;REFB=-0.0081049;REVB=-0.00959628;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912176;STB=0.505148;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00475568;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:6:5:7:8:6:5 chr19 46289338 . G A 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00961594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.404;QD=24.0715;RBI=0.10858;REFB=-0.00788225;REVB=0.108153;RO=7;SAF=12;SAR=1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204873;STB=0.612762;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00772236;OID=.;OPOS=46289338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:1:12:7:0:1:12:7:0 chr19 46289392 . G C 488.06 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00537515;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=196.078;QD=32.537;RBI=0.00543709;REFB=-0.102863;REVB=0.000818399;RO=13;SAF=36;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515625;STB=0.507039;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00366815;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:13:17:43:43:0.716667:7:36:10:3:7:36:14:3 chr19 46289503 . C T 380.46 PASS AF=0.541667;AO=29;DP=75;FAO=39;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.10352;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.551;QD=21.1366;RBI=0.119764;REFB=-0.0537636;REVB=0.060226;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141093;STB=0.542835;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0508529;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:35:33:29:39:0.541667:15:14:22:13:19:20:20:13 chr19 46289504 . G T 57.58 PASS AF=0.146667;AO=10;DP=74;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00161874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.9757;QD=3.07116;RBI=0.0191022;REFB=-0.00720688;REVB=-0.0190335;RO=63;SAF=6;SAR=4;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555271;STB=0.50122;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328076;OID=.;OPOS=46289504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:74:75:63:64:10:11:0.146667:4:6:35:28:5:6:35:29 chr19 46319415 . G C 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0139779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.835;QD=17.2301;RBI=0.0139981;REFB=-0.0209931;REVB=0.000751927;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0220789;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:4:2:2:6:4:2 chr19 46327053 . C T 242.33 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00271347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.226;QD=17.0057;RBI=0.00425739;REFB=-0.0121486;REVB=0.00328062;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203901;STB=0.614113;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0145922;OID=.;OPOS=46327053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:21:9:14:13:21:9 chr19 46330809 . G A 159.1 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00729897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6091;QD=10.2643;RBI=0.0377813;REFB=0.00431509;REVB=-0.0370695;RO=41;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162333;STB=0.595759;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00973048;OID=.;OPOS=46330809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:6:15:24:17:6:15:24:17 chr19 46375779 . C T 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00476632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.29;QD=31.6785;RBI=0.0227532;REFB=0.0290734;REVB=0.0222483;RO=7;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10313;STB=0.556901;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.011209;OID=.;OPOS=46375779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:7:12:3:4:7:12:3:4 chr19 46388379 . C G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0209165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.737;QD=13.7478;RBI=0.0209196;REFB=-0.0149417;REVB=0.000358938;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345057;STB=0.697497;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0185919;OID=.;OPOS=46388379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:21:11:15:7:21:11 chr19 46404579 . A G 521.99 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.349;QD=59.656;RBI=0.0419603;REFB=0;REVB=-0.000115037;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07704e-05;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:24:8:0:0:26:9:0:0 chr19 46443886 . C A 115.57 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.916;QD=42.024;RBI=0.0240168;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428329;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:0:10:0:0:0:11:0:0 chr19 46498353 . C G 175.78 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0126653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.182;QD=11.9172;RBI=0.0246162;REFB=-0.0225808;REVB=0.021108;RO=37;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330566;STB=0.692127;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0309292;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:6:16:16:21:6:16:16:21 chr19 46511548 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.862;QD=37.4885;RBI=0.0367598;REFB=0;REVB=0.0364104;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094472;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 46520026 . A G 194.9 PASS AF=0.329114;AO=23;DP=78;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=0.012684;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.337;QD=9.86823;RBI=0.0177183;REFB=-0.0131888;REVB=-0.0123715;RO=45;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453961;STB=0.733787;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0152537;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:53:23:26:0.329114:10:13:7:38:10:16:13:40 chr19 46526272 . C T 83.41 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0487868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8501;QD=9.81334;RBI=0.0520189;REFB=-0.00892758;REVB=-0.0180504;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.550468;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.013145;OID=.;OPOS=46526272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:7:4:10:12:7:4:10:13 chr19 46543615 . A G 87.51 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0123801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3552;QD=13.4635;RBI=0.0144072;REFB=-0.0205409;REVB=0.00736884;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111229;STB=0.571303;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0193495;OID=.;OPOS=46543615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:12:15:11:11:0.423077:5:6:8:4:5:6:10:5 chr19 46627592 . G A 284.09 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.0106907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7178;QD=13.369;RBI=0.0258813;REFB=-0.00201948;REVB=-0.0235702;RO=47;SAF=23;SAR=10;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00634247;STB=0.503365;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.017207;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:52:33:33:0.388235:10:23:33:14:10:23:36:16 chr19 46808369 . ACCCCCA ACCCCAC,ACTCCCA 529.18 PASS AF=0,0.519231;AO=5,46;DP=104;FAO=0,54;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=0,36;FSAR=0,18;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.118562,-0.021176;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.1817,209.852;QD=20.3529;RBI=0.118566,0.0245994;REFB=-0.178534,-0.0489248;REVB=-0.00102376,-0.0125181;RO=25;SAF=5,30;SAR=0,16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.71428,0.194694;STB=0.5,0.536218;STBP=1,0.466;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0173975;OID=.,.;OPOS=46808374,46808371;OREF=CA,C;OALT=AC,T;OMAPALT=ACCCCAC,ACTCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.519231:5,46:104:0,54:104:47:0,36:0,18:28:19:99:25:5,30:0,16:9:16 chr19 46811984 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.669;QD=43.4861;RBI=0.0414018;REFB=0;REVB=-0.0157785;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401832;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 46815310 . G A 727.06 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.76;QD=63.2226;RBI=0.0395219;REFB=0;REVB=0.0378107;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227133;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:18:28:0:0 chr19 46815499 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.364;QD=59.8351;RBI=0.0971582;REFB=0;REVB=-0.0952221;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558979;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr19 46815703 . ATATT A,ATCTT 113.82 PASS AF=0.545455,0.454545;AO=6,5;DP=11;FAO=6,5;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152565,-0.162652;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=241.979,55.277;QD=41.3886;RBI=0.0155302,0.176734;REFB=0,0;REVB=-0.00290316,-0.0691325;RO=0;SAF=3,3;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0184404,0.0245054;OID=.,.;OPOS=46815704,46815705;OREF=TATT,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.545455,0.454545:6,5:11:6,5:11:0:3,3:3,2:0:0:30:0:3,3:3,2:0:0 chr19 46823702 . A G 741.55 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349263;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1605;QD=57.0423;RBI=0.061416;REFB=0;REVB=0.050518;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926619;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:48:52:1:18:30:0:0:20:32:0:0 chr19 46823751 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.047;QD=58.4179;RBI=0.0427063;REFB=0;REVB=0.0024965;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103666;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr19 46857015 . C T 637.23 PASS AF=0.512;AO=63;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0247517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.954;QD=20.3912;RBI=0.0264787;REFB=-0.0161882;REVB=0.00940614;RO=60;SAF=39;SAR=24;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180839;STB=0.590136;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.014261;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:61:63:64:0.512:24:39:25:35:25:39:26:35 chr19 46914547 . C G 500.77 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0154;QD=58.9145;RBI=0.0592116;REFB=0;REVB=0.0566469;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425516;OID=.;OPOS=46914547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr19 46914927 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.039;QD=33.4285;RBI=0.0598418;REFB=0;REVB=0.0296563;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570149;OID=.;OPOS=46914927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 46973981 . G A 162.27 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00667975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.372;QD=12.0199;RBI=0.00685051;REFB=0.00462861;REVB=-0.00151999;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289428;STB=0.64985;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00956656;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:32:34:20:20:0.37037:13:7:20:12:13:7:20:14 chr19 46974233 . G A 82.99 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0205969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.444;QD=8.51179;RBI=0.025395;REFB=-0.0228114;REVB=0.0148551;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651077;STB=0.507029;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0590875;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:39:27:28:10:11:0.282051:5:5:12:15:6:5:13:15 chr19 46999691 . C G 159.33 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0551242;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.177;QD=24.513;RBI=0.0627779;REFB=-0.0512136;REVB=-0.0300398;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216343;STB=0.599877;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0270666;OID=.;OPOS=46999691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:26:9:10:16:16:0.615385:9:7:7:2:9:7:7:3 chr19 47112413 . G GC 32.74 PASS AF=0.2875;AO=13;DP=83;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.113855;FXX=0.0243873;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.7103;QD=1.63716;RBI=0.200731;REFB=-0.116449;REVB=0.165318;RO=63;SAF=9;SAR=4;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586413;STB=0.588163;STBP=0.359;TYPE=ins;VARB=0.0744161;OID=.;OPOS=47112414;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2875:13:83:23:80:57:13:10:39:18:32:63:9:4:41:22 chr19 47124714 . T G 589.75 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0156348;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.353;QD=24.5727;RBI=0.0160776;REFB=-0.0118523;REVB=-0.00374715;RO=42;SAF=34;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400101;STB=0.515991;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00929849;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:53:54:0.5625:19:34:25:17:20:34:25:17 chr19 47137459 . C T 211.53 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0106566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9905;QD=11.1329;RBI=0.0498542;REFB=-0.0118307;REVB=0.0487019;RO=49;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113899;STB=0.566045;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0180252;OID=.;OPOS=47137459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:17:10:23:26:17:10:23:26 chr19 47177913 . A C,G 769.67 PASS AF=0.0545455,0.945455;AO=3,52;DP=55;FAO=3,52;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010053,0.0460473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.874,112.053;QD=55.9757;RBI=0.0467919,0.0550874;REFB=0,0;REVB=-0.0456993,-0.0302368;RO=0;SAF=3,27;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.114692,-0.000223094;OID=.,.;OPOS=47177913,47177913;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:55:55:0:0:3,52:3,52:0.0545455,0.945455:0,25:3,27:0:0:0,25:3,27:0:0 chr19 47212593 . A G 147.75 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0722316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2856;QD=26.8629;RBI=0.0744924;REFB=-0.0205825;REVB=-0.0182128;RO=7;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110509;STB=0.561957;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00505119;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:22:22:7:7:15:15:0.681818:4:11:4:3:4:11:4:3 chr19 47223543 . T C 1951.17 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.905;QD=61.9419;RBI=0.0457185;REFB=0;REVB=-0.0453205;RO=0;SAF=91;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40003e-05;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:34:91:0:0:34:92:0:0 chr19 47223949 . G A 206.59 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0123594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.945;QD=13.1169;RBI=0.0128029;REFB=-0.0173469;REVB=0.0033407;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131106;STB=0.567753;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0280905;OID=.;OPOS=47223949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:24:25:0.396825:10:14:17:20:11:14:17:21 chr19 47258842 . C T 359.84 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0031571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.629;QD=17.3417;RBI=0.0167524;REFB=-0.0201785;REVB=0.0164522;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433216;STB=0.524234;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.019271;OID=.;OPOS=47258842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:22:16:17:28:22:16:17:28 chr19 47282162 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.03001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.419;QD=10.7155;RBI=0.0462435;REFB=-0.0164343;REVB=-0.0351833;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194423;STB=0.511611;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0210899;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:14:15:7:7:14:15 chr19 47543774 . G A 931.54 PASS AF=0.473684;AO=95;DP=206;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.0430882;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.662;QD=17.8285;RBI=0.0516646;REFB=-0.01559;REVB=0.0285069;RO=111;SAF=44;SAR=51;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139967;STB=0.506387;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0205647;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:111:110:95:99:0.473684:51:44:53:58:51:48:52:58 chr19 47570906 . A G 516.8 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0018201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.786;QD=22.4695;RBI=0.0809667;REFB=-0.0132054;REVB=-0.0809462;RO=43;SAF=32;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161194;STB=0.580701;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0122124;OID=.;OPOS=47570906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:48:49:0.532609:16:32:21:22:17:32:21:22 chr19 47585517 . G C 321.31 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00825788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.309;QD=18.9004;RBI=0.0101376;REFB=-0.00325435;REVB=-0.00588026;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108399;STB=0.560462;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00302437;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:13:21:17:17:13:21:17:17 chr19 47588325 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00321535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.78;QD=15.645;RBI=0.0534017;REFB=0.0169858;REVB=-0.0533048;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175894;STB=0.600264;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0194435;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:12:17:9:13:12:17 chr19 47593449 . G A 290.65 PASS AF=0.52459;AO=30;DP=59;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0237005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5143;QD=19.0587;RBI=0.0418202;REFB=-0.0335773;REVB=0.034456;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025621;STB=0.511475;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.046697;OID=.;OPOS=47593449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:28:29:30:32:0.52459:12:18:16:12:14:18:17:12 chr19 47761646 . G C 207.08 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.867;QD=48.7241;RBI=0.0206233;REFB=0;REVB=0.000691402;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6336e-05;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr19 47768128 . G C 286.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9824;QD=52.0953;RBI=0.109903;REFB=0;REVB=0.105603;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208149;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:7:15:0:0 chr19 47770015 . A C 555.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9849;QD=60.1045;RBI=0.0513381;REFB=0;REVB=0.0471685;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186992;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr19 47774447 . G A 229.65 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.4;QD=48.347;RBI=0.0868367;REFB=0;REVB=0.00294804;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122313;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:6:11:0:0:6:13:0:0 chr19 47774572 . C T 107.34 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106007;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.121;QD=42.9359;RBI=0.0296392;REFB=0;REVB=0.0276786;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233386;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr19 47774772 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.069;QD=55.6535;RBI=0.0453178;REFB=0;REVB=-0.0189085;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36934e-05;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr19 47778851 . C T 49.28 PASS AF=0.25;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0040717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.851;QD=6.16026;RBI=0.00560518;REFB=-0.0245238;REVB=-0.00385219;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229073;STB=0.593524;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0549549;OID=.;OPOS=47778851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:31:32:24:24:7:8:0.25:4:3:15:9:4:4:15:9 chr19 47778857 . C G 347.79 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0790298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.953;QD=51.524;RBI=0.0831598;REFB=-0.149682;REVB=0.0258813;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00124548;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:0:1 chr19 47823038 . G A 214.13 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00167714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1834;QD=45.0805;RBI=0.0483637;REFB=0.0129253;REVB=0.0483347;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00370063;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:1:0:10:8:1:0 chr19 47823484 . T C,G 769.27 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216675,0.0115875;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.195,56.1566;QD=55.9465;RBI=0.0216796,0.0118301;REFB=0,0;REVB=0.000723533,-0.00238372;RO=0;SAF=27,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00157615,0.17237;OID=.,.;OPOS=47823484,47823484;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:26,1:27,1:0:0:26,1:27,1:0:0 chr19 47823871 . G T 1184.53 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158183;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5174;QD=60.7449;RBI=0.0200249;REFB=0;REVB=0.0122793;RO=0;SAF=53;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247457;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:24:53:0:0:24:54:0:0 chr19 47935352 . T C 188.4 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0367992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.335;QD=37.6801;RBI=0.0633634;REFB=-0.133779;REVB=0.0515823;RO=2;SAF=15;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573138;STB=0.545404;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00753138;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:2:3:17:17:0.85:2:15:2:0:2:15:3:0 chr19 47960794 . T G 710.43 PASS AF=0.522727;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0372601;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5435;QD=21.5282;RBI=0.0525918;REFB=-0.0426608;REVB=-0.0371158;RO=58;SAF=36;SAR=33;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976492;STB=0.569701;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0324659;OID=.;OPOS=47960794;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:58:63:69:69:0.522727:33:36:37:21:33:36:42:21 chr19 47969001 . GGA G,GG,GGG 33.49 PASS AF=0.1875,0,0;AO=4,7,2;DP=33;FAO=6,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.130988,-0.2578,-0.156821;FXX=0;HRUN=5,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=26.4981,13.1868,20.093;QD=4.18603;RBI=0.17058,0.278155,0.156822;REFB=0.00288136,-0.0119808,-0.0155288;REVB=0.109269,0.104449,0.000702192;RO=18;SAF=1,6,0;SAR=3,1,2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0.39633,0;SSEP=0,0.448276,0;SSSB=-0.398544,0.36153,-0.571416;STB=0.744357,0.5,0.5;STBP=0.219,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00297063,0,0;OID=.,.,.;OPOS=47969002,47969003,47969003;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875,0,0:4,7,2:33:6,0,0:32:26:2,0,0:4,0,0:17:9:33:18:1,6,0:3,1,2:11:7 chr19 47969394 . G A 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0125697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7491;QD=14.2607;RBI=0.0306116;REFB=-0.010879;REVB=0.0279119;RO=24;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124811;OID=.;OPOS=47969394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:14:2:3:21:14:2:3:21 chr19 47978671 . G A 236.97 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00159753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3617;QD=19.7475;RBI=0.0184174;REFB=-0.0185955;REVB=0.018348;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117974;STB=0.547444;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0237014;OID=.;OPOS=47978671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:23:23:0.479167:14:9:12:11:14:9:12:13 chr19 47996010 . C T 231.31 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0101034;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.549;QD=12.1742;RBI=0.0103492;REFB=-0.0107689;REVB=-0.00224229;RO=45;SAF=12;SAR=16;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251862;STB=0.646959;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0155877;OID=.;OPOS=47996010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:48:28:28:0.368421:16:12:30:15:16:12:32:16 chr19 48000071 . CCTT C 192.2 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000360395;FXX=0.0666593;HRUN=2;LEN=3;MLLD=219.731;QD=9.1524;RBI=0.000655095;REFB=-0.00326546;REVB=0.000547051;RO=51;SAF=20;SAR=13;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625663;STB=0.535692;STBP=0.628;TYPE=del;VARB=0.00495667;OID=.;OPOS=48000072;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:33:91:33:84:51:20:13:28:23:99:51:20:13:28:23 chr19 48042976 . C T 130.49 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00933183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7034;QD=15.8164;RBI=0.0144301;REFB=-0.00753707;REVB=-0.0110066;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157376;STB=0.585251;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00876716;OID=.;OPOS=48042976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:18:14:15:0.454545:9:5:7:6:9:6:10:8 chr19 48047821 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000338868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.502;QD=24.5166;RBI=0.00345691;REFB=-0.0287561;REVB=0.00344026;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103691;STB=0.557814;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0227686;OID=.;OPOS=48047821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:8:19:13:9:8:19:13:9 chr19 48048515 . T C 277.5 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00249299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.922;QD=18.5002;RBI=0.018376;REFB=-0.00756993;REVB=-0.0182061;RO=30;SAF=23;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331255;STB=0.686433;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00762524;OID=.;OPOS=48048515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:7:23:13:17:7:23:13:17 chr19 48084410 . G A 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00220849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.911;QD=15.1003;RBI=0.00326791;REFB=0.00458603;REVB=0.00240869;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207786;STB=0.639235;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00400368;OID=.;OPOS=48084410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:31:24:24:0.436364:11:13:9:19:11:13:9:22 chr19 48182946 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.782;QD=39.2064;RBI=0.0671989;REFB=0;REVB=0.0527001;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183793;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 48244194 . A G 535.33 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.931;QD=59.481;RBI=0.0581693;REFB=0;REVB=-0.0564338;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021497;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr19 48244569 . G A 386.26 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.114825;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4804;QD=53.2767;RBI=0.118668;REFB=-0.000585754;REVB=0.0299541;RO=1;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206934;STB=0.511103;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00355895;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:22:6:0:1:22:6:0:1 chr19 48255804 . A C,G 282.96 PASS AF=0.136364,0.863636;AO=3,19;DP=22;FAO=3,19;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144849,0.0265736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.748,51.7453;QD=51.4472;RBI=0.015258,0.0300514;REFB=0,0;REVB=0.00479501,-0.0140333;RO=0;SAF=1,9;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0730308,-0.00580085;OID=.,.;OPOS=48255804,48255804;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:22:22:0:0:3,19:3,19:0.136364,0.863636:2,10:1,9:0:0:3,9:0,10:0:0 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 84.4 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0129739;FXX=0.19439;HRUN=0;LEN=7;MLLD=262.419;QD=11.641;RBI=0.0264592;REFB=-0.00733606;REVB=-0.0230601;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539131;STB=0.677571;STBP=0.213;TYPE=ins;VARB=0.00993881;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:9:38:10:29:19:2:8:8:11:84:29:1:8:15:14 chr19 48282078 . C G 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00473748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.588;QD=5.71704;RBI=0.00976434;REFB=-0.0101381;REVB=-0.00853806;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35149;STB=0.723181;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0262284;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:3:5:9:19:3:5:9:19 chr19 48351527 . T C 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00681117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9748;QD=18.6366;RBI=0.0435646;REFB=-0.000775883;REVB=0.0430289;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00372993;OID=.;OPOS=48351527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:6:10:11:5:6:10 chr19 48352054 . G C 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0521162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2231;QD=9.13119;RBI=0.0734231;REFB=-0.0274448;REVB=-0.051719;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431152;STB=0.526264;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0660065;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:8:14:6:4:8:14 chr19 48389425 . A G 1697.91 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.63;QD=59.5759;RBI=0.0225256;REFB=-0.150789;REVB=0.00341418;RO=1;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090437;STB=0.504761;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000315593;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:114:1:1:113:113:0.991228:52:61:0:1:52:61:0:1 chr19 48525507 . G A 324.02 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00129781;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.334;QD=14.2426;RBI=0.00240421;REFB=-0.000829194;REVB=0.00202384;RO=50;SAF=25;SAR=11;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212441;STB=0.650707;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00105737;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:55:36:36:0.395604:11:25:25:25:11:25:25:30 chr19 48533847 . GAAAAAAAAA GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAG,GAAAAAAA,GAAAAAAAAG 297.65 PASS AF=0.282051,0,0.153846,0.538462;AO=7,6,5,10;DP=40;FAO=11,0,6,21;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0,1,6;FSAR=8,0,5,15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.277686,0.000385414,0.143089,0.00737083;FXX=0.0249938;HRUN=11,0,11,11;LEN=1,1,2,1;MLLD=3.39967,265.025,6.35572,266.01;QD=30.5281;RBI=0.278034,0.000762849,0.143147,0.00738;REFB=0.0360424,-0.0109593,0.0322142,-0.0112492;REVB=0.0139065,-0.000658328,0.00406945,-0.000367839;RO=4;SAF=0,2,1,4;SAR=7,4,4,6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.799165,-0.279564,-0.425125,-0.175933;STB=0.52936,0.5,0.54531,0.516114;STBP=0.664,1,0.659,0.597;TYPE=del,ins,del,snp;VARB=-0.033506,0.0130897,0.179218,0.00241789;OID=.,.,.,.;OPOS=48533848,48533857,48533848,48533856;OREF=A,-,AA,A;OALT=-,G,-,G;OMAPALT=GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAG,GAAAAAAA,GAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.282051,0,0.153846,0.538462:7,6,5,10:40:11,0,6,21:39:1:3,0,1,6:8,0,5,15:0:1:32:4:0,2,1,4:7,4,4,6:3:1 chr19 48537585 . A G 218.95 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0192797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.055;QD=11.6771;RBI=0.0345867;REFB=-0.00405668;REVB=-0.0287146;RO=48;SAF=9;SAR=18;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256732;STB=0.648537;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0101765;OID=.;OPOS=48537585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:18:9:27:21:18:9:27:21 chr19 48543862 . G A 118.06 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0147697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.897;QD=10.9827;RBI=0.0186713;REFB=-0.0126559;REVB=-0.0114225;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622529;STB=0.572411;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0257499;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:29:14:14:0.325581:4:10:18:9:4:10:18:11 chr19 48543923 . C A 302.21 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0129347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7655;QD=19.4975;RBI=0.0190741;REFB=0.0169154;REVB=-0.0140184;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481765;STB=0.535102;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0116622;OID=.;OPOS=48543923;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:30:31:32:0.516129:13:18:19:11:14:18:19:11 chr19 48558286 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000949279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.002;QD=9.53599;RBI=0.0172099;REFB=-0.0220662;REVB=0.0171837;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323571;STB=0.519618;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.052069;OID=.;OPOS=48558286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:15:12:5:7:15:12 chr19 48598823 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.691;QD=60.9786;RBI=0.0138319;REFB=0;REVB=0.0123462;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06967e-05;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr19 48601454 . T C 1299.71 PASS AF=0.976744;AO=78;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.337;QD=60.4518;RBI=0.0353833;REFB=-0.10281;REVB=0.0210858;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129667;STB=0.506848;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00221692;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:78:84:0.976744:36:42:0:1:36:48:0:1 chr19 48602948 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.905;QD=55.6503;RBI=0.0532498;REFB=0;REVB=0.053239;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194648;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 48613788 . T G 116.79 PASS AF=0.106109;AO=33;DP=311;FAO=33;FDP=311;FR=.;FRO=278;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=165;FSRR=113;FWDB=-0.0308141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.35;QD=1.50214;RBI=0.0316774;REFB=-0.00761093;REVB=0.00734498;RO=259;SAF=5;SAR=28;SRF=154;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529027;STB=0.870788;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0645475;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:259:278:33:33:0.106109:28:5:154:105:28:5:165:113 chr19 48621036 . C G 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0123398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.265;QD=25.3158;RBI=0.0326998;REFB=-0.0631084;REVB=0.0302821;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244076;STB=0.635948;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0395896;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:7:13:4:9:7:13:4:9 chr19 48622427 . A G 879.28 PASS AF=0.392308;AO=102;DP=257;FAO=102;FDP=260;FR=.;FRO=158;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=0.000251212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.677;QD=13.5274;RBI=0.0298587;REFB=-0.0167061;REVB=-0.0298577;RO=152;SAF=54;SAR=48;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244156;STB=0.510202;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0427686;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:260:152:158:102:102:0.392308:48:54:77:75:48:54:81:77 chr19 48654553 . G T 191.42 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0598145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2872;QD=15.6262;RBI=0.0617365;REFB=-0.00130368;REVB=0.0152848;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210881;STB=0.621498;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000603427;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:16:13:13:7:16:13 chr19 48668795 . G A 228.08 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.004269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4406;QD=13.823;RBI=0.0447836;REFB=-0.0300431;REVB=0.0445797;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105651;STB=0.55752;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0436579;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:39:27:27:0.409091:14:13:14:23:14:13:15:24 chr19 48737706 . A T 220.57 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0100177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.378;QD=16.0416;RBI=0.0105011;REFB=-0.00309944;REVB=0.00314953;RO=30;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166908;STB=0.594961;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00320968;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:18:7:13:17:18:7:13:17 chr19 48815266 . T C 235.68 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00438693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.204;QD=11.0906;RBI=0.0046432;REFB=-0.00894627;REVB=-0.00152122;RO=56;SAF=15;SAR=14;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413673;STB=0.523987;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0160691;OID=.;OPOS=48815266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:14:15:31:25:14:15:31:25 chr19 48821738 . C G 84.87 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0525636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5608;QD=11.316;RBI=0.0587032;REFB=-0.00391983;REVB=0.0261367;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198379;STB=0.620445;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0118491;OID=.;OPOS=48821738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:19:19:11:11:0.366667:2:9:13:6:2:9:13:6 chr19 48863386 . C T 888.75 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283024;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.544;QD=58.2786;RBI=0.0414965;REFB=0;REVB=0.0303469;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256109;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr19 48869178 . C T 188.59 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00270346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.893;QD=15.0873;RBI=0.0314313;REFB=-0.00926537;REVB=0.0313148;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228457;STB=0.5999;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0106217;OID=.;OPOS=48869178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:30:19:20:0.4:7:12:11:16:8:12:13:17 chr19 48949286 . G T 536.47 PASS AF=0.95;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0464694;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9981;QD=53.6468;RBI=0.0613708;REFB=-0.215779;REVB=0.040087;RO=3;SAF=16;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800463;STB=0.527763;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0144409;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:40:3:2:37:38:0.95:21:16:3:0:21:17:2:0 chr19 48972740 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0263758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.354;QD=22.9576;RBI=0.0273985;REFB=-0.00502365;REVB=0.0074159;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880256;STB=0.504944;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00198266;OID=.;OPOS=48972740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:7:4:6:10:7:4 chr19 48975746 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0323825;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.427;QD=14.7987;RBI=0.0325863;REFB=-0.0146522;REVB=-0.00363852;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505335;STB=0.52936;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.016736;OID=.;OPOS=48975746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:3:10:8:3:3:10 chr19 48975807 . C T 189.29 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.016581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.071;QD=13.0545;RBI=0.0202443;REFB=-0.0119354;REVB=-0.0116146;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034965;STB=0.513666;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0121108;OID=.;OPOS=48975807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:35:23:23:0.396552:10:13:17:15:10:13:19:16 chr19 48977479 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0101653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.76;QD=13.2121;RBI=0.0132518;REFB=-0.0155404;REVB=-0.00850158;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282608;STB=0.66642;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0159101;OID=.;OPOS=48977479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:10:12:4:10:10:12 chr19 48979664 . T TA,TAAAATA 94.23 PASS AF=0,0.237288;AO=7,12;DP=61;FAO=0,14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=0,12;FSAR=0,2;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.217006,-0.0279533;FXX=0.0327815;HRUN=4,4;LEN=1,6;MLLD=13.6652,217.785;QD=6.38814;RBI=0.222814,0.0307476;REFB=-0.0113175,0.0087586;REVB=0.0505432,-0.0128073;RO=37;SAF=7,10;SAR=0,2;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.655271,0.351985;STB=0.5,0.739858;STBP=1,0.07;TYPE=ins,ins;VARB=0.0190664,-0.026445;OID=.,.;OPOS=48979665,48979665;OREF=-,-;OALT=A,AAAATA;OMAPALT=TA,TAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.237288:7,12:61:0,14:59:45:0,12:0,2:28:17:93:37:7,10:0,2:22:15 chr19 48985178 . TA GT,T 2534.96 PASS AF=0,1;AO=7,166;DP=179;FAO=0,178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=0,98;FSAR=0,80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386603,0.013485;FXX=0.00558628;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=12.1131,21.8437;QD=56.9653;RBI=0.0529168,0.09394;REFB=0,0;REVB=-0.0361325,-0.0929671;RO=0;SAF=7,90;SAR=0,76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.08707e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.000538885;OID=.,.;OPOS=48985178,48985179;OREF=TA,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:15:179:178:0:0:7,166:0,178:0,1:0,76:7,90:0:0:0,80:0,98:0:0 chr19 48994750 . TC CT,T 78.73 PASS AF=0.0769231,0.423077;AO=2,14;DP=28;FAO=2,11;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=0,10;FSAR=2,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0163436,-0.0574448;FXX=0.0714031;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=145.615,11.3571;QD=12.1122;RBI=0.0910504,0.20313;REFB=-0.013298,-0.105428;REVB=-0.0895716,-0.194838;RO=9;SAF=0,11;SAR=2,3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.315789;SSSB=-0.532037,0.354374;STB=0.992731,0.87642;STBP=0.346,0.002;TYPE=mnp,del;VARB=0.0832448,0.0580258;OID=.,.;OPOS=48994750,48994751;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:28:26:9:13:2,14:2,11:0.0769231,0.423077:2,3:0,11:3:6:2,1:0,10:4:9 chr19 49001786 . GGC G,GG,GGG 54.43 PASS AF=0.333333,0,0;AO=5,8,4;DP=35;FAO=11,0,0;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=-0.0623968,-0.0890674,-0.0682799;FXX=0.0294031;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=21.8823,9.30611,14.6829;QD=6.59791;RBI=0.110372,0.223867,0.0874495;REFB=-0.0011315,0.013675,0.0171148;REVB=-0.0910421,-0.205386,-0.0546376;RO=11;SAF=1,0,0;SAR=4,8,4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0.468085,0.317308,0;SSEP=0,0.351852,0;SSSB=0.0310906,-0.73424,-0.619207;STB=0.689416,0.5,0.5;STBP=0.461,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0528994,0,0;OID=.,.,.;OPOS=49001787,49001788,49001788;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0,0:5,8,4:35:11,0,0:33:22:2,0,0:9,0,0:1:21:54:11:1,0,0:4,8,4:2:9 chr19 49079224 . G A 178.1 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00348404;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.158;QD=20.953;RBI=0.0184305;REFB=-0.015577;REVB=-0.0180982;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825894;STB=0.533297;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.019619;OID=.;OPOS=49079224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:17:18:0.529412:8:9:10:6:8:10:10:6 chr19 49116359 . T C,G 477.2 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=31,2;DP=33;FAO=32,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104634,-0.0295679;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.5796,180.698;QD=57.8429;RBI=0.0298907,0.0297664;REFB=0,0;REVB=-0.0279995,0.00343212;RO=0;SAF=12,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00433514,0.0193778;OID=.,.;OPOS=49116359,49116359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:33:33:0:0:31,2:32,1:0.969697,0.030303:19,0:12,2:0:0:19,0:13,1:0:0 chr19 49116555 . A G 686.45 PASS AF=0.94;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.138056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1307;QD=54.9162;RBI=0.138064;REFB=-0.0670139;REVB=-0.00156445;RO=4;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069469;STB=0.526305;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0043399;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:50:4:3:45:47:0.94:25:20:0:4:27:20:0:3 chr19 49119900 . C CCAGCA 54.95 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=34;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0706556;FXX=0.47045;HRUN=2;LEN=5;MLLD=169.982;QD=12.21;RBI=0.0710721;REFB=-0.0276095;REVB=-0.00768316;RO=13;SAF=15;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0612213;OID=.;OPOS=49119901;OREF=-;OALT=CAGCA;OMAPALT=CCAGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:20:34:6:18:12:1:5:2:10:54:13:15:5:3:10 chr19 49133761 . C T 1143.22 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0188804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.533;QD=55.7669;RBI=0.0323287;REFB=-0.00953125;REVB=0.0262425;RO=3;SAF=49;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280991;STB=0.506378;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000150936;OID=.;OPOS=49133761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:3:4:78:78:0.95122:29:49:3:0:29:49:3:1 chr19 49183705 . G A 1083.23 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523472;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7795;QD=60.1794;RBI=0.0661899;REFB=0;REVB=0.0405077;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102851;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr19 49206603 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=46;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4092;QD=57.545;RBI=0.0477549;REFB=0;REVB=-0.00271088;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402377;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:46:58:1:26:20:0:0:37:21:0:0 chr19 49206631 . A T 337.3 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0010481;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.854;QD=19.5534;RBI=0.00437704;REFB=-0.00390162;REVB=-0.0042497;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152286;STB=0.507932;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00301097;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:34:35:0.507246:19:15:14:19:19:16:15:19 chr19 49207438 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000507519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.021;QD=35.5759;RBI=0.0335598;REFB=0;REVB=0.033556;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227483;OID=.;OPOS=49207438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr19 49217261 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.836;QD=58.4196;RBI=0.055025;REFB=0;REVB=-0.049762;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44024e-05;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr19 49217305 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.035;QD=60.5473;RBI=0.0349828;REFB=0;REVB=0.0349213;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81427e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr19 49244219 . CG AA 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.00581372;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=244.544;QD=10.1034;RBI=0.00862119;REFB=-0.00970422;REVB=0.00636597;RO=49;SAF=22;SAR=2;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393157;STB=0.739654;STBP=0.038;TYPE=mnp;VARB=0.0204823;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:2:22:36:13:2:22:36:13 chr19 49247786 . G A 355.98 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00653923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.442;QD=16.557;RBI=0.0157422;REFB=-0.0137861;REVB=0.0143197;RO=47;SAF=12;SAR=26;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740094;STB=0.53717;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0164985;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:26:12:18:29:26:12:18:30 chr19 49259529 . A G 1350.61 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.047;QD=62.0969;RBI=0.0317654;REFB=0;REVB=0.0153083;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23947e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:81:87:1:31:50:0:0:32:55:0:0 chr19 49261368 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.626;QD=45.8068;RBI=0.00536507;REFB=0;REVB=-0.00174436;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34506e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 49299533 . A G 1065.99 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.069;QD=59.2214;RBI=0.0424414;REFB=0;REVB=0.0253521;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60295e-05;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:48:23:0:0:48:24:0:0 chr19 49318334 . GC G 77.66 PASS AF=0.366667;AO=36;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=10;FWDB=0.0461987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2694;QD=3.45146;RBI=0.0815529;REFB=-0.0886096;REVB=-0.0672053;RO=48;SAF=27;SAR=9;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058344;STB=0.603393;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.142069;OID=.;OPOS=49318335;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:36:89:33:90:57:23:10:47:10:77:48:27:9:38:10 chr19 49342536 . G A 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0115942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.974;QD=8.96027;RBI=0.0169797;REFB=-0.00290991;REVB=-0.0124051;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203486;STB=0.624098;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00795371;OID=.;OPOS=49342536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:9:5:19:17:9:5:19:17 chr19 49344521 . C T 461.79 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.000147399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.447;QD=21.4787;RBI=0.0323904;REFB=-0.0103401;REVB=0.0323901;RO=41;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201133;STB=0.511106;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00930993;OID=.;OPOS=49344521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:23:22:21:20:23:22:21:20 chr19 49348842 . G C 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0249538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.373;QD=21.1693;RBI=0.0253122;REFB=-0.00578848;REVB=0.00424418;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176469;STB=0.59984;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00220678;OID=.;OPOS=49348842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:2:6:6:6:2:6 chr19 49364680 . CG C,CGG 31.29 PASS AF=0.0625,0.28125;AO=6,9;DP=33;FAO=2,9;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1,7;FSAR=1,2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.126503,0.126429;FXX=0.0302939;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=13.1345,9.12225;QD=3.91104;RBI=0.132093,0.135181;REFB=-0.0233951,0.0294305;REVB=-0.0380218,0.0478506;RO=17;SAF=4,7;SAR=2,2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0.708333,0;SSEP=0.545455,0;SSSB=0.0247213,0.175982;STB=0.650801,0.59976;STBP=0.737,0.561;TYPE=del,ins;VARB=0.0951152,0.0588602;OID=.,.;OPOS=49364681,49364681;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.28125:6,9:33:2,9:32:21:1,7:1,2:14:7:31:17:4,7:2,2:11:6 chr19 49416456 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0056058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.807;QD=24.127;RBI=0.0419285;REFB=0.00206233;REVB=0.041552;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21825;STB=0.620565;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00110539;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:10:1:6:11:10:1 chr19 49438363 . G A 176.74 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00538291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.803;QD=13.3386;RBI=0.00727315;REFB=-0.0189643;REVB=0.00489112;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329318;STB=0.687338;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0312826;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:8:24:9:12:8:24 chr19 49442933 . T C 270.54 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00619552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.658;QD=14.4286;RBI=0.00620055;REFB=0.00408542;REVB=0.000249669;RO=44;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199187;STB=0.619637;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0052302;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:44:30:31:0.413333:9:21:23:21:9:22:23:21 chr19 49445817 . T C 263.22 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0380811;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.951;QD=23.9295;RBI=0.0494539;REFB=-0.0250827;REVB=0.0315518;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145592;STB=0.581326;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0205039;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:20:20:24:24:0.545455:15:9:11:9:15:9:11:9 chr19 49469087 . T C 211.87 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0142233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.052;QD=19.7084;RBI=0.0185256;REFB=0.00580592;REVB=-0.01187;RO=20;SAF=18;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447695;STB=0.762422;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.023792;OID=.;OPOS=49469087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:22:21:21:0.488372:3:18:9:11:3:18:10:12 chr19 49513349 . C G 182.71 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.110943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.37;QD=17.4005;RBI=0.111051;REFB=0.0045965;REVB=0.00488667;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189676;STB=0.63144;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00315478;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:23:19:19:0.452381:12:7:12:9:12:7:14:9 chr19 49552033 . A T 69.57 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00360987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.601;QD=4.28141;RBI=0.015462;REFB=-0.00837295;REVB=-0.0150347;RO=53;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161199;STB=0.605424;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0306447;OID=.;OPOS=49552033;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:5:7:24:29:5:7:24:29 chr19 49558207 . A G 189.34 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0293168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9121;QD=9.23589;RBI=0.0628918;REFB=-0.0079301;REVB=-0.0556409;RO=56;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652392;STB=0.544268;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0137768;OID=.;OPOS=49558207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:13:12:30:26:13:12:31:26 chr19 49705340 . G A 660.01 PASS AF=0.424419;AO=70;DP=170;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.0151139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.553;QD=15.349;RBI=0.0260009;REFB=-0.0364171;REVB=-0.021157;RO=99;SAF=44;SAR=26;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796717;STB=0.553671;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0426251;OID=.;OPOS=49705340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:99:99:70:73:0.424419:26:44:55:44:26:47:55:44 chr19 49867913 . G A 710.8 PASS AF=0.51773;AO=69;DP=141;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.00317789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.742;QD=20.1645;RBI=0.0105453;REFB=-0.0551838;REVB=0.010055;RO=64;SAF=36;SAR=33;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118881;STB=0.54868;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0512846;OID=.;OPOS=49867913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:68:69:73:0.51773:33:36:42:22:33:40:44:24 chr19 49878207 . C A 234.35 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0100066;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.927;QD=12.8409;RBI=0.0252605;REFB=-0.0220357;REVB=-0.023194;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1394;STB=0.575459;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0393013;OID=.;OPOS=49878207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:45:28:28:0.383562:12:16:28:12:12:16:31:14 chr19 49894152 . C T 442.6 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00563409;FXX=0.0263135;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.264;QD=15.9497;RBI=0.00616563;REFB=-0.0228738;REVB=0.0025044;RO=60;SAF=19;SAR=30;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192998;STB=0.607915;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.02879;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:60:62:49:49:0.441441:30:19:35:25:30:19:36:26 chr19 49899076 . G A 230.85 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0015499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.251;QD=23.0854;RBI=0.0112673;REFB=0.00294942;REVB=0.0111602;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235552;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:9:9:11:11:9:9 chr19 49901318 . T C 298.89 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0302158;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.261;QD=22.9915;RBI=0.030461;REFB=-0.018911;REVB=-0.00385721;RO=22;SAF=9;SAR=21;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251572;STB=0.51388;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0183268;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:22:22:30:30:0.576923:21:9:6:16:21:9:6:16 chr19 49930093 . ACCCC ACCCA,ACCC 278.29 PASS AF=0.172414,0.827586;AO=5,19;DP=30;FAO=5,24;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5,18;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544453,-0.0210428;FXX=0.0333222;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=103.26,14.6881;QD=38.3842;RBI=0.0545685,0.282488;REFB=-0.00551457,-0.00537635;REVB=-0.00366488,0.281703;RO=3;SAF=5,18;SAR=0,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.794084,0.531795;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.143041,-0.0222446;OID=.,.;OPOS=49930097,49930094;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=ACCCA,ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.172414,0.827586:5,19:30:5,24:29:0:5,18:0,6:0:0:29:3:5,18:0,1:0:3 chr19 49950298 . C T 1236.97 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0721;QD=61.0851;RBI=0.0347993;REFB=0;REVB=0.0236673;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16826e-06;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr19 49950356 . C G 705.2 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0572793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8646;QD=54.2459;RBI=0.0592549;REFB=0.00190667;REVB=0.0151733;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000740674;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:52:1:1:48:51:0.980769:21:27:1:0:21:30:1:0 chr19 49954803 . C T 1092.63 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.516;QD=56.7601;RBI=0.0593838;REFB=-0.151416;REVB=0.0402242;RO=2;SAF=30;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030493;STB=0.50769;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00100181;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:2:1:74:76:0.987013:44:30:2:0:44:32:1:0 chr19 49954807 . T G 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.569;QD=60.8819;RBI=0.0154904;REFB=0;REVB=-0.0121166;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98286e-05;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr19 49964977 . C G 235.32 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0505575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.376;QD=13.2575;RBI=0.0513502;REFB=-0.0123839;REVB=0.00898787;RO=43;SAF=22;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262218;STB=0.651733;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0317126;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:6:22:25:18:6:22:25:18 chr19 49967680 . G A 209.2 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0466766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7246;QD=15.4962;RBI=0.0466802;REFB=-0.0052893;REVB=0.000580583;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107247;STB=0.571368;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00412089;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:28:30:23:24:0.444444:9:14:14:14:9:15:15:15 chr19 50019455 . A G 125.83 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00627231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.807;QD=7.86426;RBI=0.029405;REFB=-0.00753724;REVB=0.0287283;RO=46;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116797;STB=0.507034;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0175845;OID=.;OPOS=50019455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:10:8:20:26:10:8:20:26 chr19 50028040 . T C 182.35 PASS AF=0.358209;AO=20;DP=62;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0360927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.529;QD=10.8867;RBI=0.0388375;REFB=-0.00374006;REVB=0.0143412;RO=39;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215069;STB=0.563764;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00809554;OID=.;OPOS=50028040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:39:43:20:24:0.358209:7:13:18:21:11:13:19:24 chr19 50028163 . A G 354.64 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.000415184;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7009;QD=15.9387;RBI=0.0980628;REFB=-0.014295;REVB=-0.0980619;RO=50;SAF=24;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136545;STB=0.572088;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0173448;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:50:51:38:38:0.426966:14:24:25:25:14:24:26:25 chr19 50028221 . C T 383.71 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00930974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8699;QD=17.6417;RBI=0.0495875;REFB=-0.0357363;REVB=-0.0487057;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146799;STB=0.590157;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0548082;OID=.;OPOS=50028221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:47:40:40:0.45977:14:26:22:22:14:26:23:24 chr19 50028731 . T A 154.94 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0305499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5393;QD=22.9543;RBI=0.0306463;REFB=-0.00229321;REVB=0.00242885;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180541;STB=0.601858;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00189269;OID=.;OPOS=50028731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:5:6:5:11:5:6 chr19 50038017 . C T 86.18 PASS AF=0.323529;AO=8;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00365062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.743;QD=10.1392;RBI=0.00734838;REFB=-0.0290509;REVB=0.00637743;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.5434;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0575127;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:34:14:23:8:11:0.323529:5:3:6:8:5:6:14:9 chr19 50098072 . C T 220.88 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0394851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.707;QD=18.031;RBI=0.0395425;REFB=-0.0183234;REVB=-0.00212936;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223076;STB=0.664087;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0184166;OID=.;OPOS=50098072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:27:22:22:0.44898:8:14:9:14:8:14:9:18 chr19 50140092 . G A 179.86 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.257011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.507;QD=44.9648;RBI=0.257042;REFB=0;REVB=0.00402651;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162711;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:16:0:0:14:16:1:12:2:0:0:13:3:0:0 chr19 50156896 . T C 754.34 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012015;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.577;QD=56.9309;RBI=0.030666;REFB=0;REVB=-0.0282142;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50269e-06;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:22:31:0:0 chr19 50310311 . A AC,C 51.81 PASS AF=0.366667,0.0333333;AO=7,2;DP=30;FAO=11,1;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7,1;FSAR=4,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0970573,0.0202829;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=12.2073,157.466;QD=6.90857;RBI=0.175853,0.032551;REFB=-0.0699526,-0.00233792;REVB=0.146643,-0.0254592;RO=19;SAF=4,1;SAR=3,1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.008787,-0.0776352;STB=0.586936,0.989658;STBP=0.526,0.46;TYPE=ins,snp;VARB=0.079189,0.0328234;OID=.,.;OPOS=50310312,50310311;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:30:30:19:18:7,2:11,1:0.366667,0.0333333:3,1:4,1:11:8:4,0:7,1:9:9 chr19 50333772 . CCGG C,CG 114.17 PASS AF=0,0.695652;AO=6,4;DP=24;FAO=0,16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=0,14;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0815812,0.102503;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=21.8723,22.8299;QD=19.8562;RBI=0.0947883,0.178738;REFB=-0.0700185,-0.0969786;REVB=0.048263,0.146426;RO=14;SAF=6,3;SAR=0,1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.679223,-0.0559248;STB=0.5,0.512179;STBP=1,0.918;TYPE=del,del;VARB=0,0.0606104;OID=.,.;OPOS=50333773,50333773;OREF=CGG,CG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.695652:6,4:24:0,16:23:7:0,14:0,2:6:1:35:14:6,3:0,1:11:3 chr19 50381837 . C G 361.05 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0168439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.719;QD=20.3411;RBI=0.0169333;REFB=-0.015223;REVB=0.00173819;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746419;STB=0.541277;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0134471;OID=.;OPOS=50381837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:22:15:11:23:22:15:11:23 chr19 50383591 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.458;QD=58.061;RBI=0.004725;REFB=0;REVB=0.00440689;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39788e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr19 50387759 . C T 558.16 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00827357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.062;QD=23.0169;RBI=0.0174193;REFB=-0.0287801;REVB=-0.0153291;RO=45;SAF=31;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160303;STB=0.508819;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0221264;OID=.;OPOS=50387759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:21:31:26:19:21:31:26:19 chr19 50411742 . A G 820.89 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917439;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.286;QD=57.6065;RBI=0.00932085;REFB=0;REVB=0.00164582;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284295;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr19 50412417 . G A 304.64 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0555207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.417;QD=46.8669;RBI=0.0555544;REFB=-0.127538;REVB=0.00193703;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840195;STB=0.545416;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0033988;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:10:14:0:2:10:14:0:2 chr19 50435998 . C T 356.17 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0294491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9351;QD=24.5631;RBI=0.0442025;REFB=-0.0188051;REVB=-0.0329638;RO=23;SAF=28;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654776;STB=0.536061;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0145605;OID=.;OPOS=50435998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:7:28:17:6:7:28:17:6 chr19 50455180 . C T 78.46 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00811546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9469;QD=14.9443;RBI=0.00845117;REFB=0.0177515;REVB=-0.00235827;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0199972;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:5:6:6:4:5:6 chr19 50464023 . C G 85.65 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0281069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7175;QD=6.01083;RBI=0.0300089;REFB=-0.00310447;REVB=-0.0105136;RO=44;SAF=6;SAR=7;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185399;STB=0.615828;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00858443;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:7:6:27:17:7:6:27:17 chr19 50475114 . G C 254.59 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0430195;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2325;QD=15.1992;RBI=0.0501341;REFB=-0.00199727;REVB=0.0257441;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152419;STB=0.593365;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00251309;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:38:29:29:0.432836:17:12:21:16:17:12:22:16 chr19 50485454 . A G 184.81 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.04645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2938;QD=12.1186;RBI=0.0535745;REFB=-0.000563592;REVB=0.026695;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193231;STB=0.61094;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00261763;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:12:11:25:13:12:11:25:13 chr19 50510989 . ACAG ACCC 145.72 PASS AF=0.174312;AO=18;DP=109;FAO=19;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=16;FWDB=-0.00234643;FXX=0.12799;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.108;QD=5.34755;RBI=0.0100592;REFB=-0.00540246;REVB=0.00978171;RO=75;SAF=14;SAR=4;SRF=60;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419975;STB=0.525291;STBP=0.876;TYPE=mnp;VARB=0.0221017;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.174312:18:109:19:109:84:15:4:68:16:99:75:14:4:60:15 chr19 50510998 . CTT CAC 42.47 PASS AF=0.0956522;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=83;FSRR=21;FWDB=-0.00825046;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.902;QD=1.47719;RBI=0.0410114;REFB=-0.00909757;REVB=-0.0401729;RO=76;SAF=8;SAR=3;SRF=56;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148917;STB=0.586955;STBP=0.667;TYPE=mnp;VARB=0.0644725;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0956522:11:112:11:115:104:8:3:83:21:42:76:8:3:56:20 chr19 50562372 . T C 294.53 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0161305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.473;QD=28.0509;RBI=0.0165029;REFB=-0.0174424;REVB=-0.00348616;RO=15;SAF=18;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197964;STB=0.502144;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00847626;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:26:26:0.619048:8:18:10:5:8:18:11:5 chr19 50562459 . T G 484.85 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0243816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1199;QD=26.567;RBI=0.0261971;REFB=-0.0296349;REVB=0.00958253;RO=28;SAF=26;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212305;STB=0.511579;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0307151;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:19:26:17:11:19:26:17:11 chr19 50665984 . C G 256.64 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00633486;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.408;QD=18.0098;RBI=0.0516762;REFB=-0.0153539;REVB=0.0512864;RO=29;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197132;STB=0.611028;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0143212;OID=.;OPOS=50665984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:8:20:15:14:8:20:15:14 chr19 50666389 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0140549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.337;QD=18.3451;RBI=0.0196849;REFB=-0.0366971;REVB=0.0137825;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395912;STB=0.719519;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0653065;OID=.;OPOS=50666389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:17:1:8:9:17:1 chr19 50666403 . CG CC,C 47.84 PASS AF=0.0769231,0.346154;AO=2,9;DP=26;FAO=2,9;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2,7;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.106741,0.128366;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=27.1238,13.4326;QD=7.35975;RBI=0.121629,0.128368;REFB=-0.0152813,0.0335784;REVB=-0.0583109,-0.000796079;RO=13;SAF=2,7;SAR=0,2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.344828;SSSB=0.601607,0.406226;STB=0.994743,0.713775;STBP=0.174,0.141;TYPE=snp,del;VARB=0.101295,-0.0637543;OID=.,.;OPOS=50666404,50666404;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0769231,0.346154:2,9:26:2,9:26:15:2,7:0,2:7:8:37:13:2,7:0,2:5:8 chr19 50762418 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.361;QD=52.6116;RBI=0.0794414;REFB=0;REVB=-0.0719606;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00215431;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr19 50763889 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.972;QD=61.684;RBI=0.063463;REFB=0;REVB=0.0165618;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014117;OID=.;OPOS=50763889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr19 50796905 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.085;QD=55.0442;RBI=0.0357731;REFB=-0.0623208;REVB=0.0239765;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00410692;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:1:0:31:24:1:0 chr19 50912024 . C T 554.78 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0323023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4529;QD=25.5073;RBI=0.0520998;REFB=-0.00428383;REVB=0.0408772;RO=36;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198848;STB=0.510865;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00511704;OID=.;OPOS=50912024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:24:27:20:16:24:27:20:16 chr19 50954584 . C G,T 735.39 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,50;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265161,0.0499458;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.25,99.5164;QD=55.5013;RBI=0.0307995,0.05156;REFB=0,0;REVB=-0.0156686,0.0128001;RO=0;SAF=3,27;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.094959,0.00133892;OID=.,.;OPOS=50954584,50954584;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:53:53:0:0:3,50:3,50:0.0566038,0.943396:0,23:3,27:0:0:0,23:3,27:0:0 chr19 50957397 . G A 1466.62 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125667;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.653;QD=58.0839;RBI=0.0161001;REFB=-0.123165;REVB=0.0100643;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000484513;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:101:1:1:97:100:0.990099:50:47:0:1:53:47:0:1 chr19 50965272 . T C 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2753;QD=56.9514;RBI=0.0604679;REFB=0;REVB=-0.0098634;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525976;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr19 50983930 . C T 319.17 PASS AF=0.862069;AO=21;DP=31;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00658089;FXX=0.0644953;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.023;QD=44.0235;RBI=0.0103852;REFB=-0.0961431;REVB=0.00803392;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.558778;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00280446;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:31:29:0:4:21:25:0.862069:11:10:0:0:15:10:0:4 chr19 51015404 . T C 145.08 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.131;QD=44.6396;RBI=0.0286617;REFB=0;REVB=-0.0281373;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204296;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr19 51128661 . T C 100.96 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00413344;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.319;QD=14.9566;RBI=0.0197666;REFB=-0.00346998;REVB=0.0193296;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355293;STB=0.703838;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00495728;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:12:3:7:5:12:3 chr19 51133356 . C G 30.07 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0139124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1599;QD=10.0247;RBI=0.0249188;REFB=-0.0207494;REVB=-0.0206734;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.749164;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0409532;OID=.;OPOS=51133356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:1:6:2:3:1:6 chr19 51159571 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.913;QD=56.7066;RBI=0.0451514;REFB=0;REVB=0.0114069;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94068e-05;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 51165492 . G C 30.89 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0431336;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3691;QD=2.74619;RBI=0.0471239;REFB=-0.00143904;REVB=-0.0189779;RO=39;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376329;STB=0.784092;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0328717;OID=.;OPOS=51165492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:45:45:39:39:6:6:0.133333:1:5:21:18:1:5:21:18 chr19 51170706 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.753;QD=37.4877;RBI=0.121867;REFB=0;REVB=-0.118104;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100715;OID=.;OPOS=51170706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 51207775 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00891949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6578;QD=17.0992;RBI=0.0248652;REFB=0.0357808;REVB=-0.0232104;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380779;STB=0.519971;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0384418;OID=.;OPOS=51207775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:15:14:14:0.482759:6:8:8:5:6:8:8:7 chr19 51297825 . GC AA 190.76 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0106453;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.018;QD=9.30515;RBI=0.0106822;REFB=-0.010333;REVB=-0.000887405;RO=55;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339622;STB=0.532138;STBP=0.718;TYPE=mnp;VARB=0.0260759;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:55:57:25:25:0.304878:12:13:27:28:12:13:27:30 chr19 51301395 . C T 372.33 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.0198222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.199;QD=12.2074;RBI=0.0240795;REFB=-0.0112404;REVB=0.0136713;RO=77;SAF=29;SAR=16;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556217;STB=0.531784;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0196739;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:77:45:45:0.368852:16:29:46:31:16:29:46:31 chr19 51301456 . G A 193.09 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0106659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.43;QD=12.0678;RBI=0.0116036;REFB=-0.0119868;REVB=0.00456966;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300012;STB=0.671583;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0195648;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:14:10:28:12:14:10:28:12 chr19 51302066 . A G 142.56 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=26;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0240619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.665;QD=20.3653;RBI=0.0240628;REFB=-0.0199959;REVB=-0.000213278;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135393;STB=0.597225;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0240485;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:12:12:14:16:0.571429:7:7:8:4:9:7:8:4 chr19 51302154 . G A 122.03 PASS AF=0.619048;AO=14;DP=23;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0217578;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5709;QD=23.2442;RBI=0.0510003;REFB=-0.046304;REVB=0.0461262;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15589;STB=0.624791;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0488483;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:21:8:8:14:13:0.619048:10:4:4:4:10:3:4:4 chr19 51321813 . A G 328.79 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0111145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.352;QD=15.4726;RBI=0.0126911;REFB=-0.0157498;REVB=-0.00612635;RO=44;SAF=27;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273712;STB=0.632574;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0181851;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:49:36:36:0.423529:9:27:22:22:9:27:27:22 chr19 51323232 . T C 206.18 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0741676;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.4793;QD=17.1817;RBI=0.0742153;REFB=0.00489086;REVB=0.00266082;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132481;STB=0.567098;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00687159;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:7:14:14:12:7:14:15:12 chr19 51323473 . C G 94.5 PASS AF=0.315789;AO=13;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.057941;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.792;QD=9.94694;RBI=0.059764;REFB=-0.00934875;REVB=-0.0146486;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0239225;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:38:24:26:13:12:0.315789:6:7:11:13:6:6:13:13 chr19 51323501 . A G 144.59 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00400241;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.045;QD=10.1468;RBI=0.0148413;REFB=-0.0159397;REVB=0.0142915;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256726;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:9:10:19:18:9:10:20:18 chr19 51330932 . G T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00964889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.496;QD=7.67879;RBI=0.0157028;REFB=-0.0197164;REVB=-0.0123886;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186484;STB=0.615182;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0407371;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:19:12:6:5:19:12 chr19 51359496 . G GC 232.39 PASS AF=1;AO=5;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136121;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=7.40511;QD=20.2074;RBI=0.227877;REFB=0.129606;REVB=-0.182754;RO=42;SAF=4;SAR=1;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0128253;OID=.;OPOS=51359497;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:47:46:46:0:25:21:0:0:4:42:4:1:22:20 chr19 51359497 . T C 744.23 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1898;QD=63.3389;RBI=0.0320874;REFB=0;REVB=-0.0289864;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185546;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr19 51359503 . A G 703.79 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293976;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.499;QD=62.5587;RBI=0.0426376;REFB=0;REVB=0.0308827;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189718;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr19 51379893 . C T 555.37 PASS AF=0.544554;AO=53;DP=98;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0262698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.81;QD=21.9948;RBI=0.0744686;REFB=-0.0185758;REVB=0.0696813;RO=45;SAF=31;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439731;STB=0.527849;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0239758;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:45:46:53:55:0.544554:22:31:24:21:23:32:24:22 chr19 51411636 . G T 819.8 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.42;QD=55.5795;RBI=0.0269382;REFB=-0.0817478;REVB=0.0129166;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000525007;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:35:22:1:0:36:22:1:0 chr19 51412666 . C A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0185945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.217;QD=7.76164;RBI=0.0185994;REFB=-0.000995471;REVB=-0.000429188;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602659;STB=0.871919;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00350278;OID=.;OPOS=51412666;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:10:3:5:1:10:3 chr19 51452250 . T C 1399.1 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00940531;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.505;QD=61.499;RBI=0.0108202;REFB=-0.0519872;REVB=-0.00534941;RO=1;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145798;STB=0.507691;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00022951;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:32:58:0:1:32:58:0:1 chr19 51485622 . A G 3825.05 PASS AF=0.991803;AO=241;DP=243;FAO=242;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000642147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3307;QD=62.7058;RBI=0.0504116;REFB=-0.061431;REVB=-0.0504076;RO=2;SAF=132;SAR=109;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000755439;STB=0.500376;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000465534;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:243:244:2:2:241:242:0.991803:109:132:1:1:110:132:1:1 chr19 51487175 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.074;QD=54.5175;RBI=0.092766;REFB=0;REVB=-0.0070374;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310441;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr19 51517731 . A G 377.3 PASS AF=0.434783;AO=37;DP=89;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0119692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.242;QD=16.4042;RBI=0.0237768;REFB=-0.0226054;REVB=-0.0205444;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101242;STB=0.560707;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0348217;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:52:52:37:40:0.434783:20:17:29:23:22:18:29:23 chr19 51519236 . A G 218.55 PASS AF=0.714286;AO=12;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00574351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.202;QD=31.2212;RBI=0.00574463;REFB=-0.0488088;REVB=0.000113476;RO=5;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487743;STB=0.668944;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0376822;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:5:8:12:20:0.714286:2:10:0:5:6:14:1:7 chr19 51519259 . C T 409.52 PASS AF=0.6875;AO=32;DP=47;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0119165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.651;QD=34.1267;RBI=0.0190433;REFB=-0.0081662;REVB=0.0148542;RO=14;SAF=25;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392658;STB=0.708614;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00868332;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:14:15:32:33:0.6875:7:25:2:12:7:26:3:12 chr19 51519364 . T G 311.5 PASS AF=0.576271;AO=29;DP=55;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0094775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0094;QD=21.1189;RBI=0.0139707;REFB=-0.0409262;REVB=0.0102644;RO=24;SAF=20;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356234;STB=0.669843;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0262059;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:24:25:29:34:0.576271:9:20:6:18:12:22:6:19 chr19 51520487 . A C 277.5 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0686594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3257;QD=16.0871;RBI=0.0686983;REFB=-0.0263199;REVB=0.00231145;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149306;STB=0.583976;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0186915;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:17:14:23:15:17:14:23:15 chr19 51530693 . G A 1886.13 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479188;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.353;QD=61.3375;RBI=0.0496468;REFB=0;REVB=0.0129845;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102046;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:123:0:0:117:123:1:52:65:0:0:55:68:0:0 chr19 51535130 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.979;QD=51.1838;RBI=0.0695486;REFB=0;REVB=-0.0226401;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00083075;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr19 51537682 . C A 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0305928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5467;QD=14.0777;RBI=0.0386981;REFB=-0.00235429;REVB=0.0236985;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294962;STB=0.666454;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0025114;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:15:1:3:9:15:1 chr19 51628529 . A G 1302.05 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.853;QD=62.0025;RBI=0.0369675;REFB=0;REVB=-0.0318508;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80034e-05;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:42:42:0:0 chr19 51630482 . C A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.364;QD=57.0008;RBI=0.0719918;REFB=0;REVB=0.0414109;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214132;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr19 51649292 . A G 201.7 PASS AF=0.44;AO=18;DP=47;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0269363;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.343;QD=16.1362;RBI=0.0290907;REFB=-0.012362;REVB=0.0109864;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389068;STB=0.699488;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0283044;OID=.;OPOS=51649292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:28:28:18:22:0.44:8:10:5:23:10:12:5:23 chr19 51835892 . T G,TG 421.17 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=3,18;DP=36;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224613,-0.0394662;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.131,18.5762;QD=48.1336;RBI=0.003726,0.0620927;REFB=0,0;REVB=-0.00297287,0.0479366;RO=13;SAF=3,10;SAR=0,8;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.803263,0.351008;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.048369,-0.0153983;OID=.,.;OPOS=51835892,51835893;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:35:13:0:3,18:2,33:0.0571429,0.942857:0,8:3,10:1:12:0,19:2,14:0:0 chr19 51850290 . G A 769.48 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.294;QD=56.9988;RBI=0.0416432;REFB=0;REVB=0.0351988;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14761e-05;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:40:13:0:0:40:14:0:0 chr19 51871195 . G A 632.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.544;QD=61.6782;RBI=0.0503416;REFB=0;REVB=0.0214224;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024797;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr19 51917735 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0203234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.642;QD=18.3452;RBI=0.0218029;REFB=-0.00845341;REVB=0.00789458;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.599886;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00755398;OID=.;OPOS=51917735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:12:6:9:8:12:6 chr19 51918112 . A G 348.95 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0219387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8487;QD=22.8821;RBI=0.0326891;REFB=-0.0135438;REVB=-0.0242336;RO=26;SAF=27;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220958;STB=0.626007;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.014484;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:7:27:15:11:7:28:15:11 chr19 51918135 . G T 346.85 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00992401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.154;QD=22.3775;RBI=0.0262507;REFB=-0.00960678;REVB=-0.0243025;RO=27;SAF=27;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331757;STB=0.687381;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00799941;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:34:35:0.564516:7:27:12:15:7:28:12:15 chr19 51919321 . T C 194.86 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0247537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.59;QD=17.3207;RBI=0.0718432;REFB=-0.0157308;REVB=-0.067444;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20808;STB=0.618927;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0248294;OID=.;OPOS=51919321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:11:14:7:13:11:14 chr19 51920613 . C T 289.37 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0504919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1479;QD=46.2996;RBI=0.0585883;REFB=-0.0377136;REVB=0.029718;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.509083;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0229728;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:14:9:1:0:14:9:1:1 chr19 51920619 . G C 76.15 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00362781;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.216;QD=12.1832;RBI=0.0333081;REFB=-0.00930003;REVB=0.0331099;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0110089;OID=.;OPOS=51920619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:5:10:6:4:5:10 chr19 51920850 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.018883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.384;QD=16.1191;RBI=0.0202554;REFB=-0.00475909;REVB=-0.00732909;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345229;STB=0.519967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00547522;OID=.;OPOS=51920850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:7:6:6:6:7:6 chr19 51955632 . A T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0339273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8621;QD=21.5107;RBI=0.0386387;REFB=-0.0215153;REVB=-0.0184901;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649354;STB=0.503646;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0297166;OID=.;OPOS=51955632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:8:11:12:9:8:11 chr19 51957556 . T C 1346.31 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0829577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.201;QD=59.8361;RBI=0.0831795;REFB=-0.0119607;REVB=0.00607042;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116984;STB=0.506023;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000221993;OID=.;OPOS=51957556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:1:1:87:89:0.988889:47:40:1:0:48:41:1:0 chr19 51961574 . T C,TC 151.9 PASS AF=0,0.468085;AO=2,21;DP=47;FAO=0,22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=0,17;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0612645,-0.0244216;FXX=0.020829;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=85.8193,36.0544;QD=12.9279;RBI=0.0670555,0.0247923;REFB=-0.00917645,-0.0129423;REVB=-0.0272599,-0.0042714;RO=24;SAF=1,16;SAR=1,5;SRF=5;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.317892,0.504875;STB=0.5,0.794135;STBP=1,0.003;TYPE=snp,ins;VARB=0.0695737,0.126786;OID=.,.;OPOS=51961574,51961575;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:47:24:25:2,21:0,22:0,0.468085:1,5:1,16:5:19:0,5:0,17:5:20 chr19 51983664 . C A 462.81 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0211141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3262;QD=19.2837;RBI=0.0529629;REFB=-0.0143365;REVB=0.0485723;RO=48;SAF=31;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130935;STB=0.56444;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0167175;OID=.;OPOS=51983664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:50:46:46:0.479167:15:31:26:22:15:31:28:22 chr19 51984725 . T A 675.29 PASS AF=0.380952;AO=80;DP=210;FAO=80;FDP=210;FR=.;FRO=130;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=79;FSRR=51;FWDB=-0.0114002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.459;QD=12.8626;RBI=0.0116198;REFB=-0.00788593;REVB=0.00224825;RO=130;SAF=45;SAR=35;SRF=79;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507413;STB=0.528617;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0160192;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:130:130:80:80:0.380952:35:45:79:51:35:45:79:51 chr19 51984727 . A G 673.28 PASS AF=0.379147;AO=80;DP=211;FAO=80;FDP=211;FR=.;FRO=131;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=79;FSRR=52;FWDB=0.0146211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6954;QD=12.7636;RBI=0.0202245;REFB=-0.0106826;REVB=0.0139732;RO=131;SAF=45;SAR=35;SRF=79;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456032;STB=0.525736;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00429773;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:131:131:80:80:0.379147:35:45:79:52:35:45:79:52 chr19 52000624 . T G 1153.23 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.6;QD=60.6961;RBI=0.0361635;REFB=0;REVB=0.00194058;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38057e-05;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr19 52000661 . A AC,C 36.05 PASS AF=0.107143,0.0357143;AO=9,6;DP=90;FAO=9,3;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=1,0;FSAR=8,3;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.100786,-0.0770689;FXX=0.0344788;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=24.8076,44.9374;QD=1.71647;RBI=0.101927,0.0771201;REFB=-0.0240943,-0.0120636;REVB=-0.0152116,-0.00280976;RO=75;SAF=1,1;SAR=8,5;SRF=34;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.445996,-0.322906;STB=0.838484,0.996116;STBP=0.054,0.097;TYPE=ins,snp;VARB=0.0625197,0.0891393;OID=.,.;OPOS=52000662,52000661;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:90:84:75:72:9,6:9,3:0.107143,0.0357143:8,5:1,1:34:41:8,3:1,0:31:41 chr19 52000672 . G A 1287.26 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220563;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.608;QD=62.0367;RBI=0.0345415;REFB=0;REVB=0.0265826;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27055e-05;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr19 52001485 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.52;QD=60.9772;RBI=0.0210651;REFB=0;REVB=-0.0140502;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128959;OID=.;OPOS=52001485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr19 52002488 . C A 1400.97 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526407;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.867;QD=62.9647;RBI=0.0765989;REFB=0;REVB=-0.0764178;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71275e-05;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr19 52002729 . G A,C 1214.88 PASS AF=0.963415,0.0243902;AO=78,3;DP=82;FAO=79,2;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43,2;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130646,-0.00317678;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.091,122.363;QD=59.2626;RBI=0.0696899,0.00556059;REFB=-0.0827688,-0.0916275;REVB=0.0684543,-0.0045638;RO=0;SAF=43,2;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.91087e-08,0;STB=0.506848,0.993266;STBP=0.294,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00054362,0.058423;OID=.,.;OPOS=52002729,52002729;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:82:82:0:1:78,3:79,2:0.963415,0.0243902:35,1:43,2:0:0:36,0:43,2:0:1 chr19 52003331 . G C 3158.38 PASS AF=1;AO=185;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=112;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574976;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.018;QD=58.7606;RBI=0.0619743;REFB=-0.013702;REVB=0.0231266;RO=1;SAF=82;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294041;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:216:215:1:0:185:215:1:103:82:1:0:103:112:0:0 chr19 52004743 . G A 1413.77 PASS AF=0.98913;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.438;QD=61.4682;RBI=0.0424329;REFB=-0.0987896;REVB=0.0329607;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000340893;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:92:0:1:88:91:0.98913:36:52:0:0:37:54:0:1 chr19 52004795 . G T 1112.77 PASS AF=1;AO=70;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418555;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.177;QD=57.8061;RBI=0.0048102;REFB=0;REVB=0.00237049;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057167;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:70:77:1:34:36:0:0:38:39:0:0 chr19 52032964 . C G 726.1 PASS AF=0.847059;AO=37;DP=78;FAO=72;FDP=85;FR=.;FRO=13;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0230953;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=139.766;QD=34.1692;RBI=0.0609877;REFB=-0.169689;REVB=0.0564456;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.502069;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00357185;OID=.;OPOS=52032964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:78:85:0:13:37:72:0.847059:15:22:0:0:23:49:9:4 chr19 52033742 . G A 1615.75 PASS AF=0.912;AO=114;DP=125;FAO=114;FDP=125;FR=.;FRO=11;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00281508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.717;QD=51.7041;RBI=0.0217567;REFB=-0.124466;REVB=0.0215738;RO=9;SAF=70;SAR=44;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721827;STB=0.539394;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00103593;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:125:125:9:11:114:114:0.912:44:70:1:8:44:70:2:9 chr19 52089982 . C G 480.37 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00774185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.426;QD=53.3741;RBI=0.0116165;REFB=-0.00173644;REVB=0.00866066;RO=2;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103316;STB=0.549969;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000169264;OID=.;OPOS=52089982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:36:2:2:33:34:0.944444:8:25:0:2:9:25:0:2 chr19 52220351 . G A 364.38 PASS AF=0.481013;AO=35;DP=77;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00183823;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.286;QD=18.4496;RBI=0.0094276;REFB=-0.0219698;REVB=-0.00924665;RO=41;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607313;STB=0.522376;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0235323;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:41:35:38:0.481013:16:19:22:19:16:22:22:19 chr19 52223121 . A G 850.61 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.656;QD=57.6685;RBI=0.0609587;REFB=0;REVB=0.0591542;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126008;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:17:41:0:0:18:41:0:0 chr19 52223180 . A G 1281.88 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.545;QD=61.7772;RBI=0.0288851;REFB=0;REVB=0.0146831;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16456e-05;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr19 52249211 . T G 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0175989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.235;QD=14.7657;RBI=0.0278113;REFB=-0.0125037;REVB=-0.0215348;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596718;STB=0.542902;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0210752;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:11:14:16:16:11:14:16:17 chr19 52249672 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00141872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.384;QD=16.4544;RBI=0.00944662;REFB=-0.0122724;REVB=-0.00933948;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154359;OID=.;OPOS=52249672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr19 52249680 . T A 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0240957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.324;QD=19.1076;RBI=0.0526308;REFB=-0.0448809;REVB=-0.046791;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235001;STB=0.636055;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0083225;OID=.;OPOS=52249680;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:4:2:6:3:4:2 chr19 52249702 . G T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00049409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.322;QD=11.257;RBI=0.0393068;REFB=0.00524213;REVB=-0.0393037;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345943;STB=0.709978;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00485631;OID=.;OPOS=52249702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:5:7:2:6:5:7 chr19 52249947 . C G 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.913;QD=64.4099;RBI=0.0241478;REFB=0;REVB=-0.0112018;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22137e-05;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr19 52250216 . A G 1694.48 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.954;QD=60.517;RBI=0.0149876;REFB=0;REVB=0.00942291;RO=0;SAF=39;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59377e-06;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:73:39:0:0:73:39:0:0 chr19 52329158 . GAAAAAAAC GAAAAAAC,GAAAAAACT,GAAAAAATC 30.69 PASS AF=0.276596,0.0425532,0;AO=18,2,2;DP=51;FAO=13,2,0;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8,2,0;FSAR=5,0,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0610619,0.00597062,-0.031288;FXX=0.113186;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.13718,15.5565,132.33;QD=2.61175;RBI=0.0955575,0.0320809,0.0315517;REFB=-0.128039,-0.0841092,-0.00361025;REVB=-0.0735029,-0.0315204,-0.00407083;RO=19;SAF=10,2,2;SAR=8,0,0;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0702603,0.466529,0.466529;STB=0.516104,0.993887,0.5;STBP=0.921,0.197,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.163875,-0.121794,0;OID=.,.,.;OPOS=52329159,52329165,52329165;OREF=A,AC,A;OALT=-,CT,T;OMAPALT=GAAAAAAC,GAAAAAACT,GAAAAAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596,0.0425532,0:18,2,2:51:13,2,0:47:32:8,2,0:5,0,0:19:13:27:19:10,2,2:8,0,0:12:7 chr19 52506985 . T C 202.09 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0686953;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.054;QD=13.7013;RBI=0.071703;REFB=0.00228782;REVB=0.0205492;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990962;STB=0.558093;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00253215;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:35:23:24:0.40678:8:15:25:9:9:15:25:10 chr19 52519608 . C T 106.42 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0464868;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.967;QD=6.54877;RBI=0.0466737;REFB=-0.0121933;REVB=0.00417328;RO=49;SAF=3;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34439;STB=0.716939;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0384352;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:49:49:16:16:0.246154:13:3:21:28:13:3:21:28 chr19 52520607 . C T 45.97 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0744776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.503;QD=9.19382;RBI=0.0884946;REFB=-0.00568299;REVB=-0.0477953;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413297;STB=0.762764;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0128845;OID=.;OPOS=52520607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:6:7:6:1:6:7 chr19 52521296 . G A 458.96 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00498883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.005;QD=20.8619;RBI=0.0187518;REFB=-0.021958;REVB=0.018076;RO=43;SAF=28;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121374;STB=0.567242;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0170253;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:17:28:21:22:17:28:21:22 chr19 52537576 . T G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0150122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.108;QD=12.4025;RBI=0.0203107;REFB=-0.00892661;REVB=-0.0136807;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274891;STB=0.501616;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0194434;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:11:5:9:20:11:5:9:20 chr19 52619065 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.014477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.007;QD=16.1561;RBI=0.0463284;REFB=-0.0217053;REVB=0.0440084;RO=32;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107684;STB=0.560929;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0257122;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:9:18:18:14:9:18:18:14 chr19 52658510 . T C 601.08 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00882759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2946;QD=58.6423;RBI=0.0419758;REFB=0.0964085;REVB=-0.041037;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00290246;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:1:0:27:13:1:0 chr19 52659991 . A G 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9477;QD=56.9295;RBI=0.0807012;REFB=0;REVB=0.0348745;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102934;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr19 52660279 . C T 1079.97 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3484;QD=59.9984;RBI=0.0179868;REFB=0;REVB=0.00642787;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131923;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr19 52803669 . CTG C 1038.15 PASS AF=1;AO=61;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132831;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.107;QD=59.323;RBI=0.0512793;REFB=0;REVB=0.0495291;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.52033e-05;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:72:70:70:0:34:36:0:0:6:0:31:30:0:0 chr19 52825235 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.16;QD=40.7604;RBI=0.0405215;REFB=0;REVB=-0.040161;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576657;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr19 52869022 . G T 238.66 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0315992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7289;QD=14.0388;RBI=0.0585881;REFB=-0.0102027;REVB=-0.0493361;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163213;STB=0.592956;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0129282;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:17:11:22:18:17:11:22:18 chr19 52869278 . G C 223.35 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.063908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.448;QD=19.4221;RBI=0.0639093;REFB=0.00126432;REVB=0.000410524;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850068;STB=0.529385;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00268252;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:7:14:14:10:8:14:14:10 chr19 52869312 . T C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00252382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.65;QD=22.7239;RBI=0.0432469;REFB=-0.0294372;REVB=0.0431732;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0178689;OID=.;OPOS=52869312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:10:6:10:10:10:6 chr19 52869534 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0238794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.506;QD=12.7386;RBI=0.0242062;REFB=-0.00813534;REVB=0.00396416;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.023479;OID=.;OPOS=52869534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr19 52887382 . G A 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0349395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8238;QD=17.0633;RBI=0.0408077;REFB=0.00661329;REVB=-0.0210832;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258372;STB=0.644451;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00888419;OID=.;OPOS=52887382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:9:22:12:16:9:22 chr19 52917590 . G A 689.5 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0145;QD=61.2887;RBI=0.0665843;REFB=0;REVB=0.0278024;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439757;OID=.;OPOS=52917590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:41:45:1:10:31:0:0:13:32:0:0 chr19 52934751 . A G 56.62 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0150398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.269;QD=3.06064;RBI=0.0261356;REFB=-0.00653713;REVB=-0.0213746;RO=63;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21624;STB=0.648512;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0490383;OID=.;OPOS=52934751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:4:7:29:34:4:7:29:34 chr19 52934778 . G C 56.94 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0299298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.54;QD=3.1198;RBI=0.0323427;REFB=-0.0141095;REVB=-0.0122581;RO=62;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135339;STB=0.592427;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0831192;OID=.;OPOS=52934778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:73:73:62:62:11:11:0.150685:5:6:27:35:5:6:27:35 chr19 52938361 . C A 346.4 PASS AF=0.321168;AO=46;DP=136;FAO=44;FDP=137;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0274695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9882;QD=10.1137;RBI=0.114528;REFB=-0.00771992;REVB=-0.111185;RO=90;SAF=27;SAR=19;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138498;STB=0.587336;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0132814;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:90:93:46:44:0.321168:19:27:42:48:18:26:43:50 chr19 52938417 . A G 276.42 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0027513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1969;QD=9.45037;RBI=0.0255728;REFB=-0.00257085;REVB=0.0254244;RO=76;SAF=12;SAR=25;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121012;STB=0.591665;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0113545;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:80:37:37:0.316239:25:12:32:44:25:12:36:44 chr19 52938459 . A G 206.24 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.000106424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3109;QD=8.96713;RBI=0.0546553;REFB=-0.0163274;REVB=-0.0546552;RO=65;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116702;STB=0.568832;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0298202;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:65:27:27:0.293478:14:13:25:40:14:13:25:40 chr19 52941171 . T C 153.26 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.113103;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.8431;QD=10.9469;RBI=0.12856;REFB=-0.00264676;REVB=0.0611176;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322414;STB=0.5111;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0108205;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:36:20:20:0.357143:8:12:20:15:8:12:21:15 chr19 52941540 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000929765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.915;QD=12.8608;RBI=0.062689;REFB=-0.0247333;REVB=-0.0626821;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0250602;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr19 52941618 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0640345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.387;QD=13.9591;RBI=0.0653023;REFB=-0.0134835;REVB=-0.0128052;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0158554;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr19 52941847 . A T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00398245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.346;QD=21.2676;RBI=0.00424133;REFB=-0.0015666;REVB=0.0014591;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353938;STB=0.700992;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00307213;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:13:4:9:5:13:4:9:5 chr19 52942411 . G A 30.13 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=18;FAO=5;FDP=18;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00634293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1657;QD=6.69549;RBI=0.00634812;REFB=-0.0476327;REVB=-0.000256598;RO=13;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456697;STB=0.798801;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.108506;OID=.;OPOS=52942411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:18:18:13:13:5:5:0.277778:4:1:8:5:4:1:8:5 chr19 52942445 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00302374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.82;QD=24.4136;RBI=0.0162454;REFB=-0.0227727;REVB=-0.0159615;RO=4;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518926;STB=0.599799;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00358345;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:4:5:11:11:0.6875:9:2:1:3:9:2:2:3 chr19 52942495 . G A 216.14 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0239719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.005;QD=25.4278;RBI=0.0250374;REFB=-0.050408;REVB=-0.00722632;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16017;STB=0.578876;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0291904;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:11:9:3:10:12:9:3:10 chr19 52954507 . T C 1178.51 PASS AF=0.532407;AO=115;DP=217;FAO=115;FDP=216;FR=.;FRO=101;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=70;FSRR=31;FWDB=-0.0118053;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.309;QD=21.8242;RBI=0.0167806;REFB=-0.0216228;REVB=-0.0119258;RO=101;SAF=68;SAR=47;SRF=70;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919828;STB=0.550119;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0182673;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:101:101:115:115:0.532407:47:68:70:31:47:68:70:31 chr19 53014346 . G A 222.82 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00464205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.966;QD=18.963;RBI=0.0177804;REFB=-0.00636628;REVB=0.0171637;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137902;STB=0.507805;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00678862;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:14:11:10:12:14:11 chr19 53016129 . G A 133.12 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0261709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5762;QD=19.0166;RBI=0.0406193;REFB=-0.00716903;REVB=-0.0310645;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324097;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0127454;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:7:7:6:7:7:8:6:7 chr19 53077411 . T C 341.67 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000545008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4265;QD=18.9818;RBI=0.00993877;REFB=-0.00885742;REVB=0.00992381;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255746;STB=0.527762;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0124596;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:36:36:34:36:0.5:17:17:17:19:17:19:17:19 chr19 53085659 . C T 48.66 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0454473;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.802;QD=10.8134;RBI=0.0514719;REFB=-0.015565;REVB=-0.024164;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118071;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.023843;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:18:9:11:7:7:0.388889:4:3:5:4:4:3:6:5 chr19 53085813 . T C 97.8 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00299125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.568;QD=24.4502;RBI=0.03032;REFB=-0.0151548;REVB=0.0301721;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299059;STB=0.674367;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00717356;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:16:5:5:10:11:0.6875:7:3:4:1:8:3:4:1 chr19 53086124 . C A 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0204656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.864;QD=14.3335;RBI=0.0256141;REFB=0.0066897;REVB=0.0154027;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132375;STB=0.576832;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00776293;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:12:14:7:10:12:14 chr19 53209553 . GG AT 187.94 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00187936;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=167.158;QD=20.3174;RBI=0.00205312;REFB=0.0186563;REVB=0.000826637;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736315;STB=0.541504;STBP=0.636;TYPE=mnp;VARB=-0.0152468;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:11:7:9:10:11:7 chr19 53270579 . G A 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0105747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.882;QD=12.1357;RBI=0.0200328;REFB=-0.0102058;REVB=-0.0170143;RO=48;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129982;STB=0.574714;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0196125;OID=.;OPOS=53270579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:15:13:28:20:15:13:28:20 chr19 53302942 . C T 75.09 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.439;QD=37.5465;RBI=0.0401012;REFB=0;REVB=0.000458906;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036598;OID=.;OPOS=53302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr19 53303527 . A G 375.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.383;QD=55.6317;RBI=0.044728;REFB=0;REVB=0.0164351;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363488;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 53303890 . C G 129.2 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0659822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6571;QD=21.534;RBI=0.0885551;REFB=-0.00891287;REVB=0.0590623;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984057;STB=0.555478;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.011527;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:7:3:6:8:7:3 chr19 53304563 . T C 690.59 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2866;QD=53.1222;RBI=0.0806066;REFB=0.00211644;REVB=0.0758344;RO=2;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291179;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00171312;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:52:2:1:50:51:0.980769:23:27:1:1:24:27:1:0 chr19 53384700 . CA AA,C 32.49 PASS AF=0.0444444,0.155556;AO=2,16;DP=45;FAO=2,7;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2,3;FSAR=0,4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0153058,-0.1978;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=138.002,9.89965;QD=2.88819;RBI=0.0837378,0.207502;REFB=-0.00926126,-0.0829109;REVB=-0.0823271,0.0627069;RO=25;SAF=2,12;SAR=0,4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.509229,0.342903;STB=0.99401,0.627098;STBP=0.206,0.469;TYPE=snp,del;VARB=0.025248,0.0524596;OID=.,.;OPOS=53384700,53384701;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:45:45:25:36:2,16:2,7:0.0444444,0.155556:0,4:2,12:11:14:0,4:2,3:21:15 chr19 53391402 . A G 568.22 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=-0.0142904;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7724;QD=14.2948;RBI=0.0252803;REFB=-0.00744491;REVB=0.0208538;RO=89;SAF=48;SAR=17;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108599;STB=0.564287;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00924631;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:89:94:65:65:0.408805:17:48:58:31:17:48:61:33 chr19 53513165 . CCT C 31.28 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.102423;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.9176;QD=4.63455;RBI=0.118491;REFB=-0.0297043;REVB=-0.0595804;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602509;STB=0.864963;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.0856644;OID=.;OPOS=53513166;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:6:27:7:27:20:6:1:7:13:31:19:5:1:5:14 chr19 53518178 . C G 188.39 PASS AF=0.396226;AO=17;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0221801;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=224.887;QD=14.2181;RBI=0.022956;REFB=-0.0225542;REVB=0.00591776;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278502;STB=0.714082;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0202326;OID=.;OPOS=53518178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:20:29:17:21:0.396226:11:6:13:7:15:6:19:10 chr19 53576589 . C G 377.33 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.00944399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4427;QD=16.2294;RBI=0.0157698;REFB=-0.0146285;REVB=0.0126292;RO=52;SAF=24;SAR=16;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142121;STB=0.571395;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0168179;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:16:24:38:14:16:24:38:15 chr19 53577419 . G C 491.56 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0556127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3555;QD=18.5494;RBI=0.0719866;REFB=0.0280514;REVB=-0.0457088;RO=53;SAF=32;SAR=20;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815376;STB=0.538207;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.040449;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:54:52:52:0.490566:20:32:37:16:20:32:37:17 chr19 53612311 . T C 353.18 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00876427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.855;QD=35.3175;RBI=0.0399608;REFB=-0.0253414;REVB=0.0389878;RO=11;SAF=16;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434083;STB=0.523627;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0107782;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:13:16:7:4:13:16:7:4 chr19 53612745 . T C 252.87 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0262066;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.904;QD=20.6425;RBI=0.0262465;REFB=-0.00934283;REVB=-0.00144607;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292622;STB=0.632;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00881584;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:25:22:24:0.489796:8:14:8:17:10:14:8:17 chr19 53612757 . T G 255.04 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0188759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8223;QD=22.1777;RBI=0.0654206;REFB=0.00523378;REVB=0.0626382;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186198;STB=0.604308;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00780731;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:9:15:9:13:9:15:9:13 chr19 53645291 . T C 527.07 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00760801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.12;QD=56.981;RBI=0.0308024;REFB=-0.164596;REVB=0.0298481;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.518508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00234886;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:13:23:0:0:13:23:0:1 chr19 53667804 . C T 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.513;QD=60.374;RBI=0.0496986;REFB=0;REVB=-0.00612096;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221765;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr19 53667913 . AT GG,GT 944.72 PASS AF=0.046875,0.953125;AO=3,61;DP=80;FAO=3,61;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=3,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317073,0.014839;FXX=0.199975;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=37.2549,67.7096;QD=59.0449;RBI=0.031715,0.0311192;REFB=0,0;REVB=0.000698377,0.0273534;RO=0;SAF=0,29;SAR=3,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0989284,0.000288064;OID=.,.;OPOS=53667913,53667913;OREF=AT,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:80:64:0:0:3,61:3,61:0.046875,0.953125:3,32:0,29:0:0:3,32:0,29:0:0 chr19 53667940 . A G 930.32 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505793;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.875;QD=59.068;RBI=0.00551277;REFB=0;REVB=-0.00219271;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120617;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr19 53669273 . T C 374.51 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0110041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.829;QD=49.935;RBI=0.0119685;REFB=-0.0350796;REVB=-0.00470704;RO=2;SAF=18;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.526297;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00032692;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:10:18:2:0:10:18:2:0 chr19 53669492 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.005;QD=58.061;RBI=0.0278107;REFB=0;REVB=0.0230473;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16023e-05;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr19 53727097 . G A 42.68 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00183951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.731;QD=4.74253;RBI=0.0042936;REFB=-0.00931752;REVB=0.00387958;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356012;STB=0.676458;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0155448;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:26:29:7:7:0.194444:4:3:19:7:4:3:19:10 chr19 53740822 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0337822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.243;QD=18.8867;RBI=0.0397984;REFB=-0.00841397;REVB=0.02104;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453777;STB=0.526251;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00625637;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:1:4:6:2:1:4 chr19 53741068 . C T 138.16 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.000823898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.051;QD=8.91344;RBI=0.0031943;REFB=-0.00264008;REVB=0.00308622;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054724;STB=0.532434;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0131851;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:7:12:29:14:7:12:29:14 chr19 53741188 . C T 308.0 PASS AF=0.364486;AO=38;DP=106;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0220622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.461;QD=11.5139;RBI=0.022455;REFB=-0.00109669;REVB=0.00418185;RO=66;SAF=14;SAR=24;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18181;STB=0.601973;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0012068;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:66:68:38:39:0.364486:24:14:35:31:24:15:37:31 chr19 53761775 . C G 462.36 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00330508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.628;QD=16.2231;RBI=0.00342567;REFB=-0.00996087;REVB=-0.000900895;RO=62;SAF=30;SAR=20;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301729;STB=0.50651;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0114845;OID=.;OPOS=53761775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:62:63:50:51:0.447368:20:30:39:23:20:31:39:24 chr19 53786079 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0151747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.776;QD=13.0537;RBI=0.0172793;REFB=-0.0238408;REVB=-0.00826455;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217736;STB=0.624892;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.047396;OID=.;OPOS=53786079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:14:21:9:14:14:21 chr19 53786081 . GA AG 203.43 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0273275;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.06;QD=13.7916;RBI=0.0274336;REFB=-0.020505;REVB=-0.00241097;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151217;STB=0.584838;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=0.0441491;OID=.;OPOS=53786081;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:34:25:25:0.423729:11:14:13:19:11:14:14:20 chr19 53786091 . C A 207.48 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00832234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7633;QD=13.8317;RBI=0.00848896;REFB=-0.00258801;REVB=0.00167362;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159954;STB=0.5763;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00327231;OID=.;OPOS=53786091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:24:25:0.416667:10:14:15:20:11:14:15:20 chr19 53793042 . G A 243.4 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0394011;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.717;QD=21.165;RBI=0.0415717;REFB=0.00549007;REVB=-0.0132574;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254509;STB=0.523026;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00603164;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:23:23:23:0.5:9:14:14:8:9:14:15:8 chr19 53793574 . A G 337.8 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00553051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.354;QD=15.0132;RBI=0.00685446;REFB=-0.00158755;REVB=-0.00404933;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139632;STB=0.502403;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00257842;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:53:37:37:0.411111:18:19:26:26:18:19:27:26 chr19 53793911 . T A 86.52 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0287371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4887;QD=13.3113;RBI=0.0294094;REFB=-0.000463731;REVB=0.0062521;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000189119;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:14:15:11:11:0.423077:7:4:8:6:7:4:9:6 chr19 53794155 . C A 154.97 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0137947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.918;QD=22.9591;RBI=0.0190521;REFB=-0.00124416;REVB=0.0131411;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180541;STB=0.601858;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00122006;OID=.;OPOS=53794155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:5:6:5:11:5:6 chr19 53794579 . T A 309.04 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0363818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3303;QD=16.0539;RBI=0.0388205;REFB=-0.0203516;REVB=-0.0135423;RO=41;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250688;STB=0.652878;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0124251;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:43:34:34:0.441558:12:22:16:25:12:22:16:27 chr19 53794858 . G A 411.52 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0046666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.526;QD=18.4954;RBI=0.014726;REFB=-0.0382101;REVB=-0.013967;RO=46;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170905;STB=0.589769;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0408802;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:17:25:19:27:17:25:20:27 chr19 53848779 . T C 529.7 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.00406761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.409;QD=15.0268;RBI=0.00441653;REFB=-0.013891;REVB=0.00172053;RO=83;SAF=21;SAR=37;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01443;STB=0.508107;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0175224;OID=.;OPOS=53848779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:37:21:29:54:37:21:29:54 chr19 53848837 . C T 746.25 PASS AF=0.454023;AO=77;DP=176;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=-0.00624418;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.114;QD=17.1553;RBI=0.0111682;REFB=-0.0126701;REVB=-0.00925948;RO=98;SAF=20;SAR=57;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118612;STB=0.567219;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0284661;OID=.;OPOS=53848837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:174:98:95:77:79:0.454023:57:20:35:63:58:21:35:60 chr19 53848845 . G A 746.8 PASS AF=0.437158;AO=80;DP=183;FAO=80;FDP=183;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=-0.0277826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.294;QD=16.3234;RBI=0.0321515;REFB=-0.0228502;REVB=-0.0161817;RO=103;SAF=21;SAR=59;SRF=36;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106599;STB=0.559645;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0213566;OID=.;OPOS=53848845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:103:103:80:80:0.437158:59:21:36:67:59:21:36:67 chr19 53875494 . A T 123.34 PASS AF=0.3;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0286761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.08;QD=9.86735;RBI=0.0860737;REFB=-0.00765921;REVB=0.0811565;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149866;STB=0.520633;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0608933;OID=.;OPOS=53875494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:35:14:15:0.3:8:6:15:19:9:6:15:20 chr19 53875523 . G A 136.43 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0184632;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.134;QD=8.52711;RBI=0.0184641;REFB=-0.0163606;REVB=0.000189438;RO=44;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703311;STB=0.500842;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0487449;OID=.;OPOS=53875523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:18:19:0.296875:10:8:17:27:11:8:19:26 chr19 53875569 . G A 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0136589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.296;QD=8.6692;RBI=0.0304615;REFB=-0.0269124;REVB=0.0272276;RO=42;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473977;STB=0.528271;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0428109;OID=.;OPOS=53875569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:10:8:17:25:10:8:17:25 chr19 53879561 . GACA G 596.73 PASS AF=0.462687;AO=60;DP=136;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0221747;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=3;MLLD=295.477;QD=17.8127;RBI=0.0250448;REFB=-0.00611652;REVB=-0.0116415;RO=70;SAF=30;SAR=30;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415116;STB=0.516124;STBP=0.758;TYPE=del;VARB=0.00699287;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462687:60:136:62:134:72:30:32:37:35:99:70:30:30:38:32 chr19 53884412 . G A 113.24 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0123706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5314;QD=9.63763;RBI=0.0735394;REFB=-0.00192863;REVB=-0.0724914;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528139;STB=0.531869;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0018406;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:15:18:7:7:15:18 chr19 53901309 . TTC T 283.74 PASS AF=0.390625;AO=47;DP=127;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0290594;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=2;MLLD=271.234;QD=8.86677;RBI=0.0317903;REFB=-0.0169551;REVB=-0.0128909;RO=77;SAF=24;SAR=23;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123878;STB=0.570285;STBP=0.228;TYPE=del;VARB=0.024875;OID=.;OPOS=53901310;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390625:47:127:50:128:78:25:25:48:30:99:77:24:23:48:29 chr19 53911660 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0155739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9892;QD=9.44407;RBI=0.0715479;REFB=-0.0191973;REVB=-0.0698324;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.024469;OID=.;OPOS=53911660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:4:6:3:3:4:6 chr19 53911973 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.071;QD=50.4131;RBI=0.0367924;REFB=0;REVB=-0.0123005;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357336;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr19 53912242 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.2;QD=57.6772;RBI=0.0312877;REFB=0;REVB=0.0309148;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369499;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr19 53952885 . TC T 187.46 PASS AF=0.956522;AO=15;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.262166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1912;QD=32.6011;RBI=0.263576;REFB=-0.0257697;REVB=-0.0272236;RO=5;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.181817;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=0.0208323;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:15:23:22:23:1:15:7:1:0:3:5:10:5:5:0 chr19 53958125 . AT AG,GG 367.83 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129973,0.0272593;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=58.8468,91.8369;QD=54.4925;RBI=0.0355089,0.0296149;REFB=0,0;REVB=0.0330447,0.0115746;RO=0;SAF=12,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0037692,-0.0561208;OID=.,.;OPOS=53958126,53958125;OREF=T,AT;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:13,0:12,2:0:0:13,0:12,2:0:0 chr19 53958263 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.838;QD=62.0212;RBI=0.0349222;REFB=0;REVB=0.0181209;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38332e-05;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 53959804 . T C 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0192609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9798;QD=18.7429;RBI=0.0953498;REFB=-0.0196636;REVB=0.0933841;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149414;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.021769;OID=.;OPOS=53959804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:2:2:2:5:2:2 chr19 53989945 . G A 408.99 PASS AF=0.269406;AO=59;DP=220;FAO=59;FDP=219;FR=.;FRO=160;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=64;FSRR=96;FWDB=0.0100692;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.579;QD=7.47008;RBI=0.0104683;REFB=-0.00377875;REVB=-0.00286317;RO=160;SAF=39;SAR=20;SRF=64;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317541;STB=0.687058;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00972056;OID=.;OPOS=53989945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:160:160:59:59:0.269406:20:39:64:96:20:39:64:96 chr19 53989975 . C T 439.15 PASS AF=0.255906;AO=65;DP=253;FAO=65;FDP=254;FR=.;FRO=189;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=73;FSRR=116;FWDB=-0.0446216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2871;QD=6.91567;RBI=0.0603851;REFB=-0.00269549;REVB=-0.0406851;RO=185;SAF=39;SAR=26;SRF=72;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258386;STB=0.655339;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00578844;OID=.;OPOS=53989975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:185:189:65:65:0.255906:26:39:72:113:26:39:73:116 chr19 53993988 . A T 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0147242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.574;QD=23.1237;RBI=0.0165437;REFB=-0.0117788;REVB=0.00754286;RO=22;SAF=9;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564238;STB=0.531229;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00851215;OID=.;OPOS=53993988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:21:9:8:14:21:9:8:14 chr19 53994178 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0263707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7101;QD=13.6308;RBI=0.0672613;REFB=0.0665946;REVB=-0.0618762;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.596769;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0796074;OID=.;OPOS=53994178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:5:4:5:3:5:4 chr19 54080144 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0194993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.266;QD=16.1065;RBI=0.0210775;REFB=0.000590731;REVB=0.00800251;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234869;STB=0.635098;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000651866;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:13:9:11:6:13:9 chr19 54198461 . A G 345.94 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0415773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3759;QD=19.4899;RBI=0.0559505;REFB=0.0467783;REVB=0.0374405;RO=35;SAF=12;SAR=24;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288309;STB=0.660288;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0285476;OID=.;OPOS=54198461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:24:12:23:12:24:12:23:12 chr19 54307322 . G A 297.07 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00188618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9989;QD=18.281;RBI=0.0098107;REFB=-0.0307271;REVB=0.00962768;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157697;STB=0.588179;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0382518;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:18:15:20:12:18:15 chr19 54308554 . C T 129.05 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.339;QD=43.018;RBI=0.13152;REFB=0;REVB=0.124856;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010621;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:10:12:1:3:7:0:0:4:8:0:0 chr19 54378099 . GA AG 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0547988;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.223;QD=24.3288;RBI=0.068489;REFB=-0.0301422;REVB=0.0410832;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.587;TYPE=mnp;VARB=0.00585653;OID=.;OPOS=54378099;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:1:1:5:2:1:1 chr19 54378627 . T A 2592.66 PASS AF=0.966292;AO=171;DP=180;FAO=172;FDP=178;FR=.;FRO=6;FSAF=127;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00792254;FXX=0.0111105;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.328;QD=58.2619;RBI=0.0117094;REFB=-0.104177;REVB=0.00862232;RO=5;SAF=127;SAR=44;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405976;STB=0.503118;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.000523004;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:180:178:5:6:171:172:0.966292:44:127:4:1:45:127:4:2 chr19 54378789 . C G 4017.74 PASS AF=1;AO=247;DP=258;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027422;FXX=0.047271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7726;QD=61.3396;RBI=0.0289332;REFB=0;REVB=-0.00922839;RO=0;SAF=110;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377005;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:262:0:0:247:262:1:137:110:0:0:147:115:0:0 chr19 54379573 . C T 517.79 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.041577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5113;QD=54.5037;RBI=0.0430472;REFB=-0.0692927;REVB=-0.0111541;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346393;STB=0.535694;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00222161;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:13:23:0:1:13:23:0:2 chr19 54385820 . C T 2257.59 PASS AF=0.974359;AO=151;DP=157;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0133822;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.006;QD=57.8869;RBI=0.0217026;REFB=-0.0346792;REVB=0.0170856;RO=4;SAF=73;SAR=78;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130851;STB=0.506749;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000117967;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:157:156:4:4:151:152:0.974359:78:73:3:1:78:74:3:1 chr19 54403925 . T C 255.62 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0202107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3736;QD=15.7304;RBI=0.0208486;REFB=0.00965126;REVB=-0.00511752;RO=35;SAF=22;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155276;STB=0.582721;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0119654;OID=.;OPOS=54403925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:7:22:22:13:7:22:23:13 chr19 54600232 . A C 2146.75 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0174449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.4894;QD=61.3358;RBI=0.0363952;REFB=-0.0176951;REVB=-0.0319419;RO=1;SAF=79;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598048;STB=0.506249;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-7.72673e-05;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:1:2:138:138:0.985714:59:79:1:0:59:79:2:0 chr19 54606208 . T TG 204.13 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026169;FXX=0.11107;HRUN=0;LEN=1;MLLD=135.356;QD=34.0212;RBI=0.112691;REFB=0;REVB=-0.10961;RO=26;SAF=2;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.2874e-05;OID=.;OPOS=54606209;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:24:24:0:15:9:0:0:3:26:2:1:16:10 chr19 54606209 . T G 347.34 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.994;QD=51.4584;RBI=0.0259725;REFB=-0.0333046;REVB=-0.0128375;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00345774;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:11:15:0:0:11:15:0:1 chr19 54613420 . G A 128.1 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00697745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.646;QD=20.4966;RBI=0.0443713;REFB=-0.022827;REVB=0.0438193;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156775;STB=0.588119;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0270502;OID=.;OPOS=54613420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:9:2:5:9:9:2 chr19 54649671 . T C 145.07 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.138;QD=44.638;RBI=0.101887;REFB=0;REVB=0.0188266;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136856;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:8:2:0:0:9:4:0:0 chr19 54652203 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.922;QD=48.7366;RBI=0.0387359;REFB=0;REVB=-0.0228631;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113099;OID=.;OPOS=54652203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr19 54656709 . A T 46.77 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00111213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.258;QD=10.3941;RBI=0.00643096;REFB=0.00216577;REVB=-0.00633407;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383694;STB=0.723655;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00464753;OID=.;OPOS=54656709;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:1:10:4:3:1:10 chr19 54657069 . C T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0690438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.805;QD=24.7083;RBI=0.0692341;REFB=-0.0159393;REVB=-0.00513044;RO=17;SAF=1;SAR=22;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508801;STB=0.794817;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0113092;OID=.;OPOS=54657069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:22:1:5:12:22:1:5:12 chr19 54664209 . G C 349.21 PASS AF=0.417582;AO=36;DP=92;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0552316;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8327;QD=15.3497;RBI=0.0745801;REFB=-0.00864926;REVB=0.0501165;RO=52;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313571;STB=0.527458;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0175095;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:53:36:38:0.417582:17:19:29:23:19:19:29:24 chr19 54664752 . A C 239.66 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00164025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.861;QD=16.528;RBI=0.0196883;REFB=-0.0119202;REVB=-0.0196199;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307389;STB=0.671525;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0144069;OID=.;OPOS=54664752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:24:7:15:12:24:7 chr19 54665970 . C T 243.89 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.022271;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4124;QD=17.4205;RBI=0.0227835;REFB=-0.0177777;REVB=-0.00480512;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11026;STB=0.571378;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.026232;OID=.;OPOS=54665970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:29:27:27:0.482143:15:12:8:17:15:12:9:20 chr19 54674742 . C T 909.09 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587645;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.078;QD=58.651;RBI=0.00616681;REFB=0;REVB=0.00187;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88639e-06;OID=.;OPOS=54674742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr19 54676763 . C T 380.03 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00301663;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.699;QD=13.2183;RBI=0.00342567;REFB=-0.00944926;REVB=0.00162331;RO=70;SAF=20;SAR=25;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105538;STB=0.559819;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0133719;OID=.;OPOS=54676763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:25:20:38:32:25:20:38:32 chr19 54676814 . G C,GC 1145.73 PASS AF=0,1;AO=4,80;DP=94;FAO=0,90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012096,-0.0537394;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=9.71879,18.8654;QD=50.9212;RBI=0.0209262,0.0668578;REFB=0,0;REVB=0.0170761,0.0397748;RO=9;SAF=4,43;SAR=0,37;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.711769,0.0178173;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000125708;OID=.,.;OPOS=54676814,54676815;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:94:90:9:0:4,80:0,90:0,1:0,37:4,43:4:5:0,43:0,47:0:0 chr19 54677189 . C T 376.87 PASS AF=0.391304;AO=44;DP=119;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0589088;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.486;QD=13.1084;RBI=0.0647886;REFB=-0.0249374;REVB=-0.0269687;RO=67;SAF=29;SAR=15;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104545;STB=0.564906;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0469595;OID=.;OPOS=54677189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:115:67:70:44:45:0.391304:15:29:38:29:16:29:38:32 chr19 54677759 . T C 820.96 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810701;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.236;QD=57.6114;RBI=0.0323718;REFB=0;REVB=0.0313402;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58509e-06;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr19 54677897 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0720809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.705;QD=17.2467;RBI=0.0762123;REFB=-0.0216016;REVB=0.024752;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187016;STB=0.606202;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0219965;OID=.;OPOS=54677897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:18:9:11:10:18:9 chr19 54696167 . C A 363.22 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0293691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.651;QD=18.1611;RBI=0.0293771;REFB=-0.0372336;REVB=-0.000683194;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157544;STB=0.508791;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0378332;OID=.;OPOS=54696167;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:16:22:25:17:16:22:25:17 chr19 54697079 . C T 1238.32 PASS AF=0.965116;AO=81;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0358653;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.267;QD=57.5963;RBI=0.0364739;REFB=-0.114131;REVB=0.0066352;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.510298;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000266809;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:0:3:81:83:0.965116:51:30:0:0:51:32:2:1 chr19 54723355 . A G 182.91 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0848054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3174;QD=17.42;RBI=0.105804;REFB=-0.0163434;REVB=-0.0632648;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15049;STB=0.586026;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0289241;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:12:11:12:7:12:11 chr19 54723738 . G C 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.01341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.886;QD=13.9464;RBI=0.0171553;REFB=-0.0147909;REVB=-0.0106994;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215706;STB=0.626848;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.015965;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:4:13:16:11:4:13:16:11 chr19 54724407 . C T 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0203918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.568;QD=14.6485;RBI=0.0220227;REFB=-0.00753427;REVB=-0.00831715;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300166;STB=0.676646;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0148886;OID=.;OPOS=54724407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:3:11:10:9:3:11:10:9 chr19 54724457 . TA CG 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0147601;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.285;QD=4.23759;RBI=0.0289868;REFB=0.00284254;REVB=-0.0249475;RO=50;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434715;STB=0.781653;STBP=0.056;TYPE=mnp;VARB=-0.0147406;OID=.;OPOS=54724457;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:3:8:18:32:3:8:18:32 chr19 54725798 . G T 250.64 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0528033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.5854;QD=41.7729;RBI=0.178278;REFB=-0.00582214;REVB=0.170279;RO=2;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152641;STB=0.568459;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00730122;OID=.;OPOS=54725798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:2:3:21:21:0.875:5:16:0:2:5:16:1:2 chr19 54725930 . C T 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=5;FWDB=0.0272486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4998;QD=9.60046;RBI=0.117453;REFB=0.0192719;REVB=-0.114248;RO=37;SAF=16;SAR=1;SRF=32;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26859;STB=0.666419;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0428434;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:1:16:32:5:1:16:32:5 chr19 54725995 . G A 151.48 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0406132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0603;QD=12.8916;RBI=0.0422572;REFB=-0.0170885;REVB=0.011672;RO=29;SAF=16;SAR=1;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265806;STB=0.700422;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0278346;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:1:16:25:4:1:16:25:5 chr19 54726226 . T C 142.92 PASS AF=0.155914;AO=28;DP=185;FAO=29;FDP=186;FR=.;FRO=157;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=103;FSRR=54;FWDB=0.000111685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.515;QD=3.07345;RBI=0.00157862;REFB=-0.00442885;REVB=-0.00157466;RO=154;SAF=16;SAR=12;SRF=100;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10458;STB=0.590624;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0216366;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:154:157:28:29:0.155914:12:16:100:54:13:16:103:54 chr19 54726241 . C T 53.78 PASS AF=0.0867347;AO=17;DP=196;FAO=17;FDP=196;FR=.;FRO=179;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=117;FSRR=62;FWDB=0.000133851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5973;QD=1.09747;RBI=0.0526116;REFB=0.00223449;REVB=0.0526114;RO=170;SAF=7;SAR=10;SRF=111;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281678;STB=0.710789;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0226068;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:196:196:170:179:17:17:0.0867347:10:7:111:59:10:7:117:62 chr19 54726299 . A C 45.7 PASS AF=0.0858896;AO=14;DP=158;FAO=14;FDP=163;FR=.;FRO=149;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=89;FSRR=60;FWDB=-0.0743675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8706;QD=1.12151;RBI=0.0858843;REFB=-0.00448093;REVB=-0.0429603;RO=143;SAF=6;SAR=8;SRF=84;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183503;STB=0.650481;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0443445;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:158:163:143:149:14:14:0.0858896:8:6:84:59:8:6:89:60 chr19 54726324 . G C 43.22 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=-0.03302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.394;QD=1.34001;RBI=0.0335149;REFB=-0.00154456;REVB=-0.00573861;RO=115;SAF=6;SAR=6;SRF=69;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118294;STB=0.581263;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0138497;OID=.;OPOS=54726324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:129:129:115:117:12:12:0.0930233:6:6:69:46:6:6:69:48 chr19 54726816 . A T 75.83 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0206935;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.819;QD=4.46082;RBI=0.0462802;REFB=-0.00756909;REVB=-0.0413961;RO=53;SAF=10;SAR=3;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434607;STB=0.789044;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0262859;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:53:55:13:13:0.191176:3:10:22:31:3:10:22:33 chr19 54726833 . T C 57.56 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0878834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1725;QD=3.19753;RBI=0.128957;REFB=-0.0130223;REVB=-0.0943739;RO=61;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574725;STB=0.875537;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.054512;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:2:9:19:42:2:9:19:42 chr19 54726839 . C T 61.55 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0104134;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6763;QD=3.84702;RBI=0.0473027;REFB=-0.00168719;REVB=-0.0461422;RO=49;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508163;STB=0.825712;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0129028;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:64:49:53:11:11:0.171875:3:8:14:35:3:8:15:38 chr19 54726843 . C G 59.39 PASS AF=0.171875;AO=10;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0192831;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.946;QD=3.71203;RBI=0.0595718;REFB=-0.00661204;REVB=-0.0563645;RO=47;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444567;STB=0.888604;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0420892;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:64:64:47:53:10:11:0.171875:3:7:15:32:2:9:14:39 chr19 54726861 . C T 55.07 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=51;FWDB=-0.0463319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.024;QD=2.86065;RBI=0.0463942;REFB=-0.00225157;REVB=-0.00240344;RO=60;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613418;STB=0.861809;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0580014;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:60:66:11:11:0.142857:3:8:11:49:3:8:15:51 chr19 54726870 . C G 73.02 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.0183636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.8874;QD=4.00099;RBI=0.0203003;REFB=-0.00618868;REVB=-0.00865347;RO=59;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291633;STB=0.523893;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.020731;OID=.;OPOS=54726870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:73:73:59:60:13:13:0.178082:9:4:17:42:9:4:17:43 chr19 54726872 . C G 58.75 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=49;FWDB=-0.00676637;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.441;QD=3.35694;RBI=0.0356695;REFB=-0.00645757;REVB=-0.0350218;RO=60;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613418;STB=0.884668;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0728981;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:70:60:59:11:11:0.157143:3:8:11:49:3:8:10:49 chr19 54743758 . C A 89.3 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.01423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.723;QD=15.53;RBI=0.0325534;REFB=-0.00506235;REVB=-0.0292784;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148551;STB=0.586989;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00766356;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:5:7:8:3:5:7 chr19 54743824 . T G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0175208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.063;QD=16.1989;RBI=0.0282476;REFB=-0.00447393;REVB=-0.0221574;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00470842;OID=.;OPOS=54743824;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr19 54744209 . TA CG 67.43 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00954229;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.368;QD=5.28898;RBI=0.0424346;REFB=-0.0089245;REVB=-0.0413478;RO=40;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509784;STBP=0.942;TYPE=mnp;VARB=0.041292;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:40:41:10:10:0.196078:5:5:20:20:5:5:20:21 chr19 54744799 . G C 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00673172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.302;QD=7.0812;RBI=0.0169564;REFB=-0.00815998;REVB=-0.0155629;RO=42;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121294;STB=0.566344;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0194014;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:43:15:15:0.258621:6:9:21:21:6:9:22:21 chr19 54745682 . C T 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=6;FWDB=0.0349622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.249;QD=3.32282;RBI=0.140139;REFB=-0.00852932;REVB=-0.135708;RO=53;SAF=8;SAR=2;SRF=48;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262131;STB=0.640228;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0416729;OID=.;OPOS=54745682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:53:55:10:10:0.153846:2:8:48:5:2:8:49:6 chr19 54746051 . A C 1293.97 PASS AF=0.91;AO=87;DP=98;FAO=91;FDP=100;FR=.;FRO=9;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.027689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9748;QD=51.7587;RBI=0.0315225;REFB=-0.0212062;REVB=-0.0150662;RO=9;SAF=49;SAR=38;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212976;STB=0.509524;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00672922;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:98:100:9:9:87:91:0.91:38:49:4:5:41:50:4:5 chr19 54746081 . T C 107.67 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0331924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.209;QD=4.48642;RBI=0.0345415;REFB=-0.00313881;REVB=-0.00955925;RO=74;SAF=4;SAR=14;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368184;STB=0.731071;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00903342;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:74:78:18:18:0.1875:14:4:37:37:14:4:38:40 chr19 54754752 . T C 902.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.721;QD=58.2229;RBI=0.0389523;REFB=0;REVB=0.0361588;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205423;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr19 54754820 . T G 108.01 PASS AF=0.75;AO=9;DP=17;FAO=12;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0043073;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1124;QD=27.0025;RBI=0.0289875;REFB=-0.114194;REVB=0.0286657;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990128;STB=0.57681;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0362628;OID=.;OPOS=54754820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:17:16:2:4:9:12:0.75:1:8:2:0:1:11:4:0 chr19 54755978 . C G 234.42 PASS AF=0.4375;AO=26;DP=62;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0483817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4617;QD=14.6515;RBI=0.0491377;REFB=-0.0202044;REVB=-0.00858672;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151911;STB=0.58732;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0257116;OID=.;OPOS=54755978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:36:36:26:28:0.4375:10:16:27:9:11:17:27:9 chr19 54756221 . T C 162.97 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0211822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.49;QD=25.0723;RBI=0.176778;REFB=-0.0178192;REVB=0.175504;RO=10;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115355;STB=0.506322;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0125903;OID=.;OPOS=54756221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:10:9:16:17:0.653846:3:13:7:3:4:13:7:2 chr19 54767879 . T C 560.74 PASS AF=0.406667;AO=60;DP=149;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.00601458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.316;QD=14.9531;RBI=0.0280672;REFB=-0.00231926;REVB=0.0274152;RO=87;SAF=27;SAR=33;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828949;STB=0.547583;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00343419;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:87:89:60:61:0.406667:33:27:46:41:33:28:48:41 chr19 54781466 . C G 40.68 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00560102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4758;QD=7.7478;RBI=0.0148411;REFB=-0.0325247;REVB=0.0137436;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302036;STB=0.749167;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.139656;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:21:21:13:14:6:7:0.333333:5:1:5:8:6:1:6:8 chr19 54782919 . C T 164.35 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.0157524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8004;QD=12.1738;RBI=0.0173547;REFB=-0.0237367;REVB=0.00728339;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174729;STB=0.599911;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0161241;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:6:14:28:6:6:14:28:6 chr19 54783375 . T A 2286.17 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0398051;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.991;QD=62.2087;RBI=0.0412153;REFB=-0.142542;REVB=0.0106892;RO=2;SAF=77;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000806001;STB=0.500424;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00205946;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:68:77:1:1:68:77:1:1 chr19 54783923 . A G 483.46 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0538;QD=58.6014;RBI=0.030758;REFB=0;REVB=-0.00921649;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000664489;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr19 54784130 . T C 219.41 PASS AF=0.369863;AO=21;DP=67;FAO=27;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0312669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9208;QD=12.0225;RBI=0.0336046;REFB=-0.0210456;REVB=-0.0123146;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402861;STB=0.672459;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0351175;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:73:29:46:21:27:0.369863:15:6:20:9:21:6:21:25 chr19 54803504 . A C 383.04 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=105;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0199586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.419;QD=14.3194;RBI=0.0545904;REFB=-0.00986088;REVB=-0.0508111;RO=59;SAF=24;SAR=20;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317658;STB=0.514761;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0142787;OID=.;OPOS=54803504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:59:62:44:45:0.420561:20:24:34:25:20:25:36:26 chr19 54848684 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0112476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.496;QD=20.2096;RBI=0.0113004;REFB=-0.020424;REVB=-0.00109075;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214541;STB=0.503931;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00859591;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:4:9:6:3:4:9:7:3 chr19 54848741 . T C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0154387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.742;QD=22.3411;RBI=0.0162756;REFB=-0.0120781;REVB=-0.00515207;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200963;STB=0.613897;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0159478;OID=.;OPOS=54848741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:4:14:8:6:4:14:8:6 chr19 54849942 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.984;QD=51.1846;RBI=0.0330478;REFB=0;REVB=0.0230632;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11723e-06;OID=.;OPOS=54849942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr19 54881850 . G T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00734274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.879;QD=12.975;RBI=0.0119203;REFB=-0.0146986;REVB=0.00939035;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113103;STB=0.550477;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0162416;OID=.;OPOS=54881850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:7:5:9:8:7:5:9:9 chr19 54933539 . GCCCCCTG CGCCCCTG,GCCCCTG,GCCCCTGC 129.81 PASS AF=0.0857143,0.514286,0;AO=3,16,4;DP=36;FAO=3,18,0;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=0,12,0;FSAR=3,6,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0500748,-0.105353,-0.226569;FXX=0.0277701;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,3;MLLD=70.1518,12.9,16.6833;QD=14.8359;RBI=0.0544248,0.129064,0.250029;REFB=-0.00103131,-0.0963779,-0.0668595;REVB=-0.0213205,0.0745545,0.105741;RO=9;SAF=0,12,4;SAR=3,4,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0.440476,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.640421,0.226843,0.711769;STB=0.996871,0.511615,0.5;STBP=0.029,0.899,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0305768,0.095636,0;OID=.,.,.;OPOS=54933539,54933540,54933544;OREF=GC,C,CTG;OALT=CG,-,TGC;OMAPALT=CGCCCCTG,GCCCCTG,GCCCCTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:36:35:9:14:3,16,4:3,18,0:0.0857143,0.514286,0:3,4,0:0,12,4:4:5:3,6,0:0,12,0:9:5 chr19 54962579 . C T 332.95 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0203712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6053;QD=19.0254;RBI=0.0203712;REFB=-0.0119509;REVB=-3.78971e-05;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260679;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:18:17:17:18:18:17:17:18 chr19 54965860 . G A 61.79 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0185059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.417;QD=10.2977;RBI=0.0190896;REFB=-0.0204613;REVB=-0.00468435;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303091;STB=0.636074;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0340621;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:23:24:15:15:8:9:0.375:5:3:10:5:5:4:10:5 chr19 54966579 . C G 546.55 PASS AF=0.545455;AO=53;DP=100;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0230605;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9115;QD=22.0828;RBI=0.0424075;REFB=-0.0270113;REVB=-0.0355895;RO=47;SAF=26;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037407;STB=0.515146;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0138283;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:47:45:53:54:0.545455:27:26:21:26:27:27:21:24 chr19 54973280 . C G 239.67 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00418857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.477;QD=9.88345;RBI=0.0201394;REFB=0.00560092;REVB=0.019699;RO=66;SAF=8;SAR=22;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35371;STB=0.712531;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0108824;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:67:30:30:0.309278:22:8:37:29:22:8:38:29 chr19 54973988 . GCCT G 105.9 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00961971;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=219.493;QD=9.20899;RBI=0.0180159;REFB=-0.033134;REVB=-0.0152327;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.212867;STB=0.6303;STBP=0.191;TYPE=del;VARB=0.042478;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:18:45:18:46:28:9:9:20:8:99:27:9:9:19:8 chr19 55009497 . A C 217.54 PASS AF=0.769231;AO=19;DP=25;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0330637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.406;QD=33.4675;RBI=0.0343873;REFB=-0.0250977;REVB=0.00944888;RO=6;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00929648;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:6:6:19:20:0.769231:10:9:3:3:10:10:3:3 chr19 55014124 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0156698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.222;QD=9.53625;RBI=0.0194435;REFB=-0.0170463;REVB=0.0115112;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296316;STB=0.674177;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0357082;OID=.;OPOS=55014124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:22:5:5:7:22:5 chr19 55019402 . A G 242.91 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.12972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.627;QD=22.5966;RBI=0.130012;REFB=-0.00345822;REVB=0.0087054;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505139;STB=0.528277;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00231223;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:9:11:14:9:9:11 chr19 55045042 . G A 494.03 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.017238;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.235;QD=14.5302;RBI=0.0273839;REFB=-0.0358282;REVB=-0.0212774;RO=75;SAF=28;SAR=27;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135387;STB=0.571978;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0495604;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:81:55:55:0.404412:27:28:48:27:27:28:51:30 chr19 55085399 . G A 1070.44 PASS AF=0.486607;AO=109;DP=224;FAO=109;FDP=224;FR=.;FRO=115;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.00208253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.757;QD=19.115;RBI=0.0110406;REFB=-0.0294931;REVB=-0.0108424;RO=113;SAF=70;SAR=39;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212415;STB=0.6214;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0295653;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:113:115:109:109:0.486607:39:70:47:66:39:70:47:68 chr19 55086775 . C T 1096.07 PASS AF=0.916667;AO=76;DP=84;FAO=77;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0135984;FXX=0.0232531;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.023;QD=52.1936;RBI=0.0136725;REFB=-0.0282881;REVB=0.00142198;RO=4;SAF=15;SAR=61;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110769;STB=0.574958;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000710069;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:84:84:4:7:76:77:0.916667:61:15:4:0:61:16:6:1 chr19 55098667 . G A 1297.75 PASS AF=0.556561;AO=122;DP=218;FAO=123;FDP=221;FR=.;FRO=98;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0132163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4101;QD=23.4887;RBI=0.019035;REFB=0.00538432;REVB=-0.0136989;RO=95;SAF=63;SAR=59;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334945;STB=0.51819;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0037365;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:221:95:98:122:123:0.556561:59:63:53:42:59:64:55:43 chr19 55105722 . G C 496.5 PASS AF=0.473684;AO=52;DP=112;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=0.0112957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.231;QD=17.4209;RBI=0.0117119;REFB=-0.0113526;REVB=0.00309447;RO=59;SAF=29;SAR=23;SRF=13;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316232;STB=0.665336;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0262193;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:59:60:52:54:0.473684:23:29:13:46:25:29:13:47 chr19 55105727 . A G 494.24 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=55;FWDB=0.0357795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.306;QD=16.2045;RBI=0.0366104;REFB=-0.01786;REVB=-0.00775557;RO=66;SAF=32;SAR=22;SRF=13;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376742;STB=0.713306;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0185762;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:68:54:54:0.442623:22:32:13:53:22:32:13:55 chr19 55105743 . A G 595.73 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=50;FWDB=-0.0028496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.553;QD=19.3734;RBI=0.00895381;REFB=-0.014424;REVB=-0.00848826;RO=61;SAF=36;SAR=25;SRF=12;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345746;STB=0.69225;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107884;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:62:61:61:0.495935:25:36:12:49:25:36:12:50 chr19 55106317 . A G 423.04 PASS AF=0.346405;AO=53;DP=153;FAO=53;FDP=153;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.00932126;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.526;QD=11.0599;RBI=0.00936199;REFB=-0.000601585;REVB=0.000872361;RO=99;SAF=30;SAR=23;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115272;STB=0.5628;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0027931;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:99:100:53:53:0.346405:23:30:46:53:23:30:47:53 chr19 55106338 . A C 318.62 PASS AF=0.292857;AO=40;DP=142;FAO=41;FDP=140;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.0130228;FXX=0.0344804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.968;QD=9.10331;RBI=0.0318283;REFB=-0.0089495;REVB=-0.0290422;RO=89;SAF=23;SAR=17;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148036;STB=0.602709;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0219428;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:89:99:40:41:0.292857:17:23:40:49:18:23:41:58 chr19 55106590 . A G 459.56 PASS AF=0.494505;AO=41;DP=89;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0431367;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.745;QD=20.2004;RBI=0.0453189;REFB=-0.0330772;REVB=-0.0138936;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168938;STB=0.615865;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0303528;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:45:46:41:45:0.494505:23:18:12:33:23:22:12:34 chr19 55106865 . T C 515.34 PASS AF=0.470085;AO=54;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.00076076;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.282;QD=17.6186;RBI=0.00348262;REFB=-0.0138082;REVB=-0.00339851;RO=60;SAF=14;SAR=40;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488166;STB=0.524371;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0111097;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:62:54:55:0.470085:40:14:18:42:41:14:18:44 chr19 55107308 . G C 246.94 PASS AF=0.426471;AO=26;DP=65;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0197919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.207;QD=14.5256;RBI=0.026584;REFB=-0.0241747;REVB=-0.0177479;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538234;STB=0.537106;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0200271;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:39:39:26:29:0.426471:12:14:19:20:13:16:19:20 chr19 55107313 . T C 252.81 PASS AF=0.467742;AO=25;DP=59;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00144719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.905;QD=16.3105;RBI=0.0049021;REFB=-0.0322062;REVB=-0.00468361;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865665;STB=0.557939;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0132097;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:33:33:25:29:0.467742:10:15:17:16:11:18:17:16 chr19 55107336 . C T 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00539536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.452;QD=15.1654;RBI=0.0424368;REFB=-0.0197729;REVB=0.0420924;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769762;STB=0.54388;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0118826;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:9:14:16:14:9:14:16:14 chr19 55107343 . T C 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00153886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.242;QD=14.49;RBI=0.00499921;REFB=-0.0208719;REVB=-0.00475647;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289935;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0380604;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:8:11:16:13:8:11:17:13 chr19 55142101 . G A 169.21 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0398836;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0749;QD=16.1151;RBI=0.0405599;REFB=-0.0345743;REVB=-0.00737623;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530323;STB=0.516111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0350646;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:24:18:18:0.428571:8:10:14:9:8:10:14:10 chr19 55142739 . A C 114.05 PASS AF=0.5;AO=10;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00701275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.081;QD=17.5461;RBI=0.0110058;REFB=-0.0134443;REVB=-0.00848233;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370123;STB=0.740356;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0201174;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:10:13:0.5:3:7:4:9:3:10:4:9 chr19 55143083 . T C 1211.07 PASS AF=0.539171;AO=115;DP=218;FAO=117;FDP=217;FR=.;FRO=100;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.00372954;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.394;QD=22.3238;RBI=0.00383973;REFB=-0.0125266;REVB=-0.000913255;RO=103;SAF=59;SAR=56;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238609;STB=0.501969;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0103121;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:103:100:115:117:0.539171:56:59:50:53:58:59:50:50 chr19 55143156 . TG CA 860.51 PASS AF=0.465608;AO=88;DP=190;FAO=88;FDP=189;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.0208283;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.043;QD=18.2119;RBI=0.0209689;REFB=-0.0135201;REVB=0.00242416;RO=97;SAF=45;SAR=43;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645518;STB=0.535127;STBP=0.383;TYPE=mnp;VARB=0.0172135;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:97:101:88:88:0.465608:43:45:43:54:43:45:45:56 chr19 55143452 . T C 452.6 PASS AF=0.475248;AO=46;DP=98;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00360413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.181;QD=17.9246;RBI=0.0175001;REFB=-0.0249289;REVB=0.0171249;RO=52;SAF=11;SAR=35;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209472;STB=0.613984;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.025087;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:52:53:46:48:0.475248:35:11:22:30:36:12:23:30 chr19 55143491 . G T 609.79 PASS AF=0.470588;AO=62;DP=134;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.0356759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.22;QD=17.935;RBI=0.0382182;REFB=-0.0154734;REVB=0.0137064;RO=68;SAF=19;SAR=43;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137816;STB=0.514141;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.023454;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:68:72:62:64:0.470588:43:19:20:48:45:19:23:49 chr19 55144186 . C T 116.69 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0921543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4673;QD=11.669;RBI=0.0922726;REFB=-0.0070519;REVB=-0.00466996;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36351;STB=0.729432;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0403451;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:26:14:14:0.35:9:5:17:7:9:5:19:7 chr19 55175740 . C T 1028.91 PASS AF=0.986486;AO=66;DP=67;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0694;QD=55.6166;RBI=0.0451519;REFB=-0.0608449;REVB=-0.0100097;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108628;STB=0.509801;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0179784;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:67:74:1:1:66:73:0.986486:23:43:1:0:25:48:0:1 chr19 55176262 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.094;QD=53.2768;RBI=0.0626641;REFB=0;REVB=0.0297953;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197126;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr19 55176535 . C G,T 716.96 PASS AF=0.105263,0.859649;AO=6,45;DP=53;FAO=6,49;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=5,33;FSAR=1,16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00528135,0.00317443;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.698,100.486;QD=50.3128;RBI=0.0172082,0.0914545;REFB=-0.0827383,-0.157965;REVB=0.0163777,0.0913994;RO=1;SAF=6,32;SAR=0,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.782178,0.0347745;STB=0.624528,0.507689;STBP=0.367,0.631;TYPE=snp,snp;VARB=0.0212001,-0.00217426;OID=.,.;OPOS=55176535,55176535;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:53:57:1:2:6,45:6,49:0.105263,0.859649:0,13:6,32:0:1:1,16:5,33:1:1 chr19 55178162 . A G 321.15 PASS AF=0.5;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0110527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5061;QD=18.891;RBI=0.0807064;REFB=-0.0231823;REVB=-0.079946;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172809;STB=0.58942;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0214867;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:34:34:34:0.5:21:13:19:14:21:13:19:15 chr19 55179339 . G GC 37.69 PASS AF=0.466667;AO=15;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.135422;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.18686;QD=3.35064;RBI=0.199965;REFB=-0.0720679;REVB=0.147129;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057395;STB=0.646113;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0731444;OID=.;OPOS=55179340;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:15:45:21:45:24:6:15:13:11:37:21:7:8:11:10 chr19 55237554 . G A 31.92 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.0405362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.954;QD=1.48454;RBI=0.0413477;REFB=-0.00317736;REVB=-0.00815164;RO=75;SAF=2;SAR=6;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426886;STB=0.820359;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0210268;OID=.;OPOS=55237554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:83:86:75:78:8:8:0.0930233:6:2:48:27:6:2:50:28 chr19 55237603 . G A 658.25 PASS AF=0.566372;AO=62;DP=111;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00441666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.64;QD=23.301;RBI=0.00748205;REFB=-0.0162882;REVB=0.00603939;RO=48;SAF=34;SAR=28;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554167;STB=0.531763;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0120603;OID=.;OPOS=55237603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:48:49:62:64:0.566372:28:34:23:25:28:36:24:25 chr19 55237616 . C T 349.51 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0053313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.539;QD=12.8259;RBI=0.00815489;REFB=-0.000973639;REVB=0.00617085;RO=66;SAF=22;SAR=20;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562243;STB=0.526765;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00147775;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:67:42:42:0.385321:20:22:38:28:20:22:38:29 chr19 55237677 . C T 201.17 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.000929316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.093;QD=9.81315;RBI=0.00801759;REFB=0.000836812;REVB=0.00796355;RO=53;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765567;STB=0.562569;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00136381;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:56:26:26:0.317073:12:14:25:28:12:14:25:31 chr19 55246731 . C T 280.66 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00437776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4043;QD=12.0712;RBI=0.0472508;REFB=-0.0111584;REVB=-0.0470476;RO=60;SAF=14;SAR=19;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103917;STB=0.559885;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0232454;OID=.;OPOS=55246731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:19:14:31:29:19:14:31:29 chr19 55246739 . C T 662.03 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0257533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.24;QD=27.5844;RBI=0.0257592;REFB=-0.00629574;REVB=0.000553737;RO=37;SAF=30;SAR=28;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606385;STB=0.538007;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00449158;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:38:58:58:0.604167:28:30:16:21:28:30:16:22 chr19 55246741 . T C 326.03 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0182329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.98;QD=13.5847;RBI=0.0199416;REFB=-0.00137739;REVB=-0.00807636;RO=58;SAF=16;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729392;STB=0.546973;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0024085;OID=.;OPOS=55246741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:58:59:37:37:0.385417:21:16:29:29:21:16:30:29 chr19 55247353 . C A 279.03 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00559456;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.183;QD=16.1758;RBI=0.0413187;REFB=-0.00304391;REVB=0.0409382;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117541;STB=0.583036;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00297272;OID=.;OPOS=55247353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:38:31:31:0.449275:11:20:19:17:11:20:19:19 chr19 55250036 . T C 268.03 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00402428;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6016;QD=34.5849;RBI=0.044933;REFB=0.0118876;REVB=0.0447524;RO=7;SAF=21;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21212;STB=0.608585;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00401722;OID=.;OPOS=55250036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:7:8:23:23:0.741935:2:21:5:2:2:21:6:2 chr19 55250061 . C A 298.93 PASS AF=0.78125;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0199409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4088;QD=37.3657;RBI=0.0341232;REFB=-0.00133471;REVB=-0.0276903;RO=7;SAF=22;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216205;STB=0.621506;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000348212;OID=.;OPOS=55250061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:32:7:7:24:25:0.78125:2:22:5:2:2:23:5:2 chr19 55250928 . G C 236.56 PASS AF=0.157051;AO=49;DP=311;FAO=49;FDP=312;FR=.;FRO=263;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=138;FSRR=125;FWDB=0.00080348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.005;QD=3.03278;RBI=0.00264859;REFB=-0.00135704;REVB=0.00252378;RO=262;SAF=31;SAR=18;SRF=138;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139452;STB=0.593005;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00958382;OID=.;OPOS=55250928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:312:262:263:49:49:0.157051:18:31:138:124:18:31:138:125 chr19 55251010 . C A 200.73 PASS AF=0.141066;AO=45;DP=304;FAO=45;FDP=319;FR=.;FRO=274;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=130;FSRR=144;FWDB=-0.0422049;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.727;QD=2.51694;RBI=0.0440392;REFB=-0.00953397;REVB=-0.0125777;RO=247;SAF=25;SAR=20;SRF=111;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136132;STB=0.569414;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0402676;OID=.;OPOS=55251010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:319:247:274:45:45:0.141066:20:25:111:136:20:25:130:144 chr19 55251013 . G T 415.72 PASS AF=0.222581;AO=68;DP=309;FAO=69;FDP=310;FR=.;FRO=241;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=119;FSRR=122;FWDB=-0.0165321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.585;QD=5.36417;RBI=0.030576;REFB=-0.0105425;REVB=-0.0257212;RO=239;SAF=35;SAR=33;SRF=117;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321821;STB=0.521733;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0365219;OID=.;OPOS=55251013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:310:239:241:68:69:0.222581:33:35:117:122:33:36:119:122 chr19 55253465 . C G 157.11 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00906228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.745;QD=9.6683;RBI=0.0130986;REFB=0.000639417;REVB=0.0094577;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102825;STB=0.545412;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00116623;OID=.;OPOS=55253465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:20:21:0.323077:11:9:16:28:12:9:16:28 chr19 55253521 . C G 1033.75 PASS AF=0.640288;AO=89;DP=139;FAO=89;FDP=139;FR=.;FRO=50;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0188773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.323;QD=29.7483;RBI=0.040741;REFB=-0.00562964;REVB=0.0361037;RO=50;SAF=45;SAR=44;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958143;STB=0.505174;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00109083;OID=.;OPOS=55253521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:50:50:89:89:0.640288:44:45:26:24:44:45:26:24 chr19 55253544 . A G 322.16 PASS AF=0.277108;AO=46;DP=166;FAO=46;FDP=166;FR=.;FRO=120;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=73;FSRR=47;FWDB=0.0158928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5478;QD=7.76277;RBI=0.0771693;REFB=0.00312106;REVB=-0.075515;RO=118;SAF=18;SAR=28;SRF=73;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272278;STB=0.653604;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0118217;OID=.;OPOS=55253544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:118:120:46:46:0.277108:28:18:73:45:28:18:73:47 chr19 55253552 . T A 380.46 PASS AF=0.288889;AO=52;DP=180;FAO=52;FDP=180;FR=.;FRO=128;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=0.00451887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=349.856;QD=8.45461;RBI=0.00517004;REFB=0.00829692;REVB=0.00251181;RO=128;SAF=23;SAR=29;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135694;STB=0.579476;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0149595;OID=.;OPOS=55253552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:128:128:52:52:0.288889:29:23:71:57:29:23:71:57 chr19 55253601 . G A 537.01 PASS AF=0.354497;AO=60;DP=181;FAO=67;FDP=189;FR=.;FRO=122;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.0138636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1259;QD=11.3653;RBI=0.0218819;REFB=-0.0164648;REVB=0.0169298;RO=120;SAF=32;SAR=28;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290458;STB=0.508246;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0269311;OID=.;OPOS=55253601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:189:120:122:60:67:0.354497:28:32:61:59:31:36:64:58 chr19 55255377 . C T 222.0 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0245372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.542;QD=14.5572;RBI=0.0289093;REFB=-0.0142402;REVB=0.0152864;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287887;STB=0.662459;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0225135;OID=.;OPOS=55255377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:10:25:11:15:10:25 chr19 55255490 . A C 229.83 PASS AF=0.195;AO=43;DP=200;FAO=39;FDP=200;FR=.;FRO=161;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=82;FWDB=0.00968316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.725;QD=4.59662;RBI=0.0104939;REFB=0.0028149;REVB=-0.00404463;RO=156;SAF=18;SAR=25;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962403;STB=0.565296;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00859706;OID=.;OPOS=55255490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:156:161:43:39:0.195:25:18:77:79:23:16:79:82 chr19 55255493 . C T 270.85 PASS AF=0.217172;AO=43;DP=198;FAO=43;FDP=198;FR=.;FRO=155;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=-0.0143607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.379;QD=5.47167;RBI=0.017983;REFB=-0.00378652;REVB=0.010824;RO=155;SAF=18;SAR=25;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08392;STB=0.551577;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0101031;OID=.;OPOS=55255493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:155:155:43:43:0.217172:25:18:75:80:25:18:75:80 chr19 55258778 . G A 448.34 PASS AF=0.311828;AO=58;DP=186;FAO=58;FDP=186;FR=.;FRO=128;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=75;FSRR=53;FWDB=-0.0231605;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.425;QD=9.6418;RBI=0.0331661;REFB=-0.0176894;REVB=-0.0237399;RO=127;SAF=35;SAR=23;SRF=75;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158916;STB=0.51252;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0326766;OID=.;OPOS=55258778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:127:128:58:58:0.311828:23:35:75:52:23:35:75:53 chr19 55258830 . CG TA 551.16 PASS AF=0.334928;AO=70;DP=214;FAO=70;FDP=209;FR=.;FRO=139;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=75;FSRR=64;FWDB=0.0134236;FXX=0.0233634;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.686;QD=10.5485;RBI=0.0186228;REFB=0.00870135;REVB=0.012908;RO=137;SAF=37;SAR=33;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134252;STB=0.507342;STBP=0.904;TYPE=mnp;VARB=-0.0153683;OID=.;OPOS=55258830;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:209:137:139:70:70:0.334928:33:37:74:63:33:37:75:64 chr19 55286650 . T C 250.03 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0213709;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.063;QD=17.8596;RBI=0.0216766;REFB=-0.0124742;REVB=-0.00362778;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277236;STB=0.606332;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0162113;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:22:27:26:26:0.464286:16:10:16:6:16:10:16:11 chr19 55286665 . T A 500.74 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0201554;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.956;QD=24.1319;RBI=0.020208;REFB=-0.0133109;REVB=-0.00145823;RO=36;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252823;STB=0.513869;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00763182;OID=.;OPOS=55286665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:36:36:47:47:0.566265:22:25:18:18:22:25:18:18 chr19 55286767 . G T 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0402032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.404;QD=17.0287;RBI=0.0472885;REFB=-0.0146392;REVB=-0.0248979;RO=60;SAF=36;SAR=17;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149763;STB=0.576483;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0326761;OID=.;OPOS=55286767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:62:53:53:0.46087:17:36:32:28:17:36:34:28 chr19 55286770 . C G 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0473735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.081;QD=17.0287;RBI=0.0529766;REFB=-0.00670854;REVB=-0.0237123;RO=62;SAF=37;SAR=16;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190479;STB=0.606515;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0188431;OID=.;OPOS=55286770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:16:37:32:30:16:37:32:30 chr19 55286773 . AGG GCA 452.3 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00132941;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=3;MLLD=216.873;QD=17.2303;RBI=0.0347464;REFB=-0.0130669;REVB=-0.0347209;RO=53;SAF=36;SAR=13;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269302;STB=0.639454;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.0319329;OID=.;OPOS=55286773;OREF=AGG;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:53:56:49:49:0.466667:13:36:25:28:13:36:28:28 chr19 55286795 . T C 318.44 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00910846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.413;QD=13.2683;RBI=0.0221286;REFB=-0.000966381;REVB=-0.020167;RO=60;SAF=27;SAR=9;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347545;STB=0.699883;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00204174;OID=.;OPOS=55286795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:9:27:27:33:9:27:27:33 chr19 55294927 . A G 492.63 PASS AF=0.484848;AO=46;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.010483;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.036;QD=19.9041;RBI=0.0277687;REFB=-0.0171384;REVB=-0.025714;RO=50;SAF=29;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107304;STB=0.551159;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0226921;OID=.;OPOS=55294927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:50:51:46:48:0.484848:17:29:26:24:18:30:27:24 chr19 55294931 . T C 470.95 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00295468;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7485;QD=18.2892;RBI=0.0110718;REFB=0.0155993;REVB=0.0106703;RO=55;SAF=31;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107556;STB=0.548874;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0160222;OID=.;OPOS=55294931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:55:53:50:50:0.485437:19:31:28:27:19:31:28:25 chr19 55294969 . A G 618.37 PASS AF=0.481203;AO=62;DP=131;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00587664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5924;QD=18.5975;RBI=0.0103821;REFB=-0.0319953;REVB=0.00855883;RO=69;SAF=35;SAR=27;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132925;STB=0.5145;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0334972;OID=.;OPOS=55294969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:69:69:62:64:0.481203:27:35:38:31:27:37:38:31 chr19 55295009 . G A 528.84 PASS AF=0.5;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0235479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9206;QD=19.2303;RBI=0.0506186;REFB=-0.00464101;REVB=-0.0448078;RO=50;SAF=31;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381308;STB=0.536604;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00454554;OID=.;OPOS=55295009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:50:55:55:55:0.5:24:31:26:24:24:31:27:28 chr19 55317456 . G A 480.06 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264455;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.655;QD=54.8636;RBI=0.0264461;REFB=-0.152828;REVB=0.000175104;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00169175;OID=.;OPOS=55317456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:15:18:1:0:16:18:1:0 chr19 55317669 . C G 421.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319052;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.079;QD=54.4473;RBI=0.0406455;REFB=-0.18508;REVB=0.0251816;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00166314;OID=.;OPOS=55317669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:13:17:1:0 chr19 55320279 . G A 1885.91 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7069;QD=61.3303;RBI=0.0126075;REFB=0;REVB=0.0118649;RO=0;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060134;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:49:72:0:0:49:74:0:0 chr19 55324635 . T C 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.538;QD=58.7755;RBI=0.0180974;REFB=0;REVB=-0.0150514;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9603e-06;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr19 55325455 . G A 598.41 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.58339e-06;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.588;QD=61.3748;RBI=0.0136319;REFB=0;REVB=-0.0136319;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272515;OID=.;OPOS=55325455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr19 55327930 . A G 190.66 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8859;QD=47.6647;RBI=0.0705893;REFB=0;REVB=-0.06091;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185933;OID=.;OPOS=55327930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr19 55327960 . C T 261.76 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.959;QD=47.5927;RBI=0.0199379;REFB=-0.0884308;REVB=0.00746563;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00231221;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:8:12:1:0:8:13:1:0 chr19 55328959 . G T 1045.73 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.375;QD=57.3003;RBI=0.0128205;REFB=-0.177585;REVB=0.00531906;RO=2;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00333423;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148993;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:2:0:71:73:1:40:31:1:1:41:32:0:0 chr19 55328993 . G C,T 1204.82 PASS AF=0.9625,0.0375;AO=77,3;DP=80;FAO=77,3;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304416,-0.00687473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.0274,227.49;QD=60.2412;RBI=0.038026,0.0217411;REFB=0,0;REVB=0.0227879,-0.0206255;RO=0;SAF=29,1;SAR=48,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00138787,0.0294483;OID=.,.;OPOS=55328993,55328993;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:80:80:0:0:77,3:77,3:0.9625,0.0375:48,2:29,1:0:0:48,2:29,1:0:0 chr19 55329021 . A G 1212.27 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00353619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.544;QD=57.7269;RBI=0.0374108;REFB=-0.0643958;REVB=-0.0372433;RO=2;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182065;STB=0.509613;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000769179;OID=.;OPOS=55329021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:84:84:2:2:81:82:0.97619:51:30:0:2:51:31:0:2 chr19 55329783 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.717;QD=56.1912;RBI=0.0746688;REFB=0;REVB=-0.0680754;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233911;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr19 55329901 . A G 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.053;QD=60.2208;RBI=0.0162919;REFB=0;REVB=-0.000271865;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75525e-05;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr19 55329922 . A T 575.31 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3252;QD=60.5586;RBI=0.0900323;REFB=0;REVB=0.0899395;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013751;OID=.;OPOS=55329922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr19 55333096 . T C 655.6 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180565;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.402;QD=62.4382;RBI=0.0369615;REFB=0;REVB=0.0322509;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243014;OID=.;OPOS=55333096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr19 55358655 . A G 556.46 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0146785;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.564;QD=17.6654;RBI=0.0179999;REFB=-0.0235027;REVB=0.0104182;RO=65;SAF=34;SAR=24;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218791;STB=0.623463;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0287179;OID=.;OPOS=55358655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:67:58:59:0.468254:24:34:23:42:24:35:24:43 chr19 55358734 . G A 578.31 PASS AF=0.568421;AO=53;DP=94;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=39;FWDB=0.0166412;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3114;QD=24.3498;RBI=0.0194792;REFB=-0.0176042;REVB=-0.0101247;RO=39;SAF=30;SAR=23;SRF=2;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387702;STB=0.716827;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0225059;OID=.;OPOS=55358734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:39:41:53:54:0.568421:23:30:2:37:23:31:2:39 chr19 55359272 . C G 2910.79 PASS AF=0.969388;AO=189;DP=196;FAO=190;FDP=196;FR=.;FRO=6;FSAF=92;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0948248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5287;QD=59.4039;RBI=0.0953633;REFB=-0.0841699;REVB=-0.0101201;RO=6;SAF=91;SAR=98;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108553;STB=0.500484;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00758101;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:196:196:6:6:189:190:0.969388:98:91:3:3:98:92:3:3 chr19 55359426 . A G 90.16 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0145128;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.566;QD=7.67301;RBI=0.0212595;REFB=-0.0118664;REVB=-0.0155352;RO=34;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601742;STB=0.512799;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0288183;OID=.;OPOS=55359426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:34:35:12:12:0.255319:5:7:20:14:5:7:21:14 chr19 55361942 . G T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.607;QD=60.2042;RBI=0.0760542;REFB=0;REVB=0.0745584;RO=0;SAF=52;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192744;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:21:52:0:0:21:52:0:0 chr19 55362719 . G T 2305.33 PASS AF=0.993548;AO=148;DP=150;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0439835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.528;QD=59.4923;RBI=0.0509217;REFB=0.0364218;REVB=0.0256607;RO=1;SAF=81;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070458;STB=0.503597;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=4.92986e-05;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:155:1:1:148:154:0.993548:67:81:0:1:69:85:0:1 chr19 55365320 . G T 1338.53 PASS AF=0.967033;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00643335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.082;QD=58.8367;RBI=0.0165474;REFB=-0.0906224;REVB=-0.0152456;RO=3;SAF=54;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191588;STB=0.509699;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000105208;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:91:3:3:87:88:0.967033:33:54:1:2:34:54:1:2 chr19 55367174 . C G 436.41 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.0457973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.16;QD=14.0777;RBI=0.0461061;REFB=0.00753136;REVB=-0.00532762;RO=74;SAF=34;SAR=16;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374394;STB=0.521159;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0109663;OID=.;OPOS=55367174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:74:50:50:0.403226:16:34:48:26:16:34:48:26 chr19 55396900 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.653;QD=57.0008;RBI=0.0174882;REFB=0;REVB=0.0172244;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60728e-05;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr19 55441902 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.796;QD=64.1534;RBI=0.0439427;REFB=0;REVB=0.0317377;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146847;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr19 55441995 . A G 666.53 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.02;QD=62.0027;RBI=0.0895116;REFB=0;REVB=0.0603771;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700947;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr19 55451232 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.277;QD=56.956;RBI=0.056639;REFB=0;REVB=0.0359856;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428441;OID=.;OPOS=55451232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr19 55451797 . C T 537.37 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.321;QD=59.7077;RBI=0.0540133;REFB=0;REVB=-0.00172328;RO=0;SAF=4;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125502;OID=.;OPOS=55451797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:32:4:0:0:32:4:0:0 chr19 55494881 . C G 250.21 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00308537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.029;QD=20.017;RBI=0.0120152;REFB=-0.0064782;REVB=0.0116123;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170033;STB=0.605971;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00684278;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:9:15:11:14:9:15:11:15 chr19 55501579 . A C 1062.18 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0251;QD=59.8413;RBI=0.0143793;REFB=0;REVB=0.0132973;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3704e-05;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr19 55512137 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.406;QD=55.6556;RBI=0.0429948;REFB=0;REVB=0.0428826;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228658;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr19 55512232 . C A 375.55 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.043;QD=55.6376;RBI=0.0562226;REFB=0;REVB=0.0393821;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256779;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:8:18:0:0:8:19:0:0 chr19 55525596 . T C 74.91 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.185;QD=37.4539;RBI=0.005825;REFB=0;REVB=-0.00190949;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10091e-05;OID=.;OPOS=55525596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:1:7:0:0 chr19 55525894 . G A 622.74 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120588;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4496;QD=57.929;RBI=0.0475697;REFB=0.0845501;REVB=0.0460159;RO=1;SAF=34;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623866;STB=0.507243;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.000162521;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:7:34:0:1:8:34:1:0 chr19 55526345 . T G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00746149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.171;QD=56.4877;RBI=0.0124109;REFB=0.0271628;REVB=0.0099175;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000776863;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr19 55526359 . A T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1679;QD=58.1399;RBI=0.0720998;REFB=0;REVB=0.0278519;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683547;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 55526373 . G C 409.74 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.025798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.16;QD=51.2169;RBI=0.0269673;REFB=-0.111505;REVB=0.00785501;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.531229;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000931615;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:15:15:1:0:15:15:2:0 chr19 55527081 . C T 1323.86 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688629;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.384;QD=62.2995;RBI=0.072191;REFB=0;REVB=0.0216666;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64336e-05;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr19 55530035 . C T 785.81 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0265;QD=64.148;RBI=0.0207324;REFB=0;REVB=0.0101385;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147131;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:23:24:0:0:24:25:0:0 chr19 55536595 . G A 930.34 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.654;QD=55.5428;RBI=0.0248389;REFB=-0.118489;REVB=-0.00381009;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154862;STB=0.501154;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000393681;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:1:2:65:65:0.970149:35:30:1:0:35:30:1:1 chr19 55538980 . T C 888.48 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849667;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.949;QD=58.2611;RBI=0.0125937;REFB=0;REVB=0.00929554;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157016;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr19 55539061 . A G 1464.15 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0722;QD=56.8602;RBI=0.0170112;REFB=0;REVB=-0.0169661;RO=0;SAF=67;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486392;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:103:0:0:94:103:1:27:67:0:0:29:74:0:0 chr19 55539072 . T G 1646.58 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.594;QD=59.3361;RBI=0.0158444;REFB=-0.106103;REVB=0.00559448;RO=1;SAF=79;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597213;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234324;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:111:111:1:0:110:111:1:31:79:1:0:31:80:0:0 chr19 55570574 . A G 1114.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.595;QD=59.4308;RBI=0.0237322;REFB=0;REVB=0.0115008;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131548;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:30:43:0:0:30:45:0:0 chr19 55574403 . C G 102.59 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0035824;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.86;QD=27.3564;RBI=0.134224;REFB=0.00492591;REVB=0.134176;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223563;STB=0.624791;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0215883;OID=.;OPOS=55574403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:16:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:4:0:5:6:4:0 chr19 55574412 . G T 111.63 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315203;FXX=0.076864;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9544;QD=37.2083;RBI=0.0566571;REFB=-0.0387361;REVB=-0.0470797;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00195416;OID=.;OPOS=55574412;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:0:1:11:11:0.916667:5:6:0:0:5:6:1:0 chr19 55587822 . G A 574.15 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0250222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.022;QD=16.4044;RBI=0.0278518;REFB=-0.0128258;REVB=0.0122316;RO=79;SAF=11;SAR=50;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393287;STB=0.722503;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0178371;OID=.;OPOS=55587822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:61:61:0.435714:50:11:40:39:50:11:40:39 chr19 55593417 . C T 230.67 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0216906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.04;QD=17.7438;RBI=0.0240845;REFB=-0.0364057;REVB=0.010468;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658101;STB=0.536979;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.047873;OID=.;OPOS=55593417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:10:17:14:11:10:17 chr19 55594996 . C G 301.51 PASS AF=0.516129;AO=26;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0113138;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=142.432;QD=19.4521;RBI=0.0138087;REFB=-0.0251603;REVB=0.00791697;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860029;STB=0.503136;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0161896;OID=.;OPOS=55594996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:30:26:32:0.516129:10:16:15:6:13:19:18:12 chr19 55598724 . A G 143.98 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0453265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4827;QD=15.156;RBI=0.115179;REFB=-0.0237763;REVB=-0.105885;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645949;STB=0.549935;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0193768;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:4:11:15:7:4:12:15:7 chr19 55644325 . A C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.589;QD=56.7047;RBI=0.122258;REFB=0;REVB=0.0134902;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000988923;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr19 55660537 . T C 346.95 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0308448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3027;QD=51.3993;RBI=0.0419195;REFB=-0.039182;REVB=-0.0283874;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00267331;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:0:1:8:18:0:1 chr19 55668993 . C T 148.59 PASS AF=0.36;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0301738;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5763;QD=11.8872;RBI=0.0339477;REFB=-0.0109597;REVB=0.0155561;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270465;STB=0.701082;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.019217;OID=.;OPOS=55668993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:27:32:18:18:0.36:12:6:16:11:12:6:21:11 chr19 55671337 . C T 269.4 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5922;QD=51.3145;RBI=0.0772877;REFB=0;REVB=0.0404157;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298357;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr19 55699454 . T C 902.26 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8316;QD=58.2101;RBI=0.0293683;REFB=0;REVB=-0.0227242;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024294;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr19 55713614 . A G 316.68 PASS AF=0.367925;AO=38;DP=104;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00849647;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.642;QD=11.9502;RBI=0.0283709;REFB=-0.0103013;REVB=-0.0270688;RO=64;SAF=23;SAR=15;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309103;STB=0.512189;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0196317;OID=.;OPOS=55713614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:64:67:38:39:0.367925:15:23:37:27:15:24:40:27 chr19 55716800 . A G 712.68 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0111259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.951;QD=23.9555;RBI=0.0133243;REFB=-0.00630237;REVB=-0.00733157;RO=51;SAF=42;SAR=26;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178717;STB=0.597575;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00556542;OID=.;OPOS=55716800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:51:68:68:0.571429:26:42:20:31:26:42:20:31 chr19 55791091 . C T 185.53 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00780978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.135;QD=14.2717;RBI=0.0330333;REFB=-0.014141;REVB=0.0320968;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105865;STB=0.553143;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0167534;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:21:22:0.423077:8:13:15:14:9:13:15:15 chr19 55816678 . C T 202.71 PASS AF=0.421053;AO=21;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0843393;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.934;QD=14.2251;RBI=0.143169;REFB=-0.0517989;REVB=0.115691;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169657;STB=0.557474;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0688619;OID=.;OPOS=55816678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:33:21:24:0.421053:7:14:13:13:10:14:16:17 chr19 55824332 . T G 378.72 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0172474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.2;QD=18.9361;RBI=0.0235839;REFB=-0.0318565;REVB=-0.016085;RO=37;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829401;STB=0.577552;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0315728;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:37:41:38:39:0.4875:22:16:19:18:23:16:23:18 chr19 55856083 . T C 265.26 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0274574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.339;QD=15.6033;RBI=0.049053;REFB=-0.0169026;REVB=-0.0406483;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146908;STB=0.576871;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0178836;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:29:30:0.441176:10:19:19:18:11:19:19:19 chr19 55856211 . C T 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00259405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.086;QD=17.4234;RBI=0.0241389;REFB=-0.00704039;REVB=-0.0239992;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101231;STB=0.500567;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00927285;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:21:10:11:23:21:10:11:23 chr19 55859439 . C A 236.14 PASS AF=0.481481;AO=21;DP=56;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00668021;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.422;QD=17.492;RBI=0.0121045;REFB=-0.00439384;REVB=-0.0100942;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110453;STB=0.516117;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00550629;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:20:28:21:26:0.481481:11:10:7:13:15:11:11:17 chr19 55870104 . G C 1553.24 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00585768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.791;QD=62.7573;RBI=0.0130718;REFB=-0.0297073;REVB=0.0116858;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087031;STB=0.504586;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=8.21867e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:44:54:1:0:44:54:1:0 chr19 55870289 . C T 636.02 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.110387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.043;QD=56.5352;RBI=0.11259;REFB=0.00305334;REVB=0.0221651;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.519222;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000857498;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:45:1:2:42:43:0.955556:24:18:0:1:25:18:0:2 chr19 55870351 . T C 323.3 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.89;QD=53.8836;RBI=0.0316332;REFB=0;REVB=0.0276526;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3896e-05;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 497.58 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=12,21;DP=35;FAO=4,30;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=4,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517352,-0.117489;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.108,182.446;QD=58.539;RBI=0.0562875,0.1266;REFB=0,0;REVB=0.0221755,0.0471572;RO=0;SAF=0,14;SAR=12,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0129986,0.00289498;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.882353:12,21:35:4,30:34:0:0,15:4,15:0:0:14:0:0,14:12,7:0:0 chr19 55871019 . A G 272.41 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0669063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1664;QD=51.888;RBI=0.0669065;REFB=0;REVB=-0.000148818;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019708;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr19 55872397 . A G 362.0 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304483;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.731;QD=55.6919;RBI=0.0315846;REFB=0;REVB=-0.00839576;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183728;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr19 55872531 . C G 124.14 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0432406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.095;QD=11.823;RBI=0.0664336;REFB=0.0152254;REVB=0.0504349;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.599867;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0146869;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:15:12:9:6:15:12 chr19 55872566 . A G 670.52 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.29;QD=62.3739;RBI=0.0764471;REFB=0;REVB=0.00515639;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534896;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr19 55873642 . C T 982.88 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347798;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.173;QD=58.6794;RBI=0.0348028;REFB=0;REVB=0.00126371;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130288;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:62:67:1:27:35:0:0:27:40:0:0 chr19 55877231 . C T 192.5 PASS AF=0.44;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00705697;FXX=0.0384541;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.5697;QD=15.4002;RBI=0.0469111;REFB=-0.0106471;REVB=0.0463773;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101923;STB=0.571363;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0376069;OID=.;OPOS=55877231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:12:28:21:22:0.44:12:9:7:5:13:9:15:13 chr19 55879872 . C T 160.69 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0121674;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.575;QD=8.57023;RBI=0.0183957;REFB=-0.00954008;REVB=0.013797;RO=52;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311252;STB=0.512184;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0202835;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:53:22:22:0.293333:12:10:25:27:12:10:25:28 chr19 56011915 . G A 592.49 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.108717;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.757;QD=24.1831;RBI=0.10944;REFB=-0.0200704;REVB=0.0125649;RO=44;SAF=34;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530276;STB=0.529119;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0174522;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:20:34:25:19:20:34:25:19 chr19 56024519 . T C 140.96 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0119157;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.961;QD=29.6754;RBI=0.031108;REFB=-0.0550764;REVB=0.0287354;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264922;STB=0.646858;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0193404;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:19:5:5:14:14:0.736842:8:6:5:0:8:6:5:0 chr19 56041255 . C G 80.49 PASS AF=0.526316;AO=7;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0260996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.997;QD=16.9461;RBI=0.0274721;REFB=-0.0365773;REVB=-0.00857477;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0433168;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:19:9:9:7:10:0.526316:4:3:3:6:5:5:3:6 chr19 56047448 . A G 1426.25 PASS AF=0.96875;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0348516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.23;QD=59.427;RBI=0.0397841;REFB=-0.133797;REVB=-0.019187;RO=3;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256049;STB=0.513041;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000584731;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:96:3:3:91:93:0.96875:54:37:0:3:56:37:0:3 chr19 56047540 . G A 503.24 PASS AF=0.369048;AO=61;DP=168;FAO=62;FDP=168;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0254564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.297;QD=11.9818;RBI=0.0734944;REFB=-0.020737;REVB=0.0689449;RO=107;SAF=31;SAR=30;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248499;STB=0.50595;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0315205;OID=.;OPOS=56047540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:107:106:61:62:0.369048:30:31:52:55:31:31:52:54 chr19 56052770 . C T 567.84 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211608;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.083;QD=58.24;RBI=0.0242797;REFB=-0.0738698;REVB=-0.0119047;RO=1;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445524;STB=0.523797;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000923675;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:10:28:0:1:10:28:0:1 chr19 56056184 . A G 1847.5 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0586222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8914;QD=59.5967;RBI=0.138592;REFB=3.91288e-05;REVB=-0.125583;RO=2;SAF=89;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886865;STB=0.504669;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000816047;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:33:89:1:1:33:89:1:1 chr19 56089353 . C T 242.99 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0593189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3726;QD=13.6894;RBI=0.0753098;REFB=-0.0649513;REVB=0.0463986;RO=38;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438044;STB=0.530467;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0667598;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:42:29:29:0.408451:11:18:22:16:11:18:24:18 chr19 56114237 . G A 1242.09 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4929;QD=60.5897;RBI=0.244884;REFB=0;REVB=0.220246;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274092;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:82:1:0:78:82:1:39:39:0:1:43:39:0:0 chr19 56127597 . G A 373.34 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00791962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.831;QD=28.1767;RBI=0.0408541;REFB=-0.0346269;REVB=0.0400791;RO=18;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146866;STB=0.579977;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0196096;OID=.;OPOS=56127597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:18:17:13:5:18:17:13:5 chr19 56132661 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0489061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9802;QD=25.3148;RBI=0.0520535;REFB=-0.0101855;REVB=0.0178259;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823354;STB=0.504583;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0081367;OID=.;OPOS=56132661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:7:6:9:11:7:6 chr19 56154518 . GTTT G 83.56 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0167826;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=93.6007;QD=8.79603;RBI=0.0295047;REFB=-0.00508597;REVB=-0.0242667;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765938;STB=0.504581;STBP=0.997;TYPE=del;VARB=0.00997557;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:13:38:14:38:24:4:10:7:17:83:21:3:10:6:15 chr19 56154718 . G A 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0833744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.721;QD=19.692;RBI=0.0837272;REFB=-0.00567672;REVB=0.00767787;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524178;STB=0.529389;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00508555;OID=.;OPOS=56154718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:18:8:9:16:18:8:9:16 chr19 56160399 . T C 885.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7897;QD=58.0533;RBI=0.0606956;REFB=0;REVB=-0.0561429;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000633669;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr19 56162776 . C T 180.62 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0702706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.821;QD=13.8941;RBI=0.083246;REFB=-0.0236547;REVB=-0.044631;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579029;STB=0.533301;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.034912;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:15:16:12:9:15:16 chr19 56180968 . C T 487.88 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0297459;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.624;QD=21.4454;RBI=0.0347119;REFB=-0.0331868;REVB=0.0178914;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689103;STB=0.53805;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0336461;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:24:23:25:19:24:23:25:19 chr19 56201320 . A AG 34.35 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0369887;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.9566;QD=2.64209;RBI=0.0489259;REFB=-0.0239343;REVB=-0.0320248;RO=42;SAF=10;SAR=1;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533714;STB=0.861301;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0548745;OID=.;OPOS=56201321;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211538:11:54:11:52:41:10:1:22:19:34:42:10:1:23:19 chr19 56204141 . C T 213.48 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.0348734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1235;QD=16.1114;RBI=0.113355;REFB=0.00125594;REVB=0.107858;RO=28;SAF=2;SAR=22;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385817;STB=0.533951;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.000814743;OID=.;OPOS=56204141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:22:2:2:26:22:2:3:26 chr19 56241265 . A G 1445.5 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.008;QD=62.8477;RBI=0.0158059;REFB=0;REVB=0.00695182;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60049e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr19 56274416 . T G 43.68 PASS AF=0.0789474;AO=15;DP=190;FAO=15;FDP=190;FR=.;FRO=175;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=95;FSRR=80;FWDB=-0.00154541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2426;QD=0.919484;RBI=0.0187607;REFB=0.00083017;REVB=-0.018697;RO=174;SAF=8;SAR=7;SRF=94;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784792;STB=0.50881;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00565313;OID=.;OPOS=56274416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:190:190:174:175:15:15:0.0789474:7:8:94:80:7:8:95:80 chr19 56274453 . G A 94.88 PASS AF=0.155738;AO=19;DP=122;FAO=19;FDP=122;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0115406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3453;QD=3.11096;RBI=0.0551761;REFB=0.00187693;REVB=0.0539557;RO=102;SAF=14;SAR=5;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339971;STB=0.73019;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00848859;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:122:122:102:103:19:19:0.155738:5:14:48:54:5:14:48:55 chr19 56284457 . G A 41.14 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0412136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8149;QD=3.82685;RBI=0.0412275;REFB=0.000874938;REVB=0.00106761;RO=36;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523488;STB=0.861728;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00764563;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:6:1:21:15:6:1:21:15 chr19 56284507 . T G 50.0 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00904993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.009;QD=2.89829;RBI=0.0210669;REFB=-0.000912403;REVB=-0.019024;RO=58;SAF=2;SAR=8;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447376;STB=0.81295;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00694985;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:69:69:58:59:10:10:0.144928:8:2:33:25:8:2:34:25 chr19 56284511 . C G 51.78 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00478474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.381;QD=3.00181;RBI=0.0103597;REFB=-0.00101339;REVB=-0.00918858;RO=58;SAF=2;SAR=8;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447376;STB=0.81295;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0113068;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:68:69:58:59:10:10:0.144928:8:2:33:25:8:2:34:25 chr19 56284529 . C A 40.8 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0499196;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1269;QD=2.59055;RBI=0.0531541;REFB=0.00131451;REVB=-0.018259;RO=54;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416683;STB=0.788797;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00399163;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:63:54:55:8:8:0.126984:6:2:33:21:6:2:33:22 chr19 56284535 . A G 47.07 PASS AF=0.145161;AO=8;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0123273;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.51;QD=3.03691;RBI=0.0312948;REFB=-0.00050992;REVB=0.0287646;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39652;STB=0.798669;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00535002;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:62:62:51:53:8:9:0.145161:6:2:30:21:7:2:31:22 chr19 56290178 . C T 305.65 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.844;QD=53.1563;RBI=0.0312007;REFB=0;REVB=-0.00205234;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351419;OID=.;OPOS=56290178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr19 56303800 . C T 532.79 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0404013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0992;QD=19.0283;RBI=0.0414637;REFB=-0.0108476;REVB=-0.00932575;RO=56;SAF=32;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490655;STB=0.527122;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0165663;OID=.;OPOS=56303800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:24:32:29:27:24:32:29:27 chr19 56307583 . A G 1425.34 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0276818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.625;QD=60.6526;RBI=0.0318574;REFB=-0.160024;REVB=0.0157674;RO=2;SAF=47;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197434;STB=0.510414;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00167407;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:2:2:92:92:0.978723:45:47:2:0:45:47:2:0 chr19 56320663 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.79;QD=61.3352;RBI=0.0207367;REFB=0;REVB=-0.00514454;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117639;OID=.;OPOS=56320663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr19 56321414 . C A 971.36 PASS AF=1;AO=59;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2668;QD=58.8703;RBI=0.147623;REFB=0;REVB=0.147455;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724007;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:59:66:1:30:29:0:0:37:29:0:0 chr19 56369189 . G A 482.64 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.039;QD=58.5016;RBI=0.0461727;REFB=0;REVB=-0.0138136;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35368e-05;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr19 56369215 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.995;QD=54.5171;RBI=0.0661906;REFB=0;REVB=0.0660465;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648393;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr19 56369593 . T C 530.54 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108179;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.086;QD=57.3559;RBI=0.0110196;REFB=-0.122009;REVB=-0.00209832;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000854262;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:13:23:1:0:13:23:1:0 chr19 56410222 . C T 1012.02 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.1;QD=57.8296;RBI=0.0214419;REFB=-0.0435295;REVB=0.00115746;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000771481;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:68:69:0.985714:31:37:0:0:31:38:1:0 chr19 56423074 . C G,T 472.16 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029994,-0.018597;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=75.9115,175.516;QD=57.232;RBI=0.0442253,0.0494628;REFB=0,0;REVB=0.0324997,-0.0458336;RO=0;SAF=25,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.16261e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0133863,0.0821023;OID=.,.;OPOS=56423074,56423074;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:6,2:25,0:0:0:6,2:25,0:0:0 chr19 56423254 . G A 799.73 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4701;QD=57.1238;RBI=0.0324755;REFB=0;REVB=0.0287716;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326625;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr19 56423668 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.16;QD=50.4134;RBI=0.0131114;REFB=0;REVB=0.01163;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253409;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr19 56423692 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.519;QD=47.8223;RBI=0.038003;REFB=0;REVB=-0.0109016;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187611;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr19 56423728 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.036;QD=51.9167;RBI=0.00156231;REFB=0;REVB=0.000664077;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20865e-06;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 56423893 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.768;QD=57.1774;RBI=0.014681;REFB=0;REVB=-0.00504708;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8346e-05;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr19 56424443 . T C 289.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.462;QD=52.644;RBI=0.0366129;REFB=0;REVB=-0.0308284;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80087e-05;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:5:17:0:0 chr19 56459342 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.549;QD=62.6686;RBI=0.0390736;REFB=0;REVB=0.0189694;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149918;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr19 56459367 . C T 269.9 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00171066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.046;QD=22.9704;RBI=0.0144262;REFB=0.000810722;REVB=-0.0143244;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177069;STB=0.589401;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000482409;OID=.;OPOS=56459367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:9:16:9:12:9:16:10:12 chr19 56459614 . G C 1021.18 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0314;QD=59.1986;RBI=0.0632717;REFB=0;REVB=0.0473209;RO=1;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696686;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:1:0:68:69:1:23:45:0:1:24:45:0:0 chr19 56466681 . A G 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0309806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.306;QD=21.3983;RBI=0.0314036;REFB=-0.0133957;REVB=-0.00513691;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175552;STB=0.596719;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00971394;OID=.;OPOS=56466681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:17:17:8:20:17:17:8:20 chr19 56466705 . C T 195.45 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0298846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.035;QD=18.6141;RBI=0.0310648;REFB=-0.0167412;REVB=-0.00848156;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250898;STB=0.64985;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0463943;OID=.;OPOS=56466705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:7:12:8:14:7:13:8:14 chr19 56473458 . C T 854.03 PASS AF=0.560284;AO=78;DP=141;FAO=79;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00833878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3839;QD=24.2277;RBI=0.0156143;REFB=-0.023037;REVB=0.0132012;RO=61;SAF=46;SAR=32;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066827;STB=0.529598;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0124795;OID=.;OPOS=56473458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:61:62:78:79:0.560284:32:46:31:30:33:46:32:30 chr19 56473460 . T C 805.44 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00129405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.213;QD=22.8494;RBI=0.0258987;REFB=-0.0042121;REVB=0.0258664;RO=65;SAF=46;SAR=30;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971855;STB=0.55325;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00259675;OID=.;OPOS=56473460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:65:76:76:0.539007:30:46:32:33:30:46:32:33 chr19 56477687 . A G 604.38 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0453628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7959;QD=54.9435;RBI=0.0541174;REFB=-0.169345;REVB=0.0295111;RO=1;SAF=30;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153811;STB=0.523066;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0100412;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:43:44:1:3:40:41:0.931818:10:30:1:0:10:31:3:0 chr19 56477710 . T C 512.94 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493972;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7028;QD=56.9935;RBI=0.0706034;REFB=-0.173583;REVB=0.0504456;RO=1;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549101;STB=0.529394;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00281476;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:36:1:1:35:35:0.972222:8:27:0:1:8:27:0:1 chr19 56487603 . A G 512.98 PASS AF=0.348066;AO=63;DP=179;FAO=63;FDP=181;FR=.;FRO=118;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=0.00338103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0254;QD=11.3365;RBI=0.00372732;REFB=-0.014584;REVB=0.00156894;RO=108;SAF=31;SAR=32;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117688;STB=0.533534;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0317445;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:108:118:63:63:0.348066:32:31:52:56:32:31:52:66 chr19 56499279 . G C 251.84 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0625328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.408;QD=27.2263;RBI=0.0633461;REFB=-0.0307109;REVB=0.0101181;RO=12;SAF=4;SAR=19;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788554;STB=0.567101;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.016537;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:12:14:23:23:0.621622:19:4:2:10:19:4:4:10 chr19 56511082 . C G 780.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.715;QD=56.7641;RBI=0.0395373;REFB=0;REVB=0.039424;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423721;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:14:36:0:0:17:38:0:0 chr19 56515334 . C T 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00301615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.15;QD=10.9433;RBI=0.0294393;REFB=-0.00222313;REVB=-0.0292844;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196482;STB=0.613927;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00329437;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:25:12:10:10:25:12 chr19 56538976 . G C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0163635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.935;QD=20.7547;RBI=0.0166788;REFB=-0.00338226;REVB=-0.00322739;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188086;OID=.;OPOS=56538976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:14:15:0.555556:5:9:8:4:5:10:8:4 chr19 56539240 . C T 1141.31 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110429;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.592;QD=60.8699;RBI=0.0113618;REFB=0;REVB=0.00267304;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189095;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr19 56552456 . G T 237.14 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0363074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6726;QD=19.7613;RBI=0.0363883;REFB=-0.0118942;REVB=-0.00242556;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563503;STB=0.519983;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0170198;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:22:23:0.479167:11:11:14:11:11:12:14:11 chr19 56565164 . G A 331.6 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0309124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5107;QD=47.3713;RBI=0.047687;REFB=-0.183146;REVB=0.0363109;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.52939;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0305242;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:10:16:1:0:10:16:2:0 chr19 56569629 . C G 1206.41 PASS AF=0.56701;AO=110;DP=195;FAO=110;FDP=194;FR=.;FRO=84;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=18;FWDB=0.00870927;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.609;QD=24.8745;RBI=0.0410314;REFB=-0.0137604;REVB=-0.0400965;RO=84;SAF=69;SAR=41;SRF=66;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140805;STB=0.576189;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.013237;OID=.;OPOS=56569629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:84:84:110:110:0.56701:41:69:66:18:41:69:66:18 chr19 56572832 . G A 291.36 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00963988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.395;QD=14.3882;RBI=0.0114318;REFB=-0.00612533;REVB=0.00614489;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691186;STB=0.539302;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0172175;OID=.;OPOS=56572832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:48:33:33:0.407407:18:15:24:22:18:15:25:23 chr19 56572875 . G A 236.0 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0139384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.587;QD=13.296;RBI=0.0140232;REFB=-0.0202213;REVB=-0.00153906;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200008;STB=0.61376;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0187234;OID=.;OPOS=56572875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:43:28:28:0.394366:17:11:24:17:17:11:25:18 chr19 56672193 . G A 213.45 PASS AF=0.423729;AO=18;DP=62;FAO=25;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0193466;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.082;QD=14.4709;RBI=0.0264875;REFB=-0.00828337;REVB=0.0180914;RO=27;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102863;STB=0.509992;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00575932;OID=.;OPOS=56672193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:27:34:18:25:0.423729:4:14:19:8:7:18:24:10 chr19 56688570 . G A 146.36 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0297744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8323;QD=16.727;RBI=0.0308891;REFB=0.0273333;REVB=-0.00822315;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316188;STB=0.514268;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0193024;OID=.;OPOS=56688570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:15:16:0.457143:8:7:9:9:8:8:9:10 chr19 56693620 . C G 258.58 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0234813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.62;QD=16.4179;RBI=0.0236575;REFB=-0.0157639;REVB=-0.00288248;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116817;STB=0.506574;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.018744;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:18:16:14:15:18:16 chr19 56702323 . C T 302.23 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0336457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.896;QD=19.499;RBI=0.0415604;REFB=-0.000194412;REVB=-0.0243974;RO=30;SAF=8;SAR=24;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190937;STB=0.510632;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=1.41328e-05;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:24:8:8:22:24:8:8:22 chr19 56717353 . A G 480.99 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.015421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.707;QD=25.653;RBI=0.0174666;REFB=-0.0178736;REVB=0.00820199;RO=29;SAF=24;SAR=21;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19066;STB=0.60865;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0106859;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:21:24:23:6:21:24:24:6 chr19 56718585 . A G 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.421;QD=63.3358;RBI=0.0283238;REFB=0;REVB=-0.00621136;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07262e-05;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:53:40:0:0:53:40:0:0 chr19 56719405 . A C 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0235399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.818;QD=29.7794;RBI=0.0667437;REFB=-0.092744;REVB=0.0624547;RO=4;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113256;STB=0.506319;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0362117;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:3:10:3:1:3:10:3:1 chr19 56719822 . G T 622.49 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.022578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.288;QD=55.3327;RBI=0.042511;REFB=-0.221431;REVB=0.0360197;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.504948;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00153859;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:45:45:1:3:42:42:0.933333:17:25:1:0:17:25:2:1 chr19 56719853 . C A 678.44 PASS AF=1;AO=33;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547331;FXX=0.0377287;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.942;QD=53.2108;RBI=0.114407;REFB=0;REVB=-0.100465;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152468;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:51:1:0:33:51:1:17:16:1:0:27:24:0:0 chr19 56733425 . C A 942.02 PASS AF=0.452489;AO=100;DP=220;FAO=100;FDP=221;FR=.;FRO=121;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=0.0142218;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.054;QD=17.0502;RBI=0.0349521;REFB=-0.0182102;REVB=-0.0319279;RO=120;SAF=48;SAR=52;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933405;STB=0.55378;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0215775;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:120:121:100:100:0.452489:52:48:69:51:52:48:70:51 chr19 56827938 . C A 333.76 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.088643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.168;QD=19.3482;RBI=0.110481;REFB=-0.0434523;REVB=-0.0659432;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157784;STB=0.579164;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.047005;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:34:35:35:0.507246:17:18:11:22:17:18:12:22 chr19 56935527 . A G,T 469.26 PASS AF=0.878788,0.121212;AO=29,4;DP=33;FAO=29,4;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405468,0.000586585;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.472,141.19;QD=56.8797;RBI=0.0340593,0.0243145;REFB=0,0;REVB=-0.0338171,-0.0243074;RO=0;SAF=18,3;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00174883,-0.00192228;OID=.,.;OPOS=56935527,56935527;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:33:33:0:0:29,4:29,4:0.878788,0.121212:11,1:18,3:0:0:11,1:18,3:0:0 chr19 56953272 . G A 465.78 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00402815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.833;QD=16.635;RBI=0.00504679;REFB=0.00396333;REVB=0.00304042;RO=60;SAF=29;SAR=22;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311726;STB=0.521169;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0048087;OID=.;OPOS=56953272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:61:51:51:0.455357:22:29:36:24:22:29:37:24 chr19 56953585 . T C 448.5 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0203023;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.199;QD=52.7641;RBI=0.0215877;REFB=-0.17884;REVB=0.00733797;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126069;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:1:2:32:32:0.941176:16:16:0:1:16:16:1:1 chr19 56953863 . T C 2061.89 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3695;QD=62.4816;RBI=0.0394183;REFB=0;REVB=0.0138473;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017194;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:60:72:0:0:60:72:0:0 chr19 57036653 . G A 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0028043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.662;QD=28.9915;RBI=0.00614184;REFB=-0.00487403;REVB=0.00546426;RO=14;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805024;STB=0.544295;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00477145;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:13:12:5:9:13:12:5:9 chr19 57036678 . G A 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0118779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.368;QD=27.3147;RBI=0.0118799;REFB=-0.0118145;REVB=-0.000218426;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155585;STB=0.586125;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00581749;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:9:12:4:8:9:12:4:8 chr19 57058998 . C G 376.27 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0860433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2177;QD=21.198;RBI=0.0860526;REFB=-0.0332793;REVB=-0.00126219;RO=33;SAF=15;SAR=23;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823989;STB=0.545431;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0210346;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:23:15:10:23:23:15:10:23 chr19 57062047 . C T 269.93 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00331911;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1873;QD=13.8423;RBI=0.0237608;REFB=-0.00116832;REVB=0.0235279;RO=48;SAF=21;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219087;STB=0.630815;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00252746;OID=.;OPOS=57062047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:48:47:31:31:0.397436:10:21:23:25:10:21:22:25 chr19 57062073 . T C 1220.89 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486934;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.794;QD=61.0446;RBI=0.0255811;REFB=0;REVB=-0.0251134;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01399e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:38:42:0:0 chr19 57065189 . T C 364.45 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0450768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4719;QD=15.8455;RBI=0.0451618;REFB=0.00744714;REVB=-0.00277065;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709213;STB=0.545699;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0111889;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:38:39:0.423913:24:14:23:30:25:14:23:30 chr19 57088850 . T C 186.13 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.009115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.059;QD=10.4863;RBI=0.0200432;REFB=0.00650584;REVB=0.0178506;RO=47;SAF=14;SAR=10;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145172;STB=0.508468;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0148283;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:10:14:28:19:10:14:28:19 chr19 57089050 . C T 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0358231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0655;QD=11.8151;RBI=0.0360627;REFB=-0.00482436;REVB=0.00415025;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126174;STB=0.573061;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00878933;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:9:15:21:20:9:15:21:20 chr19 57135023 . T C 233.44 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00162829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.9;QD=18.6752;RBI=0.00507348;REFB=-0.00805083;REVB=0.00480508;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118527;STB=0.575801;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0103183;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:8:14:14:13:8:15:14:13 chr19 57135195 . G A 1113.76 PASS AF=0.553191;AO=104;DP=187;FAO=104;FDP=188;FR=.;FRO=84;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0175428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.811;QD=23.697;RBI=0.0203678;REFB=-0.00150499;REVB=0.0103488;RO=83;SAF=58;SAR=46;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170667;STB=0.506228;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00125179;OID=.;OPOS=57135195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:83:84:104:104:0.553191:46:58:48:35:46:58:48:36 chr19 57166531 . CT C,TC 30.5 PASS AF=0.107143,0.0255102;AO=35,13;DP=200;FAO=21,5;FDP=196;FR=.;FRO=170;FSAF=9,4;FSAR=12,1;FSRF=89;FSRR=81;FWDB=-0.00967413,-0.0574004;FXX=0.019999;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.5937,24.3692;QD=0.622461;RBI=0.270799,0.121632;REFB=-0.0987541,-0.0295459;REVB=0.270627,0.107236;RO=121;SAF=19,11;SAR=16,2;SRF=62;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0386586,0.411438;STB=0.584123,0.777947;STBP=0.455,0.223;TYPE=del,mnp;VARB=0.0800866,0.0686276;OID=.,.;OPOS=57166532,57166531;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:200:196:121:170:35,13:21,5:0.107143,0.0255102:16,2:19,11:62:59:12,1:9,4:89:81 chr19 57175484 . A G 50.51 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00887944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2151;QD=15.5422;RBI=0.107191;REFB=-0.0419162;REVB=-0.106822;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0689576;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:13:5:6:7:7:0.538462:3:4:2:3:3:4:3:3 chr19 57175578 . C T 58.95 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0630106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9268;QD=15.7213;RBI=0.0657956;REFB=-0.0500903;REVB=0.0189399;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032898;STB=0.545344;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0319211;OID=.;OPOS=57175578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:14:15:6:7:8:8:0.533333:3:5:4:2:3:5:5:2 chr19 57176198 . T G 577.65 PASS AF=0.53211;AO=57;DP=107;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0305568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.126;QD=21.198;RBI=0.0306553;REFB=-0.00637673;REVB=0.00245578;RO=50;SAF=30;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393836;STB=0.520754;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00518891;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:50:51:57:58:0.53211:27:30:24:26:27:31:25:26 chr19 57176304 . T G 235.99 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0118429;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1385;QD=17.4806;RBI=0.0121485;REFB=-0.0210821;REVB=-0.00270803;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902886;STB=0.554872;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0301315;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:28:26:26:0.481481:14:12:9:16:14:12:10:18 chr19 57176482 . C T 740.56 PASS AF=0.514085;AO=59;DP=128;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0898088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6868;QD=20.8607;RBI=0.093169;REFB=-0.0213733;REVB=0.024796;RO=69;SAF=34;SAR=25;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032372;STB=0.511108;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0210948;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:142:69:69:59:73:0.514085:25:34:42:27:27:46:42:27 chr19 57176820 . C A 204.19 PASS AF=0.265487;AO=30;DP=113;FAO=30;FDP=113;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=0.0465399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.307;QD=7.22781;RBI=0.0465447;REFB=-0.00234099;REVB=0.000670312;RO=83;SAF=18;SAR=12;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982095;STB=0.558453;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00506656;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:83:83:30:30:0.265487:12:18:56:27:12:18:56:27 chr19 57176838 . C G 158.06 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.0491448;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.834;QD=6.45135;RBI=0.0494912;REFB=0.00196077;REVB=-0.00584583;RO=70;SAF=13;SAR=10;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118463;STB=0.591422;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00476593;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:70:75:23:23:0.234694:10:13:46:24:10:13:51:24 chr19 57293394 . A G 387.67 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0358255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9208;QD=18.4606;RBI=0.0370964;REFB=-0.00216454;REVB=0.00962717;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12724;STB=0.570698;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00217181;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:18:22:30:14:18:22:30:14 chr19 57330037 . C T 643.59 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.00814385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9483;QD=17.8775;RBI=0.0114753;REFB=-0.00511643;REVB=-0.00808462;RO=78;SAF=36;SAR=30;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950174;STB=0.552684;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0059615;OID=.;OPOS=57330037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:66:66:0.458333:30:36:50:28:30:36:50:28 chr19 57335022 . G A 600.93 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00182626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.039;QD=18.4901;RBI=0.0569346;REFB=-0.0144826;REVB=0.0569053;RO=68;SAF=23;SAR=39;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13931;STB=0.57731;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0181983;OID=.;OPOS=57335022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:68:68:62:62:0.476923:39:23:35:33:39:23:35:33 chr19 57433619 . C T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00443742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.457;QD=56.008;RBI=0.015656;REFB=-0.0763356;REVB=-0.015014;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000261708;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:0:1:60:60:0.983607:22:38:0:0:22:38:1:0 chr19 57641146 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.7;QD=63.8719;RBI=0.0341639;REFB=0;REVB=0.0299828;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145781;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr19 57641799 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0198682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.248;QD=14.6539;RBI=0.0202265;REFB=0.0126217;REVB=0.00379023;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0145715;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr19 57642782 . C A 730.74 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0732;QD=56.2104;RBI=0.0403473;REFB=0;REVB=-0.0377514;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312049;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:30:22:0:0 chr19 57643051 . G A 982.8 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.06002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.083;QD=56.1601;RBI=0.0600335;REFB=-0.0810109;REVB=0.00127007;RO=2;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230456;STB=0.512192;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000274418;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:40:28:0:2:40:28:0:2 chr19 57643099 . G A 313.22 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0656932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2169;QD=25.0576;RBI=0.0674543;REFB=0.0212884;REVB=-0.0153131;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134465;STB=0.507457;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0183446;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:17:11:9:13:17:11:9:13 chr19 57647015 . A G 262.5 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0173039;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5896;QD=14.3837;RBI=0.0173073;REFB=0.00548818;REVB=-0.000345162;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114259;STB=0.553037;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00426013;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:39:43:30:30:0.410959:18:12:20:19:18:12:21:22 chr19 57647236 . T C 758.43 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.031125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.134;QD=53.2231;RBI=0.0421615;REFB=-0.143042;REVB=0.0284399;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.517235;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00090796;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:28:27:0:0:28:27:0:2 chr19 57649901 . G A 279.34 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00561188;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.165;QD=13.7944;RBI=0.0105817;REFB=-0.0155766;REVB=-0.00897107;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230868;STB=0.52446;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0206748;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:49:32:32:0.395062:15:17:26:21:15:17:28:21 chr19 57649940 . A T 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00276257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.304;QD=13.5533;RBI=0.0220938;REFB=0.00180058;REVB=0.0219204;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174719;STB=0.599706;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00133592;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:16:11:23:17:16:11:23:17 chr19 57649962 . C T 333.48 PASS AF=0.591837;AO=27;DP=47;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00404163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.497;QD=27.2231;RBI=0.0128875;REFB=-0.0101491;REVB=0.0122373;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167303;STB=0.576218;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00557785;OID=.;OPOS=57649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:19:20:27:29:0.591837:11:16:7:12:12:17:8:12 chr19 57742472 . G C 804.28 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2259;QD=64.3425;RBI=0.110104;REFB=0;REVB=0.0876217;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137942;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:20:30:0:0 chr19 57742489 . C T 649.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.824;QD=61.8287;RBI=0.0682128;REFB=0;REVB=0.0649749;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299655;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:16:26:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 319.25 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000616468;FXX=0.0999667;HRUN=2;LEN=14;MLLD=345.821;QD=47.2964;RBI=0.0298963;REFB=0;REVB=0.0298899;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.40072e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:27:27:0:12:15:0:0:6:0:12:15:0:0 chr19 57766543 . T A 38.27 PASS AF=0.131579;AO=9;DP=72;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=0.0188816;FXX=0.0129853;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.9258;QD=2.01434;RBI=0.053965;REFB=-0.00687273;REVB=0.050554;RO=63;SAF=0;SAR=9;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.739376;STB=0.938455;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.126738;OID=.;OPOS=57766543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:72:76:63:66:9:10:0.131579:9:0:44:19:9:1:47:19 chr19 57773447 . T G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.417;QD=39.318;RBI=0.0295772;REFB=-0.0548393;REVB=-0.0167579;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00446902;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr19 57802806 . C T 253.01 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0247673;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.586;QD=19.0947;RBI=0.0247983;REFB=0.012348;REVB=-0.00123955;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154442;STB=0.586601;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0167465;OID=.;OPOS=57802806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:13:13:18:9:13:13 chr19 57802824 . G A 296.33 PASS AF=0.566038;AO=27;DP=50;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00516415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.254;QD=22.3642;RBI=0.0157071;REFB=-0.00397622;REVB=0.0148339;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28315;STB=0.64093;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00414505;OID=.;OPOS=57802824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:22:23:27:30:0.566038:18:9:15:7:20:10:15:8 chr19 57832214 . G T 275.25 PASS AF=0.581395;AO=19;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.254674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5647;QD=25.6041;RBI=0.270189;REFB=-0.0363233;REVB=0.0902417;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10719;STB=0.60894;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0365069;OID=.;OPOS=57832214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:18:19:25:0.581395:12:7:4:12:13:12:4:14 chr19 57832257 . T C 252.92 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.011414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.093;QD=17.4424;RBI=0.0158997;REFB=-0.0128906;REVB=0.011069;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827538;STB=0.532764;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0152576;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:18:10:8:21:18:10:9:21 chr19 57839150 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0051762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.21;QD=5.90505;RBI=0.00601181;REFB=-0.011081;REVB=-0.00305757;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403146;STB=0.759922;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0281834;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:6:2:16:11:6:2:16:11 chr19 57839567 . T A 393.08 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0116281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6838;QD=19.6539;RBI=0.0142571;REFB=-0.0430263;REVB=-0.00824935;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13837;STB=0.563021;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0361753;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:40:40:38:40:0.5:19:19:26:14:19:21:26:14 chr19 57868336 . A G 563.75 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.532;QD=57.8204;RBI=0.0337622;REFB=-0.131221;REVB=0.0287152;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000890968;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:1:0:15:23:1:0 chr19 57909872 . G A 1015.09 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8347;QD=58.8456;RBI=0.0157547;REFB=0;REVB=0.00250931;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108941;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:38:31:0:0 chr19 57931553 . C T 512.41 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00989275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.221;QD=21.5752;RBI=0.0131375;REFB=0.00325843;REVB=0.00864454;RO=43;SAF=18;SAR=31;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146113;STB=0.577096;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00277444;OID=.;OPOS=57931553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:46:49:49:0.515789:31:18:23:20:31:18:24:22 chr19 57946924 . G C 296.76 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0250997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.124;QD=13.6442;RBI=0.0301381;REFB=-0.0320583;REVB=-0.0166826;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108404;STB=0.512188;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.043912;OID=.;OPOS=57946924;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:16:18:27:25:16:18:27:26 chr19 57956828 . T G 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3162;QD=63.578;RBI=0.0768362;REFB=0;REVB=0.0768278;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759353;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr19 57967049 . G T 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6972;QD=63.6136;RBI=0.00873322;REFB=0;REVB=0.00208351;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49813e-05;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr19 57967133 . G A 1320.06 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3629;QD=62.1205;RBI=0.0361222;REFB=0;REVB=-0.000784289;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218662;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:41:43:0:1:42:43:0:0 chr19 57984426 . C A 995.78 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315428;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.293;QD=59.4497;RBI=0.0316099;REFB=0;REVB=0.00205913;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201461;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr19 57984918 . A G 1301.71 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.665;QD=61.9864;RBI=0.0297678;REFB=0;REVB=0.0283468;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15808e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr19 57985460 . T A 1390.8 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0414699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.059;QD=61.1341;RBI=0.0416912;REFB=0.0406187;REVB=0.00429028;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997626;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00234228;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:88:90:0.989011:41:47:1:0:43:47:1:0 chr19 57985566 . G C 1837.95 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.468;QD=61.2649;RBI=0.0325842;REFB=0;REVB=0.0314881;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99658e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:61:58:0:0:62:58:0:0 chr19 57987905 . G A 1755.72 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.569;QD=59.0156;RBI=0.0164825;REFB=-0.0116046;REVB=0.00276969;RO=2;SAF=78;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597107;STB=0.503144;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000222598;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:39:78:1:1:39:78:1:1 chr19 57988666 . A AGCC 488.32 PASS AF=0.791667;AO=33;DP=56;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0066605;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=3;MLLD=190.501;QD=40.6935;RBI=0.0165556;REFB=-0.0891221;REVB=0.0151567;RO=21;SAF=7;SAR=26;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47534;STB=0.636717;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0224192;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:33:56:38:48:10:11:27:9:1:67:21:7:26:18:3 chr19 58001512 . T A 1124.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.502;QD=59.1959;RBI=0.0267939;REFB=0;REVB=0.0256283;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58386e-05;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:39:34:0:0:40:36:0:0 chr19 58003140 . C CCG 94.57 PASS AF=0.916667;AO=3;DP=25;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0498728;FXX=0.428367;HRUN=4;LEN=2;MLLD=37.8171;QD=31.5241;RBI=0.195864;REFB=-0.103659;REVB=0.189408;RO=22;SAF=0;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621044;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=ins;VARB=-0.0165515;OID=.;OPOS=58003141;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:3:25:11:12:1:3:8:0:1:8:22:0:3:13:9 chr19 58003141 . A G 191.69 PASS AF=0.85;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0449453;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3972;QD=38.3371;RBI=0.0487769;REFB=-0.116685;REVB=-0.0189502;RO=3;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143999;STB=0.578856;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0243289;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:21:20:3:3:17:17:0.85:8:9:0:3:8:9:0:3 chr19 58003488 . A G 1396.2 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8035;QD=62.7504;RBI=0.057524;REFB=0;REVB=0.0575101;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219243;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr19 58003580 . A G 2532.45 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.82;QD=61.3928;RBI=0.0176134;REFB=0;REVB=0.012304;RO=0;SAF=65;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85285e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:162:165:1:97:65:0:0:100:65:0:0 chr19 58003613 . C T 2405.03 PASS AF=0.99375;AO=150;DP=154;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7826;QD=60.1258;RBI=0.0578746;REFB=-0.0429758;REVB=0.0312589;RO=1;SAF=47;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100117;STB=0.504587;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000347805;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:160:1:1:150:159:0.99375:103:47:1:0:105:54:1:0 chr19 58004346 . G C 955.91 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00878888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6585;QD=57.0692;RBI=0.0110985;REFB=-0.122015;REVB=0.00677726;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000705661;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:28:38:0:1:28:38:0:1 chr19 58004931 . A G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0574;QD=36.3482;RBI=0.0614282;REFB=0.0640662;REVB=0.058418;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0074939;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:0:1:5:6:0:1 chr19 58011421 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0658115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.023;QD=12.737;RBI=0.065911;REFB=-0.0380971;REVB=0.00362027;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306568;STB=0.677062;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0459745;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:1:9:5:3:1:9 chr19 58038964 . T A 1514.68 PASS AF=0.989796;AO=90;DP=92;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6496;QD=61.8236;RBI=0.0939441;REFB=-0.0120618;REVB=0.092858;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104166;STB=0.505262;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00173413;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:98:1:1:90:97:0.989796:45:45:1:0:50:47:1:0 chr19 58058536 . A G 2050.16 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298353;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1244;QD=62.6005;RBI=0.0498968;REFB=0;REVB=-0.0399943;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002651;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:129:131:1:54:75:0:0:54:77:0:0 chr19 58058739 . T C 715.09 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00231822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.102;QD=60.8591;RBI=0.00312554;REFB=-0.138912;REVB=-0.00209638;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284632;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00130919;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:16:29:0:1:17:29:0:1 chr19 58117223 . T A 282.64 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0315414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.153;QD=28.9888;RBI=0.0344189;REFB=-0.0189782;REVB=0.0137769;RO=14;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192918;STB=0.51063;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00744381;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:10:15:8:6:10:15:8:6 chr19 58200099 . T C 972.34 PASS AF=0.958904;AO=64;DP=67;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0176336;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=67.6535;QD=53.2787;RBI=0.0468507;REFB=-0.116441;REVB=0.0434056;RO=3;SAF=36;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894996;STB=0.502856;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00388705;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:73:3:3:64:70:0.958904:28:36:2:1:28:42:2:1 chr19 58200628 . G T 990.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5499;QD=59.1336;RBI=0.0489003;REFB=0;REVB=-0.0338894;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97688e-06;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr19 58201360 . C T 523.72 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133403;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.947;QD=59.8536;RBI=0.0133417;REFB=0;REVB=0.00018992;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69453e-05;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:12:21:0:0:14:21:0:0 chr19 58201465 . A AT,T 360.31 PASS AF=1,0;AO=9,14;DP=28;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371837,-0.0362082;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=139.105,133.918;QD=53.3792;RBI=0.0374497,0.057928;REFB=0,0;REVB=0.0372646,0.0452174;RO=2;SAF=7,13;SAR=2,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.11124,-0.065028;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00174679,-0.0481679;OID=.,.;OPOS=58201466,58201465;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:2:0:9,14:27,0:1,0:2,1:7,13:2:0:5,0:22,0:0:0 chr19 58201740 . TACACACAC T 98.44 PASS AF=0.5;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0284232;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=8;MLLD=191.775;QD=16.4065;RBI=0.0507097;REFB=-0.0373887;REVB=0.0419953;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0611597;OID=.;OPOS=58201741;OREF=ACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:13:12:24:12:10:2:10:2:97:0:9:2:0:0 chr19 58201817 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6436;QD=35.5758;RBI=0.0918785;REFB=0;REVB=0.0918242;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271884;OID=.;OPOS=58201817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 58202016 . ATTCAT A 190.57 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000298538;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=294.522;QD=47.6418;RBI=0.0227996;REFB=0;REVB=0.0227976;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000212045;OID=.;OPOS=58202017;OREF=TTCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:16:16:0:7:9:0:0:4:0:7:8:0:0 chr19 58352522 . G A 1487.13 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0465579;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.009;QD=57.7525;RBI=0.0503215;REFB=-0.0255324;REVB=0.0190949;RO=1;SAF=31;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682643;STB=0.503596;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000890711;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:103:1:1:100:102:0.990291:69:31:0:1:69:33:0:1 chr19 58352806 . T C 871.31 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.773;QD=56.2135;RBI=0.0212175;REFB=-0.0738902;REVB=0.0102514;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125883;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000293718;OID=.;OPOS=58352806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:24:37:1:0:24:37:1:0 chr19 58385748 . G A 44.81 PASS AF=0.411765;AO=8;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0681173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.524;QD=10.5445;RBI=0.143391;REFB=-0.0198655;REVB=-0.126179;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200579;STB=0.765078;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0175208;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:17:17:9:10:8:7:0.411765:2:6:5:4:1:6:5:5 chr19 58385762 . C G 37.14 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00225318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.6356;QD=10.6103;RBI=0.071914;REFB=-0.0609679;REVB=-0.0718787;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505451;STB=0.788428;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0806472;OID=.;OPOS=58385762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:14:7:8:6:6:0.428571:1:5:2:5:1:5:3:5 chr19 58600048 . C T 468.91 PASS AF=1;AO=11;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031437;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.892;QD=58.6143;RBI=0.0318396;REFB=0;REVB=0.00504696;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76105e-05;OID=.;OPOS=58600048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:11:32:1:4:7:0:0:25:7:0:0 chr19 58718332 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00327882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.505;QD=20.156;RBI=0.00331916;REFB=-0.0159743;REVB=-0.000515958;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144755;STB=0.580588;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0154887;OID=.;OPOS=58718332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:10:15:12:16:10:15 chr19 58718360 . A AG 373.3 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.5664;QD=38.2875;RBI=0.143724;REFB=0;REVB=-0.108037;RO=8;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000578736;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:39:39:39:0:22:17:0:0:8:8:16:15:6:2 chr19 58772495 . C T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0163772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.877;QD=16.5038;RBI=0.0346504;REFB=-0.015644;REVB=-0.0305358;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366047;STB=0.520645;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0181987;OID=.;OPOS=58772495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:15:15:14:12:15:15 chr19 58774071 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.946;QD=63.2867;RBI=0.0526115;REFB=0;REVB=-0.0426658;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53539e-05;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr19 58790675 . T C 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.03;QD=61.3235;RBI=0.0314055;REFB=0;REVB=-0.0297199;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70583e-05;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr19 58790713 . G C 345.01 PASS AF=0.870968;AO=28;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0924074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.272;QD=44.5168;RBI=0.101053;REFB=-0.0565704;REVB=0.0408979;RO=3;SAF=7;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943464;STB=0.588714;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.013622;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:3:4:28:27:0.870968:21:7:2:1:21:6:3:1 chr19 58806083 . T C 805.23 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.456;QD=64.4188;RBI=0.0232137;REFB=0;REVB=0.00075751;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133233;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:15:34:0:0:16:34:0:0 chr19 58850341 . G C 136.51 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0126725;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.7916;QD=24.8204;RBI=0.0218605;REFB=-0.00545119;REVB=0.0178126;RO=7;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167062;STB=0.630942;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0203771;OID=.;OPOS=58850341;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:21:22:7:8:14:14:0.636364:3:11:4:3:3:11:4:4 chr19 58851130 . C CT 187.16 PASS AF=0.361905;AO=36;DP=110;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.0290622;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7296;QD=7.12986;RBI=0.0854274;REFB=-0.0247972;REVB=-0.080332;RO=69;SAF=26;SAR=10;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164865;STB=0.561428;STBP=0.384;TYPE=ins;VARB=0.032605;OID=.;OPOS=58851131;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361905:36:110:38:105:67:26:12:40:27:99:69:26:10:41:28 chr19 58864479 . T C 157.33 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0539401;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0774;QD=10.6666;RBI=0.055052;REFB=-0.0140892;REVB=-0.0110085;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232343;STB=0.647521;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0412709;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:38:20:21:0.355932:6:14:18:18:6:15:19:19 chr19 58870087 . TG T 187.84 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0599339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.2432;QD=8.53809;RBI=0.0828207;REFB=-0.0109036;REVB=-0.0571594;RO=48;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=-0.0395612;STB=0.529209;STBP=0.672;TYPE=del;VARB=0.0149475;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:35:88:36:88:52:17:19:22:30:99:48:14:21:21:27 chr19 58879965 . A G 67.13 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.000124188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.789;QD=14.9168;RBI=0.0243542;REFB=-0.0381952;REVB=0.0243539;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228386;STB=0.660682;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0236825;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:18:9:9:7:8:0.444444:2:5:8:1:3:5:8:1 chr19 58879976 . C T 46.82 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.027727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.303;QD=10.4052;RBI=0.028296;REFB=-0.0334263;REVB=-0.00564635;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167433;STB=0.509776;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0892719;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:10:11:7:7:0.388889:2:5:7:3:2:5:8:3 chr19 58898193 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0357638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.229;QD=24.0731;RBI=0.161881;REFB=0.00816806;REVB=0.157881;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285713;STB=0.516104;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000668165;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:4:3:5:8:4:3 chr19 58928786 . A G 339.75 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0630976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.174;QD=15.4431;RBI=0.0643192;REFB=-0.0147231;REVB=-0.0124764;RO=51;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700391;STB=0.539494;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0220646;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:20:17:20:31:20:17:20:31 chr19 58929052 . G A 229.07 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.000433823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8121;QD=29.5577;RBI=0.0767924;REFB=-0.0285469;REVB=-0.0767912;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777624;STB=0.542817;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00756862;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:12:9:3:7:12:9:3:7 chr19 58929136 . G A 102.06 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.086899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3176;QD=29.1585;RBI=0.11353;REFB=-0.00351637;REVB=-0.0730592;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125323;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.000836236;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:4:7:2:1:4:7:2:1 chr19 58945961 . AC A,AA,AT 699.92 PASS AF=0.106383,0.106383,0.787234;AO=10,6,29;DP=48;FAO=5,5,37;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,22;FSAR=4,5,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115183,-0.00469265,-0.0146853;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=131.613,118.987,136.567;QD=59.5674;RBI=0.0122865,0.00720915,0.0356222;REFB=0,0,0;REVB=0.00427647,0.00547274,0.0324543;RO=0;SAF=0,0,19;SAR=10,6,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0178917,-0.0371924,0.00811754;OID=.,.,.;OPOS=58945962,58945962,58945962;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.106383,0.106383,0.787234:10,6,29:48:5,5,37:47:0:1,0,22:4,5,15:0:0:22:0:0,0,19:10,6,10:0:0 chr19 58951123 . T C 509.74 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.000772571;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.376;QD=20.8057;RBI=0.010597;REFB=-0.0183151;REVB=0.0105688;RO=48;SAF=33;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883198;STB=0.544935;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0186785;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:49:49:49:0.5:16:33:28:20:16:33:29:20 chr19 58966644 . A T 471.31 PASS AF=0.40458;AO=52;DP=133;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=-0.00902831;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.627;QD=14.3911;RBI=0.0104732;REFB=0.00234675;REVB=-0.00530824;RO=78;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119323;STB=0.573175;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00667804;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:78:78:52:53:0.40458:32:20:22:56:32:21:22:56 chr19 58967995 . C G 216.4 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00116102;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.243;QD=13.1153;RBI=0.0181099;REFB=-0.00744977;REVB=-0.0180726;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124416;STB=0.571373;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0106842;OID=.;OPOS=58967995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:20:20:16:10:20:20 chr19 58968875 . A C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0159532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.76;QD=10.1735;RBI=0.0161511;REFB=0.0206096;REVB=-0.00252026;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389464;STB=0.736367;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0148803;OID=.;OPOS=58968875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:5:1:0:8:5:1:0:9 chr19 58969179 . C A 191.29 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00158146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8894;QD=15.6151;RBI=0.01296;REFB=0.00550357;REVB=0.0128632;RO=28;SAF=2;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454973;STB=0.782258;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00506875;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:18:2:11:17:18:2:12:17 chr19 58982384 . A G 780.47 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.404;QD=56.7614;RBI=0.053827;REFB=0;REVB=0.0339923;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44481e-05;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:48:55:1:36:12:0:0:39:16:0:0 chr19 58989495 . A C 197.66 PASS AF=0.47619;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.099976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4864;QD=18.8252;RBI=0.100463;REFB=-0.0198998;REVB=0.00987549;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125134;STB=0.547572;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0179064;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:22:18:20:0.47619:10:8:9:6:10:10:13:9 chr19 58991900 . G A 944.81 PASS AF=0.471698;AO=101;DP=215;FAO=100;FDP=212;FR=.;FRO=112;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0104443;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.496;QD=17.8267;RBI=0.0148109;REFB=-0.0302882;REVB=-0.0105014;RO=108;SAF=65;SAR=36;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872976;STB=0.549286;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0301567;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:212:108:112:101:100:0.471698:36:65:60:48:35:65:63:49 chr19 59061357 . C T 281.0 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00671497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.59;QD=22.9391;RBI=0.0620208;REFB=-0.0117098;REVB=0.0616562;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576739;STB=0.503309;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0040259;OID=.;OPOS=59061357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:23:25:26:0.530612:10:15:14:7:10:16:14:9 chr19 59074429 . C T 459.43 PASS AF=0.586667;AO=42;DP=74;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0560756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8061;QD=24.5031;RBI=0.0631562;REFB=-0.0121452;REVB=0.0290556;RO=31;SAF=24;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931737;STB=0.548424;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0127034;OID=.;OPOS=59074429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:31:42:44:0.586667:18:24:14:17:19:25:14:17 chr19 59074653 . T C 74.15 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00571149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.395;QD=10.2283;RBI=0.0142275;REFB=-0.0144239;REVB=0.0130308;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236005;STB=0.514257;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0160427;OID=.;OPOS=59074653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:11:8:4:6:11:8 chr19 59082368 . C T 1008.12 PASS AF=0.441667;AO=106;DP=244;FAO=106;FDP=240;FR=.;FRO=134;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=0.00496467;FXX=0.0163928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.135;QD=16.802;RBI=0.00503682;REFB=-0.0103481;REVB=-0.00084945;RO=126;SAF=56;SAR=50;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278033;STB=0.515821;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0118388;OID=.;OPOS=59082368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:240:126:134:106:106:0.441667:50:56:63:63:50:56:67:67 chr19 59082605 . C T 362.08 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0203211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.293;QD=23.3599;RBI=0.0229047;REFB=0.00170801;REVB=0.0105679;RO=26;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150444;STB=0.582343;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000944575;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:15:21:20:6:15:21:20:6 chr20 76962 . T C 1107.95 PASS AF=1;AO=59;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169663;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.417;QD=60.7094;RBI=0.176542;REFB=0;REVB=-0.0488017;RO=0;SAF=52;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210771;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:59:73:1:7:52:0:0:7:66:0:0 chr20 126310 . ACC A 313.96 PASS AF=0.413534;AO=51;DP=134;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0235691;FXX=0.0148137;HRUN=5;LEN=2;MLLD=28.6644;QD=9.44253;RBI=0.196064;REFB=0.0302195;REVB=0.194642;RO=60;SAF=36;SAR=15;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259852;STB=0.579178;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=-0.0301534;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413534:51:134:55:133:78:39:16:46:32:99:60:36:15:41:19 chr20 138178 . GCCT GCT,GCTG 490.94 PASS AF=0.516129,0.0322581;AO=40,4;DP=86;FAO=48,3;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=22,3;FSAR=26,0;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0598433,-0.0321974;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=24.505,25.0908;QD=21.1156;RBI=0.0599991,0.0333295;REFB=-0.0159353,-0.00891951;REVB=0.00432083,0.00861304;RO=42;SAF=15,4;SAR=25,0;SRF=23;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161562,0.541427;STB=0.541649,0.996172;STBP=0.408,0.079;TYPE=del,mnp;VARB=0.00708376,0.0665738;OID=.,.;OPOS=138179,138180;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129,0.0322581:40,4:86:48,3:93:42:22,3:26,0:23:19:99:42:15,4:25,0:23:19 chr20 139456 . G A 222.0 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0339599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4672;QD=14.5574;RBI=0.0798373;REFB=0.0405916;REVB=0.0722545;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149334;STB=0.584841;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0496947;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:20:15:15:11:20:15 chr20 139576 . C A 395.14 PASS AF=0.5;AO=36;DP=77;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00668696;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.368;QD=19.2751;RBI=0.00694126;REFB=-0.0376129;REVB=-0.00186165;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147636;STB=0.549373;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0331317;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:37:41:36:41:0.5:24:12:18:19:24:17:21:20 chr20 168728 . T A 297.32 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00865761;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.974;QD=13.0691;RBI=0.0112053;REFB=-0.0139957;REVB=-0.0071137;RO=57;SAF=22;SAR=12;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118276;STB=0.567894;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0198676;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:12:22:31:26:12:22:31:26 chr20 210061 . G A 483.43 PASS AF=0.494737;AO=48;DP=97;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0266752;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.389;QD=20.3548;RBI=0.03626;REFB=-0.000667512;REVB=-0.0245606;RO=46;SAF=27;SAR=21;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101828;STB=0.53727;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000487568;OID=.;OPOS=210061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:46:48:48:47:0.494737:21:27:31:15:20:27:31:17 chr20 210306 . C G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0997359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.027;QD=14.6573;RBI=0.102186;REFB=-0.00368109;REVB=0.0222402;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.555473;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00491628;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:5:12:8:5:5:12 chr20 238435 . CTGGTCT C 384.53 PASS AF=0.637931;AO=35;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00344224;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=283.432;QD=26.5194;RBI=0.0266672;REFB=-0.0142054;REVB=0.0264441;RO=21;SAF=4;SAR=31;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229521;STB=0.6321;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=0.00901297;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.637931:35:58:37:58:21:4:33:6:15:99:21:4:31:6:15 chr20 256727 . T A 299.88 PASS AF=0.586957;AO=24;DP=44;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0220215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7649;QD=26.0762;RBI=0.0249903;REFB=0.00371048;REVB=0.0118139;RO=19;SAF=20;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234107;STB=0.579555;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00139535;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:19:19:24:27:0.586957:4:20:12:7:6:21:12:7 chr20 257733 . A G 380.86 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00570425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.903;QD=23.4378;RBI=0.0271782;REFB=-0.0263928;REVB=0.0265728;RO=25;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134682;STB=0.57443;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.013261;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:25:27:37:38:0.584615:17:20:18:7:18:20:19:8 chr20 259969 . G C 755.26 PASS AF=0.384279;AO=88;DP=229;FAO=88;FDP=229;FR=.;FRO=141;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=86;FWDB=-0.0193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2452;QD=13.1922;RBI=0.028977;REFB=-0.0135716;REVB=0.0216143;RO=141;SAF=34;SAR=54;SRF=55;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426402;STB=0.502404;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0206268;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:141:141:88:88:0.384279:54:34:55:86:54:34:55:86 chr20 279483 . T C 162.97 PASS AF=0.4;AO=16;DP=43;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0226415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.503;QD=14.4866;RBI=0.028108;REFB=0.00323449;REVB=-0.016656;RO=25;SAF=13;SAR=3;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.627643;STB=0.826946;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0058084;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:25:27:16:18:0.4:3:13:4:21:4:14:5:22 chr20 307641 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.38;QD=13.631;RBI=0.00502419;REFB=0.00703472;REVB=-0.00502419;RO=9;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0105513;OID=.;OPOS=307641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:8:0:0:9:8:0:0:9 chr20 368789 . CT TC 148.89 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0617003;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=64.8764;QD=7.63544;RBI=0.0653401;REFB=-0.0182987;REVB=-0.0215036;RO=40;SAF=17;SAR=3;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61131;STB=0.84965;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0850926;OID=.;OPOS=368789;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:54:20:20:0.25641:3:17:12:28:3:17:20:34 chr20 371972 . T C 2579.22 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290551;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7922;QD=61.7777;RBI=0.0642486;REFB=0;REVB=-0.0573034;RO=0;SAF=96;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174916;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:167:167:1:71:96:0:0:71:96:0:0 chr20 372013 . A AC,C 70.59 PASS AF=0.163366,0;AO=45,11;DP=210;FAO=33,0;FDP=202;FR=.;FRO=169;FSAF=23,0;FSAR=10,0;FSRF=98;FSRR=71;FWDB=-0.0460435,-0.0980335;FXX=0.0288448;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=15.6994,34.7842;QD=1.39777;RBI=0.064801,0.166984;REFB=-0.117054,-0.0462892;REVB=-0.0455979,-0.135178;RO=150;SAF=30,7;SAR=15,4;SRF=89;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0997354,0.0483118;STB=0.606181,0.5;STBP=0.18,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.258518,0.0286434;OID=.,.;OPOS=372014,372013;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:210:202:150:169:45,11:33,0:0.163366,0:15,4:30,7:89:61:10,0:23,0:98:71 chr20 376857 . G A 447.57 PASS AF=0.511628;AO=42;DP=84;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.000492884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.77;QD=20.8173;RBI=0.087798;REFB=-0.00529854;REVB=0.0877966;RO=42;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064762;STB=0.546491;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00632756;OID=.;OPOS=376857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:42:42:42:44:0.511628:20:22:25:17:22:22:25:17 chr20 377226 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0119272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.6;QD=21.7444;RBI=0.0226522;REFB=-0.00569707;REVB=0.0192579;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.571334;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00321242;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:4:7:7:8:4:7 chr20 418199 . T A 314.79 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0227375;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.329;QD=16.143;RBI=0.02759;REFB=-0.0292245;REVB=-0.0156273;RO=43;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162514;STB=0.586155;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0300676;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:43:44:34:34:0.435897:12:22:21:22:12:22:22:22 chr20 428553 . T C 401.51 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0487009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5169;QD=18.8946;RBI=0.051701;REFB=0.00871811;REVB=0.0173554;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725111;STB=0.540317;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0123243;OID=.;OPOS=428553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:19:22:27:17:19:22:27:17 chr20 590542 . CG GC 95.74 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052701;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=86.9914;QD=38.2948;RBI=0.0536984;REFB=0;REVB=0.0103014;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0105831;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:3:7:0:0 chr20 628890 . T C 155.9 PASS AF=0.425;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0758658;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8287;QD=15.5898;RBI=0.0834512;REFB=-0.0164532;REVB=-0.0347633;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231386;STB=0.658848;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0143827;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:25:23:17:17:0.425:10:7:16:9:10:7:16:7 chr20 741847 . A G 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0121463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.231;QD=12.834;RBI=0.0356603;REFB=-0.00465194;REVB=-0.0335279;RO=49;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544471;STB=0.531229;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00697983;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:12:18:27:22:12:18:27:22 chr20 744308 . T C 61.5 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0578407;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5517;QD=11.1825;RBI=0.104162;REFB=-0.0145261;REVB=-0.0866269;RO=12;SAF=8;SAR=0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.738442;STB=0.701206;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0411406;OID=.;OPOS=744308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:23:22:12:13:8:9:0.409091:0:8:9:3:1:8:9:4 chr20 744382 . G A 36.71 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0127693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5559;QD=7.72768;RBI=0.0351588;REFB=-0.0165345;REVB=-0.032758;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110573;STB=0.57117;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0407852;OID=.;OPOS=744382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:10:3:1:5:10:3 chr20 744415 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0107168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2164;QD=9.91721;RBI=0.0279629;REFB=-0.0327082;REVB=0.0258278;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075443;STB=0.545359;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0714512;OID=.;OPOS=744415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:14:3:2:7:14:3 chr20 746098 . G A 176.74 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0325141;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0229;QD=12.4028;RBI=0.0995755;REFB=0.0130384;REVB=0.0941176;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153681;STB=0.524105;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00873831;OID=.;OPOS=746098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:35:20:22:0.385965:10:10:23:13:9:13:22:13 chr20 825678 . T C 417.86 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6848;QD=53.918;RBI=0.0185977;REFB=0.0265746;REVB=0.00106284;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000335308;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:1:0:11:19:1:0 chr20 826421 . G A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0201994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.043;QD=17.0948;RBI=0.0208873;REFB=-0.00928097;REVB=0.00531653;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254701;STB=0.514278;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0072581;OID=.;OPOS=826421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:21:20:18:17:21:20 chr20 826492 . G C 356.9 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00382161;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.474;QD=19.0346;RBI=0.0342465;REFB=-0.00784174;REVB=0.0340326;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379899;STB=0.521156;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00980893;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:38:37:37:0.493333:16:21:20:18:16:21:20:18 chr20 826710 . C T 574.21 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0673231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0802;QD=53.4151;RBI=0.124656;REFB=-0.100562;REVB=0.104913;RO=3;SAF=24;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550961;STB=0.529397;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0717687;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:16:24:3:0:16:24:3:0 chr20 853433 . GTTG GGTG,GT,GTG,GTGG 687.57 PASS AF=0,0,1,0;AO=5,11,16,17;DP=56;FAO=0,0,55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,39,0;FSAR=0,0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.137579,0.196477,-0.0894143,-0.291566;FXX=0.017854;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=5.32116,17.1431,20.0817,17.3561;QD=50.0052;RBI=0.216213,0.368258,0.0994491,0.394427;REFB=-0.0269523,-0.132932,-0.0491922,0.0620502;REVB=-0.166794,-0.311466,-0.0435339,0.265634;RO=1;SAF=1,1,15,16;SAR=4,10,1,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.277405,-0.292301,-0.0295327,-0.0278054;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.00468289,-0.000629916,-0.0875897;OID=.,.,.,.;OPOS=853434,853435,853434,853435;OREF=T,TG,T,T;OALT=G,-,-,G;OMAPALT=GGTG,GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:5,11,16,17:56:0,0,55,0:55:0:0,0,39,0:0,0,16,0:0:0:3:1:1,1,15,16:4,10,1,1:1:0 chr20 853502 . G A 420.76 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0143183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5668;QD=13.3574;RBI=0.0464298;REFB=-0.00871933;REVB=0.0441668;RO=77;SAF=26;SAR=23;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443414;STB=0.525104;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0137724;OID=.;OPOS=853502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:77:49:49:0.388889:23:26:44:33:23:26:44:33 chr20 854940 . T C 279.5 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0313621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3711;QD=48.6089;RBI=0.0455854;REFB=-0.0233021;REVB=0.0330824;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00140963;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr20 860426 . G A 384.95 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.017261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.144;QD=23.3301;RBI=0.0182617;REFB=-0.00706877;REVB=0.00596207;RO=28;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100784;STB=0.555526;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00571641;OID=.;OPOS=860426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:25:13:13:15:25:13:13:15 chr20 1099523 . T G 306.97 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00145183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.859;QD=13.4933;RBI=0.0082581;REFB=-0.0128975;REVB=-0.00812948;RO=56;SAF=17;SAR=18;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111546;STB=0.563521;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.025585;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:18:17:33:23:18:17:33:23 chr20 1210647 . T C 171.66 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00378821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.99;QD=11.0747;RBI=0.0336307;REFB=0.00509808;REVB=0.0334166;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921876;STB=0.561348;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00651109;OID=.;OPOS=1210647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:12:10:21:18:12:10:22:18 chr20 1214814 . A C 169.1 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0623721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4724;QD=12.0787;RBI=0.0631354;REFB=-0.0166732;REVB=-0.00978756;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497535;STB=0.536048;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0337744;OID=.;OPOS=1214814;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:35:21:21:0.375:9:12:17:13:9:12:18:17 chr20 1291076 . G C 1116.84 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.9;QD=60.3698;RBI=0.0820007;REFB=0;REVB=0.0238454;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89736e-05;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:1:0:72:74:1:31:41:1:0:31:43:0:0 chr20 1293008 . C T 1969.42 PASS AF=0.942857;AO=132;DP=140;FAO=132;FDP=140;FR=.;FRO=8;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.014488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.499;QD=56.2692;RBI=0.0144999;REFB=-0.129459;REVB=-0.000587797;RO=1;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693874;STB=0.520604;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000531685;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:140:140:1:8:132:132:0.942857:68:64:0:1:68:64:1:7 chr20 1294002 . C T 211.42 PASS AF=0.65625;AO=19;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.379;QD=26.4274;RBI=0.106115;REFB=-0.127705;REVB=0.106115;RO=13;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0387639;OID=.;OPOS=1294002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:32:32:13:11:19:21:0.65625:19:0:0:13:21:0:0:11 chr20 1298794 . G A 941.12 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121335;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2206;QD=58.8197;RBI=0.0272809;REFB=0;REVB=-0.0244342;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537089;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr20 1424303 . G A 192.67 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0016241;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.156;QD=11.5026;RBI=0.00852148;REFB=-0.00797041;REVB=-0.00836528;RO=43;SAF=17;SAR=7;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129289;STB=0.575393;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0136634;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:7:17:26:17:7:17:26:17 chr20 1426393 . C T 1198.49 PASS AF=0.508621;AO=118;DP=232;FAO=118;FDP=232;FR=.;FRO=114;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=42;FWDB=-0.0382313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.979;QD=20.6637;RBI=0.0436938;REFB=0.00046985;REVB=-0.0211545;RO=114;SAF=62;SAR=56;SRF=72;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960539;STB=0.552569;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000459748;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:114:114:118:118:0.508621:56:62:72:42:56:62:72:42 chr20 1457910 . C A 484.5 PASS AF=0.439024;AO=53;DP=121;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0197412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7277;QD=15.7562;RBI=0.0202109;REFB=-0.00807461;REVB=-0.004332;RO=68;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127572;STB=0.579108;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0112589;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:68:69:53:54:0.439024:26:27:26:42:26:28:26:43 chr20 1459060 . T G 1308.26 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254735;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6918;QD=60.8495;RBI=0.0259992;REFB=-0.0481174;REVB=0.0258741;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488488;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:86:0:0:84:86:1:46:38:0:0:48:38:0:0 chr20 1532595 . T C 2249.88 PASS AF=0.974359;AO=151;DP=157;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0181994;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.428;QD=57.6892;RBI=0.0267453;REFB=-0.00436701;REVB=0.0195982;RO=3;SAF=69;SAR=82;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461555;STB=0.505279;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=8.14509e-05;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:157:156:3:4:151:152:0.974359:82:69:1:2:83:69:1:3 chr20 1546911 . C G 625.65 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.197;QD=61.0386;RBI=0.0626918;REFB=0;REVB=0.0623457;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042154;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr20 1551485 . C T 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6206;QD=61.6796;RBI=0.0322437;REFB=0;REVB=-0.0306545;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269292;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr20 1552430 . T C 4704.01 PASS AF=1;AO=299;DP=299;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202433;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.657;QD=62.0991;RBI=0.0307907;REFB=0;REVB=0.0232008;RO=0;SAF=175;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11701e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:299:303:0:0:299:303:1:124:175:0:0:126:177:0:0 chr20 1559101 . T G 2101.53 PASS AF=0.472767;AO=217;DP=458;FAO=217;FDP=459;FR=.;FRO=242;FSAF=103;FSAR=114;FSRF=111;FSRR=131;FWDB=-0.005797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.471;QD=18.314;RBI=0.005797;REFB=-0.0128095;REVB=-2.81729e-07;RO=241;SAF=103;SAR=114;SRF=110;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175027;STB=0.508452;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.017016;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:459:241:242:217:217:0.472767:114:103:110:131:114:103:111:131 chr20 1610894 . G A 418.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.816;QD=54.0599;RBI=0.0397226;REFB=-0.133197;REVB=-0.0080971;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00108558;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:0:1:30:30:0.967742:9:21:0:0:9:21:1:0 chr20 1610939 . G A 400.25 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00406538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.411;QD=53.3662;RBI=0.0249303;REFB=-0.102123;REVB=0.0245966;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.51162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00081599;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:8:21:0:0:8:21:1:0 chr20 1615959 . T C 1524.79 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.742;QD=59.7956;RBI=0.0346741;REFB=0;REVB=0.021597;RO=0;SAF=69;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10114e-05;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:99:102:1:30:69:0:0:32:70:0:0 chr20 1616137 . G A 2899.04 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4414;QD=62.682;RBI=0.072489;REFB=0;REVB=-0.0521338;RO=0;SAF=94;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186178;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:185:0:0:183:185:1:89:94:0:0:91:94:0:0 chr20 1616206 . A C,G 2208.65 PASS AF=0.0492958,0.950704;AO=5,132;DP=140;FAO=7,135;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=3,58;FSAR=4,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632411,-0.0164108;FXX=0.00699252;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.6973,137.57;QD=62.2156;RBI=0.0111842,0.0169939;REFB=0,0;REVB=0.00922452,-0.00441346;RO=0;SAF=4,57;SAR=1,75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0396251,-0.00301316;OID=.,.;OPOS=1616206,1616206;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:140:142:0:0:5,132:7,135:0.0492958,0.950704:1,75:4,57:0:0:4,77:3,58:0:0 chr20 1616892 . A G 2868.29 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=186;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317058;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.553;QD=62.354;RBI=0.0414899;REFB=-0.109312;REVB=-0.026761;RO=0;SAF=90;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000487961;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:184:0:1:182:183:0.994565:92:90:0:0:93:90:1:0 chr20 1629906 . C T 1257.24 PASS AF=0.467626;AO=130;DP=278;FAO=130;FDP=278;FR=.;FRO=148;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=67;FSRR=81;FWDB=0.00139744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.937;QD=18.0898;RBI=0.00429183;REFB=-0.0165464;REVB=0.00405795;RO=148;SAF=61;SAR=69;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160275;STB=0.508841;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0186389;OID=.;OPOS=1629906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:148:148:130:130:0.467626:69:61:67:81:69:61:67:81 chr20 1959939 . G A 1525.16 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165407;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.695;QD=58.66;RBI=0.0217362;REFB=-0.045845;REVB=-0.0141021;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.505617;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-8.74196e-05;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:0:1:103:103:0.990385:44:59:0:0:44:59:0:1 chr20 2082767 . G A 44.98 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0295375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9221;QD=7.82178;RBI=0.0479246;REFB=0.0236567;REVB=0.0377399;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.584187;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0167388;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:11:5:3:4:11:5 chr20 2097688 . T C 522.31 PASS AF=0.583333;AO=46;DP=81;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=44;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=4;FWDB=0.00616475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.429;QD=24.872;RBI=0.0432333;REFB=-0.0162608;REVB=0.0427915;RO=35;SAF=42;SAR=4;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635152;STB=0.513613;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0131144;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:35:35:46:49:0.583333:4:42:31:4:5:44:31:4 chr20 2127684 . C T 939.18 PASS AF=0.548193;AO=91;DP=165;FAO=91;FDP=166;FR=.;FRO=75;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0207435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4431;QD=22.6308;RBI=0.0207587;REFB=-0.00922555;REVB=0.000794401;RO=72;SAF=50;SAR=41;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290003;STB=0.507342;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0103577;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:72:75:91:91:0.548193:41:50:37:35:41:50:40:35 chr20 2127930 . C T 274.0 PASS AF=0.395062;AO=29;DP=79;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=0.126631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8609;QD=13.5308;RBI=0.153845;REFB=-0.0261914;REVB=0.0873662;RO=50;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373854;STB=0.717294;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.045757;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:50:49:29:32:0.395062:14:15:9:41:15:17:8:41 chr20 2290333 . C A 797.01 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.783;QD=63.7605;RBI=0.0382457;REFB=0;REVB=0.0197334;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329735;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:23:23:0:0:23:27:0:0 chr20 2321105 . G C 834.46 PASS AF=0.518519;AO=84;DP=162;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0086407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.05;QD=20.604;RBI=0.0213895;REFB=-0.00492749;REVB=-0.0195665;RO=78;SAF=42;SAR=42;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112653;STB=0.561714;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00505704;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:78:78:84:84:0.518519:42:42:49:29:42:42:49:29 chr20 2375262 . A G 434.96 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0142128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.113;QD=15.2617;RBI=0.0244083;REFB=-0.00309708;REVB=-0.0198434;RO=65;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167875;STB=0.594001;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00319655;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:22:27:25:40:22:27:25:40 chr20 2380323 . G A 481.29 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0590479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9353;QD=20.2649;RBI=0.0606343;REFB=-0.0872583;REVB=-0.0137787;RO=41;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13511;STB=0.538027;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0588637;OID=.;OPOS=2380323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:95:41:48:47:47:0.494737:27:20:24:17:27:20:24:24 chr20 2398017 . G A 1000.11 PASS AF=0.556818;AO=91;DP=170;FAO=98;FDP=176;FR=.;FRO=78;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=0.0118083;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.776;QD=22.7298;RBI=0.0177785;REFB=-0.0348318;REVB=0.0132905;RO=68;SAF=46;SAR=45;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111559;STB=0.56526;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0215072;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:176:68:78:91:98:0.556818:45:46:44:24:47:51:52:26 chr20 2539386 . AG AA,A 810.59 PASS AF=0,1;AO=33,23;DP=57;FAO=0,58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.449446,-0.0604738;FXX=0.0169463;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=4.2076,24.7219;QD=55.9025;RBI=0.500762,0.0620785;REFB=0,0;REVB=-0.220818,-0.0140234;RO=0;SAF=25,1;SAR=8,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.47154e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.00138777;OID=.,.;OPOS=2539387,2539387;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:33,23:57:0,58:58:0:0,26:0,32:0:0:5:0:25,1:8,22:0:0 chr20 2559795 . T C 127.56 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00234607;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.092;QD=11.0922;RBI=0.0546485;REFB=0.00733304;REVB=0.0545981;RO=30;SAF=12;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237509;STB=0.636162;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0282268;OID=.;OPOS=2559795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:31:15:15:0.326087:3:12:19:11:3:12:20:11 chr20 2591232 . C T 1089.06 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132224;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.512;QD=59.6745;RBI=0.0260885;REFB=0;REVB=0.0224895;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01461e-05;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr20 2593863 . T C 2178.36 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.391;QD=63.1409;RBI=0.0116834;REFB=0;REVB=0.00963271;RO=0;SAF=92;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79895e-05;OID=.;OPOS=2593863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:45:92:0:0:46:92:0:0 chr20 2618140 . T C 1098.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.54;QD=60.1933;RBI=0.0154235;REFB=0;REVB=0.0144884;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20181e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:38:35:0:0 chr20 2633936 . T C 1189.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.75;QD=61.023;RBI=0.0707144;REFB=0;REVB=-0.0647641;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9888e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr20 2635212 . A G 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.079;QD=61.6915;RBI=0.026269;REFB=0;REVB=0.023378;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0774e-05;OID=.;OPOS=2635212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr20 2637070 . CT C,CC 508.08 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=4,31;DP=35;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334761,0.0317187;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=302.452,318.613;QD=58.0666;RBI=0.0348616,0.0334783;REFB=0,0;REVB=0.00973037,0.0107108;RO=0;SAF=1,13;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0106396,-0.000880023;OID=.,.;OPOS=2637071,2637071;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0857143,0.914286:4,31:35:3,32:35:0:1,13:2,19:0:0:11:0:1,13:3,18:0:0 chr20 2638579 . T C 2339.6 PASS AF=1;AO=150;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292109;FXX=0.0254761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.135;QD=61.1661;RBI=0.0292881;REFB=0;REVB=0.00212438;RO=0;SAF=82;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8257e-05;OID=.;OPOS=2638579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:153:0:0:150:153:1:68:82:0:0:68:85:0:0 chr20 2638882 . T C 363.26 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611133;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.168;QD=55.8863;RBI=0.00869613;REFB=0;REVB=0.00618663;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801724;OID=.;OPOS=2638882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr20 2739583 . T C 667.39 PASS AF=0.910714;AO=50;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0243477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8285;QD=47.6704;RBI=0.0244636;REFB=-0.0741091;REVB=0.00237861;RO=4;SAF=21;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.535318;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00708921;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:56:56:4:5:50:51:0.910714:29:21:2:2:30:21:4:1 chr20 2740262 . G A 161.27 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.00611488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.291;QD=8.95963;RBI=0.00784382;REFB=-0.0134451;REVB=-0.00491262;RO=45;SAF=14;SAR=8;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125649;STB=0.59762;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0243661;OID=.;OPOS=2740262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:50:22:22:0.305556:8:14:33:12:8:14:38:12 chr20 2796007 . G A 158.74 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0230793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.591;QD=17.1608;RBI=0.027743;REFB=-0.0122169;REVB=-0.0153954;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23473;STB=0.634456;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0130587;OID=.;OPOS=2796007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:11:6:11:7:11:6:12:8 chr20 2797015 . G A 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.679;QD=59.428;RBI=0.0623311;REFB=0;REVB=0.0485624;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287843;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr20 2996497 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.927;QD=56.935;RBI=0.0421576;REFB=0;REVB=0.0226719;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29075e-05;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr20 3052398 . G T 51.53 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0722027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.282;QD=18.7388;RBI=0.0751339;REFB=-0.0202072;REVB=0.0207814;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0135934;OID=.;OPOS=3052398;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chr20 3180701 . G A 701.22 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00585192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.471;QD=23.1808;RBI=0.0409877;REFB=-0.0429895;REVB=0.0405678;RO=53;SAF=35;SAR=33;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260711;STB=0.51424;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0299903;OID=.;OPOS=3180701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:53:53:68:68:0.561983:33:35:29:24:33:35:29:24 chr20 3193842 . C A 484.78 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0211292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.571;QD=26.5635;RBI=0.0279132;REFB=-0.00486371;REVB=-0.0182401;RO=28;SAF=33;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239046;STB=0.631086;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00341371;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:12:33:12:16:12:33:12:16 chr20 3193978 . G A 765.06 PASS AF=0.702128;AO=61;DP=89;FAO=66;FDP=94;FR=.;FRO=28;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0474815;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.1646;QD=32.5559;RBI=0.111696;REFB=-0.0150809;REVB=0.101101;RO=28;SAF=37;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147029;STB=0.580291;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0097169;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:28:28:61:66:0.702128:24:37:10:18:25:41:10:18 chr20 3204084 . G A 572.51 PASS AF=0.442029;AO=59;DP=136;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0242346;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1168;QD=16.5945;RBI=0.0584858;REFB=-0.0362811;REVB=0.0532285;RO=76;SAF=38;SAR=21;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015271;STB=0.506072;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0548413;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:76:77:59:61:0.442029:21:38:50:26:22:39:50:27 chr20 3214581 . C T 80.78 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0241098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.778;QD=8.5033;RBI=0.029716;REFB=-0.00425275;REVB=-0.0173712;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261869;STB=0.660091;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00837003;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:11:16:4:7:11:16 chr20 3214819 . T G 227.45 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0147566;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.453;QD=13.1856;RBI=0.0160713;REFB=-0.0203217;REVB=-0.0063664;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107697;STB=0.56151;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0242268;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:42:42:27:27:0.391304:13:14:26:16:13:14:26:16 chr20 3218634 . G C 782.62 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0590844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2533;QD=54.9205;RBI=0.07463;REFB=-0.0729575;REVB=-0.0455924;RO=1;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011094;STB=0.50588;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000402765;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:42:13:0:1:42:14:0:1 chr20 3231134 . C T 410.41 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00714527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.652;QD=18.2406;RBI=0.0231255;REFB=0.0021238;REVB=-0.0219939;RO=47;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527315;STB=0.534867;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0031035;OID=.;OPOS=3231134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:48:42:42:0.466667:20:22:22:25:20:22:22:26 chr20 3232031 . C T 144.11 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0172609;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.03;QD=14.411;RBI=0.0178465;REFB=0.0165935;REVB=-0.00453419;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243225;STB=0.642666;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0190749;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:16:16:0.4:12:4:11:13:12:4:11:13 chr20 3285126 . A T 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00286748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.821;QD=23.0011;RBI=0.00944813;REFB=-0.0252144;REVB=-0.00900248;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405312;STB=0.522433;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0190733;OID=.;OPOS=3285126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:11:11:13:16:11:11 chr20 3285140 . T C 784.63 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5229;QD=64.0511;RBI=0.0593669;REFB=0;REVB=0.0554253;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774224;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:21:24:0:0:24:25:0:0 chr20 3541462 . A T 777.33 PASS AF=0.48503;AO=81;DP=164;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0102146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.971;QD=18.6187;RBI=0.0105903;REFB=-0.024656;REVB=-0.00279555;RO=83;SAF=48;SAR=33;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474585;STB=0.524345;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0206931;OID=.;OPOS=3541462;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:167:83:86:81:81:0.48503:33:48:45:38:33:48:47:39 chr20 3564672 . C T 1013.25 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=77;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0200863;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.669;QD=53.3292;RBI=0.0242655;REFB=-0.14623;REVB=0.0136145;RO=4;SAF=30;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589775;STB=0.538451;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00194878;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:77:76:4:5:71:71:0.934211:41:30:4:0:41:30:5:0 chr20 3577008 . CTTTTTTC CTTTTT,CTTTTTC,TCTTTTTC 84.06 PASS AF=0.291667,0,0;AO=10,5,5;DP=48;FAO=14,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.149944,0.161005,0.0268054;FXX=0.020404;HRUN=6,6,1;LEN=2,1,2;MLLD=19.7188,11.2046,20.8318;QD=7.00514;RBI=0.160447,0.229008,0.251294;REFB=-0.0424612,-0.0667812,-0.0251098;REVB=-0.0570981,-0.162856,-0.24986;RO=20;SAF=6,2,0;SAR=4,3,5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0.5,0.5,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0581876,-0.284472,-0.732003;STB=0.571327,0.5,0.5;STBP=0.579,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.113689,0,0;OID=.,.,.;OPOS=3577014,3577009,3577008;OREF=TC,T,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTC,TCTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:48:48:20:34:10,5,5:14,0,0:0.291667,0,0:4,3,5:6,2,0:13:7:6,0,0:8,0,0:16:18 chr20 3628918 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.073;QD=58.9627;RBI=0.0160542;REFB=0;REVB=0.0142157;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17522e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr20 3640823 . C T 439.35 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00195078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.06;QD=51.6883;RBI=0.0617356;REFB=-0.114226;REVB=0.0617048;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000355658;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:34:0:1:31:32:0.941176:11:20:0:0:13:19:1:0 chr20 3672836 . G A 191.4 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0438676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1616;QD=15.6246;RBI=0.0479891;REFB=-0.039771;REVB=0.0194574;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02229;STB=0.512808;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0691359;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:11:18:12:8:11:18 chr20 3675333 . G A 1047.02 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028238;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5832;QD=59.8296;RBI=0.0775204;REFB=0;REVB=0.0721944;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590657;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:19:51:0:0:19:51:0:0 chr20 3675498 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.588;QD=49.5992;RBI=0.0314407;REFB=0;REVB=0.0188297;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70499e-05;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr20 3677357 . T C 881.14 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355955;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7759;QD=57.7795;RBI=0.0590638;REFB=0;REVB=-0.0471327;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017981;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:28:33:0:0 chr20 3677736 . T G 331.45 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00440082;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.037;QD=20.7153;RBI=0.0247078;REFB=-0.0412523;REVB=0.0243127;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141176;STB=0.5057;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0265585;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:30:34:34:0.53125:20:14:12:16:20:14:12:18 chr20 3682011 . G A 1533.83 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0086948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.112;QD=61.9727;RBI=0.0511938;REFB=-0.0948558;REVB=0.05045;RO=1;SAF=65;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724032;STB=0.503759;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000467592;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:99:1:1:95:98:0.989899:30:65:1:0:32:66:1:0 chr20 3682275 . A G 338.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.384;QD=54.1957;RBI=0.0290574;REFB=0;REVB=0.0259963;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113501;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr20 3684022 . A G 158.74 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0045697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.594;QD=17.1611;RBI=0.0256781;REFB=-0.00980255;REVB=-0.0252682;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417334;STB=0.534843;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00912004;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:10:7:7:12:10:7:7:13 chr20 3684729 . T C 83.68 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0206272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0813;QD=10.7969;RBI=0.0246609;REFB=-0.00540042;REVB=-0.0135159;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456177;STB=0.776061;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0581216;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:31:19:20:11:11:0.354839:10:1:7:12:10:1:7:13 chr20 3686436 . C T 2231.5 PASS AF=0.993289;AO=146;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0018545;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.375;QD=59.9061;RBI=0.0172344;REFB=-0.0795296;REVB=0.0171344;RO=1;SAF=83;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056957;STB=0.502924;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000269324;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:146:148:0.993289:63:83:1:0:63:85:1:0 chr20 3726565 . C T 350.39 PASS AF=0.422222;AO=36;DP=88;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00891275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.269;QD=15.573;RBI=0.0162591;REFB=-0.0226673;REVB=0.0135986;RO=51;SAF=21;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262494;STB=0.506132;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0308173;OID=.;OPOS=3726565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:51:52:36:38:0.422222:15:21:31:20:15:23:32:20 chr20 3732225 . G A 181.42 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0186818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5731;QD=16.493;RBI=0.0915303;REFB=-0.0211335;REVB=0.0896035;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309372;STB=0.505149;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0349799;OID=.;OPOS=3732225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:11:7:9:16:12:7:9:16 chr20 3734756 . G A 106.56 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0102398;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.865;QD=9.91247;RBI=0.0889001;REFB=-0.00588584;REVB=0.0883084;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243458;STB=0.52684;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0171363;OID=.;OPOS=3734756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:43:29:30:13:13:0.302326:7:6:14:15:7:6:15:15 chr20 3838441 . C G 394.05 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0018786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4712;QD=18.7644;RBI=0.0103519;REFB=-0.0517552;REVB=0.01018;RO=41;SAF=14;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153536;STB=0.605338;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0427013;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:41:44:40:40:0.47619:26:14:21:20:26:14:24:20 chr20 3842984 . C T 68.6 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4472;QD=7.03562;RBI=0.0278634;REFB=-0.00792357;REVB=-0.0273508;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263961;STB=0.666325;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0884404;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:15:14:7:3:15:14 chr20 4053254 . A G 668.68 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00572565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.633;QD=17.5968;RBI=0.0160504;REFB=-0.0302696;REVB=-0.0149944;RO=81;SAF=32;SAR=39;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041656;STB=0.523093;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0320138;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:81:71:71:0.467105:39:32:40:41:39:32:40:41 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACACACAC 218.89 PASS AF=0.684211,0.263158;AO=13,3;DP=22;FAO=13,5;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8,1;FSAR=5,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00204688,-0.0114932;FXX=0.173837;HRUN=1,1;LEN=16,2;MLLD=640.491,39.633;QD=46.0829;RBI=0.021641,0.015089;REFB=-0.00642316,-0.23249;REVB=0.021544,-0.0097768;RO=1;SAF=8,1;SAR=5,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0821523,0.163246;STB=0.545384,0.555346;STBP=0.296,0.649;TYPE=del,del;VARB=0.00255887,0.0552392;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,AC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.684211,0.263158:13,3:22:13,5:19:1:8,1:5,4:0:1:32:1:8,1:5,2:0:1 chr20 4164283 . A G 460.4 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0313381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.539;QD=21.1678;RBI=0.0313663;REFB=-0.0125879;REVB=-0.00132937;RO=42;SAF=18;SAR=27;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681842;STB=0.537719;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0112634;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:27:18:20:22:27:18:20:22 chr20 4229218 . G A 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00689441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.923;QD=16.6326;RBI=0.0123178;REFB=-0.0169572;REVB=0.0102077;RO=46;SAF=27;SAR=10;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671342;STB=0.537827;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0326222;OID=.;OPOS=4229218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:10:27:31:15:10:27:31:15 chr20 4705718 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.571;QD=57.1998;RBI=0.0428229;REFB=0;REVB=0.0278787;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539538;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr20 4705756 . T C 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.122;QD=57.67;RBI=0.0850509;REFB=0;REVB=0.00110914;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745765;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr20 4705865 . T C 1639.88 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.36;QD=60.179;RBI=0.0351256;REFB=0;REVB=0.0137265;RO=0;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47469e-05;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:103:109:1:37:66:0:0:39:70:0:0 chr20 4706310 . T C 1443.86 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0422382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1401;QD=60.794;RBI=0.0875556;REFB=-0.172548;REVB=0.0766937;RO=1;SAF=50;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093882;STB=0.500796;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00322178;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:43:50:1:0:43:50:1:1 chr20 4706506 . C T 42.9 PASS AF=0.18;AO=3;DP=43;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00376542;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.751;QD=3.43214;RBI=0.00844786;REFB=-0.00484539;REVB=0.00756227;RO=40;SAF=3;SAR=0;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484279;STB=0.59134;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0113533;OID=.;OPOS=4706506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:43:50:40:41:3:9:0.18:0:3:22:18:3:6:23:18 chr20 4706510 . T C 40.61 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00759486;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=135.521;QD=3.31537;RBI=0.0327293;REFB=0.00725755;REVB=-0.0318359;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423848;STB=0.804401;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00941695;OID=.;OPOS=4706510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:42:49:35:42:7:7:0.142857:1:6:19:16:1:6:23:19 chr20 4707066 . G C 342.5 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00508707;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.772;QD=21.0769;RBI=0.0121522;REFB=-0.00799698;REVB=-0.0110362;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104033;STB=0.53966;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00591914;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:28:30:35:35:0.538462:17:18:18:10:17:18:18:12 chr20 4707112 . G T 1097.77 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.418;QD=60.1517;RBI=0.0141274;REFB=0;REVB=-0.000674496;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72031e-05;OID=.;OPOS=4707112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr20 4707388 . G T 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0134451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.389;QD=6.2252;RBI=0.0251362;REFB=-0.0142437;REVB=-0.0212382;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089409;STB=0.556078;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0429203;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:7:6:23:20:7:6:23:20 chr20 4708130 . T C 85.69 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0604397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0985;QD=11.8188;RBI=0.0642172;REFB=0.0143587;REVB=0.0217;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475298;STB=0.52825;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0197346;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:9:9:6:5:9:9 chr20 4708778 . T C 130.25 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.042;QD=43.4159;RBI=0.0112692;REFB=0;REVB=-0.0112692;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8892e-05;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:11:0:0:0:12:0:0:0 chr20 4708979 . T C 180.78 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0182146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.867;QD=12.9128;RBI=0.034444;REFB=0.00615518;REVB=0.0292338;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645749;STB=0.535682;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00889015;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:11:11:18:14:11:11:19:15 chr20 4762869 . G A 496.85 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0128051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.89;QD=16.5616;RBI=0.0204357;REFB=0.000548846;REVB=0.0159264;RO=66;SAF=33;SAR=21;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141317;STB=0.578918;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000569951;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:21:33:31:35:21:33:31:35 chr20 4764682 . T C 170.87 PASS AF=0.343284;AO=18;DP=61;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.052644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.419;QD=10.201;RBI=0.0526731;REFB=-0.0084969;REVB=-0.00175296;RO=42;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473977;STB=0.558811;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0187715;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:42:44:18:23:0.343284:10:8:17:25:11:12:19:25 chr20 4834338 . C T 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0834662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.628;QD=15.2614;RBI=0.0851156;REFB=-0.00109839;REVB=0.016675;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.000115169;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:8:8:6:7:8:8 chr20 4880308 . G A 482.04 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.013236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.367;QD=20.5122;RBI=0.0368526;REFB=-0.0244631;REVB=0.0343936;RO=47;SAF=20;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058308;STB=0.532311;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0280397;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:27:20:23:24:27:20:23:24 chr20 4883167 . A G 326.12 PASS AF=0.460526;AO=36;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0255812;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.722;QD=17.164;RBI=0.0256324;REFB=0.00472768;REVB=0.0016204;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529046;STB=0.519073;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00513466;OID=.;OPOS=4883167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:41:36:35:0.460526:16:20:22:18:15:20:22:19 chr20 5283256 . C G 990.35 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2175;QD=59.1256;RBI=0.0519281;REFB=0;REVB=-0.0518131;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000406378;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr20 5283376 . G A 263.36 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.014805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.038;QD=26.3355;RBI=0.0148057;REFB=-0.0361313;REVB=-0.000141571;RO=16;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128491;STB=0.571367;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0102808;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:16:8:8:8:16:8:8:8 chr20 5296488 . G C 466.34 PASS AF=0.363057;AO=57;DP=158;FAO=57;FDP=157;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=0.00791383;FXX=0.0125778;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2549;QD=11.8813;RBI=0.0288729;REFB=0.0108744;REVB=0.0277672;RO=100;SAF=24;SAR=33;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08291;STB=0.547088;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.020827;OID=.;OPOS=5296488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:100:100:57:57:0.363057:33:24:35:65:33:24:35:65 chr20 5296549 . C T 406.81 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=69;FWDB=-0.0278075;FXX=0.0238076;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.836;QD=13.2295;RBI=0.0307373;REFB=-0.0204668;REVB=-0.0130969;RO=72;SAF=6;SAR=42;SRF=6;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111853;STB=0.569205;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0627781;OID=.;OPOS=5296549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:72:75:48:48:0.390244:42:6:6:66:42:6:6:69 chr20 5296651 . T G 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00655774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.158;QD=21.5082;RBI=0.026494;REFB=-0.00794999;REVB=0.0256696;RO=15;SAF=1;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430597;STB=0.751832;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0121821;OID=.;OPOS=5296651;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:17:1:4:11:17:1:4:11 chr20 5296798 . T C 1509.38 PASS AF=0.454545;AO=160;DP=351;FAO=160;FDP=352;FR=.;FRO=192;FSAF=103;FSAR=57;FSRF=100;FSRR=92;FWDB=-0.0404681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9846;QD=17.1521;RBI=0.0405964;REFB=0.00131238;REVB=-0.00322431;RO=191;SAF=103;SAR=57;SRF=99;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128891;STB=0.57013;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00197536;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:352:191:192:160:160:0.454545:57:103:99:92:57:103:100:92 chr20 5454400 . A T 40.35 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0254529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.246;QD=3.29371;RBI=0.0306196;REFB=-0.00294458;REVB=0.0170209;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262441;STB=0.688072;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0227779;OID=.;OPOS=5454400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:40:42:7:7:0.142857:5:2:20:20:5:2:21:21 chr20 5527176 . T A 77.12 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0131963;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.16;QD=11.8649;RBI=0.0145374;REFB=-0.0174997;REVB=-0.00609867;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530883;STB=0.80238;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0117974;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:15:1:6:4:15:1 chr20 5527291 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0109489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.135;QD=12.0244;RBI=0.0236415;REFB=-0.000361004;REVB=0.0209534;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527134;STB=0.531198;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.000582432;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:11:9:6:6:11:9 chr20 5753579 . C T 216.16 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00706572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.103;QD=22.1705;RBI=0.0472515;REFB=-0.0387693;REVB=-0.0467203;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420569;STB=0.523538;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0270627;OID=.;OPOS=5753579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:12:6:8:13:12:6 chr20 5903067 . T A 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0272647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7525;QD=20.0178;RBI=0.0413343;REFB=-0.0175997;REVB=-0.031067;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133395;STB=0.575083;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0189908;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:12:5:8:10:12:5 chr20 5903223 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00666125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.581;QD=15.9167;RBI=0.0174922;REFB=-0.0176113;REVB=-0.0161742;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0192121;OID=.;OPOS=5903223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr20 5903485 . G A 237.73 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=46;FWDB=0.00194903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0555;QD=11.7397;RBI=0.0395451;REFB=-0.0241566;REVB=0.039497;RO=51;SAF=9;SAR=20;SRF=6;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286913;STB=0.664339;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0568569;OID=.;OPOS=5903485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:52:29:29:0.358025:20:9:6:45:20:9:6:46 chr20 5903517 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.615;QD=57.543;RBI=0.0467353;REFB=0;REVB=0.031756;RO=0;SAF=9;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139722;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:49:9:0:0:49:9:0:0 chr20 5903848 . C G 161.61 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0012926;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6007;QD=17.9566;RBI=0.0281268;REFB=-0.0192957;REVB=0.028097;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196355;STB=0.611524;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0207924;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:13:6:9:8:13:6 chr20 5903894 . A G 118.6 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0533725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4679;QD=13.9529;RBI=0.0712554;REFB=-0.0298038;REVB=-0.0472092;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176831;STB=0.604234;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0610118;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:7:13:11:3:7:13 chr20 5904040 . G A 162.42 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0296172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5586;QD=19.6868;RBI=0.0423138;REFB=-0.0136434;REVB=-0.0302205;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207948;STB=0.618896;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0133318;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:13:4:7:9:13:4:7:9 chr20 5904289 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0281838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0734;QD=20.8931;RBI=0.0508271;REFB=0.0135368;REVB=0.0422974;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249643;STB=0.644839;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00749808;OID=.;OPOS=5904289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:3:3:2:8:3:3 chr20 5923223 . C T 371.88 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0294988;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6896;QD=14.3029;RBI=0.0584821;REFB=0.0178592;REVB=-0.0504973;RO=61;SAF=14;SAR=29;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181876;STB=0.602975;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0329932;OID=.;OPOS=5923223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:29:14:30:31:29:14:30:31 chr20 5988095 . A G 2101.52 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0328284;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.854;QD=61.3584;RBI=0.0343254;REFB=-0.0604957;REVB=-0.0100264;RO=2;SAF=70;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133866;STB=0.507041;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=7.71564e-05;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:137:2:2:135:135:0.985401:65:70:2:0:65:70:2:0 chr20 6064710 . A G 645.88 PASS AF=0.404494;AO=72;DP=177;FAO=72;FDP=178;FR=.;FRO=106;FSAF=57;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.00274814;FXX=0.0219768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.905;QD=14.5142;RBI=0.014498;REFB=-0.00247576;REVB=-0.0142351;RO=105;SAF=57;SAR=15;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340382;STB=0.69633;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00363657;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:105:106:72:72:0.404494:15:57:54:51:15:57:54:52 chr20 6065729 . CTT TTC 220.45 PASS AF=0.385714;AO=24;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0220359;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=3;MLLD=66.4922;QD=12.597;RBI=0.026498;REFB=-0.0184304;REVB=0.014716;RO=31;SAF=19;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189935;STB=0.537487;STBP=0.678;TYPE=mnp;VARB=0.027424;OID=.;OPOS=6065729;OREF=CTT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:31:43:24:27:0.385714:5:19:20:11:8:19:28:15 chr20 6751034 . A G 397.77 PASS AF=0.441176;AO=42;DP=99;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0262372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.239;QD=15.5987;RBI=0.0270504;REFB=-0.0205097;REVB=-0.00658306;RO=54;SAF=27;SAR=15;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166236;STB=0.588593;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0204322;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:54:57:42:45:0.441176:15:27:26:28:16:29:28:29 chr20 6759115 . A T 301.07 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0342043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4075;QD=14.1678;RBI=0.0352265;REFB=0.00658389;REVB=0.00842475;RO=51;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214767;STB=0.621608;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0102822;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:15:19:18:33:15:19:18:33 chr20 7614374 . G A 459.21 PASS AF=0.480769;AO=47;DP=101;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=-0.0386211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0724;QD=17.6621;RBI=0.0427064;REFB=-0.0299936;REVB=0.0182276;RO=53;SAF=28;SAR=19;SRF=41;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183956;STB=0.617934;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0254725;OID=.;OPOS=7614374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:53:54:47:50:0.480769:19:28:41:12:22:28:42:12 chr20 7962707 . C A 1262.91 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.531;QD=58.7402;RBI=0.0299067;REFB=-0.100917;REVB=0.0280421;RO=1;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145697;STB=0.515148;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000323578;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:1:2:83:84:0.976744:32:51:0:1:32:52:0:2 chr20 7963041 . C T 533.69 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=67;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00277308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4684;QD=29.6497;RBI=0.00463688;REFB=-0.0195061;REVB=-0.00371628;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.617328;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0881676;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:0:24:14:48:0.666667:0:14:0:0:19:29:6:18 chr20 7999642 . G A 2313.65 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9915;QD=62.9564;RBI=0.0249614;REFB=-0.100019;REVB=0.0056458;RO=1;SAF=84;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327715;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:146:147:1:0:145:147:1:61:84:0:1:63:84:0:0 chr20 8548321 . G A 206.79 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0682961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1638;QD=16.2187;RBI=0.0712868;REFB=-0.0788406;REVB=0.0204319;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153784;STB=0.586846;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0961249;OID=.;OPOS=8548321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:9:19:12:11:9:19 chr20 8637863 . A G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0109863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.023;QD=14.2307;RBI=0.0167998;REFB=-0.0107432;REVB=0.0127096;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056658;STB=0.532233;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0164516;OID=.;OPOS=8637863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:16:20:13:13:16:20 chr20 8696907 . T G 1579.19 PASS AF=0.545455;AO=148;DP=273;FAO=150;FDP=275;FR=.;FRO=125;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.00102933;FXX=0.00362306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.972;QD=22.97;RBI=0.00341579;REFB=-0.0255947;REVB=0.00325701;RO=125;SAF=84;SAR=64;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472316;STB=0.525125;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0206731;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:275:125:125:148:150:0.545455:64:84:64:61:65:85:64:61 chr20 8703046 . GTA AGT 39.22 PASS AF=0.0542169;AO=9;DP=171;FAO=9;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=149;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=89;FSRR=60;FWDB=0.010919;FXX=0.0292381;HRUN=1;LEN=3;MLLD=123.809;QD=0.945171;RBI=0.049469;REFB=-0.0112251;REVB=-0.048249;RO=108;SAF=1;SAR=8;SRF=75;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581169;STB=0.912894;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.101885;OID=.;OPOS=8703046;OREF=GTA;OALT=AGT;OMAPALT=AGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:171:166:108:149:9:9:0.0542169:8:1:75:33:8:1:89:60 chr20 8755243 . T C 1594.96 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687009;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.143;QD=60.1872;RBI=0.0705542;REFB=0;REVB=0.0702189;RO=0;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010395;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:106:0:0:101:106:1:37:64:0:0:42:64:0:0 chr20 8769180 . C T 595.16 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0483171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1726;QD=52.9032;RBI=0.066569;REFB=-0.10125;REVB=-0.0457918;RO=4;SAF=16;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103831;STB=0.555528;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0100794;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:4:4:41:41:0.911111:25:16:4:0:25:16:4:0 chr20 8770822 . C T 471.0 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0272853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.709;QD=17.2845;RBI=0.0324535;REFB=-0.0245823;REVB=0.017571;RO=58;SAF=33;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113197;STB=0.563115;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0205499;OID=.;OPOS=8770822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:18:33:31:27:18:33:31:27 chr20 8865006 . C T 3482.55 PASS AF=0.99115;AO=224;DP=226;FAO=224;FDP=226;FR=.;FRO=2;FSAF=142;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00271266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.823;QD=61.638;RBI=0.0108223;REFB=-0.0451144;REVB=-0.0104768;RO=0;SAF=142;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506024;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=6.74509e-05;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:226:226:0:2:224:224:0.99115:82:142:0:0:82:142:0:2 chr20 9288522 . G A 244.5 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00531814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.834;QD=10.8664;RBI=0.0144223;REFB=-0.00611437;REVB=0.013406;RO=56;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193745;STB=0.599054;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0122283;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:60:30:30:0.333333:13:17:22:34:13:17:25:35 chr20 9519735 . CTTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTCTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGT 266.21 PASS AF=0.163636,0.763636,0,0.0727273;AO=3,8,12,3;DP=58;FAO=9,42,0,4;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36,0,4;FSAR=9,6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580114,0.458131,0.684125,0.781844;FXX=0.126964;HRUN=16,16,16,16;LEN=1,3,2,2;MLLD=230.185,6.35051,4.82223,16.1277;QD=19.3609;RBI=0.0943446,0.48981,0.71698,0.861959;REFB=-0.0140644,-0.00669991,-0.00686823,-0.04382;REVB=-0.0744014,-0.173291,-0.214555,-0.362897;RO=4;SAF=0,4,12,3;SAR=3,4,0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.782218,-0.292303,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.052611,0.0245091,0,-0.246515;OID=.,.,.,.;OPOS=9519739,9519736,9519736,9519751;OREF=T,TTT,TT,TG;OALT=C,-,-,GT;OMAPALT=CTTTCTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.163636,0.763636,0,0.0727273:3,8,12,3:58:9,42,0,4:55:0:0,36,0,4:9,6,0,0:0:0:40:4:0,4,12,3:3,4,0,0:4:0 chr20 9543622 . C T 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0343339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2645;QD=20.9868;RBI=0.0429068;REFB=0.00597582;REVB=-0.0257329;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437748;STB=0.524215;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00538575;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:17:18:17:13:17:18:17:13 chr20 9546554 . G A 613.1 PASS AF=0.539823;AO=60;DP=112;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0214769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2189;QD=21.7028;RBI=0.0225661;REFB=-0.00422074;REVB=0.00692604;RO=52;SAF=27;SAR=33;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261941;STB=0.51771;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00297227;OID=.;OPOS=9546554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:52:52:60:61:0.539823:33:27:25:27:34:27:25:27 chr20 9561008 . T A 98.83 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.000143946;FXX=0.105235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.595;QD=11.6267;RBI=0.00798419;REFB=-0.00269149;REVB=-0.00798289;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.545382;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00868623;OID=.;OPOS=9561008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:37:34:19:22:11:12:0.352941:4:7:14:5:4:8:16:6 chr20 10019093 . A G 250.11 PASS AF=0.320513;AO=23;DP=81;FAO=25;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0216825;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1042;QD=12.8262;RBI=0.0236504;REFB=-0.0374685;REVB=0.00944504;RO=47;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160342;STB=0.591858;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0713366;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:47:47:23:25:0.320513:11:12:31:16:12:13:31:16 chr20 10633237 . G A 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0095385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.573;QD=22.072;RBI=0.0172244;REFB=-0.0154966;REVB=0.0143422;RO=24;SAF=7;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258201;STB=0.643966;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0121683;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:24:7:12:12:24:7:12:12 chr20 10653469 . C T 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=-0.00313498;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.938;QD=18.3591;RBI=0.0166304;REFB=-0.0106727;REVB=0.0163322;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288948;STB=0.659731;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.013281;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:24:22:42:12:24:22:42:12 chr20 11790885 . C CTT 252.78 PASS AF=0.627451;AO=30;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0126722;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=33.3564;QD=19.8257;RBI=0.104268;REFB=0.0479818;REVB=0.103496;RO=19;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042076;STB=0.521459;STBP=0.73;TYPE=ins;VARB=-0.028955;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627451:30:50:32:51:19:15:17:10:9:99:19:14:16:10:9 chr20 11791008 . C T 1245.97 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8029;QD=60.0466;RBI=0.0725442;REFB=0;REVB=0.019478;RO=1;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432644;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:83:1:0:79:83:1:46:33:0:1:48:35:0:0 chr20 11799583 . G C 532.07 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00865389;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.277;QD=25.0384;RBI=0.011563;REFB=-0.008051;REVB=0.00766898;RO=36;SAF=18;SAR=31;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149525;STB=0.581982;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00516543;OID=.;OPOS=11799583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:36:36:49:49:0.576471:31:18:20:16:31:18:20:16 chr20 11907058 . C T 405.49 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00165518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.822;QD=19.7798;RBI=0.00659471;REFB=0.0014423;REVB=-0.00638361;RO=41;SAF=16;SAR=25;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112071;STB=0.562279;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00191699;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:25:16:21:20:25:16:21:20 chr20 13029764 . A C 1206.22 PASS AF=0.893617;AO=84;DP=94;FAO=84;FDP=94;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0144892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.276;QD=51.3284;RBI=0.0145539;REFB=-0.130184;REVB=-0.00137036;RO=2;SAF=9;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434955;STB=0.572164;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00168832;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:94:94:2:10:84:84:0.893617:75:9:1:1:75:9:4:6 chr20 13029862 . C T 795.32 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.050303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.549;QD=53.0211;RBI=0.0644903;REFB=-0.131288;REVB=0.0403559;RO=2;SAF=19;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115972;STB=0.505701;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00918757;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:2:2:56:58:0.966667:37:19:1:1:38:20:1:1 chr20 13029920 . C G 1586.02 PASS AF=0.991228;AO=105;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.04;QD=55.6498;RBI=0.0674371;REFB=-0.0790997;REVB=0.0674221;RO=3;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897719;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:3:0:105:113:0.991228:50:55:0:3:58:55:0:0 chr20 13053018 . T G 1251.75 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.172;QD=60.3252;RBI=0.0156908;REFB=-0.124438;REVB=0.00139721;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000268939;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:0:1:82:82:0.987952:37:45:0:0:37:45:0:1 chr20 13053035 . A G 1113.16 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00444078;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.192;QD=57.8266;RBI=0.00752285;REFB=-0.0313883;REVB=-0.00607229;RO=1;SAF=44;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010633;STB=0.511108;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000321447;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:31:44:1:0:31:44:2:0 chr20 13269248 . C T 729.5 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00110223;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.375;QD=19.9863;RBI=0.00335284;REFB=-0.0245087;REVB=0.00316648;RO=69;SAF=36;SAR=36;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0426016;OID=.;OPOS=13269248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:69:74:72:72:0.493151:36:36:35:34:36:36:37:37 chr20 13747441 . A G 1422.65 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.074;QD=62.5341;RBI=0.0694367;REFB=0;REVB=0.0364971;RO=0;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233591;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:32:57:0:0:33:58:0:0 chr20 13779113 . T C 332.75 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00106315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.547;QD=16.4318;RBI=0.0356048;REFB=0.00669829;REVB=0.0355889;RO=45;SAF=23;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174342;STB=0.603389;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00716289;OID=.;OPOS=13779113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:12:23:22:23:12:24:22:23 chr20 13847420 . A G 888.54 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000622192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.107;QD=56.415;RBI=0.00235789;REFB=-0.0331777;REVB=0.00227432;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.509431;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=4.38054e-06;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:26:36:0:0:26:36:0:1 chr20 14203735 . T C 1483.36 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156148;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0592;QD=59.9338;RBI=0.117031;REFB=0;REVB=0.115985;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137091;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:42:57:0:0:42:57:0:0 chr20 14203776 . G A 315.45 PASS AF=0.315385;AO=41;DP=130;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.0137548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.373;QD=9.70625;RBI=0.0405354;REFB=-0.0101464;REVB=0.0381303;RO=87;SAF=19;SAR=22;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314316;STB=0.509629;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0179769;OID=.;OPOS=14203776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:87:89:41:41:0.315385:22:19:38:49:22:19:40:49 chr20 14306953 . G T 1083.9 PASS AF=0.449799;AO=111;DP=249;FAO=112;FDP=249;FR=.;FRO=137;FSAF=80;FSAR=32;FSRF=81;FSRR=56;FWDB=-0.0231514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6789;QD=17.412;RBI=0.0263504;REFB=-0.000987707;REVB=-0.012584;RO=134;SAF=79;SAR=32;SRF=81;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121178;STB=0.577413;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000657988;OID=.;OPOS=14306953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:134:137:111:112:0.449799:32:79:81:53:32:80:81:56 chr20 15874325 . A G 377.7 PASS AF=0.416667;AO=38;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00018287;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.627;QD=15.7376;RBI=0.0138509;REFB=-0.0117346;REVB=0.0138497;RO=53;SAF=26;SAR=12;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919364;STB=0.561289;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0122989;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:56:38:40:0.416667:12:26:32:21:12:28:34:22 chr20 15967719 . T C 359.15 PASS AF=0.452381;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0116788;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.14;QD=17.1022;RBI=0.0172134;REFB=-0.0138245;REVB=0.0126454;RO=45;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165888;STB=0.582235;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0181379;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:45:46:36:38:0.452381:22:14:25:20:23:15:25:21 chr20 16033620 . T C 822.38 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=163;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.000930218;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.991;QD=20.3057;RBI=0.00149419;REFB=0.00307099;REVB=0.00116931;RO=80;SAF=37;SAR=46;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115195;STB=0.560294;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00249843;OID=.;OPOS=16033620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:80:79:83:83:0.512346:46:37:46:34:46:37:45:34 chr20 16033818 . ATTTG A 216.59 PASS AF=0.5;AO=29;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00781883;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=4;MLLD=194.058;QD=13.5366;RBI=0.00812205;REFB=-0.00691119;REVB=-0.00219856;RO=24;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135287;STB=0.547029;STBP=0.469;TYPE=del;VARB=0.00640707;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:29:63:32:64:32:14:18:17:15:99:24:11:18:13:11 chr20 16253943 . G A 263.63 PASS AF=0.382716;AO=26;DP=75;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0165325;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.694;QD=13.0186;RBI=0.0360967;REFB=0.00179664;REVB=-0.0320881;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102908;STB=0.505217;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0026207;OID=.;OPOS=16253943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:45:50:26:31:0.382716:14:12:25:20:14:17:27:23 chr20 16355002 . C T 255.62 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0159869;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.373;QD=15.4923;RBI=0.0160252;REFB=-0.00389611;REVB=0.00110727;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764671;STB=0.551688;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00434674;OID=.;OPOS=16355002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:37:28:29:0.439394:15:13:20:17:16:13:20:17 chr20 16359567 . A G 236.67 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00540415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.8;QD=15.7783;RBI=0.0183708;REFB=-0.0128293;REVB=0.0175579;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135051;STB=0.576341;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0202388;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:18:15:16:11:18:15 chr20 16359858 . A G 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00569193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.005;QD=23.1606;RBI=0.0310028;REFB=-0.00684815;REVB=0.0304759;RO=21;SAF=20;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274145;STB=0.659208;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00515039;OID=.;OPOS=16359858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:23:26:26:0.530612:6:20:10:11:6:20:11:12 chr20 16474957 . A G 312.6 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0198723;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.117;QD=28.4178;RBI=0.0234913;REFB=-0.0233495;REVB=0.0125274;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227834;STB=0.521952;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0126554;OID=.;OPOS=16474957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:16:17:27:27:0.613636:16:11:6:10:16:11:6:11 chr20 16486698 . G A 565.92 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0136447;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.246;QD=18.1095;RBI=0.0380141;REFB=-0.00820598;REVB=-0.0354809;RO=66;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122219;STB=0.567677;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0103966;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:59:59:0.472:30:29:24:42:30:29:24:42 chr20 16493533 . T C 213.16 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.000808459;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.197;QD=12.3569;RBI=0.0374857;REFB=-0.0224642;REVB=0.037477;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159282;STB=0.594133;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0429318;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:43:26:26:0.376812:13:13:26:14:13:13:28:15 chr20 16553943 . GCGGGGT CGCGGGT,GCGGGT,GCGGGTC 74.86 PASS AF=0,0.419355,0.0322581;AO=2,10,3;DP=31;FAO=0,13,1;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=0,2,1;FSAR=0,11,0;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.000864863,0.0770221,-0.00844047;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=3,1,2;MLLD=20.8218,13.5192,16.6952;QD=9.65962;RBI=0.172302,0.149873,0.094149;REFB=-0.0606951,-0.0986295,-0.0871024;REVB=-0.1723,-0.128567,-0.0937699;RO=15;SAF=0,1,3;SAR=2,9,0;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0.404762,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.427206,-0.0846473,0.774868;STB=0.5,0.523772,0.995569;STBP=1,0.911,0.089;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0974547,0.012178;OID=.,.,.;OPOS=16553943,16553945,16553948;OREF=GCG,G,GT;OALT=CGC,-,TC;OMAPALT=CGCGGGT,GCGGGT,GCGGGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:31:31:15:17:2,10,3:0,13,1:0,0.419355,0.0322581:2,9,0:0,1,3:2:13:0,11,0:0,2,1:3:14 chr20 16712401 . TAAAAAG TAAAAA,TAAAAG 41.13 PASS AF=0,0.283333;AO=6,13;DP=60;FAO=0,17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=0,15;FSAR=0,2;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.156694,0.0120301;FXX=0.0163908;HRUN=2,5;LEN=1,1;MLLD=11.1682,15.0702;QD=2.74191;RBI=0.38618,0.0997303;REFB=0.0414022,-0.0265704;REVB=-0.352962,-0.0990021;RO=34;SAF=0,12;SAR=6,1;SRF=19;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.686564,0.565139;STB=0.5,0.842247;STBP=1,0.005;TYPE=del,del;VARB=0,0.0331306;OID=.,.;OPOS=16712407,16712402;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.283333:6,13:60:0,17:60:43:0,15:0,2:20:23:41:34:0,12:6,1:19:15 chr20 16729138 . T C 2103.21 PASS AF=0.985507;AO=127;DP=128;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0784804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.61;QD=60.9627;RBI=0.0846701;REFB=-0.153673;REVB=0.0317783;RO=0;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500644;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00119449;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:138:0:2:127:136:0.985507:70:57:0:0:74:62:1:1 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=38;DP=62;LEN=5;RO=24;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=6;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:62:24:38:24:20:12:6 chr20 16963522 . G C 800.56 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.279;QD=57.1825;RBI=0.0755534;REFB=0;REVB=-0.0610168;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590612;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr20 16963542 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.76;QD=57.1015;RBI=0.0593967;REFB=0;REVB=0.0527036;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117768;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:30:23:0:0:31:24:0:0 chr20 17189761 . C G 551.71 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0174834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.488;QD=16.5928;RBI=0.0175681;REFB=-0.0141863;REVB=-0.00172303;RO=74;SAF=28;SAR=31;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151232;STB=0.508437;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0265078;OID=.;OPOS=17189761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:74:59:59:0.443609:31:28:34:40:31:28:34:40 chr20 17469659 . G A 157.64 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00268395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.64;QD=11.2602;RBI=0.103604;REFB=8.59307e-05;REVB=-0.103569;RO=35;SAF=15;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158902;STB=0.586864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.000805696;OID=.;OPOS=17469659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:5:15:22:13:5:15:23:13 chr20 17470035 . C G 85.81 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0241362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.578;QD=13.2009;RBI=0.0249164;REFB=-0.0148514;REVB=-0.00618643;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586477;STB=0.8613;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0136922;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:25:26:15:15:10:11:0.423077:9:1:9:6:10:1:9:6 chr20 17474968 . T C 1679.01 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00315746;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.974;QD=59.434;RBI=0.0187062;REFB=-0.129037;REVB=-0.0184378;RO=1;SAF=62;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075964;STB=0.503936;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000180866;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:111:112:0.99115:49:62:1:0:49:63:1:0 chr20 17475217 . C T 517.33 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00933446;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4914;QD=24.9314;RBI=0.0484813;REFB=-0.0134719;REVB=0.0475742;RO=33;SAF=25;SAR=23;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866684;STB=0.533521;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.012005;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:35:48:48:0.578313:23:25:21:12:23:25:21:14 chr20 17477592 . C T 265.24 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0233987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.627;QD=17.9824;RBI=0.036912;REFB=0.0021733;REVB=-0.0285481;RO=30;SAF=23;SAR=6;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960613;STB=0.505373;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00253628;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:6:23:24:6:6:23:24:6 chr20 17556930 . T C 331.22 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.014033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9764;QD=13.801;RBI=0.0260636;REFB=-0.0227106;REVB=0.0219633;RO=55;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620729;STB=0.523904;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.066706;OID=.;OPOS=17556930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:59:37:37:0.385417:18:19:25:30:18:19:28:31 chr20 17594714 . GC G 1209.58 PASS AF=0.658537;AO=103;DP=168;FAO=108;FDP=164;FR=.;FRO=56;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0253536;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.104;QD=29.502;RBI=0.0259861;REFB=-0.0210757;REVB=-0.00569816;RO=53;SAF=59;SAR=44;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146901;STB=0.580012;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0195514;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.658537:103:168:108:164:56:62:46:19:37:99:53:59:44:18:35 chr20 17594729 . G A 460.27 PASS AF=0.339181;AO=58;DP=171;FAO=58;FDP=171;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=-0.0158816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.407;QD=10.7665;RBI=0.0164281;REFB=-0.00529961;REVB=-0.00420207;RO=110;SAF=17;SAR=41;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325279;STB=0.684536;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00903552;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:110:113:58:58:0.339181:41:17:63:47:41:17:64:49 chr20 17594801 . G A 628.25 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.01458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.079;QD=22.239;RBI=0.0251313;REFB=-0.00920725;REVB=-0.0204696;RO=49;SAF=29;SAR=33;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986924;STB=0.561379;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00307032;OID=.;OPOS=17594801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:49:51:62:62:0.548673:33:29:17:32:33:29:17:34 chr20 17596155 . C A 373.14 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.013111;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.575;QD=17.5595;RBI=0.0134643;REFB=-0.0104614;REVB=0.00306436;RO=46;SAF=23;SAR=16;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243639;STB=0.513641;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0140748;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:46:39:39:0.458824:16:23:26:20:16:23:26:20 chr20 17605240 . A T 1103.2 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.992;QD=59.6323;RBI=0.0373708;REFB=0;REVB=0.0108691;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175657;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr20 17605316 . G A 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00659877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.419;QD=21.8975;RBI=0.018901;REFB=0.000553948;REVB=0.0177116;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363976;STB=0.520112;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.000325468;OID=.;OPOS=17605316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:18:15:13:13:18:15:13:13 chr20 17610535 . C T 854.13 PASS AF=0.505882;AO=86;DP=170;FAO=86;FDP=170;FR=.;FRO=84;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0260293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.946;QD=20.0971;RBI=0.0275059;REFB=-0.0425736;REVB=0.00889106;RO=84;SAF=56;SAR=30;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988729;STB=0.554443;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0378624;OID=.;OPOS=17610535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:84:84:86:86:0.505882:30:56:46:38:30:56:46:38 chr20 17705677 . A G 1489.02 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.705;QD=58.393;RBI=0.0167192;REFB=-0.0292812;REVB=-0.0124645;RO=1;SAF=67;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141568;STB=0.507461;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=5.304e-05;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:100:101:0.990196:33:67:0:1:33:68:0:1 chr20 17932210 . C T 476.47 PASS AF=0.516854;AO=47;DP=91;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0124286;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.614;QD=21.4146;RBI=0.0126333;REFB=-0.00908247;REVB=0.0022651;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176033;STB=0.516122;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00938628;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:43:43:47:46:0.516854:22:25:22:21:22:24:21:22 chr20 18142564 . A G 271.7 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0246013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.985;QD=23.6257;RBI=0.028188;REFB=-0.0137464;REVB=-0.0137601;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205336;STB=0.623192;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0156772;OID=.;OPOS=18142564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:11:14:6:14:11:14:6:15 chr20 18143116 . GT G,GG 716.39 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=6,40;DP=47;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492133,-0.0185021;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.8319,45.7554;QD=62.295;RBI=0.107916,0.0287591;REFB=0,0;REVB=-0.107804,-0.0220172;RO=0;SAF=2,20;SAR=4,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00481159,0.00244461;OID=.,.;OPOS=18143117,18143117;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:6,40:47:1,45:46:0:1,21:0,24:0:0:5:0:2,20:4,20:0:0 chr20 18143355 . C T 658.15 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=0.00160259;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.423;QD=18.0314;RBI=0.00320368;REFB=-0.0122271;REVB=-0.00277403;RO=79;SAF=23;SAR=44;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163334;STB=0.500907;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0151104;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:79:79:67:67:0.458904:44:23:27:52:44:23:27:52 chr20 18167977 . T C 1461.15 PASS AF=0.962617;AO=101;DP=105;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0259758;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.903;QD=54.6223;RBI=0.0282438;REFB=-0.0389237;REVB=-0.0110893;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.509525;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000403262;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:107:0:4:101:103:0.962617:51:50:0:0:52:51:3:1 chr20 18296072 . T A 414.55 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124297;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1219;QD=57.1786;RBI=0.031264;REFB=0;REVB=0.0286869;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180767;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:20:9:0:0 chr20 18309650 . GT G 719.84 PASS AF=1;AO=59;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8491;QD=44.9897;RBI=0.0566043;REFB=0;REVB=-0.0454269;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.69527e-05;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:64:64:64:0:37:27:0:0:13:1:35:24:1:0 chr20 18414356 . A G 1201.3 PASS AF=0.978261;AO=81;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.125737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5564;QD=52.2304;RBI=0.12643;REFB=-0.0983857;REVB=-0.0132119;RO=7;SAF=43;SAR=38;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710907;STB=0.509432;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00535541;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:7:2:81:90:0.978261:38:43:7:0:38:52:2:0 chr20 18433335 . T C 498.16 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0392523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.971;QD=21.4263;RBI=0.0795031;REFB=-0.0252622;REVB=0.0691376;RO=44;SAF=26;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164971;STB=0.504056;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0255229;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:45:48:48:0.516129:22:26:23:21:22:26:24:21 chr20 18445963 . A G 282.4 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0163563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9015;QD=23.0527;RBI=0.0431172;REFB=-0.0225313;REVB=-0.0398945;RO=23;SAF=19;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161199;STB=0.59042;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0310516;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:7:19:13:10:7:19:13:10 chr20 18462421 . A G 728.14 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.277;QD=56.0106;RBI=0.0210307;REFB=0;REVB=0.00827106;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160131;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:19:30:0:0:19:33:0:0 chr20 18541699 . T TA 194.88 PASS AF=0.521127;AO=33;DP=74;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.014811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.7029;QD=10.9791;RBI=0.0785625;REFB=-0.0134881;REVB=0.0771538;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164936;STB=0.576591;STBP=0.191;TYPE=ins;VARB=0.00464783;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521127:33:74:37:71:34:19:18:12:22:99:40:18:15:15:25 chr20 18810705 . C T 507.68 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0189907;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.599;QD=16.1168;RBI=0.0196075;REFB=-0.0126676;REVB=-0.00487933;RO=70;SAF=21;SAR=34;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635897;STB=0.532198;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0177246;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:71:55:55:0.436508:34:21:31:39:34:21:31:40 chr20 19261606 . T C 601.63 PASS AF=0.426667;AO=62;DP=146;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0241844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1518;QD=16.0436;RBI=0.027447;REFB=-0.00196903;REVB=-0.0129789;RO=84;SAF=32;SAR=30;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447138;STB=0.508791;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00320287;OID=.;OPOS=19261606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:84:86:62:64:0.426667:30:32:47:37:30:34:47:39 chr20 19261623 . G A 791.11 PASS AF=0.516129;AO=79;DP=154;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00530592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5548;QD=20.4159;RBI=0.016472;REFB=-0.00235597;REVB=0.015594;RO=75;SAF=41;SAR=38;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227484;STB=0.509273;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00286979;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:75:75:79:80:0.516129:38:41:37:38:39:41:37:38 chr20 19702049 . G A 1492.04 PASS AF=1;AO=90;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679232;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.239;QD=59.0908;RBI=0.0693272;REFB=0;REVB=0.0138814;RO=0;SAF=59;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101513;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:90:101:1:31:59:0:0:34:67:0:0 chr20 19951534 . T A 392.53 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.0340264;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4823;QD=12.1714;RBI=0.0344335;REFB=3.83963e-06;REVB=-0.00527927;RO=82;SAF=29;SAR=18;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348975;STB=0.519893;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.000525666;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:82:82:47:47:0.364341:18:29:53:29:18:29:53:29 chr20 19970705 . C T 630.04 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0463782;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2244;QD=19.0921;RBI=0.0463825;REFB=-0.00919695;REVB=-0.000628655;RO=67;SAF=34;SAR=30;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195215;STB=0.514281;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00992005;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:67:68:64:64:0.484848:30:34:37:30:30:34:38:30 chr20 19983021 . GAT GA,TGA 165.36 PASS AF=0.445946,0;AO=25,3;DP=74;FAO=33,0;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=10,0;FSAR=23,0;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=-0.125159,-0.140036;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=11.3257,18.067;QD=8.9382;RBI=0.263652,0.168153;REFB=-0.0156083,-0.00916155;REVB=0.23205,0.0930868;RO=33;SAF=5,2;SAR=20,1;SRF=5;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=0.080499,0.55238;STB=0.611755,0.5;STBP=0.181,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0350087,0;OID=.,.;OPOS=19983023,19983021;OREF=T,GAT;OALT=-,TGA;OMAPALT=GA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:41:25,3:33,0:0.445946,0:20,1:5,2:5:28:23,0:10,0:6:35 chr20 20032998 . T C 545.26 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0484293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8943;QD=57.396;RBI=0.0498965;REFB=-0.115813;REVB=0.0120109;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00570881;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:17:19:0:1:18:19:0:1 chr20 20033137 . T A 1526.46 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00947336;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.841;QD=61.675;RBI=0.0336553;REFB=-0.103832;REVB=0.0322945;RO=2;SAF=43;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215451;STB=0.511361;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00299589;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:54:43:2:0:54:43:2:0 chr20 20033242 . A T 902.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5964;QD=58.2179;RBI=0.0327249;REFB=0;REVB=0.0110912;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001947;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr20 20033319 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.634;QD=55.6558;RBI=0.0127039;REFB=0;REVB=0.00873999;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73029e-06;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr20 20033380 . A G 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.33;QD=52.6027;RBI=0.0676976;REFB=0;REVB=-0.0673119;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200528;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr20 20050397 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.289;QD=62.1622;RBI=0.0497409;REFB=0;REVB=0.00763448;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26564e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr20 20152462 . A C 364.53 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0143564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1634;QD=18.4572;RBI=0.0143697;REFB=0.0107725;REVB=-0.000618745;RO=41;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11122;STB=0.562085;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00875815;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:15:23:20:21:15:23:20:21 chr20 20341333 . G C 2185.05 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0026841;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.789;QD=62.4299;RBI=0.0230593;REFB=0.0783661;REVB=0.0229025;RO=1;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812669;STB=0.504273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=9.91126e-06;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:140:1:1:139:139:0.992857:58:81:0:1:58:81:0:1 chr20 20350516 . T G 859.38 PASS AF=1;AO=50;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.212;QD=57.292;RBI=0.0182233;REFB=0;REVB=0.00767223;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89398e-05;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:50:60:1:20:30:0:0:26:34:0:0 chr20 20350517 . C G 34.92 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.012979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.7568;QD=2.28992;RBI=0.04507;REFB=-0.00956269;REVB=0.0431608;RO=54;SAF=1;SAR=6;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522725;STB=0.88212;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0182333;OID=.;OPOS=20350517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:6:1:33:21:6:1:33:21 chr20 20377351 . T C 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00732331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.245;QD=8.06782;RBI=0.0485308;REFB=0.00480806;REVB=0.047975;RO=33;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337335;STB=0.713878;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0115282;OID=.;OPOS=20377351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:2:10:20:13:2:10:20:13 chr20 20377421 . A AC 318.49 PASS AF=1;AO=30;DP=46;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0693;QD=30.3323;RBI=0.298831;REFB=-0.0162944;REVB=0.298751;RO=13;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0129789;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:46:42:42:0:22:20:0:0:6:13:16:14:6:7 chr20 20621352 . T C 199.53 PASS AF=0.290323;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.121304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9816;QD=12.8729;RBI=0.13382;REFB=-0.0323034;REVB=0.0565074;RO=28;SAF=0;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.812904;STB=0.896807;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0365449;OID=.;OPOS=20621352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:28:35:17:18:0.290323:17:0:14:14:17:1:17:18 chr20 21142523 . C G 466.57 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00575822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.085;QD=22.4852;RBI=0.00961508;REFB=-0.00206127;REVB=0.00770017;RO=38;SAF=28;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169505;STB=0.593436;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000917253;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:17:28:16:22:17:28:16:22 chr20 21142813 . T C 207.37 PASS AF=0.354839;AO=19;DP=64;FAO=22;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.000532542;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9963;QD=13.3784;RBI=0.0308226;REFB=-0.00197522;REVB=0.030818;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925911;STB=0.587227;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0162885;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:31:33:19:22:0.354839:12:7:9:22:13:9:9:24 chr20 21335432 . G GT 42.9 PASS AF=0.108108;AO=33;DP=192;FAO=20;FDP=185;FR=.;FRO=165;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=82;FSRR=83;FWDB=-0.056305;FXX=0.0211629;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.422;QD=0.9276;RBI=0.0579503;REFB=-0.00149544;REVB=0.013711;RO=155;SAF=15;SAR=18;SRF=82;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954811;STB=0.592099;STBP=0.414;TYPE=ins;VARB=0.103886;OID=.;OPOS=21335433;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108108:33:192:20:185:165:12:8:82:83:42:155:15:18:82:73 chr20 21362703 . TA T 1682.44 PASS AF=1;AO=144;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.6549;QD=43.6999;RBI=0.0608565;REFB=-0.0488568;REVB=-0.0548504;RO=6;SAF=74;SAR=70;SRF=3;SRR=3;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=0.00105596;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00284751;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:144:153:154:154:0:78:76:0:0:23:6:74:70:3:3 chr20 21689920 . A C 205.05 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.129574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3723;QD=16.4041;RBI=0.13511;REFB=-0.00270176;REVB=-0.0382809;RO=29;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264248;STB=0.654374;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=2.85312e-05;OID=.;OPOS=21689920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:18:3:9:20:18:3:9:20 chr20 22562674 . T C 925.81 PASS AF=0.970149;AO=53;DP=69;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0412845;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.983;QD=55.2721;RBI=0.0470346;REFB=-0.092746;REVB=0.0225353;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.510866;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000754374;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:67:0:2:53:65:0.970149:19:34:0:0:20:45:2:0 chr20 22758594 . T C 440.84 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00583894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.54;QD=22.3209;RBI=0.061443;REFB=0.00543207;REVB=0.0611649;RO=36;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825517;STB=0.545434;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00526709;OID=.;OPOS=22758594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:21:22:22:14:21:22:22:14 chr20 23017017 . T C 822.24 PASS AF=0.412556;AO=92;DP=223;FAO=92;FDP=223;FR=.;FRO=131;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=88;FSRR=43;FWDB=-0.0427593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.11;QD=14.7488;RBI=0.0427593;REFB=-0.0118022;REVB=-3.91517e-05;RO=131;SAF=42;SAR=50;SRF=88;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223737;STB=0.624614;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00970919;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:131:131:92:92:0.412556:50:42:88:43:50:42:88:43 chr20 23017082 . T C 800.39 PASS AF=0.427885;AO=89;DP=208;FAO=89;FDP=208;FR=.;FRO=119;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=-0.101189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.75;QD=15.3921;RBI=0.106446;REFB=-0.00792348;REVB=-0.033037;RO=119;SAF=50;SAR=39;SRF=75;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721399;STB=0.540157;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.011431;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:119:119:89:89:0.427885:39:50:75:44:39:50:75:44 chr20 23066338 . G C 215.02 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00722216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.876;QD=21.5022;RBI=0.0123341;REFB=-0.00613558;REVB=-0.00999858;RO=19;SAF=17;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301507;STB=0.671549;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00482852;OID=.;OPOS=23066338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:4:17:10:9:4:17:10:9 chr20 23355423 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00108452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.688;QD=14.6578;RBI=0.0247734;REFB=-0.0157757;REVB=0.0247496;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122807;STB=0.57132;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0227435;OID=.;OPOS=23355423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:10:7:7:6:10:7 chr20 23472391 . A G 3342.48 PASS AF=0.962025;AO=213;DP=225;FAO=228;FDP=237;FR=.;FRO=9;FSAF=115;FSAR=113;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0269599;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.708;QD=56.4131;RBI=0.0274939;REFB=-0.156006;REVB=0.00539233;RO=3;SAF=109;SAR=104;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00410158;STB=0.510384;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000684532;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:225:237:3:9:213:228:0.962025:104:109:2:1:113:115:7:2 chr20 23531276 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0237635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.369;QD=14.6538;RBI=0.0289233;REFB=-0.0139315;REVB=0.016488;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.568802;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0124807;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:6:2:3:5:6:2 chr20 23546639 . T G 743.41 PASS AF=0.456647;AO=75;DP=169;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.00264467;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.364;QD=17.1887;RBI=0.00280674;REFB=-0.00741115;REVB=0.000939937;RO=92;SAF=24;SAR=51;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178115;STB=0.598058;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00667637;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:92:94:75:79:0.456647:51:24:45:47:53:26:47:47 chr20 23586360 . G A 1447.73 PASS AF=0.961905;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0362195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3264;QD=55.1515;RBI=0.0574145;REFB=0.00431609;REVB=0.0445486;RO=4;SAF=48;SAR=52;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379005;STB=0.519996;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00153014;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:105:4:4:100:101:0.961905:52:48:4:0:53:48:4:0 chr20 23618395 . T C 2678.12 PASS AF=0.994253;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.624;QD=61.566;RBI=0.0234615;REFB=-0.0954953;REVB=-0.00265464;RO=0;SAF=88;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502825;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00023779;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:174:0:1:172:173:0.994253:84:88:0:0:85:88:1:0 chr20 23729722 . G T 4469.76 PASS AF=0.982818;AO=284;DP=295;FAO=286;FDP=291;FR=.;FRO=5;FSAF=165;FSAR=121;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0287371;FXX=0.0168913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9588;QD=61.44;RBI=0.0359623;REFB=-0.147739;REVB=-0.0216209;RO=5;SAF=163;SAR=121;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143998;STB=0.507462;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00124867;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:295:291:5:5:284:286:0.982818:121:163:5:0:121:165:5:0 chr20 23731494 . A G 387.0 PASS AF=0.549296;AO=37;DP=69;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0998526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2577;QD=21.8026;RBI=0.100625;REFB=-0.000506966;REVB=0.0124399;RO=32;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301268;STB=0.507808;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000760366;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:32:32:37:39:0.549296:23:14:12:20:25:14:12:20 chr20 23860178 . A G 284.85 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0214061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.71;QD=23.7373;RBI=0.0215996;REFB=-0.0256886;REVB=0.00288444;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317299;STB=0.517671;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0164536;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:11:11:14:12:11:11 chr20 24939590 . G C 859.18 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0270334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.284;QD=54.5509;RBI=0.0322187;REFB=0.0079232;REVB=0.0175283;RO=2;SAF=39;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902291;STB=0.504782;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.000438654;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:22:39:1:1:22:39:1:1 chr20 24954887 . A T 519.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.705;QD=59.3998;RBI=0.0663641;REFB=0;REVB=0.0587656;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293725;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr20 25027526 . G A 871.36 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000119628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.051;QD=56.2166;RBI=0.0226658;REFB=-0.143816;REVB=-0.0226655;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00071965;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:28:33:0:0:28:33:0:1 chr20 25059442 . C T 1177.68 PASS AF=0.425676;AO=126;DP=297;FAO=126;FDP=296;FR=.;FRO=170;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=59;FSRR=111;FWDB=-0.00455821;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.901;QD=15.9146;RBI=0.0195298;REFB=-0.00420554;REVB=-0.0189904;RO=169;SAF=68;SAR=58;SRF=59;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194643;STB=0.60938;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00815592;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:169:170:126:126:0.425676:58:68:59:110:58:68:59:111 chr20 25187213 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.718;QD=59.8559;RBI=0.0124028;REFB=0;REVB=0.00503338;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68325e-06;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr20 25193949 . G A 1423.35 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8627;QD=62.5648;RBI=0.0049753;REFB=0;REVB=0.0011336;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76756e-05;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:49:40:0:0:49:42:0:0 chr20 25195387 . A AT 372.81 PASS AF=1;AO=19;DP=95;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.245975;FXX=0.136348;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.69319;QD=19.6214;RBI=0.247946;REFB=-0.0252113;REVB=-0.0312043;RO=73;SAF=15;SAR=4;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0109376;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:95:76:76:0:47:29:0:0:4:73:15:4:34:39 chr20 25195394 . C T 1318.3 PASS AF=0.988764;AO=75;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3974;QD=59.2494;RBI=0.0304707;REFB=-0.0777329;REVB=0.00787196;RO=1;SAF=44;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010633;STB=0.505049;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00190538;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:75:88:0.988764:31:44:1:0:39:49:1:0 chr20 25195509 . A G 1403.47 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00145185;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.856;QD=55.038;RBI=0.00461172;REFB=-0.142914;REVB=-0.00437722;RO=0;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527021;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000328141;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:102:102:0:4:98:98:0.960784:35:63:0:0:35:63:0:4 chr20 25207074 . T C 1682.89 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198413;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.821;QD=59.5714;RBI=0.0212658;REFB=0.0408291;REVB=0.00765239;RO=1;SAF=39;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654897;STB=0.503401;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000135942;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:113:1:1:111:112:0.99115:72:39:0:1:73:39:0:1 chr20 25260931 . A G 1217.3 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301184;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.898;QD=61.6357;RBI=0.0329486;REFB=0;REVB=0.01336;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161652;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:28:51:0:0:28:51:0:0 chr20 25264814 . T C 1183.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2967;QD=60.6977;RBI=0.0216177;REFB=0;REVB=0.0212041;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99258e-05;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:40:36:0:0:40:38:0:0 chr20 25268920 . T C 1062.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2679;QD=59.837;RBI=0.0483647;REFB=0;REVB=0.0480737;RO=0;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285953;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:22:49:0:0:22:49:0:0 chr20 25276297 . G A 699.34 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.362;QD=54.8503;RBI=0.0261397;REFB=-0.187583;REVB=-0.0144375;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00100844;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:0:1:23:27:0:1 chr20 25282944 . A G 829.07 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.883;QD=54.3649;RBI=0.0225614;REFB=-0.184453;REVB=-0.00154942;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000904509;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:0:1:58:60:0.983607:29:29:0:0:30:30:0:1 chr20 25434138 . G C 422.93 PASS AF=0.353333;AO=50;DP=147;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.00909779;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.562;QD=11.2782;RBI=0.0249834;REFB=-0.000816767;REVB=0.023268;RO=95;SAF=28;SAR=22;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508112;STB=0.558213;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00120977;OID=.;OPOS=25434138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:95:97:50:53:0.353333:22:28:49:46:21:32:50:47 chr20 25456888 . A G 1901.8 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8515;QD=61.3484;RBI=0.0720012;REFB=0;REVB=-0.0427414;RO=0;SAF=32;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599751;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:91:32:0:0:91:33:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 463.54 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547139;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=290.257;QD=57.9423;RBI=0.00745548;REFB=0;REVB=0.00506438;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.17454e-06;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:32:32:32:0:16:16:0:0:4:0:16:15:0:0 chr20 25591861 . TATATA T,TTTATA,TTTTTA 346.49 PASS AF=0.153846,0.115385,0.730769;AO=4,4,8;DP=34;FAO=4,3,19;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,6;FSAR=4,0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673353,0.0434015,0.0487652;FXX=0.187441;HRUN=1,1,1;LEN=5,1,3;MLLD=69.5889,38.2694,92.6214;QD=53.3064;RBI=0.0110302,0.0636782,0.0558115;REFB=0,0,0;REVB=0.00873646,-0.0465963,0.0271454;RO=0;SAF=0,4,0;SAR=4,0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0166148,-0.0952871,0.057092;OID=.,.,.;OPOS=25591862,25591862,25591862;OREF=ATATA,A,ATA;OALT=-,T,TTT;OMAPALT=T,TTTATA,TTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.153846,0.115385,0.730769:4,4,8:34:4,3,19:26:0:0,3,6:4,0,13:0:0:26:0:0,4,0:4,0,8:0:0 chr20 25595829 . C T 406.88 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00521895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.868;QD=15.9559;RBI=0.0183747;REFB=0.00397774;REVB=-0.0176179;RO=57;SAF=27;SAR=18;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146286;STB=0.508193;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00439616;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:18:27:35:22:18:27:35:22 chr20 25595868 . G A 436.46 PASS AF=0.445455;AO=47;DP=108;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0127424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3841;QD=15.8712;RBI=0.0161168;REFB=-0.00901466;REVB=0.00986826;RO=61;SAF=29;SAR=18;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632896;STB=0.517967;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0148007;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:61:61:47:49:0.445455:18:29:38:23:20:29:38:23 chr20 25755672 . G T 334.34 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00581264;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.436;QD=12.0484;RBI=0.00920353;REFB=-0.00610302;REVB=0.00713571;RO=70;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186958;STB=0.606249;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0116145;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:20:21:24:46:20:21:24:46 chr20 26094564 . T G 2656.78 PASS AF=0.499051;AO=262;DP=530;FAO=263;FDP=527;FR=.;FRO=264;FSAF=141;FSAR=122;FSRF=123;FSRR=141;FWDB=-0.0433225;FXX=0.00939832;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.209;QD=20.1653;RBI=0.0476218;REFB=-0.00296464;REVB=-0.0197737;RO=256;SAF=141;SAR=121;SRF=118;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06984;STB=0.535175;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00587624;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:530:527:256:264:262:263:0.499051:121:141:118:138:122:141:123:141 chr20 26094567 . T C 3423.01 PASS AF=0.584586;AO=303;DP=525;FAO=311;FDP=532;FR=.;FRO=221;FSAF=166;FSAR=145;FSRF=101;FSRR=120;FWDB=0.00893851;FXX=0.00187614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.007;QD=25.7369;RBI=0.0203303;REFB=-0.0100219;REVB=0.0182599;RO=218;SAF=163;SAR=140;SRF=98;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684613;STB=0.531888;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00860102;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:532:218:221:303:311:0.584586:140:163:98:120:145:166:101:120 chr20 26094605 . G A 1997.17 PASS AF=0.472222;AO=204;DP=434;FAO=204;FDP=432;FR=.;FRO=228;FSAF=106;FSAR=98;FSRF=94;FSRR=134;FWDB=-0.00859579;FXX=0.00460819;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.418;QD=18.4923;RBI=0.0269187;REFB=-0.023782;REVB=-0.0255094;RO=222;SAF=106;SAR=98;SRF=91;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103813;STB=0.556475;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0261955;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:432:222:228:204:204:0.472222:98:106:91:131:98:106:94:134 chr20 26094609 . C A 1796.84 PASS AF=0.461165;AO=188;DP=410;FAO=190;FDP=412;FR=.;FRO=222;FSAF=98;FSAR=92;FSRF=95;FSRR=127;FWDB=-0.0183774;FXX=0.00242125;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0349;QD=17.4451;RBI=0.0267701;REFB=0.00404332;REVB=-0.0194655;RO=222;SAF=96;SAR=92;SRF=95;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810966;STB=0.547244;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00444035;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:412:222:222:188:190:0.461165:92:96:95:127:92:98:95:127 chr20 26188824 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.953;QD=24.3306;RBI=0.0319811;REFB=-0.210574;REVB=0.0319811;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0137614;OID=.;OPOS=26188824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:7:0:0:2:7:0:0:2 chr20 29623209 . G C 66.99 PASS AF=0.0913043;AO=21;DP=231;FAO=21;FDP=230;FR=.;FRO=209;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=106;FSRR=103;FWDB=0.00114624;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.997;QD=1.16513;RBI=0.0233239;REFB=0.00034436;REVB=-0.0232957;RO=205;SAF=12;SAR=9;SRF=104;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763153;STB=0.558548;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00741532;OID=.;OPOS=29623209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:231:230:205:209:21:21:0.0913043:9:12:104:101:9:12:106:103 chr20 29623210 . C T 55.33 PASS AF=0.0815451;AO=18;DP=232;FAO=19;FDP=233;FR=.;FRO=214;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=104;FSRR=110;FWDB=-0.012807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.75;QD=0.949892;RBI=0.0130576;REFB=-0.00428597;REVB=-0.00254617;RO=213;SAF=13;SAR=5;SRF=103;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270515;STB=0.731573;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0527889;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:232:233:213:214:18:19:0.0815451:5:13:103:110:5:14:104:110 chr20 29623223 . T C 620.25 PASS AF=0.337719;AO=77;DP=227;FAO=77;FDP=228;FR=.;FRO=151;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=-0.02265;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.083;QD=10.8817;RBI=0.0228079;REFB=0.00145622;REVB=-0.00267895;RO=145;SAF=45;SAR=32;SRF=68;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132454;STB=0.562935;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00325478;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:145:151:77:77:0.337719:32:45:68:77:32:45:74:77 chr20 29623224 . C A 31.64 PASS AF=0.0625;AO=14;DP=225;FAO=14;FDP=224;FR=.;FRO=210;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=105;FSRR=105;FWDB=-0.0183607;FXX=0.0218331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.159;QD=0.564992;RBI=0.0251903;REFB=0.000139124;REVB=-0.0172463;RO=186;SAF=9;SAR=5;SRF=93;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156132;STB=0.634422;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00140095;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:225:224:186:210:14:14:0.0625:5:9:93:93:5:9:105:105 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 812.57 PASS AF=0.0954774,0.366834;AO=20,70;DP=214;FAO=19,73;FDP=199;FR=.;FRO=107;FSAF=6,41;FSAR=13,32;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=-0.0131377,-0.00403048;FXX=0.0787001;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=34.0618,243.644;QD=16.3331;RBI=0.0742087,0.036162;REFB=0.0346373,-0.00533079;REVB=0.0730365,0.0359366;RO=98;SAF=6,39;SAR=14,31;SRF=53;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.305605,0.0171787;STB=0.670148,0.528537;STBP=0.123,0.506;TYPE=snp,del;VARB=-0.0563919,0.0236288;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0954774,0.366834:20,70:214:19,73:199:107:6,41:13,32:55:52:99:98:6,39:14,31:53:45 chr20 29623263 . C T 59.35 PASS AF=0.0875576;AO=18;DP=216;FAO=19;FDP=217;FR=.;FRO=198;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=104;FSRR=94;FWDB=-0.0147061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.6;QD=1.09396;RBI=0.0178791;REFB=-0.00174601;REVB=-0.0101683;RO=198;SAF=5;SAR=13;SRF=104;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284445;STB=0.689956;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0189833;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:216:217:198:198:18:19:0.0875576:13:5:104:94:13:6:104:94 chr20 29624068 . T C 147.77 PASS AF=0.175325;AO=25;DP=152;FAO=27;FDP=154;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=54;FWDB=0.00827313;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.478;QD=3.83812;RBI=0.0093546;REFB=-0.00394105;REVB=0.00436621;RO=127;SAF=6;SAR=19;SRF=73;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420949;STB=0.78642;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0194879;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:127:127:25:27:0.175325:19:6:73:54:21:6:73:54 chr20 29624070 . G A 54.36 PASS AF=0.0961538;AO=15;DP=156;FAO=15;FDP=156;FR=.;FRO=141;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=0.00753231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.744;QD=1.39388;RBI=0.0170683;REFB=0.00468069;REVB=-0.0153163;RO=140;SAF=11;SAR=4;SRF=68;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29527;STB=0.722883;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0441499;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:156:156:140:141:15:15:0.0961538:4:11:68:72:4:11:69:72 chr20 29625876 . C T 111.22 PASS AF=0.153846;AO=22;DP=143;FAO=22;FDP=143;FR=.;FRO=121;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=50;FWDB=-0.027938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.486;QD=3.11109;RBI=0.0395801;REFB=-0.00389161;REVB=-0.0280367;RO=115;SAF=15;SAR=7;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145726;STB=0.586741;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0355815;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:115:121:22:22:0.153846:7:15:66:49:7:15:71:50 chr20 29625877 . G A 113.81 PASS AF=0.160839;AO=21;DP=142;FAO=23;FDP=143;FR=.;FRO=120;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=49;FWDB=0.001201;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.186;QD=3.18355;RBI=0.0566369;REFB=-0.00285142;REVB=-0.0566242;RO=111;SAF=12;SAR=9;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184326;STB=0.514889;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0215444;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:111:120:21:23:0.160839:9:12:65:46:9:14:71:49 chr20 29625925 . C CTTG 101.23 PASS AF=0.148936;AO=18;DP=147;FAO=21;FDP=141;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=-0.00850021;FXX=0.0342442;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.279;QD=2.87189;RBI=0.0281343;REFB=-8.65412e-05;REVB=-0.0268195;RO=119;SAF=7;SAR=11;SRF=66;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205041;STB=0.602314;STBP=0.335;TYPE=ins;VARB=0.000567013;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148936:18:147:21:141:120:9:12:66:54:99:119:7:11:66:53 chr20 29625935 . A G 74.22 PASS AF=0.125;AO=15;DP=134;FAO=17;FDP=136;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.013914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.171;QD=2.1829;RBI=0.0213885;REFB=-2.27138e-05;REVB=-0.016244;RO=115;SAF=2;SAR=13;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44455;STB=0.725249;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000227582;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:134:136:115:119:15:17:0.125:13:2:54:61:13:4:57:62 chr20 29625979 . C A 91.2 PASS AF=0.125749;AO=24;DP=169;FAO=21;FDP=167;FR=.;FRO=146;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=82;FWDB=-0.00914094;FXX=0.0290681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.978;QD=2.18441;RBI=0.0238412;REFB=-0.00170445;REVB=-0.0220193;RO=134;SAF=7;SAR=17;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200773;STB=0.692402;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0164183;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:169:167:134:146:24:21:0.125749:17:7:59:75:16:5:64:82 chr20 29625984 . TG CC,TA 64.55 PASS AF=0.0535714,0.0595238;AO=9,10;DP=169;FAO=9,10;FDP=168;FR=.;FRO=149;FSAF=2,7;FSAR=7,3;FSRF=57;FSRR=92;FWDB=-0.000335458,-0.0321433;FXX=0.00591681;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=228.615,61.5344;QD=1.53683;RBI=0.005523,0.0340714;REFB=-0.00133276,-0.00698713;REVB=0.0055128,-0.0112991;RO=144;SAF=2,7;SAR=7,3;SRF=55;SRR=89;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.18049,0.325041;STB=0.675516,0.775471;STBP=0.338,0.097;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0059017,0.01367;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:169:168:144:149:9,10:9,10:0.0535714,0.0595238:7,3:2,7:55:89:7,3:2,7:57:92 chr20 29628226 . G A 34.53 PASS AF=0.0590164;AO=19;DP=276;FAO=18;FDP=305;FR=.;FRO=287;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=146;FSRR=141;FWDB=-0.0322271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6595;QD=0.4529;RBI=0.0331958;REFB=-0.00509692;REVB=0.00796063;RO=256;SAF=10;SAR=9;SRF=127;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330737;STB=0.508188;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0366182;OID=.;OPOS=29628226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:276:305:256:287:19:18:0.0590164:9:10:127:129:9:9:146:141 chr20 29628237 . C A 139.88 PASS AF=0.117647;AO=36;DP=308;FAO=36;FDP=306;FR=.;FRO=270;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=138;FSRR=132;FWDB=-0.0400814;FXX=0.0064933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.209;QD=1.82853;RBI=0.0414006;REFB=-0.00173545;REVB=-0.0103676;RO=261;SAF=17;SAR=19;SRF=136;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613655;STB=0.53427;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0234049;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:306:261:270:36:36:0.117647:19:17:136:125:19:17:138:132 chr20 29628271 . C T 1558.62 PASS AF=0.514754;AO=154;DP=303;FAO=157;FDP=305;FR=.;FRO=148;FSAF=83;FSAR=74;FSRF=67;FSRR=81;FWDB=-0.0238133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.923;QD=20.4409;RBI=0.026408;REFB=-0.0279201;REVB=-0.0114153;RO=147;SAF=81;SAR=73;SRF=67;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626104;STB=0.53682;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0217923;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:305:147:148:154:157:0.514754:73:81:67:80:74:83:67:81 chr20 29628328 . C G 81.67 PASS AF=0.120253;AO=19;DP=158;FAO=19;FDP=158;FR=.;FRO=139;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.0801158;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.594;QD=2.0677;RBI=0.0875619;REFB=-0.00482094;REVB=-0.0353347;RO=137;SAF=5;SAR=14;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239853;STB=0.673175;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0438037;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:158:158:137:139:19:19:0.120253:14:5:61:76:14:5:62:77 chr20 29628361 . A C 336.24 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00826159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.746;QD=17.0247;RBI=0.0173795;REFB=-0.0302615;REVB=0.0152903;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787017;STB=0.554974;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.031402;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:43:36:36:0.455696:19:17:16:25:19:17:16:27 chr20 29628415 . T A 98.37 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.038725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.593;QD=7.15435;RBI=0.0470282;REFB=0.000370213;REVB=-0.0266838;RO=41;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273224;STB=0.666444;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00120474;OID=.;OPOS=29628415;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:55:55:41:41:14:14:0.254545:6:8:14:27:6:8:14:27 chr20 29628431 . C T 378.92 PASS AF=0.688889;AO=30;DP=44;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0174045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.038;QD=33.6821;RBI=0.0238623;REFB=-0.0357045;REVB=-0.0163246;RO=14;SAF=15;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166799;STB=0.593379;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0161394;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:14:14:30:31:0.688889:15:15:3:11:15:16:3:11 chr20 29628439 . A G 114.78 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0513191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.064;QD=10.4343;RBI=0.0513823;REFB=-0.0105506;REVB=0.00254902;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15241;STB=0.590784;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0369436;OID=.;OPOS=29628439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:11:19:7:7:11:19 chr20 29628446 . T A 59.48 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0372036;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9557;QD=5.53301;RBI=0.0525639;REFB=-0.0120765;REVB=0.0371329;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279301;STB=0.678032;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0426977;OID=.;OPOS=29628446;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:11:23:4:5:11:23 chr20 29630666 . T C 63.59 PASS AF=0.0909091;AO=20;DP=220;FAO=20;FDP=220;FR=.;FRO=200;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=104;FSRR=96;FWDB=-0.00490703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0784;QD=1.15622;RBI=0.00664329;REFB=-0.00277294;REVB=0.0044782;RO=200;SAF=15;SAR=5;SRF=104;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279449;STB=0.717784;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0514974;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:220:220:200:200:20:20:0.0909091:5:15:104:96:5:15:104:96 chr20 29630674 . A T 93.34 PASS AF=0.110132;AO=25;DP=227;FAO=25;FDP=227;FR=.;FRO=202;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=106;FSRR=96;FWDB=0.00406213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.114;QD=1.64482;RBI=0.0149318;REFB=0.00114044;REVB=-0.0143686;RO=202;SAF=17;SAR=8;SRF=106;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195642;STB=0.642325;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00507036;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:227:227:202:202:25:25:0.110132:8:17:106:96:8:17:106:96 chr20 29630695 . C A 757.95 PASS AF=0.356322;AO=89;DP=258;FAO=93;FDP=261;FR=.;FRO=168;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=87;FSRR=81;FWDB=-0.0100792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.941;QD=11.6161;RBI=0.010092;REFB=-0.0181506;REVB=0.000509133;RO=165;SAF=44;SAR=45;SRF=85;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236891;STB=0.514949;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0429804;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:261:165:168:89:93:0.356322:45:44:85:80:47:46:87:81 chr20 29630697 . A G 157.65 PASS AF=0.136882;AO=36;DP=264;FAO=36;FDP=263;FR=.;FRO=227;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=114;FSRR=113;FWDB=0.000584137;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.426;QD=2.39778;RBI=0.0248967;REFB=-0.00493301;REVB=0.0248899;RO=227;SAF=19;SAR=17;SRF=114;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326016;STB=0.522076;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.03175;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:227:227:36:36:0.136882:17:19:114:113:17:19:114:113 chr20 29630725 . T C 211.0 PASS AF=0.158672;AO=43;DP=274;FAO=43;FDP=271;FR=.;FRO=228;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=112;FSRR=116;FWDB=-0.0213278;FXX=0.0145449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.169;QD=3.11435;RBI=0.0261889;REFB=-0.00287279;REVB=-0.015198;RO=230;SAF=17;SAR=26;SRF=112;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119172;STB=0.581446;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0161216;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:271:230:228:43:43:0.158672:26:17:112:118:26:17:112:116 chr20 29632635 . C G 47.52 PASS AF=0.0962963;AO=13;DP=134;FAO=13;FDP=135;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=0.0023705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.645;QD=1.40786;RBI=0.0303528;REFB=-0.00449022;REVB=-0.0302601;RO=121;SAF=7;SAR=6;SRF=54;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108532;STB=0.585843;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0292809;OID=.;OPOS=29632635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:134:135:121:122:13:13:0.0962963:6:7:54:67:6:7:54:68 chr20 29632638 . C A 162.26 PASS AF=0.20438;AO=24;DP=134;FAO=28;FDP=137;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=0.00148669;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.773;QD=4.7374;RBI=0.0115152;REFB=-0.0047029;REVB=-0.0114188;RO=106;SAF=11;SAR=13;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503907;STB=0.524295;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0183777;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:106:109:24:28:0.20438:13:11:49:57:16:12:50:59 chr20 29632662 . G C 369.12 PASS AF=0.331034;AO=48;DP=162;FAO=48;FDP=145;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.0108815;FXX=0.110423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.044;QD=10.1827;RBI=0.0204999;REFB=-0.0136766;REVB=-0.0173735;RO=93;SAF=23;SAR=25;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565512;STB=0.544911;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0285295;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:145:93:97:48:48:0.331034:25:23:40:53:25:23:40:57 chr20 29632674 . T TA 46.25 PASS AF=0.184358;AO=25;DP=180;FAO=33;FDP=179;FR=.;FRO=146;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=89;FWDB=-0.177235;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.907;QD=1.03361;RBI=0.184058;REFB=-0.00686093;REVB=0.0496519;RO=142;SAF=12;SAR=13;SRF=57;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10131;STB=0.52847;STBP=0.743;TYPE=ins;VARB=-0.0617308;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184358:25:180:33:179:146:14:19:57:89:46:142:12:13:57:85 chr20 29632680 . G A 35.09 PASS AF=0.0744681;AO=13;DP=184;FAO=14;FDP=188;FR=.;FRO=174;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=106;FWDB=-0.123036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9495;QD=0.746697;RBI=0.148178;REFB=-0.00211252;REVB=-0.0825752;RO=171;SAF=6;SAR=7;SRF=68;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713422;STB=0.536;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0280006;OID=.;OPOS=29632680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:184:188:171:174:13:14:0.0744681:7:6:68:103:8:6:68:106 chr20 29632707 . G A 197.19 PASS AF=0.188172;AO=35;DP=186;FAO=35;FDP=186;FR=.;FRO=151;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=96;FWDB=-0.00552538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.684;QD=4.24064;RBI=0.0159232;REFB=-0.00390856;REVB=-0.0149338;RO=150;SAF=16;SAR=19;SRF=54;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128365;STB=0.576941;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0263347;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:150:151:35:35:0.188172:19:16:54:96:19:16:55:96 chr20 29632709 . C T 189.2 PASS AF=0.183784;AO=34;DP=185;FAO=34;FDP=185;FR=.;FRO=151;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=94;FWDB=-0.0161307;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.453;QD=4.09085;RBI=0.0209688;REFB=-0.00615003;REVB=-0.0133974;RO=150;SAF=14;SAR=20;SRF=57;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426009;STB=0.529161;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0168335;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:150:151:34:34:0.183784:20:14:57:93:20:14:57:94 chr20 29632714 . CT AG 177.21 PASS AF=0.181319;AO=29;DP=178;FAO=33;FDP=182;FR=.;FRO=149;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=92;FWDB=-0.00161513;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.687;QD=3.89468;RBI=0.00726626;REFB=-0.00627638;REVB=-0.00708448;RO=149;SAF=10;SAR=19;SRF=57;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521191;STB=0.509798;STBP=0.908;TYPE=mnp;VARB=0.0374812;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:182:149:149:29:33:0.181319:19:10:57:92:20:13:57:92 chr20 29632719 . C T 35.38 PASS AF=0.0718232;AO=13;DP=181;FAO=13;FDP=181;FR=.;FRO=168;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=104;FWDB=-0.0182691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.074;QD=0.781878;RBI=0.0261848;REFB=0.00234334;REVB=-0.0187585;RO=168;SAF=5;SAR=8;SRF=64;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00424538;STB=0.503592;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0469683;OID=.;OPOS=29632719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:181:181:168:168:13:13:0.0718232:8:5:64:104:8:5:64:104 chr20 29633854 . G A 99.06 PASS AF=0.162393;AO=19;DP=120;FAO=19;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0103247;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9689;QD=3.3866;RBI=0.0724726;REFB=-0.00681064;REVB=-0.0717334;RO=84;SAF=16;SAR=3;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349741;STB=0.787358;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0277834;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:120:117:84:98:19:19:0.162393:3:16:52:32:3:16:53:45 chr20 29633887 . G A 100.54 PASS AF=0.14;AO=21;DP=150;FAO=21;FDP=150;FR=.;FRO=129;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=-0.0381075;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.527;QD=2.68103;RBI=0.0481637;REFB=-0.00743706;REVB=-0.0294544;RO=121;SAF=11;SAR=10;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699558;STB=0.549825;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0542067;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:121:129:21:21:0.14:10:11:70:51:10:11:75:54 chr20 29633900 . A G 77.66 PASS AF=0.123288;AO=13;DP=145;FAO=18;FDP=146;FR=.;FRO=128;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=56;FWDB=0.0620433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5854;QD=2.1278;RBI=0.0944535;REFB=-0.000466625;REVB=0.0712186;RO=128;SAF=5;SAR=8;SRF=72;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205408;STB=0.696216;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00366015;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:145:146:128:128:13:18:0.123288:8:5:72:56:12:6:72:56 chr20 29633915 . C T 32.4 PASS AF=0.0733333;AO=11;DP=150;FAO=11;FDP=150;FR=.;FRO=139;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=64;FWDB=-0.0553895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.15;QD=0.864111;RBI=0.0681964;REFB=-0.0094139;REVB=-0.0397839;RO=129;SAF=3;SAR=8;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267464;STB=0.742425;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0416553;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:150:150:129:139:11:11:0.0733333:8:3:66:63:8:3:75:64 chr20 29633916 . G T 458.72 PASS AF=0.45283;AO=47;DP=150;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00973157;FXX=0.293314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0898;QD=17.3103;RBI=0.0309202;REFB=-0.0144721;REVB=-0.0293488;RO=50;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16123;STB=0.597312;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0246969;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:106:50:58:47:48:0.45283:27:20:30:20:26:22:37:21 chr20 29633929 . A G 440.75 PASS AF=0.348993;AO=52;DP=149;FAO=52;FDP=149;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.007421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.321;QD=11.8321;RBI=0.0123222;REFB=-0.00993621;REVB=0.00983696;RO=97;SAF=25;SAR=27;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627846;STB=0.535949;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00773333;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:97:97:52:52:0.348993:27:25:52:45:27:25:52:45 chr20 29633938 . A G 151.46 PASS AF=0.182432;AO=26;DP=147;FAO=27;FDP=148;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.0509577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2916;QD=4.09351;RBI=0.0522189;REFB=0.00116144;REVB=-0.0114073;RO=120;SAF=11;SAR=15;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150828;STB=0.61194;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00828945;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:120:121:26:27:0.182432:15:11:65:55:16:11:66:55 chr20 29633952 . C T 289.04 PASS AF=0.288889;AO=39;DP=135;FAO=39;FDP=135;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.00627608;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.046;QD=8.56399;RBI=0.00636695;REFB=-0.0127025;REVB=0.00107182;RO=94;SAF=20;SAR=19;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229887;STB=0.513116;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0193576;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:94:96:39:39:0.288889:19:20:50:44:19:20:51:45 chr20 29652164 . GC GT,TT 157.86 PASS AF=0.101562,0.046875;AO=29,10;DP=262;FAO=26,12;FDP=256;FR=.;FRO=218;FSAF=11,2;FSAR=15,10;FSRF=35;FSRR=183;FWDB=-0.0243199,-0.0106941;FXX=0.0228999;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=55.6863,85.1323;QD=2.46661;RBI=0.0905488,0.0333906;REFB=-0.00902797,-0.00695467;REVB=-0.0872217,-0.0316318;RO=215;SAF=11,2;SAR=18,8;SRF=34;SRR=181;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.356027,0.0674598;STB=0.759279,0.510565;STBP=0.043,0.986;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0457187,0.0506369;OID=.,.;OPOS=29652165,29652164;OREF=C,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:262:256:215:218:29,10:26,12:0.101562,0.046875:18,8:11,2:34:181:15,10:11,2:35:183 chr20 29652166 . G A 152.62 PASS AF=0.134615;AO=31;DP=256;FAO=35;FDP=260;FR=.;FRO=225;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=181;FWDB=-0.0140525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0207;QD=2.34801;RBI=0.0140578;REFB=-0.00292642;REVB=0.000386437;RO=225;SAF=2;SAR=29;SRF=44;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339258;STB=0.636894;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0227425;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:260:225:225:31:35:0.134615:29:2:44:181:31:4:44:181 chr20 29652172 . TG CA,CG 2692.82 PASS AF=0.320158,0.517787;AO=81,128;DP=251;FAO=81,131;FDP=253;FR=.;FRO=41;FSAF=19,19;FSAR=62,112;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=-0.0364035,-0.0354424;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=157.184,92.4118;QD=42.5742;RBI=0.0435638,0.0402687;REFB=0.0150262,0.0367771;REVB=0.0239289,-0.0191154;RO=41;SAF=19,19;SAR=62,109;SRF=8;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0349667,-0.0406528;STB=0.518823,0.52327;STBP=0.638,0.415;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00547992,-0.0127427;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:251:253:41:41:81,128:81,131:0.320158,0.517787:62,109:19,19:8:33:62,112:19,19:8:33 chr20 29652182 . C T 30.68 PASS AF=0.0592885;AO=15;DP=254;FAO=15;FDP=253;FR=.;FRO=238;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=196;FWDB=-0.0079293;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.404;QD=0.484982;RBI=0.0184388;REFB=0.000260868;REVB=0.0166467;RO=237;SAF=1;SAR=14;SRF=42;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233023;STB=0.740956;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00922376;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:254:253:237:238:15:15:0.0592885:14:1:42:195:14:1:42:196 chr20 29652183 . G A 225.34 PASS AF=0.16996;AO=43;DP=251;FAO=43;FDP=253;FR=.;FRO=210;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=172;FWDB=-0.0364638;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.62;QD=3.56274;RBI=0.0413491;REFB=-0.00729796;REVB=0.019497;RO=207;SAF=6;SAR=37;SRF=36;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837547;STB=0.564853;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0257577;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:253:207:210:43:43:0.16996:37:6:36:171:37:6:38:172 chr20 29652191 . C T 2369.5 PASS AF=0.756972;AO=187;DP=249;FAO=190;FDP=251;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=157;FSRF=13;FSRR=48;FWDB=0.0208379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8181;QD=37.761;RBI=0.0224457;REFB=-0.0119337;REVB=-0.00834193;RO=60;SAF=31;SAR=156;SRF=12;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276503;STB=0.516335;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00452533;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:251:60:61:187:190:0.756972:156:31:12:48:157:33:13:48 chr20 29652194 . C T 422.05 PASS AF=0.25;AO=63;DP=254;FAO=64;FDP=256;FR=.;FRO=192;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=163;FWDB=0.00597485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.422;QD=6.59446;RBI=0.00816992;REFB=-0.00624134;REVB=0.00557214;RO=189;SAF=19;SAR=44;SRF=27;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275463;STB=0.646559;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.022475;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:256:189:192:63:64:0.25:44:19:27:162:45:19:29:163 chr20 29652196 . T C 171.63 PASS AF=0.144531;AO=37;DP=256;FAO=37;FDP=256;FR=.;FRO=219;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=175;FWDB=-0.0398223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.536;QD=2.68177;RBI=0.0412825;REFB=-0.00207862;REVB=0.0108828;RO=219;SAF=5;SAR=32;SRF=44;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148463;STB=0.602319;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0153744;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:219:219:37:37:0.144531:32:5:44:175:32:5:44:175 chr20 29652235 . CG CC,GC 1658.97 PASS AF=0.662791,0.133721;AO=113,22;DP=197;FAO=114,23;FDP=172;FR=.;FRO=35;FSAF=11,10;FSAR=103,13;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.011203,-0.0114857;FXX=0.152702;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=72.2036,170.177;QD=38.5806;RBI=0.0245808,0.013568;REFB=-0.000350906,-0.00149878;REVB=-0.0218794,0.00722273;RO=34;SAF=10,9;SAR=103,13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.244521,0.0955169;STB=0.618594,0.575365;STBP=0.001,0.406;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00367772,0.0238165;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:172:34:35:113,22:114,23:0.662791,0.133721:103,13:10,9:11:23:103,13:11,10:11:24 chr20 29652254 . G A 175.91 PASS AF=0.184971;AO=32;DP=173;FAO=32;FDP=173;FR=.;FRO=141;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=110;FWDB=-0.0560943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.231;QD=4.06724;RBI=0.0579797;REFB=-0.000201059;REVB=0.0146655;RO=141;SAF=5;SAR=27;SRF=31;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133364;STB=0.586543;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.000800701;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:141:141:32:32:0.184971:27:5:31:110:27:5:31:110 chr20 29652267 . C G 73.51 PASS AF=0.123188;AO=17;DP=138;FAO=17;FDP=138;FR=.;FRO=121;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=93;FWDB=-0.00375409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6281;QD=2.13072;RBI=0.0279357;REFB=0.0021821;REVB=0.0276824;RO=120;SAF=5;SAR=12;SRF=28;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977251;STB=0.569956;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.026744;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:138:138:120:121:17:17:0.123188:12:5:28:92:12:5:28:93 chr20 29965014 . T C 1589.66 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5999;QD=59.9873;RBI=0.0294769;REFB=0;REVB=0.026694;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5936e-05;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:61:45:0:0:61:45:0:0 chr20 29978216 . T C 1007.79 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00965182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.525;QD=55.2212;RBI=0.0100072;REFB=-0.0263351;REVB=0.00264302;RO=3;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464281;STB=0.524583;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-7.32549e-05;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:29:41:0:3:29:41:0:3 chr20 30452782 . C T 196.23 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0251552;FXX=0.0595167;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.363;QD=9.93575;RBI=0.0323779;REFB=-0.00522778;REVB=0.0203848;RO=51;SAF=6;SAR=19;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158597;STB=0.580085;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0133785;OID=.;OPOS=30452782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:79:51:54:25:25:0.316456:19:6:18:33:19:6:18:36 chr20 30676401 . AG A 352.1 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544278;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.6985;QD=33.5337;RBI=0.18014;REFB=-0.0672648;REVB=0.171721;RO=5;SAF=26;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.137637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0245518;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:43:42:42:0:27:15:0:0:4:5:26:10:1:4 chr20 30746248 . T C 1701.26 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291562;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6334;QD=59.6935;RBI=0.0402255;REFB=0.0186618;REVB=0.027713;RO=0;SAF=75;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.36255e-08;STB=0.503311;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.000189552;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:0:1:113:113:0.991228:38:75:0:0:38:75:1:0 chr20 30777336 . G T 251.91 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00394675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.101;QD=27.2338;RBI=0.00514616;REFB=-0.000361445;REVB=0.00330244;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00432106;STB=0.50239;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.000274862;OID=.;OPOS=30777336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:13:10:6:8:13:10:6:8 chr20 30777800 . T C 915.14 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.848;QD=58.1041;RBI=0.050793;REFB=0;REVB=0.03841;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147576;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:35:24:0:0:37:26:0:0 chr20 30777860 . A G 597.12 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350287;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8267;QD=61.2428;RBI=0.0395915;REFB=0;REVB=-0.018452;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467469;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr20 30783456 . G GGA 32.87 PASS AF=0.148148;AO=7;DP=58;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0339171;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=2;MLLD=21.3258;QD=2.43466;RBI=0.124644;REFB=-0.0305955;REVB=-0.119941;RO=46;SAF=6;SAR=1;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392724;STB=0.815765;STBP=0.093;TYPE=ins;VARB=0.152712;OID=.;OPOS=30783457;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148148:7:58:8:54:46:7:1:26:20:32:46:6:1:26:20 chr20 30795818 . CT C,CC,CG 1169.97 PASS AF=0.0740741,0.876543,0.037037;AO=16,62,4;DP=83;FAO=6,71,3;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=5,63,3;FSAR=1,8,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507478,0.0590372,0.0460466;FXX=0.0240935;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=186.878,199.003,171.48;QD=57.7764;RBI=0.0661572,0.06155,0.0937367;REFB=-0.0239084,-0.0354262,-0.0265932;REVB=-0.0424434,-0.0174073,-0.0816473;RO=1;SAF=16,52,3;SAR=0,10,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.00899522,-0.119989;STB=0.54531,0.503936,0.5;STBP=0.659,0.645,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00767241,0.00405235,-0.00749592;OID=.,.,.;OPOS=30795819,30795819,30795819;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0740741,0.876543,0.037037:16,62,4:83:6,71,3:81:1:5,63,3:1,8,0:1:0:17:1:16,52,3:0,10,1:1:0 chr20 30915461 . T C 476.48 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=138;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.00150778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.299;QD=13.8111;RBI=0.00217407;REFB=-0.0052439;REVB=-0.00156627;RO=83;SAF=32;SAR=22;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182546;STB=0.599535;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00793569;OID=.;OPOS=30915461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:83:84:54:54:0.391304:22:32:35:48:22:32:36:48 chr20 30922398 . C T 185.67 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00234263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.16;QD=13.7531;RBI=0.0360194;REFB=-0.00405337;REVB=-0.0359432;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934718;STB=0.5406;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00827337;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:9:13:21:10:9:13:21:11 chr20 31022959 . T C 1226.93 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.341;QD=61.3465;RBI=0.0135377;REFB=0;REVB=0.00710024;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49009e-05;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr20 31024002 . G A 388.27 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0154745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.804;QD=21.2751;RBI=0.0190751;REFB=0.00876573;REVB=0.0111534;RO=34;SAF=19;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637283;STB=0.535193;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00721214;OID=.;OPOS=31024002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:20:19:14:20:20:19:14:20 chr20 31024274 . T C 351.14 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00193737;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.24;QD=20.3558;RBI=0.0112396;REFB=-0.0112755;REVB=0.0110713;RO=32;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967771;STB=0.547237;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00793919;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:22:14:16:16:22:14:16:17 chr20 31025163 . A G 310.54 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00415956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.24;QD=23.4373;RBI=0.0128083;REFB=0.000291522;REVB=0.0121141;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424252;STB=0.514916;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-5.53746e-05;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:22:31:31:0.584906:13:18:11:10:13:18:12:10 chr20 31025535 . A G 454.74 PASS AF=0.426087;AO=47;DP=120;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00639583;FXX=0.14178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.181;QD=15.8172;RBI=0.00800457;REFB=-0.00819378;REVB=-0.00481315;RO=48;SAF=32;SAR=15;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147721;STB=0.533293;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.013069;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:115:48:66:47:49:0.426087:15:32:32:16:16:33:41:25 chr20 31025536 . C G 49.66 PASS AF=0.102941;AO=13;DP=125;FAO=14;FDP=136;FR=.;FRO=122;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=43;FWDB=-0.00519826;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.2;QD=1.46065;RBI=0.0267318;REFB=-0.00467658;REVB=-0.0262215;RO=112;SAF=3;SAR=10;SRF=78;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51659;STB=0.796177;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0535754;OID=.;OPOS=31025536;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:125:136:112:122:13:14:0.102941:10:3:78:34:10:4:79:43 chr20 31035129 . A G 122.6 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.010338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.328;QD=9.2526;RBI=0.0105536;REFB=-0.00740325;REVB=-0.00212247;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232876;STB=0.603649;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0117014;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:36:37:15:16:0.301887:7:8:12:24:8:8:13:24 chr20 31099159 . G A 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0480424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.845;QD=19.0785;RBI=0.0483803;REFB=0.000479319;REVB=0.00570772;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455379;STB=0.525339;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.000590847;OID=.;OPOS=31099159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:18:14:12:19:18:14:12:19 chr20 31291625 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0132612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.213;QD=11.0924;RBI=0.0136857;REFB=0.014252;REVB=-0.0033824;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0345234;OID=.;OPOS=31291625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr20 31367967 . TG GG,GT 52.6 PASS AF=0,0.333333;AO=2,5;DP=17;FAO=0,6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0102475,0.0692188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=168.777,48.7768;QD=11.6886;RBI=0.0119191,0.175663;REFB=-0.00396972,-0.0104824;REVB=0.00608721,-0.16145;RO=6;SAF=1,1;SAR=1,4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.359974,0.0477139;STB=0.5,0.523732;STBP=1,0.911;TYPE=snp,mnp;VARB=0,0.0790489;OID=.,.;OPOS=31367967,31367967;OREF=T,TG;OALT=G,GT;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:17:18:6:7:2,5:0,6:0,0.333333:1,4:1,1:1:5:0,5:0,1:1:6 chr20 31386347 . T C 631.68 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.798;QD=61.6277;RBI=0.0387998;REFB=0;REVB=0.00879481;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116131;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr20 31386449 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.744;QD=35.5758;RBI=0.0561102;REFB=0;REVB=0.021088;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917457;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr20 31388636 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.318;QD=62.0216;RBI=0.0650572;REFB=0;REVB=0.0504132;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270748;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr20 31427635 . C T 462.1 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0248246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6655;QD=24.321;RBI=0.0300151;REFB=-0.0430264;REVB=0.0168714;RO=32;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177475;STB=0.597113;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.019478;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:24:20:22:10:24:20:22:10 chr20 31436747 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.859;QD=59.0181;RBI=0.00664233;REFB=0;REVB=0.00342562;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95095e-06;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr20 31494382 . G A 1205.96 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.661;QD=58.8275;RBI=0.00453988;REFB=-0.0864196;REVB=0.00424625;RO=2;SAF=42;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115514;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:2:0:79:82:1:37:42:2:0:38:44:0:0 chr20 31505292 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0457892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.456;QD=15.7815;RBI=0.046666;REFB=-0.0121767;REVB=-0.00900355;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222769;STB=0.6344;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0140328;OID=.;OPOS=31505292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:8:14:12:17:8:15:12:17 chr20 31584178 . G A 236.66 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00101549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.935;QD=11.4051;RBI=0.0107856;REFB=-0.0100446;REVB=-0.0107377;RO=53;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160353;STB=0.606865;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.01867;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:53:54:28:29:0.349398:14:14:19:34:14:15:19:35 chr20 31585432 . G T 182.77 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0318249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4795;QD=13.2922;RBI=0.0339565;REFB=-0.0150371;REVB=-0.0118414;RO=32;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115273;STB=0.582361;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0219873;OID=.;OPOS=31585432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:5:17:22:10:5:17:22:11 chr20 31587752 . G C 110.15 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00678836;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.106;QD=13.769;RBI=0.0242773;REFB=-0.0123348;REVB=-0.0233089;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0204496;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:12:7:7:6:12:7 chr20 31587793 . A G 613.13 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4611;QD=61.3133;RBI=0.0922791;REFB=0;REVB=0.0797786;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117042;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr20 31590745 . T C 260.51 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0250069;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.734;QD=14.2745;RBI=0.028212;REFB=-0.00992379;REVB=0.0130602;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108586;STB=0.561603;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0153311;OID=.;OPOS=31590745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:17:26:15:15:17:26 chr20 31609581 . C T 285.79 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00519408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.279;QD=13.1397;RBI=0.0141111;REFB=-0.0220917;REVB=-0.0131204;RO=54;SAF=20;SAR=13;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359831;STB=0.520595;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0264741;OID=.;OPOS=31609581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:13:20:31:23:13:20:31:23 chr20 31671209 . G C 1430.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5155;QD=62.8719;RBI=0.0638654;REFB=0;REVB=-0.0634623;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58334e-05;OID=.;OPOS=31671209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr20 31671599 . A G 483.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.495;QD=58.5697;RBI=0.0506837;REFB=0;REVB=0.0451067;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124333;OID=.;OPOS=31671599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr20 31671663 . T C 703.07 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772462;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3711;QD=62.4951;RBI=0.0143623;REFB=0;REVB=-0.0121081;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193599;OID=.;OPOS=31671663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:20:25:0:0 chr20 31678533 . A AC 1089.58 PASS AF=1;AO=14;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396502;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=188.997;QD=51.2742;RBI=0.0399063;REFB=0;REVB=0.0045139;RO=70;SAF=6;SAR=8;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.97612e-05;OID=.;OPOS=31678534;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:86:85:85:0:39:46:0:0:7:70:6:8:33:37 chr20 31678534 . T C 951.47 PASS AF=0.835294;AO=71;DP=85;FAO=71;FDP=85;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00340663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.227;QD=44.775;RBI=0.00343098;REFB=-0.0108447;REVB=0.000408004;RO=14;SAF=33;SAR=38;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112597;STB=0.505998;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00303406;OID=.;OPOS=31678534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:85:14:14:71:71:0.835294:38:33:6:8:38:33:6:8 chr20 31678535 . T G 74.52 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00680969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.056;QD=3.46588;RBI=0.00690161;REFB=-0.00145052;REVB=-0.00112263;RO=72;SAF=6;SAR=8;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551444;STB=0.53686;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0988545;OID=.;OPOS=31678535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:86:86:72:72:14:14:0.162791:8:6:34:38:8:6:34:38 chr20 31688241 . T C 1549.56 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.249;QD=56.8645;RBI=0.0199007;REFB=-0.067334;REVB=0.0166341;RO=2;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215591;STB=0.501681;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00125364;OID=.;OPOS=31688241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:109:2:2:106:107:0.981651:43:63:0:2:44:63:1:1 chr20 31688260 . C T 1590.64 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0327248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3171;QD=58.9125;RBI=0.0328686;REFB=-0.0898724;REVB=-0.00307102;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797715;STB=0.504201;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000417686;OID=.;OPOS=31688260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:48:59:1:0:48:59:1:0 chr20 31812923 . G A 2155.08 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244563;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.458;QD=62.9219;RBI=0.0295026;REFB=0;REVB=-0.0165012;RO=0;SAF=90;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03367e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:135:137:1:45:90:0:0:46:91:0:0 chr20 31897554 . G C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.04;QD=55.0916;RBI=0.0341517;REFB=0;REVB=-0.0158228;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109461;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr20 31981849 . T C 316.26 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.217;QD=52.7097;RBI=0.0336776;REFB=0;REVB=-0.0271912;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987365;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:6:17:0:0:6:18:0:0 chr20 32212690 . C T 347.95 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00446015;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.054;QD=12.5389;RBI=0.00728891;REFB=-0.00767323;REVB=-0.005765;RO=60;SAF=24;SAR=18;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305445;STB=0.513083;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0103245;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:60:69:42:42:0.378378:18:24:36:24:18:24:38:31 chr20 32264159 . GCCCCCCCA CGCCCCCCA,GCCCCCCA,GCCCCCCAC,GCCCCCCCAC 56.39 PASS AF=0.0392157,0.352941,0,0;AO=6,18,8,7;DP=53;FAO=2,18,0,0;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=2,13,0,0;FSAR=0,5,0,0;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00421606,-0.0861266,-0.101869,-0.101214;FXX=0.0192271;HRUN=1,7,7,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=93.388,7.15114,17.6018,16.4114;QD=4.42252;RBI=0.0592639,0.18745,0.499643,0.662833;REFB=-0.00315861,-0.0841167,-0.0608691,-0.0353929;REVB=-0.0591137,-0.166493,-0.489148,-0.65506;RO=9;SAF=6,17,1,0;SAR=0,1,7,7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.725466,0.430041,-0.545356,-0.792135;STB=0.994892,0.66083,0.5,0.5;STBP=0.187,0.107,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,ins;VARB=0.0654006,0.0698456,0.0798225,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32264159,32264160,32264166,32264168;OREF=GC,C,CA,-;OALT=CG,-,AC,C;OMAPALT=CGCCCCCCA,GCCCCCCA,GCCCCCCAC,GCCCCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:53:51:9:31:6,18,8,7:2,18,0,0:0.0392157,0.352941,0,0:0,1,7,7:6,17,1,0:6:3:0,5,0,0:2,13,0,0:15:16 chr20 32295541 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00334909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.095;QD=10.0342;RBI=0.054324;REFB=-0.0327827;REVB=0.0542207;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477139;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0349813;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:1:4:5:1:1:4:6:1 chr20 32295716 . C G 136.36 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0230751;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.468;QD=25.9731;RBI=0.0231265;REFB=0.000957246;REVB=-0.00154026;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=7.06217e-05;OID=.;OPOS=32295716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:22:21:7:7:14:14:0.666667:4:10:4:3:4:10:4:3 chr20 32379263 . T C,G 564.06 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706702,0.00665768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.513,158.348;QD=59.3751;RBI=0.0258725,0.0372591;REFB=0,0;REVB=0.0248886,0.0366595;RO=0;SAF=22,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000540787,0.0184682;OID=.,.;OPOS=32379263,32379263;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:14,1:22,1:0:0:14,1:22,1:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 168.91 PASS AF=1;AO=9;DP=43;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511201;FXX=0.349825;HRUN=2;LEN=3;MLLD=135.708;QD=51.9721;RBI=0.0669386;REFB=0;REVB=0.0432147;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00220672;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:43:13:13:0:7:6:0:0:3:31:5:4:17:14 chr20 32664866 . G A 300.57 PASS AF=0.65;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0606931;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.202;QD=30.0571;RBI=0.0612939;REFB=-0.0308551;REVB=0.00856127;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595839;STB=0.549962;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0180412;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:13:14:25:26:0.65:12:13:8:5:13:13:9:5 chr20 32664880 . T C 34.85 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0275107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5161;QD=4.49692;RBI=0.0517985;REFB=-0.0286167;REVB=0.0438891;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740925;STB=0.54984;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0411209;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:18:7:2:4:18:7 chr20 32972053 . TGCA T 400.3 PASS AF=0.911765;AO=28;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.01146;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=301.68;QD=47.0939;RBI=0.0326349;REFB=-0.0612864;REVB=0.0305566;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.531895;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=0.000540857;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:28:33:31:34:3:22:9:3:0:14:0:20:8:0:0 chr20 33000354 . T C 1171.68 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5408;QD=60.8665;RBI=0.0482179;REFB=0;REVB=0.0174172;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254278;OID=.;OPOS=33000354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr20 33104592 . G C 1507.88 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0132242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7233;QD=57.4432;RBI=0.0529374;REFB=-0.0535241;REVB=0.0512591;RO=2;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197603;STB=0.510415;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00588544;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:103:103:0.980952:47:56:0:2:47:56:0:2 chr20 33337751 . T C 196.6 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0189825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8733;QD=10.9222;RBI=0.0229463;REFB=0.00322333;REVB=-0.0128917;RO=46;SAF=18;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284;STB=0.660221;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00870683;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:7:18:22:24:7:18:23:24 chr20 33451148 . G A 714.64 PASS AF=0.403061;AO=78;DP=196;FAO=79;FDP=196;FR=.;FRO=117;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=-0.00777112;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5573;QD=14.5844;RBI=0.0842658;REFB=0.000718582;REVB=0.0839067;RO=116;SAF=53;SAR=25;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118141;STB=0.563498;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00132187;OID=.;OPOS=33451148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:116:117:78:79:0.403061:25:53:67:49:26:53:67:50 chr20 33462951 . G T 196.81 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00900347;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2937;QD=11.75;RBI=0.00900368;REFB=-0.0232219;REVB=6.23304e-05;RO=42;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110148;STB=0.563585;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0663039;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:42:42:25:25:0.373134:15:10:21:21:15:10:21:21 chr20 33470694 . C T 443.57 PASS AF=0.442478;AO=48;DP=112;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00300254;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.524;QD=15.7016;RBI=0.00460813;REFB=-0.00685343;REVB=-0.00349565;RO=62;SAF=27;SAR=21;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470344;STB=0.509068;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.013773;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:62:63:48:50:0.442478:21:27:32:30:23:27:33:30 chr20 33572941 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0074576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.857;QD=13.2122;RBI=0.0399715;REFB=-0.00787104;REVB=-0.0392696;RO=20;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51953;STB=0.810321;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0092457;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:22:14:14:0.388889:2:12:8:12:2:12:9:13 chr20 33578899 . T C 571.54 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0274845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.858;QD=19.2115;RBI=0.0287904;REFB=-0.0204989;REVB=0.00857254;RO=59;SAF=26;SAR=33;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122522;STB=0.571688;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0141913;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:59:60:59:59:0.495798:33:26:34:25:33:26:35:25 chr20 33581955 . G A 373.35 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0262491;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.202;QD=17.3651;RBI=0.0408137;REFB=-0.00531388;REVB=0.0312529;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686209;STB=0.538442;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00617609;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:47:47:39:39:0.453488:18:21:22:25:18:21:22:25 chr20 33583331 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2236;QD=39.2066;RBI=0.0532094;REFB=0;REVB=-0.0175828;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00422709;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr20 33584289 . C T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0056721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.056;QD=32.6186;RBI=0.0180498;REFB=-0.00532288;REVB=0.0171354;RO=4;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127122;STB=0.507033;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00152012;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:8:7:2:2:8:7:2:2 chr20 33657126 . G A 426.17 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0339675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9596;QD=21.3084;RBI=0.0354621;REFB=-0.0342102;REVB=-0.010187;RO=37;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242111;STB=0.520823;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0176236;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:17:25:21:16:17:25:21:17 chr20 33867924 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.095;QD=57.1059;RBI=0.0294414;REFB=0;REVB=-0.000163355;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54446e-05;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr20 33874720 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.982;QD=56.9974;RBI=0.0460816;REFB=0;REVB=0.0159225;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61472e-05;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr20 33969530 . C T 239.29 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0116441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8526;QD=20.8078;RBI=0.0173998;REFB=-0.00374246;REVB=0.0129294;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117974;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0059205;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:12:11:14:9:12:11 chr20 33971914 . C T 364.83 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0181685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7742;QD=22.1107;RBI=0.0461892;REFB=-0.0239025;REVB=-0.0424659;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111496;STB=0.555432;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0286156;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:16:20:20:9:16:21:20:9 chr20 34022196 . C T 209.6 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0237929;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4947;QD=15.5262;RBI=0.0240663;REFB=-0.0155089;REVB=-0.00361725;RO=31;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320813;STB=0.690734;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.030723;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:30:24:24:0.444444:19:5:15:16:19:5:15:15 chr20 34022672 . C A 276.93 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00569415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.096;QD=13.5086;RBI=0.0150079;REFB=-0.0272305;REVB=0.0138858;RO=47;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208028;STB=0.521147;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0464515;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:50:32:32:0.390244:13:19:27:20:13:19:28:22 chr20 34062642 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00683206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.705;QD=13.2242;RBI=0.0102453;REFB=-0.00974035;REVB=-0.00763474;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132629;STB=0.590835;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00763398;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:36:24:24:0.4:11:13:14:20:11:13:14:22 chr20 34089718 . G T 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.0102714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.615;QD=8.79665;RBI=0.033583;REFB=-0.00285061;REVB=0.0319737;RO=46;SAF=12;SAR=8;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240136;STB=0.639878;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00721848;OID=.;OPOS=34089718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:8:12:36:10:8:12:36:10 chr20 34116307 . C T 143.27 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0152728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1206;QD=14.6943;RBI=0.0285129;REFB=0.00199944;REVB=0.0240775;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152684;STB=0.599877;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00219406;OID=.;OPOS=34116307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:7:9:9:13:7:9:9:14 chr20 34144107 . T C 739.74 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0243986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.741;QD=50.1521;RBI=0.0248345;REFB=-0.139401;REVB=0.00463221;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.530292;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00126051;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:1:4:55:55:0.932203:31:24:0:1:31:24:0:4 chr20 34144746 . A G 420.55 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0229873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9968;QD=17.8959;RBI=0.0230189;REFB=-0.00776529;REVB=-0.00120448;RO=48;SAF=14;SAR=29;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231548;STB=0.615688;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0130979;OID=.;OPOS=34144746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:48:51:43:43:0.457447:29:14:27:21:29:14:27:24 chr20 34146779 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00949749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.98;QD=17.2466;RBI=0.0180101;REFB=-0.00490722;REVB=0.0153024;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209583;STB=0.628446;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00510602;OID=.;OPOS=34146779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:20:21:0.4375:13:7:15:12:14:7:15:12 chr20 34147998 . A G 721.15 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0392734;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.075;QD=21.5267;RBI=0.047913;REFB=-0.011104;REVB=-0.0274455;RO=62;SAF=46;SAR=24;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995452;STB=0.564014;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0106366;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:62:64:70:70:0.522388:24:46:34:28:24:46:34:30 chr20 34148001 . C T 703.47 PASS AF=0.514925;AO=65;DP=130;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0622217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8364;QD=20.9991;RBI=0.0623702;REFB=-0.00738528;REVB=0.00430207;RO=64;SAF=43;SAR=22;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138963;STB=0.59048;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00839091;OID=.;OPOS=34148001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:64:65:65:69:0.514925:22:43:33:31:22:47:33:32 chr20 34148322 . T G 75.46 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.03995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1813;QD=11.1793;RBI=0.0416006;REFB=-0.0188268;REVB=-0.0116019;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273865;STB=0.683837;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.032295;OID=.;OPOS=34148322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:17:17:9:10:0.37037:3:6:7:10:3:7:7:10 chr20 34150714 . C G 137.89 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0063017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.527;QD=19.0188;RBI=0.00631576;REFB=-0.0333992;REVB=-0.000421129;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0287129;OID=.;OPOS=34150714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:7:7:8:7:7:7 chr20 34152684 . C T 86.59 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00157817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.814;QD=15.7436;RBI=0.00560407;REFB=-0.010784;REVB=-0.00537726;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22118;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0127498;OID=.;OPOS=34152684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:9:11:10:10:0.454545:7:3:5:4:7:3:5:6 chr20 34164422 . T C 1008.08 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000487646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5189;QD=59.2989;RBI=0.0148344;REFB=0;REVB=-0.0148264;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127394;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr20 34169971 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0271558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.525;QD=12.0517;RBI=0.0272508;REFB=-0.00926038;REVB=0.00227396;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464536;STB=0.77716;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0103766;OID=.;OPOS=34169971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:4:9:2:7:4:9 chr20 34170035 . C G 357.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.151;QD=54.9379;RBI=0.0535464;REFB=0;REVB=0.0225434;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342674;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr20 34170316 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000496886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.989;QD=59.0183;RBI=0.0524156;REFB=0;REVB=0.0524132;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121466;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:5:29:0:0:5:29:0:0 chr20 34173046 . C T 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0372037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.339;QD=21.745;RBI=0.0376381;REFB=-0.0267282;REVB=-0.00570208;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639776;STB=0.50448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0147781;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:20:22:22:0.52381:13:9:6:12:13:9:8:12 chr20 34173178 . A G 537.05 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.2;QD=59.6726;RBI=0.0169342;REFB=0;REVB=0.0109697;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0823e-06;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr20 34179907 . C T 1432.51 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8113;QD=62.9674;RBI=0.0342025;REFB=0;REVB=-0.0197875;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290723;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:43:47:0:0:44:47:0:0 chr20 34183479 . C T 169.15 PASS AF=0.431818;AO=14;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0418873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9829;QD=15.3769;RBI=0.0775203;REFB=-0.0499162;REVB=-0.0652292;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012103;STB=0.503593;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0791582;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:25:14:19:0.431818:5:9:12:7:10:9:12:13 chr20 34186953 . T C 154.16 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.106385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6679;QD=11.635;RBI=0.122227;REFB=-0.0440008;REVB=-0.0601793;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974252;STB=0.567828;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0522566;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:34:19:19:0.358491:7:12:18:15:7:12:18:16 chr20 34187697 . A G 123.23 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0125682;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7339;QD=15.4042;RBI=0.0557837;REFB=-0.0148885;REVB=-0.0543495;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723732;STB=0.54161;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0116598;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:3:15:11:3:3:15 chr20 34187728 . T G 95.84 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0189475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.317;QD=12.3671;RBI=0.0470852;REFB=-0.00292395;REVB=0.0431047;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552068;STB=0.53328;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00707429;OID=.;OPOS=34187728;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:31:17:19:10:12:0.387097:8:2:4:13:9:3:4:15 chr20 34194054 . T C 259.64 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0244662;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3116;QD=18.5456;RBI=0.0520407;REFB=-0.0163849;REVB=-0.0459308;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220569;STB=0.62303;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0224361;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:28:28:28:0.5:16:12:19:9:16:12:19:9 chr20 34194243 . A G 146.71 PASS AF=0.4;AO=13;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0338809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4081;QD=13.0412;RBI=0.0520252;REFB=-0.0441756;REVB=0.0394804;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266376;STB=0.6533;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0931613;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:26:13:18:0.4:7:6:4:15:7:11:9:17 chr20 34324456 . A T 312.82 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0317218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.067;QD=14.3824;RBI=0.0361121;REFB=-0.0154058;REVB=0.0172571;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362589;STB=0.520573;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0381964;OID=.;OPOS=34324456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:16:19:30:22:16:19:30:22 chr20 34324484 . A C 365.71 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.000746228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.747;QD=16.0751;RBI=0.0206968;REFB=-0.000119538;REVB=0.0206833;RO=50;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926434;STB=0.540216;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000221952;OID=.;OPOS=34324484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:50:52:39:39:0.428571:20:19:29:21:20:19:29:23 chr20 34542360 . C T 1137.79 PASS AF=0.616766;AO=103;DP=167;FAO=103;FDP=167;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0246325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.289;QD=27.2525;RBI=0.0253075;REFB=-0.0389078;REVB=-0.00580601;RO=62;SAF=40;SAR=63;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225596;STB=0.519647;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.023645;OID=.;OPOS=34542360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:62:64:103:103:0.616766:63:40:26:36:63:40:28:36 chr20 34596371 . C T 507.79 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0324082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.788;QD=31.7368;RBI=0.0325166;REFB=-0.0467009;REVB=0.0026535;RO=18;SAF=28;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972217;STB=0.545828;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0159274;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:19:45:45:0.703125:17:28:8:10:17:28:9:10 chr20 34782171 . T C 190.0 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00310342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5106;QD=24.5156;RBI=0.0585368;REFB=-0.0100627;REVB=-0.0584544;RO=12;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281689;STB=0.522364;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00821037;OID=.;OPOS=34782171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:31:31:12:12:18:19:0.612903:4:14:9:3:4:15:9:3 chr20 34820647 . C T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0441519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1095;QD=14.8163;RBI=0.0526752;REFB=-0.0144862;REVB=-0.0287278;RO=37;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104701;STB=0.563652;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0188967;OID=.;OPOS=34820647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:20:9:15:22:20:9:16:23 chr20 35740794 . T C 976.68 PASS AF=0.933333;AO=68;DP=74;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0188886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4837;QD=52.0893;RBI=0.0188981;REFB=3.26695e-05;REVB=0.000600114;RO=5;SAF=32;SAR=36;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915388;STB=0.505719;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00016315;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:75:5:5:68:70:0.933333:36:32:2:3:36:34:2:3 chr20 35769592 . T C 463.32 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00961675;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.2046;QD=52.951;RBI=0.0487672;REFB=-0.169771;REVB=0.0478096;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538438;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0147593;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:12:21:0:0:12:21:0:2 chr20 35769647 . G T 549.32 PASS AF=1;AO=28;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.465;QD=56.3406;RBI=0.155108;REFB=0;REVB=0.112652;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00980351;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:1:0:28:39:1:9:19:1:0:12:27:0:0 chr20 35783494 . T C 878.17 PASS AF=0.954545;AO=61;DP=65;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0363476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3002;QD=53.2227;RBI=0.068281;REFB=-0.0479837;REVB=0.0578026;RO=4;SAF=38;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157457;STB=0.518513;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0248227;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:66:4:3:61:63:0.954545:23:38:3:1:24:39:3:0 chr20 35807790 . G GCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T 92.74 PASS AF=0.0857143,0.171429,0.114286;AO=3,5,4;DP=22;FAO=3,6,4;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3,4,1;FSAR=0,2,3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00610548,0.00936827,0.00408268;FXX=0.0789266;HRUN=1,1,2;LEN=8,29,1;MLLD=796.33,419.312,135.567;QD=10.5984;RBI=0.0155912,0.00951973,0.00655767;REFB=-0.0065454,-0.0161616,-0.0575508;REVB=-0.014346,0.00169141,-0.00513174;RO=0;SAF=3,3,1;SAR=0,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.99523,0.513469,0.826198;STBP=0.155,0.964,0.275;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0188236,0.00272318,0.0461882;OID=.,.,.;OPOS=35807791,35807791,35807790;OREF=-,-,G;OALT=CCGGCACT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T;OMAPALT=GCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:22:35:0:22:3,5,4:3,6,4:0.0857143,0.171429,0.114286:0,2,3:3,3,1:0:0:0,2,3:3,4,1:15:7 chr20 35865054 . C T 1085.55 PASS AF=0.915663;AO=76;DP=83;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0167117;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8005;QD=52.3158;RBI=0.0381931;REFB=-0.0523396;REVB=-0.0343428;RO=6;SAF=35;SAR=41;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074501;STB=0.545443;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0387822;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:83:83:6:7:76:76:0.915663:41:35:6:0:41:35:7:0 chr20 36030939 . G C 1303.99 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.189;QD=61.3643;RBI=0.0702836;REFB=0;REVB=0.0702692;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457266;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:42:42:0:0:42:43:0:0 chr20 36146148 . T C 2317.97 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.141;QD=60.9993;RBI=0.00411128;REFB=0;REVB=0.00395776;RO=0;SAF=83;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98959e-06;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:69:83:0:0:69:83:0:0 chr20 36603611 . A C 154.34 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0146721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.437;QD=9.07868;RBI=0.0150311;REFB=-0.021436;REVB=-0.00326556;RO=47;SAF=17;SAR=4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329078;STB=0.698419;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.042165;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:4:17:27:20:4:17:27:20 chr20 36603780 . T C 487.5 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028685;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.604;QD=59.0906;RBI=0.0398812;REFB=0;REVB=0.027707;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406719;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr20 36603807 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.098;QD=53.911;RBI=0.0656809;REFB=0;REVB=0.0156389;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276206;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr20 36759521 . C T 63.96 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0133729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5573;QD=9.47586;RBI=0.0563463;REFB=-0.0162194;REVB=0.0547364;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620281;STB=0.537732;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0256673;OID=.;OPOS=36759521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:11:7:4:5:11:7 chr20 36760995 . G A 433.32 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0134166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1849;QD=20.6342;RBI=0.014531;REFB=0.011944;REVB=-0.00558069;RO=40;SAF=28;SAR=14;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876541;STB=0.53459;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00948903;OID=.;OPOS=36760995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:41:42:43:0.511905:14:28:23:17:15:28:24:17 chr20 36775024 . G A 610.54 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0129293;FXX=0.0073524;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.669;QD=18.0901;RBI=0.0129722;REFB=-0.0122375;REVB=0.00105422;RO=72;SAF=34;SAR=29;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114963;STB=0.506381;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0136105;OID=.;OPOS=36775024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:72:72:63:63:0.466667:29:34:38:34:29:34:38:34 chr20 36841756 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7098;QD=55.6533;RBI=0.024182;REFB=0;REVB=0.0185204;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8093e-05;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:19:7:0:0:20:7:0:0 chr20 36841914 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.009;QD=61.6839;RBI=0.056378;REFB=0;REVB=0.0192134;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251305;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr20 36845738 . C T 1232.42 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.182;QD=60.1182;RBI=0.0817619;REFB=0.0028597;REVB=0.0722148;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000169661;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:82:0:1:78:81:0.987805:47:31:0:0:50:31:0:1 chr20 36919758 . A G 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.493;QD=60.2227;RBI=0.053244;REFB=0;REVB=0.0522676;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238962;OID=.;OPOS=36919758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr20 36932660 . C T 1936.74 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455956;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8326;QD=61.9756;RBI=0.0456211;REFB=0;REVB=-0.00152494;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135259;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:66:59:0:0:66:59:0:0 chr20 36932676 . G C 1975.64 PASS AF=0.984848;AO=126;DP=129;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.688;QD=59.8679;RBI=0.0361091;REFB=-0.0331841;REVB=0.0218055;RO=1;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068371;STB=0.500468;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000108803;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:132:1:2:126:130:0.984848:69:57:0:1:69:61:1:1 chr20 36940314 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00520288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.112;QD=9.82155;RBI=0.00612924;REFB=0.000236345;REVB=0.00324001;RO=23;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578504;STB=0.86016;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00236336;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:1:10:11:12:1:10:11:12 chr20 36946848 . G A 224.4 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00250342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8224;QD=13.0085;RBI=0.00284954;REFB=-0.0108336;REVB=-0.00136115;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12029;STB=0.552032;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00954154;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:17:9:19:23:17:10:19:23 chr20 36954724 . C T 457.25 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0562919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5712;QD=20.5507;RBI=0.0590498;REFB=-0.017699;REVB=0.0178352;RO=44;SAF=25;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295491;STB=0.516365;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0244515;OID=.;OPOS=36954724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:20:25:23:21:20:25:23:21 chr20 36956026 . A G 486.38 PASS AF=0.495146;AO=50;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00844907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.156;QD=18.8886;RBI=0.125019;REFB=0.00515704;REVB=-0.124733;RO=52;SAF=34;SAR=16;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663028;STB=0.540293;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00406622;OID=.;OPOS=36956026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:50:51:0.495146:16:34:32:20:16:35:32:20 chr20 36975031 . G A 633.0 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0229078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.554;QD=27.2259;RBI=0.0390373;REFB=-0.0451375;REVB=-0.0316092;RO=37;SAF=31;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492456;STB=0.526835;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0323523;OID=.;OPOS=36975031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:37:56:56:0.602151:25:31:18:19:25:31:18:19 chr20 36977970 . G A 1146.6 PASS AF=0.939759;AO=66;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0838512;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.725;QD=55.2578;RBI=0.0869056;REFB=-0.20189;REVB=0.0228378;RO=5;SAF=27;SAR=39;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530892;STB=0.518068;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0142093;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:83:83:5:5:66:78:0.939759:39:27:4:1:39:39:4:1 chr20 36989381 . G A 337.43 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00910026;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.916;QD=17.3038;RBI=0.0402246;REFB=-0.0208783;REVB=-0.0391816;RO=42;SAF=29;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37092;STB=0.710175;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0144326;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:7:29:20:22:7:29:20:22 chr20 36999897 . C T 102.0 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0114384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4872;QD=9.06678;RBI=0.0772674;REFB=-0.00122188;REVB=-0.0764161;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316582;STB=0.701387;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00262506;OID=.;OPOS=36999897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:9:4:18:13:9:4:19:13 chr20 37001761 . T C 344.5 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0395464;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9727;QD=13.9192;RBI=0.0426392;REFB=-0.0226481;REVB=-0.0159429;RO=61;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01962;STB=0.511176;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0336785;OID=.;OPOS=37001761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:18:20:31:30:18:20:31:30 chr20 37005536 . T C 1486.77 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.558;QD=58.8822;RBI=0.0447946;REFB=0;REVB=0.00475655;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106871;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:101:0:0:95:101:1:55:40:0:0:58:43:0:0 chr20 37062583 . T C 1034.16 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0041814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.75;QD=54.4296;RBI=0.0148626;REFB=-0.0597543;REVB=0.0142623;RO=3;SAF=32;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422922;STB=0.51622;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00434178;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:3:4:72:72:0.947368:40:32:3:0:40:32:3:1 chr20 37203813 . C T 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6782;QD=57.7072;RBI=0.0300963;REFB=0;REVB=0.0227264;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326301;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr20 37258155 . TGGGGGGCT TGGGGGCT,TGGGGGCTG,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCT 53.76 PASS AF=0,0,0.171975,0.00636943;AO=22,7,26,20;DP=156;FAO=0,0,27,1;FDP=157;FR=.;FRO=129;FSAF=0,0,10,0;FSAR=0,0,17,1;FSRF=83;FSRR=46;FWDB=-0.18169,-0.143656,-0.0958226,0.164455;FXX=0;HRUN=6,6,1,6;LEN=1,3,1,1;MLLD=9.9242,20.3964,15.1945,6.9812;QD=1.36959;RBI=0.232829,0.154321,0.103752,0.22541;REFB=0.0491888,-0.00217453,-0.0468243,-0.0420022;REVB=0.145595,0.0563734,-0.0397813,-0.154156;RO=76;SAF=19,4,9,7;SAR=3,3,17,13;SRF=51;SRR=25;SSEN=0.496183,0,0,0;SSEP=0.75,0,0,0;SSSB=0.338009,-0.118565,-0.385074,-0.388039;STB=0.5,0.5,0.714915,0.992872;STBP=1,1,0.016,0.226;TYPE=del,mnp,ins,ins;VARB=-0.00730357,0.0402574,0.112601,-0.0317404;OID=.,.,.,.;OPOS=37258156,37258161,37258164,37258156;OREF=G,GCT,-,-;OALT=-,CTG,G,G;OMAPALT=TGGGGGCT,TGGGGGCTG,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.171975,0.00636943:22,7,26,20:156:0,0,27,1:157:129:0,0,10,0:0,0,17,1:83:46:53:76:19,4,9,7:3,3,17,13:51:25 chr20 37277271 . C T 136.82 PASS AF=0.390244;AO=13;DP=38;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0114083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.853;QD=13.3481;RBI=0.0118342;REFB=-0.0124472;REVB=0.00314609;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283079;STB=0.701035;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0135416;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:25:25:13:16:0.390244:9:4:14:11:12:4:14:11 chr20 37501507 . T C 801.25 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.071;QD=57.2319;RBI=0.018486;REFB=0;REVB=0.0181792;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02733e-05;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:19:36:0:0:19:37:0:0 chr20 37534665 . C T 1520.77 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00815932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.819;QD=61.4452;RBI=0.0359603;REFB=0.000404691;REVB=0.0350224;RO=2;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225698;STB=0.511902;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=5.34583e-05;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:41:56:0:2:41:56:0:2 chr20 37547374 . G A,C 605.98 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993889,0.00414981;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.881,125.194;QD=60.5983;RBI=0.0101948,0.0113467;REFB=0,0;REVB=-0.00226983,-0.0105606;RO=0;SAF=25,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00369377,0.0562652;OID=.,.;OPOS=37547374,37547374;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:13,0:25,2:0:0:13,0:25,2:0:0 chr20 37555116 . G C 279.52 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0662445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.689;QD=48.6125;RBI=0.0711133;REFB=0.000367752;REVB=0.0258605;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000822382;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:1:0:10:12:1:0 chr20 37570725 . C T 1612.96 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.971;QD=59.7394;RBI=0.032175;REFB=0;REVB=-0.00276512;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59722e-05;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:108:0:0:100:108:1:49:51:0:0:52:56:0:0 chr20 37581437 . A G 1396.25 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.822;QD=62.7527;RBI=0.0451023;REFB=0;REVB=-0.0253584;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89882e-05;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr20 37601243 . A G 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0242454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.174;QD=15.1003;RBI=0.0246882;REFB=-0.0127559;REVB=-0.00465481;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111221;STB=0.563327;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0203798;OID=.;OPOS=37601243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:15:16:15:9:15:16 chr20 37667182 . C T 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0117336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.247;QD=13.7513;RBI=0.0145899;REFB=-0.024846;REVB=-0.00867106;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131556;STB=0.565947;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0408298;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:10:5:10:12:10:5:10:13 chr20 37977945 . T C 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196859;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.757;QD=57.2416;RBI=0.0218791;REFB=0;REVB=0.0095478;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43199e-05;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr20 37981578 . A T 2504.07 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329054;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6406;QD=61.8289;RBI=0.0163095;REFB=0;REVB=0.0159741;RO=0;SAF=79;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21923e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916118;OID=.;OPOS=37981578;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:162:162:1:83:79:0:0:83:79:0:0 chr20 39609426 . C T 2300.6 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00416561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2461;QD=60.1464;RBI=0.0042558;REFB=-0.0917528;REVB=0.000871517;RO=1;SAF=79;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598343;STB=0.503144;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-2.2225e-05;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:73:79:1:0:73:79:1:0 chr20 39634616 . C T 315.76 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00900065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9241;QD=15.036;RBI=0.0208455;REFB=-0.00789892;REVB=-0.0188023;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997094;STB=0.54987;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0106932;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:35:35:0.416667:18:17:28:20:18:17:28:21 chr20 39797465 . T C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0187329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.621;QD=14.4906;RBI=0.019608;REFB=-0.00796912;REVB=0.00579245;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227499;STB=0.640878;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0121722;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:7:12:12:17:7:12:12:18 chr20 39807769 . G A 701.71 PASS AF=0.507353;AO=68;DP=137;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00311404;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1743;QD=20.6385;RBI=0.0271653;REFB=0.0125288;REVB=-0.0269862;RO=67;SAF=39;SAR=29;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466944;STB=0.52872;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0143734;OID=.;OPOS=39807769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:67:67:68:69:0.507353:29:39:35:32:30:39:34:33 chr20 39986085 . A C 170.82 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0752766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2379;QD=17.9809;RBI=0.0788599;REFB=-0.0186495;REVB=0.0235014;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170494;STB=0.57823;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00948418;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:8:10:14:5:8:10:14:6 chr20 39986540 . G A 391.05 PASS AF=0.331034;AO=48;DP=145;FAO=48;FDP=145;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.00724185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9952;QD=10.7875;RBI=0.0114156;REFB=-0.0152361;REVB=0.0088245;RO=96;SAF=25;SAR=23;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721603;STB=0.544862;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0342102;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:96:97:48:48:0.331034:23:25:44:52:23:25:44:53 chr20 39990614 . C T 354.83 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.000124821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.679;QD=18.9241;RBI=0.0115666;REFB=-0.00385545;REVB=-0.011566;RO=38;SAF=23;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190803;STB=0.519711;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00400561;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:38:36:37:0.493333:13:23:25:13:14:23:25:13 chr20 40701456 . G A 905.14 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150714;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.314;QD=58.3963;RBI=0.0155061;REFB=0;REVB=0.00364609;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0569e-05;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:39:23:0:0 chr20 41101180 . G T 366.75 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0116388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.892;QD=16.8622;RBI=0.0121315;REFB=-0.00565205;REVB=0.0034223;RO=48;SAF=26;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171938;STB=0.596723;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00517915;OID=.;OPOS=41101180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:13:26:24:24:13:26:24:24 chr20 42196550 . T G 330.0 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00303461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.679;QD=18.3331;RBI=0.0538057;REFB=-0.0183016;REVB=-0.05372;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189629;STB=0.59837;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0275261;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:20:15:23:13:20:15:23:14 chr20 42225114 . G A 520.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.12;QD=59.4671;RBI=0.0232739;REFB=0;REVB=0.0217385;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8089e-05;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:7:27:0:0:8:27:0:0 chr20 42310509 . T C 526.67 PASS AF=1;AO=28;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688928;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.11;QD=60.1905;RBI=0.0809828;REFB=0;REVB=0.0425676;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520372;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:28:35:1:18:10:0:0:19:16:0:0 chr20 42328639 . T C 1786.79 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.131;QD=60.5692;RBI=0.0469189;REFB=0;REVB=0.0467005;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530492;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:107:118:0:0:104:118:1:47:57:0:0:59:59:0:0 chr20 42425127 . G A 198.38 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00734374;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.073;QD=11.0212;RBI=0.030419;REFB=-0.014669;REVB=0.0295193;RO=47;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409853;STB=0.523791;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0400281;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:47:25:25:0.347222:11:14:28:19:11:14:28:19 chr20 42425178 . A G 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0183926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.274;QD=8.88643;RBI=0.0242678;REFB=-0.0142877;REVB=0.0158315;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165178;STB=0.599867;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0298028;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:6:9:17:20:6:9:17:20 chr20 42747247 . C T 669.99 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00345999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.402;QD=23.103;RBI=0.0115167;REFB=-0.0164398;REVB=0.0109846;RO=49;SAF=30;SAR=35;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751274;STB=0.530822;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0101243;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:49:51:65:65:0.560345:35:30:18:31:35:30:20:31 chr20 42815190 . G A 670.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.768;QD=62.3341;RBI=0.0590048;REFB=0;REVB=0.0339065;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191647;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:31:11:0:0:32:11:0:0 chr20 42891934 . C T 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0505553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.162;QD=16.894;RBI=0.0509886;REFB=-0.0169823;REVB=0.00663367;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129192;STB=0.572557;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0156648;OID=.;OPOS=42891934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:20:17:19:13:20:17 chr20 42939750 . T C 173.78 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0757719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5756;QD=46.3424;RBI=0.128685;REFB=0;REVB=-0.104011;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00318718;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:10:15:1:5:5:0:0:6:9:0:0 chr20 43059211 . A C 773.3 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4038;QD=61.8638;RBI=0.126095;REFB=-0.0940367;REVB=0.116704;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00416055;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:19:30:0:0:19:30:0:1 chr20 43089819 . G A 404.19 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0135026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8546;QD=48.9926;RBI=0.0525029;REFB=-0.172405;REVB=0.0507369;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.524983;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0177073;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:33:33:1:3:30:30:0.909091:12:18:1:0:12:18:1:2 chr20 43123028 . G A 361.11 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.012154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.486;QD=14.3014;RBI=0.0128106;REFB=-0.0166093;REVB=-0.00404889;RO=56;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103832;STB=0.546747;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0198854;OID=.;OPOS=43123028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:56:60:41:41:0.405941:20:21:23:33:20:21:26:34 chr20 43264927 . C T 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.874;QD=62.3448;RBI=0.0414635;REFB=0;REVB=-0.0389574;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52657e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr20 43348735 . C A 129.66 PASS AF=0.823529;AO=13;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00202789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.436;QD=30.5073;RBI=0.0828698;REFB=-0.022112;REVB=0.082845;RO=3;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108807;STB=0.555482;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00926862;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:17:17:3:3:13:14:0.823529:2:11:3:0:2:12:3:0 chr20 43378770 . A G 1840.3 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.82921e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.305;QD=61.3433;RBI=0.0439564;REFB=0;REVB=0.0439564;RO=0;SAF=72;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64612e-05;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:46:72:0:0:47:73:0:0 chr20 43379264 . A C 91.86 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200073;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.456;QD=40.8284;RBI=0.203266;REFB=0;REVB=0.0358833;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135886;OID=.;OPOS=43379264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr20 43379454 . T C 419.81 PASS AF=0.888889;AO=29;DP=34;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0445268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3628;QD=46.6453;RBI=0.0593252;REFB=-0.0633756;REVB=0.0392026;RO=1;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238907;STB=0.548476;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0156077;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:34:36:1:4:29:32:0.888889:10:19:1:0:11:21:1:3 chr20 43509516 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0174503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.841;QD=5.95754;RBI=0.0435808;REFB=0.0136288;REVB=0.0399346;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.587933;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0331662;OID=.;OPOS=43509516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:8:10:4:2:8:10 chr20 43509597 . C A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00165002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.289;QD=17.4278;RBI=0.00696664;REFB=-0.0155518;REVB=0.00676842;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957813;STB=0.521388;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0179265;OID=.;OPOS=43509597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:8:10:13:10:9:10:13:10 chr20 43547677 . T G 257.31 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.023242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7897;QD=13.7233;RBI=0.0233415;REFB=0.0144602;REVB=-0.00215285;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118908;STB=0.559961;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0273356;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:15:15:27:17:15:15:27:18 chr20 43565622 . G A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0368791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.733;QD=14.3247;RBI=0.0391497;REFB=-0.0160236;REVB=-0.0131387;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118349;STB=0.567117;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0237869;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:14:14:15:24:14:14:15:24 chr20 43566787 . A G 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0446136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.692;QD=22.3751;RBI=0.044615;REFB=-0.0289498;REVB=0.000353573;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423297;STB=0.523351;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0225771;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:20:15:13:14:20:15:13:14 chr20 43629135 . G A 328.52 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.019061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2025;QD=16.2231;RBI=0.0681129;REFB=-0.0104308;REVB=-0.0653915;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080762;STB=0.546176;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0116056;OID=.;OPOS=43629135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:45:34:36:0.444444:17:17:25:18:19:17:25:20 chr20 43629911 . T C 432.0 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0158833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3714;QD=14.8966;RBI=0.0299439;REFB=-0.0162823;REVB=-0.0253842;RO=65;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106382;STB=0.567995;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0150425;OID=.;OPOS=43629911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:65:67:49:49:0.422414:22:27:29:36:22:27:29:38 chr20 43708297 . T G 589.28 PASS AF=0.393064;AO=68;DP=173;FAO=68;FDP=173;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.00572372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.223;QD=13.6249;RBI=0.00649607;REFB=-0.00140345;REVB=-0.00307214;RO=104;SAF=48;SAR=20;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283703;STB=0.658072;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00282403;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:104:105:68:68:0.393064:20:48:47:57:20:48:48:57 chr20 43933021 . G T 405.21 PASS AF=0.66;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0169192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.237;QD=32.4165;RBI=0.0450067;REFB=-0.0884295;REVB=0.0417055;RO=16;SAF=12;SAR=21;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732709;STB=0.517499;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0327025;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:16:17:33:33:0.66:21:12:6:10:21:12:7:10 chr20 43933163 . T C 528.55 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0152778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.025;QD=17.9168;RBI=0.0241638;REFB=-0.0183117;REVB=-0.018721;RO=62;SAF=39;SAR=17;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199777;STB=0.611324;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0210041;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:17:39:31:31:17:39:31:31 chr20 43942676 . T C 363.99 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00575182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.1;QD=18.4301;RBI=0.00922284;REFB=-0.0183937;REVB=-0.00720953;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953171;STB=0.545189;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0315132;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:41:37:38:0.481013:17:20:18:23:18:20:18:23 chr20 43995880 . T G 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0053181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.191;QD=10.9519;RBI=0.0364407;REFB=-0.00838318;REVB=-0.0360505;RO=47;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432182;STB=0.748245;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0140638;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:8:17:13:34:8:17:13:34 chr20 43996454 . G T 382.18 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0102248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2549;QD=19.8535;RBI=0.0269732;REFB=0.00264663;REVB=-0.0249601;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574318;STB=0.531884;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00288625;OID=.;OPOS=43996454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:22:17:19:19:22:17:19:19 chr20 44005936 . C T 541.38 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0359297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.595;QD=24.891;RBI=0.0371921;REFB=-0.0117752;REVB=0.00960763;RO=37;SAF=23;SAR=27;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145727;STB=0.579685;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00648363;OID=.;OPOS=44005936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:27:23:24:13:27:23:24:13 chr20 44054349 . T C 688.5 PASS AF=0.388889;AO=77;DP=198;FAO=77;FDP=198;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=0.00890881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.594;QD=13.9091;RBI=0.0182073;REFB=-0.00984779;REVB=-0.0158789;RO=121;SAF=51;SAR=26;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152148;STB=0.586022;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0136236;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:121:121:77:77:0.388889:26:51:64:57:26:51:64:57 chr20 44141331 . A G 1061.82 PASS AF=0.95;AO=71;DP=75;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0246636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.154;QD=53.0908;RBI=0.0278311;REFB=-0.0939444;REVB=0.0128947;RO=4;SAF=35;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258767;STB=0.513154;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000810197;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:75:80:4:4:71:76:0.95:36:35:3:1:39:37:3:1 chr20 44170797 . C T 252.59 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00303602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.079;QD=17.4199;RBI=0.0132704;REFB=0.0135;REVB=-0.0129185;RO=30;SAF=20;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188738;STB=0.612159;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00967012;OID=.;OPOS=44170797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:30:27:28:0.482759:7:20:17:13:7:21:17:13 chr20 44171455 . T C 335.97 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00512395;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.05;QD=13.0472;RBI=0.00517365;REFB=-0.0130774;REVB=-0.000715382;RO=62;SAF=22;SAR=18;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104381;STB=0.552997;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0201187;OID=.;OPOS=44171455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:63:40:40:0.38835:18:22:40:22:18:22:40:23 chr20 44174238 . G C 333.43 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00874011;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.96;QD=18.7849;RBI=0.0272262;REFB=-0.0195193;REVB=-0.0257852;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116467;STB=0.50649;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.017769;OID=.;OPOS=44174238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:36:35:35:0.492958:19:16:16:20:19:16:16:20 chr20 44174249 . G T 365.05 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0846244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8508;QD=18.7204;RBI=0.0900801;REFB=-0.0404478;REVB=-0.030873;RO=37;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600355;STB=0.551255;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0389326;OID=.;OPOS=44174249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:40:38:38:0.487179:19:19:16:21:19:19:16:24 chr20 44174423 . G A 1470.79 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0112476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.164;QD=60.0321;RBI=0.0174484;REFB=0.0173072;REVB=-0.0133394;RO=3;SAF=64;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000955945;STB=0.500244;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.000182667;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:98:3:3:94:95:0.969388:30:64:2:1:31:64:2:1 chr20 44184375 . T C 491.75 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00592794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.822;QD=22.6091;RBI=0.0288932;REFB=-0.0048676;REVB=-0.0282785;RO=39;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958523;STB=0.557312;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00230812;OID=.;OPOS=44184375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:40:47:47:0.54023:21:26:26:13:21:26:27:13 chr20 44188489 . A C 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00190018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.099;QD=55.0343;RBI=0.0091171;REFB=-0.0422779;REVB=0.00891689;RO=2;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025512;STB=0.513509;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00176058;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:36:27:0:2:36:27:0:2 chr20 44238741 . T G 423.17 PASS AF=0.398374;AO=47;DP=120;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0121777;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4087;QD=13.7616;RBI=0.0383624;REFB=0.0017943;REVB=-0.0363783;RO=73;SAF=28;SAR=19;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822086;STB=0.552691;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00496079;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:73:74:47:49:0.398374:19:28:38:35:19:30:39:35 chr20 44314609 . A G 833.82 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0633;QD=57.5048;RBI=0.069564;REFB=0;REVB=-0.0369511;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211403;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:37:21:0:0 chr20 44352620 . G A 433.32 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00932552;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.449;QD=16.1988;RBI=0.0173314;REFB=0.0117638;REVB=-0.0146087;RO=59;SAF=22;SAR=26;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165371;STB=0.59224;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0235103;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:59:59:48:48:0.448598:26:22:37:22:26:22:37:22 chr20 44378577 . T C 251.55 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0108209;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.265;QD=18.9852;RBI=0.0112992;REFB=-0.0213414;REVB=-0.00325262;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154442;STB=0.586601;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0186;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:9:18:13:13:9:18:13:13 chr20 44417643 . A G 178.84 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0886344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4536;QD=16.636;RBI=0.0900804;REFB=0.00173306;REVB=0.0160758;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187644;STB=0.61891;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00249162;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:24:19:19:0.44186:4:15:14:8:4:15:15:9 chr20 44417675 . G C 183.41 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0394882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.0911;QD=17.4678;RBI=0.0399799;REFB=-0.0184078;REVB=-0.00625098;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349629;STB=0.519979;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0192664;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:15:8:6:13:15:8 chr20 44418564 . A G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0153021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.672;QD=16.0291;RBI=0.0263079;REFB=-0.0240385;REVB=-0.0213998;RO=30;SAF=20;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246905;STB=0.641384;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0270259;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:5:20:18:12:5:20:18:12 chr20 44452697 . C A 276.71 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0486184;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.051;QD=18.1446;RBI=0.0487094;REFB=-0.00121577;REVB=0.00297666;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156743;STB=0.508766;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00147776;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:15:16:16:14:15:16 chr20 44469290 . G A 60.07 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0295424;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.11;QD=17.1617;RBI=0.0367586;REFB=-0.019326;REVB=-0.0218734;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414385;STB=0.749374;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0644616;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:6:6:7:8:0.571429:2:5:1:5:2:6:1:5 chr20 44470676 . T C 280.26 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=5;FWDB=-0.00590801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.407;QD=16.7316;RBI=0.00638902;REFB=-0.00898965;REVB=0.00243207;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=31;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408347;STB=0.725814;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0091216;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:31:5:18:13:31:5 chr20 44501458 . A G 159.3 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0102327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.494;QD=17.2211;RBI=0.0108594;REFB=-0.0141136;REVB=0.00363575;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189116;STB=0.664025;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0125823;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:20:17:17:0.459459:4:13:10:7:4:13:10:10 chr20 44505973 . T C 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0195468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.838;QD=21.5458;RBI=0.0236701;REFB=0.0140546;REVB=-0.013349;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175524;STB=0.59985;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0336773;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:5:5:4:10:5:5 chr20 44506418 . G A 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0155989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.128;QD=14.8588;RBI=0.0180082;REFB=-0.00819162;REVB=-0.00899821;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503063;STB=0.528438;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0103775;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:13:20:30:16:13:20:30:16 chr20 44512792 . CTG C,TAC 152.53 PASS AF=0.441176,0.0588235;AO=13,2;DP=33;FAO=15,2;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5,2;FSAR=10,0;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0239447,-0.0757369;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=184.439,100.071;QD=17.9451;RBI=0.0264999,0.0766216;REFB=-0.00826672,0.0276257;REVB=-0.0113533,-0.01161;RO=16;SAF=3,2;SAR=10,0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.394106,0.488772;STB=0.666444,0.993223;STBP=0.09,0.301;TYPE=del,mnp;VARB=0.0133174,0.0117343;OID=.,.;OPOS=44512793,44512792;OREF=TG,CTG;OALT=-,TAC;OMAPALT=C,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:13,2:15,2:0.441176,0.0588235:10,0:3,2:10:6:10,0:5,2:11:6 chr20 44513289 . T C 183.57 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00764984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7807;QD=9.92266;RBI=0.0101523;REFB=0.00696306;REVB=0.00667444;RO=50;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709968;STB=0.541632;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0154814;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:13:11:26:24:13:11:26:24 chr20 44513357 . G A 240.8 PASS AF=0.375;AO=24;DP=74;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0170111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.207;QD=12.0398;RBI=0.0170112;REFB=-0.00767133;REVB=2.05254e-05;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239754;STB=0.504185;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0119784;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:48:50:24:30:0.375:13:11:21:27:16:14:23:27 chr20 44520237 . CCTG C 85.18 PASS AF=0.326087;AO=25;DP=71;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=-0.123841;FXX=0.424947;HRUN=2;LEN=3;MLLD=154.68;QD=7.40667;RBI=0.143538;REFB=-0.0611266;REVB=-0.0725717;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119208;STB=0.63042;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=0.103956;OID=.;OPOS=44520238;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087:25:71:15:46:31:1:14:4:27:85:37:13:12:15:22 chr20 44523547 . G A 150.43 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00176922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.849;QD=14.6759;RBI=0.0158579;REFB=-0.0102993;REVB=-0.0157589;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623546;STB=0.526995;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0133223;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:5:12:15:8:5:12:16:8 chr20 44578674 . T A 731.56 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4004;QD=56.2737;RBI=0.0299447;REFB=0;REVB=0.00181338;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520662;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr20 44578961 . A G 976.1 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285923;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.54;QD=59.1575;RBI=0.0337826;REFB=0;REVB=-0.017993;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09956e-05;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:67:66:1:27:40:0:0:26:40:0:0 chr20 44596207 . C G 1340.24 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.953;QD=62.3368;RBI=0.0477862;REFB=0;REVB=0.0370798;RO=0;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02378e-05;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:28:55:0:0:30:56:0:0 chr20 44640225 . A G 967.89 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.444;QD=58.6601;RBI=0.0106949;REFB=0;REVB=-0.00366013;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59375e-05;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:18:47:0:0:19:47:0:0 chr20 44642406 . G C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.384;QD=63.871;RBI=0.0466132;REFB=0;REVB=0.0343947;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7491e-05;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr20 44642833 . A C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0169421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.368;QD=12.0146;RBI=0.0338426;REFB=-0.0162683;REVB=-0.0292966;RO=34;SAF=16;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250096;STB=0.647455;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0410097;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:4:16:21:13:4:16:21:13 chr20 44678348 . G A 1043.42 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0108848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.516;QD=55.6489;RBI=0.018034;REFB=-0.154256;REVB=0.0143787;RO=3;SAF=47;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263892;STB=0.513969;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00182042;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:3:3:72:72:0.96:25:47:1:2:25:47:1:2 chr20 44688302 . G A 687.41 PASS AF=0.57265;AO=65;DP=116;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.004255;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.897;QD=23.5012;RBI=0.00487009;REFB=-0.00747412;REVB=-0.00236912;RO=47;SAF=36;SAR=29;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131017;STB=0.57532;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00697418;OID=.;OPOS=44688302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:47:50:65:67:0.57265:29:36:18:29:31:36:18:32 chr20 44688730 . G A 2410.98 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9963;QD=61.0375;RBI=0.0263539;REFB=0;REVB=0.0210422;RO=0;SAF=77;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33961e-06;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:80:77:0:0:80:78:0:0 chr20 44691350 . T G 412.7 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0168955;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.411;QD=23.5829;RBI=0.0174229;REFB=-0.00113514;REVB=0.0042544;RO=29;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619012;STB=0.545432;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00054475;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:29:30:39:40:0.571429:15:24:20:9:16:24:21:9 chr20 44746982 . T C 138.32 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0117209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.495;QD=11.7715;RBI=0.0553427;REFB=-0.0303483;REVB=0.0540873;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125315;STB=0.543079;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0431377;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:31:15:16:0.340426:4:11:23:8:5:11:23:8 chr20 44994696 . A G 472.22 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0032149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.814;QD=14.6424;RBI=0.036517;REFB=0.0021946;REVB=0.0363752;RO=76;SAF=34;SAR=19;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111674;STB=0.562993;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00258932;OID=.;OPOS=44994696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:76:53:53:0.410853:19:34:41:35:19:34:41:35 chr20 44996182 . A G 538.08 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.892;QD=59.7871;RBI=0.131623;REFB=0;REVB=-0.0123688;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464206;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr20 44999028 . T C 322.78 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.020072;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4708;QD=16.1391;RBI=0.0202858;REFB=-0.023822;REVB=0.00293755;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227673;STB=0.532543;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0265664;OID=.;OPOS=44999028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:45:34:35:0.4375:15:19:25:18:16:19:27:18 chr20 45085437 . C CTTT 361.47 PASS AF=0.411765;AO=32;DP=106;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00135824;FXX=0.0377323;HRUN=0;LEN=3;MLLD=265.106;QD=14.1755;RBI=0.0154053;REFB=-0.00755797;REVB=-0.0153453;RO=61;SAF=16;SAR=16;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17752;STB=0.6373;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0112424;OID=.;OPOS=45085438;OREF=-;OALT=TTT;OMAPALT=CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:32:106:42:102:60:18:24:40:20:99:61:16:16:40:21 chr20 45140681 . T A 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00623455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.144;QD=10.9434;RBI=0.0301048;REFB=-0.0164851;REVB=-0.0294522;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013377;STB=0.500962;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0392068;OID=.;OPOS=45140681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:7:13:23:13:7:13:24:13 chr20 45217858 . A G 388.12 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0135135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7087;QD=17.0603;RBI=0.0289562;REFB=-0.0044694;REVB=0.0256095;RO=47;SAF=12;SAR=28;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113287;STB=0.578907;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00878078;OID=.;OPOS=45217858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:50:40:41:0.450549:28:12:19:28:29:12:21:29 chr20 45354291 . G A 528.66 PASS AF=0.402597;AO=60;DP=168;FAO=62;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=31;FWDB=0.00313152;FXX=0.0778397;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7043;QD=13.7315;RBI=0.0766117;REFB=0.00801157;REVB=0.0765477;RO=70;SAF=35;SAR=25;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164741;STB=0.560777;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0113576;OID=.;OPOS=45354291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:154:70:92:60:62:0.402597:25:35:52:18:27:35:61:31 chr20 45817255 . A C 1858.17 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2892;QD=61.4271;RBI=0.00842501;REFB=0;REVB=0.00800765;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64891e-05;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr20 45839076 . A T 36.13 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0601936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.2493;QD=5.55789;RBI=0.0707896;REFB=-0.0148536;REVB=-0.0372544;RO=18;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115693;STB=0.610731;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0110761;OID=.;OPOS=45839076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:26:26:18:19:5:6:0.230769:2:3:9:9:2:4:10:9 chr20 45839078 . C T 60.83 PASS AF=0.346154;AO=6;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0526034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0275;QD=9.35803;RBI=0.0526064;REFB=-0.00757042;REVB=-0.000560858;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399996;STB=0.629974;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00559321;OID=.;OPOS=45839078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:25:26:14:17:6:9:0.346154:4:2:10:4:5:4:11:6 chr20 45853037 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.541;QD=55.6555;RBI=0.0371269;REFB=0;REVB=-0.0370737;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290864;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr20 45867852 . A G 125.18 PASS AF=0.4;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0528851;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9033;QD=14.306;RBI=0.0530854;REFB=-0.0392029;REVB=0.00460738;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163526;STB=0.596186;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0266171;OID=.;OPOS=45867852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:21:21:14:14:0.4:10:4:9:12:10:4:9:12 chr20 46331275 . G A 510.11 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00772854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.616;QD=13.2495;RBI=0.0121919;REFB=-0.0104275;REVB=0.00942937;RO=94;SAF=29;SAR=31;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868176;STB=0.549012;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0193923;OID=.;OPOS=46331275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:94:94:60:60:0.38961:31:29:53:41:31:29:53:41 chr20 46365571 . A G 947.73 PASS AF=0.513812;AO=93;DP=182;FAO=93;FDP=181;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0339226;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.797;QD=20.9442;RBI=0.0369099;REFB=-0.033154;REVB=-0.0145465;RO=89;SAF=34;SAR=59;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474268;STB=0.528308;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.031488;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:89:88:93:93:0.513812:59:34:37:52:59:34:37:51 chr20 47241618 . A G 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.95;QD=61.3322;RBI=0.0265511;REFB=0;REVB=0.0263807;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120758;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr20 47253150 . T C 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2517;QD=60.2021;RBI=0.0706676;REFB=0;REVB=0.027368;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155126;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr20 47258763 . C T 611.03 PASS AF=0.438356;AO=63;DP=145;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.0216917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.661;QD=16.7406;RBI=0.0232757;REFB=-0.0170565;REVB=-0.00843959;RO=82;SAF=35;SAR=28;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180958;STB=0.506096;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0212389;OID=.;OPOS=47258763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:82:82:63:64:0.438356:28:35:47:35:28:36:47:35 chr20 47261017 . T C 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00630887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.772;QD=18.3163;RBI=0.00861871;REFB=-0.00761539;REVB=-0.00587199;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759858;STB=0.547505;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00906377;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:18:21:26:16:18:21:27:16 chr20 47262549 . C T 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0283995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.633;QD=19.701;RBI=0.0481046;REFB=-0.0139204;REVB=0.0388267;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131229;STB=0.574537;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00794719;OID=.;OPOS=47262549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:8:8:11:6:8:8 chr20 47267480 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0277495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5901;QD=19.6457;RBI=0.0277536;REFB=0.0241441;REVB=-0.000478681;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.559889;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0316614;OID=.;OPOS=47267480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:4:4:4:7:4:4 chr20 47267940 . G A 549.06 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00274439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4687;QD=23.8724;RBI=0.00810943;REFB=-0.0265548;REVB=0.00763094;RO=40;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236143;STB=0.518559;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.021531;OID=.;OPOS=47267940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:41:51:51:0.554348:24:27:20:20:24:27:20:21 chr20 47269233 . C G 743.84 PASS AF=0.546154;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0266613;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1946;QD=22.8875;RBI=0.0508186;REFB=0.000333315;REVB=0.0432632;RO=57;SAF=45;SAR=26;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120481;STB=0.574704;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.000943938;OID=.;OPOS=47269233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:57:59:71:71:0.546154:26:45:28:29:26:45:28:31 chr20 47273726 . C T 254.23 PASS AF=0.439394;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0101913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.546;QD=15.408;RBI=0.0110116;REFB=-0.0134874;REVB=-0.00417046;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665201;STB=0.506325;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0141326;OID=.;OPOS=47273726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:36:37:27:29:0.439394:11:16:19:17:13:16:20:17 chr20 47307618 . G A 508.44 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0262834;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77;QD=16.6702;RBI=0.0268329;REFB=-0.0148116;REVB=0.00540218;RO=66;SAF=27;SAR=28;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356301;STB=0.515507;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0269495;OID=.;OPOS=47307618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:67:55:55:0.45082:28:27:30:36:28:27:31:36 chr20 47630449 . C T 750.71 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392494;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.113;QD=63.89;RBI=0.0407825;REFB=0;REVB=0.011077;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268655;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr20 47712930 . G T 497.17 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0136775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.619;QD=23.6748;RBI=0.0237746;REFB=0.0359916;REVB=-0.0194463;RO=37;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320581;STB=0.517604;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0320272;OID=.;OPOS=47712930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:26:21:18:19:26:21:18:19 chr20 47827009 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 293.44 PASS AF=0.795455,0.204545;AO=20,11;DP=45;FAO=35,9;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17,5;FSAR=18,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396215,0.0433646;FXX=0.0222173;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.53426,16.3171;QD=26.6761;RBI=0.375856,0.177232;REFB=-0.0318156,-0.0117473;REVB=0.373762,0.171845;RO=9;SAF=13,7;SAR=7,4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.29998,0.393937;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0925001,-0.0192608;OID=.,.;OPOS=47827010,47827016;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.795455,0.204545:20,11:45:35,9:44:0:17,5:18,4:0:0:30:9:13,7:7,4:1:8 chr20 47874063 . T C 316.3 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.033735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1572;QD=12.4041;RBI=0.0462019;REFB=-0.00250057;REVB=-0.0315684;RO=63;SAF=25;SAR=13;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220151;STB=0.621628;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00324688;OID=.;OPOS=47874063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:38:38:0.372549:13:25:29:34:13:25:30:34 chr20 48122140 . G A 215.5 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=0.0314093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7638;QD=10.9112;RBI=0.0366558;REFB=0.000376189;REVB=0.0188972;RO=52;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180871;STB=0.603744;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000187066;OID=.;OPOS=48122140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:17:10:12:40:17:10:12:40 chr20 48140682 . C T 117.55 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0185202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.291;QD=12.3739;RBI=0.0250014;REFB=-0.00479223;REVB=0.016795;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405333;STB=0.534835;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0079649;OID=.;OPOS=48140682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:8:6:9:14:8:6:9:15 chr20 48250746 . AC A,AA 139.09 PASS AF=0.323529,0.147059;AO=11,6;DP=36;FAO=11,5;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5,2;FSAR=6,3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00157074,-0.00303765;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.35,261.532;QD=16.3639;RBI=0.0260085,0.0258194;REFB=-0.0137916,-0.0124315;REVB=-0.0259611,-0.0256401;RO=18;SAF=5,3;SAR=6,3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0697097,0.128081;STB=0.541327,0.509055;STBP=0.755,0.997;TYPE=del,snp;VARB=0.0115133,0.0190628;OID=.,.;OPOS=48250747,48250747;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529,0.147059:11,6:36:11,5:34:18:5,2:6,3:7:11:59:18:5,3:6,3:7:11 chr20 48250853 . ACCCC ACCCA,ACCC 34.41 PASS AF=0,0.169811;AO=2,14;DP=55;FAO=0,9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=0,7;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.104296,-0.105047;FXX=0.0535619;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=57.2763,11.5164;QD=2.59681;RBI=0.105885,0.111847;REFB=-0.0126413,-0.0843279;REVB=-0.0182746,0.0384057;RO=33;SAF=1,7;SAR=1,7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121885,0.159342;STB=0.5,0.851751;STBP=1,0.041;TYPE=snp,del;VARB=0,0.114235;OID=.,.;OPOS=48250857,48250854;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=ACCCA,ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.169811:2,14:55:0,9:53:44:0,7:0,2:13:31:35:33:1,7:1,7:12:21 chr20 48257149 . C T 754.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1177;QD=56.9234;RBI=0.0416506;REFB=0;REVB=-0.0318135;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588463;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr20 48259034 . A G 155.3 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0273087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0507;QD=15.1512;RBI=0.0292421;REFB=-0.00492605;REVB=0.0104563;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112025;STB=0.564877;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00823952;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:13:11:6:11:13:11 chr20 48491258 . T G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.182;QD=60.2046;RBI=0.0161964;REFB=0;REVB=0.00850542;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76411e-05;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr20 48520610 . A G 1749.25 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.108;QD=60.8434;RBI=0.0377013;REFB=0;REVB=0.0140322;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73254e-05;OID=.;OPOS=48520610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:63:52:0:0:63:52:0:0 chr20 48522330 . G A 1085.59 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.369;QD=57.8979;RBI=0.0577574;REFB=-0.138131;REVB=0.0357765;RO=1;SAF=48;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975393;STB=0.505153;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000729764;OID=.;OPOS=48522330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:25:48:1:0:26:48:1:0 chr20 48522585 . G A 851.13 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.438;QD=57.704;RBI=0.0547672;REFB=0;REVB=0.029946;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176641;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr20 48524827 . A G 322.76 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.134;QD=53.7936;RBI=0.0457657;REFB=0;REVB=0.010748;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465306;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr20 48569240 . TGG TG,TGA,TTG 2023.83 PASS AF=1,0,0;AO=117,7,7;DP=134;FAO=136,0,0;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78,0,0;FSAR=58,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154165,0.0532549,-0.0841513;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=24.966,4.41083,4.53709;QD=59.5244;RBI=0.0297782,0.0683662,0.0844428;REFB=0,0,0;REVB=-0.0254769,0.0428702,0.00700999;RO=0;SAF=63,4,7;SAR=54,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000403443,0,0;OID=.,.,.;OPOS=48569241,48569242,48569241;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=TG,TGA,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:117,7,7:134:136,0,0:136:0:78,0,0:58,0,0:0:0:11:0:63,4,7:54,3,0:0:0 chr20 48569278 . T C 1748.28 PASS AF=0.9375;AO=118;DP=127;FAO=120;FDP=128;FR=.;FRO=8;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0110419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.281;QD=54.6338;RBI=0.0565135;REFB=-0.058652;REVB=0.0554243;RO=8;SAF=70;SAR=48;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115918;STB=0.505915;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00188338;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:127:128:8:8:118:120:0.9375:48:70:4:4:49:71:4:4 chr20 48700947 . T C 674.24 PASS AF=0.432749;AO=74;DP=171;FAO=74;FDP=171;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.00938849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.771;QD=15.7717;RBI=0.0269474;REFB=-0.00627856;REVB=0.025259;RO=97;SAF=39;SAR=35;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833359;STB=0.546427;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00861016;OID=.;OPOS=48700947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:97:97:74:74:0.432749:35:39:59:38:35:39:59:38 chr20 48713049 . G A 313.36 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.491;QD=50.1383;RBI=0.0359407;REFB=-0.141429;REVB=-0.0305739;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000831964;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:1:0:15:9:1:0 chr20 48729677 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.459;QD=42.1826;RBI=0.0523355;REFB=0;REVB=0.0501468;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374584;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr20 49214156 . A G 1039.12 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.201;QD=59.3785;RBI=0.0291052;REFB=0;REVB=-0.0267991;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04639e-05;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:32:36:0:0:33:37:0:0 chr20 49367076 . T G 1815.8 PASS AF=0.96063;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0456638;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.508;QD=57.1904;RBI=0.0828499;REFB=-0.251565;REVB=0.0691297;RO=5;SAF=62;SAR=60;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808397;STB=0.50426;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00230246;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:127:127:5:5:122:122:0.96063:60:62:2:3:60:62:2:3 chr20 49369006 . A G 1520.77 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.066;QD=59.059;RBI=0.0234055;REFB=0;REVB=0.00594392;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094624;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:102:103:1:46:56:0:0:47:56:0:0 chr20 49369605 . C CCT 140.31 PASS AF=0.263158;AO=12;DP=83;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00376649;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.839;QD=7.38455;RBI=0.0339591;REFB=-0.0107287;REVB=-0.0337495;RO=67;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203209;STB=0.561435;STBP=0.554;TYPE=ins;VARB=0.0273939;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:12:83:20:76:56:8:12:27:29:99:67:7:5:28:39 chr20 49369613 . T TC 355.02 PASS AF=0.567164;AO=23;DP=92;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00474796;FXX=0.0821805;HRUN=0;LEN=1;MLLD=175.494;QD=21.1949;RBI=0.0267079;REFB=-0.0112752;REVB=-0.0262825;RO=63;SAF=9;SAR=14;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858996;STB=0.560495;STBP=0.301;TYPE=ins;VARB=0.0153454;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567164:23:92:38:67:29:9:29:10:19:99:63:9:14:29:34 chr20 49369614 . T C 175.48 PASS AF=0.263736;AO=28;DP=95;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.00712458;FXX=0.0421008;HRUN=11;LEN=1;MLLD=144.324;QD=7.7134;RBI=0.0362517;REFB=-0.00946437;REVB=-0.0355447;RO=65;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271371;STB=0.626275;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0148222;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:91:65:67:28:24:0.263736:12:16:22:43:12:12:22:45 chr20 49620783 . G T 1377.24 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.188;QD=62.6017;RBI=0.0760857;REFB=0;REVB=-0.0136648;RO=0;SAF=57;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143693;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:31:57:0:0:31:57:0:0 chr20 50069517 . G A 655.78 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=157;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0314788;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.109;QD=16.8149;RBI=0.0314814;REFB=-0.0250785;REVB=0.000403945;RO=85;SAF=31;SAR=40;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336792;STB=0.518716;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0300306;OID=.;OPOS=50069517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:85:85:71:71:0.455128:40:31:40:45:40:31:40:45 chr20 50092027 . T G 624.74 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0233335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.93;QD=20.153;RBI=0.0234161;REFB=-0.000741493;REVB=0.001966;RO=60;SAF=23;SAR=40;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181869;STB=0.596671;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000652661;OID=.;OPOS=50092027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:61:63:63:0.508065:40:23:34:26:40:23:34:27 chr20 50140627 . G C 150.57 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0231005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.19;QD=12.5478;RBI=0.0232824;REFB=-0.0248561;REVB=0.00290399;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698909;STB=0.545637;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0428274;OID=.;OPOS=50140627;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:31:17:17:0.354167:6:11:17:12:6:11:18:13 chr20 50217620 . A G 319.54 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0103696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3751;QD=18.5243;RBI=0.0290338;REFB=-0.0202508;REVB=0.0271189;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384442;STB=0.521428;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0170537;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:20:15:16:18:20:15 chr20 50287736 . C T 1434.64 PASS AF=1;AO=81;DP=87;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.804;QD=59.7768;RBI=0.157529;REFB=-0.0117629;REVB=0.156937;RO=5;SAF=59;SAR=22;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671775;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:96:5:0:81:96:1:22:59:0:5:35:61:0:0 chr20 50287790 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8213;QD=61.0486;RBI=0.00590533;REFB=0;REVB=0.00508742;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45385e-05;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr20 50307365 . A G 263.06 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00549333;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.895;QD=15.0318;RBI=0.0238054;REFB=-0.0118629;REVB=0.0231629;RO=40;SAF=19;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620581;STB=0.535187;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0243167;OID=.;OPOS=50307365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:40:30:30:0.428571:11:19:23:17:11:19:23:17 chr20 50408482 . A G 406.67 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00576583;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.507;QD=54.2231;RBI=0.00783115;REFB=-0.0938493;REVB=0.00529926;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.526297;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0019274;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:0:1:9:20:0:1 chr20 50803444 . C T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00975308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.553;QD=15.3048;RBI=0.0154746;REFB=0.00268487;REVB=-0.0120142;RO=39;SAF=25;SAR=5;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297562;STB=0.67101;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00200489;OID=.;OPOS=50803444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:5:25:24:15:5:25:24:15 chr20 50803573 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0332075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.727;QD=21.1716;RBI=0.0338262;REFB=0.00933141;REVB=0.00644009;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211319;STB=0.620483;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00709029;OID=.;OPOS=50803573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:3:5:4:8:3:5 chr20 51870849 . T C 2174.09 PASS AF=0.959459;AO=141;DP=148;FAO=142;FDP=148;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0669054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.229;QD=58.7593;RBI=0.0790527;REFB=-0.100253;REVB=0.0421069;RO=4;SAF=69;SAR=72;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267633;STB=0.50733;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00485539;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:148:148:4:6:141:142:0.959459:72:69:4:0:73:69:4:2 chr20 52105972 . C T 754.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8183;QD=56.9211;RBI=0.0226353;REFB=0;REVB=0.00176572;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112337;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr20 52192408 . C T 508.48 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0717122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.179;QD=16.6715;RBI=0.0725384;REFB=-0.0195221;REVB=-0.0109165;RO=67;SAF=34;SAR=21;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971843;STB=0.554271;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0312742;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:21:34:35:32:21:34:35:32 chr20 52193368 . C T 433.29 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0230002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7894;QD=13.6468;RBI=0.0337124;REFB=-0.0024225;REVB=-0.0246478;RO=77;SAF=17;SAR=33;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224767;STB=0.627405;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00480266;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:77:50:50:0.393701:33:17:42:35:33:17:42:35 chr20 52193660 . G A 272.57 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00724694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.51;QD=12.5318;RBI=0.0108037;REFB=0.00116699;REVB=-0.00801263;RO=55;SAF=21;SAR=10;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135854;STB=0.585234;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0025382;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:55:55:31:32:0.367816:10:21:31:24:10:22:31:24 chr20 52193698 . G A 232.45 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0232841;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.441;QD=12.397;RBI=0.0235097;REFB=0.00336946;REVB=-0.00324905;RO=46;SAF=18;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396693;STB=0.531545;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00835069;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:46:47:28:28:0.373333:10:18:28:18:10:18:28:19 chr20 52198340 . T A 317.99 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0124726;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.975;QD=15.1426;RBI=0.0128419;REFB=-0.00802234;REVB=0.00305774;RO=48;SAF=11;SAR=24;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179996;STB=0.609072;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0105925;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:35:35:0.416667:24:11:23:25:24:11:24:25 chr20 52611540 . C A 632.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7065;QD=61.6699;RBI=0.0496414;REFB=0;REVB=0.0371276;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121222;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr20 52644881 . GC CG 33.49 PASS AF=0.137931;AO=7;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0258178;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=32.2828;QD=2.30963;RBI=0.0266081;REFB=-0.0173447;REVB=-0.00643682;RO=42;SAF=0;SAR=7;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74904;STB=0.918872;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.10795;OID=.;OPOS=52644881;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:58:58:42:50:7:8:0.137931:7:0:30:12:7:1:35:15 chr20 52674615 . A G 1263.15 PASS AF=1;AO=74;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.262;QD=61.6169;RBI=0.0525023;REFB=0;REVB=0.0310425;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709145;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:74:82:1:35:39:0:0:43:39:0:0 chr20 52675188 . G T 780.57 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.353;QD=56.7689;RBI=0.128994;REFB=0;REVB=-0.0781607;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194783;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr20 52775528 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.484;QD=59.8656;RBI=0.0371919;REFB=0;REVB=-0.036855;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92993e-05;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr20 52781091 . C T 551.75 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0530348;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1266;QD=16.3481;RBI=0.0575814;REFB=0.0096848;REVB=0.022426;RO=76;SAF=32;SAR=27;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104192;STB=0.505821;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0150272;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:76:76:59:59:0.437037:27:32:42:34:27:32:42:34 chr20 52786219 . G A 389.94 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.000916543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.61;QD=21.6633;RBI=0.0076597;REFB=-0.0285289;REVB=0.00760467;RO=33;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883035;STB=0.548782;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0187356;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:16:23:16:17:16:23:16:17 chr20 54824029 . G A 449.8 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0132663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.009;QD=24.3136;RBI=0.0133504;REFB=-0.00445643;REVB=-0.00149645;RO=26;SAF=24;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933853;STB=0.531295;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00245831;OID=.;OPOS=54824029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:31:43:43:0.581081:19:24:11:15:19:24:15:16 chr20 54944791 . C G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0101238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.647;QD=17.9523;RBI=0.0122481;REFB=-0.0100439;REVB=-0.00689377;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506952;STB=0.528434;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00936084;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:12:15:14:14:12:15:14:14 chr20 54961463 . T C 1491.37 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.87;QD=63.4626;RBI=0.0467366;REFB=0;REVB=0.00878782;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58217e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr20 54961541 . A T 738.9 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0213703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1191;QD=54.7333;RBI=0.0542439;REFB=-0.0714912;REVB=0.049857;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0163266;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:19:34:0:1:19:34:0:1 chr20 55070268 . A T 740.87 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267589;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.208;QD=56.9899;RBI=0.0396226;REFB=0;REVB=0.0292217;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44581e-05;OID=.;OPOS=55070268;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr20 55072472 . A G 204.0 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.888;QD=45.3336;RBI=0.136821;REFB=0;REVB=0.0493;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694296;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:18:0:0:14:18:1:13:1:0:0:15:3:0:0 chr20 55088404 . A G 1264.56 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.369;QD=61.6857;RBI=0.0152538;REFB=0;REVB=0.0125263;RO=0;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41927e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:29:53:0:0:29:53:0:0 chr20 55108617 . C A 1256.53 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.276;QD=61.2943;RBI=0.0663946;REFB=0;REVB=0.0291105;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101973;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:37:43:0:0:39:43:0:0 chr20 55111371 . G A 754.51 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.857;QD=56.9442;RBI=0.0113392;REFB=0;REVB=0.00624651;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5495e-05;OID=.;OPOS=55111371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr20 55263662 . T G 253.17 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0500471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.498;QD=19.107;RBI=0.066598;REFB=0.00566682;REVB=-0.0439383;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187614;STB=0.605183;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00760419;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:9:18:12:14:9:18:12:14 chr20 55748206 . G A 669.39 PASS AF=0.960784;AO=40;DP=53;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000778083;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9463;QD=52.5008;RBI=0.0624625;REFB=-0.119894;REVB=0.0624576;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00277059;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:51:0:2:40:49:0.960784:12:28:0:0:15:34:2:0 chr20 55966695 . G C,GC 75.82 PASS AF=0.0675676,0.202703;AO=5,16;DP=75;FAO=5,15;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=5,10;FSAR=0,5;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00229581,-0.128229;FXX=0.0133316;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=216.933,9.78882;QD=4.09857;RBI=0.00296476,0.16412;REFB=0.00255858,-0.0743765;REVB=0.00187591,0.102434;RO=49;SAF=5,12;SAR=0,4;SRF=32;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.528578,0.142094;STB=0.9973,0.516107;STBP=0.049,0.92;TYPE=snp,ins;VARB=0.0106128,0.0458882;OID=.,.;OPOS=55966695,55966696;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:75:74:49:54:5,16:5,15:0.0675676,0.202703:0,4:5,12:32:17:0,5:5,10:35:19 chr20 56098733 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.782;QD=58.5846;RBI=0.0385794;REFB=0;REVB=0.0124977;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273855;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr20 56137184 . C T 285.7 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0381492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.932;QD=15.4434;RBI=0.0413733;REFB=-0.0220151;REVB=-0.016012;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190194;STB=0.606656;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.019732;OID=.;OPOS=56137184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:18:13:25:16:19:13:25:17 chr20 56137895 . G C 216.3 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0231833;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9931;QD=21.1022;RBI=0.0580973;REFB=-0.00884112;REVB=0.0532712;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156464;STB=0.587081;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00954984;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:6:15:17:3:6:15:17:3 chr20 56139403 . T C 531.48 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0052781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2557;QD=18.3269;RBI=0.0125903;REFB=-0.0108909;REVB=-0.0114306;RO=60;SAF=23;SAR=33;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130705;STB=0.572465;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.01548;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:33:23:33:27:33:23:33:27 chr20 56179422 . C A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.848;QD=53.9084;RBI=0.0329191;REFB=0;REVB=0.0146584;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161963;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr20 56182296 . A C 1837.99 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.852;QD=61.2663;RBI=0.0725342;REFB=0;REVB=0.0310502;RO=0;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136539;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:51:68:0:0:51:69:0:0 chr20 56186884 . T C 985.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727024;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0764;QD=58.8201;RBI=0.10912;REFB=0;REVB=0.0813724;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650727;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:37:26:0:0:37:30:0:0 chr20 56190634 . C T 524.09 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200088;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.149;QD=59.8957;RBI=0.0287253;REFB=0;REVB=0.0206104;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5338e-05;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr20 56224602 . G A 1140.74 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9264;QD=60.0391;RBI=0.0126101;REFB=0;REVB=0.00952928;RO=0;SAF=67;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493515;OID=.;OPOS=56224602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:4:67:0:0:7:69:0:0 chr20 56227514 . T C 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.154;QD=51.1715;RBI=0.0696431;REFB=0;REVB=0.0676207;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858848;OID=.;OPOS=56227514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr20 56227532 . T C 365.26 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.528;QD=54.1128;RBI=0.0938116;REFB=0;REVB=0.0923522;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103806;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr20 56793706 . G A 959.13 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5944;QD=57.2617;RBI=0.0454133;REFB=-0.046167;REVB=0.0307653;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000697142;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:37:28:0:1:38:28:0:1 chr20 56793764 . G A 798.91 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01105;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.504;QD=55.0972;RBI=0.0710092;REFB=-0.129593;REVB=0.0701441;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00166644;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:58:0:1:55:57:0.982759:29:26:0:0:31:26:0:1 chr20 56814892 . G T 1358.18 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7069;QD=62.4452;RBI=0.00896903;REFB=0;REVB=-0.007542;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88847e-05;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr20 57020556 . G C 866.99 PASS AF=0.483516;AO=88;DP=181;FAO=88;FDP=182;FR=.;FRO=94;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0286732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.861;QD=19.0547;RBI=0.0286861;REFB=-0.0124157;REVB=-0.000859901;RO=90;SAF=51;SAR=37;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164345;STB=0.579527;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0119272;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:90:94:88:88:0.483516:37:51:36:54:37:51:40:54 chr20 57042665 . A G 732.39 PASS AF=0.382222;AO=85;DP=223;FAO=86;FDP=225;FR=.;FRO=139;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=79;FSRR=60;FWDB=-0.0175183;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9586;QD=13.0203;RBI=0.0228368;REFB=-0.0180165;REVB=-0.0146502;RO=138;SAF=42;SAR=43;SRF=79;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858899;STB=0.549308;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0264503;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:225:138:139:85:86:0.382222:43:42:79:59:44:42:79:60 chr20 57045667 . T C 741.06 PASS AF=0.49375;AO=73;DP=155;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.0109774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.949;QD=18.5266;RBI=0.0249549;REFB=-0.0114464;REVB=-0.0224108;RO=81;SAF=36;SAR=37;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117104;STB=0.562514;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0093677;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:160:81:81:73:79:0.49375:37:36:30:51:40:39:30:51 chr20 57045694 . T A 786.01 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0102637;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.885;QD=18.9401;RBI=0.0369309;REFB=-0.00544652;REVB=-0.035476;RO=84;SAF=28;SAR=53;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149138;STB=0.579849;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0112228;OID=.;OPOS=57045694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:84:85:81:81:0.487952:53:28:42:42:53:28:42:43 chr20 57045765 . A G 411.48 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0183261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.305;QD=19.3639;RBI=0.0203878;REFB=-0.0259976;REVB=-0.00893386;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162863;STB=0.599953;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0333647;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:42:43:41:42:0.494118:18:23:16:26:18:24:16:27 chr20 57244493 . G A 268.77 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0129091;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.347;QD=10.1423;RBI=0.0182119;REFB=-0.0191697;REVB=-0.0128464;RO=71;SAF=12;SAR=23;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163189;STB=0.594995;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0289904;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:71:71:35:35:0.330189:23:12:34:37:23:12:34:37 chr20 57268867 . C A 497.79 PASS AF=0.481818;AO=52;DP=109;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=48;FWDB=0.0359084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.089;QD=18.1015;RBI=0.0382881;REFB=-0.00708656;REVB=-0.0132878;RO=57;SAF=9;SAR=43;SRF=9;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254764;STB=0.511107;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00693566;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:57:57:52:53:0.481818:43:9:9:48:44:9:9:48 chr20 57280575 . T C 493.49 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0286961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2708;QD=18.6224;RBI=0.03466;REFB=-0.00371982;REVB=0.0194383;RO=48;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298856;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:48:54:52:52:0.490566:26:26:25:23:26:26:27:27 chr20 57282190 . G A 338.3 PASS AF=0.465116;AO=34;DP=79;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00345457;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.204;QD=15.7346;RBI=0.00363484;REFB=-0.00331454;REVB=0.00113051;RO=44;SAF=29;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461312;STB=0.654875;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00945775;OID=.;OPOS=57282190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:44:46:34:40:0.465116:5:29:21:23:11:29:21:25 chr20 57290347 . C G 472.47 PASS AF=0.335329;AO=56;DP=169;FAO=56;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.0326458;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4006;QD=11.3167;RBI=0.0445184;REFB=-0.120045;REVB=-0.0302679;RO=93;SAF=21;SAR=35;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258926;STB=0.613456;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0337838;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:93:108:56:56:0.335329:35:21:57:36:35:21:59:49 chr20 57478807 . C T 728.77 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0205919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3321;QD=22.7741;RBI=0.0206276;REFB=0.00256979;REVB=0.00121408;RO=58;SAF=31;SAR=39;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537055;STB=0.529363;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0022812;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:58:70:70:0.546875:39:31:22:36:39:31:22:36 chr20 57563977 . G A 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0235403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.45;QD=23.5969;RBI=0.0266786;REFB=-0.0326794;REVB=0.0125539;RO=21;SAF=23;SAR=2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233763;STB=0.6329;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0176445;OID=.;OPOS=57563977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:2:23:17:4:2:23:17:4 chr20 57564070 . C T 276.32 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.00662566;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.64;QD=25.1196;RBI=0.026429;REFB=-0.0161979;REVB=0.025585;RO=18;SAF=19;SAR=6;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217731;STB=0.625269;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0161017;OID=.;OPOS=57564070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:25:25:0.568182:6:19:17:1:6:19:18:1 chr20 57571763 . A G 480.57 PASS AF=0.459016;AO=52;DP=119;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0159943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.113;QD=15.7565;RBI=0.0186258;REFB=-0.0232342;REVB=0.00954469;RO=65;SAF=16;SAR=36;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240383;STB=0.59635;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0246288;OID=.;OPOS=57571763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:65:66:52:56:0.459016:36:16:35:30:36:20:35:31 chr20 57572675 . A G 1102.53 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607446;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.235;QD=60.4129;RBI=0.00744908;REFB=0;REVB=-0.00431157;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95096e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:25:47:0:0:26:47:0:0 chr20 57599016 . T G 490.15 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1258;QD=56.0168;RBI=0.0374517;REFB=-0.107511;REVB=0.0272329;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00164837;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:14:20:0:0:14:20:0:1 chr20 57612390 . C G 1282.76 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9196;QD=61.8196;RBI=0.0372508;REFB=0;REVB=0.0372288;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153865;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr20 57829301 . T C 803.52 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00858252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.401;QD=55.4149;RBI=0.0104562;REFB=-0.119269;REVB=-0.00597262;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000636858;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:18:39:0:0:18:39:0:1 chr20 57833518 . G A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00479649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.007;QD=13.3141;RBI=0.015655;REFB=-0.00700619;REVB=0.0149021;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219273;STB=0.625298;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0106439;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:22:11:12:10:22:11 chr20 57833740 . T C 284.0 PASS AF=0.352941;AO=35;DP=98;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0200673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7603;QD=11.1374;RBI=0.0200962;REFB=0.00113011;REVB=0.00107837;RO=63;SAF=16;SAR=19;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144707;STB=0.585992;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00219115;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:63:66:35:36:0.352941:19:16:37:26:19:17:40:26 chr20 57834150 . A T 268.98 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0261097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.2673;QD=13.9727;RBI=0.0331708;REFB=-0.00295404;REVB=0.0204593;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222099;STB=0.625547;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00575977;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:16:15:32:14:16:15:32:14 chr20 58342349 . C T 431.49 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.058598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9589;QD=13.4839;RBI=0.0610004;REFB=-0.0305441;REVB=0.0169504;RO=75;SAF=26;SAR=24;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13659e-08;STB=0.511274;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0644326;OID=.;OPOS=58342349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:78:50:50:0.390625:24:26:39:36:24:26:42:36 chr20 58523103 . AG A,AA 222.59 PASS AF=0.545455,0.0909091;AO=3,13;DP=26;FAO=18,3;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=1,2;FSAR=17,1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00243286,0.000946276;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.707,199.105;QD=26.98;RBI=0.0159973,0.0150989;REFB=-0.0025034,-0.00293469;REVB=0.0158113,0.0150692;RO=9;SAF=0,3;SAR=3,10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.703681,-0.345162;STB=0.894182,0.57846;STBP=0,0.881;TYPE=del,snp;VARB=-0.00657075,0.0199472;OID=.,.;OPOS=58523104,58523104;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455,0.0909091:3,13:26:18,3:33:12:1,2:17,1:9:3:68:9:0,3:3,10:6:3 chr20 60293919 . C A 2233.91 PASS AF=0.968354;AO=151;DP=162;FAO=153;FDP=158;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0527761;FXX=0.030673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9854;QD=56.5547;RBI=0.0740234;REFB=-0.0981657;REVB=0.0519052;RO=6;SAF=89;SAR=62;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00580194;STB=0.506933;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00428953;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:162:158:6:5:151:153:0.968354:62:89:4:2:63:90:4:1 chr20 60294278 . C CG 109.08 PASS AF=1;AO=3;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089226;FXX=0.0555247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=9.16323;QD=25.6657;RBI=0.0998239;REFB=0;REVB=-0.0447609;RO=14;SAF=3;SAR=0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00683449;OID=.;OPOS=60294279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:17:17:17:0:13:4:0:0:3:14:3:0:10:4 chr20 60294279 . A G,T 219.08 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=15,3;DP=18;FAO=14,4;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400878,-0.062387;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.9307,44.4242;QD=48.6835;RBI=0.0406761,0.0762718;REFB=0,0;REVB=-0.00689297,0.0438777;RO=0;SAF=10,3;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00585512,0.0208236;OID=.,.;OPOS=60294279,60294279;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:18:18:0:0:15,3:14,4:0.777778,0.222222:5,0:10,3:0:0:4,1:10,3:0:0 chr20 60294296 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0257513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8314;QD=11.9195;RBI=0.0389572;REFB=0.017111;REVB=0.0292324;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0163891;OID=.;OPOS=60294296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:7:2:2:5:7:2 chr20 60503350 . A G 605.18 PASS AF=0.360406;AO=71;DP=198;FAO=71;FDP=197;FR=.;FRO=126;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=0.0081179;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1155;QD=12.2878;RBI=0.0198641;REFB=-0.0119363;REVB=-0.0181296;RO=126;SAF=39;SAR=32;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109006;STB=0.501082;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0265805;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:126:126:71:71:0.360406:32:39:68:58:32:39:69:57 chr20 60512293 . A G 50.52 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0086537;FXX=0;HRUN=19;LEN=1;MLLD=215.058;QD=4.92848;RBI=0.00895442;REFB=-0.00120797;REVB=-0.0023011;RO=32;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330594;STB=0.711837;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0036644;OID=.;OPOS=60512293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:41:32:33:8:8:0.195122:5:3:5:27:5:3:5:28 chr20 60572663 . C A 376.28 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.0156591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8369;QD=12.7551;RBI=0.072256;REFB=-0.00590074;REVB=0.0705388;RO=73;SAF=28;SAR=17;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379474;STB=0.521592;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00793323;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:73:45:45:0.381356:17:28:43:30:17:28:43:30 chr20 60712511 . A G 94.56 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0351193;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.514;QD=9.95366;RBI=0.0365559;REFB=-0.0149384;REVB=-0.0101472;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178695;STB=0.60918;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0230532;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:16:10:3:9:16:10 chr20 60713311 . G A 256.38 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00170408;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4516;QD=17.9913;RBI=0.0228677;REFB=-0.00122046;REVB=0.0228041;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137696;STB=0.588091;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00247783;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:29:28:28:0.491228:9:19:15:13:9:19:15:14 chr20 60713332 . A G 199.68 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0442225;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2088;QD=18.5752;RBI=0.0446008;REFB=-0.00292084;REVB=0.00579686;RO=22;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329921;STB=0.703072;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00193041;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:4:16:11:11:4:16:11:12 chr20 60791404 . C T 574.36 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0484273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.844;QD=23.6847;RBI=0.0793852;REFB=-0.0532516;REVB=0.0629032;RO=44;SAF=29;SAR=24;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366032;STB=0.520087;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0321228;OID=.;OPOS=60791404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:24:29:26:18:24:29:26:18 chr20 60808666 . G A 327.5 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00711308;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9488;QD=20.154;RBI=0.00712165;REFB=-0.015931;REVB=-0.000349321;RO=31;SAF=29;SAR=5;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745026;STB=0.54157;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.014521;OID=.;OPOS=60808666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:31:34:34:0.523077:5:29:25:6:5:29:25:6 chr20 60831300 . G A 278.59 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0237472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.188;QD=16.3877;RBI=0.0242312;REFB=0.00466156;REVB=-0.00481882;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280763;STB=0.658576;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00902382;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:9:22:16:21:9:22:16:21 chr20 60881330 . G A 640.01 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00430575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.796;QD=22.2611;RBI=0.0437091;REFB=-0.00344993;REVB=0.0434965;RO=52;SAF=40;SAR=23;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341287;STB=0.518709;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00275731;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:23:40:31:21:23:40:31:21 chr20 60881780 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8628;QD=58.9607;RBI=0.0336977;REFB=0;REVB=0.0181052;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14148e-05;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:20:46:0:0:20:46:0:0 chr20 60887581 . G A 156.05 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0639576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.883;QD=12.0034;RBI=0.0653689;REFB=-0.0111547;REVB=0.0135097;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126949;STB=0.576119;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0176082;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:33:19:19:0.365385:12:7:15:16:12:7:16:17 chr20 60892526 . A G 1941.11 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234857;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.618;QD=62.1156;RBI=0.0234858;REFB=0;REVB=-6.56532e-05;RO=0;SAF=70;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3697e-05;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:125:0:0:123:125:1:53:70:0:0:55:70:0:0 chr20 60893564 . T C 384.98 PASS AF=0.314815;AO=51;DP=163;FAO=51;FDP=162;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=0.00581517;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.92;QD=9.50577;RBI=0.005825;REFB=-0.0145562;REVB=0.000338252;RO=106;SAF=25;SAR=26;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224704;STB=0.503631;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.026615;OID=.;OPOS=60893564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:106:111:51:51:0.314815:26:25:54:52:26:25:55:56 chr20 60895697 . C T 322.22 PASS AF=0.57377;AO=30;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.10931;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7465;QD=21.1292;RBI=0.113207;REFB=-0.0384617;REVB=0.0294479;RO=18;SAF=5;SAR=25;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310845;STB=0.671245;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0244243;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:18:26:30:35:0.57377:25:5:9:9:27:8:15:11 chr20 60897488 . G A 379.69 PASS AF=0.488095;AO=33;DP=77;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0167307;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5923;QD=18.0804;RBI=0.0228938;REFB=-0.0372411;REVB=0.0156271;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00698372;STB=0.516121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0488481;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:84:42:43:33:41:0.488095:21:12:15:27:26:15:17:26 chr20 60897772 . T C 628.72 PASS AF=0.455128;AO=53;DP=156;FAO=71;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=-0.102352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2694;QD=16.1209;RBI=0.102436;REFB=-0.0420255;REVB=-0.00415237;RO=76;SAF=30;SAR=23;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563329;STB=0.553557;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0531082;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:85:53:71:0.455128:23:30:47:29:31:40:56:29 chr20 60897773 . G C 77.65 PASS AF=0.117284;AO=16;DP=145;FAO=19;FDP=162;FR=.;FRO=143;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=86;FSRR=57;FWDB=-0.023275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.7657;QD=1.91734;RBI=0.0425396;REFB=-0.0395992;REVB=0.0356075;RO=126;SAF=9;SAR=7;SRF=75;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410218;STB=0.520435;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0267996;OID=.;OPOS=60897773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:145:162:126:143:16:19:0.117284:7:9:75:51:8:11:86:57 chr20 60899182 . C T 245.87 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0105514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0366;QD=21.3797;RBI=0.0108322;REFB=-0.0269083;REVB=-0.00245065;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179599;STB=0.586886;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0217032;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:12:12:15:6:12:12:15:7 chr20 60900481 . A G 790.68 PASS AF=0.486339;AO=73;DP=166;FAO=89;FDP=183;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=0.0114255;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.8478;QD=17.2827;RBI=0.031574;REFB=-0.0652165;REVB=-0.0294343;RO=93;SAF=33;SAR=40;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553792;STB=0.546052;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0761603;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:183:93:94:73:89:0.486339:40:33:37:56:47:42:36:58 chr20 60900579 . C A 476.23 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0714642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4907;QD=21.8958;RBI=0.0724997;REFB=0.00413764;REVB=0.0122097;RO=41;SAF=12;SAR=34;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132542;STB=0.57346;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0033712;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:34:12:16:25:34:12:16:25 chr20 60903419 . C T 271.86 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00282485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.381;QD=19.4182;RBI=0.0211645;REFB=-0.0210075;REVB=0.0209752;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309158;STB=0.517229;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0181988;OID=.;OPOS=60903419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:13:14:14:15:13:14 chr20 60904853 . T C 144.1 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0159149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.06;QD=6.94473;RBI=0.0342794;REFB=-0.003944;REVB=-0.030361;RO=60;SAF=13;SAR=8;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127283;STB=0.578379;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0214367;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:60:62:21:21:0.253012:8:13:31:29:8:13:32:30 chr20 60907446 . T C 400.18 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=0.00440373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.586;QD=14.552;RBI=0.0234472;REFB=-0.0132886;REVB=0.02303;RO=64;SAF=32;SAR=14;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285738;STB=0.516061;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0167764;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:14:32:46:18:14:32:46:18 chr20 60907640 . A AG,G 44.31 PASS AF=0.244444,0;AO=9,2;DP=46;FAO=11,0;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0457395,-0.0761396;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.2978,102.661;QD=3.93901;RBI=0.0629593,0.0830602;REFB=-0.0497114,-0.00223016;REVB=0.043264,-0.0331928;RO=35;SAF=1,0;SAR=8,2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.492574,-0.416377;STB=0.845805,0.5;STBP=0.021,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.128764,0.040846;OID=.,.;OPOS=60907641,60907640;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:46:45:35:34:9,2:11,0:0.244444,0:8,2:1,0:16:19:10,0:1,0:15:19 chr20 60907675 . G A 270.19 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.000795416;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.474;QD=22.5158;RBI=0.00860122;REFB=-0.0132015;REVB=0.00856436;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952501;STB=0.553032;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0119086;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:16:9:6:17:16:9:6:17 chr20 60909060 . A G 200.38 PASS AF=0.378788;AO=23;DP=63;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.016747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.277;QD=12.1441;RBI=0.0191346;REFB=-0.00331169;REVB=-0.00925584;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095561;STB=0.525527;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00488389;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:36:41:23:25:0.378788:12:11:14:22:13:12:18:23 chr20 60912683 . T C 488.99 PASS AF=0.642857;AO=43;DP=68;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00764015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.097;QD=27.9425;RBI=0.0523021;REFB=-0.0232574;REVB=-0.051741;RO=25;SAF=17;SAR=26;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312432;STB=0.514786;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0137771;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:25:25:43:45:0.642857:26:17:11:14:27:18:11:14 chr20 60913127 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0625154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5311;QD=13.4559;RBI=0.0626765;REFB=-0.0254286;REVB=-0.00449095;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121912;STB=0.571303;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0253616;OID=.;OPOS=60913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:10:5:5:6:10:5 chr20 60921643 . T C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0536;QD=52.6057;RBI=0.0454136;REFB=0;REVB=0.0345176;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11464e-05;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr20 60927349 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00205239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.784;QD=14.2704;RBI=0.0108891;REFB=-0.0173415;REVB=-0.0106939;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175007;STB=0.599916;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0250164;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:15:9:18:15:15:9:18:15 chr20 60937516 . A G 161.33 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0111475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2527;QD=8.84007;RBI=0.0883898;REFB=-0.0222867;REVB=-0.0876841;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118747;STB=0.557324;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.066256;OID=.;OPOS=60937516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:49:51:22:22:0.30137:13:9:25:24:13:9:25:26 chr20 60937597 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0954378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5329;QD=14.262;RBI=0.0966271;REFB=-0.00209438;REVB=-0.0151138;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034277;STB=0.519974;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.000846458;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:13:3:5:19:13:3:5:19 chr20 60966318 . G T 538.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1584;QD=59.8093;RBI=0.0959965;REFB=0;REVB=0.0729238;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120094;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:8:25:0:0:10:26:0:0 chr20 60968547 . A G 402.47 PASS AF=0.525;AO=39;DP=78;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0418909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.014;QD=20.1233;RBI=0.0419619;REFB=-0.0141511;REVB=-0.00244012;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284181;STB=0.513733;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0148093;OID=.;OPOS=60968547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:35:38:39:42:0.525:18:21:20:15:20:22:21:17 chr20 60968596 . A G 375.75 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0275958;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.174;QD=17.6825;RBI=0.0371154;REFB=-0.0143453;REVB=-0.0248198;RO=45;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066484;STB=0.523159;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0191785;OID=.;OPOS=60968596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:46:38:39:0.458824:16:22:23:22:17:22:24:22 chr20 60986019 . A C 170.5 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0150284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.473;QD=8.9735;RBI=0.0161272;REFB=-0.028013;REVB=-0.00585098;RO=53;SAF=13;SAR=10;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236708;STB=0.514007;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0585076;OID=.;OPOS=60986019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:53:23:23:0.302632:10:13:31:22:10:13:31:22 chr20 61039958 . T C 401.11 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00480549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.061;QD=19.3305;RBI=0.0068847;REFB=-0.011349;REVB=-0.00493014;RO=35;SAF=14;SAR=27;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129213;STB=0.508768;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0099787;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:42:41:41:0.493976:27:14:12:23:27:14:15:27 chr20 61040453 . C G 1212.99 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.441;QD=60.6496;RBI=0.0521866;REFB=0;REVB=0.0401862;RO=0;SAF=74;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242726;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:79:80:1:5:74:0:0:6:74:0:0 chr20 61040951 . C T 1653.7 PASS AF=0.95;AO=114;DP=120;FAO=114;FDP=120;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0459151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3414;QD=55.1233;RBI=0.0459311;REFB=-0.0100121;REVB=-0.00121446;RO=5;SAF=43;SAR=71;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355095;STB=0.505997;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00596015;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:120:120:5:6:114:114:0.95:71:43:4:1:70:44:3:3 chr20 61048549 . G A 431.13 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0325306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.767;QD=17.597;RBI=0.0359919;REFB=-0.0207728;REVB=0.0154004;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113209;STB=0.56328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0221755;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:23:21:32:22:23:21:32:22 chr20 61143487 . T C 483.78 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.00499962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.367;QD=18.0853;RBI=0.00612148;REFB=-0.00989492;REVB=-0.00353218;RO=55;SAF=21;SAR=30;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208094;STB=0.618409;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00820849;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:51:52:0.485981:30:21:35:20:31:21:35:20 chr20 61162267 . T C 72.76 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9512;QD=36.3815;RBI=0.0605517;REFB=0;REVB=0.0552224;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00739004;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr20 61167883 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0117114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.809;QD=24.1899;RBI=0.0146466;REFB=-0.0280192;REVB=-0.00879577;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242041;STB=0.636143;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0107885;OID=.;OPOS=61167883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:1:5:5:7:1:5 chr20 61326380 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.993;QD=63.8707;RBI=0.0451992;REFB=0;REVB=0.0451783;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96776e-05;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:14:34:0:0:14:34:0:0 chr20 61386232 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0307209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4578;QD=15.7;RBI=0.0420325;REFB=-0.0120441;REVB=-0.0286873;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223132;STB=0.629772;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0189738;OID=.;OPOS=61386232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:10:9:4:11:10:9 chr20 61443687 . G A 434.06 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00896938;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3171;QD=23.4628;RBI=0.0981027;REFB=-0.0227748;REVB=0.0976919;RO=32;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245875;STB=0.513507;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0168493;OID=.;OPOS=61443687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:32:32:42:42:0.567568:21:21:15:17:21:21:15:17 chr20 61444939 . G C 723.96 PASS AF=0.901639;AO=54;DP=60;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0241856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.85;QD=47.4727;RBI=0.0345151;REFB=-0.129672;REVB=0.0246242;RO=6;SAF=18;SAR=36;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347411;STB=0.519031;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00256966;OID=.;OPOS=61444939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:60:61:6:6:54:55:0.901639:36:18:3:3:37:18:3:3 chr20 61448969 . C T 868.01 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1424;QD=57.8675;RBI=0.0588789;REFB=0;REVB=0.0265091;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286705;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:39:20:0:0:39:21:0:0 chr20 61452549 . C CCG 30.21 PASS AF=0.194444;AO=4;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0227718;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=17.2642;QD=3.35612;RBI=0.182683;REFB=-0.0449799;REVB=0.181258;RO=29;SAF=3;SAR=1;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200042;STB=0.79151;STBP=0.131;TYPE=ins;VARB=0.138696;OID=.;OPOS=61452550;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444:4:36:7:36:29:6:1:16:13:30:29:3:1:17:12 chr20 61467800 . A G 239.76 PASS AF=0.435484;AO=24;DP=64;FAO=27;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.028686;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0568;QD=15.4685;RBI=0.0302669;REFB=0.00722597;REVB=-0.00965382;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114584;STB=0.564657;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00826458;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:24:34:24:27:0.435484:15:9:12:12:18:9:15:19 chr20 61468571 . T C 1275.52 PASS AF=0.467128;AO=122;DP=279;FAO=135;FDP=289;FR=.;FRO=154;FSAF=97;FSAR=38;FSRF=92;FSRR=62;FWDB=0.00234429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.478;QD=17.6543;RBI=0.00498008;REFB=-0.00803963;REVB=-0.0043938;RO=152;SAF=85;SAR=37;SRF=92;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103052;STB=0.574565;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0111186;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:289:152:154:122:135:0.467128:37:85:92:60:38:97:92:62 chr20 61472386 . A G 407.1 PASS AF=0.384;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=0.0130074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.751;QD=13.0272;RBI=0.0137167;REFB=-0.0112132;REVB=0.00435372;RO=76;SAF=24;SAR=24;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171379;STB=0.59996;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.010844;OID=.;OPOS=61472386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:76:77:48:48:0.384:24:24:50:26:24:24:51:26 chr20 61472546 . A ACATCT 178.94 PASS AF=0.255102;AO=24;DP=102;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00679041;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=5;MLLD=311.908;QD=7.30351;RBI=0.00683174;REFB=-0.00240234;REVB=-0.000750278;RO=74;SAF=13;SAR=11;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101558;STB=0.579953;STBP=0.367;TYPE=ins;VARB=0.00734294;OID=.;OPOS=61472547;OREF=-;OALT=CATCT;OMAPALT=ACATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255102:24:102:25:98:73:14:11:33:40:99:74:13:11:34:40 chr20 61472596 . G A 140.33 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.030238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.044;QD=6.23664;RBI=0.0350279;REFB=-0.00230463;REVB=-0.017681;RO=68;SAF=12;SAR=9;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196238;STB=0.614313;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00840728;OID=.;OPOS=61472596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:68:69:21:21:0.233333:9:12:28:40:9:12:29:40 chr20 61488785 . T C 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00944171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.972;QD=13.0462;RBI=0.0212663;REFB=-0.0213948;REVB=0.0190555;RO=48;SAF=19;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961074;STB=0.505501;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0399622;OID=.;OPOS=61488785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:11:19:30:18:11:19:30:18 chr20 61511172 . G GC 31.71 PASS AF=0.421053;AO=5;DP=21;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.131985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.3397;QD=6.6754;RBI=0.249381;REFB=-0.066756;REVB=0.211591;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251248;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=ins;VARB=0.143432;OID=.;OPOS=61511173;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:5:21:8:19:11:3:5:5:6:31:16:3:2:6:10 chr20 61512606 . T C 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.298;QD=60.2259;RBI=0.0447021;REFB=0;REVB=0.0199377;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161368;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr20 61513649 . G T 448.14 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00446042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.389;QD=17.574;RBI=0.0323402;REFB=-0.0120611;REVB=0.0320311;RO=54;SAF=31;SAR=17;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356321;STB=0.51985;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0142116;OID=.;OPOS=61513649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:17:31:33:21:17:31:33:21 chr20 61528074 . T C 783.32 PASS AF=0.48503;AO=81;DP=168;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0152027;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.609;QD=18.762;RBI=0.0205315;REFB=-0.0374896;REVB=0.0137994;RO=85;SAF=50;SAR=31;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621198;STB=0.531743;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0430645;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:85:86:81:81:0.48503:31:50:47:38:31:50:48:38 chr20 61577275 . T C 1200.08 PASS AF=1;AO=63;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338921;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.438;QD=59.2634;RBI=0.0365517;REFB=0;REVB=0.0136877;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848728;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:63:81:1:42:21:0:0:42:39:0:0 chr20 61588159 . A G 1159.78 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0453572;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1583;QD=59.4759;RBI=0.0518089;REFB=-0.0508823;REVB=0.0250377;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133301;STB=0.50704;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000509062;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:35:42:0:1:35:42:0:1 chr20 61594679 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.968;QD=57.2373;RBI=0.0300103;REFB=0;REVB=0.0282946;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2143e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:42:14:0:0:42:14:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 1147.52 PASS AF=0.977528,0.0224719;AO=78,5;DP=86;FAO=87,2;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=46,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066517,-0.039749;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=18.9153,7.81224;QD=51.5738;RBI=0.0689241,0.0557087;REFB=0,0;REVB=0.0180563,-0.0390317;RO=1;SAF=38,1;SAR=40,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0116869,0.0951258;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00226171,0.0148444;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.977528,0.0224719:78,5:86:87,2:89:0:41,0:46,2:0:0:5:1:38,1:40,4:0:1 chr20 61834695 . G A 185.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0110356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6695;QD=19.054;RBI=0.0415674;REFB=-0.015674;REVB=0.0400757;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772379;STB=0.543862;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0266635;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:11:9:7:12:11:9 chr20 61869826 . C T 453.78 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0174538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4369;QD=17.9715;RBI=0.0422856;REFB=0.0154259;REVB=0.0385154;RO=53;SAF=32;SAR=15;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15592;STB=0.590565;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0178787;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:47:48:0.475248:15:32:28:25:15:33:28:25 chr20 61870727 . G C 101.65 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00206021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.159;QD=16.941;RBI=0.00926581;REFB=-0.0364508;REVB=-0.00903387;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139753;STB=0.624765;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0322577;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:2:10:8:3:2:10:8:4 chr20 61873080 . T A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0622467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.122;QD=24.413;RBI=0.062637;REFB=-0.033212;REVB=0.00698127;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213785;STB=0.618862;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.016546;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:8:3:0:5:8:3:0:5 chr20 61879009 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0557985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.203;QD=19.1336;RBI=0.0613166;REFB=0.0545726;REVB=0.0254216;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0207894;OID=.;OPOS=61879009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr20 61880169 . T G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0146808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.473;QD=19.3438;RBI=0.0169593;REFB=-0.0154892;REVB=-0.00849062;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114369;STB=0.565142;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.014952;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:5:13:11:7:5:13:11:7 chr20 61881296 . A G 1459.6 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105639;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.825;QD=61.4571;RBI=0.014614;REFB=-0.0292751;REVB=0.0100982;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000591018;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:92:94:0.989474:42:50:0:0:44:50:0:1 chr20 61912715 . T C 45.35 PASS AF=0.241379;AO=8;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00906572;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.362;QD=6.25513;RBI=0.0136544;REFB=-0.00585081;REVB=-0.0102105;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140986;STB=0.567979;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0222057;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:30:29:22:22:8:7:0.241379:3:5:14:8:2:5:14:8 chr20 61918164 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.976;QD=35.5758;RBI=0.0138292;REFB=0;REVB=-0.00936073;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529457;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr20 61941747 . A G 531.37 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358889;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0563;QD=57.4449;RBI=0.0690345;REFB=0;REVB=0.0589724;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188918;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:37:0:0:31:37:1:19:12:0:0:19:18:0:0 chr20 61951489 . G C 172.5 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0758968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1791;QD=40.5875;RBI=0.0865659;REFB=-0.149793;REVB=-0.0416333;RO=1;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129286;STB=0.571332;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00405289;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:1:1:15:16:0.941176:12:3:1:0:13:3:1:0 chr20 61956782 . T C 333.95 PASS AF=0.455696;AO=37;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0345707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2101;QD=16.909;RBI=0.051536;REFB=-0.00755734;REVB=-0.0382207;RO=34;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159445;STB=0.572015;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0105213;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:43:37:36:0.455696:24:13:18:16:23:13:21:22 chr20 61981104 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00111502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.466;QD=19.9759;RBI=0.00512308;REFB=0.00685328;REVB=-0.00500027;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442434;STB=0.524975;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00451261;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:9:11:10:10:9:11 chr20 61981536 . A G 453.87 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.674;QD=55.0141;RBI=0.0267595;REFB=0.0417482;REVB=-0.0202176;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190623;STB=0.510198;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00259767;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:8:24:1:0:8:24:1:0 chr20 61981554 . C A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.1;QD=62.3472;RBI=0.0810806;REFB=0;REVB=0.0685814;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415872;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr20 61982085 . A G 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.788;QD=60.2542;RBI=0.0362348;REFB=0;REVB=-0.023891;RO=0;SAF=71;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1578e-06;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:38:71:0:0:38:71:0:0 chr20 61982124 . A G 1469.62 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124935;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.796;QD=63.2097;RBI=0.0128383;REFB=0;REVB=-0.00295521;RO=0;SAF=60;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242281;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:31:60:0:0:31:62:0:0 chr20 62038381 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1064;QD=18.8861;RBI=0.0186658;REFB=-0.0493204;REVB=-0.0186658;RO=5;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0572606;OID=.;OPOS=62038381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:8:0:0:5:8:0:0:5 chr20 62044847 . G A 419.45 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.0243703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.876;QD=17.661;RBI=0.0503984;REFB=0.00905136;REVB=0.0441144;RO=52;SAF=32;SAR=11;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409028;STB=0.522931;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00915021;OID=.;OPOS=62044847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:11:32:37:15:11:32:37:15 chr20 62070966 . G A 435.89 PASS AF=0.52439;AO=39;DP=78;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00749868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.427;QD=21.2628;RBI=0.0337594;REFB=-0.00773645;REVB=0.032916;RO=39;SAF=30;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223031;STB=0.585626;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00713872;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:39:39:39:43:0.52439:9:30:22:17:12:31:22:17 chr20 62126185 . A G 817.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9156;QD=57.3698;RBI=0.072416;REFB=0;REVB=-0.0662247;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000988739;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr20 62126299 . C T 463.79 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.000386567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0754;QD=14.9611;RBI=0.0227107;REFB=-0.0061423;REVB=-0.0227074;RO=71;SAF=23;SAR=29;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194952;STB=0.612634;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00956703;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:72:52:52:0.419355:29:23:45:26:29:23:46:26 chr20 62127326 . G A 637.57 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0335425;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.187;QD=20.0811;RBI=0.090786;REFB=-0.0179251;REVB=0.0843623;RO=63;SAF=28;SAR=36;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633991;STB=0.503495;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.017977;OID=.;OPOS=62127326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:63:63:64:64:0.503937:36:28:28:35:36:28:28:35 chr20 62172219 . G A 1574.69 PASS AF=0.990741;AO=98;DP=98;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00904738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.623;QD=58.3218;RBI=0.117207;REFB=-0.0254585;REVB=0.116857;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000279194;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:108:0:1:98:107:0.990741:46:52:0:0:54:53:0:1 chr20 62173562 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.229;QD=58.4194;RBI=0.0246046;REFB=0;REVB=-0.00198693;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90209e-05;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr20 62174724 . G A 727.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7053;QD=63.2241;RBI=0.156379;REFB=0;REVB=0.149638;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245218;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:19:23:0:0:23:23:0:0 chr20 62187187 . T C 805.55 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.055;QD=64.4441;RBI=0.0481387;REFB=0;REVB=0.0379662;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155032;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:20:28:0:0:20:30:0:0 chr20 62187439 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.413;QD=51.1846;RBI=0.0319948;REFB=0;REVB=0.022058;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62781e-06;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr20 62191321 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6157;QD=55.6545;RBI=0.0439858;REFB=0;REVB=-0.0299573;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42684e-05;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr20 62191558 . G A 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0954389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5671;QD=10.389;RBI=0.113914;REFB=-0.0436222;REVB=0.0621915;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0739643;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:3:8:4:3:3:8 chr20 62193019 . C T 417.79 PASS AF=1;AO=23;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158362;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.575;QD=53.9088;RBI=0.100546;REFB=-0.0865407;REVB=0.0992914;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274223;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:31:1:0:23:31:1:7:16:0:1:15:16:0:0 chr20 62193445 . G A 639.48 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.799;QD=59.4869;RBI=0.0342911;REFB=-0.0750399;REVB=0.025315;RO=1;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159086;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000669624;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:29:12:0:1:30:12:0:1 chr20 62194030 . G C 1677.35 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.959;QD=60.4451;RBI=0.0456376;REFB=0;REVB=0.0295899;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87562e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:48:63:0:0:48:63:0:0 chr20 62194103 . A G 752.21 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.369;QD=56.7704;RBI=0.0101797;REFB=0;REVB=0.00855469;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53208e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:30:21:0:0:31:22:0:0 chr20 62195220 . C T 369.34 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207721;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.523;QD=52.7632;RBI=0.0487529;REFB=-0.1621;REVB=0.0441062;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00174885;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:28:0:1:27:27:0.964286:16:11:0:0:16:11:1:0 chr20 62195672 . C T 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.351;QD=59.4245;RBI=0.0103239;REFB=0;REVB=-0.000461437;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97518e-05;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr20 62196033 . C T 252.03 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0369231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0414;QD=20.574;RBI=0.0456894;REFB=-0.0234072;REVB=-0.0269111;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384386;STB=0.530011;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0239011;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:14:10:9:15:14:10:9:16 chr20 62196182 . G C 183.25 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0265279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0676;QD=17.8783;RBI=0.03823;REFB=-0.0321611;REVB=0.0275283;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018094;STB=0.510298;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0384017;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:12:10:9:10:12:10 chr20 62196807 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.634;QD=58.0598;RBI=0.0646283;REFB=0;REVB=0.0532572;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89201e-05;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr20 62196884 . A G 1357.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000601739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.106;QD=62.4158;RBI=0.051787;REFB=0;REVB=-0.0517835;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5298e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr20 62198236 . G A 102.5 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00879244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.148;QD=10.0001;RBI=0.0289048;REFB=-0.0330724;REVB=-0.0275351;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029732;STB=0.51783;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0639358;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:20:8:4:9:20:8 chr20 62198348 . C T 972.4 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.587;QD=58.9335;RBI=0.0389938;REFB=0;REVB=0.0211973;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94014e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:62:66:1:33:29:0:0:34:32:0:0 chr20 62198662 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.325;QD=51.9141;RBI=0.0565311;REFB=0;REVB=-0.0507838;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056002;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr20 62200575 . TG CA,CG 602.54 PASS AF=0.585366,0.414634;AO=24,17;DP=41;FAO=24,17;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17,12;FSAR=7,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332252,-0.00872373;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=81.9665,50.1394;QD=58.7844;RBI=0.0620471,0.0814203;REFB=0,0;REVB=0.0619581,0.0809516;RO=0;SAF=17,12;SAR=7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00887525,0.00195971;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:0:0:24,17:24,17:0.585366,0.414634:7,5:17,12:0:0:7,5:17,12:0:0 chr20 62200860 . A G 954.74 PASS AF=0.971429;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0419589;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.353;QD=54.5564;RBI=0.0678766;REFB=0.00737221;REVB=0.0533543;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51351;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000661959;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:70:0:2:65:68:0.971429:29:36:0:0:32:36:2:0 chr20 62221364 . G A 80.31 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0767344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.655;QD=16.9074;RBI=0.0774838;REFB=-0.0415315;REVB=-0.0107506;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097017;STB=0.571299;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0413599;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:8:2:1:7:8:2:1:8 chr20 62221610 . T C 1358.51 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.814;QD=62.4604;RBI=0.0153491;REFB=0;REVB=-0.00468063;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75086e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr20 62221766 . C T 239.99 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00871864;FXX=0.111091;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.045;QD=19.9994;RBI=0.0093341;REFB=-0.00216386;REVB=0.00333328;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221274;STB=0.623047;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00299436;OID=.;OPOS=62221766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:6:17:12:13:6:17 chr20 62227081 . A G 800.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.723;QD=57.1638;RBI=0.0248441;REFB=0;REVB=0.00117457;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109037;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr20 62236148 . T C 314.08 PASS AF=0.561404;AO=29;DP=54;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00256869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.568;QD=22.041;RBI=0.0836327;REFB=-0.0627491;REVB=0.0835933;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894955;STB=0.522489;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.047747;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:25:25:29:32:0.561404:12:17:12:13:15:17:12:13 chr20 62324289 . C T 600.01 PASS AF=0.488189;AO=59;DP=126;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0166276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1172;QD=18.898;RBI=0.0367256;REFB=-0.00754597;REVB=0.0327459;RO=65;SAF=38;SAR=21;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751433;STB=0.523297;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0069092;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:65:65:59:62:0.488189:21:38:37:28:24:38:37:28 chr20 62326110 . A C 515.23 PASS AF=0.52;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0129794;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0731;QD=20.6091;RBI=0.0854219;REFB=-0.0120171;REVB=-0.0844301;RO=48;SAF=29;SAR=23;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135654;STB=0.585024;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.025169;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:48:48:52:52:0.52:23:29:34:14:23:29:35:13 chr20 62328267 . C T 625.48 PASS AF=0.683544;AO=54;DP=79;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00363179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.912;QD=31.67;RBI=0.045167;REFB=-0.0247705;REVB=0.0450207;RO=25;SAF=22;SAR=32;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113982;STB=0.561647;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0494272;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:25:25:54:54:0.683544:32:22:15:10:32:22:15:10 chr20 62328375 . A G 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.149;QD=56.9444;RBI=0.0139848;REFB=0;REVB=0.013765;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35079e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr20 62328453 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0242318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.429;QD=14.3999;RBI=0.0261577;REFB=-0.0336978;REVB=0.00985116;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792099;STB=0.533954;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0343971;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:24:25:0.423729:11:13:21:13:11:14:21:13 chr20 62328742 . C T 217.41 PASS AF=0.6;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00738234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.394;QD=24.8469;RBI=0.0109496;REFB=-0.0523786;REVB=0.00808664;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698218;STB=0.5479;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0332661;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:14:20:21:0.6:11:9:5:9:11:10:5:9 chr20 62328829 . C G 361.89 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00265944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.091;QD=25.849;RBI=0.0102453;REFB=-0.00317558;REVB=0.00989411;RO=19;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127564;STB=0.567612;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00191054;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:21:35:35:0.625:18:17:13:6:18:17:14:7 chr20 62331989 . T G 313.05 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0747541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9748;QD=19.5656;RBI=0.0768289;REFB=-0.0458955;REVB=-0.0177342;RO=30;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213526;STB=0.518507;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0236227;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:19:14:12:18:19:14:12:19 chr20 62332641 . T C 523.11 PASS AF=0.607595;AO=46;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0168937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.432;QD=26.4867;RBI=0.028601;REFB=-0.013551;REVB=0.0230785;RO=31;SAF=20;SAR=26;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125814;STB=0.514033;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0106117;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:46:48:0.607595:26:20:14:17:28:20:14:17 chr20 62340115 . C G 526.13 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.348;QD=58.4584;RBI=0.0575363;REFB=0;REVB=0.0572664;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022977;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:1:0:34:36:1:16:18:0:1:18:18:0:0 chr20 62372813 . G A 892.38 PASS AF=0.941176;AO=35;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0201943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.467;QD=52.4931;RBI=0.0214737;REFB=-0.0922072;REVB=-0.00730148;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50331;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00227733;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:0:4:35:64:0.941176:23:12:0:0:45:19:1:3 chr20 62373707 . G T 1194.37 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.929;QD=59.7186;RBI=0.0358242;REFB=-0.108144;REVB=0.018793;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000458724;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:25:54:0:0:25:54:1:0 chr20 62378349 . C T 592.78 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1581;QD=57.8321;RBI=0.144858;REFB=0.0217008;REVB=0.140891;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0010068;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:20:19:1:0:21:19:1:0 chr20 62378364 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.899;QD=57.1062;RBI=0.0154618;REFB=0;REVB=-0.00125103;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57033e-05;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr20 62421622 . A G 932.75 PASS AF=0.502703;AO=93;DP=185;FAO=93;FDP=185;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.00469886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.729;QD=20.1676;RBI=0.00760919;REFB=-0.0166066;REVB=0.00598503;RO=92;SAF=47;SAR=46;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497126;STB=0.502732;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0168747;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:92:92:93:93:0.502703:46:47:47:45:46:47:47:45 chr20 62422080 . T C 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0124722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.112;QD=20.0159;RBI=0.0326405;REFB=-0.0251453;REVB=0.0301637;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172046;STB=0.597335;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0206407;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:7:10:7:11:7:10 chr20 62492922 . T A 106.18 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0424823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.119;QD=12.87;RBI=0.0425277;REFB=-0.00155856;REVB=-0.00196515;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189795;STB=0.631394;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00695264;OID=.;OPOS=62492922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:12:13:0.393939:7:5:5:15:7:6:5:15 chr20 62493978 . G A 258.5 PASS AF=0.69697;AO=21;DP=31;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0153972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.68;QD=31.3329;RBI=0.0713159;REFB=-0.0320145;REVB=0.0696339;RO=10;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785164;STB=0.533304;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.010328;OID=.;OPOS=62493978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:33:10:10:21:23:0.69697:6:15:6:4:7:16:6:4 chr20 62494027 . G C 268.41 PASS AF=0.705882;AO=22;DP=32;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0438977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.317;QD=31.5779;RBI=0.0561248;REFB=-0.0596275;REVB=0.0349713;RO=10;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189545;STB=0.598881;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.01431;OID=.;OPOS=62494027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:34:10:10:22:24:0.705882:9:13:9:1:10:14:9:1 chr20 62522466 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.936;QD=62.6696;RBI=0.021446;REFB=0;REVB=0.0205789;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77924e-05;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:20:24:0:0 chr20 62540460 . A G 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0363803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.949;QD=26.3116;RBI=0.0422672;REFB=-0.0169697;REVB=-0.0215172;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0331704;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:6:6:10:10:6:6 chr20 62574006 . A G 652.66 PASS AF=0.4625;AO=67;DP=157;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.0539684;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0053;QD=16.3166;RBI=0.0540646;REFB=-0.0472001;REVB=0.00322344;RO=77;SAF=27;SAR=40;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664678;STB=0.511215;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0378338;OID=.;OPOS=62574006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:77:86:67:74:0.4625:40:27:26:51:45:29:32:54 chr20 62576991 . G A 306.09 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0166163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.958;QD=20.406;RBI=0.0166213;REFB=-0.0122825;REVB=0.000409208;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034;STB=0.518856;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0151653;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:16:12:15:17:16:12 chr20 62700844 . C T 418.13 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.00515477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.292;QD=18.7924;RBI=0.00764667;REFB=-0.0137641;REVB=-0.00564801;RO=46;SAF=8;SAR=34;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126798;STB=0.57463;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.023086;OID=.;OPOS=62700844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:42:43:0.483146:34:8:13:33:35:8:13:33 chr20 62701659 . T C 198.91 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00894671;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6819;QD=11.206;RBI=0.00894761;REFB=0.00851495;REVB=0.000126949;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165129;STB=0.580653;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0165167;OID=.;OPOS=62701659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:46:25:25:0.352113:14:11:26:18:14:11:26:20 chr20 62714783 . C G 3004.75 PASS AF=0.994792;AO=188;DP=189;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.668;QD=62.599;RBI=0.0762737;REFB=0.0226259;REVB=0.0545825;RO=1;SAF=82;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577158;STB=0.502325;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=1.61866e-05;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:192:1:1:188:191:0.994792:106:82:1:0:107:84:0:1 chr20 62737318 . G A 687.26 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0259421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.37;QD=45.8173;RBI=0.0299923;REFB=-0.158213;REVB=0.0150515;RO=6;SAF=43;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134944;STB=0.566828;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00205393;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:60:60:6:7:53:53:0.883333:10:43:2:4:10:43:3:4 chr20 62851191 . C T 337.71 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0411261;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7346;QD=17.3186;RBI=0.0731572;REFB=-0.0237685;REVB=0.0605031;RO=41;SAF=10;SAR=26;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174967;STB=0.520894;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.030178;OID=.;OPOS=62851191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:42:36:36:0.461538:26:10:12:29:26:10:13:29 chr20 62959184 . T C 42.31 PASS AF=0.0765306;AO=15;DP=196;FAO=15;FDP=196;FR=.;FRO=181;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=82;FSRR=99;FWDB=-0.0302111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5107;QD=0.863493;RBI=0.0453763;REFB=-0.00349053;REVB=-0.0338571;RO=180;SAF=5;SAR=10;SRF=82;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14084;STB=0.614684;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0400433;OID=.;OPOS=62959184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:196:196:180:181:15:15:0.0765306:10:5:82:98:10:5:82:99 chr21 9907271 . A G 2060.98 PASS AF=0.79703;AO=161;DP=201;FAO=161;FDP=202;FR=.;FRO=41;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0556537;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3123;QD=40.8114;RBI=0.11965;REFB=-0.00571875;REVB=-0.105919;RO=40;SAF=77;SAR=84;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200218;STB=0.512952;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000909396;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:40:41:161:161:0.79703:84:77:17:23:84:77:17:24 chr21 9907302 . C T 351.91 PASS AF=0.230126;AO=54;DP=238;FAO=55;FDP=239;FR=.;FRO=184;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=80;FSRR=104;FWDB=-0.0115006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.214;QD=5.88964;RBI=0.0137158;REFB=-0.000948664;REVB=-0.00747384;RO=183;SAF=32;SAR=22;SRF=79;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202748;STB=0.625783;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00342481;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:183:184:54:55:0.230126:22:32:79:104:22:33:80:104 chr21 9907309 . G A 115.31 PASS AF=0.117886;AO=29;DP=245;FAO=29;FDP=246;FR=.;FRO=217;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=103;FSRR=114;FWDB=0.0651735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.267;QD=1.87503;RBI=0.0656156;REFB=-0.00200077;REVB=0.00760387;RO=216;SAF=15;SAR=14;SRF=103;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504012;STB=0.537488;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0153973;OID=.;OPOS=9907309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:216:217:29:29:0.117886:14:15:103:113:14:15:103:114 chr21 9907322 . G T 349.92 PASS AF=0.22449;AO=55;DP=245;FAO=55;FDP=245;FR=.;FRO=190;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=84;FSRR=106;FWDB=0.00625222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.963;QD=5.71292;RBI=0.0301546;REFB=0.00528616;REVB=0.0294993;RO=190;SAF=34;SAR=21;SRF=84;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222795;STB=0.635325;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0245374;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:190:190:55:55:0.22449:21:34:84:106:21:34:84:106 chr21 9907328 . G C 124.92 PASS AF=0.12605;AO=30;DP=238;FAO=30;FDP=238;FR=.;FRO=208;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=100;FSRR=108;FWDB=0.0456099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1201;QD=2.09947;RBI=0.0478122;REFB=-0.000912986;REVB=0.0143439;RO=207;SAF=14;SAR=16;SRF=100;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207411;STB=0.512351;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0114422;OID=.;OPOS=9907328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:207:208:30:30:0.12605:16:14:100:107:16:14:100:108 chr21 9907340 . A G 1389.64 PASS AF=0.581081;AO=127;DP=220;FAO=129;FDP=222;FR=.;FRO=93;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0094258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.563;QD=25.0386;RBI=0.00947086;REFB=-0.0146942;REVB=0.000922688;RO=93;SAF=63;SAR=64;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178804;STB=0.509638;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00723744;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:93:93:127:129:0.581081:64:63:44:49:65:64:44:49 chr21 9907345 . C T 292.42 PASS AF=0.219178;AO=48;DP=219;FAO=48;FDP=219;FR=.;FRO=171;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=84;FSRR=87;FWDB=0.00254808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.549;QD=5.34101;RBI=0.0232572;REFB=-0.00550932;REVB=-0.0231172;RO=171;SAF=21;SAR=27;SRF=84;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688333;STB=0.542151;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0247297;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:171:171:48:48:0.219178:27:21:84:87:27:21:84:87 chr21 9907375 . T C 1647.7 PASS AF=0.77381;AO=130;DP=169;FAO=130;FDP=168;FR=.;FRO=38;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0220349;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1503;QD=39.231;RBI=0.0252004;REFB=0.0353122;REVB=-0.012228;RO=38;SAF=58;SAR=72;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108014;STB=0.50575;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0135901;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:38:38:130:130:0.77381:72:58:16:22:72:58:16:22 chr21 9907384 . G A 1592.24 PASS AF=0.76506;AO=124;DP=166;FAO=127;FDP=166;FR=.;FRO=39;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00233977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.405;QD=38.3673;RBI=0.0284584;REFB=-0.0480228;REVB=0.028362;RO=38;SAF=52;SAR=72;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000767059;STB=0.502569;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0114198;OID=.;OPOS=9907384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:38:39:124:127:0.76506:72:52:16:22:73:54:17:22 chr21 9907397 . C T 1367.57 PASS AF=0.741722;AO=112;DP=151;FAO=112;FDP=151;FR=.;FRO=39;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00454974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5439;QD=36.227;RBI=0.00723164;REFB=-0.00127426;REVB=-0.00562108;RO=38;SAF=49;SAR=63;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020667;STB=0.513922;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00094494;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:38:39:112:112:0.741722:63:49:15:23:63:49:15:24 chr21 9907416 . C T 98.9 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=74;FWDB=-0.0390511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.029;QD=2.99699;RBI=0.039885;REFB=-0.00473344;REVB=0.00811324;RO=112;SAF=4;SAR=16;SRF=38;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219359;STB=0.650995;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0206713;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:132:132:112:112:20:20:0.151515:16:4:38:74:16:4:38:74 chr21 9907419 . A G 458.4 PASS AF=0.42623;AO=49;DP=121;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=50;FWDB=0.00808925;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.329;QD=15.0296;RBI=0.0136666;REFB=-0.0196104;REVB=-0.0110155;RO=71;SAF=13;SAR=36;SRF=20;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217644;STB=0.501922;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0218056;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:71:70:49:52:0.42623:36:13:20:51:37:15:20:50 chr21 9907422 . G A 403.62 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=0.00889078;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6051;QD=13.6819;RBI=0.0556503;REFB=-0.0100319;REVB=0.0549355;RO=69;SAF=15;SAR=32;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543943;STB=0.526416;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0159956;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:69:71:47:47:0.398305:32:15:19:50:32:15:20:51 chr21 9908330 . AC GC,GG 3184.34 PASS AF=0.118483,0.881517;AO=24,186;DP=217;FAO=25,186;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=15,85;FSAR=10,101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149272,0.00359625;FXX=0.0276485;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=140.78,121.59;QD=60.3666;RBI=0.0379086,0.0202068;REFB=0,0;REVB=-0.034846,-0.0198842;RO=0;SAF=15,85;SAR=9,101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.92632e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0198638,0.000820923;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:217:211:0:0:24,186:25,186:0.118483,0.881517:9,101:15,85:0:0:10,101:15,85:0:0 chr21 9908366 . C T 84.05 PASS AF=0.0918367;AO=27;DP=292;FAO=27;FDP=294;FR=.;FRO=267;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=132;FSRR=135;FWDB=-0.0263328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9744;QD=1.14347;RBI=0.0344731;REFB=0.00160058;REVB=-0.0222481;RO=265;SAF=8;SAR=19;SRF=130;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235372;STB=0.683315;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0174314;OID=.;OPOS=9908366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:292:294:265:267:27:27:0.0918367:19:8:130:135:19:8:132:135 chr21 9909078 . G A 1886.44 PASS AF=0.552795;AO=178;DP=323;FAO=178;FDP=322;FR=.;FRO=144;FSAF=96;FSAR=82;FSRF=51;FSRR=93;FWDB=0.0138915;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.773;QD=23.434;RBI=0.0526928;REFB=-0.0358133;REVB=0.0508287;RO=144;SAF=96;SAR=82;SRF=51;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151513;STB=0.582233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0200959;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:322:144:144:178:178:0.552795:82:96:51:93:82:96:51:93 chr21 9909079 . C T 118.07 PASS AF=0.10559;AO=34;DP=322;FAO=34;FDP=322;FR=.;FRO=288;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=138;FSRR=150;FWDB=-0.00510056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.647;QD=1.46669;RBI=0.0425608;REFB=-0.00913782;REVB=-0.0422541;RO=287;SAF=9;SAR=25;SRF=138;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273994;STB=0.699878;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0529858;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:287:288:34:34:0.10559:25:9:138:149:25:9:138:150 chr21 9909080 . G A 316.55 PASS AF=0.182099;AO=59;DP=325;FAO=59;FDP=324;FR=.;FRO=265;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=118;FSRR=147;FWDB=-0.0119877;FXX=0.00307683;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.738;QD=3.90801;RBI=0.0158663;REFB=-0.0111143;REVB=0.0103939;RO=261;SAF=29;SAR=30;SRF=115;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661148;STB=0.537868;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0469624;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:261:265:59:59:0.182099:30:29:115:146:30:29:118:147 chr21 9909089 . T C 110.73 PASS AF=0.0979827;AO=34;DP=337;FAO=34;FDP=347;FR=.;FRO=313;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=151;FSRR=162;FWDB=-0.0326182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.047;QD=1.27639;RBI=0.0472997;REFB=-0.00409664;REVB=-0.0342537;RO=303;SAF=9;SAR=25;SRF=147;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275819;STB=0.70373;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.048023;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:347:303:313:34:34:0.0979827:25:9:147:156:25:9:151:162 chr21 9909099 . C T 45.6 PASS AF=0.0630137;AO=23;DP=365;FAO=23;FDP=365;FR=.;FRO=342;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=154;FSRR=188;FWDB=0.00380565;FXX=0.00273217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.39;QD=0.499756;RBI=0.0279998;REFB=-0.00365173;REVB=-0.02774;RO=330;SAF=11;SAR=12;SRF=151;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022422;STB=0.526293;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.061928;OID=.;OPOS=9909099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:365:365:330:342:23:23:0.0630137:12:11:151:179:12:11:154:188 chr21 9909103 . G A 518.22 PASS AF=0.226776;AO=83;DP=369;FAO=83;FDP=366;FR=.;FRO=283;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=130;FSRR=153;FWDB=-0.0114803;FXX=0.0134767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7245;QD=5.66357;RBI=0.0612153;REFB=-0.0109692;REVB=0.0601291;RO=267;SAF=37;SAR=46;SRF=119;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000115969;STB=0.510599;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0290674;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:366:267:283:83:83:0.226776:46:37:119:148:46:37:130:153 chr21 9909121 . C T 258.44 PASS AF=0.141176;AO=60;DP=425;FAO=60;FDP=425;FR=.;FRO=365;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=165;FSRR=200;FWDB=0.0165644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.312;QD=2.4324;RBI=0.0238721;REFB=-0.00513935;REVB=0.01719;RO=360;SAF=28;SAR=32;SRF=162;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216035;STB=0.512622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0333176;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:425:360:365:60:60:0.141176:32:28:162:198:32:28:165:200 chr21 9909122 . G A 81.49 PASS AF=0.0774648;AO=33;DP=425;FAO=33;FDP=426;FR=.;FRO=393;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=185;FSRR=208;FWDB=-0.00409823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.121;QD=0.765141;RBI=0.0131725;REFB=-0.00249774;REVB=-0.0125187;RO=392;SAF=9;SAR=24;SRF=184;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232033;STB=0.690272;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0255668;OID=.;OPOS=9909122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:425:426:392:393:33:33:0.0774648:24:9:184:208:24:9:185:208 chr21 9909163 . G A 42.99 PASS AF=0.0580046;AO=25;DP=432;FAO=25;FDP=431;FR=.;FRO=406;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=184;FSRR=222;FWDB=0.0333405;FXX=0.00231476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0356;QD=0.398981;RBI=0.0529709;REFB=0.0056762;REVB=0.0411622;RO=406;SAF=5;SAR=20;SRF=185;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27776;STB=0.757296;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0644347;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:432:431:406:406:25:25:0.0580046:20:5:185:221:20:5:184:222 chr21 9909176 . C A 4035.0 PASS AF=0.770171;AO=314;DP=410;FAO=315;FDP=409;FR=.;FRO=94;FSAF=145;FSAR=170;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=0.0451538;FXX=0.00243896;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0277;QD=39.4621;RBI=0.0467845;REFB=-0.0156899;REVB=0.0122445;RO=91;SAF=145;SAR=169;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423884;STB=0.520412;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00713683;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:409:91:94:314:315:0.770171:169:145:33:58:170:145:35:59 chr21 9909179 . C A 269.81 PASS AF=0.146402;AO=59;DP=402;FAO=59;FDP=403;FR=.;FRO=344;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=155;FSRR=189;FWDB=-0.0149066;FXX=0.0122546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.124;QD=2.678;RBI=0.0150114;REFB=-0.00685614;REVB=-0.00177021;RO=342;SAF=19;SAR=40;SRF=154;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172537;STB=0.61529;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0412861;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:403:342:344:59:59:0.146402:40:19:154:188:40:19:155:189 chr21 9909208 . C T 183.02 PASS AF=0.131195;AO=42;DP=339;FAO=45;FDP=343;FR=.;FRO=298;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=128;FSRR=170;FWDB=0.0331125;FXX=0.00579693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.716;QD=2.1344;RBI=0.0389287;REFB=-0.00656564;REVB=-0.0204697;RO=290;SAF=18;SAR=24;SRF=129;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209193;STB=0.532535;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0576943;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:343:290:298:42:45:0.131195:24:18:129:161:24:21:128:170 chr21 9909217 . C A 45.79 PASS AF=0.0677966;AO=20;DP=298;FAO=20;FDP=295;FR=.;FRO=275;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=115;FSRR=160;FWDB=0.000605648;FXX=0.0100668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.936;QD=0.620877;RBI=0.0197866;REFB=-0.00107584;REVB=-0.0197773;RO=274;SAF=4;SAR=16;SRF=114;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257613;STB=0.729811;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0121742;OID=.;OPOS=9909217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:298:295:274:275:20:20:0.0677966:16:4:114:160:16:4:115:160 chr21 9909218 . GT AC,GC 258.36 PASS AF=0.131034,0.0551724;AO=36,16;DP=290;FAO=38,16;FDP=290;FR=.;FRO=236;FSAF=16,4;FSAR=22,12;FSRF=99;FSRR=137;FWDB=-0.0446163,-0.156245;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=162.846,80.3393;QD=3.5636;RBI=0.0456289,0.156245;REFB=-0.0115207,-0.0189;REVB=0.00955909,-3.7173e-05;RO=230;SAF=16,5;SAR=20,11;SRF=96;SRR=134;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0351183,-0.118222;STB=0.501379,0.674441;STBP=0.985,0.178;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0578494,0.0380656;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:230:236:36,16:38,16:0.131034,0.0551724:20,11:16,5:96:134:22,12:16,4:99:137 chr21 9909274 . G A 52.52 PASS AF=0.104478;AO=14;DP=129;FAO=14;FDP=134;FR=.;FRO=120;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.00367841;FXX=0.0289834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.2857;QD=1.56788;RBI=0.0117137;REFB=-0.00337193;REVB=-0.0111212;RO=115;SAF=4;SAR=10;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118624;STB=0.582401;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0353545;OID=.;OPOS=9909274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:129:134:115:120:14:14:0.104478:10:4:43:72:10:4:44:76 chr21 10181174 . G A 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00520931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.154;QD=10.6984;RBI=0.00900733;REFB=-0.00514496;REVB=0.00734813;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143159;STB=0.584906;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00986102;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:21:11:7:8:21:11 chr21 10181184 . T C 198.16 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0148602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.75;QD=14.6786;RBI=0.0150619;REFB=-0.0285927;REVB=0.00245702;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363894;STB=0.509023;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0376012;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:31:22:23:0.425926:10:12:18:13:10:13:18:13 chr21 10862599 . C T 1342.65 PASS AF=0.629032;AO=117;DP=186;FAO=117;FDP=186;FR=.;FRO=69;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00194039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.771;QD=28.8741;RBI=0.0110788;REFB=-0.00187896;REVB=0.0109076;RO=69;SAF=72;SAR=45;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970624;STB=0.552421;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00097261;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:69:69:117:117:0.629032:45:72:33:36:45:72:33:36 chr21 10862618 . T C 1924.44 PASS AF=0.768844;AO=152;DP=201;FAO=153;FDP=199;FR=.;FRO=46;FSAF=88;FSAR=65;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0128476;FXX=0.0148508;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.331;QD=38.6822;RBI=0.0195084;REFB=-0.00558312;REVB=0.0146805;RO=45;SAF=88;SAR=64;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297071;STB=0.517679;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00249367;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:199:45:46:152:153:0.768844:64:88:23:22:65:88:23:23 chr21 10862846 . A T 1771.18 PASS AF=0.991667;AO=112;DP=113;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.515;QD=59.0394;RBI=0.0223607;REFB=-0.0444228;REVB=0.00221697;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.504504;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00118621;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:120:0:1:112:119:0.991667:64:48:0:0:64:55:1:0 chr21 10862853 . G A 130.46 PASS AF=0.191667;AO=23;DP=120;FAO=23;FDP=120;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.00728138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6367;QD=4.34857;RBI=0.0112488;REFB=0.00625583;REVB=-0.00857416;RO=96;SAF=8;SAR=15;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196148;STB=0.629025;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0348415;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:96:97:23:23:0.191667:15:8:48:48:15:8:49:48 chr21 10862874 . A G 941.2 PASS AF=0.613139;AO=83;DP=137;FAO=84;FDP=137;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0128023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4314;QD=27.4802;RBI=0.0145928;REFB=-0.0160428;REVB=-0.00700374;RO=52;SAF=38;SAR=45;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138662;STB=0.568225;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00591262;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:52:53:83:84:0.613139:45:38:34:18:45:39:34:19 chr21 10862947 . G A 845.4 PASS AF=0.596899;AO=77;DP=130;FAO=77;FDP=129;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00196386;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.022;QD=26.2139;RBI=0.0251386;REFB=-0.00787375;REVB=-0.0250618;RO=52;SAF=42;SAR=35;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380842;STB=0.520679;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00582621;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:52:52:77:77:0.596899:35:42:31:21:35:42:31:21 chr21 10906915 . C T 84.82 PASS AF=0.122699;AO=20;DP=162;FAO=20;FDP=163;FR=.;FRO=143;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.0211113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2673;QD=2.0814;RBI=0.0272328;REFB=0.00727242;REVB=0.0172029;RO=142;SAF=15;SAR=5;SRF=75;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288399;STB=0.70852;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0531217;OID=.;OPOS=10906915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:162:163:142:143:20:20:0.122699:5:15:75:67:5:15:75:68 chr21 10906989 . C T 101.29 PASS AF=0.132948;AO=25;DP=173;FAO=23;FDP=173;FR=.;FRO=150;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=-0.0697842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5507;QD=2.34199;RBI=0.0706762;REFB=0.0076458;REVB=-0.0111929;RO=148;SAF=19;SAR=6;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37564;STB=0.820765;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0762315;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:148:150:25:23:0.132948:6:19:69:79:4:19:69:81 chr21 10909652 . G A 106.01 PASS AF=0.169492;AO=20;DP=120;FAO=20;FDP=118;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=0.0074554;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.339;QD=3.59361;RBI=0.0385057;REFB=-0.00818811;REVB=-0.0377771;RO=98;SAF=6;SAR=14;SRF=36;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095776;STB=0.572168;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0397182;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:98:98:20:20:0.169492:14:6:36:62:14:6:37:61 chr21 10910311 . T G 864.82 PASS AF=0.73913;AO=68;DP=94;FAO=68;FDP=92;FR=.;FRO=24;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0117664;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.914;QD=37.6008;RBI=0.0442838;REFB=-0.018712;REVB=0.0426919;RO=24;SAF=38;SAR=30;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129549;STB=0.569495;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00441423;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:24:24:68:68:0.73913:30:38:7:17:30:38:7:17 chr21 10910340 . C G 32.35 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0352519;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.009;QD=1.43791;RBI=0.0354879;REFB=-0.00400615;REVB=-0.00408586;RO=82;SAF=1;SAR=7;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447097;STB=0.864002;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0686042;OID=.;OPOS=10910340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:92:90:82:82:8:8:0.0888889:7:1:42:40:7:1:42:40 chr21 10910347 . A G 1380.42 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.463;QD=61.3521;RBI=0.0495574;REFB=-0.15421;REVB=0.0264815;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0014764;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:47:42:0:0:47:42:0:1 chr21 10920098 . T C 1551.5 PASS AF=0.916667;AO=110;DP=120;FAO=110;FDP=120;FR=.;FRO=10;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0241598;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.126;QD=51.7167;RBI=0.0445896;REFB=-0.0669477;REVB=0.0374772;RO=10;SAF=67;SAR=43;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098486;STB=0.552074;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000490232;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:120:120:10:10:110:110:0.916667:43:67:0:10:43:67:0:10 chr21 10935004 . A T 185.3 PASS AF=0.141869;AO=41;DP=289;FAO=41;FDP=289;FR=.;FRO=248;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=123;FSRR=125;FWDB=0.00644923;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.344;QD=2.56469;RBI=0.00933022;REFB=-0.00329924;REVB=0.00674244;RO=246;SAF=33;SAR=8;SRF=121;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415383;STB=0.778464;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0281291;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:246:248:41:41:0.141869:8:33:121:125:8:33:123:125 chr21 10942756 . G A 280.61 PASS AF=0.142534;AO=63;DP=442;FAO=63;FDP=442;FR=.;FRO=379;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=212;FSRR=167;FWDB=-0.00346726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.665;QD=2.53948;RBI=0.0138887;REFB=-0.00197405;REVB=-0.013449;RO=377;SAF=41;SAR=22;SRF=210;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125386;STB=0.581949;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0123685;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:442:377:379:63:63:0.142534:22:41:210:167:22:41:212:167 chr21 10943003 . C T 84.58 PASS AF=0.125828;AO=19;DP=150;FAO=19;FDP=151;FR=.;FRO=132;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=0.013311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8604;QD=2.24062;RBI=0.0143586;REFB=-0.00648726;REVB=-0.00538383;RO=129;SAF=5;SAR=14;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29791;STB=0.707356;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0287852;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:150:151:129:132:19:19:0.125828:14:5:64:65:14:5:65:67 chr21 10951387 . T G 562.04 PASS AF=0.175241;AO=109;DP=623;FAO=109;FDP=622;FR=.;FRO=513;FSAF=28;FSAR=81;FSRF=249;FSRR=264;FWDB=0.00638281;FXX=0.00160511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.977;QD=3.61443;RBI=0.00935046;REFB=-0.0074835;REVB=-0.00683307;RO=511;SAF=28;SAR=81;SRF=248;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311316;STB=0.698999;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0265399;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:623:622:511:513:109:109:0.175241:81:28:248:263:81:28:249:264 chr21 10951426 . G T 592.62 PASS AF=0.190476;AO=109;DP=564;FAO=108;FDP=567;FR=.;FRO=459;FSAF=28;FSAR=80;FSRF=206;FSRR=253;FWDB=-0.0248944;FXX=0.00176053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8274;QD=4.18073;RBI=0.0416185;REFB=-0.00565153;REVB=-0.0333522;RO=447;SAF=28;SAR=81;SRF=198;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262425;STB=0.66749;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0406747;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:567:447:459:109:108:0.190476:81:28:198:249:80:28:206:253 chr21 10959806 . G T 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00343749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.484;QD=7.06638;RBI=0.00700244;REFB=-0.00320467;REVB=-0.00610064;RO=47;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361565;STB=0.528269;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00953815;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:10:7:18:29:10:7:18:30 chr21 10970003 . G A 217.82 PASS AF=0.218182;AO=36;DP=165;FAO=36;FDP=165;FR=.;FRO=129;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=-0.0045466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.581;QD=5.28045;RBI=0.0162009;REFB=-0.00448872;REVB=-0.0155498;RO=127;SAF=16;SAR=20;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105257;STB=0.558514;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0153388;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:127:129:36:36:0.218182:20:16:67:60:20:16:67:62 chr21 10970017 . C T 253.25 PASS AF=0.235294;AO=39;DP=169;FAO=40;FDP=170;FR=.;FRO=130;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=67;FWDB=-0.0191953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8526;QD=5.95874;RBI=0.0250847;REFB=-0.0034381;REVB=-0.0161487;RO=130;SAF=19;SAR=20;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324143;STB=0.511759;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0168575;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:130:130:39:40:0.235294:20:19:63:67:20:20:63:67 chr21 11029596 . AC A 42.94 PASS AF=0.142857;AO=59;DP=212;FAO=30;FDP=210;FR=.;FRO=180;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=122;FSRR=58;FWDB=-0.283559;FXX=0.00943352;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.1331;QD=0.817963;RBI=0.296688;REFB=-0.0318472;REVB=-0.0872825;RO=146;SAF=46;SAR=13;SRF=94;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0.227959;SSSB=0.204904;STB=0.510784;STBP=0.919;TYPE=del;VARB=0.0874895;OID=.;OPOS=11029597;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:59:212:30:210:180:20:10:122:58:42:146:46:13:94:52 chr21 11029616 . G T 498.68 PASS AF=0.288703;AO=69;DP=231;FAO=69;FDP=239;FR=.;FRO=170;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=105;FSRR=65;FWDB=-0.0634787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3815;QD=8.34615;RBI=0.0646086;REFB=-0.00200832;REVB=-0.0120304;RO=162;SAF=47;SAR=22;SRF=97;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108546;STB=0.550099;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00470131;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:239:162:170:69:69:0.288703:22:47:97:65:22:47:105:65 chr21 11029624 . C T 496.64 PASS AF=0.280992;AO=68;DP=242;FAO=68;FDP=242;FR=.;FRO=174;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=108;FSRR=66;FWDB=-0.0027568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.316;QD=8.2089;RBI=0.0642566;REFB=-0.00494044;REVB=-0.0641975;RO=173;SAF=45;SAR=23;SRF=108;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501442;STB=0.532287;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00990916;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:173:174:68:68:0.280992:23:45:108:65:23:45:108:66 chr21 11029630 . GC G 495.87 PASS AF=0.276423;AO=68;DP=249;FAO=68;FDP=246;FR=.;FRO=178;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=68;FWDB=-0.00329117;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.185;QD=8.06288;RBI=0.0142124;REFB=-0.000441343;REVB=0.0138261;RO=176;SAF=44;SAR=24;SRF=111;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218193;STB=0.522721;STBP=0.66;TYPE=del;VARB=0.00195724;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276423:68:249:68:246:178:44:24:110:68:99:176:44:24:111:65 chr21 11029679 . C G 394.45 PASS AF=0.232472;AO=61;DP=266;FAO=63;FDP=271;FR=.;FRO=208;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=104;FSRR=104;FWDB=-0.00423651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.347;QD=5.82215;RBI=0.0822363;REFB=-0.00552023;REVB=-0.0821271;RO=193;SAF=38;SAR=23;SRF=94;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173159;STB=0.605305;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0162866;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:271:193:208:61:63:0.232472:23:38:94:99:23:40:104:104 chr21 11038802 . G A 502.06 PASS AF=0.217848;AO=81;DP=382;FAO=83;FDP=381;FR=.;FRO=298;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=187;FSRR=111;FWDB=0.0226395;FXX=0.0052218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0864;QD=5.27102;RBI=0.0259866;REFB=-0.00425353;REVB=-0.0127574;RO=295;SAF=57;SAR=24;SRF=186;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106048;STB=0.574284;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0388538;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:381:295:298:81:83:0.217848:24:57:186:109:24:59:187:111 chr21 11038843 . G C 1624.5 PASS AF=0.521173;AO=159;DP=306;FAO=160;FDP=307;FR=.;FRO=147;FSAF=113;FSAR=47;FSRF=80;FSRR=67;FWDB=0.0553817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.942;QD=21.1661;RBI=0.055415;REFB=-0.0184079;REVB=0.0019219;RO=146;SAF=113;SAR=46;SRF=80;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159979;STB=0.586788;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0260713;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:307:146:147:159:160:0.521173:46:113:80:66:47:113:80:67 chr21 11049617 . C G 115.85 PASS AF=0.0994318;AO=35;DP=352;FAO=35;FDP=352;FR=.;FRO=317;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=169;FSRR=148;FWDB=-0.00552819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3123;QD=1.31648;RBI=0.0070186;REFB=-0.00187245;REVB=-0.00432433;RO=306;SAF=22;SAR=13;SRF=160;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131106;STB=0.587833;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0236143;OID=.;OPOS=11049617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:306:317:35:35:0.0994318:13:22:160:146:13:22:169:148 chr21 11057855 . A T 762.67 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=102;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00210028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.538;QD=29.9087;RBI=0.0232227;REFB=-0.0201876;REVB=0.0231276;RO=34;SAF=39;SAR=29;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847532;STB=0.545686;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0114262;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:34:34:68:68:0.666667:29:39:24:10:29:39:24:10 chr21 11057866 . C T 56.95 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=-0.0371129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.683;QD=2.0523;RBI=0.0438715;REFB=-0.0024705;REVB=-0.0233953;RO=95;SAF=7;SAR=6;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103688;STB=0.575346;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0335721;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:110:111:95:98:13:13:0.117117:6:7:59:36:6:7:61:37 chr21 11057888 . T A 453.42 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=120;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.000743464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.601;QD=14.9891;RBI=0.000890597;REFB=-0.0126797;REVB=-0.000490332;RO=70;SAF=29;SAR=21;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993365;STB=0.550542;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0141622;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:70:70:50:51:0.421488:21:29:47:23:21:30:47:23 chr21 11057931 . C A 45.64 PASS AF=0.103774;AO=11;DP=106;FAO=11;FDP=106;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.00182459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.281;QD=1.72245;RBI=0.0134784;REFB=-0.00163502;REVB=-0.0133544;RO=93;SAF=6;SAR=5;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035195;STB=0.511245;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0109752;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:106:106:93:95:11:11:0.103774:5:6:51:42:5:6:53:42 chr21 11058226 . G C 390.59 PASS AF=0.210863;AO=66;DP=313;FAO=66;FDP=313;FR=.;FRO=247;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=131;FSRR=116;FWDB=0.00625216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.232;QD=4.99152;RBI=0.0103576;REFB=-0.00507529;REVB=-0.00825773;RO=244;SAF=32;SAR=34;SRF=131;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066766;STB=0.535862;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0203996;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:244:247:66:66:0.210863:34:32:131:113:34:32:131:116 chr21 11097557 . A G 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0244904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6224;QD=9.41538;RBI=0.0252933;REFB=0.00583415;REVB=0.0063225;RO=38;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225561;STB=0.642696;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0158184;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:6:12:18:20:6:12:18:21 chr21 11097574 . T A 121.47 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0427563;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.809;QD=6.94109;RBI=0.0437153;REFB=-0.0125119;REVB=0.00910643;RO=51;SAF=14;SAR=4;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428728;STB=0.757083;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0490737;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:51:52:18:18:0.257143:4:14:22:29:4:14:23:29 chr21 11097608 . C T 99.33 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=105;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0237022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.711;QD=3.74824;RBI=0.0287528;REFB=-0.013192;REVB=0.0162766;RO=87;SAF=8;SAR=10;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135057;STB=0.592414;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0338127;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:87:88:18:18:0.169811:10:8:48:39:10:8:49:39 chr21 11098674 . T C 769.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.357;QD=56.9829;RBI=0.05379;REFB=0;REVB=0.0189896;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127079;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr21 11098723 . T C 338.67 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0361592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.167;QD=15.2209;RBI=0.0361672;REFB=-0.00838589;REVB=-0.000760168;RO=50;SAF=5;SAR=32;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583209;STB=0.832916;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0248059;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:52:37:37:0.41573:32:5:33:17:32:5:34:18 chr21 11098728 . C T 30.57 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.012921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.518;QD=1.34361;RBI=0.0206075;REFB=-0.00405836;REVB=0.0160535;RO=81;SAF=3;SAR=5;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526386;STB=0.555415;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0144835;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:81:83:8:8:0.0879121:5:3:34:47:5:3:36:47 chr21 11098732 . C T 285.82 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0198943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.098;QD=13.1409;RBI=0.0326622;REFB=-0.0327948;REVB=0.0259043;RO=53;SAF=5;SAR=28;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53448;STB=0.805397;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0198424;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:54:33:33:0.37931:28:5:32:21:28:5:32:22 chr21 11098756 . C A 331.72 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00663698;FXX=0.0769146;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6555;QD=15.7961;RBI=0.0260761;REFB=-0.0191774;REVB=0.0252173;RO=45;SAF=6;SAR=28;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438827;STB=0.734989;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0256377;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:84:45:48:34:35:0.416667:28:6:25:20:28:7:27:21 chr21 11098763 . C T 429.55 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0194632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.564;QD=17.3554;RBI=0.0327145;REFB=-0.0138864;REVB=0.0262949;RO=55;SAF=9;SAR=35;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317925;STB=0.680087;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0318939;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:35:9:26:29:35:9:26:29 chr21 14419915 . A G 1196.21 PASS AF=0.393586;AO=134;DP=342;FAO=135;FDP=343;FR=.;FRO=208;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=107;FSRR=101;FWDB=-0.0201114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.526;QD=13.95;RBI=0.024497;REFB=-0.0101979;REVB=0.013987;RO=208;SAF=62;SAR=72;SRF=107;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561254;STB=0.528973;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0200591;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:343:208:208:134:135:0.393586:72:62:107:101:72:63:107:101 chr21 14420005 . A G 1460.93 PASS AF=0.408978;AO=164;DP=405;FAO=164;FDP=401;FR=.;FRO=237;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=105;FSRR=132;FWDB=0.005656;FXX=0.012315;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.43;QD=14.5728;RBI=0.00574766;REFB=-0.0100972;REVB=-0.00102236;RO=228;SAF=74;SAR=90;SRF=103;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000564033;STB=0.504886;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0147856;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:401:228:237:164:164:0.408978:90:74:103:125:90:74:105:132 chr21 14778721 . A T 83.77 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4752;QD=37.2305;RBI=0.0939918;REFB=0;REVB=0.0333553;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139572;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr21 14982716 . T C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.02877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.019;QD=6.78682;RBI=0.0293024;REFB=-0.0126021;REVB=0.00556037;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142331;STB=0.509068;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0512807;OID=.;OPOS=14982716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:7:1:3:20:7:1:3:20 chr21 14982886 . G A 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2121;QD=45.7958;RBI=0.0394793;REFB=0;REVB=0.0374728;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019939;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr21 14982952 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.828;QD=43.4862;RBI=0.0132275;REFB=0;REVB=-0.0129488;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96747e-05;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr21 15013735 . A G 1770.74 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.27;QD=60.0251;RBI=0.0378645;REFB=-0.106783;REVB=0.0362521;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000519616;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:60:57:0:0:60:57:1:0 chr21 15457003 . C A 172.21 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0124402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6288;QD=11.2926;RBI=0.0324666;REFB=-0.0330665;REVB=0.0299887;RO=39;SAF=4;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342516;STB=0.702395;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0543075;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:18:4:17:22:18:4:17:22 chr21 15457034 . A T 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00286337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.764;QD=8.68649;RBI=0.00580576;REFB=0.000142887;REVB=-0.00505055;RO=52;SAF=5;SAR=17;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289014;STB=0.674049;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000343656;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:17:5:23:29:17:5:23:29 chr21 15457086 . A G 248.22 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0352371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2449;QD=11.6809;RBI=0.0381961;REFB=-0.0123903;REVB=0.0147408;RO=55;SAF=7;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337685;STB=0.696829;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0231077;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:23:7:28:27:23:7:28:27 chr21 15457207 . CG C 50.44 PASS AF=0.555556;AO=7;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.181462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4649;QD=11.2079;RBI=0.207734;REFB=-0.09079;REVB=-0.101118;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0.249147;SSEP=0;SSSB=-0.371799;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=del;VARB=0.104916;OID=.;OPOS=15457208;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:7:18:10:18:8:3:7:2:6:44:9:1:6:4:5 chr21 15457293 . T G 61.28 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0126015;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6487;QD=5.9789;RBI=0.0565471;REFB=0.0335968;REVB=-0.0551251;RO=32;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441334;STB=0.775597;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0250124;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:42:41:32:32:9:9:0.219512:3:6:9:23:3:6:9:23 chr21 15457297 . C G 91.09 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0777563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9325;QD=8.28106;RBI=0.0838543;REFB=0.0166477;REVB=-0.0313927;RO=32;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518091;STB=0.812038;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0688803;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:3:9:9:23:3:9:9:23 chr21 15457318 . T G 117.73 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00664982;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3579;QD=10.9514;RBI=0.00722295;REFB=-0.0114639;REVB=0.00281974;RO=28;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535208;STB=0.835439;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0179719;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:29:14:14:0.325581:3:11:8:20:3:11:7:22 chr21 15457339 . T G 175.47 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0108626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0416;QD=12.5334;RBI=0.0138221;REFB=-0.00979149;REVB=0.00854714;RO=33;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458333;STB=0.754494;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0611107;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:6:16:9:24:6:16:10:24 chr21 15457350 . TA CG 186.39 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00405557;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=2;MLLD=253.378;QD=13.5553;RBI=0.0255375;REFB=0.015943;REVB=-0.0252135;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389186;STB=0.724873;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=-0.0193788;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:32:32:19:19:0.345455:6:13:10:22:6:13:10:22 chr21 15457374 . G C 212.46 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.033624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.134;QD=14.4038;RBI=0.0337959;REFB=-0.00103517;REVB=-0.00340361;RO=32;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321414;STB=0.684355;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00207063;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:34:25:25:0.423729:7:18:13:19:7:18:14:20 chr21 15457399 . G C 196.82 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0169393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.349;QD=12.9061;RBI=0.0259133;REFB=-0.0112108;REVB=-0.0196101;RO=36;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3651;STB=0.717761;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0170175;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:6:18:15:21:6:18:15:22 chr21 15457410 . C G 171.24 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0213164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5851;QD=12.4541;RBI=0.0328156;REFB=-0.0148492;REVB=0.0249494;RO=34;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302325;STB=0.675503;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0270843;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:6:15:15:19:6:15:15:19 chr21 15457434 . G A 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00450492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.133;QD=6.14817;RBI=0.0126606;REFB=-0.00544652;REVB=0.011832;RO=35;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479674;STB=0.806412;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0596431;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:2:8:14:21:2:8:14:21 chr21 15457463 . CACACACAGT C 367.55 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235875;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=9;MLLD=292.592;QD=54.4524;RBI=0.0258811;REFB=0;REVB=0.0106519;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000126516;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:27:27:0:11:16:0:0:4:0:10:16:0:0 chr21 15481365 . G T 558.3 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00887168;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.661;QD=22.7877;RBI=0.0115489;REFB=-0.0297305;REVB=-0.00739395;RO=46;SAF=25;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214162;STB=0.501179;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0232746;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:46:46:52:52:0.530612:27:25:22:24:27:25:22:24 chr21 15516976 . T A 1225.28 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7505;QD=59.7696;RBI=0.0712939;REFB=-0.109352;REVB=0.0705348;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00199977;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:40:40:1:0:40:41:1:0 chr21 15524921 . C T 153.87 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.05622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3157;QD=11.6127;RBI=0.108326;REFB=-0.0167875;REVB=-0.0925947;RO=34;SAF=15;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200144;STB=0.61842;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0244051;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:4:15:22:12:4:15:22:12 chr21 15558346 . G A 738.29 PASS AF=0.496774;AO=76;DP=154;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00193129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.344;QD=19.0528;RBI=0.00441472;REFB=-0.0192301;REVB=0.00396987;RO=78;SAF=39;SAR=37;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705912;STB=0.535501;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0159222;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:78:78:76:77:0.496774:37:39:46:32:37:40:46:32 chr21 15596772 . T G 539.95 PASS AF=0.620253;AO=48;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0605031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0978;QD=27.3393;RBI=0.0693737;REFB=0.0479201;REVB=-0.0339425;RO=30;SAF=29;SAR=19;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306963;STB=0.504884;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.026357;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:48:49:0.620253:19:29:18:12:19:30:18:12 chr21 15599466 . A G 415.67 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0401519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.2682;QD=16.9661;RBI=0.0612459;REFB=-0.030671;REVB=0.046248;RO=54;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850112;STB=0.542161;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0403883;OID=.;OPOS=15599466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:43:43:0.438776:21:22:23:31:21:22:24:31 chr21 15646397 . A G 2201.93 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937125;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.168;QD=62.9122;RBI=0.0516616;REFB=0;REVB=0.0508046;RO=0;SAF=85;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53617e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:136:140:1:51:85:0:0:53:87:0:0 chr21 15926544 . G A 773.73 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=162;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=20;FWDB=-0.00338729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.734;QD=18.9873;RBI=0.00945219;REFB=-0.00261264;REVB=0.00882441;RO=82;SAF=44;SAR=36;SRF=63;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208552;STB=0.609854;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00324674;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:82:83:80:80:0.490798:36:44:63:19:36:44:63:20 chr21 15954528 . G A 397.92 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0135904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5024;QD=15.0159;RBI=0.120082;REFB=-0.028749;REVB=-0.119311;RO=36;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208874;STB=0.507318;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0236552;OID=.;OPOS=15954528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:36:61:44:45:0.424528:26:18:24:12:26:19:25:36 chr21 15954660 . T C 777.22 PASS AF=0.47929;AO=81;DP=169;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.00769023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.498;QD=18.3958;RBI=0.0148769;REFB=0.00621731;REVB=-0.0127351;RO=86;SAF=38;SAR=43;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104461;STB=0.563139;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00799798;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:88:81:81:0.47929:43:38:50:36:43:38:52:36 chr21 15964920 . C G 208.0 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00534996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.136;QD=11.3973;RBI=0.05203;REFB=-0.00124913;REVB=-0.0517542;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404316;STB=0.523386;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00231219;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:12:14:27:20:12:14:27:20 chr21 15974409 . T C 1415.35 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.024;QD=60.8751;RBI=0.0413833;REFB=0.0458998;REVB=0.0223077;RO=2;SAF=48;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193392;STB=0.505049;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-5.47959e-06;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:93:2:1:91:92:0.989247:43:48:2:0:43:49:1:0 chr21 15984982 . C A 362.93 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.084541;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9289;QD=15.4438;RBI=0.0856824;REFB=0.00976198;REVB=-0.0139392;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015862;STB=0.514844;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.024906;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:55:39:39:0.414894:21:18:25:31:21:18:24:31 chr21 16335469 . T C 864.07 PASS AF=0.555556;AO=79;DP=143;FAO=80;FDP=144;FR=.;FRO=64;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0330391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.657;QD=24.002;RBI=0.0505562;REFB=-0.0154206;REVB=0.0382668;RO=64;SAF=49;SAR=30;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00943356;STB=0.507378;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0131006;OID=.;OPOS=16335469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:64:64:79:80:0.555556:30:49:39:25:30:50:39:25 chr21 16335515 . C T 667.77 PASS AF=0.414365;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=181;FR=.;FRO=106;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.111047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6482;QD=14.7573;RBI=0.146673;REFB=-0.0220896;REVB=-0.0958196;RO=89;SAF=39;SAR=36;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11882;STB=0.543747;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0306907;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:181:89:106:75:75:0.414365:36:39:57:32:36:39:63:43 chr21 16340289 . C T 944.07 PASS AF=0.944444;AO=65;DP=69;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0755719;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.681;QD=52.4481;RBI=0.0770949;REFB=-0.0829433;REVB=0.0152485;RO=4;SAF=29;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334707;STB=0.516415;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00424796;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:69:72:4:4:65:68:0.944444:36:29:3:1:37:31:3:1 chr21 16423596 . T TGTGTGTGTGCGC 33.88 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=57;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0560198;FXX=0.140326;HRUN=1;LEN=12;MLLD=377.458;QD=2.76596;RBI=0.0575011;REFB=-0.00719234;REVB=-0.0129673;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171137;STB=0.599658;STBP=0.639;TYPE=ins;VARB=0.0403074;OID=.;OPOS=16423597;OREF=-;OALT=GTGTGTGTGCGC;OMAPALT=TGTGTGTGTGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122449:6:57:6:49:43:2:4:19:24:33:46:2:4:22:24 chr21 16424421 . A G 300.53 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0185217;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.877;QD=16.0285;RBI=0.0516759;REFB=-0.0232472;REVB=0.0482425;RO=41;SAF=26;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317709;STB=0.688616;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0297271;OID=.;OPOS=16424421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:42:33:33:0.44:7:26:21:20:7:26:21:21 chr21 16424469 . C T 392.01 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00109828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.353;QD=16.8605;RBI=0.0217507;REFB=-0.0171952;REVB=-0.0217229;RO=51;SAF=22;SAR=19;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191906;STB=0.59974;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.020272;OID=.;OPOS=16424469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:52:41:41:0.44086:19:22:37:14:19:22:37:15 chr21 16424644 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0590781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.201;QD=18.8867;RBI=0.0638971;REFB=-0.0129893;REVB=-0.0243437;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276405;STB=0.659985;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00648924;OID=.;OPOS=16424644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:4:1:5:3:4:1 chr21 17198541 . C T 728.11 PASS AF=0.398104;AO=84;DP=212;FAO=84;FDP=211;FR=.;FRO=127;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=-8.68796e-06;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.365;QD=13.8031;RBI=0.0300424;REFB=-0.00330506;REVB=-0.0300424;RO=127;SAF=43;SAR=41;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506232;STB=0.528427;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00532234;OID=.;OPOS=17198541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:127:127:84:84:0.398104:41:43:71:56:41:43:71:56 chr21 17203785 . A T 1022.54 PASS AF=0.526882;AO=95;DP=186;FAO=98;FDP=186;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00584628;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.671;QD=21.9901;RBI=0.00795258;REFB=-0.00113487;REVB=0.00539115;RO=91;SAF=58;SAR=37;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960407;STB=0.527978;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.000908856;OID=.;OPOS=17203785;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:91:88:95:98:0.526882:37:58:46:45:40:58:47:41 chr21 18827106 . C T 577.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.751;QD=60.7368;RBI=0.107486;REFB=0;REVB=0.106237;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375317;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:14:21:0:0:15:23:0:0 chr21 18966089 . T G 253.27 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0215248;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.769;QD=14.8981;RBI=0.0217152;REFB=-0.0100906;REVB=0.00286913;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172735;STB=0.517229;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0161526;OID=.;OPOS=18966089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:39:29:29:0.426471:14:15:19:19:14:15:19:20 chr21 19161403 . A G 748.68 PASS AF=0.568;AO=71;DP=125;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0417412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6366;QD=23.9576;RBI=0.061926;REFB=-0.0171693;REVB=0.0457439;RO=53;SAF=39;SAR=32;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609917;STB=0.529403;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0166925;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:53:54:71:71:0.568:32:39:25:28:32:39:26:28 chr21 19163707 . C T 578.79 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00456426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.683;QD=17.0233;RBI=0.0106209;REFB=-0.00854896;REVB=-0.00959018;RO=71;SAF=33;SAR=28;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562023;STB=0.511624;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00909354;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:75:61:61:0.448529:28:33:38:33:28:33:39:36 chr21 19165259 . ACT A 383.67 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00320541;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.488;QD=20.1932;RBI=0.00859391;REFB=-0.024085;REVB=-0.00797374;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.552162;STBP=0.356;TYPE=del;VARB=0.0186969;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513158:39:76:39:76:37:19:20:22:15:99:36:19:20:22:14 chr21 19169218 . G C 335.88 PASS AF=0.395833;AO=27;DP=101;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00397404;FXX=0.0495;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.783;QD=13.995;RBI=0.011416;REFB=-0.00143396;REVB=-0.010702;RO=44;SAF=21;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313675;STB=0.504502;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00201887;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:96:44:58:27:38:0.395833:6:21:23:21:16:22:34:24 chr21 19653489 . T G 830.68 PASS AF=0.423963;AO=92;DP=218;FAO=92;FDP=217;FR=.;FRO=125;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.0149675;FXX=0.00458695;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.215;QD=15.312;RBI=0.0155119;REFB=-0.0133301;REVB=-0.00407362;RO=122;SAF=58;SAR=34;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161883;STB=0.597612;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0201672;OID=.;OPOS=19653489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:122:125:92:92:0.423963:34:58:58:64:34:58:58:67 chr21 19666909 . TA T,TG 748.73 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=10,37;DP=49;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201943,0.0147659;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.256,78.895;QD=62.3939;RBI=0.113466,0.0946214;REFB=0,0;REVB=0.113448,0.0934622;RO=0;SAF=0,27;SAR=10,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.67388e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.135372,-0.000111593;OID=.,.;OPOS=19666910,19666910;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.979167:10,37:49:1,47:48:0:0,28:1,19:0:0:5:0:0,27:10,10:0:0 chr21 19670118 . G A 946.91 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00889761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.653;QD=55.7007;RBI=0.0290313;REFB=-0.0625891;REVB=-0.0276342;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.514701;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00291145;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:33:33:1:0:33:33:2:0 chr21 19756040 . C G 353.1 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0401006;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4467;QD=15.6934;RBI=0.0642353;REFB=-0.0224265;REVB=0.0501809;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569522;STB=0.548399;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0277939;OID=.;OPOS=19756040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:52:38:38:0.422222:20:18:26:23:20:18:29:23 chr21 21728991 . C A 1577.42 PASS AF=0.95614;AO=109;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00333381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9649;QD=55.3481;RBI=0.00333802;REFB=-0.143583;REVB=0.000167639;RO=4;SAF=68;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265442;STB=0.519609;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00933316;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:114:114:4:5:109:109:0.95614:41:68:1:3:41:68:1:4 chr21 22746187 . T C 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.091;QD=63.3357;RBI=0.0104083;REFB=0;REVB=-0.0092319;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88924e-05;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:37:56:0:0:37:56:0:0 chr21 24804558 . T C 976.34 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.019;QD=57.4316;RBI=0.0211376;REFB=0.0191881;REVB=-0.00269274;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-2.75991e-05;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:1:0:35:32:1:0 chr21 24804562 . G A 283.49 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0122081;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.186;QD=17.181;RBI=0.0131032;REFB=-0.004535;REVB=-0.00475967;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287321;STB=0.516119;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0059934;OID=.;OPOS=24804562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:18:17:16:15:18:17 chr21 26965148 . G A,C 1243.01 PASS AF=0.952381,0.0357143;AO=80,3;DP=84;FAO=80,3;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42,2;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217907,-0.00720501;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.918,110.763;QD=59.1911;RBI=0.0887022,0.0301672;REFB=-0.0938619,-0.0124945;REVB=-0.085984,-0.0292941;RO=0;SAF=42,2;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.26068e-08,0;STB=0.506492,0.665547;STBP=0.308,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00112026,0.0531904;OID=.,.;OPOS=26965148,26965148;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:84:0:1:80,3:80,3:0.952381,0.0357143:38,1:42,2:0:0:38,1:42,2:0:1 chr21 26965205 . T C 1649.43 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207462;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.245;QD=58.9082;RBI=0.0749504;REFB=-0.0489778;REVB=0.0720219;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652224;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:113:112:0:0:111:112:1:58:53:0:0:59:53:0:0 chr21 26969703 . T C 946.22 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219437;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.7517;QD=56.4905;RBI=0.0469505;REFB=0.029891;REVB=0.0415069;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00292141;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:64:66:0.985075:38:26:1:0:38:28:1:0 chr21 26976250 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.304;QD=59.8374;RBI=0.0323862;REFB=0;REVB=-0.0139886;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75484e-05;OID=.;OPOS=26976250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr21 26978950 . A G 296.31 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8251;QD=49.3843;RBI=0.0523123;REFB=-0.0953391;REVB=-0.0296786;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00341017;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:1:0:13:10:1:0 chr21 27563105 . G A 332.14 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0293713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.556;QD=13.8391;RBI=0.0473293;REFB=-0.00972103;REVB=-0.0371132;RO=59;SAF=16;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118554;STB=0.567531;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0188341;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:21:16:32:27:21:16:32:27 chr21 27852724 . A G 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0124503;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.371;QD=22.9245;RBI=0.015255;REFB=-0.0113034;REVB=0.00881516;RO=25;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108704;STB=0.559964;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0066795;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:21:13:13:12:21:13:13:12 chr21 28212760 . G A 600.55 PASS AF=0.481203;AO=56;DP=141;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0182249;FXX=0.0699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.257;QD=18.0618;RBI=0.024331;REFB=-0.00980441;REVB=0.0161199;RO=55;SAF=39;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132279;STB=0.585682;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0119707;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:133:55:69:56:64:0.481203:17:39:31:24:17:47:41:28 chr21 28215826 . C CACA 1644.84 PASS AF=1;AO=108;DP=123;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372482;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.344;QD=60.361;RBI=0.0629017;REFB=0;REVB=0.0506873;RO=14;SAF=52;SAR=56;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.03358e-05;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:123:109:109:0:53:56:0:0:9:14:52:56:9:5 chr21 28215836 . GC G 1242.47 PASS AF=1;AO=101;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2598;QD=46.0176;RBI=0.176868;REFB=0;REVB=-0.143901;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00277102;OID=.;OPOS=28215837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:106:108:108:0:54:54:0:0:23:0:50:51:0:0 chr21 28216038 . C A 910.38 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.542;QD=56.8987;RBI=0.0226744;REFB=-0.044564;REVB=-0.010678;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237046;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:64:0:0:62:64:1:29:33:0:0:31:33:0:0 chr21 28216059 . A G 193.68 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0318444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7105;QD=11.3931;RBI=0.0336392;REFB=-0.0124093;REVB=-0.0108411;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135501;STB=0.588715;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0188196;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:43:24:25:0.367647:13:11:25:18:14:11:25:18 chr21 28216066 . C T 994.06 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.432;QD=57.6269;RBI=0.0393187;REFB=0.039885;REVB=0.0355364;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000141902;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:32:36:1:0:32:36:1:0 chr21 28216595 . C G 2993.46 PASS AF=0.954955;AO=200;DP=213;FAO=212;FDP=222;FR=.;FRO=10;FSAF=101;FSAR=111;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.119235;FXX=0.0133327;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1348;QD=53.9363;RBI=0.119427;REFB=-0.144827;REVB=0.00676647;RO=13;SAF=91;SAR=109;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455331;STB=0.519087;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0160245;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:213:222:13:10:200:212:0.954955:109:91:11:2:111:101:9:1 chr21 28216674 . G C 243.99 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-5.1787e-05;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.021;QD=14.7873;RBI=0.0388731;REFB=-0.0247032;REVB=-0.0388731;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148193;STB=0.55072;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0401674;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:38:28:28:0.424242:13:15:13:21:13:15:17:21 chr21 28216692 . G T 721.44 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798325;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.57;QD=55.4954;RBI=0.0831058;REFB=0;REVB=0.0230943;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188924;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:49:52:1:21:28:0:0:24:28:0:0 chr21 28296324 . A G 1339.49 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.831;QD=62.3017;RBI=0.0275567;REFB=0;REVB=0.00978376;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27367e-05;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:33:53:0:0:33:53:0:0 chr21 28296389 . A G 329.71 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0633162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8975;QD=15.7003;RBI=0.0787757;REFB=-0.00961235;REVB=0.0468687;RO=49;SAF=24;SAR=11;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061623;STB=0.545087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0167022;OID=.;OPOS=28296389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:48:35:36:0.428571:11:24:31:18:11:25:30:18 chr21 28296570 . A G 737.69 PASS AF=0.533835;AO=70;DP=132;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00469515;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.487;QD=22.1861;RBI=0.0223567;REFB=-0.00857924;REVB=-0.0218581;RO=62;SAF=37;SAR=33;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134379;STB=0.5761;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00573542;OID=.;OPOS=28296570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:62:62:70:71:0.533835:33:37:23:39:33:38:23:39 chr21 28302355 . A G 1799.51 PASS AF=0.991667;AO=113;DP=114;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390039;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.581;QD=59.9838;RBI=0.0407241;REFB=-0.0228736;REVB=0.0117109;RO=1;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693205;STB=0.503596;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00020941;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:120:1:1:113:119:0.991667:68:45:0:1:69:50:0:1 chr21 28305212 . C T 322.45 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0486995;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.597;QD=13.5767;RBI=0.0487766;REFB=-0.0153029;REVB=0.00274138;RO=56;SAF=22;SAR=14;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828908;STB=0.533315;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0301837;OID=.;OPOS=28305212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:59:36:36:0.378947:14:22:30:26:14:22:33:26 chr21 28326276 . G A 474.25 PASS AF=0.36478;AO=58;DP=159;FAO=58;FDP=159;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.00595607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.881;QD=11.9309;RBI=0.0234158;REFB=-0.0119131;REVB=-0.0226457;RO=101;SAF=34;SAR=24;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474118;STB=0.527006;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0215874;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:101:101:58:58:0.36478:24:34:55:46:24:34:55:46 chr21 30250555 . T C 1269.11 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00947062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.777;QD=60.4338;RBI=0.0182137;REFB=-0.028015;REVB=0.0155578;RO=1;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155243;STB=0.508195;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-1.81593e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:30:53:0:1:30:53:0:1 chr21 30250615 . T C 1175.93 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.482;QD=59.5408;RBI=0.0152244;REFB=-0.115923;REVB=0.00891213;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000239016;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:33:45:0:0:33:45:0:1 chr21 30255347 . C A 106.89 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00525794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.641;QD=12.2159;RBI=0.0653792;REFB=-0.0158615;REVB=0.0651674;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409598;STB=0.524192;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0240227;OID=.;OPOS=30255347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:11:11:7:6:11:11 chr21 30257560 . C G 3522.53 PASS AF=0.978541;AO=227;DP=235;FAO=228;FDP=233;FR=.;FRO=5;FSAF=82;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0284677;FXX=0.0168769;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2948;QD=60.4726;RBI=0.0829674;REFB=-0.18048;REVB=0.0779306;RO=0;SAF=81;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58405e-08;STB=0.508417;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00295628;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:235:233:0:5:227:228:0.978541:146:81:0:0:146:82:0:5 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 3418.03 PASS AF=0.246753,0.753247;AO=49,159;DP=238;FAO=57,174;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=13,78;FSAR=44,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.19614,-0.0885618;FXX=0.0294105;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.6308,34.995;QD=59.1867;RBI=0.238191,0.136237;REFB=0,0;REVB=-0.135144,-0.103525;RO=0;SAF=6,66;SAR=43,93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.43809e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0493434,-0.00370131;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.246753,0.753247:49,159:238:57,174:231:0:13,78:44,96:0:0:99:0:6,66:43,93:0:0 chr21 30257570 . A C 349.21 PASS AF=0.261224;AO=63;DP=245;FAO=64;FDP=245;FR=.;FRO=181;FSAF=12;FSAR=52;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=-0.0164333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.9777;QD=5.7013;RBI=0.0425295;REFB=-0.0486958;REVB=-0.0392263;RO=182;SAF=13;SAR=50;SRF=82;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346068;STB=0.732857;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.177511;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:182:181:63:64:0.261224:50:13:82:100:52:12:83:98 chr21 30318207 . T C 240.37 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0220523;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.308;QD=16.5771;RBI=0.0238854;REFB=-0.00642575;REVB=-0.00917645;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149368;STB=0.575779;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00641509;OID=.;OPOS=30318207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:11:16:13:17:11:16:14:17 chr21 30341891 . A G 864.16 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142354;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.267;QD=54.867;RBI=0.0142519;REFB=-0.0974471;REVB=-0.000685432;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.515147;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000382055;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:29:32:1:0:29:32:2:0 chr21 30357163 . G T 592.62 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0151718;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.35;QD=20.2603;RBI=0.0166233;REFB=-0.018332;REVB=-0.00679339;RO=57;SAF=37;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113694;STB=0.562716;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0167391;OID=.;OPOS=30357163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:23:37:28:29:23:37:28:29 chr21 30408670 . A T 684.85 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0158119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.352;QD=20.1426;RBI=0.0161504;REFB=-0.0134589;REVB=0.00328913;RO=68;SAF=30;SAR=38;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269407;STB=0.514856;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0144713;OID=.;OPOS=30408670;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:68:68:68:0.5:38:30:32:36:38:30:32:36 chr21 30511691 . G A 202.06 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0748003;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.753;QD=13.9353;RBI=0.07531;REFB=-0.0109285;REVB=-0.00874694;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101325;STB=0.557987;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0126379;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:16:18:15:9:16:18 chr21 30552839 . A G 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0193346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.049;QD=15.224;RBI=0.021474;REFB=-0.00844465;REVB=-0.00934374;RO=52;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167447;STB=0.594776;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.013692;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:14:23:24:28:14:23:24:28 chr21 30552877 . T C 430.98 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0125519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.15;QD=14.7344;RBI=0.0126745;REFB=-0.00734064;REVB=0.00175869;RO=68;SAF=28;SAR=21;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132625;STB=0.50746;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.012854;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:21:28:38:30:21:28:38:30 chr21 30714776 . T C 424.14 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0188431;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4362;QD=17.4901;RBI=0.0207699;REFB=-0.015538;REVB=-0.00873667;RO=52;SAF=28;SAR=17;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697182;STB=0.503889;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0153301;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:17:28:32:20:17:28:32:20 chr21 30716955 . TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA 382.67 PASS AF=0.433333,0.0333333,0.533333;AO=9,9,2;DP=32;FAO=13,1,16;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1,14;FSAR=3,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673685,0.0700221,0.117552;FXX=0.333259;HRUN=1,1,1;LEN=8,6,1;MLLD=92.9642,49.749,25.6255;QD=51.0227;RBI=0.0797955,0.0712195,0.117968;REFB=0,0,0;REVB=0.0427645,0.0130046,-0.00989481;RO=0;SAF=9,9,2;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0787937,0.101149,0.166633;OID=.,.,.;OPOS=30716956,30716956,30716985;OREF=TGTGTGTG,TGTGTG,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.433333,0.0333333,0.533333:9,9,2:32:13,1,16:30:0:10,1,14:3,0,2:0:0:82:0:9,9,2:0,0,0:0:0 chr21 30717151 . C T 1102.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00600476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.567;QD=58.801;RBI=0.0832322;REFB=-0.0956582;REVB=-0.0830154;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000161613;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:37:37:0:1:37:37:0:1 chr21 30718201 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.684;QD=59.8394;RBI=0.0481088;REFB=0;REVB=0.0480045;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79703e-05;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr21 30969901 . T C 1153.04 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000983144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8974;QD=60.6861;RBI=0.00496599;REFB=0;REVB=0.0048677;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32734e-05;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr21 30971183 . G A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0193961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144;QD=16.7848;RBI=0.0473406;REFB=0.00111692;REVB=-0.0431847;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145058;STB=0.58134;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00259957;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:15:14:21:12:15:14:21:12 chr21 30973567 . A T 265.87 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00204813;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.826;QD=12.9691;RBI=0.0210787;REFB=-0.00494107;REVB=-0.0209789;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100208;STB=0.557276;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0104578;OID=.;OPOS=30973567;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:51:51:31:31:0.378049:15:16:31:20:15:16:31:20 chr21 31062070 . T G 1932.35 PASS AF=0.984496;AO=124;DP=125;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00769912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2469;QD=59.9178;RBI=0.0136423;REFB=-0.0334859;REVB=0.0112621;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.507935;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0015902;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:129:0:2:124:127:0.984496:65:59:0:0:65:62:2:0 chr21 31587793 . A G 335.56 PASS AF=0.596491;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00377837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.157;QD=23.548;RBI=0.00808438;REFB=-0.0145569;REVB=0.00714711;RO=23;SAF=23;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144435;STB=0.56786;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0102126;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:23:33:34:0.596491:10:23:12:11:11:23:12:11 chr21 31655212 . A C 1678.62 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.314;QD=60.4909;RBI=0.0192122;REFB=0;REVB=0.0182754;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46886e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:50:59:0:0:52:59:0:0 chr21 31661691 . A G 419.37 PASS AF=0.561644;AO=42;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0272474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.111;QD=22.979;RBI=0.126727;REFB=-0.00490157;REVB=0.123763;RO=31;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329314;STB=0.528675;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00299543;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:42:41:0.561644:18:24:19:12:18:23:20:12 chr21 31768539 . G C 1774.72 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.007;QD=60.16;RBI=0.0740299;REFB=0;REVB=0.013269;RO=0;SAF=38;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199111;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:114:118:1:76:38:0:0:79:39:0:0 chr21 31768827 . C A 650.98 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00459507;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.734;QD=18.5995;RBI=0.00588029;REFB=-0.014538;REVB=-0.00366921;RO=74;SAF=32;SAR=34;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091618;STB=0.550741;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0188252;OID=.;OPOS=31768827;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:74:74:66:66:0.471429:34:32:43:31:34:32:43:31 chr21 31852610 . T A 302.57 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00151351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3873;QD=14.9416;RBI=0.0175926;REFB=-0.00986776;REVB=-0.0175274;RO=46;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157894;STB=0.515765;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0184598;OID=.;OPOS=31852610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:19:15:21:25:19:15:22:25 chr21 31869286 . T C 643.62 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0236191;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.62;QD=17.5135;RBI=0.024023;REFB=-0.00734116;REVB=0.00438686;RO=79;SAF=29;SAR=37;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905874;STB=0.543766;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0102655;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:79:81:66:66:0.44898:37:29:42:37:37:29:42:39 chr21 31869421 . T G 287.58 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.000542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.863;QD=13.5334;RBI=0.0214491;REFB=-0.0123608;REVB=0.0214422;RO=52;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282658;STB=0.661319;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0224418;OID=.;OPOS=31869421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:11:22:21:31:11:22:21:31 chr21 31913981 . AG A,AA 1571.78 PASS AF=0.98,0.02;AO=95,4;DP=100;FAO=98,2;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247762,0.0231466;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=301.646,280.379;QD=62.8713;RBI=0.0247801,0.023151;REFB=0,0;REVB=-0.000441659,-0.000448241;RO=0;SAF=61,1;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.04002e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000183114,0.00162565;OID=.,.;OPOS=31913982,31913982;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.98,0.02:95,4:100:98,2:100:0:62,0:36,2:0:0:4:0:61,1:34,3:0:0 chr21 31914000 . T A 342.33 PASS AF=0.392523;AO=39;DP=104;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00384467;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.406;QD=12.7973;RBI=0.0132299;REFB=-0.0155853;REVB=-0.012659;RO=64;SAF=30;SAR=9;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279105;STB=0.627149;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0211541;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:64:65:39:42:0.392523:9:30:35:29:11:31:36:29 chr21 31914054 . G A 812.01 PASS AF=0.554745;AO=77;DP=137;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.00764125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.884;QD=23.7083;RBI=0.0117298;REFB=-0.0124899;REVB=-0.00889939;RO=58;SAF=39;SAR=38;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131269;STB=0.569325;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0100294;OID=.;OPOS=31914054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:58:61:77:76:0.554745:38:39:39:19:38:38:40:21 chr21 31964925 . T A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0305327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.278;QD=12.8607;RBI=0.0333567;REFB=-0.0332262;REVB=-0.0134321;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397415;STB=0.523743;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0329845;OID=.;OPOS=31964925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:6:2:2:5:6:2 chr21 31964928 . A G 48.18 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00319612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.937;QD=12.8474;RBI=0.031966;REFB=-0.0585148;REVB=-0.0318058;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.523743;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0150099;OID=.;OPOS=31964928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:6:7:0.466667:2:4:6:2:2:5:6:2 chr21 31971070 . G A 793.37 PASS AF=0.510067;AO=77;DP=148;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0145034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.209;QD=21.2985;RBI=0.0196369;REFB=-0.000731381;REVB=0.0132385;RO=71;SAF=48;SAR=29;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247862;STB=0.627845;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00106905;OID=.;OPOS=31971070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:71:73:77:76:0.510067:29:48:24:47:29:47:26:47 chr21 31973516 . T A 713.72 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=155;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0199214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.958;QD=18.3004;RBI=0.0246446;REFB=-0.027476;REVB=-0.0145084;RO=81;SAF=44;SAR=30;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037926;STB=0.523803;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0289822;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:81:81:74:75:0.480769:30:44:45:36:30:45:45:36 chr21 32090908 . C T 130.93 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0126986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.689;QD=10.2689;RBI=0.0300845;REFB=-0.00138111;REVB=-0.0272731;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164125;STB=0.509792;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00213071;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:18:17:8:8:18:17 chr21 32201822 . G T 336.95 PASS AF=0.325758;AO=42;DP=134;FAO=43;FDP=132;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00258611;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.32;QD=10.2105;RBI=0.0272407;REFB=-0.00662304;REVB=0.0271177;RO=87;SAF=27;SAR=15;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163865;STB=0.593957;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0104942;OID=.;OPOS=32201822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:87:89:42:43:0.325758:15:27:44:43:15:28:46:43 chr21 32201835 . A C 442.87 PASS AF=0.358621;AO=50;DP=143;FAO=52;FDP=145;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.014701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.345;QD=12.2171;RBI=0.0363517;REFB=-0.0107215;REVB=-0.0332465;RO=90;SAF=32;SAR=18;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161558;STB=0.605438;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0250639;OID=.;OPOS=32201835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:90:93:50:52:0.358621:18:32:45:45:18:34:46:47 chr21 32201866 . A G 451.86 PASS AF=0.370629;AO=49;DP=140;FAO=53;FDP=143;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.00487227;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.398;QD=12.6395;RBI=0.00840817;REFB=-0.0114594;REVB=-0.00685261;RO=91;SAF=27;SAR=22;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642504;STB=0.560914;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.021192;OID=.;OPOS=32201866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:91:90:49:53:0.370629:22:27:45:46:22:31:44:46 chr21 32201951 . A G 428.59 PASS AF=0.348684;AO=53;DP=152;FAO=53;FDP=152;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.0122247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.882;QD=11.2787;RBI=0.0135039;REFB=-0.0112197;REVB=0.00573687;RO=96;SAF=27;SAR=26;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575712;STB=0.535701;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.024259;OID=.;OPOS=32201951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:96:99:53:53:0.348684:26:27:44:52:26:27:45:54 chr21 32201969 . GAATA GATA,GATAG 1872.34 PASS AF=0.992308,0.00769231;AO=121,7;DP=131;FAO=129,1;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=57,1;FSAR=72,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329048,-0.0384805;FXX=0.00763301;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=23.4328,8.43258;QD=57.6104;RBI=0.0408051,0.0503028;REFB=0,0;REVB=-0.0241315,-0.0323979;RO=0;SAF=57,1;SAR=64,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.75944e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0017869,0.0990639;OID=.,.;OPOS=32201970,32201971;OREF=A,ATA;OALT=-,TAG;OMAPALT=GATA,GATAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992308,0.00769231:121,7:131:129,1:130:0:57,1:72,0:0:0:5:0:57,1:64,6:0:0 chr21 32491426 . A T 109.71 PASS AF=0.416667;AO=2;DP=44;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00706641;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=44.6597;QD=7.31409;RBI=0.0399751;REFB=-0.183142;REVB=0.0393456;RO=5;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544828;STB=0.608611;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.017759;OID=.;OPOS=32491426;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:60:5:35:2:25:0.416667:2:0:1:4:14:11:22:13 chr21 32493031 . A G 1102.78 PASS AF=0.528846;AO=107;DP=208;FAO=110;FDP=208;FR=.;FRO=98;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=69;FSRR=29;FWDB=-0.0292314;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8236;QD=21.2073;RBI=0.0471809;REFB=-0.0200736;REVB=-0.0370346;RO=95;SAF=65;SAR=42;SRF=66;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803589;STB=0.543746;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0146146;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:95:98:107:110:0.528846:42:65:66:29:42:68:69:29 chr21 32638549 . CC AT 153.62 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00912016;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=2;MLLD=232.23;QD=20.4821;RBI=0.0134212;REFB=-0.016906;REVB=-0.00984635;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129371;STB=0.560107;STBP=0.538;TYPE=mnp;VARB=0.0220493;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:14:16:16:0.533333:5:11:7:6:5:11:8:6 chr21 33068535 . CTA ACT,CAT,CT 82.34 PASS AF=0,0,0.409639;AO=6,3,24;DP=83;FAO=0,0,34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=0,0,11;FSAR=0,0,23;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.114308,0.0141735,0.239837;FXX=0;HRUN=1,1,7;LEN=3,2,1;MLLD=17.0143,180.522,7.14083;QD=3.96822;RBI=0.115613,0.0597156,0.242686;REFB=-0.0882965,-0.00686936,-0.138242;REVB=-0.017327,-0.0580091,-0.0370766;RO=37;SAF=4,0,5;SAR=2,3,19;SRF=23;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0577348,-0.574996,-0.455723;STB=0.5,0.5,0.66035;STBP=1,1,0.02;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.163747,0.135946;OID=.,.,.;OPOS=33068535,33068536,33068537;OREF=CTA,TA,A;OALT=ACT,AT,-;OMAPALT=ACT,CAT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:85:83:83:37:49:6,3,24:0,0,34:0,0,0.409639:2,3,19:4,0,5:23:14:0,0,23:0,0,11:29:20 chr21 33368188 . T C 1533.61 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464499;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.594;QD=63.9005;RBI=0.049495;REFB=0;REVB=0.0170928;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107483;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:48:48:0:0 chr21 33370900 . T C 742.82 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0140912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6069;QD=53.0584;RBI=0.0841994;REFB=-0.0433639;REVB=0.0830119;RO=2;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553097;STB=0.527767;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00133176;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:16:37:0:2:17:37:0:2 chr21 33371001 . A AC 106.08 PASS AF=0.319588;AO=28;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00602465;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=78.6024;QD=4.37458;RBI=0.0141778;REFB=-0.00244669;REVB=0.0128341;RO=67;SAF=25;SAR=3;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624131;STB=0.81171;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.120356;OID=.;OPOS=33371002;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319588:28:97:31:97:66:26:5:27:39:99:67:25:3:27:40 chr21 33371123 . C T 311.09 PASS AF=0.478873;AO=32;DP=68;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0245124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.725;QD=17.5263;RBI=0.0271411;REFB=-0.0252005;REVB=-0.0116526;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425018;STB=0.507038;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0307592;OID=.;OPOS=33371123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:35:37:32:34:0.478873:17:15:18:17:17:17:19:18 chr21 33372749 . T C 2746.06 PASS AF=1;AO=172;DP=205;FAO=183;FDP=183;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=104;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572264;FXX=0.0757537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.565;QD=60.0232;RBI=0.0573649;REFB=0;REVB=0.00398507;RO=0;SAF=99;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863776;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:205:183:0:0:172:183:1:73:99:0:0:79:104:0:0 chr21 33373966 . T TG,TTG 133.44 PASS AF=0,0.428571;AO=4,10;DP=38;FAO=0,15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=0,9;FSAR=0,6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0140861,0.0354652;FXX=0.0277701;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=91.1649,95.6042;QD=15.2503;RBI=0.0546456,0.04833;REFB=-0.128522,-0.128633;REVB=-0.0527989,-0.032833;RO=23;SAF=1,8;SAR=3,2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.353723,0.312368;STB=0.5,0.529372;STBP=1,0.799;TYPE=ins,ins;VARB=0.147072,0.172619;OID=.,.;OPOS=33373967,33373967;OREF=-,-;OALT=G,TG;OMAPALT=TG,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.428571:4,10:38:0,15:35:20:0,9:0,6:11:9:99:23:1,8:3,2:13:10 chr21 33374318 . C T 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.646;QD=63.0494;RBI=0.0403199;REFB=0;REVB=0.0123482;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02459e-05;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr21 33694224 . C CG,G 690.37 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=6,45;DP=53;FAO=4,48;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=4,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.204533,0.128156;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=22.2476,55.5695;QD=53.105;RBI=0.205738,0.130399;REFB=0,0;REVB=-0.0222302,0.0240839;RO=1;SAF=0,28;SAR=6,17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0268394;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0669579,0.0100528;OID=.,.;OPOS=33694225,33694224;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:53:52:1:0:6,45:4,48:0.0769231,0.923077:6,17:0,28:0:1:4,20:0,28:0:0 chr21 33714962 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=400.628;QD=23.2183;RBI=0.0122822;REFB=-0.00552259;REVB=0.0122822;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150707;OID=.;OPOS=33714962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr21 33749533 . A C 1661.85 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.241;QD=59.3519;RBI=0.0557016;REFB=-0.125027;REVB=0.0362723;RO=1;SAF=53;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887364;STB=0.504672;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000121765;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:58:53:1:0:58:53:1:0 chr21 33755763 . G A 744.33 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2512;QD=63.3472;RBI=0.0454048;REFB=0;REVB=-0.0365521;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122066;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr21 33840208 . A G 363.05 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=-0.0141299;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.903;QD=13.3228;RBI=0.0149841;REFB=-0.013985;REVB=-0.00498692;RO=66;SAF=15;SAR=28;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927274;STB=0.552302;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0172536;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:66:66:43:43:0.394495:28:15:18:48:28:15:18:48 chr21 33887130 . C CA 614.74 PASS AF=1;AO=5;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124683;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=113.109;QD=51.2286;RBI=0.129689;REFB=0;REVB=0.035687;RO=42;SAF=2;SAR=3;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000218972;OID=.;OPOS=33887131;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:48:48:48:0:18:30:0:0:4:42:2:3:16:26 chr21 33887131 . G A,C 715.3 PASS AF=0.914894,0.0851064;AO=43,4;DP=47;FAO=43,4;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775231,0.0132218;FXX=0.020829;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=136.692,13.2972;QD=60.8763;RBI=0.082824,0.013869;REFB=0,0;REVB=0.0291547,-0.00418747;RO=0;SAF=16,2;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000704461,0.185161;OID=.,.;OPOS=33887131,33887131;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:47:47:0:0:43,4:43,4:0.914894,0.0851064:27,2:16,2:0:0:27,2:16,2:0:0 chr21 33956579 . T C 257.29 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.064846;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8608;QD=11.5634;RBI=0.065102;REFB=-0.00853085;REVB=0.00576817;RO=55;SAF=15;SAR=16;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189346;STB=0.621956;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.033739;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:58:31:31:0.348315:16:15:36:19:16:15:39:19 chr21 33964605 . T C 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00784555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.458;QD=21.3987;RBI=0.00892711;REFB=-0.0205675;REVB=-0.0042592;RO=28;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212647;STB=0.617578;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0339599;OID=.;OPOS=33964605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:21:13:18:10:21:13:18:10 chr21 33964612 . G A 303.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00127666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.374;QD=19.5623;RBI=0.0145145;REFB=-0.0245787;REVB=-0.0144582;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213169;STB=0.593691;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0276303;OID=.;OPOS=33964612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:27:30:32:32:0.516129:19:13:18:9:19:13:18:12 chr21 34003926 . CAA ATT,CAAAGTATT 420.78 PASS AF=0.189655,0.5;AO=11,26;DP=64;FAO=11,29;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=11,16;FSAR=0,13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.01626,-0.00125466;FXX=0.0645057;HRUN=1,4;LEN=3,6;MLLD=149.039,238.874;QD=29.0194;RBI=0.0178038,0.00707239;REFB=0.00702147,0.00312021;REVB=0.00725175,0.00696021;RO=21;SAF=11,14;SAR=0,12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.789347,0.0500831;STB=0.998809,0.541148;STBP=0,0.503;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00011285,-0.00642841;OID=.,.;OPOS=34003926,34003929;OREF=CAA,-;OALT=ATT,AGTATT;OMAPALT=ATT,CAAAGTATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:58:21:18:11,26:11,29:0.189655,0.5:0,12:11,14:10:11:0,13:11,16:8:10 chr21 34053961 . T A 298.2 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00509796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4322;QD=18.6372;RBI=0.0270818;REFB=-0.0102897;REVB=0.0265977;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562489;STB=0.531476;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00153242;OID=.;OPOS=34053961;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:32:31:32:0.5:14:17:13:14:14:18:16:16 chr21 34163742 . A G 408.37 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=43;FWDB=0.0812423;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.111;QD=16.1729;RBI=0.0820002;REFB=-0.00341167;REVB=0.0111231;RO=56;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220612;STB=0.622376;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00511952;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:56:56:45:45:0.445545:25:20:13:43:25:20:13:43 chr21 34166190 . A T 1985.35 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0269296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2673;QD=59.2641;RBI=0.0443914;REFB=0.110043;REVB=-0.0352902;RO=1;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736859;STB=0.511449;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00232656;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:1:3:131:131:0.977612:64:67:0:1:64:67:0:3 chr21 34166343 . C T 448.7 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0529134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3118;QD=14.7114;RBI=0.0532332;REFB=-0.032229;REVB=0.00582671;RO=70;SAF=22;SAR=29;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269195;STB=0.511426;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0667051;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:71:51:51:0.418033:29:22:32:38:29:22:32:39 chr21 34169317 . C CT 147.76 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0100628;FXX=0.0434688;HRUN=0;LEN=1;MLLD=131.652;QD=13.4328;RBI=0.0219721;REFB=-0.0281166;REVB=-0.0195324;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384446;STB=0.522707;STBP=0.789;TYPE=ins;VARB=0.0202788;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:22:47:22:44:22:11:11:10:12:99:24:11:11:13:11 chr21 34400779 . T C 175.2 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0176043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.5;QD=20.0227;RBI=0.0226644;REFB=-0.00676097;REVB=-0.0142746;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323918;STB=0.685536;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00740621;OID=.;OPOS=34400779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:9:8:2:15:9:9:2:15 chr21 34444106 . C T 287.66 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0231852;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7318;QD=15.7621;RBI=0.0245595;REFB=0.0101578;REVB=-0.00810024;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091577;STB=0.551633;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0172952;OID=.;OPOS=34444106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:32:32:0.438356:17:15:23:18:17:15:23:18 chr21 34614250 . T C 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0107115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9776;QD=14.6968;RBI=0.040342;REFB=-0.00323515;REVB=-0.038894;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216566;STB=0.626696;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00486851;OID=.;OPOS=34614250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:4:12:13:10:4:12:13:10 chr21 34614255 . T G 549.9 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101208;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.849;QD=57.884;RBI=0.101422;REFB=-0.078133;REVB=0.00659119;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346393;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00168688;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:13:23:0:1:13:24:0:1 chr21 34634878 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.587;QD=35.5759;RBI=0.0261192;REFB=0;REVB=0.021804;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246602;OID=.;OPOS=34634878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr21 34640788 . A G 1102.39 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.712;QD=58.794;RBI=0.0146971;REFB=0.0590596;REVB=0.00958074;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00010334;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chr21 34666376 . A G 573.06 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0860683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1948;QD=55.908;RBI=0.110069;REFB=-0.0258075;REVB=-0.0686109;RO=2;SAF=27;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334695;STB=0.517848;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00414341;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:12:27:2:0:12:27:2:0 chr21 34668747 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.113;QD=54.5145;RBI=0.114866;REFB=0;REVB=0.114753;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840341;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr21 34715699 . G C 1456.8 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166813;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8605;QD=63.3392;RBI=0.021564;REFB=0;REVB=-0.0136653;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168175;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:38:53:0:0:38:54:0:0 chr21 34821570 . G A 228.29 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0315112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.975;QD=21.7416;RBI=0.0327836;REFB=-0.00486014;REVB=0.00904474;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102074;STB=0.50448;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00316768;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:9:13:11:8:9:13:12:8 chr21 34821648 . CAA C,CGA,CTC 175.14 PASS AF=0.380952,0.0238095,0.0714286;AO=13,2,3;DP=40;FAO=16,1,3;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8,0,3;FSAR=8,1,0;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0287081,0.00184828,0.00163149;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,2;MLLD=156.137,77.4255,108.636;QD=16.6797;RBI=0.0389496,0.042006,0.0250574;REFB=-0.0358197,-0.0283492,-0.0140207;REVB=0.0263233,-0.0419654,0.0250042;RO=21;SAF=6,1,3;SAR=7,1,0;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.190337,0.221446,0.682683;STB=0.631426,0.985587,0.997605;STBP=0.211,0.512,0.012;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0508508,0.0728976,-0.0109404;OID=.,.,.;OPOS=34821649,34821649,34821649;OREF=AA,A,AA;OALT=-,G,TC;OMAPALT=C,CGA,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0.0238095,0.0714286:13,2,3:40:16,1,3:42:22:8,0,3:8,1,0:6:16:99:21:6,1,3:7,1,0:6:15 chr21 34821807 . C T 58.48 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0425619;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6404;QD=12.3122;RBI=0.0459992;REFB=0.00381512;REVB=0.0174474;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00654344;OID=.;OPOS=34821807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:5:6:5:3:5:6 chr21 34822150 . T A 341.86 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0491849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8425;QD=30.3872;RBI=0.0560771;REFB=-0.0295233;REVB=0.0269349;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184806;STB=0.600619;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0186373;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:11:18:14:2:11:18:14:2 chr21 34822203 . T C 201.9 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00152273;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.553;QD=27.8477;RBI=0.011673;REFB=-0.00736718;REVB=0.0115732;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049823;STB=0.527646;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0039244;OID=.;OPOS=34822203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:10:10:19:19:0.655172:11:8:5:5:11:8:5:5 chr21 34822452 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208;QD=54.5168;RBI=0.0590205;REFB=0;REVB=0.0540389;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582765;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr21 34860749 . CAATTA C 125.17 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0206784;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=5;MLLD=220.282;QD=9.27165;RBI=0.0296326;REFB=-0.00197446;REVB=0.0212248;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105357;STB=0.550574;STBP=0.551;TYPE=del;VARB=0.00374242;OID=.;OPOS=34860750;OREF=AATTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:21:55:21:54:33:11:10:20:13:99:27:11:10:17:10 chr21 34870990 . G A 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0498035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.945;QD=7.07575;RBI=0.0498282;REFB=-0.00969146;REVB=0.00156775;RO=54;SAF=14;SAR=5;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197769;STB=0.621574;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0349839;OID=.;OPOS=34870990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:5:14:32:22:5:14:32:22 chr21 34883618 . T C 157.42 PASS AF=0.425;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0182279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.305;QD=15.7415;RBI=0.0358707;REFB=-0.00580718;REVB=0.0308942;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267398;STB=0.624875;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00570973;OID=.;OPOS=34883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:23:23:15:17:0.425:10:5:3:20:12:5:3:20 chr21 34897113 . C T 1539.51 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00576878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.218;QD=58.6481;RBI=0.0117304;REFB=-0.0488591;REVB=0.0102139;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958601;STB=0.50505;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=8.30149e-05;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:49:55:0:1:49:55:0:1 chr21 34897246 . ATTTTTGA ATTTGATG,ATTTTGA,ATTTTGAT 62.73 PASS AF=0.0412371,0.206186,0;AO=4,21,4;DP=100;FAO=4,20,0;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=4,13,0;FSAR=0,7,0;FSRF=19;FSRR=54;FWDB=-0.0764382,-0.249026,-0.153926;FXX=0.0490148;HRUN=5,5,5;LEN=4,1,3;MLLD=157.353,10.2712,140.114;QD=2.5869;RBI=0.0773939,0.28339,0.154273;REFB=-0.0139875,-0.129891,-0.00891012;REVB=0.0121247,0.135263,0.0103467;RO=51;SAF=4,16,4;SAR=0,5,0;SRF=6;SRR=45;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.769228,0.666904,0.769228;STB=0.998509,0.779513,0.5;STBP=0.002,0.01,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0933802,0.0407771,0.00583071;OID=.,.,.;OPOS=34897250,34897247,34897251;OREF=TTGA,T,TGA;OALT=GATG,-,GAT;OMAPALT=ATTTGATG,ATTTTGA,ATTTTGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0412371,0.206186,0:4,21,4:100:4,20,0:97:73:4,13,0:0,7,0:19:54:41:51:4,16,4:0,5,0:6:45 chr21 34924243 . T C 463.1 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0135677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.806;QD=17.4754;RBI=0.0266505;REFB=-0.014036;REVB=0.0229383;RO=56;SAF=24;SAR=26;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490501;STB=0.527262;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0143315;OID=.;OPOS=34924243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:26:24:24:32:26:24:24:32 chr21 34925142 . C T 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0703;QD=59.3201;RBI=0.0363377;REFB=0;REVB=-0.0244384;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11701e-05;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr21 34925689 . G A 601.43 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=0.0140891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.662;QD=16.9416;RBI=0.0196643;REFB=-0.0143072;REVB=-0.013718;RO=79;SAF=47;SAR=16;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13685;STB=0.57674;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0178034;OID=.;OPOS=34925689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:79:79:63:63:0.443662:16:47:50:29:16:47:50:29 chr21 34926043 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00740533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.333;QD=17.3782;RBI=0.0228748;REFB=-0.0151601;REVB=0.0216429;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274137;STB=0.657836;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00824356;OID=.;OPOS=34926043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:3:7:4:7:3:7 chr21 34926260 . C T 814.0 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=139;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0138533;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.9;QD=23.5943;RBI=0.0153322;REFB=-0.00885359;REVB=-0.00656994;RO=62;SAF=39;SAR=37;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902355;STB=0.549283;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00871724;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:62:62:76:76:0.550725:37:39:25:37:37:39:25:37 chr21 34939598 . A T 96.13 PASS AF=0.173913;AO=14;DP=85;FAO=16;FDP=92;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=74;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00571105;FXX=0.0107515;HRUN=8;LEN=1;MLLD=18.0005;QD=4.17971;RBI=0.221051;REFB=-0.0082089;REVB=-0.220977;RO=34;SAF=13;SAR=1;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579837;STB=0.939515;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0545282;OID=.;OPOS=34939598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:85:92:34:74:14:16:0.173913:1:13:19:15:1:15:29:45 chr21 34945721 . T C 408.12 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00170541;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.92;QD=19.6684;RBI=0.00881044;REFB=-0.0174002;REVB=0.00864381;RO=42;SAF=27;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172832;STB=0.596271;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0107076;OID=.;OPOS=34945721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:42:42:41:41:0.493976:14:27:20:22:14:27:20:22 chr21 34948684 . G A,GA 1218.16 PASS AF=0,0.987952;AO=3,74;DP=85;FAO=0,82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=0,40;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355442,0.107066;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.07291,27.9725;QD=58.7063;RBI=0.0355967,0.107544;REFB=-0.0377341,-0.0648052;REVB=0.00193288,0.0101236;RO=8;SAF=3,34;SAR=0,40;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.630366,-0.0305532;STB=0.5,0.505881;STBP=1,0.507;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00378658;OID=.,.;OPOS=34948684,34948685;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:85:83:8:1:3,74:0,82:0,0.987952:0,40:3,34:5:3:0,42:0,40:0:1 chr21 34948696 . GAC G,GC 1198.55 PASS AF=0,1;AO=11,69;DP=81;FAO=0,80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328751,0.0393348;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=80.328,100.247;QD=59.9273;RBI=0.0418801,0.0509477;REFB=0,0;REVB=-0.0259455,-0.0323797;RO=0;SAF=9,30;SAR=2,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0126716,0.00052085;OID=.,.;OPOS=34948697,34948697;OREF=AC,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:11,69:81:0,80:80:0:0,39:0,41:0:0:6:0:9,30:2,39:0:0 chr21 35201281 . G A 327.63 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0289795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.267;QD=12.2477;RBI=0.029585;REFB=-0.000283378;REVB=-0.00595473;RO=67;SAF=17;SAR=23;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079664;STB=0.504545;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.000399171;OID=.;OPOS=35201281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:67:40:40:0.373832:23:17:28:39:23:17:28:39 chr21 35237608 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.096528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.278;QD=61.3346;RBI=0.0980229;REFB=0;REVB=-0.0170537;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000696349;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr21 35260481 . T C 1043.72 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7495;QD=59.6414;RBI=0.068547;REFB=0;REVB=0.0316589;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593837;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr21 35275955 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.321;QD=58.5836;RBI=0.0476803;REFB=0;REVB=0.0274515;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63393e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr21 35281393 . A G 1506.52 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.278;QD=59.6643;RBI=0.0411313;REFB=0;REVB=0.039582;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136426;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:51:48:0:0:53:48:0:0 chr21 35467645 . A G 2863.35 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00063831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.05;QD=62.9309;RBI=0.0178904;REFB=0;REVB=-0.017879;RO=0;SAF=104;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35191e-05;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:78:104:0:0:78:104:0:0 chr21 35469193 . C A 487.02 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8252;QD=55.6598;RBI=0.048454;REFB=-0.0630547;REVB=-0.0473021;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000208452;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:12:22:0:0:12:22:0:1 chr21 35469708 . G A,GA 520.13 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=8,53;DP=87;FAO=2,82;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=2,40;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013885,0.020676;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=12.4056,8.6379;QD=24.7682;RBI=0.123339,0.18148;REFB=-0.0434625,0.0423814;REVB=-0.122555,-0.180298;RO=18;SAF=4,25;SAR=4,28;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0618928,-0.0395424;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0105415,0.00903027;OID=.,.;OPOS=35469708,35469709;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:87:84:18:0:8,53:2,82:0.0238095,0.97619:4,28:4,25:10:8:0,42:2,40:0:0 chr21 35469726 . G GT 948.54 PASS AF=1;AO=80;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642467;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.441;QD=44.6373;RBI=0.0775771;REFB=0;REVB=0.0434806;RO=5;SAF=38;SAR=42;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000305899;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:86:85:85:0:42:43:0:0:18:5:38:42:4:1 chr21 35469852 . C A 1115.46 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0337761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1635;QD=56.4791;RBI=0.0376401;REFB=-0.0864587;REVB=0.0166117;RO=2;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262709;STB=0.520543;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0179797;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:2:3:76:76:0.962025:35:41:0:2:35:41:0:3 chr21 35470042 . G T 1130.58 PASS AF=1;AO=46;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793118;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.092;QD=58.7314;RBI=0.0146629;REFB=0;REVB=0.0123328;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000882269;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:46:77:1:21:25:0:0:40:37:0:0 chr21 35470210 . T G 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00579878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.401;QD=55.0448;RBI=0.0154414;REFB=0.00278979;REVB=0.0143113;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=1.88508e-05;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:1:0:31:24:1:0 chr21 35470213 . C A 796.05 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9644;QD=55.8629;RBI=0.0433936;REFB=0;REVB=-0.0253418;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439027;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:31:25:1:0:31:26:0:0 chr21 35471815 . T C 1419.37 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.987;QD=61.7119;RBI=0.0393639;REFB=-0.0795616;REVB=0.035058;RO=1;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796745;STB=0.504201;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000738893;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:59:32:0:1:59:32:0:1 chr21 35471878 . G A 1539.51 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0042432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1096;QD=58.6482;RBI=0.0297403;REFB=0.0261991;REVB=-0.0294361;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735759;STB=0.503875;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000341894;OID=.;OPOS=35471878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:64:40:0:1:64:40:0:1 chr21 35474410 . G A 616.99 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293036;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.148;QD=61.6989;RBI=0.0304087;REFB=0;REVB=-0.00812348;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07641e-05;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr21 35773137 . C T 1319.45 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00811669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.046;QD=58.6422;RBI=0.011781;REFB=-0.162296;REVB=0.00853886;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106475;STB=0.51648;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00300894;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:1:3:87:87:0.966667:43:44:1:0:43:44:3:0 chr21 35821821 . T C,G 712.48 PASS AF=0.901961,0.0980392;AO=46,5;DP=51;FAO=46,5;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23,5;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209494,0.0186437;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.033,156.187;QD=55.8809;RBI=0.0291952,0.0274044;REFB=0,0;REVB=-0.0203342,-0.0200851;RO=0;SAF=23,5;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0013584,-0.00489077;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:51:51:0:0:46,5:46,5:0.901961,0.0980392:23,0:23,5:0:0:23,0:23,5:0:0 chr21 35890409 . C T 571.85 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.00557014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.664;QD=14.6628;RBI=0.0187571;REFB=-0.0162599;REVB=0.017911;RO=91;SAF=29;SAR=36;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733375;STB=0.541127;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0247904;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:91:91:65:65:0.416667:36:29:47:44:36:29:47:44 chr21 35893737 . T C 1171.92 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3717;QD=60.0985;RBI=0.0152969;REFB=0;REVB=-0.000765751;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59765e-05;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:74:78:1:41:33:0:0:43:35:0:0 chr21 36042203 . G C 115.96 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0573;QD=42.1676;RBI=0.111308;REFB=0;REVB=-0.0162787;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500737;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr21 36042579 . C G 132.42 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00429177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.23;QD=27.8777;RBI=0.0129411;REFB=-8.78053e-05;REVB=-0.0122087;RO=5;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646167;STB=0.528262;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00115819;OID=.;OPOS=36042579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:19:5:5:13:14:0.736842:4:9:4:1:4:10:4:1 chr21 36042584 . G A 176.19 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00968801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.484;QD=29.3641;RBI=0.0396432;REFB=-0.00967649;REVB=0.0384412;RO=6;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210377;STB=0.583241;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00648814;OID=.;OPOS=36042584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:24:6:7:17:17:0.708333:7:10:6:0:7:10:6:1 chr21 36080290 . C T 230.86 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0131024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.018;QD=16.4897;RBI=0.0133366;REFB=-0.000302315;REVB=-0.00248839;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166028;STB=0.591212;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000485885;OID=.;OPOS=36080290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:25:26:0.464286:12:13:10:19:12:14:11:19 chr21 36410894 . C G 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0446954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9313;QD=18.7434;RBI=0.0621664;REFB=-0.0968617;REVB=0.0432086;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0677706;OID=.;OPOS=36410894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr21 36410896 . C G 63.01 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.134002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.974;QD=22.913;RBI=0.140083;REFB=-0.104887;REVB=0.0408248;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0614134;OID=.;OPOS=36410896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:1:2:5:3:1:2 chr21 36410898 . C G 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.175598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3324;QD=23.3997;RBI=0.187779;REFB=-0.0240444;REVB=0.0665309;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0173432;OID=.;OPOS=36410898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:1:2:5:3:1:2 chr21 36410900 . C G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.163236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1778;QD=18.7668;RBI=0.163237;REFB=-0.0547382;REVB=-0.000583263;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0490305;OID=.;OPOS=36410900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr21 36410902 . C G 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00940661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.649;QD=16.1974;RBI=0.0106548;REFB=-0.0271947;REVB=0.00500395;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.029339;OID=.;OPOS=36410902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr21 36410906 . C G 45.56 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0792653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9715;QD=26.0368;RBI=0.263738;REFB=0.0479991;REVB=0.251545;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0191478;OID=.;OPOS=36410906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:2:1:5:6:0.857143:2:3:1:1:3:3:1:0 chr21 36410908 . C G 44.76 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0314567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9767;QD=25.5791;RBI=0.10652;REFB=-0.147672;REVB=0.101769;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0335979;OID=.;OPOS=36410908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr21 36410910 . C G 74.94 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.392;QD=37.4724;RBI=0.0444568;REFB=0;REVB=0.027287;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386851;OID=.;OPOS=36410910;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr21 37429679 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0896;QD=48.7369;RBI=0.0225721;REFB=0;REVB=-0.0170679;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12117e-05;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr21 37443480 . T G 686.01 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.045651;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.638;QD=58.3841;RBI=0.054023;REFB=-0.0876503;REVB=0.0288871;RO=1;SAF=13;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347745;STB=0.510828;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000362507;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:32:13:1:0:32:13:1:1 chr21 37507745 . C T 1339.29 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.998;QD=62.2925;RBI=0.00495761;REFB=0;REVB=-0.00350314;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12124e-05;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr21 37507769 . C T 219.05 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0499819;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.869;QD=11.3794;RBI=0.068167;REFB=-0.000222145;REVB=-0.0463526;RO=52;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843303;STB=0.560811;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000429057;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:52:50:27:27:0.350649:11:16:27:25:11:16:25:25 chr21 37518706 . G A 99.51 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0798748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.672;QD=6.86283;RBI=0.0831004;REFB=-0.0147766;REVB=0.022928;RO=41;SAF=2;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427153;STB=0.773383;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0359805;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:43:15:15:0.258621:13:2:17:24:13:2:18:25 chr21 37609571 . T C 94.62 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0359271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.27;QD=10.8135;RBI=0.036251;REFB=-0.00493598;REVB=-0.00483571;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015725;STB=0.509418;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0110693;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:6:17:9:3:6:17 chr21 37617630 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.725;QD=49.5992;RBI=0.0166264;REFB=0;REVB=-0.0143419;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148684;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr21 37692542 . T C 119.78 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0394498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.821;QD=7.98533;RBI=0.039889;REFB=-0.00549297;REVB=-0.00590364;RO=43;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00652089;STB=0.503932;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0135941;OID=.;OPOS=37692542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:8:9:23:20:8:9:23:20 chr21 37741929 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000890887;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.105;QD=11.0198;RBI=0.00273406;REFB=-0.0041738;REVB=0.00258484;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00536146;OID=.;OPOS=37741929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:3:5:4:2:3:5 chr21 38117040 . G A 666.78 PASS AF=0.355556;AO=80;DP=225;FAO=80;FDP=225;FR=.;FRO=145;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=94;FSRR=51;FWDB=-0.014155;FXX=0.0174665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.937;QD=11.8539;RBI=0.0175599;REFB=-0.0125013;REVB=-0.0103916;RO=141;SAF=40;SAR=40;SRF=93;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180165;STB=0.595533;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0293376;OID=.;OPOS=38117040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:141:145:80:80:0.355556:40:40:93:48:40:40:94:51 chr21 38117505 . C T 217.82 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0406202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2992;QD=23.5476;RBI=0.0415883;REFB=-0.047882;REVB=0.00892108;RO=16;SAF=17;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197425;STB=0.611394;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0249688;OID=.;OPOS=38117505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:4:17:10:6:4:17:10:6 chr21 38121978 . C T 296.96 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00614185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.936;QD=18.2746;RBI=0.00895891;REFB=-0.0316893;REVB=0.00652226;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152411;STB=0.585033;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0242098;OID=.;OPOS=38121978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:20:13:18:14:20:13 chr21 38444863 . C T 1435.18 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.069;QD=63.0846;RBI=0.065907;REFB=0;REVB=0.039479;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238125;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:49:41:0:0:50:41:0:0 chr21 38444890 . A G 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0338776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.058;QD=22.5295;RBI=0.0339641;REFB=0.00106375;REVB=0.00242221;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152495;STB=0.508399;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00091273;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:22:18:15:17:22:18:15:17 chr21 38459701 . G A 325.64 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00432304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.812;QD=12.0605;RBI=0.00997131;REFB=-0.0101523;REVB=-0.00898546;RO=67;SAF=15;SAR=25;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099462;STB=0.552858;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0164993;OID=.;OPOS=38459701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:67:68:40:40:0.37037:25:15:31:36:25:15:31:37 chr21 38468958 . A G 285.11 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0152591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.432;QD=15.4111;RBI=0.0335847;REFB=0.00209546;REVB=0.029918;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122679;STB=0.562461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00187909;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:18:14:23:18:18:14:23:19 chr21 38495270 . A AT 751.87 PASS AF=1;AO=66;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158778;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.5771;QD=37.1291;RBI=0.165311;REFB=0;REVB=0.0460166;RO=8;SAF=37;SAR=29;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000660651;OID=.;OPOS=38495271;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:82:81:81:0:52:29:0:0:15:8:37:29:8:0 chr21 38512956 . A G 346.26 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.000498628;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.325;QD=13.3176;RBI=0.00251755;REFB=0.000977826;REVB=-0.00246768;RO=63;SAF=18;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738703;STB=0.541921;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00196696;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:63:63:41:41:0.394231:23:18:32:31:23:18:32:31 chr21 38525356 . T C 580.59 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=0.0156281;FXX=0.0331104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.996;QD=15.9067;RBI=0.0222164;REFB=0.00125346;REVB=0.0157902;RO=83;SAF=29;SAR=34;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216061;STB=0.620268;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000919457;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:146:83:83:63:63:0.431507:34:29:56:27:34:29:56:27 chr21 38532058 . TG T 1192.69 PASS AF=1;AO=93;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235115;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0982;QD=49.183;RBI=0.0489492;REFB=0;REVB=0.0429329;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00126382;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:99:97:97:0:56:41:0:0:21:0:54:39:0:0 chr21 38539844 . G A 128.24 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0042709;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.747;QD=18.3204;RBI=0.0146716;REFB=-0.00577505;REVB=0.0140362;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204512;STB=0.6178;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00948883;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:14:14:14:14:0.5:4:10:7:7:4:10:7:7 chr21 38563725 . G A 505.72 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00237014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9646;QD=20.4333;RBI=0.0149047;REFB=0.0327042;REVB=-0.0147151;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639345;STB=0.535406;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0324855;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:25:24:28:22:25:24:28:22 chr21 38568009 . G C 1886.46 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104825;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9865;QD=61.8512;RBI=0.0105972;REFB=0;REVB=-0.00155546;RO=1;SAF=59;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04379e-05;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:1:0:122:122:1:63:59:1:0:63:59:0:0 chr21 38568308 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0429497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8795;QD=14.7985;RBI=0.0594894;REFB=-0.00221247;REVB=-0.0411621;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165392;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00205983;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:6:7:4:7:6:7 chr21 38587916 . A G 367.12 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00943593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2456;QD=14.3969;RBI=0.0109296;REFB=0.00488916;REVB=-0.00551536;RO=58;SAF=23;SAR=19;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426406;STB=0.508463;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00776523;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:60:42:42:0.411765:19:23:32:26:19:23:32:28 chr21 38588190 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00578633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.877;QD=19.0178;RBI=0.0345788;REFB=-0.00491103;REVB=-0.0340912;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00265546;OID=.;OPOS=38588190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:6:8:7:8:6:8 chr21 38885442 . A G 448.28 PASS AF=0.478723;AO=43;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0148478;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.717;QD=19.0759;RBI=0.0451933;REFB=-0.0158422;REVB=-0.0426846;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364195;STB=0.506664;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.014387;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:49:43:45:0.478723:16:27:29:20:18:27:30:19 chr21 38997701 . G A 2370.4 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.771;QD=64.0649;RBI=0.021638;REFB=0;REVB=-0.0174118;RO=0;SAF=83;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75251e-05;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:65:83:0:0:65:83:0:0 chr21 39086965 . T C 126.12 PASS AF=0.375;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00891456;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.606;QD=12.6122;RBI=0.00914115;REFB=-0.0148393;REVB=0.0020227;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179997;STB=0.575656;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0189005;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:14:15:0.375:9:5:13:12:9:6:13:12 chr21 39213020 . G A 192.66 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.000383737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4099;QD=13.7612;RBI=0.0386979;REFB=-0.0119239;REVB=-0.038696;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754839;STB=0.543094;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0140352;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:12:21:13:10:12:21 chr21 39325234 . C T 602.47 PASS AF=0.488189;AO=61;DP=125;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0353632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0025;QD=18.9754;RBI=0.0354592;REFB=-0.00324389;REVB=0.00260766;RO=64;SAF=43;SAR=18;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191347;STB=0.613459;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00440987;OID=.;OPOS=39325234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:64:65:61:62:0.488189:18:43:33:31:18:44:33:32 chr21 39672624 . C G 792.75 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0295599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.303;QD=53.746;RBI=0.03233;REFB=-0.214769;REVB=-0.0130935;RO=2;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168586;STB=0.500894;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00190088;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:57:57:0.966102:30:27:1:1:30:27:1:1 chr21 39870310 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250814;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.988;QD=57.1756;RBI=0.0257561;REFB=0;REVB=0.0256337;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227553;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr21 40195277 . T A 2660.27 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0646694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4348;QD=61.5092;RBI=0.065796;REFB=-0.0163234;REVB=-0.0121232;RO=1;SAF=50;SAR=122;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00388583;STB=0.502041;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000739969;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:122:50:0:1:122:50:0:1 chr21 40552307 . A G 690.15 PASS AF=0.540323;AO=65;DP=123;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0323936;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.794;QD=22.2628;RBI=0.0325454;REFB=-0.00389263;REVB=0.00313994;RO=57;SAF=37;SAR=28;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07017;STB=0.538755;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00265602;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:57:57:65:67:0.540323:28:37:37:20:29:38:37:20 chr21 40571246 . A G 890.37 PASS AF=0.546667;AO=81;DP=149;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00772407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.699;QD=23.7432;RBI=0.0131176;REFB=-0.00372753;REVB=0.0106024;RO=67;SAF=36;SAR=45;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974783;STB=0.505784;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00280618;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:67:68:81:82:0.546667:45:36:29:38:46:36:29:39 chr21 40574305 . A G 428.09 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0189679;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2895;QD=15.4268;RBI=0.0200969;REFB=-0.0184435;REVB=0.00664116;RO=63;SAF=31;SAR=17;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549568;STB=0.503081;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0322133;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:63:63:48:48:0.432432:17:31:41:22:17:31:41:22 chr21 40584598 . C T 302.23 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0243403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6152;QD=14.9248;RBI=0.0244218;REFB=-0.0441004;REVB=-0.00199303;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133531;STB=0.582193;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0606044;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:47:33:34:0.419753:14:19:21:26:14:20:21:26 chr21 40670460 . G C 594.82 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0055069;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.91;QD=17.4947;RBI=0.0146025;REFB=0.00379187;REVB=-0.0135243;RO=74;SAF=32;SAR=30;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817338;STB=0.54544;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00747329;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:30:32:32:42:30:32:32:42 chr21 40686020 . C T 512.62 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0230564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.581;QD=17.2309;RBI=0.0251825;REFB=-0.0152974;REVB=0.0101273;RO=63;SAF=25;SAR=30;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514023;STB=0.532913;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0237828;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:64:55:55:0.462185:30:25:32:31:30:25:33:31 chr21 40686078 . G C 458.72 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0405745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.942;QD=16.9894;RBI=0.0405799;REFB=-0.018323;REVB=-0.000661967;RO=58;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415649;STB=0.52316;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0178346;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:28:22:28:30:28:22:28:30 chr21 40686327 . T C 248.91 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0372984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.128;QD=14.4297;RBI=0.041543;REFB=-0.0137181;REVB=-0.0182934;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170832;STB=0.58531;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0260067;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:29:29:0.42029:17:12:10:29:17:12:11:29 chr21 40762696 . G C 226.99 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0089787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.414;QD=15.6544;RBI=0.0158144;REFB=-0.00358526;REVB=0.0130184;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169743;STB=0.596465;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00321566;OID=.;OPOS=40762696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:18:8:15:17:18:8:15:17 chr21 40769290 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.665;QD=57.2024;RBI=0.0398191;REFB=0;REVB=0.0196408;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565331;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr21 40823981 . G A 1658.97 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.707;QD=60.3263;RBI=0.0528807;REFB=0;REVB=0.0520732;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63475e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:60:49:0:0:61:49:0:0 chr21 40871810 . T C 1380.29 PASS AF=1;AO=78;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0274;QD=62.0353;RBI=0.0930536;REFB=0;REVB=0.0860349;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614213;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:78:89:1:37:41:0:0:47:42:0:0 chr21 40871811 . G C 65.95 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0414251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6359;QD=2.93124;RBI=0.0615661;REFB=-0.0290297;REVB=0.0455449;RO=77;SAF=1;SAR=12;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591006;STB=0.912374;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.027818;OID=.;OPOS=40871811;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:77:77:13:13:0.144444:12:1:41:36:12:1:41:36 chr21 40883671 . G GAGA 876.5 PASS AF=0.878378;AO=64;DP=75;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0502689;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.127;QD=47.3785;RBI=0.0504928;REFB=-0.0856456;REVB=0.00475015;RO=9;SAF=37;SAR=27;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747896;STB=0.538583;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.00667104;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878378:64:75:65:74:9:38:27:8:1:42:9:37:27:8:1 chr21 40969826 . G C 1433.33 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.662;QD=63.0036;RBI=0.0535589;REFB=0;REVB=0.0354191;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11529e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:52:37:0:0:53:38:0:0 chr21 41032740 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.534;QD=63.5796;RBI=0.024437;REFB=0;REVB=0.0112841;RO=0;SAF=39;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64354e-05;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:8:39:0:0:8:39:0:0 chr21 41032804 . G A 321.22 PASS AF=0.443038;AO=33;DP=77;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0021358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3748;QD=16.2642;RBI=0.0838387;REFB=-1.43376e-05;REVB=0.0838115;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117928;STB=0.581046;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000322696;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:44:33:35:0.443038:16:17:26:15:17:18:29:15 chr21 41137499 . A G 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0075574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.073;QD=22.0085;RBI=0.00897486;REFB=-0.0076954;REVB=-0.00484085;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180396;STB=0.509949;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00593055;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:18:20:17:14:18:20:17:14 chr21 41137507 . G C 527.17 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0213256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1052;QD=27.3852;RBI=0.0254193;REFB=-0.0231752;REVB=0.0138333;RO=28;SAF=25;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100934;STB=0.501354;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0114518;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:29:48:48:0.623377:23:25:15:13:23:25:15:14 chr21 41165462 . C A 352.59 PASS AF=0.410526;AO=37;DP=93;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00329377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.912;QD=14.846;RBI=0.00831913;REFB=-0.017202;REVB=0.00763931;RO=56;SAF=9;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31869;STB=0.689551;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0305668;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:56:56:37:39:0.410526:28:9:29:27:30:9:29:27 chr21 41559182 . G A 663.91 PASS AF=0.434524;AO=73;DP=168;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0251506;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.438;QD=15.8073;RBI=0.0257495;REFB=-0.00639033;REVB=-0.0055209;RO=94;SAF=37;SAR=36;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691473;STB=0.506847;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00806681;OID=.;OPOS=41559182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:95:73:73:0.434524:36:37:47:47:36:37:47:48 chr21 42539569 . AC A,CA 1539.61 PASS AF=1,0;AO=103,21;DP=153;FAO=155,0;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=95,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.255202,0.143916;FXX=0.00640985;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=13.4486,6.93969;QD=39.7318;RBI=0.294914,0.163207;REFB=-0.00987387,0.0127087;REVB=0.147805,-0.0769728;RO=19;SAF=44,0;SAR=59,21;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0295694,-0.842929;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00424586,0;OID=.,.;OPOS=42539570,42539569;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:153:155:19:0:103,21:155,0:1,0:59,21:44,0:10:9:95,0:60,0:0:0 chr21 42717662 . T C 822.46 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483193;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.746;QD=55.7604;RBI=0.0572808;REFB=-0.143211;REVB=0.0307625;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122541;STB=0.506491;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00146946;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:59:1:1:58:58:0.983051:20:38:1:0:20:38:1:0 chr21 42775555 . A G 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7375;QD=45.7897;RBI=0.06075;REFB=0;REVB=-0.0404593;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210937;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr21 42812891 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0636318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.068;QD=23.2625;RBI=0.0641309;REFB=-0.00780527;REVB=-0.00798565;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653341;STB=0.536393;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00665707;OID=.;OPOS=42812891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:6:13:14:9:6:13 chr21 42817930 . G A 217.66 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00209398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.191;QD=14.2726;RBI=0.00839946;REFB=-0.00217353;REVB=-0.00813427;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118371;STB=0.576541;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00316719;OID=.;OPOS=42817930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:35:24:26:0.42623:8:16:19:15:8:18:20:15 chr21 42824661 . A G 570.0 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0228282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0062;QD=22.7999;RBI=0.0251358;REFB=-0.00918294;REVB=0.0105205;RO=46;SAF=26;SAR=27;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121133;STB=0.560704;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0112063;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:47:53:53:0.53:27:26:16:30:27:26:17:30 chr21 42845374 . G A 1351.32 PASS AF=0.595238;AO=124;DP=212;FAO=125;FDP=210;FR=.;FRO=85;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0385159;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.199;QD=25.7395;RBI=0.0414663;REFB=-0.051566;REVB=0.0153618;RO=81;SAF=58;SAR=66;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191087;STB=0.516996;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0255539;OID=.;OPOS=42845374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:81:85:124:125:0.595238:66:58:40:41:67:58:43:42 chr21 42848560 . CAG C,CG 98.51 PASS AF=0.52381,0;AO=9,3;DP=23;FAO=11,0;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.019144,-0.0183612;FXX=0.124948;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=267.594,255.173;QD=18.7637;RBI=0.0286649,0.021094;REFB=-0.000863089,-0.000797346;REVB=0.0213349,0.0103838;RO=10;SAF=5,2;SAR=4,1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.040409,0.0766313;STB=0.526268,0.5;STBP=0.865,1;TYPE=del,del;VARB=0.000963072,0;OID=.,.;OPOS=42848561,42848561;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381,0:9,3:23:11,0:21:10:6,0:5,0:6:4:83:10:5,2:4,1:6:4 chr21 42852497 . C T 224.04 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=-0.0136363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.664;QD=19.4818;RBI=0.0318708;REFB=-0.0102621;REVB=-0.0288063;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312783;STB=0.672771;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0132539;OID=.;OPOS=42852497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:8:14:22:2:8:14:22:2 chr21 43161357 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5792;QD=56.956;RBI=0.0579392;REFB=0;REVB=0.026699;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165039;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr21 43219728 . A T 416.61 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00580748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.179;QD=19.6053;RBI=0.00607845;REFB=-0.0142322;REVB=0.00179463;RO=43;SAF=26;SAR=16;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312828;STB=0.517357;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00901377;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:16:26:28:15:16:26:28:15 chr21 43220380 . C A,T 735.61 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=48,2;DP=50;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491186,-0.00505112;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.009,172.811;QD=55.5177;RBI=0.088451,0.0551938;REFB=0,0;REVB=0.0883145,0.0549622;RO=0;SAF=37,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.14038e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00168668,0.0386845;OID=.,.;OPOS=43220380,43220380;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:50:53:0:0:48,2:52,1:0.981132,0.0188679:11,0:37,2:0:0:14,0:38,1:0:0 chr21 43221483 . A G 207.27 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.007;QD=48.7686;RBI=0.0362087;REFB=0;REVB=0.014394;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443384;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:11:6:0:0 chr21 43221797 . G C 181.55 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0398065;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6378;QD=15.1294;RBI=0.0844233;REFB=-0.0445627;REVB=0.0744495;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321194;STB=0.665747;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0907438;OID=.;OPOS=43221797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:29:19:19:0.395833:6:13:9:16:6:13:12:17 chr21 43221826 . T C 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0936869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4223;QD=56.485;RBI=0.10116;REFB=-0.0848873;REVB=-0.0381576;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00233324;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr21 43239972 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.00512576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.413;QD=15.6536;RBI=0.0107361;REFB=-0.0151518;REVB=-0.00943347;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108017;STB=0.560746;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0158176;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:24:8:9:17:24:8 chr21 43267260 . C T 312.87 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0230566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.712;QD=14.3846;RBI=0.0231194;REFB=-0.0160564;REVB=0.00170277;RO=52;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627847;STB=0.543022;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0286986;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:52:52:34:35:0.402299:15:19:26:26:15:20:26:26 chr21 43279316 . G A 448.87 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0115864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6384;QD=19.1006;RBI=0.0118313;REFB=-0.025053;REVB=-0.00239475;RO=48;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695806;STB=0.533319;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0356265;OID=.;OPOS=43279316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:24:21:26:22:24:21:26:23 chr21 43306075 . G C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00450653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.986;QD=18.7957;RBI=0.00509861;REFB=-0.00983223;REVB=-0.00238475;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216686;STB=0.623265;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0087565;OID=.;OPOS=43306075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:14:13:16:7:14:13 chr21 43306101 . A G 179.68 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.013349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1271;QD=15.624;RBI=0.0151783;REFB=0.0165334;REVB=-0.00722402;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.53913;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0315299;OID=.;OPOS=43306101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:27:19:19:0.413043:10:9:10:13:10:9:11:16 chr21 43308370 . G A 336.82 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00451056;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.741;QD=17.0542;RBI=0.00505745;REFB=-1.29139e-05;REVB=0.00228748;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101663;STB=0.556931;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-2.08911e-05;OID=.;OPOS=43308370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:43:36:36:0.455696:18:18:26:17:18:18:26:17 chr21 43319180 . T C 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0450637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.726;QD=13.4954;RBI=0.0562568;REFB=-0.0020927;REVB=-0.0336763;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030038;STB=0.517128;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00243856;OID=.;OPOS=43319180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:12:17:27:17:12:17:27:17 chr21 43319214 . C T 312.78 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0150386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.992;QD=14.5478;RBI=0.0364318;REFB=-0.00911679;REVB=0.033183;RO=51;SAF=20;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391361;STB=0.522172;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0137238;OID=.;OPOS=43319214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:15:20:31:20:15:20:31:20 chr21 43319424 . C T 141.24 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00285586;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.962;QD=12.2815;RBI=0.0100309;REFB=-0.0166346;REVB=-0.0096158;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274751;OID=.;OPOS=43319424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:8:8:15:15:8:8:15:15 chr21 43327856 . A G 1308.98 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227549;FXX=0.0344788;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5801;QD=62.3325;RBI=0.0330525;REFB=0;REVB=-0.0239725;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047365;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:47:35:0:0:48:36:0:0 chr21 43408317 . T TAAAGA 609.79 PASS AF=1;AO=33;DP=49;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733705;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=5;MLLD=203.433;QD=60.9788;RBI=0.00748662;REFB=0;REVB=0.00148903;RO=9;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.41956e-05;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:49:40:40:0:21:19:0:0:4:9:16:17:7:2 chr21 43409641 . T C 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=37;FWDB=-0.00412713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.979;QD=14.9475;RBI=0.0135677;REFB=0.00133439;REVB=-0.0129248;RO=41;SAF=7;SAR=24;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167178;STB=0.597148;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00155115;OID=.;OPOS=43409641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:24:7:5:36:24:7:5:37 chr21 43413553 . T G 639.96 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00614523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.044;QD=18.9617;RBI=0.00682784;REFB=-0.0053125;REVB=0.00297583;RO=70;SAF=44;SAR=21;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162525;STB=0.590215;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00560672;OID=.;OPOS=43413553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:70:65:65:0.481481:21:44:36:34:21:44:36:34 chr21 43413651 . T C 576.44 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0433152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4851;QD=14.3216;RBI=0.0543232;REFB=0.00382724;REVB=0.0327842;RO=95;SAF=40;SAR=26;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14061;STB=0.579023;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00361525;OID=.;OPOS=43413651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:95:95:66:66:0.409938:26:40:45:50:26:40:45:50 chr21 43413731 . C T 1988.89 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.716;QD=62.1528;RBI=0.0109952;REFB=0;REVB=0.00776691;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68857e-08;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:60:68:0:0:60:68:0:0 chr21 43442372 . C T 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00916394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.179;QD=16.9226;RBI=0.0257961;REFB=-0.0104984;REVB=0.0241135;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469033;STB=0.526298;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0244853;OID=.;OPOS=43442372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:22:12:12:18:22:12 chr21 43504228 . T C 351.97 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0160929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.835;QD=19.2858;RBI=0.0197792;REFB=-0.000972312;REVB=-0.0114993;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180778;STB=0.603523;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00159035;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:36:36:37:0.506849:18:18:24:10:18:19:26:10 chr21 43510427 . T C 355.77 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00460355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.628;QD=19.231;RBI=0.0188642;REFB=-0.0210261;REVB=0.0182939;RO=37;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263903;STB=0.514686;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0207927;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:13:24:23:14:13:24:23:14 chr21 43510437 . A C 370.02 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0189264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0855;QD=19.7343;RBI=0.019804;REFB=-0.00748545;REVB=0.00582989;RO=37;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391702;STB=0.521728;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00703943;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:16:22:23:14:16:22:23:14 chr21 43513989 . C T 209.57 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000103872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1385;QD=18.6288;RBI=0.00442367;REFB=-0.0114991;REVB=0.00442245;RO=24;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201434;STB=0.615266;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.031135;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:5:16:14:10:5:16:14:10 chr21 43522349 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.206;QD=57.6807;RBI=0.0562747;REFB=0;REVB=0.0540511;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218169;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr21 43523941 . C A 1194.67 PASS AF=0.607955;AO=107;DP=178;FAO=107;FDP=176;FR=.;FRO=69;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00540688;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.765;QD=27.1515;RBI=0.0332721;REFB=-0.0266416;REVB=0.0328298;RO=69;SAF=50;SAR=57;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102169;STB=0.555263;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00900991;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:69:69:107:107:0.607955:57:50:42:27:57:50:42:27 chr21 43523972 . G C 507.02 PASS AF=0.348315;AO=62;DP=176;FAO=62;FDP=178;FR=.;FRO=116;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=-0.0281417;FXX=0.0111105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.943;QD=11.3937;RBI=0.0481163;REFB=-0.0193028;REVB=-0.0390285;RO=112;SAF=41;SAR=21;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236335;STB=0.640815;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0504207;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:112:116:62:62:0.348315:21:41:51:61:21:41:52:64 chr21 43531008 . T C,G 2096.73 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=129,6;DP=135;FAO=130,6;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67,3;FSAR=63,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102859,-0.0179505;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.9703,176.173;QD=61.6686;RBI=0.103477,0.017967;REFB=0,0;REVB=0.0112846,-0.000769073;RO=0;SAF=67,3;SAR=62,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00187981,0.00588049;OID=.,.;OPOS=43531008,43531008;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:135:136:0:0:129,6:130,6:0.955882,0.0441176:62,3:67,3:0:0:63,3:67,3:0:0 chr21 43531553 . A C 373.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00178175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.513;QD=20.4406;RBI=0.0300277;REFB=-0.00872296;REVB=-0.0299748;RO=35;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.55895;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00682709;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:25:13:16:19:25:13:16:19 chr21 43531632 . T C 1008.19 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.496;QD=59.3055;RBI=0.0271345;REFB=0;REVB=0.0242123;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30611e-05;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr21 43539293 . G A 626.36 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.000908406;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9231;QD=18.5587;RBI=0.00815444;REFB=-0.0239258;REVB=-0.00810368;RO=68;SAF=26;SAR=38;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750314;STB=0.531522;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0201433;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:71:64:64:0.474074:38:26:33:35:38:26:33:38 chr21 43547165 . G A 455.72 PASS AF=0.5;AO=42;DP=87;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=-0.0115816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.225;QD=20.2542;RBI=0.012925;REFB=0.00638206;REVB=0.00573779;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177029;STB=0.615337;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00679298;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:44:45:42:45:0.5:17:25:34:10:20:25:35:10 chr21 43547788 . T C 219.75 PASS AF=0.433333;AO=23;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00149195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.734;QD=14.6497;RBI=0.0219834;REFB=-0.0436933;REVB=0.0219327;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204071;STB=0.571374;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.032612;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:34:34:23:26:0.433333:9:14:14:20:12:14:14:20 chr21 43547873 . G A 463.14 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0193839;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.403;QD=14.7028;RBI=0.0203956;REFB=0.00288677;REVB=-0.00634374;RO=74;SAF=24;SAR=28;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026121;STB=0.5147;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00408519;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:28:24:36:38:28:24:36:38 chr21 43557559 . T A 446.23 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0102437;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1264;QD=20.5163;RBI=0.010815;REFB=-0.00502404;REVB=0.00346877;RO=43;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03171;STB=0.517559;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00425455;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:43:44:44:0.505747:23:21:19:24:23:21:19:24 chr21 43641347 . G A 532.79 PASS AF=0.4;AO=62;DP=156;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.0116388;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.335;QD=13.7495;RBI=0.0116931;REFB=0.0040631;REVB=0.0011253;RO=93;SAF=42;SAR=20;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100268;STB=0.556654;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00668087;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:93:93:62:62:0.4:20:42:55:38:20:42:55:38 chr21 43691232 . G A 263.14 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=121;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00206931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.606;QD=8.62754;RBI=0.00626309;REFB=-0.00738245;REVB=0.00591137;RO=85;SAF=22;SAR=14;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127682;STB=0.579438;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0172678;OID=.;OPOS=43691232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:85:86:36:36:0.295082:14:22:43:42:14:22:43:43 chr21 43786512 . C T 281.15 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.054909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.201;QD=21.2185;RBI=0.0584593;REFB=-0.0335535;REVB=0.0200621;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115966;STB=0.56406;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0210139;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:18:6:11:18:18:6 chr21 43786606 . G A 203.8 PASS AF=0.403226;AO=23;DP=65;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.014177;FXX=0.0746157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.936;QD=13.1482;RBI=0.0156237;REFB=-0.016102;REVB=0.00656616;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695428;STB=0.552589;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0385149;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:36:37:23:25:0.403226:10:13:18:18:10:15:19:18 chr21 43792869 . C T 337.59 PASS AF=0.392157;AO=38;DP=99;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00418868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.75;QD=13.2389;RBI=0.0231792;REFB=-0.00924972;REVB=0.0227976;RO=60;SAF=11;SAR=27;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369806;STB=0.6999;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0163812;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:60:62:38:40:0.392157:27:11:38:22:28:12:39:23 chr21 43805637 . C T 433.26 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0592085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9833;QD=20.6315;RBI=0.0669539;REFB=0.00536379;REVB=0.0312599;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149193;STB=0.501403;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00918558;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:24:19:17:23:24:19:18:23 chr21 43852232 . C T 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0115169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.801;QD=12.998;RBI=0.0189878;REFB=-0.0287133;REVB=-0.0150963;RO=57;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118128;STB=0.567528;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0386255;OID=.;OPOS=43852232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:16:18:24:33:16:18:24:33 chr21 43854985 . A C 786.4 PASS AF=0.578125;AO=72;DP=126;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0380669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0993;QD=24.5751;RBI=0.0497029;REFB=-0.00803722;REVB=0.0319577;RO=54;SAF=29;SAR=43;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633606;STB=0.53897;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00716448;OID=.;OPOS=43854985;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:54:54:72:74:0.578125:43:29:26:28:45:29:26:28 chr21 43855067 . A C 399.3 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0384002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.23;QD=15.9721;RBI=0.0402095;REFB=-0.0113703;REVB=-0.0119258;RO=57;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17108;STB=0.599954;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0217198;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:58:42:42:0.42:21:21:19:38:21:21:19:39 chr21 43863521 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.516;QD=57.5433;RBI=0.0709826;REFB=0;REVB=-0.0246071;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295769;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr21 43912911 . G A 297.04 PASS AF=0.35514;AO=37;DP=108;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0236082;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.248;QD=11.1041;RBI=0.0236388;REFB=-0.00346295;REVB=0.00120131;RO=69;SAF=14;SAR=23;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148083;STB=0.573527;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0113838;OID=.;OPOS=43912911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:69:69:37:38:0.35514:23:14:35:34:23:15:35:34 chr21 43982247 . C A 323.51 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0525852;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5029;QD=17.027;RBI=0.0612135;REFB=-0.0300714;REVB=0.0313352;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470495;STB=0.525231;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0351283;OID=.;OPOS=43982247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:41:35:35:0.460526:17:18:22:17:17:18:23:18 chr21 43985955 . G A 642.34 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0229822;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.795;QD=59.7524;RBI=0.0240247;REFB=0.149525;REVB=0.00700031;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-5.45506e-05;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:42:42:0.976744:23:19:0:0:23:19:0:1 chr21 44180443 . C T 389.0 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0137371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.428;QD=16.379;RBI=0.0137385;REFB=-0.00711149;REVB=0.000197304;RO=54;SAF=25;SAR=16;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056669;STB=0.531899;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0165964;OID=.;OPOS=44180443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:16:25:30:24:16:25:30:24 chr21 44189166 . T C 329.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.0150488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.723;QD=15.7034;RBI=0.0353088;REFB=0.0013738;REVB=-0.0319412;RO=48;SAF=22;SAR=14;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179395;STB=0.600239;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00121263;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:14:22:37:11:14:22:37:11 chr21 44189172 . A C 335.84 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=-0.0155211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.704;QD=15.2654;RBI=0.0193739;REFB=0.00260533;REVB=0.011595;RO=51;SAF=19;SAR=16;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219535;STB=0.621629;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00330139;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:51:35:37:0.420455:16:19:38:13:17:20:38:13 chr21 44293744 . C G 228.47 PASS AF=0.490566;AO=23;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0171015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3279;QD=17.243;RBI=0.0406188;REFB=-0.000215423;REVB=-0.0368432;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21292;STB=0.605265;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00203225;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:27:23:26:0.490566:11:12:20:7:12:14:20:7 chr21 44323461 . G A 588.11 PASS AF=0.545455;AO=53;DP=98;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00293459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.339;QD=23.7619;RBI=0.0174776;REFB=0.00271467;REVB=-0.0172295;RO=44;SAF=21;SAR=32;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685352;STB=0.535309;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00236288;OID=.;OPOS=44323461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:45:53:54:0.545455:32:21:14:30:32:22:15:30 chr21 44323590 . T G 520.2 PASS AF=0.631579;AO=46;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0359089;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0938;QD=27.3792;RBI=0.0359689;REFB=-0.0247703;REVB=0.00207695;RO=28;SAF=26;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143917;STB=0.583299;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.015952;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:46:48:0.631579:20:26:10:18:20:28:10:18 chr21 44324365 . G A 1223.77 PASS AF=0.587302;AO=110;DP=189;FAO=111;FDP=189;FR=.;FRO=78;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0489674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6202;QD=25.8999;RBI=0.0590937;REFB=-0.0207202;REVB=-0.0330796;RO=74;SAF=67;SAR=43;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933699;STB=0.53315;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0142958;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:74:78:110:111:0.587302:43:67:36:38:44:67:41:37 chr21 44327015 . G A 555.97 PASS AF=0.680556;AO=48;DP=70;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0418466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.449;QD=30.8875;RBI=0.042178;REFB=-0.00574963;REVB=-0.00527708;RO=22;SAF=26;SAR=22;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288611;STB=0.518681;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00256385;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:22:23:48:49:0.680556:22:26:13:9:22:27:14:9 chr21 44371114 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.187;QD=56.1871;RBI=0.0256396;REFB=0;REVB=-0.0166697;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0516e-05;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr21 44430325 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.693;QD=57.6807;RBI=0.00523431;REFB=0;REVB=-0.00151521;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21372e-05;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr21 44437142 . A G 240.46 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0404193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8409;QD=19.629;RBI=0.0673449;REFB=-0.00966502;REVB=0.0538667;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200127;STB=0.631386;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0134504;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:25:23:24:0.489796:11:12:8:18:11:13:7:18 chr21 44450404 . C T 35.09 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.00279725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.812;QD=5.01295;RBI=0.0594988;REFB=-0.0022139;REVB=-0.059433;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.693022;STB=0.925024;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00152308;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:28:21:22:6:6:0.214286:1:5:3:18:1:5:3:19 chr21 44480616 . G A,C 739.55 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=47,2;DP=52;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101493,-0.0255001;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=88.129,19.0577;QD=52.8253;RBI=0.110773,0.0323451;REFB=0,0;REVB=0.0443847,-0.0198985;RO=1;SAF=10,0;SAR=37,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0125447,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00373165,0.11128;OID=.,.;OPOS=44480616,44480616;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:56:1:0:47,2:55,1:0.982143,0.0178571:37,2:10,0:0:1:41,1:14,0:0:0 chr21 44480629 . A G 223.3 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.022703;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9769;QD=20.7721;RBI=0.0235002;REFB=-0.0450206;REVB=0.00606886;RO=21;SAF=3;SAR=19;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22108;STB=0.626242;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0472771;OID=.;OPOS=44480629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:19:3:6:15:19:3:6:15 chr21 44579642 . CGGGG CGGG,CGGGC 109.16 PASS AF=0.318182,0.030303;AO=16,6;DP=67;FAO=21,2;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=4,2;FSAR=17,0;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0791501,0.0496002;FXX=0.0294074;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.7841,19.7914;QD=6.61544;RBI=0.152579,0.0987361;REFB=-0.117463,-0.0594913;REVB=-0.130444,-0.0853735;RO=39;SAF=0,6;SAR=16,0;SRF=23;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.80645,0.621102;STB=0.778551,0.994063;STBP=0.002,0.207;TYPE=del,snp;VARB=0.133619,0.0163022;OID=.,.;OPOS=44579643,44579646;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.030303:16,6:67:21,2:66:43:4,2:17,0:25:18:93:39:0,6:16,0:23:16 chr21 44592483 . T G 183.08 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00782394;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.866;QD=13.3151;RBI=0.0154884;REFB=-0.00920629;REVB=-0.013367;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337589;STB=0.519417;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0119787;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:14:8:13:20:14:8:13:20 chr21 44835508 . A G 427.42 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000297251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5677;QD=51.8086;RBI=0.0227793;REFB=-0.0507776;REVB=-0.0227773;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.524984;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0100015;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:0:2:31:31:0.939394:19:12:0:0:19:12:0:2 chr21 44837551 . G A 299.85 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0536598;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.529;QD=36.3457;RBI=0.0807119;REFB=-0.0794792;REVB=0.0602912;RO=6;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155166;STB=0.614367;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0049642;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:34:33:6:8:25:25:0.757576:10:15:1:5:10:15:1:7 chr21 44837554 . GG AC,GA 501.49 PASS AF=0.0277778,0.944444;AO=3,32;DP=36;FAO=1,34;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=1,16;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260285,0.0381139;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=177.331,207.057;QD=55.7214;RBI=0.0583677,0.0743279;REFB=-0.102068,-0.142421;REVB=0.0522428,0.063812;RO=0;SAF=1,16;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.989913,0.513506;STBP=0.496,0.529;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00390944,0.00167032;OID=.,.;OPOS=44837554,44837555;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:36:36:0:1:3,32:1,34:0.0277778,0.944444:2,16:1,16:0:0:0,18:1,16:0:1 chr21 44838330 . C A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0377182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.372;QD=28.2251;RBI=0.0582147;REFB=-0.0234831;REVB=0.0443429;RO=4;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164015;STB=0.590774;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00194639;OID=.;OPOS=44838330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:3:9:4:0:3:9:4:0 chr21 45092257 . T A 210.31 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0404249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.137;QD=9.78201;RBI=0.040915;REFB=-0.01235;REVB=-0.00631376;RO=58;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161306;STB=0.59854;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0342036;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:59:27:27:0.313953:14:13:20:38:14:13:20:39 chr21 45096206 . G A 137.39 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0038926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.584;QD=8.72345;RBI=0.0560647;REFB=-0.00481089;REVB=0.0559294;RO=40;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21967;STB=0.663091;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00716317;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:44:19:19:0.301587:6:13:20:20:6:13:20:24 chr21 45105613 . A AT,T 44.42 PASS AF=0.126316,0.0210526;AO=12,6;DP=96;FAO=12,2;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=11,2;FSAR=1,0;FSRF=69;FSRR=12;FWDB=0.0598497,-0.00882046;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=11.5288,248.488;QD=1.87042;RBI=0.276857,0.0185996;REFB=-0.0121276,0.000258636;REVB=-0.270311,-0.0163751;RO=68;SAF=12,2;SAR=0,4;SRF=59;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.603349,-0.6066;STB=0.640972,0.991571;STBP=0.486,0.425;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0312831,0.0343188;OID=.,.;OPOS=45105614,45105613;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:96:95:68:81:12,6:12,2:0.126316,0.0210526:0,4:12,2:59:9:1,0:11,2:69:12 chr21 45105634 . TA AT,TT 39.27 PASS AF=0.0320513,0.0512821;AO=7,9;DP=156;FAO=5,8;FDP=156;FR=.;FRO=143;FSAF=4,3;FSAR=1,5;FSRF=117;FSRR=26;FWDB=-0.00502269,0.00572197;FXX=0.0249984;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=29.3805,243.224;QD=1.00688;RBI=0.0128944,0.0118832;REFB=-0.0286412,-0.0015908;REVB=0.0118759,-0.0104149;RO=123;SAF=7,3;SAR=0,6;SRF=105;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.376622,-0.583201;STB=0.528275,0.865281;STBP=0.921,0.2;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0493846,0.0410063;OID=.,.;OPOS=45105634,45105635;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:156:156:123:143:7,9:5,8:0.0320513,0.0512821:0,6:7,3:105:18:1,5:4,3:117:26 chr21 45107518 . A G 397.89 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.000606247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.919;QD=12.9394;RBI=0.00318651;REFB=-0.00126015;REVB=-0.00312831;RO=75;SAF=21;SAR=26;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714021;STB=0.508554;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00190968;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:76:47:47:0.382114:26:21:34:41:26:21:35:41 chr21 45107562 . T C 233.4 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.000952639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.057;QD=10.609;RBI=0.0138598;REFB=-0.0143331;REVB=0.013827;RO=59;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316436;STB=0.518446;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0225864;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:17:12:26:33:17:12:26:33 chr21 45152500 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0137511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.984;QD=12.2128;RBI=0.0139183;REFB=-0.00494809;REVB=0.00215092;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272525;STB=0.662993;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00748486;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:10:12:10:3:10:12 chr21 45168884 . G A 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.014412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.849;QD=21.9988;RBI=0.0144787;REFB=-0.0195512;REVB=-0.00138752;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771368;STB=0.542827;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.018967;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:19:10:10:13:19:10:10:13 chr21 45181189 . C G 274.04 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0016752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.949;QD=15.2243;RBI=0.00643658;REFB=-0.0118383;REVB=-0.00621476;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298102;STB=0.672355;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0225107;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:13:18:11:29:13:18:11:30 chr21 45181446 . G A 840.41 PASS AF=0.53125;AO=80;DP=156;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0121277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.176;QD=21.0102;RBI=0.0975135;REFB=-0.026415;REVB=0.0967564;RO=75;SAF=45;SAR=35;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458244;STB=0.517785;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0274568;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:75:75:80:85:0.53125:35:45:46:29:36:49:46:29 chr21 45181571 . A AG 413.99 PASS AF=0.557823;AO=69;DP=150;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=64;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.0352187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.5738;QD=11.265;RBI=0.0646667;REFB=-0.00403909;REVB=0.054235;RO=77;SAF=59;SAR=10;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267385;STB=0.562146;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=-0.00169452;OID=.;OPOS=45181572;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557823:69:150:82:147:65:64:18:44:21:99:77:59:10:52:25 chr21 45215055 . C G 395.87 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.00164317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.851;QD=20.3009;RBI=0.0172016;REFB=0.00838532;REVB=0.017123;RO=38;SAF=28;SAR=12;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682979;STB=0.537718;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00879479;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:12:28:29:9:12:28:29:9 chr21 45217559 . T C 371.54 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0778161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.435;QD=20.0832;RBI=0.079119;REFB=-0.0130828;REVB=-0.0142989;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959172;STB=0.553164;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0132898;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:18:20:15:21:18:20:15:21 chr21 45217929 . T C 412.3 PASS AF=0.431193;AO=46;DP=108;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00179518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.788;QD=15.1302;RBI=0.00325818;REFB=-0.0242512;REVB=0.00271903;RO=61;SAF=24;SAR=22;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867437;STB=0.537204;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0231925;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:61:62:46:47:0.431193:22:24:37:24:22:25:37:25 chr21 45219524 . T C 91.04 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0402149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2786;QD=9.104;RBI=0.0597184;REFB=-0.0082181;REVB=0.044148;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114002;STB=0.56852;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00863542;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:21:7:4:8:21:7 chr21 45220483 . A G 303.33 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00199533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.665;QD=25.815;RBI=0.00225854;REFB=-0.0191379;REVB=0.00105814;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143111;STB=0.507931;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0129666;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:7:13:18:9:7:13 chr21 45220787 . A G 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000216211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.855;QD=57.2325;RBI=0.027193;REFB=0;REVB=-0.0271921;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117722;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr21 45404574 . T G 37.98 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0184911;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=31.0551;QD=6.90599;RBI=0.0828678;REFB=-0.0473427;REVB=-0.0807784;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583505;STB=0.895582;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.200967;OID=.;OPOS=45404574;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:22:11:15:7:7:0.318182:6:1:8:3:6:1:12:3 chr21 45528919 . G A 2211.35 PASS AF=0.993103;AO=140;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170959;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.115;QD=61.0028;RBI=0.0584548;REFB=-0.138781;REVB=0.055899;RO=2;SAF=77;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148526;STB=0.503703;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00098798;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:144:145:2:1:140:144:0.993103:63:77:0:2:67:77:0:1 chr21 45538647 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.978;QD=63.872;RBI=0.0175173;REFB=0;REVB=-0.0138723;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00236e-06;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr21 45538725 . C A 768.56 PASS AF=1;AO=40;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385306;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.326;QD=64.047;RBI=0.0385438;REFB=0;REVB=-0.00100986;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20289e-05;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:40:48:1:26:14:0:0:31:17:0:0 chr21 45540919 . A G 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.251;QD=59.9367;RBI=0.0274859;REFB=0;REVB=-0.0127918;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71628e-05;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr21 45544594 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.65;QD=63.8874;RBI=0.0107667;REFB=0;REVB=0.00653041;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80312e-06;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:45:52:0:0 chr21 45553596 . T C 768.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6249;QD=62.7626;RBI=0.0812652;REFB=0;REVB=0.0808485;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036512;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr21 45565473 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.556;QD=43.0162;RBI=0.0313117;REFB=-0.0350214;REVB=0.0228031;RO=1;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338952;STB=0.518496;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000224579;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:13:3:0:1:13:3:0:1 chr21 45648880 . C T 239.02 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0211574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7642;QD=20.7839;RBI=0.0494269;REFB=-0.0139277;REVB=0.0446697;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395617;STB=0.522224;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0117331;OID=.;OPOS=45648880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:14:9:10:13:14:9 chr21 45649494 . A G 560.07 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4501;QD=58.9551;RBI=0.0505616;REFB=0;REVB=6.99232e-05;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415131;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr21 45649640 . C G,T 299.97 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,21;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118363,-0.00429067;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.9952,93.5847;QD=52.1684;RBI=0.103325,0.212076;REFB=0,0;REVB=0.102645,0.212033;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.78928e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0245643,-0.00203715;OID=.,.;OPOS=45649640,45649640;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:23:23:0:0:2,21:2,21:0.0869565,0.913043:0,1:2,20:0:0:0,1:2,20:0:0 chr21 45656774 . C T 337.82 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00839667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.464;QD=15.3556;RBI=0.0150702;REFB=-0.000414599;REVB=-0.0125142;RO=51;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138198;STB=0.566609;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000717052;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:36:37:0.420455:13:23:26:25:14:23:26:25 chr21 45679361 . G A 192.25 PASS AF=0.542857;AO=20;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00235288;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.7;QD=21.9715;RBI=0.0253988;REFB=-0.0209769;REVB=0.0252895;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149856;STB=0.59313;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0239945;OID=.;OPOS=45679361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:20:19:0.542857:7:13:13:3:7:12:13:3 chr21 45709935 . A AC,C 74.37 PASS AF=0.488889,0;AO=19,3;DP=48;FAO=22,0;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11,0;FSAR=11,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0720055,-0.145237;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=7.17255,41.4192;QD=6.61078;RBI=0.110095,0.146087;REFB=-0.12378,-0.030675;REVB=0.0832839,-0.0157343;RO=25;SAF=9,3;SAR=10,0;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0458849,0.561636;STB=0.511101,0.5;STBP=0.892,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.124038,0;OID=.,.;OPOS=45709936,45709935;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:45:25:23:19,3:22,0:0.488889,0:10,0:9,3:13:12:11,0:11,0:11:12 chr21 45712977 . T C 1378.02 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.036;QD=62.6372;RBI=0.020017;REFB=0;REVB=0.0195736;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17259e-05;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:42:46:0:0 chr21 45717550 . T C 2982.46 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159595;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.974;QD=63.1209;RBI=0.0454042;REFB=-0.0328485;REVB=0.0425069;RO=0;SAF=111;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021339;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:188:189:0:0:187:189:1:76:111:0:0:77:112:0:0 chr21 45725715 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.633;QD=61.6838;RBI=0.0106627;REFB=0;REVB=0.0048151;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27613e-05;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr21 45741640 . TGG TG,TGT 699.55 PASS AF=0.936937,0.0630631;AO=12,7;DP=111;FAO=104,7;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=73,0;FSAR=31,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.04675,0.054721;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=7.61988,272.834;QD=25.2091;RBI=1.22659,0.115698;REFB=0.08495,0.0871197;REVB=-0.639408,-0.101939;RO=62;SAF=1,0;SAR=11,7;SRF=60;SRR=2;SSEN=0.326531,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.850811,-0.87192;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0372228,0.138417;OID=.,.;OPOS=45741641,45741642;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.936937,0.0630631:12,7:111:104,7:111:0:73,0:31,7:0:0:20:62:1,0:11,7:60:2 chr21 45750346 . C A 558.36 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0101352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3981;QD=25.6716;RBI=0.0134728;REFB=-0.0180905;REVB=-0.0088767;RO=36;SAF=39;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216288;STB=0.618997;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00917054;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:12:39:19:17:12:39:19:17 chr21 45844751 . A G 3829.6 PASS AF=1;AO=240;DP=243;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457165;FXX=0.0122946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.07;QD=63.5619;RBI=0.0463704;REFB=-0.0935157;REVB=-0.00775954;RO=0;SAF=116;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7193e-05;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:243:241:0:0:240:241:1:124:116:0:0:125:116:0:0 chr21 45878637 . A G 243.49 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349368;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.558;QD=51.2615;RBI=0.044662;REFB=0;REVB=0.0278228;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094049;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:19:0:0:17:19:1:11:6:0:0:13:6:0:0 chr21 45970812 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.491;QD=37.4835;RBI=0.027777;REFB=0;REVB=0.0139098;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470439;OID=.;OPOS=45970812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr21 45971380 . A AGTGAGTGAGTGT,T 66.53 PASS AF=0.388889,0.111111;AO=5,5;DP=19;FAO=7,2;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4,0;FSAR=3,2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.016515,-0.0697904;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=12,1;MLLD=164.102,68.8547;QD=14.7834;RBI=0.0215998,0.0719272;REFB=-0.0134209,-0.0453186;REVB=0.0139214,0.0174019;RO=9;SAF=4,0;SAR=1,5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.177426,-0.761805;STB=0.555401,0.995471;STBP=0.713,0.105;TYPE=ins,snp;VARB=0.0279555,0.0806382;OID=.,.;OPOS=45971381,45971380;OREF=-,A;OALT=GTGAGTGAGTGT,T;OMAPALT=AGTGAGTGAGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:19:18:9:9:5,5:7,2:0.388889,0.111111:1,5:4,0:6:3:3,2:4,0:6:3 chr21 45994843 . G C 207.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.4;QD=48.7654;RBI=0.0691479;REFB=0;REVB=0.069129;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015755;OID=.;OPOS=45994843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr21 46000398 . C T 149.7 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0454913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4771;QD=39.9207;RBI=0.0480013;REFB=0.00954209;REVB=0.015319;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128919;STB=0.571319;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00658819;OID=.;OPOS=46000398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:3:11:0:1:3:11:0:1 chr21 46011468 . G A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0109761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.849;QD=14.1708;RBI=0.0271995;REFB=-0.0496877;REVB=0.0248865;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231477;STB=0.617401;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0445866;OID=.;OPOS=46011468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:7:3:6:5:7:3:6:6 chr21 46011745 . C T 159.39 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.388;QD=42.5045;RBI=0.0200173;REFB=-0.0840955;REVB=0.00297926;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205571;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:1:0:14:15:1:3:11:1:0:3:12:0:0 chr21 46011751 . C T 149.63 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111952;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.732;QD=46.0394;RBI=0.112345;REFB=0;REVB=0.00938432;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107047;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr21 46020527 . C T 552.29 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0690621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.711;QD=50.2079;RBI=0.0691021;REFB=-0.160689;REVB=-0.00235236;RO=2;SAF=28;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242832;STB=0.568299;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0074806;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:2:5:39:39:0.886364:11:28:1:1:11:28:1:4 chr21 46020867 . A G 62.01 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2005;QD=35.4363;RBI=0.0757214;REFB=0;REVB=-0.0757214;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00593543;OID=.;OPOS=46020867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 46021370 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.936;QD=35.5759;RBI=0.15727;REFB=0;REVB=0.0257564;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301937;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr21 46021607 . A G 531.92 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.203;QD=59.1025;RBI=0.0579154;REFB=0;REVB=0.0392762;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437165;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:10:23:0:0:11:25:0:0 chr21 46021759 . A G 1457.02 PASS AF=0.989474;AO=90;DP=91;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000885288;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.422;QD=61.3482;RBI=0.00189295;REFB=0.0369288;REVB=0.00167318;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00144264;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:95:1:1:90:94:0.989474:46:44:0:1:46:48:0:1 chr21 46021934 . C T 1435.11 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.918;QD=63.0819;RBI=0.0170395;REFB=0;REVB=0.0155119;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44887e-05;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:41:50:0:0 chr21 46021946 . C G 1281.27 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992743;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6959;QD=61.748;RBI=0.0483905;REFB=0;REVB=-0.0473613;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125662;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:37:45:0:0:37:46:0:0 chr21 46021954 . CTG C 1117.95 PASS AF=1;AO=65;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898014;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.78;QD=60.4298;RBI=0.0101979;REFB=0;REVB=0.00483257;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.37551e-06;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:72:74:74:0:42:32:0:0:6:0:36:29:0:0 chr21 46032094 . A G 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301255;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.115;QD=61.3541;RBI=0.0326557;REFB=0;REVB=0.0126035;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146547;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr21 46047418 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.827;QD=33.4285;RBI=0.0552593;REFB=0;REVB=0.0552485;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178066;OID=.;OPOS=46047418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr21 46047633 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9598;QD=57.1988;RBI=0.0144204;REFB=0;REVB=0.00752761;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18509e-05;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr21 46047710 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.766;QD=51.5087;RBI=0.0412402;REFB=0.070972;REVB=0.0335717;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000829929;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr21 46047857 . C T 198.43 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.614;QD=44.0965;RBI=0.0560227;REFB=-0.132789;REVB=0.0104464;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00185484;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:1:0:7:10:1:0 chr21 46047924 . C CT 156.16 PASS AF=0.941176;AO=3;DP=21;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.130196;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.0469;QD=36.7426;RBI=0.133865;REFB=-0.157216;REVB=0.031126;RO=18;SAF=1;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=ins;VARB=0.0158802;OID=.;OPOS=46047925;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:3:21:16:17:1:5:11:0:1:7:18:1:2:6:12 chr21 46047925 . G T 188.0 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0350746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.465;QD=39.5783;RBI=0.047632;REFB=-0.0621005;REVB=0.032227;RO=2;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759766;STB=0.541613;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00595414;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:15:15:0.789474:11:4:0:2:11:4:0:2 chr21 46047971 . T C 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.148117;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.547;QD=44.8759;RBI=0.149992;REFB=0;REVB=-0.0236474;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00395301;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr21 46048060 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4534;QD=33.4278;RBI=0.0700539;REFB=0;REVB=-0.0700539;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00701425;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr21 46048265 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.06;QD=51.1846;RBI=0.0745184;REFB=0;REVB=0.0432743;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320034;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr21 46057391 . A G 166.47 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0281479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6575;QD=19.0256;RBI=0.0286506;REFB=-0.0271682;REVB=0.00534361;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284482;STB=0.516111;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0256334;OID=.;OPOS=46057391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:16:17:17:18:0.514286:9:8:7:9:10:8:7:10 chr21 46057393 . T A,C 459.34 PASS AF=0.911765,0.0588235;AO=31,2;DP=34;FAO=31,2;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333881,-0.069619;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.674,15.2307;QD=54.04;RBI=0.0414931,0.0969303;REFB=-0.0448288,-0.102647;REVB=-0.0246356,-0.0674439;RO=0;SAF=13,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.33668e-08,0;STB=0.513505,0.665164;STBP=0.527,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.0215766,0.19353;OID=.,.;OPOS=46057393,46057393;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:1:31,2:31,2:0.911765,0.0588235:18,1:13,1:0:0:18,1:13,1:0:1 chr21 46057548 . A C 464.87 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.501;QD=58.1091;RBI=0.028719;REFB=0;REVB=0.0250335;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013623;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:9:22:0:0:9:23:0:0 chr21 46057579 . C T 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.019323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.534;QD=4.70147;RBI=0.0396843;REFB=-0.0075594;REVB=0.0346621;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892627;STB=0.570055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0348312;OID=.;OPOS=46057579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:28:29:7:7:0.194444:3:4:18:10:3:4:19:10 chr21 46057590 . A T 270.64 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00473364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.52;QD=32.8043;RBI=0.0264186;REFB=-0.0675488;REVB=0.025991;RO=8;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196788;STB=0.523541;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00884108;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:32:33:8:9:24:24:0.727273:10:14:5:3:10:14:6:3 chr21 46057806 . G A 142.96 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.774;QD=40.8443;RBI=0.116517;REFB=-0.0470257;REVB=0.0870313;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00778444;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:14:1:0:13:14:1:10:3:1:0:10:4:0:0 chr21 46057958 . C T 105.16 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0124162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5966;QD=32.3577;RBI=0.0568059;REFB=-0.0835953;REVB=0.0554323;RO=2;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399473;STB=0.522347;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0105547;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:13:13:2:2:11:11:0.846154:7:4:1:1:7:4:1:1 chr21 46066764 . C T 116.26 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.651;QD=42.2752;RBI=0.122934;REFB=0;REVB=0.0601048;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171121;OID=.;OPOS=46066764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:5:4:0:0:5:6:0:0 chr21 46067180 . C T 109.1 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00158892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.939;QD=36.368;RBI=0.0149583;REFB=-0.0822321;REVB=0.0148737;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00243249;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:10:11:0.916667:5:5:1:0:6:5:1:0 chr21 46074202 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.044;QD=45.8068;RBI=0.0505588;REFB=0;REVB=0.0470064;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017188;OID=.;OPOS=46074202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr21 46077946 . A G 862.17 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036467;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8192;QD=57.4777;RBI=0.0163886;REFB=0;REVB=0.0159777;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394414;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:24:36:0:0 chr21 46086377 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000253465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.423;QD=44.6898;RBI=0.0283169;REFB=0;REVB=0.0283158;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209683;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr21 46086718 . GA CG 356.82 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000447551;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.901;QD=54.895;RBI=0.017165;REFB=0;REVB=-0.0171592;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.52078e-05;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:20:5:0:0:21:5:0:0 chr21 46086757 . GC AT,TG 135.36 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=13;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164287,0.0761174;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=199.392,132.324;QD=45.1192;RBI=0.166874,0.0766583;REFB=0,0;REVB=0.0292707,0.00909091;RO=0;SAF=2,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00663412,0.0920676;OID=.,.;OPOS=46086757,46086757;OREF=GC,GC;OALT=AT,TG;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:12:0:0:10,2:10,2:0.833333,0.166667:8,0:2,2:0:0:8,0:2,2:0:0 chr21 46117792 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00444383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.064;QD=15.8391;RBI=0.00618488;REFB=-0.0161085;REVB=0.00430176;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539065;STB=0.822615;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00595878;OID=.;OPOS=46117792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:2:5:1:7:2:5 chr21 46310008 . G A 675.72 PASS AF=0.617647;AO=63;DP=104;FAO=63;FDP=102;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00562519;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.407;QD=26.4986;RBI=0.008418;REFB=-0.029657;REVB=0.00626258;RO=35;SAF=40;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445147;STB=0.528742;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0204188;OID=.;OPOS=46310008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:35:39:63:63:0.617647:23:40:20:15:23:40:22:17 chr21 46311813 . A G 885.06 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4245;QD=58.0366;RBI=0.135854;REFB=0;REVB=0.0139389;RO=1;SAF=17;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150922;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:1:0:58:61:1:41:17:1:0:41:20:0:0 chr21 46314907 . T A 1108.17 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000651876;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.746;QD=58.3245;RBI=0.0083146;REFB=-0.0672619;REVB=-0.008289;RO=2;SAF=53;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131512;STB=0.511625;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-3.1573e-05;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:2:1:74:75:0.986842:21:53:1:1:21:54:0:1 chr21 46328099 . T C 2070.65 PASS AF=0.978571;AO=133;DP=135;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0152192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.643;QD=59.1614;RBI=0.0181959;REFB=-0.0321017;REVB=0.00997327;RO=0;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50909;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000116945;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:140:0:3:133:137:0.978571:79:54:0:0:81:56:0:3 chr21 46330628 . C T 1322.98 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226608;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.944;QD=62.2579;RBI=0.0292911;REFB=0;REVB=0.0185595;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84215e-05;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:46:38:0:0:46:39:0:0 chr21 46354055 . A C,G 1585.79 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=7,97;DP=105;FAO=5,105;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=5,71;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171576,-0.00256538;FXX=0.0178555;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.286,73.458;QD=57.665;RBI=0.0197144,0.0304901;REFB=0,0;REVB=-0.00970966,0.030382;RO=0;SAF=6,70;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.53332e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.042608,0.00703956;OID=.,.;OPOS=46354055,46354055;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:105:110:0:0:7,97:5,105:0.0454545,0.954545:1,27:6,70:0:0:0,34:5,71:0:0 chr21 46572572 . A G 1076.54 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464626;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1425;QD=59.8076;RBI=0.0465323;REFB=0;REVB=-0.00254608;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254571;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:23:48:0:0:24:48:0:0 chr21 46641967 . AG A,AA,AC 2494.04 PASS AF=1,0,0;AO=41,112,8;DP=161;FAO=161,0,0;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=78,0,0;FSAR=83,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145226,-0.19801,0.0210723;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=116.096,102.832,102.249;QD=61.9637;RBI=0.091377,0.226715,0.0927501;REFB=0,0,0;REVB=-0.0902156,-0.110416,-0.0903247;RO=0;SAF=35,37,6;SAR=6,75,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.02085e-08,-3.78011e-08,5.58669e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000464089,0,0;OID=.,.,.;OPOS=46641968,46641968,46641968;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=A,AA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:41,112,8:161:161,0,0:161:0:78,0,0:83,0,0:0:0:14:0:35,37,6:6,75,2:0:0 chr21 46875454 . TAC CTA,TA 71.3 PASS AF=0,0.328125;AO=3,18;DP=65;FAO=0,21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=0,20;FSAR=0,1;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0564694,-0.106042;FXX=0.0153822;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=17.9289,12.9285;QD=4.45619;RBI=0.0806225,0.106103;REFB=-0.0563106,-0.124537;REVB=-0.0575429,-0.00358309;RO=34;SAF=3,17;SAR=0,1;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.391304;SSSB=0.445249,0.48654;STB=0.5,0.848023;STBP=1,0.012;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.126002;OID=.,.;OPOS=46875454,46875456;OREF=TAC,C;OALT=CTA,-;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:65:64:34:43:3,18:0,21:0,0.328125:0,1:3,17:25:9:0,1:0,20:30:13 chr21 46875564 . T C 1212.77 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.103817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.726;QD=59.8897;RBI=0.103963;REFB=-0.0400349;REVB=-0.00551427;RO=1;SAF=28;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166071;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-3.62335e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:52:28:1:0:52:28:1:0 chr21 46876083 . A G 560.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416342;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.02;QD=60.6258;RBI=0.0428941;REFB=0;REVB=-0.0103195;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155516;OID=.;OPOS=46876083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr21 46876173 . C T 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0105365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8783;QD=23.8193;RBI=0.0279349;REFB=-0.048095;REVB=0.0258717;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585855;STB=0.53268;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0256294;OID=.;OPOS=46876173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:9:8:12:10:9:8 chr21 46876306 . G A 193.31 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0134259;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.273;QD=13.8081;RBI=0.0182053;REFB=-0.0444394;REVB=0.0122955;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639233;STB=0.54813;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0562772;OID=.;OPOS=46876306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:33:23:23:0.410714:8:15:19:13:8:15:19:14 chr21 46876580 . C T 374.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8445;QD=55.5544;RBI=0.198629;REFB=0;REVB=0.0484163;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388991;OID=.;OPOS=46876580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:20:7:0:0 chr21 46896303 . C G 324.89 PASS AF=0.319588;AO=26;DP=96;FAO=31;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0641311;FXX=0.0202;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.1763;QD=13.3975;RBI=0.104312;REFB=0.0221466;REVB=0.0822692;RO=57;SAF=21;SAR=5;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340952;STB=0.56483;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0189344;OID=.;OPOS=46896303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:57:58:26:31:0.319588:5:21:32:25:10:21:34:24 chr21 46896312 . G T 325.84 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0169941;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.017;QD=12.7781;RBI=0.0388123;REFB=-0.0395354;REVB=0.034894;RO=63;SAF=24;SAR=15;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496047;STB=0.528287;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0507652;OID=.;OPOS=46896312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:63:63:39:39:0.382353:15:24:36:27:15:24:36:27 chr21 46902273 . A G 594.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.39;QD=60.9726;RBI=0.032713;REFB=0;REVB=0.0192194;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51274e-05;OID=.;OPOS=46902273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr21 46907479 . G A 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00785551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.944;QD=18.9387;RBI=0.0171577;REFB=-0.0184811;REVB=0.0152538;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126157;STB=0.507038;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0179385;OID=.;OPOS=46907479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:12:18:17:12:12:18:17:12 chr21 46908355 . T C 209.66 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0823363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1593;QD=13.7481;RBI=0.0829564;REFB=0.00380104;REVB=0.0101236;RO=35;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235557;STB=0.627802;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00762751;OID=.;OPOS=46908355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:25:25:0.409836:8:17:16:19:8:17:17:19 chr21 46912658 . G GCCCGCCACTGCCCT,GCCCGCCACTGCCCTC 150.38 PASS AF=0.875,0;AO=10,2;DP=18;FAO=14,0;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0;FSAR=11,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0136349,0.0138024;FXX=0.0587889;HRUN=3,3;LEN=14,15;MLLD=290.3,277.899;QD=37.594;RBI=0.0136352,0.0149284;REFB=-0.0235452,-0.0105438;REVB=8.6725e-05,-0.0056878;RO=4;SAF=2,0;SAR=8,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.200612,-0.623114;STB=0.549925,0.5;STBP=0.369,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00326254,0;OID=.,.;OPOS=46912659,46912659;OREF=-,-;OALT=CCCGCCACTGCCCT,CCCGCCACTGCCCTC;OMAPALT=GCCCGCCACTGCCCT,GCCCGCCACTGCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875,0:10,2:18:14,0:16:2:3,0:11,0:1:1:10:4:2,0:8,2:2:2 chr21 47329352 . T C 1875.62 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265985;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.419;QD=60.5037;RBI=0.0304296;REFB=0;REVB=0.0147811;RO=0;SAF=69;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688535;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:124:0:0:118:124:1:49:69:0:0:55:69:0:0 chr21 47409503 . A G 736.93 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.227;QD=56.6867;RBI=0.0251781;REFB=0;REVB=-0.0250942;RO=0;SAF=40;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85506e-05;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:10:40:0:0:12:40:0:0 chr21 47417415 . C A 344.95 PASS AF=0.848485;AO=25;DP=30;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0616566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9434;QD=41.8116;RBI=0.0639206;REFB=-0.115529;REVB=0.0168616;RO=5;SAF=2;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251797;STB=0.571373;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0355206;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:30:33:5:5:25:28:0.848485:23:2:2:3:24:4:2:3 chr21 47420726 . C G 1680.8 PASS AF=0.991597;AO=49;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6767;QD=56.4973;RBI=0.0836399;REFB=-0.00477115;REVB=0.0803549;RO=0;SAF=42;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000499373;OID=.;OPOS=47420726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:119:0:1:49:118:0.991597:7:42:0:0:42:76:1:0 chr21 47536546 . C T 404.49 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0109601;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.136;QD=24.1488;RBI=0.0165518;REFB=-0.012173;REVB=-0.0124032;RO=28;SAF=25;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846134;STB=0.546534;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00827965;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:28:28:39:39:0.58209:14:25:15:13:14:25:15:13 chr21 47538960 . G A 150.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0236034;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.589;QD=17.6727;RBI=0.0247644;REFB=-0.0286606;REVB=0.0074938;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221667;STB=0.512696;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0290827;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:12:6:5:11:12:6 chr21 47542861 . A G 130.78 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0967546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3609;QD=17.4377;RBI=0.101119;REFB=-0.00752352;REVB=-0.029388;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269488;STB=0.631413;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00434887;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:6:8:4:11:7:8:4:11 chr21 47545155 . A G 442.29 PASS AF=0.470588;AO=42;DP=98;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0116136;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5621;QD=17.3447;RBI=0.10588;REFB=-0.0242787;REVB=-0.105241;RO=50;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310015;STB=0.53657;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0279771;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:50:54:42:48:0.470588:18:24:27:23:19:29:29:25 chr21 47545350 . A AC,C 85.01 PASS AF=0.761905,0.047619;AO=8,4;DP=21;FAO=16,1;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=10,1;FSAR=6,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.157276,0.00299383;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=8.39541,138.359;QD=16.1932;RBI=0.208284,0.0357869;REFB=-0.0544266,-0.0021897;REVB=0.136552,-0.0356614;RO=8;SAF=3,4;SAR=5,0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.404954,0.633251;STB=0.526994,0.98415;STBP=0.646,0.538;TYPE=ins,snp;VARB=0.066998,0.0217675;OID=.,.;OPOS=47545351,47545350;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:21:21:8:4:8,4:16,1:0.761905,0.047619:5,0:3,4:7:1:6,0:10,1:3:1 chr21 47545768 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00895825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1199;QD=22.7238;RBI=0.0253906;REFB=-0.0296413;REVB=-0.0237578;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330788;STB=0.5185;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00944498;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:7:13:11:5:7:13:11:5 chr21 47545823 . G A 344.07 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.015115;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3906;QD=18.8532;RBI=0.0295576;REFB=-0.00746491;REVB=0.0254005;RO=37;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911475;STB=0.550832;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00678933;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:37:36:36:0.493151:14:22:19:18:14:22:19:18 chr21 47545826 . C T 384.08 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0158186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.827;QD=20.4843;RBI=0.0215414;REFB=-0.0114629;REVB=0.014622;RO=34;SAF=23;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267601;STB=0.530383;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0202039;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:36:39:39:0.52:16:23:19:15:16:23:19:17 chr21 47545913 . G A 593.16 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0273644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.638;QD=24.7148;RBI=0.0281955;REFB=-0.0253955;REVB=-0.00679537;RO=42;SAF=26;SAR=28;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147977;STB=0.508105;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0266022;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:28:26:21:21:28:26:21:21 chr21 47556793 . C T 340.07 PASS AF=0.481481;AO=20;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0117676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2408;QD=25.1905;RBI=0.0164167;REFB=-0.0469931;REVB=0.011447;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809188;STB=0.563329;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0271546;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:17:20:26:0.481481:5:15:10:5:6:20:11:6 chr21 47575372 . C T 254.22 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9239;QD=48.4232;RBI=0.200499;REFB=-0.0603454;REVB=0.0144631;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127488;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr21 47608580 . G A 1759.17 PASS AF=0.983193;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0304471;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.105;QD=59.1316;RBI=0.0491906;REFB=-0.151905;REVB=-0.0386353;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.509614;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000551597;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:119:0:2:115:117:0.983193:49:66:0:0:51:66:0:2 chr21 47609677 . A G 592.07 PASS AF=0.911111;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0198829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.575;QD=52.6281;RBI=0.0225133;REFB=0.0150365;REVB=-0.0105603;RO=4;SAF=33;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15053;STB=0.581153;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0035945;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:45:4:4:40:41:0.911111:7:33:1:3:7:34:1:3 chr21 47610066 . T C 976.31 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650429;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.469;QD=59.1702;RBI=0.0669761;REFB=0;REVB=0.0159759;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23764e-05;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr21 47612466 . A G 919.04 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0896116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.86;QD=54.8681;RBI=0.0961695;REFB=-0.124364;REVB=0.0349044;RO=2;SAF=40;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842919;STB=0.504756;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00209243;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:67:2:2:63:65:0.970149:23:40:1:1:23:42:1:1 chr21 47612471 . T C 867.16 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0721;QD=57.8108;RBI=0.12423;REFB=0;REVB=0.0513393;RO=1;SAF=38;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158294;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:21:38:1:0:21:39:0:0 chr21 47612512 . C CTG,G 457.3 PASS AF=0.894737,0;AO=30,2;DP=44;FAO=34,0;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=16,0;FSAR=18,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00181906,-0.0133247;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=150.122,40.1288;QD=48.1363;RBI=0.0446911,0.0137812;REFB=0.0543634,-0.0256396;REVB=0.0446541,0.00351782;RO=12;SAF=13,1;SAR=17,1;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.29115,-0.725467;STB=0.555523,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00741168,0;OID=.,.;OPOS=47612513,47612512;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:44:38:12:4:30,2:34,0:0.894737,0:17,1:13,1:12:0:18,0:16,0:4:0 chr21 47612867 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=5;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0919425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5223;QD=28.5371;RBI=0.0929633;REFB=-0.145716;REVB=0.0137389;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.014778;OID=.;OPOS=47612867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:5:7:0.875:1:4:1:0:2:5:1:0 chr21 47613004 . T C 436.17 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7224;QD=51.3145;RBI=0.053051;REFB=-0.0775071;REVB=0.0424573;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354941;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00575277;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:34:3:1:31:33:0.970588:17:14:2:1:18:15:1:0 chr21 47613161 . C T 129.51 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0844707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7199;QD=32.3772;RBI=0.0963932;REFB=-0.168439;REVB=-0.0464365;RO=3;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244184;STB=0.636146;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0230297;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:9:4:3:0:9:4:3:0 chr21 47613623 . C T 81.58 PASS AF=0.154472;AO=19;DP=123;FAO=19;FDP=123;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.0250902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4661;QD=2.65292;RBI=0.0397361;REFB=-0.0276293;REVB=-0.030813;RO=103;SAF=7;SAR=12;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089722;STB=0.564762;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.128075;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:123:123:103:104:19:19:0.154472:12:7:45:58:12:7:46:58 chr21 47613639 . C T 64.85 PASS AF=0.145833;AO=16;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0731092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4936;QD=2.70202;RBI=0.0865718;REFB=-0.0204479;REVB=-0.046365;RO=76;SAF=6;SAR=10;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604296;STB=0.630872;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.128144;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:96:96:76:82:16:14:0.145833:10:6:32:44:10:4:35:47 chr21 47614443 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.892;QD=62.1589;RBI=0.0403245;REFB=0;REVB=-0.00646591;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259559;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:29:56:0:0:29:56:0:0 chr21 47614469 . A C 1134.34 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0116872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.034;QD=56.7169;RBI=0.0300236;REFB=-0.0363994;REVB=0.0276554;RO=3;SAF=55;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412808;STB=0.502183;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000556636;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:22:55:2:1:22:55:2:1 chr21 47773103 . C A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.163;QD=57.7123;RBI=0.0336361;REFB=0;REVB=0.0311184;RO=0;SAF=47;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56963e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82772e-05;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:12:47:0:0:12:47:0:0 chr21 47777063 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.536;QD=56.957;RBI=0.0384343;REFB=0;REVB=0.0325291;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40428e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr21 47783796 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000902918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.951;QD=58.2392;RBI=0.0400823;REFB=0;REVB=-0.0400721;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.61591e-05;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr21 47786817 . C G 1789.68 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019751;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4118;QD=60.1574;RBI=0.0542355;REFB=-0.0874262;REVB=0.0505113;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00113604;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:120:119:0:1:118:118:0.991597:60:58:0:0:60:58:1:0 chr21 47787002 . T C 965.03 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.174;QD=58.4867;RBI=0.0245306;REFB=0;REVB=0.0233973;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211462;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:20:45:0:0:21:45:0:0 chr21 47811272 . C T 160.28 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.634;QD=45.7929;RBI=0.123531;REFB=0;REVB=0.0114666;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106344;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:12:1:0:0:12:2:0:0 chr21 47836652 . CCG CTG,GCT 920.54 PASS AF=0.892308,0.107692;AO=44,6;DP=64;FAO=58,7;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=20,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109761,-0.00552608;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=70.3634,47.1155;QD=56.6485;RBI=0.0345911,0.0138328;REFB=0,0;REVB=0.0328035,0.0126811;RO=0;SAF=34,0;SAR=10,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.74446e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.003713,-0.000470859;OID=.,.;OPOS=47836653,47836652;OREF=C,CCG;OALT=T,GCT;OMAPALT=CTG,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:64:65:0:0:44,6:58,7:0.892308,0.107692:10,6:34,0:0:0:20,6:38,1:0:0 chr21 47848310 . G C 48.41 PASS AF=0.0790378;AO=25;DP=291;FAO=23;FDP=291;FR=.;FRO=268;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=137;FSRR=131;FWDB=-0.0866579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.454;QD=0.665383;RBI=0.0877969;REFB=-0.00110558;REVB=-0.014096;RO=236;SAF=24;SAR=1;SRF=108;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606992;STB=0.947668;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.13233;OID=.;OPOS=47848310;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:291:291:236:268:25:23:0.0790378:1:24:108:128:1:22:137:131 chr21 47850484 . G C 1364.22 PASS AF=0.84;AO=99;DP=119;FAO=105;FDP=125;FR=.;FRO=20;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0344431;FXX=0.0157468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.851;QD=43.6551;RBI=0.0348516;REFB=-0.0528205;REVB=-0.00532092;RO=15;SAF=54;SAR=45;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810644;STB=0.521755;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00178563;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:119:125:15:20:99:105:0.84:45:54:13:2:51:54:13:7 chr21 47851753 . A G 834.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.074;QD=57.5335;RBI=0.0248026;REFB=0;REVB=-0.0247787;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103252;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr21 47863757 . A C 1153.31 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00291811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.732;QD=59.1442;RBI=0.00349945;REFB=-0.0448269;REVB=0.00193152;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104021;STB=0.505493;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000951744;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:32:45:1:0:32:45:1:0 chr21 47910523 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.949;QD=59.0164;RBI=0.0480473;REFB=0;REVB=0.0423429;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344759;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr21 47945533 . GCTC G 867.96 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00901381;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=318.771;QD=57.8643;RBI=0.0224569;REFB=0;REVB=0.0205685;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.37041e-06;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:60:60:60:0:35:25:0:0:5:0:35:24:0:0 chr21 47959692 . G A 753.38 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3554;QD=61.5003;RBI=0.0248866;REFB=-0.0902506;REVB=0.0182809;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00138081;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr21 47959698 . C T 739.61 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.685;QD=60.3761;RBI=0.0220115;REFB=-0.111759;REVB=0.0178566;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00141967;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:47:48:0.979592:25:22:0:0:25:23:1:0 chr21 47961711 . G A 1973.27 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108513;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2397;QD=62.1504;RBI=0.0139344;REFB=0;REVB=-0.00874177;RO=0;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00892e-05;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:61:65:0:0:61:66:0:0 chr21 47978321 . G C,GC 2181.15 PASS AF=0.0133333,0.986667;AO=6,130;DP=152;FAO=2,148;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=1,74;FSAR=1,74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451194,-0.00332625;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=6.4685,23.9095;QD=58.164;RBI=0.122881,0.120383;REFB=0,0;REVB=0.122798,0.120337;RO=12;SAF=5,58;SAR=1,72;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.480689,-0.0887783;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0393831,0.00136036;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:152:150:12:0:6,130:2,148:0.0133333,0.986667:1,72:5,58:12:0:1,74:1,74:0:0 chr21 47985655 . C T 601.78 PASS AF=0.78125;AO=50;DP=64;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0116951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.361;QD=37.6109;RBI=0.0138251;REFB=0.0105383;REVB=-0.00737265;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.622355;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00222779;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:0:14:50:50:0.78125:14:36:0:0:14:36:3:11 chr21 48063476 . C G 1631.72 PASS AF=0.973684;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0296921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1939;QD=57.2532;RBI=0.0299351;REFB=-0.0771608;REVB=0.0038065;RO=3;SAF=45;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394975;STB=0.502199;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0111247;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:114:3:3:110:111:0.973684:65:45:1:2:65:46:1:2 chr21 48084820 . C G 2181.53 PASS AF=0.992857;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0582038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.017;QD=62.3294;RBI=0.0582412;REFB=-0.0821678;REVB=-0.00208612;RO=1;SAF=47;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100069;STB=0.50505;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000282412;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:140:1:1:137:139:0.992857:90:47:1:0:90:49:1:0 chr22 16449050 . G A 195.38 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174026;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1647;QD=48.8448;RBI=0.0206894;REFB=0;REVB=-0.0111893;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102149;OID=.;OPOS=16449050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr22 17072483 . A G 153.42 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0422851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.33;QD=8.89367;RBI=0.0439773;REFB=-0.00600781;REVB=-0.0120818;RO=47;SAF=6;SAR=15;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402777;STB=0.742749;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0278707;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:47:48:21:21:0.304348:15:6:30:17:15:6:31:17 chr22 17073066 . A G 117.06 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00451152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.873;QD=16.1465;RBI=0.00485969;REFB=-0.0370831;REVB=0.0018063;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453036;STB=0.512178;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0253453;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:3:10:11:4:4:10:11:4 chr22 17073475 . C T 249.57 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0100691;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.769;QD=16.1011;RBI=0.0457288;REFB=-0.0120179;REVB=0.0446065;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308263;STB=0.517367;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0145674;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:9:19:24:10:9:19:24:10 chr22 17264565 . G T 1249.35 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331106;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.868;QD=61.6965;RBI=0.00613718;REFB=0;REVB=0.00516738;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85354e-06;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:43:37:0:0:44:37:0:0 chr22 17264904 . A G 432.46 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00210278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.277;QD=16.0171;RBI=0.0176761;REFB=-0.0231787;REVB=0.0175506;RO=58;SAF=23;SAR=25;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104608;STB=0.557668;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0259714;OID=.;OPOS=17264904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:60:48:48:0.444444:25:23:34:24:25:23:35:25 chr22 17265124 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.961;QD=63.2868;RBI=0.0121706;REFB=0;REVB=0.00339057;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05181e-05;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr22 17265194 . G A 187.63 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00646911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.737;QD=12.7206;RBI=0.0175341;REFB=-0.00987703;REVB=-0.0162971;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113474;STB=0.556819;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0148088;OID=.;OPOS=17265194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:36:23:23:0.389831:13:10:19:16:13:10:19:17 chr22 17446991 . C T 236.42 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.029882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9372;QD=17.5123;RBI=0.029887;REFB=-0.0265913;REVB=-0.000546643;RO=27;SAF=24;SAR=2;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254195;STB=0.64109;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0159741;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:2:24:22:5:2:24:23:5 chr22 17469026 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0491506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.635;QD=15.1715;RBI=0.0492704;REFB=-0.0356079;REVB=-0.00343391;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173705;STB=0.601295;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0485042;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:9:15:13:4:9:15 chr22 17469049 . C A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0100276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.66;QD=15.1604;RBI=0.0153562;REFB=-0.0106628;REVB=-0.01163;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08592;STB=0.549935;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0116109;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:7:15:12:4:7:15 chr22 17586471 . C T 2170.17 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.795;QD=62.9036;RBI=0.0634512;REFB=0;REVB=-7.95563e-05;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3445e-05;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:69:67:0:0:70:68:0:0 chr22 17589297 . G A 500.52 PASS AF=0.378049;AO=59;DP=161;FAO=62;FDP=164;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.0352075;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.298;QD=12.2077;RBI=0.0366207;REFB=-0.0035139;REVB=-0.0100753;RO=95;SAF=17;SAR=42;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219083;STB=0.62167;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00763782;OID=.;OPOS=17589297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:95:102:59:62:0.378049:42:17:45:50:42:20:52:50 chr22 17589794 . C A 186.51 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0253645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4534;QD=19.6327;RBI=0.0311269;REFB=-0.0253008;REVB=-0.0180425;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936717;STB=0.553016;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0443152;OID=.;OPOS=17589794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:9:10:8:11:9:10 chr22 17589877 . C G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0323102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8313;QD=19.3436;RBI=0.0338612;REFB=0.0013259;REVB=0.0101308;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270773;STB=0.662483;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00126119;OID=.;OPOS=17589877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:10:8:13:4:10:8:14:4 chr22 17590599 . C T 596.59 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00679808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.149;QD=25.3868;RBI=0.0310222;REFB=-0.0156749;REVB=0.0302682;RO=39;SAF=32;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140658;STB=0.571856;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0129207;OID=.;OPOS=17590599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:40:54:54:0.574468:22:32:16:23:22:32:17:23 chr22 17597940 . CAG C,CG,CGG 326.5 PASS AF=0.0263158,0.710526,0;AO=5,21,2;DP=38;FAO=1,27,0;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=1,18,0;FSAR=0,9,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0161441,-0.0156304,-0.0148306;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=202.218,211.915,204.642;QD=34.368;RBI=0.0206903,0.14652,0.171102;REFB=-0.00672618,-0.00541431,-0.00409743;REVB=-0.0129405,0.145684,0.170458;RO=8;SAF=1,16,2;SAR=4,5,0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.5176,0.00818806,0.519945;STB=0.983977,0.541637,0.5;STBP=0.548,0.466,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0184329,0.00201756,0;OID=.,.,.;OPOS=17597941,17597941,17597941;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0263158,0.710526,0:5,21,2:38:1,27,0:38:10:1,18,0:0,9,0:8:2:70:8:1,16,2:4,5,0:6:2 chr22 17600293 . G A 34.87 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0583231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.9132;QD=23.244;RBI=0.0583231;REFB=-0.121844;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0288064;OID=.;OPOS=17600293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr22 17600977 . G A 396.85 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=67;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0129986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.913;QD=22.0471;RBI=0.224415;REFB=-0.00691789;REVB=0.224039;RO=31;SAF=24;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918117;STB=0.502889;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00722832;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:31:32:34:40:0.555556:10:24:19:12:16:24:19:13 chr22 17602839 . G A 1103.51 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102143;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.202;QD=60.4663;RBI=0.029034;REFB=0;REVB=0.027178;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291068;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr22 17603477 . A G 394.91 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0119043;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.782;QD=19.7453;RBI=0.0159349;REFB=-0.0250528;REVB=-0.0105929;RO=40;SAF=10;SAR=30;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186791;STB=0.604422;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.019178;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:30:10:17:23:30:10:17:23 chr22 17603503 . G A 503.23 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.00339966;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6401;QD=22.1199;RBI=0.00650613;REFB=-0.00771746;REVB=-0.00554726;RO=43;SAF=24;SAR=24;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23051;STB=0.626324;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0039457;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:43:43:48:48:0.527473:24:24:10:33:24:24:10:33 chr22 17622267 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00439597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.75;QD=18.8287;RBI=0.020042;REFB=-0.0019561;REVB=0.0195539;RO=22;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413507;STB=0.738853;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00174096;OID=.;OPOS=17622267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:17:3:11:11:17:3:11:11 chr22 17630486 . C A 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00656049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.323;QD=15.7816;RBI=0.0301668;REFB=-0.00993147;REVB=0.0294448;RO=29;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165919;STB=0.593147;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0144748;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:7:16:24:5:7:16:24:5 chr22 17640399 . G GGGC 135.71 PASS AF=0.256098;AO=18;DP=94;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0355288;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=3;MLLD=183.449;QD=6.61994;RBI=0.0488096;REFB=-0.00942589;REVB=-0.0334676;RO=75;SAF=6;SAR=12;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173916;STB=0.571869;STBP=0.49;TYPE=ins;VARB=0.0274554;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.256098:18:94:21:82:61:8:13:29:32:99:75:6:12:35:40 chr22 17669306 . T C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0928668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8696;QD=23.1634;RBI=0.0929069;REFB=0.0333128;REVB=-0.00273179;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153887;STB=0.58592;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0326386;OID=.;OPOS=17669306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:16:10:13:10:16:10:13:10 chr22 17990852 . G A 740.34 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114415;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.207;QD=56.9492;RBI=0.0122862;REFB=0;REVB=-0.00447705;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11356e-06;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr22 18022285 . T TC 53.27 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0839325;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.37795;QD=3.87393;RBI=0.229667;REFB=-0.0530957;REVB=0.213781;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692642;STB=0.529047;STBP=0.728;TYPE=ins;VARB=0.0717126;OID=.;OPOS=18022286;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:20:55:25:55:30:12:13:16:14:53:29:11:9:14:15 chr22 18028667 . TCCCCCA TCCCCA,TCCCCCAC 46.87 PASS AF=0.421053,0;AO=7,3;DP=19;FAO=8,0;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00868405,-0.180432;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=15.1339,16.4202;QD=9.86772;RBI=0.0155205,0.266857;REFB=-0.0767208,-0.130824;REVB=0.0128636,-0.196614;RO=8;SAF=2,1;SAR=5,2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.339286,0;SSSB=-0.206125,-0.177018;STB=0.635998,0.5;STBP=0.331,1;TYPE=del,ins;VARB=0.104691,0.0389525;OID=.,.;OPOS=18028668,18028674;OREF=C,-;OALT=-,C;OMAPALT=TCCCCA,TCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0:7,3:19:8,0:19:11:2,0:6,0:5:6:47:8:2,1:5,2:4:4 chr22 18072980 . G A 374.22 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0155019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.526;QD=18.0348;RBI=0.0233989;REFB=-0.019708;REVB=0.0175271;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129041;STB=0.572102;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0262822;OID=.;OPOS=18072980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:23:16:24:20:23:16:24:20 chr22 18209612 . CA C,CG 566.06 PASS AF=0.307692,0.692308;AO=10,25;DP=36;FAO=12,27;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12,3;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276499,-0.000625463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.7446,62.1893;QD=58.0577;RBI=0.0512606,0.103613;REFB=0,0;REVB=-0.051186,-0.103611;RO=0;SAF=10,2;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.34264e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0145742,0.0488476;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.307692,0.692308:10,25:36:12,27:39:0:12,3:0,24:0:0:44:0:10,2:0,23:0:0 chr22 18211983 . T C 1254.04 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0120905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.048;QD=57.0019;RBI=0.01316;REFB=-0.183399;REVB=0.00519651;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119907;STB=0.524384;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000280971;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:88:1:4:84:84:0.954545:45:39:1:0:45:39:4:0 chr22 18300240 . T C 606.89 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.00448376;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.598;QD=16.0766;RBI=0.00973839;REFB=-0.00816659;REVB=-0.00864478;RO=80;SAF=39;SAR=28;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196303;STB=0.507882;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.010106;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:80:84:67:67:0.443709:28:39:45:35:27:40:49:35 chr22 18300775 . G A 462.32 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00877694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4663;QD=27.1951;RBI=0.0153412;REFB=-0.0248539;REVB=0.0125825;RO=25;SAF=27;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760988;STB=0.541528;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0203217;OID=.;OPOS=18300775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:16:27:13:12:16:27:13:12 chr22 18304821 . G A 150.4 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0214977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.167;QD=12.2773;RBI=0.028712;REFB=-0.0408399;REVB=-0.0190323;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257927;STB=0.655563;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0478795;OID=.;OPOS=18304821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:29:32:17:17:0.346939:10:7:19:10:10:7:21:11 chr22 18304891 . C T 158.52 PASS AF=0.425;AO=12;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00941686;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.869;QD=15.8517;RBI=0.0214213;REFB=-0.000243392;REVB=0.0192405;RO=16;SAF=0;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.811876;STB=0.745927;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000142223;OID=.;OPOS=18304891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:23:12:17:0.425:12:0:9:7:13:4:15:8 chr22 18305797 . C T 140.41 PASS AF=0.4;AO=13;DP=37;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00208516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.118;QD=14.0409;RBI=0.0302704;REFB=-0.0169589;REVB=0.0301985;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399437;STB=0.710252;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0270041;OID=.;OPOS=18305797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:24:24:13:16:0.4:10:3:14:10:12:4:14:10 chr22 18310439 . G A 434.35 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0104192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9333;QD=15.2403;RBI=0.0817883;REFB=-0.0242862;REVB=0.0811219;RO=65;SAF=20;SAR=29;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13317;STB=0.574744;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0390242;OID=.;OPOS=18310439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:29:20:35:30:29:20:35:30 chr22 18324564 . C T 388.78 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=0.0619117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7253;QD=19.199;RBI=0.0796646;REFB=-0.0657004;REVB=0.0501337;RO=40;SAF=32;SAR=7;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309207;STB=0.517233;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.072497;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:39:40:0.493827:7:32:32:8:7:33:33:8 chr22 18354766 . C T 411.62 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0264319;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.998;QD=14.4428;RBI=0.0291044;REFB=0.0004389;REVB=0.012183;RO=60;SAF=16;SAR=31;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166684;STB=0.584869;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000627159;OID=.;OPOS=18354766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:114:60:67:47:47:0.412281:31:16:30:30:31:16:32:35 chr22 18364030 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT 402.16 PASS AF=0.538462,0.0274725,0;AO=53,7,11;DP=178;FAO=98,5,0;FDP=182;FR=.;FRO=79;FSAF=46,5,0;FSAR=52,0,0;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.0925658,0.112265,-0.00512634;FXX=0.00546418;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.6407,10.9784,42.6232;QD=8.83864;RBI=0.0969778,0.152467,0.0862184;REFB=-0.136127,-0.123359,-0.00258943;REVB=0.0289184,0.103163,-0.0860659;RO=68;SAF=28,7,0;SAR=25,0,11;SRF=40;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0606718,0.569844,-0.716934;STB=0.550254,0.997581,0.5;STBP=0.161,0.032,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.156798,0.0145445,0;OID=.,.,.;OPOS=18364031,18364036,18364030;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,GC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:182:68:79:53,7,11:98,5,0:0.538462,0.0274725,0:25,0,11:28,7,0:40:28:52,0,0:46,5,0:46:33 chr22 18571828 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.698;QD=54.5152;RBI=0.0111599;REFB=0;REVB=-0.0108626;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129643;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr22 18609642 . C T 876.89 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3256;QD=55.6752;RBI=0.0183141;REFB=-0.00154701;REVB=-0.000476738;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000210044;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:33:28:1:0:34:28:1:0 chr22 18628436 . T C 175.65 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0158869;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9613;QD=13.2569;RBI=0.0192276;REFB=0.0290236;REVB=-0.0108308;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107815;STB=0.562103;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0270944;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:15:17:9:12:15:17 chr22 18628499 . G T 503.65 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0190173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.95;QD=15.9888;RBI=0.0223709;REFB=-0.00558185;REVB=-0.0117813;RO=70;SAF=27;SAR=28;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520105;STB=0.52494;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00729852;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:71:55:55:0.436508:28:27:38:32:28:27:38:33 chr22 18628632 . C T 488.25 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.00324817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8174;QD=15.3779;RBI=0.0401187;REFB=0.0032551;REVB=0.039987;RO=73;SAF=22;SAR=32;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265545;STB=0.648349;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00416741;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:32:22:49:24:32:22:49:24 chr22 18628715 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.191;QD=64.1538;RBI=0.00831711;REFB=0;REVB=-0.00759057;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20872e-05;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr22 18835365 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.671;QD=33.4285;RBI=0.0217467;REFB=0;REVB=-0.0205175;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64246e-05;OID=.;OPOS=18835365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr22 18870981 . G C 258.75 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0177333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.483;QD=38.3338;RBI=0.0180762;REFB=0.0462072;REVB=-0.00350445;RO=5;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133547;STB=0.572815;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00545093;OID=.;OPOS=18870981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:9:13:1:4:9:13:1:4 chr22 18896169 . C T 421.32 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0132491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.623;QD=15.8989;RBI=0.0258882;REFB=-0.0137485;REVB=0.022241;RO=59;SAF=19;SAR=28;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149389;STB=0.508358;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0165091;OID=.;OPOS=18896169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:28:19:23:36:28:19:23:36 chr22 18896189 . T C 520.65 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0449967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3852;QD=17.0704;RBI=0.0460406;REFB=0.00553644;REVB=0.00974813;RO=66;SAF=22;SAR=34;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110182;STB=0.500613;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00570347;OID=.;OPOS=18896189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:34:22:26:40:34:22:26:40 chr22 18900750 . G A 656.81 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0512449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.671;QD=59.7104;RBI=0.0561197;REFB=-0.215924;REVB=0.0228774;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00273221;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:44:1:1:40:43:0.977273:16:24:1:0:18:25:1:0 chr22 18901004 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.637;QD=51.5083;RBI=0.040301;REFB=-0.0282547;REVB=0.0197335;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000567373;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:9:17:0:1:9:17:0:1 chr22 18904414 . A G 417.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209003;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.2919;QD=55.6258;RBI=0.026843;REFB=0;REVB=-0.0168441;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517129;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:30:0:0:28:30:1:13:15:0:0:15:15:0:0 chr22 18907124 . G A 1360.39 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0226147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.184;QD=59.1475;RBI=0.0236907;REFB=-0.155063;REVB=-0.00705873;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101917;STB=0.504891;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000605936;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:92:1:3:89:89:0.967391:43:46:1:0:43:46:2:1 chr22 18908875 . A G 802.72 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0905879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3179;QD=55.3597;RBI=0.109494;REFB=-0.0907907;REVB=-0.0615046;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00231739;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:1:0:24:33:1:0 chr22 18912678 . A G 439.4 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.049677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9011;QD=19.3143;RBI=0.0553485;REFB=-0.0120683;REVB=-0.024406;RO=47;SAF=23;SAR=21;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148754;STB=0.582415;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00551288;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:21:23:32:15:21:23:32:15 chr22 19026613 . A G 1386.16 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0612842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5786;QD=60.268;RBI=0.0905634;REFB=-0.120373;REVB=-0.0666782;RO=1;SAF=54;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869721;STB=0.509089;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00303955;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:90:90:0.978261:36:54:1:0:36:54:2:0 chr22 19032878 . T TAAAC 50.0 PASS AO=44;DP=85;LEN=4;RO=41;SAF=24;SAR=35;SRF=10;SRR=16;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=19032879;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:85:41:44:35:24:10:16 chr22 19034240 . A G 1656.18 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9053;QD=59.1494;RBI=0.0809042;REFB=-0.0389172;REVB=0.0671101;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398554;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:109:112:0:0:106:112:1:47:59:0:0:53:59:0:0 chr22 19048413 . A G 1853.06 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0580198;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.411;QD=60.756;RBI=0.0599155;REFB=-0.097692;REVB=0.0149524;RO=1;SAF=53;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887867;STB=0.504672;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000177677;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:1:1:121:121:0.991803:68:53:1:0:68:53:1:0 chr22 19119161 . C T 138.08 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00963835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4187;QD=11.7515;RBI=0.00964245;REFB=-0.0250964;REVB=-0.000281213;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404072;STB=0.732582;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0293903;OID=.;OPOS=19119161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:25:6:9:7:25:6 chr22 19121872 . G A 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0039903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.58;QD=21.2677;RBI=0.0138788;REFB=-0.0281366;REVB=0.0132928;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286756;STB=0.661466;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0118708;OID=.;OPOS=19121872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:4:10:6:11:4:10 chr22 19163577 . C CAT 982.42 PASS AF=1;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408534;FXX=0.043472;HRUN=0;LEN=2;MLLD=290.712;QD=59.5408;RBI=0.0505674;REFB=0;REVB=0.0298004;RO=4;SAF=37;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662323;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.93446e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:71:66:66:0:37:29:0:0:5:4:37:29:2:2 chr22 19167409 . T C 1368.59 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0340684;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1925;QD=61.5098;RBI=0.0368757;REFB=-0.0185602;REVB=0.0141126;RO=1;SAF=42;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111481;STB=0.505881;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=1.07155e-05;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:45:42:1:0:46:42:1:0 chr22 19172006 . T C 2250.32 PASS AF=0.993333;AO=147;DP=152;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00314051;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.792;QD=60.0086;RBI=0.0084214;REFB=-0.138134;REVB=0.00781391;RO=1;SAF=101;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468604;STB=0.502463;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.000227892;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:150:1:1:147:149:0.993333:46:101:1:0:48:101:1:0 chr22 19189003 . A AC,C 652.47 PASS AF=1,0;AO=29,18;DP=48;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774897,-0.249405;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.464,3.45715;QD=55.5291;RBI=0.116417,0.249669;REFB=0,0;REVB=0.0868812,0.0114647;RO=1;SAF=5,13;SAR=24,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0843371,-0.0340316;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00268477,0.081435;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:1:0:29,18:47,0:1,0:24,5:5,13:1:0:29,0:18,0:0:0 chr22 19196502 . G A 1145.99 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0197648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.69;QD=58.0248;RBI=0.0253132;REFB=-0.142948;REVB=-0.0158149;RO=1;SAF=46;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101785;STB=0.510636;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00112299;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:1:2:77:77:0.974684:31:46:1:0:31:46:2:0 chr22 19197896 . T C 787.53 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646273;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.957;QD=57.2749;RBI=0.0650074;REFB=0;REVB=0.00701914;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043273;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr22 19486600 . C T 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0283288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.736;QD=18.3087;RBI=0.0356597;REFB=-0.0130735;REVB=-0.0216586;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340235;STB=0.518977;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.012954;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:18:19:22:18:18:19:22:18 chr22 19511925 . G A 107.74 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0247491;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.441;QD=20.5213;RBI=0.0288015;REFB=-0.00495237;REVB=0.0147312;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209806;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0043768;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:7:2:6:6:7:2 chr22 19512559 . A AC 37.71 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0292146;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.96225;QD=3.86794;RBI=0.224937;REFB=-0.0552459;REVB=-0.223031;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143953;STB=0.654964;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=0.0454875;OID=.;OPOS=19512560;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:14:40:15:39:24:10:5:10:14:37:23:8:6:10:13 chr22 19750773 . T C 561.7 PASS AF=0.513274;AO=57;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.025375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8862;QD=19.883;RBI=0.0439182;REFB=-0.00636052;REVB=-0.0358458;RO=50;SAF=35;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824688;STB=0.54703;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00307982;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:50:55:57:58:0.513274:22:35:26:24:23:35:28:27 chr22 19808841 . T G,TG 34.84 PASS AF=0,0.3;AO=2,9;DP=43;FAO=0,12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=0,5;FSAR=0,7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0294673,-0.0140723;FXX=0.0243843;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=159.03,8.01061;QD=3.48351;RBI=0.0296882,0.064266;REFB=0.00453899,-0.112779;REVB=0.00361518,-0.0627063;RO=29;SAF=2,3;SAR=0,6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.485535,-0.143807;STB=0.5,0.533841;STBP=1,0.812;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0719973;OID=.,.;OPOS=19808841,19808842;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:43:40:29:28:2,9:0,12:0,0.3:0,6:2,3:13:16:0,7:0,5:13:15 chr22 19868218 . A G 468.89 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553423;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8711;QD=58.6109;RBI=0.0565558;REFB=0;REVB=0.0116529;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000726225;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr22 19870857 . G A 228.27 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.00141164;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.149;QD=13.6278;RBI=0.00516489;REFB=-0.00951452;REVB=-0.00496823;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132442;STB=0.580191;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0102165;OID=.;OPOS=19870857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:40:27:27:0.402985:10:17:29:10:10:17:30:10 chr22 19882984 . T G 447.26 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0177122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.24;QD=18.4437;RBI=0.024827;REFB=-0.0433557;REVB=-0.017397;RO=52;SAF=26;SAR=18;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144541;STB=0.585024;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0396284;OID=.;OPOS=19882984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:52:44:45:0.463918:18:26:23:29:18:27:23:29 chr22 19898886 . C T 344.2 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0189068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7564;QD=14.049;RBI=0.0282748;REFB=-0.0122405;REVB=0.0210237;RO=60;SAF=18;SAR=20;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117574;STB=0.56681;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0196148;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:20:18:35:25:20:18:35:25 chr22 19907099 . C A 414.94 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0637504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5755;QD=13.9476;RBI=0.087098;REFB=-0.019681;REVB=0.059346;RO=71;SAF=20;SAR=28;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125699;STB=0.570997;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.046962;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:28:20:38:33:28:20:38:33 chr22 19907118 . G A 327.26 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00116938;FXX=0.0434745;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.901;QD=11.9003;RBI=0.00119287;REFB=-0.0211157;REVB=0.000235593;RO=68;SAF=13;SAR=27;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201201;STB=0.625172;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0344028;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:110:68:70:40:40:0.363636:27:13:34:34:27:13:36:34 chr22 19920949 . G A 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0106613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.474;QD=11.126;RBI=0.0106744;REFB=-0.00888213;REVB=0.00052942;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104511;STB=0.561969;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0288054;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:15:19:11:6:15:19 chr22 19921003 . T C 650.81 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0768739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.061;QD=61.9823;RBI=0.0784578;REFB=0;REVB=0.0156852;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002309;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr22 19950235 . C T 413.97 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0659492;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.561;QD=21.5051;RBI=0.0662235;REFB=0.00661959;REVB=0.00602126;RO=36;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121937;STB=0.56733;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00323233;OID=.;OPOS=19950235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:23:18:21:15:23:18:21:15 chr22 19951271 . G A 685.23 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0153774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.403;QD=21.9274;RBI=0.0159623;REFB=-0.0094224;REVB=-0.00428146;RO=58;SAF=40;SAR=27;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141436;STB=0.577594;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0154568;OID=.;OPOS=19951271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:67:67:0.536:27:40:25:33:27:40:25:33 chr22 19959473 . C T 209.31 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0166664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.792;QD=11.6282;RBI=0.0290583;REFB=-0.0249742;REVB=0.0238037;RO=45;SAF=11;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192475;STB=0.617;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0538632;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:15:11:27:18:15:11:28:18 chr22 19959955 . A G 730.64 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0342884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.362;QD=23.0122;RBI=0.0343271;REFB=-0.0198352;REVB=-0.00162926;RO=57;SAF=29;SAR=41;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240574;STB=0.513151;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0151068;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:57:70:70:0.551181:41:29:22:35:41:29:22:35 chr22 19968971 . G A 239.78 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.023893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.17;QD=21.3138;RBI=0.0265172;REFB=-0.0223216;REVB=0.0115015;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772372;STB=0.555506;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0217845;OID=.;OPOS=19968971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:20:22:22:23:0.511111:15:7:8:12:15:8:10:12 chr22 19969075 . A G 90.95 PASS AF=0.346154;AO=5;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0408144;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1615;QD=13.993;RBI=0.0411364;REFB=-0.0133514;REVB=0.00513729;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371228;STB=0.555438;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0473337;OID=.;OPOS=19969075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:27:26:9:12:5:9:0.346154:2:3:2:7:6:3:3:9 chr22 20136379 . C A 458.83 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.0304416;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5138;QD=20.3925;RBI=0.101974;REFB=-0.00436473;REVB=0.0973246;RO=45;SAF=34;SAR=11;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517375;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:45:45:45:45:0.5:11:34:34:11:11:34:34:11 chr22 20137723 . C T 154.6 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00427242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.436;QD=14.7234;RBI=0.00734429;REFB=-0.00379828;REVB=0.0059737;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055429;STB=0.540024;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00347543;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:12:5:6:18:12:5:6:19 chr22 20138105 . T C 295.69 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00716925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.468;QD=17.9205;RBI=0.0123985;REFB=-0.0120413;REVB=-0.0101156;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832616;STB=0.544905;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0139484;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:34:31:32:0.484848:15:16:20:13:15:17:21:13 chr22 20138128 . G A 381.93 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0209439;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.687;QD=16.9745;RBI=0.0224774;REFB=-0.0272445;REVB=0.00816003;RO=48;SAF=26;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264917;STB=0.50608;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0262346;OID=.;OPOS=20138128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:48:50:40:40:0.444444:14:26:30:18:14:26:32:18 chr22 20302796 . AACCCCAGA AAACCCAGA,AACCACGAG,AACCCAGA,ACCCAGA 180.3 PASS AF=0,0.0571429,0.714286,0;AO=5,2,9,5;DP=41;FAO=0,2,25,0;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=0,2,24,0;FSAR=0,0,1,0;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.181134,0.000633957,0.121711,-0.0483163;FXX=0.146306;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,5,1,2;MLLD=7.74905,129.088,11.1457,15.2595;QD=20.6055;RBI=0.181143,0.032501,0.209942,0.203779;REFB=-0.146193,-0.0124786,-0.0883083,0.0471907;REVB=-0.00189665,0.0324949,0.171061,0.197969;RO=13;SAF=2,2,9,5;SAR=3,0,0,0;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0,0.353952,0.333333;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.480681,0.448443,0.73731,0.641897;STB=0.5,0.990954,0.607491,0.5;STBP=1,0.498,0.302,1;TYPE=snp,mnp,del,del;VARB=0,0.097841,0.049794,0;OID=.,.,.,.;OPOS=20302798,20302800,20302798,20302797;OREF=C,CCAGA,C,AC;OALT=A,ACGAG,-,-;OMAPALT=AAACCCAGA,AACCACGAG,AACCCAGA,ACCCAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0571429,0.714286,0:5,2,9,5:41:0,2,25,0:35:8:0,2,24,0:0,0,1,0:7:1:38:13:2,2,9,5:3,0,0,0:11:2 chr22 20302814 . GCCCCG GCCC,GCCCG,GGCCCG 227.0 PASS AF=0,0.809524,0;AO=7,10,4;DP=41;FAO=0,34,0;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=0,25,0;FSAR=0,9,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0153288,0.00499314,-0.0193098;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=11.2266,11.1475,9.47457;QD=21.6187;RBI=0.889975,0.115702,0.0633657;REFB=0.0132549,-0.0961663,-0.0852308;REVB=-0.889843,-0.115595,-0.0603518;RO=8;SAF=5,10,4;SAR=2,0,0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.450091,0.450091,0;SSSB=-0.391009,0,0;STB=0.5,0.568928,0.5;STBP=1,0.128,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.154674,0.0548524,0.0387264;OID=.,.,.;OPOS=20302818,20302815,20302815;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GGCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.809524,0:7,10,4:41:0,34,0:42:8:0,25,0:0,9,0:8:0:25:8:5,10,4:2,0,0:8:0 chr22 20458029 . A C 47.52 PASS AF=0.0886076;AO=13;DP=158;FAO=14;FDP=158;FR=.;FRO=144;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.00838537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.409;QD=1.20299;RBI=0.0414918;REFB=-0.00455244;REVB=-0.0406356;RO=143;SAF=5;SAR=8;SRF=65;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812335;STB=0.521071;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0544605;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:158:158:143:144:13:14:0.0886076:8:5:65:78:8:6:65:79 chr22 20729885 . C T 152.81 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0336857;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.764;QD=13.0049;RBI=0.0359206;REFB=-0.00194735;REVB=-0.0124725;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104339;STB=0.561026;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00738383;OID=.;OPOS=20729885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:13:17:8:9:13:17 chr22 20759672 . G A 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0536898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4189;QD=15.2633;RBI=0.0543319;REFB=-0.018411;REVB=0.00832788;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170229;STB=0.598777;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0240486;OID=.;OPOS=20759672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:9:7:8:5:9:7 chr22 20771144 . A T 982.42 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0285033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.156;QD=56.1381;RBI=0.0291808;REFB=-0.0510859;REVB=-0.00625134;RO=2;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286232;STB=0.515147;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000650169;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:32:36:0:2:32:36:0:2 chr22 20784050 . T A 140.68 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0200482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.304;QD=13.0867;RBI=0.0279514;REFB=0.00618865;REVB=0.0194769;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774182;STB=0.545397;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00917855;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:12:15:10:6:12:15 chr22 20800835 . A C,G 1136.43 PASS AF=0.0384615,0.948718;AO=3,74;DP=78;FAO=3,74;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=3,38;FSAR=0,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201558,-0.00738321;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.019,107.895;QD=58.2787;RBI=0.025859,0.0336237;REFB=-0.150393,-0.196345;REVB=0.0161998,0.0328031;RO=0;SAF=3,38;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.79579e-08;STB=0.5,0.506492;STBP=1,0.532;TYPE=snp,snp;VARB=0.116712,-0.000851052;OID=.,.;OPOS=20800835,20800835;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:78:78:0:1:3,74:3,74:0.0384615,0.948718:0,36:3,38:0:0:0,36:3,38:1:0 chr22 20847472 . A T 852.59 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000862763;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.249;QD=53.2867;RBI=0.000948086;REFB=-0.0347466;REVB=0.000393075;RO=2;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325244;STB=0.525415;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00039698;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:64:2:3:61:61:0.953125:28:33:0:2:28:33:0:3 chr22 20862646 . T G 286.0 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00474711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.683;QD=21.9997;RBI=0.0135496;REFB=0.00357522;REVB=-0.0126908;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20112;STB=0.620606;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00401116;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:11:18:8:14:11:18:8:15 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 375.64 PASS AF=0.476923,0.184615;AO=25,12;DP=66;FAO=31,12;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=13,0;FSAR=18,12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000174469,-0.0948956;FXX=0.0151492;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=236.196,17.9724;QD=23.1163;RBI=0.0134746,0.0958766;REFB=0.00234578,-0.144741;REVB=0.0134735,0.01368;RO=20;SAF=12,0;SAR=13,12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.175062,-0.826663;STB=0.607893,0.999069;STBP=0.071,0;TYPE=ins,del;VARB=0.0154129,0.0314465;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476923,0.184615:25,12:66:31,12:65:22:13,0:18,12:15:7:99:20:12,0:13,12:14:6 chr22 20940085 . G A 108.32 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0044706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.203;QD=13.5404;RBI=0.0542129;REFB=-0.0310261;REVB=0.0540282;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11174;STB=0.56593;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0533618;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:6:13:10:3:6:13 chr22 21044848 . A T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00297212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.327;QD=17.1002;RBI=0.0292676;REFB=-0.0242964;REVB=-0.0291163;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0235102;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:7:8:6:8:7:8 chr22 21066789 . A G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0246354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.664;QD=13.7478;RBI=0.0484547;REFB=-0.0110247;REVB=-0.0417247;RO=32;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153192;STB=0.588658;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0174773;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:5:17:21:11:5:17:21:11 chr22 21066897 . G A 74.64 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0145545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2002;QD=10.6625;RBI=0.0827678;REFB=-0.0232751;REVB=-0.081478;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737803;STB=0.517207;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0582713;OID=.;OPOS=21066897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:3:7:12:5:3:7:13:5 chr22 21079909 . A G 145.56 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0238841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.32;QD=16.1734;RBI=0.024107;REFB=-0.0238094;REVB=-0.00327044;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202938;STB=0.616297;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.018974;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:7:13:7:9:7:13 chr22 21119179 . C CG 40.91 PASS AF=0.144231;AO=16;DP=105;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=30;FWDB=0.00125009;FXX=0.0095229;HRUN=0;LEN=1;MLLD=42.9635;QD=1.57337;RBI=0.0669166;REFB=-0.0032778;REVB=-0.0669049;RO=85;SAF=1;SAR=15;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.70715;STB=0.949709;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=-0.0470089;OID=.;OPOS=21119180;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144231:16:105:15:104:89:1:14:59:30:40:85:1:15:58:27 chr22 21133831 . C T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00292532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.675;QD=10.3898;RBI=0.0229787;REFB=-0.00615162;REVB=0.0227918;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396358;STB=0.749166;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0114718;OID=.;OPOS=21133831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:5:6:6:1:5:6 chr22 21141300 . T C 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.014697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.991;QD=17.3779;RBI=0.018603;REFB=0.00223506;REVB=-0.0114048;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101033;STB=0.556488;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00264386;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:16:17:23:14:16:17:23:14 chr22 21167787 . G A 413.53 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.016342;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.756;QD=20.4212;RBI=0.0239042;REFB=-0.0186674;REVB=0.0174456;RO=39;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652895;STB=0.542629;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.013884;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:40:41:41:0.506173:18:23:19:20:18:23:19:21 chr22 21213416 . A G 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00710516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.032;QD=6.33853;RBI=0.019524;REFB=-0.0063666;REVB=-0.0181853;RO=47;SAF=10;SAR=5;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660653;STB=0.54112;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0189385;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:5:10:29:18:5:10:29:18 chr22 21301005 . T C 533.07 PASS AF=1;AO=19;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.808;QD=59.2302;RBI=0.117841;REFB=0;REVB=0.0254078;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146287;OID=.;OPOS=21301005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:19:36:1:19:0:0:0:23:13:0:0 chr22 21304408 . A G 670.18 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0199;QD=62.3424;RBI=0.0446612;REFB=0;REVB=0.0242605;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568993;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr22 21306743 . A G 876.05 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.021831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2606;QD=54.7529;RBI=0.0289495;REFB=-0.114231;REVB=0.0190128;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277544;STB=0.514701;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00427144;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:33:29:0:2:33:29:0:2 chr22 21307711 . AAAAC AA,A 226.05 PASS AF=0.625,0;AO=13,6;DP=41;FAO=30,0;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=22,0;FSAR=8,0;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00631884,-0.011823;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=139.553,136.652;QD=18.8372;RBI=0.0465909,0.0447304;REFB=-0.041967,-0.0392556;REVB=0.0461604,0.0431396;RO=0;SAF=12,0;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513,0.325513;SSEP=0,0;SSSB=-3.00075e-08,0;STB=0.550154,0.5;STBP=0.474,1;TYPE=del,del;VARB=0.0420553,0;OID=.,.;OPOS=21307713,21307712;OREF=AAC,AAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625,0:13,6:41:30,0:48:18:22,0:8,0:15:3:99:0:12,0:1,6:0:0 chr22 21327589 . C T 657.47 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0426899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.753;QD=59.7704;RBI=0.0433407;REFB=-0.0594293;REVB=0.00748213;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000393766;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:15:28:0:1:15:28:0:1 chr22 21331043 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.184;QD=48.7365;RBI=0.0374405;REFB=0;REVB=0.0331305;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333684;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr22 21335259 . C A 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0359947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.379;QD=15.1116;RBI=0.0359981;REFB=-0.0316699;REVB=0.000499993;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337323;STB=0.681835;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0291471;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:11:18:10:27:11:18:11:27 chr22 21335606 . C T 465.19 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.588;QD=58.149;RBI=0.0473912;REFB=0;REVB=-0.00256573;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440784;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:13:17:0:0:13:19:0:0 chr22 21335611 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.899;QD=58.5877;RBI=0.0200858;REFB=0;REVB=0.0197799;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59508e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr22 21337325 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0328771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.306;QD=14.8335;RBI=0.0340911;REFB=-0.0192007;REVB=0.0090164;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130599;STB=0.583259;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0177637;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:22:22:0.423077:12:10:17:12:12:10:18:12 chr22 21348914 . C T 199.5 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00322149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.717;QD=19.9498;RBI=0.00527094;REFB=-0.0228937;REVB=0.00417192;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444401;STB=0.5251;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0206912;OID=.;OPOS=21348914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:10:10:9:11:10:10 chr22 21354970 . C G 1511.09 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.847;QD=59.8451;RBI=0.044478;REFB=0;REVB=0.0414744;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21445e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:101:0:0:92:101:1:35:57:0:0:39:62:0:0 chr22 21356824 . G A 491.14 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0164558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.371;QD=17.2328;RBI=0.0233944;REFB=-0.0138859;REVB=0.0166284;RO=59;SAF=22;SAR=31;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121334;STB=0.559096;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0160308;OID=.;OPOS=21356824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:59:61:53:53:0.464912:31:22:32:27:31:22:32:29 chr22 21356892 . AAGAC A 127.09 PASS AF=0.313253;AO=24;DP=84;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0045524;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=4;MLLD=284.083;QD=6.12477;RBI=0.00666103;REFB=-0.0114159;REVB=-0.00486262;RO=57;SAF=8;SAR=16;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173521;STB=0.602987;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.0245151;OID=.;OPOS=21356893;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313253:24:84:26:83:57:9:17:28:29:99:57:8:16:27:30 chr22 21356925 . T A 101.13 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0462665;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.8539;QD=8.42724;RBI=0.0463183;REFB=0.000918121;REVB=-0.00218956;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309292;STB=0.691082;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0126812;OID=.;OPOS=21356925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:35:13:13:0.270833:5:8:11:21:5:8:12:23 chr22 21377301 . C A 1772.83 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=124;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00927806;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.161;QD=57.6529;RBI=0.0093039;REFB=-0.117567;REVB=-0.000692884;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.500684;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.000216526;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:124:123:0:4:119:119:0.96748:57:62:0:0:57:62:2:2 chr22 21385277 . C T 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0743831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4361;QD=59.1406;RBI=0.0762598;REFB=0;REVB=0.016814;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319305;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr22 21385843 . G A 867.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3713;QD=57.8619;RBI=0.0324386;REFB=0;REVB=0.0152481;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117125;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr22 21401777 . TGGGGC TGGGC,TGGGG 75.51 PASS AF=0,0.517241;AO=4,13;DP=28;FAO=0,15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=0,11;FSAR=0,4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0612895,0.00432339;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.6323,12.296;QD=10.4155;RBI=0.421081,0.203331;REFB=-0.0299436,-0.17361;REVB=-0.416597,0.203285;RO=9;SAF=1,11;SAR=3,2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0.439024,0;SSEP=0,0.552632;SSSB=-0.512143,0.0873908;STB=0.5,0.552999;STBP=1,0.622;TYPE=del,del;VARB=0,0.167468;OID=.,.;OPOS=21401778,21401782;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.517241:4,13:28:0,15:29:14:0,11:0,4:9:5:55:9:1,11:3,2:7:2 chr22 21570296 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.456;QD=40.7629;RBI=0.0055309;REFB=0;REVB=-0.0055309;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114468;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr22 21570340 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0150588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4699;QD=12.3279;RBI=0.0418656;REFB=-0.0021276;REVB=-0.0390636;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185652;STB=0.596829;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00878787;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:8:3:7:9:8:3:7:10 chr22 21797094 . C G 223.91 PASS AF=0.952381;AO=17;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.265309;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=27.6641;QD=42.6489;RBI=0.271066;REFB=-0.143605;REVB=0.0555692;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152167;STB=0.5185;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0354045;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:4:1:17:20:0.952381:7:10:4:0:7:13:1:0 chr22 21800444 . T C 1264.38 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.196;QD=61.6769;RBI=0.0310401;REFB=0;REVB=0.0215359;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010667;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr22 21801588 . T A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.698;QD=57.106;RBI=0.0129762;REFB=0;REVB=0.00249082;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75093e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr22 21805464 . G C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00827353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.803;QD=17.3212;RBI=0.00829248;REFB=-0.0170119;REVB=-0.000560276;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114835;STB=0.589167;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0170846;OID=.;OPOS=21805464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:4:12:11:6:4:12:11:7 chr22 21822641 . A AC 115.59 PASS AF=0.283465;AO=39;DP=128;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=77;FWDB=-0.103155;FXX=0.0155027;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.86;QD=3.6407;RBI=0.103334;REFB=-0.00565411;REVB=0.0060645;RO=75;SAF=7;SAR=32;SRF=7;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194556;STB=0.569128;STBP=0.503;TYPE=ins;VARB=0.155756;OID=.;OPOS=21822642;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283465:39:128:36:127:91:4:32:14:77:99:75:7:32:7:68 chr22 21822665 . T C 110.28 PASS AF=0.176991;AO=20;DP=113;FAO=20;FDP=113;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=84;FWDB=-0.0303429;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.184;QD=3.90384;RBI=0.0385535;REFB=-0.013259;REVB=-0.0237841;RO=90;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507725;STB=0.789951;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0528585;OID=.;OPOS=21822665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:90:93:20:20:0.176991:12:8:8:82:12:8:9:84 chr22 21822725 . T C 590.54 PASS AF=0.803279;AO=47;DP=58;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0658817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2584;QD=38.7237;RBI=0.0674087;REFB=-0.0137939;REVB=-0.0142664;RO=11;SAF=6;SAR=41;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21277;STB=0.618992;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00212937;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:58:61:11:12:47:49:0.803279:41:6:5:6:42:7:6:6 chr22 21982892 . C T 74.85 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.493;QD=37.4267;RBI=0.028219;REFB=0;REVB=0.017859;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513965;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr22 21984205 . A G 1970.86 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1278;QD=62.0744;RBI=0.0502976;REFB=0;REVB=-0.045057;RO=0;SAF=76;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82972e-05;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:51:76:0:0:51:76:0:0 chr22 22516998 . C T 491.68 PASS AF=0.5;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0209994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.662;QD=19.2817;RBI=0.021877;REFB=-0.0123667;REVB=0.00613437;RO=49;SAF=31;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070551;STB=0.53043;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0147175;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:49:51:51:51:0.5:20:31:26:23:20:31:28:23 chr22 22517026 . T C 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00299137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.264;QD=20.194;RBI=0.00544882;REFB=-0.00863945;REVB=0.00455426;RO=37;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436238;STB=0.52421;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00619264;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:14:25:22:15:14:25:22:15 chr22 22550510 . T G 481.88 PASS AF=0.409091;AO=49;DP=134;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00255839;FXX=0.0294096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.68;QD=14.6024;RBI=0.0138554;REFB=-0.00911496;REVB=-0.0136171;RO=52;SAF=21;SAR=28;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137414;STB=0.53362;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0160314;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:52:78:49:54:0.409091:28:21:30:22:28:26:42:36 chr22 22556270 . T C 61.07 PASS AF=0.3;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0310043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.526;QD=8.14207;RBI=0.0310199;REFB=-0.0330538;REVB=-0.000984521;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175349;STB=0.536502;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0634713;OID=.;OPOS=22556270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:29:30:21:21:8:9:0.3:6:2:8:13:6:3:8:13 chr22 22556368 . C T 153.49 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00055789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1622;QD=13.9533;RBI=0.0204352;REFB=-0.00344548;REVB=0.0204276;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672357;STB=0.539038;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00498075;OID=.;OPOS=22556368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:11:16:9:8:11:16 chr22 22569448 . T A 181.73 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00667518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7518;QD=12.9805;RBI=0.0432925;REFB=-0.0293781;REVB=-0.0427748;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953089;STB=0.511801;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0436491;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:32:33:21:23:0.410714:9:12:18:14:10:13:18:15 chr22 22569554 . C A 211.85 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00615008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.119;QD=16.6158;RBI=0.0070105;REFB=-0.00414302;REVB=-0.00336507;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935086;STB=0.503469;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.004777;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:10:13:15:12:10:13:16:12 chr22 22569640 . T G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00663263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2422;QD=15.9165;RBI=0.0814382;REFB=0.0137048;REVB=-0.0811676;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149726;STB=0.508657;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0186607;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:9:6:5:8:9:6 chr22 22681962 . T C 375.61 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.00564286;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.581;QD=14.5866;RBI=0.00660496;REFB=0.00297111;REVB=0.00343272;RO=57;SAF=25;SAR=18;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716002;STB=0.551863;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00385299;OID=.;OPOS=22681962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:57:60:43:43:0.417476:18:25:37:20:18:25:40:20 chr22 22698027 . A G 789.22 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0418739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2213;QD=50.9172;RBI=0.0431991;REFB=-0.0698642;REVB=-0.0106181;RO=3;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138683;STB=0.501113;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00839694;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:3:4:58:58:0.935484:30:28:1:2:30:28:2:2 chr22 22707275 . C A 1002.07 PASS AF=0.621429;AO=87;DP=142;FAO=87;FDP=140;FR=.;FRO=53;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0156857;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.869;QD=28.6305;RBI=0.0169682;REFB=-0.0219035;REVB=-0.00647143;RO=53;SAF=46;SAR=41;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399243;STB=0.521606;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00940759;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:53:53:87:87:0.621429:41:46:25:28:41:46:25:28 chr22 22707299 . A C 1015.41 PASS AF=0.633094;AO=88;DP=139;FAO=88;FDP=139;FR=.;FRO=51;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0691956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2987;QD=29.2205;RBI=0.0771951;REFB=-0.0566874;REVB=0.0342207;RO=49;SAF=47;SAR=41;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294081;STB=0.523329;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0131509;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:49:51:88:88:0.633094:41:47:24:25:41:47:24:27 chr22 22707309 . C T 221.46 PASS AF=0.242647;AO=33;DP=136;FAO=33;FDP=136;FR=.;FRO=103;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0479305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6601;QD=6.51354;RBI=0.0531351;REFB=-0.0147289;REVB=0.0229348;RO=103;SAF=17;SAR=16;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114142;STB=0.506912;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0489629;OID=.;OPOS=22707309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:103:103:33:33:0.242647:16:17:54:49:16:17:54:49 chr22 22707316 . T C 375.14 PASS AF=0.345865;AO=46;DP=133;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0252012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.826;QD=11.2825;RBI=0.0314603;REFB=-0.0230285;REVB=-0.0188322;RO=86;SAF=27;SAR=19;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112688;STB=0.568578;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0513748;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:87:46:46:0.345865:19:27:42:44:19:27:42:45 chr22 22707349 . C A 140.31 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0130858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.746;QD=6.2359;RBI=0.0168988;REFB=-0.00449;REVB=-0.0106927;RO=67;SAF=7;SAR=14;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237248;STB=0.636231;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0115761;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:69:21:21:0.233333:14:7:35:32:14:7:35:34 chr22 22707351 . G C 161.77 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0570581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1113;QD=7.18955;RBI=0.0575467;REFB=0.00970852;REVB=-0.00748298;RO=67;SAF=7;SAR=16;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290192;STB=0.676344;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0127241;OID=.;OPOS=22707351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:67:23:23:0.255556:16:7:36:31:16:7:36:31 chr22 22707361 . T C 133.55 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.059309;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.943;QD=6.35937;RBI=0.0814822;REFB=-0.00431162;REVB=-0.0558731;RO=64;SAF=8;SAR=12;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181077;STB=0.611264;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0189645;OID=.;OPOS=22707361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:64:64:20:20:0.238095:12:8:35:29:12:8:35:29 chr22 22707473 . C G 143.43 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0903811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4633;QD=9.8916;RBI=0.106055;REFB=0.0032347;REVB=0.055488;RO=40;SAF=10;SAR=8;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206836;STB=0.648658;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00173547;OID=.;OPOS=22707473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:39:18:19:0.327586:8:10:29:11:9:10:29:10 chr22 22707555 . A G 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0618047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.862;QD=9.83026;RBI=0.0763916;REFB=-0.00866007;REVB=0.0448983;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359446;STB=0.732973;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0216456;OID=.;OPOS=22707555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:24:26:12:12:0.315789:8:4:16:8:8:4:18:8 chr22 22707557 . C G 104.5 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0614112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.901;QD=10.9996;RBI=0.0888455;REFB=-0.0707075;REVB=0.0642042;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300492;STB=0.687229;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0502346;OID=.;OPOS=22707557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:8:5:16:8:8:5:17:8 chr22 22707576 . T A 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0421365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.842;QD=11.087;RBI=0.0421379;REFB=-0.00464741;REVB=-0.000342653;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39805;STB=0.73251;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0166174;OID=.;OPOS=22707576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:19:6:8:5:19:6 chr22 22707597 . A G 77.52 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00767242;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.497;QD=10.336;RBI=0.0111385;REFB=-0.00272823;REVB=-0.00807467;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634717;STB=0.85653;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0094649;OID=.;OPOS=22707597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:33:30:23:20:10:10:0.333333:8:2:19:4:8:2:16:4 chr22 22707601 . C T 53.35 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0528941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.345;QD=7.62137;RBI=0.0604645;REFB=0.000380253;REVB=0.0292944;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.714539;STB=0.925664;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000840383;OID=.;OPOS=22707601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:17:3:7:1:17:3 chr22 22707608 . C A 73.88 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0266559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.194;QD=9.85025;RBI=0.0266576;REFB=-0.00341193;REVB=0.000307298;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407794;STB=0.749583;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00935603;OID=.;OPOS=22707608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:19:20:10:10:0.333333:6:4:15:4:6:4:16:4 chr22 22707621 . G A 95.59 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0458654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.672;QD=11.9492;RBI=0.0529031;REFB=-0.0171362;REVB=0.0263648;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463924;STB=0.754558;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0201899;OID=.;OPOS=22707621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:18:20:11:12:0.375:7:4:15:3:7:5:17:3 chr22 22707638 . AG GA 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0162649;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.029;QD=6.26118;RBI=0.0263038;REFB=-0.00872749;REVB=-0.0206723;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311075;STB=0.691863;STBP=0.341;TYPE=mnp;VARB=0.0421123;OID=.;OPOS=22707638;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:17:4:3:4:17:4 chr22 22707646 . T C 43.39 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00686051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.856;QD=5.78511;RBI=0.0785257;REFB=-0.00264625;REVB=0.0782255;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2761;STB=0.673054;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0093265;OID=.;OPOS=22707646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:18:5:3:4:18:5 chr22 22707696 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0382224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.063;QD=12.7295;RBI=0.0445496;REFB=-0.00486219;REVB=0.0228849;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.551606;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00962785;OID=.;OPOS=22707696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:7:5:3:6:7:5 chr22 22707713 . G T 57.5 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0195529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.928;QD=13.5284;RBI=0.0200775;REFB=-0.018265;REVB=-0.0045594;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0222943;OID=.;OPOS=22707713;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:9:8:8:0.470588:3:5:5:3:3:5:5:4 chr22 22707728 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00548265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.254;QD=12.8605;RBI=0.0133902;REFB=-0.0196407;REVB=-0.0122164;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0380589;OID=.;OPOS=22707728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:4:4:2:5:4:4 chr22 22712467 . T G 475.68 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.0366057;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9387;QD=17.6179;RBI=0.0373283;REFB=-0.00610211;REVB=0.00730896;RO=56;SAF=34;SAR=17;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714385;STB=0.542841;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00633983;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:57:51:51:0.472222:17:34:41:15:17:34:42:15 chr22 22724341 . A C 515.0 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0128053;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.124;QD=19.9999;RBI=0.0165761;REFB=-0.00384084;REVB=-0.0105258;RO=50;SAF=20;SAR=33;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394528;STB=0.531837;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00354517;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:50:50:53:53:0.514563:33:20:21:29:33:20:22:28 chr22 22724394 . T C,G 2075.26 PASS AF=0.93007,0.041958;AO=132,6;DP=143;FAO=133,6;FDP=143;FR=.;FRO=4;FSAF=63,0;FSAR=70,6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0362291,-0.0366711;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=198.9,23.2924;QD=58.0493;RBI=0.0369774,0.0373163;REFB=-0.185841,-0.0281834;REVB=0.00740098,-0.00690947;RO=1;SAF=63,0;SAR=69,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00683895,0;STB=0.506553,0.996948;STBP=0.387,0.189;TYPE=snp,snp;VARB=0.000355912,0.179616;OID=.,.;OPOS=22724394,22724394;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:143:143:1:4:132,6:133,6:0.93007,0.041958:69,6:63,0:0:1:70,6:63,0:1:3 chr22 22730359 . C T 322.07 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0104259;FXX=0.0619414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.584;QD=12.1537;RBI=0.0164893;REFB=-0.0124214;REVB=-0.0127749;RO=59;SAF=26;SAR=13;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22739;STB=0.623312;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0264552;OID=.;OPOS=22730359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:59:67:39:39:0.367925:13:26:27:32:13:26:32:35 chr22 22730595 . T A 33.67 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0220455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5881;QD=1.68351;RBI=0.0300473;REFB=-0.00164129;REVB=0.0204166;RO=70;SAF=1;SAR=7;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43209;STB=0.850413;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0188383;OID=.;OPOS=22730595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:70:72:8:8:0.1:7:1:33:37:7:1:35:37 chr22 22730619 . TC AT 78.85 PASS AF=0.170455;AO=14;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0581062;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.046;QD=3.58431;RBI=0.0614096;REFB=-0.00613265;REVB=0.0198699;RO=73;SAF=4;SAR=10;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251582;STB=0.686141;STBP=0.12;TYPE=mnp;VARB=0.0324642;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:88:88:73:73:14:15:0.170455:10:4:35:38:11:4:35:38 chr22 22730634 . G A 276.2 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0111069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4516;QD=11.1596;RBI=0.0193103;REFB=0.00608186;REVB=0.0157964;RO=65;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815516;STB=0.551371;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0126061;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:66:33:33:0.333333:18:15:25:40:18:15:25:41 chr22 22730696 . C T 273.17 PASS AF=0.271429;AO=38;DP=140;FAO=38;FDP=140;FR=.;FRO=102;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.0795314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9815;QD=7.80486;RBI=0.081131;REFB=-0.010528;REVB=-0.0160313;RO=99;SAF=16;SAR=22;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115077;STB=0.571929;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0319458;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:99:102:38:38:0.271429:22:16:51:48:22:16:53:49 chr22 22730702 . A G 298.64 PASS AF=0.285714;AO=40;DP=142;FAO=40;FDP=140;FR=.;FRO=100;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.0225207;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.817;QD=8.53268;RBI=0.025785;REFB=-0.00298882;REVB=-0.0125573;RO=97;SAF=17;SAR=23;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121451;STB=0.574962;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00599844;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:97:100:40:40:0.285714:23:17:51:46:23:17:53:47 chr22 22730787 . GG AA 177.73 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=112;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00674681;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=2;MLLD=95.3989;QD=6.46275;RBI=0.00716024;REFB=0.00269704;REVB=0.00239783;RO=82;SAF=14;SAR=13;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224589;STB=0.51788;STBP=0.869;TYPE=mnp;VARB=-0.00729861;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:82:83:27:27:0.245455:13:14:44:38:13:14:45:38 chr22 22730799 . GA CC 142.28 PASS AF=0.216981;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.0131203;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=2;MLLD=164.147;QD=5.36906;RBI=0.0244488;REFB=7.6336e-06;REVB=-0.0206301;RO=83;SAF=11;SAR=12;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140862;STB=0.587202;STBP=0.377;TYPE=mnp;VARB=-0.000596498;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:83:83:23:23:0.216981:12:11:49:34:12:11:49:34 chr22 22730829 . G A 117.47 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.0273004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7984;QD=5.10744;RBI=0.0347286;REFB=-0.00583599;REVB=0.0214654;RO=73;SAF=9;SAR=10;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179234;STB=0.612131;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0302978;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:73:19:19:0.206522:10:9:45:28:10:9:45:28 chr22 22730851 . ATG GCC 33.93 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00757436;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.417;QD=2.15432;RBI=0.00759064;REFB=-0.00167321;REVB=0.000496984;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186307;STB=0.639617;STBP=0.502;TYPE=mnp;VARB=0.0177808;OID=.;OPOS=22730851;OREF=ATG;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:63:56:56:7:7:0.111111:4:3:33:23:4:3:33:23 chr22 22730860 . C T 43.68 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0797419;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.895;QD=3.0124;RBI=0.0829612;REFB=0.00434482;REVB=-0.0228866;RO=50;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220751;STB=0.656397;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0268632;OID=.;OPOS=22730860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:5:3:28:22:5:3:28:22 chr22 22730869 . G A 48.25 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.030907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.579;QD=3.78436;RBI=0.0337028;REFB=-0.00277216;REVB=-0.0134401;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246785;STB=0.669446;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0531064;OID=.;OPOS=22730869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:25:18:5:3:25:18 chr22 22749576 . G A 378.17 PASS AF=0.449438;AO=37;DP=87;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0448786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6368;QD=16.9962;RBI=0.0656425;REFB=-0.00738179;REVB=0.0479046;RO=50;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129727;STB=0.569464;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0085285;OID=.;OPOS=22749576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:50:49:37:40:0.449438:21:16:28:22:23:17:27:22 chr22 22842206 . T C 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0233535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.25;QD=15.0631;RBI=0.0353806;REFB=-0.0128162;REVB=0.0265782;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309672;STB=0.67594;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0178471;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:19:8:21:14:19:8:21:14 chr22 22842957 . T G 483.08 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0110614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.194;QD=14.6388;RBI=0.0138369;REFB=-0.0135582;REVB=-0.00831299;RO=70;SAF=28;SAR=26;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119269;STB=0.563735;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0155855;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:70:78:54:54:0.409091:26:28:28:42:26:28:32:46 chr22 22843118 . C T 314.73 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0238496;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.15;QD=17.0125;RBI=0.0249244;REFB=-0.017309;REVB=-0.00724037;RO=40;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146234;STB=0.587681;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0184379;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:33:34:0.459459:11:22:21:19:11:23:21:19 chr22 22869439 . A G 345.11 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.039668;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.662;QD=19.4427;RBI=0.0396712;REFB=-0.00946919;REVB=0.000499985;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745283;STB=0.548562;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00729269;OID=.;OPOS=22869439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:35:36:36:0.507042:16:20:16:18:16:20:16:19 chr22 22893347 . G A 169.22 PASS AF=0.375;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0132204;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.069;QD=12.0868;RBI=0.0349716;REFB=-0.00074406;REVB=0.0323765;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259426;STB=0.650457;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00112295;OID=.;OPOS=22893347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:35:21:21:0.375:7:14:15:20:7:14:15:20 chr22 22899234 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9713;QD=63.8704;RBI=0.0512497;REFB=0;REVB=-0.0469759;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128363;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr22 22988911 . G A 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0164205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.202;QD=4.46133;RBI=0.022417;REFB=0.00259431;REVB=-0.0152607;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710764;STB=0.548228;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00608327;OID=.;OPOS=22988911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:14:11:3:3:14:11 chr22 22989256 . A G 288.05 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.278;QD=52.3727;RBI=0.0433348;REFB=0;REVB=0.00635604;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199089;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr22 22989520 . G T 344.01 PASS AF=0.440476;AO=38;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0303919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1925;QD=16.3812;RBI=0.0789093;REFB=0.00150446;REVB=0.0728218;RO=45;SAF=29;SAR=9;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144271;STB=0.618977;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00232409;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:47:38:37:0.440476:9:29:29:16:8:29:29:18 chr22 22989622 . T C 104.62 PASS AF=0.272727;AO=16;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0340898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8183;QD=7.60895;RBI=0.0343889;REFB=-0.0126116;REVB=0.0045255;RO=39;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118483;STB=0.542316;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0316322;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:40:16:15:0.272727:7:9:18:21:7:8:19:21 chr22 23029263 . T C 406.24 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0295062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9273;QD=14.9079;RBI=0.0716881;REFB=-0.0269895;REVB=-0.0653343;RO=61;SAF=32;SAR=15;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336956;STB=0.684747;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0491284;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:61:62:47:47:0.431193:15:32:21:40:15:32:22:40 chr22 23029698 . T C,G 739.56 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=50,3;DP=53;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455251,-0.069219;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.231,32.554;QD=55.8156;RBI=0.0463787,0.0770785;REFB=0,0;REVB=0.00885707,-0.0339091;RO=0;SAF=22,2;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.15703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00293102,0.179426;OID=.,.;OPOS=23029698,23029698;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:53:0:0:50,3:50,3:0.943396,0.0566038:28,1:22,2:0:0:28,1:22,2:0:0 chr22 23040462 . T C 313.58 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00272109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.441;QD=17.4211;RBI=0.0235143;REFB=-0.0294576;REVB=0.0233563;RO=37;SAF=24;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888638;STB=0.545427;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.036188;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:33:34:0.472222:9:24:24:13:10:24:24:14 chr22 23040767 . G T 821.68 PASS AF=0.546099;AO=77;DP=141;FAO=77;FDP=141;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0216722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.762;QD=23.3101;RBI=0.0300098;REFB=0.00521609;REVB=0.0207581;RO=64;SAF=41;SAR=36;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130152;STB=0.571096;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00587037;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:64:77:77:0.546099:36:41:24:40:36:41:24:40 chr22 23047069 . C A 286.99 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.005378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.88;QD=24.9559;RBI=0.027214;REFB=-0.0180912;REVB=0.0266773;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127416;STB=0.559954;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0155465;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:11:14:8:12:12:14:8:12 chr22 23047104 . G A 343.24 PASS AF=0.610169;AO=25;DP=60;FAO=36;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.137605;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.9929;QD=23.2706;RBI=0.139463;REFB=-0.0192702;REVB=-0.0226857;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.556701;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0142927;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:23:25:36:0.610169:11:14:14:11:11:25:13:10 chr22 23047290 . G A 557.62 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0329117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1824;QD=20.4631;RBI=0.0451425;REFB=0.0211153;REVB=0.0308977;RO=51;SAF=26;SAR=31;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124804;STB=0.502593;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0188056;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:52:57:57:0.522936:31:26:24:27:31:26:24:28 chr22 23054916 . G T 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0103742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.678;QD=25.6532;RBI=0.0120848;REFB=-0.0125766;REVB=-0.00619828;RO=22;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118596;STB=0.50649;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0067511;OID=.;OPOS=23054916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:12:24:15:7:12:24:15:7 chr22 23055421 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.317;QD=58.6005;RBI=0.0123163;REFB=0;REVB=0.0116723;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.151e-05;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr22 23055440 . C A 1007.95 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.869;QD=59.2911;RBI=0.0651223;REFB=0;REVB=0.0412533;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020888;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:38:28:0:0:39:29:0:0 chr22 23055533 . G A 2031.46 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290503;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.943;QD=62.5066;RBI=0.0298964;REFB=0;REVB=0.0297549;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58058e-05;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:62:67:0:0:62:68:0:0 chr22 23055539 . G T 1977.56 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474643;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8482;QD=61.3197;RBI=0.0477699;REFB=-0.0825634;REVB=-0.00539439;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.503703;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00184678;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:129:0:1:128:128:0.992248:61:67:0:0:61:67:1:0 chr22 23055691 . G A 1140.68 PASS AF=1;AO=64;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.515;QD=60.8365;RBI=0.133652;REFB=0;REVB=-0.0130214;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278627;OID=.;OPOS=23055691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:64:75:1:28:36:0:0:28:47:0:0 chr22 23077555 . T C 945.18 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163206;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.005;QD=58.165;RBI=0.0337627;REFB=-0.0537545;REVB=0.029556;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92167e-05;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr22 23089941 . ACT A 1115.93 PASS AF=1;AO=62;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107657;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.561;QD=59.5164;RBI=0.109165;REFB=0;REVB=0.0180802;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00015654;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:69:75:75:0:34:41:0:0:6:0:21:41:0:0 chr22 23101216 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.179;QD=43.4861;RBI=0.0346492;REFB=0;REVB=0.024052;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91456e-06;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr22 23101221 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.241;QD=44.6858;RBI=0.026202;REFB=0;REVB=-0.0183118;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30175e-06;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr22 23101247 . GC AT 305.39 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249268;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.795;QD=53.112;RBI=0.0493117;REFB=0;REVB=0.0425476;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000405566;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:7:16:0:0 chr22 23101280 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.777;QD=56.1852;RBI=0.028267;REFB=0;REVB=0.0185271;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212099;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr22 23101301 . A G 407.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.421;QD=56.1715;RBI=0.0223255;REFB=0;REVB=0.0200456;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56752e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr22 23101523 . G A 2385.62 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.999;QD=64.0435;RBI=0.0101199;REFB=0;REVB=0.0100645;RO=0;SAF=74;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20553e-06;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:149:0:0:146:149:1:72:74:0:0:72:77:0:0 chr22 23101559 . G T 2274.03 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2902;QD=63.6092;RBI=0.0277413;REFB=0;REVB=-0.0276944;RO=0;SAF=70;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63942e-05;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:72:70:0:0:73:70:0:0 chr22 23114327 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.225;QD=56.9992;RBI=0.0484604;REFB=0;REVB=-0.0177958;RO=0;SAF=9;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117422;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:45:9:0:0:45:9:0:0 chr22 23114350 . A G 750.56 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.446;QD=56.6462;RBI=0.14424;REFB=0;REVB=-0.000111852;RO=0;SAF=5;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058742;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:47:5:0:0:47:6:0:0 chr22 23114993 . G A 2527.66 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658288;FXX=0.0239507;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.867;QD=62.0285;RBI=0.0159869;REFB=0;REVB=-0.0145687;RO=0;SAF=88;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41978e-05;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:163:0:0:163:163:1:75:88:0:0:75:88:0:0 chr22 23135351 . T G 343.59 PASS AF=0.344;AO=43;DP=125;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.031368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4999;QD=10.9948;RBI=0.034022;REFB=-0.0108087;REVB=0.0131736;RO=82;SAF=13;SAR=30;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126763;STB=0.573292;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0154153;OID=.;OPOS=23135351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:82:82:43:43:0.344:30:13:33:49:30:13:33:49 chr22 23135466 . T A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00523301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.464;QD=18.8286;RBI=0.010101;REFB=-0.000914223;REVB=-0.00863974;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174114;STB=0.597847;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00111568;OID=.;OPOS=23135466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:5:17:12:8:5:17 chr22 23223278 . A T 122.98 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00767691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.444;QD=8.78449;RBI=0.0209306;REFB=-0.0129471;REVB=-0.0194719;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104797;STB=0.578852;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0305954;OID=.;OPOS=23223278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:16:17:0.303571:6:10:21:18:6:11:21:18 chr22 23241705 . GC AC,GA 673.18 PASS AF=0.555556,0.444444;AO=25,3;DP=45;FAO=25,20;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10,20;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350174,0.0402757;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=34.1419,26.1271;QD=59.8381;RBI=0.0521448,0.0465177;REFB=0,0;REVB=0.0386376,0.023276;RO=0;SAF=10,3;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00448471,0.0406067;OID=.,.;OPOS=23241705,23241706;OREF=G,C;OALT=A,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:45:0:0:25,3:25,20:0.555556,0.444444:15,0:10,3:0:0:15,0:10,20:0:0 chr22 23241713 . C G 95.54 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0246053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9086;QD=7.49304;RBI=0.054232;REFB=0.0156608;REVB=0.048329;RO=38;SAF=9;SAR=3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231912;STB=0.664062;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0343531;OID=.;OPOS=23241713;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:50:51:38:38:12:13:0.254902:3:9:22:16:3:10:22:16 chr22 23241752 . CT CTA,TA 834.01 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=22,11;DP=65;FAO=61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420728,0.00967554;FXX=0.0302984;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=81.1522,76.9331;QD=52.1256;RBI=0.0502733,0.0251984;REFB=0,0;REVB=0.0275188,-0.0232668;RO=25;SAF=11,1;SAR=11,10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.207858,-0.690669;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0027734,0.0164026;OID=.,.;OPOS=23241754,23241752;OREF=-,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:64:25:0:22,11:61,3:0.953125,0.046875:11,10:11,1:18:7:31,2:30,1:0:0 chr22 23241754 . G A 174.1 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0134815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.8609;QD=9.9486;RBI=0.0291792;REFB=-0.0149562;REVB=0.0258781;RO=46;SAF=18;SAR=5;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543352;STB=0.818879;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000125566;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:47:23:23:0.328571:5:18:13:33:5:18:13:34 chr22 23247082 . C G 1310.88 PASS AF=0.676647;AO=113;DP=165;FAO=113;FDP=167;FR=.;FRO=54;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0363369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3817;QD=31.3983;RBI=0.0515006;REFB=0.0111773;REVB=0.0364958;RO=52;SAF=66;SAR=47;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425077;STB=0.527736;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00675617;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:52:54:113:113:0.676647:47:66:34:18:47:66:36:18 chr22 23248758 . G A 119.24 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0119563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.267;QD=26.4973;RBI=0.0226908;REFB=-0.028382;REVB=0.0192852;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166735;STB=0.59308;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0111677;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:7:6:4:1:7:6:4:1 chr22 23256464 . G C 1722.92 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0131157;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9668;QD=58.9032;RBI=0.0267778;REFB=-0.126;REVB=0.0233459;RO=3;SAF=54;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941236;STB=0.500372;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00228672;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:117:3:2:114:115:0.982906:60:54:2:1:60:55:1:1 chr22 23263602 . C T 1858.08 PASS AF=0.985714;AO=74;DP=133;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.516;QD=53.0879;RBI=0.107706;REFB=-0.129667;REVB=0.10601;RO=0;SAF=63;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74649e-08;STB=0.50052;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00325856;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:140:0:2:74:138:0.985714:11:63:0:0:74:64:1:1 chr22 23264785 . C A 114.98 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0487897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.264;QD=10.6961;RBI=0.0493593;REFB=0.00181643;REVB=-0.00747677;RO=27;SAF=12;SAR=2;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152911;STB=0.644922;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00388821;OID=.;OPOS=23264785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:29:14:14:0.325581:2:12:21:6:2:12:21:8 chr22 23438191 . C T 295.71 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00616409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.015;QD=20.3938;RBI=0.0116854;REFB=-0.00858693;REVB=-0.00992739;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290379;STB=0.516119;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00839974;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:14:13:16:15:14:13 chr22 23466387 . TG GT,TT 217.61 PASS AF=0.185714,0.214286;AO=6,18;DP=68;FAO=13,15;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=12,5;FSAR=1,10;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=0.0170872,0.0039958;FXX=0.0140825;HRUN=10,1;LEN=2,1;MLLD=54.4207,204.278;QD=12.435;RBI=0.0424008,0.0266486;REFB=0.00303076,-0.00460456;REVB=0.0388053,0.0263474;RO=34;SAF=5,11;SAR=1,7;SRF=27;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0759069,-0.231069;STB=0.700905,0.812179;STBP=0.219,0.018;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0223464,0.0293037;OID=.,.;OPOS=23466387,23466388;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:68:70:34:42:6,18:13,15:0.185714,0.214286:1,7:5,11:27:7:1,10:12,5:34:8 chr22 23474972 . A G 424.18 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00679108;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4787;QD=15.1494;RBI=0.0183562;REFB=-0.00654293;REVB=-0.0170538;RO=60;SAF=24;SAR=24;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330971;STB=0.526775;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00846606;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:64:48:48:0.428571:24:24:28:32:24:24:29:35 chr22 23482460 . A G 610.17 PASS AF=0.578431;AO=60;DP=101;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0413956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7319;QD=23.9282;RBI=0.0481575;REFB=-0.0300035;REVB=-0.0246078;RO=39;SAF=31;SAR=29;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213497;STB=0.535181;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0299745;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:39:43:60:59:0.578431:29:31:19:20:28:31:19:24 chr22 23503121 . G A 388.66 PASS AF=0.775;AO=30;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0187489;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.177;QD=38.8655;RBI=0.0326513;REFB=-0.0211521;REVB=0.0267318;RO=9;SAF=17;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00480659;STB=0.505781;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00714511;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:40:9:9:30:31:0.775:13:17:5:4:13:18:5:4 chr22 23503170 . A G 101.52 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0256924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.879;QD=8.64038;RBI=0.0499098;REFB=-0.0132493;REVB=-0.0427889;RO=32;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313399;STB=0.624801;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0342217;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:32:34:12:13:0.276596:3:9:16:16:4:9:18:16 chr22 23503205 . G C 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00762402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.511;QD=8.11432;RBI=0.00804344;REFB=-0.014417;REVB=-0.00256346;RO=38;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368689;STB=0.728566;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0383811;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:3:11:19:19:3:11:19:19 chr22 23504862 . C T 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0429908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.257;QD=18.4411;RBI=0.0539547;REFB=-0.0499258;REVB=0.0326022;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249998;STB=0.642612;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0405655;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:2:7:5:6:2:7 chr22 23504916 . G A 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0240204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.563;QD=21.6298;RBI=0.0264755;REFB=-0.00573913;REVB=-0.0111343;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197059;STB=0.617569;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00712831;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:12:18:8:15:12:18:8:16 chr22 23504959 . C T 353.97 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0140769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.296;QD=18.6298;RBI=0.0575165;REFB=-0.0290042;REVB=0.0557673;RO=39;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137535;STB=0.5818;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0266091;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:15:21:17:22:15:22:17:22 chr22 23513128 . C G 642.21 PASS AF=0.411429;AO=72;DP=176;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0120074;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7327;QD=14.679;RBI=0.0179008;REFB=-0.0162102;REVB=-0.0132763;RO=103;SAF=49;SAR=23;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194526;STB=0.609483;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0238856;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:103:103:72:72:0.411429:23:49:52:51:23:49:52:51 chr22 23513523 . A C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0243821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9417;QD=47.8144;RBI=0.055523;REFB=0.0211403;REVB=0.0498831;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000219088;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:0:1:8:13:0:1 chr22 23523630 . C A 230.88 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0286673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.292;QD=23.0878;RBI=0.0294879;REFB=-0.0215936;REVB=-0.00690838;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525558;STB=0.542676;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0280908;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:7:14:13:5:8:14:13:5 chr22 23541488 . C T 247.31 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0130967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.329;QD=16.4875;RBI=0.015259;REFB=0.0111997;REVB=-0.00783029;RO=32;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442133;STB=0.510302;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0108121;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:9:18:20:12:10:18:20:12 chr22 23585132 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00699475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.167;QD=13.4548;RBI=0.0342852;REFB=-0.0221084;REVB=0.0335641;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448621;STB=0.766915;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.021505;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:2:9:6:9:2:9:6:9 chr22 23604236 . C T 190.14 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0209259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.067;QD=21.7304;RBI=0.0233552;REFB=-0.00218007;REVB=0.0103715;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089129;STB=0.516599;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00267586;OID=.;OPOS=23604236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:19:19:0.542857:10:9:5:9:10:9:7:9 chr22 23627369 . A G 305.3 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00828272;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.683;QD=20.0198;RBI=0.0178571;REFB=-0.0379539;REVB=0.01582;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107426;STB=0.559549;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0353154;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:29:32:32:0.52459:15:17:19:10:15:17:19:10 chr22 23658372 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.416;QD=35.5759;RBI=0.0138563;REFB=0;REVB=-0.0103892;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131004;OID=.;OPOS=23658372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr22 23915652 . G A 385.11 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00491826;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.229;QD=14.8118;RBI=0.00914123;REFB=0.00548307;REVB=0.00770538;RO=60;SAF=8;SAR=36;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388318;STB=0.721406;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00874894;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:60:44:44:0.423077:36:8:30:30:36:8:30:30 chr22 23974200 . A G 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0273735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2835;QD=17.4033;RBI=0.0387399;REFB=-0.0280337;REVB=-0.0274129;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133159;STB=0.576354;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0139957;OID=.;OPOS=23974200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:5:8:6:7:5:8 chr22 24034287 . CA C,CG 940.26 PASS AF=0.0153846,0.984615;AO=10,52;DP=67;FAO=1,64;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030647,-0.0316746;FXX=0.0298463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.7842,66.6756;QD=57.862;RBI=0.0457599,0.125386;REFB=0,0;REVB=0.0339814,0.121319;RO=0;SAF=3,26;SAR=7,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00283467,0.00345224;OID=.,.;OPOS=24034288,24034288;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0153846,0.984615:10,52:67:1,64:65:0:0,32:1,32:0:0:3:0:3,26:7,26:0:0 chr22 24035970 . C T 1016.01 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0166924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.195;QD=54.1874;RBI=0.0363538;REFB=-0.00761935;REVB=0.0322949;RO=4;SAF=46;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432792;STB=0.522933;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000820402;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:4:4:71:71:0.946667:25:46:1:3:25:46:1:3 chr22 24036563 . G A 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0396219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.196;QD=31.8601;RBI=0.0435273;REFB=0.00564378;REVB=0.0180203;RO=16;SAF=7;SAR=24;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251929;STB=0.638837;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00773695;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:24:7:9:7:24:7:9:7 chr22 24038846 . GT G,GC 680.82 PASS AF=0.234043,0.765957;AO=20,27;DP=48;FAO=11,36;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=3,22;FSAR=8,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06183,-0.0148288;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.5215,35.3034;QD=57.9419;RBI=0.142231,0.0178123;REFB=0,0;REVB=-0.128088,-0.00986839;RO=0;SAF=5,20;SAR=15,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0154155,0.0751938;OID=.,.;OPOS=24038847,24038847;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.234043,0.765957:20,27:48:11,36:47:0:3,22:8,14:0:0:31:0:5,20:15,7:0:0 chr22 24086107 . A G 290.55 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00274309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.704;QD=14.1734;RBI=0.0458876;REFB=-0.0173081;REVB=-0.0458055;RO=48;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176258;STB=0.594296;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.017727;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:49:33:33:0.402439:13:20:21:27:13:20:22:27 chr22 24087319 . A C 473.28 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0183667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.36;QD=21.2712;RBI=0.0231662;REFB=-0.00537261;REVB=0.0141187;RO=43;SAF=22;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115177;STB=0.506364;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00429284;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:24:22:20:23:24:22:20:23 chr22 24106448 . G A 282.63 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-2.04642e-05;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.309;QD=19.8333;RBI=0.0541329;REFB=-0.0152547;REVB=0.0541329;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920479;STB=0.538815;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0158608;OID=.;OPOS=24106448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:27:29:30:0.526316:10:19:15:12:11:19:15:12 chr22 24108412 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00410005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.413;QD=12.8687;RBI=0.00473801;REFB=-0.00535612;REVB=-0.00237452;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0123643;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr22 24121378 . C T 61.9 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.261;QD=35.3729;RBI=0.0912866;REFB=0;REVB=0.0889903;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160502;OID=.;OPOS=24121378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr22 24143502 . C G 382.9 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.312;QD=52.8134;RBI=0.0612981;REFB=-0.134349;REVB=0.03316;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.526297;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000857654;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:19:9:0:0:19:9:1:0 chr22 24158895 . A G 290.26 PASS AF=0.694444;AO=14;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0211242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.898;QD=32.2505;RBI=0.0404797;REFB=-0.0379141;REVB=0.0345307;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711125;STB=0.535686;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0172914;OID=.;OPOS=24158895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:11:11:14:25:0.694444:4:10:7:4:12:13:7:4 chr22 24158899 . C A 72.09 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0252841;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3855;QD=7.58832;RBI=0.0291722;REFB=0.00786412;REVB=-0.014551;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159795;STB=0.5998;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0190767;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:39:38:28:28:10:10:0.263158:4:6:13:15:4:6:13:15 chr22 24167513 . G A 698.37 PASS AF=0.567797;AO=67;DP=118;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0335435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.825;QD=23.6736;RBI=0.0401984;REFB=-0.03868;REVB=0.0221529;RO=51;SAF=38;SAR=29;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170294;STB=0.509295;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0287647;OID=.;OPOS=24167513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:51:67:67:0.567797:29:38:30:21:29:38:30:21 chr22 24167657 . G A,GA,GAA 375.08 PASS AF=0.0113636,0,0.443182;AO=9,10,21;DP=90;FAO=1,0,39;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=1,0,24;FSAR=0,0,15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0287895,0.26976,0.141029;FXX=0.0222198;HRUN=1,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=243.813,18.5805,31.5834;QD=17.0491;RBI=0.0297295,0.270894,0.141583;REFB=-0.00869494,0.00376079,0.00217813;REVB=-0.00741673,0.0247637,0.0125161;RO=44;SAF=6,8,11;SAR=3,2,10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.308848,0.472865,0.131394;STB=0.991168,0.5,0.598879;STBP=0.268,1,0.114;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0161052,0,0.00312993;OID=.,.,.;OPOS=24167657,24167658,24167658;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:90:88:44:48:9,10,21:1,0,39:0.0113636,0,0.443182:3,2,10:6,8,11:18:26:0,0,15:1,0,24:21:27 chr22 24176287 . G A 822.17 PASS AF=0.469613;AO=85;DP=181;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.096283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7345;QD=18.1695;RBI=0.119305;REFB=-0.0323004;REVB=0.0704504;RO=95;SAF=27;SAR=58;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129429;STB=0.575297;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.037263;OID=.;OPOS=24176287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:95:96:85:85:0.469613:58:27:42:53:58:27:43:53 chr22 24179132 . G A 151.84 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00284909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.93;QD=30.3684;RBI=0.00504841;REFB=-0.032325;REVB=-0.00416762;RO=3;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149142;OID=.;OPOS=24179132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:3:5:15:15:0.75:6:9:2:1:6:9:3:2 chr22 24180449 . C T 799.22 PASS AF=0.509434;AO=80;DP=161;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0121899;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.092;QD=20.1062;RBI=0.0129474;REFB=-0.0103907;REVB=-0.00436355;RO=81;SAF=35;SAR=45;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967559;STB=0.539962;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0097317;OID=.;OPOS=24180449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:81:78:80:81:0.509434:45:35:44:37:45:36:41:37 chr22 24212248 . A G 124.75 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0528382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8636;QD=17.822;RBI=0.0615599;REFB=-0.00384644;REVB=0.031587;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320311;STB=0.68394;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0073676;OID=.;OPOS=24212248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:10:4:9:5:10:4:9:5 chr22 24237463 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141;QD=59.4349;RBI=0.01688;REFB=0;REVB=0.016801;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54967e-05;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr22 24459438 . T C 1840.03 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2041;QD=60.8275;RBI=0.0721241;REFB=0;REVB=0.0349499;RO=0;SAF=73;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203688;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:121:0:0:111:121:1:38:73:0:0:39:82:0:0 chr22 24468386 . G A 322.38 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0344859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.656;QD=16.5324;RBI=0.0362951;REFB=-0.00160611;REVB=-0.0113162;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571379;STB=0.532057;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00164704;OID=.;OPOS=24468386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:15:20:27:16:15:20:27:16 chr22 24535243 . TTA T,TTT 240.14 PASS AF=0.625,0;AO=20,12;DP=71;FAO=40,0;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=15,0;FSAR=25,0;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.154525,0.190086;FXX=0.0447694;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.1966,11.9574;QD=15.0086;RBI=0.15947,0.195942;REFB=-0.154536,0.0103896;REVB=0.0394042,-0.0475444;RO=28;SAF=7,0;SAR=13,12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.046966,-0.760327;STB=0.551257,0.5;STBP=0.34,1;TYPE=del,snp;VARB=0.123546,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625,0:20,12:71:40,0:64:24:15,0:25,0:6:18:99:28:7,0:13,12:11:17 chr22 24535559 . T C 624.96 PASS AF=0.529412;AO=62;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0282213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.91;QD=21.0072;RBI=0.0282562;REFB=0.00976082;REVB=-0.00140434;RO=57;SAF=37;SAR=25;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934811;STB=0.558045;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00499735;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:56:62:63:0.529412:25:37:28:29:25:38:27:29 chr22 24546298 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0132702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.186;QD=11.1978;RBI=0.0265051;REFB=-0.01043;REVB=-0.0229439;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321133;STB=0.519198;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0252927;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:6:16:9:3:6:16 chr22 24564477 . C T 562.73 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.00289774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.573;QD=16.4302;RBI=0.0048497;REFB=-0.0188455;REVB=-0.00388879;RO=77;SAF=31;SAR=29;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684654;STB=0.538205;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0245034;OID=.;OPOS=24564477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:77:60:60:0.437956:29:31:45:32:29:31:45:32 chr22 24572160 . C G 30.88 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=43;FAO=6;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0933388;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.9758;QD=2.94054;RBI=0.103106;REFB=-0.0345502;REVB=0.0438031;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483571;STB=0.868465;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.113193;OID=.;OPOS=24572160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:43:42:22:36:7:6:0.142857:5:2:16:6:5:1:23:13 chr22 24579049 . G A 192.91 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.92;QD=8.12249;RBI=0.0239619;REFB=0.00219745;REVB=-0.00737133;RO=69;SAF=16;SAR=10;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808322;STB=0.548457;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00619326;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:10:16:38:31:10:16:38:31 chr22 24579157 . GA TC 117.24 PASS AF=0.182609;AO=21;DP=117;FAO=21;FDP=115;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00784196;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.897;QD=4.07787;RBI=0.0266904;REFB=-0.00648018;REVB=-0.0255123;RO=94;SAF=12;SAR=9;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641582;STB=0.541314;STBP=0.709;TYPE=mnp;VARB=0.0293081;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:94:94:21:21:0.182609:9:12:49:45:9:12:49:45 chr22 24580207 . C G 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00597883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.529;QD=17.0589;RBI=0.0140252;REFB=-0.0111879;REVB=-0.012687;RO=38;SAF=26;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344115;STB=0.69492;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0184052;OID=.;OPOS=24580207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:7:26:18:20:7:26:18:20 chr22 24628928 . G A 169.8 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00060429;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2707;QD=16.5659;RBI=0.100125;REFB=-0.0349349;REVB=0.100123;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536527;STB=0.54343;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0876945;OID=.;OPOS=24628928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:23:18:18:0.439024:10:8:11:11:10:8:12:11 chr22 24717850 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.983;QD=56.1915;RBI=0.0455358;REFB=0;REVB=0.0313081;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55312e-06;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr22 24743090 . C T 255.1 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0153346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.2549;QD=13.9779;RBI=0.0325755;REFB=-0.0108185;REVB=0.0287404;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683225;STB=0.512812;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.017524;OID=.;OPOS=24743090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:42:43:29:30:0.410959:14:15:22:20:14:16:22:21 chr22 24761467 . G A 1220.41 PASS AF=0.987805;AO=75;DP=75;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00300043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.831;QD=59.532;RBI=0.100887;REFB=-0.144664;REVB=0.100842;RO=0;SAF=61;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04137e-08;STB=0.503999;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00111583;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:82:0:1:75:81:0.987805:14:61:0:0:19:62:1:0 chr22 24811667 . G A 212.06 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0197139;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.651;QD=17.3111;RBI=0.0229533;REFB=-0.0164298;REVB=0.0117565;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180528;STB=0.612148;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.016805;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:21:22:0.44898:11:10:8:19:11:11:8:19 chr22 24837301 . T C 768.4 PASS AF=0.47619;AO=80;DP=169;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.012767;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.535;QD=18.2953;RBI=0.0182488;REFB=-0.0086964;REVB=-0.0130393;RO=87;SAF=40;SAR=40;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270948;STB=0.517853;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00826908;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:87:88:80:80:0.47619:40:40:46:41:40:40:47:41 chr22 24898310 . C T 379.41 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00163167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.665;QD=19.2108;RBI=0.00622768;REFB=-0.00883315;REVB=-0.00601013;RO=40;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568696;STB=0.531587;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00613321;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:17:22:25:15:17:22:25:15 chr22 24964128 . T C,G 435.26 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607647,-0.0822192;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.58,93.783;QD=56.1621;RBI=0.00961435,0.0824507;REFB=0,0;REVB=-0.00745066,-0.00617447;RO=0;SAF=16,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-3.12186e-05,0.141924;OID=.,.;OPOS=24964128,24964128;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:13,0:16,2:0:0:13,0:16,2:0:0 chr22 25003922 . G A 134.06 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0277406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.93;QD=6.53939;RBI=0.0340016;REFB=-0.0115755;REVB=0.0196613;RO=62;SAF=13;SAR=7;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280601;STB=0.517224;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0252066;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:62:62:20:20:0.243902:7:13:39:23:7:13:39:23 chr22 25003934 . G A 152.78 PASS AF=0.258824;AO=20;DP=84;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0121223;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.293;QD=7.18957;RBI=0.015515;REFB=-0.0123157;REVB=-0.00968326;RO=63;SAF=11;SAR=9;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670723;STB=0.543439;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0282621;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:63:63:20:22:0.258824:9:11:38:25:10:12:38:25 chr22 25016920 . G C 79.8 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0429212;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.964;QD=7.42296;RBI=0.0430262;REFB=-0.0118855;REVB=0.0030038;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186484;STB=0.602329;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0358102;OID=.;OPOS=25016920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:43:31:32:11:11:0.255814:6:5:19:12:6:5:19:13 chr22 25045855 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0117578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.694;QD=21.511;RBI=0.013032;REFB=-0.0071395;REVB=-0.00562025;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866726;STB=0.548647;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00606739;OID=.;OPOS=25045855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:11:8:11:10:11:8 chr22 25145453 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.512;QD=60.9769;RBI=0.0577024;REFB=0;REVB=0.052248;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280866;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr22 25145471 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00868433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.686;QD=14.6498;RBI=0.0132796;REFB=-0.0201615;REVB=0.0100465;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0238029;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:10:9:6:8:10:9 chr22 25151842 . TG GT,TGT,TT 285.48 PASS AF=0.0519481,0.467532,0.038961;AO=15,18,3;DP=81;FAO=4,36,3;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=4,33,3;FSAR=0,3,0;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0372706,0.00394754,-0.00452281;FXX=0.0128189;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=22.6052,18.3712,232.948;QD=14.8299;RBI=0.0845507,0.110093,0.0149873;REFB=-0.0247762,-0.0490068,-0.00662004;REVB=0.0758928,0.110022,0.0142886;RO=43;SAF=15,18,3;SAR=0,0,0;SRF=14;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.813549,0.827544,0.584441;STB=0.998292,0.879757,0.997843;STBP=0.001,0,0.008;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.052963,0.0997867,0.220244;OID=.,.,.;OPOS=25151842,25151844,25151843;OREF=TG,-,G;OALT=GT,T,T;OMAPALT=GT,TGT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:81:77:43:34:15,18,3:4,36,3:0.0519481,0.467532,0.038961:0,0,0:15,18,3:14:29:0,3,0:4,33,3:9:25 chr22 25291182 . TTTC T 204.21 PASS AF=0.518519;AO=22;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0232111;FXX=0.0357079;HRUN=4;LEN=3;MLLD=205.366;QD=15.127;RBI=0.023852;REFB=-0.0437927;REVB=-0.00549196;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092918;STB=0.501329;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0322109;OID=.;OPOS=25291183;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:22:54:28:54:26:13:15:12:14:99:30:9:13:15:15 chr22 25436904 . T C 598.77 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00995609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.85;QD=58.4167;RBI=0.0136025;REFB=-0.0287297;REVB=0.00926845;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000188013;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:20:19:0:1:20:20:0:1 chr22 25466404 . C T 164.14 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0113832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.767;QD=11.1281;RBI=0.0121227;REFB=-0.00846944;REVB=-0.00416934;RO=38;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136528;STB=0.580031;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0225227;OID=.;OPOS=25466404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:6:15:23:15:6:15:23:15 chr22 25570273 . G A 958.88 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192834;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.114;QD=59.008;RBI=0.0209313;REFB=0;REVB=0.00814079;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157252;OID=.;OPOS=25570273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr22 25577688 . G A 161.25 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0126888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5979;QD=10.5737;RBI=0.0208512;REFB=-0.0383726;REVB=0.0165459;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861753;STB=0.550267;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0736053;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:10:11:24:16:10:11:24:16 chr22 25577733 . T C 767.87 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.257;QD=56.879;RBI=0.0339813;REFB=0;REVB=-0.00253479;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63314e-05;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr22 25601196 . C G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3713;QD=57.1054;RBI=0.0204018;REFB=0;REVB=0.0203757;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200797;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr22 25623862 . T C 388.98 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00882858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8176;QD=21.3138;RBI=0.00895724;REFB=0.0117014;REVB=0.0015127;RO=34;SAF=24;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284101;STB=0.515687;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00799691;OID=.;OPOS=25623862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:15:24:22:12:15:24:22:12 chr22 26159289 . G A 646.58 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0142265;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.534;QD=50.7119;RBI=0.0169911;REFB=-0.126138;REVB=-0.00929004;RO=2;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494362;STB=0.518127;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000505491;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:2:3:48:48:0.941176:18:30:0:2:18:30:1:2 chr22 26164079 . C T 427.61 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0282101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3007;QD=51.8311;RBI=0.0366057;REFB=-0.0577892;REVB=0.0233274;RO=2;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582199;STB=0.53123;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00188619;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:15:16:0:2:15:16:0:2 chr22 26166900 . G C 638.73 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.694;QD=59.4163;RBI=0.0235228;REFB=-0.07227;REVB=0.0174496;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00153261;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:15:27:1:0:15:27:1:0 chr22 26173661 . T C 432.46 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142069;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.21;QD=57.6608;RBI=0.0420693;REFB=0;REVB=0.0420453;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55804e-05;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr22 26193982 . C G 260.87 PASS AF=0.476923;AO=28;DP=62;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0757508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.1578;QD=16.0533;RBI=0.086718;REFB=-0.0200153;REVB=0.0422116;RO=33;SAF=8;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873657;STB=0.560934;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0326794;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:33:34:28:31:0.476923:20:8:12:21:23:8:12:22 chr22 26194045 . T C 307.67 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00697183;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.767;QD=22.7903;RBI=0.00708188;REFB=0.00841659;REVB=0.00124367;RO=22;SAF=6;SAR=24;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318668;STB=0.505151;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00668922;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:23:30:31:0.574074:24:6:5:17:24:7:5:18 chr22 26239850 . C A 411.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.194;QD=56.6898;RBI=0.0829803;REFB=0;REVB=-0.0664789;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255575;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr22 26422454 . T C 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00333257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.26;QD=13.2583;RBI=0.00864024;REFB=-0.01169;REVB=-0.00797168;RO=45;SAF=20;SAR=9;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130454;STB=0.574895;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0193094;OID=.;OPOS=26422454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:9:20:26:19:9:20:26:19 chr22 26422980 . A G 520.08 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00801388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.715;QD=18.2484;RBI=0.00853636;REFB=-0.00533615;REVB=-0.00294061;RO=59;SAF=30;SAR=25;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1133;STB=0.562775;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00420812;OID=.;OPOS=26422980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:25:30:25:34:25:30:25:34 chr22 26853905 . C A 667.77 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.992;QD=52.3741;RBI=0.0179606;REFB=-0.0877433;REVB=0.014896;RO=2;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064371;STB=0.502856;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000803898;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:2:2:48:49:0.960784:28:20:1:1:28:21:1:1 chr22 26854441 . G A 964.38 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00558886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3671;QD=55.9058;RBI=0.0476284;REFB=-0.125034;REVB=0.0472993;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.501981;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00203234;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:38:29:1:0:38:29:1:1 chr22 26859942 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.566;QD=62.3509;RBI=0.0337997;REFB=0;REVB=0.0158297;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9086e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr22 26860269 . G C 559.34 PASS AF=0.666667;AO=49;DP=78;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0220105;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.577;QD=29.8314;RBI=0.0278314;REFB=-0.0222815;REVB=0.017033;RO=26;SAF=23;SAR=26;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117359;STB=0.572915;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00663851;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:26:25:49:50:0.666667:26:23:17:9:27:23:17:8 chr22 26862041 . G A 542.67 PASS AF=0.508929;AO=55;DP=110;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0194907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6075;QD=19.381;RBI=0.0367825;REFB=-0.00192294;REVB=-0.031194;RO=54;SAF=34;SAR=21;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754615;STB=0.544026;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00170906;OID=.;OPOS=26862041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:54:55:55:57:0.508929:21:34:29:25:22:35:29:26 chr22 26862212 . T C 1005.35 PASS AF=1;AO=61;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109388;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.287;QD=59.1383;RBI=0.0593612;REFB=0;REVB=0.0583447;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303792;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:61:68:1:18:43:0:0:26:42:0:0 chr22 26879967 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00654496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.142;QD=12.3961;RBI=0.00654496;REFB=-0.01892;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00695213;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr22 26884039 . G A,C 1321.69 PASS AF=0.933333,0.0444444;AO=83,5;DP=89;FAO=84,4;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=38,2;FSAR=46,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00547848,0.0244902;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=133.062,16.7751;QD=58.7418;RBI=0.00991025,0.0518761;REFB=-0.000369203,0.0152237;REVB=0.00825829,-0.0457314;RO=1;SAF=38,2;SAR=45,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0104093,0.121807;STB=0.510636,0.66592;STBP=0.225,0.397;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00243397,0.0136063;OID=.,.;OPOS=26884039,26884039;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:89:90:1:2:83,5:84,4:0.933333,0.0444444:45,3:38,2:0:1:46,2:38,2:0:2 chr22 26895337 . G A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.256;QD=57.7091;RBI=0.0364031;REFB=0;REVB=-0.0132355;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21004e-05;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr22 26937327 . C G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.595;QD=64.1539;RBI=0.0751982;REFB=0;REVB=0.0523669;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114265;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr22 26951185 . C G 56.41 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00808074;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.539;QD=9.81011;RBI=0.0102559;REFB=-0.0199336;REVB=-0.00631555;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0428555;OID=.;OPOS=26951185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:7:8:5:3:7:8 chr22 27021457 . T C 677.03 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.184;QD=61.5479;RBI=0.0400358;REFB=0;REVB=0.033373;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107198;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:42:44:1:13:29:0:0:14:30:0:0 chr22 28146690 . TTA T,TT,TTT 35.66 PASS AF=0.188679,0,0;AO=9,7,2;DP=53;FAO=10,0,0;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=8,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0617889,0.116377,0.0499813;FXX=0;HRUN=6,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=16.1193,8.27634,13.2641;QD=2.69165;RBI=0.0783812,0.177337,0.20052;REFB=-0.0283967,-0.0212539,0.00535095;REVB=0.048226,-0.133809,-0.194191;RO=28;SAF=9,1,0;SAR=0,6,2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0.304348,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.714042,-0.572146,-0.538454;STB=0.707507,0.5,0.5;STBP=0.216,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.112328,-0.0102483,0;OID=.,.,.;OPOS=28146691,28146692,28146692;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188679,0,0:9,7,2:53:10,0,0:53:43:8,0,0:2,0,0:25:18:34:28:9,1,0:0,6,2:18:10 chr22 28248670 . C T 225.96 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00245824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.082;QD=20.5417;RBI=0.0295323;REFB=-0.0131286;REVB=-0.0294298;RO=21;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352178;STB=0.708667;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0290982;OID=.;OPOS=28248670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:6:16:7:14:6:16:7:15 chr22 28316590 . CT CTG,CTGG,TG 588.46 PASS AF=0.930233,0.0697674,0;AO=35,6,2;DP=43;FAO=40,3,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,0;FSAR=27,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742741,-0.0421441,-0.0165735;FXX=0;HRUN=2,2,3;LEN=1,2,2;MLLD=21.718,9.82699,4.88653;QD=54.7408;RBI=0.125742,0.0663654,0.0467075;REFB=0,0,0;REVB=-0.101462,-0.0512664,-0.0436682;RO=0;SAF=12,1,0;SAR=23,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=-0.0358803,0.0835733,0;OID=.,.,.;OPOS=28316592,28316592,28316590;OREF=-,-,CT;OALT=G,GG,TG;OMAPALT=CTG,CTGG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:43:43:0:0:35,6,2:40,3,0:0.930233,0.0697674,0:23,5,2:12,1,0:0:0:27,3,0:13,0,0:0:0 chr22 28503054 . G A 166.08 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0271617;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.944;QD=13.2866;RBI=0.0378832;REFB=-0.00641766;REVB=-0.0264079;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997143;STB=0.533863;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00594016;OID=.;OPOS=28503054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:31:19:19:0.38:10:9:11:18:10:9:13:18 chr22 29182500 . C A 1235.83 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.599;QD=59.5581;RBI=0.0285712;REFB=0;REVB=-0.0052471;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205626;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:25:53:0:0:26:57:0:0 chr22 29446611 . A C 1705.47 PASS AF=1;AO=89;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=87;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.568;QD=60.3706;RBI=0.0740246;REFB=0;REVB=0.0400648;RO=0;SAF=69;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78144e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101629;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:89:113:1:20:69:0:0:26:87:0:0 chr22 29450922 . TA AG,TG 740.26 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,50;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=3,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201057,0.0673676;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=164.004,120.075;QD=55.8688;RBI=0.0410759,0.0755077;REFB=0,0;REVB=0.0358189,0.0341031;RO=0;SAF=0,32;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0434571,0.001342;OID=.,.;OPOS=29450922,29450923;OREF=TA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:53:53:0:0:3,50:3,50:0.0566038,0.943396:3,18:0,32:0:0:3,18:0,32:0:0 chr22 29451587 . GCC GC,G 35.91 PASS AF=0.294118,0.117647;AO=4,3;DP=18;FAO=5,2;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4,2;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.110491,-0.0629853;FXX=0.0555247;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.8939,29.1651;QD=8.44823;RBI=0.160978,0.0871352;REFB=-0.0438137,-0.0240776;REVB=0.117071,0.0602113;RO=10;SAF=3,3;SAR=1,0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.372583,0.679145;STB=0.776626,0.995025;STBP=0.153,0.199;TYPE=del,del;VARB=-0.0380852,0.0652145;OID=.,.;OPOS=29451588,29451588;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0.117647:4,3:18:5,2:17:10:4,2:1,0:4:6:22:10:3,3:1,0:4:6 chr22 29453027 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.202;QD=59.0172;RBI=0.0483811;REFB=0;REVB=0.0479273;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188602;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr22 29453193 . G C 455.19 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344365;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.97;QD=58.7346;RBI=0.0431557;REFB=0;REVB=0.0260105;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367202;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr22 29454778 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00673657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.3;QD=16.993;RBI=0.024023;REFB=0.00369026;REVB=0.0230591;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618881;STB=0.534858;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00359547;OID=.;OPOS=29454778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:10:17:17:13:10:17:17:13 chr22 29456699 . A G 736.9 PASS AF=0.412935;AO=82;DP=200;FAO=83;FDP=201;FR=.;FRO=118;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=73;FSRR=45;FWDB=-0.0158719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3588;QD=14.6646;RBI=0.0439894;REFB=-0.00462284;REVB=-0.0410262;RO=117;SAF=37;SAR=45;SRF=73;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179843;STB=0.600427;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00740221;OID=.;OPOS=29456699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:117:118:82:83:0.412935:45:37:73:44:46:37:73:45 chr22 29456733 . T C 1140.14 PASS AF=0.552083;AO=106;DP=192;FAO=106;FDP=192;FR=.;FRO=86;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0113044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2054;QD=23.7528;RBI=0.0143004;REFB=-0.0045011;REVB=0.00875852;RO=86;SAF=59;SAR=47;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113289;STB=0.561728;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00362847;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:86:86:106:106:0.552083:47:59:36:50:47:59:36:50 chr22 29542748 . C A 1374.11 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900386;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6263;QD=62.4594;RBI=0.00919181;REFB=0;REVB=-0.00184926;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24628e-06;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:54:33:0:0:54:34:0:0 chr22 29621128 . C G 230.31 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00551901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.002;QD=46.0614;RBI=0.0507523;REFB=-0.0657112;REVB=0.0504513;RO=1;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101694;STB=0.555494;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00189466;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:4:15:0:1:4:15:0:1 chr22 29630337 . G A 118.74 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0143793;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.167;QD=8.79559;RBI=0.0155658;REFB=-0.00386791;REVB=0.00596066;RO=38;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616121;STB=0.536991;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0088819;OID=.;OPOS=29630337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:38:38:16:16:0.296296:8:8:21:17:8:8:21:17 chr22 29659960 . C T 167.51 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.116257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7651;QD=15.5819;RBI=0.129113;REFB=-0.0403783;REVB=-0.0561652;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159573;STB=0.612123;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0606087;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:8:10:9:14:8:10:9:16 chr22 29704125 . C T 343.58 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00421578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.063;QD=17.8482;RBI=0.0108404;REFB=-0.0116188;REVB=0.00998704;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323734;STB=0.517232;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.010968;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:36:37:0.480519:16:20:23:16:16:21:24:16 chr22 29727866 . C T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0445223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.778;QD=10.3898;RBI=0.0458242;REFB=-0.00284307;REVB=0.0108453;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000981609;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:4:7:2:5:4:7 chr22 29727886 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0525;QD=33.4284;RBI=0.0315376;REFB=0;REVB=-0.0314481;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280297;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:3:6:1:1:2:0:0:2:4:0:0 chr22 29755888 . T C 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00640367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.726;QD=22.3817;RBI=0.0210514;REFB=-0.00546695;REVB=0.0200538;RO=28;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109325;STB=0.560077;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00413787;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:15:21:20:8:15:21:20:8 chr22 29885861 . T C 49.87 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.747;QD=33.2475;RBI=0.0297549;REFB=0;REVB=0.0197158;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416867;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr22 29886413 . A G 725.01 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7873;QD=55.7703;RBI=0.0812281;REFB=0;REVB=0.035842;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171517;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:17:32:0:0:20:32:0:0 chr22 29886893 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.567;QD=59.8392;RBI=0.0154267;REFB=0;REVB=0.0126984;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63227e-05;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr22 29904519 . T C 445.54 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00347777;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.908;QD=20.4845;RBI=0.0141604;REFB=-0.0251436;REVB=0.0137267;RO=42;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000956739;STB=0.505492;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0238773;OID=.;OPOS=29904519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:42:43:44:44:0.505747:23:21:20:22:23:21:21:22 chr22 29908072 . C T 1026.18 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.454;QD=59.4886;RBI=0.0108826;REFB=0;REVB=0.00783107;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34916e-05;OID=.;OPOS=29908072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr22 29913272 . C T 1153.42 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.354;QD=60.7064;RBI=0.0371433;REFB=0;REVB=-0.0162286;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81396e-05;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr22 29925221 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.156;QD=57.545;RBI=0.0166675;REFB=0;REVB=-0.0161206;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7258e-05;OID=.;OPOS=29925221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr22 30163526 . A G 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0197163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.427;QD=16.1141;RBI=0.0232381;REFB=-1.93867e-05;REVB=0.0122994;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394532;STB=0.522369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-6.38258e-05;OID=.;OPOS=30163526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:12:17:15:9:12:17 chr22 30189642 . C T 452.24 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00303099;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.073;QD=21.7945;RBI=0.00356088;REFB=-0.0173247;REVB=0.00186894;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160329;STB=0.508846;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0169005;OID=.;OPOS=30189642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:39:39:44:44:0.53012:24:20:17:22:24:20:17:22 chr22 30367014 . A T 272.19 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0712552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0144;QD=23.6686;RBI=0.079286;REFB=0.00176425;REVB=-0.0347702;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142996;STB=0.571375;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00121944;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:21:23:25:0.543478:15:8:4:16:17:8:4:17 chr22 30403996 . C T 398.95 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00809223;FXX=0.0416623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.406;QD=17.3456;RBI=0.00813652;REFB=-0.0129405;REVB=0.000847787;RO=46;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228771;STB=0.524217;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0141867;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:92:46:51:41:41:0.445652:17:24:28:18:17:24:32:19 chr22 30421961 . TCCCCCT GTCCCCT,TCCCCT,TCCCCTC 93.92 PASS AF=0,0.228346,0.125984;AO=6,45,21;DP=129;FAO=0,29,16;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=0,21,14;FSAR=0,8,2;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0281832,-0.203731,-0.121656;FXX=0.00781189;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=25.638,7.62876,94.5005;QD=2.95821;RBI=0.0890361,0.205635,0.121754;REFB=-0.112123,-0.210317,-0.0164205;REVB=0.0844579,0.0279202,-0.00487498;RO=42;SAF=4,34,20;SAR=2,11,1;SRF=12;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.429466,0.421542,0.766145;STB=0.5,0.623959,0.80893;STBP=1,0.149,0.018;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.195027,0.283414;OID=.,.,.;OPOS=30421961,30421962,30421966;OREF=TC,C,CT;OALT=GT,-,TC;OMAPALT=GTCCCCT,TCCCCT,TCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:129:127:42:82:6,45,21:0,29,16:0,0.228346,0.125984:2,11,1:4,34,20:12:30:0,8,2:0,21,14:47:35 chr22 30423744 . G A 298.71 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0302743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.168;QD=23.8967;RBI=0.0305508;REFB=-0.0126385;REVB=-0.0041014;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129055;STB=0.578114;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00576153;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:23:27:27:0.54:14:13:13:7:14:13:15:8 chr22 30638721 . G A 217.51 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0775389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.043;QD=16.7317;RBI=0.0810308;REFB=-0.0158429;REVB=0.0235311;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963239;STB=0.564462;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.018766;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:14:10:14:13:14:10:15:13 chr22 30681257 . C G 257.41 PASS AF=1;AO=12;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.615;QD=51.4817;RBI=0.129685;REFB=0;REVB=0.11888;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758811;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:12:20:1:4:8:0:0:9:11:0:0 chr22 30689998 . G A 507.41 PASS AF=0.510417;AO=48;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=7.69105e-05;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.828;QD=21.1422;RBI=0.00601271;REFB=-0.0215813;REVB=0.00601222;RO=48;SAF=21;SAR=27;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384386;STB=0.522927;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0199611;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:47:48:49:0.510417:27:21:19:29:28:21:18:29 chr22 30714683 . CA C,CC 770.31 PASS AF=1,0;AO=21,27;DP=48;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0975839,-0.149777;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.14,147.25;QD=65.5582;RBI=0.0982638,0.151371;REFB=0,0;REVB=0.011539,-0.0219109;RO=0;SAF=0,22;SAR=21,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000100751,0;OID=.,.;OPOS=30714684,30714684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,27:48:47,0:47:0:22,0:25,0:0:0:4:0:0,22:21,5:0:0 chr22 30770603 . TT AC,AT 1365.43 PASS AF=0.0543478,0.934783;AO=5,84;DP=92;FAO=5,86;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=0,45;FSAR=5,41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0015413,0.00105895;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=214.86,229.907;QD=59.3665;RBI=0.00157999,0.00478595;REFB=0.0369501,0.0663258;REVB=-0.000347513,0.00466732;RO=1;SAF=0,45;SAR=5,39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767767,-0.0104104;STB=0.996613,0.505493;STBP=0.075,0.52;TYPE=mnp,snp;VARB=0.017553,-0.00120473;OID=.,.;OPOS=30770603,30770603;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:92:92:1:1:5,84:5,86:0.0543478,0.934783:5,39:0,45:1:0:5,41:0,45:1:0 chr22 30771554 . T G 1071.32 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4513;QD=59.5176;RBI=0.116155;REFB=0;REVB=-0.108205;RO=0;SAF=18;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33484e-06;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:50:18:0:0:50:22:0:0 chr22 30772686 . C T 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0425332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4321;QD=15.2281;RBI=0.0430921;REFB=-0.0215904;REVB=-0.00691774;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106561;STB=0.548482;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0237783;OID=.;OPOS=30772686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:28:19:19:0.404255:9:10:17:10:9:10:17:11 chr22 30772688 . G A 270.07 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0118769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.191;QD=22.985;RBI=0.0135146;REFB=-0.0223167;REVB=0.00644847;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263821;STB=0.51472;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0139643;OID=.;OPOS=30772688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:13:9:11:14:13:9 chr22 30782089 . A G 369.48 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00101437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0926;QD=16.9875;RBI=0.0530236;REFB=-0.00775679;REVB=-0.0530139;RO=47;SAF=27;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230131;STB=0.624699;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00891829;OID=.;OPOS=30782089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:48:39:39:0.448276:12:27:22:25:12:27:23:25 chr22 30782731 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0242579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.386;QD=16.034;RBI=0.0317956;REFB=-0.00560358;REVB=-0.0205552;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255632;STB=0.514691;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00774459;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:19:9:6:14:19:9 chr22 30793137 . G A 35.01 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0165489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9944;QD=6.08944;RBI=0.0184853;REFB=-0.0130093;REVB=0.00823643;RO=17;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403071;STB=0.703203;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.105868;OID=.;OPOS=30793137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:17:17:5:6:0.26087:3:2:2:15:4:2:2:15 chr22 30794719 . C T 531.21 PASS AF=0.482759;AO=55;DP=114;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00622579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4735;QD=18.3174;RBI=0.0214042;REFB=-0.0375307;REVB=0.0204788;RO=58;SAF=16;SAR=39;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768159;STB=0.549115;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0314499;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:58:60:55:56:0.482759:39:16:21:37:40:16:22:38 chr22 30803160 . CCA C 210.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0420771;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=266.738;QD=13.6101;RBI=0.0431704;REFB=-0.0114638;REVB=0.00965409;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201431;STB=0.616472;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=0.0150813;OID=.;OPOS=30803161;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:28:61:31:62:31:14:17:7:24:99:31:12:16:7:24 chr22 30819758 . G A 522.74 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00295551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.897;QD=21.1208;RBI=0.00624536;REFB=0.00565055;REVB=-0.00550177;RO=49;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00877617;STB=0.504852;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0056244;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:24:26:25:24:24:26:25:24 chr22 30820707 . A G 133.09 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0201814;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.819;QD=13.6503;RBI=0.0210572;REFB=-0.00846397;REVB=-0.00600972;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941367;STB=0.510624;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0156234;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:9:6:9:14:9:6:10:14 chr22 30823113 . T G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00174058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.613;QD=19.1095;RBI=0.00755061;REFB=-0.0158149;REVB=0.00734725;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826047;STB=0.546184;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0128654;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:12:15:12:14:12:15:12:14 chr22 30823196 . T C 925.52 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.325;QD=56.955;RBI=0.0548811;REFB=0;REVB=-0.000132182;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579922;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:60:65:1:36:24:0:0:38:27:0:0 chr22 30857373 . A C 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.237;QD=58.5954;RBI=0.0261807;REFB=0;REVB=0.0237777;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48394e-05;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr22 30857448 . A G 521.35 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589422;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.969;QD=59.583;RBI=0.0589692;REFB=0;REVB=0.00178439;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390009;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr22 30860830 . C T 176.54 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000599274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1515;QD=14.7113;RBI=0.0359925;REFB=-0.0174358;REVB=-0.0359875;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454997;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0273733;OID=.;OPOS=30860830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:14:15:9:10:14:15 chr22 30862400 . T A 917.74 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005739;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.182;QD=58.2693;RBI=0.00874573;REFB=0;REVB=0.00659937;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198417;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:61:63:1:41:20:0:0:43:20:0:0 chr22 30864610 . A G 360.96 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0205147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8913;QD=20.3358;RBI=0.0240053;REFB=-0.019849;REVB=-0.0124661;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494488;STB=0.539164;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0119226;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:34:37:37:0.521127:16:21:20:12:16:21:22:12 chr22 30864792 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0414635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9479;QD=14.7982;RBI=0.0600771;REFB=0.0112164;REVB=0.0434746;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0103895;OID=.;OPOS=30864792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:8:5:5:6:8:5 chr22 30864817 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4472;QD=45.8068;RBI=0.0589797;REFB=0;REVB=-0.0331703;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00318874;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr22 30927975 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1919;QD=51.1809;RBI=0.100403;REFB=0;REVB=0.050107;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384352;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr22 30934816 . T C 407.27 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0707244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8205;QD=22.9446;RBI=0.083512;REFB=-0.0126314;REVB=-0.0444107;RO=31;SAF=23;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984607;STB=0.55419;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00739807;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:17:23:14:17:17:23:14:17 chr22 30934887 . G A 330.16 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0744157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6191;QD=23.583;RBI=0.0901526;REFB=-0.000737621;REVB=0.0508901;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146598;STB=0.580597;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00295477;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:15:18:8:15:15:18:8:15 chr22 30953295 . C T 243.01 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0420532;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.179;QD=18.6932;RBI=0.072587;REFB=-0.0214489;REVB=0.0591642;RO=26;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219068;STB=0.629034;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0233991;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:25:26:0.5:18:7:13:13:19:7:13:13 chr22 31007071 . T C 68.03 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0348165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.4528;QD=3.94371;RBI=0.0605809;REFB=-0.0395144;REVB=-0.0495768;RO=44;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557631;STB=0.863588;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.178987;OID=.;OPOS=31007071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:44:56:13:13:0.188406:2:11:17:27:2:11:21:35 chr22 31011610 . G C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00346702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.019;QD=16.8984;RBI=0.0193046;REFB=-0.00642592;REVB=0.0189907;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00505731;OID=.;OPOS=31011610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:9:10:0.526316:6:3:4:5:7:3:4:5 chr22 31032920 . A G 177.48 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0296082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.456;QD=21.5132;RBI=0.0296807;REFB=-0.0137992;REVB=-0.0020731;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17785;STB=0.599891;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00851181;OID=.;OPOS=31032920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:10:5:10:8:10:5 chr22 31090229 . GC G 349.19 PASS AF=0.944444;AO=31;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.236332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5725;QD=38.7993;RBI=0.28505;REFB=0.0251948;REVB=0.159375;RO=4;SAF=8;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.228763;SSEP=0;SSSB=-0.126858;STB=0.513611;STBP=0.556;TYPE=del;VARB=0.0163824;OID=.;OPOS=31090230;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:31:36:34:36:2:10:24:1:1:3:4:8:23:3:1 chr22 31266546 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.319;QD=56.9997;RBI=0.0453338;REFB=0;REVB=-0.0422642;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267826;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:16:38:0:0 chr22 31302125 . C G 186.76 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.0380992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6131;QD=14.0953;RBI=0.137829;REFB=-0.0733633;REVB=0.132459;RO=25;SAF=20;SAR=2;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761172;STB=0.60334;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.05288;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:31:22:22:0.415094:2:20:22:3:2:20:26:5 chr22 31302233 . T C 363.65 PASS AF=0.6;AO=34;DP=58;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00517027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.61;QD=24.2436;RBI=0.00636092;REFB=-0.0308854;REVB=0.00370536;RO=24;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106844;STB=0.555525;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0234352;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:24:24:34:36:0.6:15:19:10:14:16:20:10:14 chr22 31333631 . T C 524.09 PASS AF=0.478632;AO=53;DP=123;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00908944;FXX=0.078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.471;QD=17.9175;RBI=0.0217871;REFB=-0.00899372;REVB=-0.0198005;RO=50;SAF=36;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219801;STB=0.581719;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00917897;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:117:50:61:53:56:0.478632:17:36:22:28:20:36:30:31 chr22 31342376 . G C 430.89 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00654805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.016;QD=15.9589;RBI=0.0322517;REFB=-0.0134338;REVB=0.03158;RO=60;SAF=26;SAR=22;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10727;STB=0.559975;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0153016;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:22:26:26:34:22:26:26:34 chr22 31354653 . G A 436.46 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00903651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.994;QD=17.8147;RBI=0.0129205;REFB=-0.00289451;REVB=-0.00923473;RO=53;SAF=19;SAR=25;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166978;STB=0.597523;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00384815;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:44:45:0.459184:25:19:32:21:26:19:32:21 chr22 31522450 . G A 199.09 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0153773;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.319;QD=13.2725;RBI=0.0489797;REFB=-0.0177515;REVB=0.0465032;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302953;STB=0.681169;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0430381;OID=.;OPOS=31522450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:36:24:24:0.4:16:8:23:14:16:8:23:13 chr22 31533796 . G C 439.26 PASS AF=0.473118;AO=45;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0171955;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.371;QD=18.8929;RBI=0.0290097;REFB=-0.00435912;REVB=0.0233641;RO=47;SAF=29;SAR=16;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815717;STB=0.533023;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00468397;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:49:45:44:0.473118:16:29:34:13:15:29:35:14 chr22 31535872 . G C 255.62 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0872782;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2464;QD=19.6629;RBI=0.0995439;REFB=-0.0167179;REVB=-0.0478697;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238106;STB=0.502163;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0108205;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:27:27:0.519231:15:12:10:14:15:12:11:14 chr22 31535995 . C G 266.14 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0426142;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.536;QD=18.0434;RBI=0.0440911;REFB=-0.0177054;REVB=-0.0113165;RO=29;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226867;STB=0.620261;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0216344;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:20:9:16:13:20:9:16:14 chr22 31536133 . A C 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0281;QD=59.1356;RBI=0.0366686;REFB=0;REVB=0.0141586;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147761;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr22 31556103 . A G 568.16 PASS AF=0.304527;AO=74;DP=243;FAO=74;FDP=243;FR=.;FRO=169;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=97;FSRR=72;FWDB=-0.0244418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.932;QD=9.35239;RBI=0.0335066;REFB=-0.00569167;REVB=0.0229192;RO=168;SAF=37;SAR=37;SRF=97;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927878;STB=0.551427;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0118475;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:168:169:74:74:0.304527:37:37:97:71:37:37:97:72 chr22 31602671 . C T 30.57 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0787146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2604;QD=1.34385;RBI=0.0788856;REFB=0.0070442;REVB=0.00519055;RO=81;SAF=4;SAR=4;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699255;STB=0.516442;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0352355;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:81:83:8:8:0.0879121:4:4:40:41:4:4:40:43 chr22 31626125 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0113119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.826;QD=16.6161;RBI=0.0136706;REFB=-0.010696;REVB=0.00767626;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774336;STB=0.544501;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0123269;OID=.;OPOS=31626125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:12:9:6:11:12:9 chr22 31663842 . C A,G 1060.19 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=3,69;DP=72;FAO=2,70;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120811,0.0160704;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=201.32,141.6;QD=58.8995;RBI=0.0160433,0.0304652;REFB=0,0;REVB=-0.0105562,0.0258819;RO=0;SAF=3,32;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.148176,-1.2199e-05;OID=.,.;OPOS=31663842,31663842;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:72:72:0:0:3,69:2,70:0.0277778,0.972222:0,37:3,32:0:0:0,37:2,33:0:0 chr22 31673111 . A G 163.63 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00806866;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.5;QD=12.3493;RBI=0.011771;REFB=-0.0133236;REVB=-0.00857048;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696766;STB=0.559263;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0106878;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:31:33:20:20:0.377358:9:11:15:16:9:11:15:18 chr22 31673116 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00337697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.745;QD=12.8733;RBI=0.00845473;REFB=-0.0105277;REVB=0.00775104;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13593;STB=0.588385;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0119866;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:8:11:14:17:8:11:14:18 chr22 31679110 . G C 829.08 PASS AF=0.885714;AO=62;DP=70;FAO=62;FDP=70;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0164829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.806;QD=47.3757;RBI=0.0776533;REFB=-0.0809119;REVB=0.0758838;RO=1;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185094;STB=0.526058;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00238136;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:70:70:1:8:62:62:0.885714:25:37:0:1:25:37:3:5 chr22 31685256 . C G 171.03 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00357782;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.069;QD=16.2886;RBI=0.0362004;REFB=-0.0069772;REVB=0.0360232;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294101;STB=0.666502;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00410215;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:19:5:9:9:19:5 chr22 31722886 . T G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0445404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.3;QD=17.6436;RBI=0.0451271;REFB=0.00272409;REVB=-0.007253;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00304494;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr22 31744072 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00927433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.132;QD=7.6291;RBI=0.0101828;REFB=-0.00411236;REVB=0.0042042;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114205;STB=0.571254;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00989449;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:12:8:4:4:12:8 chr22 31859859 . A G 366.71 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00793008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.168;QD=16.4815;RBI=0.0322718;REFB=-0.0148374;REVB=-0.0312823;RO=49;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108629;STB=0.566231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0242287;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:50:39:39:0.438202:18:21:21:28:18:21:21:29 chr22 31971258 . T C 508.45 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000671451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7617;QD=56.4948;RBI=0.0551926;REFB=-0.10779;REVB=0.0551885;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0039447;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:13:22:0:0:13:22:0:1 chr22 32011225 . T C 198.01 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7842;QD=46.5909;RBI=0.146301;REFB=0;REVB=0.112568;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112862;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:6:8:0:0:7:10:0:0 chr22 32015450 . T G 740.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.733;QD=63.026;RBI=0.0192893;REFB=0;REVB=0.00706966;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184138;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:15:31:0:0:16:31:0:0 chr22 32110163 . G A 331.96 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00746462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.261;QD=28.2518;RBI=0.0474405;REFB=0.00226266;REVB=-0.0468495;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698067;STB=0.554858;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.002615;OID=.;OPOS=32110163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:17:18:28:29:0.617021:12:16:8:9:12:17:8:10 chr22 32112461 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0148924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.847;QD=14.6525;RBI=0.0149372;REFB=0.00835494;REVB=0.00115669;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247547;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00673739;OID=.;OPOS=32112461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:3:2:1:5:3:2 chr22 32211412 . A C 123.26 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00116663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.57;QD=16.4344;RBI=0.0183614;REFB=-0.0265877;REVB=-0.0183243;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211553;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0194459;OID=.;OPOS=32211412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:7:7:4:11:7:7:5:11 chr22 32211416 . A G 150.82 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00910176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9946;QD=20.1093;RBI=0.0515036;REFB=0.000929037;REVB=0.050693;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166101;STB=0.594472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000103988;OID=.;OPOS=32211416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:7:7:11:5:7:7 chr22 32222476 . C G 500.88 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00658655;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4218;QD=16.2889;RBI=0.00659506;REFB=0.00574748;REVB=-0.000334781;RO=68;SAF=37;SAR=18;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121681;STB=0.568113;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00525859;OID=.;OPOS=32222476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:68:68:55:55:0.447154:18:37:38:30:18:37:38:30 chr22 32334021 . T A 1339.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.669;QD=62.2995;RBI=0.0403506;REFB=0;REVB=0.0140249;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74772e-05;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:47:36:0:0:48:38:0:0 chr22 32334203 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.964;QD=54.4808;RBI=0.0139728;REFB=-0.0568529;REVB=0.00501216;RO=1;SAF=5;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844684;STB=0.545423;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000253838;OID=.;OPOS=32334203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:26:5:1:0:26:5:1:0 chr22 32334229 . A C 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6441;QD=45.7981;RBI=0.00996827;REFB=0;REVB=-0.00996827;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292893;OID=.;OPOS=32334229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr22 32377135 . T C 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.019;QD=57.6724;RBI=0.0396952;REFB=0;REVB=0.0392517;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495927;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr22 32554985 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.103;QD=58.4197;RBI=0.0193524;REFB=0;REVB=-0.0112219;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58055e-06;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr22 32754103 . A C 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0113616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.936;QD=15.2436;RBI=0.0391913;REFB=-0.00762937;REVB=0.0375083;RO=62;SAF=25;SAR=22;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830202;STB=0.54651;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0087674;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:22:25:38:24:22:25:38:24 chr22 32754230 . A G 507.46 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00562435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.595;QD=23.3316;RBI=0.0242352;REFB=-0.0236871;REVB=0.0235735;RO=36;SAF=19;SAR=29;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751997;STB=0.517391;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00635906;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:39:48:48:0.551724:29:19:11:25:29:19:14:25 chr22 32754232 . C T 523.63 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0160697;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.023;QD=23.534;RBI=0.0277851;REFB=-0.0270935;REVB=0.0226667;RO=40;SAF=20;SAR=29;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497809;STB=0.527314;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0169198;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:40:49:49:0.550562:29:20:14:26:29:20:14:26 chr22 32754306 . T C 658.04 PASS AF=0.561404;AO=62;DP=112;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0463512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.382;QD=23.089;RBI=0.0464267;REFB=-0.0151397;REVB=0.00264731;RO=47;SAF=24;SAR=38;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831851;STB=0.531506;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00814536;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:47:50:62:64:0.561404:38:24:23:24:39:25:23:27 chr22 32756407 . A G 637.16 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0245417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.552;QD=20.2274;RBI=0.0740492;REFB=-0.00829126;REVB=-0.0698641;RO=62;SAF=32;SAR=32;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043212;STB=0.523802;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00928297;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:62:64:64:0.507937:32:32:34:28:32:32:34:28 chr22 32756538 . C T 899.92 PASS AF=0.45933;AO=96;DP=210;FAO=96;FDP=209;FR=.;FRO=113;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.00846433;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.731;QD=17.2233;RBI=0.0133772;REFB=-0.00270381;REVB=-0.0103588;RO=111;SAF=55;SAR=41;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144616;STB=0.57991;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00239976;OID=.;OPOS=32756538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:111:113:96:96:0.45933:41:55:47:64:41:55:48:65 chr22 32756555 . G C 1040.49 PASS AF=0.490826;AO=106;DP=218;FAO=107;FDP=218;FR=.;FRO=111;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=67;FWDB=0.00136376;FXX=0.0090905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2492;QD=19.0916;RBI=0.0123251;REFB=0.0180434;REVB=0.0122494;RO=111;SAF=59;SAR=47;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148155;STB=0.583204;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0180796;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:111:111:106:107:0.490826:47:59:44:67:47:60:44:67 chr22 32756744 . A G 365.72 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0235775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2191;QD=18.755;RBI=0.0290401;REFB=0.0123238;REVB=0.0169538;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100939;STB=0.502074;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0120932;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:16:22:23:16:16:22:23:17 chr22 32759025 . G C 348.13 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0254369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.474;QD=13.7873;RBI=0.0276602;REFB=-0.0318799;REVB=-0.0108651;RO=59;SAF=15;SAR=25;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720873;STB=0.532451;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0500524;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:59:61:40:40:0.39604:25:15:26:33:25:15:26:35 chr22 32766927 . A G 1995.16 PASS AF=0.496296;AO=201;DP=405;FAO=201;FDP=405;FR=.;FRO=204;FSAF=105;FSAR=96;FSRF=96;FSRR=108;FWDB=0.0356176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8285;QD=19.7052;RBI=0.0442903;REFB=-0.0243252;REVB=0.0263253;RO=201;SAF=105;SAR=96;SRF=93;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544896;STB=0.52608;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0194737;OID=.;OPOS=32766927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:405:201:204:201:201:0.496296:96:105:93:108:96:105:96:108 chr22 32784051 . T C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00217151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.282;QD=20.4855;RBI=0.00396001;REFB=0.0040703;REVB=-0.00331153;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124053;STB=0.507032;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00406163;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:3:8:10:4:3:8 chr22 32795641 . C T 537.35 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00974328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5163;QD=19.1911;RBI=0.00995427;REFB=-0.0118816;REVB=-0.00203861;RO=56;SAF=22;SAR=34;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116827;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:34:22:22:34:34:22:22:34 chr22 32811952 . A G 1369.73 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011875;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3815;QD=62.2606;RBI=0.035959;REFB=0;REVB=0.0339416;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142922;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chr22 32909251 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.173;QD=55.0983;RBI=0.0362579;REFB=0;REVB=0.0362134;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215664;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr22 33253280 . T C 474.3 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0255499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2723;QD=18.972;RBI=0.0324261;REFB=0.0108471;REVB=-0.0199663;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238816;STB=0.513299;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.017502;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:26:21:25:28:26:21:25:28 chr22 33832598 . G A 293.56 PASS AF=0.362745;AO=35;DP=100;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00654771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.668;QD=11.5123;RBI=0.0111987;REFB=-0.00631;REVB=0.00908508;RO=65;SAF=14;SAR=21;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122752;STB=0.56588;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0105187;OID=.;OPOS=33832598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:65:65:35:37:0.362745:21:14:33:32:22:15:33:32 chr22 34022284 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0224898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.621;QD=15.7724;RBI=0.0290388;REFB=-0.000497454;REVB=-0.0183701;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245386;STB=0.639667;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00046566;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:20:7:16:17:20:7:16:17 chr22 35463162 . A G 1884.23 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.246;QD=61.2758;RBI=0.0271516;REFB=0;REVB=0.0254692;RO=0;SAF=77;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75222e-06;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:123:0:0:119:123:1:42:77:0:0:43:80:0:0 chr22 35463179 . T C 1999.21 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.044746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8031;QD=61.0446;RBI=0.0447697;REFB=0.0981899;REVB=0.00145747;RO=1;SAF=81;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583152;STB=0.50303;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00123427;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:1:1:129:130:0.992366:48:81:1:0:48:82:1:0 chr22 35463249 . C T 1734.79 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=122;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0118678;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.324;QD=57.3483;RBI=0.0383544;REFB=-0.0185765;REVB=0.0364721;RO=4;SAF=67;SAR=50;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113861;STB=0.505999;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0003111;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:122:121:4:4:117:117:0.966942:50:67:3:1:50:67:3:1 chr22 35660875 . G T 191.96 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00817138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4392;QD=11.8128;RBI=0.0225193;REFB=7.83006e-05;REVB=-0.0209845;RO=41;SAF=17;SAR=7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20306;STB=0.618079;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000381174;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:7:17:22:19:7:17:22:19 chr22 35679951 . T C 317.5 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0123037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.6;QD=13.0929;RBI=0.0382527;REFB=-0.00784943;REVB=-0.0362199;RO=61;SAF=20;SAR=16;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387136;STB=0.522132;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0101617;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:16:20:36:25:16:20:36:25 chr22 36007045 . G A 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.42;QD=59.8516;RBI=0.0717391;REFB=0;REVB=0.0687034;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195557;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr22 36007075 . C T 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9364;QD=59.6765;RBI=0.0177091;REFB=0;REVB=-0.00964637;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149535;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr22 36122930 . C T 1731.24 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.797;QD=60.7452;RBI=0.0218865;REFB=0;REVB=0.00826993;RO=0;SAF=73;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19246e-05;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:41:73:0:0:41:73:0:0 chr22 36124860 . C G 920.09 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.24;QD=58.4185;RBI=0.0130324;REFB=0;REVB=-0.000219861;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79943e-05;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:34:29:0:0 chr22 36135057 . G A 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0108182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.48;QD=17.791;RBI=0.014749;REFB=-0.00804594;REVB=-0.0100249;RO=33;SAF=23;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179097;STB=0.600881;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0088726;OID=.;OPOS=36135057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:8:23:19:14:8:23:19:14 chr22 36537500 . A T 750.78 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120701;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.273;QD=63.896;RBI=0.0280571;REFB=0;REVB=0.0253282;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195651;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr22 36545137 . A T 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.388;QD=59.8526;RBI=0.0184039;REFB=0;REVB=0.0178428;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48058e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr22 36556823 . G T 940.99 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00191325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2984;QD=57.0299;RBI=0.016606;REFB=-0.0941748;REVB=-0.0164954;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00118893;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:1:0:28:37:1:0 chr22 36573945 . A G 242.43 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00502087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4979;QD=14.9188;RBI=0.0485663;REFB=-0.00184728;REVB=0.048306;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597565;STB=0.533827;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00260981;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:22:15:13:15:22:15 chr22 36575664 . G A 524.31 PASS AF=0.394558;AO=57;DP=147;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00797376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.354;QD=14.2669;RBI=0.0162522;REFB=-0.0142829;REVB=-0.0141617;RO=89;SAF=25;SAR=32;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846367;STB=0.541594;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.023771;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:89:89:57:58:0.394558:32:25:46:43:32:26:46:43 chr22 36587279 . A G 165.53 PASS AF=0.38;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0707967;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2495;QD=13.2422;RBI=0.0726302;REFB=0.0124115;REVB=-0.0162166;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105058;STB=0.519293;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0471492;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:25:31:19:19:0.38:11:8:8:17:11:8:14:17 chr22 36587404 . G A 445.36 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0751507;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3042;QD=16.4948;RBI=0.0786167;REFB=0.00619037;REVB=0.0230857;RO=59;SAF=20;SAR=29;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00140135;STB=0.500782;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00816798;OID=.;OPOS=36587404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:29:20:24:35:29:20:24:35 chr22 36587486 . A G 294.48 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0156001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8718;QD=13.6965;RBI=0.046247;REFB=0.0229848;REVB=0.0435364;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249834;STB=0.510911;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0218645;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:52:34:34:0.395349:21:13:18:32:21:13:19:33 chr22 36587511 . C T 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0555388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1741;QD=13.0602;RBI=0.0620016;REFB=0.0084489;REVB=-0.0275618;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930336;STB=0.553151;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0222302;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:15:25:14:12:15:25 chr22 36587845 . A ACT 85.3 PASS AF=0.37931;AO=8;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0200327;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.56;QD=11.7659;RBI=0.023896;REFB=-0.00750801;REVB=-0.0130273;RO=17;SAF=0;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.766227;STB=0.760047;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.0142077;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:8:29:11:29:18:2:9:10:8:85:17:0:8:9:8 chr22 36587952 . C T 47.87 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0595511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.973;QD=11.9687;RBI=0.0833736;REFB=-0.000859912;REVB=0.0583508;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52739;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000828035;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:6:3:6:1:6:3 chr22 36591380 . A G 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0068191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.272;QD=16.115;RBI=0.0597694;REFB=-0.00510434;REVB=0.0593792;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217182;STB=0.621877;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00840848;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:22:7:11:13:22:7 chr22 36598049 . C G 784.95 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1302;QD=57.087;RBI=0.0774755;REFB=0;REVB=0.0734149;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642667;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr22 36598058 . T C 746.76 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0089511;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.876;QD=53.34;RBI=0.0171283;REFB=-0.124547;REVB=-0.0146033;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348675;STB=0.517851;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00196931;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:27:26:2:0:27:27:2:0 chr22 36623731 . T C 878.47 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000274533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.349;QD=57.6043;RBI=0.0518977;REFB=0;REVB=0.051897;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105656;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:19:41:0:0:20:41:0:0 chr22 36650956 . G A 232.12 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0070115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1373;QD=14.7376;RBI=0.0915599;REFB=0.0229786;REVB=-0.091291;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168708;STB=0.601352;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0384519;OID=.;OPOS=36650956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:13:14:24:11:13:14:25:11 chr22 36661330 . G A 263.32 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.014321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.496;QD=15.2648;RBI=0.0151637;REFB=-0.000655635;REVB=0.00498467;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961661;STB=0.550691;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00085578;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:39:29:30:0.434783:14:15:16:22:15:15:16:23 chr22 36661536 . C A 163.61 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0612864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8057;QD=20.4517;RBI=0.0620048;REFB=-0.0156086;REVB=-0.00941103;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681317;STB=0.538417;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0167209;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:5:10:10:7:5:10 chr22 36661566 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00435209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.742;QD=19.3436;RBI=0.0144458;REFB=-0.000896292;REVB=-0.0137746;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.000772267;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:9:9:8:10:9:9 chr22 36661646 . G A 307.99 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0223027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.757;QD=20.8808;RBI=0.0247112;REFB=-0.0575814;REVB=-0.010641;RO=27;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152856;STB=0.508469;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.050632;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:16:16:14:13:16:16:14:13 chr22 36661842 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00200725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.037;QD=15.8821;RBI=0.0320592;REFB=-0.0158549;REVB=-0.0319963;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548441;STB=0.828159;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0165306;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:1:9:4:6:1:9:4:6 chr22 36684331 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00965628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.324;QD=15.1962;RBI=0.0167418;REFB=-0.0197087;REVB=-0.0136764;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252584;STB=0.645989;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0340905;OID=.;OPOS=36684331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:15:11:12:6:15:11 chr22 36684354 . T C 275.72 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0359378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.998;QD=25.6482;RBI=0.0403399;REFB=0.0119701;REVB=-0.0183243;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138745;STB=0.588714;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0111966;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:10:15:7:10:10:15:7:11 chr22 36684358 . C A 292.73 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0520034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.047;QD=27.2303;RBI=0.0520876;REFB=-0.0297112;REVB=0.00296055;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188606;STB=0.604236;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0269713;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:10:16:6:11:10:16:6:11 chr22 36691607 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.846;QD=60.9784;RBI=0.0101201;REFB=0;REVB=0.00902887;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6739e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr22 36876729 . T C 665.9 PASS AF=0.466667;AO=67;DP=147;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00956792;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6657;QD=17.7572;RBI=0.0109988;REFB=0.00655905;REVB=0.00542476;RO=80;SAF=37;SAR=30;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391396;STB=0.531783;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00566107;OID=.;OPOS=36876729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:80:80:67:70:0.466667:30:37:41:39:30:40:41:39 chr22 37163329 . C T 788.24 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00431288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.3588;QD=50.8539;RBI=0.0931057;REFB=-0.198744;REVB=0.0930057;RO=2;SAF=34;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269414;STB=0.510928;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0137985;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:62:62:2:4:58:58:0.935484:24:34:2:0:24:34:3:1 chr22 37196971 . C A 629.34 PASS AF=1;AO=32;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.18;QD=61.3987;RBI=0.106684;REFB=0;REVB=0.106521;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477187;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:32:41:1:6:26:0:0:12:29:0:0 chr22 37333794 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.105;QD=54.5137;RBI=0.0281981;REFB=0;REVB=0.0261624;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63145e-05;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr22 37387257 . T C 463.7 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00767461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.001;QD=19.5243;RBI=0.0713965;REFB=-0.00838613;REVB=0.0709828;RO=49;SAF=27;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046752;STB=0.502597;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0112153;OID=.;OPOS=37387257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:19:27:29:20:19:27:29:20 chr22 37395999 . G A 707.44 PASS AF=0.530769;AO=68;DP=129;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.128923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3142;QD=21.7674;RBI=0.128938;REFB=0.00551551;REVB=-0.00200207;RO=60;SAF=40;SAR=28;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907948;STB=0.556545;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00286877;OID=.;OPOS=37395999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:60:61:68:69:0.530769:28:40:29:31:28:41:29:32 chr22 37453452 . C T 690.11 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0568156;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.519;QD=58.7331;RBI=0.0667348;REFB=-0.149848;REVB=0.0350075;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.517849;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00215865;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:47:0:2:43:45:0.957447:25:18:0:0:27:18:0:2 chr22 37480181 . A G 134.08 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0619926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.7;QD=16.2517;RBI=0.0656809;REFB=-0.0172398;REVB=-0.0217001;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141365;STB=0.561316;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0372804;OID=.;OPOS=37480181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:18:15:15:0.454545:3:12:11:5:3:12:13:5 chr22 37480269 . A G 210.69 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-8.14741e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.725;QD=19.1538;RBI=0.0277068;REFB=-0.017542;REVB=-0.0277067;RO=22;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972163;STB=0.586118;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0200253;OID=.;OPOS=37480269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:20:21:0.477273:4:16:16:6:4:17:16:7 chr22 37485724 . T C 726.92 PASS AF=0.41206;AO=82;DP=204;FAO=82;FDP=199;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=82;FSRR=35;FWDB=0.00842148;FXX=0.0245086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.156;QD=14.6114;RBI=0.00899405;REFB=-0.00385396;REVB=-0.00315779;RO=112;SAF=46;SAR=36;SRF=79;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155435;STB=0.585197;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00700845;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:199:112:117:82:82:0.41206:36:46:79:33:36:46:82:35 chr22 37499386 . C T 132.94 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0191731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.438;QD=15.1926;RBI=0.0203523;REFB=-0.0335707;REVB=-0.00682694;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183498;STB=0.510624;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0324967;OID=.;OPOS=37499386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:7:13:10:5:7:13 chr22 37524575 . T G,TG 31.36 PASS AF=0.0327869,0.147541;AO=9,8;DP=62;FAO=2,9;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=2,7;FSAR=0,2;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00598645,-0.0642123;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=1,1;MLLD=30.2998,7.61131;QD=2.0566;RBI=0.00939884,0.110905;REFB=-0.0124401,-0.117385;REVB=0.00724572,0.0904245;RO=41;SAF=9,6;SAR=0,2;SRF=20;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.716478,0.325986;STB=0.99429,0.70539;STBP=0.186,0.232;TYPE=snp,ins;VARB=0.00615086,0.0759461;OID=.,.;OPOS=37524575,37524576;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:62:61:41:50:9,8:2,9:0.0327869,0.147541:0,2:9,6:20:21:0,2:2,7:28:22 chr22 37524619 . G T 592.88 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0278536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9391;QD=25.2291;RBI=0.0351952;REFB=-0.0162909;REVB=-0.0215147;RO=38;SAF=34;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612676;STB=0.546561;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0117322;OID=.;OPOS=37524619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:40:54:54:0.574468:20:34:21:17:20:34:21:19 chr22 37531436 . G A 112.08 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0176623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.532;QD=8.45874;RBI=0.0179034;REFB=-0.0176363;REVB=0.00292838;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342629;STB=0.515604;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0458152;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:38:15:15:0.283019:6:9:20:15:6:9:22:16 chr22 37578579 . C T 1589.58 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6343;QD=59.984;RBI=0.0483641;REFB=0;REVB=0.0251633;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378753;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:45:61:0:0:45:61:0:0 chr22 37578807 . G A 1077.21 PASS AF=0.915663;AO=76;DP=83;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00409924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.363;QD=51.9135;RBI=0.00724306;REFB=-0.0521142;REVB=0.00597144;RO=7;SAF=48;SAR=28;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141957;STB=0.507522;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00473311;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:83:83:7:7:76:76:0.915663:28:48:5:2:28:48:5:2 chr22 37581485 . C A 723.55 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.026551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.673;QD=49.8997;RBI=0.0322294;REFB=-0.04233;REVB=0.0182696;RO=4;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553499;STB=0.529401;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00157636;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:4:4:54:54:0.931034:32:22:0:4:32:22:0:4 chr22 37602583 . G GC 307.09 PASS AF=1;AO=30;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.6309;QD=37.2225;RBI=0.0944612;REFB=0;REVB=0.0837511;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00620676;OID=.;OPOS=37602584;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:33:33:33:0:18:15:0:0:6:2:16:14:1:1 chr22 37603021 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.497;QD=45.8068;RBI=0.0822782;REFB=0;REVB=0.0229147;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687867;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr22 37603051 . C T 137.59 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.208795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.894;QD=39.3116;RBI=0.210268;REFB=0.0947919;REVB=0.0248461;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000267748;OID=.;OPOS=37603051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:0:1:9:4:0:1 chr22 37603390 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.172;QD=37.4881;RBI=0.048014;REFB=0;REVB=0.039123;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165243;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr22 37603744 . C T 368.51 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0269;QD=52.6439;RBI=0.0927254;REFB=-0.151318;REVB=0.0055849;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0073774;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:28:1:0:27:28:1:13:14:1:0:13:15:0:0 chr22 37678551 . A G 399.24 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.012475;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.786;QD=23.485;RBI=0.015218;REFB=-0.0397146;REVB=0.00871561;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190785;STB=0.596364;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0234928;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:28:29:39:39:0.573529:21:18:20:8:21:18:20:9 chr22 37678565 . G A 594.86 PASS AF=0.568421;AO=53;DP=94;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00124893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.146;QD=25.0469;RBI=0.0199962;REFB=-0.0314506;REVB=0.0199571;RO=40;SAF=24;SAR=29;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115299;STB=0.552684;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0244679;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:40:41:53:54:0.568421:29:24:24:16:29:25:24:17 chr22 37690769 . AG GA 52.22 PASS AF=0.245283;AO=11;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0399124;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=35.2053;QD=3.94105;RBI=0.0403424;REFB=-0.170684;REVB=0.0058746;RO=37;SAF=8;SAR=3;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179397;STB=0.556913;STBP=0.673;TYPE=mnp;VARB=0.0926027;OID=.;OPOS=37690769;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:53:53:37:40:11:13:0.245283:3:8:22:15:4:9:25:15 chr22 37770066 . G T 501.8 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0120218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.827;QD=18.5851;RBI=0.0121727;REFB=-0.00310724;REVB=0.00191089;RO=54;SAF=35;SAR=18;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06712;STB=0.543338;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00246459;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:55:53:53:0.490741:18:35:32:22:18:35:32:23 chr22 37770630 . G A 675.65 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0480144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3828;QD=20.6305;RBI=0.0529237;REFB=-0.0469056;REVB=-0.0222608;RO=63;SAF=34;SAR=33;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014406;STB=0.503988;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0435969;OID=.;OPOS=37770630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:64:67:67:0.51145:33:34:33:30:33:34:33:31 chr22 37771158 . G A 214.93 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0216928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7316;QD=21.4927;RBI=0.0343236;REFB=-0.00297935;REVB=-0.0265994;RO=19;SAF=18;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291138;STB=0.666481;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00214452;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:3:18:12:7:3:18:12:7 chr22 37771985 . A G 196.5 PASS AF=0.42;AO=14;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.00565755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.67;QD=15.7198;RBI=0.0116161;REFB=-0.0306012;REVB=-0.0101452;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160064;STB=0.587318;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0382697;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:29:14:21:0.42:11:3:3:21:16:5:4:25 chr22 38005144 . T C 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5535;QD=56.7024;RBI=0.127484;REFB=0;REVB=-0.1145;RO=0;SAF=25;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00324555;OID=.;OPOS=38005144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:4:25:0:0:4:25:0:0 chr22 38035851 . A G 410.15 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2601;QD=56.5724;RBI=0.115724;REFB=0;REVB=-0.0955701;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0033453;OID=.;OPOS=38035851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:12:17:0:0 chr22 38051999 . C T 1608.26 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0228285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.462;QD=59.0188;RBI=0.0230007;REFB=0.0398295;REVB=-0.00280913;RO=1;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106653;STB=0.505617;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000207249;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:44:64:0:1:44:64:0:1 chr22 38065655 . A G 770.14 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270545;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.81;QD=64.1783;RBI=0.0504111;REFB=0;REVB=0.0425363;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307228;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr22 38074434 . G A 858.13 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0383524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.572;QD=52.0081;RBI=0.0544795;REFB=-0.0989065;REVB=0.0386926;RO=3;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769734;STB=0.510571;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0059019;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:3:4:62:62:0.939394:36:26:1:2:36:26:1:3 chr22 38119213 . G A 147.81 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0118215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.193;QD=11.825;RBI=0.0138369;REFB=-0.016765;REVB=0.007191;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159798;STB=0.509423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0294088;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:8:9:17:16:8:9:17:16 chr22 38119754 . TCAA T 44.71 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0652739;FXX=0.176367;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.238;QD=12.7737;RBI=0.0661095;REFB=-0.0056001;REVB=-0.0104774;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570417;STB=0.832537;STBP=0.14;TYPE=del;VARB=0.0097405;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:5:17:6:14:8:4:2:0:8:44:8:3:2:0:8 chr22 38121152 . C A 322.87 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0098084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7266;QD=21.8896;RBI=0.0154087;REFB=-0.0332486;REVB=-0.0118837;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974264;STB=0.553814;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0258494;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:18:15:15:11:18:15:15:11 chr22 38122122 . T C 481.51 PASS AF=0.5;AO=48;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=40;FWDB=-0.0266125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9681;QD=20.4897;RBI=0.0386774;REFB=-0.00568105;REVB=-0.0280663;RO=46;SAF=10;SAR=38;SRF=6;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112936;STB=0.535863;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00767284;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:48:47:0.5:38:10:6:40:38:9:7:40 chr22 38122448 . C T 43.18 PASS AF=0.375;AO=2;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.180345;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0731;QD=10.7956;RBI=0.190355;REFB=-0.0445225;REVB=0.0609163;RO=3;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.635901;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0462945;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:17:16:3:9:2:6:0.375:2:0:0:3:4:2:5:4 chr22 38122462 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=9;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.039;QD=45.8039;RBI=0.0607035;REFB=0;REVB=-0.0528873;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208217;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:9:14:1:5:4:0:0:7:7:0:0 chr22 38129332 . G A 434.17 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0421543;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8383;QD=13.7831;RBI=0.0997312;REFB=-0.0348879;REVB=0.0903843;RO=74;SAF=36;SAR=14;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223378;STB=0.620639;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0725327;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:76:50:50:0.396825:14:36:39:35:14:36:41:35 chr22 38130459 . G T 375.08 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00751337;FXX=0.0972087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.353;QD=23.0821;RBI=0.00833067;REFB=-0.0191345;REVB=0.00359851;RO=20;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630389;STB=0.513916;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0151737;OID=.;OPOS=38130459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:20:28:36:37:0.569231:16:20:13:7:16:21:15:13 chr22 38130472 . T C 1157.38 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00765096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.29;QD=59.3529;RBI=0.00771035;REFB=-0.0665807;REVB=0.00095515;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108787;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000335246;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:33:43:1:0:33:44:1:0 chr22 38164106 . C T 215.88 PASS AF=0.472727;AO=24;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000973245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.915;QD=15.7003;RBI=0.0106897;REFB=-0.0239797;REVB=-0.0106454;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900295;STB=0.56797;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0335904;OID=.;OPOS=38164106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:29:24:26:0.472727:13:11:16:13:15:11:16:13 chr22 38202552 . T C 909.48 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254368;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9736;QD=56.8426;RBI=0.0260085;REFB=-0.0675687;REVB=0.00542327;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0018529;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:1:0:34:29:1:0 chr22 38202642 . G T 366.0 PASS AF=0.875;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0120186;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.932;QD=45.7499;RBI=0.032095;REFB=-0.0259229;REVB=-0.0297598;RO=3;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796088;STB=0.555517;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000781412;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:32:3:4:28:28:0.875:16:12:0:3:16:12:0:4 chr22 38202734 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.537;QD=50.4135;RBI=0.0165567;REFB=0;REVB=-0.0095105;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17612e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr22 38204089 . C T 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0165145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.024;QD=16.0926;RBI=0.0165343;REFB=-0.011637;REVB=-0.000808503;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098595;STB=0.55552;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0161885;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:17:14:21:17:17:14:21:17 chr22 38205989 . T C 332.04 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0440016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.932;QD=16.0021;RBI=0.0461068;REFB=-0.0279179;REVB=0.0137731;RO=46;SAF=10;SAR=26;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212438;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321675;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:36:36:0.433735:26:10:12:34:26:10:13:34 chr22 38251629 . C G 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0100201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.289;QD=14.8498;RBI=0.0536264;REFB=-0.00860151;REVB=0.0526819;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289935;STB=0.516761;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0111356;OID=.;OPOS=38251629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:13:16:11:8:13:16 chr22 38273749 . T C 193.46 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0278194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0614;QD=32.2426;RBI=0.0365892;REFB=-0.0192997;REVB=-0.0237666;RO=6;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266766;STB=0.51469;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00320688;OID=.;OPOS=38273749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:11:7:2:4:11:7:2:4 chr22 38323700 . C T 801.48 PASS AF=0.861111;AO=61;DP=72;FAO=62;FDP=72;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0279842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.241;QD=44.5265;RBI=0.0356786;REFB=-0.179589;REVB=0.0221325;RO=5;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645194;STB=0.505017;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00439205;OID=.;OPOS=38323700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:72:72:5:10:61:62:0.861111:34:27:0:5:35:27:4:6 chr22 38341134 . T C 1408.5 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.481;QD=62.6;RBI=0.0571796;REFB=0;REVB=-0.0287912;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32072e-05;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr22 38379670 . C A 105.25 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00302291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1455;QD=19.1354;RBI=0.00306343;REFB=-0.0517207;REVB=-0.000496611;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260731;STB=0.651885;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.072087;OID=.;OPOS=38379670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:22:22:10:10:12:12:0.545455:10:2:4:6:10:2:4:6 chr22 38470938 . C T 326.81 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0115911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.883;QD=29.7101;RBI=0.0209134;REFB=-0.0171675;REVB=-0.0174073;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188767;STB=0.596952;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00896513;OID=.;OPOS=38470938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:16:27:28:0.636364:17:10:2:14:18:10:2:14 chr22 38474696 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.209;QD=60.6101;RBI=0.0376684;REFB=0;REVB=-0.0110366;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001007;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr22 38477930 . G A 120.78 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0694012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.837;QD=14.6397;RBI=0.0932826;REFB=0.0336989;REVB=0.0623307;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346333;STB=0.701463;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0304472;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:12:7:10:4:12:7 chr22 38483154 . GT GTTCATGGGTG,TG 94.42 PASS AF=0.233333,0.166667;AO=7,5;DP=31;FAO=7,5;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4,5;FSAR=3,0;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0328668,-0.0201306;FXX=0.0322477;HRUN=2,4;LEN=9,2;MLLD=102.799,141.486;QD=12.5895;RBI=0.0329447,0.0299793;REFB=-0.0328769,-0.0185717;REVB=0.00226459,-0.0222152;RO=13;SAF=5,5;SAR=2,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0277775,0.671991;STB=0.703244,0.996519;STBP=0.271,0.228;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0476407,0.0110352;OID=.,.;OPOS=38483156,38483154;OREF=-,GT;OALT=TCATGGGTG,TG;OMAPALT=GTTCATGGGTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:31:30:13:18:7,5:7,5:0.233333,0.166667:2,0:5,5:9:4:3,0:4,5:15:3 chr22 38503847 . C T 499.92 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0242557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.348;QD=54.0459;RBI=0.0246341;REFB=-0.166298;REVB=0.00430112;RO=2;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583286;STB=0.531232;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0012601;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:2:2:34:35:0.945946:15:19:0:2:15:20:0:2 chr22 38506509 . A G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00292438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.941;QD=44.0924;RBI=0.0135805;REFB=0.0732861;REVB=0.0132619;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000609747;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:16:17:0.944444:5:11:0:0:6:11:0:1 chr22 38611045 . C A 645.58 PASS AF=0.333333;AO=80;DP=240;FAO=80;FDP=240;FR=.;FRO=160;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=95;FSRR=65;FWDB=-0.0142758;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.907;QD=10.7597;RBI=0.0158703;REFB=-0.00777573;REVB=-0.00693326;RO=156;SAF=49;SAR=31;SRF=91;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351378;STB=0.513086;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0139696;OID=.;OPOS=38611045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:156:160:80:80:0.333333:31:49:91:65:31:49:95:65 chr22 38823136 . T C 446.87 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0161;QD=57.6611;RBI=0.0380079;REFB=0;REVB=-0.0198127;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052015;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr22 38877461 . T G 423.72 PASS AF=0.418803;AO=47;DP=115;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0225847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.551;QD=14.4862;RBI=0.0229457;REFB=-0.0188309;REVB=0.00405401;RO=68;SAF=17;SAR=30;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266526;STB=0.644432;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0349985;OID=.;OPOS=38877461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:68:68:47:49:0.418803:30:17:42:26:31:18:42:26 chr22 38993370 . C T 518.57 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00357864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.638;QD=18.0372;RBI=0.00491485;REFB=-0.0139358;REVB=0.00336885;RO=59;SAF=27;SAR=28;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000575395;STB=0.504742;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0166356;OID=.;OPOS=38993370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:60:55:55:0.478261:28:27:29:30:28:27:30:30 chr22 39069181 . T C 223.58 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0101726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.09;QD=14.905;RBI=0.011584;REFB=-0.0143911;REVB=0.00554134;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238629;STB=0.501354;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0153501;OID=.;OPOS=39069181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:21:13:10:16:21:13 chr22 39079964 . T C 283.74 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0159101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.836;QD=23.1622;RBI=0.0232504;REFB=0.00170824;REVB=-0.0169543;RO=23;SAF=1;SAR=24;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592854;STB=0.848669;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00191635;OID=.;OPOS=39079964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:25:26:0.530612:24:1:8:15:25:1:8:15 chr22 39130843 . C G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0204668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.659;QD=19.976;RBI=0.0204733;REFB=0.00360125;REVB=0.000513423;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466294;STB=0.52629;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00328167;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:13:7:8:12:13:7 chr22 39134207 . C T 534.78 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.00931861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.99;QD=23.5067;RBI=0.00958166;REFB=-0.0121455;REVB=-0.00222973;RO=41;SAF=34;SAR=16;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353803;STB=0.694102;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126625;OID=.;OPOS=39134207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:16:34:10:31:16:34:10:31 chr22 39148537 . T C 486.8 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0225745;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0809;QD=26.6737;RBI=0.0235154;REFB=-0.00239581;REVB=0.0065853;RO=27;SAF=31;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20593;STB=0.620345;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00183216;OID=.;OPOS=39148537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:27:28:45:45:0.616438:14:31:11:16:14:31:11:17 chr22 39178701 . A G 293.58 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0117837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.177;QD=19.9037;RBI=0.0220144;REFB=-0.0205758;REVB=0.0185951;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129126;STB=0.571859;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.014919;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:15:13:19:12:15:13 chr22 39222652 . G A 411.44 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00602019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.464;QD=19.1366;RBI=0.00653278;REFB=-0.00197757;REVB=-0.00253664;RO=44;SAF=27;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00648967;STB=0.503608;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00186653;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:15:27:28:16:15:27:28:16 chr22 39357581 . C T 79.85 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00545499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.187;QD=5.80718;RBI=0.0407313;REFB=-0.00651585;REVB=0.0403644;RO=42;SAF=2;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422939;STB=0.781799;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0374177;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:10:2:20:22:10:2:21:22 chr22 39358136 . A G 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.0197989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.521;QD=1.52792;RBI=0.0199987;REFB=-0.000815175;REVB=-0.00282007;RO=91;SAF=6;SAR=4;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189013;STB=0.526264;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00909799;OID=.;OPOS=39358136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:91:94:10:10:0.0961538:4:6:56:35:4:6:59:35 chr22 39381826 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.11;QD=63.5825;RBI=0.00796034;REFB=0;REVB=-0.000373563;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34721e-05;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr22 39381999 . T C 400.42 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.004;QD=55.2305;RBI=0.0882928;REFB=0;REVB=0.00089568;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322403;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:15:12:0:0:16:13:0:0 chr22 39382079 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.857;QD=53.276;RBI=0.0419405;REFB=0;REVB=0.0178082;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341653;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr22 39387558 . C T 647.92 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0225086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8532;QD=57.5931;RBI=0.0339874;REFB=-0.121059;REVB=-0.0254657;RO=2;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720279;STB=0.538443;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00149857;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:12:31:0:2:12:31:0:2 chr22 39440149 . C T 413.44 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0446758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3537;QD=48.6395;RBI=0.0448901;REFB=-0.222734;REVB=0.00438114;RO=3;SAF=10;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120973;STB=0.54164;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0289792;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:3:2:30:32:0.941176:20:10:3:0:21:11:2:0 chr22 39441096 . G T 1656.09 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0261538;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.259;QD=57.6031;RBI=0.0365483;REFB=-0.0758288;REVB=0.0255295;RO=2;SAF=61;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00149855;STB=0.50555;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00301913;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:115:2:3:112:112:0.973913:51:61:1:1:51:61:1:2 chr22 39441203 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.727;QD=56.9341;RBI=0.0571068;REFB=0;REVB=-0.0274339;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41128e-05;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr22 39445436 . G A 180.86 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00119977;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.888;QD=22.6073;RBI=0.00152301;REFB=-0.0227819;REVB=-0.000938144;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172371;STB=0.609247;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0289708;OID=.;OPOS=39445436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:14:18:18:0.5625:13:5:7:8:13:5:7:7 chr22 39445554 . G A 924.66 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564062;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.835;QD=58.7086;RBI=0.0166519;REFB=0;REVB=-0.0156674;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227927;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr22 39496322 . TAAC T 307.42 PASS AF=0.423729;AO=48;DP=116;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.000573091;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=3;MLLD=309.265;QD=10.4212;RBI=0.00555006;REFB=0.00203893;REVB=-0.00552039;RO=61;SAF=23;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201914;STB=0.51463;STBP=0.804;TYPE=del;VARB=-0.00311959;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:48:116:50:118:68:23:27:33:35:99:61:23:25:28:33 chr22 39496336 . G T 464.74 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0328826;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.205;QD=16.451;RBI=0.0330789;REFB=-0.0426924;REVB=0.00359917;RO=62;SAF=23;SAR=28;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165987;STB=0.509265;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0215907;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:28:23:29:33:28:23:29:33 chr22 39496412 . G C 383.23 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.038295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.154;QD=20.1701;RBI=0.0413364;REFB=-0.0220353;REVB=-0.0155624;RO=37;SAF=13;SAR=26;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189704;STB=0.605449;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0210602;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:26:13:20:17:26:13:20:17 chr22 39497404 . G C 393.92 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00702144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.235;QD=14.8651;RBI=0.0237239;REFB=-0.0213298;REVB=-0.022661;RO=61;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26555;STB=0.639739;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0302866;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:44:45:0.424528:16:28:23:38:17:28:23:38 chr22 39497452 . A G 257.44 PASS AF=0.462687;AO=29;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0644681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2077;QD=15.3696;RBI=0.0842325;REFB=-0.0537756;REVB=-0.0542123;RO=37;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263232;STB=0.664543;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0532629;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:36:29:31:0.462687:9:20:16:21:9:22:15:21 chr22 39497454 . G C 267.52 PASS AF=0.476923;AO=29;DP=62;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0502589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.0894;QD=16.4629;RBI=0.0527311;REFB=-0.0195557;REVB=-0.0159565;RO=33;SAF=21;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35033;STB=0.698296;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0334528;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:33:34:29:31:0.476923:8:21:12:21:8:23:13:21 chr22 39497509 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8076;QD=56.1899;RBI=0.0193199;REFB=0;REVB=-0.0139077;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30522e-06;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr22 39498038 . G C 148.0 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0164327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.673;QD=14.0948;RBI=0.0477079;REFB=-0.00552619;REVB=0.0447885;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250898;STB=0.669241;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00310397;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:15:17:0.404762:8:7:6:19:8:9:6:19 chr22 39709009 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.509;QD=58.9627;RBI=0.0759461;REFB=0;REVB=0.0101283;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014435;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr22 39712981 . A G 719.88 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158099;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.792;QD=56.4609;RBI=0.0200777;REFB=0;REVB=0.0123759;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421962;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:33:18:0:0 chr22 39770597 . A G 288.69 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.712;QD=52.4885;RBI=0.0387216;REFB=0;REVB=-0.000214115;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517379;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 853.75 PASS AF=0.983607;AO=55;DP=69;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202389;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=3;MLLD=269.148;QD=55.9834;RBI=0.0203087;REFB=-0.0542169;REVB=0.00168186;RO=10;SAF=32;SAR=23;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065372;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=ins;VARB=0.000876847;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983607:55:69:60:61:1:36:24:1:0:3:10:32:23:8:2 chr22 39781585 . C T 1485.4 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5643;QD=63.2085;RBI=0.027538;REFB=0;REVB=0.0208013;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227664;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr22 39966856 . C T 375.31 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0275638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2477;QD=45.4923;RBI=0.0464116;REFB=-0.0385498;REVB=0.0373399;RO=3;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851881;STB=0.516767;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0972904;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:3:4:29:29:0.878788:18:11:1:2:18:11:1:3 chr22 40054948 . T C 352.05 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5264;QD=54.1616;RBI=0.0811925;REFB=0;REVB=0.033613;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378798;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr22 40057273 . T C 1865.06 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00847356;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.153;QD=60.6523;RBI=0.0340264;REFB=-0.104351;REVB=0.0329544;RO=1;SAF=70;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067388;STB=0.503546;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000303501;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:1:1:122:122:0.99187:52:70:1:0:52:70:1:0 chr22 40061996 . C T 381.36 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0469015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.539;QD=22.433;RBI=0.0469038;REFB=0.00504205;REVB=0.000468005;RO=30;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450305;STB=0.524787;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00426217;OID=.;OPOS=40061996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:22:16:11:19:22:16:11:19 chr22 40673999 . C T 1324.32 PASS AF=1;AO=73;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0316;QD=61.5961;RBI=0.0868451;REFB=0;REVB=0.086708;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116551;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:73:86:1:25:48:0:0:32:54:0:0 chr22 40726749 . C T 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.011697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.168;QD=20.6395;RBI=0.0197259;REFB=-0.00957024;REVB=-0.0158836;RO=31;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107325;STB=0.568104;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00915202;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:32:36:36:0.529412:23:13:15:16:23:13:16:16 chr22 40726762 . A G 209.63 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0768045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2006;QD=15.5278;RBI=0.079239;REFB=-0.0183146;REVB=-0.019491;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202595;STB=0.615286;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0275788;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:16:8:16:14:16:8:16:14 chr22 40731777 . G A 53.27 PASS AF=0.169811;AO=11;DP=60;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0115245;FXX=0.158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.491;QD=4.02003;RBI=0.0116627;REFB=-0.00163319;REVB=0.00178971;RO=45;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103153;STB=0.58315;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00911224;OID=.;OPOS=40731777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:60:53:45:44:11:9:0.169811:7:4:20:25:5:4:24:20 chr22 40803186 . G T 172.59 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.031578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.305;QD=18.167;RBI=0.0712059;REFB=-0.0165032;REVB=0.0638209;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14072;STB=0.579534;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0189834;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:15:5:7:11:15:5 chr22 40814500 . T C 182.31 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0197123;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.539;QD=23.5237;RBI=0.0197405;REFB=-0.0267182;REVB=-0.00105501;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169342;STB=0.626195;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0241738;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:11:13:18:18:0.580645:11:7:7:4:11:7:9:4 chr22 40814749 . C T 40.11 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.121449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.8459;QD=14.5846;RBI=0.121524;REFB=-0.0927693;REVB=-0.00427196;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344857;STB=0.70522;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0936941;OID=.;OPOS=40814749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:4:1:4:2:4:1 chr22 41075543 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7602;QD=44.6898;RBI=0.159242;REFB=0;REVB=-0.14532;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00961594;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr22 41075695 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.043;QD=52.6129;RBI=0.0660059;REFB=0;REVB=-0.00959866;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159443;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr22 41257894 . A AT,T 32.69 PASS AF=0.0952381,0.047619;AO=9,3;DP=67;FAO=6,3;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=2,3;FSAR=4,0;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0981515,0.00259561;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=12.1932,189.956;QD=2.07569;RBI=0.109952,0.0117039;REFB=-0.056265,0.00422627;REVB=-0.0495548,-0.0114125;RO=55;SAF=2,3;SAR=7,0;SRF=27;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.340359,0.457578;STB=0.604293,0.996858;STBP=0.606,0.045;TYPE=ins,snp;VARB=0.0226468,-0.0138816;OID=.,.;OPOS=41257895,41257894;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:67:63:55:54:9,3:6,3:0.0952381,0.047619:7,0:2,3:27:28:4,0:2,3:24:30 chr22 41551039 . T A 337.3 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00360194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.518;QD=13.099;RBI=0.0112959;REFB=-0.000433087;REVB=-0.0107062;RO=63;SAF=12;SAR=28;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16971;STB=0.596964;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000572704;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:28:12:28:35:28:12:28:35 chr22 41604353 . C T 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00302023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.519;QD=13.9568;RBI=0.117854;REFB=-0.0119224;REVB=0.117815;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0122312;OID=.;OPOS=41604353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:4:3:2:5:4:3 chr22 41604399 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0162637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3466;QD=13.4859;RBI=0.0545701;REFB=-0.0177599;REVB=-0.0520902;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0189703;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:6:5:4:5:6:5 chr22 41610024 . G A 385.82 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0320455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.055;QD=15.5888;RBI=0.0333695;REFB=-0.000270156;REVB=-0.00930652;RO=57;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068741;STB=0.542719;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00016244;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:58:41:41:0.414141:24:17:20:37:24:17:20:38 chr22 41617318 . G C 1026.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.787;QD=59.4896;RBI=0.0410276;REFB=0;REVB=0.0286961;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36628e-05;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr22 41623351 . A G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00202159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.86;QD=27.6514;RBI=0.0293602;REFB=6.7184e-05;REVB=0.0292906;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234894;STB=0.629495;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=7.78065e-05;OID=.;OPOS=41623351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:9:9:1:8:9:9:1:8 chr22 41623890 . T A 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00541503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4435;QD=19.3672;RBI=0.0301522;REFB=-0.0366806;REVB=-0.029662;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253096;STB=0.644166;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0293752;OID=.;OPOS=41623890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:6:9:5:11:6:9 chr22 41645757 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.373;QD=57.6806;RBI=0.0234105;REFB=0;REVB=0.00792283;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132144;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr22 41829794 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.427;QD=57.2026;RBI=0.00871153;REFB=0;REVB=0.00135727;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94949e-06;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:23:30:1:12:11:0:0:16:14:0:0 chr22 41833116 . C T 322.46 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.135;QD=51.5934;RBI=0.0476594;REFB=0;REVB=0.0220102;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116579;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:1:0:24:25:1:8:16:1:0:8:17:0:0 chr22 41903813 . A C 629.15 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00201707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.551;QD=26.4904;RBI=0.00697158;REFB=-0.0211643;REVB=-0.0066734;RO=39;SAF=26;SAR=30;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750274;STB=0.540932;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0145351;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:39:56:56:0.589474:30:26:22:17:30:26:22:17 chr22 42059768 . G T 362.07 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0519929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.912;QD=15.4075;RBI=0.0521721;REFB=-0.0303338;REVB=-0.00432126;RO=53;SAF=24;SAR=15;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325775;STB=0.5315;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0360795;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:55:39:39:0.414894:15:24:31:22:15:24:31:24 chr22 42089623 . T C 752.73 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193365;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.404;QD=64.0625;RBI=0.034516;REFB=0;REVB=-0.0285912;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00406e-05;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr22 42159229 . G T 695.81 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5837;QD=60.505;RBI=0.0212744;REFB=-0.0211586;REVB=0.0136562;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000773828;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr22 42336172 . G A 348.14 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0107366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.544;QD=13.7876;RBI=0.014374;REFB=-0.0196812;REVB=-0.00955704;RO=60;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265705;STB=0.519632;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0273986;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:61:40:40:0.39604:19:21:33:27:19:21:34:27 chr22 42416056 . A G 344.75 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00165164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.042;QD=21.889;RBI=0.0048288;REFB=-0.0256423;REVB=0.00453755;RO=27;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055365;STB=0.541152;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0172704;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:23:12:11:16:23:12:12:16 chr22 42423052 . A G 197.68 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0183371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.534;QD=18.827;RBI=0.0199156;REFB=-0.0125155;REVB=-0.00777041;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168539;STB=0.595146;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0166019;OID=.;OPOS=42423052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:7:15:10:10:7:15 chr22 42423110 . G C 224.82 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.014271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.187;QD=19.9841;RBI=0.0252229;REFB=-0.0170321;REVB=-0.0207975;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115442;STB=0.565349;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0208863;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:10:13:15:7:10:13 chr22 42428727 . A T 624.49 PASS AF=0.508065;AO=62;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0399131;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6999;QD=20.1448;RBI=0.0415753;REFB=0.0163837;REVB=0.0116381;RO=60;SAF=41;SAR=21;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275412;STB=0.523802;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0207243;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:61:62:63:0.508065:21:41:38:22:21:42:38:23 chr22 42463814 . C T 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0113095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.233;QD=17.5644;RBI=0.0278792;REFB=-0.00347113;REVB=0.0254823;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163072;STB=0.596957;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00310367;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:16:16:23:11:16:16:24:11 chr22 42473860 . C G 68.77 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00374919;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.359;QD=7.23879;RBI=0.00872089;REFB=-0.0107232;REVB=-0.00787385;RO=29;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487551;STB=0.839199;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0346975;OID=.;OPOS=42473860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:39:38:29:28:9:10:0.263158:1:8:16:13:1:9:15:13 chr22 42474138 . C G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00290259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=348.976;QD=17.542;RBI=0.0125721;REFB=-0.00933568;REVB=-0.0122325;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147222;STB=0.584302;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00913096;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:7:9:6:9:7:9 chr22 42474676 . A ATTCTGC 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=-0.0193147;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=264.178;QD=9.88535;RBI=0.0203388;REFB=-0.0105685;REVB=-0.0063728;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254999;STB=0.646927;STBP=0.201;TYPE=ins;VARB=0.0190271;OID=.;OPOS=42474677;OREF=-;OALT=TTCTGC;OMAPALT=ATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327586:19:58:19:58:39:12:7:32:7:99:39:12:7:32:7 chr22 42486723 . G A 549.37 PASS AF=0.47541;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.000317716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.974;QD=18.0123;RBI=0.00233298;REFB=-0.0275222;REVB=0.00231124;RO=64;SAF=34;SAR=23;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137546;STB=0.579641;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0315303;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:64:64:57:58:0.47541:23:34:29:35:23:35:29:35 chr22 42523636 . C A 89.16 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0156482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9905;QD=3.71482;RBI=0.0165716;REFB=0.000838094;REVB=-0.00545455;RO=80;SAF=8;SAR=8;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157437;STB=0.510404;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00800648;OID=.;OPOS=42523636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:80:80:16:16:0.166667:8:8:39:41:8:8:39:41 chr22 42523943 . A G 362.01 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0109142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.031;QD=23.3556;RBI=0.0146634;REFB=-0.02304;REVB=0.00979264;RO=26;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503241;STB=0.527709;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0139793;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:13:23:15:11:13:23:15:11 chr22 42525756 . G A 235.69 PASS AF=0.509804;AO=20;DP=45;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.000657005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.989;QD=18.4858;RBI=0.0464462;REFB=-0.0224725;REVB=0.0464415;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168539;STB=0.660647;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0273144;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:51:22:25:20:26:0.509804:10:10:15:7:16:10:18:7 chr22 42526694 . G A 324.83 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=102;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0128565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.018;QD=12.6147;RBI=0.0130971;REFB=-0.0166244;REVB=-0.00249912;RO=61;SAF=14;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137126;STB=0.56352;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0237893;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:61:64:38:39:0.378641:24:14:30:31:24:15:31:33 chr22 42536313 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00165466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.379;QD=16.0653;RBI=0.0161071;REFB=-0.00454495;REVB=0.0160219;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536527;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00687702;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:18:18:0.428571:8:10:11:11:8:10:11:13 chr22 42537404 . G C 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0679145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.744;QD=13.7731;RBI=0.0708577;REFB=-0.00964689;REVB=-0.0202098;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316549;STB=0.691506;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0081645;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:14:6:18:12:14:6:19:12 chr22 42538029 . A G 473.93 PASS AF=0.637681;AO=42;DP=67;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00145138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.463;QD=27.474;RBI=0.00334514;REFB=-0.0269045;REVB=0.00301388;RO=24;SAF=10;SAR=32;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108673;STB=0.515145;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0149762;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:24:25:42:44:0.637681:32:10:6:18:32:12:6:19 chr22 42538508 . AG GA 364.98 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0207834;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.201;QD=33.9513;RBI=0.0207992;REFB=-0.0460241;REVB=0.00081197;RO=13;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116484;STB=0.563362;STBP=0.252;TYPE=mnp;VARB=0.00748338;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:17:13:3:10:17:13:3:10 chr22 42538514 . T TC 231.15 PASS AF=0.674419;AO=30;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0824407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.9835;QD=21.5021;RBI=0.0840936;REFB=-0.0695652;REVB=-0.0165908;RO=13;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116484;STB=0.543595;STBP=0.406;TYPE=ins;VARB=0.0242712;OID=.;OPOS=42538515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.674419:30:43:29:43:14:12:17:4:10:65:13:13:17:3:10 chr22 42538670 . G T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0141106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.544;QD=21.3756;RBI=0.0302003;REFB=-0.00099592;REVB=0.0267012;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256472;STB=0.646333;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000573177;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:22:23:23:0.511111:7:16:8:12:7:16:9:13 chr22 42538876 . A T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.546;QD=47.8204;RBI=0.0243245;REFB=0;REVB=0.0171869;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269365;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr22 42606257 . C T 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00176478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.414;QD=21.7447;RBI=0.0302371;REFB=-0.00221091;REVB=0.0301855;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524711;STB=0.529385;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00221047;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:13:7:9:13:13:7 chr22 42609148 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0503881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.003;QD=14.6525;RBI=0.0653966;REFB=0.00769554;REVB=-0.0416864;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229845;STB=0.635942;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00362073;OID=.;OPOS=42609148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:1:4:3:3:1:4 chr22 42912106 . C T 63.91 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00978831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.996;QD=7.98891;RBI=0.00980348;REFB=0.00258244;REVB=0.000545167;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636181;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00505238;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:11:11:5:4:12:11 chr22 42961277 . T C 72.99 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0213963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.685;QD=20.855;RBI=0.0214302;REFB=-0.00503968;REVB=-0.00120425;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258785;STB=0.659987;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00205915;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:14:5:5:8:9:0.642857:6:2:3:2:7:2:3:2 chr22 42965167 . C A,CA 435.33 PASS AF=0,1;AO=4,23;DP=53;FAO=0,31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384317,-0.0644884;FXX=0.326016;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=203.795,19.8847;QD=56.1713;RBI=0.0412414,0.0661389;REFB=0,0;REVB=-0.0410619,-0.0146831;RO=25;SAF=1,13;SAR=3,10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.459302,-0.109815;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00281267;OID=.,.;OPOS=42965167,42965168;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:53:31:25:0:4,23:0,31:0,1:3,10:1,13:17:8:0,14:0,17:0:0 chr22 42965169 . A AG 120.04 PASS AF=0.326087;AO=13;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00187893;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=158.022;QD=10.4383;RBI=0.0124694;REFB=-0.0126854;REVB=-0.012327;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259864;STB=0.51019;STBP=0.933;TYPE=ins;VARB=0.0439428;OID=.;OPOS=42965170;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087:13:47:15:46:31:8:7:17:14:99:31:7:6:16:15 chr22 42970032 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0113541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.019;QD=16.3854;RBI=0.0307916;REFB=0.00696257;REVB=0.0286218;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00829368;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:3:5:6:3:3:5 chr22 43011302 . C T 690.99 PASS AF=0.485915;AO=67;DP=140;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0269508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6034;QD=19.4644;RBI=0.0311443;REFB=-0.011678;REVB=-0.0156084;RO=73;SAF=32;SAR=35;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533157;STB=0.521316;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0120229;OID=.;OPOS=43011302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:73:73:67:69:0.485915:35:32:39:34:35:34:39:34 chr22 43036245 . G A 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.02056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.046;QD=20.9873;RBI=0.0224908;REFB=-0.00233281;REVB=0.00911704;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255049;STB=0.640374;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00269928;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:16:19:7:23:16:19:7:23 chr22 43088668 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0145685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.455;QD=15.619;RBI=0.0342092;REFB=-0.0180434;REVB=0.030952;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896612;STB=0.542325;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0335433;OID=.;OPOS=43088668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:6:12:14:10:6:12:15:10 chr22 43088729 . G C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0106497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.87;QD=19.1558;RBI=0.0240417;REFB=-0.0265749;REVB=0.0215543;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121916;STB=0.568901;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0283409;OID=.;OPOS=43088729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:14:9:11:10:14:9 chr22 43089055 . G C 131.17 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00482026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1731;QD=19.4325;RBI=0.00798857;REFB=-0.000236788;REVB=-0.00637043;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986172;STB=0.522358;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.015282;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:6:8:7:5:7:8:7:5 chr22 43193641 . G A 762.33 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.747;QD=63.5278;RBI=0.0303588;REFB=0;REVB=0.0236516;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87492e-05;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr22 43206950 . A C 937.3 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.887;QD=58.5812;RBI=0.10711;REFB=0;REVB=0.0803085;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143766;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:18:46:0:0:18:46:0:0 chr22 43435812 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.493;QD=50.4129;RBI=0.0565836;REFB=0;REVB=0.035645;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417683;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr22 43455432 . G A 1527.22 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110397;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.809;QD=57.6311;RBI=0.0228224;REFB=-0.0934617;REVB=-0.0199747;RO=0;SAF=37;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507352;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000618504;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:106:0:2:104:104:0.981132:67:37:0:0:67:37:0:2 chr22 43466217 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0277121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.981;QD=11.6339;RBI=0.0289597;REFB=-0.00164367;REVB=-0.00840846;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228926;STB=0.636097;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00208243;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:10:6:6:4:10:6 chr22 43466247 . G C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.884;QD=48.7349;RBI=0.0605647;REFB=0;REVB=0.0569078;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119337;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr22 43529314 . G C 1465.74 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.285;QD=63.0427;RBI=0.0667965;REFB=0;REVB=0.0227524;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133217;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:93:0:0:87:93:1:54:33:0:0:55:38:0:0 chr22 43558926 . A G 958.64 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417882;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4116;QD=58.9933;RBI=0.0446215;REFB=0;REVB=-0.0156467;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000857065;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr22 43558972 . G A 240.87 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00116931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.54;QD=14.598;RBI=0.0233126;REFB=-0.0132089;REVB=-0.0232832;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112608;STB=0.556481;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.013534;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:28:28:0.424242:12:16:17:20:12:16:18:20 chr22 43565703 . C T 214.98 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0156922;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.113;QD=8.5139;RBI=0.0180737;REFB=-0.0141835;REVB=0.00896731;RO=68;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267012;STB=0.527092;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0231229;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:68:72:29:29:0.287129:16:13:32:36:16:13:35:37 chr22 43568512 . C T 287.58 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0036228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.713;QD=13.5331;RBI=0.00530254;REFB=-0.0118536;REVB=0.00387199;RO=52;SAF=23;SAR=10;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120385;STB=0.568991;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00914025;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:10:23:31:21:10:23:31:21 chr22 43576904 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.002194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.308;QD=16.8229;RBI=0.0486188;REFB=-0.0840575;REVB=0.0485692;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0575559;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr22 43606143 . C T 346.05 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0174181;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7939;QD=18.9618;RBI=0.0236742;REFB=-0.0207065;REVB=0.0160336;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750722;STB=0.505879;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0240743;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:33:37:36:36:0.493151:21:15:11:22:21:15:15:22 chr22 43606215 . G A 305.16 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0368084;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7685;QD=17.4374;RBI=0.0524707;REFB=-0.0219643;REVB=0.037394;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210817;STB=0.511804;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0304412;OID=.;OPOS=43606215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:37:33:33:0.471429:18:15:16:21:18:15:16:21 chr22 43610207 . A G 865.1 PASS AF=0.50289;AO=85;DP=171;FAO=87;FDP=173;FR=.;FRO=86;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.0416052;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7975;QD=20.0024;RBI=0.0444112;REFB=-0.025348;REVB=0.015536;RO=84;SAF=54;SAR=31;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610654;STB=0.532773;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.034426;OID=.;OPOS=43610207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:84:86:85:87:0.50289:31:54:48:36:32:55:49:37 chr22 43614316 . C G 296.38 PASS AF=0.465753;AO=31;DP=70;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0164841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.466;QD=16.2401;RBI=0.0303821;REFB=-0.0307809;REVB=-0.0255215;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169768;STB=0.605517;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0359008;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:38:39:31:34:0.465753:15:16:13:25:15:19:14:25 chr22 43623395 . C G 286.13 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0187454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.518;QD=44.0196;RBI=0.0952771;REFB=0.0497031;REVB=0.0934149;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.539533;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00321837;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:26:26:1:3:23:23:0.884615:8:15:1:0:8:15:1:2 chr22 43936383 . C T 93.27 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00554482;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.049;QD=17.766;RBI=0.0282895;REFB=-0.0230047;REVB=-0.0277408;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0159794;OID=.;OPOS=43936383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:5:5:6:5:5:5 chr22 43976396 . G A 1492.9 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218666;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.168;QD=63.5276;RBI=0.0363574;REFB=0;REVB=0.0290467;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101468;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:90:94:1:47:43:0:0:47:47:0:0 chr22 44022345 . G A 274.53 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0264325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.707;QD=19.966;RBI=0.036611;REFB=-0.0217818;REVB=0.0253315;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11784;STB=0.552596;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0195111;OID=.;OPOS=44022345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:12:17:18:7:12:17:18:8 chr22 44112845 . C T 2026.3 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2357;QD=62.3477;RBI=0.0673448;REFB=0;REVB=0.00641013;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139952;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:63:67:0:0:63:67:0:0 chr22 44221565 . C CAATA 961.4 PASS AF=0.8;AO=68;DP=94;FAO=72;FDP=90;FR=.;FRO=18;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0209281;FXX=0.0425487;HRUN=2;LEN=4;MLLD=243.818;QD=42.7289;RBI=0.0209599;REFB=0.00212748;REVB=-0.00115529;RO=21;SAF=42;SAR=26;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685255;STB=0.52624;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=-0.00057544;OID=.;OPOS=44221566;OREF=-;OALT=AATA;OMAPALT=CAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:68:94:72:90:18:43:29:13:5:99:21:42:26:16:5 chr22 44282276 . A G 946.23 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00734633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.159;QD=55.6606;RBI=0.0370193;REFB=-0.0776259;REVB=-0.0362831;RO=2;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363018;STB=0.519225;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000382643;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:25:41:0:2:25:41:0:2 chr22 44282307 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9311;QD=58.4191;RBI=0.0185814;REFB=0;REVB=-0.0175316;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97929e-05;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr22 44285765 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.486;QD=61.3342;RBI=0.0614675;REFB=0;REVB=0.0373261;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258044;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr22 44286950 . G A 405.9 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.002;QD=55.9867;RBI=0.00831343;REFB=0;REVB=0.00437149;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11458e-05;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:14:15:0:0 chr22 44342116 . A G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00139206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.583;QD=14.5588;RBI=0.00197903;REFB=-0.00621665;REVB=-0.00140667;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609456;STB=0.524571;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0116939;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:35:26:26:0.42623:13:13:14:18:13:13:16:19 chr22 44368204 . A G 595.69 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.103708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1864;QD=20.3655;RBI=0.103726;REFB=0.00948134;REVB=-0.00193264;RO=56;SAF=23;SAR=37;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181885;STB=0.602628;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0100933;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:56:60:61:0.521368:37:23:33:23:38:23:33:23 chr22 44379822 . T C 196.85 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.00192304;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.111;QD=7.95349;RBI=0.00276337;REFB=0.00585115;REVB=-0.00198447;RO=60;SAF=16;SAR=11;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294483;STB=0.514008;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0144877;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:60:72:27:27:0.272727:11:16:37:23:11:16:44:28 chr22 44379838 . A G 209.57 PASS AF=0.28;AO=28;DP=99;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00689657;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.024;QD=8.38296;RBI=0.0237234;REFB=-0.00382191;REVB=-0.0226988;RO=70;SAF=12;SAR=16;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170621;STB=0.610092;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00912072;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:70:72:28:28:0.28:16:12:40:30:16:12:42:30 chr22 44386281 . C T 218.05 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00481252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.508;QD=11.4761;RBI=0.0177084;REFB=-0.00590455;REVB=0.0170419;RO=49;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169206;STB=0.509797;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00819083;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:18:9:17:32:18:9:17:32 chr22 44489868 . T C 342.99 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0570527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5887;QD=24.0697;RBI=0.0608724;REFB=-0.00819261;REVB=-0.0212234;RO=21;SAF=26;SAR=8;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948166;STB=0.562657;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00302448;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:23:34:34:0.596491:8:26:18:3:8:26:20:3 chr22 44489896 . T C 209.65 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0211072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.622;QD=18.6355;RBI=0.0347111;REFB=-0.0103325;REVB=-0.0275563;RO=24;SAF=16;SAR=5;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16269;STB=0.590978;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0113547;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:5:16:21:3:5:16:21:3 chr22 44546582 . A G 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000733069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.751;QD=56.9352;RBI=0.0160693;REFB=0;REVB=-0.0160526;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00089e-05;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr22 44582499 . T C 736.34 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.581;QD=62.6669;RBI=0.0373218;REFB=0;REVB=-0.0306899;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126647;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:42:47:1:21:21:0:0:21:26:0:0 chr22 44602229 . A C 1376.47 PASS AF=0.989011;AO=85;DP=87;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000508706;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.121;QD=60.5042;RBI=0.0362361;REFB=-0.0616879;REVB=0.0362325;RO=0;SAF=61;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56037e-08;STB=0.504064;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000251065;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:91:0:1:85:90:0.989011:24:61:0:0:29:61:1:0 chr22 44681612 . A G 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00437681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6126;QD=21.9702;RBI=0.0262343;REFB=-0.0255787;REVB=-0.0258666;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999867;STB=0.505612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0110382;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:12:8:7:10:12:8:7:10 chr22 44965320 . G A 1073.2 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0134409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5914;QD=57.2375;RBI=0.0586587;REFB=-0.244954;REVB=0.057098;RO=3;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105359;STB=0.500917;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0076681;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:3:2:72:73:0.973333:38:34:1:2:39:34:1:1 chr22 45126766 . A G 31.99 PASS AF=0.10989;AO=7;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0232161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.884;QD=1.40612;RBI=0.0403698;REFB=-0.00278829;REVB=-0.0330262;RO=74;SAF=4;SAR=3;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497666;STB=0.676045;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0574325;OID=.;OPOS=45126766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:91:91:74:81:7:10:0.10989:3:4:39:35:3:7:41:40 chr22 45126775 . T C 1377.33 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9411;QD=62.606;RBI=0.00793523;REFB=0;REVB=-0.00782648;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23359e-05;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:40:46:0:0:40:48:0:0 chr22 45130957 . G A 398.4 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.0158235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8243;QD=14.4874;RBI=0.0384166;REFB=-0.0234332;REVB=0.0350065;RO=63;SAF=34;SAR=12;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721592;STB=0.537533;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0382056;OID=.;OPOS=45130957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:12:34:43:20:12:34:44:20 chr22 45198008 . C CG 245.96 PASS AF=1;AO=4;DP=37;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177609;FXX=0.210471;HRUN=0;LEN=1;MLLD=14.3084;QD=32.7942;RBI=0.0267639;REFB=0;REVB=-0.0200215;RO=30;SAF=4;SAR=0;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0187135;OID=.;OPOS=45198009;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:37:30:30:0:23:7:0:0:3:30:4:0:20:10 chr22 45198009 . A C,G 528.24 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=5,30;DP=35;FAO=6,30;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6,20;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259097,0.0277137;FXX=0.0526177;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.581,63.012;QD=58.6931;RBI=0.0109349,0.0300028;REFB=0,0;REVB=0.0106235,0.0114945;RO=0;SAF=5,20;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.155476,-0.0302839;OID=.,.;OPOS=45198009,45198009;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:35:36:0:0:5,30:6,30:0.166667,0.833333:0,10:5,20:0:0:0,10:6,20:0:0 chr22 45244930 . C G,T 623.94 PASS AF=0.0465116,0.930233;AO=4,38;DP=42;FAO=2,40;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,18;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0596164,0.0963998;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.4508,100.934;QD=58.041;RBI=0.0626127,0.0975246;REFB=-0.0446338,-0.00836134;REVB=0.0191373,0.0147691;RO=0;SAF=0,17;SAR=4,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.53998e-08;STB=0.5,0.511106;STBP=1,0.512;TYPE=snp,snp;VARB=0.199621,0.00482858;OID=.,.;OPOS=45244930,45244930;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:43:0:1:4,38:2,40:0.0465116,0.930233:4,21:0,17:0:0:2,22:0,18:0:1 chr22 45255580 . G C 685.81 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000419307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.639;QD=58.3666;RBI=0.000873478;REFB=-0.00352858;REVB=0.000766254;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000218089;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:20:25:0:1:20:25:1:1 chr22 45255594 . G A 305.57 PASS AF=0.62;AO=28;DP=55;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00679022;FXX=0.0908926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.483;QD=24.4456;RBI=0.0465132;REFB=-0.0157632;REVB=0.0460149;RO=15;SAF=18;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159307;STB=0.588177;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00777919;OID=.;OPOS=45255594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:50:15:19:28:31:0.62:10:18:6:9:11:20:8:11 chr22 45255637 . G C 1287.11 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00467904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0524;QD=60.5699;RBI=0.103672;REFB=0.00612956;REVB=-0.103566;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114132;STB=0.506023;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000731595;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:43:41:1:0:43:41:1:0 chr22 45277909 . A G 291.54 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-7.62718e-05;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.147;QD=25.9144;RBI=0.00817448;REFB=-0.0268163;REVB=-0.00817413;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146734;STB=0.571374;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0170024;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:19:26:26:0.577778:12:14:7:13:12:14:7:12 chr22 45278065 . A T 469.16 PASS AF=0.459459;AO=49;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.106647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9951;QD=16.9067;RBI=0.106952;REFB=-0.0117363;REVB=0.00806666;RO=58;SAF=31;SAR=18;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182047;STB=0.600396;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0142117;OID=.;OPOS=45278065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:58:60:49:51:0.459459:18:31:26:32:18:33:28:32 chr22 45278187 . A T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.068;QD=60.0303;RBI=0.00531183;REFB=0;REVB=0.000180549;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21001e-06;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:25:47:0:0:25:47:0:0 chr22 45279119 . G A 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0213909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.763;QD=10.831;RBI=0.0228419;REFB=-0.0104615;REVB=-0.00801128;RO=47;SAF=5;SAR=21;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164344;STB=0.631035;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0185235;OID=.;OPOS=45279119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:50:26:26:0.342105:21:5:14:33:21:5:17:33 chr22 45566843 . A G 858.33 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.106;QD=57.2217;RBI=0.0201989;REFB=0;REVB=0.0173617;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55688e-05;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr22 45566912 . C A 793.79 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.874;QD=63.5028;RBI=0.0107729;REFB=0;REVB=0.0104596;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976728;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:32:18:0:0 chr22 45577231 . T C 518.4 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.016;QD=59.2458;RBI=0.0830734;REFB=0;REVB=0.039077;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725368;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr22 45583898 . A G 698.96 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000897582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.726;QD=54.8204;RBI=0.00804112;REFB=-0.0159632;REVB=0.00799087;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000809439;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:0:1:29:21:0:1 chr22 45593055 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0393145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.69;QD=9.56902;RBI=0.0394412;REFB=-0.0318191;REVB=-0.00315834;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481223;STB=0.529339;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0602559;OID=.;OPOS=45593055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:10:5:3:5:10:5 chr22 45603631 . C G 856.85 PASS AF=0.391635;AO=96;DP=247;FAO=103;FDP=263;FR=.;FRO=160;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=101;FSRR=59;FWDB=-0.0078025;FXX=0.025925;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.091;QD=13.0319;RBI=0.0124421;REFB=-0.00997259;REVB=-0.00969156;RO=148;SAF=58;SAR=38;SRF=93;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275132;STB=0.500119;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201686;OID=.;OPOS=45603631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:263:148:160:96:103:0.391635:38:58:93:55:38:65:101:59 chr22 45683304 . G C 44.54 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.00772371;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.115;QD=6.14317;RBI=0.00790132;REFB=-0.00450024;REVB=-0.00166588;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308366;STB=0.510175;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159195;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:29:23:22:7:7:0.241379:6:1:3:20:6:1:3:19 chr22 45685002 . A G 720.29 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.857;QD=56.493;RBI=0.0151875;REFB=0;REVB=0.00775979;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127239;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr22 45691594 . A G 993.97 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00647527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3971;QD=57.6216;RBI=0.0162596;REFB=-0.0333175;REVB=-0.0149146;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150024;STB=0.507934;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0024742;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:37:31:1:0:37:31:1:0 chr22 45718041 . A G 1652.59 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0313571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.514;QD=57.4814;RBI=0.0313798;REFB=-0.0226411;REVB=0.00119319;RO=3;SAF=23;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342059;STB=0.518041;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000398282;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:89:23:2:1:89:23:2:1 chr22 45723807 . G C 837.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074552;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6153;QD=57.7364;RBI=0.0709658;REFB=0;REVB=-0.0705731;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000639475;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr22 45723842 . G A 772.85 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00551138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.159;QD=50.6787;RBI=0.00672344;REFB=0.0830641;REVB=-0.00385089;RO=3;SAF=25;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217412;STB=0.52062;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000777671;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:3:4:57:57:0.934426:32:25:2:1:32:25:3:1 chr22 45723947 . A G 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.995;QD=44.6812;RBI=0.0611011;REFB=0;REVB=-0.0170124;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130651;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr22 45728370 . G A 1250.29 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=90;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0365636;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1714;QD=56.1926;RBI=0.0365636;REFB=-0.164496;REVB=6.03295e-05;RO=2;SAF=40;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230924;STB=0.518197;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00603844;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:90:89:2:5:84:84:0.94382:44:40:2:0:44:40:4:1 chr22 45737787 . A G 603.16 PASS AF=0.571429;AO=58;DP=101;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0447333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3006;QD=22.9774;RBI=0.0451383;REFB=-0.00439397;REVB=-0.00603326;RO=43;SAF=32;SAR=26;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314512;STB=0.526307;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00256562;OID=.;OPOS=45737787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:43:45:58:60:0.571429:26:32:22:21:27:33:22:23 chr22 45749942 . G GT,T 128.92 PASS AF=0.385714,0.0142857;AO=18,9;DP=70;FAO=27,1;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=22,1;FSAR=5,0;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0275142,-0.0456329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=13.1663,34.1444;QD=7.3671;RBI=0.0368083,0.0829845;REFB=-0.0984253,-0.0126333;REVB=-0.0244504,-0.0693113;RO=41;SAF=14,8;SAR=4,1;SRF=20;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.364954,0.529233;STB=0.726624,0.989959;STBP=0.006,0.469;TYPE=ins,snp;VARB=0.078039,0.199124;OID=.,.;OPOS=45749943,45749942;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:18,9:27,1:0.385714,0.0142857:4,1:14,8:20:21:5,0:22,1:21:21 chr22 45767391 . C T 199.43 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0278797;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.447;QD=18.993;RBI=0.0418059;REFB=-0.0321335;REVB=-0.0311521;RO=23;SAF=16;SAR=4;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395021;STB=0.515137;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0223364;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:22:20:20:0.47619:4:16:19:4:4:16:18:4 chr22 45767455 . A G 604.25 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0847381;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9643;QD=58.9514;RBI=0.090478;REFB=-0.0502915;REVB=0.031713;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.001373;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:40:40:0.97561:13:27:0:0:13:27:0:1 chr22 45782903 . T C 1287.83 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.89;QD=60.6039;RBI=0.0496334;REFB=-0.054088;REVB=-0.0158638;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000117592;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:0:1:84:84:0.988235:48:36:0:0:48:36:0:1 chr22 45789642 . A C 439.51 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258648;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.576;QD=54.9387;RBI=0.0396912;REFB=-0.0445521;REVB=0.0301065;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00102403;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr22 45813687 . G A 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00702656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6079;QD=15.111;RBI=0.0507355;REFB=0.000645269;REVB=-0.0502466;RO=38;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239551;STB=0.63681;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00184715;OID=.;OPOS=45813687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:22:7:17:21:22:7:17:21 chr22 45821887 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0127448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.963;QD=14.7422;RBI=0.01279;REFB=-0.00273941;REVB=-0.00107427;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.599886;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00337318;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:16:9:9:8:16:9 chr22 45821909 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.029967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8281;QD=12.9421;RBI=0.0299979;REFB=0.010459;REVB=-0.00136095;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183615;STB=0.607122;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00873354;OID=.;OPOS=45821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:16:9:8:7:16:9 chr22 45821935 . G A 120.83 PASS AF=0.35;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0367479;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3754;QD=12.0827;RBI=0.0599264;REFB=-0.0433491;REVB=0.0473366;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13947;STB=0.581978;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0552228;OID=.;OPOS=45821935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:26:26:14:14:0.35:6:8:18:8:6:8:18:8 chr22 45826880 . G A 354.09 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0257216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.575;QD=27.772;RBI=0.0482801;REFB=-0.0120642;REVB=0.040858;RO=18;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133042;STB=0.507277;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00569778;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:14:19:10:8:14:19:10:8 chr22 45898117 . T C 1025.31 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6903;QD=59.438;RBI=0.0361642;REFB=0;REVB=0.0197617;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307532;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr22 45898130 . A T 1064.59 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864697;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8518;QD=59.9771;RBI=0.0145846;REFB=0;REVB=-0.0117448;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15064e-05;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr22 45923827 . A G 2445.97 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.237;QD=61.1492;RBI=0.00952168;REFB=0;REVB=0.00802575;RO=0;SAF=82;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37308e-05;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:77:82:0:0:78:82:0:0 chr22 45937149 . C T 1206.75 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631223;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.169;QD=59.5924;RBI=0.0717162;REFB=0;REVB=0.0340408;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119376;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:73:81:1:40:33:0:0:47:34:0:0 chr22 46402715 . G T 693.06 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00171348;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.794;QD=19.2517;RBI=0.0347424;REFB=-0.021939;REVB=-0.0347001;RO=72;SAF=44;SAR=25;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169843;STB=0.604935;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0208414;OID=.;OPOS=46402715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:72:75:69:69:0.479167:25:44:33:39:25:44:33:42 chr22 46403039 . G A 724.44 PASS AF=0.5;AO=72;DP=149;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.028245;FXX=0.0126574;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.1905;QD=18.5753;RBI=0.0282458;REFB=-0.00995697;REVB=0.000211223;RO=75;SAF=41;SAR=31;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709104;STB=0.565113;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0124627;OID=.;OPOS=46403039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:156:75:78:72:78:0.5:31:41:37:38:31:47:37:41 chr22 46447714 . T C 343.15 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.012151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.56;QD=21.4466;RBI=0.0152381;REFB=-0.00215893;REVB=0.0091953;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592924;STB=0.539149;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00212018;OID=.;OPOS=46447714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:29:35:35:0.546875:15:20:18:10:15:20:19:10 chr22 46677607 . T C 779.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9321;QD=56.7163;RBI=0.0617115;REFB=0;REVB=0.052373;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109263;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:1:0:51:55:1:31:20:1:0:33:22:0:0 chr22 46722400 . T C,G 767.16 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=53,2;DP=55;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103114,-0.0068715;FXX=0.0357079;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.712,87.7866;QD=56.8264;RBI=0.0135836,0.0701599;REFB=0,0;REVB=-0.00884246,-0.0698226;RO=0;SAF=31,2;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.76368e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00219379,0.0686207;OID=.,.;OPOS=46722400,46722400;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:54:0:0:53,2:53,1:0.981481,0.0185185:22,0:31,2:0:0:22,0:31,1:0:0 chr22 46858809 . G A 264.37 PASS AF=0.418919;AO=29;DP=72;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00800948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.709;QD=14.2904;RBI=0.0113757;REFB=0.00221654;REVB=0.00807799;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316384;STB=0.529598;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00284948;OID=.;OPOS=46858809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:42:43:29:31:0.418919:15:14:19:23:15:16:20:23 chr22 46929692 . A G 1377.33 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6554;QD=62.6059;RBI=0.0480561;REFB=0;REVB=-0.0282243;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23191e-05;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:42:45:0:0:43:45:0:0 chr22 46931077 . G C 393.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.336;QD=56.2172;RBI=0.0195893;REFB=0;REVB=0.00661743;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90525e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr22 46931793 . G C,T 644.28 PASS AF=0.931818,0.0454545;AO=41,2;DP=44;FAO=41,2;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214768,0.0165854;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=209.589,63.1199;QD=58.5711;RBI=0.022131,0.0245581;REFB=-0.0121118,-0.000812244;REVB=0.00534127,-0.0181115;RO=1;SAF=18,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0199652,0.697199;STB=0.510633,0.993266;STBP=0.517,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.000644383,0.0125935;OID=.,.;OPOS=46931793,46931793;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:1:1:41,2:41,2:0.931818,0.0454545:23,0:18,2:0:1:23,0:18,2:0:1 chr22 46931838 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.834;QD=60.9785;RBI=0.0302248;REFB=0;REVB=-0.00235403;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196932;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr22 47058992 . T C,G 3391.19 PASS AF=0.973684,0;AO=212,10;DP=228;FAO=222,0;FDP=228;FR=.;FRO=6;FSAF=135,0;FSAR=87,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0358054,-0.079474;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=61.5848,23.3981;QD=59.4945;RBI=0.0375887,0.108012;REFB=0.0267724,0.0676652;REVB=0.0114405,-0.073147;RO=3;SAF=132,3;SAR=80,7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0107027,-0.29369;STB=0.506234,0.5;STBP=0.283,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000374466,0;OID=.,.;OPOS=47058992,47058992;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:228:228:3:6:212,10:222,0:0.973684,0:80,7:132,3:3:0:87,0:135,0:5:1 chr22 47075462 . C T 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00103686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.438;QD=17.2888;RBI=0.0481902;REFB=-0.00325289;REVB=-0.048179;RO=32;SAF=21;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140608;STB=0.572903;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00233108;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:9:21:18:14:9:21:19:14 chr22 47185265 . G T 339.08 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1867;QD=54.2523;RBI=0.0118872;REFB=0;REVB=0.00843449;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140814;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr22 47311404 . A T 391.75 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0128817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.585;QD=19.3458;RBI=0.0189687;REFB=-0.0219904;REVB=0.0139238;RO=41;SAF=32;SAR=8;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201796;STB=0.613271;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0280349;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:8:32:26:15:8:32:26:15 chr22 47569571 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4803;QD=51.9166;RBI=0.0471063;REFB=0;REVB=0.0212952;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089058;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr22 47857537 . T C 995.51 PASS AF=0.439834;AO=106;DP=241;FAO=106;FDP=241;FR=.;FRO=135;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=0.00849485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.646;QD=16.523;RBI=0.00849766;REFB=-0.0155869;REVB=-0.000218628;RO=134;SAF=52;SAR=54;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544744;STB=0.528081;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.014854;OID=.;OPOS=47857537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:134:135:106:106:0.439834:54:52:73:61:54:52:73:62 chr22 47857551 . T G 869.58 PASS AF=0.415584;AO=96;DP=230;FAO=96;FDP=231;FR=.;FRO=135;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=0.0105918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9524;QD=15.0577;RBI=0.0397617;REFB=-0.00456783;REVB=0.038325;RO=134;SAF=50;SAR=46;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172305;STB=0.511663;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00718124;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:134:135:96:96:0.415584:46:50:72:62:46:50:73:62 chr22 47857576 . A G 606.45 PASS AF=0.360976;AO=74;DP=205;FAO=74;FDP=205;FR=.;FRO=131;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.0157287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.971;QD=11.8332;RBI=0.0158172;REFB=-0.0116602;REVB=0.00167087;RO=131;SAF=37;SAR=37;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300364;STB=0.517069;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0205522;OID=.;OPOS=47857576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:131:131:74:74:0.360976:37:37:69:62:37:37:69:62 chr22 48023241 . G T 1665.29 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.01859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.622;QD=58.4311;RBI=0.0187053;REFB=-0.069078;REVB=-0.00207322;RO=2;SAF=62;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0018045;STB=0.50095;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000684379;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:50:62:1:1:50:62:1:1 chr22 48940553 . T C,G 948.75 PASS AF=0.924242,0.0757576;AO=61,5;DP=66;FAO=61,5;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40,5;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218278,0.0193265;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.287,164.478;QD=57.4999;RBI=0.0220694,0.0195548;REFB=0,0;REVB=0.00325697,0.0029793;RO=0;SAF=40,5;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00151006,0.13754;OID=.,.;OPOS=48940553,48940553;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:66:66:0:0:61,5:61,5:0.924242,0.0757576:21,0:40,5:0:0:21,0:40,5:0:0 chr22 48940644 . C T 1456.8 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000379329;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4212;QD=63.3392;RBI=0.00287043;REFB=0;REVB=-0.00284526;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210904;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr22 49246723 . A C 2968.12 PASS AF=1;AO=185;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352815;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4101;QD=62.4868;RBI=0.038991;REFB=-0.0531994;REVB=-0.0165985;RO=0;SAF=77;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.08534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99577e-05;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:191:190:0:0:185:190:1:108:77:0:0:110:80:0:0 chr22 49834747 . C T 682.73 PASS AF=0.423729;AO=71;DP=177;FAO=75;FDP=177;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=0.00206611;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.311;QD=15.429;RBI=0.00831749;REFB=-0.0302458;REVB=0.00805679;RO=106;SAF=25;SAR=46;SRF=41;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398795;STB=0.543198;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0402178;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:106:102:71:75:0.423729:46:25:41:65:50:25:41:61 chr22 50017234 . A G 168.46 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0292349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3476;QD=12.0329;RBI=0.0298053;REFB=-0.0179094;REVB=0.00580301;RO=34;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906617;STB=0.56404;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0662497;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:21:21:0.375:7:14:20:14:7:14:20:15 chr22 50018069 . A G 77.1 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0376216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.288;QD=13.4087;RBI=0.0655704;REFB=-0.034554;REVB=0.0537037;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60147;STB=0.782223;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0190607;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:23:13:13:8:10:0.434783:5:3:13:0:5:5:13:0 chr22 50216754 . G A 222.75 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00769892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5177;QD=12.5492;RBI=0.0433621;REFB=-0.00438097;REVB=0.0426732;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571195;STB=0.539554;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0138257;OID=.;OPOS=50216754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:13:14:20:23:13:14:20:24 chr22 50277835 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.556;QD=57.6769;RBI=0.0170096;REFB=0;REVB=0.00825989;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145513;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr22 50277883 . A G 649.79 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0938863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.491;QD=61.8847;RBI=0.0946359;REFB=0;REVB=-0.0118873;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488045;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr22 50278438 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.196;QD=62.0215;RBI=0.0221008;REFB=0;REVB=-0.0129326;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07908e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr22 50278568 . A G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00223573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.194;QD=16.896;RBI=0.0224502;REFB=-0.00459398;REVB=-0.0223386;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784731;STB=0.574318;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00127577;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:4:6:4:4:4:6:4:5 chr22 50278642 . C T 65.07 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0110317;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8118;QD=15.3111;RBI=0.0115995;REFB=-0.0340643;REVB=-0.00358466;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347252;STB=0.703751;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0724855;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:20:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:7:2:5:3:7:2 chr22 50280136 . T C 352.46 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0139932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.552;QD=21.0426;RBI=0.0235756;REFB=-0.0251596;REVB=-0.0189736;RO=28;SAF=12;SAR=24;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766984;STB=0.522715;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0231477;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:31:36:36:0.537313:24:12:7:21:24:12:9:22 chr22 50280688 . A C 52.38 PASS AF=0.636364;AO=5;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0680283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4804;QD=19.0488;RBI=0.0719568;REFB=0.0682311;REVB=0.0234507;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00579949;OID=.;OPOS=50280688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:11:11:2:4:5:7:0.636364:2:3:1:1:2:5:2:2 chr22 50281917 . A G 642.51 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00534445;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.782;QD=28.5562;RBI=0.00552821;REFB=-0.00809662;REVB=0.0014135;RO=34;SAF=30;SAR=26;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575089;STB=0.531239;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0052937;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:34:34:56:56:0.622222:26:30:21:13:26:30:21:13 chr22 50297246 . C T 460.28 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00504633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.924;QD=23.9107;RBI=0.021674;REFB=-0.0152849;REVB=0.0210784;RO=33;SAF=28;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253495;STB=0.513918;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.015889;OID=.;OPOS=50297246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:16:28:20:13:16:28:20:13 chr22 50297435 . T C 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00545482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6604;QD=12.0228;RBI=0.0177016;REFB=-0.00453586;REVB=0.0168402;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00835759;OID=.;OPOS=50297435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:13:7:5:7:13:7 chr22 50301476 . T C 231.74 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.117592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.6;QD=12.3597;RBI=0.117594;REFB=-0.0191371;REVB=0.000547884;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049236;STB=0.515614;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.031452;OID=.;OPOS=50301476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:47:27:28:0.373333:15:12:18:27:16:12:19:28 chr22 50303575 . G A 432.1 PASS AF=0.438596;AO=46;DP=110;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.017269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.471;QD=15.1614;RBI=0.0240194;REFB=-0.040258;REVB=-0.0166947;RO=64;SAF=26;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285453;STB=0.523934;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0443907;OID=.;OPOS=50303575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:64:64:46:50:0.438596:20:26:36:28:24:26:36:28 chr22 50315363 . C A 509.35 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00140062;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.401;QD=19.4037;RBI=0.00897559;REFB=-0.0187494;REVB=-0.00886563;RO=52;SAF=19;SAR=34;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248029;STB=0.637065;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00933386;OID=.;OPOS=50315363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:52:53:53:0.504762:34:19:33:19:34:19:33:19 chr22 50315971 . C G 31.53 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.000717483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.9;QD=2.42504;RBI=0.00285886;REFB=-0.00198946;REVB=-0.00276736;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547296;STB=0.887827;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0361005;OID=.;OPOS=50315971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:52:43:46:6:6:0.115385:5:1:29:14:5:1:31:15 chr22 50315973 . G C 705.04 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013135;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.257;QD=56.4031;RBI=0.0210088;REFB=0;REVB=0.0163963;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269832;OID=.;OPOS=50315973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:42:50:1:15:27:0:0:20:30:0:0 chr22 50316051 . A G 551.81 PASS AF=0.671233;AO=48;DP=72;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0156242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.144;QD=30.2361;RBI=0.016118;REFB=-0.0387421;REVB=-0.00395893;RO=23;SAF=29;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10327;STB=0.54466;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0132517;OID=.;OPOS=50316051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:23:24:48:49:0.671233:19:29:10:13:20:29:11:13 chr22 50316984 . T C,TCTGCACTCCGGGGC 382.98 PASS AF=0.183333,0.45;AO=12,25;DP=62;FAO=11,27;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=1,19;FSAR=10,8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00191491,-0.00446306;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,14;MLLD=68.5518,223.046;QD=25.5322;RBI=0.0183953,0.0133975;REFB=-0.0346881,-0.00949358;REVB=-0.0182953,-0.0126323;RO=23;SAF=2,17;SAR=10,8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.571302,-0.0155059;STB=0.903202,0.511661;STBP=0.002,0.896;TYPE=snp,ins;VARB=0.000331439,0.0116136;OID=.,.;OPOS=50316984,50316985;OREF=T,-;OALT=C,CTGCACTCCGGGGC;OMAPALT=C,TCTGCACTCCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:62:60:23:22:12,25:11,27:0.183333,0.45:10,8:2,17:16:7:10,8:1,19:15:7 chr22 50317049 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.877;QD=57.8822;RBI=0.0335958;REFB=0;REVB=-0.00141332;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161438;OID=.;OPOS=50317049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr22 50354819 . C A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00910032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.356;QD=16.9316;RBI=0.0285242;REFB=-0.0208861;REVB=0.0270336;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0119358;OID=.;OPOS=50354819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr22 50356693 . T C 425.73 PASS AF=0.478723;AO=38;DP=87;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.00711952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8191;QD=18.1163;RBI=0.0190631;REFB=-0.0324987;REVB=0.0176837;RO=44;SAF=24;SAR=14;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101971;STB=0.553696;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0333284;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:94:44:49:38:45:0.478723:14:24:32:12:15:30:37:12 chr22 50435480 . A G 963.29 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00629311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4273;QD=53.5163;RBI=0.00915593;REFB=-0.109352;REVB=-0.00665039;RO=3;SAF=49;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280616;STB=0.502032;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00399834;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:3:4:68:68:0.944444:19:49:3:0:19:49:3:1 chr22 50468907 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00305237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.008;QD=19.9928;RBI=0.00679755;REFB=-0.00606482;REVB=0.00607369;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374503;STB=0.712818;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0065694;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:5:17:9:14:5:17:9:14 chr22 50468933 . G T 266.62 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.014909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.826;QD=18.3875;RBI=0.0150007;REFB=-0.0102688;REVB=0.00165638;RO=29;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985918;STB=0.555234;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00542237;OID=.;OPOS=50468933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:10:19:16:13:10:19:16:13 chr22 50480108 . C T 410.2 PASS AF=0.518987;AO=39;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.112337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0533;QD=20.7695;RBI=0.134688;REFB=0.00671428;REVB=0.0743045;RO=39;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116326;STB=0.579172;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00314593;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:38:39:41:0.518987:16:23:18:21:16:25:17:21 chr22 50547247 . A G 1587.64 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6742;QD=64.1471;RBI=0.0270819;REFB=0;REVB=0.0260843;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06419e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:57:41:0:0:57:42:0:0 chr22 50555619 . C T 628.62 PASS AF=0.429448;AO=70;DP=163;FAO=70;FDP=163;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=31;FWDB=-0.000263156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.832;QD=15.4262;RBI=0.00450464;REFB=-0.0178012;REVB=-0.00449695;RO=92;SAF=43;SAR=27;SRF=61;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531193;STB=0.531986;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0248556;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:92:93:70:70:0.429448:27:43:61:31:27:43:62:31 chr22 50555686 . A C 529.29 PASS AF=0.405594;AO=55;DP=146;FAO=58;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0315053;FXX=0.0205465;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.608;QD=14.8053;RBI=0.0316416;REFB=-0.0252981;REVB=0.00293368;RO=67;SAF=28;SAR=27;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750278;STB=0.511037;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0311711;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:143:67:85:55:58:0.405594:27:28:29:38:27:31:47:38 chr22 50589196 . C A 198.46 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00189661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8651;QD=15.8768;RBI=0.0687236;REFB=-0.00151032;REVB=0.0686974;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.684038;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00624432;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:19:10:14:7:19:10 chr22 50618738 . G A 36.19 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0090656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.351;QD=6.57911;RBI=0.0155178;REFB=-0.00452085;REVB=0.0125943;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192221;STB=0.624574;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0124473;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:8:8:4:2:8:8 chr22 50637597 . G C 119.61 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0160977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.574;QD=6.64481;RBI=0.0161184;REFB=-0.00753337;REVB=-0.000817739;RO=54;SAF=14;SAR=4;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19514;STB=0.621475;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0356719;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:4:14:35:19:4:14:35:19 chr22 50646936 . G C 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0262291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7196;QD=13.0524;RBI=0.0401588;REFB=-0.00895066;REVB=-0.0304099;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221385;STB=0.52172;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0141226;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:35:23:23:0.396552:12:11:16:16:12:11:18:17 chr22 50657010 . C G 1018.69 PASS AF=0.972222;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.109304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9267;QD=56.594;RBI=0.114352;REFB=-0.0721178;REVB=0.0336023;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.513885;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00215144;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:1:2:68:70:0.972222:34:34:1:0:35:35:2:0 chr22 50658698 . T A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.016777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5002;QD=15.379;RBI=0.0598433;REFB=-0.00700611;REVB=-0.0574435;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428589;STB=0.524957;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0126681;OID=.;OPOS=50658698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:10:4:3:9:10:4 chr22 50664612 . A G 479.55 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0264377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0969;QD=22.5669;RBI=0.028852;REFB=0.00254214;REVB=0.0115537;RO=38;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134584;STB=0.580276;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00268792;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:39:46:46:0.541176:28:18:21:17:28:18:22:17 chr22 50688348 . A G 351.06 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0166495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1181;QD=15.431;RBI=0.0211379;REFB=-0.0361668;REVB=0.0130233;RO=53;SAF=19;SAR=19;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876083;STB=0.549425;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.025912;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:19:19:31:22:19:19:31:22 chr22 50694297 . A G 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0225476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.483;QD=10.9362;RBI=0.0280473;REFB=-0.0199404;REVB=-0.0166811;RO=33;SAF=11;SAR=5;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142547;STB=0.563949;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0383139;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:34:16:16:0.32:5:11:26:7:5:11:26:8 chr22 50699668 . A G 368.01 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0534317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7847;QD=47.4855;RBI=0.0602497;REFB=-0.176481;REVB=0.0278403;RO=3;SAF=14;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898157;STB=0.548353;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0166618;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:31:31:3:3:28:28:0.903226:14:14:3:0:14:14:3:0 chr22 50704661 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.1;QD=63.2865;RBI=0.0125586;REFB=0;REVB=-0.00840297;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85452e-06;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr22 50705059 . A C,G 1026.83 PASS AF=0.084507,0.915493;AO=7,57;DP=64;FAO=6,65;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=3,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389849,0.0241314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.3926,84.5827;QD=57.8499;RBI=0.0401948,0.0252994;REFB=0,0;REVB=0.00978749,0.00759836;RO=0;SAF=5,25;SAR=2,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.144475,0.00275701;OID=.,.;OPOS=50705059,50705059;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:64:71:0:0:7,57:6,65:0.084507,0.915493:2,32:5,25:0:0:3,34:3,31:0:0 chr22 50705304 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00380962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.352;QD=12.0155;RBI=0.0371863;REFB=-0.00112393;REVB=0.0369906;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00617489;OID=.;OPOS=50705304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr22 50705466 . A G 357.23 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.199;QD=51.0329;RBI=0.0352172;REFB=0;REVB=0.0342863;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295212;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:21:28:1:12:9:0:0:16:12:0:0 chr22 50706381 . G A 73.03 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.100957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.723;QD=9.12881;RBI=0.102797;REFB=0.00684015;REVB=-0.0193612;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239875;STB=0.514676;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0146546;OID=.;OPOS=50706381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:7:15:7:3:7:15 chr22 50713866 . G C 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.505;QD=59.4205;RBI=0.0248809;REFB=0;REVB=0.00448278;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102608;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr22 50722134 . T C 504.4 PASS AF=0.666667;AO=41;DP=69;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0481996;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.152;QD=28.0221;RBI=0.0540629;REFB=-0.080255;REVB=-0.0244867;RO=21;SAF=19;SAR=22;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218467;STB=0.534668;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0235142;OID=.;OPOS=50722134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:21:24:41:48:0.666667:22:19:9:12:23:25:10:14 chr22 50751529 . G C 390.41 PASS AF=0.567164;AO=24;DP=70;FAO=38;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0146156;FXX=0.042851;HRUN=7;LEN=1;MLLD=169.491;QD=23.308;RBI=0.0241201;REFB=-0.00690437;REVB=0.0191877;RO=11;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047844;STB=0.532547;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00225388;OID=.;OPOS=50751529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:11:27:24:38:0.567164:9:15:6:5:17:21:17:10 chr22 50753334 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.150896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.248;QD=26.5701;RBI=0.150921;REFB=0.00784502;REVB=-0.00278204;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138896;STB=0.578172;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.000899622;OID=.;OPOS=50753334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:1:3:5:6:1:3 chr22 50754466 . C T 256.86 PASS AF=0.4;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0106088;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0466;QD=13.6994;RBI=0.0160602;REFB=-0.00438739;REVB=0.0120574;RO=45;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211032;STB=0.606312;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0194182;OID=.;OPOS=50754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:29:30:0.4:11:18:19:26:12:18:19:26 chr22 50754648 . T C 166.6 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0288002;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.09;QD=19.5998;RBI=0.0300087;REFB=-0.0268997;REVB=-0.00843054;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383794;STB=0.719285;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0118141;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:13:4:11:6:13:4:11:6 chr22 50757470 . T C 279.46 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=46;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.032093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.662;QD=22.8127;RBI=0.0321009;REFB=-0.0334843;REVB=0.000709803;RO=21;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384515;STB=0.743159;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117949;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:21:23:24:26:0.530612:19:5:13:8:21:5:15:8 chr22 50809641 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00581715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.382;QD=14.0966;RBI=0.0076586;REFB=-0.032216;REVB=-0.00498147;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0225743;OID=.;OPOS=50809641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:9:5:5:6:9:5 chr22 50809687 . T C 185.71 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0204718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7084;QD=19.0475;RBI=0.0379928;REFB=-0.0119925;REVB=0.0320056;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115002;STB=0.564906;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0143579;OID=.;OPOS=50809687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:14:6:8:11:14:6 chr22 50877163 . AGCG ACGC,AGCC,GCCC 166.8 PASS AF=0,0.297297,0;AO=2,7,2;DP=37;FAO=0,11,0;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=0,6,0;FSAR=0,5,0;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00366696,0.00534043,0.00139384;FXX=0;HRUN=1,1,2;LEN=3,1,4;MLLD=141.491,157.207,157.274;QD=18.0327;RBI=0.00443201,0.0191392,0.00413342;REFB=-0.0144599,-0.0122128,-0.00850346;REVB=0.0024892,0.018379,0.00389132;RO=19;SAF=2,4,1;SAR=0,3,1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.418663,-0.276205,-0.322878;STB=0.5,0.660123,0.5;STBP=1,0.233,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.0321105,0.0227293,0;OID=.,.,.;OPOS=50877164,50877166,50877163;OREF=GCG,G,AGCG;OALT=CGC,C,GCCC;OMAPALT=ACGC,AGCC,GCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:37:37:19:19:2,7,2:0,11,0:0,0.297297,0:0,3,1:2,4,1:15:4:0,5,0:0,6,0:15:4 chr22 50878196 . G A 482.72 PASS AF=0.522222;AO=42;DP=85;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0798322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3081;QD=21.4542;RBI=0.165662;REFB=-0.0591616;REVB=0.145158;RO=43;SAF=30;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203032;STB=0.563214;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0563652;OID=.;OPOS=50878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:43:43:42:47:0.522222:12:30:22:21:17:30:22:21 chr22 50882752 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA 161.53 PASS AF=0,0.930233,0.0697674;AO=25,21,4;DP=84;FAO=0,80,6;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52,4;FSAR=0,28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10488,0.198354,0.139478;FXX=0.054939;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=5.99716,3.39896,17.6185;QD=7.51308;RBI=0.209291,0.361897,0.277677;REFB=0,0,0;REVB=-0.181116,-0.302696,-0.240105;RO=15;SAF=12,17,2;SAR=13,4,2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.216572,0.0114361,-0.360561;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00725132,-0.00287744;OID=.,.,.;OPOS=50882753,50882753,50882764;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.930233,0.0697674:25,21,4:84:0,80,6:86:0:0,52,4:0,28,2:0:0:9:15:12,17,2:13,4,2:12:3 chr22 50921694 . C T 269.28 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0837763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5736;QD=16.3197;RBI=0.0867248;REFB=0.0117467;REVB=-0.0224212;RO=36;SAF=8;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1393;STB=0.578892;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00791413;OID=.;OPOS=50921694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:22:8:14:22:22:8:14:22 chr22 50923217 . T C 216.83 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0192981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4844;QD=12.5697;RBI=0.0282937;REFB=-0.0160923;REVB=-0.020691;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117647;STB=0.554564;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0149018;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:12:14:18:24:13:14:18:24 chr22 50923868 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00249244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.529;QD=14.7014;RBI=0.0341519;REFB=0.00614075;REVB=-0.0340608;RO=13;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295575;STB=0.656396;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00597592;OID=.;OPOS=50923868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:15:12:12:0.444444:11:1:3:10:11:1:3:12 chr22 50928005 . G A 141.64 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0415577;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.002;QD=20.2343;RBI=0.0418858;REFB=-0.0201135;REVB=0.00523288;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240592;STB=0.639128;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0192161;OID=.;OPOS=50928005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:13:2:4:9:13:2:4:9 chr22 50928026 . G A 54.43 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0176775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8329;QD=9.07167;RBI=0.0401188;REFB=-0.0227091;REVB=0.0360142;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.552494;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0398811;OID=.;OPOS=50928026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:5:10:6:2:5:11 chr22 50941985 . T C 73.58 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.162845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4044;QD=9.8102;RBI=0.163314;REFB=-0.0331883;REVB=-0.0123631;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260924;STB=0.633085;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0561992;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:19:20:10:10:0.333333:5:5:5:14:5:5:6:14 chr22 50943004 . C A 394.83 PASS AF=0.506329;AO=37;DP=76;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0115691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.295;QD=19.9913;RBI=0.0480876;REFB=-0.0245142;REVB=0.0466752;RO=39;SAF=28;SAR=9;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470743;STB=0.538642;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0319601;OID=.;OPOS=50943004;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:39:39:37:40:0.506329:9:28:28:11:9:31:28:11 chr22 50943010 . G A 422.47 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0047778;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.827;QD=20.6084;RBI=0.0327956;REFB=-0.0177398;REVB=0.0324457;RO=40;SAF=32;SAR=10;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043548;STB=0.524169;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0131923;OID=.;OPOS=50943010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:40:42:42:0.512195:10:32:29:11:10:32:29:11 chr22 50943232 . G A 193.86 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00660458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.228;QD=15.2048;RBI=0.00682983;REFB=-0.0184818;REVB=0.00173955;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215344;STB=0.631465;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0266628;OID=.;OPOS=50943232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:10:11:9:20:10:12:9:20 chr22 50944128 . G A 223.04 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00261031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.194;QD=16.5216;RBI=0.116273;REFB=-0.0217655;REVB=0.116244;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451088;STB=0.514317;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0284595;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:11:14:17:11:11:14:17:12 chr22 50944590 . G A 95.06 PASS AF=0.521739;AO=6;DP=21;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00923381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.27;QD=16.5321;RBI=0.170487;REFB=-0.017315;REVB=0.170237;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359862;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0207966;OID=.;OPOS=50944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:21:23:11:11:6:12:0.521739:1:5:6:5:7:5:6:5 chr22 50945256 . A G 85.11 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00592261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1521;QD=11.3481;RBI=0.0109345;REFB=-0.0263055;REVB=0.00919157;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172666;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0200808;OID=.;OPOS=50945256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:17:19:11:11:0.366667:7:4:9:8:7:4:10:9 chr22 50959434 . AGGG A,AG,AGG,GGAG 233.13 PASS AF=0,0.642857,0.214286,0.0238095;AO=5,12,10,2;DP=42;FAO=0,27,9,1;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=0,16,8,0;FSAR=0,11,1,1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00338737,-0.00677162,-0.00860015,-0.0274977;FXX=0.0232504;HRUN=5,5,5,1;LEN=3,2,1,3;MLLD=14.4382,14.0076,5.48792,13.1952;QD=22.2031;RBI=0.0927878,0.133705,0.268484,0.0757339;REFB=0.0331845,0.0541384,0.0881264,0.0330165;REVB=-0.0927259,-0.133533,-0.268347,-0.0705656;RO=4;SAF=2,6,9,0;SAR=3,6,1,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.251123,-0.111553,0.172958,-0.687939;STB=0.5,0.533956,0.571252,0.993343;STBP=1,0.392,0.764,0.233;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,-0.0150003,0.0904831,-0.0142575;OID=.,.,.,.;OPOS=50959435,50959435,50959435,50959434;OREF=GGG,GG,G,AGG;OALT=-,-,-,GGA;OMAPALT=A,AG,AGG,GGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:26:42:42:4:5:5,12,10,2:0,27,9,1:0,0.642857,0.214286,0.0238095:3,6,1,2:2,6,9,0:3:1:0,11,1,1:0,16,8,0:4:1 chr22 50960476 . T C 273.69 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000237909;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.96;QD=18.555;RBI=0.00301085;REFB=-0.00546296;REVB=-0.00300144;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208509;STB=0.51162;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00817167;OID=.;OPOS=50960476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:19:10:11:19:19:10 chr22 50960682 . C T 463.0 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0042411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.477;QD=17.4715;RBI=0.00527559;REFB=0.00692405;REVB=0.00313765;RO=56;SAF=17;SAR=33;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125279;STB=0.569851;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00828025;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:33:17:26:30:33:17:26:30 chr22 50961169 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000914796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.889;QD=16.8222;RBI=0.0211789;REFB=-0.00436287;REVB=-0.0211591;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00494504;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:4:1:5:2:4:1 chr22 50964236 . G A 250.19 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0178828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.553;QD=26.3357;RBI=0.0563719;REFB=-0.017084;REVB=0.0534602;RO=14;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125165;STB=0.557326;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0109025;OID=.;OPOS=50964236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:14:9:8:6:14:9:8:7 chr22 50966078 . G A 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0116016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.951;QD=9.40175;RBI=0.0268625;REFB=-0.00171415;REVB=0.024228;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241614;STB=0.62789;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0030442;OID=.;OPOS=50966078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:43:20:20:0.31746:7:13:18:23:7:13:20:23 chr22 50988062 . G T 540.2 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00634455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0177;QD=19.6435;RBI=0.00666066;REFB=-0.00248187;REVB=-0.00202759;RO=54;SAF=22;SAR=34;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475153;STB=0.526236;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00249306;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:34:22:24:30:34:22:24:30 chr22 50988193 . A G 83.59 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0208817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.299;QD=20.8969;RBI=0.0532496;REFB=0.000682855;REVB=0.0489845;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348751;STB=0.699599;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00145867;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:1:5:3:7:1:5 chr22 51043278 . G A 240.54 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0260077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.348;QD=21.8674;RBI=0.0269649;REFB=-0.0278692;REVB=0.00712088;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254163;STB=0.505193;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0257604;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:13:9:8:13:14:9:8:13 chr22 51045190 . C T 38.13 PASS AF=0.4;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0327203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.342;QD=10.1681;RBI=0.0346438;REFB=-0.00754218;REVB=-0.0113831;RO=7;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158242;STB=0.555357;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0228384;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:7:9:4:6:0.4:3:1:1:6:5:1:2:7 chr22 51048400 . A G 250.74 PASS AF=0.575;AO=20;DP=37;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.040611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2447;QD=25.0738;RBI=0.0914245;REFB=-0.0755656;REVB=0.0819096;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195499;STB=0.529386;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0492654;OID=.;OPOS=51048400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:15:17:20:23:0.575:5:15:8:7:8:15:10:7 chr22 51064416 . T C 128.15 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0329716;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6083;QD=11.391;RBI=0.0333981;REFB=-0.0148049;REVB=-0.00532058;RO=29;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57159;STB=0.862818;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0136083;OID=.;OPOS=51064416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:30:15:15:0.333333:1:14:17:12:1:14:17:13 chr22 51117580 . T C 539.0 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00777354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.395;QD=17.8181;RBI=0.015869;REFB=-0.0082113;REVB=-0.0138347;RO=62;SAF=24;SAR=33;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901047;STB=0.550465;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0111787;OID=.;OPOS=51117580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:62:64:57:57:0.471074:33:24:32:30:33:24:33:31 chr22 51117766 . T C 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00283612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.631;QD=3.24564;RBI=0.0197743;REFB=-0.00381926;REVB=-0.0195698;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246643;STB=0.676834;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.018602;OID=.;OPOS=51117766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:16:19:2:4:16:19 chr22 51117787 . T C 31.81 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00609491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.361;QD=2.49501;RBI=0.0349072;REFB=0.00358008;REVB=-0.034371;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170106;STB=0.583048;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.021485;OID=.;OPOS=51117787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:40:45:6:6:0.117647:2:4:21:19:2:4:26:19 chr22 51117800 . G A 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0118388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.823;QD=2.56861;RBI=0.0141074;REFB=0.00118783;REVB=-0.007672;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119931;STB=0.591236;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0158753;OID=.;OPOS=51117800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:25:19:2:4:25:19 chr22 51117802 . G T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00595127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.189;QD=2.49548;RBI=0.0203515;REFB=0.000527038;REVB=0.0194619;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108603;STB=0.583048;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00890084;OID=.;OPOS=51117802;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:2:4:26:19:2:4:26:19 chr22 51117811 . C T 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0213292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.648;QD=2.28082;RBI=0.0214211;REFB=0.000297696;REVB=0.0019822;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985725;STB=0.559795;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00149278;OID=.;OPOS=51117811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:44:48:6:6:0.111111:2:4:29:15:2:4:29:19 chr22 51117826 . A G 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0302793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.649;QD=2.21217;RBI=0.0309433;REFB=-0.00100786;REVB=-0.00637591;RO=49;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137495;STB=0.607227;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0135278;OID=.;OPOS=51117826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:2:4:27:22:2:4:27:22 chr22 51117830 . C T 30.44 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00942321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2269;QD=2.21411;RBI=0.0120589;REFB=-0.0121731;REVB=0.0075247;RO=49;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137495;STB=0.607227;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0839726;OID=.;OPOS=51117830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:2:4:27:22:2:4:27:22 chr22 51117841 . T C 31.12 PASS AF=0.113208;AO=5;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.051607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.972;QD=2.34884;RBI=0.0559054;REFB=-0.00749846;REVB=-0.0214973;RO=46;SAF=4;SAR=1;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302616;STB=0.604903;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0309146;OID=.;OPOS=51117841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:46:47:5:6:0.113208:1:4:25:21:2:4:26:21 chr22 51159808 . G C 31.48 PASS AF=0.0709677;AO=11;DP=155;FAO=11;FDP=155;FR=.;FRO=144;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=61;FSRR=83;FWDB=-0.0247843;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.836;QD=0.812298;RBI=0.0252201;REFB=-0.000463681;REVB=0.00466823;RO=136;SAF=10;SAR=1;SRF=54;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53346;STB=0.921352;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0325244;OID=.;OPOS=51159808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:155:155:136:144:11:11:0.0709677:1:10:54:82:1:10:61:83 chrX 200860 . T C 2283.07 PASS AF=1;AO=137;DP=141;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00906351;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0798;QD=57.7994;RBI=0.0607077;REFB=0;REVB=0.0600273;RO=0;SAF=103;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01242e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172558;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:141:158:0:0:137:158:1:34:103:0:0:53:105:0:0 chrX 207362 . C T 2306.65 PASS AF=0.946108;AO=157;DP=167;FAO=158;FDP=167;FR=.;FRO=9;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0137577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.808;QD=55.2491;RBI=0.0181002;REFB=-0.0196595;REVB=0.0117619;RO=9;SAF=91;SAR=66;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447592;STB=0.523557;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000247391;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:167:167:9:9:157:158:0.946108:66:91:9:0:67:91:9:0 chrX 228892 . C A 289.4 PASS AF=0.391304;AO=37;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=1;FWDB=-0.037024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0822;QD=12.5825;RBI=0.0374009;REFB=-0.0438434;REVB=-0.00529628;RO=54;SAF=33;SAR=4;SRF=53;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322088;STB=0.68497;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0613898;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:56:37:36:0.391304:4:33:53:1:4:32:55:1 chrX 228903 . G A 345.75 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=0.0204863;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.713;QD=26.596;RBI=0.031659;REFB=-0.0230059;REVB=0.0241372;RO=19;SAF=32;SAR=1;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212996;STB=0.614402;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0148187;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:19:19:33:33:0.634615:1:32:19:0:1:32:19:0 chrX 228934 . A G 1091.86 PASS AF=0.886364;AO=77;DP=87;FAO=78;FDP=88;FR=.;FRO=10;FSAF=76;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00870657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4099;QD=49.6302;RBI=0.063669;REFB=0.0203639;REVB=-0.0630709;RO=10;SAF=75;SAR=2;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135521;STB=0.572843;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0011615;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:87:88:10:10:77:78:0.886364:2:75:9:1:2:76:9:1 chrX 228940 . A G 1315.87 PASS AF=0.932039;AO=89;DP=98;FAO=96;FDP=103;FR=.;FRO=7;FSAF=91;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0171707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4439;QD=51.1016;RBI=0.0171887;REFB=-0.042022;REVB=-0.000786896;RO=8;SAF=84;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481445;STB=0.529576;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0152371;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:98:103:8:7:89:96:0.932039:5:84:7:1:5:91:6:1 chrX 228976 . G C 458.85 PASS AF=0.294393;AO=61;DP=214;FAO=63;FDP=214;FR=.;FRO=151;FSAF=49;FSAR=14;FSRF=136;FSRR=15;FWDB=-0.00722288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.475;QD=8.57671;RBI=0.0502379;REFB=-0.0164109;REVB=0.0497159;RO=147;SAF=49;SAR=12;SRF=133;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23182;STB=0.645688;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0359987;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:147:151:61:63:0.294393:12:49:133:14:14:49:136:15 chrX 229137 . A G 1934.45 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185249;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.833;QD=61.9023;RBI=0.0658394;REFB=0;REVB=0.0631796;RO=0;SAF=108;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72515e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186928;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:17:108:0:0:18:107:0:0 chrX 229389 . G GTACCCC 54.22 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00469483;FXX=0.0832639;HRUN=0;LEN=6;MLLD=266.276;QD=19.7167;RBI=0.0262506;REFB=-0.00851693;REVB=0.0258274;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45752;STB=0.77329;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.00528209;OID=.;OPOS=229390;OREF=-;OALT=TACCCC;OMAPALT=GTACCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:7:11:7:11:4:6:1:1:3:23:4:6:1:1:3 chrX 229542 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0275191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0928;QD=20.4857;RBI=0.0419013;REFB=-0.039193;REVB=-0.0315978;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0246226;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:4:7:9:5:4:7 chrX 295132 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.237;QD=52.6128;RBI=0.0542389;REFB=0;REVB=-0.0460758;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173639;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chrX 295231 . A G 555.25 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.746;QD=60.0267;RBI=0.0167725;REFB=0;REVB=-0.0132808;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10205e-05;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:13:21:0:0:13:24:0:0 chrX 299360 . G A 309.38 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0282518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.31;QD=25.7819;RBI=0.0298913;REFB=-0.021149;REVB=0.0097634;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157163;STB=0.55878;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0225921;OID=.;OPOS=299360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:20:27:28:0.583333:19:8:10:11:19:9:9:11 chrX 299362 . A G 728.23 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.765;QD=61.9769;RBI=0.0350711;REFB=0;REVB=0.0182162;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020623;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:30:17:0:0 chrX 299591 . A G 2355.46 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232239;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.109;QD=64.0942;RBI=0.0232723;REFB=0;REVB=-0.00150136;RO=0;SAF=101;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57527e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:45:101:0:0:45:102:0:0 chrX 305984 . G A 405.89 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0517173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1275;QD=52.3728;RBI=0.0685099;REFB=-0.147853;REVB=0.0449324;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.526298;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0163564;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:20:9:1:0:21:9:1:0 chrX 306056 . G A 316.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0843798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7284;QD=50.6127;RBI=0.0855081;REFB=-0.0968726;REVB=0.013845;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0101972;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chrX 306150 . GCT CGC,GC,GCG 334.68 PASS AF=0,0.0769231,0.923077;AO=2,4,19;DP=26;FAO=0,2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,6;FSAR=0,0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295559,0.0235857,0.0331892;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=117.737,150.832,164.33;QD=51.4894;RBI=0.00463469,0.0254558,0.0406937;REFB=0,0,0;REVB=-0.00356999,0.00957665,0.0235469;RO=0;SAF=2,4,2;SAR=0,0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.41729e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0974809,0.0350204,0.00267187;OID=.,.,.;OPOS=306150,306152,306152;OREF=GCT,T,T;OALT=CGC,-,G;OMAPALT=CGC,GC,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:26:26:0:0:2,4,19:0,2,24:0,0.0769231,0.923077:0,0,17:2,4,2:0:0:0,0,18:0,2,6:0:0 chrX 322161 . A G 1076.18 PASS AF=0.509434;AO=108;DP=212;FAO=108;FDP=212;FR=.;FRO=104;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.0100979;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.121;QD=20.3053;RBI=0.0329308;REFB=-0.00261642;REVB=-0.0313444;RO=102;SAF=66;SAR=42;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00610406;STB=0.507189;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00320944;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:102:104:108:108:0.509434:42:66:63:39:42:66:65:39 chrX 322257 . G A 1864.08 PASS AF=0.477157;AO=187;DP=391;FAO=188;FDP=394;FR=.;FRO=206;FSAF=103;FSAR=85;FSRF=127;FSRR=79;FWDB=0.00493333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.004;QD=18.9247;RBI=0.00753643;REFB=-0.0156138;REVB=0.00569737;RO=204;SAF=103;SAR=84;SRF=126;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646377;STB=0.536465;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0182167;OID=.;OPOS=322257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:394:204:206:187:188:0.477157:84:103:126:78:85:103:127:79 chrX 606325 . G A 4229.99 PASS AF=1;AO=268;DP=270;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632691;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.781;QD=62.8995;RBI=0.00925273;REFB=0;REVB=-0.00675153;RO=0;SAF=140;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08133e-05;OID=.;OPOS=606325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:269:0:0:268:269:1:128:140:0:0:128:141:0:0 chrX 612146 . AG A,AA 197.41 PASS AF=0.319149,0.170213;AO=8,13;DP=50;FAO=15,8;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=3,2;FSAR=12,6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0141946,0.0143599;FXX=0.113186;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.957,212.468;QD=16.801;RBI=0.0143608,0.0144107;REFB=-0.00842275,-0.00890256;REVB=-0.00217864,0.00120935;RO=23;SAF=0,3;SAR=8,10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.711148,-0.157643;STB=0.639793,0.610814;STBP=0.207,0.523;TYPE=del,snp;VARB=0.0243152,0.0157166;OID=.,.;OPOS=612147,612147;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149,0.170213:8,13:50:15,8:47:24:3,2:12,6:9:15:46:23:0,3:8,10:8:15 chrX 1422868 . G A 1114.08 PASS AF=0.436364;AO=119;DP=275;FAO=120;FDP=275;FR=.;FRO=155;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=86;FSRR=69;FWDB=-0.00181269;FXX=0.00362306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.548;QD=16.2049;RBI=0.00189085;REFB=0.00536194;REVB=-0.000538043;RO=153;SAF=56;SAR=63;SRF=85;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858983;STB=0.544903;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00596465;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:153:155:119:120:0.436364:63:56:85:68:63:57:86:69 chrX 1428421 . G T 484.77 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=8;FWDB=-0.0107192;FXX=0.0180164;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.383;QD=17.7897;RBI=0.0161589;REFB=-0.0180383;REVB=0.0120917;RO=51;SAF=41;SAR=10;SRF=43;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586366;STB=0.546202;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0200947;OID=.;OPOS=1428421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:109:51:57:51:52:0.477064:10:41:43:8:10:42:49:8 chrX 1460740 . A G 191.73 PASS AF=0.363636;AO=22;DP=67;FAO=24;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00444251;FXX=0.0149231;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.714;QD=11.6198;RBI=0.00589638;REFB=-0.0128558;REVB=0.00387703;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325362;STB=0.714472;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0092279;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:41:22:24:0.363636:16:6:17:12:17:7:26:15 chrX 1531648 . C T 732.98 PASS AF=0.458824;AO=78;DP=170;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=28;FWDB=-0.0277599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4391;QD=17.2467;RBI=0.0321585;REFB=-0.0113171;REVB=0.0162344;RO=90;SAF=38;SAR=40;SRF=62;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194817;STB=0.612217;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0148295;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:90:92:78:78:0.458824:40:38:62:28:40:38:64:28 chrX 1537002 . C G 789.29 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0635347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.498;QD=21.189;RBI=0.0666944;REFB=-0.0222955;REVB=-0.020285;RO=72;SAF=41;SAR=35;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12739;STB=0.565614;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0209992;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:72:73:76:76:0.510067:35:41:49:23:35:41:49:24 chrX 1537953 . C T 659.12 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0140251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.945;QD=21.6106;RBI=0.0239794;REFB=-0.0182843;REVB=-0.0194501;RO=56;SAF=28;SAR=37;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438776;STB=0.528563;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0158498;OID=.;OPOS=1537953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:57:65:65:0.532787:37:28:27:29:37:28:28:29 chrX 1540706 . A G 1209.74 PASS AF=0.466912;AO=126;DP=271;FAO=127;FDP=272;FR=.;FRO=145;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=73;FWDB=-0.00285606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.188;QD=17.7902;RBI=0.0322403;REFB=-0.00649393;REVB=-0.0321136;RO=145;SAF=71;SAR=55;SRF=72;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653036;STB=0.533518;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00739114;OID=.;OPOS=1540706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:145:145:126:127:0.466912:55:71:72:73:56:71:72:73 chrX 1546792 . G A 65.93 PASS AF=0.36;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0297423;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.256;QD=10.548;RBI=0.0511825;REFB=-0.00913756;REVB=0.0416538;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500064;STB=0.841241;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0502885;OID=.;OPOS=1546792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:25:13:16:8:9:0.36:7:1:7:6:8:1:9:7 chrX 1546842 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0131364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.51;QD=21.971;RBI=0.0243162;REFB=-0.0122012;REVB=-0.0204624;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335435;STB=0.688334;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0118525;OID=.;OPOS=1546842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:17:20:20:0.540541:6:14:4:11:6:14:5:12 chrX 1546876 . A G 339.24 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00280388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3707;QD=21.5389;RBI=0.00414955;REFB=-0.0121807;REVB=-0.00305893;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342368;STB=0.509531;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0124882;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:28:35:35:0.555556:16:19:14:12:17:18:15:13 chrX 1553907 . G A 1173.19 PASS AF=0.482072;AO=121;DP=252;FAO=121;FDP=251;FR=.;FRO=130;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=72;FSRR=58;FWDB=-0.00609599;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.17;QD=18.6963;RBI=0.0230592;REFB=-0.0118842;REVB=0.0222388;RO=127;SAF=55;SAR=66;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971851;STB=0.551366;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0167585;OID=.;OPOS=1553907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:127:130:121:121:0.482072:66:55:71:56:66:55:72:58 chrX 1554649 . T C 759.36 PASS AF=0.420792;AO=84;DP=202;FAO=85;FDP=202;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.0242976;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.8;QD=15.0368;RBI=0.024317;REFB=-0.00539236;REVB=0.000972991;RO=112;SAF=46;SAR=38;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122875;STB=0.501582;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00708044;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:112:117:84:85:0.420792:38:46:60:52:39:46:63:54 chrX 1554655 . T C 793.73 PASS AF=0.43299;AO=84;DP=195;FAO=84;FDP=194;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.00831045;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1589;QD=16.3656;RBI=0.0186535;REFB=0.00326154;REVB=-0.0167;RO=104;SAF=47;SAR=37;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786866;STB=0.508075;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00378434;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:104:110:84:84:0.43299:37:47:59:45:37:47:60:50 chrX 1712364 . G A 274.94 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0279834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4878;QD=15.4898;RBI=0.0586889;REFB=-0.000485598;REVB=0.0515879;RO=40;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940643;STB=0.552908;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00241769;OID=.;OPOS=1712364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:12:19:28:12:12:19:28:12 chrX 1713021 . C T 789.14 PASS AF=0.476744;AO=82;DP=172;FAO=82;FDP=172;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0428793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4394;QD=18.352;RBI=0.0431918;REFB=0.00409125;REVB=-0.00518624;RO=90;SAF=43;SAR=39;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965159;STB=0.553296;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00488252;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:90:90:82:82:0.476744:39:43:38:52:39:43:38:52 chrX 1718360 . G A 191.01 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0107686;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.43;QD=21.2234;RBI=0.012857;REFB=-0.017123;REVB=0.00702424;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637041;STB=0.545409;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0188529;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:17:19:19:0.527778:6:13:12:4:6:13:13:4 chrX 1719897 . C G 224.25 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0233227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.82;QD=42.7134;RBI=0.0327073;REFB=-0.0621434;REVB=0.0229308;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141082;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00056984;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:8:11:1:1:8:11:1:1 chrX 1755404 . C T 2177.27 PASS AF=0.97351;AO=147;DP=152;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0171955;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6926;QD=57.6761;RBI=0.0244345;REFB=-0.199632;REVB=-0.0173597;RO=4;SAF=64;SAR=83;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287941;STB=0.515149;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00103239;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:152:151:4:4:147:147:0.97351:83:64:4:0:83:64:4:0 chrX 2139186 . C T 550.79 PASS AF=0.393939;AO=64;DP=164;FAO=65;FDP=165;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0335256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.637;QD=13.3524;RBI=0.0335841;REFB=-0.0150095;REVB=0.00198083;RO=100;SAF=37;SAR=27;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095842;STB=0.557859;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0249168;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:100:100:64:65:0.393939:27:37:49:51:27:38:49:51 chrX 2139200 . T C 2335.13 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292393;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.396;QD=61.0493;RBI=0.00449059;REFB=0;REVB=-0.00340823;RO=0;SAF=78;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53701e-08;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:74:78:0:0:74:79:0:0 chrX 2161129 . C G 617.23 PASS AF=0.404624;AO=68;DP=171;FAO=70;FDP=173;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=0.0142179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.706;QD=14.2712;RBI=0.043464;REFB=-0.0264935;REVB=0.0410728;RO=102;SAF=46;SAR=22;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694773;STB=0.533007;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0179655;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:102:103:68:70:0.404624:22:46:63:39:23:47:64:39 chrX 2407207 . G A 807.16 PASS AF=0.509317;AO=82;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0208163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.005;QD=20.0536;RBI=0.0228902;REFB=-0.0207702;REVB=0.00952067;RO=79;SAF=53;SAR=29;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847434;STB=0.546644;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0201859;OID=.;OPOS=2407207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:79:79:82:82:0.509317:29:53:44:35:29:53:44:35 chrX 2609983 . T C 100.28 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0269797;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.217;QD=14.3261;RBI=0.0322133;REFB=0.00541099;REVB=0.0176008;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246987;STB=0.642638;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0137251;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:4:12:6:6:4:12 chrX 2638499 . G A 495.2 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0567849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9174;QD=15.355;RBI=0.061012;REFB=0.0167716;REVB=-0.0223146;RO=73;SAF=11;SAR=44;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161469;STB=0.58871;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0170995;OID=.;OPOS=2638499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:74:55:55:0.426357:44:11:23:50:44:11:23:51 chrX 2644302 . C T 398.76 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0167818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0128;QD=20.9874;RBI=0.0616547;REFB=-0.0224991;REVB=-0.0593268;RO=35;SAF=28;SAR=12;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440046;STB=0.528832;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0132491;OID=.;OPOS=2644302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:12:28:26:9:12:28:27:9 chrX 2645366 . G C 6255.16 PASS AF=0.990172;AO=400;DP=404;FAO=403;FDP=407;FR=.;FRO=4;FSAF=182;FSAR=221;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0208601;FXX=0.00245092;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.498;QD=61.4757;RBI=0.0250209;REFB=-0.148086;REVB=-0.0138167;RO=3;SAF=182;SAR=218;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174309;STB=0.502001;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000213467;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:404:407:3:4:400:403:0.990172:218:182:1:2:221:182:1:3 chrX 2715425 . A G 337.2 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.951;QD=53.952;RBI=0.0285477;REFB=0;REVB=0.0235325;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556823;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chrX 2724760 . T C 849.57 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.894;QD=57.5979;RBI=0.0728447;REFB=0;REVB=0.0727463;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499717;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:52:59:1:31:21:0:0:38:21:0:0 chrX 2748253 . G C 1070.25 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.11;QD=57.8513;RBI=0.0939099;REFB=0;REVB=0.0739355;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133939;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:25:42:0:0:25:49:0:0 chrX 2773054 . G A 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.444;QD=59.3561;RBI=0.0634767;REFB=-0.0298553;REVB=0.0621024;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000594441;OID=.;OPOS=2773054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:76:77:0.987179:32:44:0:0:32:45:0:1 chrX 2777985 . C T 1822.29 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6033;QD=61.2535;RBI=0.0590245;REFB=0;REVB=0.0329416;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271814;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:55:64:0:0:55:64:0:0 chrX 2779570 . A G 1540.05 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.809;QD=59.8076;RBI=0.0502672;REFB=0;REVB=-0.0475757;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15443e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chrX 2832668 . A G 97.37 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00398995;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.111;QD=7.08167;RBI=0.0195736;REFB=-0.000908377;REVB=-0.0191626;RO=40;SAF=10;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153126;STB=0.588103;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00573516;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:56:55:40:41:14:14:0.254545:4:10:24:16:4:10:25:16 chrX 2832696 . T C 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0122379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.928;QD=9.46743;RBI=0.0414713;REFB=-0.00228265;REVB=-0.0396245;RO=49;SAF=16;SAR=7;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823543;STB=0.558337;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00486494;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:50:23:23:0.315068:7:16:31:18:7:16:31:19 chrX 2832708 . G T 195.28 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0129038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.295;QD=10.5558;RBI=0.0486876;REFB=-0.0100823;REVB=-0.0469464;RO=48;SAF=16;SAR=9;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431995;STB=0.519706;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0194458;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:49:25:25:0.337838:9:16:29:19:9:16:30:19 chrX 2832715 . T C 207.97 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00388356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6771;QD=11.3957;RBI=0.0109845;REFB=-0.0113272;REVB=0.0102751;RO=47;SAF=17;SAR=8;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524553;STB=0.510974;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0252648;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:25:26:0.356164:8:17:30:17:9:17:30:17 chrX 2832742 . G C 1142.74 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158905;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9622;QD=60.9462;RBI=0.0165709;REFB=0;REVB=0.00469959;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410714;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chrX 2832771 . C T 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00445451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.593;QD=12.3843;RBI=0.0123643;REFB=-0.0125111;REVB=-0.0115341;RO=49;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617677;STB=0.535529;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0208184;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:12:17:26:23:12:17:26:23 chrX 2832787 . A G 281.88 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0100256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.751;QD=14.6432;RBI=0.0122654;REFB=-0.00940899;REVB=0.00706593;RO=44;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505523;STB=0.522921;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0109731;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:13:19:24:20:13:19:25:20 chrX 2833605 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0255995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.359;QD=11.336;RBI=0.0279461;REFB=-0.0195174;REVB=0.0112092;RO=43;SAF=7;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182029;STB=0.606217;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0314324;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:17:7:19:24:17:7:19:24 chrX 2833628 . A C 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00843105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.935;QD=11.845;RBI=0.00911839;REFB=-0.0185794;REVB=-0.00347311;RO=41;SAF=7;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229106;STB=0.624746;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0316568;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:45:26:26:0.366197:19:7:19:22:19:7:20:25 chrX 2833631 . A G 198.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0185993;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.619;QD=11.007;RBI=0.019195;REFB=-0.0138436;REVB=0.00474468;RO=47;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205972;STB=0.620588;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00226537;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:47:25:25:0.347222:18:7:21:26:18:7:21:26 chrX 2833638 . C T 207.06 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0805718;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.586;QD=10.8979;RBI=0.0813783;REFB=-0.000347497;REVB=-0.0114291;RO=47;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676434;STB=0.570856;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00488487;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:50:26:26:0.342105:19:7:15:32:19:7:18:32 chrX 2833643 . C A 203.39 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0133604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.092;QD=10.2983;RBI=0.020824;REFB=-0.000510814;REVB=0.0159731;RO=51;SAF=7;SAR=19;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183763;STB=0.598345;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00127712;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:53:26:26:0.329114:19:7:21:30:19:7:21:32 chrX 2835863 . G T 750.58 PASS AF=0.366667;AO=88;DP=240;FAO=88;FDP=240;FR=.;FRO=152;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=65;FSRR=87;FWDB=-6.20292e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.165;QD=12.5097;RBI=0.00770876;REFB=0.000664694;REVB=-0.00770851;RO=152;SAF=48;SAR=40;SRF=65;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131129;STB=0.574211;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00096264;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:152:152:88:88:0.366667:40:48:65:87:40:48:65:87 chrX 2835964 . G A 750.03 PASS AF=0.470238;AO=78;DP=168;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00466553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.344;QD=17.8578;RBI=0.00541374;REFB=-0.00227368;REVB=0.00274618;RO=82;SAF=48;SAR=30;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132322;STB=0.584631;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00493219;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:82:89:78:79:0.470238:30:48:39:43:31:48:40:49 chrX 2835985 . GAAAA AAAAC 566.43 PASS AF=0.443609;AO=58;DP=132;FAO=59;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00369977;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=5;MLLD=241.586;QD=17.0356;RBI=0.00880631;REFB=-0.012549;REVB=-0.00799141;RO=54;SAF=38;SAR=20;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266814;STB=0.611894;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.0156401;OID=.;OPOS=2835985;OREF=GAAAA;OALT=AAAAC;OMAPALT=AAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:54:72:58:59:0.443609:20:38:19:35:21:38:32:40 chrX 2835993 . G A 428.85 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0134969;FXX=0.023254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1067;QD=13.6142;RBI=0.013662;REFB=-0.00169778;REVB=-0.00211763;RO=77;SAF=30;SAR=20;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196781;STB=0.615096;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0018661;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:77:76:50:50:0.396825:20:30:32:45:20:30:31:45 chrX 2835995 . C A 326.68 PASS AF=0.403101;AO=50;DP=126;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.078282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.518;QD=10.1297;RBI=0.078986;REFB=-0.020299;REVB=0.0105227;RO=76;SAF=30;SAR=20;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190367;STB=0.619002;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0489243;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:76:77:50:52:0.403101:20:30:32:44:20:32:32:45 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C,CCCATGCCGG 274.8 PASS AF=0.355556,0;AO=29,9;DP=98;FAO=32,0;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=18,0;FSAR=14,0;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.029854,0.0114783;FXX=0.0322546;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=264.256,119.92;QD=12.2134;RBI=0.0301028,0.0360272;REFB=-0.00153572,-0.00706179;REVB=0.00386233,-0.0341498;RO=53;SAF=15,9;SAR=14,0;SRF=24;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0719202,0.700131;STB=0.594983,0.5;STBP=0.194,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00449157,0;OID=.,.;OPOS=2835999,2836002;OREF=CCACGCCGG,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CCCATGCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556,0:29,9:98:32,0:90:58:18,0:14,0:24:34:99:53:15,9:14,0:24:29 chrX 2836037 . G C 243.32 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.019937;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.202;QD=14.9734;RBI=0.0230422;REFB=-0.0121793;REVB=0.0115524;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12298;STB=0.569782;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0206381;OID=.;OPOS=2836037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:11:17:18:19:11:17:18:19 chrX 2836041 . A T 281.97 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00436419;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.657;QD=19.1167;RBI=0.0186534;REFB=-0.00670292;REVB=0.0181357;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619054;STB=0.542345;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00831537;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:28:29:30:30:0.508475:15:15:16:12:15:15:17:12 chrX 2836047 . C T 249.69 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.043193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.424;QD=18.4955;RBI=0.0432212;REFB=-0.0257713;REVB=-0.0015627;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165267;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.024461;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:16:11:16:11:16:11:16:11 chrX 2836060 . G A 239.35 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00930044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.464;QD=20.8128;RBI=0.00940773;REFB=0.000273393;REVB=0.00141675;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269745;STB=0.650347;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000221317;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:18:5:12:11:18:5 chrX 2836084 . C G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0031597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.683;QD=21.2677;RBI=0.00508369;REFB=-0.0152249;REVB=0.00398249;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399245;STB=0.721794;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0143005;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:13:1:10:7:13:1 chrX 2836138 . G A 109.36 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.00546716;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.997;QD=14.1104;RBI=0.0131833;REFB=-0.00331819;REVB=-0.0119962;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466665;STB=0.770027;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00883558;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:16:1:7:6:17:1 chrX 2836181 . A T 194.76 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0155483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.373;QD=17.3118;RBI=0.0163481;REFB=-0.00740697;REVB=0.00505095;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243016;STB=0.644213;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00646813;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:9:11:19:5:9:11:20:5 chrX 2836184 . C T 183.09 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00844776;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.075;QD=16.6441;RBI=0.00845653;REFB=-0.0126713;REVB=-0.000385044;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271321;STB=0.634145;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00691843;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:8:11:20:4:8:11:20:5 chrX 2836211 . A T 167.94 PASS AF=0.418605;AO=15;DP=45;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0041408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.029;QD=15.6227;RBI=0.0132177;REFB=-0.000105767;REVB=-0.0125524;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20977;STB=0.594803;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-9.76986e-06;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:23:25:15:18:0.418605:6:9:18:5:7:11:19:6 chrX 2836238 . G A 157.24 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0276635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3909;QD=16.1275;RBI=0.0673363;REFB=-0.00781505;REVB=0.0613915;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969551;STB=0.555492;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0109655;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:15:7:7:10:15:7 chrX 2852951 . G A 1514.08 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686638;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.969;QD=63.7508;RBI=0.0691089;REFB=0;REVB=0.00783101;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017311;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:35:60:0:0:35:60:0:0 chrX 2856155 . C G,T 755.52 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,51;DP=54;FAO=3,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=3,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311952,0.0248001;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.2773,174.107;QD=55.9642;RBI=0.0618373,0.0416577;REFB=0,0;REVB=-0.0533921,-0.0334711;RO=0;SAF=0,31;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.13361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0571092,-6.49665e-05;OID=.,.;OPOS=2856155,2856155;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:54:54:0:0:3,51:3,51:0.0555556,0.944444:3,20:0,31:0:0:3,20:0,31:0:0 chrX 2861134 . C G 834.16 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9188;QD=57.5285;RBI=0.0730719;REFB=0;REVB=0.0706988;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725626;OID=.;OPOS=2861134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:17:40:0:0:18:40:0:0 chrX 2942109 . T C 1071.21 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0127713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5408;QD=57.1314;RBI=0.061922;REFB=-0.0553604;REVB=-0.0605907;RO=2;SAF=34;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270097;STB=0.514282;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0145913;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:39:34:2:0:39:34:2:0 chrX 3736489 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3204;QD=48.7362;RBI=0.0871126;REFB=0;REVB=-0.0802732;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0028833;OID=.;OPOS=3736489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chrX 3747372 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.983;QD=57.2366;RBI=0.0103562;REFB=0;REVB=0.00569093;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14571e-05;OID=.;OPOS=3747372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chrX 3977734 . G A 671.94 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0455494;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.055;QD=52.701;RBI=0.0455556;REFB=-0.0959654;REVB=-0.000750075;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518511;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00047726;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:49:49:0.960784:26:23:0:0:26:23:0:2 chrX 5810090 . A G 489.51 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0213763;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7233;QD=50.2062;RBI=0.103286;REFB=-0.133061;REVB=0.101049;RO=4;SAF=15;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620971;STB=0.533314;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0175874;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:20:15:3:1:20:15:3:1 chrX 6451864 . C T 57.13 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0720738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4803;QD=28.5634;RBI=0.0779615;REFB=-0.0800762;REVB=0.0297214;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0235621;OID=.;OPOS=6451864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chrX 6975782 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.862;QD=62.9822;RBI=0.0563915;REFB=0;REVB=-0.037869;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20231e-05;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chrX 6995315 . C G,T 1504.45 PASS AF=0.0666667,0.92381;AO=7,97;DP=106;FAO=7,97;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=6,60;FSAR=1,37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0524675,0.00178097;FXX=0.00943307;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.3121,238.247;QD=57.3125;RBI=0.0736364,0.00922983;REFB=-0.00930064,0.0364441;REVB=0.0516671,0.00905638;RO=1;SAF=6,60;SAR=1,37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0674964,-0.00783967;STB=0.538356,0.504131;STBP=0.653,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=0.089158,0.000127554;OID=.,.;OPOS=6995315,6995315;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:106:105:1:1:7,97:7,97:0.0666667,0.92381:1,37:6,60:1:0:1,37:6,60:1:0 chrX 6995417 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.21;QD=61.695;RBI=0.0345257;REFB=0;REVB=0.023603;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80809e-05;OID=.;OPOS=6995417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chrX 6995438 . C T 1002.42 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167955;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.61;QD=58.966;RBI=0.0268317;REFB=0;REVB=0.0209249;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19096e-05;OID=.;OPOS=6995438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chrX 7023678 . G A 1153.72 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00243915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.804;QD=58.4164;RBI=0.0376624;REFB=-0.151238;REVB=0.0375833;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.504761;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000302017;OID=.;OPOS=7023678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:76:78:0.987342:26:50:0:0:26:52:1:0 chrX 7066051 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.224;QD=54.5176;RBI=0.0512343;REFB=0;REVB=0.0337276;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176256;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chrX 7812017 . C CT,T 181.52 PASS AF=0.166667,0.777778;AO=3,12;DP=18;FAO=3,14;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=2,8;FSAR=1,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484507,0.0362034;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=123.318,131.652;QD=40.3387;RBI=0.053151,0.0370876;REFB=-0.068676,-0.108311;REVB=0.0218531,0.00804981;RO=2;SAF=3,6;SAR=0,6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.692188,0;STB=0.59939,0.52937;STBP=0.681,0.52;TYPE=ins,snp;VARB=0.00246489,0.00890656;OID=.,.;OPOS=7812018,7812017;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:18:18:2:1:3,12:3,14:0.166667,0.777778:0,6:3,6:1:1:1,6:2,8:1:0 chrX 7812052 . G A 267.42 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.030662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7948;QD=42.7865;RBI=0.0316638;REFB=-0.00646134;REVB=0.00790199;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114979;STB=0.588152;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-5.45302e-05;OID=.;OPOS=7812052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:2:3:22:22:0.88:15:7:2:0:15:7:3:0 chrX 8434367 . C T 214.18 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0707549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9545;QD=45.0911;RBI=0.101068;REFB=-0.112;REVB=0.0721701;RO=1;SAF=17;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262699;STB=0.51427;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0309858;OID=.;OPOS=8434367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:1:17:1:0:1:17:1:0 chrX 8497510 . C T 3020.84 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133221;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.271;QD=63.5967;RBI=0.013324;REFB=0;REVB=0.000226825;RO=0;SAF=106;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54474e-05;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:190:0:0:186:190:1:80:106:0:0:84:106:0:0 chrX 8503641 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5565;QD=61.6835;RBI=0.0538371;REFB=0;REVB=0.0531853;RO=0;SAF=38;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798866;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:3:38:0:0:3:38:0:0 chrX 8504833 . C T 1492.34 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0538;QD=61.5396;RBI=0.0899508;REFB=-0.0918013;REVB=0.00114767;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348385;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:97:0:0:94:97:1:45:49:0:0:46:51:0:0 chrX 8998374 . A AT 35.54 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.116037;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.057;QD=2.1537;RBI=0.119498;REFB=-0.0651893;REVB=0.0285514;RO=50;SAF=3;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416209;STB=0.845365;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.132204;OID=.;OPOS=8998375;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:16:67:16:66:50:2:14:27:23:35:50:3:13:25:25 chrX 9369866 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.624;QD=45.8068;RBI=0.0900125;REFB=0;REVB=0.0584921;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649122;OID=.;OPOS=9369866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chrX 9859098 . A G 3002.8 PASS AF=1;AO=193;DP=199;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315548;FXX=0.0348241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.515;QD=61.9134;RBI=0.0133687;REFB=0;REVB=-0.012991;RO=0;SAF=105;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57911e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159323;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:194:0:0:193:194:1:88:105:0:0:88:106:0:0 chrX 9859110 . C T 2802.1 PASS AF=0.948718;AO=185;DP=196;FAO=185;FDP=195;FR=.;FRO=10;FSAF=98;FSAR=87;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0416804;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.737;QD=57.4791;RBI=0.0505357;REFB=-0.0977607;REVB=0.0285762;RO=4;SAF=98;SAR=87;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120164;STB=0.503618;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00126443;OID=.;OPOS=9859110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:196:195:4:10:185:185:0.948718:87:98:2:2:87:98:6:4 chrX 10085674 . T C 200.38 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.859;QD=47.1475;RBI=0.0382912;REFB=0;REVB=0.0380443;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110549;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:9:5:0:0:9:8:0:0 chrX 10202343 . C T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8275;QD=51.9121;RBI=0.057085;REFB=0;REVB=0.0120761;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736197;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chrX 10204812 . A G 533.85 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0675;QD=59.3171;RBI=0.132231;REFB=0;REVB=-0.0689413;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767093;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:22:13:1:0:22:14:0:0 chrX 12809661 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.274;QD=37.4838;RBI=0.0482967;REFB=0;REVB=-0.0173105;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429752;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:4:4:0:0 chrX 12924826 . A G 1134.41 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0114661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.831;QD=56.7206;RBI=0.0150638;REFB=0.00894624;REVB=-0.00976974;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150195;STB=0.523071;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000161141;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:1:3:76:77:0.9625:31:45:0:1:31:46:0:3 chrX 12937513 . C T 416.86 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000802594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.593;QD=55.5813;RBI=0.0755216;REFB=0;REVB=0.0755174;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631033;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:9:19:0:0:10:20:0:0 chrX 12937804 . C T 1786.46 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00289251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2119;QD=60.0489;RBI=0.0259843;REFB=-0.0949748;REVB=0.0258228;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.504064;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000400368;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:61:57:0:0:61:57:0:1 chrX 12939112 . G C 1525.65 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5453;QD=59.8295;RBI=0.0304061;REFB=0;REVB=0.0278474;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208099;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:41:61:0:0:41:61:0:0 chrX 12939412 . C A 687.94 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.166;QD=62.5401;RBI=0.0309325;REFB=0;REVB=0.0307786;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84747e-05;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chrX 12939928 . T C 322.12 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.553;QD=53.6859;RBI=0.0385522;REFB=0;REVB=0.0369906;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35168e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:11:11:0:0:11:13:0:0 chrX 13681115 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.081;QD=57.2021;RBI=0.0527866;REFB=0;REVB=0.0137643;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417026;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chrX 13681638 . C T 1216.78 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473543;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.166;QD=61.6091;RBI=0.0487965;REFB=0;REVB=0.0117759;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0032e-06;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:25:54:0:0:25:54:0:0 chrX 13681679 . G T 1011.63 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3342;QD=57.8072;RBI=0.0522699;REFB=-0.156172;REVB=-0.00726223;RO=1;SAF=47;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995334;STB=0.505262;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00355478;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:22:47:1:0:22:47:1:0 chrX 13682066 . G A 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0414334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9137;QD=59.0416;RBI=0.04528;REFB=-0.0141722;REVB=0.0182632;RO=0;SAF=32;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40541e-08;STB=0.526303;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000282684;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:9:32:0:0:9:32:0:1 chrX 13682577 . G A 621.05 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0578337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.098;QD=55.2044;RBI=0.0579211;REFB=-0.0295148;REVB=0.00318076;RO=1;SAF=32;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144473;STB=0.537796;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00218869;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:1:3:42:42:0.933333:10:32:1:0:10:32:1:2 chrX 13682715 . G A 464.42 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9383;QD=58.0521;RBI=0.0652119;REFB=0;REVB=-0.0600506;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160169;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chrX 13683170 . G A 3470.66 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162564;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.896;QD=62.8174;RBI=0.0194927;REFB=0;REVB=0.0107562;RO=0;SAF=109;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2923e-05;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:221:0:0:221:221:1:112:109:0:0:112:109:0:0 chrX 13684432 . T A 3047.96 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000391935;FXX=0.0102559;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.177;QD=63.1702;RBI=0.00174667;REFB=0;REVB=0.00170213;RO=1;SAF=107;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14998e-06;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:191:193:1:0:189:193:1:82:107:0:1:85:108:0:0 chrX 15332558 . A G 1659.44 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000522302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8074;QD=60.3433;RBI=0.0395632;REFB=0;REVB=0.0395598;RO=0;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154725;OID=.;OPOS=15332558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:41:67:0:0:42:68:0:0 chrX 16189096 . C T 1290.26 PASS AF=0.977273;AO=84;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0316999;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.476;QD=58.6483;RBI=0.0353578;REFB=-0.115889;REVB=0.0156617;RO=2;SAF=39;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158067;STB=0.50053;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00031153;OID=.;OPOS=16189096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:84:86:0.977273:45:39:1:1:45:41:1:1 chrX 16859628 . G A 1896.42 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.121;QD=61.672;RBI=0.0402051;REFB=0;REVB=0.039349;RO=0;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67491e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:52:71:0:0:52:71:0:0 chrX 16860134 . T C 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0407459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2051;QD=32.8195;RBI=0.0570579;REFB=-0.0589131;REVB=0.0399422;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126211;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0151945;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:1:0:6:3:1:0 chrX 17166219 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.034;QD=63.3366;RBI=0.0375905;REFB=0;REVB=-0.00130874;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28046e-05;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chrX 17705850 . C CT,T 2310.05 PASS AF=0.99435,0.00564972;AO=144,12;DP=174;FAO=176,1;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=79,1;FSAR=97,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544843,0.0198073;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=20.0246,221.793;QD=52.2046;RBI=0.0547081,0.0216546;REFB=0.0613093,-0.0289632;REVB=-0.0049425,-0.00875177;RO=13;SAF=69,1;SAR=75,11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00277171,-0.516542;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00265561,-0.112299;OID=.,.;OPOS=17705851,17705850;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:177:13:0:144,12:176,1:0.99435,0.00564972:75,11:69,1:6:7:97,0:79,1:0:0 chrX 17819377 . T C 127.12 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2301;QD=42.3723;RBI=0.0873989;REFB=0;REVB=0.0634604;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00635947;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chrX 19482476 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.682;QD=57.2007;RBI=0.0100721;REFB=0;REVB=0.00638581;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138618;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chrX 19688957 . CAAAAAAAAAAAAAAAG CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAGAAAT 131.1 PASS AF=0.580645,0.258065;AO=7,3;DP=31;FAO=18,8;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=4,7;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.766878,-0.212074;FXX=0.0882094;HRUN=15,15;LEN=2,5;MLLD=5.61478,198.153;QD=16.916;RBI=0.766982,0.212087;REFB=-0.227172,-0.0175321;REVB=-0.012574,0.00236986;RO=2;SAF=0,2;SAR=7,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.39997;STB=0.575681,0.856199;STBP=0.321,0.005;TYPE=del,mnp;VARB=-0.069354,0.0305174;OID=.,.;OPOS=19688958,19688969;OREF=AA,AAAAG;OALT=-,GAAAT;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAGAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.580645,0.258065:7,3:31:18,8:31:5:4,7:14,1:0:5:55:2:0,2:7,1:0:2 chrX 20003200 . G A 246.63 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0365878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6787;QD=46.9774;RBI=0.0446225;REFB=-0.0903816;REVB=0.025544;RO=1;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13066;STB=0.57135;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00312022;OID=.;OPOS=20003200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:3:17:0:1:3:17:0:1 chrX 20212378 . T A 33.51 PASS AF=0.0797546;AO=13;DP=163;FAO=13;FDP=163;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=86;FSRR=64;FWDB=-0.0436141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2739;QD=0.82233;RBI=0.0836823;REFB=-0.00210237;REVB=-0.0714181;RO=150;SAF=7;SAR=6;SRF=86;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398802;STB=0.532393;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0661807;OID=.;OPOS=20212378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:163:163:150:150:13:13:0.0797546:6:7:86:64:6:7:86:64 chrX 21676076 . C T 2060.61 PASS AF=0.992593;AO=132;DP=133;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394144;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.598;QD=61.055;RBI=0.0574023;REFB=-0.0551728;REVB=-0.0417316;RO=0;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000567371;OID=.;OPOS=21676076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:133:135:0:1:132:134:0.992593:75:57:0:0:76:58:0:1 chrX 23019317 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.714;QD=60.6097;RBI=0.010832;REFB=0;REVB=0.00968863;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62227e-05;OID=.;OPOS=23019317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chrX 23019346 . G T 728.96 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.39;QD=57.1734;RBI=0.0204146;REFB=0;REVB=0.0198046;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39545e-05;OID=.;OPOS=23019346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:24:27:0:0 chrX 23928489 . C T 708.16 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8244;QD=62.9478;RBI=0.0799702;REFB=0;REVB=0.0363039;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459037;OID=.;OPOS=23928489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chrX 24073761 . C T 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.05;QD=56.9526;RBI=0.0176797;REFB=0;REVB=0.0118386;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96021e-06;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chrX 24232095 . C T 1594.11 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.255;QD=57.9677;RBI=0.029372;REFB=-0.00224291;REVB=0.026887;RO=2;SAF=77;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121691;STB=0.506409;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=5.618e-05;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:31:77:2:0:31:77:2:0 chrX 24330071 . G C 57.33 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0691475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1532;QD=28.6662;RBI=0.0812807;REFB=-0.095738;REVB=0.0427222;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0137412;OID=.;OPOS=24330071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chrX 24330386 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7066;QD=62.6704;RBI=0.00577261;REFB=0;REVB=-0.00509314;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94511e-05;OID=.;OPOS=24330386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chrX 24381387 . G C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.268;QD=59.8379;RBI=0.022155;REFB=0;REVB=-0.020724;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46675e-05;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chrX 24381409 . G A 630.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9329;QD=61.559;RBI=0.030656;REFB=0;REVB=0.00505639;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346638;OID=.;OPOS=24381409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chrX 24578803 . C T 690.18 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268115;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0943;QD=54.1316;RBI=0.0307811;REFB=0;REVB=0.0151202;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179993;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:46:51:1:26:20:0:0:27:24:0:0 chrX 24751958 . T C 1840.38 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.053;QD=61.3459;RBI=0.0550961;REFB=0;REVB=0.0546496;RO=0;SAF=41;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3117e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:116:120:1:75:41:0:0:79:41:0:0 chrX 26157220 . C T 1395.07 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0191397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.82;QD=59.3648;RBI=0.022338;REFB=-0.11838;REVB=-0.0115177;RO=3;SAF=64;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217004;STB=0.511448;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000439847;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:27:64:3:0:27:64:3:0 chrX 26157792 . C T 857.68 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.809;QD=57.1788;RBI=0.0177378;REFB=0;REVB=-0.0113476;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36264e-05;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:21:37:0:0:22:38:0:0 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 537.98 PASS AF=0,0.829787;AO=5,36;DP=52;FAO=0,39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=0,24;FSAR=0,15;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0307929,0.0246453;FXX=0.040808;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=143.93,211.822;QD=45.7851;RBI=0.0504231,0.0354664;REFB=-0.00881679,-0.0672588;REVB=0.0399285,0.0255044;RO=9;SAF=5,21;SAR=0,15;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.680712,-0.0752617;STB=0.5,0.524463;STBP=1,0.457;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00853658;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:52:47:9:8:5,36:0,39:0,0.829787:0,15:5,21:7:2:0,15:0,24:6:2 chrX 27479339 . A G 766.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.524;QD=63.858;RBI=0.0653603;REFB=0;REVB=0.0410548;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254324;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chrX 30236878 . G A 3528.32 PASS AF=0.982759;AO=228;DP=232;FAO=228;FDP=232;FR=.;FRO=4;FSAF=124;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0405844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2419;QD=60.8331;RBI=0.0510467;REFB=-0.0142884;REVB=0.0309624;RO=3;SAF=124;SAR=104;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524728;STB=0.500762;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00165906;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:232:232:3:4:228:228:0.982759:104:124:1:2:104:124:2:2 chrX 30236913 . G A 2979.21 PASS AF=0.980296;AO=197;DP=204;FAO=199;FDP=203;FR=.;FRO=4;FSAF=100;FSAR=99;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000381615;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.459;QD=58.7037;RBI=0.0600353;REFB=-0.10059;REVB=0.0600341;RO=3;SAF=99;SAR=98;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142107;STB=0.509803;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000536671;OID=.;OPOS=30236913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:204:203:3:4:197:199:0.980296:98:99:3:0:99:100:4:0 chrX 30237003 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.312;QD=57.3842;RBI=0.0994084;REFB=0;REVB=0.00905909;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339631;OID=.;OPOS=30237003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chrX 30238026 . G A 745.43 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8563;QD=63.441;RBI=0.0371279;REFB=0;REVB=0.0116242;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616518;OID=.;OPOS=30238026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chrX 30238090 . T G 827.83 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000135002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.73;QD=57.0915;RBI=0.0279819;REFB=0;REVB=0.0279816;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37428e-05;OID=.;OPOS=30238090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:53:58:1:25:28:0:0:25:33:0:0 chrX 30254376 . T C 801.63 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.432;QD=57.2594;RBI=0.0295073;REFB=0;REVB=0.000731524;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64121e-05;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:38:18:0:0 chrX 30255520 . C T 2234.07 PASS AF=1;AO=121;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186248;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.021;QD=62.4914;RBI=0.0332502;REFB=0;REVB=0.0275444;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877288;OID=.;OPOS=30255520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:143:0:0:121:143:1:63:58:0:0:72:71:0:0 chrX 30261002 . A G 987.89 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.929;QD=58.9786;RBI=0.0362234;REFB=0;REVB=0.0312337;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46088e-05;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:30:37:0:0 chrX 30261157 . TG T,TC 380.65 PASS AF=0.214286,0.785714;AO=6,22;DP=28;FAO=6,22;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4,14;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632213,-0.00268903;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.3,165.97;QD=54.3778;RBI=0.0425081,0.0380117;REFB=0,0;REVB=0.0420354,0.0379165;RO=0;SAF=4,14;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0048214,-0.00314862;OID=.,.;OPOS=30261158,30261158;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.785714:6,22:28:6,22:28:0:4,14:2,8:0:0:32:0:4,14:2,8:0:0 chrX 30261160 . T C 32.83 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0192367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.1197;QD=4.69056;RBI=0.0411808;REFB=-0.0598526;REVB=0.0364116;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390845;STB=0.526227;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.222924;OID=.;OPOS=30261160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:14:8:2:4:14:8 chrX 30269887 . T A 1678.74 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00246993;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.568;QD=59.4244;RBI=0.0204122;REFB=-0.0403598;REVB=0.0202622;RO=1;SAF=39;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120174;STB=0.506328;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=9.4031e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:113:1:1:112:112:0.99115:73:39:1:0:73:39:1:0 chrX 30577846 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.932;QD=60.2299;RBI=0.0150777;REFB=0;REVB=-0.00180676;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122429;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chrX 30715827 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.186;QD=64.154;RBI=0.0541147;REFB=0;REVB=0.0537967;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77017e-05;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chrX 30849176 . G A 1236.45 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245112;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.456;QD=61.8227;RBI=0.0250436;REFB=0;REVB=0.00513619;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213634;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chrX 30872602 . A G 1138.63 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111629;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9063;QD=60.7269;RBI=0.0230046;REFB=0;REVB=0.0201147;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30894e-05;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chrX 31139555 . G A,GTGTA 246.96 PASS AF=0.0357143,0.333333;AO=25,17;DP=105;FAO=3,28;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=1,16;FSAR=2,12;FSRF=45;FSRR=8;FWDB=-0.0152279,0.0238583;FXX=0.0869471;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=58.1474,88.0538;QD=11.7599;RBI=0.0178699,0.0371028;REFB=-0.0109407,-0.0763635;REVB=0.00935108,0.0284147;RO=56;SAF=7,13;SAR=18,4;SRF=46;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576633,-0.105605;STB=0.900667,0.695705;STBP=0.588,0.039;TYPE=snp,ins;VARB=0.148322,0.054929;OID=.,.;OPOS=31139555,31139556;OREF=G,-;OALT=A,TGTA;OMAPALT=A,GTGTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:105:84:56:53:25,17:3,28:0.0357143,0.333333:18,4:7,13:46:10:2,12:1,16:45:8 chrX 31139563 . G A 405.61 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0606395;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.775;QD=14.4861;RBI=0.0637204;REFB=-0.0722417;REVB=-0.0195742;RO=64;SAF=41;SAR=6;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489334;STB=0.778082;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0599202;OID=.;OPOS=31139563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:65:47:47:0.419643:6:41:32:32:6:41:33:32 chrX 31496350 . C T 757.05 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405424;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.747;QD=55.0583;RBI=0.0410076;REFB=-0.110929;REVB=0.00615968;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000234331;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:36:18:1:0:36:18:1:0 chrX 31893307 . T G 646.37 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0157082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.661;QD=50.6954;RBI=0.0305407;REFB=-0.0492896;REVB=0.0261913;RO=2;SAF=34;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187886;STB=0.526101;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00427931;OID=.;OPOS=31893307;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:2:3:48:48:0.941176:14:34:1:1:14:34:1:2 chrX 32053662 . G C 767.03 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0232867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4448;QD=54.7879;RBI=0.0854804;REFB=-0.06308;REVB=0.0822474;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00198875;OID=.;OPOS=32053662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:1:0:23:32:1:0 chrX 32380996 . C T 2276.57 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396559;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.042;QD=59.5181;RBI=0.0447483;REFB=-0.0780921;REVB=0.0207321;RO=1;SAF=85;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122919;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:153:153:1:0:151:153:1:66:85:0:1:67:86:0:0 chrX 32503193 . AT A,AC 700.78 PASS AF=1,0;AO=13,32;DP=45;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127361,-0.174019;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.5483,80.0624;QD=60.9378;RBI=0.128897,0.213878;REFB=0,0;REVB=0.0198395,-0.124343;RO=0;SAF=1,21;SAR=12,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000501554,0;OID=.,.;OPOS=32503194,32503194;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,32:45:46,0:46:0:22,0:24,0:0:0:4:0:1,21:12,11:0:0 chrX 34674970 . C G 1779.85 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0170746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.184;QD=58.3557;RBI=0.0355294;REFB=-0.0411488;REVB=-0.0311576;RO=1;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887767;STB=0.513759;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000182526;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:1:3:119:119:0.97541:53:66:0:1:53:66:0:3 chrX 34962909 . A C 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0439598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0321;QD=59.446;RBI=0.0481511;REFB=-0.0639019;REVB=0.0196485;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.516122;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00898023;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:30:18:0:0:30:18:0:2 chrX 35820265 . C T 1205.23 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0343697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.444;QD=58.0833;RBI=0.0458397;REFB=-0.0492961;REVB=0.0303314;RO=2;SAF=45;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205762;STB=0.510636;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00178566;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:2:2:80:81:0.975904:35:45:2:0:35:46:2:0 chrX 35820425 . C T 517.97 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0408025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5544;QD=54.5227;RBI=0.0456067;REFB=-0.194245;REVB=0.0203746;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0109111;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:38:1:2:36:36:0.947368:16:20:1:0:16:20:1:1 chrX 35820696 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.48;QD=52.6131;RBI=0.0406077;REFB=0;REVB=0.0404272;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490424;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chrX 35820795 . A G 1795.02 PASS AF=1;AO=94;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735819;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.467;QD=60.3369;RBI=0.0637682;REFB=0;REVB=0.0633423;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28897e-06;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:94:119:1:36:58:0:0:60:59:0:0 chrX 35821055 . ATG AGA,GAG 626.45 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,39;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475896,-0.000563515;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=69.0358,133.019;QD=59.6623;RBI=0.0522504,0.0513587;REFB=0,0;REVB=0.0215717,0.0513556;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.3303e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0898899,0.00114915;OID=.,.;OPOS=35821056,35821055;OREF=TG,AT;OALT=GA,GA;OMAPALT=AGA,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:2,39:2,40:0.047619,0.952381:0,20:2,19:0:0:0,20:2,20:0:0 chrX 35821127 . C G,T 502.86 PASS AF=0.114286,0.885714;AO=3,32;DP=35;FAO=4,31;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=3,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116771,-0.0446941;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.0484,97.6591;QD=57.4699;RBI=0.0314078,0.0460013;REFB=0,0;REVB=-0.0313861,-0.0108882;RO=0;SAF=1,17;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.154473,-0.00121712;OID=.,.;OPOS=35821127,35821127;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:35:35:0:0:3,32:4,31:0.114286,0.885714:2,15:1,17:0:0:3,14:1,17:0:0 chrX 35821302 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.11;QD=58.5878;RBI=0.0393706;REFB=0;REVB=0.0131461;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242694;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chrX 35821308 . C T 441.21 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0790824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5689;QD=55.1516;RBI=0.186801;REFB=0;REVB=0.169235;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00627287;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:1:0:29:32:1:16:13:0:1:18:14:0:0 chrX 35821464 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8771;QD=59.0162;RBI=0.0212393;REFB=0;REVB=0.0182064;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228995;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chrX 35821558 . G A 378.33 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00101992;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.31;QD=52.1834;RBI=0.0116873;REFB=0.000772376;REVB=0.0116427;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-1.39338e-05;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:29:0:1:27:28:0.965517:12:15:0:0:13:15:1:0 chrX 35821763 . G A 417.51 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.104242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8232;QD=53.8717;RBI=0.106727;REFB=0.0347632;REVB=-0.0228952;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0320837;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:13:16:0:1:13:17:0:1 chrX 35821789 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.02;QD=55.0986;RBI=0.028057;REFB=0;REVB=-0.00351329;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13858e-05;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chrX 36371719 . T A 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.831;QD=61.8121;RBI=0.0426482;REFB=-0.133143;REVB=-0.0104778;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00140291;OID=.;OPOS=36371719;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:19:30:1:0:19:30:1:0 chrX 36385156 . A G 1229.76 PASS AF=0.923077;AO=84;DP=91;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0150957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.258;QD=54.0553;RBI=0.0194632;REFB=-0.0254079;REVB=0.0122855;RO=5;SAF=65;SAR=19;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826864;STB=0.564416;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00203378;OID=.;OPOS=36385156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:91:91:5:7:84:84:0.923077:19:65:1:4:19:65:1:6 chrX 36403036 . A G 3161.83 PASS AF=1;AO=201;DP=206;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522375;FXX=0.0424508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.997;QD=62.3021;RBI=0.0225983;REFB=0;REVB=0.0219863;RO=0;SAF=113;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371381;OID=.;OPOS=36403036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:206:203:0:0:201:203:1:88:113:0:0:89:114:0:0 chrX 37028127 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.533;QD=50.4088;RBI=0.0510929;REFB=0;REVB=0.0425705;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407946;OID=.;OPOS=37028127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chrX 37028629 . G C 102.07 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.464;QD=40.827;RBI=0.14309;REFB=0;REVB=0.120069;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176968;OID=.;OPOS=37028629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:1:8:0:0:1:9:0:0 chrX 37029254 . A C 748.61 PASS AF=1;AO=45;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.699;QD=56.4985;RBI=0.117723;REFB=0;REVB=0.115709;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580322;OID=.;OPOS=37029254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:45:53:1:17:28:0:0:25:28:0:0 chrX 38229135 . G C 3904.68 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000781391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.413;QD=62.226;RBI=0.010827;REFB=0;REVB=-0.0107987;RO=0;SAF=147;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21766e-06;OID=.;OPOS=38229135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:251:0:0:251:251:1:104:147:0:0:104:147:0:0 chrX 38547862 . G A 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.871;QD=59.3205;RBI=0.0371041;REFB=0;REVB=-0.0128954;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56591e-05;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:49:19:0:0:49:19:0:0 chrX 39933339 . A G,T 621.36 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=38,2;DP=40;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694327,-0.0187032;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.893,73.8549;QD=60.6206;RBI=0.013747,0.0202043;REFB=0,0;REVB=0.0118647,-0.00764233;RO=0;SAF=25,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000658506,0.0402906;OID=.,.;OPOS=39933339,39933339;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:41:0:0:38,2:40,1:0.97561,0.0243902:13,2:25,0:0:0:14,1:26,0:0:0 chrX 41542481 . TCC T,TC 109.11 PASS AF=0,0.666667;AO=3,11;DP=26;FAO=0,16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=0,14;FSAR=0,2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.13968,-0.26376;FXX=0.0768935;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=18.5059,15.3791;QD=18.1855;RBI=0.158529,0.296812;REFB=-0.0315343,-0.0565171;REVB=0.0749732,0.136118;RO=10;SAF=3,11;SAR=0,0;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.78742,0.848749;STB=0.5,0.807248;STBP=1,0.001;TYPE=del,del;VARB=0,0.0165869;OID=.,.;OPOS=41542482,41542482;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.666667:3,11:26:0,16:24:8:0,14:0,2:1:7:38:10:3,11:0,0:1:9 chrX 41556195 . A T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.875;QD=59.0154;RBI=0.0204107;REFB=0;REVB=0.00915331;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49644e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chrX 41587218 . T C 1666.19 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132339;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.857;QD=59.5069;RBI=0.0181319;REFB=-0.0375748;REVB=0.0123947;RO=1;SAF=54;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871089;STB=0.504586;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000349176;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:112:1:1:111:111:0.991071:57:54:1:0:57:54:1:0 chrX 41587569 . C G 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9358;QD=58.4164;RBI=0.0607817;REFB=0;REVB=0.000371905;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005356;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:44:19:0:0:44:19:0:0 chrX 41588169 . T C 1573.01 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.08;QD=59.9242;RBI=0.031105;REFB=0;REVB=0.0310337;RO=1;SAF=50;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39235e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:104:105:1:54:50:1:0:54:51:0:0 chrX 44202890 . G GC 800.23 PASS AF=0.985714;AO=64;DP=85;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0278967;FXX=0.078937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2836;QD=45.7273;RBI=0.0381779;REFB=0.00867882;REVB=-0.0260638;RO=19;SAF=25;SAR=39;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599898;STB=0.509431;STBP=0.294;TYPE=ins;VARB=0.00297446;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985714:64:85:69:70:1:26:43:1:0:10:19:25:39:10:9 chrX 44929077 . C A 579.91 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973035;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.919;QD=61.0432;RBI=0.0215108;REFB=0;REVB=0.0191843;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177678;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chrX 45051111 . C T 1580.47 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.062;QD=63.8573;RBI=0.0501545;REFB=0;REVB=0.0480744;RO=0;SAF=64;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38322e-05;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:31:64:0:0:35:64:0:0 chrX 46472826 . G A 435.76 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.039541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.102;QD=54.47;RBI=0.0449978;REFB=-0.077082;REVB=0.0214782;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217036;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00364866;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:1:0:10:21:1:0 chrX 46618321 . C G 939.34 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0535994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0089;QD=56.0801;RBI=0.0536305;REFB=-0.137378;REVB=0.00182697;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00418144;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:37:28:0:1:38:28:0:1 chrX 46740032 . G A 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.47;QD=54.8227;RBI=0.0342473;REFB=0.118232;REVB=-0.0249983;RO=1;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119206;STB=0.506327;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0018497;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:39:11:0:1:39:11:0:1 chrX 46920599 . C A 1226.81 PASS AF=0.923913;AO=84;DP=93;FAO=85;FDP=92;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0052125;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.254;QD=53.3397;RBI=0.0177978;REFB=0.0422083;REVB=0.0170174;RO=8;SAF=48;SAR=36;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899028;STB=0.511607;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00014409;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:93:92:8:7:84:85:0.923913:36:48:5:3:37:48:5:2 chrX 47057647 . A G 727.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.213;QD=63.2424;RBI=0.0401962;REFB=0;REVB=0.0252141;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39933e-05;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chrX 47062534 . G A 955.84 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00382923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8982;QD=57.0648;RBI=0.0978831;REFB=-0.0298737;REVB=0.0978082;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125996;STB=0.506665;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00115576;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:29:37:1:0:29:37:1:0 chrX 47444879 . G C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4722;QD=56.1848;RBI=0.178316;REFB=0;REVB=-0.176958;RO=0;SAF=27;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00406881;OID=.;OPOS=47444879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:1:27:0:0:1:27:0:0 chrX 47444985 . T C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.208;QD=46.8402;RBI=0.0259968;REFB=0;REVB=0.00221545;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147768;OID=.;OPOS=47444985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chrX 47445286 . A G 512.94 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4844;QD=58.6219;RBI=0.0386147;REFB=0;REVB=0.0354505;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739866;OID=.;OPOS=47445286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:28:6:0:0:29:6:0:0 chrX 47466361 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.901;QD=56.1886;RBI=0.0103542;REFB=0;REVB=0.00930023;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82085e-05;OID=.;OPOS=47466361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chrX 47487912 . T TG 589.47 PASS AF=1;AO=51;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125175;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.0232;QD=42.8707;RBI=0.0138553;REFB=-0.029285;REVB=0.0137986;RO=5;SAF=28;SAR=23;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00863434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00387861;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:57:55:55:0:30:25:0:0:10:5:28:23:3:2 chrX 47487916 . T A 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.557;QD=57.5435;RBI=0.0305801;REFB=0;REVB=-0.0303737;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25466e-05;OID=.;OPOS=47487916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chrX 47498400 . C T 663.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1029;QD=61.6823;RBI=0.117337;REFB=0;REVB=0.116119;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586161;OID=.;OPOS=47498400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:11:30:0:0:12:31:0:0 chrX 47500700 . C T 719.25 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00664803;FXX=0.065563;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.817;QD=50.4737;RBI=0.0132487;REFB=-0.123345;REVB=0.01146;RO=4;SAF=30;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587834;STB=0.531238;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00174015;OID=.;OPOS=47500700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:57:57:4:4:53:53:0.929825:23:30:4:0:23:30:4:0 chrX 47918205 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2572;QD=33.4285;RBI=0.111712;REFB=0;REVB=-0.0190306;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.012987;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 48049666 . C T 501.39 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7514;QD=58.9869;RBI=0.015708;REFB=0;REVB=-0.0144855;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81389e-05;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chrX 48054740 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.885;QD=57.6805;RBI=0.0332099;REFB=0;REVB=0.0131579;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13253e-05;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chrX 48125798 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9198;QD=58.9615;RBI=0.0531414;REFB=0;REVB=0.0506654;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380397;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chrX 48156264 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.092;QD=57.2019;RBI=0.036586;REFB=0;REVB=0.0351027;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229898;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chrX 48161189 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1319;QD=50.4124;RBI=0.0381931;REFB=0;REVB=-0.0259445;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58134e-05;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chrX 48163105 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.471;QD=60.9773;RBI=0.048299;REFB=0;REVB=0.0283271;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02772e-05;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chrX 48163717 . C T 963.93 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028747;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.906;QD=59.3187;RBI=0.036052;REFB=0;REVB=0.0217568;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129813;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chrX 48164204 . G GC 39.44 PASS AF=0.212121;AO=8;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00718629;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.732;QD=4.78013;RBI=0.0290932;REFB=-0.00170314;REVB=-0.0281917;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483059;STB=0.794968;STBP=0.116;TYPE=ins;VARB=0.0604977;OID=.;OPOS=48164205;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121:8:33:7:33:26:1:6:12:14:39:25:1:7:12:13 chrX 48435928 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000336818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.013;QD=57.6798;RBI=0.026855;REFB=0;REVB=0.0268528;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128597;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chrX 48460314 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.82531e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.924;QD=59.3213;RBI=0.0981237;REFB=0;REVB=-0.0981237;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347583;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chrX 48547187 . G C 31.33 PASS AF=0.384615;AO=6;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.7165;QD=9.63853;RBI=0.00525025;REFB=-0.0386709;REVB=0.00525025;RO=8;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014239;OID=.;OPOS=48547187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:8:8:6:5:0.384615:6:0:0:8:5:0:0:8 chrX 48620183 . G A 1539.78 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299579;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.003;QD=64.1576;RBI=0.0325714;REFB=0;REVB=0.0127838;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26112e-05;OID=.;OPOS=48620183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:96:0:0:96:96:1:39:57:0:0:39:57:0:0 chrX 48780224 . TGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGCG,TGGGGGGCG,TGGGGGGCGA 46.87 PASS AF=0.0769231,0,0.423077,0;AO=4,2,4,3;DP=29;FAO=2,0,11,0;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0,10,0;FSAR=1,0,1,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0873392,0.00395485,-0.0116891,0.00515916;FXX=0.0370233;HRUN=6,6,0,0;LEN=1,2,1,2;MLLD=10.1294,32.9809,32.3718,45.5528;QD=7.21067;RBI=0.159663,0.066687,0.0140491,0.014675;REFB=-0.0497804,-0.0278102,-0.0235868,-0.026474;REVB=-0.133657,-0.0665696,0.00779371,0.0137382;RO=14;SAF=3,2,4,3;SAR=1,0,0,0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0.604167,0,0,0;SSEP=0.52381,0,0,0;SSSB=0.141006,0.497441,0.638343,0.583079;STB=0.665191,0.5,0.724121,0.5;STBP=0.727,1,0.154,1;TYPE=del,mnp,ins,ins;VARB=0.0786895,0.0470188,0.196745,0;OID=.,.,.,.;OPOS=48780225,48780230,48780232,48780232;OREF=G,GC,-,-;OALT=-,CG,G,GA;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGCG,TGGGGGGCG,TGGGGGGCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0769231,0,0.423077,0:4,2,4,3:29:2,0,11,0:26:13:1,0,10,0:1,0,1,0:9:4:44:14:3,2,4,3:1,0,0,0:9:5 chrX 48847497 . T C 946.9 PASS AF=0.944444;AO=66;DP=71;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0374073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8892;QD=52.6056;RBI=0.0375148;REFB=0.113931;REVB=0.00283903;RO=4;SAF=41;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138272;STB=0.507872;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0062828;OID=.;OPOS=48847497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:72:4:4:66:68:0.944444:25:41:2:2:25:43:2:2 chrX 48921472 . A AC,C 39.71 PASS AF=0.186047,0.0232558;AO=8,2;DP=42;FAO=8,1;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=2,1;FSAR=6,0;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.100804,-0.0179995;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=83.2465,127.362;QD=3.69422;RBI=0.100822,0.0199273;REFB=-0.00275503,-0.00765358;REVB=0.00190246,-0.00855061;RO=32;SAF=2,1;SAR=6,1;SRF=14;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247311,0.0547481;STB=0.648251,0.991558;STBP=0.407,0.252;TYPE=ins,snp;VARB=0.0782477,0.180023;OID=.,.;OPOS=48921473,48921472;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:42:43:32:34:8,2:8,1:0.186047,0.0232558:6,1:2,1:14:18:6,0:2,1:14:20 chrX 49021256 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.582;QD=61.5363;RBI=0.0329194;REFB=0;REVB=0.0277707;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2985e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chrX 49021537 . G C 1539.61 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000417892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.392;QD=59.7905;RBI=0.0107866;REFB=0;REVB=-0.0107785;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75674e-05;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:52:50:0:0:52:51:0:0 chrX 49022700 . T C 448.47 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.919;QD=57.8674;RBI=0.0129912;REFB=0;REVB=0.00286904;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021958;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:28:31:1:7:21:0:0:10:21:0:0 chrX 49071964 . A G 277.11 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230447;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.127;QD=52.7821;RBI=0.0231093;REFB=0;REVB=-0.00172713;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93987e-05;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chrX 49081291 . G A 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.104;QD=63.2799;RBI=0.0642626;REFB=0;REVB=0.0577032;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333825;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chrX 49103224 . G A 533.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.505;QD=59.2375;RBI=0.0338752;REFB=0;REVB=0.033523;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233155;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chrX 49767832 . A G 491.91 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0432738;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.942;QD=56.2187;RBI=0.0444768;REFB=0.0286206;REVB=0.0102746;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=6.04255e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:1:0:21:13:1:0 chrX 49767835 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273895;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.572;QD=59.8394;RBI=0.0274231;REFB=0;REVB=0.00135737;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31745e-05;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chrX 50121146 . A AG,G 885.55 PASS AF=1,0;AO=56,3;DP=67;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.227922,0.04322;FXX=0.0156226;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=27.6455,4.98804;QD=56.2257;RBI=0.230076,0.0434246;REFB=0,0;REVB=0.0314049,-0.00421049;RO=8;SAF=20,3;SAR=36,0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0972037,0.602514;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00534051,0;OID=.,.;OPOS=50121147,50121146;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:63:8:0:56,3:63,0:1,0:36,0:20,3:6:2:36,0:27,0:0:0 chrX 50336330 . C CT 31.28 PASS AF=0.234568;AO=21;DP=84;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.128288;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.4445;QD=1.54463;RBI=0.161631;REFB=-0.0448005;REVB=-0.0983191;RO=59;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293754;STB=0.731781;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=-0.0579389;OID=.;OPOS=50336331;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234568:21:84:19:81:62:14:5:27:35:31:59:14:7:25:34 chrX 50350408 . G A 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0841;QD=63.3352;RBI=0.0691354;REFB=0;REVB=-0.0682862;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245691;OID=.;OPOS=50350408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chrX 50350674 . T C 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3527;QD=55.6459;RBI=0.0378388;REFB=0;REVB=-0.0213156;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119953;OID=.;OPOS=50350674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chrX 50350728 . T C 102.13 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00253871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6408;QD=17.7614;RBI=0.0798042;REFB=-0.127416;REVB=0.0797639;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177776;STB=0.533279;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0673376;OID=.;OPOS=50350728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:8:11:12:12:0.521739:4:8:7:1:4:8:8:3 chrX 50350757 . TC GT,TCTGCTGCTGCTGT 314.79 PASS AF=0.421053,0.421053;AO=16,13;DP=40;FAO=16,16;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=16,8;FSAR=0,8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0259424,-0.023727;FXX=0.0499875;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=212.233,86.8404;QD=33.1355;RBI=0.0816722,0.0380454;REFB=-0.065808,-0.0858767;REVB=0.0774425,0.0297402;RO=9;SAF=16,5;SAR=0,8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.820138,-0.278387;STB=0.998853,0.545398;STBP=0.013,0.495;TYPE=mnp,ins;VARB=0.019813,0.0398547;OID=.,.;OPOS=50350757,50350759;OREF=TC,-;OALT=GT,TGCTGCTGCTGT;OMAPALT=GT,TCTGCTGCTGCTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:38:9:6:16,13:16,16:0.421053,0.421053:0,8:16,5:7:2:0,8:16,8:4:2 chrX 51075841 . A G 96.3 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=0.00301743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.623;QD=4.87578;RBI=0.0168969;REFB=-0.000946755;REVB=-0.0166253;RO=62;SAF=13;SAR=3;SRF=46;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127476;STB=0.594836;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00315729;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:79:79:62:63:16:16:0.202532:3:13:46:16:3:13:46:17 chrX 51075901 . G A 50.58 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.0147822;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.101;QD=1.82283;RBI=0.0451223;REFB=-0.00238142;REVB=-0.0426322;RO=99;SAF=11;SAR=1;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483651;STB=0.877674;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0373122;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:112:111:99:99:12:12:0.108108:1:11:56:43:1:11:56:43 chrX 52825546 . C G 808.76 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0196764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2361;QD=53.9171;RBI=0.0335809;REFB=-0.0490724;REVB=-0.0272125;RO=2;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678097;STB=0.503596;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000933666;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:23:35:1:1:23:35:1:1 chrX 52891619 . GT G 46.06 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0815412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.2891;QD=3.34996;RBI=0.0982424;REFB=-0.0176886;REVB=0.054796;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229521;STB=0.512179;STBP=0.911;TYPE=del;VARB=0.0160999;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:15:54:15:55:40:7:8:18:22:46:38:7:8:17:21 chrX 52891645 . A G 123.57 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0357875;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.128;QD=10.0875;RBI=0.0361422;REFB=-0.00706247;REVB=-0.00505133;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846084;STB=0.559151;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0138441;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:33:34:15:15:0.306122:8:7:13:20:8:7:13:21 chrX 52891653 . C T 142.72 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0426547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.714;QD=10.7714;RBI=0.0515363;REFB=0.00286258;REVB=0.0289235;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177307;STB=0.603663;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00605511;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:12:23:9:9:12:23 chrX 53105890 . G A 1753.2 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00602846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.391;QD=59.4305;RBI=0.00677804;REFB=-0.0153346;REVB=-0.00309831;RO=1;SAF=79;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059742;STB=0.503144;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=5.96034e-05;OID=.;OPOS=53105890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:118:1:1:116:117:0.991525:37:79:1:0:38:79:1:0 chrX 53106865 . C T 489.2 PASS AF=0.921053;AO=33;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0178518;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.828;QD=51.4944;RBI=0.0197774;REFB=-0.00233689;REVB=0.00851231;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578899;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000390149;OID=.;OPOS=53106865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:38:0:3:33:35:0.921053:8:25:0:0:8:27:0:3 chrX 53107941 . C T 2035.69 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141148;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7221;QD=61.6877;RBI=0.014744;REFB=0;REVB=-0.00426099;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119478;OID=.;OPOS=53107941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:128:132:1:59:69:0:0:59:73:0:0 chrX 53108771 . C CTG 378.69 PASS AF=0.852941;AO=28;DP=40;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0891514;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.191;QD=44.5516;RBI=0.207054;REFB=-0.239628;REVB=0.186878;RO=11;SAF=20;SAR=8;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199733;STB=0.553157;STBP=0.212;TYPE=ins;VARB=0.0235899;OID=.;OPOS=53108772;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941:28:40:29:34:5:21:8:5:0:28:11:20:8:11:0 chrX 53108953 . TACACACACACACACACACAC TACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACCA 720.62 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=41,4;DP=55;FAO=49,3;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049264,0.0834208;FXX=0.0370302;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=130.141,40.1839;QD=55.4324;RBI=0.0922747,0.107017;REFB=0,0;REVB=0.0780236,-0.0670336;RO=0;SAF=18,0;SAR=23,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00899243,0.0543484;OID=.,.;OPOS=53108954,53108972;OREF=AC,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.942308,0.0576923:41,4:55:49,3:52:0:22,0:27,3:0:0:12:0:18,0:23,4:0:0 chrX 53109075 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.575;QD=58.5878;RBI=0.0183557;REFB=0;REVB=0.0178714;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47764e-05;OID=.;OPOS=53109075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chrX 53112051 . CG C,CGG 31.48 PASS AF=0,0.354839;AO=4,12;DP=31;FAO=0,11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=0,8;FSAR=0,3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.070628,-0.0779721;FXX=0.0312402;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.84707,6.70072;QD=4.06184;RBI=0.104428,0.0994821;REFB=0.0930892,-0.111369;REVB=-0.0769209,0.0617823;RO=13;SAF=2,9;SAR=2,3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.21835,0.066069;STB=0.5,0.559328;STBP=1,0.664;TYPE=del,ins;VARB=0.0288644,0.111436;OID=.,.;OPOS=53112052,53112052;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.354839:4,12:31:0,11:31:20:0,8:0,3:13:7:32:13:2,9:2,3:9:4 chrX 53563589 . A G 410.42 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0673658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0799;QD=51.3026;RBI=0.0676693;REFB=-0.152963;REVB=-0.00640115;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545424;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0113094;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:0:2:30:30:0.9375:20:10:0:0:20:10:2:0 chrX 53587351 . T TG 38.64 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00230356;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.9291;QD=3.03091;RBI=0.0756559;REFB=-0.00539079;REVB=-0.0756208;RO=37;SAF=11;SAR=3;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203185;STB=0.533285;STBP=0.794;TYPE=ins;VARB=0.18644;OID=.;OPOS=53587352;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451:14:51:14:51:37:10:4:25:12:38:37:11:3:24:13 chrX 53652846 . G T 510.5 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00168951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.427;QD=52.3591;RBI=0.0388408;REFB=-0.142102;REVB=0.038804;RO=3;SAF=22;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841154;STB=0.504502;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00105063;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:14:22:2:1:14:22:2:1 chrX 53652852 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.381;QD=62.3509;RBI=0.0126741;REFB=0;REVB=0.00935876;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05241e-07;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chrX 54209387 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.417;QD=43.4804;RBI=0.05191;REFB=0;REVB=0.0304408;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150538;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chrX 54471977 . CCT C,CC,CCC 919.73 PASS AF=0.808824,0.191176,0;AO=49,12,5;DP=71;FAO=55,13,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27,11,0;FSAR=28,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000850912,0.00545326,0.00907227;FXX=0;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=134.059,131.048,122.055;QD=54.1015;RBI=0.0681647,0.0586469,0.0432226;REFB=0,0,0;REVB=0.0681593,0.0583928,0.0422597;RO=0;SAF=23,8,4;SAR=26,4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.4,0,0;SSEP=0.833333,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00097236,-0.00453772,0;OID=.,.,.;OPOS=54471978,54471979,54471979;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.808824,0.191176,0:49,12,5:71:55,13,0:68:0:27,11,0:28,2,0:0:0:27:0:23,8,4:26,4,1:0:0 chrX 54476104 . T C 98.52 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612191;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8635;QD=39.4079;RBI=0.173025;REFB=0;REVB=0.161833;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00856895;OID=.;OPOS=54476104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chrX 54476149 . A G 340.02 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3909;QD=54.4031;RBI=0.0804137;REFB=0;REVB=-0.0332671;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576711;OID=.;OPOS=54476149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chrX 54836361 . A G 1218.36 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474681;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.236;QD=60.9179;RBI=0.0449367;REFB=0;REVB=0.0446852;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015748;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:25:53:0:0:25:55:0:0 chrX 54836505 . A G 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.935;QD=56.2114;RBI=0.170555;REFB=-0.00870604;REVB=0.168041;RO=1;SAF=58;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133918;STB=0.571402;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000181248;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:3:58:0:1:3:58:0:1 chrX 54837340 . C T 1457.51 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.878;QD=62.0216;RBI=0.0174215;REFB=-0.103904;REVB=-0.0100794;RO=1;SAF=59;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796875;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000118353;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:34:59:1:0:34:59:1:0 chrX 54838077 . C T 670.07 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2001;QD=62.3322;RBI=0.0703686;REFB=0;REVB=0.0700747;RO=0;SAF=34;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100406;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:9:34:0:0:9:34:0:0 chrX 55116466 . C G 1108.91 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6127;QD=59.9411;RBI=0.0343704;REFB=0;REVB=0.0189494;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606658;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:44:29:0:0:44:30:0:0 chrX 55172537 . G A 2338.59 PASS AF=0.844221;AO=168;DP=199;FAO=168;FDP=199;FR=.;FRO=31;FSAF=91;FSAR=77;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0353177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0455;QD=47.0068;RBI=0.0401911;REFB=-0.00236014;REVB=0.0191829;RO=31;SAF=91;SAR=77;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756248;STB=0.504003;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.000587604;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:31:31:168:168:0.844221:77:91:16:15:77:91:16:15 chrX 55172572 . G A 37.47 PASS AF=0.06639;AO=16;DP=241;FAO=16;FDP=241;FR=.;FRO=225;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=100;FSRR=125;FWDB=-0.0241027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.452;QD=0.621923;RBI=0.0294318;REFB=-0.00176131;REVB=-0.0168906;RO=225;SAF=8;SAR=8;SRF=100;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600313;STB=0.551803;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0245642;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:241:241:225:225:16:16:0.06639:8:8:100:125:8:8:100:125 chrX 55172606 . G A 33.16 PASS AF=0.0588235;AO=17;DP=289;FAO=17;FDP=289;FR=.;FRO=272;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=139;FSRR=133;FWDB=0.000467961;FXX=0.00344816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6183;QD=0.458905;RBI=0.0315266;REFB=-0.000798261;REVB=-0.0315231;RO=270;SAF=10;SAR=7;SRF=139;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764181;STB=0.57298;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0181515;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:289:289:270:272:17:17:0.0588235:7:10:139:131:7:10:139:133 chrX 55172645 . C T 3442.76 PASS AF=0.79878;AO=257;DP=330;FAO=262;FDP=328;FR=.;FRO=66;FSAF=157;FSAR=105;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0223887;FXX=0.0179635;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3179;QD=41.9849;RBI=0.0259554;REFB=-0.0201072;REVB=-0.0131311;RO=64;SAF=156;SAR=101;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477992;STB=0.526844;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0105256;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:328:64:66:257:262:0.79878:101:156:31:33:105:157:31:35 chrX 55172659 . A G 263.07 PASS AF=0.159292;AO=54;DP=339;FAO=54;FDP=339;FR=.;FRO=285;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=166;FSRR=119;FWDB=-0.0365789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8227;QD=3.10408;RBI=0.036579;REFB=-0.00830351;REVB=0.000102731;RO=284;SAF=34;SAR=20;SRF=166;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061048;STB=0.541584;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0542783;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:284:285:54:54:0.159292:20:34:166:118:20:34:166:119 chrX 55172680 . G C 70.91 PASS AF=0.0791789;AO=27;DP=339;FAO=27;FDP=341;FR=.;FRO=314;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=185;FSRR=129;FWDB=-0.0574519;FXX=0.00292389;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8895;QD=0.831758;RBI=0.0587567;REFB=-0.00301006;REVB=-0.0123137;RO=311;SAF=22;SAR=5;SRF=183;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289687;STB=0.739949;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0280023;OID=.;OPOS=55172680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:339:341:311:314:27:27:0.0791789:5:22:183:128:5:22:185:129 chrX 55172686 . CT CC,TC 3461.53 PASS AF=0.738602,0.0790274;AO=242,26;DP=329;FAO=243,26;FDP=329;FR=.;FRO=60;FSAF=163,22;FSAR=80,4;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0119923,-0.0296022;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=47.1754,165.125;QD=42.0855;RBI=0.0177542,0.0357382;REFB=0.0308868,-0.00933999;REVB=-0.0130919,-0.0200231;RO=61;SAF=162,22;SAR=80,4;SRF=26;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.100412,0.530669;STB=0.554827,0.820007;STBP=0,0;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.012623,0.033106;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:61:60:242,26:243,26:0.738602,0.0790274:80,4:162,22:26:35:80,4:163,22:25:35 chrX 55172708 . T G 3178.41 PASS AF=0.804636;AO=243;DP=303;FAO=243;FDP=302;FR=.;FRO=59;FSAF=181;FSAR=62;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0351897;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.513;QD=42.0982;RBI=0.038122;REFB=0.00792144;REVB=-0.014662;RO=59;SAF=181;SAR=62;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150608;STB=0.580064;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00185095;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:59:59:243:243:0.804636:62:181:24:35:62:181:24:35 chrX 55172716 . C T 337.16 PASS AF=0.209559;AO=57;DP=272;FAO=57;FDP=272;FR=.;FRO=215;FSAF=45;FSAR=12;FSRF=153;FSRR=62;FWDB=-0.00909111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.589;QD=4.95826;RBI=0.0101829;REFB=-0.0043383;REVB=-0.00458724;RO=214;SAF=45;SAR=12;SRF=153;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128707;STB=0.583565;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0165671;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:214:215:57:57:0.209559:12:45:153:61:12:45:153:62 chrX 55185568 . A G 365.96 PASS AF=0.346154;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=27;FWDB=0.00733352;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.031;QD=11.2604;RBI=0.00797948;REFB=0.00695329;REVB=-0.00314509;RO=85;SAF=17;SAR=28;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336537;STB=0.691847;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00867879;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:85:85:45:45:0.346154:28:17:58:27:28:17:58:27 chrX 55185656 . C A 118.79 PASS AF=0.151899;AO=24;DP=158;FAO=24;FDP=158;FR=.;FRO=134;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=83;FSRR=51;FWDB=-0.0194364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.052;QD=3.00731;RBI=0.020623;REFB=-0.00707395;REVB=-0.00689439;RO=132;SAF=20;SAR=4;SRF=83;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319929;STB=0.727298;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0262746;OID=.;OPOS=55185656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:132:134:24:24:0.151899:4:20:83:49:4:20:83:51 chrX 55205242 . CTT C,CT 69.83 PASS AF=0.225806,0.225806;AO=6,11;DP=33;FAO=7,7;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7,6;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0311927,-0.0577359;FXX=0.0605877;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.1555,12.0912;QD=9.01093;RBI=0.0566378,0.108199;REFB=-0.0541367,-0.104636;REVB=-0.0472742,-0.0915073;RO=12;SAF=6,7;SAR=0,4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.792717,0.336685;STB=0.998691,0.89264;STBP=0,0.033;TYPE=del,del;VARB=0.100829,-0.0722155;OID=.,.;OPOS=55205243,55205243;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.225806,0.225806:6,11:33:7,7:31:17:7,6:0,1:4:13:26:12:6,7:0,4:3:9 chrX 55247030 . C G 2153.12 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0430861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.38;QD=60.6512;RBI=0.0431649;REFB=-0.136457;REVB=-0.00260713;RO=3;SAF=69;SAR=70;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202193;STB=0.510637;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000319913;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:142:142:3:3:139:139:0.978873:70:69:3:0:70:69:3:0 chrX 55289774 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.635;QD=57.5451;RBI=0.0220636;REFB=0;REVB=0.0169619;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3212e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chrX 55514818 . C T 579.37 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0941149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2564;QD=52.6696;RBI=0.0946565;REFB=0.0169573;REVB=-0.0101119;RO=4;SAF=16;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103789;STB=0.555528;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000142334;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:4:4:40:40:0.909091:24:16:4:0:24:16:4:0 chrX 55651001 . T C 427.55 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3862;QD=57.0062;RBI=0.029908;REFB=0;REVB=0.0223818;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726467;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chrX 57163183 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.494;QD=35.5759;RBI=0.10505;REFB=0;REVB=0.0417161;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144451;OID=.;OPOS=57163183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrX 57313357 . T C 1212.6 PASS AF=0.909091;AO=80;DP=85;FAO=80;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0742236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6404;QD=55.1183;RBI=0.0823264;REFB=-0.0825151;REVB=-0.0356161;RO=2;SAF=28;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326164;STB=0.533325;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00281415;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:88:2:4:80:80:0.909091:52:28:2:0:52:28:4:0 chrX 57405163 . T C 1081.15 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5235;QD=59.2412;RBI=0.0279146;REFB=0;REVB=-0.000299401;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104158;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:29:42:0:0:30:43:0:0 chrX 57619648 . G T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.377;QD=64.4153;RBI=0.0212909;REFB=0;REVB=-0.00539239;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06402e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chrX 57622607 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.31;QD=64.4154;RBI=0.0205638;REFB=0;REVB=0.0161434;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92087e-05;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chrX 65382685 . T A,C 591.84 PASS AF=0.125,0.875;AO=5,34;DP=39;FAO=5,35;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5,4;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307116,-0.0379115;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.7714,64.0657;QD=59.1839;RBI=0.0307904,0.038257;REFB=0,0;REVB=0.00220098,0.00513;RO=0;SAF=5,4;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0733215,0.00107242;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:39:40:0:0:5,34:5,35:0.125,0.875:0,30:5,4:0:0:0,31:5,4:0:0 chrX 65393488 . CG CC,C 35.74 PASS AF=0,0.133929;AO=9,30;DP=208;FAO=0,30;FDP=224;FR=.;FRO=194;FSAF=0,12;FSAR=0,18;FSRF=117;FSRR=77;FWDB=0.0790128,0.15554;FXX=0.0175431;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=13.501,8.33755;QD=0.638207;RBI=0.0837838,0.158944;REFB=-0.0539948,-0.0658948;REVB=-0.0278693,-0.0327173;RO=127;SAF=0,12;SAR=9,18;SRF=79;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0.54717;SSSB=-0.605431,-0.278426;STB=0.5,0.670603;STBP=1,0.049;TYPE=snp,del;VARB=0.00358208,0.0768957;OID=.,.;OPOS=65393489,65393489;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.133929:9,30:208:0,30:224:194:0,12:0,18:117:77:36:127:0,12:9,18:79:48 chrX 65822607 . T C 2011.47 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143453;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9334;QD=62.3712;RBI=0.014353;REFB=0;REVB=0.000471524;RO=0;SAF=48;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87471e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:81:48:0:0:81:48:0:0 chrX 65824986 . C T 1712.04 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.68;QD=60.6031;RBI=0.0387971;REFB=0;REVB=0.0364769;RO=0;SAF=69;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73432e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:42:69:0:0:44:69:0:0 chrX 67321920 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.703;QD=57.3854;RBI=0.01115;REFB=0;REVB=-0.00706474;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90424e-06;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chrX 67674210 . AATT A,AAAA,AAAT,TTTT 170.77 PASS AF=0.772727,0,0,0;AO=10,4,12,3;DP=42;FAO=17,0,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=2,0,0,0;FSAR=15,0,0,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.189675,0.0847662,0.135009,-0.0943052;FXX=0.333232;HRUN=7,7,7,7;LEN=3,2,1,2;MLLD=23.2374,10.8822,3.62526,18.5544;QD=31.0493;RBI=0.247768,0.0969515,0.162105,0.104603;REFB=-0.0429637,-0.0530646,-0.102993,0.0481356;REVB=0.159414,0.0470562,0.0897262,-0.0452577;RO=5;SAF=1,0,0,3;SAR=9,4,12,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.327428,-0.700982,-0.817351,0.698233;STB=0.571354,0.5,0.5,0.5;STBP=0.636,1,1,1;TYPE=del,mnp,snp,mnp;VARB=0.0143982,0,0.103323,0;OID=.,.,.,.;OPOS=67674211,67674212,67674212,67674210;OREF=ATT,TT,T,AA;OALT=-,AA,A,TT;OMAPALT=A,AAAA,AAAT,TTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:42:22:5:5:10,4,12,3:17,0,0,0:0.772727,0,0,0:9,4,12,0:1,0,0,3:2:3:15,0,0,0:2,0,0,0:0:5 chrX 67945420 . A G 614.6 PASS AF=0.877193;AO=46;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.276435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4238;QD=43.1298;RBI=0.296845;REFB=-0.163448;REVB=0.10817;RO=11;SAF=25;SAR=21;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000715825;STB=0.53664;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0224192;OID=.;OPOS=67945420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:57:57:11:7:46:50:0.877193:21:25:6:5:21:29:2:5 chrX 68060283 . G A 1496.55 PASS AF=0.963636;AO=103;DP=108;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0356933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.369;QD=54.4199;RBI=0.0751482;REFB=-0.159993;REVB=0.0661305;RO=5;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385263;STB=0.51587;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00256008;OID=.;OPOS=68060283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:110:5:4:103:106:0.963636:59:44:0:5:61:45:0:4 chrX 68750162 . AG GA 32.48 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00542058;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.509;QD=2.49857;RBI=0.043662;REFB=-0.00315924;REVB=-0.0433242;RO=43;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496514;STB=0.84644;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=0.171539;OID=.;OPOS=68750162;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:52:52:43:45:7:7:0.134615:6:1:24:19:6:1:24:21 chrX 69250308 . C T 684.88 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296614;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.362;QD=54.7901;RBI=0.0376709;REFB=-0.123696;REVB=0.0232228;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00149076;OID=.;OPOS=69250308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:17:32:1:0:17:32:1:0 chrX 69258515 . T G 1284.06 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0523231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7202;QD=58.3664;RBI=0.055139;REFB=-0.25278;REVB=0.0173954;RO=2;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233037;STB=0.508004;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00574753;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:88:88:2:3:85:85:0.965909:47:38:1:1:48:37:2:1 chrX 69441863 . G A 399.0 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.826;QD=51.4837;RBI=0.0221666;REFB=-0.106176;REVB=0.00508496;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071485;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000531861;OID=.;OPOS=69441863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:2:1:29:30:0.967742:12:17:0:2:13:17:0:1 chrX 69441921 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00740967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.722;QD=57.8241;RBI=0.0309747;REFB=-0.10438;REVB=-0.0300754;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00298151;OID=.;OPOS=69441921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:1:0:20:18:1:0 chrX 69510335 . C T 672.69 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=60;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0374596;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.723;QD=45.6061;RBI=0.0441061;REFB=-0.0831434;REVB=0.0232836;RO=3;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944468;STB=0.516772;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00430446;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:60:59:3:7:52:52:0.881356:30:22:1:2:30:22:2:5 chrX 69652762 . A G 1392.68 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1923;QD=61.8968;RBI=0.0340537;REFB=0;REVB=0.0110182;RO=1;SAF=58;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119375;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:1:0:88:90:1:30:58:1:0:31:59:0:0 chrX 69722289 . AG GT,TG 57.0 PASS AF=0,0.183673;AO=2,7;DP=49;FAO=0,9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.104995,-0.0321223;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=30.7685,100.446;QD=4.65275;RBI=0.105881,0.0337912;REFB=0.0188949,0.00460112;REVB=0.0136719,0.010488;RO=35;SAF=2,2;SAR=0,5;SRF=26;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.348565,-0.512764;STB=0.5,0.682453;STBP=1,0.273;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0541567;OID=.,.;OPOS=69722289,69722289;OREF=AG,A;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:49:49:35:40:2,7:0,9:0,0.183673:0,5:2,2:26:9:0,5:0,4:27:13 chrX 69774517 . A T 742.83 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0238016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.921;QD=59.4265;RBI=0.027448;REFB=-0.182149;REVB=-0.0136704;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5147;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00194154;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:15:33:0:0:15:33:2:0 chrX 70073159 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.404;QD=62.9829;RBI=0.0237024;REFB=0;REVB=0.0100671;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72854e-05;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chrX 70146398 . A G 1507.24 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.773;QD=58.5335;RBI=0.0384282;REFB=-0.00291925;REVB=0.0273452;RO=1;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120095;STB=0.506328;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000123762;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:39:63:0:1:39:63:0:1 chrX 70146475 . G C 1226.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.38;QD=61.3181;RBI=0.0343125;REFB=0;REVB=0.0216683;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107557;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:34:44:0:0:35:45:0:0 chrX 70824344 . TG T 73.76 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.253278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.0606;QD=19.6703;RBI=0.267387;REFB=-0.127759;REVB=-0.0857088;RO=2;SAF=0;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.836514;STB=0.749497;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0866353;OID=.;OPOS=70824345;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:12:15:13:15:2:1:12:2:0:9:2:0:12:2:0 chrX 71349753 . G A 506.35 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435481;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=68.6651;QD=57.869;RBI=0.0734976;REFB=0;REVB=0.059207;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00558374;OID=.;OPOS=71349753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:14:15:0:0:15:20:0:0 chrX 71349774 . T C 791.97 PASS AF=1;AO=31;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.141;QD=63.3572;RBI=0.066116;REFB=0;REVB=0.0647371;RO=0;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619498;OID=.;OPOS=71349774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:31:50:1:4:27:0:0:23:27:0:0 chrX 71351443 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.545;QD=43.4861;RBI=0.104338;REFB=0;REVB=0.00154818;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000423714;OID=.;OPOS=71351443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chrX 71360865 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.19;QD=58.7817;RBI=0.0464293;REFB=0;REVB=0.0390228;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31536e-05;OID=.;OPOS=71360865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:20:45:0:0:20:45:0:0 chrX 71363415 . C T 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.207;QD=50.8384;RBI=0.0221156;REFB=-0.0786205;REVB=-0.00704146;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529388;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000472534;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:17:8:0:0:17:8:1:0 chrX 71379702 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.735;QD=46.8469;RBI=0.0517302;REFB=0;REVB=0.0515742;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299085;OID=.;OPOS=71379702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chrX 71379853 . C T 909.45 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006797;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.379;QD=58.6743;RBI=0.0122862;REFB=0;REVB=0.0102348;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146993;OID=.;OPOS=71379853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chrX 71401607 . G A 1514.82 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.379;QD=62.467;RBI=0.0268253;REFB=0.0334694;REVB=0.00403203;RO=1;SAF=57;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082479;STB=0.504347;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=5.53843e-05;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:39:57:1:0:39:57:1:0 chrX 71401614 . C A 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.484;QD=63.615;RBI=0.0117875;REFB=0;REVB=-0.00303865;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74374e-06;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:38:57:0:0:38:57:0:0 chrX 71406301 . T C 1419.3 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236413;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4846;QD=61.7087;RBI=0.067307;REFB=-0.0318428;REVB=0.0630184;RO=1;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119967;STB=0.506023;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000739226;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:89:91:0.98913:39:50:0:1:41:50:0:1 chrX 71418669 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.285;QD=53.2772;RBI=0.0418225;REFB=0;REVB=0.0370202;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120199;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chrX 71521867 . G C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.434;QD=59.4344;RBI=0.0325618;REFB=0;REVB=0.0325019;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211883;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chrX 71791912 . C T 1489.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.974;QD=63.378;RBI=0.0459544;REFB=0;REVB=0.0457074;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.828e-05;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:45:46:0:0:47:47:0:0 chrX 71819691 . A G 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.299;QD=59.3183;RBI=0.0379845;REFB=0;REVB=0.0378801;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9678e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chrX 73043146 . T C 51.7 PASS AF=0.0933333;AO=15;DP=117;FAO=14;FDP=150;FR=.;FRO=136;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=83;FSRR=53;FWDB=-0.0102743;FXX=0.013157;HRUN=17;LEN=1;MLLD=124.108;QD=1.37876;RBI=0.0252794;REFB=0.00446927;REVB=-0.0230973;RO=101;SAF=14;SAR=1;SRF=71;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438711;STB=0.879043;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0125265;OID=.;OPOS=73043146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:117:150:101:136:15:14:0.0933333:1:14:71:30:1:13:83:53 chrX 73043817 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.936;QD=56.7038;RBI=0.0516551;REFB=0;REVB=0.0514453;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270358;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chrX 73045315 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT 59.77 PASS AF=0.253333,0.0666667;AO=19,7;DP=77;FAO=19,5;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=10,5;FSAR=9,0;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.17335,-0.130243;FXX=0.0259707;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.17042,99.1492;QD=3.18755;RBI=0.227085,0.130579;REFB=-0.0969448,-0.00731969;REVB=0.146689,0.00936952;RO=36;SAF=12,7;SAR=7,0;SRF=4;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.54361,0.832768;STB=0.652671,0.998503;STBP=0.159,0.004;TYPE=del,mnp;VARB=0.0270502,0.0367363;OID=.,.;OPOS=73045316,73045320;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253333,0.0666667:19,7:77:19,5:75:51:10,5:9,0:16:35:39:36:12,7:7,0:4:32 chrX 73062009 . AATT AAT,A,AT 239.95 PASS AF=0.14,0.2,0.4;AO=9,11,11;DP=63;FAO=7,10,20;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=1,2,2;FSAR=6,8,18;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0817155,0.048214,0.0671345;FXX=0.166639;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,2;MLLD=10.5129,23.2055,18.4716;QD=19.1963;RBI=0.143096,0.048923,0.0769556;REFB=-0.0593352,-0.000416039,0.0271576;REVB=-0.117469,-0.00829929,0.0376181;RO=14;SAF=0,1,0;SAR=9,10,11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.740712,-0.257402,-0.766218;STB=0.599758,0.624795,0.52629;STBP=0.801,0.434,0.834;TYPE=del,del,del;VARB=0.121935,0.0253718,0.0247966;OID=.,.,.;OPOS=73062011,73062010,73062010;OREF=T,ATT,AT;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAT,A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.14,0.2,0.4:9,11,11:63:7,10,20:50:13:1,2,2:6,8,18:1:12:54:14:0,1,0:9,10,11:3:11 chrX 73066439 . T C 744.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0319364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.345;QD=59.5273;RBI=0.0354121;REFB=-0.106215;REVB=0.0152998;RO=2;SAF=34;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187886;STB=0.509996;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00163829;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:2:2:48:48:0.96:14:34:1:1:14:34:1:1 chrX 73462520 . T C 1031.93 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111741;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.315;QD=59.8222;RBI=0.0729731;REFB=0;REVB=0.0721125;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118492;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chrX 73641569 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.388;QD=45.8069;RBI=0.109967;REFB=0;REVB=-0.0240401;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000794485;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chrX 73811695 . A G 89.21 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.00597986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.631;QD=4.75802;RBI=0.0370607;REFB=-0.00346952;REVB=0.0365751;RO=60;SAF=11;SAR=4;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755715;STB=0.548739;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0267567;OID=.;OPOS=73811695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:4:11:41:19:4:11:41:19 chrX 73811737 . T A 103.72 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0113314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.684;QD=4.99864;RBI=0.015074;REFB=-0.0125117;REVB=-0.00994116;RO=65;SAF=13;SAR=4;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178162;STB=0.623131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0427339;OID=.;OPOS=73811737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:66:17:17:0.204819:4:13:42:23:4:13:42:24 chrX 73811739 . A G 103.66 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0131469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9424;QD=4.99543;RBI=0.0463096;REFB=-0.0181578;REVB=-0.0444043;RO=66;SAF=13;SAR=4;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190979;STB=0.623131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0662509;OID=.;OPOS=73811739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:66:66:17:17:0.204819:4:13:42:24:4:13:42:24 chrX 73811755 . C G 103.67 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0357288;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.46;QD=4.9367;RBI=0.0933574;REFB=-0.0134221;REVB=-0.08625;RO=65;SAF=13;SAR=4;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272381;STB=0.6775;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.070908;OID=.;OPOS=73811755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:67:17:17:0.202381:4:13:37:28:4:13:38:29 chrX 73811761 . G T 99.81 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0113799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6916;QD=4.33962;RBI=0.023378;REFB=-0.00959807;REVB=0.0204213;RO=75;SAF=13;SAR=4;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267899;STB=0.676077;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0407621;OID=.;OPOS=73811761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:75:75:17:17:0.184783:4:13:43:32:4:13:43:32 chrX 73811792 . C T 75.46 PASS AF=0.164706;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0254708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1703;QD=3.55102;RBI=0.0255302;REFB=-0.00906874;REVB=0.00174055;RO=70;SAF=12;SAR=2;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417087;STB=0.783212;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0828474;OID=.;OPOS=73811792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:85:70:71:14:14:0.164706:2:12:40:30:2:12:41:30 chrX 73811809 . T C 75.69 PASS AF=0.164706;AO=11;DP=82;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00592709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.175;QD=3.5621;RBI=0.0174279;REFB=-0.010677;REVB=-0.016389;RO=68;SAF=10;SAR=1;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489563;STB=0.783212;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0481007;OID=.;OPOS=73811809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:82:85:68:71:11:14:0.164706:1:10:39:29:2:12:41:30 chrX 73811846 . C T 39.24 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0272218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2964;QD=2.37792;RBI=0.0315261;REFB=0.00277879;REVB=-0.0159019;RO=57;SAF=6;SAR=2;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202519;STB=0.64616;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0172441;OID=.;OPOS=73811846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:57:58:8:8:0.121212:2:6:34:23:2:6:35:23 chrX 73963537 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.928;QD=60.2306;RBI=0.0185267;REFB=0;REVB=0.00318978;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5144e-05;OID=.;OPOS=73963537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chrX 74494470 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.087;QD=56.9569;RBI=0.0366114;REFB=0;REVB=0.0123717;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77425e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chrX 74511202 . G C 1998.4 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492239;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.415;QD=62.4501;RBI=0.0541346;REFB=0;REVB=0.0225292;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323185;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:61:67:0:0:61:67:0:0 chrX 75004529 . C A 1011.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343908;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7422;QD=59.4965;RBI=0.0460606;REFB=0;REVB=-0.0306406;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2101e-05;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chrX 75648420 . G C,GC 40.83 PASS AF=0.0149254,0.208955;AO=3,14;DP=68;FAO=1,14;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=1,5;FSAR=0,9;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0139994,0.152379;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=167.733,8.44666;QD=2.43735;RBI=0.0145229,0.152383;REFB=-0.00475107,-0.124748;REVB=-0.00386417,-0.00119601;RO=48;SAF=3,1;SAR=0,13;SRF=16;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.56371,-0.495273;STB=0.994026,0.560893;STBP=0.149,0.659;TYPE=snp,ins;VARB=0.00854908,0.176558;OID=.,.;OPOS=75648420,75648421;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:68:67:48:52:3,14:1,14:0.0149254,0.208955:0,13:3,1:16:32:0,9:1,5:15:37 chrX 75648899 . T TC 34.47 PASS AF=0.269231;AO=8;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.223551;FXX=0.0370233;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.4732;QD=5.30257;RBI=0.235319;REFB=-0.0356734;REVB=-0.073485;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512194;STB=0.788537;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=0.106438;OID=.;OPOS=75648900;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:8:27:7:26:19:1:6:9:10:34:19:1:7:10:9 chrX 76761710 . C CT,T 44.59 PASS AF=0.188679,0;AO=10,2;DP=53;FAO=10,0;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=9,0;FSAR=1,0;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.112146,-0.0172373;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=15.9122,256.371;QD=3.36509;RBI=0.153767,0.0262723;REFB=-0.0564814,-0.000833819;REVB=-0.105202,-0.019827;RO=40;SAF=7,2;SAR=3,0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.306039,0.437383;STB=0.888516,0.5;STBP=0.015,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0965765,0;OID=.,.;OPOS=76761711,76761710;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:53:53:40:43:10,2:10,0:0.188679,0:3,0:7,2:18:22:1,0:9,0:19:24 chrX 77298857 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=55;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00912015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.2;QD=54.8829;RBI=0.0278231;REFB=0.0371983;REVB=0.0262859;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.506847;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=6.48428e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:55:54:0.981818:18:37:0:0:18:36:1:0 chrX 77528317 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.087;QD=63.5811;RBI=0.00891526;REFB=0;REVB=-0.00441497;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98345e-06;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chrX 78011737 . T C 977.85 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165111;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.27;QD=59.2638;RBI=0.0500248;REFB=0;REVB=0.0472214;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389785;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:38:26:0:0:40:26:0:0 chrX 78012579 . A T 665.97 PASS AF=0.577982;AO=54;DP=105;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00585355;FXX=0.091659;HRUN=12;LEN=1;MLLD=180.975;QD=24.4393;RBI=0.0145264;REFB=-0.032911;REVB=-0.0132948;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.544223;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00179109;OID=.;OPOS=78012579;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:0:46:54:63:0.577982:29:25:0:0:34:29:26:20 chrX 78216024 . A C 804.96 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.073;QD=64.3972;RBI=0.0837247;REFB=0;REVB=0.0835789;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249878;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chrX 79943569 . T C 2131.04 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0396041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.717;QD=61.7691;RBI=0.0661308;REFB=-0.00267624;REVB=0.0529604;RO=1;SAF=77;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613402;STB=0.503184;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-3.28999e-05;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:138:1:1:135:137:0.992754:58:77:1:0:59:78:1:0 chrX 79989018 . C G 901.04 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.242;QD=58.1315;RBI=0.01651;REFB=0;REVB=0.00653253;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56349e-05;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:35:24:0:0:37:25:0:0 chrX 81816730 . G A 1806.55 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6213;QD=60.2184;RBI=0.0544009;REFB=0.0672599;REVB=-0.0475889;RO=1;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855746;STB=0.504424;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000289823;OID=.;OPOS=81816730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:118:119:0.991667:55:63:0:1:56:63:0:1 chrX 81816758 . A AAT 451.95 PASS AF=0.694915;AO=37;DP=77;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0306652;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=2;MLLD=208.62;QD=30.6407;RBI=0.0674778;REFB=-0.0833197;REVB=0.0601074;RO=40;SAF=9;SAR=28;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314941;STB=0.667174;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.025404;OID=.;OPOS=81816759;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.694915:37:77:41:59:18:11:30:14:4:99:40:9:28:22:18 chrX 81816771 . G T 715.38 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277826;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.897;QD=63.5892;RBI=0.0320683;REFB=0;REVB=-0.0160159;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76656e-05;OID=.;OPOS=81816771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chrX 81816778 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0479;QD=62.3484;RBI=0.121953;REFB=0;REVB=0.0494084;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206795;OID=.;OPOS=81816778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chrX 84350010 . A G 417.81 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.143251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8845;QD=53.9107;RBI=0.143511;REFB=0.00328445;REVB=0.00862906;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00232809;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:1:0:19:11:1:0 chrX 84358864 . C T 804.84 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.15;QD=64.3868;RBI=0.0114707;REFB=0;REVB=-0.0113552;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92786e-05;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chrX 84363140 . A G 1876.37 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425107;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3727;QD=61.5205;RBI=0.00592922;REFB=0;REVB=0.00413328;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356031;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:122:0:0:116:122:1:52:64:0:0:52:70:0:0 chrX 84534383 . A C 1197.1 PASS AF=0.94382;AO=40;DP=91;FAO=84;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0297112;FXX=0.0219756;HRUN=10;LEN=1;MLLD=122.188;QD=53.8021;RBI=0.112237;REFB=-0.0682336;REVB=0.108233;RO=3;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122699;STB=0.510554;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00264545;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:91:89:3:5:40:84:0.94382:23:17:1:2:35:49:2:3 chrX 84563135 . T A 3474.64 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.232;QD=62.6061;RBI=0.0245873;REFB=0;REVB=0.0188511;RO=0;SAF=123;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67247e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:222:0:0:218:222:1:95:123:0:0:97:125:0:0 chrX 85631886 . T A 31.28 PASS AF=0.0816327;AO=18;DP=134;FAO=12;FDP=147;FR=.;FRO=135;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=107;FSRR=28;FWDB=0.0158752;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.1467;QD=0.851282;RBI=0.0194126;REFB=-0.0045457;REVB=-0.0111726;RO=109;SAF=15;SAR=3;SRF=89;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364582;STB=0.554938;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0362923;OID=.;OPOS=85631886;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:134:147:109:135:18:12:0.0816327:3:15:89:20:3:9:107:28 chrX 86877348 . G T 1068.76 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00422401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9011;QD=57.0003;RBI=0.0445924;REFB=0.00999596;REVB=-0.0443919;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150135;STB=0.515621;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00118389;OID=.;OPOS=86877348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:31:42:0:1:31:42:0:2 chrX 86887244 . C T 562.4 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279802;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.809;QD=60.7996;RBI=0.0359942;REFB=0;REVB=0.0226428;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412288;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chrX 88008423 . A C 1264.66 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2114;QD=61.6909;RBI=0.113853;REFB=0;REVB=0.103183;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943379;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chrX 88009322 . A G 1401.75 PASS AF=0.934579;AO=100;DP=107;FAO=100;FDP=107;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0125289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.562;QD=52.402;RBI=0.0145297;REFB=-0.0213245;REVB=-0.00735789;RO=1;SAF=47;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998653;STB=0.506653;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000420844;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:107:107:1:7:100:100:0.934579:53:47:1:0:53:47:4:3 chrX 88009687 . CCAGAC CC,CCA 336.89 PASS AF=0.96,0.04;AO=22,3;DP=25;FAO=24,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132357,-0.0181515;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=318.752,300.973;QD=53.9025;RBI=0.0190719,0.0210354;REFB=0,0;REVB=0.0137315,0.0106308;RO=0;SAF=7,2;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.79751e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00130114,-0.0360045;OID=.,.;OPOS=88009688,88009690;OREF=CAGA,GAC;OALT=-,-;OMAPALT=CC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96,0.04:22,3:25:24,1:25:0:9,0:15,1:0:0:5:0:7,2:15,1:0:0 chrX 88009700 . T C 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.254;QD=59.0143;RBI=0.0256252;REFB=0;REVB=-0.0133163;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88453e-05;OID=.;OPOS=88009700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chrX 89177672 . T TA 186.53 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982515;FXX=0.0908678;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.5879;QD=37.305;RBI=0.101174;REFB=0;REVB=0.0241432;RO=20;SAF=3;SAR=0;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.594329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00915112;OID=.;OPOS=89177673;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:20:20:0:11:9:0:0:3:20:3:0:10:10 chrX 89177673 . G A 286.68 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.25;QD=52.1233;RBI=0.0400778;REFB=0;REVB=0.0228251;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342767;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chrX 91585410 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.615;QD=50.4134;RBI=0.0123876;REFB=0;REVB=0.0110072;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88261e-05;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chrX 92927634 . G C 1128.27 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315326;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.398;QD=59.3824;RBI=0.0341751;REFB=0.073931;REVB=0.0131769;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-5.58084e-05;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:76:0:1:75:75:0.986842:34:41:0:0:34:41:0:1 chrX 99355146 . C T 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.799;QD=63.2769;RBI=0.0177045;REFB=0;REVB=-0.0167518;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37385e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chrX 99662504 . CG C 66.66 PASS AF=0.6;AO=14;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.129747;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.17647;QD=8.88735;RBI=0.172226;REFB=-0.0482094;REVB=0.113258;RO=9;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217832;STB=0.536544;STBP=0.627;TYPE=del;VARB=0.0835176;OID=.;OPOS=99662505;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:14:30:18:30:12:12:6:7:5:24:9:12:2:6:3 chrX 99941705 . T C 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.609;QD=61.668;RBI=0.0920949;REFB=0;REVB=0.0909047;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694839;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chrX 100098355 . TAAG T,TAAT 1582.89 PASS AF=0.908257,0.0917431;AO=92,10;DP=107;FAO=99,10;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=40,8;FSAR=59,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154865,-0.094996;FXX=0.0991654;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=173.456,100.072;QD=58.0879;RBI=0.0280389,0.0964577;REFB=0,0;REVB=-0.0233741,-0.0167285;RO=0;SAF=38,8;SAR=54,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.09023e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000853899,-0.00265811;OID=.,.;OPOS=100098356,100098358;OREF=AAG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.908257,0.0917431:92,10:107:99,10:109:0:40,8:59,2:0:0:37:0:38,8:54,2:0:0 chrX 100103712 . G A 582.25 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.094895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.919;QD=58.2247;RBI=0.0949043;REFB=-0.0158244;REVB=0.00133018;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000671313;OID=.;OPOS=100103712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:22:17:0:0:22:17:0:1 chrX 100547933 . A G 1457.34 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0411961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.522;QD=62.0146;RBI=0.0428837;REFB=-0.0185898;REVB=-0.0119116;RO=2;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152889;STB=0.503999;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000961399;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:2:1:92:93:0.989362:61:31:0:2:62:31:0:1 chrX 100743037 . C T 587.74 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.389;QD=60.2805;RBI=0.0470957;REFB=0;REVB=0.026689;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016616;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:14:22:0:0:17:22:0:0 chrX 100743546 . C T 972.85 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.653;QD=58.9603;RBI=0.0265654;REFB=0;REVB=0.00811093;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12474e-05;OID=.;OPOS=100743546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:23:42:0:0:23:43:0:0 chrX 100743826 . A G 515.45 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.127;QD=58.9084;RBI=0.0468271;REFB=0;REVB=0.0467066;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108312;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chrX 100745825 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.212;QD=51.9167;RBI=0.0378696;REFB=0;REVB=0.0127687;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45295e-05;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chrX 100748078 . A G 417.59 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.8628;QD=55.6782;RBI=0.00661452;REFB=0;REVB=-0.00520317;RO=0;SAF=27;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409167;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:2:27:0:0:2:28:0:0 chrX 100749127 . A G 145.17 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.753;QD=44.6681;RBI=0.0143995;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26976e-05;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:0:12:0:0:0:13:0:0 chrX 100871148 . T C 234.08 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.752;QD=49.2794;RBI=0.0668531;REFB=0;REVB=0.0629401;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042016;OID=.;OPOS=100871148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:4:12:0:0:6:13:0:0 chrX 100911066 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7028;QD=58.1391;RBI=0.0481906;REFB=0;REVB=-0.0334657;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713236;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chrX 101138792 . T C 594.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000544805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.234;QD=61.0117;RBI=0.0469529;REFB=0;REVB=0.0469497;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149129;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:22:15:0:0:24:15:0:0 chrX 101395780 . T G,TG,TTGG 245.81 PASS AF=0,1,0;AO=5,13,3;DP=28;FAO=0,27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215271,0.0444225,0.0382677;FXX=0;HRUN=2,3,2;LEN=1,1,3;MLLD=10.4108,13.5182,17.0893;QD=36.416;RBI=0.0312741,0.0986698,0.0628217;REFB=0,0,0;REVB=-0.022686,-0.0881044,-0.0498212;RO=6;SAF=2,4,1;SAR=3,9,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.369772,-0.300744,-0.46422;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.00840469,0.0725272;OID=.,.,.;OPOS=101395780,101395781,101395781;OREF=T,-,-;OALT=G,G,TGG;OMAPALT=G,TG,TTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:28:27:6:0:5,13,3:0,27,0:0,1,0:3,9,2:2,4,1:5:1:0,16,0:0,11,0:0:0 chrX 101913525 . T C 1953.11 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498835;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.174;QD=62.0034;RBI=0.022306;REFB=0;REVB=0.021741;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54778e-06;OID=.;OPOS=101913525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:66:59:0:0:66:60:0:0 chrX 101913805 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.332;QD=59.4356;RBI=0.0133916;REFB=0;REVB=0.0131278;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08157e-05;OID=.;OPOS=101913805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chrX 102471927 . T TA,TTA 30.31 PASS AF=0,0.117647;AO=9,6;DP=52;FAO=0,6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=0,4;FSAR=0,2;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0327468,0.109636;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,2;MLLD=10.4158,22.5994;QD=2.3769;RBI=0.245796,0.187035;REFB=-0.0349786,-0.0356946;REVB=-0.243605,-0.151533;RO=35;SAF=2,2;SAR=7,4;SRF=11;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142035,0.0257827;STB=0.5,0.826789;STBP=1,0.21;TYPE=ins,ins;VARB=0.0632716,0.200122;OID=.,.;OPOS=102471928,102471928;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.117647:9,6:52:0,6:51:45:0,4:0,2:11:34:27:35:2,2:7,4:11:24 chrX 102529190 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4534;QD=57.6795;RBI=0.0534309;REFB=0;REVB=-0.0271786;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370757;OID=.;OPOS=102529190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chrX 102564583 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.167;QD=58.4197;RBI=0.0176045;REFB=0;REVB=0.000927078;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27817e-05;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chrX 102979486 . T C 1169.44 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.172;QD=60.75;RBI=0.0191946;REFB=0;REVB=0.00944659;RO=0;SAF=58;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25126e-05;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:18:58:0:0:19:58:0:0 chrX 103046526 . TGGGGGT TGGGGT,TGGGGTA 661.95 PASS AF=1,0;AO=52,3;DP=64;FAO=61,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452772,0.0338274;FXX=0.0468677;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.5829,9.11887;QD=43.4067;RBI=0.0990001,0.0578693;REFB=0.0825335,0.0464741;REVB=0.0880397,0.0469528;RO=3;SAF=23,0;SAR=29,3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0462677,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00729944,0;OID=.,.;OPOS=103046527,103046531;OREF=G,GT;OALT=-,TA;OMAPALT=TGGGGT,TGGGGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:52,3:64:61,0:61:0:25,0:36,0:0:0:3:3:23,0:29,3:0:3 chrX 103267865 . C G,T 1259.55 PASS AF=0.045977,0.931034;AO=4,82;DP=87;FAO=4,81;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=4,32;FSAR=0,49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0122227,0.0477434;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.188,64.733;QD=57.9105;RBI=0.0153964,0.0576231;REFB=-0.0832091,-0.154018;REVB=-0.00936246,0.0322644;RO=1;SAF=4,33;SAR=0,49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.00956759;STB=0.995773,0.502642;STBP=0.168,0.798;TYPE=snp,snp;VARB=0.22553,7.21043e-05;OID=.,.;OPOS=103267865,103267865;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:87:87:1:2:4,82:4,81:0.045977,0.931034:0,49:4,33:0:1:0,49:4,32:1:1 chrX 103268333 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.394;QD=52.6117;RBI=0.0492377;REFB=0;REVB=-0.00538775;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118504;OID=.;OPOS=103268333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chrX 103495074 . C T 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.231912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5991;QD=36.3472;RBI=0.232288;REFB=-0.0707984;REVB=-0.0132194;RO=1;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428878;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00926954;OID=.;OPOS=103495074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:10:1:0:1:10:1:0:1 chrX 104992963 . T C 1072.48 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106271;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.464;QD=57.1989;RBI=0.105626;REFB=0;REVB=0.10509;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144987;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:75:0:0:69:75:1:44:25:0:0:50:25:0:0 chrX 105150508 . TAA TA,TAT 48.17 PASS AF=0.113208,0.0660377;AO=14,7;DP=107;FAO=12,7;FDP=106;FR=.;FRO=87;FSAF=4,0;FSAR=8,7;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.12884,0.00519236;FXX=0.00934492;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.6304,244.913;QD=1.81772;RBI=0.249886,0.0285092;REFB=-0.0677937,-0.00402567;REVB=-0.214111,-0.0280324;RO=67;SAF=8,0;SAR=6,7;SRF=42;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.33042,0;SSSB=-0.0722378,-0.659958;STB=0.730412,0.998756;STBP=0.109,0.001;TYPE=del,snp;VARB=-0.190502,0.0033535;OID=.,.;OPOS=105150509,105150510;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.113208,0.0660377:14,7:107:12,7:106:87:4,0:8,7:53:34:14:67:8,0:6,7:42:25 chrX 105152282 . G A 2046.05 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.347;QD=62.4749;RBI=0.0186869;REFB=0;REVB=0.000536012;RO=0;SAF=49;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05673e-05;OID=.;OPOS=105152282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:82:49:0:0:82:49:0:0 chrX 105153001 . A G 770.31 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8584;QD=55.022;RBI=0.0498339;REFB=-0.191969;REVB=0.0127452;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0051025;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:32:23:0:0:32:23:0:1 chrX 105278361 . C A 918.49 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.346;QD=58.3167;RBI=0.0153733;REFB=0;REVB=0.0149561;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8337e-06;OID=.;OPOS=105278361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:36:24:0:0:38:25:0:0 chrX 106046182 . C CG,G 68.63 PASS AF=0.210526,0;AO=9,2;DP=56;FAO=12,0;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0174724,-0.0354152;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=112.369,124.613;QD=4.81579;RBI=0.0294803,0.0494456;REFB=-0.0029433,-0.0144791;REVB=-0.0237446,-0.0345055;RO=43;SAF=1,0;SAR=8,2;SRF=22;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.526991,-0.407918;STB=0.895042,0.5;STBP=0.009,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.142764,0;OID=.,.;OPOS=106046183,106046182;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:57:43:45:9,2:12,0:0.210526,0:8,2:1,0:22:21:11,0:1,0:24:21 chrX 106200202 . G A 2639.78 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.459;QD=62.1125;RBI=0.0122519;REFB=0;REVB=-0.0097835;RO=0;SAF=83;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75285e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:87:83:0:0:87:83:0:0 chrX 106796084 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.756;QD=61.8525;RBI=0.0472602;REFB=0;REVB=0.0286738;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28334e-05;OID=.;OPOS=106796084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chrX 106841068 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9893;QD=63.8695;RBI=0.117909;REFB=0;REVB=0.109715;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019402;OID=.;OPOS=106841068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chrX 107417730 . G A,C 2290.45 PASS AF=0.852349,0.147651;AO=125,24;DP=149;FAO=127,22;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76,17;FSAR=51,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189284,0.00875584;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.741,132.025;QD=61.4886;RBI=0.0360871,0.023049;REFB=0,0;REVB=0.0307245,0.0213211;RO=0;SAF=74,19;SAR=51,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.01962e-05,0.034741;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:149:149:0:0:125,24:127,22:0.852349,0.147651:51,5:74,19:0:0:51,5:76,17:0:0 chrX 107418906 . A G 1047.89 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281182;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.79;QD=59.8796;RBI=0.0286761;REFB=0;REVB=-0.00562901;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36241e-05;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chrX 107462966 . TG T 97.82 PASS AF=0.72;AO=12;DP=23;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0030668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.483;QD=15.6505;RBI=0.213951;REFB=-0.0653938;REVB=0.213929;RO=9;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532904;STB=0.842457;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0620165;OID=.;OPOS=107462967;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:12:23:18:25:7:1:17:5:2:37:9:1:11:5:4 chrX 107976940 . G C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8585;QD=56.9545;RBI=0.0299152;REFB=0;REVB=0.0266501;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449386;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chrX 107979512 . C T 1448.18 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491525;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.393;QD=62.2873;RBI=0.0625185;REFB=-0.0755005;REVB=0.0386342;RO=1;SAF=51;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804707;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:93:1:0:92:93:1:41:51:1:0:41:52:0:0 chrX 107979515 . C T 1343.67 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.548;QD=61.0761;RBI=0.0299327;REFB=-0.0573113;REVB=0.0265397;RO=1;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133448;STB=0.507041;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000835039;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:35:52:0:1:35:52:0:1 chrX 108297336 . TG AA 154.75 PASS AF=0.882353;AO=13;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00558986;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=256.681;QD=36.4126;RBI=0.00558986;REFB=-0.000689495;REVB=0;RO=2;SAF=13;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00338114;OID=.;OPOS=108297336;OREF=TG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:13:15:0.882353:0:13:2:0:0:15:2:0 chrX 108297345 . TTTT AGCA 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00687428;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=350.379;QD=52.7696;RBI=0.00687428;REFB=-0.00388817;REVB=0;RO=1;SAF=28;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.89331e-06;OID=.;OPOS=108297345;OREF=TTTT;OALT=AGCA;OMAPALT=AGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:0:28:1:0:0:28:1:0 chrX 108297375 . T C 5391.26 PASS AF=1;AO=342;DP=346;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=252;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156606;FXX=0.00854676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2969;QD=61.9685;RBI=0.0217922;REFB=0.0162883;REVB=-0.015154;RO=3;SAF=94;SAR=248;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193199;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:346:348:3:0:342:348:1:248:94:1:2:252:96:0:0 chrX 108297445 . A G 7924.63 PASS AF=1;AO=491;DP=493;FAO=497;FDP=497;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=319;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348884;FXX=0.00400794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.227;QD=63.7797;RBI=0.0040317;REFB=0.0207497;REVB=0.00202054;RO=2;SAF=175;SAR=316;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00542473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94969e-06;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:493:497:2:0:491:497:1:316:175:2:0:319:178:0:0 chrX 108297500 . G C 6184.32 PASS AF=1;AO=386;DP=390;FAO=391;FDP=391;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254621;FXX=0.00508893;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.953;QD=63.2667;RBI=0.0254852;REFB=-0.120756;REVB=0.00108455;RO=2;SAF=143;SAR=243;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369912;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:390:391:2:0:386:391:1:243:143:2:0:245:146:0:0 chrX 108297573 . A G 924.72 PASS AF=0.943662;AO=64;DP=69;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0264748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8113;QD=52.097;RBI=0.0277723;REFB=-0.0987869;REVB=-0.00838954;RO=3;SAF=11;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696644;STB=0.532933;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0150559;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:71:3:4:64:67:0.943662:53:11:2:1:56:11:2:2 chrX 108297602 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.06;QD=57.7124;RBI=0.01036;REFB=0;REVB=0.00466398;RO=0;SAF=7;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17697e-05;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:52:7:0:0:52:7:0:0 chrX 108297641 . G A 930.94 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.249418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1031;QD=57.2884;RBI=0.254844;REFB=0;REVB=0.0523058;RO=0;SAF=5;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316831;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:57:5:0:0:58:7:0:0 chrX 108297699 . T C,G 712.87 PASS AF=0.895833,0.0833333;AO=43,4;DP=48;FAO=43,4;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=6,0;FSAR=37,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128013,-0.00213402;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.978,114.329;QD=59.4059;RBI=0.0131225,0.00216476;REFB=-0.0874729,0.0188728;REVB=-0.00288541,-0.000363543;RO=1;SAF=6,0;SAR=37,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0719998,-0.749895;STB=0.538443,0.995941;STBP=0.078,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000125448,0.00934822;OID=.,.;OPOS=108297699,108297699;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:48:48:1:1:43,4:43,4:0.895833,0.0833333:37,4:6,0:1:0:37,4:6,0:1:0 chrX 108297702 . A G 624.67 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170696;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.978;QD=59.4925;RBI=0.0183366;REFB=-0.0171646;REVB=-0.00669794;RO=1;SAF=5;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848707;STB=0.533316;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00033174;OID=.;OPOS=108297702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:39:41:0.97619:34:5:1:0:34:7:1:0 chrX 108297713 . T C 196.13 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00870892;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.327;QD=43.5834;RBI=0.00888337;REFB=-0.0873792;REVB=-0.00175186;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00130021;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:13:4:1:0:13:4:1:0 chrX 108297793 . CT C,CC 68.13 PASS AF=0.222222,0.666667;AO=2,6;DP=9;FAO=2,6;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5;FSAR=2,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152628,0.0182261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=304.61,317.24;QD=30.2804;RBI=0.016168,0.0193465;REFB=-0.0377101,-0.0329372;REVB=0.00533416,0.0064881;RO=1;SAF=0,5;SAR=2,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0789211;STB=0.993266,0.54531;STBP=0.232,0.659;TYPE=del,snp;VARB=0.00280964,0.00378006;OID=.,.;OPOS=108297794,108297794;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.666667:2,6:9:2,6:9:1:0,5:2,1:1:0:11:1:0,5:2,1:1:0 chrX 108647653 . C G 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9053;QD=59.6738;RBI=0.0101736;REFB=0;REVB=-0.00863471;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88168e-05;OID=.;OPOS=108647653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chrX 108696981 . C A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.575;QD=57.176;RBI=0.0394721;REFB=0;REVB=0.0168745;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119264;OID=.;OPOS=108696981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chrX 108708516 . C T 1592.63 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105671;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.055;QD=58.9865;RBI=0.0349966;REFB=0.15031;REVB=-0.0333632;RO=1;SAF=68;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120136;STB=0.506328;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000175634;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:39:68:0:1:39:68:0:1 chrX 108718478 . G A 1970.6 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.095;QD=62.066;RBI=0.102097;REFB=0;REVB=0.0980068;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277778;OID=.;OPOS=108718478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:54:73:0:0:54:73:0:0 chrX 108718687 . A T 980.9 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0224399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5749;QD=56.0513;RBI=0.0224789;REFB=-0.00598113;REVB=0.00132301;RO=2;SAF=27;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337193;STB=0.517236;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00110615;OID=.;OPOS=108718687;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:67:68:0.971429:40:27:2:0:40:28:2:0 chrX 108977865 . G A 387.38 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.546;QD=55.3401;RBI=0.00515074;REFB=0;REVB=0.00216779;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11981e-06;OID=.;OPOS=108977865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chrX 110951463 . ACCCCCA ACCCC,ACCCCA 50.64 PASS AF=0,0.454545;AO=4,10;DP=32;FAO=0,15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0852621,-0.120833;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=251.51,11.7986;QD=6.13843;RBI=0.0852828,0.161937;REFB=-0.000513973,-0.09969;REVB=-0.0018765,0.10781;RO=13;SAF=4,4;SAR=0,6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.416667,0.416667;SSSB=0.736642,0.0945612;STB=0.5,0.542801;STBP=1,0.655;TYPE=del,del;VARB=0,0.11834;OID=.,.;OPOS=110951468,110951464;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=ACCCC,ACCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.454545:4,10:32:0,15:33:18:0,7:0,8:7:11:51:13:4,4:0,6:4:9 chrX 114404869 . T C 1682.49 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266541;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0515;QD=59.5572;RBI=0.0284956;REFB=-0.00662532;REVB=0.0100777;RO=1;SAF=60;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784784;STB=0.504131;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000431689;OID=.;OPOS=114404869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:52:60:1:0:52:60:1:0 chrX 114425309 . CG C 31.46 PASS AF=0.318182;AO=8;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.146059;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2423;QD=5.7205;RBI=0.152014;REFB=-0.0671647;REVB=-0.0421319;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409692;STB=0.713674;STBP=0.21;TYPE=del;VARB=0.135749;OID=.;OPOS=114425310;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:8:22:7:22:15:2:5:9:6:31:14:2:6:9:5 chrX 114425400 . G A 281.38 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0562189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.225;QD=35.1724;RBI=0.0576455;REFB=-0.122042;REVB=0.0127454;RO=8;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228688;STB=0.624896;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.015496;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:32:32:8:8:24:24:0.75:15:9:7:1:15:9:7:1 chrX 114426917 . C T 502.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.085;QD=59.0837;RBI=0.100243;REFB=0;REVB=0.0896106;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523516;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:11:23:0:0 chrX 115304830 . A G 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.274;QD=55.4095;RBI=0.0373221;REFB=-0.0760694;REVB=0.0281819;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00133043;OID=.;OPOS=115304830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:1:0:27:30:1:0 chrX 115305126 . A C 658.29 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.106388;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.201;QD=56.0245;RBI=0.106442;REFB=-0.00911412;REVB=0.00338846;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.533318;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000317781;OID=.;OPOS=115305126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:1:3:44:44:0.93617:21:23:0:1:21:23:0:3 chrX 115590299 . C G 1022.95 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160921;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2823;QD=59.3014;RBI=0.0745534;REFB=0;REVB=0.0727959;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720932;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:68:69:1:25:43:0:0:26:43:0:0 chrX 117700141 . A G 410.58 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1512;QD=56.6313;RBI=0.107021;REFB=0;REVB=0.043722;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314659;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chrX 118108785 . T C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.464;QD=61.048;RBI=0.0198709;REFB=0;REVB=0.0135254;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33556e-05;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chrX 118148229 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.284;QD=57.8848;RBI=0.034943;REFB=0;REVB=0.00623363;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86851e-05;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chrX 118281538 . C A 817.68 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.012;QD=57.3807;RBI=0.0375851;REFB=0;REVB=0.0158284;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272182;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:39:18:0:0 chrX 118377206 . A G 31.96 PASS AF=0.2;AO=8;DP=43;FAO=9;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.03429;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.1512;QD=2.84058;RBI=0.124221;REFB=-0.0713833;REVB=-0.119394;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15909;STB=0.524535;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.225726;OID=.;OPOS=118377206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:43:45:22:36:8:9:0.2:4:4:14:8:3:6:23:13 chrX 118557712 . A C 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0152;QD=59.009;RBI=0.0259309;REFB=0;REVB=0.0243194;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495343;OID=.;OPOS=118557712;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chrX 118603650 . T C 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0638864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.103;QD=4.46118;RBI=0.0639211;REFB=-0.0211495;REVB=-0.00210487;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132167;STB=0.590598;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.100881;OID=.;OPOS=118603650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:14:11:2:4:14:11 chrX 118603668 . A G 61.23 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00151259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3375;QD=6.80298;RBI=0.0295034;REFB=-0.0122534;REVB=0.0294646;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940133;STB=0.559863;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0377385;OID=.;OPOS=118603668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:16:11:3:6:16:11 chrX 118603706 . A AG 42.26 PASS AF=0.314286;AO=12;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0440212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1352;QD=4.83003;RBI=0.145316;REFB=-0.0387801;REVB=-0.138488;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288153;STB=0.538391;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=0.0265209;OID=.;OPOS=118603707;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:12:36:11:35:24:7:4:14:10:42:23:7:5:14:9 chrX 118603713 . T C 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.026725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0341;QD=10.4722;RBI=0.0270864;REFB=0.0113389;REVB=0.00441013;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146101;STB=0.588084;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0203958;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:4:8:13:11:4:8:13:11 chrX 118603729 . G A 92.29 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00425814;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.749;QD=8.78962;RBI=0.0207612;REFB=-0.00621221;REVB=-0.0203198;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162398;STB=0.599829;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0207143;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:42:30:30:12:12:0.285714:4:8:16:14:4:8:16:14 chrX 118603742 . A C 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0289494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.892;QD=8.06768;RBI=0.0438221;REFB=0.00318689;REVB=-0.0328985;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114891;STB=0.571306;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0336737;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:4:8:19:14:4:8:19:14 chrX 118603747 . A T 92.9 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0535459;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.854;QD=8.64148;RBI=0.053684;REFB=-0.00707721;REVB=0.00384767;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917088;STB=0.566552;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0319062;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:43:32:31:11:12:0.27907:4:7:18:14:4:8:18:13 chrX 118603773 . T C 77.04 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00797353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.077;QD=5.4064;RBI=0.00997635;REFB=-0.0108918;REVB=-0.00599585;RO=44;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182424;STB=0.609568;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0526176;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:56:57:44:45:12:12:0.210526:4:8:23:21:4:8:24:21 chrX 118603818 . T G 43.19 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0253628;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.283;QD=2.36651;RBI=0.0305446;REFB=-0.00516396;REVB=-0.0170206;RO=68;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664313;STB=0.521425;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0360595;OID=.;OPOS=118603818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:78:73:68:64:9:9:0.123288:4:5:34:34:4:5:34:30 chrX 118603844 . T G 1016.84 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00309236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.756;QD=54.2315;RBI=0.0137499;REFB=0.0270377;REVB=-0.0133977;RO=3;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143979;STB=0.501128;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00305924;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:75:3:4:71:71:0.946667:34:37:1:2:34:37:2:2 chrX 118604436 . T A,C 917.4 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=4,60;DP=64;FAO=4,60;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=3,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584908,0.0106948;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.4945,119.447;QD=57.3372;RBI=0.0159544,0.0114561;REFB=0,0;REVB=-0.0148435,-0.00410664;RO=0;SAF=1,31;SAR=3,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,5.73709e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.014344,0.00145491;OID=.,.;OPOS=118604436,118604436;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:64:64:0:0:4,60:4,60:0.0625,0.9375:3,29:1,31:0:0:3,29:1,31:0:0 chrX 118678364 . G A 1357.98 PASS AF=0.978022;AO=86;DP=88;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.502;QD=59.6914;RBI=0.0197981;REFB=-0.0793541;REVB=0.0125758;RO=2;SAF=46;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201518;STB=0.510414;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000162821;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:91:2:2:86:89:0.978022:40:46:2:0:42:47:2:0 chrX 118699320 . A G 1195.51 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6765;QD=59.7753;RBI=0.0220328;REFB=0;REVB=0.0129032;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374474;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:80:0:0:77:80:1:37:40:0:0:40:40:0:0 chrX 119005705 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.117;QD=60.6103;RBI=0.0480809;REFB=0;REVB=0.0133239;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013718;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chrX 119065893 . G A 661.87 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.389;QD=61.5688;RBI=0.0244277;REFB=0;REVB=0.0243297;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146901;OID=.;OPOS=119065893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chrX 119760629 . A T 465.54 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.909;QD=58.1921;RBI=0.0314142;REFB=0;REVB=0.0224086;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.568e-05;OID=.;OPOS=119760629;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chrX 120008979 . TG CC,CG 385.16 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023579,0.00381482;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=197.032,231.425;QD=55.0231;RBI=0.0313892,0.0134848;REFB=0,0;REVB=-0.0313005,-0.0129339;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.21284e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0363472,0.00333588;OID=.,.;OPOS=120008979,120008979;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:0,2:2,24:0:0:0,2:2,24:0:0 chrX 122250996 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.777;QD=56.9383;RBI=0.037135;REFB=0;REVB=0.0272245;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33161e-05;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chrX 122318386 . A AG 1966.45 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=131;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288352;FXX=0.0153834;HRUN=0;LEN=1;MLLD=279.251;QD=61.4517;RBI=0.0289068;REFB=-0.0673212;REVB=-0.00203292;RO=4;SAF=78;SAR=47;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00776177;STB=0.503184;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=0.000530864;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992188:125:131:127:128:1:78:49:1:0:6:4:78:47:2:2 chrX 122336600 . T TG 753.91 PASS AF=1;AO=66;DP=83;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.1113;QD=40.2085;RBI=0.0689291;REFB=0;REVB=0.00245508;RO=16;SAF=36;SAR=30;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00190628;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:83:75:75:0:41:34:0:0:14:16:36:30:10:6 chrX 122537277 . T C 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325771;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3283;QD=58.1702;RBI=0.0379823;REFB=0;REVB=0.0378423;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317097;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chrX 122551768 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6002;QD=50.4131;RBI=0.105203;REFB=0;REVB=0.0168649;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194125;OID=.;OPOS=122551768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chrX 124456399 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.734;QD=57.2009;RBI=0.0162738;REFB=0;REVB=-0.0103441;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47122e-05;OID=.;OPOS=124456399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chrX 124456694 . T C 180.0 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0923157;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.945;QD=47.9999;RBI=0.0955483;REFB=0;REVB=0.0246435;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118589;OID=.;OPOS=124456694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chrX 125298690 . G A 2191.37 PASS AF=1;AO=137;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.331;QD=62.1666;RBI=0.124875;REFB=-0.0661132;REVB=0.119667;RO=2;SAF=70;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000299594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304911;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:140:141:2:0:137:141:1:67:70:1:1:68:73:0:0 chrX 125299188 . T G 737.05 PASS AF=1;AO=37;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280606;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.075;QD=62.7273;RBI=0.0303397;REFB=0;REVB=-0.0115367;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17998e-05;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:37:47:1:18:19:0:0:22:25:0:0 chrX 125299467 . G T 1758.76 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0662114;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0288;QD=59.1178;RBI=0.0759434;REFB=-0.0929917;REVB=0.0371947;RO=1;SAF=60;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785011;STB=0.508195;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00929442;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:119:1:2:117:117:0.983193:57:60:1:0:57:60:2:0 chrX 125954753 . C T 1456.86 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443985;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.058;QD=63.3416;RBI=0.0337969;REFB=0;REVB=0.033504;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07327e-05;OID=.;OPOS=125954753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chrX 128780176 . A AAGC,AGC 135.14 PASS AF=0.736842,0;AO=11,3;DP=22;FAO=14,0;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0927618,0.0775478;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=253.03,237.344;QD=28.4502;RBI=0.114915,0.102651;REFB=-0.0802119,-0.0788256;REVB=0.067828,0.0672571;RO=8;SAF=5,1;SAR=6,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.214898,-0.413961;STB=0.596878,0.5;STBP=0.17,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0185896,0;OID=.,.;OPOS=128780177,128780177;OREF=-,-;OALT=AGC,GC;OMAPALT=AAGC,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842,0:11,3:22:14,0:19:5:6,0:8,0:4:1:28:8:5,1:6,2:6:2 chrX 128781864 . C A 410.92 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0579342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.327;QD=48.343;RBI=0.0619071;REFB=0.0298442;REVB=-0.0218202;RO=2;SAF=19;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465475;STB=0.501193;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0126409;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:2:3:29:29:0.852941:10:19:2:0:10:19:2:1 chrX 128880614 . T C 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.858;QD=63.3364;RBI=0.0226313;REFB=0;REVB=-0.00422991;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28471e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chrX 129147079 . T C 411.86 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0496274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1703;QD=48.4537;RBI=0.0517486;REFB=0.0146763;REVB=0.0146642;RO=3;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536801;STB=0.529512;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00367594;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:34:3:3:30:31:0.911765:11:19:1:2:11:20:1:2 chrX 129200301 . C G 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4053;QD=60.6055;RBI=0.0196731;REFB=0;REVB=0.0194302;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184766;OID=.;OPOS=129200301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chrX 129201179 . C T 1419.74 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0579799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.047;QD=61.728;RBI=0.0755066;REFB=-0.079292;REVB=0.0483692;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101926;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000190928;OID=.;OPOS=129201179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:46:44:0:1:47:44:0:1 chrX 130223137 . G A 765.85 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.647;QD=63.8204;RBI=0.0238656;REFB=0;REVB=-0.000916489;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80707e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:20:25:0:0:23:25:0:0 chrX 130408745 . G A 1397.22 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0225176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7527;QD=58.2174;RBI=0.0442382;REFB=-0.0948409;REVB=-0.0380786;RO=4;SAF=67;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465452;STB=0.524603;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0219012;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:4:4:92:92:0.958333:25:67:1:3:25:67:1:3 chrX 130415818 . T C 799.32 PASS AF=0.951613;AO=57;DP=61;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00753639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1713;QD=51.5692;RBI=0.0476276;REFB=-0.0209367;REVB=0.0470276;RO=4;SAF=42;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209586;STB=0.516848;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00563547;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:62:4:3:57:59:0.951613:15:42:3:1:16:43:3:0 chrX 130416958 . C T 1230.12 PASS AF=0.915789;AO=78;DP=88;FAO=87;FDP=95;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.106739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5619;QD=51.7946;RBI=0.110597;REFB=-0.0476271;REVB=0.028956;RO=8;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125528;STB=0.564501;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00376909;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:88:95:8:8:78:87:0.915789:26:52:0:8:27:60:0:8 chrX 130420006 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.641;QD=63.5806;RBI=0.0475674;REFB=0;REVB=0.00645981;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101625;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chrX 130420415 . T C 753.94 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4211;QD=56.9012;RBI=0.0916097;REFB=0;REVB=0.0284668;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333102;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chrX 131189505 . C T 1282.24 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6982;QD=61.7945;RBI=0.0496003;REFB=0;REVB=-0.0407782;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529305;OID=.;OPOS=131189505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:55:28:0:0:55:28:0:0 chrX 131212512 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.181;QD=40.7626;RBI=0.0707618;REFB=0;REVB=0.0693579;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559736;OID=.;OPOS=131212512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chrX 131212642 . C T 1047.93 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.116;QD=58.2184;RBI=0.0171721;REFB=-0.050049;REVB=0.013598;RO=1;SAF=46;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101703;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000183719;OID=.;OPOS=131212642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:25:46:1:0:25:46:1:0 chrX 131518737 . C T 1589.81 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.9;QD=59.993;RBI=0.0661617;REFB=0;REVB=0.0178252;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154283;OID=.;OPOS=131518737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chrX 132437337 . G A 1319.35 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.227;QD=62.087;RBI=0.0260986;REFB=0;REVB=-0.00560605;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36169e-05;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chrX 132438872 . C A 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6302;QD=58.58;RBI=0.0510388;REFB=0;REVB=0.0476555;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049882;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chrX 133379551 . C T 857.36 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.306;QD=57.1574;RBI=0.0120945;REFB=0;REVB=0.0120134;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74606e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:57:60:1:24:33:0:0:25:35:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 914.84 PASS AF=0.104478,0.820896,0.0597015;AO=9,41,7;DP=66;FAO=7,55,4;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=6,34,1;FSAR=1,21,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00523984,0.0768132,0.0757836;FXX=0.0147037;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,2;MLLD=79.0836,110.85,120.978;QD=54.6175;RBI=0.0512412,0.10242,0.0868361;REFB=-0.0746182,-0.214251,-0.214175;REVB=-0.0509726,0.0677461,-0.0423952;RO=1;SAF=6,27,4;SAR=3,14,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0684198,-0.0170644,-0.0971198;STB=0.538356,0.507244,0.665771;STBP=0.653,0.526,0.27;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0617344,0.0165668,0.0390741;OID=.,.,.;OPOS=133380035,133380035,133380063;OREF=GTGT,GT,GT;OALT=-,-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.104478,0.820896,0.0597015:9,41,7:66:7,55,4:67:1:6,34,1:1,21,3:1:0:30:1:6,27,4:3,14,3:1:0 chrX 133527913 . AT A 34.88 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.122168;FXX=0.039992;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5483;QD=2.90697;RBI=0.149396;REFB=-0.00189846;REVB=0.0859898;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10776;STB=0.686592;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=-0.109199;OID=.;OPOS=133527914;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:14:50:15:48:33:12:3:19:14:34:27:10:4:17:10 chrX 133927657 . AAT A,AAA 33.03 PASS AF=0.118644,0.0169492;AO=9,4;DP=66;FAO=7,1;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=6,0;FSAR=1,1;FSRF=42;FSRR=9;FWDB=-0.00123042,0.00670603;FXX=0.0166639;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.3764,19.4179;QD=2.23922;RBI=0.0651148,0.00873837;REFB=-0.0216987,0.0122247;REVB=-0.0651032,0.00560252;RO=44;SAF=8,1;SAR=1,3;SRF=38;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0709307,-0.636959;STB=0.555385,0.996174;STBP=0.818,0.081;TYPE=del,snp;VARB=0.138251,0.0413084;OID=.,.;OPOS=133927658,133927659;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118644,0.0169492:9,4:66:7,1:59:51:6,0:1,1:42:9:30:44:8,1:1,3:38:6 chrX 134052377 . T C 388.76 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0117;QD=55.5366;RBI=0.0441727;REFB=0;REVB=0.013676;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143938;OID=.;OPOS=134052377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chrX 134125475 . C G 1019.04 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0378977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.729;QD=56.6132;RBI=0.0426238;REFB=-0.163836;REVB=0.0195078;RO=2;SAF=30;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304759;STB=0.516124;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000612222;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:40:30:2:0:40:30:2:0 chrX 134155904 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.283;QD=45.8068;RBI=0.0912414;REFB=0;REVB=0.0674772;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169178;OID=.;OPOS=134155904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chrX 134156121 . G C 230.07 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5615;QD=43.8231;RBI=0.0412445;REFB=-0.0685577;REVB=-0.0293149;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0562125;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:19:20:0.952381:11:8:0:0:11:9:1:0 chrX 134185997 . T A 1951.59 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000992274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.875;QD=61.9553;RBI=0.0287085;REFB=0;REVB=0.0286914;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14289e-05;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:58:68:0:0:58:68:0:0 chrX 134807344 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.525;QD=45.8068;RBI=0.0453788;REFB=0;REVB=-0.0369736;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136222;OID=.;OPOS=134807344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chrX 134807349 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.744;QD=45.8068;RBI=0.069193;REFB=0;REVB=0.0645764;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328478;OID=.;OPOS=134807349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chrX 134807354 . T A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.001;QD=45.8068;RBI=0.0276099;REFB=0;REVB=0.0272403;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127053;OID=.;OPOS=134807354;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chrX 134807372 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8205;QD=50.4124;RBI=0.0623154;REFB=0;REVB=0.0176125;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170244;OID=.;OPOS=134807372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chrX 134807868 . A T 69.26 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8728;QD=30.7819;RBI=0.146949;REFB=-0.0606888;REVB=-0.14285;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.599732;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00413272;OID=.;OPOS=134807868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:2:6:0:0:2:6:0:1 chrX 134807875 . T C 69.67 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.562;QD=30.966;RBI=0.0256958;REFB=-0.181915;REVB=-0.0169314;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00710833;OID=.;OPOS=134807875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chrX 134978425 . G A 957.65 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302562;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9064;QD=58.9324;RBI=0.0633533;REFB=0;REVB=-0.0556615;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112123;OID=.;OPOS=134978425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:36:29:0:0 chrX 134986700 . T C 528.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103656;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.583;QD=60.4033;RBI=0.0116834;REFB=0;REVB=-0.00539051;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107882;OID=.;OPOS=134986700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chrX 134990000 . C T 214.81 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.042962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.525;QD=45.2241;RBI=0.0439216;REFB=-0.176795;REVB=-0.00913094;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00298739;OID=.;OPOS=134990000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:1:0:9:9:1:0 chrX 134991078 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.757;QD=63.1954;RBI=0.0367833;REFB=0;REVB=0.00931541;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18285e-05;OID=.;OPOS=134991078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chrX 134994005 . T C 490.11 PASS AF=0.971429;AO=27;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00447361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.27;QD=56.012;RBI=0.0278718;REFB=0.0372648;REVB=0.0275104;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000115186;OID=.;OPOS=134994005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:27:34:0.971429:21:6:0:0:21:13:0:1 chrX 135056133 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.543;QD=55.0966;RBI=0.196641;REFB=0;REVB=0.0772661;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314505;OID=.;OPOS=135056133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chrX 135080645 . A AT 48.21 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0347575;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.91141;QD=3.57077;RBI=0.0400104;REFB=-0.0756218;REVB=0.0198178;RO=31;SAF=17;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297188;STB=0.648447;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=0.0679996;OID=.;OPOS=135080646;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:21:55:22:54:32:17:5:18:14:48:31:17:4:18:13 chrX 135122262 . C T 5757.4 PASS AF=0.989305;AO=362;DP=369;FAO=370;FDP=374;FR=.;FRO=4;FSAF=160;FSAR=210;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0203313;FXX=0.0335909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.817;QD=61.5764;RBI=0.0280374;REFB=-0.0629814;REVB=0.0193063;RO=4;SAF=156;SAR=206;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384862;STB=0.501988;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00075483;OID=.;OPOS=135122262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:369:374:4:4:362:370:0.989305:206:156:1:3:210:160:1:3 chrX 135307049 . G A 340.15 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0310346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2749;QD=48.5929;RBI=0.0400159;REFB=0.0353467;REVB=-0.0252611;RO=2;SAF=16;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545938;STB=0.52939;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0244487;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:10:16:2:0:10:16:2:0 chrX 135310785 . T C 1588.13 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.574;QD=59.9295;RBI=0.0308087;REFB=0;REVB=0.0297712;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34926e-05;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:47:59:0:0:47:59:0:0 chrX 135312601 . C CT,T 53.9 PASS AF=0.25,0;AO=5,2;DP=36;FAO=9,0;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0461638,-0.00955206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.7363,112.633;QD=5.98859;RBI=0.111275,0.0508013;REFB=-0.0498833,-0.00165969;REVB=-0.101247,-0.0498952;RO=29;SAF=0,0;SAR=5,2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.695126,-0.521293;STB=0.876546,0.5;STBP=0.014,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0877284,0;OID=.,.;OPOS=135312602,135312601;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:36:36:29:27:5,2:9,0:0.25,0:5,2:0,0:18:11:8,0:1,0:16:11 chrX 135313034 . T G 837.0 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.107;QD=55.8;RBI=0.0139053;REFB=-0.147777;REVB=0.00113824;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000354584;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:26:33:0:0:26:33:1:0 chrX 135474420 . C A 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.065;QD=60.2023;RBI=0.0338657;REFB=0;REVB=0.00913294;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74082e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 925.73 PASS AF=1;AO=62;DP=70;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372351;FXX=0.114269;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.48;QD=59.7249;RBI=0.00544697;REFB=0;REVB=-0.00397555;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.31419e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:70:62:62:0:29:33:0:0:5:0:29:33:0:0 chrX 135480126 . T C 443.16 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2963;QD=57.1824;RBI=0.0375265;REFB=0;REVB=-0.0216131;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105202;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:11:19:1:0:11:20:0:0 chrX 135496398 . G A 1572.92 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.378;QD=59.9207;RBI=0.0556686;REFB=0;REVB=-0.050149;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126846;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:61:44:0:0:61:44:0:0 chrX 136112706 . GA G,GG 221.21 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=8,10;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588497,-0.0737764;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.619,244.704;QD=49.1577;RBI=0.0791088,0.0884812;REFB=0,0;REVB=0.052867,0.0488463;RO=0;SAF=2,8;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00166857,0.0057187;OID=.,.;OPOS=136112707,136112707;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:8,10:18:16,2:18:0:10,0:6,2:0:0:12:0:2,8:6,2:0:0 chrX 138774209 . C T 3257.09 PASS AF=1;AO=208;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197931;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.483;QD=61.4546;RBI=0.0233822;REFB=0.000426308;REVB=0.0124482;RO=1;SAF=85;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557124;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84114e-06;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:212:1:0:208:212:1:123:85:1:0:125:87:0:0 chrX 138811003 . G A 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4398;QD=58.4151;RBI=0.0570873;REFB=0;REVB=0.014331;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416364;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chrX 138897130 . A C 1126.66 PASS AF=1;AO=58;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120968;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2005;QD=60.9008;RBI=0.120979;REFB=0;REVB=0.00162226;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838053;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:58:74:1:32:26:0:0:33:41:0:0 chrX 139099826 . GTT GGT,GT,GTA 1308.27 PASS AF=0,0.0736842,0.894737;AO=9,15,57;DP=96;FAO=0,7,85;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,40;FSAR=0,7,45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00746109,0.0182333,-0.0408802;FXX=0.0104156;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=6.62107,23.9356,29.2777;QD=55.0849;RBI=0.0097802,0.0364455,0.0418246;REFB=0.0116226,0.026051,-0.0173964;REVB=0.00632332,-0.0315567,-0.00883753;RO=3;SAF=5,4,25;SAR=4,11,32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0496942,-0.142235,-0.0217412;STB=0.5,0.997699,0.506701;STBP=1,0.024,0.483;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-0.0320159,0.016484;OID=.,.,.;OPOS=139099827,139099827,139099828;OREF=T,T,T;OALT=G,-,A;OMAPALT=GGT,GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0736842,0.894737:9,15,57:96:0,7,85:95:3:0,0,40:0,7,45:2:1:13:3:5,4,25:4,11,32:2:1 chrX 140008385 . G T 3806.04 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599504;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.831;QD=63.4341;RBI=0.0600676;REFB=0.00280965;REVB=-0.00374969;RO=1;SAF=94;SAR=146;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82627e-05;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:242:240:1:0:240:240:1:146:94:0:1:146:94:0:0 chrX 140270418 . T C,G 220.3 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=16,2;DP=18;FAO=17,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581014,-0.00235144;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.89,141.911;QD=48.9551;RBI=0.0203965,0.00237462;REFB=0,0;REVB=0.0195515,0.000331019;RO=0;SAF=10,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00108784,0.0145029;OID=.,.;OPOS=140270418,140270418;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:18:18:0:0:16,2:17,1:0.944444,0.0555556:6,0:10,2:0:0:6,0:11,1:0:0 chrX 140271268 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5184;QD=33.4285;RBI=0.1441;REFB=0;REVB=-0.00580153;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0127149;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 140785696 . T C 461.56 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00053371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.467;QD=14.6528;RBI=0.000820228;REFB=-0.0211803;REVB=0.000622838;RO=74;SAF=22;SAR=30;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949987;STB=0.553485;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0236311;OID=.;OPOS=140785696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:30:22:38:36:30:22:38:36 chrX 140785714 . C G 530.51 PASS AF=0.359551;AO=64;DP=178;FAO=64;FDP=178;FR=.;FRO=114;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=0.00609636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.034;QD=11.9215;RBI=0.0142226;REFB=-0.0018696;REVB=0.0128497;RO=114;SAF=26;SAR=38;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174132;STB=0.599128;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00368758;OID=.;OPOS=140785714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:114:114:64:64:0.359551:38:26:64:50:38:26:64:50 chrX 140785739 . A C 117.04 PASS AF=0.126697;AO=27;DP=218;FAO=28;FDP=221;FR=.;FRO=193;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=88;FSRR=105;FWDB=0.00615146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.386;QD=2.11833;RBI=0.010395;REFB=5.80149e-05;REVB=0.00837941;RO=190;SAF=18;SAR=9;SRF=87;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260019;STB=0.661228;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00049559;OID=.;OPOS=140785739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:221:190:193:27:28:0.126697:9:18:87:103:10:18:88:105 chrX 140785741 . A C 108.81 PASS AF=0.121076;AO=27;DP=223;FAO=27;FDP=223;FR=.;FRO=196;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=89;FSRR=107;FWDB=0.00595641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.012;QD=1.95167;RBI=0.0787146;REFB=0.00494971;REVB=-0.0784889;RO=195;SAF=18;SAR=9;SRF=89;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260931;STB=0.684231;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0216681;OID=.;OPOS=140785741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:195:196:27:27:0.121076:9:18:89:106:9:18:89:107 chrX 140968628 . G T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.215;QD=56.01;RBI=0.0391461;REFB=-0.0710991;REVB=0.0142363;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00579125;OID=.;OPOS=140968628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:1:0:19:15:1:0 chrX 140968664 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.717;QD=53.9111;RBI=0.0497123;REFB=0;REVB=0.0211652;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497246;OID=.;OPOS=140968664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chrX 140993675 . T C 52.2 PASS AF=0.127907;AO=8;DP=79;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0184613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.44;QD=2.42785;RBI=0.0189596;REFB=0.000909615;REVB=-0.00431803;RO=71;SAF=8;SAR=0;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.660045;STB=0.908348;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00680527;OID=.;OPOS=140993675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:79:86:71:75:8:11:0.127907:0:8:29:42:1:10:33:42 chrX 140993852 . C G 144.04 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0106615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9636;QD=15.5714;RBI=0.0404877;REFB=-0.0226724;REVB=-0.0390588;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475765;STB=0.786102;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0316432;OID=.;OPOS=140993852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:13:3:13:7:13:3:14:7 chrX 140993859 . T A 53.43 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00417942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.184;QD=7.91488;RBI=0.0155214;REFB=-0.00217544;REVB=0.0149482;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542292;STB=0.735249;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0122027;OID=.;OPOS=140993859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:19:7:8:0.296296:6:1:11:7:6:2:11:8 chrX 140994123 . C G 34.97 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0558966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.912;QD=23.314;RBI=0.0558966;REFB=-0.127353;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00633106;OID=.;OPOS=140994123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chrX 140994136 . T C,G 73.84 PASS AF=0.75,0.25;AO=6,2;DP=8;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152854,0.146815;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.8158,53.0414;QD=36.9196;RBI=0.152952,0.147619;REFB=0,0;REVB=0.00547453,0.0153908;RO=0;SAF=6,0;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0139029,0.000537917;OID=.,.;OPOS=140994136,140994136;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:8:8:0:0:6,2:6,2:0.75,0.25:0,2:6,0:0:0:0,2:6,0:0:0 chrX 140994171 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.676;QD=40.7629;RBI=0.0550127;REFB=0;REVB=0.0142151;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107306;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chrX 140994280 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.992;QD=35.5759;RBI=0.0414082;REFB=0;REVB=-0.0230588;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615095;OID=.;OPOS=140994280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chrX 141290865 . C T 1589.85 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1382;QD=59.9942;RBI=0.0231793;REFB=0;REVB=-0.00344529;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28589e-05;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:41:64:0:0:42:64:0:0 chrX 142285253 . C T 1727.1 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.749;QD=60.0731;RBI=0.0422941;REFB=0;REVB=0.0323872;RO=0;SAF=74;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98002e-05;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:111:115:1:37:74:0:0:39:76:0:0 chrX 142517782 . C T 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00513025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.466;QD=53.4965;RBI=0.0562198;REFB=0.0311478;REVB=0.0559853;RO=2;SAF=22;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406249;STB=0.521726;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00073256;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:12:22:2:0:12:22:2:0 chrX 142716114 . G A 1478.92 PASS AF=0.945455;AO=102;DP=113;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0112895;FXX=0.0265463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.349;QD=53.779;RBI=0.0174304;REFB=0.00575711;REVB=-0.0132803;RO=6;SAF=49;SAR=53;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371327;STB=0.519772;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000118718;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:113:110:6:6:102:104:0.945455:53:49:5:1:55:49:5:1 chrX 142795225 . G A 203.56 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.069762;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.456;QD=29.0795;RBI=0.0754754;REFB=-0.0286525;REVB=0.0288061;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137822;STB=0.581666;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0124596;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:9:9:18:19:0.678571:10:8:2:7:10:9:2:7 chrX 142967468 . T G 519.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.79;QD=59.3996;RBI=0.0769291;REFB=0;REVB=-0.027641;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311673;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chrX 142968082 . A C 472.26 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.613;QD=55.5594;RBI=0.014011;REFB=-0.155983;REVB=-0.00779517;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000418054;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:1:0:18:15:1:0 chrX 144904882 . T C 143.77 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.109;QD=44.2381;RBI=0.0258611;REFB=0;REVB=-0.00190859;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116741;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chrX 144910142 . G A 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.334;QD=59.8658;RBI=0.00997992;REFB=0;REVB=-0.00989826;RO=0;SAF=27;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46035e-06;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:77:27:0:0:77:27:0:0 chrX 144910936 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.37;QD=62.022;RBI=0.033045;REFB=0;REVB=-0.0141797;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13554e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:13:28:0:0:14:28:0:0 chrX 147014960 . C T 2160.86 PASS AF=0.966216;AO=141;DP=147;FAO=143;FDP=148;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00792102;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7585;QD=58.4017;RBI=0.0156211;REFB=-0.0332834;REVB=-0.0134639;RO=6;SAF=59;SAR=82;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335238;STB=0.514618;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00201935;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:147:148:6:5:141:143:0.966216:82:59:0:6:83:60:0:5 chrX 147903704 . C T 1956.49 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.52;QD=61.1404;RBI=0.0344022;REFB=-0.128434;REVB=-0.0250313;RO=1;SAF=82;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576032;STB=0.50303;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000536148;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:1:1:127:127:0.992188:45:82:1:0:45:82:1:0 chrX 147903927 . C T 636.71 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0523934;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.701;QD=49.9378;RBI=0.053144;REFB=-0.185803;REVB=0.0089008;RO=3;SAF=21;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625686;STB=0.531902;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00287326;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:51:51:3:3:47:48:0.941176:26:21:3:0:26:22:3:0 chrX 148627384 . A G 69.96 PASS AF=0.888889;AO=4;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.184146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6419;QD=31.0944;RBI=0.229202;REFB=-0.0949641;REVB=-0.13647;RO=1;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272709;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0195617;OID=.;OPOS=148627384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:4:8:0.888889:3:1:1:0:3:5:1:0 chrX 148628490 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.884;QD=35.5757;RBI=0.0578703;REFB=0;REVB=0.0576902;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135832;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chrX 149013727 . A G 351.75 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.83;QD=54.1147;RBI=0.0501232;REFB=0;REVB=0.0165168;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436475;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chrX 149931106 . C T 964.77 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0226504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.334;QD=55.9286;RBI=0.0296115;REFB=-0.118588;REVB=0.0190735;RO=2;SAF=27;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337193;STB=0.517852;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00104183;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:40:27:2:0:40:27:2:0 chrX 149933341 . T C 973.07 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.552;QD=56.4101;RBI=0.037591;REFB=-0.100032;REVB=0.0207052;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000221737;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:35:32:1:0:36:32:1:0 chrX 150349533 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.885;QD=49.5992;RBI=0.0465262;REFB=0;REVB=-0.0092777;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274313;OID=.;OPOS=150349533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chrX 150349649 . A C,G 554.02 PASS AF=0.184211,0.815789;AO=6,31;DP=37;FAO=7,31;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318313,0.026696;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.563,115.208;QD=58.3181;RBI=0.0611372,0.0414485;REFB=0,0;REVB=-0.052197,-0.0317065;RO=0;SAF=4,22;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.15349e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0607032,-0.0014954;OID=.,.;OPOS=150349649,150349649;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:37:38:0:0:6,31:7,31:0.184211,0.815789:2,9:4,22:0:0:3,9:4,22:0:0 chrX 150565330 . G C 1309.81 PASS AF=0.917526;AO=89;DP=98;FAO=89;FDP=97;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0222422;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8813;QD=54.0128;RBI=0.0395965;REFB=-0.00304084;REVB=0.0327592;RO=8;SAF=39;SAR=50;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049008;STB=0.525941;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00747463;OID=.;OPOS=150565330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:98:97:8:8:89:89:0.917526:50:39:6:2:50:39:6:2 chrX 150817094 . C G 1166.7 PASS AF=1;AO=54;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6652;QD=58.3351;RBI=0.0637165;REFB=0;REVB=0.0258615;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200729;OID=.;OPOS=150817094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:54:80:1:21:33:0:0:45:35:0:0 chrX 150817095 . A G 190.79 PASS AF=0.3125;AO=23;DP=78;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.058423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8928;QD=9.53947;RBI=0.0589793;REFB=-0.0449016;REVB=0.00808115;RO=55;SAF=0;SAR=23;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.824042;STB=0.948753;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.050497;OID=.;OPOS=150817095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:55:55:23:25:0.3125:23:0:34:21:24:1:34:21 chrX 150840185 . T C 1428.64 PASS AF=0.927273;AO=102;DP=110;FAO=102;FDP=110;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0211909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.349;QD=51.9506;RBI=0.0259061;REFB=-0.128712;REVB=0.0149021;RO=3;SAF=49;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101028;STB=0.5168;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00103942;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:110:110:3:8:102:102:0.927273:53:49:2:1:53:49:2:6 chrX 150867321 . C G,T 1482.39 PASS AF=0.0412371,0.948454;AO=4,91;DP=97;FAO=4,92;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=3,40;FSAR=1,52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0582199,0.0492135;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.2167,137.292;QD=61.1296;RBI=0.058275,0.0539198;REFB=0.0443975,-0.0874213;REVB=-0.00253343,0.0220312;RO=1;SAF=3,40;SAR=1,51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272709,0.00920437;STB=0.665771,0.504761;STBP=0.288,0.513;TYPE=snp,snp;VARB=0.0696773,0.00125285;OID=.,.;OPOS=150867321,150867321;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:97:97:1:1:4,91:4,92:0.0412371,0.948454:1,51:3,40:0:1:1,52:3,40:0:1 chrX 150869267 . A G 1526.89 PASS AF=1;AO=96;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000784474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.35;QD=58.7263;RBI=0.0197836;REFB=0;REVB=0.019768;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020421;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:96:104:1:42:54:0:0:50:54:0:0 chrX 151092220 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1728;QD=58.4173;RBI=0.0763793;REFB=0;REVB=-0.0759985;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000683231;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chrX 151092653 . G A,C 835.3 PASS AF=0.949153,0.0508475;AO=56,3;DP=59;FAO=56,3;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792736,0.010496;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.716,143.71;QD=56.6307;RBI=0.0236282,0.0161327;REFB=0,0;REVB=-0.0222587,-0.0122515;RO=0;SAF=32,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00284294,0.0154762;OID=.,.;OPOS=151092653,151092653;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:59:59:0:0:56,3:56,3:0.949153,0.0508475:24,2:32,1:0:0:24,2:32,1:0:0 chrX 151093558 . TA T,TT 31.46 PASS AF=0.115385,0.0769231;AO=11,4;DP=58;FAO=6,4;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=2,1;FSAR=4,3;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0532791,0.0787584;FXX=0.10343;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.11179,20.672;QD=2.41998;RBI=0.0591612,0.0800409;REFB=-0.0780891,-0.0469438;REVB=-0.0257174,-0.0142715;RO=31;SAF=4,1;SAR=7,3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0.34252,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0113167,-0.13474;STB=0.608324,0.696639;STBP=0.599,0.497;TYPE=del,snp;VARB=0.0272223,0.141438;OID=.,.;OPOS=151093559,151093559;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.115385,0.0769231:11,4:58:6,4:52:42:2,1:4,3:19:23:19:31:4,1:7,3:11:20 chrX 151138179 . A C 1529.93 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8297;QD=63.7473;RBI=0.0751299;REFB=0;REVB=0.0748281;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432973;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:37:59:0:0:37:59:0:0 chrX 151303393 . C T 538.57 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.716;QD=59.8406;RBI=0.0146987;REFB=0;REVB=-0.0141187;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31577e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chrX 151303596 . C T 237.23 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.043;QD=49.9436;RBI=0.0127919;REFB=0;REVB=0.0118059;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19889e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:14:5:0:0 chrX 151899913 . T C 735.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.588;QD=56.5596;RBI=0.0294589;REFB=0;REVB=0.0293312;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134949;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:24:24:0:0:28:24:0:0 chrX 151904488 . C A 901.56 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00170808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.11;QD=53.8247;RBI=0.0125091;REFB=-0.0144776;REVB=-0.0123919;RO=3;SAF=39;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508906;STB=0.502697;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00106252;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:25:39:2:1:25:39:2:1 chrX 152083006 . G C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6514;QD=58.1403;RBI=0.0390984;REFB=0;REVB=0.0390504;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444944;OID=.;OPOS=152083006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chrX 152083012 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8733;QD=58.5852;RBI=0.0807547;REFB=0;REVB=0.00256779;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154478;OID=.;OPOS=152083012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chrX 152083059 . G A 472.85 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0552118;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.295;QD=55.6299;RBI=0.0819522;REFB=0.0349384;REVB=0.0605625;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00412559;OID=.;OPOS=152083059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:16:17:1:0:16:17:1:0 chrX 152083089 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.893;QD=58.5878;RBI=0.00646678;REFB=0;REVB=-0.0036024;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4899e-05;OID=.;OPOS=152083089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chrX 152226542 . T C 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1827;QD=63.5776;RBI=0.0320606;REFB=0;REVB=0.0158468;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208266;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:12:35:0:0:12:35:0:0 chrX 152227929 . C T 3075.64 PASS AF=0.994949;AO=195;DP=198;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.275;QD=62.1341;RBI=0.0203319;REFB=-0.0129249;REVB=0.00651945;RO=3;SAF=92;SAR=103;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563809;STB=0.502415;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000436928;OID=.;OPOS=152227929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:198:198:3:1:195:197:0.994949:103:92:2:1:103:94:0:1 chrX 152228447 . G A 431.59 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.339;QD=57.5446;RBI=0.0609084;REFB=0;REVB=-0.011554;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390538;OID=.;OPOS=152228447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:11:13:0:0:11:19:0:0 chrX 152228523 . T C 154.79 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.2452;QD=44.2246;RBI=0.0711334;REFB=0;REVB=-0.0187047;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00260161;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chrX 152228548 . G A 202.6 PASS AF=0.52;AO=14;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0324593;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.2204;QD=32.4161;RBI=0.0331064;REFB=0.0392942;REVB=0.00651356;RO=6;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19672;STB=0.662361;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0147044;OID=.;OPOS=152228548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:25:25:6:6:14:13:0.52:11:3:3:3:11:2:3:3 chrX 152228652 . G A 291.47 PASS AF=0.684211;AO=23;DP=36;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.057251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.117;QD=30.6813;RBI=0.0765211;REFB=-0.0436718;REVB=0.0507721;RO=12;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370345;STB=0.663623;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0142537;OID=.;OPOS=152228652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:38:12:12:23:26:0.684211:18:5:9:3:19:7:9:3 chrX 152228734 . CG AA 33.02 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00166149;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.922;QD=2.93538;RBI=0.00993279;REFB=-0.00282361;REVB=0.00979284;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145565;STB=0.599681;STBP=0.628;TYPE=mnp;VARB=0.0227279;OID=.;OPOS=152228734;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:45:37:39:6:6:0.133333:3:3:14:23:3:3:15:24 chrX 152482796 . C T 887.58 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116614;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.943;QD=58.2022;RBI=0.00679762;REFB=0;REVB=0.00669684;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70318e-06;OID=.;OPOS=152482796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chrX 152482917 . T C 387.15 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.669;QD=55.3067;RBI=0.033123;REFB=0;REVB=0.0137488;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400723;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chrX 152483030 . G A 483.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.344;QD=58.6328;RBI=0.0485678;REFB=0;REVB=0.0472674;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52984e-05;OID=.;OPOS=152483030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:16:17:0:0 chrX 152609668 . T C 1736.59 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330398;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0762;QD=60.4032;RBI=0.0645163;REFB=0;REVB=0.0554141;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137336;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:108:115:1:46:62:0:0:51:64:0:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCTGT CGT,CGTG 634.84 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=35,5;DP=40;FAO=38,4;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250645,-0.0240629;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=9,8;MLLD=338.915,326.742;QD=60.4606;RBI=0.0257616,0.0255929;REFB=0,0;REVB=0.00595233,0.0087163;RO=0;SAF=11,2;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00191168,0.0259366;OID=.,.;OPOS=152610225,152610228;OREF=GTGACCTCT,ACCTCTGT;OALT=-,-;OMAPALT=CGT,CGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.904762,0.0952381:35,5:40:38,4:42:0:13,1:25,3:0:0:12:0:11,2:24,3:0:0 chrX 152610985 . T C 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.685;QD=59.1399;RBI=0.0389463;REFB=0;REVB=-0.0133536;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19831e-05;OID=.;OPOS=152610985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:20:47:0:0:20:47:0:0 chrX 152613112 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.958;QD=63.2822;RBI=0.0921736;REFB=0;REVB=0.0136243;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394783;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chrX 152613702 . A G 2696.35 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.642;QD=62.3435;RBI=0.0129105;REFB=0;REVB=-0.00386209;RO=0;SAF=94;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95189e-06;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:79:94:0:0:79:94:0:0 chrX 152616741 . A T 600.58 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0359966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7002;QD=58.5929;RBI=0.0363062;REFB=-0.0255346;REVB=-0.00473104;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00415943;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:40:40:0.97561:18:22:0:0:18:22:1:0 chrX 152616952 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.925;QD=62.0082;RBI=0.0140291;REFB=0;REVB=0.0134463;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11328e-06;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:28:56:0:0:28:56:0:0 chrX 152771509 . C T 1871.19 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707823;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.199;QD=61.3504;RBI=0.0724129;REFB=0;REVB=0.0152804;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95806e-05;OID=.;OPOS=152771509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:64:57:0:0:64:58:0:0 chrX 152815089 . A G 740.5 PASS AF=1;AO=40;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780828;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.786;QD=56.9617;RBI=0.0780831;REFB=0;REVB=0.000206429;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638945;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:40:52:1:25:15:0:0:26:26:0:0 chrX 152846545 . T G 105.41 PASS AF=0.846154;AO=5;DP=16;FAO=11;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00278646;FXX=0.235156;HRUN=15;LEN=1;MLLD=201.713;QD=32.4324;RBI=0.0229798;REFB=-0.000545279;REVB=-0.0228102;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00370569;OID=.;OPOS=152846545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:16:13:1:2:5:11:0.846154:3:2:0:1:6:5:1:1 chrX 152966400 . C T 1669.68 PASS AF=0.974138;AO=111;DP=114;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0916348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0778;QD=57.5752;RBI=0.0935051;REFB=0.0294855;REVB=0.0186086;RO=3;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235255;STB=0.512394;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00955575;OID=.;OPOS=152966400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:116:3:3:111:113:0.974138:59:52:0:3:59:54:0:3 chrX 153010019 . AG GT 44.3 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0458185;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.915;QD=5.90707;RBI=0.0491298;REFB=-0.0118989;REVB=-0.0177313;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396867;STB=0.765061;STBP=0.133;TYPE=mnp;VARB=0.0260273;OID=.;OPOS=153010019;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:30:22:23:7:7:0.233333:5:2:14:8:5:2:15:8 chrX 153010059 . G T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0292204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.077;QD=10.4723;RBI=0.0293876;REFB=-0.0105092;REVB=-0.00312956;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452009;STB=0.769833;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0146737;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:16:8:9:3:16:8 chrX 153010090 . G A 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0323463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2961;QD=11.5958;RBI=0.0569952;REFB=-0.0223561;REVB=0.0469273;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378983;STB=0.738058;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0571324;OID=.;OPOS=153010090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:9:3:12:8:9:3:13:8 chrX 153010092 . G A 96.69 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00718362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.218;QD=12.4757;RBI=0.00943983;REFB=-0.0141703;REVB=0.00612421;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444132;STB=0.761475;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0286455;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:9:3:13:6:9:3:13:6 chrX 153039502 . G C 438.43 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0544129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.454;QD=50.1063;RBI=0.0579552;REFB=-0.124802;REVB=-0.0199508;RO=3;SAF=10;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639721;STB=0.534391;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00368312;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:22:10:2:1:22:10:2:1 chrX 153041544 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.358;QD=55.6561;RBI=0.0476463;REFB=0;REVB=0.0431292;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365846;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chrX 153045812 . C T 1460.41 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=98;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0285159;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.885;QD=60.2233;RBI=0.0448768;REFB=-0.064461;REVB=0.0346522;RO=3;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389122;STB=0.520544;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000381099;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:97:3:3:93:94:0.969072:35:58:0:3:35:59:0:3 chrX 153048657 . A C 138.46 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.283;QD=42.6016;RBI=0.0187957;REFB=0;REVB=0.0187957;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00596512;OID=.;OPOS=153048657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:13:0:0:15:13:1:13:2:0:0:13:0:0:0 chrX 153049535 . A C,G 774.34 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,45;DP=48;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898788,0.0869639;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.169,179.019;QD=61.9469;RBI=0.0118229,0.087432;REFB=0,0;REVB=0.00768111,0.00903519;RO=0;SAF=0,5;SAR=3,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0411875,-0.00273068;OID=.,.;OPOS=153049535,153049535;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:48:50:0:0:3,45:2,48:0.04,0.96:3,40:0,5:0:0:2,42:0,6:0:0 chrX 153050983 . T TA 621.6 PASS AF=1;AO=21;DP=109;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591715;FXX=0.336506;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.7949;QD=36.0349;RBI=0.059357;REFB=0;REVB=0.00468947;RO=84;SAF=19;SAR=2;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0216757;OID=.;OPOS=153050984;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:109:69:69:0:47:22:0:0:5:84:19:2:33:51 chrX 153050984 . G A,C 1339.83 PASS AF=0.798077,0.153846;AO=81,17;DP=105;FAO=83,16;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=30,15;FSAR=53,1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00989411,0.0141923;FXX=0.0188661;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.4946,26.2314;QD=51.532;RBI=0.0170856,0.0591721;REFB=-0.229462,-0.135917;REVB=0.0139292,-0.0574449;RO=5;SAF=30,15;SAR=51,2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0498852,0.0759728;STB=0.526586,0.612077;STBP=0.062,0.322;TYPE=snp,snp;VARB=0.00765665,0.11867;OID=.,.;OPOS=153050984,153050984;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:105:104:5:5:81,17:83,16:0.798077,0.153846:51,2:30,15:4:1:53,1:30,15:4:1 chrX 153051903 . GCCT GCTA 654.15 PASS AF=1;AO=2;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1278;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.924;QD=55.672;RBI=0.127812;REFB=0;REVB=0.00172391;RO=21;SAF=0;SAR=2;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.808875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000779069;OID=.;OPOS=153051905;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:49:47:47:0:21:26:0:0:4:21:0:2:20:1 chrX 153051907 . G A 704.73 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0101392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.315;QD=58.7273;RBI=0.0194456;REFB=-0.152887;REVB=-0.016593;RO=2;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375629;STB=0.519222;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00221272;OID=.;OPOS=153051907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:48:2:2:45:46:0.958333:24:21:0:2:25:21:0:2 chrX 153073319 . G A 2071.75 PASS AF=0.978261;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0492344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.149;QD=60.0506;RBI=0.054003;REFB=0.00294297;REVB=0.0221879;RO=3;SAF=62;SAR=72;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541481;STB=0.502757;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-5.01227e-05;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:138:3:3:134:135:0.978261:72:62:1:2:73:62:1:2 chrX 153149708 . G GC 974.24 PASS AF=1;AO=70;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029026;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=255.45;QD=48.1104;RBI=0.0315999;REFB=0;REVB=0.0124918;RO=4;SAF=41;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.78091e-05;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:83:81:81:0:42:39:0:0:18:4:41:29:2:2 chrX 153149715 . C G 1175.78 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.831;QD=59.5331;RBI=0.0357696;REFB=0.00216013;REVB=-0.0338086;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00013414;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:77:78:0.987342:36:41:0:0:37:41:1:0 chrX 153171993 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.06201e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.021;QD=47.8223;RBI=0.0317882;REFB=0;REVB=-0.0317881;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304974;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chrX 153176254 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.064;QD=58.4187;RBI=0.0401509;REFB=0;REVB=0.0392263;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.066e-05;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chrX 153178459 . G GC 465.01 PASS AF=1;AO=39;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.1044;QD=37.2005;RBI=0.274198;REFB=0;REVB=0.269108;RO=10;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00936928;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:49:50:50:0:21:29:0:0:9:10:20:19:1:9 chrX 153218365 . C A 744.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6734;QD=63.3225;RBI=0.160528;REFB=0;REVB=0.142621;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212634;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:22:22:0:0:24:23:0:0 chrX 153219665 . C T 137.57 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8921;QD=39.3057;RBI=0.033086;REFB=-0.0163561;REVB=-0.0221372;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0095215;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:7:6:0:0:7:6:0:1 chrX 153219908 . CTG CT,GCT 81.77 PASS AF=0.434783,0.0869565;AO=9,2;DP=23;FAO=10,2;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9,2;FSAR=1,0;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0204138,-0.0334001;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=16.7823,134.552;QD=14.2208;RBI=0.0301457,0.0336942;REFB=-0.0653533,-0.0113707;REVB=0.022182,0.00444204;RO=8;SAF=8,2;SAR=1,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.207207,0;SSSB=0.585891,0.684179;STB=0.890277,0.996924;STBP=0.002,0.026;TYPE=del,mnp;VARB=0.0679087,0.019248;OID=.,.;OPOS=153219910,153219908;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:23:23:8:11:9,2:10,2:0.434783,0.0869565:1,0:8,2:2:6:1,0:9,2:2:9 chrX 153221657 . T C,G 405.34 PASS AF=0.83871,0.129032;AO=25,5;DP=31;FAO=26,4;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15,4;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217236,0.0237317;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=139.408,37.5659;QD=52.3015;RBI=0.0244529,0.0538525;REFB=0.0018455,0.0457334;REVB=-0.0112261,-0.0483414;RO=1;SAF=14,5;SAR=11,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0403161,0.767767;STB=0.521722,0.995941;STBP=0.298,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00718591,0.0223319;OID=.,.;OPOS=153221657,153221657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:31:31:1:1:25,5:26,4:0.83871,0.129032:11,0:14,5:0:1:11,0:15,4:0:1 chrX 153222835 . G C 860.82 PASS AF=0.939394;AO=60;DP=65;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0297813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.488;QD=52.1709;RBI=0.047431;REFB=-0.153247;REVB=0.0369157;RO=2;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409807;STB=0.539987;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00192263;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:65:66:2:4:60:62:0.939394:22:38:0:2:23:39:0:4 chrX 153247722 . C G,T 399.77 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,27;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255637,0.0584017;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=8.49607,46.5766;QD=53.3031;RBI=0.100313,0.15999;REFB=0,0;REVB=0.0970013,0.14895;RO=1;SAF=2,15;SAR=0,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0299926;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.111112,0.000280602;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:30:30:1:0:2,27:2,28:0.0666667,0.933333:0,12:2,15:1:0:0,12:2,16:0:0 chrX 153247745 . A G 501.43 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00084121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.598;QD=58.9919;RBI=0.0108535;REFB=0;REVB=0.0108208;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100322;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chrX 153247954 . C T 941.28 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0636319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.951;QD=50.2017;RBI=0.0643567;REFB=-0.157369;REVB=0.00963185;RO=7;SAF=32;SAR=36;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928572;STB=0.549281;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00420645;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:75:75:7:7:68:68:0.906667:36:32:7:0:36:32:7:0 chrX 153248248 . G A 3934.2 PASS AF=1;AO=246;DP=246;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.683;QD=63.9707;RBI=0.0141179;REFB=0;REVB=0.01108;RO=0;SAF=154;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66771e-05;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:246:0:0:246:246:1:92:154:0:0:92:154:0:0 chrX 153278835 . CCG C,GCC 558.16 PASS AF=0.87037,0.0740741;AO=13,6;DP=70;FAO=47,4;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=33,0;FSAR=14,4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.658823,0.0464107;FXX=0.129011;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=20.83,148.146;QD=41.3451;RBI=0.659359,0.0970227;REFB=-0.142053,-0.0170584;REVB=-0.0265827,-0.0852024;RO=46;SAF=3,0;SAR=10,6;SRF=34;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.571296,-0.732671;STB=0.548366,0.5;STBP=0.021,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0277983,0.057479;OID=.,.;OPOS=153278836,153278835;OREF=CG,CCG;OALT=-,GCC;OMAPALT=C,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:70:54:46:3:13,6:47,4:0.87037,0.0740741:10,6:3,0:34:12:14,4:33,0:0:3 chrX 153278839 . G A 31.51 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0106346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.52;QD=1.44869;RBI=0.0493847;REFB=-0.00157706;REVB=-0.0482261;RO=77;SAF=1;SAR=7;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400074;STB=0.830761;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0675066;OID=.;OPOS=153278839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:77:79:8:8:0.091954:7:1:34:43:7:1:35:44 chrX 153421877 . A G 1822.27 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.181;QD=61.2527;RBI=0.0157887;REFB=0;REVB=-0.00764434;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63491e-05;OID=.;OPOS=153421877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chrX 153421912 . T C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.496;QD=61.8515;RBI=0.0618008;REFB=0;REVB=0.00167739;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66225e-05;OID=.;OPOS=153421912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chrX 153421915 . CG C,CC 1172.65 PASS AF=0.0641026,0.935897;AO=11,68;DP=79;FAO=5,73;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=5,25;FSAR=0,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070946,0.060683;FXX=0.0249969;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.933,275.736;QD=60.1358;RBI=0.0712911,0.0609961;REFB=0,0;REVB=0.00700594,0.00617233;RO=0;SAF=8,23;SAR=3,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00850454,0.005322;OID=.,.;OPOS=153421916,153421916;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0641026,0.935897:11,68:79:5,73:78:0:5,25:0,48:0:0:9:0:8,23:3,45:0:0 chrX 153577260 . T TC 30.57 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.109688;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.46476;QD=2.07269;RBI=0.250337;REFB=-0.0761555;REVB=-0.225027;RO=41;SAF=13;SAR=4;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139204;STB=0.549944;STBP=0.7;TYPE=ins;VARB=0.061266;OID=.;OPOS=153577261;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288136:17:61:17:59:42:12:5:32:10:30:41:13:4:31:10 chrX 153629155 . A G 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.1;QD=53.9323;RBI=0.069551;REFB=0.0221125;REVB=-0.0676076;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00226001;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:9:21:0:1:9:21:0:1 chrX 153633359 . G C 1130.63 PASS AF=0.939759;AO=77;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0393388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.968;QD=54.4883;RBI=0.0396119;REFB=-0.158811;REVB=-0.00464351;RO=6;SAF=41;SAR=36;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184152;STB=0.50373;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0011914;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:83:6:5:77:78:0.939759:36:41:4:2:36:42:3:2 chrX 153649806 . T TC 218.46 PASS AF=0.983607;AO=15;DP=125;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0537486;FXX=0.401921;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.41399;QD=14.3251;RBI=0.0750644;REFB=0.0398816;REVB=-0.0523999;RO=101;SAF=10;SAR=5;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214416;STB=0.505153;STBP=0.642;TYPE=ins;VARB=-0.00212774;OID=.;OPOS=153649807;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983607:15:125:60:61:1:48:12:1:0:4:101:10:5:50:51 chrX 153649812 . CG C,CC 1461.45 PASS AF=0.02,0.98;AO=15,84;DP=100;FAO=2,98;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=1,48;FSAR=1,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609145,0.0802107;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.8634,101.614;QD=58.4579;RBI=0.00862567,0.0807405;REFB=0,0;REVB=0.00610708,0.00923405;RO=0;SAF=9,38;SAR=6,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.981e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00622226,0.00542491;OID=.,.;OPOS=153649813,153649813;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:15,84:100:2,98:100:0:1,48:1,50:0:0:5:0:9,38:6,46:0:0 chrX 153657083 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5513;QD=40.7625;RBI=0.0139446;REFB=0;REVB=0.012672;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388045;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chrX 153657569 . GCCCCCT GCCCCCTC,GCCCCT,GCCCCTC 497.97 PASS AF=0.196262,0.803738,0;AO=25,20,5;DP=109;FAO=21,86,0;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=9,32,0;FSAR=12,54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.193303,0.904799,0.468111;FXX=0.0183469;HRUN=6,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=7.66862,7.81428,4.63229;QD=18.6156;RBI=0.290962,1.07101,0.497954;REFB=-0.0606267,0.0218785,-0.0329015;REVB=-0.21747,0.573064,0.169793;RO=34;SAF=8,1,0;SAR=17,19,5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.248462,-0.697644,-0.65547;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0839763,0.0723232,0;OID=.,.,.;OPOS=153657576,153657570,153657574;OREF=-,C,CT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=GCCCCCTC,GCCCCT,GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.196262,0.803738,0:25,20,5:109:21,86,0:107:0:9,32,0:12,54,0:0:0:68:34:8,1,0:17,19,5:19:15 chrX 153994596 . G T 1345.36 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.384;QD=61.1528;RBI=0.012918;REFB=-0.115477;REVB=-0.0037556;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000354475;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:88:0:1:87:87:0.988636:44:43:0:0:44:43:0:1 chrX 154020114 . C A 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.068;QD=60.606;RBI=0.0164338;REFB=0;REVB=-0.013655;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28825e-05;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chrX 154456747 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.977;QD=62.6672;RBI=0.0401749;REFB=0;REVB=0.00449959;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94909e-05;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chrX 155004437 . G T 786.82 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00539867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4603;QD=55.2155;RBI=0.00975389;REFB=-0.00965047;REVB=-0.00812359;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=7.07534e-05;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:0:1:34:22:0:1 chrX 155004512 . C G 227.54 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0167096;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8361;QD=21.1663;RBI=0.0181746;REFB=-0.0151355;REVB=0.00714898;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101306;STB=0.55691;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0328294;OID=.;OPOS=155004512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:12:9:12:10:12:9 chrX 155005254 . C T 2116.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5081;QD=62.6987;RBI=0.0367546;REFB=0;REVB=0.0193318;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291819;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:135:0:0:131:135:1:64:67:0:0:65:70:0:0 chrX 155006050 . C T 664.07 PASS AF=0.956522;AO=42;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7397;QD=57.7451;RBI=0.0150231;REFB=0.00228267;REVB=-0.00487327;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520661;STB=0.524989;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000531598;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:42:44:0.956522:25:17:2:0:25:19:2:0 chrX 155006982 . A T 1035.19 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00429913;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8237;QD=58.3205;RBI=0.00567754;REFB=-0.0499599;REVB=-0.00370836;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126076;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000719174;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:33:37:1:0:33:37:1:0 chrX 155008583 . G A 407.11 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0462455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6414;QD=50.8892;RBI=0.0639899;REFB=-0.0982104;REVB=-0.0442273;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443379;STB=0.545424;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00113794;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:32:1:2:30:30:0.9375:10:20:0:1:10:20:0:2 chrX 155008671 . G A 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0063418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.701;QD=57.5888;RBI=0.0159047;REFB=-0.0911747;REVB=0.0145856;RO=2;SAF=30;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030497;STB=0.516125;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00130921;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:45:30:2:0:45:30:2:0 chrX 155009102 . G A 1529.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.459;QD=63.7286;RBI=0.117478;REFB=0;REVB=0.0142489;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126745;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:56:37:0:0:56:40:0:0 chrX 155009225 . C T 579.5 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115864;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.485;QD=61;RBI=0.0191227;REFB=0;REVB=0.015213;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87519e-06;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chrX 155009829 . C T 1052.06 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00357625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.069;QD=54.6526;RBI=0.00500505;REFB=-0.0126665;REVB=-0.00350156;RO=4;SAF=43;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041991;STB=0.522216;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00017253;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:4:4:73:73:0.948052:30:43:4:0:30:43:4:0 chrX 155010062 . G A 1434.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.838;QD=63.051;RBI=0.0530409;REFB=0;REVB=0.0356342;RO=0;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17108e-06;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:32:58:0:0:32:59:0:0 chrX 155010077 . G A 1142.91 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.463;QD=60.1532;RBI=0.0404194;REFB=0;REVB=0.026751;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69838e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:0:0:70:76:1:25:45:0:0:30:46:0:0 chrX 155010230 . A C 198.25 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.027138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4378;QD=11.169;RBI=0.0271744;REFB=-0.0108744;REVB=0.00140504;RO=45;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298646;STB=0.52498;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0192462;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:11:14:24:21:11:14:24:22 chrX 155010308 . G A 1393.26 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0058328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1908;QD=61.2423;RBI=0.0391279;REFB=-0.0431967;REVB=-0.0386908;RO=1;SAF=40;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117017;STB=0.506172;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000279906;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:50:40:1:0:50:40:1:0 chrX 155011216 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.41;QD=56.1913;RBI=0.0120481;REFB=0;REVB=0.0115968;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32095e-05;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chrX 155011276 . C T 400.26 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114818;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.608;QD=53.3674;RBI=0.024575;REFB=-0.0526578;REVB=0.0217278;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00021301;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chrX 155011472 . T A 860.36 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00673615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.309;QD=52.1432;RBI=0.0289793;REFB=-0.115268;REVB=0.0281855;RO=2;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362762;STB=0.537025;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00129171;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:66:66:2:4:62:62:0.939394:25:37:0:2:25:37:0:4 chrX 155012060 . C G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0144421;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.03;QD=18.1541;RBI=0.021645;REFB=-0.0024981;REVB=0.0161224;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151504;STB=0.585695;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00209306;OID=.;OPOS=155012060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:17:8:10:11:17:8 chrX 155227464 . C T 1566.77 PASS AF=0.5189;AO=145;DP=287;FAO=151;FDP=291;FR=.;FRO=140;FSAF=38;FSAR=113;FSRF=58;FSRR=82;FWDB=0.00912559;FXX=0.0102037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.136;QD=21.5364;RBI=0.0296238;REFB=-0.0239871;REVB=0.0281832;RO=136;SAF=35;SAR=110;SRF=56;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183277;STB=0.594137;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0317394;OID=.;OPOS=155227464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:291:136:140:145:151:0.5189:110:35:56:80:113:38:58:82 chrX 155235014 . C T 881.35 PASS AF=0.4;AO=101;DP=255;FAO=102;FDP=255;FR=.;FRO=153;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=80;FSRR=73;FWDB=0.000327472;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.528;QD=13.8251;RBI=0.00884557;REFB=-0.00115548;REVB=0.00883951;RO=151;SAF=45;SAR=56;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830862;STB=0.549123;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00185825;OID=.;OPOS=155235014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:151:153:101:102:0.4:56:45:79:72:57:45:80:73 chrX 155252014 . C T 45.53 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0355913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.525;QD=26.0147;RBI=0.0376768;REFB=-0.00319808;REVB=-0.0123612;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00123795;OID=.;OPOS=155252014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chrX 155252758 . A G 58.11 PASS AF=0.104575;AO=11;DP=150;FAO=16;FDP=153;FR=.;FRO=137;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=0.00853259;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.754;QD=1.51914;RBI=0.0114874;REFB=-0.00597559;REVB=-0.00769126;RO=134;SAF=6;SAR=5;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132604;STB=0.663801;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.04656;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:150:153:134:137:11:16:0.104575:5:6:57:77:6:10:60:77 chrX 155253904 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.273;QD=35.5759;RBI=0.0742299;REFB=0;REVB=0.0738991;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622554;OID=.;OPOS=155253904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chrX 155254689 . C T 175.73 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00882268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.872;QD=11.9142;RBI=0.0344369;REFB=-0.00664176;REVB=0.0332876;RO=37;SAF=6;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278261;STB=0.662097;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0159471;OID=.;OPOS=155254689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:16:6:19:18:16:6:19:18 chrX 155255024 . C T 548.92 PASS AF=0.268041;AO=77;DP=289;FAO=78;FDP=291;FR=.;FRO=213;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=97;FSRR=116;FWDB=-0.01941;FXX=0.0102037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.796;QD=7.54525;RBI=0.0409704;REFB=-0.0164064;REVB=-0.0360809;RO=207;SAF=36;SAR=41;SRF=96;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467866;STB=0.513931;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0445967;OID=.;OPOS=155255024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:291:207:213:77:78:0.268041:41:36:96:111:41:37:97:116 chrY 4900800 . C T 889.91 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0198622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.49;QD=53.9338;RBI=0.0344573;REFB=-0.0976978;REVB=0.0281566;RO=2;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262196;STB=0.513509;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00167587;OID=.;OPOS=4900800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:66:66:2:2:63:64:0.969697:35:28:0:2:36:28:0:2 chrY 4968655 . T G 72.04 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.816;QD=36.0214;RBI=0.13661;REFB=0;REVB=0.0158495;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406052;OID=.;OPOS=4968655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:1:0:6:8:1:3:3:1:0:4:4:0:0 chrY 10034941 . C A 34.35 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00165816;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.296;QD=3.71347;RBI=0.00434325;REFB=-0.00225169;REVB=0.00401426;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404516;STB=0.791031;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0109021;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:37:31:31:6:6:0.162162:5:1:15:16:5:1:15:16 chrY 10035424 . A G 30.74 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0399894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5854;QD=2.45932;RBI=0.0403128;REFB=-0.00483721;REVB=-0.00509603;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386964;STB=0.529312;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.037139;OID=.;OPOS=10035424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:16:28:4:2:16:28 chrY 10035433 . T C 41.07 PASS AF=0.159091;AO=6;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00110006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.323;QD=3.73321;RBI=0.0133589;REFB=-0.00745262;REVB=-0.0133135;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154457;STB=0.519943;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0173831;OID=.;OPOS=10035433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:35:37:6:7:0.159091:3:3:13:22:4:3:15:22 chrY 10035449 . G C 34.12 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0236692;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2763;QD=3.6889;RBI=0.0460329;REFB=-0.00448685;REVB=-0.0394816;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327483;STB=0.751744;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0601766;OID=.;OPOS=10035449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:37:30:31:6:6:0.162162:5:1:12:18:5:1:13:18 chrY 10035664 . C G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.88;QD=58.1351;RBI=0.0221662;REFB=0;REVB=0.020693;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124608;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chrY 10035793 . T C 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00235317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6527;QD=3.83306;RBI=0.0306949;REFB=0.0158791;REVB=0.0306046;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263693;STB=0.68439;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0235859;OID=.;OPOS=10035793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:5:2:18:18:5:2:18:18 chrY 10035801 . G C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0332527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.874;QD=3.15729;RBI=0.0334466;REFB=-0.00251374;REVB=0.00359612;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402116;STB=0.804011;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0154431;OID=.;OPOS=10035801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:5:1:17:18:5:1:18:18 chrY 10035819 . T C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00381348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.06;QD=3.15727;RBI=0.0178977;REFB=0.00125949;REVB=0.0174867;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199948;STB=0.644672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00820252;OID=.;OPOS=10035819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:34:36:6:6:0.142857:4:2:17:17:4:2:18:18 chrY 10035822 . T C 33.8 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0498737;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4874;QD=3.2972;RBI=0.0499127;REFB=0.00404695;REVB=0.00197418;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183764;STB=0.632881;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0274573;OID=.;OPOS=10035822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:17:18:4:2:17:18 chrY 10035840 . T G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=5;DP=36;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00984639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.859;QD=3.6493;RBI=0.0143316;REFB=-0.00882733;REVB=-0.0104137;RO=30;SAF=1;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362071;STB=0.654027;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0607196;OID=.;OPOS=10035840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:37:30:31:5:6:0.162162:4:1:15:15:4:2:16:15 chrY 10035889 . T G 37.41 PASS AF=0.214286;AO=4;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0622555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5749;QD=5.34452;RBI=0.209947;REFB=-0.0287884;REVB=-0.200505;RO=15;SAF=2;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360561;STB=0.697035;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0630014;OID=.;OPOS=10035889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:15:22:4:6:0.214286:2:2:12:3:4:2:13:9 chrY 10036057 . GT AC 296.98 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0220381;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=146.901;QD=34.9389;RBI=0.0347252;REFB=0.0183483;REVB=0.0268358;RO=9;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917045;STB=0.549961;STBP=0.384;TYPE=mnp;VARB=-0.00690175;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:9:9:25:25:0.735294:10:15:7:2:10:15:7:2 chrY 10036088 . A G 3217.54 PASS AF=0.963964;AO=214;DP=222;FAO=214;FDP=222;FR=.;FRO=8;FSAF=165;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0170234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.468;QD=57.9737;RBI=0.0170424;REFB=-0.00210431;REVB=-0.000805477;RO=7;SAF=165;SAR=49;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738423;STB=0.501072;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=9.12729e-05;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:222:222:7:8:214:214:0.963964:49:165:6:1:49:165:6:2 chrY 10036105 . T C 5126.12 PASS AF=0.97076;AO=332;DP=342;FAO=332;FDP=342;FR=.;FRO=10;FSAF=283;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00367741;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.598;QD=59.9547;RBI=0.0524282;REFB=0.0170806;REVB=0.0522991;RO=10;SAF=283;SAR=49;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166615;STB=0.508746;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-9.58511e-05;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:342:342:10:10:332:332:0.97076:49:283:7:3:49:283:7:3 chrY 10036107 . T C 4989.98 PASS AF=0.973294;AO=328;DP=349;FAO=328;FDP=337;FR=.;FRO=9;FSAF=279;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00457643;FXX=0.0398849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.808;QD=59.2282;RBI=0.00519252;REFB=-0.00510641;REVB=-0.00245326;RO=9;SAF=279;SAR=49;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181651;STB=0.509535;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000103908;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:349:337:9:9:328:328:0.973294:49:279:6:3:49:279:6:3 chrY 10036132 . T C 5869.87 PASS AF=0.971867;AO=380;DP=391;FAO=380;FDP=391;FR=.;FRO=11;FSAF=329;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0323262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.053;QD=60.0498;RBI=0.0323451;REFB=0.0357368;REVB=-0.00110508;RO=11;SAF=329;SAR=51;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259268;STB=0.513609;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000974501;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:391:391:11:11:380:380:0.971867:51:329:7:4:51:329:7:4 chrY 10036156 . G C 5740.08 PASS AF=0.966495;AO=374;DP=388;FAO=375;FDP=388;FR=.;FRO=13;FSAF=327;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00698333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.652;QD=59.1761;RBI=0.0125639;REFB=0.0170817;REVB=0.0104444;RO=14;SAF=326;SAR=48;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130672;STB=0.507625;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=7.16216e-06;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:388:388:14:13:374:375:0.966495:48:326:11:3:48:327:10:3 chrY 10036164 . T C 5732.57 PASS AF=0.966408;AO=374;DP=387;FAO=374;FDP=387;FR=.;FRO=13;FSAF=326;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00344057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.62;QD=59.2513;RBI=0.0147135;REFB=0.0468452;REVB=0.0143056;RO=13;SAF=326;SAR=48;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144832;STB=0.507602;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000658712;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:387:387:13:13:374:374:0.966408:48:326:10:3:48:326:10:3 chrY 10036171 . A G 5716.78 PASS AF=0.966321;AO=372;DP=386;FAO=373;FDP=386;FR=.;FRO=13;FSAF=325;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0385917;FXX=0.00258391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.308;QD=59.2413;RBI=0.0388601;REFB=-0.00320225;REVB=0.00455984;RO=13;SAF=324;SAR=48;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143955;STB=0.507579;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=5.66715e-05;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:386:386:13:13:372:373:0.966321:48:324:10:3:48:325:10:3 chrY 10036189 . C CCGTT 5470.47 PASS AF=0.957784;AO=347;DP=385;FAO=363;FDP=379;FR=.;FRO=16;FSAF=318;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.015842;FXX=0.0104436;HRUN=2;LEN=4;MLLD=190.994;QD=57.7359;RBI=0.0201817;REFB=-0.0287968;REVB=-0.0125033;RO=21;SAF=305;SAR=42;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040616;STB=0.51783;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.000130195;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.957784:347:385:363:379:16:318:45:11:5:17:21:305:42:15:6 chrY 10036204 . T C 5541.66 PASS AF=0.965517;AO=364;DP=377;FAO=364;FDP=377;FR=.;FRO=13;FSAF=323;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0503946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6886;QD=58.7975;RBI=0.0578472;REFB=0.0274325;REVB=0.0284022;RO=13;SAF=323;SAR=41;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312137;STB=0.516395;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.000938186;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:377:377:13:13:364:364:0.965517:41:323:9:4:41:323:9:4 chrY 10036229 . T C 4231.29 PASS AF=0.950166;AO=285;DP=300;FAO=286;FDP=301;FR=.;FRO=15;FSAF=266;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00151351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.319;QD=56.2297;RBI=0.00301729;REFB=-0.00665766;REVB=0.00261024;RO=13;SAF=266;SAR=19;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520482;STB=0.523889;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000140663;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:300:301:13:15:285:286:0.950166:19:266:10:3:20:266:12:3 chrY 10036233 . G C 4140.28 PASS AF=0.948276;AO=274;DP=289;FAO=275;FDP=290;FR=.;FRO=15;FSAF=258;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0278343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.193;QD=57.1073;RBI=0.0404493;REFB=-0.012867;REVB=-0.0293495;RO=15;SAF=257;SAR=17;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554107;STB=0.529229;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00098685;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:289:290:15:15:274:275:0.948276:17:257:12:3:17:258:12:3 chrY 10036269 . A G 867.87 PASS AF=0.825;AO=66;DP=81;FAO=66;FDP=80;FR=.;FRO=14;FSAF=62;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0169492;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.443;QD=43.3936;RBI=0.0588193;REFB=-0.0228554;REVB=-0.0563244;RO=14;SAF=62;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245283;STB=0.632604;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00961221;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:81:80:14:14:66:66:0.825:4:62:10:4:4:62:10:4 chrY 10036277 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0042875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.323;QD=17.4015;RBI=0.00556912;REFB=-0.0125544;REVB=0.00355422;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183601;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:9:4:4:9:9:4 chrY 10036280 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000825256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.341;QD=18.2491;RBI=0.0610649;REFB=-0.0072986;REVB=0.0610593;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248839;STB=0.514264;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.000693056;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:8:4:4:9:8:4 chrY 10036383 . G C 61.85 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0434718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6898;QD=9.89554;RBI=0.0663775;REFB=-0.00487906;REVB=0.0501615;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847122;STB=0.576289;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00918863;OID=.;OPOS=10036383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:24:25:16:16:8:9:0.36:2:6:11:5:2:7:11:5 chrY 10036408 . C A 124.32 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0205216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.165;QD=19.8917;RBI=0.0296118;REFB=-0.0114951;REVB=0.0213476;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378863;STB=0.66009;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000990272;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:25:25:6:8:10:11:0.44:4:6:0:6:4:7:2:6 chrY 10036422 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0232377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.232;QD=11.3687;RBI=0.0282705;REFB=-0.00248052;REVB=-0.0161006;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642199;STB=0.538391;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0154732;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:11:8:4:7:11:8 chrY 10036438 . C T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0037141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.354;QD=8.99506;RBI=0.0109281;REFB=0.000221513;REVB=-0.0102776;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176844;STB=0.594984;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00062238;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:5:7:12:16:5:7:13:16 chrY 10036483 . T C 112.44 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0253406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7774;QD=9.17841;RBI=0.0254053;REFB=-0.045443;REVB=0.00181119;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838779;STB=0.561316;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0189758;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:14:14:0.285714:6:8:17:17:6:8:17:18 chrY 10036486 . C G 77.88 PASS AF=0.229167;AO=12;DP=47;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0101778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.231;QD=6.48974;RBI=0.0116893;REFB=-0.00194792;REVB=-0.00574907;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220531;STB=0.616644;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0129721;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:47:48:35:37:12:11:0.229167:4:8:17:18:4:7:18:19 chrY 10036518 . C T 107.4 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0080684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.072;QD=7.81097;RBI=0.0128397;REFB=-0.00504759;REVB=-0.00998793;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178316;STB=0.608551;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0256417;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:6:9:18:22:6:9:18:22 chrY 10036530 . A G 36.27 PASS AF=0.12963;AO=5;DP=55;FAO=7;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0799129;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.693;QD=2.68649;RBI=0.0799129;REFB=-0.00317363;REVB=-2.098e-06;RO=29;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224188;STB=0.791511;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0135738;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:55:54:29:47:5:7:0.12963:4:1:3:26:6:1:20:27 chrY 10036545 . T C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00755858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.396;QD=10.3655;RBI=0.0157244;REFB=0.00227172;REVB=-0.0137885;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223114;STB=0.631632;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00247915;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:14:6:19:20:14:6:19:20 chrY 10036549 . A C 57.21 PASS AF=0.172414;AO=9;DP=57;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.014507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.387;QD=3.94526;RBI=0.0428795;REFB=0.0033635;REVB=-0.0403509;RO=48;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310732;STB=0.737946;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0220859;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:57:58:48:48:9:10:0.172414:7:2:22:26:8:2:22:26 chrY 10036552 . C T 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.013698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.158;QD=3.67468;RBI=0.0397416;REFB=-0.0117789;REVB=-0.0373063;RO=48;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133429;STB=0.592381;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0544056;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:6:3:21:27:6:3:21:27 chrY 10036561 . T C 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00747511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.734;QD=3.96487;RBI=0.0159322;REFB=-0.00644256;REVB=-0.0140697;RO=47;SAF=2;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357693;STB=0.74574;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0368789;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:47:49:10:10:0.169492:8:2:22:25:8:2:23:26 chrY 10036586 . TG CA,CG 117.92 PASS AF=0.133333,0.2;AO=6,9;DP=46;FAO=6,9;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=2,1;FSAR=4,8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00216667,0.00522964;FXX=0.0217344;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=207.981,83.2836;QD=10.482;RBI=0.00514799,0.00578997;REFB=-0.00385916,-0.0115668;REVB=-0.00466983,0.00248487;RO=28;SAF=2,1;SAR=4,8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.278798,-0.576004;STB=0.713606,0.882852;STBP=0.29,0.014;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0229954,0.0143524;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:46:45:28:30:6,9:6,9:0.133333,0.2:4,8:2,1:16:12:4,8:2,1:18:12 chrY 10036590 . T G 32.71 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0209366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.845;QD=2.84417;RBI=0.0236748;REFB=-0.0061942;REVB=-0.0110525;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170106;STB=0.626434;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0188517;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:4:2:19:21:4:2:19:21 chrY 10037768 . T C 1862.21 PASS AF=0.747525;AO=150;DP=201;FAO=151;FDP=202;FR=.;FRO=51;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00045125;FXX=0.00492587;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.618;QD=36.8755;RBI=0.0123339;REFB=0.000880886;REVB=0.0123256;RO=51;SAF=86;SAR=64;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682807;STB=0.536996;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000231326;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:51:51:150:151:0.747525:64:86:22:29:64:87:22:29 chrY 10037786 . G A 107.25 PASS AF=0.11245;AO=28;DP=245;FAO=28;FDP=249;FR=.;FRO=221;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=134;FSRR=87;FWDB=-0.00161155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.098;QD=1.72295;RBI=0.0348802;REFB=-0.0049155;REVB=-0.0348429;RO=217;SAF=9;SAR=19;SRF=134;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355626;STB=0.739966;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0317952;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:249:217:221:28:28:0.11245:19:9:134:83:19:9:134:87 chrY 10037790 . C T 60.94 PASS AF=0.0826772;AO=21;DP=258;FAO=21;FDP=254;FR=.;FRO=233;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=139;FSRR=94;FWDB=0.00594449;FXX=0.0155033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.551;QD=0.959754;RBI=0.0322661;REFB=-0.00213034;REVB=-0.0317138;RO=230;SAF=7;SAR=14;SRF=137;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296967;STB=0.729796;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0771537;OID=.;OPOS=10037790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:258:254:230:233:21:21:0.0826772:14:7:137:93:14:7:139:94 chrY 10037791 . C G 2611.13 PASS AF=0.787645;AO=201;DP=259;FAO=204;FDP=259;FR=.;FRO=55;FSAF=125;FSAR=79;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00193421;FXX=0.00384601;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.413;QD=40.3264;RBI=0.0162313;REFB=-0.0262548;REVB=0.0161156;RO=56;SAF=122;SAR=79;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529935;STB=0.530887;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00582622;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:56:55:201:204:0.787645:79:122:27:29:79:125:26:29 chrY 10037797 . T C 2697.68 PASS AF=0.782772;AO=206;DP=267;FAO=209;FDP=267;FR=.;FRO=58;FSAF=131;FSAR=78;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00628225;FXX=0.0037312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.025;QD=40.4147;RBI=0.0143496;REFB=-0.011558;REVB=0.0129013;RO=58;SAF=128;SAR=78;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672616;STB=0.53674;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00330275;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:58:58:206:209:0.782772:78:128:27:31:78:131:27:31 chrY 10037807 . T C 2960.94 PASS AF=0.8;AO=217;DP=275;FAO=224;FDP=280;FR=.;FRO=56;FSAF=140;FSAR=84;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0261927;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.169;QD=42.2992;RBI=0.0309805;REFB=-0.0153865;REVB=0.0165449;RO=56;SAF=134;SAR=83;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687731;STB=0.53738;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00584046;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:280:56:56:217:224:0.8:83:134:25:31:84:140:25:31 chrY 10037819 . T C 3004.5 PASS AF=0.787671;AO=228;DP=296;FAO=230;FDP=292;FR=.;FRO=62;FSAF=149;FSAR=81;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0222833;FXX=0.0168344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4652;QD=41.1576;RBI=0.0643446;REFB=-0.0754276;REVB=0.0603629;RO=63;SAF=149;SAR=79;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979291;STB=0.547998;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0272026;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:292:63:62:228:230:0.787671:79:149:27:36:81:149:27:35 chrY 10037842 . A G 43.29 PASS AF=0.0654206;AO=19;DP=319;FAO=21;FDP=321;FR=.;FRO=300;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=182;FSRR=118;FWDB=0.00358093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3104;QD=0.539387;RBI=0.0134813;REFB=-0.00379111;REVB=0.012997;RO=299;SAF=4;SAR=15;SRF=181;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395522;STB=0.779195;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0463629;OID=.;OPOS=10037842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:319:321:299:300:19:21:0.0654206:15:4:181:118:15:6:182:118 chrY 10037877 . G GC 1454.99 PASS AF=0.892241;AO=169;DP=269;FAO=207;FDP=232;FR=.;FRO=25;FSAF=125;FSAR=82;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0269102;FXX=0.00854664;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.3448;QD=25.0861;RBI=0.0392899;REFB=0.020161;REVB=-0.0286276;RO=89;SAF=107;SAR=62;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286056;STB=0.517711;STBP=0.153;TYPE=ins;VARB=0.0136863;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892241:169:269:207:232:25:125:82:19:6:22:89:107:62:60:29 chrY 10037892 . A G 1987.02 PASS AF=0.872727;AO=71;DP=171;FAO=144;FDP=165;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=96;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0354801;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.489;QD=48.1703;RBI=0.0455397;REFB=-0.0799276;REVB=-0.0285486;RO=18;SAF=25;SAR=46;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103788;STB=0.506911;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0088997;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:171:165:18:18:71:144:0.872727:46:25:11:7:48:96:11:7 chrY 10037899 . T C 1760.6 PASS AF=0.868056;AO=123;DP=142;FAO=125;FDP=144;FR=.;FRO=19;FSAF=89;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0162089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0029;QD=48.9057;RBI=0.0167084;REFB=-0.0276313;REVB=0.00405517;RO=18;SAF=88;SAR=35;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143462;STB=0.504453;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00525327;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:142:144:18:19:123:125:0.868056:35:88:12:6:36:89:13:6 chrY 10037912 . T G 955.3 PASS AF=0.875;AO=70;DP=80;FAO=70;FDP=80;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00578294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.042;QD=47.7651;RBI=0.00895245;REFB=-0.0336919;REVB=-0.00683403;RO=10;SAF=46;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014827;STB=0.507884;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0118777;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:10:10:70:70:0.875:24:46:6:4:24:46:6:4 chrY 10037914 . T C 891.79 PASS AF=0.848101;AO=67;DP=79;FAO=67;FDP=79;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0131735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8521;QD=45.1538;RBI=0.0132986;REFB=-0.0171681;REVB=0.00181947;RO=12;SAF=46;SAR=21;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602324;STB=0.532124;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00624943;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:12:12:67:67:0.848101:21:46:6:6:21:46:6:6 chrY 13262908 . C G 249.34 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0217817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.335;QD=33.2456;RBI=0.0380712;REFB=-0.0178294;REVB=-0.0312246;RO=8;SAF=21;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354427;STB=0.699758;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0110625;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:1:21:6:2:1:21:6:2 chrY 13262943 . AC A 441.45 PASS AF=0.833333;AO=49;DP=65;FAO=55;FDP=66;FR=.;FRO=11;FSAF=52;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0656414;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4422;QD=26.7544;RBI=0.0812456;REFB=-0.0426634;REVB=0.0478754;RO=11;SAF=47;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=0.331254;STB=0.586871;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=0.0257705;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:49:65:55:66:11:52:3:9:2:27:11:47:2:8:3 chrY 13262996 . C G 97.36 PASS AF=0.147059;AO=20;DP=136;FAO=20;FDP=136;FR=.;FRO=116;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=91;FSRR=25;FWDB=-0.0310756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.91;QD=2.86352;RBI=0.0838706;REFB=-0.0117253;REVB=0.0779011;RO=116;SAF=19;SAR=1;SRF=91;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427473;STB=0.817439;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0615409;OID=.;OPOS=13262996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:136:136:116:116:20:20:0.147059:1:19:91:25:1:19:91:25 chrY 13263010 . G A 119.6 PASS AF=0.159722;AO=23;DP=144;FAO=23;FDP=144;FR=.;FRO=121;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=94;FSRR=27;FWDB=-0.0139661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.127;QD=3.32213;RBI=0.0171242;REFB=-0.0077791;REVB=0.00990899;RO=120;SAF=19;SAR=4;SRF=93;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101274;STB=0.565741;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0423083;OID=.;OPOS=13263010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:120:121:23:23:0.159722:4:19:93:27:4:19:94:27 chrY 13263067 . A T 546.09 PASS AF=0.719008;AO=71;DP=113;FAO=87;FDP=121;FR=.;FRO=34;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.040938;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.07;QD=18.0524;RBI=0.0898342;REFB=-0.100657;REVB=0.0799641;RO=35;SAF=45;SAR=26;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405958;STB=0.520543;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.063527;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:35:34:71:87:0.719008:26:45:20:15:30:57:20:14 chrY 13263091 . G A 1085.89 PASS AF=0.783784;AO=86;DP=115;FAO=87;FDP=111;FR=.;FRO=24;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0156624;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.304;QD=39.1313;RBI=0.0536085;REFB=-0.0516611;REVB=0.0512695;RO=24;SAF=49;SAR=37;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116923;STB=0.507291;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00850867;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:111:24:24:86:87:0.783784:37:49:13:11:37:50:13:11 chrY 13263103 . C A 165.25 PASS AF=0.237624;AO=23;DP=100;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0160089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7816;QD=6.54442;RBI=0.021782;REFB=-0.00830575;REVB=0.0147706;RO=77;SAF=19;SAR=4;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43842;STB=0.737818;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0618259;OID=.;OPOS=13263103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:77:77:23:24:0.237624:4:19:39:38:5:19:39:38 chrY 13263115 . C T 171.27 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0133891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.745;QD=7.36648;RBI=0.0147393;REFB=-0.0175226;REVB=0.00616265;RO=69;SAF=19;SAR=5;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380094;STB=0.732729;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0330322;OID=.;OPOS=13263115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:69:69:24:24:0.258065:5:19:35:34:5:19:35:34 chrY 13263118 . G A 168.62 PASS AF=0.266667;AO=23;DP=89;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.061987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.099;QD=7.49406;RBI=0.0675522;REFB=-0.00925957;REVB=-0.0268499;RO=64;SAF=18;SAR=5;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387493;STB=0.743759;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0832213;OID=.;OPOS=13263118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:64:66:23:24:0.266667:5:18:31:33:5:19:32:34 chrY 13263170 . A C,T 130.83 PASS AF=0.35,0.35;AO=7,7;DP=20;FAO=7,7;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=1,4;FSAR=6,3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0100459,0.0276598;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.8666,133.606;QD=26.1654;RBI=0.0380075,0.0473954;REFB=-0.029699,-0.0220732;REVB=0.0366559,0.0384872;RO=6;SAF=1,4;SAR=6,3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.23478,0.183473;STB=0.642384,0.60839;STBP=0.37,0.483;TYPE=snp,snp;VARB=0.00940845,0.019153;OID=.,.;OPOS=13263170,13263170;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:20:20:6:6:7,7:7,7:0.35,0.35:6,3:1,4:2:4:6,3:1,4:2:4 chrY 13263175 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0300827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7339;QD=22.5855;RBI=0.0513268;REFB=-0.0379111;REVB=-0.0415869;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204503;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0156236;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:2:4:7:4:2:4 chrY 13263194 . T A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0382099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.102;QD=20.8972;RBI=0.0586465;REFB=-0.00791111;REVB=0.0444906;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220925;STB=0.624737;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00448514;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:0:4:6:2:0:4 chrY 14518306 . C A,CA 37.78 PASS AF=0,0.307692;AO=4,16;DP=86;FAO=0,24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=0,20;FSAR=0,4;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0119704,-0.120814;FXX=0.0370325;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=154.22,7.54904;QD=1.93725;RBI=0.0121957,0.161953;REFB=-0.00896176,-0.178778;REVB=-0.00233357,0.107855;RO=63;SAF=4,14;SAR=0,2;SRF=31;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.498599,0.524184;STB=0.5,0.802484;STBP=1,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.157968;OID=.,.;OPOS=14518306,14518307;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:86:78:63:54:4,16:0,24:0,0.307692:0,2:4,14:31:32:0,4:0,20:23:31 chrY 21152662 . CAA C 49.1 PASS AF=0.162393;AO=18;DP=116;FAO=19;FDP=117;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.0549089;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=37.104;QD=1.67854;RBI=0.0642827;REFB=0.00172381;REVB=0.0334258;RO=92;SAF=8;SAR=10;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00154565;STB=0.54094;STBP=0.678;TYPE=del;VARB=-0.000381827;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162393:18:116:19:117:98:8:11:46:52:49:92:8:10:41:51 chrY 21152701 . G T 400.78 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00347013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.734;QD=14.5737;RBI=0.00662179;REFB=0.000296131;REVB=-0.00563971;RO=63;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134115;STB=0.569692;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00295374;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:63:64:46:46:0.418182:24:22:22:41:24:22:23:41 chrY 21152719 . T C 303.13 PASS AF=0.414634;AO=32;DP=80;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00116082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.253;QD=14.7866;RBI=0.00630384;REFB=-0.00741424;REVB=0.00619603;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681475;STB=0.544113;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0114734;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:47:48:32:34:0.414634:17:15:19:28:18:16:19:29 chrY 21153581 . T A 196.63 PASS AF=0.210526;AO=31;DP=151;FAO=32;FDP=152;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=-0.00319656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.885;QD=5.1745;RBI=0.00567712;REFB=-0.00157606;REVB=0.00469166;RO=118;SAF=16;SAR=15;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443422;STB=0.532874;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00642932;OID=.;OPOS=21153581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:118:120:31:32:0.210526:15:16:65:53:16:16:65:55 chrY 21153609 . T C 679.12 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0542814;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1148;QD=17.7548;RBI=0.0548771;REFB=-0.0043582;REVB=0.00806405;RO=81;SAF=39;SAR=33;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340446;STB=0.518858;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00717514;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:81:72:72:0.470588:33:39:41:40:33:39:41:40 chrY 21154426 . G A 154.06 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.00157297;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.255;QD=5.4536;RBI=0.00394062;REFB=-0.00196185;REVB=0.00361306;RO=84;SAF=14;SAR=11;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119565;STB=0.590231;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00496806;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:84:88:25:25:0.221239:11:14:39:45:11:14:39:49 chrY 21154466 . T A 659.99 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0103117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.984;QD=23.3626;RBI=0.0112393;REFB=-0.00359681;REVB=-0.00447116;RO=48;SAF=31;SAR=33;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152582;STB=0.577723;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0029357;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:49:64:64:0.566372:33:31:14:34:33:31:15:34